JP2012522517A - 標的核酸にバーコードを付加するためのマルチプライマー増幅方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2009年4月2日に出願された先行する米国仮特許出願第61/166,181号;2009年4月2日に出願された先行する米国仮特許出願第61/166,105号;2009年6月11日に出願された先行する米国仮特許出願第61/186,327号;及び2010年2月18日に出願された先行する米国仮特許出願第61/305,907号の利益を主張し、これらは全て、本明細書によって全体として参照により援用される。
標的特異的部分を含むフォワードプライマーと、
標的特異的部分を含むリバースプライマーと(フォワードプライマーは第1のヌクレオチドタグをさらに含み、及び/又はリバースプライマーは第2のヌクレオチドタグをさらに含む)、
バーコードヌクレオチド配列と第1及び/又は第2のヌクレオチドタグ特異的部分とを含む少なくとも1つのバーコードプライマーであって、フォワード及び/又はリバースプライマーより多くあるバーコードプライマーと、
を含む。
各増幅混合物は、増幅に供されると複数の標的アンプリコンを産生し、各標的アンプリコンは、第1及び/又は第2のヌクレオチドタグが標的ヌクレオチド配列に隣接した、タグ付き標的ヌクレオチド配列と、標的アンプリコンの5’又は3’末端にある少なくとも1つのバーコードヌクレオチド配列とを含む。
標的特異的配列を含むフォワードプライマーと、
標的特異的配列を含むリバースプライマーと、
を含む。
各増幅混合物は、増幅に供されると複数の標的ヌクレオチド配列を産生する。次に標的ヌクレオチド配列にタグが付加され(例えば、ヌクレオチドタグを標的ヌクレオチド配列の一方又は双方の末端にライゲートすることによる)、複数の標的アンプリコンが産生される。各標的アンプリコンは、標的ヌクレオチド配列に隣接する第1及び/又は第2のヌクレオチドタグを含む。詳細な実施形態において、標的アンプリコンの少なくとも50パーセントは、標的アンプリコンの平均コピー数の50パーセント超、且つ標的アンプリコンの平均コピー数の2倍未満で存在する。
予備増幅された標的アンプリコンを個別の反応混合物中に分配するステップであって、各反応混合物が、平均して、反応混合物当たり1個以下のアンプリコンを含むステップと、
反応混合物を増幅に供するステップと、
を含む。
デジタル増幅における定量化は、リアルタイムPCR及び/又はエンドポイントPCRにより実施されてもよい。
特許請求の範囲及び明細書において使用される用語は、特に指示されない限り、以下に記載するとおり定義される。これらの用語は明確にするため具体的に定義されるが、いずれの定義も、それらの用語を当業者が理解するであろうものと一致する。
概要
詳細な実施形態において、本発明は、複数(例えば、少なくとも3個)の選択されたヌクレオチド配列を1つ又は複数の標的核酸に導入するための増幅方法を提供する。この方法は、典型的には複数の試料中の、複数の標的核酸を増幅するステップを伴う。例示的実施形態において、同じ一組の標的核酸を2つ以上の異なる試料の各々において増幅することができる。試料はいずれかの形で互いに異なることができ、例えば試料は、異なる組織、対象、環境供給源等に由来し得る。少なくとも3個のプライマーを使用して各標的核酸を増幅することができ、すなわち:フォワード及びリバース増幅プライマーであり、各プライマーが標的特異的部分を含み、一方又は双方のプライマーがヌクレオチドタグを含む。標的特異的部分は、好適なアニーリング条件下で標的に特異的にアニールすることができる。フォワードプライマーのヌクレオチドタグは、リバースプライマーのヌクレオチドタグと同じ、又は異なる配列を有し得る。概して、ヌクレオチドタグは標的特異的部分の5’側である。第3のプライマーは、バーコードヌクレオチド配列と、第1及び/又は第2のヌクレオチドタグ特異的部分とを含むバーコードプライマーである。バーコードヌクレオチド配列は、そのバーコードプライマーが増幅反応に用いられるときに産生されるアンプリコンに関する情報をコードするように選択された配列である。タグ特異的部分は、フォワード及びリバースプライマー中の一方又は双方のヌクレオチドタグに特異的にアニールすることができる。バーコードプライマーは概してタグ特異的部分の5’側である。
多くの現行のDNA配列決定技法は、「合成による配列決定」に頼るものである。これらの技法は、ライブラリ作成、ライブラリ分子の大規模並行PCR増幅、及び配列決定を伴う。ライブラリ作成は、試料核酸を適切なサイズの断片に変化させて、断片の末端にアダプター配列をライゲートし、及びアダプターが適切に追加された分子を選択することから始まる。ライブラリ分子の末端にアダプター配列が存在することにより、ランダム配列インサートの増幅が可能となる。ヌクレオチド配列にタグを付加するための上記の方法は、以下にさらに詳細に記載されるとおり、ライゲーションに代替してアダプター配列を導入することができる。
配列決定するDNAは、任意のタイプのDNAであってよい。詳細な実施形態において、DNAは生物由来のゲノムDNAである。かかる実施形態の変形例において、生物から採取した試料又はDNAライブラリから得られる全ゲノムDNAが、配列決定用に調製される。
いくつかの実施形態において、試料は増幅デバイス、例えばPCRプレート又はマイクロ流体デバイスに、ウェル又はチャンバ当たり平均1個未満の増幅鋳型を含む試料濃度でロードされる。デバイスの各ウェル又はチャンバは、それが好適なタグ付き標的特異的プライマーと、フォワード及びリバースバーコードプライマーの固有の組み合わせとを含むように調製される。例えば、あるウェルは、エレメント5’−(第1のさらなるプライマー結合部位)−(第1のバーコード配列)−(第1のヌクレオチドタグ)−3’、5’−(第2のさらなるプライマー結合部位)−(第2のバーコード配列)−(第2のヌクレオチドタグ)−3’を含むバーコードプライマーを含み得る。第2のウェル又はチャンバは、エレメント5’−(第1のさらなるプライマー結合部位)−(第3のバーコード配列)−(第1のヌクレオチドタグ)−3’、5’−(第2のさらなるプライマー結合部位)−(第4のバーコード配列)−(第2のヌクレオチドタグ)−3’を含むバーコードプライマーを含み得る。各ウェルで産生された増幅産物は、それらのウェルにロードされたバーコード配列の組み合わせによって固有に標識され得る。
詳細な実施形態において、例えばDNAライブラリからの、上記の方法を用いた標的アンプリコンの産生数は、デジタル増幅方法を用いて較正することができる。このステップは、合成による配列決定用のDNAの調製に特定の用途が見出される。「デジタルPCR」の考察については、例えば、Vogelstein及びKinzler、1999年、Proc Natl Acad Sci USA 96:9236−41頁;McBrideら、米国特許出願公開第20050252773号明細書、特に実施例5(これらの刊行物の各々は、本明細書によって全体として、及び特にデジタル増幅のそれらの開示について、参照により援用される)を参照のこと。デジタル増幅法は、典型的には多数の及び/又は高密度の小容積反応サイト(例えば、ナノ容積の反応サイト又は反応チャンバ)を含むマイクロ流体デバイスなどの、デジタルPCRに好適な特定のハイスループットデバイスを利用することができる。例示的実施形態において、デジタル増幅は、マイクロ流体デバイス、例えば以下に記載されるデジタルアレイマイクロ流体デバイスを使用して実行される。デジタル増幅は、反応/アッセイプラットフォーム又はマイクロ流体デバイスに配置される数百から数千の反応混合物への試料の分配又は分割を伴い得る。かかる実施形態では、反応物のほとんどが鋳型分子を含まず、陰性の増幅結果を示すように、多数の別個の増幅反応物にわたって試料の限界希釈が行われる。例えば反応のエンドポイントにおける陽性の増幅結果数のカウントでは、入力試料中に存在する個々の鋳型分子が一つ一つカウントされる。デジタル増幅の大きい利点は、定量化が増幅効率のばらつきと無関係であることである−実際の産物量に関わらず、成功した増幅が1分子としてカウントされる。
核酸(「試料」)の調製物は、生物学的供給源から得て、当該技術分野において公知の従来の方法を用いて調製することができる。特に、本明細書に記載される方法において有用なDNA又はRNAは、細菌、原虫、真菌、ウイルス、細胞小器官、並びに植物又は動物などの高等生物、特に哺乳動物、より詳細にはヒトを含めた任意の供給源から抽出及び/又は増幅することができる。好適な核酸はまた、環境供給源(例えば、池水)、人工製品(例えば、食品)、法医学試料などから得ることもできる。核酸は、細胞、体液(例えば、血液、血液画分、尿等)、又は組織試料から様々な標準的技術のいずれかによって抽出又は増幅することができる。例示的な試料としては、血漿、血清、髄液、リンパ液、腹水、胸水、口腔液、及び皮膚の外側切片の試料;気道、腸管、生殖管、及び尿路からの試料;涙液、唾液、血球細胞、幹細胞、又は腫瘍の試料が挙げられる。例えば、胎児DNAの試料は胚又は母体血から得ることができる。試料は生物の生体若しくは死体から得ることも、又はインビトロ培養物から得ることもできる。例示的試料としては、単細胞、パラフィン包埋組織試料、及び針生検を挙げることができる。本発明において有用な核酸はまた、cDNA、コスミド、YAC、BAC、P1、PACライブラリなどを含め、1つ又は複数の核酸ライブラリから得ることもできる。
本発明(本明細書に記載される)のコード化反応においてタグを付加することのできる任意の標的核酸は、本発明の方法を用いて検出することができる。典型的な実施形態では、標的核酸について少なくとも一部のヌクレオチド配列情報は既知であり得る。例えば、用いられるコード化反応がPCRである場合、所与の標的核酸の各末端について、好適な増幅プライマーの設計を可能とするのに十分な配列情報が、概して利用可能である。代替的実施形態において、プライマー中の標的特異的配列が、ランダム又は縮重ヌクレオチド配列に置き換えられてもよい。
核酸増幅に好適なプライマーは、重合剤の存在下で伸長産物の合成をプライミングするのに十分な長さである。プライマーの正確な長さ及び組成は、例えば、アニーリング反応の温度、プライマーの供給源及び組成、及びプローブが用いられる場合、プローブアニーリング部位のプライマーアニーリング部位に対する近接性及びプライマー:プローブの濃度比を含む多くの要因に依存し得る。例えば、標的核酸配列の複雑性に応じて、オリゴヌクレオチドプライマーは典型的には約15〜約30個の範囲のヌクレオチドを含むが、より多くの、又はより少ないヌクレオチドを含んでもよい。プライマーは、そのそれぞれの鎖と選択的にアニールして安定したデュプレックスを形成するのに十分な相補性を有しなければならない。当業者には、対象とする標的核酸の増幅に適切なプライマー対をどのように選択すべきかは周知されている。
特定の実施形態において、本発明の方法のいずれも、マイクロ流体デバイスを使用して実施することができる。例示的実施形態において、デバイスは行列型マイクロ流体デバイスであり、別個の独立した反応チャンバにおいて複数の基質溶液を試薬溶液と同時に組み合わせることが可能なものである。基質溶液は1つ又は複数の基質を含み得るとともに、試薬溶液は1つ又は複数の試薬を含み得ることは認識されるであろう。例えば、マイクロ流体デバイスは、複数の異なる増幅プライマーと試料とを同時にペアワイズで組み合わせることが可能であり得る。特定の実施形態において、デバイスは、異なるチャンバの各々において異なる組み合わせのプライマー及び試料を収容するように構成される。様々な実施形態において、別個の反応チャンバの数は、50個より多く、通常100個より多く、より多くの場合には500個より多く、さらにより多くの場合には1000個より多く、及び時に5000個より多く、又は10,000個より多くてもよい。
本発明では、核酸を検出及び/又は定量化する任意の方法を用いて増幅産物を検出することができる。一実施形態では、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)を用いて標的核酸が増幅及び/又は定量化される。他の実施形態では、例えば、米国特許第7,118,910号明細書(増幅/検出システムのその記載について全体として参照により本明細書に援用される)に記載されるシステム及びInvaderアッセイ;PE BioSystems)を含む他の増幅システム又は検出システムが用いられる。詳細な実施形態では、リアルタイム定量化法が用いられる。例えば、「定量的リアルタイムPCR」法を用いることで、増幅プロセスそれ自体の間に形成された増幅産物の量を計測することによって試料中に存在する標的核酸の量を測定することができる。
任意の好適な標識戦略を本発明の方法に用いることができる。アッセイ混合物がアリコートに分割され、且つ各アリコートが単一の増幅産物の存在について分析される場合、増幅混合物中にユニバーサル検出プローブを用いることができる。詳細な実施形態において、ユニバーサルqPCRプローブを使用してリアルタイムPCR検出を実施することができる。好適なユニバーサルqPCRプローブとしては、二本鎖DNA色素、例えば、SYBR Green、Pico Green(Molecular Probes,Inc.、(Eugene、OR))、Eva Green(Biotinum)、臭化エチジウムなどが挙げられる(Zhuら、1994年、Anal.Chem.66:1941−48頁を参照のこと)。好適なユニバーサルqPCRプローブはまた、あらゆる増幅産物中に存在するヌクレオチド配列に結合する配列特異的プローブも含む。かかるプローブに対する結合部位は、好都合には増幅中にタグ付き標的核酸に導入することができる。
多数の反応ステップが用いられる核酸の複合混合物が関わる反応では、取り込まれない反応成分が種々生じ得るとともに、様々なクリーンアップ手順のいずれかによるかかる取り込まれなかった反応成分の除去、又はその濃度の低減により、続いて起こる反応の効率及び特異性が向上し得ることは理解されるであろう。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載される増幅ステップを実施する前に、予備増幅プライマーを除去するか、又はその濃度を低減することが望ましいこともある。
特定の実施形態において、本発明の方法が行列型マイクロ流体デバイスで実施される場合、データはヒートマトリックス(「ヒートマップ」とも称される)として出力され得る。ヒートマトリックスでは、DAマトリックス上の反応チャンバを表す各四角形に、グレースケールで示され得るが、しかしより典型的にはカラーで示される色値が割り当てられている。グレースケールでは、黒色の四角形が、増幅産物が検出されなかったことを示し、一方、白色の四角形が最も高い増幅産物レベルを示し、灰色の陰影が中間の増幅産物レベルを示す。さらなる態様では、ソフトウェアプログラムを使用して、ヒートマトリックスで作成されたデータがより解読し易いフォーマットにコンパイルされてもよい。
本発明の方法は、核酸試料中の1つ又は複数の標的核酸の存在又は量を検出することを意図した任意の技法に適用可能である。従って、例えば、これらの方法は、特定の多型(SNPなど)、対立遺伝子、又はハプロタイプ、又は増幅、欠失、若しくは異数性などの染色体異常の同定に適用することが可能である。この方法は、遺伝性疾患若しくは障害の診断、ファーマコゲノミクス(個別化された医薬)、農業における(例えば、種子若しくは家畜についての)品質管理、植物若しくは動物の集団の(例えば、水産養殖若しくは漁業経営における、又は集団多様性の判定における)研究及び管理、又は父子鑑別若しくは法鑑定を含む数多くの文脈で実施され得る遺伝子タイピングにおいて用いられ得る。本発明の方法は、生体試料又は環境試料における特定の条件又は生物を示す配列の同定において適用することができる。例えば、アッセイにおいて本方法を用いることにより、ウイルス、細菌、及び真菌)などの病原体を同定することができる。本方法はまた、環境又は微環境の特性決定、例えばヒト腸内の微生物種の特性決定を目的とした研究にも用いることができる。
本発明に係るキットは、本発明の1つ又は複数のアッセイ方法の実行に有用な1つ又は複数の試薬を含む。キットは、概して、1つ又は複数の試薬(例えば、プライマー及び/又は1つ又は複数のプローブ)を、1つ又は複数の別個の組成物として、又は場合により、試薬の適合性上可能である場合には混合物として保持する1つ又は複数の容器を備えたパッケージを含む。キットはまた、1つ又は複数の緩衝剤、1つ又は複数の希釈剤、1つ又は複数の標準、及び/又は試料の処理、洗浄、若しくはアッセイの任意の他のステップの実行に有用な任意の他の材料などの、使用者の立場から望ましいものであり得る1つ又は複数の他の材料も含むことができる。
DNA配列決定用の調製において標的核酸にバーコード付加するためのマルチプライマー増幅方法
100ng/ml及び0ng/ml(陰性対照[「NTC」])のゲノムDNA試料(BioChain、米国)を、プライマー当たり200nMで以下のプライマー対により、7900HT FastリアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems、米国)の25サイクルにわたり増幅した:1)454テール;2)A5特異的プライマー;及び3)図10に示される3個のプライマー。7.5μlのFastStart TaqMan(登録商標)Probe Master(Roche Diagnostics、米国)と、0.75μlのDA試料ローディング試薬(Fluidigm Corp、米国)と、6.75μlの試料とを含む15μlの反応容量でPCRを実行した。熱サイクリング条件は、50℃で2分間及び94℃で10分間のホットスタートと、それに続く94℃で15秒間、70℃で5秒間、60℃で30秒間及び72℃で90秒間の25サイクルとを含んだ。得られた増幅産物は、製造者の指示に従いレーン当たり8μlの反応混合物を用いて電気泳動ゲル(Invitrogen、米国)上に展開した。3−プライマー法により正しいサイズのアンプリコンが産生されたことを示す図11を参照のこと。PCR増幅により生成されたアンプリコンのAmpure Beads(登録商標)を用いた精製、その後のPCRプレート上での454テールプライマーによる再増幅と、続くいずれかの454テールプライマーによるサンガー配列決定から、3−プライマー法によって正しい配列を有するアンプリコンが生成されたことが示された。
DNA配列決定用の調製において標的核酸を定量化するためのマルチプライマー増幅方法
様々なDNAの従来のDNA配列決定法を用いた配列決定用のゲノムDNAを調製するためのプライマーを以下に示す。
ShotGun フォワード:5’−CCATCTCATCCCTGCGTGTC−3’(配列番号1)
ShotGun リバース:5’−CCTATCCCCTGTGTGCCTTG−3’(配列番号2)
ShotGun UPR フォワード:5’−GGCGGCGACCATCTCATCCCTGCGTGTC−3’(配列番号3)
MID フォワード:5’−GCCTCCCTCGCGCCATCAG−3’(配列番号4)
MID リバース:5’−GCCTTGCCAGCCCGCTCAG−3’(配列番号5)
MID UPR フォワード:5’−GGCGGCGAGCCTCCCTCGCGCCATCAG−3’(配列番号6)
Solexa フォワード:5’−ACACTCTTTCCCTACACGA−3’(配列番号7)
Solexa リバース:5’−CAAGCAGAAGACGGCATA−3’(配列番号8)
Solexa UPR フォワード:5’−GGCGGCGAACACTCTTTCCCTACACGA−3’(配列番号9)
Solid フォワード:5’−CCACTACGCCTCCGCTTTCCTCTCTATG−3’(配列番号10)
Solid リバース:5’−CTGCCCCGGGTTCCTCATTCT−3’(配列番号11)
Solid UPR フォワード:5’−GGCGGCGACCACTACGCCTCCGCTTTCCTCTCTATG−3’(配列番号12)
454 Titanium フォワード:5’−CCATCTCATCCCTGCGTG−3’(配列番号13)
454 Titanium リバース:5’−CCTATCCCCTGTGTGCCTTG−3’(配列番号14)
454 Titanium UPR フォワード:5’−GGCGGCGACCATCTCATCCCTGCGTG−3’(配列番号15)
Solexa smRNA フォワード:5’−TAATGATACGGCGACCACC−3’(配列番号16)
Solexa smRNA リバース:5’−ACAAGCAGAAGACGGCATAC−3’(配列番号17)
Solexa smRNA UPL フォワード:5’−GGCGGCGATAATGATACGGCGACCAC−3’(配列番号18)
454DNAシーケンシング用の調製において標的核酸にバーコードを付加するためのさらなる例示的プライマー
以下の表3及び表4は、454DNAシーケンシング用の調製において標的核酸にバーコード付加するためのさらなる例示的プライマーを示す。「454F」は454フォワードプライマー結合部位を指し;「454R」は454リバースプライマー結合部位を指す。「BC」はヌクレオチドバーコードを指す。「TAG」はヌクレオチドタグを指す。「P53」は標的特異的プライマー配列を指す。
増幅(amplication)産物の収集が可能なマイクロ流体デバイスを使用した454DNAシーケンシング用の調製における標的核酸の4−プライマーバーコーディング
前立腺癌に関連する48個のゲノム領域に対する標的特異的プライマーを設計した。標的特異的領域に加え、5’末端にさらなるタグ配列を含むプライマーを設計した。フォワードプライマーは配列ACACTGACGACATGGTTCTACA(配列番号163)を含んだ。リバースプライマーは配列TACGGTAGCAGAGACTTGGTCT(配列番号164)を含んだ。タグ配列と標的特異的領域との双方を含むこれらのプライマーの配列を表5に掲載する。
プライマーを10nmol規模でIDTにより合成し、100μMの濃度で水中に再懸濁した。96ウェルPCRプレート(USA scientific)の個別のウェルにおいて、表5の各領域に対するフォワードプライマー及びリバースプライマーを、0.05%のTween−20を含むPCR等級水(Teknova)中で各プライマーの最終濃度が1μMとなるよう組み合わせた。
封鎖及び接合部アキュムレータリザーバを30μlの制御ライン流体(Fluidigm PN 89000020)で充填し、H1〜H4試薬ウェルにPCR等級水中の500μlの0.05%Tween−20をロードした後、Access Array IFCのロードを行った。5μlの各試料混合物を試料ポートにロードし、5μlの各プライマー混合物をAccess Array IFCのプライマー入口にロードした。
プライマー結合部位とヌクレオチドタグとの種々の組み合わせによる4個のアウタープライマーを使用したマルチプライマー増幅
EGFR遺伝子及びMET遺伝子から特定の領域を増幅するようにプライマー対のセットを設計した。次にそれらのセットを、Access Array IFCにおいてヒトゲノムDNA及び4個のアウタープライマーと組み合わせた(図15)。
プライマーを10nmol規模でEurofins MWG Operonにより合成し、100μMの濃度で水中に再懸濁して提供した。96ウェルPCRプレート(USA scientific)の別個のウェルにおいて、表9の各領域に対するフォワード及びリバースプライマーを、0.05%Tween−20を含むPCR等級水(Teknova)中で各プライマーの最終濃度が1μMになるように組み合わせた。
封鎖及び接合部アキュムレータリザーバを300μlの制御ライン流体(Fluidigm PN 89000020)で充填し、H1〜H4試薬ウェルにPCR等級水中の500μlの0.05%Tween−20をロードした後、Access Array IFCのロードを行った。5μlの各試料混合物を試料ポートにロードし、5μlの各プライマー混合物をAccess Array IFC上のプライマー入口にロードした。
増幅(amplication)産物の収集が可能なマイクロ流体デバイスを使用したIllumina DNAシーケンシング用の標的核酸の4−プライマーバーコーディング
4−プライマータギングスキーム用に、Illuminaゲノムアナライザー(Genome Analyzer)IIで使用されるように設計された配列を、表13及び表14に示す。タグ配列はインナープライマー配列である。
454 FLXシーケンサー(Roche Analytical Sciences)におけるTitaniumケミストリー用の標的核酸のバーコーディング
表15は、454 FLXシーケンサー(Roche Analytical Sciences)におけるTitaniumケミストリーで使用されるフォワードバーコード配列を示す。表16は、454 FLXシーケンサー(Roche Analytical Sciences)におけるTitaniumケミストリーで使用されるリバースバーコード配列を示す。
標的核酸のマルチプレックスバーコーディング
表9に掲載されるプライマーから10個のプライマーの3個のプールを構築した。PCR条件は実施例4に掲載されるものと同じであったが、但しプライマー濃度は異なった。図18は、鋳型特異的プライマーのみについて、及び4−プライマーモードでPCR反応を実行したときの10組のPCRプライマーの3個のプール(A、B、C)のPCR反応の結果を示す。4−プライマー戦略においてより高分子量の産物が存在することから、4−プライマー構築の成功が実証される。
Claims (95)
- 複数の試料中の複数の標的核酸を増幅する方法であって、
標的核酸毎に増幅混合物を調製するステップであって、前記増幅混合物が、
標的特異的部分を含むフォワードプライマーと、
標的特異的部分を含むリバースプライマーと(前記フォワードプライマーが第1のヌクレオチドタグをさらに含み、及び/又は前記リバースプライマーが第2のヌクレオチドタグをさらに含む)、
バーコードヌクレオチド配列と第1及び/又は第2のヌクレオチドタグ特異的部分とを含む少なくとも1つのバーコードプライマーであって、前記フォワード及び/又はリバースプライマーより多くあるバーコードプライマーと、
を含むステップと、
各増幅混合物を増幅に供するステップであって、それによりタグ付き標的ヌクレオチド配列を含む複数の標的アンプリコンであって、各々が、前記標的ヌクレオチド配列に隣接する第1及び/又は第2のヌクレオチドタグと、前記標的アンプリコンの5’又は3’末端にある少なくとも1つのバーコードヌクレオチド配列とを含む標的アンプリコンを産生するステップと、
を含む方法。 - 前記フォワードプライマーが第1のヌクレオチドタグをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記リバースプライマーが第2のヌクレオチドタグをさらに含む、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記増幅混合物中の前記バーコードプライマーの濃度が、前記フォワード及び/又はリバースプライマーの濃度の少なくとも4倍である、請求項1に記載の方法。
- 前記増幅混合物中の前記バーコードプライマーの濃度が、前記フォワード及び/又はリバースプライマーの濃度の少なくとも50倍である、請求項4に記載の方法。
- 前記第1及び/又は第2のヌクレオチドタグ及び/又は前記バーコードヌクレオチド配列が、前記標的核酸との実質的なアニーリングを回避するように選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記バーコードヌクレオチド配列が特定の試料を識別する、請求項1に記載の方法。
- 前記バーコードプライマーがバーコードヌクレオチド配列と第1のヌクレオチドタグ特異的部分とを含む、請求項1又は7に記載の方法。
- 複数のフォワードプライマーが同じ第1のヌクレオチドタグを含む、請求項8に記載の方法。
- 各試料中の標的配列の増幅に使用される全てのフォワードプライマーが、同じ第1のヌクレオチドタグを含む、請求項9に記載の方法。
- 各標的に対する前記フォワード及びリバースプライマーが、初めに前記試料とは別に組み合わせされ、及び各バーコードプライマーが、初めにその対応する試料と組み合わされる、請求項7に記載の方法。
- S個の試料においてT個の標的が増幅され、T及びSは1より大きい整数であり、S×T個の増幅混合物を調製するステップであって、前記初めに組み合わされたフォワード及びリバースプライマーが前記初めに組み合わされた試料及びバーコードプライマーに加えられるステップをさらに含む、請求項11に記載の方法。
- 前記増幅が、前記第1及び第2のヌクレオチドタグと前記バーコードヌクレオチド配列とを導入するため少なくとも3サイクルにわたり実施される、請求項1に記載の方法。
- 前記増幅が5〜50サイクルにわたり実施される、請求項13に記載の方法。
- 前記増幅が、標的アンプリコンコピー数を標的に関して且つ試料に関して正規化するのに十分なサイクル回数にわたり実施される、請求項1に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンの少なくとも50パーセントが、標的アンプリコンの平均コピー数の50パーセント超、且つ標的アンプリコンの平均コピー数の2倍未満で存在する、請求項1に記載の方法。
- 複数の試料中の複数の標的核酸を増幅する方法であって、
標的核酸毎に増幅混合物を調製するステップであって、
前記増幅混合物が、
標的特異的配列を含むフォワードプライマーと、
標的特異的配列を含むリバースプライマーと、
を含むステップと、
各増幅混合物を増幅に供するステップであって、それにより複数の標的ヌクレオチド配列を産生するステップと、
前記標的ヌクレオチド配列にタグを付加するステップであって、それにより前記標的ヌクレオチド配列に隣接する第1及び/又は第2のヌクレオチドタグを各々が含む複数の標的アンプリコンを産生するステップと、
を含み、
前記標的アンプリコンの少なくとも50パーセントが、標的アンプリコンの平均コピー数の50パーセント超、且つ標的アンプリコンの平均コピー数の2倍未満で存在する、方法。 - 前記標的アンプリコンの少なくとも70パーセントが、標的アンプリコンの平均コピー数の50パーセント超、且つ標的アンプリコンの平均コピー数の2倍未満で存在する、請求項16又は17に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンの平均長さが少なくとも25塩基である、請求項16、17又は18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンの平均長さが少なくとも50塩基である、請求項16、17又は18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンの平均長さが少なくとも100塩基である、請求項16、17又は18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンの平均長さが少なくとも200塩基である、請求項16、17又は18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンの平均長さが少なくとも1キロベースである、請求項16、17又は18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンの少なくとも90パーセントが、標的アンプリコンの平均コピー数の50パーセント超、且つ標的アンプリコンの平均コピー数の2倍未満で存在する、請求項16又は17に記載の方法。
- 前記増幅混合物の容量が約1ピコリットル〜約50ナノリットルの範囲である、請求項1〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増幅混合物の容量が約5ピコリットル〜約25ナノリットルの範囲である、請求項17に記載の方法。
- 前記増幅混合物がマイクロ流体デバイスの個別の画室内で形成されるか、又はそこに分配された後に増幅される、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記マイクロ流体デバイスが、少なくとも一部において、エラストマー材料で作製される、請求項27に記載の方法。
- 前記増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により実施される、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記増幅混合物から前記標的アンプリコンを収集するステップをさらに含む、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記標的アンプリコンが、前記収集された標的アンプリコンのうち約50%未満が異なる容量及び/又はコピー数で収集される、請求項30に記載の方法。
- 少なくとも1つの標的アンプリコンを、前記第1及び第2のヌクレオチドタグに特異的なプライマーを使用した増幅に供するステップであって、それにより前記バーコードヌクレオチド配列を欠いた標的アンプリコンを産生するステップをさらに含む、請求項30に記載の方法。
- 前記標的核酸がゲノムDNAを含む、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記フォワードプライマー、前記リバースプライマー、及び前記バーコードプライマーの1つ又は複数が、少なくとも1つのさらなるプライマー結合部位を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記バーコードプライマーが、前記第1のヌクレオチドタグの上流である前記バーコードヌクレオチド配列の上流に、少なくとも第1のさらなるプライマー結合部位を含む、請求項34に記載の方法。
- 前記リバースプライマーが、前記第2のヌクレオチドタグの下流に少なくとも第2のさらなるプライマー結合部位を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記第1及び第2のさらなるプライマー結合部位が、DNA配列決定プライマーを結合させる能力を有する、請求項36に記載の方法。
- 前記第1及び第2のヌクレオチドタグが、DNA配列決定プライマーによって結合される能力を有する、請求項17に記載の方法。
- 少なくとも1つの標的アンプリコンをDNA配列決定に供するステップをさらに含む、請求項37又は38に記載の方法。
- 前記増幅混合物中の標的アンプリコンの量を定量化するステップをさらに含む、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記定量化するステップが、前記標的アンプリコンを収集するステップと、それらをデジタル増幅に供するステップとを含む、請求項40に記載の方法。
- 前記デジタル増幅が、
前記予備増幅された標的アンプリコンを個別の反応混合物中に分配するステップであって、各反応混合物が、平均して、反応混合物当たり1個以下のアンプリコンを含むステップと、
前記反応混合物を増幅に供するステップと、
を含む、請求項41に記載の方法。 - 前記デジタル増幅がリアルタイムPCRを含む、請求項42に記載の方法。
- 前記デジタル増幅がエンドポイントPCRを含む、請求項42に記載の方法。
- 前記増幅混合物がマイクロ流体デバイスの個別の画室内で形成されるか、又はそこに分配された後に増幅される、請求項42に記載の方法。
- 前記マイクロ流体デバイスが、少なくとも一部において、エラストマー材料で作製される、請求項45に記載の方法。
- 標的アンプリコンの存在が、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)により決定される、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記増幅混合物中にユニバーサルqPCRプローブを用いて標的アンプリコンが検出される、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記増幅混合物中に1つ又は複数の標的特異的qPCRプローブを用いて標的アンプリコンが検出される、請求項1又は17に記載の方法。
- 標的アンプリコンの存在が、蛍光ヌクレアーゼアッセイを用いて検出される、請求項1又は17に記載の方法。
- 標的アンプリコンの存在が、二重標識蛍光加水分解オリゴヌクレオチドプローブを用いて検出される、請求項1又は17に記載の方法。
- 各試料中に存在する各標的核酸の量を測定するステップをさらに含む、請求項1又は17に記載の方法。
- 各試料中にある前記標的核酸のコピー数の測定において実行される、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記標的核酸に対応する遺伝子座における遺伝子型の決定において実行される、請求項1又は17に記載の方法。
- 前記標的核酸の発現レベルの測定において実行される、請求項1又は17に記載の方法。
- 配列決定用の標的核酸を調製するために実行される、請求項1又は17に記載の方法。
- 複数の第1入力ラインと、
複数の第2入力ラインと、
第1チャンバの複数のセットであって、第1チャンバの各セットが前記複数の第1入力ラインのうちの1つと流体連通している、第1チャンバの複数のセットと、
第2チャンバの複数のセットであって、第2チャンバの各セットが前記複数の第2入力ラインのうちの1つと流体連通している、第2チャンバの複数のセットと、
前記複数の第2入力ラインの第1の部分と流体連通する複数の第1ポンプ素子と、
前記複数の第2入力ラインの第2の部分と流体連通する複数の第2ポンプ素子と、
を含む、マイクロ流体デバイス。 - 前記第1チャンバがアッセイチャンバを含み、前記第2チャンバが試料チャンバを含む、請求項57に記載のマイクロ流体デバイス。
- 一組の試料チャンバを構成する試料チャンバ間の流体連通を阻止する一組のバルブをさらに含む、請求項57に記載のマイクロ流体デバイス。
- 一組のアッセイチャンバを構成するアッセイチャンバと前記一組の試料チャンバの各々からの試料チャンバとの間の流体連通を阻止する一組のバルブをさらに含む、請求項59に記載のマイクロ流体デバイス。
- 前記複数の第1ポンプ素子が複数の第1のバルブを含む、請求項57に記載のマイクロ流体デバイス。
- 前記複数の第2ポンプ素子が複数の第2のバルブを含む、請求項57に記載のマイクロ流体デバイス。
- 前記マイクロ流体デバイスがエラストマー材料を含む、請求項57に記載のマイクロ流体デバイス。
- 前記第1チャンバの複数のセットの一組について、
前記第1チャンバの1つが、流体ラインを介して第2チャンバの第1のセットのうちの第2チャンバと流体連通し、
前記第1チャンバの別の1つが、別の流体ラインを介して第2チャンバの第2のセットのうちの第2チャンバと流体連通し、
第1のバルブが、前記流体ラインを通じた流体フローを遮断するよう動作し;及び
第2のバルブが、前記別の流体ラインを通じた流体フローを遮断するよう動作する、
請求項57に記載のマイクロ流体デバイス。 - 前記第1のバルブ及び前記第2のバルブが、共通の供給源を使用して作動される、請求項64に記載のマイクロ流体デバイス。
- アッセイチャンバと試料チャンバと回収ポートとを有するマイクロ流体デバイスの動作方法であって、
前記アッセイチャンバと前記試料チャンバとの間の流体ラインを閉鎖するステップと、
試料入力ラインを介して試料を前記試料チャンバに流入させるステップと、
アッセイ入力ラインを介してアッセイを前記アッセイチャンバに流入させるステップと、
前記アッセイチャンバと前記試料チャンバとの間の前記流体ラインを開放するステップと、
前記試料の少なくとも一部分と前記アッセイの少なくとも一部分とを組み合わせて混合物を形成するステップと、
前記混合物を反応させて反応産物を形成するステップと、
前記アッセイチャンバと前記試料チャンバとの間の前記流体ラインを閉鎖するステップと、
前記回収ポートから前記試料チャンバに回収試薬を流すステップと、
前記マイクロ流体デバイスから前記反応産物を取り出すステップと、
を含む、方法。 - 前記混合物を熱サイクリングにかけるステップをさらに含む、請求項66に記載の方法。
- 前記マイクロ流体デバイスから前記反応産物を取り出すステップが、前記試料入力ラインの少なくとも一部分を通じて試料入力ポートに前記反応産物を流すステップを含む、請求項66に記載の方法。
- 前記試料入力ラインの少なくとも一部分を通じて前記反応産物を流すステップが、拡張ポンピングを実行するステップを含む、請求項68に記載の方法。
- 拡張ポンピングが、10μl毎時以下の流体流量を含む、請求項69に記載の方法。
- 拡張ポンピングを実行するステップが、
a)前記試料チャンバと前記試料入力ポートとの間に配置された第1のバルブを閉鎖するステップと、
b)前記回収ポートと前記試料チャンバとの間に配置された第2のバルブを開放するステップと、
c)前記第2のバルブを閉鎖するステップと、
d)前記第1のバルブを開放するステップと、
ステップ(a)〜(d)を所定の回数繰り返すステップと、
を含む、請求項69に記載の方法。 - 前記流体流量が5μl毎時以下である、請求項70に記載の方法。
- 前記流体流量が1μl毎時以下である、請求項72に記載の方法。
- 前記試料の少なくとも一部分と前記アッセイの少なくとも一部分とを組み合わせて混合物を形成するステップが、自由界面拡散プロセスを含む、請求項66に記載の方法。
- 前記反応産物を取り出すステップが、10マイクロリットル毎時以下の流体流量を含む、請求項66に記載の方法。
- 前記流体流量が5マイクロリットル毎時以下である、請求項75に記載の方法。
- 前記流体流量が2マイクロリットル毎時以下である、請求項76に記載の方法。
- 前記流体流量が1マイクロリットル毎時以下である、請求項77に記載の方法。
- 前記反応産物を取り出すステップが、前記マイクロ流体デバイスから前記反応産物の少なくとも95%を取り出すステップを含む、請求項66に記載の方法。
- 前記試料入力ラインを介して前記試料を前記試料チャンバに流入させるステップが、試料入力ポートに圧力を加えて前記試料入力ラインを加圧するステップを含む、請求項66に記載の方法。
- 前記アッセイ入力ラインを介して前記アッセイを前記アッセイチャンバに流入させるステップが、アッセイ入力ポートに圧力を加えて前記アッセイ入力ラインを加圧するステップを含む、請求項66に記載の方法。
- 反応産物の調製方法であって、
M個の試料を提供するステップと、
N個のアッセイを提供するステップと、
前記M個の試料と前記N個のアッセイとを混合してM×N個のペアワイズの組み合わせを形成するステップであって、前記M×N個のペアワイズの組み合わせの各々が密閉容積内に収容されるステップと、
前記M×N個のペアワイズの組み合わせからM×N個の反応産物を形成するステップと、
前記M×N個の反応産物を収集するステップと、
を含む、方法。 - 前記M個の試料が第1チャンバのM個のセットに収容され、及び前記N個のアッセイが第2チャンバのN個のセットに収容される、請求項82に記載の方法。
- 前記M個の試料のうちの1個を収容する前記第1チャンバが第2チャンバのセットと連係し、前記第2チャンバのセットの各々が前記N個のアッセイのうちの1個を収容する、請求項83に記載の方法。
- 前記M個の試料と前記N個のアッセイとを混合するステップが、流体ラインを開放することにより、前記M個の試料のうちの1個を収容する前記第1チャンバと、前記N個のアッセイのうちの1個を収容する前記第2チャンバのセットの各々との間の流体連通を提供するステップを含む、請求項84に記載の方法。
- 前記第1チャンバが100nl以下の容積により特徴付けられる、請求項82に記載の方法。
- 前記容積が40nl以下である、請求項86に記載の方法。
- 前記第2チャンバが10nl以下の容積により特徴付けられる、請求項82に記載の方法。
- 前記容積が2nl以下である、請求項88に記載の方法。
- 前記密閉容積が100nl以下の容積により特徴付けられる、請求項82に記載の方法。
- 前記M×N個のペアワイズの組み合わせを熱サイクルにかけるステップをさらに含む、請求項82に記載の方法。
- 前記M個の試料が、マイクロ流体デバイスのM個の試料ポートに提供される、請求項82に記載の方法。
- 前記M×N個の試料が、前記マイクロ流体デバイスの前記M個の試料ポートで収集される、請求項91に記載の方法。
- 前記M×N個のペアワイズの組み合わせを形成するステップが同時に実行される、請求項82に記載の方法。
- 前記M×N個のペアワイズの組み合わせを形成するステップが逐次的に実行される、請求項82に記載の方法。
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Cited By (27)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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KR20150119047A (ko) * | 2013-02-08 | 2015-10-23 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 폴리뉴클레오티드 바코드 생성 |
KR20160032723A (ko) * | 2013-06-27 | 2016-03-24 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
JP5997407B1 (ja) * | 2016-04-21 | 2016-09-28 | 日鉄住金環境株式会社 | 多項目増幅手法 |
CN107250445A (zh) * | 2015-02-27 | 2017-10-13 | 富鲁达公司 | 用于高通量研究的单个细胞核酸 |
US10273541B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-04-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10343166B2 (en) | 2014-04-10 | 2019-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Fluidic devices, systems, and methods for encapsulating and partitioning reagents, and applications of same |
US10344329B2 (en) | 2014-06-26 | 2019-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10400235B2 (en) | 2017-05-26 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10557158B2 (en) | 2015-01-12 | 2020-02-11 | 10X Genomics, Inc. | Processes and systems for preparation of nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same |
US10612090B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-04-07 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
JP2020512405A (ja) * | 2017-04-05 | 2020-04-23 | 北京泛生子基因科技有限公司 | ワンステップでアンプリコンライブラリを迅速に構築する方法 |
US10676789B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-06-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10697000B2 (en) | 2015-02-24 | 2020-06-30 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
US10745742B2 (en) | 2017-11-15 | 2020-08-18 | 10X Genomics, Inc. | Functionalized gel beads |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10815525B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10829815B2 (en) | 2017-11-17 | 2020-11-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles |
JP2021516995A (ja) * | 2018-03-08 | 2021-07-15 | パソジェンディーエックス,インク. | マイクロアレイベースの多重病原体分析およびその使用 |
US11155881B2 (en) | 2018-04-06 | 2021-10-26 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for quality control in single cell processing |
US11193122B2 (en) | 2017-01-30 | 2021-12-07 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US11629344B2 (en) | 2014-06-26 | 2023-04-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11773389B2 (en) | 2017-05-26 | 2023-10-03 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
Families Citing this family (240)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8529744B2 (en) | 2004-02-02 | 2013-09-10 | Boreal Genomics Corp. | Enrichment of nucleic acid targets |
US10337054B2 (en) | 2004-02-02 | 2019-07-02 | Quantum-Si Incorporated | Enrichment of nucleic acid targets |
US8133371B2 (en) | 2004-02-02 | 2012-03-13 | The University Of British Columbia | Scodaphoresis and methods and apparatus for moving and concentrating particles |
US7968287B2 (en) | 2004-10-08 | 2011-06-28 | Medical Research Council Harvard University | In vitro evolution in microfluidic systems |
EP1915618A4 (en) * | 2005-06-02 | 2009-09-30 | Fluidigm Corp | ANALYSIS USING MICROFLUIDIC SEPARATION DEVICES |
US11111544B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US9424392B2 (en) | 2005-11-26 | 2016-08-23 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals |
US11111543B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US8781532B2 (en) * | 2005-09-19 | 2014-07-15 | Google Inc. | Customized data retrieval applications for mobile devices providing interpretation of markup language data |
EP2047910B1 (en) | 2006-05-11 | 2012-01-11 | Raindance Technologies, Inc. | Microfluidic device and method |
US8053191B2 (en) | 2006-08-31 | 2011-11-08 | Westend Asset Clearinghouse Company, Llc | Iterative nucleic acid assembly using activation of vector-encoded traits |
US8772046B2 (en) | 2007-02-06 | 2014-07-08 | Brandeis University | Manipulation of fluids and reactions in microfluidic systems |
WO2008130623A1 (en) | 2007-04-19 | 2008-10-30 | Brandeis University | Manipulation of fluids, fluid components and reactions in microfluidic systems |
CA2713313A1 (en) | 2008-02-01 | 2009-08-06 | The University Of British Columbia | Methods and apparatus for particle introduction and recovery |
WO2010009365A1 (en) | 2008-07-18 | 2010-01-21 | Raindance Technologies, Inc. | Droplet libraries |
CN102203287B (zh) | 2008-08-26 | 2017-09-19 | 弗卢迪格姆公司 | 增加样本和/或靶通量的测定方法 |
US20110218123A1 (en) | 2008-09-19 | 2011-09-08 | President And Fellows Of Harvard College | Creation of libraries of droplets and related species |
SG183029A1 (en) * | 2009-01-13 | 2012-08-30 | Fluidigm Corp | Single-cell nucleic acid analysis |
US8450063B2 (en) * | 2009-01-28 | 2013-05-28 | Fluidigm Corporation | Determination of copy number differences by amplification |
AU2010232439C1 (en) | 2009-04-02 | 2017-07-13 | Fluidigm Corporation | Multi-primer amplification method for barcoding of target nucleic acids |
CA2760439A1 (en) | 2009-04-30 | 2010-11-04 | Good Start Genetics, Inc. | Methods and compositions for evaluating genetic markers |
US8825412B2 (en) | 2010-05-18 | 2014-09-02 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
WO2011053987A1 (en) * | 2009-11-02 | 2011-05-05 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence selection and amplification |
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
US9399797B2 (en) | 2010-02-12 | 2016-07-26 | Raindance Technologies, Inc. | Digital analyte analysis |
EP2534267B1 (en) | 2010-02-12 | 2018-04-11 | Raindance Technologies, Inc. | Digital analyte analysis |
US10351905B2 (en) * | 2010-02-12 | 2019-07-16 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Digital analyte analysis |
US10787701B2 (en) | 2010-04-05 | 2020-09-29 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays |
US20190300945A1 (en) | 2010-04-05 | 2019-10-03 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially Encoded Biological Assays |
US11408031B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-08-09 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
US9677118B2 (en) | 2014-04-21 | 2017-06-13 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11332793B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11332785B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US11326208B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-10 | Natera, Inc. | Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA |
US11939634B2 (en) | 2010-05-18 | 2024-03-26 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11339429B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US10316362B2 (en) | 2010-05-18 | 2019-06-11 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11322224B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-03 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US20190010543A1 (en) | 2010-05-18 | 2019-01-10 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
CN101921874B (zh) * | 2010-06-30 | 2013-09-11 | 深圳华大基因科技有限公司 | 基于Solexa测序法的检测人类乳头瘤病毒的方法 |
WO2012045012A2 (en) | 2010-09-30 | 2012-04-05 | Raindance Technologies, Inc. | Sandwich assays in droplets |
US9187783B2 (en) | 2010-10-04 | 2015-11-17 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for automated reusable parallel biological reactions |
CA2814049C (en) | 2010-10-08 | 2021-07-13 | President And Fellows Of Harvard College | High-throughput single cell barcoding |
CA2817697C (en) | 2010-11-12 | 2021-11-16 | Gen9, Inc. | Methods and devices for nucleic acids synthesis |
EP4039363A1 (en) | 2010-11-12 | 2022-08-10 | Gen9, Inc. | Protein arrays and methods of using and making the same |
US9163281B2 (en) | 2010-12-23 | 2015-10-20 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction |
US9738930B2 (en) | 2011-01-28 | 2017-08-22 | The Broad Institute, Inc. | Paired end bead amplification and high throughput sequencing |
US9952237B2 (en) * | 2011-01-28 | 2018-04-24 | Quanterix Corporation | Systems, devices, and methods for ultra-sensitive detection of molecules or particles |
EP2673614B1 (en) | 2011-02-11 | 2018-08-01 | Raindance Technologies, Inc. | Method for forming mixed droplets |
EP2675819B1 (en) | 2011-02-18 | 2020-04-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Compositions and methods for molecular labeling |
GB201106254D0 (en) | 2011-04-13 | 2011-05-25 | Frisen Jonas | Method and product |
ES2625288T3 (es) * | 2011-04-15 | 2017-07-19 | The Johns Hopkins University | Sistema de secuenciación segura |
SI2702146T1 (sl) | 2011-04-28 | 2019-06-28 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Identifikacija polinukleotidov, povezanih z vzorcem |
TWI465572B (zh) * | 2011-05-19 | 2014-12-21 | Univ Chang Gung | Method, composition and system of amplification and detection of target microbial DNA |
WO2012162267A2 (en) * | 2011-05-20 | 2012-11-29 | Fluidigm Corporation | Nucleic acid encoding reactions |
US9926596B2 (en) | 2011-05-27 | 2018-03-27 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for genetic and biological analysis |
DE202012013668U1 (de) | 2011-06-02 | 2019-04-18 | Raindance Technologies, Inc. | Enzymquantifizierung |
US9752176B2 (en) | 2011-06-15 | 2017-09-05 | Ginkgo Bioworks, Inc. | Methods for preparative in vitro cloning |
CN103946392B (zh) * | 2011-07-14 | 2018-07-27 | 赛雷纳(中国)医疗科技有限公司 | 生化分析的系统、设备和方法 |
US8658430B2 (en) | 2011-07-20 | 2014-02-25 | Raindance Technologies, Inc. | Manipulating droplet size |
WO2013022961A1 (en) | 2011-08-08 | 2013-02-14 | 3The Broad Institute | Compositions and methods for co-amplifying subsequences of a nucleic acid fragment sequence |
EP2559774A1 (en) | 2011-08-17 | 2013-02-20 | Roche Diagniostics GmbH | Improved method for amplification of target nucleic acids using a multi-primer approach |
EP3954770A1 (en) | 2011-08-26 | 2022-02-16 | Gen9, Inc. | Compositions and methods for high fidelity assembly of nucleic acids |
CA2852949A1 (en) | 2011-10-19 | 2013-04-25 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for directional nucleic acid amplification and sequencing |
CN104105797B (zh) | 2011-12-01 | 2016-08-31 | 吉纳普赛斯股份有限公司 | 用于高效电子测序与检测的系统和方法 |
WO2013104994A2 (en) | 2012-01-13 | 2013-07-18 | The University Of British Columbia | Multiple arm apparatus and methods for separation of particles |
EP3578697B1 (en) | 2012-01-26 | 2024-03-06 | Tecan Genomics, Inc. | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation |
PL2814959T3 (pl) | 2012-02-17 | 2018-07-31 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Kompozycje i sposoby do dokładnej identyfikacji mutacji |
EP2817418B1 (en) * | 2012-02-24 | 2017-10-11 | Raindance Technologies, Inc. | Labeling and sample preparation for sequencing |
SG11201405274WA (en) | 2012-02-27 | 2014-10-30 | Cellular Res Inc | Compositions and kits for molecular counting |
EP3305918B1 (en) | 2012-03-05 | 2020-06-03 | President and Fellows of Harvard College | Methods for epigenetic sequencing |
US9150853B2 (en) | 2012-03-21 | 2015-10-06 | Gen9, Inc. | Methods for screening proteins using DNA encoded chemical libraries as templates for enzyme catalysis |
US8209130B1 (en) | 2012-04-04 | 2012-06-26 | Good Start Genetics, Inc. | Sequence assembly |
EP2841601B1 (en) * | 2012-04-24 | 2019-03-06 | Gen9, Inc. | Methods for sorting nucleic acids and multiplexed preparative in vitro cloning |
WO2013166444A2 (en) * | 2012-05-04 | 2013-11-07 | Boreal Genomics Corp. | Biomarker analysis using scodaphoresis |
US20130309667A1 (en) * | 2012-05-15 | 2013-11-21 | Anthony P. Shuber | Primers for analyzing methylated sequences and methods of use thereof |
EP3514243B1 (en) | 2012-05-21 | 2022-08-17 | The Scripps Research Institute | Methods of sample preparation |
SG11201407901PA (en) | 2012-05-21 | 2015-01-29 | Fluidigm Corp | Single-particle analysis of particle populations |
ES2698609T3 (es) * | 2012-06-01 | 2019-02-05 | European Molecular Biology Laboratory | Almacenamiento de alta capacidad de información digital en ADN |
US9957549B2 (en) | 2012-06-18 | 2018-05-01 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for negative selection of non-desired nucleic acid sequences |
JP6509727B2 (ja) | 2012-06-25 | 2019-05-15 | ギンゴー バイオワークス, インコーポレイテッド | 核酸アセンブリおよび高処理シークエンシングのための方法 |
NZ629538A (en) * | 2012-06-28 | 2016-10-28 | Caldera Health Ltd | Targeted rna-seq methods and materials for the diagnosis of prostate cancer |
US20150011396A1 (en) | 2012-07-09 | 2015-01-08 | Benjamin G. Schroeder | Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing |
US10221442B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
MX364957B (es) | 2012-08-14 | 2019-05-15 | 10X Genomics Inc | Composiciones y metodos para microcapsulas. |
US9938578B2 (en) * | 2012-09-24 | 2018-04-10 | iRepertoire, Inc. | Multiplex pyrosequencing using non-interfering noise cancelling polynucleotide identification tags |
GB201217888D0 (en) * | 2012-10-05 | 2012-11-21 | Univ Leuven Kath | High-throughput genotyping by sequencing of single cell |
ES2701742T3 (es) | 2012-10-29 | 2019-02-25 | Univ Johns Hopkins | Prueba de Papanicolaou para cánceres de ovario y de endometrio |
CA2889862C (en) | 2012-11-05 | 2021-02-16 | Rubicon Genomics, Inc. | Barcoding nucleic acids |
EP2929056A4 (en) * | 2012-12-10 | 2016-11-09 | Resolution Bioscience Inc | METHODS FOR TARGETED GENOMIC ANALYSIS |
WO2014106076A2 (en) | 2012-12-28 | 2014-07-03 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Universal sanger sequencing from next-gen sequencing amplicons |
WO2014100866A1 (en) | 2012-12-28 | 2014-07-03 | Fleury S.A. | Method for complete tracking of a set of biological samples containing dna or rna through molecular barcode identification during laboratorial workflow and kit for collecting biological samples containing dna or rna |
AU2014205110A1 (en) * | 2013-01-13 | 2015-08-27 | Unitaq Bio | Methods and compositions for PCR using blocked and universal primers |
WO2014130890A1 (en) * | 2013-02-21 | 2014-08-28 | Toma Biosciences, Inc. | Methods, compositions, and kits for nucleic acid analysis |
CA3174919A1 (en) * | 2013-03-14 | 2014-09-25 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Method for detecting cystic fibrosis |
US9340835B2 (en) | 2013-03-15 | 2016-05-17 | Boreal Genomics Corp. | Method for separating homoduplexed and heteroduplexed nucleic acids |
CN105051214B (zh) | 2013-03-15 | 2018-12-28 | 吉纳普赛斯股份有限公司 | 用于生物分析的系统和方法 |
EP2971130A4 (en) | 2013-03-15 | 2016-10-05 | Nugen Technologies Inc | SEQUENTIAL SEQUENCING |
WO2014210223A1 (en) | 2013-06-25 | 2014-12-31 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays using a microfluidic device |
SG10201806890VA (en) | 2013-08-28 | 2018-09-27 | Cellular Res Inc | Massively parallel single cell analysis |
US10395758B2 (en) | 2013-08-30 | 2019-08-27 | 10X Genomics, Inc. | Sequencing methods |
US11901041B2 (en) | 2013-10-04 | 2024-02-13 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Digital analysis of nucleic acid modification |
US9582877B2 (en) | 2013-10-07 | 2017-02-28 | Cellular Research, Inc. | Methods and systems for digitally counting features on arrays |
EP3065712A4 (en) | 2013-11-08 | 2017-06-21 | President and Fellows of Harvard College | Microparticles, methods for their preparation and use |
CN105849264B (zh) | 2013-11-13 | 2019-09-27 | 纽亘技术公司 | 用于鉴别重复测序读数的组合物和方法 |
WO2015089238A1 (en) | 2013-12-11 | 2015-06-18 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for biological analysis and computation |
US9944977B2 (en) | 2013-12-12 | 2018-04-17 | Raindance Technologies, Inc. | Distinguishing rare variations in a nucleic acid sequence from a sample |
US9824068B2 (en) | 2013-12-16 | 2017-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods and apparatus for sorting data |
EP3795697A1 (en) | 2014-02-04 | 2021-03-24 | Jumpcode Genomics, Inc. | Genome fractioning |
WO2015131110A1 (en) * | 2014-02-27 | 2015-09-03 | Igenomx International Genomics Corporation | Methods for analysis of somatic mobile elements, and uses thereof |
US9745614B2 (en) | 2014-02-28 | 2017-08-29 | Nugen Technologies, Inc. | Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors |
EP3556864B1 (en) | 2014-04-18 | 2020-12-09 | Genapsys, Inc. | Methods and systems for nucleic acid amplification |
CN107075543B (zh) * | 2014-04-21 | 2021-11-16 | 哈佛学院院长及董事 | 用于条形码化核酸的系统和方法 |
US20150298091A1 (en) | 2014-04-21 | 2015-10-22 | President And Fellows Of Harvard College | Systems and methods for barcoding nucleic acids |
RU2717641C2 (ru) | 2014-04-21 | 2020-03-24 | Натера, Инк. | Обнаружение мутаций и плоидности в хромосомных сегментах |
US11421285B2 (en) | 2014-06-04 | 2022-08-23 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Method for direct microbial identification |
JP2017526046A (ja) | 2014-06-26 | 2017-09-07 | 10エックス ゲノミクス,インコーポレイテッド | 核酸配列アセンブルのプロセス及びシステム |
US10364458B2 (en) | 2014-07-16 | 2019-07-30 | Tangen Biosciences, Inc. | Isothermal methods for amplifying nucleic acid samples |
SG11201700891SA (en) | 2014-08-06 | 2017-03-30 | Nugen Technologies Inc | Digital measurements from targeted sequencing |
EP3913066A1 (en) | 2014-09-09 | 2021-11-24 | Igenomx International Genomics Corporation | Compositions for rapid nucleic acid library preparation |
WO2016040446A1 (en) | 2014-09-10 | 2016-03-17 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for selectively suppressing non-target sequences |
US20160122817A1 (en) | 2014-10-29 | 2016-05-05 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing |
EP3215260B1 (en) | 2014-11-03 | 2020-01-15 | Tangen Biosciences Inc. | Apparatus and method for cell, spore, or virus capture and disruption |
US9975122B2 (en) | 2014-11-05 | 2018-05-22 | 10X Genomics, Inc. | Instrument systems for integrated sample processing |
CN107208144B (zh) * | 2014-11-21 | 2021-06-08 | 纳米线科技公司 | 无酶且无扩增的测序 |
WO2016112073A1 (en) | 2015-01-06 | 2016-07-14 | Good Start Genetics, Inc. | Screening for structural variants |
KR20170106979A (ko) | 2015-01-13 | 2017-09-22 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 구조 변이 및 위상 조정 정보를 시각화하기 위한 시스템 및 방법 |
WO2016115457A1 (en) * | 2015-01-16 | 2016-07-21 | California Institute Of Technology | Methods and devices for micro-isolation, extraction, and/or analysis of microscale components in an array |
CN107250381B (zh) * | 2015-01-16 | 2022-03-08 | 斯库维尔公司 | Dna集合的归一化迭代条形码和测序 |
US10854315B2 (en) | 2015-02-09 | 2020-12-01 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for determining structural variation and phasing using variant call data |
ES2824700T3 (es) | 2015-02-19 | 2021-05-13 | Becton Dickinson Co | Análisis unicelular de alto rendimiento que combina información proteómica y genómica |
EP3262188B1 (en) | 2015-02-24 | 2021-05-05 | 10X Genomics, Inc. | Methods for targeted nucleic acid sequence coverage |
US10968536B2 (en) | 2015-02-25 | 2021-04-06 | Jumpcode Genomics, Inc. | Methods and compositions for sequencing |
US9727810B2 (en) | 2015-02-27 | 2017-08-08 | Cellular Research, Inc. | Spatially addressable molecular barcoding |
EP3277843A2 (en) | 2015-03-30 | 2018-02-07 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for combinatorial barcoding |
CN107532207B (zh) | 2015-04-10 | 2021-05-07 | 空间转录公司 | 生物样本的空间区别、多重核酸分析 |
JP2018511341A (ja) | 2015-04-17 | 2018-04-26 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | 遺伝子配列決定および他の適用のためのバーコード化システムおよび方法 |
US10385387B2 (en) | 2015-04-20 | 2019-08-20 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods for selectively amplifying and tagging nucleic acids |
CN107580632B (zh) | 2015-04-23 | 2021-12-28 | 贝克顿迪金森公司 | 用于全转录组扩增的方法和组合物 |
US11479812B2 (en) | 2015-05-11 | 2022-10-25 | Natera, Inc. | Methods and compositions for determining ploidy |
US11130986B2 (en) | 2015-05-20 | 2021-09-28 | Quantum-Si Incorporated | Method for isolating target nucleic acid using heteroduplex binding proteins |
WO2016196229A1 (en) | 2015-06-01 | 2016-12-08 | Cellular Research, Inc. | Methods for rna quantification |
CN106795569B (zh) * | 2015-07-07 | 2017-12-05 | 上海真固生物科技有限公司 | 减少引物二聚体扩增的方法 |
US11286531B2 (en) | 2015-08-11 | 2022-03-29 | The Johns Hopkins University | Assaying ovarian cyst fluid |
WO2017044574A1 (en) | 2015-09-11 | 2017-03-16 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid library normalization |
CN108289797B (zh) | 2015-10-13 | 2022-01-28 | 哈佛学院院长及董事 | 用于制备和使用凝胶微球的系统和方法 |
KR20180097536A (ko) * | 2015-11-04 | 2018-08-31 | 아트레카, 인크. | 단일 세포와 연관된 핵산의 분석을 위한 핵산 바코드의 조합 세트 |
KR20180113973A (ko) | 2015-11-11 | 2018-10-17 | 레졸루션 바이오사이언스, 인크. | Dna 라이브러리의 고효율 작제 |
SG11201804086VA (en) | 2015-12-04 | 2018-06-28 | 10X Genomics Inc | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
CA3006994A1 (en) | 2015-12-16 | 2017-06-22 | Fluidigm Corporation | High-level multiplex amplification |
SG11201806757XA (en) | 2016-02-11 | 2018-09-27 | 10X Genomics Inc | Systems, methods, and media for de novo assembly of whole genome sequence data |
US11339427B2 (en) | 2016-02-12 | 2022-05-24 | Jumpcode Genomics, Inc. | Method for target specific RNA transcription of DNA sequences |
US10822643B2 (en) | 2016-05-02 | 2020-11-03 | Cellular Research, Inc. | Accurate molecular barcoding |
WO2017197338A1 (en) | 2016-05-13 | 2017-11-16 | 10X Genomics, Inc. | Microfluidic systems and methods of use |
US10301677B2 (en) | 2016-05-25 | 2019-05-28 | Cellular Research, Inc. | Normalization of nucleic acid libraries |
CN109074430B (zh) | 2016-05-26 | 2022-03-29 | 贝克顿迪金森公司 | 分子标记计数调整方法 |
US10640763B2 (en) | 2016-05-31 | 2020-05-05 | Cellular Research, Inc. | Molecular indexing of internal sequences |
US10202641B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-02-12 | Cellular Research, Inc. | Error correction in amplification of samples |
CN109661474A (zh) * | 2016-07-14 | 2019-04-19 | 富鲁达公司 | 单细胞转录物测序 |
EP3488017A4 (en) * | 2016-07-20 | 2020-02-26 | Genapsys Inc. | SYSTEMS AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING |
KR20230035431A (ko) | 2016-08-25 | 2023-03-13 | 레졸루션 바이오사이언스, 인크. | Dna 샘플 중 게놈 카피 변화의 검출을 위한 방법 |
WO2018058073A2 (en) | 2016-09-26 | 2018-03-29 | Cellular Research, Inc. | Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences |
US11485996B2 (en) | 2016-10-04 | 2022-11-01 | Natera, Inc. | Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing |
WO2018081113A1 (en) | 2016-10-24 | 2018-05-03 | Sawaya Sterling | Concealing information present within nucleic acids |
KR20190077061A (ko) | 2016-11-08 | 2019-07-02 | 셀룰러 리서치, 인크. | 세포 표지 분류 방법 |
EP3539035B1 (en) | 2016-11-08 | 2024-04-17 | Becton, Dickinson and Company | Methods for expression profile classification |
EP3541519B1 (en) * | 2016-11-17 | 2021-12-01 | Combinati Incorporated | Methods and systems for nucleic acid analysis and quantification |
CN110225980B (zh) | 2016-11-21 | 2023-01-06 | 纳米线科技公司 | 化学组合物及其使用方法 |
US10011870B2 (en) | 2016-12-07 | 2018-07-03 | Natera, Inc. | Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules |
US10813383B2 (en) * | 2016-12-12 | 2020-10-27 | R.J. Reynolds Tobacco Company | Dehydration of tobacco and tobacco-derived materials |
WO2018111835A1 (en) | 2016-12-12 | 2018-06-21 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for molecular barcoding of dna molecules prior to mutation enrichment and/or mutation detection |
US10011872B1 (en) | 2016-12-22 | 2018-07-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
JP7104048B2 (ja) | 2017-01-13 | 2022-07-20 | セルラー リサーチ, インコーポレイテッド | 流体チャネルの親水性コーティング |
CN110382708A (zh) | 2017-02-01 | 2019-10-25 | 赛卢拉研究公司 | 使用阻断性寡核苷酸进行选择性扩增 |
EP3357575B1 (en) * | 2017-02-06 | 2021-03-17 | H. Hoffnabb-La Roche Ag | Sealable microfluidic chip and method for thermocycling |
CN110582580A (zh) * | 2017-03-24 | 2019-12-17 | 约翰斯霍普金斯大学 | 链特异性检测亚硫酸氢盐转化的双链体 |
US11584958B2 (en) | 2017-03-31 | 2023-02-21 | Grail, Llc | Library preparation and use thereof for sequencing based error correction and/or variant identification |
EP3625715A4 (en) | 2017-05-19 | 2021-03-17 | 10X Genomics, Inc. | DATA SET ANALYSIS SYSTEMS AND METHODS |
CA3059559A1 (en) | 2017-06-05 | 2018-12-13 | Becton, Dickinson And Company | Sample indexing for single cells |
WO2019023243A1 (en) * | 2017-07-24 | 2019-01-31 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | METHODS AND COMPOSITIONS FOR SELECTING AND AMPLIFYING DNA TARGETS IN A SINGLE REACTION MIXTURE |
CN111566224A (zh) | 2017-09-21 | 2020-08-21 | 吉纳普赛斯股份有限公司 | 用于核酸测序的系统和方法 |
CN111971124B (zh) * | 2017-09-25 | 2022-08-23 | 普莱克斯姆公司 | 寡核苷酸编码的化学文库 |
US11099202B2 (en) | 2017-10-20 | 2021-08-24 | Tecan Genomics, Inc. | Reagent delivery system |
EP3701260A4 (en) * | 2017-10-26 | 2021-10-27 | Essenlix Corporation | IMAGE-BASED ANALYSIS SYSTEM AND METHODS USING MACHINE LEARNING AND CROF |
JP7175326B2 (ja) * | 2017-11-29 | 2022-11-18 | パナジーン・インコーポレイテッド | 標的核酸増幅方法及び標的核酸増幅用組成物 |
EP3728636A1 (en) | 2017-12-19 | 2020-10-28 | Becton, Dickinson and Company | Particles associated with oligonucleotides |
EP3731959A4 (en) | 2017-12-29 | 2021-10-13 | Clear Labs Inc. | AUTOMATED PRIMING AND LIBRARY LOADER |
EP3560593A1 (en) * | 2018-04-25 | 2019-10-30 | OPTOLANE Technologies Inc. | Catridge for digital real-time pcr |
JP7358388B2 (ja) | 2018-05-03 | 2023-10-10 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 反対側の転写物末端における分子バーコーディング |
US11773441B2 (en) | 2018-05-03 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | High throughput multiomics sample analysis |
SG11202011274YA (en) | 2018-05-14 | 2020-12-30 | Nanostring Technologies Inc | Chemical compositions and methods of using same |
US11525159B2 (en) | 2018-07-03 | 2022-12-13 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free DNA |
US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
CN108998508B (zh) * | 2018-08-28 | 2022-09-16 | 深圳联合医学科技有限公司 | 扩增子测序文库的构建方法及引物组和试剂盒 |
US11639517B2 (en) | 2018-10-01 | 2023-05-02 | Becton, Dickinson And Company | Determining 5′ transcript sequences |
US11932849B2 (en) | 2018-11-08 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Whole transcriptome analysis of single cells using random priming |
WO2020123319A2 (en) | 2018-12-10 | 2020-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods of using master / copy arrays for spatial detection |
EP3894552A1 (en) | 2018-12-13 | 2021-10-20 | Becton, Dickinson and Company | Selective extension in single cell whole transcriptome analysis |
EP3666904A1 (en) | 2018-12-14 | 2020-06-17 | Lexogen GmbH | Nucleic acid amplification and identification method |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11371076B2 (en) | 2019-01-16 | 2022-06-28 | Becton, Dickinson And Company | Polymerase chain reaction normalization through primer titration |
EP3914728B1 (en) | 2019-01-23 | 2023-04-05 | Becton, Dickinson and Company | Oligonucleotides associated with antibodies |
WO2020184720A1 (ja) * | 2019-03-13 | 2020-09-17 | 大日本住友製薬株式会社 | 移植用神経網膜の品質を評価する方法及び移植用神経網膜シート |
US11965208B2 (en) | 2019-04-19 | 2024-04-23 | Becton, Dickinson And Company | Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data |
EP3976820A1 (en) | 2019-05-30 | 2022-04-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
US11939622B2 (en) | 2019-07-22 | 2024-03-26 | Becton, Dickinson And Company | Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay |
WO2021092433A2 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
CN114729350A (zh) | 2019-11-08 | 2022-07-08 | 贝克顿迪金森公司 | 使用随机引发获得用于免疫组库测序的全长v(d)j信息 |
WO2021118435A1 (en) * | 2019-12-09 | 2021-06-17 | Laboratorios Maymó S.A. | Rapid amplification and genotyping of nucleic acid sequences |
SG11202106899SA (en) | 2019-12-23 | 2021-09-29 | 10X Genomics Inc | Methods for spatial analysis using rna-templated ligation |
WO2021146207A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for quantitation of proteins and rna |
US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
CN115349128A (zh) | 2020-02-13 | 2022-11-15 | 齐默尔根公司 | 宏基因组文库和天然产物发现平台 |
US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
CN111394432B (zh) * | 2020-03-27 | 2023-03-24 | 深圳闪量科技有限公司 | 基于通用探针芯片的多重定量pcr检测系统 |
EP4242325A3 (en) | 2020-04-22 | 2023-10-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using targeted rna depletion |
WO2021214307A1 (en) * | 2020-04-24 | 2021-10-28 | Medicover Gmbh | Single step sample preparation for next generation sequencing |
WO2021231779A1 (en) | 2020-05-14 | 2021-11-18 | Becton, Dickinson And Company | Primers for immune repertoire profiling |
WO2021236929A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
WO2021237087A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
WO2021252499A1 (en) | 2020-06-08 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
WO2021252591A1 (en) * | 2020-06-10 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
CN116034166A (zh) | 2020-06-25 | 2023-04-28 | 10X基因组学有限公司 | Dna甲基化的空间分析 |
US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
KR102526524B1 (ko) | 2020-09-02 | 2023-04-27 | 한국표준과학연구원 | 전장유전체 증폭을 위한 인간 사스-코로나바이러스-2 범용 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단 키트 |
US20240011020A1 (en) * | 2020-09-08 | 2024-01-11 | Seqwell, Inc | Sequencing oligonucleotides and methods of use thereof |
US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
CN116635533A (zh) | 2020-11-20 | 2023-08-22 | 贝克顿迪金森公司 | 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析 |
RU2752840C1 (ru) * | 2020-12-17 | 2021-08-09 | Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-дисплей» | Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию |
AU2021409136A1 (en) | 2020-12-21 | 2023-06-29 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
CN117460840A (zh) * | 2020-12-25 | 2024-01-26 | 映泰健康医疗科技有限公司 | 用于空间转录组学分析的生物芯片及其制备方法和应用 |
CN113249505A (zh) * | 2021-06-11 | 2021-08-13 | 内蒙古农业大学 | 鉴定大肠杆菌菌毛抗原的探针引物组、试剂盒及应用 |
WO2023034489A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-03-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006023919A2 (en) * | 2004-08-24 | 2006-03-02 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid differences using endonuclease cleavage/ligas releasing reactions and capillary electrophoresis or microarrays |
Family Cites Families (133)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US337808A (en) | 1886-03-16 | Cash and parcel transmitting apparatus for store-service | ||
EP0197196A1 (en) | 1985-03-08 | 1986-10-15 | The University Of Rochester | Electro-electron optical oscilloscope system for time-resolving picosecond electrical waveforms |
DE3511117A1 (de) | 1985-03-27 | 1986-10-02 | Fa. August Meyer, 4926 Dörentrup | Elektrische steck- und/oder schaltvorrichtung |
US4683202A (en) * | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US5449602A (en) | 1988-01-13 | 1995-09-12 | Amoco Corporation | Template-directed photoligation |
US5066584A (en) * | 1988-09-23 | 1991-11-19 | Cetus Corporation | Methods for generating single stranded dna by the polymerase chain reaction |
US5494810A (en) | 1990-05-03 | 1996-02-27 | Cornell Research Foundation, Inc. | Thermostable ligase-mediated DNA amplifications system for the detection of genetic disease |
US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
EP0920440B1 (en) | 1996-02-09 | 2012-08-22 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
WO1997045559A1 (en) | 1996-05-29 | 1997-12-04 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions |
US6312892B1 (en) | 1996-07-19 | 2001-11-06 | Cornell Research Foundation, Inc. | High fidelity detection of nucleic acid differences by ligase detection reaction |
US6770748B2 (en) | 1997-03-07 | 2004-08-03 | Takeshi Imanishi | Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue |
US6794499B2 (en) | 1997-09-12 | 2004-09-21 | Exiqon A/S | Oligonucleotide analogues |
US6027998A (en) | 1997-12-17 | 2000-02-22 | Advanced Micro Devices, Inc. | Method for fully planarized conductive line for a stack gate |
US6506594B1 (en) | 1999-03-19 | 2003-01-14 | Cornell Res Foundation Inc | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
US6521428B1 (en) | 1999-04-21 | 2003-02-18 | Genome Technologies, Llc | Shot-gun sequencing and amplification without cloning |
MXPA01012959A (es) | 1999-06-28 | 2002-07-30 | California Inst Of Techn | Sistemas elastomericos, microfabricados, de valvulas y bombas. |
US6899137B2 (en) | 1999-06-28 | 2005-05-31 | California Institute Of Technology | Microfabricated elastomeric valve and pump systems |
US6262490B1 (en) | 1999-11-05 | 2001-07-17 | Advanced Semiconductor Engineering, Inc. | Substrate strip for use in packaging semiconductor chips |
US6618679B2 (en) | 2000-01-28 | 2003-09-09 | Althea Technologies, Inc. | Methods for analysis of gene expression |
US20010026919A1 (en) | 2000-02-08 | 2001-10-04 | Alex Chenchik | Nucleic acid assays employing universal arrays |
US6645432B1 (en) | 2000-05-25 | 2003-11-11 | President & Fellows Of Harvard College | Microfluidic systems including three-dimensionally arrayed channel networks |
CA2410950A1 (en) | 2000-05-30 | 2001-12-06 | Hans-Michael Wenz | Methods for detecting target nucleic acids using coupled ligation and amplification |
US7351376B1 (en) | 2000-06-05 | 2008-04-01 | California Institute Of Technology | Integrated active flux microfluidic devices and methods |
US6605451B1 (en) | 2000-06-06 | 2003-08-12 | Xtrana, Inc. | Methods and devices for multiplexing amplification reactions |
AU8356201A (en) | 2000-08-11 | 2002-02-25 | Agilix Corp | Ultra-sensitive detection systems |
GB0022458D0 (en) | 2000-09-13 | 2000-11-01 | Medical Res Council | Directed evolution method |
WO2002023163A1 (en) | 2000-09-15 | 2002-03-21 | California Institute Of Technology | Microfabricated crossflow devices and methods |
US7258774B2 (en) | 2000-10-03 | 2007-08-21 | California Institute Of Technology | Microfluidic devices and methods of use |
WO2002065005A1 (en) | 2000-11-06 | 2002-08-22 | California Institute Of Technology | Electrostatic valves for microfluidic devices |
WO2002040874A1 (en) | 2000-11-16 | 2002-05-23 | California Institute Of Technology | Apparatus and methods for conducting assays and high throughput screening |
US20040110191A1 (en) | 2001-01-31 | 2004-06-10 | Winkler Matthew M. | Comparative analysis of nucleic acids using population tagging |
EP1384022A4 (en) | 2001-04-06 | 2004-08-04 | California Inst Of Techn | AMPLIFICATION OF NUCLEIC ACID USING MICROFLUIDIC DEVICES |
US6752922B2 (en) | 2001-04-06 | 2004-06-22 | Fluidigm Corporation | Microfluidic chromatography |
US20020164816A1 (en) | 2001-04-06 | 2002-11-07 | California Institute Of Technology | Microfluidic sample separation device |
US20030170675A1 (en) | 2001-04-11 | 2003-09-11 | The Gov't Of The U.S Of America As Represented By The Secretary Of The Dept. Of Health & Human Serv. | Methods of manipulating nucleic acids |
US7153656B2 (en) | 2001-09-11 | 2006-12-26 | Los Alamos National Security, Llc | Nucleic acid sequence detection using multiplexed oligonucleotide PCR |
WO2003033741A1 (en) | 2001-10-16 | 2003-04-24 | Aclara Biosciences, Inc. | Universal e-tag primer and probe compositions and methods |
US20030077611A1 (en) | 2001-10-24 | 2003-04-24 | Sention | Methods and systems for dynamic gene expression profiling |
ES2403560T3 (es) | 2001-11-30 | 2013-05-20 | Fluidigm Corporation | Dispositivo microfluídico y procedimientos de utilización del mismo |
US20030119004A1 (en) | 2001-12-05 | 2003-06-26 | Wenz H. Michael | Methods for quantitating nucleic acids using coupled ligation and amplification |
WO2003060159A2 (en) | 2002-01-15 | 2003-07-24 | Matforsk | Methods of nucleic acid amplification |
EP2666849A3 (en) | 2002-04-01 | 2014-05-28 | Fluidigm Corporation | Microfluidic particle-analysis systems |
WO2004022721A2 (en) | 2002-09-06 | 2004-03-18 | The Trustees Of Boston University | Quantification of gene expression |
WO2004027082A2 (en) | 2002-09-19 | 2004-04-01 | Applera Corporation | Methods and compositions for detecting targets |
US8220494B2 (en) | 2002-09-25 | 2012-07-17 | California Institute Of Technology | Microfluidic large scale integration |
US7143785B2 (en) | 2002-09-25 | 2006-12-05 | California Institute Of Technology | Microfluidic large scale integration |
WO2004040001A2 (en) * | 2002-10-02 | 2004-05-13 | California Institute Of Technology | Microfluidic nucleic acid analysis |
US20040086892A1 (en) | 2002-11-06 | 2004-05-06 | Crothers Donald M. | Universal tag assay |
US8323897B2 (en) | 2002-12-04 | 2012-12-04 | Applied Biosystems, Llc | Multiplex amplification of polynucleotides |
US20040110153A1 (en) | 2002-12-10 | 2004-06-10 | Affymetrix, Inc. | Compleixity management of genomic DNA by semi-specific amplification |
US7575865B2 (en) | 2003-01-29 | 2009-08-18 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
US20040209299A1 (en) | 2003-03-07 | 2004-10-21 | Rubicon Genomics, Inc. | In vitro DNA immortalization and whole genome amplification using libraries generated from randomly fragmented DNA |
US7604965B2 (en) | 2003-04-03 | 2009-10-20 | Fluidigm Corporation | Thermal reaction device and method for using the same |
AU2004254367B2 (en) | 2003-06-27 | 2008-06-19 | Nanosphere, Inc. | Bio-barcode based detection of target analytes |
CA2536565A1 (en) | 2003-09-10 | 2005-05-12 | Althea Technologies, Inc. | Expression profiling using microarrays |
KR100571817B1 (ko) | 2003-09-19 | 2006-04-17 | 삼성전자주식회사 | 태그 서열에 혼성화하는 검출 프로브를 이용하는 표적핵산의 검출방법 |
EP1694731B1 (en) | 2003-09-23 | 2012-03-28 | University Of North Carolina At Chapel Hill | Photocurable perfluoropolyethers for use as novel materials in microfluidic devices |
JP4999460B2 (ja) | 2003-10-13 | 2012-08-15 | ゲナコ・バイオメデイカル・プロダクツ・インコーポレイテツド | 核酸のプライマーに基づく増幅のための方法及びキット |
JP2007509613A (ja) | 2003-10-16 | 2007-04-19 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 遺伝子発現プロファイリングのためのqRT−PCRアッセイシステム |
WO2005064020A1 (en) | 2003-12-23 | 2005-07-14 | Autogenomics, Inc. | Multiplexed nucleic acid analysis with high specificity |
CA2555912A1 (en) | 2004-02-13 | 2005-09-15 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Functional materials and novel methods for the fabrication of microfluidic devices |
EP1730312B1 (en) | 2004-03-24 | 2008-07-02 | Applera Corporation | Encoding and decoding reactions for determining target polynucleotides |
WO2005107938A2 (en) | 2004-05-02 | 2005-11-17 | Fluidigm Corporation | Thermal reaction device and method for using the same |
US20060053503A1 (en) | 2004-07-30 | 2006-03-09 | Ut-Battelle, Llc | Cranial and vertebral defects associated with loss-of-function of Nell |
EP1831401B1 (en) | 2004-12-29 | 2010-02-10 | Applied Biosystems, LLC | Methods, compositions, and kits for forming self-complementary polynucleotides |
EP1885890A4 (en) | 2005-05-26 | 2010-01-20 | Univ Boston | QUANTIFICATION OF NUCLEIC ACIDS AND PROTEINS VIA OLIGONUCLEOTIDE MASS LABELS |
AU2006341607B2 (en) | 2005-05-31 | 2011-03-17 | Applied Biosystems, Llc. | Multiplexed amplification of short nucleic acids |
EP1915618A4 (en) | 2005-06-02 | 2009-09-30 | Fluidigm Corp | ANALYSIS USING MICROFLUIDIC SEPARATION DEVICES |
US20070020640A1 (en) | 2005-07-21 | 2007-01-25 | Mccloskey Megan L | Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis |
US9285297B2 (en) | 2005-08-22 | 2016-03-15 | Applied Biosystems, Llc | Device, system, and method for depositing processed immiscible-fluid-discrete-volumes |
EP1938101A2 (en) * | 2005-09-13 | 2008-07-02 | Fluidigm Corporation | Microfluidic assay devices and methods |
JP5237099B2 (ja) | 2005-09-29 | 2013-07-17 | キージーン ナムローゼ フェンノートシャップ | 変異させた集団のハイスループットスクリーニング |
US7537897B2 (en) | 2006-01-23 | 2009-05-26 | Population Genetics Technologies, Ltd. | Molecular counting |
EP1994179A2 (en) | 2006-02-18 | 2008-11-26 | Michael Strathmann | Massively multiplexed sequencing |
ES2301342B1 (es) | 2006-03-14 | 2009-05-01 | Oryzon Genomics, S.A. | "metodo de analisis de acidos nucleicos". |
US8828661B2 (en) * | 2006-04-24 | 2014-09-09 | Fluidigm Corporation | Methods for detection and quantification of nucleic acid or protein targets in a sample |
US20080124721A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-05-29 | Martin Fuchs | Analysis of rare cell-enriched samples |
US20080131937A1 (en) | 2006-06-22 | 2008-06-05 | Applera Corporation | Conversion of Target Specific Amplification to Universal Sequencing |
WO2008015396A2 (en) | 2006-07-31 | 2008-02-07 | Solexa Limited | Method of library preparation avoiding the formation of adaptor dimers |
DK2518162T3 (en) | 2006-11-15 | 2018-06-18 | Biospherex Llc | Multi-tag sequencing and ecogenomic analysis |
US9938641B2 (en) | 2006-12-18 | 2018-04-10 | Fluidigm Corporation | Selection of aptamers based on geometry |
US8157434B2 (en) | 2007-01-19 | 2012-04-17 | Fluidigm Corporation | High efficiency and high precision microfluidic devices and methods |
EP2108042A4 (en) | 2007-02-02 | 2010-04-14 | California Inst Of Techn | SURFACE CHEMISTRY AND DEPOSITION TECHNIQUES |
WO2008093098A2 (en) | 2007-02-02 | 2008-08-07 | Illumina Cambridge Limited | Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates |
CN101067156A (zh) | 2007-05-18 | 2007-11-07 | 中国人民解放军第三军医大学第一附属医院 | 一种基于选择性探针的多重pcr方法及其应用 |
GB0712882D0 (en) | 2007-07-03 | 2007-08-15 | Leicester University Of | Nucleic acid amplification |
WO2009015296A1 (en) | 2007-07-24 | 2009-01-29 | The Regents Of The University Of California | Microfabricated dropley generator |
US20090053719A1 (en) | 2007-08-03 | 2009-02-26 | The Chinese University Of Hong Kong | Analysis of nucleic acids by digital pcr |
US9440231B2 (en) | 2007-08-14 | 2016-09-13 | Fluidigm Corporation | Polymer microfluidic biochip fabrication |
WO2009036525A2 (en) | 2007-09-21 | 2009-03-26 | Katholieke Universiteit Leuven | Tools and methods for genetic tests using next generation sequencing |
US8268564B2 (en) | 2007-09-26 | 2012-09-18 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and applications for stitched DNA barcodes |
US20090163366A1 (en) * | 2007-12-24 | 2009-06-25 | Helicos Biosciences Corporation | Two-primer sequencing for high-throughput expression analysis |
EP2247727A4 (en) | 2008-02-12 | 2011-08-03 | Nugen Technologies Inc | PROCESS FOR ARCHIVING AND CLONING EXPANSION |
US20110053806A1 (en) | 2008-02-22 | 2011-03-03 | Fluidigm Corporation | Integrated carrier for microfluidic device |
US9487822B2 (en) | 2008-03-19 | 2016-11-08 | Fluidigm Corporation | Method and apparatus for determining copy number variation using digital PCR |
US9328172B2 (en) | 2008-04-05 | 2016-05-03 | Single Cell Technology, Inc. | Method of obtaining antibodies of interest and nucleotides encoding same |
US9068181B2 (en) | 2008-05-23 | 2015-06-30 | The General Hospital Corporation | Microfluidic droplet encapsulation |
WO2010009365A1 (en) | 2008-07-18 | 2010-01-21 | Raindance Technologies, Inc. | Droplet libraries |
WO2010021936A1 (en) | 2008-08-16 | 2010-02-25 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Digital pcr calibration for high throughput sequencing |
CN102203287B (zh) | 2008-08-26 | 2017-09-19 | 弗卢迪格姆公司 | 增加样本和/或靶通量的测定方法 |
US8748103B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-06-10 | Sequenta, Inc. | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
SG183029A1 (en) | 2009-01-13 | 2012-08-30 | Fluidigm Corp | Single-cell nucleic acid analysis |
US8450063B2 (en) | 2009-01-28 | 2013-05-28 | Fluidigm Corporation | Determination of copy number differences by amplification |
WO2010111231A1 (en) | 2009-03-23 | 2010-09-30 | Raindance Technologies, Inc. | Manipulation of microfluidic droplets |
US20120010091A1 (en) | 2009-03-30 | 2012-01-12 | Illumina, Inc. | Gene expression analysis in single cells |
US20100285537A1 (en) | 2009-04-02 | 2010-11-11 | Fluidigm Corporation | Selective tagging of short nucleic acid fragments and selective protection of target sequences from degradation |
AU2010232439C1 (en) | 2009-04-02 | 2017-07-13 | Fluidigm Corporation | Multi-primer amplification method for barcoding of target nucleic acids |
WO2011091438A1 (en) | 2010-01-25 | 2011-07-28 | George Mason Intellectual Properties, Inc. | Improved one-step cell and tissue preservative for morphologic and molecular analysis |
SG185543A1 (en) | 2010-05-14 | 2012-12-28 | Fluidigm Corp | Assays for the detection of genotype, mutations, and/or aneuploidy |
EP2569453B1 (en) | 2010-05-14 | 2015-12-16 | Fluidigm Corporation | Nucleic acid isolation methods |
CA2814049C (en) | 2010-10-08 | 2021-07-13 | President And Fellows Of Harvard College | High-throughput single cell barcoding |
WO2012103025A2 (en) | 2011-01-24 | 2012-08-02 | Epic Sciences, Inc. | Methods for obtaining single cells and applications of single cell omics |
EP2675819B1 (en) | 2011-02-18 | 2020-04-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Compositions and methods for molecular labeling |
WO2012129363A2 (en) | 2011-03-24 | 2012-09-27 | President And Fellows Of Harvard College | Single cell nucleic acid detection and analysis |
EP2702175B1 (en) | 2011-04-25 | 2018-08-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
WO2012162267A2 (en) | 2011-05-20 | 2012-11-29 | Fluidigm Corporation | Nucleic acid encoding reactions |
EP2714938B1 (en) | 2011-05-27 | 2017-11-15 | President and Fellows of Harvard College | Methods of amplifying whole genome of a single cell |
US9586987B2 (en) | 2011-09-08 | 2017-03-07 | Kabushiki Kaisha Dnaform | Primer set for isothermal amplication of a target nucleic acid sequence |
SG11201405274WA (en) | 2012-02-27 | 2014-10-30 | Cellular Res Inc | Compositions and kits for molecular counting |
SG11201407901PA (en) | 2012-05-21 | 2015-01-29 | Fluidigm Corp | Single-particle analysis of particle populations |
EP2861761A1 (en) | 2012-06-15 | 2015-04-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Uniquely tagged rearranged adaptive immune receptor genes in a complex gene set |
JP6558830B2 (ja) | 2012-06-15 | 2019-08-14 | ボード・オブ・リージエンツ,ザ・ユニバーシテイ・オブ・テキサス・システム | 複数転写産物のハイスループットシークエンシング |
WO2014108850A2 (en) | 2013-01-09 | 2014-07-17 | Yeda Research And Development Co. Ltd. | High throughput transcriptome analysis |
US10081825B2 (en) | 2013-03-15 | 2018-09-25 | Aegea Biotechnologies, Inc. | Methods for amplification of nucleic acids utilizing a circularized template prepared from a target nucleic acid |
SG10201806890VA (en) | 2013-08-28 | 2018-09-27 | Cellular Res Inc | Massively parallel single cell analysis |
GB201317301D0 (en) | 2013-09-30 | 2013-11-13 | Linnarsson Sten | Method for capturing and encoding nucleic acid from a plurality of single cells |
AU2015318011B2 (en) | 2014-09-15 | 2020-07-23 | Abvitro Llc | High-throughput nucleotide library sequencing |
EP3757211A1 (en) | 2014-12-19 | 2020-12-30 | The Broad Institute, Inc. | Methods for profiling the t-cell-receptor repertoire |
SG11201706636PA (en) | 2015-02-27 | 2017-09-28 | Fluidigm Corp | Single-cell nucleic acids for high-throughput studies |
CA3006994A1 (en) | 2015-12-16 | 2017-06-22 | Fluidigm Corporation | High-level multiplex amplification |
CN109661474A (zh) | 2016-07-14 | 2019-04-19 | 富鲁达公司 | 单细胞转录物测序 |
-
2010
- 2010-04-02 AU AU2010232439A patent/AU2010232439C1/en active Active
- 2010-04-02 EP EP20140158911 patent/EP2789694A1/en not_active Ceased
- 2010-04-02 EP EP10759511.8A patent/EP2414547B1/en active Active
- 2010-04-02 SG SG10201402770YA patent/SG10201402770YA/en unknown
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- 2010-04-02 KR KR1020177022769A patent/KR101829182B1/ko active IP Right Grant
- 2010-04-02 EA EA201171206A patent/EA023190B9/ru not_active IP Right Cessation
- 2010-04-02 WO PCT/US2010/029854 patent/WO2010115154A1/en active Application Filing
- 2010-04-02 CN CN201410139163.8A patent/CN103952288A/zh active Pending
- 2010-04-02 CN CN201080021508.XA patent/CN102439177B/zh active Active
- 2010-04-02 KR KR1020117025826A patent/KR101770363B1/ko active IP Right Grant
- 2010-04-02 CA CA2757560A patent/CA2757560C/en active Active
- 2010-04-02 CN CN201410138786.3A patent/CN103952482A/zh active Pending
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- 2010-04-02 JP JP2012503757A patent/JP5985390B2/ja active Active
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-
2011
- 2011-10-02 IL IL215462A patent/IL215462A/en active IP Right Grant
-
2012
- 2012-11-02 HK HK12111058.2A patent/HK1170543A1/xx not_active IP Right Cessation
-
2014
- 2014-02-13 US US14/180,262 patent/US9677119B2/en active Active
-
2015
- 2015-04-14 HK HK15103623.2A patent/HK1203085A1/xx unknown
- 2015-10-13 AU AU2015242980A patent/AU2015242980A1/en not_active Abandoned
-
2016
- 2016-08-03 JP JP2016152729A patent/JP2016189789A/ja active Pending
-
2017
- 2017-05-09 US US15/590,998 patent/US10344318B2/en active Active
-
2019
- 2019-05-16 US US16/414,705 patent/US20200102594A1/en not_active Abandoned
-
2021
- 2021-02-03 US US17/166,992 patent/US11795494B2/en active Active
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006023919A2 (en) * | 2004-08-24 | 2006-03-02 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid differences using endonuclease cleavage/ligas releasing reactions and capillary electrophoresis or microarrays |
Cited By (65)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11441179B2 (en) | 2012-08-14 | 2022-09-13 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10584381B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-03-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11035002B2 (en) | 2012-08-14 | 2021-06-15 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11021749B2 (en) | 2012-08-14 | 2021-06-01 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11359239B2 (en) | 2012-08-14 | 2022-06-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10669583B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-06-02 | 10X Genomics, Inc. | Method and systems for processing polynucleotides |
US10597718B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-03-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for sample processing polynucleotides |
US10752950B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10273541B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-04-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10626458B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-04-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10450607B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-10-22 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11421274B2 (en) | 2012-12-14 | 2022-08-23 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11473138B2 (en) | 2012-12-14 | 2022-10-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10676789B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-06-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10612090B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-04-07 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
KR20150119047A (ko) * | 2013-02-08 | 2015-10-23 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 폴리뉴클레오티드 바코드 생성 |
US11193121B2 (en) | 2013-02-08 | 2021-12-07 | 10X Genomics, Inc. | Partitioning and processing of analytes and other species |
KR102190198B1 (ko) | 2013-02-08 | 2020-12-14 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 폴리뉴클레오티드 바코드 생성 |
KR102436171B1 (ko) | 2013-06-27 | 2022-08-24 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
KR102212234B1 (ko) | 2013-06-27 | 2021-02-05 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
KR102366116B1 (ko) | 2013-06-27 | 2022-02-23 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
JP2016526889A (ja) * | 2013-06-27 | 2016-09-08 | テンエックス・ジェノミクス・インコーポレイテッド | サンプル処理のための組成物及び方法 |
KR20220025265A (ko) * | 2013-06-27 | 2022-03-03 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
KR20210013668A (ko) * | 2013-06-27 | 2021-02-04 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
KR20160032723A (ko) * | 2013-06-27 | 2016-03-24 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법 |
US10343166B2 (en) | 2014-04-10 | 2019-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Fluidic devices, systems, and methods for encapsulating and partitioning reagents, and applications of same |
US10457986B2 (en) | 2014-06-26 | 2019-10-29 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10760124B2 (en) | 2014-06-26 | 2020-09-01 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11713457B2 (en) | 2014-06-26 | 2023-08-01 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10344329B2 (en) | 2014-06-26 | 2019-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11629344B2 (en) | 2014-06-26 | 2023-04-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10557158B2 (en) | 2015-01-12 | 2020-02-11 | 10X Genomics, Inc. | Processes and systems for preparation of nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same |
US11414688B2 (en) | 2015-01-12 | 2022-08-16 | 10X Genomics, Inc. | Processes and systems for preparation of nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same |
US11603554B2 (en) | 2015-02-24 | 2023-03-14 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
US10697000B2 (en) | 2015-02-24 | 2020-06-30 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
US10954560B2 (en) | 2015-02-27 | 2021-03-23 | Fluidigm Corporation | Single-cell nucleic acids for high-throughput studies |
CN107250445A (zh) * | 2015-02-27 | 2017-10-13 | 富鲁达公司 | 用于高通量研究的单个细胞核酸 |
JP2018509896A (ja) * | 2015-02-27 | 2018-04-12 | フリューダイム・コーポレイション | 高処理能力研究用の単一細胞核酸 |
JP5997407B1 (ja) * | 2016-04-21 | 2016-09-28 | 日鉄住金環境株式会社 | 多項目増幅手法 |
WO2017183648A1 (ja) * | 2016-04-21 | 2017-10-26 | 日鉄住金環境株式会社 | 多項目増幅手法 |
JP2017192349A (ja) * | 2016-04-21 | 2017-10-26 | 日鉄住金環境株式会社 | 多項目増幅手法 |
US10815525B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10858702B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-12-08 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11180805B2 (en) | 2016-12-22 | 2021-11-23 | 10X Genomics, Inc | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10793905B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11193122B2 (en) | 2017-01-30 | 2021-12-07 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
JP2020512405A (ja) * | 2017-04-05 | 2020-04-23 | 北京泛生子基因科技有限公司 | ワンステップでアンプリコンライブラリを迅速に構築する方法 |
US11155810B2 (en) | 2017-05-26 | 2021-10-26 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US10927370B2 (en) | 2017-05-26 | 2021-02-23 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US10844372B2 (en) | 2017-05-26 | 2020-11-24 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US11198866B2 (en) | 2017-05-26 | 2021-12-14 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US10400235B2 (en) | 2017-05-26 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US11773389B2 (en) | 2017-05-26 | 2023-10-03 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US10876147B2 (en) | 2017-11-15 | 2020-12-29 | 10X Genomics, Inc. | Functionalized gel beads |
US10745742B2 (en) | 2017-11-15 | 2020-08-18 | 10X Genomics, Inc. | Functionalized gel beads |
US11884962B2 (en) | 2017-11-15 | 2024-01-30 | 10X Genomics, Inc. | Functionalized gel beads |
US10829815B2 (en) | 2017-11-17 | 2020-11-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles |
JP2021516995A (ja) * | 2018-03-08 | 2021-07-15 | パソジェンディーエックス,インク. | マイクロアレイベースの多重病原体分析およびその使用 |
US11155881B2 (en) | 2018-04-06 | 2021-10-26 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for quality control in single cell processing |
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