JP2008535489A5 - - Google Patents

Claims (28)

1. 生物サンプル中のエリートイベントＡ２７０４−１２を同定するための方法であって、Ａ２７０４−１２の５’または３’の隣接領域を特異的に認識する特異的プライマーまたはプローブで、Ａ２７０４−１２の特異的領域を検出することを含む方法。
2. 請求項１記載の方法であって、
   前記方法が、少なくとも二つのプライマーとのポリメラーゼ連鎖反応を利用して、前記生物サンプル中に存在する核酸から、１００〜５００bpの間のＤＮＡフラグメントを増幅することを含み、
   前記プライマーのうちの一つが、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列を有するＡ２７０４−１２の５’隣接領域、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列を有するＡ２７０４−１２の３’隣接領域を認識し、
   前記プライマーの他のプライマーが、配列番号１、ヌクレオチド２１０〜ヌクレオチド７２０の相補体のヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００のヌクレオチド配列を有する外来ＤＮＡ中の配列を認識する、
   方法。
3. 請求項２記載の方法であって、
   ５’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列から選択された１７〜２００の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるか、またはＡ２７０４−１２の３’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列から選択された１７〜２００の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列からなり、かつ
   外来ＤＮＡ中の配列を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド２１０〜ヌクレオチド７２０の相補体のヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００のヌクレオチド配列から選択される１７〜２００の連続的ヌクレオチドで構成されている、
   方法。
4. 請求項２記載の方法であって、
   ５’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列をその極端の３’末端に含んでいるか、あるいはＡ２７０４−１２の３’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列をその極端の３’末端に含んでおり、かつ
   外来ＤＮＡ中の配列を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド２１０〜ヌクレオチド７２０の相補体のヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドをその３’末端に含んでいる、
   方法。
5. 前記プライマーがそれぞれ配列番号４と配列番号８の配列を含んでいる、請求項４記載の方法。
6. Ａ２７０４−１２同定プロトコルを使用して、約１８５bpのフラグメントを増幅することを含む、請求項５記載の方法。
7. 生物サンプル中のエリートイベントＡ２７０４−１２を同定するためのキットであって、
   配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列を有する、Ａ２７０４−１２の５’隣接領域を認識する一つのプライマー、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列を有する、Ａ２７０４−１２の３’隣接領域を認識する一つのプライマー、および
   配列番号１、ヌクレオチド２１０〜ヌクレオチド７２０の相補体のヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００のヌクレオチド配列を有する前記外来ＤＮＡ中の配列を認識する一つのプライマーを含む、
   キット。
8. 請求項７記載のキットであって、
   ５’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列から選択された１７〜２００の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるか、あるいはＡ２７０４−１２の３’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列から選択された１７〜２００の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列からなり、かつ
   外来ＤＮＡ中の配列を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド２１０〜ヌクレオチド７２０の相補体のヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００のヌクレオチド配列から選択された１７〜２００の連続的ヌクレオチドからなる、
   キット。
9. 請求項７記載のキットにおいて、
   ５’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列をその極端の３’末端に含んでいるか、あるいはＡ２７０４−１２の３’隣接領域を認識する前記プライマーが、配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列をその極端の３’末端に含んでおり、かつ
   外来ＤＮＡ中の配列を認識する前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド２１０〜ヌクレオチド７２０の相補体のヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドをその３’末端に含んでいる、
   キット。
10. 配列番号４の配列からなるプライマーと、配列番号８の配列からなるプライマーとを含む、請求項７記載のキット。
11. Ａ２７０４−１２の５’または３’隣接領域中の配列を最適化したPCR条件下で、特異的に認識する配列を有する、Ａ２７０４−１２ ＰＣＲ同定プロトコルで使用するためのプライマーであって、
    前記５’隣接領域が、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列を有し、かつ前記３’隣接領域が、配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列を有する、
    プライマー。
12. 前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列から選択された１７〜２００の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列から選択された１７〜２００の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列からなる、請求項１１記載のプライマー。
13. 前記プライマーが、配列番号１、ヌクレオチド１〜ヌクレオチド２０９のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列、または配列番号２、ヌクレオチド５６９〜ヌクレオチド１０００の相補体のヌクレオチド配列から選択された少なくとも１７の連続的ヌクレオチドのヌクレオチド配列をその極端の３’末端に含んでいる、請求項１１記載のプライマー。
14. 配列番号４の配列をその極端の３’末端に含むプライマー。
15. 配列番号８の配列をその極端の３’末端に含むプライマー。
16. Ａ２７０４−１２に対し特異的なプローブを使用して、生物サンプルの核酸をハイブリダイズすることを含む、請求項１記載の方法。
17. 前記特異的プローブの配列が、Ａ２７０４−１２の５’隣接配列または３’隣接配列の部分、およびそれに隣接している外来ＤＮＡの配列を含む配列と、少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１６の方法。
18. 前記特異的プローブの配列が、配列番号１、ヌクレオチド１６０〜２６０、または配列番号２、ヌクレオチド５２０〜６２０、または前記配列の相補体と、少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１７記載の方法。
19. 生物サンプル中のエリートイベントＡ２７０４−１２を同定するためのキットであって、Ａ２７０４−１２の特異的領域に特異的にハイブリダイズできる特異的プローブを含む、キット。
20. Ａ２７０４−１２の５’隣接配列または３’隣接配列の部分、およびそれに隣接している外来ＤＮＡの配列を含む配列と、前記特異的プローブの配列が少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項１９記載のキット。
21. 前記特異的プローブの配列が、配列番号１、ヌクレオチド１６０〜２６０、または配列番号２、ヌクレオチド５２０〜６２０、または前記配列の相補体と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項２０記載のキット。
22. 生物サンプル中のエリートイベントＡ２７０４−１２を同定するための特異的プローブ。
23. Ａ２７０４−１２の５’隣接配列または３’隣接配列の部分、およびそれに隣接している外来ＤＮＡの配列を含む配列、またはその相補体と、少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項２２記載のプローブ。
24. 配列番号１、ヌクレオチド１６０〜２６０、または配列番号２、ヌクレオチド５２０〜６２０、または前記配列の相補体と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項２３記載のプローブ。
25. 配列が、配列番号１、ヌクレオチド１６０〜２６０、または配列番号２、ヌクレオチド５２０〜６２０、または前記配列の相補体に本質的に類似している、生物サンプル中のエリートイベントＡ２７０４−１２を同定するための特異的プローブ。
26. 種子サンプルにおいて、Ａ２７０４−１２の５’または３’隣接領域を特異的に認識する特異的プライマーまたはプローブでＡ２７０４−１２の特異的領域を検出することを含む、種子純度を確認する方法。
27. 種子ロットのサンプルにおいて、Ａ２７０４−１２の５’または３’隣接領域を特異的に認識する特異的プライマーまたはプローブでＡ２７０４−１２の特異的領域を検出することを含む、Ａ２７０４−１２の存在を確認するため種子をスクリーニングする方法。
28. ゲノム中にエリートイベントＡ２７０４−１２を含む、ダイズ植物体、または細胞、部分、種子またはその子孫。