JP2010136719A5 - - Google Patents
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- 下記（ｅ）及び（ｆ）に記載のオリゴヌクレオチドを用いてゲオスミチア（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ）属に属する菌類の同定を行うことを特徴とするゲオスミチア（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ）属に属する菌類の検出方法。
（ｅ）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号４に記載の塩基配列に対して９０％以上の相同性を有する塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド、又は配列番号４に記載の塩基配列において１〜３個の塩基が欠失、置換、挿入若しくは付加された塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号５に記載の塩基配列に対して９０％以上の相同性を有する塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド、又は配列番号５に記載の塩基配列において１〜３個の塩基が欠失、置換、挿入若しくは付加された塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド - 前記ゲオスミチア属に属する菌類がゲオスミチア エビュネウス（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ ｅｂｕｒｎｅｕｓ）、ゲオスミチア エメルソニ（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ）及びゲオスミチア ビソクラマイドイデス（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｄｏｉｄｅｓ）からなる群より選ばれる少なくとも１種である請求項１記載の検出方法。
- 同定を行うために、前記（ｅ）及び（ｆ）に記載のオリゴヌクレオチドを用いて、下記（ａ）又は（ｂ）に記載の塩基配列で表される核酸中の領域を遺伝子増幅し、遺伝子増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項１又は２記載のゲオスミチア（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ）属に属する菌類の検出方法。
（ａ）配列番号１〜３のいずれかに記載のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列又はその相補配列
（ｂ）配列番号１〜３のいずれかに記載の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換、挿入若しくは付加された塩基配列又はその相補配列 - 前記遺伝子増幅をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法によって行うことを特徴とする請求項３記載の検出方法。
- 下記（ｅ）又は（ｆ）に記載のオリゴヌクレオチドであって、ゲオスミチア（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ）属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド。
（ｅ）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号４に記載の塩基配列に対して９０％以上の相同性を有する塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド、又は配列番号４に記載の塩基配列において１〜３個の塩基が欠失、置換、挿入若しくは付加された塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号５に記載の塩基配列に対して９０％以上の相同性を有する塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド、又は配列番号５に記載の塩基配列において１〜３個の塩基が欠失、置換、挿入若しくは付加された塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド - 下記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチドからなるゲオスミチア（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ）属に属する菌類検出用核酸プライマー対。
（ｅ）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号４に記載の塩基配列に対して９０％以上の相同性を有する塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド、又は配列番号４に記載の塩基配列において１〜３個の塩基が欠失、置換、挿入若しくは付加された塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド
（ｆ）配列番号５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号５に記載の塩基配列に対して９０％以上の相同性を有する塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド、又は配列番号５に記載の塩基配列において１〜３個の塩基が欠失、置換、挿入若しくは付加された塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであって核酸プライマーとして使用できるオリゴヌクレオチド - 請求項６記載の核酸プライマー対を含むゲオスミチア（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ）属に属する菌類検出用キット。
- 核酸プローブとして請求項５記載のオリゴヌクレオチドを含むゲオスミチア（Ｇｅｏｓｍｉｔｈｉａ）属に属する菌類検出用キット。
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