RU2011139296A - Геномный отбор и секвенирование с помощью кодированных микроносителей - Google Patents
Геномный отбор и секвенирование с помощью кодированных микроносителей Download PDFInfo
- Publication number
- RU2011139296A RU2011139296A RU2011139296/10A RU2011139296A RU2011139296A RU 2011139296 A RU2011139296 A RU 2011139296A RU 2011139296/10 A RU2011139296/10 A RU 2011139296/10A RU 2011139296 A RU2011139296 A RU 2011139296A RU 2011139296 A RU2011139296 A RU 2011139296A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- sequence
- nucleic acid
- microcarrier
- acid molecule
- probe
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T428/00—Stock material or miscellaneous articles
- Y10T428/29—Coated or structually defined flake, particle, cell, strand, strand portion, rod, filament, macroscopic fiber or mass thereof
- Y10T428/2982—Particulate matter [e.g., sphere, flake, etc.]
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ определения последовательности молекулы нуклеиновой кислоты-мишени, включающий стадии:a) получение олигонуклеотидного зонда захвата, присоединенного к кодированному микроносителю, в котором код указанного микроносителя идентифицирует последовательность указанного олигонуклеотидного зонда,b) гибридизация указанного олигонуклеотидного зонда захвата с образцом, содержащим молекулу нуклеиновой кислоты, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность, которая по меньшей мере частично комплементарна последовательности олигонуклеотидного зонда захвата,c) определение последовательности гибридизуемой молекулы нуклеиновой кислоты со стадии b) путем генерации считывания последовательности по меньшей мере 2 нуклеотидов и определение последовательности нуклеотидов, включенных в указанное считывание последовательности,d) определение кода на микроносителе,e) идентификация последовательности нуклеотидов олигонуклеотидного зонда захвата, соответствующего коду на микроносителе,f) объединение информации о последовательности, определенной на стадии с), с информацией, идентифицированной на стадии е), для определения последовательности молекулы нуклеиновой кислоты-мишени.2. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию локализации нуклеотидной последовательности олигонуклеотидного зонда захвата в эталонном геноме.3. Способ по п.1, в котором молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит по меньшей мере 2 последовательности зонда нуклеиновой кислоты.4. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором кодированный микроноситель находится в суспензии в ходе одной или более стадий по у
Claims (14)
1. Способ определения последовательности молекулы нуклеиновой кислоты-мишени, включающий стадии:
a) получение олигонуклеотидного зонда захвата, присоединенного к кодированному микроносителю, в котором код указанного микроносителя идентифицирует последовательность указанного олигонуклеотидного зонда,
b) гибридизация указанного олигонуклеотидного зонда захвата с образцом, содержащим молекулу нуклеиновой кислоты, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность, которая по меньшей мере частично комплементарна последовательности олигонуклеотидного зонда захвата,
c) определение последовательности гибридизуемой молекулы нуклеиновой кислоты со стадии b) путем генерации считывания последовательности по меньшей мере 2 нуклеотидов и определение последовательности нуклеотидов, включенных в указанное считывание последовательности,
d) определение кода на микроносителе,
e) идентификация последовательности нуклеотидов олигонуклеотидного зонда захвата, соответствующего коду на микроносителе,
f) объединение информации о последовательности, определенной на стадии с), с информацией, идентифицированной на стадии е), для определения последовательности молекулы нуклеиновой кислоты-мишени.
2. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию локализации нуклеотидной последовательности олигонуклеотидного зонда захвата в эталонном геноме.
3. Способ по п.1, в котором молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит по меньшей мере 2 последовательности зонда нуклеиновой кислоты.
4. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором кодированный микроноситель находится в суспензии в ходе одной или более стадий по указанному способу.
5. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором используют множество различным образом кодированных микроносителей и в котором каждый код соответствует уникальной последовательности олигонуклеотидного зонда захвата.
6. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором микроноситель представляет собой магнитную частицу или заряженную частицу.
7. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором реакцию секвенирования осуществляют с помощью зонда захвата в качестве праймера секвенирования.
8. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором реакцию секвенирования осуществляют после амплификации клона на микроносителе или в непосредственной близости от него.
9. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором на стадии d) код клонированного носителя определяется оптическими способами.
10. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором образец нуклеиновой кислоты представляет собой геномную ДНК, фрагментированную ферментом рестрикции.
11. Способ по одному из пп.1 и 2, в котором длина олигонуклеотидного зонда захвата составляет между 40 и 200 нуклеотидами.
12. Устройство для определения последовательности образца нуклеиновой кислоты, содержащее блок отжига зондов захвата с нуклеиновыми кислотами, блок определения последовательности молекулы ДНК, блок для манипуляции микроносителем и блок для определения кода микроносителя.
13. Устройство по п.11, которое представляет собой микрожидкостное устройство.
14. Устройство по п.12 или 13, в котором блок манипуляции микроносителем содержит средства для приложения по меньшей мере одного магнитного поля.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP09153909.8 | 2009-02-27 | ||
| EP09153909 | 2009-02-27 | ||
| PCT/IB2010/050840 WO2010097775A1 (en) | 2009-02-27 | 2010-02-26 | Genomic selection and sequencing using encoded microcarriers |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2011139296A true RU2011139296A (ru) | 2013-04-10 |
| RU2609630C2 RU2609630C2 (ru) | 2017-02-02 |
Family
ID=40847903
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2011139296A RU2609630C2 (ru) | 2009-02-27 | 2010-02-26 | Геномный отбор и секвенирование с помощью кодированных микроносителей |
Country Status (6)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US8932811B2 (ru) |
| EP (1) | EP2401398B1 (ru) |
| CN (1) | CN102333890B (ru) |
| BR (1) | BRPI1006411A8 (ru) |
| RU (1) | RU2609630C2 (ru) |
| WO (1) | WO2010097775A1 (ru) |
Families Citing this family (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2426214A1 (en) | 2010-09-01 | 2012-03-07 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Method for amplifying nucleic acids |
| US10373705B2 (en) | 2011-06-07 | 2019-08-06 | Koninklijke Philips N.V. | Providing nucleotide sequence data |
| WO2013123525A1 (en) * | 2012-02-19 | 2013-08-22 | Nvigen, Inc. | Uses of ided nanostructures in nucleic acid technology |
| KR102018934B1 (ko) * | 2012-02-27 | 2019-09-06 | 도레이 카부시키가이샤 | 핵산의 검출 방법 |
| EP2664914A1 (en) | 2012-05-16 | 2013-11-20 | Koninklijke Philips N.V. | Magnetically assisted processing of a medium |
| WO2014062835A1 (en) * | 2012-10-16 | 2014-04-24 | Abbott Molecular Inc. | Methods and apparatus to sequence a nucleic acid |
| EP2983297A1 (en) * | 2014-08-08 | 2016-02-10 | Thomson Licensing | Code generation method, code generating apparatus and computer readable storage medium |
| CN107034267B (zh) * | 2016-02-03 | 2021-06-08 | 深圳华大智造科技股份有限公司 | 制备候选测序探针集的方法、装置及其应用 |
| IL281551B1 (en) * | 2018-10-25 | 2024-09-01 | Illumina Inc | Methods and preparations for identifying ligands in arrays using indices and barcodes |
| WO2021067286A1 (en) * | 2019-09-30 | 2021-04-08 | Shield Diagnostics Corp. | Devices for determining a target nucleic acid profile and methods of use thereof |
Family Cites Families (21)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5736332A (en) * | 1995-11-30 | 1998-04-07 | Mandecki; Wlodek | Method of determining the sequence of nucleic acids employing solid-phase particles carrying transponders |
| IL145970A0 (en) | 1999-04-16 | 2002-07-25 | Tibotec Nv | Encoding of microcarriers |
| US20050191698A1 (en) * | 1999-04-20 | 2005-09-01 | Illumina, Inc. | Nucleic acid sequencing using microsphere arrays |
| US7211390B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-05-01 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
| US7041445B2 (en) * | 1999-11-15 | 2006-05-09 | Clontech Laboratories, Inc. | Long oligonucleotide arrays |
| CA2393690A1 (en) * | 1999-12-09 | 2001-06-14 | Huinan Yu | Multilayered microfluidic devices for analyte reactions |
| US6934408B2 (en) * | 2000-08-25 | 2005-08-23 | Amnis Corporation | Method and apparatus for reading reporter labeled beads |
| BRPI0114757B1 (pt) | 2000-10-19 | 2017-11-28 | Mycartis Nv | Method and handling apparatus for microvetics identification purposes |
| US7338760B2 (en) * | 2001-10-26 | 2008-03-04 | Ntu Ventures Private Limited | Sample preparation integrated chip |
| US6956114B2 (en) | 2001-10-30 | 2005-10-18 | '454 Corporation | Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase |
| DE10304653B4 (de) | 2003-02-05 | 2005-01-27 | Evotec Technologies Gmbh | Mehrparametrige Detektion in einem fluidischen Mikrosystem |
| EP1702216B1 (en) * | 2004-01-09 | 2015-11-04 | Life Technologies Corporation | Phosphor particle coded beads |
| US8486629B2 (en) * | 2005-06-01 | 2013-07-16 | Bioarray Solutions, Ltd. | Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation |
| US7932037B2 (en) * | 2007-12-05 | 2011-04-26 | Perkinelmer Health Sciences, Inc. | DNA assays using amplicon probes on encoded particles |
| JP2009522570A (ja) | 2006-01-04 | 2009-06-11 | コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ | 磁気励起ワイヤを備えるマイクロエレクトロニック・デバイス |
| CA2637974A1 (en) * | 2006-01-19 | 2007-07-26 | The Research Foundation Of State University Of New York | Methods and devices for detection and identification of encoded beads and biological molecules |
| WO2007115815A1 (en) | 2006-04-07 | 2007-10-18 | Pauwels, Rudi | Method and apparatus for labelling, reading and sorting of microcarriers |
| EP1903337B1 (en) | 2006-09-20 | 2015-07-22 | Mycartis N.V. | Coating for microcarriers |
| JP5560039B2 (ja) * | 2006-10-05 | 2014-07-23 | マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー | ハイスループット分析のための多機能のコード化された粒子 |
| EP1995329B1 (en) | 2007-05-10 | 2013-09-25 | Sony Corporation | Method for sequencing nucleic acids |
| JP4803125B2 (ja) * | 2007-05-10 | 2011-10-26 | ソニー株式会社 | ビーズ群と該ビーズ群の作製方法、並びにビーズ群を用いる方法 |
-
2010
- 2010-02-26 WO PCT/IB2010/050840 patent/WO2010097775A1/en active Application Filing
- 2010-02-26 RU RU2011139296A patent/RU2609630C2/ru active
- 2010-02-26 BR BRPI1006411A patent/BRPI1006411A8/pt not_active Application Discontinuation
- 2010-02-26 US US13/203,637 patent/US8932811B2/en active Active
- 2010-02-26 CN CN201080009514.3A patent/CN102333890B/zh active Active
- 2010-02-26 EP EP10708616.7A patent/EP2401398B1/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| BRPI1006411A8 (pt) | 2017-09-19 |
| EP2401398B1 (en) | 2017-02-08 |
| EP2401398A1 (en) | 2012-01-04 |
| US20110311975A1 (en) | 2011-12-22 |
| WO2010097775A1 (en) | 2010-09-02 |
| CN102333890A (zh) | 2012-01-25 |
| CN102333890B (zh) | 2017-11-14 |
| RU2609630C2 (ru) | 2017-02-02 |
| BRPI1006411A2 (pt) | 2017-01-31 |
| US8932811B2 (en) | 2015-01-13 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2011139296A (ru) | Геномный отбор и секвенирование с помощью кодированных микроносителей | |
| US12077811B2 (en) | Compositions of toehold primer duplexes and methods of use | |
| RU2698125C2 (ru) | Библиотеки для секвенирования нового поколения | |
| US8329394B2 (en) | Methods and substances for isolation and detection of small polynucleotides | |
| AU2016268089A1 (en) | Methods for next generation genome walking and related compositions and kits | |
| CN107075581A (zh) | 由靶向测序进行数字测量 | |
| CN105358709A (zh) | 用于检测基因组拷贝数变化的系统和方法 | |
| JP7539770B2 (ja) | ゲノム再編成検出のための配列決定方法 | |
| JP7071341B2 (ja) | 試料を識別する方法 | |
| US10011866B2 (en) | Nucleic acid ligation systems and methods | |
| EP2971154A1 (en) | Nucleic acid control panels | |
| JP2008500034A5 (ru) | ||
| CN110818757A (zh) | 核苷酸类似物以及筛选dna聚合酶的方法 | |
| CN115948604A (zh) | 一种基于DNAzyme与PER扩增的病毒检测试剂盒 | |
| JP2010136719A5 (ru) | ||
| WO2012121486A3 (ko) | Sdl-pcr을 이용한 유전자 분석방법 | |
| CN102344967A (zh) | 一种缩短dna模板的dna测序方法及其应用 | |
| JP2010004879A5 (ru) | ||
| JP2019154310A (ja) | 核酸検出方法及び核酸検出装置、並びに、核酸検出キット | |
| US20140364322A1 (en) | Isothermal amplification systems and methods | |
| KR20170092216A (ko) | hsp65 유전자 증폭에 기반한 마이코박테리움 압세수스 균종 동정용 키트 및 방법 | |
| KR101706771B1 (ko) | 인시츄 혼성화를 사용하는 코클로디니움 폴리클리코이데스 검출방법 및 검출용 키트 | |
| RU2015151954A (ru) | Способ предсказания рецидива рака желудка | |
| JP2023164377A (ja) | ｉｎ－ｓｉｔｕで生成されたＲＣＡ産物のｅｘ－ｓｉｔｕシークエンシング | |
| JP2010004877A5 (ru) |