JP5560039B2 - ハイスループット分析のための多機能のコード化された粒子 - Google Patents
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Description
本発明は、ハイスループットの生体分子分析、より詳しくは多機能のコード化された粒子を利用したシステムに関する。
一様態において、本発明は、蛍光性の実体を加えた第1のモノマー流をマイクロ流体チャンネルに沿って流すことを含む、多機能粒子を作製するための方法である。プローブを加えた第2のモノマー流は、該マイクロ流体チャンネルに沿って、該第1のモノマー流に近接して流れる。該2つのモノマー流は、蛍光性グラフィックコード化領域およびプローブ担持領域を有する粒子を合成するために重合される。望ましければ、2つ以上のモノマー流があってもよい。好ましい実施形態において、該重合ステップは、コード化領域をつくるために、フォトマスクを通した紫外光に該第1および第2のモノマー流をさらすことを含む。該コード化領域は、複数の開いたおよび閉じたコーディング要素を含んでもよい。該コード化された要素は、2次元格子に配置されることが好ましい。例となる格子は、20のコーディング要素を含む。該格子は、少なくとも1つの方位標識を含むこともできる。また別の好ましい実施形態において、該重合ステップは、プローブを担持した1つより多くの領域をつくり出す。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
(項目1)
蛍光性の実体を加えた第1のモノマー流をマイクロ流体チャンネルに沿って流すこと、
プローブを加えた第2のモノマー流を前記マイクロ流体チャンネルに沿って前記第1のモノマー流に近接して流すこと、および
蛍光グラフィックコード化領域およびプローブ担持領域を有する粒子を合成するために前記モノマー流を重合すること、
を備える多機能粒子を作製するための方法。
(項目2)
前記プローブは、DNAまたはRNAを含む項目1に記載の方法。
(項目3)
前記プローブは、タンパク質を含む項目1に記載の方法。
(項目4)
前記プローブは、細胞を含む項目1に記載の方法。
(項目5)
前記プローブは、ウイルスを含む項目1に記載の方法。
(項目6)
前記プローブは、カーボンナノチューブを含む項目1に記載の方法。
(項目7)
前記プローブは、細胞小器官を含む項目1に記載の方法。
(項目8)
前記プローブは、陰性対照として機能するための不活性種を含む項目1に記載の方法。
(項目9)
前記重合ステップは、コード化領域をもつ粒子をつくるために、フォトマスクを通した紫外光に前記モノマー流をさらすことを含む項目1に記載の方法。
(項目10)
前記コード化領域は、複数の開いたおよび閉じたコーディング要素を含む項目1に記載の方法。
(項目11)
前記コーディング要素は、2次元格子に配置される項目10に記載の方法。
(項目12)
前記格子は、20のコーディング要素を含む項目11に記載の方法。
(項目13)
少なくとも1つの方位指標をさらに含む項目10に記載の方法。
(項目14)
前記コーディング要素は、不均一な形状またはサイズをもつ項目10に記載の方法。
(項目15)
前記重合ステップは、1つより多くのプローブ担持領域をつくり出す項目1に記載の方法。
(項目16)
前記重合ステップは、1つより多くのコーティング領域をつくり出す項目1に記載の方法。
(項目17)
前記紫外光は、顕微鏡対物レンズで集光される項目9に記載の方法。
(項目18)
前記第1および第2のモノマー流は、ポリ(エチレングリコール)ジアクリラートを含む項目1に記載の方法。
(項目19)
前記第1および第2のモノマー流は、光開始剤を含む項目18に記載の方法。
(項目20)
プローブを担持した少なくとも1つの領域に
共有結合的に連結した少なくとも1つのグラフィックコード化領域、
を備える多機能粒子。
(項目21)
グラフィックコード化領域およびプローブ担持領域を有する多機能粒子、並びに
前記粒子を整列させて読み取ることに適合したフローフォーカッシング・マイクロ流体デバイス、
を備えるハイスループットのスクリーニングシステム。
(項目22)
プローブの接近性を向上させることをさらに含む項目1に記載の方法。
(項目23)
前記粒子の前記プローブ担持領域における表面積を増加させることによりプローブの接近性が向上される項目22に記載の方法。
(項目24)
前記粒子の前記プローブ担持領域において、リッジまたはくぼみを形成することにより表面積が増加される項目23に記載の方法。
(項目25)
前記粒子の前記プローブ担持領域において、細孔サイズを拡大することによりプローブの接近性が向上される項目22に記載の方法。
これら多重化の限界の多くを克服する技術を紹介する。マイクロ流体の層流特性を有効に用いることにより、検体のコード化とターゲットの捕獲のための別個の領域をもつ多機能粒子を形成する能力を実証する(図1)。典型的な実験において、(一方は蛍光色素を加え、他方はアクリラート修飾したプローブを加えた)2つのモノマー流をマイクロ流体チャンネルに沿って近接して流し、一種の連続流リソグラフィー(27)を用いて、[紫外(UV)光の30msバースト(burst)により]流れに跨って粒子を重合させた(28)。このようにして、蛍光性グラフィックコード化領域およびプローブ担持領域をもつ粒子を単一ステップで合成することができる。各々の粒子は、押し出された2次元(2D)の形状(図1B)であり、形態は顕微鏡の視野絞り位置に挿入したフォトマスクによって決まり、化学反応は並行モノマー流の組成によって決まる。架橋したポリマー粒子は、次に[チャンネル表面付近の酸素阻害(27)のために付着せずに]チャンネルに沿って流れ、溶液溜に収集される。粒子は、過剰モノマーをすすいだ後に生物学的試験に用いることができる。
材料
本実施例の粒子合成は、2−ヒドロキシ−2−メチルプロピオフェノン光開始剤(Aldrich)を含むポリ(エチレングリコール)ジアクリラート(PEG DA,Aldrich,Mn=700)に基づくモノマー溶液から作製した。ハイブリダイゼーション実験のために、1〜2.5%開始剤および濃度50μMのDNAオリゴマープローブを含む2:1 PEG−DA:TE緩衝液(10mM Tris pH8.0(Rockland),1mM EDTA(OmniPur))のモノマー溶液を用いた。オリゴマープローブ(IDT)は、反応性アクリダイト(Acrydite)基および18炭素スペーサーで修飾した(プローブ#1:5’−アクリダイト−C18−ATA GCA GAT CAG CAG CCA GA−3’,プローブ#2:5’−アクリダイト−C18−CAC−TAT−GCG−CAG−GTT−CTC AT−3’)。コード化領域の蛍光は、並行流を明視野顕微鏡で容易に視覚化するための1%青色食品着色料を含む、それぞれのモノマー溶液に0.005重量パーセントのメタクリロイルオキシエチルチオカルバモイルローダミンB(Polysciences)を取り込むことにより得られた。
マイクロチャンネルは、ソフトリソグラフィーの標準的な手順を用いて形成した。SU−8フォトレジスト(Microchem)を用いて作製したチャンネル起伏をもつシリコンウェーハ上で、ポリジメチルシロキサン(PDMS)エラストマー(Sylgard 184,Dow Corning)を硬化させた。多数(2〜7)の100μm幅の注入チャンネルが一つのより広い共通チャンネル(200〜500μm幅)に合流するようにチャンネルを設計した。外科用メスでチャンネル(および溶液溜)を切り取り、各注入口に孔を開け、PDMS被覆したガラススライドに封止した。(圧力弁(Controlair Inc.)で調整した)共通の圧力源にゴム管(Tygon)を用いて接続したピペットの先端(10μl、Molecular Bioproducts)に各々約5μlのポリマーを満たしてチャンネルの注入ポートに挿入した。加圧(約1psi、高速)と周囲圧力(流れなし)間を三方電磁弁(Burkert、手動操作)で変動させることができた。
AUTOCADを用いて設計したフォトマスクをCAD/Art Services,Inc(Brandon,オレゴン州)において20000dpiの解像度で印刷した。100W HBO水銀ランプおよび広帯域励起紫外(UV)フィルターセット(11000v2:UV,Chroma)を装備したZeiss Axiovert 200顕微鏡の視野絞り位置にマスクを挿入した。所望のUV励起パルスを供給するために、コンピューター駆動のシャッターシステム(UniBlitz)を所定の位置に置いた。UV励起の30〜50msバーストを用いて、マイクロ流体チャンネルの隣接流に跨って粒子を重合した。三方弁を用いて流速を制御し、粒子は、流れのない状態で重合した後、直ちに加圧状態でチャンネルに沿ってフラッシュし−隣接流間に粒子の特徴である高解像度の清浄界面をもたらした。CCDカメラ(KPM 1A,Hitachi)をNIHイメージソフトウェアとともに用いて、重合のための視覚的な位置合わせを行った。
重合した後に粒子を容器溜に収集し、そこで未反応のモノマーを取り除いた。粒子は、TE緩衝液で数回、次にPEG−DAモノマーで、そして再びTE緩衝液ですべての残留した蛍光が無くなるまですすいだ。各すすぎの後に粒子を容器溜の底に沈め、過剰のすすぎ液を上部からピペットに取った。粒子は、通常直ちにハイブリダイゼーション実験に用いた。時には、暗い環境中で数日間保存した後に使用したが、機能性の喪失は見られなかった。
各ハイブリダイゼーション実験のために、粒子をピペットで別々のPDMS容器溜に入れた。Cy3フルオロフォアで修飾した相補性のターゲットDNAオリゴマー(IDT)を、ハイブリダイゼーション緩衝液(0.2M NaCl(Mallinckrodt)および0.5%ドデシル硫酸ナトリウム(SDS,Invitrogen))中に1μM濃度で懸濁させた。ターゲットオリゴマー溶液を然るべき溶液溜にピペットで入れ、粒子を室温で10分間インキュベートした。次に、粒子をTE緩衝液ですすぎ、ローダミンBおよびCy3フルオロフォアの両方と適合するオレンジ・ロングパスフィルターセット(XF 101−2,Omega)を用いて視覚化した。Nikon D200デジタルカメラを用いて静止画を記録した。
PDMS被覆したガラススライド上で、フローフォーカシング・マイクロ流体チャンネルの流入口をプラズマシールした。粒子の読み取りに先立って、チャンネルを「読み取り緩衝液(25% PEG−DAおよび0.5% Tween 20を含むTE)」で5分間フラッシュした。ハイブリダイゼーション実験に用いる多プローブ粒子を読み取り緩衝液で再懸濁し、チャンネルの容器溜にピペットで注入した。前述の圧力システムを水柱とともに用いて、チャンネルを真空に引いて流体の流れを誘起した。粒子が100μmのチャンネル狭窄部の通って流れるのをZeiss Axiovert 200顕微鏡で観察し、CCDカメラ(Hitachi KPM1A)により蛍光のもと1/250秒の露出で撮像した。動画は、NIH Imageを用いて1秒当り10フレームで撮影した−粒子速度を計算し、強度プロフィルを各粒子の5つの「筋」に沿って取得した。粒子の対照領域に沿った強度の平均値および標準偏差を取得した。オリゴマーターゲットからの陽性の読み取りは、陰性対照信号の平均値プラス3標準偏差として定義した。
プローブ濃度
信号検出に対する濃度の効果を測定するために、モノマー中におけるオリゴマープローブの一連の希釈を利用した。プローブ濃度が150、75、37.5および18.75μMの粒子を合成した。対照粒子(0μM プローブ)を用いて、バックグラウンド強度(Ib)を測定した。蛍光標識したターゲット1μMとともに粒子を30分間インキュベートしてからすすぎ、撮像して蛍光強度(Ip)を測定した。差Ip−Ibとして得た蛍光信号を任意単位(AU)で報告する。図5に結果を示す。グラフ上のエラーバーは、各測定における標準偏差を表し、平均の変動係数(COV)は9%である。
架橋剤として、3つの鎖長(Mn=200,400,700)のポリ(エチレングリコール)ジアクリラート、およびアクリルアミドのPEG−DAとのブレンドも含めて、いくつかのポリマーのバーコード粒子への使用について調べた。ポリマーブレンドを選択するときに調べた特性は、(1)速い重合反応速度、(2)ハイブリダイゼーション前の低いバックグラウンド蛍光、(3)ハイブリダイゼーション後の強い蛍光であった。作製したすべてに溶液は、モノマー(純粋またはTE緩衝液と2:1)、2.5%光開始剤、およびDNAオリゴマー50μMからなる。粒子は、30msUV露光を20倍対物レンズとともに用いて作製した。
多様性(polydiversity)
生体分子の定量分析に用いる粒子は、モーフォロジーおよび機能が双方とも両立することがたいへん重要である。連続流リソグラフィーを用いて合成した粒子の物理的サイズは変動係数が非常に小さい(<2%)ことをすでに示した(27)。ハイブリダイゼーションの研究に用いた粒子に対して、蛍光信号の変動を調べるための実験も行った。
粒子表面におけるプローブの濃度を計算するために、本モノマー溶液に取り込まれたプローブの濃度(50μM)、およびオリゴマーが粒子中に拡散して反応し得る深さの見積りを用いた。ハイブリダイゼーションの研究に用いた典型的な粒子および検出領域を横切る蛍光強度のスキャンを図6に示す。
最近になって、光電子増倍管を一体化したマイクロ流体ベースのフローサイトメーターが開発され、非常に高いスループットが達成されている。これらのシステムにおける流体速度は、(従来のフローサイトメーターと同様に)10m/sオーダーにできる一方で、検出は5MHzの高サンプル・レートで行われ、粒子読み出し速度17000/秒が可能である(37)。より高度な検出の仕組みを組み込んだときに本発明のシステムが達成できるスループットを見積もるための基礎としてこれを至る所で用いる。控えめに、流速は1m/s、粒子(長さは各々200μm)間の間隔は10粒子長と見積もった。このようにして、以下のスループットが計算できる。
適切な検出範囲を決定するために、粒子を数桁に及ぶ濃度の蛍光ターゲットとハイブリダイズした。(50μMのプローブを取り込んだ)共通バッチからの粒子試料を、ターゲット溶液50μlとともにボルテックス・ミキサー上において室温で30分間インキュベートした−ターゲット濃度は、オリゴマー500fmol〜500amol(10−18mol)に対応して10nM〜10pMに及んだ。ハイブリダイゼーションの後、粒子をすすぎ、顕微鏡を取り付けたEB−CCBカメラ(C7 190−20,Hamamatsu)を用いて検出するために蛍光のもとで撮像した。本システムのダイナミックレンジが8ビットに限られたため、広範囲の蛍光信号に適応するように3つの異なる感度設定を用いる必要があった。そのように、信号を正規化して同じ目盛りでプロットできるように、粒子バッチのうち2つを3つの感度設定のうち2つで撮像した。検出に関する研究の結果を図7に示す。
標準の非バルク価格で、本原稿に提示したのと同様の単一プローブ粒子100万個を製造するための原材料コストは、以下に概要を示すように、たった4.28ドル(DNAプローブなしで0.14ドル)である。
Claims (24)
- 蛍光性の実体を加えた第1のモノマー流をマイクロ流体チャンネルに沿って流すステップ、
プローブを加えた第2のモノマー流を前記マイクロ流体チャンネルに沿って前記第1のモノマー流に近接して流すステップ、および
蛍光グラフィックコード化領域およびプローブ担持領域を有する粒子を合成するために前記モノマー流を重合するステップ、
を備える多機能粒子を作製するための方法であって、
前記重合するステップは、コード化領域を前記粒子上につくるためのフォトマスクを通した紫外光に前記モノマー流をさらすステップを含む
方法。 - 前記プローブは、DNAまたはRNAを含む請求項1に記載の方法。
- 前記プローブは、タンパク質を含む請求項1に記載の方法。
- 前記プローブは、細胞を含む請求項1に記載の方法。
- 前記プローブは、ウイルスを含む請求項1に記載の方法。
- 前記プローブは、カーボンナノチューブを含む請求項1に記載の方法。
- 前記プローブは、細胞小器官を含む請求項1に記載の方法。
- 前記プローブは、陰性対照として機能するための不活性種を含む請求項1に記載の方法。
- 前記コード化領域は、複数の開いたおよび閉じたコーディング要素を含む請求項1に記載の方法。
- 前記コーディング要素は、2次元格子に配置される請求項9に記載の方法。
- 前記格子は、20のコーディング要素を含む請求項10に記載の方法。
- 前記粒子は、少なくとも1つの方位指標をさらに含む請求項9に記載の方法。
- 前記コーディング要素は、不均一な形状またはサイズをもつ請求項9に記載の方法。
- 前記重合するステップは、1つより多くのプローブ担持領域をつくり出す請求項1に記載の方法。
- 前記重合するステップは、1つより多くのコーティング領域をつくり出す請求項1に記載の方法。
- 前記紫外光は、顕微鏡対物レンズで集光される請求項1に記載の方法。
- 前記第1および第2のモノマー流は、ポリ(エチレングリコール)ジアクリラートを含む請求項1に記載の方法。
- 前記第1および第2のモノマー流は、光開始剤を含む請求項17に記載の方法。
- 少なくとも1つのグラフィックコード化領域および1つのプローブ担持領域を含む多機能粒子であって、前記プローブ担持領域は、前記多機能粒子中に取り込まれたプローブを含む、多機能粒子であって、該多機能粒子は、請求項1に記載の方法によって作製され得る、多機能粒子。
- 多機能粒子であって、各多機能粒子がグラフィックコード化領域およびプローブ担持領域を有する多機能粒子、並びに
前記粒子を整列させて読み取ることに適合したマイクロ流体デバイス、
を備えるハイスループットのスクリーニングシステムであって、前記プローブ担持領域は、前記各多機能粒子中に取り込まれたプローブを含む、システムであって、該多機能粒子は、請求項1に記載の方法によって作製され得る、システム。 - プローブの接近性が向上される請求項1に記載の方法であって、該向上は、前記粒子のプローブ担持領域における表面積を増加させるか、または該粒子のプローブ担持領域において細孔サイズを拡大させることによる、方法。
- 前記粒子の前記プローブ担持領域における表面積を増加させることによりプローブの接近性が向上される請求項21に記載の方法。
- 前記粒子の前記プローブ担持領域において、リッジまたはくぼみを形成することにより表面積が増加される請求項22に記載の方法。
- 前記粒子の前記プローブ担持領域において、細孔サイズを拡大することによりプローブの接近性が向上される請求項21に記載の方法。
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