JP2004520052A - 遺伝的特性を検出するための生化学的方法及び装置 - Google Patents
遺伝的特性を検出するための生化学的方法及び装置 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2004520052A JP2004520052A JP2002565140A JP2002565140A JP2004520052A JP 2004520052 A JP2004520052 A JP 2004520052A JP 2002565140 A JP2002565140 A JP 2002565140A JP 2002565140 A JP2002565140 A JP 2002565140A JP 2004520052 A JP2004520052 A JP 2004520052A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- support
- information
- fluid
- molecule
- continuous identification
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims abstract description 66
- 238000002306 biochemical method Methods 0.000 title claims abstract description 5
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 72
- 239000012530 fluid Substances 0.000 claims abstract description 40
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims abstract description 20
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 36
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 30
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 27
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 23
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 15
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 15
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 15
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 claims description 14
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 claims description 12
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 11
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 9
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 7
- 239000003596 drug target Substances 0.000 claims description 6
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 claims description 6
- 230000002974 pharmacogenomic effect Effects 0.000 claims description 6
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 4
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 4
- 238000004891 communication Methods 0.000 claims description 4
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 4
- BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N Silane Chemical compound [SiH4] BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 238000012093 association test Methods 0.000 claims description 2
- 238000012937 correction Methods 0.000 claims description 2
- 230000010070 molecular adhesion Effects 0.000 claims description 2
- 238000011330 nucleic acid test Methods 0.000 claims description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 3
- 101150010487 are gene Proteins 0.000 claims 1
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 claims 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 29
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 26
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 23
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 22
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 16
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 11
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 11
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 11
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 10
- 239000000463 material Substances 0.000 description 10
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 8
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 6
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 6
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 6
- 239000002344 surface layer Substances 0.000 description 6
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 5
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 4
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 4
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 3
- 238000003491 array Methods 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 238000010256 biochemical assay Methods 0.000 description 3
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 3
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 3
- 229920003229 poly(methyl methacrylate) Polymers 0.000 description 3
- 239000004926 polymethyl methacrylate Substances 0.000 description 3
- 238000012514 protein characterization Methods 0.000 description 3
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 2
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 2
- NTIZESTWPVYFNL-UHFFFAOYSA-N Methyl isobutyl ketone Chemical compound CC(C)CC(C)=O NTIZESTWPVYFNL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UIHCLUNTQKBZGK-UHFFFAOYSA-N Methyl isobutyl ketone Natural products CCC(C)C(C)=O UIHCLUNTQKBZGK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 2
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 2
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 2
- 238000002048 anodisation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000007743 anodising Methods 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000000151 deposition Methods 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 2
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 238000012827 research and development Methods 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 239000000956 alloy Substances 0.000 description 1
- 229910045601 alloy Inorganic materials 0.000 description 1
- WYTGDNHDOZPMIW-RCBQFDQVSA-N alstonine Natural products C1=CC2=C3C=CC=CC3=NC2=C2N1C[C@H]1[C@H](C)OC=C(C(=O)OC)[C@H]1C2 WYTGDNHDOZPMIW-RCBQFDQVSA-N 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 239000007900 aqueous suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 210000003850 cellular structure Anatomy 0.000 description 1
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 1
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000001312 dry etching Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000005530 etching Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000002189 fluorescence spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000011223 gene expression profiling Methods 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 238000009652 hydrodynamic focusing Methods 0.000 description 1
- 238000005286 illumination Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 238000005459 micromachining Methods 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 238000000206 photolithography Methods 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000003672 processing method Methods 0.000 description 1
- 238000000751 protein extraction Methods 0.000 description 1
- 230000036632 reaction speed Effects 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 238000013341 scale-up Methods 0.000 description 1
- 238000013077 scoring method Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
- 239000002210 silicon-based material Substances 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 238000012549 training Methods 0.000 description 1
- 238000000539 two dimensional gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54313—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals the carrier being characterised by its particulate form
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54366—Apparatus specially adapted for solid-phase testing
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
- B01J2219/005—Beads
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
- B01J2219/00502—Particles of irregular geometry
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/0054—Means for coding or tagging the apparatus or the reagents
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/0054—Means for coding or tagging the apparatus or the reagents
- B01J2219/00547—Bar codes
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00596—Solid-phase processes
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/0068—Means for controlling the apparatus of the process
- B01J2219/00686—Automatic
- B01J2219/00689—Automatic using computers
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/0068—Means for controlling the apparatus of the process
- B01J2219/00702—Processes involving means for analysing and characterising the products
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
- B01J2219/0072—Organic compounds
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
- B01J2219/0072—Organic compounds
- B01J2219/00722—Nucleotides
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
- B01J2219/0072—Organic compounds
- B01J2219/00729—Peptide nucleic acids [PNA]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
- C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
- C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B70/00—Tags or labels specially adapted for combinatorial chemistry or libraries, e.g. fluorescent tags or bar codes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
Abstract
1又は複数の遺伝的特性を検出するための生化学的方法を記載する。当該方法は、支持体(1)を利用し、ここで、各支持体(1)の最大寸法(3)は250μm未満であり、そして、各支持体(1)は連続同定手段(2)を組み込んでいる。当該方法は、検出されるべき少なくとも1つの前記1又は複数の遺伝的特性と相互作用することができる情報分子(7)を支持体(1)の主面(11)に接着させ;1又は複数の異なる連続同定手段(2)及び異なる情報分子(7)を含んで成る支持体(1)を流体中で懸濁し;解析されるべき試料(8)を前記流体に添加し;シグナル検出手段(40)を用いて流体中の支持体(1)に由来する相互作用シグナルを検出し;そして読取手段(3)を用いて相互作用シグナルを有する支持体(1)の連続同定手段(2)を読み取り、それによって少なくとも1つの前記1又は複数の遺伝的特性(8)を検出すること、を含むことで識別される。上記方法を実施する際に使用できる装置も記載する。
Description
【技術分野】
【0001】
本発明は、請求項1の前段に記載の、遺伝的特性を検出するための生化学的方法、及び更には請求項20の前段に記載の、遺伝的特性を検出するための装置、に関する。
【背景技術】
【0002】
近年、多くの型の生物、例えば酵母、細菌及び哺乳類並びに細胞系の遺伝的特性を検出するための技術及び関連するシステムに、かなりの注目が集まっている。現在、遺伝的特性を検出するための試験は、連続的に行われる多数の実験段階を必要とする。当該段階は、2次元ゲル電気泳動(2Dゲル)、電気泳動後のタンパク質抽出、それに続く質量解析、を含む。タンパク質の解析法は、より多くの検出処理量に関連して、より大掛かりな自動化への方向へと進化している。そのような技術の進歩は、例えばヒトゲノム計画、によって促されており、この計画は実にヒトゲノムにほぼ30,000〜40,000の遺伝子が存在していることを示した。新規な遺伝的特徴の発見により、どのように/なぜ、異なるタンパク質が産生し、そして機能するかの理解における注目が増大している。何百万もの遺伝的特性及び何千もの解析される種により、遺伝的特性を解析する高処理量の方法が、タンパク質科学の継続している進展にとって非常に重要になってきている。例えば、現在では薬物の研究及び開発に関連するタンパク質の同定及び特徴づけ(プロテオミクス)のための大量に並列して行われる高処理量の技術についての必要性が存在している。
【0003】
遺伝的特性を決定するための複数の既知の技術が存在しており、これらの技術は、個別に標識される多数の成分の実験を包含しており;当該実験が完了した場合、それらは、同定のためのそれらの会合したラベルを用いて読み取ることができる。現在使用されているラベルには、
(a)「DNAテストチップ」として知られる、試験用集積回路の表面上での各実験の位置;
(b)マイクロタイタープレート内又はチューブ内の各実験の位置;
(c)膜表面上の各実験の位置;及び
(d)実験に結合する粒子を同定する蛍光スペクトル又は他の方法、
が含まれる。
【0004】
そのような既知の方法は、製造し、そして使用するには困難で且つ費用がかかり、それの実行のための構成要素を利用するという欠点を有する。更に、当該方法はまた、遺伝的特徴づけの工程のためのそれらの潜在的な利用を制限する、高いバックグラウンド干渉に苦しむ。
【0005】
米国特許第6,027,880号において、マイクロアレイが記載されている。マイクロアレイは、その表面が多数の空間的に配置された部位に分けられ、各部位が個々の実験に相当する、集積回路に関する。それぞれの個々の実験は、そこに存在する1又は複数の相当するヌクレオチドにより提供される。各部位は、集積回路の表面上のその空間的な位置によって効果的に標識されている。Affimetrix社は、各マイクロアレイが並列解析によっておよそ12,000個の完全長の遺伝子を解析することができる、そのようなマイクロアレイを製造している。同一のマイクロアレイ上で試験される試料の数が増えるにつれ、関連する製造装置の縮小化及び専門的な材料の扱いについての要求が、そのようなマイクロアレイの製造をますます複雑にする。そのようなマイクロアレイ上でモニタリングされる試料の遺伝的特性はあらかじめ知られ、そして単離されなければならず、そのような事前の知識は、研究されるべき生物又は種のそれぞれの異なる型についての顧客の要求に対して特異的なマイクロアレイを製造するのを複雑且つ高価な方法にさせている。この技術に関連する更なる欠点は、低いフレキシビリティー、乏しい反応速度、長い製造の所要時間、高度な読取技術、高コスト及び低いデータの品質、である。
【0006】
前述のマイクロアレイを製造するための初期投資は、しばしばかなりのものである。そのようなマイクロアレイの潜在的なユーザーの多くは、それらのコストを高額と感じている。更に、装置が非常にアプリケーション特異的であり、そしてすぐに時代遅れとなるので、マイクロアレイを利用する装置に投資する潜在的なユーザーにとって高い危険性が存在している。この型の装置の専門的な買い手はほとんどおらず、放出される値段はしばしば安い。
【0007】
マイクロアレイ実験を実施するのに使用される計測装置、例えば読取装置及びロボットシステムは、技術的に先進のものでもあり、そしれそれ故に非常に高価である。更なる欠点は、乏しい感度とかなりのバックグラウンドノイズであり、これは実験結果の正確な決定を阻害する。反応速度を向上させ、その結果マイクロアレイの結果の質を向上させる技術も利用されている。例えば、チャネル及び多孔性材料の使用を介するマイクロアレイの表面対体積の比の向上は、Akzo Nobelの公開された国際PCT出願番号WO99/02266に記載されている。実際には、そのようなマイクロアレイを用いる場合、十分な反応速度を達成するのに問題があることが明らかとなっている。再度、これらの問題は複雑な製造を引き起こし、これは、マイクロアレイを用いる場合に、ユーザーが実験を仕立てる自由度を制限している。
【0008】
微粒子上で実施されるバイオアッセイは、大規模に並列して行われるアレイ技術の別の型を提供する。異なる試料を互いに分離する方法は、多数の試験が同時に実施されうるように、情報分子を小さい支持体に接着させることによって達成されている。当該支持体を互いに識別するために使用されるシステムは、通常蛍光又は反射を指標とするものである。
【0009】
公開された国際PCT出願番号WO 99/35293において、ディファレンシャルない電子発現の形態で遺伝的特性を解析する方法が記載されている。当該方法は、固形支持体上のクローニングされた参照DNAとハイブリダイズした核酸プローブの参照群を含む。当該固形支持体は微粒子であり、そして会合反応を示すためにポリヌクレオチドと反応する光学的標識を使用する。先進の分類装置が反応した支持体を分類するために使用され、そのような分類は、異なる支持体と会合した、異なる光学的シグナル強度によって達成され;当該光学的標識は発光しており、そして当該微粒子支持体は、それらから発せられた光の強度に依存して分類される。そのような分類法は、別個に負荷された微粒子の使用を介して遺伝的特性を検出するマイクロアレイよりも大きなフレキシビリティーを可能にする。しかしながら、活性化した微粒子から発せられた光の異なる強度レベルを決定するのに必要な計測手段の複雑さに関して経験する更なる問題が存在する。
【0010】
出願人の公開された国際PCT出願番号WO 00/16893において、バイオアッセイにおける固形支持体の使用、及びそのような支持体の製造方法に関する革新が記載されている。当該支持体は、陽極酸化された金属、好ましくはアルミニウムから製造される。当該支持体は、例えば、抗原に結合するために、それらに接着した抗体を有する。
【0011】
遺伝的特徴を検出する現在の方法は、遺伝子発現プロファイリング及び遺伝子型同定解析に関する。そのような解析は、DNAチップ又はマイクロアレイ及びスポットアレイを用いて現在実施されている。これらの方法は、スポッティングの質が変化するという欠点を有しており、これは、結果として当該アレイから得られる、試験結果の低い信頼性をもたらすことがある。そのような低い信頼性は、続いて、スポッティングの質を保証するために、マイクロアレイ及びスポットアレイの製造間に、広範囲な品質管理の必要性をもたらす。更に近年、色分けされたマイクロスフェアが遺伝子同定及び遺伝子発現実験に使用されている。しかしながら、これらの実験は、そられの色分けの数が制限されており、比較的高コストであり、そしてそれ故に、任意に一回で実施されうる試験の数に関して限定される。この技術による更なる欠点は、実験結果を読み取るのに必要とされる高コストの機器、並びに使用する色素の不所望な吸収及び放出特性、である。
【0012】
遺伝的特性を検出するための別の既知のアプローチは、一塩基多型(SNP)検出及びスコアリング法である。SNPの検出及びスコアリングの多数の方法が存在しているが、これらは種々の欠点を示す。そのようなSNP検出に含まれるいくつかの方法には、ミニチュアハイブリダイゼーションアレイ(DNAチップ)、ゲルに基づいた解析及び動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション(dynamic allele-specific hybridisation(DASH))が含まれる。これらの方法はまた、薬物標的の会合試験及び薬理遺伝学のために遺伝的特性を検出する場合に使用されることもある。当該方法はまた、標的のPCR増幅を必要とするという欠点を有し;そのような増幅は、スケールアップ及びオートメーション化の可能性を制限する負担を表す。前記マイクロアレイ及びバイオアッセイについて言及した多くの他の欠点、例えばスポッティングの質の変化、ハイブリダイゼーションの再現性、及び任意の事例で実施されうる試料の数も、これらの方法に適用される。
【0013】
現代の遺伝的特徴づけの技術で被る別の問題は、高度に訓練され、そして遺伝的特性を決定するための実験の数を増やして行う場合に必要とされる複数の異なるシステムの設定を理解するスタッフが必要なことである。そのようなスタッフの必要性は、スタッフの訓練における比較的高い初期投資をもたらす。それはしばしば、解析結果の検証の必要性により、且つ解析結果の信頼性を増すために、科学者による監視を必要とする繰り返しの実験を行う必要があり、これは他の活動についてのこれらの科学者の利用可能性を低下させる。更に、多くの産業、例えば薬の研究及び開発においては、全てを検証しなければならない、かなりの時間の必要性及び費用をもたらす方法を通じて使用される広範な技術が存在している。
【発明の開示】
【0014】
本発明の第一の目的は、遺伝的特性を検出するのが向上した方法を提供することである。
【0015】
本発明の第二の目的は、遺伝的特性を検出するための実験を実施する、低コストで高処理量の方法を提供することである。
【0016】
本発明の更なる目的は、遺伝的特性を検出することが向上した装置を提供することである。
【0017】
本発明の第一の観点に従い、1又は複数の本発明の前述の目的及び以下の説明から明らかな他の目的を解決するために、請求項1に記載の方法が提供される。
【0018】
更に、本発明の第二の観点に従い、1又は複数の本発明の前述の目的及び以下の説明から明らかな他の目的を解決するために、請求項20に記載の装置が提供される。
【0019】
当該方法及び装置は、本発明の前述の目的を解決することができるという利点がある。
【0020】
このように、本発明の第一の観点は、遺伝的特性を検出するための方法に関し、ここで、特定の連続同定手段を有する支持体が、それらの主面に情報分子を接着させている。支持体上に当該分子を接着させ、そして流体中でそれらを懸濁することは、非常に良好な反応速度を可能にし、それによって反応液量及び時間を減少させるだけでなく、感度も向上させる。検出される遺伝的特性を潜在的に含む試料が前記流体に添加される。一度に数十万の試験を行う多重化実験が可能であるのは、異なる連続同定手段を有し、且つ情報分子が接着した多数の支持体が、当該バイオアッセイ内に同時に存在しうるからである。支持体と組み合わせての、その様な分子の使用は、バッチ型で且つ繰り返し型の実験を実施する必要を減らす。異なる型の信号は、支持体の連続的な同定手段を示すために使用され、そして相互作用シグナルは1又は複数の遺伝的特性との相互作用を示す。そのようなアプローチは、その結果、あまり先進的でない読取装置及び検出器をアッセイの測定の実施に必要とし、それによって潜在的にコストを削減する。
【0021】
本発明の好ましい態様において、当該支持体は、それらに対する情報分子の接着の前に酸化される。そのような接着は、支持体の表面に向上した機械的且つ物理的接着特性を持たせる。あるいは、又は更に、当該支持体は、それらへの情報分子の接着を増強するために1又は複数の結合因子でコーティングされる。
【0022】
本発明の更に好ましい態様において、測定ユニットは、シグナル放射ラベルの検出と連続的な同定手段の読取を事実上同時に実施する。この同時の測定は、先進のソフトウェアが当該支持体のトラッキングに利用されない場合、不正確な読取の危険性を減らし、そして処理量を増大させる。
【0023】
本発明の追加の態様において、連続同定手段の読取は、収集された情報をどのように解釈するかを示すために配置された1又は複数の機構を設置することを含む。このことは、例えばフローサイトメーター読取システムを、位置又は流れ方向に関係なく支持体を同定することを可能にする。
【0024】
本発明の更なる態様は、基板上に乗せられ、そして次にその上に固定された、負荷された支持体を含む流体を有する。このことは既存の装置の設定に対するわずかな改変を必要とするだけで、標準的な平面を読み取る方法の処理量の能力の倍数的な増大を可能にする。
【0025】
本発明の特別の観点によると、測定ユニットの読取は、支持体と会合した基板を既定の経路に沿って運ぶことを包含する。経路に沿ったそのような動きは、好ましくは、測定ユニットを固定したまま、支持体が載った基板を動かすことによって達成される。あるいは、支持体を有する基板を固定したまま測定ユニットが動かされうることも明らかである。そのようなアプローチは、結果として、液体中の実質的に全ての支持体を解析させることができる。測定経路に沿って測定ユニットの焦点領域内に部分的にしか存在しないそれらの支持体は、それらが1回だけ解析されるように記録される、それらの相当する位置を有する。
【0026】
本発明の他の好ましい態様において、検出される遺伝的特性は、遺伝子発現、SNP解析/スコアリング、核酸試験、薬物標的の会合試験又は薬理遺伝学のためのものである。本発明のこれらの態様は、低コストで、迅速で且つ簡便に、遺伝子発現、SNP解析/スコアリング、薬物標的の会合試験、薬理遺伝学及び/又は核酸試験、のための大量に並列で行われる多重バイオアッセイ試験を実施するための系を含む。そのようなスキームは、何千もの異なる型の、例えば、ラベル又はマイクロラベルとも称される、マイクロマシンをコードした支持体、を含む懸濁液を生成することによって高処理量を達成する。これらの各支持体は、例えば核酸又はペプチド核酸(PNA)の情報分子を担持する。情報分子が接着した支持体は、シグナルを放射するラベル、すなわちレポーター系、例えば蛍光と一緒の試験のもと、遺伝的特性を潜在的に含む試料と混合される。研究される遺伝的特性に結合する核酸プローブ又はPNAを有する支持体のみが、シグナル、例えば蛍光を結果として放射するシグナル放射ラベルと結合する。
【0027】
本発明の第二の観点において、活性化シグナル放射ラベルの検出と関連した第一シグナルと支持体の連続同定の読取と関連した第二シグナルの、2つの異なる型のシグナルを記録するために配置された検出手段及び同定手段を有する、遺伝的特性を検出する装置が提供される。そのような多数の異なる型のシグナルは、先進で、且つコストのかかる画像処理装置の潜在的な必要性を減少させる。
【0028】
遺伝子発現、SNP解析/スコアリング、薬物標的の会合試験、薬理遺伝学的生化学アッセイにおいて当該装置と一緒に適切に使用される固形支持体の態様は、形状が実質的に線形又は平面であり、そして陽極酸化金属表面層を有する。当該支持体の最大寸法は、好ましくは、およそ250μm未満、更に好ましくは150μm未満、そして最も好ましくはおよそ100μm未満の長さであり、それによって水性の懸濁液が多数の支持体から形成可能である。このことは、同一の型のバイオアッセイを、複数の異なる実験の型に使用することを可能にする。
【0029】
更なる態様において、支持体の表面層は、当該表面層の平面に垂直な、陽極酸化層の細胞の増殖方向を有する細胞構造の陽極酸化層を有する。適切には、当該支持体は、表面層に結合した、核酸又はPNAの情報分子(プローブ)を有する。支持体の表面層はアルミニウム製であってもよく、そして多孔性であってもよい。更に、表面層の孔径は、適切には、結合する核酸又はPNA分子のサイズにおおよそ適合される。このことは、情報分子の接着のために、優れた機械的且つ化学的な結合特性を有する支持体を提供する。
【0030】
別の態様において、当該支持体は、同定目的のために、空間が変化するパターンを組み込む。このパターン、すなわち連続同定は、好ましくはバーコードである。適切には、測定ユニット、例えば光学式読取装置は、当該パターンを読み取り、そして当該支持体を同定するために使用される。
【0031】
前述の本発明の特徴が、本発明の範囲を逸脱することなく、任意な組み合わせで組み合されうることは理解されるだろう。
【0032】
本発明の詳細な説明
図1において、本発明の好ましい態様の例示を示す。そこには単一の支持体1を示し;そのような支持体は後文において「マイクロラベル」とも言及される。当該支持体1は、ポリマー、ガラスから合金に及ぶ広範な材料から加工されるが、好ましくは金属から加工され、そして最も好ましくはアルミニウムから加工される。当該支持体1は、溝、ノッチ、くぼみ、突起(protrusion)、突起(projection)、そして最も好ましくは穴のうちの少なくとも1つ(又は任意なそれらの組み合わせ)の形状でもありうる連続同定手段2を組み込んでいる。連続同定手段2は、適切には、透過型光学式バーコードである。バーコード2は、支持体1から伸びる、空間的に連続的な一連の穴として導入される。そのような穴は、変化した形状及びサイズのものであってもよい。それらはまた、支持体1の固体の領域が光に対して実質的に非透過性であるが、バーコード2の穴がその時受ける光に対して高度に透過性である場合に最良の光学的コントラストを提供することができる。
【0033】
支持体1は、多数の異なる型の形状のものでもよいが、好ましくは、少なくとも主面11を持つ実質的に平面の形状を有する。この型の各支持体1は、およそ250μm未満、更に好ましくは150μm未満、そして最も好ましくはおよそ100μm未満の長さの最大寸法3を有する。当該支持体1は、適切には、およそ1:2〜およそ1:20の範囲の幅4対長さ3の比率を有するが、およそ1:5〜およそ1:15の比率の範囲が特に好ましい。更に、当該支持体1は、好ましくは3μm未満、そして更に好ましくはおよそ1μm未満の厚さ5を有する。およそ1μm未満の厚さは、当該支持体1をバイオアッセイにおいて有用なものとするための十分な機械的な支持体の強度を提供することが示されている。本発明の好ましい態様は、およそ100μmの長さ3、およそ10μmの幅4及びおよそ1μmの厚さ5をゆする支持体1に関し;そのような支持体は、最大100,000個の異なる同定順序のバーコード2を保存することができる。タンパク質の特徴づけの実験のためのバイオアッセイにおける使用のための最大100,000個の異なる支持体の変形物の実験的な証明が行われてきた。連続同定手段2内の2〜5の10進数字のデータを担持する、40〜100μmの範囲内の異なる長さ3の支持体1が、タンパク質の特徴づけの検出のための異なる実験における使用のために加工されている。
【0034】
およそ1000万のそのような支持体1、すなわちマイクロラベルが、単一の6インチ(152.4ミリ)の直径の基板、例えばシリコンウェハー上で、今日確立されている製造技術を用いて加工されうる。常用のフォトリゾグラフィー及びドライエッチングの工程が、陽極酸化アルミニウム層を製造し、そしてパターニングして、別々の固形支持体1を生成するために使用される。
【0035】
支持体1に類似の多数の支持体を製造するための加工方法は、以下の:
(1)可溶性の放出層を平面の基板に蒸着し;
(2)アルミニウム材料の層を、基板から離れた放出層上に蒸着し;
(3)フォトリゾグラフィー工程及びエッチング工程によってアルミニウム材料層内に支持体の機構を限定させ;
(4)任意にアルミニウム材料層を陽極酸化し;そして
(5)適切な溶媒を用いて放出層を除き、平面基板から放出された支持体を生成する、
段階を包含する。
【0036】
段階(3)及び(4)がいずれの順序でも実施されうることは理解されるだろう。更に、必要に応じて、段階(4)は省略されることがある。任意に、段階(2)の間のアルミニウム材料の気体による陽極酸化が利用されることもあり;そのような気体による陽極酸化は、支持体1に、支持体1内に深く広がる陽極酸化領域を与えることができる。放出層は、好ましくは、ポリメチルメタクリラート(PMMA)又は他の適当な型の材料、例えば常用の半導体微細加工において利用されるような光学的耐蝕膜(optical resist)であり;当該放出層は、段階(3)及び(4)の間に、平面基板に対して処置の位置にアルミニウム材料層を維持させる特性を示すために選択される。PMMAが利用される場合、適当な溶媒は、アセトン及び/又はメチルイソブチルケトン(MIBK)を含んで成る。
【0037】
図2を参照すると、6で大まかに示したバイオアッセイの形態で遺伝的特性を検出する方法が示されている。バイオアッセイ6は、例示の通り、相互に異なる曝露された分子の分類によって表された2つの結合事象の実験を含んで成る。当該アッセイ6は、各支持体が支持体1に類似する、多数の支持体を含んで成る。更に、当該アッセイ6は、活性(active)支持体1の選択されたセットの懸濁液と一緒に混合することによって生成する。相当する特定の連続同定コード2を有する各活性支持体1は、その後のタンパク質の特徴づけ解析の間に検出される特定の型の試料分子8と結合しそして/あるいは相互作用する、独特な情報分子7、例えばそれらと会合する核酸又はPNAプローブと会合している。情報分子7は、その物理的又は化学的意味での分子の意味に限定するというよりも、一般的な意味で使用される。当該情報分子7は、支持体1が、それらの加工の間に利用される、対応する平面基板から放出される前又は後のいずれかに支持体1に接着されうる。支持体1上への情報分子7のコーティングの増強は、当該分子7を、それらが会合する平面の製造基板からそれらが放出された後に支持体1に接着することによって達成される。シグナル放射ラベル、例えばラベル9は、好ましくは蛍光ラベルである。検出される遺伝的特性の試料分子8に結合した情報分子7を有する支持体のみが蛍光を発する。検出される試料分子8と結合する蛍光ラベル9及び、間接的に、情報分子7がこの蛍光をもたらし、これは10によって表される。試料分子8は、好ましくは、遺伝的特性の検出のための物質を含んで成る。試料分子8は、好ましくは、バイオアッセイ6、すなわち液体、好ましくは溶液、そして最も好ましくは水を含む溶液内に導入される前に、シグナル放射ラベル9で標識される。あるいは、シグナル放射ラベル9は、タンパク質に関して特徴づけられる試料を添加する前に、溶液中に導入されうる。当該試験結果は、異なる型の支持体1の蛍光の程度によって測定される。シグナル放射ラベル9の蛍光強度は、バイオアッセイ6に存在する遺伝的特性を用いて、検出された試料分子8のレベルを定量する。2進のイエス/ノー反応の表示が好ましい実験だけが、バイオアッセイ6の支持体1が蛍光であるか否かの決定を必要とする。
【0038】
支持体1に接着した情報分子7は、好ましくは、本発明の異なる態様で、特定の遺伝的特性を用いて試料分子を検出するための実験に使用され、例えば、分子7は、
(a)遺伝子発現解析の場合、核酸及び/又はPNA分子;
(b)一塩基多型(SNP)の場合、核酸及び/又はPNA分子;
(c)核酸試験の場合、核酸及び/又はPNA分子;
(d)薬物標的の会合試験の場合、核酸及び/又はPNA分子;又は
(e)薬理遺伝学の場合、核酸及び/又はPNA分子、
であってもよい。
【0039】
情報分子7が上文の(a)〜(e)に限定されず、そして独自に識別され且つ同定されうる広範な分子を含んで成ることがあることも理解されるだろう。適当な化合物の例は、DNA結合タンパク質であり、そして更に好ましくは一本鎖の結合タンパク質である。この広範な全ての分子及び/又はプローブは、フォトリゾグラフィック作業を実施し、又は平面基板から支持体1を放出する前又は後のいずれかに上記段階(1)〜(5)によって加工された支持体に接着されうる。情報分子7は、好ましくは、支持体1の一方の側のみに接着され;あるいは、当該分子7は、好ましくは支持体1を全部又は部分的に覆う。
【0040】
分子7は、支持体1にごく微弱に結合するよう配置されることがあり;そのような微弱な結合は、アルミニウム表面11が、溶液、例えば水溶液中でインキュベートされた場合に未処理状態にあるように配置することによって達成される。支持体1の表面11又は情報分子7を修飾することによって、そのような結合は、選択的に増強されうる。支持体1の接着表面11の陽極酸化は、そのような増強を提供する1つの方法である。アルミニウム上の多孔性の表面を増大する方法は、当業界で知られている。同様に、そのような多孔性表面を塞ぐ方法も知られている。出願人は、多孔性及び深さを正確に制御して吸収する表面を増大させるための比較的単純な方法を開発するために、その様な知識を活用した。そのような多孔性の表面は、好ましい核酸又はPNA分子によく結合することができる。アビジン-ビオチン系の使用は、支持体1とそれらが会合する情報分子7との間の結合を向上させるための別のアプローチである。支持体1の表面11はまた、接着特性を更に増強するために、ポリマー材料、例えばシラン及び/又はビオチンで処理されることもある。支持体1は、好ましくは、それらの表面11にシランを焼き付けている。連結分子、例えばアビジン-ビオチンサンドウィッチ系の情報分子7に対する接着は、それらの分子接着特性を更に増強させる。
【0041】
そのような増強された接着が重要であるのは、製造の間にそれがプローブ分子7を支持体表面11に強力に結合させ、一方で、試験の間に蛍光標的分子8の弱い非特異的結合を維持するためである。更に、そのような増強された接着は、好ましくは、支持体1の接着面11と情報分子7との間に共有結合を有することによって達成される。共有結合は情報分子7が支持体1から取り除かれ、そして解析の間にバイオアッセイ6中のバックグラウンドノイズの混乱を招くことを防ぐ。さもなければ解析の間にバイオアッセイ6中のノイズを増大させることがある、あらゆる過剰な情報分子7を除去するために、接着の後、自身に情報分子7が接着している活性な支持体1を洗浄することが重要であると思われる。それによって、当該試験の判別は、よりよいシグナル対ノイズ比を介して増強される。
【0042】
前述の通り、支持体1上で加工されたそれぞれの異なる連続同定コード2は、独特な対応する情報分子7と会合している。連続同定コード2は、好ましくは、常用のバーコードシステム上で見られるものと類似の読取スキーム、例えば商業的な小売店で商品にラベリングに利用されているものを用いて、一連の穴として支持体1上に保存されている。そのようなコードは、既存の読取技術を使用することで支持体1のバーコード2を同定させ、それによって、本発明に従う技術を採用する場合に初期投資額を減少させる。
【0043】
バイオアッセイ6及び関連の支持体を用いる使用のための読取システムは、これから説明する。
【0044】
本出願人は、2つのクラスの読取システムを開発した。これらは支持体1を操作するためのフローセル、及びプレートアウトした支持体1の平面画像化に基づいている。
【0045】
構造がフローサイトメトリーと類似のフローベースの読取システムは、1秒当たり何千もの支持体1を引き寄せ、それによって各支持体1のバーコード2及びその関連する試験結果の結果を同時に読み取るために使用されうる。当該試験結果は、イエス/ノーの二進の結果として、又は蛍光10の値によって測定される。あるいは、平面の読取システムであって、
(a)支持体1が平面基板上にプレートアウトされ;そして
(b)蛍光顕微鏡及び関連する画像処理が当該支持体のバーコード及びそれらの関連する試験結果を読み取るために利用されている、
システムが利用されることもある。
【0046】
フローベースの読取システム及び平面読取システムの態様は、図3,4,5及び6を参照して、以下で更に詳細に説明する。
【0047】
図3を参照すると、30で大まかに示したフローセルの読取装置が示されている。当該読取装置30は、上流の末端及び下流の末端を有するフローチューブ31を含んで成る。上流の末端において、関連する集束領域32あって、チューブ31外に位置する領域32と流体が通じている噴射ノズル33がチューブ31内に含まれる。当該領域32は先細になっており、ここでノズル33と結びついている。更に、ノズル33は、チューブ31内の離れた末端に出射孔43を含んで成る。
【0048】
下流の末端にある読取装置30は、上流の末端にあるノズル33から下流の末端にある測定装置35へと、運転中に液体の流れで運ばれる支持体1を読み取るために、35で示した測定ユニットを含んで成る。装置35は、読取領域34、読み取りユニット37、光源38、検出ユニット40、シグナル放射ユニット39及び処理ユニット36を含む。シグナル放射ユニット39は、好ましくは蛍光源である。
【0049】
読取装置30の運転は、概要を最初に説明する。
【0050】
バイオアッセイ6、例えば自身の中に分散した多数の支持体1を含んで成る液体は、集束領域32へと誘導される。更に、流体45、例えば濾水の流れは、上流末端から下流末端への方向で、チューブ31に沿って生じる。集束領域32内の支持体1は、領域32の先細の外形によって、例示したように列の様の構成に並ぶよう働きかけられる。支持体1は出射孔43から排出され、そしてチューブ31に沿った流れ45で読取領域34内にさっと通り、そして最終的にはそこを通過する。1又は複数の支持体1が読取領域34に新入する際、光源38からの光は1又は複数の支持体1を照らし、その結果、それらは読取ユニット37においてシルエット図で現れる。読取ユニット37は、支持体1の連続同定2を決定するためのその後の画像処理のために、処理ユニット36と通じている、対応するシルエットシグナルを生成する。シグナル放射ユニット39はまた、1又は複数の活性化支持体1の蛍光を誘導するために選択された波長を有する放射線で領域34を照射する。検出ユニット39は、領域34で生じるあらゆる蛍光を検出し、そして、処理ユニット36によってその後受け入れられる、対応する蛍光シグナルを生成する。領域34を通過して輸送される各支持体1のために、処理ユニット36は、その対応する程度の蛍光を有する支持体1の連続同定2を決定するためにプログラム化される。更に、処理ユニット36はまた、その会合した情報分子7によって提供される試験により、連続同定2に関する関連のデータベースと繋がっている。
【0051】
好ましくは、運転中にチューブ31に沿って流れる流体45は液体である。あるいは、流体45は、支持体1を出射孔43へ運ぶ液体が出射孔43で蒸発し、それによって支持体1をチューブ31内に送り出すのを補助するような、ノズル33に対して減圧の気体であってもよい。チューブ31から流れる流体が液体である場合に、チューブ31内の層流様式を確立しやすい一方、チューブ31からのガス流は潜在的に、領域34において、極度に迅速な支持体1の処理量及び関連する問い合わせ(interrogation)を提供する。
【0052】
読取装置30の設計及び運転を更に詳細に説明する。
【0053】
読取装置30は、支持体1、すなわちマイクロラベルが確定済みの問い合わせ(interrogation)領域34を介してチューブ31の中心領域に沿って流れるように誘導するために設計される。加速されたシース液41の構成及び噴射ノズル33を利用することによって、チューブ31の中心領域内に噴射される支持体1は、流体力学的な集束効果42にかけられ、全ての支持体1を縦に、すなわち軸方向に並ばせ、そして出射孔43から下流に位置する問い合わせ領域34内の明確な焦点を通過させる。チューブ31において、噴射ノズル33を介してチューブ31に進入するバイオアッセイ液6と混合する読取流体45の層流が存在する。出射孔43と問い合わせ領域34との間の距離は、噴射ノズル33によって生じるあらゆる乱流を分散させるのに十分長いものでなければならない。この十分な長さは、読取の流体45の実質的に層状の流れを可能にし、そしてその結果、支持体1を、非振動の運動で焦点44を通過させる。必要に応じて、ノズル33は、チューブ31内で更に対称な速度プロファイルを得られるように、集束領域32からフィードチューブの放射状に対称的な提供されることもある。図3に含まれる速度プロファイル61は、チューブ31内の実質的に層状の流体の流れの速度の例示を提供し、流体の速度は、チューブ31の中心領域からチューブ31の内側の周辺面に向かって増大する。チューブ31の周辺面に極めて接近した境界面領域において、流体の速度は、チューブ31の内面で、実質的にゼロにまで漸進的に減少する。
【0054】
チューブ31に進入する前に、支持体1は、チューブ31内への噴射のために支持体1を配置することができる集束領域32を通過する。支持体1は、チューブ31を介して、焦点44にある場合に、それらが測定ユニット35によって問い合わせられる問い合わせ領域34へと輸送される。好ましくは、フローベースの読取システム30において使用される支持体1は、情報分子7を支持体1の少なくとも2つの反対の主面11上に接着させている。
【0055】
光源38は、読取領域34を通過し光を、そして焦点44で支持体1を照射する光を放射する。好ましくは、光源38は、バイオアッセイの流れ45の方向と実質的に垂直な面A-Aで、且つ2つの異なるラジアル方向から光を放射し、ここで、ラジアル方向は、好ましくは、相互角分離(mutual angle separation)、例えばおよそ45°の分離の相互角分離(mutual angular separation)を有する。焦点44内の支持体1の照射のそのような配置は、支持体1が、それらの回転位置に関係なく、それらの縦軸に沿って同定されることを可能にする。光源38に対して、問い合わせ領域34の反対側に実質的に位置する読取ユニット37は、焦点44にある1又は複数の支持体1を通過する光を読み取る。当該読取ユニット37は、それらが問い合わせ領域34を通過する際に、支持体1と光通信する。各支持体1の一方の末端におけるマーキングの形態の特徴は、読取情報をどのように解釈するかを読取ユニット37に示すために使用される。このことは、支持体1を、その縦軸に沿っていずれかの方向から読ませることを可能にする。マーキングはまた、可能性のある連続同定コードの数を100,000を遥に超えて増大させるために使用することも可能である。例えば、別々の支持体1のセット上で4つの異なるマーキングを利用することは、支持体の同定の組み合わせの数を約400,000に増大させることができる。情報コードがどのように読み取られるかを示す代りの機構は、各ブロックを0秒で開始し、そして当該ブロックを1秒で終了することであり、逆もまた同様である。これらの機構の更なる代替物、好ましくはパリティビットチェック及び/又はフォワードエラーコレクションのためのエラーチェッキングデータによって、試験の信頼性が向上する。
【0056】
運転中、シグナル放射ユニット39は、放射線、例えば蛍光を放射させ、これは、試料分子8及びシグナル放射ラベル9と反応した支持体1に相当する蛍光放射10を放出させる。検出ユニット40は、支持体1上の活性化したシグナルラベル9によって発せられる蛍光放射10の強度を測定する。この強度は、遺伝的特性のバイオアッセイ6試料に存在する反応性の試料分子8の量を決定するために推定されうる。続いて、処理ユニット36は、読取ユニット37によって測定された支持体1の検出された連続同定手段2からの情報及びそれらの支持体1が検出ユニット40によって検出されたシグナル10をどの程度発したかを評価する。続いて、当該情報は、特定の連続同定手段2と特定の情報分子7を結びつける、事前に設定した情報を含んで成るデータベース内の相当する情報によって確認される。
【0057】
一度十分な数の支持体1が読み取られると、測定ユニット35の処理ユニット36が、支持体1に関連する試験結果を計算する。この十分な数は、好ましくは10〜100コピーの各型の支持体1であり;この数は、好ましくは、統計的解析を試験結果に対して実施できるようなものである。例えば、統計的解析、例えば、平均の計算及び標準偏差の計算が、存在する各型の情報分子8と会合する蛍光10について実施されうる。処置ユニット36はまた、読取装置及び検出ユニット37、40を制御し、その結果、個々の支持体1が1回に限り解析される。フロー読取装置30を通過する支持体1の蛍光10だけを解析して処理する情報量を減らすことも可能である。
【0058】
図4において、
(a)支持体1を平面基板49、例えばチップ、スライドガラス又はマイクロアレイに載せ、相当する支持体が負荷された基板48を提供し、そして
(b)図3において例示され、且つ前文に記載のように、平面測定ユニット35を用いて支持体が負荷された基板48を問い合わせる、
段階を含んで成るインキュベーション過程46を示す。
【0059】
インキュベーション過程46は、支持体1を混合し、接着した情報分子7に液体のバイオアッセイ溶液6中の遺伝的特性分子8を含んで成る試料を担持させること、を包含する。続いて、支持体1は、平面基板49上に蒸着され、そしてその後支持体が負荷された基板48を生成するために乾燥されることもある。次に、測定ユニット35は、蛍光10のレベルを測定し、そして更に支持体が負荷された基板48の異なる支持体1の連続同定手段2のレベルを測定する。通常、負荷された基板48上の全ての支持体1が、当該実験の総合的品質を証明するために解析される。時間の節約及び/又は処理能力に関心があるであろう場合において、処理ユニット36のソフトウェアは、好ましくは、例えば蛍光シグナルラベル9を介して、遺伝的特性分子8との相互作用が生じたことを示す、シグナル10を発する支持体1のみを解析するよう設定されうる。平面測定ユニット35を用いる、負荷された基板48の解析は、非常に費用有効性があり、実施が容易であり、且つ、例えば各支持体49上の一桁から数千の支持体の範囲内にある、少数から中程度の試料の数のために解析能を増大させるのに適した方法である。
【0060】
平面読取システムを図5に例示し、そして62で大まかに示す。読取装置62において、支持体1が、平面の光透過性基板49上にプレーティングアウト、すなわち、固定して蒸着され、又は液体中で蒸着される。好ましくは、平面基板49はポリマー、ガラス又はシリコンを基にした材料、例えば顕微鏡スライドから加工され、そして最も好ましくは、それはマイクロアレイの形態である。その後、常用の蛍光顕微鏡を実施するために配置された測定ユニット35は、支持体を載せた基板49を体系的に解析するために使用される。基板49を体系的に問い合わせるのに好ましい経路60を図6a及び図6bに示す。図6aは、蛇行型の問い合わせ様式の図であり、一方、図6bは、らせん型の問い合わせ様式である。当然のことながら、当業者に自明の、多数のほかの可能性がある経路60が存在しており、例えば、基板49を反対方向で経路60に移動させ、又は基板を蛇行しながら斜めに進む経路で移動させる。しかしながら、図6a、6bの様式は、増大した支持体1の読取速度を達成するのに効果的である。好ましくは、支持体49を支え、そして担持するステッパーモーター作動型のベースプレート50は、基板49を周囲に移動させるために使用され、一方で、測定ユニット35は静置される。支持体1の位置は、それらが1回だけ解析されるように追跡される。
【0061】
画像処理のための、平面測定ユニット35の読取ユニット37は、支持体1が固定されるようになった基板49の各領域のデジタル画像を捕らえるのに使用される。その結果得られたデジタル画像は、基板49及びベースプレート50を介して、そして次に支持体1を介して透過される光に相当し、これは支持体1をシルエット図で与え;そのような支持体1のシルエット画像は、処理ユニット55と組み合わせて、読取ユニット37によって解析される。従って、各支持体1と会合する、連続同定手段2、例えばバーコードは、読取ユニット37によってその透過された光のプロファイルから同定される。シグナル放射ユニット39は蛍光シグナルを生成し、このシグナルは、遺伝的特性分子8と相互作用した支持体1上のラベル9を蛍光10にする。検出ユニット40は、反応の程度を同定するために、活性化した支持体1に由来する蛍光10の程度を検出する。活性化した支持体1の表面11全体に取り込まれた蛍光シグナル10は、統計的解析しやすいデータセットを構築するために、同定バーコード2と関連して記録される。
【0062】
処理ユニット55は、光源38、シグナルユニット39、読取ユニット37、及び検出ユニット40、並びにディスプレイ56と連結される。更に、処理ユニット55は、光源38及びシグナルユニット39を制御するためのコントロールユニットを含んで成る。支持体1に由来する光のシルエット及び蛍光シグナル10は、1又は複数のレンズ及び/又は1又は複数の鏡を含んで成る光学的な組み立て部品を介して検出ユニット40及び読取ユニット37へと進む。鏡52は、光学シグナルを2つの経路に進めるために使用され、そして光学フィルター53,54は、それらの波長に基づく不所望の光学シグナルをフィルターにかけるために使用される。あるいは、光源38及び及びシグナルユニット39は、時々オンオフに、例えば相互に交代して切り換えられうる。シグナルは、読取ユニット37及び検出ユニット40から受け取られ、これは処理され、そして対応する統計的解析結果はディスプレイ56上に提示される。各型の支持体1の類似のメンバーは、実験の光学的な統計的解析を与えるために必要とされる。そのような統計的解析は当業界で周知である。
【0063】
1又は複数の遺伝的特性を検出する生化学的方法の好ましい態様は、上述の連続同定手段2と一緒に、支持体1を利用する。当該方法は、複数の異なる順番で実施されうる複数の段階を含んで成り、そして更に詳細に下文で説明する。
【0064】
情報分子7は、試料中の潜在的な遺伝的特性物質8の検出を可能にするために、支持体1の少なくとも主面11に接着される。続いて、少なくとも1つの型の連続同定手段2を有する支持体1は、3次元アレイを許容するために流体6中で懸濁され、個の中で、支持体1は流体6中に沈められる。3次元アレイは、最良の反応速度を可能にする。流体6中で懸濁される、異なる型の支持体1の数は、必要とされる試験の処理量に依存するが、何百、何千であってもよく、又はたとえ何万であってもよい。流体6中で懸濁される同一の型の支持体1の数は、中でも、統計的解析も質及び解析の容易さに依存する。
【0065】
解析されるべき、潜在的に遺伝的特性物質8を含む試料は、支持体1が流体6中で懸濁される前又は後に、流体に添加される。シグナル放射ラベル9も流体6に添加される。これらのシグナル放射ラベル9は、支持体1上の情報分子7と解析試料中で求められる遺伝的特性物質8との間の相互作用、例えば結合を示すために使用される。シグナル放射ラベル9を流体6に添加する多数の異なる方法が存在している。それらは、例えば、別々に流体6に添加され、試料を流体6に添加する前に解析されるべき遺伝的特性物質8と接着され、支持体へのそれらの接着前又は後に情報分子と接着されることがある。情報分子7と解析試料中の遺伝的特性物質8との間の相互作用を示すための、シグナル放射ラベル9のための多数の異なる方法が存在する。
【0066】
1つのそのような方法は、情報分子7と、適合する遺伝的特性物質8と、シグナル放射ラベル9との間に相互作用が存在する場合、シグナル放射ラベル9によって活性化されうる、シグナル、例えば蛍光又は他の波長の光(色)である。あるいは、シグナル放射ラベル9は、遺伝的特性物質8との何らかの相互作用の前に活性化される。情報分子7と遺伝的特性物質8との間に相互作用が存在する場合、活性なシグナル放射ラベル9は、そのシグナルを失活させるほかの分子から放出される。このことは、上文で論じたものと対照的な検出をもたらし、すなわち、シグナルの不在は、反応が、例えばイエス/ノー実験で支持体上で起こったことを示す。同様に、蛍光シグナル10の減少は、流体6中に導入される解析試料中に存在する遺伝的特性物質8の量の指標であることもある。
【0067】
情報分子7と一緒の支持体1、解析されるべき試料8及びシグナル放射ラベル9を含む流体は、検出ユニット40及び読取ユニット37を用いて解析される。読取ユニット37は、解析試料中の遺伝的特性物質と反応した情報分子7と一緒の少なくともそれらの支持体1の連続同定手段2を読み取る。多重実験の品質管理として全ての支持体1の連続同定手段2を読み取ることが好ましいこともある。検出ユニット40は、シグナル放射ラベル9の相互作用シグナル10の不在又は存在を検出する。別の型の生化学的アッセイ法において、1個以上のシグナルが、解析試料中の2又はそれ以上の遺伝的特性8の存在を示す各支持体上で使用されることもある。このことは、2又はそれ以上の異なる情報分子7が同一の支持体1上に接着したことを意味するだろう。遺伝的特性の検出に使用するために使用される別の好ましい方法論は、遺伝的特性の存在を示すために、異なる連続同定手段2を有する2又はそれ以上の支持体1に由来する複合シグナルを使用することである。このシグナルの複合は、活性化(active)支持体A及び不活性化(passive)支持体B、活性化支持体A及びB、又は不活性化支持体B及び活性化支持体A、であってもよく、支持体のそれぞれの異なる組み合わせは、どの型の遺伝的特性が流体中で検出されるかを示している。
【0068】
1又は複数の遺伝的特性を検出するための生化学的アッセイの使用目的には、薬物ターゲッティング、プロテオミクス又は解析物の解析が含まれる。これらのバイオアッセイ法の使用はまた、スクリーニング及び診断の分野での使用に適している。
【0069】
特許請求の範囲に記載の本発明の範囲から逸脱することなく、前述の発明の態様に変更がなされることもあることは理解されるだろう。
【図面の簡単な説明】
【0070】
【図1】図1は、連続同定手段を含んで成る単一の支持体の平面図及び側面図である。
【図2】図2は、支持体、情報分子及びシグナル放射ラベルを含んで成るバイオアッセイの概略図である。
【図3】図3は、フローベースの読取装置の流れ方向の断面図である。
【図4】図4は、平面に基づいた読取装置のインキュベーション及び読取過程の図解のフローダイアグラムである。
【図5】図5は、平面基板上で支持体を問い合わせるための平面を基にした読取装置を例示する概略図である。
【図6a】図6aは、平面を基にした読取装置によって採用される測定経路の例を例示する平面基板の図解の上面図である。
【図6b】図6bは、平面を基にした読取装置によって採用される測定経路の例を例示する平面基板の図解の上面図である。
【0001】
本発明は、請求項1の前段に記載の、遺伝的特性を検出するための生化学的方法、及び更には請求項20の前段に記載の、遺伝的特性を検出するための装置、に関する。
【背景技術】
【0002】
近年、多くの型の生物、例えば酵母、細菌及び哺乳類並びに細胞系の遺伝的特性を検出するための技術及び関連するシステムに、かなりの注目が集まっている。現在、遺伝的特性を検出するための試験は、連続的に行われる多数の実験段階を必要とする。当該段階は、2次元ゲル電気泳動(2Dゲル)、電気泳動後のタンパク質抽出、それに続く質量解析、を含む。タンパク質の解析法は、より多くの検出処理量に関連して、より大掛かりな自動化への方向へと進化している。そのような技術の進歩は、例えばヒトゲノム計画、によって促されており、この計画は実にヒトゲノムにほぼ30,000〜40,000の遺伝子が存在していることを示した。新規な遺伝的特徴の発見により、どのように/なぜ、異なるタンパク質が産生し、そして機能するかの理解における注目が増大している。何百万もの遺伝的特性及び何千もの解析される種により、遺伝的特性を解析する高処理量の方法が、タンパク質科学の継続している進展にとって非常に重要になってきている。例えば、現在では薬物の研究及び開発に関連するタンパク質の同定及び特徴づけ(プロテオミクス)のための大量に並列して行われる高処理量の技術についての必要性が存在している。
【0003】
遺伝的特性を決定するための複数の既知の技術が存在しており、これらの技術は、個別に標識される多数の成分の実験を包含しており;当該実験が完了した場合、それらは、同定のためのそれらの会合したラベルを用いて読み取ることができる。現在使用されているラベルには、
(a)「DNAテストチップ」として知られる、試験用集積回路の表面上での各実験の位置;
(b)マイクロタイタープレート内又はチューブ内の各実験の位置;
(c)膜表面上の各実験の位置;及び
(d)実験に結合する粒子を同定する蛍光スペクトル又は他の方法、
が含まれる。
【0004】
そのような既知の方法は、製造し、そして使用するには困難で且つ費用がかかり、それの実行のための構成要素を利用するという欠点を有する。更に、当該方法はまた、遺伝的特徴づけの工程のためのそれらの潜在的な利用を制限する、高いバックグラウンド干渉に苦しむ。
【0005】
米国特許第6,027,880号において、マイクロアレイが記載されている。マイクロアレイは、その表面が多数の空間的に配置された部位に分けられ、各部位が個々の実験に相当する、集積回路に関する。それぞれの個々の実験は、そこに存在する1又は複数の相当するヌクレオチドにより提供される。各部位は、集積回路の表面上のその空間的な位置によって効果的に標識されている。Affimetrix社は、各マイクロアレイが並列解析によっておよそ12,000個の完全長の遺伝子を解析することができる、そのようなマイクロアレイを製造している。同一のマイクロアレイ上で試験される試料の数が増えるにつれ、関連する製造装置の縮小化及び専門的な材料の扱いについての要求が、そのようなマイクロアレイの製造をますます複雑にする。そのようなマイクロアレイ上でモニタリングされる試料の遺伝的特性はあらかじめ知られ、そして単離されなければならず、そのような事前の知識は、研究されるべき生物又は種のそれぞれの異なる型についての顧客の要求に対して特異的なマイクロアレイを製造するのを複雑且つ高価な方法にさせている。この技術に関連する更なる欠点は、低いフレキシビリティー、乏しい反応速度、長い製造の所要時間、高度な読取技術、高コスト及び低いデータの品質、である。
【0006】
前述のマイクロアレイを製造するための初期投資は、しばしばかなりのものである。そのようなマイクロアレイの潜在的なユーザーの多くは、それらのコストを高額と感じている。更に、装置が非常にアプリケーション特異的であり、そしてすぐに時代遅れとなるので、マイクロアレイを利用する装置に投資する潜在的なユーザーにとって高い危険性が存在している。この型の装置の専門的な買い手はほとんどおらず、放出される値段はしばしば安い。
【0007】
マイクロアレイ実験を実施するのに使用される計測装置、例えば読取装置及びロボットシステムは、技術的に先進のものでもあり、そしれそれ故に非常に高価である。更なる欠点は、乏しい感度とかなりのバックグラウンドノイズであり、これは実験結果の正確な決定を阻害する。反応速度を向上させ、その結果マイクロアレイの結果の質を向上させる技術も利用されている。例えば、チャネル及び多孔性材料の使用を介するマイクロアレイの表面対体積の比の向上は、Akzo Nobelの公開された国際PCT出願番号WO99/02266に記載されている。実際には、そのようなマイクロアレイを用いる場合、十分な反応速度を達成するのに問題があることが明らかとなっている。再度、これらの問題は複雑な製造を引き起こし、これは、マイクロアレイを用いる場合に、ユーザーが実験を仕立てる自由度を制限している。
【0008】
微粒子上で実施されるバイオアッセイは、大規模に並列して行われるアレイ技術の別の型を提供する。異なる試料を互いに分離する方法は、多数の試験が同時に実施されうるように、情報分子を小さい支持体に接着させることによって達成されている。当該支持体を互いに識別するために使用されるシステムは、通常蛍光又は反射を指標とするものである。
【0009】
公開された国際PCT出願番号WO 99/35293において、ディファレンシャルない電子発現の形態で遺伝的特性を解析する方法が記載されている。当該方法は、固形支持体上のクローニングされた参照DNAとハイブリダイズした核酸プローブの参照群を含む。当該固形支持体は微粒子であり、そして会合反応を示すためにポリヌクレオチドと反応する光学的標識を使用する。先進の分類装置が反応した支持体を分類するために使用され、そのような分類は、異なる支持体と会合した、異なる光学的シグナル強度によって達成され;当該光学的標識は発光しており、そして当該微粒子支持体は、それらから発せられた光の強度に依存して分類される。そのような分類法は、別個に負荷された微粒子の使用を介して遺伝的特性を検出するマイクロアレイよりも大きなフレキシビリティーを可能にする。しかしながら、活性化した微粒子から発せられた光の異なる強度レベルを決定するのに必要な計測手段の複雑さに関して経験する更なる問題が存在する。
【0010】
出願人の公開された国際PCT出願番号WO 00/16893において、バイオアッセイにおける固形支持体の使用、及びそのような支持体の製造方法に関する革新が記載されている。当該支持体は、陽極酸化された金属、好ましくはアルミニウムから製造される。当該支持体は、例えば、抗原に結合するために、それらに接着した抗体を有する。
【0011】
遺伝的特徴を検出する現在の方法は、遺伝子発現プロファイリング及び遺伝子型同定解析に関する。そのような解析は、DNAチップ又はマイクロアレイ及びスポットアレイを用いて現在実施されている。これらの方法は、スポッティングの質が変化するという欠点を有しており、これは、結果として当該アレイから得られる、試験結果の低い信頼性をもたらすことがある。そのような低い信頼性は、続いて、スポッティングの質を保証するために、マイクロアレイ及びスポットアレイの製造間に、広範囲な品質管理の必要性をもたらす。更に近年、色分けされたマイクロスフェアが遺伝子同定及び遺伝子発現実験に使用されている。しかしながら、これらの実験は、そられの色分けの数が制限されており、比較的高コストであり、そしてそれ故に、任意に一回で実施されうる試験の数に関して限定される。この技術による更なる欠点は、実験結果を読み取るのに必要とされる高コストの機器、並びに使用する色素の不所望な吸収及び放出特性、である。
【0012】
遺伝的特性を検出するための別の既知のアプローチは、一塩基多型(SNP)検出及びスコアリング法である。SNPの検出及びスコアリングの多数の方法が存在しているが、これらは種々の欠点を示す。そのようなSNP検出に含まれるいくつかの方法には、ミニチュアハイブリダイゼーションアレイ(DNAチップ)、ゲルに基づいた解析及び動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション(dynamic allele-specific hybridisation(DASH))が含まれる。これらの方法はまた、薬物標的の会合試験及び薬理遺伝学のために遺伝的特性を検出する場合に使用されることもある。当該方法はまた、標的のPCR増幅を必要とするという欠点を有し;そのような増幅は、スケールアップ及びオートメーション化の可能性を制限する負担を表す。前記マイクロアレイ及びバイオアッセイについて言及した多くの他の欠点、例えばスポッティングの質の変化、ハイブリダイゼーションの再現性、及び任意の事例で実施されうる試料の数も、これらの方法に適用される。
【0013】
現代の遺伝的特徴づけの技術で被る別の問題は、高度に訓練され、そして遺伝的特性を決定するための実験の数を増やして行う場合に必要とされる複数の異なるシステムの設定を理解するスタッフが必要なことである。そのようなスタッフの必要性は、スタッフの訓練における比較的高い初期投資をもたらす。それはしばしば、解析結果の検証の必要性により、且つ解析結果の信頼性を増すために、科学者による監視を必要とする繰り返しの実験を行う必要があり、これは他の活動についてのこれらの科学者の利用可能性を低下させる。更に、多くの産業、例えば薬の研究及び開発においては、全てを検証しなければならない、かなりの時間の必要性及び費用をもたらす方法を通じて使用される広範な技術が存在している。
【発明の開示】
【0014】
本発明の第一の目的は、遺伝的特性を検出するのが向上した方法を提供することである。
【0015】
本発明の第二の目的は、遺伝的特性を検出するための実験を実施する、低コストで高処理量の方法を提供することである。
【0016】
本発明の更なる目的は、遺伝的特性を検出することが向上した装置を提供することである。
【0017】
本発明の第一の観点に従い、1又は複数の本発明の前述の目的及び以下の説明から明らかな他の目的を解決するために、請求項1に記載の方法が提供される。
【0018】
更に、本発明の第二の観点に従い、1又は複数の本発明の前述の目的及び以下の説明から明らかな他の目的を解決するために、請求項20に記載の装置が提供される。
【0019】
当該方法及び装置は、本発明の前述の目的を解決することができるという利点がある。
【0020】
このように、本発明の第一の観点は、遺伝的特性を検出するための方法に関し、ここで、特定の連続同定手段を有する支持体が、それらの主面に情報分子を接着させている。支持体上に当該分子を接着させ、そして流体中でそれらを懸濁することは、非常に良好な反応速度を可能にし、それによって反応液量及び時間を減少させるだけでなく、感度も向上させる。検出される遺伝的特性を潜在的に含む試料が前記流体に添加される。一度に数十万の試験を行う多重化実験が可能であるのは、異なる連続同定手段を有し、且つ情報分子が接着した多数の支持体が、当該バイオアッセイ内に同時に存在しうるからである。支持体と組み合わせての、その様な分子の使用は、バッチ型で且つ繰り返し型の実験を実施する必要を減らす。異なる型の信号は、支持体の連続的な同定手段を示すために使用され、そして相互作用シグナルは1又は複数の遺伝的特性との相互作用を示す。そのようなアプローチは、その結果、あまり先進的でない読取装置及び検出器をアッセイの測定の実施に必要とし、それによって潜在的にコストを削減する。
【0021】
本発明の好ましい態様において、当該支持体は、それらに対する情報分子の接着の前に酸化される。そのような接着は、支持体の表面に向上した機械的且つ物理的接着特性を持たせる。あるいは、又は更に、当該支持体は、それらへの情報分子の接着を増強するために1又は複数の結合因子でコーティングされる。
【0022】
本発明の更に好ましい態様において、測定ユニットは、シグナル放射ラベルの検出と連続的な同定手段の読取を事実上同時に実施する。この同時の測定は、先進のソフトウェアが当該支持体のトラッキングに利用されない場合、不正確な読取の危険性を減らし、そして処理量を増大させる。
【0023】
本発明の追加の態様において、連続同定手段の読取は、収集された情報をどのように解釈するかを示すために配置された1又は複数の機構を設置することを含む。このことは、例えばフローサイトメーター読取システムを、位置又は流れ方向に関係なく支持体を同定することを可能にする。
【0024】
本発明の更なる態様は、基板上に乗せられ、そして次にその上に固定された、負荷された支持体を含む流体を有する。このことは既存の装置の設定に対するわずかな改変を必要とするだけで、標準的な平面を読み取る方法の処理量の能力の倍数的な増大を可能にする。
【0025】
本発明の特別の観点によると、測定ユニットの読取は、支持体と会合した基板を既定の経路に沿って運ぶことを包含する。経路に沿ったそのような動きは、好ましくは、測定ユニットを固定したまま、支持体が載った基板を動かすことによって達成される。あるいは、支持体を有する基板を固定したまま測定ユニットが動かされうることも明らかである。そのようなアプローチは、結果として、液体中の実質的に全ての支持体を解析させることができる。測定経路に沿って測定ユニットの焦点領域内に部分的にしか存在しないそれらの支持体は、それらが1回だけ解析されるように記録される、それらの相当する位置を有する。
【0026】
本発明の他の好ましい態様において、検出される遺伝的特性は、遺伝子発現、SNP解析/スコアリング、核酸試験、薬物標的の会合試験又は薬理遺伝学のためのものである。本発明のこれらの態様は、低コストで、迅速で且つ簡便に、遺伝子発現、SNP解析/スコアリング、薬物標的の会合試験、薬理遺伝学及び/又は核酸試験、のための大量に並列で行われる多重バイオアッセイ試験を実施するための系を含む。そのようなスキームは、何千もの異なる型の、例えば、ラベル又はマイクロラベルとも称される、マイクロマシンをコードした支持体、を含む懸濁液を生成することによって高処理量を達成する。これらの各支持体は、例えば核酸又はペプチド核酸(PNA)の情報分子を担持する。情報分子が接着した支持体は、シグナルを放射するラベル、すなわちレポーター系、例えば蛍光と一緒の試験のもと、遺伝的特性を潜在的に含む試料と混合される。研究される遺伝的特性に結合する核酸プローブ又はPNAを有する支持体のみが、シグナル、例えば蛍光を結果として放射するシグナル放射ラベルと結合する。
【0027】
本発明の第二の観点において、活性化シグナル放射ラベルの検出と関連した第一シグナルと支持体の連続同定の読取と関連した第二シグナルの、2つの異なる型のシグナルを記録するために配置された検出手段及び同定手段を有する、遺伝的特性を検出する装置が提供される。そのような多数の異なる型のシグナルは、先進で、且つコストのかかる画像処理装置の潜在的な必要性を減少させる。
【0028】
遺伝子発現、SNP解析/スコアリング、薬物標的の会合試験、薬理遺伝学的生化学アッセイにおいて当該装置と一緒に適切に使用される固形支持体の態様は、形状が実質的に線形又は平面であり、そして陽極酸化金属表面層を有する。当該支持体の最大寸法は、好ましくは、およそ250μm未満、更に好ましくは150μm未満、そして最も好ましくはおよそ100μm未満の長さであり、それによって水性の懸濁液が多数の支持体から形成可能である。このことは、同一の型のバイオアッセイを、複数の異なる実験の型に使用することを可能にする。
【0029】
更なる態様において、支持体の表面層は、当該表面層の平面に垂直な、陽極酸化層の細胞の増殖方向を有する細胞構造の陽極酸化層を有する。適切には、当該支持体は、表面層に結合した、核酸又はPNAの情報分子(プローブ)を有する。支持体の表面層はアルミニウム製であってもよく、そして多孔性であってもよい。更に、表面層の孔径は、適切には、結合する核酸又はPNA分子のサイズにおおよそ適合される。このことは、情報分子の接着のために、優れた機械的且つ化学的な結合特性を有する支持体を提供する。
【0030】
別の態様において、当該支持体は、同定目的のために、空間が変化するパターンを組み込む。このパターン、すなわち連続同定は、好ましくはバーコードである。適切には、測定ユニット、例えば光学式読取装置は、当該パターンを読み取り、そして当該支持体を同定するために使用される。
【0031】
前述の本発明の特徴が、本発明の範囲を逸脱することなく、任意な組み合わせで組み合されうることは理解されるだろう。
【0032】
本発明の詳細な説明
図1において、本発明の好ましい態様の例示を示す。そこには単一の支持体1を示し;そのような支持体は後文において「マイクロラベル」とも言及される。当該支持体1は、ポリマー、ガラスから合金に及ぶ広範な材料から加工されるが、好ましくは金属から加工され、そして最も好ましくはアルミニウムから加工される。当該支持体1は、溝、ノッチ、くぼみ、突起(protrusion)、突起(projection)、そして最も好ましくは穴のうちの少なくとも1つ(又は任意なそれらの組み合わせ)の形状でもありうる連続同定手段2を組み込んでいる。連続同定手段2は、適切には、透過型光学式バーコードである。バーコード2は、支持体1から伸びる、空間的に連続的な一連の穴として導入される。そのような穴は、変化した形状及びサイズのものであってもよい。それらはまた、支持体1の固体の領域が光に対して実質的に非透過性であるが、バーコード2の穴がその時受ける光に対して高度に透過性である場合に最良の光学的コントラストを提供することができる。
【0033】
支持体1は、多数の異なる型の形状のものでもよいが、好ましくは、少なくとも主面11を持つ実質的に平面の形状を有する。この型の各支持体1は、およそ250μm未満、更に好ましくは150μm未満、そして最も好ましくはおよそ100μm未満の長さの最大寸法3を有する。当該支持体1は、適切には、およそ1:2〜およそ1:20の範囲の幅4対長さ3の比率を有するが、およそ1:5〜およそ1:15の比率の範囲が特に好ましい。更に、当該支持体1は、好ましくは3μm未満、そして更に好ましくはおよそ1μm未満の厚さ5を有する。およそ1μm未満の厚さは、当該支持体1をバイオアッセイにおいて有用なものとするための十分な機械的な支持体の強度を提供することが示されている。本発明の好ましい態様は、およそ100μmの長さ3、およそ10μmの幅4及びおよそ1μmの厚さ5をゆする支持体1に関し;そのような支持体は、最大100,000個の異なる同定順序のバーコード2を保存することができる。タンパク質の特徴づけの実験のためのバイオアッセイにおける使用のための最大100,000個の異なる支持体の変形物の実験的な証明が行われてきた。連続同定手段2内の2〜5の10進数字のデータを担持する、40〜100μmの範囲内の異なる長さ3の支持体1が、タンパク質の特徴づけの検出のための異なる実験における使用のために加工されている。
【0034】
およそ1000万のそのような支持体1、すなわちマイクロラベルが、単一の6インチ(152.4ミリ)の直径の基板、例えばシリコンウェハー上で、今日確立されている製造技術を用いて加工されうる。常用のフォトリゾグラフィー及びドライエッチングの工程が、陽極酸化アルミニウム層を製造し、そしてパターニングして、別々の固形支持体1を生成するために使用される。
【0035】
支持体1に類似の多数の支持体を製造するための加工方法は、以下の:
(1)可溶性の放出層を平面の基板に蒸着し;
(2)アルミニウム材料の層を、基板から離れた放出層上に蒸着し;
(3)フォトリゾグラフィー工程及びエッチング工程によってアルミニウム材料層内に支持体の機構を限定させ;
(4)任意にアルミニウム材料層を陽極酸化し;そして
(5)適切な溶媒を用いて放出層を除き、平面基板から放出された支持体を生成する、
段階を包含する。
【0036】
段階(3)及び(4)がいずれの順序でも実施されうることは理解されるだろう。更に、必要に応じて、段階(4)は省略されることがある。任意に、段階(2)の間のアルミニウム材料の気体による陽極酸化が利用されることもあり;そのような気体による陽極酸化は、支持体1に、支持体1内に深く広がる陽極酸化領域を与えることができる。放出層は、好ましくは、ポリメチルメタクリラート(PMMA)又は他の適当な型の材料、例えば常用の半導体微細加工において利用されるような光学的耐蝕膜(optical resist)であり;当該放出層は、段階(3)及び(4)の間に、平面基板に対して処置の位置にアルミニウム材料層を維持させる特性を示すために選択される。PMMAが利用される場合、適当な溶媒は、アセトン及び/又はメチルイソブチルケトン(MIBK)を含んで成る。
【0037】
図2を参照すると、6で大まかに示したバイオアッセイの形態で遺伝的特性を検出する方法が示されている。バイオアッセイ6は、例示の通り、相互に異なる曝露された分子の分類によって表された2つの結合事象の実験を含んで成る。当該アッセイ6は、各支持体が支持体1に類似する、多数の支持体を含んで成る。更に、当該アッセイ6は、活性(active)支持体1の選択されたセットの懸濁液と一緒に混合することによって生成する。相当する特定の連続同定コード2を有する各活性支持体1は、その後のタンパク質の特徴づけ解析の間に検出される特定の型の試料分子8と結合しそして/あるいは相互作用する、独特な情報分子7、例えばそれらと会合する核酸又はPNAプローブと会合している。情報分子7は、その物理的又は化学的意味での分子の意味に限定するというよりも、一般的な意味で使用される。当該情報分子7は、支持体1が、それらの加工の間に利用される、対応する平面基板から放出される前又は後のいずれかに支持体1に接着されうる。支持体1上への情報分子7のコーティングの増強は、当該分子7を、それらが会合する平面の製造基板からそれらが放出された後に支持体1に接着することによって達成される。シグナル放射ラベル、例えばラベル9は、好ましくは蛍光ラベルである。検出される遺伝的特性の試料分子8に結合した情報分子7を有する支持体のみが蛍光を発する。検出される試料分子8と結合する蛍光ラベル9及び、間接的に、情報分子7がこの蛍光をもたらし、これは10によって表される。試料分子8は、好ましくは、遺伝的特性の検出のための物質を含んで成る。試料分子8は、好ましくは、バイオアッセイ6、すなわち液体、好ましくは溶液、そして最も好ましくは水を含む溶液内に導入される前に、シグナル放射ラベル9で標識される。あるいは、シグナル放射ラベル9は、タンパク質に関して特徴づけられる試料を添加する前に、溶液中に導入されうる。当該試験結果は、異なる型の支持体1の蛍光の程度によって測定される。シグナル放射ラベル9の蛍光強度は、バイオアッセイ6に存在する遺伝的特性を用いて、検出された試料分子8のレベルを定量する。2進のイエス/ノー反応の表示が好ましい実験だけが、バイオアッセイ6の支持体1が蛍光であるか否かの決定を必要とする。
【0038】
支持体1に接着した情報分子7は、好ましくは、本発明の異なる態様で、特定の遺伝的特性を用いて試料分子を検出するための実験に使用され、例えば、分子7は、
(a)遺伝子発現解析の場合、核酸及び/又はPNA分子;
(b)一塩基多型(SNP)の場合、核酸及び/又はPNA分子;
(c)核酸試験の場合、核酸及び/又はPNA分子;
(d)薬物標的の会合試験の場合、核酸及び/又はPNA分子;又は
(e)薬理遺伝学の場合、核酸及び/又はPNA分子、
であってもよい。
【0039】
情報分子7が上文の(a)〜(e)に限定されず、そして独自に識別され且つ同定されうる広範な分子を含んで成ることがあることも理解されるだろう。適当な化合物の例は、DNA結合タンパク質であり、そして更に好ましくは一本鎖の結合タンパク質である。この広範な全ての分子及び/又はプローブは、フォトリゾグラフィック作業を実施し、又は平面基板から支持体1を放出する前又は後のいずれかに上記段階(1)〜(5)によって加工された支持体に接着されうる。情報分子7は、好ましくは、支持体1の一方の側のみに接着され;あるいは、当該分子7は、好ましくは支持体1を全部又は部分的に覆う。
【0040】
分子7は、支持体1にごく微弱に結合するよう配置されることがあり;そのような微弱な結合は、アルミニウム表面11が、溶液、例えば水溶液中でインキュベートされた場合に未処理状態にあるように配置することによって達成される。支持体1の表面11又は情報分子7を修飾することによって、そのような結合は、選択的に増強されうる。支持体1の接着表面11の陽極酸化は、そのような増強を提供する1つの方法である。アルミニウム上の多孔性の表面を増大する方法は、当業界で知られている。同様に、そのような多孔性表面を塞ぐ方法も知られている。出願人は、多孔性及び深さを正確に制御して吸収する表面を増大させるための比較的単純な方法を開発するために、その様な知識を活用した。そのような多孔性の表面は、好ましい核酸又はPNA分子によく結合することができる。アビジン-ビオチン系の使用は、支持体1とそれらが会合する情報分子7との間の結合を向上させるための別のアプローチである。支持体1の表面11はまた、接着特性を更に増強するために、ポリマー材料、例えばシラン及び/又はビオチンで処理されることもある。支持体1は、好ましくは、それらの表面11にシランを焼き付けている。連結分子、例えばアビジン-ビオチンサンドウィッチ系の情報分子7に対する接着は、それらの分子接着特性を更に増強させる。
【0041】
そのような増強された接着が重要であるのは、製造の間にそれがプローブ分子7を支持体表面11に強力に結合させ、一方で、試験の間に蛍光標的分子8の弱い非特異的結合を維持するためである。更に、そのような増強された接着は、好ましくは、支持体1の接着面11と情報分子7との間に共有結合を有することによって達成される。共有結合は情報分子7が支持体1から取り除かれ、そして解析の間にバイオアッセイ6中のバックグラウンドノイズの混乱を招くことを防ぐ。さもなければ解析の間にバイオアッセイ6中のノイズを増大させることがある、あらゆる過剰な情報分子7を除去するために、接着の後、自身に情報分子7が接着している活性な支持体1を洗浄することが重要であると思われる。それによって、当該試験の判別は、よりよいシグナル対ノイズ比を介して増強される。
【0042】
前述の通り、支持体1上で加工されたそれぞれの異なる連続同定コード2は、独特な対応する情報分子7と会合している。連続同定コード2は、好ましくは、常用のバーコードシステム上で見られるものと類似の読取スキーム、例えば商業的な小売店で商品にラベリングに利用されているものを用いて、一連の穴として支持体1上に保存されている。そのようなコードは、既存の読取技術を使用することで支持体1のバーコード2を同定させ、それによって、本発明に従う技術を採用する場合に初期投資額を減少させる。
【0043】
バイオアッセイ6及び関連の支持体を用いる使用のための読取システムは、これから説明する。
【0044】
本出願人は、2つのクラスの読取システムを開発した。これらは支持体1を操作するためのフローセル、及びプレートアウトした支持体1の平面画像化に基づいている。
【0045】
構造がフローサイトメトリーと類似のフローベースの読取システムは、1秒当たり何千もの支持体1を引き寄せ、それによって各支持体1のバーコード2及びその関連する試験結果の結果を同時に読み取るために使用されうる。当該試験結果は、イエス/ノーの二進の結果として、又は蛍光10の値によって測定される。あるいは、平面の読取システムであって、
(a)支持体1が平面基板上にプレートアウトされ;そして
(b)蛍光顕微鏡及び関連する画像処理が当該支持体のバーコード及びそれらの関連する試験結果を読み取るために利用されている、
システムが利用されることもある。
【0046】
フローベースの読取システム及び平面読取システムの態様は、図3,4,5及び6を参照して、以下で更に詳細に説明する。
【0047】
図3を参照すると、30で大まかに示したフローセルの読取装置が示されている。当該読取装置30は、上流の末端及び下流の末端を有するフローチューブ31を含んで成る。上流の末端において、関連する集束領域32あって、チューブ31外に位置する領域32と流体が通じている噴射ノズル33がチューブ31内に含まれる。当該領域32は先細になっており、ここでノズル33と結びついている。更に、ノズル33は、チューブ31内の離れた末端に出射孔43を含んで成る。
【0048】
下流の末端にある読取装置30は、上流の末端にあるノズル33から下流の末端にある測定装置35へと、運転中に液体の流れで運ばれる支持体1を読み取るために、35で示した測定ユニットを含んで成る。装置35は、読取領域34、読み取りユニット37、光源38、検出ユニット40、シグナル放射ユニット39及び処理ユニット36を含む。シグナル放射ユニット39は、好ましくは蛍光源である。
【0049】
読取装置30の運転は、概要を最初に説明する。
【0050】
バイオアッセイ6、例えば自身の中に分散した多数の支持体1を含んで成る液体は、集束領域32へと誘導される。更に、流体45、例えば濾水の流れは、上流末端から下流末端への方向で、チューブ31に沿って生じる。集束領域32内の支持体1は、領域32の先細の外形によって、例示したように列の様の構成に並ぶよう働きかけられる。支持体1は出射孔43から排出され、そしてチューブ31に沿った流れ45で読取領域34内にさっと通り、そして最終的にはそこを通過する。1又は複数の支持体1が読取領域34に新入する際、光源38からの光は1又は複数の支持体1を照らし、その結果、それらは読取ユニット37においてシルエット図で現れる。読取ユニット37は、支持体1の連続同定2を決定するためのその後の画像処理のために、処理ユニット36と通じている、対応するシルエットシグナルを生成する。シグナル放射ユニット39はまた、1又は複数の活性化支持体1の蛍光を誘導するために選択された波長を有する放射線で領域34を照射する。検出ユニット39は、領域34で生じるあらゆる蛍光を検出し、そして、処理ユニット36によってその後受け入れられる、対応する蛍光シグナルを生成する。領域34を通過して輸送される各支持体1のために、処理ユニット36は、その対応する程度の蛍光を有する支持体1の連続同定2を決定するためにプログラム化される。更に、処理ユニット36はまた、その会合した情報分子7によって提供される試験により、連続同定2に関する関連のデータベースと繋がっている。
【0051】
好ましくは、運転中にチューブ31に沿って流れる流体45は液体である。あるいは、流体45は、支持体1を出射孔43へ運ぶ液体が出射孔43で蒸発し、それによって支持体1をチューブ31内に送り出すのを補助するような、ノズル33に対して減圧の気体であってもよい。チューブ31から流れる流体が液体である場合に、チューブ31内の層流様式を確立しやすい一方、チューブ31からのガス流は潜在的に、領域34において、極度に迅速な支持体1の処理量及び関連する問い合わせ(interrogation)を提供する。
【0052】
読取装置30の設計及び運転を更に詳細に説明する。
【0053】
読取装置30は、支持体1、すなわちマイクロラベルが確定済みの問い合わせ(interrogation)領域34を介してチューブ31の中心領域に沿って流れるように誘導するために設計される。加速されたシース液41の構成及び噴射ノズル33を利用することによって、チューブ31の中心領域内に噴射される支持体1は、流体力学的な集束効果42にかけられ、全ての支持体1を縦に、すなわち軸方向に並ばせ、そして出射孔43から下流に位置する問い合わせ領域34内の明確な焦点を通過させる。チューブ31において、噴射ノズル33を介してチューブ31に進入するバイオアッセイ液6と混合する読取流体45の層流が存在する。出射孔43と問い合わせ領域34との間の距離は、噴射ノズル33によって生じるあらゆる乱流を分散させるのに十分長いものでなければならない。この十分な長さは、読取の流体45の実質的に層状の流れを可能にし、そしてその結果、支持体1を、非振動の運動で焦点44を通過させる。必要に応じて、ノズル33は、チューブ31内で更に対称な速度プロファイルを得られるように、集束領域32からフィードチューブの放射状に対称的な提供されることもある。図3に含まれる速度プロファイル61は、チューブ31内の実質的に層状の流体の流れの速度の例示を提供し、流体の速度は、チューブ31の中心領域からチューブ31の内側の周辺面に向かって増大する。チューブ31の周辺面に極めて接近した境界面領域において、流体の速度は、チューブ31の内面で、実質的にゼロにまで漸進的に減少する。
【0054】
チューブ31に進入する前に、支持体1は、チューブ31内への噴射のために支持体1を配置することができる集束領域32を通過する。支持体1は、チューブ31を介して、焦点44にある場合に、それらが測定ユニット35によって問い合わせられる問い合わせ領域34へと輸送される。好ましくは、フローベースの読取システム30において使用される支持体1は、情報分子7を支持体1の少なくとも2つの反対の主面11上に接着させている。
【0055】
光源38は、読取領域34を通過し光を、そして焦点44で支持体1を照射する光を放射する。好ましくは、光源38は、バイオアッセイの流れ45の方向と実質的に垂直な面A-Aで、且つ2つの異なるラジアル方向から光を放射し、ここで、ラジアル方向は、好ましくは、相互角分離(mutual angle separation)、例えばおよそ45°の分離の相互角分離(mutual angular separation)を有する。焦点44内の支持体1の照射のそのような配置は、支持体1が、それらの回転位置に関係なく、それらの縦軸に沿って同定されることを可能にする。光源38に対して、問い合わせ領域34の反対側に実質的に位置する読取ユニット37は、焦点44にある1又は複数の支持体1を通過する光を読み取る。当該読取ユニット37は、それらが問い合わせ領域34を通過する際に、支持体1と光通信する。各支持体1の一方の末端におけるマーキングの形態の特徴は、読取情報をどのように解釈するかを読取ユニット37に示すために使用される。このことは、支持体1を、その縦軸に沿っていずれかの方向から読ませることを可能にする。マーキングはまた、可能性のある連続同定コードの数を100,000を遥に超えて増大させるために使用することも可能である。例えば、別々の支持体1のセット上で4つの異なるマーキングを利用することは、支持体の同定の組み合わせの数を約400,000に増大させることができる。情報コードがどのように読み取られるかを示す代りの機構は、各ブロックを0秒で開始し、そして当該ブロックを1秒で終了することであり、逆もまた同様である。これらの機構の更なる代替物、好ましくはパリティビットチェック及び/又はフォワードエラーコレクションのためのエラーチェッキングデータによって、試験の信頼性が向上する。
【0056】
運転中、シグナル放射ユニット39は、放射線、例えば蛍光を放射させ、これは、試料分子8及びシグナル放射ラベル9と反応した支持体1に相当する蛍光放射10を放出させる。検出ユニット40は、支持体1上の活性化したシグナルラベル9によって発せられる蛍光放射10の強度を測定する。この強度は、遺伝的特性のバイオアッセイ6試料に存在する反応性の試料分子8の量を決定するために推定されうる。続いて、処理ユニット36は、読取ユニット37によって測定された支持体1の検出された連続同定手段2からの情報及びそれらの支持体1が検出ユニット40によって検出されたシグナル10をどの程度発したかを評価する。続いて、当該情報は、特定の連続同定手段2と特定の情報分子7を結びつける、事前に設定した情報を含んで成るデータベース内の相当する情報によって確認される。
【0057】
一度十分な数の支持体1が読み取られると、測定ユニット35の処理ユニット36が、支持体1に関連する試験結果を計算する。この十分な数は、好ましくは10〜100コピーの各型の支持体1であり;この数は、好ましくは、統計的解析を試験結果に対して実施できるようなものである。例えば、統計的解析、例えば、平均の計算及び標準偏差の計算が、存在する各型の情報分子8と会合する蛍光10について実施されうる。処置ユニット36はまた、読取装置及び検出ユニット37、40を制御し、その結果、個々の支持体1が1回に限り解析される。フロー読取装置30を通過する支持体1の蛍光10だけを解析して処理する情報量を減らすことも可能である。
【0058】
図4において、
(a)支持体1を平面基板49、例えばチップ、スライドガラス又はマイクロアレイに載せ、相当する支持体が負荷された基板48を提供し、そして
(b)図3において例示され、且つ前文に記載のように、平面測定ユニット35を用いて支持体が負荷された基板48を問い合わせる、
段階を含んで成るインキュベーション過程46を示す。
【0059】
インキュベーション過程46は、支持体1を混合し、接着した情報分子7に液体のバイオアッセイ溶液6中の遺伝的特性分子8を含んで成る試料を担持させること、を包含する。続いて、支持体1は、平面基板49上に蒸着され、そしてその後支持体が負荷された基板48を生成するために乾燥されることもある。次に、測定ユニット35は、蛍光10のレベルを測定し、そして更に支持体が負荷された基板48の異なる支持体1の連続同定手段2のレベルを測定する。通常、負荷された基板48上の全ての支持体1が、当該実験の総合的品質を証明するために解析される。時間の節約及び/又は処理能力に関心があるであろう場合において、処理ユニット36のソフトウェアは、好ましくは、例えば蛍光シグナルラベル9を介して、遺伝的特性分子8との相互作用が生じたことを示す、シグナル10を発する支持体1のみを解析するよう設定されうる。平面測定ユニット35を用いる、負荷された基板48の解析は、非常に費用有効性があり、実施が容易であり、且つ、例えば各支持体49上の一桁から数千の支持体の範囲内にある、少数から中程度の試料の数のために解析能を増大させるのに適した方法である。
【0060】
平面読取システムを図5に例示し、そして62で大まかに示す。読取装置62において、支持体1が、平面の光透過性基板49上にプレーティングアウト、すなわち、固定して蒸着され、又は液体中で蒸着される。好ましくは、平面基板49はポリマー、ガラス又はシリコンを基にした材料、例えば顕微鏡スライドから加工され、そして最も好ましくは、それはマイクロアレイの形態である。その後、常用の蛍光顕微鏡を実施するために配置された測定ユニット35は、支持体を載せた基板49を体系的に解析するために使用される。基板49を体系的に問い合わせるのに好ましい経路60を図6a及び図6bに示す。図6aは、蛇行型の問い合わせ様式の図であり、一方、図6bは、らせん型の問い合わせ様式である。当然のことながら、当業者に自明の、多数のほかの可能性がある経路60が存在しており、例えば、基板49を反対方向で経路60に移動させ、又は基板を蛇行しながら斜めに進む経路で移動させる。しかしながら、図6a、6bの様式は、増大した支持体1の読取速度を達成するのに効果的である。好ましくは、支持体49を支え、そして担持するステッパーモーター作動型のベースプレート50は、基板49を周囲に移動させるために使用され、一方で、測定ユニット35は静置される。支持体1の位置は、それらが1回だけ解析されるように追跡される。
【0061】
画像処理のための、平面測定ユニット35の読取ユニット37は、支持体1が固定されるようになった基板49の各領域のデジタル画像を捕らえるのに使用される。その結果得られたデジタル画像は、基板49及びベースプレート50を介して、そして次に支持体1を介して透過される光に相当し、これは支持体1をシルエット図で与え;そのような支持体1のシルエット画像は、処理ユニット55と組み合わせて、読取ユニット37によって解析される。従って、各支持体1と会合する、連続同定手段2、例えばバーコードは、読取ユニット37によってその透過された光のプロファイルから同定される。シグナル放射ユニット39は蛍光シグナルを生成し、このシグナルは、遺伝的特性分子8と相互作用した支持体1上のラベル9を蛍光10にする。検出ユニット40は、反応の程度を同定するために、活性化した支持体1に由来する蛍光10の程度を検出する。活性化した支持体1の表面11全体に取り込まれた蛍光シグナル10は、統計的解析しやすいデータセットを構築するために、同定バーコード2と関連して記録される。
【0062】
処理ユニット55は、光源38、シグナルユニット39、読取ユニット37、及び検出ユニット40、並びにディスプレイ56と連結される。更に、処理ユニット55は、光源38及びシグナルユニット39を制御するためのコントロールユニットを含んで成る。支持体1に由来する光のシルエット及び蛍光シグナル10は、1又は複数のレンズ及び/又は1又は複数の鏡を含んで成る光学的な組み立て部品を介して検出ユニット40及び読取ユニット37へと進む。鏡52は、光学シグナルを2つの経路に進めるために使用され、そして光学フィルター53,54は、それらの波長に基づく不所望の光学シグナルをフィルターにかけるために使用される。あるいは、光源38及び及びシグナルユニット39は、時々オンオフに、例えば相互に交代して切り換えられうる。シグナルは、読取ユニット37及び検出ユニット40から受け取られ、これは処理され、そして対応する統計的解析結果はディスプレイ56上に提示される。各型の支持体1の類似のメンバーは、実験の光学的な統計的解析を与えるために必要とされる。そのような統計的解析は当業界で周知である。
【0063】
1又は複数の遺伝的特性を検出する生化学的方法の好ましい態様は、上述の連続同定手段2と一緒に、支持体1を利用する。当該方法は、複数の異なる順番で実施されうる複数の段階を含んで成り、そして更に詳細に下文で説明する。
【0064】
情報分子7は、試料中の潜在的な遺伝的特性物質8の検出を可能にするために、支持体1の少なくとも主面11に接着される。続いて、少なくとも1つの型の連続同定手段2を有する支持体1は、3次元アレイを許容するために流体6中で懸濁され、個の中で、支持体1は流体6中に沈められる。3次元アレイは、最良の反応速度を可能にする。流体6中で懸濁される、異なる型の支持体1の数は、必要とされる試験の処理量に依存するが、何百、何千であってもよく、又はたとえ何万であってもよい。流体6中で懸濁される同一の型の支持体1の数は、中でも、統計的解析も質及び解析の容易さに依存する。
【0065】
解析されるべき、潜在的に遺伝的特性物質8を含む試料は、支持体1が流体6中で懸濁される前又は後に、流体に添加される。シグナル放射ラベル9も流体6に添加される。これらのシグナル放射ラベル9は、支持体1上の情報分子7と解析試料中で求められる遺伝的特性物質8との間の相互作用、例えば結合を示すために使用される。シグナル放射ラベル9を流体6に添加する多数の異なる方法が存在している。それらは、例えば、別々に流体6に添加され、試料を流体6に添加する前に解析されるべき遺伝的特性物質8と接着され、支持体へのそれらの接着前又は後に情報分子と接着されることがある。情報分子7と解析試料中の遺伝的特性物質8との間の相互作用を示すための、シグナル放射ラベル9のための多数の異なる方法が存在する。
【0066】
1つのそのような方法は、情報分子7と、適合する遺伝的特性物質8と、シグナル放射ラベル9との間に相互作用が存在する場合、シグナル放射ラベル9によって活性化されうる、シグナル、例えば蛍光又は他の波長の光(色)である。あるいは、シグナル放射ラベル9は、遺伝的特性物質8との何らかの相互作用の前に活性化される。情報分子7と遺伝的特性物質8との間に相互作用が存在する場合、活性なシグナル放射ラベル9は、そのシグナルを失活させるほかの分子から放出される。このことは、上文で論じたものと対照的な検出をもたらし、すなわち、シグナルの不在は、反応が、例えばイエス/ノー実験で支持体上で起こったことを示す。同様に、蛍光シグナル10の減少は、流体6中に導入される解析試料中に存在する遺伝的特性物質8の量の指標であることもある。
【0067】
情報分子7と一緒の支持体1、解析されるべき試料8及びシグナル放射ラベル9を含む流体は、検出ユニット40及び読取ユニット37を用いて解析される。読取ユニット37は、解析試料中の遺伝的特性物質と反応した情報分子7と一緒の少なくともそれらの支持体1の連続同定手段2を読み取る。多重実験の品質管理として全ての支持体1の連続同定手段2を読み取ることが好ましいこともある。検出ユニット40は、シグナル放射ラベル9の相互作用シグナル10の不在又は存在を検出する。別の型の生化学的アッセイ法において、1個以上のシグナルが、解析試料中の2又はそれ以上の遺伝的特性8の存在を示す各支持体上で使用されることもある。このことは、2又はそれ以上の異なる情報分子7が同一の支持体1上に接着したことを意味するだろう。遺伝的特性の検出に使用するために使用される別の好ましい方法論は、遺伝的特性の存在を示すために、異なる連続同定手段2を有する2又はそれ以上の支持体1に由来する複合シグナルを使用することである。このシグナルの複合は、活性化(active)支持体A及び不活性化(passive)支持体B、活性化支持体A及びB、又は不活性化支持体B及び活性化支持体A、であってもよく、支持体のそれぞれの異なる組み合わせは、どの型の遺伝的特性が流体中で検出されるかを示している。
【0068】
1又は複数の遺伝的特性を検出するための生化学的アッセイの使用目的には、薬物ターゲッティング、プロテオミクス又は解析物の解析が含まれる。これらのバイオアッセイ法の使用はまた、スクリーニング及び診断の分野での使用に適している。
【0069】
特許請求の範囲に記載の本発明の範囲から逸脱することなく、前述の発明の態様に変更がなされることもあることは理解されるだろう。
【図面の簡単な説明】
【0070】
【図1】図1は、連続同定手段を含んで成る単一の支持体の平面図及び側面図である。
【図2】図2は、支持体、情報分子及びシグナル放射ラベルを含んで成るバイオアッセイの概略図である。
【図3】図3は、フローベースの読取装置の流れ方向の断面図である。
【図4】図4は、平面に基づいた読取装置のインキュベーション及び読取過程の図解のフローダイアグラムである。
【図5】図5は、平面基板上で支持体を問い合わせるための平面を基にした読取装置を例示する概略図である。
【図6a】図6aは、平面を基にした読取装置によって採用される測定経路の例を例示する平面基板の図解の上面図である。
【図6b】図6bは、平面を基にした読取装置によって採用される測定経路の例を例示する平面基板の図解の上面図である。
Claims (24)
- 1又は複数の遺伝的特性を検出する生化学的方法であって、
各支持体(1)の最大寸法(3)が250μm未満であり、そして、各支持体(1)が連続同定手段(2)を組み込んでいる、支持体(1)を利用する方法であって
(a)検出されるべき少なくとも1つの前記1又は複数の遺伝的特性と相互作用することができる情報分子(7)を支持体(1)の主面(11)に接着させ;
(b)1又は複数の異なる連続同定手段(2)及び異なる情報分子(7)を含んで成る支持体(1)を流体中で懸濁し;
(c)解析されるべき試料(8)を前記流体に添加し;
(d)シグナル検出手段(40)を用いて流体中の支持体(1)に由来する相互作用シグナルを検出し;そして
(e)読取手段(3)を用いて相互作用シグナルを有する支持体(1)の連続同定手段(2)を読み取り、それによって少なくとも1つの前記1又は複数の遺伝的特性(8)を検出する、
段階を含んで成ることを特徴とする方法。 - 会合する情報分子(7)の接着前に、支持体(1)を酸化する段階を更に含むことを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 段階(c)が、段階(b)の前、後又はそれと同時、のいずれかに実施され、そして段階(e)が段階(d)の前又は後のいずれかに実施されることを特徴とする、請求項1又は2に記載の方法。
- 相互作用シグナルを検出し、そして連続同定手段(2)を読み取るために測定ユニット(35)であって、相互作用シグナル及び連続同定手段(2)を実質的に同時に検出するために配置され、支持体(1)を問い合わせるための検出手段及び読取手段(40,37)を含んで成る測定ユニット(35)を用いる段階を更に含むことを特徴とする、請求項1,2,又は3に記載の方法。
- シグナル放射ラベル(9)が流体に添加され、このラベル(9)が、情報分子(7)が検出される遺伝的特性と結合する場合に相互作用シグナルを放射することを特徴とする、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体(1)の連続同定手段(2)の読取が支持体(1)の配向に無関係であり、連続同定手段(2)が、連続同定手段(2)の読取の間に収集された情報をどのように解釈するかを示すために配置された1又は複数の機構を含むことを特徴とする、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体(1)を含んで成る流体がその後の問い合わせのために基板(49)上に載せられることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体(1)の検出及び読取のために配置された測定ユニット(35)を用いて、基板(49)に沿った、規定の経路(60)に沿って流体を読み取る段階を更に含んで成り、前記経路(60)が実質的に全ての流体を受けるために配置されていることを特徴とする、請求項7に記載の方法。
- 個々の支持体(1)をわずかに1回問い合わせる段階を更に含んで成ることを特徴とする、請求項8に記載の方法。
- 接着情報分子(7)した支持体(1)及び、少なくとも1つの潜在的な遺伝的特性(8)を含む試料を含んで成る流体が、問い合わせの前に支持体(1)を整列させ、そして分離するための集束手段を介して、測定ユニット(35)の問い合わせ領域(34)を通過されることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 測定ユニット(35)が、特定の連続同定手段(2)を特定の情報分子(7)と結びつける、あらかじめ設定された情報を含むデータベースを用いて、支持体(1)由来の読取情報及び検出情報を確認することを特徴とする、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体(1)が、それらに対する分子接着を容易にするために、1又は複数のそれらの主面(11)上を結合プロモーターでコーティングされることを特徴とする、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 結合プロモーターが少なくとも1つのシラン及びアビジン-ビオチンであることを特徴とする、請求項12に記載の方法。
- 流体が溶液を含むことを特徴とする、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
- 検出される1又は複数の遺伝的特性が遺伝子発現であり、そして支持体(1)に接着される特定の型の情報分子(7)が核酸及び/又はペプチド核酸分子であることを特徴とする、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 検出される1又は複数の遺伝的特性が一塩基多型(SNP)検出/スコアリングであり、そして支持体(1)に接着される特定の型の情報分子(7)が核酸及び/又はペプチド核酸分子であることを特徴とする、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 検出される1又は複数の核酸試験であり、そして支持体(1)に接着される特定の型の情報分子(7)が酵素及び/又はPNA分子であることを特徴とする、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 検出される1又は複数の薬物標的の会合試験であり、そして支持体(1)に接着される特定の型の情報分子(7)が酵素及び/又はPNA分子であることを特徴とする、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 検出される1又は複数の薬理遺伝学試験であり、そして支持体(1)に接着される特定の型の情報分子(7)が酵素及び/又はPNA分子であることを特徴とする、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体(1)を含んで成る流体を解析するための遺伝的特性の検出装置であって、各支持体(1)の最大寸法(3)が250μm未満であり、そして各支持体(1)が連続同定手段を組み込んでおり、
当該装置内で問い合わせをした場合に各支持体(1)から生成する2つの独立したシグナルを検出するための検出手段(40)及び読取手段(37)を含み、少なくとも読取手段(37)が、支持体(1)の連続同定手段(2)の検出のために流体中で懸濁された支持体(1)と光通信するよう配置され、そして検出手段(40)が解析されるべき試料中の1又は複数の遺伝的特性と、相当する特定の連続同定手段(2)を含む支持体(1)の主面(11)に接着した情報分子(7)との間の相互作用の検出のための相互作用シグナルを検出するために配置されていることを特徴とする装置。 - 相互作用シグナルがシグナル放射ラベル(9)によって生成し、これが情報分子(7)と解析試料中の検出される遺伝的特性(8)との間の相互作用を介して活性化され、又は不活化されることを特徴とする、請求項18に記載の方法。
- 支持体(1)の連続同定手段(2)が、連続同定手段(2)の読取の間に、支持体(1)から収集された情報をどのように解釈するかを示すために配置された1又は複数の機構を有することを特徴とする、請求項18又は19に記載の遺伝的特性検出装置を用いる使用のための支持体。
- 連続同定手段(2)がパリティビットチェックの機構及び/又はフォワードエラーコレクションの機構を含むことを特徴とする、請求項20に記載の支持体。
- 支持体(1)の連続同定手段(2)がその最大寸法(3)に沿って実質的に配置されていることを特徴とする、請求項20に記載の支持体。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GB0103464A GB0103464D0 (en) | 2001-02-13 | 2001-02-13 | Micromachined coded labels used for a drug targetting biosassay method |
GB0103471A GB0103471D0 (en) | 2001-02-13 | 2001-02-13 | Micromachined coded labels used for a bioassay method to detect / score single nucleotide polymorphisms |
GB0103475A GB0103475D0 (en) | 2001-02-13 | 2001-02-13 | Micromachined coded labels used for gene expression analysis method |
GB0104132A GB0104132D0 (en) | 2001-02-20 | 2001-02-20 | Micromachined coded labels used for a pharmacogenomic bioassay method |
PCT/GB2002/000644 WO2002064829A2 (en) | 2001-02-13 | 2002-02-13 | Biochemical method and apparatus for detecting genetic characteristics |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2004520052A true JP2004520052A (ja) | 2004-07-08 |
JP2004520052A5 JP2004520052A5 (ja) | 2005-12-22 |
Family
ID=27447922
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002565140A Pending JP2004520052A (ja) | 2001-02-13 | 2002-02-13 | 遺伝的特性を検出するための生化学的方法及び装置 |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20040115680A1 (ja) |
EP (1) | EP1360329B8 (ja) |
JP (1) | JP2004520052A (ja) |
AT (1) | ATE359376T1 (ja) |
AU (1) | AU2002229977A1 (ja) |
DE (1) | DE60219428T2 (ja) |
DK (1) | DK1360329T3 (ja) |
ES (1) | ES2284833T3 (ja) |
WO (1) | WO2002064829A2 (ja) |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002094192A2 (en) | 2001-05-24 | 2002-11-28 | Human Genome Sciences, Inc. | Antibodies against tumor necrosis factor delta (april) |
GB2387903A (en) * | 2002-04-24 | 2003-10-29 | Smartbead Technologies Ltd | Multiparameter analysis using tagged molecules |
GB2395594A (en) * | 2002-11-21 | 2004-05-26 | Smartbead Technologies Ltd | Bioassay reading system using a computer to locate and identify microlabels by identifying spatially sequential groups or identification codes |
CN101116086A (zh) | 2004-11-16 | 2008-01-30 | 伊路敏纳公司 | 读取编码微珠的方法和设备 |
US7858307B2 (en) * | 2005-08-09 | 2010-12-28 | Maxwell Sensors, Inc. | Light transmitted assay beads |
US8232092B2 (en) | 2005-08-09 | 2012-07-31 | Maxwell Sensors, Inc. | Apparatus and method for digital magnetic beads analysis |
US20090201504A1 (en) * | 2005-08-09 | 2009-08-13 | Maxwell Sensors, Inc. | Hydrodynamic focusing for analyzing rectangular microbeads |
US7871770B2 (en) * | 2005-08-09 | 2011-01-18 | Maxwell Sensors, Inc. | Light transmitted assay beads |
US7745091B2 (en) | 2005-09-13 | 2010-06-29 | Affymetrix, Inc. | Miniaturized microparticles |
US8178278B2 (en) | 2005-09-13 | 2012-05-15 | Affymetrix, Inc. | Miniaturized microparticles |
US8906609B1 (en) | 2005-09-26 | 2014-12-09 | Arrowhead Center, Inc. | Label-free biomolecule sensor based on surface charge modulated ionic conductance |
Family Cites Families (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4568630A (en) * | 1984-08-24 | 1986-02-04 | Polychrome Corporation | Method for preparing and using an anodized aluminum photo-lithographic printing plate |
CA1337173C (en) * | 1989-04-28 | 1995-10-03 | Westaim Biomedical Corp. | Thin film diagnostic device |
US5129974A (en) * | 1990-08-23 | 1992-07-14 | Colorcode Unlimited Corporation | Microlabelling system and method of making thin labels |
GB9211506D0 (en) * | 1992-05-30 | 1992-07-15 | Univ Keele | Bar code |
WO1995032425A1 (en) * | 1994-05-23 | 1995-11-30 | Smithkline Beecham Corporation | Encoded combinatorial libraries |
AU7398996A (en) * | 1995-10-11 | 1997-04-30 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and method |
US5981180A (en) * | 1995-10-11 | 1999-11-09 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
US6001571A (en) * | 1995-11-30 | 1999-12-14 | Mandecki; Wlodek | Multiplex assay for nucleic acids employing transponders |
US6096496A (en) * | 1997-06-19 | 2000-08-01 | Frankel; Robert D. | Supports incorporating vertical cavity emitting lasers and tracking apparatus for use in combinatorial synthesis |
GB9905807D0 (en) * | 1999-03-12 | 1999-05-05 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Analysis of differential gene expression |
WO2001044812A1 (en) * | 1999-12-15 | 2001-06-21 | Icogen Corporation | Method for the simultaneous analysis and detection of multiple analytes by micro identification |
DE10031028B4 (de) * | 2000-06-26 | 2008-09-04 | Gnothis Holding Sa | Verfahren zur Selektion von Partikeln |
WO2002009836A2 (en) * | 2000-08-01 | 2002-02-07 | Surromed, Inc. | Methods for solid phase nanoextraction and desorption |
-
2002
- 2002-02-13 AU AU2002229977A patent/AU2002229977A1/en not_active Abandoned
- 2002-02-13 DK DK02711083T patent/DK1360329T3/da active
- 2002-02-13 WO PCT/GB2002/000644 patent/WO2002064829A2/en active IP Right Grant
- 2002-02-13 ES ES02711083T patent/ES2284833T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2002-02-13 JP JP2002565140A patent/JP2004520052A/ja active Pending
- 2002-02-13 DE DE60219428T patent/DE60219428T2/de not_active Expired - Lifetime
- 2002-02-13 EP EP02711083A patent/EP1360329B8/en not_active Expired - Lifetime
- 2002-02-13 US US10/467,891 patent/US20040115680A1/en not_active Abandoned
- 2002-02-13 AT AT02711083T patent/ATE359376T1/de not_active IP Right Cessation
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2002229977A1 (en) | 2002-08-28 |
DE60219428T2 (de) | 2008-01-03 |
EP1360329B8 (en) | 2007-06-13 |
DE60219428D1 (de) | 2007-05-24 |
ES2284833T3 (es) | 2007-11-16 |
EP1360329B1 (en) | 2007-04-11 |
WO2002064829A2 (en) | 2002-08-22 |
US20040115680A1 (en) | 2004-06-17 |
DK1360329T3 (da) | 2007-09-03 |
ATE359376T1 (de) | 2007-05-15 |
EP1360329A2 (en) | 2003-11-12 |
WO2002064829A3 (en) | 2002-12-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP1307743B1 (en) | Colloid compositions for solid phase biomolecular analytical systems | |
US7572642B2 (en) | Assay based on particles, which specifically bind with targets in spatially distributed characteristic patterns | |
US9822399B2 (en) | Method for analyzing biomolecules and biomolecule analyzer | |
US8148139B2 (en) | Light transmitted assay beads | |
US20050202433A1 (en) | Novel high density arrays and methods for analyte analysis | |
JP2004520052A (ja) | 遺伝的特性を検出するための生化学的方法及び装置 | |
JP2004520052A5 (ja) | ||
EP1360491B1 (en) | Biochemical method and apparatus for detecting protein characteristics | |
JP2004527735A5 (ja) | ||
GB2391867A (en) | Analysis system using coded supports | |
US20050214827A1 (en) | Assay device and method | |
US20060210984A1 (en) | Use of nucleic acid mimics for internal reference and calibration in a flow cell microarray binding assay | |
JP4414333B2 (ja) | 検体のマルチパラメーター解析を基礎とする溶液のためのシステム及び方法 | |
GB2387903A (en) | Multiparameter analysis using tagged molecules | |
CN100406887C (zh) | 管式生物芯片 | |
JP4262512B2 (ja) | プローブ固相化反応アレイ | |
JP4167431B2 (ja) | 生化学的検査用の検査基板 | |
JP2002296280A (ja) | キャピラリアレイを用いた遺伝子発現頻度解析方法 | |
WO2004079342A2 (en) | Use of nucleic acid mimics for internal reference and calibration in a flow cell microarray binding assay | |
US20040197787A1 (en) | Affinity reaction probe detection/analysis chips and detection system and apparatus using the same | |
KR20010103448A (ko) | 생체시료 검출 및 분석장치, 및 이의 이용방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20050214 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20050214 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20080108 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20080610 |