JP2006507358A - 糖蛋白質合成 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は米国仮特許出願第60/419,265号(出願日2002年10月16日)、米国仮特許出願第60/420,990号(出願日2002年10月23日)、及び米国仮特許出願第60/441,450号(出願日2003年1月16日)の優先権を主張し、その明細書の開示内容全体を本明細書に組込む。
本発明は米国国立衛生研究所により交付された助成番号第GM44154号、GM62159号及びGM66494号と、エネルギー省(DOE)により交付された助成番号第DE−FG03−00ER45812号として政府助成下に創出された。米国政府は本発明に所定の権利を有する。
本発明は糖ペプチド、糖蛋白質、及び関連ミメティクスと、糖ペプチド、糖蛋白質、及び関連ミメティクスの合成方法の分野に関する。
Varki,A.(1993)Glycobiology 3:97−130 Witte,K.ら,(1997)J.Am.Chem.Soc.119:2114−2118 Shin,Y.ら,(1999)J.Am.Chem.Soc.121:11684−11689 Tolbert,T.J.and Wong,C.−H.(2000)J.Am.Chem.Soc.122:5421−5428 Witte,K.ら,(1998)J.Am.Chem.Soc.120:1979−1989 Davis,N.J.and,Flitsch,S.L.(1991)Tetrahedron Lett.32:6793−6796 Macmillan,D.;ら,(2002)Org Lett 4:1467−1470
段階を含む。場合により、方法は更にManα1−3Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−部分をα1−6マンノシルトランスフェラーゼ及びGDP−マンノースと接触させ、Manα1−6(Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を含む。場合により、方法は更にManα1−6(Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−部分をβ1−2N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ及びUDP−GlcNAcと接触させ、Manα1−6(GlcNAcβ1−2Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を含む。場合により、方法は更にManα1−6(GlcNAcpl−2Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−部分をβ1−2N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ及びUDP−GlcNAcと接触させ、GlcNAcβ1−2Manα1−6(GlcNAcβ1−2Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を含む。
ル化する。1態様では、組込み段階はin vivoで実施される。例えば、O−RSは配列番号4、5、又は6のいずれか1種を含むアミノ酸配列を含むか、あるいは配列番号8、9、又は10のいずれか1種のポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる。場合により、O−tRNAはmutRNATyr CUAを含む。これらの方法は更に糖供与体部分から糖部分に糖を転移させるために十分な時間と適切な条件下でグリコシルトランスフェラーゼ、糖供与体部分、及びグリコシルトランスフェラーゼ活性に必要な他の反応体と糖部分を接触させる段階を含むことができる。
チド配列に相補的であるか又はこれをコードするポリヌクレオチド;(c)配列番号1〜6のいずれか1種に記載のアミノ酸配列又はその保存変異体を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(d)人工ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(e)核酸の実質的に全長にわたって高ストリンジェント条件下で(a)、(b)、(c)、又は(d)のポリヌクレオチドとハイブリダイズする核酸;(f)(a)、(b)、(c)、(d)、又は(e)のポリヌクレオチドと少なくとも98%一致するポリヌクレオチド;及び(h)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、又は(f)の保存変異体を含むポリヌクレオチドを含む。
〔定義〕
mRNA)の読取りを改変するtRNAである。サプレッサーtRNAは例えば終止コドン、4塩基コドン、レアコドン、及び/又は同等物を読み飛ばすことができる。
Ara=アラビノシル;
Fru=フルクトシル;
Fuc=フコシル;
Gal=ガラクトシル;
GalNAc=N−アセチルガラクトサミニル;
Glc=グルコシル;
GlcNAc=N−アセチルグルコサミニル;
Man=マンノシル;及び
NeuAc=シアリル(一般にN−アセチルノイラミニル)。
KDN)(Nadanoら(1986)J.Biol.Chem.261:11550−11557;Kanamoriら(1990)J.Biol.Chem.265:21811−21819)である。9−O−C1−C6アシル−Neu5Ac(例えば9−O−ラクチル−Neu5Ac又は9−O−アセチル−Neu5Ac)、9−デオキシ−9−フルオロ−Neu5Ac及び9−アジド−9−デオキシ−Neu5Ac等の9置換シアル酸も含まれる。シアル酸ファミリーについては、例えばVarki(1992)Glycobiology 2:25−40;Sialic Acids:Chemistry.Metabolism and Function,R.Schauer,Ed.(Springer−Verlag,New York(1992)参照。シアル酸化合物の合成とシアリル化法における使用は例えば国際出願WO92/16640(公開日1992年10月1日)に記載されている。
〔図面の簡単な説明〕
成の問題により、蛋白質構造及び機能に対するこれらの修飾の効果に関する詳細な研究は妨げられている。例えば、グリコシル化は真核生物で最も一般的な蛋白質の翻訳後修飾の1種であり、フォールディングや分泌から生体分子認識及び血清半減期に至る広範な蛋白質機能に影響を与える。例えばR.A.Dwek,(1996)Chem.Rev.96:683参照。グリコシル化の効果の解明はかなり進んだが、オリゴ糖鎖の具体的な役割とその構造と機能の関係についてはまだ解明され始めたばかりである。例えば、C.R.Bertozzi,& L.L.Kiess1ing,(2001)Science 291:2357参照。主な問題は糖蛋白質が一般に糖形態の混合物として生産されるため、天然源から固有糖形態を単離しにくい点である。規定構造の糖形態を合成するために種々の方法が開発されているが、生産される糖蛋白質のサイズ、量、及び/又は品質に重大な欠点がある。例えばP.Sears,& C.H.Wong,(2001)Science 291:2344;M.Wackerら,(2002)Science 298:1790;B.G.Davis,(2002)Chem.Rev.102:579;及びH.C.Hang,& C.R.Bertozzi,(2001)Acc.Chem.Res.34:727参照。本発明はこの問題と他の問題を解決し、糖蛋白質及び糖蛋白質ミメティクス、並びに所望グリコシル化パターンをもつ糖蛋白質の合成方法を提供する。本発明の糖蛋白質及び糖蛋白質ミメティクスは均質な糖形態の治療用糖蛋白質の生産及び/又はグリコシル化蛋白質の構造と機能に関する研究の促進に有用である。
〔グリコシル化〕
R1NR2(C=O)NR3NH2(カルバジド)、−NR1NR2(C=S)NR3NH2(チオカルバジド)、−O−NH2(ヒドロキシルアミン)及び/又は同等物であり、前記式中、各R1、R2、及びR3は独立してH、又は炭素原子数1〜6のアルキル、好ましくはHである。本発明の1側面では、反応性基はヒドラジド、ヒドロキシルアミン、セミカルバジド、カルボヒドラジド、スルホニルヒドラジド等である。
〔グリコシルトランスフェラーゼ〕
lNAc−、ラクト−N−テトラオース−、Galβ1,3GlcNAc−、Galβ1,4GlcNAc−、Galβ1,3Ara−、Galβ1,6GlcNAc−、及びGalβ1,4Glc−(ラクトース)等のガラクトシル受容体が挙げられる。他の受容体も当業者に公知である(例えばPaulsonら(1978)J.Biol.Chem.253:5617−5624参照)。一般に、受容体は糖蛋白質と結合した糖部分鎖の一部を構成する。
Electrophoresis,Elsevier Science Ltd,Vol.58(1994)に概説されている。
C/EI−MS)によるメチル化分析(EPO出願第89305153.2号参照)が挙げられる。
〔糖蛋白質のin vivo合成〕
Wiley & Sons,Inc.New York,NY;Gamborg and Phillips(eds)(1995)Plant Cell,Tissue and Organ Culture;Fundamental Methods Springer Lab Manual,Springer−Verlag(Berlin Heidelberg New York)及びAtlas and Parks(eds)The Handbook of Microbiological Media(1993)CRC Press,Boca Raton,FLが挙げられる。
es,Methods in Enzymology volume 152 Academic Press,Inc.,San Diego,CA(Berger);Sambrookら,Molecular Cloning−A Laboratory Manual(第3版)),Vol.1−3,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,New York,2001(「Sambrook」)及びCurrent Protocols in Molecular Biology,F.M.Ausubelら編,Current Protocols,a joint venture between Greene Publishing Associates,Inc.and John Wiley & Sons,Inc.,(2003年補遺)(「Ausubel」))が挙げられる。これらの教科書は突然変異誘発、ベクターの使用、プロモーター及び他の多くの関連事項について記載しており、例えば非天然アミノ酸、直交tRNA、直交シンテターゼ及びその対を含む蛋白質を生産するためのセレクターコドンを含む遺伝子の作製についても記載している。
〔非天然アミノ酸をもつ蛋白質の製造〕
ターに配置してもよいし、2成分を同一ベクターに配置し、第3の成分を第2のベクターに配置してもよい。ベクターは例えばプラスミド、細菌、ウイルス、裸のポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドコンジュゲートの形態とすることができる。
OF UNNATURAL AMINO ACIDS)」はこの方法を記載しており、参考資料として本明細書に組込む。例えば、O−tRNA/O−RS対を宿主に導入すると、前記対はセレクターコドンに応答して外部から増殖培地に添加することができる非天然アミノ酸(例えば糖部分を結合することができる部分を含む非天然アミノ酸又は糖部分を含む非天然アミノ酸)のin vivo蛋白質組込みを誘導する。場合により、本発明の組成物はin vitro翻訳系に導入してもよいし、in vivo系に導入してもよい。参考資料として本明細書に組込む2003年10月15日付け対応出願、発明の名称「ケトアミノ酸の部位特異的蛋白質組込み(Site Specific Incorporation of Keto Amino Acids into Proteins)」(代理人整理番号54−000170PCT)も参照されたい。
明細書に記載する)。別の側面では、蛋白質は場合により例えば細胞溶解液、緩衝液、医薬緩衝液、又は他の懸濁液中(例えば約1nl〜約100Lの任意の容量中)に例えば少なくとも10μg蛋白質/l、少なくとも50μg蛋白質/l、少なくとも75μg蛋白質/l、少なくとも100μg蛋白質/l、少なくとも200μg蛋白質/l、少なくとも250μg蛋白質/l、少なくとも500μg蛋白質/l、少なくとも1mg蛋白質/l、又は少なくとも10mg蛋白質/l以上の濃度で組成物中に存在する。少なくとも1種の非天然アミノ酸(例えば糖部分を結合することができる部分を含む非天然アミノ酸又は糖部分を含む非天然アミノ酸)を組込んだ蛋白質の細胞における大量(例えば他の方法、例えばin vitro翻訳で一般に可能な量よりも多量)の生産も本発明の特徴である。
く、例えば該当翻訳系に1個以上の適当なセレクターコドンを組込むように利用可能な任意突然変異法を調整することにより、1種以上の非天然アミノ酸を組込むように公知蛋白質の任意のものを改変することができる。公知蛋白質の一般的な配列寄託機関としてはGenBank、EMBL、DDBJ及びNCBIが挙げられる。他の寄託機関もインターネットを検索することにより容易に確認できる。
と方法を使用して生産することができる蛋白質の1類としては転写モジュレーターとその一部が挙げられる。転写モジュレーターの例としては細胞増殖、分化、制御等を調節する遺伝子及び転写モジュレーター蛋白質が挙げられる。転写モジュレーターは原核生物、ウイルス及び真核生物(例えば真菌類、植物、酵母、昆虫、及び哺乳動物を含む動物)に存在し、広範な治療ターゲットを提供する。自明の通り、発現及び転写アクチベーターは例えば受容体との結合、シグナル導入カスケードの刺激、転写因子の発現調節、プロモーターやエンハンサーとの結合、プロモーターやエンハンサーと結合する蛋白質との結合、DNA巻き戻し、プレmRNAスプライシング、RNAポリアデニル化及びRNA分解等の多数のメカニズムにより転写を調節する。
BioSciences 2002カタログ及び価格表参照)、対応する蛋白質配列と遺伝子及び、一般に多くのその変異体は周知である(例えばGenbank参照)。例えば1種以上の該当治療特性に関して蛋白質を改変するように本発明に従って糖部分を結合するアミノ酸を含む1種以上の非天然アミノ酸、又は糖部分を含む非天然アミノ酸を挿入することにより前記蛋白質の任意のものを修飾することができる。治療関連特性の例としては血清半減期、貯蔵半減期、安定性、免疫原性、治療活性、(例えば非天然アミノ酸へのレポーター基(例えばラベル又はラベル結合部位)の付加による)検出性、LD50又は他の副作用の低減、胃を通して体内に導入できること(例えば経口利用性)等が挙げられる。診断関連特性の例としては貯蔵半減期、安定性、診断活性、検出性、特異性等が挙げられる。該当酵素特性の例としては貯蔵半減期、安定性、酵素活性、産生能、特異性等が挙げられる。
菌、特に病原細菌モデルとして利用できる大腸菌や医学的に重要な細菌(例えばStaphylococci(例えばaureus)又はStreptococci(例えばpneumoniae));原生動物(例えば胞子虫類(例えばPlasmodia)、根足虫類(例えばEntamoeba)及び鞭毛虫類(Trypanosoma、Leishmania、Trichomonas、Giardia等));ウイルス(例えば(+)RNAウイルス(例えばポックスウイルス(例えばワクシニア)、ピコルナウイルス(例えばポリオ)、トガウイルス(例えば風疹)、フラビウイルス(例えばHCV)、及びコロナウイルス)、(−)RNAウイルス(例えばラブドウイルス(例えばVSV)、パラミクソウイルス(例えばRSV)、オルトミクソウイルス(例えばインフルエンザ)、ブンヤウイルス及びアレナウイルス)、dsDNAウイルス(例えばレオウイルス)、RNA→DNAウイルス(即ちレトロウイルス、例えばHIV及びHTLV)、及び所定のDNA→RNAウイルス(例えばB型肝炎))に由来する蛋白質に組込むことができる。
〔免疫反応性によるポリペプチドの特性決定〕
TyrRS)又は従来配列が核酸に対応する場合には、場合により核酸によりコードされるポリペプチドを作製し、抗体/抗血清サブトラクション目的に使用する。
トラクション坑血清プールとの結合を競合させる。試験蛋白質が固定化蛋白質に対してサブトラクション坑血清プールとの結合を競合する能力と、アッセイに加えた免疫原性ポリペプチドが結合を競合する能力を比較する(免疫原性ポリペプチドは坑血清プールとの結合を固定化免疫原性ポリペプチドと有効に競合する)。標準計算を使用して試験蛋白質の交差反応性百分率を計算する。
〔直交tRNAと直交アミノアシルtRNAシンテターゼの対〕
を使用して多重非天然アミノ酸を同時に組込むことが可能になる。代表的O−tRNA及びO−RS配列については実施例5参照。
〔直交アミノアシルtRNAシンテターゼ(O−RS)〕
細書の表2と実施例5参照。本明細書の「核酸及びポリペプチド配列と変異体」のセクションも参照。
然変異誘発、組換え又はその任意組み合わせにより)突然変異O−RSをコードする1組のポリヌクレオチドを核酸から作製することができ;O−tRNAを非天然アミノ酸(例えば糖部分を結合することができる部分を含む非天然アミノ酸又は糖部分を含む非天然アミノ酸)で優先的にアミノアシル化する突然変異O−RSが得られるまでこれらの個々の段階又はこれらの段階の組み合わせを繰り返すことができる。本発明の1側面では、段階を複数回、例えば少なくとも2回実施する。場合により、選択物質の濃度を変動させる。
〔直交tRNA(O−tRNAS)〕
。これらの細胞はコグネイトRSをもつ発現ベクターも含む。これらの細胞を選択物質(例えばアンピシリン)の存在下に増殖させる。その後、同時発現したコグネイトシンテターゼによりアミノアシル化することができ、このセレクターコドンに応答してアミノ酸を挿入することができるtRNAを選択する。非機能的tRNA又は該当シンテターゼにより認識することができないtRNAを含む細胞は抗生物質に感受性である。従って、(i)内在宿主(例えば大腸菌)シンテターゼの基質ではなく、(ii)該当シンテターゼによりアミノアシル化することができ、(iii)翻訳で機能的なtRNAは両者選択後に生存している。
を同一ベクター(例えばプラスミド)に配置することができる。ネガティブマーカーの発現はレポーター(例えば緑色蛍光蛋白質(GFP))の発現を誘導する。選択とスクリーニングのストリンジェンシーは変動させることができ、例えばレポーターを蛍光発光させるために必要な光強度を変動させることができる。別の態様では、FACによりスクリーニングされるレポーターをポジティブ選択マーカーとして使用してポジティブ選択を行った後にネガティブ選択スクリーニングを行い、ネガティブマーカー(例えばバルナーゼ遺伝子)内の位置でセレクターコドン(例えば2個以上)を抑圧できないものを選択することができる。例えば本明細書の実施例4も参照。
the external surface.Proc Natl Acad Sci
U S A.90:10444−8(1993)参照。
peptidomimetic synthetases by translating genetic codes designed de novo PNAS 100(11):6353−6357;及びFengら,(2003),Expanding tRNA recognition of a tRNA synthetase by a single amino acid change,PNAS 100(10):5676−5681も参照。
〔資源及び宿主生物〕
plasma acidophilum、Thermoplasma volcanium等の始原菌や、Escherichia coli,Thermus thermophilus,Bacillus stearothermphilus等の真正細菌に由来することができ、直交O−RSは非真核生物(又は生物組み合わせ)、例えばMethanococcus jannaschii、Methanobacterium thermoautotrophicum、Halobacterium(例えばHaloferax volcanii及びHalobacterium種NRC−1)、Archaeoglobus fulgidus、Pyrococcus furiosus、Pyrococcus horikoshii、Aeuropyrum pernix、Methanococcus maripaludis、Methanopyrus kandleri、Methanosarcina mazei、Pyrobaculum aerophilum、Pyrococcus abyssi、Sulfolobus solfataricus、Sulfolobus tokodaii、Thermoplasma acidophilum、Thermoplasma volcanium等の始原菌や、Escherichia coli,Thermus thermophilus,Bacillus stearothermphilus等の真正細菌に由来することができる。1態様では、例えば植物(例えば単子葉植物、又は双子葉植物等の複雑な植物)、藻類、原生動物、真菌類、酵母、動物(例えば哺乳動物、昆虫、節足動物等)等の真核資源もO−tRNA及びO−RS資源として使用することができる。
〔セレクターコドン〕
.5’,3’Exonuclease in phosphorothioate−based oligonucleotide−directed mutagenesis.Nucleic Acids Res,791−802(1988)参照。O−RS、O−tRNA及び突然変異体遺伝子をin vivo融合すると、UAGコドンに応答して非天然アミノ酸が組込まれ、特定位置に非天然アミノ酸を含む蛋白質が得られる。
Approach in Escherichia coli,J.Mol.Biol.307:755−769(2001)参照。
34(1999)参照。2個の化学的にアシル化したフレームシフトサプレッサーtRNAで2−ナフチルアラニンとリジンのNBD誘導体をストレプトアビジンに同時にin vitro組込むためにCGGGとAGGUが使用されている。例えばHohsakaら,J.Am.Chem.Soc.,121:12194(1999)参照。in vivo試験では、MooreらはNCUAアンチコドンをもつtRNALeu誘導体がUAGNコドン(NはU、A、G又はCであり得る)を抑圧する能力を試験し、四重項UAGAはUCUAアンチコドンをもつtRNALeuにより13〜26%の効率でデコードすることができるが、0又は−1フレームでは殆どデコードできないことを見出した。Mooreら,(2000)J.Mol.Biol.,298:195参照。1態様では、レアコドン又はナンセンスコドンに基づく拡張コドンを本発明で使用し、他の望ましくない部位でのミスセンス読み飛ばしとフレームシフト抑圧を減らすことができる。
である。例えばSwitzerら,(1989)J.Am.Chem.Soc.,111:8322;及びPiccirilliら,(1990)Nature,343:33;Kool,(2000)Curr.Opin.Chem.Biol..4:602参照。これらの塩基は一般に天然塩基とある程度まで誤対合し、酵素複製することができない。Koolらは水素結合を塩基間の疎水性パッキング相互作用に置き換えることにより塩基対の形成を誘導できることを立証した。Kool,(2000)Curr.Opin.Chem.Biol.,4:602;及びGuckian and Kool,(1998)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.,36,2825参照。上記全要件を満足する非天然塩基対を開発しようとして、Schultz,Romerbergらは一連の非天然疎水性塩基を体系的に合成し、試験した。PICS:PICS自己対は天然塩基対よりも安定であり、大腸菌DNAポリメラーゼIのKlenowフラグメント(KF)によりDNAに効率的に組込むことができる。例えばMcMinnら,(1999)J.Am.Chem.Soc.,121:11586;及びOgawaら,(2000)J.Am.Chem.Soc.,122:3274参照。生物機能に十分な効率と選択性でKFにより3MN:3MN自己対を合成することができる。例えばOgawaら,(2000)J.Am.Chem.Soc.,122:8803参照。しかし、どちらの塩基も後期複製用チェーンターミネーターとして機能するに止まっている。PICS自己対を複製するために使用できる突然変異体DNAポリメラーゼが最近開発された。更に、7AI自己対も複製することができる。例えばTaeら,(2001)J.Am.Chem.Soc.,123:7439参照。Cu(II)と結合すると安定な対を形成する新規メタロ塩基対Dipic:Pyも開発された。Meggersら,(2000)J.Am.Chem.Soc..122:10714参照。拡張コドンと非天然コドンは天然コドンに本質的に直交性であるので、本発明の方法はその直交tRNAを作製するためにこの性質を利用することができる。
〔非天然アミノ酸〕
により表される。
を結合するように糖部分と結合した反応性基と反応することができる部分を含む非天然アミノ酸が特に重要である。適切なR基としては、例えばケト、アジド、ヒドロキシル、ヒドラジン、シアノ、ハロ、アミノオキシ、アルケニル、アルキニル、カルボニル、エーテル、チオール、セレノ、スルホニル、硼酸、ボロン酸、ホスホ、ホスホノ、ホスフィン、複素環、エノン、イミン、アルデヒド、エステル、チオ酸、チオエステル、ヒンダードエステル、ヒドロキシルアミン、アミン等、又はその任意組み合わせが挙げられる。所定態様では、非天然アミノ酸は光架橋基をもつ。
の構造により表されるような修飾主鎖構造を含み、式中、Zは一般にOH、NH2、SH、NH−R’又はS−R’を含み、XとYは同一でも異なっていてもよく、一般にS又はOであり、RとR’は場合により同一又は異なり、一般に式Iをもつ非天然アミノ酸について上記に記載したR基と同一の基及び水素から選択される。例えば、本発明の非天然アミノ酸は場合により式II及びIIにより表されるようにアミノ又はカルボキシル基に置換を含む。この種の非天然アミノ酸としては限定されないが、例えば20種の標準天然アミノ酸に対応する側鎖又は非天然側鎖をもつα−ヒドロキシ酸、α−チオ酸、α−アミノチオカルボキシレートが挙げられる。更に、α−炭素の置換は場合によりL、D又はα,α−ジ置換アミノ酸(例えばD−グルタミン酸、D−アラニン、D−メチル−O−チロシン、アミノ酪酸等)を含む。他の代替構造としては環状アミノ酸(例えばプロリン類似体や、3、4、6、7、8及び9員環プロリン類似体)、β及びγアミノ酸(例えば置換β−アラニン及びγ−アミノ酪酸)が挙げられる。
L−フェニルアラニン、p−アシル−L−フェニルアラニン、p−ベンゾイル−L−フェニルアラニン、L−ホスホセリン、ホスホノセリン、ホスホノチロシン、p−ヨードフェニルアラニン、p−ブロモフェニルアラニン、p−アミノ−L−フェニルアラニン、イソプロピル−L−フェニルアラニン、下記又は本明細書の他の箇所に記載するもの等が挙げられる。各種非天然アミノ酸の構造は例えばWO2002/085923の図17、18、19、26及び29に示される。
〔非天然アミノ酸の化学的合成〕
使用して3−メトキシフェニルアラニンを製造する。その場合の臭化ベンジルのメタ位のR基は−OCH3である。例えば、Matsoukasら,J.Med.Chem.,1995,38,4600−4669参照。
Potential Antimalarials,.Eur.J.Med.Chem.26,201−5(1991)参照。前記無水物は一般にグルタミン酸から製造され、まずアミンをフタルイミドとして保護した後に酢酸中で還流させる。次に無水物を多数のアミンで開環し、アミドに各種置換基を付ける。フタロイル基をヒドラジンで脱保護すると、WO2002/085923の図23に示すような遊離アミノ酸が得られる。
。t−ブチルエステルとPhfl基を加水分解すると、所望γ−メチルグルタミン類似体(WO2002/085923の図24の化合物番号2)が得られた。
〔非天然アミノ酸の細胞取込み〕
セシングする必須酵素の蛋白質組込み又は阻害である可能性を示唆している。
transport/chemosensory receptor.Biochemistry 34,16585−16595(1995)及びDunten,P.,Mowbray,S.L.Crystal structure of the dipeptide binding protein from Escherichia coli involved in active transport and chemotaxis.Protein Science 4,2327−34(1995)参照。その後、非天然アミノ酸はリジン等の天然アミノ酸のコンジュゲートとして取込まれ、内在大腸菌ペプチダーゼの1種によるジペプチドの加水分解後に細胞質に放出される。このアプローチを試験するために、数種のUnn−Lys及びLys−Unnジペプチドを固相合成により合成し、これらのジペプチドの存在下と不在下にリジン最少培地でリジン生合成欠損大腸菌株の増殖を試験した。これらの細胞に利用可能な唯一のリジン源は非天然アミノ酸を含むジペプチドである。ホスホノセリン、ホスホノチロシン、ペンタフルオロフェニルアラニン及びケージドセリンの取込みをこのように分析した。4例のいずれでも10mM以上のジペプチド濃度で増殖が観察された。取込みは本明細書に記載する方法で容易に分析されるが、細胞取込み経路に利用可能な非天然アミノ酸を設計する別法は、アミノ酸をin vivo生産する生合成経路の提供である。
〔非天然アミノ酸の生合成〕
加新規酵素は場合により天然酵素でも人工的に作製した酵素でもよい。例えば(WO2002/085923に記載するような)p−アミノフェニルアラニンの生合成は他の生物からの公知酵素の組合せの付加に依存している。これらの酵素の遺伝子はこの遺伝子を含むプラスミドで細胞(例えば大腸菌細胞)を形質転換することにより細胞に導入することができる。遺伝子は細胞で発現されると、所望化合物を合成するための酵素経路を提供する。場合により付加される酵素種の例は下記実施例に記載する。付加酵素配列は例えばGenbankに登録されている。場合により人工的に作製した酵素も同様に細胞に付加する。このように、非天然アミノ酸を生産するように細胞機構と細胞資源を操作する。
〔核酸及びポリペプチド配列変異体〕
、O−RS又はその部分をコードするポリヌクレオチド、アミノアシルtRNAシンテターゼクローンを単離するために使用されるオリゴヌクレオチド等を提供する。本発明のポリヌクレオチドとしては、本発明の非天然アミノ酸を組込んだポリペプチド又は蛋白質が挙げられる。本発明のポリペプチドは更に人工ポリペプチドを含み、例えば(a)配列番号4〜6のいずれか1種に示すアミノ酸配列を含むポリペプチド;(b)配列番号8〜10のいずれか1種に示すポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド;(c)(a)、又は(b)のポリペプチドに特異的な抗体に対して特異的に免疫反応性のポリペプチド;及び(d)(a)、(b)、又は(c)の保存変異を含むアミノ酸配列が挙げられる。本発明の人工ポリペプチドに対して特異的に免疫反応性の抗体又は抗血清も提供される。1態様では、組成物は本発明のポリペプチドと賦形剤(例えば緩衝液、水、医薬的に許容可能な賦形剤等)を含む。
〔保存変異〕
未満、より一般には2%又は1%未満を置換する場合が挙げられる。最後に、非機能的配列の付加のように核酸分子のコードされる活性を変えない配列の付加も基本核酸の保存変異である。
〔核酸ハイブリダイゼーション〕
Molecular Biology−−Hybridization with Nucleic Acid Probes part I chapter 2,“Overview of principles of hybridization and
the strategy of nucleic acid probe assays,”(Elsevier,New York)及びAusubel,前出に記載されている。Hames and Higgins(1995)Gene Probes 1
IRL Press at Oxford University Press,Oxford,England,(Hames and Higgins 1)及びHames and Higgins(1995)Gene Probes 2 IRL Press at Oxford University Press,Oxford,England(Hames and Higgins 2)はオリゴヌクレオチドを含むDNAとRNAの合成、標識、検出及び定量について詳細に記載している。
高ストリンジェンシー洗浄の前に低ストリンジェンシー洗浄でバックグラウンドプローブシグナルを除去する。低ストリンジェンシー洗浄の1例は40℃、2×SSCで15分間である。一般に、シグナル対ノイズ比が特定ハイブリダイゼーションアッセイで非関連プローブに観測されるよりも5倍(以上)である場合に特異的ハイブリダイゼーションが検出されたとみなす。
〔ユニークサブ配列〕
れる核酸にユニークサブ配列を含む核酸を提供する。ユニークサブ配列は任意公知O−tRNA及びO−RS核酸配列に対応する核酸に比較してユニークである。例えばデフォルトパラメーターに設定したBLASTを使用してアラインメントを実施することができる。任意ユニークサブ配列は例えば本発明の核酸を同定するためのプローブとして有用である。
〔配列比較、一致度及び相同度〕
較する。配列比較アルゴリズムを使用する場合には、試験配列と参照配列をコンピューターに入力し、必要に応じてサブ配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。こうすると、配列比較アルゴリズムは指定プログラムパラメーターに基づいて参照配列に対して試験配列の配列一致度百分率を計算する。
〔突然変異誘発及び他の分子生物学技術〕
本手順と基礎理論事項もSambrook(前出),Ausubel(前出)及びWatsonら(1992)Recombinant DNA Second Edition
Scientific American Books,NYに記載されている。更に、Midland Certified Reagent Company(Midland,TX mcrc.com)、The Great American Gene Company(Ramona,CA,世界ウェブgenco.com参照)、ExpressGen Inc.(Chicago,IL,世界ウェブexpressgen.com参照)、Operon Technologies Inc.(Alameda,CA)、その他多数の各種販売会社からほぼ任意核酸(及び標準又は標準外を問わずほぼ任意標識核酸)をオーダーメード又は標準注文することができる。
Basic Technique,第3版,Wiley−Liss,New Yorkとその引用文献;Payneら(1992)Plant Cell and Tissue Culture in Liquid Systems John Wiley &
Sons,Inc.New York,NY;Gamborg and Phillips(eds)(1995)Plant Cell,Tissue and Organ
Culture;Fundamental Methods Springer Lab Manual,Springer−Verlag(Berlin Heidelberg New York)及びAtlas and Parks(eds)The Handbook of Microbiological Media(1993)CRC
Press,Boca Raton,FLが挙げられる。
〔キット〕
本実施例はp−アセチル−L−フェニルアラニンを製造し、この非天然アミノ酸を蛋白質に組込むためのシステムについて記載する。
)が加わる。標準アミノ酸の側鎖は驚くほど少数の官能基−−窒素塩基、カルボン酸及びアミド、アルコール及びチオール基と、残余の単純なアルカン又は疎水性基からなる。遺伝的にコードされるアミノ酸に新規アミノ酸(例えば金属キレート性、蛍光、レドックス活性、光活性又はスピン標識側鎖をもつアミノ酸)を付加することができるならば、蛋白質の構造と機能及び恐らく生体自体の操作可能性が著しく増すと考えられる。最近、本発明者らは大腸菌の翻訳機構に新規成分を付加することにより、多数の非天然アミノ酸を高い忠実度で蛋白質に部位特異的にin vivo組込むことができたと報告した(例えばWang,L.ら(2001)Science 292:498−500;Wang,L.ら(2002)J.Am.Chem.Soc.124:1836−1837;及びZhang,Z.ら(2002)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.41:2840−2842参照)。本実施例はケト含有アミノ酸を生物(例えば大腸菌)の遺伝コードに付加するためにこのアプローチを拡張できることと、ケト基のユニークな反応性を使用して多様な物質で蛋白質を選択的にin vitro修飾できることを立証する。
p−アセチル−L−フェニルアラニンの製造:Fmoc−4−アセチル−L−フェニルアラニンをRSP Amino Acid Analogues,Inc.(Worcester,MA)から購入した。この化合物(1.0g,2.3mmol)にピペリジン4mL(ジメチルホルムアミド(DMF)中20%)を加えて2時間室温で撹拌した。溶媒を蒸発させると、白色粉末が得られた。次に固形分を冷水(0.1%トリフルオロ酢酸(TFA))10mLに再懸濁し、上清を濾取した。分取逆相HPLC(Microsorb C18,Rainin Instrument Co.,Inc.,Woburn,MA)を使用して所望生成物を反応混合物から分離した(0.1%TFA添加H2O中5→30%CH3CNを使用して30分間)。溶出液(tR=12分)を凍結乾燥すると、白色固体が得られた(0.45g,88%)。1H NMR(400MHz,D2O):δ7.85−7.28(m,4H),4.23(dd,1H,5.4Hz),3.2(m,2H),2.7(s,3H).MSエレクトロスプレーイオン化(ESI):C11H13NO3計算値[M+1]+208.09,実測値(ESI):208.47。
選択では、クロラムフェニコールの濃度を夫々80及び100μg/mLに増加した。3回のポジティブ選択と2回のネガティブ選択を交互に行った後に、in vivo CATアッセイでp−アセチル−L−フェニルアラニンの不在下に9μg/mlクロラムフェニコールと、p−アセチル−L−フェニルアラニンの存在下に120μg/mlクロラムフェニコールのIC50値を示す11個の突然変異体TyrRSが同定された。例えばWang,L.& Schultz,P.G.(2001)Chem.Biol.8:883−890参照。各突然変異体TyrRSのコドン使用は異なるが、これらの突然変異体TyrRSの蛋白質配列は3個の独立クローンLW1、LW5及びLW6で収束した。
ケトアミノ酸:ケト基はカルボニル基又は酸性Cα位への付加反応に関与することができるため、20種の標準アミノ酸には存在しないユニークな化学反応性を提供する。この基は多様な化学試薬による蛋白質の選択的修飾で天然アミノ酸システインに代用できる。システインの反応性チオール基は種々の生体物理学的プローブを蛋白質に結合するために広く使用されている。例えばCreighton,T.E.(1986)Methods
Enzymol.131:83−106;Altenbach,C.ら,(1990)Science 248:1088−1092;Brinkley,M.(1992)Bioconjug.Chem.3:2−13;Giuliano,K.A.ら(1995)Annu.Rev.Biophvs.Biomol.Struct.24:405−434;Mannuzzu,L.M.ら,(1996)Science 271:213−216;Griffin,B.A.ら(1998)Science 281:269−272;Llopis,J.ら,(2000)Methods Enzymol.327:546−564;及びGaietta,G.ら,(2002)Science 296:503−507参照。しかし、蛋白質には反応性基が2個以上存在することと、ジスルフィド結合を使用する場合に遊離チオールの存在下で生じる交換反応により、単一システイン残基の標識は困難なことが多い。そこで、直交反応性をもつ非蛋白質産生アミノ酸を利用できるならば、単一システインを選択的に標識できない場合や、2種の異なるラベルが必要な場合にも蛋白質の選択的修飾が可能になる。ケトは水溶液中で温和な条件下にヒドラジド、ヒドロキシルアミン、及びセミカルバジドと容易に反応し、夫々生理条件下で安定なヒドラゾン、オキシム、及びセミカルバゾン結合を形成する。例えばJencks,W.P.(1959)J.Am.Chem.Soc.81:475−481;and,Shao,J.& Tam,J.P.(1995)J.Am.Chem.Soc.117:3893−3899参照。
A 95:6705−6710参照。ケトン基を含むペプチドがSPPSにより製造され、Abelson蛋白質チロシンキナーゼのSrcホモロジー3ドメインとライゲーションされている。例えばAyers,B.ら,(1999)Biopolymers 51:343−354参照。
特性決定した。例えばWang,L.& Schultz,P.G.(2001)Chem.Biol.8:883−890参照。11個のTyrRS突然変異体が同定された。選択したシンテターゼとmutRNATyr CUAを発現する細胞は1%グリセロールと0.3mMロイシンを含有する最少培地プレート(GMMLプレート)でp−アセチル−L−フェニルアラニンの不在下では9μg/mlクロラムフェニコールで生存し、この非天然アミノ酸の存在下では、細胞はGMMLプレートで120μg/mlクロラムフェニコール中で生存した。この結果は選択した突然変異体シンテターゼが天然アミノ酸よりもp−アセチル−L−フェニルアラニンに対して高い活性をもつことを示唆している。これらの突然変異体のDNAを配列決定した処、アミノ酸のコドン使用は異なるが、蛋白質レベルでは3個の独立した突然変異体(LW1,LW5,及びLW6)で収束することが判明した。突然変異体シンテターゼの活性部位突然変異を表1に示す。B.stearothermophilusに由来する相同TyrRSの結晶構造によると、M.jannaschii Tyr32及びAsp158の保存側鎖は基質チロシンのヒドロキシル基と水素結合を形成すると思われる。突然変異体シンテターゼではTyr32はLeu又はAlaに突然変異し、Asp158はGly158に突然変異している。これらの突然変異はチロシンの結合に不利であると同時にp−アセチル−L−フェニルアラニンのメチル基を受用する余地ができると思われる。突然変異体のX線結晶構造を決定することにより、これらの突然変異体の厳密な役割が解明されると思われる。
ラグメントのタンデム質量分析により確認)。突然変異体Zドメイン蛋白質では、無傷の蛋白質の実験モノアイソトピック質量は7949.893Daであり、理論質量7949.874Daから2.2ppm以内であった。他の2個のピークは夫々最初のメチオニンをもたない蛋白質(MExperimental=7818.838Da,MTheoretical=7818.833Da)とそのアセチル化形態(MExperimental=7860.843Da,MTheoretical=7860.844Da)に対応する。アンバーコドン位置に他のアミノ酸をもつ突然変異体蛋白質に対応するピークはスペクトルに観察されなかった。無傷の蛋白質質量スペクトルに観察された1500を上回るシグナル対ノイズ比はp−アセチル−L−フェニルアラニンの組込みの忠実度が99.8%を上回ることを意味する。トリプシン消化物の液体クロマトマグラフィータンデム質量分析を実施し、NH2末端ペプチドの配列を確認した。NH2末端トリプシン消化ペプチドMTSVDNY*INKの二重負荷分子イオンに対応する606.23Daの前駆体イオンを単離し、イオントラップ質量分析計(ITMS)で断片化した。フラグメントイオン質量は明確に割当られ、p−アセチル−L−フェニルアラニンの部位特異的組込みが確認された。これらの結果が明白に示すように、進化型シンテターゼはmutRNATyr CUAと協同して天然アミノ酸ではなくp−アセチル−L−フェニルアラニンを他の位置ではなくアンバーコドンによりコードされる位置に組込む。
時間処理した。リン酸緩衝液で透析して過剰のビオチンヒドラジドを除去した後、蛋白質をSDS−PAGEにかけた。分離した蛋白質をニトロセルロース膜に転写し、ビオチン特異的アビジン−HRPコンジュゲートでプローブした。予想通り、p−アセチル−L−フェニルアラニンを含む突然変異体Zドメインのみが検出され、ビオチンヒドラジドで標識されたことが判明した。wt Zドメインにシグナルは観察されなかった。フルオレセイン標識実験で記載したようにHPLC分析により標識効率を測定した処、80±10%であった。標識蛋白質はQTOF MS(MExperimental=8416.236,MTheoretical=8416.146Da)によりビオチンヒドラジド1分子と突然変異体Zドメイン1分子から形成された産物であることが確認された。これらの実験はin vitro蛋白質修飾に対するケトンハンドルの優れた特異性を立証するものである。
mtRNATyr CUA(WO2002/085923の実施例1に記載)をメタ−チロシン類似体でアミノアシル化するために直交TyrRSを作製した。
ユニークな反応性をもつ非蛋白産生官能基を利用できるならば、蛋白質の選択的化学修飾は非常に容易になる。ケト基はこのような化学的ハンドルであり、天然アミノ酸の側鎖には存在せず、標準アミノ酸の存在下に温和な条件下でヒドラジド及びヒドロキシルアミン誘導体と容易且つ選択的に反応する。例えばCornish,V.Wら,(1996)J.Am.Chem.Soc.118:8150−8151とその引用文献参照。ケト基は固相ペプチド合成によりペプチドに挿入されており、求核性糖誘導体とカップリングしてネオ糖ペプチドが構築されている。例えばRodriguez,E.C.ら,(1998)J.Org.Chem.63:7134−7135参照。本発明者らは非天然アミノ酸を生きた細胞で蛋白質に直接部位特異的に組込むことが可能な一般方法を最近開発した(例えば参考資料として本明細書に組込むWO2002/085923と2003年10月15日付け対応出願、発明の名称「ケトアミノ酸の部位特異的蛋白質組込み(SITE
SPECIFIC INCORPORATION OF KETO AMINO ACIDS INTO PROTEINS)」、代理人整理番号54−000170PCT参照)。例えばWang,L.ら,(2001)Science 292:498−500も参照。アンバーナンセンスコドンに応答して99.8%を上回る翻訳忠実度でケト含有アミノ酸p−アセチル−L−フェニルアラニンの組込みに成功した。例えばWang,L.ら,(2003)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.100:56−61参照。本実施例は遺伝的にコードされるケト官能基とアミノオキシ糖誘導体を使用する均質糖蛋白質ミメティクスの製造について記載する。
に新規ピーク(tR=42.5分)が同定された。MALDI−FTICR MSにより測定した溶出液のモノアイソトピック質量(Mtheoretical=8198.977,Mexperimental=8198.969)から、ガラクトースはGlcNAcとカップリングし、付加物IIIとなることが確認された(図3参照)。構造については図1参照。HPLC分析により測定したカップリング効率は約60%であり、β−1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼについて従来報告されている値に近似した。例えばWitte,K.ら,(1997)J.Am.Chem.Soc.119:2114−2118参照。この結果は第1の糖と蛋白質の非天然結合がグリコシルトランスフェラーゼ反応にさほど影響を与えないことを示している。この二糖標識蛋白質を更にCMP−シアル酸及びα−2,3−シアリルトランスフェラーゼ(例えばKitagawa,H.,and Paulson,J.C.(1994)J.Biol.Chem.269:1394−1401参照)と反応させると、シアル酸がガラクトースに付加され、IVとなる(tR=41.7分)ことがMALDI−FTICR MSにより確認された(Mtheoretical=8490.072,Mexperimental=8490.014)(図3参照)。IIIからIVへの変換のカップリング効率はHPLC分析によると65%であった。構造については図1参照。
概説:UDP−Gal、CMP−NeuAc、β−1、4−ガラクトシルトランスフェラーゼ(β−1,4−GalT)及びα−2,3−シアリルトランスフェラーゼ(α−2,3−SialT)はCalbiochemから購入した。特に指定しない限り、全薬品はAldrich、Acros又はSigmaから入手し、それ以上精製せずに使用した。ニンヒドリン又はモリブデン酸セリウム発色剤を展開試薬として使用して薄層クロマトグラフィー(TLC)により反応をモニターした。全非水性反応はオーブン乾燥ガラス容器でAr雰囲気下に実施した。全非水性溶媒は使用前に蒸留させた。NMRスペクトルはBruker AMX−400、AMX−500又はAMX−600MHzスペクトロメーターで記録し、残留溶媒ピーク(CDCl3:1Hδ7.24,13Cδ77.0;CD3OD:1Hδ3.30,13Cδ49.0;D2O:1Hδ4.76)と照合した。
mol)とUDP−Gal(21mg,0.032mmol)を溶かした。β−1,4−GalT(0.3U,0.1UμL−1)とアルカリホスファターゼ(0.5U,1UμL−1)を加え、反応混合物を周囲温度で2日間温和に振盪した。反応混合物を遠心し、流速1mL min−1で90分間100:0 A:B→50:50 A:B(A=MeCN及びB=H2O)のグラジエント溶離を利用してアミノプロピルシリカゲルHPLCにより上清を精製した。所望生成物の滞留時間は53分であった。カラムフラクションを凍結乾燥すると、図1の純粋な化合物2(6mg,70%)が白色粉末として得られた;1H NMR(D2O,600MHz)δ4.58(d,J=6.12,1H),4.42(d,J=7.44,1H),3.96(d,J=11.88 1H),3.87(m,1H),3.78(dd,J=4.83,12.3,1H),3.72−3.69(m,6H),3.62(dd,J=3.06,10.08,1H),3.56(m,1H),3.50(m,1H),1.98(s,3H)。13C NMR(D2O,150MHz)δ175.18,103.98,103.31,78.63,75.78,75.13,72.92,72.82,71.39,68.99,61.46,60.43,53.80,22.55。HR−FTMS(pos)C14H26N2O11の計算値[M+Na]+=421.1429,実測値421.1448。
た。図1のIVを製造するために、新たに調製したMnCl2溶液(0.5mmol)を添加した150mM HEPES緩衝液(pH7.4)90μLに図1のIII(〜0.5mg)とCMP−NeuAc(0.5mg)を溶かした。α−2,3−SialT(10mU,3.7mUμL−1)とアルカリホスファターゼ(50mU,50mUμL−1)を加え、反応混合物を周囲温度で2日間温和に振盪した。反応混合物を遠心し、上清を逆相HPLCにより精製した。
本発明の1態様では、グリコシル化アミノ酸の翻訳時組込みにより生物(例えば大腸菌)で均質糖蛋白質を合成するための別のストラテジーが開発された。例えば、規定位置にβ−GlcNAc−セリンを含むミオグロビンを大腸菌で良好な収率と高い忠実度で発現させることができる。β−GlcNAc部分は糖質結合蛋白質により認識することができ、又はガラクトシルトランスフェラーゼで後期修飾することもできる。このアプローチは他の翻訳後修飾(例えば蛋白質リン酸化、アセチル化、メチル化等)にも適用可能であると思われる。
.Natl.Acad.Sci.U S A 99:11020;S.W.Santoroら,(2002)Nat.Biotechnol.20:1044;L.Wangら,(2003),Proc.Natl.Acad.Sci.U S A 100:56;及びZ.Zhangら,(2003)Biochemistry 42:6735参照)と酵母(例えばJ.W.Chinら,Science,(2003年印刷中)参照)の遺伝コードに体系的に付加することを初めて可能にした数種の方法が従来開発されている。このアプローチでは、内在tRNA及びシンテターゼと交差反応しないアンバーサプレッサーM.jannaschii TyrRS−mutRNATyr CUA対を開発し、所望非天然アミノ酸のみを負荷するように進化させている。この方法はグリコシル化、リン酸化、又はメチル化アミノ酸を蛋白質に直接組込むこともでき(例えばT.Arslanら,(1997)J.Am.Chem.Soc.119:10877参照)、蛋白質の選択的酵素又は化学的翻訳後修飾の必要がなくなる。β−O−GlcNAc−L−セリン(化合物A,GlcNAc:N−アセチルグルコサミン)を大腸菌で蛋白質に部位特異的に組込む試みがなされた。O−GlcNAc修飾はほぼ全真核細胞で遍在性であり、細胞シグナリング、蛋白質トラフィキング及び細胞増殖の調節に関与しており、より複雑な糖質を生産するための基質でもある。例えばL.Wellsら,(2001)Science 291:2376;及びN.Lamarre−Vincent,& L.Hsieh−Wilson,(2003)J.Am.Chem.Soc.125:6612参照。しかし、遊離ヒドロキシル基をもつ糖誘導体は真核細胞の膜を通過しにくいので、基質化合物Aは細胞浸透性でないと思われる。例えばA.K.Sarkarら,(1995),Proc.Natl.Acad.Sci.U S A 92:3323参照。他方、糖のヒドロキシル基のアセチル化が細胞膜通過を助長し、ヒドロキシルアセチル基を一旦細胞内に導入してから非特異的サイトゾルエステラーゼにより脱アセチル化できることが示されている。例えばN.Lamarre−Vincent,& L.Hsieh−Wilson,(2003)J.Am.Chem.Soc.125:6612参照。従って、これらの実験では前駆体N−Fmoc−トリ−アセチル−β−GlcNAc−セリンが市販されているアセチル化誘導体トリ−アセチル−β−GlcNAc−セリン(化合物B)を使用した。化合物は下式で示される。
のアンバーコドンの抑圧に基づくネガティブ選択を使用し、選択したクローンから内在アミノ酸を組込む突然変異体TyrRSを排除した。5回のポジティブ選択と4回のネガティブ選択後に高濃度のクロラムフェニコールの存在下で生存する3個のクローンが出現した。これらのクローンとその突然変異は以下の通りである。S1−90(Glu107→Pro107,Asp158→Cys158,Ile159→Tyr159,Leu162→Arg162)、S4−5(Tyr32→Gly32,Glu107−Gly107,Asp158→Cys158,Leu162→His162)、S1−5(Glu107→Cys107,Asp158→His158,Ile159→Asp159,Leu162→Met162)。化合物Bの代わりに1mMセリン、α−トリ−アセチル−GalNAc−スレオニン、α/β−トリ−アセチル−GalNAc−セリン又はβ−テトラ−アセチル−Glu−アスパラギンを使用しても30μg/mlクロラムフェニコールを上回る細胞増殖は得られないので、これらの全クローンはβ−GlcNAc−セリンに高度に選択的であると思われる。これらのin vivo遺伝結果から、新規に選択された突然変異体TyrRSはβ−GlcNAc−L−セリンに対して優れた特異性をもつと考えられる。
riraea simplicifolia II(BSII)と野生型ミオグロビン及び糖ミオグロビンの結合を示す。野生型ミオグロビン、糖ミオグロビン、及び陰性対照(レクチン非添加)のA405値を示す。Gly4→化合物A突然変異体ミオグロビン(200ng)と野生型ミオグロビン(200ng)をマイクロタイタープレートウェルに固定化した後、ビオチン化BSIIとストレプトアビジン−アルカリホスファターゼコンジュゲートの存在下にインキュベートした。ウェルをリン酸p−ニトロフェニルの存在下にインキュベートし、405nmの吸光度を測定することによりモニターした。2種の形態のミオグロビンをマイクロタイタープレートウェルに固定化した後、夫々ビオチン化BSII、ストレプトアビジン−アルカリホスファターゼコンジュゲート、及びリン酸p−ニトロフェニルの存在下にインキュベートした。野生型ミオグロビンを含むウェルは陰性対照ウェルと等価のシグナルを発生した。他方、糖ミオグロビンを含むウェルは野生型ミオグロビンの少なくとも200倍のシグナルを発生し、GlcNAc特異的レクチンによる選択的認識が立証された。更に、このレクチンはGlcNAcに高度に選択的であるので、この結果から糖質はGalNAcやManNAc等の他の異性形に修飾されていないことも判明した(例えばS.Ebisuら,(1978),Carbohydr.Res.61:129参照)。
た。
突然変異体TyrRS酵素の指向進化。ポジティブ及びネガティブ選択の一般手順は従来報告されている。例えばZ.Zhangら,(2003)Biochemistry,42:6735参照。要約すると、プラスミドpRep(2)/YC(例えば、S.W.Santoroら,(2002)Nat.Biotechnol.20:1044参照)を導入したコンピテント大腸菌DH10BにプラスミドpBK−lib−m(例えば、Z.Zhangら,(2003)Biochemistry 42:6735参照)及びpBK−lib(例えば、L.Wangら,(2001)Science 292:498参照)の組み合わせを形質転換した。40μg/mlテトラサイクリン、50μg/mlカナマイシン、68μg/mlクロラムフェニコール、及び1mM化合物Bを添加したGMML培地(1%グリセロール,0.3mMロイシン,1mM MgCl2,0.1mM
CaCl2及び0.5% NaClを含有する1×M9最少培地)500ml中で形質転換細胞を60時間37℃で増殖させた。プラスミド(pBK)を生存細胞から精製し、pLWJ17B3(例えば、L.Wangら,(2001)Science 292:498参照)を導入した大腸菌DH10Bに形質転換し、ネガティブ選択を開始した。次に、40μg/mlクロラムフェニコール、50μg/mlカナマイシン、及び0.02%L−アラビノースを添加したLB(Luria−Bertani)プレートに細胞をプレーティングし、37℃で8時間インキュベートした。プラスミドpBKを生存細胞から精製し、後続ポジティブ及びネガティブ選択に使用した。ポジティブ選択5回とネガティブ選択4回の後に、基質依存的クロラムフェニコール耐性を付与する3個の候補直交tRNA−シンテターゼ対を単離し、配列決定した。
本発明で使用することができる代表的O−RSとしては、配列番号1〜6(表2参照)が挙げられ、本発明で使用することができる代表的O−tRNAとしては配列番号7が挙
げられる。O−RSをコードする代表的ポリヌクレオチドとしては配列番号8〜10が挙げられる。
Claims (57)
- a)第1の反応性基を含む非天然アミノ酸を蛋白質に組込む段階と;
b)第2の反応性基を含む糖部分と前記蛋白質を接触させ、第1の反応性基を第2の反応性基と反応させて糖部分を非天然アミノ酸に結合する段階を含む糖蛋白質の合成方法。 - 第1の反応性基が求電子性部分であり、第2の反応性基が求核性部分である請求項1に記載の方法。
- 求電子性部分がケト又はアルデヒド部分である請求項2に記載の方法。
- 求核性部分が−NR1−NH2(ヒドラジド)、−NR1(C=O)NR2NH2(セミカルバジド)、−NR1(C=S)NR2NH2(チオセミカルバジド)、−(C=O)NR1NH2(カルボニルヒドラジド)、−(C=S)NR1NH2(チオカルボニルヒドラジド)、−(SO2)NR1NH2(スルホニルヒドラジド)、−NR1NR2(C=O)NR3NH2(カルバジド)、−NR1NR2(C=S)NR3NH2(チオカルバジド)、及び−O−NH2(ヒドロキシルアミン)(式中、各R1、R2、及びR3は独立してH、又は炭素原子数1〜6のアルキルである)から構成される群から選択される請求項2に記載の方法。
- 求核性部分かヒドラジド、ヒドロキシルアミン、セミカルバジド、及びカルボヒドラジドから構成される群から選択される請求項4に記載の方法。
- 反応生成物がオキシム、アミド、ヒドラゾン、カルボヒドラゾン、チオカルボヒドラゾン、スルホニルヒドラゾン、セミカルバゾン、又はチオセミカルバゾンを含む請求項2に記載の方法。
- 反応生成物が還元ヒドラゾンを含む請求項6に記載の方法。
- 第1の反応性基が求核性部分であり、第2の反応性基が求電子性部分である請求項1に記載の方法。
- 求電子性部分がケト又はアルデヒド部分である請求項8に記載の方法。
- 糖部分が2個以上の糖質部分を含む請求項1に記載の方法。
- 糖供与体部分から糖部分に糖を転移させるために十分な時間と適切な条件下でグリコシルトランスフェラーゼ、糖供与体部分、及びグリコシルトランスフェラーゼ活性に必要な他の反応体と糖部分を接触させる段階c)を更に含む請求項1に記載の方法。
- グリコシルトランスフェラーゼがガラクトシルトランスフェラーゼ、フコシルトランスフェラーゼ、グルコシルトランスフェラーゼ、N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ、N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ、グルクロニルトランスフェラーゼ、シアリルトランスフェラーゼ、マンノシルトランスフェラーゼ、グルクロン酸トランスフェラーゼ、ガラクツロン酸トランスフェラーゼ、及びオリゴサッカリルトランスフェラーゼから構成される群から選択される請求項11に記載の方法。
- 段階(c)の生成物を少なくとも第2のグリコシルトランスフェラーゼ及び第2の糖供与体部分と接触させる段階を更に含む請求項11に記載の方法。
- 糖部分が末端GlcNAcを含み、糖供与体部分UDP−Galであり、グリコシルトランスフェラーゼがβ−1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼである請求項11に記載の方法。
- 糖部分が末端GlcNAcを含み、糖供与体部分がUPD−GlcNAcであり、グリコシルトランスフェラーゼがβ1−4N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼである請求項11に記載の方法。
- N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ反応の生成物をβ1−4マンノシルトランスフェラーゼ及びGDP−マンノースと接触させ、Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を更に含む請求項15に記載の方法。
- Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−部分をα1−3マンノシルトランスフェラーゼ及びGDP−マンノースと接触させ、Manα1−3Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を更に含む請求項16に記載の方法。
- Manα1−3Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−部分をα1−6マンノシルトランスフェラーゼ及びGDP−マンノースと接触させ、Manα1−6(Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を更に含む請求項17に記載の方法。
- Manα1−6(Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−部分をβ1−2N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ及びUDP−GlcNAcと接触させ、Manα1−6(GlcNAcβ1−2Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を更に含む請求項18に記載の方法。
- Manα1−6(GlcNAcpl−2Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−部分をβ1−2N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ及びUDP−GlcNAcと接触させ、GlcNAcβ1−2Manα1−6(GlcNAcβ1−2Manα1−3)Manβ1−4GlcNAcβ1−4GlcNAc−を含む糖部分を形成する段階を更に含む請求項19に記載の方法。
- 糖部分をβ1−4N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ、α1,3フコシルトランスフェラーゼ、α1,2フコシルトランスフェラーゼ、α1,4フコシルトランスフェラーゼ、β1−4ガラクトシルトランスフェラーゼ、及びシアリルトランスフェラーゼの1種以上と接触させ、二側鎖又は三側鎖オリゴ糖構造を形成する段階を更に含む請求項11に記載の方法。
- 組込み段階をin vivoで実施する請求項1に記載の方法。
- 組込み段階が直交tRNA/直交アミノアシルtRNAシンテターゼ(O−tRNA/O−RS)対を使用し、O−tRNAがセレクターコドンを認識し、セレクターコドンに応答して非天然アミノ酸を蛋白質に組込み、O−RSがO−tRNAを非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化する請求項1に記載の方法。
- O−RSが配列番号1、2、又は3のいずれか1種を含むアミノ酸配列を含む請求項23に記載の方法。
- O−tRNAがmutRNATyr CUAを含む請求項23に記載の方法。
- 請求項1に記載の方法により生産された糖蛋白質。
- 請求項22に記載の方法により生産された糖蛋白質。
- 糖部分とポリペプチドを含む糖蛋白質であって、糖部分がポリペプチドに存在する非天然アミノ酸に結合した第1の反応性基と糖部分に結合した第2の反応性基の求核性反応の反応生成物によりポリペプチドと結合している前記糖蛋白質。
- 第1の反応性基が求電子性部分であり、第2の反応性基が求核性部分である請求項28に記載の糖蛋白質。
- 求電子性部分がケト又はアルデヒド部分である請求項29に記載の糖蛋白質。
- 求核性部分が−NR1−NH2(ヒドラジド)、−NR1(C=O)NR2NH2(セミカルバジド)、−NR1(C=S)NR2NH2(チオセミカルバジド)、−(C=O)NR1NH2(カルボニルヒドラジド)、−(C=S)NR1NH2(チオカルボニルヒドラジド)、−(SO2)NR1NH2(スルホニルヒドラジド)、−NR1NR2(C=O)NR3NH2(カルバジド)、−NR1NR2(C=S)NR3NH2(チオカルバジド)、及び−O−NH2(ヒドロキシルアミン)(式中、各R1、R2、及びR3は独立してH、又は炭素原子数1〜6のアルキルである)から構成される群から選択される請求項29に記載の糖蛋白質。
- 求核性部分かヒドラジド、ヒドロキシルアミン、セミカルバジド、及びカルボヒドラジドから構成される群から選択される請求項31に記載の糖蛋白質。
- 反応生成物がオキシム、アミド、ヒドラゾン、カルボヒドラゾン、チオカルボヒドラゾン、スルホニルヒドラゾン、セミカルバゾン、又はチオセミカルバゾンを含む請求項28に記載の糖蛋白質。
- 反応生成物が還元ヒドラゾンを含む請求項33に記載の糖蛋白質。
- 糖部分を含む非天然アミノ酸を蛋白質に組込む段階を含む糖蛋白質の合成方法。
- 糖供与体部分から糖部分に糖を転移させるために十分な時間と適切な条件下でグリコシルトランスフェラーゼ、糖供与体部分、及びグリコシルトランスフェラーゼ活性に必要な他の反応体と糖部分を接触させる段階を更に含む請求項35に記載の方法。
- グリコシルトランスフェラーゼがガラクトシルトランスフェラーゼ、フコシルトランスフェラーゼ、グルコシルトランスフェラーゼ、N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ、N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ、グルクロニルトランスフェラーゼ、シアリルトランスフェラーゼ、マンノシルトランスフェラーゼ、グルクロン酸トランスフェラーゼ、ガラクツロン酸トランスフェラーゼ、及びオリゴサッカリルトランスフェラーゼから構成される群から選択される請求項36に記載の方法。
- グリコシルトランスフェラーゼ反応の生成物を少なくとも第2のグリコシルトランスフェラーゼ及び第2の糖供与体部分と接触させる段階を更に含む請求項36に記載の方法。
- 糖部分が末端GlcNAcを含み、糖供与体部分がUPD−GlcNAcであり、グリ
コシルトランスフェラーゼがβ1−4N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼである請求項36に記載の方法。 - 糖部分が末端GlcNAcを含み、糖供与体部分がUDP−Galであり、グリコシルトランスフェラーゼがβ−1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼである請求項36に記載の方法。
- 組込み段階が直交tRNA/直交アミノアシルtRNAシンテターゼ(O−tRNA/O−RS)対を使用し、O−tRNAがセレクターコドンを認識し、セレクターコドンに応答して非天然アミノ酸を蛋白質に組込み、O−RSがO−tRNAを非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化する請求項35に記載の方法。
- O−RSが配列番号4、5、又は6のいずれか1種を含むアミノ酸配列を含む請求項41に記載の方法。
- O−tRNAがmutRNATyr CUAを含む請求項41に記載の方法。
- 組込み段階をin vivoで実施する請求項35に記載の方法。
- 非天然アミノ酸がβ−O−GlcNAc−L−セリン、トリ−アセチル−β−GlcNAc−セリン、トリ−O−アセチル−GalNAc−α−スレオニン、又はα−GalNAc−L−スレオニンを含む請求項35に記載の方法。
- 請求項35に記載の方法により生産された糖蛋白質。
- a)糖部分を含む非天然アミノ酸と;
b)セレクターコドンを認識する直交tRNAと;
c)非天然アミノ酸と直交tRNAの結合を触媒する直交アミノアシルtRNAシンテターゼ(O−RS)と;
d)グリコシルトランスフェラーゼをコードするポリヌクレオチドと;
e)ポリペプチドをコードし、少なくとも1個のセレクターコドンを含むポリヌクレオチド配列を含む糖蛋白質合成用宿主細胞。 - グリコシルトランスフェラーゼがガラクトシルトランスフェラーゼ、フコシルトランスフェラーゼ、グルコシルトランスフェラーゼ、N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ、N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ、グルクロニルトランスフェラーゼ、シアリルトランスフェラーゼ、マンノシルトランスフェラーゼ、グルクロン酸トランスフェラーゼ、ガラクツロン酸トランスフェラーゼ、及びオリゴサッカリルトランスフェラーゼから構成される群から選択される請求項47に記載の宿主細胞。
- 宿主細胞が哺乳動物細胞、酵母細胞、細菌細胞、植物細胞、真菌細胞、始原菌細胞、又は昆虫細胞である請求項47に記載の宿主細胞。
- 翻訳系を含む組成物であって、翻訳系が直交tRNA(O−tRNA)と直交アミノアシルtRNAシンテターゼ(O−RS)を含み、O−RSが糖部分を含む非天然アミノ酸でO−tRNAを優先的にアミノアシル化し、O−tRNAが少なくとも1個のセレクターコドンを認識する前記組成物。
- O−RSが配列番号4、5、もしくは6のいずれか1種又はその保存変異体を含むアミノ酸配列を含む請求項50に記載の組成物。
- O−RSが配列番号8、9、もしくは10のいずれか1種又はその保存変異体を含むポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる請求項50に記載の組成物。
- O−tRNAがmutRNATyr CUAを含む請求項50に記載の組成物。
- 非天然アミノ酸がβ−O−GlcNAc−L−セリン、トリ−アセチル−β−GlcNAc−セリン、トリ−O−アセチル−GalNAc−α−スレオニン、又はα−GalNAc−L−スレオニンを含む請求項50に記載の組成物。
- (a)配列番号4〜6のいずれか1種に示すアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)配列番号8〜10のいずれか1種に示すポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(c)(a)、又は(b)のポリペプチドに特異的な抗体に対して特異的に免疫反応性のポリペプチド;及び
(d)(a)、(b)、又は(c)の保存変異を含むアミノ酸配列から構成される群から選択される人工ポリペプチド。 - 請求項55に記載のポリペプチドに対して特異的に免疫反応性の抗体又は抗血清。
- (a)配列番号8〜10のいずれか1種に記載のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド;
(b)(a)のポリヌクレオチド配列に相補的であるか又はこれをコードするポリヌクレオチド;
(c)配列番号1〜6のいずれか1種に記載のアミノ酸配列又はその保存変異体を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
(d)請求項55に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
(e)核酸の実質的に全長にわたって高ストリンジェント条件下で(a)、(b)、(c)、又は(d)のポリヌクレオチドとハイブリダイズする核酸;
(f)(a)、(b)、(c)、(d)、又は(e)のポリヌクレオチドと少なくとも98%一致するポリヌクレオチド;及び
(h)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、又は(f)の保存変異を含むポリヌクレオチドから構成される群から選択される人工ポリペプチド。
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