CN107245532B - 一种鲫鱼冠状病毒hb93的数字rt-pcr检测引物及应用 - Google Patents

一种鲫鱼冠状病毒hb93的数字rt-pcr检测引物及应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT‑PCR检测引物及应用,所述方法包括利用CCBV基因片段设计的引物序列和探针序列进行数字PCR扩增反应。利用本发明所提供的数字PCR检测引物可以实现对鲫鱼冠状病毒样品的精准检测,灵敏度可以达到2个拷贝。此外,该方法步骤简便易于操作,因此在实际应用中具有很大的灵活性,是一种检测鲫鱼冠状病毒的有效方法。

Description

一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物及应用
技术领域
本发明属于病毒分子检测技术领域,具体涉及一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物及应用。
背景技术
国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)于2012年发表了最新的病毒分类第九次报告,将套式病毒目(Nidovirales)中的冠状病毒科(Coronaviridea)中新设冠状病毒亚科(Coronavirinea)和环曲病毒亚科(Torovirinae)。
冠状病毒科是一类线形单股正链RNA病毒,最早于1937年从鸡身上分离出来,Almeida等对这些病毒进行了形态学研究,电子显微镜观察发现这些病毒的包膜上有形似日冕的棘突,故提出命名这类病毒为冠状病毒[1]。1975年,国际病毒命名和分类委员会正式命名了冠状病毒科。2002-2003年期间,自我国局部地区发生的非典型肺炎,即由冠状病毒属的严重急性呼吸综合征病毒(SARS-CoV)引起,世界上有30多个国家和地区相继报道出现病例,病死率超过10%。2012年,中东地区开始出现新型冠状病毒,病死率超过50%,引起了世界范围的广泛关注,造成社会对冠状病毒的恐慌。因此,对冠状病毒进行深入研究具有重要意义。
目前对冠状病毒科的研究主要集中在冠状病毒亚科,而对环曲病毒亚科研究甚少。其中,2006年鳊鱼病毒属(Bafinivirus)的中的鳊鱼病毒(White bream virus)由Schütze H等科学家在鳊鱼体内发现,这也是目前ICTV分类中确定的唯一以水生动物为宿主的冠状病毒。
目前鲫鱼冠状病毒(CrucianCarpBafinivirus,CCBV)尚无公开报道,更也无有效的检测方法。
发明内容
本发明的目的在于提供了一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物,所述的引物如下:
F:5'-CTATGGAATGGAAGAAACACGAC-3'
R:5'-GAGAGTTGATGTCATAGCTACAAG-3'
P:5'-FAM-CTGGGACAACACCAAAACCACCTAAG-TAMRA-3'。
本发明的另一个目的在于提供了一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物的应用。所述的引物可用于制备检测鲫鱼冠状病毒的检测试剂盒。
为了达到上述目的,本发明采取以下技术措施:
一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物,所述的引物如下:
F:5'-CTATGGAATGGAAGAAACACGAC-3'
R:5'-GAGAGTTGATGTCATAGCTACAAG-3'
P:5'-FAM-CTGGGACAACACCAAAACCACCTAAG-TAMRA-3'。
一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物的应用,包括利用上述引物制备检测鲫鱼冠状病毒的检测试剂盒。
优选的,当制备成试剂盒时,该试剂盒的非诊断性检测方法包括:
一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测方法,步骤包括:
1)提取待测样品的RNA并逆转录为cDNA;
2)微滴PCR
扩增体系:2×SuperMix 10μL、10μM上下游引物各0.8μL、10μM探针0.4μL、cDNA模板2μL、ddH2O补足至20μL。
反应体系:50℃热激活300s;95℃预变性300s;95℃变性15s,60℃退火及延伸60s,共50个循环;在60℃下采集荧光信号。
3)结果判定
(1)在利用数字PCR进行扩增的过程中,阳性孔的判定方法为:出现明显区别于阴性反应孔的扩增信号,这个反应孔记为阳性扩增孔;阳性样品的判定方法为:在相同样品的三个平行组里面,至少出现一个组还有阳性扩增孔,就说明检测样品中含有靶向病毒成分;
(2)阳性质控品反应孔中产生阳性结果以及阴性质控品反应孔中产生阴性结果时,该实验视为有效实验,否则实验无效,需要重新更换反应试剂,并重新进行;
(3)当待测样品反应管中为阴性结果时,则说明未检测到鲫鱼冠状病毒核酸;待测样品反应管中为阳性结果,则说明待测样品中含有鲫鱼冠状病毒核酸。
以上所述反应体系适合于从病鱼组织、细胞中提取得到的RNA样品,并逆转录成cDNA,可以实现对鲫鱼冠状病毒的精准检测。
在本发明所提供的方法中,可以利用本领域常规的数字PCR仪器完成检测过程。
与现有技术相比,本发明具有以下优点:
利用本发明所提供的数字RT-PCR检测方法和试剂盒可以实现对含鲫鱼冠状病毒样品的精准检测,灵敏度可以达到2个拷贝。此外,该方法步骤简便易于操作,因此在实际应用中具有很大的灵活性,是一种检测鲫鱼冠状病毒的有效方法。
附图说明
图1为本发明提供的引物的特异性的实验结果示意图。
图2为本发明提供的引物的灵敏度的实验结果示意图。
具体实施方式
以下将对本发明的具体实施方式进行详细的说明。应当理解的是,此处所描述的具体实施方式仅用于说明和解释本发明,并不用于限制本发明。本发明所述技术方案,如未特别说明,均为本领域的常规方案,所用试剂或原料,如未特别说明,均购自商业渠道或是已公开。
实施例1:
一种鲫鱼冠状病毒HB93(本发明或称为CCBV-HB93),其分离过程如下:
1)将携带病毒的鲫鱼肝、脑、脾、肾等组织取出并碾磨后,培养基稀释100倍,2000rpm离心后取上清过滤,接种到草鱼性腺细胞(Grass carp ovary cell line,GCO)单层,25℃培养7天,产生细胞病变效应(CPE),可见GCO细胞收缩变圆、折光度增加,部分细胞开始脱落,细胞单层开始破裂。
培养基:M199,10%胎牛血清,pH 7.0~7.2
2)收集病变细胞,利用透射电镜进行形态学鉴定。
3)收集病毒,对其进行全基因组测序,序列为SEQ ID NO.1所示。
鲫鱼冠状病毒的形态特征:病毒呈棒状,四周有明显的日冕状棘突结构,与典型的冠状病毒形态相符,该病毒已于2017年5月11日送至中国典型培养物保藏中心进行保藏,分类命名:鲫鱼冠状病毒(Crucian Carp Bafinivirus)HB93,保藏编号:CCTCC NO:V201722,地址:中国武汉武汉大学。
实施例2:
一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物,所述的引物如下:
F:5'-CTATGGAATGGAAGAAACACGAC-3'
R:5'-GAGAGTTGATGTCATAGCTACAAG-3'
P:5'-FAM-CTGGGACAACACCAAAACCACCTAAG-TAMRA-3'。
实施例3:
利用鲫鱼冠状病毒数字RT-PCR检测引物和探针对鲫鱼冠状病毒的检测,方法包括:
1.鲫鱼组织或感染细胞总RNA的提取及cDNA的合成:采用提取待测样品的总RNA。配置逆转录反应体系:3μL总RNA,Oligo(dT)18primer 1μL,灭菌双蒸水8μL,混匀65℃5min后立刻冰浴;将5×Reaction Buffer 4μl,RNase抑制剂1μl,5mMdNTPs 2μL,M-MLV逆转录酶1μL加入冰浴的反应液中,混匀后,42℃1h,95℃5min,将获得cDNA模板通过紫外分光光度法测定浓度和纯度,稀释至50ng/μL待用。
2.数字PCR扩增反应
1)配制微滴PCR反应体系:微滴PCR扩增反应的反应体系,以20μL计:10μL 2×SuperMix,10μM上下游引物各0.8μL,10μM探针0.4μL,cDNA模板2μL,ddH2O补足至20μL。
2)在微滴PCR的生成芯片上,加入步骤1)中的20μL微滴PCR反应体系,再加入70μL的微滴生成用油,进行微滴生成步骤,完成微滴生成步骤后,将微滴化的反应体系转移至96孔板中,封膜。
3)将封膜后的96孔板放入PCR扩增仪中,PCR扩增程序为50℃热激活300s;95℃预变性300s;95℃变性15s,60℃退火及延伸60s,共50个循环;
完成PCR扩增后,将微滴吸入流式荧光检测器中,在60℃下进行荧光检测。
出现明显区别于阴性反应孔的扩增信号,这个反应孔记为阳性扩增孔;阳性样品的判定方法为:在同一组的三个平行组里面,至少出现一个组还有阳性扩增孔,就说明检测样品中含有鲫鱼冠状病毒核酸。阳性质控品反应孔中产生阳性结果以及阴性质控品反应孔中产生阴性结果时,该实验视为有效实验,否则实验无效,需要重新更换反应试剂,并重新进行;当待测样品反应管中为阴性结果时,则说明未检测到鲫鱼冠状病毒核酸;待测样品反应管中为阳性结果,则说明待测样品中含有鲫鱼冠状病毒核酸。
实施例4:
鲫鱼冠状病毒数字RT-PCR引物特异性实验
利用实施例3所述的方法,对表1中的待检病毒样品进行检测,同时设置阴性对照组(双蒸水)和阳性对照组(CCBV-HB93),待检病毒样品具体为:鲤春病毒血症病毒(SVCV),草鱼呼肠孤病毒873(GCRV-873),草鱼呼肠孤病毒9014(GCRV-9014),草鱼呼肠孤病毒104(GCRV-104),传染性造血器官坏死病毒(IHNV),传染性胰腺坏死病毒(IPNV),病毒性出血性败血症病毒(VHSV)。
表1鲫鱼冠状病毒RT-PCR检测试剂盒特异性试验
结果如表1所示,仅阳性对照组(CCBV-HB93)可检测到扩增信号(图1),其余组均无扩增信号,说明鲫鱼冠状病毒数字RT-PCR检测引物具备很强的特异性。
实施例5:
鲫鱼冠状病毒数字RT-PCR引物灵敏度实验:
本实验采用鲫鱼冠状病毒阳性样品CCBV-HB93的cDNA进行10倍梯度稀释。通过实施例3给出的检测方法进行检测。结果显示本体系在2个拷贝的模板量下,可以产生稳定的扩增,即本数字PCR的检测方法在扩增体系为20ul时,最低可检测到为2个拷贝(图2)。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不
偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 湖北出入境检验检疫局检验检疫技术中心 中国检验检疫科学研究院 安徽出入境检验检疫局检验检疫技术中心 中华人民共和国龙岩出入境检验检疫局
<120> 一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物及应用
<130> 一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物及应用
<160> 4
<170> PatentIn version 3.1
<210> 1
<211> 26000
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
ttgaattacc aataaactac cacccgctat catagcacta gacactagcg aactgctagc 60
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atgacagaaa cctgtaacat cgacgctgaa tccattctac catactttgg atctttcact20580
ttcgtcacct tcgctgtcaa ctactcatca tctgaaactt acgctttcct taagggatac20640
atgggtgaac ctaactacaa caccacactt ccagctaaca tcatgggtca actcggcgcg20700
tacagacaaa acctattgta cgtcccctat gctagtgagt ataccggtac cagagtttat20760
aaagattctg gtgctgttaa agtcattccg gccatgtatg cagatcgtct gaatacttcc20820
cactatgctc tcggctgcat ctacagcact tagacatggc aaacttgcta tggctaactc20880
ttctcatcac tctcagtctc gtgtccgctc aaattaacac gacacttcca gactgtccta20940
ccccaacctg cacctacaca ccaccaacaa cgaccccatt tgaccacaca tcactacact21000
cttttttcac acatgacaca aactatgctt tccttcttgc tcttaagtat aatggtactt21060
tcattcctgc cactatggct atgcctgcta acaacctttc gcaaacatat acactcaact21120
ataaaaatgt ctttgtcaac gtacctgatt ctcaactccc tcctcctcaa agaagtaata21180
ctcagttggc tgttgttgca accacagatt cctgtcttac tgcaacgtat caagcgattc21240
ctggtactat tcctggcctt tcaactaatc acatgtattg tgtgaaattt actcagtcgt21300
ccaactttgt gtacttgtac gataccactg tgaaaacccc tgttggcgta cttttaaaaa21360
acccaactgc cccagtagtt acaactatcc tatccactat catggttaac cgccctacaa21420
cagtttcaac ctcacagctg ctagctaata tctactccct tatgagaacg agaagcaacg21480
tgattcaaca acaattcact tgcacatctt gcctctttgc catcgacgca tctacaggaa21540
gagcagctac ctcaccaact acttacctcc taaacaactg gtccccatcc ttctttgaaa21600
ctaaaacagc tatgttggac cacgtctcta tgaacaccat ctaccaaaca gcacgtggtg21660
ttactcgtga aaccttcact ggttacatcc ttaacgcagc taaaaccgct gcctacgctc21720
gtggttctcc cgcctattac atcttttcat tcgcagccat tgcacgctac catcaagcaa21780
tggttactcc ttataactat aacatcggaa aactttgtga agcaacagct gcttgctgct21840
tatcaaatgg cattgaacat tttgacatct atacctggct atttcactac tacggcttta21900
tgaaatccaa agtctacagt gaaactttta caacaaaccc agtactaaca tcagttatta21960
acttagccac atcaattaaa ggtaaacatt ccgtgtactg tgacctaaca ccttacagtt22020
catttactgc ctataatttg atcatgcttc aagacgttgt cgaacaatac caagggacac22080
gtacaacatc cacatacgct aacaattttc tcaacctcac tgatattaac ggatacctac22140
cctattccac cgataccccc ctcccacaaa actaccaaaa ctacatgcct tttgcaacct22200
acctacttgc aacattttac tcttctttca ctttacaaca gaaatttgac ttccacagat22260
tcctccaatc tgtctgttat tatgactctg gtttcatttc tcgtaaccaa gcctaccatt22320
ctatctgtca cataatcact ctgaaaacat catcttcagt accttacccc gcagaactcc22380
aatggccctt tactgctctc ccttcctctg gttatgactc ttatccagtt tctacagatt22440
taggcacagt agctgttggc aacacaaatc cacttgatta ccctggaatt tgttaccaat22500
cagtttgctt gactcatcct actattaact tcagactttt gttatcagaa ttaccaatta22560
aatgggaagt ccgacctgaa ggtatctatg taacatctag aaacgatcct acatgcctga22620
atttcaaaac atcacagttg ggaacagttt tcattacact ctacgattct accactacat22680
gcacaattca acagactact tactctcgct ctgctgtcct gcgccaagtc aacacgttta22740
caccaaatgc tactgattta gtcgtgccct acggcaaaac accaatatac aatggagcct22800
ataatattaa ttccactgca tctggtgctg tctctctctc taccaacaca cactacattc22860
cacgtctcct cacttcagtt ttaacaccgc aaagtgacta caagattaca cctacaacca22920
ctaatcttga accattcgtg gaaattaatg gcacaacctt ttactacgat gctaatcaag22980
cctacgttaa tacatcggac gtttatcaag ctaacgttga ttttggactc ccccaaacat23040
tttctcttga taccagcttc cttaattgca cagctttcct ctgcgcttct gactacaaat23100
gtatcgccga cttttcacca atctgctcag ctacacaacc actaatcgac gccctactcc23160
aaacctacac actgtacaat caacaactta cactgtacaa ttcttccctg ctcacaattc23220
aagccgctgc aaactacctc tacgacacaa gaacacgtac tagacgatca ctcctatcta23280
ctgtcaacct tggctacggt gacgtttttc aacaaccagc ctgggtctac gaaataggtg23340
caacagctgc aattcctatg atcggccctg cagtctcagt cggtttgtta gccagtagag23400
tagcatctat tgaatcaacc ctctatcaaa ttacccaagg agtgaaggag tctattatgg23460
ctatgaacac caagcttgat aagattgcca acattttaca ctcagacatc gaaagattag23520
gattaacagt taacacatta gcctcttcat tcaacacatt cactaaacaa gtaacagata23580
aatttgcctc tgttgatgtt gcatttaacg acttatcaac atcactgaac acactcacca23640
caacaacaac tgttggtgcc tcttatgcag ctcaaattaa cttcgcaaca accacgctaa23700
ccaatttaga agttcaaatc tctcaaacaa cagatcacgc tctatcttgc atcgctgcgc23760
ttaatgaaca tgttctttct ccacactgca tttccgtttc acaacttagc gcttacacac23820
ctaatgctct ctctaacatt ggtgaaaaac tagtactaac tcactacatc aacggatcac23880
tcatcacatt ctaccatctc attgctagca agggagttta cagacccctg ccaaaaatgt23940
ataattctac acaccattta gttgcaacaa ctggcttcta tgacggccat tgtatcttct24000
gtggtgaaca ttattgtgat atcagcgttt ctgtaccatg tgattatgcg tacgaaccac24060
ttaaatccac tgtactagca gcttacccac taacaactgg tgtagccctt ctcactcttg24120
actctacagc tactaacttc gttattaact ataataatgc ccctctcatt tcatcaagcg24180
ttccaaaacc acctatcatc aataacaccg atggtacagt tattacgctc caacaacaag24240
taatccagct ccaaactcaa ttcgatcact ttaacatctc gtcgaatttt cacgtgtcag24300
aaatccaacc agtcatagac tactacaatg cacaaatcaa ctcatctcta aaccagatag24360
ttgatttcgg aaatggctca acatctaatg taggaacaat catcctcatt gtaactatag24420
ttgcccttgc tcttgcatca gctatcgcca tcatctgtgg attaaagcac taaagaccaa24480
caagttgcaa tggcttccac cggtaaaaac accaccgcag gagatcccaa ccttgggttt24540
cacttacaac ttaatgatgt ccttaacacc ctggacatct ccggcttcag catctcaaat24600
tctcatttga tgagtgcgat gctgaccctt aaccttctct ggagcgctat ctttctagtc24660
tccttctatc taatcttgga catggttatg tactacgttc ccctgctcaa taagattcca24720
ctgctgccaa caatcaaaaa cctttgttgg tttatctcga ctctgcttgt tgctgtttcc24780
atttacgctt caggaactct gctgatcatc aaaatcttcg gaggcgtagt cttgctcctt24840
gcttttctcg gcatggtgaa gactttctat atgctcattg caatggcgct gtcctactac24900
cgacaccgta acatcgcagt ggcattgaac ggccctaatg tcgttatggt taacggcaca24960
gcagtccact ctgatttcat ccccacgtct gtgacactgg tgaagaaaga tggtgaactc25020
tattttcaag gaacaaaggt ccccggaaac aacttgattg atgcaaccgt gaagatcttc25080
actttcaacg aatcgtttga atgcctcccc atcgcactct cacgttacac taaaggttcc25140
tacgctagat ttgagctcaa gtcgaccaac acccactatg aactccaaac tttctatcct25200
tcgcaaacag aaactaaatc tgtttgaaac actagcgaaa acaaattaca atggcattct25260
acggacaacc aatgatgcct atgcctatgc ctgcttcctt tcctcctcgt cgccgtgccc25320
ctaaaaagcg cccgccacag aagaaacaag ccaagcccca acctaaacct ctcaatgacc25380
aacagaaaac agctgttgcg aaagaggcta ttgccaaaac caatactgtg ccaatgccac25440
ccatggccac agtagtgaag acaaacctgc gcgttcaggt tgtaaaaagc aaacgcggtg25500
acctcctaga tgctcgaggg cgtcttacac aatcagagat caaccagctg tatttccaaa25560
tcgccactgc cctcaacaac ggcctcggag aaattggaat acataatgct tcaacgcagg25620
acggcgttcg tctcatcgtg cgcctcaatt tagcccctcc taatcctatt gctgagaaac25680
tctacaaatc tcacgcggcg gctaatctca actcagaaat tctggtttct aaacaaaagg25740
aactggagcg agaccccatt tttcatgttt cctcgactga gtaaactgac ttcacctcaa25800
aactgaagaa agtatatata atcacatctc tcacactatc ctttataaac tatatattgg25860
ggtggcatta ggccattcca aagaattctc taagatcaca ctcctcgata cctgactagt25920
catcacgttt cctggggtct gctctttaac attctactat cctataagat ctaaaactat25980
ccaaaaaaaa aaaaaaaaaa 26000
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
ctatggaatg gaagaaacac gac 23
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
gagagttgat gtcatagcta caag 24
<210> 4
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
ctgggacaac accaaaacca cctaag 26

Claims (2)

1.一种鲫鱼冠状病毒HB93的数字RT-PCR检测引物,其特征在于,所述引物的序列是:
F:5'-CTATGGAATGGAAGAAACACGAC-3'
R:5'-GAGAGTTGATGTCATAGCTACAAG-3';
所述的鲫鱼冠状病毒HB93的保藏编号为:CCTCC NO:V201722。
2.权利要求1所述引物在制备鲫鱼冠状病毒HB93检测试剂盒中的应用,所述的鲫鱼冠状病毒HB93的保藏编号为:CCTCC NO:V201722。
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