RU2019114706A - Направляемая рнк регуляция транскрипции - Google Patents

Направляемая рнк регуляция транскрипции Download PDF

Info

Publication number
RU2019114706A
RU2019114706A RU2019114706A RU2019114706A RU2019114706A RU 2019114706 A RU2019114706 A RU 2019114706A RU 2019114706 A RU2019114706 A RU 2019114706A RU 2019114706 A RU2019114706 A RU 2019114706A RU 2019114706 A RU2019114706 A RU 2019114706A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
dna
nucleic acid
cell
rna
stranded
Prior art date
Application number
RU2019114706A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2756865C2 (ru
RU2019114706A3 (ru
Inventor
Джордж М. ЧЁРЧ
Прашант Г. МАЛИ
Кевин М. ЭСВЕЛЬТ
Original Assignee
Президент Энд Фэллоуз Оф Харвард Коллидж
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Президент Энд Фэллоуз Оф Харвард Коллидж filed Critical Президент Энд Фэллоуз Оф Харвард Коллидж
Publication of RU2019114706A publication Critical patent/RU2019114706A/ru
Publication of RU2019114706A3 publication Critical patent/RU2019114706A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2756865C2 publication Critical patent/RU2756865C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
    • C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
    • C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
    • C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/635—Externally inducible repressor mediated regulation of gene expression, e.g. tetR inducible by tetracyline
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
    • C12N15/81—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi for yeasts
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/351—Conjugate
    • C12N2310/3513—Protein; Peptide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Lubricants (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (61)

1. Способ изменения ДНК целевой нуклеиновой кислоты в клетке, включающий:
введение в клетку первой чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей две или более РНК, причем каждая РНК комплементарна к сайту, прилегающему к ДНК целевой нуклеиновой кислоты,
введение в клетку второй чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей по меньшей мере один белок-никазу Cas9 с одним неактивным нуклеазным доменом, который направляется двумя или более РНК,
причем эти две или более РНК и по меньшей мере один белок-никаза Cas9 экспрессируются, при этом по меньшей мере один белок-никаза Cas9 локализуется совместно с двумя или несколькими РНК на ДНК целевой нуклеиновой кислоты и надрезает ДНК целевой нуклеиновой кислоты, в результате чего образуются два или несколько одноцепочечных разрыва.
2. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на одной и той же нити двухцепочечной ДНК.
3. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на одной и той же нити двухцепочечной ДНК, что приводит к гомологичной рекомбинации.
4. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК.
5. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и создают двухцепочечные разрывы.
6. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и создают двухцепочечные разрывы, что приводит к негомологичному соединению концов.
7. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и смещены относительно друг друга.
8. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК, смещены относительно друг друга и создают двухцепочечные разрывы.
9. Способ по п. 1, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК, смещены относительно друг друга и создают двухцепочечные разрывы, что приводит к негомологичному соединению концов.
10. Способ по п. 1, дополнительно включающий введение в клетку третьей чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей последовательность донорной нуклеиновой кислоты, при этом два или несколько одноцепочечных разрывов приводят к гомологичной рекомбинации целевой нуклеиновой кислоты с последовательностью донорной нуклеиновой кислоты.
11. Клетка, содержащая:
первую чужеродную нуклеиновую кислоту, кодирующую две или более РНК, причем каждая РНК комплементарна к сайту, прилегающему к ДНК целевой нуклеиновой кислоты, и
вторую чужеродную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере один белок-никазу Cas9 с одним неактивным нуклеазным доменом, причем две или несколько РНК и по меньшей мере один белок-никаза Cas9 входят в состав комплекса совместной локализации для ДНК целевой нуклеиновой кислоты.
12. Клетка по п. 11, при этом клетка является эукариотической клеткой.
13. Клетка по п. 11, при этом клетка является клеткой дрожжей, клеткой растений или клеткой животных.
14. Клетка по п. 11, при этом РНК содержит от 10 до 500 нуклеотидов.
15. Клетка по п. 11, при этом РНК содержит от 20 до 100 нуклеотидов.
16. Клетка по п. 11, при этом целевая нуклеиновая кислота связана с заболеванием или болезненным состоянием.
17. Клетка по п. 11, при этом одна или несколько РНК представлены направляющей РНК.
18. Клетка по п. 11, при этом две или несколько РНК представляют собой слияния tracr-РНК и cr-РНК.
19. Клетка по п. 11, при этом ДНК целевой нуклеиновой кислоты представлена геномной ДНК, митохондриальной ДНК, вирусной ДНК либо экзогенной ДНК.
20. Способ изменения ДНК целевой нуклеиновой кислоты в клетке, включающий:
введение в клетку первой чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей две или несколько РНК, причем каждая РНК комплементарна к сайту, прилегающему к ДНК целевой нуклеиновой кислоты,
введение в клетку второй чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей по меньшей мере один белок-никазу Cas9 с одним неактивным нуклеазным доменом, который направляется двумя или несколькими РНК,
причем эти две или несколько РНК и по меньшей мере один белок-никаза Cas9 экспрессируются, при этом по меньшей мере один белок-никаза Cas9 локализуется совместно с двумя или несколькими РНК на ДНК целевой нуклеиновой кислоты и надрезает ДНК целевой нуклеиновой кислоты, в результате чего образуются два или несколько соседних одноцепочечных разрывов,
причем эти два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и создают двухцепочечные разрывы, что приводит к фрагментации целевой нуклеиновой кислоты, тем самым предотвращая экспрессию целевой нуклеиновой кислоты.
21. Способ изменения ДНК целевой нуклеиновой кислоты в клетке, включающий:
введение в клетку первой чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей две или несколько РНК, причем каждая РНК комплементарна к сайту, прилегающему к ДНК целевой нуклеиновой кислоты,
введение в клетку второй чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никазу,
причем эти две или несколько РНК и по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза экспрессируются, при этом по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза локализуется совместно с двумя или несколькими РНК на ДНК целевой нуклеиновой кислоты и надрезает ДНК целевой нуклеиновой кислоты, в результате чего образуются два или несколько соседних одноцепочечных разрывов (nicks).
22. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на одной и той же нити двухцепочечной ДНК.
23. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на одной и той же нити двухцепочечной ДНК, что приводит к гомологичной рекомбинации.
24. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК.
25. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и создают двухцепочечные разрывы.
26. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и создают двухцепочечные разрывы, что приводит к негомологичному соединению концов.
27. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и смещены относительно друг друга.
28. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК, смещены относительно друг друга и создают двухцепочечные разрывы.
29. Способ по п. 21, при этом два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК, смещены относительно друг друга и создают двухцепочечные разрывы, что приводит к негомологичному соединению концов.
30. Способ по п. 21, дополнительно включающий введение в клетку третьей чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей последовательность донорной нуклеиновой кислоты, при этом два или несколько одноцепочечных разрывов приводят к гомологичной рекомбинации целевой нуклеиновой кислоты с последовательностью донорной нуклеиновой кислоты.
31. Клетка, содержащая:
первую чужеродную нуклеиновую кислоту, кодирующую две или несколько РНК, причем каждая РНК комплементарна к сайту, прилегающему к ДНК целевой нуклеиновой кислоты, и
вторую чужеродную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никазу, причем две или несколько РНК и по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза входят в состав комплекса совместной локализации для ДНК целевой нуклеиновой кислоты.
32. Клетка по п. 31, при этом клетка является эукариотической клеткой.
33. Клетка по п. 31, при этом клетка является клеткой дрожжей, клеткой растений или клеткой животных.
34. Клетка по п. 31, при этом РНК содержит от 10 до 500 нуклеотидов.
35. Клетка по п. 31, при этом РНК содержит от 20 до 100 нуклеотидов.
36. Клетка по п. 31, при этом целевая нуклеиновая кислота связана с заболеванием или болезненным состоянием.
37. Клетка по п. 31, при этом две или несколько РНК представлены направляющей РНК.
38. Клетка по п. 31, при этом две или несколько РНК представляют собой слияния tracr-РНК и cr-РНК.
39. Клетка по п. 31, при этом ДНК целевой нуклеиновой кислоты представлена геномной ДНК, митохондриальной ДНК, вирусной ДНК либо экзогенной ДНК.
40. Способ изменения ДНК целевой нуклеиновой кислоты в клетке, включающий:
введение в клетку первой чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей две или более РНК, причем каждая РНК комплементарна к сайту, прилегающему к ДНК целевой нуклеиновой кислоты,
введение в клетку второй чужеродной нуклеиновой кислоты, кодирующей по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никазу,
причем эти две или несколько РНК и по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза экспрессируются, при этом по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза локализуется совместно с двумя или несколькими РНК на ДНК целевой нуклеиновой кислоты и надрезает ДНК целевой нуклеиновой кислоты, в результате чего образуются два или несколько соседних одноцепочечных разрывов,
причем эти два или несколько соседних одноцепочечных разрывов находятся на разных нитях двухцепочечной ДНК и создают двухцепочечные разрывы, что приводит к фрагментации целевой нуклеиновой кислоты, тем самым предотвращая экспрессию целевой нуклеиновой кислоты.
41. Способ по п. 21, при этом по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза представлен РНК-направляемым ДНК-связывающим белком-никазой системы CRISPR II-го типа.
42. Клетка по п. 31, при этом по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза представлен РНК-направляемым ДНК-связывающим белком-никазой системы CRISPR II-го типа.
43. Способ по п. 40, при этом по меньшей мере один РНК-направляемый ДНК-связывающий белок-никаза представлен РНК-направляемым ДНК-связывающим белком-никазой системы CRISPR II-го типа.
RU2019114706A 2013-06-04 2014-06-04 Направляемая рнк регуляция транскрипции RU2756865C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361830787P 2013-06-04 2013-06-04
US61/830,787 2013-06-04

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015156198A Division RU2690935C2 (ru) 2013-06-04 2014-06-04 Направляемая рнк регуляция транскрипции

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019114706A true RU2019114706A (ru) 2019-10-11
RU2019114706A3 RU2019114706A3 (ru) 2020-09-25
RU2756865C2 RU2756865C2 (ru) 2021-10-06

Family

ID=52008736

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019114706A RU2756865C2 (ru) 2013-06-04 2014-06-04 Направляемая рнк регуляция транскрипции
RU2015156198A RU2690935C2 (ru) 2013-06-04 2014-06-04 Направляемая рнк регуляция транскрипции

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015156198A RU2690935C2 (ru) 2013-06-04 2014-06-04 Направляемая рнк регуляция транскрипции

Country Status (15)

Country Link
US (2) US11981917B2 (ru)
EP (3) EP3603679B1 (ru)
JP (5) JP6621738B2 (ru)
KR (3) KR102512979B1 (ru)
CN (2) CN105451778B (ru)
AU (3) AU2014274939B2 (ru)
BR (1) BR112015030491A8 (ru)
CA (2) CA2914638A1 (ru)
ES (1) ES2930537T3 (ru)
IL (3) IL284773B2 (ru)
MX (2) MX2015016798A (ru)
MY (2) MY177814A (ru)
RU (2) RU2756865C2 (ru)
SG (3) SG10201710030QA (ru)
WO (1) WO2014197568A2 (ru)

Families Citing this family (84)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2853829C (en) 2011-07-22 2023-09-26 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US11021737B2 (en) 2011-12-22 2021-06-01 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for analyte detection
WO2014163886A1 (en) 2013-03-12 2014-10-09 President And Fellows Of Harvard College Method of generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
EP3372679A1 (en) * 2012-10-23 2018-09-12 Toolgen Incorporated Composition for cleaving a target dna comprising a guide rna specific for the target dna and cas protein-encoding nucleic acid or cas protein, and use thereof
EP3434776A1 (en) 2012-12-12 2019-01-30 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for cas enzymes or crispr-cas systems for target sequences and conveying results thereof
EP2931897B1 (en) 2012-12-12 2017-11-01 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
US9234213B2 (en) 2013-03-15 2016-01-12 System Biosciences, Llc Compositions and methods directed to CRISPR/Cas genomic engineering systems
US20140356956A1 (en) 2013-06-04 2014-12-04 President And Fellows Of Harvard College RNA-Guided Transcriptional Regulation
EP3603679B1 (en) 2013-06-04 2022-08-10 President and Fellows of Harvard College Rna-guided transcriptional regulation
CN107995927B (zh) 2013-06-17 2021-07-30 布罗德研究所有限公司 用于肝靶向和治疗的crispr-cas系统、载体和组合物的递送与用途
KR20160056869A (ko) 2013-06-17 2016-05-20 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 바이러스 구성성분을 사용하여 장애 및 질환을 표적화하기 위한 crispr-cas 시스템 및 조성물의 전달, 용도 및 치료 적용
CN106062197A (zh) 2013-06-17 2016-10-26 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的串联指导系统、方法和组合物的递送、工程化和优化
AU2014281027A1 (en) * 2013-06-17 2016-01-28 Massachusetts Institute Of Technology Optimized CRISPR-Cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
EP3725885A1 (en) 2013-06-17 2020-10-21 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions methods, screens and applications thereof
US20150044192A1 (en) 2013-08-09 2015-02-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a cas9 nuclease
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US9340800B2 (en) 2013-09-06 2016-05-17 President And Fellows Of Harvard College Extended DNA-sensing GRNAS
US9526784B2 (en) 2013-09-06 2016-12-27 President And Fellows Of Harvard College Delivery system for functional nucleases
US9388430B2 (en) 2013-09-06 2016-07-12 President And Fellows Of Harvard College Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
TW201542816A (zh) 2013-09-18 2015-11-16 Kymab Ltd 方法、細胞與生物體
KR102380245B1 (ko) 2013-11-07 2022-03-30 에디타스 메디신, 인코포레이티드 지배적인 gRNA를 이용하는 CRISPR-관련 방법 및 조성물
CA2932478A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 Massachusetts Institute Of Technology Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for genome editing
WO2015089364A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Crystal structure of a crispr-cas system, and uses thereof
EP3080271B1 (en) 2013-12-12 2020-02-12 The Broad Institute, Inc. Systems, methods and compositions for sequence manipulation with optimized functional crispr-cas systems
US20150166982A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 President And Fellows Of Harvard College Methods for correcting pi3k point mutations
MX2016007325A (es) 2013-12-12 2017-07-19 Broad Inst Inc Composiciones y metodos de uso de sistemas crispr-cas en desordenes debidos a repeticion de nucleotidos.
WO2015134812A1 (en) 2014-03-05 2015-09-11 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating usher syndrome and retinitis pigmentosa
US11339437B2 (en) 2014-03-10 2022-05-24 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
US11141493B2 (en) 2014-03-10 2021-10-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
EP3553176A1 (en) 2014-03-10 2019-10-16 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating leber's congenital amaurosis 10 (lca10)
WO2015139139A1 (en) * 2014-03-20 2015-09-24 UNIVERSITé LAVAL Crispr-based methods and products for increasing frataxin levels and uses thereof
EP3981876A1 (en) 2014-03-26 2022-04-13 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating sickle cell disease
US10077453B2 (en) 2014-07-30 2018-09-18 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
EP3186376B1 (en) 2014-08-27 2019-03-20 Caribou Biosciences, Inc. Methods for increasing cas9-mediated engineering efficiency
WO2016073990A2 (en) 2014-11-07 2016-05-12 Editas Medicine, Inc. Methods for improving crispr/cas-mediated genome-editing
US10900034B2 (en) 2014-12-03 2021-01-26 Agilent Technologies, Inc. Guide RNA with chemical modifications
WO2016094874A1 (en) 2014-12-12 2016-06-16 The Broad Institute Inc. Escorted and functionalized guides for crispr-cas systems
EP3985115A1 (en) 2014-12-12 2022-04-20 The Broad Institute, Inc. Protected guide rnas (pgrnas)
EP3280803B1 (en) 2015-04-06 2021-05-26 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Chemically modified guide rnas for crispr/cas-mediated gene regulation
GB201506509D0 (en) 2015-04-16 2015-06-03 Univ Wageningen Nuclease-mediated genome editing
EP3286571B1 (en) 2015-04-24 2021-08-18 Editas Medicine, Inc. Evaluation of cas9 molecule/guide rna molecule complexes
CA2986310A1 (en) 2015-05-11 2016-11-17 Editas Medicine, Inc. Optimized crispr/cas9 systems and methods for gene editing in stem cells
JP7396783B2 (ja) 2015-06-09 2023-12-12 エディタス・メディシン、インコーポレイテッド 移植を改善するためのｃｒｉｓｐｒ／ｃａｓ関連方法および組成物
US10648020B2 (en) 2015-06-18 2020-05-12 The Broad Institute, Inc. CRISPR enzymes and systems
US9790490B2 (en) * 2015-06-18 2017-10-17 The Broad Institute Inc. CRISPR enzymes and systems
WO2016205759A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Engineering and optimization of systems, methods, enzymes and guide scaffolds of cas9 orthologs and variants for sequence manipulation
TWI813532B (zh) 2015-06-18 2023-09-01 美商博得學院股份有限公司 降低脱靶效應的ｃｒｉｓｐｒ酶突變
CA2999500A1 (en) 2015-09-24 2017-03-30 Editas Medicine, Inc. Use of exonucleases to improve crispr/cas-mediated genome editing
EP4269577A3 (en) 2015-10-23 2024-01-17 President and Fellows of Harvard College Nucleobase editors and uses thereof
WO2017079406A1 (en) 2015-11-03 2017-05-11 President And Fellows Of Harvard College Method and apparatus for volumetric imaging of a three-dimensional nucleic acid containing matrix
EP3405570A1 (en) * 2016-01-22 2018-11-28 The Broad Institute, Inc. Crystal structure of crispr cpf1
WO2017165826A1 (en) 2016-03-25 2017-09-28 Editas Medicine, Inc. Genome editing systems comprising repair-modulating enzyme molecules and methods of their use
US11512311B2 (en) 2016-03-25 2022-11-29 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for treating alpha 1-antitrypsin (A1AT) deficiency
EP4047092A1 (en) 2016-04-13 2022-08-24 Editas Medicine, Inc. Cas9 fusion molecules, gene editing systems, and methods of use thereof
WO2017189525A1 (en) 2016-04-25 2017-11-02 President And Fellows Of Harvard College Hybridization chain reaction methods for in situ molecular detection
GB2552861B (en) * 2016-06-02 2019-05-15 Sigma Aldrich Co Llc Using programmable DNA binding proteins to enhance targeted genome modification
US10767175B2 (en) 2016-06-08 2020-09-08 Agilent Technologies, Inc. High specificity genome editing using chemically modified guide RNAs
US20190330603A1 (en) * 2016-06-17 2019-10-31 Genesis Technologies Limited Crispr-cas system, materials and methods
EP3494220A1 (en) 2016-08-02 2019-06-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating cep290 associated disease
SG11201900907YA (en) 2016-08-03 2019-02-27 Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
WO2018031683A1 (en) 2016-08-09 2018-02-15 President And Fellows Of Harvard College Programmable cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
US11542509B2 (en) 2016-08-24 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
CN110214180A (zh) 2016-10-14 2019-09-06 哈佛大学的校长及成员们 核碱基编辑器的aav递送
US10745677B2 (en) 2016-12-23 2020-08-18 President And Fellows Of Harvard College Editing of CCR5 receptor gene to protect against HIV infection
TW201839136A (zh) 2017-02-06 2018-11-01 瑞士商諾華公司 治療血色素異常症之組合物及方法
EP3592853A1 (en) 2017-03-09 2020-01-15 President and Fellows of Harvard College Suppression of pain by gene editing
EP3592777A1 (en) 2017-03-10 2020-01-15 President and Fellows of Harvard College Cytosine to guanine base editor
EP3596217A1 (en) 2017-03-14 2020-01-22 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for the treatment of hemoglobinopathies
CN110914426A (zh) 2017-03-23 2020-03-24 哈佛大学的校长及成员们 包含核酸可编程dna结合蛋白的核碱基编辑器
KR20190134673A (ko) 2017-03-30 2019-12-04 고쿠리츠 다이가쿠 호진 교토 다이가쿠 게놈 편집에 의한 엑손 스키핑 유도 방법
WO2018201086A1 (en) 2017-04-28 2018-11-01 Editas Medicine, Inc. Methods and systems for analyzing guide rna molecules
EP3622070A2 (en) 2017-05-10 2020-03-18 Editas Medicine, Inc. Crispr/rna-guided nuclease systems and methods
WO2018209320A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide rnas for use with crispr-cas9 in genome editing and transcriptional activation
CN110997908A (zh) 2017-06-09 2020-04-10 爱迪塔斯医药公司 工程化的cas9核酸酶
CN107266583B (zh) * 2017-06-27 2021-02-09 深圳大学 一种基于格氏嗜盐碱杆菌Argonaute靶向激活基因转录的方法
EP3652312A1 (en) 2017-07-14 2020-05-20 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for targeted integration and genome editing and detection thereof using integrated priming sites
WO2019023680A1 (en) 2017-07-28 2019-01-31 President And Fellows Of Harvard College METHODS AND COMPOSITIONS FOR EVOLUTION OF BASIC EDITORS USING PHAGE-ASSISTED CONTINUOUS EVOLUTION (PACE)
US11319532B2 (en) 2017-08-30 2022-05-03 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising Gam
JP2021500036A (ja) 2017-10-16 2021-01-07 ザ ブロード インスティテュート, インコーポレーテッドThe Broad Institute, Inc. アデノシン塩基編集因子の使用
CN111885915B (zh) 2018-03-19 2023-04-28 瑞泽恩制药公司 使用crispr/cas系统对动物进行转录调制
GB201813011D0 (en) 2018-08-10 2018-09-26 Vib Vzw Means and methods for drought tolerance in crops
BR112021018607A2 (pt) 2019-03-19 2021-11-23 Massachusetts Inst Technology Métodos e composições para editar sequências de nucleotídeos
CN116096873A (zh) 2020-05-08 2023-05-09 布罗德研究所股份有限公司 同时编辑靶标双链核苷酸序列的两条链的方法和组合物
AU2022343300A1 (en) 2021-09-10 2024-04-18 Agilent Technologies, Inc. Guide rnas with chemical modification for prime editing

Family Cites Families (161)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4123610A (en) 1977-03-09 1978-10-31 The United States Government Nucleic acid crosslinking agent and affinity inactivation of nucleic acids therewith
US5525464A (en) 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
US4981985A (en) 1987-10-20 1991-01-01 Trustees Of The University Of Pennsylvania Synthesis of photolabile chelators for multivalent cations
US4844617A (en) 1988-01-20 1989-07-04 Tencor Instruments Confocal measuring microscope with automatic focusing
US5151189A (en) 1990-09-17 1992-09-29 Gelman Sciences, Inc. Cationic charge modified microporous membrane
ATE192487T1 (de) 1992-02-13 2000-05-15 Surmodics Inc Immobilisierung eines chemischen spezies in einer vernetzten matrix
US5594235A (en) 1993-06-17 1997-01-14 Ultrapointe Corporation Automated surface acquisition for a confocal microscope
US5578832A (en) 1994-09-02 1996-11-26 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for imaging a sample on a device
SE9400522D0 (sv) 1994-02-16 1994-02-16 Ulf Landegren Method and reagent for detecting specific nucleotide sequences
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
US5830708A (en) 1995-06-06 1998-11-03 Advanced Tissue Sciences, Inc. Methods for production of a naturally secreted extracellular matrix
US6284284B1 (en) 1995-06-06 2001-09-04 Advanced Tissue Sciences, Inc. Compositions and methods for production and use of an injectable naturally secreted extracellular matrix
AU733782B2 (en) 1996-06-06 2001-05-24 Lynx Therapeutics, Inc. Sequencing by ligation of encoded adaptors
US5948617A (en) 1997-06-13 1999-09-07 Biospeparations, Inc. Methods of in situ hybridization
US6083726A (en) 1998-02-03 2000-07-04 Lucent Technologies, Inc. Methods for polynucleotide synthesis and articles for polynucleotide hybridization
EP2045334A1 (en) 1998-06-24 2009-04-08 Illumina, Inc. Decoding of array sensors with microspheres
US6613513B1 (en) 1999-02-23 2003-09-02 Caliper Technologies Corp. Sequencing by incorporation
JP2002542793A (ja) 1999-04-22 2002-12-17 ザ アルバート アインシュタイン カレッジ オブ メディシン オブ イエシバ ユニバーシティ 多蛍光ｆｉｓｈによる遺伝子発現パターンのアッセイ法
US20020015952A1 (en) 1999-07-30 2002-02-07 Anderson Norman G. Microarrays and their manufacture by slicing
CA2386151A1 (en) 1999-10-12 2001-04-19 Marc Madou Reactive polymeric valve, dispensing devices and methods using same
AU1774501A (en) 1999-11-17 2001-05-30 Research Foundation Of State University Of New York, The Three dimensional data storage device and method for reading
CA2402319A1 (en) 2000-03-14 2001-09-20 Active Motif Oligonucleotide analogues, methods of synthesis and methods of use
DE60128908T2 (de) 2000-06-02 2008-02-28 Bayer Corp. Verfahren zum Nachweis und zur Lokalisierung von Genen in situ durch Hybridisierung einer verzweigten DNA
DE60140317D1 (de) 2000-12-14 2009-12-10 Gen Probe Inc Verfahren und kits zur verbesserung der hybridisierungsraten von polynukleotiden
EP2801624B1 (en) 2001-03-16 2019-03-06 Singular Bio, Inc Arrays and methods of use
US7473767B2 (en) 2001-07-03 2009-01-06 The Institute For Systems Biology Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures
US20060248349A1 (en) 2001-09-24 2006-11-02 Rathjen Alicemarie G Method for preparing and using personal and genetic profiles
US20030148335A1 (en) 2001-10-10 2003-08-07 Li Shen Detecting targets by unique identifier nucleotide tags
GB2382137A (en) 2001-11-20 2003-05-21 Mats Gullberg Nucleic acid enrichment
US20090246879A1 (en) 2002-12-20 2009-10-01 Callida Genomics Materials and Methods Relating to Nano-Tags and Nano-Brands
JP4480715B2 (ja) 2003-01-29 2010-06-16 ４５４ コーポレーション 二重末端シーケンシング
CN103289893B (zh) 2003-02-26 2015-11-18 凯利达基因组股份有限公司 通过杂交进行的随机阵列dna分析
EP1636625B1 (en) 2003-05-20 2013-07-10 Lucid, Inc. Confocal microscope for imaging of selected locations of the body of a patient
WO2005047543A2 (en) 2003-06-10 2005-05-26 Applera Corporation Ligation assay
US7193054B2 (en) 2003-08-26 2007-03-20 University Of Rochester Nanofabrication using actin filaments
US20080050718A1 (en) 2003-11-14 2008-02-28 Gesteland Raymond F Methods, Articles, and Compositions for Identifying Oligonucleotides
US7381529B2 (en) 2003-12-31 2008-06-03 Intel Corporation Methods and compositions for detecting nucleic acids using scanning probe microscopy and nanocodes
CA2557841A1 (en) 2004-02-27 2005-09-09 President And Fellows Of Harvard College Polony fluorescent in situ sequencing beads
US20050191687A1 (en) 2004-02-27 2005-09-01 Tianxin Wang Method for multiplexed analyte detection
WO2006076017A2 (en) 2004-04-30 2006-07-20 Applera Corporation Methods and kits for identifying target nucleotides in mixed populations
US20060024711A1 (en) 2004-07-02 2006-02-02 Helicos Biosciences Corporation Methods for nucleic acid amplification and sequence determination
US7253947B2 (en) 2004-10-07 2007-08-07 New York University Portable automated confocal microscope
DE602005022768D1 (de) * 2004-11-09 2010-09-16 Santaris Pharma As Wirksame lna-oligonukleotide zur inhibierung von hif-1a
US7393665B2 (en) 2005-02-10 2008-07-01 Population Genetics Technologies Ltd Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides
ITRM20050068A1 (it) 2005-02-17 2006-08-18 Istituto Naz Per Le Malattie I Metodo per la rivelazione di acidi nucleici di agenti patogeni batterici o di parassiti nelle urine.
US20060234261A1 (en) 2005-03-08 2006-10-19 Pierce Niles A Colorimetric readout of hybridization chain reaction
US7727721B2 (en) 2005-03-08 2010-06-01 California Institute Of Technology Hybridization chain reaction amplification for in situ imaging
US20070020650A1 (en) 2005-04-01 2007-01-25 Avak Kahvejian Methods for detecting proteins
AU2006336403A1 (en) 2005-04-08 2007-08-02 Mycosol, Inc. Stilbazium research assays
US7601499B2 (en) 2005-06-06 2009-10-13 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
US7842793B2 (en) 2005-06-14 2010-11-30 The California Institute Of Technology Methods of making nucleic acid nanostructures
DK1907583T4 (da) 2005-06-15 2020-01-27 Complete Genomics Inc Enkeltmolekyle-arrays til genetisk og kemisk analyse
CN104673903B (zh) 2005-06-20 2018-11-13 领先细胞医疗诊断有限公司 检测单个细胞中的核酸和鉴定异质大细胞群中罕见细胞的方法
US8486621B2 (en) 2005-08-11 2013-07-16 Cornell Research Foundation, Inc. Nucleic acid-based matrixes
AU2006330830B2 (en) 2005-12-23 2013-01-10 Institute For Systems Biology Nanoreporters and methods of manufacturing and use thereof
US7864996B2 (en) 2006-02-17 2011-01-04 Lucid, Inc. System for macroscopic and confocal imaging of tissue
JP2009529676A (ja) 2006-03-10 2009-08-20 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 近接場照射の方法および装置
GB0605584D0 (en) 2006-03-20 2006-04-26 Olink Ab Method for analyte detection using proximity probes
US20070231823A1 (en) 2006-03-23 2007-10-04 Mckernan Kevin J Directed enrichment of genomic DNA for high-throughput sequencing
US8975216B2 (en) 2006-03-30 2015-03-10 Pacific Biosciences Of California Articles having localized molecules disposed thereon and methods of producing same
WO2007123744A2 (en) 2006-03-31 2007-11-01 Solexa, Inc. Systems and devices for sequence by synthesis analysis
CA2649725A1 (en) 2006-04-19 2007-10-25 Applera Corporation Reagents, methods, and libraries for gel-free bead-based sequencing
US7964347B2 (en) 2006-06-15 2011-06-21 Krassen Dimitrov Labels for electronic detection of individual molecules and methods for their detection
EP2057435A4 (en) 2006-06-23 2011-04-20 Life Technologies Corp SYSTEMS AND METHOD FOR COOLING IN DEVICES FOR BIOLOGICAL ANALYSIS
US7745129B1 (en) 2006-07-12 2010-06-29 Kenneth David Schatz Methods for sequencing of a necleic acid
US20100009868A1 (en) 2006-09-11 2010-01-14 The Arizona Board of Regents a body corporate acti ng for and behalf of Arizona State university Self-Assembled Combinatorial Encoding Nanoarrays for Multiplexed Biosensing
US20090208965A1 (en) 2006-10-25 2009-08-20 Ikonisys, Inc. Automated method for detecting cancers and high grade hyperplasias
US9201063B2 (en) 2006-11-16 2015-12-01 General Electric Company Sequential analysis of biological samples
WO2008069973A2 (en) 2006-12-01 2008-06-12 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Four-color dna sequencing by synthesis using cleavable fluorescent nucleotide reversible terminators
US20080269068A1 (en) 2007-02-06 2008-10-30 President And Fellows Of Harvard College Multiplex decoding of sequence tags in barcodes
NZ579002A (en) 2007-03-02 2012-03-30 Danisco Cultures with improved phage resistance
US8145677B2 (en) 2007-03-27 2012-03-27 Faleh Jassem Al-Shameri Automated generation of metadata for mining image and text data
WO2008144562A1 (en) 2007-05-16 2008-11-27 California Institute Of Technology A versatile nucleic acid hairpin motif for programming biomolecular self-assembly pathways
AU2008265691B2 (en) 2007-06-19 2014-04-24 F. Hoffmann-La Roche Ag High throughput nucleic acid sequencing by expansion
WO2009018576A1 (en) 2007-08-02 2009-02-05 Biodesic Compositions and methods for analyte detection and quantitation
EP2212434A1 (en) 2007-10-01 2010-08-04 Applied Biosystems Inc. Chase ligation sequencing
MX2010003724A (es) 2007-10-04 2010-09-14 Halcyon Molecular Secuenciacion de polimeros de acido nucleico con microscopia electronica.
US20090139311A1 (en) 2007-10-05 2009-06-04 Applied Biosystems Inc. Biological Analysis Systems, Devices, and Methods
WO2009065093A2 (en) 2007-11-17 2009-05-22 University Of Medicine And Dentistry Of New Jersey Use of stem cells for wound healing
CN101586150B (zh) 2008-05-23 2016-09-28 陕西佰美基因股份有限公司 检测探针、通用寡核苷酸芯片及核酸检测方法及其用途
US8546553B2 (en) 2008-07-25 2013-10-01 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Prokaryotic RNAi-like system and methods of use
WO2010017264A2 (en) 2008-08-05 2010-02-11 Cornell University Photo-crosslinked nucleic acid hydrogels
EP2331704B1 (en) 2008-08-14 2016-11-30 Nanostring Technologies, Inc Stable nanoreporters
US20100076057A1 (en) * 2008-09-23 2010-03-25 Northwestern University TARGET DNA INTERFERENCE WITH crRNA
US9156010B2 (en) 2008-09-23 2015-10-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
US20100087325A1 (en) 2008-10-07 2010-04-08 Illumina, Inc. Biological sample temperature control system and method
US9404098B2 (en) 2008-11-06 2016-08-02 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Method for cleaving a target RNA using a Cas6 polypeptide
US8309306B2 (en) 2008-11-12 2012-11-13 Nodality, Inc. Detection composition
EP3290531B1 (en) 2008-12-19 2019-07-24 President and Fellows of Harvard College Particle-assisted nucleic acid sequencing
JP4528345B2 (ja) 2009-01-28 2010-08-18 シャープ株式会社 動画再生装置、動画再生方法、動画再生方法をコンピュータで実現するためのプログラム及びそのプログラムを記録した記録媒体
FR2948475A1 (fr) 2009-07-24 2011-01-28 Bionext Procede de caracterisation d'objets tridimensionnels
US8431151B2 (en) 2009-08-06 2013-04-30 Syracuse University Antimicrobial nanostructured hydrogel web containing silver
EP2488876B1 (en) 2009-10-13 2017-03-01 Nanostring Technologies, Inc Protein detection via nanoreporters
AU2010315303B2 (en) 2009-11-03 2015-08-06 Htg Molecular Diagnostics, Inc. Quantitative Nuclease Protection Sequencing (qNPS)
WO2011075516A2 (en) 2009-12-18 2011-06-23 President And Fellows Of Harvard College Active scaffolds for on-demand drug and cell delivery
US20110257031A1 (en) 2010-02-12 2011-10-20 Life Technologies Corporation Nucleic acid, biomolecule and polymer identifier codes
WO2011112634A2 (en) 2010-03-08 2011-09-15 California Institute Of Technology Molecular indicia of cellular constituents and resolving the same by super-resolution technologies in single cells
US10087431B2 (en) 2010-03-10 2018-10-02 The Regents Of The University Of California Methods of generating nucleic acid fragments
GB201004292D0 (en) 2010-03-15 2010-04-28 Olink Ab Assay for localised detection of analytes
CA2794522C (en) 2010-04-05 2019-11-26 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
CA2798703A1 (en) 2010-05-10 2011-11-17 The Regents Of The University Of California Endoribonuclease compositions and methods of use thereof
US20130059741A1 (en) 2010-05-13 2013-03-07 Illumina, Inc. Binding assays for markers
KR101862756B1 (ko) 2010-07-09 2018-05-30 세르겐티스 비.브이. 관심있는 3-d 게놈 영역 서열화 전략
WO2012056440A1 (en) 2010-10-28 2012-05-03 Nanodoc Ltd. COMPOSITIONS AND METHODS FOR ACTIVATING EXPRESSION BY A SPECIFIC ENDOGENOUS miRNA
JP5978220B2 (ja) 2010-10-29 2016-08-24 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 核酸ナノ構造バーコードプローブ
WO2012067911A1 (en) 2010-11-16 2012-05-24 Nabsys, Inc. Methods for sequencing a biomolecule by detecting relative positions of hybridized probes
CN113151404A (zh) 2011-02-15 2021-07-23 莱卡生物系统纽卡斯尔有限责任公司 用于mrna的定位的原位检测的方法
JP5687514B2 (ja) 2011-02-17 2015-03-18 株式会社日立ハイテクノロジーズ 核酸配列解析装置
DK2500436T3 (en) 2011-03-17 2016-08-29 Pasteur Institut A method, probe and kit for in situ hybridization of DNA and use thereof
WO2012150035A1 (de) 2011-05-04 2012-11-08 Genovoxx Gmbh Nukleosid-triphosphat-konjugate und methoden zu deren anwendung
US9617598B2 (en) 2011-05-27 2017-04-11 President And Fellows Of Harvard College Methods of amplifying whole genome of a single cell
US20140113376A1 (en) 2011-06-01 2014-04-24 Rotem Sorek Compositions and methods for downregulating prokaryotic genes
PL222511B1 (pl) 2011-06-08 2016-08-31 Międzynarodowy Inst Biologii Molekularnej I Komórkowej W Warszawie Endorybonukleazy dsRNA
EP2766498B1 (en) 2011-10-14 2019-06-19 President and Fellows of Harvard College Sequencing by structure assembly
WO2014163886A1 (en) 2013-03-12 2014-10-09 President And Fellows Of Harvard College Method of generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
GB201122458D0 (en) 2011-12-30 2012-02-08 Univ Wageningen Modified cascade ribonucleoproteins and uses thereof
BR112014020625A2 (pt) 2012-02-24 2017-07-04 Hutchinson Fred Cancer Res polinucleotídeo, polipeptídeo, composição, célula e célula tronco editada por genoma
ES2904816T3 (es) 2012-02-27 2022-04-06 Becton Dickinson Co Composiciones para recuento molecular
WO2013130824A1 (en) 2012-02-29 2013-09-06 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for treating huntington's disease
US9637739B2 (en) 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
WO2013141680A1 (en) 2012-03-20 2013-09-26 Vilnius University RNA-DIRECTED DNA CLEAVAGE BY THE Cas9-crRNA COMPLEX
MX362866B (es) * 2012-05-25 2019-02-20 Univ California Metodos y composiciones para la modificacion de adn objetivo dirigida por arn y para la modulacion de la transcripcion dirigida por arn.
SG196730A1 (en) 2012-07-16 2014-02-13 Agency Science Tech & Res Methods for reading data from a storage medium using a reader and storage devices
KR102134361B1 (ko) 2012-07-20 2020-08-26 가부시키가이샤 엘에스아이 메디엔스 광응답성 핵산류를 포함한 프로브를 이용한 광연결 방법
WO2014022702A2 (en) 2012-08-03 2014-02-06 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for controlling gene expression by rna processing
WO2014028314A1 (en) 2012-08-15 2014-02-20 Lucid, Inc. Systems and methods for imaging tissue
CN102908119A (zh) 2012-09-26 2013-02-06 温州医学院眼视光研究院 一种共焦扫描成像系统及其像差控制方法
EP3372679A1 (en) 2012-10-23 2018-09-12 Toolgen Incorporated Composition for cleaving a target dna comprising a guide rna specific for the target dna and cas protein-encoding nucleic acid or cas protein, and use thereof
PT3138910T (pt) * 2012-12-06 2017-10-18 Sigma Aldrich Co Llc Modificação e regulação de genoma baseado em crispr
US8697359B1 (en) 2012-12-12 2014-04-15 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
EP2931897B1 (en) * 2012-12-12 2017-11-01 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
US20140189896A1 (en) * 2012-12-12 2014-07-03 Feng Zhang Crispr-cas component systems, methods and compositions for sequence manipulation
CN113528577A (zh) 2012-12-12 2021-10-22 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的系统、方法和优化的指导组合物的工程化
US8993233B2 (en) 2012-12-12 2015-03-31 The Broad Institute Inc. Engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation with functional domains
US20140310830A1 (en) 2012-12-12 2014-10-16 Feng Zhang CRISPR-Cas Nickase Systems, Methods And Compositions For Sequence Manipulation in Eukaryotes
KR20150095861A (ko) 2012-12-17 2015-08-21 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 Rna-가이드된 인간 게놈 조작
EP2946015B1 (en) 2013-01-16 2021-05-26 Emory University Cas9-nucleic acid complexes and uses related thereto
US9411930B2 (en) 2013-02-01 2016-08-09 The Regents Of The University Of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
JP2016519652A (ja) 2013-03-14 2016-07-07 カリブー・バイオサイエンシーズ・インコーポレイテッド 核酸ターゲティング核酸の組成物および方法
US9234213B2 (en) 2013-03-15 2016-01-12 System Biosciences, Llc Compositions and methods directed to CRISPR/Cas genomic engineering systems
US9330295B2 (en) 2013-03-15 2016-05-03 Brown University Spatial sequencing/gene expression camera
EP3988667A1 (en) 2013-03-15 2022-04-27 The General Hospital Corporation Using truncated guide rnas (tru-grnas) to increase specificity for rna-guided genome editing
US20140273230A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Sigma-Aldrich Co., Llc Crispr-based genome modification and regulation
US10510435B2 (en) 2013-04-30 2019-12-17 California Institute Of Technology Error correction of multiplex imaging analysis by sequential hybridization
US10457980B2 (en) 2013-04-30 2019-10-29 California Institute Of Technology Multiplex labeling of molecules by sequential hybridization barcoding
JP7065564B2 (ja) * 2013-05-29 2022-05-12 セレクティス Ｃａｓ９ニッカーゼ活性を用いて正確なｄｎａ切断をもたらすための方法
US20140356956A1 (en) * 2013-06-04 2014-12-04 President And Fellows Of Harvard College RNA-Guided Transcriptional Regulation
EP3603679B1 (en) 2013-06-04 2022-08-10 President and Fellows of Harvard College Rna-guided transcriptional regulation
AU2014281027A1 (en) 2013-06-17 2016-01-28 Massachusetts Institute Of Technology Optimized CRISPR-Cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
US10655173B2 (en) 2013-10-18 2020-05-19 The Broad Institute, Inc. Spatial and cellular mapping of biomolecules in situ by high-throughput sequencing
EP3080259B1 (en) 2013-12-12 2023-02-01 The Broad Institute, Inc. Engineering of systems, methods and optimized guide compositions with new architectures for sequence manipulation
GB201401885D0 (en) 2014-02-04 2014-03-19 Olink Ab Proximity assay with detection based on hybridisation chain reaction (HCR)
WO2015127183A2 (en) 2014-02-21 2015-08-27 Massachusetts Institute Of Technology Expansion microscopy
ES2770055T3 (es) 2014-11-21 2020-06-30 Nanostring Technologies Inc Secuenciación sin enzima ni amplificación
WO2016138496A1 (en) 2015-02-27 2016-09-01 Cellular Research, Inc. Spatially addressable molecular barcoding
ES2934982T3 (es) 2015-03-30 2023-02-28 Becton Dickinson Co Métodos para la codificación con códigos de barras combinatorios
WO2017079406A1 (en) 2015-11-03 2017-05-11 President And Fellows Of Harvard College Method and apparatus for volumetric imaging of a three-dimensional nucleic acid containing matrix
EP3394579B1 (en) 2015-12-21 2023-09-20 Verily Life Sciences LLC Systems and methods for determining an identity of a probe in a target based on colors and locations of two or more fluorophores in the probe and in the target
US10844426B2 (en) 2016-03-17 2020-11-24 President And Fellows Of Harvard College Methods for detecting and identifying genomic nucleic acids
ES2908919T3 (es) 2016-07-05 2022-05-04 California Inst Of Techn Reacción en cadena de hibridación de iniciador fraccionario
CN117551741A (zh) 2017-03-31 2024-02-13 乌尔蒂维尤股份有限公司 Dna-抗原交换和扩增

Also Published As

Publication number Publication date
IL284773B2 (en) 2023-09-01
EP3603679B1 (en) 2022-08-10
IL242959B (en) 2021-08-31
MY197877A (en) 2023-07-22
RU2690935C2 (ru) 2019-06-06
KR20230042154A (ko) 2023-03-27
JP7376650B2 (ja) 2023-11-08
KR102512979B1 (ko) 2023-03-22
AU2020203977A1 (en) 2020-07-02
EP3003392A2 (en) 2016-04-13
IL302205A (en) 2023-06-01
RU2015156198A (ru) 2017-07-14
JP7036511B2 (ja) 2022-03-15
CN105451778B (zh) 2021-08-03
RU2756865C2 (ru) 2021-10-06
WO2014197568A2 (en) 2014-12-11
BR112015030491A8 (pt) 2022-07-26
KR102282990B1 (ko) 2021-07-28
JP7119055B2 (ja) 2022-08-16
AU2021221488A1 (en) 2021-09-16
JP2024012387A (ja) 2024-01-30
AU2020203977B2 (en) 2021-05-27
AU2014274939B2 (en) 2020-03-19
MX2015016798A (es) 2016-10-26
NZ753951A (en) 2021-09-24
US20240175057A1 (en) 2024-05-30
CN105451778A (zh) 2016-03-30
US20230131972A1 (en) 2023-04-27
US11981917B2 (en) 2024-05-14
BR112015030491A2 (pt) 2017-07-25
IL284773A (en) 2021-08-31
CA2914638A1 (en) 2014-12-11
JP2016521554A (ja) 2016-07-25
EP3003392A4 (en) 2017-05-03
KR20210095235A (ko) 2021-07-30
IL284773B1 (en) 2023-05-01
ES2930537T3 (es) 2022-12-16
SG10201710030QA (en) 2018-01-30
NZ715280A (en) 2021-06-25
CA3176690A1 (en) 2014-12-11
SG10201913068PA (en) 2020-02-27
EP4159243A1 (en) 2023-04-05
RU2019114706A3 (ru) 2020-09-25
MY177814A (en) 2020-09-23
NZ753950A (en) 2021-09-24
KR20160014036A (ko) 2016-02-05
AU2021221488B2 (en) 2024-03-28
AU2014274939A1 (en) 2016-01-07
JP6621738B2 (ja) 2019-12-18
JP2022166077A (ja) 2022-11-01
JP2019122384A (ja) 2019-07-25
CN113846096A (zh) 2021-12-28
MX2021009672A (es) 2021-09-08
WO2014197568A3 (en) 2015-03-12
RU2015156198A3 (ru) 2018-05-08
SG11201509962QA (en) 2016-01-28
JP2021045153A (ja) 2021-03-25
EP3003392B1 (en) 2019-10-23
EP3603679A1 (en) 2020-02-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2019114706A (ru) Направляемая рнк регуляция транскрипции
RU2016104056A (ru) Мультиплексная геномная инженерия, направляемая рнк
RU2019132195A (ru) ОРТОГОНАЛЬНЫЕ БЕЛКИ Cas9 ДЛЯ РНК-НАПРАВЛЯЕМОЙ РЕГУЛЯЦИИ И РЕДАКТИРОВАНИЯ ГЕНОВ
WO2016094845A3 (en) Compositions and methods for editing nucleic acids in cells utilizing oligonucleotides
RU2016106649A (ru) Геномная инженерия
JP2016537982A5 (ru)
WO2017037304A3 (en) An assembly system for a eukaryotic cell
MX2018000729A (es) Métodos para amplificar las secuencias de ácido nucleico.
JP2016502840A5 (ru)
JP2017093448A5 (ru)
RU2016101246A (ru) Направленная интеграция
NZ601247A (en) Targeted genomic alteration
JP2017002079A5 (ru)
WO2014186585A3 (en) Methods and compositions for treatment of a genetic condition
AR098299A1 (es) Locus óptimos del maíz
WO2016196539A3 (en) Methods and compositions for rna-guided treatment of hiv infection
EP4321623A3 (en) Methods and compositions for genome editing in non-dividing cells
FI3690056T3 (fi) Menetelmiä ja tuotteita nukleiinihapon valmistamiseksi ja viemiseksi
SG10201805815YA (en) Rna-guided gene drives
WO2014172470A3 (en) Methods of mutating, modifying or modulating nucleic acid in a cell or nonhuman mammal
NZ728437A (en) Methods for increasing cas9-mediated engineering efficiency
WO2019103442A3 (ko) CRISPR/Cpf1 시스템을 이용한 유전체 편집용 조성물 및 이의 용도
RU2016133286A (ru) Способы мутагенеза
RU2017130143A (ru) Гибридные днк/рнк-полинукдеотиды crispr и способы
JP2016528887A5 (ru)