JPWO2020243719A5 - - Google Patents

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いくつかの態様では、カセットが、５’から３’に向けて以下を含む式：Ｐ_ａ－（Ｌ５_ｂ－Ｎ_ｃ－Ｌ３_ｄ）_Ｘ－（Ｇ５_ｅ－Ｕ_ｆ）_Ｙ－Ｇ３_ｇ－Ａ_ｈ［式中、Ｎは、少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの１つを含み、場合により、各Ｎは、場合により、コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を有する、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせをコードし、ただしｃ＝１であり、Ｐは、少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ただしａ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｇ＝０または１であり、Ｕは、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｆ＝１であり、Ａは、少なくとも１つのポリアデニル化配列を含み、ただしｈ＝０または１であり、Ｘ＝２～４００であり、各Ｘについて、対応するＮ_ｃは、ペイロード核酸配列であり、場合により、各Ｘについて、対応するＮ_ｃは異なるペイロード核酸配列であり、Ｙ＝０～２であり、各Ｙについて、対応するＵ_ｆは、ユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であり、場合により、各Ｙについて、対応するＵ_ｆは異なるユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード配列である］に示される順序付けられた配列を含む。

いくつかの態様では、少なくとも１つのペイロード核酸配列のそれぞれは互いに直接連結される。いくつかの態様では、少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なるペイロード核酸配列と連結されている。いくつかの態様では、リンカーが、ＭＨＣクラスＩエピトープをコードする２個のペイロード核酸配列同士を連結するか、またはＭＨＣクラスＩエピトープをコードする第１のペイロード核酸配列とＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードするかもしくはＢ細胞応答を刺激することができるエピトープ配列をコードする第２のペイロード核酸配列とを連結する。いくつかの態様では、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接する、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、リンカーが、ＭＨＣクラスＩエピトープをコードする２個のペイロード核酸配列同士を連結するか、またはＭＨＣクラスＩエピトープをコードする第１のペイロード核酸配列とＭＨＣクラスIエピトープをコードするかもしくはＢ細胞応答を刺激することができるエピトープ配列をコードする第２のペイロード核酸配列とを連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号５６）を含む。

また、本明細書では、ウイルスを生産する方法であって、ウイルスが本明細書に記載されるベクターのいずれかを用いて生産される、方法も提供される。いくつかの態様では、ウイルスの生産が、部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用して生産されるウイルスの生産に対して、部分欠失Ｅ４遺伝子を含むベクターを使用して増加する。いくつかの態様では、ウイルスの感染単位の力価が、部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用して生産されるウイルスの感染単位の力価に対して、部分欠失Ｅ４遺伝子を含むベクターを使用して増加する。いくつかの態様では、増加した生産が、部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用した生産に対して少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、または少なくとも９倍増加している。いくつかの態様では、増加した生産が、部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用した生産に対して少なくとも１０倍、少なくとも１８倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、または少なくとも２７倍増加している。
[本発明１００１]
アデノウイルスベクターであって、
アデノウイルスゲノムの１つ以上の遺伝子または調節配列を含むアデノウイルス骨格を含み、
前記アデノウイルス骨格が、前記アデノウイルスゲノムに関して部分欠失Ｅ４遺伝子を含み、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、及び欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び場合により、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を含み、
場合により、前記アデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが、
（１）少なくとも１つのペイロード核酸配列であって、場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列がポリペプチドをコードし、場合により前記ポリペプチドが抗原を含み、場合により前記抗原が、
－ＭＨＣクラスＩエピトープ、
－ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
－Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
－これらの組み合わせ
を含み、
場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、５’リンカー配列及び／または３’リンカー配列をさらに含む、
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列と、場合により、
（２）前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、
（３）場合により、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（４）場合により、少なくとも１つのＧＰＧＰＧコードリンカー配列（配列番号５６）と、
（５）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化配列と
を含む、前記アデノウイルスベクター。
[本発明１００２]
改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含むチンパンジーアデノウイルスベクターであって、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、
（ａ）配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列の部分欠失Ｅ４遺伝子と、
（ｂ）配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列であって、場合により、前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位反復配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、前記１つ以上の遺伝子または調節配列と
を含み、
場合により、前記チンパンジーアデノウイルスベクターがカセットを含み、前記カセットが、少なくとも１つのペイロード核酸配列を含み、前記カセットが、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列を含む、
前記チンパンジーアデノウイルスベクター。
[本発明１００３]
改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含むチンパンジーアデノウイルスベクターであって、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、
（ａ）配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列の部分欠失Ｅ４遺伝子と、
（ｂ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が前記ヌクレオチド２～３４，９１６の３’であり、場合により、前記ヌクレオチド２～３４，９１６はさらに、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠いており、かつ／または、Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いている、前記ヌクレオチド２～３４，９１６と、
（ｃ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８の５’である、前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８と
を含み、
場合により、前記チンパンジーアデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが少なくとも１つのペイロード核酸配列を含み、前記カセットが、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列を含む、
前記チンパンジーアデノウイルスベクター。
[本発明１００４]
チンパンジーアデノウイルスベクターであって、
ａ．改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、
（ｉ）配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列の部分欠失Ｅ４遺伝子と、
（ｉｉ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が前記ヌクレオチド２～３４，９１６の３’であり、場合により、前記ヌクレオチド２～３４，９１６はさらに、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠いており、かつ／または、Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いている、前記ヌクレオチド２～３４，９１６と、
（ｉｉｉ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８の５’である、前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８と
を含む前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
ｂ．ＣＭＶ由来プロモーター配列と、
ｃ．ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、
ｄ．カセットであって、
－少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープであって、場合により、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、互いに直線的に連結された少なくとも２個の異なるＭＨＣクラスＩエピトープを含み、前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが場合により、
（Ａ）コードされたペプチド配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更であって、前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープがアミノ酸７～１５個の長さである、前記少なくとも１つの変更、
（Ｂ）少なくともアミノ酸３個の長さである前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列を含むＮ末端リンカー、
（Ｃ）少なくともアミノ酸３個の長さである前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列を含むＣ末端リンカー、または
（Ｄ）これらの組み合わせ
を含む、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、
－少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープであって、場合により、少なくとも２個の異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
－Ｂ細胞応答を刺激することができる少なくとも１つのエピトープ、または
－これらの組み合わせ
をコードする少なくとも１つのペイロード核酸配列
を含む、前記カセットと
を含み、
前記カセットがＣｈＡｄＶ６８の欠失領域内に挿入され、前記ＣＭＶ由来プロモーター配列が前記カセットに機能的に連結されている、
前記チンパンジーアデノウイルスベクター。
[本発明１００５]
前記カセットが、５’から３’に向けて、下式：
Ｐ_ａ－（Ｌ５_ｂ－Ｎ_ｃ－Ｌ３_ｄ）_Ｘ－（Ｇ５_ｅ－Ｕ_ｆ）_Ｙ－Ｇ３_ｇ－Ａ_ｈ
［式中、
Ｎは、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの１つを含み、場合により、各Ｎは、場合により、前記コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有する、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせをコードし、ただしｃ＝１であり、
Ｐは、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ただしａ＝１であり、
Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｆ＝１であり、
Ａは、前記少なくとも１つのポリアデニル化配列を含み、ただしｈ＝０または１であり、
Ｘ＝２～４００であり、各Ｘについて、対応するＮ_ｃは、ペイロード核酸配列であり、場合により、各Ｘについて、対応するＮ_ｃは異なるペイロード核酸配列であり、
Ｙ＝０～２であり、各Ｙについて、対応するＵ_ｆは、ユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であり、場合により、各Ｙについて、対応するＵ_ｆは異なるユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード配列である］
に示される順序付けられた配列を含む、本発明１００１～１００４のいずれかのベクター。
[本発明１００６]
前記カセットが、前記順序付けられた配列にコードされない少なくとも１つのさらなるペイロード核酸配列をさらに含む、本発明１００５のベクター。
[本発明１００７]
ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、
Ｐが、ＣＭＶ由来プロモーター配列であり、
各Ｎが、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせをコードし、
Ｌ５が、前記エピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記エピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードし、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風毒素ＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクターが改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、
（ａ）配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列の部分欠失Ｅ４遺伝子と、
（ｂ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が前記ヌクレオチド２～３４，９１６の３’であり、場合により、ヌクレオチド２～３４，９１６はさらに、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠いており、かつ／または、Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いている、前記ヌクレオチド２～３４，９１６と、
（ｃ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８の５’である、前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８と
を含む、本発明１００５または１００６のベクター。
[本発明１００８]
前記ベクターがチンパンジーアデノウイルスベクターであり、場合により前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ６８ベクターである、本発明１００２～１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１００９]
前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、
Ａ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
Ｂ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３４，９４２、ヌクレオチド３４，９５２～３５，３０５、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，３０２～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
Ｃ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９８０～３６，５１６を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
Ｄ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９７９～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
Ｅ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ３、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失のＥ４欠失、
Ｆ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、Ｅ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失のＥ４欠失、
Ｇ．Ｅ４Ｏｒｆ１の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ２、及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失のＥ４欠失、または
Ｈ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失のＥ４欠失
を含む、本発明１００２～１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０１０]
前記ベクターが、配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列を含み、場合により、前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルスの末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される、本発明１００２～１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０１１]
前記アデノウイルス骨格または改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、アデノウイルスゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、アデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子に機能的欠失をさらに含み、
場合により、前記アデノウイルス骨格もしくは改変ＣｈＡｄＶ６８配列が完全に欠失しているか、またはアデノウイルスゲノムに関して、もしくは配列番号１に示される配列に関して、（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、または（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３に機能的欠失を有し、
場合により、Ｅ１遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド５７７～３４０３のＥ１欠失により機能的に欠失しており、
場合により、Ｅ３遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５のＥ３欠失により機能的に欠失している、
先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０１２]
前記カセットが、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、前記カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてベクター中に存在しかつ挿入されている、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０１３]
第１世代、第２世代、またはヘルパー依存型のアデノウイルスベクターのうちの１つから生成される、本発明１００２～１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０１４]
前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６を含み、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が前記ヌクレオチド２～３４，９１６の３’である、本発明１００２～１０１３のいずれかのベクター。
[本発明１０１５]
前記ヌクレオチド２～３４，９１６が、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠いている、本発明１０１４のベクター。
[本発明１０１６]
前記ヌクレオチド２～３４，９１６が、配列番号１に示される配列に関してヌクレオチド４５６～３０１４を欠いている、本発明１０１４のベクター。
[本発明１０１７]
前記ヌクレオチド２～３４，９１６が、Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列に関してヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いている、本発明１０１４～１０１６のいずれかのベクター。
[本発明１０１８]
前記ヌクレオチド２～３４，９１６が、配列番号１に示される配列に関してヌクレオチド２７，８１６～３１，３３３を欠いている、本発明１０１４～１０１６のいずれかのベクター。
[本発明１０１９]
前記ヌクレオチド２～３４，９１６が、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠いており、かつ、Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いている、本発明１０１４～１０１６のいずれかのベクター。
[本発明１０２０]
前記ヌクレオチド２～３４，９１６がさらに、配列番号１に示される配列に関してヌクレオチド３９５７～１０３４６、ヌクレオチド２１７８７～２３３７０、ヌクレオチド３３４８６～３６１９３、またはこれらの組み合わせを欠いている、本発明１０１４～１０１９のいずれかのベクター。
[本発明１０２１]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが抗原をコードし、前記抗原が、
－ＭＨＣクラスＩエピトープ、
－ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
－Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
－これらの組み合わせ
を含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０２２]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、エピトープへの抗原のプロセシングを受けることが可能なポリペプチド配列をコードしており、場合により、前記エピトープが、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩにより提示されることが知られているかまたは疑われており、場合により、前記細胞の表面が腫瘍細胞表面または感染細胞表面である、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０２３]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩにより提示されるポリペプチド配列またはその部分をコードしており、場合により、前記細胞の表面が腫瘍細胞表面または感染細胞表面である、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０２４]
前記腫瘍細胞が、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択されるか、または
前記感染細胞が、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択され、場合により、前記ウイルス感染細胞が、ＨＩＶ感染細胞、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）感染細胞、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２型（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）感染細胞、エボラ感染細胞、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染細胞、インフルエンザ感染細胞、及びＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染細胞からなる群から選択される、本発明１０２２または１０２３のベクター。
[本発明１０２５]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープを含むポリペプチド配列またはその部分をコードし、場合により、前記ポリペプチド配列またはその部分が、完全長タンパク質、タンパク質ドメイン、タンパク質サブユニット、または抗原が結合できることが予測されるかまたは知られている抗原性フラグメントを含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０２６]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０２７]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、前記コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を有するエピトープをコードする、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０２８]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、前記コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を有するＭＨＣクラスＩエピトープまたはＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードし、場合により、前記コードされたポリペプチド配列またはその部分が、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較してその対応するＭＨＣアレルに対する増加した結合親和性、前記ＭＨＣアレルに対する増加した結合安定性、及び／または前記ＭＨＣアレル上への提示の増加した尤度を有する、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０２９]
前記少なくとも１つの変更が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、本発明１００４、１０１１～１０１２、または１０１４～１０２８のベクター。
[本発明１０３０]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、完全長タンパク質、タンパク質ドメイン、またはタンパク質サブユニットをコードする、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０３１]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、及びゲノム編集システムのヌクレアーゼをコードする、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０３２]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、非コード核酸配列を含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０３３]
前記非コード核酸配列が、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチドまたはゲノム編集システムのポリヌクレオチドを含む、本発明１０３２のベクター。
[本発明１０３４]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のそれぞれが互いに直接連結されている、本発明１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０３５]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なるペイロード核酸配列と連結されている、本発明１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０３６]
前記リンカーが、ＭＨＣクラスＩエピトープをコードする２個のペイロード核酸配列同士を連結するか、またはＭＨＣクラスＩエピトープをコードする第１のペイロード核酸配列とＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードするかもしくはＢ細胞応答を刺激することができるエピトープ配列をコードする第２のペイロード核酸配列とを連結する、本発明１０３５のベクター。
[本発明１０３７]
前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接する、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、本発明１０３６のベクター。
[本発明１０３８]
前記リンカーが、ＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードする２個のペイロード核酸配列同士を連結するか、またはＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードする第１のペイロード核酸配列とＭＨＣクラスＩエピトープをコードするかもしくはＢ細胞応答を刺激することができるエピトープ配列をコードする第２のペイロード核酸配列とを連結する、本発明１０３５のベクター。
[本発明１０３９]
前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号５６）を含む、本発明１０３８のベクター。
[本発明１０４０]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、ならびに／または免疫原性を高める、かつ、場合により、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列によってコードされるポリペプチドの発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、ならびに／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている、本発明１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４１]
前記分離したまたは連続した配列が、
ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変され、場合により７６位にＧｌｙ→Ａｌａ置換を有するユビキチン配列、場合によりＩｇＫを含む、免疫グロブリンシグナル配列、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列
のうちの少なくとも１つを含み、場合により、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、本発明１０４０のベクター。
[本発明１０４２]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターによって駆動される、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４３]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のペイロード核酸配列を含む、本発明１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４４]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または最大４００個のペイロード核酸配列を含む、本発明１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４５]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、少なくとも２～４００個のペイロード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはそれらの組み合わせをコードする、本発明１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４６]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が少なくとも２～４００個のペイロード核酸配列を含み、
前記対象に投与されて翻訳された場合、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示される抗原をコードし、前記抗原を標的とする免疫応答をもたらす、
本発明１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４７]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が少なくとも２～４００個のＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、
前記対象に投与されて翻訳された場合、前記ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ抗原のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、細胞表面上の前記抗原のうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらし、
場合により、前記少なくとも２～４００個のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターによって駆動される、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４８]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが独立して、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸７～１５個、９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さである、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０４９]
前記少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している、本発明１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５０]
前記少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつこれが、前記コードされたペプチド配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を含む少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含む、本発明１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５１]
前記少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０～４０個の長さである、本発明１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５２]
前記少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風毒素及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、本発明１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５３]
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、調節可能なプロモーターであり、場合により、前記調節可能なプロモーターがテトラサイクリン（ＴＥＴ）リプレッサータンパク質（ＴＥＴｒ）制御プロモーターであり、場合により、前記調節可能なプロモーターが、前記プロモーターのＲＮＡポリメラーゼ結合配列の５’または３’に複数のＴＥＴオペレーター（ＴＥＴｏ）配列を含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５４]
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、構成的である、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５５]
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ－１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫまたはＥＢＶプロモーター配列である、本発明１００４または１００７を除く先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５６]
前記カセットが、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された少なくとも１つのポリアデニル化（ポリＡ）配列をさらに含み、場合により、前記ポリＡ配列が、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列の３’に位置する、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５７]
前記ポリＡ配列が、ＳＶ４０またはウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）のポリＡ配列を含む、本発明１０５６のベクター。
[本発明１０５８]
前記カセットが、
イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フーリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、ＴＥＶ切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’の非コード領域内の配列
のうちの少なくとも１つをさらに含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０５９]
前記カセットが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、またはルシフェラーゼ変異体を含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子を含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０６０]
前記ベクターが、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする１つ以上のペイロード核酸配列をさらに含み、場合により、前記少なくとも１つの免疫調節物質が免疫チェックポイント分子を阻害する、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０６１]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明１０６０のベクター。
[本発明１０６２]
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性抗体もしくは互いに連結された多重特異性抗体としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である、本発明１０６１のベクター。
[本発明１０６３]
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、２Ａなどの自己切断配列またはＩＲＥＳ配列によって分離された連続的配列であり、場合により、前記自己切断配列が前記自己切断配列の５’にフーリン切断部位配列を有し、あるいは、前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基のような柔軟なリンカーによって連結されている、本発明１０６１または１０６２のベクター。
[本発明１０６４]
前記免疫調節物質がサイトカインである、本発明１０６０のベクター。
[本発明１０６５]
前記サイトカインが、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、もしくはＩＬ－２１の少なくとも１つ、またはそれぞれのその変異体である、本発明１０６４のベクター。
[本発明１０６６]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、
（ａ）腫瘍細胞、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）各抗原の前記ペプチド配列を提示モデルに入力して、前記抗原のそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面上または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のそれぞれを生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実施することによって選択される、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０６７]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のそれぞれが、
（ａ）腫瘍細胞、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）各抗原の前記ペプチド配列を提示モデルに入力して、前記抗原のそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面上または感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のそれぞれを生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実施することによって選択される、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０６８]
前記選択された抗原のセットの数が、２～２０である、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０６９]
前記提示モデルが、
（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
（ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面上または感染細胞表面上での提示の尤度と
の間の依存性を表す、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７０]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記細胞表面上に提示される尤度が増大している抗原を選択することを含む、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７１]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象における細胞特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７２]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７３]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害に供される尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７４]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象における正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７５]
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍細胞もしくは組織、感染細胞、または感染症生物でシークエンシングを行うことによって取得される、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７６]
前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである、本発明１０６６または１０６７のベクター。
[本発明１０７７]
前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０７８]
少なくとも１つのまたはそれぞれのジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、本発明１０７７のベクター。
[本発明１０７９]
それぞれのジャンクションエピトープ配列が、非自己である、本発明１０７７または１０７８のベクター。
[本発明１０８０]
前記カセットが、非治療的なＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープをコードしておらず、前記非治療的エピトープが、前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明１０８１]
前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、本発明１０８０のベクター。
[本発明１０８２]
前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである、本発明１０７７～１０８１のいずれかのベクター。
[本発明１０８３]
前記カセット内における前記少なくとも１つのペイロード核酸配列の順序が、
ｉ．前記少なくとも１つのペイロード核酸配列の異なる順序に対応した候補カセット配列のセットを生成する工程と、
ｉｉ．前記各候補カセット配列について、候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、
ｉｉｉ．所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を前記カセット配列として選択する工程と
を含む一連の工程によって決定される、本発明１０７７～１０８２のいずれかのベクター。
[本発明１０８４]
前記ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩエピトープのそれぞれが、ヒト集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されている、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０８５]
前記ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、ヒト集団において少なくとも０．０１％の抗原／ＨＬＡ存在率（prevalence）を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０８６]
前記ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、ヒト集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ存在率を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０８７]
前記ポリペプチドをコードする前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、対象の組織または試料から直接抽出された天然核酸配列に対してコドン最適化されている、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０８８]
先行本発明のいずれかのベクターと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
[本発明１０８９]
アジュバントをさらに含む、本発明１０８８の医薬組成物。
[本発明１０９０]
免疫調節物質をさらに含む、本発明１０８８または１０８９の医薬組成物。
[本発明１０９１]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明１０９０の医薬組成物。
[本発明１０９２]
先行するベクターの発明のいずれかのカセットと、配列番号１の配列の遺伝子と、を含む、単離ヌクレオチド配列であって、場合により、前記遺伝子が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルスのＩＴＲ、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択され、場合により、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列。
[本発明１０９３]
本発明１０９２のヌクレオチド配列を含む単離細胞であって、場合により前記細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、前記単離細胞。
[本発明１０９４]
本発明１０９２のヌクレオチド配列を含むベクター。
[本発明１０９５]
先行するベクターの発明のいずれかのベクターと、使用説明書と、を含むキット。
[本発明１０９６]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、前記対象に、先行するベクターの発明のいずれかのベクター、または本発明１０８８～１０９１のいずれかの医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
[本発明１０９７]
前記ベクターまたは組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、本発明１０９６の方法。
[本発明１０９８]
前記対象に免疫調節物質を投与することをさらに含み、場合により、前記免疫調節物質が前記ベクターまたは医薬組成物の投与前、投与と同時、または投与後に投与される、本発明１０９６または１０９７の方法。
[本発明１０９９]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明１０９８の方法。
[本発明１１００]
前記免疫調節物質が、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、本発明１０９８の方法。
[本発明１１０１]
前記皮下投与が、前記ベクターもしくは組成物の投与部位の近くであるか、または１つ以上のベクターもしくは組成物の流入領域リンパ節に近接している、本発明１１００の方法。
[本発明１１０２]
前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む、本発明１０９６～１１０１のいずれかの方法。
[本発明１１０３]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１０８８～１０９１のいずれかのベクターまたは医薬組成物の投与の前に投与される、本発明１１０２の方法。
[本発明１１０４]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１０８８～１０９１のいずれかのベクターまたは医薬組成物の投与の後に投与される、本発明１１０２の方法。
[本発明１１０５]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１０８８～１０９１のいずれかのベクターまたは医薬組成物と同じである、本発明１１０３または１１０４の方法。
[本発明１１０６]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１０８８～１０９１のいずれかのベクターまたは医薬組成物と異なる、本発明１１０３または１１０４の方法。
[本発明１１０７]
前記第２のワクチン組成物が、少なくとも１つのペイロード核酸配列をコードする自己複製ＲＮＡ（ｓａｍＲＮＡ）ベクターを含む、本発明１１０６の方法。
[本発明１１０８]
前記ｓａｍＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、先行するベクターの発明のいずれかの少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つと同じである、本発明１１０７の方法。
[本発明１１０９]
先行するベクターの発明のいずれかのベクターを製造する方法であって、
前記アデノウイルスベクターまたはチンパンジーアデノウイルスベクターを含むプラスミド配列を得ることと、
前記プラスミド配列を１つ以上の宿主細胞にトランスフェクトすることと、
前記１つ以上の宿主細胞から前記ベクターを単離することと
を含む、前記方法。
[本発明１１１０]
前記単離することが、
前記１つ以上の宿主細胞を溶解させて前記ベクターを含む細胞ライセートを得ることと、
前記細胞ライセートから、および、場合により前記１つ以上の宿主細胞を培養するために用いた培地からも、前記ベクターを精製することと
を含む、本発明１１０９の方法。
[本発明１１１１]
前記プラスミド配列が、
ＤＮＡ組換え、または細菌組換え、または全ゲノムＤＮＡ合成、または細菌細胞内で合成されたＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成
のうちの１つを用いて生成される、本発明１１０９または１１１０の製造方法。
[本発明１１１２]
前記１つ以上の宿主細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、及びＡＥ１－２ａ細胞のうちの少なくとも１つである、本発明１１０９～１１１１のいずれかの製造方法。
[本発明１１１３]
前記細胞ライセートから前記ベクターを精製することが、クロマトグラフィー分離、遠心分離、ウイルス沈殿、及び濾過のうちの１つ以上を伴う、本発明１１１０～１１１２のいずれかの製造方法。
[本発明１１１４]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、前記対象に、アデノウイルスゲノムの１つ以上の遺伝子または調節配列を含むアデノウイルス骨格を含むアデノウイルスベクターを投与することを含み、
前記アデノウイルス骨格が、前記アデノウイルスゲノムに関して部分欠失Ｅ４遺伝子を含み、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、及び欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び場合により、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を含み、
前記アデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが、
（１）少なくとも１つのペイロード核酸配列であって、場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列がポリペプチドをコードし、場合により前記ポリペプチドが抗原を含み、場合により前記抗原が、
－ＭＨＣクラスＩエピトープ、
－ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
－Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
－これらの組み合わせ
を含み、
場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、５’リンカー配列及び／または３’リンカー配列をさらに含む、
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列と、場合により、
（２）前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、
（３）場合により、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（４）場合により、少なくとも１つのＧＰＧＰＧコードリンカー配列（配列番号５６）と、
（５）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化配列と
を含む、前記方法。
[本発明１１１５]
場合によりがんまたは感染症である疾患を有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、アデノウイルスゲノムの１つ以上の遺伝子または調節配列を含むアデノウイルス骨格を含むアデノウイルスベクターを投与することを含み、
前記アデノウイルス骨格が、前記アデノウイルスゲノムに関して部分欠失Ｅ４遺伝子を含み、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、及び欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び場合により、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を含み、
前記アデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが、
（１）少なくとも１つのペイロード核酸配列であって、場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列がポリペプチドをコードし、場合により前記ポリペプチドが抗原を含み、場合により前記抗原が、
－ＭＨＣクラスＩエピトープ、
－ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
－Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
－これらの組み合わせ
を含み、
場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、５’リンカー配列及び／または３’リンカー配列をさらに含む、
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列と、場合により、
（２）前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、
（３）場合により、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（４）場合により、少なくとも１つのＧＰＧＰＧコードリンカー配列（配列番号５６）と、
（５）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化配列と
を含む、前記方法。
[本発明１１１６]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、前記対象に、改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含むアデノウイルスベクターを投与することを含み、
前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、
（ａ）配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列の部分欠失Ｅ４遺伝子と、
（ｂ）配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列であって、場合により、前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位反復配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、前記１つ以上の遺伝子または調節配列と
を含み、
前記チンパンジーアデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが少なくとも１つのペイロード核酸配列を含み、前記カセットが、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列を含む、前記方法。
[本発明１１１７]
場合によりがんまたは感染症である疾患を有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含むアデノウイルスベクターを投与することを含み、
前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、
（ａ）配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列の部分欠失Ｅ４遺伝子と、
（ｂ）配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列であって、場合により、前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位反復配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、前記１つ以上の遺伝子または調節配列と
を含み、
前記チンパンジーアデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが少なくとも１つのペイロード核酸配列を含み、前記カセットが、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列を含む、前記方法。
[本発明１１１８]
前記ウイルスが、先行するベクターの発明のいずれかを用いて生産される、ウイルスを生産する方法。
[本発明１１１９]
前記ウイルスの生産が、前記部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用して生産されるウイルスの生産に対して、前記部分欠失Ｅ４遺伝子を含むベクターを使用して増加する、本発明１１１８の方法。
[本発明１１２０]
前記ウイルスの感染単位の力価が、前記部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用して生産されるウイルスの感染単位の力価に対して、前記部分欠失Ｅ４遺伝子を含むベクターを使用して増加する、本発明１１１８または１１１９の方法。
[本発明１１２１]
前記増加した生産が、前記部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用した生産に対して少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、または少なくとも９倍増加している、本発明１１２０の方法。
[本発明１１２２]
前記増加した生産が、前記部分欠失Ｅ４遺伝子を含まないベクターを使用した生産に対して少なくとも１０倍、少なくとも１８倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、または少なくとも２７倍増加している、本発明１１２１の方法。
[本発明１１２３]
ウイルスを生産する方法であって、
ａ．カセットを含むウイルスベクターを与える工程であって、前記カセットが、
（ｉ）少なくとも１つのペイロード核酸配列であって、場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列がポリペプチドをコードし、場合により前記ポリペプチドが抗原を含み、場合により前記抗原が、
－ＭＨＣクラスＩエピトープ、
－ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
－Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
－これらの組み合わせ
を含み、
場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、５’リンカー配列及び／または３’リンカー配列をさらに含む、
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列と、場合により、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列であって、前記少なくとも１つのプロモーターが、テトラサイクリン（ＴＥＴ）リプレッサータンパク質（ＴＥＴｒ）制御プロモーターである、前記少なくとも１つのプロモーター配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、少なくとも１つのＧＰＧＰＧコードリンカー配列（配列番号５６）と、
（ｖ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化配列と
を含む、前記工程と、
ｂ．前記ＴＥＴｒタンパク質を発現するように操作された細胞を与える工程と、
ｃ．前記ウイルスベクターを、前記ウイルスの生産に充分な条件下で前記細胞と接触させる工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１２４]
前記ウイルスベクターがチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、場合により前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ６８ベクターである、本発明１１２３の方法。
[本発明１１２５]
前記ウイルスの生産が、前記ＴＥＴｒ制御プロモーターを含まないベクターを使用して生産されるウイルスの生産に対して、前記ＴＥＴｒ制御プロモーターを含むベクターを使用して増加する、本発明１１２３または１１２４の方法。
[本発明１１２６]
前記増加した生産が、前記ＴＥＴｒ制御プロモーターを含まないベクターを使用した生産に対して少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加している、本発明１１２５の方法。
[本発明１１２７]
前記増加した生産が、前記ＴＥＴｒ制御プロモーターを含まないベクターを使用した生産に対して少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍、少なくとも３５倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも６０倍、少なくとも７０倍、少なくとも８０倍、少なくとも９０倍、または少なくとも１００倍増加している、本発明１１２５の方法。
[本発明１１２８]
前記ウイルスの生産が、前記ＴＥＴｒタンパク質を発現するように操作されていない細胞を使用して生産されるウイルスの生産に対して、前記ＴＥＴｒ制御プロモーターを含むベクターを使用して増加する、本発明１１２３～１１２７のいずれかの方法。
[本発明１１２９]
前記増加した生産が、前記ＴＥＴｒタンパク質を発現するように操作されていない細胞を使用した生産に対して少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加している、本発明１１２８の方法。
[本発明１１３０]
カセットを含むウイルスベクターであって、前記カセットが、
（ｉ）少なくとも１つのペイロード核酸配列であって、場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列がポリペプチドをコードし、場合により前記ポリペプチドが抗原を含み、場合により前記抗原が、
－ＭＨＣクラスＩエピトープ、
－ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
－Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
－これらの組み合わせ
を含み、
場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、５’リンカー配列及び／または３’リンカー配列をさらに含む、
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列と、場合により、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列であって、前記少なくとも１つのプロモーターが、テトラサイクリン（ＴＥＴ）リプレッサータンパク質（ＴＥＴｒ）制御プロモーターである、前記少なくとも１つのプロモーター配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、少なくとも１つのＧＰＧＰＧコードリンカー配列（配列番号５６）と、
（ｖ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化配列と
を含む、前記ウイルスベクター。
[本発明１１３１]
前記ＴＥＴｒ制御プロモーターが１つ以上のＴＥＴオペレーター（ＴＥＴｏ）核酸配列を含み、場合により前記１つ以上のＴＥＴｏ核酸配列が、配列番号６０に示されるヌクレオチド配列を含む、本発明１１２３～１１３０のいずれかの方法またはベクター。
[本発明１１３２]
前記１つ以上のＴＥＴｏ核酸配列が、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個またはそれ以上のＴＥＴｏ核酸配列を含み、場合によりＴＥＴｏ核酸配列のそれぞれが、配列番号６０に示されるヌクレオチド配列を含む、本発明１１３１のベクター。
[本発明１１３３]
前記２つ以上のＴＥＴｏ核酸配列が互いに連結されている、本発明１１３２のベクター。
[本発明１１３４]
前記２つ以上のＴＥＴｏ核酸配列が互いに直接連結されている、本発明１１３３のベクター。
[本発明１１３５]
前記２つ以上のＴＥＴｏ核酸配列がリンカー配列によって互いに連結され、前記リンカーが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個以上のヌクレオチドを含み、場合により、前記リンカー配列が、配列番号７０に示されるリンカーヌクレオチド配列を含む、本発明１１３３のベクター。
[本発明１１３６]
前記１つ以上のＴＥＴｏ核酸配列が、前記プロモーター配列のＲＮＡポリメラーゼ結合配列の５’である、本発明１１３１～１１３５のいずれかのベクター。
[本発明１１３７]
前記１つ以上のＴＥＴｏ核酸配列が、前記プロモーター配列のＲＮＡポリメラーゼ結合配列の３’である、本発明１１３１～１１３５のいずれかのベクター。
[本発明１１３８]
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ－１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫまたはＥＢＶプロモーター配列を含む、本発明１１３０～１１３７のいずれかのベクター。
[本発明１１３９]
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、ＣＭＶ由来プロモーター配列であり、場合により前記ＣＭＶ由来プロモーター配列が、配列番号６４に示されるＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列を含む、本発明１１３０～１１３７のいずれかのベクター。
[本発明１１４０]
前記ＣＭＶ由来プロモーター配列が最小ＣＭＶプロモーター配列であり、場合により前記最小ＣＭＶプロモーター配列が、配列番号６１に示される最小ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列を含む、本発明１１３９のベクター。
[本発明１１４１]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された前記ＴＥＴｒ制御プロモーターが、５’から３’に向けて以下を含む式：
（Ｔ－Ｌ_Ｙ）_Ｘ－Ｐ－Ｎ
［式中、
Ｎは、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの１つを含み、場合により、各Ｎは、場合により、前記コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を有する、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせをコードし、
Ｐは、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記プロモーター配列のＲＮＡポリメラーゼ結合配列を含み、
Ｔは、配列番号６０に示されるヌクレオチド配列を含むＴＥＴｏ核酸配列を含み、
Ｌは、リンカー配列を含み、ただし各ＸについてＹ＝０または１であり、
Ｘ＝１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０である］
に記述される順序付けられた配列を含む、本発明１１３０～１１４０のいずれかのベクター。
[本発明１１４２]
前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された前記ＴＥＴｒ制御プロモーターが、５’から３’に向けて以下を含む式：
Ｐ－（Ｔ－Ｌ_Ｙ）_Ｘ－Ｎ
［式中、
Ｎは、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの１つを含み、場合により、各Ｎは、場合により、前記コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を有する、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせをコードし、
Ｐは、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記プロモーター配列のＲＮＡポリメラーゼ結合配列を含み、
Ｔは、配列番号６０に示されるヌクレオチド配列を含むＴＥＴｏ核酸配列を含み、
Ｌは、リンカー配列を含み、ただし各ＸについてＹ＝０または１であり、
Ｘ＝１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０である］
に記述される順序付けられた配列を含む、本発明１１３０～１１４０のいずれかのベクター。
[本発明１１４３]
前記ＴＥＴｒ制御プロモーターが、
（１）最小ＣＭＶプロモーター配列と、
（２）そのそれぞれが配列番号６０に示されるヌクレオチド配列を含む、７個のＴＥＴｏ核酸配列と
を含み、
前記ＴＥＴｏ核酸配列のそれぞれがリンカー配列によって互いに連結され、前記７個のＴＥＴｏ核酸配列が前記最小ＣＭＶプロモーター配列の５’であり、場合により前記ＴＥＴｒ制御プロモーターが、配列番号６１に示されるヌクレオチド配列を含む、
本発明１１３０のベクター。
[本発明１１４４]
前記ＴＥＴｒ制御プロモーターが、
（１）ＣＭＶプロモーター配列と、
（２）そのそれぞれが配列番号６０に示されるヌクレオチド配列を含む、２個のＴＥＴｏ核酸配列と
を含み、
前記ＴＥＴｏ核酸配列のそれぞれが互いに直接連結され、前記２個のＴＥＴｏ核酸配列が前記ＣＭＶプロモーター配列の３’であり、場合により前記ＴＥＴｒ制御プロモーターが、配列番号６４に示されるヌクレオチド配列を含む、
本発明１１３０のベクター。
[本発明１１４５]
前記ウイルスベクターがベクター骨格を含み、前記ベクター骨格がチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、場合により前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ６８ベクターである、本発明１１３０～１１４４のいずれかのベクター。

インビトロＴ細胞活性化合物アッセイの開発を説明する。抗原提示細胞へのワクチンカセットの送達が、異なるペプチド抗原の発現、プロセシング、及びＭＨＣ制限提示につながるアッセイの概略。特異的なペプチド－ＭＨＣの組み合わせに一致するＴ細胞受容体を有するように操作されたレポーターＴ細胞が活性化され、ルシフェラーゼが発現される。 （Ａ）短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、互いに対して同じ位置で連結された５個のクラスＩ ＭＨＣクラス制限エピトープ（エピトープ１～５）に２個の普遍的クラスＩＩ ＭＨＣエピトープ（ＭＨＣ－ＩＩ）が繋げられたものを示す。異なるリンカーを用いて種々の繰り返しが生成された。場合によっては、Ｔ細胞エピトープは互いに直接連結される。他の場合では、Ｔ細胞エピトープの片側または両側にその天然配列が隣接する。他の繰り返しでは、Ｔ細胞エピトープは、非天然配列ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰにより連結される。（Ｂ）短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、短いカセット内に埋め込まれたＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図２Ｂは、示される順に、配列番号７８～７９、８２、８１、８０、４９、及び１９４をそれぞれ開示する。 モデルワクチンカセットに付加された細胞ターゲティング配列の評価を説明する。ターゲティングカセットは、短いカセット設計を、ユビキチン（Ｕｂ）、シグナルペプチド（ＳＰ）及び膜貫通（ＴＭ）ドメインによって延長し、５個のマーカーヒトＴ細胞エピトープ（エピトープ１～５）の隣に２個のマウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２）（ＳＩＩ）及びＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（配列番号７３）（Ａ５）をさらに有し、Ｔ細胞エピトープの両側に隣接する非天然リンカーＡＡＹ－または天然リンカー配列を用いている（２５マー）。 短いカセット内のリンカー配列のインビボ評価を説明する。Ａ）ＨＬＡ－Ａ２トランスジェニックマウスを使用したワクチンカセットのインビボ評価の実験計画。 長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、長いカセットの設計が、それらの２５マー天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる５個のマーカークラスＩエピトープ（エピトープ１～５）であって、それらの２５マー天然配列に含まれるさらなる周知のＴ細胞クラスＩエピトープ（エピトープ６～２１）によって隔てられたマーカークラスＩエピトープと、２個の普遍的クラスエピトープＩＩ（ＭＨＣ－ＩＩ０）とを含み、各クラスＩエピトープの相対位置のみが異なることを示す。 長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図５Ｂは、示される順に、配列番号７８～７９、８２、８１、８０、１９５～１９７、８３、及び１９８～２０９をそれぞれ開示する。 前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、最終カセットの設計が、それらの２５マー天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる２０個のＭＨＣＩエピトープを含み、６個の非ヒト霊長類（ＮＨＰ）エピトープ、５個のヒトエピトープ、９個のマウスエピトープ、及び２個の普遍的ＭＨＣクラスＩＩエピトープで構成されることを示す。 前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、非ヒト霊長類、マウス、及びヒト由来のクラスＩ ＭＨＣ上に提示される、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報、ならびに２個の普遍的ＭＨＣクラスＩＩエピトープＰＡＤＲＥ及び破傷風毒素の配列を示す。図６Ｂは、列の順に、配列番号１１２～１１７、８０～８２、７８～７９、７２～７３、１４２、２１０、１４６～１４８、１４４～１４５、４９、及び４７をそれぞれ開示する。 （Ａ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。（Ｂ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。（Ｃ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡を使用して倍率１００倍で可視化した。 （Ａ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して３日後に撮影した。（Ｂ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率４０倍で使用して３日後に撮影した。（Ｃ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率１００倍で使用して３日後に撮影した。 ウイルス粒子の生成スキームを説明する。 アルファウイルス由来ＶＥＥ自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターを説明する。 Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスにＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡを接種した後のインビボのレポーター発現を説明する。異なる時点でＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでＣ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスを免疫した（ＭＣ３に封入したものを１０ｕｇ／マウスで両側性に筋肉内注射）後のルシフェラーゼシグナルの代表的イメージを示す。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３ ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（コントロール）、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）、またはＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ－１ ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的Ｔ細胞（「ＳＩＩＮＦＥＫＬ」は配列番号７２として開示されている）応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴにより評価し、脾細胞１０^６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）として報告する。各線は中央値を示す。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３ ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（コントロール）、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）、またはＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的Ｔ細胞（「ＳＩＩＮＦＥＫＬ」は配列番号７２として開示されている）応答をＭＨＣＩペンタマー染色により評価し、ペンタマー陽性細胞としてＣＤ８陽性細胞の割合（％）として報告する。各線は中央値を示す。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５－ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５－ＧＦＰ／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５－ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５－ＧＦＰ／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの６日後（プライムの２１日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 マウスにおけるマウス腫瘍抗原に対するＣｈＡｄＶ６８誘発Ｔ細胞応答を説明する。マウスをＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫し、ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２）（ＯＶＡ）に対するＴ細胞応答をＣ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１－Ａ５をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。ＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された脾細胞１０^６個当たりの平均のスポット形成細胞（ＳＦＣ）を示した。エラーバーは、標準偏差を示す。 ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ－１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ－１、または抗ＰＤ－１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける細胞性免疫応答を説明する。抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、ＥＬＩＳｐｏｔを用い、各グループから６匹のマウスの脾細胞で測定した。結果を、脾細胞１０^６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）で示す。各グループの中央値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ。 ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ－１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ－１、または抗ＰＤ－１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおけるＣＤ８ Ｔ細胞免疫応答を説明する。ＣＤ８ Ｔ細胞の抗原特異的ＩＦＮ－γ産生をＩＣＳを用いて測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞として全ＣＤ８ Ｔ細胞の割合（％）として示す。各グループの中間値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ。 ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける腫瘍増殖を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ－１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。腫瘍体積を週２回測定し、平均腫瘍体積を実験の最初の２１日間について示す。実験開始時に各グループは２２～２８匹のマウスで構成された。エラーバーは平均の標準誤差（ＳＥＭ）を示す。Ｐ値は、ダネット検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ。 ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける生存率を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ－１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。Ｐ値は、ログランク検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０１。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週間後にＥＬＩＳｐｏｔを用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（３０μｇ）についてＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週間後にＥＬＩＳｐｏｔを用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（１００μｇ）についてＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週間後にＥＬＩＳｐｏｔを用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２（１００μｇ）による同種プライム／ブーストについてＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週間後にＥＬＩＳｐｏｔを用いてＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブースト群についてＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ２による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ１による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。 Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。図２４Ａは配列番号７７を開示している。 Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。 ８個の選択されたＣｈＡｄＶ６８－ＭＡＧ急速増殖プラークのＩＵ力価により評価した生産性を未精製のプールされたウイルスと比較して示す。グラフの柱の上に示された数字は、ＭＯＩ＝０．１での制御された感染におけるプールされたウイルスに対する改善倍率を示す。 Ｅ４遺伝子座及びクローン１Ａで特定されたＥ４Ｏｒｆ２～Ｅ４Ｏｒｆ４間の７２７ｂｐの欠失の概略図を示す。 Ｅ４欠失を有するウイルス及び有さないウイルスによるウイルス生産性を示す。棒の上に示された数字は、Ｅ４欠失のないウイルスに対する改善倍率を示す。ＣｈＡｄＶ６８－ＭＡＧ－Ｅ４に対するＣｈＡｄＶ６８－ＭＡＧの比較を３つの別々の場合で行った。それぞれの場合で両方のウイルスを用いた４００ｍＬの生産ランをＭＯＩ＝１．０で行った。ウイルス粒子（ＶＰ）の力価（左パネル）及び感染単位（ＩＵ）の力価（右パネル）を示す。 ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー（「ＭＡＧ」）及びＣｈＡｄＶ６８－ＭＡＧ－Ｅ４欠失（「ＭＡＧ－Ｅ４」）ウイルスを感染させた細胞におけるウサギ抗クラスＩＩエピトープ抗体を使用したＭＡＧ発現のウェスタンブロット分析を示す。各試料は、＋及び－符合で示されるようにプロテアーゼ阻害剤ＭＧ－１３２の存在下及び非存在下で処理した。 ３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）または５０（ＸＸＬ）個のエピトープを有する大きな抗原カセットにおける異なる腫瘍由来のモデルエピトープの一般的な編成を示す。 ＣｈＡｄベクターが、すべてのカセットに共通の配列を認識する抗クラスＩＩ（ＰＡＤＲＥ）抗体を使用した上記のウェスタンブロットによって示されるように長いカセットを発現することを示す。ＨＥＫ細胞に異なるサイズの大きなカセット（ＣｈＡｄＶ６８－５０ＸＸＬ、ＣｈＡｄＶ６８－４０ＸＬ及びＣｈＡｄＶ６８－３０Ｌ）を発現するＣｈＡｄＶ６８ベクターを感染させた。感染はＭＯＩ＝０．２に設定した。感染２４時間後にプロテアソーム阻害剤であるＭＧ１３２を、感染させたウェルのセットに加えた（＋符合で示す）。ウイルス処理したウェルの別のセットはＭＧ１３２で処理しなかった（－符合で示す）。非感染ＨＥＫ２９３細胞（２９３Ｆ）をネガティブコントロールとして用いた。感染４８時間後に細胞ペレットを回収し、ＳＤＳ／ＰＡＧＥ電気泳動で分析し、ウサギ抗クラスＩＩ ＰＡＤＲＥ抗体を用いてイムノブロッティングした。ＨＲＰ抗ラビット抗体及びＥＣＬ化学発光基質を検出に用いた。 ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２）（下図）に対して検出された、ＣｈＡｄＶ６８の大きなカセットで免疫したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞の％としてモデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。 ＣｈＡｄＶ６８の大きなカセットによるワクチン接種後のＬＤ－ＡＨ１＋ （上図）及びＫｂ－ＳＩＩＮＦＥＫＬ＋（下図）（「ＳＩＩＮＦＥＫＬ」は配列番号７２として開示されている）テトラマーに対するＣＤ８＋応答を示す。データは、モデルテトラマーペプチド複合体に対する反応性を有する全ＣＤ８細胞の％として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。 ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２）（下図）に対して検出された、アルファウイルスの大きなカセットで処置したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞の％としてモデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊Ｐ＜０．０１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。 アカゲザルにおける抗原カセット含有ベクターの免疫原性を評価するためのワクチン接種手法を示す。三角は、０及び３２週目におけるＣｈＡｄＶ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を表す。四角は、抗ＣＴＬＡ－４抗体の投与を表す。 ｃｈＡｄ－ＭＡＧを投与したアカゲザル単独（グループ４）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。 ｃｈＡｄ－ＭＡＧ及びＩＶ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ５）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。 ｃｈＡｄ－ＭＡＧ及びＳＣ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ６）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。 ＥＬＩＳｐｏｔにより測定したｃｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって生じた抗原特異的メモリー応答を示す。結果は各ドットが１匹の動物を表す個別のドットプロットとして示す。免疫前のベースライン（左パネル）及びプライム１８ヶ月後のメモリー反応（右パネル）を示す。 コンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色を用いたフローサイトメトリーによる抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のメモリー細胞表現型判定を示す。 実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ－Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７－＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７－＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。 ＣＴ２６腫瘍保有マウスにおけるＣＴ２６腫瘍抗原ＡＨ１を認識するＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を示す。テューキーの多重比較検定による１元配置ＡＮＯＶＡを用いてＰ値を求めた（＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５）。ＣｈＡｄＶ＝ ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー；ａＣＴＬＡ４＝抗ＣＴＬＡ４抗体、クローン９Ｄ９。 ＣｈＡｄＶ６８－ＭＡＧ及びＣｈＡｄＶ６８－Ｅ４Δ－ＭＡＧベクターで処理したＢａｌｂ／ｃ系マウスでＡＨ１（マウス白血病ウイルスエンベロープタンパク質ｇｐ７０からの主要エピトープ）による刺激後にＩＣＳによってＩＦＮ－γ産生を評価することによるＣＤ８＋免疫応答を示す。Ｂａｌｂ／ｃ系マウスを、大腿四頭筋への５０μＬのウイルスの両側注射によって免疫した（合計１００μＬ、５０μＬ／脚）。 ＣｈＡｄＶ６８－ＭＡＧ（左パネル）及びＣｈＡｄＶ６８－Ｅ４Δ－ＭＡＧ（右パネル）で免疫し、どちらの条件も抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザルにおいて２週目に６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープで刺激した後、ＥＬＩＳｐｏｔによってＩＦＮ－γ産生を評価することによるＴ細胞応答を示す。 ＣｈＡｄＶ６８－ＭＡＧ（左パネル）及びＣｈＡｄＶ６８－Ｅ４Δ－ＭＡＧ（右パネル）で免疫し、どちらの条件も抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザルにおいて一定期間にわたって６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープで刺激した後、ＥＬＩＳｐｏｔによってＩＦＮ－γ産生を評価することによるＴ細胞応答を示す。 抗原コードワクチンの例を使用したテトラサイクリン制御ウイルス生産システムの一般的なストラテジーを示す。 プロモーター及び発現させようとするカセットに関して、「ＴＥＴｏ」応答領域の配置を示す概略図を示す。 プロモーター及び発現させようとするカセットに関して、「ＣＭＴ」応答領域の配置を示す概略図を示す。 ＴＥＴｏ配列を有するＣｈＡｄＶ６８ベクターから発現されたＧＦＰのＴＥＴｒ介在調節を示す。ＧＦＰは、親２９３Ｆ細胞株（左パネル）と比較してＴＥＴｒを発現する２９３Ｆ細胞（クローン１７、右パネル）で有意に減少している。細胞をＣｈＡｄＶ６８－ＴＥＴｏ－ＧＦＰにＭＯＩ＝１で感染させ、２４時間後にＧＦＰを対物レンズ１０倍の蛍光顕微鏡によって評価した。 ＣＭＴ配列を有するＣｈＡｄＶ６８ベクターから発現されたＳＥＡＰのＴＥＴｒ介在調節を示す。ＳＥＡＰは、親２９３Ｆ細胞株（左の柱）と比較してＴＥＴｒを発現する２９３Ｆ細胞（クローン１７、左から２番目の柱）で有意に減少している。コントロール発現カセットを発現するＣｈＡｄＶ６８ベクターを使用してバックグラウンドシグナルを確立した（右の２本の柱）。２９３Ｆ細胞に０．３のＭＯＩで感染させ、２４時間後に培地を収穫して製造者の記載に従ってＳＥＡＰアッセイを行った（分泌されたアルカリホスファターゼの検出用に化学発光基質を使用するＰｈｏｓｐｈａ－Ｌｉｇｈｔ（商標）Ｓｙｓｔｅｍ （Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ））。 親２９３Ｆ株における生産に対する、２９３Ｆ ＴＥＴｒリプレッサー株（クローン１７）におけるＣｈＡｄＶ６８－ＴＥＴｏ－ＭＡＧベクターのウイルス生産を示す。実験は３重に行った（実験１～３）。各実験で、４００ｍＬの２９３Ｆ細胞をＭＯＩ＝約３で感染させ、４８～７２時間インキュベートした後、収穫した。ウイルスを２回の断続的なＣｓＣｌ超遠心分離工程により精製し、保存バッファー中に透析した。ウイルス粒子を２６０ｎｍの吸光度で測定した。ウイルス粒子（ＶＰ、上のパネル）及び感染単位（ＩＵ、下のパネル）の力価を示す。 ２９３Ｆ ＴＥＴｒ株（クローン１７）におけるＴｅｔ調節ウイルス（「ＴＥＴｏ－ＭＡＧ」）の全体の生産性を、通常の２９３Ｆ細胞株で同じカセットを用いた非調節ウイルス（「ＭＡＧ」）に対して示す。複数の４００ｍＬ生産実験後に遠心分離を行ったデータを示す。Ｔｅｔ調節ウイルスによる改善倍率をグラフの上に数字で示す。 ＣｈＡｄＶ６８－ＣＭＶ－ＴＳＮＡに対するＣｈＡｄＶ６８－ＣＴ－ＴＳＮＡ、ＣｈＡｄＶ６８－ＴＥＴｏ－ＴＳＮＡ、ＣｈＡｄＶ６８－ＣＭＴ－ＴＳＮＡ、及びＣｈＡｄＶ６８－Ｅ４ｄ－ＣＭＴ－ＴＳＮＡウイルスのウイルス生産を示す。 ｔＴｓ発現細胞株でＣＭＴ応答領域を有するアデノウイルスベクターを使用した、モデル抗原カセット５０ＸＸＬ及びＭ２．２のウイルス生産を示す。 非調節ベクターに対する調節ベクターによるワクチン接種後の抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。ＣＤ８ Ｔ細胞の抗原特異的ＩＦＮ－γ産生をＩＣＳを用いて測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞として全ＣＤ８ Ｔ細胞の割合（％）として示す。各グループの中央値を横線で示す。Ｂａｌｂ／ｃ系マウスを、通常のＣＭＶプロモーター（ＣｈＡｄＶ－ＭＡＧ）またはＴＥＴｏ調節されたプロモーター（ＴＥＴ－ＣｈＡｄＶ－ＭＡＧ）の制御下でモデル抗原カセットを発現する１×１０^１０ＶＰのＣｈＡｄＶ６８ワクチンで免疫した。ワクチン接種の１２日後に脾臓を収穫し、単一の細胞懸濁液を調製した。

エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）の反復配列は互いに直接連結されてもよい（例えば、上記に示したように、Ｅ_Ａ－Ｅ_Ａ－…）。エピトープコード核酸配列の反復配列は、１つ以上のさらなるヌクレオチド配列によって分離されてもよい。一般的に、エピトープコード核酸配列の反復配列は、本明細書に記載される組成物に適用可能な任意のサイズの核酸配列によって分離されうる。１つの例では、エピトープコード核酸配列の反復配列は、別個の異なるエピトープコード核酸配列によって分離されうる（例えば、上記に示したように、Ｅ_Ａ－Ｅ_Ｂ－Ｅ_Ｃ－Ｅ_Ａ…）。反復配列が単一の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって分離されており、各エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）がアミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする例では、反復配列は、例えばＥ_Ａ－Ｅ_Ｂ－Ｅ_Ａ…（Ｅ_Ａは７５個のヌクレオチドによって分離されている）により表される抗原コード核酸におけるように７５個のヌクレオチドによって分離されうる。例示的な１つの例では、２５マーの抗原Ｔｒｐ１（ＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱ（配列番号７５））及びＴｒｐ２（ＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴ（配列番号７６））の反復配列をコードした配列ＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴ（配列番号７４）を有する抗原コード核酸であり、Ｔｒｐ１の反復配列が２５マーのＴｒｐ２によって分離されており、したがって、Ｔｒｐ１エピトープコード核酸配列の反復配列は、ヌクレオチド７５個のＴｒｐ２エピトープコード核酸配列によって分離される。反復配列が２、３、４、５、６、７、８、または９個の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって分離されており、各エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）がアミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする例では、反復配列は、それぞれ、１５０、２２５、３００、３７５、４５０、５２５、６００、または６７５個のヌクレオチドによって分離されうる。

ＶＩＩＩ．Ｂ．１．総合的ＨＬＡペプチドシークエンシングのためのＭＳ検出限界の研究
ペプチドＹＶＹＶＡＤＶＡＡＫ（配列番号７７）を用いて、何が検出の限界かを、ＬＣカラム上にロードした様々な量のペプチドを用いて決定した。試験したペプチドの量は、１ｐｍｏｌ、１００ｆｍｏｌ、１０ｆｍｏｌ、１ｆｍｏｌ、及び１００ａｍｏｌであった。（表１）結果を図２４Ａ及び２４Ｂに示す。これらの結果は、検出の最低限界（ＬｏＤ）がアトモルの範囲（１０^－１８）にあること、ダイナミックレンジが５桁に及ぶこと、及び、シグナル対ノイズが、低いフェムトモル範囲（１０^－１５）でシークエンシングに充分であるように見えることを示す。

ＸＩＶ．Ｂ．抗原カセット設計の評価
ＸＩＶ．Ｂ．１．方法及び材料
ＴＣＲ及びカセット設計及びクローニング
選択されたＴＣＲは、Ａ＊０２０１により提示される場合にペプチドＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号７８）（ＰＤＢ番号５Ｄ２Ｎ）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（配列番号７９）（ＰＤＢ番号３ＲＥＶ）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（配列番号８０）（ＰＤＢ番号１ＯＧＡ）ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（配列番号８１）（ＰＤＢ番号１ＡＯ７）を認識する。２Ａペプチド連結ＴＣＲサブユニット（βに続きα）、ＥＭＣＶＩＲＥＳ、及び２Ａ連結ＣＤ８サブユニット（βに続きα及びプロマイシン耐性遺伝子）を含むトランスファーベクターを構築した。オープンリーディングフレーム配列は、コドン最適化され、ＧｅｎｅＡｒｔ社により合成されたものである。

インビトロエピトーププロセシング及び提示アッセイ
Ｔ２細胞はＴＣＲによる抗原認識を調べる目的で日常的に使用されている。Ｔ２細胞は、抗原プロセシング用のペプチドトランスポーターを欠失しており（ＴＡＰ欠損）、内因性のペプチドをＭＨＣ上に提示するために小胞体に取り込むことができない。しかしながら、Ｔ２細胞には外因性のペプチドを容易に取り込ませることができる。５種類のマーカーペプチド（ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号７８）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（配列番号７９）、ＧＬＣＴＬＶＡＭＬ（配列番号８２）、ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（配列番号８１）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（配列番号８０）及び２種類の無関係のペプチドＷＬＳＬＬＶＰＦＶ（配列番号８３）、ＦＬＬＴＲＩＣＴ（配列番号８４）をＴ２細胞に取り込ませた。簡単に述べると、Ｔ２細胞をカウントし、ＩＭＤＭ＋１％ＦＢＳｈｉで１×１０^６細胞／ｍＬに希釈した。各ペプチドは１０μｇペプチド／１×１０^６細胞となるように加えた。次いで細胞を３７℃で９０分間インキュベートした。細胞をＩＭＤＭ＋２０％ＦＢＳｈｉで２回洗浄し、５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬを９６ウェルＣｏｓｔａｒ組織培養プレートにプレーティングした。Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ ＴＣＲクローンをカウントし、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％ＦＢＳｈｉ中で５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬをＴ２細胞に加えた。プレートを３７℃、５％ＣＯ_２で一晩インキュベートした。次いでプレートを４００ｇで３分間遠心し、２０μＬの上清を白色平底Ｇｒｅｉｎｅｒプレートに取った。指示にしたがってＱＵＡＮＴＩ－Ｌｕｃ基質を調製し、５０μＬ／ウェルで加えた。ルシフェラーゼ発現をＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉＥ３ｘで読み取った。

ＸＩＶ．Ｂ．４．免疫原性及び毒性試験用の抗原カセットの設計
要約すると、モデルカセット評価による知見（図２～５、表２～６）によって、モデルワクチンカセットでは、アデノウイルスベースのベクターとの関連で約２０個のエピトープをコードする「数珠つなぎ」アプローチを用いた場合に強い免疫原性が得られることが実証された。エピトープは、両側にその天然の周辺ペプチド配列（例えば、両側に８個のアミノ酸残基）が隣接した最小のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープ（例えば、９個のアミノ酸残基）をそれぞれが埋め込んだ２５マー配列を連結することによって最も効果的にアセンブルされる。本明細書において使用される場合、「天然」または「自然」のフランキング配列とは、その由来源タンパク質内のそのエピトープの天然に存在するという文脈で特定のエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端側のフランキング配列のことを指す。例えば、ＨＣＭＶ ｐｐ６５ ＭＨＣ ＩのエピトープＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号７８）は、その５’末端側に天然の５’配列ＷＱＡＧＩＬＡＲ（配列番号８５）が、その３’末端側に天然の３’配列ＱＧＱＮＬＫＹＱ（配列番号８６）が隣接し、それによりＨＣＭＶ ｐｐ６５由来源タンパク質内にみられるＷＱＡＧＩＬＡＲＮＬＶＰＭＶＡＴＶＱＧＱＮＬＫＹＱ（配列番号８７）という２５マーペプチドを生成する。天然または自然の配列は、天然のフランキング配列（複数可）が隣接したエピトープをコードする核酸配列のことを指す場合もある。各２５マー配列は、それに続く２５マー配列に直接連結される。最小のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープがアミノ酸９個よりも大きいかまたは小さい場合、フランキングペプチドの長さは、全体の長さが依然２５マーのペプチド配列となるように調節することができる。例えば、アミノ酸１０個のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープには、アミノ酸８個とアミノ酸７個の配列を隣接させることができる。このコンカテマーの後には、ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞を刺激し、ワクチンカセット抗原の全体のインビボ免疫原性を改善するため（Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９４；Ｐａｎｉｎａ－Ｂｏｒｄｉｇｎｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８９）に含ませた２個の普遍的クラスＩＩ ＭＨＣエピトープを繋げた。これらのクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）によって最後のクラスＩエピトープに連結した。２個のクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）によって互いに対しても連結し、さらにＣ末端側にＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）を隣接させた。エピトープの位置もその数もＴ細胞の認識または応答に大きく影響しないようであった。ターゲティング配列も、カセットに由来する抗原の免疫原性に大きく影響しないようであった。

ＸＩＶ．Ｂ．５． 抗原カセットの設計ならびに３０個、４０個、及び５０個の抗原の評価
それぞれがアミノ酸２５個の長さである３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）、または５０個（ＸＸＬ）のエピトープを有する大きな抗原カセットを設計した。これらのエピトープは、腫瘍抗原を含む疾患抗原をモデル化するためのヒト、ＮＨＰ、及びマウスのエピトープの混合である。図２９に、異なる種からのエピトープの一般的な編成を示す。使用したモデル抗原は、ヒト、霊長類、及びマウスモデルについて表３２、３３、及び３４にそれぞれ記載されている。表３２、３３、及び３４のそれぞれは、エピトープの位置、名前、最小エピトープの記述、及びＭＨＣクラスを記載している。表３２は、列の順に、配列番号８０～８２、７８～７９、８８～１００、８７、及び１０１～１１１をそれぞれ開示する。表３３は、列の順に、配列番号１１２～１４１をそれぞれ開示する。表３４は、列の順に、配列番号７２、１４２～１４４、７３、１４５～１６１、７５～７６、及び１６２～１７７をそれぞれ開示する。

マウスを記載したように免疫して大きなカセットの有効性の評価を行った。Ｔ細胞応答を、エピトープＡＨ１（上のパネル）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２）（下のパネル）について、ＣｈＡｄＶ６８ベクターによる免疫後にＩＣＳ及びテトラマー染色することにより（それぞれ図３１／表３５及び図３２／表３６）、また、ｓｒＲＮＡベクターによる免疫後にＩＣＳ染色することにより（図３３／表３７）分析した。３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）、または５０個（ＸＸＬ）のエピトープを発現するＣｈＡｄＶ６８及びｓｒＲＮＡワクチンベクターを用いた免疫により、モデル疾患エピトープに対するＣＤ８＋免疫応答が誘導された。

ＸＶ．Ｂ．４．腫瘍モデルにおける免疫原性の評価
マウス腫瘍抗原を発現するＣ６８ベクターを、マウス免疫原性実験で評価して、Ｃ６８ベクターがＴ細胞応答を誘発することを実証する。ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２）に対するＴ細胞応答Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１－Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ１３：５２９－５３８）に対するＴ細胞応答をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。図１５に示されるように、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによるマウスの免疫後にコントロールに対して強いＴ細胞応答が測定された。脾細胞１０^６個当たり、８９５７個及び４０１９個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）の平均の細胞性免疫応答が、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系またはＢａｌｂ／ｃ系マウスをそれぞれＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫した場合に免疫の１０日後に観察された。

ｑＲＴ－ＰＣＲ
トランスフェクトした細胞をトランスフェクションの２時間後に新鮮な培地で洗い、新鮮な培地に交換してトランスフェクトしなかったｍＲＮＡをすべて除去した。次いで細胞を異なる時点でＲＬＴ ｐｌｕｓ ｌｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ社）中に収穫し、いずれも製造者のプロトコールにしたがってＱｉａＳｈｒｅｄｄｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用してホモジナイズし、ＲＮｅａｓｙ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用して抽出した。Ｎａｎｏｄｒｏｐ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）を使用して全ＲＮＡを定量した。製造者のプロトコールにしたがってｑＴｏｗｅｒ^３ （Ａｎａｌｙｔｉｋ Ｊｅｎａ）でＱｕａｎｔｉｔｅｃｔ Ｐｒｏｂｅ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ＰＣＲ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用し、反応当たり２０ｎｇの全ＲＮＡを使用してｑＲＴ－ＰＣＲを行った。各試料を各プローブについて三重に試験した。ＡｃｔｉｎまたはＧｕｓＢを参照遺伝子として用いた。カスタムプライマー／プローブはＩＤＴ社により生成されたものである（表８）。

ＸＶＩ．Ｂ．３．アルファウイルスベクター腫瘍モデルの評価
１つの実現形態において、ＶＥＥ ｓｒＲＮＡベクターがインビボで抗原特異的免疫応答を誘導するかを調べるため、２つの異なるＭＨＣクラスＩマウス腫瘍エピトープであるＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２）及びＡＨ１－Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：５２９－５３８）を発現するＶＥＥ ｓｒＲＮＡベクターを作製した（ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ，配列番号１４）。ＳＦＬ（ＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７２））エピトープは、Ｂ１６－ＯＶＡメラノーマ細胞株によって発現され、ＡＨ１－Ａ５（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（配列番号７３）；Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ）エピトープは、ＣＴ２６結腸癌細胞株によって発現される関連エピトープを標的とするＴ細胞を誘導する（ＡＨ１／ＳＰＳＹＶＹＨＱＦ（配列番号１９３）；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９３：９７３０－９７３５）。１つの例では、インビボ実験において、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ が、Ｔ７ポリメラーゼ（ＴｒｉＬｉｎｋ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用したインビトロ転写によって生成され、脂質ナノ粒子（ＭＣ３）に封入された。

Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー （「ＣｈＡｄＶ６８－ＣＭＶ－ＭＡＧ」；配列番号２；Ｅ４欠失またはＴＥＴ応答エレメントなし）またはＣｈＡｄＶ６８－Ｅ４ｄ－ＣＭＴ－ＭＡＧ （配列番号７１；Ｅ４欠失及びＣＭＴ ＴＥＴ応答エレメント［下記参照］）の１×１０^１２個（注射１回当たり、５×１０^１１ 個のウイルス粒子）のウイルス粒子を大腿四頭筋に両側筋肉注射して免疫した。アカゲザルに、注射日に５０ｍｇの抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）も皮下投与した。

特定の配列
本明細書で言及するベクター、カセット、及び抗体を以下に記載し、配列番号で呼ぶ。

Claims (30)

1. アデノウイルスベクターであって、
   アデノウイルスゲノムの１つ以上の遺伝子または調節配列を含むアデノウイルス骨格を含み、
   前記アデノウイルス骨格が、前記アデノウイルスゲノムに関して部分欠失Ｅ４遺伝子を含み、
   前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を含み、
   場合により、前記アデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが、
   （１）少なくとも１つのペイロード核酸配列であって、場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列がポリペプチドをコードし、場合により前記ポリペプチドが抗原を含み、場合により前記抗原が、
   （ａ）ＭＨＣクラスＩエピトープ、
   （ｂ）ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
   （ｃ）Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
   （ｄ）これらの組み合わせ
   を含み、
   場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、５’リンカー配列及び／または３’リンカー配列をさらに含む、
   前記少なくとも１つのペイロード核酸配列と、場合により、
   （２）前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、
   （３）場合により、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
   （４）場合により、少なくとも１つのＧＰＧＰＧコードリンカー配列（配列番号５６）と、
   （５）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化配列と
   を含む、前記アデノウイルスベクター。
2. 請求項１に記載のベクターであって、
   （ａ）部分欠失Ｅ４遺伝子が、部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を欠いていることを除いて、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列を含み、かつ
   （ｂ）アデノウイルスゲノムの１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列を含み、場合により、前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位反復配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、
   前記ベクター。
3. 改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含むチンパンジーアデノウイルスベクターであって、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列が、
   （ａ）部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を欠いていることを除く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列を含む部分欠失Ｅ４遺伝子と、
   （ｂ）配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列を含む、アデノウイルスゲノムの１つ以上の遺伝子または調節配列であって、場合により、前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位反復配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、前記１つ以上の遺伝子または調節配列と
   を含み、
   場合により、前記チンパンジーアデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが、少なくとも１つのペイロード核酸配列を含み、前記カセットが、前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列を含む、
   前記チンパンジーアデノウイルスベクター。
4. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、以下をコードする、請求項１～３のいずれか１項に記載のベクター：
   （ａ）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される、感染症生物ペプチド；
   （ｂ）前記コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を有するエピトープ；ならびに／または
   （ｃ）Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープを含むポリペプチド配列もしくはその部分であって、完全長タンパク質、タンパク質ドメイン、タンパク質サブユニット、もしくは抗体が結合できることが予測されるかもしくは知られている抗原性フラグメントを含む、ポリペプチド配列またはその部分。
5. 配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、以下を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載のベクター：
   Ａ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５；または
   Ｂ）（ｉ）配列番号１に示されるＥ１遺伝子における欠失に相当するヌクレオチド；及び／もしくは（ｉｉ）配列番号１に示されるＥ３遺伝子における欠失に相当するヌクレオチドを欠いていることを除く、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５。
6. 前記部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域が、配列番号１に示される配列の３４，９１６～３５，６４２の範囲のあたりのヌクレオチドの欠失である、請求項１～５のいずれか１項に記載のベクター。
7. 前記部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域が、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２の欠失である、請求項１～６のいずれか１項に記載のベクター。
8. 前記アデノウイルス骨格が、
   Ａ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当する配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８、
   Ｂ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当するヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていること、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８、
   Ｃ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当するヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていること、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８、または
   Ｄ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当するヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていること、ヌクレオチド５７７～３４０３を欠いていること、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８
   を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載のベクター。
9. 前記カセットが、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、前記カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてベクター中に挿入されている、請求項１～８のいずれか１項に記載のベクター。
10. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、エピトープへの抗原のプロセシングを受けることが可能なポリペプチド配列をコードしており、前記エピトープが、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩにより提示されることが知られているかまたは疑われており、前記細胞の表面が腫瘍細胞表面である、請求項１～９のいずれか１項に記載のベクター。
11. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列の１つ以上が、アミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする、任意の５’リンカー配列及び任意の３’リンカー配列を含むＭＨＣ Ｉエピトープコード核酸配列をコードする、請求項１～１０のいずれか１項に記載のベクター。
12. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なるペイロード核酸配列と連結されている、請求項１～１１のいずれか１項に記載のベクター。
13. 前記リンカーが、同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接する、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列を含む、請求項１２に記載のベクター。
14. 前記アデノウイルスベクターが、
    Ａ）改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、
    （ｉ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていることを除く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列を含む部分欠失Ｅ４遺伝子と、
    （ｉｉ）
    （１）配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５、または
    （２）ａ）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３、及び／もしくはｂ）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，９１５の３’である、前記ヌクレオチド２～３４，９１５と、
    （ｉｉｉ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が配列番号１に示される配列の前記ヌクレオチド３５，６４３の５’である、前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８と、
    を含む前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
    Ｂ）ＣＭＶ由来プロモーター配列と、
    Ｃ）ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、
    Ｄ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープであって、場合により、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、互いに直線的に連結された少なくとも２個の異なるＭＨＣクラスＩエピトープを含み、前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが場合により、
    （Ａ）コードされたペプチド配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更であって、前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープがアミノ酸７～１５個の長さである、前記少なくとも１つの変更、
    （Ｂ）アミノ酸２～２０個の長さであるペプチドをコードし、前記エピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする、天然の５’リンカー配列、
    （Ｃ）アミノ酸２～２０個の長さであるペプチドをコードし、前記エピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする、天然の３’リンカー配列、または
    （Ｄ）これらの組み合わせ
    を含む、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、
    （ｉｉ）少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープであって、場合により、少なくとも２個の異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
    （ｉｉｉ）Ｂ細胞応答を刺激することができる少なくとも１つのエピトープ、または
    （ｉｖ）これらの組み合わせ
    をコードする少なくとも１つのペイロード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットがＣｈＡｄＶ６８の欠失領域内に挿入され、前記ＣＭＶ由来プロモーター配列が前記カセットに機能的に連結されている、請求項１～１３のいずれか１項に記載のベクター。
15. アデノウイルスベクターを含む、がんを有する対象を治療するための免疫療法剤であって、
    前記アデノウイルスベクターが、アデノウイルスゲノムの１つ以上の遺伝子または調節配列を含むアデノウイルス骨格を含み、
    前記アデノウイルス骨格が、前記アデノウイルスゲノムに関して部分欠失Ｅ４遺伝子を含み、
    前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を含み、
    前記アデノウイルスベクターがカセットをさらに含み、前記カセットが、
    （１）少なくとも１つのペイロード核酸配列であって、場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列がポリペプチドをコードし、場合により前記ポリペプチドが抗原を含み、場合により前記抗原が、
    （ａ）ＭＨＣクラスＩエピトープ、
    （ｂ）ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
    （ｃ）Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、または
    （ｄ）これらの組み合わせ
    を含み、
    場合により前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、５’リンカー配列及び／または３’リンカー配列をさらに含む、
    前記少なくとも１つのペイロード核酸配列と、場合により、
    （２）前記少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、
    （３）場合により、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （４）場合により、少なくとも１つのＧＰＧＰＧコードリンカー配列（配列番号５６）と、
    （５）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化配列と
    を含む、前記免疫療法剤。
16. （ａ）前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を欠いていることを除いて、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列を含み、
    （ｂ）前記アデノウイルスゲノムの前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列を含み、場合により、前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位反復配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、
    請求項１５に記載の免疫療法剤。
17. 配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の前記１つ以上の遺伝子または調節配列が、以下を含む、請求項１６に記載の免疫療法剤：
    Ａ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５；または
    Ｂ）（ｉ）配列番号１に示されるＥ１遺伝子における欠失に相当するヌクレオチド；及び／もしくは（ｉｉ）配列番号１に示されるＥ３遺伝子における欠失に相当するヌクレオチドを欠いていることを除く、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５。
18. 前記部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域が、配列番号１に示される配列の３４，９１６～３５，６４２の範囲のあたりのヌクレオチドの欠失である、請求項１６または１７に記載の免疫療法剤。
19. 前記部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域、欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域が、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２の欠失である、請求項１６または１７に記載の免疫療法剤。
20. 前記アデノウイルス骨格が、
    Ａ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当する配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８、
    Ｂ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当するヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていること、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８、
    Ｃ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当するヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていること、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８、または
    Ｄ）部分欠失Ｅ４遺伝子に相当するヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていること、ヌクレオチド５７７～３４０３を欠いていること、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８
    を含む、請求項１６～１９のいずれか１項に記載の免疫療法剤。
21. 前記カセットが、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、前記カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてベクター中に挿入されている、請求項１５～２０のいずれか１項に記載の免疫療法剤。
22. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、エピトープへの抗原のプロセシングを受けることが可能なポリペプチド配列をコードしており、前記エピトープが、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩにより提示されることが知られているかまたは疑われており、前記細胞の表面が腫瘍細胞表面である、請求項１５～２１のいずれか１項に記載の免疫療法剤。
23. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、前記コードされたエピトープ配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更を有するエピトープをコードし、場合により、前記少なくとも１つの変更が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、請求項１５～２２のいずれか１項に記載の免疫療法剤。
24. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列の１つ以上が、アミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする、任意の５’リンカー配列及び任意の３’リンカー配列を含むＭＨＣ Ｉエピトープコード核酸配列をコードする、請求項１５～２３のいずれか１項に記載の免疫療法剤。
25. 前記少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なるペイロード核酸配列と連結されている、請求項１５～２４のいずれか１項に記載の免疫療法剤。
26. 前記リンカーが、同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接する、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列を含む、請求項２５に記載の免疫療法剤。
27. 第２のワクチン組成物と組み合わせて使用される、請求項１５～２６のいずれか１項に記載の免疫療法剤。
28. 前記第２のワクチン組成物が、少なくとも１つのペイロード核酸配列をコードする自己複製ＲＮＡ（ｓａｍＲＮＡ）ベクターを含む、請求項２７に記載の免疫療法剤。
29. 前記ｓａｍＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも１つのペイロード核酸配列が、請求項１５の少なくとも１つのペイロード核酸配列のうちの少なくとも１つと同じである、請求項２８に記載の免疫療法剤。
30. 前記アデノウイルスベクターが、
    Ａ）改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、
    （ｉ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いていることを除く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列を含む部分欠失Ｅ４遺伝子と、
    （ｉｉ）
    （１）配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５、または
    （２）ａ）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３、及び／もしくはｂ）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いていることを除く、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１５であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，９１５の３’である、前記ヌクレオチド２～３４，９１５と、
    （ｉｉｉ）配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８であって、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が配列番号１に示される配列の前記ヌクレオチド３５，６４３の５’である、前記ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８と、
    を含む前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
    Ｂ）ＣＭＶ由来プロモーター配列と、
    Ｃ）ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、
    Ｄ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープであって、場合により、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、互いに直線的に連結された少なくとも２個の異なるＭＨＣクラスＩエピトープを含み、前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが場合により、
    （Ａ）コードされたペプチド配列を野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変更であって、前記異なるＭＨＣクラスＩエピトープがアミノ酸７～１５個の長さである、前記少なくとも１つの変更、
    （Ｂ）アミノ酸２～２０個の長さであるペプチドをコードし、前記エピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする、天然の５’リンカー配列、
    （Ｃ）アミノ酸２～２０個の長さであるペプチドをコードし、前記エピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする、天然の３’リンカー配列、または
    （Ｄ）これらの組み合わせ
    を含む、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、
    （ｉｉ）少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープであって、場合により、少なくとも２個の異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープ、
    （ｉｉｉ）Ｂ細胞応答を刺激することができる少なくとも１つのエピトープ、または
    （ｉｖ）これらの組み合わせ
    をコードする少なくとも１つのペイロード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットがＣｈＡｄＶ６８の欠失領域内に挿入され、前記ＣＭＶ由来プロモーター配列が前記カセットに機能的に連結されている、請求項１５に記載の免疫療法剤。