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Claims (24)
- 抗原発現系を含む、抗原発現系を送達するための組成物であって、
前記抗原発現系が１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが以下を含む、前記組成物：
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つの腫瘍特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ａ）配列番号14915、23759、14913、23758、12976、13816、14183、14729、14730、14731、14732、14733、14914、18674、18675、18676、23760、23753、23755、23756、23757、23754、19850、14954、19749、19865、19976、19779、11495、14409、11855、4750、4818、5880、5785、5784、6631、5245、1454、1446、1423、5483、5504、5206、4864及び1433からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列、
（Ｂ）任意で５’リンカー配列、及び
（Ｃ）任意で３’リンカー配列
を含む、前記少なくとも１つの腫瘍特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）任意で、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）任意で、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）任意で、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列、または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセット。 - ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、配列番号14915、23759、14913、23758、12976、13816、14183、14729、14730、14731、14732、14733、14914、18674、18675、18676、23760、23753、23755、23756、23757または23754のＥＦＧＲ＿Ｌ８５８Ｒ ＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、請求項１に記載の組成物。
- ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、配列番号19850、14954、19749、19865、19976、19779、11495、14409または11855のＫＲＡＳ ＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、請求項１に記載の組成物。
- ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、配列番号4750、4818、5880、5785、5784、6631、5245、1454、1446、1423、5483、5504、5206、4864または1433のＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、請求項１に記載の組成物。
- 前記抗原カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’から３’にかけて、
Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
を含む式で説明され、
式中、
Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、
Ｎは、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｃ＝１であり、
Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
Ｘ＝1～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝０、１、または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列である、
請求項１～４のいずれか１項に記載の組成物。 - （a）各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である；かつ／または
（b）各Ｙについて、対応するＵ ｆ が、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である、
請求項５に記載の組成物。 - ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列（配列番号２９３５８）であり、
各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸２個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然の末端核酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸２個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクター骨格が、任意でＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または任意でベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含み、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、任意で、前記抗原コード核酸配列の少なくとも２個は、腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、
請求項５または６に記載の組成物。 - ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の組成物であって、任意で：
前記ナノ粒子状の送達ビヒクルが脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）であり、前記ＬＮＰがイオン化可能なアミノ脂質を任意で含み、任意で前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む；かつ／または
前記ナノ粒子状の送達ビヒクルが、前記抗原発現系を封入している、
組成物。 - 前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含み、任意で前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’７－メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを含む、かつ/もしくはインビトロ転写によって生成される；かつ/または
前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する；かつ/または
前記骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含み、任意で、
（a）前記骨格が、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、もしくは
（b）前記骨格が、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含み、任意で、
前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、もしくはこれらの組み合わせからなる群から選択される；かつ/または
前記骨格が構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしておらず、任意で前記抗原カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入されている；かつ/または
前記抗原カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、ならびに
任意で前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、
配列番号３もしくは配列番号５に記載の配列を含み、任意で塩基対７５４４と１１１７５との間に欠失をさらに含む、もしくは配列番号６もしくは配列番号７に記載の配列を含む、任意で
前記抗原カセットが、配列番号３もしくは配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、
請求項１～６または８のいずれか１項に記載の組成物。 - 前記骨格が、チンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含み、任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターが、ＣｈＡｄＶ６８ベクターである、請求項１～６、８、または９のいずれか１項に記載の組成物。
- 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズ、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズ、それぞれ２ｋｂのサイズ、もしくはそれぞれ５ｋｂ未満のサイズである；かつ／または
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、前記腫瘍細胞上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列もしくはその一部をコードする、
請求項１～１０のいずれか１項に記載の組成物。 - 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている；かつ／または
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって異なる抗原コード核酸配列と連結されており、任意で、
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩ配列もしくは１個のＭＨＣクラスＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩＩ配列と連結し、任意で前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個の長さの連続したグリシン残基（配列番号２９３５９）、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個の長さの連続したアラニン残基（配列番号２９３６０）、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）起源の同族タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、もしくは２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、もしくは
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列もしくは１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩ配列と連結し、任意で前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号５６）を含む；かつ／または
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つの配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、ならびに／もしくは免疫原性を高める、分離したもしくは連続した配列に機能的もしくは直接的に連結されており、任意で前記分離したもしくは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意でプロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、
請求項１～６または８～１１のいずれか１項に記載の組成物。 - 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、
少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個の核酸配列を含む；もしくは
少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、もしくは最大で４００個の核酸配列を含む；もしくは
少なくとも２～４００個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、前記腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列もしくはその一部をコードする；かつ／または
各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４もしくは３５個の長さのポリペプチド配列をコードする；かつ／または
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している；または前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつコードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含む；かつ／または
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、もしくは２０～４０個の長さである；かつ／または
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつ、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む；かつ／または
前記抗原カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている；かつ／または
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記抗原コード核酸配列と機能的に連結されている；かつ／または
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によってコードされた天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である；もしくは外因性のＲＮＡプロモーターである；かつ／または
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である；もしくは複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす；かつ／または
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性もしくは非誘導性である；かつ／または
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格に天然に存在する、もしくは前記骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列を含む；かつ／または
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている；かつ／または
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、もしくは少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチド（配列番号２９３６１）である、
請求項１～６または８～１２のいずれか１項に記載の組成物。 - 前記抗原カセットが、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクショナルエピトープ配列を含み、任意で、少なくとも１つの、もしくは各ジャンクショナルエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する；かつ／もしくは各ジャンクショナルエピトープ配列が、非自己である；かつ／または
前記抗原カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測され、任意で前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩもしくはクラスＩＩエピトープ配列が、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクショナルエピトープ配列である、
請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。 - 請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物であって、任意で
アジュバントをさらに含む；かつ／または
免疫調節物質をさらに含み、任意で前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、もしくは抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、
医薬組成物。 - 請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物の抗原カセットと、配列番号３または配列番号５の配列から得られる１つ以上の要素とを含む単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットであって、
任意で、前記１つ以上の要素が、非構造タンパク質媒介増幅に必要な配列、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列、ポリ（Ａ）配列、及び配列番号３または配列番号５に記載の配列のｎｓＰ１～４遺伝子からなる群から選択され、任意で、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡであり、任意で、
前記配列もしくは単離ヌクレオチド配列のセットが、配列番号６もしくは配列番号７に記載の配列の７５４４位に挿入された請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物の抗原カセットを含む；かつ／または
配列番号３もしくは配列番号５の配列から得られた前記１つ以上の要素の５’側に位置するＴ７もしくはＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターのヌクレオチド配列と、任意で、前記ポリ（Ａ）配列の３’側に位置する１つ以上の制限部位とをさらに含む、
前記単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセット。 - 請求項１６に記載のヌクレオチド配列を含むベクターまたはベクターのセット。
- 請求項１６に記載のヌクレオチド配列もしくは単離ヌクレオチド配列のセットまたは請求項１７に記載のベクターもしくはベクターのセットを含む単離細胞であって、任意で、前記細胞が、ＢＨＫ－２１、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはそのバリアント、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、前記単離細胞。
- 請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物と使用説明書とを含む、キット。
- 対象において免疫応答を誘導するための、請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物を含む医薬組成物または請求項１５に記載の医薬組成物；または
がんを有する対象を治療するための、請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物を含む医薬組成物または請求項１５に記載の医薬組成物であって、任意で、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、がんを有する前記対象の腫瘍に由来する、もしくはがんを有する前記対象の腫瘍に由来しない、医薬組成物。 - 前記対象が、前記ＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現し、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号14915、23759、14913、23758、12976、13816、14183、14729、14730、14731、14732、14733、14914、18674、18675、18676、23760、23753、23755、23756、23757、23754、19850、14954、19749、19865、19976、19779、11495、14409、11855、4750、4818、5880、5785、5784、6631、5245、1454、1446、1423、5483、5504、5206、4864及び1433からなる群から選択される；かつ／または
前記医薬組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、もしくは静脈内（ＩＶ）に投与される；かつ／または
前記医薬組成物が１つ以上の免疫調節物質と組み合わせて使用され、任意で、前記免疫調節物質が前記医薬組成物の投与前、投与と同時、もしくは投与後に投与される、任意で
前記１つ以上の免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、もしくは抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントからなる群から選択される；かつ／もしくは
前記免疫調節物質が、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、もしくは皮下（ＳＣ）に投与され、任意で前記皮下投与が、前記医薬組成物の投与部位の近くに、もしくは１つ以上のベクターもしくは組成物の流入領域リンパ節に近接して行われる；かつ／または
前記医薬組成物が第２のワクチン組成物と組み合わせて使用され、任意で、前記第２のワクチン組成物が、前記医薬組成物の投与の前もしくは後に投与される、もしくは前記第２のワクチン組成物が前記医薬組成物と同じである、
請求項２０に記載の医薬組成物。 - 請求項１～１４のいずれか１項に記載の１つ以上のベクターを製造する方法であって、
（ａ）前記骨格及び前記抗原カセットを含む直線化ＤＮＡ配列を得ることと、
（ｂ）前記直線化ＤＮＡ配列を、前記直線化ＤＮＡ配列をＲＮＡに転写するために必要なすべての成分を含んだインビトロ転写反応に加えることにより、前記直線化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、任意で、得られたＲＮＡに前記ｍ７ｇキャップをインビトロで加えることをさらに含む、前記インビトロ転写することと、
（ｃ）前記インビトロ転写反応から前記１つ以上のベクターを単離することと
を含み、
任意で、
前記直線化ＤＮＡ配列が、ＤＮＡプラスミド配列を直線化することにより、もしくはＰＣＲを用いた増幅により生成され、任意で、前記ＤＮＡプラスミド配列が、細菌組換え、もしくは全ゲノムＤＮＡ合成、もしくは細菌細胞内での合成ＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成、のうちの１つを用いて生成される；または
前記１つ以上のベクターを前記インビトロ転写反応から単離することが、フェノールクロロホルム抽出、シリカカラムを用いた精製、もしくは同様のＲＮＡ精製法のうちの１つ以上を含む、
前記方法。 - 任意で肺癌、マイクロサテライト安定性結腸癌、または膵癌であるがんを有する対象を評価する方法であって、
ａ）１）前記対象が、抗原ベースワクチンに含まれる抗原を提示することが予測されるまたは知られているＨＬＡアレルを有するかどうか、及び、
以下：
１）対象の腫瘍が前記抗原に関連した遺伝子を発現するかどうか、任意で、前記遺伝子が正常細胞または組織と比較して異常に発現しているかどうか、
２）前記対象の腫瘍が前記抗原に関連した変異を有するかどうか
の一方または両方
を判定する、または既に判定している工程と、
ｂ）前記（ａ）の結果から、前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現しており、かつ前記対象の腫瘍が前記遺伝子を発現している、かつ／または前記対象の腫瘍が前記変異を有する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であることを判定する、または既に判定している工程であって、
前記抗原が、配列番号14915、23759、14913、23758、12976、13816、14183、14729、14730、14731、14732、14733、14914、18674、18675、18676、23760、23753、23755、23756、23757、23754、19850、14954、19749、19865、19976、19779、11495、14409、11855、4750、4818、5880、5785、5784、6631、5245、1454、1446、1423、5483、5504、5206、4864及び1433からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、
前記工程と、
ｃ）任意で、対象への投与のための抗原ベースワクチンを調製する工程であって、前記抗原ベースワクチンが、
１）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列、または
３）請求項１～１４のいずれか１項に記載の抗原発現系のいずれか一つ
を含む、前記工程と
を含む、前記方法。 - ａ）前記対象が、
１）配列番号14915、23759、14913、23758、12976、13816、14183、14729、14730、14731、14732、14733、14914、18674、18675、18676、23760、23753、23755、23756、23757もしくは23754のEFGR_L858R MHCクラスＩエピトープ、
２）配列番号19850、14954、19749、19865、19976、19779、11495、14409もしくは11855のKRAS MHCクラスＩエピトープ、
３）配列番号4750、4818、5880、5785、5784、6631、5245、1454、1446、1423、5483、5504、5206、4864もしくは1433のMHCクラスＩエピトープ、または
４）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるもしくは知られているＨＬＡアレル
を発現するかを判定する、または既に判定している工程と、
ｂ）前記（ａ）の結果から、前記対象が、
１）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを発現し、かつ、
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるまたは知られている前記ＨＬＡアレルを発現する
場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であることを判定する、または既に判定している工程と、
ｃ）任意で、対象への投与のための前記抗原ベースワクチンを調製する工程であって、前記抗原ベースワクチンが、
１）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または、
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記工程と
を含む、請求項２３に記載の方法。
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