JPWO2020097393A5 - - Google Patents

Description

いくつかの態様で、カセットは、（ｉ）ポリペプチドコード核酸配列を含む少なくとも１つの核酸配列であって、前記ポリペプチドコード核酸配列が、抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列とを含む、前記少なくとも１つの核酸配列、（ｉｉ）任意で、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列、（ｉｉｉ）任意で、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列、（ｉｖ）任意で、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び（ｖ）任意で、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列であって、前記第２のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたはアルファウイルスにとって外因性ポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様では、カセットの各要素の順番に並べられた配列は、５’から３’方向へ、式：
Ｐ_ａ－（Ｌ５_ｂ－Ｎ_ｃ－Ｌ３_ｄ）_Ｘ－（Ｇ５_ｅ－Ｕ_ｆ）_Ｙ－Ｇ３_ｇ
で記載され、
式中、Ｐは第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここでａ＝０または１であり、Ｎは、エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここでｃ＝１であり、Ｌ５は５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、Ｌ３は３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、Ｕは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、かつＹ＝０、１または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵｆは、エピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｘについて、対応するＮ_ｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列は、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣ Ｉエピトープの天然の末端核酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列）のそれぞれであり、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、配列番号６に記載の配列であり、かつＭＨＣクラスＩ新生抗原コード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする。

いくつかの態様では、各ポリペプチドコード核酸配列は、リンカーをコードする核酸配列によって、異なるポリペプチドコード核酸配列と連結されている。いくつかの態様で、ポリペプチドコード核酸配列は抗原コード核酸配列であり、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列に連結する。いくつかの態様において、リンカーは、（１）少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０残基の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０残基の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアーゼによって効率的にプロセシングされる、アミノ酸残基少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）起源となる同族タンパク質に由来する抗原に隣接し、アミノ酸残基少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さである、１つ以上の天然配列、からなる群から選択される。いくつかの態様で、ポリペプチドコード核酸配列は抗原コード核酸配列であり、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列に連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号５６）を含む。

いくつかの態様で、方法は、対象に第２のワクチン組成物を投与することを更に含む。いくつかの態様で、第２のワクチン組成物は、発現システム及び/もしくはＩ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を送達するための組成物またはその医薬組成物の投与に先立って投与される。いくつかの態様で、第２のワクチン組成物は、発現システム及び/もしくはＩ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を送達するための組成物またはその医薬組成物の投与に続いて投与される。いくつかの態様で、第２のワクチン組成物は、発現システムを送達するための組成物またはその医薬組成物と同じである。いくつかの態様で、第２のワクチン組成物は、発現システムを送達するための組成物またはその医薬組成物とは異なる。いくつかの態様では、第２のワクチン組成物は、少なくとも１つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含む。いくつかの態様では、チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる抗原コード核酸配列は、前述の方法クレームのいずれかの抗原コード核酸配列と同じである。いくつかの態様で、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子、またはその医薬組成物の第２の投与は、第２のワクチン組成物の投与の前、前記投与と同時、または前記投与の後に行われる。
[本発明1001]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記方法が、発現システムを送達するための組成物を前記対象に投与することと、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を前記対象に投与することとを含み、
ここで、前記発現システムを送達するための前記組成物が前記発現システムを含み、
前記発現システムが、1つ以上のベクターを含み、
前記1つ以上のベクターが、
（ａ）（ｉ）少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも1つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、ＲＮＡアルファウイルス骨格、ならびに
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも1つの核酸配列であって、任意で前記少なくとも1つの核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列、
ｂ．任意で5’リンカー配列、及び
ｃ．任意で3’リンカー配列
を含む、前記少なくとも1つの核酸配列と、
（ｉｉ）任意で、前記少なくとも1つの核酸配列に機能的に連結された第2のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）任意で、少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列であって、前記第2のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたはアルファウイルスにとって外因性ポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセット
を含む、前記方法。
[本発明1002]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記方法が、発現システムを送達するための組成物を前記対象に投与することと、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を前記対象に投与することとを含み、
ここで、前記発現システムを送達するための前記組成物が前記発現システムを含み、
前記発現システムが、1つ以上のベクターを含み、
前記1つ以上のベクターが、
（ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格が配列番号6に記載の核酸配列を含み、ＲＮＡアルファウイルス骨格配列が26Ｓプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含み、前記26Ｓプロモーター配列がＲＮＡアルファウイルス骨格にとって内因性であり、前記ポリ（Ａ）配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格にとって内因性である、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格、ならびに
（ｂ）前記26Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれたカセットであって、前記カセットが前記26Ｓプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結されており、前記カセットが、少なくとも1つの核酸配列を含み、任意で前記少なくとも1つの核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列と、
ｂ．任意で5’リンカー配列と、
ｃ．任意で3’リンカー配列と
を含む、前記カセット
を含み、
ここで、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が抗ＩＦＮαβ受容体(ＩＦＮＡＲ)遮断抗体を含む、前記方法。
[本発明1003]
前記少なくとも1つの核酸配列が前記ポリペプチドコード核酸配列を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
前記ポリペプチドコード核酸配列が前記抗原コード核酸配列をコードする、本発明1003の方法。
[本発明1005]
前記抗原コード核酸配列が前記エピトープコード核酸配列である、本発明1004の方法。
[本発明1006]
前記抗原コード核酸配列が、コードされた前記エピトープへの抗原プロセシングを受けることが可能なポリペプチド配列をコードする、本発明1004の方法。
[本発明1007]
前記エピトープコード核酸配列が、細胞の表面上にＭＨＣクラスＩによって提示されることが知られているまたは疑われているエピトープをコードし、任意で前記細胞の表面が腫瘍細胞表面または感染細胞表面であり、任意で前記細胞が前記対象の細胞である、本発明1004～1007のいずれかの方法。
[本発明1008]
細胞が、肺癌、メラノーマ、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌、胃癌、結腸癌、精巣癌、頭頸部癌、膵臓癌、脳癌、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺癌、及び小細胞肺癌からなる群から選択される腫瘍細胞である、または
細胞が、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される感染細胞である、
本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記ウイルス感染細胞がＨＩＶ感染細胞である、本発明1008の方法。
[本発明1010]
前記ポリペプチドコード核酸配列が完全長タンパク質またはその機能的部分をコードする、本発明1003の方法。
[本発明1011]
前記完全長タンパク質またはその機能的部分が、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、及びゲノム編集システムヌクレアーゼからなる群から選択される、本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記少なくとも1つの核酸配列が非コード核酸配列を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1013]
前記非コード核酸配列が、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチドまたはゲノム編集システムポリヌクレオチドである、本発明1012の方法。
[本発明1014]
前記カセットが、
（ｉ）前記ポリペプチドコード核酸配列を含む少なくとも1つの核酸配列であって、前記ポリペプチコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列と、
ｂ．任意で5’リンカー配列と、
ｃ．任意で3’リンカー配列と
を含む、前記少なくとも1つの核酸配列、
（ｉｉ）任意で、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第2のプロモーターヌクレオチド配列、
（ｉｉｉ）任意で、少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列、
（ｉｖ）任意で、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号56）をコードする少なくとも1つの核酸配列、及び
（ｖ）任意で、少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列であって、前記第2のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたは前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1015]
前記カセットの各要素の順番に並べられた配列が、5’から3’方向へ、式：

で記載され、
式中、Ｐは前記第2のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここでａ＝0または1であり、
Ｎは前記エピトープコード核酸配列のうちの1つを含み、前記エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここでｃ＝1であり、
Ｌ5は前記5’リンカー配列を含み、ここでｂ＝0または1であり、
Ｌ3は前記3’リンカー配列を含み、ここでｄ＝0または1であり、
Ｇ5は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも1つの核酸配列のうちの1つを含み、ここでｅ＝0または1であり、
Ｇ3は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも1つの核酸配列のうちの1つを含み、ここでｇ＝0または1であり、
Ｕは、前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの1つを含み、ここでｆ＝1であり、
Ｘ＝1～400であり、ここで各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、かつ
Ｙ＝0、1、または2であり、ここで各Ｙについて、対応するＵｆは、エピトープコード核酸配列である、
本発明1014の方法。
[本発明1016]
各Ｘについて、前記対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、本発明1015の方法。
[本発明1017]
各Ｙについて、前記対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、本発明1015または1016の方法。
[本発明1018]
ａ＝0、ｂ＝1、ｄ＝1、ｅ＝1、ｇ＝1、ｈ＝1、Ｘ＝20、Ｙ＝2であり、
前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる単一の26Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
前記少なくとも1つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる少なくとも100個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、
各Ｎが、アミノ酸7～15個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ5が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の5’リンカー配列であり、前記5’リンカー配列が、少なくともアミノ酸3個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ3が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の3’リンカー配列であり、前記3’リンカー配列が、少なくともアミノ酸3個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号6に記載の配列であり、かつ
前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸13個から25個の間の長さのポリペプチドをコードする、
本発明1015～1017のいずれかの方法。
[本発明1019]
前記発現システムを送達するための前記組成物がナノ粒子状送達ビヒクルを更に含む、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1020]
前記ナノ粒子状送達ビヒクルが脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、本発明1019の方法。
[本発明1021]
前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質を含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ3様（ジリノレイルメチル－4－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記ナノ粒子状送達ビヒクルが前記発現システムを封入する、本発明1019～1022のいずれかの方法。
[本発明1024]
前記ナノ粒子状送達ビヒクルが約100ｎｍの直径を有する、本発明1019～1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、ＩＦＮα阻害因子、ＩＦＮβ阻害因子、ＩＦＮＡＲ阻害因子、及びＩ型インターフェロンシグナル伝達経路阻害因子からなる群から選択される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1026]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達経路の前記阻害因子が、抗体またはその抗原結合フラグメント、低分子阻害因子、ＲＮＡｉポリヌクレオチド、ゲノム編集システム、及びＦｃ融合タンパク質からなる群から選択される、本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記抗体が、抗ＩＦＮα抗体、抗ＩＦＮβ抗体、抗ＩＦＮαβ受容体（ＩＦＮＡＲ）遮断抗体からなる群から選択される、本発明1026の方法。
[本発明1028]
前記抗ＩＦＮα抗体が、シファリムマブ（Ｓｉｆａｌｕｍｕｍａｂ）、ロンタリズマブ、及びＡＳＧ－009からなる群から選択される、本発明1027の方法。
[本発明1029]
前記抗ＩＦＮＡＲ遮断抗体が、ＭＡＲ1－5Ａ3、アニフロルマブ、ＡｍＳ3Ａ5－1、64Ｇ12、Ｈ2Ｋ6、Ｈ2Ｋ1、Ｈ3Ｋ6、Ｈ3Ｋ1 3Ｆ11、4Ｇ5、11Ｅ2、及び9Ｄ4からなる群から選択される、本発明1027の方法。
[本発明1030]
前記Ｉ型インターフェロンシグナル伝達経路阻害因子がＪＡＫキナーゼ阻害因子を含む、本発明1025の方法。
[本発明1031]
前記ＪＡＫキナーゼ阻害因子が低分子を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
前記ＪＡＫキナーゼ阻害因子がＪＡＫ1／2阻害因子またはＪＡＫ1／3阻害因子を含む、本発明1030または1031の方法。
[本発明1033]
前記ＪＡＫ1／3阻害因子がトファシチニブである、本発明1032の方法。
[本発明1034]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記発現システムを送達するための前記組成物の投与の前、前記投与と同時に、または前記投与の後に投与される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1035]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記発現システムを送達するための前記組成物の投与前24時間以内に投与される、本発明1034の方法。
[本発明1036]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記発現システムの送達のための前記組成物の投与後12時間未満に投与される、本発明1034の方法。
[本発明1037]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記発現システムを送達するための前記組成物の投与後6時間以内に投与される、本発明1034の方法。
[本発明1038]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記発現システムを送達するための前記組成物の投与前24時間から投与後6時間以内の間に投与される、本発明1034の方法。
[本発明1039]
前記発現システムを送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）に投与される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1040]
前記発現システムを送達するための前記組成物が筋肉内（ＩＭ）に投与される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1041]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）に投与される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1042]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が筋肉内（ＩＭ）に投与される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1043]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が静脈内（ＩＶ）に投与される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1044]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子の単回投与が行われる、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1045]
前記カセットが、前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも1つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、本発明1001、1003～1017、または1019～1044のいずれかの方法。
[本発明1046]
前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列が前記カセットと機能的に連結されている、本発明1001、1003～1017、または1019～1045のいずれかの方法。
[本発明1047]
前記1つ以上のベクターが、1つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、本発明1001、1003～1017、または1019～1046のいずれかの方法。
[本発明1048]
前記1つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが5’7－メチルグアノシン（ｍ7Ｇ）キャップを含む、本発明1047の方法。
[本発明1049]
前記1つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターがインビトロ転写によって生成される、本発明1047または1048の方法。
[本発明1050]
前記1つ以上のベクターが哺乳動物細胞内で自己複製する、本発明1001、1003～1017、または1019～1049のいずれかの方法。
[本発明1051]
前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラ（Ａｕｒａ）ウイルス、フォートモルガン（Ｆｏｒｔ Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも1つのヌクレオチド配列を含む、本発明1001、1003～1017、または1019～1050のいずれかの方法。
[本発明1052]
前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも1つのヌクレオチド配列を含む、本発明1001、1003～1017、または1019～1050のいずれかの方法。
[本発明1053]
前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、
アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、26Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質1（ｎｓＰ1）遺伝子、ｎｓＰ2遺伝子、ｎｓＰ3遺伝子、及びｎｓＰ4遺伝子
を少なくとも含む、本発明1051または1052の方法。
[本発明1054]
前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、
アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、26Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列
を少なくとも含む、本発明1051または1052の方法。
[本発明1055]
非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス5’ＵＴＲ、51ｎｔのＣＳＥ、24ｎｔのＣＳＥ、26Ｓサブゲノムプロモーター配列、19ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス3’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、本発明1053または1054の方法。
[本発明1056]
前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が構造ビリオンタンパク質カプシドＥ2及びＥ1をコードしていない、本発明1053～1055のいずれかの方法。
[本発明1057]
前記カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入されている、本発明1056の方法。
[本発明1058]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号3または配列番号5に記載の配列を含む、本発明1051または1052の方法。
[本発明1059]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対7544と11175との間の欠失を更に含む配列番号3または配列番号5の配列を含む、本発明1051または1052の方法。
[本発明1060]
前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号6または配列番号7に記載の配列を含む、本発明1059の方法。
[本発明1061]
前記カセットが、配列番号3または配列番号5の配列に記載される塩基対7544と11175との間の前記欠失を置換するように7544位に挿入されている、本発明1059または1060の方法。
[本発明1062]
前記カセットの挿入が、ｎｓＰ1～4遺伝子と前記少なくとも1つの核酸配列とを含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ1～4遺伝子及び前記少なくとも1つの核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内に存在する、本発明1057～1061のいずれかの方法。
[本発明1063]
前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によってコードされた天然の26Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、本発明1001、1003～1017、または1019～1062のいずれかの方法。
[本発明1064]
前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列が外因性ＲＮＡプロモーターである、本発明1001、1003～1017、または1019～1062のいずれかの方法。
[本発明1065]
前記第2のプロモーターヌクレオチド配列が26Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、本発明1001、1003～1017、または1019～1064のいずれかの方法。
[本発明1066]
前記第2のプロモーターヌクレオチド配列が、複数の26Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各26Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの1つ以上の転写をもたらす、本発明1001、1003～1017、または1019～1064のいずれかの方法。
[本発明1067]
前記1つ以上のベクターがそれぞれ少なくとも300ｎｔのサイズである、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1068]
前記1つ以上のベクターがそれぞれ少なくとも1ｋｂのサイズである、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1069]
前記1つ以上のベクターがそれぞれ2ｋｂのサイズである、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1070]
前記1つ以上のベクターがそれぞれ5ｋｂ未満のサイズである、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1071]
前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも1つが、発現されかつ翻訳された場合に前記対象の細胞上にＭＨＣクラスＩによって提示されることが可能なエピトープをコードする、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1072]
前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも1つが、発現されかつ翻訳された場合に前記対象の細胞上にＭＨＣクラスＩＩによって提示されることが可能なエピトープをコードする、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1073]
前記少なくとも1つの核酸配列が、2つ以上の核酸配列を含む、本発明1001～1017または1019～1072のいずれかの方法。
[本発明1074]
前記少なくとも1つの核酸配列が、2つ以上のポリペプチドコード核酸配列を含む、本発明1001～1017または1019～1072のいずれかの方法。
[本発明1075]
各ポリペプチドコード核酸配列が互いに直接連結されている、本発明1074の方法。
[本発明1076]
各ポリペプチドコード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって、異なるポリペプチドコード核酸配列と連結されている、本発明1001～1017または1019～1075のいずれかの方法。
[本発明1077]
前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記リンカーが、2個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または1個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列に連結している、本発明1076の方法。
[本発明1078]
前記リンカーが、
（1）少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、または10残基の長さの連続したグリシン残基、（2）少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、または10残基の長さの連続したアラニン残基、（3）2個のアルギニン残基（ＲＲ）、（4）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（5）哺乳動物プロテアーゼによって効率的にプロセシングされる、アミノ酸残基少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の長さのコンセンサス配列、及び（6）起源となる同族タンパク質に由来する抗原に隣接し、アミノ酸残基少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、または2～20個の長さである、1つ以上の天然配列
からなる群から選択される、本発明1077の方法。
[本発明1079]
前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記リンカーが、2個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または1個のＭＨＣクラスＩＩ配列を、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列に連結している、本発明1076の方法。
[本発明1080]
前記リンカーが配列ＧＰＧＰＧを含む、本発明1079の方法。
[本発明1081]
前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、ここで、前記抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング、及び提示、ならびに／または免疫原性を増強する、分離したまたは連続した配列に、前記抗原コード核酸配列が機能的にまたは直接連結されている、本発明1001～1017または1019～1080のいずれかの方法。
[本発明1082]
前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティングを向上させるように改変されたユビキチン配列（例えば、76位にＧｌｙからＡｌａへの置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－1、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも1つを含み、任意で、プロテアソームターゲティングを向上させるように改変された前記ユビキチン配列がＡ76である、本発明1081の方法。
[本発明1083]
前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を含み、前記変更によって、翻訳された対応する前記野生型核酸配列と比較して、コードされた前記エピトープがその対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性を有する、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1084]
前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を含み、前記変更によって、翻訳された対応する前記野生型核酸配列と比較して、コードされた前記エピトープがその対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性を有する、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1085]
前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を含み、前記変更によって、翻訳された対応する前記野生型核酸配列と比較して、コードされた前記エピトープがその対応するＭＨＣアレル上の提示の増大した可能性を有する、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1086]
前記少なくとも1つの変更が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、または、プロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1087]
前記対象が、がんを有するとわかっているまたは疑われている、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1088]
前記免疫応答を刺激することにより前記がんが治療される、本発明1087の方法。
[本発明1089]
前記がんが、肺癌、メラノーマ、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌、胃癌、結腸癌、精巣癌、頭頸部癌、膵臓癌、膀胱癌、脳癌、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺癌、及び小細胞肺癌からなる群から選択される、本発明1087または1088の方法。
[本発明1090]
前記対象が、1つ以上の腫瘍を有する、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1091]
前記免疫応答を刺激することにより、前記1つ以上の腫瘍の腫瘍体積が減少する、本発明1090の方法。
[本発明1092]
前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも2～10個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個の核酸配列を含み、任意で、各核酸配列が、異なる非コード核酸配列、異なるポリペプチドコード核酸配列、またはそれらの組み合わせをコードする、本発明1001～1017または1019～1091のいずれかの方法。
[本発明1093]
前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも11～20個、15～20個、11～100個、11～200個、11～300個、11～400個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、または最大で400個の核酸配列を含み、任意で、各核酸配列が、異なる非コード核酸配列、異なるポリペプチドコード核酸配列、またはそれらの組み合わせをコードする、本発明1001～1017または1019～1091のいずれかの方法。
[本発明1094]
前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも2～10個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個のポリペプチドコード核酸配列を含む、本発明1001～1017または1019～1091のいずれかの方法。
[本発明1095]
前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも11～20個、15～20個、11～100個、11～200個、11～300個、11～400個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、または最大で400個のポリペプチドコード核酸配列を含む、本発明1001～1017または1019～1091のいずれかの方法。
[本発明1096]
前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも2～10個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個の抗原コード核酸配列を含む、本発明1001～1017または1019～1091のいずれかの方法。
[本発明1097]
前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも11～20個、15～20個、11～100個、11～200個、11～300個、11～400個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、または最大で400個の抗原コード核酸配列を含む、本発明1001～1017または1019～1091のいずれかの方法。
[本発明1098]
前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも2～400個の抗原コード核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも2個が、細胞表面上にＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明1001～1017または1019～1091のいずれかの方法。
[本発明1099]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも2つが、前記腫瘍細胞表面上にＭＨＣクラスＩによって提示される、本発明1018の方法。
[本発明1100]
前記対象に投与され、かつ翻訳された場合に、前記エピトープコード核酸配列によってコードされた前記エピトープのうちの少なくとも1つが、抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記細胞表面上に前記エピトープのうちの少なくとも1つを提示する細胞を標的とする免疫応答が生じる、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1101]
前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列またはＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記対象に投与され、かつ翻訳された場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープまたはＭＨＣクラスＩＩエピトープのうちの少なくとも1つが抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記細胞表面上に前記エピトープのうちの少なくとも1つを提示する細胞を標的とする免疫応答をもたらし、任意で前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列及び／またはＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のそれぞれについての発現が、前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列によって駆動される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1102]
前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸8個から35個の間の長さ、任意で、アミノ酸9～17個、9～25個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、31個、32個、33個、34個、または35個の長さのポリペプチド配列をコードする、本発明1001～1017または1019～1101のいずれかの方法。
[本発明1103]
前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、本発明1014～1017または1019～1102のいずれかの方法。
[本発明1104]
前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、かつ少なくとも1つの変更を含む少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記変更が、前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた前記対応するペプチド配列とは異なるものにする、本発明1014～1017または1019～1102のいずれかの方法。
[本発明1105]
前記エピトープコード核酸配列が、1つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸12～20個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、または20～40個の長さのポリペプチド配列をコードする、本発明1001～1017または1019～1104のいずれかの方法。
[本発明1106]
前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、少なくとも1つの前記ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、少なくとも1つの前記ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも1つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも1つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥのうちの少なくとも1つを含む、本発明1001～1017または1019～1105のいずれかの方法。
[本発明1107]
前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第2のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、本発明1001、1003～1017、または1019～1106のいずれかの方法。
[本発明1108]
前記少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第2のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、本発明1001、1003～1017、または1019～1106のいずれかの方法。
[本発明1109]
前記少なくとも1つのポリ（Ａ）配列が、前記アルファウイルスに固有のポリ（Ａ）配列を含む、本発明1001、1003～1017、または1019～1108のいずれかの方法。
[本発明1110]
前記少なくとも1つのポリ（Ａ）配列が、前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列を含む、本発明1001、1003～1017、または1019～1108のいずれかの方法。
[本発明1111]
前記少なくとも1つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも1つの核酸配列のうちの少なくとも1つと機能的に連結されている、本発明1001、1003～1017、または1019～1110のいずれかの方法。
[本発明1112]
前記少なくとも1つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも20個、少なくとも30個、少なくとも40個、少なくとも50個、少なくとも60個、少なくとも70個、少なくとも80個、または少なくとも90個の連続したＡヌクレオチドである、本発明1001、1003～1017、または1019～1111のいずれかの方法。
[本発明1113]
前記少なくとも1つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも100個の連続したＡヌクレオチドである、本発明1001、1003～1017、または1019～1111のいずれかの方法。
[本発明1114]
前記カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、2Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、もしくは翻訳効率を向上させることが知られており前記少なくとも1つの核酸配列のうちの少なくとも1つに機能的に連結されている5’もしくは3’非コード領域内の配列のうちの少なくとも1つを更に含む、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1115]
前記カセットがレポーター遺伝子を更に含み、前記レポーター遺伝子が、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰバリアント、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼバリアント、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むが、これらに限定されない、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1116]
前記検出可能なペプチドまたはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ5タグからなる群から選択される、本発明1115の方法。
[本発明1117]
前記1つ以上のベクターが、少なくとも1つの免疫調節物質をコードする1つ以上の核酸配列を更に含む、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1118]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ4抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗4－1ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－40抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明1117の方法。
[本発明1119]
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性抗体もしくは一緒に連結された多重特異性抗体としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、フレキシブルなリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である、本発明1118の方法。
[本発明1120]
抗体の重鎖配列と軽鎖配列とが、2ＡもしくはＩＲＥＳなどの自己切断配列によって分離された連続的配列であるか、または抗体の重鎖配列と軽鎖配列とが、連続したグリシン残基などのフレキシブルなリンカーによって連結されている、本発明1118または1119の方法。
[本発明1121]
前記免疫調節物質がサイトカインである、本発明1117の方法。
[本発明1122]
前記サイトカインが、ＩＬ－2、ＩＬ－7、ＩＬ－12、ＩＬ－15、もしくはＩＬ－21、またはそれぞれのそれらのバリアントのうちの少なくとも1つである、本発明1121の方法。
[本発明1123]
前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、
（ａ）腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも1つを取得する工程であって、腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、1セットのエピトープのそれぞれについてのペプチド配列を表すデータを取得するために使用される、前記取得する工程と、
（ｂ）各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力して、前記腫瘍の腫瘍細胞表面上に前記ＭＨＣアレルのうちの1つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される1セットの数値的尤度を生成する工程であって、前記セットの数値的尤度が、受け取った質量分析データに少なくとも基づいて同定されている、前記生成する工程と、
（ｃ）前記セットのエピトープのサブセットを、前記セットの数値的尤度に基づいて選択して、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択された1セットのエピトープを生成する工程と
を行うことによって選択される、本発明1001～1017または1019～1122のいずれかの方法。
[本発明1124]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（ａ）腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも1つを取得する工程であって、腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、1セットのエピトープのそれぞれについてのペプチド配列を表すデータを取得するために使用される、前記取得する工程と、
（ｂ）各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力して、前記腫瘍の腫瘍細胞表面上に前記ＭＨＣアレルのうちの1つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される1セットの数値的尤度を生成する工程であって、前記セットの数値的尤度が、受け取った質量分析データに少なくとも基づいて同定されている、前記生成する工程と、
（ｃ）前記セットのエピトープのサブセットを、前記セットの数値的尤度に基づいて選択して、1セットの選択されたエピトープを生成する工程であって、前記選択されたエピトープが、少なくとも20個の前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる、前記生成する工程と
を行うことによって選択される、本発明1018の方法。
[本発明1125]
前記セットの選択されたエピトープの数が2～20個である、本発明1123の方法。
[本発明1126]
前記提示モデルが、
（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の1つとペプチド配列の特定の位置における特定のアミノ酸とのペアの存在と、
（ｂ）前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の、前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの特定の1つによる前記腫瘍細胞表面上の提示の尤度と
の間の依存性を表す、本発明1123～1125のいずれかの方法。
[本発明1127]
前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較して前記腫瘍細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、本発明1123～1126のいずれかの方法。
[本発明1128]
前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較して前記対象において腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、本発明1123～1127のいずれかの方法。
[本発明1129]
前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較してプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、本発明1123～1128のいずれかの方法。
[本発明1130]
前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較して中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害を受けやすい尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、本発明1123～1129のいずれかの方法。
[本発明1131]
前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較して前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、本発明1123～1130のいずれかの方法。
[本発明1132]
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、本発明1123～1131のいずれかの方法。
[本発明1133]
前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の超並列シークエンシング手法である、本発明1132の方法。
[本発明1134]
前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1135]
少なくとも1つのジャンクションエピトープ配列または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して500ｎＭよりも高い親和性を有する、本発明1134の方法。
[本発明1136]
各ジャンクションエピトープ配列が非自己である、本発明1134または1135の方法。
[本発明1137]
前記カセットが、翻訳される野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1138]
予測された前記非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、本発明1137の方法。
[本発明1139]
前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づく、本発明1134～1138の方法。
[本発明1140]
前記カセット内の前記抗原コード核酸配列の順序が、
（ａ）異なる順序の前記抗原コード核酸配列に対応する1セットの候補カセット配列を生成することと、
（ｂ）各候補カセット配列について、前記候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定することと、
（ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、ワクチン用の前記カセット配列として選択することと
を含む一連の工程によって決定される、本発明1134～1139のいずれかの方法。
[本発明1141]
前記発現システム及び／またはＩ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子を送達するための前記組成物が、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物中に製剤化される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1142]
アジュバントを投与することを更に含む、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1143]
先行する方法クレームのいずれかの発現システム及びＩ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を送達するための組成物と、使用のための指示書とを含む、キット。
[本発明1144]
得られた前記エピトープコード核酸配列が前記対象の腫瘍に由来する、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1145]
前記エピトープコード核酸配列が前記対象の腫瘍に由来しない、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1146]
前記方法が、1つ以上の免疫調節物質を投与することを更に含み、任意で、前記免疫調節物質が、前記発現システム及び／もしくはＩ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子を送達するための前記組成物またはその医薬組成物の投与の前、前記投与と同時に、または前記投与の後に投与される、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1147]
前記1つ以上の免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ4抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗4－1ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－40抗体もしくはその抗原結合フラグメントからなる群から選択される、本発明1146の方法。
[本発明1148]
前記免疫調節物質が、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、本発明1146または1147の方法。
[本発明1149]
前記皮下投与が、前記発現システム投与部位の近傍部位での投与、または前記発現システムのための1つ以上の流入領域リンパ節に近接した投与である、本発明1148の方法。
[本発明1150]
前記対象に第2のワクチン組成物を投与することを更に含む、先行する本発明のいずれかの方法。
[本発明1151]
前記第2のワクチン組成物が、前記発現システム及び/もしくはＩ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子を送達するための前記組成物またはその医薬組成物の投与に先立って投与される、本発明1150の方法。
[本発明1152]
前記第2のワクチン組成物が、前記発現システム及び/もしくはＩ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子を送達するための前記組成物またはその医薬組成物の投与に続いて投与される、本発明1150の方法。
[本発明1153]
前記第2のワクチン組成物が、前記発現システム送達のための前記組成物またはその医薬組成物と同じである、本発明1150～1152のいずれかの方法。
[本発明1154]
前記第2のワクチン組成物が、前記発現システムを送達するための前記組成物またはその医薬組成物とは異なる、本発明1150～1152のいずれかの方法。
[本発明1155]
前記第2のワクチン組成物が、少なくとも1つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、本発明1154の方法。
[本発明1156]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が、先行する方法クレームのいずれかの抗原コード核酸配列と同じである、本発明1155の方法。
[本発明1157]
Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子またはその医薬組成物の第2の投与が、前記第2のワクチン組成物の投与の前、前記投与と同時、または前記投与の後に行われる、本発明1150～1156のいずれかの方法。
[本発明1158]
がんを有する対象を治療するための方法であって、
前記方法が、発現システムを送達するための治療上有効な量の組成物を前記対象に投与することと、治療上有効な量のＩ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を前記対象に投与することとを含み、
ここで、前記発現システムを送達するための前記組成物が前記発現システムを含み、
前記発現システムが、1つ以上のベクターを含み、
前記1つ以上のベクターが、
（ａ）（ｉ）少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも1つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、ＲＮＡアルファウイルス骨格、ならびに
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも1つの核酸配列であって、任意で前記少なくとも1つの核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列、
ｂ．任意で5’リンカー配列、及び
ｃ．任意で3’リンカー配列
を含む、前記少なくとも1つの核酸配列と、
（ｉｉ）任意で、前記少なくとも1つの核酸配列に機能的に連結された第2のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）任意で、少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列であって、前記第2のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたはアルファウイルスにとって外因性ポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセット
を含む、前記方法。
[本発明1159]
対象の腫瘍体積を低減させるための方法であって、
前記方法が、発現システムを送達するための組成物を前記対象に投与することと、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を前記対象に投与することとを含み、
ここで、前記発現システムを送達するための前記組成物が前記発現システムを含み、
前記発現システムが、1つ以上のベクターを含み、
前記1つ以上のベクターが、
（ａ）（ｉ）少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも1つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、ＲＮＡアルファウイルス骨格、ならびに、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも1つの核酸配列であって、任意で前記少なくとも1つの核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列、
ｂ．任意で5’リンカー配列、及び
ｃ．任意で3’リンカー配列
を含む、前記少なくとも1つの核酸配列と、
（ｉｉ）任意で、前記少なくとも1つの核酸配列に機能的に連結された第2のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）任意で、少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列であって、前記第2のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたはアルファウイルスにとって外因性ポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセット
を含む、前記方法。
[本発明1160]
対象の腫瘍特異的な免疫応答を刺激するための方法であって、
前記方法が、発現システムを送達するための組成物を前記対象に投与することと、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を前記対象に投与することとを含み、
ここで、前記発現システムを送達するための前記組成物が前記発現システムを含み、
前記発現システムが、1つ以上のベクターを含み、
前記1つ以上のベクターが、
（ａ）（ｉ）少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも1つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、ＲＮＡアルファウイルス骨格、ならびに、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも1つの核酸配列であって、任意で前記少なくとも1つの核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列、
ｂ．任意で5’リンカー配列、及び
ｃ．任意で3’リンカー配列
を含む、前記少なくとも1つの核酸配列と、
（ｉｉ）任意で、前記少なくとも1つの核酸配列に機能的に連結された第2のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）任意で、少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列であって、前記第2のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたはアルファウイルスにとって外因性ポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセット
を含む、前記方法。
[本発明1161]
アルファウイルスに基づく発現システムの送達を強化する方法であって、
前記方法が、発現システムを送達するための組成物を対象に投与することと、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を前記対象に投与することとを含み、
ここで、前記発現システムを送達するための前記組成物が前記発現システムを含み、
前記発現システムが、1つ以上のベクターを含み、
前記1つ以上のベクターが、
（ａ）（ｉ）少なくとも1つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも1つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、ＲＮＡアルファウイルス骨格、ならびに
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも1つの核酸配列であって、任意で前記少なくとも1つの核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも1つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列、
ｂ．任意で5’リンカー配列、及び
ｃ．任意で3’リンカー配列
を含む、前記少なくとも1つの核酸配列と、
（ｉｉ）任意で、前記少なくとも1つの核酸配列に機能的に連結された第2のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）任意で、少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列であって、前記第2のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたは前記アルファウイルスにとって外因性ポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも1つの第2のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセット、
を含む、前記方法。

本発明のこれらの、ならびに他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明文、及び添付図面を参照することでより深い理解がなされるであろう。
インビトロＴ細胞活性化合物アッセイの開発を説明する。抗原提示細胞へのワクチンカセットの送達が、異なるペプチド抗原の発現、エピトーププロセシング、及びＭＨＣ制限提示につながるアッセイの概略。特異的なペプチド－ＭＨＣの組み合わせに一致するＴ細胞受容体を有するように操作されたレポーターＴ細胞が活性化され、ルシフェラーゼが発現される。 図２Ａは、短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、互いに対して同じ位置で連結された５個のクラスＩ ＭＨＣクラス制限エピトープ（エピトープ１～５）に２個のユニバーサルクラスＩＩ ＭＨＣエピトープ（ＭＨＣ－ＩＩ）が繋げられたものを示す。異なるリンカーを用いて種々の繰り返しが生成された。場合によっては、Ｔ細胞エピトープは互いに直接連結される。他の場合では、Ｔ細胞エピトープの片側または両側にその天然配列が隣接する。他の繰り返しでは、Ｔ細胞エピトープは、非天然配列ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰにより連結される。図２Ｂは、短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、短いカセット内に埋め込まれたＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図２Ｂは、配列番号５８～５９、６２、６１、６０、４９、１７９をそれぞれ記載の順に開示している。 モデルワクチンカセットに付加された細胞ターゲティング配列の評価を説明する。ターゲティングカセットは、短いカセット設計を、ユビキチン（Ｕｂ）、シグナルペプチド（ＳＰ）及び膜貫通（ＴＭ）ドメインによって延長し、５個のマーカーヒトＴ細胞エピトープ（エピトープ１～５）の隣に２個のマウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＩＩ）（配列番号１２３）及びＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（Ａ５）（配列番号１３１）を更に有し、Ｔ細胞エピトープの両側に隣接する非天然リンカーＡＡＹ－または天然リンカー配列を用いている（２５ｍｅｒ）。 短いカセット内のリンカー配列のインビボ評価を説明する。Ａ）ＨＬＡ－Ａ２トランスジェニックマウスを使用したワクチンカセットのインビボ評価の実験計画。 長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、長いカセットの設計が、それらの２５ｍｅｒ天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる５個のマーカークラスＩエピトープ（エピトープ１～５）であって、それらの２５ｍｅｒ天然配列に含まれる更なる周知のＴ細胞クラスＩエピトープ（エピトープ６～２１）によって隔てられたマーカークラスＩエピトープと、２個のユニバーサルクラスエピトープ（ＭＨＣ－ＩＩ０）とを含み、各クラスＩエピトープの相対位置のみが異なることを示す。 長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図５Ｂは、配列番号５８～５９、６２、６１、６０、１８０～１８２、６３、１８３～１９４をそれぞれ記載の順に開示している。 前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、最終カセットの設計が、それらの２５ｍｅｒ天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる２０個のＭＨＣ Ｉエピトープを含み、６個の非ヒト霊長類（ＮＨＰ）エピトープ、５個のヒトエピトープ、９個のマウスエピトープ、及び２個のユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープで構成されることを示す。 前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、非ヒト霊長類、マウス、及びヒト起源のクラスＩ ＭＨＣ上に提示される、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報、ならびに２個のユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープＰＡＤＲＥ（配列番号４８）及び破傷風トキソイド（配列番号４６）の配列を示す。図６Ｂは、配列番号９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、６０～６２、５８～５９、１２３、１３１、１２５、６８、１３５、１３７、１３９、１２９、１３３、４９、および４７をそれぞれ縦列の順に開示している。 図７Ａは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。図７Ｂは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。図７Ｃは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡（倍率１００倍）を使用して可視化した。 図８Ａは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して３日後に撮影した。図８Ｂは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡（倍率４０倍）を使用して３日後に撮影した。図８Ｃは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡（倍率１００倍）を使用して３日後に撮影した。 ウイルス粒子の生成スキームを説明する。 アルファウイルス由来ＶＥＥ自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターを説明する。 Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスにＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡを接種した後のインビボのレポーター発現を説明する。異なる時点でＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでＣ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスを免疫した（ＭＣ３に封入したものを１０μｇ／マウスで両側性に筋肉内注射）後のルシフェラーゼシグナルの代表的イメージを示す。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３ ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０μｇのＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（対照）、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）、またはＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）を注射した。更に、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的Ｔ細胞応答（「ＳＩＩＮＦＥＫＬ」は配列番号１２３として開示される）をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴにより評価し、脾細胞１０６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）として報告する。各線は中央値を示す。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３ ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０μｇのＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（対照）、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）、またはＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）を注射した。更に、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的Ｔ細胞応答（「ＳＩＩＮＦＥＫＬ」は配列番号１２３として開示される）をＭＨＣＩペンタマー染色により評価し、ペンタマー陽性細胞としてＣＤ８陽性細胞に対する割合（％）として報告する。各線は中央値を示す。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。更に、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ－γＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。更に、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ－γＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。更に、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。更に、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５－ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５－ＧＦＰ／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（ａ抗ＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５－ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５－ＧＦＰ／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（ａ抗ＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの６日後（プライムの２１日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。 マウスにおけるマウス腫瘍抗原に対するＣｈＡｄＶ６８誘発Ｔ細胞応答を説明する。マウスをＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫し、ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）（ＯＶＡ）に対するＴ細胞応答をＣ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１－Ａ５をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。ＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された脾細胞１０^６個当たりの平均のスポット形成細胞（ＳＦＣ）を示した。エラーバーは、標準偏差を示す。 ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ－１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ－１、または抗ＰＤ－１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける細胞性免疫応答を説明する。抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、ＥＬＩＳｐｏｔを用い、各グループから６匹のマウスの脾細胞で測定した。結果を、脾細胞１０^６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）で示す。各グループの中央値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ。 ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ－１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ－１、または抗ＰＤ－１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおけるＣＤ８ Ｔ細胞免疫応答を説明する。ＣＤ８ Ｔ細胞の抗原特異的ＩＦＮ－γ産生をＩＣＳを用いて測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞として全ＣＤ８ Ｔ細胞に対する割合（％）として示す。各グループの中間値を横線で示す。各グループの中央値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ。 ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける腫瘍増殖を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ－１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。腫瘍体積を週２回測定し、平均腫瘍体積を実験の最初の２１日間について示す。実験開始時に各グループは２２～２８匹のマウスで構成された。エラーバーは平均の標準誤差（ＳＥＭ）を示す。Ｐ値は、ダネット検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ。 ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける生存率を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ－１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。Ｐ値は、ログランク検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０１。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、最初のブースト免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（３０μｇ）（図２０Ａ）、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（１００μｇ） （図２０Ｂ）、またはＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２（１００μｇ）（図２０Ｃ）による同種プライム／ブースト、またはＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブースト群（図２０Ｄ）について、ＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ２による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。 ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ１による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０^６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。 Ｐｒｏｍｅｇａ製ダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。図２４Ａは配列番号５７を開示している。 Ｐｒｏｍｅｇａ製ダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。 ＥＤＧＥスコアと、標的化ＭＳによって候補共有される新生抗原ペプチドの検出の確率との間の相関を示す。 抗ＩＦＮＡＲ ＭＡｂまたはトファシチニブのいずれかと組み合わせたＶＥＥ－ルシフェラーゼｓａｍＲＮＡでＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスを免疫した後のインビボレポーター発現を示す。相対発光（ＲＬＵ）を、ＶＥＥＥ－ルシフェラーゼ（マウス１匹当たり１０μｇ、筋肉内投与、両側投与）による免疫化後、１日目、２日目及び５日目に各マウスについて定量化した。抗ＩＦＮＡＲ ＭＡｂ（クローンＭＡＲ１－５Ａ３、ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を、免疫化の２４時間前に単回投与として腹腔内に送達した（２ｍｇ）。トファシチニブを、免疫化の２４時間前から６日間、１日２回２ｍｇを経口投与した。平均＋／－ＳＥＭ、５匹のマウス群。 抗ＩＦＮＡＲ ＭＡｂまたはトファシチニブまたは対照のいずれかと組み合わせた、ＶＥＥＥ－ＭＡＧ ｓａｍＲＮＡによりＢａｌｂ／ｃマウスを免疫した後のインビボ抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。ＡＨ１－Ａ５ペプチド（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（配列番号１３１））に対するＴ細胞応答を、細胞内サイトカイン染色を用いて測定した。マウスを屠殺し、ＶＥＥ－ＭＡＧ（１０μｇ、ＩＭ）による免疫化後１２日目に脾臓を採取した。抗ＩＦＮＡＲ ＭＡｂ（クローンＭＡＲ１－５Ａ３、ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を、免疫化の２４時間前に単回投与として腹腔内に送達した（２ｍｇ）。トファシチニブを、免疫化の２４時間前から８日間、１日２回２ｍｇを経口投与した。各群８匹のマウス、バーは中央値を示す。 ＩＦＮａの早期抑制が、ｓａｍＲＮＡ発現及び免疫応答の増加に必要であることを示している。１μｇのｓａｍＲＮＡによる単回免疫化後１２日目のＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるＣＤ８ Ｔ細胞応答。マウスは更に、ｓａｍＲＮＡによる免疫化の前またはその後の指定された時間に、抗ＩｇＧ抗体対照またはＩＦＮＡＲを標的とするモノクローナル遮断抗体のいずれかで処理された。抗体処理はすべて２ｍｇの用量で、腹腔内に送達した。細胞内サイトカイン染色を用いて、ＣＤ８ Ｔ細胞の抗原特異的（ＡＨ１－Ａ５）ＩＦＮ－γ産生を測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞の全ＣＤ８ Ｔ細胞に対する割合として示す。各グループの中央値を横線で示す。 ＩＦＮａの抑制を継続しても免疫応答が低下しないことを示している。１μｇのｓａｍＲＮＡによる単回免疫化後１２日目のＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるＣＤ８ Ｔ細胞応答。マウスは、ｓａｍＲＮＡによる免疫化の前及びその後の指定された時間に、抗ＩｇＧ抗体対照またはＩＦＮＡＲを標的とするモノクローナル遮断抗体のいずれかで処理された。抗体処理はすべて２ｍｇの用量で、腹腔内に送達した。抗原特異的（ＡＨ１－Ａ５）ＣＤ８ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩテトラマー染色を用いて測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞の全ＣＤ８ Ｔ細胞に対する割合として示された。各グループの中央値を横線で示す。 ＩＦＮａの抑制を継続しても免疫応答が低下しないことを示している。１μｇのｓａｍＲＮＡによる単回免疫化後１２日目のＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるＣＤ８ Ｔ細胞応答。マウスは、ｓａｍＲＮＡによる免疫化の前及びその後の指定された時間に、抗ＩｇＧ抗体対照またはＩＦＮＡＲを標的とするモノクローナル遮断抗体のいずれかで処理された。抗体処置はすべて２ｍｇの用量で、腹腔内に送達した。細胞内サイトカイン染色を用いて、ＣＤ８ Ｔ細胞の抗原特異的（ＡＨ１－Ａ５）ＩＦＮ－γ産生を測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞の全ＣＤ８ Ｔ細胞に対する割合として示す。各グループの中央値を横線で示す。 ＩＦＮａの局所的な抑制が全身送達と同様にｓａｍＲＮＡ免疫応答を増加させるのに有効であることを示している。１μｇのｓａｍＲＮＡによる単回免疫化後１２日目のＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるＣＤ８ Ｔ細胞応答。マウスは、ｓａｍＲＮＡによる免疫化の２４時間前に、抗ＩｇＧ抗体対照（ＩＰ）、またはＩＦＮＡＲを標的とするモノクローナル遮断抗体（ＩＰまたは筋肉内投与）のいずれかで処理した。抗体処理はすべて０．５ｍｇの用量で行った。筋肉内注射はすべて、前脛骨に両側から送達された。抗原特異的（ＡＨ１－Ａ５）ＣＤ８ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩテトラマー染色を用いて測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞の全ＣＤ８ Ｔ細胞に対する割合として示された。各グループの中央値を横線で示す。 ＩＦＮａの局所的な抑制が全身送達と同様にｓａｍＲＮＡ免疫応答を増加させるのに有効であることを示している。１μｇのｓａｍＲＮＡによる単回免疫化後１２日目のＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるＣＤ８ Ｔ細胞応答。マウスは、ｓａｍＲＮＡによる免疫化の２４時間前に、抗ＩｇＧ抗体対照（ＩＰ）、またはＩＦＮＡＲを標的とするモノクローナル遮断抗体（ＩＰまたは筋肉内投与）のいずれかで処理した。抗体処理はすべて０．５ｍｇの用量で行った。筋肉内注射はすべて、前脛骨に両側から送達された。細胞内サイトカイン染色を用いて、ＣＤ８ Ｔ細胞の抗原特異的（ＡＨ１－Ａ５）ＩＦＮ－γ産生を測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞の全ＣＤ８ Ｔ細胞に対する割合として示す。各グループの中央値を横線で示す。 ３０（Ｌ）、４０（ＸＬ）または５０（ＸＸＬ）のいずれかのエピトープを有するラージ抗原カセットにおける、様々な種からのモデルエピトープの一般的な組織を示す。 すべてのカセットに共通する配列を認識する抗クラスＩＩ（ＰＡＤＲＥ）抗体を用いた前述のウエスタンブロットによって示されるように、ロングカセットを発現するＣｈＡｄベクターを示す。ＨＥＫ２９３細胞を、可変サイズのラージカセット（ｃｈＡｄ６８－５０ＸＸＬ、ｃｈＡｄ６８－４０ＸＬ及びｃｈＡｄ６８－３０Ｌ）を発現するｃｈＡｄ６８ベクターで感染させた。感染は、ＭＯＩ０．２で設定した。２４時間後の感染ＭＧ１３２プロテアソーム阻害因子を、１セットの感染したウェルに添加した（＋記号で示されている）。ウイルス処理したウェルの別のセットは、ＭＧ１３２で処理しなかった（－記号で示されている）。感染していないＨＥＫ２９３細胞（２９３Ｆ）を陰性対照として使用した。感染の４８時間後に細胞ペレットを採取し、ＳＤＳ／ＰＡＧＥ電気泳動、及びウサギ抗クラスＩＩ ＰＡＤＲＥ抗体を用いた免疫ブロット法により分析した。検出には、ＨＲＰ抗ウサギ抗体及びＥＣＬ化学発光基質を使用した。 ＩＣＳによってＡＨ１（上）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）（下）に対して検出された、ｃｈＡｄ６８ラージカセット免疫化マウスにおけるＣＤ８＋免疫応答を示す。データは、モデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞を、総ＣＤ８細胞に対する割合として示している。 ｃｈＡｄ６８ラージカセットワクチン接種後のＬＤ－ＡＨ１＋（上）及びＫｂ－ＳＩＩＮＦＥＫＬ＋（下）（「ＳＩＩＮＦＥＫＬ」は配列番号１２３として開示される）テトラマーに対するＣＤ８＋応答を示す。データは、モデルテトラマーペプチド複合体に対して反応性の総ＣＤ８細胞に対する割合として示される。テューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡにより、＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１。すべてのｐ値は、ＭＡＧ２０－抗原カセットと比較した。 ＩＣＳによってＡＨ１（上）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）（下）に対して検出された、アルファウイルスラージカセット処理マウスにおけるＣＤ８＋免疫応答を示す。データは、モデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞を、総ＣＤ８細胞に対する割合として示している。テューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡにより、＊ｐ＜０．０５、＊＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１。すべてのｐ値は、ＭＡＧ２０－抗原カセットと比較した。 アカゲザルにおける抗原カセット含有ベクターの免疫原性を評価するために使用されたワクチン接種法を示す。三角形は、０週目と３２週目におけるｃｈＡｄ６８ワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０，４、１２、２０、２８及び３２週目のアルファウイルスワクチン接種を示す。四角は、抗ＣＴＬＡ４抗体の投与を示す。 ｃｈＡｄ－ＭＡＧ単独を投与されたアカゲザル（グループ４）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間経過を示す。平均ＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。 ｃｈＡｄ－ＭＡＧ＋抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）をＩＶに投与されたアカゲザル（グループ５）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間経過を示す。平均ＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。 ｃｈＡｄ－ＭＡＧ＋抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）をＳＣに投与されたアカゲザル（グループ６）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間経過を示す。平均ＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。 ＥＬＩＳｐｏｔによって測定されたＣｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって生成された、抗原特異的な記憶応答を示す。結果を、各点が１匹の動物を表す、個別のドットプロットとして示す。免疫化前のベースライン（左パネル）及びプライム後１８か月の記憶応答（右パネル）を示す。 コンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色を用いたフローサイトメトリーによる抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の記憶細胞表現型を示す。 試験１８月目の４つのＭａｕｍｕ－Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋ Ｔ細胞集団の合計内での記憶細胞型の分布を示す。記憶細胞は、以下のように特徴づけられた。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７－＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７－＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。 ＣＴ２６腫瘍保有マウスにおけるＣＴ２６腫瘍抗原ＡＨ１を認識する、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の頻度を示す。Ｐ値は、テューキーの多重比較検定による一元ＡＮＯＶＡを用いて決定された。＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ；ａＣＴＬＡ４＝抗ＣＴＬＡ４抗体、クローン９Ｄ９。

ＶＩＩＩ．Ｂ．１．総合的ＨＬＡペプチドシークエンシングを支援するＭＳ検出限界の研究
ペプチドＹＶＹＶＡＤＶＡＡＫ（配列番号５７）を用いて、何が検出の限界かを、ＬＣカラム上にロードした様々な量のペプチドを用いて決定した。試験したペプチドの量は、１ｐｍｏｌ、１００ｆｍｏｌ、１０ｆｍｏｌ、１ｆｍｏｌ、及び１００ａｍｏｌであった。（表１）結果を図２４Ａ及び図２４Ｂに示す。これらの結果は、検出の最低限界（ＬｏＤ）がアトモルの範囲（１０^－１８）にあること、ダイナミックレンジが５桁に及ぶこと、及び、シグナル対ノイズが、低いフェムトモル範囲（１０^－１５）でシークエンシングに充分であるように見えることを示す。質量分析は、ＨＬＡ提示を検証するために、本明細書に記載された予測アルゴリズムと組み合わせて使用することができる。例えば、質量分析は、ＥＤＧＥ予測モデル（国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号に記載されているように、ＭＳ／ＭＳによって配列決定されたＨＬＡ提示ペプチド上で訓練されたディープラーニングモデル）によって生成されたエピトープ候補を検証するために使用することができる。ＥＤＧＥスコアと、標的化ＭＳによって候補共有される新生抗原ペプチドの検出の確率との間の相関の例を、図２５に示す。

ＸＩＶ．Ｂ．抗原カセット設計の評価
ＸＩＶ．Ｂ．１．方法及び材料
ＴＣＲ及びカセット設計及びクローニング
選択されたＴＣＲは、Ａ＊０２０１により提示される場合にペプチドＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号５８）（ＰＤＢ番号５Ｄ２Ｎ）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（配列番号５９）（ＰＤＢ番号３ＲＥＶ）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（配列番号６０）（ＰＤＢ番号１ＯＧＡ）ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（配列番号６１）（ＰＤＢ番号１ＡＯ７）を認識する。２Ａペプチド連結ＴＣＲサブユニット（βに続きα）、ＥＭＣＶ ＩＲＥＳ、及び２Ａ連結ＣＤ８サブユニット（βに続きα及びプロマイシン耐性遺伝子）を含むトランスファーベクターを構築した。オープンリーディングフレーム配列は、コドン最適化され、ＧｅｎｅＡｒｔにより合成されたものである。

インビトロエピトーププロセシング及び提示アッセイ
Ｔ２細胞はＴＣＲによる抗原認識を調べる目的で日常的に使用されている。Ｔ２細胞は、抗原プロセシング用のペプチドトランスポーターを欠失しており（ＴＡＰ欠損）、内因性のペプチドをＭＨＣ上に提示するために小胞体に取り込むことができない。しかしながら、Ｔ２細胞には外因性ペプチドを容易に取り込ませることができる。５種類のマーカーペプチド（ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号５８）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（配列番号５９）、ＧＬＣＴＬＶＡＭＬ（配列番号６２）、ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（配列番号６１）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（配列番号６０）及び２種類の無関係のペプチドＷＬＳＬＬＶＰＦＶ（配列番号６３）、ＦＬＬＴＲＩＣＴ（配列番号６４））をＴ２細胞に取り込ませた。簡単に述べると、Ｔ２細胞をカウントし、ＩＭＤＭ ＋１％ＦＢＳｈｉで１×１０６細胞／ｍＬに希釈した。各ペプチドは１０μｇペプチド／１×１０６細胞となるように加えた。次いで細胞を３７℃で９０分間インキュベートした。細胞をＩＭＤＭ＋２０％ＦＢＳｈｉで２回洗浄し、５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬを９６ウェルＣｏｓｔａｒ組織培養プレートにプレーティングした。Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ ＴＣＲクローンをカウントし、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％ＦＢＳｈｉ中で５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬをＴ２細胞に加えた。プレートを３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートした。次に、プレートを４００ｇで３分間遠心し、２０μＬの上清を白色平底Ｇｒｅｉｎｅｒプレートに取った。指示にしたがってＱＵＡＮＴＩ－Ｌｕｃ基質を調製し、５０μＬ／ウェルで加えた。ルシフェラーゼ発現をＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉＥ３ｘで読み取った。

ＸＩＶ．Ｂ．４．免疫原性及び毒性試験用の抗原カセットの設計
要約すると、モデルカセット評価による知見（図２～５、表２～６）によって、モデルワクチンカセットでは、アデノウイルスに基づくベクターとの関連で約２０個のエピトープをコードする「数珠つなぎ」アプローチを用いた場合に強い免疫原性が得られることが実証された。エピトープは、両側にその天然の周辺ペプチド配列（例えば、両側に８個のアミノ酸残基）が隣接した最小のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープ（例えば、９個のアミノ酸残基）をそれぞれが埋め込んだ２５ｍｅｒ配列を連結することによって最も効果的にアセンブルされる。本明細書において使用される場合、「天然」または「自然」のフランキング配列とは、その由来源タンパク質内のそのエピトープの天然に存在するという文脈で特定のエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端側のフランキング配列のことを指す。例えば、ＨＣＭＶ ｐｐ６５ ＭＨＣ ＩのエピトープＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号５８）は、その５’末端側に天然の５’配列ＷＱＡＧＩＬＡＲ（配列番号６５）が、その３’末端側に天然の３’配列ＱＧＱＮＬＫＹＱ（配列番号６６）が隣接し、それによりＨＣＭＶ ｐｐ６５由来源タンパク質内にみられるＷＱＡＧＩＬＡＲＮＬＶＰＭＶＡＴＶＱＧＱＮＬＫＹＱ（配列番号６７）という２５ｍｅｒペプチドを生成する。天然または自然の配列は、天然のフランキング配列が隣接したエピトープをコードするヌクレオチド配列のことを指す場合もある。各２５ｍｅｒ配列は、それに続く２５ｍｅｒ配列に直接連結される。最小のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープがアミノ酸９個よりも大きいかまたは小さい場合、フランキングペプチドの長さは、全体の長さが依然２５ｍｅｒのペプチド配列となるように調節することができる。例えば、アミノ酸１０個のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープには、アミノ酸８個とアミノ酸７個の配列を隣接させることができる。このコンカテマーの後には、ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞を刺激し、ワクチンカセット抗原の全体のインビボ免疫原性を改善するため（Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９４；Ｐａｎｉｎａ－Ｂｏｒｄｉｇｎｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８９）に含ませた２個のユニバーサルクラスＩＩ ＭＨＣエピトープを繋げた。これらのクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）によって最後のクラスＩエピトープに連結した。２個のクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）によって互いに対しても連結し、更にＣ末端側にＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）を連結させた。エピトープの位置もその数もＴ細胞の認識または応答に大きく影響しないようであった。ターゲティング配列も、カセットに由来する抗原の免疫原性に大きく影響しないようであった。

マウスは、ラージカセットの有効性を評価するために記載されているように免疫化した。Ｔ細胞応答は、ｃｈＡｄ６８ベクターによる免疫化後のＩＣＳ及びテトラマー染色によって分析され（それぞれ、図３１／表４０及び図３２／表４１）、ならびにエピトープＡＨ１（上のパネル）及びＳＩＩＮＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）（下のパネル）に対するｓｒＲＮＡベクターによる免疫化後のＩＣＳによって分析された（図３３／表４２）。３０（Ｌ）、４０（ＸＬ）、５０（ＸＸＬ）のエピトープを発現する、ｃｈＡｄ６８及びｓｒＲＮＡワクチンベクターを用いた免疫化は、モデル疾患エピトープに対するＣＤ８＋免疫応答を誘導した。

（表３７）ラージカセット内のヒトエピトープ（表３７は、配列番号６０、６９、６１、７０、６２、７１、５８、６７、５９、および７２～９２をそれぞれ記載の順に開示している。）

（表３８）ラージカセット内のＮＨＰエピトープ（表３８は、配列番号９３～１２２をそれぞれ記載の順に開示している。）

（表３９）ラージカセット内のマウスエピトープ（表３９は、配列番号１２３～１６２をそれぞれ記載の順に開示している。）

（表４０）ＣｈＡｄラージカセット処理マウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）ペプチドへの応答における平均ＩＦＮｇ＋細胞。データは、総ＣＤ８細胞に対する％として示されている。グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値は、ＭＡＧ２０－抗原カセットと比較した。

（表４１）ＣｈＡｄラージカセット処理マウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）抗原における平均テトラマー＋細胞。データは、総ＣＤ８細胞に対する％として示されている。グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値は、ＭＡＧ２０－抗原カセットと比較した。

（表４２）ＳＡＭラージカセット処理マウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）ペプチドへの応答における平均ＩＦＮｇ＋細胞。データは、総ＣＤ８細胞に対する％として示されている。グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値は、ＭＡＧ２０－抗原カセットと比較した。

ＸＶ．Ｂ．４．腫瘍モデルにおける免疫原性の評価
マウス腫瘍抗原を発現するＣ６８ベクターを、マウス免疫原性実験で評価して、Ｃ６８ベクターがＴ細胞応答を誘発することを実証する。ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）に対するＴ細胞応答Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１－Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ１３：５２９－５３８）に対するＴ細胞応答をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。図１５に示されるように、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによるマウスの免疫後に対照に対して強いＴ細胞応答が測定された。脾細胞１０^６個当たり、８９５７個及び４０１９個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）の平均の細胞性免疫応答が、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系またはＢａｌｂ／ｃ系マウスをそれぞれＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫した場合に免疫の１０日後に観察された。

（表８）ｑＰＣＲプライマー／プローブ

ＸＶＩ．Ｂ．３．アデノウイルスベクター腫瘍モデルの評価
１つの実現態様にて、ＶＥＥ ｓｒＲＮＡベクターがインビボで抗原特異的免疫応答を誘導するかを調べるため、２つの異なるＭＨＣクラスＩマウス腫瘍エピトープであるＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３）及びＡＨ１－Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：５２９－５３８）を発現するＶＥＥ ｓｒＲＮＡベクターを作製した（ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ，配列番号１４）。ＳＦＬ（ＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２３））エピトープは、Ｂ１６－ＯＶＡメラノーマ細胞株によって発現され、ＡＨ１－Ａ５（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（配列番号１３１）；Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ）エピトープは、ＣＴ２６結腸癌細胞株によって発現される関連エピトープを標的とするＴ細胞を誘導する（ＡＨ１／ＳＰＳＹＶＹＨＱＦ（配列番号１７８）；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９３：９７３０－９７３５）。１つの例では、インビボ実験において、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ が、Ｔ７ポリメラーゼ（ＴｒｉＬｉｎｋ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用したインビトロ転写によって生成され、脂質ナノ粒子（ＭＣ３）に封入された。

Ｂａｌｂ／ｃマウスを、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓａｍＲＮＡ（配列番号４；マウス１匹当たり１０μｇ、筋肉内、両側に送達）、及び抗ＩＦＮＡＲ ＭＡｂまたはトファシチニブのいずれかで免疫化した。抗ＩＦＮＡＲ ＭＡｂ（クローンＭＡＲ１－５Ａ３、ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を、免疫化の２４時間前に単回投与として腹腔内に投与した（２ｍｇ）。トファシチニブを、免疫化の２４時間前から８日間、１日２回２ｍｇを経口投与した。マウスを屠殺し、ＶＥＥ－ＭＡＧによる免疫化後１２日目に脾臓を採取した。ＡＨ１－Ａ５ペプチド（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（配列番号１３１））に対するＴ細胞応答を、細胞内サイトカイン染色を用いて測定した。

特定の配列
ベクター、カセット、及び抗体の配列を以下に示す。

Claims (17)

1. 発現システムを送達するための組成物を含む、対象の免疫応答を刺激するための医薬であって、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子と組み合わせて使用され、
   ここで、前記発現システムを送達するための前記組成物が前記発現システムを含み、
   前記発現システムが、１つ以上のベクターを含み、
   前記１つ以上のベクターが、
   （ａ）
   （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
   （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
   を含む、ＲＮＡアルファウイルス骨格、ならびに
   （ｂ）カセットであって、
   （ｉ）少なくとも１つの核酸配列であって、任意で前記少なくとも１つの核酸配列がポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
   ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列、
   ｂ．任意で５’リンカー配列、及び
   ｃ．任意で３’リンカー配列
   を含む、前記少なくとも１つの核酸配列と、
   （ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
   （ｉｉｉ）任意で、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列であって、前記第２のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたはアルファウイルスにとって外因性ポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
   を含む、前記カセット
   を含む、前記医薬。
2. （ａ）前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が配列番号６に記載の核酸配列を含み、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格配列が２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含み、前記２６Ｓプロモーター配列がＲＮＡアルファウイルス骨格にとって内因性であり、前記ポリ（Ａ）配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格にとって内因性であり、かつ
   （ｂ）前記カセットが前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、かつ
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が抗ＩＦＮαβ受容体（ＩＦＮＡＲ）遮断抗体を含む、
   請求項１に記載の医薬。
3. 前記抗原コード核酸配列が、コードされた前記エピトープへの抗原プロセシングを受けることが可能なポリペプチド配列をコードする、かつ／もしくは前記エピトープコード核酸配列が、細胞の表面上にＭＨＣクラスＩによって提示されることが知られているもしくは疑われているエピトープをコードし、任意で、前記細胞の表面が腫瘍細胞表面もしくは感染細胞表面であり、任意で、前記細胞が前記対象の細胞であり、
   任意で、細胞が、肺癌、メラノーマ、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌、胃癌、結腸癌、精巣癌、頭頸部癌、膵臓癌、脳癌、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺癌、及び小細胞肺癌からなる群から選択される腫瘍細胞である、もしくは任意で、細胞が、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、任意でＨＩＶ感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される感染細胞である、
   または
   前記ポリペプチドコード核酸配列が完全長タンパク質もしくはその機能的部分をコードし、任意で前記完全長タンパク質もしくはその機能的部分が、抗体、サイトカイン、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体、及びゲノム編集システムヌクレアーゼからなる群から選択される、または
   前記少なくとも１つの核酸配列が非コード核酸配列を含み、任意で前記非コード核酸配列が、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）ポリヌクレオチドもしくはゲノム編集システムポリヌクレオチドである、
   請求項１または２に記載の医薬。
4. 前記カセットが、
   （ｉ）前記ポリペプチドコード核酸配列を含む少なくとも１つの核酸配列であって、前記ポリペプチコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記抗原コード核酸配列が、
   ａ．エピトープコード核酸配列であって、前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つの変更を任意で含み、前記変更が、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものにする、前記エピトープコード核酸配列と、
   ｂ．任意で５’リンカー配列と、
   ｃ．任意で３’リンカー配列と
   を含む、前記少なくとも１つの核酸配列、
   （ｉｉ）任意で、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列、
   （ｉｉｉ）任意で、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列、
   （ｉｖ）任意で、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列、及び
   （ｖ）任意で、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列であって、前記第２のポリ（Ａ）配列が、天然型ポリ（Ａ）配列であるまたは前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である、前記少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列
   を含み、
   任意で、前記カセットの各要素の順番に並べられた配列が、５’から３’方向へ、式：Ｐ _ａ －（Ｌ５ _ｂ －Ｎ _ｃ －Ｌ３ _ｄ ） _Ｘ －（Ｇ５ _ｅ －Ｕ _ｆ ） _Ｙ －Ｇ３ _ｇ で記載され、
   式中、Ｐは前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここでａ＝０または１であり、
   Ｎは前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、前記エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここでｃ＝１であり、
   Ｌ５は前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
   Ｌ３は前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
   Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
   Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
   Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
   Ｘ＝１～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮ _ｃ は、エピトープコード核酸配列であり、任意で各Ｘについて、前記対応するＮ _ｃ が、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、かつ
   Ｙ＝０、１、または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵ _ｆ は、エピトープコード核酸配列であり、任意で各Ｙについて、前記対応するＵ _ｆ が、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、
   請求項１に記載の医薬。
5. ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
   前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
   前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、
   各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
   Ｌ５が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸２個の長さであるペプチドをコードし、
   Ｌ３が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸２個の長さであるペプチドをコードし、
   Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
   前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号６に記載の配列であり、かつ
   前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個から２５個の間の長さのポリペプチドをコードする、
   請求項４に記載の医薬。
6. 前記発現システムを送達するための前記組成物が、任意で前記発現システムを封入し、かつ任意で約１００ｎｍの直径を有する、ナノ粒子状送達ビヒクルを更に含み、
   任意で前記ナノ粒子状送達ビヒクルが脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）であり、任意で前記ＬＮＰがイオン化可能なアミノ脂質を含み、任意で前記イオン化可能なアミノ脂質がＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、
   かつ／または
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、ＩＦＮα阻害因子、ＩＦＮβ阻害因子、ＩＦＮＡＲ阻害因子、及びＩ型インターフェロンシグナル伝達経路阻害因子からなる群から選択され、任意で
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達経路の前記阻害因子が、抗体もしくはその抗原結合フラグメント、低分子阻害因子、ＲＮＡｉポリヌクレオチド、ゲノム編集システム、及びＦｃ融合タンパク質からなる群から選択され、任意で前記抗体が、抗ＩＦＮα抗体、抗ＩＦＮβ抗体、抗ＩＦＮαβ受容体（ＩＦＮＡＲ）遮断抗体からなる群から選択され、任意で前記抗ＩＦＮα抗体が、シファリムマブ（Ｓｉｆａｌｕｍｕｍａｂ）、ロンタリズマブ、及びＡＳＧ－００９からなる群から選択されるか、もしくは任意で前記抗ＩＦＮＡＲ遮断抗体が、ＭＡＲ１－５Ａ３、アニフロルマブ、ＡｍＳ３Ａ５－１、６４Ｇ１２、Ｈ２Ｋ６、Ｈ２Ｋ１、Ｈ３Ｋ６、Ｈ３Ｋ１ ３Ｆ１１、４Ｇ５、１１Ｅ２、及び９Ｄ４からなる群から選択される、もしくは
   前記Ｉ型インターフェロンシグナル伝達経路阻害因子がＪＡＫキナーゼ阻害因子を含み、任意でＪＡＫ１／２阻害因子もしくはＪＡＫ１／３阻害因子を含み、任意で前記ＪＡＫキナーゼ阻害因子が低分子を含み、任意で前記ＪＡＫ１／３阻害因子がトファシチニブである、
   かつ／または
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記医薬の投与の前、同時、もしくは後に投与され、任意で
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記医薬の投与前２４時間以内に投与されるか、もしくは
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記医薬の投与後１２時間未満に投与されるか、もしくは
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記医薬の投与後６時間以内に投与されるか、もしくは
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、前記医薬の投与前２４時間から投与後６時間以内の間に投与される、
   かつ／または
   前記医薬が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、もしくは静脈内（ＩＶ）に投与される、
   かつ／または
   Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、もしくは静脈内（ＩＶ）に投与される、
   かつ／または
   前記医薬が、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子の単回投与と組み合わせて使用される、
   請求項１～５のいずれか一項に記載の医薬。
7. 前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、かつ／または
   前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が前記カセットと機能的に連結されている、かつ／または
   前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含み、任意で前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）キャップを含む、および／もしくはインビトロ転写によって生成される、かつ／または
   前記１つ以上のベクターが哺乳動物細胞内で自己複製する、かつ／または
   前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、アウラ（Ａｕｒａ）ウイルス、フォートモルガン（Ｆｏｒｔ Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含み、任意で
   前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を少なくとも含むか、もしくは
   前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を少なくとも含み、
   任意で、非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノムプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、もしくはこれらの組み合わせからなる群から選択される、および／もしくは前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、任意で前記カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、もしくはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入されている、任意で前記カセットの挿入が、ｎｓＰ１～４遺伝子と前記少なくとも１つの核酸配列とを含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内に存在する、
   もしくは
   前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３もしくは配列番号５に記載の配列を含む、もしくは
   前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失を更に含む配列番号３もしくは配列番号５の配列を含み、任意で前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号６もしくは配列番号７に記載の配列を含む、および／もしくは前記カセットが、配列番号３もしくは配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、
   かつ／または
   前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によってコードされた天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、もしくは外因性ＲＮＡプロモーターである、かつ／または
   前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、もしくは前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、
   請求項１、３、４、または６のいずれか一項に記載の医薬。
8. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズ、それぞれ１ｋｂ未満のサイズ、それぞれ２ｋｂ未満のサイズ、および／もしくはそれぞれ５ｋｂ未満のサイズである、かつ／または
   前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、発現されかつ翻訳された場合に前記対象の細胞上にＭＨＣクラスＩによって提示されることが可能なエピトープをコードする、かつ／または
   前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、発現されかつ翻訳された場合に前記対象の細胞上にＭＨＣクラスＩＩによって提示されることが可能なエピトープをコードする、
   請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬。
9. 前記少なくとも１つの核酸配列が２つ以上の核酸配列を含むか、もしくは前記少なくとも１つの核酸配列が２つ以上のポリペプチドコード核酸配列を含み、任意で各ポリペプチドコード核酸配列が互いに直接連結されている、かつ／または
   各ポリペプチドコード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって、異なるポリペプチドコード核酸配列と連結されており、
   任意で、前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列もしくは１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列に連結しており、任意で前記リンカーが、（１）少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０残基の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０残基の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアーゼによって効率的にプロセシングされる、アミノ酸残基少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）起源となる同族タンパク質に由来する抗原に隣接し、アミノ酸残基少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、もしくは２～２０個の長さである、１つ以上の天然配列からなる群から選択されるか、もしくは
   前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列もしくは１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列に連結しており、任意で前記リンカーが配列ＧＰＧＰＧ（配列番号５６）を含む、
   かつ／または
   前記ポリペプチドコード核酸配列が抗原コード核酸配列であり、ここで、前記抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング、及び提示、ならびに／もしくは免疫原性を増強する、分離したもしくは連続した配列に、前記抗原コード核酸配列が機能的にもしくは直接連結されており、
   任意で、前記分離したもしくは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティングを向上させるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティングを向上させるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、
   請求項１～４または６～８のいずれか一項に記載の医薬。
10. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つの変更を含み、前記変更によって、翻訳された対応する前記野生型核酸配列と比較して、コードされた前記エピトープがその対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性を有する、かつ／または
    前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つの変更を含み、前記変更によって、翻訳された対応する前記野生型核酸配列と比較して、コードされた前記エピトープがその対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性を有する、かつ／または
    前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つの変更を含み、前記変更によって、翻訳された対応する前記野生型核酸配列と比較して、コードされた前記エピトープがその対応するＭＨＣアレル上の提示の増大した可能性を有する、かつ／または
    前記少なくとも１つの変更が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、もしくは、プロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、かつ／または
    前記対象が、がんを有するとわかっているもしくは疑われており、任意で前記免疫応答を刺激することにより前記がんが治療される、かつ／もしくは前記がんが、肺癌、メラノーマ、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌、胃癌、結腸癌、精巣癌、頭頸部癌、膵臓癌、膀胱癌、脳癌、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺癌、及び小細胞肺癌からなる群から選択される、かつ／または
    前記対象が、１つ以上の腫瘍を有し、任意で前記免疫応答を刺激することにより、前記１つ以上の腫瘍の腫瘍体積が減少する、
    請求項１～９のいずれか一項に記載の医薬。
11. 前記少なくとも１つの核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個の核酸配列を含み、任意で、各核酸配列が、異なる非コード核酸配列、異なるポリペプチドコード核酸配列、もしくはそれらの組み合わせをコードする、または
    前記少なくとも１つの核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、もしくは最大で４００個の核酸配列を含み、任意で、各核酸配列が、異なる非コード核酸配列、異なるポリペプチドコード核酸配列、もしくはそれらの組み合わせをコードする、または
    前記少なくとも１つの核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個のポリペプチドコード核酸配列を含む、または
    前記少なくとも１つの核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、もしくは最大で４００個のポリペプチドコード核酸配列を含む、または
    前記少なくとも１つの核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個の抗原コード核酸配列を含む、または
    前記少なくとも１つの核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、もしくは最大で４００個の抗原コード核酸配列を含む、または
    前記少なくとも１つの核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上にＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列もしくはその一部をコードする、
    請求項１～４または６～１０のいずれか一項に記載の医薬。
12. 前記対象に投与され、かつ翻訳された場合に、前記エピトープコード核酸配列によってコードされた前記エピトープのうちの少なくとも１つが、抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記細胞表面上に前記エピトープのうちの少なくとも１つを提示する細胞を標的とする免疫応答が生じる、かつ／または
    前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列もしくはＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記対象に投与され、かつ翻訳された場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープもしくはＭＨＣクラスＩＩエピトープのうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記細胞表面上に前記エピトープのうちの少なくとも１つを提示する細胞を標的とする免疫応答をもたらし、任意で前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列及び／もしくはＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のそれぞれについての発現が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列によって駆動される、
    請求項１～１１のいずれかに一項に記載の医薬。
13. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸８個から３５個の間の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、もしくは３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、かつ／または
    前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在しており、任意で前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、かつ少なくとも１つの変更を含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記変更が、前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた前記対応するペプチド配列とは異なるものにする、かつ／または
    前記エピトープコード核酸配列が、１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、もしくは２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードする、かつ／または
    前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、少なくとも１つの前記ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、少なくとも１つの前記ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥのうちの少なくとも１つを含む、かつ／または
    前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列もしくは前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性もしくは非誘導性である、かつ／または
    前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記アルファウイルスに固有のポリ（Ａ）配列もしくは前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列を含む、かつ／または
    前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている、かつ／または
    前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、もしくは少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである、もしくは少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである、
    請求項１～４または６～１２のいずれか一項に記載の医薬。
14. 前記カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、もしくは、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、もしくは翻訳効率を向上させることが知られており前記少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結されている５’もしくは３’非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つを更に含む、かつ／または
    前記カセットがレポーター遺伝子を更に含み、前記レポーター遺伝子が、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰバリアント、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼバリアント、もしくは検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むが、これらに限定されず、任意で前記検出可能なペプチドもしくはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、もしくはＶ５タグからなる群から選択される、かつ／または
    前記１つ以上のベクターが、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする１つ以上の核酸配列を更に含み、任意で
    前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、もしくは抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントであり、任意で
    前記抗体もしくはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性抗体もしくは一緒に連結された多重特異性抗体としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物抗体ドメイン）、もしくは完全長の一本鎖抗体（例えば、フレキシブルなリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である、かつ／もしくは
    抗体の重鎖配列と軽鎖配列とが、２ＡもしくはＩＲＥＳなどの自己切断配列によって分離された連続的配列であるか、もしくは抗体の重鎖配列と軽鎖配列とが、連続したグリシン残基などのフレキシブルなリンカーによって連結されている、
    もしくは
    前記サイトカインが、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、もしくはＩＬ－２１、もしくはそれぞれのそれらのバリアントのうちの少なくとも１つである、
    請求項１～１３のいずれかに一項に記載の医薬。
15. 前記エピトープコード核酸配列が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、
    （ａ）腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、１セットのエピトープのそれぞれについてのペプチド配列を表すデータを取得するために使用される、前記取得する工程と、
    （ｂ）各エピトープの前記ペプチド配列を提示モデルに入力して、前記腫瘍の腫瘍細胞表面上に前記ＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される１セットの数値的尤度を生成する工程であって、前記セットの数値的尤度が、受け取った質量分析データに少なくとも基づいて同定されている、前記生成する工程と、
    （ｃ）前記セットのエピトープのサブセットを、前記セットの数値的尤度に基づいて選択して、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択された１セットのエピトープを生成する工程と
    を行うことによって選択される、請求項１～４または６～１４のいずれか一項に記載の医薬であって、任意で、
    前記セットの選択されたエピトープの数が２～２０個である、かつ／または
    前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置における特定のアミノ酸とのペアの存在と、
    （ｂ）前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の、前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる前記腫瘍細胞表面上の提示の尤度と
    の間の依存性を表す、かつ／または
    前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較して前記対象において腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、かつ／または
    前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較してプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、かつ／または
    前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較して中枢性寛容もしくは末梢性寛容によって阻害を受けやすい尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、かつ／または
    前記セットの選択されたエピトープを選択することが、前記提示モデルに基づいて、選択されないエピトープと比較して前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、かつ／または
    エクソームもしくはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍組織においてシークエンシングを行うことによって取得され、任意で、前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）もしくは任意の超並列シークエンシング手法である、
    医薬。
16. 前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含み、任意で、
    少なくとも１つのジャンクションエピトープ配列もしくは各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、かつ／もしくは各ジャンクションエピトープ配列が非自己である、かつ／もしくは
    前記カセットが、翻訳される野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測され、任意で、予測された前記非治療的ＭＨＣクラスＩもしくはクラスＩＩエピトープ配列が、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、もしくは
    前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づく、かつ／または
    前記カセット内の前記抗原コード核酸配列の順序が、
    （ａ）異なる順序の前記抗原コード核酸配列に対応する１セットの候補カセット配列を生成することと、
    （ｂ）各候補カセット配列について、前記候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定することと、
    （ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、ワクチン用の前記カセット配列として選択することと
    を含む一連の工程によって決定される、
    かつ／または
    Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の前記阻害因子が、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物中に製剤化される、かつ／または
    前記医薬が薬学的に許容される担体をさらに含む、かつ／または
    前記医薬がアジュバントと組み合わせて使用される、
    請求項１～１５のいずれかに一項に記載の医薬。
17. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の発現システム及びＩ型インターフェロンシグナル伝達の阻害因子を送達するための組成物と、使用のための指示書とを含む、キット。