JPWO2021216775A5

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Publication number: JPWO2021216775A5
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Publication date: 2024-05-01

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[本発明１００１]
抗原コードカセットであって、５’～３’方向に、式：
（Ｅ _ｘ－（Ｅ ^Ｎ _ｎ） _ｙ） _ｚ
［式中、
Ｅは、前記少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つを含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、０を含む任意の整数であり、
Ｅ ^Ｎは、それぞれの対応するｎについて前記別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについては、各ｎについてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、
前記抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥ ^Ｎ、またはこれらの組み合わせの少なくとも２回の繰り返しを含む］
によって記述される少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記抗原コードカセット。
[本発明１００２]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、場合により最後の繰り返しを除いて、ｘ及びｙ＝１である、本発明１００１の組成物。
[本発明１００３]
ｘ＝少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７である、本発明１００２の組成物。
[本発明１００４]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、場合により最後の繰り返しを除いて、ｘ＝１、ｙ＝１であり、ｎ＝２であり、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２
により記述され、場合により最後の繰り返しを除いて前記順序が式：
Ｅ－Ｅ ^１
により記述される、本発明１００１の組成物。
[本発明１００５]
ｚ＝少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７である、本発明１００４の組成物。
[本発明１００６]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、ｘ＝１、ｙ＝１、ｎ＝４であり、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２－Ｅ ^３－Ｅ ^４－Ｅ ^５
により記述される、本発明１００１の組成物。
[本発明１００７]
ｚ＝少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４である、本発明１００６の組成物。
[本発明１００８]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、ｘ＝１、ｙ＝１、ｎ＝９であり、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２－Ｅ ^３－Ｅ ^４－Ｅ ^５－Ｅ ^６－Ｅ ^７－Ｅ ^８－Ｅ ^９
により記述される、本発明１００１の組成物。
[本発明１００９]
ｚ＝少なくとも２である、本発明１００８の組成物。
[本発明１０１０]
各ＥまたはＥ ^Ｎが、独立して、５’～３’方向に、式：
（Ｌ５ _ｂ－Ｎ _ｃ－Ｌ３ _ｄ）
によって記述されるヌクレオチド配列を含み、
式中、
Ｎは、各ＥまたはＥ ^Ｎに関連する前記異なるエピトープコード核酸配列を含み、ただしｃ＝１であり、
Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１である、
本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１０１１]
各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記エピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記エピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードする、
本発明１０１０の組成物。
[本発明１０１２]
各Ｅ及びＥ ^Ｎが、少なくともアミノ酸７個の長さのエピトープをコードする、本発明１００１～１０１１のいずれかの組成物。
[本発明１０１３]
各Ｅ及びＥ ^Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのエピトープをコードする、本発明１００１～１０１１のいずれかの組成物。
[本発明１０１４]
各Ｅ及びＥ ^Ｎが、少なくともヌクレオチド２１個の長さのヌクレオチド配列である、本発明１００１～１０１３のいずれかの組成物。
[本発明１０１５]
各Ｅ及びＥ ^Ｎが、ヌクレオチド７５個の長さのヌクレオチド配列である、本発明１００１～１０１３のいずれかの組成物。
[本発明１０１６]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つの少なくとも２個の反復配列を含む、
前記組成物。
[本発明１０１７]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なるエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記少なくとも少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つの少なくとも２個の反復配列を含む、
前記組成物。
[本発明１０１８]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列を含む、本発明１０１７の組成物。
[本発明１０１９]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
前記カセットが、場合により前記ベクター骨格に天然に存在する天然プロモーターヌクレオチド配列とポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、
場合により前記ポリ（Ａ）配列が前記ベクター骨格に天然に存在し、
前記カセットが、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのエピトープコード核酸配列であって、
場合により、互いに直鎖状に連結された少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列を含み、
各エピトープコード核酸配列が場合により、
（Ａ）アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と、を含み、
前記カセットが、前記天然プロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、
各エピトープコード核酸配列の各３’末端が、前記カセット内の最後のエピトープコード核酸配列を除いて、それに続くエピトープコード核酸配列の５’末端に連結された、
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列であって、
（Ｉ）ＰＡＤＲＥＭＨＣクラスＩＩ配列（配列番号４８）と、
（ＩＩ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列（配列番号４６）と、
（ＩＩＩ）前記ＰＡＤＲＥＭＨＣクラスＩＩ配列と前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、
（ＩＶ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列の５’末端と、前記エピトープコード核酸配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、
（Ｖ）場合により、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と
を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記天然プロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つの少なくとも２個の反復配列を含む、
前記組成物。
[本発明１０２０]
前記カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’～３’方向に、
Ｐ _ａ－（Ｌ５ _ｂ－Ｎ _ｃ－Ｌ３ _ｄ） _Ｘ－（Ｇ５ _ｅ－Ｕ _ｆ） _Ｙ－Ｇ３ _ｇ
を含む式で記述され、
式中、
Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ただし、ａ＝０または１であり、
Ｎは、異なるエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｃ＝１であり、
Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ただしｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ただしｆ＝１であり、
Ｘ＝１～４００であり、ただし各Ｘについて、対応するＮ _ｃは、エピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝０、１、または２であり、ただし各Ｙについて、対応するＵ _ｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、
本発明１０１６～１０１８のいずれかの組成物。
[本発明１０２１]
各Ｘについて、前記対応するＮ _ｃが、前記異なるエピトープコード核酸配列の前記少なくとも２個の反復配列に対応するＮ _ｃを除いて、異なるエピトープコード核酸配列である、本発明１０２０の組成物。
[本発明１０２２]
各Ｙについて、前記対応するＵ _ｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、本発明１０２０または１０２１の組成物。
[本発明１０２３]
ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ベクター骨格に天然に存在する単一の天然プロモーターヌクレオチド配列であり、
前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記ベクター骨格によって与えられる少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、
各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記エピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記エピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクター骨格が、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含み、
前記ベクター骨格がアルファウイルスベクターを含む場合には、場合により前記天然プロモーターヌクレオチド配列がサブゲノミックプロモーターであり、
前記ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
本発明１０２０～１０２２のいずれかの組成物。
[本発明１０２４]
前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、または少なくとも７個の反復配列である、本発明１０１６～１０２３のいずれかの組成物。
[本発明１０２５]
前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、１少なくとも４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の反復配列である、本発明１０１６～１０２３のいずれかの組成物。
[本発明１０２６]
前記少なくとも２個の反復配列が、２～３個、２～４個、２～５個、２～６個、または２～７個の反復配列である、本発明１０１６～１０２３のいずれかの組成物。
[本発明１０２７]
前記少なくとも２個の反復配列が、７個以下の反復配列、６個以下の反復配列、５個以下の反復配列、４個以下の反復配列、または３個以下の反復配列である、本発明１０１６～１０２３のいずれかの組成物。
[本発明１０２８]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個の反復配列を含む、本発明１０１６～１０２７のいずれかの組成物。
[本発明１０２９]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個の反復配列を含む、本発明１０１６～１０２７のいずれかの組成物。
[本発明１０３０]
前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも１つの別個の異なるエピトープコード核酸配列によって隔てられている、本発明１０１６～１０２９のいずれかの組成物。
[本発明１０３１]
前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも２個の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって隔てられている、本発明１０１６～１０２９のいずれかの組成物。
[本発明１０３２]
場合により存在してよい前記５’リンカー配列及び／または場合により存在してよい前記３’リンカー配列を含む前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも７５個のヌクレオチドによって隔てられている、本発明１０１６～１０２９のいずれかの組成物。
[本発明１０３３]
場合により存在してよい前記５’リンカー配列及び／または場合により存在してよい前記３’リンカー配列を含む前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも１５０個のヌクレオチド、少なくとも３００個のヌクレオチド、または少なくとも６７５個のヌクレオチドによって隔てられている、本発明１０１６～１０２９のいずれかの組成物。
[本発明１０３４]
場合により存在してよい前記５’リンカー配列及び／または場合により存在してよい前記３’リンカー配列を含む前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも５０個のヌクレオチド、少なくとも１００個のヌクレオチド、少なくとも２００個のヌクレオチド、少なくとも２５０個のヌクレオチド、少なくとも３５０個のヌクレオチド、少なくとも４００個のヌクレオチド、少なくとも４５０個のヌクレオチド、少なくとも５００個のヌクレオチド、少なくとも７００個のヌクレオチド、少なくとも７００個のヌクレオチド、少なくとも７５０個のヌクレオチド、少なくとも８００個のヌクレオチド、少なくとも９００個のヌクレオチド、または少なくとも１０００個のヌクレオチドによって隔てられている、本発明１０１６～１０２９のいずれかの組成物。
[本発明１０３５]
場合により存在してよい前記５’リンカー配列及び／または場合により存在してよい前記３’リンカー配列を含む前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも１０個のヌクレオチド、少なくとも１５個のヌクレオチド、少なくとも２０個のヌクレオチド、少なくとも２５個のヌクレオチド、少なくとも３０個のヌクレオチド、少なくとも３５個のヌクレオチド、少なくとも４０個のヌクレオチド、少なくとも４５個のヌクレオチド、少なくとも５０個のヌクレオチド、少なくとも５５個のヌクレオチド、少なくとも６０個のヌクレオチド、少なくとも６５個のヌクレオチド、または少なくとも７０個のヌクレオチドによって隔てられている、本発明１０１６～１０２９のいずれかの組成物。
[本発明１０３６]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、５’～３’方向に、式：
（Ｅ _ｘ－（Ｅ ^Ｎ _ｎ） _ｙ） _ｚ
により記述され、
式中、
Ｅは、前記少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つを含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、０を含む任意の整数であり、
Ｅ ^Ｎは、それぞれの対応するｎについて前記別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについては、各ｎについてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、前記抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥ ^Ｎ、またはこれらの組み合わせの少なくとも２回の繰り返しを含む、
本発明１０１６～１０３５のいずれかの組成物。
[本発明１０３７]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、場合により最後の繰り返しを除いて、ｘ及びｙ＝１である、本発明１０３６の組成物。
[本発明１０３８]
ｘ＝少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７である、本発明１０３７の組成物。
[本発明１０３９]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、場合により最後の繰り返しを除いて、ｘ＝１、ｙ＝１であり、ｎ＝２であり、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２
により記述され、場合により最後の繰り返しを除いて前記順序が式：
Ｅ－Ｅ ^１
により記述される、本発明１０３６の組成物。
[本発明１０４０]
ｚ＝少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７である、本発明１０３９の組成物。
[本発明１０４１]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、ｘ＝１、ｙ＝１、ｎ＝４であり、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２－Ｅ ^３－Ｅ ^４－Ｅ ^５
により記述される、本発明１０３６の組成物。
[本発明１０４２]
ｚ＝少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４である、本発明１０４１の組成物。
[本発明１０４３]
ｚのそれぞれの繰り返しについて、ｘ＝１、ｙ＝１、ｎ＝９であり、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２－Ｅ ^３－Ｅ ^４－Ｅ ^５－Ｅ ^６－Ｅ ^７－Ｅ ^８－Ｅ ^９
により記述される、本発明１０３６の組成物。
[本発明１０４４]
ｚ＝少なくとも２である、本発明１０４３の組成物。
[本発明１０４５]
前記少なくとも２個の反復配列が、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列の単一の繰り返しを含む抗原コード核酸配列に対してより高い免疫応答を刺激するのに充分な数の反復配列を含むか、またはｚがそのような充分な数を含む、本発明１００１～１０４４のいずれかの組成物。
[本発明１０４６]
前記少なくとも２個の反復配列が、免疫応答を刺激するのに充分な数の反復配列を含むか、またはｚがそのような充分な数を含み、
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列の単一の繰り返しが、前記免疫応答を刺激するのに不充分であるかもしくは検出可能な免疫応答を刺激するのに不充分である、
本発明１００１～１０４５のいずれかの組成物。
[本発明１０４７]
前記免疫応答が、前記抗原発現系を送達するための前記組成物によるインビボ免疫後のエピトープ特異的Ｔ細胞の増殖である、本発明１０４５または１０４６の組成物。
[本発明１０４８]
前記免疫応答が、前記抗原発現系を送達するための前記組成物によるインビボ免疫後のエピトープ特異的Ｔ細胞の活性化の増加及び／またはエピトープ特異的Ｔ細胞によるエピトープ特異的殺滅の増加である、本発明１０４５または１０４６の組成物。
[本発明１０４９]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記カセットが７００ヌクレオチド以下の長さである、
前記組成物。
[本発明１０５０]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なるエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記カセットが７００ヌクレオチド以下の長さである、
前記組成物。
[本発明１０５１]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、３個の異なるエピトープコード核酸配列を含む、本発明１０５０の組成物。
[本発明１０５２]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
前記カセットが、場合により前記ベクター骨格に天然に存在する天然プロモーターヌクレオチド配列とポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、
場合により前記ポリ（Ａ）配列が前記ベクター骨格に天然に存在し、
前記カセットが、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのエピトープコード核酸配列であって、
場合により、互いに直鎖状に連結された少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列を含み、
各エピトープコード核酸配列が場合により、
（Ａ）アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と、を含み、
前記カセットが、前記天然プロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、
各エピトープコード核酸配列の各３’末端が、前記カセット内の最後のエピトープコード核酸配列を除いて、それに続くエピトープコード核酸配列の５’末端に連結された、
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列であって、
（Ｉ）ＰＡＤＲＥＭＨＣクラスＩＩ配列（配列番号４８）と、
（ＩＩ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列（配列番号４６）と、
（ＩＩＩ）前記ＰＡＤＲＥＭＨＣクラスＩＩ配列と前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、
（ＩＶ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列の５’末端と、前記エピトープコード核酸配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、
（Ｖ）場合により、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と
を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記天然プロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記カセットが７００ヌクレオチド以下の長さである、
前記組成物。
[本発明１０５３]
前記カセットが、３７５～７００ヌクレオチドの長さである、本発明１００１～１０５２のいずれかの組成物。
[本発明１０５４]
前記カセットが、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さである、本発明１００１～１０５２のいずれかの組成物。
[本発明１０５５]
前記カセットが、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さである、本発明１００１～１０５２のいずれかの組成物。
[本発明１０５６]
前記エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上が、対象の腫瘍、感染または感染細胞に由来する、本発明１００１～１０５５のいずれかの組成物。
[本発明１０５７]
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、対象の腫瘍、感染または感染細胞に由来する、本発明１００１～１０５５のいずれかの組成物。
[本発明１０５８]
前記エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上が、対象の腫瘍、感染または感染細胞に由来しない、本発明１００１～１０５５のいずれかの組成物。
[本発明１０５９]
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、対象の腫瘍、感染または感染細胞に由来しない、本発明１００１～１０５５のいずれかの組成物。
[本発明１０６０]
前記エピトープコード核酸配列が、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードしており、場合により、前記細胞の表面が腫瘍細胞表面または感染細胞表面であり、場合により、前記細胞が対象の細胞である、本発明１００１～１０５９のいずれかの組成物。
[本発明１０６１]
前記細胞が、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される腫瘍細胞である、または
前記細胞が、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される、
本発明１０６０の組成物。
[本発明１０６２]
前記ウイルス感染細胞が、ＨＩＶ感染細胞、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）感染細胞、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）感染細胞、エボラ感染細胞、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染細胞、インフルエンザ感染細胞、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染細胞、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染細胞、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）感染細胞、チクングニアウイルス感染細胞、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）感染細胞、デングウイルス感染細胞、及びオルトミクソウイルス科ウイルス感染細胞からなる群から選択される、本発明１０６１の組成物。
[本発明１０６３]
ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０６４]
前記ナノ粒子状の送達ビヒクルが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、本発明１０６３の組成物。
[本発明１０６５]
前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質を含む、本発明１０６４の組成物。
[本発明１０６６]
前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、本発明１０６５の組成物。
[本発明１０６７]
前記ナノ粒子送達ビヒクルが、前記抗原発現系を封入している、本発明１０２４～１０６６のいずれかの組成物。
[本発明１０６８]
前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０６７のいずれかの組成物。
[本発明１０６９]
前記第２のプロモーターが存在せず、
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記抗原コード核酸配列と機能的に連結されている、
本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０６８のいずれかの組成物。
[本発明１０７０]
前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０６９のいずれかの組成物。
[本発明１０７１]
前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’の７－メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを含む、本発明１０７０の組成物。
[本発明１０７２]
前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、インビトロ転写によって生成される、本発明１０７０または１０７１の組成物。
[本発明１０７３]
前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０７２のいずれかの組成物。
[本発明１０７４]
前記骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０７３のいずれかの組成物。
[本発明１０７５]
前記骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０７３のいずれかの組成物。
[本発明１０７６]
前記骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノミックプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、本発明１０７４または１０７５の組成物。
[本発明１０７７]
前記骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノミックプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０７４または１０７５の組成物。
[本発明１０７８]
前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、本発明１０７６または１０７７の組成物。
[本発明１０７９]
前記骨格が、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、本発明１０７６～１０７８のいずれかの組成物。
[本発明１０８０]
前記カセットが、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、または前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入された、本発明１０７９の組成物。
[本発明１０８１]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、本発明１０７４または１０７５の組成物。
[本発明１０８２]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４～１１１７５の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、本発明１０７４または１０７５の組成物。
[本発明１０８３]
前記骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、本発明１０８２の組成物。
[本発明１０８４]
前記カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、本発明１０８２または１０８３の組成物。
[本発明１０８５]
前記カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、
前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、別々のオープンリーディングフレーム内にある、
本発明１０８０～１０８４の組成物。
[本発明１０８６]
前記骨格が、チンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０７３のいずれかの組成物。
[本発明１０８７]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターが、ＣｈＡｄＶ６８ベクターであり、
場合により、前記ＣｈＡｄＶベクターが、
（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
（ｉ）配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、
前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）ＣｈＡｄＶ６８のＥ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）ＣｈＡｄＶ６８のＥ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、場合により、（３）ＣｈＡｄＶ６８の部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
（ｉｉ）場合により、ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、ＳＶ４０ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、
（ｂ）先行本発明のいずれかの抗原コードカセットであって、場合により、前記Ｅ１欠失部内に挿入され、前記ＣＭＶプロモーターのヌクレオチド配列及び前記ＳＶ４０ポリ（Ａ）配列と機能的に連結されている、前記抗原コードカセットと
を含む、本発明１０８６の組成物。
[本発明１０８８]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によってコードされた天然のサブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列である、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０８７のいずれかの組成物。
[本発明１０８９]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２または１０２４～１０８７のいずれかの組成物。
[本発明１０９０]
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、サブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列である、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０８９のいずれかの組成物。
[本発明１０９１]
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数のサブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列を含み、各サブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０８９のいずれかの組成物。
[本発明１０９２]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０９３]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０９４]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０９５]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０９６]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０９７]
各エピトープコード核酸配列が互いに直接連結されている、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０９６のいずれかの組成物。
[本発明１０９８]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって異なるエピトープコード核酸配列と連結されている、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１０９７のいずれかの組成物。
[本発明１０９９]
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩＩ配列と連結する、本発明１０９８の組成物。
[本発明１１００]
前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアーゼによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、本発明１０９９の組成物。
[本発明１１０１]
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩ配列と連結する、本発明１０９８の組成物。
[本発明１１０２]
前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、本発明１１０１の組成物。
[本発明１１０３]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つの配列が、それによりコードされるエピトープの前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、隔てられたまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１０２のいずれかの組成物。
[本発明１１０４]
前記隔てられたまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙのＡｌａ置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合によりプロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、本発明１１０３の組成物。
[本発明１１０５]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０６]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列の少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０７]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレル上への増大した提示の可能性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０８]
前記少なくとも１つの変化が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０９]
前記腫瘍が、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、膀胱がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択されるか、または、
前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、
先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１１０]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のエピトープコード核酸配列を含む、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１０９のいずれかの組成物。
[本発明１１１１]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個のエピトープコード核酸配列を含む、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１０９のいずれかの組成物。
[本発明１１１２]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個のエピトープコード核酸配列を含み、前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１０９のいずれかの組成物。
[本発明１１１３]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含む、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１１２のいずれかの組成物。
[本発明１１１４]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大で４００個の抗原コード核酸配列を含む、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１１２のいずれかの組成物。
[本発明１１１５]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１１２のいずれかの組成物。
[本発明１１１６]
前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２つが、細胞表面、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１０１９または１０２３の組成物。
[本発明１１１７]
前記対象に投与されて翻訳された場合、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列によってコードされた前記エピトープのうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、前記腫瘍細胞表面または感染細胞表面上の前記抗原の少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらす、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１１８]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープのうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、腫瘍細胞表面または前記感染細胞表面上の前記エピトープのうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらし、場合により、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列によって誘導される、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１１９]
各エピトープコード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個のポリペプチド配列をコードする、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１１８のいずれかの組成物。
[本発明１１２０]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１１９のいずれかの組成物。
[本発明１１２１]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
前記コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化
を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む、
本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１１９のいずれかの組成物。
[本発明１１２２]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０，または２０～４０個の長さである、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２１のいずれかの組成物。
[本発明１１２３]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２２のいずれかの組成物。
[本発明１１２４]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２３のいずれかの組成物。
[本発明１１２５]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２３のいずれかの組成物。
[本発明１１２６]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格に天然に存在するポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２５のいずれかの組成物。
[本発明１１２７]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２５のいずれかの組成物。
[本発明１１２８]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２７のいずれかの組成物。
[本発明１１２９]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２８のいずれかの組成物。
[本発明１１３０]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも８０個の連続したＡヌクレオチドである、本発明１０１６～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１２８のいずれかの組成物。
[本発明１１３１]
前記カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フーリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１３２]
前記カセットが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰバリアント、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼバリアント、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１３３]
前記検出可能なペプチドまたはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される、本発明１１３２の組成物。
[本発明１１３４]
前記１つ以上のベクターが、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする１つ以上の核酸配列をさらに含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１３５]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明１１３４の組成物。
[本発明１１３６]
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性抗体もしくは互いに連結された多重特異性抗体としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である、本発明１１３５の組成物。
[本発明１１３７]
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、２ＡまたはＩＲＥＳのような自己切断配列によって隔てられた連続的配列であるか、または前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基のような柔軟性リンカーによって連結されている、本発明１１３５または１１３６の組成物。
[本発明１１３８]
前記免疫調節物質がサイトカインである、本発明１１３４の組成物。
[本発明１１３９]
前記サイトカインが、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、もしくはＩＬ－２１、またはそれぞれのそのバリアントのうちの少なくとも１つである、本発明１１３８の組成物。
[本発明１１４０]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列が、以下の工程：
（ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、
前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）前記抗原のそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上でのＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原の前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、
前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
を実施することによって選択される、本発明１００１～１０１８、１０２０～１０２２、または１０２４～１１３９のいずれかの組成物。
[本発明１１４１]
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
（ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、
前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）前記抗原のそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上でのＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原の前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、
前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記少なくとも２０個のエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
を実施することによって選択される、本発明１０１９または１０２３の組成物。
[本発明１１４２]
前記選択された抗原のセットの数が、２～２０である、本発明１１４０の組成物。
[本発明１１４３]
前記提示モデルが、
（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
（ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上での提示の可能性と
の間の依存性を表す、本発明１１４０～１１４２の組成物。
[本発明１１４４]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて前記細胞表面上に提示される可能性が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記選択された抗原が、１つ以上の特異的ＨＬＡアレルによって提示されているものとして検証されている、本発明１１４０～１１４３の組成物。
[本発明１１４５]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて前記対象の腫瘍特異的または感染症特異的な免疫応答を刺激することができる可能性が増大している抗原を選択することを含む、本発明１１４０～１１４４の組成物。
[本発明１１４６]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べてプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示され得る可能性が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である、本発明１１４０～１１４５の組成物。
[本発明１１４７]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける可能性が減少している抗原を選択することを含む、本発明１１４０～１１４６の組成物。
[本発明１１４８]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて前記対象の正常組織に対する自己免疫応答を刺激することができる可能性が減少している抗原を選択することを含む、本発明１１４０～１１４７の組成物。
[本発明１１４９]
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍細胞もしくは組織、感染細胞、または感染症生物でシークエンシングを行うことによって取得される、本発明１１４０～１１４８の組成物。
[本発明１１５０]
前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、本発明１１４９の組成物。
[本発明１１５１]
前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１５２]
少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、本発明１１５１の組成物。
[本発明１１５３]
各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、本発明１１５１または１１５２の組成物。
[本発明１１５４]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示が可能であることが予測または検証されている、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１５５]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示が可能であることが予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．０１％の抗原／ＨＬＡ頻度を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１５６]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示が可能であることが予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ頻度を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１５７]
前記カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１５８]
前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、本発明１１５７の組成物。
[本発明１１５９]
前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示可能性に基づいたものである、本発明１１５１～１１５８の組成物。
[本発明１１６０]
前記カセット内における前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の順序が、以下：
（ａ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の異なる順序に対応した候補カセット配列のセットを生成する工程と、
（ｂ）前記各候補カセット配列について、候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、
（ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、抗原ワクチン用のカセット配列として選択する工程と
を含む一連の工程によって決定される、本発明１１５１～１１５９のいずれかの組成物。
[本発明１１６１]
先行本発明のいずれかの前記組成物と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
[本発明１１６２]
アジュバントをさらに含む、本発明１１６１の組成物。
[本発明１１６３]
免疫調節物質をさらに含む、本発明１１６１または１１６２の医薬組成物。
[本発明１１６４]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明１１６３の医薬組成物。
[本発明１１６５]
先行の組成物の発明のいずれかのカセットと、配列番号３または配列番号５の配列から得られる１つ以上の要素とを含む、単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットであって、
場合により、前記１つ以上の要素が、非構造タンパク質媒介増幅に必要な配列、サブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列、ポリ（Ａ）配列、及び配列番号３または配列番号５に記載の配列のｎｓＰ１～４遺伝子からなる群から選択され、
場合により、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、
前記単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセット。
[本発明１１６６]
前記単離ヌクレオチド配列の配列またはセットが、
配列番号６または配列番号７に記載の配列の７５４４位に挿入された、先行の組成物の発明のいずれかのカセット
を含む、本発明１１６５の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１６７]
（ａ）配列番号３または配列番号５の配列から得られた前記１つ以上の要素の５’側に位置するＴ７またはＳＰ６ＲＮＡポリメラーゼプロモーターのヌクレオチド配列と、
（ｂ）場合により、前記ポリ（Ａ）配列の３’側に位置する１つ以上の制限部位と
をさらに含む、本発明１１６５または１１６６の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１６８]
先行の組成物の発明のいずれかのカセットが、配列番号８または配列番号９の７５６３位に挿入されている、本発明１１６５の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１６９]
本発明１１６５～１１６８のヌクレオチド配列を含む、ベクターまたはベクターのセット。
[本発明１１７０]
本発明１１６５～１１６９の単離ヌクレオチド配列のヌクレオチド配列またはセットを含む単離細胞であって、場合により、前記細胞が、ＢＨＫ－２１、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、前記単離細胞。
[本発明１１７１]
先行の組成物の発明のいずれかの組成物と、使用説明書とを含む、キット。
[本発明１１７２]
がんを有する対象を治療するための方法であって、
前記対象に、先行の組成物の発明のいずれかの組成物、または本発明１１６１～１１６４のいずれかの医薬組成物を投与すること
を含む、前記方法。
[本発明１１７３]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列が、がんを有する前記対象の腫瘍に由来するかまたは前記感染した対象の細胞または試料に由来する、本発明１１７２の方法。
[本発明１１７４]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列が、がんを有する前記対象の腫瘍にも、前記感染した対象の細胞または試料にも由来しない、本発明１１７２の方法。
[本発明１１７５]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記対象に、先行の組成物の発明のいずれかの組成物、または本発明１１６１～１１６４のいずれかの医薬組成物を投与すること
を含む、前記方法。
[本発明１１７６]
前記対象が、前記ＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されているまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、本発明１１７２～１１７５のいずれかの方法。
[本発明１１７７]
前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、本発明１１７２～１１７６のいずれかの方法。
[本発明１１７８]
前記組成物が筋肉内投与される、本発明１１７２～１１７６のいずれかの方法。
[本発明１１７９]
１つ以上の免疫調節物質を投与することをさらに含み、
場合により、前記免疫調節物質が前記組成物または医薬組成物の投与前、投与と同時、または投与後に投与される、
本発明１１７２～１１７８のいずれかの方法。
[本発明１１８０]
前記１つ以上の免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントからなる群から選択される、本発明１１７９の方法。
[本発明１１８１]
前記免疫調節物質が、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、本発明１１７９または１１８０の方法。
[本発明１１８２]
前記皮下投与が、前記組成物または医薬組成物の投与部位の近くに、または１つ以上のベクターもしくは組成物の流入領域リンパ節に近接して行われる、本発明１１８１の方法。
[本発明１１８３]
前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む、本発明１１７２～１１８２のいずれかの方法。
[本発明１１８４]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１７２～１１８２のいずれかの組成物または医薬組成物の投与の前に投与される、本発明１１８３の方法。
[本発明１１８５]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１７２～１１８２のいずれかの組成物または医薬組成物の投与の後に投与される、本発明１１８３の方法。
[本発明１１８６]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１７２～１１８２のいずれかの組成物または医薬組成物と同じである、本発明１１８４または１１８５の方法。
[本発明１１８７]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１７２～１１８２のいずれかの組成物または医薬組成物と異なる、本発明１１８４または１１８５の方法。
[本発明１１８８]
前記第２のワクチン組成物が、少なくとも１つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、本発明１１８７の方法。
[本発明１１８９]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、先行の組成物の発明のいずれかの少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じである、本発明１１８８の方法。
[本発明１１９０]
先行の組成物の発明のいずれかの１つ以上のベクターを製造する方法であって、
（ａ）前記骨格及び前記カセットを含む直線化ＤＮＡ配列を得ることと、
（ｂ）前記直線化ＤＮＡ配列を、前記直線化ＤＮＡ配列をＲＮＡに転写するために必要なすべての成分を含んだインビトロ転写反応液に加えることにより、前記直線化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、場合により、得られたＲＮＡに前記ｍ７ｇキャップをインビトロで付加することをさらに含む、前記インビトロ転写することと、
（ｃ）前記インビトロ転写反応液から前記１つ以上のベクターを単離することと
を含む、前記方法。
[本発明１１９１]
前記直線化ＤＮＡ配列が、ＤＮＡプラスミド配列を直線化することにより、またはＰＣＲを用いた増幅により生成される、本発明１１９０の製造方法。
[本発明１１９２]
前記ＤＮＡプラスミド配列が、細菌組換えまたは全ゲノムＤＮＡ合成または細菌細胞内で合成されたＤＮＡの増幅を行う全ゲノムＤＮＡ合成のうちの１つを用いて生成される、本発明１１９１の製造方法。
[本発明１１９３]
前記１つ以上のベクターを前記インビトロ転写反応液から単離することが、フェノールクロロホルム抽出、シリカカラムを用いた精製、または同様のＲＮＡ精製法のうちの１つ以上を含む、本発明１１９０の製造方法。
[本発明１１９４]
前記抗原発現系を送達するための先行の組成物の発明のいずれかの組成物を製造する方法であって、
（ａ）ナノ粒子状の送達ビヒクルの成分を与えることと、
（ｂ）前記抗原発現系を与えることと、
（ｃ）前記ナノ粒子状の送達ビヒクル及び前記抗原発現系が前記抗原発現系を送達するための前記組成物を生成するのに充分な条件を与えることと
を含む、前記方法。
[本発明１１９５]
前記条件がマイクロ流体混合によって与えられる、本発明１１９４の製造方法。
[本発明１１９６]
疾患を有する対象を治療するための方法であって、場合により前記疾患が、がんまたは感染症であり、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原コードカセットを含み、
前記抗原コードカセットが、５’～３’方向に、式：
（Ｅ _ｘ－（Ｅ ^Ｎ _ｎ） _ｙ） _ｚ
［式中、
Ｅは、前記少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つを含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、０を含む任意の整数であり、
Ｅ ^Ｎは、それぞれの対応するｎについて前記別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについては、各ｎについてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、
前記抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥ ^Ｎ、またはこれらの組み合わせの少なくとも２回の繰り返しを含む］
によって記述される少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記方法。
[本発明１１９７]
疾患を有する対象を治療するための方法であって、場合により前記疾患が、がんであり、
前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原発現系を含み、
前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、場合により前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つの少なくとも２個の反復配列を含む、
前記方法。
[本発明１１９８]
疾患を有する対象を治療するための方法であって、場合により前記疾患が、がんであり、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原発現系を含み、
前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記カセットが７００ヌクレオチド以下の長さである、
前記方法。
[本発明１１９９]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列が、がんを有する前記対象の腫瘍に由来するかまたは前記感染した対象の細胞または試料に由来する、本発明１１９６～１１９８のいずれかの方法。
[本発明１２００]
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列が、がんを有する前記対象の腫瘍にも、前記感染した対象の細胞または試料にも由来しない、本発明１１９６～１１９８のいずれかの方法。
[本発明１２０１]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原コードカセットを含み、
前記抗原コードカセットが、５’～３’方向に、式：
（Ｅ _ｘ－（Ｅ ^Ｎ _ｎ） _ｙ） _ｚ
［式中、
Ｅは、前記少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つを含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、０を含む任意の整数であり、
Ｅ ^Ｎは、それぞれの対応するｎについて前記別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについては、各ｎについてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、
前記抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥ ^Ｎ、またはこれらの組み合わせの少なくとも２回の繰り返しを含む］
によって記述される少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記方法。
[本発明１２０２]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原発現系を含み、
前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、場合により前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つの少なくとも２個の反復配列を含む、
前記方法。
[本発明１２０３]
疾患を有する対象を治療する方法であって、場合により前記疾患が、がんまたは感染症であり、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原発現系を含み、
前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記カセットが７００ヌクレオチド以下の長さである、
前記方法。
[本発明１２０４]
前記対象が、前記少なくとも１つのエピトープ配列を提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、本発明１１９６～１２０３のいずれかの方法。
[本発明１２０５]
前記対象が、前記少なくとも１つのエピトープ配列を提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現し、かつ、前記少なくとも１つのエピトープ配列が、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されることが知られているかまたは疑われるエピトープを含む、本発明１１９６～１２０３のいずれかの方法。
[本発明１２０６]
前記細胞の表面が、腫瘍細胞表面である、本発明１２０５の方法。
[本発明１２０７]
前記細胞が、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される腫瘍細胞である、本発明１２０６の方法。
[本発明１２０８]
前記細胞の表面が、感染細胞表面である、本発明１２０５の方法。
[本発明１２０９]
前記細胞が、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される感染細胞である、本発明１２０８の方法。
[本発明１２１０]
前記ウイルス感染細胞が、ＨＩＶ感染細胞、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）感染細胞、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）感染細胞、エボラ感染細胞、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染細胞、インフルエンザ感染細胞、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染細胞、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染細胞、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）感染細胞、チクングニアウイルス感染細胞、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）感染細胞、デングウイルス感染細胞、及びオルトミクソウイルス科ウイルス感染細胞からなる群から選択される、本発明１２０９の方法。
[本発明１２１１]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原コードカセットを含み、
前記抗原コードカセットが、５’～３’方向に、式：
（Ｅ _ｘ－（Ｅ ^Ｎ _ｎ） _ｙ） _ｚ
［式中、
Ｅは、前記少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つを含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、０を含む任意の整数であり、
Ｅ ^Ｎは、それぞれの対応するｎについて前記別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについては、各ｎについてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、
前記抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥ ^Ｎ、またはこれらの組み合わせの少なくとも２回の繰り返しを含む］
によって記述される少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記方法。
[本発明１２１２]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原発現系を含み、
前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、場合により前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つの少なくとも２個の反復配列を含み、
前記対象が、前記少なくとも１つのエピトープ配列を提示することが予測されているかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、
前記方法。
[本発明１２１３]
対象の免疫応答を刺激するための方法であって、
前記対象に抗原ベースワクチンを前記対象に投与することを含み、
前記抗原ベースワクチンが抗原発現系を含み、
前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）場合により、少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも２個のエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、場合により前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記カセットが７００ヌクレオチド以下の長さであり、
前記対象が、前記少なくとも１つのエピトープ配列を提示することが予測されているかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、
前記方法。
[本発明１２１４]
前記抗原発現系が、本発明１００１～１１６０のいずれかの前記抗原発現系のいずれか１つを含む、本発明１１９６～１２１３のいずれかの方法。
[本発明１２１５]
前記抗原ベースワクチンが、本発明１１６１～１１６４のいずれかの前記医薬組成物のいずれか１つを含む、本発明１１９６～１２１３のいずれかの方法。
[本発明１２１６]
前記抗原ベースワクチンが、プライミング用量として投与される、本発明１１９６～１２１５のいずれかの方法。
[本発明１２１７]
前記抗原ベースワクチンが、１つ以上のブースター用量として投与される、本発明１１９６～１２１６のいずれかの方法。
[本発明１２１８]
前記ブースター用量が、前記プライミング用量と異なる、本発明１２１７の方法。
[本発明１２１９]
（ａ）前記プライミング用量がチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、前記ブースター用量がアルファウイルスベクターを含む、または
（ｂ）前記プライミング用量がアルファウイルスベクターを含み、前記ブースター用量がチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、
本発明１２１８の方法。
[本発明１２２０]
前記ブースター用量が、前記プライミング用量と同じである、本発明１２１７の方法。
[本発明１２２１]
前記１回以上のブースター用量の注射部位が、前記プライミング用量の注射部位に可能な限り近い、本発明１２１７～１２２０のいずれかの方法。
[本発明１２２２]
前記対象の前記ＨＬＡハロタイプを決定することまたは決定されていること
をさらに含む、先行する方法の発明のいずれかの方法。
[本発明１２２３]
前記抗原ベースワクチンが、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、先行する方法の発明のいずれかの方法。
[本発明１２２４]
前記抗原ベースワクチンが、筋肉内（ＩＭ）投与される、先行する方法の発明のいずれかの方法。
[本発明１２２５]
前記筋肉内（ＩＭ）投与が、別々の注射部位に投与される、本発明１２２４の方法。
[本発明１２２６]
前記別々の注射部位が、両方の三角筋である、本発明１２２５の方法。
[本発明１２２７]
前記別々の注射部位が、両側の殿筋または大腿直筋部位である、本発明１２２６の方法。
本発明のこれらの、ならびに他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明文、及び添付図面を参照することでより深い理解がなされるであろう。

Claims

抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系を含み、
前記抗原発現系が、１つ以上のベクターを含み、
前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なるエピトープコード核酸配列であって、
場合により、（１）前記コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされた対応するペプチド配列とは異なるものとする、少なくとも１つの変化、または（２）病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列を含み、
前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記エピトープコード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（配列番号５６）をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、前記ベクター骨格に天然のポリ（Ａ）配列または前記ベクター骨格に対して外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記カセットと
を含み、
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が存在しない場合、前記抗原コード核酸配列が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記少なくとも少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２つの少なくとも２個の反復配列を含み、かつ
場合により、前記カセットが７００ヌクレオチド以下の長さである、
前記組成物。
（ａ）前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、２～３個、２～４個、２～５個、２～６個、もしくは２～７個の反復配列、または７個以下の反復配列、６個以下の反復配列、５個以下の反復配列、４個以下の反復配列、もしくは３個以下の反復配列である、かつ／あるいは
（ｂ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも２個の反復配列を含む、かつ／あるいは
（ｃ）前記少なくとも２個の反復配列が、少なくとも１つの別個の異なるエピトープコード核酸配列によって隔てられている、または少なくとも２個の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって隔てられている、
請求項１に記載の組成物。
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、５’～３’方向に、式：
（Ｅ_ｘ－（Ｅ^Ｎ _ｎ）_ｙ）_ｚ
により記述され、
式中、
Ｅは、前記少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つを含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、１以上の任意の整数であり、
Ｅ^Ｎは、それぞれの対応するｎについて前記別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについては、各ｎについてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、前記抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥ^Ｎ、またはこれらの組み合わせの少なくとも２回の繰り返しを含む、
請求項１または２に記載の組成物。
ｚのそれぞれの繰り返しについて、
（ａ）場合により最後の繰り返しを除いて、ｘ及びｙ＝１である、または
（ｂ）場合により最後の繰り返しを除いて、ｘ＝１、ｙ＝１であり、ｎ＝２であり、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２
により記述され、場合により最後の繰り返しを除いて前記順序が式：
Ｅ－Ｅ ^１
により記述される、または
（ｃ）ｘ＝１、ｙ＝１、ｎ＝４であり、かつ３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、ｚのそれぞれの繰り返しについて、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２－Ｅ ^３－Ｅ ^４－Ｅ ^５
により記述される、または
（ｄ）ｘ＝１、ｙ＝１、ｎ＝９であり、かつ３個の異なるエピトープコード核酸配列の順序が、ｚのそれぞれの繰り返しについて、式：
Ｅ－Ｅ ^１－Ｅ ^２－Ｅ ^３－Ｅ ^４－Ｅ ^５－Ｅ ^６－Ｅ ^７－Ｅ ^８－Ｅ ^９
により記述される、
場合により、ｚ＝少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７である、
請求項３に記載の組成物。
各ＥまたはＥ^Ｎが、独立して、５’～３’方向に、式：
（Ｌ５_ｂ－Ｎ_ｃ－Ｌ３_ｄ）
によって記述されるヌクレオチド配列を含み、
式中、
Ｎは、各ＥまたはＥ^Ｎに関連する前記異なるエピトープコード核酸配列を含み、ただしｃ＝１であり、
Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ただしｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ただしｄ＝０または１であり、
場合により、
各Ｅ及びＥ ^Ｎが、少なくともヌクレオチド２１個の長さのヌクレオチド配列であるか、もしくは、ヌクレオチド７５個の長さのヌクレオチド配列である、かつ／または
各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのエピトープをコードする、かつ／または
Ｌ５が、前記エピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記エピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードする、
請求項３または４に記載の組成物。
（ａ）前記少なくとも２個の反復配列が、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列の単一の繰り返しを含む抗原コード核酸配列に対してより高い免疫応答を刺激するのに充分な数の反復配列を含むか、もしくはｚがそのような充分な数を含む、かつ／または
前記少なくとも２個の反復配列が、免疫応答を刺激するのに充分な数の反復配列を含むか、もしくはｚがそのような充分な数を含み、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列の単一の繰り返しが、前記免疫応答を刺激するのに不充分であるかもしくは検出可能な免疫応答を刺激するのに不充分である、場合により、前記免疫応答が、前記抗原発現系を送達するための前記組成物によるインビボ免疫後のエピトープ特異的Ｔ細胞の増殖である、かつ／または、前記免疫応答が、前記抗原発現系を送達するための前記組成物によるインビボ免疫後のエピトープ特異的Ｔ細胞の活性化の増加及び／またはエピトープ特異的Ｔ細胞によるエピトープ特異的殺滅の増加である、かつ／あるいは
（ｂ）前記対象に投与されて翻訳された場合、前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列によってコードされた前記エピトープのうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、前記腫瘍細胞表面または感染細胞表面上の前記抗原の少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらす、かつ／あるいは
（ｃ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープのうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、腫瘍細胞表面または前記感染細胞表面上の前記エピトープのうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらし、場合により、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列によって誘導される、
請求項１～５のいずれか１項に記載の組成物。
（ａ）前記エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上もしくはそれぞれが、対象の腫瘍、感染もしくは感染細胞に由来する、かつ／または
（ｂ）前記エピトープコード核酸配列が、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されることが分かっているかもしくは疑われるエピトープをコードしており、場合により、前記細胞の表面が腫瘍細胞表面もしくは感染細胞表面であり、場合により、前記細胞が対象の細胞である、かつ／または
（ｃ）前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる、かつ／または
（ｄ）前記第２のプロモーターが存在せず、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記抗原コード核酸配列と機能的に連結されている、かつ／または
（ｅ）各エピトープコード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４もしくは３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、
請求項１～６のいずれか１項に記載の組成物。
前記骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含み、場合により
（ａ）前記骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、もしくは前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノミックプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、または
（ｂ）前記骨格が、少なくとも、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、もしくは前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、サブゲノミックプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む、
さらに場合により、前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ ＵＴＲ、もしくはこれらの組み合わせからなる群から選択される、かつ／または
前記骨格が、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、場合により前記カセットが、前記アウラウイルス、前記フォートモルガンウイルス、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルス、前記ロスリバーウイルス、前記セムリキ森林ウイルス、前記シンドビスウイルス、もしくは前記マヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入される、かつ／または
前記カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、別々のオープンリーディングフレーム内にある、かつ
場合により、前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３もしくは配列番号５に記載の配列を含む、場合により塩基対７５４４～１１１７５の欠失をさらに含む、もしくは配列番号６もしくは配列番号７に記載の配列を含む、かつ／または前記カセットが、配列番号３もしくは配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４～１１１７５の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、
請求項１～７のいずれか１項に記載の組成物。
前記骨格が、チンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の組成物であって、場合により前記チンパンジーアデノウイルスベクターが、ＣｈＡｄＶ６８ベクターであり、さらに場合により前記ＣｈＡｄＶベクターが以下を含む、組成物：
（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
（ｉ）配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、
前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５、場合により、（３）部分Ｅ４欠失ＣｈＡｄＶ６８に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２、を欠いている、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
（ｉｉ）場合により、ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、ＳＶ４０ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格、および
（ｂ）請求項１～７のいずれか１項に記載の抗原コードカセットであって、場合により、前記Ｅ１欠失部内に挿入され、前記ＣＭＶプロモーターのヌクレオチド配列及び前記ＳＶ４０ポリ（Ａ）配列と機能的に連結されている、前記抗原コードカセット。
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によってコードされた天然のサブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列、もしくは外因性のＲＮＡプロモーターである、かつ／または
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、
サブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列である、もしくは
複数のサブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列を含み、各サブゲノミックプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、
請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって異なるエピトープコード核酸配列と連結されている、場合によって、前記リンカーが、同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の組成物。
前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、ポリペプチド配列またはその一部をコードし、前記ポリペプチド配列またはその一部が、
（ａ）翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性、かつ／または
（ｂ）翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性、かつ／または
（ｃ）翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレル上への増大した提示の可能性
を有する、かつ／あるいは
前記少なくとも１つの変化が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、
請求項１～１１のいずれか１項に記載の組成物。
少なくとも１つの、または各エピトープコード核酸配列が、以下の工程：
（ａ）腫瘍、感染細胞、または感染症生物からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、
前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）前記抗原のそれぞれが細胞表面上、場合により腫瘍細胞表面または感染細胞表面上でのＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原の前記ペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、
前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記少なくとも１つのエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
を実施することによって選択される、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物であって、
場合により、
（ｉ）前記選択された抗原のセットの数が、２～２０である、かつ／もしくは
前記提示モデルが、
（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
（ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記細胞表面上での提示の可能性と
の間の依存性を表す、かつ／または
（ｉｉ）前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて前記細胞表面上に提示される可能性が増大している抗原を選択することを含む、かつ／または
（ｉｉｉ）前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて前記対象の腫瘍特異的もしくは感染症特異的な免疫応答を刺激することができる可能性が増大している抗原を選択することを含む、かつ／または
（ｉｖ）前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べてプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示され得る可能性が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である、かつ／または
（ｖ）前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて中枢性寛容もしくは末梢性寛容による阻害を受ける可能性が減少している抗原を選択することを含む、かつ／または
（ｖｉ）前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて前記対象の正常組織に対する自己免疫応答を刺激することができる可能性が減少している抗原を選択することを含む、かつ／または
（ｖｉｉ）エクソームもしくはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍細胞もしくは組織、感染細胞、もしくは感染症生物でシークエンシングを行うことによって取得され、場合により、前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）もしくは任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、
前記組成物。
（ａ）前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含み、場合により、少なくとも１つの、もしくは各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、かつ／もしくは各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、かつ／または
（ｂ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示が可能であることが予測もしくは検証されている、かつ／または
（ｃ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示が可能であることが予測もしくは検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．０１％、もしくは集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ頻度を有する、かつ／または
（ｄ）前記カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩもしくはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測され、場合により、前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩもしくはクラスＩＩエピトープ配列が、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、かつ／または
（ｅ）前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含み、前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示可能性に基づいたものである、かつ／または
（ｆ）前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含み、前記カセット内における前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の順序が、以下：
（ａ）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の異なる順序に対応した候補カセット配列のセットを生成する工程と、
（ｂ）前記各候補カセット配列について、候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、
（ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、抗原ワクチン用のカセット配列として選択する工程と
を含む一連の工程によって決定される、
請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。
請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
対象における免疫応答を刺激するための方法に使用するための、請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物または請求項１５に記載の医薬組成物であって、
前記方法が、前記対象に、前記組成物または前記医薬組成物を投与することを含み、場合により、
（ｉ）前記対象が、前記コードされたエピトープを提示することが予測されているもしくは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、かつ／または
（ｉｉ）前記方法が、前記対象の前記ＨＬＡハロタイプを決定することもしくは決定したことをさらに含む、かつ／または
（ｉｉｉ）前記方法が、前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含み、さらに場合により、前記第２のワクチン組成物が、前記組成物もしくは前記医薬組成物の投与の前、もしくは投与の後に投与される、かつ／または
（ｉｖ）前記方法が、
（ａ）前記組成物もしくは前記医薬組成物を、プライミング用量として投与することを含む、もしくは
（ｂ）前記組成物もしくは前記医薬組成物を、１つ以上のブースター用量として投与することを含み、場合により、前記ブースター用量が前記プライミング用量と異なるか、または、ｉ）前記プライミング用量がチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、前記ブースター用量がアルファウイルスベクターを含むか、もしくは、ｉｉ）前記プライミング用量がアルファウイルスベクターを含み、前記ブースター用量がチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、
前記組成物または前記医薬組成物。
請求項１～１４のいずれかに記載の組成物の１つ以上のベクターを製造する方法であって、
（ａ）前記骨格及び前記カセットを含む直線化ＤＮＡ配列を得ることと、
（ｂ）前記直線化ＤＮＡ配列を、前記直線化ＤＮＡ配列をＲＮＡに転写するために必要なすべての成分を含んだインビトロ転写反応液に加えることにより、前記直線化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、場合により、得られたＲＮＡに前記ｍ７ｇキャップをインビトロで付加することをさらに含む、前記インビトロ転写することと、
（ｃ）前記インビトロ転写反応液から前記１つ以上のベクターを単離することと
を含む、前記方法。