JPWO2021003348A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2021003348A5 JPWO2021003348A5 JP2022500009A JP2022500009A JPWO2021003348A5 JP WO2021003348 A5 JPWO2021003348 A5 JP WO2021003348A5 JP 2022500009 A JP2022500009 A JP 2022500009A JP 2022500009 A JP2022500009 A JP 2022500009A JP WO2021003348 A5 JPWO2021003348 A5 JP WO2021003348A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- mhc class
- epitope
- antigen
- nucleic acid
- hiv
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Description
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、ａ）対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）その対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択され、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、対象により発現されるＨＬＡアレルによって提示されると予測される、工程と、ｄ）選択された候補エピトープ配列を含む抗原ベースワクチンを生成する工程と、ｅ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を開示する。
様々な実施形態において、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列は、質量分析によりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチドで訓練された提示モデルを適用することによって特定される。様々な実施形態において、提示モデルは、再現率４０％で０．２８の適合率の値を示す。様々な実施形態において、提示モデルは、０．２４のＡＵＣを示す。
[本発明１００１]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系が、
場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含む、ベクター骨格
を含み、前記ベクター骨格が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、前記組成物。
[本発明１００２]
前記少なくとも１つのＨＩＶエピトープが、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される、本発明１００１の組成物。
[本発明１００３]
前記抗原発現系が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、本発明１００１または１００２の組成物。
[本発明１００４]
各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、本発明１００３の組成物。
[本発明１００５]
１つ以上の抗原を送達するための組成物であって、１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原または１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原をコードする１つ以上の核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、前記組成物。
[本発明１００６]
各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、本発明１００５の組成物。
[本発明１００７]
前記組成物が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、本発明１００５または１００６の組成物。
[本発明１００８]
各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、本発明１００７の組成物。
[本発明１００９]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、
（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれがＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、ＭＨＣクラスＩエピトープを生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実行することによって選択される、本発明１００１～１００８のいずれかの組成物。
[本発明１０１０]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ａ）配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｃ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１１]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５２）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１２]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５３）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１３]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５４）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１４]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５５）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１５]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５６）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１６]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５７）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１７]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５８）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１８]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１５０８０～１７１７４のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５９）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１９]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６０）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２０]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２１]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６２）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２２]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターと、
（ｉｉ）２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、
（Ａ）アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であって、前記ＭＨＣクラスＩエピトープの少なくとも１つが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と
を含み、
前記抗原カセットが前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、前記抗原カセット内の最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除く各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の５’末端に連結されている、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列と、
（ＩＩ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と、
（ＩＩＩ）前記ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列を前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６３）アミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、
（ＩＶ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端を、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列に連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６４）アミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、
（Ｖ）場合により、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧ（配列番号１６５）アミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と
を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２３]
前記抗原カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’から３’に向けて、以下：
Ｐ ａ －（Ｌ５ ｂ －Ｎ ｃ －Ｌ３ ｄ ） Ｘ －（Ｇ５ ｅ －Ｕ ｆ ） Ｙ －Ｇ３ ｇ
［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、
Ｎは、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｃ＝１であり、
Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６６）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６７）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
Ｘ＝１～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮ ｃ は、エピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝０、１、または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵ ｆ は、抗原コード核酸配列である］
を含む式で記述される、本発明１０１０～１０２１のいずれかの組成物。
[本発明１０２４]
各Ｘについて、対応するＮ ｃ が、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、本発明１０２２の組成物。
[本発明１０２５]
各Ｙについて、対応するＵ ｆ が、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である、本発明１０２２または１０２４の組成物。
[本発明１０２６]
ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１６８）のポリ（Ａ）配列であり、
各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然の末端核酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクター骨格が、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含み、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
本発明１０２２～１０２５のいずれかの組成物。
[本発明１０２７]
ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０２８]
前記ナノ粒子状の送達ビヒクルが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、本発明１０２７の組成物。
[本発明１０２９]
前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質を含む、本発明１０２８の組成物。
[本発明１０３０]
前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、本発明１０２９の組成物。
[本発明１０３１]
前記ナノ粒子送達ビヒクルが、抗原発現系を封入している、本発明１０２７～１０３０のいずれかの組成物。
[本発明１０３２]
前記抗原カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３１のいずれかの組成物。
[本発明１０３３]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記抗原コード核酸配列と機能的に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３２のいずれかの組成物。
[本発明１０３４]
前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３３のいずれかの組成物。
[本発明１０３５]
前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’７－メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを含む、本発明１０３４の組成物。
[本発明１０３６]
前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、インビトロ転写によって生成される、本発明１０３４または１０３５の組成物。
[本発明１０３７]
前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３６のいずれかの組成物。
[本発明１０３８]
前記骨格が、アウラ（Ａｕｒａ）ウイルス、フォートモルガン（Ｆｏｒｔ Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３７のいずれかの組成物。
[本発明１０３９]
前記骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３７のいずれかの組成物。
[本発明１０４０]
前記骨格が少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４１]
前記骨格が少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４２]
前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、本発明１０４０または１０４１の組成物。
[本発明１０４３]
前記骨格が構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、本発明１０４０～１０４２のいずれかの組成物。
[本発明１０４４]
前記抗原カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入されている、本発明１０４３の組成物。
[本発明１０４５]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４６]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４７]
前記骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、本発明１０４６の組成物。
[本発明１０４８]
前記抗原カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するために７５４４位に挿入されている、本発明１０４６または１０４７の組成物。
[本発明１０４９]
前記抗原カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、本発明１０４４～１０４８の組成物。
[本発明１０５０]
前記骨格が、チンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３７のいずれかの組成物。
[本発明１０５１]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターが、ＣｈＡｄＶ６８ベクターである、本発明１０５０の組成物。
[本発明１０５２]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によってコードされる天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５１のいずれかの組成物。
[本発明１０５３]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５１のいずれかの組成物。
[本発明１０５４]
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５３のいずれかの組成物。
[本発明１０５５]
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５３のいずれかの組成物。
[本発明１０５６]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、本発明１０１０～１０５５のいずれかの組成物。
[本発明１０５７]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、本発明１０１０～１０５６のいずれかの組成物。
[本発明１０５８]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、本発明１０１０～１０５７の組成物。
[本発明１０５９]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、本発明１０１０～１０５８のいずれかの組成物。
[本発明１０６０]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１０１０～１０５９のいずれかの組成物。
[本発明１０６１]
各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６０のいずれかの組成物。
[本発明１０６２]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６１のいずれかの組成物。
[本発明１０６３]
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列を１個のＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する、本発明１０６２の組成物。
[本発明１０６４]
前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基（配列番号１６９）、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基（配列番号１７０）、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、本発明１０６３の組成物。
[本発明１０６５]
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列に連結する、本発明１０６２の組成物。
[本発明１０６６]
前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号１７１）を含む、本発明１０６４の組成物。
[本発明１０６７]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つの配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を向上させる、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６６のいずれかの組成物。
[本発明１０６８]
前記分離した、または連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙ→Ａｌａ置換を含有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合により、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、本発明１０６７の組成物。
[本発明１０６９]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の核酸配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６８のいずれかの組成物。
[本発明１０７０]
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、または最大で４００個の核酸配列を含む、本発明１００１～１００３、１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６８のいずれかの組成物。
[本発明１０７１]
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２～４００個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１００１～１００３、１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６８のいずれかの組成物。
[本発明１０７２]
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１０２２または１０２６の組成物。
[本発明１０７３]
前記対象に投与されて翻訳された場合、前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸によってコードされる抗原のうちの少なくとも１つ、または前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの前記少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらす、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０７４]
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記抗原のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらし、かつ場合により、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列によって駆動される、本発明１００１～１００３または１０１０～１０７３のいずれかの組成物。
[本発明１０７５]
各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、本発明１００１～１００３、または１０１０～１０７４のいずれかの組成物。
[本発明１０７６]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７５のいずれかの組成物。
[本発明１０７７]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０～４０個の長さである、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７６のいずれかの組成物。
[本発明１０７８]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、少なくとも１つの普遍的ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により、前記少なくとも１つの普遍的配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７７のいずれかの組成物。
[本発明１０７９]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７８のいずれかの組成物。
[本発明１０８０]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７８のいずれかの組成物。
[本発明１０８１]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格にとって天然であるポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８０のいずれかの組成物。
[本発明１０８２]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格にとって外因性であるポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８０のいずれかの組成物。
[本発明１０８３]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８２のいずれかの組成物。
[本発明１０８４]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１７２）である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８３のいずれかの組成物。
[本発明１０８５]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１７３）である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８３のいずれかの組成物。
[本発明１０８６]
前記抗原発現系が、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、あるいは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、本発明１００１～１００３または１０１０～１０８５のいずれかの組成物。
[本発明１０８７]
前記抗原発現系が、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼ変異体、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、本発明１００１～１００３または１０１０～１０８６のいずれかの組成物。
[本発明１０８８]
前記検出可能なペプチドまたはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される、本発明１０８７の組成物。
[本発明１０８９]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、
（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれが前記ＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実行することによって選択される、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７５のいずれかの組成物。
[本発明１０９０]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、
（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれが１つ以上のＭＨＣタンパク質によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、
（ｃ）抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実行することによって選択される、本発明１０２２または１０２６の組成物。
[本発明１０９１]
前記選択された抗原のセットの数が、２～２０である、本発明１００９、１０８９、または１０９０の組成物。
[本発明１０９２]
前記提示モデルが、
（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
（ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の提示の尤度と
の間の依存性を表す、本発明１００９または１０８９～１０９１の組成物。
[本発明１０９３]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、提示される尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記選択された抗原が、１つ以上の特異的ＭＨＣアレルによって提示されているとして検証されている、本発明１００９または１０８９～１０９２の組成物。
[本発明１０９４]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象におけるＨＩＶの存在に応答した免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む、本発明１００９または１０８９～１０９３の組成物。
[本発明１０９５]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である、本発明１００９または１０８９～１０９４の組成物。
[本発明１０９６]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明１００９または１０８９～１０９５の組成物。
[本発明１０９７]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明１００９または１０８９～１０９６の組成物。
[本発明１０９８]
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチを行うことによって取得される、本発明１００９または１０８９～１０９７の組成物。
[本発明１０９９]
前記抗原カセットが、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、本発明１００１～１００３または１０１０～１０９８のいずれかの組成物。
[本発明１１００]
少なくとも１つのジャンクションエピトープ配列または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、本発明１０９９の組成物。
[本発明１１０１]
各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、本発明１０９９または１１００の組成物。
[本発明１１０２]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されている、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０３]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．０１％の抗原／ＨＬＡ存在率（ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ）を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０４]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ存在率を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０５]
先行本発明のいずれかの前記組成物と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
[本発明１１０６]
アジュバントをさらに含む、本発明１１０５の組成物。
[本発明１１０７]
先行する組成物の発明のいずれかの抗原カセットと、配列番号３または配列番号５の配列から得られる１つ以上の要素と、を含む単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットであって、場合により、前記１つ以上の要素が、非構造タンパク質媒介増幅に必要な配列、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列、ポリ（Ａ）配列、及び、配列番号３または配列番号５に記載の配列のｎｓＰ１～４遺伝子からなる群から選択され、場合により、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセット。
[本発明１１０８]
前記配列または単離ヌクレオチド配列のセットが、配列番号６または配列番号７に記載の配列の７５４４位に挿入された、先行する組成物の発明のいずれかの抗原カセットを含む、本発明１１０７の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１０９]
配列番号３または配列番号５の配列から得られた前記１つ以上の要素の５’に位置するＴ７またはＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターのヌクレオチド配列と、
場合により、前記ポリ（Ａ）配列の３’に位置する１つ以上の制限部位と
をさらに含む、本発明１１０７または１１０８の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１１０]
先行する組成物の発明のいずれかの抗原カセットが、配列番号８または配列番号９の７５６３位に挿入されている、本発明１１０７の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１１１]
本発明１１０７～１１１０のヌクレオチド配列を含む、ベクターまたはベクターのセット。
[本発明１１１２]
本発明１１０７～１１１１のヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットを含む単離細胞であって、場合により、前記細胞が、ＢＨＫ－２１、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、前記単離細胞。
[本発明１１１３]
ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、先行する組成物の発明のいずれかの組成物、または本発明１１０５～１１０６のいずれかの医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
[本発明１１１４]
対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に、先行する組成物の発明のいずれかの組成物、または本発明１１０５～１１０６のいずれかの医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
[本発明１１１５]
前記対象が、前記抗原発現系の前記１つ以上のベクターによってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも１つを提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、本発明１１１３～１１１４のいずれかの方法。
[本発明１１１６]
前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、本発明１１１３～１１１５のいずれかの方法。
[本発明１１１７]
前記組成物が筋肉内投与される、本発明１１１３～１１１５のいずれかの方法。
[本発明１１１８]
前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む、本発明１１１３～１１１７のいずれかの方法。
[本発明１１１９]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物の投与の前に投与される、本発明１１１８の方法。
[本発明１１２０]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物の投与に続いて投与される、本発明１１１８の方法。
[本発明１１２１]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物と同じである、本発明１１１９または１１２０の方法。
[本発明１１２２]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物と異なる、本発明１１１９または１１２０の方法。
[本発明１１２３]
前記第２のワクチン組成物が、少なくとも１つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、本発明１１２２の方法。
[本発明１１２４]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、先行する組成物の発明のいずれかの少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じである、本発明１１２３の方法。
[本発明１１２５]
本発明１００１～１００４または１０１０～１１０６のいずれかの抗原発現系を製造する方法であって、
（ａ）前記骨格及び前記抗原カセットを含む直鎖化ＤＮＡ配列を得ることと、
（ｂ）前記直鎖化ＤＮＡ配列の、前記直鎖化ＤＮＡ配列をＲＮＡへと転写するために必要なすべての成分を含むインビトロ転写反応への添加により、前記直鎖化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、場合により、得られたＲＮＡへの前記ｍ７ｇキャップのインビトロでの付加をさらに含む、ことと、
（ｃ）前記インビトロ転写反応から前記１つ以上のベクターを単離することと
を含む、前記方法。
[本発明１１２６]
前記直鎖化ＤＮＡ配列が、ＤＮＡプラスミド配列を直鎖化することにより、またはＰＣＲを用いた増幅により、生成される、本発明１１２５の製造方法。
[本発明１１２７]
前記ＤＮＡプラスミド配列が、細菌組換えまたは全ゲノムＤＮＡ合成または細菌細胞内で合成されたＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成のうちの１つを用いて生成される、本発明１１２６の製造方法。
[本発明１１２８]
前記１つ以上のベクターを前記インビトロ転写反応から単離することが、フェノールクロロホルム抽出、シリカカラムベースの精製、または同様のＲＮＡ精製法のうちの１つ以上を伴う、本発明１１２５の製造方法。
[本発明１１２９]
前記抗原発現系を送達するための本発明１００１～１００４または１０１０～１１０６のいずれかの組成物を製造する方法であって、
（ａ）ナノ粒子状の送達ビヒクルの成分を与えることと、
（ｂ）前記抗原発現系を与えることと、
（ｃ）前記抗原発現系を送達するための前記組成物を前記ナノ粒子状の送達ビヒクル及び前記抗原発現系が生成するのに充分な条件を与えることと
を含む、前記方法。
[本発明１１３０]
前記条件がマイクロ流体混合によって与えられる、本発明１１２９の製造方法。
[本発明１１３１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象のＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３２]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３１の方法。
[本発明１１３３]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３４]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３３の方法。
[本発明１１３５]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３６]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３６のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３５の方法。
[本発明１１３７]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＢであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３８]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３７のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３７の方法。
[本発明１１３９]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＣであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４０]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３８のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３９の方法。
[本発明１１４１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＤであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４２]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３９のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４１の方法。
[本発明１１４３]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４４]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４０のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４３の方法。
[本発明１１４５]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４６]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４１のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４５の方法。
[本発明１１４７]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＧであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４８]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４２のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４７の方法。
[本発明１１４９]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＨであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１５０]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４３のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４９の方法。
[本発明１１５１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＪであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１５２]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４４のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１５１の方法。
[本発明１１５３]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＫであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１５４]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１５３の方法。
[本発明１１５５]
前記対象の前記ＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象からの試料を処理したサードパーティーから、前記ＨＩＶサブタイプを示すデータセットを取得することを含む、本発明１１３１～１１５４のいずれかの方法。
[本発明１１５６]
前記対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象からの試料を処理したサードパーティーからデータセットを取得することを含む、本発明１１３１～１１５４のいずれかの方法。
[本発明１１５７]
前記対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象から試料を取得することと、エクソームシークエンシング、標的化エクソームシークエンシング、トランスクリプトームシークエンシング、サンガーシークエンシング、ＰＣＲベースの遺伝子型決定アッセイ、質量分析に基づく方法、マイクロアレイ、ナノストリング、ＩＳＨ、及びＩＨＣからなる群から選択される方法を用いて前記試料をアッセイすることと、を含む、本発明１１３１～１１５４のいずれかの方法。
[本発明１１５８]
前記試料が、組織、体液、血液、脊髄液、または穿刺吸引液から選択される、本発明１１５７の方法。
[本発明１１５９]
前記ＨＬＡアレルが、少なくとも１％のＨＬＡ頻度を有する、本発明１１３１～１１５８のいずれかの方法。
[本発明１１６０]
対象を治療するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６１]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６２]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６３]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６４]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６５]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６６]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６７]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６８]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６９]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７０]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７１]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７２]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７３]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７４]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７５]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７６]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７７]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７８]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７９]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８０]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８１]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８２]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８３]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８４]
前記対象が、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、本発明１１６０～１１８３のいずれかの方法。
[本発明１１８５]
前記対象に前記抗原ベースワクチンを投与する前に、前記対象が前記抗原ベースワクチンを受けるための候補であることを判定すること
をさらに含み、前記判定が、
１）前記対象が、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが知られているかまたは予測されるＨＬＡアレルを発現すること、及び
２）前記対象が前記ＨＩＶサブタイプに曝露されたことがあるかまたは曝露されやすいこと
を特定することを含む、本発明１１６０～１１８３のいずれかの方法。
[本発明１１８６]
前記少なくとも１つのＨＬＡアレルが、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１８４または１１８５のいずれかの方法。
[本発明１１８７]
前記抗原ベースワクチンが、抗原発現系を含む、本発明１１３１～１１８６のいずれかの方法。
[本発明１１８８]
前記抗原発現系が、本発明１０１０～１１０４のいずれかの前記抗原発現系のいずれか１つを含む、本発明１１８７の方法。
[本発明１１８９]
前記抗原ベースワクチンが、本発明１１０５～１１０６のいずれかの前記医薬組成物のいずれか１つを含む、本発明１１３１～１１８８のいずれかの方法。
[本発明１１９０]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９１]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９の組成物。
[本発明１１９２]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９３]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９４]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９５]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９６]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９７]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９８]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９９]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１２００]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１２０１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）前記対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、
ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、前記第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、前記対象により発現される前記ＨＬＡアレルによって提示されると予測される、前記工程と、
ｄ）前記選択された候補エピトープ配列を含む前記抗原ベースワクチンを生成する工程と、
ｅ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１２０２]
ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、
ａ）前記対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）前記対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、
ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、前記第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、前記対象により発現される前記ＨＬＡアレルによって提示されると予測される、前記工程と、
ｄ）前記選択された候補エピトープ配列を含む前記抗原ベースワクチンを生成する工程と、
ｅ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１２０３]
配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列が、質量分析によりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチドで訓練された提示モデルを適用することによって特定される、本発明１００１～１００８または１１３１～１２０２のいずれかの方法。
[本発明１２０４]
前記提示モデルが、再現率４０％で０．２８のの適合率の値を示す、本発明１２０３の方法。
[本発明１２０５]
前記提示モデルが、０．２４のＡＵＣを示す、本発明１２０３の方法。
様々な実施形態において、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列は、質量分析によりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチドで訓練された提示モデルを適用することによって特定される。様々な実施形態において、提示モデルは、再現率４０％で０．２８の適合率の値を示す。様々な実施形態において、提示モデルは、０．２４のＡＵＣを示す。
[本発明１００１]
抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系が、
場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含む、ベクター骨格
を含み、前記ベクター骨格が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、前記組成物。
[本発明１００２]
前記少なくとも１つのＨＩＶエピトープが、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される、本発明１００１の組成物。
[本発明１００３]
前記抗原発現系が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、本発明１００１または１００２の組成物。
[本発明１００４]
各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、本発明１００３の組成物。
[本発明１００５]
１つ以上の抗原を送達するための組成物であって、１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原または１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原をコードする１つ以上の核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、前記組成物。
[本発明１００６]
各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、本発明１００５の組成物。
[本発明１００７]
前記組成物が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、本発明１００５または１００６の組成物。
[本発明１００８]
各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、本発明１００７の組成物。
[本発明１００９]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、
（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれがＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、ＭＨＣクラスＩエピトープを生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実行することによって選択される、本発明１００１～１００８のいずれかの組成物。
[本発明１０１０]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ａ）配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｃ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１１]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５２）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１２]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５３）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１３]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５４）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１４]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５５）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１５]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５６）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１６]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５７）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１７]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５８）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１８]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１５０８０～１７１７４のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５９）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０１９]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６０）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２０]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２１]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６２）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２２]
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターと、
（ｉｉ）２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、
（Ａ）アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であって、前記ＭＨＣクラスＩエピトープの少なくとも１つが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と
を含み、
前記抗原カセットが前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、前記抗原カセット内の最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除く各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の５’末端に連結されている、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列と、
（ＩＩ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と、
（ＩＩＩ）前記ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列を前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６３）アミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、
（ＩＶ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端を、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列に連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６４）アミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、
（Ｖ）場合により、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧ（配列番号１６５）アミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と
を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。
[本発明１０２３]
前記抗原カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’から３’に向けて、以下：
Ｐ ａ －（Ｌ５ ｂ －Ｎ ｃ －Ｌ３ ｄ ） Ｘ －（Ｇ５ ｅ －Ｕ ｆ ） Ｙ －Ｇ３ ｇ
［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、
Ｎは、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｃ＝１であり、
Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６６）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６７）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
Ｘ＝１～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮ ｃ は、エピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝０、１、または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵ ｆ は、抗原コード核酸配列である］
を含む式で記述される、本発明１０１０～１０２１のいずれかの組成物。
[本発明１０２４]
各Ｘについて、対応するＮ ｃ が、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、本発明１０２２の組成物。
[本発明１０２５]
各Ｙについて、対応するＵ ｆ が、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である、本発明１０２２または１０２４の組成物。
[本発明１０２６]
ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１６８）のポリ（Ａ）配列であり、
各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然の末端核酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクター骨格が、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含み、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
本発明１０２２～１０２５のいずれかの組成物。
[本発明１０２７]
ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０２８]
前記ナノ粒子状の送達ビヒクルが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、本発明１０２７の組成物。
[本発明１０２９]
前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質を含む、本発明１０２８の組成物。
[本発明１０３０]
前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、本発明１０２９の組成物。
[本発明１０３１]
前記ナノ粒子送達ビヒクルが、抗原発現系を封入している、本発明１０２７～１０３０のいずれかの組成物。
[本発明１０３２]
前記抗原カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３１のいずれかの組成物。
[本発明１０３３]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記抗原コード核酸配列と機能的に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３２のいずれかの組成物。
[本発明１０３４]
前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３３のいずれかの組成物。
[本発明１０３５]
前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’７－メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを含む、本発明１０３４の組成物。
[本発明１０３６]
前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、インビトロ転写によって生成される、本発明１０３４または１０３５の組成物。
[本発明１０３７]
前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３６のいずれかの組成物。
[本発明１０３８]
前記骨格が、アウラ（Ａｕｒａ）ウイルス、フォートモルガン（Ｆｏｒｔ Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３７のいずれかの組成物。
[本発明１０３９]
前記骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３７のいずれかの組成物。
[本発明１０４０]
前記骨格が少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４１]
前記骨格が少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４２]
前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、本発明１０４０または１０４１の組成物。
[本発明１０４３]
前記骨格が構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、本発明１０４０～１０４２のいずれかの組成物。
[本発明１０４４]
前記抗原カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入されている、本発明１０４３の組成物。
[本発明１０４５]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４６]
前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、本発明１０３８または１０３９の組成物。
[本発明１０４７]
前記骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、本発明１０４６の組成物。
[本発明１０４８]
前記抗原カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するために７５４４位に挿入されている、本発明１０４６または１０４７の組成物。
[本発明１０４９]
前記抗原カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、本発明１０４４～１０４８の組成物。
[本発明１０５０]
前記骨格が、チンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０３７のいずれかの組成物。
[本発明１０５１]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターが、ＣｈＡｄＶ６８ベクターである、本発明１０５０の組成物。
[本発明１０５２]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によってコードされる天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５１のいずれかの組成物。
[本発明１０５３]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５１のいずれかの組成物。
[本発明１０５４]
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５３のいずれかの組成物。
[本発明１０５５]
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０５３のいずれかの組成物。
[本発明１０５６]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、本発明１０１０～１０５５のいずれかの組成物。
[本発明１０５７]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、本発明１０１０～１０５６のいずれかの組成物。
[本発明１０５８]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、本発明１０１０～１０５７の組成物。
[本発明１０５９]
前記１つ以上のベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、本発明１０１０～１０５８のいずれかの組成物。
[本発明１０６０]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１０１０～１０５９のいずれかの組成物。
[本発明１０６１]
各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６０のいずれかの組成物。
[本発明１０６２]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６１のいずれかの組成物。
[本発明１０６３]
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列を１個のＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する、本発明１０６２の組成物。
[本発明１０６４]
前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基（配列番号１６９）、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基（配列番号１７０）、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、本発明１０６３の組成物。
[本発明１０６５]
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列に連結する、本発明１０６２の組成物。
[本発明１０６６]
前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号１７１）を含む、本発明１０６４の組成物。
[本発明１０６７]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つの配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を向上させる、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６６のいずれかの組成物。
[本発明１０６８]
前記分離した、または連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙ→Ａｌａ置換を含有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合により、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、本発明１０６７の組成物。
[本発明１０６９]
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の核酸配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６８のいずれかの組成物。
[本発明１０７０]
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、または最大で４００個の核酸配列を含む、本発明１００１～１００３、１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６８のいずれかの組成物。
[本発明１０７１]
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２～４００個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１００１～１００３、１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０６８のいずれかの組成物。
[本発明１０７２]
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明１０２２または１０２６の組成物。
[本発明１０７３]
前記対象に投与されて翻訳された場合、前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸によってコードされる抗原のうちの少なくとも１つ、または前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの前記少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらす、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１０７４]
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記抗原のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらし、かつ場合により、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列によって駆動される、本発明１００１～１００３または１０１０～１０７３のいずれかの組成物。
[本発明１０７５]
各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、本発明１００１～１００３、または１０１０～１０７４のいずれかの組成物。
[本発明１０７６]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７５のいずれかの組成物。
[本発明１０７７]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０～４０個の長さである、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７６のいずれかの組成物。
[本発明１０７８]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、少なくとも１つの普遍的ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により、前記少なくとも１つの普遍的配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７７のいずれかの組成物。
[本発明１０７９]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７８のいずれかの組成物。
[本発明１０８０]
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７８のいずれかの組成物。
[本発明１０８１]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格にとって天然であるポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８０のいずれかの組成物。
[本発明１０８２]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格にとって外因性であるポリ（Ａ）配列を含む、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８０のいずれかの組成物。
[本発明１０８３]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８２のいずれかの組成物。
[本発明１０８４]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１７２）である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８３のいずれかの組成物。
[本発明１０８５]
前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１７３）である、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０８３のいずれかの組成物。
[本発明１０８６]
前記抗原発現系が、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、あるいは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、本発明１００１～１００３または１０１０～１０８５のいずれかの組成物。
[本発明１０８７]
前記抗原発現系が、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼ変異体、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、本発明１００１～１００３または１０１０～１０８６のいずれかの組成物。
[本発明１０８８]
前記検出可能なペプチドまたはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される、本発明１０８７の組成物。
[本発明１０８９]
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、
（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれが前記ＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実行することによって選択される、本発明１０１０～１０２１、１０２３～１０２５、または１０２７～１０７５のいずれかの組成物。
[本発明１０９０]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、
（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、
（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれが１つ以上のＭＨＣタンパク質によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、
（ｃ）抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実行することによって選択される、本発明１０２２または１０２６の組成物。
[本発明１０９１]
前記選択された抗原のセットの数が、２～２０である、本発明１００９、１０８９、または１０９０の組成物。
[本発明１０９２]
前記提示モデルが、
（ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
（ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の提示の尤度と
の間の依存性を表す、本発明１００９または１０８９～１０９１の組成物。
[本発明１０９３]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、提示される尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記選択された抗原が、１つ以上の特異的ＭＨＣアレルによって提示されているとして検証されている、本発明１００９または１０８９～１０９２の組成物。
[本発明１０９４]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象におけるＨＩＶの存在に応答した免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む、本発明１００９または１０８９～１０９３の組成物。
[本発明１０９５]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である、本発明１００９または１０８９～１０９４の組成物。
[本発明１０９６]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明１００９または１０８９～１０９５の組成物。
[本発明１０９７]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明１００９または１０８９～１０９６の組成物。
[本発明１０９８]
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチを行うことによって取得される、本発明１００９または１０８９～１０９７の組成物。
[本発明１０９９]
前記抗原カセットが、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、本発明１００１～１００３または１０１０～１０９８のいずれかの組成物。
[本発明１１００]
少なくとも１つのジャンクションエピトープ配列または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、本発明１０９９の組成物。
[本発明１１０１]
各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、本発明１０９９または１１００の組成物。
[本発明１１０２]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されている、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０３]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．０１％の抗原／ＨＬＡ存在率（ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ）を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０４]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ存在率を有する、先行本発明のいずれかの組成物。
[本発明１１０５]
先行本発明のいずれかの前記組成物と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
[本発明１１０６]
アジュバントをさらに含む、本発明１１０５の組成物。
[本発明１１０７]
先行する組成物の発明のいずれかの抗原カセットと、配列番号３または配列番号５の配列から得られる１つ以上の要素と、を含む単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットであって、場合により、前記１つ以上の要素が、非構造タンパク質媒介増幅に必要な配列、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列、ポリ（Ａ）配列、及び、配列番号３または配列番号５に記載の配列のｎｓＰ１～４遺伝子からなる群から選択され、場合により、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセット。
[本発明１１０８]
前記配列または単離ヌクレオチド配列のセットが、配列番号６または配列番号７に記載の配列の７５４４位に挿入された、先行する組成物の発明のいずれかの抗原カセットを含む、本発明１１０７の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１０９]
配列番号３または配列番号５の配列から得られた前記１つ以上の要素の５’に位置するＴ７またはＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターのヌクレオチド配列と、
場合により、前記ポリ（Ａ）配列の３’に位置する１つ以上の制限部位と
をさらに含む、本発明１１０７または１１０８の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１１０]
先行する組成物の発明のいずれかの抗原カセットが、配列番号８または配列番号９の７５６３位に挿入されている、本発明１１０７の単離ヌクレオチド配列。
[本発明１１１１]
本発明１１０７～１１１０のヌクレオチド配列を含む、ベクターまたはベクターのセット。
[本発明１１１２]
本発明１１０７～１１１１のヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットを含む単離細胞であって、場合により、前記細胞が、ＢＨＫ－２１、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、前記単離細胞。
[本発明１１１３]
ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、先行する組成物の発明のいずれかの組成物、または本発明１１０５～１１０６のいずれかの医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
[本発明１１１４]
対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に、先行する組成物の発明のいずれかの組成物、または本発明１１０５～１１０６のいずれかの医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
[本発明１１１５]
前記対象が、前記抗原発現系の前記１つ以上のベクターによってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも１つを提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、本発明１１１３～１１１４のいずれかの方法。
[本発明１１１６]
前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、本発明１１１３～１１１５のいずれかの方法。
[本発明１１１７]
前記組成物が筋肉内投与される、本発明１１１３～１１１５のいずれかの方法。
[本発明１１１８]
前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む、本発明１１１３～１１１７のいずれかの方法。
[本発明１１１９]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物の投与の前に投与される、本発明１１１８の方法。
[本発明１１２０]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物の投与に続いて投与される、本発明１１１８の方法。
[本発明１１２１]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物と同じである、本発明１１１９または１１２０の方法。
[本発明１１２２]
前記第２のワクチン組成物が、本発明１１１３～１１１４のいずれかの組成物または医薬組成物と異なる、本発明１１１９または１１２０の方法。
[本発明１１２３]
前記第２のワクチン組成物が、少なくとも１つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、本発明１１２２の方法。
[本発明１１２４]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、先行する組成物の発明のいずれかの少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じである、本発明１１２３の方法。
[本発明１１２５]
本発明１００１～１００４または１０１０～１１０６のいずれかの抗原発現系を製造する方法であって、
（ａ）前記骨格及び前記抗原カセットを含む直鎖化ＤＮＡ配列を得ることと、
（ｂ）前記直鎖化ＤＮＡ配列の、前記直鎖化ＤＮＡ配列をＲＮＡへと転写するために必要なすべての成分を含むインビトロ転写反応への添加により、前記直鎖化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、場合により、得られたＲＮＡへの前記ｍ７ｇキャップのインビトロでの付加をさらに含む、ことと、
（ｃ）前記インビトロ転写反応から前記１つ以上のベクターを単離することと
を含む、前記方法。
[本発明１１２６]
前記直鎖化ＤＮＡ配列が、ＤＮＡプラスミド配列を直鎖化することにより、またはＰＣＲを用いた増幅により、生成される、本発明１１２５の製造方法。
[本発明１１２７]
前記ＤＮＡプラスミド配列が、細菌組換えまたは全ゲノムＤＮＡ合成または細菌細胞内で合成されたＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成のうちの１つを用いて生成される、本発明１１２６の製造方法。
[本発明１１２８]
前記１つ以上のベクターを前記インビトロ転写反応から単離することが、フェノールクロロホルム抽出、シリカカラムベースの精製、または同様のＲＮＡ精製法のうちの１つ以上を伴う、本発明１１２５の製造方法。
[本発明１１２９]
前記抗原発現系を送達するための本発明１００１～１００４または１０１０～１１０６のいずれかの組成物を製造する方法であって、
（ａ）ナノ粒子状の送達ビヒクルの成分を与えることと、
（ｂ）前記抗原発現系を与えることと、
（ｃ）前記抗原発現系を送達するための前記組成物を前記ナノ粒子状の送達ビヒクル及び前記抗原発現系が生成するのに充分な条件を与えることと
を含む、前記方法。
[本発明１１３０]
前記条件がマイクロ流体混合によって与えられる、本発明１１２９の製造方法。
[本発明１１３１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象のＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３２]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３１の方法。
[本発明１１３３]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３４]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３３の方法。
[本発明１１３５]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３６]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３６のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３５の方法。
[本発明１１３７]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＢであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１３８]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３７のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３７の方法。
[本発明１１３９]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＣであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４０]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３８のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１３９の方法。
[本発明１１４１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＤであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４２]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３９のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４１の方法。
[本発明１１４３]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４４]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４０のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４３の方法。
[本発明１１４５]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４６]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４１のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４５の方法。
[本発明１１４７]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＧであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１４８]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４２のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４７の方法。
[本発明１１４９]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＨであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１５０]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４３のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１４９の方法。
[本発明１１５１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＪであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１５２]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４４のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１５１の方法。
[本発明１１５３]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＫであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１１５４]
前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１５３の方法。
[本発明１１５５]
前記対象の前記ＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象からの試料を処理したサードパーティーから、前記ＨＩＶサブタイプを示すデータセットを取得することを含む、本発明１１３１～１１５４のいずれかの方法。
[本発明１１５６]
前記対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象からの試料を処理したサードパーティーからデータセットを取得することを含む、本発明１１３１～１１５４のいずれかの方法。
[本発明１１５７]
前記対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象から試料を取得することと、エクソームシークエンシング、標的化エクソームシークエンシング、トランスクリプトームシークエンシング、サンガーシークエンシング、ＰＣＲベースの遺伝子型決定アッセイ、質量分析に基づく方法、マイクロアレイ、ナノストリング、ＩＳＨ、及びＩＨＣからなる群から選択される方法を用いて前記試料をアッセイすることと、を含む、本発明１１３１～１１５４のいずれかの方法。
[本発明１１５８]
前記試料が、組織、体液、血液、脊髄液、または穿刺吸引液から選択される、本発明１１５７の方法。
[本発明１１５９]
前記ＨＬＡアレルが、少なくとも１％のＨＬＡ頻度を有する、本発明１１３１～１１５８のいずれかの方法。
[本発明１１６０]
対象を治療するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６１]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６２]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６３]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６４]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６５]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６６]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６７]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６８]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１６９]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７０]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７１]
ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７２]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７３]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７４]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７５]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７６]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７７]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７８]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１７９]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８０]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８１]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８２]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８３]
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
[本発明１１８４]
前記対象が、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、本発明１１６０～１１８３のいずれかの方法。
[本発明１１８５]
前記対象に前記抗原ベースワクチンを投与する前に、前記対象が前記抗原ベースワクチンを受けるための候補であることを判定すること
をさらに含み、前記判定が、
１）前記対象が、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが知られているかまたは予測されるＨＬＡアレルを発現すること、及び
２）前記対象が前記ＨＩＶサブタイプに曝露されたことがあるかまたは曝露されやすいこと
を特定することを含む、本発明１１６０～１１８３のいずれかの方法。
[本発明１１８６]
前記少なくとも１つのＨＬＡアレルが、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、本発明１１８４または１１８５のいずれかの方法。
[本発明１１８７]
前記抗原ベースワクチンが、抗原発現系を含む、本発明１１３１～１１８６のいずれかの方法。
[本発明１１８８]
前記抗原発現系が、本発明１０１０～１１０４のいずれかの前記抗原発現系のいずれか１つを含む、本発明１１８７の方法。
[本発明１１８９]
前記抗原ベースワクチンが、本発明１１０５～１１０６のいずれかの前記医薬組成物のいずれか１つを含む、本発明１１３１～１１８８のいずれかの方法。
[本発明１１９０]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９１]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９の組成物。
[本発明１１９２]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９３]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９４]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９５]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９６]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９７]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９８]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１１９９]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１２００]
各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、本発明１００１～１００９のいずれかの組成物。
[本発明１２０１]
ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）前記対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、
ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、前記第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、前記対象により発現される前記ＨＬＡアレルによって提示されると予測される、前記工程と、
ｄ）前記選択された候補エピトープ配列を含む前記抗原ベースワクチンを生成する工程と、
ｅ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１２０２]
ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、
ａ）前記対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）前記対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、
ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、前記第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、前記対象により発現される前記ＨＬＡアレルによって提示されると予測される、前記工程と、
ｄ）前記選択された候補エピトープ配列を含む前記抗原ベースワクチンを生成する工程と、
ｅ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
を含む、前記方法。
[本発明１２０３]
配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列が、質量分析によりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチドで訓練された提示モデルを適用することによって特定される、本発明１００１～１００８または１１３１～１２０２のいずれかの方法。
[本発明１２０４]
前記提示モデルが、再現率４０％で０．２８のの適合率の値を示す、本発明１２０３の方法。
[本発明１２０５]
前記提示モデルが、０．２４のＡＵＣを示す、本発明１２０３の方法。
Claims (21)
- （ｉ）抗原発現系または（ｉｉ）１つ以上の抗原を送達するための組成物であって、
（Ａ）前記抗原発現系が、
場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含む、ベクター骨格
を含み、前記ベクター骨格が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、または
（Ｂ）前記１つ以上の抗原を送達するための組成物が、１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原または１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原をコードする１つ以上の核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、
前記組成物。 - 前記少なくとも１つのＨＩＶエピトープが、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される、および／または
前記抗原発現系が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
場合により、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、および／または
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、
（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれがＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
（ｃ）前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、ＭＨＣクラスＩエピトープを生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
を実行することによって選択される、
請求項１に記載の組成物。 - １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ａ）配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）場合により、５’リンカー配列と、
（Ｃ）場合により、３’リンカー配列と
を含む、前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含む、前記組成物。 - 請求項３に記載の組成物であって、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、以下を含む、組成物：
（Ｉ－ａ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｂ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｃ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｄ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｅ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｆ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｇ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｈ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１５０８０～１７１７４のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｊ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列、または
（Ｉ－ｋ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列。 - 請求項３に記載の組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
（ａ）ベクター骨格であって、
（ｉ）場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクター、
（ｉｉ）２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と、
（ｉｉｉ）ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
を含む、前記ベクター骨格と、
（ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた抗原カセットであって、
（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、
（Ａ）アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であって、前記ＭＨＣクラスＩエピトープの少なくとも１つが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と
を含み、
前記抗原カセットが前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、前記抗原カセット内の最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除く各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の５’末端に連結されている、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（ｉｉ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ｉ）ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列と、
（ＩＩ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と、
（ＩＩＩ）前記ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列を前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６３）アミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、
（ＩＶ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端を、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列に連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６４）アミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、
（Ｖ）場合により、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧ（配列番号１６５）アミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と
を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と
を含む、前記抗原カセットと
を含み、
場合により、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、
前記組成物。 - 前記抗原カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’から３’に向けて、以下：
Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、
Ｎは、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｃ＝１であり、
Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６６）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６７）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
Ｘ＝１～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、場合により、各Ｘについて、対応するＮ ｃ が、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝０、１、または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列であり、場合により、各Ｙについて、対応するＵ ｆ が、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である］
を含む式で記述される、請求項３または４に記載の組成物。 - ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１６８）のポリ（Ａ）配列であり、
各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然の末端核酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクター骨格が、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含み、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードし、
場合により、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、
請求項５または６に記載の組成物。 - 前記組成物が、ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含み、
場合により、前記ナノ粒子状の送達ビヒクルが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）であり、
場合により、前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質を含み、
場合により、前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含み、および／または
前記ナノ粒子送達ビヒクルが、抗原発現系を封入している、
請求項１～７のいずれかに記載の組成物。 - 前記抗原カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、および／または
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記抗原コード核酸配列と機能的に連結されている、および／または
前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含み、
場合により、前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’７－メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを含む、および／または
前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、インビトロ転写によって生成される、および／または
前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、および／または
前記骨格が、アウラ（Ａｕｒａ）ウイルス、フォートモルガン（Ｆｏｒｔ Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、マヤロウイルス、またはチンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含み、場合により、前記チンパンジーアデノウイルスベクターが、ＣｈＡｄＶ６８ベクターであり、場合により、
（ａ）前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、または前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、または前記骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、または前記抗原カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するために７５４４位に挿入されており、
場合により、前記抗原カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、または
（ｂ）
前記骨格が少なくとも、（ｉ）非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子、または（ｉｉ）アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含み、
場合により、前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、および／または
前記骨格が構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしておらず、
場合により、前記抗原カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入されている、および／または
前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によってコードされる天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、または外因性のＲＮＡプロモーターである、および／または
前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、または複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、
請求項３、４、６、または８のいずれか１項に記載の組成物。 - 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、および／または
前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、および／または
前記１つ以上のベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、および／または
前記１つ以上のベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、および／または
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、
請求項３～９のいずれか１項に記載の組成物。 - 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、および／または
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列に連結されており、
場合により、前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列を１個のＭＨＣクラスＩＩ配列に連結し、
場合により、前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基（配列番号１６９）、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基（配列番号１７０）、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、または
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列に連結する、
場合により、前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号１７１）を含む、および／または
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つの配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を向上させる、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されており、
場合により、前記分離した、または連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙ→Ａｌａ置換を含有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合により、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、および／または
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の核酸配列を含む、または
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、または最大で４００個の核酸配列を含む、または
前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２～４００個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、
請求項３、４、６、８～１０のいずれか１項に記載の組成物。 - 前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸によってコードされる抗原のうちの少なくとも１つ、または前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの前記少なくとも１つが、対象に投与されると翻訳されることが可能であり、抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらす、および／または
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されている、および／または
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．０１％の抗原／ＨＬＡ存在率（ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ）を有する、および／または
前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ存在率を有する、
請求項１～１１のいずれかに記載の組成物。 - 請求項１～１２のいずれか１項に記載の前記組成物と、薬学的に許容される担体とを含み、場合により、アジュバントをさらに含む、医薬組成物。
- 請求項１～１２のいずれか１項に記載の抗原カセットと、配列番号３または配列番号５の配列から得られる１つ以上の要素と、を含む単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットであって、場合により、前記１つ以上の要素が、非構造タンパク質媒介増幅に必要な配列、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列、ポリ（Ａ）配列、及び、配列番号３または配列番号５に記載の配列のｎｓＰ１～４遺伝子からなる群から選択され、場合により、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡであり、場合により、
（ｉ）請求項１～１２のいずれか１項に記載の抗原カセットが、配列番号８または配列番号９の７５６３位に挿入されている、または
（ｉｉ）前記配列または単離ヌクレオチド配列のセットが、配列番号６または配列番号７に記載の配列の７５４４位に挿入された、請求項１～１２のいずれか１項に記載の抗原カセットを含む、および／または
配列番号３または配列番号５の配列から得られた前記１つ以上の要素の５’に位置するＴ７またはＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターのヌクレオチド配列と、
場合により、前記ポリ（Ａ）配列の３’に位置する１つ以上の制限部位と
をさらに含む、単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセット。 - 請求項１４記載のヌクレオチド配列を含む、ベクターまたはベクターのセット。
- 請求項１４または１５に記載のヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットを含む単離細胞であって、場合により、前記細胞が、ＢＨＫ－２１、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、前記単離細胞。
- ＨＩＶを有する対象を治療するための方法における使用のための、または対象において免疫応答を誘導するための方法における使用のための、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物、または請求項１３に記載の医薬組成物であって、
場合により、前記対象が、前記抗原発現系の前記１つ以上のベクターによってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも１つを提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、および／または
前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、および／または
前記方法が、前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含み、
場合により、前記第２のワクチン組成物が、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物または請求項１３に記載の医薬組成物の投与の前に、投与に続いて、またはそれと同じ組成物として投与され、
場合により、前記第２のワクチン組成物が、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物または請求項１３に記載の医薬組成物と異なり、
場合により、前記第２のワクチン組成物が、少なくとも１つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、
場合により、前記チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、請求項１～１２のいずれか１項に記載の少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じである、
組成物。 - 請求項１（Ａ）または３～１２のいずれか１項に記載の抗原発現系を製造する方法であって、
（ａ）前記骨格及び前記抗原カセットを含む直鎖化ＤＮＡ配列を得ることと、
（ｂ）前記直鎖化ＤＮＡ配列の、前記直鎖化ＤＮＡ配列をＲＮＡへと転写するために必要なすべての成分を含むインビトロ転写反応への添加により、前記直鎖化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、場合により、得られたＲＮＡへの前記ｍ７ｇキャップのインビトロでの付加をさらに含む、ことと、
（ｃ）前記インビトロ転写反応から前記１つ以上のベクターを単離することと
を含み、
場合により、前記直鎖化ＤＮＡ配列が、ＤＮＡプラスミド配列を直鎖化することにより、またはＰＣＲを用いた増幅により、生成され、
場合により、前記ＤＮＡプラスミド配列が、細菌組換えまたは全ゲノムＤＮＡ合成または細菌細胞内で合成されたＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成のうちの１つを用いて生成される、または
前記１つ以上のベクターを前記インビトロ転写反応から単離することが、フェノールクロロホルム抽出、シリカカラムベースの精製、または同様のＲＮＡ精製法のうちの１つ以上を伴う、
製造方法。 - 前記抗原発現系を送達するための請求項１（Ａ）または３～１２のいずれか１項に記載の組成物を製造する方法であって、
（ａ）ナノ粒子状の送達ビヒクルの成分を与えることと、
（ｂ）前記抗原発現系を与えることと、
（ｃ）前記抗原発現系を送達するための前記組成物を前記ナノ粒子状の送達ビヒクル及び前記抗原発現系が生成するのに充分な条件を与えることと
を含み、場合により、前記条件がマイクロ流体混合によって与えられる、
製造方法。 - ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
ａ）前記対象のＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与のために与える工程と
を含み、
場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択され、場合により、
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ１である場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ２である場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３６のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＢである場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３７のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＣである場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３８のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＤである場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３９のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ１である場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４０のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ２である場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４１のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＧである場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４２のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＨである場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４３のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＪである場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４４のＨＬＡアレルからなる群から選択される、または、
前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＫである場合に、前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含み、場合により、前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、
方法。 - 対象を治療するための方法における使用のための、抗原ベースワクチンを含む医薬組成物であって、前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、または
前記抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、
前記薬学的組成物。
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201962869877P | 2019-07-02 | 2019-07-02 | |
| US62/869,877 | 2019-07-02 | ||
| US202063029981P | 2020-05-26 | 2020-05-26 | |
| US63/029,981 | 2020-05-26 | ||
| PCT/US2020/040630 WO2021003348A1 (en) | 2019-07-02 | 2020-07-02 | Hiv antigens and mhc complexes |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2022539417A JP2022539417A (ja) | 2022-09-08 |
| JPWO2021003348A5 true JPWO2021003348A5 (ja) | 2023-07-07 |
Family
ID=74101141
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2022500009A Pending JP2022539417A (ja) | 2019-07-02 | 2020-07-02 | Ｈｉｖ抗原及びｍｈｃ複合体 |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US20220265812A1 (ja) |
| EP (1) | EP3993829A4 (ja) |
| JP (1) | JP2022539417A (ja) |
| KR (1) | KR20220041844A (ja) |
| CN (1) | CN114340661A (ja) |
| AU (1) | AU2020298552A1 (ja) |
| CA (1) | CA3145833A1 (ja) |
| WO (1) | WO2021003348A1 (ja) |
Families Citing this family (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2020518648A (ja) | 2017-05-08 | 2020-06-25 | グリットストーン オンコロジー インコーポレイテッド | アルファウイルス新生抗原ベクター |
| SG11202113187WA (en) | 2019-05-30 | 2021-12-30 | Gritstone Bio Inc | Modified adenoviruses |
| KR20220047277A (ko) | 2019-07-16 | 2022-04-15 | 길리애드 사이언시즈, 인코포레이티드 | Hiv 백신, 및 이의 제조 및 사용 방법 |
| WO2022032196A2 (en) | 2020-08-06 | 2022-02-10 | Gritstone Bio, Inc. | Multiepitope vaccine cassettes |
| EP4277652A1 (en) | 2021-01-14 | 2023-11-22 | Gilead Sciences, Inc. | Hiv vaccines and methods of using |
| WO2023196966A1 (en) * | 2022-04-08 | 2023-10-12 | Gritstone Bio, Inc. | Antigen predictions for infectious disease-derived epitopes |
| WO2024144267A1 (ko) * | 2022-12-27 | 2024-07-04 | (주)한국바이오셀프 | Hiv-1 mrna를 포함하는 백신 조성물 |
Family Cites Families (16)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20050271676A1 (en) * | 1993-03-05 | 2005-12-08 | Epimmune Inc. | Inducing cellular immune responses to human immunodeficiency virus-1 using peptide and nucleic acid compositions |
| EP1000628A1 (en) * | 1998-09-28 | 2000-05-17 | Fondation Mondiale Recherche et Prevention SIDA | Use of antigenic complexes of HIV envelope and HLA class I antigens as HIV vaccine |
| WO2000073465A1 (fr) * | 1999-05-28 | 2000-12-07 | Ajinomoto Co.,Inc. | Peptides capables d'induire des cellules tueuses specifiques du vih et agents prophylactiques/medicaments contre le vih contenant ces peptides |
| WO2001027291A1 (en) * | 1999-10-12 | 2001-04-19 | Institut Pasteur | Design of a polyepitopic construct for the induction of hla-a2.1 restricted hiv 1 specific ctl responses using hhd mice |
| CA2392877C (en) * | 1999-12-23 | 2011-11-15 | Tomas Hanke | Improvements in or relating to immune responses to hiv |
| WO2001055177A2 (en) * | 2000-01-28 | 2001-08-02 | Statens Serum Institut | Methods to identify ctl epitopes of hiv |
| CU23235A1 (es) * | 2001-02-28 | 2007-09-26 | Ct Ingenieria Genetica Biotech | POXVIRUS RECOMBINANTES PARA PROTEINAS QUIMéRICAS DEL VIRUS DE LA INMUNODEFICIENCIA HUMANA Y SU APLICACION EN LA TERAPéUTICA Y LA PREVENCION DEL SIDA |
| CA2582426A1 (en) * | 2004-10-04 | 2006-04-13 | Biovaxim Limited | Subtype-matched inactivated whole virus vaccines for treating patients with hiv infection |
| FR2882557A1 (fr) * | 2005-02-25 | 2006-09-01 | Centre Nat Rech Scient | Epitopes de vih et composition pharmaceutique les contenant |
| AU2007296489B2 (en) * | 2006-09-12 | 2013-07-04 | Alphavax, Inc. | Alphavirus replicon particles matched to protein antigens as immunological adjuvants |
| WO2010037402A1 (en) * | 2008-10-02 | 2010-04-08 | Dako Denmark A/S | Molecular vaccines for infectious disease |
| WO2016081859A2 (en) * | 2014-11-20 | 2016-05-26 | The Johns Hopkins University | Method and compositions for the prevention and treatment of a hiv infection |
| CN108601731A (zh) * | 2015-12-16 | 2018-09-28 | 磨石肿瘤生物技术公司 | 新抗原的鉴别、制造及使用 |
| US20200010849A1 (en) * | 2016-11-23 | 2020-01-09 | Gritstone Oncology, Inc. | Viral delivery of neoantigens |
| MX2019012433A (es) * | 2017-04-19 | 2019-12-11 | Gritstone Oncology Inc | Identificacion, fabricacion y uso de neoantigenos. |
| JP2020518648A (ja) * | 2017-05-08 | 2020-06-25 | グリットストーン オンコロジー インコーポレイテッド | アルファウイルス新生抗原ベクター |
-
2020
- 2020-07-02 JP JP2022500009A patent/JP2022539417A/ja active Pending
- 2020-07-02 EP EP20835351.6A patent/EP3993829A4/en active Pending
- 2020-07-02 KR KR1020227003297A patent/KR20220041844A/ko unknown
- 2020-07-02 CN CN202080059796.1A patent/CN114340661A/zh active Pending
- 2020-07-02 WO PCT/US2020/040630 patent/WO2021003348A1/en unknown
- 2020-07-02 CA CA3145833A patent/CA3145833A1/en active Pending
- 2020-07-02 AU AU2020298552A patent/AU2020298552A1/en active Pending
-
2021
- 2021-12-29 US US17/564,920 patent/US20220265812A1/en not_active Abandoned
-
2022
- 2022-08-03 US US17/817,312 patent/US20230128001A1/en active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JPWO2019226941A5 (ja) | ||
| US20230270841A1 (en) | Coronavirus vaccine | |
| AU699384B2 (en) | Alphavirus cDNA vectors | |
| RU2019119272A (ru) | Вирусная доставка неоантигенов | |
| JP2020518648A (ja) | アルファウイルス新生抗原ベクター | |
| US6589531B1 (en) | Recombinant yellow fever virus and method of use thereof | |
| WO2017152042A2 (en) | Virus vectors expressing multiple epitopes of tumor associated antigens for inducing antitumor immunity | |
| AU2017372731A1 (en) | Compositions and methods for enhancing gene expression | |
| Anraku et al. | Kunjin virus replicon vaccine vectors induce protective CD8+ T-cell immunity | |
| McAllister et al. | Recombinant yellow fever viruses are effective therapeutic vaccines for treatment of murine experimental solid tumors and pulmonary metastases | |
| WO2020121273A1 (en) | Heterologous prime boost vaccine compositions and methods | |
| WO2023227124A1 (zh) | 一种构建mRNA体外转录模板的骨架 | |
| JP2020510426A5 (ja) | ||
| JPWO2021236854A5 (ja) | ||
| JP2004501646A5 (ja) | ||
| CN114854773A (zh) | 顺式复制子构建体 | |
| JPWO2021003348A5 (ja) | ||
| JPS63196299A (ja) | 融合蛋白質 | |
| JPWO2020243719A5 (ja) | ||
| JPWO2021216776A5 (ja) | ||
| JPWO2021216775A5 (ja) | ||
| JPWO2021203104A5 (ja) | ||
| EP1029069B1 (en) | Alphavirus vectors | |
| JPWO2022032196A5 (ja) | ||
| US20240238412A1 (en) | Pancoronavirus vaccines |