JP2022539417A - Ｈｉｖ抗原及びｍｈｃ複合体 - Google Patents

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Abstract

本明細書は、抗原コード核酸配列及び／または抗原ペプチドを含む組成物を開示する。ＨＩＶなどの感染性疾患に対するワクチンとしてのそれらの使用を含む、組成物に関連するヌクレオチド、細胞、及び方法も開示する。【選択図】図３４

Description

相互参照
本出願は、それぞれの開示内容をあらゆる目的でその全体にわたって本明細書に援用するところの２０１９年７月２日に出願された米国仮特許出願第６２／８６９，８７７号及び２０２０年５月２６日に出願された米国仮特許出願第６３／０２９，９８１号の利益及びこれらの出願に対する優先権を主張するものである。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全容を参照によって本明細書に援用する配列表を含む。前記ＡＳＣＩＩコピーは、２０２０年６月２９日に作成され、ＧＳＯ－０３４ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔの名前が付けられており、そのサイズは５，６４２，０００バイトである。
ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）などの感染性疾患は、依然として予防、治療及び／または治癒することが困難である。治療ワクチンは有望であるものの、ＨＩＶなどの疾患に対しては、集団における治療または予防的ワクチンとして使用できるような治療効果は実現されていない。
ワクチン設計における課題の１つは、抗ＨＩＶ応答を誘発するための「最良の」治療抗原を如何にして特定し、含めるかということである。抗原の提示を特定及び予測するための既存の方法は、低い陽性適中率（ＰＰＶ）しか実現できておらず、ワクチン設計に対する大きな支障となっている。ＰＰＶの低い予測を用いてワクチンが設計される場合、大部分の患者で治療抗原が投与される可能性は低くなり、複数の治療抗原が投与される患者はさらに少なくなるものと考えられる（提示されるペプチドのすべてが免疫原性であると仮定したとしても）。したがって、現行の方法による抗原ワクチン接種では、感染性疾患の感染を予防できる可能性が低い。
現行の抗原予測法の課題に加えて、その多くがヒト由来のものである、ヒトにおける抗原送達に使用することができる既存のベクター系にもやはり特定の課題が存在する。例えば、多くのヒトは、過去の自然曝露の結果としてヒトウイルスに対する既存の免疫を有しており、この免疫が感染性疾患の治療を行うために抗原を送達するための組換えヒトウイルスの使用にとって大きな障害となりうる。
本明細書では抗原発現系を送達するための組成物であって、抗原発現系は、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含む、ベクター骨格を含み、ベクター骨格は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、場合によりＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列は、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする。様々な実施形態において、少なくとも１つのＨＩＶエピトープは、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される。様々な実施形態において、抗原発現系は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列は、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む。様々な実施形態において、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列は、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む。
本明細書ではさらに、１つ以上の抗原を送達するための組成物であって、１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原または１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原をコードする１つ以上の核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、組成物を開示する。様々な実施形態において、少なくとも１つのＨＩＶエピトープは、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される。様々な実施形態において、組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原は、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む。様々な実施形態において、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原は、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む。
様々な実施形態において、ＭＨＣクラスＩエピトープは、（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれがＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、（ｃ）抗原のセットのサブセットを数値的尤度のセットに基づいて選択して、ＭＨＣクラスＩエピトープを生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と、を実行することによって選択される。
本明細書ではさらに、本明細書では１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、（Ａ）配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、（Ｂ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｃ）場合により、３’リンカー配列と、を含む、少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号５７）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号５８）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号５９）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６０）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６２）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６３）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６４）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６５）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６６）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６７）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、（Ａ）場合により、５’リンカー配列と、（Ｂ）場合により、３’リンカー配列と、をさらに含む、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）場合により、抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号６８）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、（ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたはベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
本明細書ではさらに、１つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、１つ以上のベクターが、（ａ）ベクター骨格であって、（ｉ）場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターと、（ｉｉ）２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、ベクター骨格と、（ｂ）２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列とポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた抗原カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、（Ａ）アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であって、ＭＨＣクラスＩエピトープの少なくとも１つが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、（Ｂ）ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、（Ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と、を含み、抗原カセットが２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、抗原カセット内の最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除く各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の５’末端に連結されている、ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、（Ｉ）ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列と、（ＩＩ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と、（ＩＩＩ）ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列と破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧ（配列番号６９）アミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、（ＩＶ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端をＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列に連結するＧＰＧＰＧ（配列番号７０）アミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、（Ｖ）場合により、少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧ（配列番号７１）アミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と、を含む、少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、を含む、抗原カセットと、を含む、組成物を開示する。
様々な実施形態において、抗原カセットの各要素の順序付けられた配列は、５’から３’に向けて、以下：Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ［式中、Ｐは、第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｃ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧ（配列番号７２）アミノ酸リンカーをコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧ（配列番号７３）アミノ酸リンカーをコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０、１、または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列である］を含む式で記述される。
様々な実施形態において、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。様々な実施形態において、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である。
様々な実施形態において、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、前記骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列は、前記骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列（配列番号７４）であり、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、５’リンカー配列は、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣ Ｉエピトープの天然の末端核酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、３’リンカー配列は、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、（ａ）ベクター骨格は、ＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合により、ベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含み、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする。
様々な実施形態において、組成物は、ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む。様々な実施形態において、ナノ粒子状の送達ビヒクルは、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である。様々な実施形態において、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質を含む。様々な実施形態において、イオン化可能なアミノ脂質は、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む。様々な実施形態において、ナノ粒子送達ビヒクルは抗原抗原発現系を封入する。様々な実施形態において、抗原カセットは、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる。様々な実施形態において、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、抗原コード核酸配列と機能的に連結されている。様々な実施形態において、１つ以上のベクターは、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む。様々な実施形態において、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターは、５’７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）キャップを有する。様々な実施形態において、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターは、インビトロ転写によって生成される。様々な実施形態において、１つ以上のベクターは、哺乳動物細胞内で自己複製する。様々な実施形態において、骨格は、アウラ（Ａｕｒａ）ウイルス、フォートモルガン（Ｆｏｒｔ Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。様々な実施形態において、骨格は、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。様々な実施形態において、骨格は少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む。様々な実施形態において、骨格は少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む。
様々な実施形態において、非構造タンパク質媒介増幅のための配列は、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。様々な実施形態において、骨格は、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない。様々な実施形態において、抗原抗原カセットは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入される。様々な実施形態において、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、配列番号３または配列番号５の配列を含む。様々な実施形態において、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、さらに塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失を有する配列番号３または配列番号５の配列を含む。様々な実施形態において、骨格は、配列番号６または配列番号７に記載の配列で含む。
様々な実施形態において、抗原カセットは、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失を置換するために７５４４位に挿入されている。様々な実施形態において、抗原カセットの挿入は、ｎｓＰ１～４遺伝子及び少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、ｎｓＰ１～４遺伝子及び少なくとも１つの抗原コード核酸配列は別々のオープンリーディングフレーム内にある。様々な実施形態において、骨格は、チンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。様々な実施形態において、チンパンジーアデノウイルスベクターは、ＣｈＡｄＶ６８ベクターである。様々な実施形態において、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、骨格によってコードされる天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。様々な実施形態において、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、外因性のＲＮＡプロモーターである。様々な実施形態において、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。様々な実施形態において、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす。様々な実施形態において、１つ以上のベクターは、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである。
様々な実施形態において、１つ以上のベクターは、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである。様々な実施形態において、１つ以上のベクターは、それぞれ２ｋｂのサイズである。様々な実施形態において、１つ以上のベクターは、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである。様々な実施形態において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする。様々な実施形態において、各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。様々な実施形態において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列に連結される。様々な実施形態において、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列を１個のＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する。様々な実施形態において、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基（配列番号７５）、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基（配列番号７６）、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。様々な実施形態において、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープ配列を１個のＭＨＣクラスＩ配列と連結する。様々な実施形態において、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号７７）を含む。様々な実施形態において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つの配列は、少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を向上させる、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結される。
様々な実施形態において、分離したまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙ→Ａｌａ置換を含有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合により、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である。様々な実施形態において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の核酸配列を含む。様々な実施形態において、少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、または最大で４００個の核酸配列を含む。様々な実施形態において、少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２～４００個の核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする。様々な実施形態において、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする。
様々な実施形態において、対象に投与されて翻訳された場合、少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸によってコードされる抗原のうちの少なくとも１つ、またはＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも１つは抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらす。様々な実施形態において、少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、対象に投与されて翻訳された場合、抗原のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらし、かつ場合により、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列によって駆動される。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列は、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。様々な実施形態において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在する。様々な実施形態において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２～２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０～４０個の長さである。様々な実施形態において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、少なくとも１つの普遍的ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により、少なくとも１つの普遍的配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。様々な実施形態において、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、誘導性である。様々な実施形態において、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、非誘導性である。様々な実施形態において、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、骨格にとって天然であるポリ（Ａ）配列を含む。様々な実施形態において、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、骨格にとって外因性であるポリ（Ａ）配列を含む。様々な実施形態において、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結される。様々な実施形態において、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチド（配列番号７８）である。様々な実施形態において、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号７９）である。
様々な実施形態において、抗原発現系は、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、あるいは、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む。様々な実施形態において、抗原発現系は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼ変異体、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む。様々な実施形態において、検出可能なペプチドまたはエピトープは、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される。様々な実施形態において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列は、（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれがＭＨＣアレルタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、（ｃ）抗原のセットのサブセットを、数値的尤度のセットに基づいて選択して、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と、を実行することによって選択される。
様々な実施形態において、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、（ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、（ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれがＭＨＣアレルタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、（ｃ）抗原のセットのサブセットを、数値的尤度のセットに基づいて選択して、少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と、を実行することによって選択される。様々な実施形態において、選択された抗原のセットの数は、２～２０である。様々な実施形態において、提示モデルは、（ａ）ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、（ｂ）前記ペアのＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の提示の尤度との間の依存性を表す。
様々な実施形態において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、提示される尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、選択された抗原は、１つ以上の特異的ＭＨＣアレルによって提示されているとして検証されている。様々な実施形態において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、対象におけるＨＩＶの存在に応答した免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む。様々な実施形態において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。様々な実施形態において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける尤度が減少している抗原を選択することを含む。様々な実施形態において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む。
様々な実施形態において、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチを行うことによって取得される。様々な実施形態において、抗原カセットは、抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む。様々な実施形態において、少なくとも１つのジャンクションエピトープ配列または各ジャンクションエピトープ配列は、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する。様々な実施形態において、各ジャンクションエピトープ配列は、非自己である。様々な実施形態において、ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれは、集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されている。様々な実施形態において、ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれは、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアは、集団において少なくとも０．０１％の抗原／ＨＬＡ存在率（ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ）を有する。様々な実施形態において、ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれは、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ存在率を有する。
本明細書ではさらに、上記に述べた組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物を開示する。様々な実施形態において、組成物は、アジュバントをさらに含む。
本明細書ではさらに、上記の組成物のいずれかの抗原カセットと、配列番号３または配列番号５の配列から得られる１つ以上の要素と、を含む単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットであって、場合により、前記１つ以上の要素が、非構造タンパク質媒介増幅に必要な配列、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列、ポリ（Ａ）配列、及び、配列番号３または配列番号５に記載の配列のｎｓＰ１～４遺伝子からなる群から選択され、場合により、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットも開示される。様々な実施形態において、配列または単離ヌクレオチド配列のセットは、配列番号６または配列番号７に記載の配列の７５４４位に挿入された、上記の組成物のいずれかの抗原カセットを含む。様々な実施形態において、単離ヌクレオチド配列は、配列番号３または配列番号５の配列から得られた前記１つ以上の要素の５’に位置するＴ７またはＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターのヌクレオチド配列と、場合により、前記ポリ（Ａ）配列の３’に位置する１つ以上の制限部位と、をさらに含む。様々な実施形態において、上記の組成物のいずれかの抗原カセットが、配列番号８または配列番号９の７５６３位に挿入される。
本明細書ではさらに、上記に述べたヌクレオチド配列を含む、ベクターまたはベクターのセットを開示する。本明細書ではさらに、上記に述べたヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットを含む単離細胞であって、場合により、前記細胞が、ＢＨＫ－２１、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、単離細胞を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に、上記の組成物のうちのいずれかの組成物、または上記に述べた医薬組成物を投与することを含む。本明細書ではさらに、対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に、上記の組成物のうちのいずれかの組成物、または上記に述べた医薬組成物を投与することを含む方法も開示される。様々な実施形態において、対象は、抗原発現系の１つ以上のベクターによってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも１つを提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する。様々な実施形態において、組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される。
様々な実施形態において、組成物は筋肉内投与される。様々な実施形態において、方法は、対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む。様々な実施形態において、第２のワクチン組成物は、前記組成物または医薬組成物の投与の前に投与される。様々な実施形態において、第２のワクチン組成物は、前記組成物または医薬組成物の投与に続いて投与される。様々な実施形態において、第２のワクチン組成物は、前記組成物または医薬組成物と同じものである。様々な実施形態において、第２のワクチン組成物は、前記組成物または医薬組成物と異なる。様々な実施形態において、第２のワクチン組成物は、少なくとも１つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含む。様々な実施形態において、チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、上記の組成物のいずれかの少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じである。
本明細書ではさらに、上記に述べた抗原発現系を製造する方法であって、（ａ）骨格及び抗原カセットを含む直鎖化ＤＮＡ配列を得ることと、（ｂ）直鎖化ＤＮＡ配列の、直鎖化ＤＮＡ配列をＲＮＡへと転写するために必要なすべての成分を含むインビトロ転写反応への添加により、直鎖化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、場合により、得られたＲＮＡへのｍ７ｇキャップのインビトロの付加をさらに含む、ことと、（ｃ）インビトロ転写反応から１つ以上のベクターを単離することと、を含む、方法を開示する。様々な実施形態において、直鎖化ＤＮＡ配列は、ＤＮＡプラスミド配列を直鎖化することにより、またはＰＣＲを用いた増幅により、生成される。様々な実施形態において、ＤＮＡプラスミド配列は、細菌組換えまたは全ゲノムＤＮＡ合成または細菌細胞内で合成されたＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成のうちの１つを用いて生成される。様々な実施形態において、１つ以上のベクターをインビトロ転写反応から単離することは、フェノールクロロホルム抽出、シリカカラムベースの精製、または同様のＲＮＡ精製法のうちの１つ以上を伴う。
本明細書ではさらに、抗原発現系を送達するための組成物を製造する方法であって、（ａ）ナノ粒子状の送達ビヒクルの成分を与えることと、（ｂ）抗原発現系を与えることと、（ｃ）抗原発現系を送達するための組成物をナノ粒子状の送達ビヒクル及び抗原発現系が生成するのに充分な条件を与えることと、を含む方法を開示する。様々な実施形態において、かかる条件は、マイクロ流体混合によって与えられる。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象のＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表３５のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表３６のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＢであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表３７のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＣであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表３８のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＤであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表３９のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象のＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表４０のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象のＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表４１のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象のＨＩＶがＨＩＶサブタイプＧであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表４２のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＨであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表４３のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＪであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表４４のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＫであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｃ）対象がＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶサブタイプが抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、対象が抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、工程と、ｄ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を提供する。様々な実施形態において、対象によって発現されるＨＬＡアレルは、表４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
様々な実施形態において、対象のＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されていることは、対象からの試料を処理したサードパーティーから、ＨＩＶサブタイプを示すデータセットを取得することを含む。様々な実施形態において、対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることは、対象からの試料を処理したサードパーティーからデータセットを取得することを含む。様々な実施形態において、対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることは、対象から試料を取得することと、エクソームシークエンシング、標的化エクソームシークエンシング、トランスクリプトームシークエンシング、サンガーシークエンシング、ＰＣＲベースの遺伝子型決定アッセイ、質量分析に基づく方法、マイクロアレイ、ナノストリング、ＩＳＨ、及びＩＨＣからなる群から選択される方法を用いて前記試料をアッセイすることと、を含む。様々な実施形態において、試料は、組織、体液、血液、脊髄液、または穿刺吸引液から選択される。いくつかの態様では、ＨＬＡアレルは、少なくとも１％のＨＬＡ頻度を有する。
本明細書ではさらに、対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、
１）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、抗原ベースワクチンが、１）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、方法を開示する。
様々な実施形態において、対象は、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を提示することが予測または知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する。様々な実施形態において、方法は、さらに、対象に抗原ベースワクチンを投与する前に、対象が抗原ベースワクチンを受けるための候補であることを判定することをさらに含み、前記判定は、１）対象が前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが知られているかまたは予測されるＨＬＡアレルを発現すること、及び２）対象がＨＩＶサブタイプに曝露されたことがあるかまたは曝露されやすいことを特定することを含む。様々な実施形態において、前記少なくとも１つのＨＬＡアレルは、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される。
様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、抗原発現系を含む。様々な実施形態において、抗原発現系は、上記に述べた抗原発現系のいずれか１つを含む。様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、前記医薬組成物のいずれか１つを含む。
様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号３２５～２１６５のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号２１６６～４１０６のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号４１０７～６２４１のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号６２４２～８３８９のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号８９３０～１０６２６のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号１０６２７～１２８１０のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号１２８１１～１５０７９のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号１５０８０～１７１７４のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号１７１７５～１９３８８のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号１９３８９～２１００３のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。様々な実施形態において、各ＭＨＣクラスＩエピトープは、配列番号２１００４～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択される配列を含む。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、ａ）対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）その対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択され、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、対象により発現されるＨＬＡアレルによって提示されると予測される、工程と、ｄ）選択された候補エピトープ配列を含む抗原ベースワクチンを生成する工程と、ｅ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を開示する。
本明細書ではさらに、ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、ａ）対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、ｂ）その対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択され、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、対象により発現されるＨＬＡアレルによって提示されると予測される、工程と、ｄ）選択された候補エピトープ配列を含む抗原ベースワクチンを生成する工程と、ｅ）場合により、抗原ベースワクチンを対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と、を含む、方法を開示する。
様々な実施形態において、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列は、質量分析によりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチドで訓練された提示モデルを適用することによって特定される。様々な実施形態において、提示モデルは、再現率４０％で０．２８の適合率の値を示す。様々な実施形態において、提示モデルは、０．２４のＡＵＣを示す。
本発明のこれらの、ならびに他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明文、及び添付図面を参照することでより深い理解がなされるであろう。
インビトロＴ細胞活性化合物アッセイの開発を説明する。抗原提示細胞へのワクチンカセットの送達が、異なるペプチド抗原の発現、プロセシング、及びＭＨＣ制限提示につながるアッセイの概略。特異的なペプチド－ＭＨＣの組み合わせに一致するＴ細胞受容体を有するように操作されたレポーターＴ細胞が活性化され、ルシフェラーゼが発現される。
図２Ａは、短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、互いに対して同じ位置で連結された５個のクラスＩ ＭＨＣクラス制限エピトープ（エピトープ１～５）に２個の普遍的クラスＩＩ ＭＨＣエピトープ（ＭＨＣ－ＩＩ）が繋げられたものを示す。異なるリンカーを用いて種々の繰り返しが生成された。場合によっては、Ｔ細胞エピトープは互いに直接連結される。他の場合では、Ｔ細胞エピトープの片側または両側にその天然配列が隣接する。他の繰り返しでは、Ｔ細胞エピトープは、非天然配列ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰにより連結される。図２Ｂは、短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、短いカセット内に埋め込まれたＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図は、示される順に、配列番号２７４～２８０をそれぞれ開示する。
モデルワクチンカセットに付加された細胞ターゲティング配列の評価を説明する。ターゲティングカセットは、短いカセット設計を、ユビキチン（Ｕｂ）、シグナルペプチド（ＳＰ）及び膜貫通（ＴＭ）ドメインによって延長し、５個のマーカーヒトＴ細胞エピトープ（エピトープ１～５）の隣に２個のマウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号８０）（ＳＩＩ）及びＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（配列番号８１）（Ａ５）をさらに有し、Ｔ細胞エピトープの両側に隣接する非天然リンカーＡＡＹ－または天然リンカー配列を用いている（２５マー）。
長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、長いカセットの設計が、それらの２５マー天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる５個のマーカークラスＩエピトープ（エピトープ１～５）であって、それらの２５マー天然配列に含まれるさらなる周知のＴ細胞クラスＩエピトープ（エピトープ６～２１）によって隔てられたマーカークラスＩエピトープと、２個の普遍的クラスＩＩエピトープ（ＭＨＣ－ＩＩ０）とを含み、各クラスＩエピトープの相対位置のみが異なることを示す。
長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図は、示される順に、配列番号２８１～３０１をそれぞれ開示する。
前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、最終カセットの設計が、それらの２５マー天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる２０個のＭＨＣ Ｉエピトープを含み、６個の非ヒト霊長類（ＮＨＰ）エピトープ、５個のヒトエピトープ、９個のマウスエピトープ、及び２個の普遍的ＭＨＣクラスＩＩエピトープで構成されることを示す。
前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、非ヒト霊長類、マウス、及びヒト由来のクラスＩ ＭＨＣ上に提示される、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報、ならびに２個の普遍的ＭＨＣクラスＩＩエピトープＰＡＤＲＥ及び破傷風トキソイドの配列を示す。図は、示される順に、配列番号３０２～３２３をそれぞれ開示する。
図６Ａは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。図６Ｂは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。図６Ｃは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡を使用して倍率１００倍で可視化した。
図７Ａは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して３日後に撮影した。図７Ｂは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率４０倍で使用して３日後に撮影した。図７Ｃは、トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率１００倍で使用して３日後に撮影した。
ウイルス粒子の生成スキームを説明する。
アルファウイルス由来ＶＥＥ自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターを説明する。
Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスにＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡを接種した後のインビボのレポーター発現を説明する。異なる時点でＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでＣ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスを免疫した（ＭＣ３に封入したものを１０ｕｇ／マウスで両側性に筋肉内注射）後のルシフェラーゼシグナルの代表的イメージを示す。
Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３ ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（コントロール）、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）、またはＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ－１ ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号８２）特異的Ｔ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴにより評価し、脾細胞１０６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）として報告する。各線は中央値を示す。
Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３ ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（コントロール）、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）、またはＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号８３）特異的Ｔ細胞応答をＭＨＣＩペンタマー染色により評価し、ペンタマー陽性細胞としてＣＤ８陽性細胞の割合（％）として報告する。各線は中央値を示す。
Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５－ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５－ＧＦＰプライム／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ－４（ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ－４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ－４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ－１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５－ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５－ＧＦＰ／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５－ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３ ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（コントロール）か、またはＡｄ５－ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。コントロール及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧコントロールｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５－ＧＦＰ／ＶＥＥ－ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹプライム／ブーストと抗抗ＰＤ－１（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの６日後（プライムの２１日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
マウスにおけるマウス腫瘍抗原に対するＣｈＡｄＶ６８誘発Ｔ細胞応答を説明する。マウスをＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫し、ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号８４）（ＯＶＡ）に対するＴ細胞応答をＣ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１－Ａ５をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。ＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された脾細胞１０６個当たりの平均のスポット形成細胞（ＳＦＣ）を示した。エラーバーは、標準偏差を示す。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、最初のブースト免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（３０μｇ）（図１５Ａ）、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（１００μｇ）（図１５Ｂ）、またはＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２（１００μｇ）（図１５Ｃ）による同種プライム／ブースト、またはＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブースト群（図１５Ｄ）について、ＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。
図１５Ａの説明を参照されたい。
図１５Ａの説明を参照されたい。
図１５Ａの説明を参照されたい。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ２による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ１による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。図は、配列番号３２４を開示する。
Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。図は、配列番号３２４を開示する。
一般的なＴＣＲシークエンシング手法及びワークフローを示す。
３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）または５０（ＸＸＬ）個のエピトープを有する大きな抗原カセットにおける異なる腫瘍由来のモデルエピトープの一般的な編成を示す。
ＣｈＡｄベクターが、すべてのカセットに共通の配列を認識する抗クラスＩＩ（ＰＡＤＲＥ）抗体を使用した上記のウェスタンブロットによって示されるように長いカセットを発現することを示す。ＨＥＫ細胞に異なるサイズの大きなカセット（ｃｈＡｄ６８－５０ＸＸＬ、ｃｈＡｄ６８－４０ＸＬ及びｃｈＡｄ６８－３０Ｌ）を発現するｃｈＡｄ６８ベクターを感染させた。感染はＭＯＩ＝０．２に設定した。感染２４時間後にプロテアソーム阻害剤であるＭＧ１３２を、感染させたウェルのセットに加えた（＋符合で示す）。ウイルス処理したウェルの別のセットはＭＧ１３２で処理しなかった（－符合で示す）。非感染ＨＥＫ２９３細胞（２９３Ｆ）をネガティブコントロールとして用いた。感染４８時間後に細胞ペレットを回収し、ＳＤＳ／ＰＡＧＥ電気泳動で分析し、ウサギ抗クラスＩＩ ＰＡＤＲＥ抗体を用いてイムノブロッティングした。ＨＲＰ抗ラビット抗体及びＥＣＬ化学発光基質を検出に用いた。
ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号８５）（下図）に対して検出された、ｃｈＡｄ６８の大きなカセットで免疫したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞の％としてモデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。
ｃｈＡｄ６８の大きなカセットによるワクチン接種後のＬＤ－ＡＨ１＋（上図）及びＫｂ－ＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号８６）＋（下図）テトラマーに対するＣＤ８＋応答を示す。データは、モデルテトラマーペプチド複合体に対する反応性を有する全ＣＤ８細胞の％として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号８７）（下図）に対して検出された、アルファウイルスの大きなカセットで処置したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞の％としてモデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
アカゲザルにおける抗原カセット含有ベクターの免疫原性を評価するためのワクチン接種手法を示す。三角は、０及び３２週目におけるｃｈＡｄ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を表す。四角は、抗ＣＴＬＡ－４抗体の投与を表す。
ｃｈＡｄ－ＭＡＧを投与したアカゲザル単独（グループ４）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
ｃｈＡｄ－ＭＡＧ及びＩＶ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ５）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
ｃｈＡｄ－ＭＡＧ及びＳＣ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ６）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
ＥＬＩＳｐｏｔにより測定したｃｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって生じた抗原特異的メモリー応答を示す。結果は各ドットが１匹の動物を表す個別のドットプロットとして示す。免疫前のベースライン（左パネル）及びプライム１８ヶ月後のメモリー反応（右パネル）を示す。
コンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色を用いたフローサイトメトリーによる抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のメモリー細胞表現型判定を示す。
実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ－Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７－＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７－＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。
ＣＴ２６腫瘍保有マウスにおけるＣＴ２６腫瘍抗原ＡＨ１を認識するＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を示す。テューキーの多重比較検定による１元配置ＡＮＯＶＡを用いてＰ値を求めた（＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５）。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー；ａＣＴＬＡ４＝抗ＣＴＬＡ４抗体、クローン９Ｄ９。
一実施形態にしたがって、対象に抗原ベースワクチンを投与するためのフロープロセスを示す。
第２の実施形態にしたがって、対象に抗原ベースワクチンを投与するためのフロープロセスを示す。
クラスＩ ＨＬＡアレルによって提示されるＨＩＶエピトープを予測するための公開されている予測ツールと比較したＥＤＧＥモデルの予測性能を示す。
詳細な説明
Ｉ．定義
一般に、特許請求の範囲及び明細書において使用される用語は、当業者により理解される通常の意味を有するものとして解釈されるものとする。特定の用語を、さらなる明確性を与えるために下記に定義する。通常の意味と与えられる定義との間に矛盾が存在する場合、与えられる定義が用いられるものとする。
本明細書で使用するところの「抗原」という用語は、免疫反応を誘導する物質のことである。
本明細書において使用するところの「抗原ベースワクチン」という用語は、１つ以上の抗原、例えば複数の抗原に基づいたワクチン組成物のことである。ワクチンは、ヌクレオチドベース（例えば、ウイルスベース、ＲＮＡベース、またはＤＮＡベース）、タンパク質ベース（例えば、ペプチドベース）、またはこれらの組み合わせであってよい。
本明細書で使用するところの「候補抗原」という用語は、抗原ベースワクチンに含めるために選択される抗原を指す。
本明細書で使用するところの「候補エピトープ配列」という用語は、抗原ベースワクチンに含めるために選択される候補抗原上のエピトープ配列を指す。
本明細書において使用するところの「コード領域」なる用語は、タンパク質をコードする遺伝子の部分（複数可）のことである。
本明細書において使用される場合、２つ以上の核酸またはポリペプチドの配列との関連での「同一率」（％）という用語は、下記の配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰ及びＢＬＡＳＴＮ、または当業者が利用可能な他のアルゴリズム）のうちの１つを用いて、または目視検査により測定される、最大の一致について比較し、整列させた場合に、ヌクレオチドまたはアミノ酸残基の特定の比率（％）が同じである２つ以上の配列または部分配列のことを指す。用途に応じて、「同一率」（％）は、比較される配列の領域にわたって、例えば、機能ドメインにわたって存在するか、あるいは、比較される２つの配列の完全長にわたって存在することができる。
配列比較では、一般的に、１つの配列が、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを用いる場合、試験配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要な場合には部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムのパラメータを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムが、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列の配列同一率（％）を算出する。あるいは、配列の類似性または相違性は、選択された配列位置（例えば、配列モチーフ）における特定のヌクレオチドの、または翻訳後の配列ではアミノ酸の有無の組み合わせによって確立することもできる。
比較を行うための配列の最適なアラインメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性の探索法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ処理による実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）によって、または目視検査によって実施することができる（一般的には、下記のＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．を参照）。
配列同一率（％）及び配列類似率（％）を決定するのに適したアルゴリズムの１つの例として、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）に記載されるＢＬＡＳＴアルゴリズムがある。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを通して公に入手可能である。
本明細書において使用される場合、「エピトープ」という用語は、抗体またはＴ細胞受容体が一般的に結合する、抗原の特異的な部分のことである。
本明細書において使用される場合、「免疫原性」という用語は、例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはその両方を介して免疫応答を誘発する能力のことである。
本明細書において使用される場合、「ＨＬＡ結合親和性」、「ＭＨＣ結合親和性」という用語は、特異的な抗原と特異的なＨＬＡまたはＭＨＣアレルとの結合の親和性を意味する。
本明細書において使用される場合、「変異」という用語は、対象の核酸と、コントロールとして使用される参照ヒトゲノムとの差である。
本明細書において使用される場合、「変異コール」という用語は、典型的にはシークエンシングからの、変異の存在のアルゴリズム的決定である。
本明細書において使用される場合、「多型」という用語は、生殖細胞系列変異、すなわち、個体のすべてのＤＮＡ保有細胞において見出される変異である。
本明細書において使用される場合、「体細胞変異」という用語は、個体の非生殖系列細胞において生じる変異である。
本明細書において使用される場合、「アレル」という用語は、遺伝子の１つのバージョンまたは遺伝子配列の１つのバージョンまたはタンパク質の１つのバージョンのことである。
本明細書において使用される場合、「ＨＬＡ型」という用語は、ＨＬＡ遺伝子アレルの相補体のことである。
本明細書において使用される場合、「エクソーム」という用語は、タンパク質をコードするゲノムのサブセットである。エクソームは、ゲノムの集合的なエクソンでありうる。
本明細書において使用される場合、「ロジスティック回帰」という用語は、従属変数が１に等しい確率のロジットが従属変数の線形関数としてモデル化される、統計からのバイナリデータ用の回帰モデルである。
本明細書において使用される場合、「ニューラルネットワーク」という用語は、多層の線形変換に続いて一般的に確率的勾配降下法及び逆伝搬により訓練された要素ごとの非線形変換を行うことからなる分類または回帰のための機械学習モデルである。
本明細書において使用される場合、「プロテオーム」という用語は、細胞、細胞の群、または個体によって発現される、及び／または翻訳されるすべてのタンパク質のセットのことである。
本明細書において使用される場合、「ペプチドーム」という用語は、細胞表面上のＭＨＣ－ＩまたはＭＨＣ－ＩＩによって提示されるすべてのペプチドのセットのことである。ペプチドームは、細胞または細胞の集合の性質を指す場合もある。
本明細書において使用される場合、「ＥＬＩＳＰＯＴ」という用語は、ヒト及び動物において免疫応答を観察するための一般的な方法である、酵素結合免疫吸着スポットアッセイを意味する。
本明細書において使用される場合、「デキサトラマー」という用語は、フローサイトメトリーにおいて抗原特異的Ｔ細胞染色に使用される、デキストランベースのペプチド－ＭＨＣマルチマーである。
本明細書において使用される場合、「寛容または免疫寛容」という用語は、１つ以上の抗原、例えば、自己抗原に対する免疫不応答の状態のことである。
本明細書において使用される場合、「中枢性寛容」という用語は、自己反応性Ｔ細胞クローンを欠失させること、または自己反応性Ｔ細胞クローンの免疫抑制性制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）への分化を促進することのいずれかにより、胸腺において与えられる寛容である。
本明細書において使用される場合、「末梢性寛容」という用語は、中枢性寛容を生き延びた自己反応性Ｔ細胞を下方制御もしくはアネルギー化すること、またはこれらのＴ細胞のＴｒｅｇへの分化を促進することにより、末梢系において与えられる寛容である。
「試料」という用語は、静脈穿刺、排泄、射精、マッサージ、生検、針吸引、洗浄試料、擦過、外科的切開、もしくは介入、または当技術分野において公知の他の手段を含む手段によって対象から採取された、単一細胞、または複数の細胞、または細胞の断片、または体液のアリコートを含むことができる。
「対象」という用語は、インビボ、エクスビボ、またはインビトロ、雄または雌のいずれかの、細胞、組織、または生物体、ヒトまたは非ヒトを包含する。対象という用語は、ヒトを含む哺乳動物を含める。
「哺乳動物」という用語は、ヒト及び非ヒトの両方を包含し、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、マウス、ウシ、ウマ、及びブタを含むが、それらに限定されない。
「臨床的因子」という用語は、対象の状態、例えば、疾患の活性または重症度の測定を指す。「臨床的因子」は、非試料マーカーを含む、対象の健康状態のすべてのマーカー、ならびに／または、非限定的に年齢及び性別などの、対象の他の特徴を包含する。臨床的因子は、対象または所定の条件下の対象由来の試料（または試料の集団）の評定から取得され得るスコア、値、または値のセットであることができる。臨床的因子はまた、マーカー、及び／または遺伝子発現代替物などの他のパラメータによっても予測することができる。臨床的因子は、過去の適応症（例えば、患者病歴）、及び喫煙歴を含むことができる。
「アルファウイルス」という用語は、トガウイルス科のメンバーのことを指し、一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスである。アルファウイルスは、一般的に、シンドビス、ロスリバー、マヤロ、チクングニア、及びセムリキ森林ウイルスなどの旧世界型、または、東部ウマ脳炎ウイルス、アウラ、フォートモルガン、もしくはベネズエラウマ脳炎ウイルス及びその誘導株ＴＣ－８３などの新世界型に分類される。アルファウイルスは一般的には自己複製ＲＮＡウイルスである。
「アルファウイルス骨格」という用語は、ウイルスゲノムの自己複製を可能とするアルファウイルスの最小配列（複数可）のことを指す。最小配列としては、非構造タンパク質媒介増幅用の保存配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、ｎｓＰ４遺伝子、及びポリＡ配列、ならびに、２６Ｓプロモーター因子をはじめとするサブゲノミックウイルスＲＮＡの発現用の配列を挙げることができる。
「非構造タンパク質媒介増幅用の保存配列」という用語には、当該技術分野では周知のアルファウイルス保存配列因子（ＣＳＥ）が含まれる。ＣＳＥとしては、これらに限定されるものではないが、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１－ｎｔ ＣＳＥ、２４－ｎｔ ＣＳＥ、または他の２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９－ｎｔ ＣＳＥ、及びアルファウイルス３’ＵＴＲが挙げられる。
「ＲＮＡポリメラーゼ」という用語には、ＤＮＡ鋳型からのＲＮＡポリヌクレオチドの生成を触媒するポリメラーゼが含まれる。ＲＮＡポリメラーゼとしては、これらに限定されるものではないが、Ｔ３、Ｔ７、及びＳＰ６を含むバクテリオファージ由来ポリメラーゼが挙げられる。
「脂質」という用語には、疎水性及び／または両親媒性分子が含まれる。脂質は、カチオン性、アニオン性、または中性であってよい。脂質は、合成または天然由来のものであってよく、特定の例では生分解性であってよい。脂質は、コレステロール、リン脂質、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）複合体（ＰＥＧ化脂質）を含む（ただしこれに限定されない）脂質複合体、ワックス、油類、グリセリド、脂肪、及び脂溶性ビタミンを含みうる。脂質には、ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート（ＭＣ３）及びＭＣ３様分子も含まれうる。
「脂質ナノ粒子」または「ＬＮＰ」という用語には、リポソームとも呼ばれる、水性の内部を包囲する脂質含有膜を用いて形成された小胞様構造が含まれる。脂質ナノ粒子は、界面活性剤により安定化された固体脂質コアを有する脂質ベースの組成物を含む。コア脂質は、脂肪酸、アシルグリセロール、ワックス、及びこれらの界面活性剤の混合物であってよい。リン脂質、スフィンゴミエリン、胆汁酸（タウロコール酸）、及びステロール類（コレステロール）のような生体膜脂質を安定化剤として用いることができる。脂質ナノ粒子は、１種類以上のカチオン性、アニオン性、または中性脂質の規定の比率を含む（ただし、これに限定されない）、規定の比率の異なる脂質分子を用いて形成することができる。脂質ナノ粒子は、外膜シェル内に分子を封入することができ、その後、標的細胞と接触させて封入分子を宿主細胞のサイトゾルに送達することができる。脂質ナノ粒子は、それらの表面などを非脂質分子で修飾または官能化することができる。脂質ナノ粒子は、単一層（単層）または多層（複層）とすることができる。脂質ナノ粒子は、核酸と複合体化することができる。単層脂質ナノ粒子を核酸と複合体化することができ、その場合、核酸は水性の内部となる。複層脂質ナノ粒子を核酸と複合体化することができ、その場合、核酸は水性の内部となるか、またはその間を形成するかまたはその間に挟まれる。
略語：ＭＨＣ：主要組織適合性複合体；ＨＬＡ：ヒト白血球抗原、またはヒトＭＨＣ遺伝子座；ＮＧＳ：次世代シークエンシング；ＰＰＶ：陽性適中率；ＦＦＰＥ：ホルマリン固定パラフィン包埋；ＮＭＤ：ナンセンス変異依存分解機構；ＤＣ：樹状細胞。
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈によってそうでない旨が明示されない限り、複数の指示物を含む点に留意されたい。
特に断らない限り、または文脈から明らかでない限り、本明細書において使用される「約」という用語は、例えば、平均から標準偏差２つ分以内など、当該技術分野における公称公差の範囲内にあるものとして理解される。「約」は、記載される値の１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、または０．０１％以内として理解することができる。文脈から明らかでない限り、本明細書に示される全ての数値は「約」という語によって修飾されている。
本明細書において直接定義されていない用語は、本発明の技術分野の範囲内で理解されるような、一般的にそれらに付随する意味を有するものとして理解されるべきである。本発明の態様の組成物、装置、方法など、ならびにそれらの製造または使用法を説明するうえで実施者にさらなる手引きを与える目的で特定の用語が本明細書で検討される。同じものについて複数の言い方がなされうる点は認識されるであろう。したがって、代替的な語及び同義語が、本明細書で検討される用語の任意の１つ以上について用いられる場合がある。本明細書においてある用語が詳述または検討されているか否かに重きが置かれるべきではない。いくつかの同義語または代用可能な方法、材料などが提供される。１つまたは数個の同義語または均等物の記載は、明確に述べられない限り、他の同義語または均等物の使用を除外しない。用語の例を含む例の使用は、あくまで説明を目的としたものにすぎず、本明細書における発明の態様の範囲及び意味を限定しない。
本明細書の本文において引用されるすべての参照文献、発行特許、及び特許出願は、あらゆる目的でそれらの全容を参照により本明細書に援用するものである。
ＩＩ．抗原を特定する方法
本明細書に開示される方法は、個別化された抗原ベースワクチンに含めるための候補抗原を特定することについて記載する。候補抗原は、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞を含む免疫細胞の細胞表面に提示される可能性が高く、及び／または特定の対象において免疫原性を示す可能性が高いＨＩＶなどの感染性疾患の抗原を表す。
例として、かかる方法の１つは、ＨＩＶのシークエンシングデータを取得する工程であって、前記ＨＩＶのヌクレオチドシークエンシングデータを用いて抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られる、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力して抗原のそれぞれが、対象の１つ以上のＭＨＣタンパク質によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記数値的尤度のセットに基づいて抗原のセットのサブセットを選択して、選択された抗原のセットを生成する工程と、を含む。一態様では、抗原のセットの中の各抗原は、ＨＩＶのゲノム内の遺伝子（例えば、ｅｎｖ、ｇａｇ、負因子（ｎｅｆ）、ｐｏｌ、ｒｅｖ、転写トランス活性化因子（Ｔａｔ）、ウイルス感染性因子（ｖｉｆ）、ウイルスタンパク質ｒ（ｖｉｒ）、またはウイルスタンパク質ｕ（ｖｉｕ））内のコード領域によってコードされる。
提示モデルは、対応するラベルのセットを含む参照データのセット（訓練データセットとも呼ばれる）で訓練された統計的回帰モデルまたは機械学習（例えば、ディープラーニング）モデルを含み、参照データのセットは、場合により一部の対象がＨＩＶに感染している複数の個別の対象のそれぞれから得られる。参照データは、合成タンパク質、正常ヒト細胞株、ならびに新鮮な及び凍結された初代試料に対してその後曝露される所定のＭＨＣアレルを発現するように操作された単一アレル細胞株の質量分析データ、シークエンシングデータ、ＲＮＡシークエンシングデータ、発現プロファイリングデータ、及びプロテオミクスデータ、ならびにＴ細胞アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＰＯＴ）をさらに含むことができる。特定の態様では、参照データのセットは、参照データの各形態を含む。
提示モデルは、参照データのセットに少なくとも一部由来する特性のセットを含むことができ、前記特性のセットは、アレル依存的特性及びアレル非依存的特性のうちの少なくとも１つを含む。特定の態様では、各特性が含まれる。
候補抗原を特定するための方法はまた、提示される可能性の高いＨＩＶの１つ以上の抗原を特定することによって個別化された抗原ベースワクチンを構築するための出力を生成することも含む。例として、かかる１つの方法は、ＨＩＶのシークエンシングデータを取得する工程であって、ＨＩＶシークエンシングデータを用いて抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られる、前記工程と、抗原のそれぞれのペプチド配列を、対応する数値ベクトルにコード化する工程であって、各数値ベクトルが、ペプチド配列を構成する複数のアミノ酸及びペプチド配列内におけるアミノ酸の位置のセットに関する情報を含む、前記工程と、コンピュータのプロセッサを使用して、数値ベクトルをディープラーニング提示モデルに入力して抗原のセットについて提示尤度のセットを生成する工程であって、セット内の各提示尤度が、対応する抗原がクラスＩ ＭＨＣアレルのＭＨＣタンパク質によって提示される尤度を表す、前記工程と、抗原のセットのサブセットを、提示尤度のセットに基づいて選択して、選択された抗原のセットを生成する工程と、選択された抗原のセットに基づいて個別化された抗原ベースワクチンを構築するための出力を生成する工程と、を含むことができる。一態様では、抗原のセットの中の各抗原は、ＨＩＶのゲノム内の遺伝子（例えば、ｅｎｖ、ｇａｇ、ｎｅｆ、ｐｏｌ、ｒｅｖ、ｔａｔ、ｖｉｆ、ｖｉｒ、またはｖｉｕ）によってコードされる。
抗原を同定するための具体的な方法は当業者には周知のものであり、こうした方法は、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
本明細書では、本明細書に記載される抗原の特定方法のいずれかの工程を行うことを含み、選択された抗原のセットを含む抗原ベースワクチンを得る工程と、抗原ベースワクチンを対象に投与する工程と、をさらに含む、対象を治療する方法であって、場合により、対象がＨＩＶを有する、方法が開示される。
本明細書に開示される方法はまた、サブセットの中の抗原のうちの少なくとも１つに対して抗原特異的な１つ以上のＴ細胞を同定することをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、同定は、１つ以上の抗原特異的Ｔ細胞を増殖させる条件下で１つ以上のＴ細胞をサブセットの中の抗原のうちの１つ以上と共培養することを含む。さらなる実施形態では、同定は、１つ以上のＴ細胞を、サブセットの中の抗原のうちの１つ以上を含むテトラマーと、Ｔ細胞とテトラマーとの結合が可能な条件下で接触させることを含む。いっそうさらなる実施形態では、本明細書に開示される方法はまた、前記１つ以上の同定されたＴ細胞の１つ以上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を同定することをさらに含むことができる。特定の実施形態では、１つ以上のＴ細胞受容体を同定することは、前記１つ以上の同定されたＴ細胞のＴ細胞受容体配列をシークエンシングすることを含む。本明細書に開示される方法は、前記１つ以上の同定されたＴ細胞受容体のうちの少なくとも１つを発現するように複数のＴ細胞を遺伝子操作することと、前記複数のＴ細胞を増殖させる条件下で前記複数のＴ細胞を培養することと、増殖させたＴ細胞を対象に注入することと、をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、１つ以上の同定されたＴ細胞受容体の少なくとも１つを発現するように複数のＴ細胞を遺伝子操作することは、前記１つ以上の同定されたＴ細胞の前記Ｔ細胞受容体配列を発現ベクターにクローニングすることと、前記複数のＴ細胞のそれぞれに発現ベクターをトランスフェクトすることと、を含む。特定の実施形態では、本明細書に開示される方法は、さらに、前記１つ以上のＴ細胞を増殖させる条件下で前記１つ以上の同定されたＴ細胞を培養することと、増殖させたＴ細胞を対象に注入することと、をさらに含む。
本明細書ではまた、前記サブセットの中の少なくとも１つの選択された抗原に対して抗原特異的である単離Ｔ細胞も開示される。
本明細書ではまた、ＨＩＶワクチンを製造する方法であって、ＨＩＶのシークエンシングデータを取得する工程であって、ＨＩＶのヌクレオチドシークエンシングデータを用いて抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られる、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力して抗原のそれぞれが、１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記数値的尤度のセットに基づいて抗原のセットのサブセットを選択して、選択された抗原のセットを生成する工程と、選択された抗原のセットを含むＨＩＶワクチンを生産するかまたは前記ＨＩＶワクチンが既に生産されている工程と、を含む、前記方法も開示される。一態様では、抗原のセットの中の各抗原は、ＨＩＶのゲノム内の遺伝子（例えば、ｅｎｖ、ｇａｇ、ｎｅｆ、ｐｏｌ、ｒｅｖ、ｔａｔ、ｖｉｆ、ｖｉｒ、またはｖｉｕ）によってコードされる。
本明細書ではまた、ＨＩＶのシークエンシングデータを取得する工程であって、ＨＩＶのヌクレオチドシークエンシングデータを用いて抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られる、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力して抗原のそれぞれが、１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記数値的尤度のセットに基づいて抗原のセットのサブセットを選択して、選択された抗原のセットを生成する工程と、選択された抗原のセットを含むＨＩＶワクチンを生産するかまたは前記ＨＩＶワクチンが既に生産されている工程と、を含む方法を実行することによって選択された選択抗原のセットを含む抗原ベースワクチンも開示される。一態様では、抗原のセットの中の各抗原は、ＨＩＶのゲノム内の遺伝子（例えば、ｅｎｖ、ｇａｇ、ｎｅｆ、ｐｏｌ、ｒｅｖ、ｔａｔ、ｖｉｆ、ｖｉｒ、またはｖｉｕ）によってコードされる。
抗原ベースワクチンは、ヌクレオチド配列、ポリペプチド配列、ＲＮＡ、ＤＮＡ、細胞、プラスミド、またはベクターのうちの１つ以上を含んでもよい。
抗原ベースワクチンは、対象において免疫原性を示す１つ以上の抗原を含んでもよい。
抗原ベースワクチンは、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導する１つ以上の抗原を含まなくともよい。
抗原ベースワクチンは、アジュバントを含んでもよい。
抗原ベースワクチンは、賦形剤を含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、対象の免疫細胞によって提示される尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよく、場合により、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して対象にＨＩＶ特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける尤度が減少している抗原を選択することを含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含んでもよい。
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データは、組織でシークエンシングを行うことによって取得することができる。
シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチであってもよい。
数値的尤度のセットは、以下のうちの少なくとも１つを含む少なくともＭＨＣアレル相互作用特性によってさらに特定することができる。すなわち、ＭＨＣアレルと抗原コード化ペプチドとが結合する予測親和性；抗原コード化ペプチド－ＭＨＣ複合体の予測安定性；抗原コード化ペプチドの配列及び長さ；質量分析プロテオミクスまたは他の手段によって評価される、特定のＭＨＣアレルを発現する他の個体由来の細胞の類似した配列を有する抗原コード化ペプチドの提示の確率；対象とされる対象の特定のＭＨＣアレルの発現レベル（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）；特定のＭＨＣアレルを発現する他の別個の個体における、特定のＭＨＣアレルによる提示の、全体的な抗原コード化ペプチド配列とは独立した確率；他の別個の対象における、同じ分子のファミリー（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＰ）のＭＨＣアレルによる提示の、全体的な抗原コード化ペプチド配列とは独立した確率。
数値的尤度のセットは、以下のうちの少なくとも１つを含む少なくともＭＨＣアレル非相互作用特性によってさらに特定される。すなわち、その由来源タンパク質配列内の、抗原コード化ペプチドに隣接するＣ末端及びＮ末端配列；場合により組織中の対応するプロテアーゼの発現（ＲＮＡ－ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）にしたがって重み付けされる、抗原コード化ペプチド内のプロテアーゼ切断モチーフの存在；適切な細胞タイプにおいて測定される由来源タンパク質の代謝回転速度；由来源タンパク質の長さ、プロテアソームの発現のレベル、免疫プロテアソーム、胸腺プロテアソーム、または他のプロテアーゼ（ＲＮＡ－ｓｅｑ、プロテオーム質量分析、または免疫組織化学法によって測定することができる）；抗原コード化ペプチドの由来源遺伝子（例えば、ｅｎｖ、ｇａｇ、ｎｅｆ、ｐｏｌ、ｒｅｖ、ｔａｔ、ｖｉｆ、ｖｉｒ、またはｖｉｕ）の発現（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）；ペプチドを含む由来源タンパク質のドメインの性質を特徴付ける特性、例えば、二次または三次構造（例えば、α螺旋とβシート）；選択的スプライシング；他の個別の対象における問題とされる抗原コード化ペプチドの由来源タンパク質からのペプチドの提示の確率；技術的バイアスのためにペプチドが質量分析によって検出されないかまたは過剰表現される確率；免疫細胞の状態についての情報を与えるＲＮＡＳｅｑ（ペプチドの由来源タンパク質を含む必要はない）によって測定される異なる遺伝子モジュールの発現／経路；ペプチドがＴＡＰに結合する確率またはＴＡＰに対するペプチドの測定される、もしくは予測される結合親和性；ＴＡＰの発現レベル（ＲＮＡ－ｓｅｑ、プロテオーム質量分析、免疫組織化学法によって測定することができる）；これらに限定されるものではないが、抗原提示マシナリーに関与するタンパク質をコードする遺伝子（例えば、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＴＡＰ－１、ＴＡＰ－２、ＴＡＰＢＰ、ＣＡＬＲ、ＣＮＸ、ＥＲＰ５７、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＭＢ、ＨＬＡ－ＤＯ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＨＬＡ－ＤＲＢ４、ＨＬＡ－ＤＲＢ５、またはプロテアソームもしくは免疫プロテアソームの成分をコードする遺伝子のいずれか）を含む機能性生殖細胞系列多型の存在または不在；ならびにＨＩＶサブタイプ（Ａ１、Ａ２、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ１、Ｆ２、Ｇ、Ｈ、Ｊ、及びＫ）；喫煙歴。
本明細書に開示される方法はまた、選択された抗原のセットまたはそのサブセットを含む抗原ベースワクチンを得ることを含んでもよく、場合により抗原ベースワクチンを対象に投与することをさらに含む。
候補抗原のセット内の抗原の少なくとも１つは、ポリペプチド形態である場合、以下のうちの少なくとも１つを含んでもよい：ＩＣ５０値が１０００ｎＭ未満のＭＨＣとの結合親和性、ＭＨＣクラスＩのポリペプチドではアミノ酸８～１５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の長さ、ＭＨＣクラスＩＩのポリペプチドではアミノ酸６～３０個、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の長さ、プロテアソーム切断を促進する、親タンパク質配列中のポリペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及び、ＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在、ＭＨＣクラスＩＩでは、細胞外もしくはリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシン）によるペプチド促進切断部位またはＨＬＡ－ＤＭにより触媒されるＨＬＡ結合部位内またはその近くの配列モチーフの存在。
本明細書に開示される方法はまた、抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の他の抗原に対して、ＨＩＶの表面上に提示される尤度が増大していることから選択される。
本明細書に開示される方法はまた、候補抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、一態様では、候補抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の他の抗原に対して、対象にＨＩＶ特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大していることから選択される。一態様では、候補抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大していることから選択され、場合により、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。一態様では、候補抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の他の抗原に対して、中枢性または末梢性免疫寛容による阻害を受ける尤度が減少していることから選択される。一態様では、抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の他の抗原に対して、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少していることから選択される。
本明細書における方法の実施においては、特に断らない限り、当該技術分野における技能の範囲内のタンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術及び薬理学の従来の方法を使用する。かかる技術は文献に充分な説明がなされている。例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ ａｎｄ Ｓｕｎｄｂｅｒｇ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３ｒｄ Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ）Ｖｏｌｓ Ａ ａｎｄ Ｂ（１９９２）を参照されたい。
ＩＩＩ．ＨＩＶエピトープ配列の特定
本明細書では、ＨＩＶエピトープ配列を特定するための方法も開示される。一態様では、ＨＩＶエピトープ配列は、ＨＩＶゲノムからシークエンシングされるＨＩＶヌクレオチド配列から特定される。
ＨＩＶヌクレオチド配列は、ｅｎｖ、ｇａｇ、ｎｅｆ、ｐｏｌ、ｒｅｖ、ｔａｔ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、及びｖｐｕを含む９つのＨＩＶ遺伝子のうちの１つによってコードされうる。ＨＩＶゲノムのシークエンシングは、任意の細胞タイプまたは組織から得られた核酸試料に対して行うことができる。例えば、ＨＩＶ試料は、既知の方法（例えば、静脈穿刺）によって得られた血液または唾液などの体液から得ることができる。
ＨＩＶのヌクレオチド配列情報は、ＨＩＶから得られる何百万もの個々の核酸の分子から直接生成することができる。リアルタイムの単一分子の合成によるシークエンシング技術は、シークエンシングされる鋳型に対して相補的であるＤＮＡの新生鎖の中に組み込まれる際の、蛍光ヌクレオチドの検出に依拠する。１つの方法において、長さが３０～５０塩基のオリゴヌクレオチドを、ガラスのカバーガラスに、５’端で共有結合性に固着させる。これらの固着した鎖は、２つの機能を果たす。第１に、それらは、鋳型が、表面結合オリゴヌクレオチドに対して相補的な捕捉尾部を有して構成されている場合に、標的鋳型鎖の捕捉部位として作用する。それらはまた、配列読み取りの基礎を形成する、鋳型指向性プライマー伸長のためのプライマーとしても作用する。捕捉プライマーは、複数サイクルの合成、検出、及び、色素を除去するための色素－リンカーの化学的切断を用いた、配列決定のための、固定された位置部位として機能する。各サイクルは、ポリメラーゼ／ラベル化ヌクレオチド混合物の添加、リンス、画像化、及び色素の切断からなる。代替的な方法において、ポリメラーゼは、蛍光ドナー分子で修飾されてスライドガラス上に固定化され、他方、各ヌクレオチドは、γ－ホスファートに付着したアクセプター蛍光部分で色分けされている。ヌクレオチドが、新規の鎖の中に組み込まれるようになる際に、システムが、蛍光タグ付加されたポリメラーゼと蛍光修飾されたヌクレオチドとの間の相互作用を検出する。他の合成によるシークエンシング技術もまた、存在する。
任意の適している合成によるシークエンシングプラットフォームを、ＨＩＶの核酸配列を生成するために使用することができる。上記のように、４種類の主要な合成によるシークエンシングプラットフォームを、現在利用可能である：Ｒｏｃｈｅ／４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓより販売されるＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅｘａより販売される１Ｇ Ａｎａｌｙｚｅｒ、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓより販売されるＳＯＬｉＤシステム、及びＨｅｌｉｃｏｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅより販売されるＨｅｌｉｓｃｏｐｅシステム。合成によるシークエンシングプラットフォームはまた、Ｐａｃｉｆｉｃ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ及びＶｉｓｉＧｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓによっても記載されている。いくつかの実施形態において、シークエンシングされる多数の核酸分子は、支持体（例えば、固体支持体）に結合している。核酸を支持体上に固定化するために、捕捉配列／万能プライミング部位を、鋳型の３’端及び／または５’端に付加することができる。核酸は、支持体に共有結合性に付着した相補的配列に対して捕捉配列をハイブリダイズすることによって、支持体に結合させることができる。捕捉配列（万能捕捉配列とも呼ばれる）は、万能プライマーとして二重に働き得る、支持体に付着した配列に対して相補的な核酸配列である。
捕捉配列に対する代替物として、カップリングペア（例えば、抗体／抗原、受容体／リガンド、または、例えば米国特許出願第２００６／０２５２０７７号に記載されているようなアビジン－ビオチンペアなど）のメンバーを、各断片に連結させて、そのカップリングペアのそれぞれの第２のメンバーでコーティングされた表面上に捕捉させることができる。
捕捉に続いて、配列を、例えば、鋳型依存性の合成によるシークエンシングを含む、例えば、実施例及び米国特許第７，２８３，３３７号に記載されているような、単一分子検出／シークエンシングによって解析することができる。合成によるシークエンシングにおいて、表面に結合した分子は、ポリメラーゼの存在下で、多数のラベル化ヌクレオチド三リン酸に曝露される。鋳型の配列は、成長する鎖の３’端の中に組み込まれるラベル化ヌクレオチドの順序によって決定される。これは、リアルタイムで行うことができ、ステップ・アンド・リピートモードで行うことができる。リアルタイム解析のために、各ヌクレオチドに対して異なる光ラベルを組み込むことができ、複数のレーザーを、組み込まれたヌクレオチドの刺激のために利用することができる。
シークエンシングはまた、他の大規模並列処理シークエンシング、または次世代シークエンシング（ＮＧＳ）技法及びプラットフォームも含むことができる。大規模並列処理シークエンシング技法及びプラットフォームの追加的な例は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑまたはＭｉＳｅｑ、ＴｈｅｒｍｏＰＧＭまたはＰｒｏｔｏｎ、Ｐａｃ Ｂｉｏ ＲＳ ＩＩまたはＳｅｑｕｅｌ、ＱｉａｇｅｎのＧｅｎｅ Ｒｅａｄｅｒ、及びＯｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅ ＭｉｎＩＯＮである。追加的な類似した現在の大規模並列処理シークエンシング技術、及びこれらの技術の将来世代を、使用することができる。
いくつかの態様では、異なるＨＩＶカテゴリー、タイプ、及びサブタイプのＨＩＶヌクレオチド配列が、利用可能なオープンソースのデータベース（例えば、ロスアラモス国立研究所のＨＩＶデータベース）から取得される。
ＨＩＶヌクレオチド配列が得られた後、ＨＩＶヌクレオチド配列からＨＩＶエピトープ配列が抽出される。一例として、ＨＩＶエピトープ配列の抽出は、スライディングウインドウを用いることにより行うことができ、スライディングウインドウの長さがＨＩＶエピトープ配列の長さに対応する。抽出プロセスを説明するため、スライディングウインドウを第１のＨＩＶヌクレオチド配列に適用する。スライディングウインドウ内のヌクレオチド塩基配列のセットが第１のＨＩＶエピトープ配列として抽出される。スライディングウインドウは、ヌクレオチド塩基１個分だけ移動し、移動したスライディングウインドウ内のヌクレオチド塩基配列の次のセットが第２のＨＩＶエピトープ配列となる。このプロセスは、スライディングウインドウがすべてのＨＩＶヌクレオチド配列にわたって適用されるまで繰り返される。
一態様では、各ＨＩＶエピトープ配列は、ヌクレオチド塩基１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、または３９個の長さである（例えば、６～１３個のアミノ酸配列の長さ）。一態様では、各ＨＩＶエピトープ配列は、ヌクレオチド塩基２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、または３３個の長さである（例えば、８～１１個のアミノ酸配列の長さ）。
さらに、ＨＩＶ配列の特定の変異の存在を検出するための各種の方法が利用可能である。この分野における進歩によって、正確、容易で、安価な大規模ＳＮＰ遺伝子型判定が可能となっている。例えば、動的アレル特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、マイクロプレートアレイダイアゴナルゲル電気泳動（ＭＡＤＧＥ）、パイロシークエンシング、オリゴヌクレオチド特異的ライゲーション、ＴａｑＭａｎシステム、ならびにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのＳＮＰチップのような様々なＤＮＡ「チップ」技術を含むいくつかの手法がこれまでに記載されている。これらの方法は、一般的にはＰＣＲによる標的遺伝子領域の増幅を利用したものである。侵襲的切断による小さなシグナル分子の生成に続き、質量分析または固定化したパッドロックプローブ及びローリングサークル増幅を行うことに基づくさらに他の方法もある。特定の変異を検出するための、当該技術分野では周知の方法のいくつかを下記に要約する。
ＰＣＲベースの検出手段は、複数のマーカーの同時の多重増幅を含むことができる。例えば、サイズがオーバーラップせず、同時に解析することができるＰＣＲ産物を生成するようにＰＣＲプライマーを選択することは、当該技術分野では周知である。あるいは、差次的に標識され、したがって、それぞれを差次的に検出することができるプライマーで異なるマーカーを増幅することも可能である。ハイブリダイゼーションベースの検出手段によれば、試料中の複数のＰＣＲ産物の差次的な検出が可能になる点は言うまでも無い。複数のマーカーの多重分析を可能とする他の手法も当該技術分野で知られている。
ゲノムＤＮＡまたは細胞ＲＮＡの単一ヌクレオチド多型の分析を容易にするためのいくつかの方法が開発されている。例えば、一塩基多型は、例えば、Ｍｕｎｄｙ，Ｃ．Ｒ．（米国特許第４，６５６，１２７号）において開示されるような、特殊なエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチドを用いることによって検出することができる。この方法によれば、多型部位のすぐ３’側のアレル配列と相補的なプライマーを、標的分子にハイブリダイズさせる。標的分子上の多型部位が、存在する特定のエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチド誘導体と相補的であるヌクレオチドを含んでいる場合、その誘導体は、ハイブリダイズしたプライマーの末端に組み込まれる。このような組み込みにより、プライマーはエキソヌクレアーゼに対して抵抗性となるため、その検出が可能となる。試料のエキソヌクレアーゼ抵抗性誘導体の種類は分かっているため、プライマーがエキソヌクレアーゼに対して抵抗性になったという事実によって、標的分子の多型部位に存在するヌクレオチド（複数可）が、反応に用いられたヌクレオチド誘導体のヌクレオチドと相補的であることが示される。この方法は、大量の外来性配列データの決定を必要としないという利点を有する。
多型部位のヌクレオチドの種類を決定するために、溶液ベースの方法を使用することができる（Ｃｏｈｅｎ，Ｄ．ｅｔ ａｌ．（フランス国特許第２，６５０，８４０号；ＰＣＴ出願第ＷＯ９１／０２０８７号）。米国特許第４，６５６，１２７号のＭｕｎｄｙの方法におけるように、多型部位のすぐ３’側のアレル配列に対して相補的であるプライマーが使用される。この方法は、多型部位のヌクレオチドに対して相補的である場合にプライマーの末端に組み込まれる標識されたジデオキシヌクレオチド誘導体を使用してその部位のヌクレオチドの種類を決定するものである。
遺伝子ビット分析（Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｂｉｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ）またはＧＢＡとして知られる代替的な方法が、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．（ＰＣＴ出願第９２／１５７１２号）により記載されている。Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．の方法では、標識ターミネーターと、多型部位の３’側の配列に対して相補的であるプライマーとの混合物を使用する。したがって、組み込まれた標識ターミネーターは、評価される標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドによって決定され、これらのヌクレオチドと相補的である。Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（フランス国特許第２，６５０，８４０号；ＰＣＴ出願第ＷＯ９１／０２０８７号）の方法に対して、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．の方法は、プライマーまたは標的分子が固相に固定化される、不均一相アッセイとすることができる。
ＩＶ．抗原
抗原は、ヌクレオチドまたはポリペプチドを含みうる。例えば、抗原は、ポリペプチド配列をコードするＲＮＡ配列であってよい。したがって、ワクチンにおいて有用な抗原には、ヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が含まれる。一態様では、抗原ペプチドはそれらのコード配列に関して記述することができ、抗原は関連するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む。一態様では、抗原はＭＨＣタンパク質に結合し、したがって抗原提示細胞によって提示されることによって、抗原上のエピトープ配列がＴ細胞受容体と結合することができる。いくつかの状況では、抗原は、ＭＨＣクラスＩタンパク質と結合する。いくつかの状況では、抗原は、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質と結合する。いくつかの状況では、抗原は、ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩタンパク質の両方と結合する。
抗原は、ＨＩＶの２つの大きなカテゴリー（ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２）のいずれかに由来するものであってよい。さらに、抗原は、グループＮ、グループＯ、またはグループＰを含むＨＩＶ－１の異なるタイプに由来するものであってよい。さらに、グループＮに由来する抗原は、サブタイプＡ１、Ａ２、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ１、Ｆ２、Ｇ、Ｈ、Ｊ、またはＫのうちの１つに由来するものであってよい。
ＨＩＶに由来する抗原（及び対応するエピトープ配列）は、ＨＩＶのカテゴリー、タイプ、またはサブタイプに応じて異なりうる。例えば、異なるＨＩＶサブタイプに由来するＨＩＶ抗原のエピトープ配列が表３５～４５の第２列目に示されている。さらに、ＨＩＶサブタイプにまたがって不変である多数のエピトープ配列が存在している。したがって、特定のエピトープ配列は、表３５～４５のうちの複数の表に含まれている。
抗原ヌクレオチド配列によってコードされる１つ以上のポリペプチドは、以下のうちの少なくとも１つを含むことができる：１０００ｎＭ未満のＩＣ５０値でのＭＨＣとの結合親和性、ＭＨＣクラスＩペプチドについてはアミノ酸８～１５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の長さ、プロテアソーム切断を促進するペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及び、ＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在、ＭＨＣクラスＩＩのポリペプチドについてはアミノ酸６～３０個、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の長さ、細胞外もしくはリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシン）によるペプチド促進切断部位またはＨＬＡ－ＤＭにより触媒されるＨＬＡ結合部位内またはその近くの配列モチーフの存在。
１つ以上の抗原は、ＨＩＶ上に存在することができる。
１つ以上の抗原は、腫瘍を有する対象において免疫原性であることができ、例えば、対象においてＴ細胞応答またはＢ細胞応答を惹起することができ得る。場合により、対象はＨＩＶを有し得る。
対象において自己免疫応答を誘導する１つ以上の抗原は、場合によりＨＩＶを有する対象のためのワクチン生成との関連において考察から除外することができる。
少なくとも１つの抗原性ペプチド分子のサイズは、約５個、約６個、約７個、約８個、約９個、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、約２０個、約２１個、約２２個、約２３個、約２４個、約２５個、約２６個、約２７個、約２８個、約２９個、約３０個、約３１個、約３２個、約３３個、約３４個、約３５個、約３６個、約３７個、約３８個、約３９個、約４０個、約４１個、約４２個、約４３個、約４４個、約４５個、約４６個、約４７個、約４８個、約４９個、約５０個、約６０個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１１０個、約１２０個、またはそれよりも多いアミノ分子残基、及びこれらの範囲から導出される任意の範囲を含むことができるが、それらに限定されない。具体的な実施形態において、抗原性ペプチド分子は、アミノ酸５０個以下である。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩについては長さが１５残基以下で、通常約８～約１１残基の間からなり、特に９または１０残基であることができ；ＭＨＣクラスＩＩについては、６～３０残基であることができる。
望ましい場合、より長いペプチドを、いくつかのやり方において設計することができる。１つの例において、ＨＬＡアレル上のペプチドの提示尤度が予測されるかまたは公知である場合、より長いペプチドは、（１）各々の対応する遺伝子産物のＮ末端及びＣ末端に向かって２～５アミノ酸の伸長を有する個々の提示されるペプチド；（２）各々について伸長した配列を有する、提示されるペプチドのいくつかまたはすべての連鎖のいずれかからなることができる。より長いペプチドの使用によって、患者細胞による内因性のプロセシングが可能になり、より有効な抗原提示及びＴ細胞応答の誘導がもたらされ得る。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＨＬＡタンパク質上に提示されることができる。いくつかの態様において、抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも１０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも２５０ｎＭ未満、少なくとも２００ｎＭ未満、少なくとも１５０ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満、またはそれよりも小さいＩＣ５０を有することができる。
いくつかの態様において、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、対象に投与された場合に、自己免疫応答を誘導せず、及び／または免疫寛容を引き起こさない。
望ましい活性または性質を有する抗原性ペプチド及びポリペプチドは、望ましいＭＨＣ分子に結合して適切なＴ細胞を活性化する非改変ペプチドの生物学的活性を増大させるかまたは実質的にそのすべてを少なくとも保持しつつ、特定の望ましい属性、例えば、改善された薬理学的特徴を与えるように改変することができる。例として、抗原性ペプチド及びポリペプチドを、保存的または非保存的のいずれかの置換などの、種々の改変にさらに供することができ、そのような改変は、改善されたＭＨＣ結合、安定性、または提示などの、それらの使用におけるある特定の利点を提供し得る。保存的置換とは、アミノ酸残基を、生物学的及び／または化学的に類似している別のもので、例えば、１つの疎水性残基を別の疎水性残基、または１つの極性残基を別の極性残基で置き換えることを意味する。置換は、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；及びＰｈｅ、Ｔｙｒなどの組み合わせを含む。単一アミノ酸置換の効果はまた、Ｄ－アミノ酸を用いて探査してもよい。そのような改変は、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：３４１－３４７（１９８６），Ｂａｒａｎｙ ＆ Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ｇｒｏｓｓ ＆ Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，ｅｄｓ．（Ｎ．Ｙ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ），ｐｐ．１－２８４（１９７９）；及びＳｔｅｗａｒｔ ＆ Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．，Ｐｉｅｒｃｅ），２ｄ Ｅｄ．（１９８４）に記載されているように、周知のペプチド合成手順を用いて行うことができる。
種々のアミノ酸模倣物または非天然アミノ酸でのペプチド及びポリペプチドの改変は、インビボでのペプチド及びポリペプチドの安定性の増大に特に有用である場合がある。安定性は多くの方法でアッセイすることができる。例として、ペプチダーゼ、ならびに、ヒト血漿及び血清などの種々の生物学的媒質が、安定性を試験するために使用されている。例えば、Ｖｅｒｈｏｅｆ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ．１１：２９１－３０２（１９８６）を参照されたい。ペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを用いて好都合に決定することができる。プロトコールは、概して以下のようなものである。プールしたヒト血清（タイプＡＢ、非熱不活性化）を、使用前に遠心分離によって脱脂する。次いで、血清を、ＲＰＭＩ組織培養培地で２５％に希釈し、ペプチド安定性を試験するために使用する。あらかじめ決定された時間間隔で、少量の反応溶液を取り出して、６％水性トリクロロ酢酸またはエタノールのいずれかに添加する。濁った反応試料を１５分間冷却（４℃）し、次いで、スピンして沈降血清タンパク質を沈殿させる。次いで、ペプチドの存在を、安定性特異的クロマトグラフィー条件を用いた逆相ＨＰＬＣによって決定する。
ペプチド及びポリペプチドを、改善された血清半減期以外の望ましい属性を提供するために修飾することができる。例として、ＣＴＬ活性を誘導するペプチドの能力を、Ｔヘルパー細胞応答を誘導することができる少なくとも１つのエピトープを含有する配列への連結によって増強することができる。免疫原性ペプチド／Ｔヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結することができる。スペーサーは、典型的には、生理学的条件下で実質的に無電荷である、アミノ酸またはアミノ酸模倣物などの相対的に小さな中性分子から構成される。スペーサーは、典型的には、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、または、非極性アミノ酸もしくは中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意で存在するスペーサーは、同じ残基から構成される必要はなく、したがって、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが、理解されるであろう。存在する場合、スペーサーは、通常、少なくとも１または２残基、より通常は、３～６残基であろう。あるいは、ペプチドを、スペーサーなしでＴヘルパーペプチドに連結することができる。
抗原性ペプチドは、ペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかで、直接またはスペーサーを介してのいずれかでＴヘルパーペプチドに連結することができる。抗原性ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端を、アシル化することができる。例示的なＴヘルパーペプチドは、破傷風トキソイドの８３０～８４３、インフルエンザの３０７～３１９、マラリアスポロゾイトの周囲３８２～３９８及び３７８～３８９を含む。
タンパク質またはペプチドは、標準的な分子生物学的技法を通したタンパク質、ポリペプチド、もしくはペプチドの発現、天然由来源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含む、当業者に公知の任意の技法によって作製することができる。種々の遺伝子に対応する、ヌクレオチドならびにタンパク質、ポリペプチド及びペプチドの配列は、以前に開示されており、当業者に公知のコンピュータ処理されたデータベースで見出すことができる。１つのそのようなデータベースは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈのウェブサイトに位置する、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＧｅｎｂａｎｋ及びＧｅｎＰｅｐｔデータベースである。公知の遺伝子のコード領域は、本明細書に開示する技法を用いて、または当業者に公知であるように、増幅及び／または発現させることができる。あるいは、タンパク質、ポリペプチド、及びペプチドの種々の商業的調製物が、当業者に公知である。
さらなる態様において、抗原は、抗原性ペプチドまたはその一部をコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を含む。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、例えば、ホスホロチオアートバックボーンを有するポリヌクレオチドなどの、ポリヌクレオチドの一本鎖及び／もしくは二本鎖、または天然形態もしくは安定化形態のいずれか、または、それらの組み合わせであることができ、イントロンを含有してもよく、または含有しなくてもよい。またさらなる態様は、ポリペプチドまたはその一部を発現することができる発現ベクターを提供する。様々な細胞タイプ用の発現ベクターが、当技術分野において周知であり、過度の実験なしで選択することができる。概して、ＤＮＡを、プラスミドなどの発現ベクター中に、発現のための適正な方向及び正確なリーディングフレームで挿入する。必要な場合は、ＤＮＡを、望ましい宿主によって認識される適切な転写及び翻訳調節性制御ヌクレオチド配列に連結することができるが、そのような制御は、概して発現ベクターにおいて利用可能である。次いで、ベクターを、標準的な技法を通して宿主中に導入する。手引きは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．において見出すことができる。
Ｖ．ワクチン組成物
また、特異的な免疫応答、例えば、ＨＩＶ特異的な免疫応答を生じることができる免疫原性組成物、例えば、ワクチン組成物も、本明細書に開示する。ワクチン組成物は、典型的に、本明細書に記載される方法を用いて選択された１つ以上の抗原を含む。
一態様では、ワクチン組成物は、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つから選択されるエピトープ配列を有する１つの抗原を含む。他の態様では、ワクチン組成物は、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つから選択されるエピトープ配列を有する複数の抗原を含む。かかる状況では、複数の抗原のうちの少なくとも２つが、異なるペプチドであってよい。異なるペプチドとは、ペプチドが、長さ、アミノ酸配列、またはその両方において異なることを意味する。
いくつかの態様では、ワクチン組成物は、１つ以上のエピトープコード核酸配列を含む。一態様では、エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。各エピトープコード核酸配列は、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つから選択されるエピトープ配列を有する抗原をコードすることができる。
いくつかの態様では、ワクチン組成物は、１～３０個のペプチド、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０個の異なるペプチド、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なるペプチド、または１２、１３、もしくは１４個の異なるペプチドを含むことができる。様々な実施形態において、ワクチン組成物中に含まれるペプチドは、表３５～４５に示される配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つから選択されるエピトープ配列を含む。ペプチドは、翻訳後修飾を有してもよい。ワクチンは、１～１００個以上のヌクレオチド配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なるヌクレオチド配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列を含むことができる。ワクチンは、１～３０個の抗原配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なる抗原配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原配列を含むことができる。ワクチンは、１～３０個の抗原コード配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なる抗原コード配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原コード配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原コード配列を含むことができる。様々な実施形態において、抗原コード配列は、表３５～４５に示される配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つから選択されるエピトープ配列を含む抗原をコードする。
ワクチン組成物に含めるための候補エピトープ配列または抗原コード核酸配列の選択のさらなる詳細は下記に述べられる。
一実施形態では、異なるペプチド及び／もしくはポリペプチド、またはそれらをコードするヌクレオチド配列は、ペプチド及び／またはポリペプチドが、異なるＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子などの異なるＭＨＣ分子と結合することができるように選択される。いくつかの態様において、１つのワクチン組成物は、最も頻繁に存在するＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができるペプチド及び／またはポリペプチドのコード配列を含む。したがって、ワクチン組成物は、少なくとも２種類の好ましい、少なくとも３種類の好ましい、または少なくとも４種類の好ましいＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができる異なる断片を含むことができる。
ワクチン組成物は、特異的な細胞傷害性Ｔ細胞応答、及び／または特異的なヘルパーＴ細胞応答を生じることができる。
抗原はまた、ワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｔａｔｓｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１０，６１６－６２９を参照されたい）、または、第２、第３、もしくはハイブリッド第２／第３世代のレンチウイルス、及び特異的な細胞タイプもしくは受容体を標的とするように設計された任意の世代の組換えレンチウイルスを含むがそれらに限定されないレンチウイルス（例えば、Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ ｂｙ Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．（２０１１）２３９（１）：４５－６１、Ｓａｋｕｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ：ｂａｓｉｃｔｏ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．（２０１２）４４３（３）：６０３－１８、Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｃｕｅ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｎｔｒｏｎ ｌｏｓｓ ｍａｘｉｍｉｚｅｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ Ｃ ｐｒｏｍｏｔｅｒ，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２０１５）４３（１）：６８２－６９０、Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｌｆ－Ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒ ｆｏｒ Ｓａｆｅ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９８）７２（１２）：９８７３－９８８０を参照されたい）などの、ウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームに含めることもできる。上述のウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームのパッケージング能力に依存して、このアプローチは、１つ以上の抗原ペプチドをコードする１つ以上のヌクレオチド配列を送達することができる。配列は、非変異配列が隣接していてもよく、リンカーによって分離されていてもよく、または、細胞内区画を標的とする１つもしくは複数の配列が先行していてもよい（例えば、Ｇｒｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｏｆ ｍｅｌａｎｏｍａ ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｎａｔ Ｍｅｄ．（２０１６）２２（４）：４３３－８、Ｓｔｒｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｄｏｎｏｒ－ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２０１６）３５２（６２９１）：１３３７－４１、Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｅｄ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｕｒａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎｓ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（２０１４）２０（ １３）：３４０１－１０を参照されたい）。宿主中への導入時に、感染した細胞は、抗原を発現し、それにより、ペプチドに対する宿主免疫（例えば、ＣＴＬ）応答を惹起する。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ ３５１：４５６－４６０（１９９１））に記載されている。抗原の治療的投与または免疫化に有用な、多種多様の他のワクチンベクター、例えば、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）ベクターなどが、本明細書における記載から当業者に明らかであろう。
Ｖ．Ａ．抗原ワクチン配列の選択
エピトープ配列を有する選択された候補抗原を、抗原ベースワクチンに含めた。様々な実施形態において、候補抗原のエピトープ配列は、提示モデルに関連して下記に更に詳細に述べるように、提示モデルを用いて選択される。様々な実施形態において、候補抗原のエピトープ配列は、その全容を参照によって援用する、Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ Ｂｅｓｔ－ｄｅｆｉｎｅｄ（「Ａ－リスト」）ＣＴＬエピトープ１０８のようなロスアラモス国立研究所のＨＩＶデータベースから選択される。様々な実施形態において、候補抗原のエピトープ配列は、Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ Ｂｅｓｔ－ｄｅｆｉｎｅｄ（「Ａ－リスト」）ＣＴＬエピトープからのエピトープ配列を評価するために開発された提示モデルを用いて選択される１０８。以下の説明は、抗原ベースワクチンへの抗原性ペプチドの包含について述べたものであるが、当業者には、以下の説明が、これらの抗原性ペプチドをコードした抗原コード核酸配列の抗原カセットへの包含にも適用できる点は理解されよう。抗原カセットのさらなる詳細については下記に述べる。
一態様では、各抗原ベースワクチンは、１つ以上の特定のＨＬＡアレルを含むハプロタイプを有する患者に対して開発することができる。したがって、特定のＨＬＡを有する患者を、その特定のＨＬＡアレルに対して特異的に開発された抗原ベースワクチンで治療するかまたはワクチン接種することができる。いくつかの態様では、各抗原ベースワクチンは、特定のＨＬＡアレルの組み合わせを含むハプロタイプを有する患者に対して開発することができる。一実施形態では、特定のＨＬＡアレルの組み合わせは、特定の祖先系統の個人の集団によって発現されることが知られているものである。したがってその祖先系統の患者も、そのＨＬＡアレルの組み合わせを発現する可能性が高く、したがって、発現されるＨＬＡアレルの組合せによって提示される可能性が高い抗原を含むワクチンの候補となりうる。いくつかの態様では、任意の祖先系統の患者が抗原ベースワクチンに含まれる抗原のサブセットを提示する可能性が高くなるように、充分な数の抗原を含む抗原ベースワクチンを開発することができる。換言すれば、充分な数の抗原が抗原ベースワクチンに含まれる場合、そのような抗原ベースワクチンはあらゆる患者に有効となりうる。
例として、以下のＨＬＡアレル：Ａ０１０１、Ａ０２０１、Ａ０２０３、Ａ０２０４、Ａ０２０５、Ａ０２０６、Ａ０２０７、Ａ０２０８、Ａ０３０１、Ａ０３０２、Ａ１１０１、Ａ２３０１、Ａ２４０２、Ａ２５０１、Ａ２６０１、Ａ２６０２、Ａ２６０３、Ａ２９０１、Ａ２９０２、Ａ３００１、Ａ３００２、Ａ３００４、Ａ３１０１、Ａ３２０１、Ａ３３０１、Ａ３３０３、Ａ６８０１、Ａ６８０２、Ｂ０７０２、Ｂ０８０１、Ｂ１３０１、Ｂ１３０２、Ｂ１４０１、Ｂ１４０２、Ｂ１５０１、Ｂ１５０２、Ｂ１５０３、Ｂ１５１０、Ｂ１５１３、Ｂ１８０１、Ｂ２７０２、Ｂ２７０５、Ｂ３５０１、Ｂ３５０２、Ｂ３５０３、Ｂ３５０８、Ｂ３５１２、Ｂ３７０１、Ｂ３８０１、Ｂ３９０１、Ｂ３９０６、Ｂ４００１，Ｂ４００２、Ｂ４００６、Ｂ４１０２、Ｂ４４０２、Ｂ４４０３、Ｂ４４０５、Ｂ４６０１、Ｂ４８０１、Ｂ４９０１、Ｂ５００１、Ｂ５１０１、Ｂ５４０１、Ｂ５５０１、Ｂ５５０２、Ｂ５６０１、Ｂ５７０１、Ｂ５８０１、Ｃ０１０２、Ｃ０２０２、Ｃ０３０２、Ｃ０３０３、Ｃ０３０４、Ｃ０４０１、Ｃ０５０１、Ｃ０６０２、Ｃ０７０１、Ｃ０７０２、Ｃ０７０４、Ｃ０８０１、Ｃ０８０２、Ｃ０８０３、Ｃ１２０３、Ｃ１４０２、Ｃ１４０３、Ｃ１５０２、Ｃ１６０１、Ｃ１６０２、Ｃ１６０４、Ｃ１７０１のいずれか１つ以上に対する抗原ベースワクチンを開発することができる。抗原ベースワクチンに含めるための抗原は、表３５～４５を参照することによって選択することができ（例えば、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つ）、含まれる抗原のそれぞれの関連エピトープ配列は、それに対して抗原ベースワクチンが開発される特定のＨＬＡアレルを示した行を特定することにより選択される。注意すべき点として、特定のエピトープ配列は、複数のＨＩＶサブタイプにまたがって不変であり、したがって、表３５～４５のうちの複数の表にまたがって現れる。いくつかの態様では、抗原ベースワクチンに含めるための抗原は、表３５～４５のうちの１つ以上に現れるエピトープ配列をそれぞれ含むことができる。さらに、抗原ベースワクチンに含めるための抗原は、検証済みのＨＩＶエピトープのリストから選択することができる。検証済みのＨＩＶエピトープの例は、参照によって本明細書にその全容を援用するところの学術論文“Ｂｅｓｔ－Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ ＨＩＶ－１ ＣＴＬ Ｅｐｉｔｏｐｅｓ：Ｔｈｅ ２０１３ Ｕｐｄａｔｅ” （この論文では、検証済みのＨＩＶエピトープを「ｂｅｓｔ ｄｅｆｉｎｅｄ ＨＩＶ ＣＴＬ ｅｐｉｔｏｐｅｓ」として表Ｉ－Ａ－１に記載している）にみることができる１０５。検証済みのＨＩＶエピトープのさらなる例は、参照によって本明細書にその全容を援用するところの学術論文“Ｔｈｅ ２０１９ Ｏｐｔｉｍａｌ ＨＩＶ ＣＴＬ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｕｐｄａｔｅ：Ｇｒｏｗｉｎｇ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ ｅｐｉｔｏｐｅ ｌｅｎｇｔｈ ａｎｄ ＨＬＡ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ”にみることができる１０９。
例えば、表３５の第１行を参照すると、抗原ベースワクチンがＡ２５０１ ＨＬＡアレルに対して開発される場合、エピトープ配列「ＤＴＩＡＩＡＶＡＧＷ（配列番号７５６）」を含めるために選択することができる。かかる抗原ベースワクチンは、Ａ２５０１ ＨＬＡアレルと行を共有する表３５～４５からのさらなるエピトープ配列を含むことができる。例えば、表３６を参照すると、エピトープ配列「ＤＴＩＡＶＡＶＡＥＷ」（配列番号２６０６）」を抗原ベースワクチンに含めるためにさらに選択することができる。
いくつかの態様では、上記のＨＬＡアレルの組み合わせに対する抗原ベースワクチンを開発することができる。例えば、ＨＬＡアレルの組み合わせが対象によって一緒に発現されることが知られている場合、発現されるＨＬＡアレルのその組み合わせに対する抗原ベースワクチンを開発することができる。いくつかの態様では、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のＨＬＡアレルがアレルの組み合わせに含まれる。抗原ベースワクチンに含めるための抗原は、表３５～４５を参照することによって選択することができ（例えば、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つ）、含まれる抗原のそれぞれの関連エピトープ配列は、ＨＬＡアレルの組み合わせの中のいずれか１つのＨＬＡアレルを示した行を特定することにより選択される。
一態様では、それぞれの抗原ベースワクチンを、ＨＩＶの特定のカテゴリー、タイプ、またはサブタイプに感染した、または曝露された、またはそれに感染しやすい患者に対して開発することができる。したがって、患者を、その患者が感染した、または曝露された、またはそれに感染しやすいＨＩＶのカテゴリー、タイプ、またはサブタイプに対して特異的に開発された抗原ベースワクチンで治療またはワクチン接種することができる。
例えば、抗原ベースワクチンは、ＨＩＶのカテゴリー（例えば、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２）、タイプ（グループＮ、グループＯ、またはグループＰ）、またはサブタイプ（Ａ１、Ａ２、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ１、Ｆ２、Ｇ、Ｈ、Ｊ、またはＫ）のいずれか１つに対して開発することができる。抗原ベースワクチンに含めるための抗原は、表３５～４５を参照することにより選択することができる（例えば、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つ）。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＡ１に対して開発された抗原ベースワクチンは、表３５に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号３２５～２１６５のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＡ２に対して開発された抗原ベースワクチンは、表３６に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号２１６６～４１０６のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＢに対して開発された抗原ベースワクチンは、表３７に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号２１６６～４１０６のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＣに対して開発された抗原ベースワクチンは、表３８に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号６２４２～８３８９のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＤに対して開発された抗原ベースワクチンは、表３９に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号８９３０～１０６２６のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＦ１に対して開発された抗原ベースワクチンは、表４０に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号１０６２７～１２８１０のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＦ２に対して開発された抗原ベースワクチンは、表４１に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号１２８１１～１５０７９のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＧに対して開発された抗原ベースワクチンは、表４２に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号１５０８０～１７１７４のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＨに対して開発された抗原ベースワクチンは、表４３に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号１７１７５～１９３８８のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＪに対して開発された抗原ベースワクチンは、表４４に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号１９３８９～２１００３のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
様々な実施形態において、ＨＩＶサブタイプＫに対して開発された抗原ベースワクチンは、表４５に示されるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号２１００４～２２３４９のいずれか１つ）を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
一態様では、それぞれの抗原ベースワクチンは、１）１つ以上の特定のＨＬＡアレルの発現を含む、患者のＨＬＡ型、及び２）患者が感染する、曝露される、または曝露されやすいＨＩＶの特定のカテゴリー、タイプ、またはサブタイプの両方を考慮して患者に対して開発することができる。例として、特定のＨＬＡアレルを発現し、ＨＩＶのあるサブタイプに曝露されるかまたは曝露されやすい患者は、ＨＩＶのそのサブタイプ及び患者の発現されたＨＬＡ型に対して特異的に開発された抗原ベースワクチンで治療またはワクチン接種することができる。抗原ベースワクチンに含めるための抗原は、表３５～４５のうちの１つを参照することによって選択することができ（例えば、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つ）、含まれる抗原のそれぞれの関連エピトープ配列は、特定のＨＬＡアレルを示したその表の中の行を特定することにより選択される。
例えば、ＨＩＶサブタイプＡ１に対する、かつＢ４１０２ ＨＬＡアレルを有する患者に対する抗原ベースワクチンを開発することができる。表３５を参照すると、エピトープ配列「ＡＥＶＶＱＫＶＴＭ（配列番号１５９４）」を有する第１の抗原、及びエピトープ配列「ＡＥＶＶＱＫＶＶＭ（配列番号１５９５）」を有する第２の抗原を抗原ベースワクチンに含めるために選択することができる。かかる抗原ベースワクチンは、Ｂ４１０２ ＨＬＡアレルと行を共有する表３５からのさらなるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号１５９４～１６４２のいずれか）を含むことができる。別の例として、ＨＩＶサブタイプＡ２に対する、かつＢ４００１ ＨＬＡアレルを有する患者に対する抗原ベースワクチンを開発することができる。表３６を参照すると、エピトープ配列「ＴＥＳＮＤＴＩＴＬ（配列番号３４２４）」を有する第１の抗原、及びエピトープ配列「ＡＥＤＰＥＲＥＶＬ（配列番号３４２５）」を有する第２の抗原を抗原ベースワクチンに含めるために選択することができる。かかる抗原ベースワクチンは、Ｂ４００１ ＨＬＡアレルと行を共有する表３６からのさらなるＨＩＶエピトープ配列（例えば、配列番号３４２４～３４５８のいずれか）を含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号３２５～３２８、２１６６～２１７８、４１０７～４１１３、６２４２～６２４８、８３９０～８３９７、１０６２７～１０６３３、１２８１１～１２８２０、１５０８０～１５０８６、１７１７５～１７１８４、１９３８９～１９３９６、または２１００４～２１００９のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号３２９～３５３、２１７９～２２００、４１１４～４１３４、６２４９～６２７０、８３９８～８４１５、１０６３４～１０６５４、１２８２１～１２８５０、１５０８７～１５１０７、１７１８５～１７２１３、１９３９７～１９４２０、または２１０１０～２１０３１のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号３５４～４０３、２２０１～２２４８、４１３５～４１７７、６２７１～６３１５、８４１６～８４７４、１０６５５～１０７００、１２８５１～１２９１２、１５１０８～１５１５５、１７２１４～１７２６４、１９４２１～１９４６３、または２１０３２～２１０６４のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号４０４～４６９、２２４９～２３２６、４１７８～４２６１、６３１６～６４００、８４７５～８５５８、１０７０１～１０７６８、１２９１３～１２９９４、１５１５６～１５２１４、１７２６５～１７３４９、１９４６４～１９５１８、２１０６５～２１１１７のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号４７０～５２６、２３２７～２３７９、６４０１～６４５０、８５５９～８６２６、１０７６９～１０８２２、１２９９５～１３０５６、１５２１５～１５２６３、１７３５０～１７４０５、１９５１９～１９５７０、及び２１１１８～２１１６１のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号５２７～５６５、２３８０～２４２１、６４５１～６４９２、８６２７～８６７１、１０８２３～１０８６７、１０３５７～１３０９８、１５２６４～１５２９２、１７４０６～１７４４８、１９５７１～１９６０４、及び２１１６２～２１１９２のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号５６６～５８７、２４２２～２４３８、６４９３～６５０９、８６７２～８６８９、１０８６８～１０８８７、１３０９９～１３１２５、１５２９３～１５３０７、１７４４９～１７４７３、１９６０５～１９６１８、及び２１１９３～２１２０５のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号５８８～６３０、２４３９～２４７７、６５１０～６５４８、８６９０～８７３３、１０８８８～１０９３１、１３１２６～１３１７９、１５３０８～１５３３６、１７４７４～１７５１２、１９６１９～１９６４９、及び２１２０６～２１２３３のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号６３１～６５０、２４７８～２５０１、６５４９～６５７３、８７３４～８７６１、１０９３２～１０９６９、１３１８０～１３２２４、１５３３７～１５３５４、１７５１３～１７５４３、１９６５０～１９６６５、及び２１２３４～２１２４７のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号６５１～６８２、２５０２～２５４１、６５７４～６６１８、８７６２～８８０９、１０９７０～１１０２６、１３２２５～１３２９０、１５３５５～１５３９６、１７５４４～１７６０３、１９６６６～１９６９７、及び２１２４８～２１２７４のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号６８３～７２６、２５４２～２５８３、６６１９～６６６８、８８１０～８８６２、１１０２７～１１０８７、１３２９１～１３３７０、１５３９７～１５４５１、１７６０４～１７６５２、１９６９８～１９７２６、及び２１２７５～２１３０９のいずれかを含むことができる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号７２７～７４１、２５８４～２５９３、６６６９～６６８５、８８６３～８８７１、１１０８８～１１１０３、１３３７１～１３３８５、１５４５２～１５４６５、１７６５３～１７６６７、１９７２７～１９７３８、及び２１３１０～２１３１７のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２３０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号７４２～７５５、２５９４～２６０５、６６８６～６６９８、８８７２～８８８５、１１１０４～１１１１６、１３３８６～１３３９７、１５４６６～１５４７９、１７６６８～１７６７９、１９７３９～１９７５０、及び２１３１８～２１３２３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２４０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号７５６～７６９、２６０６～２６２２、６６９９～６７１１、８８８６～８９０３、１１１１７～１１１３２、１３３９８～１３４１４、１５４８０～１５５０５、１７６８０～１７６９３、１９７５１～１９７６０、及び２１３２４～２１３３３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２５０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号７７０～７８３、２６２３～２６４０、６７１２～６７２８、８９０４～８９２７、１１１３３～１１１５５、１３４１５～１３４３３、１５５０６～１５５３３、１７６９４～１７７１４、１９７６１～１９７７３、及び２１３３４～２１３４６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２６０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号７８４～７９０、２６４１～２６５２、６７２９～６７３９、８９２８～８９３７、１１１５６～１１１６８、１３４３４～１３４４６、１５５３～１５５５０、１７７１５～１７７２３、１９７７４～１９７８２、及び２１３４７～２１３５３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２６０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号７９１～８０２、２６５３～２６７１、６７４０～６７５９、８９３８～８９５９、１１１６９～１１１８９、１３４４７～１３４６４、１５５５１～１５５６９、１７７２４～１７７３９、１９７８３～１９７９７、及び２１３５４～２１３６０のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２６０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８０３～８１４、２６７２～２６７９、６７６０～６７６８、８９６０～８９７６、１１１９０～１１１９５、１３４６５～１３４７４、１５５７０～１５５８８、１７７４０～１７７５１、１９７９８～１９８０８、及び２１３６１～２１３６６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２９０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８１５～８２８、２６８０～２６９８、６７６９～６７８４、８９７７～９０００、１１１９６～１１２１０、１３４７５～１３４９３、１５５８９～１５６１２、１７７５２～１７７７３、１９８０９～１９８２１、及び２１３６７～２１３７６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ２９０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８２９～８４２、２６９９～２７０７、６７８５～６７９３、９００１～９０１２、１１２１１～１１２１６、１３４９４～１３５０１、１５６１３～１５６１７、１７７７４～１７７８１、１９８２２～１９８２８、及び２１３７７～２１３８３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ３００１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８４３～８５７、２７０８～２７２２、６７９４～６８０７、９０１３～９０４０、１１２１７～１１２３５、１３５０２～１３５１９、１５６１８～１５６３６、１７７８２～１７８０９、１９８２９～１９８４３、及び２１３８４～２１３９０のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ３００２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８５８～８６４、２７２３～２７２８、６８０８～６８１７、９０４１～９０６０、１１２３６～１１２４６、１３５２０～１３５３０、１５６３７～１５６４９、１７８１０～１７８２８、１９８４４～１９８５０、及び２１３９１～２１３９３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ３００４を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８６５～８９５、２７２９～２７５７、６８１８～６８４６、９０６１～９０８２、１１２４７～１１２７２、１３５３１～１３５５８、１５６５０～１５６８３、１７８２９～１７８６２、１９８５１～１９８６９、及び２１３９４～２１４０７のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ３１０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８９６～８９９、２７５８～２７６１、６８４７～６８５０、９０８３～９０９１、１１２７３～１１２７５、１３５５９～１３５６７、１５６８４～１５６８８、１７８６３～１７８７０、１９８７０～１９８７４、及び２１４０８～２１４０９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ３２０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号９００～９２０、２７６２～２７９３、６８５１～６８８０、９０９２～９１１２、１１２７６～１１３００、１３５６８～１３５８５、１５６８９～１５７０７、１７８７１～１７９００、１９８７５～１９８９８、及び２１４１０～２１４２５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ３３０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号９２１～９５５、２７９４～２８５１、６８８１～６９３５、９１１３～９１６４、１１３０１～１１３４６、１３５８６～１３６１９、１５７０８～１５７４２、１７９０１～１７９６４、１９８９９～１９９３３、及び２１４２６～２１４５９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ３３０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号９５６～９９７、２８５２～２９０８、６９３６～６９８６、９１６５～９２２８、１１３４７～１１４１０、１３６２０～１３６６７、１５７４３～１５７８５、１７９６５～１８０２９、１９９３４～１９９８６、及び２１４６０～２４１９２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ６８０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号９９８～１０３２、２９０９～２９４６、６８９７～７０３７、９２２９～９２９２、１１４１１～１１４６１、１３６６８～１３７１５、１５７８６～１５８２８、１８０３０～１８０６８、１９９８７～２００２７、及び２４１９３～２１５２３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＡ６８０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１０３３～１０５０、２９４７～２９６９、７０３８～７０６５、９２９３～９３１２、１１４６２～１１４８５、１３７１６～１３７３８、１５８２９～１５８４９、１８０６９～１８０９１、２００２８～２００３８、及び２１５２４～２１５４０のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ０７０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１０５１～１０６６、２９７０～２９８４、７０６６～７０７８、９３１３～９３２５、１１４８６～１１４９７、１３７３９～１３７５２、１５８５０～１５８６２、１８０９２～１８１１２、２００３９～２００５１、及び２１５４１～２１５４９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ０８０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１０６７～１０８０、２９８５～２９９９、７０７９～７０９５、９３２６～９３４７、１１４９８～１１５１６、１３７５３～１３７６７、１５８６３～１５８７５、１８１１３～１８１２８、２００５２～２００６２、及び２１５５０～２１５５７のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１３０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１０８１～１１１７、３０００～３０５２、７０９６～７１４０、９３４８～９４０６、１１５１７～１１５５７、１３７６８～１３８２１、１５８７６～１５９２３、１８１２９～１８１７８、２００６３～２００９３、及び２１５５８～２１５９３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１３０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１１１８～１１２５、３０５３～３０５８、７１４１～７１４５、９４０７～９４１１、１１５５８～１１５６２、１３８２２～１３８２７、１５９２４～１５９３１、１８１７９～１８１８５、２００９４～２００９８、及び２１５９４～２１５９９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１４０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１１２６～１１３９、３０５９～３０７０、７１４６～７１５９、９４１２～９４１８、１１５６３～１１５７４、１３８２８～１３８３７、１５９３２～１５９４３、１８１８６～１８１９７、２００９９～２０１０９、及び２１６００～２１６０６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１４０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１１４０～１１９２、３０７１～３１１１、７１６０～７２１１、９４１９～９４８１、１１５７５～１１６３３、１３８３８～１３８９５、１５９４４～１６００１、１８１９８～１８２５９、２０１１０～２０１４１、及び２１６０７～２１６３５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１５０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１１９３～１２２０、３１１２～３１３５、７２１２～７２４７、９４８２～９５０１、１１６３４～１１６７０、１３８９６～１３９３７、１６００２～１６０３６、１８２６０～１８３００、２０１４２～２０１６５、及び２１６３６～２１６５６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１５０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１２２１～１２４５、３１３６～３１５２、７２４８～７２７３、９５０２～９５２６、１１６７１～１１６９３、１３９３８～１３９６８、１６０３７～１６０６５、１８３０１～１８３２４、２０１６６～２０１７９、及び２１６５７～２１６６９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１５０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１２４６～１２６６、３１５３～３１７８、７２７４～７２９６、９５２７～９５４８、１１６９４～１１７２２、１３９６９～１３９９５、１６０６６～１６０８３、１８３２５～１８３５２、２０１８０～２０２００、及び２１６７０～２１６８９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１５１０を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１２６７～１２７０、３１７９～３１８３、７２９７～７３００、９５４９～９５５１、１１７２３～１１７２５、１３９９６～１４００５、１６０８４～１６０９１、１８３５３～１８３５８、２０２０１～２０２０５、及び２１６９０～２１６９２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１５１３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１２７１～１２８６、３１８４～３２０３、７３０１～７３２８、９５５２～９５６５、１１７２６～１１７４２、１４００６～１４０２４、１６０９２～１６１０７、１８３５９～１８３７５、２０２０６～２０２２４、及び２１６９３～２１７０５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ１８０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１２８７～１３０４、３２０４～３２２５、７３２９～７３５５、９５６６～９５９４、１１７４３～１１７５６、１４０２５～１４０４８、１６１０８～１６１３５、１８３７６～１８４０８、２０２２５～２０２４１、及び２１７０６～２１７１６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ２７０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１３０５～１３１９、３２２６～３２３４、７３５６～７３７０、９５９５～９６１０、１１７５７～１１７７１、１４０４９～１４０６３、１６１３６～１６１４５、１８４０９～１８４２２、２０２４２～２０２５４、及び２１７１７～２１７２３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ２７０５を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１３２０～１３３８、３２３５～３２６０、７３７１～７４０５、９６１１～９６４１、１１７７２～１１８１２、１４０６４～１４０９５、１６１４６～１６１８６、１８４２３～１８４６３、２０２５５～２０２７９、及び２１７２４～２１７４５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３５０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１３３９～１３４９、３２６１～３２７２、７４０６～７４２４、９６４２～９６６１、１１８１３～１１８３３、１４０９６～１４１１２、１６１８７～１６２０５、１８４６４～１８４８２、２０２８０～２０２９１、及び２１７４６～２１７５４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３５０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１３５０～１３７３、３２７３～３２９８、７４２５～７４５７、９６６２～９６９７、１１８３４～１１８７７、１４１１３～１４１４８、１６２０６～１６２３８、１８４８３～１８５１３、２０２９２～２０３１６、及び２１７５５～２１７７２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３５０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１３７４～１３８６、３２９９～３３０９、７４５８～７４７７、９６９８～９７１９、１１８７８～１１８９９、１４１４９～１４１６６、１６２３９～１６２５６、１８５１４～１８５３８、２０３１７～２０３３１、及び２１７７３～２１７８６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３５０８を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１３８７～１４０５、３３１０～３３２６、７４７８～７４９８、９７２０～９７４４、１１９００～１１９３０、１４１６７～１４１８５、１６２５７～１６２８０、１８５３９～１８５６０、２０３３２～２０３４４、及び２１７８７～２１７９９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３５１２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１４０６～１４２５、３３２７～３３３８、７４９９～７５１２、９７４５～９７５７、１１９３１～１１９４４、１４１８６～１４１９６、１６２８１～１６２９１、１８５６１～１８５７２、２０３４５～２０３５９、及び２１８００～２１８０８のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３７０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１４２６～１４５１、３３３９～３３６７、７５１３～７５３３、９７５８～９７８２、１１９４５～１１９７０、１４１９７～１４２１９、１６２９２～１６３１０、１８５７３～１８５９９、２０３６０～２０３８１、及び２１８０９～２１８２８のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３８０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１４５２～１４７６、３３６８～３３９１、７５３４～７５５１、９７８３～９８０２、１１９７１～１１９９２、１４２２０～１４２４２、１６３１１～１６３２３、１８６００～１８６１９、２０３８２～２０３９５、及び２１８２９～２１８４４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３９０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１４７７～１４９９、３３９２～３４２３、７５５２～７５７１、９８０３～９８３１、１１９９３～１２０２０、１４２４３～１４２７７、１６３２４～１６３４９、１８６２０～１８６５３、２０３９６～２０４１１、及び２１８４５～２１８６１のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ３９０６を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１５００～１５２７、３４２４～３４５８、７５７２～７６１４、９８３２～９８６７、１２０２１～１２０５７、１４２７８～１４３０９、１６３５０～１６３８４、１８６５４～１８６８６、２０４１２～２０４３１、及び２１８６２～２１８８８のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４００１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１５２８～１５７６、３４５９～３４９７、７６１５～７６６５、９８６８～９９１３、１２０５８～１２１１０、１４３１０～１４３５９、１６３８５～１６４３１、１８６８７～１８７３６、２０４３２～２０４６０、及び２１８８９～２１９２４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４００２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１５７７～１５９３、３４９８～３５１７、７６６６～７６８９、９９１４～９９４２、１２１１１～１２１３６、１４３６０～１４３８０、１６４３２～１６４６３、１８７３７～１８７５９、２０４６１～２０４７９、及び２１９２５～２１９４０のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４００６を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１５９４～１６４２、３５１８～３５５４、７６９０～７７４２、９９４３～９９８８、１２１３７～１２１７５、１４３８１～１４４２９、１６４３７～１６５１０、１８７６０～１８８１１、２０４８０～２０５１２、及び２１９４１～２１９７５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４１０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１６４３～１６６３、３５５５～３５７５、７７４３～７７７２、９９８９～１００１１、１２１７６～１２２０２、１４４３０～１４４４８、１６５１０～１６５２７、１８８１２～１８８３４、２０５１３～２０５３０、及び２１９７６～２１９９２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４４０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１６６４～１６９７、３５７６～３６１１、７７７３～７８２６、１００１２～１００５８、１２２０３～１２２５４、１４４４９～１４４９３、１６５２８～１６５６２、１８８３５～１８８８３、２０５３１～２０５６４、及び２１９９３～２２０２４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４４０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１６９８～１７４５、３６１２～３６７４、７８２７～７９０３、１００５９～１０１３４、１２２５５～１２３２７、１４４９４～１４５６０、１６５６３～１６６３３、１８８８４～１８９５３、２０５６５～２０６１３、及び２２０２５～２２０６７のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４４０５を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１７４６～１７５２、３６７５～３６７９、７９０４～７９１０、１０１３５～１０１４６、１２３２８～１２３３９、１４５６１～１４５７４、１６６３４～１６６４５、１８９５４～１８９５７、２０６１４～２０６１９、及び２２０６８～２２０６９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４６０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１７５３～１７８５、３６８０～３６９５、７９１１～７９２６、１０１４７～１０１６１、１２３４０～１２３５９、１４５７５～１４５９６、１６６４６～１６６６４、１８９５８～１８９７４、２０６２０～２０６３６、及び２２０７０～２２０８１のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４８０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１７８６～１８２４、３６９６～３７１９、７９２７～７９６７、１０１６２～１０２０７、１２３６０～１２３９５、１４５９７～１４６３４、１６６６５～１６７０９、１８９７５～１９０１３、２０６３７～２０６５６、及び２２０８２～２２１０９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ４９０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１８２５～１８５５、３７２０～３７５５、７９６８～８００８、１０２０８～１０２５１、１２３９６～１２４３８、１４６３５～１４６７５、１６７１０～１６７４８、１９０１４～１９０５１、２０６５７～２０６８２、及び２２１１０～２２１２９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５００１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１８５６～１８７２、３７５６～３７８９、８００９～８０３７、１０２５２～１０２８７、１２４３９～１２４６７、１４６７６～１４７０８、１６７４９～１６７８３、１９０５２～１９０７６、２０６８３～２０７１１、及び２２１３０～２２１５８のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５１０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１８７３～１９００、３７９０～３８２３、８０３８～８０７５、１０２８８～１０３２７、１２４６８～１２５０７、１４７０９～１４７４５、１６７８４～１６８２６、１９０７７～１９１０８、２０７１２０～２０７４８、及び２２１５９～２２１７８のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５４０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１９０１～１９０７、３８２４～３８２７、８０７６～８０８８、１０３２８～１０３４１、１２５０８～１２５２０、１４７４６～１４７５６、１６８２７～１６８４１、１９１０９～１９１１３、２０７４９～２０７５９、及び２２１７９～２２１８４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５５０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１９０８～１９２４、３８２８～３８４３、８０８９～８１０９、１０３４２～１０３６４、１２５２１～１２５４３、１４７５７～１４７７７、１６８４２～１６８６７、１９１１４～１９１３５、２０７６０～２０７８５、及び２２１８５～２２１９４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５５０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１９２５～１９４５、３８４４～３８６５、８１１０～８１３６、１０３６５～１０３９２、１２５４４～１２５６５、１４７７８～１４８０２、１６８６８～１６８９７、１９１３６～１９１５６、２０７８６～２０８１０、及び２２１９５～２２２０９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５６０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１９４６～１９８５、３８６６～３９０８、８１３７～８１８８、１０３９３～１０４４１、１２５６６～１２６０６、１４８０３～１４８４９、１６８９８～１６９５６、１９１５７～１９２０２、２０８１１～２０８４８、及び２２２１０～２２２３４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５７０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号１９８６～２０１９、３９０９～３９４２、８１８９～８２１８、１０４４２～１０４６７、１２６０７～１２６３２、１４８５０～１４８７３、１６９５７～１６９９２、１９２０３～１９２３２、２０８４９～２０８７５、及び２２２３５～２２２５２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＢ５８０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０２０～２０２６、３９４３～３９４５、８２１９～８２２４、１０４６８～１０４７２、１２６３３～１２６４４、１４８７４～１４８８１、１６９９３～１６９９６、１９２３３～１９２４２、２０８７６～２０８８０、及び２２２５３～２２２５５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０１０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０２７～２０２８、３９４６～３９４７、８２２５～８２２７、１０４７３～１０４７６、１２６４５～１２６４７、１４８８２～１４８８７、１６９９７～１６９９９、１９２４３～１９２４５、２０８８１～２０８８３、及び２２２５６～２２２６２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０２０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０２９～２０３４、３９４８～３９５６、８２２８～８２３３、１０４７７～１０４８４、１２６４８～１２６５７、１４８８８～１４９００、１７０００～１７００７、１９２４６～１９２５３、２０８８４～２０８８８、及び２２２６３～２２２６６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０３０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０３５～２０３９、３９５７～３９６２、８２３４～８２３９、１０４８５～１０４９１、１２６５８～１２６６３、１４９０１～１４９１１、１７００８～１７０１６、１９２５４～１９２５７、２０８８９～２０８９３、及び２２２６７～２２２７２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０３０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０４０～２０４７、３９６３～３９７４、８２４０～８２５０、１０４９２～１０５０２、１２６６４～１２６７６、１４９１２～１４９２７、１７０１７～１７０２９、１９２５８～１９２７０、２０８９４～２０９０１、及び２２２７３～２２２７４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０３０４を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０４８～２０５２、３９７５～３９７９、８２５１～８２５７、１０５０３～１０５０５、１２６７７～１２６８０、１４９２８～１４９３２、１７０３０～１７０３３、１９２７１～１９２７７、２０９０２～２０９０３、及び２２２７５～２２２８１のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０４０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０５３～２０５７、３９８０～３９９２、８２５８～８２６２、１０５０６～１０５１４、１２６８１～１２６９２、１４９３３～１４９４４、１７０３４～１７０４１、１９２７８～１９２８８、２０９０４～２０９１１、及び２２２８２～２２２８３のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０５０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０５８～２０５９、３９９３～３９９５、８２６３、１０５１５～１０５１８、１２６９３～１２６９７、１４９４５～１４９４８、１７０４２～１７０４５、１９２８９～１９２９０、２０９１２～２０９１３、２２２８４～２２２９５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０６０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号８２６４及び１７０４６のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０７０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０６０、３９９６～３９９７、１２６９８、及び１４９４９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０７０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０６１、３９９８、１０５１９、及び１７０４７のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０７０４を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０６２～２０７９、３９９９～４０１３、８２６５～８２７４、１０５２０～１０５３３、１２６９９～１２７２１、１４９５０～１４９７４、１７０４８～１７０６９、１９２９１～１９３０４、２０９１４～２０９２３、及び２２２８４～２２２９５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０８０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０８０～２０８８、４０１４～４０３１、８２７５～８２８８、１０５３４～１０５４５、１２７２２～１２７３９、１４９７５～１４９８７、１７０７０～１０７６、１９３０５～１９３２１、２０９２４～２０９２９、及び２２２９６～２２３００のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０８０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２０８９～２１００、４０３２～４０３５、８２８９～８２９５、１０５４６～１０５４８、１２７４０～１２７４２、１４９８８～１４９９７、１７０７７～１７０７９、１９３２２～１９３２４、２０９３０～２０９３８、及び２２３０１～２２３０４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ０８０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１０１～２１０５、４０３６～４０４３、８２９６～８３０２、１０５４９～１０５５５、１０２７４３～１２７４８、１４９９８～１５００７、１７０８０～１７０８９、１９３２５～１９３３２、２０９３９～２０９４７、及び２２３０５～２２３１０のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１２０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１０６～２１２２、４０４４～４０５８、８３０３～８３２９、１０５５６～１０５７４、１２７４９～１２７６３、１５００８～１５０２５、１７０９０～１７１０８、１９３３３～１９３４８、２０９４８～２０９６２、及び２２３１１～２２３２０のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１４０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１２３～２１３３、４０５９～４０６９、８３３０～８３４２、１０５７５～１０５８７、１２７６４～１２７７２ １５０２６～１５０３５、１７１０９～１７１２４、１９３４９～１９３６１、２０９６３～２０９７０、及び２２３２１～２２３２７のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１４０３を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１３４～２１３８、４０７０～４０７４、８３４３～８３５４、１０５８８～１０５９１、１２７７３～１２７７８、１５０３６～１５０４０、１７１２５～１７１３５、１９３６２～１９３６６、２０９７１～２０９７８、及び２２３２８～２２３３２のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１５０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１３９～２１４３、４０７５～４０７９、８３５５～８３５８、１０５９２～１０５９５、１２７７９～１２７８２、１５０４１～１５０４８、１７１３６～１７１４４、１９３６７～１９３７０、２０９７９～２０９８３、及び２２３３３～２２３３４のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１６０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１４４～２１５１、４０８０～４０８９、８３５９～８３６７、１０５９６～１０６０２、１２７８３～１２７９２、１５０４９～１５０５８、１７１４５～１７１５７、１９３７１～１９３７６、２０９８４～２０９９２、及び２２３３５～２２３４０のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１６０２を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１５２～２１６０、４０９０～４０９８、８３６８～８３８１、１０６０３～１０６１５、１２７９３～１２８０３、１５０５９～１５０６９、１７１５８～１７１６５、１９３７７～１９３８２、２０９９４～２０９９８、及び２２３４１～２２３４５のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１６０４を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
特定の実施形態では、抗原ベースワクチンに含めるために選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列またはＨＩＶエピトープコード配列によってコードされる１つ以上のＨＩＶエピトープ配列は、配列番号２１６１～２１６５、４０９９～４１０６、８３８２～８３８９、１０６１６～１０６２６、１２８０４～１２８１０、１５０７０～１５０７９、１７１６６～１７１７４、１９３８３～１９３８８、２０９９９～２１００３、及び２２３４６～２２３４９のいずれかを含むことができる。かかる抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルＣ１７０１を発現する患者を治療するうえで有用となりうる。
様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、ＨＬＡアレルによって提示される可能性が最も高いと予測される（例えば、提示モデルによって予測されるように）少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列、または少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列をコードする少なくとも１つのＨＩＶエピトープコード配列を含むように生成することができる。様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、配列番号４１７８、４１７８、５３２９、５２３９、７５６、１５９４、３１８４、６８５１、６９３６、７７７３、１０９７０、１１０２７、１１０２８、１２５０８、１３２９１、１３７６８、１３８３８、１４５９７、１４８７４、１６６３４、２０３９６、２０４８０、及び２１７５５のいずれかから選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列をコードする１つ以上のＨＩＶエピトープコード配列を含むことができる。様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、配列番号４１７８、４１７８、５３２９、５２３９、７５６、１５９４、３１８４、６８５１、６９３６、７７７３、１０９７０、１１０２７、１１０２８、１２５０８、１３２９１、１３７６８、１３８３８、１４５９７、１４８７４、１６６３４、２０３９６、２０４８０、及び２１７５５のいずれかから選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列を含むことができる。
様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、特定のＨＩＶサブタイプに対して生成することができる。例えば、すべての選択されたＨＩＶエピトープは、あるＨＩＶサブタイプに由来し、１つ以上のＨＬＡアレルによって提示されると予測される。様々な実施形態において、選択されるエピトープは、ＨＩＶサブタイプＢに由来するものであり、高頻度で発現されるＨＬＡアレル（例えば、Ａ０１０１、Ａ０２０１、Ａ０３０１、Ａ１１０１、Ａ２３０１、Ａ２４０２、Ｂ０７０２、Ｂ０８０１、Ｂ３５０１、Ｂ４００１、Ｂ４４０２、及びＢ４４０３のいずれか）によって提示されることが予測される。ＨＩＶサブタイプＢについて選択することができる例示的なエピトープ配列及び対応する配列番号を下記表１に示す。
Figure 2022539417000002
様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１から選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列を含むことができる。様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１のいずれかから選択される１つ以上のＨＩＶエピトープ配列をコードする１つ以上のＨＩＶエピトープコード配列を含むことができる。様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１から選択される、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９，または２０個のＨＩＶエピトープ配列を含むことができる。様々な実施形態において、抗原ベースワクチンは、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１から選択される、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９，または２０個のＨＩＶエピトープ配列をコードする２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶエピトープコード配列を含むことができる。
Ｖ．Ｂ．抗原カセット
「抗原カセット」とは、選択された抗原または複数の抗原と、抗原（複数可）を転写し、転写産物を発現するために必要とされる他の調節エレメントとの組み合わせを指す。抗原または複数の抗原は、転写を可能とするような形で調節要素と機能的に連結することができる。かかる要素としては、ウイルスベクターをトランスフェクトした細胞内で抗原（複数可）の発現を推進することができる従来の調節エレメントが挙げられる。したがって、抗原カセットは、抗原（複数可）に連結され、組換えベクターの選択されたウイルス配列内に他の任意選択的な調節エレメントとともに配置された選択されたプロモーターも含むことができる。カセットは、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つから選択されるエピトープ配列を有する１つ以上の抗原を含むことができる。
有用なプロモーターは、構成性プロモーター、または発現させる抗原（複数可）の量を制御することが可能な調節された（誘導性）プロモーターであってよい。例えば、望ましいプロモーターとして、サイトメガロウイルス最初期プロモーター／エンハンサーのものがある［例えば、Ｂｏｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ，４１：５２１－５３０（１９８５）を参照］。別の望ましいプロモーターとしては、ラウス肉腫ウイルスＬＴＲプロモーター／エンハンサーが挙げられる。さらに別のプロモーター／エンハンサー配列は、ニワトリβアクチンプロモーターである［Ｔ．Ａ．Ｋｏｓｔ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１１（２３）：８２８７（１９８３）］。当業者であれば、他の適当な、または望ましいプロモーターも選択することができる。
抗原カセットは、転写産物の効率的なポリアデニル化（ポリ（Ａ）、ポリＡまたはｐＡ）のためのシグナルを与える配列ならびに機能的スプライスドナー及びアクセプター部位を含むイントロンを含む、ウイルスベクター配列に対して異種の核酸配列も含みうる。本明細書の例示的なベクターに用いられる一般的なポリＡ配列は、パポバウイルスＳＶ－４０由来のものである。ポリＡ配列は、抗原ベースの配列の後で、ウイルスベクター配列の前にカセットに挿入することができる。一般的なイントロン配列もまたＳＶ－４０由来のものでよく、ＳＶ－４０Ｔイントロン配列と呼ばれる。抗原カセットは、プロモーター／エンハンサー配列と抗原（複数可）との間に位置するイントロンを含んでもよい。これら及び他の一般的なベクターエレメントの選択は従来のものであり［例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．”，２ｄ ｅｄｉｔ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８９）及び本明細書に引用される参照文献を参照］、多くのかかる配列が商業的及び産業的供給元、ならびにＧｅｎｂａｎｋより入手可能である。
抗原カセットは１つ以上の抗原を有することができる。例えば個、特定のカセットは、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１０～２０個、１５～２５個、１５～２０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれよりも多くの抗原を含むことができる。抗原は互いに直接連結されてもよい。抗原はリンカーによって互いに連結されてもよい。抗原は、Ｎ～ＣまたはＣ～Ｎを含む、互いに対して任意の方向とすることができる。
上記に述べたように、抗原カセットは、選択することができるものの中でもとりわけ、例えばＥ１遺伝子領域の欠失、またはＥ３遺伝子領域の欠失などのウイルスベクター内の任意の選択された欠失部位内に配置することができる。
抗原カセットは、５’から３’に向けて各要素の順序付けられた配列を記述する下式を用いて記述することができる。すなわち、
（Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ）Ｚ－（Ｐ２ｈ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ）Ｗ－Ｇ３ｇ
［式中、Ｐ及びＰ２は、プロモーターヌクレオチド配列を含み、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、Ｇ５は、アミノ酸リンカーをコードする核酸配列を含み、Ｇ３は、アミノ酸リンカーをコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、Ｕは、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、ただし、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列である］。組成物及び順序付けられた配列は、存在する要素の数を選択することによってさらに定義することができ、例えば、ａ＝０または１である場合、ｂ＝０または１である場合、ｃ＝１である場合、ｄ＝０または１である場合、ｅ＝０または１である場合、ｆ＝１である場合、ｇ＝０または１である場合、ｈ＝０または１である場合、Ｘ＝１～４００であり、Ｙ＝０、１、２、３、４または５であり、Ｚ＝１～４００であり、かつＷ＝０、１、２、３、４または５である。
１つの例では、存在する要素は、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝０、Ｘ＝１０、Ｙ＝２、Ｚ＝１、かつＷ＝１であり、さらなるプロモーターが存在しない場合が記述される場合（すなわち、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列のみが存在する）、２０個のＭＨＣクラスＩエピトープが存在し、各Ｎについて５’リンカーが存在し、各Ｎについて３’リンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープを連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの５’末端を最後のＭＨＣクラスＩエピトープの３’リンカーに連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの３’末端をＲＮＡアルファウイルス骨格に連結するリンカーが存在する。抗原カセットの３’末端の、ＲＮＡアルファウイルス骨格との連結の例としては、３’の１９ｎｔのＣＳＥのような、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる３’ＵＴＲ要素に直接連結することが挙げられる。抗原カセットの５’末端の、ＲＮＡアルファウイルス骨格との連結の例としては、２６Ｓプロモーター配列、アルファウイルスの５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、または２４ｎｔのＣＳＥに直接連結することが挙げられる。
他の例としては、ａ＝１であり、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外のプロモーターが存在する場合が記述される場合；ａ＝１かつＺが１よりも大きく、それぞれが１つ以上の異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列の発現をもたらす、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外の複数のプロモーターが存在する場合；ｈ＝１であり、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の発現をもたらす別のプロモーターが存在することが記述される場合；及び、ｇ＝０であり、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列（存在する場合）がＲＮＡアルファウイルス骨格に直接連結される場合などが挙げられる。
他の例としては、存在する各ＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーを有する、３’リンカーを有する、どちらも有さない、または両方を有する場合が挙げられる。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と同じであってよい。例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられるプロモーター配列であるＰｎ及びＰ２が、それぞれ２６Ｓのサブゲノミックプロモーターを含むことができる。プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と異なっていてもよく、また、互いと異なっていてもよい。
５’リンカーＬ５は、天然配列または非天然配列であってよい。非天然配列としては、これらに限定されるものではないが、ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰが挙げられる。３’リンカーＬ３もまた、天然配列または非天然配列であってよい。さらに、Ｌ５及びＬ３は、いずれも天然配列であってよく、いずれも非天然配列であってよく、または一方が天然で他方が非天然であってもよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーは、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
各Ｙについて、アミノ酸リンカーＧ５は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｙについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
アミノ酸リンカーＧ３は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。Ｇ３はまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、または３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。各Ｘについて、各Ｎはまた、アミノ酸が、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。
Ｖ．Ｃ．抗原の優先順位決定
ワクチン技術が対応できるよりも多くの候補抗原が、ワクチン包含に利用可能である可能性がある。追加的に、抗原解析の種々の態様についての不確定度が残っている可能性があり、候補ワクチン抗原の様々な性状の間にトレードオフが存在する可能性がある。したがって、選択プロセスの各段階でのあらかじめ決定されたフィルターの代わりに、少なくとも以下の軸を有する空間に候補抗原を置き、積分アプローチを用いて選択を最適化する、積分多次元モデルを考えることができる。
１． 自己免疫または寛容のリスク（生殖細胞系列のリスク）（より低い自己免疫のリスクが、典型的に好ましい）
２． シークエンシングアーチファクトの確率（より低いアーチファクトの確率が、典型的に好ましい）
３． 免疫原性の確率（より高い免疫原性の確率が、典型的に好ましい）
４． 提示の確率（より高い提示の確率が、典型的に好ましい）
５． 遺伝子発現（より高い発現が、典型的に好ましい）
６． ＨＬＡ遺伝子のカバレッジ（抗原のセットの提示に関与する、より多い数のＨＬＡ分子は、ＨＩＶが、ＨＬＡ分子の下方制御または変異を介して免疫攻撃を回避するであろう確率を低くする可能性がある）
７．ＨＬＡクラスのカバレッジ（ＨＬＡ－Ｉ及びＨＬＡ－ＩＩの両方をカバーすることで、治療応答の確率が高まり、ＨＩＶの回避の確率が低くなる可能性がある）
さらに、場合によっては、抗原が、喪失するかまたは不活性化されたＨＬＡアレルに対応するタンパク質によって提示されることが予想される場合には、抗原のワクチン接種における優先順位を下げる（例えば除外）することができる。ＨＬＡアレルの喪失は、体細胞変異、ヘテロ接合性の喪失、または遺伝子座のホモ接合欠失のいずれかによって生じうる。ＨＬＡアレルの体細胞変異の検出方法は当該技術分野では周知のものである（例えば、Ｓｈｕｋｌａ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。体細胞ＬＯＨ及びホモ接合欠失（ＨＬＡ遺伝子座を含む）の検出方法についても同様に述べられている（Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２；ＭｃＧｒａｎａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｖａｎ Ｌｏｏ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。抗原は、質量分析データが、予測された抗原が予測されたＨＬＡアレルによって提示されないことを示す場合には優先順位付けを外してもよい。
Ｖ．Ｄ．アルファウイルス
Ｖ．Ｄ．１．アルファウイルスの生物学
アルファウイルスは、トガウイルス科のメンバーであり、一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスである。メンバーは、一般的に、シンドビス、ロスリバー、マヤロ、チクングニア、及びセムリキ森林ウイルスなどの旧世界型、または、東部ウマ脳炎ウイルス、アウラ、フォートモルガン、もしくはベネズエラウマ脳炎ウイルス及びその誘導株ＴＣ－８３などの新世界型に分類される（Ｓｔｒａｕｓｓ Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ Ｒｅｖｉｅｗ １９９４）。天然のアルファウイルスゲノムは、通常、長さ約１２ｋｂであり、その最初の２／３は、ウイルスゲノムを自己複製するためのＲＮＡ複製複合体を形成する非構造タンパク質（ｎｓＰ）をコードする遺伝子を含んでおり、最後の１／３は、ビリオンを産生するための構造タンパク質をコードするサブゲノム発現カセットを含んでいる（Ｆｒｏｌｏｖ ＲＮＡ ２００１）。
アルファウイルスのモデル生活環は、複数の異なるステップを含む（Ｓｔｒａｕｓｓ Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ Ｒｅｖｉｅｗ １９９４，Ｊｏｓｅ Ｆｕｔｕｒｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００９）。宿主細胞にウイルスが吸着した後、ビリオンが細胞内区画内の膜と融合し、最終的にゲノムＲＮＡをサイトゾル中に放出する。プラス鎖の向きを有し、５’のメチルグアニル酸キャップ及び３’のポリＡテールを有するゲノムＲＮＡは、翻訳されて非構造タンパク質ｎｓＰ１－４を生成し、これが複製複合体を形成する。感染初期には、プラス鎖はこの複合体によってマイナス鎖の鋳型に複製される。現在のモデルでは、複製複合体は感染が進行するにつれてさらにプロセシングされ、生じたプロセス後の複合体はマイナス鎖の完全長プラス鎖ゲノムＲＮＡ及び構造遺伝子を含む２６Ｓのサブゲノムプラス鎖ＲＮＡへの転写に切り替わる。アルファウイルスのいくつかの保存配列エレメント（ＣＳＥ）が、マイナス鎖鋳型からのプラス鎖ＲＮＡの複製における５’ＵＴＲの相補体、ゲノム鋳型からのマイナス鎖合成の複製における５１ｎｔのＣＳＥ、マイナス鎖からのサブゲノムＲＮＡの転写におけるｎｓＰと２６Ｓ ＲＮＡとのジャンクション領域内の２４ｎｔのＣＳＥ、及び、プラス鎖鋳型からのマイナス鎖合成における３’の１９ｎｔのＣＳＥを含む様々なＲＮＡ合成ステップにおいて潜在的に一定の役割を担っているものとして同定されている。
ウイルスの自然の生活環では、異なるＲＮＡ種の複製後、ウイルス粒子が通常、アセンブルされる。２６Ｓ ＲＮＡは翻訳され、生じたタンパク質はさらにプロセシングされて、カプシドタンパク質、糖タンパク質Ｅ１及びＥ２、ならびに２種類の小ポリペプチドＥ３及び６Ｋを含む構造タンパク質を生成する（Ｓｔｒａｕｓｓ １９９４）。ウイルス粒子のカプシド形成が生じ、通常はゲノムＲＮＡのみに特異的なカプシドタンパク質がパッケージングされた後、ビリオンがアセンブルされ、膜表面に出芽する。
Ｖ．Ｄ．２．送達ベクターとしてのアルファウイルス
アルファウイルス（アルファウイルス配列、特徴、及び、他の要素）を使用してアルファウイルスベースの送達ベクター（アルファウイルスベクター、アルファウイルスウイルスベクター、アルファウイルスワクチンベクター、自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクター、または自己増幅ＲＮＡ（ｓａｍＲＮＡ）ベクターとも称される）を作製することができる。アルファウイルスは、発現ベクター系として使用するために従来、遺伝子操作がなされている（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７，Ｒｈｅｍｅ ２００４）。アルファウイルスは、異種抗原の発現が望ましい場合があるワクチン設定においていくつかの長所を有する。アルファウイルスは、宿主のサイトゾル中で自己複製するその能力のため、細胞内の発現カセットの高いコピー数を一般的に得ることができることから、高いレベルの異種抗原の産生を実現することができる。さらに、ベクターは一般的に一過性であるため、バイオセーフティーが高く、ベクターに対する免疫寛容の誘導は低い。また、一般公衆は、一般的にヒトアデノウイルスのような他の標準的ウイルスベクターと比較してアルファウイルスに対する既存の免疫を有していない。アルファウイルスに基づくベクターはまた、感染細胞に対する細胞毒性反応を一般的に生じる。細胞毒性は、発現された異種抗原に対して免疫応答を適性に誘発するためにワクチン設定においてある程度の重要性を有しうる。しかしながら、所望の細胞毒性の程度はバランスの問題であり、そのため、ＶＥＥのＴＣ－８３株をはじめとするいくつかの弱毒化されたアルファウイルスが開発されている。したがって、本明細書に記載される抗原発現ベクターの一例では、高いレベルの抗原発現を可能とし、抗原に対する強い免疫応答を誘発し、ベクター自体に対する免疫応答は誘発せず、安全に使用することができるアルファウイルス骨格を用いることができる。さらに、抗原発現カセットは、ベクターが、ＶＥＥまたはその弱毒化誘導株ＴＣ－８３に由来する配列を含む（ただしこれらに限定されない）どのアルファウイルス配列を用いるかを最適化することを通じて異なるレベルの免疫応答を誘発するように設計することができる。
アルファウイルス配列を用いたいくつかの発現ベクターの設計戦略が開発されている（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７）。１つの戦略では、アルファウイルスベクターの設計は、構造タンパク質遺伝子の下流に２６Ｓプロモーター配列因子の第２のコピーを挿入した後、異種遺伝子を挿入することを含む（Ｆｒｏｌｏｖ １９９３）。これにより、天然の非構造及び構造タンパク質以外に、さらなる異種タンパク質を発現するサブゲノムＲＮＡが産生される。このシステムでは、感染性ビリオンを産生するためのすべての因子が存在し、したがって、非感染細胞において発現ベクターの繰り返しの感染のラウンドが行われうる。
別の発現ベクターの設計では、ヘルパーウイルスシステムを利用する（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７）。この戦略では、構造タンパク質は異種遺伝子によって置換される。したがって、依然としてインタクトな非構造遺伝子によって媒介されるウイルスＲＮＡの自己複製の後、２６ＳサブゲノムＲＮＡが異種タンパク質の発現をもたらす。従来、構造タンパク質を発現するさらなるベクターが、例えば、細胞株の同時トランスフェクションなどによってイン・トランスで与えられることで感染性ウイルスを生じる。１つのシステムが米国特許第８，０９３，０２１号に記載されており、当該特許の全容をあらゆる目的で参照によって本明細書に援用する。ヘルパーベクターシステムは、感染性粒子を形成する可能性を制限するという長所をもたらし、したがってバイオセーフティーを改善する。さらに、ヘルパーベクターシステムは、全ベクター長を短縮し、複製及び発現の効率を改善する可能性がある。したがって、本明細書に記載される抗原発現ベクターの一例では、構造タンパク質が抗原カセットで置換されたアルファウイルス骨格を用いることができ、得られるベクターはバイオセーフティーの問題が低減されるのと同時に全体的な発現ベクターのサイズの減少により、効率的な発現を促進する。
Ｖ．Ｄ．３．インビトロでのアルファウイルスの生成
アルファウイルス送達ベクターは、一般的に、プラス鎖のＲＮＡポリヌクレオチドである。ＲＮＡ生成のための当該技術分野では周知の従来の方法として、インビトロ翻訳（ＩＶＴ）がある。この方法では、所望のベクターのＤＮＡ鋳型が、クローニング、制限消化、ライゲーション、遺伝子合成、及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの標準的な分子生物学的方法を含む当該技術分野では周知の方法によって最初に生成される。このＤＮＡ鋳型は、ＲＮＡへと転写されることが望ましい配列の５’末端にＲＮＡポリメラーゼのプロモーターを有している。プロモーターとしては、これらに限定されるものではないが、Ｔ３、Ｔ７、またはＳＰ６などのバクテリオファージポリメラーゼのプロモーターが挙げられる。次に、ＤＮＡ鋳型は、適当なＲＮＡポリメラーゼ酵素、バッファー剤、及びヌクレオチド（ＮＴＰ）とインキュベートされる。得られたＲＮＡポリヌクレオチドは、７－メチルグアノシンまたは関連する構造などの５’キャップ構造の付加、及び場合によりポリアデニル化（ポリＡ）テールを有するように３’末端を改変することを含む（ただしこれらに限定されない）方法によって、場合によりさらに改変することができる。次に、ＲＮＡをフェノールクロロホルム抽出などの当該技術分野では周知の方法を用いて精製することができる。
Ｖ．Ｄ．４．脂質ナノ粒子による送達
ワクチンベクターの設計において考慮すべき側面の１つとして、ベクター自体に対する免疫がある（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。これは、例えば特定のヒトアデノウイルス系などのベクター自体に対する既存の免疫の形である場合もあり、またはワクチンの投与後に生じるベクターに対する免疫の形である場合もある。後者は、例えば別々のプライミング及びブースター投与のように同じワクチンの複数回の投与が行われる場合、または異なる抗原カセットを送達するために同じワクチンベクターシステムが用いられるような場合に重要な考慮事項となる。例えば、外来ベクターの有効性は、これらのベクターが中和抗体の標的とされる場合に低下する可能性がある。
代替的手法として、ナノ粒子を用いた発現ベクターの送達がある（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。重要な点として、ナノ材料担体は、非免疫原性材料で形成することができ、送達ベクター自体に対する免疫の誘発を一般的に回避することができる。これらの材料としては、これらに限定されるものではないが、脂質、無機ナノ材料、及び他のポリマー材料を挙げることができる。脂質は、カチオン性、アニオン性、または中性であってよい。かかる材料は、合成または天然由来のものであってよく、特定の例では生分解性であってよい。脂質は、脂肪、コレステロール、リン脂質、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）複合体（ＰＥＧ化脂質）を含む（ただしこれに限定されない）脂質複合体、ワックス、油類、グリセリド、及び脂溶性ビタミンを含みうる。
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）は、膜及び小胞状構造の形成を可能とする脂質の両親媒性の性質のために魅力的な送達システムである（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。一般的にこれらの小胞は、標的細胞の膜内に吸収され、サイトゾル中に核酸を放出することによって発現ベクターを送達する。さらに、ＬＮＰは特定の細胞種のターゲティングを促すようにさらに改変または官能化することができる。ＬＮＰの設計における別の考慮事項は、ターゲティングの効率と細胞毒性との間のバランスである。脂質の組成は一般的に、カチオン性、中性、アニオン性、及び両親媒性脂質の規定の混合物を含む。いくつかの例では、ＬＮＰの凝集を防止するか、脂質の酸化を防止するか、またはさらなる部分の付着を促す化学官能基を与えるために特定の脂質が含まれる。脂質の組成は、全体のＬＮＰのサイズ及び安定性に影響しうる。１つの例では、脂質の組成は、ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート（ＭＣ３）またはＭＣ３様分子を含む。ＭＣ３及びＭＣ３様脂質の組成物は、例えばＰＥＧまたはＰＥＧ複合化脂質、ステロール、または中性脂質などの１種類以上の他の脂質を含むように製剤化することができる。
血清に直接曝露された発現ベクターなどの核酸ベクターは、血清中のヌクレアーゼによる核酸の分解、または遊離核酸による免疫系のオフターゲットの刺激を含むいくつかの望ましくない影響を有しうる。したがって、アルファウイルスベクターの封入を利用して分解を防止する一方で、潜在的なオフターゲット効果も防止することができる。特定の例では、アルファウイルスベクターは、ＬＮＰの水性の内部など、送達担体内に完全に封入される。ＬＮＰ内へのアルファウイルスベクターの封入は、微小流体液滴生成装置で行われる微小流体混合及び液滴生成などの当該技術分野では周知の方法によって実施することができる。かかる装置としては、これらに限定されるものではないが、標準的なＴジャンクション装置またはフローフォーカシング装置が挙げられる。１つの例では、ＭＣ３またはＭＣ３様分子含有組成物などの所望の脂質製剤を、アルファウイルス送達ベクター及び他の所望の物質と並行して液滴生成装置に供給することで、送達ベクター及び所望の物質がＭＣ３またはＭＣ３様分子ベースのＬＮＰの内部に完全に封入される。１つの例では、液滴生成装置は、生成されたＬＮＰの粒径範囲及び粒度分布を制御することができる。例えば、ＬＮＰは、直径１～１０００ｎｍの範囲の粒径、例えば、１、１０、５０、１００、５００、または１０００ｎｍの粒径を有することができる。液滴生成の後、発現ベクターを封入した送達ベクターを、投与に備えてさらに処理または改変することができる。
Ｖ．Ｅ．チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄ）
Ｖ．Ｅ．１．チンパンジーアデノウイルスによるウイルス送達
１つ以上の抗原を送達するためのワクチン組成物は、チンパンジー由来のアデノウイルスヌクレオチド配列、各種の新規ベクター、及びチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する細胞株を与えることにより作出することができる。チンパンジーＣ６８アデノウイルス（本明細書ではＣｈＡｄＶ６８とも呼ぶ）のヌクレオチド配列を、抗原を送達するためのワクチン組成物中に使用することができる（配列番号１を参照）。Ｃ６８アデノウイルス由来ベクターの使用については米国特許第６，０８３，７１６号にさらに詳細に記載されており、当該特許の全容をあらゆる目的で参照によって本明細書に援用する。
さらなる態様において、本明細書では、Ｃ６８などのチンパンジーアデノウイルスのＤＮＡ配列と、発現を誘導する調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含む組換えアデノウイルスが提供される。この組換えウイルスは、哺乳動物、好ましくはヒトの細胞に感染させることが可能であり、細胞内で抗原カセット産物を発現することが可能である。このベクターでは、天然のチンパンジーＥ１遺伝子、及び／またはＥ３遺伝子、及び／またはＥ４遺伝子を欠失させることができる。抗原カセットを、これらの遺伝子欠失部位のいずれに挿入することもできる。抗原カセットは、それに対するプライミングされた免疫応答が望ましい抗原を含むことができる。
別の態様において、本明細書では、Ｃ６８などのチンパンジーアデノウイルスを感染させた哺乳動物細胞が提供される。
さらなる別の態様では、チンパンジーアデノウイルス遺伝子（例えばＣ６８由来の）またはその機能的フラグメントを発現する新規な哺乳動物細胞株が提供される。
いっそうさらなる態様において、本明細書では、哺乳動物細胞内に抗原カセットを送達するための方法であって、細胞内に、抗原カセットを発現するように操作された、有効量のＣ６８などのチンパンジーアデノウイルスを導入する工程を含む方法が提供される。
さらなる別の態様は、哺乳動物宿主に免疫応答を誘発してＨＩＶを治療するための方法を提供する。この方法は、免疫応答が標的とするＨＩＶに由来する１種類以上の抗原をコードする抗原カセットを含む、有効量のＣ６８などの組換えチンパンジーアデノウイルスを宿主に投与する工程を含むことができる。
さらに、配列番号１の配列から得られるチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する非サル哺乳動物細胞も開示される。この遺伝子は、配列番号１のアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５からなる群から選択することができる。
さらに、配列番号１の配列から得られる遺伝子を含むチンパンジーアデノウイルスのＤＮＡ配列を含む核酸分子も開示される。この遺伝子は、配列番号１の前記チンパンジーアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子からなる群から選択することができる。いくつかの態様において、核酸分子は、配列番号１を含む。いくつかの態様において、核酸分子は、配列番号１のＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が欠失した、配列番号１の配列を含む。
さらに、配列番号１から得られるチンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列と、異種宿主細胞内でカセットの発現を誘導する１つ以上の調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含むベクターであって、場合により、チンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列が、複製及びカプシド形成に必要とされる少なくともシスエレメントを含み、シスエレメントが抗原カセット及び調節配列に隣接している、ベクターも開示される。いくつかの態様において、チンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列は、配列番号１のＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子配列から選択される遺伝子を含む。いくつかの態様において、ベクターは、Ｅ１Ａ及び／またはＥ１Ｂ遺伝子を欠失していてもよい。
さらに、抗原カセットを発現するように操作されたＣ６８ベクターなどの本明細書に開示されるベクターをトランスフェクトした宿主細胞も開示される。さらに、細胞内に本明細書に開示されるベクターを導入することによって細胞内に導入された選択された遺伝子を発現するヒト細胞も開示される。
さらに、哺乳動物細胞に抗原カセットを送達するための方法であって、前記細胞内に、抗原カセットを発現するように操作された有効量のＣ６８ベクターなどの本明細書に開示されるベクターを導入することを含む方法も提供される。
さらに、哺乳動物細胞内に本明細書に開示されるベクターを導入することと、適当な条件下で細胞を培養することと、抗原を産生することと、を含む、抗原を産生するための方法も開示される。
Ｖ．Ｅ．２．Ｅ１を発現する相補性細胞株
本明細書に記載される遺伝子のいずれかにおいて欠失を有する組換えチンパンジーアデノウイルス（Ａｄ）を作製するため、欠失させた遺伝子領域の機能（ウイルスの複製及び感染性に不可欠である場合）をヘルパーウイルスまたは細胞株（すなわち、相補性またはパッケージング細胞株）によって組換えウイルスに供給することができる。例えば、複製欠損チンパンジーアデノウイルスベクターを作製するには、ヒトまたはチンパンジーアデノウイルスのＥ１遺伝子産物を発現する細胞株を使用することができ、そのような細胞株にはＨＥＫ２９３またはその変異体が含まれうる。チンパンジーＥ１遺伝子を発現する細胞株の作製のプロトコール（米国特許第６，０８３，７１６号の実施例３及び４）にしたがって任意の選択されたチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する細胞株を作製することができる。
ＡＡＶ強化アッセイを用いてチンパンジーアデノウイルスＥ１発現細胞株を同定することができる。このアッセイは、他の特性評価されていないアデノウイルス（例えば他の種由来）のＥ１遺伝子を使用して作製された細胞株においてＥ１の機能を同定するうえで有用である。このアッセイは米国特許第６，０８３，７１６号の実施例４Ｂに記載されている。
選択されたチンパンジーアデノウイルス遺伝子（例えばＥ１）は、選択された親細胞株で発現するためのプロモーターの転写制御下にある可能性がある。この目的で誘導性または構成性プロモーターを用いることができる。誘導性プロモーターには、亜鉛によって誘導されるヒツジメタロチオニンプロモーター、または糖質コルチコイド、特にデキサメタゾンによって誘導されるマウス哺乳動物腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）がある。本明細書に参照により援用するところの国際出願第ＷＯ９５／１３３９２号において特定されるものなどの他の誘導性プロモーターもパッケージング細胞株の作製に使用することができる。チンパンジーアデノウイルス遺伝子の発現を制御する構成性プロモーターも用いることができる。
任意の所望のＣ６８遺伝子を発現する新規な細胞株を作製するために親細胞を選択することができる。限定されることなく、かかる親細胞株は、ＨｅＬａ［ＡＴＣＣ寄託番号ＣＣＬ２］、Ａ５４９［ＡＴＣＣ寄託番号ＣＣＬ１８５］、ＫＢ［ＣＣＬ１７］、Ｄｅｔｒｏｉｔ［例えばＤｅｔｒｏｉｔ５１０、ＣＣＬ７２］、及びＷＩ－３８［ＣＣＬ７５］細胞であってよい。他の適当な親細胞株を他の供給元から入手することができる。親細胞株としては、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３またはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａを挙げることができる。
Ｅ１発現細胞株は、組換えチンパンジーアデノウイルスＥ１欠失ベクターの作製において有用となりうる。１つ以上の他のチンパンジーアデノウイルス遺伝子産物を発現する基本的に同じ手順を用いて構築された細胞株は、これらの産物をコードする遺伝子に欠失を有する組換えチンパンジーアデノウイルスベクターの作製において有用である。さらに、他のヒトＡｄＥ１遺伝子産物を発現する細胞株も、チンパンジー組換えＡｄを作製するうえで有用である。
Ｖ．Ｅ．３．ベクターとしての組換えウイルス粒子
本明細書に開示される組成物は、少なくとも１種類の抗原を細胞に送達するウイルスベクターを含むことができる。かかるベクターは、Ｃ６８のようなチンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列と、カセットを直接発現するための調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含む。Ｃ６８ベクターは、感染した哺乳動物細胞内でカセットを発現することが可能である。Ｃ６８ベクターは１つ以上のウイルス遺伝子に機能的欠失を有することができる。抗原カセットは、プロモーターなどの１つ以上の調節配列の制御下にある少なくとも１つの抗原を含む。任意選択的なヘルパーウイルス及び／またはパッケージング細胞株によって、チンパンジーウイルスベクターに、欠失させたアデノウイルス遺伝子の任意の必要な産物を供給することができる。
「機能的に欠失された」という用語は、その遺伝子領域の充分な量が除去または例えば変異もしくは改変により他の形で変化させられていることにより、その遺伝子領域が遺伝子発現の１つ以上の機能的産物を産生できなくなっていることを意味する。機能的欠失につながりうる変異または改変としては、これらに限定されるものではないが、未成熟終止コドンの導入及び基準及び非基準開始コドンの除去のようなナンセンス変異、ｍＲＮＡスプライシングまたは他の転写プロセシングを変化させる変異、またはこれらの組み合わせが挙げられる。必要な場合、遺伝子領域全体を除去することができる。
配列の欠失、挿入、及び他の変異を含む、本明細書に開示されるベクターを形成する核酸配列の改変は、標準的な分子生物学的手法を用いて生成することができるものであり、本明細書の範囲内である。
Ｖ．Ｅ．４．ウイルスプラスミドベクターの構築
チンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターには、組換え欠損アデノウイルス、すなわち、Ｅ１ａまたはＥ１ｂ遺伝子に機能的欠失を有し、場合により例えば温度感受性変異または他の遺伝子における欠失などの他の変異を有するチンパンジーアデノウイルス配列が含まれる。これらのチンパンジー配列は、他のアデノウイルス及び／またはアデノ随伴ウイルス配列からハイブリッドベクターを形成するうえでも有用であると予想される。ヒトアデノウイルスから調製された同種アデノウイルスベクターについては、刊行文献に記載されている［例えば、上記に引用のＫｏｚａｒｓｋｙ Ｉ及びＩＩ、ならびに同文献に引用された参照文献、米国特許第５，２４０，８４６号を参照］。
抗原カセットをヒト（または他の哺乳動物）細胞に送達するための有用なチンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターの構築において、広範囲のアデノウイルス核酸配列をベクターに用いることができる。最小のチンパンジーＣ６８アデノウイルス配列を含むベクターをヘルパーウイルスとともに使用して感染性の組換えウイルス粒子を作製することができる。ヘルパーウイルスは、最小のチンパンジーアデノウイルスベクターのウイルス感染性及び増殖に必要な基本的な遺伝子産物を提供する。チンパンジーアデノウイルス遺伝子の１つ以上の選択された欠失のみが、欠失がなければ機能性のウイルスベクターに導入される場合、欠失された遺伝子産物は、欠失された遺伝子機能をイン・トランスで与えるウイルスを選択されたパッケージング細胞株内で増殖させることによるウイルスベクター作製プロセスで供給することができる。
Ｖ．Ｅ．５．組換え最小アデノウイルス
最小チンパンジーＡｄ Ｃ６８ウイルスとしては、複製及びビリオンのカプシド形成に必要なアデノウイルスのシスエレメントのみを含むウイルス粒子がある。すなわち、このベクターは、アデノウイルスのシス作用性の５’及び３’の末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）（複製起点として機能する）と、天然の５’パッケージング／エンハンサードメイン（直鎖状のＡｄのゲノム及びＥ１プロモーターのエンハンサーエレメントをパッケージングするために必要な配列を含む）とを含む。例えば、国際出願第ＷＯ９６／１３５９７号において「最小」ヒトＡｄベクターの調製について述べられ、本明細書に参照によって援用する方法を参照されたい。
Ｖ．Ｅ．６．他の欠損アデノウイルス
組換え複製不全アデノウイルスは、最小チンパンジーアデノウイルス配列以上のものを含んでもよい。これらの他のＡｄベクターは、ウイルスの遺伝子領域の異なる部分の欠失、ならびに、必要に応じたヘルパーウイルス及び／またはパッケージング細胞株の使用によって形成される感染性ウイルス粒子によって特徴づけることができる。
１つの例として、適当なベクターは、Ｃ６８アデノウイルスの最初期遺伝子Ｅ１ａ及び後初期遺伝子Ｅ１ｂの全体または充分な部分を欠失させることにより、それらの正常な生物学的機能を失わせることによって形成することができる。複製不全Ｅ１欠失ウイルスは、対応する遺伝子産物をイン・トランスで与える機能的アデノウイルスＥ１ａ及びＥ１ｂ遺伝子を含むチンパンジーのアデノウイルス形質転換相補性細胞株で増殖させた場合に感染性のウイルスを複製及び生成することが可能である。既知のアデノウイルス配列に対する相同性に基づけば、得られる組換えチンパンジーアデノウイルスは、当該技術分野のヒト組換えＥ１欠失アデノウイルスでそうであるように多くの細胞種に感染することが可能であり、抗原（複数可）を発現することができるが、チンパンジーＥ１領域ＤＮＡを有していない多くの細胞では、細胞が極めて高い感染多重度で感染していないかぎりは複製できないものと予想される。
別の例として、Ｃ６８アデノウイルス後初期遺伝子Ｅ３の全体または一部を、組換えウイルスの一部を形成するチンパンジーアデノウイルス配列から除去することができる。
チンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターは、Ｅ４遺伝子の欠失を有するように構築することもできる。さらに別のベクターは、後初期遺伝子Ｅ２ａに欠失を有することができる。
欠失は、チンパンジーＣ６８アデノウイルスゲノムの後期遺伝子Ｌ１～Ｌ５のいずれに導入することもできる。同様に、中期遺伝子ＩＸ及びＩＶａ２内の欠失も特定の目的では有用となりうる。他の欠失を他の構造または非構造アデノウイルス遺伝子に導入することもできる。
上記に述べた欠失は、個々に用いることもできる。すなわち、アデノウイルス配列はＥ１のみの欠失を有してもよい。また、それらの生物学的活性を破壊または低減するうえで効果的な遺伝子全体またはその一部を任意の組み合わせで用いることもできる。例えば、１つの例示的なベクターでは、アデノウイルスＣ６８配列は、Ｅ１遺伝子及びＥ４遺伝子、またはＥ１、Ｅ２ａ、及びＥ３遺伝子、またはＥ１及びＥ３遺伝子、または、Ｅ３の欠失をともなうかまたはともなわない、Ｅ１、Ｅ２ａ、及びＥ４遺伝子の欠失を有することができる。上記に述べたように、かかる欠失は、所望の結果を得るために温度感受性変異などの他の変異と組み合わせて用いることができる。
抗原（複数可）を含むカセットを場合によりチンパンジーＣ６８Ａｄウイルスの任意の欠失領域に挿入することができる。また、必要に応じて既存の遺伝子領域内にカセットを挿入することでその領域の機能を破壊することもできる。
Ｖ．Ｅ．７．ヘルパーウイルス
抗原カセットを送達するために用いられるウイルスベクターのチンパンジーアデノウイルス遺伝子の含量に応じて、ヘルパーアデノウイルスまたは非複製ウイルスフラグメントを用いて、カセットを含む感染性の組換えウイルス粒子を生成するのに充分なチンパンジーアデノウイルス遺伝子配列を与えることができる。
有用なヘルパーウイルスは、アデノウイルスベクターコンストラクト中に存在しない、及び／またはベクターをトランスフェクトしたパッケージング細胞株によって発現されない選択されたアデノウイルス遺伝子配列を含む。ヘルパーウイルスは複製不全であってよく、上記に述べた配列以外の様々なアデノウイルス遺伝子を含むことができる。ヘルパーウイルスは、本明細書に記載されるＥ１発現細胞株と組み合わせて用いることができる。
Ｃ６８では、「ヘルパー」ウイルスは、Ｃ６８ゲノムのＣ末端を、ウイルスの左端から約１３００ｂｐを除去するＳｓｐＩによって短縮することによって形成されるフラグメントとすることができる。次に、この短縮されたウイルスをプラスミドＤＮＡとともにＥ１発現細胞株内に同時トランスフェクトすることにより、プラスミド内のＣ６８配列との相同組み換えによって組換えウイルスを形成する。
ヘルパーウイルスは、Ｗｕ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６４：１６９８５－１６９８７ （１９８９）；Ｋ．Ｊ．Ｆｉｓｈｅｒ ａｎｄ Ｊ．Ｍ．Ｗｉｌｓｏｎ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．，２９９：４９（Ａｐｒ．１，１９９４）に記載されるようなポリカチオン複合体として形成することもできる。ヘルパーウイルスは、場合によりレポーター遺伝子を含んでもよい。多くのかかるレポーター遺伝子が当該技術分野で知られている。アデノウイルスベクター上の抗原カセットとは異なるヘルパーウイルス上のレポーター遺伝子の存在によって、Ａｄベクターとヘルパーウイルスを独立して観察することが可能となる。この第２のレポーター遺伝子を用いることで、精製時に得られた組換えウイルスとヘルパーウイルスとを分離することが可能である。
Ｖ．Ｅ．８．ウイルス粒子のアセンブリと細胞株の感染
アデノウイルス、抗原カセット、及び他のベクター因子の選択されたＤＮＡ配列の様々な中間プラスミド及びシャトルベクターへのアセンブリ、ならびに組換えウイルス粒子を作製するためのプラスミド及びシャトルベクターの使用は、従来の手法を用いてすべて実現することができる。かかる手法としては、従来のｃＤＮＡのクローニング法、インビトロ組換え法（例えば、ギブソンアセンブリ）、アデノウイルスゲノムの重複するオリゴヌクレオチド配列の使用、ポリメラーゼ連鎖反応、及び所望のヌクレオチド配列を与える任意の適当な方法が挙げられる。標準的なトランスフェクション及び同時トランスフェクションの手法、例えば、ＣａＰＯ４沈殿法またはリポフェクタミンなどのリポソーム媒介トランスフェクション法が用いられる。用いられる他の従来の方法としては、ウイルスゲノムの相同組み換え、アガーオーバーレイ中でのウイルスのプラーク形成、シグナル発生測定の方法などが挙げられる。
例えば、所望の抗原を含むウイルスベクターの構築及びアセンブリの後、ベクターをインビトロでヘルパーウイルスの存在下でパッケージング細胞株にトランスフェクトすることができる。ヘルパーとベクター配列との間で相同組み換えが起こり、これによりベクター内のアデノウイルス－抗原配列が複製されてビリオンカプシド内にパッケージングされ、組換えウイルスベクター粒子が得られる。
得られた組換えチンパンジーＣ６８アデノウイルスは、抗原カセットを選択された細胞に導入するうえで有用である。パッケージング細胞株内で増殖させた組換えウイルスを用いたインビボ実験において、Ｅ１欠失組換えチンパンジーアデノウイルスが、カセットを非チンパンジー細胞、好ましくはヒト細胞に導入するうえで実用性を有することが実証されている。
Ｖ．Ｅ．９．組換えウイルスベクターの使用
したがって、抗原カセットを含む得られた組換えチンパンジーＣ６８アデノウイルスは、抗原（複数可）をインビボまたはエクスビボで対象に送達することができる効率的な遺伝子導入担体を与えるものである。
上記に述べた組換えベクターは、遺伝子治療について公開されている方法にしたがってヒトに投与される。本明細書に記載されるように、抗原カセットを有するチンパンジーウイルスベクターは、好ましくは生体適合性溶液または薬学的に許容される送達溶媒中に懸濁させて患者に投与することができる。適当な溶媒としては滅菌生理食塩水が挙げられる。薬学的に許容される担体として知られ、当業者には周知のものである他の水性及び非水性等張滅菌注射溶液、ならびに水性及び非水性滅菌懸濁液をこの目的で使用することもできる。
チンパンジーアデノウイルスベクターは、ヒト細胞を形質転換し、医療分野の当業者によって判定することが可能な有害作用をともなわずに、または医学的に許容される生理学的作用をともなって、治療効果を与えるうえで充分なレベルの抗原の導入及び発現をもたらすのに充分な量で投与される。従来の薬学的に許容される投与経路としては、これらに限定されるものではないが、肝臓、鼻腔内、静脈内、筋肉内、皮下、皮内、経口、及び他の非経口の投与経路が挙げられる。投与経路は必要に応じて組み合わせることができる。
ウイルスベクターの用量は、治療される状態、患者の年齢、体重、及び健康状態などの因子に主として依存し、したがって患者間で異なりうる。用量は、あらゆる副作用に対して治療効果のバランスが取れるように調節され、かかる用量は、組換えベクターが用いられる治療用途に応じて異なりうる。抗原（複数可）の発現レベルを観察することにより、投与頻度を決定することができる。
組換え複製不全アデノウイルスは、「薬学的有効量」、すなわち、所望の細胞をトランスフェクトし、ワクチン効果、すなわち一定の測定可能なレベルの防御免疫をもたらすような選択された遺伝子の充分な発現レベルを与えるのにある投与経路で有効な組換えアデノウイルスの量で投与することができる。抗原を含むＣ６８ベクターは、アジュバントと同時投与することができる。アジュバントは、ベクターとは別のモノマーの出会ってもよく（例えばミョウバン）または特にアジュバントがタンパク質である場合にはベクター内にコードされてもよい。アジュバントは当該技術分野では周知のものである。
従来の薬学的に許容される投与経路としては、これらに限定されるものではないが、鼻腔内、筋肉内、気管内、皮下、皮内、直腸内、経口、及び他の非経口の投与経路が挙げられる。投与経路は必要に応じて組み合わせるか、または免疫原もしくは疾患に応じて調節することができる。例えば、狂犬病の予防では、皮下、気管内、及び鼻腔内経路が好ましい。投与経路は、主として治療される疾患の性質によって決められる。
抗原（複数可）の発現レベルを観察することにより、ブースターの必要性（ある場合）を決定することができる。例えば、血清中の抗体力価の評価の後、必要に応じてブースター免疫が望ましい場合がある。
Ｖ．Ｆ．医薬組成物
ワクチン組成物は、アジュバント及び／または担体をさらに含む医薬組成物とすることができる。有用なアジュバント及び担体の例を本明細書で以下に示す。組成物は、タンパク質、またはペプチドをＴ細胞に提示することができる樹状細胞（ＤＣ）などの抗原提示細胞などの担体を伴ってもよい。
アジュバントは、ワクチン組成物に混合することで抗原に対する免疫応答を増大または他の形で改変する任意の物質である。担体は、抗原が会合することができる、例えばポリペプチドまたは多糖類などのスカフォールド構造であってよい。場合により、アジュバントは共有結合または非共有結合により結合される。
アジュバントが抗原に対する免疫応答を増大させる能力は、免疫介在反応の有意なもしくは大幅な増大、または疾患症状の低減として一般的に現れる。例えば、体液性免疫の増大は、抗原に対して生成された抗体の力価の有意な増大として一般的に現れ、Ｔ細胞活性の増大は細胞増殖、または細胞毒性、またはサイトカイン分泌の増大として一般的に現れる。アジュバントはまた、例えば、主として体液性またはＴｈ応答を主として細胞性またはＴｈ応答に変化させることにより、免疫応答も変化させることができる。
適当なアジュバントとしては、これらに限定されるものではないが、１０１８ ＩＳＳ、ミョウバン、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリル脂質Ａ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌベクターシステム、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニンから誘導されるＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１スティミュロン（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ）、マイコバクテリウム抽出物及び合成細菌壁模倣体、ならびにＲｉｂｉ’ｓ Ｄｅｔｏｘ． ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどの他の特許取得アジュバントが挙げられる。不完全フロイントまたはＧＭ－ＣＳＦなどのアジュバントが有用である。樹状細胞に対して特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）及びそれらの製剤がこれまでに記載されている（Ｄｕｐｕｉｓ Ｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９８；１８６（１）：１８－２７；Ａｌｌｉｓｏｎ Ａ Ｃ；Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ Ｓｔａｎｄ．１９９８；９２：３－１１）。サイトカインを用いることもできる。いくつかのサイトカインが、リンパ組織への樹状細胞の遊走に影響を及ぼし（例えば、ＴＮＦ－α）、Ｔリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速させ（例えば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１及びＩＬ－４）（参照によって本明細書にその全容を具体的に援用する米国特許第５，８４９，５８９号）、免疫アジュバントとして作用する（例えば、ＩＬ－１２）（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ Ｄ Ｉ，ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｅｍｐｈａｓｉｓ Ｔｕｍｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９６（６）：４１４－４１８）ことに直接的な関連が示されている。
ＣｐＧ免疫刺激オリゴヌクレオチドも、ワクチン環境におけるアジュバントの効果を向上させることが報告されている。ＲＮＡ結合ＴＬＲ ７、ＴＬＲ ８及び／またはＴＬＲ ９のような他のＴＬＲ結合分子を使用することもできる。
有用なアジュバントの他の例としては、これらに限定されるものではないが、化学修飾ＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）、Ｐｏｌｙ（Ｉ：Ｃ）（例えば、ｐｏｌｙｉ：ＣＩ２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌性ＤＮＡまたはＲＮＡ、ならびに、治療作用を有するか、かつ／またはアジュバントとして作用しうる、シクロフォスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、セレブレックス、ＮＣＸ－４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフィニブ、ＸＬ－９９９、ＣＰ－５４７６３２、パゾパニブ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、イピリムマブ、トレメリムマブ、及びＳＣ５８１７５などの免疫活性小分子及び抗体が挙げられる。アジュバント及び添加剤の量ならびに濃度は、当業者によれば不要な実験を行うことなく容易に決定することが可能である。さらなるアジュバントとしては、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスティム）などのコロニー刺激因子が挙げられる。
ワクチン組成物は、複数の異なるアジュバントを含むことができる。さらに、治療組成物は、上記のいずれかまたはそれらの組み合わせを含む、任意のアジュバント物質を含むことができる。ワクチンとアジュバントは、一緒に投与してもよく、または任意の適当な順序で別々に投与することもできる。
担体（または賦形剤）がアジュバントとは独立して存在してもよい。いくつかの態様では、担体はアジュバントとともに存在する。担体の機能は、例えば分子量を増やすことによって、活性もしくは免疫原性を高める、安定性を付与する、生物活性を高める、または血清半減期を延ばすことであってよい。さらに、担体は、Ｔ細胞へのペプチドの提示を助けることができる。担体は、例えば、タンパク質または抗原提示細胞などの当業者には周知の任意の適当な担体であってよい。担体タンパク質は、これらに限定されるものではないが、キーホールリンペットヘモシアニン；トランスフェリン、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、チログロブリンまたはオボアルブミンなどの血清タンパク質、免疫グロブリン；インスリンまたはパルミチン酸などのホルモンであってよい。ヒトの免疫化においては、担体は一般的に、ヒトに許容される、安全な生理学的に許容される担体である。しかしながら、破傷風トキソイド及び／またはジフテリアトキソイドは適当な担体である。あるいは、担体は、デキストラン、例えばセファロースであってもよい。
担体のさらなる例としては、水、緩衝された水、０．９％生理食潜水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸などの水性担体がありうる。これらの組成物は従来の周知の滅菌法によって滅菌するか、または滅菌濾過することができる。得られた水溶液はそのまま使用されるようにパッケージングされてもよく、または凍結乾燥し、凍結乾燥した製剤を投与に先立って滅菌溶液と加え合わせることができる。組成物は、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンなどのｐＨ調整剤及び緩衝剤、浸透圧調整剤、湿潤剤など、生理学的条件に近づけるために必要とされる薬学的に許容される補助物質を含むことができる。
細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は、インタクトな外来抗原自体ではなく、ＭＨＣ分子に結合したペプチドの形の抗原を認識する。ＭＨＣ分子自体は、抗原提示細胞の細胞表面に位置している。したがって、ＣＴＬの活性化は、ペプチド抗原、ＭＨＣ分子及びＡＰＣの三量体複合体が存在する場合に可能となる。これに対応して、ＣＴＬは、ペプチドのみがＣＴＬの活性化に用いられる場合でなく、対応するＭＨＣ分子を有するＡＯＣがさらに加えられる場合に免疫応答を向上させることができる。したがって、特定の実施形態では、ワクチン組成物は少なくとも１つの抗原提示細胞をさらに含む。
いくつかの態様では、上記の組成物のいずれかは、ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む。いくつかの態様では、ナノ粒子状の送達ビヒクルは、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポソームであってよい。いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質を含む。いくつかの態様では、イオン化可能なアミノ脂質は、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む。いくつかの態様では、ナノ粒子送達ビヒクルは抗原抗原発現系を封入する。
いくつかの態様では、上記の組成物のいずれかは、複数のＬＮＰをさらに含み、ＬＮＰは、抗原抗原発現系、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、及び、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質を含み、前記複数のＬＮＰのうち、少なくとも約９５％のＬＮＰは、非層状の形態を有するか、または高電子密度であるかのいずれかである。
いくつかの態様では、非カチオン性脂質は、（１）リン脂質、及び（２）コレステロールまたはコレステロール誘導体の混合物である。
いくつかの態様では、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）－脂質複合体である。いくつかの態様では、ＰＥＧ－脂質複合体は、ＰＥＧ－ジアシルグリセロール（ＰＥＧ－ＤＡＧ）複合体、ＰＥＧ－ジアルキルオキシプロピル（ＰＥＧ－ＤＡＡ）複合体、ＰＥＧ－リン脂質複合体、ＰＥＧ－セラミド（ＰＥＧ－Ｃｅｒ）複合体、及びこれらの混合物からなる群から選択される。いくつかの態様では、ＰＥＧ－ＤＡＡ複合体は、ＰＥＧ－ジデシルオキシプロピル（Ｃ１０）複合体、ＰＥＧ－ジラウリルオキシプロピル（Ｃ１２）複合体、ＰＥＧ－ジミリスチルオキシプロピル（Ｃ１４）複合体、ＰＥＧ－ジパルミチルオキシプロピル（Ｃ１６）複合体、ＰＥＧ－ジステアリルオキシプロピル（Ｃ１８）複合体、及びこれらの混合物からなる群から選択されるメンバーである。
いくつかの態様では、抗原発現系は、ＬＮＰ中に完全に封入される。
いくつかの態様では、ＬＮＰの非層状の形態は、逆六方晶（ＨＩＩ）または立方晶相構造を含む。
いくつかの態様では、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約１０ｍｏｌ％～約５０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様では、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％～約５０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様では、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％～約４０ｍｏｌ％を構成する。
いくつかの態様では、非カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約１０ｍｏｌ％～約６０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様では、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％～約５５ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様では、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２５ｍｏｌ％～約５０ｍｏｌ％を構成する。
いくつかの態様では、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約０．５ｍｏｌ％～約２０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様では、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２ｍｏｌ％～約２０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様では、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約１．５ｍｏｌ％～約１８ｍｏｌ％を構成する。
いくつかの態様では、ＬＮＰの９５％超は、非層状の形態を有する。いくつかの態様では、ＬＮＰの９５％超は、高電子密度である。
いくつかの態様では、上記の組成物のいずれかは、複数のＬＮＰをさらに含み、ＬＮＰは、ＬＮＰ中に存在する全脂質の５０ｍｏｌ％～６５ｍｏｌ％を構成するカチオン性脂質と、ＬＮＰ中に存在する全脂質の０．５ｍｏｌ％～２ｍｏｌ％を構成する、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質と、非カチオン性脂質であって、リン脂質とコレステロールまたはその誘導体との混合物であって、リン脂質がＬＮＰ中に存在する全脂質の４ｍｏｌ％～１０ｍｏｌ％を構成し、コレステロールまたはその誘導体がＬＮＰ中に存在する全脂質の３０ｍｏｌ％～４０ｍｏｌ％を構成する、前記混合物、リン脂質とコレステロールまたはその誘導体との混合物であって、リン脂質がＬＮＰ中に存在する全脂質の３ｍｏｌ％～１５ｍｏｌ％を構成し、コレステロールまたはその誘導体が前記ＬＮＰ中に存在する全脂質の３０ｍｏｌ％～４０ｍｏｌ％を構成する、前記混合物、または、ＬＮＰ中に存在する全脂質の４９．５ｍｏｌ％以下であり、リン脂質とコレステロールまたはその誘導体との混合物を含み、コレステロールまたはその誘導体が前記ＬＮＰ中に存在する全脂質の３０ｍｏｌ％から４０ｍｏｌ％を構成する前記混合物、のいずれかを含む、前記非カチオン性脂質と、を含む。
いくつかの態様では、上記の組成物のいずれかは、複数のＬＮＰをさらに含み、ＬＮＰは、ＬＮＰ中に存在する全脂質の５０ｍｏｌ％～８５ｍｏｌ％を構成するカチオン性脂質と、ＬＮＰ中に存在する全脂質の０．５ｍｏｌ％～２ｍｏｌ％を構成する、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質と、ＬＮＰ中に存在する全脂質の１３ｍｏｌ％～４９．５ｍｏｌ％を構成する非カチオン性脂質と、を含む。
いくつかの態様では、リン脂質は、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、ジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、またはこれらの混合物を含む。
いくつかの態様では、複合脂質は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）－脂質複合体を含む。いくつかの態様では、ＰＥＧ－脂質複合体は、ＰＥＧ－ジアシルグリセロール（ＰＥＧ－ＤＡＧ）複合体、ＰＥＧ－ジアルキルオキシプロピル（ＰＥＧ－ＤＡＡ）複合体、またはこれらの混合物を含む。いくつかの態様では、ＰＥＧ－ＤＡＡ複合体は、ＰＥＧ－ジミリスチルオキシプロピル（ＰＥＧ－ＤＭＡ）複合体、ＰＥＧ－ジステアロイルオキシプロピル（ＰＥＧ－ＤＳＡ）複合体、またはこれらの混合物を含む。いくつかの態様では、複合体のＰＥＧ部分は、約２０００ダルトンの平均分子量を有する。
いくつかの態様では、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の１ｍｏｌ％～２ｍｏｌ％を構成する。
いくつかの態様では、ＬＮＰは、式Ｉの構造：
Figure 2022539417000003
 ［式中、Ｌ１及びＬ２は、それぞれ独立して、－０（Ｃ＝０）－、－（Ｃ＝０）０－、－Ｃ（＝０）－、－０－、－Ｓ（０）ｘ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｃ（＝０）Ｓ－、－ＳＣ（＝０）－、－ＲａＣ（＝０）－、－Ｃ（＝０）Ｒａ－、－ＲａＣ（＝０）Ｒａ－、－ＯＣ（＝０）Ｒａ－、－ＲａＣ（＝０）０－、または直接的結合であり、Ｇ１は、Ｃｉ～Ｃ２アルキレン、－（Ｃ＝０）－、－０（Ｃ＝０）－、－ＳＣ（＝０）－、－ＲａＣ（＝０）－、または直接的結合であり、－Ｃ（＝０）－、－（Ｃ＝０）０－、－Ｃ（＝０）Ｓ－、－Ｃ（＝０）Ｒａ－、または直接的結合であり、Ｇは、Ｃｉ～Ｃ６アルキレンであり、Ｒａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ１ａ及びＲ１ｂは、それぞれの場合で、独立して（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ１ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ１ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ１ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ２ａ及びＲ２ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ２ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ２ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ２ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ３ａ及びＲ３ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ３ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ３ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ３ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ４ａ及びＲ４ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ４ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ４ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ４ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ５及びＲ６は、それぞれ独立してＨまたはメチルであり、Ｒ７は、Ｃ４～Ｃ２０アルキルであり、Ｒ８及びＲ９は、それぞれ独立してＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、またはＲ８とＲ９とは、それらが結合した窒素原子とともに、５、６、または７員の複素環を形成し、ａ、ｂ、ｃ、及びｄは、それぞれ独立して１～２４の整数であり、ｘは０、１、または２である］を有する化合物、または、その薬学的に許容される塩、互変異性体、プロドラッグもしくは立体異性体を含む。
いくつかの態様では、ＬＮＰは、式ＩＩの構造：
Figure 2022539417000004
 ［式中、Ｌ１及びＬ２は、それぞれ独立して－０（Ｃ＝０）－、－（Ｃ＝０）０－、または炭素－炭素二重結合であり、Ｒ１ａ及びＲ１ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ１ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ１ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ１ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ２ａ及びＲ２ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ２ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ２ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ２ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ３ａ及びＲ３ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ３ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ３ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ３ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ４ａ及びＲ４ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ４ａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ４ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ４ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素－炭素二重結合を形成し、Ｒ５及びＲ６は、それぞれ独立してＨまたはメチルであり、Ｒ７は、それぞれの場合で、独立してＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、Ｒ８及びＲ９は、それぞれ独立して、非置換のＣ１～Ｃ１２アルキルであるか、またはＲ８とＲ９とは、それらが結合した窒素原子とともに、１個の窒素原子を含む５、６、または７員の複素環を形成し、ａ及びｄは、それぞれ独立して０～２４の整数であり、ｂ及びｃはそれぞれ独立して１～２４の整数であり、ｅは１または２であり、ただし、Ｒ１ａ、Ｒ２ａ、Ｒ３ａ、またはＲ４ａのうちの少なくとも１つが、Ｃ１～Ｃ１２アルキルであるか、またはＬ１またはＬ２の少なくとも一方が、－０（Ｃ＝０）－または－（Ｃ＝０）０－であり、Ｒ１ａ及びＲ１ｂは、ａが６である場合にはイソプロピルでなく、ａが８である場合にはｎ－ブチルでない］を有する化合物、または、その薬学的に許容される塩、互変異性体、プロドラッグもしくは立体異性体を含む。
いくつかの態様では、上記の組成物のいずれかは、中性脂質、ステロイド、及びポリマー結合脂質を含む１つ以上の賦形剤をさらに含む。いくつかの態様では、中性脂質は、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＳＰＣ）、１，２－ジパルミトイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＰＰＣ）、１，２－ジミリストイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＭＰＣ）、１－パルミトイル－２－オレイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＰＯＰＣ）、１，２－ジオレイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）、及び１，２－ジオレイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの態様では、中性脂質はＤＳＰＣである。
いくつかの態様では、化合物と中性脂質とのモル比は、約２：１～約８：１の範囲である。
いくつかの態様では、ステロイドはコレステロールである。いくつかの態様では、化合物とコレステロールとのモル比は、約２：１～１：１の範囲である。
いくつかの態様では、ポリマー結合脂質はＰＥＧ化脂質である。いくつかの態様では、化合物とＰＥＧ化脂質とのモル比は、約１００：１～約２５：１の範囲である。いくつかの態様では、ＰＥＧ化脂質は、ＰＥＧ－ＤＡＧ、ＰＥＧポリエチレン（ＰＥＧ－ＰＥ）、ＰＥＧ－スクシノイル－ジアシルグリセロール（ＰＥＧ－Ｓ－ＤＡＧ）、ＰＥＧ－ｃｅｒ、またはＰＥＧジアルキルオキシプロピルカルバメートである。いくつかの態様では、ＰＥＧ化脂質は、下記構造ＩＩＩ：
Figure 2022539417000005
 ［式中、Ｒ１０及びＲ１１は、それぞれ独立して、１０～３０個の炭素原子を有する、直鎖または分枝鎖、飽和または不飽和のアルキル鎖であり、前記アルキル鎖は場合により１つ以上のエステル結合によって中断され、ｚは、３０～６０の範囲の平均値を有する］を有するか、または、その薬学的に許容される塩、互変異性体、もしくは立体異性体である。いくつかの態様では、Ｒ１０及びＲ１１は、それぞれ独立して、１２～１６個の炭素原子を有する直鎖の飽和アルキル鎖である。いくつかの態様では、ｚの平均は、約４５である。
いくつかの態様では、ＬＮＰは、ポリアニオン性の核酸と混合される際に非二重層構造に自己組織化する。いくつかの態様では、非二重層構造は、６０ｎｍ～１２０ｎｍの直径を有する。いくつかの態様では、非二重層構造は、約７０ｎｍ、約８０ｎｍ、約９０ｎｍ、または約１００ｎｍの直径を有する。いくつかの態様では、ナノ粒子状の送達ビヒクルは、約１００ｎｍの直径を有する。
いくつかの態様では、標的化リガンドを、脂質ナノ粒子と共に含めることができる。例えば、標的化リガンドをリポソームに組み込むことができ、標的化リガンドは、所望の免疫系細胞の細胞表面決定因子に特異的な抗体またはそのフラグメントを含むことができる。
本明細書ではまた、本明細書に開示される組成物のいずれか（本明細書に開示されるアルファウイルスに基づく、またはＣｈＡｄに基づくベクターなど）と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または担体とを含む医薬組成物も開示される。
ＶＩ．治療方法
本明細書に開示する方法を用いて同定された複数の抗原などの１つ以上の抗原を対象に投与することにより、対象にＨＩＶ特異的な免疫応答を誘導し、ＨＩＶに対するワクチン接種を行い（例えば、予防的処置）、対象のＨＩＶの症状を治療及び／または緩和する方法も提供される。
いくつかの態様では、対象は、ＨＩＶを診断されているか、ＨＩＶに感染するリスクを有するか、またはＨＩＶに曝露されるリスクを有する。対象は、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、またはＨＩＶ特異的な免疫応答が望ましい任意の動物とすることができる。
ワクチン組成物は、ワクチン組成物中の１つ以上の抗原の量が、ＣＴＬ応答を誘導するうえで充分となるように投与することができる。
ワクチン組成物は、単独で、または他の治療薬と併用して投与することができる。治療薬は、例えば、ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（ＮＲＴＩ）、非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（ＮＮＲＴＩ）、プロテアーゼ阻害剤（ＰＩ）、膜融合阻害剤、侵入阻害剤－ＣＣｒ５共受容体アンタゴニスト、またはＨＩＶインテグラーゼ鎖転移阻害剤などの抗レトロウイルス剤である。
ワクチン組成物中に含まれる各抗原の最適量及び最適な投与レジメンを決定することができる。例えば、抗原またはその変異体は、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射、非経口、局所（ｔｏｐｉｃａｌ）、鼻腔内、経口、または局所（ｌｏｃａｌ）投与用に製剤化することができる。注射の方法としては、皮下（ｓ．ｃ．）、皮内（ｉ．ｄ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）、及び静脈内（ｉ．ｖ．）が挙げられる。ＤＮＡまたはＲＮＡの注射方法としては、皮内（ｉ．ｄ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）、皮下（ｓ．ｃ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）及び静脈内（ｉ．ｖ．）が挙げられる。ワクチン組成物の他の投与方法は、当業者には周知のものである。
抗原を含む組成物を、既にＨＩＶに罹患している個人に投与することができる。治療用途では、組成物は、ＨＩＶ抗原に対する効果的なＣＴＬを誘発し、ＨＩＶの症状、合併症及び／または進行を治癒または少なくとも部分的に阻止するうえで充分な量で患者に投与される。これを実現するのに適した量は、「治療有効用量」として定義される。この目的で有効な量は、例えば、組成物、投与形態、治療されるＨＩＶのステージ及び重症度、患者の体重及び一般的状態、ならびに処方医師の判断によって決められる。いくつかの場合では、ワクチン組成物は連続的に投与することができ、後続の投与はブースター用量である。かかるブースター用量は、少なくとも症状が大幅に軽減されるまで、または一定の期間にわたって更に投与することができる。
ワクチンは、組成物中に存在する抗原の選択、数、及び／または量がＨＩＶの特定のカテゴリー、タイプ、またはサブタイプに対して特異的であり、かつ患者に特異的であるように適合することができる。さらに、選択は、疾患の状態（例えば、早期か後期か）、初期の治療レジメン、患者の免疫状態、及び患者のＨＬＡハプロタイプに依存しうる。さらに、ワクチンは、特定の患者の個人的ニーズにしたがって、個別化された成分を含むことができる。例としては、特定の患者における抗原の発現にしたがって抗原の選択を変えること、または治療の第１ラウンドもしくはスキーム後の二次的治療を調整することが挙げられる。
ＶＩＩ．抗原ベースワクチンを投与する対象の選択
異なる診断方法を用いて抗原ベースワクチンを投与する候補として、対象を特定することができる。一実施形態にしたがって、対象に抗原ベースワクチンを投与するためのフロープロセス３４００を示す図３４を参照する。
一態様では、抗原ワクチン接種を行うための患者選択は、対象のＨＬＡ型を考慮して行われる。一態様では、抗原ワクチン接種を行うための患者選択は、対象が曝露された、または曝露される可能性が高いＨＩＶサブタイプを考慮して行われる。一態様では、抗原ワクチン接種を行うための患者選択は、１）対象のＨＬＡ型、及び２）対象が曝露された、または曝露される可能性が高いＨＩＶサブタイプの両方を考慮して行われる。
例として、対象は、１）ワクチンに含まれるエピトープ配列を有する抗原を提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が保有しており、かつ２）対象が、エピトープ配列を有する抗原を発現するＨＩＶサブタイプに曝露されたことがある場合に、ワクチン治療に適格であるとみなされる。別の例として、対象は、１）ワクチンに含まれるエピトープ配列を有する抗原を提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを対象が保有しており、かつ２）対象が、エピトープ配列を有する抗原を発現する特定のＨＩＶサブタイプに曝露されやすい場合に、ワクチン治療に適格であるとみなされる。
ＶＩＩ．Ａ．ＨＬＡペプチドの単離及び検出
工程３４１０において、対象が１つ以上のＨＬＡアレルを発現するかどうかが判定される。一態様では、１つ以上のＨＬＡアレルは、クラスＩ ＨＬＡアレル、クラスＩＩ ＨＬＡアレル、またはクラスＩ及びクラスＩＩ ＨＬＡアレルの両方である。
一態様では、対象が１つ以上のＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定することは、集団ベースの分析を含む。より詳細には、対象が１つ以上のＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定することは、対象の起源を決定することと、その起源の個人の集団によって共通して発現されることが知られている１つ以上のアレルをさらに特定することと、を含む。起源の例としては、民族、地理的居住地、出生地、または家系でありうる。一実施形態では、ＨＬＡアレルは、その起源の個人がそのＨＬＡアレルを発現する確率が９５％よりも大きい場合にその起源の個人の集団によって共通して発現されるものとみなされる。いくつかの実施形態では、ＨＬＡアレルは、その起源の個人がそのＨＬＡアレルを発現する確率が５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、または９０％よりも大きい場合にその起源の個人の集団によって共通して発現されるものとみなされる。例えば、ある対象はヨーロッパ起源として判定され、ヨーロッパ起源の個人は１つ以上のＨＬＡアレルを発現することが知られている。したがって、ヨーロッパ起源の対象は、ヨーロッパ起源の個人によって発現される既知の１つ以上のＨＬＡアレルを発現することが判定される。起源に基づくＨＬＡアレルの共通の発現は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｍｇｔ／ｈｌａ／ａｍｂｉｇ．ｈｔｍｌなどの利用可能なデータベースにみることができる。
一態様では、対象が１つ以上のＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定することは、ハイスループットシークエンシングまたはサンガーシークエンシング診断法によって患者のハプロタイプを特定することを含む。例示的な患者のハプロタイプを、表３５～４５の「ＨＬＡアレル」として示される列に示す。最初に、試料に従来の免疫沈降（ＩＰ）法を用いてＨＬＡペプチド分子の単離を行う。いくつかの態様では、試料は組織試料であり、ＩＰに先立って、組織試料を溶解及び可溶化する。清澄化したライセートをＨＬＡ特異的ＩＰに使用する。
免疫沈降は、抗体がＨＬＡ分子に特異的である、ビーズにカップリングした抗体を用いて行われる。汎クラスＩ ＨＬＡ免疫沈降のためには、汎クラスＩ ＣＲ抗体を使用し、クラスＩＩ ＨＬＡ－ＤＲのためには、ＨＬＡ－ＤＲ抗体を使用する。抗体を、一晩インキュベーション中に、ＮＨＳ－セファロースビーズに共有結合で付着させる。共有結合性の付着後、ビーズを洗浄して、ＩＰのために等分した。免疫沈降は、ビーズに共有結合されていない抗体を用いて行うこともできる。一般的に、これは、抗体をカラムに保持するためにＰｒｏｔｅｉｎＡ及び／またはＰｒｏｔｅｉｎＧでコーティングしたセファロースまたは磁気ビーズを使用して行われる。ＭＨＣ／ペプチド複合体を選択的に濃縮するために使用することができるいくつかの抗体を下記に示す。
Figure 2022539417000006
清澄化した組織溶解物を、免疫沈降のために抗体ビーズに添加する。免疫沈降後、ビーズを溶解物から除去し、追加的なＩＰを含む追加的な実験のために、溶解物を保存する。標準的な技法を用いて、ＩＰビーズを洗浄して非特異的結合を除去し、ＨＬＡ／ペプチド複合体をビーズから溶出する。分子量スピンカラムまたはＣ１８分画を用いて、タンパク質構成要素をペプチドから除去する。結果として生じたペプチドを、ＳｐｅｅｄＶａｃ蒸発によって乾燥させ、いくつかの場合には、ＭＳ解析の前に－２０℃で保存する。
乾燥したペプチドを、逆相クロマトグラフィーに適しているＨＰＬＣ緩衝液において再構成し、Ｆｕｓｉｏｎ Ｌｕｍｏｓ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ）における勾配溶出のために、Ｃ－１８マイクロキャピラリーＨＰＬＣカラム上にロードする。ペプチド質量／電荷（ｍ／ｚ）のＭＳ１スペクトルを、Ｏｒｂｉｔｒａｐ検出器において高解像度で収集し、その後、ＭＳ２低解像度スキャンを、選択イオンのＨＣＤフラグメンテーション後にイオントラップ検出器において収集した。追加的に、ＭＳ２スペクトルは、ＣＩＤもしくはＥＴＤフラグメンテーション法、または、ペプチドのより大きなアミノ酸カバレッジを獲得するための３つの技法の任意の組み合わせのいずれかを用いて、取得することができる。ＭＳ２スペクトルはまた、Ｏｒｂｉｔｒａｐ検出器において高解像度質量精度で測定することもできる。
各解析由来のＭＳ２スペクトルを、Ｃｏｍｅｔを用いてタンパク質データベースに対して検索し、ペプチド特定を、Ｐｅｒｃｏｌａｔｏｒを用いてスコア化する。ＰＥＡＫＳ ｓｔｕｄｉｏ（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．）及び他のサーチエンジンを用いてさらなるシークエンシングを行うか、またはスペクトルマッチング及びデノボシークエンシングを含むシークエンシング法を用いることができる。
一態様では、対象は、ＨＬＡアレルが少なくとも０．５％のアレル頻度を有する場合にＨＬＡアレルを発現しているものとみなされる。いくつかの態様では、対象は、ＨＬＡアレルが少なくとも１％、２％、３％、４％、または５％のアレル頻度を有する場合にＨＬＡアレルを発現しているものとみなさ。
ＶＩＩ．Ｂ．１．総合的ＨＬＡペプチドシークエンシングのためのＭＳ検出限界の研究
ペプチドＹＶＹＶＡＤＶＡＡＫ（配列番号９４）を用いて、何が検出の限界かを、ＬＣカラム上にロードした様々な量のペプチドを用いて決定した。試験したペプチドの量は、１ｐｍｏｌ、１００ｆｍｏｌ、１０ｆｍｏｌ、１ｆｍｏｌ、及び１００ａｍｏｌであった。（表２）結果を図１９Ａ及び１９Ｂに示す。これらの結果は、検出の最低限界（ＬｏＤ）がアトモルの範囲（１０－１８）にあること、ダイナミックレンジが５桁に及ぶこと、及び、シグナル対ノイズが、低いフェムトモル範囲（１０－１５）でシークエンシングに充分であるように見えることを示す。
Figure 2022539417000007
ＶＩＩ．Ｂ．ＨＩＶサブタイプの特定
図３４に戻ると、工程３４２０において、対象が以前に曝露されているＨＩＶサブタイプ、または対象が罹患しやすいＨＩＶサブタイプが特定される。
対象が以前に曝露されているＨＩＶサブタイプを特定するには、試験試料を対象から得る。試験試料は、血液、精液、眼のレンズ液、脳脊髄液、唾液、滑液、腹水、羊水、組織、または穿刺吸引液のいずれかとすることができる。ＨＩＶ単離物を試験試料から抽出する。一態様では、抽出は、遠心分離によりＨＩＶ単離物からの試験試料中の細胞成分を分離することを含み、ＨＩＶ単離物は上清中に保持することができる。一態様では、抽出は、試験試料を溶解及び可溶化することを含む。このライセートをさらに清澄化（例えば、遠心分離／濾過）してＨＩＶ単離物を得ることができる。
ＨＩＶ単離物中のＨＩＶサブタイプの検出は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ドットプロットアッセイ、ＨＩＶスポット・アンド・コウム検査（ｓｐｏｔ ａｎｄ ｃｏｍｂ ｔｅｓｔ）、またはウェスタンブロットを用いて行うことができる。いくつかの態様では、ＨＩＶ単離物中のＨＩＶサブタイプの検出は、ＨＩＶ単離物中のウイルス核酸を増幅擦る音によって行われる（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応）。ＨＩＶ単離物を増幅試薬及びプライマーのセットと混合して特定のＨＩＶサブタイプの標的配列を増幅する。次いで増幅された標的配列を各種の検出技術を用いて検出することができる。例えば、プローブに対する標的配列の曝露によって、プローブ／配列産物を形成させ、これを特定のＨＩＶサブタイプの存在の指標としてさらに検出することができる。特定のＨＩＶサブタイプを検出するための例示的なプライマー及びプローブが、参照によって本明細書にその全容を援用するところのＷＯ２００３０２０８７８に記載されている。
患者は、患者の現在の地理的居住地、または患者の将来的に予定された地理的目的地におけるＨＩＶサブタイプの存在率に基づいて特定のＨＩＶサブタイプに曝露されやすい場合がある。例えば、患者は、中央アフリカ及び東アフリカ諸国に居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＡ１及びＡ２に罹患しやすい可能性がある。患者は、西ヨーロッパ及び中央ヨーロッパ、北アメリカまたは南アメリカ、オーストラリア、または東南アジアに居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＢに罹患しやすい可能性がある。患者は、中央アフリカ及び東アフリカ諸国に居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＣに罹患しやすい可能性がある。患者は、北アフリカまたは中東に居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＤに罹患しやすい可能性がある。患者は、南アジアまたは東南アジアに居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＦ１またはＦ２に罹患しやすい可能性がある。患者は、西アフリカまたは中央アフリカに居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＧに罹患しやすい可能性がある。患者は、中央アフリカに居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＨに罹りやすい可能性がある。患者は、北アフリカ、中央アフリカ、または西アフリカ、またはカリブ諸国に居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＪに罹患しやすい可能性がある。患者は、コンゴ民主共和国またはカメルーンに居住しているか、または旅行を予定している場合、ＨＩＶサブタイプＫに罹患しやすい可能性がある。
いくつかの実施形態では、ＨＩＶサブタイプの理解は必要ではなく、したがって、工程３４２０を行う必要はない。例えば、ワクチンが複数のＨＩＶサブタイプに対して有効であると予測されうるような充分な抗原を含んでいる場合、この対象における特定のＨＩＶサブタイプの特定は必要ではない。
ＶＩＩ．Ｃ．候補患者
図３４に戻ると、工程３４３０において、対象は抗原ベースワクチンを投与するための候補として特定される。一般的に、対象は、ＨＬＡアレル（工程３４１０で決定されたもの）を発現する場合に候補として特定され、そのＨＬＡアレルは、特定されたＨＩＶサブタイプ（工程３４２０で決定されたもの）によって発現されるエピトープ配列を有するＨＩＶ抗原を提示することが知られているかまたは提示する可能性が高いと予測されるものである。表３５～４５に、ペアの各ＨＬＡアレルが対応するエピトープ配列を提示する、ＨＬＡアレルとエピトープ配列とのペアリングを示す。
工程３４４０において、抗原ベースワクチンが、対象によって発現されるＨＬＡアレルと特定されたＨＩＶサブタイプとに基づいて選択される。一態様では、抗原ベースワクチンは、１）ＨＬＡアレルを発現する対象に対して、かつ２）特定の特定されたＨＩＶサブタイプに対して以前に開発されている個別化ワクチンである。例えば、抗原ベースワクチンは、特定されたＨＩＶサブタイプによって発現されることが知られている１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のエピトープを含むことができ、エピトープのそれぞれは発現された対象のＨＬＡアレルに対応するタンパク質によって提示されることが知られているかまたは提示される可能性が高いことが予測される。別の例として、抗原ベースワクチンは、エピトープ配列を含む抗原をコードする抗原コード核酸配列を含むことができる。かかるエピトープ配列は、発現された対象のＨＬＡアレルに対応するタンパク質によって提示されることが知られているかまたは提示される可能性が高いことが予測されるものである。
工程３４５０において、選択された抗原ベースワクチンが対象に投与される。
いくつかの態様では、フロープロセス３４００の各工程は、図３４に示されるものとは異なる順序とすることができる。例えば、対象の１つ以上のＨＬＡアレルの発現を判定する（工程３４１０）前にＨＩＶサブタイプを特定することができる（工程３４２０）。
ＶＩＩ．Ｄ．抗原ベースワクチンを投与する対象の選択の代替的な実施形態
第２の実施形態にしたがって、対象に抗原ベースワクチンを投与するためのフロープロセス３５００を示す図３５を参照する。ＨＩＶの高い変異率を考慮すると、状況によって、ＨＩＶに由来するタンパク質の特定のエピトープ配列が変異している場合がある。かかる変異は、ＨＩＶが対象に感染した後にＨＩＶで生じた可能性がある。さらに、これらの変異エピトープ配列は、対象のＨＬＡアレルによって提示されうる。そこで、図３５に、抗原ベースワクチンが、対象が以前に曝露されたＨＩＶに対応する変異エピトープ配列を有する抗原を含むような、個別化された抗原ベースワクチンを対象に投与するためのフロープロセスを示す。
工程３５１０において、対象が１つ以上のＨＬＡアレルを発現するかどうかが判定される。図３４に示される工程３４１０と同様、対象が１つ以上のＨＬＡアレルを発現するかどうかの判定は、祖先集団に基づいた分析を行うことを含むか、または患者のハプロタイプを特定することを含む。
工程３５２０において、対象が曝露されたＨＩＶのシークエンシングデータが取得される。一態様では、ＨＩＶを含有する試料を対象から得ることができ、次いでＨＩＶをシークエンシングする。例として、試料を対象のリンパ節から得ることができ、ＨＩＶを、「ＨＩＶエピトープ配列の特定」と題するセクションで上記に述べた方法にしたがってシークエンシングすることができる。
工程３５３０において、抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列が選択される。候補エピトープ配列を特定するため、提示モデルをＨＩＶのシークエンシングデータに適用することができる。提示モデルについては、下記にさらに詳細に述べる。いくつかの態様では、候補エピトープ配列は、得られたＨＩＶのシークエンシングデータから特定された変異エピトープ配列を含む。かかる変異エピトープ配列は、表３５～４５には示されていない場合もある。いくつかの態様では、候補エピトープ配列は、表３５～４５に示されるエピトープ配列のいずれか（配列番号３２５～２２３４９のいずれか）を含む。いくつかの態様では、候補エピトープ配列は、検証済みのＨＩＶエピトープ配列を含む。いくつかの態様では、候補エピトープ配列は、変異エピトープ配列、表３５～４５に示されるエピトープ配列（配列番号３２５～２２３４９のいずれか）、及び検証済みのＨＩＶエピトープの任意の組み合わせを含む。
工程３５４０において、選択された候補エピトープ配列を含む抗原ベースワクチンが生成される。したがって、抗原ベースワクチンは、対象に感染したＨＩＶによって発現される変異エピトープ配列に特異的である変異エピトープ配列を含むため、対象に対して個別化されたワクチンである。
工程３５５０において、抗原ベースワクチンが対象に投与される。
ＶＩＩＩ．ワクチンの製造
本明細書に開示される方法の各工程を実行することと、複数の抗原または複数の抗原のサブセットを含む抗原ベースワクチンを生産することと、を含む、抗原ベースワクチンの製造方法も開示される。
本明細書に開示される抗原は、当該技術分野における周知の方法を用いて製造することができる。例えば、本明細書に開示される抗原またはベクター（例えば、１つ以上の抗原をコードする少なくとも１つの配列を含むベクター）の製造方法は、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む宿主細胞を、抗原またはベクターを発現するのに適した条件下で培養することと、抗原またはベクターを精製することと、を含むことができる。標準的な精製方法としては、クロマトグラフィー法、電気泳動法、免疫学的方法、沈殿、透析、濾過、濃縮、及びクロマト分画法が挙げられる。
宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＮＳ０細胞、酵母、またはＨＥＫ２９３細胞を含みうる。宿主細胞は、本明細書に開示される抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列を含む１つ以上のポリヌクレオチドで形質転換することができ、場合により、単離されたポリヌクレオチドは、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列に機能的に連結されたプロモーター配列を含む。特定の実施形態では、単離されたポリペプチドはｃＤＮＡであってよい。
ＩＸ．ワクチン接種プロトコール
ワクチン接種プロトコールを用いて対象に１つ以上の抗原を投与することができる。プライミングワクチン及びブースターワクチンを用いて対象への投与を行うことができる。様々な実施形態において、プライミングワクチンは、Ｃ６８（例えば、配列番号１または２に示される配列）またはｓｒＲＮＡ（例えば、配列番号３または４に示される配列）に基づいたものとすることができ、ブースターワクチンは、Ｃ６８（例えば、配列番号１または２に示される配列）またはｓｒＲＮＡ（例えば、配列番号３または４に示される配列）に基づいたものとすることができる。様々な実施形態において、プライミングワクチンはアルファウイルスに基づいたものとすることができ、ブースターワクチンはアルファウイルスに基づいたものとすることができる。様々な実施形態において、プライミングワクチンはＣ６８に基づいたものとすることができ、ブースターワクチンはアルファウイルスに基づいたものとすることができる。
各ベクターは、通常、抗原を含むカセットを含んでいる。カセットは、各抗原を通常取り囲む天然の配列、またはＡＡＹなどの他の非天然のスペーサー配列などのスペーサーによって分離された約２０個の抗原を含むことができる。カセットは、破傷風トキソイド抗原などのＭＨＣＩＩ抗原、及び普遍的なクラスＩＩ抗原とみなされるＰＡＤＲＥ抗原を含んでもよい。カセットは、ユビキチンターゲティング配列などのターゲティング配列を含んでもよい。さらに、各ワクチン用量は、例えば、ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（ＮＲＴＩ）、非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（ＮＮＲＴＩ）、プロテアーゼ阻害剤（ＰＩ）、膜融合阻害剤、侵入阻害剤－ＣＣｒ５共受容体アンタゴニスト、またはＨＩＶインテグラーゼ鎖転移阻害剤などの抗レトロウイルス剤と共に（例えば、同時、その前、またはその後に）対象に投与することができる。
プライミングワクチンは、対象に注射（例えば筋肉内に）することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ（例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１～１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）の１回以上の注射を用いることができ、または、１～１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのｓｒＲＮＡの１回以上の注射を用いることができる。
プライムワクチン接種後に、ワクチンブースト（ブースターワクチン）を注射（例えば筋肉内に）することができる。ブースターワクチンは、プライム後の約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間ごと、例えば、４週間ごと、及び／または８週間ごとに投与することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ（例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１～１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）の１回以上の注射を用いることができ、または、１～１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのｓｒＲＮＡの１回以上の注射を用いることができる。
免疫モニタリングを、ワクチン投与の前、その間、及び／またはその後に行うことができる。かかるモニタリングは、他のパラメータの中でもとりわけ、安全性及び有効性についての情報を与えることができる。
免疫モニタリングを行うには、ＰＢＭＣが一般的に用いられる。ＰＢＭＣは、プライムワクチン接種の前、及びプライムワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に単離することができる。ＰＢＭＣは、ブーストワクチン接種の直前、及び各ブーストワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に採取することができる。
Ｔ細胞応答を、免疫モニタリングプロトコールの一環として評価することができる。Ｔ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔ、細胞内サイトカイン染色、サイトカイン分泌、及び細胞表面捕捉、Ｔ細胞増殖、ＭＨＣマルチマー染色、または細胞毒性アッセイなどの当業者には周知の１つ以上の方法を用いて測定することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対するＴ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて、ＩＦＮ－γなどのサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞応答は、フローサイトメトリーを用いて、ＩＦＮ－γなどの細胞内または細胞外で捕捉されたサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞応答は、ＭＨＣマルチマー染色を用い、エピトープ／ＭＨＣクラスＩ複合体に対して特異的なＴ細胞受容体を発現するＴ細胞集団を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞応答は、３Ｈチミジン、ブロモデオキシウリジン、及びカルボキシフルオロセインジアセテートスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）の取り込み後に、Ｔ細胞集団のエクスビボ増殖を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに特異的なＰＢＭＣ由来Ｔ細胞の抗原認識能及び溶解活性は、クロム放出アッセイまたは代替的な比色細胞毒性アッセイにより機能的に評価することができる。
Ｘ．候補抗原の特定
異なる抗原がＨＬＡアレルによってどれくらい提示されやすいかを予測する計算予測モデルを用いて候補抗原を特定することができる。提示モデルまたは機械学習モデルとも呼ばれるかかる計算予測モデルの訓練及び展開については以下のセクションで述べる。
Ｘ．Ａ．提示モデル
機械学習モデルとも呼ばれる提示モデルを用いて、患者におけるペプチド提示の尤度を特定することができる。異なる提示モデルは当業者には周知のものであり、例えば、そのような提示モデルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号、及び同第ＷＯ２０１６１８７５０８号、米国特許出願第ＵＳ２０１１０２９３６３７号、ならびにＰＣＴ／ＵＳ１９／３３８３０号により詳細に記載されている。
Ｘ．Ｂ．訓練モジュール
訓練モジュールを用いて、ペプチド配列がそのペプチド配列に関連したＭＨＣアレルによって提示される尤度を生成する１つ以上の提示モデルを訓練データセットに基づいて構築することができる。様々な訓練モジュールが当業者には周知であり、例えば、そのような提示モデルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号、ならびにＰＣＴ／ＵＳ１９／３３８３０号により詳細に記載されている。訓練モジュールは、アレル毎ベースでペプチドの提示尤度を予測するための予測モデルを構築することができる。訓練モジュールは、２つ以上のＭＨＣアレルが存在する複数アレル場面において抗原の提示尤度を予測するための提示モデルも構築することができる。
Ｘ．Ｃ．予測モジュール
予測モジュールを用いて配列データを受け取り、提示モデルを用いて配列データ中の候補エピトープ配列を選択することができる。具体的には、配列データは、ＨＩＶゲノムに対応したＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、及び／またはタンパク質配列であってよい。例えば、配列データは、ＨＩＶゲノム内の遺伝子によってコードされるＨＩＶエピトープ配列（例えば、アミノ酸残基８～１１個の長さ）であってよい。
一般的に、提示モジュールは、１つ以上の提示モデルを適用して各ペプチド配列の提示尤度を推定することができる。提示モジュールは、推定提示尤度に基づいてＨＬＡ分子上に提示される可能性が高い１つ以上の候補エピトープ配列を選択する。一実施形態では、提示モジュールは提示モデルをエピトープ配列に適用して提示尤度を推定する。いくつかの実施形態では、提示モジュールは、提示モデルをエピトープ配列のコード化された表現に適用して提示尤度を推定する。かかるコード化された表現は、ペプチド配列の特徴ベクトルであってよい。提示モデルは、患者における抗原提示の推定提示尤度を出力する。
一実現形態では、提示モジュールは、あらかじめ決定された閾値を上回る推定提示尤度を有する候補エピトープ配列を選択する。別の実現形態では、提示モデルは、最も高い推定提示尤度を有するＮ個の候補エピトープ配列を選択する（Ｎは、一般的に、ワクチン中で送達することができるエピトープの最大数である）。
いくつかの態様では、提示モジュールは、候補エピトープ配列を含む抗原の構造を分析することにより候補エピトープ配列をさらに優先順位付けすることができる。例えば、提示モジュールは、候補エピトープ配列を含むＨＩＶ抗原の構造を分析することにより、ＨＩＶ活性（例えば、ウイルスの複製／感染及び免疫系を逃れる能力）に大きく影響する特定のアミノ酸残基または特定のアミノ酸残基の変異を特定することができる。これらの特定された特定のアミノ酸残基を有するエピトープ配列をより高度にランク付けすることができる。構造ベースのネットワーク解析とも呼ばれる例示的な分析については、参照によって本明細書にその全容を援用するところの「Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｔｏｐｏｌｏｇｙ ｄｅｆｉｎｅｓ ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ ＣＤ８＋ Ｔ ｃｅｌｌ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ＨＩＶ ｐｒｏｔｅｏｍｅ」にさらに詳細に記載されている１０６。
ＸＩ．カセット設計モジュール
カセット設計モジュールによって、選択された候補ペプチドに基づいてワクチンカセット配列を生成することができる。例えば、カセット設計モジュールは、ワクチンカセット配列に含めるために、選択された候補ペプチドをコードする抗原コード核酸配列を選択することができる。様々なカセット設計モジュールが当業者に周知であり、例えば、そのようなカセット設計モジュールは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
治療エピトープのセットは、所定の閾値を上回る提示尤度（提示尤度は、提示モデルにより決定される）に関連付けられた予測モジュールによって決定された選択されたペプチドに基づいて生成することができる。しかしながら、他の実施形態では、治療エピトープのセットは、多くの方法の任意の１つ以上（単独または組み合わせ）に基づいて、例えば、患者のＨＬＡクラスＩまたはクラスＩＩアレルに対する結合親和性もしくは予測される結合親和性、患者のＨＬＡクラスＩまたはクラスＩＩアレルに対する結合安定性もしくは予測される結合安定性、ランダムサンプリングなどに基づいて、生成することができる。
治療エピトープはそれ自体が選択されたペプチドに相当してもよい。治療エピトープは、選択されたペプチド以外にＣ及び／またはＮ末端フランキング配列を含むこともできる。Ｎ及びＣ末端フランキング配列は、その由来源タンパク質との関連において治療ワクチンエピトープの天然のＮ及びＣ末端フランキング配列であってよい。治療エピトープは固定長のエピトープを表してもよい。治療エピトープは、可変長のエピトープを表してもよく、エピトープの長さは例えばＣまたはＮ末端フランキング配列の長さによって異なりうる。例えば、Ｃ末端フランキング配列及びＮ末端フランキング配列は、それぞれ２～５残基の異なる長さを有してよく、これによりエピトープの１６種類の可能な選択肢が与えられる。
カセット設計モジュールは、カセット内の２個の治療エピトープ間の連結部にまたがるジャンクションエピトープの提示を考慮することによってカセット配列を生成することもできる。ジャンクションエピトープは、カセット内で治療エピトープ及びリンカー配列を連結するプロセスによってカセット内に生じる新規な非自己であるが無関係なエピトープ配列である。ジャンクションエピトープの新規な配列は、カセットの治療エピトープ自体とは異なる。
カセット設計モジュールは、ジャンクションエピトープがその患者において提示される尤度を低下させるカセット配列を生成することができる。具体的には、カセットが患者に注射される際、ジャンクションエピトープは、患者のＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩアレルによって提示される可能性を有し、それぞれＣＤ８またはＣＤ４ Ｔ細胞応答を刺激する。かかる応答は、ジャンクションエピトープに対する反応性を有するＴ細胞は治療効果を有さないことから望ましくなく、抗原競合によりカセット内の選択された治療エピトープに対する免疫応答を消失させる可能性がある７６。
カセット設計モジュールは、１つ以上の候補カセットについて繰り返し処理を行って、そのカセット配列に関連付けられたジャンクションエピトープの提示スコアが数値閾値を下回るカセット配列を決定することができる。ジャンクションエピトープ提示スコアは、カセット内のジャンクションエピトープの提示尤度に関連付けられた量であり、ジャンクションエピトープ提示スコアの値が高いほど、カセットのジャンクションエピトープがＨＬＡクラスＩタンパク質またはＨＬＡクラスＩＩタンパク質またはその両方によって提示されやすいことを示す。
一実施形態では、カセット設計モジュールは、候補カセット配列間で最も低いジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられたカセット配列を決定することができる。
カセット設計モジュールは、１つ以上の候補カセット配列について繰り返し処理を行い、各候補カセットのジャンクションエピトープ提示スコアを決定し、閾値を下回るジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられた最適なカセット配列を特定することができる。
カセット設計モジュールは、候補カセット配列内のジャンクションエピトープのいずれかが、ワクチンを設計しようとする特定の患者の自己エピトープであるかどうかを識別するために１つ以上の候補カセット配列をさらに確認することができる。これを行うには、カセット設計モジュールは、ＢＬＡＳＴなどの既知のデータベースに対してジャンクションエピトープを確認する。一実施形態では、カセット設計モジュールは、ジャンクション自己エピトープを防止するカセットを設計するように構成することができる。
カセット設計モジュールは、ブルートフォースアプローチを実行して、すべての、または大部分の可能な候補カセット配列について繰り返し処理を行うことで最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有する配列を選択することができる。しかしながら、かかる候補カセットの数は、ワクチンの容量が大きくなるにしたがって途方もなく大きくなりうる。例えば、２０個のエピトープのワクチン容量では、カセット設計モジュールは、最小のエピトープ提示スコアを有するカセットを決定するために約１０１８個の可能な候補カセットについて繰り返し処理を行わなければならない。この決定は、カセット設計モジュールが妥当な長さの時間内で患者に対するワクチンを生成するには計算の負荷（必要とされる計算処理リソースの点で）が大きくなり、時として処理不能となりうる。さらに、各候補カセットについて可能なジャンクションエピトープを処理することはよりいっそうの負荷となりうる。したがって、カセット設計モジュールは、ブルートフォースアプローチにおける候補カセット配列の数よりも大幅に小さい候補カセット配列の数について繰り返し処理を行う方法に基づいてカセット配列を選択することができる。
カセット設計モジュールは、ランダムに、または少なくとも疑似ランダムに生成された候補カセットを生成し、所定の閾値を下回るジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられた候補カセットをカセット配列として選択することができる。さらに、カセット設計モジュールは、最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有するサブセットからの候補カセットをカセット配列として選択することができる。例えば、カセット設計モジュールは、２０個の選択されたエピトープのセットについて約１００万の候補カセットのサブセットを生成し、最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有する候補カセットを選択することができる。ランダムカセット配列のサブセットを生成し、このサブセットからジャンクションエピトープ提示スコアの低いカセット配列を選択することはブルートフォースアプローチと比べて最適とはいえないが、これは、必要な計算リソースが大幅に少なく、そのため、その実施が技術的に可能である。さらに、このより効率的な手法に対してブルートフォース法を行うことは、ジャンクションエピトープ提示スコアのわずかな、またはさらには無視される程度の改善しかもたらされない可能性があるため、リソースの配分の観点からはあまり価値がない。カセット設計モジュールは、カセットのエピトープ配列を非対称巡回セールスマン問題（ＴＳＰ）として定式化することにより、改善されたカセット構成を決定することができる。ノードのリスト、及び各ノードのペア間の距離が与えられた場合、ＴＳＰは、各ノードをちょうど１回ずつ訪問して元のノードに戻るための最小の総距離に関連付けられたノードの配列を決定する。例えば、互いの間の距離が既知である都市Ａ、Ｂ、及びＣが与えられた場合、ＴＳＰの解は、可能な巡回路のうちで各都市をちょうど１回ずつ訪問するのに移動する総距離が最小となるような都市の閉じた配列を生成する。ＴＳＰの非対称バージョンは、ノードのペア間の距離が非対象である場合の最適なノードの配列を決定する。例えば、ノードＡからノードＢに移動するための「距離」は、ノードＢからノードＡに移動するための「距離」と異なる場合がある。非対称ＴＳＰを用いて改善された最適カセットについて解くことにより、カセット設計モジュールは、カセットの各エピトープ間のジャンクションにわたって低い提示スコアを与えるカセット配列を見つけることができる。非対称ＴＳＰの解は、カセットの各ジャンクションにわたったジャンクションエピトープ提示スコアを最小とするために各エピトープが連結されなければならない順序に対応した治療エピトープの配列を示す。このアプローチによって決定されたカセット配列は、ジャンクションエピトープの提示が大幅に低い配列を与える一方で、特に生成される候補カセット配列の数が大きい場合に、必要とされる計算リソースがランダムサンプリングアプローチよりも大幅に少なくなる可能性がある。異なる計算手法及び最適化カセット設計の比較の例示的な例が、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
ＸＩＩ．例示的なコンピュータ
本明細書に記載される計算方法のいずれにおいてもコンピュータを使用することができる。当業者には、コンピュータは異なるアーキテクチャを有し得る点が認識されよう。当業者には周知のコンピュータの例は、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
ＸＩＩＩ．実施例１：抗原送達ベクターの例
以下は、本明細書を実施するための具体的な実施形態の例である。これらの例はあくまで例示の目的で示されるものにすぎず、本発明の範囲をいかなる意味においても限定しようとするものではない。用いられる数値（例えば、量、温度など）に関して精度を確実とするべく努力に努めてはいるが、ある程度の実験的誤差及び偏差は許容されなければならない。
本発明の実施では、特に断らない限りは、当該技術分野の技術の範囲内で、タンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術、及び薬理学の従来の方法を用いている。かかる技術は文献に完全に説明されている（例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ ａｎｄ Ｓｕｎｄｂｅｒｇ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３ｒｄ Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ） Ｖｏｌｓ Ａ ａｎｄ Ｂ（１９９２）を参照されたい）。
ＸＩＩＩ．Ａ．抗原カセットの設計
ワクチン接種によって、免疫応答を誘導するクラスＩ ＭＨＣに制限された複数のＨＩＶ特異的抗原を送達することができる。１つの例では、複数のエピトープ配列を単一の遺伝子産物をしてコードするようにワクチンカセットを操作しているが、ここで各エピトープはそれらの天然の包囲ペプチド配列内に埋め込まれるか、または非天然リンカー配列によって分離されている。抗原のプロセシング及び提示、ひいてはＴＳＮＡ特異的ＣＤ８ Ｔ細胞応答の程度及び幅に潜在的に影響を及ぼしうるいくつかの設計パラメータが特定されている。本例では、いくつかのモデルカセットを設計及び構築して以下を評価した。すなわち、（１）１個の発現カセットに組み込まれた複数のエピトープに対する強いＴ細胞応答を生じることができるかどうか、（２）どのような条件が、すべてのエピトープの最適なプロセシング及び提示につながる、発現カセット内のＴＳＮＡ間に配置される最適リンカーを作るか、（３）カセット内の各エピトープの相対位置がＴ細胞応答に影響するか、（４）カセット内のエピトープの数が個々のエピトープに対するＴ細胞応答の程度または質に影響するかどうか、（５）細胞ターゲティング配列の付加がＴ細胞応答を向上させるか。
抗原提示及びモデルカセット内のマーカーエピトープに特異的なＴ細胞応答を評価するために以下の２つの指標が開発された。すなわち、（１）特殊な操作を行ったレポーターＴ細胞の活性化によって測定される抗原提示の評価を可能としたインビトロ細胞ベーススクリーン（Ａａｒｎｏｕｄｓｅ ｅｔ ａｌ．，２００２；Ｎａｇａｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２）、及び（２）対応するエピトープ特異的Ｔ細胞応答によるヒト由来のカセットから誘導されたエピトープのワクチン接種後の免疫原性を評価するためにＨＬＡ－Ａ２トランスジェニックマウス（Ｖｉｔｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，１９９１）を使用したインビボアッセイ（Ｃｏｒｎｅｔ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｄｅｐｌａ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｉｓｈｉｏｋａ ｅｔ ａｌ．，１９９９）。
ＸＩＩＩ．Ｂ．抗原カセット設計の評価
ＸＩＩＩ．Ｂ．１．方法及び材料
ＴＣＲ及びカセット設計及びクローニング
選択されたＴＣＲは、Ａ＊０２０１アレルのタンパク質により提示される場合にペプチドＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号９５）（ＰＤＢ番号５Ｄ２Ｎ）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（配列番号９６）（ＰＤＢ番号３ＲＥＶ）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（配列番号９７）（ＰＤＢ番号１ＯＧＡ）ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（配列番号９８）（ＰＤＢ番号１ＡＯ７）を認識する。２Ａペプチド連結ＴＣＲサブユニット（βに続きα）、ＥＭＣＶＩＲＥＳ、及び２Ａ連結ＣＤ８サブユニット（βに続きα及びプロマイシン耐性遺伝子）を含むトランスファーベクターを構築した。オープンリーディングフレーム配列は、コドン最適化され、ＧｅｎｅＡｒｔ社により合成されたものである。
インビトロエピトーププロセシング及び提示実験用の細胞株の作製
ペプチドは、ＰｒｏＩｍｍｕｎｅ社またはＧｅｎｓｃｒｉｐｔ社より購入し、水／ＤＭＳＯ（２：８，ｖ／ｖ）に加えた１０ｍＭ ｔｒｉｓ（２－カルボキシルエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）で１０ｍｇ／ｍＬに希釈した。細胞培地及び補助添加物質は特に断らない限りはＧｉｂｃｏ社より入手した。熱不活化ウシ胎児血清（ＦＢＳｈｉ）はＳｅｒａｄｉｇｍ社より入手した。ＱＵＡＮＴＩ－Ｌｕｃ基質、ゼオシン、及びプロマイシンはＩｎｖｉｖｏＧｅｎ社より入手した。Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ ＮＦＡＴ細胞（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ社）を１０％ＦＢＳｈｉ、ピルビン酸ナトリウム、及び１００μｇ／ｍＬのゼオシンを添加したＲＰＭＩ１６４０中で維持した。形質導入した後、これらの細胞にさらに０．３μｇ／ｍＬのプロマイシンを加えた。Ｔ２細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ－１９９２）をＩｓｃｏｖｅ培地（ＩＭＤＭ）＋２０％ＦＢＳｈｉ中で培養した。Ｕ－８７ ＭＧ（ＡＴＣＣ ＨＴＢ－１４）細胞を、１０％ＦＢＳｈｉを添加したＭＥＭ Ｅａｇｌｅｓ培地中で維持した。
Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ ＮＦＡＴ細胞は、ＮＦＡＴ誘導性Ｌｕｃｉａレポーターコンストラクトを含んでいる。Ｌｕｃｉａ遺伝子は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）の結合によって活性化されると、セレンテラジンを利用するルシフェラーゼを培地中に分泌させる。このルシフェラーゼは、ＱＵＡＮＴＩ－Ｌｕｃルシフェラーゼ検出試薬を用いて測定することができる。Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ細胞をレンチウイルスで形質導入して抗原特異的ＴＣＲを発現させた。ＨＩＶ由来レンチウイルストランスファーベクターをＧｅｎｅＣｏｐｏｅｉａ社より入手し、ＶＳＶ－Ｇ（ｐＣＭＶ－ＶｓｖＧ）、Ｒｅｖ（ｐＲＳＶ－Ｒｅｖ）及びＧａｇ－ｐｏｌ（ｐＣｇｐＶ）を発現するレンチウイルス支持プラスミドをＣｅｌｌ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓ社より入手した。
レンチウイルスを、４０μＬのリポフェクタミン及び２０μｇのＤＮＡミクスチャー（重量比４：２：１：１のトランスファープラスミドｐＣｇｐＶ：ｐＲＳＶ－Ｒｅｖ：ｐＣＭＶ－ＶｓｖＧ）を使用し、ＨＥＫ２９３細胞の５０～８０％コンフルエンスにあるＴ７５フラスコをリポフェクタミン２０００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）でトランスフェクトすることにより調製した。８～１０ｍＬのウイルス含有培地をＬｅｎｔｉ－Ｘシステム（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ社）を用いて濃縮し、ウイルスを１００～２００μｌの新鮮培地中に再懸濁した。この体積を用いて等しい体積のＪｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ細胞（５×１０Ｅ４～１×１０Ｅ６個の細胞を異なる実験で使用した）にオーバーレイした。０．３μｇ／ｍｌのプロマイシン含有培地中での培養後、細胞をソートしてクロナリティーを得た。これらのＪｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ ＴＣＲクローンを、ペプチドを取り込ませたＴ２細胞を用いて活性及び選択性について試験した。
インビトロエピトーププロセシング及び提示アッセイ
Ｔ２細胞はＴＣＲによる抗原認識を調べる目的で日常的に使用されている。Ｔ２細胞は、抗原プロセシング用のペプチドトランスポーターを欠失しており（ＴＡＰ欠損）、内因性のペプチドをＭＨＣ上に提示するために小胞体に取り込むことができない。しかしながら、Ｔ２細胞には外因性のペプチドを容易に取り込ませることができる。５種類のマーカーペプチド（ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号９９）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（配列番号１００）、ＧＬＣＴＬＶＡＭＬ（配列番号１０１）、ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（配列番号１０２）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（配列番号１０３）及び２種類の無関係のペプチドＷＬＳＬＬＶＰＦＶ（配列番号１０４）、ＦＬＬＴＲＩＣＴ（配列番号１０５）をＴ２細胞に取り込ませた。簡単に述べると、Ｔ２細胞をカウントし、ＩＭＤＭ＋１％ＦＢＳｈｉで１×１０６細胞／ｍＬに希釈した。各ペプチドは１０μｇペプチド／１×１０６細胞となるように加えた。次いで細胞を３７℃で９０分間インキュベートした。細胞をＩＭＤＭ＋２０％ＦＢＳｈｉで２回洗浄し、５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬを９６ウェルＣｏｓｔａｒ組織培養プレートにプレーティングした。Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ ＴＣＲクローンをカウントし、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％ＦＢＳｈｉ中で５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬをＴ２細胞に加えた。プレートを３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートした。次いでプレートを４００ｇで３分間遠心し、２０μＬの上清を白色平底Ｇｒｅｉｎｅｒプレートに取った。指示にしたがってＱＵＡＮＴＩ－Ｌｕｃ基質を調製し、５０μＬ／ウェルで加えた。ルシフェラーゼ発現をＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉＥ３ｘで読み取った。
アデノウイルスカセットによるマーカーエピトープ提示を試験するため、Ｕ－８７ ＭＧ細胞を代理抗原提示細胞（ＡＰＣ）として用い、アデノウイルスベクターで形質導入した。Ｕ－８７ ＭＧ細胞を採取し、９６ウェルＣｏｓｔａｒ組織培養プレート中で培地中に５×１０Ｅ５細胞／１００μｌでプレーティングした。プレートを３７℃で約２時間インキュベートした。アデノウイルスカセットをＭＥＭ＋１０％ＦＢＳｈｉでＭＯＩ１００、５０、１０、５、１及び０に希釈し、Ｕ－８７ ＭＧ細胞に５μｌ／ウェルで加えた。プレートを再び３７℃で約２時間インキュベートした。Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａ ＴＣＲクローンをカウントし、ＲＰＭＩ＋１０％ＦＢＳｈｉ中で５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、Ｕ－８７ ＭＧ細胞に１００μＬ／ウェルで加えた。次いでプレートを３７℃、５％ＣＯ２で約２４時間インキュベートした。プレートを４００ｇで３分間遠心し、２０μＬの上清を白色平底Ｇｒｅｉｎｅｒプレートに取った。指示にしたがってＱＵＡＮＴＩ－Ｌｕｃ基質を調製し、５０μＬ／ウェルで加えた。ルシフェラーゼ発現をＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉＥ３ｘで読み取った。
免疫原性実験用のマウス系統
トランスジェニックＨＬＡ－Ａ２．１（ＨＬＡ－Ａ２ Ｔｇ）マウスをＴａｃｏｎｉｃ Ｌａｂｓ，Ｉｎｃ社より入手した。これらのマウスは、ヒトＨＬＡ－Ａ２．１リーダードメイン、α１ドメイン、及びα２ドメインと、マウスＨ２－Ｋｂ α３ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインからなる導入遺伝子を有するものである（Ｖｉｔｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，１９９１）。これらの実験で使用したマウスは、Ｃ５７Ｂｌ／６バックグラウンドの野生型ＢＡＬＢ／ｃＡｎＮＴａｃの雌及びホモ接合型ＨＬＡ－Ａ２．１Ｔｇの雌の第１世代子孫（Ｆ１）である。
アデノウイルスベクター（Ａｄ５ｖ）による免疫化
ＨＬＡ－Ａ２ Ｔｇマウスを、前脛骨筋の両側性の筋肉内注射により１×１０１０～１×１０６個のアデノウイルスベクターのウイルス粒子で免疫化した。免疫応答を免疫化の１２日後に測定した。
リンパ球の単離
免疫化したマウスの新しく採取した脾臓及びリンパ節からリンパ球を単離した。ＧｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置を製造者の指示にしたがって使用して、１０％ウシ胎児血清をペニシリン及びストレプトマイシンとともに含むＲＰＭＩ（完全ＲＰＭＩ）中で組織を解離させた。
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン（Ｊａｎｅｔｚｋｉ ｅｔ ａｌ．，２０１５）にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行った。１×１０５個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ ｖＳｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％－コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。ネガティブペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによってネガティブバックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
エクスビボ細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）及びフローサイトメトリー分析
新しく単離したリンパ球を２～５×１０６細胞／ｍＬの密度で１０ｕＭの示したペプチドと２時間インキュベートした。２時間後、ブレフェルジンＡを５ｕｇ／ｍｌの濃度にまで加え、細胞を刺激物質とさらに４時間インキュベートした。刺激後、生細胞を製造者のプロトコールにしたがって固定可能な生存率解析用色素ｅＦｌｕｏｒ７８０で標識し、抗ＣＤ８ ＡＰＣ（クローン５３－６．７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ社）により１：４００の希釈率で染色した。細胞内染色には抗ＩＦＮｇ ＰＥ（クローンＸＭＧ１．２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ社）を１：１００で使用した。試料をＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）で収集した。ＦｌｏｗＪｏを使用してフローサイトメトリーデータをプロットし、分析を行った。抗原特異的応答の程度を評価するため、ＣＤ８＋細胞のＩＦＮｇ＋の割合（％）及び全ＩＦＮｇ＋細胞数／１×１０６個の生細胞の両方を、各ペプチド刺激物質に対して計算した。
ＸＩＩＩ．Ｂ．２．抗原カセット設計のインビトロ評価
抗原カセットの設計の評価の一例として、インビトロの細胞ベースのアッセイを開発し、モデルワクチンカセット内の選択されたヒトエピトープが抗原提示細胞によって発現、プロセシング、及び提示されるかどうかを評価した（図１）。認識後、特性がよく知られているペプチド－ＨＬＡの組み合わせに特異的な５種類のＴＣＲのうちの１つを発現するように操作されたＪｕｒｋａｔ－ＬｕｃｉａレポーターＴ細胞が活性化され、活性化Ｔ細胞の核因子（ＮＦＡＴ）を核内に移行させると、ルシフェラーゼレポーター遺伝子の転写が活性化される。個々のレポーターＣＤ８ Ｔ細胞株の抗原刺激をバイオルミネッセンスによって定量した。
個々のＪｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａレポーター株は、等モル量の翻訳産物が得られるようにＰ２Ａリボソームスキップ配列によって分離された抗原特異的ＴＣＲβ鎖とＴＣＲα鎖を含む発現コンストラクトによるレンチウイルス形質導入によって改変されたものである（Ｂａｎｕ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。細胞表面上のＣＤ８は標的ｐＭＨＣ分子に対する結合親和性にとって重要であり、その細胞質テールの結合を介してシグナル伝達を増強する（Ｌｙｏｎｓ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｙａｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，２００６）ことから、レンチウイルスコンストラクトへの第２のＣＤ８β－Ｐ２Ａ－ＣＤ８α因子の付加によって、親レポーター細胞株に欠損しているＣＤ８共受容体の発現がもたらされる。
レンチウイルスによる形質導入の後、Ｊｕｒｋａｔ－Ｌｕｃｉａレポーターをプロマイシン選択下で増殖させ、ＦＡＣＳ（ｓｉｎｇｌｅ ｃｅｌｌ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｓｓｉｓｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（単一細胞蛍光支援細胞選別）に供し、モノクローナル集団をルシフェラーゼ発現について試験した。これにより、機能的細胞応答を有する特異的ペプチド抗原１、２、４、及び５について安定的に形質導入されたレポーター細胞株が得られた（表３Ａ）。
Figure 2022539417000008
別の例では、一連の短いカセットにおいて、すべてのマーカーエピトープを同じ位置に組み込み（図２Ａ）、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１制限エピトープ（図２Ｂ）を分離するリンカーのみを変えた。レポーターＴ細胞を、これらの短いカセットを発現するアデノウイルスコンストラクトを感染させたＵ－８７抗原提示細胞（ＡＰＣ）と個々に混合し、ルシフェラーゼ発現を非感染コントロールに対して測定した。モデルカセット内の４つすべての抗原が、一致するレポーターＴ細胞により認識され、複数の抗原が効率的にプロセシング及び提示されていることが示された。Ｔ細胞応答の程度は、天然及びＡＡＹリンカーについて概ね同様の傾向にしたがった。ＲＲリンカーベースのカセットから放出された抗原は、低いルシフェラーゼの誘導を示す（表３Ｂ）。抗原プロセシングを阻害するように設計されたＤＰＰリンカーは、エピトープ提示が低いワクチンカセットを生じた（表３Ｂ）。
Figure 2022539417000009
別の例では、ヒト及びマウスのエピトープ以外に、カセットのＮ末端またはＣ末端のいずれかに配置された、ユビキチン（Ｕｂ）、ＭＨＣ及びＩｇ－κシグナルペプチド（ＳＰ）、及び／またはＭＨＣ膜貫通（ＴＭ）モチーフなどのターゲティング配列を含むさらなる一連の短いカセットを構築した（図３）。アデノウイルスベクターによってＵ－８７ ＡＰＣに送達されると、レポーターＴ細胞は、複数のカセット由来の抗原の効率的なプロセシング及び提示を示した。しかしながら、Ｔ細胞応答の程度は、異なるターゲティング機構によって大きく影響されなかった（表４）。
Figure 2022539417000010
ＸＩＩＩ．Ｂ．３．抗原カセット設計のインビボ評価
抗原カセット設計の評価の別の例として、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１に制限された形でＣＤ８ Ｔ細胞を刺激することが知られている、特性がよく知られた５つのヒトクラスＩ ＭＨＣエピトープを含むようにワクチンカセットを設計した（図２Ａ、３、５Ａ）。それらのインビボ免疫原性の評価を行うため、これらのマーカーエピトープを含むワクチンカセットをアデノウイルスベクターに組み込み、ＨＬＡ－Ａ２トランスジェニックマウスに感染させるのに使用した。このマウスモデルは、ヒトＨＬＡ－Ａ＊０２０１及びマウスＨ２－Ｋｂから一部が構成された導入遺伝子を保有しており、したがって、ヒトＨＬＡ－Ａ２．１のリーダー、マウスα３に連結されたα１及びα２ドメイン、膜貫通及び細胞質Ｈ２－Ｋｂドメインで構成されたキメラクラスＩ ＭＨＣ分子をコードしている（Ｖｉｔｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，１９９１）。このキメラ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１に制限された抗原提示を可能とする一方で、ＣＤ８共受容体とＭＨＣ上のα３ドメインとの種の一致した相互作用を維持する。
短いカセットでは、すべてのマーカーエピトープが、一般的に報告されているもの（Ｃｏｒｎｅｔ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｄｅｐｌａ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｉｓｈｉｏｋａ ｅｔ ａｌ．，１９９９）よりも約１０～５０倍強い、Ｔ細胞応答を生じた。評価を行ったすべてのリンカーのうち、それぞれにその天然のアミノ酸配列が隣接した最小エピトープを含む２５マー配列のコンカテマーが、最大かつ最も広いＴ細胞応答を生じた（表５）。細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）及びフローサイトメトリーにより、抗原特異的Ｔ細胞応答がＣＤ８ Ｔ細胞から誘導されることが示された。
Figure 2022539417000011
別の例では、元の５つのマーカーエピトープの隣に、既知のＣＤ８ Ｔ細胞反応性を有するさらに１６個のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、Ａ＊０３：０１及びＢ＊４４：０５エピトープを含む一連の長いワクチンカセットを構築し、アデノウイルスベクターに組み込んだ（図４Ａ、Ｂ）。これらの長いカセットのサイズは、最終的な臨床用のカセット設計によく似たものとし、各エピトープの互いに対する位置のみを変えた。ＣＤ８ Ｔ細胞応答は、長いワクチンカセット及び短いワクチンカセットの両方でその程度及び幅において同等であり、（ａ）さらなるエピトープの追加が元のエピトープのセットに対する免疫応答の程度に大きく影響せず、また、（ｂ）カセット内のエピトープの位置はそれに続くＴ細胞応答に大きく影響しないことを示すものである（表６）。
Figure 2022539417000012
ＸＩＩＩ．Ｂ．４．免疫原性及び毒性試験用の抗原カセットの設計
要約すると、モデルカセット評価による知見（図２～５、表２～６）によって、モデルワクチンカセットでは、アデノウイルスベースのベクターとの関連で約２０個のエピトープをコードする「数珠つなぎ」アプローチを用いた場合に強い免疫原性が得られることが実証された。エピトープは、両側にその天然の周辺ペプチド配列（例えば、両側に８個のアミノ酸残基）が隣接した最小のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープ（例えば、９個のアミノ酸残基）をそれぞれが埋め込んだ２５マー配列を連結することによって最も効果的にアセンブルされる。本明細書において使用される場合、「天然」または「自然」のフランキング配列とは、その由来源タンパク質内のそのエピトープの天然に存在するという文脈で特定のエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端側のフランキング配列のことを指す。例えば、ＨＣＭＶ ｐｐ６５ ＭＨＣ ＩのエピトープＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（配列番号１０６）は、その５’末端側に天然の５’配列ＷＱＡＧＩＬＡＲ（配列番号１０７）が、その３’末端側に天然の３’配列ＱＧＱＮＬＫＹＱ（配列番号１０８）が隣接し、それによりＨＣＭＶ ｐｐ６５由来源タンパク質内にみられるＷＱＡＧＩＬＡＲＮＬＶＰＭＶＡＴＶＱＧＱＮＬＫＹＱ（配列番号１０９）という２５マーペプチドを生成する。天然または自然の配列は、天然のフランキング配列（複数可）が隣接したエピトープをコードするヌクレオチド配列のことを指す場合もある。各２５マー配列は、それに続く２５マー配列に直接連結される。最小のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープがアミノ酸９個よりも大きいかまたは小さい場合、フランキングペプチドの長さは、全体の長さが依然２５マーのペプチド配列となるように調節することができる。例えば、アミノ酸１０個のＣＤ８ Ｔ細胞エピトープには、アミノ酸８個とアミノ酸７個の配列を隣接させることができる。このコンカテマーの後には、ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞を刺激し、ワクチンカセット抗原の全体のインビボ免疫原性を改善するため（Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９４；Ｐａｎｉｎａ－Ｂｏｒｄｉｇｎｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８９）に含ませた２個の普遍的クラスＩＩ ＭＨＣエピトープを繋げた。これらのクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（配列番号５６）によって最後のクラスＩエピトープに連結した。２個のクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧ（配列番号１１０）アミノ酸リンカーによって互いに対しても連結し、さらにＣ末端側にＧＰＧＰＧ（配列番号１１１）アミノ酸リンカーを隣接させた。エピトープの位置もその数もＴ細胞の認識または応答に大きく影響しないようであった。ターゲティング配列も、カセットに由来する抗原の免疫原性に大きく影響しないようであった。
さらなる例として、モデルカセットにより得られたインビトロ及びインビボデータ（図２～５、表２～６）に基づき、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）、マウス及びヒトで免疫原性を示すことが知られている、特性のよく知られたＴ細胞エピトープを交互に配したカセット設計を生成した。いずれもそれらの天然の２５マー配列に埋め込まれた２０個のエピトープの後に、評価を行ったすべてのモデルカセットに存在する２個の普遍的クラスＩＩ ＭＨＣエピトープを繋げた（図５Ａ，５Ｂ）。このカセット設計を用いて、複数種における免疫原性を調べ、ならびに薬理学的及び毒物学的研究を行った。
ＸＩＩＩ．Ｂ．５．抗原カセットの設計ならびに３０個、４０個、及び５０個の抗原の評価
それぞれがアミノ酸２５個の長さである３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）、または５０個（ＸＸＬ）のエピトープを有する大きな抗原カセットを設計した。これらのエピトープは、感染性疾患抗原をモデル化するためのヒト、ＮＨＰ、及びマウスのエピトープの混合である。図２１に、異なる種からのエピトープの一般的な編成を示す。使用したモデル抗原は、ヒト、霊長類、及びマウスモデルについて表７、８、及び９にそれぞれ記載されている。表７、８、及び９のそれぞれは、エピトープの位置、名前、最小エピトープの記述、及びＭＨＣクラスを記載している。
これらのカセットを記載したようにｃｈＡｄ６８及びアルファウイルスベクターにクローニングし、より長い複数エピトープのカセットの有効性の評価を行った。図２２は、ウェスタンブロットによる、予想されたサイズの少なくとも１つの大きなバンドによって示されるように、大きな抗原カセットのそれぞれがＣｈＡｄＶベクターから発現されたことを示している。
マウスを記載したように免疫して大きなカセットの有効性の評価を行った。Ｔ細胞応答を、エピトープＡＨ１（上のパネル）及びＳＩＮＮＦＥＫＬ（配列番号１１２）（下のパネル）について、ｃｈＡｄ６８ベクターによる免疫後にＩＣＳ及びテトラマー染色することにより（それぞれ図２３／表１０及び図２４／表１１）、また、ｓｒＲＮＡベクターによる免疫後にＩＣＳ染色することにより（図２５／表１２）分析した。３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）、または５０個（ＸＸＬ）のエピトープを発現するｃｈＡｄ６８及びｓｒＲＮＡワクチンベクターを用いた免疫により、モデル疾患エピトープに対するＣＤ８＋免疫応答が誘導された。
Figure 2022539417000013
Figure 2022539417000014
Figure 2022539417000015
Figure 2022539417000016
Figure 2022539417000017
Figure 2022539417000018
ＸＩＶ．実施例２：ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクター
ＸＩＶ．Ａ．ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクターの構築
１つの例では、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄ）を操作して抗原カセットの送達ベクターとした。さらなる例では、完全長ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１（米国特許第６０８３７１６号に記載の配列番号２）に基づいて合成し、Ｅ１（ｎｔ４５７～３０１４）及びＥ３（ｎｔ２７，８１６～３１，３３２）配列を欠失させた。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるレポーター遺伝子を欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。このクローンをＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクトしたところ、感染性のウイルスは生成されなかった。野生型Ｃ６８ウイルスの配列を確認するため、単離ＶＲ－５９４をＡＴＣＣより入手して継代した後、個々に配列決定した（配列番号１０）。ＡＣ＿００００１１．１配列を野生型ＣｈＡｄＶ６８ウイルスのＡＴＣＣ ＶＲ－５９４配列（配列番号１０）と比較したところ、６個のヌクレオチドの相違が特定された。１つの例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換した（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ 配列番号１）。
別の例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、Ｅ１（ｎｔ５７７～３４０３）及びＥ３（ｎｔ２７，８１６～３１，３３２）配列を欠失させ、対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを４つの位置で置換した。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるＧＦＰレポーター（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ；配列番号１１）またはモデル抗原カセット（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー；配列番号１２）を、欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。
別の例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、Ｅ１（ｎｔ５７７～３４０３）及びＥ３（ｎｔ２７，１２５～３１，８２５）配列を欠失させ、対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換した。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるＧＦＰレポーター（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ；配列番号１３）またはモデル抗原カセット（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー；配列番号２）を欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。
関連するベクターを下記に示す。
Figure 2022539417000019
ＸＩＶ．Ｂ．ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクターの試験
ＸＩＶ．Ｂ．１．ＣｈＡｄベクターの評価方法及び材料
リポフェクタミンを用いたＨＥＫ２９３Ａ細胞のトランスフェクション
ＣｈＡｄＶ６８コンストラクト（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー）のＤＮＡを調製し、以下のプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトした。
１０ｕｇのプラスミドＤＮＡをＰａｃＩで消化してウイルスゲノムを遊離させた。次いでＧｅｎｅＪｅｔ ＤＮＡ ｃｌｅａｎｕｐ Ｍｉｃｒｏカラム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）を製造者の指示にしたがって使用してＤＮＡを長いＤＮＡフラグメントについて精製し、２０ｕｌの予め加熱した水中に溶出した。溶出工程の前にカラムを３７℃で０．５～１時間放置した。
トランスフェクションの１４～１８時間前にＨＥＫ２９３Ａ細胞を１０６細胞／ウェルの細胞密度で６ウェルプレートに導入した。各ウェルごとに細胞に新鮮な培地（ペニシリン／ストレプトマイシン及びグルタミン酸を含む１ｍｌのＤＭＥＭ－１０％ｈｉＦＢＳ）を被せた。トランスフェクションでは、各ウェル当たり１～２ｕｇの精製したＤＮＡを製造者のプロトコールにしたがってｕｌ体積の２倍（２～４ｕｌ）のリポフェクタミン２０００とともに用いた。トランスフェクションミックスを含む０．５ｍｌのＯＰＴＩ－ＭＥＭ培地を、各ウェル内で１ｍｌの通常の培地に加え、細胞上で一晩放置した。
トランスフェクトした細胞培養物を３７℃で少なくとも５～７日間インキュベートした。ウイルスプラークがトランスフェクションの７日後に視認されなかった場合、細胞を１：４または１：６に分割し、３７℃でインキュベートしてプラーク生成について監視した。あるいは、トランスフェクトした細胞を採取し、３サイクルの凍結と解凍に供し、細胞ライセートを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞に感染させ、ウイルスプラークが観察されるまで細胞をインキュベートしてもよい。
リン酸カルシウムを用いたＨＥＫ２９３Ａ細胞へのＣｈＡｄＶ６８ベクターのトランスフェクション及び三次ウイルスストックの生成
ＣｈＡｄＶ６８コンストラクト（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー）のＤＮＡを調製し、以下のプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトした。
トランスフェクションの１日前にＨＥＫ２９３Ａ細胞を５％ＢＳ／ＤＭＥＭ／１ＸＰ／Ｓ，１×Ｇｌｕｔａｍａｘ中で、６ウェルプレートの各ウェル当たり１０６細胞で播種した。トランスフェクション当たり２個のウェルが必要とされる。トランスフェクションの２～４時間前に培地を新鮮な培地に交換した。ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰプラスミドをＰａｃＩで直鎖状とした。次いで、直鎖状とされたＤＮＡをフェノールクロロホルム抽出し、１／１０体積の３Ｍ酢酸ナトリウム、ｐＨ５．３、及び２体積の１００％エタノールを用いて沈殿させた。沈殿したＤＮＡを１２，０００×ｇで５分間遠心することによってペレット化した後、７０％エタノールで１回洗浄した。ペレットを風乾し、５０μＬの滅菌水に再懸濁した。ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ社）を使用してＤＮＡ濃度を決定し、体積を５μｇのＤＮＡ／５０μＬに調整した。
１６９μＬの滅菌水をマイクロチューブに加えた。次いで５μＬの２Ｍ ＣａＣｌ２をこの水に加え、ピペッティングして静かに混合した。５０μＬのＤＮＡをＣａＣｌ２溶液に滴下した。次いで２６μＬの２Ｍ ＣａＣｌ２を加えてμピペッターで２回ピペッティングして静かに混合した。この最終溶液は、２５０μＬの０．２５Ｍ ＣａＣｌ２中の５μｇのＤＮＡからなるはずである。次いで２５０μＬの２×ＨＢＳ（Ｈｅｐｅｓ緩衝液）の入った第２のチューブを用意した。ピペットエイドに取り付けた２ｍＬ滅菌ピペットを使用して２×ＨＢＳ溶液に空気を徐々にバブリングした。同時に、０．２５Ｍ ＣａＣｌ２溶液中のＤＮＡ溶液を滴下した。最後のＤＮＡの液滴の滴下後、約５秒間、バブリングを継続した。次いで溶液を室温で最大２０分間インキュベートした後、２９３Ａ細胞に加えた。６ウェルプレートの各ウェル当たり１０６細胞で１日前に播種した２９３Ａ細胞の単層に２５０μｌのＤＮＡ／リン酸カルシウム溶液を滴下した。細胞をインキュベーターに戻して一晩インキュベートした。２４時間後に培地を交換した。７２時間後に細胞を６ウェルプレート内に１：６に分割した。単層を細胞変性効果（ＣＰＥ）の証拠について光学顕微鏡によって毎日監視した。トランスフェクションの７～１０日後にウイルスプラークを観察し、ウェル内の培地をピペッティングして細胞を浮かせることにより単層を採取した。採取した細胞及び培地を５０ｍＬの遠心チューブに移した後、凍結解凍を３ラウンド行った（－８０℃及び３７℃）。その後得られた、一次ウイルスストックと呼ばれるライセートを、ベンチトップ遠心分離器上で最大速度（４３００×ｇ）で遠心することにより清澄化させ、ライセートの一定の割合（１０～５０％）を使用してＴ２５フラスコ中で２９３Ａ細胞に感染させた。感染細胞を４８時間インキュベートした後、細胞及び培地を完全なＣＰＥで採取した。細胞を再び採取し、凍結解凍して清澄化した後、この二次ウイルスストックを使用して、フラスコ当たり１．５×１０７細胞で播種されたＴ１５０フラスコに感染させた。７２時間後に完全ＣＰＥが得られた時点で細胞を採取し、上記のウイルスストックと同様に処理して三次ストックを生成した。
２９３Ｆ細胞内での生成
８％ＣＯ２のインキュベーター内の２９３ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ（商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ社）培地中で増殖させた２９３Ｆ細胞内でＣｈＡｄＶ６８ウイルス生成を行った。感染の当日、細胞を生存率９８％で１ｍＬ当たり１０６細胞に希釈し、１ＬのＳｈａｋｅフラスコ（Ｃｏｒｎｉｎｇ社）中、１回の生成操作当たり４００ｍＬを使用した。１回の感染当たり目標ＭＯＩが３．３よりも高い４ｍＬの三次ウイルスストックを使用した。トリパンブルーによって測定される生存率が７０％を下回るまで４８～７２時間にわたって細胞をインキュベートした。次いで感染細胞をベンチトップ遠心分離器で最大速度で遠心して採取し、１×ＰＢＳ中で洗浄し、再び遠心してから２０ｍＬの１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ７．４に再懸濁した。細胞ペレットを、凍結解凍を３回行って溶解し、４，３００×ｇで５分間遠心して清澄化した。
ＣｓＣｌ遠心分離による精製
ウイルスＤＮＡをＣｓＣｌ遠心分離により精製した。２つの不連続な勾配の操作を行った。第１の遠心は、細胞成分からウイルスを精製するためのもので、第２の遠心は、細胞成分からの分離物をさらに精製し、感染性粒子から機能不全粒子を分離するためのものである。
１０ｍＬの１．２（２６．８ｇのＣｓＣｌを９２ｍＬの１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０に溶かしたもの）ＣｓＣｌをポリアロマー製チューブに加えた。次いで、８ｍＬの１．４ＣｓＣｌ（５３ｇのＣｓＣｌを８７ｍＬの１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０に溶かしたもの）をピペットを用いてチューブの底に届けるように慎重に加えた。清澄化したウイルスをこの１．２の層の上に層をなすように慎重に加えた。必要な場合、さらに１０ｍＭ Ｔｒｉｓを加えてチューブのバランスを取った。次いでチューブをＳＷ－３２Ｔｉローターに入れて、１０℃で２時間３０分遠心した。次いでチューブを層流キャビネットに取り出して、１８ゲージの針と１０ｍＬの注射器を使用してウイルスバンドを引き抜いた。夾雑した宿主細胞ＤＮＡ及びタンパク質を除去しないように注意を払った。次いでバンドを少なくとも１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０で希釈し、上記に述べた不連続勾配で上記と同様に層をなすように加えた。今回は操作を一晩行った以外は上記と同様にして遠心操作を行った。翌日、機能不全の粒子バンドを引き抜かないように注意しながらバンドを引き抜いた。次いでカセット（Ｐｉｅｒｃｅ社）を使用してＡＲＭバッファー（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ Ｓｌｉｄｅ－ａ－Ｌｙｚｅｒ（商標）ｐＨ８．０，２５ｍＭ ＮａＣｌ，２．５％グリセロール）に対してウイルスを透析した。これをバッファーを１回交換するごとに３回、１時間行った。次いでウイルスを一定分量に分けて－８０℃で保存した。
ウイルスアッセイ
１．１×１０１２個のウイルス粒子（ＶＰ）の消光係数はＯＤ２６０ｎｍの吸光度の値＝１に相当することに基づき、ＯＤ２６０アッセイを用いてＶＰ濃縮を行った。アデノウイルスの２つの希釈度（１：５と１：１０）をウイルス溶解バッファー（０．１％ＳＤＳ，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ７．４，１ｍＭ ＥＤＴＡ）中で作った。両方の希釈度でＯＤを２重に測定し、ＯＤ２６０値×希釈係数×１．１×１０１２ＶＰを掛けることによりＶＰ濃度／ｍＬを測定した。
感染単位（ＩＵ）力価を、ウイルスストックの限界希釈アッセイによって計算した。ウイルスを最初にＤＭＥＭ／５％ＮＳ／１×ＰＳ中で１００倍に希釈した後、１０倍希釈率を用いて１×１０－７にまで希釈した。次いで１００μＬのこれらの希釈液を、２４ウェルプレートのウェル当たり３ｅ５細胞で少なくとも１時間前に播種した２９３Ａ細胞に加えた。これを２重に行った。プレートを４８時間、３７℃のＣＯ２インキュベーター内でインキュベートした。次いで細胞を、１×ＰＢＳで洗浄した後、１００％の冷却メタノール（－２０℃）で固定した。次いでプレートは最小で２０分間にわたって－２０℃でインキュベートした。各ウェルを１×ＰＢＳで洗浄した後、１×ＰＢＳ／０．１％ＢＳＡ中で１時間、室温でブロッキングした。ウサギ抗Ａｄ抗体（Ａｂｃａｍ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）をブロッキングバッファー（ウェル当たり０．２５ｍＬ）中に１：８，０００の希釈率で加え、室温で１時間インキュベートした。各ウェルをウェル当たり０．５ｍＬのＰＢＳで４回洗浄した。１０００倍に希釈したＨＲＰ結合ヤギ抗ウサギ抗体（Ｂｅｔｈｙｌ Ｌａｂｓ，Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙ Ｔｅｘａｓ）を各ウェルに加え、最終回の洗浄の１時間前にインキュベートした。ＰＢＳでの洗浄を５回行い、０．０１％Ｈ２Ｏ２を含むＴｒｉｓ緩衝生理食塩水中、ＤＡＢ（ジアミノベンジジンテトラヒドロクロリド）基質を使用して現像した（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ７．５，１５０ｍＭ ＮａＣｌ中、０．６７ｍｇ／ｍＬ ＤＡＢ）。各ウェルをカウントの５分前に現像した。視野当たり４～４０個の染色された細胞を与えるような希釈率を用いて１０倍の対物レンズ下で細胞をカウントした。使用した視野は０．３２ｍｍ２の格子とし、２４ウェルプレート上の視野当たり６２５個に相当した。１ｍＬ当たりの感染性ウイルスの数は、格子１個当たりの染色細胞の数×視野当たりの格子の数×希釈係数１０によって求めることができる。同様に、ＧＦＰ発現細胞を扱う場合には、カプシド染色の代わりに蛍光を用いて１ｍＬ当たりのＧＦＰ発現ビリオンの数を決定することができる。
免疫化
Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系の雌性マウス及びＢａｌｂ／ｃ系の雌性マウスに、１×１０８個のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーのウイルス粒子（ＶＰ）を、１００ｕＬ体積中で両側性の筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。
脾細胞の解離
各マウスの脾臓及びリンパ節を、３ｍＬの完全ＲＰＭＩ（ＲＰＭＩ、１０％ＦＢＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン）中にプールした。ｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ社）を製造者の指示にしたがって使用して、機械的解離を行った。解離した細胞を４０ミクロンのフィルターに通して濾過し、赤血球をＡＣＫ溶解バッファー（１５０ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ，１０ｍＭ ＫＨＣＯ３，０．１ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡ）で溶解した。細胞を３０ミクロンのフィルターに通して再び濾過した後、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行った。５×１０４個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ ｖＳｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％－コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。ネガティブペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによってネガティブバックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
ＸＩＶ．Ｂ．２．ＤＮＡトランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８ウイルス送達粒子の生成
１つの例において、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ（図６）及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ（図７）のＤＮＡを、ＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトし、ウイルス複製（ウイルスプラーク）をトランスフェクションの７～１０日後に観察した。ＣｈＡｄＶ６８ウイルスプラークを光学（図６Ａ及び７Ａ）及び蛍光顕微鏡法（図６Ｂ～Ｃ、及び図７Ｂ～Ｃ）を使用して可視化した。ＧＦＰは、増殖性ＣｈＡｄＶ６８ウイルス送達粒子の生成を示す。
ＸＩＶ．Ｂ．３．ＣｈＡｄＶ６８ウイルス送達粒子の増殖
１つの例において、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーウイルスをＨＥＫ２９３Ｆ細胞内で増殖させ、精製ウイルスストックをトランスフェクションの１８日後に生成した（図８）。精製ＣｈＡｄＶ６８ウイルスストック中のウイルス粒子を定量し、同じプロトコールを使用して生成されたアデノウイルス５型（Ａｄ５）及びＣｈＡｄＶＹ２５（近縁のＣｈＡｄＶ；Ｄｉｃｋｓ，２０１２，ＰｌｏＳ ＯＮＥ７，ｅ４０３８５）ウイルスストックと比較した。ＣｈＡｄＶ６８ウイルス力価は、Ａｄ５及びＣｈＡｄＶＹ２５と同等であった（表１３）。
Figure 2022539417000020
ＸＩＶ．Ｂ．４．免疫原性の評価
マウス腫瘍抗原を発現するＣ６８ベクターを、マウス免疫原性実験で評価して、Ｃ６８ベクターがＴ細胞応答を誘発することを実証する。ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１２８）に対するＴ細胞応答Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１－Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ１３：５２９－５３８）に対するＴ細胞応答をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。図１４に示されるように、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによるマウスの免疫後にコントロールに対して強いＴ細胞応答が測定された。脾細胞１０６個当たり、８９５７個及び４０１９個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）の平均の細胞性免疫応答が、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系またはＢａｌｂ／ｃ系マウスをそれぞれＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫した場合に免疫の１０日後に観察された。
腫瘍浸潤リンパ球についても、ＣｈＡｄＶ及び抗ＣＴＬＡ４抗体の共投与を評価するＣＴ２６腫瘍モデルにおいて評価した。マウスにＣＴ２６腫瘍細胞を移植し、移植７日後にＣｈＡｄＶワクチンで免疫し、抗ＣＴＬＡ４抗体（クローン９Ｄ９）またはコントロールとしてＩｇＧで処置した。免疫１４日後に腫瘍浸潤リンパ球を分析した。各マウスからの腫瘍をｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ Ｄｉｓｓｏｃｉａｔｏｒ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）及びマウス腫瘍解離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を用いて解離させた。解離した細胞を３０ミクロンのフィルターに通して濾過し、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。抗原特異的細胞をＭＨＣ－テトラマー複合体によって同定し、抗ＣＤ８及び生細胞マーカーで共染色した。プライム免疫の１２日後に腫瘍を回収した。
腫瘍内の抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、それぞれ、ＣｈＡｄＶ、抗ＣＴＬＡ４、及びＣｈＡｄＶ＋抗ＣＴＬＡ４処置群において、全生細胞集団の中央値で３．３％、２．２％、または８．１％を構成していた（図３３及び表１４）。活性ＣｈＡｄＶ免疫と組み合わせた抗ＣＴＬＡによる処置により、ＣｈＡｄＶ単独及び抗ＣＴＬＡ４単独のいずれよりも抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度が統計的に有意に増大し、抗ＣＴＬＡ４はｃｈＡｄ６８ワクチンと共投与される場合に腫瘍内の浸潤Ｔ細胞の数を増大させることが示された。
Figure 2022539417000021
ＸＶ．実施例３．アルファウイルス抗原カセット送達ベクター
ＸＶ．Ａ．アルファウイルス送達ベクター評価の材料及び方法
ＲＮＡを生成するためのインビトロ転写
インビトロ試験を行うため、プラスミドＤＮＡをＰｍｅＩによる制限消化によって直鎖状とし、カラムを製造者の指示にしたがって洗浄し（ＧｅｎｅＪｅｔ ＤＮＡ ｃｌｅａｎｕｐ ｋｉｔ，Ｔｈｅｒｍｏ社）、テンプレートとして使用した。ＲｉｂｏＭＡＸ Ｌａｒｇｅ Ｓｃａｌｅ ＲＮＡ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）をｍ７Ｇキャップアナログ（Ｐｒｏｍｅｇａ）とともに製造者の指示にしがって使用してインビトロ転写を行った。ＲＮｅａｓｙ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を製造者の指示にしがって使用してｍＲＮＡを精製した。
インビボ実験を行うには、ＴｒｉＬＩｎｋ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社によって生成され、精製されたＲＮＡをＥｎｚｙｍａｔｉｃ Ｃａｐ１でキャップした。
ＲＮＡのトランスフェクション
ＨＥＫ２９３Ａ細胞を、９６ウェルのウェル当たり６ｅ４細胞で、２４ウェルのウェル当たり２ｅ５細胞で、トランスフェクションの約１６時間前に播種した。細胞にＭｅｓｓｅｎｇｅｒＭＡＸリポフェクタミン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を製造者のプロトコールにしたがって使用してｍＲＮＡをトランスフェクションした。９６ウェルでは、ウェル当たり０．１５ｕＬのリポフェクタミン及び１０ｎｇのｍＲＮＡを使用し、２４ウェルでは、ウェル当たり０．７５ｕＬのリポフェクタミン及び１５０ｎｇのｍＲＮＡを使用した。ＧＦＰを発現するｍＲＮＡ（ＴｒｉＬｉｎｋ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）をトランスフェクションのコントロールとして使用した。
ルシフェラーゼアッセイ
ルシフェラーゼレポーターアッセイを、白い壁の９６ウェルプレートで、ＯＮＥ－Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）を製造者のプロトコールにしたがって使用して各条件を三重にして行った。発光度をＳｐｅｃｔｒａＭａｘを使用して測定した。
ｑＲＴ－ＰＣＲ
トランスフェクトした細胞をトランスフェクションの２時間後に新鮮な培地で洗い、新鮮な培地に交換してトランスフェクトしなかったｍＲＮＡをすべて除去した。次いで細胞を異なる時点でＲＬＴ ｐｌｕｓ ｌｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ社）中に採取し、いずれも製造者のプロトコールにしたがってＱｉａＳｈｒｅｄｄｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用してホモジナイズし、ＲＮｅａｓｙ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用して抽出した。Ｎａｎｏｄｒｏｐ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）を使用して全ＲＮＡを定量した。製造者のプロトコールにしたがってｑＴｏｗｅｒ３ （Ａｎａｌｙｔｉｋ Ｊｅｎａ）でＱｕａｎｔｉｔｅｃｔ Ｐｒｏｂｅ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ＰＣＲ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用し、反応当たり２０ｎｇの全ＲＮＡを使用してｑＲＴ－ＰＣＲを行った。各試料を各プローブについて三重に試験した。ＡｃｔｉｎまたはＧｕｓＢを参照遺伝子として用いた。カスタムプライマー／プローブはＩＤＴ社により生成されたものである（表１５）。
Figure 2022539417000022
Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍モデル
Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスの左下脇腹に１０５個のＢ１６－ＯＶＡ細胞／動物を注射した。腫瘍を免疫化の前、３日間にわたって増殖させた。
ＣＴ２６腫瘍モデル
Ｂａｌｂ／ｃ系マウスの左下脇腹に１０６個／動物のＣＴ２６細胞を注射した。腫瘍を免疫化の前、７日間にわたって増殖させた。
免疫化
ｓｒＲＮＡワクチンについては、マウスに１００ｕＬ体積中、１０ｕｇのＲＮＡを、両側性に筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。Ａｄ５ワクチンについては、マウスに５×１０１０個のウイルス粒子（ＶＰ）を、１００ｕＬ体積中で両側性に筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。各動物に、抗ＣＴＬＡ－４（クローン９Ｄ９，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）、抗ＰＤ－１（クローンＲＭＰ１－１４，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）、または抗ＩｇＧ（クローンＭＰＣ－１１，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）を、用量２５０ｕｇで、週２回、腹腔内注射により注射した。
インビボ生物発光イメージング
各時点においてマウスに腹腔内注射により１５０ｍｇ／ｋｇのルシフェリン基質を注射し、注射の１０～１５分後にＩＶＩＳインビボイメージングシステム（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して生物発光を測定した。
脾細胞の解離
各マウスの脾臓及びリンパ節を、３ｍＬの完全ＲＰＭＩ（ＲＰＭＩ、１０％ＦＢＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン）中にプールした。ｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ社）を製造者の指示にしたがって使用して、機械的解離を行った。解離した細胞を４０ミクロンのフィルターに通して濾過し、赤血球をＡＣＫ溶解バッファー（１５０ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ，１０ｍＭ ＫＨＣＯ３，０．１ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡ）で溶解した。細胞を３０ミクロンのフィルターに通して再び濾過した後、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行った。５×１０４個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ ｖＳｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％－コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。ネガティブペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによってネガティブバックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
ＸＶ．Ｂ．アルファウイルスベクター
ＸＶ．Ｂ．１．アルファウイルスベクターのインビトロ評価
本明細書の一実現形態では、抗原発現系用のアルファウイルス骨格を、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥ）（Ｖｅｎｅｚｕｅｌａｎ Ｅｑｕｉｎｅ Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ（ＶＥＥ）（Ｋｉｎｎｅｙ，１９８６，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １５２：４００－４１３）ベースの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターから生成した。１つの例では、２６Ｓサブゲノムプロモーターの３’側に位置するＶＥＥの構造タンパク質をコードする配列を欠失させ（ＶＥＥ配列の７５４４～１１，１７５を欠失させた。番号付けはＫｉｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ １９８６に基づく。配列番号６）、抗原配列（配列番号１４及び配列番号４）またはルシフェラーゼレポーター（例えばＶＥＥ－ルシフェラーゼ、配列番号１５）に置き換えた（図９）。ＲＮＡをインビトロでｓｒＲＮＡ ＤＮＡベクターから転写させ、ＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトしてルシフェラーゼレポーターの発現を測定した。さらに、ルシフェラーゼをコードする（非複製）ｍＲＮＡを比較のためにトランスフェクトした。ＶＥＥ－ルシフェラーゼのｓｒＲＮＡでは、２時間の測定値を２３時間の測定値と比較した場合にｓｒＲＮＡレポーターシグナルの約３０，０００倍の増大が観察された（表１６）。これに対して、同じ時間でのｍＲＮＡレポーターのシグナルの増大は１０倍未満であった（表１６）。
Figure 2022539417000023
別の例では、ｓｒＲＮＡの複製を、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、ルシフェラーゼをコードしたｓｒＲＮＡ（ＶＥＥ－ルシフェラーゼ）または複数のエピトープカセット（ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー）をコードしたｓｒＲＮＡのいずれかのトランスフェクション後のＲＮＡレベルを測定することにより確認した。ＶＥＥ－ルシフェラーゼでは約１５０倍のＲＮＡの増大が観察された（表１７）のに対して、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡでは３０～５０倍のＲＮＡの増大が観察された（表１８）。これらのデータは、ＶＥＥ ｓｒＲＮＡベクターが細胞にトランスフェクトされると複製されることを示すものである。
Figure 2022539417000024
Figure 2022539417000025
Figure 2022539417000026
ＸＶ．Ｂ．２．アルファウイルスベクターのインビボ評価
別の例において、ＶＥＥ－ルシフェラーゼレポーターの発現をインビボで評価した。マウスに、脂質ナノ粒子（ＭＣ３）に封入された１０ｕｇのＶＥＥ－ルシフェラーゼを注射し、注射の２４及び４８時間後、ならびに７及び１４日後に撮影して生物発光シグナルを測定した。ルシフェラーゼシグナルが注射の２４時間後に検出され、時間とともに増大し、ｓｒＲＮＡ注射の７日後にピークとなった（図１０）。
ＸＶ．Ｂ．３．アルファウイルスベクター腫瘍モデルの評価
１つの実現形態において、ＶＥＥ ｓｒＲＮＡベクターがインビボで抗原特異的免疫応答を誘導するかを調べるため、２つの異なるＭＨＣクラスＩマウス腫瘍エピトープであるＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１４４）及びＡＨ１－Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：５２９－５３８）を発現するＶＥＥ ｓｒＲＮＡベクターを作製した（ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ，配列番号１４）。ＳＦＬ（ＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号１４５））エピトープは、Ｂ１６－ＯＶＡメラノーマ細胞株によって発現され、ＡＨ１－Ａ５（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（配列番号１４６）；Ｓｌａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ）エピトープは、ＣＴ２６結腸癌細胞株によって発現される関連エピトープを標的とするＴ細胞を誘導する（ＡＨ１／ＳＰＳＹＶＹＨＱＦ（配列番号１４７）；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９３：９７３０－９７３５）。１つの例では、インビボ実験において、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡが、Ｔ７ポリメラーゼ（ＴｒｉＬｉｎｋ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用したインビトロ転写によって生成され、脂質ナノ粒子（ＭＣ３）に封入された。
ＳＦＬを標的とした、コントロールに対して強い抗原特異的Ｔ細胞応答が、ＭＣ３で製剤化したＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡによる、Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍を有するマウスの免疫化の２週間後に観察された。１つの例では、脾細胞１０６個当たり中央値で３８３５個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）が、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいてＳＦＬペプチドによる刺激後に測定され（図１１Ａ、表１９）、ペンタマー染色により測定した場合に、ＣＤ８ Ｔ細胞の１．８％（中央値）がＳＦＬ抗原特異的であった（図１１Ｂ、表１９）。別の例では、抗ＣＴＬＡ－４モノクローナル抗体（ｍＡｂ）とＶＥＥ ｓｒＲＮＡワクチンとの同時投与によって、全体のＴ細胞応答の中度の増大が認められ、脾細胞１０６個当たり中央値で４７９４．５個のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された（図１１Ａ、表１９）。
Figure 2022539417000027
別の実現形態では、臨床アプローチを反映するため、Ｂ１６－ＯＶＡ及びＣＴ２６マウス腫瘍モデルにおいて異種プライム／ブーストを行い、腫瘍を有するマウスを、同じ抗原カセット（Ａｄ５－ＵｂＡＡＹ）を発現するアデノウイルスベクターで最初に免疫した後、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹプライムの１４日後にＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡワクチンでブースト免疫を行った。１つの例では、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹワクチンによって抗原特異的免疫応答が誘導され、脾細胞１０６個当たり７３３０個（中央値）のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定され（図１２Ａ、表２０）、ペンタマー染色により測定した場合にＣＤ８ Ｔ細胞の２．９％（中央値）がＳＦＬ抗原を標的化していた（図１２Ｃ、表２０）。別の例では、Ｔ細胞応答は、Ｂ１６－ＯＶＡモデルにおいてＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡによるブーストの２週間後に維持され、脾細胞１０６個当たり３９６０個（中央値）のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定され（図１２Ｂ、表２０）、ペンタマー染色により測定した場合にＣＤ８ Ｔ細胞の３．１％（中央値）がＳＦＬを標的化していた（図１２Ｄ、表２０）。
Figure 2022539417000028
別の実現形態では、同様の結果が、ＣＴ２６マウスモデルにおけるＡｄ５－ＵｂＡＡＹによるプライム及びＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡによるブースト後に観察された。１つの例では、Ａｄ５－ＵｂＡＡＹによるプライム後（１４日目）にＡＨ１抗原特異的応答が観察され、脾細胞１０６個当たり平均で５１８７個のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定され（図１３Ａ、表２１）、ＶＥＥ－ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡによるブースト後（２８日目）には脾細胞１０６個当たり３７９９個のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された（図１３Ｂ、表２１）。
Figure 2022539417000029
ＸＶＩ．実施例４．非ヒト霊長類実験
ＣｈＡｄＶ６８及び自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）を用いた異なる投与プロトコールを、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）ＮＨＰで評価した。
材料及び方法
プライミングワクチンを各ＮＨＰで筋肉内（ＩＭ）注射して実験を開始した（ワクチンプライム）。１回以上のブースターワクチン（ワクチンブースト）も各ＮＨＰに筋肉内注射した。下記表に概略を示し、下記に要約した各グループにしたがって、投与ごとに両側性注射で投与した。
免疫化
Ｍａｍｕ Ａ＊０１インドアカゲザルを、ＬＮＰ－１またはＬＮＰ－２中で製剤化した１×１０１２個のウイルス粒子（注射１回当たり５×１０１１個のウイルス粒子）のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、３０ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ、１００ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ、または３００ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡで両側性に免疫した。３０ｕｇ、１００ｕｇまたは３００ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡのワクチンブーストをプライムワクチン接種後の示した時間に筋肉内投与した。
免疫モニタリング
ＰＢＭＣを、プライムワクチン接種後の示した時間にＬｙｍｐｈｏｃｙｔｅ Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｕｍ（ＬＳＭ，ＭＰ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ社）及びＬｅｕｃｏＳｅｐ分離チューブ（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ社）を使用して単離し、１０％ＦＢＳ及びペニシリン／ストレプトマイシンを含んだＲＰＭＩに再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。実験に用いたそれぞれのサルについて、ＥＬＩＳｐｏｔまたはフローサイトメトリー法を用いてＴ細胞応答を測定した。ワクチンにコードされた６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープに対するＴ細胞応答を、ＥＬＩＳｐｏｔ（ｅｘ ｖｉｖｏ ｅｎｚｙｍｅ－ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｐｏｔ）（エクスビボ酵素結合免疫スポット）分析を用いてＩＦＮ－γなどのサイトカインの誘導を測定することにより、ＰＢＭＣから観測した。サルＩＦＮｇ ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳｐｏｔ分析を行った。２００，０００個のＰＢＭＣを、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ ｖＳｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次に、スポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％－コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。ネガティブペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによってネガティブバックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
ワクチンにコードされた６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープに対する特異的ＣＤ４及びＣＤ８ Ｔ細胞応答を、フローサイトメトリーを用いてＩＦＮ－γなどの細胞内サイトカインの誘導を測定することにより、ＰＢＭＣから観測した。いずれの方法の結果も、サイトカインが、エピトープに対して抗原特異的な形で誘導したことを示している。
アカゲザルにおける免疫原性
この実験は、（ａ）同種のプライム／ブーストまたは異種のプライム／ブーストとしてのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの３０μｇ及び１００μｇの用量とＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーとの組み合わせの免疫原性及び予備的安全性を評価し、（ｂ）ＬＮＰ２に対してＬＮＰ１を使用した脂質ナノ粒子中のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの免疫応答を比較し、（ｃ）ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる免疫化に対するＴ細胞応答の速度論を評価するように設計した。
この実験アームを、免疫原性を実証するためにＭａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルで行った。この実験で使用される選択抗原は、アカゲザル、具体的にはＭａｍｕ－Ａ＊０１ ＭＨＣクラスＩハプロタイプを有するものにおいてのみ認識される。Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを異なる実験アーム（各群６匹のアカゲザル）にランダム化し、複数のＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープを含むモデル抗原をコードしたＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーまたはＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡベクターのいずれかを筋肉内注射により両側性に投与した。各実験アームは下記に記載したとおりである。
Figure 2022539417000030
免疫化の前及び初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、及び１０週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った。
結果
６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、及び１０日後に測定した。表２２に示すように、各動物に、４及び８週目に、ＬＮＰ１またはＬＮＰ２のいずれかと製剤化した用量３０μｇまたは１００μｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによるブースト免疫を行った。６種類のエピトープすべてに対する複合的な免疫応答を、それぞれの免疫モニタリング時点についてプロットした（図１５Ａ～Ｄ及び表２３～２６）。
複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（３０μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１７０、１４、１５、１１、７、８、１４、１７、１２ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１５Ａ）。複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（１００μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１０８、－３、１４、１、３７、４、１０５、１７、２５ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１５Ｂ）。複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２（１００μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり－１７、３８、１４、－２、８７、２１、１０４、１２９、８９ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１５Ｃ）。負の値は、各エピトープ／動物のプレブリード値に対して正規化した結果である。
複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１２１８、１７８４、１８６６、９７３、１８１３、７４７、７９７、１２４９、及び５４７ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１５Ｄ）。免疫応答は、予想されたプロファイルを示し、ピーク免疫応答がプライム免疫化の約２～３週後に測定され、４週後に免疫応答が退縮した。ＰＢＭＣ１０６個当たり１８１３ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる最初の免疫化の５週後に測定された（すなわち、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる最初のブーストの１週後）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる最初のブーストの１週後（５週目）に測定された免疫応答は、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによるプライム免疫化（３週目）について測定されたピーク免疫応答と同等であった（図１５Ｄ）。ＰＢＭＣ１０６個当たり１２４９ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答がそれぞれ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる最初の免疫化の９週後に測定された（すなわち、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる２度目のブーストの１週後）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる２度目のブーストの１週後（９週目）に測定された免疫応答は、ブースト免疫化の直前に測定された免疫応答よりも約２倍高かった（図１５Ｄ）。
Figure 2022539417000031
Figure 2022539417000032
Figure 2022539417000033
Figure 2022539417000034
インドアカゲザルにおける非ＧＬＰ ＲＮＡ用量範囲実験（より高い用量）
この実験は、（ａ）同種のプライム／ブーストまたは異種のプライム／ブーストとしてのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの３００μｇの用量とＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーとの組み合わせの免疫原性を評価し、（ｂ）用量３００μｇで、ＬＮＰ２に対してＬＮＰ１を使用した脂質ナノ粒子中のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの免疫応答を比較し、（ｃ）ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる免疫化に対するＴ細胞応答の速度論を評価するように設計した。
この実験アームを、免疫原性を実証するためにＭａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルで行った。アカゲザルなどの非ヒト霊長類におけるワクチン免疫原性は、ヒトにおけるワクチン効力の最良の予測因子である。さらに、この実験で使用される選択抗原は、アカゲザル、具体的にはＭａｍｕＡ＊０１ ＭＨＣクラスＩハプロタイプを有するものにおいてのみ認識される。Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを異なる実験アーム（各グループ６匹のアカゲザル）にランダム化し、複数のＭａｍｕ－Ａ＊０１制限抗原を含むモデル抗原をコードしたＣｈＡｄＶ６８．５－ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーまたはＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡのいずれかを筋肉内注射により両側性に投与した。各実験アームは下記に記載したとおりである。
グループ１については、免疫化の前及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った（異種のプライム／ブースト）。グループ２及び３については、免疫化の前及び初期免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った（同種のプライム／ブースト）。
Figure 2022539417000035
結果
Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを、ＣｈＡｄＶ６８．５－ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫化した。６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３及び２４週後に測定した（図１６及び表２８）。動物に、４、１２、及び２０週目にＬＮＰ２製剤を用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる免疫化を行った。最初のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後に、ＰＢＭＣ１０６個当たり１７５０、４２２５、１１００、２５２９、３２１８、１９１５、１７０８、１５６１、５０７７、４５４３、４９２０、５８２０、３３９５、２７２８、１９９６、１４６５、４７３０、２９８４、２８２８、または３０４３ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が観察された（図１６）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる２度目のブースト免疫化の１週後（１３週目）に測定された免疫応答は、ブースト免疫化の直前（１２週目）に測定された免疫応答よりも約３倍高かった。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる３度目のブースト免疫化の１週後（２１週目）に測定された免疫応答は、２度目のブーストで観察された応答と同様、ブースト免疫化の直前（２０週目）に測定された免疫応答よりも約３倍高かった。
Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを、さらに、２種類の異なるＬＮＰ製剤（ＬＮＰ１及びＬＮＰ２）を用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡで免疫化した。６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後に測定した（図２２及び２３、表２９及び３０）。動物に、４及び１２週目にＬＮＰ１またはＬＮＰ２製剤を用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる免疫化を行った。複合的な抗原特異的免疫応答が、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２による免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１３、１４、１５週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１６８、２０４、１０３、１２６、１４０、１４５、３３０、２０３、及び１６２ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１７）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１による免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５週後に、ＰＢＭＣ１０６個当たり１８９、１８５、３４９、４３７、４９２、５７０、２３３、８８６、３６９、及び３８１ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が観察された（図１８）。
Figure 2022539417000036
Figure 2022539417000037
Figure 2022539417000038
ｓｒＲＮＡの用量範囲実験
本発明の一実現形態では、ｓｒＲＮＡの用量範囲実験を、ｍａｍｕＡ０１インドアカゲザルで実施することによって、どのｓｒＲＮＡ用量をＮＨＰ免疫原性実験に進めるべきかを特定することができる。１つの例では、ＭａｍｕＡ０１インドアカゲザルに、複数のｍａｍｕＡ０１制限エピトープを含むモデル抗原をコードしたｓｒＲＮＡベクターを筋肉内注射により投与することができる。別の例では、抗ＣＴＬＡ－４モノクローナル抗体を、筋肉内ワクチン注射の部位の近位に皮下投与することで１つの動物群でワクチン流入領域のリンパ節をターゲティングすることができる。最初の免疫化後、２週間ごとにＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行うことができる。各実験アームを下記に記載する（表３１）。
Figure 2022539417000039
インドアカゲザルにおける免疫原性の実験
抗原ベクターを用いて免疫原性を実証するため、ｍａｍｕＡ０１のインドアカゲザル（ＮＨＰ）でワクチン実験を行った。図２６は、ワクチン接種の手法を示す。ＮＨＰの３つのグループを、チェックポイント阻害剤として抗ＣＴＬＡ－４抗体であるイピリムマブ（グループ５及び６）とともに、またはチェックポイント阻害剤なし（グループ４）で、ＣｈＡｄＶ６８．５－ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫した。抗体は、静脈内（グループ５）または皮下（グループ６）投与した。三角は、０週目及び３２週目におけるｃｈＡｄ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を示す。
免疫したＮＨＰにおけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的経過を、ｃｈＡｄ－ＭＡＧによる免疫単独（図２７及び表３２Ａ）、ｃｈＡｄ－ＭＡＧによる免疫とチェックポイント阻害剤の静脈内（ＩＶ）投与（図２８及び表３２Ｂ）、及びｃｈＡｄ－ＭＡＧによる免疫とチェックポイント阻害剤の皮下（ＳＣ）投与（図２９及び表３２Ｃ）について示す。これらの結果は、ｃｈＡｄ６８ベクターが霊長類においてＣＤ８＋応答を効率的にプライミングし、アルファウイルスベクターがｃｈＡｄ６８ワクチンのプライミング応答を効率的にブーストし、チェックポイント阻害剤は静脈内または皮下投与のいずれでもプライミング及びブースト応答の両方を増幅し、ワクチン接種後のｃｈＡｄベクターの再投与が免疫応答を効果的にブーストしたことを示している。
Figure 2022539417000040
Figure 2022539417000041
Figure 2022539417000042
インドアカゲザルにおけるメモリー表現型の判定
アカゲザルを、抗ＣＴＬＡ４と、または抗ＣＴＬＡ４なしで、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーのｓｒＲＮＡ異種プライミング／ブーストレジメンで免疫してから、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで再びブーストした。各グループを、最後のｃｈＡｄＶ６８の投与の１１ヶ月後（実験１８ヶ月目）に、記載されるようにＥＬＩＳｐｏｔを行って評価した。図３０及び表３３は、免疫前（左パネル）及び１８ヶ月後（右パネル）にＥＬＩＳｐｏｔにより測定した６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する細胞応答を示す。制限エピトープに対する応答の検出は、ｃｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって抗原特異的メモリー応答が生じたことを示す。
メモリーを評価するため、ワクチンにコードされた４種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープを認識するＣＤ８＋Ｔ細胞を、各抗原が固有のダブルポジティブの組み合わせによって示されることで、単一の試料中の４つの抗原特異的集団のすべてを特定することができる、２色Ｍａｍｕ－Ａ＊０１テトラマー標識を用いて観測した。メモリー細胞の表現型判定を、細胞表面マーカーＣＤ４５ＲＡ及びＣＣＲ７で共染色することにより行った。図３１及び表３４は、４種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープを認識するメモリーＴ細胞についてコンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色の結果を示す。Ｔ細胞表現型をフローサイトメトリーによっても評価した。図３２は、実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ－Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７－＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７－＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。まとめると、これらの結果は、最後のブーストの少なくとも１年後にメモリー応答が検出されたことを示し、エフェクター、セントラルメモリー、及びエフェクターメモリーを含む、長期的に持続する免疫を示すものである。
Figure 2022539417000043
Figure 2022539417000044
ＸＶＩＩ．実施例５．ＭＨＣ／ペプチド標的反応性Ｔ細胞及びＴＣＲの同定
標的応答性Ｔ細胞及びＴＣＲを、表３５～４５に示されるＨＩＶサブタイプ／ＨＬＡアレル／エピトープ配列の組み合わせのうちの１つ以上について同定する。
Ｔ細胞を、患者の血液、リンパ節、または組織から単離する。Ｔ細胞は、例えば、抗原－ＭＨＣテトラマー結合細胞を分取することにより、またはＴ細胞と抗原でパルスした抗原提示細胞とのインビトロ共培養物中で刺激した活性化された細胞を分取することにより、抗原特異的Ｔ細胞について濃縮することができる。抗原ロードテトラマー及び他のＭＨＣベースの試薬をはじめとする、抗原特異的Ｔ細胞の同定のための様々な試薬が当該技術分野で知られている。
抗原関連αβ（またはγδ）ＴＣＲダイマーを、抗原特異的Ｔ細胞のＴＣＲのシングルセルシークエンシングによって同定することができる。また、抗原特異的Ｔ細胞のバルクＴＣＲシークエンシングを行ってもよく、マッチングの確率が高いαβのペアを当該技術分野では周知のＴＣＲペアリング法を用いて決定することができる。
これに代えるかまたはこれに加えて、健康なドナーから得たナイーブＴ細胞のインビトロプライミングによって抗原特異的Ｔ細胞を得ることもできる。ＰＢＭＣ、リンパ節、または臍帯血から得られたＴ細胞を抗原でパルスした抗原提示細胞によって繰り返し刺激することにより、抗原経験Ｔ細胞の分化を開始させることができる。この後、ＴＣＲを患者からの抗原特異的Ｔ細胞について上記に述べたのと同様にして同定することができる。
ＸＶＩＩＩ．実施例６：候補抗原の特定
一連の工程を用いて抗原ベースワクチンに含めるための候補ＨＩＶ抗原を特定した。各ＨＩＶサブタイプ（サブタイプＡ１、Ａ２、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ１、Ｆ２、Ｇ、Ｈ、Ｊ、及びＫ）について、９つのＨＩＶ遺伝子（ｅｎｖ、ｇａｇ、ｎｅｆ、ｐｏｌ、ｒｅｖ、ｔａｔ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、及びｖｐｕ）のそれぞれの配列をロスアラモス国立研究所のＨＩＶデータベースより取得した１０４。アミノ酸配列（アミノ酸８～１１個の長さ）を、各ＨＩＶサブタイプの９つのＨＩＶ遺伝子の配列から抽出する。詳細には、スライディングウインドウを９つの遺伝子の配列に適用してアミノ酸配列（アミノ酸８～１１個の長さ）を得る。これらのアミノ酸配列を、すべてのモデル化されたＨＬＡアレルにわたってＥＤＧＥ予測モデル（いずれもあらゆる目的でそれらの全容を本明細書に援用するところの国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、ＷＯ／２０１８／２０８８５６号、及びＰＣＴ／ＵＳ１９／３３８３０号に記載されるＭＳ／ＭＳによりシークエンシングしたＨＬＡ提示ペプチドで訓練したディープラーニングモデル）に適用した。ＥＤＧＥスコア＞０．０１であったすべてのエピトープ配列／ＨＬＡアレルのペアを各ＨＩＶサブタイプについて記録した。合計で７０９６個の固有のエピトープ配列が特定され、各配列について対応するＨＬＡアレルを表３５～４５に示す。
ＸＩＸ．実施例７：候補抗原提示の検証
候補抗原の質量分析（ＭＳ）による検証を、標的化質量分析法を用いて行う。ＨＩＶ組織試料を得て、ホモジナイズし、ＨＬＡ／ペプチド複合体のＲＮＡＳｅｑトランスクリプトームシークエンシング及び免疫沈降に使用する。トランスクリプトームの分析によって各試料についてペプチド標的リストを作製する。抗原提示のＥＤＧＥディープラーニングモデルを変異配列及び発現データに適用して標的化リストのペプチドを優先順位付けする。質量分析に先立ってＨＬＡ分子からのペプチドを溶出し、サイズ排除を用いて回収して提示ペプチドを単離する。同じアミノ酸配列を有する合成重標識ペプチドを各試料とともに共ロードして標的化質量分析を行う。重標識ペプチドと実験ペプチドの共溶出及び断片化パターンの分析の両方を用いて候補エピトープ配列の検証を行う。質量分析法は、あらゆる目的で本明細書にその全容を援用するところのＧｉｌｌｅｔｅ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ．２０１３ Ｊａｎ；１０（１）：２８－３４）により詳細に記載されている。
ＭＳデータをさらに評価して、治療するための特定のＨＬＡを有する患者を幅狭くターゲティングする（例えば、ワクチンカセットに含まれる抗原を提示する少なくとも１つの検証済みまたは予測されたＨＬＡアレルを患者が有することが求められる）ことの価値を評価した。例えば、ある候補エピトープ配列は、特定のＨＬＡタンパク質によって提示されることが予測されたために、含まれるように選択することができる。しかしながら、ＭＳデータがその反対を示し、候補エピトープ配列がＨＬＡタンパク質によって提示されなかったことを示す場合、エピトープ配列／ＨＬＡタンパク質のペアをワクチンにおける選択基準の目的で除外することができる。
ＸＸ．実施例８：ワクチンカセット抗原の選択
抗原ベースワクチンに含めるためのエピトープ配列を含む抗原を選んだ。以下の記載は、抗原性ペプチドの選択及びかかる選択された抗原性ペプチドをコードする配列の、抗原カセットへのその後の包含に関するものであるが、当業者であれば、以下の記載が抗原性ペプチド自体の抗原ベースワクチンへの包含にも適用されうる点は理解されよう。
最初に、各ＨＩＶサブタイプ（Ａ１、Ａ２、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ１、Ｆ２、Ｇ、Ｈ、Ｊ、及びＫ）について、表３５～４５のうちの対応する表を特定した（例えば、Ａ１は表３５、Ａ２は表３６、Ｂは表３７、Ｃは表３８、Ｄは表３９、Ｆ１は表４０、Ｆ２は表４１、Ｇは表４２、Ｈは表４３、Ｊは表４４、及びＫは表４５）。
次に、表中の各ＨＬＡアレルについて、抗原ベースワクチンに含めるためのエピトープ配列（またはエピトープ配列のそれぞれをコードする抗原コード配列）を、特定のＨＬＡアレルを示した表中の行を特定することによって選択した。
具体的には、あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０１０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０１０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号３２５～３２８、２１６６～２１７８、４１０７～４１１３、６２４２～６２４８、８３９０～８３９７、１０６２７～１０６３３、１２８１１～１２８２０、１５０８０～１５０８６、１７１７５～１７１８４、１９３８９～１９３９６、または２１００４～２１００９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０２０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０２０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号３２９～３５３、２１７９～２２００、４１１４～４１３４、６２４９～６２７０、８３９８～８４１５、１０６３４～１０６５４、１２８２１～１２８５０、１５０８７～１５１０７、１７１８５～１７２１３、１９３９７～１９４２０、または２１０１０～２１０３１のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０２０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０２０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号３５４～４０３、２２０１～２２４８、４１３５～４１７７、６２７１～６３１５、８４１６～８４７４、１０６５５～１０７００、１２８５１～１２９１２、１５１０８～１５１５５、１７２１４～１７２６４、１９４２１～１９４６３、または２１０３２～２１０６４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０２０４について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０２０４が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号４０４～４６９、２２４９～２３２６、４１７８～４２６１、６３１６～６４００、８４７５～８５５８、１０７０１～１０７６８、１２９１３～１２９９４、１５１５６～１５２１４、１７２６５～１７３４９、１９４６４～１９５１８、２１０６５～２１１１７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０２０５について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０２０５が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号４７０～５２６、２３２７～２３７９、６４０１～６４５０、８５５９～８６２６、１０７６９～１０８２２、１２９９５～１３０５６、１５２１５～１５２６３、１７３５０～１７４０５、１９５１９～１９５７０、及び２１１１８～２１１６１のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０２０６について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０２０６が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号５２７～５６５、２３８０～２４２１、６４５１～６４９２、８６２７～８６７１、１０８２３～１０８６７、１０３５７～１３０９８、１５２６４～１５２９２、１７４０６～１７４４８、１９５７１～１９６０４、及び２１１６２～２１１９２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０２０７について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０２０７が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号５６６～５８７、２４２２～２４３８、６４９３～６５０９、８６７２～８６８９、１０８６８～１０８８７、１３０９９～１３１２５、１５２９３～１５３０７、１７４４９～１７４７３、１９６０５～１９６１８、及び２１１９３～２１２０５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０２０８について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０２０８が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号５８８～６３０、２４３９～２４７７、６５１０～６５４８、８６９０～８７３３、１０８８８～１０９３１、１３１２６～１３１７９、１５３０８～１５３３６、１７４７４～１７５１２、１９６１９～１９６４９、及び２１２０６～２１２３３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０３０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０３０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号６３１～６５０、２４７８～２５０１、６５４９～６５７３、８７３４～８７６１、１０９３２～１０９６９、１３１８０～１３２２４、１５３３７～１５３５４、１７５１３～１７５４３、１９６５０～１９６６５、及び２１２３４～２１２４７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ０３０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ０３０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号６５１～６８２、２５０２～２５４１、６５７４～６６１８、８７６２～８８０９、１０９７０～１１０２６、１３２２５～１３２９０、１５３５５～１５３９６、１７５４４～１７６０３、１９６６６～１９６９７、及び２１２４８～２１２７４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ１０１１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ１０１１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号６８３～７２６、２５４２～２５８３、６６１９～６６６８、８８１０～８８６２、１１０２７～１１０８７、１３２９１～１３３７０、１５３９７～１５４５１、１７６０４～１７６５２、１９６９８～１９７２６、及び２１２７５～２１３０９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２３０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ２３０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号７２７～７４１、２５８４～２５９３、６６６９～６６８５、８８６３～８８７１、１１０８８～１１１０３、１３３７１～１３３８５、１５４５２～１５４６５、１７６５３～１７６６７、１９７２７～１９７３８、及び２１３１０～２１３１７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２３０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ１０１１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号７４２～７５５、２５９４～２６０５、６６８６～６６９８、８８７２～８８８５、１１１０４～１１１１６、１３３８６～１３３９７、１５４６６～１５４７９、１７６６８～１７６７９、１９７３９～１９７５０、及び２１３１８～２１３２３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２５０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ２５０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号７５６～７６９、２６０６～２６２２、６６９９～６７１１、８８８６～８９０３、１１１１７～１１１３２、１３３９８～１３４１４、１５４８０～１５５０５、１７６８０～１７６９３、１９７５１～１９７６０、及び２１３２４～２１３３３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２６０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ２６０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号７７０～７８３、２６２３～２６４０、６７１２～６７２８、８９０４～８９２７、１１１３３～１１１５５、１３４１５～１３４３３、１５５０６～１５５３３、１７６９４～１７７１４、１９７６１～１９７７３、及び２１３３４～２１３４６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２６０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ２６０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号７８４～７９０、２６４１～２６５２、６７２９～６７３９、８９２８～８９３７、１１１５６～１１１６８、１３４３４～１３４４６、１５５３～１５５５０、１７７１５～１７７２３、１９７７４～１９７８２、及び２１３４７～２１３５３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２６０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ２６０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号７９１～８０２、２６５３～２６７１、６７４０～６７５９、８９３８～８９５９、１１１６９～１１１８９、１３４４７～１３４６４、１５５５１～１５５６９、１７７２４～１７７３９、１９７８３～１９７９７、及び２１３５４～２１３６０のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２９０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ２９０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８０３～８１４、２６７２～２６７９、６７６０～６７６８、８９６０～８９７６、１１１９０～１１１９５、１３４６５～１３４７４、１５５７０～１５５８８、１７７４０～１７７５１、１９７９８～１９８０８、及び２１３６１～２１３６６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ２９０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ２９０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８１５～８２８、２６８０～２６９８、６７６９～６７８４、８９７７～９０００、１１１９６～１１２１０、１３４７５～１３４９３、１５５８９～１５６１２、１７７５２～１７７７３、１９８０９～１９８２１、及び２１３６７～２１３７６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ３００１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ３００１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８２９～８４２、２６９９～２７０７、６７８５～６７９３、９００１～９０１２、１１２１１～１１２１６、１３４９４～１３５０１、１５６１３～１５６１７、１７７７４～１７７８１、１９８２２～１９８２８、及び２１３７７～２１３８３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ３００２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ３００２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８４３～８５７、２７０８～２７２２、６７９４～６８０７、９０１３～９０４０、１１２１７～１１２３５、１３５０２～１３５１９、１５６１８～１５６３６、１７７８２～１７８０９、１９８２９～１９８４３、及び２１３８４～２１３９０のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ３００４について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ３００４が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８５８～８６４、２７２３～２７２８、６８０８～６８１７、９０４１～９０６０、１１２３６～１１２４６、１３５２０～１３５３０、１５６３７～１５６４９、１７８１０～１７８２８、１９８４４～１９８５０、及び２１３９１～２１３９３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ３１０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ３１０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８６５～８９５、２７２９～２７５７、６８１８～６８４６、９０６１～９０８２、１１２４７～１１２７２、１３５３１～１３５５８、１５６５０～１５６８３、１７８２９～１７８６２、１９８５１～１９８６９、及び２１３９４～２１４０７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ３２０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ３２０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８９６～８９９、２７５８～２７６１、６８４７～６８５０、９０８３～９０９１、１１２７３～１１２７５、１３５５９～１３５６７、１５６８４～１５６８８、１７８６３～１７８７０、１９８７０～１９８７４、及び２１４０８～２１４０９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ３３０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ３３０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号９００～９２０、２７６２～２７９３、６８５１～６８８０、９０９２～９１１２、１１２７６～１１３００、１３５６８～１３５８５、１５６８９～１５７０７、１７８７１～１７９００、１９８７５～１９８９８、及び２１４１０～２１４２５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ３３０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ３３０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号９２１～９５５、２７９４～２８５１、６８８１～６９３５、９１１３～９１６４、１１３０１～１１３４６、１３５８６～１３６１９、１５７０８～１５７４２、１７９０１～１７９６４、１９８９９～１９９３３、及び２１４２６～２１４５９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ６８０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ６８０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号９２１～９５５、２７９４～２８５１、６８８１～６９３５、９１１３～９１６４、１１３０１～１１３４６、１３５８６～１３６１９、１５７０８～１５７４２、１７９０１～１７９６４、１９８９９～１９９３３、及び２１４２６～２１４５９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＡ６８０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ａ６８０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号９９８～１０３２、２９０９～２９４６、６８９７～７０３７、９２２９～９２９２、１１４１１～１１４６１、１３６６８～１３７１５、１５７８６～１５８２８、１８０３０～１８０６８、１９９８７～２００２７、及び２４１９３～２１５２３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ０７０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ０７０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１０３３～１０５０、２９４７～２９６９、７０３８～７０６５、９２９３～９３１２、１１４６２～１１４８５、１３７１６～１３７３８、１５８２９～１５８４９、１８０６９～１８０９１、２００２８～２００３８、及び２１５２４～２１５４０のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ０８０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ０８０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１０５１～１０６６、２９７０～２９８４、７０６６～７０７８、９３１３～９３２５、１１４８６～１１４９７、１３７３９～１３７５２、１５８５０～１５８６２、１８０９２～１８１１２、２００３９～２００５１、及び２１５４１～２１５４９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１３０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１３０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１０６７～１０８０、２９８５～２９９９、７０７９～７０９５、９３２６～９３４７、１１４９８～１１５１６、１３７５３～１３７６７、１５８６３～１５８７５、１８１１３～１８１２８、２００５２～２００６２、及び２１５５０～２１５５７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１３０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１３０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１０８１～１１１７、３０００～３０５２、７０９６～７１４０、９３４８～９４０６、１１５１７～１１５５７、１３７６８～１３８２１、１５８７６～１５９２３、１８１２９～１８１７８、２００６３～２００９３、及び２１５５８～２１５９３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１４０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１４０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１１１８～１１２５、３０５３～３０５８、７１４１～７１４５、９４０７～９４１１、１１５５８～１１５６２、１３８２２～１３８２７、１５９２４～１５９３１、１８１７９～１８１８５、２００９４～２００９８、及び２１５９４～２１５９９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１４０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１４０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１１２６～１１３９、３０５９～３０７０、７１４６～７１５９、９４１２～９４１８、１１５６３～１１５７４、１３８２８～１３８３７、１５９３２～１５９４３、１８１８６～１８１９７、２００９９～２０１０９、及び２１６００～２１６０６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１５０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１５０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１１４０～１１９２、３０７１～３１１１、７１６０～７２１１、９４１９～９４８１、１１５７５～１１６３３、１３８３８～１３８９５、１５９４４～１６００１、１８１９８～１８２５９、２０１１０～２０１４１、及び２１６０７～２１６３５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１５０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１５０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１１９３～１２２０、３１１２～３１３５、７２１２～７２４７、９４８２～９５０１、１１６３４～１１６７０、１３８９６～１３９３７、１６００２～１６０３６、１８２６０～１８３００、２０１４２～２０１６５、及び２１６３６～２１６５６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１５０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１５０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１２２１～１２４５、３１３６～３１５２、７２４８～７２７３、９５０２～９５２６、１１６７１～１１６９３、１３９３８～１３９６８、１６０３７～１６０６５、１８３０１～１８３２４、２０１６６～２０１７９、及び２１６５７～２１６６９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１５１０について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１５１０が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１２４６～１２６６、３１５３～３１７８、７２７４～７２９６、９５２７～９５４８、１１６９４～１１７２２、１３９６９～１３９９５、１６０６６～１６０８３、１８３２５～１８３５２、２０１８０～２０２００、及び２１６７０～２１６８９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１５１３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１５１３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１２６７～１２７０、３１７９～３１８３、７２９７～７３００、９５４９～９５５１、１１７２３～１１７２５、１３９９６～１４００５、１６０８４～１６０９１、１８３５３～１８３５８、２０２０１～２０２０５、及び２１６９０～２１６９２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ１８０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ１８０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１２７１～１２８６、３１８４～３２０３、７３０１～７３２８、９５５２～９５６５、１１７２６～１１７４２、１４００６～１４０２４、１６０９２～１６１０７、１８３５９～１８３７５、２０２０６～２０２２４、及び２１６９３～２１７０５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ２７０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ２７０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１２８７～１３０４、３２０４～３２２５、７３２９～７３５５、９５６６～９５９４、１１７４３～１１７５６、１４０２５～１４０４８、１６１０８～１６１３５、１８３７６～１８４０８、２０２２５～２０２４１、及び２１７０６～２１７１６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ２７０５について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ２７０５が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１３０５～１３１９、３２２６～３２３４、７３５６～７３７０、９５９５～９６１０、１１７５７～１１７７１、１４０４９～１４０６３、１６１３６～１６１４５、１８４０９～１８４２２、２０２４２～２０２５４、及び２１７１７～２１７２３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３５０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３５０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１３２０～１３３８、３２３５～３２６０、７３７１～７４０５、９６１１～９６４１、１１７７２～１１８１２、１４０６４～１４０９５、１６１４６～１６１８６、１８４２３～１８４６３、２０２５５～２０２７９、及び２１７２４～２１７４５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３５０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３５０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１３３９～１３４９、３２６１～３２７２、７４０６～７４２４、９６４２～９６６１、１１８１３～１１８３３、１４０９６～１４１１２、１６１８７～１６２０５、１８４６４～１８４８２、２０２８０～２０２９１、及び２１７４６～２１７５４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３５０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３５０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１３５０～１３７３、３２７３～３２９８、７４２５～７４５７、９６６２～９６９７、１１８３４～１１８７７、１４１１３～１４１４８、１６２０６～１６２３８、１８４８３～１８５１３、２０２９２～２０３１６、及び２１７５５～２１７７２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３５０８について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３５０８が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１３７４～１３８６、３２９９～３３０９、７４５８～７４７７、９６９８～９７１９、１１８７８～１１８９９、１４１４９～１４１６６、１６２３９～１６２５６、１８５１４～１８５３８、２０３１７～２０３３１、及び２１７７３～２１７８６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３５１２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３５１２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１３８７～１４０５、３３１０～３３２６、７４７８～７４９８、９７２０～９７４４、１１９００～１１９３０、１４１６７～１４１８５、１６２５７～１６２８０、１８５３９～１８５６０、２０３３２～２０３４４、及び２１７８７～２１７９９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３７０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３７０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１４０６～１４２５、３３２７～３３３８、７４９９～７５１２、９７４５～９７５７、１１９３１～１１９４４、１４１８６～１４１９６、１６２８１～１６２９１、１８５６１～１８５７２、２０３４５～２０３５９、及び２１８００～２１８０８のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３８０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３８０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１４２６～１４５１、３３３９～３３６７、７５１３～７５３３、９７５８～９７８２、１１９４５～１１９７０、１４１９７～１４２１９、１６２９２～１６３１０、１８５７３～１８５９９、２０３６０～２０３８１、及び２１８０９～２１８２８のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３９０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３９０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１４５２～１４７６、３３６８～３３９１、７５３４～７５５１、９７８３～９８０２、１１９７１～１１９９２、１４２２０～１４２４２、１６３１１～１６３２３、１８６００～１８６１９、２０３８２～２０３９５、及び２１８２９～２１８４４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ３９０６について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ３９０６が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１４７７～１４９９、３３９２～３４２３、７５５２～７５７１、９８０３～９８３１、１１９９３～１２０２０、１４２４３～１４２７７、１６３２４～１６３４９、１８６２０～１８６５３、２０３９６～２０４１１、及び２１８４５～２１８６１のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４００１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４００１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１５００～１５２７、３４２４～３４５８、７５７２～７６１４、９８３２～９８６７、１２０２１～１２０５７、１４２７８～１４３０９、１６３５０～１６３８４、１８６５４～１８６８６、２０４１２～２０４３１、及び２１８６２～２１８８８のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４００２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４００２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１５２８～１５７６、３４５９～３４９７、７６１５～７６６５、９８６８～９９１３、１２０５８～１２１１０、１４３１０～１４３５９、１６３８５～１６４３１、１８６８７～１８７３６、２０４３２～２０４６０、及び２１８８９～２１９２４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４００６について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４００６が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１５７７～１５９３、３４９８～３５１７、７６６６～７６８９、９９１４～９９４２、１２１１１～１２１３６、１４３６０～１４３８０、１６４３２～１６４６３、１８７３７～１８７５９、２０４６１～２０４７９、及び２１９２５～２１９４０のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４１０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４１０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１５９４～１６４２、３５１８～３５５４、７６９０～７７４２、９９４３～９９８８、１２１３７～１２１７５、１４３８１～１４４２９、１６４３７～１６５１０、１８７６０～１８８１１、２０４８０～２０５１２、及び２１９４１～２１９７５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４４０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４４０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１６４３～１６６３、３５５５～３５７５、７７４３～７７７２、９９８９～１００１１、１２１７６～１２２０２、１４４３０～１４４４８、１６５１０～１６５２７、１８８１２～１８８３４、２０５１３～２０５３０、及び２１９７６～２１９９２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４４０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４４０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１６６４～１６９７、３５７６～３６１１、７７７３～７８２６、１００１２～１００５８、１２２０３～１２２５４、１４４４９～１４４９３、１６５２８～１６５６２、１８８３５～１８８８３、２０５３１～２０５６４、及び２１９９３～２２０２４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４４０５について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４４０５が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１６９８～１７４５、３６１２～３６７４、７８２７～７９０３、１００５９～１０１３４、１２２５５～１２３２７、１４４９４～１４５６０、１６５６３～１６６３３、１８８８４～１８９５３、２０５６５～２０６１３、及び２２０２５～２２０６７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４６０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４６０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１７４６～１７５２、３６７５～３６７９、７９０４～７９１０、１０１３５～１０１４６、１２３２８～１２３３９、１４５６１～１４５７４、１６６３４～１６６４５、１８９５４～１８９５７、２０６１４～２０６１９、及び２２０６８～２２０６９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４８０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４８０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１７５３～１７８５、３６８０～３６９５、７９１１～７９２６、１０１４７～１０１６１、１２３４０～１２３５９、１４５７５～１４５９６、１６６４６～１６６６４、１８９５８～１８９７４、２０６２０～２０６３６、及び２２０７０～２２０８１のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ４９０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ４９０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１７８６～１８２４、３６９６～３７１９、７９２７～７９６７、１０１６２～１０２０７、１２３６０～１２３９５、１４５９７～１４６３４、１６６６５～１６７０９、１８９７５～１９０１３、２０６３７～２０６５６、及び２２０８２～２２１０９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５００１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５００１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１８２５～１８５５、３７２０～３７５５、７９６８～８００８、１０２０８～１０２５１、１２３９６～１２４３８、１４６３５～１４６７５、１６７１０～１６７４８、１９０１４～１９０５１、２０６５７～２０６８２、及び２２１１０～２２１２９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５１０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５１０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１８５６～１８７２、３７５６～３７８９、８００９～８０３７、１０２５２～１０２８７、１２４３９～１２４６７、１４６７６～１４７０８、１６７４９～１６７８３、１９０５２～１９０７６、２０６８３～２０７１１、及び２２１３０～２２１５８のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５４０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５４０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１８７３～１９００、３７９０～３８２３、８０３８～８０７５、１０２８８～１０３２７、１２４６８～１２５０７、１４７０９～１４７４５、１６７８４～１６８２６、１９０７７～１９１０８、２０７１２０～２０７４８、及び２２１５９～２２１７８のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５５０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５５０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１９０１～１９０７、３８２４～３８２７、８０７６～８０８８、１０３２８～１０３４１、１２５０８～１２５２０、１４７４６～１４７５６、１６８２７～１６８４１、１９１０９～１９１１３、２０７４９～２０７５９、及び２２１７９～２２１８４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５５０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５５０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１９０８～１９２４、３８２８～３８４３、８０８９～８１０９、１０３４２～１０３６４、１２５２１～１２５４３、１４７５７～１４７７７、１６８４２～１６８６７、１９１１４～１９１３５、２０７６０～２０７８５、及び２２１８５～２２１９４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５６０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５６０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１９２５～１９４５、３８４４～３８６５、８１１０～８１３６、１０３６５～１０３９２、１２５４４～１２５６５、１４７７８～１４８０２、１６８６８～１６８９７、１９１３６～１９１５６、２０７８６～２０８１０、及び２２１９５～２２２０９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５７０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５７０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１９４６～１９８５、３８６６～３９０８、８１３７～８１８８、１０３９３～１０４４１、１２５６６～１２６０６、１４８０３～１４８４９、１６８９８～１６９５６、１９１５７～１９２０２、２０８１１～２０８４８、及び２２２１０～２２２３４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＢ５８０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｂ５８０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号１９８６～２０１９、３９０９～３９４２、８１８９～８２１８、１０４４２～１０４６７、１２６０７～１２６３２、１４８５０～１４８７３、１６９５７～１６９９２、１９２０３～１９２３２、２０８４９～２０８７５、及び２２２３５～２２２５２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０１０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０１０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０２０～２０２６、３９４３～３９４５、８２１９～８２２４、１０４６８～１０４７２、１２６３３～１２６４４、１４８７４～１４８８１、１６９９３～１６９９６、１９２３３～１９２４２、２０８７６～２０８８０、及び２２２５３～２２２５５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０２０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０２０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０２７～２０２８、３９４６～３９４７、８２２５～８２２７、１０４７３～１０４７６、１２６４５～１２６４７、１４８８２～１４８８７、１６９９７～１６９９９、１９２４３～１９２４５、２０８８１～２０８８３、及び２２２５６～２２２６２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０３０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０３０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０２９～２０３４、３９４８～３９５６、８２２８～８２３３、１０４７７～１０４８４、１２６４８～１２６５７、１４８８８～１４９００、１７０００～１７００７、１９２４６～１９２５３、２０８８４～２０８８８、及び２２２６３～２２２６６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０３０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０３０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０３５～２０３９、３９５７～３９６２、８２３４～８２３９、１０４８５～１０４９１、１２６５８～１２６６３、１４９０１～１４９１１、１７００８～１７０１６、１９２５４～１９２５７、２０８８９～２０８９３、及び２２２６７～２２２７２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０３０４について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０３０４が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０４０～２０４７、３９６３～３９７４、８２４０～８２５０、１０４９２～１０５０２、１２６６４～１２６７６、１４９１２～１４９２７、１７０１７～１７０２９、１９２５８～１９２７０、２０８９４～２０９０１、及び２２２７３～２２２７４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０４０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０４０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０４８～２０５２、３９７５～３９７９、８２５１～８２５７、１０５０３～１０５０５、１２６７７～１２６８０、１４９２８～１４９３２、１７０３０～１７０３３、１９２７１～１９２７７、２０９０２～２０９０３、及び２２２７５～２２２８１のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０５０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０５０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０５３～２０５７、３９８０～３９９２、８２５８～８２６２、１０５０６～１０５１４、１２６８１～１２６９２、１４９３３～１４９４４、１７０３４～１７０４１、１９２７８～１９２８８、２０９０４～２０９１１、及び２２２８２～２２２８３のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０６０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０６０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０５８～２０５９、３９９３～３９９５、８２６３、１０５１５～１０５１８、１２６９３～１２６９７、１４９４５～１４９４８、１７０４２～１７０４５、１９２８９～１９２９０、２０９１２～２０９１３、２２２８４～２２２９５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０７０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０７０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号８２６４及び１７０４６のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０７０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０７０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０６０、３９９６～３９９７、１２６９８、及び１４９４９のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０７０４について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０７０４が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０６１、３９９８、１０５１９、及び１７０４７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０８０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０８０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０６２～２０７９、３９９９～４０１３、８２６５～８２７４、１０５２０～１０５３３、１２６９９～１２７２１、１４９５０～１４９７４、１７０４８～１７０６９、１９２９１～１９３０４、２０９１４～２０９２３、及び２２２８４～２２２９５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０８０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０８０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０８０～２０８８、４０１４～４０３１、８２７５～８２８８、１０５３４～１０５４５、１２７２２～１２７３９、１４９７５～１４９８７、１７０７０～１０７６、１９３０５～１９３２１、２０９２４～２０９２９、及び２２２９６～２２３００のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ０８０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ０８０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２０８９～２１００、４０３２～４０３５、８２８９～８２９５、１０５４６～１０５４８、１２７４０～１２７４２、１４９８８～１４９９７、１７０７７～１７０７９、１９３２２～１９３２４、２０９３０～２０９３８、及び２２３０１～２２３０４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１２０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１２０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１０１～２１０５、４０３６～４０４３、８２９６～８３０２、１０５４９～１０５５５、１０２７４３～１２７４８、１４９９８～１５００７、１７０８０～１７０８９、１９３２５～１９３３２、２０９３９～２０９４７、及び２２３０５～２２３１０のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１４０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１４０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１０６～２１２２、４０４４～４０５８、８３０３～８３２９、１０５５６～１０５７４、１２７４９～１２７６３、１５００８～１５０２５、１７０９０～１７１０８、１９３３３～１９３４８、２０９４８～２０９６２、及び２２３１１～２２３２０のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１４０３について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１４０３が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１２３～２１３３、４０５９～４０６９、８３３０～８３４２、１０５７５～１０５８７、１２７６４～１２７７２ １５０２６～１５０３５、１７１０９～１７１２４、１９３４９～１９３６１、２０９６３～２０９７０、及び２２３２１～２２３２７のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１５０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１５０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１３４～２１３８、４０７０～４０７４、８３４３～８３５４、１０５８８～１０５９１、１２７７３～１２７７８、１５０３６～１５０４０、１７１２５～１７１３５、１９３６２～１９３６６、２０９７１～２０９７８、及び２２３２８～２２３３２のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１６０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１６０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１３９～２１４３、４０７５～４０７９、８３５５～８３５８、１０５９２～１０５９５、１２７７９～１２７８２、１５０４１～１５０４８、１７１３６～１７１４４、１９３６７～１９３７０、２０９７９～２０９８３、及び２２３３３～２２３３４のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１６０２について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１６０２が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１４４～２１５１、４０８０～４０８９、８３５９～８３６７、１０５９６～１０６０２、１２７８３～１２７９２、１５０４９～１５０５８、１７１４５～１７１５７、１９３７１～１９３７６、２０９８４～２０９９２、及び２２３３５～２２３４０のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１６０４について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１６０４が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１５２～２１６０、４０９０～４０９８、８３６８～８３８１、１０６０３～１０６１５、１２７９３～１２８０３、１５０５９～１５０６９、１７１５８～１７１６５、１９３７７～１９３８２、２０９９４～２０９９８、及び２２３４１～２２３４５のいずれか）。
あるＨＩＶサブタイプとＨＬＡアレルＣ１７０１について、ワクチンに含めるための抗原コード配列は、そのＨＩＶサブタイプに対応する表を参照することによって選択され、考慮される各関連配列は、Ｃ１７０１が示されるその表のすべての行を特定することによって選択される（例えば、配列番号２１６１～２１６５、４０９９～４１０６、８３８２～８３８９、１０６１６～１０６２６、１２８０４～１２８１０、１５０７０～１５０７９、１７１６６～１７１７４、１９３８３～１９３８８、２０９９９～２１００３、及び２２３４６～２２３４９のいずれか）。
ＸＸＩ．実施例９：候補抗原のＴ細胞認識の評価
候補抗原を患者に免疫応答を誘導するかどうかを判定するために評価した。具体的には、健康なドナーからの末梢血単核球（ＰＢＭＣ）をナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞について濃縮する。健康なドナーは、ＨＬＡアレルＢ４１０２を有することが確認される。ＣＤ８＋Ｔ細胞を、ワクチンカセット内に存在するエピトープ配列を含む候補抗原のうちのいくつか（エピトープ配列「ＡＥＶＶＱＫＶＴＭ（配列番号１４８）」を含む第２の抗原及びエピトープ配列「ＡＥＶＶＱＫＶＶＭ（配列番号１４９）」を含む第２の抗原）を提示するＭＨＣマルチマーで染色する。ＨＬＡペプチド結合細胞を分取して増殖させ、抗原に対するそれらの特異性を確認する。抗原に特異的なＴ細胞のＴＣＲシークエンシングを行う。図２０は、一般的なＴＣＲシークエンシング手法及びワークフローを示す。ＴＣＲシークエンシング手法によって、ポリクローナル応答が明らかとなる。ナイーブＴ細胞のレパートリー分析は、候補抗原がワクチン接種によって投与された場合に選択された患者に免疫応答を誘導することが予想されることを示唆する。
ＸＸＩ．実施例１０：ＨＩＶエピトープを特定するためのＥＤＧＥ機械学習モデルの性能
図３６は、クラスＩ ＨＬＡアレルによって提示されるＨＩＶエピトープを予測するための公開されている予測ツールと比較したＥＤＧＥ機械学習モデルの予測性能を示す。具体的には、ＥＤＧＥ機械学習モデルを、３９８個の試料にわたって質量分析で提示された５０７，５０２種のペプチドで訓練して、１１６個の特定されたアレルを網羅した。ＥＤＧＥ機械学習モデルは、ＨＩＶエピトープが特定のクラスＩ ＨＬＡアレルによって提示される尤度をそれぞれが示すアレル毎スコアを生成する。例示的なアレルを表３５～４５のいずれか１つで「ＨＬＡ」として示される列に示す。さらに、これらのアレル毎尤度を合計して、ＨＩＶエピトープがクラスＩ ＨＬＡアレルの少なくとも１つによって提示される尤度を決定することができる。これと比較して、ＨＩＶエピトープを予測するための公開されている予測ツールはＭＨＣｆｌｕｒｒｙ１０７とした。
ＥＤＧＥモデルとＭＨＣｆｌｕｒｒｙをロスアラモスＨＩＶデータベースから取得したＨＩＶ ＣＤ８＋エピトープの試験データセットで使用して少なくとも１つのクラスＩ ＨＬＡアレルによって提示されるＨＩＶエピトープを予測した。図３６に示されるように、ＥＤＧＥモデルの性能はＭＨＣｆｌｕｒｒｙを上回っている。具体的には、再現率４０％では、ＥＤＧＥモデルが０．２８のの適合率の値を示したのに対して、ＭＨＣｆｌｕｒｒｙは０．１５のの適合率の値を示した。さらに、ＥＤＧＥはＭＨＣｆｌｕｒｒｙの性能を上回り、曲線下面積（ＡＵＣ）は０．１３に対して０．２４であった。
これらを合わせると、本実施例は、ＥＤＧＥ機械学習モデルが、従来の公開されているモデルと比較して１つ以上のクラスＩ ＨＬＡアレルによって提示されるＨＩＶエピトープをより正確に予測できることを示すものである。したがって、従来の方法によって特定されるエピトープと比較して、表３５～４５のいずれか１つに「エピトープ配列」として示される列に示されるエピトープ（例えば、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つ）のようなＥＤＧＥ機械学習モデルによって特定されたエピトープは、１つ以上のクラスＩ ＨＬＡアレルによって提示される可能性がより高い。
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参考文献
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Claims (205)

  1. 抗原発現系を送達するための組成物であって、前記抗原発現系が、
    場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含む、ベクター骨格
    を含み、前記ベクター骨格が、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、前記組成物。
  2. 前記少なくとも１つのＨＩＶエピトープが、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記抗原発現系が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  4. 各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む、請求項３に記載の組成物。
  5. １つ以上の抗原を送達するための組成物であって、１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原または１つ以上のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原をコードする１つ以上の核酸配列を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、前記組成物。
  6. 各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、請求項５に記載の組成物。
  7. 前記組成物が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原を含み、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、請求項５または６に記載の組成物。
  8. 各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原が、配列番号４１１３、４１１４、４１１５、４４２７、４４３９、４４９４、４４９５、４５４５、４５６１、４９５６、４９６８、４９７５、４９８２、５２５９、５２６１、５４５９、５４６０、５６１０、５６４３、及び５６６１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープを含む、請求項７に記載の組成物。
  9. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、
    （ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれがＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）前記抗原のセットのサブセットを前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、ＭＨＣクラスＩエピトープを生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
    を実行することによって選択される、請求項１～８のいずれか１項に記載の組成物。
  10. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、
    （Ａ）配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
    （Ｂ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｃ）場合により、３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  11. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５２）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  12. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５３）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  13. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５４）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  14. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５５）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  15. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５６）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  16. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５７）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  17. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５８）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  18. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１５０８０～１７１７４のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１５９）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  19. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６０）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  20. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６１）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  21. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、各ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、
    前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、
    （Ａ）場合により、５’リンカー配列と、
    （Ｂ）場合により、３’リンカー配列と
    をさらに含む、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）場合により、前記抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）場合により、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
    （ｉｖ）場合により、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６２）アミノ酸リンカー配列をコードする少なくとも１つの核酸配列と、
    （ｖ）場合により、天然のポリ（Ａ）配列であるかまたは前記ベクター骨格にとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  22. １つ以上のベクターを含む抗原発現系を送達するための組成物であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ベクター骨格であって、
    （ｉ）場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターと、
    （ｉｉ）２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ベクター骨格と、
    （ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれた抗原カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、
    （Ａ）アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であって、前記ＭＨＣクラスＩエピトープの少なくとも１つが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
    （Ｂ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
    （Ｃ）前記ＭＨＣクラスＩエピトープの天然のＣ末端酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と
    を含み、
    前記抗原カセットが前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と機能的に連結され、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３～２５個の長さのポリペプチドをコードし、前記抗原カセット内の最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除く各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の５’末端に連結されている、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、
    （Ｉ）ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列と、
    （ＩＩ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と、
    （ＩＩＩ）前記ＰＡＤＲＥ ＭＨＣクラスＩＩ配列を前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列と連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６３）アミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、
    （ＩＶ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端を、前記ＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列に連結するＧＰＧＰＧ（配列番号１６４）アミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、
    （Ｖ）場合により、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧ（配列番号１６５）アミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と
    を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と
    を含む、前記抗原カセットと
    を含む、前記組成物。
  23. 前記抗原カセットの各要素の順序付けられた配列が、５’から３’に向けて、以下：
    Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
    ［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、
    Ｎは、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｃ＝１であり、
    Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
    Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
    Ｇ５は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６６）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
    Ｇ３は、ＧＰＧＰＧ（配列番号１６７）アミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
    Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
    Ｘ＝１～４００であり、ここで各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、
    Ｙ＝０、１、または２であり、ここで各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列である］
    を含む式で記述される、請求項１０～２１のいずれかに記載の組成物。
  24. 各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、請求項２２に記載の組成物。
  25. 各Ｙについて、対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である、請求項２２または２４に記載の組成物。
  26. ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
    前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
    前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１６８）のポリ（Ａ）配列であり、
    各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
    Ｌ５が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
    Ｌ３が、前記ＭＨＣ Ｉエピトープの天然の末端核酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
    Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
    前記ベクター骨格が、場合によりＣｈＡｄＶ６８ベクターであるチンパンジーアデノウイルスベクター、または場合によりベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであるアルファウイルスベクターを含み、
    前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
    請求項２２～２５のいずれか１項に記載の組成物。
  27. ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む、先行請求項のいずれかに記載の組成物。
  28. 前記ナノ粒子状の送達ビヒクルが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、請求項２７に記載の組成物。
  29. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質を含む、請求項２８に記載の組成物。
  30. 前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、請求項２９に記載の組成物。
  31. 前記ナノ粒子送達ビヒクルが、抗原発現系を封入している、請求項２７～３０のいずれかに記載の組成物。
  32. 前記抗原カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～３１のいずれか１項に記載の組成物。
  33. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記抗原コード核酸配列と機能的に連結されている、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～３２のいずれか１項に記載の組成物。
  34. 前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～３３のいずれか１項に記載の組成物。
  35. 前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’７－メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを含む、請求項３４に記載の組成物。
  36. 前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、インビトロ転写によって生成される、請求項３４または３５に記載の組成物。
  37. 前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～３６のいずれか１項に記載の組成物。
  38. 前記骨格が、アウラ（Ａｕｒａ）ウイルス、フォートモルガン（Ｆｏｒｔ Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～３７のいずれか１項に記載の組成物。
  39. 前記骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～３７のいずれか１項に記載の組成物。
  40. 前記骨格が少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む、請求項３８または３９に記載の組成物。
  41. 前記骨格が少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされる、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む、請求項３８または３９に記載の組成物。
  42. 前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項４０または４１に記載の組成物。
  43. 前記骨格が構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、請求項４０～４２のいずれか１項に記載の組成物。
  44. 前記抗原カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入されている、請求項４３に記載の組成物。
  45. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、請求項３８または３９に記載の組成物。
  46. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、請求項３８または３９に記載の組成物。
  47. 前記骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、請求項４６に記載の組成物。
  48. 前記抗原カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するために７５４４位に挿入されている、請求項４６または４７に記載の組成物。
  49. 前記抗原カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、請求項４４～４８に記載の組成物。
  50. 前記骨格が、チンパンジーアデノウイルスベクターの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～３７のいずれか１項に記載の組成物。
  51. 前記チンパンジーアデノウイルスベクターが、ＣｈＡｄＶ６８ベクターである、請求項５０に記載の組成物。
  52. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記骨格によってコードされる天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～５１のいずれか１項に記載の組成物。
  53. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～５１のいずれか１項に記載の組成物。
  54. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～５３のいずれか１項に記載の組成物。
  55. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～５３のいずれか１項に記載の組成物。
  56. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、請求項１０～５５のいずれか１項に記載の組成物。
  57. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、請求項１０～５６のいずれか１項に記載の組成物。
  58. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、請求項１０～５７に記載の組成物。
  59. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、請求項１０～５８のいずれか１項に記載の組成物。
  60. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、請求項１０～５９のいずれか１項に記載の組成物。
  61. 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～６０のいずれか１項に記載の組成物。
  62. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列に連結されている、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～６１のいずれか１項に記載の組成物。
  63. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列を１個のＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する、請求項６２に記載の組成物。
  64. 前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基（配列番号１６９）、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基（配列番号１７０）、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、請求項６３に記載の組成物。
  65. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープ配列に連結する、請求項６２に記載の組成物。
  66. 前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧ（配列番号１７１）を含む、請求項６４に記載の組成物。
  67. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つの配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を向上させる、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～６６のいずれか１項に記載の組成物。
  68. 前記分離した、または連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙ→Ａｌａ置換を含有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、場合により、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、請求項６７に記載の組成物。
  69. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の核酸配列を含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～６８のいずれか１項に記載の組成物。
  70. 前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、または最大で４００個の核酸配列を含む、請求項１～３、１０～２１、２３～２５、または２７～６８のいずれか１項に記載の組成物。
  71. 前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列または前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２～４００個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、請求項１～３、１０～２１、２３～２５、または２７～６８のいずれか１項に記載の組成物。
  72. 前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、請求項２２または２６に記載の組成物。
  73. 前記対象に投与されて翻訳された場合、前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸によってコードされる抗原のうちの少なくとも１つ、または前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの前記少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらす、先行請求項のいずれかに記載の組成物。
  74. 前記少なくとも１つのＨＩＶ ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記抗原のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示されて免疫応答をもたらし、かつ場合により、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列によって駆動される、請求項１～３または１０～７３のいずれか１項に記載の組成物。
  75. 各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、場合により、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、請求項１～３、または１０～７４のいずれか１項に記載の組成物。
  76. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～７５のいずれか１項に記載の組成物。
  77. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０～４０個の長さである、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～７６のいずれか１項に記載の組成物。
  78. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、少なくとも１つの普遍的ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、場合により、前記少なくとも１つの普遍的配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～７７のいずれか１項に記載の組成物。
  79. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～７８のいずれか１項に記載の組成物。
  80. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～７８のいずれか１項に記載の組成物。
  81. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格にとって天然であるポリ（Ａ）配列を含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～８０のいずれか１項に記載の組成物。
  82. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記骨格にとって外因性であるポリ（Ａ）配列を含む、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～８０のいずれか１項に記載の組成物。
  83. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つと機能的に連結されている、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～８２のいずれか１項に記載の組成物。
  84. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１７２）である、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～８３のいずれか１項に記載の組成物。
  85. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチド（配列番号１７３）である、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～８３のいずれか１項に記載の組成物。
  86. 前記抗原発現系が、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、あるいは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、請求項１～３または１０～８５のいずれか１項に記載の組成物。
  87. 前記抗原発現系が、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼ変異体、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、請求項１～３または１０～８６のいずれか１項に記載の組成物。
  88. 前記検出可能なペプチドまたはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される、請求項８７に記載の組成物。
  89. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、
    （ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれが前記ＭＨＣタンパク質のうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
    を実行することによって選択される、請求項１０～２１、２３～２５、または２７～７５のいずれか１項に記載の組成物。
  90. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、
    （ａ）エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムヌクレオチドシークエンシングのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、
    （ｂ）各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力して、抗原のそれぞれが１つ以上のＭＨＣタンパク質によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、
    （ｃ）抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択して、前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と
    を実行することによって選択される、請求項２２または２６に記載の組成物。
  91. 前記選択された抗原のセットの数が、２～２０である、請求項９、８９、または９０に記載の組成物。
  92. 前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
    （ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の提示の尤度と
    の間の依存性を表す、請求項９または８９～９１に記載の組成物。
  93. 前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、提示される尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記選択された抗原が、１つ以上の特異的ＭＨＣアレルによって提示されているとして検証されている、請求項９または８９～９２に記載の組成物。
  94. 前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象におけるＨＩＶの存在に応答した免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む、請求項９または８９～９３に記載の組成物。
  95. 前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、場合により、前記ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である、請求項９または８９～９４に記載の組成物。
  96. 前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容による阻害を受ける尤度が減少している抗原を選択することを含む、請求項９または８９～９５に記載の組成物。
  97. 前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して、前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む、請求項９または８９～９６に記載の組成物。
  98. エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチを行うことによって取得される、請求項９または８９～９７に記載の組成物。
  99. 前記抗原カセットが、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、請求項１～３または１０～９８のいずれか１項に記載の組成物。
  100. 少なくとも１つのジャンクションエピトープ配列または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、請求項９９に記載の組成物。
  101. 各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、請求項９９または１００に記載の組成物。
  102. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、集団の少なくとも５％に存在する少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されている、先行請求項のいずれかに記載の組成物。
  103. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．０１％の抗原／ＨＬＡ存在率（ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ）を有する、先行請求項のいずれかに記載の組成物。
  104. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのそれぞれが、少なくとも１つのＨＬＡアレルによって提示可能であると予測または検証されており、各抗原／ＨＬＡペアが、集団において少なくとも０．１％の抗原／ＨＬＡ存在率を有する、先行請求項のいずれかに記載の組成物。
  105. 先行請求項のいずれかに記載の前記組成物と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
  106. アジュバントをさらに含む、請求項１０５に記載の組成物。
  107. 先行する組成物の請求項のいずれかに記載の抗原カセットと、配列番号３または配列番号５の配列から得られる１つ以上の要素と、を含む単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットであって、場合により、前記１つ以上の要素が、非構造タンパク質媒介増幅に必要な配列、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列、ポリ（Ａ）配列、及び、配列番号３または配列番号５に記載の配列のｎｓＰ１～４遺伝子からなる群から選択され、場合により、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセット。
  108. 前記配列または単離ヌクレオチド配列のセットが、配列番号６または配列番号７に記載の配列の７５４４位に挿入された、先行する組成物の請求項のいずれかに記載の抗原カセットを含む、請求項１０７に記載の単離ヌクレオチド配列。
  109. 配列番号３または配列番号５の配列から得られた前記１つ以上の要素の５’に位置するＴ７またはＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターのヌクレオチド配列と、
    場合により、前記ポリ（Ａ）配列の３’に位置する１つ以上の制限部位と
    をさらに含む、請求項１０７または１０８に記載の単離ヌクレオチド配列。
  110. 先行する組成物の請求項のいずれかに記載の抗原カセットが、配列番号８または配列番号９の７５６３位に挿入されている、請求項１０７に記載の単離ヌクレオチド配列。
  111. 請求項１０７～１１０に記載のヌクレオチド配列を含む、ベクターまたはベクターのセット。
  112. 請求項１０７～１１１に記載のヌクレオチド配列または単離ヌクレオチド配列のセットを含む単離細胞であって、場合により、前記細胞が、ＢＨＫ－２１、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａ細胞である、前記単離細胞。
  113. ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、先行する組成物の請求項のいずれかに記載の組成物、または請求項１０５～１０６のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
  114. 対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に、先行する組成物の請求項のいずれかに記載の組成物、または請求項１０５～１０６のいずれかに記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
  115. 前記対象が、前記抗原発現系の前記１つ以上のベクターによってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも１つを提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、請求項１１３～１１４のいずれかに記載の方法。
  116. 前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、請求項１１３～１１５のいずれかに記載の方法。
  117. 前記組成物が筋肉内投与される、請求項１１３～１１５のいずれかに記載の方法。
  118. 前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む、請求項１１３～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  119. 前記第２のワクチン組成物が、請求項１１３～１１４のいずれか１項に記載の組成物または医薬組成物の投与の前に投与される、請求項１１８に記載の方法。
  120. 前記第２のワクチン組成物が、請求項１１３～１１４のいずれか１項に記載の組成物または医薬組成物の投与に続いて投与される、請求項１１８に記載の方法。
  121. 前記第２のワクチン組成物が、請求項１１３～１１４のいずれか１項に記載の組成物または医薬組成物と同じである、請求項１１９または１２０に記載の方法。
  122. 前記第２のワクチン組成物が、請求項１１３～１１４のいずれか１項に記載の組成物または医薬組成物と異なる、請求項１１９または１２０に記載の方法。
  123. 前記第２のワクチン組成物が、少なくとも１つの抗原コード核酸配列をコードするチンパンジーアデノウイルスベクターを含む、請求項１２２に記載の方法。
  124. 前記チンパンジーアデノウイルスベクターによってコードされる前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、先行する組成物の請求項のいずれかに記載の少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じである、請求項１２３に記載の方法。
  125. 請求項１～４または１０～１０６のいずれか１項に記載の抗原発現系を製造する方法であって、
    （ａ）前記骨格及び前記抗原カセットを含む直鎖化ＤＮＡ配列を得ることと、
    （ｂ）前記直鎖化ＤＮＡ配列の、前記直鎖化ＤＮＡ配列をＲＮＡへと転写するために必要なすべての成分を含むインビトロ転写反応への添加により、前記直鎖化ＤＮＡ配列をインビトロ転写することであって、場合により、得られたＲＮＡへの前記ｍ７ｇキャップのインビトロでの付加をさらに含む、ことと、
    （ｃ）前記インビトロ転写反応から前記１つ以上のベクターを単離することと
    を含む、前記方法。
  126. 前記直鎖化ＤＮＡ配列が、ＤＮＡプラスミド配列を直鎖化することにより、またはＰＣＲを用いた増幅により、生成される、請求項１２５に記載の製造方法。
  127. 前記ＤＮＡプラスミド配列が、細菌組換えまたは全ゲノムＤＮＡ合成または細菌細胞内で合成されたＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成のうちの１つを用いて生成される、請求項１２６に記載の製造方法。
  128. 前記１つ以上のベクターを前記インビトロ転写反応から単離することが、フェノールクロロホルム抽出、シリカカラムベースの精製、または同様のＲＮＡ精製法のうちの１つ以上を伴う、請求項１２５に記載の製造方法。
  129. 前記抗原発現系を送達するための請求項１～４または１０～１０６のいずれか１項に記載の組成物を製造する方法であって、
    （ａ）ナノ粒子状の送達ビヒクルの成分を与えることと、
    （ｂ）前記抗原発現系を与えることと、
    （ｃ）前記抗原発現系を送達するための前記組成物を前記ナノ粒子状の送達ビヒクル及び前記抗原発現系が生成するのに充分な条件を与えることと
    を含む、前記方法。
  130. 前記条件がマイクロ流体混合によって与えられる、請求項１２９に記載の製造方法。
  131. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象のＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つからのエピトープ配列からなる群から選択される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  132. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１３１に記載の方法。
  133. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  134. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１３３に記載の方法。
  135. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＡ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  136. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３６のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１３５に記載の方法。
  137. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＢであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  138. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３７のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１３７に記載の方法。
  139. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＣであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  140. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３８のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１３９に記載の方法。
  141. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＤであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  142. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表３９のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１４１に記載の方法。
  143. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ１であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  144. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４０のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１４３に記載の方法。
  145. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＦ２であることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  146. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４１のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１４５に記載の方法。
  147. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＧであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  148. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４２のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１４７に記載の方法。
  149. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＨであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  150. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４３のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１４９に記載の方法。
  151. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＪであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  152. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４４のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１５１に記載の方法。
  153. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象の前記ＨＩＶがＨＩＶサブタイプＫであることを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）抗原ベースワクチン内の抗原コード核酸配列によってコードされるＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが予測されるかまたは知られているＨＬＡアレルを前記対象が発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｃ）前記対象が前記ＨＬＡアレルを発現し、前記ＨＩＶサブタイプが前記抗原ベースワクチン内の前記抗原コード核酸配列によってコードされる前記ＭＨＣクラスＩエピトープを発現する場合に、前記対象が前記抗原ベースワクチンによる治療の候補であるかどうかを判定する、または既にそれが判定されている工程であって、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記工程と、
    ｄ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  154. 前記対象によって発現される前記ＨＬＡアレルが、表４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１５３に記載の方法。
  155. 前記対象の前記ＨＩＶのＨＩＶサブタイプを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象からの試料を処理したサードパーティーから、前記ＨＩＶサブタイプを示すデータセットを取得することを含む、請求項１３１～１５４のいずれかに記載の方法。
  156. 前記対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象からの試料を処理したサードパーティーからデータセットを取得することを含む、請求項１３１～１５４のいずれかに記載の方法。
  157. 前記対象がＨＬＡアレルを発現するかどうかを判定する、または既にそれが判定されていることが、前記対象から試料を取得することと、エクソームシークエンシング、標的化エクソームシークエンシング、トランスクリプトームシークエンシング、サンガーシークエンシング、ＰＣＲベースの遺伝子型決定アッセイ、質量分析に基づく方法、マイクロアレイ、ナノストリング、ＩＳＨ、及びＩＨＣからなる群から選択される方法を用いて前記試料をアッセイすることと、を含む、請求項１３１～１５４のいずれかに記載の方法。
  158. 前記試料が、組織、体液、血液、脊髄液、または穿刺吸引液から選択される、請求項１５７に記載の方法。
  159. 前記ＨＬＡアレルが、少なくとも１％のＨＬＡ頻度を有する、請求項１３１～１５８のいずれかに記載の方法。
  160. 対象を治療するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  161. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  162. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  163. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  164. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  165. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  166. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  167. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  168. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  169. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  170. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  171. ＨＩＶを有する対象を治療する方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  172. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  173. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＡ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  174. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＡ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  175. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＢであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  176. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＣであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  177. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＤであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６のいずれか１つのエピトープ配列からなる群から選択されるＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  178. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＦ１であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  179. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＦ２であるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  180. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＧであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープ配列を含む、前記方法。
  181. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＨであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  182. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＪであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  183. ＨＩＶを有する対象において免疫応答を誘導するための方法であって、前記対象に抗原ベースワクチンを投与することを含み、前記抗原ベースワクチンが、
    １）ＨＩＶサブタイプＫであるＨＩＶサブタイプにより発現される少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ、または
    ２）前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープをコードするＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列
    を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含むＭＨＣクラスＩエピトープ配列を含む、前記方法。
  184. 前記対象が、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ配列を提示することが予測されるかまたは知られている少なくとも１つのＨＬＡアレルを発現する、請求項１６０～１８３のいずれかに記載の方法。
  185. 前記対象に前記抗原ベースワクチンを投与する前に、前記対象が前記抗原ベースワクチンを受けるための候補であることを判定すること
    をさらに含み、前記判定が、
    １）前記対象が、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープを提示することが知られているかまたは予測されるＨＬＡアレルを発現すること、及び
    ２）前記対象が前記ＨＩＶサブタイプに曝露されたことがあるかまたは曝露されやすいこと
    を特定することを含む、請求項１６０～１８３のいずれかに記載の方法。
  186. 前記少なくとも１つのＨＬＡアレルが、表３５～４５のＨＬＡアレルからなる群から選択される、請求項１８４または１８５のいずれかに記載の方法。
  187. 前記抗原ベースワクチンが、抗原発現系を含む、請求項１３１～１８６のいずれかに記載の方法。
  188. 前記抗原発現系が、請求項１０～１０４のいずれか１項に記載の前記抗原発現系のいずれか１つを含む、請求項１８７に記載の方法。
  189. 前記抗原ベースワクチンが、請求項１０５～１０６のいずれか１項に記載の前記医薬組成物のいずれか１つを含む、請求項１３１～１８８のいずれかに記載の方法。
  190. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号３２５～２１６５に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  191. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１６６～４１０６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９に記載の組成物。
  192. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号４１０７～６２４１に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  193. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号６２４２～８３８９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  194. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号８９３０～１０６２６に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  195. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１０６２７～１２８１０に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  196. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１２８１１～１５０７９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  197. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１５０８０～１７１７４に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  198. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１７１７５～１９３８８に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  199. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号１９３８９～２１００３に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  200. 各ＭＨＣクラスＩエピトープが、配列番号２１００４～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  201. ＨＩＶを有する対象を評価する方法であって、
    ａ）前記対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）前記対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、
    ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、前記第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、前記対象により発現される前記ＨＬＡアレルによって提示されると予測される、前記工程と、
    ｄ）前記選択された候補エピトープ配列を含む前記抗原ベースワクチンを生成する工程と、
    ｅ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  202. ＨＩＶを有する対象を治療するための方法であって、
    ａ）前記対象がＨＬＡアレルを発現することを判定する、または既にそれが判定されている工程と、
    ｂ）前記対象内に存在するＨＩＶのシークエンシングデータを取得する、または既にそれが取得されている工程と、
    ｃ）抗原ベースワクチンに含めるための候補エピトープ配列を選択する工程であって、第１の候補エピトープ配列が、配列番号３２５～２２３４９に示される配列からなる群から選択される少なくとも１つのＨＩＶエピトープを含み、第２の候補エピトープ配列が変異エピトープ配列であり、前記第１及び第２の候補エピトープ配列のそれぞれが、前記対象により発現される前記ＨＬＡアレルによって提示されると予測される、前記工程と、
    ｄ）前記選択された候補エピトープ配列を含む前記抗原ベースワクチンを生成する工程と、
    ｅ）場合により、前記抗原ベースワクチンを前記対象に投与する、または既にそれが投与されている工程と
    を含む、前記方法。
  203. 配列番号３２５～２２３４９のいずれか１つのエピトープ配列が、質量分析によりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチドで訓練された提示モデルを適用することによって特定される、請求項１～８または１３１～２０２のいずれか１項に記載の方法。
  204. 前記提示モデルが、再現率４０％で０．２８のの適合率の値を示す、請求項２０３に記載の方法。
  205. 前記提示モデルが、０．２４のＡＵＣを示す、請求項２０３に記載の方法。
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