JP2023521662A - 感染症抗原及びワクチン - Google Patents

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Abstract

本明細書は、抗原コード核酸配列及び／または抗原ペプチドを含む組成物を開示する。ベクターを含むワクチンとしてのそれらの使用を含む、当該組成物に関連するヌクレオチド、細胞、及び方法、ならびに異種プライム／ブーストワクチン接種戦略のための方法も開示する。【選択図】図１Ａ

Description

関連出願との相互参照
本出願は、あらゆる目的でその全容を参照によって本明細書に援用する２０２０年４月３日出願の米国特許仮出願第６３／００５，１６０号の利益を主張するものである。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全容を参照によって本明細書に援用する配列表を含む。前記ＡＳＣＩＩコピーは、２０２１年４月５日に作成され、ＧＳＯ＿０９０ＷＯ＿ｓｅｑｕｅｎｃｅｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔの名前が付けられており、そのサイズは４２２，１７９バイトである。
背景
抗原ワクチン設計における疑問の１つは、存在する多くのコーディング変異のうちのどれが、「最良の」治療抗原、例えば、免疫を誘発することができる抗原を生じるかというものである。
現行の抗原予測法の課題に加えて、その多くがヒト由来のものである、ヒトにおける抗原送達に使用することができる既存のベクター系にもやはり特定の課題が存在する。例えば、多くのヒトは、過去の自然曝露の結果としてヒトウイルスに対する既存の免疫を有しており、この免疫が感染症ワクチンなどのワクチン接種を行うために抗原を送達するための組換えヒトウイルスの使用にとって大きな障害となりうる。
概要
本明細書では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物であって、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、（Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、（ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、前記カセットと、を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、（Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む、前記組成物が開示される。
本明細書ではまた、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物であって、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、（Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、（ａ）配列番号６に記載の核酸配列を有し、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を有するＲＮＡアルファウイルス骨格であって、前記２６Ｓプロモーター配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものであり、前記ポリ（Ａ）配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものである、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、（ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれたカセットであって、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと、を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、（Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む、前記組成物も開示される。
いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、エピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～１００個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、または１～５００個の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、２～１０個、２～２０個、２～３０個、２～４０個、２～５０個、２～１００個、２～２００個、２～３００個、２～４００個、または２～５００個の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される完全長タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質ドメインをコードする核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質サブユニットをコードする核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせから選択されるペプチドをコードする２つ以上の異なる核酸配列を含む。
いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際に免疫応答を刺激することができる。いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際にＴ細胞応答を刺激することができる。いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際にＢ細胞応答を刺激することができる。いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際にＴ細胞応答及びＢ細胞応答を刺激することができる。
いくつかの態様では、感染症生物は、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物中のカセットの各エレメントの順序付けられた配列は、５’から３’の方向に、Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ ［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つであり、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］を含む式で記述される。いくつかの態様では、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列は、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、前記カセットは、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、前記カセットが、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及び前記ポリ（Ａ）配列に機能的に連結され、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格は、配列番号６に記載の配列であり、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする。
いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせから選択される脂質を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む。いくつかの態様では、イオン化可能なアミノ脂質は、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰ封入発現系は、約１００ｎｍの直径を有する。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化される。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化される。
いくつかの態様では、カセットは、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる。いくつかの態様では、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、カセットに機能的に連結される。
いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む。いくつかの態様では、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターは、５’７－メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを有する。いくつかの態様では、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターは、インビトロ転写によって生成される。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、哺乳動物細胞内で自己複製する。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を少なくとも含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を少なくとも含む。いくつかの態様において、非構造タンパク質媒介増幅のための配列は、アルファウイルス５’ ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない。いくつかの態様において、カセットは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入される。いくつかの態様では、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様において、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、さらに塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失を有する配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む。いくつかの態様では、カセットは、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失を置換するように７５４４位に挿入されている。いくつかの態様では、カセットの挿入は、ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列は別々のオープンリーディングフレーム内にある。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、ＲＮＡアルファウイルス骨格によってコードされた天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、外因性のＲＮＡプロモーターである。いくつかの態様では、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様では、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす。
いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ２ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様において、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧを含む。
いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている。いくつかの態様では、分離したまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意でプロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個は、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在する。いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を有する少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、誘導性である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、非誘導性である。
いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、アルファウイルスに天然に存在する。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結される。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列は、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物のヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）エピトープのセットのサブセットを、数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットの数は、２～２０である。いくつかの態様では、提示モデルは、（ａ）ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、（ｂ）ペアのＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、特定の位置に特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の感染細胞表面上の提示の尤度との間の依存性を表す。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較してプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様において、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータは、感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される。いくつかの態様では、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである。
本明細書ではまた、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物であって、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含む、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系であって、前記ＣｈＡｄＶベクターが、（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと、を含む、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系と、前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記組成物も開示される。
本明細書ではまた、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物であって、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含む、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系であって、前記ＣｈＡｄＶベクターが、（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、（ｉ）配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、（ｉｉ）ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）ＳＶ４０ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと、を含む、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系と、前記カセットが、前記Ｅ１欠失内に挿入され、前記カセットが、前記ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列及び前記ＳＶ４０ポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記組成物も開示される。
いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、エピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～１００個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、または１～５００個の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、２～１０個、２～２０個、２～３０個、２～４０個、２～５０個、２～１００個、２～２００個、２～３００個、２～４００個、または２～５００個の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される完全長タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質ドメインをコードする核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質サブユニットをコードする核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせから選択されるペプチドをコードする２つ以上の異なる核酸配列を含む。
いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際に免疫応答を刺激することができる。いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際にＴ細胞応答を刺激することができる。いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際にＢ細胞応答を刺激することができる。いくつかの態様では、コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際にＴ細胞応答及びＢ細胞応答を刺激することができる。
いくつかの態様では、感染症生物は、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードしており、任意で、細胞の表面は感染細胞表面であり、任意で、細胞は対象の細胞である。いくつかの態様では、細胞は、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される。いくつかの態様では、ウイルス感染細胞は、ＨＩＶ感染細胞、ＨＰＶ感染細胞、ＳＡＲＳ感染細胞、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染細胞、エボラ感染細胞、ＨＢＶ感染細胞、インフルエンザ感染細胞、ＨＣＶ感染細胞、ＣＭＶ感染細胞、チクングニアウイルス感染細胞、ＲＳＶ感染細胞、デングウイルス感染細胞、オルトミクソウイルス科ウイルス感染細胞、及び結核感染細胞からなる群から選択される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物中のカセットの各エレメントの順序付けられた配列は、５’から３’の方向に、Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ［式中、Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここで、ａ＝１であり、Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つであり、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］を含む式で記述される。いくつかの態様では、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、Ｐは、ＣＭＶプロモーター配列であり、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、ＣｈＡｄＶベクターは、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８は、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いており、前記抗原カセットが、前記Ｅ１欠失内に挿入されており、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化される。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化される。
いくつかの態様では、カセットは、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる。いくつかの態様では、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、カセットに機能的に連結される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ骨格は、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格を含む。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８骨格は、配列番号１に記載の配列を含む。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、ＣｈＡｄＶ６８ゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、アデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子に機能的欠失を含み、任意で、アデノウイルス骨格または改変ＣｈＡｄＶ６８配列が完全に欠失しているか、またはアデノウイルスゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、または（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３に機能的欠失を有し、任意で、Ｅ１遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド５７７～３４０３のＥ１欠失により機能的に欠失しており、任意で、Ｅ３遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５のＥ３欠失により機能的に欠失している。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列の塩基対番号５７７～３４０３の間、または塩基対４５６～３０１４の間に１つ以上の欠失を有し、任意で、ベクターは、塩基対２７，１２５～３１，８２５の間、または塩基対２７，８１６～３１，３３３の間に１つ以上の欠失をさらに有する。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８は、Ａ．Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３、Ｂ．Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５、Ｃ．部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２、Ｄ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド４５６～３０１４、Ｅ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，８１６～３１，３３３、Ｆ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３，９５７～１０３４６、Ｇ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２１，７８７～２３３７０、Ｈ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３３４８６～３６１９３、またはこれらの組み合わせを欠く。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、部分欠失Ｅ４遺伝子を含む。いくつかの態様では、部分欠失Ｅ４遺伝子は、Ａ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｂ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３４，９４２、ヌクレオチド３４，９５２～３５，３０５、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，３０２～３５，６４２を欠く、配列番号１に示される配列のＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｃ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９８０～３６，５１６を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｄ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９７９～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｅ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ３、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失、Ｆ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、Ｅ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失、Ｇ．Ｅ４Ｏｒｆ１の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ２、及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失、またはＨ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失を含む。
いくつかの態様では、カセットは、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてＣｈＡｄＶ骨格に挿入される。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ骨格は、第１世代、第２世代、またはヘルパー依存型のアデノウイルスベクターのうちの１つから生成される。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ－１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、及びＥＢＶプロモーター配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、ＣＭＶプロモーター配列である。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つは、発現及び翻訳される際に対象の細胞上でＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープをコードする。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つは、発現及び翻訳される際に対象の細胞上でＭＨＣクラスＩＩによって提示されるエピトープをコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧを含む。
いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている。いくつかの態様では、分離したまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合親和性を増加させる少なくとも１つの改変を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合安定性を増加させる少なくとも１つの改変を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレル上の、コードされたエピトープの提示の尤度を増加させる少なくとも１つの改変を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの改変は、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、感染を有することが分かっているかまたは疑われる対象において発現されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードする。いくつかの態様では、感染は、病原体感染、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、及び寄生虫感染からなる群から選択される。いくつかの態様では、ウイルス感染は、ＨＩＶ感染、ＨＰＶ感染、ＳＡＲＳ感染、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、エボラ感染、ＨＢＶ感染、インフルエンザ感染、ＨＣＶ感染、ＣＭＶ感染、チクングニアウイルス感染、ＲＳＶ感染、デングウイルス感染、オルトミクソウイルス科ウイルス感染、及び結核感染からなる群から選択される。いくつかの態様では、細菌感染は、結核感染である。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個は、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在する。いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を有する少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。
いくつかの態様において、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、誘導性である。いくつかの態様において、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、非誘導性である。
いくつかの態様では、前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ＳＶ４０ポリＡ配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである。
いくつかの態様では、カセットは、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む。いくつかの態様では、カセットは、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰバリアント、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼバリアント、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む。いくつかの態様では、検出可能なペプチドまたはエピトープは、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される。
いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする１つ以上の核酸配列をさらに含む。いくつかの態様では、免疫調節物質は、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである。いくつかの態様では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性抗体もしくは互いに連結された多重特異性抗体としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖とが連結された完全長ＩｇＧ）である。いくつかの態様では、抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とは、２ＡまたはＩＲＥＳのような自己切断配列によって分離された連続的配列であるか、または抗体の重鎖配列と軽鎖配列とは連続したグリシン残基のような柔軟性リンカーによって連結される。いくつかの態様では、免疫調節物質はサイトカインである。いくつかの態様では、サイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、もしくはＩＬ－２１、またはそれぞれのそのバリアントである。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列は、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）エピトープのセットのサブセットを、数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットの数は、２～２０である。いくつかの態様では、提示モデルは、（ａ）ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、（ｂ）ペアのＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、特定の位置に特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の感染細胞表面上の提示の尤度との間の依存性を表す。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較してプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様において、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータは、感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される。いくつかの態様では、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである。
いくつかの態様では、カセットは、抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列は、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する。いくつかの態様では、各ジャンクションエピトープ配列は、非自己である。いくつかの態様において、カセットは、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、非治療的エピトープが対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される。いくつかの態様では、非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列は、カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である。いくつかの態様において、予測は、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである。いくつかの態様では、カセット内における抗原コード核酸配列の順序は、（ａ）前記抗原コード核酸配列の異なる順序に対応した候補カセット配列のセットを生成する工程と、（ｂ）前記各候補カセット配列について、候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、（ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、ワクチン用のカセット配列として選択する工程と、を含む一連の工程によって決定される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物は、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物に製剤化される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上は、対象の感染または感染細胞に由来する。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のそれぞれは、対象の感染または感染細胞に由来する。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上は、対象の感染または感染細胞に由来しない。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のそれぞれは、対象の感染または感染細胞に由来しない。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の感染症生物特異的なＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つのエピトープコード核酸配列は、互いに直鎖状に連結された少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の感染症生物特異的なＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含む。
本明細書では、本明細書に記載されるＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物のいずれかと、使用説明書とを含むキットも提供される。
本明細書ではまた、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物であって、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、（Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、（ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、前記カセットと、を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、（Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む、前記組成物も提供される。
本明細書ではまた、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物であって、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含む、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系であって、前記ＣｈＡｄＶベクターが、（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと、を含む、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系と、前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記組成物も開示される。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系またはＣｈＡｄＶに基づいた発現系は、先行請求項のいずれか１項に記載の特徴のいずれかを有する。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物のカセットは、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物のカセットと同じである。
本明細書ではまた、対象の免疫応答を刺激するための方法であって、対象に、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物を投与することと、及び／または対象にチンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物を投与することと、を含み、ａ．ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物が、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含むか、ｂ．自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物が、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を含むか、またはｃ．ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物がＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含み、かつ自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物が自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を含む、前記方法も開示される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物がプライミング用量として投与され、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物または自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物のいずれかが１つ以上のブースター用量として投与される。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物がプライミング用量として投与され、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物または自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物が１回以上のブースター用量として投与される。いくつかの態様では、２回以上のブースター用量が投与される。いくつかの態様では、１、２、３、４、５、６、７、または８回のブースター用量が投与される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）投与される。いくつかの態様では、筋肉内（ＩＭ）投与は、別々の注射部位に投与される。いくつかの態様では、別々の注射部位は向かい合う三角筋である。いくつかの態様では、別々の注射部位は両側の殿筋または大腿直筋部位である。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、筋肉内（ＩＭ）投与される。いくつかの態様では、筋肉内（ＩＭ）投与は、別々の注射部位に投与される。いくつかの態様では、別々の注射部位は向かい合う三角筋である。いくつかの態様では、別々の注射部位は両側の殿筋または大腿直筋部位である。いくつかの態様では、１回以上のブースター用量の注射部位は、プライミング用量の注射部位に可能な限り近い。
いくつかの態様では、方法は、対象の前記ＨＬＡハロタイプを決定するかまたは既に決定されていることをさらに含む。
いくつかの態様では、方法は、ニボルマブを投与することをさらに含む。いくつかの態様では、ニボルマブは、静脈内（ＩＶ）点滴として投与される。いくつかの態様では、ニボルマブは４８０ｍｇの用量で投与される。いくつかの態様では、ニボルマブは１日目に投与される。いくつかの態様では、ニボルマブは、１日目に投与され、プライミング用量後、４週間ごと（Ｑ４Ｗ）に投与される。いくつかの態様では、ニボルマブは、プライミング用量と同日かまたは１回以上のブースター用量と同日に投与される。いくつかの態様では、ニボルマブは、１０ｍｇ／ｍＬの溶液として製剤化される。
いくつかの態様では、方法は、イピリムマブを投与することをさらに含む。いくつかの態様では、イピリムマブは、静脈内（ＩＶ）点滴として投与される。いくつかの態様では、イピリムマブは、皮下（ＳＣ）投与される。いくつかの態様では、ＳＣ投与は、プライミング用量の注射部位または１回以上のブースター用量の注射部位のうちの１つ以上に近接して（約２ｃｍ以内）に注射される。いくつかの態様では、ＳＣ投与は、４回の別々の注射として投与されるかまたは６回の別々の注射として投与される。いくつかの態様では、イピリムマブは３０ｍｇの用量で投与される。いくつかの態様では、イピリムマブは１日目に投与される。いくつかの態様では、イピリムマブは、１日目に投与され、プライミング用量後、４週間ごと（Ｑ４Ｗ）に投与される。いくつかの態様では、イピリムマブは、プライミング用量と同日かまたは１回以上のブースター用量と同日に投与される。いくつかの態様では、イピリムマブは、５ｍｇ／ｍＬの溶液として製剤化される。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、（Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、（ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、前記カセットと、を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、（Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、（Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、（ａ）配列番号６に記載の核酸配列を有し、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を有するＲＮＡアルファウイルス骨格であって、前記２６Ｓプロモーター配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものであり、前記ポリ（Ａ）配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものである、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、（ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれたカセットであって、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと、を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、（Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、少なくとも３０μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、少なくとも１００μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、少なくとも３００μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、少なくとも４００μｇ、少なくとも５００μｇ、少なくとも６００μｇ、少なくとも７００μｇ、少なくとも８００μｇ、少なくとも９００μｇ、少なくとも１０００μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、１０～３０μｇ、１０～１００μｇ、１０～３００μｇ、３０～１００μｇ、３０～３００μｇ、または１００～３００μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、１０～５００μｇ、１０～１０００μｇ、３０～５００μｇ、３０～１０００μｇ、または５００～１０００μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、４００μｇ、５００μｇ、６００μｇ、７００μｇ、８００μｇ、９００μｇ、または１０００μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、１０μｇ、３０μｇ、１００μｇ、または３００μｇの前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物は、３００μｇ以下の前記１つ以上のベクターのそれぞれを含む。
いくつかの態様では、前記ＬＮＰと前記１つ以上のベクターの総重量との重量／重量比は、１０～４０：１である。いくつかの態様では、前記ＬＮＰと前記１つ以上のベクターの総重量との重量／重量比は、１６～３２：１である。いくつかの態様では、前記ＬＮＰと前記１つ以上のベクターの総重量との重量／重量比は、約２４：１である。いくつかの態様では、前記ＬＮＰと前記１つ以上のベクターの総重量との重量／重量比は、２４：１である。
いくつかの態様では、前記１つ以上のベクターは、１ｍｇ／ｍＬの濃度である。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物中のカセットの各エレメントの順序付けられた配列は、５’から３’の方向に、Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ ［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つであり、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］を含む式で記述される。いくつかの態様では、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列は、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、前記カセットは、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、前記カセットは、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及び前記ポリ（Ａ）配列に機能的に連結され、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格は、配列番号６に記載の配列であり、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする。
いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせから選択される脂質を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む。いくつかの態様では、イオン化可能なアミノ脂質は、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む。いくつかの態様では、ＬＮＰ封入発現系は、約１００ｎｍの直径を有する。
いくつかの態様では、カセットは、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる。
いくつかの態様では、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、カセットに機能的に連結される。
いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む。いくつかの態様では、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターは、５’７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）キャップを有する。いくつかの態様では、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターは、インビトロ転写によって生成される。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、哺乳動物細胞内で自己複製する。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を少なくとも含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を少なくとも含む。いくつかの態様において、非構造タンパク質媒介増幅のための配列は、アルファウイルス５’ ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない。いくつかの態様において、カセットは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入される。いくつかの態様では、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様において、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、さらに塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失を有する配列番号３または配列番号５の配列を含む。いくつかの態様では、ＲＮＡアルファウイルス骨格は、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む。いくつかの態様では、カセットは、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失を置換するように７５４４位に挿入されている。いくつかの態様では、カセットの挿入は、ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列は別々のオープンリーディングフレーム内にある。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、ＲＮＡアルファウイルス骨格によってコードされた天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、外因性のＲＮＡプロモーターである。いくつかの態様では、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様では、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす。
いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ２ｋｂのサイズである。いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様において、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧを含む。
いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている。いくつかの態様では、分離したまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個は、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在する。いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を有する少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、誘導性である。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または第２のプロモーターヌクレオチド配列は、非誘導性である。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、アルファウイルスに天然に存在する。いくつかの態様において、前記少なくとも１いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結される。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列は、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノムヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物のヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）エピトープのセットのサブセットを、数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットの数は、２～２０である。いくつかの態様では、提示モデルは、（ａ）ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、（ｂ）ペアのＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、特定の位置に特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の感染細胞表面上の提示の尤度との間の依存性を表す。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較してプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様において、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータは、感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される。いくつかの態様では、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶベクターは、（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、を含む、前記カセットと、を含み、前記カセットは、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶベクターは、（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、（ｉ）配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いている、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、（ｉｉ）ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）ＳＶ４０ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと、を含み、前記カセットは、Ｅ１欠失内に挿入され、前記カセットは、前記ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列及び前記ＳＶ４０ポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている。
いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする核酸配列は、エピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記ペプチドをコードする核酸配列は、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする前記核酸配列は、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～１００個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、または１～５００個の異なるエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２～１０個、２～２０個、２～３０個、２～４０個、２～５０個、２～１００個、２～２００個、２～３００個、２～４００個、または２～５００個の異なるエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記ペプチドをコードする前記核酸配列は、感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメインから選択されるペプチドをコードする核酸配列を含み、任意で、感染症生物は、前記感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせから選択されるペプチドをコードする２つ以上の異なる核酸配列を含む。いくつかの態様では、前記コードされた１乃至複数のペプチドは、対象において発現される際に免疫応答を刺激することができ、任意で、免疫応答はＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答である。いくつかの態様では、感染症生物は、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードしており、任意で、細胞の表面は感染細胞表面であり、任意で、細胞は対象の細胞である。いくつかの態様では、細胞は、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される。いくつかの態様では、ウイルス感染細胞は、ＨＩＶ感染細胞、ＨＰＶ感染細胞、ＳＡＲＳ感染細胞、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染細胞、エボラ感染細胞、ＨＢＶ感染細胞、インフルエンザ感染細胞、ＨＣＶ感染細胞、ＣＭＶ感染細胞、チクングニアウイルス感染細胞、ＲＳＶ感染細胞、デングウイルス感染細胞、オルトミクソウイルス科ウイルス感染細胞、及び結核感染細胞からなる群から選択される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物中のカセットの各エレメントの順序付けられた配列は、５’から３’の方向に、Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ ［式中、Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここで、ａ＝１であり、Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つであり、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］を含む式で記述される。いくつかの態様では、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である。いくつかの態様では、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、Ｐは、ＣＭＶプロモーター配列であり、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｌ３は、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、ＣｈＡｄＶベクターは、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８は、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いており、前記抗原カセットが、前記Ｅ１欠失内に挿入されており、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれは、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている。
いくつかの態様では、カセットは、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれる。いくつかの態様では、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、カセットに機能的に連結される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ骨格は、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格を含む。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８骨格は、配列番号１に記載の配列を含む。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、ＣｈＡｄＶ６８ゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、アデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子に機能的欠失を含み、任意で、アデノウイルス骨格または改変ＣｈＡｄＶ６８配列が完全に欠失しているか、またはアデノウイルスゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、または（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３に機能的欠失を有し、任意で、前記Ｅ１遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド５７７～３４０３のＥ１欠失により機能的に欠失しており、任意で、前記Ｅ３遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５のＥ３欠失により機能的に欠失している。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、ＣｈＡｄＶ６８ゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して１つ以上の遺伝子または調節配列を含み、任意で、前記１つ以上の遺伝子または調節配列は、チンパンジーアデノウイルスの末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、部分欠失Ｅ４遺伝子を含む。いくつかの態様では、部分欠失Ｅ４遺伝子は、Ａ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｂ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３４，９４２、ヌクレオチド３４，９５２～３５，３０５、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，３０２～３５，６４２を欠く、配列番号１に示される配列のＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｃ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９８０～３６，５１６を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｄ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９７９～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、Ｅ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ３、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失、Ｆ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、Ｅ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失、Ｇ．Ｅ４Ｏｒｆ１の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ２、及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失、またはＨ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失を含む。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８は、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠いており、任意で、抗原カセットが、Ｅ１欠失内に挿入されている。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号２９３６９に記載の配列を含み、任意で、抗原カセットが、Ｅ１欠失内に挿入されている。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８は、Ａ．Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３、Ｂ．Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５、Ｃ．部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２、Ｄ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド４５６～３０１４、Ｅ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，８１６～３１，３３３、Ｆ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３，９５７～１０３４６、Ｇ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２１，７８７～２３３７０、Ｈ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３３４８６～３６１９３、またはこれらの組み合わせを欠く。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含み、ヌクレオチド２～３６，５１８は、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠いている。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が配列から完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている点を除いて、配列番号１に記載の配列を含み、任意で、配列は、配列番号１に記載の配列の（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３、または（３）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ３、及びＥ４が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている。いくつかの態様において、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１の配列から得られる遺伝子または調節配列を含み、任意で、前記遺伝子は、配列番号１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスの末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列の塩基対番号５７７～３４０３の間、または塩基対４５６～３０１４の間に１つ以上の欠失を有し、任意で、ベクターは、塩基対２７，１２５～３１，８２５の間、または塩基対２７，８１６～３１，３３３の間に１つ以上の欠失をさらに有する。いくつかの態様において、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は、配列番号１に記載の配列の塩基対番号３９５７～１０３４６、塩基対番号２１７８７～２３３７０、及び塩基対番号３３４８６～３６１９３の間に１つ以上の欠失を有する。
いくつかの態様では、カセットは、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてＣｈＡｄＶ骨格に挿入される。いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶ骨格は、第１世代、第２世代、またはヘルパー依存型のアデノウイルスベクターのうちの１つから生成される。
いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ－１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、及びＥＢＶプロモーター配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、ＣＭＶプロモーター配列である。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つは、発現及び翻訳される際に対象の細胞上でＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープをコードする。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つは、発現及び翻訳される際に対象の細胞上でＭＨＣクラスＩＩによって提示されるエピトープをコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。
いくつかの態様では、各抗原コード核酸配列は、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様では、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する。いくつかの態様では、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧを含む。
いくつかの態様では、抗原コード核酸配列は、抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に機能的または直接的に連結されている。いくつかの態様では、分離したまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合親和性を増加させる少なくとも１つの改変を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合安定性を増加させる少なくとも１つの改変を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレル上の、コードされたエピトープの提示の尤度を増加させる少なくとも１つの改変を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの改変は、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は、感染を有することが分かっているかまたは疑われる対象において発現されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードする。いくつかの態様では、感染は、病原体感染、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、及び寄生虫感染からなる群から選択される。いくつかの態様では、ウイルス感染は、ＨＩＶ感染、ＨＰＶ感染、ＳＡＲＳ感染、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、エボラ感染、ＨＢＶ感染、インフルエンザ感染、ＨＣＶ感染、ＣＭＶ感染、チクングニアウイルス感染、ＲＳＶ感染、デングウイルス感染、オルトミクソウイルス科ウイルス感染、及び結核感染からなる群から選択される。
いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列は、異なる抗原コード核酸配列をコードする。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個は、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個は、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。
いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在する。いくつかの態様では、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を有する少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は存在し、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列は少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。
いくつかの態様において、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、誘導性である。いくつかの態様において、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、非誘導性である。いくつかの態様では、前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ＳＶ４０ポリＡ配列を含む。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである。いくつかの態様では、少なくとも１つのポリ（Ａ）配列は、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである。
いくつかの態様では、カセットは、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む。いくつかの態様では、カセットは、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰバリアント、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼバリアント、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む。いくつかの態様では、検出可能なペプチドまたはエピトープは、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される。
いくつかの態様では、１つ以上のベクターは、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする１つ以上の核酸配列をさらに含む。いくつかの態様では、免疫調節物質は、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである。いくつかの態様では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性抗体もしくは互いに連結された多重特異性抗体としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖とが連結された完全長ＩｇＧ）である。いくつかの態様では、抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とは、２ＡまたはＩＲＥＳのような自己切断配列によって分離された連続的配列であるか、または抗体の重鎖配列と軽鎖配列とは連続したグリシン残基のような柔軟性リンカーによって連結される。いくつかの態様では、免疫調節物質はサイトカインである。いくつかの態様では、サイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、もしくはＩＬ－２１、またはそれぞれのそのバリアントである。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列はＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列は、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれは、（ａ）感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータがエピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、（ｂ）各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力することにより、エピトープのそれぞれが感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、（ｃ）エピトープのセットのサブセットを、数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットの数は、２～２０である。いくつかの態様では、提示モデルは、（ａ）ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、（ｂ）ペアのＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、特定の位置に特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の感染細胞表面上の提示の尤度との間の依存性を表す。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較してプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様では、選択されたエピトープのセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む。いくつかの態様において、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータは、感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される。いくつかの態様では、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである。
いくつかの態様では、カセットは、抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列は、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する。いくつかの態様では、各ジャンクションエピトープ配列は、非自己である。
いくつかの態様において、カセットは、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、非治療的エピトープが対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される。いくつかの態様では、非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列は、カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である。いくつかの態様において、予測は、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである。いくつかの態様では、カセット内における抗原コード核酸配列の順序は、（ａ）前記抗原コード核酸配列の異なる順序に対応した候補カセット配列のセットを生成する工程と、（ｂ）前記各候補カセット配列について、候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、（ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、ワクチン用のカセット配列として選択する工程と、を含む一連の工程によって決定される。
いくつかの態様では、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物は、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物に製剤化される。
いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上は、対象の感染または感染細胞に由来する。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のそれぞれは、対象の感染または感染細胞に由来する。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上は、対象の感染または感染細胞に由来しない。いくつかの態様では、エピトープコード核酸配列のそれぞれは、対象の感染または感染細胞に由来しない。
本明細書ではまた、対象の免疫応答を刺激する方法であって、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物を対象に投与することを含み、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、（Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、（ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と、を含む、前記カセットと、を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、（Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と、を含む、前記方法も提供される。
本明細書ではまた、対象の免疫応答を刺激するための方法であって、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物を対象に投与することを含み、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含む、ＣｈＡｄＶに基づいた発現系であって、前記ＣｈＡｄＶベクターが、（ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と、を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、（ｂ）カセットであって、（ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、を含む、前記カセットと、を含み、前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記方法も提供される。
いくつかの態様では、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系またはＣｈＡｄＶに基づいた発現系は、先行請求項のいずれか１項に記載の特徴のいずれかを有する。
前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物の前記カセットが、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物の前記カセットと同じである、先行請求項のいずれかに記載の方法。
本発明のこれらの、ならびに他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明文、及び添付図面を参照することでより深い理解がなされるであろう。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、最初のブースト免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（３０μｇ）（図１Ａ）、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（１００μｇ）（図１Ｂ）、またはＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２（１００μｇ）（図１Ｃ）による同種プライム／ブースト、またはＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブースト群（図１Ｄ）について、ＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。 図１Ａの説明を参照。 図１Ａの説明を参照。 図１Ａの説明を参照。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ２による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ－γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ ＬＮＰ１による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
アカゲザルにおける抗原カセット含有ベクターの免疫原性を評価するためのワクチン接種手法を示す。三角は、０及び３２週目におけるｃｈＡｄ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を表す。四角は、抗ＣＴＬＡ－４抗体の投与を表す。
ｃｈＡｄ－ＭＡＧを投与したアカゲザル単独（グループ４）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
ｃｈＡｄ－ＭＡＧ及びＩＶ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ５）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
ｃｈＡｄ－ＭＡＧ及びＳＣ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ６）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
ＥＬＩＳｐｏｔにより測定したｃｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって生じた抗原特異的メモリー応答を示す。結果は各ドットが１匹の動物を表す個別のドットプロットとして示す。免疫前のベースライン（左パネル）及びプライム１８ヶ月後のメモリー反応（右パネル）を示す。
コンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色を用いたフローサイトメトリーによる抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のメモリー細胞表現型判定を示す。
実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ－Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７－＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７－＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。
動物当たり５ｅ１０ｖｐの投与後のＡ型インフルエンザＨ１Ｎ１株ＣＡ／７／０９に対するＨＡＩ応答を示す。ＨＡＩ５は検出の限界値である。ＨＡＩ４０は治療閾値である。
動物当たり１ｅ９ｖｐの投与後のＡ型インフルエンザＨ１Ｎ１株ＣＡ／７／０９に対するＨＡＩ応答を示す。ＨＡＩ５は検出の限界である。ＨＡＩ４０は治療閾値である。
動物当たり５ｅ１０ｖｐの投与後のＡ型インフルエンザＡｎｈｕｉ株１／１３に対するＨＡＩ応答を示す。ＨＡＩ５は検出の限界である。ＨＡＩ４０は治療閾値である。ワクチンはＡｎｈｕｉ／１／１３に対するものであるが、ＨＡＩアッセイで用いた株は、ＰＲ８インフルエンザ株上の近縁のＡ型／Ｓｈａｎｇｈａｉ／２／１３のＨＡである。
動物当たり１ｅ９ｖｐの投与後のＡ型インフルエンザＨ７Ｎ９株Ａｎｈｕｉ１／１３に対するＨＡＩ応答を示す。ＨＡＩ５は検出の限界である。ＨＡＩ４０は治療閾値である。ワクチンはＡｎｈｕｉ／１／１３に対するものであるが、ＨＡＩアッセイで用いた株は、ＰＲ８インフルエンザ株上の近縁のＡ型／Ｓｈａｎｇｈａｉ／２／１３のＨＡである。
ＣｈＡｄによるプライミングの２週間後の各マウスにおける抗ＨＡ Ｔ細胞応答を示す（ｎ＝６／群）。脾細胞をエクスビボで一晩単離し、ＨＡ抗原にまたがった６つの重複するペプチドプールを用いてＩＦＮγＥＬＩＳｐｏｔを行った。ＳＦＵ／１ｅ６の脾臓細胞について、６つのプールに対する応答を重ね合わせた。
ＳＡＭによるプライミングの２週間後の各マウスにおける抗ＨＡ Ｔ細胞応答を示す（ｎ＝６／群）。脾細胞をエクスビボで一晩単離し、ＨＡ抗原にまたがった６つの重複するペプチドプールを用いてＩＦＮγＥＬＩＳｐｏｔを行った。ＳＦＵ／１ｅ６の脾臓細胞について、６つのプールに対する応答を積み重ねて示す。
ＳＡＭ－ＨＡによるブーストの２週間後（ＣｈＡｄによるプライミングの１０週間後）の各マウスにおける抗ＨＡ Ｔ細胞応答を示す（Ｃ）。脾細胞をエクスビボで一晩単離し、ＨＡ抗原にまたがった６つの重複するペプチドプールを用いてＩＦＮγＥＬＩＳｐｏｔを行った。ＳＦＵ／１ｅ６の脾臓細胞について、６つのプールに対する応答を積み重ねて示す。
ＣｈＡｄによるプライミング／ＳＡＭによるブースト後（ブーストの２週間後、プライミングの１０週間後）のＴ細胞応答を示す。エクスビボ刺激の５時間後にＩＣＳにより測定したＩＦＮｇ、ＴＮＦａ及びＩＬ２を発現するＣＤ８＋の割合（％）（２つの重複するペプチドプールの合計）。箱ひげ図、ならびに中央値、ＩＱＲ及び範囲。
ＣｈＡｄによるプライミング／ＳＡＭによるブースト後（ブーストの２週間後、プライミングの１０週間後）のＴ細胞応答を示す。エクスビボ刺激の５時間後にＩＣＳにより測定したＩＦＮｇ、ＴＮＦａ及びＩＬ２を細胞発現するＣＤ４＋細胞の割合（％）（２つの重複するペプチドプールの合計）。箱ひげ図、ならびに平均、ＩＱＲ及び範囲。
Ｉ．定義
一般に、特許請求の範囲及び明細書において使用される用語は、当業者により理解される通常の意味を有するものとして解釈されるものとする。特定の用語を、さらなる明確性を与えるために下記に定義する。通常の意味と与えられる定義との間に矛盾が存在する場合、与えられる定義が用いられるものとする。
本明細書で使用するところの「抗原」という用語は、免疫反応を誘導する物質のことである。抗原は、特定の集団、例えば、感染症に感染した、または感染のリスクのある患者の特定の集団間にみられる抗原である「共有抗原」であってよい。
本明細書において使用するところの「抗原ベースワクチン」という用語は、１つ以上の抗原、例えば複数の抗原に基づいたワクチン組成物のことである。ワクチンは、ヌクレオチドベース（例えば、ウイルスベース、ＲＮＡベース、またはＤＮＡベース）、タンパク質ベース（例えば、ペプチドベース）、またはこれらの組み合わせであってよい。
本明細書において使用するところの「候補抗原」という用語は、抗原を表しうる配列を生じる変異または他の異常のことである。
本明細書において使用するところの「コード領域」という用語は、タンパク質をコードする遺伝子の部分（複数可）のことである。
本明細書において使用するところの「コード変異」という用語は、コード領域で生じる変異のことである。
本明細書において使用するところの「ＯＲＦ」という用語は、オープンリーディングフレームを意味する。
本明細書において使用するところの「ミスセンス変異」という用語は、１つのアミノ酸から別のアミノ酸への置換を引き起こす変異である。
本明細書において使用される場合、「ナンセンス変異」という用語は、アミノ酸から終止コドンへの置換を引き起こすか、またはカノニカル開始コドンの除去を引き起こす変異である。
本明細書において使用される場合、「フレームシフト変異」という用語は、タンパク質のフレームに変更を引き起こす変異である。
本明細書において使用される場合、「インデル」という用語は、１つ以上の核酸の挿入または欠失である。
本明細書において使用される場合、２つ以上の核酸またはポリペプチドの配列との関連での「同一率」（％）という用語は、下記の配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰ及びＢＬＡＳＴＮ、または当業者が利用可能な他のアルゴリズム）のうちの１つを用いて、または目視検査により測定される、最大の一致について比較し、整列させた場合に、ヌクレオチドまたはアミノ酸残基の特定の比率（％）が同じである２つ以上の配列または部分配列のことを指す。用途に応じて、「同一率」（％）は、比較される配列の領域にわたって、例えば、機能ドメインにわたって存在するか、あるいは、比較される２つの配列の完全長にわたって存在することができる。
配列比較では、一般的に、１つの配列が、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを用いる場合、試験配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要な場合には部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムのパラメータを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムが、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列の配列同一率（％）を算出する。あるいは、配列の類似性または相違性は、選択された配列位置（例えば、配列モチーフ）における特定のヌクレオチドの、または翻訳後の配列ではアミノ酸の有無の組み合わせによって確立することもできる。
比較を行うための配列の最適なアラインメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性の探索法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ処理による実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）によって、または目視検査によって実施することができる（一般的には、下記のＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．を参照）。
配列同一率（％）及び配列類似率（％）を決定するのに適したアルゴリズムの１つの例として、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）に記載されるＢＬＡＳＴアルゴリズムがある。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを通して公に入手可能である。
本明細書において使用される場合、「ノンストップまたはリードスルー」という用語は、天然の終止コドンの除去を引き起こす変異のことである。
本明細書において使用される場合、「エピトープ」という用語は、抗体またはＴ細胞受容体が一般的に結合する、抗原の特異的な部分のことである。
本明細書において使用される場合、「免疫原性」という用語は、例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはその両方を介して免疫応答を誘発する能力のことである。
本明細書において使用される場合、「ＨＬＡ結合親和性」、「ＭＨＣ結合親和性」という用語は、特異的な抗原と特異的なＨＬＡまたはＭＨＣアレルとの結合の親和性を意味する。
本明細書において使用される場合、「ベイト」という用語は、ＤＮＡまたはＲＮＡの特定の配列を試料から濃縮するために使用される核酸プローブのことである。
本明細書において使用される場合、「変異」という用語は、対象の核酸と、対照として使用される参照ヒトゲノムとの差である。
本明細書において使用される場合、「変異コール」という用語は、典型的にはシークエンシングからの、変異の存在のアルゴリズム的決定である。
本明細書において使用される場合、「多型」という用語は、生殖細胞系列変異、すなわち、個体のすべてのＤＮＡ保有細胞において見出される変異である。
本明細書において使用される場合、「体細胞変異」という用語は、個体の非生殖系列細胞において生じる変異である。
本明細書において使用される場合、「アレル」という用語は、遺伝子の１つのバージョンまたは遺伝子配列の１つのバージョンまたはタンパク質の１つのバージョンのことである。
本明細書において使用される場合、「ＨＬＡ型」という用語は、ＨＬＡ遺伝子アレルの相補体のことである。
本明細書において使用される場合、「ナンセンス変異依存分解機構」または「ＮＭＤ」という用語は、未成熟な終止コドンに起因する細胞によるｍＲＮＡの分解のことである。
本明細書において使用される場合、「エクソーム」という用語は、タンパク質をコードするゲノムのサブセットである。エクソームは、ゲノムの集合的なエクソンでありうる。
本明細書において使用される場合、「ロジスティック回帰」という用語は、従属変数が１に等しい確率のロジットが従属変数の線形関数としてモデル化される、統計からのバイナリデータ用の回帰モデルである。
本明細書において使用される場合、「ニューラルネットワーク」という用語は、多層の線形変換に続いて一般的に確率的勾配降下法及び逆伝搬により訓練された要素ごとの非線形変換を行うことからなる分類または回帰のための機械学習モデルである。
本明細書において使用される場合、「プロテオーム」という用語は、細胞、細胞の群、または個体によって発現される、及び／または翻訳されるすべてのタンパク質のセットのことである。
本明細書において使用される場合、「ペプチドーム」という用語は、細胞表面上のＭＨＣ－ＩまたはＭＨＣ－ＩＩによって提示されるすべてのペプチドのセットのことである。ペプチドームは、細胞または細胞の集合の性質を指す場合もある（例えば、感染症ペプチドームは、感染症に感染したすべての細胞のペプチドームの集合を意味する）。
本明細書において使用される場合、「ＥＬＩＳｐｏｔ」という用語は、ヒト及び動物において免疫応答を観察するための一般的な方法である、酵素結合免疫吸着スポットアッセイを意味する。
本明細書において使用される場合、「デキサトラマー」という用語は、フローサイトメトリーにおいて抗原特異的Ｔ細胞染色に使用される、デキストランベースのペプチド－ＭＨＣマルチマーである。
本明細書において使用される場合、「寛容または免疫寛容」という用語は、１つ以上の抗原、例えば、自己抗原に対する免疫不応答の状態のことである。
本明細書において使用される場合、「中枢性寛容」という用語は、自己反応性Ｔ細胞クローンを欠失させること、または自己反応性Ｔ細胞クローンの免疫抑制性制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）への分化を促進することのいずれかにより、胸腺において与えられる寛容である。
本明細書において使用される場合、「末梢性寛容」という用語は、中枢性寛容を生き延びた自己反応性Ｔ細胞を下方制御もしくはアネルギー化すること、またはこれらのＴ細胞のＴｒｅｇへの分化を促進することにより、末梢系において与えられる寛容である。
「試料」という用語は、静脈穿刺、排泄、射精、マッサージ、生検、針吸引、洗浄試料、擦過、外科的切開、もしくは介入、または当技術分野において公知の他の手段を含む手段によって対象から採取された、単一細胞、または複数の細胞、または細胞の断片、または体液のアリコートを含むことができる。
「対象」という用語は、インビボ、エクスビボ、またはインビトロ、雄または雌のいずれかの、細胞、組織、または生物体、ヒトまたは非ヒトを包含する。対象という用語は、ヒトを含む哺乳動物を含める。
「哺乳動物」という用語は、ヒト及び非ヒトの両方を包含し、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、マウス、ウシ、ウマ、及びブタを含むが、それらに限定されない。
「臨床的因子」という用語は、対象の状態、例えば、疾患の活性または重症度の測定を指す。「臨床的因子」は、非試料マーカーを含む、対象の健康状態のすべてのマーカー、ならびに／または、非限定的に年齢及び性別などの、対象の他の特徴を包含する。臨床的因子は、対象または所定の条件下の対象由来の試料（または試料の集団）の評定から取得されうるスコア、値、または値のセットであることができる。臨床的因子はまた、マーカー、及び／または遺伝子発現代替物などの他のパラメータによっても予測することができる。臨床的因子は、感染のタイプ、感染のサブタイプ、及び喫煙歴を含むことができる。
「感染由来の抗原コード核酸配列」とは、例えばＲＴ－ＰＣＲによって感染細胞または感染症生物から得られた核酸配列、または、感染細胞または感染症生物をシークエンシングした後、例えば当該技術分野では周知の様々な合成法もしくはＰＣＲに基づく方法によりシークエンシングデータを利用して核酸配列を合成することによって得られた配列データのことを指す。得られる配列は、対応する天然の感染症生物の核酸配列と同じポリペプチド配列をコードする、配列最適化された核酸配列バリアント（例えば、コドン最適化及び／または他の形で発現が最適化された）などの核酸配列バリアントを含みうる。得られる配列は、天然の感染症生物のポリペプチド配列に対して１つ以上の（例えば、１、２、３、４、または５個の）変異を有する、改変された感染症生物のペプチド配列をコードする核酸配列バリアントを含みうる。例えば、改変されたポリペプチド配列は、感染症生物のタンパク質の天然ポリペプチド配列に対して１つ以上のミスセンス変異を有することができる。
「アルファウイルス」という用語は、トガウイルス科のメンバーのことを指し、一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスである。アルファウイルスは、一般的に、シンドビス、ロスリバー、マヤロ、チクングニア、及びセムリキ森林ウイルスなどの旧世界型、または、東部ウマ脳炎ウイルス、アウラ、フォートモルガン、もしくはベネズエラウマ脳炎ウイルス及びその誘導株ＴＣ－８３などの新世界型に分類される。アルファウイルスは一般的には自己複製ＲＮＡウイルスである。
「アルファウイルス骨格」という用語は、ウイルスゲノムの自己複製を可能とするアルファウイルスの最小配列（複数可）のことを指す。最小配列としては、非構造タンパク質媒介増幅用の保存配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、ｎｓＰ４遺伝子、及びポリＡ配列、ならびに、２６Ｓプロモーター因子をはじめとするサブゲノミックウイルスＲＮＡの発現用の配列を挙げることができる。
「非構造タンパク質媒介増幅用の保存配列」という用語には、当該技術分野では周知のアルファウイルス保存配列因子（ＣＳＥ）が含まれる。ＣＳＥとしては、これらに限定されるものではないが、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１－ｎｔ ＣＳＥ、２４－ｎｔ ＣＳＥ、または他の２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９－ｎｔ ＣＳＥ、及びアルファウイルス３’ＵＴＲが挙げられる。
「ＲＮＡポリメラーゼ」という用語には、ＤＮＡ鋳型からのＲＮＡポリヌクレオチドの生成を触媒するポリメラーゼが含まれる。ＲＮＡポリメラーゼとしては、これらに限定されるものではないが、Ｔ３、Ｔ７、及びＳＰ６を含むバクテリオファージ由来ポリメラーゼが挙げられる。
「脂質」という用語には、疎水性及び／または両親媒性分子が含まれる。脂質は、カチオン性、アニオン性、または中性であってよい。脂質は、合成または天然由来のものであってよく、特定の例では生分解性であってよい。脂質は、コレステロール、リン脂質、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）複合体（ＰＥＧ化脂質）を含む（ただしこれに限定されない）脂質複合体、ワックス、油類、グリセリド、脂肪、及び脂溶性ビタミンを含みうる。脂質には、ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート（ＭＣ３）及びＭＣ３様分子も含まれうる。
「脂質ナノ粒子」または「ＬＮＰ」という用語には、リポソームとも呼ばれる、水性の内部を包囲する脂質含有膜を用いて形成された小胞様構造が含まれる。脂質ナノ粒子は、界面活性剤により安定化された固体脂質コアを有する脂質ベースの組成物を含む。コア脂質は、脂肪酸、アシルグリセロール、ワックス、及びこれらの界面活性剤の混合物であってよい。リン脂質、スフィンゴミエリン、胆汁酸（タウロコール酸）、及びステロール類（コレステロール）のような生体膜脂質を安定化剤として用いることができる。脂質ナノ粒子は、１種類以上のカチオン性、アニオン性、または中性脂質の規定の比率を含む（ただし、これに限定されない）、規定の比率の異なる脂質分子を用いて形成することができる。脂質ナノ粒子は、外膜シェル内に分子を封入することができ、その後、標的細胞と接触させて封入分子を宿主細胞のサイトゾルに送達することができる。脂質ナノ粒子は、それらの表面などを非脂質分子で修飾または官能化することができる。脂質ナノ粒子は、単一層（単層）または多層（複層）とすることができる。脂質ナノ粒子は、核酸と複合体化することができる。単層脂質ナノ粒子を核酸と複合体化することができ、その場合、核酸は水性の内部となる。複層脂質ナノ粒子を核酸と複合体化することができ、その場合、核酸は水性の内部となるか、またはその間を形成するかまたはその間に挟まれる。
略語：ＭＨＣ：主要組織適合性複合体；ＨＬＡ：ヒト白血球抗原、またはヒトＭＨＣ遺伝子座；ＮＧＳ：次世代シークエンシング；ＰＰＶ：陽性適中率；ＴＳＮＡ：腫瘍特異的新生抗原；ＦＦＰＥ：ホルマリン固定パラフィン包埋；ＮＭＤ：ナンセンス変異依存分解機構；ＮＳＣＬＣ：非小細胞肺がん；ＤＣ：樹状細胞。
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈によってそうでない旨が明示されない限り、複数の指示物を含む点に留意されたい。
特に断らない限り、または文脈から明らかでない限り、本明細書において使用される「約」という用語は、例えば、平均から標準偏差２つ分以内など、当該技術分野における公称公差の範囲内にあるものとして理解される。「約」は、記載される値の１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、または０．０１％以内として理解することができる。文脈から明らかでない限り、本明細書に示されるすべての数値は「約」という語によって修飾されている。
本明細書において直接定義されていない用語は、本発明の技術分野の範囲内で理解されるような、一般的にそれらに付随する意味を有するものとして理解されるべきである。本発明の態様の組成物、装置、方法など、ならびにそれらの製造または使用法を説明するうえで実施者にさらなる手引きを与える目的で特定の用語が本明細書で検討される。同じものについて複数の言い方がなされうる点は認識されるであろう。したがって、代替的な語及び同義語が、本明細書で検討される用語の任意の１つ以上について用いられる場合がある。本明細書においてある用語が詳述または検討されているか否かに重きが置かれるべきではない。いくつかの同義語または代用可能な方法、材料などが提供される。１つまたは数個の同義語または均等物の記載は、明確に述べられない限り、他の同義語または均等物の使用を除外しない。用語の例を含む例の使用は、あくまで説明を目的としたものにすぎず、本明細書における発明の態様の範囲及び意味を限定しない。
本明細書の本文において引用されるすべての参照文献、発行特許、及び特許出願は、あらゆる目的でそれらの全容を参照により本明細書に援用するものである。
ＩＩ．抗原の特定
腫瘍の及び正常なエクソーム及びトランスクリプトームのＮＧＳ解析の研究モデルについては、これまでに記載されており、抗原特定空間で適用される。６，１４，１５臨床状況における抗原特定の感度及び特異性を高めるための特定の最適化を考慮することができる。これらの最適化は、実験室プロセスに関連するものと、ＮＧＳデータ解析に関連するものの２つの領域に分類することができる。記載される研究法は、感染症生物、対象の感染症、または対象の感染細胞からの特定など、他の状況での抗原の特定にも適用することができる。最適化の例は当業者には周知のものであり、例えば、そのような方法が、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する米国特許第１０，０５５，５４０号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１号、国際特許出願公開第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号及び同第ＷＯ２０１８／２０８８５６号、米国特許出願第１６／６０６，５７７号、ならびに国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０２１５０８号により詳細に記載されている。
抗原（例えば、感染症生物に由来する抗原）を特定するための方法は、細胞表面上に提示される（例えば、感染細胞、または、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞を含む免疫細胞上のＭＨＣにより提示される）可能性が高い、及び／または免疫原性を有する可能性が高い抗原を特定することを含む。例として、かかる方法の１つは、感染細胞または感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、対象の感染細胞からの前記ヌクレオチドシークエンシングデータ及び／または発現データ、前記感染症生物のヌクレオチドシークエンシングデータ及び／または発現データを用いて抗原（例えば、感染症生物に由来する抗原）のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られる、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力して抗原のそれぞれが、対象の感染細胞または対象内に存在する細胞の細胞表面の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記数値的尤度のセットに基づいて抗原のセットのサブセットを選択して、選択された抗原のセットを生成する工程と、を含む。
提示モデルは、対応するラベルのセットを含む参照データのセット（訓練データセットとも呼ばれる）で訓練された、統計学的回帰または機械学習（例えば、ディープラーニング）モデルを含むことができ、前記参照データのセットは、任意で、一部の対象が感染を有しうる複数の別個の対象の各々から取得され、また、前記参照データのセットは、感染組織由来のエクソームヌクレオチド配列を表すデータ、正常組織由来のエクソームヌクレオチド配列を表すデータ、感染組織由来のトランスクリプトームヌクレオチド配列を表すデータ、感染組織由来のプロテオーム配列を表すデータ、及び感染組織由来のＭＨＣペプチドーム配列を表すデータ、及び正常組織由来のＭＨＣペプチドーム配列を表すデータのうちの少なくとも１つを含む。参照データは、合成タンパク質、正常及び腫瘍ヒト細胞株、ならびに新鮮な及び凍結された初代試料に対してその後曝露される所定のＭＨＣアレルを発現するように操作された単一アレル細胞株の質量分析データ、シークエンシングデータ、ＲＮＡシークエンシングデータ、発現プロファイリングデータ、及びプロテオミクスデータ、ならびにＴ細胞アッセイ（例えば、ＥＬＩＳｐｏｔ）をさらに含むことができる。特定の態様では、参照データのセットは、参照データの各形態を含む。
提示モデルは、参照データのセットに少なくとも一部由来する特性のセットを含むことができ、前記特性のセットは、アレル依存的特性及びアレル非依存的特性のうちの少なくとも１つを含む。特定の態様では、各特性が含まれる。
共有抗原を特定するための方法はまた、感染細胞の表面上に提示される可能性の高い、対象の１つ以上の細胞に由来する１つ以上の抗原を特定することによって個別化がんワクチンを構築するための出力を生成することも含む。１つの例として、かかる方法の１つは、対象の感染細胞及び正常細胞からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノムヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データが、感染細胞からのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データと正常細胞からのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データとを比較することにより特定された抗原のセットのそれぞれのペプチド配列、対象の正常細胞から特定されたペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、前記抗原のそれぞれのペプチド配列を対応する数値ベクトルにコード化する工程であって、各数値ベクトルはペプチド配列を構成する複数のアミノ酸及びペプチド配列内のアミノ酸の位置のセットに関する情報を含む、前記工程と、コンピュータプロセッサを使用して前記数値ベクトルを深層学習提示モデルに入力して前記抗原のセットについて提示尤度のセットを生成する工程であって、前記セット内の各提示尤度が対応する抗原が１つ以上のクラスＩＩ ＭＨＣアレルによって対象の感染細胞の表面上に提示される尤度を表す、前記工程と、前記提示尤度のセットに基づいて前記抗原のセットのサブセットを選択して、選択された抗原のセットを生成する工程と、前記選択された抗原のセットに基づいて個別化がんワクチンを構築するための出力を生成する工程と、を含む。
抗原（例えば、感染症生物由来抗原）を同定するための具体的な方法は当業者には周知のものであり、こうした方法は、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
本明細書では、本明細書に記載される抗原の特定方法のいずれかの工程を行うことを含み、選択された抗原のセットを含む感染症ワクチンを得る工程と、抗原ベースワクチンを対象に投与する工程と、をさらに含む、感染を有する対象を治療する方法が開示される。
本明細書に開示される方法はまた、サブセットの中の抗原のうちの少なくとも１つに対して抗原特異的な１つ以上のＴ細胞を同定することをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、同定は、１つ以上の抗原特異的Ｔ細胞を増殖させる条件下で１つ以上のＴ細胞をサブセットの中の抗原のうちの１つ以上と共培養することを含む。さらなる実施形態では、同定は、１つ以上のＴ細胞を、サブセットの中の抗原のうちの１つ以上を含むテトラマーと、Ｔ細胞とテトラマーとの結合が可能な条件下で接触させることを含む。いっそうさらなる実施形態では、本明細書に開示される方法はまた、前記１つ以上の同定されたＴ細胞の１つ以上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を同定することをさらに含むことができる。特定の実施形態では、１つ以上のＴ細胞受容体を同定することは、前記１つ以上の同定されたＴ細胞のＴ細胞受容体配列をシークエンシングすることを含む。本明細書に開示される方法は、前記１つ以上の同定されたＴ細胞受容体のうちの少なくとも１つを発現するように複数のＴ細胞を遺伝子操作することと、前記複数のＴ細胞を増殖させる条件下で前記複数のＴ細胞を培養することと、増殖させたＴ細胞を対象に注入することと、をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、１つ以上の同定されたＴ細胞受容体の少なくとも１つを発現するように複数のＴ細胞を遺伝子操作することは、前記１つ以上の同定されたＴ細胞の前記Ｔ細胞受容体配列を発現ベクターにクローニングすることと、前記複数のＴ細胞のそれぞれに発現ベクターをトランスフェクトすることと、を含む。特定の実施形態では、本明細書に開示される方法は、さらに、前記１つ以上のＴ細胞を増殖させる条件下で前記１つ以上の同定されたＴ細胞を培養することと、増殖させたＴ細胞を対象に注入することと、をさらに含む。
本明細書ではまた、前記サブセットの中の少なくとも１つの選択された抗原に対して抗原特異的である単離Ｔ細胞も開示される。
本明細書では、感染症ワクチンを製造するための方法であって、対象の感染細胞からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データを用いて抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られる（例えば、ペプチドは、正常細胞または正常組織と比較して感染細胞または感染組織で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する）、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力することにより、前記抗原のそれぞれが対象の感染細胞の細胞表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、選択された抗原のセットを生成する工程と、前記選択された抗原のセットを含む感染症ワクチンを生産するか、またはこれまでに生産している工程と、を含む前記方法も開示される。
本明細書ではまた、対象の感染細胞から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データを用いて抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータが得られ、各抗原（例えば、正常細胞または正常組織と比較して感染細胞または感染組織で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する）のペプチド配列、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力することにより、前記抗原のそれぞれが対象の感染細胞の細胞表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、選択された抗原のセットを生成する工程と、前記選択された抗原のセットを含む感染症ワクチンを生産するか、またはこれまでに生産している工程と、を含む前記方法を実行することにより選択される、選択された抗原のセットを含む感染症ワクチンも開示される。
ワクチンは、ヌクレオチド配列、ポリペプチド配列、ＲＮＡ、ＤＮＡ、細胞、プラスミド、またはベクターのうちの１つ以上を含んでもよい。
ワクチンは、感染細胞表面上に提示される１つ以上の抗原を含んでもよい。
感染症ワクチンは、対象において免疫原性を示す１つ以上の抗原を含んでもよい。
感染症ワクチンは、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導する１つ以上の抗原を含まなくともよい。
感染症ワクチンは、アジュバントを含んでもよい。
感染症ワクチンは、賦形剤を含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比較して、感染細胞の表面に提示される尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比較して、対象に感染症生物特異的免疫応答を誘導できる尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比較して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよく、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比較して、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少している抗原を選択することを含んでもよい。
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比較して、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含んでもよい。
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データは、感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得することができる。
シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチであってもよい。
数値的尤度のセットは、以下のうちの少なくとも１つを含む少なくともＭＨＣアレル相互作用特性によってさらに特定することができる。すなわち、ＭＨＣアレルと抗原コード化ペプチドとが結合する予測親和性；抗原コード化ペプチド－ＭＨＣ複合体の予測安定性；抗原コード化ペプチドの配列及び長さ；質量分析プロテオミクスまたは他の手段によって評価される、特定のＭＨＣアレルを発現する他の個体由来の細胞の類似した配列を有する抗原コード化ペプチドの提示の確率；対象とされる対象の特定のＭＨＣアレルの発現レベル（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）；特定のＭＨＣアレルを発現する他の別個の個体における、特定のＭＨＣアレルによる提示の、全体的な抗原コード化ペプチド配列とは独立した確率；他の別個の対象における、同じ分子のファミリー（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＰ）のＭＨＣアレルによる提示の、全体的な抗原コード化ペプチド配列とは独立した確率。
数値的尤度のセットは、以下のうちの少なくとも１つを含む少なくともＭＨＣアレル非相互作用特性によってさらに特定される。すなわち、その由来源タンパク質配列内の、抗原コード化ペプチドに隣接するＣ末端及びＮ末端配列；任意で、感染細胞中の対応するプロテアーゼの発現（ＲＮＡ－ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）にしたがって重み付けされる、抗原コード化ペプチド内のプロテアーゼ切断モチーフの存在；適切な細胞タイプにおいて測定される由来源タンパク質の代謝回転速度；ＲＮＡ－ｓｅｑまたはプロテオーム質量分析により測定される、またはＤＮＡもしくはＲＮＡ配列データで検出された生殖細胞または体細胞スプライシング変異のアノテーションから予測される感染細胞で最も高度に発現される特定のスプライスバリアント（「アイソフォーム」）を任意で、考慮した、由来源タンパク質の長さ、感染細胞におけるプロテアソーム、免疫プロテアソーム、胸腺プロテアソーム、または他のプロテアーゼの発現のレベル（ＲＮＡ－ｓｅｑ、プロテオーム質量分析、または免疫組織化学法によって測定することができる）；抗原コード化ペプチドの由来源遺伝子の発現（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）；細胞周期の異なる段階における抗原コード化ペプチドの由来源遺伝子の典型的な組織特異的発現；例えば、ｕｎｉＰｒｏｔまたはＰＤＢ ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｐｄｂ／ｈｏｍｅ／ｈｏｍｅ．ｄｏにみられる由来源タンパク質及び／またはそのドメインの特性の包括的カタログ；ペプチドを含む由来源タンパク質のドメインの性質を特徴付ける特性、例えば、二次または三次構造（例えば、α螺旋とβシート）；選択的スプライシング；他の個別の対象における問題とされる抗原コード化ペプチドの由来源タンパク質からのペプチドの提示の確率；技術的バイアスのためにペプチドが質量分析によって検出されないかまたは過剰表現される確率；感染細胞、間質または感染組織の状態についての情報を与えるＲＮＡＳｅｑ（ペプチドの由来源タンパク質を含む必要はない）によって測定される異なる遺伝子モジュールの発現／経路；感染細胞の抗原コード化ペプチド由来源遺伝子のコピー数；ペプチドがＴＡＰに結合する確率またはＴＡＰに対するペプチドの測定される、もしくは予測される結合親和性；感染細胞におけるＴＡＰの発現レベル（ＲＮＡ－ｓｅｑ、プロテオーム質量分析、免疫組織化学法によって測定することができる）；これらに限定されるものではないが、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、ＡＬＫ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＴＰ５３、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３などの既知のガンドライバー遺伝子及び抗原提示マシナリーに関与するタンパク質をコードする遺伝子（例えば、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＴＡＰ－１、ＴＡＰ－２、ＴＡＰＢＰ、ＣＡＬＲ、ＣＮＸ、ＥＲＰ５７、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＭＢ、ＨＬＡ－ＤＯ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＨＬＡ－ＤＲＢ４、ＨＬＡ－ＤＲＢ５、またはプロテアソームもしくは免疫プロテアソームの成分をコードする遺伝子のいずれか）のドライバー変異を含む腫瘍変異の存在または不在。その提示が、腫瘍において機能喪失変異を生ずる抗原提示マシナリーの構成要素に依存するペプチドは、提示の確率が低い；以下を含むがただしこれらに限定されない、機能的生殖細胞系列多型の有無：抗原提示マシナリーに関与するタンパク質をコードする遺伝子（例えば、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＴＡＰ－１、ＴＡＰ－２、ＴＡＰＢＰ、ＣＡＬＲ、ＣＮＸ、ＥＲＰ５７、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＭＢ、ＨＬＡ－ＤＯ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＨＬＡ－ＤＲＢ４、ＨＬＡ－ＤＲＢ５、または、プロテアソームもしくはイムノプロテアソームの構成要素をコードする遺伝子のいずれか）における多型；感染のタイプ（例えば、病原体感染、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、及び寄生虫感染）；臨床的な感染のサブタイプ（例えば、ＨＩＶ感染、ＨＰＶ感染、ＳＡＲＳ感染、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、エボラ感染、ＨＢＶ感染、インフルエンザ感染、ＨＣＶ感染、ＣＭＶ感染、チクングニアウイルス感染、ＲＳＶ感染、デングウイルス感染、オルトミクソウイルス科ウイルス感染、及び結核感染）；喫煙歴；関連する感染のタイプまたは臨床的サブタイプにおけるペプチドの由来源遺伝子の典型的な発現。
本明細書に開示される方法はまた、選択された抗原のセット（例えば、感染症生物由来抗原）またはそのサブセットを含む感染症ワクチンを得ることを含んでもよく、任意で、感染症ワクチンを対象に投与することをさらに含む。
選択された抗原のセット内の抗原（例えば、感染症生物由来抗原）の少なくとも１つは、ポリペプチド形態である場合、以下のうちの少なくとも１つを含んでもよい：ＩＣ５０値が１０００ｎＭ未満のＭＨＣとの結合親和性、ＭＨＣクラスＩのポリペプチドではアミノ酸８～１５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の長さ、ＭＨＣクラスＩＩのポリペプチドではアミノ酸６～３０個、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の長さ、プロテアソーム切断を促進する、親タンパク質配列中のポリペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及び、ＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在、ＭＨＣクラスＩＩでは、細胞外もしくはリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシン）によるペプチド促進切断部位またはＨＬＡ－ＤＭにより触媒されるＨＬＡ結合部位内またはその近くの配列モチーフの存在。
本明細書では、感染細胞の細胞表面上に提示される可能性が高い１つ以上の抗原（例えば、感染症生物に由来する抗原）を特定するための方法であって、複数の新鮮なまたは凍結試料に由来する主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）から溶出された複数の単離ペプチドに関連するデータを含む質量分析データを受け取る工程と、試料中に存在し、各訓練ペプチド配列に関連する１つ以上のＭＨＣアレル上に提示される訓練ペプチド配列のセットを少なくとも特定することにより、訓練データセットを取得する工程と、前記訓練ペプチド配列に基づいて、訓練タンパク質配列のセットを取得する工程と、訓練タンパク質配列及び前記訓練ペプチド配列を用いて、提示モデルの数値的パラメータのセットを訓練する工程であって、提示モデルが、感染細胞表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって感染細胞由来のペプチド配列が提示される複数の数値的尤度を与える、工程と、を含む前記方法が開示される。
提示モデルは、ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、ペアのＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、特定の位置に特定のアミノ酸を含むかかるペプチド配列の感染細胞表面上の提示の尤度との間の依存性を表すことができる。
本明細書に開示される方法はまた、抗原（例えば、感染症生物由来抗原）のサブセットを選択することを含んでもよく、抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の異なる抗原に対して、感染細胞の細胞表面上に提示される尤度が増大していることから選択される。
本明細書に開示される方法はまた、抗原（例えば、感染症生物由来抗原）のサブセットを選択することを含んでもよく、抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の抗原に対して、対象に疾患特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大していることから選択される。
本明細書に開示される方法はまた、抗原（例えば、感染症生物由来抗原）のサブセットを選択することを含んでもよく、抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大していることから選択され、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。
本明細書に開示される方法はまた、抗原（例えば、感染症生物由来抗原）のサブセットを選択することを含んでもよく、抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容により阻害の対象となる尤度が減少していることから選択される。
本明細書に開示する方法はまた、抗原（例えば、感染症生物由来抗原）のサブセットを選択することを含んでもよく、抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の抗原に対して、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少していることから選択される。
本明細書に開示する方法はまた、抗原（例えば、感染症生物由来抗原）のサブセットを選択することを含んでもよく、抗原のサブセットは、それぞれがＡＰＣに対して感染細胞において差次的に翻訳後修飾される尤度が減少していることから選択され、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。
本明細書における方法の実施においては、特に断らない限り、当該技術分野における技能の範囲内のタンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術及び薬理学の従来の方法を使用する。かかる技術は文献に充分な説明がなされている。例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ ａｎｄ Ｓｕｎｄｂｅｒｇ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３ｒｄ Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ）Ｖｏｌｓ Ａ ａｎｄ Ｂ（１９９２）を参照されたい。
ＩＩＩ．抗原
抗原は、ヌクレオチドまたはポリペプチドを含みうる。例えば、抗原は、ポリペプチド配列をコードするＲＮＡ配列であってよい。したがって、ワクチンにおいて有用な抗原には、ヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が含まれる。抗原は、感染症生物のヌクレオチド配列またはポリペプチド配列に由来するものであってよい。感染症生物のポリペプチド配列としては、これらに限定されるものではないが、病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドが挙げられる。感染症生物としては、これらに限定されるものではないが、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核が挙げられる。
本明細書では、本明細書に開示される方法によって特定された感染症生物特異的抗原またはエピトープを含む単離されたペプチド、既知の感染症生物特異的抗原またはエピトープを含むペプチド、及び本明細書に開示される方法によって特定された変異体ポリペプチドまたはそのフラグメントが開示される。抗原ペプチドはそれらのコード配列に関して記述することができ、抗原は関連するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む。
ワクチンに組み込む（例えば、カセットにコードする）ことができる抗原には、ヒト及び非ヒト脊椎動物に感染する病原性ウイルスなどのウイルスに対してヒトまたは非ヒト動物を免疫化するうえで有用な免疫原が含まれる。抗原は様々なウイルス科から選択することができる。それに対する免疫応答が望ましい所望のウイルス科の例としては、一般的な風邪の症例の約５０％の原因であるライノウイルス属；ポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、及びＡ型肝炎ウイルスなどのヒトエンテロウイルスを含むエンテロウイルス属；ならびに、主に非ヒト動物における手足口病の原因であるアフトウイルス属を含むピコルナウイルス科が挙げられる。ピコルナウイルス科のウイルスの中では、標的抗原として、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、及びＶＰＧが挙げられる。別のウイルス科としてカリシウイルス科が挙げられ、流行胃腸炎の重要な病原体であるノーウォークウイルス群を含む。ヒト及び非ヒト動物に免疫応答を誘発するために抗原を標的化するうえでの使用に望ましいさらに別のウイルス科としてトガウイルス科があり、アルファウイルス属を含み、アルファウイルス属には、シンドビスウイルス、ロスリバーウイルス、ならびにベネズエラウマ脳炎、東部ウマ脳炎及び西部ウマ脳炎ウイルス、ならびに風疹ウイルスを含むルビウイルスが含まれる。フラビウイルス科は、デング熱、黄熱、日本脳炎、セントルイス脳炎及びダニ媒介性脳炎ウイルスを含む。他の標的抗原がＣ型肝炎及びコロナウイルス科から生成されうるが、これらのウイルスには、多くの非ヒトウイルス、例えば、伝染性気管支炎ウイルス（家禽）、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス（ブタ）、ブタ血球凝集脳脊髄炎ウイルス（ブタ）、ネコ伝染性腹膜炎ウイルス（ネコ）、ネコ腸コロナウイルス（ネコ）、イヌコロナウイルス（イヌ）、及びヒト呼吸器コロナウイルスが含まれ、これらは風邪及び／または非Ａ、ＢまたはＣ型肝炎を引き起こすことがある。コロナウイルス科内では、標的抗原には、Ｅ１（Ｍまたはマトリックスタンパク質とも呼ばれる）、Ｅ２（Ｓまたはスパイクタンパク質とも呼ばれる）、Ｅ３（ＨＥまたはヘマグルチン－エルテロースとも呼ばれる）糖タンパク質（すべてのコロナウイルスに存在するわけではない）またはＮ（ヌクレオキャプシド）が含まれる。さらに他の抗原をラブドウイルス科に対して標的化することができるが、ラブドウイルス科にはベシキュロウイルス属（例えば、水泡性口内炎ウイルス）及び狂犬病ウイルス属（例えば、狂犬病）が含まれる。ラブドウイルス科内では、適当な抗原はＧタンパク質またはＮタンパク質由来のものとすることができる。マールブルグウイルス及びエボラウイルスなどの出血熱ウイルスを包含するフィロウイルス科は適当な抗原のソースとなりうる。パラミクソウイルス科には、パラインフルエンザウイルス１型、パラインフルエンザウイルス３型、ウシパラインフルエンザウイルス３型、ルブラウイルス（ムンプスウイルス）、パラインフルエンザウイルス２型、パラインフルエンザウイルス４型、ニューカッスル病ウイルス（ニワトリ）、牛疫、モルビリウイルス（はしか及びイヌジステンバーを包含する）、及び呼吸合胞体ウイルスを含むニューモウイルスが含まれる（他、糖（Ｇ）タンパク質及び融合（Ｆ）タンパク質、これらの配列はＧｅｎＢａｎｋより入手可能である）。インフルエンザウイルスは、オルソミクソウイルス科内に分類され、適当な抗原（例えば、ＨＡタンパク質、Ｎ１タンパク質）のソースとなりうる。ブンヤウイルス科は、ブンヤウイルス属、（カリフォルニア脳炎、ラ・クロッス）、フレボウイルス（リフトバレー熱）、ハンタウイルス（プレマラ（ｐｕｒｅｍａｌａ）はヘマハギン熱ウイルスである）、ナイロウイルス（ナイロビヒツジ病）及び種々の非指定ブンヤウイルスを含む。アレナウイルス科はＬＣＭ及びラッサ熱ウイルスに対する抗原のソースを与える。レオウイルス科は、レオウイルス属、ロタウイルス属（子供の急性胃腸炎を引き起こす）、オルビウイルス属及びカルチウイルス属（コロラドダニ熱、レボンボ（Ｌｅｂｏｍｂｏ）（ヒト）、ウマ脳炎、ブルータング）を含む。レトロウイルス科は、ネコ白血病ウイルス、ＨＴＬＶＩ及びＨＴＬＶＩＩのようなヒト及び獣医学的疾患を包含するオンコウイルス亜科、レンチウイルス亜科（ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウマ伝染性貧血ウイルス及びスプマウイルス亜科を含む）を含む。レンチウイルス間では、多くの適当な抗原が記載されており、容易に選択することができる。適当なＨＩＶ及びＳＩＶ抗原の例としては、これらに限定されるものではないが、ｇａｇ、ｐｏｌ、Ｖｉｆ、Ｖｐｘ、ＶＰＲ、Ｅｎｖ、Ｔａｔ、Ｎｅｆ、及びＲｅｖタンパク質、ならびにそれらの種々の断片が挙げられる。例えば、Ｅｎｖタンパク質の適当な断片には、ｇｐ１２０、ｇｐ１６０、ｇｐ４１などのそのサブユニットのいずれか、または例えば少なくともアミノ酸約８個の長さのそれらのより小さい断片が含まれうる。同様に、ｔａｔタンパク質の断片も選択することができる［米国特許第５，８９１，９９４号及び米国特許第６，１９３，９８１号を参照］。Ｄ．Ｈ．Ｂａｒｏｕｃｈ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，７５（５）：２４６２－２４６７（Ｍａｒｃｈ ２００１）、及びＲ．Ｒ．Ａｍａｒａ，ｅｔ ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９２：６９－７４（６ Ａｐｒ．２００１）に記載されるＨＩＶ及びＳＩＶタンパク質についても参照されたい。別の例では、ＨＩＶ及び／またはＳＩＶ免疫原性タンパク質またはペプチドを用いて、融合タンパク質または他の免疫原性分子を形成することができる。例えば、２００１年８月２日公開のＷＯ０１／５４７１９及び１９９９年４月８日公開のＷＯ９９／１６８８４に記載されるＨＩＶ－１ Ｔａｔ及び／またはＮｅｆ融合タンパク質及び免疫化のレジメンを参照されたい。本発明は、本明細書に記載されるＨＩＶ及び／またはＳＩＶ免疫原性タンパク質またはペプチドに限定されない。さらに、これらのタンパク質に対する様々な改変がこれまでに記載されているか、または当業者によって容易に行うことができる。例えば、米国特許第５，９７２，５９６号に記載される改変ｇａｇタンパク質を参照されたい。さらに、あらゆる所望のＨＩＶ及び／またはＳＩＶ免疫原を単独でまたは組み合わせて投与することができる。かかる組み合わせには、単一のベクターからの、または複数のベクターからの発現が含まれうる。パポバウイルス科はポリオーマウイルス亜科（ＢＫＵ及びＪＣＵウイルス）及びパピローマウイルス亜科（がんまたは乳頭腫の悪性進行に関連する）を含む。アデノウイルス科は呼吸疾患及び／または腸炎を引き起こすウイルス（ＥＸ、ＡＤ７、ＡＲＤ、Ｏ．Ｂ．）を含む。パルボウイルス科は、ネコパルボウイルス（ネコ腸炎）、ネコ汎白血球減少症ウイルス、イヌパルボウイルス及びブタパルボウイルスを含む。ヘルペスウイルス科は、シンプレックスウイルス属（ＨＳＶＩ、ＨＳＶＩＩ）、バリセロウイルス（仮性狂犬病、水痘帯状疱疹）を含むアルファヘルペスウイルス亜科及び、サイトメガロウイルス属（ヒトＣＭＶ、ムロメガロウイルス）を含むベータヘルペスウイルス亜科、ならびに、リンフォクリプトウイルス属、ＥＢＶ（バーキットリンパ腫）、伝染性鼻気管炎、マレック病ウイルス及びラジノウイルスを包含するガンマヘルペスウイルス亜科を含む。ポックスウイルス科は、オルソポックスウイルス属（痘瘡（天然痘）及びワクシニア（牛痘））、パラポックスウイルス、アビポックスウイルス、カプリポックスウイルス、ウサギポックスウイルス、スイポックスウイルスを包含する脊椎動物ポックスウイルス亜科、及び昆虫ポックスウイルス亜科を含む。ヘパドナウイルス科はＢ型肝炎ウイルスを含む。抗原の適切なソースとなりうる未分類のウイルスの１つに、デルタ型肝炎ウイルスがある。さらに他のウイルス源としては、ニワトリ伝染性ファブリキウス嚢病ウイルス及びブタ呼吸繁殖障害症候群ウイルスが含まれうる。アルファウイルス科はウマ動脈炎ウイルス及び種々の脳炎ウイルスを含む。
ワクチンに組み込む（例えば、カセットにコードする）ことができる抗原には、ヒト及び非ヒト脊椎動物に感染する細菌、真菌、寄生性微生物または多細胞寄生生物を含む病原体に対してヒトまたは非ヒト動物を免疫化するうえで有用な免疫原も含まれる。細菌病原体の例としては、肺炎球菌、ブドウ球菌、及び連鎖球菌を含む病原性グラム陽性球菌が挙げられる。病原性グラム陰性球菌は髄膜炎菌、淋菌を含む。病原性腸グラム陰性桿菌は、腸内細菌科；シュードモナス、アシネトバクテリア及びエイケネラ；類鼻疽；サルモネラ；赤痢菌；ヘモフィルス（ヘモフィルス・インフルエンザエ、ヘモフィルス・ソムナス）；モラクセラ；Ｈ．デュクレイ（Ｈ．ｄｕｃｒｅｙｉ）（軟性下疳を引き起こす）；ブルセラ；フランシセラ・ツラレンシス（Ｆｒａｎｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）（野兎病を引き起こす）；エルシニア（パスツレラ）；ストレプトバシラス・モニリフォルミス及びスピリルムを含む。グラム陽性桿菌は、リステリア・モノサイトゲネス；ブタ丹毒菌；コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）（ジフテリア）；コレラ；Ｂ．アントラシス（Ｂ．ａｎｔｈｒａｃｉｓ）（炭疽菌）；ドノヴァン症（鼠径肉芽腫）；及びバルトネラ症を含む。病原性嫌気性菌により引き起こされる疾患として、破傷風、ボツリヌス中毒、その他のクロストリジウム症、結核、ハンセン病及びその他のマイコバクテリアが挙げられる。具体的な細菌種の例としては、これらに限定されるものではないが、肺連レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、大便レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、カタル球菌（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）、ピロリ菌（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、クラミジア・トラコマティス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、クラミジア・ニューモニエ（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、オウム病クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、サルモネラ・コレレスイス（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム細胞内複合体（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅｃｏｍｐｌｅｘ）、プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、プロテウス・ブルガリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｒｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、レプトスピラ・インターロガンス（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ ｉｎｔｅｒｒｏｇａｎｓ）、ライム病菌（Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ヘモリチカ菌（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃａ）、パスツレラ・マルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）、アクチノバチルス・プルロニューモニア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）及びマイコプラズマ・ガリセプチカム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇａｌｌｉｓｅｐｔｉｃｕｍ）が挙げられる。病原性スピロヘータ疾患として、梅毒；トレポネーマ症；イチゴ腫、ピンタ及び地方病性梅毒；ならびにレプトスピラ症が挙げられる。より高等な病原性細菌及び病原性真菌により引き起こされるその他の感染として、放線菌症；ノカルジア症；クリプトコッカス症（クリプトコッカス）、ブラストミセス症（ブラストミセス）、ヒストプラスマ症（ヒストプラスマ）及びコクシジオイデス症（コクシジオイデス）；カンジダ症（カンジダ）、アスペルギルス症（アスペルギルス）及びムコール症；スポロトリクム症；パラコクシジオイドミコーシス、ペトリエリオジオーシス（ｐｅｔｒｉｅｌｌｉｄｉｏｓｉｓ）、トルロプシス症、菌腫及び黒色真菌症；ならびに皮膚糸状菌症が挙げられる。リケッチア感染症として、発疹チフス、ロッキー山紅斑熱、Ｑ熱及びリケッチア痘症が挙げられる。マイコプラズマ及びクラミジア感染症の例としては、肺炎マイコプラズマ、鼠径リンパ肉芽腫症、オウム病及び周産期のクラミジア感染症が挙げられる。病原性真核生物には病原性原生動物及び蠕虫が包含され、これによる感染症としては、アメーバ症、マラリア、リーシュマニア症（例えば、大形リーシュマニアにより引き起こされる）、トリパノソーマ症、トキソプラスマ症（例えば、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉにより引き起こされる）、ニューモシスチス カリニ、トリカンス（Ｔｒｉｃｈａｎｓ）、トキソプラズマ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、バベシア症、ジアルジア症（例えば、Ｇｉａｒｄｉａにより引き起こされる）、旋毛虫症（例えば、トリコモナスにより引き起こされる）、フィラリア症、住血吸虫症（例えば、住血吸虫により引き起こされる）、線虫、吸虫（ｔｒｅｍａｔｏｄｅ）すなわち吸虫（ｆｌｕｋｅ）、及び条虫（サナダムシ）感染症が挙げられる。他の寄生虫感染症には、特に、回虫、鞭虫、クリプトスポリジウム、及びニューモシスチス・カリニにより引き起こされるものがある。
本明細書では、感染症生物、対象の感染症、または対象の感染細胞に関連する任意のポリヌクレオチドに由来するペプチドも開示される。抗原は、感染症生物の核酸配列またはポリペプチド配列に由来するものであってよい。感染症生物のポリペプチド配列としては、これらに限定されるものではないが、病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドが挙げられる。感染症生物としては、これらに限定されるものではないが、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核が挙げられる。
感染細胞または樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞を含む免疫細胞などの細胞の細胞表面状に提示されることが予測される抗原を選択することができる。免疫原性を有することが予測される抗原を選択することができる。
抗原ヌクレオチド配列によってコードされる１つ以上のポリペプチドは、以下のうちの少なくとも１つを含むことができる：１０００ｎＭ未満のＩＣ５０値でのＭＨＣとの結合親和性、ＭＨＣクラスＩペプチドについてはアミノ酸８～１５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の長さ、プロテアソーム切断を促進するペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及び、ＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在、ＭＨＣクラスＩＩのポリペプチドについてはアミノ酸６～３０個、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の長さ、細胞外もしくはリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシン）によるペプチド促進切断部位またはＨＬＡ－ＤＭにより触媒されるＨＬＡ結合部位内またはその近くの配列モチーフの存在。
１つ以上の抗原は、感染細胞の表面上に存在することができる。
１つ以上の抗原が、感染症を有するか有することが疑われる対象で免疫原性でありうる（例えば、対象にＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答を誘発することができる）。１つ以上の抗原が、感染症のリスクがある対象で免疫原性でありうる（例えば、感染症に特異的なメモリーＴ細胞、メモリーＢ細胞、及び／または抗体の産生を刺激するなど、感染症に対する免疫学的防御（すなわち、免疫）を与えるＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答を対象に誘発することができる）。
１つ以上の抗原が、１つ以上の抗原を認識する抗体（例えば、感染症生物を認識する抗体）の産生などのＢ細胞応答を誘発することが可能な場合がある。抗体は、直鎖状ポリペプチド配列を認識するか、または二次及び三次構造を認識することができる。したがって、Ｂ細胞の抗原としては、これらに限定されるものではないが、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、または二次及び三次構造を有することが知られているかもしくは予測される任意のポリペプチドを含む直鎖状ポリペプチド配列または二次及び三次構造を有するポリペプチドを挙げることができる。一般的に、感染に対するＢ細胞応答を誘発することができる抗原は、感染症生物の表面に見出される。
１つ以上の抗原は、Ｔ細胞応答を誘発することができる抗原（例えば、予測されるＴ細胞エピトープ配列を含むペプチド）と、Ｔ細胞応答を誘発することができる異なる抗原（例えば、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン）との組み合わせを含むことができる。
対象において自己免疫応答を誘導する１つ以上の抗原は、対象のためのワクチン生成との関連において考察から除外することができる。
少なくとも１つの抗原性ペプチド分子（例えば、エピトープ配列）のサイズは、約５個、約６個、約７個、約８個、約９個、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、約２０個、約２１個、約２２個、約２３個、約２４個、約２５個、約２６個、約２７個、約２８個、約２９個、約３０個、約３１個、約３２個、約３３個、約３４個、約３５個、約３６個、約３７個、約３８個、約３９個、約４０個、約４１個、約４２個、約４３個、約４４個、約４５個、約４６個、約４７個、約４８個、約４９個、約５０個、約６０個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１１０個、約１２０個、またはそれよりも多いアミノ分子残基、及びこれらの範囲から導出される任意の範囲を含むことができるが、それらに限定されない。具体的な実施形態において、抗原性ペプチド分子は、アミノ酸５０個以下である。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩについては長さが１５残基以下で、通常約８～約１１残基の間からなり、特に９または１０残基であることができ；ＭＨＣクラスＩＩについては、６～３０残基であることができる。
望ましい場合、より長いペプチドを、いくつかのやり方において設計することができる。１つの例において、ＨＬＡアレル上のペプチドの提示尤度が予測されるかまたは公知である場合、より長いペプチドは、（１）各々の対応する遺伝子産物のＮ末端及びＣ末端に向かって２～５アミノ酸の伸長を有する個々の提示されるペプチド；（２）各々について伸長した配列を有する、提示されるペプチドのいくつかまたはすべての連鎖のいずれかからなることができる。別の場合では、シークエンシングによって長い（１０個よりも多い残基）エピトープ配列の存在が判明した場合、より長いペプチドは、（３）新規な感染症特異的アミノ酸のストレッチ全体からなる（これにより、最も強くＨＬＡ提示されるより短いペプチドを計算またはインビトロ試験選択に基づいて選択する必要がない）。いずれの場合も、より長いペプチドは、患者細胞による内因性プロセシングを可能とし、より効果的な抗原提示及びＴ細胞応答の誘導をもたらしうる。より長いペプチドは、感染症生物で発現されるペプチドの完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせであってもよい。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＨＬＡタンパク質上に提示されることができる。いくつかの態様において、抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、野生型ペプチドよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質上に提示される。いくつかの態様において、抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも１０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも２５０ｎＭ未満、少なくとも２００ｎＭ未満、少なくとも１５０ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満、またはそれよりも小さいＩＣ５０を有することができる。
いくつかの態様において、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、対象に投与された際に、自己免疫応答を誘導せず、及び／または免疫寛容を引き起こさない。
少なくとも２つ以上の抗原性ペプチドを含む組成物も提供される。いくつかの実施形態では、組成物は少なくとも２つの異なるペプチドを含む。少なくとも２つの異なるペプチドは同じポリペプチドに由来するものであってよい。異なるペプチドとは、ペプチドが、長さ、アミノ酸配列、またはその両方において異なることを意味する。ペプチドは、感染症生物に関連することが知られているかもしくは疑われる任意のポリペプチドに由来するものとするか、またはペプチドは、正常細胞または組織と比較して感染細胞で発現が変化していることが知られているかもしくは見出されている任意のポリペプチド（例えば、宿主細胞に発現が制限されている感染症ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む感染症ポリヌクレオチドまたはポリペプチド）に由来するものとすることができる。
望ましい活性または性質を有する抗原性ペプチド及びポリペプチドは、望ましいＭＨＣ分子に結合して適切なＴ細胞を活性化する非改変ペプチドの生物学的活性を増大させるかまたは実質的にそのすべてを少なくとも保持しつつ、特定の望ましい属性、例えば、改善された薬理学的特徴を与えるように改変することができる。例として、抗原性ペプチド及びポリペプチドを、保存的または非保存的のいずれかの置換などの、種々の改変にさらに供することができ、そのような改変は、改善されたＭＨＣ結合、安定性、または提示などの、それらの使用におけるある特定の利点を提供しうる。保存的置換とは、アミノ酸残基を、生物学的及び／または化学的に類似している別のもので、例えば、１つの疎水性残基を別の疎水性残基、または１つの極性残基を別の極性残基で置き換えることを意味する。置換は、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；及びＰｈｅ、Ｔｙｒなどの組み合わせを含む。単一アミノ酸置換の効果はまた、Ｄ－アミノ酸を用いて探査してもよい。そのような改変は、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：３４１－３４７（１９８６），Ｂａｒａｎｙ ＆ Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ｇｒｏｓｓ ＆ Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，ｅｄｓ．（Ｎ．Ｙ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ），ｐｐ．１－２８４（１９７９）；及びＳｔｅｗａｒｔ ＆ Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．，Ｐｉｅｒｃｅ），２ｄ Ｅｄ．（１９８４）に記載されているように、周知のペプチド合成手順を用いて行うことができる。
種々のアミノ酸模倣物または非天然アミノ酸でのペプチド及びポリペプチドの改変は、インビボでのペプチド及びポリペプチドの安定性の増大に特に有用である場合がある。安定性は多くの方法でアッセイすることができる。例として、ペプチダーゼ、ならびに、ヒト血漿及び血清などの種々の生物学的媒質が、安定性を試験するために使用されている。例えば、Ｖｅｒｈｏｅｆ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ．１１：２９１－３０２（１９８６）を参照されたい。ペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを用いて好都合に決定することができる。プロトコールは、概して以下のようなものである。プールしたヒト血清（タイプＡＢ、非熱不活性化）を、使用前に遠心分離によって脱脂する。次いで、血清を、ＲＰＭＩ組織培養培地で２５％に希釈し、ペプチド安定性を試験するために使用する。あらかじめ決定された時間間隔で、少量の反応溶液を取り出して、６％水性トリクロロ酢酸またはエタノールのいずれかに添加する。濁った反応試料を１５分間冷却（４℃）し、次いで、スピンして沈降血清タンパク質を沈殿させる。次いで、ペプチドの存在を、安定性特異的クロマトグラフィー条件を用いた逆相ＨＰＬＣによって決定する。
ペプチド及びポリペプチドを、改善された血清半減期以外の望ましい属性を提供するために修飾することができる。例として、ＣＴＬ活性を誘導するペプチドの能力を、Ｔヘルパー細胞応答を誘導することができる少なくとも１つのエピトープを含有する配列への連結によって増強することができる。免疫原性ペプチド／Ｔヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結することができる。スペーサーは、典型的には、生理学的条件下で実質的に無電荷である、アミノ酸またはアミノ酸模倣物などの相対的に小さな中性分子から構成される。スペーサーは、典型的には、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、または、非極性アミノ酸もしくは中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意で存在するスペーサーは、同じ残基から構成される必要はなく、したがって、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーでありうることが、理解されるであろう。存在する場合、スペーサーは、通常、少なくとも１または２残基、より通常は、３～６残基であろう。あるいは、ペプチドを、スペーサーなしでＴヘルパーペプチドに連結することができる。
抗原性ペプチドは、ペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかで、直接またはスペーサーを介してのいずれかでＴヘルパーペプチドに連結することができる。抗原性ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端を、アシル化することができる。例示的なＴヘルパーペプチドは、破傷風トキソイドの８３０～８４３、インフルエンザの３０７～３１９、マラリアスポロゾイトの周囲３８２～３９８及び３７８～３８９を含む。
タンパク質またはペプチドは、標準的な分子生物学的技法を通したタンパク質、ポリペプチド、もしくはペプチドの発現、天然由来源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含む、当業者に公知の任意の技法によって作製することができる。種々の遺伝子に対応する、ヌクレオチドならびにタンパク質、ポリペプチド及びペプチドの配列は、以前に開示されており、当業者に公知のコンピュータ処理されたデータベースで見出すことができる。１つのそのようなデータベースは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈのウェブサイトに位置する、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＧｅｎｂａｎｋ及びＧｅｎＰｅｐｔデータベースである。公知の遺伝子のコード領域は、本明細書に開示する技法を用いて、または当業者に公知であるように、増幅及び／または発現させることができる。あるいは、タンパク質、ポリペプチド、及びペプチドの種々の商業的調製物が、当業者に公知である。
さらなる態様において、抗原は、抗原性ペプチドまたはその一部をコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を含む。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、例えば、ホスホロチオアートバックボーンを有するポリヌクレオチドなどの、ポリヌクレオチドの一本鎖及び／もしくは二本鎖、または天然形態もしくは安定化形態のいずれか、または、それらの組み合わせであることができ、イントロンを含有してもよく、または含有しなくてもよい。抗原をコードするポリヌクレオチド配列は、転写、翻訳、転写後プロセシング、及び／またはＲＮＡ安定性を改善することなどにより、発現を改善するために配列最適化することができる。例えば、抗原をコードするポリヌクレオチド配列はコドン最適化することができる。本明細書では「コドン最適化」とは、特定の生物のコドンバイアスに関して、低頻度で用いられるコドンを高頻度で用いられる同義コドンに置換することを指す。ポリヌクレオチド配列は、転写後プロセシングを改善するために最適化することができ、例えば、好ましいスプライシング事象にバイアスするように、スプライシングモチーフ（例えば、カノニカル及び／またはクリプティック／非カノニカルスプライスドナー、ブランチ、及び／またはアクセプター配列）の除去、及び／または外因性スプライシングモチーフ（スプライスドナー、ブランチ、及び／またはアクセプター配列）の導入などにより、意図しないスプライシングを減少させるように最適化することができる。外因性イントロン配列としては、これらに限定されるものではないが、ＳＶ４０に由来するもの（例えば、ＳＶ４０ミニイントロン）及び／または免疫グロブリンに由来するもの（例えば、ヒトβ－グロブリン遺伝子）が挙げられる。外因性イントロン配列は、プロモーター／エンハンサー配列と抗原（複数可）配列との間に組み込むことができる。発現ベクターで使用するための外因性イントロン配列は、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用するＣａｌｌｅｎｄｒｅｔ ｅｔ ａｌ．（Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２００７ Ｊｕｌ ５；３６３（２）： ２８８－３０２）により詳細に記載されている。ポリヌクレオチド配列は、例えば、ＲＮＡ安定性モチーフ（例えば、ＡＵリッチエレメント及び／または３’ＵＴＲモチーフ）及び／または反復ヌクレオチド配列の除去により転写物安定性を改善するように最適化することができる。ポリヌクレオチド配列は、例えば、クリプティックな転写イニシエーター及び／またはターミネーターの除去によって正確な転写を改善するように最適化することができる。ポリヌクレオチド配列は、例えば、クリプティックなＡＵＧ開始コドン、未成熟ポリＡ配列、及び／または二次構造モチーフの除去によって翻訳及び翻訳精度を改善するように最適化することができる。ポリヌクレオチド配列は、構成的輸送エレメント（ＣＴＥ）、ＲＮＡ輸送エレメント（ＲＴＥ）、またはウッドチャック転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）の付加などによって、転写物の核外輸送を改善するように最適化することができる。発現ベクターで使用するための核外輸送シグナルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用するＣａｌｌｅｎｄｒｅｔ ｅｔ ａｌ．（Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２００７ Ｊｕｌ ５；３６３（２）： ２８８－３０２）により詳細に記載されている。ポリヌクレオチド配列は、例えば、特定の生物の平均ＧＣ含量を反映するように、ＧＣ含量に関して最適化することができる。配列最適化によって、転写、翻訳、転写後プロセシング、及び／またはＲＮＡ安定性などの１つ以上の配列特性のバランスをとることができる。配列最適化によって、転写、翻訳、転写後プロセシング、及びＲＮＡ安定性のそれぞれのバランスをとる最適配列を生成することができる。配列最適化アルゴリズムは、ＧｅｎｅＡｒｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）、Ｃｏｄｏｎ Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ Ｔｏｏｌ （ＩＤＴ）、Ｃｏｏｌ Ｔｏｏｌ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ）、ＳＧＩ－ＤＮＡ（Ｌａ Ｊｏｌｌａ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）などの当業者には周知のものである。抗原コードタンパク質の１つ以上の領域を別々に配列最適化することができる。
またさらなる態様は、ポリペプチドまたはその一部を発現することができる発現ベクターを提供する。様々な細胞タイプ用の発現ベクターが、当技術分野において周知であり、過度の実験なしで選択することができる。概して、ＤＮＡを、プラスミドなどの発現ベクター中に、発現のための適正な方向及び正確なリーディングフレームで挿入する。必要な場合は、ＤＮＡを、望ましい宿主によって認識される適切な転写及び翻訳調節性制御ヌクレオチド配列に連結することができるが、そのような制御は、概して発現ベクターにおいて利用可能である。次いで、ベクターを、標準的な技法を通して宿主中に導入する。手引きは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．において見出すことができる。
ＩＶ．ワクチン組成物
また、特異的な免疫応答、例えば、感染症生物特異的な免疫応答を生じることができる免疫原性組成物、例えば、ワクチン組成物も、本明細書に開示する。ワクチン組成物は、典型的に、本明細書に記載される方法を用いて選択された、または病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドから選択された１つまたは複数の抗原を含む。ワクチン組成物はワクチンと呼ぶこともできる。
ワクチンは、１～３０個のペプチド、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０個の異なるペプチド、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、もしくは１４個の異なるペプチド、または１２、１３、もしくは１４個の異なるペプチドを含むことができる。ペプチドは、翻訳後修飾を有してもよい。ワクチンは、１～１００個以上のヌクレオチド配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なるヌクレオチド配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列を含むことができる。ワクチンは、１～３０個の抗原配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なる抗原配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原配列を含むことができる。
ワクチンは、１～３０個の抗原コード核酸配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なる抗原コード核酸配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列、または１２、１３もしくは１４個の異なる抗原コード核酸配列を含むことができる。抗原コード核酸配列は、抗原「カセット」の抗原コード部分を指す場合もある。抗原カセットの特性について下記に説明する。抗原コード核酸配列は、１つ以上のエピトープコード核酸配列（例えば、連結されたＴ細胞エピトープをコードした抗原コード核酸配列）を含むことができる。
ワクチンは、１～３０個の異なるエピトープコード核酸配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４，９５、９６、９７、９８、９９、１００個、もしくはそれよりも多くの異なるエピトープコード核酸配列、６、７、８、９、１０ １１、１２、１３、もしくは１４個の異なるエピトープコード核酸配列、または１２、１３もしくは１４個の異なるエピトープコード核酸配列を含むことができる。エピトープコード核酸配列とは、連結されたＴ細胞エピトープコード核酸配列をコードする抗原コード核酸配列中のＴ細胞エピトープのそれぞれなど、個別のエピトープ配列の配列を指す場合もある。
ワクチンは、エピトープコード核酸配列の少なくとも２個の反復配列を含むことができる。本明細書で使用される「反復配列」とは、抗原コード核酸配列内の同じ核酸エピトープコード核酸配列（本明細書に記載される任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）の２個以上の繰り返しを指す。１つの例では、カセットの抗原コード核酸配列部分は、エピトープコード核酸配列の少なくとも２個の反復配列をコードする。さらなる非限定的な例では、カセットの抗原コード核酸配列部分は複数の異なるエピトープをコードし、異なるエピトープのうちの少なくとも１つは、異なるエピトープをコードした核酸配列の少なくとも２個の反復（すなわち、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列）によってコードされる。例示的な非限定例では、抗原コード核酸配列は、エピトープコード核酸配列Ａ（ＥＡ）、エピトープコード配列Ｂ（ＥＢ）、及びエピトープコード配列Ｃ （ＥＣ）によってコードされるエピトープＡ、Ｂ、及びＣをコードし、異なるエピトープのうちの少なくとも１つの反復配列を有する例示的な抗原コード核酸配列は、これらに限定されるものではないが、下式によって示される。
－１つの異なるエピトープの反復配列（エピトープＡの反復配列）：
ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ、または
ＥＡ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ
－複数の異なるエピトープの反復配列（エピトープＡ、Ｂ、及びＣの反復配列）：
ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ、または
ＥＡ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＣ
－複数の異なるエピトープの複数の反復配列（エピトープＡ、Ｂ、及びＣの反復配列）：
ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ、または
ＥＡ－ＥＡ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＢ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＣ－ＥＣ。
上記の例は限定的なものではなく、異なるエピトープのうちの少なくとも１つの反復配列を有する抗原コード核酸配列は、異なるエピトープのそれぞれを任意の順序または頻度でコードすることができる。例えば、順序及び頻度は、例えば式ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＢ－ＥＡ－ＥＣ－ＥＡ－ＥＣ－ＥＣ－ＥＢによるエピトープＡ、Ｂ、及びＣを有する例におけるように、異なるエピトープのランダムな配置とすることができる。
本明細書では、５’から３’の方向に下式によって記述される少なくとも１つの抗原コード核酸配列を有する抗原コードカセットが提供される。
（Ｅｘ－（ＥＮ ｎ）ｙ）ｚ
式中、Ｅは、少なくとも１つの異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｎは、別個の異なるエピトープコード核酸配列の数を表し、０を含む任意の整数であり、
ＥＮは、それぞれの対応するｎについて別個の異なるエピトープコード核酸配列を含むヌクレオチド配列を表し、
ｚのそれぞれの繰り返しについて、各ｎにおいてｘ＝０または１、ｙ＝０または１であり、ｘまたはｙの少なくとも一方は１であり、
ｚ＝２以上であり、抗原コード核酸配列は、Ｅ、特定のＥＮ、またはこれらの組み合わせの少なくとも１つの２回の繰り返しを含む。
各ＥまたはＥＮは、本明細書に記載されるエピトープコード核酸配列（例えば、感染症Ｔ細胞エピトープをコードするペプチド）を独立して含むことができる。例えば、各ＥまたはＥＮは、５’から３’の方向に、式（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）によって記述されるヌクレオチド配列を独立して含むことができ、式中、Ｎは、各ＥまたはＥＮに関連付けられた異なるエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、Ｌ５は５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、Ｌ３は３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１である。使用することができるエピトープ及びリンカーについては本明細書でさらに述べる。
エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）の反復配列は互いに直接連結されてもよい（例えば、上記に示したように、ＥＡ－ＥＡ－…）。エピトープコード核酸配列の反復配列は、１つ以上のさらなるヌクレオチド配列によって分離されてもよい。一般的に、エピトープコード核酸配列の反復配列は、本明細書に記載される組成物に適用可能な任意のサイズのヌクレオチド配列によって分離されうる。１つの例では、エピトープコード核酸配列の反復配列は、別個の異なるエピトープコード核酸配列によって分離されうる（例えば、上記に示したように、ＥＡ－ＥＢ－ＥＣ－ＥＡ…）。反復配列が単一の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって分離されており、各エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）がアミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする例では、反復配列は、例えばＥＡ－ＥＢ－ＥＡ…（ＥＡは７５個のヌクレオチドによって分離されている）により表される抗原コード核酸におけるように７５個のヌクレオチドによって分離されうる。例示的な１つの例では、２５マーの抗原Ｔｒｐ１（ＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱ）及びＴｒｐ２（ＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴ）の反復配列をコードした配列ＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴＶＴＮＴＥＭＦＶＴＡＰＤＮＬＧＹＭＹＥＶＱＷＰＧＱＴＱＰＱＩＡＮＣＳＶＹＤＦＦＶＷＬＨＹＹＳＶＲＤＴを有する抗原コード核酸であり、Ｔｒｐ１の反復配列が２５マーのＴｒｐ２によって分離されており、したがって、Ｔｒｐ１エピトープコード核酸配列の反復配列は、ヌクレオチド７５個のＴｒｐ２エピトープコード核酸配列によって分離される。反復配列が２、３、４、５、６、７、８、または９個の別個の異なるエピトープコード核酸配列によって分離されており、各エピトープコード核酸配列（任意の５’リンカー配列及び／または任意の３’リンカー配列を含む）がアミノ酸２５個の長さのペプチドをコードする例では、反復配列は、それぞれ、１５０、２２５、３００、３７５、４５０、５２５、６００、または６７５個のヌクレオチドによって分離されうる。
一実施形態では、異なるペプチド及び／もしくはポリペプチド、またはそれらをコードするヌクレオチド配列は、ペプチド及び／またはポリペプチドが、異なるＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子などの異なるＭＨＣ分子と結合することができるように選択される。いくつかの態様において、１つのワクチン組成物は、最も頻繁に存在するＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができるペプチド及び／またはポリペプチドのコード配列を含む。したがって、ワクチン組成物は、少なくとも２種類の好ましい、少なくとも３種類の好ましい、または少なくとも４種類の好ましいＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができる異なる断片を含むことができる。
ワクチン組成物は、特異的な細胞傷害性Ｔ細胞応答、及び／または特異的なヘルパーＴ細胞応答を生じることができる。
ワクチン組成物は、特異的Ｂ細胞応答（例えば、抗体応答）を誘発することができる。
ワクチン組成物は、特異的細胞毒性Ｔ細胞応答、特異的ヘルパーＴ細胞応答、及び／または特異的Ｂ細胞応答（例えば、抗体応答）を誘発することができる。ワクチン組成物は、特異的細胞毒性Ｔ細胞応答、特異的ヘルパーＴ細胞応答、及び特異的Ｂ細胞応答（例えば、抗体応答）を誘発することができる。
ワクチン組成物は、アジュバント及び／または担体をさらに含むことができる。有用なアジュバント及び担体の例を本明細書で以下に示す。組成物は、例えば、タンパク質、またはペプチドをＴ細胞に提示することができる樹状細胞（ＤＣ）などの抗原提示細胞などの担体を伴ってもよい。
アジュバントは、ワクチン組成物に混合することで抗原に対する免疫応答を増大または他の形で改変する任意の物質である。担体は、抗原が会合することができる、例えばポリペプチドまたは多糖類などのスカフォールド構造であってよい。任意で、アジュバントは共有結合または非共有結合により結合される。
アジュバントが抗原に対する免疫応答を増大させる能力は、免疫介在反応の有意なもしくは大幅な増大、または疾患症状の低減として一般的に現れる。例えば、体液性免疫の増大は、抗原に対して生成された抗体の力価の有意な増大として一般的に現れ、Ｔ細胞活性の増大は細胞増殖、または細胞毒性、またはサイトカイン分泌の増大として一般的に現れる。アジュバントはまた、例えば、主として体液性またはＴｈ応答を主として細胞性またはＴｈ応答に変化させることにより、免疫応答も変化させることができる。
適当なアジュバントとしては、これらに限定されるものではないが、１０１８ ＩＳＳ、ミョウバン、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリル脂質Ａ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌベクターシステム、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニンから誘導されるＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１スティミュロン（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ）、マイコバクテリウム抽出物及び合成細菌壁模倣体、ならびにＲｉｂｉ’ｓ Ｄｅｔｏｘ． ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどの他の特許取得アジュバントが挙げられる。不完全フロイントまたはＧＭ－ＣＳＦなどのアジュバントが有用である。樹状細胞に対して特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）及びそれらの製剤がこれまでに記載されている（Ｄｕｐｕｉｓ Ｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９８；１８６（１）：１８－２７；Ａｌｌｉｓｏｎ Ａ Ｃ；Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ Ｓｔａｎｄ．１９９８；９２：３－１１）。サイトカインを用いることもできる。いくつかのサイトカインが、リンパ組織への樹状細胞の遊走に影響を及ぼし（例えば、ＴＮＦ－α）、Ｔリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速させ（例えば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１及びＩＬ－４） （参照によって本明細書にその全容を具体的に援用する米国特許第５，８４９，５８９号）、免疫アジュバントとして作用する（例えば、ＩＬ－１２） （Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ Ｄ Ｉ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｅｍｐｈａｓｉｓ Ｔｕｍｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ． １９９６ （６）：４１４－４１８）ことに直接的な関連が示されている。
ＣｐＧ免疫刺激オリゴヌクレオチドも、ワクチン環境におけるアジュバントの効果を高めることが報告されている。ＲＮＡ結合ＴＬＲ ７、ＴＬＲ ８及び／またはＴＬＲ ９のような他のＴＬＲ結合分子を使用することもできる。
有用なアジュバントの他の例としては、これらに限定されるものではないが、化学修飾ＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）、Ｐｏｌｙ（Ｉ：Ｃ）（例えば、ｐｏｌｙｉ：ＣＩ２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌性ＤＮＡまたはＲＮＡ、ならびに、治療作用を有するか、かつ／またはアジュバントとして作用しうる、シクロフォスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、セレブレックス、ＮＣＸ－４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフィニブ、ＸＬ－９９９、ＣＰ－５４７６３２、パゾパニブ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、イピリムマブ、トレメリムマブ、及びＳＣ５８１７５などの免疫活性小分子及び抗体が挙げられる。アジュバント及び添加剤の量ならびに濃度は、当業者によれば不要な実験を行うことなく容易に決定することが可能である。さらなるアジュバントとしては、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスティム）などのコロニー刺激因子が挙げられる。
ワクチン組成物は、複数の異なるアジュバントを含むことができる。さらに、治療組成物は、上記のいずれかまたはそれらの組み合わせを含む、任意のアジュバント物質を含むことができる。ワクチンとアジュバントは、一緒に投与してもよく、または任意の適当な順序で別々に投与することもできる。
担体（または賦形剤）がアジュバントとは独立して存在してもよい。担体の機能は、例えば特定の変異体の分子量を増やすことによって、活性もしくは免疫原性を高める、安定性を付与する、生物活性を高める、または血清半減期を延ばすことであってよい。さらに、担体は、Ｔ細胞へのペプチドの提示を助けることができる。担体は、例えば、タンパク質または抗原提示細胞などの当業者には周知の任意の適当な担体であってよい。担体タンパク質は、これらに限定されるものではないが、キーホールリンペットヘモシアニン；トランスフェリン、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、チログロブリンまたはオボアルブミンなどの血清タンパク質、免疫グロブリン；インスリンまたはパルミチン酸などのホルモンであってよい。ヒトの免疫化においては、担体は一般的に、ヒトに許容される、安全な生理学的に許容される担体である。しかしながら、破傷風トキソイド及び／またはジフテリアトキソイドは適当な担体である。あるいは、担体は、デキストラン、例えばセファロースであってもよい。
細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は、インタクトな外来抗原自体ではなく、ＭＨＣ分子に結合したペプチドの形の抗原を認識する。ＭＨＣ分子自体は、抗原提示細胞の細胞表面に位置している。したがって、ＣＴＬの活性化は、ペプチド抗原、ＭＨＣ分子及びＡＰＣの三量体複合体が存在する場合に可能となる。これに対応して、ＣＴＬは、ペプチドのみがＣＴＬの活性化に用いられる場合でなく、対応するＭＨＣ分子を有するＡＰＣがさらに加えられる場合に免疫応答を増強することができる。したがって、特定の実施形態では、ワクチン組成物は少なくとも１つの抗原提示細胞をさらに含む。
抗原はまた、ワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｔａｔｓｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１０，６１６－６２９を参照されたい）、または、第２、第３、もしくはハイブリッド第２／第３世代のレンチウイルス、及び特異的な細胞タイプもしくは受容体を標的とするように設計された任意の世代の組換えレンチウイルスを含むがそれらに限定されないレンチウイルス（例えば、Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ ｂｙ Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．（２０１１）２３９（１）：４５－６１、Ｓａｋｕｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ：ｂａｓｉｃｔｏ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．（２０１２）４４３（３）：６０３－１８、Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｃｕｅ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｎｔｒｏｎ ｌｏｓｓ ｍａｘｉｍｉｚｅｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ Ｃ ｐｒｏｍｏｔｅｒ，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２０１５）４３（１）：６８２－６９０、Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｌｆ－Ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒ ｆｏｒ Ｓａｆｅ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９８）７２（１２）：９８７３－９８８０を参照されたい）などの、ウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームに含めることもできる。上述のウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームのパッケージング能力に依存して、このアプローチは、１つ以上の抗原ペプチドをコードする１つ以上のヌクレオチド配列を送達することができる。配列は、非変異配列が隣接していてもよく、リンカーによって分離されていてもよく、または、細胞内区画を標的とする１つもしくは複数の配列が先行していてもよい（例えば、Ｇｒｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｏｆ ｍｅｌａｎｏｍａ ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｎａｔ Ｍｅｄ．（２０１６）２２（４）：４３３－８、Ｓｔｒｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｄｏｎｏｒ－ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２０１６）３５２（６２９１）：１３３７－４１、Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｅｄ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｕｒａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎｓ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（２０１４）２０（ １３）：３４０１－１０を参照されたい）。宿主中への導入時に、感染した細胞は、抗原を発現し、それにより、ペプチドに対する宿主免疫（例えば、ＣＴＬ）応答を惹起する。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ ３５１：４５６－４６０（１９９１））に記載されている。抗原の治療的投与または免疫化に有用な、多種多様の他のワクチンベクター、例えば、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）ベクターなどが、本明細書における記載から当業者に明らかであろう。
ＩＶ．Ａ．抗原カセット
１つ以上の抗原の選択に用いられる方法、「カセット」のクローニング及び構築、ならびにウイルスベクターへのその挿入は本明細書に与えられる教示を考慮すれば当該技術分野の範囲内である。「抗原カセット」または「カセット」とは、選択された抗原または複数の抗原（例えば、抗原コード核酸配列）と、この抗原（複数可）を転写し、転写産物を発現するために必要とされる他の調節エレメントとの組み合わせを意味する。選択された抗原または複数の抗原とは、異なるエピトープ配列を指す場合がある（例えば、カセット内の抗原コード核酸配列は、エピトープが転写されて発現されるようにエピトープコード核酸配列（または複数のエピトープコード核酸配列）をコードすることができる）。抗原または複数の抗原は、転写を可能とするような形で調節要素に機能的に連結することができる。かかる要素としては、ウイルスベクターをトランスフェクトした細胞内で抗原（複数可）の発現を誘導することができる従来の調節エレメントが挙げられる。したがって、抗原カセットは、抗原（複数可）に連結され、組換えベクターの選択されたウイルス配列内に他の任意選択的な調節エレメントとともに配置された選択されたプロモーターも含むことができる。カセットは、１つ以上の病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドなどの１つまたは複数の抗原を含むことができる。カセットは、それぞれが独立して別個のプロモーターに機能的に連結されるか、かつ／または、２Ａリボソームスキッピング配列エレメント（例えば、Ｅ２Ａ、Ｐ２Ａ、Ｆ２Ａ、またはＴ２Ａ配列）または内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）配列エレメントなどの他のマルチシストロニックシステムを用いて互いに連結された複数の抗原コード核酸配列を含むカセットなどの１つ以上の抗原コード核酸配列を有することができる。リンカーは、ＴＥＶまたはフリン切断部位のような切断部位を有することもできる。切断部位を有するリンカーを、マルチシストロニックシステム内のエレメントなど、他のエレメントと組み合わせることもできる。非限定的な例示的な例では、フリンプロテアーゼ切断部位を２Ａリボソームスキッピング配列エレメントと組み合わせて使用して、翻訳後の２Ａ配列の除去を促進するようにフリンプロテアーゼ切断部位を構成することができる。複数の抗原コード核酸配列を含むカセットにおいて、各抗原コード核酸配列は、１つ以上のエピトープコード核酸配列（例えば、連結されたＴ細胞エピトープをコードした抗原コード核酸配列）を含むことができる。
有用なプロモーターは、構成性プロモーター、または発現させる抗原（複数可）の量を制御することが可能な調節された（誘導性）プロモーターであってよい。例えば、望ましいプロモーターとして、サイトメガロウイルス最初期プロモーター／エンハンサーのものがある［例えば、Ｂｏｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ，４１：５２１－５３０（１９８５）を参照］。別の望ましいプロモーターとしては、ラウス肉腫ウイルスＬＴＲプロモーター／エンハンサーが挙げられる。さらに別のプロモーター／エンハンサー配列は、ニワトリβアクチンプロモーターである［Ｔ．Ａ．Ｋｏｓｔ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１１（２３）：８２８７（１９８３）］。当業者であれば、他の適当な、または望ましいプロモーターも選択することができる。
抗原カセットは、転写産物の効率的なポリアデニル化（ポリ（Ａ）、ポリＡまたはｐＡ）のためのシグナルを与える配列ならびに機能的スプライスドナー及びアクセプター部位を含むイントロンを含む、ウイルスベクター配列に対して異種の核酸配列も含みうる。本明細書の例示的なベクターに用いられる一般的なポリＡ配列は、パポバウイルスＳＶ－４０由来のものである。ポリＡ配列は、抗原ベースの配列の後で、ウイルスベクター配列の前にカセットに挿入することができる。一般的なイントロン配列もまたＳＶ－４０由来のものでよく、ＳＶ－４０Ｔイントロン配列と呼ばれる。抗原カセットは、プロモーター／エンハンサー配列と抗原（複数可）との間に位置するイントロンを含んでもよい。これら及び他の一般的なベクターエレメントの選択は従来のものであり［例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．”，２ｄ ｅｄｉｔ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８９）及び本明細書に引用される参照文献を参照］、多くのかかる配列が商業的及び産業的供給元、ならびにＧｅｎｂａｎｋより入手可能である。
抗原カセットは１つ以上の抗原を有することができる。例えば個、特定のカセットは、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１０～２０個、１５～２５個、１５～２０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれよりも多くの抗原を含むことができる。抗原は互いに直接連結されてもよい。抗原はリンカーによって互いに連結されてもよい。抗原は、Ｎ～ＣまたはＣ～Ｎを含む、互いに対して任意の方向とすることができる。
他の箇所で述べたように、抗原カセットは、選択することができるものの中でもとりわけ、例えば、ＣｈＡｄ－ベースベクターのＥ１遺伝子領域の欠失またはＥ３遺伝子領域の欠失の部位またはＶＥＥ骨格の欠失した構造タンパク質などのウイルスベクター骨格内の任意の選択された欠失部位内に配置することができる。
抗原カセットは、５’から３’の方向に各要素の順序付けられた配列を記述する下式を用いて記述することができる：
（Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ）Ｚ－（Ｐ２ｈ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ）Ｗ－Ｇ３ｇ
［式中、Ｐ及びＰ２は、プロモーターヌクレオチド配列を含み、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、Ｇ５は、アミノ酸リンカーをコードする核酸配列を含み、Ｇ３は、アミノ酸リンカーをコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、Ｕは、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、各Ｙについて、対応するＵｆは、ユニバーサルなＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列であり、任意で、少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む］。
組成物及び順序付けられた配列は、存在する要素の数を選択することによってさらに定義することができ、例えば、ａ＝０または１である場合、ｂ＝０または１である場合、ｃ＝１である場合、ｄ＝０または１である場合、ｅ＝０または１である場合、ｆ＝１である場合、ｇ＝０または１である場合、ｈ＝０または１である場合、Ｘ＝１～４００であり、Ｙ＝０、１、２、３、４または５であり、Ｚ＝１～４００であり、かつＷ＝０、１、２、３、４または５である。
１つの例では、存在する要素は、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝０、Ｘ＝１０、Ｙ＝２、Ｚ＝１、かつＷ＝１であり、さらなるプロモーターが存在しない場合が記述される場合（例えば、ＲＮＡアルファウイルス骨格などのベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列のみが存在する）、１０個のＭＨＣクラスＩエピトープが存在し、各Ｎについて５’リンカーが存在し、各Ｎについて３’リンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープを連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの５’末端を最後のＭＨＣクラスＩエピトープの３’リンカーに連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの３’末端をベクター骨格に連結するリンカーが存在する。抗原カセットの３’末端の、ベクター骨格との連結の例としては、３’の１９ｎｔのＣＳＥのような、ベクター骨格によって与えられる３’ＵＴＲ要素に直接連結することが挙げられる。抗原カセットの５’末端の、ベクター骨格との連結の例としては、２６Ｓプロモーター配列、アルファウイルスの５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、または２４ｎｔのＣＳＥなどのベクター骨格のプロモーターまたは５’ＵＴＲエレメントに直接連結することが挙げられる。
他の例としては、ａ＝１であり、ベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外のプロモーターが存在する場合が記述される場合；ａ＝１かつＺが１よりも大きく、それぞれが１つ以上の異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列の発現をもたらす、ベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外の複数のプロモーターが存在する場合；ｈ＝１であり、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列の発現をもたらす別のプロモーターが存在することが記述される場合；及び、ｇ＝０であり、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列（存在する場合）がベクター骨格に直接連結される場合などが挙げられる。
他の例としては、存在する各ＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーを有する、３’リンカーを有する、どちらも有さない、または両方を有する場合が挙げられる。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
他の例としては、存在する各抗原が、５’リンカーを有する、３’リンカーを有する、どちらも有さない、または両方を有する場合が挙げられる。複数の抗原が同じ抗原カセット内に存在する例では、一部の抗原が５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他の抗原が、５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数の抗原が同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部の抗原が５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他の抗原が５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ＲＮＡアルファウイルス骨格などのベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と同じであってよい。例えば、ベクター骨格によって与えられるプロモーター配列であるＰｎ及びＰ２が、それぞれ２６ＳのサブゲノミックプロモーターまたはＣＭＶプロモーターを含むことができる。プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ベクター骨格によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と異なっていてもよく、また、互いと異なっていてもよい。
５’リンカーＬ５は、天然配列または非天然配列であってよい。非天然配列としては、これらに限定されるものではないが、ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰが挙げられる。３’リンカーＬ３もまた、天然配列または非天然配列であってよい。さらに、Ｌ５及びＬ３は、いずれも天然配列であってよく、いずれも非天然配列であってよく、または一方が天然で他方が非天然であってもよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーは、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
各Ｙについて、アミノ酸リンカーＧ５は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｙについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
アミノ酸リンカーＧ３は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。Ｇ３はまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープ、またはこれらの組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープ、ＭＨＣクラスＩＩエピトープ、及びＢ細胞応答を刺激することができるエピトープの組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープとＭＨＣクラスＩＩエピトープとの組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープとＢ細胞応答を刺激することができるエピトープとの組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、Ｎは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープとＢ細胞応答を刺激することができるエピトープとの組み合わせをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、または３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。各Ｘについて、各Ｎはまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。各Ｘについて、各Ｎは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、Ｂ細胞応答を刺激することができるエピトープをコードすることができる。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる（例えば、免疫原性ポリペプチドをコードする２個の異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来核酸配列をコードする）。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、７００ヌクレオチド以下であってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～７００ヌクレオチドの長さであってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、６００、５００、４００、３００、２００、または１００ヌクレオチド以下の長さであってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよい。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも２個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、少なくとも３個の異なるエピトープコード核酸配列をコードすることができる。１つ以上の抗原をコードするカセットは、３７５～６００、３７５～５００、または３７５～４００ヌクレオチドの長さであってよく、１～１０個、１～５個、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多い抗原を含むことができる。
ＩＶ．Ｂ．免疫チェックポイント
本明細書に記載されるベクター、例えば本明細書に記載されるＣ６８ベクター、または本明細書に記載されるアルファウイルスベクターは少なくとも１つの抗原をコードする核酸を含むことができ、また、同じまたは別のベクターが、免疫チェックポイント分子に結合してその活性を遮断する少なくとも１つの免疫調節因子（例えばｓｃＦｖなどの抗体）をコードする核酸を含むことができる。ベクターは、抗原と、チェックポイント阻害剤をコードする１つ以上の核酸分子とを含むことができる。
遮断または阻害するための標的となりうる例示的な免疫チェックポイント分子としては、これらに限定されるものではないが、ＣＴＬＡ－４、４－１ＢＢ （ＣＤ１３７）、４－１ＢＢＬ （ＣＤ１３７Ｌ）、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４（ＣＤ２ファミリーの分子に属し、すべてのＮＫ（γδ）及びメモリーＣＤ８＋（αβ）Ｔ細胞で発現する）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５とも呼ばれる）、及びＣＧＥＮ－１５０４９が挙げられる。免疫チェックポイント阻害剤には、ＣＴＬＡ－４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、及びＣＧＥＮ－１５０４９の１つ以上に結合してその活性を遮断または阻害する抗体、またはその抗原結合フラグメント、または他の結合タンパク質が挙げられる。例示的な免疫チェックポイント阻害剤としては、トレメリムマブ（ＣＴＬＡ－４遮断抗体）、抗ＯＸ４０、ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体（抗Ｂ７－Ｈ１；ＭＥＤＩ４７３６）、イピリムマブ、ＭＫ－３４７５（ＰＤ－１ｂｌｏｃｋｅｒ）、ニボルマブ（抗ＰＤ１抗体）、ＣＴ－０１１（抗ＰＤ１抗体）、ＢＹ５５モノクローナル抗体、ＡＭＰ２２４（抗ＰＤＬ１抗体）、ＢＭＳ－９３６５５９（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＰＬＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ（抗ＰＤＬ１抗体）、及びヤーボイ／イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ－４チェックポイント阻害剤）が挙げられる。抗体をコードする配列は、当該技術分野における通常の技能を用いてベクターに操作により組み込むことができる。例示的な方法の１つが、あらゆる目的で参照により本明細書に援用する、Ｆａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔａｂｌｅ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｔ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｌｅｖｅｌｓ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ２Ａ ｐｅｐｔｉｄｅ． Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５ Ｍａｙ；２３（５）：５８４－９０．Ｅｐｕｂ ２００５ Ａｐｒ １７に記載されている。
ＩＶ．Ｃ．ワクチン設計及び製造のさらなる考慮事項
ＩＶ．Ｃ．１．すべての腫瘍サブクローンをカバーするペプチドのセットの決定
すべてまたは大部分のサブクローンによって提示されるペプチドを意味する躯幹ペプチド（ｔｒｕｎｃａｌ ｐｅｐｔｉｄｅ）を、ワクチンに含めるために優先順位付けすることができる。５３ 任意で、高確率で提示され、免疫原性であると予測される躯幹ペプチドが存在しない場合、または高確率で提示され、免疫原性であると予測される躯幹ペプチドの数が、さらなる非躯幹ペプチドをワクチンに含めることができるだけ充分に小さい場合、ワクチンによって包含されるサブクローンの数が最大となるようにサブクローンの数及び種類を推定し、ペプチドを選択することによってさらなるペプチドを順位付けすることができる。５４
ＩＶ．Ｃ．２．抗原の優先順位決定
上記の抗原フィルターのすべてが適用された後、ワクチン技術が対応できるよりも多くの候補抗原が、ワクチン包含になおも利用可能である可能性がある。追加的に、抗原解析の種々の態様についての不確定度が残っている可能性があり、候補ワクチン抗原の様々な性状の間にトレードオフが存在する可能性がある。したがって、選択プロセスの各段階でのあらかじめ決定されたフィルターの代わりに、少なくとも以下の軸を有する空間に候補抗原を置き、積分アプローチを用いて選択を最適化する、積分多次元モデルを考えることができる。
１． 自己免疫または寛容のリスク（生殖細胞系列のリスク）（より低い自己免疫のリスクが、典型的に好ましい）
２． シークエンシングアーチファクトの確率（より低いアーチファクトの確率が、典型的に好ましい）
３． 免疫原性の確率（より高い免疫原性の確率が、典型的に好ましい）
４． 提示の確率（より高い提示の確率が、典型的に好ましい）
５． 遺伝子発現（より高い発現が、典型的に好ましい）
６． ＨＬＡ遺伝子のカバレッジ（抗原のセットの提示に関与する、より多い数のＨＬＡ分子は、感染細胞が、ＨＬＡ分子の下方制御または変異を介して免疫攻撃を回避するであろう確率を低くする可能性がある）
７．ＨＬＡクラスのカバレッジ（ＨＬＡ－Ｉ及びＨＬＡ－ＩＩの両方をカバーすることで、治療応答の確率が高まり、感染症の回避の確率が低くなる可能性がある）
さらに、場合によっては、抗原が、患者の感染細胞のすべてまたは一部において喪失するかまたは不活性化されたＨＬＡアレルによって提示されることが予想される場合には、抗原のワクチン接種における優先順位を下げる（例えば除外）することができる。ＨＬＡアレルの喪失は、体細胞変異、ヘテロ接合性の喪失、または遺伝子座のホモ接合欠失のいずれかによって生じうる。ＨＬＡアレルの体細胞変異の検出方法は当該技術分野では周知のものである（例えば、Ｓｈｕｋｌａ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。体細胞ＬＯＨ及びホモ接合欠失（ＨＬＡ遺伝子座を含む）の検出方法についても同様に述べられている（Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２；ＭｃＧｒａｎａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｖａｎ Ｌｏｏ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。抗原は、質量分析データが、予測された抗原が予測されたＨＬＡアレルによって提示されないことを示す場合には優先順位付けを外してもよい。
ＩＶ．Ｄ．自己複製ＲＮＡベクター
一般的に、すべての自己複製（ＳＡＭ）ＲＮＡベクターは、自己複製ウイルスに由来する自己複製骨格を含む。「自己増幅骨格」という用語は、ウイルスゲノムの自己複製を可能とする自己複製ウイルスの最小配列（複数可）のことを指す。例えば、アルファウイルスの自己複製を可能とする最小配列は、非構造タンパク質媒介増幅のための保存された配列（例えば、非構造タンパク質１ （ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、ｎｓＰ４遺伝子、及び／またはポリＡ配列）を含むことができる。自己複製骨格は、サブゲノミックウイルスＲＮＡの発現のための配列（例えば、アルファウイルスでは２６Ｓプロモーターエレメント）を含むこともできる。ＳＡＭベクターは、（＋）センスまたは（－）センス自己複製ウイルスに由来する骨格を有するベクターのような（＋）センスＲＮＡポリヌクレオチドまたは（－）センスＲＮＡポリヌクレオチドであってよい。自己複製ウイルスとしては、これらに限定されるものではないが、アルファウイルス、フラビウイルス（例えば、クンジンウイルス）、麻疹ウイルス、及びラブドウイルス（例えば、狂犬病ウイルス及び水疱性口内炎ウイルス）が挙げられる。自己複製ウイルス由来のＳＡＭベクターシステムの例は、あらゆる目的で本明細書に参照により援用する、Ｌｕｎｄｓｔｒｏｍ（Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１８ Ｄｅｃ １３；２３（１２）．ｐｉｉ：Ｅ３３１０．ｄｏｉ：１０．３３９０／ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ２３１２３３１０）に記載されている。
ＩＶ．Ｄ．１．アルファウイルスの生物学
アルファウイルスは、トガウイルス科のメンバーであり、一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスである。メンバーは、一般的に、シンドビス、ロスリバー、マヤロ、チクングニア、及びセムリキ森林ウイルスなどの旧世界型、または、東部ウマ脳炎ウイルス、アウラ、フォートモルガン、もしくはベネズエラウマ脳炎ウイルス及びその誘導株ＴＣ－８３などの新世界型に分類される（Ｓｔｒａｕｓｓ Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ Ｒｅｖｉｅｗ １９９４）。天然のアルファウイルスゲノムは、通常、長さ約１２ｋｂであり、その最初の２／３は、ウイルスゲノムを自己複製するためのＲＮＡ複製複合体を形成する非構造タンパク質（ｎｓＰ）をコードする遺伝子を含んでおり、最後の１／３は、ビリオンを産生するための構造タンパク質をコードするサブゲノム発現カセットを含んでいる（Ｆｒｏｌｏｖ ＲＮＡ ２００１）。
アルファウイルスのモデル生活環は、複数の異なるステップを含む（Ｓｔｒａｕｓｓ Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ Ｒｅｖｉｅｗ １９９４，Ｊｏｓｅ Ｆｕｔｕｒｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００９）。宿主細胞にウイルスが吸着した後、ビリオンが細胞内区画内の膜と融合し、最終的にゲノムＲＮＡをサイトゾル中に放出する。プラス鎖の向きを有し、５’末端のメチルグアニル酸キャップ及び３’末端のポリＡテールを有するゲノムＲＮＡは、翻訳されて非構造タンパク質ｎｓＰ１－４を生成し、これが複製複合体を形成する。感染初期には、プラス鎖はこの複合体によってマイナス鎖の鋳型に複製される。現在のモデルでは、複製複合体は感染が進行するにつれてさらにプロセシングされ、生じたプロセス後の複合体はマイナス鎖の完全長プラス鎖ゲノムＲＮＡ及び構造遺伝子を含む２６Ｓのサブゲノムプラス鎖ＲＮＡへの転写に切り替わる。アルファウイルスのいくつかの保存配列エレメント（ＣＳＥ）が、マイナス鎖鋳型からのプラス鎖ＲＮＡの複製における５’ＵＴＲの相補体、ゲノム鋳型からのマイナス鎖合成の複製における５１ｎｔのＣＳＥ、マイナス鎖からのサブゲノムＲＮＡの転写におけるｎｓＰと２６Ｓ ＲＮＡとのジャンクション領域内の２４ｎｔのＣＳＥ、及び、プラス鎖鋳型からのマイナス鎖合成における３’末端の１９ｎｔのＣＳＥを含む様々なＲＮＡ合成ステップにおいて潜在的に一定の役割を担っているものとして同定されている。
ウイルスの自然の生活環では、異なるＲＮＡ種の複製後、ウイルス粒子が通常、アセンブルされる。２６Ｓ ＲＮＡは翻訳され、生じたタンパク質はさらにプロセシングされて、カプシドタンパク質、糖タンパク質Ｅ１及びＥ２、ならびに２種類の小ポリペプチドＥ３及び６Ｋを含む構造タンパク質を生成する（Ｓｔｒａｕｓｓ １９９４）。ウイルス粒子のカプシド形成が生じ、通常はゲノムＲＮＡのみに特異的なカプシドタンパク質がパッケージングされた後、ビリオンがアセンブルされ、膜表面に出芽する。
ＩＶ．Ｄ．２．送達ベクターとしてのアルファウイルス
アルファウイルス（アルファウイルス配列、特徴、及び、他の要素）を使用してアルファウイルスベースの送達ベクター（アルファウイルスベクター、アルファウイルスウイルスベクター、アルファウイルスワクチンベクター、自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクター、または自己増幅ＲＮＡ（ｓａｍＲＮＡ）ベクターとも称される）を作製することができる。アルファウイルスは、発現ベクター系として使用するために従来、遺伝子操作がなされている（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７，Ｒｈｅｍｅ ２００４）。アルファウイルスは、異種抗原の発現が望ましい場合があるワクチン設定においていくつかの長所を有する。アルファウイルスは、宿主のサイトゾル中で自己複製するその能力のため、細胞内の発現カセットの高いコピー数を一般的に得ることができることから、高いレベルの異種抗原の産生を実現することができる。さらに、ベクターは一般的に一過性であるため、バイオセーフティーが高く、ベクターに対する免疫寛容の誘導は低い。また、一般公衆は、一般的にヒトアデノウイルスのような他の標準的ウイルスベクターと比較してアルファウイルスに対する既存の免疫を有していない。アルファウイルスに基づくベクターはまた、感染細胞に対する細胞毒性反応を一般的に生じる。細胞毒性は、発現された異種抗原に対して免疫応答を適性に誘発するためにワクチン設定においてある程度の重要性を有しうる。しかしながら、所望の細胞毒性の程度はバランスの問題であり、そのため、ＶＥＥのＴＣ－８３株をはじめとするいくつかの弱毒化されたアルファウイルスが開発されている。したがって、本明細書に記載される抗原発現ベクターの一例では、高いレベルの抗原発現を可能とし、抗原に対する強い免疫応答を誘発し、ベクター自体に対する免疫応答は誘発せず、安全に使用することができるアルファウイルス骨格を用いることができる。さらに、抗原発現カセットは、ベクターが、ＶＥＥまたはその弱毒化誘導株ＴＣ－８３に由来する配列を含む（ただしこれらに限定されない）どのアルファウイルス配列を用いるかを最適化することを通じて異なるレベルの免疫応答を誘発するように設計することができる。
アルファウイルス配列を用いたいくつかの発現ベクターの設計戦略が開発されている（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７）。１つの戦略では、アルファウイルスベクターの設計は、構造タンパク質遺伝子の下流に２６Ｓプロモーター配列因子の第２のコピーを挿入した後、異種遺伝子を挿入することを含む（Ｆｒｏｌｏｖ １９９３）。これにより、天然の非構造及び構造タンパク質以外に、さらなる異種タンパク質を発現するサブゲノムＲＮＡが産生される。このシステムでは、感染性ビリオンを産生するためのすべての因子が存在し、したがって、非感染細胞において発現ベクターの繰り返しの感染のラウンドが行われうる。
別の発現ベクターの設計では、ヘルパーウイルスシステムを利用する（Ｐｕｓｈｋｏ １９９７）。この戦略では、構造タンパク質は異種遺伝子によって置換される。したがって、依然としてインタクトな非構造遺伝子によって媒介されるウイルスＲＮＡの自己複製の後、２６ＳサブゲノムＲＮＡが異種タンパク質の発現をもたらす。従来、構造タンパク質を発現するさらなるベクターが、例えば、細胞株の同時トランスフェクションなどによってイン・トランスで与えられることで感染性ウイルスを生じる。１つのシステムが米国特許第８，０９３，０２１号に記載されており、当該特許の全容をあらゆる目的で参照によって本明細書に援用する。ヘルパーベクターシステムは、感染性粒子を形成する可能性を制限するという長所をもたらし、したがってバイオセーフティーを改善する。さらに、ヘルパーベクターシステムは、全ベクター長を短縮し、複製及び発現の効率を改善する可能性がある。したがって、本明細書に記載される抗原発現ベクターの一例では、構造タンパク質が抗原カセットで置換されたアルファウイルス骨格を用いることができ、得られるベクターはバイオセーフティーの問題が低減されるのと同時に全体的な発現ベクターのサイズの減少により、効率的な発現を促進する。
ＩＶ．Ｄ．３．インビトロでの自己増幅ウイルスの生成
ＲＮＡ生成のための当該技術分野では周知の従来の方法として、インビトロ翻訳（ＩＶＴ）がある。この方法では、所望のベクターのＤＮＡ鋳型が、クローニング、制限消化、ライゲーション、遺伝子合成、及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの標準的な分子生物学的方法を含む当該技術分野では周知の方法によって最初に生成される。
このＤＮＡ鋳型は、ＲＮＡに転写されることが望ましい配列（例えば、ＳＡＭ）の５’末端にＲＮＡポリメラーゼのプロモーターを有している。プロモーターとしては、これらに限定されるものではないが、Ｔ３、Ｔ７、Ｋ１１、またはＳＰ６などのバクテリオファージポリメラーゼのプロモーターが挙げられる。選択された特異的ＲＮＡポリメラーゼプロモーター配列に応じて、さらなる５’ヌクレオチドが所望の配列に加えて転写されうる。例えば、カノニカルＴ７プロモーターは、配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧにより参照することができ、所望の配列Ｎの生成にＤＮＡ鋳型ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＮを用いたＩＶＴ反応によってｍＲＮＡ配列ＧＧ－Ｎが得られる。一般的に、また、理論によって束縛されることを望まずに言えば、Ｔ７ポリメラーゼは、グアノシンで始まるＲＮＡ転写物をより効率的に転写することができる。さらなる５’ヌクレオチドが望ましくない（例えば、さらなるＧＧが望ましくない）場合、ＤＮＡ鋳型に含まれるＲＮＡポリメラーゼプロモーターは、所望の配列の５’ヌクレオチドのみを含む転写物を生じる配列（例えば、ＳＡＭベクターが由来する自己複製ウイルスの天然の５’配列を有するＳＡＭ）とすることができる。例えば、最小Ｔ７プロモーターは、配列ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡにより参照することができ、所望の配列Ｎの生成にＤＮＡ鋳型ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＮを用いたＩＶＴ反応によってｍＲＮＡ配列Ｎが得られる。同様に、ＡＴＴＴＡＧＧＴＧＡＣＡＣＴＡＴＡにより参照することができる最小ＳＰ６プロモーターを使用してさらなる５’ヌクレオチドを含まない転写物を生成することができる。一般的なＩＶＴ反応では、ＤＮＡ鋳型は、適当なＲＮＡポリメラーゼ酵素、バッファー剤、及びヌクレオチド（ＮＴＰ）とインキュベートされる。
得られたＲＮＡポリヌクレオチドは、７－メチルグアノシンまたは関連する構造などの５’キャップ構造の付加、及び任意で、ポリアデニル化（ポリＡ）テールを有するように３’末端を改変することを含む（ただしこれらに限定されない）方法によって、任意で、さらに改変することができる。改変ＩＶＴ反応では、ＲＮＡは、ＩＶＴにおいてキャップアナログの付加によって同時転写により５’キャップ構造でキャッピングされる。キャップアナログとしては、ジヌクレオチド（（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ）キャップアナログまたはトリヌクレオチド（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ－Ｎ）キャップアナログ（Ｎは、ヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチド（例えば、これらに限定されるものではないが、アデノシン、グアノシン、シチジン、及びウリジンを含むリボヌクレオシド）を表す）。例示的キャップアナログ及びＩＶＴ反応におけるそれらの使用については、あらゆる目的で本明細書に参照により援用する米国特許第１０，５１９，１８９号にも記載されている。上記に述べたように、Ｔ７ポリメラーゼはグアノシンで始まるＲＮＡ転写物をより効率的に転写することができる。グアノシンで始まらない鋳型の転写効率を高めるために、トリヌクレオチドキャップアナログ（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ－Ｎ）を使用することができる。トリヌクレオチドキャップアナログは、ジヌクレオチドキャップアナログ（ｍ７Ｇ－ｐｐｐ－Ｎ）を使用したＩＶＴ反応に対して転写効率を２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０倍、またはそれ以上、高めることができる。
例えば、ｍＲＮＡ ２’－Ｏ－メチルトランスフェラーゼ及びＳ－アデノシルメチオニンを含むワクシニアキャッピングシステム（例えば、ＮＥＢカタログ番号Ｍ２０８０）を用いることなどにより、５’キャップ構造を転写後に付加することもできる。
得られたＲＮＡポリヌクレオチドは、任意で、ポリアデニレート（ポリＡ）テールを含むように３’末端を修飾することを含むがこれに限定されない、記載されるキャッピング法とは別に、またはそれに加えてさらに修飾することができる。
次に、ＲＮＡをフェノールクロロホルム抽出などの当該技術分野では周知の方法を用いて精製することができる。
ＩＶ．Ｄ．４．脂質ナノ粒子による送達
ワクチンベクターの設計において考慮すべき重要な側面の１つとして、ベクター自体に対する免疫がある（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。これは、例えば特定のヒトアデノウイルス系などのベクター自体に対する既存の免疫の形である場合もあり、またはワクチンの投与後に生じるベクターに対する免疫の形である場合もある。後者は、例えば別々のプライミング及びブースター投与のように同じワクチンの複数回の投与が行われる場合、または異なる抗原カセットを送達するために同じワクチンベクターシステムが用いられるような場合に重要な考慮事項となる。
アルファウイルスベクターの場合では、標準的な送達方法は、カプシド、Ｅ１、及びＥ２タンパク質をイン・トランスで与えることによって感染性のウイルス粒子を生じる上記に述べたヘルパーウイルスシステムである。しかしながら、Ｅ１及びＥ２タンパク質は、しばしば中和抗体の主要な標的である点に留意することが重要である（Ｓｔｒａｕｓｓ １９９４）。したがって、対象とする抗原を標的細胞に送達するためにアルファウイルスベクターを使用することの有効性は、感染性粒子が中和抗体の標的とされる場合に低下する可能性がある。
ウイルス粒子を媒介とした遺伝子送達の代替的手法として、ナノ粒子を用いた発現ベクターの送達がある（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。重要な点として、ナノ材料担体は、非免疫原性材料で形成することができ、送達ベクター自体に対する免疫の誘発を一般的に回避することができる。これらの材料としては、これらに限定されるものではないが、脂質、無機ナノ材料、及び他のポリマー材料を挙げることができる。脂質は、カチオン性、アニオン性、または中性であってよい。かかる材料は、合成または天然由来のものであってよく、特定の例では生分解性であってよい。脂質は、脂肪、コレステロール、リン脂質、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）複合体（ＰＥＧ化脂質）を含む（ただしこれに限定されない）脂質複合体、ワックス、油類、グリセリド、及び脂溶性ビタミンを含みうる。
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）は、膜及び小胞状構造の形成を可能とする脂質の両親媒性の性質のために魅力的な送達システムである（Ｒｉｌｅｙ ２０１７）。一般的にこれらの小胞は、標的細胞の膜内に吸収され、サイトゾル中に核酸を放出することによって発現ベクターを送達する。さらに、ＬＮＰは特定の細胞種のターゲティングを促すようにさらに改変または官能化することができる。ＬＮＰの設計における別の考慮事項は、ターゲティングの効率と細胞毒性との間のバランスである。脂質の組成は一般的に、カチオン性、中性、アニオン性、及び両親媒性脂質の規定の混合物を含む。いくつかの例では、ＬＮＰの凝集を防止するか、脂質の酸化を防止するか、またはさらなる部分の付着を促す化学官能基を与えるために特定の脂質が含まれる。脂質の組成は、全体のＬＮＰのサイズ及び安定性に影響しうる。１つの例では、脂質の組成は、ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート（ＭＣ３）またはＭＣ３様分子を含む。ＭＣ３及びＭＣ３様脂質の組成物は、例えばＰＥＧまたはＰＥＧ複合化脂質、ステロール、または中性脂質などの１種類以上の他の脂質を含むように製剤化することができる。
血清に直接曝露された発現ベクターなどの核酸ベクターは、血清中のヌクレアーゼによる核酸の分解、または遊離核酸による免疫系のオフターゲットの刺激を含むいくつかの望ましくない影響を有しうる。したがって、アルファウイルスベクターの封入を利用して分解を防止する一方で、潜在的なオフターゲット効果も防止することができる。特定の例では、アルファウイルスベクターは、ＬＮＰの水性の内部など、送達担体内に完全に封入される。ＬＮＰ内へのアルファウイルスベクターの封入は、微小流体液滴生成装置で行われる微小流体混合及び液滴生成などの当該技術分野では周知の方法によって実施することができる。かかる装置としては、これらに限定されるものではないが、標準的なＴジャンクション装置またはフローフォーカシング装置が挙げられる。１つの例では、ＭＣ３またはＭＣ３様分子含有組成物などの所望の脂質製剤を、アルファウイルス送達ベクター及び他の所望の物質と並行して液滴生成装置に供給することで、送達ベクター及び所望の物質がＭＣ３またはＭＣ３様分子ベースのＬＮＰの内部に完全に封入される。１つの例では、液滴生成装置は、生成されたＬＮＰの粒径範囲及び粒度分布を制御することができる。例えば、ＬＮＰは、直径１～１０００ｎｍの範囲の粒径、例えば、１、１０、５０、１００、５００、または１０００ｎｍの粒径を有することができる。液滴生成の後、発現ベクターを封入した送達ベクターを、投与に備えてさらに処理または改変することができる。
ＩＶ．Ｅ．チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄ）
ＩＶ．Ｅ．１．チンパンジーアデノウイルスによるウイルス送達
１つ以上の抗原を送達するためのワクチン組成物（例えば、抗原カセットによる、病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び／または寄生虫由来ペプチドを含むもの）は、チンパンジー由来のアデノウイルスヌクレオチド配列、各種の新規ベクター、及びチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する細胞株を与えることにより作出することができる。チンパンジーＣ６８アデノウイルス（本明細書ではＣｈＡｄＶ６８とも呼ぶ）のヌクレオチド配列を、抗原を送達するためのワクチン組成物中に使用することができる（配列番号１を参照）。Ｃ６８アデノウイルス由来ベクターの使用については米国特許第６，０８３，７１６号にさらに詳細に記載されており、当該特許の全容をあらゆる目的で参照によって本明細書に援用する。
さらなる態様において、本明細書では、Ｃ６８などのチンパンジーアデノウイルスのＤＮＡ配列と、発現を誘導する調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含む組換えアデノウイルスが提供される。この組換えウイルスは、哺乳動物、好ましくはヒトの細胞に感染させることが可能であり、細胞内で新生抗原カセットの産物を発現することが可能である。このベクターでは、天然のチンパンジーＥ１遺伝子、及び／またはＥ３遺伝子、及び／またはＥ４遺伝子を欠失させることができる。抗原カセットを、これらの遺伝子欠失部位のいずれに挿入することもできる。抗原カセットは、それに対するプライミングされた免疫応答が望ましい抗原を含むことができる。
別の態様において、本明細書では、Ｃ６８などのチンパンジーアデノウイルスを感染させた哺乳動物細胞が提供される。
さらなる別の態様では、チンパンジーアデノウイルス遺伝子（例えばＣ６８由来の）またはその機能的フラグメントを発現する新規な哺乳動物細胞株が提供される。
いっそうさらなる態様において、本明細書では、哺乳動物細胞内に抗原カセットを送達するための方法であって、細胞内に、抗原カセットを発現するように操作された、有効量のＣ６８などのチンパンジーアデノウイルスを導入する工程を含む方法が提供される。
さらなる別の態様は、哺乳動物宿主に免疫応答を誘発する方法を提供する。この方法は、免疫応答が標的とする感染に由来する１種類以上の抗原をコードする抗原カセットを含む、有効量のＣ６８などの組換えチンパンジーアデノウイルスを宿主に投与する工程を含むことができる。
さらなる別の態様は、哺乳動物宿主に免疫応答を誘発して、感染症などの対象の疾患を治療または予防するための方法を提供する。この方法は、免疫応答が標的とする感染症に由来する抗原などの１つ以上の抗原をコードする抗原カセットを含む、有効量のＣ６８などの組換えチンパンジーアデノウイルスを宿主に投与する工程を含むことができる。
さらに、配列番号１の配列から得られるチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する非サル哺乳動物細胞も開示される。この遺伝子は、配列番号１のアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５からなる群から選択することができる。
さらに、配列番号１の配列から得られる遺伝子を含むチンパンジーアデノウイルスのＤＮＡ配列を含む核酸分子も開示される。この遺伝子は、配列番号１の前記チンパンジーアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子からなる群から選択することができる。いくつかの態様において、核酸分子は、配列番号１を含む。いくつかの態様において、核酸分子は、配列番号１のＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が欠失した、配列番号１の配列を含む。
さらに、配列番号１から得られるチンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列と、異種宿主細胞内でカセットの発現を誘導する１つ以上の調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含むベクターであって、任意で、チンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列が、複製及びカプシド形成に必要とされる少なくともシスエレメントを含み、シスエレメントが抗原カセット及び調節配列に隣接している、ベクターも開示される。いくつかの態様において、チンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列は、配列番号１のＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子配列から選択される遺伝子を含む。いくつかの態様において、ベクターは、Ｅ１Ａ及び／またはＥ１Ｂ遺伝子を欠失していてもよい。
本明細書では、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ２領域及び欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ３領域、及び任意で、欠失または部分欠失Ｅ４ｏｒｆ４領域を含む部分欠失Ｅ４遺伝子を含むアデノウイルスベクターも開示される。部分欠失Ｅ４は、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２のＥ４欠失を含むことができ、ベクターは、配列番号１に記載される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む。部分欠失Ｅ４は、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３４，９４２の少なくとも部分欠失、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９５２～３５，３０５の少なくとも部分欠失、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，３０２～３５，６４２の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失を含むことができ、ベクターは、配列番号１に記載される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む。部分欠失Ｅ４は、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９８０～３６，５１６のＥ４欠失を含むことができ、ベクターは、配列番号１に記載される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む。部分欠失Ｅ４は、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９７９～３５，６４２のＥ４欠失を含むことができ、ベクターは、配列番号１に記載される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ３、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失を含むことができる。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、Ｅ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失を含むことができる。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ１の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ２、及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失を含むことができる。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失であるＥ４欠失を含むことができる。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ１の開始部位からＥ４Ｏｒｆ５の開始部位までのＥ４欠失を含むことができる。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ１の開始部位に隣接したＥ４欠失であってよい。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ２の開始部位に隣接したＥ４欠失であってよい。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ３の開始部位に隣接したＥ４欠失であってよい。部分欠失Ｅ４は、Ｅ４Ｏｒｆ４の開始部位に隣接したＥ４欠失であってよい。Ｅ４欠失は、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも６００、少なくとも７００、少なくとも８００、少なくとも９００、少なくとも１０００、少なくとも１１００、少なくとも１２００、少なくとも１３００、少なくとも１４００、少なくとも１５００、少なくとも１６００、少なくとも１７００、少なくとも１８００、少なくとも１９００、ｏｒ 少なくとも２０００ヌクレオチドであってよい。Ｅ４欠失は、少なくとも７００ヌクレオチドであってよい。Ｅ４欠失は、少なくとも１５００ヌクレオチドであってよい。Ｅ４欠失は、５０以下、１００以下、２００以下、３００以下、４００以下、５００以下、６００以下、７００以下、８００以下、９００以下、１０００以下、１１００以下、１２００以下、１３００以下、１４００以下、１５００以下、１６００以下、１７００以下、１８００以下、１９００以下、または２０００ヌクレオチド以下であってよい。Ｅ４欠失は、７５０ヌクレオチド以下であってよい。Ｅ４欠失は、少なくとも１５５０ヌクレオチドまたはそれ以下であってよい。
部分欠失Ｅ４遺伝子は、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であってよい。部分欠失Ｅ４遺伝子は、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列を欠き、かつ、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３４，９４２、ヌクレオチド３４，９５２～３５，３０５、及び配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，３０２～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であってよい。部分欠失Ｅ４遺伝子は、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９８０～３６，５１６を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であってよい。部分欠失Ｅ４遺伝子は、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９７９～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であってよい。部分欠失Ｅ４遺伝子を有するアデノウイルスベクターは、カセットを含むことができ、カセットは少なくとも１つのペイロード核酸配列を含み、さらにカセットは、少なくとも１つのペイロード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列を含む。部分欠失Ｅ４遺伝子を有するアデノウイルスベクターは、配列番号１に示されるＣｈＡｄＶ６８配列の１つ以上の遺伝子または調節配列を有することができ、任意で、１つ以上の遺伝子または調節配列は、配列番号１に示される配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位反復配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子のうちの少なくとも１つを含む。部分欠失Ｅ４遺伝子を有するアデノウイルスベクターは配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６を有することができ、部分欠失Ｅ４遺伝子は、ヌクレオチド２～３４，９１６の３’末端であり、任意で、ヌクレオチド２～３４，９１６は、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３をさらに欠き、かつ／またはＥ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠く。部分欠失Ｅ４遺伝子を有するアデノウイルスベクターは、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８を有することができ、部分欠失Ｅ４遺伝子はヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８の５’末端である。部分欠失Ｅ４遺伝子を有するアデノウイルスベクターは配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６を有することができ、部分欠失Ｅ４遺伝子は、ヌクレオチド２～３４，９１６の３’末端であり、ヌクレオチド２～３４，９１６は、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３をさらに欠き、かつＥ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠く。部分欠失Ｅ４遺伝子を有するアデノウイルスベクターは配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６を有することができ、部分欠失Ｅ４遺伝子は、ヌクレオチド２～３４，９１６の３’末端であり、ヌクレオチド２～３４，９１６は、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３をさらに欠き、かつＥ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、かつ配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８を有し、部分欠失Ｅ４遺伝子は、ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８の５’末端である。
部分欠失Ｅ４遺伝子は、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２～３４，９１６を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であってよく、部分欠失Ｅ４遺伝子は、ヌクレオチド２～３４，９１６の３’末端であり、ヌクレオチド２～３４，９１６は、Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３をさらに欠き、かつＥ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、かつ配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８を有し、部分欠失Ｅ４遺伝子は、ヌクレオチド３５，６４３～３６，５１８の５’末端である。
さらに、抗原カセットを発現するように操作されたＣ６８ベクターなどの本明細書に開示されるベクターをトランスフェクトした宿主細胞も開示される。さらに、細胞内に本明細書に開示されるベクターを導入することによって細胞内に導入された選択された遺伝子を発現するヒト細胞も開示される。
さらに、哺乳動物細胞に抗原カセットを送達するための方法であって、前記細胞内に、抗原カセットを発現するように操作された有効量のＣ６８ベクターなどの本明細書に開示されるベクターを導入することを含む方法も提供される。
さらに、哺乳動物細胞内に本明細書に開示されるベクターを導入することと、適当な条件下で細胞を培養することと、抗原を産生することと、を含む、抗原を産生するための方法も開示される。
ＩＶ．Ｅ．２．Ｅ１を発現する相補性細胞株
本明細書に記載される遺伝子のいずれかにおいて欠失を有する組換えチンパンジーアデノウイルス（Ａｄ）を作製するため、欠失させた遺伝子領域の機能（ウイルスの複製及び感染性に不可欠である場合）をヘルパーウイルスまたは細胞株（すなわち、相補性またはパッケージング細胞株）によって組換えウイルスに供給することができる。例えば、複製欠損チンパンジーアデノウイルスベクターを作製するには、ヒトまたはチンパンジーアデノウイルスのＥ１遺伝子産物を発現する細胞株を使用することができ、そのような細胞株にはＨＥＫ２９３またはそのバリアントが含まれうる。チンパンジーＥ１遺伝子を発現する細胞株の作製のプロトコール（米国特許第６，０８３，７１６号の実施例３及び４）にしたがって任意の選択されたチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する細胞株を作製することができる。
ＡＡＶ強化アッセイを用いてチンパンジーアデノウイルスＥ１発現細胞株を同定することができる。このアッセイは、他の特性評価されていないアデノウイルス（例えば他の種由来）のＥ１遺伝子を使用して作製された細胞株においてＥ１の機能を同定するうえで有用である。このアッセイは米国特許第６，０８３，７１６号の実施例４Ｂに記載されている。
選択されたチンパンジーアデノウイルス遺伝子（例えばＥ１）は、選択された親細胞株で発現するためのプロモーターの転写制御下にある可能性がある。この目的で誘導性または構成性プロモーターを用いることができる。誘導性プロモーターには、亜鉛によって誘導されるヒツジメタロチオニンプロモーター、または糖質コルチコイド、特にデキサメタゾンによって誘導されるマウス哺乳動物腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）がある。本明細書に参照により援用するところの国際出願第ＷＯ９５／１３３９２号において特定されるものなどの他の誘導性プロモーターもパッケージング細胞株の作製に使用することができる。チンパンジーアデノウイルス遺伝子の発現を制御する構成性プロモーターも用いることができる。
任意の所望のＣ６８遺伝子を発現する新規な細胞株を作製するために親細胞を選択することができる。限定されることなく、かかる親細胞株は、ＨｅＬａ［ＡＴＣＣ寄託番号ＣＣＬ２］、Ａ５４９［ＡＴＣＣ寄託番号ＣＣＬ１８５］、ＫＢ［ＣＣＬ１７］、Ｄｅｔｒｏｉｔ［例えばＤｅｔｒｏｉｔ５１０、ＣＣＬ７２］、及びＷＩ－３８［ＣＣＬ７５］細胞であってよい。他の適当な親細胞株を他の供給元から入手することができる。親細胞株としては、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３またはそのバリアント、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ－２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１－２ａを挙げることができる。
Ｅ１発現細胞株は、組換えチンパンジーアデノウイルスＥ１欠失ベクターの作製において有用となりうる。１つ以上の他のチンパンジーアデノウイルス遺伝子産物を発現する基本的に同じ手順を用いて構築された細胞株は、これらの産物をコードする遺伝子に欠失を有する組換えチンパンジーアデノウイルスベクターの作製において有用である。さらに、他のヒトＡｄＥ１遺伝子産物を発現する細胞株も、チンパンジー組換えＡｄを作製するうえで有用である。
ＩＶ．Ｅ．３．ベクターとしての組換えウイルス粒子
本明細書に開示される組成物は、少なくとも１種類の抗原を細胞に送達するウイルスベクターを含むことができる。かかるベクターは、Ｃ６８のようなチンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列と、カセットを直接発現するための調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含む。Ｃ６８ベクターは、感染した哺乳動物細胞内でカセットを発現することが可能である。Ｃ６８ベクターは１つ以上のウイルス遺伝子に機能的欠失を有することができる。抗原カセットは、プロモーターなどの１つ以上の調節配列の制御下にある少なくとも１つの抗原を含む。任意選択的なヘルパーウイルス及び／またはパッケージング細胞株によって、チンパンジーウイルスベクターに、欠失させたアデノウイルス遺伝子の任意の必要な産物を供給することができる。
「機能的に欠失された」という用語は、その遺伝子領域の充分な量が除去または例えば変異もしくは改変により他の形で変化させられていることにより、その遺伝子領域が遺伝子発現の１つ以上の機能的産物を産生できなくなっていることを意味する。機能的欠失につながりうる変異または改変としては、これらに限定されるものではないが、未成熟終止コドンの導入及び基準及び非基準開始コドンの除去のようなナンセンス変異、ｍＲＮＡスプライシングまたは他の転写プロセシングを変化させる変異、またはこれらの組み合わせが挙げられる。必要な場合、遺伝子領域全体を除去することができる。
配列の欠失、挿入、及び他の変異を含む、本明細書に開示されるベクターを形成する核酸配列の改変は、標準的な分子生物学的手法を用いて生成することができるものであり、本明細書の範囲内である。
ＩＶ．Ｅ．４．ウイルスプラスミドベクターの構築
本発明で有用なチンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターには、組換え欠損アデノウイルス、すなわち、Ｅ１ａまたはＥ１ｂ遺伝子に機能的欠失を有し、任意で、例えば温度感受性変異または他の遺伝子における欠失などの他の変異を有するチンパンジーアデノウイルス配列が含まれる。これらのチンパンジー配列は、他のアデノウイルス及び／またはアデノ随伴ウイルス配列からハイブリッドベクターを形成するうえでも有用であると予想される。ヒトアデノウイルスから調製された同種アデノウイルスベクターについては、刊行文献に記載されている［例えば、上記に引用のＫｏｚａｒｓｋｙ Ｉ及びＩＩ、ならびに同文献に引用された参照文献、米国特許第５，２４０，８４６号を参照］。
抗原カセットをヒト（または他の哺乳動物）細胞に送達するための有用なチンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターの構築において、広範囲のアデノウイルス核酸配列をベクターに用いることができる。最小のチンパンジーＣ６８アデノウイルス配列を含むベクターをヘルパーウイルスとともに使用して感染性の組換えウイルス粒子を作製することができる。ヘルパーウイルスは、最小のチンパンジーアデノウイルスベクターのウイルス感染性及び増殖に必要な基本的な遺伝子産物を提供する。チンパンジーアデノウイルス遺伝子の１つ以上の選択された欠失のみが、欠失がなければ機能性のウイルスベクターに導入される場合、欠失された遺伝子産物は、欠失された遺伝子機能をイン・トランスで与えるウイルスを選択されたパッケージング細胞株内で増殖させることによるウイルスベクター作製プロセスで供給することができる。
ＩＶ．Ｅ．５．組換え最小アデノウイルス
最小チンパンジーＡｄ Ｃ６８ウイルスとしては、複製及びビリオンのカプシド形成に必要なアデノウイルスのシスエレメントのみを含むウイルス粒子がある。すなわち、このベクターは、アデノウイルスのシス作用性の５’及び３’の末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）（複製起点として機能する）と、天然の５’パッケージング／エンハンサードメイン（直鎖状のＡｄのゲノム及びＥ１プロモーターのエンハンサーエレメントをパッケージングするために必要な配列を含む）とを含む。例えば、国際出願第ＷＯ９６／１３５９７号において「最小」ヒトＡｄベクターの調製について述べられ、本明細書に参照によって援用する方法を参照されたい。
ＩＶ．Ｅ．６．他の欠損アデノウイルス
組換え複製不全アデノウイルスは、最小チンパンジーアデノウイルス配列以上のものを含んでもよい。これらの他のＡｄベクターは、ウイルスの遺伝子領域の異なる部分の欠失、ならびに、必要に応じたヘルパーウイルス及び／またはパッケージング細胞株の使用によって形成される感染性ウイルス粒子によって特徴付けることができる。
１つの例として、適当なベクターは、Ｃ６８アデノウイルスの最初期遺伝子Ｅ１ａ及び後初期遺伝子Ｅ１ｂの全体または充分な部分を欠失させることにより、それらの正常な生物学的機能を失わせることによって形成することができる。複製不全Ｅ１欠失ウイルスは、対応する遺伝子産物をイン・トランスで与える機能的アデノウイルスＥ１ａ及びＥ１ｂ遺伝子を含むチンパンジーのアデノウイルス形質転換相補性細胞株で増殖させた場合に感染性のウイルスを複製及び生成することが可能である。既知のアデノウイルス配列に対する相同性に基づけば、得られる組換えチンパンジーアデノウイルスは、当該技術分野のヒト組換えＥ１欠失アデノウイルスでそうであるように多くの細胞種に感染することが可能であり、抗原（複数可）を発現することができるが、チンパンジーＥ１領域ＤＮＡを有していない多くの細胞では、細胞が極めて高い感染多重度で感染していない限りは複製できないものと予想される。
別の例として、Ｃ６８アデノウイルス後初期遺伝子Ｅ３の全体または一部を、組換えウイルスの一部を形成するチンパンジーアデノウイルス配列から除去することができる。
チンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターは、Ｅ４遺伝子の欠失を有するように構築することもできる。さらに別のベクターは、後初期遺伝子Ｅ２ａに欠失を有することができる。
欠失は、チンパンジーＣ６８アデノウイルスゲノムの後期遺伝子Ｌ１～Ｌ５のいずれに導入することもできる。同様に、中期遺伝子ＩＸ及びＩＶａ２内の欠失も特定の目的では有用となりうる。他の欠失を他の構造または非構造アデノウイルス遺伝子に導入することもできる。
上記に述べた欠失は、個々に用いることもできる。すなわち、アデノウイルス配列はＥ１のみの欠失を有してもよい。また、それらの生物学的活性を破壊または低減するうえで効果的な遺伝子全体またはその一部を任意の組み合わせで用いることもできる。例えば、１つの例示的なベクターでは、アデノウイルスＣ６８配列は、Ｅ１遺伝子及びＥ４遺伝子、またはＥ１、Ｅ２ａ、及びＥ３遺伝子、またはＥ１及びＥ３遺伝子、または、Ｅ３の欠失を伴うかまたは伴わない、Ｅ１、Ｅ２ａ、及びＥ４遺伝子の欠失を有することができる。上記に述べたように、かかる欠失は、所望の結果を得るために温度感受性変異などの他の変異と組み合わせて用いることができる。
抗原（複数可）を含むカセットを任意で、チンパンジーＣ６８Ａｄウイルスの任意の欠失領域に挿入する。また、必要に応じて既存の遺伝子領域内にカセットを挿入することでその領域の機能を破壊することもできる。
ＩＶ．Ｅ．７．ヘルパーウイルス
抗原カセットを送達するために用いられるウイルスベクターのチンパンジーアデノウイルス遺伝子の含量に応じて、ヘルパーアデノウイルスまたは非複製ウイルスフラグメントを用いて、カセットを含む感染性の組換えウイルス粒子を生成するのに充分なチンパンジーアデノウイルス遺伝子配列を与えることができる。
有用なヘルパーウイルスは、アデノウイルスベクターコンストラクト中に存在しない、及び／またはベクターをトランスフェクトしたパッケージング細胞株によって発現されない選択されたアデノウイルス遺伝子配列を含む。ヘルパーウイルスは複製不全であってよく、上記に述べた配列以外の様々なアデノウイルス遺伝子を含むことができる。ヘルパーウイルスは、本明細書に記載されるＥ１発現細胞株と組み合わせて用いることができる。
Ｃ６８では、「ヘルパー」ウイルスは、Ｃ６８ゲノムのＣ末端を、ウイルスの左端から約１３００ｂｐを除去するＳｓｐＩによって短縮することによって形成されるフラグメントとすることができる。次に、この短縮されたウイルスをプラスミドＤＮＡとともにＥ１発現細胞株内に同時トランスフェクトすることにより、プラスミド内のＣ６８配列との相同組換えによって組換えウイルスを形成する。
ヘルパーウイルスは、Ｗｕ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６４：１６９８５－１６９８７ （１９８９）；Ｋ．Ｊ．Ｆｉｓｈｅｒ ａｎｄ Ｊ．Ｍ．Ｗｉｌｓｏｎ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．，２９９：４９（Ａｐｒ．１，１９９４）に記載されるようなポリカチオン複合体として形成することもできる。ヘルパーウイルスは、任意で、レポーター遺伝子を含んでもよい。多くのかかるレポーター遺伝子が当該技術分野で知られている。アデノウイルスベクター上の抗原カセットとは異なるヘルパーウイルス上のレポーター遺伝子の存在によって、Ａｄベクターとヘルパーウイルスを独立して観察することが可能となる。この第２のレポーター遺伝子を用いることで、精製時に得られた組換えウイルスとヘルパーウイルスとを分離することが可能である。
ＩＶ．Ｅ．８．ウイルス粒子のアセンブリと細胞株の感染
アデノウイルス、抗原カセット、及び他のベクター因子の選択されたＤＮＡ配列の様々な中間プラスミド及びシャトルベクターへのアセンブリ、ならびに組換えウイルス粒子を作製するためのプラスミド及びシャトルベクターの使用は、従来の手法を用いてすべて実現することができる。かかる手法としては、従来のｃＤＮＡのクローニング法、インビトロ組換え法（例えば、ギブソンアセンブリ）、アデノウイルスゲノムの重複するオリゴヌクレオチド配列の使用、ポリメラーゼ連鎖反応、及び所望のヌクレオチド配列を与える任意の適当な方法が挙げられる。標準的なトランスフェクション及び同時トランスフェクションの手法、例えば、ＣａＰＯ４沈殿法またはリポフェクタミンなどのリポソーム媒介トランスフェクション法が用いられる。用いられる他の従来の方法としては、ウイルスゲノムの相同組換え、アガーオーバーレイ中でのウイルスのプラーク形成、シグナル発生測定の方法などが挙げられる。
例えば、所望の抗原を含むウイルスベクターの構築及びアセンブリの後、ベクターをインビトロでヘルパーウイルスの存在下でパッケージング細胞株にトランスフェクトすることができる。ヘルパーとベクター配列との間で相同組換えが起こり、これによりベクター内のアデノウイルス－抗原配列が複製されてビリオンカプシド内にパッケージングされ、組換えウイルスベクター粒子が得られる。
得られた組換えチンパンジーＣ６８アデノウイルスは、抗原カセットを選択された細胞に導入するうえで有用である。パッケージング細胞株内で増殖させた組換えウイルスを用いたインビボ実験において、Ｅ１欠失組換えチンパンジーアデノウイルスが、カセットを非チンパンジー細胞、好ましくはヒト細胞に導入するうえで実用性を有することが実証されている。
ＩＶ．Ｅ．９．組換えウイルスベクターの使用
したがって、抗原カセットを含む得られた組換えチンパンジーＣ６８アデノウイルス（上記に述べたようなアデノウイルスベクターとヘルパーウイルス、またはアデノウイルスベクターとパッケージング細胞株の組み込みにより作製される）は、抗原（複数可）をインビボまたはエクスビボで対象に送達することができる効率的な遺伝子導入担体を与えるものである。
上記に述べた組換えベクターは、遺伝子治療について公開されている方法にしたがってヒトに投与される。抗原カセットを有するチンパンジーウイルスベクターは、好ましくは生体適合性溶液または薬学的に許容される送達溶媒中に懸濁させて患者に投与することができる。適当な溶媒としては滅菌生理食塩水が挙げられる。薬学的に許容される担体として知られ、当業者には周知のものである他の水性及び非水性等張滅菌注射溶液、ならびに水性及び非水性滅菌懸濁液をこの目的で使用することもできる。
チンパンジーアデノウイルスベクターは、ヒト細胞を形質転換し、医療分野の当業者によって判定することが可能な有害作用を伴わずに、または医学的に許容される生理学的作用を伴って、治療効果を与えるうえで充分なレベルの抗原の導入及び発現をもたらすのに充分な量で投与される。従来の薬学的に許容される投与経路としては、これらに限定されるものではないが、肝臓、鼻腔内、静脈内、筋肉内、皮下、皮内、経口、及び他の非経口の投与経路が挙げられる。投与経路は必要に応じて組み合わせることができる。
ウイルスベクターの用量は、治療される状態、患者の年齢、体重、及び健康状態などの因子に主として依存し、したがって患者間で異なりうる。用量は、あらゆる副作用に対して治療効果のバランスがとれるように調節され、かかる用量は、組換えベクターが用いられる治療用途に応じて異なりうる。抗原（複数可）の発現レベルを観察することにより、投与頻度を決定することができる。
組換え複製不全アデノウイルスは、「薬学的有効量」、すなわち、所望の細胞をトランスフェクトし、ワクチン効果、すなわち一定の測定可能なレベルの防御免疫をもたらすような選択された遺伝子の充分な発現レベルを与えるのにある投与経路で有効な組換えアデノウイルスの量で投与することができる。抗原を含むＣ６８ベクターは、アジュバントと同時投与することができる。アジュバントは、ベクターとは別のモノマーの出会ってもよく（例えばミョウバン）または特にアジュバントがタンパク質である場合にはベクター内にコードされてもよい。アジュバントは当該技術分野では周知のものである。
従来の薬学的に許容される投与経路としては、これらに限定されるものではないが、鼻腔内、筋肉内、気管内、皮下、皮内、直腸内、経口、及び他の非経口の投与経路が挙げられる。投与経路は必要に応じて組み合わせるか、または免疫原もしくは疾患に応じて調節することができる。例えば、狂犬病の予防では、皮下、気管内、及び鼻腔内経路が好ましい。投与経路は、主として治療される疾患の性質によって決められる。
抗原（複数可）の発現レベルを観察することにより、ブースターの必要性（ある場合）を決定することができる。例えば、血清中の抗体力価の評価の後、必要に応じてブースター免疫が望ましい場合がある。
Ｖ．治療及び製造方法
本明細書に開示する方法を用いて特定された複数の抗原などの１つ以上の抗原を対象に投与することにより、対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導し、感染症生物に対するワクチン接種を行い、対象の感染症生物に関連した感染症の症状を治療及びまたは緩和する方法も提供される。
いくつかの態様では、対象は、年齢、地理的／移動、及び／または仕事に関連した感染症の高いリスクまたは素因など、感染症を診断されているかまたは感染症のリスクを有する、または季節性及び／または新規の疾患感染のリスクを有する。
抗原は、ＣＴＬ応答を誘導するのに充分な量で投与することができる。抗原は、Ｔ細胞応答を誘導するのに充分な量で投与することができる。抗原は、Ｂ細胞応答を誘導するのに充分な量で投与することができる。
抗原は、単独で、または他の治療薬と併用して投与することができる。治療薬は、抗ウイルス剤または抗生剤などの感染症生物を標的とするものを含みうる。
さらに、対象に、チェックポイント阻害剤などの抗免疫抑制／免疫刺激剤をさらに投与することができる。例えば、対象に、抗ＣＴＬＡ抗体または抗ＰＤ－１または抗ＰＤ－Ｌ１をさらに投与することができる。ＣＴＬＡ４またはＰＤ－Ｌ１の遮断は、患者のがん性細胞に対する免疫応答を高めることができる。詳細には、ＣＴＬＡ４の遮断は、ワクチン接種プロトコールに従った場合に効果的であることが示されている。
ワクチン組成物中に含まれる各抗原の最適量及び最適な投与レジメンを決定することができる。例えば、抗原またはそのバリアントは、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内 （ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射用に製剤化することができる。注射の方法としては、皮下（ｓ．ｃ．）、皮内（ｉ．ｄ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）、及び静脈内（ｉ．ｖ．）が挙げられる。ＤＮＡまたはＲＮＡの注射方法としては、皮内（ｉ．ｄ．）、筋肉内（ｉ．ｍ．）、皮下（ｓ．ｃ．）、腹腔内（ｉ．ｐ．）及び静脈内（ｉ．ｖ．）が挙げられる。ワクチン組成物の他の投与方法は、当業者には周知のものである。
ワクチンは、組成物中に存在する抗原の選択、数、及び／または量が、組織、感染症、及び／または患者に特異的であるように適合することができる。例えば、ペプチドの正確な選択は、特定の親タンパク質の発現パターンによって導くか、または患者の変異もしくは疾患状態によって導くことができる。この選択は、特定の感染症（例えば、対象が感染している、または感染のリスクのある特定のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２単離物）、疾患の状態、ワクチン接種の目的（例えば、予防的かまたは進行中の疾患を標的としているか）、初期の治療レジメン、患者の免疫状態、及び、言うまでもなく、患者のＨＬＡハロタイプに依存しうる。さらに、ワクチンは、特定の患者の個人的ニーズにしたがって、個別化された成分を含むことができる。例としては、特定の患者における抗原の発現にしたがって抗原の選択を変えること、または治療の第１ラウンドもしくはスキーム後の二次的治療を調整することが挙げられる。
抗原ワクチンの投与を行うための患者は、様々な診断方法、例えば、下記でさらに述べる患者選択方法の使用により特定することができる。患者選択では、１つ以上の遺伝子の変異または発現パターンを特定することを行うことができる。患者選択では、進行中の感染の感染症を特定することを行うことができる。患者選択では、感染症による感染のリスクを特定することを行うことができる。任意で、患者選択では、患者のハプロタイプを特定することを行う。様々な患者選択方法を並行して行うことができ、例えば、シークエンシング診断によって患者の変異及びハプロタイプの両方を特定することができる。様々な患者選択方法を順次行うこともでき、例えば、１つの診断検査で変異を特定し、別の診断検査で患者のハプロタイプを特定し、その場合、各検査は、同じ（例えば、両方ともハイスループットシークエンシング）か、または異なる（例えば、一方がハイスループットシークエンシングで他方がサンガーシークエンシング）診断方法であってよい。
組成物が感染症のワクチンとして使用されるためには、正常組織で高量で発現される類似の正常な自己ペプチドを含む抗原が、本明細書に記載される組成物中で避けられるかまたは低量で存在してもよい。これに対して、患者の感染細胞が特定の抗原を高量で発現していることが分かっている場合、この感染の治療用のそれぞれの医薬組成物を高量で存在させることができ、及び／またはこの特定の抗原またはこの抗原の経路に対して特異的な複数の抗原が含まれてもよい。
抗原を含む組成物を、既に感染症に罹患している個人に投与することができる。治療用途では、組成物は、感染症生物抗原に対する効果的なＣＴＬを誘発し、症状及び／または合併症を治癒または少なくとも部分的に阻止するうえで充分な量で患者に投与される。これを実現するのに適した量は、「治療有効用量」として定義される。この目的で有効な量は、例えば、組成物、投与形態、治療される疾患のステージ及び重症度、患者の体重及び一般的状態、ならびに処方医師の判断によって決められる。組成物は、特に、感染症生物が誘導された臓器障害及び／または他の免疫病態を有する場合に、重篤な病状、すなわち命に関わる、または潜在的に命に関わる状況で一般的に用いることができる。そのような場合、外来物質及び抗原の相対的非毒性特性の最小化を考慮すると、治療にあたる医師によってこれらの組成物の大幅な過剰量を投与することが可能であり、望ましいと感じられるものと考えられる。
治療用途では、感染の検出または治療時に投与を開始することができる。これに続いて、少なくとも症状が実質的に消失し、その後の所定の期間、または免疫が得られたとみなされる（例えば、メモリーＢ細胞もしくはＴ細胞集団、または抗原特異的Ｂ細胞もしくは抗体が産生される）まで、ブースター用量を投与することができる。
治療処置用の医薬組成物（例えば、ワクチン組成物）は、非経口、局所（ｔｏｐｉｃａｌ）、経鼻、経口、局所（ｌｏｃａｌ）投与を意図している。医薬組成物は、非経口的に、例えば、静脈内、皮下、皮内、または筋肉内投与することができる。組成物は、対象の特定の感染組織及び／または細胞を標的として投与することができる。本明細書では、抗原の溶液を含む非経口投与用の組成物を開示し、ワクチン組成物は許容される担体、例えば水性担体中に溶解または懸濁される。例えば、水、緩衝された水、０．９％生理食潜水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸などの様々な水性担体を使用することができる。これらの組成物は従来の周知の滅菌法によって滅菌するか、または滅菌濾過することができる。得られた水溶液はそのまま使用されるようにパッケージングされてもよく、または凍結乾燥し、凍結乾燥した製剤を投与に先立って滅菌溶液と加え合わせることができる。組成物は、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンなどのｐＨ調整剤及び緩衝剤、浸透圧調整剤、湿潤剤など、生理学的条件に近づけるために必要とされる薬学的に許容される補助物質を含むことができる。
抗原は、リンパ系組織などの特定の細胞組織に抗原をターゲティングするリポソームによって投与することもできる。リポソームは、半減期を増大させるうえでも有用である。リポソームとしては、エマルジョン、フォーム、ミセル、不溶性単分子膜、液晶、リン脂質分散液、ラメラ層などが挙げられる。これらの製剤中では、送達させようとする抗原を、単独で、または例えばＣＤ４５抗原に結合するモノクローナル抗体などのリンパ系細胞に多くみられる受容体に結合する分子、または他の治療用もしくは免疫原性組成物とともにリポソームの一部として取り込ませる。したがって、所望の抗原で充填されたリポソームをリンパ系細胞の部位に誘導することができ、そこでリポソームは選択された治療用／免疫原性組成物を送達する。リポソームは、一般的に中性及び負に帯電したリン脂質とコレステロールのようなステロールとを含む標準的な小胞形成脂質から形成することができる。脂質の選択は、例えば、リポソームのサイズ、酸不安定性、及び血流中でのリポソームの安定性を考慮して一般的に導かれる。例えば、Ｓｚｏｋａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．９；４６７ （１９８０）、米国特許第４，２３５，８７１号、同第４，５０１，７２８号、同第４，５０１，７２８号、同第４，８３７，０２８号、及び同第５，０１９，３６９号に記載されるようなリポソームを調製するための様々な方法がある。
免疫細胞にターゲティングするため、リポソームに組み込むリガンドは、例えば、所望の免疫系細胞の細胞表面決定因子に特異的な抗体またはそのフラグメントを含むことができる。リポソーム懸濁液を、とりわけ、投与方法、送達されるペプチド、及び治療される疾患のステージに応じて異なる用量で静脈内、局所的（ｌｏｃａｌｌｙ）、局所的（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）といった要領で投与することができる。
治療または免疫化の目的では、ペプチド及び任意で、本明細書に記載されるペプチドの１つ以上をコードする核酸患者に投与してもよい。核酸を患者に投与するための多くの方法が便宜よく用いられる。例えば、核酸は「ネイキッドＤＮＡ」として直接投与することができる。このアプローチは、例えば、Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７：１４６５－１４６８ （１９９０）、ならびに米国特許第５，５８０，８５９号及び同第５，５８９，４６６号に記載されている。核酸は、例えば、米国特許第５，２０４，２５３号に記載されるような弾道送達を用いて投与することもできる。ＤＮＡのみで構成された粒子を投与することもできる。あるいは、ＤＮＡを金粒子のような粒子に付着させてもよい。核酸配列を送達するためのアプローチとしては、エレクトロポレーションを伴う、または伴わないウイルスベクター、ｍＲＮＡベクター、及びＤＮＡベクターが挙げられる。
核酸は、カチオン性脂質などのカチオン性化合物と複合体化して送達させることもできる。脂質により媒介される遺伝子送達法は、例えば、９６１８３７２ＷＯＡＷＯ９６／１８３７２、９３２４６４０ＷＯＡＷＯ９３／２４６４０、Ｍａｎｎｉｎｏ ＆ Ｇｏｕｌｄ－Ｆｏｇｅｒｉｔｅ，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６（７）： ６８２－６９１（１９８８）、米国特許第５，２７９，８３３号Ｒｏｓｅ米国特許第５，２７９，８３３号、９１０６３０９ＷＯＡＷＯ９１／０６３０９、及びＦｅｌｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：７４１３－７４１４（１９８７）に記載されている。
抗原は、ワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｔａｔｓｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１０，６１６－６２９を参照）、または、第２、第３、またはハイブリッド第２／第３世代レンチウイルス及び特定の細胞タイプまたは受容体をターゲティングするように設計された任意の世代の組換えレンチウイルス（例えば、Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ ｂｙ Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．（２０１１）２３９（１）：４５－６１，Ｓａｋｕｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ：ｂａｓｉｃ ｔｏ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．（２０１２）４４３（３）：６０３－１８，Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｃｕｅ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｎｔｒｏｎ ｌｏｓｓ ｍａｘｉｍｉｚｅｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ Ｃ ｐｒｏｍｏｔｅｒ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１５）４３（１）：６８２－６９０，Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｌｆ－Ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒ ｆｏｒ Ｓａｆｅ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９８）７２（１２）：９８７３－９８８０を参照）などのウイルスベクターに基づいたワクチンプラットフォームに含まれるようにしてもよい。上記に述べたウイルスベクターに基づくワクチンプラットフォームのパッケージングキャパシティーに応じて、この手法は１つ以上の抗原ペプチドをコードする１つ以上のヌクレオチド配列を送達することができる。配列は、変異が導入されていない配列を隣接させてもよく、リンカーによって分離されてもよく、または細胞内区画をターゲティングする１つ以上の配列がその前に配置されてもよい（例えば、Ｇｒｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｏｆ ｍｅｌａｎｏｍａ ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｎａｔ Ｍｅｄ．（２０１６）２２（４）：４３３－８，Ｓｔｒｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｄｏｎｏｒ－ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２０１６）３５２（６２９１）：１３３７－４１，Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｅｄ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｕｒａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎｓ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（２０１４）２０（１３）：３４０１－１０を参照）。宿主に導入されると、感染細胞は抗原を発現し、それによりペプチド（複数可）に対する宿主の免疫（例えば、ＣＴＬ）応答を誘発する。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターとしてＢＣＧ（Ｂａｃｉｌｌｅ Ｃａｌｍｅｔｔｅ Ｇｕｅｒｉｎ、カルメット・ゲラン桿菌）がある。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ ｅｔ ａｌ． （Ｎａｔｕｒｅ ３５１：４５６－４６０ （１９９１））に記載されている。例えば、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）ベクターなどの治療薬の投与または抗原の免疫化において有用な広範な他のワクチンベクターが、本明細書の記載から当業者には明らかとなろう。
核酸を投与する手段の１つは、１つまたは複数のエピトープコード核酸配列をコードしたミニジーンコンストラクトを使用することである。ヒト細胞で発現させるための選択されたＣＴＬエピトープをコードしたＤＮＡ配列（ミニジーン）を作製するには、エピトープのアミノ酸配列を逆翻訳する。ヒトのコドン使用表を用いて各アミノ酸のコドン選択の手引きとする。これらのエピトープコードＤＮＡ配列を直接連結して、連続したポリペプチド配列を作製する。発現及び／または免疫原性を最適化するため、さらなるエレメントをミニジーンの設計に組み込むことができる。逆翻訳してミニジーン配列に組み込むことができるアミノ酸配列の例としては、ヘルパーＴリンパ球、エピトープ、リーダー（シグナル）配列、及び小胞体保留シグナルが挙げられる。さらに、ＣＴＬエピトープのＭＨＣによる提示は、合成（例えば、ポリアラニン）または天然のフランキング配列をＣＴＬエピトープに隣接して組み込むことによって向上させることができる。ミニジーン配列は、ミニジーンの＋鎖と－鎖をコードしたオリゴヌクレオチドをアセンブルすることによりＤＮＡに変換される。重複するオリゴヌクレオチド（３０～１００塩基の長さ）を周知の方法を用いて合成、リン酸化、精製し、適当な条件下でアニールする。オリゴヌクレオチドの末端同士を、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いてつなげる。次いで、ＣＴＬエピトープポリペプチドをコードしたこの合成ミニジーンを所望の発現ベクターにクローニングする。
精製したプラスミドＤＮＡは、様々な製剤を用いて注射用に調製することができる。これらのうちで最も簡単なものは、凍結乾燥したＤＮＡを無菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で戻すことである。様々な方法がこれまでに記載されており、新たな技術も利用可能となる可能性がある。上記に述べたように、核酸はカチオン性脂質と便宜よく配合される。さらに、糖脂質、膜融合性リポソーム、ペプチド及びＰＩＮＣ（ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ，ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ，ｎｏｎ－ｃｏｎｄｅｎｓｉｎｇ、保護的、相互作用性、非凝縮性）と総称される化合物を、精製したプラスミドＤＮＡと複合体化することで安定性、筋肉内の分散性、または特定の臓器もしくは細胞タイプへのトラフィッキングなどの変数に影響を及ぼすこともできる。
本明細書に開示される方法の各工程を実行することと、複数の抗原または複数の抗原のサブセットを含む感染症ワクチンを生産することとを含む、感染症ワクチンを製造する方法も開示される。
本明細書に開示される抗原は、当該技術分野における周知の方法を用いて製造することができる。例えば、本明細書に開示される抗原またはベクター（例えば、１つ以上の抗原をコードする少なくとも１つの配列を含むベクター）の製造方法は、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む宿主細胞を、抗原またはベクターを発現するのに適した条件下で培養することと、抗原またはベクターを精製することと、を含むことができる。標準的な精製方法としては、クロマトグラフィー法、電気泳動法、免疫学的方法、沈殿、透析、濾過、濃縮、及びクロマト分画法が挙げられる。
宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＮＳ０細胞、酵母、またはＨＥＫ２９３細胞を含みうる。宿主細胞は、本明細書に開示される抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列を含む１つ以上のポリヌクレオチドで形質転換することができ、任意で、単離されたポリヌクレオチドは、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列に機能的に連結されたプロモーター配列を含む。特定の実施形態では、単離されたポリペプチドはｃＤＮＡであってよい。
ＶＩ．抗原の使用及び投与
ワクチン接種プロトコールを用いて対象に１つ以上の抗原を投与することができる。プライミングワクチン及びブースターワクチンを用いて対象への投与を行うことができる。プライミングワクチンは、Ｃ６８（例えば、配列番号１または２に示される配列）またはｓｒＲＮＡ（例えば、配列番号３または４に示される配列）に基づいたものとすることができ、ブースターワクチンは、Ｃ６８（例えば、配列番号１または２に示される配列）またはｓｒＲＮＡ（例えば、配列番号３または４に示される配列）に基づいたものとすることができる。各ベクターは、通常、抗原を含むカセットを含んでいる。カセットは、各抗原を通常取り囲む天然の配列、またはＡＡＹなどの他の非天然のスペーサー配列などのスペーサーによって分離された約２０個の抗原を含むことができる。カセットは、破傷風トキソイド抗原などのＭＨＣＩＩ抗原、及び普遍的なクラスＩＩ抗原とみなされるＰＡＤＲＥ抗原を含んでもよい。カセットは、ユビキチンターゲティング配列などのターゲティング配列を含んでもよい。さらに、各ワクチン用量は、チェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）と組み合わせて（例えば、同時、その前、またはその後で）対象に投与することができる。ＣＰＩは、抗体またはその抗原結合部分など、ＣＴＬＡ４、ＰＤ１、及び／またはＰＤＬ１を阻害するものを含むことができる。かかる抗体としては、トレメリムマブまたはデュルバルマブを挙げることができる。
プライミングワクチンは、対象に注射（例えば筋肉内に）することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ（例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１～１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）の１回以上の注射を用いることができ、または、１～１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのｓｒＲＮＡの１回以上の注射を用いることができる。
プライムワクチン接種後に、ワクチンブースト（ブースターワクチン）を注射（例えば筋肉内に）することができる。ブースターワクチンは、プライム後の約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間ごと、例えば、４週間ごと、及び／または８週間ごとに投与することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ（例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１～１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）の１回以上の注射を用いることができ、または、１～１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのｓｒＲＮＡの１回以上の注射を用いることができる。
抗ＣＴＬＡ－４（例えばトレメリムマブ）を対象に投与することもできる。例えば、抗ＣＴＬＡ４を筋肉内ワクチン注射（ＣｈＡｄＶ６８プライムまたはｓｒＲＮＡ低用量）の部位の近くに皮下投与することで同じリンパ節内に確実に送り込むことができる。トレメリムマブは、ＣＴＬＡ－４の選択的ヒトＩｇＧ２ｍＡｂ阻害剤である。標的抗ＣＴＬＡ－４（トレメリムマブ）皮下用量は、通常、７０～７５ｍｇ（詳細には７５ｍｇ）であり、例えば、１～１００ｍｇまたは５～４２０ｍｇの用量範囲である。
特定の場合では、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）などの抗ＰＤ－Ｌ１抗体を使用することができる。デュルバルマブは、ＰＤ－１及びＣＤ８０へのＰＤ－Ｌ１の結合を阻害する選択的な高親和性のヒトＩｇＧ１ ｍＡｂである。デュルバルマブは一般的に４週間ごとに２０ｍｇ／ｋｇが静脈内投与される。
免疫モニタリングを、ワクチン投与の前、その間、及び／またはその後に行うことができる。かかるモニタリングは、他のパラメータの中でもとりわけ、安全性及び有効性についての情報を与えることができる。
免疫モニタリングを行うには、ＰＢＭＣが一般的に用いられる。ＰＢＭＣは、プライムワクチン接種の前、及びプライムワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に単離することができる。ＰＢＭＣは、ブーストワクチン接種の直前、及び各ブーストワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に採取することができる。
Ｔ細胞応答及びＢ細胞応答などの免疫応答を、免疫モニタリングプロトコールの一環として評価することができる。例えば、本明細書に記載されるワクチン組成物が免疫応答を刺激する能力を監視及び／または評価することができる。本明細書で使用する「免疫応答を刺激する」とは、免疫応答を開始させること（例えば、ナイーブな対象において免疫応答の開始を刺激するプライミングワクチン）、または免疫応答の増強（例えば、プライミングワクチンにより開始された既存の免疫応答などの抗原に対する既存の免疫応答を有する対象における免疫応答の増強を刺激するブースターワクチン）などの免疫応答のあらゆる増加を指す。
Ｔ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔ、細胞内サイトカイン染色、サイトカイン分泌、及び細胞表面捕捉、Ｔ細胞増殖、ＭＨＣマルチマー染色、または細胞毒性アッセイなどの当業者には周知の１つ以上の方法を用いて測定することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対するＴ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて、ＩＦＮ－γなどのサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞応答は、フローサイトメトリーを用いて、ＩＦＮ－γなどの細胞内または細胞外で捕捉されたサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞応答は、ＭＨＣマルチマー染色を用い、エピトープ／ＭＨＣクラスＩ複合体に対して特異的なＴ細胞受容体を発現するＴ細胞集団を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞応答は、３Ｈチミジン、ブロモデオキシウリジン、及びカルボキシフルオロセインジアセテートスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）の取り込み後に、Ｔ細胞集団のエクスビボ増殖を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに特異的なＰＢＭＣ由来Ｔ細胞の抗原認識能及び溶解活性は、クロム放出アッセイまたは代替的な比色細胞毒性アッセイにより機能的に評価することができる。
Ｂ細胞応答は、Ｂ細胞の分化（例えば、形質細胞への分化）、Ｂ細胞または形質細胞の増殖、Ｂ細胞または形質細胞の活性化（例えば、ＣＤ８０またはＣＤ８６などの共刺激マーカーの増加）、抗体のクラススイッチ、及び／または抗体産生（例えば、ＥＬＩＳＡ）を判定するために用いられるアッセイなど、当該技術分野では周知の１つ以上の方法を用いて測定することができる。
ＶＩＩ．抗原の特定
ＶＩＩ．Ａ．抗原候補の特定
トランスクリプトームのＮＧＳ解析の研究モデルについては、これまでに記載されており、抗原特定空間で適用される。６，１４，１５臨床状況における抗原特定の感度及び特異性を高めるための特定の最適化を考慮することができる。これらの最適化は、実験室プロセスに関連するものと、ＮＧＳデータ解析に関連するものの２つの領域に分類することができる。最適化の例は当業者には周知のものであり、例えば、そのような方法が、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
ＶＩＩ．Ｂ．ＨＬＡペプチドの単離及び検出
ＨＬＡペプチド分子の単離を、組織試料の溶解及び可溶化後に古典的な免疫沈降（ＩＰ）法を用いて行った（５５～５８）。清澄化したライセートをＨＬＡ特異的ＩＰに使用した。
免疫沈降を、抗体がＨＬＡ分子に特異的である、ビーズにカップリングした抗体を用いて行った。汎クラスＩ ＨＬＡ免疫沈降のためには、汎クラスＩ ＣＲ抗体を使用し、クラスＩＩ ＨＬＡ－ＤＲのためには、ＨＬＡ－ＤＲ抗体を使用する。抗体を、一晩インキュベーション中に、ＮＨＳ－セファロースビーズに共有結合で付着させる。共有結合性の付着後、ビーズを洗浄して、ＩＰのために等分した（５９，６０）。免疫沈降は、ビーズに共有結合されていない抗体を用いて行うこともできる。一般的に、これは、抗体をカラムに保持するためにＰｒｏｔｅｉｎＡ及び／またはＰｒｏｔｅｉｎＧでコーティングしたセファロースまたは磁気ビーズを使用して行われる。ＭＨＣ／ペプチド複合体を選択的に濃縮するために使用することができるいくつかの抗体を下記に示す。
Figure 2023521662000002
清澄化した組織溶解物を、免疫沈降のために抗体ビーズに添加する。免疫沈降後、ビーズを溶解物から除去し、追加的なＩＰを含む追加的な実験のために、溶解物を保存する。標準的な技法を用いて、ＩＰビーズを洗浄して非特異的結合を除去し、ＨＬＡ／ペプチド複合体をビーズから溶出する。分子量スピンカラムまたはＣ１８分画を用いて、タンパク質構成要素をペプチドから除去する。結果として生じたペプチドを、ＳｐｅｅｄＶａｃ蒸発によって乾燥させ、いくつかの場合には、ＭＳ解析の前に－２０℃で保存する。ＨＬＡ ＩＰは、フィルター底を有するプレートを用いた９６ウェルプレートフォーマットで行うこともできる。このプレートを使用することで、複数のＩＰを並行して行うことができる。
乾燥したペプチドを、逆相クロマトグラフィーに適しているＨＰＬＣ緩衝液において再構成し、Ｆｕｓｉｏｎ Ｌｕｍｏｓ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ）における勾配溶出のために、Ｃ－１８マイクロキャピラリーＨＰＬＣカラム上にロードする。ペプチド質量／電荷（ｍ／ｚ）のＭＳ１スペクトルを、Ｏｒｂｉｔｒａｐ検出器において高解像度で収集し、その後、ＭＳ２低解像度スキャンを、選択イオンのＨＣＤフラグメンテーション後にイオントラップ検出器において収集した。追加的に、ＭＳ２スペクトルは、ＣＩＤもしくはＥＴＤフラグメンテーション法、または、ペプチドのより大きなアミノ酸カバレッジを獲得するための３つの技法の任意の組み合わせのいずれかを用いて、取得することができる。ＭＳ２スペクトルはまた、Ｏｒｂｉｔｒａｐ検出器において高解像度質量精度で測定することもできる。
各解析由来のＭＳ２スペクトルを、Ｃｏｍｅｔ（６１，６２）を用いてタンパク質データベースに対して検索し、ペプチド特定を、Ｐｅｒｃｏｌａｔｏｒ（６３～６５）を用いてスコア化する。ＰＥＡＫＳ ｓｔｕｄｉｏ（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．）及び他のサーチエンジンを用いてさらなるシークエンシングを行うか、またはスペクトルマッチング及びデノボシークエンシング（９７）を含むシークエンシング法を用いることができる。
ＶＩＩＩ．提示モデル
提示モデルを用いて、患者におけるペプチド提示の尤度を特定することができる。異なる提示モデルは当業者には周知のものであり、例えば、そのような提示モデルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する米国特許第１０，０５５，５４０号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１号及び同第ＵＳ２０１１０２９３６３７、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号、及び同第ＷＯ２０１６１８７５０８号により詳細に記載されている。
ＩＸ．訓練モジュール
訓練モジュールを用いて、ペプチド配列がそのペプチド配列に関連したＭＨＣアレルによって提示される尤度を生成する１つ以上の提示モデルを訓練データセットに基づいて構築することができる。様々な訓練モジュールが当業者には周知であり、例えば、そのような提示モデルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する米国特許第１０，０５５，５４０号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。訓練モジュールは、アレル毎ベースでペプチドの提示尤度を予測するための予測モデルを構築することができる。訓練モジュールは、２つ以上のＭＨＣアレルが存在する複数アレル場面においてペプチドの提示尤度を予測するための提示モデルも構築することができる。
Ｘ．予測モジュール
予測モジュールを用いて配列データを受け取り、提示モデルを用いて配列データ中の候補抗原を選択することができる。具体的には、配列データは、患者の感染細胞から抽出されたＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、及び／またはタンパク質配列であってよい。予測モジュールは、患者の正常組織の細胞から抽出された配列データを、患者の感染細胞から抽出された配列データと比較して１つ以上の感染症生物関連抗原を含む部分を特定することにより、病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドである候補抗原を特定することができる。予測モジュールは、患者の正常組織の細胞から抽出された配列データをその患者の感染組織の細胞から抽出された配列データと比較して、発現される候補抗原を特定する（例えば、感染症で特異的に発現されるポリヌクレオチド及び／またはポリペプチドを特定する）ことにより、正常細胞または組織と比較して感染細胞または感染組織で発現が変化している候補抗原を特定することができる。
提示モジュールは、１つ以上の提示モデルを処理されたペプチド配列に適用してペプチド配列の提示尤度を推定することができる。具体的には、予測モジュールは、提示モデルを候補抗原に適用することによって、感染細胞のＨＬＡ分子上に提示される可能性が高い１つ以上の候補抗原ペプチド配列を選択することができる。一実現形態では、提示モジュールは、あらかじめ決定された閾値を上回る推定提示尤度を有する候補抗原配列を選択する。別の実現形態では、提示モデルは、最も高い推定提示尤度を有するＮ個の候補抗原配列を選択する（Ｎは、一般的に、ワクチン中で送達することができるエピトープの最大数である）。所定の患者について選択された候補抗原を含むワクチンを患者に注射して免疫応答を誘導することができる。
ＸＩ．Ｂ．カセット設計モジュール
ＸＩ．Ｂ．１ 概要
カセット設計モジュールを用いて、患者に注射するために選択された候補ペプチドに基づいてワクチンカセット配列を生成することができる。例えば、カセット設計モジュールを用いて、連結されたＴ細胞エピトープなどの連結されたエピトープ配列をコードする配列を生成することができる。様々なカセット設計モジュールが当業者には周知であり、例えば、そのようなカセット設計訓練モジュールが、あらゆる目的で本明細書に参照によりそれらの全容をそれぞれ援用する米国特許第１０，０５５，５４０号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１号、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
治療エピトープのセットは、所定の閾値を上回る提示尤度（提示尤度は、提示モデルにより決定される）に関連付けられた予測モジュールによって決定された選択されたペプチドに基づいて生成することができる。しかしながら、他の実施形態では、治療エピトープのセットは、多くの方法の任意の１つ以上（単独または組み合わせ）に基づいて、例えば、患者のＨＬＡクラスＩまたはクラスＩＩアレルに対する結合親和性もしくは予測される結合親和性、患者のＨＬＡクラスＩまたはクラスＩＩアレルに対する結合安定性もしくは予測される結合安定性、ランダムサンプリングなどに基づいて、生成することができる。
治療エピトープはそれ自体が選択されたペプチドに相当してもよい。治療エピトープは、選択されたペプチド以外にＣ及び／またはＮ末端フランキング配列を含むこともできる。Ｎ及びＣ末端フランキング配列は、その由来源タンパク質との関連において治療ワクチンエピトープの天然のＮ及びＣ末端フランキング配列であってよい。治療エピトープは固定長のエピトープを表してもよい。治療エピトープは、可変長のエピトープを表してもよく、エピトープの長さは例えばＣまたはＮ末端フランキング配列の長さによって異なりうる。例えば、Ｃ末端フランキング配列及びＮ末端フランキング配列は、それぞれ２～５残基の異なる長さを有してよく、これによりエピトープの１６種類の可能な選択肢が与えられる。
カセット設計モジュールは、カセット内の２個の治療エピトープ間の連結部にまたがるジャンクションエピトープの提示を考慮することによってカセット配列を生成することもできる。ジャンクションエピトープは、カセット内で治療エピトープ及びリンカー配列を連結するプロセスによってカセット内に生じる新規な非自己であるが無関係なエピトープ配列である。ジャンクションエピトープの新規な配列は、カセットの治療エピトープ自体とは異なる。
カセット設計モジュールは、ジャンクションエピトープがその患者において提示される尤度を低下させるカセット配列を生成することができる。具体的には、カセットが患者に注射される際、ジャンクションエピトープは、患者のＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩアレルによって提示される可能性を有し、それぞれＣＤ８またはＣＤ４ Ｔ細胞応答を刺激する。かかる応答は、ジャンクションエピトープに対する反応性を有するＴ細胞は治療効果を有さないことから望ましくなく、抗原競合によりカセット内の選択された治療エピトープに対する免疫応答を消失させる可能性がある７６。
カセット設計モジュールは、１つ以上の候補カセットについて繰り返し処理を行って、そのカセット配列に関連付けられたジャンクションエピトープの提示スコアが数値閾値を下回るカセット配列を決定することができる。ジャンクションエピトープ提示スコアは、カセット内のジャンクションエピトープの提示尤度に関連付けられた量であり、ジャンクションエピトープ提示スコアの値が高いほど、カセットのジャンクションエピトープがＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩまたはその両方によって提示されやすいことを示す。
一実施形態では、カセット設計モジュールは、候補カセット配列間で最も低いジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられたカセット配列を決定することができる。
カセット設計モジュールは、１つ以上の候補カセット配列について繰り返し処理を行い、各候補カセットのジャンクションエピトープ提示スコアを決定し、閾値を下回るジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられた最適なカセット配列を特定することができる。
カセット設計モジュールは、候補カセット配列内のジャンクションエピトープのいずれかが、ワクチンを設計しようとする特定の患者の自己エピトープであるかどうかを識別するために１つ以上の候補カセット配列をさらに確認することができる。これを行うには、カセット設計モジュールは、ＢＬＡＳＴなどの既知のデータベースに対してジャンクションエピトープを確認する。一実施形態では、カセット設計モジュールは、ジャンクション自己エピトープを防止するカセットを設計するように構成することができる。
カセット設計モジュールは、ブルートフォースアプローチを実行して、すべての、または大部分の可能な候補カセット配列について繰り返し処理を行うことで最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有する配列を選択することができる。しかしながら、かかる候補カセットの数は、ワクチンの容量が大きくなるにしたがって途方もなく大きくなりうる。例えば、２０個のエピトープのワクチン容量では、カセット設計モジュールは、最小のエピトープ提示スコアを有するカセットを決定するために約１０１８個の可能な候補カセットについて繰り返し処理を行わなければならない。この決定は、カセット設計モジュールが妥当な長さの時間内で患者に対するワクチンを生成するには計算の負荷（必要とされる計算処理リソースの点で）が大きくなり、時として処理不能となりうる。さらに、各候補カセットについて可能なジャンクションエピトープを処理することはよりいっそうの負荷となりうる。したがって、カセット設計モジュールは、ブルートフォースアプローチにおける候補カセット配列の数よりも大幅に小さい候補カセット配列の数について繰り返し処理を行う方法に基づいてカセット配列を選択することができる。
カセット設計モジュールは、ランダムに、または少なくとも疑似ランダムに生成された候補カセットを生成し、所定の閾値を下回るジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられた候補カセットをカセット配列として選択することができる。さらに、カセット設計モジュールは、最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有するサブセットからの候補カセットをカセット配列として選択することができる。例えば、カセット設計モジュールは、２０個の選択されたエピトープのセットについて約１００万の候補カセットのサブセットを生成し、最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有する候補カセットを選択することができる。ランダムカセット配列のサブセットを生成し、このサブセットからジャンクションエピトープ提示スコアの低いカセット配列を選択することはブルートフォースアプローチと比べて最適とはいえないが、これは、必要な計算リソースが大幅に少なく、そのため、その実施が技術的に可能である。さらに、このより効率的な手法に対してブルートフォース法を行うことは、ジャンクションエピトープ提示スコアのわずかな、またはさらには無視される程度の改善しかもたらされない可能性があるため、リソースの配分の観点からはあまり価値がない。カセット設計モジュールは、カセットのエピトープ配列を非対称巡回セールスマン問題（ＴＳＰ）として定式化することにより、改善されたカセット構成を決定することができる。ノードのリスト、及び各ノードのペア間の距離が与えられた場合、ＴＳＰは、各ノードをちょうど１回ずつ訪問して元のノードに戻るための最小の総距離に関連付けられたノードの配列を決定する。例えば、互いの間の距離が既知である都市Ａ、Ｂ、及びＣが与えられた場合、ＴＳＰの解は、可能な巡回路のうちで各都市をちょうど１回ずつ訪問するのに移動する総距離が最小となるような都市の閉じた配列を生成する。ＴＳＰの非対称バージョンは、ノードのペア間の距離が非対象である場合の最適なノードの配列を決定する。例えば、ノードＡからノードＢに移動するための「距離」は、ノードＢからノードＡに移動するための「距離」と異なる場合がある。非対称ＴＳＰを用いて改善された最適カセットについて解くことにより、カセット設計モジュールは、カセットの各エピトープ間のジャンクションにわたって低い提示スコアを与えるカセット配列を見つけることができる。非対称ＴＳＰの解は、カセットの各ジャンクションにわたったジャンクションエピトープ提示スコアを最小とするために各エピトープが連結されなければならない順序に対応した治療エピトープの配列を示す。このアプローチによって決定されたカセット配列は、ジャンクションエピトープの提示が大幅に低い配列を与える一方で、特に生成される候補カセット配列の数が大きい場合に、必要とされる計算リソースがランダムサンプリングアプローチよりも大幅に少なくなる可能性がある。異なる計算手法及び最適化カセット設計の比較の例示的な例が、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する米国特許第１０，０５５，５４０号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
カセット設計モジュールは、ワクチンにコードされたさらなるタンパク質配列を考慮に入れることによってカセット配列を生成することもできる。例えば、連結されたＴ細胞エピトープをコードした配列を生成するために使用されるカセット設計モジュールは、候補配列のリストからさらなるタンパク質配列によって既にコードされているＴ細胞エピトープを除去することなどにより、ワクチン（例えば、完全長のタンパク質配列）内に存在するさらなるタンパク質配列によって既にコードされているＴ細胞エピトープを考慮することができる。
カセット設計モジュールは、配列のサイズを考慮に入れることによってカセット配列を生成することもできる。理論によって束縛されることを望むものではないが、一般的に、大きなカセットサイズは、ワクチン生産及び／またはワクチン有効性などのワクチン性状に悪影響を及ぼしうる。一例では、カセット設計モジュールは、重複する細胞エピトープ配列などの重複配列を考慮に入れることができる。一般的に、重複するＴ細胞エピトープ配列を含む単一の配列（「フレーム」とも呼ばれる）は、複数のペプチドをコードするために必要とされる配列サイズが小さくなることから、個々のＴ細胞エピトープ配列を別々に連結するよりも効率的である。したがって、例示的な一例では、連結されたＴ細胞エピトープをコードする配列を生成するために使用されるカセット設計モジュールは、配列のサイズを大きくすることのコストに対するさらなるＴ細胞エピトープを提示するＭＨＣのさらなる集団カバレッジで得られるベネフィットを決定するなど、１つ以上のさらなるＴ細胞エピトープをコードする候補Ｔ細胞エピトープを延長するコスト／ベネフィットを考慮に入れることができる。
カセット設計モジュールは、潜在的、現実的に安全性リスクをもたらす機能的タンパク質、機能的タンパク質ドメイン、機能的タンパク質サブユニット、または機能的タンパク質フラグメントをコードする、またはコードする可能性を制限するなど、潜在的な安全性を向上させる他の性状を考慮に入れることによってカセット配列を生成することもできる。任意で、カセット設計モジュールは、コードされるペプチドの配列サイズを、翻訳後の対応する完全長タンパク質の５０％未満、４９％未満、４８％未満、４７％未満、４６％未満、４５％未満、４５％未満、４３％未満、４２％未満、４１％未満、４０％未満、３９％未満、３８％未満、３７％未満、３６％未満、３５％未満、３４％未満、または３３％未満となるように制限することができる。任意で、カセット設計モジュールは、単一の連続配列が、翻訳後の対応する完全長タンパク質の５０％未満となるように、コードされるペプチドの配列サイズを制限することができるが、複数の配列が同じ翻訳後の対応する完全長タンパク質に由来してよく、それらが共に５０％超をコードしてよい。例示的な一例では、重複するＴ細胞エピトープ配列を含む単一の配列（「フレーム」）が、翻訳後の対応する完全長タンパク質の５０％よりも大きい場合、各フレームが翻訳後の対応する完全長タンパク質の５０％未満となるような複数のフレーム（他、ｆ１、ｆ２など）にフレームを分割することができる。カセット設計モジュールは、単一の連続配列が、翻訳後の対応する完全長タンパク質の４９％未満、４８％未満、４７％未満、４６％未満、４５％未満、４５％未満、４３％未満、４２％未満、４１％未満、４０％未満、３９％未満、３８％未満、３７％未満、３６％未満、３５％未満、３４％未満、または３３％未満となるように制限することができる。同じ遺伝子からの複数のフレームがコードされる場合、複数のフレームは、互いに重複する、すなわち、それぞれが同じ配列を別々にコードした配列を有することができる。同じ遺伝子からの複数のフレームがコードされる場合、同じ遺伝子に由来する２つ以上の核酸配列を、対応する遺伝子内の第１の核酸配列の後に第２の核酸配列が直接または間接的に続く場合、第１の核酸配列に第２の核酸配列が直接続かない、または連結され得ないような順序で配置することができる。例えば、同じ遺伝子内に３つのフレームが存在する（アミノ酸位置が大きくなる順にｆ１、ｆ２、ｆ３）場合、
－以下のカセットの順序は許容されない：
ｏ ｆ１の直後にｆ２が続く
ｏ ｆ２の直後にｆ３が続く
ｏ ｆ１の直後にｆ３が続く
－以下のカセットの順序は許容される：
ｏ ｆ３の直後にｆ２が続く
ｆ２の直後にｆ１が続く。
ＸＩＩ．例示的なコンピュータ
本明細書に記載される計算方法のいずれにおいてもコンピュータを使用することができる。当業者には、コンピュータは異なるアーキテクチャを有しうる点が認識されよう。当業者には周知のコンピュータの例は、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する、米国特許第１０，０５５，５４０号、米国特許出願公開第ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１号、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
ＸＩＩＩ．抗原送達ベクターの例
以下は、本明細書を実施するための具体的な実施形態の例である。これらの例はあくまで例示の目的で示されるものにすぎず、本発明の範囲をいかなる意味においても限定しようとするものではない。用いられる数値（例えば、量、温度など）に関して精度を確実とするべく努力に努めてはいるが、ある程度の実験的誤差及び偏差は無論のこと、許容されなければならない。
本発明の実施では、特に断らない限りは、当該技術分野の技術の範囲内で、タンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術、及び薬理学の従来の方法を用いている。かかる技術は文献に完全に説明されている（例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ ａｎｄ Ｓｕｎｄｂｅｒｇ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３ｒｄ Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ） Ｖｏｌｓ Ａ ａｎｄ Ｂ（１９９２）を参照されたい）。
ＸＩＩＩ．Ａ．抗原カセットの設計
ワクチン接種によって、対応する細胞免疫応答（複数可）を刺激するクラスＩ ＭＨＣに制限された抗原を送達することができる。１つの例では、複数のエピトープを単一の遺伝子産物としてコードするようにワクチンカセットを操作しているが、ここで各エピトープはそれらの天然の包囲ペプチド配列内に埋め込まれるか、または非天然リンカー配列によって分離されている。抗原のプロセシング及び提示、ひいては抗原特異的ＣＤ８ Ｔ細胞応答の程度及び幅に潜在的に影響を及ぼしうるいくつかの設計パラメータが特定されている。本例では、いくつかのモデルカセットを設計及び構築して以下を評価した。すなわち、（１）１個の発現カセットに組み込まれた複数のエピトープに対する強いＴ細胞応答を生じることができるかどうか、（２）どのような条件が、すべてのエピトープの最適なプロセシング及び提示につながる、発現カセット内の抗原間に配置される最適リンカーを作るか、（３）カセット内の各エピトープの相対位置がＴ細胞応答に影響するか、（４）カセット内のエピトープの数が個々のエピトープに対するＴ細胞応答の程度または質に影響するかどうか、（５）細胞ターゲティング配列の付加がＴ細胞応答を向上させるかどうか。
抗原提示及びモデルカセット内のマーカーエピトープに特異的なＴ細胞応答を評価するために以下の２つの指標が開発された。すなわち、（１）特殊な操作を行ったレポーターＴ細胞の活性化によって測定される抗原提示の評価を可能としたインビトロ細胞ベーススクリーン（Ａａｒｎｏｕｄｓｅ ｅｔ ａｌ．，２００２；Ｎａｇａｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２）、及び（２）対応するエピトープ特異的Ｔ細胞応答によるヒト由来のカセットから誘導されたエピトープのワクチン接種後の免疫原性を評価するためにＨＬＡ－Ａ２トランスジェニックマウス（Ｖｉｔｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，１９９１）を使用したインビボアッセイ（Ｃｏｒｎｅｔ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｄｅｐｌａ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｉｓｈｉｏｋａ ｅｔ ａｌ．，１９９９）。
ＸＩＶ．ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクター
ＸＩＶ．Ａ．ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクターの構築
１つの例では、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄ）を操作して抗原カセットの送達ベクターとした。さらなる例では、完全長ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１（米国特許第６０８３７１６号に記載の配列番号２）に基づいて合成し、Ｅ１（ｎｔ４５７～３０１４）及びＥ３（ｎｔ２７，８１６～３１，３３２）配列を欠失させた。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるレポーター遺伝子を欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。このクローンをＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクトしたところ、感染性のウイルスは生成されなかった。野生型Ｃ６８ウイルスの配列を確認するため、単離ＶＲ－５９４をＡＴＣＣより入手して継代した後、個々に配列決定した（配列番号１０）。ＡＣ＿００００１１．１配列を野生型ＣｈＡｄＶ６８ウイルスのＡＴＣＣ ＶＲ－５９４配列（配列番号１０）と比較したところ、６個のヌクレオチドの相違が特定された。１つの例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換した（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ 配列番号１）。
別の例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、Ｅ１（ｎｔ５７７～３４０３）及びＥ３（ｎｔ２７，８１６～３１，３３２）配列を欠失させ、対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを４つの位置で置換した。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるＧＦＰレポーター（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ；配列番号１１）またはモデル新生抗原カセット（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー；配列番号１２）を、欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。
別の例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、Ｅ１（ｎｔ５７７～３４０３）及びＥ３（ｎｔ２７，１２５～３１，８２５）配列を欠失させ、対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換した。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるＧＦＰレポーター（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ；配列番号１３）またはモデル新生抗原カセット（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー；配列番号２）を欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。
関連するベクターを下記に示す。
－完全長ＣｈＡｄＶＣ６８配列「ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ」（配列番号１）；対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換したＡＣ＿００００１１．１配列
－ＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ Ｃ６８ （配列番号１０）；独立してシークエンシングしたもの；完全長Ｃ６８
－ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ （配列番号１１）；ＡＣ＿００００１１．１のＥ１（ｎｔ ５７７～３４０３）及びＥ３ （ｎｔ ２７，８１６～３１，３３２）配列を欠失させたもの；対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを４つの位置で置換；ＧＦＰレポーターは、欠失させたＥ１の代わりに挿入されたＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にある。
－ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー （配列番号１２）；ＡＣ＿００００１１．１のＥ１ （ｎｔ ５７７～３４０３）及びＥ３ （ｎｔ ２７，８１６～３１，３３２）配列を欠失させたもの；対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを４つの位置で置換；モデル新生抗原カセットは、欠失させたＥ１の代わりに挿入されたＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にある。
－ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ （配列番号１３）；ＡＣ＿００００１１．１のＥ１（ｎｔ ５７７～３４０３）及びＥ３ （ｎｔ ２７，１２５～３１，８２５）配列を欠失させたもの；対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換；ＧＦＰレポーターは、欠失させたＥ１の代わりに挿入されたＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にある。
ＸＶ．アルファウイルス抗原カセット送達ベクター
ＸＶ．Ｂ．アルファウイルスベクター
本明細書の一実現形態では、抗原発現系用のアルファウイルス骨格を、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥ）（Ｖｅｎｅｚｕｅｌａｎ Ｅｑｕｉｎｅ Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ（ＶＥＥ）（Ｋｉｎｎｅｙ，１９８６，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １５２：４００－４１３）ベースの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターから生成した。１つの例では、２６Ｓサブゲノムプロモーターの３’側に位置するＶＥＥの構造タンパク質をコードする配列を欠失させ（ＶＥＥ配列の７５４４～１１，１７５を欠失させた。番号付けはＫｉｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ １９８６に基づく。配列番号６）、抗原配列（配列番号１４及び配列番号４）またはルシフェラーゼレポーター（例えばＶＥＥ－ルシフェラーゼ、配列番号１５）に置き換えた。
ＸＶＩ．非ヒト霊長類実験
ＣｈＡｄＶ６８及び自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）を用いた異なる投与プロトコールを、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）ＮＨＰで評価した。
材料及び方法
プライミングワクチンを各ＮＨＰで筋肉内（ＩＭ）注射して実験を開始した（ワクチンプライム）。１回以上のブースターワクチン（ワクチンブースト）も各ＮＨＰに筋肉内注射した。下記表に概略を示し、下記に要約した各グループにしたがって、投与ごとに両側性注射で投与した。
免疫化
Ｍａｍｕ Ａ＊０１インドアカゲザルを、ＬＮＰ－１またはＬＮＰ－２中で製剤化した１×１０１２個のウイルス粒子（注射１回当たり５×１０１１個のウイルス粒子）のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー、３０ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ、１００ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡ、または３００ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーｓｒＲＮＡで両側性に免疫した。３０ｕｇ、１００ｕｇまたは３００ｕｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡのワクチンブーストをプライムワクチン接種後の示した時間に筋肉内投与した。
免疫モニタリング
ＰＢＭＣを、プライムワクチン接種後の示した時間にＬｙｍｐｈｏｃｙｔｅ Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｕｍ（ＬＳＭ，ＭＰ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ社）及びＬｅｕｃｏＳｅｐ分離チューブ（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ社）を使用して単離し、１０％ＦＢＳ及びペニシリン／ストレプトマイシンを含んだＲＰＭＩに再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。実験に用いたそれぞれのサルについて、ＥＬＩＳｐｏｔまたはフローサイトメトリー法を用いてＴ細胞応答を測定した。ワクチンにコードされた６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープに対するＴ細胞応答を、ＥＬＩＳｐｏｔ（ｅｘ ｖｉｖｏ ｅｎｚｙｍｅ－ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｐｏｔ）（エクスビボ酵素結合免疫スポット）分析を用いてＩＦＮ－γなどのサイトカインの誘導を測定することにより、ＰＢＭＣから観測した。サルＩＦＮｇ ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳｐｏｔハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳｐｏｔ分析を行った。２００，０００個のＰＢＭＣを、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ ｖＳｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳｐｏｔ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次に、スポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％－コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。ネガティブペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによってネガティブバックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
ワクチンにコードされた６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープに対する特異的ＣＤ４及びＣＤ８ Ｔ細胞応答を、フローサイトメトリーを用いてＩＦＮ－γなどの細胞内サイトカインの誘導を測定することにより、ＰＢＭＣから観測した。いずれの方法の結果も、サイトカインが、エピトープに対して抗原特異的な形で誘導したことを示している。
アカゲザルにおける免疫原性
この実験は、（ａ）同種のプライム／ブーストまたは異種のプライム／ブーストとしてのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの３０μｇ及び１００μｇの用量とＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーとの組み合わせの免疫原性及び予備的安全性を評価し、（ｂ）ＬＮＰ２に対してＬＮＰ１を使用した脂質ナノ粒子中のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの免疫応答を比較し、（ｃ）ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる免疫化に対するＴ細胞応答の速度論を評価するように設計した。
この実験アームを、免疫原性を実証するためにＭａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルで行った。この実験で使用される選択抗原は、アカゲザル、具体的にはＭａｍｕ－Ａ＊０１ ＭＨＣクラスＩハプロタイプを有するものにおいてのみ認識される。Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを異なる実験アーム（各群６匹のアカゲザル）にランダム化し、複数のＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープを含むモデル抗原をコードしたＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーまたはＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡベクターのいずれかを筋肉内注射により両側性に投与した。各実験アームは下記に記載したとおりである。
Figure 2023521662000003
免疫化の前及び初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、及び１０週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った。
結果
６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、及び１０日後に測定した。表Ａに示すように、各動物に、４及び８週目に、ＬＮＰ１またはＬＮＰ２のいずれかと製剤化した用量３０μｇまたは１００μｇのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによるブースト免疫を行った。６種類のエピトープすべてに対する複合的な免疫応答を、それぞれの免疫モニタリング時点についてプロットした（図１Ａ～Ｄ及び表Ｂ～Ｅ）。
複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（３０μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１７０、１４、１５、１１、７、８、１４、１７、１２ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１Ａ）。複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１（１００μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１０８、－３、１４、１、３７、４、１０５、１７、２５ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１Ｂ）。複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２（１００μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり－１７、３８、１４、－２、８７、２１、１０４、１２９、８９ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１Ｃ）。負の値は、各エピトープ／動物のプレブリード値に対して正規化した結果である。
複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１２１８、１７８４、１８６６、９７３、１８１３、７４７、７９７、１２４９、及び５４７ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図１Ｄ）。免疫応答は、予想されたプロファイルを示し、ピーク免疫応答がプライム免疫化の約２～３週後に測定され、４週後に免疫応答が退縮した。ＰＢＭＣ１０６個当たり１８１３ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる最初の免疫化の５週後に測定された（すなわち、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる最初のブーストの１週後）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる最初のブーストの１週後（５週目）に測定された免疫応答は、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによるプライム免疫化（３週目）について測定されたピーク免疫応答と同等であった（図２０Ｄ）。ＰＢＭＣ１０６個当たり１２４９ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答がそれぞれ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる最初の免疫化の９週後に測定された（すなわち、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる２度目のブーストの１週後）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる２度目のブーストの１週後（９週目）に測定された免疫応答は、ブースト免疫化の直前に測定された免疫応答よりも約２倍高かった（図１Ｄ）。
Figure 2023521662000004
Figure 2023521662000005
Figure 2023521662000006
Figure 2023521662000007
インドアカゲザルにおける非ＧＬＰ ＲＮＡ用量範囲実験（より高い用量）
この実験は、（ａ）同種のプライム／ブーストまたは異種のプライム／ブーストとしてのＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの３００μｇの用量とＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーとの組み合わせの免疫原性を評価し、（ｂ）用量３００μｇで、ＬＮＰ２に対してＬＮＰ１を使用した脂質ナノ粒子中のＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡの免疫応答を比較し、（ｃ）ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる免疫化に対するＴ細胞応答の速度論を評価するように設計した。
この実験アームを、免疫原性を実証するためにＭａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルで行った。アカゲザルなどの非ヒト霊長類におけるワクチン免疫原性は、ヒトにおけるワクチン効力の最良の予測因子である。さらに、この実験で使用される選択抗原は、アカゲザル、具体的にはＭａｍｕＡ＊０１ ＭＨＣクラスＩハプロタイプを有するものにおいてのみ認識される。Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを異なる実験アーム（各グループ６匹のアカゲザル）にランダム化し、複数のＭａｍｕ－Ａ＊０１制限抗原を含むモデル抗原をコードしたＣｈＡｄＶ６８．５－ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーまたはＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡのいずれかを筋肉内注射により両側性に投与した。各実験アームは下記に記載したとおりである。
グループ１については、免疫化の前及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った（異種のプライム／ブースト）。グループ２及び３については、免疫化の前及び初期免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った（同種のプライム／ブースト）。
Figure 2023521662000008
結果
Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを、ＣｈＡｄＶ６８．５－ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫化した。６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３及び２４週後に測定した（図２及び表Ｇ）。動物に、４、１２、及び２０週目にＬＮＰ２製剤を用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる免疫化を行った。最初のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーによる初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後に、ＰＢＭＣ１０６個当たり１７５０、４２２５、１１００、２５２９、３２１８、１９１５、１７０８、１５６１、５０７７、４５４３、４９２０、５８２０、３３９５、２７２８、１９９６、１４６５、４７３０、２９８４、２８２８、または３０４３ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が観察された（図２）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる２度目のブースト免疫化の１週後（１３週目）に測定された免疫応答は、ブースト免疫化の直前（１２週目）に測定された免疫応答よりも約３倍高かった。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる３度目のブースト免疫化の１週後（２１週目）に測定された免疫応答は、２度目のブーストで観察された応答と同様、ブースト免疫化の直前（２０週目）に測定された免疫応答よりも約３倍高かった。
Ｍａｍｕ－Ａ＊０１インドアカゲザルを、さらに、２種類の異なるＬＮＰ製剤（ＬＮＰ１及びＬＮＰ２）を用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡで免疫化した。６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後に測定した（図３及び４、表Ｈ及びＩ）。動物に、４及び１２週目にＬＮＰ１またはＬＮＰ２製剤を用いてＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡによる免疫化を行った。複合的な抗原特異的免疫応答が、ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ２による免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１３、１４、１５週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１６８、２０４、１０３、１２６、１４０、１４５、３３０、２０３、及び１６２ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図３）。ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マー ｓｒＲＮＡ－ＬＮＰ１による免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５週後に、ＰＢＭＣ１０６個当たり１８９、１８５、３４９、４３７、４９２、５７０、２３３、８８６、３６９、及び３８１ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が観察された（図４）。
Figure 2023521662000009
Figure 2023521662000010
Figure 2023521662000011
ｓｒＲＮＡの用量範囲実験
本発明の一実現形態では、ｓｒＲＮＡの用量範囲実験を、ｍａｍｕＡ０１インドアカゲザルで実施することによって、どのｓｒＲＮＡ用量をＮＨＰ免疫原性実験に進めるべきかを特定することができる。１つの例では、ＭａｍｕＡ０１インドアカゲザルに、複数のｍａｍｕＡ０１制限エピトープを含むモデル抗原をコードしたｓｒＲＮＡベクターを筋肉内注射により投与することができる。別の例では、抗ＣＴＬＡ－４モノクローナル抗体を、筋肉内ワクチン注射の部位の近位に皮下投与することで１つの動物群でワクチン流入領域のリンパ節をターゲティングすることができる。最初の免疫化後、２週間ごとにＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行うことができる。各実験アームを下記に記載する（表Ｊ）。
Figure 2023521662000012
インドアカゲザルにおける免疫原性の実験
抗原ベクターを用いて免疫原性を実証するため、ｍａｍｕＡ０１のインドアカゲザル（ＮＨＰ）でワクチン実験を行った。図５は、ワクチン接種の手法を示す。ＮＨＰの３つのグループを、チェックポイント阻害剤として抗ＣＴＬＡ－４抗体であるイピリムマブ（グループ５及び６）とともに、またはチェックポイント阻害剤なし（グループ４）で、ＣｈＡｄＶ６８．５－ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで免疫した。抗体は、静脈内（グループ５）または皮下（グループ６）投与した。三角は、０週目及び３２週目におけるｃｈＡｄ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を示す。
免疫したＮＨＰにおけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的経過を、ｃｈＡｄ－ＭＡＧによる免疫単独（図６及び表Ｋ）、ｃｈＡｄ－ＭＡＧによる免疫とチェックポイント阻害剤の静脈内（ＩＶ）投与（図７及び表Ｌ）、及びｃｈＡｄ－ＭＡＧによる免疫とチェックポイント阻害剤の皮下（ＳＣ）投与（８及び表Ｍ）について示す。これらの結果は、ｃｈＡｄ６８ベクターが霊長類においてＣＤ８＋応答を効率的にプライミングし、アルファウイルスベクターがｃｈＡｄ６８ワクチンのプライミング応答を効率的にブーストし、チェックポイント阻害剤は静脈内または皮下投与のいずれでもプライミング及びブースト応答の両方を増幅し、ワクチン接種後のｃｈＡｄベクターの再投与が免疫応答を効果的にブーストしたことを示している。
Figure 2023521662000013
Figure 2023521662000014
Figure 2023521662000015
Figure 2023521662000016
Figure 2023521662000017
Figure 2023521662000018
インドアカゲザルにおけるメモリー表現型の判定
アカゲザルを、抗ＣＴＬＡ４と、または抗ＣＴＬＡ４なしで、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マー／ＶＥＥ－ＭＡＧ２５マーのｓｒＲＮＡ異種プライミング／ブーストレジメンで免疫してから、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５マーで再びブーストした。各グループを、最後のｃｈＡｄＶ６８の投与の１１ヶ月後（実験１８ヶ月目）に、記載されるようにＥＬＩＳｐｏｔを行って評価した。図９及び表Ｎは、免疫前（左パネル）及び１８ヶ月後（右パネル）にＥＬＩＳｐｏｔにより測定した６種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープに対する細胞応答を示す。制限エピトープに対する応答の検出は、ｃｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって抗原特異的メモリー応答が生じたことを示す。
メモリーを評価するため、ワクチンにコードされた４種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ－Ａ＊０１クラスＩエピトープを認識するＣＤ８＋Ｔ細胞を、各抗原が固有のダブルポジティブの組み合わせによって示されることで、単一の試料中の４つの抗原特異的集団のすべてを特定することができる、２色Ｍａｍｕ－Ａ＊０１テトラマー標識を用いて観測した。メモリー細胞の表現型判定を、細胞表面マーカーＣＤ４５ＲＡ及びＣＣＲ７で共染色することにより行った。図１０及び表Ｏは、４種類の異なるＭａｍｕ－Ａ＊０１制限エピトープを認識するメモリーＴ細胞についてコンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色の結果を示す。Ｔ細胞表現型をフローサイトメトリーによっても評価した。図１１は、実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ－Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７－＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ－ＣＣＲ７－＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。まとめると、これらの結果は、最後のブーストの少なくとも１年後にメモリー応答が検出されたことを示し、エフェクター、セントラルメモリー、及びエフェクターメモリーを含む、長期的に持続する免疫を示すものである。
Figure 2023521662000019
Figure 2023521662000020
ＸＶＩＩ．インフルエンザ試験
ＣｈＡｄＶ６８及び自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）を用いた異なる投与プロトコールを、インフルエンザワクチンで評価した。
材料及び方法
インフルエンザＣｈＡｄＶ６８及びＳＡＭベクター
以下のインフルエンザＡ株、すなわちＨ１Ｎ１ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ７／０９及びＨ７Ｎ９ Ａｎｈｕｉ１／１３からインフルエンザ赤血球凝集素（ＨＡ）を発現するＣｈＡｄＶ６８及びＳＡＭインフルエンザベクターを作製した。ＨＡヌクレオチド配列を、ＨＡタンパク質の最適化された哺乳動物での発現についてコドン最適化した（「配列」を参照）。これらのコンストラクトをＣｈＡｄＶ６８及びＳＡＭプラスミドにギブソンアセンブリによってクローニングした。使用したＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格は以下のものである：ＡＣ＿００００１１．１のＥ１（ｎｔ５７７～３４０３）及びＥ３（ｎｔ２７，１２５～３１，８２５）配列を欠失させ；対応するＡＴＣＣ ＶＲ－５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換し；欠失させたＥ１の代わりにＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にある抗原を挿入したもの。ＣｈＡｄＶ６８プラスミドをＰａｃＩ消化し、２９３Ｆ細胞にトランスフェクトしてＣｈＡｄ－ＨＡウイルスベクターを生成した。ＣｈＡｄの産生を、２９３Ｆ懸濁細胞中、４００ｍＬのスケールで行った。ウイルスを、２ラウンドの不連続ＣｓＣｌ密度勾配によって精製し、ウイルスを精製してＡＲＭバッファー（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０、２５ｍＭ ＮａＣｌ、２．５％グリセロール）中に透析した。ベクターを動物に投与するための目標用量にまでＡＲＭバッファー中に希釈した。使用したＳＡＭベクター骨格は以下のものである：ベネズエラウマ脳炎（ＶＥＥ）（ＶＥＥ） （Ｋｉｎｎｅｙ，１９８６，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １５２：４００－４１３）に基づいた自己増幅ＲＮＡ （ＳＡＭ）ベクターの２６Ｓサブゲノムプロモーターの３’側に位置するＶＥＥの構造タンパク質をコードする配列を欠失させ（ＶＥＥ配列７５４４～１１，１７５を欠失；番号付けはＫｉｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ １９８６に基づく；配列番号６）、抗原配列に置き換えたもの。Ｈ１Ｎ１ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ７／０９またはＨ７Ｎ９ Ａｎｈｕｉ１／１３株のＨＡをコードした高品質の完全長ＳＡＭを合成し、インビトロで共転写キャッピングし、シリカカラムに通して精製した。次いで、ＳＡＭを脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）に封入し、保存バッファー中で保存した。
Ｂａｌｂ／Ｃマウスでのインビボ評価
体液性評価を行うため、ＣｈＡｄ－ＣＡ７０９－ＨＡ及びＣｈＡｄ－Ａｎｈｕｉ１／１３－ＨＡベクターを動物当たり５ｅ１０ＶＰまたは１ｅ９ＶＰで投与した。血清を注射前及びプライミング後２８日目及び５６日目、及びＳＡＭブーストの４週間後に採取した。血清の限定希釈度を、赤血球凝集を阻止する能力について分析し、凝集阻害（ＨＡＩ）力価を決定した。
Ｔ細胞応答評価を行うため、Ｂａｌｂ／ｃマウスを、５ｅ１０ＶＰのＣｈＡｄ－ＣＡ７０９－ＨＡまたは１０μｇのＳＡＭ－ＣＡ７０９－ＨＡで免疫し、抗原特異的Ｔ細胞免疫応答を評価した。プライミングの２週間後、脾細胞を単離し、Ａ型インフルエンザＣＡ／７／０９のＨＡタンパク質にわたった重複ペプチド（アミノ酸１５個の長さ、アミノ酸１１個の重複）の６つのミニプールによる刺激後、一晩、ＩＦＮγＥＬＩＳｐｏｔを行うことによって評価した。
マウスをＣｈＡｄＶ６８によるプライミング及びＳＡＭによるブーストのレジメンでも免疫した。マウスをＣｈＡｄ－ＨＡ（５ｅ１０ｖｐ）で免疫し、その後、８週間後にＳＡＭ－ＨＡでブーストし、Ｔ細胞応答をブーストの２週間後（プライミングの１０週間後）に、ＩＦＮγＥＬＩＳｐｏｔにより評価した。ｃｈＡｄ及びＳＡＭ－ＨＡによるプライミング／ブースト後にＩＦＮγ、ＴＮＦαまたはＩＬ－２を発現するＴ細胞を特定するための細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）により、ブーストの２週間後の脾細胞におけるＴ細胞の多機能性も評価した。
結果
インフルエンザをインビボで評価した。
免疫前及び免疫後のＡ型インフルエンザＨ１Ｎ１株ＣＡ／７／０９のＨＡＩ力価を、図１２に示し、表Ｐに定量的に示す。５ｅ１０ｖｐ／動物の高用量を投与したマウス（図１２Ａ）は、動物の１００％がセロコンバージョンされ、防御作用を示すと予測される３００ＨＡＩ超の高い力価を有した。低用量（図１２Ｂ）では、６匹のうち、５匹が４０超のＨＡＩ力価を有し、これらの力価は、免疫前試料の４倍以上高く、インビボで防御作用を示すと考えられる効果的なセロコンバージョンを示した。免疫前及び後のＡ型インフルエンザＡｎｈｕｉ１／１３株のＨＡＩ力価を図１３に示し、表Ｑに定量的に示す（図１３Ａは高用量、図１３Ｂは低用量）。類似しているが一般的により低い反応がＨ７Ｎ９株に対して観察され、すべての動物が５ｅ１０ｖｐの高用量でセロコンバージョンされた。結果は、ＣｈＡｄ－ＨＡによるプライミングが、Ｈ１Ｈ１及びＨ７Ｎ９インフルエンザ株に対して強力な体液性免疫応答を誘導したことを示している。
ＣｈＡｄＶ６８によるプライミング（図１４Ａ）、ＳＡＭによるプライミング（図１４Ｂ）、またはＣｈＡｄＶ６８によるプライミングとＳＡＭによるブースト（図１４Ｃ）を行った場合の、Ａ型インフルエンザＨ１Ｎ１株ＣＡ／７／０９に対する抗ＨＡ Ｔ細胞応答を図１４に示し、表Ｒに定量的に示す。インターフェロンγＥＬＩＳｐｏｔにより測定されるように、ＣｈＡｄＶ６８によるプライミングは、各ペプチドプールにわたってより強力なＴ細胞応答を誘発した。インターフェロンγＥＬＩＳｐｏｔにより測定されるように、ＳＡＭによるプライミングは、各ペプチドプールにわたってより変動のある、一般的に低いＴ細胞応答を誘発した。ＣｈＡｄＶ６８によるプライミングとＳＡＭによるブーストは、どちらのベクターによるプライミング後の応答と比較しても有意に増加したＴ細胞応答を示した。ＣＤ８ Ｔ細胞（図１５Ａ）及びＣＤ４ Ｔ細胞（図１５Ｂ）でＣｈＡｄＶ６８によるプライミングとＳＡＭによるブーストを行った場合のＡ型インフルエンザＨ１Ｎ１株ＣＡ／７／０９に対する多機能性Ｔ細胞応答を図１５に示し、表Ｓに定量的に示す。このＴ細胞応答は、顕著なＣＤ８ Ｔ細胞へのバイアスを示した。この結果は、これらのワクチンレジメンが、特にＣｈＡｄ－ＨＡによるプライミング及び後続のＳＡＭベースのワクチンによるブーストを行った場合に、Ｈ１Ｎ１インフルエンザ株に対して強力な多機能性Ｔ細胞応答を誘導することを示している。
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参考文献
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Claims (387)

  1. 自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物であって、以下：
    （Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、
    前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、
    （Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、前記組成物。
  2. 自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物であって、以下：
    （Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、
    前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）配列番号６に記載の核酸配列を含み、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含む、ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、前記２６Ｓプロモーター配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものであり、前記ポリ（Ａ）配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものである、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、
    （ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれたカセットであって、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、以下：
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、
    （Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、前記組成物。
  3. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、エピトープコード核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  4. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  5. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  6. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～１００個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、または１～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  7. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２～１０個、２～２０個、２～３０個、２～４０個、２～５０個、２～１００個、２～２００個、２～３００個、２～４００個、または２～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  8. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される完全長タンパク質をコードする核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  9. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質ドメインをコードする核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  10. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質サブユニットをコードする核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  11. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせから選択されるペプチドをコードする２つ以上の異なる核酸配列を含む、請求項１または２に記載の組成物。
  12. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際に免疫応答を刺激することができる、請求項１～１１のいずれか１項に記載の組成物。
  13. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際にＴ細胞応答を刺激することができる、請求項１～１１のいずれか１項に記載の組成物。
  14. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際にＢ細胞応答を刺激することができる、請求項１～１１のいずれか１項に記載の組成物。
  15. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際にＴ細胞応答及びＢ細胞応答を刺激することができる、請求項１～１１のいずれか１項に記載の組成物。
  16. 前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、請求項１～１５のいずれか１項に記載の組成物。
  17. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物中の前記カセットの各エレメントの順序付けられた配列が、５’から３’の方向に、
    Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
    ［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、
    Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、
    Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、
    Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、
    Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、
    Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、
    Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、
    Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
    Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］
    を含む式で記述される、請求項１または３～１６のいずれか１項に記載の組成物。
  18. 各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、請求項１７に記載の組成物。
  19. 各Ｙについて、対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、請求項１７または１８に記載の組成物。
  20. ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
    前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
    前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、
    前記カセットが、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、前記カセットが、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及び前記ポリ（Ａ）配列に機能的に連結され、
    各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
    Ｌ５が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｌ３が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
    前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号６に記載の配列であり、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
    請求項１７～１９のいずれか１項に記載の組成物。
  21. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  22. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  23. 前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、請求項２１または２２に記載の組成物。
  24. 前記ＬＮＰ封入発現系が、約１００ｎｍの直径を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  25. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  26. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  27. 前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、請求項１、３～１９、または２１～２６のいずれか１項に記載の組成物。
  28. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記カセットに機能的に連結されている、請求項１、３～１９、または２１～２７のいずれか１項に記載の組成物。
  29. 前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、請求項１、３～１９、または２１～２８のいずれか１項に記載の組成物。
  30. 前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’末端の７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）キャップを含む、請求項２９に記載の組成物。
  31. 前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、インビトロ転写によって生成される、請求項２９または３０に記載の組成物。
  32. 前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、請求項１、３～１９、または２１～３１のいずれか１項に記載の組成物。
  33. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項１、３～１９、または２１～３２のいずれか１項に記載の組成物。
  34. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、請求項１、３～１９、または２１～３２のいずれか１項に記載の組成物。
  35. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を少なくとも含む、請求項３３または３４に記載の組成物。
  36. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を少なくとも含む、請求項３３または３４に記載の組成物。
  37. 前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３５または３６に記載の組成物。
  38. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、請求項３５～３７のいずれか１項に記載の組成物。
  39. 前記カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入された、請求項３８に記載の組成物。
  40. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、請求項３３または３４に記載の組成物。
  41. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、請求項３３または３４に記載の組成物。
  42. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、請求項４１に記載の組成物。
  43. 前記カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、請求項４１または４２に記載の組成物。
  44. 前記カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、請求項３９～４３のいずれか１項に記載の組成物。
  45. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によってコードされた天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、請求項１、３～１９、または２１～４４のいずれか１項に記載の組成物。
  46. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、請求項１、３～１９、または２１～４４のいずれか１項に記載の組成物。
  47. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、請求項１、３～１９、または２１～４６のいずれか１項に記載の組成物。
  48. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、請求項１、３～１９、または２１～４６のいずれか１項に記載の組成物。
  49. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  50. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  51. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  52. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  53. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む、請求項１～１９、または２１～５２のいずれか１項に記載の組成物。
  54. 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項５３に記載の組成物。
  55. 各抗原コード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている、請求項１～１９、または２１～５４のいずれか１項に記載の組成物。
  56. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項５５に記載の組成物。
  57. 前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、請求項５６に記載の組成物。
  58. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項５５に記載の組成物。
  59. 前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、請求項５８に記載の組成物。
  60. 前記抗原コード核酸配列が、前記抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、請求項１～１９、または２１～５９のいずれか１項に記載の組成物。
  61. 前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列が、Ａ７６である、請求項６０に記載の組成物。
  62. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、請求項１～１９、または２１～６１のいずれか１項に記載の組成物。
  63. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、請求項１～１９、または２１～６１のいずれか１項に記載の組成物。
  64. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む、請求項１～１９、または２１～６１のいずれか１項に記載の組成物。
  65. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、請求項１～１９、または２１～６１のいずれか１項に記載の組成物。
  66. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個が、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される、請求項２０に記載の組成物。
  67. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、請求項１～１９、または２１～６６のいずれか１項に記載の組成物。
  68. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、請求項１７～１９、または２１～６７のいずれか１項に記載の組成物。
  69. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む、
    請求項１７～１９、または２１～６７のいずれか１項に記載の組成物。
  70. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている、請求項１～１９、または２１～６９のいずれか１項に記載の組成物。
  71. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、請求項１～１９、または２１～７０のいずれか１項に記載の組成物。
  72. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、請求項１、３～１９、または２１～７１のいずれか１項に記載の組成物。
  73. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、請求項１、３～１９、または２１～７１のいずれか１項に記載の組成物。
  74. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記アルファウイルスに天然に存在するポリ（Ａ）配列を含む、請求項１、３～１９、または２１～７３のいずれか１項に記載の組成物。
  75. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列を含む、請求項１、３～１９、または２１～７３のいずれか１項に記載の組成物。
  76. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結されている、請求項１、３～１９、または２１～７５のいずれか１項に記載の組成物。
  77. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである、請求項１、３～１９、または２１～７６のいずれか１項に記載の組成物。
  78. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである、請求項１、３～１９、または２１～７６のいずれか１項に記載の組成物。
  79. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムのヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物のヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項１～１９、または２１～７８のいずれか１項に記載の組成物。
  80. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項２０に記載の組成物。
  81. 前記選択されたエピトープのセットの数が、２～２０である、請求項７９に記載の組成物。
  82. 前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
    （ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記感染細胞表面上での提示の尤度と
    の間の依存性を表す、請求項７９～８１のいずれか１項に記載の組成物。
  83. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項７９～８２のいずれか１項に記載の組成物。
  84. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項７９～８３のいずれか１項に記載の組成物。
  85. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、請求項７９～８４のいずれか１項に記載の組成物。
  86. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項７９～８５のいずれか１項に記載の組成物。
  87. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項７９～８６のいずれか１項に記載の組成物。
  88. エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、前記感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、請求項７９～８７のいずれか１項に記載の組成物。
  89. 前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項８８に記載の組成物。
  90. チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物であって、
    前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含み、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含み、前記ＣｈＡｄＶベクターが、以下：
    （ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記組成物。
  91. ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物であって、
    前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含み、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含み、前記ＣｈＡｄＶベクターが、以下：
    （ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
    （ｉ）配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、および任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠く、前記改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
    （ｉｉ）ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）ＳＶ４０ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットが、前記Ｅ１欠失内に挿入され、前記カセットが、前記ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列及び前記ＳＶ４０ポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記組成物。
  92. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、エピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項９０または９１に記載の組成物。
  93. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～１００個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、または１～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２～１０個、２～２０個、２～３０個、２～４０個、２～５０個、２～１００個、２～２００個、２～３００個、２～４００個、または２～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項９０または９１に記載の組成物。
  94. 前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメインから選択されるペプチドをコードする核酸配列を含み、任意で、前記感染症生物が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせから選択されるペプチドをコードする２つ以上の異なる核酸配列を含む、請求項９０または９１に記載の組成物。
  95. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際に免疫応答を刺激することができ、任意で、前記免疫応答がＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答である、請求項９０～９４のいずれか１項に記載の組成物。
  96. 前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、請求項９０～９５のいずれか１項に記載の組成物。
  97. 前記エピトープコード核酸配列が、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードしており、任意で、前記細胞の表面が感染細胞表面であり、任意で、前記細胞が対象の細胞である、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  98. 前記細胞が、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される感染細胞である、請求項９７に記載の組成物。
  99. 前記ウイルス感染細胞が、ＨＩＶ感染細胞、ＨＰＶ感染細胞、ＳＡＲＳ感染細胞、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染細胞、エボラ感染細胞、ＨＢＶ感染細胞、インフルエンザ感染細胞、ＨＣＶ感染細胞、ＣＭＶ感染細胞、チクングニアウイルス感染細胞、ＲＳＶ感染細胞、デングウイルス感染細胞、オルトミクソウイルス科ウイルス感染細胞、及び結核感染細胞からなる群から選択される、請求項９８に記載の組成物。
  100. ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物中の前記カセットの各エレメントの順序付けられた配列が、５’から３’の方向に、
    Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
    ［式中、Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここで、ａ＝１であり、
    Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、
    Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、
    Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、
    Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、
    Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、
    Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、
    Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
    Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］
    を含む式で記述される、請求項９０または９２～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  101. 各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、請求項１００に記載の組成物。
  102. 各Ｙについて、対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、請求項１００または１０１に記載の組成物。
  103. ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、
    Ｐが、ＣＭＶプロモーター配列であり、
    各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
    Ｌ５が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｌ３が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
    ＣｈＡｄＶベクターが、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、および任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠き、前記抗原カセットが、前記Ｅ１欠失内に挿入されており、
    前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている、
    請求項１００～１０２のいずれか１項に記載の組成物。
  104. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  105. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）投与用に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  106. 前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１０５のいずれか１項に記載の組成物。
  107. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記カセットに機能的に連結されている、請求項９０、９０～１０２、または１０４～１０６のいずれか１項に記載の組成物。
  108. 前記ＣｈＡｄＶ骨格が、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格を含む、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１０７のいずれか１項に記載の組成物。
  109. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、配列番号１に記載の配列を含む、請求項１０８に記載の組成物。
  110. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、ＣｈＡｄＶ６８ゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、アデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子に機能的欠失を含み、
    任意で、前記アデノウイルス骨格または改変ＣｈＡｄＶ６８配列が完全に欠失しているか、またはアデノウイルスゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、または（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３に機能的欠失を有し、
    任意で、前記Ｅ１遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド５７７～３４０３のＥ１欠失により機能的に欠失しており、
    任意で、前記Ｅ３遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５のＥ３欠失により機能的に欠失している、
    請求項１０８に記載の組成物。
  111. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、配列番号１に記載の配列の塩基対番号５７７～３４０３の間、または塩基対４５６～３０１４の間に１つ以上の欠失を含み、任意で、前記ベクターが、塩基対２７，１２５～３１，８２５の間、または塩基対２７，８１６～３１，３３３の間に１つ以上の欠失をさらに含む、請求項１０８に記載の組成物。
  112. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、
    Ａ．Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３、
    Ｂ．Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５、
    Ｃ．部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２、
    Ｄ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド４５６～３０１４、
    Ｅ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，８１６～３１，３３３、
    Ｆ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３９５７～１０３４６、
    Ｇ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２１７８７～２３３７０、
    Ｈ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３３４８６～３６１９３、または
    これらの組み合わせ
    を欠く、請求項１０８に記載の組成物。
  113. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、部分欠失Ｅ４遺伝子を含み、任意で、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、
    Ａ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｂ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３４，９４２、ヌクレオチド３４，９５２～３５，３０５、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，３０２～３５，６４２を欠く、配列番号１に示される配列のＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｃ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９８０～３６，５１６を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｄ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９７９～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｅ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ３、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失、
    Ｆ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、Ｅ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失、
    Ｇ．Ｅ４Ｏｒｆ１の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ２、及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失、または
    Ｈ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失
    を含む、請求項１０８～１１２のいずれか１項に記載の組成物。
  114. 前記カセットが、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、前記カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてＣｈＡｄＶ骨格に挿入されている、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１１３のいずれか１項に記載の組成物。
  115. 前記ＣｈＡｄＶ骨格が、第１世代、第２世代、またはヘルパー依存アデノウイルスベクターのうちの１つから生成される、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１１４のいずれか１項に記載の組成物。
  116. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ－１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、及びＥＢＶプロモーター配列からなる群から選択される、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１１５のいずれか１項に記載の組成物。
  117. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、ＣＭＶプロモーター配列である、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１１５のいずれか１項に記載の組成物。
  118. 前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、発現及び翻訳される際に対象の細胞上でＭＨＣクラスＩによって提示されることができるエピトープをコードする、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  119. 前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、発現及び翻訳される際に対象の細胞上でＭＨＣクラスＩＩによって提示されることができるエピトープをコードする、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  120. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む、請求項９０～１０２、または１０４～１１９のいずれか１項に記載の組成物。
  121. 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項１２０に記載の組成物。
  122. 各抗原コード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている、請求項９０～１０２、または１０４～１２１のいずれか１項に記載の組成物。
  123. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項１２２に記載の組成物。
  124. 前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、請求項１２３に記載の組成物。
  125. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項１２２に記載の組成物。
  126. 前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、請求項１２５に記載の組成物。
  127. 前記抗原コード核酸配列が、前記抗原コード核酸配列の、発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、請求項９０～１０２、または１０４～１２６のいずれか１項に記載の組成物。
  128. 前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列が、Ａ７６である、請求項１２７に記載の組成物。
  129. 前記エピトープコード核酸配列が、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合親和性を増加させる少なくとも１つの改変を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  130. 前記エピトープコード核酸配列が、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合安定性を増加させる少なくとも１つの改変を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  131. 前記エピトープコード核酸配列が、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレル上の、コードされたエピトープの提示の尤度を増加させる少なくとも１つの改変を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  132. 前記少なくとも１つの改変が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  133. 前記エピトープコード核酸配列が、感染を有することが分かっているかまたは疑われる対象において発現されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードする、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  134. 前記感染が、病原体感染、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、及び寄生虫感染からなる群から選択される、請求項１３３に記載の組成物。
  135. 前記ウイルス感染が、ＨＩＶ感染、ＨＰＶ感染、ＳＡＲＳ感染、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、エボラ感染、ＨＢＶ感染、インフルエンザ感染、ＨＣＶ感染、ＣＭＶ感染、チクングニアウイルス感染、ＲＳＶ感染、デングウイルス感染、オルトミクソウイルス科ウイルス感染、及び結核感染からなる群から選択される、請求項１３４に記載の組成物。
  136. 前記細菌感染が、結核感染である、請求項１３４に記載の組成物。
  137. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、請求項９０～１０２、または１０４～１３６のいずれか１項に記載の組成物。
  138. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、請求項９０～１０２、または１０４～１３６のいずれか１項に記載の組成物。
  139. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む、請求項９０～１０２、または１０４～１３６のいずれか１項に記載の組成物。
  140. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、請求項９０～１０２、または１０４～１３６のいずれか１項に記載の組成物。
  141. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個が、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される、請求項１０３に記載の組成物。
  142. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、請求項９０～１０２、または１０４～１４１のいずれか１項に記載の組成物。
  143. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、請求項１００～１０２、または１０４～１４２のいずれか１項に記載の組成物。
  144. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む、
    請求項１００～１０２、または１０４～１４２のいずれか１項に記載の組成物。
  145. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている、請求項９０～１０２、または１０４～１４４のいずれか１項に記載の組成物。
  146. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、請求項９０～１０２、または１０４～１４５のいずれか１項に記載の組成物。
  147. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、誘導性である、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１４６のいずれか１項に記載の組成物。
  148. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、非誘導性である、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１４６のいずれか１項に記載の組成物。
  149. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ＳＶ４０ ポリＡ配列を含む、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１４８のいずれか１項に記載の組成物。
  150. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１４９のいずれか１項に記載の組成物。
  151. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである、請求項９０、９２～１０２、または１０４～１４９のいずれか１項に記載の組成物。
  152. 前記カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フーリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  153. 前記カセットが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰバリアント、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼバリアント、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  154. 前記検出可能なペプチドまたはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される、請求項１５３に記載の組成物。
  155. 前記１つ以上のベクターが、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする１つ以上の核酸配列をさらに含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  156. 前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項１５５に記載の組成物。
  157. 前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性もしくは互いに連結された多重特異性としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖とが連結された完全長ＩｇＧ）である、請求項１５６に記載の組成物。
  158. 前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、２ＡまたはＩＲＥＳのような自己切断配列によって分離された連続的配列であるか、または前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基のような柔軟性リンカーによって連結されている、請求項１５６または１５７に記載の組成物。
  159. 前記免疫調節物質がサイトカインである、請求項１５５に記載の組成物。
  160. 前記サイトカインが、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、もしくはＩＬ－２１、またはそれぞれのそのバリアントの少なくとも１つである、請求項１５９に記載の組成物。
  161. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項９０～１０２、または１０４～１６０のいずれか１項に記載の組成物。
  162. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項１０３に記載の組成物。
  163. 前記選択されたエピトープのセットの数が、２～２０である、請求項１６１に記載の組成物。
  164. 前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
    （ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記感染細胞表面上での提示の尤度と
    の間の依存性を表す、請求項１６１～１６３のいずれか１項に記載の組成物。
  165. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項１６１～１６４のいずれか１項に記載の組成物。
  166. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項１６１～１６５のいずれか１項に記載の組成物。
  167. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、請求項１６１～１６６のいずれか１項に記載の組成物。
  168. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項１６１～１６７のいずれか１項に記載の組成物。
  169. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項１６１～１６８のいずれか１項に記載の組成物。
  170. エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、請求項１６１～１６９のいずれか１項に記載の組成物。
  171. 前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項１７０に記載の組成物。
  172. 前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  173. 少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、請求項１７２に記載の組成物。
  174. 各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、請求項１７２または１７３に記載の組成物。
  175. 前記カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  176. 前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、請求項１７５に記載の組成物。
  177. 前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである、請求項１７２～１７６のいずれか１項に記載の組成物。
  178. 前記カセット内における抗原コード核酸配列の順序が、以下の工程：
    （ａ）前記抗原コード核酸配列の異なる順序に対応した候補カセット配列のセットを生成する工程と、
    （ｂ）前記各候補カセット配列について、候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、
    （ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、ワクチン用のカセット配列として選択する工程と
    を含む一連の工程によって決定される、請求項１７２～１７７のいずれか１項に記載の組成物。
  179. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  180. 先行する組成物請求項のいずれか１項に記載のＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物と、使用説明書とを含む、キット。
  181. 前記エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上が、対象における感染または感染細胞に由来する、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  182. 前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、対象における感染または感染細胞に由来する、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  183. 前記エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上が、対象における感染または感染細胞に由来しない、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  184. 前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、対象における感染または感染細胞に由来しない、先行請求項のいずれか１項に記載の組成物。
  185. 自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物であって、以下：
    （Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、
    （Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、前記組成物。
  186. チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物であって、
    ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含み、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含み、前記ＣｈＡｄＶベクターが、以下：
    （ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記組成物。
  187. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系または前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系が、先行請求項のいずれか１項に記載の特徴のいずれかを含む、請求項１８５または１８６に記載の組成物。
  188. 対象の免疫応答を刺激するための方法であって、前記対象に、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物を投与すること、及び／または前記対象に、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物を投与することを含み、
    ａ．前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含むか、
    ｂ．前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物が、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を含むか、または
    ｃ．前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための組成物が、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含み、かつ前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物が、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を含む、
    前記方法。
  189. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、プライミング用量として投与され、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物または前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物のいずれかが、１つ以上のブースター用量として投与される、請求項１８８に記載の方法。
  190. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、プライミング用量として投与され、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物または前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、１回以上のブースター用量として投与される、請求項１８８に記載の方法。
  191. ２回以上のブースター用量が投与される、請求項１８９～１９０のいずれか１項に記載の方法。
  192. １、２、３、４、５、６、７、または８回のブースター用量が投与される、請求項１８９～１９０のいずれか１項に記載の方法。
  193. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  194. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）投与される、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  195. 前記ＩＭ投与が、別々の注射部位に投与される、請求項１９４に記載の方法。
  196. 前記別々の注射部位が、向かい合う三角筋である、請求項１９５に記載の方法。
  197. 前記別々の注射部位が両側の殿筋または大腿直筋部位である、請求項１９５に記載の方法。
  198. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、皮下（ＳＣ）、または静脈内（ＩＶ）投与される、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  199. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、筋肉内（ＩＭ）投与される、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  200. 前記ＩＭ投与が、別々の注射部位に投与される、請求項１９９に記載の方法。
  201. 前記別々の注射部位が、向かい合う三角筋である、請求項２００に記載の方法。
  202. 前記別々の注射部位が両側の殿筋または大腿直筋部位である、請求項２００に記載の方法。
  203. 前記１回以上のブースター用量の前記注射部位が、前記プライミング用量の注射部位に可能な限り近い、請求項１９９～２０２のいずれか１項に記載の方法。
  204. 前記対象のＨＬＡハロタイプを決定することまたはそれが既に決定されていることをさらに含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  205. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、以下：
    （Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、
    （Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  206. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、以下：
    （Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）配列番号６に記載の核酸配列を含み、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及びポリ（Ａ）配列を含むＲＮＡアルファウイルス骨格であって、前記２６Ｓプロモーター配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものであり、前記ポリ（Ａ）配列が前記ＲＮＡアルファウイルス骨格に内因性のものである、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、
    （ｂ）前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれたカセットであって、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列に機能的に連結され、以下：
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、
    （Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  207. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、エピトープコード核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  208. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  209. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  210. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～１００個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、または１～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含む、先行する方法１８８～２０６の請求項のいずれか１項に記載の方法。
  211. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２～１０個、２～２０個、２～３０個、２～４０個、２～５０個、２～１００個、２～２００個、２～３００個、２～４００個、または２～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  212. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される完全長タンパク質をコードする核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  213. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質ドメインをコードする核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  214. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質のタンパク質サブユニットをコードする核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  215. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせから選択されるペプチドをコードする２つ以上の異なる核酸配列を含む、先行する方法請求項１８８～２０６のいずれか１項に記載の方法。
  216. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際に免疫応答を刺激することができる、先行する方法請求項１８８～２１５のいずれか１項に記載の方法。
  217. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際にＴ細胞応答を刺激することができる、先行する方法請求項１８８～２１５のいずれか１項に記載の方法。
  218. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際にＢ細胞応答を刺激することができる、先行する方法請求項１８８～２１５のいずれか１項に記載の方法。
  219. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際にＴ細胞応答及びＢ細胞応答を刺激することができる、先行する方法請求項１８８～２１５のいずれか１項に記載の方法。
  220. 前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、先行する方法請求項１８８～２１９のいずれか１項に記載の方法。
  221. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物中の前記カセットの各エレメントの順序付けられた配列が、５’から３’の方向に、
    Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
    ［式中、Ｐは、前記第２のプロモーターヌクレオチド配列を含み、ここで、ａ＝０または１であり、
    Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、
    Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、
    Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、
    Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、
    Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、
    Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、
    Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
    Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］
    を含む式で記述される、先行する方法請求項、または２０７～２２０のいずれか１項に記載の方法。
  222. 各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、請求項２２１に記載の方法。
  223. 各Ｙについて、対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、請求項２２１または２２２に記載の方法。
  224. ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝２０、Ｙ＝２であり、
    前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる単一の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列であり、
    前記少なくとも１つのポリアデニル化ポリ（Ａ）配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によって与えられる少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドのポリ（Ａ）配列であり、
    前記カセットが、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列と前記ポリ（Ａ）配列との間に組み込まれ、前記カセットが、前記２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列及び前記ポリ（Ａ）配列に機能的に連結され、
    各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
    Ｌ５が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｌ３が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
    前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号６に記載の配列であり、
    前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸１３個～２５個の長さのポリペプチドをコードする、
    請求項２２１～２２３のいずれか１項に記載の方法。
  225. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、ＰＥＧベースのコート脂質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  226. 前記ＬＮＰが、イオン化可能なアミノ脂質、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧベースのコート脂質を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  227. 前記イオン化可能なアミノ脂質が、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル－４－ジメチルアミノブチレート）分子を含む、請求項２２５または２２６に記載の方法。
  228. 前記ＬＮＰ封入発現系が、約１００ｎｍの直径を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  229. 前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２２８のいずれか１項に記載の方法。
  230. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記カセットに機能的に連結されている、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２２９のいずれか１項に記載の方法。
  231. 前記１つ以上のベクターが、１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターを含む、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２３０のいずれか１項に記載の方法。
  232. 前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、５’末端の７－メチルグアノシン（ｍ７Ｇ）キャップを含む、請求項２３１に記載の方法。
  233. 前記１つ以上の＋鎖ＲＮＡベクターが、インビトロ転写によって生成される、請求項２３１または２３２に記載の方法。
  234. 前記１つ以上のベクターが、哺乳動物細胞内で自己複製する、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２３３のいずれか１項に記載の方法。
  235. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、先行する方法２０５、２０７～２２３、または２２５～２３４のいずれか１項に記載の方法。
  236. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２３４のいずれか１項に記載の方法。
  237. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を少なくとも含む、請求項２３５または２３６に記載の方法。
  238. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を少なくとも含む、請求項２３５または２３６に記載の方法。
  239. 前記非構造タンパク質媒介増幅のための配列が、アルファウイルス５’ ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２３７または２３８に記載の方法。
  240. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない、先行する方法請求項２３７～２３９のいずれか１項に記載の方法。
  241. 前記カセットが、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入された、請求項２４０に記載の方法。
  242. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、配列番号３または配列番号５に記載の配列を含む、請求項２３５または２３６に記載の方法。
  243. 前記ベネズエラウマ脳炎ウイルスが、塩基対７５４４と１１１７５との間の欠失をさらに含む配列番号３または配列番号５の配列を含む、請求項２３５または２３６に記載の方法。
  244. 前記ＲＮＡアルファウイルス骨格が、配列番号６または配列番号７に記載の配列を含む、請求項２４３に記載の方法。
  245. 前記カセットが、配列番号３または配列番号５の配列に記載される塩基対７５４４と１１１７５との間の前記欠失を置換するように７５４４位に挿入されている、請求項２４３または２４４に記載の方法。
  246. 前記カセットの挿入が、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、前記ｎｓＰ１～４遺伝子及び前記少なくとも１つの核酸配列が別々のオープンリーディングフレーム内にある、請求項２４１～２４５に記載の方法。
  247. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格によってコードされた天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２４６のいずれか１項に記載の方法。
  248. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、外因性のＲＮＡプロモーターである、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２４６のいずれか１項に記載の方法。
  249. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２４８のいずれか１項に記載の方法。
  250. 前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、前記別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２４８のいずれか１項に記載の方法。
  251. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも３００ｎｔのサイズである、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  252. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ少なくとも１ｋｂのサイズである、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  253. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ２ｋｂのサイズである、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  254. 前記１つ以上のベクターが、それぞれ５ｋｂ未満のサイズである、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  255. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２５４のいずれか１項に記載の方法。
  256. 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項２５５に記載の方法。
  257. 各抗原コード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２５６のいずれか１項に記載の方法。
  258. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項２５７に記載の方法。
  259. 前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、請求項２５８に記載の方法。
  260. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項２５７に記載の方法。
  261. 前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、請求項２６０に記載の方法。
  262. 前記抗原コード核酸配列が、前記抗原コード核酸配列の、発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２６１のいずれか１項に記載の方法。
  263. 前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列が、Ａ７６である、請求項２６２に記載の方法。
  264. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２６３のいずれか１項に記載の方法。
  265. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２６３のいずれか１項に記載の方法。
  266. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む、請求項２０５～２２３、または２２５～２６３のいずれか１項に記載の組成物。
  267. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２６３のいずれか１項に記載の方法。
  268. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個が、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される、請求項２２４に記載の組成物。
  269. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、請求項２０５～２２３、または２２５～２６８のいずれか１項に記載の組成物。
  270. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、先行する方法請求項２０５～２２３または２２５～２６９のいずれか１項に記載の方法。
  271. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む、
    先行する方法請求項２２１～２２３、または２２５～２６９のいずれか１項に記載の方法。
  272. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２７１のいずれか１項に記載の方法。
  273. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２７２のいずれか１項に記載の方法。
  274. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が誘導性である、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２７３のいずれか１項に記載の方法。
  275. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列または前記第２のプロモーターヌクレオチド配列が非誘導性である、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２７３のいずれか１項に記載の方法。
  276. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記アルファウイルスに天然に存在するポリ（Ａ）配列を含む、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２７５のいずれか１項に記載の方法。
  277. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列を含む、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２７５のいずれか１項に記載の方法。
  278. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、前記少なくとも１つの核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結されている、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２７７のいずれか１項に記載の方法。
  279. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２７８のいずれか１項に記載の方法。
  280. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである、先行する方法請求項２０５、２０７～２２３、または２２５～２７８のいずれか１項に記載の方法。
  281. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、先行する方法請求項２０５～２２３、または２２５～２８０のいずれか１項に記載の方法。
  282. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項２２４に記載の方法。
  283. 前記選択されたエピトープのセットの数が、２～２０である、請求項２８１に記載の方法。
  284. 前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
    （ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記感染細胞表面上での提示の尤度と
    の間の依存性を表す、請求項２８１～２８３のいずれか１項に記載の方法。
  285. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項２８１～２８４のいずれか１項に記載の方法。
  286. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項２８１～２８５に記載の方法。
  287. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、請求項２８１～２８６に記載の方法。
  288. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項２８１～２８７に記載の方法。
  289. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項２８１～２８８に記載の方法。
  290. エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、請求項２８１～２８９に記載の方法。
  291. 前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項２９０に記載の方法。
  292. 前記ＣｈＡｄＶベクターが、以下：
    （ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、先行する方法請求項１８８～２９１のいずれか１項に記載の方法。
  293. 前記ＣｈＡｄＶベクターが、以下：
    （ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
    （ｉ）配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列であって、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠く、前記改変ＣｈＡｄＶ配列と、
    （ｉｉ）ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）ＳＶ４０ポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットが、前記Ｅ１欠失内に挿入され、前記カセットが、前記ＣＭＶプロモーターヌクレオチド配列及び前記ＳＶ４０ポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、先行する方法請求項１８８～２９１のいずれか１項に記載の方法。
  294. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、エピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２つ以上の異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項１８８～２９３のいずれかに記載の方法。
  295. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～１００個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、または１～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、２～１０個、２～２０個、２～３０個、２～４０個、２～５０個、２～１００個、２～２００個、２～３００個、２～４００個、または２～５００個の異なるエピトープコード核酸配列異なるエピトープコード核酸配列を含む、請求項１８８～２９３のいずれかに記載の方法。
  296. 前記感染症生物で発現される前記ペプチドをコードする前記核酸配列が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメインから選択されるペプチドをコードする核酸配列を含み、任意で、前記感染症生物が、前記感染症生物で発現される前記タンパク質の、エピトープ、完全長タンパク質、タンパク質サブユニット、タンパク質ドメイン、及びそれらの組み合わせから選択されるペプチドをコードする２つ以上の異なる核酸配列を含む、請求項１８８～２９３のいずれかに記載の方法。
  297. コードされた１乃至複数の前記ペプチドが、対象において発現される際に免疫応答を刺激することができ、任意で、前記免疫応答がＴ細胞応答及び／またはＢ細胞応答である、請求項１８８～２９３のいずれかに記載の方法。
  298. 前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  299. 前記エピトープコード核酸配列が、細胞の表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードしており、任意で、前記細胞の表面が感染細胞表面または感染細胞表面であり、任意で、前記細胞が対象の細胞である、先行方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  300. 前記細胞が、病原体感染細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、真菌感染細胞、及び寄生虫感染細胞からなる群から選択される感染細胞である、請求項２９９に記載の方法。
  301. 前記ウイルス感染細胞が、ＨＩＶ感染細胞、ＨＰＶ感染細胞、ＳＡＲＳ感染細胞、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染細胞、エボラ感染細胞、ＨＢＶ感染細胞、インフルエンザ感染細胞、ＨＣＶ感染細胞、ＣＭＶ感染細胞、チクングニアウイルス感染細胞、ＲＳＶ感染細胞、デングウイルス感染細胞、オルトミクソウイルス科ウイルス感染細胞、及び結核感染細胞からなる群から選択される、請求項３００に記載の方法。
  302. ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物中の前記カセットの各エレメントの順序付けられた配列が、５’から３’の方向に、
    Ｐａ－（Ｌ５ｂ－Ｎｃ－Ｌ３ｄ）Ｘ－（Ｇ５ｅ－Ｕｆ）Ｙ－Ｇ３ｇ
    ［式中、Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここで、ａ＝１であり、
    Ｎは、前記エピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、前記エピトープコード核酸配列は、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、ここで、ｃ＝１であり、
    Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、ここで、ｂ＝０または１であり、
    Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、ここで、ｄ＝０または１であり、
    Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｅ＝０または１であり、
    Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｇ＝０または１であり、
    Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列のうちの１つを含み、ここで、ｆ＝１であり、
    Ｘ＝１～４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
    Ｙ＝０、１、または２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、ＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である］
    を含む式で記述される、先行する方法請求項２９２、または２９４～３０１のいずれか１項に記載の方法。
  303. 各Ｘについて、対応するＮｃが、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列である、請求項３０２に記載の方法。
  304. 各Ｙについて、対応するＵｆが、異なるＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列である、請求項３０２または３０３に記載の方法。
  305. ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、
    Ｐが、ＣＭＶプロモーター配列であり、
    各Ｎが、アミノ酸７～１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
    Ｌ５が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードする天然の５’リンカー配列であり、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｌ３が、ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードする天然の３’リンカー配列であり、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さのペプチドをコードし、
    Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
    ＣｈＡｄＶベクターが、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、（１）Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３を欠き、（２）Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５を欠き、および任意で、（３）部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠き、前記抗原カセットが、前記Ｅ１欠失内に挿入されており、
    前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている、
    請求項３０２～３０４のいずれか１項に記載の組成物。
  306. 前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列との間に組み込まれている、先行する方法請求項２９２、または２９４～３０４のいずれか１項に記載の方法。
  307. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、前記カセットに機能的に連結されている、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６のいずれか１項に記載の方法。
  308. 前記ＣｈＡｄＶ骨格が、ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格を含む、方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３０７のいずれか１項に記載の方法。
  309. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、配列番号１に記載の配列を含む、請求項３０８に記載の方法。
  310. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、ＣｈＡｄＶ６８ゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、アデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子に機能的欠失を含み、
    任意で、前記アデノウイルス骨格または改変ＣｈＡｄＶ６８配列が完全に欠失しているか、またはアデノウイルスゲノムに関して、または配列番号１に示される配列に関して、（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、または（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３に機能的欠失を有し、
    任意で、前記Ｅ１遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド５７７～３４０３のＥ１欠失により機能的に欠失しており、
    任意で、前記Ｅ３遺伝子が、配列番号１に示される配列に関して少なくともヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５のＥ３欠失により機能的に欠失している、
    請求項３０８に記載の方法。
  311. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、配列番号１に記載の配列の塩基対番号５７７～３４０３の間、または塩基対４５６～３０１４の間に１つ以上の欠失を含み、任意で、前記ベクターが、塩基対２７，１２５～３１，８２５の間、または塩基対２７，８１６～３１，３３３の間に１つ以上の欠失をさらに含む、請求項３０８に記載の方法。
  312. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、配列番号１に記載の配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含み、前記ヌクレオチド２～３６，５１８が、
    Ａ．Ｅ１欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド５７７～３４０３、
    Ｂ．Ｅ３欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，１２５～３１，８２５、
    Ｃ．部分Ｅ４欠失に相当する、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２、
    Ｄ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド４５６～３０１４、
    Ｅ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２７，８１６～３１，３３３、
    Ｆ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３９５７～１０３４６、
    Ｇ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド２１７８７～２３３７０、
    Ｈ．配列番号１に示される配列のヌクレオチド３３４８６～３６１９３、または
    これらの組み合わせ
    を欠く、請求項３０８に記載の方法。
  313. 前記ＣｈＡｄＶ６８ベクター骨格が、部分欠失Ｅ４遺伝子を含み、任意で、前記部分欠失Ｅ４遺伝子が、
    Ａ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｂ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９１６～３４，９４２、ヌクレオチド３４，９５２～３５，３０５、配列番号１に示される配列のヌクレオチド３５，３０２～３５，６４２を欠く、配列番号１に示される配列のＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｃ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９８０～３６，５１６を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｄ．配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド３４，９７９～３５，６４２を欠く、配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列であって、前記ベクターが、配列番号１に示される配列の少なくともヌクレオチド２～３６，５１８を含む、前記配列番号１に示されるＥ４遺伝子配列、
    Ｅ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ３、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失、
    Ｆ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失、Ｅ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失、及びＥ４Ｏｒｆ４の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失、
    Ｇ．Ｅ４Ｏｒｆ１の少なくとも部分欠失、完全欠失したＥ４Ｏｒｆ２、及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失、または
    Ｈ．Ｅ４Ｏｒｆ２の少なくとも部分欠失及びＥ４Ｏｒｆ３の少なくとも部分欠失である、Ｅ４欠失
    を含む、請求項３０８～３１２のいずれか１項に記載の方法。
  314. 前記カセットが、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、前記カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてＣｈＡｄＶ骨格に挿入されている、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３１３のいずれか１項に記載の方法。
  315. 前記ＣｈＡｄＶ骨格が、第１世代、第２世代、またはヘルパー依存アデノウイルスベクターのうちの１つから生成される、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３１４のいずれか１項に記載の方法。
  316. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ－１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、及びＥＢＶプロモーター配列からなる群から選択される、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３１５のいずれか１項に記載の方法。
  317. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、ＣＭＶプロモーター配列である、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３１５のいずれか１項に記載の方法。
  318. 前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、発現及び翻訳される際に前記対象の細胞上でＭＨＣクラスＩによって提示されることができるエピトープをコードする、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  319. 前記エピトープコード核酸配列のうちの少なくとも１つが、発現及び翻訳される際に前記対象の細胞上でＭＨＣクラスＩＩによって提示されることができるエピトープをコードする、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  320. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、２つ以上の抗原コード核酸配列を含む、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３１９のいずれか１項に記載の方法。
  321. 各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項３２０に記載の方法。
  322. 各抗原コード核酸配列が、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３２１のいずれか１項に記載の方法。
  323. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を１個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項３２２に記載の方法。
  324. 前記リンカーが、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同種由来タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２～２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される、請求項３２３に記載の方法。
  325. 前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と連結する、請求項３２２に記載の方法。
  326. 前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、請求項３２５に記載の方法。
  327. 前記抗原コード核酸配列が、前記抗原コード核酸配列の、発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３２６のいずれか１項に記載の方法。
  328. 前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）－１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列が、Ａ７６である、請求項３２７に記載の方法。
  329. 前記エピトープコード核酸配列が、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合親和性を増加させる少なくとも１つの改変を含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  330. 前記エピトープコード核酸配列が、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレルへの、コードされたエピトープの結合安定性を増加させる少なくとも１つの改変を含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  331. 前記エピトープコード核酸配列が、翻訳された対応する野生型核酸配列と比較して、その対応するＭＨＣアレル上の、コードされたエピトープの提示の尤度を増加させる少なくとも１つの改変を含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  332. 前記少なくとも１つの改変が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  333. 前記エピトープコード核酸配列が、感染を有することが分かっているかまたは疑われる前記対象において発現されることが分かっているかまたは疑われるエピトープをコードする、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  334. 前記感染が、病原体感染、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、及び寄生虫感染からなる群から選択される、請求項３３３に記載の方法。
  335. 前記ウイルス感染が、ＨＩＶ感染、ＨＰＶ感染、ＳＡＲＳ感染、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、エボラ感染、ＨＢＶ感染、インフルエンザ感染、ＨＣＶ感染、ＣＭＶ感染、チクングニアウイルス感染、ＲＳＶ感染、デングウイルス感染、オルトミクソウイルス科ウイルス感染、及び結核感染からなる群から選択される、請求項３３４に記載の方法。
  336. 前記細菌感染が、結核感染である、請求項３３４に記載の方法。
  337. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～１０個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３３６のいずれか１項に記載の方法。
  338. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個または最大４００個の抗原コード核酸配列を含み、任意で、各抗原コード核酸配列が、異なる抗原コード核酸配列をコードする、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３３６のいずれか１項に記載の方法。
  339. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１～２０個、１５～２０個、１１～１００個、１１～２００個、１１～３００個、１１～４００個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の抗原コード核酸配列を含む、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３３６のいずれか１項に記載の方法。
  340. 前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２～４００個の抗原コード核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるエピトープ配列またはその一部をコードする、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３３６のいずれか１項に記載の方法。
  341. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープのうちの少なくとも２個が、感染細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示される、請求項３４０に記載の組成物。
  342. 前記エピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸８～３５個の長さ、任意で、アミノ酸９～１７個、９～２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、方法請求項２９２～３０４、または３０６～３４１のいずれか１項に記載の組成物。
  343. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在している、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３４２のいずれか１項に記載の方法。
  344. 前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、
    コードされたエピトープ配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を含む、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含む、
    先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３４２のいずれか１項に記載の方法。
  345. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、各抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２～２０個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２０～４０個の長さのポリペプチド配列をコードしている、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３４４のいずれか１項に記載の方法。
  346. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が存在し、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列が、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープコード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３４５のいずれか１項に記載の方法。
  347. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、誘導性である、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３４６のいずれか１項に記載の方法。
  348. 前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列が、非誘導性である、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３４６のいずれか１項に記載の方法。
  349. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ＳＶ４０ ポリＡ配列を含む、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３４８のいずれか１項に記載の方法。
  350. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、または少なくとも９０個の連続したＡヌクレオチドである、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３４９のいずれか１項に記載の方法。
  351. 前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個の連続したＡヌクレオチドである、先行する方法請求項２９２、２９４～３０４、または３０６～３４９のいずれか１項に記載の方法。
  352. 前記カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  353. 前記カセットが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰバリアント、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、ルシフェラーゼバリアント、または検出可能なペプチドもしくはエピトープを含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  354. 前記検出可能なペプチドまたはエピトープが、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、またはＶ５タグからなる群から選択される、請求項３５３に記載の方法。
  355. 前記１つ以上のベクターが、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする１つ以上の核酸配列をさらに含む、先行する方法請求項のいずれか１項に記載の方法。
  356. 前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ－Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４－１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ－４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項３５５に記載の方法。
  357. 前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性もしくは互いに連結された多重特異性としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖とが連結された完全長ＩｇＧ）である、請求項３５６に記載の方法。
  358. 前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、２ＡまたはＩＲＥＳのような自己切断配列によって分離された連続的配列であるか、または前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基のような柔軟性リンカーによって連結されている、請求項３５６または３５７に記載の方法。
  359. 前記免疫調節物質がサイトカインである、請求項３５５に記載の方法。
  360. 前記サイトカインが、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、もしくはＩＬ－２１、またはそれぞれのそのバリアントの少なくとも１つである、請求項３５９に記載の方法。
  361. 前記エピトープコード核酸配列がＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列が、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、先行する方法請求項２９２～３０４、または３０６～３６０のいずれか１項に記載の方法。
  362. 前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
    （ａ）前記感染症生物から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記感染症生物ヌクレオチドシークエンシングデータが、エピトープのセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、
    （ｂ）感染細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって前記エピトープのそれぞれが提示される数値的尤度のセットを生成するために、各エピトープのペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、
    （ｃ）前記少なくとも２０個のＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を生成するために用いられる選択されたエピトープのセットを生成するために、前記エピトープのセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程と
    を行うことによって選択される、請求項３０５に記載の方法。
  363. 前記選択されたエピトープのセットの数が、２～２０である、請求項３６１に記載の方法。
  364. 前記提示モデルが、
    （ａ）前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
    （ｂ）前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記感染細胞表面上での提示の尤度と
    の間の依存性を表す、請求項３６１～３６３のいずれか１項に記載の方法。
  365. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記感染細胞表面上に提示される尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項３６１～３６４のいずれか１項に記載の方法。
  366. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象に感染症生物特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含む、請求項３６１～３６５のいずれか１項に記載の方法。
  367. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大しているエピトープを選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、請求項３６１～３６６のいずれか１項に記載の方法。
  368. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害の対象となる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項３６１～３６７のいずれか１項に記載の方法。
  369. 前記選択されたエピトープのセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されないエピトープと比較して、前記対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少しているエピトープを選択することを含む、請求項３６１～３６８のいずれか１項に記載の方法。
  370. エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、前記感染組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、請求項３６１～３６９のいずれか１項に記載の方法。
  371. 前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項３７０に記載の方法。
  372. 前記カセットが、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  373. 少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、請求項３７２に記載の方法。
  374. 各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、請求項３７２または３７３に記載の方法。
  375. 前記カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  376. 前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、請求項３７５に記載の方法。
  377. 前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである、請求項３７２～３７６のいずれか１項に記載の方法。
  378. 前記カセット内における抗原コード核酸配列の順序が、以下の工程：
    （ａ）前記抗原コード核酸配列の異なる順序に対応した候補カセット配列のセットを生成する工程と、
    （ｂ）前記各候補カセット配列について、候補カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、
    （ｃ）所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、ワクチン用のカセット配列として選択する工程と
    を含む一連の工程によって決定される、先行する方法請求項３７２～３７７のいずれか１項に記載の方法。
  379. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物に製剤化されている、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  380. 前記エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上が、対象における感染または感染細胞に由来する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  381. 前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、対象における感染または感染細胞に由来する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  382. 前記エピトープコード核酸配列のうちの１つ以上が、対象における感染または感染細胞に由来しない、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  383. 前記エピトープコード核酸配列のそれぞれが、対象における感染または感染細胞に由来しない、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  384. 対象の免疫応答を刺激するための方法であって、自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための組成物を前記対象に投与することを含み、
    前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、以下：
    （Ａ）１つ以上のベクターを含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系であって、前記１つ以上のベクターが、
    （ａ）ＲＮＡアルファウイルス骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＲＮＡアルファウイルス骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
    （ｉｉ）任意で、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された第２のプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉｉ）任意で、天然のポリ（Ａ）配列または前記アルファウイルスにとって外因性のポリ（Ａ）配列である、少なくとも１つの第２のポリ（Ａ）配列と
    を含む、前記カセットと
    を含む、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系と、
    （Ｂ）前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を封入する脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と
    を含む、前記方法。
  385. 対象の免疫応答を刺激するための方法であって、前記対象に、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄＶ）に基づいた発現系を送達するための組成物を投与することを含み、
    前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物が、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を含み、前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系が、ＣｈＡｄＶベクターを含むウイルス粒子を含み、前記ＣｈＡｄＶベクターが、以下：
    （ａ）ＣｈＡｄＶ骨格であって、
    （ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、
    （ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列と
    を含む、前記ＣｈＡｄＶ骨格と、
    （ｂ）カセットであって、
    （ｉ）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
    ａ．病原体由来ペプチド、ウイルス由来ペプチド、細菌由来ペプチド、真菌由来ペプチド、及び寄生虫由来ペプチドからなる群から選択される感染症生物ペプチドをコードする核酸配列であって、前記感染症生物が、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ）、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）、エボラ、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、チクングニアウイルス、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）、デングウイルス、オルトミクソウイルス科ウイルス、及び結核からなる群から選択される、前記感染症生物ペプチドをコードする核酸配列と、
    ｂ．任意で５’リンカー配列と、
    ｃ．任意で３’リンカー配列と
    を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
    を含む、前記カセットと
    を含み、
    前記カセットが、前記少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列及び前記少なくとも１つのポリ（Ａ）配列に機能的に連結されている、前記方法。
  386. 前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系または前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系が、先行請求項のいずれか１項に記載の特徴のいずれかを含む、請求項３８４または３８５に記載の方法。
  387. 前記ＣｈＡｄＶに基づいた発現系を送達するための前記組成物の前記カセットが、前記自己複製アルファウイルスに基づいた発現系を送達するための前記組成物の前記カセットと同じである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
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