JPWO2020072380A5 - - Google Patents

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前記内容から、本開示の様々な実施形態が例証のために本明細書に記載されており、本開示の範囲および精神を逸脱することなく様々な修正がなされ得ることが認識されよう。したがって、本明細書に開示される様々な実施形態は、限定を意図するものではなく、以下の請求項によって示されている真の範囲および精神を有する。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕試料中の核酸標的を標識するための方法であって、
核酸標的のコピーを複数のオリゴヌクレオチドバーコードと接触させるステップであって、各オリゴヌクレオチドバーコードが、分子標識および核酸標的にハイブリダイズすることが可能な標的結合領域を含む、ステップと、
逆転写酵素および標的結合領域を含むテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、またはその一部分の存在下で、核酸標的のコピーにハイブリダイズした複数のオリゴヌクレオチドバーコードを伸長させて、それぞれが、核酸標的の少なくとも一部分に相補的な配列、第１の分子標識、標的結合領域、および標的結合領域の相補体を含む、複数のバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
各バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、
（ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコード、
（ｉｉ）バーコード化された核酸分子自体、および／または
（ｉｉｉ）複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子
の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップと、
複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させて、それぞれが、第１の分子標識および第２の分子標識を含む、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を生成するステップと
を含む、方法。
〔２〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子、またはその産物と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識、別個の配列を有する第２の分子標識、またはこれらの組合せの数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔３〕試料中の核酸標的の数を決定するための方法であって、
核酸標的のコピーを複数のオリゴヌクレオチドバーコードと接触させるステップであって、各オリゴヌクレオチドバーコードが、分子標識および核酸標的にハイブリダイズすることが可能な標的結合領域を含む、ステップと、
逆転写酵素および標的結合領域を含むテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、またはその一部分の存在下で、核酸標的のコピーにハイブリダイズした複数のオリゴヌクレオチドバーコードを伸長させて、それぞれが、核酸標的の少なくとも一部分に相補的な配列、第１の分子標識、標的結合領域、および標的結合領域の相補体を含む、複数のバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
各バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、
（ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコード、
（ｉｉ）バーコード化された核酸分子自体、および／または
（ｉｉｉ）複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子
の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップと、
複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させて、それぞれが、第１の分子標識および第２の分子標識を含む、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
複数の伸長したバーコード化された核酸分子、またはその産物と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識、別個の配列を有する第２の分子標識、またはこれらの組合せの数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップと
を含む、方法。
〔４〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、それぞれが、第１の分子標識または第２の分子標識を含む、複数の単一標識核酸分子を生成するステップを含み、
試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、前記〔２〕～〔３〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５〕試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、前記〔４〕に記載の方法。
〔６〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピーを生成するステップを含み、
試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップが、（ｉ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピー、もしくはその産物と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数、および／または（ｉｉ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピー、もしくはその産物と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、前記〔２〕～〔３〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７〕試料中の核酸標的の数を決定する方法であって、
核酸標的のコピーを複数のオリゴヌクレオチドバーコードと接触させるステップであって、各オリゴヌクレオチドバーコードが、分子標識および核酸標的にハイブリダイズすることが可能な標的結合領域を含む、ステップと、
逆転写酵素および標的結合領域を含むテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、またはその一部分の存在下で、核酸標的のコピーにハイブリダイズした複数のオリゴヌクレオチドバーコードを伸長させて、それぞれが、核酸標的の少なくとも一部分に相補的な配列、第１の分子標識、標的結合領域、および標的結合領域の相補体を含む、複数のバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
各バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、
（ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコード、
（ｉｉ）バーコード化された核酸分子自体、および／または
（ｉｉｉ）複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子
の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップと、
複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させて、それぞれが、第１の分子標識および第２の分子標識を含む、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、それぞれが、第１の分子標識または第２の分子標識を含む、複数の単一標識核酸分子を生成するステップと、
複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップと
を含む、方法。
〔８〕複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、前記〔７〕に記載の方法。
〔９〕各バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、（ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコード、（ｉｉ）バーコード化された核酸分子自体、および／または（ｉｉｉ）複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子の標的結合領域とハイブリダイズさせる前に、複数のバーコード化された核酸分子を変性させるステップを含む、前記〔１〕～〔８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１０〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させる前に、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を変性させるステップを含む、前記〔４〕～〔９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１１〕核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の核酸標的のそれぞれの配列を含む複数の単一標識核酸分子のうちの単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の複数の核酸標的のそれぞれのコピー数を決定するステップを含む、前記〔７〕～〔９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１２〕核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の核酸標的のそれぞれの配列を含む複数の単一標識核酸分子のうちの単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数に基づいて、試料中の複数の核酸標的のそれぞれのコピー数を決定するステップを含む、前記〔１１〕に記載の方法。
〔１３〕複数の核酸標的のそれぞれの配列が、複数の核酸標的のそれぞれの部分配列を含む、前記〔１２〕に記載の方法。
〔１４〕複数のバーコード化された核酸分子中の核酸標的の配列が、核酸標的の部分配列を含む、前記〔１〕～〔１３〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１５〕第１の分子標識が、複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させた後に、第２の分子標識にハイブリダイズされる、前記〔１〕～〔１４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１６〕伸長したバーコード化された核酸分子がそれぞれ、第１の分子標識、第２の分子標識、標的結合領域、および標的結合領域の相補体を含む、前記〔１〕～〔１５〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１７〕標的結合領域の相補体が、標的結合領域の一部分に相補的である、前記〔１〕～〔１６〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１８〕標的結合領域が、遺伝子特異的配列、および／またはポリ（ｄＴ）配列を含む、前記〔１〕～〔１７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１９〕バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体をバーコード化された核酸分子自体の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップが、ステムループを形成する、バーコード化された核酸分子内の標的結合領域と該標的結合領域の相補体との分子内ハイブリダイゼーションを含む、前記〔１〕～〔１８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２０〕第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体である、前記〔１９〕に記載の方法。
〔２１〕バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコードの標的結合領域とハイブリダイズさせるステップが、バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体と、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコードの標的結合領域との分子間ハイブリダイゼーションを含む、前記〔１〕～〔２０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２２〕第２の分子標識が、第１の分子標識と異なり、第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体ではない、前記〔２１〕に記載の方法。
〔２３〕バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドバーコードの３’末端を伸長させて、それぞれが、第１の分子標識の相補体および第２の分子標識を含む、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を生成するステップを含む、前記〔２１〕～〔２２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２４〕第２の分子標識の配列が、第１の分子標識の配列と異なり、第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体ではない、前記〔２３〕に記載の方法。
〔２５〕バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップが、バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体と、複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子の標的結合領域との分子間ハイブリダイゼーションを含む、前記〔１〕～〔２４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２６〕第２の分子標識の配列が、第１の分子標識の配列と異なり、第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体ではない、前記〔２５〕に記載の方法。
〔２７〕逆転写酵素が、末端転移酵素活性の能力がある、前記〔１〕～〔２６〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２８〕テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の３’リボヌクレオチド、任意に、３つの３’リボヌクレオチドを含み、さらに、３’リボヌクレオチドがグアニンを含んでもよい、前記〔１〕～〔２７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２９〕逆転写酵素が、ウイルス逆転写酵素を含み、ウイルス逆転写酵素が、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）逆転写酵素またはモロニーマウス白血病ウイルス（ＭＭＬＶ）逆転写酵素であってもよい、前記〔１〕～〔２８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３０〕試料が、単一細胞、任意に、免疫細胞、さらに任意にＢ細胞またはＴ細胞を含む、前記〔１〕～〔２９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３１〕試料が、複数の細胞、複数の単一細胞、組織、腫瘍試料、またはこれらの任意の組合せを含む、前記〔１〕～〔３０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３２〕単一細胞が、循環腫瘍細胞を含む、前記〔３０〕～〔３１〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３３〕各オリゴヌクレオチドバーコードが、第１のユニバーサル配列を含む、前記〔１〕～〔３２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３４〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子が、第１のユニバーサル配列および第１のユニバーサル配列の相補体を含む、前記〔１〕～〔３３〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３５〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピーを生成するステップが、第１のユニバーサル配列、またはその相補体にハイブリダイズすることが可能なプライマーを使用するステップを含む、前記〔６〕～〔３４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３６〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、複数の単一標識核酸分子を生成するステップが、第１のユニバーサル配列、またはその相補体にハイブリダイズすることが可能なプライマー、および増幅プライマーを使用するステップを含む、前記〔６〕～〔３４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３７〕増幅プライマーが、標的特異的プライマーであり、標的特異的プライマーが、免疫受容体、免疫受容体の定常領域、免疫受容体の可変領域、免疫受容体の多様性領域、および／または免疫受容体の可変領域と多様性領域の接合部に特異的にハイブリダイズしてもよい、前記〔３６〕に記載の方法。
〔３８〕免疫受容体が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）および／またはＢ細胞受容体（ＢＣＲ）受容体であり、
ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖、ＴＣＲベータ鎖、ＴＣＲガンマ鎖、ＴＣＲデルタ鎖、またはこれらの任意の組合せを含んでもよく、
ＢＣＲ受容体が、ＢＣＲ重鎖および／またはＢＣＲ軽鎖を含んでもよい、前記〔３７〕～〔３７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３９〕複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させるステップが、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性および３’から５’へのエキソヌクレアーゼ活性のうちの少なくとも１つを欠くＤＮＡポリメラーゼを使用して、複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させるステップを含み、ＤＮＡポリメラーゼが、Ｋｌｅｎｏｗ断片を含んでもよい、前記〔１〕～〔３８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４０〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子、またはその産物の配列情報を得るステップを含む、前記〔１〕～〔３９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４１〕配列情報を得るステップが、シーケンシングアダプターを、複数の伸長したバーコード化された核酸分子、またはその産物に結合させるステップを含む、前記〔４０〕に記載の方法。
〔４２〕配列情報を得るステップが、シーケンシングアダプターを、複数の単一標識核酸分子、またはその産物に結合させるステップを含む、前記〔４０〕に記載の方法。
〔４３〕配列情報を得るステップが、単一細胞のＢＣＲ軽鎖およびＢＣＲ重鎖の配列情報を得るステップを含む、前記〔４０〕～〔４２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４４〕ＢＣＲ軽鎖およびＢＣＲ重鎖の配列情報が、ＢＣＲ軽鎖および／またはＢＣＲ重鎖の、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、またはこれらの任意の組合せの配列を含む、前記〔４３〕に記載の方法。
〔４５〕得られた配列情報に基づいて、単一細胞のＢＣＲ軽鎖とＢＣＲ重鎖を対合させるステップを含む、前記〔４３〕～〔４４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４６〕試料が、複数の単一細胞を含み、得られた配列情報に基づいて、前記単一細胞の少なくとも５０％のＢＣＲ軽鎖とＢＣＲ重鎖を対合させるステップを含む、前記〔４３〕～〔４５〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４７〕配列情報を得るステップが、単一細胞のＴＣＲアルファ鎖およびＴＣＲベータ鎖の配列情報を得るステップを含む、前記〔４０〕～〔４６〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４８〕ＴＣＲアルファ鎖およびＴＣＲベータ鎖の配列情報が、ＴＣＲアルファ鎖および／またはＴＣＲベータ鎖の、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、またはこれらの任意の組合せの配列を含む、前記〔４７〕に記載の方法。
〔４９〕得られた配列情報に基づいて、単一細胞のＴＣＲアルファ鎖とＴＣＲベータ鎖を対合させるステップを含む、前記〔４７〕～〔４８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５０〕試料が、複数の単一細胞を含み、得られた配列情報に基づいて、前記単一細胞の少なくとも５０％のＴＣＲアルファ鎖とＴＣＲベータ鎖を対合させるステップを含む、前記〔４７〕～〔４９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５１〕配列情報を得るステップが、単一細胞のＴＣＲガンマ鎖およびＴＣＲデルタ鎖の配列情報を得るステップを含む、前記〔４０〕～〔５０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５２〕ＴＣＲガンマ鎖およびＴＣＲデルタ鎖の配列情報が、ＴＣＲガンマ鎖および／またはＴＣＲデルタ鎖の、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、またはこれらの任意の組合せの配列を含む、前記〔５１〕に記載の方法。
〔５３〕得られた配列情報に基づいて、単一細胞のＴＣＲガンマ鎖とＴＣＲデルタ鎖を対合させるステップを含む、前記〔５１〕～〔５２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５４〕試料が、複数の単一細胞を含み、得られた配列情報に基づいて、前記単一細胞の少なくとも５０％のＴＣＲガンマ鎖とＴＣＲデルタ鎖を対合させるステップを含む、前記〔５１〕～〔５３〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５５〕標的結合領域の相補体が、標的結合領域の逆相補配列および／または標的結合領域の相補配列を含む、前記〔１〕～〔５４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５６〕分子標識の相補体が、分子標識の逆相補配列および／または分子標識の相補配列を含む、前記〔１〕～〔５５〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５７〕複数のバーコード化された核酸分子が、バーコード化されたデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子および／またはバーコード化されたリボ核酸（ＲＮＡ）分子を含む、前記〔１〕～〔５６〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５８〕核酸標的が、核酸分子、任意に、リボ核酸（ＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＲＮＡ分解産物、ポリ（Ａ）テールを含むＲＮＡ、またはこれらの任意の組合せを含み、さらに、ｍＲＮＡが免疫受容体をコードしてもよい、前記〔１〕～〔５７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔５９〕核酸標的が、細胞成分結合試薬を含む、前記〔５８〕～〔５８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６０〕核酸分子が、細胞成分結合試薬と会合している、前記〔５８〕に記載の方法。
〔６１〕核酸分子と細胞成分結合試薬を解離させるステップを含む、前記〔６０〕に記載の方法。
〔６２〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１０個が、異なる分子標識配列を含む、前記〔１〕～〔６１〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６３〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各分子標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含む、前記〔１〕～〔６２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６４〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードが、固体支持体と会合しており、同じ固体支持体と会合している複数のオリゴヌクレオチドバーコードがそれぞれ、同一の試料標識を含んでもよく、さらに、複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各試料標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含んでもよい、前記〔１〕～〔６３〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６５〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードがそれぞれ、細胞標識を含み、複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各細胞標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含んでもよい、前記〔１〕～〔６４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６６〕同じ固体支持体に会合しているオリゴヌクレオチドバーコードが、同じ細胞標識を含む、前記〔６５〕に記載の方法。
〔６７〕異なる固体支持体に会合しているオリゴヌクレオチドバーコードが、異なる細胞標識を含む、前記〔６５〕に記載の方法。
〔６８〕複数の伸長したバーコード化された核酸分子がそれぞれ、細胞標識および細胞標識の相補体を含み、細胞標識の相補体が、細胞標識の逆相補配列および／または細胞標識の相補配列を含んでもよい、前記〔６５〕～〔６７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６９〕エチレングリコール、ポリエチレングリコール、１，２－プロパンジオール、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ホルムアミド、７－デアザ－ＧＴＰ、アセトアミド、塩化テトラメチルアンモニウム塩、ベタイン、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数の存在下で、核酸標的のコピーにハイブリダイズした複数のオリゴヌクレオチドバーコードを伸長させるステップを含む、前記〔１〕～〔６８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７０〕固体支持体が、合成粒子または平面表面を含む、前記〔１〕～〔６９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７１〕試料が、単一細胞を含み、複数のオリゴヌクレオチドバーコードを含む合成粒子を、試料中の単一細胞と会合させるステップを含む、前記〔１〕～〔７０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７２〕合成粒子を単一細胞と会合させた後に、単一細胞を溶解させるステップを含み、単一細胞を溶解させるステップが、試料を加熱するステップ、試料を界面活性剤と接触させるステップ、試料のｐＨを変更するステップ、またはこれらの任意の組合せを含んでもよい、前記〔７１〕に記載の方法。
〔７３〕合成粒子と単一細胞が、同じウェル中にある、前記〔７１〕～〔７２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７４〕合成粒子と単一細胞が、同じ液滴中にある、前記〔７１〕～〔７２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７５〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが、合成粒子上に固定化されているかもしくは部分的に固定化されている、または複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが合成粒子内に封入されているかもしくは部分的に封入されている、前記〔７１〕～〔７４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７６〕合成粒子が、崩壊可能である、前記〔７１〕～〔７５〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７７〕合成粒子が、ビーズを含み、ビーズが、
セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁性ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、もしくはこれらの任意の組合せ；
ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ハイドロゲル、常磁性、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される材料；または
崩壊可能ハイドロゲル粒子
を含んでもよい、前記〔７１〕～〔７６〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７８〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードのそれぞれが、リンカー官能基を含み、
合成粒子が、固体支持体官能基を含み、
支持体官能基およびリンカー官能基が、互いに会合しており、
リンカー官能基および支持体官能基が、独立して、Ｃ６、ビオチン、ストレプトアビジン、第一級アミン、アルデヒド、ケトン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択されてもよい、前記〔７１〕～〔７７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７９〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードであって、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのそれぞれが、分子標識および標的結合領域を含み、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１０個が、異なる分子標識配列を含む、複数のオリゴヌクレオチドバーコード、
逆転写酵素、
標的結合領域を含むテンプレートスイッチングオリゴヌクレオチド、またはその一部分、および
５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性および３’から５’へのエキソヌクレアーゼ活性のうちの少なくとも１つを欠くＤＮＡポリメラーゼ
を含む、キット。
〔８０〕ＤＮＡポリメラーゼが、Ｋｌｅｎｏｗ断片を含む、前記〔７９〕に記載のキット。
〔８１〕逆転写酵素が、ウイルス逆転写酵素、任意に、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）逆転写酵素またはモロニーマウス白血病ウイルス（ＭＭＬＶ）逆転写酵素を含む、前記〔７９〕～〔８０〕のいずれか１項に記載のキット。
〔８２〕テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の３’リボヌクレオチド、任意に、３つの３’リボヌクレオチドを含み、さらに、３’リボヌクレオチドがグアニンを含んでもよい、前記〔７９〕～〔８１〕のいずれか１項に記載のキット。
〔８３〕エチレングリコール、ポリエチレングリコール、１，２－プロパンジオール、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ホルムアミド、７－デアザ－ＧＴＰ、アセトアミド、塩化テトラメチルアンモニウム塩、ベタイン、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数を含む、前記〔７９〕～〔８２〕のいずれか１項に記載のキット。
〔８４〕緩衝液、カートリッジ、逆転写反応のための１つもしくは複数の試薬、増幅反応のための１つもしくは複数の試薬、またはこれらの組合せを含む、前記〔７９〕～〔８３〕のいずれか１項に記載のキット。
〔８５〕標的結合領域が、遺伝子特異的配列、オリゴ（ｄＴ）配列、ランダム多量体、またはこれらの任意の組合せを含む、前記〔７９〕～〔８４〕のいずれか１項に記載のキット。
〔８６〕オリゴヌクレオチドバーコードが、同一の試料標識および／または同一の細胞標識を含む、前記〔７９〕～〔８５〕のいずれか１項に記載のキット。
〔８７〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各試料標識、細胞標識、および／または分子標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含む、前記〔８６〕に記載のキット。
〔８８〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが、合成粒子上に固定化されているかもしくは部分的に固定化されている、および／または複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが、合成粒子内に封入されているかもしくは部分的に封入されている、前記〔７９〕～〔８７〕のいずれか１項に記載のキット。
〔８９〕合成粒子が、崩壊可能である、前記〔７９〕～〔８８〕のいずれか１項に記載のキット。
〔９０〕合成粒子が、ビーズを含み、ビーズが、
セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁性ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、もしくはこれらの任意の組合せ；
ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ハイドロゲル、常磁性、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される材料；または
崩壊可能ハイドロゲル粒子
を含んでもよい、前記〔７９〕～〔８９〕のいずれか１項に記載のキット。
〔９１〕複数のオリゴヌクレオチドバーコードのそれぞれが、リンカー官能基を含み、
合成粒子が、固体支持体官能基を含み、
支持体官能基およびリンカー官能基が、互いに会合しており、リンカー官能基および支持体官能基が、独立して、Ｃ６、ビオチン、ストレプトアビジン、第一級アミン、アルデヒド、ケトン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択されてもよい、前記〔７９〕～〔９０〕のいずれか１項に記載のキット。

Claims (15)

  1. 試料中の核酸標的を標識するための方法であって、
    核酸標的のコピーを複数のオリゴヌクレオチドバーコードと接触させるステップであって、各オリゴヌクレオチドバーコードが、分子標識および核酸標的にハイブリダイズすることが可能な標的結合領域を含む、ステップと、
    逆転写酵素および標的結合領域を含むテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、またはその一部分の存在下で、核酸標的のコピーにハイブリダイズした複数のオリゴヌクレオチドバーコードを伸長させて、それぞれが、核酸標的の少なくとも一部分に相補的な配列、第１の分子標識、標的結合領域、および標的結合領域の相補体を含む、複数のバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
    各バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、
    （ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコード、
    （ｉｉ）バーコード化された核酸分子自体、および／または
    （ｉｉｉ）複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子
    の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップと、
    複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させて、それぞれが、第１の分子標識および第２の分子標識を含む、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を生成するステップと
    を含む、方法。
  2. 複数の伸長したバーコード化された核酸分子、またはその産物と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識、別個の配列を有する第２の分子標識、またはこれらの組合せの数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、請求項１に記載の方法。
  3. （ａ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、それぞれが、第１の分子標識または第２の分子標識を含む、複数の単一標識核酸分子を生成するステップを含み、
    試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含み、任意に、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含んでもよい、または
    （ｂ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピーを生成するステップを含み、
    試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップが、（ｉ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピー、もしくはその産物と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数、および／または（ｉｉ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピー、もしくはその産物と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、
    請求項２に記載の方法。
  4. 試料中の核酸標的の数を決定する方法であって、
    核酸標的のコピーを複数のオリゴヌクレオチドバーコードと接触させるステップであって、各オリゴヌクレオチドバーコードが、分子標識および核酸標的にハイブリダイズすることが可能な標的結合領域を含む、ステップと、
    逆転写酵素および標的結合領域を含むテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、またはその一部分の存在下で、核酸標的のコピーにハイブリダイズした複数のオリゴヌクレオチドバーコードを伸長させて、それぞれが、核酸標的の少なくとも一部分に相補的な配列、第１の分子標識、標的結合領域、および標的結合領域の相補体を含む、複数のバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
    各バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、
    （ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコード、
    （ｉｉ）バーコード化された核酸分子自体、および／または
    （ｉｉｉ）複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子
    の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップと、
    複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させて、それぞれが、第１の分子標識および第２の分子標識を含む、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を生成するステップと、
    複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、それぞれが、第１の分子標識または第２の分子標識を含む、複数の単一標識核酸分子を生成するステップと、
    複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップと
    を含む、方法。
  5. 複数の単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数に基づいて、試料中の核酸標的のコピー数を決定するステップを含む、請求項４に記載の方法。
  6. 各バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、（ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコード、（ｉｉ）バーコード化された核酸分子自体、および／または（ｉｉｉ）複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子の標的結合領域とハイブリダイズさせる前に、複数のバーコード化された核酸分子を変性させるステップを含む、請求項１に記載の方法。
  7. 複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させる前に、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を変性させるステップを含む、請求項３に記載の方法。
  8. 核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の核酸標的のそれぞれの配列を含む複数の単一標識核酸分子のうちの単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第２の分子標識の数に基づいて、試料中の複数の核酸標的のそれぞれのコピー数を決定するステップを含み、
    任意に、核酸標的のコピー数を決定するステップが、複数の核酸標的のそれぞれの配列を含む複数の単一標識核酸分子のうちの単一標識核酸分子と会合した、別個の配列を有する第１の分子標識の数に基づいて、試料中の複数の核酸標的のそれぞれのコピー数を決定するステップを含んでもよく、
    更に任意に、複数の核酸標的のそれぞれの配列が、複数の核酸標的のそれぞれの部分配列を含んでもよい、
    請求項４に記載の方法。
  9. （ａ）複数のバーコード化された核酸分子中の核酸標的の配列が、核酸標的の部分配列を含む、
    （ｂ）第１の分子標識が、複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させた後に、第２の分子標識にハイブリダイズされる、
    （ｃ）伸長したバーコード化された核酸分子がそれぞれ、第１の分子標識、第２の分子標識、標的結合領域、および標的結合領域の相補体を含む、
    （ｄ）標的結合領域の相補体が、標的結合領域の一部分に相補的である、
    （ｅ）標的結合領域が、遺伝子特異的配列、および／またはポリ（ｄＴ）配列を含む、
    （ｆ）バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体をバーコード化された核酸分子自体の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップが、ステムループを形成する、バーコード化された核酸分子内の標的結合領域と該標的結合領域の相補体との分子内ハイブリダイゼーションを含み、任意に、第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体であってもよい、および／または
    （ｇ）バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコードの標的結合領域とハイブリダイズさせるステップが、バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体と、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちのオリゴヌクレオチドバーコードの標的結合領域との分子間ハイブリダイゼーションを含み、任意に、
    （ｉ）第２の分子標識が、第１の分子標識と異なっていてもよく、且つ、第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体でなくてもよい、および／または
    （ｉｉ）方法が、バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドバーコードの３’末端を伸長させて、それぞれが、第１の分子標識の相補体および第２の分子標識を含む、複数の伸長したバーコード化された核酸分子を生成するステップを含んでもよく、任意に、第２の分子標識の配列が、第１の分子標識の配列と異なっていてもよく、且つ、第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体でなくてもよい、および／または
    （ｈ）バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体を、複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子の標的結合領域とハイブリダイズさせるステップが、バーコード化された核酸分子の標的結合領域の相補体と、複数のバーコード化された核酸分子のうちの異なるバーコード化された核酸分子の標的結合領域との分子間ハイブリダイゼーションを含み、任意に、第２の分子標識の配列が、第１の分子標識の配列と異なっていてもよく、且つ、第２の分子標識が、第１の分子標識の相補体でなくてもよい、
    （ｉ）逆転写酵素が、末端転移酵素活性の能力がある、
    （ｊ）テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の３’リボヌクレオチドを含み、任意に、３つの３’リボヌクレオチドを含んでもよく、さらに任意に、３’リボヌクレオチドがグアニンを含んでもよい、
    （ｋ）逆転写酵素が、ウイルス逆転写酵素を含み、任意に、ウイルス逆転写酵素が、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）逆転写酵素またはモロニーマウス白血病ウイルス（ＭＭＬＶ）逆転写酵素であってもよい、
    （ｌ）試料が、単一細胞を含み、任意に、免疫細胞を含んでもよく、さらに任意にＢ細胞またはＴ細胞を含んでもよく、任意に、単一細胞が、循環腫瘍細胞を含んでもよい、
    （ｍ）試料が、複数の細胞、複数の単一細胞、組織、腫瘍試料、またはこれらの任意の組合せを含み、任意に、単一細胞が、循環腫瘍細胞を含んでもよい、
    （ｎ）各オリゴヌクレオチドバーコードが、第１のユニバーサル配列を含む、および／または
    （ｏ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子が、第１のユニバーサル配列および第１のユニバーサル配列の相補体を含む、
    請求項１に記載の方法。
  10. （ａ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、複数の伸長したバーコード化された核酸分子のコピーを生成するステップが、第１のユニバーサル配列、またはその相補体にハイブリダイズすることが可能なプライマーを使用するステップを含む、または
    （ｂ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子を増幅させて、複数の単一標識核酸分子を生成するステップが、第１のユニバーサル配列、またはその相補体にハイブリダイズすることが可能なプライマー、および増幅プライマーを使用するステップを含み、任意に、増幅プライマーが、標的特異的プライマーであってもよく、さらに任意に、標的特異的プライマーが、免疫受容体、免疫受容体の定常領域、免疫受容体の可変領域、免疫受容体の多様性領域、および／または免疫受容体の可変領域と多様性領域の接合部に特異的にハイブリダイズしてもよく、さらに任意に、免疫受容体が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）および／またはＢ細胞受容体（ＢＣＲ）受容体であってもよく、任意に、ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖、ＴＣＲベータ鎖、ＴＣＲガンマ鎖、ＴＣＲデルタ鎖、またはこれらの任意の組合せを含んでもよく、
    ＢＣＲ受容体が、ＢＣＲ重鎖および／またはＢＣＲ軽鎖を含んでもよい、
    請求項３に記載の方法。
  11. （Ａ）複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させるステップが、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性および３’から５’へのエキソヌクレアーゼ活性のうちの少なくとも１つを欠くＤＮＡポリメラーゼを使用して、複数のバーコード化された核酸分子の３’末端を伸長させるステップを含み、任意に、ＤＮＡポリメラーゼが、Ｋｌｅｎｏｗ断片を含んでもよい、および／または
    （Ｂ）方法が、複数の伸長したバーコード化された核酸分子、またはその産物の配列情報を得るステップを含み、任意に、
    （ａ）配列情報を得るステップが、シーケンシングアダプターを、
    （ｉ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子、またはその産物、または
    （ｉｉ）複数の単一標識核酸分子、またはその産物
    に結合させるステップを含んでもよい、および／または
    （ｂ）配列情報を得るステップが、単一細胞のＢＣＲ軽鎖およびＢＣＲ重鎖の配列情報を得るステップを含んでもよく、任意に、
    （ｉ）ＢＣＲ軽鎖およびＢＣＲ重鎖の配列情報が、ＢＣＲ軽鎖および／またはＢＣＲ重鎖の、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、またはこれらの任意の組合せの配列を含んでもよい、
    （ｉｉ）方法が、得られた配列情報に基づいて、単一細胞のＢＣＲ軽鎖とＢＣＲ重鎖を対合させるステップを含んでもよい、および／または
    （ｉｉｉ）試料が、複数の単一細胞を含んでもよく、方法が、得られた配列情報に基づいて、前記単一細胞の少なくとも５０％のＢＣＲ軽鎖とＢＣＲ重鎖を対合させるステップを含んでもよい、および／または
    （ｃ）配列情報を得るステップが、単一細胞のＴＣＲアルファ鎖およびＴＣＲベータ鎖の配列情報を得るステップを含んでもよく、任意に、
    （ｉ）ＴＣＲアルファ鎖およびＴＣＲベータ鎖の配列情報が、ＴＣＲアルファ鎖および／またはＴＣＲベータ鎖の、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、またはこれらの任意の組合せの配列を含んでもよい、
    （ｉｉ）方法が、得られた配列情報に基づいて、単一細胞のＴＣＲアルファ鎖とＴＣＲベータ鎖を対合させるステップを含んでもよい、および／または
    （ｉｉｉ）試料が、複数の単一細胞を含んでもよく、方法が、得られた配列情報に基づいて、前記単一細胞の少なくとも５０％のＴＣＲアルファ鎖とＴＣＲベータ鎖を対合させるステップを含んでもよい、および／または
    （ｄ）配列情報を得るステップが、単一細胞のＴＣＲガンマ鎖およびＴＣＲデルタ鎖の配列情報を得るステップを含んでもよく、任意に、
    （ｉ）ＴＣＲガンマ鎖およびＴＣＲデルタ鎖の配列情報が、ＴＣＲガンマ鎖および／またはＴＣＲデルタ鎖の、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、またはこれらの任意の組合せの配列を含んでもよい、
    （ｉｉ）方法が、得られた配列情報に基づいて、単一細胞のＴＣＲガンマ鎖とＴＣＲデルタ鎖を対合させるステップを含んでもよい、および／または
    （ｉｉｉ）試料が、複数の単一細胞を含んでもよく、方法が、得られた配列情報に基づいて、前記単一細胞の少なくとも５０％のＴＣＲガンマ鎖とＴＣＲデルタ鎖を対合させるステップを含んでもよい、
    請求項１に記載の方法。
  12. （ａ）標的結合領域の相補体が、標的結合領域の逆相補配列および／または標的結合領域の相補配列を含む、
    （ｂ）分子標識の相補体が、分子標識の逆相補配列および／または分子標識の相補配列を含む、
    （ｃ）複数のバーコード化された核酸分子が、バーコード化されたデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子および／またはバーコード化されたリボ核酸（ＲＮＡ）分子を含む、および／または
    （ｄ）核酸標的が、核酸分子を含み、任意に、リボ核酸（ＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＲＮＡ分解産物、ポリ（Ａ）テールを含むＲＮＡ、またはこれらの任意の組合せを含んでもよく、さらに任意に、ｍＲＮＡが免疫受容体をコードしてもよく、任意に、
    （ｉ）核酸標的が、細胞成分結合試薬を含んでもよい、または
    （ｉｉ）核酸分子が、細胞成分結合試薬と会合していてもよく、任意に、核酸分子と細胞成分結合試薬を解離させるステップを含んでもよい、および／または
    （ｅ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１０個が、異なる分子標識配列を含む、
    （ｆ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各分子標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含む、
    （ｇ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードが、固体支持体と会合しており、任意に、同じ固体支持体と会合している複数のオリゴヌクレオチドバーコードがそれぞれ、同一の試料標識を含んでもよく、さらに任意に、複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各試料標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含んでもよい、および／または
    （ｈ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードがそれぞれ、細胞標識を含み、任意に、複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各細胞標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含んでもよく、さらに任意に、
    （Ｘ）同じ固体支持体に会合しているオリゴヌクレオチドバーコードが、同じ細胞標識または異なる細胞標識を含んでもよい、および／または
    （Ｙ）複数の伸長したバーコード化された核酸分子がそれぞれ、細胞標識および細胞標識の相補体を含んでもよく、任意に、細胞標識の相補体が、細胞標識の逆相補配列および／または細胞標識の相補配列を含んでもよい、および／または
    （ｉ）方法が、エチレングリコール、ポリエチレングリコール、１，２－プロパンジオール、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ホルムアミド、７－デアザ－ＧＴＰ、アセトアミド、塩化テトラメチルアンモニウム塩、ベタイン、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数の存在下で、核酸標的のコピーにハイブリダイズした複数のオリゴヌクレオチドバーコードを伸長させるステップを含む、
    （ｊ）固体支持体が、合成粒子または平面表面を含む、および／または
    （ｋ）試料が、単一細胞を含み、方法が、複数のオリゴヌクレオチドバーコードを含む合成粒子を、試料中の単一細胞と会合させるステップを含む、
    請求項１に記載の方法。
  13. （ａ）方法が、合成粒子を単一細胞と会合させた後に、単一細胞を溶解させるステップを含み、任意に、単一細胞を溶解させるステップが、試料を加熱するステップ、試料を界面活性剤と接触させるステップ、試料のｐＨを変更するステップ、またはこれらの任意の組合せを含んでもよい、および／または
    （ｂ）合成粒子と単一細胞が、
    （ｉ）同じウェル中にある、または
    （ｉｉ）同じ液滴中にある、および／または
    （ｃ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが、合成粒子上に固定化されているかもしくは部分的に固定化されている、または複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが合成粒子内に封入されているかもしくは部分的に封入されている、
    （ｄ）合成粒子が、崩壊可能である、および／または
    （ｅ）合成粒子が、ビーズを含み、任意に、ビーズが、
    （ｉ）セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁性ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、もしくはこれらの任意の組合せ、
    （ｉｉ）ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ハイドロゲル、常磁性体、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される材料、または
    （ｉｉｉ）崩壊可能ハイドロゲル粒子
    を含んでもよい、および／または
    （ｆ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのそれぞれが、リンカー官能基を含み、合成粒子が、固体支持体官能基を含み、支持体官能基およびリンカー官能基が、互いに会合しており、任意に、リンカー官能基および支持体官能基が、独立して、Ｃ６、ビオチン、ストレプトアビジン、第一級アミン、アルデヒド、ケトン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択されてもよい、
    請求項１２（ｋ）に記載の方法。
  14. 複数のオリゴヌクレオチドバーコードであって、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのそれぞれが、分子標識および標的結合領域を含み、複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１０個が、異なる分子標識配列を含む、複数のオリゴヌクレオチドバーコード、
    逆転写酵素、
    標的結合領域を含むテンプレートスイッチングオリゴヌクレオチド、またはその一部分、および
    ５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性および３’から５’へのエキソヌクレアーゼ活性のうちの少なくとも１つを欠くＤＮＡポリメラーゼ
    を含む、キット。
  15. （ａ）ＤＮＡポリメラーゼが、Ｋｌｅｎｏｗ断片を含む、
    （ｂ）逆転写酵素が、ウイルス逆転写酵素を含み、任意に、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）逆転写酵素またはモロニーマウス白血病ウイルス（ＭＭＬＶ）逆転写酵素を含んでもよい、
    （ｃ）テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の３’リボヌクレオチドを含み、任意に、３つの３’リボヌクレオチドを含んでもよく、さらに任意に、３’リボヌクレオチドがグアニンを含んでもよい、
    （ｄ）キットが、エチレングリコール、ポリエチレングリコール、１，２－プロパンジオール、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ホルムアミド、７－デアザ－ＧＴＰ、アセトアミド、塩化テトラメチルアンモニウム塩、ベタイン、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数を含む、
    （ｅ）キットが、緩衝液、カートリッジ、逆転写反応のための１つもしくは複数の試薬、増幅反応のための１つもしくは複数の試薬、またはこれらの組合せを含む、
    （ｆ）標的結合領域が、遺伝子特異的配列、オリゴ（ｄＴ）配列、ランダム多量体、またはこれらの任意の組合せを含む、
    （ｇ）オリゴヌクレオチドバーコードが、同一の試料標識および／または同一の細胞標識を含む、
    （ｈ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードの各試料標識、細胞標識、および／または分子標識が、少なくとも６個のヌクレオチドを含む、
    （ｉ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが、合成粒子上に固定化されているかもしくは部分的に固定化されている、および／または複数のオリゴヌクレオチドバーコードのうちの少なくとも１つが、合成粒子内に封入されているかもしくは部分的に封入されている、
    （ｊ）合成粒子が、崩壊可能である、および／または
    （ｋ）合成粒子が、ビーズを含み、任意に、ビーズが、
    （ｉ）セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁性ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、もしくはこれらの任意の組合せ、
    （ｉｉ）ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ハイドロゲル、常磁性体、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される材料、または
    （ｉｉｉ）崩壊可能ハイドロゲル粒子、
    を含んでもよい、および／または
    （ｌ）複数のオリゴヌクレオチドバーコードのそれぞれが、リンカー官能基を含み、合成粒子が、固体支持体官能基を含み、支持体官能基およびリンカー官能基が、互いに会合しており、任意に、リンカー官能基および支持体官能基が、独立して、Ｃ６、ビオチン、ストレプトアビジン、第一級アミン、アルデヒド、ケトン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択されてもよい、
    請求項１４に記載のキット。
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PCT/US2019/053868 WO2020072380A1 (en) 2018-10-01 2019-09-30 Determining 5' transcript sequences

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2022511398A JP2022511398A (ja) 2022-01-31
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Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2021517856A Pending JP2022511398A (ja) 2018-10-01 2019-09-30 ５’転写物配列の決定

Country Status (5)

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US (2) US11639517B2 (ja)
EP (1) EP3861134A1 (ja)
JP (1) JP2022511398A (ja)
CN (1) CN112805389A (ja)
WO (1) WO2020072380A1 (ja)

Families Citing this family (42)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
EP3321378B1 (en) 2012-02-27 2021-11-10 Becton, Dickinson and Company Compositions for molecular counting
KR102182834B1 (ko) 2013-08-28 2020-11-27 벡톤 디킨슨 앤드 컴퍼니 대량의 동시 단일 세포 분석
US9727810B2 (en) 2015-02-27 2017-08-08 Cellular Research, Inc. Spatially addressable molecular barcoding
US11535882B2 (en) 2015-03-30 2022-12-27 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for combinatorial barcoding
WO2016172373A1 (en) 2015-04-23 2016-10-27 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for whole transcriptome amplification
US10619186B2 (en) 2015-09-11 2020-04-14 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for library normalization
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
BR112019005900A2 (pt) 2016-09-26 2019-06-11 Becton Dickinson Co medição de expressão de proteínas usando reagentes com sequências de oligonucleotídeos com código de barras
EP3577232A1 (en) 2017-02-01 2019-12-11 Cellular Research, Inc. Selective amplification using blocking oligonucleotides
JP7358388B2 (ja) 2018-05-03 2023-10-10 ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー 反対側の転写物末端における分子バーコーディング
CN112272710A (zh) 2018-05-03 2021-01-26 贝克顿迪金森公司 高通量多组学样品分析
US11639517B2 (en) 2018-10-01 2023-05-02 Becton, Dickinson And Company Determining 5′ transcript sequences
EP3877520A1 (en) 2018-11-08 2021-09-15 Becton Dickinson and Company Whole transcriptome analysis of single cells using random priming
WO2020123384A1 (en) 2018-12-13 2020-06-18 Cellular Research, Inc. Selective extension in single cell whole transcriptome analysis
CN113574178A (zh) 2019-01-23 2021-10-29 贝克顿迪金森公司 与抗体关联的寡核苷酸
US11834715B2 (en) 2019-01-28 2023-12-05 Becton, Dickinson And Company Oligonucleotide-comprising cellular component-binding reagents and methods of using the same
US11939622B2 (en) 2019-07-22 2024-03-26 Becton, Dickinson And Company Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay
US11773436B2 (en) 2019-11-08 2023-10-03 Becton, Dickinson And Company Using random priming to obtain full-length V(D)J information for immune repertoire sequencing
EP4090763A1 (en) 2020-01-13 2022-11-23 Becton Dickinson and Company Methods and compositions for quantitation of proteins and rna
US11661625B2 (en) 2020-05-14 2023-05-30 Becton, Dickinson And Company Primers for immune repertoire profiling
US10941453B1 (en) * 2020-05-20 2021-03-09 Paragon Genomics, Inc. High throughput detection of pathogen RNA in clinical specimens
WO2021247593A1 (en) 2020-06-02 2021-12-09 Becton, Dickinson And Company Oligonucleotides and beads for 5 prime gene expression assay
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
US20220010362A1 (en) 2020-07-13 2022-01-13 Becton, Dickinson And Company cDNA SPIKE-IN CONTROL FOR SINGLE CELL ANALYSIS
TWI811831B (zh) * 2020-11-03 2023-08-11 香港商行動基因（智財）有限公司 用於檢測基因變異的靶向定序方法及套組
CN116438316A (zh) * 2020-11-17 2023-07-14 贝克顿迪金森公司 用于肿瘤学诊断的无细胞核酸和单细胞组合分析
CN116635533A (zh) 2020-11-20 2023-08-22 贝克顿迪金森公司 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析
EP4247968A1 (en) 2020-11-20 2023-09-27 Becton, Dickinson and Company Use of dextramer in single cell analysis
WO2023034739A1 (en) 2021-08-30 2023-03-09 Becton, Dickinson And Company Template switch oligonucleotide (tso) for mrna 5' analysis
WO2023034872A1 (en) 2021-09-01 2023-03-09 Becton, Dickinson And Company Spatial multiomics using in situ reverse transcription
CN113736777A (zh) * 2021-09-14 2021-12-03 清华大学 一种用于高通量测序核酸编码探针的设计及合成方法
CN117957330A (zh) 2021-09-14 2024-04-30 贝克顿迪金森公司 全长单细胞rna测序
WO2023114203A1 (en) * 2021-12-13 2023-06-22 Cornell University Genotyping of targeted loci with single-cell chromatin accessibility
WO2023150763A1 (en) 2022-02-07 2023-08-10 Becton, Dickinson And Company Preparing nucleic acid for further analysis of their sequence
WO2023150764A1 (en) 2022-02-07 2023-08-10 Becton, Dickinson And Company Sorting of mrna and abseq containing barcoded beads by flow
WO2023154694A1 (en) 2022-02-08 2023-08-17 Becton, Dickinson And Company Reference beads for linking imaging and sequencing readouts with single-cell resolution
US11680293B1 (en) 2022-04-21 2023-06-20 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for amplifying DNA and generating DNA sequencing results from target-enriched DNA molecules
WO2023225360A2 (en) * 2022-05-20 2023-11-23 The University Of South Alabama Capless and tailless therapeutic exogenous mrna and method to produce the same
GB202211182D0 (en) * 2022-08-01 2022-09-14 Univ Oxford Innovation Ltd Bead-hashing

Family Cites Families (540)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4510244A (en) 1980-04-17 1985-04-09 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Jr. University Cell labeling with antigen-coupled microspheres
US4725536A (en) 1985-09-19 1988-02-16 Genetics Institute, Inc. Reagent polynucleotide complex with multiple target binding regions, and kit and methods
US6150517A (en) 1986-11-24 2000-11-21 Gen-Probe Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
IE72468B1 (en) 1987-07-31 1997-04-09 Univ Leland Stanford Junior Selective amplification of target polynucleotide sequences
US5149625A (en) 1987-08-11 1992-09-22 President And Fellows Of Harvard College Multiplex analysis of DNA
US5656731A (en) 1987-10-15 1997-08-12 Chiron Corporation Nucleic acid-amplified immunoassay probes
US5124246A (en) 1987-10-15 1992-06-23 Chiron Corporation Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same
WO1990001065A1 (en) 1988-07-26 1990-02-08 Genelabs Incorporated Rna and dna amplification techniques
US6551784B2 (en) 1989-06-07 2003-04-22 Affymetrix Inc Method of comparing nucleic acid sequences
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5925525A (en) 1989-06-07 1999-07-20 Affymetrix, Inc. Method of identifying nucleotide differences
US6309822B1 (en) 1989-06-07 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Method for comparing copy number of nucleic acid sequences
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
US5871928A (en) 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US6040138A (en) 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5200314A (en) 1990-03-23 1993-04-06 Chiron Corporation Polynucleotide capture assay employing in vitro amplification
JP3164814B2 (ja) 1990-08-27 2001-05-14 科学技術振興事業団 均一化ｃＤＮＡライブラリーの作製法
DK0834576T3 (da) 1990-12-06 2002-04-22 Affymetrix Inc A Delaware Corp Påvisning af nukleinsyresekvenser
JPH04337446A (ja) 1991-05-15 1992-11-25 Hitachi Ltd 微粒子計測方法、定量方法および微粒子計測装置
US5981179A (en) 1991-11-14 1999-11-09 Digene Diagnostics, Inc. Continuous amplification reaction
US5424413A (en) 1992-01-22 1995-06-13 Gen-Probe Incorporated Branched nucleic acid probes
US5573905A (en) 1992-03-30 1996-11-12 The Scripps Research Institute Encoded combinatorial chemical libraries
US5981176A (en) 1992-06-17 1999-11-09 City Of Hope Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences
AU7212494A (en) 1993-06-25 1995-01-17 Affymax Technologies N.V. Hybridization and sequencing of nucleic acids
US6087186A (en) 1993-07-16 2000-07-11 Irori Methods and apparatus for synthesizing labeled combinatorial chemistry libraries
US5500356A (en) 1993-08-10 1996-03-19 Life Technologies, Inc. Method of nucleic acid sequence selection
US6309823B1 (en) 1993-10-26 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes for analyzing biotransformation genes and methods of using the same
US5681697A (en) 1993-12-08 1997-10-28 Chiron Corporation Solution phase nucleic acid sandwich assays having reduced background noise and kits therefor
US5714330A (en) 1994-04-04 1998-02-03 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
US6495518B1 (en) 1994-06-13 2002-12-17 Vanderbilt University Method for importing biologically active molecules into cells
GB2293238A (en) 1994-09-13 1996-03-20 Inceltec Ltd Primers for replication and/or amplification reactions
US6013445A (en) 1996-06-06 2000-01-11 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
US5604097A (en) 1994-10-13 1997-02-18 Spectragen, Inc. Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags
WO1998053300A2 (en) 1997-05-23 1998-11-26 Lynx Therapeutics, Inc. System and apparaus for sequential processing of analytes
US5695934A (en) 1994-10-13 1997-12-09 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides
US6600996B2 (en) 1994-10-21 2003-07-29 Affymetrix, Inc. Computer-aided techniques for analyzing biological sequences
EP0709466B1 (en) 1994-10-28 2006-09-27 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for the simultaneous detection and quantification of multiple specific nucleic acid sequences
EP0822861B1 (en) 1995-04-25 2003-11-26 Discovery Partners International, Inc. Remotely programmable matrices with memories and uses thereof
US5648245A (en) 1995-05-09 1997-07-15 Carnegie Institution Of Washington Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication
US5968740A (en) 1995-07-24 1999-10-19 Affymetrix, Inc. Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid
US5763175A (en) 1995-11-17 1998-06-09 Lynx Therapeutics, Inc. Simultaneous sequencing of tagged polynucleotides
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
US6613544B1 (en) 1995-12-22 2003-09-02 Amgen Inc. Osteoprotegerin
US5962271A (en) 1996-01-03 1999-10-05 Cloutech Laboratories, Inc. Methods and compositions for generating full-length cDNA having arbitrary nucleotide sequence at the 3'-end
US5830712A (en) 1996-02-06 1998-11-03 Allelix Biopharmaceuticals Inc. Selective template deletion method
US6458530B1 (en) 1996-04-04 2002-10-01 Affymetrix Inc. Selecting tag nucleic acids
EP0912761A4 (en) 1996-05-29 2004-06-09 Cornell Res Foundation Inc DETERMINATION OF DIFFERENCES IN THE NUCLEIC ACID SEQUENCE BY MEANS OF A COMBINATION OF LIGASE DETERMINATION AND POLYMERASE CHAIN REACTION
JPH1021373A (ja) 1996-07-05 1998-01-23 Fuji Photo Film Co Ltd 画像解析装置
US20020172953A1 (en) 1996-07-29 2002-11-21 Mirkin Chad A. Movement of biomolecule-coated nanoparticles in an electric field
US7169556B2 (en) 1996-07-29 2007-01-30 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor
US6984491B2 (en) 1996-07-29 2006-01-10 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor
US6100029A (en) 1996-08-14 2000-08-08 Exact Laboratories, Inc. Methods for the detection of chromosomal aberrations
US5935793A (en) 1996-09-27 1999-08-10 The Chinese University Of Hong Kong Parallel polynucleotide sequencing method using tagged primers
US6124092A (en) 1996-10-04 2000-09-26 The Perkin-Elmer Corporation Multiplex polynucleotide capture methods and compositions
US6117631A (en) 1996-10-29 2000-09-12 Polyprobe, Inc. Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates
US6046005A (en) 1997-01-15 2000-04-04 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators comprising a cleavable linking group
US6974669B2 (en) 2000-03-28 2005-12-13 Nanosphere, Inc. Bio-barcodes based on oligonucleotide-modified nanoparticles
US6399334B1 (en) 1997-09-24 2002-06-04 Invitrogen Corporation Normalized nucleic acid libraries and methods of production thereof
AU1603199A (en) 1997-12-03 1999-06-16 Curagen Corporation Methods and devices for measuring differential gene expression
US6265163B1 (en) 1998-01-09 2001-07-24 Lynx Therapeutics, Inc. Solid phase selection of differentially expressed genes
US6787308B2 (en) 1998-07-30 2004-09-07 Solexa Ltd. Arrayed biomolecules and their use in sequencing
WO2000014282A1 (en) 1998-09-04 2000-03-16 Lynx Therapeutics, Inc. Method of screening for genetic polymorphism
US6480791B1 (en) 1998-10-28 2002-11-12 Michael P. Strathmann Parallel methods for genomic analysis
US6197554B1 (en) 1998-11-20 2001-03-06 Shi-Lung Lin Method for generating full-length cDNA library from single cells
US6436675B1 (en) 1999-09-28 2002-08-20 Maxygen, Inc. Use of codon-varied oligonucleotide synthesis for synthetic shuffling
US20020019005A1 (en) 1999-02-18 2002-02-14 Arcaris, Inc. Process for identification of genes encoding proteins having cell proliferation-promoting activity
US6629040B1 (en) 1999-03-19 2003-09-30 University Of Washington Isotope distribution encoded tags for protein identification
EP1165839A2 (en) 1999-03-26 2002-01-02 Whitehead Institute For Biomedical Research Universal arrays
US6355431B1 (en) 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
CA2644688C (en) 1999-04-20 2012-11-13 Kankyo Engineering Co., Ltd. Method for determining a concentration of target nucleic acid molecules, nucleic acid probes for the method, and method for analysing data obtained by the method
US6372813B1 (en) 1999-06-25 2002-04-16 Motorola Methods and compositions for attachment of biomolecules to solid supports, hydrogels, and hydrogel arrays
US6326148B1 (en) 1999-07-12 2001-12-04 The Regents Of The University Of California Detection of copy number changes in colon cancer
US6440706B1 (en) 1999-08-02 2002-08-27 Johns Hopkins University Digital amplification
JP2001078768A (ja) 1999-09-16 2001-03-27 Otsuka Pharmaceut Co Ltd 遺伝子発現の測定法
SE9903988D0 (sv) 1999-11-03 1999-11-03 Amersham Pharm Biotech Ab Method of analysis
US6489114B2 (en) 1999-12-17 2002-12-03 Bio Merieux Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby
WO2001048242A2 (en) 1999-12-29 2001-07-05 Mergen Ltd. Methods for amplifying and detecting multiple polynucleotides on a solid phase support
US7022479B2 (en) 2000-01-24 2006-04-04 Compound Therapeutics, Inc. Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis
EP1250463B1 (en) 2000-01-24 2006-04-05 Compound Therapeutics, Inc. Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis
US6235483B1 (en) 2000-01-31 2001-05-22 Agilent Technologies, Inc. Methods and kits for indirect labeling of nucleic acids
DE60136166D1 (de) 2000-02-07 2008-11-27 Illumina Inc Nukleinsäure-nachweisverfahren mit universellem priming
US20050214825A1 (en) 2000-02-07 2005-09-29 John Stuelpnagel Multiplex sample analysis on universal arrays
US20020072058A1 (en) 2000-03-24 2002-06-13 Voelker Leroy L. Method for amplifying quinolone-resistance-determining-regions and identifying polymorphic variants thereof
US7348141B2 (en) 2000-03-29 2008-03-25 Lgc Limited Hybridization beacon and method of rapid sequence detection and discrimination
EP2206791B1 (en) 2000-04-10 2016-07-13 Taxon Biosciences, Inc. Methods for the survey and genetic analysis of populations
US20030207300A1 (en) 2000-04-28 2003-11-06 Matray Tracy J. Multiplex analytical platform using molecular tags
US7630063B2 (en) 2000-08-02 2009-12-08 Honeywell International Inc. Miniaturized cytometer for detecting multiple species in a sample
US6511809B2 (en) 2000-06-13 2003-01-28 E. I. Du Pont De Nemours And Company Method for the detection of an analyte by means of a nucleic acid reporter
AU2001282881B2 (en) 2000-07-07 2007-06-14 Visigen Biotechnologies, Inc. Real-time sequence determination
EP1362121A2 (en) 2000-08-11 2003-11-19 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor
US6934408B2 (en) 2000-08-25 2005-08-23 Amnis Corporation Method and apparatus for reading reporter labeled beads
EP1197552B1 (en) 2000-08-25 2006-11-08 Riken Method of preparing normalized and/or subtracted cDNA
JP4287652B2 (ja) 2000-10-24 2009-07-01 ザ・ボード・オブ・トラスティーズ・オブ・ザ・レランド・スタンフォード・ジュニア・ユニバーシティ ゲノムｄｎａの直接多重処理による性状分析
EP1356109A2 (en) 2000-12-08 2003-10-29 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor
US20020142345A1 (en) 2000-12-22 2002-10-03 Nelsen Anita J. Methods for encoding and decoding complex mixtures in arrayed assays
US20030049616A1 (en) 2001-01-08 2003-03-13 Sydney Brenner Enzymatic synthesis of oligonucleotide tags
AU2002249116A1 (en) 2001-01-11 2002-09-19 Lion Bioscience Ag Gene library for screening methods
DK1364065T3 (da) 2001-01-25 2012-05-14 Luminex Molecular Diagnostics Inc Polynukleotider til anvendelse som markeringer og markeringskomplementer, fremstilling og anvendelse deraf
MXPA02012739A (es) 2001-03-09 2004-04-20 Nugen Technologies Inc Metodos y composiciones para amplificacion de secuencias de arn.
JP2005233974A (ja) 2001-03-21 2005-09-02 Olympus Corp 生化学的検査方法
US7027932B2 (en) 2001-03-21 2006-04-11 Olympus Optical Co., Ltd. Biochemical examination method
JP4146239B2 (ja) 2001-03-28 2008-09-10 ナノスフェアー インコーポレイテッド オリゴヌクレオチド修飾粒子をベースとするバイオバーコード
EP1377683A4 (en) 2001-04-11 2004-09-08 Us Gov Health & Human Serv MODIFIED RANDOM SPRAYERS FOR PROBE MARKING
US20030170675A1 (en) 2001-04-11 2003-09-11 The Gov't Of The U.S Of America As Represented By The Secretary Of The Dept. Of Health & Human Serv. Methods of manipulating nucleic acids
AUPR480901A0 (en) 2001-05-04 2001-05-31 Genomics Research Partners Pty Ltd Diagnostic method for assessing a condition of a performance animal
US6849404B2 (en) 2001-05-07 2005-02-01 Bioneer Corporation Polymerase chain reaction of DNA of which base sequence is completely unidentified
US6905827B2 (en) 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
CA2450139A1 (en) 2001-06-11 2002-12-19 Illumina, Inc Multiplexed detection methods
JP4244534B2 (ja) 2001-06-12 2009-03-25 横河電機株式会社 バイオチップ
US7473767B2 (en) 2001-07-03 2009-01-06 The Institute For Systems Biology Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures
US6830931B2 (en) 2001-07-12 2004-12-14 Automated Cell, Inc. Method and apparatus for monitoring of proteins and cells
WO2003035829A2 (en) 2001-10-09 2003-05-01 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor
AU2002360272A1 (en) 2001-10-10 2003-04-22 Superarray Bioscience Corporation Detecting targets by unique identifier nucleotide tags
US20030077611A1 (en) 2001-10-24 2003-04-24 Sention Methods and systems for dynamic gene expression profiling
CN100360722C (zh) 2001-11-21 2008-01-09 艾普勒拉公司 数字化分析
US20030175749A1 (en) 2001-12-08 2003-09-18 Jong-Yoon Chun Annealing control primer and its uses
CN1617938A (zh) 2002-01-16 2005-05-18 戴诺生物技术有限公司 从单个样品中分离核酸和蛋白质的方法
US20030175908A1 (en) 2002-01-29 2003-09-18 Sten Linnarsson Methods and means for manipulating nucleic acid
KR20040105717A (ko) 2002-02-14 2004-12-16 이뮤니베스트 코포레이션 저비용 세포 분석기에서의 세포 계산 방법 및 알고리즘
US20030186251A1 (en) 2002-04-01 2003-10-02 Brookhaven Science Associates, Llc Genome sequence tags
US20050175993A1 (en) 2002-04-12 2005-08-11 Chia-Lin Wei Method for making full-length coding sequence cDNA libraries
US6808906B2 (en) 2002-05-08 2004-10-26 Rigel Pharmaceuticals, Inc. Directionally cloned random cDNA expression vector libraries, compositions and methods of use
US20070178478A1 (en) 2002-05-08 2007-08-02 Dhallan Ravinder S Methods for detection of genetic disorders
GB0212391D0 (en) 2002-05-29 2002-07-10 Axis Shield Asa Assay
US20050019776A1 (en) 2002-06-28 2005-01-27 Callow Matthew James Universal selective genome amplification and universal genotyping system
US20040096368A1 (en) 2002-06-28 2004-05-20 Igen International, Inc. Assay systems and components
US7192700B2 (en) 2002-12-20 2007-03-20 Orchid Cellmark Inc. Methods and compositions for conducting primer extension and polymorphism detection reactions
WO2004017374A2 (en) 2002-08-16 2004-02-26 Clinical Microarrays, Inc. Reading of fluorescent arrays
PT2143803T (pt) 2002-09-03 2016-07-14 Quanta Biosciences Inc Composições e métodos melhorados para a síntese de adnc
US7361821B2 (en) 2002-09-20 2008-04-22 Intel Corporation Controlled alignment of nanobarcodes encoding specific information for scanning probe microscopy (SPM) reading
DE60229890D1 (de) 2002-09-30 2008-12-24 Hoffmann La Roche Oligonukleotide zur genotypisierung des thymidylat-synthase gens
AU2003299541A1 (en) 2002-10-02 2004-05-25 California Institute Of Technology Microfluidic nucleic acid analysis
US7822555B2 (en) 2002-11-11 2010-10-26 Affymetrix, Inc. Methods for identifying DNA copy number changes
JP2006519977A (ja) 2002-11-11 2006-08-31 アフィメトリックス インコーポレイテッド Ｄｎａコピー数変化を同定するための方法
US7704687B2 (en) 2002-11-15 2010-04-27 The Johns Hopkins University Digital karyotyping
WO2004083443A1 (en) 2002-12-20 2004-09-30 Caliper Life Sciences, Inc. Single molecule amplification and detection of dna
US20040214211A1 (en) 2003-01-23 2004-10-28 U.S. Genomics, Inc. Methods for analyzing polymer populations
US7575865B2 (en) 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
ATE484598T1 (de) 2003-03-07 2010-10-15 Rubicon Genomics Inc Amplifikation und analyse von gesamtgenom- und gesamttranskriptom- bibliotheken, die durch ein dns-polymerisierungsverfahren produziert wurden
US8206913B1 (en) 2003-03-07 2012-06-26 Rubicon Genomics, Inc. Amplification and analysis of whole genome and whole transcriptome libraries generated by a DNA polymerization process
US7269518B2 (en) 2003-04-30 2007-09-11 Agilent Technologies, Inc. Chemical array reading
US20040259118A1 (en) 2003-06-23 2004-12-23 Macevicz Stephen C. Methods and compositions for nucleic acid sequence analysis
CA2531105C (en) 2003-07-05 2015-03-17 The Johns Hopkins University Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations
EP1651776A2 (de) 2003-07-24 2006-05-03 Qiagen GmbH Verfahren zur reversen transkription und/oder amplifikation von nukleinsäuren
WO2005017206A1 (en) 2003-08-13 2005-02-24 Affymetrix, Inc. Methods and kits for preparing nucleic acid samples
GB0319332D0 (en) 2003-08-16 2003-09-17 Astrazeneca Ab Amplification
US20050048498A1 (en) 2003-08-29 2005-03-03 Applera Corporation Compositions, methods, and kits for assembling probes
US7341837B2 (en) 2003-09-02 2008-03-11 Lawton Robert L Soluble analyte detection and amplification
US7354706B2 (en) 2003-09-09 2008-04-08 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Use of photopolymerization for amplification and detection of a molecular recognition event
ATE461292T1 (de) 2003-09-10 2010-04-15 Althea Technologies Inc Erstellung von expressionsprofilen unter verwendung von mikroarrays
JP2007512811A (ja) 2003-11-10 2007-05-24 インベスチゲン， インコーポレイテッド 検出のための核酸を調製する方法
JP2007524410A (ja) 2004-01-23 2007-08-30 リングヴィテ エーエス ポリヌクレオチドライゲーション反応の改良
WO2005080604A2 (en) 2004-02-12 2005-09-01 Compass Genetics, Llc Genetic analysis by sequence-specific sorting
US20100216153A1 (en) 2004-02-27 2010-08-26 Helicos Biosciences Corporation Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities
US7432055B2 (en) 2004-03-05 2008-10-07 Uchicago Argonne Llc Dual phase multiplex polymerase chain reaction
US7294466B2 (en) 2004-05-07 2007-11-13 Cepheid Multiplexed detection of biological agents
US20050250147A1 (en) 2004-05-10 2005-11-10 Macevicz Stephen C Digital profiling of polynucleotide populations
US20060002824A1 (en) 2004-06-07 2006-01-05 Irm, Llc Dispensing systems, software, and related methods
US20060035258A1 (en) 2004-08-06 2006-02-16 Affymetrix, Inc. Methods for identifying DNA copy number changes
US20060041385A1 (en) 2004-08-18 2006-02-23 Bauer Kenneth D Method of quantitating proteins and genes in cells using a combination of immunohistochemistry and in situ hybridization
US7713697B2 (en) 2004-08-27 2010-05-11 Gen-Probe Incorporated Methods and kits for amplifying DNA
EP1794173B1 (en) 2004-09-10 2010-08-04 Human Genetic Signatures PTY Ltd Amplification blocker comprising intercalating nucleic acids (ina) containing intercalating pseudonucleotides (ipn)
US20060073506A1 (en) 2004-09-17 2006-04-06 Affymetrix, Inc. Methods for identifying biological samples
US7435084B2 (en) 2004-12-14 2008-10-14 Align Technology, Inc. System and methods for casting physical tooth model
KR20070105967A (ko) 2004-11-03 2007-10-31 아이리스 몰레큘라 다이아그노스틱스, 인코오포레이티드 균질 분석물 탐지
WO2006071770A2 (en) 2004-12-23 2006-07-06 I-Stat Corporation Molecular diagnostics system and methods
AU2005322131B2 (en) 2004-12-23 2011-11-10 Global Life Sciences Solutions Usa Llc Ligation-based RNA amplification
US7393665B2 (en) 2005-02-10 2008-07-01 Population Genetics Technologies Ltd Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides
US7407757B2 (en) 2005-02-10 2008-08-05 Population Genetics Technologies Genetic analysis by sequence-specific sorting
US9222129B2 (en) 2005-02-10 2015-12-29 Riken Method for amplification of nucleotide sequence
WO2006099604A2 (en) 2005-03-16 2006-09-21 Compass Genetics, Llc Methods and compositions for assay readouts on multiple analytical platforms
EP1861512A4 (en) 2005-03-18 2009-12-09 Fluidigm Corp THERMAL REACTION DEVICE AND USE METHOD THEREFOR
WO2006110314A2 (en) 2005-03-25 2006-10-19 Ambion, Inc. Methods and compositions for depleting abundant rna transcripts
US20060263789A1 (en) 2005-05-19 2006-11-23 Robert Kincaid Unique identifiers for indicating properties associated with entities to which they are attached, and methods for using
US7695886B2 (en) 2005-05-19 2010-04-13 Fuji Xerox Co., Ltd. Process for producing resin particle liquid dispersion for electrostatic image developing toner, electrostatic image developing toner and production process thereof
US8407013B2 (en) 2005-06-07 2013-03-26 Peter K. Rogan AB initio generation of single copy genomic probes
US20070065844A1 (en) 2005-06-08 2007-03-22 Massachusetts Institute Of Technology Solution-based methods for RNA expression profiling
US7796815B2 (en) 2005-06-10 2010-09-14 The Cleveland Clinic Foundation Image analysis of biological objects
US20070020640A1 (en) 2005-07-21 2007-01-25 Mccloskey Megan L Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis
US8486621B2 (en) 2005-08-11 2013-07-16 Cornell Research Foundation, Inc. Nucleic acid-based matrixes
CA2620081A1 (en) 2005-09-16 2007-03-29 454 Life Sciences Corporation Cdna library preparation
US8831887B2 (en) 2005-10-12 2014-09-09 The Research Foundation For The State University Of New York Absolute PCR quantification
EP1949070A4 (en) 2005-11-01 2009-11-18 Symyx Technologies Inc LIQUID DISPENSER FOR HIGH-PERFORMANCE EXPERIMENTS
US7375211B2 (en) 2005-11-18 2008-05-20 Kou Zhong C Method for detection and quantification of T-cell receptor Vβ repertoire
US20080070303A1 (en) 2005-11-21 2008-03-20 West Michael D Methods to accelerate the isolation of novel cell strains from pluripotent stem cells and cells obtained thereby
US7636465B2 (en) 2005-12-09 2009-12-22 Cytyc Corporation Cross-frame object reconstruction for image-based cytology applications
WO2007087312A2 (en) 2006-01-23 2007-08-02 Population Genetics Technologies Ltd. Molecular counting
US7544473B2 (en) 2006-01-23 2009-06-09 Population Genetics Technologies Ltd. Nucleic acid analysis using sequence tokens
US8492098B2 (en) 2006-02-21 2013-07-23 The Trustees Of Tufts College Methods and arrays for target analyte detection and determination of reaction components that affect a reaction
US20080038727A1 (en) 2006-03-10 2008-02-14 Applera Corporation MicroRNA and Messenger RNA Detection on Arrays
US7880142B2 (en) 2006-04-04 2011-02-01 Sidec Technologies Ab Extended electron tomography
US20080194414A1 (en) 2006-04-24 2008-08-14 Albert Thomas J Enrichment and sequence analysis of genomic regions
WO2007136874A2 (en) 2006-05-18 2007-11-29 President And Fellows Of Harvard College Genomic library construction
US7833716B2 (en) 2006-06-06 2010-11-16 Gen-Probe Incorporated Tagged oligonucleotides and their use in nucleic acid amplification methods
EP4108780A1 (en) 2006-06-14 2022-12-28 Verinata Health, Inc. Rare cell analysis using sample splitting and dna tags
US9012390B2 (en) 2006-08-07 2015-04-21 Raindance Technologies, Inc. Fluorocarbon emulsion stabilizing surfactants
AU2007284651B2 (en) 2006-08-09 2014-03-20 Institute For Systems Biology Organ-specific proteins and methods of their use
EP2069472A4 (en) 2006-10-05 2012-06-20 Nanopoint Inc SYSTEMS AND METHODS FOR ACTIVE MICROFLUIDIC CELL MANIPULATION
US8367051B2 (en) 2006-10-09 2013-02-05 Carnegie Mellon University Preparation of functional gel particles with a dual crosslink network
SK50302009A3 (sk) 2006-10-18 2010-03-08 Osaki Electric Co., Ltd. Elektronický watthodinový elektromer
US20100184152A1 (en) 2006-10-23 2010-07-22 Vladislav Sandler Target-oriented whole genome amplification of nucleic acids
CA2958994C (en) 2006-11-15 2019-05-07 Biospherex Llc Kit for multiplex sequencing and ecogenomics analysis
US8050476B2 (en) 2006-11-22 2011-11-01 General Electric Company Heart rate demodulation of periodic movement in ultrasound data for object identification
EP2639579B1 (en) 2006-12-14 2016-11-16 Life Technologies Corporation Apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
JP5489469B2 (ja) 2007-01-16 2014-05-14 オリンパス株式会社 蛍光信号解析装置および蛍光信号解析方法
WO2008109207A2 (en) 2007-01-30 2008-09-12 The Regents Of The University Of California Methods and devices for biomolecular arrays
US20080269068A1 (en) 2007-02-06 2008-10-30 President And Fellows Of Harvard College Multiplex decoding of sequence tags in barcodes
WO2008096318A2 (en) 2007-02-09 2008-08-14 Koninklijke Philips Electronics N.V. Identification system
US8003312B2 (en) 2007-02-16 2011-08-23 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Multiplex cellular assays using detectable cell barcodes
JP5409395B2 (ja) 2007-02-27 2014-02-05 セントクローネ インターナショナル エービー 細胞外マーカーに結合する剤のパネルを用いる腫瘍細胞の多重検出
US9029085B2 (en) 2007-03-07 2015-05-12 President And Fellows Of Harvard College Assays and other reactions involving droplets
KR100882711B1 (ko) 2007-03-12 2009-02-06 성균관대학교산학협력단 사이크로박터 스피시스 ｈｊ147 균주 유래의 우라실-ｄｎａ글리코실라제 및 이의 용도
JP2008256428A (ja) 2007-04-03 2008-10-23 Intec Systems Institute Inc マイクロアレイ画像のブロック位置検出方法
US20080268508A1 (en) 2007-04-30 2008-10-30 Sowlay Mohankumar R Methods and kits for negative selection of desired nucleic acid sequences
US20080274458A1 (en) 2007-05-01 2008-11-06 Latham Gary J Nucleic acid quantitation methods
US20090061513A1 (en) 2007-05-15 2009-03-05 Picovitro Ab Cell sorting and cell cultivation methods
WO2008150432A1 (en) 2007-06-01 2008-12-11 454 Life Sciences Corporation System and meth0d for identification of individual samples from a multiplex mixture
US7635566B2 (en) 2007-06-29 2009-12-22 Population Genetics Technologies Ltd. Methods and compositions for isolating nucleic acid sequence variants
ES2391906T3 (es) 2007-09-12 2012-11-30 Institut Pasteur Polinucleótido apto para un ensayo indicador basado en una sola célula para controlar los patrones de expresión génica con una resolución espacio-temporal elevada
EP2203749B1 (en) 2007-10-05 2012-08-29 Affymetrix, Inc. Highly multiplexed particle-based assays
EP2294408A4 (en) 2008-02-21 2011-05-25 Gentel Biosciences Inc SUBSTRATES FOR MULTIPLEX TEST PROCEDURES AND USES THEREFOR
US8687189B2 (en) 2008-03-03 2014-04-01 Ajjer, Llc Analysis of arrays by laser induced breakdown spectroscopy
US8206925B2 (en) 2008-04-14 2012-06-26 Medical Diagnostic Laboratories, Llc Splice variants of human IL-23 receptor (IL-23R) mRNA and use of a delta 9 isoform in predicting inflammatory bowel diseases
US20090298709A1 (en) 2008-05-28 2009-12-03 Affymetrix, Inc. Assays for determining telomere length and repeated sequence copy number
DE102008025656B4 (de) 2008-05-28 2016-07-28 Genxpro Gmbh Verfahren zur quantitativen Analyse von Nukleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung
US20100120097A1 (en) 2008-05-30 2010-05-13 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods and compositions for nucleic acid sequencing
US20100069250A1 (en) 2008-08-16 2010-03-18 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Digital PCR Calibration for High Throughput Sequencing
US8476013B2 (en) 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
US8835110B2 (en) 2008-11-04 2014-09-16 The Johns Hopkins University DNA integrity assay (DIA) for cancer diagnostics, using confocal fluorescence spectroscopy
EP2703816B1 (en) 2008-11-21 2016-10-05 Saint Louis University Biosensor for detecting multiple epitopes on a target
US20100159533A1 (en) 2008-11-24 2010-06-24 Helicos Biosciences Corporation Simplified sample preparation for rna analysis
US8492096B2 (en) 2008-12-24 2013-07-23 Boris Pasche TGFBR1 expression modifies risk for colorectal cancer
AU2010206843B2 (en) 2009-01-20 2015-01-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Single cell gene expression for diagnosis, prognosis and identification of drug targets
US20100323348A1 (en) 2009-01-31 2010-12-23 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process
RU2480463C1 (ru) 2009-03-05 2013-04-27 Дайити Санкио Компани, Лимитед Пиридилокси производные, полезные в качестве активатора/модулятора гамма-рецептора, активируемого пролифератором пероксисом (ppar) гамма
EP2230312A1 (en) 2009-03-19 2010-09-22 Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH Probe compound for detecting and isolating enzymes and means and methods using the same
EP3002337B1 (en) 2009-03-30 2018-10-24 Illumina, Inc. Gene expression analysis in single cells
CN102439177B (zh) 2009-04-02 2014-10-01 弗卢伊蒂格姆公司 用于对目标核酸进行条形码化的多引物扩增方法
US9085798B2 (en) 2009-04-30 2015-07-21 Prognosys Biosciences, Inc. Nucleic acid constructs and methods of use
US20120058520A1 (en) 2009-05-14 2012-03-08 Wako Pure Chemical Industries, Ltd. Method for synthesis of double-stranded dna corresponding to rna, and method for amplification of the dna
FR2945545B1 (fr) 2009-05-14 2011-08-05 Univ Aix Marseille Ii Methode de detection d'adn procaryote extrait d'un echantillon de selles
US8673627B2 (en) 2009-05-29 2014-03-18 Life Technologies Corporation Apparatus and methods for performing electrochemical reactions
GB0909923D0 (en) 2009-06-09 2009-07-22 Oxford Gene Tech Ip Ltd Picowell capture devices for analysing single cells or other particles
US8330957B2 (en) 2009-06-29 2012-12-11 Hager Enviromental and Atmospheric Technologies, LLC Device and method for quantification of gases in plumes by remote sensing
JP5785942B2 (ja) 2009-06-29 2015-09-30 ルミネックス コーポレーション ヘアピンコンフォメーションを有するキメラプライマーおよびその使用法
US8298767B2 (en) 2009-08-20 2012-10-30 Population Genetics Technologies Ltd Compositions and methods for intramolecular nucleic acid rearrangement
US8936762B2 (en) 2009-09-01 2015-01-20 Trustees Of Boston University High throughput multichannel reader and uses thereof
CN107419002A (zh) 2009-09-01 2017-12-01 皇家飞利浦电子股份有限公司 用于微阵列选择的设备和方法
BR112012004699B1 (pt) 2009-09-03 2019-10-15 Becton, Dickinson And Company Métodos, composições e kits para lise química direta
US9625454B2 (en) 2009-09-04 2017-04-18 The Research Foundation For The State University Of New York Rapid and continuous analyte processing in droplet microfluidic devices
US9488656B2 (en) 2009-09-30 2016-11-08 Quest Diagnostics Investments Incorporated BCR-ABL truncation mutations
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
US9315857B2 (en) 2009-12-15 2016-04-19 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags
ES2534758T3 (es) 2010-01-19 2015-04-28 Verinata Health, Inc. Métodos de secuenciación en diagnósticos prenatales
AU2011207544A1 (en) 2010-01-19 2012-09-06 Verinata Health, Inc. Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic DNA by whole genome sequencing
CN102725424B (zh) 2010-01-25 2014-07-09 Rd生物科技公司 靶核酸的自折叠扩增
CA2789425C (en) 2010-02-12 2020-04-28 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis with polymerase error correction
JP5901046B2 (ja) 2010-02-19 2016-04-06 国立大学法人 千葉大学 ＯＡＴＰ１Ｂ３ｍＲＮＡの新規な選択的スプライシングバリアント
WO2011106738A2 (en) 2010-02-25 2011-09-01 Fred Hutchinson Cancer Research Center Use of tcr clonotypes as biomarkers for disease
US8951940B2 (en) 2010-04-01 2015-02-10 Illumina, Inc. Solid-phase clonal amplification and related methods
AU2011237729B2 (en) 2010-04-05 2014-04-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
EP2569453B1 (en) 2010-05-14 2015-12-16 Fluidigm Corporation Nucleic acid isolation methods
US8828688B2 (en) 2010-05-27 2014-09-09 Affymetrix, Inc. Multiplex amplification methods
DK2580351T3 (en) 2010-06-09 2018-11-26 Keygene Nv Combinatorial sequence barcodes for high-throughput screening
US20120004132A1 (en) 2010-07-02 2012-01-05 Affymetrix, Inc. Detection of Nucleic Acids and Proteins
WO2012004834A1 (ja) 2010-07-07 2012-01-12 株式会社アドバンテスト 試験装置および試験方法
EP2407242A1 (en) 2010-07-13 2012-01-18 Dublin City University Direct clone analysis and selection technology
US20120040843A1 (en) 2010-08-12 2012-02-16 Dublin City University Centrifugal capture system
WO2012027503A2 (en) 2010-08-24 2012-03-01 Fred Hutchinson Cancer Research Center Method of measuring adaptive immunity
US8481292B2 (en) 2010-09-21 2013-07-09 Population Genetics Technologies Litd. Increasing confidence of allele calls with molecular counting
EP2436766A1 (en) 2010-09-29 2012-04-04 Deutsches Krebsforschungszentrum Means and methods for improved protein interaction screening
WO2012042374A2 (en) 2010-10-01 2012-04-05 Anssi Jussi Nikolai Taipale Method of determining number or concentration of molecules
US20120088691A1 (en) 2010-10-08 2012-04-12 Gao Chen Highly multiplexed real-time pcr using encoded microbeads
ES2966040T3 (es) 2010-10-08 2024-04-18 Harvard College Alto rendimiento de células individuales con código de barra
US20130225623A1 (en) 2010-10-27 2013-08-29 Mount Sinai School Of Medicine Methods of Treating Psychiatric or Neurological Disorders with MGLUR Antagonists
US9970874B2 (en) 2010-11-29 2018-05-15 Dako Denmark A/S Methods and systems for analyzing images of specimens processed by a programmable quantitative assay
US9394511B2 (en) 2010-12-05 2016-07-19 Wenbin Jiang Rapid single cell based parallel biological cell sorter
CA2858608C (en) 2010-12-09 2020-03-10 Akonni Biosystems Sample analysis system
WO2012083225A2 (en) 2010-12-16 2012-06-21 Gigagen, Inc. System and methods for massively parallel analysis of nycleic acids in single cells
RU2620959C2 (ru) 2010-12-22 2017-05-30 Натера, Инк. Способы неинвазивного пренатального установления отцовства
US10241075B2 (en) 2010-12-30 2019-03-26 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for nucleic acid sequencing
EP3567121B1 (en) 2011-01-17 2023-08-30 Life Technologies Corporation Workflow for detection of ligands using nucleic acids
WO2012103154A1 (en) 2011-01-24 2012-08-02 Nugen Technologies, Inc. Stem-loop composite rna-dna adaptor-primers: compositions and methods for library generation, amplification and other downstream manipulations
WO2012103031A2 (en) 2011-01-25 2012-08-02 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of genetic abnormalities
EP2670863B1 (en) 2011-01-31 2018-06-27 H. Hoffnabb-La Roche Ag Methods of identifying multiple epitopes in cells
US9365897B2 (en) 2011-02-08 2016-06-14 Illumina, Inc. Selective enrichment of nucleic acids
EP2675819B1 (en) 2011-02-18 2020-04-08 Bio-Rad Laboratories, Inc. Compositions and methods for molecular labeling
SG192870A1 (en) * 2011-02-23 2013-09-30 Regents Board Of Use of template switching for dna synthesis
US9260753B2 (en) 2011-03-24 2016-02-16 President And Fellows Of Harvard College Single cell nucleic acid detection and analysis
KR20120110431A (ko) 2011-03-29 2012-10-10 에스케이하이닉스 주식회사 반도체 메모리 장치
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
EP2697397B1 (en) 2011-04-15 2017-04-05 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
US8946389B2 (en) 2011-04-25 2015-02-03 University Of Washington Compositions and methods for multiplex biomarker profiling
CA2834291A1 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Biorad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
PL2702146T3 (pl) 2011-04-28 2019-06-28 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Identyfikacja polinukleotydów związanych z próbką
GB201108259D0 (en) 2011-05-17 2011-06-29 Cambridge Entpr Ltd Gel beads in microfluidic droplets
SG194745A1 (en) 2011-05-20 2013-12-30 Fluidigm Corp Nucleic acid encoding reactions
DK3892295T3 (da) 2011-05-24 2023-05-15 BioNTech SE Individualiserede vacciner mod cancer
WO2012162621A1 (en) 2011-05-26 2012-11-29 Brandeis University Methods for suppression pcr
US8841071B2 (en) 2011-06-02 2014-09-23 Raindance Technologies, Inc. Sample multiplexing
US9752176B2 (en) 2011-06-15 2017-09-05 Ginkgo Bioworks, Inc. Methods for preparative in vitro cloning
WO2012177639A2 (en) 2011-06-22 2012-12-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Bioprocessing and bioproduction using avian cell lines
US20140147860A1 (en) 2011-06-27 2014-05-29 Life Technologies Corporation Acoustic Cytometry Methods and Protocols
US9340826B2 (en) 2011-08-01 2016-05-17 Celemics, Inc. Method of preparing nucleic acid molecules
WO2013022961A1 (en) 2011-08-08 2013-02-14 3The Broad Institute Compositions and methods for co-amplifying subsequences of a nucleic acid fragment sequence
JP5816486B2 (ja) 2011-08-18 2015-11-18 オリンパス株式会社 蛍光観察装置および蛍光観察システム並びに蛍光観察装置の蛍光画像処理方法
WO2013038010A2 (en) 2011-09-16 2013-03-21 Lexogen Gmbh Nucleic acid transcription method
WO2013062931A2 (en) 2011-10-24 2013-05-02 Furchak Jennifer A molecular beacon based assay for the detection of biomarkers of breast cancer metastasis
ES2700792T3 (es) 2011-11-11 2019-02-19 Eli N Glezer Procedimientos de ensayo asistidos por coagente de unión
KR101337094B1 (ko) 2011-11-30 2013-12-05 삼성에스디에스 주식회사 염기 서열 정렬 장치 및 그 방법
EP2794927B1 (en) 2011-12-22 2017-04-12 Ibis Biosciences, Inc. Amplification primers and methods
WO2013117595A2 (en) 2012-02-07 2013-08-15 Illumina Cambridge Limited Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support
WO2013120089A1 (en) 2012-02-10 2013-08-15 Raindance Technologies, Inc. Molecular diagnostic screening assay
WO2013123125A1 (en) 2012-02-17 2013-08-22 President And Fellows Of Harvard College Assembly of nucleic acid sequences in emulsions
US9176031B2 (en) 2012-02-24 2015-11-03 Raindance Technologies, Inc. Labeling and sample preparation for sequencing
EP3321378B1 (en) 2012-02-27 2021-11-10 Becton, Dickinson and Company Compositions for molecular counting
EP2820174B1 (en) 2012-02-27 2019-12-25 The University of North Carolina at Chapel Hill Methods and uses for molecular tags
WO2013137737A1 (en) 2012-03-16 2013-09-19 Flexgen B.V. Methods of creating and screening of dna encoded combinatorial libraries of chemical antibodies
US9803239B2 (en) 2012-03-29 2017-10-31 Complete Genomics, Inc. Flow cells for high density array chips
EP2647426A1 (en) 2012-04-03 2013-10-09 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Replication of distributed nucleic acid molecules with preservation of their relative distribution through hybridization-based binding
WO2013169957A1 (en) 2012-05-08 2013-11-14 Adaptive Biotechnologies Corporation Compositions and method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed pcr reactions
EP2850211B1 (en) 2012-05-14 2021-09-08 iRepertoire, Inc. Method for increasing accuracy in quantitative detection of polynucleotides
CN104471077B (zh) 2012-05-21 2017-05-24 富鲁达公司 颗粒群的单颗粒分析
CN108587867B (zh) 2012-05-25 2021-12-17 北卡罗来纳-查佩尔山大学 微流体装置、用于试剂的固体支持体和相关方法
AU2013273953B2 (en) 2012-06-15 2018-12-13 The Board Of Regents Of The University Of Texas System High throughput sequencing of multiple transcripts of a single cell
EP2861761A1 (en) 2012-06-15 2015-04-22 Adaptive Biotechnologies Corporation Uniquely tagged rearranged adaptive immune receptor genes in a complex gene set
CN104619894B (zh) 2012-06-18 2017-06-06 纽亘技术公司 用于非期望核酸序列的阴性选择的组合物和方法
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
WO2014015084A2 (en) 2012-07-17 2014-01-23 Counsyl, Inc. System and methods for detecting genetic variation
EP2875131B1 (en) 2012-07-18 2018-03-14 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. A method of normalizing biological samples
US20150247182A1 (en) 2012-07-24 2015-09-03 Adaptive Biotechnologies Corp. Single cell analysis using sequence tags
WO2014018093A1 (en) 2012-07-26 2014-01-30 Illumina, Inc. Compositions and methods for the amplification of nucleic acids
WO2014026032A2 (en) 2012-08-08 2014-02-13 Apprise Bio, Inc. Increasing dynamic range for identifying multiple epitopes in cells
US20140378349A1 (en) 2012-08-14 2014-12-25 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US20150005199A1 (en) 2012-08-14 2015-01-01 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10273541B2 (en) 2012-08-14 2019-04-30 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US20150005200A1 (en) 2012-08-14 2015-01-01 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10221442B2 (en) 2012-08-14 2019-03-05 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US20140378322A1 (en) 2012-08-14 2014-12-25 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US9567631B2 (en) 2012-12-14 2017-02-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10400280B2 (en) 2012-08-14 2019-09-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US20140378345A1 (en) 2012-08-14 2014-12-25 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
CA3216609A1 (en) 2012-08-14 2014-02-20 10X Genomics, Inc. Microcapsule compositions and methods
EP2888349B1 (en) 2012-08-24 2022-02-09 Yale University System, device and method for high-throughput multi-plexed detection
WO2014060483A1 (en) 2012-10-17 2014-04-24 Spatial Transcriptomics Ab Methods and product for optimising localised or spatial detection of gene expression in a tissue sample
GB201218909D0 (en) 2012-10-22 2012-12-05 Univ Singapore Assay for the parallel detection of biological material based on PCR
AU2013337280B2 (en) 2012-11-05 2018-11-08 Takara Bio Usa, Inc. Barcoding nucleic acids
US9683230B2 (en) 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
WO2014108850A2 (en) 2013-01-09 2014-07-17 Yeda Research And Development Co. Ltd. High throughput transcriptome analysis
US9562269B2 (en) 2013-01-22 2017-02-07 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Haplotying of HLA loci with ultra-deep shotgun sequencing
CN104955576A (zh) 2013-01-24 2015-09-30 沙特基础全球技术有限公司 由聚酯-聚碳酸酯制成的微孔板
US10017761B2 (en) 2013-01-28 2018-07-10 Yale University Methods for preparing cDNA from low quantities of cells
EP2951557B1 (en) 2013-02-01 2022-10-05 Becton Dickinson and Company Methods and systems for assessing sample behavior in a flow cytometer
EP2954102B1 (en) 2013-02-08 2018-12-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. Affinity-based partition assay for detection of target molecules
WO2014124338A1 (en) 2013-02-08 2014-08-14 10X Technologies, Inc. Polynucleotide barcode generation
WO2014126937A1 (en) 2013-02-14 2014-08-21 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Suspension arrays and multiplexed assays based thereon
US9621600B2 (en) 2013-02-26 2017-04-11 PortAura Group Method and system for providing recommendations using location information
US20140274811A1 (en) 2013-03-14 2014-09-18 Lyle J. Arnold Methods for Amplifying a Complete Genome or Transcriptome
US9328382B2 (en) 2013-03-15 2016-05-03 Complete Genomics, Inc. Multiple tagging of individual long DNA fragments
US9938523B2 (en) 2013-03-15 2018-04-10 Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University Nucleic acid-tagged compositions and methods for multiplexed protein-protein interaction profiling
US20160040234A1 (en) 2013-03-15 2016-02-11 Lineage Biosciences, Inc. Methods of sequencing the immune repertoire
US9255265B2 (en) 2013-03-15 2016-02-09 Illumina, Inc. Methods for producing stranded cDNA libraries
CA2906076A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Abvitro, Inc. Single cell bar-coding for antibody discovery
WO2014165762A1 (en) 2013-04-05 2014-10-09 Raindance Technologies, Inc. Rare cell analysis after negative selection
CA2909861C (en) 2013-04-25 2022-12-06 Firefly Bioworks, Inc. Multiplexed analysis of target nucleic acids
US10822605B2 (en) 2013-05-03 2020-11-03 Gensinta, Inc. Method and apparatus for producing sequence verified DNA
EP2805769A1 (en) 2013-05-24 2014-11-26 European Molecular Biology Laboratory Methods for nano-scale single cell analysis
WO2014201273A1 (en) 2013-06-12 2014-12-18 The Broad Institute, Inc. High-throughput rna-seq
JP6600302B2 (ja) 2013-06-12 2019-10-30 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション 標的分子のマルチプレックス検出のための方法、キット、およびシステム、ならびにそれらの使用
WO2014204939A2 (en) 2013-06-17 2014-12-24 Kim Lewis Methods for quantitative determination of protein-nucleic acid interactions in complex mixtures
CN111662960B (zh) 2013-06-25 2024-04-12 普罗格诺西斯生物科学公司 采用微流控装置的空间编码生物分析
KR102642680B1 (ko) 2013-06-27 2024-03-04 10엑스 제노믹스, 인크. 샘플 처리를 위한 조성물 및 방법
US9708657B2 (en) 2013-07-01 2017-07-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Method for generating clonotype profiles using sequence tags
US20160153973A1 (en) 2013-07-09 2016-06-02 Lucas David Smith Device and method of rapid linker mediated label-based immunoassays
KR102182834B1 (ko) 2013-08-28 2020-11-27 벡톤 디킨슨 앤드 컴퍼니 대량의 동시 단일 세포 분석
US10395758B2 (en) 2013-08-30 2019-08-27 10X Genomics, Inc. Sequencing methods
US20150132743A1 (en) 2013-09-04 2015-05-14 Fluidigm Corporation Proximity assays for detecting nucleic acids and proteins in a single cell
GB201317301D0 (en) 2013-09-30 2013-11-13 Linnarsson Sten Method for capturing and encoding nucleic acid from a plurality of single cells
ES2875998T3 (es) 2013-09-30 2021-11-11 Vesicode Ab Procedimientos de perfilado de complejos moleculares mediante el uso de códigos de barras dependientes de la proximidad
EP3055676A1 (en) 2013-10-07 2016-08-17 Cellular Research, Inc. Methods and systems for digitally counting features on arrays
US10294511B2 (en) 2013-10-17 2019-05-21 Illumina, Inc. Methods and compositions for preparing nucleic acid libraries
WO2015061719A1 (en) 2013-10-25 2015-04-30 Massachusetts Institute Of Technology Method and apparatus for tracking cell identity
WO2015061844A1 (en) 2013-10-30 2015-05-07 The University Of Sydney Assay to stratify cancer patients
WO2015070037A2 (en) 2013-11-08 2015-05-14 Prognosys Biosciences, Inc. Polynucleotide conjugates and methods for analyte detection
KR20220119751A (ko) * 2013-12-30 2022-08-30 아트레카, 인크. 핵산 바코드를 이용하는 단일 세포와 관련된 핵산의 분석
EP4219744A3 (en) 2014-01-27 2023-08-30 The General Hospital Corporation Methods of preparing nucleic acids for sequencing
US20150218620A1 (en) 2014-02-03 2015-08-06 Integrated Dna Technologies, Inc. Methods to capture and/or remove highly abundant rnas from a heterogenous rna sample
WO2015128272A2 (en) 2014-02-26 2015-09-03 Ventana Medical Systems, Inc. Photo-selective method for biological sample analysis field
ES2741740T3 (es) 2014-03-05 2020-02-12 Adaptive Biotechnologies Corp Métodos que usan moléculas sintéticas que contienen segmentos de nucleótidos aleatorios
US20150298091A1 (en) 2014-04-21 2015-10-22 President And Fellows Of Harvard College Systems and methods for barcoding nucleic acids
US10975371B2 (en) 2014-04-29 2021-04-13 Illumina, Inc. Nucleic acid sequence analysis from single cells
US20170044525A1 (en) 2014-04-29 2017-02-16 Illumina, Inc. Multiplexed single cell gene expression analysis using template switch and tagmentation
CA2985631A1 (en) 2014-05-19 2015-11-26 William Marsh Rice University Allele-specific amplification using a composition of overlapping non-allele-specific primer and allele-specific blocker oligonucleotides
MX2016016904A (es) 2014-06-26 2017-03-27 10X Genomics Inc Analisis de secuencias de acidos nucleicos.
WO2015200893A2 (en) 2014-06-26 2015-12-30 10X Genomics, Inc. Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations
WO2016010856A1 (en) 2014-07-15 2016-01-21 Qiagen Sciences, Llc Semi-random barcodes for nucleic acid analysis
WO2016040446A1 (en) 2014-09-10 2016-03-17 Good Start Genetics, Inc. Methods for selectively suppressing non-target sequences
JP6672310B2 (ja) 2014-09-15 2020-03-25 アブビトロ， エルエルシー ハイスループットヌクレオチドライブラリーシークエンシング
US9529672B2 (en) 2014-09-25 2016-12-27 Everspin Technologies Inc. ECC word configuration for system-level ECC compatibility
BR122021026779B1 (pt) 2014-10-17 2023-12-19 Illumina Cambridge Limited Transposon de preservação de contiguidade
EP3234602B1 (en) 2014-12-19 2021-08-25 F. Hoffmann-La Roche AG Methods for identifying multiple epitopes in selected sub-populations of cells
EP3248018B1 (en) 2015-01-22 2020-01-08 Becton, Dickinson and Company Devices and systems for molecular barcoding of nucleic acid targets in single cells
US10760120B2 (en) 2015-01-23 2020-09-01 Qiagen Sciences, Llc High multiplex PCR with molecular barcoding
EP4112744A1 (en) 2015-02-04 2023-01-04 The Regents of the University of California Sequencing of nucleic acids via barcoding in discrete entities
WO2016130578A1 (en) 2015-02-09 2016-08-18 10X Genomics, Inc. Systems and methods for determining structural variation and phasing using variant call data
WO2016134078A1 (en) 2015-02-19 2016-08-25 Becton, Dickinson And Company High-throughput single-cell analysis combining proteomic and genomic information
EP3262189B1 (en) 2015-02-27 2021-12-08 Becton, Dickinson and Company Methods for barcoding nucleic acids for sequencing
US9727810B2 (en) 2015-02-27 2017-08-08 Cellular Research, Inc. Spatially addressable molecular barcoding
EP3268462B1 (en) 2015-03-11 2021-08-11 The Broad Institute, Inc. Genotype and phenotype coupling
US20160266094A1 (en) 2015-03-13 2016-09-15 University Of Iowa Research Foundation Cellular barcode
US20180073073A1 (en) 2015-03-18 2018-03-15 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for labeling targets and haplotype phasing
US10301660B2 (en) 2015-03-30 2019-05-28 Takara Bio Usa, Inc. Methods and compositions for repair of DNA ends by multiple enzymatic activities
US11535882B2 (en) 2015-03-30 2022-12-27 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for combinatorial barcoding
EP3283656A4 (en) 2015-04-17 2018-12-05 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for performing spatial profiling of biological molecules
WO2016172373A1 (en) 2015-04-23 2016-10-27 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for whole transcriptome amplification
US9618871B2 (en) 2015-04-28 2017-04-11 Kyocera Document Solutions Inc. Image forming apparatus
JP2018516569A (ja) 2015-05-22 2018-06-28 シグマ−アルドリッチ・カンパニー・リミテッド・ライアビリティ・カンパニーＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｏ．， ＬＬＣ 次世代ゲノムウォーキングのための方法ならびに関連する組成物およびキット
EP3303587A4 (en) 2015-05-28 2018-11-21 Kaarel Krjutskov Blocking oligonucleotides
US11124823B2 (en) 2015-06-01 2021-09-21 Becton, Dickinson And Company Methods for RNA quantification
US11248262B2 (en) 2015-08-24 2022-02-15 Qiagen Gmbh Method for generating a RNA-sequencing library
SG10201912283RA (en) 2015-08-28 2020-02-27 Illumina Inc Nucleic acid sequence analysis from single cells
US10619186B2 (en) 2015-09-11 2020-04-14 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for library normalization
ES2928681T3 (es) 2015-09-24 2022-11-21 Abvitro Llc Conjugados de afinidad-oligonucleótido y usos de los mismos
WO2017075265A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute, Inc. Multiplex analysis of single cell constituents
AU2016348439B2 (en) 2015-11-04 2023-03-09 Atreca, Inc. Combinatorial sets of nucleic acid barcodes for analysis of nucleic acids associated with single cells
CN108449933A (zh) 2015-11-18 2018-08-24 宝生物工程（美国)有限公司 用于汇集来自多孔装置的样品的系统和方法
WO2017096239A1 (en) 2015-12-04 2017-06-08 St. Jude Children's Research Hospital, Inc. Cloning and expression system for t-cell receptors
EP3263715B1 (en) 2016-06-28 2020-01-08 Hifibio Method for transcriptome analysis of single cells
EP3397764A4 (en) 2015-12-30 2019-05-22 Bio-Rad Laboratories, Inc. DIGITAL QUANTIFICATION OF PROTEINS
US20170205404A1 (en) 2016-01-19 2017-07-20 General Electric Company Multifunctional beads and methods of use for capturing rare cells
US20170260584A1 (en) 2016-02-11 2017-09-14 10X Genomics, Inc. Cell population analysis using single nucleotide polymorphisms from single cell transcriptomes
US20190218276A1 (en) 2016-03-21 2019-07-18 The Broad Institute, Inc. Methods for determining spatial and temporal gene expression dynamics in single cells
US11162134B2 (en) 2016-04-01 2021-11-02 Baylor College Of Medicine Methods of whole transcriptome amplification
CN109072288A (zh) 2016-05-02 2018-12-21 赛卢拉研究公司 精确的分子条形编码
US20190161743A1 (en) 2016-05-09 2019-05-30 President And Fellows Of Harvard College Self-Targeting Guide RNAs in CRISPR System
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
EP3465502B1 (en) 2016-05-26 2024-04-10 Becton, Dickinson and Company Molecular label counting adjustment methods
TWI600309B (zh) 2016-05-28 2017-09-21 Hon Hai Prec Ind Co Ltd 角度調整機構
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
WO2018017949A1 (en) 2016-07-22 2018-01-25 Verily Life Sciences Llc Quantitative massively parallel proteomics
US20190203270A1 (en) 2016-07-24 2019-07-04 Yeda Research And Development Co., Ltd. Methods and kits for analyzing dna binding moieties attached to dna
US20180037942A1 (en) 2016-08-03 2018-02-08 Cellular Research, Inc. Enzyme-independent molecular indexing
US20190203204A1 (en) 2016-08-10 2019-07-04 President And Fellows Of Harvard College Methods of De Novo Assembly of Barcoded Genomic DNA Fragments
BR112019005900A2 (pt) 2016-09-26 2019-06-11 Becton Dickinson Co medição de expressão de proteínas usando reagentes com sequências de oligonucleotídeos com código de barras
WO2018061699A1 (ja) 2016-09-29 2018-04-05 富士フイルム株式会社 マルチプレックスｐｃｒに供するプライマーの設計方法
JP6768815B2 (ja) 2016-09-29 2020-10-14 富士フイルム株式会社 マルチプレックスｐｃｒに供するプライマーの設計方法
WO2018064640A1 (en) 2016-10-01 2018-04-05 Berkeley Lights, Inc. Dna barcode compositions and methods of in situ identification in a microfluidic device
SG10202012440VA (en) 2016-10-19 2021-01-28 10X Genomics Inc Methods and systems for barcoding nucleic acid molecules from individual cells or cell populations
US11142798B2 (en) 2016-11-17 2021-10-12 GenomiCare Biotechnology (Shanghai) Co. Ltd Systems and methods for monitoring lifelong tumor evolution field of invention
EP4357455A2 (en) 2016-12-12 2024-04-24 Grail, LLC Methods for tagging and amplifying rna template molecules for preparing sequencing libraries
US20190177800A1 (en) 2017-12-08 2019-06-13 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for labeling cells
IL302912A (en) 2016-12-22 2023-07-01 Guardant Health Inc Methods and systems for analyzing nucleic acid molecules
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10011872B1 (en) 2016-12-22 2018-07-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
GB201622222D0 (en) 2016-12-23 2017-02-08 Cs Genetics Ltd Reagents and methods for molecular barcoding of nucleic acids of single cells
US20210087610A9 (en) 2017-01-12 2021-03-25 Massachusetts Institute Of Technology Methods for analyzing t cell receptors and b cell receptors
US20180208975A1 (en) 2017-01-20 2018-07-26 Merck Sharp & Dohme Corp. Assay for simultaneous genomic and proteomic analysis
CN117512066A (zh) 2017-01-30 2024-02-06 10X基因组学有限公司 用于基于微滴的单细胞条形编码的方法和系统
EP3577232A1 (en) 2017-02-01 2019-12-11 Cellular Research, Inc. Selective amplification using blocking oligonucleotides
US20180251825A1 (en) 2017-02-02 2018-09-06 New York Genome Center Inc. Methods and compositions for identifying or quantifying targets in a biological sample
US20200115753A1 (en) 2017-03-17 2020-04-16 Massachusetts Institute Of Technology Methods for identifying and modulating co-occurant cellular phenotypes
CA3054901A1 (en) 2017-03-24 2018-09-27 National University Of Singapore Methods for multiplex detection of molecules
JP7169290B2 (ja) 2017-03-24 2022-11-10 ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー マルチプレットを決定するための合成マルチプレット
US20200370105A1 (en) 2017-05-23 2020-11-26 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for performing spatial profiling of biological molecules
MX2019013993A (es) 2017-05-23 2020-07-28 Harvard College Amplificación de etiquetado extremo múltiple de ácidos nucleicos.
US20180340169A1 (en) 2017-05-26 2018-11-29 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
CA3064205A1 (en) 2017-05-26 2018-11-29 Abvitro Llc High-throughput polynucleotide library sequencing and transcriptome analysis
EP3631004A4 (en) 2017-05-29 2021-03-03 President and Fellows of Harvard College MONOCELLULAR TRANSCRIPTOME AMPLIFICATION PROCESS
CA3059559A1 (en) 2017-06-05 2018-12-13 Becton, Dickinson And Company Sample indexing for single cells
WO2019055852A1 (en) 2017-09-15 2019-03-21 Apton Biosystems, Inc. PROFILING OF HETEROGENEOUS UNICELLULAR ORGANISMS USING MOLECULAR BARCODE CODING
US20190095578A1 (en) 2017-09-25 2019-03-28 Cellular Research, Inc. Immune receptor-barcode error correction
JP7241069B2 (ja) 2017-09-25 2023-03-16 フレッド ハッチンソン キャンサー センター 高効率標的ｉｎ ｓｉｔｕゲノムワイドプロファイリング
WO2019076768A1 (en) 2017-10-16 2019-04-25 Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus As METHOD AND KIT FOR PREPARING DNA BANK
US11702649B2 (en) 2017-10-23 2023-07-18 The Broad Institute, Inc. Single cell cellular component enrichment from barcoded sequencing libraries
US20200354767A1 (en) 2017-11-16 2020-11-12 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Methods to measure functional heterogeneity among single cells
WO2019113457A1 (en) 2017-12-07 2019-06-13 Massachusetts Institute Of Technology Single cell analyses
WO2019113499A1 (en) 2017-12-07 2019-06-13 The Broad Institute, Inc. High-throughput methods for identifying gene interactions and networks
US11332736B2 (en) 2017-12-07 2022-05-17 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for multiplexing single cell and single nuclei sequencing
DK3568494T3 (da) 2017-12-08 2021-06-21 10X Genomics Inc Fremgangsmåder og sammensætninger til markering af celler
WO2019118355A1 (en) 2017-12-12 2019-06-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for single cell processing
WO2019126789A1 (en) 2017-12-22 2019-06-27 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing nucleic acid molecules from one or more cells
FI3735470T3 (fi) 2018-01-05 2024-02-21 Billiontoone Inc Laadunvarmistustemplaatit sekvensointiin perustuvien testien validiteetin varmistamiseksi
CN112004920A (zh) 2018-02-05 2020-11-27 斯坦福大学托管董事会 用于单细胞和集合细胞的多重测量的系统和方法
EP3752832A1 (en) 2018-02-12 2020-12-23 10X Genomics, Inc. Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
WO2019178164A1 (en) 2018-03-12 2019-09-19 Silicon Valley Scientific, Inc. Method and apparatus for processing tissue and other samples encoding cellular spatial position information
WO2019204560A1 (en) 2018-04-18 2019-10-24 The Regents Of The University Of California Method to connect chromatin accessibility and transcriptome
US20210230666A1 (en) 2018-04-27 2021-07-29 X Gen Us Co. Methods and compositions for preparing polynucleotides
JP7358388B2 (ja) 2018-05-03 2023-10-10 ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー 反対側の転写物末端における分子バーコーディング
CN112272710A (zh) 2018-05-03 2021-01-26 贝克顿迪金森公司 高通量多组学样品分析
CN110499251A (zh) 2018-05-17 2019-11-26 中国科学院大连化学物理研究所 高通量多参数的单细胞源性细胞外囊泡分析芯片及应用
US20210222163A1 (en) 2018-07-11 2021-07-22 X Gen Us Co. Transposome enabled dna/rna-sequencing (ted rna-seq)
EP3830262A1 (en) 2018-08-03 2021-06-09 Becton Dickinson and Company Nuclei barcoding and capture in single cells
WO2020033164A1 (en) 2018-08-08 2020-02-13 Vanderbilt University Systems and methods for simultaneous detection of antigens and antigen specific antibodies
ES2945323T3 (es) 2018-08-17 2023-06-30 Becton Dickinson Co Código de barras por aptámeros
CN112912513A (zh) 2018-08-28 2021-06-04 贝克顿迪金森公司 使用糖类结合试剂和膜透过性试剂进行样品多重化
US11639517B2 (en) 2018-10-01 2023-05-02 Becton, Dickinson And Company Determining 5′ transcript sequences
EP3877520A1 (en) 2018-11-08 2021-09-15 Becton Dickinson and Company Whole transcriptome analysis of single cells using random priming
WO2020123384A1 (en) 2018-12-13 2020-06-18 Cellular Research, Inc. Selective extension in single cell whole transcriptome analysis
CA3123847A1 (en) 2018-12-17 2020-06-25 Natera, Inc. Methods for analysis of circulating cells
CN113574178A (zh) 2019-01-23 2021-10-29 贝克顿迪金森公司 与抗体关联的寡核苷酸
US11834715B2 (en) 2019-01-28 2023-12-05 Becton, Dickinson And Company Oligonucleotide-comprising cellular component-binding reagents and methods of using the same
CN113454234A (zh) 2019-02-14 2021-09-28 贝克顿迪金森公司 杂合体靶向和全转录物组扩增
US11965208B2 (en) 2019-04-19 2024-04-23 Becton, Dickinson And Company Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data
WO2020219721A1 (en) 2019-04-23 2020-10-29 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods characterizing metastasis
SG10201904897UA (en) 2019-05-30 2020-12-30 Nat Univ Singapore Method, structures and system for nucleic acid sequence topology assembly for multiplexed profiling of proteins.
EP3997217A4 (en) 2019-07-12 2023-06-28 New York Genome Center, Inc. Methods and compositions for scalable pooled rna screens with single cell chromatin accessibility profiling
US20210039582A1 (en) 2019-08-07 2021-02-11 ZF Passive Safety Systems US Inc. Airbag package with improved packaging
US11773436B2 (en) 2019-11-08 2023-10-03 Becton, Dickinson And Company Using random priming to obtain full-length V(D)J information for immune repertoire sequencing
CN115715329A (zh) 2020-01-10 2023-02-24 10X基因组学有限公司 确定生物样品中靶核酸位置的方法
EP4090763A1 (en) 2020-01-13 2022-11-23 Becton Dickinson and Company Methods and compositions for quantitation of proteins and rna
EP4090764A1 (en) 2020-01-13 2022-11-23 Becton, Dickinson and Company Cell capture using du-containing oligonucleotides
WO2021146636A1 (en) 2020-01-17 2021-07-22 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for single cell secretomics
CN115335520A (zh) 2020-01-29 2022-11-11 贝克顿迪金森公司 用于通过测序对单细胞进行空间映射的条形码化的孔
EP4097248A1 (en) 2020-01-31 2022-12-07 Becton, Dickinson and Company Mesophilic dna polymerase extension blockers
EP4103744A2 (en) 2020-02-12 2022-12-21 Becton, Dickinson and Company Intracellular abseq
CN115516109A (zh) 2020-02-17 2022-12-23 通用测序技术公司 条码化核酸用于检测和测序的方法
CN116157533A (zh) 2020-02-21 2023-05-23 10X基因组学有限公司 使用杂交方法捕获遗传靶标
WO2021173719A1 (en) 2020-02-25 2021-09-02 Becton, Dickinson And Company Bi-specific probes to enable the use of single-cell samples as single color compensation control
WO2021178199A1 (en) 2020-03-05 2021-09-10 BioLegend, Inc. Methods and compositions for detecting targets
US11661625B2 (en) 2020-05-14 2023-05-30 Becton, Dickinson And Company Primers for immune repertoire profiling
WO2021247593A1 (en) 2020-06-02 2021-12-09 Becton, Dickinson And Company Oligonucleotides and beads for 5 prime gene expression assay
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
US20220010362A1 (en) 2020-07-13 2022-01-13 Becton, Dickinson And Company cDNA SPIKE-IN CONTROL FOR SINGLE CELL ANALYSIS
EP4189112A1 (en) 2020-07-31 2023-06-07 Becton Dickinson and Company Single cell assay for transposase-accessible chromatin
WO2022040453A1 (en) 2020-08-20 2022-02-24 Becton, Dickinson And Company Blood cell lysing agent for isolating bacteria from blood culture
CN116438316A (zh) 2020-11-17 2023-07-14 贝克顿迪金森公司 用于肿瘤学诊断的无细胞核酸和单细胞组合分析
EP4247968A1 (en) 2020-11-20 2023-09-27 Becton, Dickinson and Company Use of dextramer in single cell analysis
CN116635533A (zh) 2020-11-20 2023-08-22 贝克顿迪金森公司 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析
WO2022125701A1 (en) 2020-12-09 2022-06-16 Becton, Dickinson And Company Multiplexed single cell immunoassay
WO2022143221A1 (zh) 2020-12-31 2022-07-07 中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心) 用于标记核酸分子的方法和试剂盒
CA3203805A1 (en) 2021-01-08 2022-07-14 Cellanome, Inc. Devices and methods for analyzing biological samples
EP4347877A1 (en) 2021-06-01 2024-04-10 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for analyte detection and probe resolution

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