JPWO2008066136A1 - Ugt1a1遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むugt1a1遺伝子増幅用試薬およびその用途 - Google Patents
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Abstract
Description
PMID:11156391 Cancer Res. 2000 Dec 15;60(24):6921−6.
プライマーセット(1)
下記(F1)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R1)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F1)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2120番目のアデニン塩基(A)を1塩基目として5’方向に向かって18〜22塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記アデニン塩基(A)を3’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2140番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって18〜34塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(R1)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2226番目のグアニン塩基(G)を1塩基目として3’方向に向かって17〜27塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2226番目のグアニン塩基(G)に相補的なシトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2198番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって22〜39塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2198番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プライマーセット(2)
下記(F2)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R2)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F2)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2622番目のグアニン塩基(G)を1塩基目として5’方向に向かって15〜27塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R2)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2687番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって17〜26塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2687番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
プライマーセット(3)
下記(F3)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R3)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F3)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における1863番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって17〜31塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R3)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における1928番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって16〜20塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記1928番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(I)試料中の核酸を鋳型として、本発明のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記UGT1A1遺伝子の増幅を行う工程
(i)本発明の増幅産物の製造方法により、UGT1A1遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
(ii)前記(i)工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
(iii)前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
(iv)温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程
本発明のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセットは、前述のように、前記プライマーセット(1)〜(3)からなる群から選択された少なくとも1つのプライマーセットを含むことを特徴とする。少なくともいずれかのプライマーセットを含むことによって、例えば、UGT1A1遺伝子における特定の目的領域を特異的に増幅することが可能である。
(F1)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2120番目のアデニン塩基(A)を1塩基目として5’方向に向かって18〜22塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記アデニン塩基(A)を3’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2140番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって18〜34塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(R1)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2226番目のグアニン塩基(G)を1塩基目として3’方向に向かって17〜27塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2226番目のグアニン塩基(G)に相補的なシトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2198番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって22〜39塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2198番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(F2)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2622番目のグアニン塩基(G)を1塩基目として5’方向に向かって15〜27塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R2)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2687番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって17〜26塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2687番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(F3)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における1863番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって17〜31塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R3)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における1928番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって16〜20塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記1928番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
本発明のUGT1A1遺伝子増幅用試薬は、前述のように、遺伝子増幅法によりUGT1A1遺伝子を増幅するための試薬であって、本発明のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセットを含むことを特徴とする。本発明のUGT1A1遺伝子増幅用試薬は、本発明のプライマーセットを含むことが特徴であり、これ以外の組成等については何ら制限されない。
本発明の増幅産物の製造方法は、前述のように、遺伝子増幅法によりUGT1A1遺伝子の増幅産物を製造する方法であって、下記(I)工程を含むことを特徴とする。
(I)試料中の核酸を鋳型として、本発明のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記UGT1A1遺伝子の増幅を行う工程
本発明のUGT1A1遺伝子の多型解析方法は、UGT1A1遺伝子における検出対象部位の多型を解析する方法であって、下記(i)〜(iv)工程を含むことを特徴とする。
(i)本発明の増幅産物の製造方法により、UGT1A1遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
(ii)前記(i)工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
(iii)前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
(iv)温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程
配列番号1における2173番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって17〜25塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を3’末端とするオリゴヌクレオチド
プローブ(2)
(2−1)配列番号1における2645番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって15〜22塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を3’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
(2−2)配列番号1における2625番目のグアニン塩基(G)を1塩基目として3’方向に向かって17〜22塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニン塩基に相補的なシトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プローブ(3)
配列番号1における1892番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3方向に向かって25〜31塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を3’末端とするオリゴヌクレオチド
UGT1A1*6用プローブ
5’−agagacaGagcattttacac−(Pacific Blue)−3’ (配列番号55)、または、
5’−gagacaGagcattttacac−(Pacific Blue)−3’ (配列番号56)
UGT1A1*27用プローブ
5’−ttattcccAgtatgcaacc−(TAMRA)−3’ (配列番号62)、または、
5’−gttgcatacTgggaataaac−(TAMRA)−3’ (配列番号102)
UGT1A1*28用プローブ
5’−(BODIPY FL)−ccaTATATATATATATAtaagtaggagag−3’ (配列番号69)
UGT1A1*6用プローブ
5’−agagacagagcattttacac−(Pacific Blue)−3’ (配列番号55)
UGT1A1*27用プローブ1
5’−ttattcccagtatgcaacc−(TAMRA)−3’ (配列番号62)
UGT1A1*27用プローブ2
5’−ttattcccagtatgcaacc−P−3’ (配列番号62)
UGT1A1*28用プローブ
5’−(BODIPY FL)−ccatatatatatatatataagtaggagag−P−3’ (配列番号69)
UGT1A1*6 F1プライマー
5'-agcagaggggacatgaaata-3' (配列番号4)
UGT1A1*6 R1プライマー
5'-aacattatgcccgagactaac-3' (配列番号13)
UGT1A1*27 F2プライマー
5'-agaactttctgtgcgacg-3' (配列番号21)
UGT1A1*27 R2プライマー
5'-cagatgcagagctcaatagg-3' (配列番号29)
UGT1A1*28 F3プライマー
5'-gtcacgtgacacagtcaaac-3' (配列番号42)
UGT1A1*28 R3プライマー
5'-cctttgctcctgccagag-3' (配列番号48)
10mM Tris−HCl(pH8)、0.1mM EDTA、0.05% NaN3、0.3% SDS
(希釈液B)
10mM Tris−HCl(pH8)、0.1mM EDTA、0.05% NaN3
UGT1A1*6用プローブ
5’−gagacagagcattttacac−(Pacific Blue)−3’ (配列番号56)
UGT1A1*27用プローブ
5’−gttgcatacTgggaataaac−(TAMRA)−3’ (配列番号102)
UGT1A1*28用プローブ
5’−(BODIPY FL)−ccatatatatatatatataagtaggagag−P−3’ (配列番号69)
UGT1A1*6 F1プライマー
5'-tgaaatagttgtcctagcacctgacgc-3' (配列番号81)
UGT1A1*6 R1プライマー
5'-caaaagactctttcacatcctccctttgg-3' (配列番号91)
UGT1A1*27 F2プライマー
5'-ccttttcacagaactttctgtgcgacg-3' (配列番号92)
UGT1A1*27 R2プライマー
5'-gccagacagatgcagagctcaatagg-3' (配列番号98)
UGT1A1*28 F3プライマー
5'-agctttttatagtcacgtgacacagtcaaac-3' (配列番号123)
UGT1A1*28 R3プライマー
5'-cgcctttgctcctgccagag-3' (配列番号46)
Claims (18)
- 遺伝子増幅法によりUGT1A1遺伝子を増幅するためのプライマーセットであって、
下記プライマーセット(1)〜(3)からなる群から選択された少なくとも1つのプライマーセットを含むことを特徴とするUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセット。
プライマーセット(1)
下記(F1)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R1)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F1)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2120番目のアデニン塩基(A)を1塩基目として5’方向に向かって18〜22塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記アデニン塩基(A)を3’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2140番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって18〜34塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(R1)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2226番目のグアニン塩基(G)を1塩基目として3’方向に向かって17〜27塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2226番目のグアニン塩基(G)に相補的なシトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2198番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって22〜39塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2198番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プライマーセット(2)
下記(F2)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R2)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F2)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2622番目のグアニン塩基(G)を1塩基目として5’方向に向かって15〜27塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R2)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における2687番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって17〜26塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記2687番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
プライマーセット(3)
下記(F3)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R3)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F3)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における1863番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として5’方向に向かって17〜31塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R3)配列番号1の塩基配列からなるUGT1A1遺伝子における1928番目のシトシン塩基(C)を1塩基目として3’方向に向かって16〜20塩基目までの領域に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドであって、前記1928番目のシトシン塩基(C)に相補的なグアニン塩基(G)を3’末端とするオリゴヌクレオチド - 前記プライマーセット(1)〜(3)が、それぞれ下記プライマーセット(1’)〜(3’)である、請求の範囲1記載のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセット。
プライマーセット(1’)
下記(F1’)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R1’)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F1’)配列番号4の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号81の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(R1’)配列番号13の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号91の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プライマーセット(2’)
下記(F2’)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R2’)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F2’)配列番号21の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号92の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(R2’)配列番号29の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号98の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プライマーセット(3’)
下記(F3’)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R3’)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
(F3’)配列番号42の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号123の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(R3’)配列番号46の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号48の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド - 前記UGT1A1遺伝子増幅用プライマーセットが、生体試料中のUGT1A1遺伝子を増幅するためのプライマーセットである、請求の範囲1記載のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセット。
- 前記生体試料が、全血である、請求の範囲3記載のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセット。
- 遺伝子増幅法によりUGT1A1遺伝子を増幅するための試薬であって、
請求の範囲1記載のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセットを含むことを特徴とするUGT1A1遺伝子増幅用試薬。 - さらに、UGT1A1遺伝子の検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブを含む、請求の範囲5記載のUGT1A1遺伝子増幅用試薬。
- 前記プローブが、下記(P1’)〜(P3’)に示すオリゴヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのプローブである、請求の範囲6記載のUGT1A1遺伝子増幅用試薬。
(P1’)配列番号55の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号56の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(P2’)配列番号62の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号102の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(P3’)配列番号69の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド - 前記プローブが、蛍光標識化プローブである、請求の範囲6記載のUGT1A1遺伝子増幅用試薬。
- 遺伝子増幅法によりUGT1A1遺伝子の増幅産物を製造する方法であって、
下記(I)工程を含むことを特徴とする増幅産物の製造方法。
(I)試料中の核酸を鋳型として、請求の範囲1記載のUGT1A1遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記UGT1A1遺伝子の増幅を行う工程 - 前記(I)工程において、前記反応液に、さらに、UGT1A1遺伝子の検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブを添加する、請求の範囲9記載の増幅産物の製造方法。
- 前記プローブが、下記(P1’)〜(P3’)に示すオリゴヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのプローブである、請求の範囲10記載の増幅産物の製造方法。
(P1’)配列番号55の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号56の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(P2’)配列番号62の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号102の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
(P3’)配列番号69の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド - 前記プローブが、蛍光標識化プローブである、請求の範囲10記載の増幅産物の製造方法。
- さらに、下記(II)工程を含む、請求の範囲12記載の増幅産物の製造方法。
(II)前記反応液について、前記蛍光標識化プローブにおける蛍光標識の蛍光強度を測定する工程 - 前記試料が、生体試料である、請求の範囲9記載の増幅産物の製造方法。
- 前記生体試料が、全血である、請求の範囲14記載の増幅産物の製造方法。
- 前記反応液における全血試料の添加割合が、0.1〜0.5体積%である、請求の範囲15記載の増幅産物の製造方法。
- UGT1A1遺伝子における検出対象部位の多型を解析する方法であって、
下記(i)〜(iv)工程を含むことを特徴とする多型解析方法。
(i)請求の範囲9記載の増幅産物の製造方法により、UGT1A1遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
(ii)前記(i)工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
(iii)前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
(iv)温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程 - 前記(i)工程において、増幅反応に先立って、前記反応液に、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブを添加する、請求の範囲17記載の多型解析方法。
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ATE469966T1 (de) * | 2000-12-12 | 2010-06-15 | Inst Nagoya Ind Science Res | Verfahren zur abschätzung des risikos der expression einer durch die verabreichung einer verbindung, die entweder per se durch ugt1a1 metabolisiert wird oder deren zwischenverbindung durch das enzym metabolisiert wird, hervorgerufenen unerwünschten arzneimittelwirkung |
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