JPH04500756A - 熱、酸及び/またはアルカリに高い安定性を有する細菌由来突然変異体α―アミラーゼ - Google Patents

熱、酸及び/またはアルカリに高い安定性を有する細菌由来突然変異体α―アミラーゼ

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 14、構造遺伝子から調節配列を物理的に分離することにより大腸菌内でクロー ン化した遺伝子の発現を不可能にし、また枯草菌中でクローン化した遺伝子の発 現を1種の制限酵素による消化及びその後の再環状化により回復することのでき る枯草菌/大腸菌シャトルベクター。
15、澱粉分解または繊維糊抜きへの応用に際し向上した性質をもつ澱粉分解酵 素を調製する方法であって以下の工程;澱粉分解酵素をコードするクローン化し た遺伝子あるいはその遺伝子断片に突然変異をおこす工程;得られた変異体アミ ラーゼ遺伝子あるいは遺伝子群を単離する工程;該変異体アミラーゼ遺伝子(群 )を発現する工程;産生に適当な宿主細胞株に導入する工程;及び産生じた変異 体アミラーゼを回収し澱粉分解あるいは繊維糊抜きへの応用において向上した性 質をもつ変異体アミラーゼを同定する工程を含む方法。
16、変異体α−アミラーゼを産生ずる方法であって、請求の範囲第11項から 第13項のうちの1つに記載の宿主細胞を適当な培地中で培養する工程、及び産 生されたα−アミラーゼを回収する工程を含む方法。
17.澱粉分解及び繊維糊抜きでの請求の範囲第1項から第8項記載のα−アミ ラーゼの利用。
18、請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼの利用を含む澱粉分解の方法。
19、請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼの利用を含む繊維糊抜き方法。
20、請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼを含む澱粉分解用組成物。
21、請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼを含む繊維糊抜き用組成物。
明 細 書 熱、酸及び/またはアルカリに高い安定性を有する細菌由来突然変異体α−アミ ラーゼ導入 技術分野 本発明は遺伝子操作技術分野に関し、α−アミラーゼ活性を持つ酵素をコードす るDNA配列を含む新しいDNA分子に関する。
具体的には、澱粉の分解や繊維の糊抜き、他の工業的工程の使用に優れた特長を 有する細菌由来突然変異体α−アミラーゼが開示される。この開示されたα−ア ミラーゼは温度、酸及びアルカリに対し高い安定性を示し、それにより今まで使 われなかった工程においても理想的に適した活性を示すことができる。
背景技術 澱粉はアミロース(15−30%重重量型量)と、アミロペクチン(70−85 %重量重量量)の混合物からなる。アミロースは約eooooから800000 の分子量を持つ直鎖のα−1,4−結合グルコース単位から成る。アミロペクチ ンは、24−30グルコ一ス単位ごとにα−16分岐点をもつ分校状高分子であ り、分子量は1億に達すると思われる。
澱粉由来の糖は、濃縮ブドウ糖シロップの形で、現在、(11α−アミラーゼを 用い固体澱粉を平均約7−1Oの重合度を持つデキストリンへ液化(または稀薄 化(thinning))する工程、及び(2)生じた液化澱粉(すなわち澱粉 氷解物)をアミログルコシダーゼ(グルコアミラーゼまたはAGとも呼ぶ)を用 いて糖化する工程を含む酵素触媒方法で生産されている。生じたシロップは高濃 度のブドウ糖を含む。工業的に生産したブドウ糖シロップの多くは次に酵素的に イソシロップというブドウ糖/フルクトースの混合物へと異性化される。
α−アミラーゼ(EC3,2,1,1)は、澱粉とグリコーゲン、類縁の多糖類 を内部のα−1,4−グルコシド結合を不規則に切断することによって加水分解 する。この酵素は、例えば糖、醸造、アルコール、繊維産業などにおいて多数の 重要な工業的応用が図られている。α−アミラーゼは、種々の細菌、真菌類、植 物、動物から単離される。工業的に最も重要なα−アミラーゼは枯草菌(Bac illi)から単離されるものである。
澱粉の加水分解過程の第一段階では、澱粉スラリーは比較的高い温度(110度 )まで熱することによりゼラチン化する。ゼラチン化した澱粉は、連続した2段 階の工程で熱に安定なα−アミラーゼにより液化されデキストリン化される。主 要な変動因子は澱粉濃度、α−アミラーゼ量、温度そしてpHである。液化−デ キストリン化反応では良い転換比率を得るために変動因子を狭い範囲に保つ必要 がある。さもなくば濾過の際重大な問題を生じるからである。例えば、コツカー (L、 E、 Coker)とフェンカッタズブラマニアン(K、Venkat asubramanian) 、バイオテクノロジー、165−171頁、シエ レミシノフ(P、 N、 Cheremisir+off) 、ケレット(P、  B、 Quellette)編、テクニコム出版−ランカスター、1985年 )参照。頻繁に生じる問題の1つは分解過程の初期段階の適当な温度調節である 。すなわち過熱によりα−アミラーゼが変性し最終の稀薄化が不充分になる。こ れを防ぐ1つの方法は、さらに高い熱安定性のα−アミラーゼを用いることであ る。
そのためにカルシウムイオンや両親媒性化合物(例えばEP−A−018983 8参照)を加えることが提案されてきた。しかしこの解決法は不満足な結果に終 わったようである。
従ってなおさら本質的に、より高い熱安定性をもったα−アミラーゼを用いるこ とに興味がもたれる。
関連文献 EP−A−057976では、熱安定なバチルス(B)、ステアロチモルフィル スからのα−アミラーゼをコードする遺伝子の単離、そしてその遺伝子は枯草菌 または大腸菌の複製開始部位を含むプラスミドに組み込んであることについて述 べている。α−アミラーゼを産生ずるのにそのようなキメラのプラスミドが用い られる。該α−アミラーゼ遺伝子は、単離後修飾を施さずに使われた。
EP−A−0134048では、工業的に用いられる枯草菌株の1つ以上のα− アミラーゼ遺伝子をクローン化し発現することにより、α−アミラーゼをとりわ け工業的に多量に生産する方法について述べている。
EP−A−252666では、一般にQ−R−Lと書かれるキメラのα−アミラ ーゼについて説明している。(式中、Qは、B。
アミロリクエファシェンス由来α−アミラーゼのN末37個のアミノ酸残基と最 低75%一致するN末の55から60個のアミノ酸残基を示し、Rは付は加えら れたポリペプチドを示し、LはB、リケニホルミスのα−アミラーゼのC末39 5個のアミノ酸残基と最低75%のホモロジーをもつ390から400個からな るC末のポリペプチドを示す)。
グレイらは(ジャーナル オブ バクテリオロジー、166号、635頁、19 86年)B、ステアロチルモルフィルスのα−アミラーゼのアミノ末端部位とB 、リケニホルミスのα−アミラーゼのC末端部位からなるキメラα−アミラーゼ について報告している。はとんどのハイブリッド酵素は親株の酵素より不安定で あることが示されている。さらにいずれのハイブリッド酵素についても、より高 い安定性を有することは示されていない。
上に利用した関連文献のうち新規なα−アミラーゼを得るために単一アミノ酸置 換を利用したものは全くない。
EP−A−0285123は、塩基配列の完全な突然変異の方法を開示している 。B、ステアロテルモフィルスのα−アミラーゼが突然変異の例として説明され ている。この方法はこれまでより高い安定性をもつB、ステアロモルフィルスの α−アミラーゼの変異体を得るのに用いることができると示唆しているが、例は あげられていない。
発明の要約 本発明では、変異体α−アミラーゼ及びその様な異変体の生産方法について述べ る。該変異体α−アミラーゼは野生型α−アミラーゼと少なくともアミノ酸1つ が異なることを特徴とする。さらに、これらの変異体をコードするDNAと、こ れらのDNAを発現可能な形で含むベクター、及び該ベクターを含む宿主細胞に ついて報告する。
本発明の第一の態様として、クローン化されたα−アミラーゼ遺伝子の不規則突 然変異が開示される。該変異遺伝子は、適当なベクター系を用いて適したホスト の細菌中で発現させる。
発明の第2の態様として、変異体α−アミラーゼをスクリーニングする方法を説 明し応用する。該方法は、より熱安定でより酸耐性のα−アミラーゼを産生ずる 。さらに、この方法は、わずかに修正することによりアルカリ耐性のα−アミラ ーゼを得るのにも用いられる。そのように検出されたクローンの発現産物は、単 離、精製される。
本発明の第三の態様として、熱安定性が上昇し、これら変異体α−アミラーゼを 澱粉分解に用いる条件下での濾過の問題を減少させたα−アミラーゼが提供され る。
本発明の第4の態様として、酸耐性が上昇し、マルチユロースなどの好ましくな い副産物の生成を減少させ、それと同時にアミログルコシダーゼとの反応の前に 加える酸の量を減少させたα−アミラーゼが提供される。新しいα−アミラーゼ は、熱安定性と酸耐性の点で、あるいは熱安定とアルカリ耐性の点で好ましくは 両者の優れた性質を有する。
本発明の第5の態様としては、変異蛋白が澱粉の液化に用いる条件下でより良い 効率を示すことである。該アルカリ耐性は特に繊維糊抜きへの応用に有用である 。これらの点は後述する発明の開示と実施例でさらに説明される。
図面の簡単な説明 図1:pMa5−8のヌクレオチド配列スタンセンら、1987年、エンボラボ ラトリーコースマルチンスリード、1987年7月。別のプラスミドの説明に関 しては本文参照。
図2=プラスミドpPROM 5PO2インサートのヌクレオチド配列 このベクターの構造はEP−A−0224294で説明されている。α−アミラ ーゼのアミノ酸配列はトリブレットの下に書かれている。番号付けは成熟蛋白の 最初のアミノ酸から始まっている(ターンら、ジャーナルオブバクテリオロジー 、194巻:372頁)、5PO2プロモ一ター挿入配列(1nsert)は6 1番目から344番目までに組み込まれている。
図3:pMaTLia6のヌクレオチド配列このベクターはpMa5−8と、p PROM 5PO2の挿入配列、そしてTACプロモーターをコードする合成り NAフラグメントから成る。TACプロモーターDNAフラグメントは3757 番目から3859番目までに組み込まれている。α−アミラーゼのアミノ酸配列 はトリブレットの下に示す。
図4:pMaTLia6の制限酵素地図法の各1箇所の制限酵素切断部位がα− アミラーゼ遺伝子中のギャップ形成に利用可能である:BamHI、5peI、 5acI1.KpnI、CIaI、NarI、5alI、Thtlll’I、X mal[I、そしてBstEII。変異配列を容易に決定するために可能性のあ る全ての切断部位に対するシーフェンシングプライマーを合成した。プラスミド pMcTLia6はpMaTLia6とアンピシリン遺伝子中にアンバーコドン が存在すること(ScaI部位を除いた)とクロラムフェニコール遺伝子中にア ンバーコドンを含まないこと(P v u II部位の存在に伴い)を除いて同 一である。
図5:枯草菌/大腸菌のシャトルベクターpMa/cの概略(左)pMa/c部 分は大腸菌に簡便に突然変異を起こすのをはα−アミラーゼ遺伝子(または他の 枯草菌遺伝子)とバチルスズブチリスの増殖に最小限のレプリコンを含む。大腸 菌での突然変異が成功した後はバチルスズブチリス遺伝子単位は枯草菌にトラン スフォーメーションする際環状化し、5PO2プロモーターをα−アミラーゼ遺 伝子の前に動かすことができる。
図6:pBMa/clの制限酵素地図 このベクターは図5に示した突然変異発現ベクターの具体的な例である。(1) 及び(2):マルチプルクローニングサイト。目的の遺伝子は(2)に組み込ま れている。(1)と(2)で制限酵素位置を変えることにより2本鎖へのギャッ プ形成のために便利な制限酵素部位を構築することができる。FDT :転写終 結位置F1.ORI :ファージFl由来複製開始領域E、coli ORI: pBR322の複製開始領域BLA:アンピシリン耐性遺伝子 CAT:クロラムフェニコール耐性遺伝子BACORI:pUBlloの複製開 始領域KANAMAYCIN : pUB 110のカナマイシン(メオマイシ ン)耐性遺伝子 5PO2:ファージ5PO2のプロモーター図7 :pBMa/c6Lia6の 制限酵素地図バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼ遺伝子を図6のpMa/ clのマルチプルクローニングサイト(2)に組み込んだ。この図では5PO2 のプロモーターは(2)と、大腸菌のORIは(4)と表されている。
図8 : pMa/cTPLi a 6中のphoAのシグナル配列断片の配列 TACプロモーターの上流のEcoRI部位から成熟α−アミラーゼの最初のア ミノ酸までを示しである。phoAのアミノ酸配列はDNA配列の下に示す。
図9=野生型と2D5α−アミラーゼのミカエリスメンテンプロット このグラフは基質濃度に対する酵素活性の初速度を野生型α−アミラーゼと2D 5α−アミラーゼについて表したものである。
アッセイ条件は実施例8に説明する。
図1O:野生型α−アミラーゼとD7α−アミラーゼの熱失活このプロットはp H5,s、90.5℃において野生型とD7α−アミラーゼ両方の半減期をCa ”+濃度の関数として表している。
図11:野生型及びD7α−アミラーゼの熱失活1)Hが7.0であるのを除き 図1Oと同様。
図12:野性型及び2D5α−アミラーゼの熱失活このプロットはpH7,0, 95℃での親株及び2D5α−アミラーゼ両方の半減期をCa ”濃度の関数と して表している。
図13=野生型及びD7α−アミラーゼの熱失活のpH依存性図14:野生型及 び2D5α−アミラーゼの熱失活のpH依存性図15:110℃での液化後に測 定した最終pHに対するDE発明の詳細な説明 本説明中、「変異体α−アミラーゼ」に関連して「性質が向上した」と呼ぶ場合 、高い酵素活性、または澱粉液化、繊維の糊抜き、または他の工業的生産への応 用での条件下で長い半減期を有するα−アミラーゼを意味する。
「高い熱安定性」を有するとは、変異体酵素が高い温度の工程で活性を保持する 、あるいはその変異体酵素が由来する野生型の酵素より、同じ温度においてより 長時間活性を保持することを意味する。
「高い酸(あるいはアルカリ)安定性」を持つとは、変異体酵素がより低い(あ るいは高い)pH値でその野生型の酵素より高い活性を示すことを意味する。
向上した性質は1つか2つのアミノ酸の置換により生じたものであることを理解 すべきである。
染色体DNAはα−アミラーゼを含む微生物から単離できる。
好ましくは枯草菌属に属する細菌、さらに好ましくはバチルスリケニホルミス、 さらにより好ましくはバチルス リケニホルミス T5を用いる(EP−A−1 34048参照)。染色体DNAは適当な制限酵素で消化し、ベクターにクロー ン化した。クローンの選択にはハイブリダイゼイション、免疫学的検出、酵素活 性の検出など多くの方法を用いることができる。制限酵素消化した染色体DNA をクローニングするのに用いるベクターの選択は、使用可能なりローン選択の方 法に依存する。もしハイブリダイゼイションを用いるなら何も注意は必要でない 。しかし、もし検出が免疫学的なものまたは酵素活性に基づいたものであるなら ベクターは適当な発現シグナルを含んでいなければならない。α−アミラーゼを 含むクローンの実際の検出は、澱粉を含む寒天プレート上で行った。ヨード蒸気 存在下で増殖、培養した後ポジティブクローンの周りちハロー(halo)が検 出される。次の段階として遺伝子の配列を決定する。そこから得られたアミノ酸 配列を、重要なアミノ酸についての最初の情報を得るために他の既知のα−アミ ラーゼの配列と比較するのに用いる(例 活性部位、Ca”結合、S−8結合の 可能性など)。3次元構造を決定するとさらに詳しい情報が得られる。これはし ばしば手間がかかるので他の方法が用いられる。3次元構造がなくとも2次元構 造要素(例。
α−ヘリックス、β−シート)を決定する予測プログラムをうまく用い最終的に 3次元構造要素、例えばベータバレル(β−barrel)を決定できる。総説 としてジャコンとオダック、プログレス イン バイオフィジックス アンド  モレキュラーバイオロジー、42巻、21−78頁、1983年がある。
重要なアミノ酸の置換を予想することができる。蛋白質の構造の安定性は蛋白質 の折りたたまれた部分と伸びた部分の間の自由エネルギーの合計差により決定さ れる。プロリン残基は他のアミノ酸よりとれる構造が限られているのでアミノ酸 がプロリンに置換されているときには蛋白質を伸ばそうとする空間配置上のエン トロピーは減少する(そしてそれにより安定性は上昇する)。別の有用な置換は グリシンをアラニンに置換することである。分枝したβ−炭素を持つトレオニン 、バリン、イソロイシンなどの残基は分枝していない残基よりも骨格のコンフォ メーションを制限する。
ある種の蛋白の熱安定性は部分的には塩橋によるのでリジンとアルギニン残基を 導入することは有用かもしれない(トモシックとクリバッフ、ジャーナル オブ  バイオロジカル ケミストリー、263巻、3092−3096頁、1988 年)。さらにアルギニンは新たな水素結合を形成することができるのでリジンを アルギニン残基で置換することにより塩橋の安定性を高めるかもしれない。総説 としてウィグビーら、バイオケミカル アンドバイオフィジカル リサーチ コ ミュニケーションズ、149巻、927−929頁、1987年 参照。アスパ ラギンとグルタミンの脱アミド化は酵素の構造を大幅に破壊すると言われている ので非アミド残基への置換はこのような破壊を防ぐかもしれない。
アミノ酸の置換はDNAレベルでの突然変異により最もうまくできる。
原則的に突然変異実験は単離したクローンに対しても即座に行うことができる。
しかし、挿入配列は突然変異/発現ベクターにクローン化する方が好ましい。ラ ンダム突然変異は可能であり、また部位限定突然変異(site−direct ed mutagenesis )もまた可能である。前者の方法によると突然 変異をおこしたクローンは莫大な数に上ることを考慮し、また部位限定突然変異 について経験に基づき推測することができるα−アミラーゼの3次元構造は知ら れていないので、特定の部位においてランダム突然変異を行うことを決定した。
次に示すのは本発明を実行するための可能な方法である。
始めに遺伝子は「サイレント」制限酵素切断部位の導入を行うことにより修飾す る。非サイレント切断部位の導入も可能である。
このことにより遺伝子の特定の部位を欠損させることができる。
2番目に遺伝子はファスミドにクローニングする。このファージとプラスミドの 結合により1本鎖のDNAを産生ずることが容易になる。1本鎖DNAを得る他 の方法も可能である。解離した2本鎖のベクター(挿入断片を含む)DNAを挿 入断片にギャップの入ったベクター/挿入断片の結合体とハイブリダイゼイショ ンすることにより、ギャップの入ったヘテロ2本鎖DNAが得られた(詳しくは 森永ら、バイオテクノロジー、2巻、636頁、1984年)。
ギャップは化学的あるいは酵素による突然変異においても用いられる。好ましく は我々の用いた重亜硫酸法(フォークとホフステッター、セル、33巻、585 頁、1983年)と酵素的な偽導入(misjncorporaHon)法であ る(レートバアラら、プロティンエンジニアリング、2巻、63頁、1988年 )である。これらの方法はギャップ中の全ての1つのヌクレオチドを他の3つの ヌクレオチド全てと置換する(飽和突然変異)様に行うことができる。後者の方 法は数種の方法に応用することができる。そのうちの一つは合成プライマーをギ ャップとハイブリダイズする方法である。ついでプライマーから3′側の最初の デオキシヌクレオチドに相補的なデオキシヌクレオチドが欠けている部分におい て伸長反応を行う。原則的に他の3つのデオキシヌクレオチド全てをこのように 導入することができる。このことは3つのデオキシヌクレオチドの混合物を用い ることにより、あるいは1つのヌクレオチドを含む3つの別々の反応を用いるこ とにより達成される。
その方法を応用した別の方法によりランダムクローンが得られる。
つまりそれぞれ1つの限られた量のデオキシヌクレオチドを含む4つの別々の反 応を行う。この方法により各1つのヌクレオチドの前で止まる2番目の鎖を得る ことができる。次の段階は前述したように行うことができる。重亜硫酸法と酵素 的突然変異の方法の両者を変異体を得るのに用いた。
酵素的性質を調べるのに突然変異実験に用いた宿主細胞と同じ宿主細胞中でクロ ーニングした遺伝子を発現させるのが都合がよいかもしれない。原則的に宿主細 胞は適当な突然変異/発現ベクター系がその細胞に対して可能であればどんな細 胞でもかまわない。多くの場合大腸菌、例えば大腸菌WK6株などがとても便利 である。コロニーをマイクロタイタープレート中で増殖させた後プレートのウェ ルからとったサンプルを異なったpH値にバッファライズした澱粉を含む寒天プ レートにスポットする。陽性クローンはハロー(halo)形成により検出する ことができる。熱安定性、酸安定性、アルカリ安定性、生理食塩水安定性、スク リーニングできるその他の安定性について選択するのに適当な緩衝液を用いたス クリーニングを用いることができる。
変異体α−アミラーゼの産生に適当な宿主細胞株には、α−アミラーゼの発現が 可能である形質転換可能な細菌がある。特に枯草菌などのα−アミラーゼを得た のと同じ種あるいは属の宿主細胞株が適する。好ましくはα−アミラーゼを含ま ない枯草菌株であり、より好ましくはα−アミラーゼとプロテアーゼを含まない 枯草菌株である。
例えばバチルス リケニホルミス T9を大量の変異体α−アミラーゼを得るの に用いた。
好ましくは産生されるα−アミラーゼが培地中に(II酵中に)分泌されること であり、これによりα−アミラーゼの回収が容易になる。分泌させるために、い ずれの適当なシグナル配列も用いることができる。
発現されたα−アミラーゼは宿主細胞から分泌され、ついで適当な方法により精 製することができる。例えばゲル濾過とモノQクロマトグラフィーを挙げること ができる。単離されたα−アミラーゼは種々のCa”+濃度(0,5−15mM ) 、広いpH値範囲(5,5−8,0)での熱失活について検討した。検討は 実際の適用条件下でも行った。特に変異体α−アミラーゼはpH5,5からpH 5,25での澱粉液化の条件下で試験した。さらに繊維の糊抜きへの応用につい ても検討を行った。
スクリーニングされた変異体のいくつかの性質は期待する適用条件下でより適し ているであろう。
本発明は熱安定性、酸耐性、アルカリ耐性の上昇したα−アミラーゼについて開 示している。一般的に置換するアミノ酸の数は変異体蛋白の活性が野生型の酵素 の活性と同じかそれより良い限り重要でない。変異体α−アミラーゼは野生型酵 素と少なくとも1つのアミノ酸、好ましくは1つから10個のアミノ酸が異なる 。
向上した性質を持つ具体的変異体として111,133.149番目(番号付け はバチルス リケニホルミスのα−アミラーゼに従った)のアミノ酸の1つかそ れ以上の置換を含むα−アミラーゼがある。好ましいアミノ酸の置換にはAla −111−The。
His−133−Tyr、Tyr−149−I 1eがある。
このような変異体酵素は6.5以下及び/または、7.5以上のpH値での活性 が向上した。例えば110度までの高い温度で半減期が長(なるなどの向上した 活性を示した。
入手可能なα−アミラーゼ製品の多くは細菌を原料として得られている。特に枯 草菌、例えばバチルス、ズブチリス、バチルスリケニホルミス、バチルス ステ アロテルモフィリス、バチルス コアギユランス、バチルス アミ口すクエンフ 7シエンスである。これらの酵素は高いホモロジーと類似性を示す(結城ら、ジ ャーナル オブ バイオケミストリー、98巻、1147頁、1985年;中島 ら、アプライド マイクロバイオロジー アンド バイオテクノロジー、23巻 、355頁、1986年)。従って、これらのα−アミラーゼの1つから得た好 ましい変異に関する情報は他のα−アミラーゼを改良するのに用いることができ る。本発明はそのような情報を得るためのアプローチを提供する。
次に述べるのは用いた実験上の方法と発明を具体的に示すための実施例である。
これらの実施例は単に説明のためであり、従って発明の範囲を限定することを意 図したものでは決してない。
実施例 材料と方法 1、一般的なりローニングの技術 クローニングの技術は以下のハンドブックに説明しであるものを用いた。マニア テイスら、モレキュラー クローニング、コールド スプリング ハーバ−ラボ ラトリ−,1982年;アウスベルら、カレントプロトコールズインモレキュラ ーバイオロジー、ニューヨーク 1987年;パーパル、プラクティカル ガイ ド ツウ モレキュラー クローニング、第2版、ジョンウイリーアンドサンズ ■、ニューヨーク、1988年。これらのノXンドブックは組み換え体DNAの 構築とその増殖、遺伝子ライブラリーを作る手順、DNAのシーフェンスと突然 変異のためのプロトコール、およびDNA分子に関する酵素の取扱いのプロトコ ールについて詳しく説明しである。
乙化学的突然変異 クローン化されたDNAはDNA中に変異を導入するために試験管内(invi tro)で化学薬品で処理してよい。もしこれらの変異をアミノ酸をコードする トリプレットコドンに起こすならば、変異を起こしたクローン化DNAにより変 異体蛋白質が産生される。
重亜硫酸ナトリウムを用いた化学的突然変異の方法はショールとポートシュタイ ンにより説明されている(メリーズ イン エンザイモロジー、100巻、45 7頁、1983年)。好ましい方法はフォークとホッフシュテッタ−(セル、3 3巻、585頁、1983年)により説明されている。突然変異を起こす他の方 法はスミスによりアニュアル レビュー オブ ジエネテイツクス、19巻、4 23頁、1985年 に説明されている。特に有用なプロトコールはアウスベー ルらにより同誌に説明されている。
3、ギャップの入った2本鎖DNAの突然変異ギャップの入った2本鎖DNAを 用いる方法(クレイマーら、ヌクレイツク アシッズ リサーチ、12巻、94 41頁、1984年)とファスミド(プラスミド/ファージの)1イブリツド) を用いた。その方法は本質的に、野生型遺伝子の抗生物質耐性マーカーの入った ギャップの入った鎖(−鎖)と抗生物質耐性を与える遺伝子にアンバー突然変異 の入った鋳型鎖(十鎖)からなるギャップの入った2本鎖DNAの中間体を用い るものである。アニール後は、変異を起こしたオリゴヌクレオチドを試験管内の ギャップ埋め(gap filling)と結合(sealing)反応の間に ギャップの入った鎖に組み込む。その結果生じた分子を、目的とした突然変異と 抗生物質耐性マーカー間の連結を保持しているミスマツチ修復欠損宿主細胞株( Mut S)を形質転換するのに用いた。この株から分離した混合ファスミド群 は、サプレッサーを持たない宿主細胞株中で分離される。形質転換株は抗生物質 を含む培地のブレートにま(ことにより、ギャップの入った鎖から生じた子孫細 胞を選択する。
ツインベクター系pMa/c5−8は、スタンセンらにより記載されているが( ヌクレイツク アシッズ リサーチ、17巻、4441頁、1989年)次の領 域からなっている。
posll−105:バクテリオファージ fd、ターミネータ− pos 121−215 :バクテリオファージ fd、ターミネータ− pos221−307:プラスミツドpBR322(pospos313−76 8 :バクテリオファージ fl、複製開始領域(pos5482−5943) pos772−2571 ニブラスミツド pBR322、複製開始領域及びβ −ラクタマーゼ遺伝 子 pos2572−2685 : トランスポゾン Tn903pos2519− 2772 : )リブトフ7ンターミネータ(ダブル) pos2773−3229 : トランスポゾン Tn9、クロラムフェニコー ルアセチルトランス エラーゼ遺伝子 pos3730−3803 :マルチプルクローニングサイト配列は図1に示し ている。
pMc型ベクターでは2238番目のヌクレオチドはGからCに変えられている のに対しpMa型ベクターで3409番目のヌクレオチドがGからAに変えられ ているが、それは、それぞれアセチルトランスフェラーゼ遺伝子とβ−ラクタマ ーゼ遺伝子中にアンバー停止コドンを作り、該遺伝子を不活性化するためである 。
ここであげた全ての配列はシーンバンク(Genbank) (T M )、ナ ショナル ヌクレイツク アシッド シーフェンス データバンクNIHUSA から入手した。プラスミツドpMc5−8はDSM 4566として登録されて いる。突然変異を行うために目的のDNA断片はpMa5−8のマルチプル ク ローニングサイトに組み入れた。次に目的のDNAを含むpMa5−8とpMa 5−8の間のギャップの入った二本鎖を構築した。
目的のDNAから成る一本鎖のギャップは、突然変異誘発性オリゴヌクレオチド 、長い合成オリゴヌクレオチド、低いレベルで偽導入された(misincor porated)ヌクレオチド、化学薬品、または不規則突然変異PCRを適用 できる酵素的なヌクレオチドの偽導入(misincorporation)に より突然変異を起こすことができる。
詳細はアウスベールら、(同上)あるいは、パーパル(同上)参照。試験管内突 然変異の他の方法としては、UV照射または化学薬品によるもの、あるいは大腸 菌ミューティター株を用いる生体内(in vivo)突然変異を用いることが できる(ファウラーら、ジャーナル オブ バクテリオロジー、 167巻、  130頁、1986年)。
突然変異誘発性ヌクレオチドはアプライドバイオシステムから入手可能な装置を 用い、合成できる。
4、ヌクレオチドの酵素的偽導入による不規則突然変異pMa/ pMCのギャ ップの入った2本鎖に対しプライマー伸長と偽導入突然変異を行うことができる 。これは最初にジョートルら(プロシーディンゲス オブ ナショナル アカデ ミ−オブ サイエンシズ オブ THE USA 79巻、1588頁、198 2年)、カニングハムとウェルズ(プロティンエンジニアリング、1巻、319 頁、1987年)により報告されたもので、この方法の改良法はトレバアラらに より報告されている(プロティン エンジニアリング、63巻、2頁、1988 年)。
この方法はポリメラーゼの制限的使用に基づいている。始めにDNA分子の4種 を、p M a / p M cのギャップの入った2本鎖のプライマー伸長に より、ギャップの中で不規則に、しかしいつも決まった塩基種の前で停止するよ うに(それぞれ、A、C,G、またはTの前で)調製した。次に4つの各グルー プはそれぞれ別々の、今度は正しい塩基を除去することができる偽導入反応にお いて突然変異を起こした。この方法で全ての型の塩基置換型突然変異をギャップ の全ての位置において起こすことができる。クレノウボリメラーゼよりもシーケ ナーゼ(TM) (U、 S、バイオケミカルコーポレイション)を好んで用い た。さらにレトバアラら(同上)らが用いたM o M u L V逆転写酵素 をA、M、V、逆転写酵素の代わりに用いた。
1塩基置換を確認するため、レトバアラら(同上)のプロトコールに次の改良点 を導入した。逆転写酵素緩衝液中に3種でなく1種のみ偽導入ヌクレオチドを入 れる。例えば、A特異的に制限された塩基伸長混合物は250μMdCTP、2 50μM dGTP、250μM dTTPとそれぞれ別々の3種の反応液中で インキュベートする。4塩基特異的制限伸長反応混合物の完全な組み合わせに対 し、全部で12種の偽導入反応を行った。42℃で1.5時間のインキューベー ション後、4種全てのデオキシヌクレオチドを0.5mMの濃度で加え、反応液 をさらに最低20分間37℃でインキュベートした。サンプルはレトバアラらの 方法(同上)により処理し、その中でウラシルを含むDNA鎖へのカウンターセ レクション(counterselection)でなく p M a / c ベクターに基づくカウンターセレクションを適用するという変更を行った。
5、変異体α−アミラーゼの生産 α−アミラーゼ遺伝子を含む発現ベクターを持つ大腸菌変異株WK6(ツエル、 フリッブ、エンボジャーナル、6巻、1809頁、1987年)を30℃でTB 培地(IOJ)に接種した。TB培地は0.017M KHt POa 、0. 072M K! HPO4,12g/I!バタトトリブトン、24g/lバクト イーストエクストラクト、0.4%グリセロールと抗生物質(pMaにはアンピ シリンまたはpMcにはクロラムフェニコール)を含む。培養液の一部を21の フラスコ中の250iのTB培地に植え付いだ。
0Dsooが10−12のとき0.1 mM I PTG (イソプロピル−β −d−チオガラクトピラノシド)を加え、さらに12−16時間培養を続けた。
6、変異体α−アミラーゼの精製 菌体は遠心により集菌し、20%ショ糖を含む緩衝液に0℃で懸濁した。2回目 の遠心の後、菌体は冷水に懸濁した。菌体の残さは3回目の遠心により除き、上 滑を20mM、l□リス緩衝液でpH8,0に合わせた。CaCj!tを最終濃 度50mMになるよう加えた。サンプルは15分間70℃で熱処理し、不溶物を 遠心で除いた。上滑は0.22μミリボアメンブレンによりろ過し、初期容量の 1/10まで濃縮した。
精製はさらに、ゲルろ過(TSK HW−55−メルク社)とモノQクロマトグ ラフィーにより行った。M o n o Sクロマトグラフィーの前に酵素活性 を含むフラクションについて、酢酢ナトリウムを用い、pHを4.8に調整した 。α−アミラーゼは250mMNaCIで溶出した。失活を防ぐため、pHを速 やかに8.0に調整した。
実施例 実施例1 バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼ遺伝子のモレキュラークローニング バチルスリケニホルミスのT5 (EP−A−134048;CB8470.8 3)から単離した染色体DNAを制限酵素EcoKIで消化し、PUBIIO( グリンザンら、ジャーナルオブバクテリオロジー、134巻、318頁、197 8年)のEcoR1部位に組み込んだ。組み換え体はバチルスズブチリス1A4 0(バチルス ジェネティック ストックセンター)にトランスフオームした。
α−アミラーゼ産生について、ネオマイシン耐性コロニーを0.4g/I!澱粉 (ツルコツスキー澱粉、メルク社)を加えたHI寒天プレートで検定した。ヨー 素蒸気中で増殖、インキュベーション後、大きな透明のハロを作った陽性コロニ ーは次の解析に選択された。この陽性コロニーから単離したプラスミドはバチル スリケニホルミスT5から生じた3、 4 k bのEcoRI−Ec。
RI断片を含むことが示された。このプラスミドはpGB33(EP−A−13 4048;CB8466.83)と命名された。
α−アミラーゼをコードする挿入断片は合成シャインダルガル17配列とバクテ リオファージ5potプロモーターに組み込み、その結果できたプラスミドをp RromsPOzとした(EP−A−0224294参照。CB5696.85 )。サンガー法(プロシーディング オブ ナショナル アカデミ−サイエンス オブ U、S、A、74巻、6463頁、1977年)により決定したpPro mSPOzの挿入断片のヌクレオチド配列は図2に示した。配列はα−アミラー ゼをコードする1つの大きなオーブンリーディングフレームを示し、これは、結 城ら(同上)により決定されたバチルスリケニホルミスのα−アミラーゼの配列 と実質的に一致する。初めの29個のアミノ酸はα−アミラーゼが分泌される際 切り出されるシグナル配列である。この応用を通じて、アミノ酸の番号づけは成 熟蛋白に応じた番号である。
結城の配列は、次の箇所において興なっている。134番目、ロイシンの代わり にアルギニンが存在し、310番目グリシンの代わりにセリンが存在し、320 番目、セリンの代わりにアラニンが存在する。
実施例2 突然変異/発現ベクターpMaTLi a6の構築プラスミドpPROM 5P OtはEcoRIとBclIで消化し、1.8 k bのEcoRI−Bc I  I断片を精製し、EcoRl−BamHI消化したpMa5−8に組み込んだ 。このpMa5−8ベクターは改変したマルチプルクローニングサイトを前もっ て付加しておいた。図1の3767番目から3786番目のBamHI−Hin dI[[断片は図3の5647番目から5660番目に(るように合成りNA配 列と交換した。このことは、α−アミラーゼ遺伝子中の制限酵素部位のいくつか を単一箇所にするために行った。生成したα−アミラーゼを含むpMa5−8誘 導体はEcoRIとBamHIとで消化し、TACプロモーター(デュボアら、 プロシーディングズ オブ ナショナルアカデミーオブ サイエンシズ オブT heU、S、A、80巻、21頁、1983年)のコピーをもつ合成りNA断片 と連結した。この合成りNA断片の配列は3757番目から3859番目まで、 最終的なα−アミラーゼの突然変異/発現ベクターのpMaTLia6と共に図 3に示した。この最終α−アミラーゼ突然変異/発現ベクターは突然変異実験の 際にα−アミラーゼ遺伝子中にギャップを生じるよう数か所サイレント制限酵素 切断部位を導入することにより完成した(図4)。この目的のため次の突然変異 を部位限定オリゴヌクレオチド突然変異を用いて行った。
−8peI部位をサイレント突然変異により導入した。
T4 9T と ss os ACG 4ACT AGC−AGT −NarI部位をサイレント突然変異により導入した。
269A GCG4GCC −BstEn部位をTAG終止コドンの下流直後に導入した。
TAGAAGAGC−47AGGTGACにのα−アミラーゼ突然変異ベクター pMaTLia6はギャップ入り2本鎖法を用いた突然変異に適している。適当 な制限酵素による消化により調製した二本鎖pMaTLi a 6DNAはアニ ールし1本鎖pMcTLi a6DNAとした。
生じた1本鎖ギャップに対し、実験の項に説明した部位限定突然変異、化学的突 然変異、そして不規則酵素的突然変異を行った。
α−アミラーゼ遺伝子の前にTALプロモーターをつけることによってIPTG を加えることにより大腸菌にα−アミラーゼを誘導発現させ得る。
大腸菌WKS中のプラスミドpMaTL i a6は1989年6月2日にCB 5255.89として寄託した。
実施例3 突然変異と発現のための枯草菌/大腸菌シャトルベクターの構築このベクターは 大腸菌内での挿入した遺伝子の突然変異、及び枯草菌内での速やかな発現を可能 にする。ベクターの構築のために選んだ方法はpUB110系プラスミド(ブリ クザン、同上)をp M a / cツインベクター系と次のような方法で結合 することである。
1、バチルスサチリスの遺伝子単位(casette)は1回の制限酵素切断及 び再ライゲーション実験により除くことができる。
2、異なるα−アミラーゼ遺伝子と異なるプロモーターを容易にこのベクターに クローン化することができる。
3、再環状化の後、クローン化した遺伝子は適当な枯草菌のプロモーターの制御 下に置くことができる。
4、 大腸菌の突然変異の間、枯草菌のプロモーターと構造α−アミラーゼ遺伝 子は大腸菌内にα−アミラーゼを蓄積させると致死的であるかもしれないのでそ れを避けるために物理的に分離する。
シャトルベクターの図は図5に示した。ベクターp B M a / clの最 終的な構造は図6に示した。ベクターpBMalは1989年6月2日にCBS  252.89として寄託しである。ベクターは次のように構築された。
−RFP遺伝子とNeo”遺伝子を含むpUB] l OのEcoRI−Sna BI断片は精製しEcoRI−SmaIで消化したpUC8に組み込んだ。
−B amHI −Xb a Iポリリンカー断片はバクテリオファージS P  Otの5POzプロモーターをコードするDNA (ウィリアムスら、ジャー ナル オブ バクテリオロジー、146巻、1162頁、1981年)及びSa C■、ApaI、XhoI、5ucI、BglI、MluIとXbaIの制限酵 素認識部位の合成断片で置換した。
−pMa5−80の単一のEcoRI部位は、次の制限認識部位を構成するポリ リンカーDNA断片を挿入するのに用いた:EcoRI、SmaI、5acI、 EeoRV、5phI、Kpn I、Xba I、及びHi nd III、特 定の目的のために誘導体pBMa/c2とpBMa/c6がpBMa/clから 開発された。
−pBMa/c2ではpBMa/C1のEcoRI−HinalIIポリリンカ ーはpUCI 9の相当するポリリンカーにより置換した。
−pBMa/c6ではさらにpBMa/clの右のポリリンカー中の5acI部 位をクレノー反応により除いた。
バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼに対する部位限定突然変異はpBMa /c 6 L i a 6を構築した後行った。このベクターはpMaTLia 6から単離したBamHI−HindllI断片をBamHIとHindII[ により開裂させた上述のpBMa/c6に組み込むことにより構築した。生じた プラスミド(図7)は大腸菌の突然変異でギャップの入った2本鎖を構築するの に用いることができる。
生じた変異体はチャンとローエンの方法に従い(モレキュラーアンド ジェネラ ル ジュネティックス、168巻、111頁、1979年)SacIによる制限 酵素処理、再ライゲーション、及びトランスフォーメーションによりバチルスズ ブチリス IA40 (BGSc IA40)で発現させた。
実施例4 完全な成熟蛋白としてのバチルスリケニホルミスのα−アミラーゼの大腸菌にお ける発現 pMaTLia6(例2)により産生されたα−アミラーゼの解析によりα−ア ミラーゼの一部は分泌される間に誤って修飾されることがわかった。アミノ末端 シーフェンスにより大腸菌WK6の産生ずるα−アミラーゼは余分なアラニン残 基があることがわかった。
このことによりアミラーゼが異なる性質を持つか否かわからないが、α−アミラ ーゼのシグナル配列をアルカリホスファターゼPhoAのシグナル配列と交換し た。この目的のためFspI制限酵素切断部位をpMaTLia6のシグナルペ プヂドと成熟α−アミラーゼの連結部位に導入するように突然変異実験を行った 。
FspIとBamHI消化の後、phoAシグナル配列(ミカエリスら、ジャー ナルオブバクテリオロジー、i54巻、366頁、1983年)をコードする合 成りNA断片を挿入した。このプラスミドの配列は図8に示す。pMa/cTL P i a6が産生するα−アミラーゼは正確なアミン末端配列を持つことがわ かった。
実施例5 安定なα−アミラーゼのスクリーニングA、酸耐性α−アミラーゼ突然変異体の スクリーニング野生型α−アミラーゼよりも低いpHで良くも悪くも活性を示す α−アミラーゼ突然変異体は、異なるpH値で緩衝化した澱粉プレートにできる ハローをヨウ素液ででんぷんを染色した後に比較することにより選択できる。
方法; 1、増 殖 突然変異株の候補はマイクロタイタープレートで増殖させる。
増殖培地はプレインハートインフュージョンブロス250μ!(ディフコ社)で ある。補足したものはクロラムフェニコール 50gg/ml!、P、T、G、 (シグマ社) 0.2mMCaCj7. 2mM コロニーは滅菌つまようじで寒天プレートから拾いマイクロタイタープレートの 各ウェル(96)に植菌した。各プレートには4つの野生型コロニーを対照とし て植菌した。
これらのマイクロタイタープレートは振とうせず40時間37℃に置いた。
2、プレート試験 α−アミラーゼの産生されたインキュベーション後、各ウェルからサンプル5μ lをとり2種の異なった種類の寒天プレート(144XI40nm)にスポット した。第一のタイプは栄養分の多いハートインフュージョン寒天プレート(D  I F I 0社)+0.4%澱粉(ツルコツスキー澱粉−メルク社)+クロラ ムフェニコール50μg/rn!である。37℃16時間インキュベーションの 後、このプレートは突然変異体を保存するのに用いられた。
第2のプレートのタイプは実際のスクリーニング用のプレートで、バクトラガ− (D I F I 0社)l、5%ソルコフスキー澱粉0.2%を含む。寒天と 澱粉は合成生水(StW)に溶解した。これは脱金属水+CaC1,2mM M g C121m M N a HCOs 2.5 m M BSA llzg/m/! である。
スクリーングプレートはこの培地中に5Mのストック用酢酸カリウム緩衝液を1 00倍希釈して緩衝化する。測定した寒天プレート中の最終pH値はストック用 溶液より少し低い。各ウェルから5μlの培養液を異なったpH値の3種のスク リーニングプレートにスポットする。
pH値の範囲は最低pH値のプレートにおいて野生型のα−アミラーゼに対し、 はとんどまたは全(活性が残存しないように選ぶ。
3、染 色 スクリーニングプレートは55℃で2時間インキュベートする。
この後ヨー葉液をプレートに注ぎかける。10倍ヨウ素液は1βにつき30gの ヨウ素と70gのKIを含む。
スポットの透明な部分の面積はそのplにおいて残存するα−アミラーゼ活性と 相関する。野生型株の対照より高い活性を示した突然変異株は第2次のスクリー ニングに選択する。野生型の)\ローはこの実験において良好な再現性を示す。
4、第2次スクリーニング 栄養分の高いプレートから陽性コロニーを拾い新たなHlプレート+クロウムフ ェニコール上で精製する。各突然変異株から4つのシングルコロニーを拾い、第 一次スクリーニングの際と同様の方法で再度検定する。さらに、これらの培養液 の希釈系列をSTWで作りそれを中性pHのスクリーニングプレート(pH=  7.0 )にスポットする。野生型株の培養との比較から低いpHで高い活性を 示すのがα−アミラーゼの産生が全般に高かったためか本質的により安定なα− アミラーゼのためであるのかを決定することができる。
第2次スクリーニングに「生き残った」突然変異株は突然変異をおこされた遺伝 子の部分のヌクレオチド配列を決定することにより解析を行う。
B、アルカリ耐性α−アミラーゼのスクリーニングアルカリ耐性のα−アミラー ゼのスクリーニングは酸耐性α−アミラーゼに用いられた方法と同様の方法で行 われる。マイクロタイタープレートで増殖後サンプル5μlを各ウェルからとり 保伴用プレートと実際のスクリーニングプレートにスポットする。
後者は バクドアカー(DIFCO) 1.5%ッルコフスキーでん粉 0.2% を含 み、脱金属水とCaC1,2mM Mg、C1t 1mM NaHCOs 2.5mM BSA ] 0μg/−を加え完成する。
スクリーニングプレートは pH値9.0.9.5.10.0の50mM炭酸/重炭酸緩衝液で緩衝化する。
pH値の範囲は最も高いpH値において野生型のα−アミラーゼがほとんどまた は全く活性を示さなくなるように選ぶ。55℃で2時間培養後ヨー葉液をプレー トに注ぐ。野生型酵素よりよいハローを形成した突然変異株はスクリーニング第 2段階に選択する。この第2次スクリーニングは酸耐性株のスクリーニングの際 と同様の方法で行う。
C0熱耐性α−アミラーゼ突然変異株のスクリーニング高温で野生型α−アミラ ーゼより高いあるいは低い活性をもつα−アミラーゼ突然変異体は加熱後の培養 液の残存するα−アミラーゼ活性により生じた澱粉プレートのハローの比較によ り選択することができる。
方法; 1、 突然変異体はpHスクリーニングの際と同じ方法で増殖させる。
2、突然変異体をpHスクリーニングの際のようにH1寒天プレート上で増殖さ せる。
3、 マイクロタイタープレートの各ウェルを加熱時に培養液が蒸発しないよう 使い捨てキャップ(フロララボラトリーズ)で密閉する。
4、 マイクロタイタープレートを水浴で95℃1時間加熱する。
加熱後マイクロタイタープレートはサンプル全てをマイクロタイタープレートの 底に集めるため遠心した。
5、 熱耐性突然変異体のスクリーニングは次のように行った。各ウェルから5 μlの培養液をとり中性のスクリーニングプレー) (+)Hスクリーニング参 照)にスポットした。このプレートは55℃1時間培養した。
ヨウ素液で澱粉を染色した後突然変異体と対照はスポットの透明部分(ハロー) を比較することにより残存するα−アミラーゼ活性に対するスクリーニングを行 うことができる。
対照の残存する活性が高すぎる場合、野生型酵素より熱耐性の突然変異体を識別 するため希釈系列を作製しスクリーニングプレートにスポットしなければならな い。
6、興味深い突然変異体である可能性のあるものはpHスクリーニング法で行っ たようにさらに試験する。
スクリーニングタイプAまたはBとCの組み合わせは、組み合わせた特長を望む ならば用いることができる。例えばアルカリ耐性のα−アミラーゼのスクリーニ ングの第一次段階の後、熱耐性のスクリーニングの第2段階を行うことができる 。両方の試験で陽性の結果を示した突然変異体は望ましい性質を合わせ持った候 補として選択することができよう。
実施例6 pMaTLia6の重亜硫酸突然変異 4315番目から4569番目(図3)までのギャップの入ったヘテロ2本鎖を 得るためpMaTLia6の1本鎖DNAを5aclI−CI!alで切断した pMcTLia6と共にアニールした。このヘテロ二本鎖に対し重亜硫酸突然変 異を行った(実施例参照)。
大腸菌WK6mutS(ツエルとフリッツ、同上)に導入し、クロウムフェニコ ールを含む寒天プレート(50Ig /m/)で選択後、プラスミドDNAを単 離し大腸菌WK6に導入した。大腸菌WK 6 Mu t SはCB5472. 88として、大腸菌WK6はCB5473.88として寄託されている。生じた 形質転換体は2.0mM CaC1t、50Ig/mj?クロラム7 x−:] −ル及び0.20mM IPTG (シグマ社)を含むBHI培地(DIFCO 社)中37℃40時間、マイクロタイタープレートで振とうせず培養する。pH 耐性突然変異体のスクリーニングは実施例5で述べたようにして行った。約30 0個のクロラムフェニコール耐性形質転換株をスクリーニングした。DNAシー クエンスにより決定した突然変異頻度はギャップ上平均0.4回/分子であった 。1つの酸耐性突然変異体D7がpHスクリーニングの後同定された。
この突然変異体の配列からトリブレットがCACからTACに変わったことによ るH133Yの変異であることがわかった。
突然変異体D7は熱耐性スクリーニングアッセイ(実施例5)においても陽性で あることがわかった。
5aclI−C1aI断片の直前から始まるよう計画された特定のオリゴヌクレ オチドを用い、1本鎖DNAのDNAシークエンスが行われた。別々の突然変異 実験において1000個のクロラムフェニコール耐性形質転換体をスクリーニン グした。他の酸耐性突然変異体である2D5がpHスクリーニングの後同定され た。
この突然変異体は次の変異を持つ。
H133Y CAC−TAC T149I CAC−+ATA 重亜硫酸突然変異を図3の4569番目から4976番目までのC1aI−Sa lIギャップに対してもこれまで述べたのと同様の方法で行った。約300個の クロラムフェニコール耐性形質転換株をスクリーニングした(突然変異頻度0. 6回/分子)。酸耐性形質転換体は全く見出されなかった。多数の階下安定な変 異体を見出した。この酸に不安定な突然変異体の中にはよりアルカリ耐性の表現 型を生じるpHスペクトラムの移行があるものがあるのかもしれない。
実施例7 pMaTLi a 6の酵素的突然変異4569番目から4976番目(図3) までに渡るヘテロ2本鎖を得るため、(1!aI−8afIで切断したpMcT L i a 6と共に、1本鎖pMaTLia6 (図4)をアニールした。ギ ャップの入った2本鎖に対し実施例に述べたように酵素的に偽導入し突然変異を 行った。
dATP制限プライマー伸長後に得たサンプルは3つに分け、それぞれdcTP 、dGTP、dTTPと共に逆転写酵素存在下インキュベーションした。37℃ lO分間インキュベージジン後4つ全てのdNTPとクレノウボリメラーゼを加 え反応させ、T4−DNAリガーゼを完全に2本鎖DNAに伸長させるために加 えた。
このDNAは大腸菌WK6MutSに導入し、プラスミドDNAを回収した。プ ラスミドDNAは続いて大腸菌WK6に導入しクロラムフェニコール(50Ig  / d )を含む寒天プレート上でコロニーを選択した。得られた突然変異株 は実施例5で述べたようにα−アミラーゼの安定性に関してスクリーニングを行 った。
別の実験で5peI−8acnギヤツプに対し、それぞれdATP、dCTP、 dGTP及びdTTPとの制限プライマー伸長を行った。このプライマ一群に対 し偽導入(実験の項参照)により突然変異を行った。100個のクロラムフェニ コール耐性形質転換株をpHプレート上で試験しく実施例5)突然変異体M29 を低いpHでより耐性を示すと同定した。この変異は次の配列であると決定した 。AIIIT GCG−TCG実施例8 耐性突然変異体の性質 重亜硫酸突然変異実験で得られた2つの突然変異体をさらに解析した。前述した ようにDNAシークエンスにより次のアミノ酸の置換が示唆された。
−D7では133番目のヒスチジンの代わりに千ロジンを含み(D7=H133 Y)、 一2D5はD7の変異とその他に149番目のトレオチンがイソロイシンに置換 されている(2D5=H133Y、T149I)。
a)酵素活性の測定 バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼの野生型と突然変異体の酵素活性を4 −ニトロフェニル−マルトペンタオシド(4NP−DP5)を基質として用い測 定した。反応の結果4ニトロフエノールとマルトペンタオースが生じ0D405 の変化を測定することにより活性を調べることができる。アッセイは50mMM 0PS、50mMNaCj?、2mMCaC1t (pH7,15)及び0−1 mM4NP−DP5存在下35℃で行った。
初速度を測定し、E−ニトロフェノールはio、00OA/M1cmと定めた。
図9に野生型酵素と2D5α−アミラーゼについての結果を示す。VmaxとK mを計算し表1に示した。
表1 Vma x (μmo 1/m i n/mg Km (mM)WT 66.7 ±0.9 0.112±0.0052D566.3±0.7 0.119±0. 004表1はα−アミラーゼ2D5の変異が本質的に酵素活性に影響を及ぼさな いことを明らかに示している。
b)熱失活性に刻するCa”の効果 種々のカルシウム濃度下での熱失活性実験を野生型酵素、D7.2D5に対し行 った。方法は以下の通り。
l)脱金属 酵素(2−3■/−)は24時間以下の緩衝液に対して透析3XIL 20mM  MOPS 5mM EDTA 5mM EGTA pH7,0 3XIL 20mM MOPS pH7,02)再金属付加 −500ul緩衝液100mMC例MES、MOPS、EDPS)”−145μ l脱金属化酵素(例、2.15■/m/)−100ul CaC1t (100 ,50,30,20,1O15:または2.5mM) Xu l K! S Oa (100mM)−(255−X)μlH1゜ CCaC1t”J最終濃度 (K! SO4)最終濃度(m M ) (m M  ) *−MESのpH・例、室温で6,77は90℃で6゜0となる。
(pKa6.15 pKa/℃=−0,011)。
−pKa値はメルク社の表(2価イオン緩衝液)から採用した。
3)熱失活 約0.2■/dの濃度の、室温でブレインキュベーションした酵素液1rnlを 密閉したピアスバイアル(テフロンコートしたシール)中で90.5℃または9 5℃で熱した。Oから6時間後一定時間ごとにシリンジでサンプルSOμlをと り氷上で冷却した。残存する酵素活性を4NP−DD5 (0,5mM)を用い 測定した。
シングル エフスボネンシャル デケイ フイテイング プログラム(Sing le exponential Decay Fitting Program )、(グラフパッド社 GRAPHPAD)を用い半減期を計算した。
図10,12に野生型酵素とD7α−アミラーゼのI)H5,5及びp)17. 0各々での90.5℃での半減期をCa ”’a度の関数として示している。2 D5のCa ”依存性は95℃においてはpH7,0においてめたのみである( 図12)。変異体のCa”依存性も野生型酵素の場合と変わらないことがわかる 。
C1異なるpH値での突然変異体α−アミラーゼの熱耐性D7と2D5両方の熱 耐性のpH依存性を上述したように1mMCa’+を含む緩衝液中で90.5℃ 及び95℃各々においてめた。
D7と2D5両方について熱耐性はpHの範囲全般において大きく向上した(2 D5では2倍まで)と結論できる。
実施例9 枯草菌での突然変異体酵素の産生 バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼでの突然変異遺伝子は大腸菌WK−6 において発現させることにより同定されたが、これを2つの異なった方法で枯草 菌の発現ベクターに挿入した。
a)α−アミラーゼ遺伝子の単一の制限酵素切断部位を用い(図4)、突然変異 個所を含むDNA断片をpMaTLia6突然変異株から単離しpBMa6、L ia6の相固な位置にサブクローンした。後者のプラスミドは大腸菌、枯草菌い ずれにおいても複製できるが、それを次にSac Iで切断しT4DNAリガー ゼで再環状化した。バチルスサチリスlA40に導入後、5PO2プロモーター 制御下でα−アミラーゼの多量の産生が認められた。再環状化したpBMa6、 Lia6はベクターの大腸菌のDNA断片が除かれたのを示すためにpH6、L ia6と命名する。
b)pBMa6、Lia6の1本鎖DNAを大腸菌から再回収し、α−アミラー ゼ遺伝子上に目的のギャップをもつ2本鎖DNAを得るために制限酵素で切断し たpBMc6、Lia6の2本鎖DNAとアニールした。このギャップに対し望 む突然変異をコードするオリゴヌクレオチドとの部位限定突然変異(実験の項で 述べたように)を行った。pBMe6、Lia6ベクターは次に上述したように pH6、Lia6型ベクターに変換する。
a)においてはもし突然変異が異なるギャップで選択的におこるならば、異なる 単一部位突然変異(single 5ite mutation)の組み合わせ を行うことができるが、方法b)を用いる。
突然変異株D7と2D5の変異DNAは、方法a)により、5acII−8af IDNA断片を交換することによりpBMa6、Lia6に挿入した。そしてα −アミラーゼを形質転換したバチルスズブチリスIA40の培養上清から回収し た。両方の突然変異株の培養上清に対し実施例のスクリーニング操作を行い、両 方の突然変異株は野生型株のpH6、Lia6により産生されたα−アミラーゼ より酸耐性かつ熱耐性であるα−アミラーゼを産生ずることを確かめた。
従って、枯草菌でのα−アミラーゼ突然変異株の表現型は大腸菌での表現型と異 ならない。
最終的にpH6、Lia6突然変異体は、バチルスリへニホルミスT9に導入さ れた。この菌はバチルスリヘニホルミスT5のプロテアーゼ、α−アミラーゼ欠 損類縁株である(EP−0253455、CB5470.83)。宿主のT9は 宿主と同一の系でα−アミラーゼの突然変異株を多量に産生ずるために用いられ た。
染色体のα−アミラーゼ遺伝子がないためにこの株は野生型のα−アミラーゼが 全く混合して産生されないので突然変異株α−アミラーゼを産生ずるのに非常に 適している。この菌株から回収した酵素は工業上の応用試験に用いた。突然変異 体pB6、Lia6.2D5とpH6、Lia6、D7の工業上の利用を示した 。
実施例1O 澱粉分解の条件下での突然変異株α−アミラーゼの応用試験突然変異株α−アミ ラーゼ2D5をより実際的状況で試験するため、我々は限外濾過により発酵培養 液(実施例9)を精製し酵素を50%プロブレンゲリコールで処理した。
3種のサンプルを試験した: 893701:野生型株 バチルスリへニホルミスT5α−アミラーゼ1530 T A U/ g 893703: 2D5 野生型と同様に調製した突然変異株2820T A  U/ g Maxamyj70819 工業用サンプル 7090TAU/gITAU(熱 耐性α−アミラーゼ単位)は標準化した条件下で1分間にIgの澱粉をヨウ素と 反応後620nmで対照の色と同一の吸収を持つ産物に変換する酵素の量として 定義する。標準条件はpH6,6,30℃、反応時間20分である。対照の色は 100−蒸留水中25gcocj7t ・6H! O13,84g KtCrt Ol及び1mjH(1(IM)である。
1、低いpH(5,5及び5.25)での液化試験澱粉のスラリーの温度を11 0℃±0.5℃にできるだけ急速に上げ6分間この温度に保つ。
液化は連続的流路(5,4j!/n)中で行う。l 35J (液化1.5分) の3種のサンプルを液化45.60、及び75分後取り、95℃に2時間保つ。
この後、サンプル50rnlを1NHtsOa0.4−でpH3,5に調整し、 D、E、決定の前に酵素活性を止めるために10分間沸騰水に入れる。
サンプルの残りは残存酵素活性を測定するため冷却する。
スラリー組成: 3.3kgとうもろこしでん粉り、8.88%(2,904kg乾燥澱粉)。
3、45 f 井戸水(40T、H,)スラリーの乾燥物質は33%。
pHはIN硫酸または1NNaOHにより調整する。
酵素濃度: 4.4TAU/gr乾燥澱粉。
流速は試験の間2.3回確認する。
2、D、E、測定 液化澱粉の乾燥物質を屈折率測定計により確認する(約34%)。
D、E、は有名なレインエイノン法により決定する。結果は図15に示す。
3、残存酵素活性 液化澱粉中の残存アミラーゼ活性は、ブラベンダーアミログラフを用いて測定し た。
40g ジャガイモ澱粉 39〇−蒸留水50℃ 50rn! )リス緩衝液 0.05M pH6,505mM 30g/l C aC1t ・2Ht O粘度が安定したら(10分)温度を80℃に上げ(1, 5°/分)希釈した液化澱粉5J (7gを蒸留水で50艷にする)を加え、2 0分後粘度の減少を測定する。この減少は酵素活性と相関している。既知の酵素 濃度を用いた標準曲線によりT、A、U、で表される残存活性を推定することが できる。
変異体2D5はpH5,5以下及び110℃におLXで野生型酵素より顧著に高 い活性を示す。変異体2D5についてpH5,25iこお0て2−3DE単位の 上昇が得られる。
実施例11 変異体α−アミラーゼの繊維糊抜きの条件下での適用試験アルカリ性α−アミラ ーゼ変異株の工業的応用を試験するため次の溶液中で20℃での安定性に関して 試験を行う。
1、4% 過酸化水素(35%) 1、0−1.5% 苛性ソーダ(100%)15−201nl/j’ ケイ酸ナ トリウム(38Be)0、3−0.5% スルホン酸アルキルベンゼン(Lan aryl N。
A、−ICI) 0、5−1.0% 有機安定剤(Tinoclarite G)2.5時間イン キュベーション後、望ましい性質を有するために選んだ変異体α−アミラーゼに はいくらかの酵素活性が残存するはずである。
AATrCACCTCCAAAα頂AGCTGATAAACCCAT^csA貫 AMGCロη=7Tn和CCTn’1’igu=a 1 GCTA CACAI7rCTTCAA [I)’AACTACα;CTACA CTAG野αQCAGTAηテ■πATCCAGTCTA’rrAArrc’r recCGGGAAGCTAQAGTAACrA σn℃GCCAGTTAAT AGrl’rG3990 2CK)0 2010 2020 2030 204 0CGCAACσrxホTGcCATrGC’1TCA 0GCATCCrCt ]刀′CACGC’rC(iT’cCTITα汀ATOOCTTcATrCAG CTCCfl刀ゴ’CIcAACI:aATCAAGGCGA 渭AC^TCA 丁CCCCCATCrTC;TC;CAA` Pig、1 (COnt工nuea )7〒nmGTACTCAACCAAGm ATrCTCACAATAfflATccCGCCACCGTCTCCTrAT rrrrC′ITrACαTCTTTんυIAAGCCCCTAATATCCA CflAAACα刀で一χπ3430 3+440 3+J50 31160  3470 3480TATAGC’rACA”1TC−AGCAAσ■込口1ん μ丁ccc’reλAAAmACCATI:;CCAWG3490 3500  B510 3520 3530 354゜ATATATCAACαπ■汀ATA TCCA(mにコT丁−T口℃CATTrTAGCTrCCTTAGCTCCT GAAAATCTCCATAACTCAAAAAATACCCCCGGTAσ■ 漬TCTTATITCATTA−χTGAAA(rCOGTATCAACAGG GACACCAG GATITATrTATmTOCCAAσTCATCTTC CGTCACAGCrrATTTATTCCAAGAC(、IIAAGGGCA π:GCGCCCGGGGAATTCCC(iGGCjATCC切℃GACCT XI:` Fig−1(corXzinued )crc’rACAAACCCCTrAA MAC(iTTnTAMGGCrTT’rAAGCCQTπ口AC(TTCC: ’WAAGCAATrCACACrCCCCT’rG−r”TrAAGCTrA AGAπmユCGQAAπφmAAGTOTACrAAA130 140 15 0 160 i70 18゜GTACAATTAATCGGCAGCrrACA π=:−コπんにATCTTAτATAQAAGAAALJW’rGG:190  200 210 2io 230 240AAATOGAAATIT−AAA CAATrAACCAOCATACA(iTAAAATrπATAππ=ACG CAGATA250 260 270 2&0 290 300τTCAAGA TCGCGCTTTTcACAGAGAAGAAATTr口CTAτAACCG 丁CAGごDCAGτCAAGAAC°rrrrCTGGGAAGTCATGG ATCAA cT7cATCAACAACAGCAATTCCAGごr口ccc cGGGGA丁Fir*ra 2 Fiq+2 (continuad) Fig、2 (continuad) 10 20 30 40 50 6O Nα−シCcTcCAAAαシ、AGσrCATAAACαaTAcAAπAA AGα:℃σ買T直ズaccc’TrFigureコ CTCA(TrCWAGσr’COT1’CGCTCCAAGCTGαcππ口 ℃CACCAACCCCCCσn℃AGF’iq、コ(continued) m℃TQTGA cTcG’t’cA CrACTCAACCAAC;了CA’ nTrCiAGAA丁AC丁crATCccceaAcccP′工q、コt:c ntinuad) 3370 3380 3390 3400 3410 3々2゜TC’rCCT rATn’TTCT!TACCcr′CrrrAAAAACCCCσ丁AA丁A TCCAC,σ丁AAAC[:aTCτcc■ Fig、コ(continuedl Fig、: 1con−二nuadl Fig、3 (continuad) pigure 6 EC口R工 CAATTCCAGCTCGAGCTrACTCCCCATCCCCCrG”n ”GACAATrAATCATCGGCrCGTATABamH工 PVTKA AN −−−−−−>アミラーゼ Figure 8 Figure 1コ Figure 14 国際調査報告 m−−a=−−−+ ^*−田−−s−,PCT/EP 90101042国際 調査報告

Claims (21)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.野生型α−アミラーゼと少なくとも1個のアミノ酸が異なるアミノ酸配列を 持ち、さらにでん粉の分解、及び/あるいは繊維の糊抜への応用においてそのア ミノ酸置換により性質が向上したことを特徴とする、α−アミラーゼをコードす るDNA配列に変異をおこしたDNAの発現産物であ変異体α−アミラーゼ。
  2. 2.高い熱安定性を示すことを特徴とする請求の範囲第1項記載のα−アミラー ゼ。
  3. 3.pH6.5以下かつ/あるいは7.5以上で高い安定性を示すことを特徴と する、請求の範囲第一項記載のα−アミラーゼ。
  4. 4.高い熱安定性及び酸安定性を示すことを特徴とする、請求の範囲第12項記 載のα−アミラーゼ。
  5. 5.変異体酵素を構築する元にした遺伝子が微生物;好ましくは枯草菌から得ら れる請求の範囲第1項から第4項のいずれか1項に記載のα−アミラーゼ。
  6. 6.該遺伝子がバチルスステアロテルモフィルス、バチルスリケニホルミス、バ チラスアミロリクエファシエンスからなる群まから選択した株の野生型遺伝子を 元に構築した該遺伝子による請求の範囲第5項記載のα−アミラーゼ。
  7. 7.バチラスリケニホルミスから得られる野生型α−アミラーゼと111、13 3、149番目のうちの1つ以上、あるいは相同のα−アミラーゼの相当する位 置において1個のアミノ酸置換により異なることを特徴とする請求の範囲第6項 記載のα−アミラーゼ。
  8. 8.次のアミノ配置換、すなわちAla−111−Thr,His−133−T yr,Thr−149−Ileの1つ以上を含むことを特徴とする、請求の範囲 第7項記載のα−アミラーゼ。
  9. 9.請求の範囲第1項から第8項中の1つに定義されたα−アミラーゼをコード する変異体遺伝子
  10. 10.請求の範囲第9項記載の変異体遺伝子を含む発現ベクター。
  11. 11.請求の範囲第10項記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  12. 12.請求の範囲第10項記載の発現ベクターにより形質転換されることを特徴 とし、形質転換に先立ち、細胞外澱粉分解酵素を産生する能力が実質上ない宿主 細胞。
  13. 13.バチルスリケニホルミスT9を表した請求の範囲第12項記載の宿主細胞 。
  14. 14.構造遺伝子から調節配列を物理的に分離することにより大腸菌内でクロー ン化した遺伝子の発現を不可能にし、また枯草菌中でクローン化した遺伝子の発 現を1種の制限酵素による消化及びその後の再環状化により回復することのでき る枯草菌/大鵬菌シャトルベクター。
  15. 15.澱粉分解または繊維糊抜きへの応用に際し向上した性質をもつ澱粉分解酵 素を調製する方法であって以下の工程;澱粉分解酵素をコードするクローン化し た遺伝子あるいはその遺伝子断片に突然変異をおこす工程;得られた変異体アミ ラーゼ遺伝子あるいは遺伝子群を単離する工程;該変異体アミラーゼ遺伝子(群 )を発現する工程;産生に適当な宿主細胞株に導入する工程;及び産生した変異 体アミラーゼを回収し澱粉分解あるいは繊維糊抜きへの応用において向上した性 質をもつ変異体アミラーゼを同定する工程を含む方法。
  16. 16.変異体α−アミラーゼを産生する方法であって、請求の範囲第11項から 第13項のうちの1つに記載の宿主細胞を適当な培地中で培養する工程、及び産 生されたα−アミラーゼを回収する工程を含む方法。
  17. 17.澱粉分解及び繊維糊抜きでの請求の範囲第1項から第8項記載のα−アミ ラーゼの利用。
  18. 18.請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼの利用を含む澱粉分解の方法。
  19. 19.請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼの利用を含む繊維糊抜き方法。
  20. 20.請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼを含む澱粉分解用組成物。
  21. 21.請求の範囲第1項から第8項のうちの1つに記載した変異体α−アミラー ゼを含む繊維糊抜き用組成物。
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