JP6517431B2 - 細菌株を含む組成物 - Google Patents

Description

この発明は、哺乳動物の消化管から単離された細菌株を含む組成物、及び疾患の治療におけるかかる組成物の使用の分野にある。

ヒトの腸は、子宮内では無菌と考えられているが、出生直後に様々な母体及び環境微生物に曝される。その後、微生物の定着及び遷移の動的期間が生じ、これは、分娩様式、環境、食事及び宿主遺伝子型などの因子によって影響され、これらの因子の全てが、特に若年期において、腸内微生物叢の組成に影響を及ぼす。その後、微生物叢は安定して成人様になる［１］。ヒト腸内微生物叢は、２つの主要な細菌分類（門）：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ；が存在度レベルにおいて多数派を占める１５００を超える種々のファイロタイプを含有する［２］。ヒト腸の細菌定着から生じる成功裏の共生関係は、広範な代謝的、構造的、保護的及び他の有益な機能を生じさせてきた。定着した腸の代謝活性の向上は、さもなければ難消化性の食事成分が副生成物の放出と共に分解されて宿主に重要な栄養源及びさらなる健康効果をもたらすということを確実にする。同様に、腸内微生物叢の免疫学的重要性は、よく認識されており、共生細菌の導入後に機能的に再構成される損なわれた免疫系を有する無菌動物において実証されている［３〜５］。

微生物叢組成の劇的な変化は、胃腸障害、例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）において記録されてきた。例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａ細菌のレベルは、ＩＢＤ対象において低減されているが、Ｅ．Ｃｏｌｉの数は増加しており、腸内の共生生物と病原性共生生物とのバランスのシフトを示唆している［６〜９、１８］。

ある特定の細菌株が動物の腸において有し得る潜在的なプラス効果の認識において、種々の株が、種々の疾患の治療における使用のために提案されてきた（例えば、［１０〜１３］を参照されたい）。大部分のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ株を含めた多くの株が、種々の腸障害を治療する際の使用のために提案されてきた（レビューには［１４］を参照されたい、また［１５］を参照されたい）。また、参照文献［１６］は、消化生態系の微生物バランスを調節する際の使用のためのＢｌａｕｔｉａ属の株の使用を提案している。参照文献１６の文脈において、調節とは、酢酸生成細菌叢の活性を促進してメタン生成及び硫黄還元細菌を損失させることを指す。この文献は、そのため、酢酸生成細菌の増加のみを教示している。多数の分類群に属する種の多様性に関しては考察されていない。参照文献［１７］は、移植片対宿主病（ＧＶＤＨ）を罹っている患者において生存を改善するためのＢｌａｕｔｉａの使用を考察している。該文献は、細菌多様性の増加がＧＶＤＨ関連死亡率の低減に関連し、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌の量の増加がＧＶＤＨの低減に関連したことに言及している。しかし、患者へのＢｌａｕｔｉａの投与が、微生物叢多様性の増加をもたらし、及び／または対象における微生物叢の安定性を誘導することは示唆されていない。

種々の細菌株と種々の疾患との間の関係、ならびに、特定の細菌株の、腸に対する、全身レベルでの、及びいずれか特定のタイプの疾患に対しての正確な効果は、あまり特徴付けられておらず、また、今日までの結果は、変動する可能性があり、回答を与えるよりも問題を提起している［１８］。

微生物叢変化と関連がある多くのヒトの疾患の特徴が、微生物叢多様性の損失である。健常な対象における典型的な集合体の微生物叢と比較して単に微生物叢組成が変化したものであるいわゆる腸内毒素症とは違って、微生物叢多様性の損失は、１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンス法によって典型的には求められる、サンプルにおける配列を基にした細菌分類または操作的分類単位（ＯＴＵ）の数の測定可能な低減によって定量化されてよい。多様性の損失はまた、シャノン多様性指数またはＣｈａｏ指数の低減によっても測定される。微生物叢多様性の低減は、肥満、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、２型糖尿病及びより虚弱な高齢者の最近の研究において報告されている［２０］。健常な微生物叢の復元は、腸内の細菌が定着に抵抗するほど困難であり得る。このことは、微生物叢の多様性を増加させることによって不健康な対象の微生物叢を治療しようとするときに難題をもたらす［１９］。付随する微生物代謝機能損失は、これらの病態生理の症状の一因であるとされる。微生物叢が安定している健常な成人とは対照的に、不健康な対象、例えばＩＢＤ、ＩＢＳに罹患している対象、及び虚弱な高齢対象の微生物叢は、不安定である［１８、２０］。

腸細菌を使用した新規の治療を開発することができるように特徴付けられる腸細菌の潜在的効果が必要とされている。

［１０］ＷＯ２０１３／０５０７９２ ［１１］ＷＯ０３／０４６５８０ ［１２］ＷＯ２０１３／００８０３９ ［１３］ＷＯ２０１４／１６７３３８ ［１６］ＷＯ０１／８５１８７ ［１７］ＷＯ２０１６／０８６１６１

［１］Ｓｐｏｒ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．９（４）：２７９−９０． ［２］Ｔａｐ ｅｔ ａｌ．（２００９），Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ，１１（１０）：２５７４−８４． ［３］Ｍａｃｐｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ．３（１２）：１０２１−３５ ［４］Ｍａｃｐｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００２） Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．５９（１２）：２０８８−９６． ［５］Ｍａｚｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｃｅｌｌ １５；１２２（１）：１０７−１８． ［６］Ｆｒａｎｋ ｅｔ ａｌ．（２００７） ＰＮＡＳ １０４（３４）：１３７８０−５． ［７］Ｓｃａｎｌａｎ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４４（１１）：３９８０−８． ［８］Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１０） Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ．１６（１２）：２０３４−４２． ［９］Ｍａｃｈｉｅｌｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｇｕｔ．６３（８）：１２７５−８３． ［１４］Ｌｅｅ ａｎｄ Ｌｅｅ（２０１４） Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２０（２７）：８８８６−８８９７． ［１５］Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．（２０１６） Ｊｏｕｒｎａｌ Ｄａｉｒｙ Ｓｃｉ．９９：６９１３−６９２１ ［１８］ＹＱ ｅｔ ａｌ．（２０１６），Ｊ．Ｄｉｇ．Ｄｉｓ．，"Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｉｎ ＩＢＤ − Ｍｏｒｅ Ｑｕｅｓｔｉｏｎｓ ｔｏ Ｂｅ Ａｎｓｗｅｒｅｄ"，Ｏｃｔ １５，１７５１−２９８０，１２４２２，Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ． ［１９］Ｌｏｚｕｐｏｎｅ（２０１２）．Ｎａｔｕｒｅ．２０１２ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ １３； ４８９（７４１５）：２２０−２３０ ［２０］Ｃｌａｅｓｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．（２０１２） Ｎａｔｕｒｅ，４８８，１７８−１８４．

本発明者らは、対象における腸内微生物叢の多様性を増加または維持することにより疾患及び障害を治療及び予防するための新規の治療を開発した。特に、本発明者らは、Ｂｌａｕｔｉａ属由来の細菌株が対象の遠位腸における種々のタイプの細菌の数及び／または均一性を増加または維持するのに有効であり得るということを確認した。実施例において記載されているように、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含む組成物の経口投与は、排せつ物において微生物叢多様性を増加させる。この多様性の増加は、健常対象及びＩＢＳ対象において見られた。しかし、プラセボを与えられたＩＢＳ対象は、研究の過程において微生物叢多様性が統計的に有意に低減した。さらに、実施例は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含むがプラセボを含まない組成物による治療が、研究の過程を通してＩＢＳ対象における微生物叢の安定性を増加させたことを示している。Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含む組成物が与えられた対象における微生物叢の安定性は、健常な対照対象のものに匹敵した。

そのため、第１実施形態において、本発明は、微生物叢多様性を増加または維持する方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。同様に、対象における微生物叢多様性を増加または維持する方法であって、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株の使用を含む、上記方法も提供する。

用語「微生物叢多様性を増加または維持する」は、対象の微生物叢において、異なるタイプの細菌の数及び／または異なるタイプの細菌の均一性を増加または維持することを意味するのに本明細書において使用される。いくつかの実施形態において、微生物叢多様性が増加する。いくつかの実施形態において、微生物叢における異なる細菌属の数が増加する。いくつかの実施形態において、微生物叢における異なる細菌種の数が増加する。いくつかの実施形態において、微生物叢における異なる細菌株の数が増加する。いくつかの実施形態において、微生物叢多様性が維持される。いくつかの実施形態において、微生物叢における異なる細菌属の数が維持される。いくつかの実施形態において、微生物叢における異なる細菌種の数が維持される。いくつかの実施形態において、微生物叢における異なる細菌株の数が維持される。いくつかの実施形態において、微生物叢における属、種及び株の数が増加または維持される。

微生物叢多様性の増加は、非酢酸生成細菌のためのものであってよく、また、酢酸生成細菌及び非酢酸生成細菌の両方のためのものであってよい。かかる細菌は、当該分野において周知である。端的には、酢酸生成細菌は、嫌気呼吸または発酵の最終産物として酢酸塩を産生する。

いくつかの実施形態において、微生物叢多様性の損失、増加または維持は、１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンス法によって典型的には求められる、サンプルにおける配列を基にした細菌分類または操作的分類単位（ＯＴＵ）の数の測定可能な低減、増加または維持それぞれによって定量化されてよい。いくつかの実施形態において、多様性の損失は、シャノン多様性指数またはＣｈａｏ指数の低減によって測定されてよい。逆に、いくつかの実施形態において、多様性の増加は、シャノン多様性指数またはＣｈａｏ指数の増加によって測定されてよい。同様に、いくつかの実施形態において、多様性の維持は、シャノン多様性指数またはＣｈａｏ指数における同じ結果によって測定されてよい。

いくつかの実施形態において、異なるタイプの細菌の均一性が増加する。いくつかの実施形態において、微生物叢における異なるタイプの細菌の相対存在度は、本発明の組成物による治療または予防の後に、より均一になる。

本発明者らはまた、腸内微生物叢の安定性を誘導することによって疾患及び障害を治療及び予防するための新規の治療も開発した。特に、本発明者らは、Ｂｌａｕｔｉａ属由来の細菌株が腸内微生物叢の安定性を誘導することを確認した。「安定性を誘導する」は、微生物叢多様性が依然として安定であり、また微生物叢における異なる属の相対数も依然として安定であることを意味する。これは、ＩＢＳ及びＩＢＤを含む複数の疾患及び障害が微生物叢の安定性の低減によって特徴付けられるために、重要である。実施例において記載されているように、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含む組成物の経口投与は、排せつ物における微生物叢の安定性を誘導する。そのため、さらなる実施形態において、本発明は、対象における微生物叢の安定性を誘導する方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。同様に、対象における微生物叢の安定性を誘導する方法であって、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株の使用を含む、上記方法も提供する。

いくつかの実施形態において、対象の微生物叢における異なる細菌種の相対数は、例えば、微生物叢の多様性の低減によって特徴付けられる疾患または障害を有すると診断された対象において、本発明の組成物による治療または予防の後に、より安定になる。いくつかの実施形態において、対象の微生物叢における異なる細菌属の相対数は、例えば、微生物叢の多様性の低減によって特徴付けられる疾患または障害を有すると診断された対象において、本発明の組成物による治療または予防の後に、より安定になる。対象の微生物叢の安定性は、対象からの微生物叢を２つの異なる時点で比較することによって評価され得る。微生物叢に差があるとき、これは、疾患または障害が存在していることを示し得る。いくつかの実施形態において、２つの異なる時点は、少なくとも３日の差（例えば、少なくとも１週、２週、１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１年、２年の差）がある。いくつかの実施形態において、２つの異なる時点は、３〜７日の差、１〜２週の差、２〜４週の差、４〜８週の差、８〜２４週の差、２４〜４０週の差、４０〜５２週の差または５２週超の差がある。いくつかの実施形態において、２を超える異なる時点、例えば、３、４、５または５を超える時点が使用される。好適な間隔は、例えば、上記のように種々の時点間で選ばれる。

本発明の全ての態様の好ましい実施形態において、細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのものであり、好ましくは、受託番号ＤＳＭ １０５０７／１４２９４で寄託されている細菌である。

いくつかの実施形態において、微生物叢多様性及び／または微生物叢の安定性は、対象における排せつ物における微生物叢多様性及び／または安定性を称する。いくつかの実施形態において、微生物叢多様性及び／または微生物叢の安定性は、対象からの排せつ物サンプルにおける微生物叢多様性及び／または安定性を称する。いくつかの実施形態において、微生物叢多様性及び／または微生物叢の安定性は、対象の遠位腸における微生物叢多様性及び／または安定性を称する。いくつかの実施形態において、微生物叢多様性及び／または微生物叢の安定性は、対象の胃腸管における微生物叢多様性及び／または安定性を称する。いくつかの実施形態において、微生物叢多様性及び／または微生物叢の安定性は、盲腸における微生物叢多様性及び／または安定性を称する。いくつかの実施形態において、微生物叢多様性及び／または微生物叢の安定性は、結腸における微生物叢多様性及び／または安定性を称する。

いくつかの実施形態において、本発明は、健常な対象の微生物叢多様性と比較して低減した微生物叢多様性レベルに関連する疾患または障害を治療または予防する方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明の組成物を使用する治療または予防は、結果として、健常な個体において存在するレベルまで微生物叢多様性を増加させる。いくつかの実施形態において、本発明の組成物を使用する治療または予防は、結果として、いくつかの健常な個体において存在するよりも高いレベルまで微生物叢多様性を増加させる。いくつかの実施形態において、健常な個体は、対象と同様／同じ年齢及び／または対象と同様／同じ人種である。同様に、本発明はまた、健常な対象の微生物叢多様性と比較して低減した微生物叢多様性レベルに関連する疾患または障害を治療または予防する方法であって、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を投与することを含む、上記方法も提供する。微生物叢多様性のレベルの低減に関連する疾患または障害の例として、限定されないが：ＩＢＳ、ＩＢＤ［２１］、肥満［２２］、２型糖尿病、感染性疾患、アレルギー性疾患、自己免疫疾患及び代謝疾患／障害が挙げられる。これらの疾患及び障害の治療または予防は、本発明に包含される。いくつかの実施形態において、疾患または障害はＩＢＳである。

いくつかの実施形態において、対象は、健常な乳児または小児と比較して、それぞれ、微生物叢多様性が低減した乳児または小児である。後年にアレルギー性疾患を発症するいくらかの小児は、生後１週間の乳児のように糞便微生物叢の多様性が低減していることが観察された［２３］。そのため、いくつかの実施形態において、乳児は、生後１週間未満、生後２週間未満、生後１ヶ月間未満、生後２ヶ月間未満または生後４ヶ月間未満である。いくつかの実施形態において、対象は、普通分娩を介して出産されていない乳児である。例えば、いくつかの実施形態において、対象は、帝王切開によって出産された乳児である。微生物叢多様性の低減は、虚弱な高齢対象においても報告されている。そのため、いくつかの実施形態において、対象は、高齢対象、例えば、虚弱な高齢対象である。いくつかの実施形態において、対象は、年齢６５歳以上（例えば、７０歳以上、７５歳以上、８０歳以上、８５歳以上または９０歳以上）である［２０］。

単一のヒト個体は、その微生物叢においておよそ１０１の異なる細菌種及び１９５の異なる株を有すると推定されている［２４］。したがって、いくつかの実施形態において、組成物は、その微生物叢において１０１未満の異なる細菌種（例えば、１００、９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８５、８０、７５もしくは７０未満の細菌種）及び／または１９５未満の異なる株（例えば、１９４、１９３、１９２、１９１、１９０、１８９、１８８、１８７、１８６、１８５、１８３、１８０、１７５、１７０、１６５、１６０、１５０、１４０未満の細菌株）を有する対象を治療する際の使用のためのものである。いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、８０超の細菌種（例えば、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９もしくは１００超の細菌種）または１０１の細菌種まで微生物叢多様性を増加させる。例えば、いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、９０超の細菌種まで微生物叢多様性を増加させる。例えば、いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、９５超の細菌種まで微生物叢多様性を増加させる。例えば、いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、９７超の細菌種まで微生物叢多様性を増加させる。例えば、いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、９９超の細菌種まで微生物叢多様性を増加させる。いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、１６０超の細菌株（例えば、１６５、１７０、１８５、１８６、１８７、１８８、１８９、１９０、１９１、１９２、１９３もしくは１９４超の細菌種）または１９５超の細菌株まで微生物叢多様性を増加させる。例えば、いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、１７５超の細菌株まで微生物叢多様性を増加させる。例えば、いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、１８５超の細菌株まで微生物叢多様性を増加させる。例えば、いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、１９０超の細菌株まで微生物叢多様性を増加させる。

いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、少なくとも１の細菌属（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０の細菌属）だけ微生物叢多様性を増加させる。いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、少なくとも１の細菌種だけ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、１７または２０の細菌種だけ）微生物叢多様性を増加させる。いくつかの実施形態において、治療または予防は、結果として、少なくとも１の細菌株だけ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、１７、２０または２５の細菌株だけ）微生物叢多様性を増加させる。

いくつかの実施形態において、本発明は、健常な対象における微生物叢の安定性と比較して（または健常な対象の集団と比較して）微生物叢の安定性が低減していることに関連する疾患または障害を治療または予防する方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。「微生物叢の安定性が低減していること」は、微生物叢多様性が、健常な対象においてまたは健常な対象の集団において観察される安定性と同じぐらいには安定ではなく、また、微生物叢における異なる属の相対数が、該安定性と同じぐらいには安定でないことを意味している。いくつかの実施形態において、微生物叢の安定性の誘導は、健常な対象において、または健常な対象の集団において存在するのと同様のレベルまで誘導される安定性を結果として生じる。いくつかの実施形態において、微生物叢の安定性の誘導は、健常な対象において、または健常な対象の集団において存在するものと同じレベルまで誘導される安定性を結果として生じる。同様に、本発明は、微生物叢の安定性が低減していることに関連する疾患または障害を治療または予防する方法であって、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を投与することを含む、上記方法を提供する。例えば、いくつかの疾患または障害の病因は、微生物叢の安定性が低減していることによって特徴付けられる。かかる疾患及び障害の例は、ＩＢＳ、ＩＢＤ、糖尿病（例えば、２型糖尿病）、アレルギー性疾患、自己免疫疾患及び代謝疾患／障害である。したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、微生物叢の安定性が低減していることに関連する疾患または障害を治療または予防する方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物であって、治療または予防が、微生物叢の安定性を誘導することを含む、上記組成物を提供する。いくつかの実施形態において、疾患または障害は、ＩＢＳ、ＩＢＤ、糖尿病（例えば、２型糖尿病）、アレルギー性疾患、自己免疫疾患及び代謝疾患／障害から選択される。いくつかの実施形態において、疾患または障害は、ＩＢＳまたはＩＢＤである。いくつかの実施形態において、疾患または障害は、ＩＢＳである。したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、ＩＢＳまたはＩＢＤを治療または予防する方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物であって、治療または予防が、微生物叢の安定性を誘導することを含む、上記組成物を提供する。

いくつかの実施形態において、本発明は、健常な対象の微生物叢多様性と比較して低減した微生物叢多様性レベルに関連する疾患または障害を治療または予防する方法であって、対象を微生物叢多様性のレベルが低減していると診断することを含み、また、多様性のレベルの低減が存在していることが認められたときには、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む、上記方法を提供する。

いくつかの実施形態において、本発明は、健常な対象における微生物叢の安定性と比較して微生物叢の安定性が低減していることに関連する疾患または障害を治療または予防する方法であって、対象を微生物叢の安定性が低減していると診断することを含み、安定性の低減が存在していることが認められたときには、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む、上記方法を提供する。

本発明の好ましい実施形態において、組成物における細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのものである。近縁の株、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株が使用されてもよい。好ましくは、細菌株は、配列番号５と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、細菌株は、配列番号５の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。最も好ましくは、組成物における細菌株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株である。

本発明のさらなる実施形態において、組成物における細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓのものである。近縁の株、例えばＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株が使用されてもよい。好ましくは、細菌株は、配列番号１または３と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号３に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号３によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

本発明のさらなる実施形態において、組成物における細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅのものである。近縁の株、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株が使用されてもよい。好ましくは、細菌株は、配列番号２または４と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号４に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号４によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、経口投与用である。本発明の株の経口投与は、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導することに有効であり得る。また、経口投与は、対象及び施術者にとって便利であり、腸への送達及び／または腸への部分もしくは全体定着を可能にする。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、１または複数の薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含む。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、凍結乾燥されている細菌株を含む。凍結乾燥は、細菌の送達を可能にする安定な組成物を調製するのに有効かつ便利な技術であり、実施例において有効な組成物を提供することが示されている。

ある特定の実施形態において、本発明は、上記に記載されている組成物を含む食品を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、上記に記載されている組成物を含むワクチン組成物を提供する。

さらに、本発明は、微生物叢多様性を増加させ及び／または微生物叢の安定性を誘導し、これにより、微生物叢多様性の低減及び／または微生物叢の安定性の低減に関連する疾患または障害を治療または予防する方法であって、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を投与することを含む上記方法を提供する。

健常及びＩＢＳ患者における微生物叢の比較を示す。 ＢｌａｕｔｉＸまたはプラセボによる治療後の健常及びＩＢＳ患者についての１６日目と１日目との間の微生物叢多様性の比較を示す。 Ａ）Ｂｌａｕｔｉｘ治療後の研究の１日目、１６日目及び最後における健常な患者での微生物叢の相互接続性、Ｂ）Ｂｌａｕｔｉｘ治療後の研究の１日目、１６日目及び最後におけるＩＢＳ患者での微生物叢の相互接続性を示す。図３Ａにおいて表されている健常な個体についての研究の１日目、１６日目及び最後で見られる相互接続性の結果も図３Ａ１、３Ａ２及び３Ａ３にそれぞれ示す。図３Ｂにおいて表されているＩＢＳ患者についての研究の１日目、１６日目及び最後で見られる相互接続性の結果も図３Ｂ１、３Ｂ２及び３Ｂ３にそれぞれ示す。 ＢｌａｕｔｉＸまたはプラセボによる治療後の健常及びＩＢＳ患者における、Ａ）１６日目及び１日目、Ｂ）研究の最後及び１日目ならびにＣ）研究の最後及び１６日目の微生物叢プロファイルの不安定性の比較を示す。 ＢｌａｕｔｉＸ治療後の健常及びＩＢＳ患者についての異なる時点での微生物叢多様性の比較を示す。 Ａ）Ｂｌａｕｔｉｘ治療後の研究の１日目、１６日目及び最後における健常な患者での相互排除ネットワーク、Ｂ）Ｂｌａｕｔｉｘ治療後の研究の１日目、１６日目及び最後におけるＩＢＳ患者での相互排除ネットワークを示す。図６Ａにおいて表されている健常な個体についての研究の１日目、１６日目及び最後で見られる相互排除結果も図６Ａ１、６Ａ２及び６Ａ３にそれぞれ示す。図６Ｂにおいて表されているＩＢＳ患者についての研究の１日目、１６日目及び最後で見られる相互排除結果も図６Ｂ１、６Ｂ２及び６Ｂ３にそれぞれ示す。 微生物叢の階層的クラスタリングを示す。 Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度に基づくＢｌａｕｔｉｘ治療前（１４日目）及び後（３２日目）の微生物叢プロファイルの比較を示す。 （Ａ）Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度に基づく、ＰＣｏＡを使用した−１４日目の異なる群の微生物叢プロファイルの視覚化を示す。（Ｂ）Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度に基づく、ＰＣｏＡを使用した１４日目の該群の微生物叢プロファイルの視覚化を示す。（Ｃ）Ｂｌａｕｔｉｘ群についての微生物叢プロファイルの有意差（ｐ値＝０．００２）が、時点全体にわたって確認された。 Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度に基づく、研究時点（−１４日目、−１日目、３４日目）におけるＢｌａｕｔｉｘ治療の微生物叢プロファイルの比較を示す。

細菌株
本発明の組成物は、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む。実施例は、この属の細菌が、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導するのに有用であることを実証している。好ましい細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ及びＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ種のものである。最も好ましくは、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、特に、受託番号ＤＳＭ １０５０７／１４２９４で寄託されている細菌である。

本発明で使用されるＢｌａｕｔｉａ株の例として、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂ．ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、Ｂ．ｆａｅｃｉｓ、Ｂ．ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ、Ｂ．ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ、Ｂ．ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｂ．ｌｕｔｉ、Ｂ．ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂ．ｓｃｈｉｎｋｉｉ及びＢ．ｗｅｘｌｅｒａｅが挙げられる。Ｂｌａｕｔｉａ種は、球形または楕円形のいずれであってもよいグラム反応陽性の非運動性細菌であり、全てが、グルコース発酵の主な最終産物として酢酸を産生する偏性嫌気性菌である［２５］。Ｂｌａｕｔｉａは、ヒト腸から単離されてよいが、Ｂ．ｐｒｏｄｕｃｔａは、敗血症サンプルから単離されたものである。

Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓとしてこれまでに知られている）は、哺乳動物の腸から単離されており、偏性嫌気性であり、また、Ｈ_２／ＣＯ_２を、ヒトの栄養及び健康に重要であり得る酢酸塩に代謝する。Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのタイプの株は、Ｓ５ａ３３＝ＤＳＭ１０５０７＝ＪＣＭ１４６５６である。Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株Ｓ５ａ３６の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、Ｘ９５６２４．１である（配列番号５として本明細書に開示されている）。この例示的なＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株は、［２５］及び［２６］に記載されている。Ｓ５ａ３３株及びＳ５ａ３６株は、健常な対象の糞便サンプルから単離した酢酸生成株の２つのサブクローンに相当する。これらは、同一の形態、生理機能及び代謝を示し、同一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有している。そのため、いくつかの実施形態において、本発明で使用されるＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａは、配列番号５の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

受託番号ＤＳＭ１０５０７で、また、受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ細菌を実施例において試験した。該細菌は、本明細書において株ＢＨとも称される。株ＢＨを、２００１年５月１０日に受託番号ＤＳＭ１０５０７で「Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ」として、また、受託番号ＤＳＭ１４２９４でもＤｅｕｔｓｃｈｅ Ｓａｍｍｌｕｎｇ ｖｏｎ Ｍｉｋｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｅｎ［Ｇｅｒｍａｎ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ］（Ｍａｓｃｈｅｒｏｄｅｒ Ｗｅｇ １ｂ，３８１２４ Ｂｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）に寄託した。寄託者は、ＩＮＲＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｉｒｅ ｄｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｅ ＣＲ ｄｅ Ｃｌｅｒｍｏｎｔ−Ｆｅｒｒａｎｄ／Ｔｈｅｉｘ ６３１２２ Ｓａｉｎｔ Ｇｅｎｅｓ Ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅ，Ｆｒａｎｃｅである。ＤＳＭ１０５０７及びＤＳＭ１４２９４として寄託されている細菌の所有権は、４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｐｌｃに譲渡された。

Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株ＧＡＭ６−１^Ｔの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号はＨＭ６２６１７７である（本明細書において配列番号１と開示されている）。例示的なＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株は、［２７］に記載されている。Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅのタイプの株は、ＷＡＬ１４５０７＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ−１５６４＝ＤＳＭ１９８５０である［２５］。Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株ＷＡＬ１４５０７Ｔの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号はＥＦ０３６４６７である（本明細書において配列番号２と開示されている）。この例示的なＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株は、［２５］に記載されている。

好ましいＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株は、本明細書において株８３０とも称されている、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１で寄託されている株である。８３０株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３において付与されている。株８３０を、「Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ８３０」として２０１５年３月１２日にＧＴ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって国際寄託当局ＮＣＩＭＢ，Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託し、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１が割り当てられた。ＧＴ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ Ｌｔｄ．は、その後、その名称を４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｉｍｉｔｅｄに変更した。

好ましいＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株は、本明細書において株ＭＲＸ００８とも称されている、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている株である。ＭＲＸ００８株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号４において付与されている。株ＭＲＸ００８を、「Ｂｌａｕｔｉａ／Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ」として２０１５年１１月１６日に４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって国際寄託当局ＮＣＩＭＢ、Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託し、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６が割り当てられた。

実施例において試験されている株と近縁の細菌株もまた、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導するのに有効であると期待される。ある特定の実施形態において、本発明において使用される細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号５と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明における使用のための細菌株は、配列番号５の配列を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

ある特定の実施形態において、本発明において使用される細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号１または配列番号３と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号３に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号３によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態において、本発明において使用される細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号２または配列番号４と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号４に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号４によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌のバイオタイプである、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１及びＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプである細菌株もまた、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導するのに効果的であることが期待されている。バイオタイプは、同じまたは非常に類似する生理的及び生化学的特徴を有する近縁の株である。

受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプであり、本発明での使用に好適である株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌の他のヌクレオチド配列をシークエンスすることによって同定されてよい。例えば、実質的に全ゲノムがシークエンスされてよく、本発明で使用するバイオタイプ株は、その全ゲノムの少なくとも８０％にわたって（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％もしくは９９％にわたって、またはその全ゲノムにわたって）少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有していてよい。例えば、いくつかの実施形態において、バイオタイプ株は、そのゲノムの少なくとも９８％にわたって少なくとも９８％の配列同一性、またはそのゲノムの９９％にわたって少なくとも９９％の配列同一性を有する。バイオタイプ株を同定するのに使用される他の好適な配列は、ｈｓｐ６０または反復配列、例えば、ＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）_５、もしくはＲＥＰまたは［２８］を含んでいてよい。バイオタイプ株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌の対応する配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有していてよい。いくつかの実施形態において、バイオタイプ株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株の対応する配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有しており、配列番号５と少なくとも９９％同一の（例えば、少なくとも９９．５％または少なくとも９９．９％同一の）１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態において、バイオタイプ株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株の対応する配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し、配列番号５の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

代替的には、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプでありかつ本発明での使用に好適である株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４の寄託物、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１の寄託物、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６の寄託物、ならびに制限断片分析及び／またはＰＣＲ分析を使用することによって、例えば、蛍光増幅断片長多型分析（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡ要素（ｒｅｐ）−ＰＣＲ指紋検査、またはタンパク質プロファイリング、または部分１６Ｓもしくは２３ｓ ｒＤＮＡシークエンシングを使用することによって同定されてよい。好ましい実施形態において、かかる技術は、他のＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓまたはＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株を同定するのに使用されてよい。

ある特定の実施形態において、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプでありかつ本発明での使用に好適である株は、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析されるとき、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素（例示的な方法及びガイダンスについては、例えば［２９］を参照されたい）を使用するとき、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌と同じパターンを付与する株である。代替的には、バイオタイプ株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として同定される。

本発明の組成物及び方法において有用である他のＢｌａｕｔｉａ株、例えば、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプは、実施例において記載されているアッセイを含め、いずれの適切な方法またはストラテジーを使用して同定されてもよい。例えば、本発明で使用される株は、細菌を培養してラットに投与し、膨張アッセイにおいて試験することによって同定されてよい。特に、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌と同様の成長パターン、代謝型及び／または表面抗原を有する細菌株は、本発明において有用であり得る。有用な株は、ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６株に匹敵する微生物叢調節活性を有する。特に、バイオタイプ株は、実施例において示されている効果に匹敵する、微生物叢に対する効果を引き出し、これは、実施例において記載されている培養及び投与プロトコルを使用することによって同定されてよい。

本発明の特に好ましい株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株である。これは、実施例において試験されて、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導するのに効果的であることが示される例示的なＢＨ株である。そのため、本発明は、特に、本明細書に記載されている疾患及び障害の治療に使用される、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株またはその誘導体の細胞、例えば単離細胞を提供する。

受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている株の誘導体は、娘株（子孫）、またはオリジナルから培養された（サブクローニングされた）株であってよい。本発明の株の誘導体は、生物活性を取り除くことなく、例えば、遺伝子レベルで修飾されてよい。特に、本発明の誘導体株は、治療的に活性である。誘導体株は、オリジナルのＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６株と匹敵する微生物叢調節活性を有する。特に、誘導体株は、実施例において示されている効果と匹敵する、微生物叢に対しての効果を引き出し、これは、実施例において記載されている培養及び投与プロトコルを使用することによって同定されてよい。ＤＳＭ１０５０７／１４２９４株の誘導体は、概して、ＤＳＭ１０５０７／１４２９４株のバイオタイプである。ＮＣＩＭＢ４２３８１株の誘導体は、概して、ＮＣＩＭＢ４２３８１株のバイオタイプである。ＮＣＩＭＢ４２４８６株の誘導体は、概して、ＮＣＩＭＢ４２４８６株のバイオタイプである。

受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株の細胞への言及は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている株と同じ安全及び治療効能特性を有するいずれの細胞も包含し、かかる細胞は本発明によって包含される。受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株の細胞への言及は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１で寄託されている株と同じ安全及び治療効能特性を有するいずれの細胞も包含し、かかる細胞は本発明によって包含される。受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株の細胞への言及は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている株と同じ安全及び治療効能特性を有するいずれの細胞も包含し、かかる細胞は本発明によって包含される。

好ましい実施形態において、本発明の組成物における細菌株は生存可能であり、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。

治療的使用
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導する際の使用のためのものである。微生物叢の多様性の低減及び／または微生物叢の安定性の低減は、多くの病的疾患及び障害に関連しており、実施例は、本発明の組成物が、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導するのに有効であり得ることを実証している。したがって、本発明の組成物を使用して治療または予防される疾患または障害は、好ましくは、健常な対象の微生物叢多様性と比較して低減した微生物叢多様性レベルに関連する疾患もしくは障害及び／または微生物叢の安定性の低減に関連する疾患もしくは障害である。このように、いくつかの実施形態において、疾患または障害は、健常な対象の微生物叢多様性と比較して低減した微生物叢多様性のレベルに関連していてよく、また、微生物叢の安定性の低減にも関連していてよい。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＳ、ＩＢＤ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患及び１または複数の代謝疾患／障害から選択される疾患または障害を治療または予防する際の使用のためのものである。他の疾患及び障害の治療または予防も想定される。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＳまたはＩＢＤを治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＳを治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＤを治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、１または複数のアレルギー性疾患を治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、肥満を治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、１または複数の感染性疾患を治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、１または複数の自己免疫疾患を治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、１または複数の代謝疾患／障害を治療または予防する際の使用のためのものである。好ましくは、治療または予防は、対象において微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導することを含む。

ある特定の実施形態において、１または複数の感染性疾患は、ウイルス、細菌または真菌性疾患から選択される。ある特定の実施形態において、１または複数のアレルギー性疾患は、ぜんそくである。ある特定の実施形態において、１または複数の代謝疾患／障害は、糖尿病、例えば、２型糖尿病、及び肥満から選択される。ある特定の実施形態において、１または複数の自己免疫疾患は、多発性硬化症及び関節リウマチから選択される。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、微生物叢における微生物叢多様性を増加させることによってＩＢＳ、ＩＢＤ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患または１または複数の代謝疾患／障害を治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、微生物叢の安定性を誘導することによってＩＢＳまたはＩＢＤを治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、微生物叢の安定性を誘導することによってＩＢＳを治療または予防する際の使用のためのものである。

好ましい実施形態において、本発明は、ＩＢＤ、ＩＢＳ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患または１または複数の代謝疾患／障害の治療または予防における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物であって、治療または予防が、対象において微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導することを含む、上記組成物を提供する。

いくつかの実施形態において、本発明は、ＩＢＳ、ＩＢＤ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患及び１または複数の代謝疾患／障害から選択される疾患または障害を治療または予防する際の使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＩＢＳ、ＩＢＤ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患及び１または複数の代謝疾患／障害から選択される疾患または障害を治療または予防する方法であって、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を投与することを含む、上記方法を提供する。

好ましい実施形態において、本発明の組成物は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌を含み、ＩＢＤ、ＩＢＳ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患または１または複数の代謝疾患／障害の治療において対象において微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導する際の使用のためのものである。さらに好ましい実施形態において、本発明の組成物は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌を含み、微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導することによって、ＩＢＤ、ＩＢＳ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患または１または複数の代謝疾患／障害を治療または予防する際の使用のためのものである。

いくつかの実施形態において、疾患または障害の病因は、腸に影響する。いくつかの実施形態において、疾患または障害の病因は、腸に影響しない。いくつかの実施形態において、疾患または障害の病因は、腸において局所化されていない。いくつかの実施形態において、治療または予防は、腸以外の部位で生じる。いくつかの実施形態において、治療または予防は、腸において、また、腸以外の部位においても生じる。ある特定の実施形態において、疾患または障害は全身性である。

ある特定の実施形態において、組成物は、例えば、健常な対象、または健常な対象の集団と比較したとき、微生物叢多様性のレベルの低減を示すまたは示すことが予期される対象における使用のためのものである。例えば、いくつかの実施形態において、組成物は、１０１未満の異なる細菌種（例えば、１００、９９、９８、９７、９６、９５、９３、９０、８５、８０、７５もしくは７０未満の細菌種）及び／または１９５未満の異なる株（例えば、１９３、１９０、１８７、１８５、１８３、１８０、１７５、１７０、１６５、１６０、１５０、１４０未満の細菌株）をその微生物叢に有する対象を治療する際の使用のためのものである。例えば、いくつかの実施形態において、組成物は、健常な対象と比較して、または健常な対象の集団と比較して、その腸内微生物叢において、少なくとも１の細菌属（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０の細菌属）だけさらに少ない対象を治療する際の使用のためのものである。いくつかの実施形態において、治療または予防は、対象を微生物叢多様性のレベルが低減していると診断するステップを含み、多様性のレベルの低減が存在していることが認められたときには、対象は本発明による組成物によって治療される。

ある特定の実施形態において、組成物は、微生物叢の安定性の低減を示す、または示すことが予期される対象における使用のためのものである。いくつかの実施形態において、組成物は、例えば、健常な対象、または健常な対象の集団と比較したとき、その微生物叢の安定性の低減を示す、または示すことが予期される対象における使用のためのものである。いくつかの実施形態において、治療または予防は、対象を、その微生物叢の安定性が低減していると診断するステップを含み、安定性の低減が存在していることが認められたときには、対象が、本発明による組成物によって治療される。

ある特定の実施形態において、対象は、乳児である。ある特定の実施形態において、対象は、小児である。ある特定の実施形態において、対象は、成人である。

ある特定の実施形態において、対象は、健常な対象である。例えば、組成物が疾患または障害を予防するのに使用されるいくつかの実施形態において、対象は、健常な対象であり、任意選択的に、微生物叢多様性の低減を特徴とする疾患または障害を発症するリスクがあると同定された対象である。

ある特定の実施形態において、対象は、抗生物質治療を受けた、受けているまたは受ける予定である。したがって、いくつかの実施形態において、治療または予防は、抗生物質治療の後に、一緒に、または前に本発明の組成物を投与することを含む。本発明の組成物及び１または複数の抗生物質は、別々、同時または逐次投与用であってよい。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、健常な対象と比較して、その呼気における水素レベルが増加している対象において微生物叢多様性を増加させる及び／または微生物叢の安定性を誘導する方法における使用のためのものである。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、その低減された微生物叢多様性レベル及び／または低減された微生物叢安定性を示しているまたは示すことが予期される対象の呼気の水素レベルを低減する際の使用のためのものである。対象は、好ましくは、ＩＢＳ、ＩＢＤ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患及び／または１または複数の代謝疾患／障害を有すると診断された対象である。本発明の組成物による治療は、水素呼気試験において検出される水素のレベルを低減する。したがって、水素レベルは、好ましくは水素呼気試験を使用して評価される。水素呼気試験は、当該分野において周知であり、そのため、当業者は、かかる試験をどのように行うかを知ることになる。いくつかの実施形態において、対象には、該試験において基質としてラクツロースが投与される。

水素呼気試験は、微生物叢多様性の増加及び／または微生物叢の安定性の誘導ならびに本発明の組成物を使用する治療または予防の有効性または有効可能性をモニタリングするための有用なツールでもある。例えば、本発明の組成物による治療の後に対象の呼気において検出される水素のレベルの低減は、該治療が、増加、安定化、治療または予防効果を有していることを示し得る。したがって、いくつかの実施形態において、本発明の方法及び使用は、本発明の組成物による治療の間及び／または後に対象の呼気における水素レベルをモニタリングすること、ならびにこれにより増加、安定化、治療または予防の有効性または有効可能性を評価することをさらに含む。例えば、水素レベルは、例えば、所望により、治療前、治療の開始時、治療の間、治療の最後及び／または治療後を含めた、１または複数の（例えば、１、２、３、４または４を超える）回数でモニタリングされてよい。いくつかの実施形態において、投与期間（組成物が対象に投与される間）の最後及び／または後の対象の呼気における水素のレベルは、投与期間の開始時及び／または前のレベルと比較され、レベルの低減は、増加、安定化、治療または予防の有効性または有効可能性を示している。例えば、投与期間が１６日である実施形態において、１日目及び１６日目に、または例えば１日目、２日目、１５日目及び１６日目に測定値を採取することが望ましい場合がある。いくつかの実施形態において、複数の測定値を採取し、これらの測定値の平均を得る（例えば、１日目及び２日目の平均、ならびに１５日目及び１６日目の平均）。いくつかの実施形態において、水素レベルＣｍａｘの少なくとも４０ｐｐｍの低減は、増加、安定化、治療または予防が有効であるまたは有効である可能性があることを示している。いくつかの実施形態において、対象の呼気における水素レベルは、例えば、治療の最後または後にわずか１回のみ測定され、該レベルが所望のレベルである、またはこれに近いという所見は、増加、安定化、治療または予防が有効であった可能性があることを示している。水素呼気試験は、標準的なアッセイであり、そのため、所定のレベルは当該分野において公知である。

治療または予防とは、例えば、症状の重篤度の軽減、または対象にとって問題である増悪の頻度もしくは誘因の範囲の低減を称してよい。

微生物叢における細菌は、標準的な技術、例えば実施例において使用されているｑＰＣＲ技術を使用して、対象からの糞便において検出されてよい。

投与の形態
好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株による腸への送達及び／または腸への部分もしくは全体定着を可能にするために胃腸管に投与されるべきである。概して、本発明の組成物は、経口で投与されるが、これらは、経直腸的に、鼻腔内に、または頬側もしくは舌下経路を介して投与されてよい。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、フォームとして、スプレーまたはゲルとして投与されてよい。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、坐薬、例えば肛門坐薬として、例えば、カカオ脂（ココアバター）、合成硬質脂肪（例えば、坐剤用基材、ウィテップゾール）、グリセロ−ゼラチン、ポリエチレングリコール、または石鹸グリセリン組成物の形態で投与されてよい。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、チューブ、例えば、鼻腔栄養チューブ、経口胃チューブ、胃チューブ、経空腸チューブ（Ｊチューブ）、経皮的内視鏡下胃瘻造設術（ＰＥＧ）、またはポート、例えば胃、空腸及び他の好適なアクセスポートへのアクセスを付与する胸壁ポートを介して胃腸管に投与される。

本発明の組成物は、一度で投与されてよく、または治療レジメンの一部として逐次的に投与されてよい。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、連日投与されるべきである。実施例は、連日投与が、送達の成功及び臨床的利益をもたらすことを実証している。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、例えば毎日、２日おきに、または週１回、長期にわたって、例えば少なくとも１週間、２週間、１ヶ月間、２ヶ月間、６ヶ月間、または１年間定期的に投与される。実施例は、Ｂ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ投与が、腸への永久定着を結果として生じない場合があり、そのため、長期にわたる定期的投与が、より大きな治療的利益及び／または予防的利益を付与する場合があることも実証している。

本発明のある特定の実施形態において、本発明による治療は、対象の腸内微生物叢のアセスメントによって達成される。治療は、本発明の株の送達及び／またはそれによる部分的もしくは全体的定着が達成されず、その結果、効能が観察されないことになるとき、繰り返されてよく、あるいは、治療は、送達及び／または部分的もしくは全体的定着が成功裏でありかつ効能が観察されるときに中止されてよい。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、妊娠した動物、例えば、哺乳動物、例えば、ヒトに、その子宮内の胎児及び／または生まれた後の小児において微生物叢における多様性のレベルの低減及び／または微生物叢の安定性の低減が発症するのを予防するために投与されてよい。

本発明の組成物は、健常な対象と比較した微生物叢多様性の低減及び／もしくは微生物叢の安定性の低減、または健常な対象と比較した微生物叢多様性の低減及び／もしくは微生物叢の安定性の低減に関連する疾患もしくは障害を有すると診断された、あるいは、健常な対象と比較した微生物叢多様性の低減及び／もしくは微生物叢の安定性の低減のリスクがあると同定された対象に投与されてよい。組成物は、健常な対象と比較した微生物叢多様性の低減及び／または健常な対象における微生物叢の安定性の低減の発症を予防するための予防対策として投与されてもよい。

本発明の組成物は、異常な腸内微生物叢を有すると同定されている対象に投与されてよい。例えば、対象は、Ｂｌａｕｔｉａ、特にＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓまたはＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅによる定着が低減しているか、または該定着がないかであり得る。

本発明の組成物は、食品、例えば栄養補助食品として投与されてよい。

概して、本発明の組成物は、ヒトの治療のためのものであるが、単胃哺乳動物、例えば、家禽、ブタ、ネコ、イヌ、ウマまたはウサギを含めた動物を治療するのに使用されてよい。本発明の組成物は、動物の成長及びパフォーマンスを向上させるのに有用である場合がある。動物に投与されるとき、経口胃管栄養法が使用されてよい。

組成物
概して、本発明の組成物は、細菌を含む。本発明の好ましい実施形態において、組成物は、凍結乾燥形態で調合される。例えば、本発明の組成物は、本発明の細菌株を含む顆粒またはゼラチンカプセル、例えば、硬質ゼラチンカプセルを含んでいてよい。

好ましくは、本発明の組成物は、凍結乾燥されている細菌を含む。細菌の凍結乾燥は、確立された手順であり、関連のガイダンスは、例えば、参照文献［３０〜３２］において入手可能である。実施例は、凍結乾燥物組成物が特に有効であることを実証している。

代替的には、本発明の組成物は、生きている、活性な細菌培養物を含んでいてよい。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、不活性化されていない、例えば、熱不活性化されていない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、殺傷されていない、例えば、熱殺傷されていない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、弱毒化されていない、例えば、熱弱毒化されていない。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、殺傷されていない、不活性化されていない及び／または弱毒化されていない。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、生きている。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、生存可能である。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は生存可能であり、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。

いくつかの実施形態において、組成物は、生きている細菌株と殺傷されている細菌株との混合物を含む。

好ましい実施形態において、本発明の組成物は、腸への細菌株の送達を可能にするようにカプセル化されている。カプセル化は、目標箇所に送達するまで、例えばｐＨの変化によって引き起こされる場合がある化学的または物理的刺激、例えば圧力、酵素活性または物理的崩壊による破断を通しての劣化から組成物を保護する。いずれの適切なカプセル化方法が使用されてもよい。例示的なカプセル化技術として、多孔質マトリクス内への取り込み、固体担体表面への付着または吸着、凝集によるまたは架橋剤を用いた自己会合、及び微多孔膜またはマイクロカプセルの後の機械的拘束が挙げられる。本発明の組成物を調製するのに有用であり得るカプセル化についてのガイダンスは、例えば、参照文献［３３］及び［３４］において入手可能である。

組成物は、経口で投与されてよく、錠剤、カプセルまたは粉末の形態であってよい。カプセル化された製品が好ましい、なぜなら、Ｂｌａｕｔｉａが嫌気性生物であるからである。他の成分（例えばビタミンＣなど）が、生体内での送達及び／または部分的もしくは全体的定着ならびに生存を改善するように脱酸素剤及びプレバイオティック基質として含まれていてよい。代替的には、本発明のプロバイオティック組成物は、食品もしくは栄養製品、例えばミルクもしくはホエイベースの発酵乳製品として、または医薬製品として経口で投与されてよい。

組成物は、プロバイオティックとして調合されてよい。

本発明の組成物は、治療有効量の本発明の細菌株を含む。治療有効量の細菌株は、対象への有益な効果を発揮するのに十分である。治療有効量の細菌株は、対象の腸への送達及び／または部分的もしくは全体的定着を結果として生じさせるのに十分であり得る。

例えばヒト成人への細菌の好適な１日量は、約１×１０^３〜約１×１０^１１個のコロニー形成単位（ＣＦＵ）；例えば、約１×１０^７〜約１×１０^１０ＣＦＵ；別の例において、約１×１０^７〜約１×１０^１１ＣＦＵ；別の例において、約１×１０^８〜約１×１０^１０ＣＦＵ；別の例において、約１×１０^８〜約１×１０^１１ＣＦＵ；別の例において、約１×１０^６〜約１×１０^１０ＣＦＵであってよい。

ある特定の実施形態において、細菌の用量は、少なくとも１０^９細胞／日、例えば少なくとも１０^１０、少なくとも１０^１１、または少なくとも１０^１２細胞／日である。

ある特定の実施形態において、組成物は、組成物の重量に対して約１×１０^６〜約１×１０^１１ＣＦＵ／ｇ；例えば約１×１０^８〜約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇの量で細菌株を含有する。用量は、例えば、１ｇ、３ｇ、５ｇ及び１０ｇであってよい。

典型的には、プロバイオティック、例えば本発明の組成物は、少なくとも１の好適なプレバイオティック化合物と任意選択的に組み合わされる。プレバイオティック化合物は、通常、上部消化管において分解または吸収されない、非消化性炭水化物、例えば、オリゴ−もしくは多糖、または糖アルコールである。公知のプレバイオティクスとして、市販品、例えば、インスリン及びトランスガラクト−オリゴ糖が挙げられる。

ある特定の実施形態において、本発明のプロバイオティック組成物は、組成物の合計重量に対して約１〜約３０重量％（例えば、５〜２０重量％）の量でプレバイオティック化合物を含む。炭水化物は：フラクト−オリゴ糖（またはＦＯＳ）、短鎖フラクト−オリゴ糖、インスリン、イソマルト−オリゴ糖、ペクチン、キシロ−オリゴ糖（またはＸＯＳ）、キトサン−オリゴ糖（またはＣＯＳ）、β−グルカン、アラビアガム変性及び耐性デンプン、ポリデキストロース、Ｄ−タガトース、アカシアファイバ、イナゴマメ、オート麦、ならびにシトラスファイバ；からなる群から選択されてよい。一態様において、プレバイオティクスは短鎖フラクト−オリゴ糖（簡潔のために、以下本明細書においてＦＯＳｓ−ｃ．ｃと示す）であり；該ＦＯＳｓ−ｃ．ｃ．は、テンサイ糖の転換によって一般に得られ、３のグルコース分子が結合しているサッカロース分子を含んでいる消化性炭水化物ではない。

本発明の組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含んでいてよい。かかる好適な賦形剤の例は、参照文献［３５］において見出され得る。治療的使用のための許容可能な担体または希釈剤は、薬剤分野において周知されており、例えば参照文献［３６］において記載されている。好適な担体の例として、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが挙げられる。好適な希釈剤の例として、エタノール、グリセロール及び水が挙げられる。医薬担体、賦形剤または希釈剤の選択は、意図する投与経路及び標準の薬務に関して選択され得る。医薬組成物は、上記担体、賦形剤または希釈剤として、またはこれに加えて、いずれの好適な結合剤（複数可）、潤滑剤（複数可）、懸濁剤（複数可）、コーティング剤（複数可）、可溶化剤（複数可）を含んでいてもよい。好適な結合剤の例として、デンプン、ゼラチン、天然糖、例えばグルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、天然及び合成ガム、例えばアカシア、トラガカントまたはアルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースならびにポリエチレングリコールが挙げられる。好適な潤滑剤の例として、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。防腐剤、安定剤、染料、及びさらなる香味剤が医薬組成物において付与されていてよい。防腐剤の例として、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、システイン、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられる。酸化防止剤及び懸濁剤が使用されてもよい。好適な担体のさらなる例は、サッカロースである。防腐剤のさらなる例は、システインである。

本発明の組成物は、食品として調合されてよい。例えば、食品は、例えば栄養補助食品において、本発明の治療効果に加えて、栄養的利益を付与してよい。同様に、食品は、本発明の組成物の風味を向上するように、または組成物を、医薬組成物よりもむしろ、一般食料とより類似することによって、消費するのにより魅力的であるようにするように調合されてよい。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、ミルクベースの製品として調合される。用語「ミルクベースの製品」は、変動する脂肪分を有する、いずれの液体または半固体のミルク−またはホエイベースの製品も意味する。ミルクベースの製品は、例えば、ウシのミルク、ヤギのミルク、ヒツジのミルク、スキムミルク、ホールミルク、いずれの処理もしていない粉ミルク及びホエイからの還元ミルク、または加工品、例えばヨーグルト、凝固したミルク、カード、酸乳、酸全乳、バターミルク及び他の酸乳製品であり得る。別の重要な群として、ミルク飲料、例えばホエイ飲料、発酵乳、コンデンスミルク、乳幼児ミルク；フレーバーミルク、アイスクリーム；ミルク含有食品、例えば、スイーツが挙げられる。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、単一の細菌株または種を含有し、いずれの他の細菌株または種も含有しない。かかる組成物は、ほんの僅少なまたは生物学的に関連のない量の他の細菌株または種を含んでいてよい。かかる組成物は、他の種の生物を実質的に含まない培養物または凍結乾燥物であってよい。

ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｂｌａｕｔｉａ属の１または複数の細菌株、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含み、かついずれの他の細菌属も含有せず、またはほんの僅少なもしくは生物学的に関連のない量の別の属からの細菌を含む。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、単一のＢｌａｕｔｉａ種、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含み、かついずれの他の細菌種も含有せず、またはほんの僅少なもしくは生物学的に関連のない量の別の種からの細菌を含む。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｂｌａｕｔｉａ、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの単一株を含み、かついずれの他の細菌株もしくは種も含有せず、またはほんの僅少なまたは生物学的に関連のない量の別の株または種からの細菌を含む。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、１を超える細菌株または種を含む。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同種内からの１を超える株（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０または４５を超える株）を含み、任意選択的に、いずれの他の種からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同種内からの５０未満の株（例えば、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、９、８、７、６、５、４または３未満の株）を含み、任意選択的に、いずれの他の種からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同種内からの１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１９、１〜１８、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５、または３１〜５０株を含み、任意選択的に、いずれの他の種からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同属内からの１を超える種（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、１７、２０、２３、２５、３０、３５または４０を超える種）を含み、任意選択的に、いずれの他の属からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同属内からの５０未満の種（例えば、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、８、７、６、５、４または３未満の種）を含み、任意選択的に、いずれの他の属からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同属内からの１〜５０、１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５、または３１〜５０種を含み、任意選択的に、いずれの他の属からの細菌も含有しない。本発明は、上記のいずれの組み合わせも含む。

いくつかの実施形態において、組成物は、微生物共同体を含む。例えば、いくつかの実施形態において、組成物は、微生物共同体の一部としてＢｌａｕｔｉａ細菌株、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ細菌株を含む。例えば、いくつかの実施形態において、Ｂｌａｕｔｉａ細菌株は、腸において生体内で共生的に生きることができる、他の属からの１または複数の（例えば、少なくとも２、３、４、５、１０、１５または２０の）他の細菌株において存在する。例えば、いくつかの実施形態において、組成物は、異なる属からの細菌株と組み合わせたＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの細菌株を含む。いくつかの実施形態において、微生物共同体は、単一の生物、例えば、ヒトの糞便サンプルから得られた２以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態において、微生物共同体は、本来は一緒には見られない。例えば、いくつかの実施形態において、微生物共同体は、少なくとも２の異なる生物の糞便サンプルから得られた細菌株を含む。いくつかの実施形態において、該２の異なる生物は、同種、例えば、２の異なるヒトからのものである。いくつかの実施形態において、該２の異なる生物は、ヒト乳児及びヒト成人である。いくつかの実施形態において、該２の異なる生物は、ヒト及び非ヒト哺乳動物である。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株と同じ安全及び治療効能特性を有するが、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株ではない、またはＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａでもなくＢｌａｕｔｉａでもない細菌株をさらに含む。

本発明の組成物が１を超える細菌株、種または属を含むいくつかの実施形態において、個々の細菌株、種または属は、別々、同時または逐次投与用であってよい。例えば、組成物は、１を超える細菌株、種もしくは属の全てを含んでいてよく、または細菌株、種もしくは属は、別々に貯蔵されてよく、また、別々に、同時にもしくは逐次的に投与されてよい。いくつかの実施形態において、１を超える細菌株、種または属は、別々に貯蔵されているが、使用前に一緒に混合される。

いくつかの実施形態において、本発明において使用される細菌株は、ヒト成人の糞便から得られる。本発明の組成物が１を超える細菌株を含むいくつかの実施形態において、細菌株の全てがヒト成人の糞便から得られ、または、他の細菌株が存在するとき、ほんの僅少な量で存在する。いくつかの実施形態において、細菌は、ヒト成人の糞便から得られ本発明の組成物において使用された後に培養されてよい。

いくつかの実施形態において、１または複数のＢｌａｕｔｉａ細菌株は、本発明の組成物において唯一の治療的活性剤（複数可）である。いくつかの実施形態において、組成物における細菌株（複数可）は、本発明の組成物において唯一の治療的活性剤（複数可）である。

本発明による使用のための組成物は、販売承認を必要としてもしなくてもよい。

ある特定の実施形態において、本発明は、上記細菌株が凍結乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、上記細菌株が噴霧乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、生きている、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、生存可能である、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、腸に部分的または全体的に定着することが可能である、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、生存可能でありかつ腸に部分的または全体的に定着することが可能である、上記医薬組成物を提供する。

いくつかの場合において、凍結乾燥または噴霧乾燥されている細菌株は、投与前に再構成される。いくつかの場合において、再構成は、本明細書に記載されている希釈剤の使用による。

本発明の組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含んでいてよい。

ある特定の実施形態において、本発明は、本発明において使用される細菌株と；薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤とを含む医薬組成物であって；細菌株が、それを必要とする対象に投与されるとき、対象において微生物叢多様性を増加させる、及び／または微生物叢の安定性を誘導する、ならびに／または微生物叢多様性の低減及び／もしくは微生物叢の安定性の低減に関連する障害、微生物叢多様性、例えば、疾患もしくは障害、例えば、ＩＢＳ、ＩＢＤ、肥満、２型糖尿病、１または複数の感染性疾患、１または複数のアレルギー性疾患、１または複数の自己免疫疾患もしくは１または複数の代謝疾患／障害を治療するのに十分な量である、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、上記医薬組成物であって、細菌株の量が、組成物の重量に対してグラム当たり約１×１０^３〜約１×１０^１１個のコロニー形成単位である、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、１ｇ、３ｇ、５ｇまたは１０ｇの用量で投与される、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、経口、直腸、皮下、鼻、頬側、及び舌下からなる群から選択される方法によって投与される、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール及びソルビトールからなる群から選択される担体を含む上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、エタノール、グリセロール及び水からなる群から選択される希釈剤を含む上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、アカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム及び塩化ナトリウムからなる群から選択される賦形剤を含む、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、防腐剤、酸化防止剤及び安定剤の少なくとも１つをさらに含む、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルからなる群から選択される防腐剤を含む、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、上記細菌株が凍結乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。

ある特定の実施形態において、本発明は、組成物が約４℃または約２５℃で密閉容器に貯蔵されて容器が５０％の相対湿度を有する雰囲気に置かれているとき、コロニー形成単位で測定される細菌株の少なくとも８０％が、少なくとも約１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１年、１．５年、２年、２．５年または３年の期間の後に残存している、上記医薬組成物を提供する。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載されている組成物を含む密閉容器において付与される。いくつかの実施形態において、密閉容器は、サチェまたはボトルである。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載されている組成物を含むシリンジにおいて付与される。

本発明の組成物は、いくつかの実施形態において、医薬製剤として付与されてよい。例えば、組成物は、錠剤またはカプセルとして提供されてよい。いくつかの実施形態において、カプセルは、ゼラチンカプセル（「ｇｅｌ−ｃａｐ」）である。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、経口投与される。経口投与は、嚥下を含んでいてよく、その結果、化合物が、胃腸管に入ることになり、及び／または頬側、舌側、もしくは舌下投与によって化合物が口から直接血流に入ることになる。

経口投与に好適な医薬製剤として、固体プラグ、固体微粒子状物、半固体及び液体（多相及び分散系を含む）、例えば錠剤；多−またはナノ−粒子状物を含有する軟質または硬質カプセル、液体（例えば、水溶液）、エマルジョンまたは粉末；ロゼンジ（液体が充填されたものを含む）；咀嚼剤；ゲル；急速分散剤形；フィルム；膣坐剤；スプレー；ならびに頬側／粘膜接着パッチが挙げられる。

いくつかの実施形態において、医薬製剤は、腸溶性製剤、すなわち、経口投与による腸への本発明の組成物の送達に好適である胃耐性製剤（例えば、胃のｐＨに耐性）である。腸溶性製剤は、組成物の細菌または別の成分が酸感受性である、例えば、胃条件下で分解しやすいとき、特に有用であり得る。

いくつかの実施形態において、腸溶性製剤は、腸溶性コーティングを含む。いくつかの実施形態において、該製剤は、腸溶性コーティングされた剤形である。例えば、該製剤は、腸溶性コーティングされた錠剤または腸溶性コーティングされたカプセルなどであってよい。腸溶性コーティングは、経口送達のための従来の腸溶性コーティング、例えば、錠剤、カプセルなどのための従来のコーティングであってよい。該製剤は、フィルムコーティング、例えば、腸溶性ポリマー、例えば酸不溶性ポリマーの薄膜層を含んでいてよい。

いくつかの実施形態において、腸溶性製剤は、本質的に腸溶性であり、例えば、腸溶性コーティングを必要とすることない胃耐性である。そのため、いくつかの実施形態において、該製剤は、腸溶性コーティングを含まない腸溶性製剤である。いくつかの実施形態において、該製剤は、熱ゲル化材料から作製されたカプセルである。いくつかの実施形態において、熱ゲル化材料は、セルロース系材料、例えばメチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロースまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）である。いくつかの実施形態において、カプセルは、いずれのフィルム形成ポリマーも含有しないシェルを含む。いくつかの実施形態において、カプセルは、シェルを含み、該シェルは、ヒドロキシプロピルメチルセルロースを含み、いずれのフィルム形成ポリマーも含まない（例えば、［３７］を参照されたい）。いくつかの実施形態において、該製剤は、本質的に腸溶性のカプセル（例えば、Ｃａｐｓｕｇｅｌ製Ｖｃａｐｓ（登録商標））である。

いくつかの実施形態において、該製剤は、軟質カプセルである。軟質カプセルは、カプセルシェルに存在する軟化剤、例えば、グリセロール、ソルビトール、マルチトール及びポリエチレングリコールなどの添加のおかげで、ある特定の弾性及び柔軟性を有し得るカプセルである。軟質カプセルは、例えば、ゼラチンまたはデンプンベースで製造され得る。ゼラチンベースの軟質カプセルは、種々の供給者から市販されている。例えば経口または経直腸などの投与方法に応じて、軟質カプセルは、種々の形状を有することができ、例えば、円形、楕円形、長方形または魚雷型であり得る。軟質カプセルは、従来のプロセス、例えば、Ｓｃｈｅｒｅｒプロセス、Ａｃｃｏｇｅｌプロセスまたは液滴もしくは発泡プロセスなどによって製造され得る。

培養方法
本発明における使用のための細菌株は、例えば、参照文献［３８〜４０］に詳述されている標準の微生物学的技術を使用して培養され得る。

培養に使用される固体または液体培地は、ＹＣＦＡ寒天またはＹＣＦＡ培地であってよい。ＹＣＦＡ培地として（１００ｍｌ当たりの近似値）：Ｃａｓｉｔｏｎｅ（１．０ｇ）、酵母エキス（０．２５ｇ）、ＮａＨＣＯ_３（０．４ｇ）、システイン（０．１ｇ）、Ｋ_２ＨＰＯ_４（０．０４５ｇ）、ＫＨ_２ＰＯ_４（０．０４５ｇ）、ＮａＣｌ（０．０９ｇ）、（ＮＨ_４）_２ＳＯ_４（０．０９ｇ）、ＭｇＳＯ_４・７Ｈ_２Ｏ（０．００９ｇ）、ＣａＣｌ_２（０．００９ｇ）、レザズリン（０．１ｍｇ）、ヘミン（１ｍｇ）、ビオチン（１μｇ）、コバラミン（１μｇ）、ｐ−アミノ安息香酸（３μｇ）、葉酸（５μｇ）、及びピリドキサミン（１５μｇ）を挙げることができる。

ワクチン組成物における使用のための細菌株
本発明者らは、本発明の細菌株が、健常な対象の微生物叢多様性と比較して（もしくは健常な対象の集団の微生物叢多様性と比較して）微生物叢多様性のレベルが低減していることに関連する疾患または障害及び／あるいは健常な対象と比較して（もしくは健常な対象の集団と比較して）微生物叢の安定性が低減していることに関連する疾患または障害を治療または予防するのに有用であることを確認した。このことは、本発明の細菌株が宿主免疫系に及ぼす効果の結果である可能性がある。そのため、本発明の組成物は、ワクチン組成物として投与されるとき、かかる疾患または障害を予防するのにも有用であり得る。ある特定のかかる実施形態において、本発明の細菌株は、生存可能である。ある特定のかかる実施形態において、本発明の細菌株は、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。ある特定のかかる実施形態において、本発明の細菌株は、生存可能であり、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。他のある特定のかかる実施形態において、本発明の細菌株は、殺傷されていても、不活性化されていても、弱毒化されていてもよい。ある特定のかかる実施形態において、組成物は、ワクチンアジュバントを含んでいてよい。ある特定の実施形態において、組成物は、注射を介して、例えば皮下注射を介しての投与用である。

総則
本発明の実施は、別途示さない限り、当業者の範囲内の、化学、生化学、分子生物、免疫学及び薬理学の従来の方法を用いる。かかる技術は、文献において完全に説明されている。例えば、参照文献［４１］及び［４２〜４８］などを参照されたい。

用語「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」は、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（含む）」及び「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ（からなる）」を包含し、例えば、組成物がＸを「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」は、Ｘから排他的になってもよく、またはさらなる何か、例えば、Ｘ＋Ｙを含んでいてもよい。

数値ｘに関係する用語「約」は、任意選択的であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。

語「実質的に」は、「完全に」を排除せず、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくてよい。必要に応じて、語「実質的に」は、本発明の定義から省略されてよい。

２つのヌクレオチド配列間の百分率の配列同一性への言及は、整列しているとき、ヌクレオチドの百分率が、２つの配列を比較したときに同じであることを意味する。このアラインメント及びパーセント相同性または配列同一性は、当該分野において公知のソフトウエアプログラム、例えば、参照文献［４９］のセクション７．７．１８に記載されているものを使用して決定され得る。好ましいアラインメントは、１２のギャップオープンペナルティ及び２のギャップエクステンションペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリクスによるアフィンギャップ検索を使用してＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参照文献［５０］に開示されている。

特に記述されていない限り、多数のステップを含むプロセスまたは方法は、方法の開始及び終了時にさらなるステップを含んでいてよく、またはさらなる介在するステップを含んでいてよい。また、ステップは、適切な場合、代替の順序で、組み合わされ、省略され、または実施されてよい。

本発明の種々の実施形態は本明細書に記載されている。各実施形態において特定されている特徴は、他の特定されている特徴と組み合わされて、さらなる実施形態を付与してよいことが認識される。特に、好適な、典型的なまたは好ましいとして本明細書において強調されている実施形態は、互いに組み合わされてよい（これらが互いに排他的であるときを除く）。

本発明を実施するための形態
実施例１−Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ治療後の患者の微生物叢の変化
概要
患者微生物叢の多様性及び安定性に対するＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの効果を健常及びＩＢＳ患者において試験した。

方法
研究デザイン
Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（受託番号ＤＳＭ１０５０７及び受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託されている株「Ｂｌａｕｔｉｘ」）を、ＩＢＳを有するヒト患者または健常なヒト患者に投与する第一相臨床試験を行った。患者にＢｌａｕｔｉｘを投与期間（１〜１６日目）に投与し、ウオッシュアウト期間が１９〜２３日目であった。糞便サンプルを、ベースラインの、治療前の１日目（Ｄ１）；治療の最後の１６日目（Ｄ−１６）；及び２〜４週（ウオッシュアウト）の後治療である研究の最後（ＥＯＳ）において、プラセボまたはＢｌａｕｔｉｘ治療したＩＢＳ及び健常な対象から収集した。

１６Ｓアンプリコンシーケンス
Ｑｉａｇｅｎ ＤＮｅａｓｙ Ｂｌｏｏｄ ＆ Ｔｉｓｓｕｅ Ｋｉｔを製造業者の指示に従って使用し、ベースラインの、治療前の１日目（Ｄ１）；治療の最後の１６日目（Ｄ−１６）；及び２〜４週（ウオッシュアウト）の後治療である研究の最後（ＥＯＳ）においてプラセボまたはＢｌａｕｔｉｘ治療したＩＢＳ及び健常な対象からの０．２ｇの凍結糞便サンプルから微生物ＤＮＡを抽出した。

１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アプリコンの調製及びシークエンシングを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡ）によって開発された１６Ｓ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ｎｅｘｔｅｒａプロトコルを使用して実施した。５０ｎｇの各ＤＮＡ糞便抽出物を、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３／Ｖ４可変領域を標的とするＰＣＲ及びプライマーを使用して増幅した。産物を精製し、順方向及び逆方向のバーコードをアダプタＰＣＲの第２ラウンドによって付着させた。得られたＰＣＲ産物を精製し、定量化し、次いで等量の各アンプリコンをプールした後に、市販のＳｕｐｐｌｉｅｒ ＧＡＴＣ Ｇｍｂｈ．に、またはＭｉＳｅｑ（２×２５０ｂｐ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）もしくはＨｉＳｅｑ（２×３００ｂｐ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）プラットフォームのいずれかにおけるシークエンシングに送付した。

データ分析（ポストシークエンシング）
未加工の配列データを、フラッシュ法を使用してマージトリミングした。これは、質の低い読み取り値をフィルタにかけて除去することである。ＵＳＥＡＲＣＨパイプライン法（ｖｅｒｓｉｏｎ ８．１．１８６１＿ｉ８６＿ｌｉｎｕｘ６４）を使用してシングルトンを同定し、これらをＯＴＵ（Ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ Ｕｎｉｔ）生成ステップから遮蔽した。ＵＰＡＲＳＥアルゴリズムを使用して配列をＯＴＵにクラスタリングした。増幅ステップにおいて生じたキメラ配列を、Ｃｈｉｍｅｒａｓｌａｙｅｒの参照文献データベース（ダウンロード：２０１６年９月９日）によるＵＣＨＩＭＥキメラ除去アルゴリズムを使用して除去した。次いで、ＵＳＥＡＲＣＨグローバル配列アルゴリズムを使用して、残存ＯＴＵ配列へのシングルトンを含めた全ての読み取り値をマッピングした。インハウススクリプトを使用して、次いで、ＵＳＥＡＲＣＨグローバル配列アルゴリズムによって分類されているように配列をＯＴＵにグループ化した。個体配列をＯＴＵにグループ化して、微生物叢組成情報を得た（個体数及び多様度）。

ハイレベルデータ分析
Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度マトリクスを、Ｒ３．３．１におけるＶｅｇａｎライブラリを使用して各サンプル対合について生成した。データセットを、Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度マトリクスによる主座標分析を使用して視覚化した。

インハウスのヒートプロットＲの関数を使用して、Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度及びウォード連結に基づく階層的クラスタリングによるヒートマップ視覚化を生成した。

シャノン及びシンプソン多様性指数を、Ｒにおいてｐｈｙｌｏｓｅｑライブラリを使用して生成した。

ＤＥＳｅｑ２法を使用して、選択した比較について有意である分類上の可変値を同定した。

Ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ＭＡＮＯＶＡを、ＲにおけるＡｄｏｎｉｓ関数を使用して非類似度マトリクスにおいて実施した。

結果
全ての時点からのサンプルを、両方の群（Ｂｌａｕｔｉｘ治療群及びプラセボ群の両方を含めた７１のＩＢＳ患者及び６７の健常な対照）についてプールした。分析を、完全な微生物叢データセットにおいて生成した距離測度を使用して実施した。図１は、ＩＢＳ対象の微生物叢が健常な対象のものと有意に異なることを報告している。

多様性分析を、予想される分類群の観察数（ＯＴＵ）、シャノン多様性指数及びシンプソン多様性指数を使用して実施した。両方の治療群が、観察されたＯＴＵについて有意である１６日目時点での多様性の増加を示し、シンプソンについての傾向を示した（未加工Ｐ値：＜０．１）（図２）。この多様性の増加は、プラセボで治療した患者については観察されなかった。微生物叢多様性の有意な減少は、研究の最後と１日目との間で、未治療のＩＢＳプラセボ群において観察された。

図３は、Ｂｌａｕｔｉｘ治療が、ある特定の健常関連分類群の微生物叢ネットワーク接続性を増加させたことを報告している。健常な患者では、微生物間接続の実質的な増加が１日目〜１６日目（Ｂｌａｕｔｉｘ治療後）まで観察された。これは、連携及び微生物叢構造の増加を示唆している（図３Ａ）。接続性は、多様性及び安定性と相関している。ウオッシュ期間後、ネットワーク構造は、１日目に観察されたものと同様のネットワークに戻った。そのため、Ｂｌａｕｔｉｘ治療は、健常な患者において相互接続性を増加させることができたが、効果はウオッシュアウト後に失われた。ＩＢＳ患者では、ネットワークは、１日目と１６日目との間では接続性の点において同様に残存したが、接続性の増加は研究の最後で観察され、これは、Ｂｌａｕｔｉｘ治療ＩＢＳ患者においてウオッシュアウト期間後に微生物叢構造が増加したことを示唆した（図３Ｂ）。そのため、微生物叢接続性に対するＢｌａｕｔｉｘの効果は、健常な患者と比較してＩＢＳ患者において遅かった。

微生物叢プロファイルの不安定性／変化を、同じ対象の時点間のＢｒａｙ Ｃｕｒｔｉｓ距離によって表した。Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓは、０〜１（０＝同じ；１＝いずれの種も共有しない）間で限定された種の存在度プロファイル間で非類似性を示す。Ｂｌａｕｔｉｘを有するＩＢＳ患者の治療は、治療の間（図４Ａ）及び治療の後（図４Ｂ〜４Ｃ）に微生物叢変化の大きさが低減した。このことは、ＢｌａｕｔｉｘがＩＢＳ患者における微生物叢の安定性を増加させること、及び変化が介在後に継続することを示している。この安定性の増加は、ＩＢＳ患者にプラセボを投与したときには観察されなかった（図４Ａ〜Ｃ）。

図５は、１日目と比較した１６日目で、Ｂｌａｕｔｉｘによって治療したＩＢＳ患者についての属レベルでの微生物叢多様性の有意な増加があったことを報告している。多様性分析を、属レベルに適用されたシャノン多様性指数を使用して実施した（未加工ｐ値：０．０４、１日目対１６日目）。

図６Ａ及び図６Ｂは、Ｂｌａｕｔｉｘ治療後の健常及びＩＢＳ患者における相互排除ネットワークの変化を示す。健常な個体において、相互排除ネットワークは、１６日目でより緻密になって相互接続されており、これは、競争及び阻害の増加を示唆している。しかし、この効果は、ネットワーク構造がウオッシュアウト期間の際の最初の時点に戻ったとき研究の終了によって失われた（図６Ａ）。ＩＢＳ患者において、相互排除接続性に対するＢｌａｕｔｉｘの効果は、治療期間及びウオッシュアウト期間にわたってネットワーク径を増加させることであった。これは、ネットワークがより緻密になる健常な個体において見られた効果とは反対であった。ＩＢＳ患者についてのウオッシュアウト期の間、これまで見られなかった複数の独立した相互作用が観察された。複数の独立した相互作用は、残りのネットワークから独立して相互作用している分類群対を表しており、すなわち、残りのネットワークにいずれの相互作用もしないことになる。

微生物叢の視覚化は、Ｂｌａｕｔｉｘ治療後に、ある特定の健常関連分類群についてネットワーク接続性の増加があったことを示している（図７）。健常関連分類群として、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａが挙げられる。Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒもまた、潜在的に健常関連属である。これらの健常関連分類群は、治療への応答に関与している。

実施例２−神経発達障害のモデルにおける保護効果
ＢＴＢＲマウスモデル
ＢＴＢＲマウスモデルは、頑強な自閉症様表現型を示す同系交配の遺伝子組み換えマウスを使用する。社会的行動の欠如、反復行動の増加、及び不安に関係する行動の増加がこの株において報告されている［５１］。この頑強な行動的表現型に起因して、ＢＴＢＲマウスは、自閉症関係行動の治療のための新規の治療剤の効能を評価するのに理想的な動物モデルである。生存生物学的製剤によるかかる症状の軽減もまた、他の精神疾患または神経疾患の治療における生物学的製剤の効能を示し得る。

マウス
雄性ＢＴＢＲマウスを室内で飼育した。該動物を、１２時間暗サイクル（７：００〜１９：００時に点灯）で、温度及び湿度が制御された部屋に入れた。全ての実験を、Ａｎｉｍａｌ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｔｉｏｎ Ｅｔｈｉｃｓ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｃｏｌｌｅｇｅ Ｃｏｒｋによって承認された、欧州指針２０１０／６３／ＥＥＣ、２０１２年のＳ．Ｉ．Ｎｏ５４３の要件に従って行った。

株
受託番号ＤＳＭ１０５０７で、また、受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託されたBlautia hydrogenotrophica細菌。

生物学的製剤をグリセロールストックに付与した。生存生物学的製剤を嫌気性条件で設備において成長させた。

生存生物学的製剤投与
マウスが８週齢であったときに開始したＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａによる投薬。これらのマウスを経口胃管栄養法によって３週間、毎日１回治療した。

投与スケジュール
経口投与用ビヒクルはＰＢＳである。毎日の経口投与を経口胃管栄養法によって行う。

糞便収集
新たな糞便サンプルをＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの投与の前後に個体マウスから収集した。少なくとも２０ｍｇの新たな糞便を遠心分離管に置き、直後に氷上に置き、次いで−８０℃で保存した。

結果
時点（１４日目、３２日目）間の微生物叢に対するＢｌａｕｔｉｘ治療の効果を図８に示す。微生物叢プロファイルにおける有意な時間変動が治療前（１４日目）及び治療後（３２日目）の研究時点間で観察された（ｐ値＝０．００１）。

ＤＥＳｅｑ２を使用した差分解析は、１４日目と３２日目との間の自閉症研究時点でのＢｌａｕｔｉｘ治療について、２５の有意な（調整ｐ値＜０．０５）異なった豊富な分類群を得た。分類群を以下の表１に列挙する。

まとめ
動物にＢｌａｕｔｉｘを投与した自閉症のマウスモデルにおいて、細菌多様性の実質的な正味の増加を含めた、微生物叢における有意な変動が観察された。

実施例３−脳虚血のモデルにおける効果
まとめ
Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの保護効果を脳虚血のマウスモデルにおいて試験した。この最後に、３つの群の５〜１７のマウスを試験した。正常に行動する動物のみを研究に含めた。第１投薬日は−１４日目であった。１つの群には、凍結乾燥した細菌を第１投薬日から最終まで毎日与えた。対照群にはビヒクルまたはｌｙｏｂｕｆｆｅｒのいずれかを与えた。

１日目に、全てのマウスを麻酔した。正中切開を頸部の腹側に作り、右及び左の総頸動脈を露出させた。次いで、脳虚血−再かん流Ｉ／Ｒモデルを、１５分間、血管クリップを使用して両側の総頸動脈閉鎖（ＢＣＣＡＯ）によって誘導した。各閉鎖の最後に、クリップを除去した。

株
受託番号ＤＳＭ１０５０７で、また、受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託されたＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ細菌。

投与スケジュール

研究デザイン
−１４〜１４日目：１日用量のＰＢＳ対照（ｌｙｏｂｕｆｆｅｒ）、凍結乾燥した粉末対照（ビヒクル）または凍結乾燥した細菌（Ｂｌａｕｔｉｘ）。

１日目：脳虚血−再かん流Ｉ／Ｒモデルを手術によって誘導。

１４日目：各群におけるマウスの半分を終了させた。

１４日〜２８日目：各群における残りのマウスについて、１日用量のＰＢＳ対照（ｌｙｏｂｕｆｆｅｒ）、凍結乾燥した粉末対照（ビヒクル）または凍結乾燥した細菌（Ｂｌａｕｔｉｘ）。

２８日目：残りのマウスの終了。

糞便ペレットを３時点：−１４日目、１４日目及び２８日目で収集した。各試みを、無菌環境で実施し（完全無菌＝動物間で洗浄）、マウス毎にケージから取り出して新しい無菌の箱に別個に置いて個々のペレットを採取した。マウス当たり最小で８０ｍｇ、好ましくは１００ｍｇの材料を得るために、できるだけ多くのペレットを収集した。

結果
Ｂｌａｕｔｉｘの投与前−１４日目（ｐ値＝０．１７７）において、Ｂｌａｕｔｉｘ治療、ビヒクル及びＬｙｏｂｕｆｆｅｒ群間の微生物叢プロファイルに有意な差は検出されなかった（図９Ａを参照されたい）。しかし、１４日目では異なる治療群で微生物叢プロファイルにおいて有意差が観察され（図９Ｂを参照されたい）、０．０１１のｐ値が観察された。本発明者らは、Ｂｌａｕｔｉｘ治療群の微生物叢の時間変動をさらに評価したところ、有意差（図９Ｃを参照されたい）が見出され、０．００２のｐ値が観察された。

ＤＥＳｅｑ２を使用した差分解析は、表２において示されているように、脳卒中研究において時点間でビヒクル、Ｌｙｏｂｕｆｆｅｒ及びＢｌａｕｔｉｘ治療について有意な（調整ｐ値＜０．０５）異なった豊富な分類群をもたらし、Ｂｌａｕｔｉｘによって損失される細菌多様性に対してのより長期の影響を実証した。Ｂｌａｕｔｉｘ治療に関する分類群を表３、表４及び表５に列挙する。

ＤＥＳｅｑ２を使用した差分解析は、表６に示すように、脳卒中研究時点で、Ｂｌａｕｔｉｘ治療対ビヒクル、ならびにＢｌａｕｔｉｘ治療対Ｌｙｏｂｕｆｆｅｒについて、有意な（調整ｐ値＜０．０５）異なった豊富な分類群をもたらした。分類群を表７、表８及び表９に列挙する。

まとめ
Ｂｌａｕｔｉｘは、ｌｙｏｂｕｆｆｅｒまたはビヒクル対照と比較したとき、脳卒中のマウスモデルにおける研究の期間にわたって微生物叢多様性の有意な増加をもたらした。

実施例４−神経炎症状態のモデルにおける保護効果
実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）は、ヒト疾患ＭＳの多くの態様を映し出しているＣＮＳ炎症のマウスモデルであり、ＥＡＥは、ヒトＭＳについて最も一般的に使用されている実験モデルである。ＥＡＥは、ＣＮＳ特異的自己免疫障害［５２］及び急性散在性脳脊髄炎を含めた他の特異的状態用のモデルとしても、より一般に使用されている。ＥＡＥは、ＣＮＳ、特にＭＳの多くの自己免疫及び炎症障害の基礎となるメカニズムに密に対応する免疫及び炎症反応を引き起こすミエリンペプチド及びアジュバントによる免疫付与を使用して誘導される。ＥＡＥにおいて効能を示す多くの治療もまた、ヒト患者におけるＭＳの治療において効能を示している［５２］。最も重要なことには、ＥＡＥは、炎症、脱髄、軸索消失及びグリオーシスを含めた、ＭＳの重要な特徴を再現する。脱髄の効果は、ＥＡＥにおいて脊椎に主に制限されており、脳幹及び小脳の変化が少ない。ＥＡＥにおいて、ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＣＮＳにおいて見出されている優位な細胞集団である。

方法
Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（受託番号ＤＳＭ１０５０７で、また、受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託された「Ｂｌａｕｔｉｘ」株）を凍結乾燥粉末として使用し、必要に応じて再構成した。

１２の成熟雌性Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを使用した。

０日目及び７日目に、動物に、ガス（イソフルラン）麻酔下で皮下注射によって、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ Ｈ３７Ｒａを補充したＭＯＧ３５−５５及び完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）を含有するエマルジョンを投与した。０日目に、２回の皮下注射を横腹において実施した（背部の下腹部の各々において１回）。７日目に、２回の皮下注射を横腹において実施した（背部の上腹部の各々において１回）。

０日目及び２日目において、動物に腹腔内注射によってリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中の百日咳毒素（ＰＴｘ）を投与した。０日目に、ＰＴｘ投与をＭＯＧ注射後に実施した。

Ｂｌａｕｔｉｘによる治療または対照による治療を以下のスケジュールで−１４日目から行った：
０日目：ＭＯＧ／ＣＦＡ、１回、ＳＣ
０日目：ＰＴｘ、１回、ＩＰ
２日目：ＰＴｘ、１回、ＩＰ
７日目：ＭＯＧ／ＣＦＡ、１回、ＳＣ
治療を調製の１５分間以内に行った。Ｂｌａｕｔｉｘを２×１０^８；１００μｌ／マウスの用量で投与した。

０日目から実験の最後まで、動物を、尾部及び／または肢部の不全麻痺及び麻痺状態を含めたＥＡＥの臨床的兆候について毎日スコアリングした。

−１４日目、−１日目及び３４日目に、糞便ペレットを各動物から収集し、直ぐに急速凍結し、−８０℃で保存した。

結果
ＭＳモデルについての時点（−１４日目、−１日目、３４日目）間の微生物叢に対するＢｌａｕｔｉｘ治療の効果を図１０に示す。微生物叢プロファイルにおける有意な時間変動を研究時点について観察した（ｐ値＝０．００１）。

ＤＥＳｅｑ２を使用した差分解析は、表１０に示すように、研究時点間のＢｌａｕｔｉｘ治療についての有意な（調整ｐ値＜０．０５）異なった豊富な分類群をもたらした。分類群を表１１、表１２及び表１３に列挙する。

まとめ
Ｂｌａｕｔｉｘは、微生物叢多様性の有意な増加をもたらし、多発性硬化症について、動物モデルにおける治療の際に有意な時間変動を結果として生じた。

本発明を例によってのみ上に記載しており、特許請求の範囲内にあるさらなる変更がなされてよいことが理解される。

配列
配列番号１（Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株ＧＡＭ６−１ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列−ＨＭ６２６１７７）
1 tgcaagtcga gcgaagcgct tacgacagaa ccttcggggg aagatgtaag ggactgagcg
61 gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttggaaac
121 ggctgctaat accgcataag cgcacggtat cgcatgatac agtgtgaaaa actccggtgg
181 tatgagatgg acccgcgtct gattagctag ttggaggggt aacggcccac caaggcgacg
241 atcagtagcc ggcctgagag ggtgaacggc cacattggga ctgagacacg gcccagactc
301 ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc
361 gcgtgaagga agaagtatct cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt
421 acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca
481 agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggaagagcaa gtctgatgtg
541 aaaggctggg gcttaacccc aggactgcat tggaaactgt ttttcttgag tgccggagag
601 gtaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc
661 gaaggcggct tactggacgg taactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg
721 attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgttgg ggagcaaagc
781 tcttcggtgc cgcagcaaac gcaataagta ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg
841 aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag
901 caacgcgaag aaccttacca agtcttgaca tcgatctgac cggttcgtaa tggaaccttt
961 ccttcgggac agagaagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt
1021 gggttaagtc ccgcaacgag cgcaacccct atcctcagta gccagcaggt gaagctgggc
1081 actctgtgga gactgccagg gataacctgg aggaaggcgg ggacgacgtc aaatcatcat
1141 gccccttatg atttgggcta cacacgtgct acaatggcgt aaacaaaggg aagcgagccc
1201 gcgaggggga gcaaatccca aaaataacgt cccagttcgg actgcagtct gcaactcgac
1261 tgcacgaagc tggaatcgct agtaatcgcg aatcagaatg tcgcggtgaa tacgttcccg
1321 ggtcttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtcagta acgcccgaag tc

配列番号２（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株ＷＡＬ１４５０７ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列−ＥＦ０３６４６７）
1 caagtcgaac gggaattant ttattgaaac ttcggtcgat ttaatttaat tctagtggcg
61 gacgggtgag taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagt cagaaatggc
121 tgctaatacc gcataagcgc acagagctgc atggctcagt gtgaaaaact ccggtggtat
181 aagatggacc cgcgttggat tagcttgttg gtggggtaac ggcccaccaa ggcgacgatc
241 catagccggc ctgagagggt gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta
301 cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg
361 tgaaggaaga agtatctcgg tatgtaaact tctatcagca gggaagatag tgacggtacc
421 tgactaagaa gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc
481 gttatccgga tttactgggt gtaaagggag cgtagacggt gtggcaagtc tgatgtgaaa
541 ggcatgggct caacctgtgg actgcattgg aaactgtcat acttgagtgc cggaggggta
601 agcggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa
661 ggcggcttac tggacggtaa ctgacgttga ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt
721 agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgaataacta ggtgtcgggt ggcaaagcca
781 ttcggtgccg tcgcaaacgc agtaagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa
841 actcaaagga attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca
901 acgcgaagaa ccttaccaag tcttgacatc cgcctgaccg atccttaacc ggatctttcc
961 ttcgggacag gcgagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg
1021 gttaagtccc gcaacgagcg caacccctat cctcagtagc cagcatttaa ggtgggcact
1081 ctggggagac tgccagggat aacctggagg aaggcgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc
1141 ccttatgatt tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa caaagggaag cgagattgtg
1201 agatggagca aatcccaaaa ataacgtccc agttcggact gtagtctgca acccgactac
1261 acgaagctgg aatcgctagt aatcgcggat cagaatgccg cggtgaatac gttcccgggt
1321 cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac
1381 tgcaaagaag gagctgccga aggcgggacc gatgactggg gtgaagtcgt aacaaggt

配列番号３（Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株８３０に関するコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
TTTKGTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTTACGACAGAACCTTCGGGGGAAGATGTAAGGGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTTGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCGATCTGACCGGTTCGTAATGGAACCTTTCCTTCGGGACAGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCCGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTAGGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGATTGATAACTGGGGTGAAGTCTAGGGGGT

配列番号４（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株ＭＲＸ００８に関するコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
TTCATTGAGACTTCGGTGGATTTAGATTCTATTTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTCAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAGCTGCATGGCTCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGTGGCAAGTCTGATGTGAAAGGCATGGGCTCAACCTGTGGACTGCATTGGAAACTGTCATACTTGAGTGCCGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCNGGGGAGCATGGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCGCCTGACCGATCCTTAACCGGATCTTTCCTTCGGGACAGGCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTCAGTAGCCAGCATTTAAGGTGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGATCGTGAGATGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACTGCAAAGAAGGAGCTGCCGAA

配列番号５（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株Ｓ５ａ３６ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列−Ｘ９５６２４．１）
1 gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcgatag agaacggaga
61 tttcggttga agttttctat tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct
121 gccctataca gggggataac agttagaaat gactgctaat accgcataag cgcacagctt
181 cgcatgaagc ggtgtgaaaa actgaggtgg tataggatgg acccgcgttg gattagctag
241 ttggtgaggt aacggcccac caaggcgacg atccatagcc ggcctgagag ggtgaacggc
301 cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca
361 caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga agaagtatct cggtatgtaa
421 acttctatca gcagggaaga aagtgacggt acctgactaa gaagccccgg ctaattacgt
481 gccagcagcc gcggtaatac gtaaggggca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg
541 gagcgtagac ggtttggcaa gtctgatgtg aaaggcatgg gctcaacctg tggactgcat
601 tggaaactgt cagacttgag tgccggagag gcaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa
661 tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggcc tgctggacgg taactgacgt
721 tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa
781 cgatgaatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc cgcagcaaac gcaataagta
841 ttcccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca
901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aaatcttgac
961 atccctctga ccgggaagta atgttccctt ttcttcggaa cagaggagac aggtggtgca
1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
1081 tattcttagt agccagcagg tagagctggg cactctaggg agactgccag ggataacctg
1141 gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat gatttgggct acacacgtgc
1201 tacaatggcg taaacaaagg gaagcgaagg ggtgacctgg agcaaatctc aaaaataacg
1261 tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag ctggaatcgc tagtaatcgc
1321 gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta cacaccgccc gtcacaccat
1381 gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccnaaag gagggagctg ccgaaggtgg
1441 gactgataac tggggtga

参照文献
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［３５］Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，（１９９４），Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ａ Ｗａｄｅ ａｎｄ ＰＪ Ｗｅｌｌｅｒ
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Claims (24)

1. 健常な個体と比較して微生物叢の多様性及び／又は安定性が低下した対象において、前記微生物叢の多様性の増加及び／又は安定性の誘導のための使用のための、ブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）種の細菌株を含む組成物。
2. 前記対象が、その微生物叢において９９未満の異なる細菌種及び／または１９０未満の異なる細菌株を有する、請求項１に記載の使用のための組成物。
3. 前記微生物叢多様性の増加及び／または微生物叢の安定性の誘導が、非酢酸生成細菌のための、請求項１又は２に記載の使用のための組成物。
4. 前記微生物叢多様性の増加及び／または微生物叢の安定性の誘導が、酢酸生成細菌及び非酢酸生成細菌の両方のための、請求項１〜３のいずれかに記載の使用のための組成物。
5. 前記対象が、１または複数のアレルギー性疾患患者である、請求項１〜４のいずれかに記載の使用のための組成物。
6. 前記アレルギー性疾患が、ぜんそくである、請求項５記載の使用のための組成物。
7. 前記対象が、１または複数の自己免疫疾患患者である、請求項１〜５のいずれかに記載の使用のための組成物。
8. 前記自己免疫疾患が、関節リウマチまたは多発性硬化症である、請求項７記載の使用のための組成物。
9. 前記対象が虚弱な高齢対象である、請求項１〜８のいずれかに記載の使用のための組成物。
10. 前記対象が帝王切開によって出産された乳児である、請求項１〜９のいずれかに記載の使用のための組成物。
11. 前記対象の腸において、前記微生物叢多様性が増加する、及び／または前記微生物叢の安定性が誘導される、請求項１〜１０のいずれかに記載の使用のための組成物。
12. 前記対象の遠位腸において、前記微生物叢多様性が増加する、及び／または微生物叢の安定性が誘導される、請求項１〜１１のいずれかに記載の使用のための組成物。
13. 前記細菌株が、受託番号ＤＳＭ１０５０７で、また、受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託されているブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）種の細菌である、請求項１〜１２のいずれかに記載の使用のための組成物。
14. 経口投与用である、請求項１〜１３のいずれかに記載の使用のための組成物。
15. １または複数の薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含む、請求項１〜１４のいずれかに記載の使用のための組成物。
16. 前記細菌株が、凍結乾燥されている、請求項１〜１５のいずれかに記載の使用のための組成物。
17. 前記細菌株が、生存可能である、請求項１〜１６のいずれかに記載の使用のための組成物。
18. 前記細菌株が、腸に部分的または全体的に定着することが可能である、請求項１〜１７のいずれかに記載の使用のための組成物。
19. ブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）種の細菌の単一株を含む、請求項１〜１８のいずれかに記載の使用のための組成物。
20. ブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）種の細菌を含み、かつ、任意の他の属からの細菌を含まないか、または、かかる他の細菌を僅少な量でのみ含む、請求項１〜１９のいずれかに記載の使用のための組成物。
21. ブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Ｂ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）種の細菌を含み、かつ、任意の他の種からの細菌を含まないか、または、かかる他の細菌を僅少な量でのみ含む、請求項１〜２０のいずれかに記載の使用のための組成物。
22. ブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）種の細菌を微生物共同体の一部として含む、請求項１〜１８のいずれかに記載の使用のための組成物。
23. 請求項１〜２２のいずれかに記載の使用のための、請求項１〜２２のいずれかに記載の組成物を含む食品。
24. 請求項１〜２２のいずれかに記載の使用のための、請求項１〜２２のいずれかに記載の組成物を含むワクチン組成物。