KR20220049524A - 위장관 장애의 치료를 위한 방법 및 제품 - Google Patents

위장관 장애의 치료를 위한 방법 및 제품 Download PDF

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Abstract

장내 세균불균형과 관련된 장애의 치료에 유용한 다양한 미생물 치료제의 전달을 위한 조성물 및 방법이 본 명세서에 기재된다. 대상체의 GI 마이크로바이옴을 보호하기 위한 조성물 및 방법이 본 명세서에 기재된다. 다양한 실시형태에서, (예를 들어, 인간으로부터, 예를 들어, 건강한 인간의 대변으로부터) 단리 또는 정제된 세균 단리주 및/또는 단리 또는 정제된 세균 단리주의 칵테일을 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 제공된다.

Description

위장관 장애의 치료를 위한 방법 및 제품
우선권
본 출원은 2019년 7월 19일자로 출원된 미국 특허 가출원 제62/876,358호의 이익 및 우선권을 주장하며, 이의 내용은 그 전문이 참조에 의해 본 명세서에 원용된다.
기술 분야
본 발명은 부분적으로 장내 세균불균형(intestinal dysbiosis)과 관련된 장애의 치료에 유용한 세균 단리주 및/또는 세균 단리주의 칵테일의 전달을 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다.
전자적으로 제출된 텍스트 파일에 대한 설명
본 출원은 서열 목록을 포함한다. 이는 EFS-웹을 통해 "FIN-020PC_ST25"라는 제목의 ASCII 텍스트 파일로 전자적으로 제출되었다. 서열 목록은 크기가 61,430 바이트이고, 2019년 7월 19일경에 작성되었다. 서열 목록은 그 전문이 참조에 의해 본 명세서에 원용된다.
인간 위장관은 천 가지 이상의 별개의 세균 종의 다양한 미생물 군집을 보유하며, 1×1014개 초과의 미생물이 존재하는 것으로 추정된다. 이러한 미생물 군집은 또한 미생물총(microbiota)(그리고 유전적 성분은 마이크로바이옴(microbiome))으로도 지칭되며, 인간 건강에 중요한 것으로 입증되었다. 예를 들어, 건강한 마이크로바이옴은 인간 숙주에게 병원체 감염에 대한 저항성, 영양소 생합성 및 흡수 및 면역 자극을 포함한 여러 이점을 제공한다. 마이크로바이옴의 세균불균형 또는 파괴는 병원체에 대한 증가된 민감성, 변경된 대사 프로파일 및 전신 염증 또는 자가면역을 초래한다. 실제로, 마이크로바이옴의 세균불균형(즉, 장내 세균불균형)은 인간 숙주가 염증성 장 질환(inflammatory bowel disease: IBD) 및 과민성 대장 증후군(irritable bowel syndrome: IBS)과 같은 위장 장애뿐만 아니라 클로스트리디움 디피실레(C. diff., 예를 들어, 클로스트리디움 디피실레 감염(Clostridium difficile infection: CDI))를 포함한 병원체에 의한 감염을 포함하는 다양한 병리학적 병태에 취약하게 만들 수 있다.
IBD는 160만 명이 넘는 미국인에게 영향을 미치며, 매년 미국에서 70,000건의 새로운 사례가 진단된다. IBD는 위장관의 만성 염증을 특징으로 한다. IBD의 가장 흔한 두 가지 형태는 궤양성 대장염(ulcerative colitis: UC) 및 크론병(Crohn's Disease: CD)을 포함한다. UC는 결장에서 발생하는 반면, CD는 전체 위장관에 존재할 수 있다. 임상 증상은 설사, 복통, 간헐적 직장 출혈, 체중 감소, 피로 및 때로는 발열이다. 대부분의 환자의 경우, IBD는 증상이 수개월에서 수년 동안 지속되는 만성 병태이다. 현재, IBD에 대한 의학적 치료법은 없다. 대신, 현재 요법은 염증을 감소시켜 GI 증상을 조절하는 방향으로 진행된다. 심한 경우, 결장절제술(colectomy), 직장결장절제술(proctocolectomy) 및 회장루 형성술(ileostomy)을 포함한 외과적 처치가 사용될 수 있다.
연구자들은 이러한 질환을 완화하거나 또는 제거하기 위해 이러한 환자에서 건강한 마이크로바이옴의 복원을 시도하였다. 예를 들어, 한 가지 접근법은 건강한 인간 공여자의 대변으로부터 유래되는 분변 미생물총을 이식하여 창자에 재군락(repopulate)시키는 것(소위 분변 미생물총 이식(Fecal Microbiota Transplant: FMT))을 포함한다. 그러나, 이러한 치료는 이상적이지 않으며, 특히 불쾌하다. 따라서, 보다 최근의 접근법은 환자가 섭취할 수 있으며 분변 이식을 대체할 수 있는 합리적으로 선택되고 정의된 세균의 조합을 개발하는 것이다. 이러한 "미생물을 약으로(bugs as drugs)"의 개념은 FMT의 치료적 이점을 보다 표준화되고 약물화 가능한 시스템으로 전환하는 것으로 보인다. 불행히도, 놀랍지 않게도, 이 접근법은 초기에 실패를 겪었다. 예를 들어, CDI 환자를 치료하기 위해 설계된 세균 포자의 조합인 SER-109를 사용한 최근 임상 시험은 2상 시험에서 주요 목표를 달성하지 못하였다. 이 약물은 치료 후 8주까지 플라시보와 비교하여 CDI 재발의 상대적 위험을 줄이는데 실패하였다.
따라서, 건강한 장내 미생물총을 복원하여 장내 세균불균형과 관련된 다양한 장애, 예를 들어, 위장 장애에 대한 효과적인 치료를 제공할 수 있는 효과적인 치료제에 대한 요구가 남아 있다.
대상체의 GI 마이크로바이옴을 보호하기 위한 조성물 및 방법이 본 명세서에 기재된다. 다양한 실시형태에서, 단리 또는 정제된 세균 단리주 및/또는 단리 또는 정제된 세균 단리주의 칵테일(예를 들어, 인간, 예를 들어, 건강한 인간의 대변으로부터)을 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 제공된다.
본 발명의 양태는 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법으로서, 방법은 (i) (a) 건강한 대상체의 그룹, (b) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹 및 (c) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해에 있는 환자의 그룹의 분변 물질로부터의 세균의 제조물을 제공하는 단계, (ii) 세균의 제조물로부터 16S rRNA 서열을 분석하는 단계 및 (iii) (a) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고; 그리고/또는 (b) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 세균의 제조물로부터의 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 인간 공여자의 대변으로부터 세균 단리주를 단리하는 단계를 포함하되, 세균 단리주의 단면 통합 p-값(cross-sectional combined p-value)은 1×10-14 미만이다.
실시형태에서, 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 세균 균주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이(Faecalibacterium prausnitzii), 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter splanchnicus), 언에어로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus), 알리스티페스 온데르돈키이(Alistipes onderdonkii), 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 에우박테리움 렉탈레(Eubacterium rectale), 블라우티아 오베움(Blautia obeum), 박테로이데스 우니포르미스(Bacteroides uniformis), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus), 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스(Bacteroides cellulosilyticus), 알리스티페스 피네골디이(Alistipes finegoldii), 알리스티페스 샤히이(Alistipes shahii), 아커만시아 무시니필라(Akkermansia muciniphila), 파스코락토박테리움 파에시움(Phascolarctobacterium faecium), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레(Subdoligranulum variabile), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 블라우티아 종(Blautia sp.), 알리스티페스 푸트레디니스, 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis), 알리스티페스 푸트레디니스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 세균 균주는 서열번호 1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 20, 21, 22, 23, 34, 35, 36 및 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드와 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 1종을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 서열번호 2 및 서열번호 18의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 세균 균주는 알리스티페스 피네골디이를 포함하지만, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 푸트레디니스 또는 알리스티페스 푸트레디니스를 포함하지 않거나, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 피네골디이를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 세균 균주는 서열번호 15의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 18, 35, 36 또는 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열이 아닌 16S rRNA 서열; 또는 서열번호 35 내지 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 15 및 18로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열이 아닌 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 방법은 (iv) 인간 분변 샘플로부터 여러 세균 단리주를 제공하는 단계; 및 (v) (a) 진핵생물 세포의 집단을 인간-유래 세균 단리주와 접촉시키는 단계, (b)진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 측정하는 단계 및 (c) 진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 조절할 수 있는 세균 단리주를 선택하는 단계를 포함하는 기능적 검정을 수행하는 단계에 의해 제2 치료적 세균 단리주를 단리하는 단계를 더 포함한다. 실시형태에서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함한다. 실시형태에서, 사이토카인은 IL-10, GM-CSF, IFN-감마, TNF-알파, IL-23 및 IL-12로부터 선택된다.
실시형태에서, 제2 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 박테로이데스 우니포르미스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1, 2,3, 7, 11, 16, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
본 발명의 양태는 제1 및 제2 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 제조하는 방법으로서, 방법은 (i) 인간 대변으로부터 여러 세균 단리주를 단리하는 단계; (ii) (a) 진핵생물 세포의 집단을 세균 단리주와 접촉시키는 단계, (b) IL-10:IL-12 비와 IL-10:TNF-알파 비를 측정하는 단계 및 (c) 진핵생물 세포의 집단과 인큐베이션할 때, 적어도 약 50:1의 IL-10:IL-12 비 또는 적어도 약 1:1의 IL-10:TNF-알파 비를 유도할 수 있는 세균 단리주를 제1 세균 단리주로 확인하는 단계를 포함하는 제1 기능적 검정을 수행하는 단계, (iii) (a) 세균 단리주에 의해 생성된 단쇄 지방산(short-chain fatty acid: SCFA)의 수준을 측정하는 단계와 (b) SCFA를 적어도 약 10mM의 농도로 생성하는 세균 단리주를 제2 세균 단리주로 확인하는 단계를 포함하는 제2 기능적 검정을 수행하는 단계 및 (iv) 제1 및 제2 세균 단리주를 조합하여 미생물 칵테일을 생성하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 제1 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 박테로이데스 우니포르미스, 박테로이데스 불가투스, 코프로코커스 코메스(Coprococcus comes), 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제1 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 11, 12, 16, 17, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함한다.
실시형태에서, SCFA는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산, 발레르산 및 이들의 조합물로 이루어진 군으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 에우박테리움 렉탈레, 코프로코커스 코메스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스(Roseburia faecis), 언에어로스티페스 하드루스, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 8, 17, 19, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 방법은 다음에 의해 미생물 칵테일에 혼입하기 위한 제3 세균 단리주를 단리하는 단계를 더 포함한다: (i) (a) 건강한 대상체의 그룹, (b) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹 및 (c) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해에 있는 환자의 그룹의 분변 물질로부터의 세균의 제조물의 16S rRNA 서열을 분석하는 단계 및 (ii) (a) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고; 그리고/또는 (b) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 세균의 제조물로부터의 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 인간 공여자의 대변으로부터의 세균 단리주에서 제3 세균 단리주를 단리하는 단계.
실시형태에서, 제3 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
본 명세서에 개시된 임의의 실시형태에서, 위장 질환 또는 장애는 염증성 장 질환(inflammatory bowel disease: IBD), 과민성 대장 증후군(irritable bowel syndrome: IBS), C. 디피실레 감염(C. difficile infection: CDI), C. 디피실레-관련 질환(C. difficile-associated disease: CDAD) 및 항생제-유도성 부작용(antibiotic-induced adverse effect)으로부터 선택될 수 있다. 실시형태에서, IBD는 궤양성 대장염(ulcerative colitis: UC), 크론병(Crohn's disease: CD) 및 맹낭염 중 하나 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 위장 질환 또는 장애는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD) 및 항생제-유도성 부작용으로부터 선택된다. 실시형태에서, IBD는 궤양성 대장염(UC), 크론병(CD) 및 맹낭염 중 하나 이상으로부터 선택된다.
세균 단리주의 칵테일을 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 개시되되, 적어도 하나의 세균 단리주는 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 2종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 3종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 4종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 5종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 6종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 7종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 8종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 9종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주 중 적어도 10종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 개시되되, 복수의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레, 오도리박터 스플란크니쿠스 및 서브돌리그라눌룸 바리아빌레로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2종의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레는 서열번호 22 또는 서열번호 23 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 오도리박터는 서열번호 2와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 에우박테리움 렉탈레는 서열번호 8과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 적어도 2종의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 적어도 2종의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 적어도 2종의 세균 단리주는 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하지 않는다.
실시형태에서, 적어도 2종의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 블라우티아 오베움(Blautia obeum) 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 블라우티아 오베움 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 언에어로스티페스 하드루스, 로세부리아 파에시스 및 블라우티아 오베움 중 적어도 1종을 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 블라우티아 오베움 및 언에어로스티페스 하드루스 중 적어도 1종을 포함하지 않는다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 언에어로스티페스 하드루스 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 블라우티아 오베움 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스 및 언에어로스티페스 하드루스 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스 및 언에어로스티페스 하드루스 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 블라우티아 오베움 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 블라우티아 오베움 및 알리스티페스 샤히이 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 블라우티아 오베움 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 블라우티아 오베움 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 적어도 2종의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레 및 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레 및 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 코프로코커스 코메스(Coprococcus comes), 언에어로스티페스 하드루스 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레 및 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하며, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 코프로코커스 코메스, 언에어로스티페스 하드루스 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 코프로코커스 코메스 서열번호 17과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 균주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 샤히이 또는 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 포함하지 않는다.
복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 개시되되, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스 및 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레, 언에어로스티페스 하드루스 및 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 언에어로스티페스 하드루스 및 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 에우박테리움 렉탈레 및 언에어로스티페스 하드루스 각각을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 에우박테리움 렉탈레는 서열번호 8과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 에우박테리움 렉탈레 및 블라우티아 오베움 각각을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 에우박테리움 렉탈레는 서열번호 8과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 위의 약제학적 조성물에서 복수의 세균 단리주 중 하나 이상은 조성물이 투여된 대상체의 장에서 단쇄 지방산(SCFA)을 분비한다. 실시형태에서, SCFA는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산, 발레르산 및 이들의 조합물로 이루어진 군으로부터 선택된다. 실시형태에서, SCFA는 뷰티르산이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 5mM이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 10mM이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 15mM이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 20mM이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 25mM이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 30mM이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 35mM이다. 실시형태에서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 40mM이다. 실시형태에서, 적어도 하나의 SCFA를 생성하는 1종 이상의 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 개시되되, 복수의 세균 단리주는 파라박테로이데스 메르다에(Parabacteroides merdae), 및 알리스티페스 피네골디이(Alistipes finegoldii) 및 알리스티페스 온데르돈키이(Alistipes onderdonkii) 중 적어도 하나를 포함하는 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이 및 알리스티페스 온데르돈키이 모두를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이 및 알리스티페스 온데르돈키이 중 하나를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 아커만시아 무시니필라, 도레아 롱기카테나(Dorea longicatena), 블라우티아 오베움, 블라우티아 종, 박테로이데스 우니포르미스 또는 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus) 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 파라박테로이데스 메르다에, 및 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 피네골디이, 도레아 롱기카테나, 알리스티페스 온데르돈키이, 블라우티아 종, 박테로이데스 우니포르미스 및 박테로이데스 불가투스 각각을 포함한다. 실시형태에서, 파라박테로이데스 메르다에는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 아커만시아 무시니필라는 서열번호 20과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 피네골디이는 서열번호 15와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 도레아 롱기카테나는 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 온데르돈키이는 서열번호 4와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종은 서열번호 34와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 우니포르미스는 서열번호 11 및 서열번호 16 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 불가투스는 서열번호 12와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 파라박테로이데스 메르다에, 및 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 피네골디이, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 오베움, 블라우티아 종, 박테로이데스 우니포르미스 및 박테로이데스 불가투스 각각을 포함한다. 실시형태에서, 파라박테로이데스 메르다에는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 아커만시아 무시니필라는 서열번호 20과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 피네골디이는 서열번호 15와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 도레아 롱기카테나는 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종은 서열번호 34와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 우니포르미스는 서열번호 11 및 서열번호 16 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 불가투스는 서열번호 12와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 개시되되, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이, 및 박테로이데스 우니포르미스 및 도레아 롱기카테나 중 적어도 하나를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 우니포르미스 또는 도레아 롱기카테나 중 하나를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 아커만시아 무시니필라, 박테로이데스 불가투스 및 블라우티아 종 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이, 박테로이데스 우니포르미스, 도레아 롱기카테나, 아커만시아 무시니필라, 박테로이데스 불가투스 및 블라우티아 종 각각을 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 피네골디이는 서열번호 15와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 우니포르미스는 서열번호 11과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 도레아 롱기카테나는 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 아커만시아 무시니필라는 서열번호 20과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 박테로이데스 불가투스는 서열번호 12와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종은 서열번호 34와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 임의의 위의 약제학적 조성물의 복수의 세균 단리주는 표 3에 제공되는 적어도 하나의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포에 의한 사이토카인 생산 또는 방출을 조절한다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포에 의한 전-염증성 사이토카인의 생산 또는 방출을 감소시킨다. 실시형태에서, 전-염증성 사이토카인은 IFNγ, IL-12p70, IL-1(예를 들어, IL-1α, IL-1β), IL-6, IL-8, IL-12, IL-17, IL-18, IL-23, MCP1, MIP1α, MIP1β, TNFα, TNF-γ 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포에 의한 항-염증성 사이토카인의 생산 또는 방출을 증가시킨다. 실시형태에서, 항-염증성 사이토카인은 IL-10, IL-13, IL-4, IL-5, TGF-β 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 실시형태에서, 항-염증성 사이토카인은 IL-10이다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 500 pg/㎖의 IL-10을 생산 또는 방출하도록 유도한다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 1000 pg/㎖의 IL-10을 생산 또는 방출하도록 유도한다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 1500 pg/㎖의 IL-10을 생산 또는 방출하도록 유도한다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 2000 pg/㎖의 IL-10을 생산 또는 방출하도록 유도한다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 2500 pg/㎖의 IL-10을 생산 또는 방출하도록 유도한다. 실시형태에서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 3000 pg/㎖의 IL-10을 생산 또는 방출하도록 유도한다. 실시형태에서, 진핵생물 세포는 배양된 세포이다. 실시형태에서, 배양된 세포는 말초 혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cell: PBMC)이다. 실시형태에서, 진핵생물 세포는 조성물이 투여된 대상체의 세포이다. 실시형태에서, 대상체의 세포는 상피 세포, 장내 고유판 세포(intestinal lamina propria cell), 내피 세포, 섬유아세포, 기질 세포, 대식세포, B 림프구, T 림프구, 비만 세포 및 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)로 이루어진 군으로부터 선택된다. 실시형태에서, 대상체의 세포는 상피 세포이며, 상피 세포는 장내 상피 세포이다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 경구 투여를 위해 캡슐로서 제형화된다. 실시형태에서, 캡슐은 지연-방출 코팅을 포함한다. 실시형태에서, 캡슐은 소수성 코팅을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 장으로 미생물 칵테일을 전달하기 위해 제형화된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 소장으로 미생물 칵테일을 전달하기 위해 제형화된다. 실시형태에서, 조성물은 대장으로 미생물 칵테일을 전달하기 위해 제형화된다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 동결건조된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 항산화제, 동결보호제, 동결건조보호제, 결합제, 붕해제, 부형제, 충전제, 방부제, 산 억제제, 제산제, H2 길항제 및/또는 양성자 펌프 저해제 중 적어도 하나를 더 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 장내 세균불균형과 관련된 장애가 있는 대상체에게 투여하기 위한 것이다. 실시형태에서, 장애는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD), 항생제-유도성 부작용 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하는 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 과민성 대장 증후군의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법이 본 명세서에 개시된다. 실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 26과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 방법은 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하는 세균 단리주 및/또는 서브돌리그라눌룸 종을 포함하는 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
세균 단리주의 칵테일을 함유하는 약제학적 조성물을 제조하는 방법이 본 명세서에 개시되며, 방법은 제1 세균 단리주에 의해 생성된 단쇄 지방산(SCFA)의 수준을 기반으로 제1 세균 단리주를 선택하는 단계; 건강한 인간 대상체 대 염증성 장 질환이 있는 대상체에서 상응하는 세균 균주의 상대적 존재비에 기초하여 제2 세균 단리주를 선택하는 단계로서, 제2 세균 단리주는 상응하는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 상기 제2 세균 단리주를 선택하는 단계; 및 제1 및 제2 세균 단리주를 조합하여 세균 단리주의 칵테일을 생성하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 제1 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 표 4에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 방법은 세균 단리주에 의한 사이토카인의 수준의 조절에 기초하여 제3 세균 단리주를 선택하는 단계를 더 포함한다. 실시형태에서, 제3 세균 단리주는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
제1 기능 검정에서 진핵생물 세포의 집단과 함께 인큐베이션될 때 적어도 50의 IL-10:IL-12의 비 또는 적어도 1의 IL-10:TNF-알파의 비 중 적어도 하나를 유도하는 제1 인간-유래 세균 단리주; 및 제2 기능 검정에 의해 측정되는 바와 같이 적어도 10mM의 농도의 단쇄 지방산(SCFA)을 생성하는 제2 인간-유래 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 개시되되; 제1 및 제2 세균 단리주는 대상체에게 약제학적 조성물의 투여 후 대상체의 장에 생착될 수 있다.
일 양태에서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 100이다. 일 양태에서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 500이다. 일 양태에서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 1000이다. 일 양태에서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 2000이다. 일 양태에서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 2이다. 일 양태에서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 5이다. 일 양태에서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 10이다. 일 양태에서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 20이다. 일 양태에서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함한다. 일 양태에서, 제1 인간-유래 세균 단리주는 약 24시간 동안 진핵생물 세포의 집단과 함께 인큐베이션된다. 일 양태에서, SCFA는 뷰티레이트이다. 일 양태에서, SCFA는 적어도 20mM의 농도로 생성된다. 일 양태에서, SCFA는 적어도 25mM의 농도로 생성된다. 일 양태에서, SCFA는 적어도 30mM의 농도로 생성된다. 일 양태에서, SCFA는 적어도 35mM의 농도로 생성된다. 일 양태에서, SCFA는 뷰티레이트이다.
양태에서, 제2 기능 검정은 제2 세균 단리주를 기질과 함께 인큐베이션하는 것을 포함한다. 일 양태에서, 기질은 다당류, 썬파이버(sunfiber) 또는 보리 맥아(barley malt) 중 적어도 하나를 포함한다. 일 양태에서, 다당류는 프럭토올리고당(fructooligosaccharide: FOS) 및 자일로올리고당(XOS) 중 적어도 하나를 포함한다. 일 양태에서, 기질은 프럭토올리고당(FOS) 및 자일로올리고당(XOS) 모두를 포함한다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 언에어로스티페스 종을 포함한다. 양태에서, 언에어로스티페스 종은 언에어로스티페스 하드루스이다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 3에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 로세부리아 종을 포함한다. 양태에서, 로세부리아 종은 로세부리아 파에시스이다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 19에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 에우박테리움 종을 포함한다. 양태에서, 에우박테리움 종은 에우박테리움 렉탈레이다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 8에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 코프로코커스 종을 포함한다. 양태에서, 코프로코커스 종은 코프로코커스 코메스이다. 일 양태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 17에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 일 양태에서, 제1 세균 단리주는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S 서열을 포함한다.
제1 및 제2 인간-유래 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물을 염증성 장 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 염증성 장 질환을 치료하는 방법이 본 명세서에 개시된다. 일 양태에서, 제1 및 제2 세균 단리주 중 적어도 하나의 투여량은 1010개 세포/㎖ 미만이다.
양태에서, 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 제공되되, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 및 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나를 포함하고, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 공여체의 대변 샘플로부터 단리된다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 각각 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종의 구성원인 2종의 상이한 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레를 포함한다.
양태에서, 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 제공되되, 복수의 세균 단리주는 각각 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종의 구성원인 2종의 상이한 세균 단리주를 포함한다.
실시형태에서, 2종의 상이한 세균 단리주는 상이한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리된다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 각각을 더 포함한다.
양태에서, 복수의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 과민성 대장 증후군의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 과민성 대장 증후군을 치료 또는 예방하는 방법이 제공되되, 세균 단리주 중 하나는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하고, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 약제학적 조성물로 대상체에게 투여된다.
실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나를 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레를 각각 더 포함한다. 실시형태에서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 에우박테리움 렉탈레 각각 및 각각 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종의 구성원인 2종의 상이한 세균 단리주를 더 포함한다.
양태에서, 제조 방법이 제공되며, 방법은 순수한 배양물로서 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 배양하는 단계; 및 B. 셀룰로실리티쿠스의 순수한 배양물로부터의 세균을 동결건조시켜 B. 셀룰로실리티쿠스 동결건조물을 생성하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 B. 셀룰로실리티쿠스 동결건조물을 제2 동결건조물과 조합하는 단계를 더 포함하되, 제2 동결건조물은 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나의 순수한 배양물로부터의 세균을 동결건조시킴으로써 생성된다.
양태에서, 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 제공되되, 복수의 세균 단리주의 제1 세균 단리주의 세포의 양은 복수의 세균 단리주의 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 1% 더 많으며, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 에우박테리움 렉탈레, 오도리박터 스플란크니쿠스, 알리스티페스 샤히이 및 아커만시아 무시니필라로 이루어진 군으로부터 선택된다.
실시형태에서, 제1 세균 단리주의 세포의 양은 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 10% 더 많다. 실시형태에서, 제1 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이 중 하나를 포함한다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 알리스티페스 샤히이 및 아커만시아 무시니필라 중 하나를 포함한다. 실시형태에서, 제1 및 제2 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함한다. 실시형태에서, 제1 세균 단리주는 서열번호 7과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
양태에서, 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 제공되되, 복수의 세균 단리주의 제1 세균 단리주의 세포의 양은 복수의 세균 단리주의 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 1% 더 많고, 제1 및 제2 세균 단리주 각각은 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함한다.
실시형태에서, 제1 세균 단리주의 세포의 양은 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 10% 더 많다. 실시형태에서, 제1 세균 단리주는 서열번호 7과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
양태에서, 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물이 제공되되, 세균 단리주는 (i) 궤양성 대장염(UC)이 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고/하거나 (ii) 분변 미생물총 이식을 받은 환자 그룹의 각각의 환자를 치료한 후 환자 그룹에서 하나 이상의 UC 증상의 임상적 관해(remission)와 상관관계가 있는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하며, 세균 균주의 단면 통합 p-값 1×10-10 미만이다.
실시형태에서, 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 에우박테리움 렉탈레, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나를 포함한다. 실시형태에서, 세균 균주의 단면 통합 p-값은 1×10-14 미만이다. 실시형태에서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나이다. 실시형태에서, 세균 균주의 단면 통합 p-값은 1×10-20 미만이다. 실시형태에서, 세균 단리주는 알리스티페스 샤히이를 포함한다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
양태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 염증성 장 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 염증성 장 질환을 치료하는 방법이 제공된다.
본 명세서에 기재된 임의의 양태 또는 실시형태는 본 명세서에 개시된 바와 같은 임의 다른 양태 또는 실시형태와 조합될 수 있다.
도 1a는 기질 완충액에서 24시간 인큐베이션한 후 다양한 세균 단리주에 의해 분비된 뷰티레이트 농도(mM 단위)를 측정하는 단쇄 지방산(SCFA) 정량화 검정의 결과를 나타내는 그래프이다. 도 1b는 탄소 수로 정규화된 전환된 뷰티레이트의 백분율을 보여준다.
도 2는 다양한 세균 단리주에 상응하는 세균 균주의 투여량과 균주를 함유하는 미배양된 분변 세균을 대상체에게 투여한 후 균주의 생착 사이의 관계를 보여준다.
도 3a 내지 도 3e는 IL-23(도 3a), TNF-α(도 3b), IL-10(도 3c), IFN-γ(도 3d) 및 IL-12p70(도 3e)에 대해 염증-유도성 대장균으로 처리된 PBMC와 함께 인큐베이션될 때 8-균주 미생물 칵테일의 항-염증 효과를 보여준다.
도 4a 내지 도 4e는 IL-23(도 4a), TNF-α(도 4b), IL-10(도 4c), IFN-γ(도 4d) 및 IL-12p70(도 4e)에 대해 염증-유도성 대장균으로 처리된 PBMC와 함께 인큐베이션될 때 7-균주 미생물 칵테일의 항-염증 효과를 보여준다.
도 5는 단리주를 포함하는 약제학적 조성물을 무균 마우스에 투여한 후 4종의 세균 단리주의 생착을 보여준다.
장내 세균불균형과 관련된 다양한 장애의 효과적인 예방 및/또는 치료를 위해 사용될 수 있는 세균 단리주 및 세균 단리주의 칵테일이 본 명세서에 기재된다.
본 명세서에서 달리 정의되지 않는 한, 용어는 관련 기술분양의 당업자에 의해 통상적인 용법에 따라 이해되어야 한다.
본 개시내용 및 첨부된 청구범위의 설명에서 사용된 바와 같이, 단수 형태는 문맥이 명백하게 달리 나타내지 않는 한 복수 형태도 포함하도록 의도된다.
본 명세서에서 사용되는 "및/또는"은 대안("또는")으로 해석될 때 조합의 부족뿐만 아니라 관련된 열거된 항목 중 하나 이상의 임의의 및 가능한 모든 조합을 지칭하며 포함한다.
백분율, 밀도, 부피 등과 같은 측정 가능한 값을 언급할 때 본 명세서에서 사용되는 용어 "약" 및 "대략"은 명시된 양의 20%, 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11% 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5% 또는 심지어 0.1%의 변동을 포함하는 것을 의미한다.
품질을 수정하는데 사용될 때 본 명세서에서 사용되는 용어 "실질적으로"는 일반적으로 품질을 잃지 않고 소정의 정도의 변화를 허용한다. 예를 들어, 소정의 양태에서, 이러한 변화의 정도는 0.1% 미만, 약 0.1% 미만, 약 0.2% 미만, 약 0.3% 미만, 약 0.4% 미만, 약 0.5% 미만, 약 0.6% 미만, 약 0.7% 미만, 약 0.8% 미만, 약 0.9% 미만, 약 1% 미만, 1% 내지 2%, 2% 내지 3%, 3% 내지 4%, 4% 내지 5% 또는 5% 초과일 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "치료하는"은 (i) 질환, 장애 또는 병태를 완전히 또는 부분적으로 저해하는 것, 예를 들어, 이의 발병을 정지시키는 것; (ii) 질환, 장애 또는 병태를 완전히 또는 부분적으로 완화시키는 것, 예를 들어, 질환, 장애 및/또는 병태의 퇴행을 유발하는 것; 또는 (iii) 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬울 수 있지만 아직 가지고 있는 것으로 진단되지 않은 질환, 장애 또는 병태가 환자에서 발생하는 것을 완전히 또는 부분적으로 예방하는 것을 지칭한다. 유사하게는, "치료"는 치료적 치료 및 예방적(prophylactic) 또는 예방적(preventative) 처치(measures) 모두를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "치료학적 유효량" 또는 "약제학적 활성 용량"은 명시된 질환, 장애 또는 병태를 치료하는데 효과적인 조성물의 양을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "미생물총" 및 "생물상(flora)"은 진핵생물, 고세균, 세균 및 바이러스(세균 바이러스(즉, 파지) 포함)를 포함하여 지속 가능하고 일시적으로 대상체의 신체 내부 또는 위에 사는 미생물의 군집을 지칭한다. 선택되지 않은 분변 미생물총은 선택 없이 공여체의 분변 샘플로부터 유래되는 분변 미생물의 군집 또는 혼합물을 지칭하며, 이러한 분변 샘플에서 발견되는 미생물 구성요소 및 집단 구조와 실질적으로 유사하다.
본 명세서에서 사용되는 "멸균 분변 여과액" 또는 "비-세포 분변 여과액"은 분변 물질의 액체 성분을 지칭하며, 액체 성분에는 세포-기반 살아있는 유기체(예를 들어, 세균, 진균 또는 이의 포자)가 없거나 또는 실질적으로 없지만 박테리오파지 및 비-세포 생물학적 물질을 보유한다. 실시형태에서, 비-세포 또는 멸균 분변 여과액은 또한 진핵생물 숙주 세포에 대한 바이러스가 없다.
본 명세서에서 사용되는 "진핵생물"은 핵 및 막-결합 소기관을 포함하는 세포에 속하는 것을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "세균", "박테리아" 및 "고세균"은 막 결합 핵 및 소기관이 결여되어 있는 단세포 원핵생물을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "콜로니 형성 단위"(colony forming unit: cfu)는 주어진 샘플에서 생존 가능한 미생물 세포의 수의 추정치를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "생존 가능한"은 증식하는 능력을 가지는 것을 의미한다. 일 실시형태에서, 세균 포자는 생존 가능하다. 또 다른 실시형태에서, 영양성 세균 세포는 생존 가능하다.
본 명세서에서 사용되는 "분변 세균"은 분변 물질에서 발견될 수 있는 세균을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "단리된" 또는 "정제된"은 (1) 처음 생성될 때(자연에서든 또는 실험 환경에서든) 관련된 성분 중 적어도 하나의 일부에서 분리되고/되거나 (2) 사람의 손에 의해 생산, 준비, 정제 및/또는 제조된 박테리아 또는 기타 독립체 또는 물질을 지칭한다. 단리 또는 정제된 세균은 이들이 초기에 결합된 다른 성분의 적어도 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90% 이상으로부터 분리될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "세포독성" 활성 또는 박테리아는 병원성 세균 세포와 같은 세균 세포를 죽이는 능력을 포함한다. "세포증식억제" 활성 또는 박테리아는 병원성 세균 세포와 같은 세균 세포의 성장, 대사 및/또는 증식을 부분적으로 또는 완전히 저해하는 능력을 포함한다.
박테리아 또는 임의의 다른 유기체 또는 완전체와 관련하여 본 명세서에서 사용되는 용어 "병원체" 및 "병원성"은 유기체 또는 완전체를 포함하는 숙주 유기체의 질환, 장애 또는 병태를 유발하거나 또는 이에 영향을 미칠 수 있는 임의의 그러한 유기체 또는 완전체를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 "포자" 또는 "포자"의 집단은 일반적으로 생존 가능하고, 동일한 세균의 영양성 형태보다 열 및 살균제와 같은 환경적 영향에 더 저항성이 있으며, 전형적으로 발아 및 맹아(out-growth)할 수 있는 세균(또는 기타 단세포 유기체)을 포함한다. "포자-형성자(Spore-formers)" 또는 "포자를 형성할 수 있는" 세균은 기타 적절한 환경 조건하에서 포자를 생성하는데 필요한 유전자 및 능력을 포함하는 세균이다.
본 명세서에서 사용되는 2종 이상의 세균의 "조합"은 동일한 물질 또는 제품 또는 물리적으로 연결된 제품에서 두 세균의 물리적 공존뿐만 아니라 두 세균의 일시적인 동시-투여 또는 공동-국재화를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 "세균 단리주"는 단일의 조상 세균 세포로부터 이분법을 통한 증식에 의해(예를 들어, 세균 배양에 의해) 생성된 실질적으로 유전적으로 동일한 세균 세포의 집단을 지칭한다. 전형적으로, 세균 단리주는 원래, 예를 들어, 고체 배양 배지 상의 단일 콜로니로서 또는 액체 배양의 연속 희석을 통해 유전적으로 순수한 세포 또는 세포의 집단으로서 단리되고, 그 후 단리주에 대한 일관되고 안정한 공급원을 제공하기 위해 보관된다(예를 들어, 냉동된 스톡으로). 일단 단리되면, 일부 실시형태에서, 세균 단리주는 순수한 세포의 집단으로서 성장할 수 있고; 다른 실시형태에서, 여러 세균의 단리주가 혼합 배양과 동일한 용기에서 동시에 성장할 수 있다. 용어 "실질적으로 유전적으로 동일한"은 오염되지 않은 혼합물에서 상이한 세포에 의해 공유되는 매우 높은(99% 초과) 유전적 동일성을 지칭하며, 이는 공통의 조상으로부터의 증식으로 인해 발생하지만 비교적 드문 돌연변이의 축적으로 인해 집단 내에서 약간의 유전적 차이를 나타내기 때문이다. 일반적으로, 세균 단리주는 배양된 세포의 집단과 동의어이다. 전형적으로, 세균 단리주는 비-병원성 세균으로 구성된다.
때로는 "미생물 컨소시엄" 또는 "합성 세균 혼합물" 또는 "세균 혼합물"로도 불리는 본 명세서에서 사용되는 용어 "미생물 칵테일"은 다수의 세균 단리주의 정의된 컨소시엄을 포함하는 조작된 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)을 지칭한다. 용어 "다수의 세균 단리주의 정의된 컨소시엄"은 미생물 칵테일이 2종 이상의 세균 단리주를 포함하고 칵테일에 있는 각각 세균 단리주의 수 및 정체를 알고 있으므로 칵테일이 별도의 배취에 걸쳐 안정적인 특성을 갖는 약제학적 조성물로서 일관되게 생산될(예를 들어, 단리된 세균 균주를 조합하여) 수 있음을 의미한다. 여기에서, 세균 단리주의 "정체(identity)"는 1종 이상의 다른 단리주 또는 세균 균주와 상이한 단리주를 고유하게 식별하는 단리주의 임의의 특성을 지칭할 수 있다. 식별 특성의 예는 16S rRNA 서열과 같은 DNA 서열, 하나 이상의 코딩 또는 비-코딩 영역의 서열 및 전체 게놈 서열, 유전자 발현의 수준, 생리학적 또는 대사적 형질(trait), 또는 염색 패턴 또는 세포벽 특성과 같은 해부학적 형질을 포함한다.
본 명세서에 기재된 미생물 칵테일 또는 컨소시엄(예를 들어, 분변 기원의 세균 균주로부터 유래됨)은 배양 배지에서 균주를 배양하지 않고 대변 샘플로부터 적어도 부분적으로 추출 또는 정제된 다수의 세균 균주의 혼합물을 지칭하는 "미배양된 분변 미생물총"을 포함하는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)과 구별될 수 있다. 대변 샘플로부터 미생물총 또는 분변 세균을 추출하기 위해 취하는 단계는 섬유 및 거친 미립자 물질뿐만 아니라, 예를 들어, 진핵생물 숙주 세포 및 바이러스와 같은 비-세포 대변 물질로부터 분변 세균 균주를 분리하기 위한 대변 샘플의 균질화 및 여과를 포함할 수 있다. 미배양된 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물의 제조물은 일부 실시형태에서 미생물총으로부터의 소정의 유형(예를 들어, 종)의 세균의 제거 및/또는 미생물총에 대한 1종 이상의 세균 균주의 추가를 포함할 수 있다. 소정의 실시형태에서, 약제학적 조성물은 미배양된 분변 미생물총과 조합된 하나 이상의 배양된 세균 균주(예를 들어, 세균 단리주)를 포함할 수 있다.
본 명세서에서 "미배양된 분변 세균" 또는 "미배양된 분변 세균의 제조물"은 균주를 배양하지 않고(예를 들어, 배양 배지에서) 하나 이상의 대변 샘플로부터 수확, 추출 또는 정제된 다수의 비-병원성 생존 가능한 세균 균주를 포함하는 제조물을 지칭한다. 이러한 미배양된 분변 세균의 제조물은 또한 미배양된 분변 세균의 수집물(collection) 또는 미배양된 분변 세균의 집단으로 지칭될 수 있다. 소정의 실시형태에서, 미배양된 분변 미생물총은 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다.
본 개시내용은 세균 단리주(예를 들어, 단일 미생물 단리주 또는 미생물 칵테일) 및 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 모두 포함하는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)을 상정한다. 예를 들어, 소정의 실시형태에서, 조성물은 실질적으로 완전한 분변 미생물총 또는 1종 이상의 세균 단리주"가 보충되거나 또는 "첨가된(스파이크된)" 건강한 개체의 대변 샘플로부터 추출 또는 정제된 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "미생물 혼합물" 및 "미생물 치료제"는 세균 단리주, 미생물 칵테일, 미배양된 분변 세균의 제조물 및/또는 미배양된 분변 미생물총을 포함하는 임의의 조성물 또는 치료를 광범위하게 포함하는 것을 의미한다.
16S rRNA 서열과 관련하여 사용될 때 본 명세서에서 "적어도 95% 동일한"은 참조 DNA 서열에 대해 적어도 95%, 적어도 95.5%, 적어도 96%, 적어도 96.5%, 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5% 또는 100%의 동일성을 공유하는 대상체 DNA 서열을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "대상체"는 인간, 실험실 동물(예를 들어, 영장류, 래트, 마우스), 가축(예를 들어, 소, 양, 염소, 돼지, 칠면조, 닭) 및 반려동물(예를 들어, 개, 고양이, 설치류 등)을 포함하는 임의의 동물 대상체를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 대상체 및/또는 동물은 포유동물, 예를 들어, 인간, 마우스, 래트, 기니피그, 개, 고양이, 말, 소, 돼지, 토끼, 양 또는 비-인간 영장류, 예컨대, 원숭이, 침팬지 또는 비비이다. 다른 실시형태에서, 대상체 및/또는 동물은, 예를 들어, 제브라피쉬와 같은 비-포유동물이다. 바람직한 대상체는 인간 대상체이다. 인간 대상체는 소아, 성인 또는 노인 대상체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 용어 "환자" 및 "대상체"는 상호교환적으로 사용된다.
본 명세서에서 사용되는 "샤논 다양성 지수(Shannon Diversity Index)"는 공식을 사용하여 주어진 군집에 존재하는 종의 존재비 및 균일성(evenness)을 설명하는 다양성 지수를 지칭하며,
Figure pct00001
여기서 H는 샤논 다양성 지수이고, R은 군집에서 종의 총 수이며, pi는 i번째 종으로 구성된 R의 비율이다. 값이 높을수록 다양하고 및 균등하게 분포된 군집을 나타내고, 0의 값은 주어진 군집에 한 종만이 존재함을 나타낸다. 추가 참조의 경우, 문헌[Shannon and Weaver, (1949) The mathematical theory of communication. The University of Illinois Press, Urbana. 117pp.]을 참조한다.
본 명세서에서 사용되는 "항생제"는 세균을 죽이거나, 세균의 성장을 저해하거나 또는 세균의 생존 능력을 감소시킴으로써 세균 감염을 치료 및/또는 예방하는데 사용되는 물질을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "간헐적 투여 스케줄"은 약제학적 조성물이 일정 기간(초기 치료 기간) 동안 투여된 후 이러한 약제학적 조성물을 사용한 치료가 보류되는 제2 기간(휴약 기간) 동안 투여되는 투여 스케줄을 지칭한다. 휴약 기간은 치료제가 다시 투여되는 제3 기간(초기 치료 기간과 동일하거나 또는 상이한 투여량으로)이 뒤따를 수 있으며, 그 후에 필요한 경우 추가의 휴약 및 치료 기간이 뒤따를 수 있다. 간헐적 투여 양생법은 치료 기간(일 또는 주)/휴약 기간(일 또는 주)로 표현될 수 있다. 예를 들어, 4/1 간헐적 투여 스케줄은 경우에 따라 치료 기간이 4주/일이고 및 휴약 기간이 1주/일인 간헐적 투여 스케줄을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "연속 투여 스케줄"은 휴약 기간 없이 치료 기간 동안 약제학적 조성물이 투여되는 투여 스케줄을 지칭한다. 연속 투여 스케줄의 치료 기간 동안, 약제학적 조성물은, 예를 들어, 매일 또는 격일 또는 3일마다 투여될 수 있다. 약제학적 조성물이 투여되는 날에는, 하루 종일 1회 투여 또는 다회 투여될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "투여 빈도"는 주어진 시간에 약제학적 조성물의 투여량을 투여하는 빈도를 지칭한다. 투여 빈도는 주어진 시간당 투여의 횟수로 나타낼 수 있으며, 예를 들어, 1일 1회, 주 1회 또는 2주에 1회이다.
본 명세서에서 사용되는 "투여 간격"은 대상체에게 투여되는 약제학적 조성물의 연속적인 투여 사이에 경과하는 시간의 양을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 "장내 세균불균형과 관련된 장애" 또는 "GI 세균불균형과 관련된 장애" 또는 "불균형"은, 예를 들어, 소정의 바람직하지 않은 세균 균주를 포함하고/하거나 소정의 바람직한 세균 균주가 결여되어 있는 비정형(atypical) 또는 건강에 해로운 마이크로바이옴에 의해 유발되는 장애 또는 질환을 지칭한다. 예는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD) 및 항생제-유도성 부작용을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. IBD의 예는 궤양성 대장염(UC), 크론병(CD) 및 맹낭염(pouchitis)을 포함한다.
일 양태에서, 대상체는 장내 세균불균형과 관련된 장애를 갖는 것으로 진단되었다. 또 다른 양태에서, 치료되는 대상체는 예방되어야 하는 장내 세균불균형과 관련된 장애를 가질 위험이 있거나 또는 가질 경향이 있다. 일 양태에서, 치료되는 대상체는 장내 세균불균형과 관련된 장애가 예방되어야 하는 대상체이다.
세균 단리주 및 미생물 칵테일
장내 세균불균형과 관련된 다양한 장애, 예를 들어, 위장 장애의 치료에서 세균 단리주 및 세균 단리주의 미생물 칵테일의 약제학적 조성물, 제형, 제조 방법 및 용도가 본 명세서에 기재된다.
일 양태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한(예를 들어, 적어도 95% 동일한, 적어도 95.5% 동일한, 적어도 96% 동일한, 적어도 96.5% 동일한, 적어도 97% 동일한, 적어도 97.5% 동일한, 적어도 98% 동일한, 적어도 98.5% 동일한, 적어도 99% 동일한, 적어도 99.5% 동일한 또는 100% 동일한) 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 조성물은 단일 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 조성물은 적어도 2종의 세균 단리주, 적어도 3종의 세균 단리주, 적어도 4종의 세균 단리주, 적어도 5종의 세균 단리주, 적어도 6종의 세균 단리주, 적어도 7종의 세균 단리주, 적어도 8종의 세균 단리주, 적어도 9종의 세균 단리주, 적어도 10종의 세균 단리주 또는 더 많은 수의 세균 단리주, 예를 들어, 15종, 20종, 25개, 30종 이상의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일이다. 실시형태에서, 예를 들어, 3종, 4종, 5종, 6종, 7종, 8종, 9종 또는 10종의 세균 단리주 각각은 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 분변 세균을 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 건강한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 추출, 단리 및/또는 배양된 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 아커만시아, 알리스티페스, 언에어로스티페스, 바실러스, 박테로이데스, 블라우티아, 클로스트리디움, 콜린셀라, 코프로코커스, 도레아, 에우박테리움, 파에칼리박테리움, 푸소박테리아, 오도리박터, 파라박테로이데스, 파스코락토박테리움, 프로피오니박테리아, 로세부리아, 서브돌리그라눌룸, 락토바실러스, 루미노코커스, 에스케리키아, 겜미거, 데설포모나스, 펩토스트렙토코커스 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상, 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상 또는 5종 이상의 단리, 정제 또는 배양된 미생물을 포함한다.
일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 알리스티페스 온데르돈키이, 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis), 파라박테로이데스 메르다에, 도레아 롱기카테나, 에우박테리움 렉탈레, 블라우티아 오베움, 블라우티아 종, 박테로이데스 우니포르미스, 박테로이데스 불가투스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 피네골디이, 코프로코커스 코메스, 알리스티페스 샤히이, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 파스코락토박테리움 패시움(Phascolarctobacterium faecium), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 1종, 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종 또는 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종, 적어도 11종 또는 적어도 12종의 분변 미생물(예를 들어, 세균 단리주)을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함한다. 실시형태에서, 오도리박터 종을 포함하는 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함한다. 실시형태에서, 오도리박터 종을 포함하는 세균 단리주는 오도리박터 라네우스(Odoribacter laneus)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 오베움을 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 마스실리엔시스(Blautia massiliensis)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 코코이데스(Blautia coccoides)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 프로둑타(Blautia producta)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 쉰키이(Blautia schinkii)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 하이드로게노트로피카(Blautia hydrogenotrophica)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 루티(Blautia luti)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 한세니이(Blautia hansenii)를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 파에시스를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 스테르코리스를 포함한다. 실시형태에서, 블라우티아 종을 포함하는 세균 단리주는 블라우티아 웩슬레라에(Blautia wexlerae)를 포함한다.
일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 생존 가능한 박테로이데스, 푸소박테리아, 프로피오니박테리아, 락토바실러스, 루미노코커스, 에스케리키아 콜라이, 겜미거, 데설포모나스, 펩토스트렙토코커스, 비피도박테리움, 모닐리아 또는 이들의 임의의 조합을 포함하지 않는다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 생존 가능한 박테로이데스 프래질리스 종 불가투스(Bacteroides fragilis sp. vulgatus), 콜린셀라 에어로파시엔스(Collinsella aerofaciens), 박테로이데스 프래질리스 종 테타이오타오미크론(Bacteroides fragilis sp. thetaiotaomicron), 펩토스트렙토코커스 생성물 II, 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 푸소박테리아 프라우스니치이, 코프로코커스 에우탁투스(Coprococcus eutactus), 콜린셀라 에어로파시엔스 III, 펩토스트렙토코커스 생성물 I, 루미노코커스 브로미이(Ruminococcus bromii), 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis), 겜미거 포르미실리스(Gemmiger formicilis), 비피도박테리움 롱검(Bifidobacterium longum), 에우박테리움 시라에움(Eubacterium siraeum), 루미노코커스 토르퀘스(Ruminococcus torques), 에우박테리움 렉탈레, 에우박테리움 엘리겐스(Eubacterium eligens), 박테로이데스 에게르티이(Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 렙툼(Clostridium leptum), 박테로이데스 프래질리스 종 A, 에우박테리움 비포르메(Eubacterium biforme), 비피도박테리움 인판티스(Bifidobacterium infantis), 에우박테리움 렉탈레 III-F, 코프로코커스 코메스, 슈도플라보니프락토르 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus), 루미노코커스 알부스(Ruminococcus albus), 도레아 포르미시게네란스(Dorea formicigenelans), 에우박테리움 할리이(Eubacterium hallii), 에우박테리움 벤트리오숨 I(Eubacterium ventriosum I), 푸소박테리아 루시(Fusobacterium russi), 루미노코커스 오베움, 에우박테리움 렉탈레, 클로스트리디움 라모숨(Clostridium ramosum), 락토바실러스 레이크만니이(Lactobacillus leichmannii), 루미노코커스 칼리두스(Ruminococcus callidus), 부티리비브리오 크로스소투스(Butyrivibrio crossotus), 악시다미노코커스 퍼멘탄스(Acidaminococcus fermentans), 에우박테리움 벤트리오숨, 박테로이데스 프래질리스 종 프래질리스, 박테로이데스 AR, 코프로코커스 카투스(Coprococcus catus), 에어로스티페스 하드루스, 에우박테리움 실린드로이데스(Eubacterium cylindroides), 에우박테리움 루미난티움(Eubacterium ruminantium), 에우박테리움 CH-1, 스타필로코커스 에피더미디스(Staphylococcus epidermidis), 펩토스트렙토코커스 BL, 에우박테리움 리모숨(Eubacterium limosum), 티씨렐라 프라에아쿠타(Tissirella praeacuta), 박테로이데스 L, 푸소박테리아 모르티페룸 I(Fusobacterium mortiferum I), 푸소박테리아 나비포르메(Fusobacterium naviforme), 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium innocuum), 클로스트리디움 라모숨, 프로피오니박테리아 아크네스(Propionibacterium acnes), 루미노코커스 플라베파시엔스(Ruminococcus flavefaciens), 루미노코커스 AT, 펩토코커스 AU-1(Peptococcus AU-1), 박테로이데스 프래질리스 종 오바투스(Bacteroides fragilis sp. ovatus), -종 d, -종 f; 박테로이데스 L-1, L-5; 푸소박테리아 누클레아툼(Fusobacterium nucleatum), 푸소박테리아 모르티페룸, 에스케리키아 콜라이, 게멜라 모르빌로룸(Gemella morbillorum), 피네골디아 마그누스(Finegoldia magnus), 펩토코커스 G, -AU-2; 스트렙토코커스 인터메디우스(Streptococcus intermedius), 루미노코커스 락타리스(Ruminococcus lactaris), 루미노코커스 CO 겜미거 X, 코프로코커스 BH, -CC; 에우박테리움 테누에(Eubacterium tenue), 에우박테리움 라물루스(Eubacterium ramulus), 박테로이데스 클로스트리디이포르미스 종 클로스트리디이포르미스(Bacteroides clostridiiformis sp. clostridliformis), 박테로이데스 코아귤란스(Bacteroides coagulans), 프레보텔라 오랄리스(Prevotella oralis), 프레보텔라 루미니콜라(Prevotella ruminicola), 오도리박터 종(예를 들어, 오도리박터 스플란크니쿠스 및/또는 오도리박터 라네우스), 데수이포모나스 피그라(Desuifomonas pigra), 락토바실러스 G, 석시니비브리오 A(Succinivibrio A) 또는 이들의 조합을 포함하지 않는다.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 인간으로부터 단리 또는 정제된 세균을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일에 혼입되는 세균 단리주의 전부 또는 서브세트는 인간으로부터 단리 또는 정제된다. 예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주는 감염원에 대해 사전 스크리닝된 하나 이상의 건강한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 정제 또는 단리될 수 있다. 다른 예에서, 세균 단리주는 위장관의 유체 흡인물 또는 위장관 부위의 점막 생검으로부터 단리 또는 정제될 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물 또는 미생물 칵테일은 다수의 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리 또는 정제된 복수의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물 또는 미생물 칵테일은 오직 단일 인간 공여자의 대변 샘플 또는 대변 샘플들로부터만 단리 또는 정제된 복수의 세균 단리주를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 혼입되는 세균 단리주는 살아있는 영양 세포를 포함한다. 일부 실시형태에서, 세균 단리주는 포자를 형성할 수 있는 세균을 포함한다. 일부 실시형태에서, 세균 단리주는 포자, 예를 들어, 생존 가능한 포자의 형태로 세균을 포함한다. 일부 실시형태에서, 세균 단리주는 살아있는 영양 세포 및 포자의 형태로 세균을 포함한다. 일부 실시형태에서, 세균 단리주에는 살아있는 영양 세포가 실질적으로 없다. 일부 실시형태에서, 전체 미생물 칵테일에는 살아있는 영양 세포가 실질적으로 없다. 일부 실시형태에서, 세균 단리주에는 포자가 실질적으로 없다. 일부 실시형태에서, 전체 미생물 칵테일에는 포자가 실질적으로 없다.
일 양태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되는 적어도 하나의 세균 단리주 또는 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주를 포함한다. 소정의 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되는 적어도 2종의 세균 단리주 또는 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 표 1의 각 세균 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호) 및 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)로 식별된다.
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실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 2종 내지 약 50종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 50종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 45종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 40종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 35종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 30종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 20종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 15종의 세균 단리주, 약 3종 내지 약 10종의 세균 단리주 및 약 3종 내지 약 9종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 30종의 세균 단리주, 또는 약 29종의 세균 단리주, 또는 약 28종의 세균 단리주, 또는 약 27종의 세균 단리주, 또는 약 26종의 세균 단리주, 또는 약 25종의 세균 단리주, 또는 약 24종의 세균 단리주, 또는 약 23종의 세균 단리주, 또는 약 22종의 세균 단리주, 또는 약 21종의 세균 단리주, 또는 약 19종의 세균 단리주, 또는 약 18종의 세균 단리주, 또는 약 17종의 세균 단리주, 또는 약 16종의 세균 단리주, 또는 약 15종의 세균 단리주, 또는 약 14종의 세균 단리주, 또는 약 13종의 세균 단리주, 또는 약 12종의 세균 단리주 또는 약 11종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 10종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 9종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 8종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 7종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 6종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 5종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 4종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 3종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 2종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 적어도 2종의 세균 단리주, 적어도 3종의 세균 단리주, 적어도 4종의 세균 단리주, 적어도 5종의 세균 단리주, 적어도 6종의 세균 단리주, 적어도 7종의 세균 단리주, 적어도 8종의 세균 단리주, 적어도 9종의 세균 단리주, 적어도 10종의 세균 단리주 또는 더 많은 수의 세균 단리주, 예를 들어, 15종, 20종, 25종, 30종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 3종, 4종, 5종, 6종, 7종, 8종, 9종 또는 10종의 세균 단리주 각각은 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되거나 또는 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 약 6종 내지 약 20종의 세균 단리주, 또는, 예를 들어, 약 6종 내지 약 15종의 세균 단리주, 약 6종 내지 약 10종의 세균 단리주, 약 6종 내지 약 9종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되거나 또는 표 1에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 30종의 세균 단리주, 또는 29종의 세균 단리주, 또는 28종의 세균 단리주, 또는 27종의 세균 단리주, 또는 26종의 세균 단리주, 또는 25종의 세균 단리주, 또는 24종의 세균 단리주, 또는 23종의 세균 단리주, 또는 22종의 세균 단리주, 또는 21종의 세균 단리주, 또는 20종의 세균 단리주, 또는 19종의 세균 단리주, 또는 18종의 세균 단리주, 또는 17종의 세균 단리주, 또는 16종의 세균 단리주, 또는 15종의 세균 단리주, 또는 14종의 세균 단리주, 또는 13종의 세균 단리주, 또는 12종의 세균 단리주, 또는 11종의 세균 단리주, 또는 10종의 세균 단리주, 또는 9종의 세균 단리주, 또는 8종의 세균 단리주, 또는 7종의 세균 단리주, 또는 6종의 세균 단리주, 또는 5종의 세균 단리주, 또는 4종의 세균 단리주, 또는 3종의 세균 단리주, 또는 2종의 세균 단리주 또는 1종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되거나 또는 표 1에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 8종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되거나 또는 하나 이상의 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 7종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되거나 또는 하나 이상의 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 6종의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1에 제공되거나 또는 하나 이상의 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 1종의 세균 단리주를 포함한다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 혼입되는 세균 단리주는 조성물이 투여되는 대상체의 건강을 향상시킬 수 있다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대상체의 건겅에 영향을 미치기 위해 대상체에서 작용하는 하나 이상의 생물학적 메커니즘을 유도하거나 또는 이에 영향을 줌으로써 대상체의 건강에 영향을 미친다. 예시적인 메커니즘은 대상체의 장내 세균 단리주에 의한 SCFA의 생산 또는 대상체의 세포(예를 들어, 장내 세포)에 의한 사이토카인 생산 및/또는 방출의 세균 단리주에 의한 조절을 포함한다. 또 다른 예에서, 세균 단리주는 장내 세균불균형을 가진 환자에 비해 건강한 인간 대상체의 장 또는 분변 미생물총에서 더 풍부하거나 또는 장내 세균불균형을 가진 환자에 비해 장내 세균불균형으로부터 관해 상태에 있는 인간 대상체에서 더 풍부하다. 건강한 대상체의 장에서 세균 단리주의 증가된 존재비는 세균 단리주가 이러한 효과를 일으키는 정확한 작용 메커니즘이 이해되지 않을 수 있지만, 대상체의 건강에 대한 세균 단리주의 긍정적인 영향을 나타낼 수 있다(즉, 세균 단리주가 메커니즘 불가지론적인(mechanism agnostic) 대상체의 건강에 영향을 미침).
실시형태에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 SCFA를 생성하거나 또는 1종 이상의 세균 균주에 의한 SCFA 생성을 향상시키는 능력을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 'SCFA'는 1개 내지 6개의 탄소 원자의 지방족 꼬리를 갖는 지방산을 지칭한다. SCFA, 예를 들어, 탄수화물, 단백질, 펩타이드 및 당단백질 전구체가 세균 대사 동안, 예컨대, 발효 동안 세균에 의해 생성될 수 있다. 예시적인 SCFA는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산 및 발레르산을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 이론에 얽매이지 않고, SCFA는 결장 점막의 건강을 유지하는데 필수적인 역할을 하는 것으로 생각되며, 장내 SCFA-생성 세균의 존재는 소정의 장내 세균불균형, 예컨대, UC의 지속적인 임상적 관해와 관련이 있다. 따라서, 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 혼입되는 세균 단리주는 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일을 포함)이 대상체(예를 들어, UC를 갖는 대상체)에게 투여된 후 대상체의 장에서 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있다. 또 다른 예에서, 세균 단리주는 세균에 의한 SCFA 생성을 검출 및/또는 측정할 수 있는 시험관내 검정에서 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산, 발레르산 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 SCFA를 생성한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 24시간의 기간 동안 적어도 5mM, 적어도 10mM, 적어도 15mM, 적어도 20mM, 적어도 25mM, 적어도 30mM, 적어도 35mM, 적어도 40mM, 적어도 45mM 적어도 50mM, 적어도 60mM, 적어도 70mM, 적어도 80mM, 적어도 90mM, 적어도 100mM, 적어도 110mM, 적어도 120mM, 적어도 130mM, 적어도 140mM, 적어도 150mM 또는 150mM 초과의 농도의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, SCFA는 기능 검정(즉, 생체외에서 수행되며, 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주, 미생물 칵테일, 미배양된 분변 세균의 제조물 또는 미배양된 분변 미생물총에 의해 생성된 SCFA의 농도 또는 양을 측정하도록 설계된 검정)에서 측정된다. 예를 들어, 기능 검정은 1종 이상의 세균 단리주를 기질과 함께 인큐베이션(예를 들어, 24시간 동안)하고; 기질의 대사 후 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)의 수준을 측정하는 것을 포함할 수 있다. 실시형태에서, 기질은 다당류(예를 들어, 프럭토올리고당(FOS) 또는 자일로올리고당(XOS)), 썬파이버/부분적으로 가수분해된 구아검(PHGG) 또는 보리 맥아 중 적어도 하나를 포함할 수 있다.
실시형태에서, SCFA는 본 명세서에 기재된 조성물이 투여된 대상체의 장에서 생성된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하되, 오도리박터 스플란크니쿠스는 24시간의 기간 동안 적어도 20mM, 적어도 21mM, 적어도 22mM, 적어도 23mM, 적어도 24mM, 적어도 25mM, 적어도 26mM, 적어도 27mM, 적어도 28mM, 적어도 29mM, 적어도 30mM, 적어도 31mM, 적어도 32mM, 적어도 33mM, 적어도 34mM, 적어도 35mM, 적어도 36mM, 적어도 37mM, 적어도 38mM, 적어도 39mM, 적어도 40mM, 적어도 41mM, 적어도 42mM, 적어도 43mM, 적어도 44mM, 적어도 45mM, 적어도 46mM, 적어도 47mM, 적어도 48mM, 적어도 49mM, 적어도 50mM 또는 50mM 초과의 농도의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성한다. 실시형태에서, 오도리박터 스플란크니쿠스는 서열번호 2에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 로세부리아 종(예를 들어, 로세부리아 파에시스)을 포함하되, 로세부리아 종은 24시간의 기간 동안 적어도 20mM, 적어도 21mM, 적어도 22mM, 적어도 23mM, 적어도 24mM, 적어도 25mM, 적어도 26mM, 적어도 27mM, 적어도 28mM, 적어도 29mM, 적어도 30mM, 적어도 31mM, 적어도 32mM, 적어도 33mM, 적어도 34mM, 적어도 35mM, 적어도 36mM, 적어도 37mM, 적어도 38mM, 적어도 39mM, 적어도 40mM, 적어도 41mM, 적어도 42mM, 적어도 43mM, 적어도 44mM, 적어도 45mM, 적어도 46mM, 적어도 47mM, 적어도 48mM, 적어도 49mM, 적어도 50mM 또는 50mM 초과의 농도의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성한다. 실시형태에서, 로세부리아 종은 서열번호 19에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 에우박테리아 종(예를 들어, 에우박테리아 렉탈레)을 포함하되, 에우박테리아 종은 24시간의 기간 동안 적어도 20mM, 적어도 21mM, 적어도 22mM, 적어도 23mM, 적어도 24mM, 적어도 25mM, 적어도 26mM, 적어도 27mM, 적어도 28mM, 적어도 29mM, 적어도 30mM, 적어도 31mM, 적어도 32mM, 적어도 33mM, 적어도 34mM, 적어도 35mM, 적어도 36mM, 적어도 37mM, 적어도 38mM, 적어도 39mM, 적어도 40mM, 적어도 41mM, 적어도 42mM, 적어도 43mM, 적어도 44mM, 적어도 45mM, 적어도 46mM, 적어도 47mM, 적어도 48mM, 적어도 49mM, 적어도 50mM 또는 50mM 초과의 농도의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성한다. 실시형태에서, 에우박테리아 종은 서열번호 8에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 코프로코커스 종(예를 들어, 코프로코커스 코메스)을 포함하되, 코프로코커스 종은 24시간의 기간 동안 적어도 20mM, 적어도 21mM, 적어도 22mM, 적어도 23mM, 적어도 24mM, 적어도 25mM, 적어도 26mM, 적어도 27mM, 적어도 28mM, 적어도 29mM, 적어도 30mM, 적어도 31mM, 적어도 32mM, 적어도 33mM, 적어도 34mM, 적어도 35mM, 적어도 36mM, 적어도 37mM, 적어도 38mM, 적어도 39mM, 적어도 40mM, 적어도 41mM, 적어도 42mM, 적어도 43mM, 적어도 44mM, 적어도 45mM, 적어도 46mM, 적어도 47mM, 적어도 48mM, 적어도 49mM, 적어도 50mM 또는 50mM 초과의 농도의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성한다. 실시형태에서, 코프로코커스 종은 서열번호 17에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 종(예를 들어, 로세부리아 파에시스), 에우박테리아 종(예를 들어, 에우박테리아 렉탈레) 또는 코프로코커스 종(예를 들어, 코프로코커스 코메스)을 포함하는 2종 이상의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함하되, 미생물 칵테일은 24시간의 기간 동안 적어도 20mM, 적어도 21mM, 적어도 22mM, 적어도 23mM, 적어도 24mM, 적어도 25mM, 적어도 26mM, 적어도 27mM, 적어도 28mM, 적어도 29mM, 적어도 30mM, 적어도 31mM, 적어도 32mM, 적어도 33mM, 적어도 34mM, 적어도 35mM, 적어도 36mM, 적어도 37mM, 적어도 38mM, 적어도 39mM, 적어도 40mM, 적어도 41mM, 적어도 42mM, 적어도 43mM, 적어도 44mM, 적어도 45mM, 적어도 46mM, 적어도 47mM, 적어도 48mM, 적어도 49mM, 적어도 50mM, 적어도 60mM, 적어도 65mM, 적어도 70mM, 적어도 75mM, 적어도 80mM, 적어도 85mM, 적어도 90mM, 적어도 95mM, 적어도 100mM, 적어도 105mM, 적어도 110mM, 적어도 115mM, 적어도 120mM, 적어도 125mM, 적어도 130mM, 적어도 135mM, 적어도 140mM, 적어도 145mM, 적어도 150mM 또는 150mM 초과의 농도의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성한다. 실시형태에서, 오도리박터 스플란크니쿠스는 서열번호 2에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 로세부리아 종은 서열번호 19에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 에우박테리아 종은 서열번호 8에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 코프로코커스 종은 서열번호 17에 대해 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
추가적으로, 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물로 투여되는 1종 이상의 세균 단리주는 건강한 개체보다 더 낮은 SCFA 생성 수준을 보인 이전에 기능적으로 결핍된 미생물 군집(예를 들어, IBD 환자의 미생물 군집)을 가졌던 대상체에서 건강한 개체와 유사한 수준의 SCFA를 생성할 수 있다.
소정의 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 세균 단리주 및 세균 균주(들)가 공통 미생물총과 함께 존재할 때 1종 이상의 세균 균주가 하나 이상의 SCFA를 생성하도록 유도할 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는, 본 명세서에 기재된 조성물로 대상체에게 투여시, 대상체의 장내 미생물총에 내인성인(즉, 미생물 칵테일의 투여 전에 대상체의 장에 존재하는) 1종 이상의 세균 균주가 하나 이상의 SCFA를 생성하도록 유도할 수 있다. 또 다른 예에서, 본 명세서에 기재된 조성물로 대상체에게 투여되는 세균 단리주는 대상체에게 투여되는 제2 세균 단리주(동일하거나 또는 상이한 조성물)가 하나 이상의 SCFA를 생성하도록 유도할 수 있다. 이론에 얽매이지 않고, 제2 세균 단리주에 의한 SCFA 생성의 유도는, 예를 들어, SCFA를 생성하기 위해 제2 세균 단리주에 의해 이용될 수 있는 하나 이상의 화합물의 제1 세균 단리주에 의한 생산 및 방출(예를 들어, 분비에 의한)을 포함한다. 하나의 예에서, SCFA를 생성하기 위해 제2 세균 균주에 의해 사용되는 제1 세균 단리주에 의해 생성 및 방출된 화합물은 석시네이트, 락트산 또는 락트산 유도체이다. 일 실시형태에서, 제1 세균 단리주에 의해 생성된 화합물(예를 들어, 락트산 또는 락트산 유도체)에 대한 노출에 반응하여 제2 세균 단리주에 의해 생성되는 SCFA는 뷰티르산이다. 락트산 유도체의 비제한적인 예는 소듐 아이소스테아로일 락테이트, 소듐 락테이트, 칼슘 락테이트, 알루미늄 락테이트, 암모늄 락테이트, 포타슘 락테이트, 세틸 락테이트, 미리스틸 락테이트, 소듐 스테아로일 락테이트, 락타이드, 뷰틸 락테이트 및 에틸 락테이트를 포함한다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함되는 락트산-생성 세균 단리주(즉, 제1 세균 단리주)는 비피도박테리움 속에 속한다. 예를 들어, 락트산-생성 세균 단리주는 비피도박테리움 롱검 또는 비피도박테리움 아돌레센티스에 속할 수 있다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주(예를 들어, 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일 또는 별도의 조성물에 제1 세균 단리주와 함께 포함됨)는 하나 이상의 SCFA를 생성하기 위해 비피도박테리움에 의해 생성된 락트산을 사용할 수 있다. 소정의 예에서, 제2 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주 중 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물에 혼입되는 세균 단리주는 하나 이상의 SCFA를 생성하기 위해 칵테일의 투여 후 장내 미생물총에 의해 생성된 락트산을 사용할 수 있다. 소정의 예에서, 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주 중 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 제1 및 제2 세균 단리주를 대상체에게 투여시(예를 들어, 미생물 칵테일 또는 별도의 조성물의 형태로), 제1 세균 단리주는 락트산을 생성하고 분비하며, 제2 세균 단리주는 하나 이상의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성하기 위해 락트산을 이용한다. 따라서, 대상체에게 투여되는 다수의 세균 단리주는 대상체의 장내 세균불균형(예를 들어, IBD 또는 궤양성 대장염)의 치료를 위한 치료적 효과(예를 들어, 하나 이상의 SCFA의 생성)를 생성하기 위해 대상체의 장내에서 상승적으로 상호작용할 수 있다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주는 대상체에게 투여될 때 하나 이상의 SCFA를 생성하기 위해 세균 단리주에 의해 사용될 수 있는 화합물을 생성 및 방출하는 1종 이상의 세균 균주를 포함하는 프로바이오틱(probiotic)과 함께 투여될 수 있다. 예를 들어, 프로바이오틱은 속 비피도박테리움(예를 들어, 비피도박테리움 아돌레센티스 또는 비피도박테리움 롱검) 속에 속하는 1종 이상의 세균 균주를 포함할 수 있다. 실시형태에서, 프로바이오틱은 세균 단리주와 동시에, 세균 단리주의 투여 전 또는 세균 단리주의 투여 후에 대상체에게 투여될 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 프로바이오틱 및 세균 단리주를 포함한다. 다른 실시형태에서, 프로바이오틱 및 세균 단리주는 별도의 조성물로 존재한다. 일부 실시형태에서, 조성물은 세균 단리주의 미생물 칵테일을 포함한다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주는 세균 단리주에 의해 이용(예를 들어, 대사)될 때 대상체에서 치료적 효과(예를 들어, SCFA의 생성)를 촉진하는 영양소를 제공하는 프리바이오틱(prebiotic)(예를 들어, 락트산 및/또는 고섬유질 포함)과 함께 투여될 수 있다. 실시형태에서, 프리바이오틱은 세균 단리주와 동시에, 세균 단리주의 투여 전 또는 세균 단리주의 투여 후에 대상체에게 투여될 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 프리바이오틱 및 세균 단리주를 포함한다. 다른 실시형태에서, 프리바이오틱 및 세균 단리주는 별도의 조성물로 존재한다. 일부 실시형태에서, 조성물은 세균 단리주의 미생물 칵테일을 포함한다. 일부 실시형태에서, 프리바이오틱은 아미노산, 락트산, 암모늄 나이트레이트, 아밀로스, 보리 맥아, 바이오틴, 카보네이트, 셀룰로스, 키틴, 콜린, 프럭토올리고당(FOS), 프럭토스, 갈락토다당류(GOS), 글루코스, 글리세롤, 헤테로다당류, 히스티딘, 호모다당류, 하이드록시아파타이트, 이눌린, 아이소말툴로스, 락토스, 락툴로스, 말토덱스트린, 말토스, 만노다당류, 질소, 올리고덱스트로스, 올리고프럭토스, 올리고프럭토스-풍부 이눌린, 다당류, 펙틴, 인산염, 인, 폴리덱스트로스, 폴리올, 칼리(potash), 포타슘, 소듐 나이트레이트, 전분, 수크로스, 황, 썬파이버, 타가토스, 티아민, 트랜스-갈락토다당류, 트레할로스, 바이타민, 수용성 탄수화물, 자일로올리고당(XOS) 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
실시형태에서, 하나 이상의 SCFA를 생성하는 능력이 있는 세균 단리주(예를 들어, 표 2에 열거된 세균 단리주)는 하나 이상의 SCFA를 생성하는 것으로 실제로 입증된(예를 들어, 실험실 검정에 의해) 세균 단리주를 지칭한다. 크로마토그래피(예를 들어, 액체 또는 기체) 및/또는 질량 분석법을 포함한 임의의 방법이 세균 균주에 의해 생성된 SCFA를 검출하는데 사용될 수 있다. 다른 실시형태에서, 하나 이상의 SCFA를 생성하는 능력이 있는 세균 단리주는 뷰티레이트를 생성하는 것으로 예측되는 세균 단리주를 지칭한다. 세균 단리주가 SCFA를 생성할 수 있다는 예측은, 예를 들어, 단리주의 분류(예를 들어, 속 및/또는 종) 및/또는 SCFA 생성을 매개하는 것으로 알려진 세균 단리주의 유전자 또는 폴리펩타이드의 서열을 기반으로 할 수 있다. 예를 들어, 뷰티레이트 생성을 매개하는 것으로 알려진 유전자의 예는 뷰티레이트 카이네이스이다. 실시형태에서, 세균 단리주는 세균 단리주의 게놈에서 뷰티레이트 카이네이스 유전자의 확인에 기초하여 뷰티레이트를 생성할 것으로 예측된다. 실시형태에서, 단백질로 번역될 때 뷰티레이트 카이네이스 유전자는 기능적(즉, 효소적으로 활성인) 뷰티레이트 카이네이스 효소를 생성하는 것으로 예측된다.
SCFA를 생성하는 능력이 있는 세균 단리주의 예는 표 2에 제공된다. 각각의 세균 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호) 및 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)에 의해 확인된다. 일 양태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일)은 표 2에 제공되는 적어도 하나의 세균 단리주 또는 표 2에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 2에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 각각 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주, 적어도 3종의 세균 단리주, 적어도 4종의 세균 단리주, 적어도 5종의 세균 단리주, 적어도 6종의 세균 단리주, 적어도 7종의 세균 단리주, 적어도 8종의 세균 단리주 또는 적어도 9종의 세균 단리주를 포함한다.
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실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 진핵생물 세포에 의한 사이토카인(예를 들어, IL-10, GM-CSF, IFN-감마, TNF-알파, IL-23 및 IL-12)의 생산을 조절하는 능력을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 본 명세서에서 "진핵생물 세포"는 본 명세서에 기재된 조성물이 투여된 대상체의 신체 내에 "제자리(in situ)"에 위치한 세포(예를 들어, 장 세포)뿐만 아니라 유기체의 외부에서, 예를 들어, 배양 배지에서 "생체외" 성장된 또는 성장하는 세포를 지칭한다.
하나의 예에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에서 1종 이상의 세균 단리주는, 일단 대상체에게 투여되면, 대상체의 세포(본 명세서에서 "숙주 세포"로 지칭됨)에서 사이토카인의 생산을 조절할 수 있다. 실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주는 대상체의 숙주 세포로부터 사이토카인의 생성 및/또는 분비를 조절하되, 사이토카인은 대상체의 조직(예를 들어, 장 조직)에 항-염증 효과를 발휘하는 경향이 있다. 본 명세서에 기재된 조성물로 투여되는 세균 단리주의 존재에 반응하여 숙주 세포로부터 생성 및/또는 분비될 수 있는 이러한 항-염증성 사이토카인의 예는 IL-10, IL-13, IL-4, IL-5, TGF-β 및 이들의 조합을 포함한다. 다른 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물로 투여되는 1종 이상의 세균 단리주는 대상체의 숙주 세포로부터 사이토카인의 생성 및/또는 분비를 저해하되, 사이토카인은 대상체의 조직(예를 들어, 장 조직)에 전-염증성 효과를 발휘하는 경향이 있다. 이러한 전-염증성 사이토카인의 예는 IFNγ, IL-12p70, IL-1(예를 들어, IL-1α, IL-1β), IL-6, IL-8, IL-12, IL-17, IL-18, IL-23, MCP1, MIP1α, MIP1β, TNFα, TNF-γ 및 이들의 조합을 포함한다. 숙주 세포가 항-염증성 사이토카인을 생성 또는 분비하도록 유도하고/하거나 숙주 세포에 의한 전-염증성 사이토카인의 생성 및/또는 분비를 저해할 수 있는 1종 이상의 세균 단리주를 함유하는 조성물을 제공함으로써, 본 명세서에 기재된 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일)은 대상체의 장내 세균불균형과 관련된 염증, 예를 들어, 염증성 장 질환을 치료, 완화, 저해 및/또는 예방할 수 있다. 본 명세서에서, 숙주 세포에 의한 사이토카인 생성 및/또는 분비를 조절할 수 있는 세균 단리주는 "면역조절성" 세균 단리주로 지칭된다.
실시형태에서, 세균 단리주는 약제학적 조성물이 투여된 대상체의 세포로부터의 사이토카인의 생성 및/또는 방출을 직접 및/또는 간접적으로 조절할 수 있다. 일 실시형태에서, 면역조절성 세균 단리주는, 예를 들어, 세균 단리주에 의해 분비되거나 또는 세균 단리주의 표면에 디스플레이되는 미생물-관련 분자 패턴(microbe-associated molecular patterns: MAMPS)을 통해 대상체의 숙주 세포에 직접 작용할 수 있다. 이러한 MAMPS는 특정 세균 종에 대한 숙주 면역 반응에서 중요한 역할을 한다. MAMPS는 세균과 접촉하는 대부분의 숙주 세포 유형에서 발현되는 패턴 인식 수용체(pattern recognition receptor: PRR)에 의해 감지된다. 본 명세서에 기재된 세균 단리주의 MAMPS의 예는 메틸화되지 않은 2'-데옥시리보(사이티딘-포스페이트-구아닌(cytidine-phosphate-guanine: CpG) 다이뉴클레오타이드, 세균 펩타이도글리칸, 세균 지질다당류(TLR-4에 대한 고친화성 결합 및 후속적 숙주 세포 활성화를 촉진하기 위해 공-수용체 MD-2, CD14 및 LPB와 상호작용하는 LPS), 세균 지단백질(LP), 리포테이코산, 플라겔린, 막 소포 및 엑소다당류를 포함한다. MAMPS와의 상호작용을 통해 사이토카인 생성의 조절을 매개할 수 있는 장내 숙주 세포 및 상주 장내 면역 세포에 의해 발현된 PRR의 예는 톨-유사 수용체 (Toll-like receptor: TLR), 뉴클레오타이드-결합 올리고머화 도메인(nucleotide-binding oligomerization domain: Nod), NOD 유사 수용체 및 C-형 렉틴을 포함한다. 장내 세포 PRR과 미생물 리간드의 상호작용은 면역 관용 및 장 건강을 유지하는데 필요한 선천성 및 후천성 면역계와 관련된 신호전달 경로를 촉발한다.
다른 실시형태에서, 면역조절성 세균 단리주는, 예를 들어, 세포가 사이토카인을 발현하도록 유도하여, 예를 들어, 대상체의 숙주 세포의 활성을 조절하는 대사 산물을 분비함으로써 약제학적 조성물이 투여된 대상체의 세포(예를 들어, 면역 세포)에 간접적으로 작용할 수 있다.
사이토카인 생성 및/또는 방출이 본 명세서에 기재된 세포 단리주에 의해 조절될 수 있는 숙주 세포의 예는 장 세포, 상피 세포, 장 점막 세포, 장 상피 세포, 장 고유판 세포, 내피 세포, 섬유아세포, 기질 세포, 대식세포, B 림프구, T 림프구, 비만 세포 및 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 포함한다.
다른 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 세균 단리주가 진핵생물 세포와 함께 공동 배양되는 경우, 배양 배지에 위치되거나 또는 이에서 성장하는 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC)에 의해 사이토카인 생성 및/또는 방출을 조절(예를 들어, 사이토카인 생성 증가)할 수 있다.
소정의 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 진핵생물 세포에 의한 사이토카인(예를 들어, IL-10)의 생성 및/또는 방출을 적어도 500 pg/㎖, 적어도 1000 pg/㎖, 적어도 1500 pg/㎖, 적어도 2000 pg/㎖, 적어도 2500 pg/㎖ 또는 적어도 3000 pg/㎖의 수준으로 유도할 수 있다. 실시형태에서, 사이토카인은 기능적 검정(즉, 생체외에서 수행되며, 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주, 미생물 칵테일, 배양되지 않은 분변 세균의 제조물 또는 배양되지 않은 분변 미생물총과 접촉하는 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC)에 의해 생성된 사이토카인의 농도 또는 양을 측정하도록 설계된 검정)에서 측정된다. 실시형태에서, 사이토카인은 본 명세서에 기재된 조성물이 투여되는 대상체의 장에서 생성된다.
소정의 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 항-염증성 사이토카인 프로파일을 유도한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 증가된 IL-10의 수준을 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 감소된 IL-12의 수준을 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 감소된 GM-CSF의 수준을 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 감소된 IFN-감마의 수준을 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 감소된 TNF-알파의 수준을 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 감소된 IL-23의 수준을 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 감소된 IL-12의 수준을 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 증가된 IL-10:IL-12의 비(ration)를 생성할 때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다. 실시형태에서, 세균 단리주는 대조군 균주에 비해 증가된 IL-10:TNF-알파의 비를 생성할때 항-염증성 사이토카인 프로파일을 나타낸다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 IL-10의 생성을 적어도 1000 pg/㎖, 적어도 1500 pg/㎖, 적어도 2000 pg/㎖, 적어도 2500 pg/㎖, 적어도 3000 pg/㎖, 적어도 3500 pg/㎖, 적어도 4000 pg/㎖, 적어도 5000 pg/㎖, 적어도 6000 pg/㎖, 적어도 7000 pg/㎖, 적어도 8000 pg/㎖, 적어도 9000 pg/㎖, 적어도 10,000 pg/㎖ 또는 10,000 pg/㎖ 초과의 농도로 유도하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 GM-CSF의 생성을 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖ 또는 200 pg/㎖ 이하의 농도로 제한하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 IL-12(예를 들어, IL-12p70)의 생성을 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖ 또는 200 pg/㎖ 이하의 농도로 제한하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 IFN-감마의 생성을 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖ 또는 200 pg/㎖ 이하의 농도로 제한하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 TNF-알파의 생성을 20 pg/㎖, 30 pg/㎖, 40 pg/㎖, 50 pg/㎖, 75 pg/㎖, 100 pg/㎖, 150 pg/㎖, 200 pg/㎖, 250 pg/㎖, 300 pg/㎖, 350 pg/㎖, 400 pg/㎖, 450 pg/㎖, 500 pg/㎖, 550 pg/㎖, 600 pg/㎖, 650 pg/㎖, 700 pg/㎖, 750 pg/㎖, 800 pg/㎖, 850 pg/㎖, 900 pg/㎖, 950 pg/㎖, 1000 pg/㎖, 1100 pg/㎖, 1200 pg/㎖, 1300 pg/㎖, 1400 pg/㎖, 1500 pg/㎖, 1600 pg/㎖, 1700 pg/㎖, 1800 pg/㎖, 1900 pg/㎖, 2000 pg/㎖, 2100 pg/㎖, 2200 pg/㎖, 2300 pg/㎖, 2400 pg/㎖ 또는 2500 pg/㎖ 이하의 농도로 제한하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 IL-23의 생성을 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖, 200 pg/㎖, 250 pg/㎖ 또는 300 pg/㎖ 이하의 농도로 제한하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 55, 적어도 60, 적어도 65, 적어도 70, 적어도 75, 적어도 80, 적어도 85, 적어도 90, 적어도 95, 적어도 100, 적어도 110, 적어도 120, 적어도 130, 적어도 140, 적어도 150, 적어도 160, 적어도 170, 적어도 180, 적어도 190, 적어도 200, 적어도 210, 적어도 220, 적어도 230, 적어도 240, 적어도 250, 적어도 260, 적어도 270, 적어도 280, 적어도 290, 적어도 300, 적어도 325, 적어도 350, 적어도 375, 적어도 400, 적어도 425, 적어도 450, 적어도 475, 적어도 500, 적어도 550, 적어도 600, 적어도 650, 적어도 700, 적어도 750, 적어도 800, 적어도 850, 적어도 900, 적어도 950, 적어도 1000, 적어도 1100, 적어도 1200, 적어도 1300, 적어도 1400, 적어도 1500, 적어도 1600, 적어도 1700, 적어도 1800, 적어도 1900, 적어도 2000, 적어도 2200, 적어도 2400, 적어도 2600, 적어도 2800, 적어도 3000, 적어도 3200, 적어도 3400, 적어도 3600, 적어도 3800, 적어도 4000 또는 4000 초과의 IL-10:IL-12의 비를 유도하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 진핵생물 세포(예를 들어, PBMC의 집단)와 접촉할 때 적어도 0.5, 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25, 적어도 26, 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 적어도 30, 적어도 31, 적어도 32, 적어도 33, 적어도 34, 적어도 35, 적어도 36, 적어도 37, 적어도 38, 적어도 39, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 55, 적어도 60, 적어도 65, 적어도 70, 적어도 75, 적어도 80, 적어도 85, 적어도 90, 적어도 95 또는 적어도 100의 IL-10:TNF-알파의 비를 유도하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
숙주 세포에 의한 사이토카인 생성을 조절하는 능력이 있는 세균 단리주의 예는 표 3에 제공된다. 각각의 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호) 및 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)로 식별된다. 양태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 3에 제공되는 적어도 하나의 세균 단리주 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 3에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 각각 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주, 적어도 3종의 세균 단리주, 적어도 4종의 세균 단리주, 적어도 5종의 세균 단리주, 적어도 6종의 세균 단리주, 적어도 7종의 세균 단리주, 적어도 8종의 세균 단리주, 적어도 9종의 세균 단리주, 또는 적어도 10종의 세균 단리주, 또는 적어도 11종의 세균 단리주, 또는 적어도 12종의 세균 단리주, 또는 적어도 13종의 세균 단리주 또는 적어도 14종의 세균 단리주를 포함한다.
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실시형태에서, 약제학적 조성물은 장내 세균불균형(예를 들어, UC와 같은 IBD)이 있는 환자에 비해 건강한 인간 대상체에서 더 큰 상대적 존재비 또는 장내 세균불균형이 있는 환자에 비해 장내 세균불균형으로부터 관해 상태에 있는 인간 대상체에서 더 큰 상대적 존재비를 갖는 세균 균주에 상응하는 적어도 하나의 세균 단리주를 포함한다. 본 명세서에서, 용어 "더 큰 상대적 존재비"는 건강한 인간 대상체(장내 세균불균형이 있는 환자와 비교하여) 또는 장내 세균불균형으로부터 관해 상태에 있는 인간 대상체(불균형이 있는 환자와 비교하여)에서 세균 균주(즉, 세균 단리주에 해당)의 생존 가능한 세포의 더 많은 수를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 용어 "생존 가능한 세포의 더 많은 수"는 장내 미생물총 또는 이의 일부에서(예를 들어, 대변 샘플에서) 세균 균주의 생존 가능한 세포의 절대 수를 지칭하는 반면, 다른 실시형태에서, 용어는 장내 미생물총 또는 이의 일부에서(예를 들어, 대변 샘플에서) 생존 가능한 세포의 대략적인 전체 수에 대한 세균 균주의 생존 가능한 세포의 비례적인 수를 지칭한다. 소정의 예에서, 약제학적 조성물에 포함되는 세균 단리주에 상응하는 세균 균주는 테스트된 다수의 인간 대상체(예를 들어, 건강한 개체 또는 장내 세균불균형으로부터 관해 상태에 있는 개체), 예를 들어, 적어도 5명의 인간 대상체, 적어도 10명의 인간 대상체, 적어도 20명의 인간 대상체, 적어도 30명의 인간 대상체, 적어도 40명의 인간 대상체, 적어도 50명의 인간 대상체, 적어도 75명의 인간 대상체, 적어도 100명의 인간 대상체, 적어도 200명의 인간 대상체, 적어도 300명의 인간 대상체, 적어도 400명의 인간 대상체, 적어도 500명의 인간 대상체, 적어도 750명의 인간 대상체, 적어도 1000명의 인간 대상체 또는 1000명 초과의 인간 대상체에 걸쳐 더 큰 상대적 존재비를 가질 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 세균 단리주에 상응하는 세균 균주는 테스트된 인간 대상체의 비율(예를 들어, 건강한 개체 또는 장내 세균불균형으로부터 관해 상태에 있는 개체)에 따라, 예를 들어, 테스트된 개체의 적어도 50%, 테스트된 개체의 적어도 55%, 테스트된 개체의 적어도 60%, 테스트된 개체의 적어도 65%, 테스트된 개체의 적어도 70%, 테스트된 개체의 적어도 75%, 테스트된 개체의 적어도 80%, 테스트된 개체의 적어도 80%, 테스트된 개체의 적어도 85%, 테스트된 개체의 적어도 90%, 테스트된 개체의 적어도 95% 또는 테스트된 개체의 100%에서 더 큰 상대적 존재비를 가질 수 있다. 본 명세서에서 "세균 단리주에 상응하는" 세균 균주는 대상체의 장내 미생물총에 있는 세균 균주를 지칭하되, 세균 균주는 전형적으로 세균 단리주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 97%의 동일성(예를 들어, 적어도 97.5% 동일성, 적어도 98% 동일성, 적어도 98.5% 동일성, 적어도 99% 동일성, 적어도 99.5% 동일성 또는 99.5% 초과의 동일성)을 공유하는 16S rRNA 서열을 갖는다. 마찬가지로, "세균 균주에 상응하는" 세균 단리주는 전형적으로 대상체의 장내 미생물총에 있는 세균 균주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 97% 동일성(예를 들어, 적어도 97.5% 동일성, 적어도 98% 동일성, 적어도 98.5% 동일성, 적어도 99% 동일성, 적어도 99.5% 동일성 또는 99.5% 초과의 동일성)을 공유하는 세균 단리주를 지칭한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 장내 세균불균형이 있는 환자에 비해 장내 세균불균형으로부터 관해 상태에 있는 인간 대상체에서 더 큰 상대적 존재비를 갖는 세균 균주에 해당할 수 있다. 관해 상태에 있는 대상체에서 세균 균주의 증가된 존재비는 세균 균주에 상응하는 세균 단리주를 UC와 같은 장내 세균불균형과 관련된 장애의 치료에 잠재적으로 유리한 것으로 확인한다. 인간 대상체에서 장내 세균불균형의 관해는 세균불균형이 활성화된 동안 대상체에게 투여된 중재(intervention)와 관련되거나 또는 이에 의해 야기될 수 있다. 예를 들어, 관해는 미생물 치료제로 대상체를 치료한 후 발생할 수 있다. 미생물 치료제의 예는 미배양된 분변 세균의 제조물, 미배양된 분변 미생물총, 배양된 분변 미생물총 및/또는 세균 단리주를 포함하는 조성물을 포함한다. 실시형태에서, 장내 세균불균형으로부터 관해를 유도하는 미생물 치료제는 실질적으로 완전한 미배양된 분변 미생물총이다. 예를 들어, 대상체는 장내 세균불균형의 관해를 유도하기 위해 분변 미생물총 이식(FMT)이 투여될 수 있다. 소정의 실시형태에서, 대상체의 장내 세균불균형은 궤양성 대장염(UC)으로 인한 것이다.
실시형태에서, 세균 단리주를 확인하기 위한 이러한 메커니즘 불가지론적 접근법은 궤양성 대장염(UC)과 관련된 세균불균형을 감소시킨다. 실시형태에서, 16S 리보솜 DNA(rDNA) 및 샷건 메타게놈 서열이 FMT에 대한 건강 상태 또는 임상 반응과 관련된 예상된 특징을 개발하기 위해, 예를 들어, 중재(FMT), 단면 및 시계열 데이터세트에 혼합될 수 있다. 이러한 특징은 (i) UC로 진단된 환자에 비해 건강한 대상체의 존재비; 및/또는 (ii) FMT 치료 후 UC 환자에서 UC 증상의 임상적 관해 또는 반응과의 연관/상관에 대한 세균 계통 발생 클레이드(bacterial phylogenetic clade)의 순위를 지정하고 선택하는데 사용될 수 있다. 클레이드는 건강한 대상체와 UC 환자 사이의 분변 물질에 있는 세균 균주의 존재 및 존재비를 비교하는 "단면 통합 p-값"을 기반으로 순위가 지정될 수 있다. p-값이 낮을수록, 클레이드의 유기체가 (i) UC 환자에서 균주의 고갈 및/또는 (ii) 건강한 대상체에서 균주의 높은 존재비를 기반으로 하여 UC의 치료, 저해 또는 예방에 영향을 미칠 가능성이 더 높다. 그런 다음, 단리된 세균 균주는 순위가 지정된 계통 발생 클레이드와의 16S rDNA 유사성에 의해 또는 전술한 기준에 따라 직접 16S rDNA의 순위를 지정함으로써 공여체 대변 샘플로부터 선택될 수 있다.
실시형태에서, 단면 통합 p-값의 값은 0.1 미만, 0.01 미만, 1×10-3 미만, 1×10-4 미만, 1×10-5 미만, 1×10-6 미만, 1×10-7 미만, 1×10-8 미만, 1×10-9 미만, 1×10-10 미만, 1×10-11 미만, 1×10-12 미만, 1×10-13 미만, 1×10-14 미만, 1×10-15 미만, 1×10-16 미만, 1×10-17 미만, 1×10-18 미만, 1×10-19 미만, 1×10-20 미만, 1×10-21 미만, 1×10-22 미만, 1×10-23 미만 또는 1×10-24 미만이다.
표 4는 UC 환자에 비해 건강한 대상체에 존재하고/하거나 이에서 더 높은 존재비를 갖는 상응하는 세균 균주를 갖는 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)에 포함될 수 있는 세균 단리주의 예를 열거하고 있다. 각각의 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호) 및 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)에 의해 확인된다. 일 양태에서, 약제학적 조성물은 표 4에 제공되는 적어도 하나의 세균 단리주 또는 표 4에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 4에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 각각 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주, 적어도 3종의 세균 단리주, 적어도 4종의 세균 단리주, 적어도 5종의 세균 단리주, 적어도 6종의 세균 단리주, 적어도 7종의 세균 단리주, 적어도 8종의 세균 단리주, 적어도 9종의 세균 단리주, 적어도 10종의 세균 단리주, 적어도 11종의 세균 단리주, 적어도 12종의 세균 단리주, 적어도 13종의 세균 단리주, 적어도 14종의 세균 단리주, 적어도 15종의 세균 단리주, 적어도 16종의 세균 단리주, 적어도 17종의 세균 단리주, 적어도 18종의 세균 단리주, 적어도 19종의 세균 단리주, 적어도 20종의 세균 단리주, 적어도 21종의 세균 단리주, 적어도 22종의 세균 단리주 또는 적어도 23종의 세균 단리주를 포함한다.
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실시형태에서, 세균 단리주는 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 문헌[Morgan et al., Genome Biology 13 (2012)]에 보고되어 있는 데이터 세트에서 건강한 환자 대 UC 환자에서 풍부한 세균 균주에 대한 이의 관련성에 기초하여 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)에 포함시키기에 적합한 것으로 확인된다.
실시형태에서, 세균 단리주는 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 문헌[Papa et al., PLOS ONE 7, no. 6 (June 29, 2012)]에 보고되어 있는 데이터 세트에서 건강한 환자 대 UC 환자에서 풍부한 세균 균주에 대한 이의 관련성에 기초하여 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)에 포함시키기에 적합한 것으로 확인된다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일은 관련된 세균 단리주인 2종 이상의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 본 명세서에서 "관련된 세균 단리주"는 적어도 95%의 서열 동일성을 공유하는 16S rRNA 서열을 갖는다. 소정의 실시형태에서, 관련된 세균 단리주는 적어도 97%의 서열 동일성을 공유하는 16S 서열을 가지므로 세균 단리주는 동일한 종의 구성원이다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 2종의 이상의 관련된 세균 단리주를 포함한다. 다른 실시형태에서, 미생물 칵테일은 2종의의 관련된 세균 단리주를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 미생물 칵테일의 제1 버전은 제1 세균 단리주를 포함하고, 미생물 칵테일의 제2 버전은 제1 세균 단리주와 관련된 세균 단리주인 제2 세균 단리주를 포함한다.
본 명세서에 기재된 미생물 칵테일에 포함될 수 있는 표 4에 열거된 것들과 관련된 세균 단리주의 예는 표 5에 나타나 있다. 표 4의 세균 단리주와 마찬가지로, 표 5의 것들은 UC 환자에 비해 건강한 인간 대상체에서 더 큰 존재비를 갖는 세균 균주에 해당한다. 표 5는 세균 단리주의 식별 번호, 표 4의 상응하는 세균 단리주의 ID 번호, 표 4의 상응하는 세균 단리주의 서열에 대한 관련된 세균 균주의 16S 서열의 동일성 백분율 및 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)를 열거한다.
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실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 1 내지 표 4 중 적어도 하나의 세균 단리주 또는 표 1 내지 표 4의 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 세균 단리주의 전부 또는 서브세트를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)의 모든 세균 단리주는 표 2 내지 표 4 중 적어도 하나에서 발견되거나 또는 표 2 내지 표 4 중 적어도 하나에 제공되는 세균 단리주와 16S rRNA 서열에서 적어도 95% 동일성을 공유한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물의 모든 세균 단리주는 표 2 내지 표 4 중 하나와 함께 열거되어 있거나 또는 표 2 내지 표 4 중 적어도 하나에 제공되는 세균 단리주와 16S rRNA 서열에서 적어도 95% 동일성을 공유한다. 일 양태에서, 약제학적 조성물은 표 2 내지 표 4 중 적어도 하나로부터의 임의의 세균 단리주는 포함하지 않거나 또는 표 2 내지 표 4 중 적어도 하나에 제공되는 세균 단리주와 16S rRNA 서열에서 95% 동일성을 공유하는 세균 단리주는 포함하지 않는다.
양태에서, 약제학적 조성물은 표 2로부터의 또는 표 2에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주(예를 들어, 적어도 1종의, 적어도 2종의, 적어도 3종의, 적어도 4종의, 적어도 5종의, 적어도 6종의, 적어도 7종의, 적어도 8종의 또는 적어도 9종의 세균 단리주)를 포함할 수 있다. 따라서, 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일은 뷰티레이트와 같은 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있는 다수의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 칵테일이 투여되는 대상체의 장에서 뷰티레이트와 같은 SCFA를 생성하는 다수의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 제공함으로써, 약제학적 조성물은 대상체의 장(예를 들어, SCFA가 고갈된)에서 뷰티레이트의 스파이크 또는 상승 또는 '버스트(burst)'를 유도할 수 있다. 표 7, 표 8 및 표 9는 표 2에서 발견되는 모든 세균 단리주를 포함하는 예시적인 미생물 칵테일을 보여주며; 각각의 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호) 및 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)에 의해 확인된다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 7 내지 표 9 중 하나의 세균 단리주 또는 표 7 내지 표 9 중 하나의 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주를 각각 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 7에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 각각 포함하는 적어도 8종의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 8 내지 표 9 중 하나에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 각각 포함하는 적어도 6종의 세균 단리주를 포함한다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 7 내지 표 9 중 하나에 열거된 세균 단리주 또는 표 7 내지 표 9 중 하나의 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주로 본질적으로 구성되는 미생물 칵테일을 포함한다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 7 내지 표 9 중 하나에 열거된 세균 단리주 또는 표 7 내지 표 9 중 하나의 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주로 구성되는 미생물 칵테일을 포함한다.
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실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 2에 없는 1종 이상의 세균 단리주(예를 들어, 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15종 또는 15종의 초과의 세균 단리주)를 포함할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 2의 세균 단리주 중 적어도 하나가 결여되어 있거나 또는 표 2의 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주가 결여되어 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 2로부터의 임의의 세균 단리주를 포함하지 않는다. 따라서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 대상체의 장에서 SCFA를 실질적으로 생성하지 않고/않거나 투여 후 대상체의 장에서 SCFA의 스파이크를 유도하지 않는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하거나 또는 이로 구성될 수 있다. 표 10, 표 11 및 표 12는 표 2에서 발견되지 않는 세균 단리주를 포함하는 예시적인 미생물 칵테일을 보여주며; 각각의 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호) 및 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)에 의해 확인된다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 10 내지 표 12 중 하나의 세균 단리주 또는 표 10 내지 표 12 중 하나의 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주 각각을 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 10 내지 표 11 중 하나에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 각각 포함하는 적어도 8종의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 12에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 각각 포함하는 적어도 6종의 세균 단리주를 포함한다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 10 내지 표 12 중 하나에 열거되어 있는 세균 단리주 또는 표 10 내지 표 12 중 하나의 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주로 본질적으로 구성되는 미생물 칵테일을 포함한다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 10 내지 표 12 중 하나에 열거되어 있는 세균 단리주 또는 표 10 내지 표 12 중 하나의 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주로 구성된 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 표 10 내지 표 12 중 하나의 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주뿐만 아니라 추가적인 세균 단리주를 포함한다. 예를 들어, 추가적인 세균 단리주는 블라우티아 속의 구성원일 수 있다.
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실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 3으로부터의 1종 이상의 세균 단리주(예를 들어, 적어도 1종, 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종 또는 11종의 세균 단리주) 및/또는 표 3에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주(예를 들어, 적어도 1종, 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종, 적어도 11종, 적어도 12종, 적어도 13종, 적어도 14종, 적어도 15종 또는 15종 초과의 세균 단리주)를 포함할 수 있다. 따라서, 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일은 진핵생물 세포(예를 들어, 미생물 칵테일을 포함하는 조성물이 투여된 대상체의 세포)로부터의 하나 이상의 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절할 수 있는 다수의 세균 단리주를 포함할 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 3에 없는 1종 이상의 세균 단리주(예를 들어, 적어도 1종, 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종, 적어도 11종, 적어도 12종, 적어도 13종, 적어도 14종, 적어도 15종 또는 15종 초과의 세균 단리주)를 포함할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 3의 세균 단리주 중 적어도 하나가 결여되어 있거나 또는 표 2의 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주가 결여되어 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 3으로부터의 임의의 세균 단리주를 포함하지 않는다. 따라서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 진핵생물 세포(예를 들어, 미생물 칵테일을 포함하는 조성물이 투여되는 대상체의 세포)로부터의 하나 이상의 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 실질적으로 조절하지 않는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하거나 또는 이로 구성될 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 4에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 표 4로부터의 1종 이상의 세균 단리주(예를 들어, 적어도 1종, 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종, 적어도 11종, 적어도 12종, 적어도 13종, 적어도 14종, 적어도 15종 또는 15종 초과의 세균 단리주)를 포함할 수 있다. 따라서, 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일은 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는 다수의 세균 단리주를 포함할 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 4에 없는 1종 이상의 세균 단리주(예를 들어, 적어도 1종, 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종, 적어도 11종, 적어도 12종, 적어도 13종, 적어도 14종, 적어도 15종 또는 15종 초과의 세균 단리주)를 포함할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 표 4의 세균 단리주 중 적어도 하나가 결여되어 있거나 또는 표 4의 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주가 결여되어 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 표 4로부터의 임의의 세균 단리주를 포함하지 않는다. 따라서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하지 않는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하거나 또는 이로 구성될 수 있다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 표 2 내지 표 4 중 하나 이상에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주를 포함할 수 있다. 따라서, 이러한 미생물 칵테일은 다수의 메커니즘을 통해 칵테일(예를 들어, 약제학적 조성물의 형태로)이 투여되는 대상체의 건강에 유리하게 영향을 미칠 수 있다. 예를 들어, 미생물 칵테일은 표 2에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주 및 표 3에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 이러한 경우에, 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 대상체의 장에서 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)의 수준을 증가시키기 위해 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있고(즉, '표 2의 세균 단리주'), 대상체에게 투여되는 적어도 하나의 세균 단리주는 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절할 수 있다(즉, '표 3의 세균 단리주').
또 다른 예에서, 미생물 칵테일은 표 2에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주 및 표 4에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 이러한 경우에, 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 대상체의 장에서 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)의 수준을 증가시키기 위해 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있고(즉, '표 2의 세균 단리주') 및 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 해당한다('표 4의 세균 단리주').
또 다른 예에서, 미생물 칵테일은 표 3에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주 및 표 4에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 이러한 경우에, 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절할 수 있고(즉, '표 3의 세균 단리주'), 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 해당한다('표 4의 세균 단리주').
또 다른 예에서, 미생물 칵테일은 표 2에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주, 표 3에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주 및 표 4에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 이러한 경우에, 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 대상체의 장에서 SCFA의 수준을 증가시키기 위해 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있고(즉, '표 2의 세균 단리주'), 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절할 수 있으며(즉, '표 3의 세균 단리주'), 조성물의 적어도 하나의 세균 단리주는 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 해당한다('표 4의 세균 단리주').
표 13 내지 표 21은 미생물 칵테일의 세균 단리주가 집합적으로 대상체에게 투여되면 (i) 대상체의 장에서 SCFA의 수준을 증가시키고; (ii) 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 방출을 조절하며; (iii) UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는 대상체의 장내 세균 단리주를 제공할 수 있는, 표 2 내지 표 4에서 발견되는 세균 단리주를 포함하는 상이한 예시적인 미생물 칵테일을 예시한다. 각각의 표에서, 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호), 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호) 및 단리주가 나타나 있는 위의 표(들)(즉, 표 2, 표 3 및/또는 표 4)에 의해 확인된다.
소정의 실시형태에서, 조성물은 표 13 내지 표 21 중 하나에 제공되는 세균 단리주 각각 또는 표 13 내지 표 21 중 하나에 제공되는 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 각각이 표 13 내지 표 15, 표 15a 및 표 15b 중 하나에 제공되는 세균 단리주의 적어도 1종의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 8종의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 각각이 표 16 내지 표 18 중 하나에 제공되는 세균 단리주의 적어도 1종의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 7종의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 각각이 표 19 내지 21 중 하나에 제공되는 세균 단리주의 적어도 1종의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 6종의 세균 단리주를 포함한다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 13 내지 표 21 중 하나에 제공되는 세균 단리주 각각 또는 표 13 내지 표 21 중 하나에 제공되는 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 세균 단리주로 본질적으로 구성되는 미생물 칵테일을 포함한다. 소정의 실시형태에서, 조성물은 표 13 내지 표 21 중 하나에 제공되는 세균 단리주 각각 또는 표 13 내지 표 21 중 하나에 제공되는 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 세균 단리주로 구성되는 미생물 칵테일을 포함한다.
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실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 세균 혼합물에서 하나 이상의 유리한 표현형의 중복성(redundancy)을 함께 제공하는 다수의 세균 단리주를 포함하는 세균 혼합물을 포함할 수 있으며, 이는, 예를 들어, 조성물이 대상체에게 투여될 때 대상체의 장에서 특정 메커니즘 또는 경로를 유도하는 능력을 포함할 수 있다. 이러한 중복성은 조성물이 투여된 대상체가 세균의 "중복" 단리주 사이에서 공통적으로 특정한 유리한 형질 또는 표현형(예를 들어, 대상체의 장에서 SCFA의 수준을 증가시키는 경향)으로부터 이익을 얻을 가능성을 증가시킬 수 있다. 이론에 얽매이지 않고, 이에 대한 이유는 특정 세균 단리주가 각 대상체의 장에 생착될 가능성에 있어서 대상체 간의 잠재적인 변이이며, 이는 전형적으로 세균 단리주가 유익한 효과를 발휘하는데 필요하다. 동일한 관심 표현형(예를 들어, 역치 수준을 초과하는 하나 이상의 SCFA의 생성)을 각각 나타내는 유전적으로 별개의 단리주를 포함하는 조성물을 제형화함으로써, 다수의 중복 세균 단리주 중 적어도 하나가 생착될 가능성이 중복 대응물이 없는 단일 세균 단리주의 생착 가능성과 비교하여 증가되기 때문에, 조성물은 개체에 걸쳐(즉, 내재된(built-in) 중복성이 없는 제형과 비교하여) 향상된 효능을 나타낼 수 있다.
양태에서, 중복성은 세균 혼합물에 각각 다음 표현형 중 적어도 하나를 보유하는 다수의 세균 단리주를 포함함으로써 조성물에 혼입될 수 있다: (i) 다수의 세균 단리주 각각은 (예를 들어, 표 2로부터 선택되는 다수의 세균 단리주를 세균 혼합물에 혼입시키거나 또는 대상체에게 투여함으로써) 역치 수준을 초과하는 하나 이상의 SCFA의 수준을 생성하고; (ii) 다수의 세균 단리주 각각은 (예를 들어, 표 3으로부터 선택되는 다수의 세균 단리주를 세균 혼합물에 혼입시키거나 또는 대상체에게 투여함으로써) 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 방출을 유도하며; 또는 (iii) 다수의 세균 단리주 각각은 (예를 들어, 표 4로부터의 다수의 세균 단리주를 세균 혼합물에 혼입시키거나 또는 대상체에게 투여함으로써) UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 해당한다.
양태에서, 표현형의 중복성을 제공하는 다수의 세균 단리주를 포함하는 세균 혼합물이 표 15b에 나타나 있으며, 이는 상당한 수준의 SCFA를 생성하는 적어도 5종의 세균 단리주(여기에서는 뷰티레이트; 실시예 2 참조)(즉, 오도리박터 스플란크니쿠스, 에우박테리움 렉탈레, 로세부리아 파에시스 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이의 2종의 단리주), 인간 세포에 의한 전-염증성 사이토카인의 방출을 유도하는 적어도 4종의 세균 단리주(여기에서는 PBMC; 실시예 3 참조)(즉, 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter sphlanchnicus), 알리스티페스 샤히이 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이의 2종의 단리주) 및 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는 적어도 7종의 세균 단리주(실시예 4 참조)(즉, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 에우박테리움 렉탈레 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이의 2종의 단리주)를 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 각각이 특정 속의 구성원인 다수의 별종의 세균 단리주 또는 각각이 특정 종의 구성원인 다수의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 이는, 예를 들어, 동일한 속 또는 종의 다수의 세균 단리주가 관심 특정 메커니즘을 최적으로 유도하거나 또는 이에 영향을 미칠 수 있는 중복성을 제공함으로써(예를 들어, SCFA를 생성하거나 또는 항-염증성 프로파일을 유도함으로써) 유리할 수 있다. 동일한 약제학적 조성물에서 유사한 최적의 형질 또는 표현형(예를 들어, 높은 수준의 SCFA를 생성하는 능력)을 각각 나타내는 여러 분류학적으로 관련된 세균 단리주를 포함함으로써, 조성물이 투여된 대상체가 형질 또는 표현형으로부터 이익을 얻을 가능성이 더 높아지도록 중복성이 조성물에 내재된다. 이에 대한 이유는 특정 세균 단리주가 대상체의 장에 생착되는 능력에 있어서 대상체 간에 잠재적인 변이이며, 이는 전형적으로 세균 단리주가 유익한 효과를 발휘하는데 필요하다. 예를 들어, 약제학적 조성물은 각각이 파에칼리박테리움 속의 구성원인 다수(예를 들어, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 5종 이상)의 세균 단리주, 각각이 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종의 구성원인 다수(예를 들어, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 5종 이상)의 세균 단리주를 포함할 수 있다(예를 들어, 표 15b 참조). 또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 각각이 박테로이데스 속의 구성원인 다수(예를 들어, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 5종 이상)의 세균 단리주를 포함할 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 특정 속의 구성원인 단 하나의 세균 단리주 또는 특정 종의 구성원인 단 하나의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 이는, 예를 들어, 약제학적 조성물에서 세균 단리주의 총 수를 최소화하는 반면(예를 들어, 각각의 세균 단리주를 성장시키고 제형화하는 것과 관련된 비용 및 자원을 감소시키기 위해), 조성물이 투여된 대상체에서 여러 치료-관련된 메커니즘(예를 들어, SCFA 생성 또는 항-염증성 사이토카인 유도)의 유도에 상응할 수 있는 세균 단리주에 의해 대표되는 다양한 분류군을 유지하는데 유리할 수 있다. 예를 들어, 약제학적 조성물은 박테로이데스 속의 구성원인 단 하나의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 실시형태에서, 박테로이데스 속으로부터의 단일 세균 단리주는 B. 셀룰로실리티쿠스이다(예를 들어, 표 15a 및 표 15b 참조). 또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 에우박테리움 속의 구성원인 단 하나의 세균 단리주 또는 에우박테리움 렉탈레 종의 구성원인 단 하나의 세균 단리주를 포함할 수 있다(예를 들어, 표 15a 및 표 15b 참조). 또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 로세부리아 속의 구성원인 단 하나의 세균 단리주 또는 로세부리아 파에시스 종의 구성원인 단 하나의 세균 단리주를 포함할 수 있다(예를 들어, 표 15a 및 표 15b 참조). 또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 코프로코커스 속의 구성원인 단 하나의 세균 단리주 또는 코프로코커스 코메스 종의 구성원인 단 하나의 세균 단리주를 포함할 수 있다.
또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 알리스티페스 속의 구성원인 단 하나의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 소정의 실시형태에서, 약제학적 조성물은 알리스티페스 샤히이를 포함하지만, 알리스티페스 피네골디이 또는 알리스티페스 푸트레디니스는 포함하지 않는 세균 단리주를 포함한다(예를 들어, 표 15a 및 표 15b 참조). A. 피네골디이 및 A. 푸트레디니스에 대한 A. 샤히이의 포함은 아래 실시예와 일치하며, 이는 A. 샤히이가 (i) UC로 진단된 환자에 비해 건강한 대상체에서의 풍부함; 및/또는 (ii) FMT 치료 후 UC 환자에서 UC 증상의 임상적 관해 또는 반응과의 연관/상관관계에 대한 A. 피네골디이 및 A. 푸트레디니스보다 낮은 단면 통합 p-값을 가짐을 보여준다. 다른 실시형태에서, 약제학적 조성물은 알리스티페스 피네골디이를 포함하지만, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 푸트레디니스는 포함하지 않는 세균 단리주를 포함한다(예를 들어, 표 15 참조). 소정의 실시형태에서, 약제학적 조성물은 알리스티페스 알리스티페스 푸트레디니스를 포함하지만, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 피네골디이는 포함하지 않는 세균 단리주를 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 장내 세균불균형과 관련된 병태(예를 들어, 궤양성 대장염을 포함하는 IBD)를 치료하기 위해 유익하지 않거나 또는 해로울 수 있는 세균 속, 종 또는 균주를 배제 또는 생략할 수 있다. 예를 들어, 약제학적 조성물은 에스케리키아 속(예를 들어, 에스케리키아 콜라이)으로부터의 균주 또는 세균 단리주를 배제 또는 생략할 수 있다. 아래 실시예는 대장균이 뷰티레이트를 거의 생성하지 않거나 또는 전혀 생성하지 않으며, 전-염증성인 사이토카인 프로파일(즉, IL-10/IL-12 및/또는 IL-10/TNF-알파의 낮은 비)을 특징으로 함을 보여준다.
다른 예에서, 약제학적 조성물은 다음 세균 분류군 중 하나 이상을 생략 또는 배제할 수 있다: 아들러크레우치아(Adlercreutzia) 속의 구성원, 아들러크레우치아 에쿠올리파시엔스(Adlercreutzia equolifaciens), 아커만시아 속의 구성원, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 속의 구성원, 알리스티페스 피네골디이, 알리스티페스 푸트레디니스, 알리스티페스 샤히이, 박테로이데스 속의 구성원, 박테로이데스 카필로수스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 박테로이데스 에게르티이, 박테로이데스 오바투스, 박테로이데스 테타이오타오미크론, 박테로이데스 우니포르미스, 바실러스 속의 구성원, 바실러스 서큘란스(Bacillus circulans), 바실러스 심플렉스(Bacillus simplex), 비피도박테리움 속의 구성원, 비피도박테리움 롱검, 블라우티아 속의 구성원, 블라우티아 하이드로게노트로피카, 브레비바실러스(Brevibacillus) 속의 구성원, 브레비바실러스 파라브레비스(Brevibacillus parabrevis), 카타박터(Catabacter) 속의 구성원, 카타박터 홍콩겐시스(Catabacter hongkongensis), 카테니박테리움(Catenibacterium) 속의 구성원, 카테니박테리움 미추오카이(Catenibacterium mitsuokai), 클로스트리디움 속의 구성원, 클로스트리디움 코코이데스, 클로스트리디움 알데넨세, 클로스트리디움 아스파라기포르메(Clostridium asparagiforme), 클로스트리디움 셀레레크레센스(Clostridium celerecrescens), 클로스트리디움 하테와이(Clostridium hathewayi), 클로스트리디움 힐레모나에(Clostridium hylemonae), 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium inocuum), 클로스트리디움 라바렌세(Clostridium lavalense), 클로스트리디움 렙툼, 클로스트리디움 신덴스(Clostridium scindens), 클로스트리디움 스타미니솔벤스(Clostridium staminisolvens), 클로스트리디움 설파티레두센스(Clostridium sulfatireducens), 클로스트리디움 심비오숨(Clostridium symbiosum), 클로스트리디움 써모셀룸(Clostridium thermocellum), 콜린셀라 속의 구성원, 콜린셀라 에어로파시엔스, 코프로코커스 속의 구성원, 코프로코커스 카투스, 코프로코커스 코메스, 코프로코커스 에우탁투스, 도레아 속의 구성원, 도레아 포르미시게네란스, 도레아 롱기카테나, 에우박테리움 속의 구성원, 에우박테리움 비포르메, 에우박테리움 칼란데리(Eubacterium callanderi), 에우박테리움 돌리쿰(Eubacterium dolichum), 에우박테리움 엘리겐스, 에우박테리움 피스시카테나(Eubacterium fissicatena), 에우박테리움 렉탈레, 에우박테리움 시라에움, 에우박테리움 벤트리오숨, 에우박테리움 자일라노필룸(Eubacterium xylanophilum), 속 파에칼리박테리움 속의 구성원, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 홀데마니아(Holdemania) 속의 구성원, 홀데마니아 필리모르미스(Holdemania filimormis), 서브돌리그라눌룸 속의 구성원, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 마이크로박테리움(Microbacterium) 속의 구성원, 마이크로박테리움 슐레이페리(Microbacterium schleiferi), 마이크로코커스 루테우스(Micrococcus luteus), 오도리박터 속의 구성원, 오도리박터 스플란크니쿠스, 오실리박터(Oscillibacter) 속의 구성원, 오실리박터 발레리시게네스(Oscillibacter valericigenes), 파라박테로이데스 속의 구성원, 파라박테로이데스 메르다에, 파라박테로이데스 고르도니이(Parabacteroides gordonii), 파라수테렐라(Parasutterella) 속의 구성원, 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis), 파스코락토박테리움 속의 구성원, 파스코락토박테리움 패시움, 로세부리아 속의 구성원, 로세부리아 파에칼리스(Roseburia faecalis), 로세부리아 파에시스, 로세부리아 호미니스(Roseburia hominis), 로세부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis), 루미노코커스 속의 구성원, 루미노코커스 알부스, 루미노코커스 브로미이, 루미노코커스 락타리스, 루미노코커스 루티, 루미노코커스 오베움, 루미노코커스 토르퀘스, 스타필로코커스 속의 구성원, 스타필로코커스 에피더미디스, 스트렙토코커스 속의 구성원, 스트렙토코커스 미티스(Streptococcus mitis), 스트렙토코커스 써모필루스(Streptococcus thermophilus), 시네르기스테스(Synergistes) 속의 구성원, 투리시박터(Turicibacter) 속의 구성원 및 투리시박터 상귀니스(Turicibacter sanguinis).
실시형태에서, 약제학적 조성물에 혼입되는 세균 단리주는 대상체의 건강에 유리하게 영향을 미치도록 다수의 메커니즘을 통해 작용할 수 있다. 따라서, 이러한 세균 단리주는 다수의 메커니즘을 통해 칵테일(예를 들어, 약제학적 조성물의 형태로)이 투여되는 대상체의 건강에 유리하게 영향을 미칠 수 있다. 예를 들어, 약제학적 조성물은 대상체에게 투여될 때 대상체의 장에서 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)의 수준을 증가시키기 위해 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있고('표 2의 세균 단리주'), 또한 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절할 수 있는('표 3의 세균 단리주') 세균 단리주를 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 대상체에게 투여될 때 대상체의 장에서 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)의 수준을 증가시키기 위해 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있고('표 2의 세균 단리주'), 또한 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는('표 4의 세균 단리주') 세균 단리주를 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 대상체에게 투여될 때 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절할 수 있고('표 3의 세균 단리주'), 또한 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는('표 4의 세균 단리주') 세균 단리주를 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 약제학적 조성물은 대상체에게 투여될 때 대상체의 장에서 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)의 수준을 증가시키기 위해 하나 이상의 SCFA를 생성할 수 있고('표 2의 세균 단리주'), 또한 숙주 대상체의 세포에 의한 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절할 수 있으며('표 3의 세균 단리주'), 또한 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는('표 4의 세균 단리주') 세균 단리주를 포함할 수 있다.
표 22는 다수의 메커니즘을 통해 대상체의 건강에 긍정적인 영향(예를 들어, SCFA의 생산, 숙주 세포에 의한 사이토카인 방출의 유도 또는 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는 장내 세균 제공)을 미칠 수 있는 예시적인 세균 단리주를 예시한다. 표 22에서, 단리주는 라틴어 명칭, 식별 번호(ID 번호), 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호) 및 세균 단리주가 나타나 있는 위의 표 2 내지 표 4(표 2는 대상체의 장에서 SCFA를 분비하는 세균 단리주를 나타내고, 표 3은 숙주 세포에 의한 사이토카인 생산을 조절할 수 있는 세균 단리주를 나타내며, 표 4는 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 상응하는 세균 단리주를 나타냄)에 의해 확인된다. 소정의 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일)은 표 22에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주 및/또는 표 22에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다
Figure pct00024
실시형태에서, 세균 단리주는 표 1 내지 표 22에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 16S rRNA 서열과 적어도 70%, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 동일한 16S rRNA 서열을 포함할 수 있다. 실시형태에서, 세균 단리주는 표 1 내지 표 22에 제공되는 세균 단리주 중 적어도 하나의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 이전에 확인된 적어도 하나의 세균 단리주를 포함할 수 있다. 예를 들어, 소정의 실시형태에서, 공지된 유형의 균주(예를 들어, ATCC 또는 DSM 보관 컬렉션으로부터)는 표 1 내지 표 22에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한(예를 들어, 적어도 97% 동일한) 16S rRNA 서열을 포함할 수 있다. 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일에 포함될 수 있는 예시적인 공개적으로 이용 가능한 균주는 표 23에 제공된다. 실시형태에서, 특정 약제학적 조성물의 경우, 표 1 내지 표 22에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주는 표 23로부터의 상응하는 대표적인 균주(즉, 동일한 분류학적 명칭을 가짐)로 치환될 수 있다.
Figure pct00025
실시형태에서, 약제학적 조성물 또는 미생물 칵테일은 다수의 상이한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리 또는 정제된 복수의 세균 단리주를 포함한다. 단일 공여체가 아닌 다수의 인간 공여자의 대변 샘플로부터의 세균 단리주를 소싱(sourcing)하는 이점은 특정 관심 메커니즘을 최적으로 유도하는 세균 단리주를 확인하기 위해 기능적 스크리닝을 거칠 수 있는 더 큰 세균 균주의 풀을 제공한다는 점이다. 예를 들어, 한 공여체의 대변은 높은(최적의) 수준의 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)를 생성하는 1종 이상의 세균 균주를 보유할 수 있지만, 동일한 공여체의 대변은 기능적 스크리닝을 거칠 때 항-염증성 프로파일(예를 들어, IL-10:IL-12의 비를 조절)을 단지 적당하게 유도하는 세균 단리주를 보유할 수 있다. 대안적으로, 다른 공여체의 대변은 최적의 항-염증성 프로파일(예를 들어, 높은 IL-10:IL-12의 비)을 유도하는 1종 이상의 세균 균주를 보유하지만 높은 수준의 SCFA를 생성하는 세균 균주는 보유하지 않을 수 있다.
본 명세서에 기재된 약제학적 조성물 내에 포함시킬 세균 단리주를 확인할 때 선택의 기초로서 다수의 상이한 공여체로부터의 대변을 사용하는 또 다른 이점은 다수의 공여체로부터의 미생물총이 (i) 장내 세균불균형이 있는 환자에 비해 건강한 인간 대상체에서 더 큰 상대적 존재비 또는 (ii) 장내 세균불균형이 있는 환자에 비해 장내 세균불균형으로부터 관해 상태에 있는 인간 대상체에서 더 큰 상대적 존재비(즉, 표 4에 제공되는 세균 단리주)를 갖는 세균 균주에 상응하는 세균 단리주를 확인하기 위한 더 큰 세균 균주의 풀을 생성한다는 점이다. 일반적으로, 위의 (i) 또는 (ii)를 갖는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 선택된 세균 단리주의 16S rRNA 서열 간의 일치는 가능한 한 유사하여야 한다(예를 들어, 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5% 또는 적어도 100%). 목적하는 일치를 확인할 가능성은 다수의 공여체로부터의 대변을 소싱하여 제공되는 선택할 수 있는 세균 균주의 풀이 더 클수록 가능성이 높아진다.
따라서, 일반적으로, 미생물 치료제를 구축하기 위해 본 명세서에 제시된 합리적인 메커니즘-기반 선택 계획은 단일 공여체의 풀을 넘어 세균 균주의 풀을 증가시켜 치료제가 투여되는 대상체에서 각각의 관심 메커니즘의 유도를 위한 최적의 세균 단리주를 선택할 수 있도록 한다. 따라서, 이러한 다중-공여체 선택 과정은 단일 공여체의 대변의 합성 버전을 재현하기 위한 공지의 접근법보다 유리하다.
다른 실시형태에서, 약제학적 조성물 또는 미생물 칵테일은 유일한 단일 인간 공여자의 대변 샘플 또는 대변 샘플들로부터 단리 또는 정제된 복수의 세균 단리주를 포함한다.
다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 대상체에게 조성물을 투여한 후 대상체의 위장관에서 생착할 수 있는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 본 명세서에서 "생착하는" 또는 "생착"은 대상체의 장관에서 세균 균주 또는 세균 단리주의 세포의 시간 경과에 따른 안정적인 존재를 지칭한다(예를 들어, 본 명세서에 기재된 조성물을, 예를 들어, 경구로 또는 직장으로 투여함으로써 대상체의 장관으로 세균 균주 또는 단리주를 도입한 후). 전형적으로, 환자의 장에 도입된 세균 단리주의 생착은(예를 들어, 경구 및/또는 직장 투여에 의해) 세균 단리주를 대상체에게 투여하기 전 및 후에 대상체의 분변 샘플에서 세균 단리주의 존재를 비교함으로써 종방향으로 또는 시간 경과에 따라 측정된다. 실시형태에서, 대상체의 장에 도입되는 세균 단리주는 투여 전에 없었다. 또 다른 실시형태에서, 대상체의 장에 도입되는 세균 단리주는 투여 전에는 장에 없었지만, 투여 후에는 존재비가 증가하였다. 소정의 실시형태에서, 생착은 대상체에게 세균 균주를 투여한 후 적어도 1일, 적어도 2일, 적어도 3일, 적어도 4일, 적어도 5일, 적어도 6일, 적어도 7일, 적어도 8일, 적어도 9일, 적어도 10일, 적어도 11일, 적어도 12일, 적어도 13일, 적어도 14일, 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 4주, 적어도 5주, 적어도 6주, 적어도 7주, 적어도 8주, 적어도 1개월, 적어도 2개월, 적어도 3개월, 적어도 4개월, 적어도 5개월, 적어도 6개월 또는 6개월 초과 후에 대상체의 장에 투여된 세균 균주의 존재비를 증가시킴을 확인함으로써 결정된다.
실시형태에서, 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착은 세균 단리주가 역치 용량으로 또는 그 이상으로 대상체에게 투여될 때 발생한다. 실시형태에서, 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착은 세균 단리주가 역치 용량 이하로 대상체에게 투여될 때 발생하지 않거나 또는 상대적으로 비효율적으로(예를 들어, 환자 전반에 걸쳐) 발생한다. 예를 들어, 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착은 세균 단리주가 적어도 106개의 세포, 적어도 107개의 세포, 적어도 108개의 세포, 적어도 109개의 세포, 적어도 1010개의 세포, 적어도 1011개의 세포 또는 적어도 1012개의 세포의 용량으로 대상체(예를 들어, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물의 경구 또는 직장으로)에게 투여될 때 발생할 수 있다.
실시형태에서, 이를 필요로 하는 환자에 대한 1종 이상의 세균 단리주의 용량은 세균 단리주의 생착 역치에 의존할 수 있다.
실시형태에서, 대상체에게 투여되는 약제학적 조성물의 세균 단리주는 대상체의 십이지장에 생착한다. 실시형태에서, 대상체에게 투여되는 약제학적 조성물의 세균 단리주는 대상체의 공장에 생착한다. 실시형태에서, 대상체에게 투여되는 약제학적 조성물의 세균 단리주는 대상체의 회장에 생착한다. 실시형태에서, 대상체에게 투여되는 약제학적 조성물의 세균 단리주는 대상체의 결장에 생착한다.
실시형태에서, 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착은 세균 단리주가 역치 용량으로 또는 그 이하로 대상체에게 투여될 때 발생한다. 실시형태에서, 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착은 세균 단리주가 역치 용량 이상으로 대상체에게 투여될 때 발생하지 않거나 또는 상대적으로 비효율적으로(예를 들어, 환자 전반에 걸쳐) 발생한다. 예를 들어, 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착은 세균 단리주가 108개 이하의 세포, 109개 이하의 세포, 1010개 이하의 세포, 1011개 이하의 세포 또는 1012개 이하의 세포의 용량으로 대상체(예를 들어, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물의 경구 또는 직장으로)에게 투여될 때 발생할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 본 발명의 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일)은 상승작용을 포함한 상호작용을 하여 조성물이 투여된 대상체의 장에 존재하는 병원성 세균의 성장 및/또는 생존에 저해 효과를 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주는 병원성 세균에 대해 세포독성 또는 세포증식억제 효과를 가질 수 있다. 다양한 실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주는 환자의 GI 관에 존재하거나 또는 이로 진입하는 병원성 세균에 대한 저해 효과를 나타낸다. 다양한 실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주는 투여 전에 환자의 GI 관에 검출 가능하게 존재하지 않는 적어도 하나의 세균의 유형의 성장을 증대시킨다.
다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 병원성 세균의 성장 또는 생존에 대해 저해 효과(예를 들어, 세포독성 및/또는 세포증식억제 효과를 통해)를 갖도록 상승적으로 상호작용하는 하나 이상의 단리 또는 정제된 세균 균주를 포함한다. 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주의 투여에 의해 영향을 받을 수 있는 예시적인 병원성 세균은 C. 디피실레, 살모넬라 종, 장병원성 대장균, 다중-약물 저항성 세균, 예컨대, 클레브시엘라 및 대장균, 카바페넴-저항성 엔테로박테리아세아에(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae: CRE), 광범위 베타-락탐 저항성 엔테로코키(extended spectrum beta-lactam resistant Enterococci: ESBL) 및 반코마이신-저항성 엔테로코키(vancomycin-resistant Enterococci: VRE)를 포함한다. 추가의 예시적인 세균은 예르시니아(Yersinia), 비브리오(Vibrio), 트레포네마(Treponema), 스트렙토코커스, 스타필로코커스, 쉬겔라(Shigella), 살모넬라, 리케차(Rickettsia), 오리엔티아(Orientia), 슈도모나스(Pseudomonas), 네이세리아(Neisseria), 마이코플라스마(Mycoplasma), 마이코박테리움(Mycobacterium), 리스테리아(Listeria), 렙토스피라(Leptospira), 레지오넬라(Legionella), 클레브시엘라, 헬리코박터(Helicobacter), 헤모필루스(Haemophilus), 프란시셀라(Francisella), 에스케리키아, 에를리키아(Ehrlichia), 엔테로코커스(Enterococcus), 콕시엘라(Coxiella), 코리네박테리움(Corynebacterium), 클로스트리디움, 클라미디아(Chlamydia), 클라미도필라(Chlamydophila), 캄필로박터(Campylobacter), 버크홀데리아(Burkholderia), 브루셀라(Brucella), 보렐리아(Borrelia), 보르데텔라(Bordetella), 비피도박테리움, 바실러스, 다중-약물 저항성 세균, 광범위 베타-락탐 저항성 엔테로코키(ESBL), 카바페넴-저항성 엔테로박테리아세아에(CRE) 및 반코마이신-저항성 엔테로코키(VRE)를 포함한다. 예시적인 병원성 세균은 에어로모나스 하이드로필라(Aeromonas hydrophila), 캄필로박터 페투스(Campylobacter fetus), 플레시오모나스 쉬겔로이데스(Plesiomonas shigelloides), 바실러스 세레우스(Bacillus cereus), 캄필로박터 제주니(Campylobacter jejuni), 클로스트리디움 보툴리눔(Clostridium botulinum), 클로스트리디움 디피실레, 클로스트리디움 퍼프린겐스(Clostridium perfringens), 장관집적성 에스케리키아 콜라이, 장출혈성 에스케리키아 콜라이, 장침습성 에스케리키아 콜라이, 장독소원성 에스케리키아 콜라이(LT 및/또는 ST와 같지만 이들로 제한되지 않음), 에스케리키아 콜라이 0157:H7, 헬리코박터 파이로리(Helicobacter pylori), 클레브시엘라 뉴모니아(Klebsiellia pneumonia), 리스테리아 모노사이토게네스(Lysteria monocytogenes), 플레시오모나스 쉬겔로이데스, 살모넬라 종, 살모넬라 타이피(Salmonella typhi), 살모넬라 파라타이피(Salmonella paratyphi), 쉬겔라 종, 스타필로코커스 종, 스타필로코커스 아우레우스(Staphylococcus aureus), 반코마이신-저항성 엔테로코커스 종, 비브리오 종, 비브리오 콜레라에(Vibrio cholerae), 비브리오 파라헤몰리티쿠스(Vibrio parahaemolyticus), 비브리오 불니피쿠스(Vibrio vulnificus) 및 예르시니아 엔테로콜리티카(Yersinia enterocolitica)를 포함한다.
일부 실시형태에서, 세균 단리주는 비-병원성 세균 균주이다. 실시형태에서, 비-병원성 세균 균주는 병독성(virulence) 및/또는 독성을 유발하는 유전자 또는 이의 발현이 결여된 게놈을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일은 미생물 칵테일이 투여되는 대상체에서 질환 또는 장애를 유발할 수 있는 유기체 또는 독립체가 실질적으로 없다(예를 들어, 병원성 세균이 실질적으로 없음).
실시형태에서, 미생물 칵테일은 제조 과정 동안 미생물 칵테일에 혼입되는 1종 이상의 세균 단리주 이외의 세균 세포는 포함하지 않는다. 예를 들어, 미생물 칵테일은 박테로이데스, 비피도박테리움, 데설포모나스, 클로스트리디움, 에스케리키아 콜라이, 에우박테리움, 푸소박테리아, 락토바실러스, 모닐리아, 펩토스트렙토코커스, 프로피오니박테리아 또는 루미노코커스를 포함하여 배양되든 또는 미배양되든 특정 종의 세균이 없을 수 있다.
실시형태에서, 세균 단리주는 건강한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 원래 얻어진 세균 균주의 실험실 스톡 또는 세균 세포 은행으로부터 얻을 수 있다. 예를 들어, 분변 미생물총(예를 들어, 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 대변 샘플로부터 정제됨)은 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 혼입되는 세균 단리주의 공급원으로 사용될 수 있다. 소정의 실시형태에서, 대변 샘플의 분변 미생물총의 전부 또는 일부는 고체 배지 기질에서 배양되고, 1종 이상의 세균 단리주가 단일 콜로니로 확인된다. 다른 실시형태에서, 분변 미생물총의 전부 또는 일부는 혼합 세균 배양물을 생성하기 위해 액체 배양에 접종된 다음 세균 단리주의 단일 세포를 포함하는 배양물을 생성하기 위해 연속 희석될 수 있다. 실시형태에서, 확인된 세균 단리주는 이어서 공지된 기법을 사용하여 배양되고(예를 들어, 고체 또는 액체 배지에서) 증식될 수 있다. 세균 균주를 단리, 정제 및/또는 배양하는 방법은 각각 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 Sadowsky 등의 WO　2012/122478에 기술되어 있고, Borody 등의 WO　2012/016287에 기술되어 있다.
미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물
일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 예를 들어, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 실질적으로 완전한 분변 미생물총(예를 들어, 건강한 인간 공여자로부터 정제됨)을 포함할 수 있다.
실시형태에서, 본 명세서에서 사용되는 분변 미생물총의 제조물 또는 미배양된 분변 세균의 제조물의 제조는 에탄올 처리, 세제 처리, 열 처리, 조사(irradiation) 및 초음파 처리로 이루어진 군으로부터 선택되는 처리를 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 분변 미생물총의 제조물 또는 미배양된 분변 세균의 제조물의 제조는 에탄올 처리, 세제 처리, 열 처리, 조사 및 초음파 처리로 이루어진 군으로부터 선택되는 처리를 포함하지 않는다. 일 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 분변 미생물총의 제조물 또는 미배양된 분변 세균의 제조물의 제조는 밀도 구배, 여과(예를 들어, 체, 나일론 메시) 및 크로마토그래피로 이루어진 군으로부터 선택되는 분리 단계를 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 분변 미생물총의 제조물 또는 미배양된 분변 세균의 제조물의 제조는 밀도 구배, 여과(예를 들어, 체, 나일론 메시) 및 크로마토그래피로 이루어진 군으로부터 선택되는 분리 단계를 포함한다. 또 다른 양태에서, 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 본 명세서에서 사용되는 공여체의 전체 분변 미생물총을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 분변 미생물총의 공여체로부터의 진핵생물 세포를 실질적으로 포함하지 않는 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주로 추가로 보충, 스파이크 또는 향상된 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 일 양태에서, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 표 1에 제공되는 세균 단리주로 스파이크된다. 일 양태에서, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 클로스트리디움, 콜린셀라, 도레아, 루미노코커스, 코프로코커스, 프레보텔라, 베일로넬라(Veillonella), 박테로이데스, 바실러스 또는 이들의 조합의 비-병원성(또는 약화된 병원성을 갖는) 세균으로 보충된다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 베일로넬라세아에(Veillonellaceae), 피르미쿠테스(Firmicutes), 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria), 박테로이데테스(Bacteroidetes) 종 또는 이들의 조합으로 추가로 보충, 스파이크 또는 향상된 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 분변 세균 포자로 추가로 보충된 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 일 양태에서, 분변 세균 포자는 클로스트리디움 포자, 바실러스 포자 또는 둘 다이다.
양태에서, 약제학적 조성물은 인간, 소, 젖소, 반추동물, 양, 염소 또는 사슴으로 이루어진 군으로부터 선택되는 대상체로부터의 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 인간, 소, 젖소, 반추동물, 양, 염소 또는 사슴으로 이루어진 군으로부터 선택되는 대상체에게 투여될 수 있다. 일 양태에서, 약제학적 조성물은 실질적으로 또는 거의 무취이다.
양태에서, 본 명세서에서 제공 또는 투여되는 약제학적 조성물은 0.3 이상, 0.4 이상, 0.5 이상, 0.6 이상, 0.7 이상, 0.8 이상, 0.9 이상, 1.0 이상, 1.1 이상, 1.2 이상, 1.3 이상, 1.4 이상, 1.5 이상, 1.6 이상, 1.7 이상, 1.8 이상, 1.9 이상, 2.0 이상, 2.1 이상, 2.2 이상, 2.3 이상, 2.4 이상, 2.5 이상, 3.0 이상, 3.1 이상, 3.2 이상, 3.3 이상, 3.4 이상, 3.5 이상, 3.6 이상, 3.7 이상, 3.8 이상, 3.9 이상, 4.0 이상, 4.1 이상, 4.2 이상, 4.3 이상, 4.4 이상, 4.5 이상 또는 5.0 이상의 샤논 다양성 지수를 포함하는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 0.1 내지 3.0, 0.1 내지 2.5, 0.1 내지 2.4, 0.1 내지 2.3, 0.1 내지 2.2, 0.1 내지 2.1, 0.1 내지 2.0, 0.4 내지 2.5, 0.4 내지 3.0, 0.5 내지 5.0, 0.7 내지 5.0, 0.9 내지 5.0, 1.1 내지 5.0, 1.3 내지 5.0, 1.5 내지 5.0, 1.7 내지 5.0, 1.9 내지 5.0, 2.1 내지 5.0, 2.3 내지 5.0, 2.5 내지 5.0, 2.7 내지 5.0, 2.9 내지 5.0, 3.1 내지 5.0, 3.3 내지 5.0, 3.5 내지 5.0, 3.7 내지 5.0, 31.9 내지 5.0 또는 4.1 내지 5.0의 샤논 다양성 지수를 포함하는 분변 미생물총을 포함한다. 일 양태에서, 샤논 다양성 지수는 문(phylum) 수준에서 계산된다. 또 다른 양태에서, 샤논 다양성 지수는 과(family) 수준에서 계산된다. 일 양태에서, 샤논 다양성 지수는 속(genus) 수준에서 계산된다. 또 다른 양태에서, 샤논 다양성 지수는 종(species) 수준에서 계산된다. 추가의 양태에서, 약제학적 조성물은 정상적인 건강한 인간 분변 생물상과 유사한 비례 함량의 생물상의 제조물을 포함한다.
추가의 양태에서, 약제학적 조성물은 적어도 1종, 2종, 3종, 4종, 5종, 6종, 7종, 8종, 9종 또는 10종의 상이한 과로부터의 분변 세균을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 적어도 11종, 12종, 13종, 14종, 15종, 16종, 17종, 18종, 19종 또는 20종의 상이한 과로부터의 분변 세균을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 적어도 21종, 22종, 23종, 24종, 25종, 26종, 27종, 28종, 29종 또는 30종의 상이한 과로부터의 분변 세균을 포함한다. 추가의 양태에서, 약제학적 조성물은 적어도 31종, 32종, 33종, 34종, 35종, 36종, 37종, 38종, 39종 또는 40종의 상이한 과로부터의 분변 세균을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 적어도 41종, 42종, 43종, 44종, 45종, 46종, 47종, 48종, 49종 또는 50종의 상이한 과로부터의 분변 세균을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 1종 내지 10종, 10종 내지 20종, 20종 내지 30종, 30종 내지 40종, 40종 내지 50종의 상이한 과로부터의 분변 세균을 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 제공 또는 투여되는 약제학적 조성물은 0.05%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9% 또는 10% 이하의 무생물 물질의 중량/생물학적 물질의 중량을 포함하는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 제공 또는 투여되는 약제학적 조성물은 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 또는 95% 이하의 무생물 물질의 중량/생물학적 물질의 중량을 포함하는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 제공 또는 투여되는 약제학적 조성물은 2.0㎜, 1.0㎜, 0.5㎜, 0.33㎜, 0.25㎜, 0.212㎜, 0.180㎜, 0.150㎜, 0.125㎜, 0.106㎜, 0.090㎜, 0.075㎜, 0.063㎜, 0.053㎜, 0.045㎜, 0.038㎜, 0.032㎜, 0.025㎜, 0.020㎜, 0.01㎜ 또는 0.002㎜의 체, 배제 또는 입자 필터 크기를 갖는 체, 칼럼 또는 유사한 여과 장치를 통과하는 분변 샘플의 무생물 물질의 입자 및/또는 생물학적 물질의 입자를 포함하거나, 이로 구성되거나 또는 이로 본질적으로 구성된다. "무생물 물질"은 처리된 분변 물질에 포함되는 부형제, 예를 들어, 동결보호제와 같은 약제학적으로 불활성인 물질을 포함하지 않는다. "생물학적 물질"은 분변 물질 내에 살아있는 물질을 지칭하며, 원핵생물 세포, 예컨대, 세균 및 고세균(예를 들어, 살아있는 원핵생물 세포 및 포자를 형성하여 살아있는 원핵생물 세포가 될 수 있는), 진핵생물 세포, 예컨대, 원생동물(protozoa) 및 진균 및 바이러스를 포함하는 미생물을 포함한다. 일 실시형태에서, "생물학적 물질"은 정상적인 건강한 인간의 결장에 존재하는 살아있는 물질, 예를 들어, 미생물, 진핵생물 세포 및 바이러스를 지칭한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 제공 또는 투여되는 약제학적 조성물은 인간 대변의 추출물을 포함하되, 조성물은 실질적으로 무취이다. 일 양태에서, 본 명세서에서 제공 또는 투여되는 약제학적 조성물은 동결건조, 미정제, 반-정제 또는 정제된 제형의 분변 물질 또는 분변 생물상 제조물을 포함한다.
양태에서, 약제학적 조성물 내의 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 고도로 정제되거나 또는 정제된, 예를 들어, 비-생물상 분변 물질이 실질적으로 없는 분변 생물상을 포함한다. 일 양태에서, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은, 예를 들어, 체질 전, 후 또는 체질 전후에 정밀여과를 거치도록 추가로 처리될 수 있다. 또 다른 양태에서, 고도로 정제된 분변 미생물총 제품은 큰 분자를 제거하기 위해 한외여과되지만, 치료적 미생물상, 예를 들어, 세균을 유지한다.
또 다른 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 약제학적 조성물 내의 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 적어도 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8%, 또는 99.9% 단리되거나 또는 순수한, 또는 약 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9% 또는 1.0% 이상의 비-분변 생물상 물질을 갖는 분변 생물상의 단리주인(또는 이를 포함하는); 또는 Sadowsky 등의 WO 2012/122478 A1에 기술되어 있거나 또는 Borody 등의 WO 2012/016287 A2에 기술되어 있는 바와 같이 실질적으로 단리, 정제 또는 실질적으로 전체 미생물총인 실질적으로 단리 또는 정제된 분변 생물상 또는 전체(또는 실질적으로 전체) 미생물총을 포함하거나 또는 이로 본질적으로 구성된다.
양태에서, 약제학적 조성물 내의 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 공여체의 실질적으로 전체 또는 비-선택된 분변 미생물총을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물 내의 분변 미생물총은 항생제 저항성 집단을 포함하지 않는다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함하며, 외부 물질(예를 들어, 무세포 물질, 예컨대, 잔류 섬유, DNA, RNA, 바이러스 외피 물질, 생존 불가능한 물질을 포함한 무생물 물질; 및 살아있는 물질, 예컨대, 분변 물질 공여체로부터의 진핵생물 세포)이 거의 없다.
양태에서, 본 명세서에서 사용되는 약제학적 조성물 내의 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 인간 공여자의 질환-스크리닝된 대변 샘플로부터 유래된다. 일 양태에서, 대변 샘플은 항생제 저항성 집단을 포함하지 않는다. 예를 들어, 분변 조성물은 비례 함량으로 항생제 저항성 집단을 포함하지 않는 정상적인 건강한 인간 분변 생물상과 유사할 수 있는 생존 가능한 생물상의 제조물을 포함할 수 있다. 생물상의 적합한 미생물은 박테로이데스, 에우박테리움, 푸소박테리아, 프로피오니박테리아, 락토바실러스, 루미노코커스, 에스케리키아 콜라이, 겜미거, 클로스트리디움, 데설포모나스, 펩토스트렙토코커스, 비피도박테리움, 콜린셀라, 코프로코커스, 도레아 및 루미노코커스로부터 선택될 수 있다.
양태에서, 본 명세서에 개시된 치료에 사용되는 약제학적 조성물은 멸균 분변 여과액 또는 비-세포 분변 여과액을 포함한다. 일 양태에서, 멸균 분변 여과액은 공여체 대변으로부터 기원한다. 또 다른 양태에서, 멸균 분변 여과액은 배양된 미생물로부터 기원한다. 또 다른 양태에서, 멸균 분변 여과액은 비-세포 비-미립자 분변 성분을 포함한다. 일 양태에서, 멸균 분변 여과액은 2014년 5월 30일자로 공개된 WO2014/078911에 기술되어 있는 바와 같이 제조된다. 또 다른 양태에서, 멸균 분변 여과액은 문헌[Ott et al., Gastroenterology 152:799-911(2017)]에 기술되어 있는 바와 같이 제조된다.
일 양태에서, 분변 여과액은 분비, 추출되거나 또는 그렇지 않으면 액체인 성분 또는 미생물총을 포함하며, 예를 들어, 항생제 또는 항-염증제일 수 있는 생물학적 활성 분자(biologically active molecule: BAM)가 생물상 추출물에서 보존, 유지 또는 재구성된다.
일 양태에서, 분변 여과액을 포함하는 예시적인 약제학적 조성물은 정의된 공여체 풀의 공여체로부터의 출발 물질을 포함하며, 여기서 이 공여체는 원심분리된 대변을 제공하며, 그런 다음, 예를 들어, 금속 체질 또는 밀리포어 필터 또는 이와 동등한 것을 사용하여 매우 높은-수준의 여과로 여과하여 궁극적으로 세균 기원의, 예를 들어, 종종 직경이 약 5 마이크로미터 미만인 세포만이 남도록 하였다. 초기 원심분리 후, 고체 물질은 액체로부터 분리될 수 있고, 그런 다음 고체가, 예를 들어, 밀리포어 여과를 사용하여, 선택적으로 또한 나노-막 여과의 사용을 포함하여 점진적으로 크기를 감소시키는 필터 및 접선 필터에서 여과된다. 여과는 또한 WO 2012/122478에 기술된 바와 같이 체에 의해 수행될 수 있지만, 대조적으로 0.0120㎜에서 약 0.0110㎜까지 더 작은 체를 사용하여 궁극적으로 세균 세포만이 존재하게 된다.
원심분리 동안 분리된 상청액은 약 0.22 마이크론 필터를 통해 미세하게 여과된 액체를 생성하기 위해 여과, 예를 들어, 밀리포어 여과 또는 동등한 시스템에서 점진적으로 여과될 수 있다. 이는 세균 및 바이러스를 포함하여 모든 살아있는 물질을 포함하는 모든 미립자 물질을 제거한다. 그런 다음, 생성물은 멸균되지만, 목표는 세균을 제거하지만 투리신(thuricin)(공여체 대변의 바실러스들에 의해 분비됨), 박테리오신(콜리신(colicin), 트로우둘릭신(troudulixine), 또는 푸타인디신(putaindicine), 또는 마이크로신(microcin) 또는 서브틸로신 A(subtilosin A) 포함), 란바이오틱(나이신(nisin), 서브틸린(subtilin), 에피더민(epidermin), 뮤타신(mutacin), 메르사시딘(mersacidin), 악타가르딘(actagardine), 신나마이신(cinnamycin) 포함), 락티신(lacticin) 및 다른 항균성 또는 항-염증성 화합물을 포함하여 이들의 분비물, 특히 항균성 박테리오신, 세균-유래 사이토카인-유사 생성물 및 모든 수반되는 생물학적으로 활성인 분자(BAM)를 유지하는 것이다.
일 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 약제학적 조성물은 정제된 분변 미생물총 및 비-세포 분변 여과액의 조합으로 본질적으로 구성된 재구성된 분변 생물상을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 약제학적 조성물은 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분으로 보충된 정제된 분변 미생물총을 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 약제학적 조성물은 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분을 포함한다. 일 양태에서, 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분은 합성 분자, 분변 미생물에 의해 생성되는 생물학적으로 활성인 분자 또는 둘 다를 포함한다. 또 다른 양태에서, 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분은 생물학적으로 활성인 단백질 또는 펩타이드, 미량 영양소, 지방, 당, 작은 탄수화물, 미량 원소, 무기염, 회분, 점액, 아미노산, 영양소, 바이타민, 미네랄 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 일 양태에서, 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분은 박테리오신, 란바이오틱 및 락티신으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 생물학적으로 활성인 분자를 포함한다. 또 다른 양태에서, 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분은 콜리신, 트로우둘릭신, 푸타인디신, 마이크로신 및 서브틸로신 A로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리오신을 포함한다. 일 양태에서, 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분은 투리신, 나이신, 서브틸린, 에피더민, 뮤타신, 메르사시딘, 악타가르딘 및 신나마이신으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 란바이오틱을 포함한다. 또 다른 양태에서, 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분은 항-포자 화합물, 항균성 화합물, 항-염증성 화합물 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 추가의 양태에서, 하나 이상의 비-세포 비-미립자 분변 성분은 인터류킨, 사이토카인, 류코트리엔, 에이코사노이드 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 명세서에서 제공되는 치료 방법은 두 분변 세균 세포, 예를 들어, 인간 GI 미생물총의 부분적 또는 완전한 표현 및 다른 성분들 중에서, 예를 들어, 박테리오신(콜리신, 트로우둘릭신 또는 푸타인디신 또는 마이크로신 또는 서브틸로신 A를 포함하는 세균에 의해 생성되는 단백질성 독소), 란바이오틱(특징적인 다중고리형 티오에터 아미노산 란티오닌 또는 메틸란티오닌 및 불포화 아미노산 데하이드로알라닌 및 2-아미노아이소뷰티르산를 포함하는 펩타이드 항생제의 클래스; 이는 투리신(공여체 대변의 바실러스에 의해 분비됨), 나이신, 서브틸린, 에피더민, 뮤타신, 메르사시딘, 악타가르딘, 신나마이신을 포함함), 락티신(포자-형성 펩타이드성 독소의 패밀리) 및 미생물총의 세균 또는 다른 미생물에 의해 생성되고/되거나 미생물총의 "액체 성분"에서 발견되는 기타 항균성 또는 항-염증성 화합물 및/또는 추가적인 생물학적으로 활성인 분자(BAM)와 같은 세균성 분비 생성물을 포함하는 생물상(미생물총)의 단리, 처리, 여과, 농축, 재구성되고/되거나 인공의 액체 성분(예를 들어, 분변 여과액)을 모두 사용하는 것을 포함한다.
일 양태에서, 분변 세균-기반 약제학적 조성물은 분변 비-세포 여과액-기반 약제학적 조성물과 동시에 사용된다. 또 다른 양태에서, 환자는 주어진 제2 분변 세균-기반 약제학적 조성물이 제공되기 전에 제1 분변 비-세포 여과액-기반 약제학적 조성물로 치료되거나, 또는 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 추가의 양태에서, 치료 방법은 3단계를 포함한다: 첫째, 감염성 병원체(들)를 비-선택적으로 제거하기 위한 항생제 전처리 단계; 둘째, 선택된 감염성 병원체(들)를 추가로 억제하기 위한 분변 비-세포 여과액-기반 치료 단계; 및 셋째, 환자에게 기능적 장내 마이크로바이옴을 재-구축하기 위한 분변 세균-기반 약제학적 조성물을 제공하는 단계.
양태에서, 치료 방법은 장내 세균불균형과 관련된 장애의 치료, 증상의 감소 또는 증상의 백분율 감소에 영향을 미친다. 생물상의 변화는 가능한 한 "거의-완전"할 수 있고, 생물상은 임의의 남아 있는, 원래의 생물상을 밀어낼 생존 가능한 유기체로 대체된다. 전형적으로, 장내 생물상의 변화는 미리 결정된 생물상의 어레이의 위-장계로의 도입을 포함하므로, 양태에서, 치료 방법은 이러한 치료를 필요로 하는 환자에서 병원성 장 생물상을 실질적으로 또는 완전히 대체하는 단계를 포함한다.
양태에서, 약제학적 조성물에 혼입하기 위한 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 클로스트리디움 압소눔(Clostridium absonum), 클로스트리디움 아르겐티넨세(Clostridium argentinense), 클로스트리디움 바라티이(Clostridium carnis), 클로스트리디움 보툴리눔, 클로스트리디움 카다베리스(Clostridium cadaveris), 클로스트리디움 카르니스(Clostridium carnis), 클로스트리디움 셀라툼(Clostridium celatum), 클로스트리디움 차우보에이(Clostridium chauvoei), 클로스트리디움 클로스트리디오포르메(Clostridium clostridioforme), 클로스트리디움 코클레아리움(Clostridium cochlearium), 클로스트리디움 팔락스(Clostridium fallax), 클로스트리디움 펠시네움(Clostridium felsineum), 클로스트리디움 고니이(Clostridium ghonii), 클로스트리디움 글리콜리쿰(Clostridium glycolicum), 클로스트리디움 헤몰리티쿰(Clostridium haemolyticum), 클로스트리디움 하스티포르메(Clostridium hastiforme), 클로스트리디움 히스톨리티쿰(Clostridium histolyticum), 클로스트리디움 인돌리스(Clostridium indolis), 클로스트리디움 이레귤라레(Clostridium irregulare), 클로스트리디움 리모숨, 클로스트리디움 말레노미나툼(Clostridium malenominatum), 클로스트리디움 노비이(Clostridium novyi), 클로스트리디움 오로티쿰(Clostridium oroticum), 클로스트리디움 파라푸트리피쿰(Clostridium paraputrificum), 클로스트리디움 퍼프린겐스, 클로스트리디움 필리포르메(Clostridium piliforme), 클로스트리디움 푸트레파시엔스(Clostridium putrefaciens), 클로스트리디움 푸트리피쿰(Clostridium putrificum), 클로스트리디움 사르디니엔세(Clostridium sardiniense), 클로스트리디움 사르타고포르메(Clostridium sartagoforme), 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 셉티쿰(Clostridium septicum), 클로스트리디움 소르델리이(Clostridium sordellii), 클로스트리디움 스페노이데스(Clostridium sphenoides), 클로스트리디움 스피로포르메(Clostridium spiroforme), 클로스트리디움 스포로게네스(Clostridium sporogenes), 클로스트리디움 서브테르미날레(Clostridium subterminale), 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 테르티움(Clostridium tertium), 클로스트리디움 테타니(Clostridium tetani), 클로스트리디움 웰치이(Clostridium welchii) 및 클로스트리디움 빌로숨(Clostridium villosum)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상, 2종 이상, 3종 이상 또는 4종 이상의 클로스트리디움 종의 비-병원성 포자를 포함한다.
양태에서, 약제학적 조성물에 혼입하기 위한 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 정제, 단리 또는 배양된 생존 가능한 비-병원성 클로스트리디움, 및 콜린셀라, 코프로코커스, 도레아, 에우박테리움 및 루미노코커스로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 속으로부터의 복수의 정제, 단리 또는 배양된 생존 가능한 비-병원성 미생물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 클로스트리디움, 콜린셀라, 코프로코커스, 도레아, 에우박테리움 및 루미노코커스로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 속으로부터의 복수의 정제, 단리 또는 배양된 생존 가능한 비-병원성 미생물을 포함한다.
양태에서, 약제학적 조성물에 혼입하기 위한 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 콜린셀라, 코프로코커스, 도레아, 에우박테리움 및 루미노코커스로 이루어진 군으로부터 선택되는 2종 이상의 속을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 코프로코커스, 도레아, 에우박테리움 및 루미노코커스로 이루어진 군으로부터 선택되는 2종 이상의 속을 포함한다. 추가의 양태에서, 약제학적 조성물은 코프로코커스 카투스, 코프로코커스 코메스, 도레아 롱기카테나, 에우박테리움 엘리겐스, 에우박테리움 하드룸, 에우박테리움 할리이, 에우박테리움 렉탈레 및 루미노코커스 토르퀘스로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상, 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상 또는 5종 이상의 종을 포함한다.
일 양태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 혼입하기 위한 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 적어도 약 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개 또는 1013개의 cfu 또는 총 세포수를 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 최대 약 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개 또는 1014개의 cfu 또는 총 세포수를 포함한다.
또 다른 양태에서, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물은 적어도 약 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개 또는 1013개의 세포 또는 총 세포수를 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 최대 약 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개 또는 1014개의 세포 또는 총 세포수를 포함한다.
대변으로부터 세균의 추출 및 정제
본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 공여체, 예를 들어, 건강한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 유래되는 미생물, 예를 들어, 세균을 포함할 수 있다. 일 양태에서, 조성물은 대변 샘플의 분변 미생물총의 전부 또는 일부를 포함한다. 예를 들어, 조성물은 건강한 인간 공여자의 대변 샘플의 실질적으로 완전한 분변 미생물총을 포함할 수 있다. 일 양태에서, 조성물은 분변 미생물총의 세균 단리주를 포함하되, 세균 단리주는 분변 미생물총의 전부 또는 일부로부터 정제 및/또는 배양된다. 따라서, 대변 샘플로부터 분변 미생물총의 추출 및/또는 정제가 분변 미생물총(예를 들어, 실질적으로 완전한 분변 미생물총) 또는 세균 단리주 중 적어도 하나를 포함하는 조성물을 제조하기 위해 수행될 수 있다.
일 양태에서, 본 명세서에 기재된 조성물을 제조하는데 사용하기 위한 예시적인 분변 미생물총은 인간 공여자로부터의 출발 물질을 포함한다. 또 다른 양태에서, 예시적인 분변 미생물총은 한 명 이상의 건강한 인간 공여자로부터의 물질을 포함한다. 또 다른 양태에서, 예시적인 분변 미생물총은 공지되고 정의된 공여자의 풀로부터의 출발 물질을 포함한다. 또 다른 양태에서, 공여체는 성인 남성이다. 추가의 양태에서, 공여체는 성인 여성이다. 또 다른 양태에서, 공여체는 청소년 남성이다. 또 다른 양태에서, 공여체는 청소년 여성이다. 또 다른 양태에서, 공여체는 여자 유아이다. 또 다른 양태에서, 공여체는 남자 유아이다. 또 다른 양태에서, 공여체는 건강하다. 일 양태에서, 인간 공여자는 약 18세, 15세, 12세, 10세, 8세, 6세, 4세, 3세, 2세 또는 1세 이하의 아동이다. 또 다른 양태에서, 인간 공여자는 노인이다. 추가의 양태에서, 인간 공여자는 약 30세, 35세, 40세, 45세, 50세, 55세, 60세, 65세, 70세, 75세, 80세, 85세, 90세 또는 95세 이상의 개인이다. 또 다른 양태에서, 공여체는 1세 내지 5세, 2세 내지 10세, 3세 내지 18세, 21세 내지 50세, 21세 내지 40세, 21세 내지 30세, 50세 내지 90세, 60세 내지 90세, 70세 내지 90세, 60세 내지 80세 또는 65세 내지 75세이다. 일 양태에서, 공여체는 젊은 노인(65세 내지 74세)이다. 일 양태에서, 공여체는 중년(75세 내지 84세)이다. 일 양태에서, 공여체는 고령자(85세 초과)이다. 또 다른 양태에서, 공여체는 신중하게 스크리닝된, 건강한 정상적인(neurotypical) 인간이다.
양태에서, 신중하게 스크리닝된 공여체는 완전한 병력 및 신체 검사를 받는다. 공여체는 감염원의 위험이 있는 경우 배제된다. 추가적인 배제 기준은 다음을 포함한다:
1. B형, C형 간염 또는 HIV로 알려진 바이러스 감염.
2. 임의의 시간에 HIV 또는 바이러스성 간염에 노출된 것으로 알려짐.
3. 마약 또는 금전을 목적으로 한 성관계, 남성과 성관계를 한 남성, 지난 12개월 동안 한 명 이상의 성 파트너, 임의의 과거의 정맥주사 약물 또는 비강내 코카인의 사용, 투옥을 포함한 고위험 행동.
4. 12개월 이내에 문신 또는 바디 피어싱.
5. 여행자 설사의 위험이 미국보다 더 높은 세계로의 여행.
6. 현재의 전염병 질환, 예를 들어, 상기도 바이러스 감염.
7. 과민성 대장 증후군의 병력. 특정 증상은 빈번한 복부 경련, 과도한 가스, 팽만감, 복부 팽창, 대변 절박증, 설사, 변비를 포함할 수 있음.
8. 크론병, 궤양성 대장염, 현미경적 대장염과 같은 염증성 장 질환의 병력.
9. 만성 설사.
10. 만성 변비 또는 완하제의 사용.
11. 위장 악성종양 또는 알려진 결장 용종증의 병력.
12. 임의의 복부 수술, 예를 들어, 위 우회술, 장 절제술, 충수 절제술, 담낭 절제술 등의 병력.
13. 소화 조절을 목적으로 잠재적인 공여체가 사용하는 프로바이오틱 또는 임의의 기타 일반 의약품의 사용. 요구르트 및 케피어(kefir) 제품은 영양 보충제가 아닌 음식으로만 섭취하는 경우에 허용됨.
14. 지난 6개월 이내에 임의의 적응증에 대한 항생제.
15. 임의의 처방된 면역억제제 또는 항종양제.
16. 확립된 또는 출현된 대사 증후군. 본 명세서에서 정의를 위해 사용된 기준은 임의의 확립된 기준보다 더 엄격함. 이는 증가된 혈압 상승의 병력, 당뇨병 또는 글루코스 과민증의 병력을 포함함.
17. 알려진 전신 자가면역, 예를 들어, 결합 조직 질환, 다발성 경화증.
18. 천식 또는 습진을 포함한 알려진 아토피 질환.
19. 섬유 근육통, 만성 피로 증후군을 포함한 만성 통증 증후군.
20. 흡입제 또는 국소 크림 및 연고를 포함한 임의의 처방된 약물의 지속적인(간헐적일지라도) 사용.
21. 파킨슨병을 포함한 신경학적, 신경발달성 및 신경퇴행성 장애.
22. 26 ㎏/㎡ 초과의 일반 체질량 지수, 0.85(남성) 초과 및 0.80(여성) 초과의 허리:엉덩이 비로 정의되는 내장 비만.
23. 135 ㎜Hg 초과의 수축기 및 85 ㎜Hg 초과의 이완기 혈압.
24. 피부 ― 1년 이내에 발생한 발진, 문신 또는 바디 피어싱의 존재 또는 황달
25. 림프절 비대.
26. 청진시 천명음.
27. 간 비대 또는 간 질환의 상흔.
28. 관절의 팽대 및 압통. 근육 약화.
29. 비정상적인 신경학적 검사.
30. PCR에 의해 테스트된 양성 대변 클로스트리디움 디피실레 독소 B.
31. 살모넬라, 쉬겔라, 예르시니아, 캄필로박터, 대장균 0157:H7을 포함한 임의의 일상적인 병원체에 대한 양성 대변 배양물.
32. 비정상적인 충란 및 기생충 검사.
33. 양성 지아르디아(Giardia), 크립토스포리디움(Cryptosporidium) 또는 헬리코박터 파이로리 항원.
34. HIV 1 및 2, 바이러스성 A형 간염 IgM, 간염 표면 항원 및 코어 Ab를 포함한 임의의 바이러스 질병에 대한 양성 스크리닝.
35. 비정상적인 RPR(매독에 대한 스크리닝).
36. 알칼리 포스파테이스, 아스파테이트 아미노트랜스아미네이스, 알라닌 아미노트랜스퍼레이스를 포함한 임의의 비정상적인 간 기능 테스트.
37. 150 ㎎/㎗ 초과의 상승된 혈청 트라이글리세리드
38. 40 ㎎/㎗(남성) 미만 및 50 ㎎/㎗(여성) 미만의 HDL 콜레스테롤
39. 2.4 ㎎/ℓ 초과의 높은 민감성 CRP
40. 상승된 공복 혈당(100 ㎎/㎗ 초과)
본 발명의 양태는 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법으로서, 방법은 (i) (a) 건강한 대상체의 그룹, (b) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹 및 (c) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상이 임상적으로 관해된 환자의 그룹의 분변 물질로부터의 세균의 제조물을 제공하는 단계, (ii) 세균의 제조물로부터 16S rRNA 서열을 분석하는 단계 및 (iii) (a) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고; 그리고/또는 (b) 분변 미생물총 이식을 받응 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상관관계가 있는 세균의 제조물로부터의 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 인간 공여자의 대변으로부터 세균 단리주를 단리하는 단계를 포함하되, 세균 단리주의 단면 통합 p-값은 1×10-14 미만이다.
실시형태에서, 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 세균 균주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 알리스티페스 온데르돈키이, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 에우박테리움 렉탈레, 블라우티아 오베움, 박테로이데스 우니포르미스, 박테로이데스 불가투스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 피네골디이, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 파스코락토박테리움 파에시움, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 블라우티아 종, 알리스티페스 푸트레디니스, 알리스티페스 푸트레디니스, 알리스티페스 푸트레디니스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 세균 균주는 서열번호 1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 20, 21, 22, 23, 34, 35, 36 및 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드와 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 1종을 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주는 서열번호 2 및 서열번호 18의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상관관계가 있는 세균 균주는 알리스티페스 피네골디이를 포함하지만, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 푸트레디니스 또는 알리스티페스 푸트레디니스를 포함하지 않고, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 피네골디이를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상관관계가 있는 세균 균주는 서열번호 15의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 18, 35, 36 또는 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열이 아닌 16S rRNA 서열; 또는 서열번호 35 내지 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 15 및 18로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열은 아닌 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 방법은 (iv) 인간 분변 샘플로부터 여러 세균 단리주를 제공하는 단계; 및 (v) (a) 진핵생물 세포의 집단을 인간-유래 세균 단리주와 접촉시키는 단계, (b)진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 측정하는 단계 및 (c) 진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 조절할 수 있는 세균 단리주를 선택하는 단계를 포함하는 기능적 검정을 수행하는 단계에 의해 제2 치료적 세균 단리주를 단리하는 단계를 더 포함한다. 실시형태에서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함한다. 실시형태에서, 사이토카인은 IL-10, GM-CSF, IFN-감마, TNF-알파, IL-23 및 IL-12로부터 선택된다.
실시형태에서, 제2 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 박테로이데스 우니포르미스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 11, 16, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
본 발명의 양태는 제1 및 제2 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 제조하는 방법으로서, 방법은 (i) 인간 대변으로부터 여러 세균 단리주를 단리하는 단계; (ii) (a) 진핵생물 세포의 집단을 세균 단리주와 접촉시키는 단계, (b) IL-10:IL-12 비와 IL-10:TNF-알파 비를 측정하는 단계 및 (c) 진핵생물 세포의 집단과 인큐베이션할 때 적어도 약 50:1의 IL-10:IL-12 비 또는 적어도 약 1:1의 IL-10:TNF-알파 비를 유도할 수 있는 세균 단리주를 제1 세균 단리주로 확인하는 단계를 포함하는 제1 기능적 검정을 수행하는 단계, (iii) (a) 세균 단리주에 의해 생성된 단쇄 지방산(short-chain fatty acid: SCFA)의 수준을 측정하는 단계 및 (b) SCFA를 적어도 약 10mM의 농도로 생성하는 세균 단리주를 제2 세균 단리주로 확인하는 단계 및 (iv) 제1 및 제2 세균 단리주를 조합하여 미생물 칵테일을 생성하는 단계를 포함하는 제2 기능적 검정을 수행하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 제1 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 박테로이데스 우니포르미스, 박테로이데스 불가투스, 코프로코커스 코메스, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제1 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 11, 12, 16, 17, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다. 실시형태에서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함한다.
실시형태에서, SCFA는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산, 발레르산 및 이들의 조합물로 이루어진 군으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 에우박테리움 렉탈레, 코프로코커스 코메스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스, 언에어로스티페스 하드루스, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 8, 17, 19, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 방법은 다음에 의해 미생물 칵테일에 혼입하기 위한 제3 세균 단리주를 단리하는 단계를 더 포함한다: (i) (a) 건강한 대상체의 그룹, (b) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹 및 (c) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해에 있는 환자의 그룹의 분변 물질로부터의 세균의 제조물의 16S rRNA 서열을 분석하는 단계 및 (ii) (a) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고; 그리고/또는 (b) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상관관계가 있는 세균의 제조물로부터의 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 인간 공여자의 대변으로부터의 세균 단리주에서 제3 세균 단리주를 단리하는 단계.
실시형태에서, 제3 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
본 명세서에 개시된 임의의 실시형태에서, 위장 질환 또는 장애는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD) 및 항생제-유도성 부작용()으로부터 선택될 수 있다. 실시형태에서, IBD는 궤양성 대장염(UC), 크론병(CD) 및 맹낭염 중 하나 이상으로부터 선택된다. 실시형태에서, 위장 질환 또는 장애는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD) 및 항생제-유도성 부작용으로부터 선택된다. 실시형태에서, IBD는 궤양성 대장염(UC), 크론병(CD) 및 맹낭염 중 하나 이상으로부터 선택된다.
일 양태에서, 먼저 하나 이상의 건강한(예를 들어, 스크리닝된) 공여체(들)로부터의 수집물을 포함하는 분변 생물상(예를 들어, 전체(또는 실질적으로 전체) 미생물총)을 제조하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 일 양태에서, 신선한 대변은 적절하게 무산소(또는 실질적으로 무산소)인 적절한 용기를 제공 또는 포함할 수 있는 대변 수집물 장치를 통해 운송된다. 일 양태에서, 용기는, 예를 들어, 내장형 또는 클립형 산소-스캐빈징 메커니즘, 예를 들어, 미국 특허 제7,541,091호에 기술되어 있는 바와 같은, 예를 들어, 산소 스캐빈징 펠릿을 용기에 혼입시킴으로써 무산소 상태로 만들 수 있다. 또 다른 양태에서, 용기 자체는 산소 스캐빈징 물질, 예를 들어, O2BLOCK™에 의해 기술된 바와 같은, 예를 들어, 산소 스캐빈징 철 또는 이와 동등한 것으로 만들어지며, 이는 산소-스캐빈징 철의 성능 향상 운반체로서 정제되고 개질된 층상 점토를 사용하고; 활성 철은 중합체에 직접 분산된다. 일 양태에서, 예를 들어, 산소-스캐빈징 활성을 나타내는; 하나 이상의 불포화 올레핀 단일중합체 또는 공중합체; 하나 이상의 폴리아마이드 단일중합체 또는 공중합체; 하나 이상의 폴리에틸렌 테레프탈레이트 단일중합체 또는 공중합체를 갖는 중합체 블렌드를 기술하고 있는 미국 공개 제20110045222호에 기재된 바와 같은 산소-스캐빈징 중합체가 용기 자체를 만들거나 또는 용기를 코팅하거나 또는 추가될 펠릿으로 사용된다. 일 양태에서, 예를 들어, 폴리에스터, 코폴리에스터 에터 및 산화 촉매를 포함하되, 코폴리에스터 에터는 폴리(테트라메틸렌-코-알킬렌 에터)를 포함하는 폴리에터 세그먼트를 포함하는 조성물을 기술하고 있는 미국 공개 제20110008554호에 기술되어 있는 바와 같은 산소-스캐빈징 중합체가 용기 자체를 만들거나 또는 용기를 코팅하거나 또는 추가될 펠릿으로 사용된다. 일 양태에서, 예를 들어, 중합체 매트릭스에 분산된 철/염 입자 및 산소 스캐빈징 미립자를 갖는 산소 스캐빈징 필름을 기술하고 있는 미국 공개 제201000255231호에 기술되어 있는 바와 같이 산소-스캐빈징 중합체가 용기 자체를 만들거나 또는 용기를 코팅하거나 또는 추가될 펠릿으로 사용된다.
대안적으로, 산소-스캐빈징 메커니즘에 추가하여 또는 그 대신에, 용기 내의 공기는 질소 및/또는 다른 불활성 비-반응성 기체 또는 기체들로 (완전히 또는 실질적으로) 대체될 수 있다. 일 양태에서, 용기는 부분적으로, 실질적으로 또는 완전히 혐기성 환경을 시뮬레이션(생성)한다.
일 양태에서, 대변(예를 들어, 분변 샘플)은 누출되거나 냄새가 나지 않으면서 혐기성 환경을 유지하는 미학적으로 허용 가능한 용기에 보관된다. 일 양태에서, 용기는 분변 생물상을 넣기 전에 멸균 상태이다.
일 양태에서, 본 명세서에서 제공되는 대변 샘플은, 예를 들어, "대변 은행"에서의 운송 및/또는 보관의 모든 또는 대부분 동안 실온에서 유지된다. 예를 들어, 일단 "가공 대변 은행"으로 전달되면, 주위 온도, 예를 들어, 실온에 보관된다. 일 양태에서, 글리세롤과 같은 안정화제가 수확된 및/또는 보관된 물질에 첨가된다.
일 양태에서, 대변은 위에 언급된 바와 같이 다양한 병원체에 대해 테스트된다. 일 양태에서, 감염원이 제거되면, 대변 샘플은 물질의 큰 입자를 제거하기 위해 균질화되고 여과된다. 일 양태에서, 대변은, 예를 들어, 5cc에서 3리터 이상일 수 있는 목적하는 부피로 세분화된다. 예를 들어, 일 양태에서, 용기는 적절한 산소 저항성 플라스틱, 예를 들어, 금속화된 폴리에틸렌 테레프탈레이트 폴리에스터 필름 또는 금속화된 MYLAR™에 담을 수 있는 50그램(g)의 대변을 포함한다.
일 양태에서, 대변은, 예를 들어, 혼합, 교반(agitating), 교반(stirring) 또는 진탕에 의해 균질화된다. 소정의 양태에서, 대변 샘플은 균질화 전에 균질화 완충액으로 희석된다. 균질화 완충액은, 예를 들어, 동결보호제(예를 들어, 트레할로스), 항산화제 또는 환원제(예를 들어, 시스테인) 및 완충액(예를 들어, 0.25× PBS(pH 7.4))을 포함할 수 있다.
일 양태에서, 분변 미생물총으로부터 비-세균 성분을 분리하기 위해, 대변은 거친 미립자 물질로부터 균질화되고 여과될 수 있다. 일 양태에서, 미세 섬유/무생물은 그 다음 세균으로부터 분리된다. 예를 들어, 점진적으로 전형적인 박테리아의 크기로 감소하는, 예를 들어, 필터 크기를 사용하는 반복 여과를 포함하는 여러 방법이 사용될 수 있다.
일 양태에서, 단리주 세균 종을 단리하기 위해 상이한 필터 또는 거즈로 여과하는 미정제 기법을 사용하는 WO 2011/033310A1에서 Williams에 의해 사용된 것과 같은 기법이 사용된다.
일 양태에서, 전체 대변을 여과하기 위한 여과 절차는 거의 100%의 세균의 가장 높은 농도에 도달하는데 적합하게 사용된다. 일 양태에서, 여과 절차는 초기 정화를 위해 유리 섬유 심층 필터를 적절하게 사용하는 2-단계 절차이다. 일 양태에서, 대변은 양압하에서 여과된다. 일 양태에서, 이는 30 마이크론 PVDF 필터와의 조합 또는 샌드위치 구성을 사용하는 것일 수 있다. 일 양태에서, 이러한 샌드위치 절차는 양압하에 제품을 여과할 것이다. 나중에, 막 농도는, 일 양태에서, 여과액의 부피를 줄이기 위한 또 다른 단계로 사용될 수 있다. 일 양태에서, 이는 질소 커버하에 동결 건조 또는 분무 건조 전에 수행될 수 있다.
여과에 사용될 수 있는 대안적인 막은 나일론 필터, 셀룰로스 나이트레이트 필터, 폴리에터설폰(PES) 필터, 폴리테트라플루오르에틸렌(PTFE) 필터, TEFLON™ 필터, 혼합된 셀룰로스 에스터 필터, 폴리카보네이트 필터, 폴리프로필렌 필터, 폴리바이닐클로라이드(PVC) 필터 또는 석영 필터를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 고체 및 액체가 제거된 고순도의 세균을 얻기 위해 이들의 다양한 조합이 사용될 수 있다.
일 양태에서, 이를 필요로 하는 대상체는 다수의 신중하게 스크리닝된 건강한 공여체의 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물이 투여된다. 일 양태에서, 대상체는 투여 기간에 걸쳐 약제학적 조성물이 투여되되, 제1 용량은 단일 공여체의 분변 미생물총을 포함하는 적어도 하나의 약제학적 조성물을 포함하고, 제2 용량의 약제학적 조성물은 제1 용량의 공여체와는 다른 단일 공여체의 분변 미생물총을 포함한다. 또 다른 양태에서, 제1 용량은 단일 공여체의 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 포함하고, 제2 용량은 공여체 풀의 분변 미생물총을 포함한다. 제1 및 제2 용량은 대상체에게 투여하는 순서를 나타내는 것이 아니라, 오히려 별도의 공여체로부터의 분변 미생물총이 비-블렌딩된 형태로 사용될 수 있음을 나타낸다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 단일 공여체로부터의 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 포함하는 캡슐로 이를 필요로 하는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 또 다른 양태에서, 캡슐은 다수의 공여체로부터의 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 포함한다. 일 양태에서 대상체는 단일이지만 상이한 공여체로부터의 분변 미생물총을 포함하는 2개 이상의 알약이 투여된다.
일 양태에서, 본 개시내용은 약제학적 조성물을 경구로 또는 결장경, 관장기를 통한 주입 또는 비공장 튜브(non-jejunal tube)를 통한 주입에 의해 투여하는 단계를 포함하는 이를 필요로 하는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 또 다른 양태에서, 각각의 투여는 치료 기간의 이전 투여와 유사하거나 또는 상이한 단일 공여체의 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 치료 기간은 단일 공여체의 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 포함하는 제1 용량의 투여 및 다수의 공여체의 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 포함하는 제2 용량의 투여를 포함한다.
약제학적 조성물, 제형 및 투여
다양한 제형으로 1종 이상의 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제, 예를 들어, 실질적으로 완전한 분변 미생물총)를 포함하는 약제학적 조성물이 본 명세서에 기재된다. 본 명세서에 기재된 임의의 약제학적 조성물(및/또는 추가적인 치료제)은 정제, 알약, 펠릿, 캡슐, 액체를 함유하는 캡슐, 캡슐 함유 다중미립자를 함유하는 캡슐, 분말, 용액, 에멀션, 점적제, 좌약, 유제, 에어로졸, 스프레이, 현탁액, 지연-방출 제형, 지속-방출 제형, 제어-방출 제형의 형태 또는 사용하기에 적합한 임의의 다른 형태를 취할 수 있다.
약제학적 조성물을 포함하는 제형은 단위 투여 형태로 편리하게 제공될 수 있다. 예를 들어, 투여 형태는 치료제를 하나 이상의 보조 성분을 구성하는 담체와 회합시키는 단계를 포함하는 방법에 의해 제조될 수 있다. 예를 들어, 제형은 액체 담체, 미분된 고체 담체 또는 둘 다와 균일하고 친밀하게 회합시킨 다음, 필요한 경우, 제품을 목적하는 제형의 투여 형태로 성형(예를 들어, 습식 또는 건식 과립화, 분말 블렌드 등 후에 압착 타정)하여 제조된다.
또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 담체와 함께 제공될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "약제학적으로 허용 가능한 담체"는 약제학적 조성물의 형성을 허용하기 위해 살아있는 박테리아와 혼합되는 무독성 용매, 분산제, 부형제, 보조제 또는 기타 물질, 예를 들어, 환자에게 투여할 수 있는 투여 형태를 지칭한다. 약제학적으로 허용 가능한 담체는 액체(예를 들어, 식염수), 겔 또는 고체 형태의 희석제, 보조제, 부형제 또는 내산성 캡슐화 성분일 수 있다. 적합한 희석제 및 부형제는 약제학적 등급의 생리학적 식염수, 덱스트로스, 글리세롤, 만니톨, 락토스, 전분, 마그네슘 스테아레이트, 소듐 사카린, 셀룰로스, 마그네슘 카보네이트 등 및 이들의 조합을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 습윤제 또는 유화제, 안정화제 또는 pH 완충제와 같은 보조 물질을 포함할 수 있다. 일 양태에서, 약제학적 조성물은 약 1% 내지 5%, 5% 내지 10%, 10% 내지 15%, 15 내지 20%, 20% 내지 25%, 25 내지 30%, 30 내지 35%, 40 내지 45%, 50% 내지 55%, 1% 내지 95%, 2% 내지 95%, 5% 내지 95%, 10% 내지 95%, 15% 내지 95%, 20% 내지 95%, 25% 내지 95%, 30% 내지 95%, 35% 내지 95%, 40% 내지 95%, 45% 내지 95%, 50% 내지 95%, 55% 내지 95%, 60% 내지 95%, 65% 내지 95%, 70% 내지 95%, 45% 내지 95%, 80% 내지 95% 또는 85% 내지 95%의 활성 성분을 포함한다. 일 양태에서, 약제학적 조성물은 약 2% 내지 70%, 5% 내지 60%, 10% 내지 50%, 15% 내지 40%, 20% 내지 30%, 25% 내지 60%, 30% 내지 60% 또는 35% 내지 60%의 활성 성분을 포함한다.
양태에서, 약제학적 조성물은 정제, 드렌치, 볼루스, 캡슐 또는 프리믹스에 혼입될 수 있다. 이러한 활성 성분을 이러한 투여 형태로 제형화하는 것은 약제학적 제형 분야에서 잘 알려진 방법에 의해 달성될 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 제4,394,377호 참조. 활성 성분의 임의의 목적하는 형태로 젤라틴 캡슐을 채우면 캡슐이 쉽게 생성된다. 원하는 경우, 이러한 물질은 캡슐 충전의 편의를 위해 부피를 증가시키기 위해 설탕, 전분, 분유, 정제된 결정질 셀룰로스 등과 같은 불활성 분말 희석제로 희석될 수 있다.
양태에서, 정제와 같은 고체 조성물을 제조하기 위해, 활성 성분은 본 명세서에 기재된 조성물의 균질한 혼합물을 함유하는 고체 예비제형을 형성하기 위해 약제학적 담체, 예를 들어, 종래의 정제화 성분(tableting ingredient), 예컨대, 옥수수 전분, 락토스, 수크로스, 소르비톨, 활석, 스테아르산, 마그네슘 스테아레이트, 다이칼슘 포스페이트 또는 검 또는 다른 약제학적 희석제, 예를 들어, 물과 혼합된다. 이러한 예비제형 조성물을 균질한 것으로 언급할 때, 이는 활성 성분이 조성물 전체에 고르게 분산되어 조성물이 정제, 알약 및 캡슐과 같은 동등하게 효과적인 단위 투여 형태로 쉽게 세분화될 수 있음을 의미한다. 그런 다음, 이러한 고체 예비제형 조성물은 목적하는 양의 활성 성분(예를 들어, 적어도 약 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개 또는 1013개의 cfu)을 포함하는 위에 기재된 유형의 단위 투여 형태로 세분화된다. 본 명세서에서 사용되는 약제학적 조성물은 향이 가미될 수 있다.
일 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)를 포함하는 약제학적 조성물은 투여 본 명세서에 기재된 투여 방식에 적합화된 조성물로서 제형화된다.
다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물의 투여는 경구, 정맥내, 복강내 및 비경구 중 어느 하나이다. 예를 들어, 투여 경로는 경구, 복강내, 정맥내, 근육내 또는 직장을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물의 투여는 경구, 비-위(naso-gastric), 전향 위장(antegrade gastrointestinal), 역행 위장(retrograde gastrointestinal), 내시경 또는 관장이다.
일 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 경구 투여에 적합화된 조성물로 제형화된다. 경구 전달을 위한 조성물은, 예를 들어, 정제, 로젠지, 수성 또는 유성 현탁액, 과립, 분말, 스프링클스, 에멀션, 캡슐, 시럽 또는 엘릭서의 형태일 수 있다. 경구로 투여되는 조성물은 약제학적으로 맛이 좋은 제조물을 제공하기 위해 하나 이상의 작용제, 예를 들어, 프럭토스, 아스파탐 또는 사카린과 같은 감미제; 페퍼민트, 윈터그린 또는 체리 오일과 같은 향미제; 착색제; 및 보존제를 포함할 수 있다. 더욱이, 여기서 정제 또는 알약 형태의 조성물은 붕해를 지연시켜 장기간에 걸쳐 지속적인 작용을 제공하도록 코팅될 수 있다. 본 명세서에 기재된 임의의 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)를 구동하는 삼투성 활성제를 둘러싸는 선택적으로 투과성인 막은 또한 경구로 투여되는 조성물에 적합하다. 이러한 후자의 플랫폼에서, 캡슐을 둘러싼 환경으로부터의 유체는 구동 화합물에 의해 흡수되고, 이는 구멍을 통해 작용제 또는 작용제 조성물을 변위시키기 위해 팽창한다. 이러한 전달 플랫폼은 즉시 방출 제형의 스파이크 프로파일과 대조적으로 본질적으로 0차 전달 프로파일을 제공할 수 있다. 글리세롤 모노스테아레이트 또는 글리세롤 스테아레이트와 같은 시간-지연 물질도 또한 유용할 수 있다. 경구 조성물은 만니톨, 락토스, 전분, 마그네슘 스테아레이트, 소듐 사카린, 셀룰로스, 에타크릴산 및 이의 유도체 중합체 및 마그네슘 카보네이트와 같은 표준 부형제를 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 부형제는 약제학적 등급의 것이다. 현탁액은 활성 화합물 이외에, 예를 들어, 에톡실화된 아이소스테아릴 알코올, 폴리옥시에틸렌 소르비톨 및 소르비탄 에스터, 미세결정질 셀룰로스, 알루미늄 메타하이드록사이드, 벤토나이트, 아가-아가, 트래거캔트 등 및 이들의 혼합물과 같은 현탁제를 포함할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물은 정제, 분산성 분말, 과립 및 캡슐과 같은 고체 투여 형태로 제형화된다. 일 실시형태에서, 약제학적 조성물은 캡슐로 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 약제학적 조성물은 정제로 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 약제학적 조성물은 연질-겔 캡슐로 제형화된다. 추가의 실시형태에서, 약제학적 조성물은 젤라틴 캡슐로 제형화된다.
양태에서, 약제학적 조성물은 적절한 희석제로 재구성될 수 있는 관장 조성물; 장용 코팅 캡슐; 장용 코팅 마이크로캡슐; 내산성 정제; 내산성 캡슐; 내산성 마이크로캡슐; 비-장내 주입(naso-enteric infusion) 또는 결장경 주입을 위해 적절한 희석제로 재구성하기 위한 분말; 경구 섭취를 위해 적절한 희석제, 향미제 및 위산 억제제와 함께 재구성하기 위한 분말; 음식 또는 음료로 재구성하기 위한 분말; 또는 조성물, 분말, 젤리 또는 액체의 장용 코팅 및/또는 내산성 마이크로캡슐을 포함하는 식품 또는 식품 보조제의 형태이다.
다양한 실시형태에서, 제형은 약제학적으로 허용 가능한 담체 또는 부형제를 추가적으로 포함할 수 있다. 당업자가 인식하는 바와 같이, 제형은 목적하는 용도 및 투여 경로에 적절한 임의의 적합한 형태일 수 있다.
일부 투여 형태에서, 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일)은 적어도 하나의 불활성, 약제학적으로 허용 가능한 부형제 또는 담체, 예컨대, 소듐 시트레이트, 다이칼슘 포스페이트 등 및/또는 a) 전분, 락토스, 수크로스, 글루코스, 만니톨, 규산, 미세결정질 셀룰로스 및 백설탕 등과 같은 충전제 또는 증량제, b) 예를 들어, 카복시메틸셀룰로스, 알기네이트, 젤라틴, 폴리바이닐피롤리돈, 수크로스, 아카시아, 폴리바이닐 알코올, 폴리바이닐피롤리돈, 메틸셀룰로스, 하이드록시프로필 셀룰로스(HPC) 및 하이드록시메틸 셀룰로스 등과 같은 결합제, c) 글리세롤 등과 같은 보습제, d) 아가-아가, 칼슘 카보네이트, 감자 또는 타피오카 전분, 알긴산, 소정의 실리케이트, 소듐 카보네이트, 가교-결합된 중합체, 예컨대, 크로스포비돈(가교-결합된 폴리바이닐피롤리돈), 크로스카멜로스 소듐(가교-결합된 소듐 카복시메틸셀룰로스), 소듐 전분 글리콜레이트 등과 같은 붕해제, e) 파라핀 등과 같은 용액 지연제, f) 4차 암모늄 화합물 등과 같은 흡수 촉진제, g) 예를 들어, 세틸 알코올 및 글리세롤 모노스테아레이트 등과 같은 습윤제, h) 카올린 및 벤토나이트 점토 등과 같은 흡수제, 및 i) 활석, 칼슘 스테아레이트, 마그네슘 스테아레이트, 고체 폴리에틸렌 글리콜, 소듐 라우릴 설페이트, 글리세릴 베헤네이트 등과 같은 윤활제 및 이러한 부형제의 혼합물과 함께 혼합된다. 당업자는 경구 투여 형태에서 2가지 이상의 기능을 가질 수 있음을 인식할 것이다. 경구 투여 형태, 예를 들어, 캡슐 또는 정제의 경우에, 투여 형태는 또한 완충제를 포함할 수 있다.
실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물은 하나 이상의 약제학적으로 허용 가능한 동결보호제, 동결건조보호제, 결합제, 붕해제, 부형제, 충전제 및/또는 방부제, 산 억제제, 제산제, H2 길항제 및 양성자 펌프 저해제 또는 이들의 조합과 조합된다.
양태에서, 약제학적 조성물은 위에서 세균 불활성화를 약화시키기 위해 제산제와 같은 다른 보조제(예를 들어, 미란타(Mylanta), 뮤카인(Mucaine), 가스트로겔(Gastrogel))와 조합된다. 또 다른 양태에서, 위에서의 산 분비는 또한 H2-길항제 또는 양성자 펌프 저해제를 사용하여 약리학적으로 억제될 수 있다. H2-길항제의 예는 라니티딘(ranitidine)이다. 양성자 펌프 저해제의 예는 오메프라졸(omeprazole)이다. 일 양태에서, 산 억제제는 약제학적 조성물을 투여하기 전에 또는 이와 함께 동시 투여로 투여된다.
일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물 산 억제제, 제산제, H2 길항제, 양성자 펌프 저해제 또는 이들의 조합을 추가로 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 무생물 물질이 실질적으로 없다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 잔류 섬유, DNA, 바이러스 외피 물질 및 생존 불가능한 물질로 이루어진 군으로부터 선택되는 무세포 물질이 실질적으로 없다. 또 다른 양태에서, 투여되는 약제학적 조성물은 산 억제제, 제산제, H2 길항제, 양성자 펌프 저해제 또는 이들의 조합을 포함하지 않는다. 또 다른 양태에서, 투여되는 약제학적 조성물은 산 억제제를 포함하지 않는다. 또 다른 양태에서, 투여되는 약제학적 조성물은 제산제를 포함하지 않는다. 또 다른 양태에서, 투여되는 약제학적 조성물은 H2 길항제를 포함하지 않는다. 또 다른 양태에서, 투여되는 약제학적 조성물은 양성자 펌프 저해제를 포함하지 않는다. 또 다른 양태에서, 투여되는 약제학적 조성물은 메토클로프라마이드를 포함하지 않는다.
실시형태에서, 세균 혼합물은, 예를 들어, 동결건조된 세균 세포/포자를 포함하거나 또는 건조 결합제, 충전제 및 분산제를 포함하는 경우 건식이다. 대안적으로, 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일은, 예를 들어, 비-건조 결합제, 충전제 및 분산제를 포함하는 경우 수성이다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 혼합물은 동결건조될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 "동결건조(lyophilization)" 또는 "냉동 건조(freeze drying)"는 물질을 먼저 냉동시킨 다음 물질 내의 얼음이 진공 환경에서 승화되도록 조장함으로써 물질을 건조시키는 과정을 지칭한다. 미생물 칵테일을 제조하는 방법이 본 명세서에 개시되어 있으며, 방법은 순수한 배양물로서 제1 세균 단리주를 배양하는 단계; 순수한 배양물로서 제2 세균 단리주를 배양하는 단계; 제1 세균 단리주를 동결건조하는 단계; 제2 세균 단리주를 동결건조하는 단계; 및 제1 및 제2 동결건조된 세균 단리주를 미생물 칵테일에 조합하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시형태에서, 미생물 칵테일을 제조하는 방법이 본 명세서에 개시되며, 방법은 순수한 배양물로서 제1 세균 단리주를 배양하는 단계; 순수한 배양물로서 제2 세균 단리주를 배양하는 단계; 및 제1 세균 단리주와 제2 세균 단리주를 조합하여 미생물 칵테일을 형성하는 단계를 포함한다. 선택적으로, 제1 및 제2 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일은 동결건조될 수 있다. 따라서, 미생물 칵테일은 동결건조되거나 또는 비-동결건조될 수 있고, 동결건조된 미생물 칵테일은 세균 단리주를 조합하기 전 또는 후에 칵테일을 형성하는 세균 단리주를 동결건조함으로써 생성될 수 있음을 이해할 것이다.
일 양태에서, 세균 혼합물은 환원제 및/또는 항산화제를 추가로 포함하는 동결건조된 제형을 포함한다. 소정의 실시형태에서, 환원제는 D-시스테인 및 L-시스테인으로 이루어진 군으로부터 선택되는 시스테인을 포함한다. 또 다른 양태에서, 시스테인은 적어도 약 0.025%의 농도이다. 일 양태에서, 시스테인은 약 0.025%의 농도이다. 또 다른 양태에서, 시스테인은 0.025%의 농도이다. 또 다른 양태에서, 시스테인 대신에 또는 이와 조합하여 시스테인 이외의 또 다른 환원제가 사용된다. 일 양태에서, 또 다른 환원제는 아스코르브산, 소듐 아스코르베이트, 티오글리콜산, 소듐 설파이트, 소듐 바이설파이트, 소듐 메타바이설파이트, 포타슘 메타바이설파이트, 글루타티온, 메티오닌, 티오글리세롤 및 알파 토코페롤을 포함하는 군으로부터 선택된다.
일 양태에서, 시스테인은 적어도 약 0.005%, 적어도 약 0.01%, 적어도 약 0.015%, 적어도 약 0.02%, 적어도 약 0.025%, 적어도 약 0.03%, 적어도 약 0.035%, 적어도 약 0.04%, 적어도 약 0.045%, 적어도 약 0.05%, 적어도 약 0.055%, 적어도 약 0.06%, 적어도 약 0.065%, 적어도 약 0.07%, 적어도 약 0.075%, 적어도 약 0.08%, 적어도 약 0.085%, 적어도 약 0.09%, 적어도 약 0.095%, 적어도 약 0.1%, 적어도 약 0.12%, 적어도 약 0.14%, 적어도 약 0.16%, 적어도 약 0.18%, 적어도 약 0.2%, 적어도 약 0.25%, 적어도 약 0.3%, 적어도 약 0.4%, 적어도 약 0.5%, 적어도 약 0.6%, 적어도 약 0.7%, 적어도 약 0.8%, 적어도 약 0.9%, 적어도 약 1%, 적어도 약 2%, 적어도 약 4%, 적어도 약 6%, 적어도 약 8%, 적어도 약 10%, 적어도 약 12%, 적어도 약 14%, 적어도 약 16%, 적어도 약 18%, 적어도 약 20%, 적어도 약 22%, 적어도 약 24% 또는 적어도 약 26%의 농도이다.
실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물은 동결보호제 또는 동결보호제의 혼합물을 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 "동결보호제"는 냉동시 활성 성분을 보호하기 위해 제형에 첨가되는 물질을 지칭한다. 예를 들어, 동결보호제는 폴리에틸렌 글리콜, 탈지유, 에리트리톨, 아라비톨, 소르비톨, 글루코스, 프럭토스, 알라닌, 글리신, 프롤린, 수크로스, 락토스, 리보스, 트레할로스, 다이메틸 설폭사이드(DMSO) 또는 등가물, 글리세롤, 폴리에틸렌 글리콜(PEG) 또는 등가물 또는 아미노산(예를 들어, 알라닌, 글리신, 프롤린)을 포함하거나, 이로 본질적으로 구성되거나 또는 구성될 수 있다. 본 개시내용의 실시형태에서, 동결보호제는 5% 수크로스; 10% 수크로스; 10% 탈지유; 2.5% 수크로스가 포함된 10%의 트레할로스; 2.5% 수크로스가 포함된 5%의 트레할로스; 5% 만니톨; 0.1% 폴리소르베이트 80이 포함된 5% 만니톨; 10% 만니톨; 0.1% 폴리소르베이트 80이 포함된 10% 만니톨; 5%의 트레할로스; 0.1% 폴리소르베이트 80이 포함된 5%의 트레할로스; 10%의 트레할로스; 및 0.1% 폴리소르베이트 80이 포함된 10%의 트레할로스를 포함하는 군으로부터 선택될 수 있다.
실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물은 동결건조보호제를 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "동결건조보호제"는 동결건조(냉동-건조로도 알려져 있음)의 단계 동안 활성 성분을 보호하기 위해 제형에 첨가되는 물질을 지칭한다. 실시형태에서, 동일한 물질 또는 동일한 물질 조합이 동결보호제 및 동결건조보호제로 사용된다. 예시적인 동결건조보호제는 당, 예컨대, 수크로스 또는 트레할로스; 아미노산, 예컨대, 모노소듐 글루타메이트 또는 히스티딘; 메틸아민, 예컨대, 베타인; 이액염(lyotropic salt), 예컨대, 마그네슘 설페이트; 폴리올, 예컨대, 3가 또는 더 고가의 당 알코올,　예를 들어, 글리세린, 에리트리톨, 글리세롤, 아라비톨, 자일리톨, 소르비톨 및 만니톨; 프로필렌 글리콜; 폴리에틸렌 글리콜; 플루로닉; 및 이들의 조합을 포함한다. 실시형태에서, 동결건조보호제는 비-환원 당, 예컨대, 트레할로스 또는 수크로스이다. 실시형태에서, 동결보호제 또는 동결건조보호제는 이 단락 및 위의 단락에서 언급된 하나 이상의 물질로 본질적으로 구성되거나 또는 이로 구성된다.
실시형태에서, 동결보호제 또는 동결건조보호제는 세포 내부로 침투하여 막 파열을 초래할 수 있는 얼음 결정의 형성을 방지하는 세포내 작용제, 예를 들어, DMSO, 글리세롤 또는 PEG를 포함한다. 실시형태에서, 동결보호제 또는 동결건조보호제는 세포 막에 침투하지 않지만 냉동시에 발생하는 삼투 불균형을 개선하는 작용을 하는 세포외 작용제, 예를 들어, 수크로스, 트레할로스 또는 덱스트로스를 포함한다.
일 양태에서, 본 개시내용은 적어도 약 12.5%의 트레할로스를 포함하는 동결건조 제형을 포함하는 동결건조된 분변 미생물 제조물을 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다.
실시형태에서, 동결건조된 제형은 트레할로스를 포함한다. 실시형태에서, 동결건조된 제형은 2% 내지 30%, 3% 내지 25%, 4% 내지 20%, 5% 내지 15%, 6% 내지 10%, 2% 내지 30%, 2% 내지 25%, 2% 내지 20%, 2% 내지 15% 또는 2% 내지 10%의 트레할로스를 포함한다. 실시형태에서, 동결건조된 제형은 적어도 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10% 또는 15%의 트레할로스를 포함한다. 실시형태에서, 동결건조된 제형은 최대 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10% 또는 15%의 트레할로스를 포함한다. 실시형태에서, 동결건조된 제형은 약 5%의 트레할로스를 포함한다. 실시형태에서, 동결건조된 제형은 트레할로스 및 수크로스를 포함한다. 실시형태에서, 동결건조된 제형은 약 1.5% 내지 3.5%의 수크로스 및 약 0.5% 내지 1.5%의 NaCl을 포함하는 약 8% 내지 12%의 트레할로스를 포함한다.
일 양태에서, 동결건조 제형은 적어도 약 5%, 적어도 약 7.5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 12.5%, 적어도 약 13%, 적어도 약 13.5%, 적어도 약 14%, 적어도 약 14.5%, 적어도 약 15%, 적어도 약 15.5%, 적어도 약 16%, 적어도 약 16.5%, 적어도 약 17%, 적어도 약 17.5%, 적어도 약 18%, 적어도 약 18.5%, 적어도 약 19%, 적어도 약 19.5%, 적어도 약 20%, 적어도 약 22.5%, 적어도 약 25%, 적어도 약 27.5%, 적어도 약 30%, 적어도 약 32.5%, 적어도 약 35%, 적어도 약 37.5%, 적어도 약 40%, 적어도 약 42.5%, 적어도 약 45%, 적어도 약 47.5%, 적어도 약 50%, 적어도 약 52.5%, 적어도 약 55%, 적어도 약 57.5% 또는 적어도 약 60%의 트레할로스를 포함한다.
실시형태에서, 주위 온도 이하에서 적어도 12주 보관 후 본 명세서에 제공되는 약제학적 조성물은 재발성 또는 원발성 C. 디피실레 감염, 궤양성 대장염, 크론병 및 과민성 대장 증후군으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 장애를 치료하는데 효과적이다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 주위 온도 이하에서 적어도 4주, 8주, 10주, 16주, 20주, 24주, 30주, 40주, 50주, 60주, 70주, 80주 또는 100주의 보관 후에도 유효하다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 동결 건조 또는 냉동 건조되고, 주위 온도(예를 들어, 실온), 냉동 온도 또는 약 2℃ 내지 8℃에서 보관될 수 있다. 실시형태에서, 냉동-건조는 대부분의 세포가 생존 가능한 상태로 남아 있게 하고, 분말로 부드럽게 분쇄될 수 있는 분말 형태의 생성물을 생성한다. 이어서, 분말 또는 동결건조 또는 냉동-건조된 조성물은, 예를 들어, 정제, 겔탭, 알약 또는 캡슐, 예를 들어, 장용 코팅 캡슐에 캡슐화되거나 또는 섭취를 위해 오일이 채워진 캡슐에 넣어질 수 있다. 대안적으로, 냉동-건조 또는 동결건조된 생성물 또는 분말은 개체에게 전달하기 전에, 예를 들어, 유체, 예를 들어, 멸균 유체, 예컨대, 식염수, 완충액 또는 유체-글루코스-셀로비오스 아가(fluid-glucose-cellobiose agar: RGCA) 배지와 같은 배지에 주위 온도에서 재구성될 수 있다.
냉동-건조의 경우, 실시형태에서, 세균 단리주는 해동시 세포의 파열을 방지할 액체에서 유지된다. 이는 다양한 안정화제, 예를 들어, 글리세롤 및 적절한 완충액 및/또는 에틸렌 글리콜을 포함할 수 있다. 실시형태에서, 동결보호 방법은 사용되는 안정화제(들)에 따라 약 10% 내지 80%, 20% 내지 70%, 30% 내지 60% 또는 40% 내지 50%의 최종 농도의 안정화제(들)를 사용하며; 실시형태에서, 이는 그렇지 않으면 단백질 구조를 파괴할 얼음 결정의 형성을 방지함으로써 단백질을 안정화시키는데 도움이 된다.
실시형태에서, 살아있는 세균의 파괴를 줄이는데 도움이 되는 안정화제는 탈지유, 에리트리톨, 아라비톨, 소르비톨, 글루코스, 프럭토스 및 다른 폴리올을 포함한다. 덱스트란 및 폴리에틸렌 글리콜과 같은 중합체가 또한 세균 세포를 안정화하는데 사용될 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물을 제조하는 것은 (1) 분리된 캡슐(즉, 별도의 캡슐 바디 및 캡슐 캡을 포함)의 외부를 외부 장용 코팅으로 코팅하는 단계, (2) 캡슐 바디를 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)로 채우는 단계 및 (3) 캡슐 바디 위에 캡슐 캡을 닫아 외부 장용 코팅 캡슐을 포함하는 조성물을 캡슐화하는 단계를 포함할 수 있다.
선택적으로, 약제학적 조성물을 제조하는 것은 (1) 분리된 캡슐(즉, 별도의 캡슐 바디 및 캡슐 캡을 포함)의 외부를 외부 장용 코팅으로 코팅하는 단계, (2) 분리된 캡슐의 내부를 내부 코팅으로 코팅하는 단계, (3) 캡슐 바디를 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)로 채우는 단계 및 (4) 캡슐 바디 위에 캡슐 캡을 닫아 이중-코팅된 캡슐에 조성물을 캡슐화하는 단계를 포함할 수 있다.
대안적으로, 약제학적 조성물을 제조하는 것은 (1) 분리된 캡슐(즉, 별도의 캡슐 바디 및 캡슐 캡을 포함)의 내부를 내부 코팅으로 코팅하는 단계, (2) 분리된 캡슐의 외부를 외부 장용 코팅으로 코팅하는 단계, (3) 캡슐 바디를 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)로 채우는 단계 및 (4) 캡슐 바디 위에 캡슐 캡을 닫아 이중-코팅된 캡슐에 조성물을 캡슐화하는 단계를 포함할 수 있다.
실시형태에서, 하나 이상의 추가적인 치료제는 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)과 조합되고 캡슐에 의해 캡슐화될 수 있다.
실시형태에서, 젤라틴 캡슐(예를 들어, 크기 #00)의 바디 및 캡은 분리되어 있다. 외부 장용 코팅 현탁액은 하나 이상의 장용 코팅 중합체를 다른 성분과 함께 용액에 분산시킴으로써 제조된다. 외부 장용 코팅 현탁액은, 예를 들어, 유동층 Wurster 칼럼 코터, 유동층 코터 또는 등가물을 사용하여 분리된 캡슐 바디 및 캡의 외부에 적용된다. 캡슐은 제품 보울에서 유동화되고, 외부 장용 코팅 현탁액은 약 2 ㎎/㎠ 내지 6 ㎎/㎠, 예를 들어, 3 ㎎/㎠의 표적에 대한 외부 코팅을 생성하기 위해 분무된다. 이 단계의 완료 후, 캡슐은, 예를 들어, 약 8시간 내지 24시간 사이에 건조되도록 설정된다. 건조 후, 예시적인 캡슐은 외부 장용 코팅의 중량 증가를 계산하기 위해 중량이 측정된다. 그런 다음, 캡슐은 불규칙성에 대해 검사된다.
실시형태에서, EUDRAGIT® S100(폴리(메타크릴산, 메틸메타크릴레이트)), 전분, 트라이에틸 시트레이트 및 PlasACRYL™ T20은 물, 에탄올 및 n-뷰탄올의 용액에 용해되고, 혼합된 다음 적합한 분무 장치에 충전한다. 이어서, 용액은 목표 중량 증가를 위해 캡슐 바디 및 캡슐 캡의 외부 표면에 분무 코팅된다. 캡슐 바디 및 캡슐 캡은 추가의 처리, 예를 들어, 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일로 채우기 전에 약 8시간 내지 약 24시간 이상, 예를 들어, 일주일, 한 달 이상 동안 건조시킨다.
실시형태에서, 캡슐의 바디에 조성물을 제공하는 것 외에도 일정량의 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)을 캡슐의 캡에 제공하는 것이 바람직할 수 있다. 이 실시형태에서, 더 많은 조성물이 캡슐에 포함될 것이고/이거나 더 적은 공기가 닫힌 캡슐에 포함될 것이다.
실시형태에서, 캡슐의 내부 표면에는 내부 코팅이 제공된다.
임의의 위에 기재된 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일), 내부 코팅, 캡슐 및 외부 코팅은 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물로 조합될 수 있다. 당업자는 현재 필요에 따른 내부 코팅; 캡슐 및 외부 코팅을 선택하는 방법을 알고 있을 것이며, 이는, 예를 들어, 특정 세균 단리주(들) 및/또는 세균 단리주(들)가 전달되어야 할 대상체의 위치(예를 들어, 결장)를 기반으로 할 수 있다.
추가적인 관련 교시는 WO　2007122374에 개시되어 있으며, 이는 그 전문이 참조에 의해 본 명세서에 원용된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물의 제조 동안, 약제학적으로-허용 가능한 동결보호제, 동결건조보호제, 결합제, 붕해제, 충전제, 방부제, 산 억제제, 제산제, H2 길항제 및 양성자 펌프 저해제 또는 이들의 조합이 바람직한 특성을 촉진하기 위해 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)에 혼합될 수 있다.
약제학적 조성물은 추가적으로 표면 활성제를 포함할 수 있다. 사용하기에 적합한 표면 활성제는 임의의 약제학적으로 허용 가능한, 무독성 계면활성제를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 사용하기에 적합한 계면활성제의 종류는 폴리에톡실화된 지방산, PEG-지방산 다이에스터, PEG-지방산 모노- 및 다이-에스터 혼합물, 폴리에틸렌 글리콜 글리세롤 지방산 에스터, 알코올-오일 에스터 교환 생성물, 폴리글리세리드화된 지방산, 프로필렌 글리콜 지방산 에스터, 프로필렌 글리콜 에스터-글리세롤 에스터의 혼합물, 모노- 및 다이글리세리드, 스테롤 및 스테롤 유도체, 폴리에틸렌 글리콜 소르비탄 지방산 에스터, 폴리에틸렌 글리콜 알킬 에터, 당 에스터, 폴리에틸렌 글리콜 알킬 페놀, 폴리옥시에틸렌-올리옥시프로필렌 블록 공중합체, 소르비탄 지방산 에스터, 저급 알코올 지방산 에스터, 이온성 계면활성제 및 이들의 혼합물을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 조성물은 소듐 라우릴 설페이트, 폴리소르베이트 20, 폴리소르베이트 40, 폴리소르베이트 60, 폴리소르베이트 80 및 트라이에틸 시트레이트를 포함하지만 이들로 제한되지 않는 하나 이상의 계면활성제를 포함할 수 있다.
약제학적 조성물은 또한 가요성 및 경도와 같은 목적하는 기계적 특성을 얻기 위해 약제학적으로 허용 가능한 가소제를 포함할 수 있다. 이러한 가소제는 트라이아세틴, 시트르산 에스터, 트라이에틸 시트레이트, 프탈산 에스터, 다이뷰틸 세바케이트, 세틸 알코올, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리소르베이트 또는 다른 가소제를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
약제학적 조성물은 또한 하나 이상의 적용 용매(application solvent)를 포함할 수 있다. 예를 들어, 지연-방출 코팅 조성물을 적용하는데 사용될 수 있는 보다 일반적인 용매 중 몇몇은 아이소프로필 알코올, 아세톤, 메틸렌 클로라이드 등을 포함한다.
약제학적 조성물은 또한 하나 이상의 알칼리 물질을 포함할 수 있다. 조성물에 사용하기에 적합한 알칼리 물질은 인산, 탄산, 시트르산과 같은 산의 소듐, 포타슘, 칼슘, 마그네슘 및 알루미늄 염 및 다른 알루미늄/마그네슘 화합물을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 또한, 알칼리 물질은 알루미늄 하이드록사이드, 칼슘 하이드록사이드, 마그네슘 하이드록사이드 및 마그네슘 옥사이드와 같은 제산성 물질로부터 선택될 수 있다.
불활성 희석제뿐만 아니라, 경구 조성물은 또한 감미제, 향미제 및 향료와 같은 보조제를 포함할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물은 전신 또는 국부 전달을 위해 제형화된다. 실시형태에서, 투여는 전신적이다. 또 다른 실시형태에서, 치료가 필요한 부위에 국부적으로 투여하는 것이 바람직할 수 있다.
다양한 방법이 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)을 관심 위치로 제형화 및/또는 전달하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 약제학적 조성물은 위장관으로 전달하기 위해 제형화될 수 있다. 위장관은 입, 식도, 위, 십이지장, 소장, 대장 및 직장과 같은 소화계의 기관을 포함하며, 이의 모든 하위부분을 포함한다(예를 들어, 소장은 십이지장, 공장 및 회장을 포함할 수 있고; 대장은 횡행결장, 하행결장, 상행결장, S자 결장 및 맹장을 포함할 수 있음). 예를 들어, 조성물은 위, 소장, 대장 및 직장 중 하나 이상으로의 전달을 위해 제형화될 수 있으며, 이의 모든 하위부분(예를 들어, 십이지장, 공장 및 회장, 횡행결장, 하행결장, 상행결장, S자 결장 및 맹장)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물은 상부 또는 하부 위장관으로의 전달하기 위해 제형화될 수 있다. 실시형태에서, 조성물은, 예를 들어, 위장관의 점막 조직과 직접 또는 간접적으로 접촉함으로써 대상체에게 투여될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물의 투여는, 예를 들어, 경구 전달, 비위관, 장내 삽관(예를 들어, 공장관 또는 위관 등과 같은, 예를 들어, 장관 또는 공급관), 직접 주입(예를 들어, 십이지장 주입), 내시경, 대장 내시경 또는 관장을 통해 위장관으로 투여된다.
일 양태에서, 방법은 약제학적 조성물을 경구로, 관장에 의해 또는 직장 좌약을 통해 투여하는 단계를 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 장용 코팅된(및/또는 내산성) 캡슐 또는 마이크로캡슐로 제형화되거나, 또는 식품, 식품 첨가물, 유제품-기반 제품, 대두-기반 제품 또는 이들의 파생품, 젤리, 가향된 액체, 아이스 블록, 아이스크림 또는 요구르트의 일부로 제형화되거나 또는 이와 함께 투여된다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 내산성 장용 코팅된 캡슐로서 제형화된다. 약제학적 조성물은 식품 또는 음료와 조합하여 판매용 분말로서 제공될 수 있다. 식품 또는 음료는 유제품-기반 제품 또는 대두-기반 제품일 수 있다. 또 다른 양태에서, 식품 또는 식품 보충제는 약제학적 조성물을 포함하는 장용 코팅 및/또는 내산성 마이크로캡슐을 포함한다.
양태에서, 약제학적 조성물은 액체 배양물을 포함한다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 균질화, 동결건조, 분쇄 및 분말화된다. 그런 다음, 관장제와 같이 식염수에 주입, 용해될 수 있다. 대안적으로, 분말은 경구 투여를 위한 장용 코팅 및/또는 내산성 지연 방출 캡슐로 캡슐화될 수 있다. 일 양태에서, 분말은 경구 투여를 위해 내산성/지연 방출 캡슐로 이중 캡슐화될 수 있다. 이러한 캡슐은 장용 코팅 및/또는 내산성 지연 방출 마이크로캡슐의 형태를 취할 수 있다. 분말은 음용으로 재구성하거나 또는 식품 첨가물로 재구성하기 위해 맛이 좋은 형태로 제공될 수 있다. 추가의 양태에서, 식품은 요구르트이다. 일 양태에서, 분말은 비--십이지장 주입을 통해 주입되도록 재구성될 수 있다.
또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 액체, 냉동된, 냉동-건조된, 분무-건조된, 발포-건조된, 동결건조된 또는 분말 형태이다. 추가의 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 지연 또는 점진적 장용 방출 형태로 제형화된다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 부형제, 식염수, 완충액, 완충제 또는 유체-글루코스-셀로비오스 아가(RGCA) 배지를 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 약제학적 조성물은 동결보호제를 포함한다. 일 양태에서, 동결보호제는 폴리에틸렌 글리콜, 탈지유, 에리트리톨, 아라비톨, 소르비톨, 글루코스, 프럭토스, 알라닌, 글리신, 프롤린, 수크로스, 락토스, 리보스, 트레할로스, 다이메틸 설폭사이드(DMSO), 글리세롤 또는 이들의 조합을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)를 포함하는 변형-방출 제형이 본 명세서에 제공되되, 제형은 위장관의 하나 이상의 영역으로 상당한 양의 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)를 방출한다. 예를 들어, 제형은 위에 이어 위장관의 하나 이상의 영역으로 세균 단리주의 적어도 약 60%를 방출할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 위에 이어 장의 하나 이상의 영역으로 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)의 적어도 60%를 방출할 수 있다. 예를 들어, 변형-방출 제형은 장에서 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)의 적어도 60%, 적어도 61%, 적어도 62%, 적어도 63%, 적어도 64%, 적어도 65%, 적어도 66%, 적어도 67%, 적어도 68%, 적어도 69%, 적어도 70%, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%를 방출한다.
다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 소장에서 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제) 적어도 60%를 방출할 수 있다. 예를 들어, 변형-방출 제형은 소장(예를 들어, 십이지장, 공장, 회장 및 회맹장 연접부 중 하나 이상)에서 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)의 적어도 60%, 적어도 61%, 적어도 62%, 적어도 63%, 적어도 64%, 적어도 65%, 적어도 66%, 적어도 67%, 적어도 68%, 적어도 69%, 적어도 70%, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%를 방출한다.
다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 대장에서 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)의 적어도 60%를 방출할 수 있다. 예를 들어, 변형-방출 제형은 대장(예를 들어, 결장 및 직장의 맹장, 상행, 횡행, 하행 또는 S자 부분 중 하나 이상)에서 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)의 적어도 60%, 적어도 61%, 적어도 62%, 적어도 63%, 적어도 64%, 적어도 65%, 적어도 66%, 적어도 67%, 적어도 68%, 적어도 69%, 적어도 70%, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%를 방출한다.
일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 위에서의 방출을 위해 제형화된다. 다른 실시형태에서, 약제학적 조성물은 위에서 세균 단리주를 실질적으로 방출하지 않도록 제형화된다.
소정의 실시형태에서, 변형-방출 제형은 특정 pH에서 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)를 방출한다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 산성 환경에서 실질적으로 안정하고, 거의 중성 내지 알칼리성 환경에서 실질적으로 불안정하다(예를 들어, 쉽게 용해되거나 또는 물리적으로 불안정함). 일부 실시형태에서, 안정성은 실질적으로 방출하지 않음을 나타내는 반면, 불안정성은 실질적으로 방출함을 나타낸다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 약 7.0 이하, 또는 약 6.5 이하, 또는 약 6.0 이하, 또는 약 5.5 이하, 또는 약 5.0 이하, 또는 약 4.5 이하, 또는 약 4.0 이하, 또는 약 3.5 이하, 또는 약 3.0 이하, 또는 약 2.5 이하, 또는 약 2.0 이하, 또는 약 1.5 이하 또는 약 1.0 이하의 pH에서 실질적으로 안정하다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 제형은 더 낮은 pH 영역에서 안정적이므로, 예를 들어, 위에서 실질적으로 방출하지 않는다. 일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 약 1 내지 약 4 이하의 pH에서 실질적으로 안정하고, 더 큰 pH 값에서 실질적으로 불안정하다. 이들 실시형태에서, 변형-방출 제형은 위에서 실질적으로 방출하지 않는다. 이들 실시형태에서, 변형-방출 제형은 소장(예를 들어, 십이지장, 공장 및 회장 중 하나 이상) 및/또는 대장(예를 들어, 중, 맹장, 상행 결장, 횡행 결장, 하행 결장 및 S자 결장 하나 이상)에서 실질적으로 방출한다. 일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 약 4 내지 약 5 이하의 pH에서 실질적으로 안정하며, 결과적으로 더 큰 pH 값에서 실질적으로 불안정하므로 위 및/또는 소장(예를 들어, 십이지장, 공장 및 회장 중 하나 이상)에서 실질적으로 방출되지 않는다. 이들 실시형태에서, 변형-방출 제형은 대장(예를 들어, 맹장, 상행 결장, 횡행 결장, 하행 결장 및 S자 결장 중 하나 이상)에서 실질적으로 방출한다. 다양한 실시형태에서, 본 명세서에 언급된 pH 값은 대상체의 상태, 예를 들어, 공복 상태 또는 식후 상태인지를 설명하기 위해 당업계에 공지된 바와 같이 조정될 수 있다.
일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 위액에서 실질적으로 안정하고 장액에서 실질적으로 불안정하므로, 소장(예를 들어, 십이지장, 공장 및 회장 중 하나 이상) 및/또는 대장(예를 들어, 맹장, 상행 결장, 횡행 결장, 하행 결장 및 S자 결장 중 하나 이상)에서 실질적으로 방출된다.
일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 위액에서 안정하거나 또는 산성 환경에서 안정하다. 이러한 변형-방출 제형은 약 15분, 또는 약 30분, 또는 약 45분, 또는 약 60분 또는 약 90분 내에 약 4 내지 약 5 이하의 pH를 갖는 위액 또는 약 4 내지 약 5 이하의 pH를 갖는 모의(simulated) 위액에서 변형-방출 제형의 약 30중량% 이하의 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일의 세균 단리주를 포함)을 방출한다. 변형-방출 제형은 약 15분, 또는 약 30분, 또는 약 45분, 또는 약 60분 또는 약 90분 내에 4 내지 5 이하의 pH를 갖는 위액 또는 4 내지 5 이하의 pH를 갖는 모의 위액에서 변형-방출 제형의 조성물의 약 0% 내지 약 30%, 약 0% 내지 약 25%, 약 0% 내지 약 20%, 약 0% 내지 약 15%, 약 0% 내지 약 10%, 약 5% 내지 약 30%, 약 5% 내지 약 25%, 약 5% 내지 약 20%, 약 5% 내지 약 15%, 약 5% 내지 약 10중량%를 방출할 수 있다. 변형-방출 제형은 약 15분, 또는 약 30분, 또는 약 45분, 또는 약 60분 또는 약 90분 내에 5 이하의 pH를 갖는 위액 또는 5 이하의 pH를 갖는 모의 위액에서 변형-방출 제형의 총 조성물의 약 1%, 약 2%, 약 3%, 약 4%, 약 5%, 약 6%, 약 7%, 약 8%, 약 9% 또는 약 10중량%를 방출할 수 있다.
일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 장액에서 불안정하다. 이러한 변형-방출 제형 방출은 약 15분, 또는 약 30분, 또는 약 45분, 또는 약 60분 또는 약 90분 내에 장액 또는 모의 장액에서 변형-방출 제형의 세균 단리주 및/또는 추가적인 치료제의 약 70중량% 이상을 방출한다. 일부 실시형태에서, 변형-방출 제형은 거의 중성 내지 알칼리성 환경에서 불안정하다. 이러한 변형-방출 제형은 약 15분, 또는 약 30분, 또는 약 45분, 또는 약 60분 또는 약 90분 내에 약 4 내지 5 이상의 pH 값을 갖는 장액 또는 약 4 내지 5 이상의 pH 값을 갖는 모의 장액에서 변형-방출 제형의 세균 단리주 및/또는 추가적인 치료제의 약 70중량% 이상을 방출한다. 거의 중성 또는 알칼리성 환경에서 불안정한 변형-방출 제형은 약 5분 내지 약 90분, 또는 약 10분 내지 약 90분, 또는 약 15분 내지 약 90분, 또는 약 20분 내지 약 90분, 또는 약 25분 내지 약 90분, 또는 약 30분 내지 약 90분, 또는 약 5분 내지 약 60분, 또는 약 10분 내지 약 60분, 또는 약 15분 내지 약 60분, 또는 약 20분 내지 약 60분, 또는 약 25분 내지 약 90분 또는 약 30분 내지 약 60분 내에 약 5 이상의 pH를 갖는 유체(예를 들어, 약 5 내지 약 14, 약 6 내지 약 14, 약 7 내지 약 14, 약 8 내지 약 14, 약 9 내지 약 14, 약 10 내지 약 14 또는 약 11 내지 약 14의 pH를 갖는 유체)에서 변형-방출 제형의 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)의 70중량% 이상을 방출할 수 있다.
모의 위액 및 모의 장액의 예는 문헌[2005 Pharmacopeia 23NF/28USP in Test Solutions at page 2858]에 개시된 것들 및/또는 당업자에게 공지된 다른 모의 위액 및 모의 장액, 예를 들어, 효소 없이 준비된 모의 위액 및/또는 장액을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 유미즙(chyme)에서 실질적으로 안정할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 투여로부터 약 10시간, 또는 9시간, 또는 8시간, 또는 7시간, 또는 6시간, 또는 5시간, 또는 4시간, 또는 3시간, 또는 2시간 또는 1시간 내에 세균 단리주 활성의 약 50%, 또는 약 40%, 또는 약 30%, 또는 약 20% 또는 약 10% 미만의 손실이 있다.
다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 즉시 방출(예를 들어, 섭취시)되도록 설계될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 지속-방출 프로파일, 즉, 연장된 기간에 걸쳐 신체(예를 들어, 위장관)에서 활성 성분(들)의 느린 방출을 가질 수 있다. 다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 지연-방출 프로파일을 가질 수 있으며, 즉, 섭취시 활성 성분(들)을 즉시 방출하지 않고; 오히려, 예를 들어, 소장(예를 들어, 십이지장, 공장, 회장 중 하나 이상) 또는 대장(예를 들어, 결장 및 직장의 맹장, 상행, 횡행, 하행 또는 S자 부분 중 하나 이상)에서의 방출을 위해; 조성물이 위장관 하부에 이를 때까지 활성 성분(들)의 방출을 연기한다. 예를 들어, 조성물은 소장 또는 대장에 도달할 때까지 활성 성분(들)의 방출을 지연시키기 위해 장용 코팅될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 변형-방출 제형은 선택적으로, 추가적인 치료제와 함께 세균 단리주의 위장관으로의 효과적이고, 지연되지만 실질적인 전달을 제공하기 위해 지연-방출 코팅과 같은 하나 이상의 변형-방출 코팅을 사용할 수 있다.
일 실시형태에서, 지연-방출 코팅은 산성 환경에서 실질적으로 안정하고 거의 중성 내지 알칼리성 환경에서 실질적으로 불안정한 장용제를 포함한다. 실시형태에서, 지연-방출 코팅은 위액에서 실질적으로 안정한 장용제를 포함한다. 장용제는, 예를 들어, 메타크릴산 공중합체, 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트, 하이드록시프로필메틸 셀룰로스 프탈레이트, 폴리바이닐 아세테이트 프탈레이트, 카복시메틸에틸셀룰로스 및 EUDRAGIT®-유형 중합체(폴리(메타크릴산, 메틸메타크릴레이트), 하이드록시프로필 메틸셀룰로스 아세테이트 석시네이트, 셀룰로스 아세테이트 트라이멜리테이트, 셸락 또는 다른 적합한 장용 코팅 중합체의 용액 또는 분산액으로부터 선택될 수 있다. EUDRAGIT®-유형 중합체는, 예를 들어, EUDRAGIT® FS 30D, L 30 D-55, L 100-55, L 100, L 12,5, L 12,5 P, RL 30 D, RL PO, RL 100, RL 12,5, RS 30 D, RS PO, RS 100, RS 12,5, NE 30 D, NE 40 D, NM 30 D, S 100, S 12,5 및 S 12,5 P를 포함한다. 유사한 중합체는 Kollicoat® MAE 30 DP 및 Kollicoat® MAE 100 P를 포함한다. 일부 실시형태에서, EUDRAGIT® FS 30D, L 30 D-55, L 100-55, L 100, L 12,5, L 12,5 P RL 30 D, RL PO, RL 100, RL 12,5, RS 30 D, RS PO, RS 100, RS 12,5, NE 30 D, NE 40 D, NM 30 D, S 100, S 12,5 S 12,5 P, Kollicoat® MAE 30 DP 및 Kollicoat® MAE 100 P 중 하나 이상이 사용된다. 다양한 실시형태에서, 장용제는 전술한 용액 또는 분산액의 조합일 수 있다.
소정의 실시형태에서, 하나 이상의 코팅 시스템 첨가제가 장용제와 함께 사용된다. 예를 들어, 하나 이상의 PlasACRYL™ 첨가제가 항-점착 코팅 첨가제로 사용될 수 있다. 예시적인 PlasACRYL™ 첨가제는 PlasACRYL™ HTP20 및 PlasACRYL™ T20을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
또 다른 실시형태에서, 지연-방출 코팅은 pH 및/또는 용액 내 효소의 존재와 관계없이 수용액에서 시간의 작용으로 분해될 수 있다. 이러한 코팅은 수불용성 중합체를 포함할 수 있다. 따라서, 수성 용액에서의 용해도는 pH에 독립적이다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "pH에 독립적인"은 중합체의 투수성 및 약제학적 성분을 방출하는 능력이 pH의 작용이 아니고/아니거나 pH에 매우 약간만 의존함을 의미한다. 이러한 코팅은, 예를 들어, 지속 방출 제형을 제조하는데 사용될 수 있다. 적합한 수불용성 중합체는 용액의 pH와는 무관하게 수성 배지, 예를 들어, 물에 실질적으로 불용성인 약제학적으로 허용 가능한 무독성 중합체를 포함한다. 적합한 중합체는 셀룰로스 에터, 셀룰로스 에스터 또는 셀룰로스 에터-에스터, 즉, 셀룰로스 골격 상의 하이드록시기 중 일부가 알킬기로 치환되고 일부가 알카노일기로 변형된 셀룰로스 유도체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 실시예는 에틸 셀룰로스, 아세틸 셀룰로스, 나이트로셀룰로스 등을 포함한다. 불용성 중합체의 다른 예는 래커 및 아크릴산 및/또는 메타크릴산 에스터 중합체, 4차 암모늄 함량이 낮은 아크릴레이트 또는 메타크릴레이트의 중합체 또는 공중합체, 또는 이들의 혼합물 등을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 불용성 중합체의 다른 예는 EUDRAGIT RS®, EUDRAGIT RL® 및 EUDRAGIT NE®을 포함한다. 불용성 중합체는 폴리바이닐 에스터, 폴리바이닐 아세탈, 폴리아크릴산 에스터, 뷰타디엔 스타이렌 공중합체 등을 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 결장 전달은 천천히 침식되는 왁스 플러그(예를 들어, PEG6000를 포함하는, 예를 들어, 다양한 PEGS)의 사용에 의해 달성된다.
추가의 실시형태에서, 지연-방출 코팅은 장 생물상에 존재하는 미생물 효소에 의해 분해될 수 있다. 일 실시형태에서, 지연-방출 코팅은 소장에 존재하는 세균에 의해 분해될 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 지연-방출 코팅은 대장에 존재하는 세균에 의해 분해될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 변형 방출 제형은 결장에서의 방출을 위해 설계될 수 있다. 다양한 결장-특이적 전달 접근법이 사용될 수 있다. 예를 들어, 변형 방출 제형은, 예를 들어, 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 문헌[Li et al., AAPS PharmSciTech (2002), 3(4): 1-9]에 기술되어 있는 바와 같은 결장-특이적 약물 전달 시스템(colon-specific drug delivery system: CODES)을 사용하여 제형화될 수 있다. 이러한 시스템에서 약물 방출은 pH-민감성 중합체 코팅과 결합된 결장 미생물상에 의해 촉발된다. 예를 들어, 제형은 3층의 중합체가 있는 코어 정제로 설계될 수 있다. 제1 코팅은 산-용해성 중합체(예를 들어, EUDRAGIT E)이고, 외부 코팅은 장용성이며, 그 사이에 개재된 하이드록시프로필 메틸셀룰로스 장벽 층이 있다. 또 다른 실시형태에서, 결장 전달은, 예를 들어, 펙틴과 같은 결장에서 분해되는 특정 중합체로 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)을 제형화함으로써 달성될 수 있다. 펙틴은 추가로 겔화되거나 또는 아연 양이온과 같은 양이온으로 가교될 수 있다. 실시형태에서, 제형은 중합체(예를 들어, EUDRAGIT 중합체)로 추가로 코팅된 이온 가교된 펙틴 비드의 형태이다. 추가적인 결장 특이적 제형은 압력-제어 약물 전달 시스템(예를 들어, 에틸셀룰로스로 제조됨) 및 삼투 제어 약물 전달 시스템(즉, ORDS-CT)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에 기재된 바와 같은 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)의 결장 특이적 전달을 위한 제형은, 예를 들어, 시험관내 용해 테스트를 사용하여 평가될 수 있다. 예를 들어, 상이한 완충액에서의 병행 용해 연구가 상이한 pH 수준에서 제형의 거동을 특성화하기 위해 수행될 수 있다. 대안적으로, 시험관내 효소 테스트가 수행될 수 있다. 예를 들어, 제형은 세균에 적합한 배지를 포함하는 발효기에서 인큐베이션될 수 있고, 상이한 시간 간격에서 방출된 약물의 양이 결정된다. 약물 방출 연구는 또한 효소 또는 래트 또는 기니피그 또는 토끼 맹장 내용물을 포함하는 완충 매질에서 수행될 수 있고, 특정 시간에서 방출된 약물의 양이 결정된다. 추가의 실시형태에서, 생체내 평가는 개, 기니피그, 래트 및 돼지와 같은 동물 모델을 사용하여 수행될 수 있다. 또한, 결장 특이적 약물 전달 제형의 임상 평가는 RCE(약물에 대한 상대적 결장 조직 노출) 대 RSC(혈액 내 약물의 상대량, 즉, 약물에 대한 상대적 전신 노출)의 상대적 비로 간주되는 약물 전달 지수(drug delivery Index: DDI)를 계산함으로써 평가될 수 있다. 더 높은 약물 DDI는 더 나은 결장 약물 전달을 나타낸다. 결장에서 약물의 흡수는 대장내시경 및 삽관에 의해 모니터링될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 본 발명의 제형은 위장관의 방출 영역에서 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)의 실질적인 균일한 전달을 제공한다. 실시형태에서, 본 발명의 제형은 세균 단리주의 고르지 못하거나 또는 불균일한 방출을 최소화한다.
다양한 실시형태에서, 본 발명의 제형은 위장관을 따라 세균 단리주의 여러 용량의 방출을 제공한다. 예를 들어, 조성물 및/또는 제형은 상이한 시간 및/또는 상이한 pH에서 장을 따라 상이한 위치에서 세균 단리주의 여러 용량을 방출한다. 이러한 제형의 전체 방출 프로파일은, 예를 들어, 다수의 입자 유형 또는 다수의 층을 사용하여 조정될 수 있다. 예를 들어, 일 실시형태에서, 세균 단리주의 제1 용량은, 예를 들어, 소장(예를 들어, 십이지장, 공장, 회장 중 하나 이상)에서의 방출을 위해 제형화될 수 있는 반면, 제2 용량은, 예를 들어, 대장(예를 들어, 결장 및 직장의 맹장, 상행, 횡행, 하행 또는 S자 부분 중 하나 이상)에서의 지연 방출을 위해 제형화된다. 또 다른 예에서, 세균 단리주의 제1 용량은, 예를 들어, 소장(예를 들어, 십이지장, 공장, 회장 중 하나 이상)에서의 방출을 위해 제형화될 수 있는 반면, 제2 용량은, 예를 들어, 소장(예를 들어, 십이지장, 공장, 회장 중 하나 이상)의 또 다른 부분에서의 지연 방출을 위해 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 세균 단리주의 제1 용량은, 예를 들어, 대장(예를 들어, 결장 및 직장의 맹장, 상행, 횡행, 하행 또는 S자 부분 중 하나 이상)에서의 방출을 위해 제형화될 수 있는 반면, 제2 용량은, 예를 들어, 대장(예를 들어, 결장 및 직장의 맹장, 상행, 횡행, 하행 또는 S자 부분 중 하나 이상)의 또 다른 부분에서의 지연 방출을 위해 제형화된다. 다양한 실시형태에서, 조성물 및/또는 제형은 상이한 시간 및/또는 상이한 pH에서 장을 따라 상이한 위치에서 세균 단리주의 적어도 1개의 용량, 적어도 2개의 용량, 적어도 3개의 용량, 적어도 4개의 용량 또는 적어도 5개의 용량을 방출할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 살아있는 영양 세포의 형태이다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 포자의 형태이다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 동결건조된다. 비제한적인 예로서, 동결건조는 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 미국 특허 제7,799,328호에 기술되어 있는 것들을 포함하여 당업계에 공지된 방법을 통할 수 있다. 일부 실시형태에서, 동결건조된 본 명세서에 기재된 세균 단리주는 장용 코팅된 연질 겔 또는 캡슐에 넣어진다.
다양한 실시형태에서, 제형은 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 미국 특허 제8,535,713호 및 제8,9117,77호 및 미국 공개 제20120141585호, 제20120141531호, 제2006/001896호, 제2007/0292523호, 제2008/0020018, 제2008/0113031호, 제2010/0203120호, 제2010/0255087호, 제2010/0297221호, 제2011/0052645호, 제2013/0243873호호, 제2013/0330411호, 제2014/0017313호 및 제2014/0234418호 중 하나 이상에 기술된 것들의 형태를 취할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 제형은 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 국제 특허 WO 2008/135090에 기술되어 있는 것들의 형태를 취할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 제형은 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 미국 특허 제4,196,564호; 제4,196,565호; 제4,247,006호; 제4,250,997호; 제4,268,265호; 제5,317,849호; 제6,572,892호; 제7,712,634호; 제8,074,835호; 제8,398,912호; 제8,440,224호; 제8,557,294호; 제8,646,591호; 제8,739,812호; 제8,810,259호; 제8,852,631호; 및 제8,911,788호 및 미국 공개 제2014/0302132호; 제2014/0227357호; 제20140088202호; 제20130287842호; 제2013/0295188호; 제2013/0307962호; 및 제20130184290호 중 하나 이상에 기술된 것들의 형태를 취할 수 있다.
투여 및 투여량
본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일 및/또는 추가적인 치료제)의 실제 용량은, 예를 들어, 대상체에 대한 특정 투여 형태 및 투여 방식에 따라 달라질 것이라는 것이 이해될 것이다. 세균 단리주의 작용을 변형시킬 수 있는 많은 인자(예를 들어, 체중, 성별, 식이, 투여 시간, 투여 경로, 배설 속도, 대상체의 상태, 약물 조합, 유전적 소인 및 반응 민감성)가 당업자에 의해 고려될 수 있다. 투여는 최대 허용 용량 내에서 연속적으로 또는 하나 이상의 개별 용량으로 수행될 수 있다. 주어진 조건의 세트에 대한 최적의 투여율은 종래의 투여량 투여 테스트를 사용하여 당업자에 의해 확인될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)의 용량은 생태학적 균형에 유리하도록 환자의 마이크로바이옴을 조절, 즉, 본 명세서에 기재된 장내 세균불균형과 관련된 장애(위장 장애 포함)를 치료 또는 예방하는데 효과적이다.
일 양태에서, 장내 세균불균형과 관련된 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 대상체에게 투여되는(즉, 단일 또는 다중 투여로) 세균 단리주의 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량은 적어도 105개, 적어도 106개, 적어도 107개, 적어도 108개, 적어도 109개, 적어도 1010개, 적어도 1011개, 적어도 1012개, 적어도 1013개, 적어도 1014개 또는 적어도 1015개 CFU의 세균 단리주를 포함한다. 또 다른 양태에서, 장내 세균불균형과 관련된 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 대상체에게 투여되는(즉, 단일 또는 다중 투여로) 세균 단리주의 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량은 최대 105개, 최대 106개, 최대 107개, 최대 108개, 최대 109개, 최대 1010개, 최대 1011개, 최대 1012개, 최대 1013개, 최대 1014개 또는 최대 1015개 CFU의 세균 단리주를 포함한다. 추가의 양태에서, 장내 세균불균형과 관련된 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 대상체에게 투여되는(즉, 단일 또는 다중 투여로) 세균 단리주의 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량은 108개 CFU 내지 1014개 CFU, 109개 CFU 내지 1013개 CFU, 1010개 CFU 내지 1012개 CFU, 1010개 CFU 내지 1011개 CFU, 109개 CFU 내지 1014개 CFU, 109개 CFU 내지 1012개 CFU, 109개 CFU 내지 1011개 CFU, 109개 CFU 내지 1010개 CFU, 1010개 CFU 내지 1014개 CFU, 1010개 CFU 내지 1013개 CFU, 1011개 CFU 내지 1014개 CFU, 1011개 CFU 내지 1013개 CFU, 1012개 CFU 내지 1014개 CFU 및 1013개 CFU 내지 1014개 CFU의 세균 단리주로 이루어진 군으로부터 선택된다.
양태에서, 약제학적 조성물은 1종 이상의 세균 단리주를 포함하고, 각각의 세균 단리주는 약 0.2, 0.4, 0.6, 0.8 또는 1.0그램의 단위 중량 또는 약 0.2, 0.4, 0.6, 0.8 또는 1.0 밀리리터의 단위 부피로 전술한 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량 중 하나의 각 단위 용량으로 존재한다.
일 양태에서, 장내 세균불균형과 관련된 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 대상체에게 투여되는(즉, 단일 또는 다중 투여로) 세균 단리주의 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량은 세균 단리주의 적어도 105개, 적어도 106개, 적어도 107개, 적어도 108개, 적어도 109개, 적어도 1010개, 적어도 1011개, 적어도 1012개, 적어도 1013개, 적어도 1014개 또는 적어도 1015개의 세포 또는 포자를 포함한다. 또 다른 양태에서, 장내 세균불균형과 관련된 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 대상체에게 투여되는(즉, 단일 또는 다중 투여로) 세균 단리주의 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량은 세균 단리주의 최대 105개, 최대 106개, 최대 107개, 최대 108개, 최대 109개, 최대 1010개, 최대 1011개, 최대 1012개, 최대 1013개, 최대 1014개 또는 최대 1015개의 총 세포 또는 포자를 포함한다. 추가의 양태에서, 장내 세균불균형과 관련된 장애의 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 대상체에게 투여되는(즉, 단일 또는 다중 투여로) 세균 단리주의 약리학적 활성 또는 치료학적 유효 용량은 세균 단리주의 108개 내지 1014개, 109개 내지 1013개, 1010개 내지 1012개, 1010개 내지 1011개, 109개 내지 1014개, 109개 내지 1012개, 109개 내지 1011개, 109개 내지 1010개, 1010개 내지 1014개, 1010개 내지 1013개, 1011개 내지 1014개, 1011개 내지 1013개, 1012개 내지 1014개 및 1013개 내지 1014개의 세포 또는 포자로 이루어진 군으로부터 선택된다.
양태에서, 세균 단리주의 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량 세포수는 살아있는 세포에 대한 것이다. 일 양태에서, 약제학적 조성물은 1종 이상의 세균 단리주를 포함하며, 각각의 세균 단리주는 약 0.2, 0.4, 0.6, 0.8 또는 1.0그램의 단위 중량 또는 약 0.2, 0.4, 0.6, 0.8 또는 1.0 밀리리터의 단위 부피로 전술한 약제학적 활성 또는 치료학적 유효 용량 중 하나의 각 투여량 단위로 존재한다.
양태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 캡슐의 형태이며, 각각의 캡슐은 적어도 105개, 적어도 106개, 적어도 107개, 적어도 108개, 적어도 109개, 적어도 1010개, 적어도 1011개, 적어도 1012개, 적어도 1013개, 적어도 1014개 또는 적어도 1015개의 세포 또는 포자를 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 캡슐의 형태이며, 각각의 캡슐은 세균 단리주의 108개 내지 1014개, 109개 내지 1013개, 1010개 내지 1012개, 1010개 내지 1011개, 109개 내지 1014개, 109개 내지 1012개, 109개 내지 1011개, 109개 내지 1010개, 1010개 내지 1014개, 1010개 내지 1013개, 1011개 내지 1014개, 1011개 내지 1013개, 1012개 내지 1014개 또는 1013개 내지 1014개의 세포 또는 포자를 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 다수의 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 포함한다. 실시형태에서, 적어도 2종의 세균 단리주가 미생물 칵테일에 거의 동일한 양(예를 들어, 거의 동일한 수의 총 세포 및/또는 거의 동일한 수의 살아있는 세포)으로 존재한다. 실시형태에서, 적어도 3종의 세균 단리주, 적어도 4종의 세균 단리주, 적어도 5종의 세균 단리주, 적어도 6종의 세균 단리주, 적어도 7종의 세균 단리주, 적어도 8종의 세균 단리주, 적어도 9종의 세균 단리주, 적어도 10종의 세균 단리주 또는 10종 초과의 세균 단리주가 약제학적 조성물에 거의 동일한 양(예를 들어, 거의 동일한 수의 총 세포 및/또는 거의 동일한 수의 살아있는 세포)으로 존재한다. 실시형태에서, 미생물 칵테일의 모든 세균 단리주는 거의 동일한 양으로 존재한다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 미생물 칵테일의 적어도 2종의 세균 단리주는 미생물 칵테일에 상이한 양(예를 들어, 상이한 수의 총 세포 및/또는 상이한 수의 살아있는 세포)으로 존재한다. 실시형태에서, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종의 또는 10종 초과의 세균 단리주가 미생물 칵테일에 상이한 양으로 존재한다.
실시형태에서, 미생물 칵테일의 제1 및 제2 세균 단리주는 미생물 칵테일에 상이한 양으로 존재하며, 미생물 칵테일에서 서로에 대한 제1 및 제2 세균 단리주의 상대적 비율은 인간의 분변 샘플의 미생물총(예를 들어, 제1 및 제2 세균 단리주 중 하나 이상의 공여체의 분변 미생물총 또는 제1 및 제2 세균 단리주가 투여된 대상체의 분변 미생물총)에서 제1 및 제2 세균 단리주에 상응하는 제1 및 제2 세균 균주의 상대적 비율과 거의 동일하다.
실시형태에서, 미생물 칵테일의 제1 및 제2 세균 단리주는 미생물 칵테일에 상이한 양으로 존재하며, 미생물 칵테일에서 서로에 대한 제1 및 제2 세균 단리주의 상대적 비율은 인간의 분변 샘플의 미생물총(예를 들어, 제1 및 제2 세균 단리주 중 하나 이상의 공여체의 분변 미생물총 또는 제1 및 제2 세균 단리주가 투여된 대상체의 분변 미생물총)에서 제1 및 제2 세균 단리주에 상응하는 제1 및 제2 세균 균주의 비율과 상이하거나 또는 이와 유사하지 않다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 대상체의 장에서 발생하는 세균 단리주의 생착을 위해 대상체에게 투여되는데 필요한 세균 단리주의 최소량 또는 투여량 또는 그 이상의 양 또는 투여량의 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 예를 들어, 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착에 필요한 세균 단리주의 최소 투여량은 적어도 106개의 세포, 적어도 107개의 세포, 적어도 108개의 세포, 적어도 109개의 세포, 적어도 1010개의 세포, 적어도 1011개의 세포 또는 적어도 1012개의 세포일 수 있다. 실시형태에서, 미생물 칵테일의 제1 및 제2 세균 단리주는 상이한 최소 투여량 또는 양으로 대상체의 장에 생착하고, 미생물 칵테일의 제1 및 제2 세균 단리주 각각의 투여량 또는 양은 각각의 세균 단리주의 생착을 위해 필요한 각각의 최소 투여량 또는 양에 따라 변한다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 오도리박터 스플란크니쿠스 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 O. 스플란크니쿠스 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 O. 스플란크니쿠스 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 O. 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 E. 렉탈레 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 O. 스플란크니쿠스 및 아커만시아 무시니필라를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 A. 무시니필라 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 O. 스플란크니쿠스 및 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 B. 셀룰로실리티쿠스 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 O. 스플란크니쿠스 및 로세부리아 파에시스를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 R. 파에시스 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 O. 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이를 포함하며, O. 스플란크니쿠스 세포는 A. 샤히이 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 에우박테리움 렉탈레를 포함하며, 이 세포는 미생물 칵테일의 임의의 다른 단일 세균 단리주의 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다(즉, E. 렉탈레가 미생물 칵테일에서 가장 풍부한 세균 단리주임). 실시형태에서, 미생물 칵테일은 E. 렉탈레 및 F. 프라우스니치이를 포함하며, E. 렉탈레 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 E. 렉탈레 및 A. 샤히이를 포함하며, E. 렉탈레 세포는 A. 샤히이 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 E. 렉탈레 및 R. 파에시스를 포함하며, E. 렉탈레 세포는 R. 파에시스 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 E. 렉탈레 및 A. 무시니필라를 포함하며, E. 렉탈레 세포는 A. 무시니필라 세포보다 미생물 칵테일에서 더 풍부하다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 R. 파에시스 및 F. 프라우스니치이를 포함하며, R. 파에시스 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 R. 파에시스 및 F. 프라우스니치이를 포함하며, R. 파에시스 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 R. 파에시스 및 A. 무시니필라를 포함하며, R. 파에시스 세포는 A. 무시니필라 세포보다 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 R. 파에시스 및 A. 샤히이를 포함하며, R. 파에시스 세포는 A. 샤히이 세포보다 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 R. 파에시스 및 B. 셀룰로실리티쿠스를 포함하며, R. 파에시스 세포는 B. 셀룰로실리티쿠스 세포보다 더 풍부하다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 B. 셀룰로실리티쿠스를 포함하며, 이 세포는 미생물 칵테일의 임의의 다른 단일 세균 단리주의 세포보다 미생물 칵테일에서 덜 풍부하다(즉, B. 셀룰로실리티쿠스는 미생물 칵테일에서 가장 덜 풍부한 세균 단리주임). 실시형태에서, 미생물 칵테일은 B. 셀룰로실리티쿠스 및 A. 샤히이를 포함하며, B. 셀룰로실리티쿠스 세포는 A. 샤히이 세포보다 덜 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 B. 셀룰로실리티쿠스 및 A. 무시니필라를 포함하며, B. 셀룰로실리티쿠스 세포는 A. 무시니필라 세포보다 덜 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 B. 셀룰로실리티쿠스 및 F. 프라우스니치이를 포함하며, B. 셀룰로실리티쿠스 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 덜 풍부하다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 A. 샤히이 및 A. 무시니필라를 포함하며, A. 샤히이 세포는 A. 무시니필라 세포보다 덜 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 A. 샤히이 및 F. 프라우스니치이를 포함하며, A. 샤히이 세포는 F. 프라우스니치이 세포보다 덜 풍부하다.
실시형태에서, 미생물 칵테일은 F. 프라우스니치이 종에 속하는 다수의 세균 단리주를 포함하며, 세균 단리주 중 하나의 세포는 미생물 칵테일에서 다른 세균 단리주 중 적어도 하나의 세포보다 더 풍부하다. 실시형태에서, 미생물 칵테일은 F. 프라우스니치이 종에 속하는 2종의 세균 단리주를 포함하며, 세균 단리주 중 하나의 세포는 미생물 칵테일의 다른 세균 단리주의 세포보다 더 풍부하다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 O. 스플란크니쿠스를 적어도 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 O. 스플란크니쿠스를 108개 내지 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 O. 스플란크니쿠스를 109개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 O. 스플란크니쿠스를 적어도 109개 세포의 투여량으로 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 B. 셀룰로실리티쿠스를 적어도 107개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 B. 셀룰로실리티쿠스를 107개 내지 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 B. 셀룰로실리티쿠스를 적어도 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 B. 셀룰로실리티쿠스를 108개 내지 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 B. 셀룰로실리티쿠스를 109개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 B. 셀룰로실리티쿠스를 적어도 109개 세포의 투여량으로 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 샤히이를 적어도 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 샤히이를 108개 내지 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 샤히이를 109개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 샤히이를 적어도 109개 세포의 투여량으로 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 무시니필라를 적어도 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 무시니필라를 108개 내지 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 무시니필라를 109개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 무시니필라를 적어도 109개 세포의 투여량으로 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 R. 파에시스를 적어도 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 R. 파에시스를 108개 내지 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 무시니필라를 109개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 무시니필라를 적어도 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 R. 파에시스를 109개 내지 1010개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 A. 무시니필라를 1010개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 F. 프라우스니치이를 적어도 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 F. 프라우스니치이를 108개 내지 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 F. 프라우스니치이를 109개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 F. 프라우스니치이를 적어도 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 R. 파에시스를 109개 내지 1010개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 F. 프라우스니치이를 1010개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 F. 프라우스니치이를 적어도 1010개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 F. 프라우스니치이를 1011개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 적어도 108개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 108개 내지 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 109개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 적어도 109개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 109개 내지 1010개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 1010개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 적어도 1010개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 1010개 내지 1011개 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 1011개 미만의 세포의 투여량으로 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 E. 렉탈레를 적어도 1011개 세포의 투여량으로 포함한다.
실시형태에서, 약 200㎎의 약제학적 조성물 마다 약리학적 활성 용량을 포함한다. 실시형태에서, 약 75㎎, 100㎎, 125㎎, 150㎎, 175㎎, 200㎎, 250㎎, 300㎎, 350㎎, 400㎎, 450㎎, 500㎎, 750㎎, 1000㎎, 1500㎎ 또는 2000㎎의 약제학적 조성물 마다 약리학적 활성 용량을 포함한다.
약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)의 개별 용량은, 예를 들어, 단위 투여 형태당 약 0.01㎎ 내지 약 5,000㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 4,000㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 3,000㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 2,000㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 1,000㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 950㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 900㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 850㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 800㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 750㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 700㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 650㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 600㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 550㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 500㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 450㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 400㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 350㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 300㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 250㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 200㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 150㎎, 약 0.01㎎ 내지 약 100㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 90㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 80㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 70㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 60㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 50㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 40㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 30㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 20㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 10㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 5㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 3㎎, 약 0.1㎎ 내지 약 1㎎의 활성 성분 또는 단위 투여 형태당 약 5㎎ 내지 약 80㎎을 포함하는 단위 투여 형태(예를 들어, 정제 또는 캡슐)로 투여될 수 있다. 예를 들어, 단위 투여 형태는 그 사이의 모든 값과 범위를 포함하여 약 0.01㎎, 약 0.02㎎, 약 0.03㎎, 약 0.04㎎, 약 0.05㎎, 약 0.06㎎, 약 0.07㎎, 약 0.08㎎, 약 0.09㎎, 약 0.1㎎, 약 0.2㎎, 약 0.3㎎, 약 0.4㎎, 약 0.5㎎, 약 0.6㎎, 약 0.7㎎, 약 0.8㎎, 약 0.9㎎, 약 1㎎, 약 2㎎, 약 3㎎, 약 4㎎, 약 5㎎, 약 6㎎, 약 7㎎, 약 8㎎, 약 9㎎ 약 10㎎, 약 15㎎, 약 20㎎, 약 25㎎, 약 30㎎, 약 35㎎, 약 40㎎, 약 45㎎, 약 50㎎, 약 55㎎, 약 60㎎, 약 65㎎, 약 70㎎, 약 75㎎, 약 80㎎, 약 85㎎, 약 90㎎, 약 95㎎, 약 100㎎, 약 150㎎, 약 200㎎, 약 250㎎, 약 300㎎, 약 350㎎, 약 400㎎, 약 450㎎, 약 500㎎, 약 550㎎, 약 600㎎, 약 650㎎, 약 700㎎, 약 750㎎, 약 800㎎, 약 850㎎, 약 900㎎, 약 950㎎, 약 1,000㎎, 약 2,000㎎, 약 3,000㎎, 약 4,000㎎ 또는 약 5,000㎎의 활성 성분을 포함할 수 있다.
일 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은 매일 약 0.01㎎ 내지 약 100㎎의 양, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 5,000㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 4,000㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 3,000㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 2,000㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 1,000㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 950㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 900㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 850㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 800㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 750㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 700㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 650㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 600㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 550㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 500㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 450㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 400㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 350㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 300㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 250㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 200㎎, 매일 약 0.01㎎ 내지 약 150㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 100㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 95㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 90㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 85㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 80㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 75㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 70㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 65㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 60㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 55㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 50㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 45㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 40㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 35㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 30㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 25㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 20㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 15㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 10㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 5㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 3㎎, 매일 약 0.1㎎ 내지 약 1㎎ 또는 매일 약 5㎎ 내지 약 80㎎의 양으로 투여된다. 다양한 실시형태에서, 세균 단리주(및/또는 추가적인 치료제)는 그 사이의 모든 값과 범위를 포함하여 약 0.01㎎, 약 0.02㎎, 약 0.03㎎, 약 0.04㎎, 약 0.05㎎, 약 0.06㎎, 약 0.07㎎, 약 0.08㎎, 약 0.09㎎, 약 0.1㎎, 약 0.2㎎, 약 0.3㎎, 약 0.4㎎, 약 0.5㎎, 약 0.6㎎, 약 0.7㎎, 약 0.8㎎, 약 0.9㎎, 약 1㎎, 약 2㎎, 약 3㎎, 약 4㎎, 약 5㎎, 약 6㎎, 약 7㎎, 약 8㎎, 약 9㎎ 약 10㎎, 약 15㎎, 약 20㎎, 약 25㎎, 약 30㎎, 약 35㎎, 약 40㎎, 약 45㎎, 약 50㎎, 약 55㎎, 약 60㎎, 약 65㎎, 약 70㎎, 약 75㎎, 약 80㎎, 약 85㎎, 약 90㎎, 약 95㎎, 약 100㎎, 약 150㎎, 약 200㎎, 약 250㎎, 약 300㎎, 약 350㎎, 약 400㎎, 약 450㎎, 약 500㎎, 약 550㎎, 약 600㎎, 약 650㎎, 약 700㎎, 약 750㎎, 약 800㎎, 약 850㎎, 약 900㎎, 약 950㎎, 약 1,000㎎, 약 2,000㎎, 약 3,000㎎, 약 4,000㎎ 또는 약 5,000㎎의 1일 용량으로 투여된다.
일부 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)의 적합한 투여량은 그 사이의 모든 값과 범위를 포함하여 대상체의 체중의 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 100 ㎎/㎏, 예를 들어, 약 0.01 ㎎/㎏, 약 0.02 ㎎/㎏, 약 0.03 ㎎/㎏, 약 0.04 ㎎/㎏, 약 0.05 ㎎/㎏, 약 0.06 ㎎/㎏, 약 0.07 ㎎/㎏, 약 0.08 ㎎/㎏, 약 0.09 ㎎/㎏, 약 0.1 ㎎/㎏, 약 0.2 ㎎/㎏, 약 0.3 ㎎/㎏, 약 0.4 ㎎/㎏, 약 0.5 ㎎/㎏, 약 0.6 ㎎/㎏, 약 0.7 ㎎/㎏, 약 0.8 ㎎/㎏, 약 0.9 ㎎/㎏, 약 1 ㎎/㎏, 약 1.1 ㎎/㎏, 약 1.2 ㎎/㎏, 약 1.3 ㎎/㎏, 약 1.4 ㎎/㎏, 약 1.5 ㎎/㎏, 약 1.6 ㎎/㎏, 약 1.7 ㎎/㎏, 약 1.8 ㎎/㎏, 1.9 ㎎/㎏, 약 2 ㎎/㎏, 약 3 ㎎/㎏, 약 4 ㎎/㎏, 약 5 ㎎/㎏, 약 6 ㎎/㎏, 약 7 ㎎/㎏, 약 8 ㎎/㎏, 약 9 ㎎/㎏, 약 10 ㎎/㎏ 체중, 약 20 ㎎/㎏ 체중, 약 30 ㎎/㎏ 체중, 약 40 ㎎/㎏ 체중, 약 50 ㎎/㎏ 체중, 약 60 ㎎/㎏ 체중, 약 70 ㎎/㎏ 체중, 약 80 ㎎/㎏ 체중, 약 90 ㎎/㎏ 체중 또는 약 100 ㎎/㎏ 체중의 범위이다. 다른 실시형태에서, 조성물의 적합한 투여량은 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 100 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 90 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 80 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 70 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 60 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 50 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 40 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 30 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 20 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 10 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 9 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 8 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 7 ㎎/㎏ 체중의 범위, 0.01 ㎎/㎏ 내지 약 6 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.05 ㎎/㎏ 내지 약 5 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.05 ㎎/㎏ 내지 약 4 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.05 ㎎/㎏ 내지 약 3 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.05 ㎎/㎏ 내지 약 2 ㎎/㎏ 체중의 범위, 약 0.05 ㎎/㎏ 내지 약 1.5 ㎎/㎏ 체중의 범위 또는 약 0.05 ㎎/㎏ 내지 약 1 ㎎/㎏ 체중의 범위이다.
소정의 실시형태에 따르면, 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일 포함)은, 예를 들어, 매일 1회 초과, 약 1일 1회, 약 2일마다, 약 3일마다, 약 주 1회, 약 2주에 1회, 약 매월 1회, 약 2개월에 1회, 약 3개월에 1회, 약 6개월에 1회 또는 약 1년에 1회 투여될 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 2일 동안 매일 적어도 1회 이를 필요로 하는 환자에게 투여될 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일 또는 15일 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 주당 적어도 2회, 3회, 4회 또는 5회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 또는 주 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 또는 개월 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 또는 년 동안, 대상체의 전체 수명 동안 장기적으로 또는 무기한의 기간 동안 적어도 1회 투여된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 2일 동안 매일 적어도 2회 이를 필요로 하는 환자에게 투여될 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15일 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 또는 주 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 또는 개월 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 또는 년 동안, 대상체의 전체 수명 동안 장기적으로 또는 무기한의 기간 동안 적어도 2회 투여된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 2일 동안 매일 적어도 3회 이를 필요로 하는 환자에게 투여될 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일 또는 15일 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 또는 주 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 또는 개월 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 또는 년 동안, 대상체의 전체 수명 동안 장기적으로 또는 무기한의 기간 동안 적어도 3회 투여된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 3일 또는 주 동안 매일 적어도 1회 또는 2회의 투여 스케줄로 이를 필요로 하는 환자에게 투여될 수 있다. 실시형태에서, 용량은 1주 내지 12주, 2주 내지 12주, 3주 내지 12주, 4주 내지 12주, 5주 내지 12주, 6주 내지 12주, 7주 내지 12주, 8주 내지 12주, 9주 내지 12주, 10주 내지 12주, 1주 내지 2주, 2주 내지 3주, 3주 내지 4주, 4주 내지 5주, 5주 내지 6주, 6주 내지 7주, 7주 내지 8주, 8주 내지 9주, 9주 내지 10주 또는 10주 내지 11주의 기간 동안 매일 적어도 1회, 2회 또는 3회 투여된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 주 1회, 주 2회 또는 주 3회의 투여 스케줄로 이를 필요로 하는 환자에게 투여될 수 있다. 용어 "주 1회"는 용량이 전형적으로 1주일에 1회만, 예를 들어, 각 주의 동일한 날에 투여됨을 의미한다. "주 2회"는 용량이 전형적으로 1주일에 2회만, 예를 들어, 각 주간 기간의 동일한 2일에 투여됨을 의미한다. "주 3회"는 용량이 전형적으로 1주일에 3회만, 예를 들어, 각 주간 기간의 동일한 3일에 투여됨을 의미한다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 이를 필요로 하는 환자에게 투여될 수 있되, 투여는 제1 투여 스케줄에 이어 제2 투여 스케줄을 포함한다. 실시형태에서, 제1 투여 스케줄은 치료 또는 유도 용량을 포함한다. 실시형태에서, 제2 투여 스케줄은 유지 용량을 포함한다. 예를 들어, 제2 투여 스케줄의 약제학적 활성 유지 용량은 제1 투여 스케줄의 약제학적 활성 유도 용량 이하일 수 있다. 다른 예에서, 제2 투여 스케줄의 유지 용량은 제1 투여 스케줄의 유도 용량보다 더 높을 수 있다.
약제학적 조성물을 투여하기 위한 제1 및 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 적어도 하루 동안 하루에 적어도 1회 조성물의 투여를 포함할 수 있다. 실시형태에서, 제1 또는 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 적어도 연속 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일 또는 15일 동안 매일 적어도 1회 조성물의 투여를 포함한다. 실시형태에서, 제1 또는 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 매일 적어도 1회 조성물의 투여를 포함한다. 실시형태에서, 제1 또는 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 최대 연속 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 또는 주 동안 조성물의 투여를 포함한다. 실시형태에서, 제1 또는 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 최대 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 또는 개월 동안 조성물의 투여를 포함한다. 실시형태에서, 제1 또는 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 적어도 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 또는 년 동안, 대상체의 전체 수명 동안 장기적으로 또는 무기한의 기간 동안 조성물의 투여를 포함한다.
실시형태에서, 방법에서 사용되는 제1 또는 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 주 1회, 주 2회 또는 주 3회일 수 있다.
실시형태에서, 제1 및 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 적어도 약 2개월, 4개월, 6개월, 8개월, 10개월, 12개월, 18개월, 24개월, 36개월, 48개월, 72개월 또는 96개월 동안 지속될 수 있다. 실시형태에서, 제2 투여 스케줄은 치료되는 대상체의 전체 수명 또는 무기한의 기간 동안 영구적으로 지속된다. 실시형태에서, 제1 및 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 연속 투여 스케줄이다. 실시형태에서, 제1 및 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 간헐적 투여 스케줄이다. 실시형태에서, 제1 및 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 적어도 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일 또는 14일의 치료 기간에 이어서 적어도 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일 또는 14일의 휴약 기간을 포함하는 간헐적 투여 스케줄이다. 실시형태에서, 제1 및 제2 투여 스케줄 중 적어도 하나는 용량 격일, 2일마다 또는 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일마다 용량을 투여하는 것을 포함한다. 실시형태에서, 용량은 적정(titration)(또는 그렇지 않으면 투여량 또는 투여 스케줄을 변경하는 것)을 하거나 하지 않고 연장된 기간 동안 투여된다.
실시형태에서, 제1과 제2 투여 스케줄 간의 간격은 적어도 약 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일 또는 7일 또는 적어도 약 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 또는 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월 또는 12개월이다.
실시형태에서, 제2 투여 스케줄(예를 들어, 유지 용량)은 제1 투여 스케줄에서 사용된 투여량(예를 들어, 초기 유도 용량)보다 약 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 75배, 100배, 200배, 400배, 800배, 1000배, 5000배 이상 낮은 투여량을 포함한다. 실시형태에서, 제2 투여 스케줄(예를 들어, 유지 투여 스케줄)은 제1 투여 스케줄(예를 들어, 초기 치료 투여 스케줄)과 같거나 더 적은 투여 빈도를 갖는다. 실시형태에서, 제2 투여 스케줄(예를 들어, 유지 투여 스케줄)은 제1 투여 스케줄(예를 들어, 초기 치료 투여 스케줄)보다 더 높은 투여 간격을 갖는다.
일부 실시형태에서, 용어 "환자" 및 "대상체"는 상호교환적으로 사용된다. 일부 실시형태에서, 대상체 및/또는 동물은 포유동물, 예를 들어, 인간, 마우스, 래트, 기니피그, 개, 고양이, 말, 소, 돼지, 토끼, 양 또는 비-인간 영장류, 예컨대, 원숭이, 침팬지 또는 비비이다. 다른 실시형태에서, 대상체 및/또는 동물은, 예를 들어, 제브라피쉬와 같은 비-포유동물이다.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 인간 대상체의 치료에 유용하다. 일부 실시형태에서, 인간은 소아 인간이다. 다른 실시형태에서, 인간은 성인 인간이다. 다른 실시형태에서, 인간은 노인 인간이다. 다른 실시형태에서, 인간은 환자로서 지칭될 수 있다. 일부 실시형태에서, 인간은 여성이다. 일부 실시형태에서, 인간은 남성이다.
소정의 실시형태에서, 인간은 약 1세 내지 약 18세, 약 18세 내지 약 36세, 약 1세 내지 약 5세, 약 5세 내지 약 10세, 약 10세 내지 약 15세, 약 15세 내지 약 20세, 약 20세 내지 약 25세, 약 25세 내지 약 30세, 약 30세 내지 약 35세, 약 35세 내지 약 40세, 약 40세 내지 약 45세, 약 45세 내지 약 50세, 약 50세 내지 약 55세, 약 55세 내지 약 60세, 약 60세 내지 약 65세, 약 65세 내지 약 70세, 약 70세 내지 약 75세, 약 75세 내지 약 80세, 약 80세 내지 약 85세, 약 85세 내지 약 90세, 약 90세 내지 약 95세 또는 약 95세 내지 약 100세 범위의 연령을 갖는다.
일 양태에서, 치료되는 대상체는 인간 환자이다. 일 양태에서, 환자는 남성 환자이다. 일 양태에서, 환자는 여성 환자이다. 일 양태에서, 환자는 미숙 신생아이다. 일 양태에서, 환자는 만삭 신생아이다. 일 양태에서, 환자는 신생아이다. 일 양태에서, 환자는 영아이다. 일 양태에서, 환자는 유아이다. 일 양태에서, 환자는 어린 아동이다. 일 양태에서, 환자는 아동이다. 일 양태에서, 환자는 청소년이다. 일 양태에서, 환자는 소아 환자이다. 일 양태에서, 환자는 노인 환자이다. 일 양태에서, 인간 환자는 약 18세, 15세, 12세, 10세, 8세, 6세, 4세, 3세, 2세 또는 1세 미만의 아동 환자이다. 또 다른 양태에서, 인간 환자는 성인 환자이다. 또 다른 양태에서, 인간 환자는 노인 환자이다. 추가의 양태에서, 인간 환자는 약 30세, 35세, 40세, 45세, 50세, 55세, 60세, 65세, 70세, 75세, 80세, 85세, 90세 또는 95세 이상의 환자이다. 또 다른 양태에서, 환자는 약 1세 내지 5세, 2세 내지 10세, 3세 내지 18세, 21세 내지 50세, 21세 내지 40세, 21세 내지 30세, 50세 내지 90세, 60세 내지 90세, 70세 내지 90세, 60세 내지 80세 또는 65세 내지 75세이다. 일 양태에서, 환자는 젊은 노인 환자(65세 내지 74세)이다. 일 양태에서, 환자는 중년 노인 환자(75세 내지 84세)이다. 일 양태에서, 환자는 고령 환자(85세 초과)이다.
추가적인 치료제 및 병용 요법 또는 공동-제형
본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 하나 이상의 추가적인 치료제를 포함할 수 있으며, 이는 본 명세서에 기재된 방법에서 이를 필요로 하는 대상체에게 투여될 수 있다. 추가적인 치료제는 본 명세서에 기재된 미생물 치료제(예를 들어, 미생물 칵테일)와 동시에 또는 순차적으로 투여될 수 있다. 또한, 본 발명의 조성물 및 제형은 추가적인 치료제(예를 들어, 공동-제형을 통해)를 포함할 수 있다. 예를 들어, 추가적인 치료제 및 1종 이상의 세균 단리주는 단일 제형으로 조합될 수 있다.
일 실시형태에서, 추가적인 치료제 및 미생물 치료제(예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주)는 대상체에게 동시에 투여된다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "동시에"는 추가적인 치료제 및 미생물 치료제가 약 60분이하, 예컨대, 약 30분이하, 약 20분이하, 약 10분이하, 약 5분 이하 또는 약 1분 이하의 시간 간격으로 투여됨을 의미한다. 추가적인 치료제 및 미생물 치료제의 투여는 단일 제형(예를 들어, 추가적인 치료제 및 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 제형) 또는 별도의 제형(예를 들어, 추가적인 치료제를 포함하는 제1 제형 및 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 제2 제형)의 동시 투여에 의할 수 있다.
동시 투여는 투여 시점이 추가적인 치료제와 미생물 치료제(예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주)의 약리학적 활성이 시간적으로 중첩되는 경우 추가적인 치료제가 동시에 투여될 필요가 없다. 예를 들어, 추가적인 치료제 및 미생물 치료제는 순차적으로 투여될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "순차적으로"는 추가적인 치료제 및 미생물 치료제가 약 60분 이상의 시간 간격으로 투여되는 것을 의미한다. 예를 들어, 추가적인 치료제와 미생물 치료제의 순차적 투여 사이의 시간은 약 60분 이상, 약 2시간 이상, 약 5시간 이상, 약 10시간 이상, 약 1일 이상, 약 2일 이상, 약 3일 이상 또는 약 1주 이상의 간격일 수 있다. 최적의 투여 시간은 투여되는 추가적인 치료제 및 미생물 치료제의 대사, 배설의 속도 및/또는 약동학적 활성에 따라 달라질 것이다. 추가적인 치료제 또는 미생물 치료제(예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주)가 먼저 투여될 수 있다.
추가의 실시형태에서, 추가적인 치료제 및 미생물 치료제(예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주)는 대상체에게 동시에 투여되지만, 위장관에서 각각의 투여 형태(또는 공동-제형화된 경우 단일 단위 투여 형태)로부터 추가적인 치료제 및 미생물 치료제의 방출은 순차적으로 발생한다.
동시 투여는 또한 동일한 투여 경로에 의해 대상체에게 투여되는 다수의 추가적인 치료제를 필요로 하지 않는다. 오히려, 각각의 추가적인 치료제는 임의의 적절한 경로, 예를 들어, 비경구로 또는 비경구가 아닌 것에 의해 투여될 수 있다.
일부 실시형태에서, 추가적인 치료제는 UC와 같은 IBD에 대한 현재 표준 치료 유도 요법에 사용되는 작용제이다. 이러한 작용제는 5-아미노살리실산(5-ASA), 코르티코스테로이드 또는 생물학적 제제(예를 들어, 인플릭시맙(Infliximab), 아달리무맙(Adalimumab) 또는 베돌리주맙(Vedolizumab))를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 추가적인 치료제는 항-염증제, 예컨대, 스테로이드성 항-염증제 또는 비-스테로이드성 항-염증제(non-steroidal anti-inflammatory agent: NSAIDS)이다. 스테로이드, 특히, 부신 코르티코스테로이드 및 이의 합성 유사체가 당업계에 잘 알려져 있다. 코르티코스테로이드의 예는 제한 없이 하이드록실트라이암시놀론, 알파-메틸 덱사메타손, 베타-메틸 베타메타손, 베클로메타손 다이프로피오네이트, 베타메타손 벤조에이트, 베타메타손 다이프로피오네이트, 베타메타손 발러레이트, 클로베타솔 발러레이트, 데소나이드, 데스옥시메타손, 덱사메타손, 다이플로라손 다이아세테이트, 다이플루코르톨론 발러레이트, 플루아드레놀론, 플루클로롤론 아세토나이드, 플루메타손 피발레이트, 플루오시놀론 아세토나이드, 플루오시노나이드, 플루코르틴 뷰틸에스터, 플루오코르톨론, 플루프레드니덴(플루프레드닐리덴) 아세테이트, 플루란드레놀론, 할시노나이드, 하이드로코르티손 아세테이트, 하이드로코르티손 뷰티레이트, 메틸프리드니솔론, 트라이암시놀론 아세토나이드, 코르티손, 코르토독손, 플루세토나이드, 플루드로코르티손, 다이플루오로손 다이아세테이트, 플루라드레놀론 아세토나이드, 메드리손, 암시나펠, 암시나파이드, 베타메타손 및 이의 에스터의 밸런스, 클로로프레드니손, 클로코르텔론, 클레스시놀론, 다이클로리손, 다이플루프레드네이트, 플루클로로나이드, 플루니솔리드, 플루오로메탈론, 플루페롤론, 플루프레드니솔론, 하이드로코르티손, 메프레드니손, 파라메타손, 프레드니솔론, 프레드니손, 베클로메타손 다이프로피오네이트를 포함한다. 사용될 수 있는 (NSAIDS)는 살리실산, 아세틸 살리실산, 메틸 살리실레이트, 글리콜 살리실레이트, 살리실마이드, 벤질-2,5-다이아세톡시벤조산, 이부프로펜, 풀린닥, 나프록센, 케토프로펜, 에토페나메이트, 페닐뷰타존 및 인도메타신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 추가적인 항-염증제가, 예를 들어, 그 전체 내용이 참조에 의해 본 명세서에 원용되어 있는 미국 특허 제4,537,776호에 기술되어 있다.
일부 실시형태에서, 추가적인 치료제는 프로바이오틱이다. 사용하기에 적합한 프로바이오틱은 사카로마이세스 보울라디이(Saccharomyces boulardii); 락토바실러스 람노서스 GG(Lactobacillus rhamnosus GG); 락토바실러스 플란타룸 299v(Lactobacillus plantarum 299v); 클로스트리디움 부티리쿰 M588(Clostridium butyricum M588); 클로스트리디움 디피실레 VP20621(비-독소발생 C. 디피실레 균주); 락토바실러스 카세이, 락토바실러스 악시도필루스(Bio-K+CL1285)의 조합; 락토바실러스 카세이, 락토바실러스 불가리쿠스, 스트렙토코커스 써모필루스의 조합(Actimel); 락토바실러스 악시도필루스, 비피도박테리움 비피둠의 조합(Florajen3); 락토바실러스 악시도필루스, 락토바실러스 불가리쿠스 델브루엑키이 아종 불가리쿠스, 락토바실러스 불가리쿠스 카세이, 락토바실러스 불가리쿠스 플란타룸, 비피도박테리움 롱검, 비피도박테리움 인판티스, 비피도박테리움 브레비 및 스트렙토코커스 살리바리우스 아종써모필루스의 조합(VSL#3)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
양태에서, 본 개시내용은 비-선택된 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 투여하기 전에 프로바이오틱을 투여하는 것을 제공한다. 또 다른 양태에서, 본 개시내용은 프로바이오틱 및 비-선택된 분변 미생물총을 포함하는 약제학적 조성물을 동시 투여하는 것을 제공한다. 또 다른 양태에서, 프로바이오틱은 하나 이상의 아커만시아 또는 파라박테로이데스 종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 양태에서, 프로바이오틱은 2개 이상의 아커만시아 또는 파라박테로이데스 종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 양태에서, 프로바이오틱은 3개 이상 아커만시아 또는 파라박테로이데스 종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 양태에서, 프로바이오틱은 4개 이상 아커만시아 또는 파라박테로이데스 종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 양태에서, 프로바이오틱은 5종 이상의 아커만시아 또는 파라박테로이데스 종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 양태에서, 프로바이오틱은 6종 이상의 아커만시아 또는 파라박테로이데스 종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 양태에서, 프로바이오틱은 1종 내지 3종, 3종 내지 5종, 5종 내지 8종 또는 8종 내지 10종의 아커만시아 또는 파라박테로이데스 종으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 프로바이오틱은 단일 용량 또는 다중 용량으로 제공될 수 있다. 단일 조성물로 제공되는 경우, 단일 조성물은 단일 프로바이오틱 또는 프로바이오틱의 혼합물을 포함할 수 있다. 다중 조성물로 제공되는 경우, 각각 조성물은 단일 프로바이오틱 또는 프로바이오틱의 혼합물을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 추가적인 치료제는 프리바이오틱이다. 프리바이오틱은 대상체의 장에서 (예를 들어, 하나 이상의 미생물에 의해 대사되는 기질을 제공함으로써) 하나 이상의 미생물(예를 들어, 세균)의 성장, 증식 또는 활성을 촉진하기 위해 대상체에게 투여되는 화합물 또는 화합물들(예를 들어, 하나 이상의 영양소를 포함)이다. 이론에 얽매이지 않고, 프리바이오틱은 대상체의 내인성 마이크로바이옴 및/또는 약제학적 조성물 자체에 세균을 영양적으로 보충하기 위해, 예를 들어, 미배양된 분변 세균의 집단 중 하나 이상의 균주 및/또는 1종 이상의 세균 단리주의 성장 또는 활성을 자극하기 위해 약제학적 조성물에 첨가될 수 있다. 추가적으로, 하나 이상의 프리바이오틱은 세포를 새로운 환경으로 전환할 때, 예를 들어, 미배양된 분변 세균의 집단의 단리 및/또는 정제 후 또는 냉동, 냉동-건조, 분무-건조, 용액 중 재구성 등의 전 또는 후에 세균 세포에 대한 "충격"을 완충시키기 위해 조성물에 첨가될 수 있다.
약제학적 조성물에 첨가되거나 또는 대상체에게 투여될 수 있는 프리바이오틱의 비제한적인 예는 아미노산, 락트산, 암모늄 나이트레이트, 아밀로스, 보리 맥아, 바이오틴, 카보네이트, 셀룰로스, 키틴, 콜린, 프럭토올리고당(FOS), 프럭토스, 갈락토다당류(GOS), 글루코스, 글리세롤, 헤테로다당류, 히스티딘, 호모다당류, 하이드록시아파타이트, 이눌린, 아이소말툴로스, 락토스, 락툴로스, 말토덱스트린, 말토스, 만노다당류, 질소, 올리고덱스트로스, 올리고프럭토스, 올리고프럭토스-농축 이눌린, 다당류, 펙틴, 인산염, 인, 폴리덱스트로스, 폴리올, 칼리, 포타슘, 소듐 나이트레이트, 전분, 수크로스, 황, 썬파이버, 타가토스, 티아민, 트랜스-갈락토다당류, 트레할로스, 바이타민, 수용성 탄수화물 및/또는 자일로올리고당(XOS) 및 이들의 조합을 포함한다. 예시적인 프리바이오틱은 복합 탄수화물, 아미노산, 펩타이드 또는 세균 조성물의 생존을 위한 다른 필수 영양 성분을 포함한다.
양태에서, 대상체는 약제학적 조성물로 치료하기 전에 프리바이오틱 영양소로 사전 치료되지 않는다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 프리바이오틱 영양소로 보충되지 않는다.
실시형태에서, 프리바이오틱은 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물, 예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 조성물에 (예를 들어, 건조 또는 액체 형태로) 첨가될 수 있다.
대안적으로 또는 추가적으로, 프리바이오틱은 미생물 치료제가 없는 별개의 약제학적 조성물에 (예를 들어, 건조 또는 액체 형태로) 포함될 수 있다
프리바이오틱은 동일한 약제학적 조성물 또는 별도의 약제학적 조성물로 미생물 치료제(예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주)를 포함하는 약제학적 조성물의 투여 전에, 이와 동시에 그리고/또는 이후에 대상체에게 제공될 수 있다.
프리바이오틱은 단일 용량 또는 다중 용량으로 제공될 수 있다. 단일 조성물로 제공되는 경우, 단일 조성물은 단일 프리바이오틱 또는 프리바이오틱의 혼합물을 포함할 수 있다. 다중 조성물로 제공되는 경우, 각각 조성물은 단일 프리바이오틱 또는 프리바이오틱의 혼합물을 포함할 수 있다.
예로서, 다중 용량이 제공되는 경우, 프리바이오틱을 포함하는 제1 조성물은 하나의 특정 프리바이오틱, 예를 들어, 이눌린을 포함할 수 있고, 제2 조성물은 제2 특정 프리바이오틱, 예를 들어, 펙틴을 포함할 수 있다. 대안적으로, 제1 조성물은 프리바이오틱, 예를 들어, 이눌린과 펙틴의 혼합물을 포함할 수 있고, 제2 조성물은 프리바이오틱, 예를 들어, 이눌린과 FOS의 상이한 혼합물을 포함할 수 있다. 제1 조성물은 프리바이오틱의 혼합물을 포함할 수 있고, 제2 조성물은 하나의 특정 프리바이오틱을 포함할 수 있다.
대상체/환자에게 제공되고/되거나 조성물에 포함되는 프리바이오틱의 양은 특정 프리바이오틱, 유익한 세균의 특정 세균 균주 및/또는 대상체/환자의 질환 상태에 따라 다르다.
일부 실시형태에서, 추가적인 치료제는 지사제이다. 사용하기에 적합한 지사제는 DPP-IV 저해제, 천연 오피오이드, 예컨대, 아편의 팅크, 진통제 및 코데인, 합성 오피오이드, 예컨대, 다이페녹실레이트, 다이페녹신 및 로페라마이드, 비스무트 서브살리실레이트, 란레오타이드, 바프레오타이드 및 옥트레오타이드, 모틸린 길항제, 셀레콕시브, 글루타민, 탈리도마이드와 같은 COX2 저해제 및 전통적인 설사 치료제, 예컨대, 카올린, 펙틴, 베르베린 및 무스카린제를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 추가적인 치료제는 진통제일 수 있다. 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법에 유용한 진통제는 제한 없이 모르핀, 코데인, 헤로인, 메타돈 및 관련 화합물, 테바인, 오르피아빈 및 이의 유도체, 뷰프레노르핀, 피페리딘, 모르피난, 벤조모르판, 테트라하이드로아이소퀴놀린, 티암부탄, 벤질아민, 틸리딘, 비미놀, 네포팜, 캡사이신(8-메틸-N-바닐릴-6E-노넨아마이드), "합성" 캡사이신(N-바닐릴노나마이드) 및 관련 화합물을 포함한다.
일부 실시형태에서, 추가적인 치료제는 항균제이며, 이는 세팔로스포린 항생제(세팔렉신, 세푸록심, 세파드록실, 세파졸린, 세팔로틴, 세파클로르, 세파만돌, 세폭시틴, 세프프로질 및 세프토비프롤); 플루오로퀴놀론 항생제(시프로, 레바퀸, 플록신, 테퀸, 아베록스 및 노르플록스); 테트라사이클린 항생제(테트라사이클린, 미노사이클린, 옥시테트라사이클린 및 독시사이클린); 페니실린 항생제(아목시실린, 암피실린, 페니실린 V, 다이클록사실린, 카베니실린, 반코마이신 및 메티실린); 모노박탐 항생제(아즈트레오남); 및 카바페넴 항생제(에르타페넴, 도리페넴, 이미페넴/시스플라틴 및 메로페넴)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 항균제는 페니실린, 세팔로스포린, 모노박탐 및 카바페넴 항생제 중 어느 하나일 수 있다.
일 양태에서, 방법은 치료적 세균 또는 미생물총 조성물을 투여하기 전에 항생제 조성물로 대상체를 사전 치료하는 단계를 더 포함한다. 일 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 항생제 조성물은 리파부틴, 클라리트로마이신, 클로파지민, 반코마이신, 리팜피신, 나이트로이미다졸, 클로람페니콜 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 항생제를 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에서 투여되는 항생제 조성물은 리팍시민, 리파마이신 유도체, 리팜피신, 리파부틴, 리파펜틴, 리팔라질, 바이코자마이신, 아미노글리코시드, 겐타마이신, 네오마이신, 스트렙토마이신, 파로모마이신, 베르다미신, 뮤타미신, 시소미신, 네틸미신, 레티미신, 카나마이신, 아즈트레오남, 아즈트레오남 마크롤라이드, 클라리트로마이신, 다이리트로마이신, 록시트로마이신, 텔리트로마이신, 아지트로마이신, 비스무트 서브살리실레이트, 반코마이신, 스트렙토마이신, 피닥소미신, 아미카신, 아르베카신, 네오마이신, 네틸미신, 파로모마이신, 로도스트렙토마이신, 토브라마이신, 아프라마이신 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 항생제를 포함하다. 또 다른 양태에서, 대상체는 치료적 세균 또는 미생물총 조성물을 투여하기 전에 항생제 조성물로 사전 치료되지 않는다. 또 다른 양태에서, 약제학적 조성물은 항생제 조성물로 보충되지 않는다. 추가의 양태에서, 방법은 치료적 세균 또는 미생물총 조성물의 투여 전에 항-염증성 약물로 대상체를 사전 치료하는 단계를 더 포함한다. 또 다른 양태에서, 대상체는 치료적 세균 또는 미생물총 조성물을 투여하기 전 항-염증성 약물로 사전 치료되지 않는다. 또 다른 양태에서, 치료적 세균 또는 미생물총 조성물은 항-염증제로 보충되지 않는다.
모든 추가적인 치료제 조성물 및 방법에 대해, 위장관의 다양한 부분을 표적으로 하는 것이 본 명세서에 기재된 바와 같이 사용될 수 있다.
치료 방법
유효량의 임의의 본 명세서에 개시된 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 장내 세균불균형과 관련된 장애의 예방 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 장내 세균불균형과 관련된 장애를 예방 또는 치료하는 방법이 본 명세서에 개시된다. 실시형태에서, 장애는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD) 및 항생제-유도성 부작용으로부터 선택된다. 실시형태에서, 장애는 궤양성 대장염(UC), 크론병(CD) 및 맹낭염으로부터 선택되는 IBD이다. 실시형태에서, 방법은 병원내 감염 및/또는 2차 응급 감염을 치료 또는 예방하고/하거나 대상체의 위장관에서 하나 이상의 병원성 미생물의 과성장을 치료 및/또는 예방한다. 실시형태에서, 방법은 정상 장내 미생물총의 유지를 포함한다. 실시형태에서, 방법은 대상체에게 적어도 하나의 프리바이오틱을 투여하는 단계를 더 포함한다.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 생태학적 균형을 제공하거나 또는 회복시키기 위해 이를 필요로 하는 대상체에서 마이크로바이옴을 조절하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 예를 들어, 다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물을 투여함으로써 하나 이상의 병원성 세균을 줄이거나 또는 저해하는 방법이 제공된다. 다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주의 투여는 투여 전에 환자의 위장관에 검출 가능하게 존재하지 않으며, 다양한 실시형태에서, 비-병원성인 적어도 하나의 유형의 세균의 성장을 증대시킨다.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 장내 병원체 또는 병원체에 대한 생태학적 제어의 회복 또는 향상을 필요로 하는 대상체에서 장내 병원체 또는 병원체에 대한 생태학적 제어를 회복 또는 향상시키는 방법이 본 명세서에 제공된다.
다양한 실시형태에서, 방법은 GI 세균불균형과 관련된 질환 또는 병태를 치료하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 대상체는 염증성 장 질환(IBD), 예를 들어, 크론병, 대장염(예를 들어, UC 또는 현미경적 대장염) 또는 맹낭염을 갖는다. IBD는 대장 및, 일부 경우에, 소장의 염증성 병태의 그룹이다. 본 명세서에 기재된 조성물, 제형 및 방법에 의해 치료될 수 있는 IBD의 예는 크론병, UC, 맹낭염, 콜라겐성 대장염, 림프구성 대장염, 허혈성 대장염, 전환성 대장염, 베체트 증후군, 감염성 대장염 및 불확정 대장염을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, UC를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 또 다른 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, CD를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 추가의 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 맹낭염을 치료하는 방법이 본 명세서에 제공된다.
다양한 실시형태에서, 방법은 UC를 치료하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. UC는 IBD의 한 형태이다. 이는 결장 내막에 염증이 생기고 고름과 점액을 생성하는 작은 개방성 상처(sore) 또는 궤양이 발생하는 결장의 만성 질환이다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 UC와 관련된 염증 및/또는 궤양을 개선, 감소 또는 제거할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 복부 불편감 또는 통증, 결장의 빈번한 배출(emptying), 배탈 및 긴급 배변감, 지속적인 설사, 혈변, 식욕 상실 및 체중 감소를 포함하지만 이들로 제한되지 않는 UC와 관련된 하나 이상의 증상을 개선, 감소 또는 제거할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 UC를 앓고 있는 어린이의 성장 및 발달의 지연을 줄이거나 또는 예방할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 방법은 UC를 치료하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 예를 들어, 대상체의 성공적인 치료는 아래의 지수를 사용하여 측정될 수 있으며, 예를 들어, 본 발명의 방법은 대상체의 활동 점수 역치를 중증에서 중등도, 경증 또는 관해로 변경하게 하거나; 또는 환자의 점수를 중등도에서 경증 또는 관해로 변경되도록 하거나; 또는 환자의 점수를 경증에서 관해로 변경되도록 한다:
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일부 실시형태에서, 방법은 IBS를 치료하기 위해 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. IBS는 결장에 영향을 미치는 일반적인 장애이며, 경련, 복통, 팽만감, 가스, 설사 및 변비를 유발할 수 있다. IBS는 설사(설사가 우세한 IBS, IBS-D), 변비(변비가 우세한 IBS, IBS-C) 또는 혼합된 증상(변비와 설사가 교대로 나타나는 IBS, IBS-A)의 주요 증상에 기초하여 분류된다. 본 명세서에 기재된 방법은 IBS-D, IBS-C 및/또는 IBS-A 중 하나 이상을 치료하는데 효과적일 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법(예를 들어, 본 명세서에 기재된 조성물을 투여하는 단계를 포함)은 IBS-D, IBS-C 및/또는 IBS-A 중 하나 이상과 관련된 하나 이상의 증상을 줄이거나 또는 제거할 수 있다.
실시형태에서, 방법은 비정상적인 장내 미생물상(예를 들어, 장내 세균불균형)의 존재와 관련된 질환/장애를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 질환/장애는 과민성 대장 증후군 또는 경련성 결장을 포함하는 위-장 장애, 변비 우세 FBD, 통증 우세 FBD, 상복부 FBD, 비궤양성 소화불량(Nonulcer Dyspepsia: NUD), 위-식도 역류를 포함하는 기능성 장 질환(Functional Bowel Disease: FBD), 크론병, 궤양성 대장염, 불확정 대장염, 콜라겐성 대장염, 현미경적 대장염, 만성 클로스트리디움 디피실레 감염, 가막성 대장염, 점액 대장염, 항생제 관련 대장염, 특발성 또는 단순 변비, 게실 질환, AIDS 장병증, 소장 세균 과증식, 소화 질환, 용종증, 결장 폴립, 만성 특발성 가성 폐색증 증후군 및 독성 거대결장을 포함하는 염증성 장 질환으로부터 선택될 수 있다.
실시형태에서, 방법은 간 장애와 관련된 장애를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 간 장애의 비제한적인 예는 원발성 담즙성 간경변, 원발성 경화성 담관염(Primary Sclerosing Cholangitis: PSC), 지방간 및 잠복성 간경변을 포함한다. 실시형태에서, 이러한 질환/장애는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 류마티스 장애를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 류마티스 장애의 비제한적인 예는 류마티스성 관절염, 비-류마티스성 관절염, 비-류마티스성 인자 양성 관절염, 강직성 척추염, 라임병 및 라이터 증후군을 포함한다. 실시형태에서, 이러한 질환/장애는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 면역-매개성 장애를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 면역-매개성 장애의 비제한적인 예는 사구체신염, 용혈성 요독 증후군, 소아 당뇨병, 혼합성 한랭글로불린혈증, 다발동맥염, 가족성 지중해열, 아밀로이드증, 경피증, 전신 홍반성 루푸스 및 베체트 증후군을 포함한다. 실시형태에서, 이러한 질환/장애는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 자가면역 장애를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 자가면역 장애의 비제한적인 예는 급성 파종성 뇌척수염(Acute Disseminated Encephalomyelitis: ADEM), 급성 괴사성 출혈성 백혈구염, 애디슨병, 무감마글로불린혈증, 원형 탈모증, 아밀로이드증, 강직성 척추염, 항-GBM/항-TBM 신장염, 항인지질 증후군(Antiphospholipid Syndrome: APS), 자가면역 혈관부종, 자가면역 재생불량성 빈혈, 자가면역 자율신경이상증, 자가면역 용혈성 빈혈, 자가면역 간염, 자가면역 고지혈증, 자가면역 면역결핍증, 자가면역 내이 질환(Autoimmune Inner Ear Disease: AIED), 자가면역 심근염, 자가면역 난소염, 자가면역 췌장염, 자가면역 망막증, 자가면역 혈소판감소성 자반병(Autoimmune Inner Ear Disease: ATP), 자가면역 갑상선 질환, 자가면역 두드러기, 축삭 및 신경 신경병증, 발로병, 베체트병, 수포성 천포창, 심근증, 캐슬만병, 소화 질환, 샤가스병, 만성 염증성 탈수초성 다발신경병증(Chronic Inflammatory Demyelinating Polyneuropathy: CIDP), 만성 재발성 다초점 골수염(Chronic Recurrent Multifocal Ostomyelitis: CRMO), 처그-스트라우스 증후군, 반흔성 유천포창/양성 점막 유천포창, 크론병, 코간 증후군, 한랭응집병, 선천성 심장 차단, 콕사키 심근염, CREST 질환, 본태성 혼합성 한랭글로불린혈증, 탈수초성 신경병증, 포진성 피부염, 피부근염, 데빅병(시신경척수염), 원판성 루푸스, 드레슬러 증후군, 자궁 내막증, 호산성 식도염, 호산성 근막염, 결절성 홍반, 실험 알레르기성 뇌척수염, 에반스 증후군, 섬유성 폐렴, 거세포성 동맥염(일시적인 동맥염), 거세포성 심근염, 사구체신염, 굿파스쳐 증후군, 다발성혈관염을 동반한 육아종증(Granulomatosis With Polyangiitis: GPA), 그레이브스병, 길랑-바레 증후군, 하시모토 뇌염, 하시모토 갑상선염, 용혈성 빈혈, 헤노흐-쇤라인 자반병, 임신포진, 저감마글로불린혈증, 특발성 혈소판감소성 자반병(idiopathic thrombocytopenic purpura: ITP), IgA 신장병, IgG4-관련된 경화성 질환, 면역조절성 지질단백질, 봉입체 근육염, 간질성 방광염, 소아 관절염, 소아 특발성 관절염, 소아 근육염, 가와사키 증후군, 람베르트-이튼 증후군, 백혈구파괴성 맥관염, 편평태선, 경화태선, 목질 결막염, 선상 IgA 질환(linear IgA disease: LAD), 루푸스(전신 홍반성 루푸스), 만성 라임병, 메니에르병, 현미경 다발혈관염, 혼합성 결합 조직 질환(Mixed Connective Tissue Disease: MCTD), 무렌 궤양, 무카-하베르만 질환, 다발성 경화증, 중증 근무력증, 근육염, 기면증, 시신경척수염(데빅), 호중성 백혈구 감소, 눈의 반흔성 유천포창, 시신경염, 재발성 류마티스, PANDAS(Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric Disorders Associated with Streptococcus: 스트렙토코커스 관련 소아 자가면역 신경정신과적 장애), 부종양성 소뇌변성, 발작성 야간 혈색뇨(Paroxysmal Nocturnal Hemoglobinuria: PNH), 안면편측 위축증, 파르소니지-터너 증후군, 평면부염(말초 포도막염), 수포창, 말초 신경병증, 정맥주위 뇌척수염, 악성 빈혈, POEMS 증후군, 결절성 다발동맥염, 유형 I, II 및 III 자가면역 다선성 증후군, 류마티스성 다발근통, 다발근육염, 심근 경색후 증후군, 심막절개술후 증후군, 프로게스테론 피부염, 원발성 담즙성 간경변, 원발성 경화성 담관염(PSC), 건선, 건선성 관절염, 특발성 폐섬유증, 괴저농피증, 순적혈구 무형성증, 레이노 현상, 반응성 관절염, 반사 교감신경 이상증, 라이터 증후군, 재발성 다발성 연골염, 하지불안 증후군, 복막후 섬유증, 류마티스 발열, 류마티스성 관절염, 유육종증, 슈미트 증후군, 공막염, 경피증, 쇼그렌 증후군, 정자 및 고환 자가면역, 강직인간 증후군, 아급성 세균 심내막염(Subacute Bacterial Endocarditis: SBE), 스삭 증후군, 교감성 안염, 타카야스 동맥염, 일시적 동맥염/거세포성 동맥염, 혈소판감소성 자반병(TTP), 톨로사-헌트 증후군, 횡단척수염, 1형 당뇨병, 천식, 궤양성 대장염, 미분화 결합 조직 질환(Undifferentiated Connective Tissue Disease: UCTD), 포도막염, 맥관염, 수포성 피부염, 백반증 및 베게너 육아종증을 포함한다. 실시형태에서, 이러한 장애는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 신경학적 증후군을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 신경학적 증후군의 비제한적인 예는 만성 피로 증후군, 편두통, 다발성 경화증, 근위축성 측삭 경화증, 중증 근무력증, 길랑-바레 증후군, 파킨슨병, 알츠하이머병, 만성 염증성 탈수초성 다발신경병증 및 다른 퇴행성 장애를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 증후군은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 정신과 장애를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 정신과 장애의 비제한적인 예는 만성 우울증, 조현병, 정신병적 장애, 조울증; 아스퍼거 증후군, 레트 증후군, 주의력 결핍 과잉 행동 장애(Attention Deficit Hyperactivity Disorder: ADHD) 및 주의력 결핍 장애(Attention Deficit Disorder: ADD)를 포함하는 퇴행성 장애; 퇴행성 장애; 자폐증; 유아 돌연사 증후군(Sudden Infant Death Syndrome: SIDS); 신경성 식욕부진증을 포함한다. 실시형태에서, 이러한 질환/장애는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 피부학적 병태를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 피부학적 병태의 비제한적인 예는 만성 두드러기, 여드름, 포진성 피부염 및 맥관염 장애를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 질환/장애는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 심혈관 및/또는 혈관 장애를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 질환/장애는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 혈류 감염(bloodstream infection: BSI)을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 이러한 BSI에 대한 위험이 있는 환자는 고형 장기 이식 환자; 만성 신장 질환 환자, 예를 들어, 혈액투석 중인 환자; 및 종양 환자를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 실시형태에서, 이러한 BSI는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 카테터 또는 혈관내 감염(예를 들어, 중심 정맥관 감염)을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 감염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 피부 또는 연질 조직 감염을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 감염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 수술-부위 감염을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 감염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 요로 감염(예를 들어, 항생제-저항성 요로 감염 및 카테터-관련 요로 감염)을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 감염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 상처 감염을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 이러한 감염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 감염을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 감염의 비제한적인 예는 항생제-저항성 감염 및 항생제-민감성 감염을 포함한다. 실시형태에서, 이러한 감염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물 및 방법은 수막염을 치료 또는 예방할 수 있다. 실시형태에서, 수막염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 폐렴, 예를 들어, 인공호흡기-관련 폐렴을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 폐렴은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물, 제형 및 방법은 외래환자 환경에 있고, 입원하고/하거나 장기 요양 시설에 있는 환자 집단에서 사용될 수 있다. 이러한 환자 집단은 병원내 감염의 위험이 있다. 실시형태에서, 이러한 감염은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
실시형태에서, 방법은 원발성 경화성 담관염(PSC)을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 예를 들어, 대상체에게 투여되는 약제학적 조성물에 제공되는 1종 이상의 세균 단리주는 장내 마이크로바이옴 이상을 건강한 군집으로 대체하여 적어도 담관 염증을 감소시키고/시키거나 간 기능을 개선할 수 있다.
실시형태에서, 방법은 설사 질환을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 설사 질환의 비제한적인 예는 급성 혈성 설사(예를 들어, 이질), 급성 수양성 설사(예를 들어, 콜레라), 관문 저해제 관련 대장염, 식중독으로 인한 설사, 지속성 설사 및 여행자 설사를 포함한다. 실시형태에서, 설사는 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물의 투여는 본 명세서에 기재된 병태, 질환 또는 장애와 관련된 하나 이상의 증상(들)을 감소, 개선 또는 제거시킬 수 있다. 예시적인 증상은 설사, 혈성 대변, 구강 궤양, 항문주위 질환, 복통, 복부 경련, 발열, 피로, 체중 감소, 철 결핍, 빈혈, 식욕 부진, 체중 감소, 거식증, 성장 지연, 사춘기 지연 발달 및 피부, 눈, 관절, 간 및 담관의 염증을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 실시형태에서, 증상은 대상체의 장내 세균불균형과 관련이 있다.
일부 실시형태에서, 방법은 병원성 세균에 의한 감염을 치료 또는 예방하고/하거나 대상체의 위장관에서 병원성 세균의 성장을 저해하거나 또는 수를 줄이기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 병원성 세균은 살모넬라와 같은 엔테로박테리아이다. 다양한 실시형태에서, 방법은 환자의 장에서 다양한 대장균군(독성 및/또는 항생제 저항성이 있는 대장균군 포함)의 과증식을 완화 또는 방지하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 예시적인 대장균은 시트로박터, 엔테로박터, 하프니아, 클레브시엘라 및 에스케리키아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법 및 조성물은 저항성 유기체에 의한 2차 감염을 예방하거나 또는 감소시킨다.
또 다른 실시형태에서, 방법은 장의 감염성 질환을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에 투여하는 단계를 포함한다. 장의 감염성 질환의 비제한적인 예는 CDI 및/또는 CDAD, 병원내 감염, 2차 응급 감염, 아메바증, 장결핵 또는 기생충 장애를 포함한다. 일부 실시형태에서, 유효량의 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체 또는 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, CDI 및/또는 CDAD를 치료 또는 예방하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 다양한 실시형태에서, CDI 또는 CDAD는 다음 중 하나 이상을 포함한다: C. 디피실레 설사(CDD), C. 디피실레 장내 염증성 질환, 대장염, 가막성 대장염, 발열, 복통, 탈수 및 전해질 장애, 거대결장, 복막염 및 결장의 천공 및/또는 파열.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물은 초기 발병 또는 재발(relapse)/재발(recurrence)(예를 들어, 항생제 요법의 지속 또는 재개로 인함)의 맥락에서 GI 세균불균형과 관련된 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하기 위해 이를 필요로 하는 대상체에게 투여된다. 예를 들어, 이전에 GI 세균불균형을 앓았던 대상체에서, 본 발명의 약제학적 조성물 또는 제형은 대상체의 재발의 첫 번째 증상이 있을 때 투여될 수 있다. 비제한적인 예로서, 재발의 증상은, 경미한 경우, 하루에 약 5회 내지 약 10회의 수양성 배변, 심각하지 않은 발열 및 단지 경미한 복부 경련을 포함하는 반면, 혈액 테스트에서 백혈구 수가 최대 약 15,000개(정상 수준은 최대 약 10,000개)까지 약간 증가한 것으로 나타날 수 있으며, 심각한 경우, 하루에 약 12회 초과의 수양성 대변, 메스꺼움, 구토, 높은 발열(예를 들어, 약 102℉ 내지 104℉), 직장 출혈, 심한 복통(예를 들어, 압통이 있음), 복부 팽창 및 높은 백혈구 수(예를 들어, 약 15,000개 내지 약 40,000개)를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 GI 세균불균형과 관련된 질환 또는 병태를 앓고 있거나 또는 이에 취약한 대상체 또는 환자를 치료하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 대상체는 대상체가 GI 세균불균형과 관련된 질환 또는 병태에 취약하게 만드는 초기 및/또는 보조 요법을 받고 있거나 또는 받았을 수 있다. 일부 실시형태에서, 대상체는 항생제로 치료를 받고 있거나 또는 치료를 받은 적이 있다. 예를 들어, 대상체는 지난 약 30일 동안 항생제를 복용했을 수 있고/있거나 면역계가 약할 수 있다(예를 들어, 만성 질병으로). 또 다른 예에서, 환자는 중환자실을 포함하여 최근에 병원에 입원했을 수 있다. 따라서, 일부 실시형태에서, 방법은 병원내 감염 및/또는 2차 응급 감염 및/또는 원내감염(hospital acquired infection: HAI)을 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
다양한 실시형태에서, 유효량의 미생물 치료제(예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주)를 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 위장관에서 항생제-유도성 부작용을 치료하는 방법이 본 명세서에 기재된다. 또 다른 실시형태에서, 유효량의 미생물 치료제를 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 위장관에서 항생제-유도성 부작용을 예방하는 방법이 본 명세서에 제공된다.
또 다른 양태에서, 본 명세서에 개시된 바와 같은 약제학적 조성물 또는 복수의 약제학적 조성물은, 예를 들어, 본 명세서에 기재된 병태, 질환 또는 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 본 명세서에 기재된 병태, 질환 또는 장애를 치료하기 위한 약제의 제조에 사용될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 세균 단리주는 항생제-유도성 손상으로부터 장내 마이크로바이옴을 보호한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 설사, 메스꺼움, 구토, 미각이상, 대장염 및 가막성 대장염　질환 및/또는 증상을 포함하지만 이들로 제한되지 않는 항생제-관련 부작용을 치료 또는 예방할 수 있다. 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 항생제-관련 설사(AAD)를 치료 또는 예방하는데 사용될 수 있다.
위장관 기능의 변화 및/또는 개선을 측정하는 방법은 다음을 포함할 수 있지만, 이들로 제한되지 않는다: 상피 및 점막의 직접 검사를 위한 내시경; 구조적 변화 및/또는 면역 바이오마커의 직접 평가를 위한 조직학적 평가 및/또는 조직 조달; 비-흡수성 당 및 LPS 수준의 투과성의 평가를 위한 소변 테스트; 염증 및/또는 미생물총 변화(예를 들어, PCR에 의한)의 평가를 위한 대변 테스트; 및/또는 CD4+ 세포수, Th17 세포수 및/또는 LPS 수준을 포함하여 특정 마커의 평가를 위한 혈액 테스트.
실시형태에서, 본 개시내용은 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 장애(예를 들어, C. 디피실레 감염, 자폐 스펙트럼 장애(autism spectrum disorder: ASD), 염증성 장 질환, 궤양성 대장염, 크론병 또는 또 본 명세서에 열거된 다른 적응증)를 치료하는 방법을 제공하되, 방법은 약제학적 활성 용량의 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 본 개시내용은 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 장애(예를 들어, C. 디피실레 감염, ASD, 염증성 장 질환, 궤양성 대장염 또는 크론병)를 치료하는 방법을 제공하되, 방법은 약제학적 활성 용량의 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 대상체에게 매일 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 2일 동안 매일 적어도 1회 이를 필요로 하는 환자에게 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일 또는 15일 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 주당 적어도 2회, 3회, 4회 또는 5회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 또는 주 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 또는 개월 동안 매일 적어도 1회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 또는 년 동안, 대상체의 전체 수명 동안 장기적으로 또는 무기한의 기간 동안 적어도 1회 투여된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 2일 동안 매일 적어도 2회 이를 필요로 하는 환자에게 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일 또는 15일 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 또는 주 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 또는 개월 동안 매일 적어도 2회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 또는 년 동안, 대상체의 전체 수명 동안 장기적으로 또는 무기한의 기간 동안 적어도 2회 투여된다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 2일 동안 매일 적어도 3회 이를 필요로 하는 환자에게 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일 또는 15일 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 9주, 10주, 11주 또는 12주 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 또는 주 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 최대 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 또는 개월 동안 매일 적어도 3회 투여된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 연속 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 또는 년 동안, 대상체의 전체 수명 동안 장기적으로 또는 무기한의 기간 동안 적어도 3회 투여된다.
실시형태에서, 본 개시내용은 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 장애(예를 들어, C. 디피실레 감염, ASD, 염증성 장 질환, 궤양성 대장염 또는 크론병)를 치료하는 방법을 제공하되, 방법은 본 명세서에 기재된 하나 이상의 살아있는 비-병원성 세균 단리주를 포함하는 약제학적 활성 용량의 약제학적 조성물을 대상체에게 경구로 투여하는 단계를 포함하며, 용량은 적어도 연속 3일 또는 주 동안 매일 적어도 1회 또는 2회의 투여 스케줄로 투여된다. 실시형태에서, 용량은 1주 내지 12주, 2주 내지 12주, 3주 내지 12주, 4주 내지 12주, 5주 내지 12주, 6주 내지 12주, 7주 내지 12주, 8주 내지 12주, 9주 내지 12주, 10주 내지 12주, 1주 내지 2주, 2주 내지 3주, 3주 내지 4주, 4주 내지 5주, 5주 내지 6주, 6주 내지 7주, 7주 내지 8주, 8주 내지 9주, 9주 내지 10주 또는 10주 내지 11주의 기간 동안 매일 적어도 1회, 2회 또는 3회 투여된다.
실시형태에서, 본 개시내용은 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 장애(예를 들어, C. 디피실레 감염, ASD, 염증성 장 질환, 궤양성 대장염 또는 크론병)를 치료하는 방법을 제공하되, 방법은 조합 치료 또는 요법을 포함한다. 예를 들어, 방법은 2중 조합 요법, 3중 조합 요법 또는 4중 조합 요법을 포함할 수 있다.
또 다른 양태에서, 병태, 질환 또는 장애의 예방 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 병태, 질환 또는 장애를 예방 또는 치료하는데 사용하기 위한 복수의 약제학적 조성물, 예를 들어, 본 명세서에 개시된 바와 같은 2가지 이상의 약제학적 조성물이 본 명세서에 기재된다. 실시형태에서, 제1 조성물은 제1 특성을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하고, 제2 조성물은 제2 특성을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 제1 조성물은 제1 특성을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하고, 제2 조성물은 제2 특성을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하며, 제3 조성물은 제3 특성을 갖는 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 세균 단리주의 특성은, 예를 들어, 조성물이 투여된 대상체의 장에서 적어도 하나의 단쇄 지방산(SCFA)을 생성하거나 또는 이의 생성을 향상시키는 세균 단리주의 능력(예를 들어, 표 2에 제공되는 세균 단리주로 표시됨); 진핵생물 세포(예를 들어, 조성물이 투여된 대상체의 숙주 세포)에서 사이토카인 생산을 조절하는 세균 단리주의 능력(예를 들어, 표 3에 제공되는 세균 단리주로 표시됨); UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 더 많이 풍부한 세균 균주에 해당함(예를 들어, 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열에 대해 적어도 97% 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함함)(예를 들어, 표 4에 제공되는 세균 단리주로 표시됨); 및 이들의 조합을 포함할 수 있다.
유효량의 본 명세서에 개시된 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 하나 이상의 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 병태, 질환 또는 장애의 예방 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 병태, 질환 또는 장애를 예방 또는 치료하는 방법이 본 명세서에 기재된다. 실시형태에서, 방법은 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 방법은 표 2, 표 3 또는 표 4 중 어느 하나에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 표 7 내지 표 21 중 어느 하나에 제공되는 세균 단리주 각각의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 복수의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 방법은 표 22에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법에서 대상체에게 투여되는 복수의 세균 단리주는 동일한 약제학적 조성물로 투여된다. 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법에서 대상체에게 투여되는 복수의 세균 단리주는 별도의 약제학적 조성물로 투여된다. 예를 들어, 방법은 유효량의 복수의 약제학적 조성물, 예를 들어, 본 명세서에 개시된 바와 같은 2가지 이상의 약제학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 복수의 약제학적 조성물은 동시에 또는 순차적으로 제공될 수 있다. 따라서, 대상체가, 예를 들어, 3종의 세균 단리주로 치료되는 경우, 제1 조성물은 세균 단리주 중 2종을 포함할 수 있고, 제2 조성물은 제3 세균 단리주를 포함할 수 있다. 상이한 예에서, 대상체가 3종의 세균 단리주로 치료되는 경우, 제1 조성물은 제1 세균 단리주를 포함할 수 있고, 제2 조성물은 제2 세균 단리주를 포함할 수 있으며, 제3 조성물은 제3 세균 단리주를 포함할 수 있다.
실시형태에서, 장애, 질환 또는 병태의 치료를 필요로 하는 대상체에서 장내 미생물총의 세균불균형을 포함하는 장애, 질환 또는 병태를 치료하는 방법이 본 명세서에 개시되며, 방법은 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 약제학적 조성물은 1종 이상의 세균 단리주를 포함하고, 1종 이상의 세균 단리주는 각각 특정 용량(예를 들어, 특정 수의 세포 또는 특정 수의 살아있는 세포)으로 투여된다. 실시형태에서, 방법은 1종 이상의 세균 단리주를 투여하는 단계를 포함하되, 1종 이상의 세균 단리주는 O. 스플란크니쿠스, B. 셀룰로실리티쿠스, A. 샤히이, A. 무시니필라, R. 파에시스, F. 프라우스니치이, E. 렉탈레 및 S. 바리아빌레 중 1종 이상을 포함하고, 1종 이상의 세균 단리주 각각은 적어도 107개의 세포, 107개 내지 108개의 세포, 108개 미만의 세포, 적어도 108개의 세포, 108개 내지 109개의 세포, 109개 미만의 세포, 적어도 109개의 세포, 109개 내지 1010개의 세포, 1010개 미만의 세포, 적어도 1010개의 세포, 1010개 내지 1011개의 세포, 1011개 미만의 세포, 적어도 1011개의 세포, 1011개 내지 1012개의 세포, 1012개 미만의 세포 및 적어도 1012개의 세포의 투여량으로 투여된다.
또 다른 양태에서, 병태, 질환 또는 장애의 예방 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 병태, 질환 또는 장애를 예방 또는 치료하는데 사용하기 위한 복수의 약제학적 조성물, 예를 들어, 본 명세서에 개시된 바와 같은 2가지 이상의 약제학적 조성물이 본 명세서에 개시된다. 실시형태에서, 제1 조성물은 본 명세서에 기재된 1종 이상의 세균 단리주를 포함한다. 실시형태에서, 제2 조성물은 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물(예를 들어, 대변 샘플로부터 정제된 실질적으로 완전한 분변 미생물총)을 포함한다. 대상체는 장애를 치료 또는 예방하기 위해 임의의 순서로 제1 및 제2 조성물로 치료될 수 있다. 예를 들어, 일 실시형태에서, 대상체는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함하는 조성물에 이어서 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 조성물로 치료된다. 또 다른 실시형태에서, 대상체는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 조성물에 이어서 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함하는 조성물로 치료된다. 또 다른 실시형태에서, 대상체는 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 조성물 및 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물을 포함하는 조성물로 동시에(예를 들어, 세균 단리주(들) 및 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물 둘 다를 포함하는 조성물로 또는 각각 세균 단리주(들) 또는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물 중 하나를 포함하는 다중 조성물로) 치료될 수 있다.
실시형태에서, 대상체의 병태, 질환 또는 장애를 치료 또는 예방하는 방법은 (i) 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물; 및 (ii) 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물의 대상체에 대한 투여를 포함한다. 예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물 전 또는 후에, 또는 동일한 시간에(예를 들어, 상이한 조성물로 또는 동일한 조성물로 함께) 투여될 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 대상체의 장애를 치료하는 방법은 (i) 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물; 및 (ii) 하나 이상의 항생제의 대상체에 대한 투여를 포함한다. 예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물의 전 또는 후에, 또는 동일한 시간에(예를 들어, 상이한 조성물로 또는 동일한 조성물로 함께) 투여될 수 있다. 전형적으로, 항생제는 세균 단리주(들)로부터의 세균으로 장을 보충하기 전에 대상체의 장에서 유해하고/하거나 병원성인 세균을 제거하기 위해, 1종 이상의 세균 단리주의 투여 전에 대상체에게 투여된다. 실시형태에서, 대상체의 장애를 치료하는 방법은 (i) 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물; 및 (ii) 프리바이오틱의 대상체에 대한 투여를 포함한다. 예를 들어, 1종 이상의 세균 단리주는 프리바이오틱 전 또는 후에, 또는 동일한 시간에(예를 들어, 상이한 조성물로 또는 동일한 조성물로 함께) 투여될 수 있다. 위의 각각의 예에 대해, 치료 방법에서 임의의 주어진 성분이 여러 번 투여될 수 있음이 추가로 이해된다. 예를 들어, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 대상체에게 투여된 다음, 1종 이상의 세균 단리주가 투여되고, 이어서 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 2차 투여될 수 있다.
실시형태에서, 대상체의 병태, 질환 또는 장애를 치료 또는 예방하는 방법은 (i) 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물; (ii) 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물; 및 (iii) 하나 이상의 항생제의 대상체에 대한 투여를 포함한다. (i) 내지 (iii)의 상이한 성분은 대상체에게 임의의 순서로 투여될 수 있다. 예를 들어, 대상체는 하나 이상의 항생제가 투여된 다음, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여되고, 이어서 1종 이상의 세균 단리주가 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 대상체는 하나 이상의 항생제가 투여된 다음, 1종 이상의 세균 단리주가 투여되고, 이어서 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여될 수 있다. 위의 각각의 예에 대해, 치료 방법에서 임의의 주어진 성분이 여러 번 투여될 수 있음이 추가로 이해된다. 예를 들어, 항생제가 대상체에게 투여된 다음, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여되고, 이어서 1종 이상의 세균 단리주가 투여된 후, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 2차 투여될 수 있다.
실시형태에서, 대상체의 병태, 질환 또는 장애를 치료 또는 예방하는 방법은 (i) 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물; (ii) 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물; 및 (iii) 하나 이상의 프리바이오틱의 대상체에 대한 투여를 포함한다. (i) 내지 (iii)의 상이한 성분은 임의의 순서로 대상체에게 투여될 수 있다. 예를 들어, 대상체는 하나 이상의 프리바이오틱이 투여된 다음, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여되고, 이어서 1종 이상의 세균 단리주가 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 대상체는 하나 이상의 프리바이오틱이 투여된 다음, 1종 이상의 세균 단리주가 투여되고, 이어서 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 대상체는 1종 이상의 세균 단리주 및/또는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물 중 하나 또는 둘 다를 투여한 후 하나 이상의 프리바이오틱이 투여될 수 있다. 위의 각각의 예에 대해, 치료 방법에서 임의의 주어진 성분은 여러 번 투여될 수 있음이 추가로 이해된다. 예를 들어, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 대상체에게 투여된 다음, 1종 이상의 세균 단리주가 투여되고, 이어서 프리바이오틱이 투여된 다음, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 2차 투여될 수 있다.
실시형태에서, 대상체의 병태, 질환 또는 장애를 치료 또는 예방하는 방법은 (i) 1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물; (ii) 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물; (iii) 하나 이상의 프리바이오틱; 및 (iv) 하나 이상의 항생제의 대상체에 대한 투여를 포함한다. (i) 내지 (iv)의 상이한 성분은 임의의 순서로 대상체에게 투여될 수 있다. 예를 들어, 대상체는 하나 이상의 항생제가 투여된 다음, 하나 이상의 프리바이오틱이 투여되고, 이어서 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여된 다음, 1종 이상의 세균 단리주가 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 대상체는 하나 이상의 항생제가 투여된 다음, 하나 이상의 프리바이오틱이 투여되고, 이어서 1종 이상의 세균 단리주가 투여된 다음, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 1종 이상의 세균 단리주 및/또는 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물 중 하나 또는 둘 다가 투여된 후에 프리바이오틱이 투여될 수 있다. 위의 각각의 예에 대해, 치료 방법에서 임의의 주어진 성분은 여러 번 투여될 수 있음이 추가로 이해된다. 예를 들어, 항생제가 대상체에게 투여된 다음, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 투여되고, 이어서 1종 이상의 세균 단리주가 투여된 다음, 프리바이오틱이 투여되고, 이어서 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물이 2차 투여될 수 있다.
위의 각각의 조합 치료에서, 상이한 치료 사이(예를 들어, 미배양된 분변 미생물총 또는 미배양된 분변 세균의 제조물과 1종 이상의 세균 단리주의 투여 사이)의 기간은 적어도 1시간, 적어도 2시간, 적어도 6시간, 적어도 12시간, 적어도 1일, 적어도 2일, 적어도 3일, 적어도 4일, 적어도 5일, 적어도 6일, 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 4주, 적어도 5주, 적어도 6주, 적어도 7주, 적어도 8주 또는 8주 초과일 수 있다.
실시형태에서, 약제학적 조성물은 대상체에서 장내 세균불균형과 관련된 장애, 예를 들어, GI 장애를 치료하는 방법에서 사용된다.
키트
임의의 본 명세서에 개시된 약제학적 조성물 및 사용 설명서를 포함하는 키트가 본 명세서에 기재된다. 실시형태에서, 키트는 적어도 하나의 프리바이오틱을 포함하는 추가적인 약제학적 조성물(예를 들어, 추가적인 약제학적 조성물은 세균 치료제가 없음)을 더 포함한다.
설명서는, 예를 들어, 투여 정보를 설명할 수 있다. 예로서, 조성물의 투여 빈도 및 용량, 예를 들어, 주어진 시간에 투여되는 약제학적 조성물의 캡슐의 수 및 일/주당 투여 횟수. 키트가 하나 이상 조성물(예를 들어, 미생물 치료제 및 미생물 치료제가 없는 추가적인 약제학적 조성물)을 포함하는 실시형태에서, 설명서는 각 조성물의 투여를 설명할 수 있다. 예를 들어, 한 조성물은 또 다른 조성물 전에 투여될 수 있으며, 예를 들어, 분, 시간, 일, 주, 개월 또는 그 이상으로 분리된 2개의 약제학적 조성물이 순차적으로 투여될 수 있다. 대안적으로, 2개의 조성물은 동시에 투여될 수 있다.
제조 방법
미생물 칵테일을 포함하는 약제학적 조성물을 제조하는 방법이 본 명세서에 개시되며, 방법은 2종 이상의 세균 단리주를 조합하여 미생물 칵테일을 형성하는 단계를 포함한다.
1종 이상의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물을 제조하는 방법이 본 명세서에 개시되며, 방법은 다음 특성 중 적어도 하나에 기초하여 1종 이상의 세균 단리주를 선택하는 단계를 포함한다: (i) 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 뷰티레이트와 같은 하나 이상의 단쇄 지방산(SCFA)의 특정 양 또는 수준을 생성하는 능력(예를 들어, 표 2에 제공되는 세균 단리주로 표시됨); (ii) 기능 검정에서 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포에 의한 특정 양 또는 수준의 사이토카인 생산 또는 방출을 유도하는 능력(예를 들어, 표 3에 제공되는 세균 단리주로 표시됨); 및/또는 (iii) 장내 세균불균형(예를 들어, 궤양성 대장염(UC)이 있는 환자에 비해 건강한 인간 대상체에서의 세균 단리주의 더 큰 상대적 존재비 또는 장내 세균불균형이 있는 환자에 비해 장내 세균불균형(예를 들어, UC)으로부터 관해 상태에 있는 인간 대상체에서의 세균 단리주의 더 큰 상대적 존재비(예를 들어, 표 4에 제공되는 세균 단리주로 표시됨). 방법은 1종 이상의 세균 단리주를 약제학적 조성물에 혼입시키는 단계를 더 포함할 수 있다.
실시형태에서, (i)의 특성을 포함하는 단 하나의 세균 단리주가 선택되고 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, (ii)의 특성을 포함하는 단 하나의 세균 단리주가 선택되고 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, (iii)의 특성을 포함하는 단 하나의 세균 단리주가 선택되고 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 약제학적 조성물은 단 하나의 세균 단리주를 포함한다.
복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물을 제조하는 방법이 본 명세서에 개시되며, 방법은 다음 특성 중 적어도 하나에 기초하여 복수의 세균 단리주를 선택하는 단계를 포함한다: (i) 약제학적 조성물이 투여되는 대상체의 장에서 하나 이상의 단쇄 지방산(SCFA)을 생성하는 세균 단리주의 능력; (ii) 약제학적 조성물이 투여되는 대상체의 숙주 세포에서 사이토카인 생산을 조절하는 세균 단리주의 능력; 및/또는 (iii) 장내 세균불균형(예를 들어, 궤양성 대장염(UC))이 있는 환자에 비해 건강한 인간 대상체에서의 세균 단리주의 더 큰 상대적 존재비 또는 장내 세균불균형이 있는 환자에 비해 장내 세균불균형(예를 들어, UC)으로부터 관해 상태에 있는 인간 대상체에서의 세균 단리주의 더 큰 상대적 존재비. 방법은 복수의 세균 단리주를 미생물 칵테일에 혼입하고, 미생물 칵테일을 약제학적 조성물에 혼입하는 단계를 더 포함할 수 있다.
실시형태에서, (i)의 특성을 포함하는 2종 이상의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있고; (ii)의 특성을 포함하는 2종 이상의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있으며; 그리고/또는 (iii)의 특성을 포함하는 2종 이상의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있다.
실시형태에서, (i)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있고, (ii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있다. 실시형태에서, (i)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있고, (iii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있다. 실시형태에서, (ii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있고, (iii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있다.
실시형태에서, (i)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있고, (ii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있고, (iii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있다.
실시형태에서, (i)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 약제학적 조성물에 혼입될 수 있고, (ii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있으며, (iii)의 특성을 포함하는 적어도 하나의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입될 수 있다.
실시형태에서, (i)의 특성을 포함하는 세균 단리주는 선택되지 않는다. 실시형태에서, (ii)의 특성을 포함하는 세균 단리주는 선택되지 않는다. 실시형태에서, (iii)의 특성을 포함하는 세균 단리주는 선택되지 않는다.
실시형태에서, 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종, 적어도 11종, 적어도 12종, 적어도 13종, 적어도 14종, 적어도 15종, 적어도 16종, 적어도 17종, 적어도 18종, 적어도 19종, 적어도 20종 또는 20종 초과의 세균 단리주가 (i) 내지 (iii)의 특성에 기초하여 선택되고 미생물 칵테일에 혼입된다.
실시형태에서, 미생물 칵테일에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (i) 내지 (iii)의 특성 중 적어도 하나에 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 미생물 칵테일에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (i) 내지 (iii)의 특성 중 적어도 2가지에 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 미생물 칵테일에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (i) 내지 (iii)의 특성 중 3가지 전부에 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 조성물에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (i)의 특성에 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 조성물에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (i)의 특성에만 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 조성물에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (ii)의 특성에 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 조성물에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (ii)의 특성에만 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 조성물에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (iii)의 특성에 기초하여 선택된다. 실시형태에서, 조성물에 혼입되는 모든 세균 단리주는 (iii)의 특성에만 기초하여 선택된다.
실시형태에서, 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성, 및 (iii)의 특성 중 적어도 하나를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 2가지를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성, (iii)의 특성 및 (iv)의 특성 중 적어도 3가지를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성을 각각을 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 하나를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 2가지를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성을 각각 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 에우박테리움 렉탈레를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 하나를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 에우박테리움 렉탈레를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성 및 (ii)의 특성을 각각 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 로세부리아 파에시스를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성을 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 아커만시아 무시니필라를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 하나를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 아커만시아 무시니필라를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성을 각각 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 알리스티페스 샤히이를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 하나를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 알리스티페스 샤히이를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성을 각각 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (iii)의 특성을 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 하나를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성 중 적어도 2가지를 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다. 실시형태에서, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하는 세균 단리주가 선택되고, (i)의 특성, (ii)의 특성 및 (iii)의 특성을 각각 나타내는 세균 단리주를 기반으로 약제학적 조성물에 혼입된다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 뷰티레이트와 같은 SCFA의 특정 양을 생성하는 능력을 기반으로(즉, (i)의 특성에 기반함) 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 일련의 세균 단리주가 일정 기간 동안 SCFA로 전환될 수 있는 유기 기질과 함께 인큐베이션될 때 SCFA의 역치 농도를 생성하는 능력에 대해 스크리닝될 수 있다. 실시형태에서, 기질은 다당류(예를 들어, 프럭토올리고당(FOS) 또는 자일로올리고당(XOS)), 썬파이버/부분적으로 가수분해된 구아검(PHGG) 또는 보리 맥아 중 적어도 하나를 포함할 수 있다. 세균 단리주는 기질을 SCFA로 전환시키기에 충분한 임의의 기간, 예를 들어, 적어도 1시간, 적어도 2시간, 적어도 3시간, 적어도 4시간, 적어도 5시간, 적어도 6시간, 적어도 7시간, 적어도 8시간, 적어도 9시간, 적어도 10시간, 적어도 11시간, 적어도 12시간, 적어도 13시간, 적어도 14시간, 적어도 15시간, 적어도 16시간, 적어도 17시간, 적어도 18시간, 적어도 19시간, 적어도 20시간, 적어도 21시간, 적어도 22시간, 적어도 23시간, 적어도 24시간, 적어도 25시간, 적어도 26시간, 적어도 27시간, 적어도 28시간, 적어도 29시간, 적어도 30시간, 적어도 35시간, 적어도 40시간, 적어도 44시간, 적어도 48시간 또는 48시간 초과 동안 기질과 함께 인큐베이션될 수 있다.
실시형태에서, 세균 단리주는 적어도 5mM, 적어도 10mM, 적어도 15mM, 적어도 20mM, 적어도 25mM, 적어도 30mM, 적어도 35mM, 적어도 40mM, 적어도 45mM 적어도 50mM, 적어도 60mM, 적어도 70mM, 적어도 80mM, 적어도 90mM, 적어도 100mM 또는 100mM 초과의 수준으로 일정 기간(예를 들어, 24시간)에 걸친 SCFA(예를 들어, 뷰티레이트)의 생산을 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 2에 제공되거나 또는 표 2에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포에 의한 하나 이상의 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절하는 능력을 기반으로(즉, (ii)의 특성에 기반함) 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 일련의 세균 단리주는 각 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포로부터의 하나 이상의 사이토카인의 생산 및/또는 방출을 조절하는 능력에 대해 스크리닝될 수 있다. 기능 검정에 사용될 수 있는 진핵생물 세포의 예는 장내 세포, 상피 세포, 장내 점막 세포, 장내 상피 세포, 장내 고유판 세포, 내피 세포, 섬유아세포, 기질 세포, 대식세포, B 림프구, T 림프구, 비만 세포 및 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 포함한다. 실시형태에서, 진핵생물 세포는 인간 세포일 수 있다.
세균 단리주는 사이토카인 발현을 조절하는데 충분한 임의의 기간, 예를 들어, 적어도 1시간, 적어도 2시간, 적어도 3시간, 적어도 4시간, 적어도 5시간, 적어도 6시간, 적어도 7시간, 적어도 8시간, 적어도 9시간, 적어도 10시간, 적어도 11시간, 적어도 12시간, 적어도 13시간, 적어도 14시간, 적어도 15시간, 적어도 16시간, 적어도 17시간, 적어도 18시간, 적어도 19시간, 적어도 20시간, 적어도 21시간, 적어도 22시간, 적어도 23시간, 적어도 24시간, 적어도 25시간, 적어도 26시간, 적어도 27시간, 적어도 28시간, 적어도 29시간, 적어도 30시간, 적어도 35시간, 적어도 40시간, 적어도 44시간, 적어도 48시간 또는 48시간 초과 동안 진핵생물 세포와 인큐베이션될 수 있다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의한 IL-10의 유도를 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 적어도 1000 pg/㎖, 적어도 1500 pg/㎖, 적어도 2000 pg/㎖, 적어도 2500 pg/㎖, 적어도 3000 pg/㎖, 적어도 3500 pg/㎖, 적어도 4000 pg/㎖, 적어도 5000 pg/㎖, 적어도 6000 pg/㎖, 적어도 7000 pg/㎖, 적어도 8000 pg/㎖, 적어도 9000 pg/㎖, 적어도 10,000 pg/㎖ 또는 10,000 pg/㎖ 초과의 농도로 IL-10을 유도할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의한 GM-CSF의 제한된 생성을 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖ 또는 200 pg/㎖ 이하의 농도로 GM-CSF의 생성을 제한할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의한 IL-12의 제한된 생성을 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖ 또는 200 pg/㎖ 이하의 농도로 IL-12의 생성을 제한할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의한 IFN-감마의 제한된 생성을 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖ 또는 200 pg/㎖ 이하의 농도로 IFN-감마의 생성을 제한할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의한 TNF-알파의 제한된 생성을 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 20 pg/㎖, 30 pg/㎖, 40 pg/㎖, 50 pg/㎖, 75 pg/㎖, 100 pg/㎖, 150 pg/㎖, 200 pg/㎖, 250 pg/㎖, 300 pg/㎖, 350 pg/㎖, 400 pg/㎖, 450 pg/㎖, 500 pg/㎖, 550 pg/㎖, 600 pg/㎖, 650 pg/㎖, 700 pg/㎖, 750 pg/㎖, 800 pg/㎖, 850 pg/㎖, 900 pg/㎖, 950 pg/㎖, 1000 pg/㎖, 1100 pg/㎖, 1200 pg/㎖, 1300 pg/㎖, 1400 pg/㎖, 1500 pg/㎖, 1600 pg/㎖, 1700 pg/㎖, 1800 pg/㎖, 1900 pg/㎖, 2000 pg/㎖, 2100 pg/㎖, 2200 pg/㎖, 2300 pg/㎖, 2400 pg/㎖ 또는 2500 pg/㎖ 이하의 농도로 TNF-알파의 생성을 제한할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의한 IL-23의 제한된 생성을 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 5 pg/㎖, 10 pg/㎖, 15 pg/㎖, 20 pg/㎖, 25 pg/㎖, 30 pg/㎖, 35 pg/㎖, 40 pg/㎖, 45 pg/㎖, 50 pg/㎖, 55 pg/㎖, 60 pg/㎖, 65 pg/㎖, 70 pg/㎖, 75 pg/㎖, 80 pg/㎖, 85 pg/㎖, 90 pg/㎖, 95 pg/㎖, 100 pg/㎖, 105 pg/㎖, 110 pg/㎖, 115 pg/㎖, 120 pg/㎖, 125 pg/㎖, 130 pg/㎖, 135 pg/㎖, 140 pg/㎖, 145 pg/㎖, 150 pg/㎖, 155 pg/㎖, 160 pg/㎖, 165 pg/㎖, 170 pg/㎖, 175 pg/㎖, 180 pg/㎖, 185 pg/㎖, 190 pg/㎖, 195 pg/㎖, 200 pg/㎖, 250 pg/㎖ 또는 300 pg/㎖ 이하의 농도로 IL-23의 생성을 제한할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의해 생성된 IL-10:IL-12의 비를 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 55, 적어도 60, 적어도 65, 적어도 70, 적어도 75, 적어도 80, 적어도 85, 적어도 90, 적어도 95, 적어도 100, 적어도 110, 적어도 120, 적어도 130, 적어도 140, 적어도 150, 적어도 160, 적어도 170, 적어도 180, 적어도 190, 적어도 200, 적어도 210, 적어도 220, 적어도 230, 적어도 240, 적어도 250, 적어도 260, 적어도 270, 적어도 280, 적어도 290, 적어도 300, 적어도 325, 적어도 350, 적어도 375, 적어도 400, 적어도 425, 적어도 450, 적어도 475, 적어도 500, 적어도 550, 적어도 600, 적어도 650, 적어도 700, 적어도 750, 적어도 800, 적어도 850, 적어도 900, 적어도 950, 적어도 1000, 적어도 1100, 적어도 1200, 적어도 1300, 적어도 1400, 적어도 1500, 적어도 1600, 적어도 1700, 적어도 1800, 적어도 1900, 적어도 2000, 적어도 2200, 적어도 2400, 적어도 2600, 적어도 2800, 적어도 3000, 적어도 3200, 적어도 3400, 적어도 3600, 적어도 3800, 적어도 4000 또는 4000 초과의 IL-10:IL-12의 비를 생성할 수 있다. 실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주 중 적어도 하나는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 세균 단리주는 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 일정 기간(예를 들어, 24시간) 동안 세균 단리주와 함께 인큐베이션된 진핵생물 세포의 집단(예를 들어, PBMC의 집단)에 의해 생성된 IL-10:TNF-알파의 비를 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택될 수 있다. 예를 들어, 세균 단리주는 적어도 0.5, 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25, 적어도 26, 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 적어도 30, 적어도 31, 적어도 32, 적어도 33, 적어도 34, 적어도 35, 적어도 36, 적어도 37, 적어도 38, 적어도 39, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 55, 적어도 60, 적어도 65, 적어도 70, 적어도 75, 적어도 80, 적어도 85, 적어도 90, 적어도 95 또는 적어도 100의 IL-10:TNF-알파의 비를 생성할 수 있다. 실시형태에서, 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 선택된 세균 단리주는 표 3에 제공되거나 또는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 서열번호에 해당하는 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함한다.
실시형태에서, 제조 방법은 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 선택하는 단계 및 1종 이상의 세균 단리주를 약제학적 조성물에 혼입시키는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 표 1에 제공되는 세균 단리주 중 1종 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 적어도 2종, 적어도 3종, 적어도 4종, 적어도 5종, 적어도 6종, 적어도 7종, 적어도 8종, 적어도 9종, 적어도 10종, 적어도 11종, 적어도 12종, 적어도 13종, 적어도 14종, 적어도 15종, 적어도 16종, 적어도 17종, 적어도 18종, 적어도 19종, 적어도 20종 또는 20종 초과의 세균 단리주가 선택되고 미생물 칵테일에 혼입된다.
실시형태에서, 제조 방법은 표 2 내지 표 4에 제공되는 세균 단리주 중 하나 이상의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 1종 이상의 세균 단리주를 선택하는 단계 및 1종 이상의 세균 단리주를 약제학적 조성물에 혼입시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 제조 방법은 표 7 내지 표 21 중 하나에 제공되는 모든 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주를 선택하는 단계, 세균 단리주를 미생물 칵테일에 혼입시키는 단계 및 미생물 칵테일을 약제학적 조성물에 혼입시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 1종 이상의 세균 단리주는 단리주가 나타내거나 또는 보유하는 하나 이상의 목적하는 형질 또는 특성을 기반으로 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물에 포함시키기 위해 합리적으로 선택될 수 있다. 합리적인 선택의 기초를 형성할 수 있는 세균 단리주가 보유하거나 또는 나타내는 형질의 비제한적인 예는 코딩 또는 비-코딩 DNA 서열; RNA 서열; 폴리펩타이드 서열; 특정 RNA 또는 단백질 생성물의 생성 또는 생성 부족; 대사 경로의 활성 또는 비활성; 특정 대사 산물의 생성 또는 생성 부족; 특정 리간드 또는 리간드 세트의 생성 또는 생성 부족; 표적 세포(예를 들어, 진핵생물 세포)에서 화합물 또는 경로의 생성을 유도 또는 저해하는 능력, 균주의 존재 또는 존재비와 병태 또는 적응증(예를 들어, 인간 환자에서)의 존재 또는 중증도의 연관성; 및 속 또는 종을 포함하는 균주의 특정 분류학적 분류를 포함할 수 있다.
실시형태에서, 제조 방법은 약제학적 조성물에 혼입되는 세균 단리주의 투여량을 선택하는 단계 및 선택된 투여량으로 세균 단리주를 약제학적 조성물에 혼입시키는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 세균 단리주의 투여량을 선택하는 것은 세균 단리주가 투여된 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착에 필요한 역치 또는 최소 투여량을 결정하고 것 및 역치 또는 최소 투여량을 초과하는 세균 단리주의 투여량을 선택하는 것을 포함한다.
실시형태
실시형태 1: 세균 단리주의 칵테일을 포함하는 약제학적 조성물로서, 세균 단리주의 중 적어도 하나는 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하고, 적어도 2종의 세균 단리주는 상이한 공여체의 대변 샘플로부터 단리되는, 약제학적 조성물.
실시형태 2: 실시형태 1에서, 세균 단리주의 중 적어도 2종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 3: 실시형태 1 또는 실시형태 2에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 3종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 4: 실시형태 1 내지 3 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 4종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 5: 실시형태 1 내지 4 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 5종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 6: 실시형태 1 내지 5 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 6종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 7: 실시형태 1 내지 6 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 7종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 8: 실시형태 1 내지 7 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 8종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 9: 실시형태 1 내지 8 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 9종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 10: 실시형태 1 내지 9 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주 중 적어도 10종은 표 1에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 11: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레, 오도리박터 스플란크니쿠스 및 서브돌리그라눌룸 바리아빌레로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2종의 세균 단리주를 포함하되, 적어도 2종의 세균 단리주는 상이한 공여체의 대변 샘플로부터 단리되는, 약제학적 조성물.
실시형태 12: 실시형태 11에 있어서, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레는 서열번호 22 또는 서열번호 23 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 13: 실시형태 11 또는 실시형태 12에 있어서, 오도리박터는 서열번호 2와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 14: 실시형태 11 내지 13 중 어느 하나에 있어서, 에우박테리움 렉탈레는 서열번호 8과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 15: 실시형태 11 내지 13 중 어느 하나에 있어서, 적어도 2종의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 16: 실시형태 11, 실시형태 12, 실시형태 13 또는 실시형태 14 중 어느 하나에 있어서, 적어도 2종의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 17: 실시형태 11, 실시형태 13 또는 실시형태 14 중 어느 하나에 있어서, 적어도 2종의 세균 단리주는 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 18: 실시형태 11 내지 14 또는 실시형태 17 중 어느 하나에 있어서, 적어도 2종의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 19: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 20: 실시형태 19에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 블라우티아 오베움 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 21: 실시형태 19 또는 실시형태 20에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 22: 실시형태 19 내지 21 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 23: 실시형태 19 내지 22 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 24: 실시형태 19 내지 23 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 25: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 언에어로스티페스 하드루스, 로세부리아 파에시스 및 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 26: 실시형태 25에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 언에어로스티페스 하드루스 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 27: 실시형태 25 또는 실시형태 26에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 28: 실시형태 25 내지 27 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 29: 실시형태 25 내지 28 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 30: 실시형태 25 내지 29 중 어느 하나에 있어서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 31: 실시형태 25 내지 30 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 32: 실시형태 25에 있어서, 복수의 세균 단리주는 블라우티아 오베움 및 언에어로스티페스 하드루스 중 적어도 하나를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 33: 실시형태 32에 있어서, 복수의 세균 단리주는 블라우티아 오베움을 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 34: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 블라우티아 오베움 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 35: 실시형태 34에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 36: 실시형태 34에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 37: 실시형태 34 내지 36 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 38: 실시형태 34 내지 37 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 39: 실시형태 34 내지 38 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 40: 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 41: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 42: 실시형태 41에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 43: 실시형태 41 또는 실시형태 42에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 44: 실시형태 41 또는 실시형태 42에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 45: 실시형태 41 내지 44 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 46: 실시형태 41 내지 45 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 47: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스 및 언에어로스티페스 하드루스 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 48: 실시형태 47에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스 및 언에어로스티페스 하드루스 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 49: 실시형태 47 또는 실시형태 48에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 50: 실시형태 47 또는 실시형태 48에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 51: 실시형태 47 내지 50 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 52: 실시형태 47 내지 51 중 어느 하나에 있어서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 53: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 블라우티아 오베움 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 54: 실시형태 53에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 블라우티아 오베움 및 알리스티페스 샤히이 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 55: 실시형태 53 또는 실시형태 54에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 56: 실시형태 53 또는 실시형태 54에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 57: 실시형태 53 내지 56 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 58: 실시형태 53 내지 57 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 59: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 60: 실시형태 59에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 61: 실시형태 59 또는 실시형태 60에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 62: 실시형태 59 또는 실시형태 60에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 63: 실시형태 59 내지 62 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 64: 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 65: 실시형태 18에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 블라우티아 오베움 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 66: 실시형태 65에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 블라우티아 오베움 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 67: 실시형태 65 또는 실시형태 66에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 68: 실시형태 65 또는 실시형태 66에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 69: 실시형태 65 내지 68 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 70: 실시형태 65 내지 69 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 71: 실시형태 65 내지 69 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 72: 실시형태 11에 있어서, 적어도 2종의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레 및 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 73: 실시형태 72에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 코프로코커스 코메스, 언에어로스티페스 하드루스 및 로세부리아 파에시스 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 74: 실시형태 72 또는 실시형태 73에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 코프로코커스 코메스, 언에어로스티페스 하드루스 및 로세부리아 파에시스 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 75: 실시형태 72 내지 74 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 76: 실시형태 72 내지 75 중 어느 하나에 있어서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 77: 실시형태 72 내지 76 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 78: 실시형태 72 내지 77 중 어느 하나에 있어서, 코프로코커스 코메스는 서열번호 17과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 79: 실시형태 1 내지 18 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 균주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 샤히이 또는 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 80: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스 및 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이와 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 81: 실시형태 80에 있어서, 복수의 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레, 언에어로스티페스 하드루스 및 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 82: 실시형태 80 또는 실시형태 81에 있어서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이, 에우박테리움 렉탈레 및 언에어로스티페스 하드루스 각각을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 83: 실시형태 80 내지 82 중 어느 하나에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 84: 실시형태 80 내지 83 중 어느 하나에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 85: 실시형태 80 내지 84 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 86: 실시형태 80 내지 85 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 87: 실시형태 80 내지 86 중 어느 하나에 있어서, 에우박테리움 렉탈레는 서열번호 8과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 88: 실시형태 80 내지 87 중 어느 하나에 있어서, 언에어로스티페스 하드루스는 서열번호 3과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 89: 실시형태 80 내지 89 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 언에어로스티페스 하드루스 및 블라우티아 오베움 중 적어도 하나를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 90: 실시형태 80에 있어서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 알리스티페스 샤히이 각각을 포함하고, 에우박테리움 렉탈레 및 블라우티아 오베움을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 91: 실시형태 90에 있어서, 로세부리아 파에시스는 서열번호 19와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 92: 실시형태 90 또는 실시형태 91에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 93: 실시형태 90 내지 92 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이는 서열번호 1 또는 서열번호 7 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 94: 실시형태 90 내지 93 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 95: 실시형태 90 내지 94 중 어느 하나에 있어서, 에우박테리움 렉탈레는 서열번호 8과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 96: 실시형태 90 내지 95 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 97: 실시형태 1 내지 96 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주 중 하나 이상은 조성물이 투여된 대상체의 장에서 단쇄 지방산(SCFA)을 분비하는, 약제학적 조성물.
실시형태 98: 실시형태 97에 있어서, SCFA는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산, 발레르산 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 약제학적 조성물.
실시형태 99: 실시형태 97 또는 실시형태 98에 있어서, SCFA는 뷰티르산인, 약제학적 조성물.
실시형태 100: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 5mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 101: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 10mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 102: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 15mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 103: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 20mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 104: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 25mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 105: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 30mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 106: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 35mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 107: 실시형태 99에 있어서, 24시간의 기간에 걸쳐 1종 이상의 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티르산의 수준은 적어도 40mM인, 약제학적 조성물.
실시형태 108: 실시형태 99에 있어서, 적어도 하나의 SCFA를 생성하는 1종 이상의 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 109: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주는 파라박테로이데스 메르다에, 및 알리스티페스 피네골디이와 알리스티페스 온데르돈키이 중 적어도 하나를 포함하는 세균 단리주를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 110: 실시형태 109에 있어서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이 및 알리스티페스 온데르돈키를 모두 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 111: 실시형태 110에 있어서, 복수의 세균 단리주는 아커만시아 무시니필라, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 오베움, 블라우티아 종, 박테로이데스 우니포르미스 또는 박테로이데스 불가투스 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 112: 실시형태 111에 있어서, 복수의 세균 단리주는 아커만시아 무시니필라, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 종, 박테로이데스 우니포르미스 및 박테로이데스 불가투스 각각을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 113: 실시형태 111 또는 실시형태 112에 있어서, 파라박테로이데스 메르다에는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 114: 실시형태 111 내지 113 중 어느 하나에 있어서, 아커만시아 무시니필라는 서열번호 20과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 115: 실시형태 111 내지 114 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 피네골디이는 서열번호 15와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 116: 실시형태 111 내지 115 중 어느 하나에 있어서, 도레아 롱기카테나는 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 117: 실시형태 111 내지 116 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 온데르돈키이는 서열번호 4와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 118: 실시형태 111 내지 117 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 종은 서열번호 34와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 119: 실시형태 111 내지 118 중 어느 하나에 있어서, 박테로이데스 우니포르미스는 서열번호 11 및 서열번호 16 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 120: 실시형태 111 내지 119 중 어느 하나에 있어서, 박테로이데스 불가투스는 서열번호 12와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 121: 실시형태 111 내지 120 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이 및 알리스티페스 온데르돈키이 중 하나를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 122: 실시형태 121에 있어서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 123: 실시형태 109에 있어서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이를 포함하고, 아커만시아 무시니필라, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 오베움, 블라우티아 종, 박테로이데스 우니포르미스 및 박테로이데스 불가투스를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 124: 실시형태 123에 있어서, 파라박테로이데스 메르다에는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 125: 실시형태 123 또는 실시형태 124에 있어서, 아커만시아 무시니필라는 서열번호 20과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 126: 실시형태 123 내지 125 중 어느 하나에 있어서, 알리스티페스 피네골디이는 서열번호 15와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 127: 실시형태 123 내지 126 중 어느 하나에 있어서, 도레아 롱기카테나는 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 128: 실시형태 123 내지 127 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 오베움은 서열번호 9와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 129: 실시형태 123 내지 128 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 종은 서열번호 34와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 130: 실시형태 123 내지 129 중 어느 하나에 있어서, 박테로이데스 우니포르미스는 서열번호 11 및 서열번호 16 중 적어도 하나와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 131: 실시형태 123 내지 130 중 어느 하나에 있어서, 박테로이데스 불가투스는 서열번호 12와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 132: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주는 알리스티페스 피네골디이, 및 박테로이데스 우니포르미스와 도레아 롱기카테나 중 적어도 하나를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 133: 실시형태 132에 있어서, 복수의 세균 단리주는 아커만시아 무시니필라, 박테로이데스 불가투스 및 블라우티아 종 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 134: 실시형태 133에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 우니포르미스, 도레아 롱기카테나, 아커만시아 무시니필라, 박테로이데스 불가투스 및 블라우티아 종 각각을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 135: 실시형태 133 또는 실시형태 134에 있어서, 알리스티페스 피네골디이는 서열번호 15와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 136: 실시형태 133 내지 135 중 어느 하나에 있어서, 박테로이데스 우니포르미스는 서열번호 11과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 137: 실시형태 133 내지 136 중 어느 하나에 있어서, 도레아 롱기카테나는 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 138: 실시형태 133 내지 137 중 어느 하나에 있어서, 아커만시아 무시니필라는 서열번호 20과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 139: 실시형태 133 내지 138 중 어느 하나에 있어서, 박테로이데스 불가투스는 서열번호 12와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 140: 실시형태 133 내지 139 중 어느 하나에 있어서, 블라우티아 종은 서열번호 34와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 141: 실시형태 133 내지 140 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 우니포르미스 또는 도레아 롱기카테나 중 하나를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 142: 실시형태 1 내지 141 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 표 3에 제공되는 적어도 하나의 세균 단리주를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 143: 실시형태 142에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포에 의한 사이토카인 생산 또는 방출을 조절하는, 약제학적 조성물.
실시형태 144: 실시형태 143에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포에 의한 전-염증성 사이토카인의 생산 또는 방출을 감소시키는, 약제학적 조성물.
실시형태 145: 실시형태 144에 있어서, 전-염증성 사이토카인은 IFNγ, IL-12p70, IL-1(예를 들어, IL-1α, IL-1β), IL-6, IL-8, IL-12, IL-17, IL-18, IL-23, MCP1, MIP1α, MIP1β, TNFα, TNF-γ 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 약제학적 조성물.
실시형태 146: 실시형태 143 내지 145 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포에 의한 항-염증성 사이토카인의 생산 또는 방출을 증가시키는, 약제학적 조성물.
실시형태 147: 실시형태 146에 있어서, 항-염증성 사이토카인은 IL-10, IL-13, IL-4, IL-5, TGF-β 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 약제학적 조성물.
실시형태 148: 실시형태 147에 있어서, 항-염증성 사이토카인은 IL-10인, 약제학적 조성물.
실시형태 149: 실시형태 148에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 500 pg/㎖의 IL-10을 생성 또는 방출하도록 유도하는, 약제학적 조성물.
실시형태 150: 실시형태 148에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 1000 pg/㎖의 IL-10을 생성 또는 방출하도록 유도하는, 약제학적 조성물.
실시형태 151: 실시형태 148에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 1500 pg/㎖의 IL-10을 생성 또는 방출하도록 유도하는, 약제학적 조성물.
실시형태 152: 실시형태 148에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 2000 pg/㎖의 IL-10을 생성 또는 방출하도록 유도하는, 약제학적 조성물.
실시형태 153: 실시형태 148에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 2500 pg/㎖의 IL-10을 생성 또는 방출하도록 유도하는, 약제학적 조성물.
실시형태 154: 실시형태 148에 있어서, 적어도 하나의 세균 단리주는 진핵생물 세포가 적어도 3000 pg/㎖의 IL-10을 생성 또는 방출하도록 유도하는, 약제학적 조성물.
실시형태 155: 실시형태 142 내지 154 중 어느 하나에 있어서, 진핵생물 세포는 배양된 세포인, 약제학적 조성물.
실시형태 156: 실시형태 155에 있어서, 배양된 세포는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)인, 약제학적 조성물.
실시형태 157: 실시형태 142 내지 168 중 어느 하나에 있어서, 진핵생물 세포는 조성물이 투여된 대상체의 세포인, 약제학적 조성물.
실시형태 158: 실시형태 157에 있어서, 대상체의 세포는 상피 세포, 장내 고유판 세포, 내피 세포, 섬유아세포, 기질 세포, 대식세포, B 림프구, T 림프구, 비만 세포 및 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 약제학적 조성물.
실시형태 159: 실시형태 158에 있어서, 대상체의 세포는 상피 세포이고, 상피 세포는 장내 상피 세포인, 약제학적 조성물.
실시형태 160: 실시형태 1 내지 159 중 어느 하나에 있어서, 약제학적 조성물은 경구 투여를 위한 캡슐로서 제형화되는, 약제학적 조성물.
실시형태 161: 실시형태 160에 있어서, 캡슐은 지연-방출 코팅을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 162: 실시형태 160 또는 실시형태 161에 있어서, 캡슐은 소수성 코팅을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 163: 실시형태 160 내지 162 중 어느 하나에 있어서, 약제학적 조성물은 칵테일을 장으로 전달하기 위해 제형화되는, 약제학적 조성물.
실시형태 164: 실시형태 163에 있어서, 약제학적 조성물은 칵테일을 소장으로 전달하기 위해 제형화되는, 약제학적 조성물.
실시형태 165: 실시형태 163 또는 실시형태 164에 있어서, 조성물은 칵테일을 대장으로 전달하기 위해 제형화되는, 약제학적 조성물.
실시형태 166: 실시형태 1 내지 165 중 어느 하나에 있어서, 칵테일은 동결건조되는, 약제학적 조성물.
실시형태 167: 실시형태 1 내지 166 중 어느 하나에 있어서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 항산화제, 동결보호제, 동결건조보호제, 결합제, 붕해제, 부형제, 충전제, 방부제, 산 억제제, 제산제, H2 길항제 및/또는 양성자 펌프 저해제 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 168: 장내 세균불균형과 관련된 장애의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 장내 세균불균형과 관련된 장애를 치료 또는 예방하는 방법으로서, 방법은 실시형태 1 내지 167 중 어느 하나의 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 장내 세균불균형과 관련된 장애를 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 169: 실시형태 168에 있어서, 장애는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD), 항생제-유도성 부작용 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 약제학적 조성물.
실시형태 170: 과민성 대장 증후군의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 과민성 대장 증후군을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 복수의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 세균 단리주 중 하나는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하고, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 공여체의 대변 샘플로부터 단리되는, 과민성 대장 증후군을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 171: 실시형태 170에서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 26과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 172: 실시형태 170 또는 실시형태 171에 있어서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스를 더 포함하는, 방법.
실시형태 173: 세균 단리주의 칵테일을 제조하는 방법으로, 방법은 제1 세균 단리주에 의해 생성된 단쇄 지방산(SCFA)의 수준을 기반으로 제1 세균 단리주를 선택하는 단계; 건강한 인간 대상체 대 염증성 장 질환이 있는 대상체에서 상응하는 세균 균주의 상대적 존재비에 기초하여 제2 세균 단리주를 선택하는 단계로서, 제2 세균 단리주는 상응하는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 상기 제2 세균 단리주를 선택하는 단계; 및 제1 및 제2 세균 단리주를 조합하여 세균 단리주의 칵테일을 생성하는 단계를 포함하는, 방법.
실시형태 174: 실시형태 173에 있어서, 제1 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 175: 실시형태 173 또는 실시형태 174에 있어서, 제2 세균 단리주는 표 4에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 176: 실시형태 173 내지 175 중 어느 하나에 있어서, 방법은 세균 단리주에 의한 사이토카인의 수준의 조절에 기초하여 제3 세균 단리주를 선택하는 단계를 더 포함하는, 방법.
실시형태 177: 실시형태 176에 있어서, 제3 세균 단리주는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 178: 약제학적 조성물로서, 제1 기능 검정에서 진핵생물 세포의 집단과 함께 인큐베이션될 때 적어도 50의 IL-10:IL-12의 비 또는 적어도 1의 IL-10:TNF-알파의 비 중 적어도 하나를 유도하는 제1 인간-유래 세균 단리주; 및 제2 기능 검정에서 측정되는 바와 같이 적어도 10mM의 농도로 단쇄 지방산(SCFA)을 생성하는 제2 인간-유래 세균 단리주를 포함하되; 제1 및 제2 세균 단리주는 약제학적 조성물을 대상체에게 투여한 후 대상체의 장에 생착할 수 있는, 방법.
실시형태 179: 실시형태 178에 있어서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 100인, 방법.
실시형태 180: 실시형태 178에 있어서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 500인, 방법.
실시형태 181: 실시형태 178에 있어서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 1000인, 방법.
실시형태 182: 실시형태 178에 있어서, IL-10:IL-12의 비는 적어도 2000인, 방법.
실시형태 183: 실시형태 178에 있어서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 2인, 방법.
실시형태 184: 실시형태 178에 있어서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 5인, 방법.
실시형태 185: 실시형태 178에 있어서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 10인, 방법.
실시형태 186: 실시형태 178에 있어서, IL-10:TNF-알파의 비는 적어도 20인, 방법.
실시형태 187: 실시형태 179 내지 186 중 어느 하나에 있어서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 188: 실시형태 179 내지 187 중 어느 하나에 있어서, 제1 인간-유래 세균 단리주는 약 24시간 동안 진핵생물 세포의 집단과 함께 인큐베이션된, 약제학적 조성물.
실시형태 189: 실시형태 178 내지 188 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 뷰티레이트인, 약제학적 조성물.
실시형태 190: 실시형태 178 내지 189 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 적어도 20mM의 농도로 생성되는, 약제학적 조성물.
실시형태 191: 실시형태 178 내지 190 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 적어도 25mM의 농도로 생성되는, 약제학적 조성물.
실시형태 192: 실시형태 178 내지 191 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 적어도 30mM의 농도로 생성되는, 약제학적 조성물.
실시형태 193: 실시형태 178 내지 192 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 적어도 35mM의 농도로 생성되는, 약제학적 조성물.
실시형태 194: 실시형태 178 내지 193 중 어느 하나에 있어서, 제2 기능 검정은 제2 세균 단리주를 기질과 함께 인큐베이션하는 단계를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 195: 실시형태 194에 있어서, 기질은 다당류, 썬파이버 또는 보리 맥아 중 적어도 하나를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 196: 실시형태 195에 있어서, 다당류는 프럭토올리고당(FOS) 및 자일로올리고당(XOS) 중 적어도 하나를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 197: 실시형태 196에 있어서, 기질은 프럭토올리고당(FOS) 및 자일로올리고당(XOS) 모두를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 198: 실시형태 178 내지 196 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 표 2에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 199: 실시형태 178 내지 198 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 언에어로스티페스 종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 200: 실시형태 199에 있어서, 언에어로스티페스 종은 언에어로스티페스 하드루스인, 약제학적 조성물.
실시형태 201: 실시형태 178 내지 200 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 서열번호 3에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 202: 실시형태 178 내지 201 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 로세부리아 종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 203: 실시형태 202에 있어서, 로세부리아 종은 로세부리아 파에시스인, 약제학적 조성물.
실시형태 204: 실시형태 178 내지 203 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 서열번호 19에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 205: 실시형태 178 내지 204 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 에우박테리움 종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 206: 실시형태 205에 있어서, 에우박테리움 종은 에우박테리움 렉탈레인, 약제학적 조성물.
실시형태 207: 실시형태 178 내지 206 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 서열번호 8에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 208: 실시형태 178 내지 207 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 코프로코커스 종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 209: 실시형태 208에 있어서, 코프로코커스 종은 코프로코커스 코메스인, 약제학적 조성물.
실시형태 210: 실시형태 178 내지 209 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 서열번호 17에 상응하는 서열과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 211: 실시형태 178 내지 196 중 어느 하나에 있어서, 제1 세균 단리주는 표 3에 제공되는 세균 단리주의 16S rRNA 서열과 적어도 95% 동일한 16S 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 212: 실시형태 173 내지 177 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 뷰티레이트인, 방법.
실시형태 213: 실시형태 198에서, 제1 세균 단리주는 적어도 20mM의 뷰티레이트의 수준의 생성에 기초하여 선택되는, 방법.
실시형태 214: 실시형태 178 내지 199 중 어느 하나에 따른 약제학적 조성물을 염증성 장 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 염증성 장 질환을 치료하는 방법.
실시형태 215: 실시형태 200에 있어서, 제1 세균 단리주 및 제2 세균 단리주 중 적어도 하나의 투여량은 1010개 세포/㎖ 미만인, 방법.
실시형태 216: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 및 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나를 포함하되, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 공여체의 대변 샘플로부터 단리되는, 약제학적 조성물.
실시형태 217: 실시형태 216에 있어서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 218: 실시형태 217에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 219: 실시형태 218에 있어서, 복수의 세균 단리주는 각각 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종의 구성원인 2종의 상이한 세균 단리주를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 220: 실시형태 218에 있어서, 복수의 세균 단리주는 서브돌리그라눌룸 바리아빌레를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 221: 실시형태 219에 있어서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 222: 실시형태 220에 있어서, 복수의 세균 단리주는 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 223: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주는 각각 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종의 구성원인 2종의 상이한 세균 단리주를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 224: 실시형태 223에 있어서, 2종의 상이한 세균 단리주는 상이한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리되는, 약제학적 조성물.
실시형태 225: 실시형태 223에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 226: 실시형태 223에 있어서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 227: 과민성 대장 증후군의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 과민성 대장 증후군을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 복수의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 세균 단리주 중 하나는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하고, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 약제학적 조성물로 대상체에게 투여되는, 방법.
실시형태 228: 실시형태 227에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 229: 실시형태 227에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 각각을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 230: 실시형태 227에 있어서, 복수의 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 에우박테리움 렉탈레 각각 및 각각 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종의 구성원인 2종의 상이한 세균 단리주를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 231: 제조 방법으로서, 순수한 배양물로서 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 배양하는 단계; 및 B. 셀룰로실리티쿠스의 순수한 배양물로부터의 세균을 동결건조시켜 B. 셀룰로실리티쿠스 동결건조물을 생성하는 단계를 포함하는, 제조 방법.
실시형태 232: 실시형태 231에 있어서, B. 셀룰로실리티쿠스 동결건조물과 제2 동결건조물을 조합하는 단계를 더 포함하되, 제2 동결건조물은 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 하나의 순수한 배양물로부터의 세균을 동결건조시킴으로써 생성되는, 제조 방법.
실시형태 233: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주의 제1 세균 단리주의 세포의 양은 복수의 세균 단리주의 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 1% 더 크되, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 에우박테리움 렉탈레, 오도리박터 스플란크니쿠스, 알리스티페스 샤히이 및 아커만시아 무시니필라로 이루어진 군으로부터 선택되는, 약제학적 조성물.
실시형태 234: 실시형태 233에 있어서, 제1 세균 단리주의 세포의 양은 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 10% 더 큰, 약제학적 조성물.
실시형태 235: 실시형태 233 또는 234에 있어서, 제1 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이 중 하나를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 236: 실시형태 233 또는 234에 있어서, 제2 세균 단리주는 알리스티페스 샤히이 및 아커만시아 무시니필라 중 하나를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 237: 실시형태 233 또는 234에 있어서, 제1 및 제2 세균 단리주 각각은 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 238: 실시형태 237에 있어서, 제1 세균 단리주는 서열번호 7과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 239: 실시형태 237 또는 238에 있어서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 240: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주의 제1 세균 단리주의 세포의 양은 복수의 세균 단리주의 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 1% 더 크되, 제1 및 제2 세균 단리주 각각은 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 241: 실시형태 240에 있어서, 제1 세균 단리주의 세포의 양은 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 10% 더 큰, 약제학적 조성물.
실시형태 242: 실시형태 240 또는 241에 있어서, 제1 세균 단리주는 서열번호 7과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 243: 실시형태 240 내지 242 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1과 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 244: 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 세균 단리주는 (i) 궤양성 대장염(UC) 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고/하거나 (ii) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 하나 이상의 UC 증상의 임상적 관해와 상호 관련되는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하되, 세균 균주의 단면 통합 p-값은 1×10-10 미만인, 약제학적 조성물.
실시형태 245: 실시형태 244에 있어서, 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 246: 실시형태 244 또는 245에 있어서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 에우박테리움 렉탈레, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 247: 실시형태 244 내지 246 중 어느 하나에 있어서, 세균 균주의 단면 통합 p-값은 1×10-14 미만인, 약제학적 조성물.
실시형태 248: 실시형태 244 내지 247 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 하나인, 약제학적 조성물.
실시형태 249: 실시형태 244 내지 248 중 어느 하나에 있어서, 세균 균주의 단면 통합 p-값은 1×10-20 미만인, 약제학적 조성물.
실시형태 250: 실시형태 244 내지 249 중 어느 하나에 있어서, 세균 단리주는 알리스티페스 샤히이를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 251: 실시형태 250에 있어서, 알리스티페스 샤히이는 서열번호 18과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 252: 실시형태 216 내지 252 중 어느 하나에 따른 약제학적 조성물을 염증성 장 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 염증성 장 질환을 치료하는 방법.
실시형태 253: 염증성 장 질환(IBD)의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 방법은 복수의 세균 단리주를 대상체에 투여하는 단계를 포함하되, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 1종을 포함하고, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리되는, 방법.
실시형태 254: 실시형태 253에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14 및/또는 26의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S 리보솜 리보핵산(rRNA) 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 255: 실시형태 253 또는 실시형태 254에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 2종을 포함하는, 방법.
실시형태 256: 실시형태 253 내지 255 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 3종을 포함하는, 방법.
실시형태 257: 실시형태 253 내지 256 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 4종을 포함하는, 방법.
실시형태 258: 실시형태 253 내지 257 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 5종을 포함하는, 방법.
실시형태 259: 실시형태 253 내지 258 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 6종을 포함하는, 방법.
실시형태 260: 실시형태 253 내지 259 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 각각을 포함하는, 방법.
실시형태 261: 실시형태 253 내지 260 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 7, 18, 19, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 262: 실시형태 253 내지 261 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 (a) 서열번호 1 및/또는 7의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열; (b) 서열번호 2의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열; (c) 서열번호 19의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열; (d) 서열번호 20의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열; (e) 서열번호 18의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열; (f) 서열번호 22 및/또는 23의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열; 및/또는 (g) 서열번호 8의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 263: 실시형태 253 내지 262 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주를 포함하되, 적어도 2종의 세균 단리주는 상이한 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 264: 실시형태 263에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주는 서열번호 1 및 서열번호 7의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 방법.
실시형태 265: 실시형태 253 내지 264 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 언에어로스티페스 하드루스, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 박테로이데스 우니포르미스 중 적어도 1종을 더 포함하는, 방법.
실시형태 266: 실시형태 265에 있어서, 복수의 세균 단리주는 서열번호 3, 11, 16, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드와 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 적어도 하나의 16S rRNA 서열을 더 포함하는, 방법.
실시형태 267: 실시형태 253 내지 266 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 동결건조된 세균을 포함하는, 방법.
실시형태 268: 실시형태 253 내지 267 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 에스케리키아 콜라이(Escherichia coli)를 포함하지 않는, 방법.
실시형태 269: 실시형태 253 내지 268 중 어느 하나에 있어서, 약제학적 조성물은 대변 샘플 또는 이의 최소한으로 처리된 버전이 아닌, 방법.
실시형태 270: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 1종을 포함하되, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리되는, 약제학적 조성물.
실시형태 271: 실시형태 270에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14 및/또는 26의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S 리보솜 리보핵산(rRNA) 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 272: 실시형태 270 또는 실시형태 271에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 2종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 273: 실시형태 270 내지 272 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 3종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 274: 실시형태 270 내지 273 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 4종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 275: 실시형태 270 내지 274 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 5종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 276: 살시형태 270 내지 275 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 6종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 277: 실시형태 270 내지 276 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 각각을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 278: 실시형태 270 내지 277 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 7, 18, 19, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 279: 실시형태 270 내지 278 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주를 포함하되, 적어도 2종의 세균 단리주는 상이한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 280: 실시형태 270 내지 279 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이를 포함하는 적어도 2종의 세균 단리주는 서열번호 1 및 서열번호 7의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99% 동일성 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 281: 실시형태 270 내지 280 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 언에어로스티페스 하드루스, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 박테로이데스 우니포르미스 중 적어도 1종을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 282: 실시형태 281에 있어서, 복수의 세균 단리주는 서열번호 3, 11, 16, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드와 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 적어도 하나의 16S rRNA 서열을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 283: 미생물 칵테일을 포함하는 약제학적 조성물로서, 미생물 칵테일은 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 적어도 2종의 세균 단리주를 포함하되, 적어도 2종의 세균 단리주는 상이한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리되는, 약제학적 조성물.
실시형태 284: 실시형태 283에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 2종의 세균 단리주는 서열번호 1 및/또는 7의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 285: 실시형태 283 또는 실시형태 284에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 2종의 세균 단리주는 상이한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 286: 실시형태 283 내지 285 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 2종의 세균 단리주는 서열번호 1 및 서열번호 7의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99% 동일성 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 287: 실시형태 283 내지 286 중 어느 하나에 있어서, 미생물 칵테일은 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 1종을 더 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 288: 실시형태 287에 있어서, 미생물 칵테일은 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 2종, 또는 적어도 3종, 또는 적어도 4종, 또는 적어도 5종, 또는 적어도 6종 또는 적어도 7종 또는 이들 각각을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 289: 실시형태 287 또는 실시형태 288에 있어서, 미생물 칵테일은 서열번호 1, 2, 7, 8, 14,18, 19, 20, 22, 23 및 26로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 290: 미생물 칵테일을 포함하는 약제학적 조성물로서, 미생물 칵테일은 (i) 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 적어도 2종의 세균 단리주; 및 (ii) 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레로부터 선택되는 적어도 1종의 세균 단리주를 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 291: 실시형태 290에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 적어도 2종의 세균 단리주는 서열번호 1 및/또는 7의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 292: 실시형태 290 또는 실시형태 291에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 적어도 2종의 세균 단리주는 상이한 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 293: 실시형태 290 내지 292 중 어느 하나에 있어서, 파에칼리박테리움 프라우스니치이 종으로부터의 적어도 2종의 세균 단리주는 서열번호 1 및 서열번호 7의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 294: 실시형태 290 내지 293 중 어느 하나에 있어서, 미생물 칵테일은 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 2종, 또는 적어도 3종, 또는 적어도 4종, 또는 적어도 5종 또는 적어도 6종 또는 이들 각각을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 295: 실시형태 290 내지 294 중 어느 하나에 있어서, 미생물 칵테일은 서열번호 2, 8, 14, 18, 19, 20, 22, 23 및 26으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 296: 복수의 세균 단리주를 포함하는 약제학적 조성물로서, 복수의 세균 단리주 중 제1 세균 단리주의 세포의 양은 복수의 세균 단리주 중 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 1% 더 크되, 복수의 세균 단리주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스, 에우박테리움 렉탈레, 오도리박터 스플란크니쿠스, 알리스티페스 샤히이 및 아커만시아 무시니필라로부터 선택되는, 약제학적 조성물.
실시형태 297: 실시형태 296에 있어서, 미생물 칵테일은 서열번호 1, 2, 7, 8, 14, 18, 19, 20 및 26으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 298: 실시형태 296 또는 실시형태 297에 있어서, 제1 세균 단리주의 세포의 양은 제2 세균 단리주의 세포의 양보다 적어도 10% 더 큰, 약제학적 조성물.
실시형태 299: 실시형태 296 내지 298 중 어느 하나에 있어서, 제1 세균 단리주는 에우박테리움 렉탈레 및 파에칼리박테리움 프라우스니치이 중 1종을 포함하고, 제2 세균 단리주는 A. 샤히이, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스 및 아커만시아 무시니필라 중 1종을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 300: 실시형태 270 내지 299 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 동결건조된 세균을 포함하는, 약제학적 조성물.
실시형태 301: 실시형태 270 내지 300 중 어느 하나에 있어서, 복수의 세균 단리주는 에스케리키아 콜라이를 포함하지 않는, 약제학적 조성물.
실시형태 302: 실시형태 270 내지 301 중 어느 하나에 있어서, 약제학적 조성물은 대변 샘플 또는 이의 최소한으로 처리된 버전이 아닌, 약제학적 조성물.
실시형태 303: 세균 단리주를 제조하는 방법으로서, 방법은 (i) (a) 건강한 대상체, (b) 궤양성 대장염(UC)이 있는 환자 및 (c) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 하나 이상의 UC 증상의 임상적 관해에 있는 환자의 분변 샘플로부터의 세균 단리주를 제공하는 단계, (ii) 세균 단리주로부터 16S rRNA 서열을 분석하는 단계 및 (iii) (a) 궤양성 대장염(UC)이 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고; 그리고/또는 (b) 환자 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 하나 이상의 UC 증상의 임상적 관해와 상호 관련되는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 세균 단리주를 제조하는 단계를 포함하되, 세균 균주의 단면 통합 p-값은 1×10-14 미만인, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 304: 실시형태 303에 있어서, 세균 단리주는 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 305: 실시형태 303 또는 실시형태 304에 있어서, 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 1종을 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 306: 실시형태 303 내지 305 중 어느 하나에 있어서, 미생물 칵테일은 서열번호 2 및 서열번호 18의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 307: 실시형태 303 내지 306 중 어느 하나에 있어서, 궤양성 대장염(UC)이 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 제1 세균 균주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 알리스티페스 온데르돈키이, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 에우박테리움 렉탈레, 블라우티아 오베움, 박테로이데스 우니포르미스, 박테로이데스 불가투스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 알리스티페스 피네골디이, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 파스코락토박테리움 파에시움, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 블라우티아 종, 알리스티페스 푸트레디니스, 알리스티페스 푸트레디니스, 알리스티페스 푸트레디니스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 308: 실시형태 303 내지 307 중 어느 하나에 있어서, 궤양성 대장염(UC)이 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 제1 세균 균주는 서열번호 1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 20, 21, 22, 23, 34, 35, 36 및 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 309: 실시형태 303 내지 308 중 어느 하나에 있어서, 환자 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 하나 이상의 UC 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 제1 세균 균주는 알리스티페스 피네골디이를 포함하지만, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 푸트레디니스 또는 알리스티페스 푸트레디니스를 포함하지 않고, 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 피네골디이를 포함하지 않는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 310: 실시형태 303 내지 309 중 어느 하나에 있어서, 환자 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 하나 이상의 UC 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 제1 세균 균주는 서열번호 15의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 18, 35, 36 또는 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열이 아닌 16S rRNA 서열; 또는 서열번호 35 내지 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 15 및 18로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열이 아닌 16S rRNA 서열을 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 311: 실시형태 303 내지 310 중 어느 하나에 있어서, 방법은 (iv) 분변 샘플로부터의 인간-유래 세균 단리주를 제공하는 단계; (v) (a) 진핵생물 세포의 집단을 인간-유래 세균 단리주와 접촉시키는 단계, (b)진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 측정하는 단계 및 (c) 진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 조절할 수 있는 세균 단리주를 확인하는 단계를 포함하는 제1 기능적 검정을 수행하는 단계를 포함하는, 제3 세균 단리주를 선택하는 단계를 더 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 312: 실시형태 311에 있어서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 313: 실시형태 311 또는 실시형태 312에 있어서, 사이토카인은 IL-10, GM-CSF, IFN-감마, TNF-알파, IL-23 및 IL-12로부터 선택되는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 314: 실시형태 311 내지 313 중 어느 하나에 있어서, 제3 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 박테로이데스 우니포르미스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 315: 실시형태 311 내지 314 중 어느 하나에 있어서, 제3 세균 단리주는 서열번호 1, 2,3, 7, 11, 16, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 세균 단리주를 제조하는 방법.
실시형태 316: 미생물 칵테일을 포함하는 약제학적 조성물을 제조하는 방법으로서, 방법은 (i) 분변 샘플로부터의 인간-유래 세균 단리주를 제공하는 단계; (ii) (a) 진핵생물 세포의 집단을 인간-유래 세균 단리주와 접촉시키는 단계, (b) IL-10:IL-12 비와 IL-10:TNF-알파 비를 측정하는 단계 및 (c) 진핵생물 세포의 집단과 인큐베이션할 때, 적어도 약 50의 IL-10:IL-12 비 또는 적어도 약 1의 IL-10:TNF-알파 비를 유도할 수 있는 제1 세균 단리주를 확인하는 단계를 포함하는 제1 기능적 검정을 수행하는 단계, (iii) (a) 인간-유래 세균 단리주를 배지와 함께 인큐베이션하는 단계, (b) 배지에서 단쇄 지방산(SCFA)을 측정하는 단계 및 (c) 적어도 약 10mM의 농도로 SCFA를 생성할 수 있는 제2 세균 단리주를 확인하는 단계를 포함하는 제2 기능적 검정을 수행하는 단계, 및 (iv) (a) 제1 기능적 검정에서 진핵생물 세포의 집단과 인큐베이션할 때 적어도 약 50의 IL-10:IL-12 비 또는 적어도 약 1의 IL-10:TNF-알파 비를 유도할 수 있는 제1 세균 단리주 및 (b) 제2 기능적 검정에 의해 측정되는 바와 같이 적어도 약 10mM의 농도로 단쇄 지방산(SCFA)을 생성할 수 있는 제2 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 제조하는 단계를 포함하되; 제1 및 제2 세균 단리주는 약제학적 조성물을 대상체에게 투여한 후 대상체의 장에 생착하는, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 317: 실시형태 316에 있어서, 제1 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 박테로이데스 우니포르미스, 박테로이데스 불가투스, 코프로코커스 코메스, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 318: 실시형태 316 또는 실시형태 317에 있어서, 상기 제1 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 11, 12, 16, 17, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 319: 실시형태 316 내지 318 중 어느 하나에 있어서, 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함하는, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 320: 실시형태 316 내지 319 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산 및 발레르산 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 321: 실시형태 316 내지 320 중 어느 하나에 있어서, SCFA는 뷰티르산인, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 322: 실시형태 316 내지 321 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 에우박테리움 렉탈레, 코프로코커스 코메스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스, 언에어로스티페스 하드루스, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 323: 실시형태 316 내지 322 중 어느 하나에 있어서, 제2 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 8, 17, 19, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 약제학적 조성물을 제조하는 방법.
실시형태 324: 염증성 장 질환(IBD)의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 복수의 세균 단리주를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 세균 단리주 중 하나는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하고, 복수의 세균 단리주 중 적어도 2종은 상이한 공여체의 대변 샘플로부터 단리되는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 325: 실시형태 324에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 1종을 더 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 326: 실시형태 325에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 2종, 또는 적어도 3종, 또는 적어도 4종, 또는 적어도 5종 또는 이들 각각을 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 327: 실시형태 325 또는 실시형태 326에 있어서, 복수의 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 7, 8, 18, 19 및 20으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 328: 염증성 장 질환(IBD)의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 포함하는 제1 세균 단리주를 포함하는 제1 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계 및 제2 세균 단리주를 포함하는 제2 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 329: 실시형태 328에 있어서, 제1 및/또는 제2 세균 단리주 중 적어도 1종은 동결건조되는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 330: 실시형태 328 또는 실시형태 329에 있어서, 제1 약제학적 조성물은 서열번호 14 및/또는 26의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 331: 실시형태 328 내지 330 중 어느 하나에 있어서, 제2 약제학적 조성물은 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 1종을 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 332: 실시형태 331에 있어서, 복수의 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이 및 에우박테리움 렉탈레 중 적어도 2종, 또는 적어도 3종, 또는 적어도 4종, 또는 적어도 5종 또는 이들 각각을 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 333: 실시형태 328 내지 332 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 약제학적 조성물은 서열번호 1, 2, 7, 8, 18, 19 및 20으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
실시형태 334: 조성물을 생산하는 방법으로서, 순수한 배양물로서 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스를 배양하는 단계; 및 B. 셀룰로실리티쿠스 순수한 배양물로부터의 세균을 동결건조시켜 B. 셀룰로실리티쿠스 동결건조물을 생산하는 단계를 포함하는, 조성물을 생산하는 방법.
실시형태 335: 실시형태 334에 있어서, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스는 서열번호 14 및/또는 26의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 조성물을 생산하는 방법.
실시형태 336: 실시형태 334 또는 실시형태 335에 있어서, B. 셀룰로실리티쿠스 동결건조물과 제2 동결건조물을 혼합하는 단계를 더 포함하되, 제2 동결건조물은 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 에우박테리움 렉탈레로부터 선택되는 적어도 1종의 세균 단리주를 포함하는, 조성물을 생산하는 방법.
실시형태 337: 실시형태 336에 있어서, 제2 동결건조물은 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 로세부리아 파에시스, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 샤히이, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 에우박테리움 렉탈레로부터 선택되는 세균 단리주 중 적어도 2종, 또는 적어도 3종, 또는 적어도 4종, 또는 적어도 5종 또는 적어도 6종 또는 이들 각각을 포함하는, 조성물을 생산하는 방법.
실시형태 338: 실시형태 330 내지 337 중 어느 하나에 있어서, 제2 동결건조물은 서열번호 1, 2, 7, 8, 18, 19, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 조성물을 생산하는 방법.
실시예
본 명세서의 실시예는 본 기술의 이점 및 이익을 설명하고 본 기술의 조성물을 제조하거나 사용하는 당업자를 추가로 돕기 위해 제공된다. 본 기술의 바람직한 양태를 보다 완전하게 설명하기 위해 본 명세서의 예가 또한 제시된다. 실시예는 첨부된 청구범위에 의해 정의된 바와 같이 본 개시내용의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다. 예는 위에서 설명된 본 기술의 임의의 변형, 양태 또는 실시형태를 포함하거나 통합할 수 있다. 위에서 설명된 변형, 양태 또는 실시형태는 또한 본 기술의 임의의 또는 모든 다른 변형, 양태 또는 실시형태의 변형을 각각 추가로 포함하거나 통합할 수 있다.
실시예 1: 세균 단리주의 단리 및 성장
후보 인간 공여자로부터의 대변 샘플을 수집하고, 병원체의 존재에 대해 스크리닝하였다. 대변 샘플이 병원체가 포함되지 않은 6명의 공여자를 선택하였다. 그런 다음, 공여자 대변을 Whirl-Pak® 필터 백에 수집하고, 완충액(12.5% 글리세롤 및 0.9% PBS(pH 7.4))에 현탁시키고 균질화하였다. 여과액을 0.05% 시스테인을 함유하는 PBS에 약 103×로 희석하고, 고체 분리 배지(IM(Isolation Media); 각 균주에 대해 아래 참조)에 플레이팅하거나 또는 IM 브로스에 접종하고, 혐기성 조건하에 성장시켰다. 세균 콜로니를 선택함으로써 세균 단리주를 플레이트로부터 정제하고, 희석하여 IM 브로스로부터 소멸시켰다. 일단 정제되면, 각 세균 단리주를 추가 특성화를 위해 혐기성 조건하에 IM 브로스에서 성장시키고, 20% 글리세롤 중 분취량을 -80℃에서 냉동하여 스톡을 만들었다.
균주를 위한 단리 배지(IM)
이 연구에 사용되는 배양 균주를 위해 다음 IM을 사용하였다. 각각의 경우에, 브로스에서 성장시킨 배양물에 대해 아가를 생략하였다.
1. 복합 장 배지(Complex Gut Medium: CGM)
CGM을 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 알리스티페스 온데르돈키이(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 E")의 대변으로부터 단리된 서열번호 4를 갖는 세균 단리주);
- 박테로이데스 우니포르미스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자(각각 "공여자 K" 및 "공여자 E")의 대변으로부터 각각 단리된 서열번호 11 또는 서열번호 16을 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
트립톤 2g
카제인으로부터의 펩톤 2g
효모 추출물 1g
D-글루코스 0.4g
L-시스테인 0.5g
D-(+)-셀로비오스 1g
D-(+)-말토스 1g
D-(-) 프럭토스 1g
고기 추출물 5g
MgSO4·7H2O 0.0025g
NaHCO3 0.4g
NaCl2 0.08g
포스페이트 완충액 100mM
CaCl2 0.8%
바이타민 K(메나디온) 5.8mM
FeSO4 1.44mM
히스티딘 헤마틴 0.1%
Tween80 0.05%
ATCC 바이타민 믹스 1%
ATCC 트레이스 미네랄 믹스 1%
아세트산 30mM
아이소발레르산 1mM
프로피온산 8mM
뷰티르산 4mM
레사주린 4mM
아가 1.5%
최종 pH 7.0±0.2
2. 최소 뮤신 배지(Min muc)
최소 뮤신 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 도레아 롱기카테나(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 F")의 대변으로부터 단리된 서열번호 6을 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
5× 최소 염(아래 참조) 11.28g
아가 12g
돼지 위 유형 II로부터의 뮤신 2.5g
최종 pH 6.8±0.2
5× 최소 염(HiMedia® M1253)(Min muc 배지에 사용됨)
제형(리터당):
다이소듐 포스페이트 33.9g
포타슘 포스페이트 15g
소듐 클로라이드 2.5g
암모늄 클로라이드 5g
3. 보충제가 포함된 식물성 뇌심장침출 아가(vBHI3)
vBHI3 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 오도리박터 스플란크니쿠스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 G")의 대변으로부터 단리된 서열번호 2를 갖는 세균 단리주);
- 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 G")의 대변으로부터 단리된 서열번호 14를 갖는 세균 단리주);
- 블라우티아 오베움(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 G")의 대변으로부터 단리된 서열번호 9를 갖는 세균 단리주);
- 블라우티아 종(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 H")의 대변으로부터 단리된 서열번호 34를 갖는 세균 단리주);
- 파라박테로이데스 메르다에(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여체("공여자 H")의 대변으로부터 단리된 서열번호 5를 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
HiVeg™ 펩톤 No. 3(HiMedia® RM005V) 10g
HiVeg™ 특별 침출물(HiMedia® RM188V) 7.5g
HiVeg™ 침출물(HiMedia® RM191V) 10g
덱스트로스 2g
소듐 클로라이드 5g
다이소듐 포스페이트 2.5g
아가 12g
L-시스테인 0.005g
헤민 0.05㎎
바이타민 K 0.0025㎎
최종 pH 7.4±0.2
4. 보충제 및 소듐 타우로콜레이트가 포함된 식물성 뇌심장침출 아가(vBHI3+NaTau)
vBHI3+NaTau 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 언에어로스티페스 하드루스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 G")의 대변으로부터 단리된 서열번호 3을 갖는 세균 단리주);
제형(리터당):
보충제가 포함된 식물성 뇌심장침출 아가(vBHI3)에 대한 레시피 사용
플러스 소듐 타우로콜레이트 1g
최종 pH 7.4±0.2
5. 보충제 및 뮤신이 포함된 0.2× 식물성 뇌심장침출 아가(vBHI3+뮤신)
vBHI3+뮤신 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 알리스티페스 피네골디이(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 E")의 대변으로부터 단리된 서열번호 15를 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
HiVeg™ 펩톤 No. 3(HiMedia® RM005V) 2g
HiVeg™ 특별 침출물(HiMedia® RM188V) 1.5g
HiVeg™ 침출물(HiMedia® RM191V) 2g
덱스트로스 0.4g
소듐 클로라이드 1g
다이소듐 포스페이트 0.5g
아가 12g
L-시스테인 0.005g
헤민 0.05㎎
바이타민 K 0.0025㎎
돼지 위 유형 II로부터의 뮤신 2.5g
최종 pH 7.4±0.2
6. 반추위가 포함된 식물성 강화 클로스트리듐성 배지(vRCM+반추위)
vRCM+반추위 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 코프로코커스 코메스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 J")의 대변으로부터 단리된 서열번호 17을 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
차등 강화 클로스트리듐성 HiVeg 브로스 29g
(아래 참조)
노블 아가 12g
반추위액 30%
L-시스테인 0.005g
최종 pH 7.2±0.2
차등 강화 클로스트리듐성 HiVeg™ 브로스(HiMedia MV549)(vRCM+반추위 배지에 사용됨)
제형(리터당):
HiVeg™ 펩톤 10g
HiVeg™ 추출물 10g
효모 추출물 1.5g
전분 1g
소듐 아세테이트 5g
글루코스 1g
L-시스테인 하이드로클로라이드 0.5g
7. 익힌 고기가 포함된 윌킨스-칼그렌 혐기성세균 아가(WCA+CM)
WCA+CM 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 에우박테리움 렉탈레(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 F")의 대변으로부터 단리된 서열번호 8을 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
윌킨스-칼그렌 혐기성세균 브로스 33g
(아래 참조)
노블 아가 12g
갈아서 익힌 고기 과립 10g
L-시스테인 0.005g
헤민 0.05㎎
바이타민 K 0.0025㎎
최종 pH 7±0.2
윌킨스-칼그렌 혐기성세균 브로스(Oxoid CM0643)(WCA+CM 배지에 사용됨)
제형(리터당):
트립톤 10g
젤라틴 펩톤 10g
효모 추출물 5g
글루코스 1g
소듐 클로라이드 5g
L-아르기닌 1g
소듐 피루베이트 1g
메나디온 0.0005g
헤민 0.005g
최종 pH 7.1±0.2
8. 탄수화물이 포함된 효모 카시톤 지방산 아가(YCFAC)
YCFAC 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 파에칼리박테리움 프라우스니치이(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자(각각 "공여자 E" 및 "공여자 F")의 대변으로부터 각각 단리된 서열번호 1 또는 서열번호 7을 갖는 세균 단리주);
- 알리스티페스 샤히이(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 E")의 대변으로부터 단리된 서열번호 18을 갖는 세균 단리주);
- 박테로이데스 우니포르미스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자(각각 "공여자 K" 및 "공여자 E")의 대변으로부터 각각 단리된 서열번호 11 또는 서열번호 16을 갖는 세균 단리주).
- 박테로이데스 불가투스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 K")의 대변으로부터 단리된 서열번호 12를 갖는 세균 단리주);
- 로세부리아 파에시스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 E")의 대변으로부터 단리된 서열번호 19를 갖는 세균 단리주);
언에어로브 시스템즈(Anaerobe Systems)로부터 배지(Cat # AS-675)를 사전 구매하였다.
제형(리터당):
카시톤 10.00g
효모 추출물 2.50g
소듐 바이카보네이트 4.00g
글루코스 2.00g
셀로비오스 2.00g
말토스 2.00g
포타슘 포스페이트 1염기 0.45g
포타슘 포스페이트 2염기 0.45g
소듐 클로라이드 0.90g
암모늄 설페이트 0.90g
마그네슘 설페이트 헵타하이드레이트 0.09g
칼슘 클로라이드 0.09 g
헤민(0.1% 용액) 10.00㎖
바이타민 믹스 10.00㎖
L-시스테인(25.0% 용액) 4.00㎖
레사주린(0.025% 용액) 4.00㎖
휘발성 지방산 용액 2.90㎖
아가 15.00g
최종 pH 6.8±0.3
9. HiVeg™ 브루셀라 혈액 아가(vBBA)
vBBA 배지를 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 파스코락토박테리움 패시움(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 K")의 대변으로부터 단리된 서열번호 21을 갖는 세균 단리주).
배지는 탈수된 믹스(브루셀라 HiVeg 아가 베이스; HiMedia MV074)로 구입한 다음 L-시스테인 및 말 혈청을 추가할 수 있다.
제형(리터당):
HiVeg 가수분해물 10g
HiVeg 펩톤 10g
효모 추출물 2g
덱스트로스 1g
소듐 클로라이드 5g
소듐 바이설파이트 0.1g
아가 15g
말 혈청 50㎖
L-시스테인 0.005g
최종 pH 7.0±0.2
10. 최소 배지+정제된 뮤신
최소 배지+정제된 뮤신을 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 아커만시아 무시니필라(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 F")의 대변으로부터 단리된 서열번호 20을 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
모노포타슘 포스페이트 0.4g
다이소듐 포스페이트 0.53g
암모늄 클로라이드 0.3g
소듐 클로라이드 0.3g
마그네슘 클로라이드 0.047g
칼슘 클로라이드 0.11g
소듐 바이카보네이트 4g
소듐 설파이트 0.005g
L-시스테인 0.005g
ATCC 트레이스 미네랄 용액 10㎖
ATCC 바이타민 용액 10㎖
에탄올-정제된 유형 III 뮤신 2.5g
11. M10+반추위액+뮤신
M10+반추위액+뮤신을 사용하여 다음 속 및 종의 세균을 배양하였다:
- 서브돌리그라눌룸 바리아빌레(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 F")의 대변으로부터 단리된 서열번호 22를 갖는 세균 단리주).
- 알리스티페스 푸트레디니스(예를 들어, 질환-스크리닝되고 건강한 인간 공여자("공여자 #")의 대변으로부터 단리된 서열번호 35를 갖는 세균 단리주).
제형(리터당):
포타슘 포스페이트 1염기 1.3mM
소듐 클로라이드 0.76mM
포타슘 포스페이트 2염기 1.7mM
ATCC 트레이스 미네랄 용액 10㎖
소듐 바이카보네이트 1g
정화된 반추위액 300㎖
유형 II 뮤신 5g
ATCC 바이타민 용액 10㎖
아세트산 170㎖
프로피온산 60㎖
뷰티르산 40㎖
아이소뷰티르산 10㎖
n-발레르산 10㎖
아이소발레르산 10㎖
DL-α-메틸뷰티르산 10㎖
L-시스테인 0.005g
헤민 0.05㎎
바이타민 K 0.0025㎎
최종 pH 6.8±0.2
실시예 2: 단쇄 지방산(SCFA)을 생성하는 세균 단리주
뷰티레이트 생성을 위한 세균 단리주를 스크리닝하기 위한 기능 검정을 개발하였다. 세균 단리주를 건강한 인간 공여자의 대변 샘플로부터 단리하고, 위에 기재된 바와 같이 액체 배양에서 성장시켰다. 세포를 원심분리에 의해 펠릿화하고, 150㎕의 신선한 배양 배지와 150㎕의 검정 완충액(프럭토올리고당(FOS), 자일로올리고당(XOS), 썬파이버/부분 가수분해된 구아검(PHGG) 및 보리 맥아 각각의 2그램/200㎖ 소듐 포스페이트 완충액을 함유하는 0.1M 소듐 포스페이트 완충액(pH 7))이 담긴 깊은 웰 플레이트에 재현탁시켰다. 탄수화물을 뷰티레이트로 발효시키기 위해 플레이트를 200rpm의 플레이트 진탕기 상에서 6시간 또는 24시간 동안 혐기성 챔버에서 37℃에서 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 세포를 펠릿화하고, 100㎕의 상청액을 SCFA 추출을 위해 새로운 바이알로 옮겼다.
100㎕의 상청액을 2㎖의 유리 바이알에서 10㎕의 50% 황산 및 5mM 2-메틸펜탄산을 함유하는 500㎕의 다이에틸 에터와 혼합하였다. 샘플을 3,220g에서 10분 동안 원심분리하여 투명한 상 경계를 얻었다. 다음 매개변수를 사용하여 불꽃 이온화 검출기(Flame Ionization Detector: FID)가 장착된 가스 크로마토그래프(GC)를 사용하여 SCFA 수준을 측정하였다:
- 주입: 빠른 플런저 속도와 4개의 샘플 세척액으로 8㎜의 샘플 깊이로 주입된 1㎕의 샘플.
- 주입구: 225℃에서 20:1 분할 비의 분할 모드.
- 담체 가스: 헬륨
- 오븐: 5분 동안 140℃에서 등온 온도 프로그램.
- 칼럼: 0.25㎛ 필름 두께를 갖는 직경 0.25㎜, 길이 대략 30m인 나이트로테레프탈산 개질/폴리에틸렌 글리콜(PEG) 모세관 칼럼. 칼럼은 6.0 ㎖/분의 일정한 유속으로 유지됨.
- 불꽃 이온화 검출기(FID): 온도는 225℃로 설정됨. 수소의 유속은 30.0 ㎖/분이다. 공기의 유속은 400.0 ㎖/분이다. 헬륨의 보충 유량은 20.0 ㎖/분이다.
뷰티레이트의 수준은 탄소 기준으로 순 농도(t24 - t0 및 t6 - t0)　및 생성된　총 SCFA의 백분율로 결정하였다.
도 1a는 기질 완충액에서 24시간 인큐베이션 후 세균 단리주에 의해 생성된 뷰티레이트 농도(mM)를 보여준다. 이러한 동일한 세균 단리주에 대해, 도 1b는 기질 완충액에서 24시간 인큐베이션 후 탄소당 총 SCFA 생성의 생성된 뷰티레이트 %를 보여준다. 각 단리주에 대한 분류학적 정보뿐만 아니라 각각의 16S rRNA 서열에 해당하는 서열번호는 표 2에서 찾을 수 있다. 양성 대조군 균주 DSM 15176(서브돌리그라눌룸 바리아빌레), DSM 17677(파에칼리박테리움 프라우스니치이 A2-165) 및 ATCC 27749(겜미거 포르미실리스 X2-56)에 대한 데이터가 또한 나타나 있다. 뷰티레이트를 분비하지 않는 대장균 ATCC 8739 균주를 음성 대조군으로 사용하였다. 표 2에 열거된 2종의 S. 바리아빌레 균주(IS00007359 및 IS00007357)도 또한 균주 DSM 15176에 대한 분류학적 유사성을 기반으로 뷰티레이트를 생성할 것으로 예측하였다.
뷰티레이트를 생성하는 이들 세균 단리주의 능력(예를 들어, 세균 단리주 중 하나 이상이 투여된 대상체의 장에서)은 이를 필요로 하는 대상체에서 이들을 장내 세균불균형(예를 들어, IBD 또는 궤양성 대장염)의 치료를 위해 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일)을 포함시키기 위한 우수한 후보로 만든다.
실시예 3: 사이토카인 생산을 조절하는 세균 단리주
예를 들어, 인간 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)에서 특정 사이토카인 생산에 영향을 미침으로써 인간 면역 세포의 조절을 위한 세균 단리주를 스크리닝하기 위한 기능 검정을 개발하였다.
숙주 세포로부터 항-염증성 사이토카인의 생성은 유도하는 반면 전-염증성 사이토카인의 생성은 유도하지 않는(또는 저해할 가능성이 있는) 세균 단리주를 확인하기 위해 스크리닝을 수행하였다. 세균 단리주를 인간 PBMC와 함께 공동 배양하고, 6가지 사이토카인의 수준을 측정하였다. 6가지 사이토카인은 유의미한 항-염증성 사이토카인인 IL-10; 증거에 따르면 장 면역에 보호 효과가 있음을 시사하는 GM-CSF; 및 전-염증성 효과를 갖는 것으로 여겨지는 IL-12p70, IFN-감마, TNF-알파 및 IL-23이다.
세균 단리주를 위에 기재된 바와 같이 액체 배양에서 배양하고, 세포를 세척하고, 1×109 CFU/㎖로 재현탁시켰다(선택적으로, 이후 공-배양 단계까지 -80℃에 보관됨). 인간 PBMC를 24-웰 플레이트에 시딩하고, 5% CO2에서 밤새 인큐베이션하였다. 세균 단리주를 0.4×, 2× 또는 10×의 감염 다중도(multiplicity of infection: MOI)로 PBMC에 첨가하고, 24시간 동안 공동 배양하였다. 그런 다음, 공동 배양 상청액을 수집하고, (IL-10, IL-12, IFN-감마, GM-CSF, TNF-알파 및 IL-23의) 사이토카인 수준을 Luminex에 의해 정량화하였다.
표 24 및 표 24a는 3명의 인간 공여자로부터의 PBMC를 사용하여 검정된 단리주에 대한 검정 결과를 보여준다(결과는 pg/㎖ 단위). 또한, 양성 대조군 균주 DSM 17677(파에칼리박테리움 프라우스니치이 A2-165) 및 음성 대조군(대장균 ATCC 8739, PBMC 단독 및 세포 배양 배지 단독)에 대한 데이터도 나타나 있다. 각각의 테스트된 단리주는 높은 수준의 IL-10 생산 및/또는 표 24 및 표 24a에서 IL-10/IL-12 및 IL-10/TNF-알파의 비로 나타낸 바와 같이 IL-12, TNF-알파, IFN-감마 및/또는 IL-23의 낮은 수준을 특징으로 하는 항-염증성 프로파일을 유도하였다. PBMC 검정에서 면역조절에 유익한 것으로 확인된 세균 단리주는 각각의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호)와 함께 위의 표 3에서 각각 확인된다.
숙주 세포로부터 항-염증성 사이토카인 프로파일을 유도하는 세균 단리주의 능력(예를 들어, 세균 단리주 중 하나 이상이 투여된 대상체의 장에서)은 이를 필요로 하는 대상체에서 이들을 장내 세균불균형(예를 들어, IBD 또는 궤양성 대장염)의 치료를 위해 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물(예를 들어, 미생물 칵테일)을 포함시키기 위한 우수한 후보로 만든다.
Figure pct00029
Figure pct00030
실시예 4: 염증성 마커의 감소
본 명세서에 기재된 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일의 항-염증성 활성을 테스트하였다. 실시예 3에 기재된 PBMC 검정을 PBMC를 생존 가능한 대장균과 공동 인큐베이션함으로써 염증성 반응을 유도하게 하고, 따라서 염증을 감소시키는 세균 컨소시엄의 능력을 결정하기 위해 생리학적 및 질환(예를 들어, IBD) 관련 PBMC 세포 유형을 통합하는 감작된 플랫폼을 생성하도록 수정하였다.
세균 단리주를 위에 기재된 바와 같이 액체 배양에서 배양하고, 세포를 세척하고, 1×109 CFU/㎖로 재현탁시켰다(선택적으로, 이후 공동 배양 단계까지 -80℃에 보관됨). 인간 PBMC를 24-웰 플레이트에 시딩하고, 5% CO2에서 밤새 인큐베이션하였다. 컨소시엄 검정을 위해, 각각의 개별 세균 단리주를 0.4의 감염 다중도(MOI)로 PBMC에 첨가하고, 24시간 동안 공동 배양하였다. 대장균의 MOI는 모든 실험에서 0.4로 유지하였다. 그런 다음, 공동 배양 상청액을 수집하고, (IL-10, IL-12, IFN-감마, TNF-알파 및 IL-23의) 사이토카인 수준을 Luminex로 정량화하였다.
도 3a 내지 도 3e 및 도 4a 내지 도 4e는 8-균주 및 7-균주 미생물 칵테일이 각각 포함된 PBMC/대장균 혼합물의 인큐베이션의 항-염증성 효과를 보여준다. 8-균주 미생물 칵테일은 오도리박터 스플란크니쿠스(PI00000072), 파에칼리박테리움 프라우스니치이의 2종의 단리주(IS00006632 및 PI00000329) 아커만시아 무시니필라(IS00007180), 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스(PI00000316), 에우박테리움 렉탈레, (IS00006864) 알리스티페스 샤히이(PI00000395) 및 로세부리아 파에시스(PI00000404)로 구성된다. 7-균주 미생물 칵테일은 B. 셀룰로실리티쿠스가 제거된 것을 제외하고는 동일한 균주를 포함하였다. 각각의 미생물 칵테일과의 인큐베이션은 IL-23(도 3a 및 도 4a), TNF-α(도 3b 및 도 4b), IL-10(도 3c 및 도 4c), IFN-γ(도 3d 및 도 4d) 및 IL12-p70(도 3e 및 도 4e)의 감소된 수준에 의해 나타낸 바와 같이 대장균을 이용한 치료의 항-염증성 효과를 감소시켰다.
실시예 5: 건강한 대상체에서 풍부한 세균 단리주
궤양성 대장염(UC)과 관련된 세균불균형의 감소와 관련된 종을 확인하기 위해 메커니즘 불가지론적 경험적 접근법을 개발하였다. 16S 리보솜 DNA(rDNA) 및 샷건 메타게놈 서열을 중재(FMT), 단면 및 시계열 데이터세트에 통합하여 FMT에 대한 건강 상태 또는 임상 반응과 관련된 예측 특징을 개발하였다. 이러한 특징을 사용하여 (i) UC로 진단된 환자에 비해 건강한 대상체에서의 풍부함; 및/또는 (ii) FMT 치료 후 UC 환자에서 UC 증상의 임상적 관해 또는 반응과의 연관/상관관계에 대한 세균 계통 발생 클레이드의 순위를 매기고 선택하였다. 클레이드는 건강한 대상체와 UC 환자 간의 세균 균주의 존재 및 존재비를 비교하는 "단면 통합 p-값"을 기반으로 순위를 매겼다. 값이 낮을수록, 클레이드의 유기체가 (i) UC 환자에서 균주의 고갈 및/또는 (ii) 건강한 대상체에서 균주의 높은 존재비를 기반으로 UC의 치료, 저해 또는 예방에 영향을 미칠 가능성이 더 높다. 그런 다음, 단리된 세균 균주를 순위가 매겨진 계통 발생 클레이드와의 16S rDNA 유사성에 의해 또는 전술한 기준에 따라 직접 16S rDNA 순위를 매김으로써 선택하였다.
23종의 세균 균주를 UC 환자에 비해 건강한 대상체에서 풍부한 것으로 확인하였다. 23종의 세균 균주에 해당하는 세균 단리주를 확인하기 위해, 공여자의 대변 샘플로부터 추출된 미생물총을 각각 확인된 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일성을 갖는 세균에 대해 스크리닝하였다. 표 25는 이들 단리주의 분류학적 정보, 이의 16S rRNA 서열에 대한 서열 식별자(서열번호) 및 단면 통합 p-값을 보여준다.
Figure pct00031
Figure pct00032
표 25의 세균 단리주와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 서열을 갖는 추가적인 10종의 세균 단리주를 또한 특성화하였다. 표 26은 각 단리주의 식별 번호, 표 25관련 세균 단리주의 ID 번호, 표 25의 관련 단리주에 대한 단리주의 16S rRNA 서열의 동일성 백분율, 단리주의 단면 통합 p-값 및 단리주의 서열 식별자(서열번호)를 열거한다. 이들 데이터는 UC의 하나 이상의 증상을 완화시키는데 있어서 표 25에서 확인된 세균 단리주의 기능이 단지 예시일 뿐이며, 또한 (예를 들어, 표 25의 세균 단리주와 적어도 95% 16S rRNA 서열 동일성을 공유하는) 더 큰 관련 분리주의 군에 의해 소유된다는 것을 보여준다.
Figure pct00033
실시예 6: 세균 단리주의 생착
도 2는 16S rRNA 서열에 상응하는 세균 단리주에 대한 다양한 세균 균주의 투여량과 균주를 포함하는 실질적으로 완전한 분변 미생물총(즉, 미배양된 분변 세균의 제조물)을 대상체에게 투여한 후 대상체의 장에서 균주의 생착 사이의 관계를 보여준다.
분변 미생물총의 주어진 균주에 해당하는 각각의 세균 단리주에 대해, 환자에게 투여된 세포의 수를 다음 공식으로 계산하였다: 세균 단리주의 16S 서열과 일치하는 16S 서열을 갖는 투여된 조성물 내의 세균의 빈도 × 9×1010개(투여된 조성물의 그램당 대략적인 세포의 수) × 환자에게 투여된 조성물의 누적 용량(그램 단위). 세균의 생착은 투여된 조성물, 환자의 기준선 군집 및 환자의 치료 후 군집에서의 상대적 존재비를 비교함으로써 각각의 고유한 16S 서열에 대해 측정하였다.　환자의 기준선에서의 존재비는 투여된 물질의 20% 미만이며 치료 후 존재비가 적어도 5-배 증가한 경우를 양성 생착이라 하였다.
결과는 스크리닝된 대부분의 세균 단리주(E. 렉탈레 단리주 IS00006864 제외)에 대한 생착을 달성하기 위한 최소 용량이 1010개 세포 미만임을 보여준다.
실시예 7: 세균 단리주의 생착
미생물 칵테일의 투여 후 대상체의 장에서 세균 단리주의 생착을 평가하기 위해, 무균 C57BL/6 마우스에 혐기성 조건하에 성장시킨 실시예 4에 기재된 8-균주 컨소시엄을 위관 영양법을 통해 접종하였다. 분변 펠릿을 제7일, 제14일, 제21일 및 제28일에 수집하고, 16srRNA 유전자 시퀀싱을 위해 DNA를 단리하였다. 균주의 상대적 존재비를 16S rRNA 유전자 존재비에 기초하여 결정하였다.
도 5는 단리주를 포함하는 미생물 칵테일의 투여 후 무균 마우스의 장에서 4종의 세균 단리주(박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 아커만시아 무시니필라, 오도리박터 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이)의 생착을 보여준다.
실시예 8: 치료제의 생산
표 7 내지 표 22 중 어느 하나의 세균 단리주를 독립적으로 배양하고, 투여 전에 함께 혼합하였다. 단리주는, 예를 들어, 실시예 1에 나타낸 바와 같이 37℃, pH 7에서 지지 배지에서 혐기성으로 독립적으로 성장시켰다. 각각의 단리주가 충분한 바이오매스에 도달한 후, 선택적으로 15% 글리세롤을 첨가하여 뱅킹(banking)을 위해 선택적으로 보존한 다음 -80℃에서 1㎖의 동결튜브에 냉동시켰다.
그런 다음, 각 세균 단리주를 약 1010개 CFU/㎖의 농도로 배양한 다음, 접선 유동 마이크로여과에 의해 20-배 농축하였고; 폐배지를 2% 젤라틴, 100mM 트레할로스 및 10mM 소듐 포스페이트 완충액으로 구성된 보존 배지 또는 기타 적합한 보존 배지로 정용여과하여 교환하였다. 현탁액을 분말로 냉동-건조시키고 적정하였다.
건조 후, 분말을 미세결정질 셀룰로스 및 마그네슘 스테아레이트와 블렌딩하고, 10㎎의 동결건조된 분말(108개 내지 1011개의 세균), 160㎎ 미세결정질 셀룰로스, 77.5㎎ 젤라틴 및 2.5㎎ 마그네슘 스테아레이트를 포함하는 250㎎의 젤라틴 캡슐로 제형화하였다.
실시예 9: 궤양성 대장염의 치료
진단과 일치하는 내시경 및 조직학에 의해 궤양성 대장염(UC)으로 진단을 받은 환자를 본 명세서에 개시된 약제학적 조성물로 치료하였다.
효능을 다음 지수 중 하나 이상(각 지수에 대해, 관련 간행물 전체가 참조에 의해 원용됨)을 포함하여 문헌[Travis, et al. Aliment Pharmacol Ther. 2011;34(2):113-124](그 전문이 참조에 의해 원용됨)에 기술되어 있는 바와 같이 모니터링하였다:
임상:
Figure pct00034
Truelove 및 Witts(문헌[Truelove SC, Witts LJ. Cortisone in ulcerative colitis. Final report on a therapeutic trial.　BMJ　1955; 2: 1041-8]),
Figure pct00035
Powel-Tuck 지수(St. Mark 지수; 문헌[Powell-Tuck J, et al. Correlations between defined sigmoidoscopic appearances and other measures of disease activity in ulcerative colitis.　Dig DisSci　1982; 27: 533-7]),
Figure pct00036
임상 활성 지수(CAI; 문헌[Rachmilewitz D. Coated mesalazine (5-aminosalicylic acid) versus sulphasalazine in the treatment of active ulcerative colitis: a randomised trial.　BMJ　1989; 298: 82-6]),
Figure pct00037
Lichtiger 지수(문헌[S. Lichtiger, D.H. Present Preliminary report: cyclosporin in treatment of severe active ulcerative colitis Lancet, 336 (1990), pp. 16-19]),
Figure pct00038
Seo 지수 (문헌[Seo M, et al. An index of disease activity in patients with ulcerative colitis.　Am J Gastroenterol　1992; 87: 971-6]),
Figure pct00039
의사의 종합 평가(문헌[Hanauer S et al., Mesalamine capsules for treatment of active ulcerative colitis: results of a controlled trial Am J Gastroenterol. 1993 Aug;88(8):1188-97]),
Figure pct00040
연구원의 종합 평가(문헌[Hanauer SB et al., Budesonide enema for the treatment of active, distal ulcerative colitis and proctitis: a dose-ranging study. U.S. Budesonide enema study group Gastroenterology. 1998 Sep;115(3):525-32]).
Figure pct00041
단순 임상 대장염 활동 지수(문헌[Walmsley RS, et al., A simple clinical colitis activity 지수. Gut 1998; 43: 29-32]),
Figure pct00042
개별 증상 점수에 기초한 개선(문헌[Levine et al., A randomized, double blind, dose-response comparison of balsalazide (6.75 g), balsalazide (2.25 g), and mesalamine (2.4 g) in the treatment of active, mild-to-moderate ulcerative colitis Am J Gastroenterol. 2002 Jun;97(6):1398-407]), 및
Figure pct00043
환자-정의 관해(문헌[Higgins P, et al. Is endoscopy necessary for the measurement of disease activity in ulcerative colitis.　Am J Gastroenterol　2005; 100: 355-61]).
내시경:
Figure pct00044
Truelove Witts S상결장경 평가(문헌[Seo M, et al. Evaluation of disease activity in patients with moderately active ulcerative colitis: comparisons between a new activity index and Truelove and Witts classification.　Am J Gastroenterol　1995; 90: 1759-63]),
Figure pct00045
Baron 점수(문헌[Baron JH, et al. Variation between observers in describing mucosal appearances in proctocolitis.　BMJ　1964; 1: 89-92]),
Figure pct00046
내시경 지수(문헌[Rachmilewitz D. Coated mesalazine (5-aminosalicylic acid) versus sulphasalazine in the treatment of active ulcerative colitis: a randomised trial. BMJ 1989; 298: 82-6]),
Figure pct00047
S자결장경 지수(문헌[Hanauer S et al., Mesalamine capsules for treatment of active ulcerative colitis: results of a controlled trial Am J Gastroenterol. 1993 Aug;88(8):1188-97]),
Figure pct00048
S자결장경 염증 등급 점수(문헌[
Figure pct00049
et al., Comparison of budesonide and 5-aminosalicylic acid enemas in active distal ulcerative colitis Aliment Pharmacol Ther. 1995 Oct;9(5):557-62.]),
Figure pct00050
Mayo 점수 가요성 직장결장경 평가(문헌[Schroeder KW, et al. Coated oral 5-aminosalicylic acid therapy for mildly to moderately active ulcerative colitis. A randomized study.　NEngl J Med　1987; 317: 1625-9]), 및
Figure pct00051
수정된 Baron 점수(문헌[Rutgeerts P, et al.　Infliximab for induction and maintenance therapy for ulcerative colitis.　NEngl J Med　2005; 353: 2462-76]).
임상 및 내시경:
Figure pct00052
Mayo 임상 점수(문헌[Schroeder KW, et al. Coated oral 5-aminosalicylic acid therapy for mildly to moderately active ulcerative colitis. A randomized study.　NEngl J Med　1987; 317: 1625-9]) 및
Figure pct00053
Sutherland 지수(문헌[Sutherland LR,　et al.　5-Aminosalicylic acid enema in the treatment of distal ulcerative colitis, proctosigmoiditis, and proctitis.　Gastroenterology　1987; 92: 1894-8]).
삶의 질:
Figure pct00054
IBD 환자 우려의 평가 양식(문헌[Drossman DA et al. Health status and health care use in persons with inflammatory bowel disease. A national sample. Dig Dis Sci. 1991 Dec;36(12):1746-55]),
Figure pct00055
염증성 장질환 설문지(문헌[Irvine EJ, et al. Quality of life: a valid and reliable measure of outcome for clinical trials in inflammatory bowel disease. Gastroenterology. 1194; 106:287-96]), 및
Figure pct00056
짧은 서식-36(문헌[Ware JE et al. The MOS 36-item short-form health survey (SF-36). I. Conceptual framework and item selection Med Care. 1992 Jun;30(6):473-83]).
조직학:
Figure pct00057
Riley 지수(문헌[Riley SA, et al. Microscopic activity in ulcerative colitis: what does it mean?　Gut1991; 32: 174-8]),
Figure pct00058
Gebboes 지수(문헌[Geboes K et al. A reproducible grading scale for histological assessment of inflammation in ulcerative colitis Gut.　2000 Sep;47(3):404-9]), 및
Figure pct00059
Chicago 지수(문헌[Rubin DT,　et al.　Increased degree of histological inflammation predicts colectomy and hospitalization in patients with ulcerative colitis.　Gastroenterology　2007; 132(Suppl. 1): A-19 (Abstract 103)]).
실시예 12: 마우스에서 치료제의 생체내 테스트
표 13, 표 14, 표 15, 표 15a 및 표 15b 중 어느 하나의 8종의 단리주를 포함하는 조성물 또는 다양한 조성물을 제공하였다. 대안적으로, 예를 들어, 제한 없이 표 13, 표 14, 표 15, 표 15a 및 표 15b 중 어느 하나의 8종의 단리주를 포함하는 실시예 8의 방법을 통해 제조된 치료제를 제공하였다.
UC에 적합한 뮤린 모델을 선택하고 제공하였다. 예시적인 모델은 화학물질 모델(예컨대, DSS, TNBS, 옥사졸론, 아세트산 및 설피드릴 저해제) 및 형질전환/넉아웃 모델(예컨대, TCRα-/-, WASP-/-, Mdr1a-/-, IL-2-/-, Gαi2-/-, IL-7 Tg, TRUC, TGFβRIIDN 및 C3H/HeJBir)을 포함한다. 그 전체 내용이 참조에 의해 원용되어 있는 문헌[World J Gastroenterol. 2007 Nov 14; 13(42): 5581-5593 and Drug Des
Figure pct00060
mann M Devel Ther. 2013; 7: 1341-1357 (2013)] 참조.
비제한적인 예로서 DDS를 취하여, 음용수 중 3% 내지 5% DSS를 마우스에 경구 투여하였다. 예를 들어, 5일 내지 7일 동안 3% 내지 5% DSS 투여의 한 주기에 이어 규칙적인 물의 투여는 결장 상피의 완전한 음와 고갈(예를 들어, 기저 음와(basal crypt))과 및 상대적으로 느린 재생과 함께 광범위한 손상을 초래한다. UC-유사 증상이 나타나는 동물을 표 13, 표 14, 표 15, 표 15a 및 표 15b 중 어느 하나의 9종의 단리주를 포함하는 조성물 또는 다양한 조성물 또는 치료제(대안적으로, 세균 조성물은 DSS와 동시에 투여될 수 있음)로 처리하고, 치료적 효과를 결정하기 위해 비교를 수행하였다(예를 들어, 체중 변화, 설사, 결장직장 출혈 및 생존을 포함하는 대장염의 임상 점수 측정과 같은 하나 이상의 매개변수의 비교; 전반적인 질환 중증도는 임상 점수 시스템에 의해 평가될 수 있고, 질환 활성 지수(DAI) 점수는 각 동물에 대해 계산될 수 있음). 대안적인 측정은 내시경, 조직학적 분석, 16S rRNA 시퀀싱 등에 의한 미생물총 분석을 포함한다. 보다 상세한 프로토콜은 문헌[Curr Protoc Immunol. 2014 Feb 4; 104: Unit-15.25]에서 찾을 수 있으며, 이의 전체 내용은 참조에 의해 원용된다. 본 발명의 실시예는 치료적 효과의 유무를 결정하는데 필요하거나 원하는 경우 문헌[Curr Protoc Immunol. 2014 Feb 4; 104: Unit-15.25]에서 발견되는 상세한 프로토콜의 변형을 허용한다.
실시예 13: UC의 치료
표 13, 표 14, 표 15, 표 15a 및 표 15b 중 어느 하나의 8종의 단리주를 포함하는 조성물 또는 다양한 조성물을 제공하였다. 대안적으로, 예를 들어, 제한 없이 표 13, 표 14, 표 15, 표 15a 및 표 15b 중 어느 하나의 8종의 단리주를 포함하는 실시예 8의 방법을 통해 제조된 치료제를 제공하였다. 실시예 9에 기재된 바와 같은 UC의 연구는 치료제와 같은 이러한 조성물을 사용하여 수행하였다.
등가물
본 발명이 이의 특정 실시형태와 관련하여 설명되었지만, 추가의 수정이 가능하며 본 출원은 일반적으로 본 발명의 원리를 따르고 본 발명이 속하는 기술 내에서 공지되거나 또는 관례적인 관행 내에 있는 본 개시내용으로부터의 그러한 이탈을 포함하는 본 발명의 임의의 변형, 사용 또는 개조를 포함하도록 의도되고, 첨부된 특허청구범위의 범위 내에서 앞서 설명된 필수 특징에 적용될 수 있다는 것이 이해될 것이다.
당업자는 하나 이상의 일상적인 실험을 사용하여 본 명세서에 구체적으로 설명된 특정 실시형태에 대한 수많은 등가물을 인식하거나 또는 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 다음 특허청구범위에 포함되는 것으로 의도된다.
참조에 의한 원용
본 명세서에 참조된 모든 특허 및 간행물은 그 전문이 참조에 의해 본 명세서에 원용된다.
본 명세서에서 논의된 간행물은 본 출원의 출원일 이전의 공개를 위해서만 제공된다. 본 명세서의 어떠한 내용도 본 개시내용이 선행 발명으로 인해 그러한 공개보다 선행할 자격이 없다는 것을 인정하는 것으로 해석되어서는 안된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 모든 제목은 단순히 구성을 위한 것이며 어떤 식으로든 공개를 제한하기 위한 것이 아니다. 임의의 개별 부문의 내용은 모든 부문에 동일하게 적용될 수 있다.
SEQUENCE LISTING <110> Finch Therapeutics Holdings LLC <120> METHODS AND PRODUCTS FOR TREATMENT OF GASTROINTESTINAL DISORDERS <130> WO2021016083 <140> PCT/US2020/042546 <141> 2020-07-17 <150> US 62/876,358 <151> 2019-07-19 <160> 35 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1509 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 1 tataaagagt ttgatcctgg ctcaggacga acgctggcgg cgcgcctaac acatgcaagt 60 cgaacgagcg agagagagct tgctttctcg agcgagtggc gaacgggtga gtaacgcgtg 120 aggaacctgc ctcaaagagg gggacaacag ttggaaacga ctgctaatac cgcataagcc 180 cacggctcgg catcgagcag agggaaaagg agcaatccgc tttgagatgg cctcgcgtcc 240 gattagctag ttggtgaggt aacggcccac caaggcaacg atcggtagcc ggactgagag 300 gttgaacggc cacattggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg 360 gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtggagga agaaggtctt 420 cggattgtaa actcctgttg ttggggaaga taatgacggt acccaacaag gaagtgacgg 480 ctaactacgt gccagcagcc gcggtaaaac gtaggtcaca agcgttgtcc ggaattactg 540 ggtgtaaagg 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Polynucleotide <400> 22 ataccttgat ggcgaccggc gcacgggtga gtaacgcgta tgcaacctgc ctgataccgg 60 ggtatagccc atggaaacgt ggattaacac cccatagtac ttttatcctg catgggatgt 120 gagttaaatg ttcaaggtat cggatgggca tgcgtcctat tagttagttg gcggggtaac 180 agcccaccaa gacgatgata ggtaggggtt ctgagaggaa ggtcccccac attggaactg 240 agacacggtc caaacttcta cgggaggcag cagtgaggaa tattggtcaa tggacgtaag 300 tctgaaccag ccaagtcgcg tgagggaaga ctgccctatg ggttgtaaac ctcttttata 360 agggaagaat aagttctacg tgtagaatga tgcctgtacc ttatgaataa gcatcggcta 420 actccgtgcc agcagccgcg gtaatacgga ggatgcgagc gttatccgga tttattgggt 480 ttaaagggtg cgtaggcggt ttattaagtt agtggttaaa tatttgagct aaactcaatt 540 gtgccattaa tactggtaaa ctggagtaca gacgaggtag gcggaataag ttaagtagcg 600 gtgaaatgca tagatataac ttagaactcc gatagcgaag gcagcttacc agactgtaac 660 tgacgctgat gcacgagagc gtgggtagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 720 cgtaaacgat gctcactggt tctgtgcgat atattgtacg ggattaagcg aaagtattaa 780 gtgagccacc tggggagtac gtcggcaacg atgaaactca aaggaattga cggggcccgc 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ggggctcaac cctgaacgtg cctctaatac tgttgagcta 600 gagagtagtt gcggtaggcg gaatgtatgg tgtagcggtg aaatgcttag agatcataca 660 gaacaccgat tgcgaaggca gcttaccaaa ctatatctga cgttgaggca cgaaagcgtg 720 gggagcaaac aggattagat accctggtag tccacgcagt aaacgatgat aactcgttgt 780 cggcgataca cagtcggtga ctaagcgaaa gcgataagtt atccacctgg ggagtacgtt 840 cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt 900 taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc gggcttgaaa gttagcgacg attcttgaaa 960 gaggatttcc ctttcggggc gcgaaact 988 <210> 35 <211> 1029 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (989)..(991) <223> n is a, c, g, or t <400> 35 acacntggaa gtcgaggggc agcataatgg atagcaatat ctatggtggc gaccggcgca 60 cgggtgcgta acgcgtatgc aacctacctt taacaggggg ataacactga gaaattggta 120 ctaatacccc ataatatcat agaaggcatc ttttatggtt gaaaattccg atggttagag 180 atgggcatgc gttgtattag ctagttggtg gggtaacggc 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Claims (27)

  1. 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법으로서,
    (i) (a) 건강한 대상체의 그룹,
    (b) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹, 및
    (c) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해에 있는 환자의 그룹
    의 분변 물질로부터 세균의 제조물을 제공하는 단계;
    (ii) 상기 세균의 제조물로부터 16S rRNA 서열을 분석하는 단계; 및
    (iii) (a) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고; 그리고/또는
    (b) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는
    세균의 제조물로부터의 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 인간 공여자의 대변으로부터 세균 단리주를 단리하는 단계
    를 포함하되, 상기 세균 단리주의 단면 통합 p-값(cross-sectional combined p-value)은 1×10-14 미만인, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 세균 균주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이(Faecalibacterium prausnitzii), 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter splanchnicus), 언에어로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus), 알리스티페스 온데르돈키이(Alistipes onderdonkii), 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 에우박테리움 렉탈레(Eubacterium rectale), 블라우티아 오베움(Blautia obeum), 박테로이데스 우니포르미스(Bacteroides uniformis), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus), 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스(Bacteroides 세포ulosilyticus), 알리스티페스 피네골디이(Alistipes finegoldii), 알리스티페스 샤히이(Alistipes shahii), 아커만시아 무시니필라(Akkermansia muciniphila), 파스코락토박테리움 파에시움(Phascolarctobacterium faecium), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레(Subdoligranulum variabile), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 블라우티아 종(Blautia sp.), 알리스티페스 푸트레디니스, 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis), 알리스티페스 푸트레디니스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부한 세균 균주는 서열번호 1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 20, 21, 22, 23, 34, 35, 36 및 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스 및 알리스티페스 샤히이 중 적어도 1종을 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세균 단리주는 서열번호 2 및 서열번호 18의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세균 단리주는 상기 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 세균 균주는,
    알리스티페스 피네골디이를 포함하지만 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 푸트레디니스는 포함하지 않거나, 또는
    알리스티페스 푸트레디니스를 포함하지만 알리스티페스 샤히이 또는 알리스티페스 피네골디이는 포함하지 않는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는 세균 균주는,
    서열번호 15의 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 18, 35, 36 또는 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열이 아닌 16S rRNA 서열; 또는
    서열번호 35 내지 37로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖지만 서열번호 15 및 18로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열이 아닌 16S rRNA 서열
    을 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은,
    (iv) 인간 분변 샘플로부터 여러 세균 단리주를 제공하는 단계; 및
    (v) (a) 진핵생물 세포의 집단을 인간-유래 세균 단리주와 접촉시키는 것,
    (b)진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 측정하는 것, 및
    (c) 진핵생물 세포의 집단에서 사이토카인의 수준을 조절할 수 있는 세균 단리주를 선택하는 것
    을 포함하는 기능적 검정을 수행하는 단계
    에 의해 제2 치료적 세균 단리주를 단리하는 단계를 더 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  10. 제9항에 있어서, 상기 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  11. 제9항 또는 제10항에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-10, GM-CSF, IFN-감마, TNF-알파, IL-23 및 IL-12로부터 선택되는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  12. 제9항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레, 박테로이데스 우니포르미스 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  13. 제9항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 11, 16, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  14. 제1 및 제2 세균 단리주를 포함하는 미생물 칵테일을 제조하는 방법으로서,
    (i) 인간 대변으로부터 여러 세균 단리주를 단리하는 단계;
    (ii) (a) 진핵생물 세포의 집단을 세균 단리주와 접촉시키는 것,
    (b) IL-10:IL-12 비와 IL-10:TNF-알파 비를 측정하는 것, 및
    (c) 진핵생물 세포의 집단과 인큐베이션할 때, 적어도 약 50:1의 IL-10:IL-12 비 또는 적어도 약 1:1의 IL-10:TNF-알파 비를 유도할 수 있는 세균 단리주를 제1 세균 단리주로 확인하는 것
    을 포함하는 제1 기능적 검정을 수행하는 단계;
    (iii) (a) 상기 세균 단리주에 의해 생성된 단쇄 지방산(SCFA)의 수준을 측정하는 것, 및
    (b) 적어도 약 10mM의 농도로 SCFA를 생성하는 세균 단리주를 제2 세균 단리주로 확인하는 것
    을 포함하는 제2 기능적 검정을 수행하는 단계; 및
    (iv) 상기 제1 및 제2 세균 단리주를 조합하여 미생물 칵테일을 제조하는 단계
    를 포함하는, 치료적 세균 단리주를 제조하는 방법.
  15. 제14항에 있어서, 상기 제1 세균 단리주는 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 오도리박터 스플란크니쿠스, 언에어로스티페스 하드루스, 박테로이데스 우니포르미스, 박테로이데스 불가투스, 코프로코커스 코메스, 알리스티페스 샤히이, 아커만시아 무시니필라, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  16. 제14항 또는 제15항에 있어서, 상기 제1 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 11, 12, 16, 17, 18, 20, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  17. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 진핵생물 세포의 집단은 PBMC의 집단을 포함하는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  18. 제14항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 SCFA는 아세트산, 뷰티르산, 카프로산, 폼산, 헵탄산, 아이소뷰티르산, 아이소카프로산, 아이소발레르산, 프로피온산, 발레르산 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  19. 제18항에 있어서, 상기 SCFA는 뷰티르산인, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  20. 제14항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 세균 단리주는 오도리박터 스플란크니쿠스, 에우박테리움 렉탈레, 코프로코커스 코메스, 파에칼리박테리움 프라우스니치이, 로세부리아 파에시스, 언에어로스티페스 하드루스, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레 및 이들의 임의의 2종 이상으로부터 선택되는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  21. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 세균 단리주는 서열번호 1, 2, 3, 7, 8, 17, 19, 22 및 23으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열과 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 97%, 또는 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 동일성을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  22. 제14항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서,
    (i) (a) 건강한 대상체의 그룹,
    (b) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹, 및
    (c) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해에 있는 환자의 그룹
    의 분변 물질로부터의 세균의 제조물의 16S rRNA 서열을 분석하는 단계; 및
    (ii) (a) 위장 질환 또는 장애가 있는 환자의 그룹에 비해 건강한 대상체의 그룹에서 풍부하고; 그리고/또는
    (b) 분변 미생물총 이식을 받은 환자의 그룹의 각 환자의 치료 후 환자의 그룹에서 위장 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상의 임상적 관해와 상호 관련이 있는
    세균의 제조물로부터의 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 97% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는 인간 공여자의 대변으로부터의 세균 단리주를 제3 세균 단리주로 단리하는 단계
    에 의해 미생물 칵테일에 혼입하기 위한 제3 세균 단리주를 단리하는 단계를 더 포함하는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  23. 제22항에 있어서, 상기 제3 세균 단리주는 상기 세균 균주의 16S rRNA 서열과 적어도 99% 동일한 16S rRNA 서열을 포함하는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  24. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 위장 질환 또는 장애는 염증성 장 질환(inflammatory bowel disease: IBD), 과민성 대장 증후군(irritable bowel syndrome: IBS), C. 디피실레 감염(C. difficile infection: CDI), C. 디피실레-관련 질환(C. difficile-associated diseas: CDAD) 및 항생제-유도성 부작용(antibiotic-induced adverse effect)으로부터 선택되는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  25. 제24항에 있어서, 상기 IBD는 궤양성 대장염(ulcerative colitis: UC), 크론병(Crohn's disease: CD) 및 맹낭염(pouchitis) 중 하나 이상으로부터 선택되는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  26. 제14항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 위장 질환 또는 장애는 염증성 장 질환(IBD), 과민성 대장 증후군(IBS), C. 디피실레 감염(CDI), C. 디피실레-관련 질환(CDAD) 및 항생제-유도성 부작용으로부터 선택되는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
  27. 제26항에 있어서, 상기 IBD는 궤양성 대장염(UC), 크론병(CD) 및 맹낭염 중 하나 이상으로부터 선택되는, 미생물 칵테일을 제조하는 방법.
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