JP2022541278A

JP2022541278A - 胃腸障害の治療のための方法および産物

Info

Publication number: JP2022541278A
Application number: JP2022503461A
Authority: JP
Inventors: スミス，マーク; ヴォ，アイン－トゥー，エレイン; サドフスキー，ロテム; ヘンスキー，ジョン; ジェラルディン，イレイン; ティンバーレイク，ソニア
Original assignee: フィンチセラピューティクスホールディングスエルエルシー
Priority date: 2019-07-19
Filing date: 2020-07-17
Publication date: 2022-09-22
Also published as: EP3999084A1; EP3999084A4; WO2021016083A1; US20220257670A1; CA3147248A1; AU2020315869A1; CN114514027A; CN116077533A; KR20220049524A

Abstract

本明細書で記載されるのは、腸内菌共生バランス失調に関連する障害の治療に有用な微生物治療薬の送達のための組成物および方法である。本明細書で記載されるのは、対象のＧＩマイクロバイオームを保護するための組成物および方法である。種々の実施形態では、本明細書で提供されるのは、分離または精製された細菌分離株および／または分離または精製された細菌分離株の混合物（例えば、ヒト由来の、例えば、健康なヒトの便由来の）を含む医薬組成物である。【選択図】図３Ｄ

Description

優先権
本出願は、２０１９年７月１９日に出願された米国特許仮出願第６２／８７６，３５８号の利益および優先権を主張する。この仮出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

発明の分野
本発明は、一部は、腸内菌共生バランス失調に関連する障害の治療に有用な細菌分離株および／または細菌分離株混合物の送達のための組成物および方法に関する。

電子申請したテキストファイルの説明
本出願は配列表を含む。これは、「ＦＩＮ－０２０ＰＣ＿ＳＴ２５」という名称のＡＳＣＩＩテキストファイルとしてＥＦＳ－Ｗｅｂ経由で電子申請された。配列表は、６１，４３０バイトのサイズで、２０１９年７月１９日に、またはその前後に作成された。この配列表は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

ヒト消化（ＧＩ）管は、１０００種を超える異なる細菌種および１ｘ１０^１４個を超えると推定される微生物の多様な微生物群を住まわせている。この微生物群は、微生物叢とも呼ばれ（および遺伝成分はマイクロバイオームと呼ばれる）、ヒトの健康にとって重要であることが明らかになった。例えば、健康なマイクロバイオームは、病原体感染に対する抵抗力、栄養素の生合成および吸収、ならびに免疫刺激を含む、複数の利益をヒト宿主に与える。ディスバイオシスまたはマイクロバイオームの破壊は、病原体に対する増大された感受性、代謝プロファイルの変化、および全身性炎症または自己免疫をもたらす。実際に、マイクロバイオームのディスバイオシス（すなわち、腸内菌共生バランス失調）は、ヒト宿主を、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）および過敏性腸症候群（ＩＢＳ）ならびにＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ））を含む病原体による感染症などの胃腸障害を含む種々の病的状態になりやすくし得る。

ＩＢＤは、米国において毎年７０，０００もの新規症例の診断を伴う、１６０万人を超えるアメリカ人に影響を与えている。ＩＢＤは、消化管の慢性炎症を特徴とする。ＩＢＤの２種の最もよくある形態は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）を含む。ＵＣは結腸で起こり、ＣＤは消化管全体に存在し得る。臨床症状は、下痢、腹痛、たまの直腸の出血、体重減、疲労および時々の発熱である。大抵の患者では、ＩＢＤは数ヶ月から数年にわたり続く症状を伴う慢性状態である。現時点では、ＩＢＤの治療法は存在しない。その代わり、現在の治療法は、炎症を低減することによるＧＩ症状の抑制に向けられている。重症例では、結腸切除術、直腸結腸切除術、および回腸瘻造設術を含む外科手術が使用される場合がある。

研究者は、これらの疾患を軽減または無くするために、このような患者の健康なマイクロバイオームを回復することを試みてきた。例えば、１つの手法は、腸に再び住みつかせるための、健康なヒトドナーの便由来の便細菌叢の移植（いわゆる便細菌叢移植（ＦＭＴ））を含む。しかし、この治療は理想的でなく、特に不快である。従って、さらに最近の手法は、合理的に選択された、細菌の所定の混合物を開発することであり、これは、患者により摂取され、便移植に置き換わり得る。この「薬としての微生物」概念は、ＦＭＴの治療効果をより標準化された創薬可能な（ｄｒｕｇｇａｂｌｅ）系に変換することを試みるものである。残念ではあるが、当然のことながら、この手法は早期の失敗に遭遇した。例えば、ＣＤＩ患者を治療するように設計された細菌胞子の混合物であるＳＥＲ－１０９を用いた最近の臨床試験は、第２相試験で主目標を達成できなかった。この薬物は、プラセボと比較して、治療後８週まで、ＣＤＩ再発の相対的リスクを減らすことができなかった。

従って、健康な腸微生物叢を回復し、それにより、胃腸障害などの腸内菌共生バランス失調に関連する種々の障害に対し効果的治療を提供する有効な治療薬の必要性が残されている。

本明細書で記載されるのは、対象のＧＩマイクロバイオームを保護するための組成物および方法である。種々の実施形態では、本明細書で提供されるのは、分離または精製された細菌分離株および／または分離または精製された細菌分離株の混合物（例えば、ヒト由来の、例えば、健康なヒト由来の）を含む医薬組成物である。

本発明の態様は、治療のための細菌分離株を調製する方法であり、方法は、（ｉ）（ａ）健康な対象群、（ｂ）胃腸疾患または障害の患者群、および（ｃ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後に胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解を有する患者群、由来の糞便物質からの細菌の調製物を用意すること、（ｉｉ）細菌の調製物由来の１６ＳｒＲＮＡ配列を分析すること、および（ｉｉｉ）（ａ）胃腸疾患または障害の患者群に比べて健康な対象群で豊富である；および／または（ｂ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する、細菌の調製物由来の菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含むヒトドナーの便由来の細菌分離株を分離すること、を含み、細菌分離株の横断結合ｐ値は、１ｘ１０^－１４未満である。

いくつかの実施形態では、胃腸疾患または障害の患者群に比べて健康な対象群で豊富な菌株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、およびこれらの任意の２種以上から選択される。いくつかの実施形態では、胃腸疾患または障害の患者群に比べて健康な対象群で豊富な菌株は、配列番号１、２、３、４、７、８、９、１１、１２、１４、１５、１６、１８、２０、２１、２２、２３、３４、３５、３６、および３７から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、配列番号２および配列番号１８のヌクレオチド配列と少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する菌株は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含まない；またはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含まない。いくつかの実施形態では、便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する菌株は、配列番号１５のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含むが、配列番号１８、３５、３６または３７から選択されるヌクレオチド配列を含まない；または配列番号３５～３７から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を有するが、配列番号１５および１８から選択されるヌクレオチド配列を含まない。

いくつかの実施形態では、方法は、（ｉｖ）ヒト糞便試料由来の複数の細菌分離株を用意すること；および（ｖ）（ａ）真核細胞集団をヒト由来細菌分離株と接触させること、（ｂ）真核細胞集団中のサイトカインのレベルを測定すること、および（ｃ）真核細胞集団のサイトカインのレベルの調節をできる細菌分離株を選択すること、を含む機能アッセイを実施すること、により第２の治療のための細菌分離株を分離することをさらに含む。いくつかの実施形態では、真核細胞集団は、ＰＢＭＣ集団を含む。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＬ－１０、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２３、およびＩＬ－１２から選択される。

いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、およびこれらの任意の２種以上から選択される。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、配列番号１、２、３、７、１１、１６、１８、２０、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

本発明の態様は、第１と第２の細菌分離株を含む微生物混合物を調製する方法であり、方法は、（ｉ）ヒト便から複数の細菌分離株を分離すること；（ｉｉ）（ａ）真核細胞集団を細菌分離株と接触させること、（ｂ）ＩＬ－１０：ＩＬ－１２比およびＩＬ－１０：ＴＮＦα比を測定すること、および（ｃ）真核細胞とインキュベートした場合、少なくとも約５０：１のＩＬ－１０：ＩＬ－１２比または少なくとも約１：１のＩＬ－１０：ＴＮＦα比を誘導できる細菌分離株を第１の細菌分離株として特定すること、を含む第１の機能アッセイを実施すること；（ｉｉｉ）（ａ）細菌分離株により産生された短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルを測定すること、および（ｂ）少なくとも約１０ｍＭの濃度でＳＣＦＡを産生する細菌分離株を第２の細菌分離株として特定すること、を含む第２の機能アッセイを実施すること、および（ｉＶ）第１と第２の細菌分離株を混合して微生物混合物を生成すること、を含む。

いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの任意の２種以上から選択される。いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株は、配列番号１、２、３、７、１１、１２、１６、１７、１８、２０、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、真核細胞集団は、ＰＢＭＣ集団を含む。

いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸、およびこれらの任意の２種以上から選択される。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、酪酸である。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの任意の２種以上から選択される。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、配列番号１、２、３、７、８、１７、１９、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、方法は、（ｉ）（ａ）健康な対象群、（ｂ）胃腸疾患または障害の患者群、および（ｃ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後に胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解を有する患者群、の糞便物質からの細菌の調製物由来の１６ＳｒＲＮＡ配列を分析すること、および（ｉｉ）（ａ）胃腸疾患または障害の患者群に比べて健康な対象群で豊富である；および／または（ｂ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する、細菌の調製物由来の菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含むヒトドナーの便由来の細菌分離株を第３の細菌分離株として分離すること、により微生物混合物中への組み込みのために、第３の細菌分離株を分離することをさらに含む。

いくつかの実施形態では、第３の細菌分離株は、菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

本明細書で開示のいずれかの実施形態では、胃腸疾患または障害は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、抗生物質誘発性有害作用から選択され得る。いくつかの実施形態では、ＩＢＤは、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）、および回腸嚢炎の１種または複数から選択される。いくつかの実施形態では、胃腸疾患または障害は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、抗生物質誘発性有害作用から選択される。いくつかの実施形態では、ＩＢＤは、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）、および回腸嚢炎の１種または複数から選択される。

本明細書で開示されるのは、細菌分離株の混合物を含む医薬組成物であり、少なくとも１種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも３種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも４種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも５種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも６種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも７種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも８種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも９種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０種の細菌分離株は、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

本明細書で開示されるのは、複数の細菌分離株を含む医薬組成物であり、この複数の細菌分離株は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅからなる群より選択される少なくとも２種の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅは、配列番号２２または配列番号２３の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒは、配列番号２に少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅは、配列番号８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の細菌分離株は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含まない。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含まない。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の細菌分離株は、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含まない。

いくつかの実施形態では、少なくとも２種の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号１４に少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８に少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍは、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍおよびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓの少なくとも１種を含まない。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓは、配列番号３と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８に少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍは、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、およびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、およびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓは、配列番号３と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍは、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍは、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、少なくとも２種の細菌分離株は、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含み、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓは、配列番号３と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓは、配列番号１７と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、またはＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種を含まない。

本明細書で開示されるのは、複数の細菌分離株を含む医薬組成物であり、この複数の細菌分離株は、ＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、ならびにＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓおよびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種を含まない。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、およびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓのそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅは、配列番号８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓは、配列番号３と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍのそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓは、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅは、配列番号８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍは、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、上記医薬組成物中の複数の細菌分離株の１種または複数は、組成物を投与される対象の腸中で短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を分泌する。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは酪酸である。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも５ｍＭである。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも１０ｍＭである。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも１５ｍＭである。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも２０ｍＭである。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも２５ｍＭである。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも３０ｍＭである。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも３５ｍＭである。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルは、少なくとも４０ｍＭである。いくつかの実施形態では、少なくとも１種のＳＣＦＡを産生する１種または複数の細菌分離株は、表２で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

本明細書で開示されるのは、複数の細菌分離株を含む医薬組成物であり、この複数の細菌分離株は、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅ、ならびにＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの少なくとも１種を含む細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの両方を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの１種を含まない。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓまたはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅ、ならびにＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓのそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅは、配列番号５と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、配列番号２０と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉは、配列番号１５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａは、配列番号６と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉは、配列番号４と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．は、配列番号３４と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓは、配列番号１１および配列番号１６の少なくとも１つと少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓは、配列番号１２と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅ、ならびにＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓのそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅは、配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、配列番号２０と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉは、配列番号１５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａは、配列番号６と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍは、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．は、配列番号３４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓは、配列番号１１および配列番号１６の少なくとも１つと少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓは、配列番号１２と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

本明細書で開示されるのは、複数の細菌分離株を含む医薬組成物であり、この複数の細菌分離株は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、ならびにＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓおよびＤｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓまたはＤｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの１種を含まない。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、およびＢｌａｕｔｉａｓｐ．の少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、およびＢｌａｕｔｉａｓｐ．のそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉは、配列番号１５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓは、配列番号１１と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａは、配列番号６と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、配列番号２０と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓは、配列番号１２と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．は、配列番号３４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、上記医薬組成物のいずれかの複数の細菌分離株は、表３で与えられる細菌分離株の少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、真核細胞によるサイトカイン産生または放出を調節する。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、真核細胞による炎症促進性サイトカインの産生または放出を低減する。いくつかの実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＦＮγ、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１（例えば、ＩＬ－１α、ＩＬ－１β）、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１２、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８、ＩＬ－２３、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、ＴＮＦα、ＴＮＦ－γ、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、真核細胞による抗炎症性サイトカインの産生または放出を高める。いくつかの実施形態では、抗炎症性サイトカインは、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＴＧＦ－β、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、抗炎症性サイトカインは、ＩＬ－１０である。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、少なくとも５００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、少なくとも１０００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、少なくとも１５００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、少なくとも２０００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、少なくとも２５００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の細菌分離株は、少なくとも３０００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、真核細胞は、培養細胞である。いくつかの実施形態では、培養細胞は、末梢血単核球細胞（ＰＢＭＣ）である。いくつかの実施形態では、真核細胞は、組成物を投与される対象の細胞である。いくつかの実施形態では、対象の細胞は、上皮細胞、腸粘膜固有層細胞、内皮細胞、線維芽細胞、間質細胞、マクロファージ、Ｂリンパ球、Ｔリンパ球、マスト細胞、および末梢血単核球（ＰＢＭＣ）からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、対象の細胞は、上皮細胞であり、上皮細胞は、腸内上皮細胞である。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、経口投与用のカプセルとして処方される。いくつかの実施形態では、カプセルは、遅延放出コーティングを含む。いくつかの実施形態では、カプセルは、疎水性コーティングを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、微生物混合物の腸への送達用に処方される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、微生物混合物の小腸への送達用に処方される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、微生物混合物の大腸への送達用に処方される。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、凍結乾燥される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容可能な抗酸化剤、凍結保護物質、凍結乾燥保護剤、結合剤、崩壊剤、賦形剤、充填剤、防腐剤、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２拮抗薬、および／またはプロトンポンプ阻害剤の少なくとも１種をさらに含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、腸内菌共生バランス失調に関連する障害を有する対象への投与用である。いくつかの実施形態では、障害は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、抗生物質誘発性有害作用、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される。

本明細書で開示されるのは、それを必要としている対象において過敏性腸症候群を治療するまたは予防する方法であり、方法は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む細菌分離株を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、配列番号２６と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む細菌分離株および／またはＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｓｐ．を含む細菌分離株を対象に投与することをさらに含む。

本明細書で開示されるのは、細菌分離株の混合物を含む医薬組成物を製造する方法であり、方法は、第１の細菌分離株により産生される短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルに基づいて第１の細菌分離株を選択すること；炎症性腸疾患を有する対象に対する、健康なヒト対象の対応する菌株の相対存在量に基づいて第２の細菌分離株を選択することであって、第２の細菌分離株が、対応する菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、選択すること；および第１と第２の細菌分離株を混合し、細菌分離株の混合物を製造すること、を含む。いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株は、表２で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、表４で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、方法は、細菌分離株によるサイトカインのレベルの調節に基づいて第３の細菌分離株を選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の細菌分離株は、表３で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

本明細書で開示されるのは、第１の機能アッセイで真核細胞の集団と共にインキュベートされた場合に少なくとも５０のＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比または少なくとも１のＩＬ－１０：ＴＮＦαの比の少なくとも１つを誘導する、第１のヒト由来細菌分離株：および第２の機能アッセイで測定して少なくとも１０ｍＭの濃度で短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生する、第２のヒト由来細菌分離株、を含む医薬組成物であり、第１と第２の細菌分離株は、医薬組成物を対象に投与後に対象の腸中に生着できる。

ある態様では、ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比は、少なくとも１００である。ある態様では、ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比は、少なくとも５００である。ある態様では、ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比は、少なくとも１０００である。ある態様では、ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比は、少なくとも２０００である。ある態様では、ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比は、少なくとも２である。ある態様では、ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比は、少なくとも５である。ある態様では、ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比は、少なくとも１０である。ある態様では、ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比は、少なくとも２０である。ある態様では、真核細胞集団は、ＰＢＭＣ集団を含む。ある態様では、第１のヒト由来細菌分離株は、真核細胞中断と共に約２４時間にわたりインキュベートされる。ある態様では、ＳＣＦＡは、酪酸である。ある態様では、ＳＣＦＡは、少なくとも２０ｍＭの濃度で産生される。ある態様では、ＳＣＦＡは、少なくとも２５ｍＭの濃度で産生される。ある態様では、ＳＣＦＡは、少なくとも３０ｍＭの濃度で産生される。ある態様では、ＳＣＦＡは、少なくとも３５ｍＭの濃度で産生される。ある態様では、ＳＣＦＡは、酪酸である。

ある態様では、第２の機能アッセイは、第２の細菌分離株を基質と共にインキュベートすることを含む。ある態様では、基質は、オリゴ糖、サンファイバー、または大麦麦芽の少なくとも１種を含む。ある態様では、オリゴ糖は、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）およびキシロオリゴ糖（ＸＯＳ）の少なくとも１種を含む。ある態様では、基質は、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）およびキシロオリゴ糖（ＸＯＳ）の両方を含む。ある態様では、第２の細菌分離株は、表２で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある態様では、第２の細菌分離株は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｓｐ．を含む。ある態様では、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｓｐ．は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓである。ある態様では、第２の細菌分離株は、配列番号３に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある態様では、第２の細菌分離株は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．を含む。ある態様では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓである。ある態様では、第２の細菌分離株は、配列番号１９に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある態様では、第２の細菌分離株は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．を含む。ある態様では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅである。ある態様では、第２の細菌分離株は、配列番号８に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある態様では、第２の細菌分離株は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．を含む。ある態様では、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓである。ある態様では、第２の細菌分離株は、配列番号１７に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある態様では、第１の細菌分離株は、表３で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

本明細書で開示されるのは、炎症性腸疾患を治療する方法であり、方法は、第１と第２のヒト由来細菌分離株を含む医薬組成物をそれを必要としている対象に投与することを含む。ある態様では、第１と第２の細菌分離株の少なくとも１種の投与量は、１０^１０細胞／ｍｌ未満である。

ある態様では、複数の細菌分離株を含む医薬組成物が提供され、複数の細菌分離株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、ならびにＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種を含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種は、異なるドナーの便試料から分離される。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのそれぞれメンバーである２種の異なる細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含む。

ある態様では、複数の細菌分離株を含む医薬組成物が提供され、複数の細菌分離株は、種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのそれぞれメンバーである２種の異なる細菌分離株を含む。

いくつかの実施形態では、２種の異なる細菌分離株は、異なるヒトドナーの便試料から分離される。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれをさらに含む。

ある態様では、それを必要としている対象において過敏性腸症候群を治療するまたは予防する方法が提供され、方法は、対象に複数の細菌分離株を投与することを含み、細菌分離株の１種は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種は、異なる医薬組成物中で対象に投与される。

いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれをさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれ、および種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのそれぞれメンバーである２種の異なる細菌分離株をさらに含む。

ある態様では、製造の方法が提供され、方法は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを純粋培養として培養すること；およびＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓの純粋培養物由来の細菌を凍結乾燥してＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ凍結乾燥物を製造すること、を含む。

いくつかの実施形態では、方法は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ凍結乾燥物と第２の凍結乾燥物とを組み合わせることをさらに含み、第２の凍結乾燥物は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種の純粋培養物由来の細菌を凍結乾燥することにより製造される。

ある態様では、複数の細菌分離株を含む医薬組成物が提供され、複数の細菌分離株の第１の細菌分離株の細胞の量は、複数の細菌分離株の第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１％多く、複数の細菌分離株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａからなる群より選択される。

いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株の細胞の量は、第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１０％多い。いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株は、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの１種を含む。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１種を含む。いくつかの実施形態では、第１と第２の細菌分離株は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株は、配列番号７と少なくとも約９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、配列番号１と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

ある態様では、複数の細菌分離株を含む医薬組成物が提供され、複数の細菌分離株の第１の細菌分離株の細胞の量は、複数の細菌分離株の第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１％多く、第１と第２の細菌分離株のそれぞれは、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。

いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株の細胞の量は、第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１０％多い。いくつかの実施形態では、第１の細菌分離株は、配列番号７と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、配列番号１と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

ある態様では、細菌分離株を含む医薬組成物が提供され、細菌分離株は、（ｉ）潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者群と比較して健康な対象の群で豊富である菌株、および／または（ｉｉ）便細菌叢移植患者群のそれぞれの患者の治療後患者群における１つまたは複数のＵＣ症状の臨床的寛解と相関する菌株、の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含み、菌株の横断結合ｐ値（ｃｒｏｓｓ－ｓｅｃｔｉｏｎａｌｃｏｍｂｉｎｅｄｐ－ｖａｌｕｅ）は、１ｘ１０^－１０未満である。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、菌株の横断結合ｐ値は、１ｘ１０^－１４未満である。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、菌株の横断結合ｐ値は、１ｘ１０^－２０未満である。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉを含む。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉは、配列番号１８と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの態様では、本明細書で記載の医薬組成物をそれを必要としている対象に投与することを含む、炎症性腸疾患を治療する方法が提供される。

本明細書で記載のいずれの態様または実施形態も、本明細書で開示のいずれか他の態様または実施形態と組み合わせることができる。

基質緩衝液中で２４時間のインキュベーション後に種々の細菌分離株により分泌される酪酸濃度（ｍＭ）を測定する短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）定量化アッセイの結果を示すグラフである。は、炭素数に正規化した変換酪酸のパーセンテージを示す。種々の細菌分離株に対応する菌株の投与量と、対象への株を含む未培養糞便細菌の投与後の株の生着との間の相関を示す。炎症誘導Ｅ．ｃｏｌｉで処理したＰＢＭＣと共にインキュベートされた場合の、ＩＬ－２３（３Ａ）、ＴＮＦα（図３Ｂ）、ＩＬ－１０（図３Ｃ）、ＩＦＮγ（図３Ｄ）およびＩＬ－１２ｐ７０（図３Ｅ）から生ずる８株細菌混合物の抗炎症効果を示す。炎症誘導Ｅ．ｃｏｌｉで処理したＰＢＭＣとインキュベートされた場合の、ＩＬ－２３（図４Ａ）、ＴＮＦα（図４Ｂ）、ＩＬ－１０（図４Ｃ）、ＩＦＮγ（図４Ｄ）およびＩＬ－１２ｐ７０（図４Ｅ）に対する７株細菌混合物の抗炎症効果を示す。分離株を含む医薬組成物の無菌マウスへの投与後の４種の細菌分離株の生着を示す。

本明細書で記載されるのは、腸内菌共生バランス失調に関連する種々の障害の効果的予防および／または治療のために利用できる細菌分離株および細菌分離株混合物である。

本明細書で別段の定義がない限り、用語は、当業者による通常の使用に従って理解されるべきである。

本開示および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈により別義が明示されない限り、複数形も同様に包含することが意図される。

本明細書で使用される場合、「および／または」という用語は、１つまたは複数の関連リスト項目の可能な組み合わせのいずれかおよび全て、ならびに別の方法で解釈される場合（「または」）には組み合わせの欠如を指しかつ包含する。

本明細書で使用される場合、「約（ａｂｏｕｔ）」および「約（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、パーセンテージ、密度、体積などの測定可能な値を指すとき、約２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％あるいはさらに０．１％の指定量の変動を包含することを意味する。

本明細書で使用される場合、「実質的に（ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ）」という用語は、性質を修飾するために使用される場合、その性質が失われることなく、ある程度の変動を通常許容する。例えば、特定の態様では、このような変動の程度は、０．１％未満、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、１～２％、２～３％、３～４％、４～５％、または５％超であり得る。

本発明で使用する場合、用語「治療すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」は、（ｉ）疾患、障害、もしくは状態の進行を、例えば、その発達を阻止して、完全にまたは部分的に抑制すること、（ｉｉ）疾患、障害、もしくは状態を、例えば、その疾患、障害、もしくは状態の退行を引き起こして、完全にもしくは部分的に緩和すること、または（ｉｉｉ）疾患、障害、および／もしくは状態になりやすいが、未だそれを有すると診断されていない患者において、疾患、障害、もしくは状態が発症することを完全にもしくは部分的に防ぐこと、を指す。同様に、「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、治療的処置と予防的または防止的処置の両方を指す。

本発明で使用する場合、「治療有効量」、または「薬学的に活性な投与量」は、示された疾患、障害、または状態の治療に効果的である、組成物の量を指す。

本発明で使用する場合、「微生物叢」および「細菌叢」は、真核生物、古細菌、細菌、およびウィルス（細菌ウィルス（すなわちファージ）を含む）を含む、持続的におよび一時的に、対象の体内または体上に生存する微生物の集団を指す。非選択の便細菌叢は、選択なしにドナーの糞便試料に由来し、かつこのような糞便試料に見出される微生物の成分および集団構造に実質的に類似している糞便微生物の集団または混合物を指す。

本発明で使用する場合、「滅菌糞便濾液」または「非細胞糞便濾液」は、糞便物質の液体成分を指し、この液体成分は、細胞系の生物（例えば、細菌、真菌、またはそれらの胞子）を含まないかまたは実質的に含まないが、バクテリオファージおよび非細胞の生体物質を保持する。いくつかの実施形態では、非細胞または滅菌糞便濾液はまた、真核宿主細胞に対するウィルスも含まない。

本発明で使用する場合、「真核生物」は、核および膜結合型オルガネラを含む細胞に属することを指す。

本発明で使用する場合、「細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）」、「細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）」、および「古細菌（ａｒｃｈａｅａ）」は、膜結合核およびオルガネラを欠く単細胞の原核生物を指す。

本発明で使用する場合、「コロニー形成単位」（ｃｆｕ）は、与えられた試料中の生存可能な微生物細胞の数の推定値を指す。

本発明で使用する場合、「生存可能」は、増殖する能力を有することを意味する。一実施形態では、細菌胞子は、生存可能である。別の実施形態では、増殖型細菌細胞は生存可能である。

本明細書で使用される場合、「糞便細菌」は、糞便中で見出すことができる細菌を指す。

本発明で使用する場合、「分離された（ｉｓｏｌａｔｅｄ）」または「精製された（ｐｕｒｉｆｉｅｄ）」は、（１）最初に産生されるとき（天然もしくは実験的環境において）にそれが結合された少なくともいくつかの構成要素から分離された、および／または（２）ヒトの手によって、産生、調製、精製、および／または製造された、細菌または他の実体または物質を指す。分離または精製された細菌は、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％の、またはそれを超える、それらが最初に結合された他の構成要素から分離されてよい。

本発明で使用する場合、「細胞傷害性」活性または細菌は、病原性細菌細胞などの細菌細胞を死滅させる能力を含む。「細胞増殖抑制」活性または細菌は、病原性細菌細胞などの細菌細胞の成長、代謝、および／または増殖を、部分的にまたは完全に、抑制する能力を含む。

本発明で使用する場合、細菌または任意の他の生物または実体に関する用語「病原体（ｐａｔｈｏｇｅｎ）」および「病原性（ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ）」は、生物または実体を含む宿主生物の疾患、障害、または状態を引き起こすか、または、それらに影響を及ぼすことのできる、任意の生物または実体を含む。

本発明で使用する場合、「胞子」または「胞子」集団は、通常、生存可能であり、熱および殺菌剤などの環境の影響に対してその細菌の栄養型より耐性であり、通常、発芽および増殖できる、細菌（または他の単細胞生物）を含む。「胞子菌」または「胞子形成可能な」細菌は、好適な環境条件下で胞子を産生するための遺伝子および他の必要な能力を含むような細菌である。

本発明で使用する場合、２つ以上の細菌の「組み合わせ」は、同じ物質もしくは生成物、または物理的に結合された生成物のいずれかにおける２種の細菌の物理的な共存在、および２種の細菌の一時的共投与または共局在を含む。

本明細書で使用される場合、「細菌分離株」は、単一の先祖細菌細胞から二分裂を介して増殖により（例えば、細菌を培養することにより）生成された遺伝的にほぼ同一の細菌細胞の集団を指す。通常、細菌分離株は元々、遺伝的に純粋な細胞または細胞集団として、例えば、固体培地上で、もしくは液体培養での段階希釈を介して、単一コロニーとして分離され、その後、アーカイブに保管されて（例えば、凍結ストックとして）、分離株のための一貫性のある、安定な供給源を提供する。分離されると、いくつかの実施形態では、細菌分離株は、純粋な細胞集団として増殖できる；他の実施形態では、複数の細菌の分離株が同じ容器中で混合培養物として同時に増殖されてよい。用語の「実質的に遺伝的に同一の」は、共通の先祖からのそれらの増殖のために、混入のない混合物中の異なる細胞により共有されるが、比較的希な変異の蓄積が原因で集団内の軽微な遺伝的非類似度のある、極めて高い（＞９９％）遺伝的同一性を指す。一般に、細菌分離株は、培養細胞集団と同義である。通常、細菌分離株は、非病原細菌から構成される。

本明細書で使用される場合、「微生物混合物」という用語は、「複合微生物系」または「合成細菌混合物」または「細菌混合物」と呼ばれることもあり、複数の細菌分離株の所定のコンソーシアムを含む設計された組成物（例えば、医薬組成物）を指す。用語「複数の細菌分離株の所定のコンソーシアム」は、微生物混合物が、２種以上の細菌分離株を含むこと、および混合物中の各細菌分離株の数と同一性が既知であり、それにより混合物は、別々のバッチ全体にわたり安定な特性を有する医薬組成物として一貫して製造できる（例えば、分離菌株を混合することにより）ことを意味する。本明細書では、細菌分離株の「同一性」は、分離株を１種または複数の他の分離株または菌株とは異なるとして、一意的に分離株を特定する分離株の任意の特性を指してよい。識別特性の例は、１６ＳｒＲＮＡ配列などのＤＮＡ配列、１つまたは複数のコーディングまたはノンコーディング領域および全体ゲノム配列、遺伝子発現レベル、生理学的または代謝形質、または染色パターンまたは細胞壁特性などの解剖学的形質を含む。

本明細書で記載の微生物混合物またはコンソーシアム（例えば、糞便起源の菌株由来）は、「未培養便細菌叢」を含む組成物（例えば、医薬組成物）と区別でき、それは、培地中で株を培養することなく、便試料から少なくとも部分的に抽出または精製された複数の菌株の混合物を指す。便試料から微生物叢または糞便細菌の集団を抽出するために取るべきステップは、例えば、糞便細菌株を繊維および粗い粒子状物質、ならびに、例えば、真核生物の宿主細胞およびウィルスから糞便細菌株を分別するための、便試料のホモジナイゼーションおよび濾過を含み得る。未培養便細菌叢を含む医薬組成物の調製は、いくつかの実施形態では、微生物叢からの特定のタイプ（例えば、種）の細菌の除去、および／または１つまたは複数の菌株の微生物叢への添加を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は、未培養便細菌叢と組み合わせた１つまたは複数の培養菌株（例えば、細菌分離株）を含み得る。

本明細書では、「未培養糞便細菌」または「未培養糞便細菌の調製」は、株を培養することなく（例えば、培養培地中で）、１種または複数の便試料から回収され、抽出または精製された、複数の非病原性生存可能菌株を含む調製物を指す。このような未培養糞便細菌の調製物はまた、未培養糞便細菌の一群または未培養糞便細菌の集団とも呼ばれ得る。特定の実施形態では、未培養便細菌叢は、未培養糞便細菌の調製物を含む。

本開示は、細菌分離株（例えば、単一微生物分離株または微生物混合物）および未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の両方を含む組成物（例えば、医薬組成物）を意図する。例えば、特定の実施形態では、組成物は、実質的に完全な便細菌叢または１種または複数の細菌分離株を補充したまたはそれを「添加した」健康な個体の便試料から抽出または生成された未培養糞便細菌の調製物を含み得る。

本明細書では、用語「微生物混合物」および「微生物治療薬」は、細菌分離株、微生物混合物、未培養糞便細菌の調製物および／または未培養便細菌叢を組み込んだ任意の組成物または治療薬を広範に包含すると意図される。

本明細書では、１６ＳｒＲＮＡ配列に関連して使われる場合、「少なくとも９５％」は、参照ＤＮＡ配列に対し、少なくとも９５％、少なくとも９５．５％、少なくとも９６％、少なくとも９６．５％、少なくとも９７％、少なくとも９７．５％、少なくとも９８％、少なくとも９８．５％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％または１００％の同一性を共有する対象ＤＮＡ配列を指す。

本発明で使用する場合、「対象」は、ヒト、実験室動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、シチメンチョウ、ニワトリ）、およびペット（例えば、イヌ、ネコ、げっ歯類、など）を含む任意の動物対象を指す。いくつかの実施形態では、対象および／または動物は、哺乳動物、例えば、ヒト、マウス、ラット、モルモット、イヌ、ネコ、ウマ、雌ウシ、ブタ、ウサギ、ヒツジ、または非ヒト霊長類、例えば、サル、チンパンジー、もしくはヒヒである。他の実施形態では、対象および／または動物は、非哺乳動物、例えば、ゼブラフィッシュなどである。好ましい対象は、ヒト対象である。ヒト対象は、小児、成人または老人の対象であり得る。いくつかの実施形態では、用語の「患者」および「対象」は、同義に使用される。

本発明で使用する場合、「シャノンの多様度指数」は、与えられた集団に存在する種の豊富さおよび均等度を説明する多様度指数を意味し、これは、式

を用いて、与えられた集団に存在する種の豊富さおよび均等度を指し、式中、Ｈは、シャノンの多様度指数であり、Ｒは、集団における種の全数であり、ｐ_ｉは、ｉ番目の種で構成されるＲの割合である。より高い値は、多様でかつ均等に分布された共同体を示し、０の値は、１つの種のみが与えられた共同体内に存在することを示す。さらなる参考文献としては、ＳｈａｎｎｏｎａｎｄＷｅａｖｅｒ，（１９４９）Ｔｈｅｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌｔｈｅｏｒｙｏｆｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ．ＴｈｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＩｌｌｉｎｏｉｓＰｒｅｓｓ，Ｕｒｂａｎａ．１１７ｐｐを参照のこと。

本発明で使用する場合、「抗生物質」は、細菌を死滅させる、細菌の増殖を阻害する、または細菌の生存率を低減することにより細菌の感染を治療および／または防ぐために使用される物質を指す。

本発明で使用する場合、「間欠投与スケジュール」は、治療用組成物が一定期間投与され（初期治療期間）、その後、このような治療的組成物による治療が差し控えられる第２の期間（休止期間）が続く、投与スケジュールを指す。休止期間に任意選択で、再度投与される（初期治療期間と同じまたは異なる投与量で）第３の期間が続き、これに、必要に応じて、さらなる休止および治療期間が続き得る。間欠投与レジメンは、日または週での治療期間／日または週での休止期間として表され得る。例えば、４／１の間欠投与スケジュールは、場合に応じて、治療期間が４週間／日であり、休止期間が１週間／日である間欠投与スケジュールを指す。

本発明で使用する場合、「連続投与スケジュール」は、医薬組成物が休止期間なしで治療期間の間投与される、投与スケジュールを指す。連続投与スケジュールの治療期間全体にわたって、医薬組成物は、例えば、毎日、１日おき、または３日おきに投与され得る。医薬組成物が投与される日に、それは、その日全体にわたって、単回用量、または複数用量で投与され得る。

本発明で使用する場合、「投与頻度」は、与えられた時間における医薬組成物の用量を投与する頻度を指す。投与頻度は、例えば、１日に１回、週に１回、または２週間に１回のように、与えられた時間当たりの投与回数として示され得る。

本発明で使用する場合、「投与間隔」は、対象に投与される医薬組成物の連続投与量間に経過する時間の量を指す。

本明細書で使用される場合、「腸内菌共生バランス失調に関連する障害」または「ＧＩディスバイオシスに関連する障害」または「ディスバイオシス」は、例えば、特定の望ましくない菌株を含むおよび／または特定の望ましい菌株を欠く、非定型のまたは不健康なマイクロバイオームにより引き起こされる障害または疾患を指す。例としては、限定されないが、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、抗生物質誘発性有害作用が挙げられる。ＩＢＤの例としては、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）、および回腸嚢炎が挙げられる。

一態様では、対象は、腸内菌共生バランス失調に関連する障害と診断されている。別の態様では、治療される対象は、腸内菌共生バランス失調に関連する障害のリスクがある、またはその障害に罹りやすい。いくつかの態様では、治療される対象は、腸内菌共生バランス失調に関連する障害が予防されるべき対象である。

細菌分離株および微生物混合物
本明細書で記載されるのは、腸内菌共生バランス失調、例えば、胃腸障害に関連する種々の障害の治療における細菌分離株および細菌分離株の混合物の医薬組成物、製剤、製造の方法、および使用である。

いくつかの態様では、医薬組成物は、表１で与えられる細菌分離株の１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９５％同一、少なくとも９５．５％同一、少なくとも９６％同一、少なくとも９６．５％同一、少なくとも９７％同一、少なくとも９７．５％同一、少なくとも９８％同一、少なくとも９８．５％同一、少なくとも９９％同一、少なくとも９９．５％同一、または１００％同一）である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、単一細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも２種の細菌分離株、少なくとも３種の細菌分離株、少なくとも４種の細菌分離株、少なくとも５種の細菌分離株、少なくとも６種の細菌分離株、少なくとも７種の細菌分離株、少なくとも８種の細菌分離株、少なくとも９種の細菌分離株、少なくとも１０種の細菌分離株、またはより大きな数の細菌分離株、例えば、１５、２０、２５、３０種、またはそれを超える数の細菌分離株を含む微生物混合物である。いくつかの実施形態では、例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０種の細菌分離株のそれぞれは、表１で与えられる細菌分離株の１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、糞便細菌を含む。一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、健康なヒトドナーの便試料のから抽出、分離および／または培養された１種または複数の細菌分離株を含む。一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、１種以上、２種以上、３種以上、４種以上、５種以上の、分離、精製、または培養された微生物を含む。

一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種の糞便微生物（例えば、細菌分離株）を含む。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐ．を含む細菌分離株は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒＬａｎｅｕｓを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｃｏｃｃｏｉｄｅｓを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｐｒｏｄｕｃｔａを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｓｃｈｉｎｋｉｉを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｌｕｔｉを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｈａｎｓｅｎｉｉを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｆａｅｃｉｓを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｓｔｅｒｃｏｒｉｓを含む。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．を含む細菌分離株は、Ｂｌａｕｔｉａｗｅｘｌｅｒａｅを含む。

一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、生存可能なＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｏｎｉｌｉａ、またはこれらの任意の組み合わせを含まない。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、生存可能なＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓｓｐ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓｓｐ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、ＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｒｏｄｕｃｔｕｓＩＩ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｅｕｔａｃｔｕｓ、ＣｏｌｌｉｎｓｅｌｌａａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓＩＩＩ、ＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｒｏｄｕｃｔｕｓＩ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｂｒｏｍｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｉｒａｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｔｏｒｑｕｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｅｌｉｇｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｌｅｐｔｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓｓｐ．Ａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｉｆｏｒｍｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｉｎｆａｎｔｉｓ、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅＩＩＩ－Ｆ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓａｌｂｕｓ、Ｄｏｒｅａｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｈａｌｌｉｉ、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍＩ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｕｓｓｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｏｂｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｒａｍｏｓｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏｃｒｏｓｓｏｔｕｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓｓｐ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓＡＲ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃａｔｕｓ、Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍＣＨ－１、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、ＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓＢＬ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｉｍｏｓｕｍ、Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａｐｒａｅａｃｕｔａ、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓＬ、ＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍＩ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｒａｍｏｓｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍａｃｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、ＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓＡＴ、ＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓＡＵ－１、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓｓｐ．ｏｖａｔｕｓ、－ｓｐ．ｄ、－ｓｐ．ｆ；ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓＬ－１、Ｌ－５；Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、Ｇｅｍｅｌｌａｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａｍａｇｎｕｓ、ＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓＧ、－ＡＵ－２；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔａｒｉｓ、ＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓＣＯＧｅｍｍｉｇｅｒＸ、ＣｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓＢＨ、－ＣＣ；Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｅｎｕｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒａｍｕｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓｓｐ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｏｒａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐ．（ｅ．ｇ．Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓａｎｄ／ｏｒＯｄｏｒｉａｃｔｅｒｌａｎｅｕｓ）、Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓｐｉｇｒａ、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓＧ、ＳｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏＡ、またはこれらの組み合わせを含まない。

種々の実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、ヒトから分離または精製された細菌分離株を含む。種々の実施形態では、本明細書で記載の微生物混合物中に組み込まれる細菌分離株の全てまたはサブセットは、ヒトから分離または精製される。例えば、１種または複数の細菌分離株は、感染病原体に関し事前にスクリーニングされた１人または複数の健康なヒトドナーの便試料から精製または分離できる。他の例では、細菌分離株はＧＩ管中の流体の吸引物、またはＧＩ管中の部位からの粘膜の生検材料から分離または精製できる。

いくつかの実施形態では、医薬組成物または微生物混合物は、複数のヒトドナーの便試料から分離または精製された複数の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物または微生物混合物は、単一のヒトドナーのみの便試料から分離または精製された複数の細菌分離株を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物に組み込まれる細菌分離株は、生存増殖型細胞を含む。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、胞子を形成できる細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、胞子、例えば、生存可能胞子の形態の細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、生存増殖型細胞および胞子の形態の細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、生存増殖型細胞を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、全微生物混合物は、生存増殖型細胞を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、胞子を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、全微生物混合物は、胞子を実質的に含まない。

いくつかの態様では、医薬組成物は、表１で与えられる細菌分離株、または表１で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の少なくとも１種を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は、表１で与えられる細菌分離株の少なくとも２種、または表１で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の少なくとも２種を含む微生物混合物を含む。表１のそれぞれの細菌分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、およびその１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）により識別される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、約２～約５０種の細菌分離株、約３～約５０種の細菌分離株、約３～約４５種の細菌分離株、約３～約４０種の細菌分離株、約３～約３５種の細菌分離株、約３～約３０種の細菌分離株、約３～約２０種の細菌分離株、約３～約１５種の細菌分離株、約３～約１０種の細菌分離株、および約３～約９種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、約３０種の細菌分離株、または約２９種の細菌分離株、または約２８種の細菌分離株、または約２７種の細菌分離株、または約２６種の細菌分離株、または約２５種の細菌分離株、または約２４種の細菌分離株、または約２３種の細菌分離株、または約２２種の細菌分離株、または約２１種の細菌分離株、または約１９種の細菌分離株、または約１８種の細菌分離株、または約１７種の細菌分離株、または約１６種の細菌分離株、または約１５種の細菌分離株、または約１４種の細菌分離株、または約１３種の細菌分離株、または約１２種の細菌分離株、または約１１種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は１０種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は９種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は８種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は７種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は６種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は５種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は４種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は３種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は２種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、少なくとも２種の細菌分離株、少なくとも３種の細菌分離株、少なくとも４種の細菌分離株、少なくとも５種の細菌分離株、少なくとも６種の細菌分離株、少なくとも７種の細菌分離株、少なくとも８種の細菌分離株、少なくとも９種の細菌分離株、少なくとも１０種の細菌分離株、またはより大きな数の細菌分離株、例えば、１５、２０、２５、３０種、またはそれを超える数の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、３、４、５、６、７、８、９、または１０種の細菌分離株のそれぞれは、表１で与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１で与えられる、または表１で与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する、約６～約２０種の細菌分離株、または例えば、約６～約１５種の細菌分離株、約６～約１０種の細菌分離株、約６～約９種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１で与えられる、または表１で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する、３０種の細菌分離株、または２９種の細菌分離株、または２８種の細菌分離株、または２７種の細菌分離株、または２６種の細菌分離株、または２５種の細菌分離株、または２４種の細菌分離株、または２３種の細菌分離株、または２２種の細菌分離株、または２１種の細菌分離株、または２０種の細菌分離株、または１９種の細菌分離株、または１８種の細菌分離株、または１７種の細菌分離株、または１６種の細菌分離株、または１５種の細菌分離株、または１４種の細菌分離株、または１３種の細菌分離株、または１２種の細菌分離株、または１１種の細菌分離株、または１０種の細菌分離株、または９種の細菌分離株、または８種の細菌分離株、または７種の細菌分離株、または６種の細菌分離株、または５種の細菌分離株、または４種の細菌分離株、または３種の細菌分離株、または２種の細菌分離株、または１種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１で与えられる、または表１で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する、８種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１で与えられる、または表１で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する、７種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１で与えられる、または表１で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する、６種の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１で与えられる、または表１で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する、１種の細菌分離株を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物に組み込まれた細菌分離株は、組成物を投与された対象の健康を改善できる。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、対象中で機能する１つまたは複数の生物学的機序を誘導するまたはそれに影響を与えることにより対象の健康に強い影響を及ぼす。代表的機序は、対象の腸中の細菌分離株によるＳＣＦＡの産生、または細菌分離株によるサイトカイン産生および／または対象の細胞（例えば、腸内細胞）による放出の調節を含む。別の例では、細菌分離株は、腸内菌共生バランス失調の患者に比べて、健康なヒト対象の腸または便細菌叢中でより豊富である、または腸内菌共生バランス失調の患者に比べて、腸内菌共生バランス失調からの寛解期にあるヒト対象中でより豊富である。健康な対象の腸中の細菌分離株の高められた存在量は、それにより細菌分離株がその効果をもたらす正確な作用機序が理解されなくても（すなわち、細菌分離株は、対象の健康に対し、特定の機序に依存しない効果を有する）、対象の健康に対する細菌分離株の良い影響の兆候であり得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１種または複数の菌株により、１種または複数のＳＣＦＡを産生する、またはＳＣＦＡ産生を高める能力を有する１種または複数の細菌分離株を含む。本明細書で使用される場合、「ＳＣＦＡ」は、１～６個の炭素原子の脂肪族尾部を有する脂肪酸を指す。ＳＣＦＡは、例えば、炭水化物、タンパク質、ペプチドおよび糖タンパク質前駆物質の発酵中などの細菌代謝中に細菌により産生され得る。代表的ＳＣＦＡとしては、限定されないが、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸が挙げられる。理論に束縛されることを意図するものではないが、ＳＣＦＡは、結腸粘膜の健全性維持に重要な役割を果たすと考えられており、腸ＳＣＦＡ産生細菌の存在は、ＵＣなどの特定の腸ディスバイオシスの持続的臨床的寛解に関連する。従って、いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物に組み込まれた細菌分離株は、１種または複数のＳＣＦＡを産生できる。例えば、細菌分離株は、組成物（例えば、微生物混合物を含む）が対象（例えば、ＵＣの対象）へ投与された後、対象の腸中で１種または複数のＳＣＦＡを産生できる。別の例では、細菌分離株は、細菌によりＳＣＦＡ産生を検出および／または測定できるインビトロアッセイで、１種または複数のＳＣＦＡを産生できる。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸、およびこれらの組み合わせからなる群より選択されるＳＣＦＡを産生する。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、２４時間にわたり少なくとも５ｍＭ、少なくとも１０ｍＭ、少なくとも１５ｍＭ、少なくとも２０ｍＭ、少なくとも２５ｍＭ、少なくとも３０ｍＭ、少なくとも３５ｍＭ、少なくとも４０ｍＭ、少なくとも４５ｍＭ少なくとも５０ｍＭ、少なくとも６０ｍＭ、少なくとも７０ｍＭ、少なくとも８０ｍＭ、少なくとも９０ｍＭ、少なくとも１００ｍＭ、少なくとも１１０ｍＭ、少なくとも１２０ｍＭ、少なくとも１３０ｍＭ、少なくとも１４０ｍＭ、少なくとも１５０ｍＭの濃度、または１５０ｍＭより高い濃度でＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を産生する１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、ＳＣＦＡは、機能アッセイ（すなわち、エクスビボで実施され、細菌分離株、微生物混合物、未培養糞便細菌の調製物、または未培養便細菌叢により産生されるＳＣＦＡの濃度または量を一定期間中（例えば、２４時間）に測定するように設計された、アッセイ）で測定される。例えば、機能アッセイは、１種または複数の細菌分離株を基質とインキュベートすること（例えば、２４時間）；および基質の代謝後に１種または複数の細菌分離株により産生されたＳＣＦＡ（例えば、酪酸）のレベルを測定すること、を含み得る。いくつかの実施形態では、基質は、オリゴ糖（例えば、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）またはキシロオリゴ糖（ＸＯＳ））、サンファイバー／部分水解グアーガム）ＰＨＧＧ）、または大麦麦芽の少なくとも１種を含み得る。

ある実施形態では、ＳＣＦＡは、本明細書で記載の組成物を投与された対象の腸中で産生される。

ある実施形態では、医薬組成物は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含み、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓは、２４時間の期間にわたり、少なくとも２０ｍＭ、少なくとも２１ｍＭ、少なくとも２２ｍＭ、少なくとも２３ｍＭ、少なくとも２４ｍＭ、少なくとも２５ｍＭ、少なくとも２６ｍＭ、少なくとも２７ｍＭ、少なくとも２８ｍＭ、少なくとも２９ｍＭ、少なくとも３０ｍＭ、少なくとも３１ｍＭ、少なくとも３２ｍＭ、少なくとも３３ｍＭ、少なくとも３４ｍＭ、少なくとも３５ｍＭ、少なくとも３６ｍＭ、少なくとも３７ｍＭ、少なくとも３８ｍＭ、少なくとも３９ｍＭ、少なくとも４０ｍＭ、少なくとも４１ｍＭ、少なくとも４２ｍＭ、少なくとも４３ｍＭ、少なくとも４４ｍＭ、少なくとも４５ｍＭ、少なくとも４６ｍＭ、少なくとも４７ｍＭ、少なくとも４８ｍＭ、少なくとも４９ｍＭ、少なくとも５０ｍＭの濃度で、または５０ｍＭより高い濃度でＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を産生する。ある実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓは、配列番号２と少なくとも９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

ある実施形態では、医薬組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．（例えば、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ）を含み、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．は、２４時間の期間にわたり、少なくとも２０ｍＭ、少なくとも２１ｍＭ、少なくとも２２ｍＭ、少なくとも２３ｍＭ、少なくとも２４ｍＭ、少なくとも２５ｍＭ、少なくとも２６ｍＭ、少なくとも２７ｍＭ、少なくとも２８ｍＭ、少なくとも２９ｍＭ、少なくとも３０ｍＭ、少なくとも３１ｍＭ、少なくとも３２ｍＭ、少なくとも３３ｍＭ、少なくとも３４ｍＭ、少なくとも３５ｍＭ、少なくとも３６ｍＭ、少なくとも３７ｍＭ、少なくとも３８ｍＭ、少なくとも３９ｍＭ、少なくとも４０ｍＭ、少なくとも４１ｍＭ、少なくとも４２ｍＭ、少なくとも４３ｍＭ、少なくとも４４ｍＭ、少なくとも４５ｍＭ、少なくとも４６ｍＭ、少なくとも４７ｍＭ、少なくとも４８ｍＭ、少なくとも４９ｍＭ、少なくとも５０ｍＭの濃度で、または５０ｍＭより高い濃度でＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を産生する。ある実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．は、配列番号１９と少なくとも９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

ある実施形態では、医薬組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｓｐ．（例えば、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｒｅｃｔａｌｅ）を含み、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｓｐ．は、２４時間の期間にわたり、少なくとも２０ｍＭ、少なくとも２１ｍＭ、少なくとも２２ｍＭ、少なくとも２３ｍＭ、少なくとも２４ｍＭ、少なくとも２５ｍＭ、少なくとも２６ｍＭ、少なくとも２７ｍＭ、少なくとも２８ｍＭ、少なくとも２９ｍＭ、少なくとも３０ｍＭ、少なくとも３１ｍＭ、少なくとも３２ｍＭ、少なくとも３３ｍＭ、少なくとも３４ｍＭ、少なくとも３５ｍＭ、少なくとも３６ｍＭ、少なくとも３７ｍＭ、少なくとも３８ｍＭ、少なくとも３９ｍＭ、少なくとも４０ｍＭ、少なくとも４１ｍＭ、少なくとも４２ｍＭ、少なくとも４３ｍＭ、少なくとも４４ｍＭ、少なくとも４５ｍＭ、少なくとも４６ｍＭ、少なくとも４７ｍＭ、少なくとも４８ｍＭ、少なくとも４９ｍＭ、少なくとも５０ｍＭの濃度で、または５０ｍＭより高い濃度でＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を産生する。ある実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｓｐ．は、配列番号８と少なくとも９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

ある実施形態では、医薬組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．（例えば、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ）を含み、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．は、２４時間の期間にわたり、少なくとも２０ｍＭ、少なくとも２１ｍＭ、少なくとも２２ｍＭ、少なくとも２３ｍＭ、少なくとも２４ｍＭ、少なくとも２５ｍＭ、少なくとも２６ｍＭ、少なくとも２７ｍＭ、少なくとも２８ｍＭ、少なくとも２９ｍＭ、少なくとも３０ｍＭ、少なくとも３１ｍＭ、少なくとも３２ｍＭ、少なくとも３３ｍＭ、少なくとも３４ｍＭ、少なくとも３５ｍＭ、少なくとも３６ｍＭ、少なくとも３７ｍＭ、少なくとも３８ｍＭ、少なくとも３９ｍＭ、少なくとも４０ｍＭ、少なくとも４１ｍＭ、少なくとも４２ｍＭ、少なくとも４３ｍＭ、少なくとも４４ｍＭ、少なくとも４５ｍＭ、少なくとも４６ｍＭ、少なくとも４７ｍＭ、少なくとも４８ｍＭ、少なくとも４９ｍＭ、少なくとも５０ｍＭの濃度で、または５０ｍＭより高い濃度でＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を産生する。ある実施形態では、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．は、配列番号１７と少なくとも９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

ある実施形態では、医薬組成物は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．（例えば、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ）、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｓｐ．（例えば、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｒｅｃｔａｌｅ）、またはＣｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ）を含む２種以上の細菌分離株を含む微生物混合物を含み、微生物混合物は、２４時間の期間にわたり、少なくとも２０ｍＭ、少なくとも２１ｍＭ、少なくとも２２ｍＭ、少なくとも２３ｍＭ、少なくとも２４ｍＭ、少なくとも２５ｍＭ、少なくとも２６ｍＭ、少なくとも２７ｍＭ、少なくとも２８ｍＭ、少なくとも２９ｍＭ、少なくとも３０ｍＭ、少なくとも３１ｍＭ、少なくとも３２ｍＭ、少なくとも３３ｍＭ、少なくとも３４ｍＭ、少なくとも３５ｍＭ、少なくとも３６ｍＭ、少なくとも３７ｍＭ、少なくとも３８ｍＭ、少なくとも３９ｍＭ、少なくとも４０ｍＭ、少なくとも４１ｍＭ、少なくとも４２ｍＭ、少なくとも４３ｍＭ、少なくとも４４ｍＭ、少なくとも４５ｍＭ、少なくとも４６ｍＭ、少なくとも４７ｍＭ、少なくとも４８ｍＭ、少なくとも４９ｍＭ、少なくとも５０ｍＭ、少なくとも６０ｍＭ、少なくとも６５ｍＭ、少なくとも７０ｍＭ、少なくとも７５ｍＭ、少なくとも８０ｍＭ、少なくとも８５ｍＭ、少なくとも９０ｍＭ、少なくとも９５ｍＭ、少なくとも１００ｍＭ、少なくとも１０５ｍＭ、少なくとも１１０ｍＭ、少なくとも１１５ｍＭ、少なくとも１２０ｍＭ、少なくとも１２５ｍＭ、少なくとも１３０ｍＭ、少なくとも１３５ｍＭ、少なくとも１４０ｍＭ、少なくとも１４５ｍＭ、少なくとも１５０ｍＭの濃度で、または１５０ｍＭより高い濃度でＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を産生する。ある実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓは、配列番号２と少なくとも約９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．は、配列番号１９と少なくとも９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｓｐ．は、配列番号８と少なくとも９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。ある実施形態では、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．は、配列番号１７と少なくとも９５％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

さらに、いくつかの実施形態では、本明細書で記載の組成物中で投与された１種または複数の細菌分離株は、健康な個体のものより低いＳＣＦＡ産生レベルを示した、機能性を欠く微生物群（例えば、ＩＢＤ患者の微生物群）を以前に有する対象での健康な個体のものと同等のＳＣＦＡのレベルを産生できる。

特定の実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、細菌分離株と菌株が共通の微生物叢中に一緒に存在する場合に、１種または複数のＳＣＦＡを産生するように１種または複数の菌株を誘導できる。例えば、細菌分離株は、本明細書で記載の組成物中で対象への投与時に、対象の腸微生物叢に内在性の（すなわち、微生物混合物の投与の前に対象の腸中に存在する）１種または複数の菌株を誘導して１種または複数のＳＣＦＡを産生できる。別の例では、本明細書で記載の組成物中で対象に投与される細菌分離株は、対象に投与される第２の細菌分離株（同じまたは異なる組成物中の）を誘導して１種または複数のＳＣＦＡを産生できる。理論に束縛されることを意図するものではないが、第２の細菌分離株によるＳＣＦＡ産生の誘導は、例えば、ＳＣＦＡを生成するために第２の細菌分離株により利用され得る１種または複数の化合物の第１の細菌分離株による産生および放出（例えば、分泌による）を含み得る。一例では、ＳＣＦＡを生成するために第２の菌株により使用される第１の細菌分離株により産生および放出される化合物は、コハク酸、乳酸または乳酸誘導体である。一実施形態では、第１の細菌分離株により産生される化合物（例えば、乳酸または乳酸誘導体）への曝露に応答して第２の細菌分離株により産生されるＳＣＦＡは、酪酸である。乳酸誘導体の非限定的例としては、イソステアロイル乳酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、乳酸カルシウム、乳酸アルミニウム、乳酸アンモニウム、乳酸カリウム、乳酸セチル、乳酸ミリスチル、ステアロイル乳酸ナトリウム、ラクチド、乳酸ブチル、およびおよび乳酸エチルが挙げられる。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物中に含まれる乳酸産生細菌分離株（すなわち、第１の細菌分離株）は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する。例えば、乳酸産生細菌分離株は、ＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍまたはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓに属し得る。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株（例えば、本明細書で記載の微生物混合物中または別の組成物中の第１の細菌分離株と共に含まれる）は、１種または複数のＳＣＦＡを生成するために、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍにより産生された乳酸を使用できる。特定の例では、第２の細菌分離株は、表２で与えられる細菌分離株の１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物中に組み込まれた細菌分離株は、１種または複数のＳＣＦＡを生成するために、混合物の投与後に腸微生物叢により産生される乳酸を用いることができる。特定の例では、細菌分離株は、表２で与えられる細菌分離株の１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、対象への第１と第２の細菌分離株の投与時に（例えば、微生物混合物の形態で、または別の組成物中で）、第１の細菌分離株は、乳酸を産生および分泌し、第２の細菌分離株は乳酸を利用して１種または複数のＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を生成する。従って、対象に投与される複数の細菌分離株は、対象の腸内で相乗的に相互作用して、対象の腸内菌共生バランス失調（例えば、ＩＢＤまたは潰瘍性大腸炎）に対する治療効果（例えば、１種または複数のＳＣＦＡの生成）をもたらす。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の１種または複数の細菌分離株は、対象に投与されると、細菌分離株により使用されて１種または複数のＳＣＦＡを産生する化合物を産生および放出する１種または複数の菌株を含む、プロバイオティクスと共に投与できる。例えば、プロバイオティクスは、属Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（例えば、ＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓまたはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ）に属する１種または複数の菌株を含み得る。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、細菌分離株と同時に、細菌分離株の投与の前に、または細菌分離株の投与の後で、対象に投与できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、プロバイオティクスおよび細菌分離株を含む。他の実施形態では、プロバイオティクスおよび細菌分離株は、別個の組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、組成物は、細菌分離株の微生物混合物を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の１種または複数の細菌分離株は、細菌分離株により利用（例えば、代謝）されると、対象中で治療効果（例えば、ＳＣＦＡの産生）を促進する栄養素を提供するプレバイオティクス（例えば、乳酸および／または高繊維を含む）と一緒に投与できる。いくつかの実施形態では、プレバイオティクスは、細菌分離株と同時に、細菌分離株の投与の前に、または細菌分離株の投与の後で、対象に投与できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、プレバイオティクスおよび細菌分離株を含む。他の実施形態では、プレバイオティクスおよび細菌分離株は、別個の組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、組成物は、細菌分離株の微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、プレバイオティクスは、アミノ酸、乳酸、硝酸アンモニウム、アミロース、大麦マルチ、ビオチン、カーボネート、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖ＦＯＳ）、フルクトース、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、単一多糖類、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、マンノオリゴ糖、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴ糖、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、水酸化カリウム、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トランスガラクトオリゴ糖、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される。

いくつかの実施形態では、１種または複数のＳＣＦＡを産生する能力を有する細菌分離株（例えば、表２に列挙した細菌分離株）は、実際に１種または複数のＳＣＦＡを産生することが実証された（例えば、実験室アッセイにより）細菌分離株を指す。クロマトグラフィー（例えば、液体またはガス）および／または質量分析を含む、任意の方法が、菌株により産生されたＳＣＦＡを検出するのに使用できる。他の実施形態では、１種または複数のＳＣＦＡを産生する能力を有する細菌分離株は、酪酸を産生すると予測される細菌分離株を指す。細菌分離株がＳＣＦＡを産生できるという予測は、例えば、分離株の分類（例えば、属および／または種）および／またはＳＣＦＡ産生を媒介すると知られる細菌分離株の遺伝子またはポリペプチドの配列に基づいてよい。例えば、酪酸産生を媒介することが既知の遺伝子の例は、酪酸キナーゼである。ある実施形態では、細菌分離株は、細菌分離株のゲノム中の酪酸キナーゼ遺伝子の特定に基づいて酪酸を産生すると予測される。ある実施形態では、酪酸キナーゼ遺伝子は、タンパク質に翻訳されると、機能的な（すなわち、酵素的に活性な）酪酸キナーゼ酵素を生成すると予測される。

ＳＣＦＡを産生する能力を有する細菌分離株の例は、表２で与えられる。それぞれの細菌分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、およびその１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）により識別される。いくつかの態様では、医薬組成物（例えば、微生物混合物）は、表２で与えられる細菌分離株の少なくとも１種、または表２で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表２で与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも２種の細菌分離株、少なくとも３種の細菌分離株、少なくとも４種の細菌分離株、少なくとも５種の細菌分離株、少なくとも６種の細菌分離株、少なくとも７種の細菌分離株、少なくとも８種の細菌分離株、少なくとも９種の細菌分離株を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、真核細胞によるサイトカイン（例えば、ＩＬ－１０、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２３、およびＩＬ－１２）の産生を調節する能力を有する１種または複数の細菌分離株を含む。本明細書では、「真核細胞」は、本明細書で記載の組成物を投与される対象の身体内に「インサイツ」配置される細胞（例えば、腸細胞）、ならびに生物の外側で、例えば、培地中で、「エクスビボ」増殖したまたは増殖している細胞の両方を指す。

一例では、本明細書で記載の医薬組成物中の１種または複数の細菌分離株は、対象に投与されると、対象の細胞（本明細書においては、「宿主細胞」と呼ぶ）中のサイトカインの産生を調節できる。いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株は、対象の宿主細胞からのサイトカインの産生および／または分泌を調節し、サイトカインは、対象の組織（例えば、腸組織）に対し抗炎症作用を及ぼす傾向がある。組成物に入れて投与された細菌分離株存在に応答して宿主細胞で産生および／または分泌され得るこのような抗炎症性サイトカインの例としては、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＴＧＦβ、およびこれらの組み合わせが挙げられる。他の実施形態では、本明細書で記載の組成物中で投与された１種または複数の細菌分離株は、対象の宿主細胞からのサイトカインの産生および／または分泌を抑制し、サイトカインは、対象の組織（例えば、腸組織）に対し炎症促進性作用を及ぼす傾向がある。このような炎症促進性サイトカインの例としては、ＩＦＮγ、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１（例えば、ＩＬ－１α、ＩＬ－１β）、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１２、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８、ＩＬ－２３、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、ＴＮＦα、ＴＮＦγ、およびこれらの組み合わせが挙げられる。宿主細胞が抗炎症性サイトカイン抗炎症性サイトカインの産生または分泌するように誘導できるおよび／または炎症促進性サイトカインの宿主細胞による産生および／または分泌を抑制できる１種または複数の細菌分離株を含有する組成物を提供することにより、本明細書で記載の組成物（例えば、微生物混合物）は、対象の腸内菌共生バランス失調、例えば、炎症性腸疾患、に関連する炎症を治療、軽減、抑制および／または防止できる。本明細書では、宿主細胞によるサイトカイン産生および／または分泌を調節できる細菌分離株は、「免疫調節性」細菌分離株と呼ばれる。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、医薬組成物を投与された対象の細胞からのサイトカインの産生および／または放出を直接的におよび／または間接的に調節できる。一実施形態では、免疫調節性細菌分離株は、例えば、細菌分離株により分泌されるまたは細菌分離株の表面上に提示される微生物関連分子パターン（ＭＡＭＰＳ）を介して対象の宿主細胞に直接的に作用できる。このようなＭＡＭＰＳは、特定の細菌種に対する宿主免疫応答において主要な役割を果たす。ＭＡＭＰＳは、細菌と接触しているほとんどの宿主細胞型上に発現されるパターン認識受容体（ＰＲＲ）により検知される。本明細書で記載の細菌分離株のＭＡＭＰＳの例としては、非メチル化２′－デオキシリボ（シチジン－リン酸－グアニン）（ＣｐＧ）ジヌクレオチド、細菌性ペプチドグリカン（ｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ）、細菌性リポ多糖類（ＬＰＳ、共受容体ＭＤ－２、ＣＤ１４、およびＬＰＢと相互作用し、ＴＬＲ－４に対する高親和性結合、およびこれに続けて、宿主細胞活性化を推進する）、細菌性リポタンパク質（ＬＰ）、リポテイコ酸、フラゲリン、膜小胞、およびエキソポリサッカライドが挙げられる。ＭＡＭＰＳとの相互作用を介してサイトカイン産生の調節を媒介できる腸中の宿主細胞および常在性腸免疫細胞により発現されるＰＲＲの例としては、トール様受容体（ＴＬＲ）、ヌクレオチド結合オリゴマー化領域（Ｎｏｄ）、ＮＯＤ様受容体およびＣ型レクチンが挙げられる。腸細胞ＰＲＲと微生物リガンドとの相互作用は、免疫寛容および腸の健康の維持に必要とされる自然免疫系および適応免疫系に関連するシグナル伝達経路を作動させる。

別の実施形態では、免疫調節性細菌分離株は、例えば、サイトカインを発現するように細胞を誘導することにより、例えば、対象の宿主細胞の活性を調節する代謝物を分泌することにより医薬組成物を投与された対象の細胞（例えば、免疫細胞）に直接に作用できる。

サイトカインの産生および／または放出が本明細書で記載の細菌分離株により調節され得る宿主細胞の例としては、腸細胞、上皮細胞、腸粘膜細胞、腸上皮細胞、腸粘膜固有層細胞、内皮細胞、線維芽細胞、間質細胞、マクロファージ、Ｂリンパ球、Ｔリンパ球、マスト細胞、および末梢血単核球（ＰＢＭＣ）が挙げられる。

別の実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、その細菌分離株が真核細胞と共培養される場合、培地中に位置するまたはその中で増殖している真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ）によるサイトカイン産生および／または放出を調節できる（例えば、サイトカイン産生を増やす）。

特定の実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、少なくとも５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも１０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも１５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも２０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも２５００ｐｇ／ｍｌ、または少なくとも３０００ｐｇ／ｍｌのレベルで真核細胞によるサイトカイン（例えば、ＩＬ－１０）の産生および／または放出を誘導できる。ある実施形態では、サイトカインは、機能アッセイ（すなわち、エクスビボで実施され、細菌分離株、微生物混合物、未培養糞便細菌の調製物、または未培養便細菌叢と接触している真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ）により産生されるサイトカインの濃度または量を一定期間中（例えば、２４時間）に測定するように設計された、アッセイ）で測定される。ある実施形態では、サイトカインは、本明細書で記載の組成物を投与された対象の腸中で産生される。

特定の実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、抗炎症性サイトカインプロファイルを誘導できる。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて増大されるＩＬ－１０のレベルをもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて低減されるＩＬ－１２のレベルをもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて低減されるＧＭ－ＣＳＦのレベルをもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて低減されるＩＦＮγのレベルをもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて低減されるＴＮＦαのレベルをもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて低減しているＩＬ－２３のレベルをもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて低減されるＩＬ－１２のレベルをもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて増大されるＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比をもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。ある実施形態では、細菌分離株は、それが対照株に比べて増大されるＩＬ－１０：ＴＮＦαの比をもたらす場合、抗炎症性サイトカインプロファイルを示す。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、少なくとも１０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも１５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも２０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも２５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも３０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも３５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも４０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも５０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも６０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも７０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも８０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも９０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも１０，０００ｐｇ／ｍｌの濃度、または１０，０００ｐｇ／ｍｌ超の濃度でＩＬ－１０の産生を誘導する１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、または２００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度にＧＭ－ＣＳＦの産生を制限する、１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、または２００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度にＩＬ－１２（例えば、ＩＬ－１２ｐ７０）の産生を制限する、１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、または２００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度にＩＦＮγの産生を制限する、１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、２０ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、２００ｐｇ／ｍｌ、２５０ｐｇ／ｍｌ、３００ｐｇ／ｍｌ、３５０ｐｇ／ｍｌ、４００ｐｇ／ｍｌ、４５０ｐｇ／ｍｌ、５００ｐｇ／ｍｌ、５５０ｐｇ／ｍｌ、６００ｐｇ／ｍｌ、６５０ｐｇ／ｍｌ、７００ｐｇ／ｍｌ、７５０ｐｇ／ｍｌ、８００ｐｇ／ｍｌ、８５０ｐｇ／ｍｌ、９００ｐｇ／ｍｌ、９５０ｐｇ／ｍｌ、１０００ｐｇ／ｍｌ、１１００ｐｇ／ｍｌ、１２００ｐｇ／ｍｌ、１３００ｐｇ／ｍｌ、１４００ｐｇ／ｍｌ、１５００ｐｇ／ｍｌ、１６００ｐｇ／ｍｌ、１７００ｐｇ／ｍｌ、１８００ｐｇ／ｍｌ、１９００ｐｇ／ｍｌ、２０００ｐｇ／ｍｌ、２１００ｐｇ／ｍｌ、２２００ｐｇ／ｍｌ、２３００ｐｇ／ｍｌ、２４００ｐｇ／ｍｌ、または２５００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度にＴＮＦαの産生を制限する、１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、２００ｐｇ／ｍｌ、２５０ｐｇ／ｍｌ、または３００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度にＩＬ－２３の産生を制限する、１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、少なくとも２１０、少なくとも２２０、少なくとも２３０、少なくとも２４０、少なくとも２５０、少なくとも２６０、少なくとも２７０、少なくとも２８０、少なくとも２９０、少なくとも３００、少なくとも３２５、少なくとも３５０、少なくとも３７５、少なくとも４００、少なくとも４２５、少なくとも４５０、少なくとも４７５、少なくとも５００、少なくとも５５０、少なくとも６００、少なくとも６５０、少なくとも７００、少なくとも７５０、少なくとも８００、少なくとも８５０、少なくとも９００、少なくとも９５０、少なくとも１０００、少なくとも１１００、少なくとも１２００、少なくとも１３００、少なくとも１４００、少なくとも１５００、少なくとも１６００、少なくとも１７００、少なくとも１８００、少なくとも１９００、少なくとも２０００、少なくとも２２００、少なくとも２４００、少なくとも２６００、少なくとも２８００、少なくとも３０００、少なくとも３２００、少なくとも３４００、少なくとも３６００、少なくとも３８００、少なくとも４０００の、または４０００より大きいＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比を誘導する、１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、一定期間中（例えば、２４時間）真核細胞（例えば、ＰＢＭＣ集団）と接触している場合、少なくとも０．５、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、または少なくとも１００のＩＬ－１０：ＴＮＦαの比を誘導する１種または複数の細菌分離株を含む。ある実施形態では、細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

宿主細胞によるサイトカイン産生を調節する能力を有する細菌分離株の例は、表３で与えられる。それぞれの分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、およびその１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）により識別される。いくつかの態様では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表３で与えられる細菌分離株の少なくとも１種、または表３で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表３で与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも２種の細菌分離株、少なくとも３種の細菌分離株、少なくとも４種の細菌分離株、少なくとも５種の細菌分離株、少なくとも６種の細菌分離株、少なくとも７種の細菌分離株、少なくとも８種の細菌分離株、少なくとも９種の細菌分離株、少なくとも１０種の細菌分離株、少なくとも１１種の細菌分離株、少なくとも１２種の細菌分離株、少なくとも１３種の細菌分離株、または少なくとも１４種の細菌分離株を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、腸内菌共生バランス失調（例えば、ＵＣなどのＩＢＤ）の患者に比べて健康なヒト対象中でより大きい相対存在量、または腸内菌共生バランス失調を有する患者に比べて腸内菌共生バランス失調からの寛解期にあるヒト対象中でより大きい相対存在量、を有する菌株に対応する少なくとも１種の細菌分離株を含む。本明細書では、用語「より大きい相対存在量」は、健康なヒト対象中（腸内菌共生バランス失調の患者に比較して）の、または腸内菌共生バランス失調からの寛解期にあるヒト対象中のより大きい数（腸内菌共生バランス失調の患者に比較して）の菌株（すなわち、細菌分離株に対応する）の生存細胞を指す。いくつかの実施形態では、用語「より大きい数の生存細胞」は、腸微生物叢またはその一部中（例えば、便試料中）の菌株の生存細胞の絶対数を意味し、一方、他の実施形態では、この用語は、腸微生物叢またはその一部（例えば、便試料）中の生存細胞のほぼ全数に対する菌株の生存細胞の比例数を指す。特定の例では、医薬組成物中に含まれる細菌分離株に対応する菌株は、複数の試験したヒト対象（例えば、健常者、または腸内菌共生バランス失調からの寛解期にある個体）の全体にわたり、例えば、少なくとも５人のヒト対象、少なくとも１０人のヒト対象、少なくとも２０人のヒト対象、少なくとも３０人のヒト対象、少なくとも４０人のヒト対象、少なくとも５０人のヒト対象、少なくとも７５人のヒト対象、少なくとも１００人のヒト対象、少なくとも２００人のヒト対象、少なくとも３００人のヒト対象、少なくとも４００人のヒト対象、少なくとも５００人のヒト対象、少なくとも７５０人のヒト対象、少なくとも１０００人のヒト対象、または１０００人を超えるヒト対象でより大きい相対存在量を有し得る。追加して、または代わりに、細菌分離株に対応する菌株は、試験したヒト対象（例えば、健常者、または腸内菌共生バランス失調からの寛解期にある個体）に比例してより大きな相対存在量、例えば、試験した個体の少なくとも５０％、試験した個体の少なくとも５５％、試験した個体の少なくとも６０％、試験した個体の少なくとも６５％、試験した個体の少なくとも７０％、試験した個体の少なくとも７５％、試験した個体の少なくとも８０％、試験した個体の少なくとも８０％、試験した個体の少なくとも８５％、試験した個体の少なくとも９０％、試験した個体の少なくとも９５％、または試験した個体の１００％の相対存在量を有し得る。本明細書では、「細菌分離株に対応する」菌株は、対象の腸微生物叢中の菌株を指し、菌株は、細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と、少なくとも９７％の同一性（例えば、少なくとも９７．５％の同一性、少なくとも９８％の同一性、少なくとも９８．５％の同一性、少なくとも９９％の同一性、少なくとも９９．５％の同一性、または９９．５％より大きい同一性）を通常共有する１６ＳｒＲＮＡ配列を有する。同様に、「菌株に対応する」細菌分離株は、対象の腸微生物叢中の菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と、少なくとも９７％の同一性（例えば、少なくとも９７．５％の同一性、少なくとも９８％の同一性、少なくとも９８．５％の同一性、少なくとも９９％の同一性、少なくとも９９．５％の同一性、または９９．５％より大きい同一性）を通常共有する細菌分離株を指す。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、腸内菌共生バランス失調を有する患者に比べて、腸内菌共生バランス失調からの寛解期にあるヒト対象中でより大きな相対存在量を有する菌株に対応し得る。寛解期にある対象中の菌株の増大した存在量は、菌株に対応する細菌分離株を、ＵＣなどの腸内菌共生バランス失調に関連する障害の治療のために潜在的に有利であるとして、認識する。ヒト対象の腸内菌共生バランス失調の寛解は、腸内菌共生バランス失調が活動期である間に対象に投与される介入に関連し得る、またはそれにより引き起こされ得る。例えば、寛解は、微生物治療薬による対象の治療後に生じ得る。微生物治療薬の例としては、未培養糞便細菌の調製物を含む組成物、未培養便細菌叢、培養便細菌叢、および／または細菌分離株が挙げられる。いくつかの実施形態では、腸内菌共生バランス失調から寛解を誘導する微生物治療薬は、実質的に完全な未培養便細菌叢である。例えば、対象は、腸内菌共生バランス失調の寛解を誘導するために便細菌叢移植（ＦＭＴ）を投与され得る。特定の実施形態では、対象の腸内菌共生バランス失調は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）が原因である。

ある実施形態では、細菌分離株を特定するためのこの特定の機序に依存しない手法は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）に関連するディスバイオシスを低減する。ある実施形態では、１６ＳリボソームＤＮＡ（ｒＤＮＡ）およびショットガンメタゲノム配列が、健康な状態またはＦＭＴに対する臨床応答に関連する予測的特徴を発生させるために、例えば、介入による（ＦＭＴ）横断的および時系列データセットから取り込まれてよい。これらの特徴は、（ｉ）ＵＣと診断された患者と比べて健康な対象中で富化；および／または（ｉｉ）ＦＭＴ治療後のＵＣ患者におけるＵＣ症状の臨床的寛解または応答との関連／相関、のために細菌性系統的クレードをランク付けおよび選択するのに使用できる。クレードは、健康な対象とＵＣの患者の間で、糞便物質中の菌株の存在および存在量を比較する「横断結合ｐ値」に基づいてランク付けできる。ｐ値が低いほど、クレード中の生物は、（ｉ）ＵＣ患者中のその株の枯渇、および／または（ｉｉ）健康な対象中のその株の多い存在量、に基づき、ＵＣの治療、抑制または予防に対し効果を有する可能性が高い。分離菌株はその後、ランク付けした系統的クレードに対する１６ＳｒＤＮＡ類似性により、または上述の基準に従って、それらの１６ＳｒＤＮＡの直接的ランク付けを行うことにより、ドナー便試料から選択され得る。

ある実施形態では、横断結合ｐ値の値は、０．１未満、０．０１未満、１ｘ１０^－３未満、１ｘ１０^－４未満、１ｘ１０^－５未満、１ｘ１０^－６未満、１ｘ１０^－７未満、１ｘ１０^－８未満、１ｘ１０^－９未満、１ｘ１０^－１０未満、１ｘ１０^－１１未満、１ｘ１０^－１２未満、１ｘ１０^－１３未満、１ｘ１０^－１４未満、１ｘ１０^－１５未満、１ｘ１０^－１６未満、１ｘ１０^－１７未満、１ｘ１０^－１８未満、１ｘ１０^－１９未満、１ｘ１０^－２０未満、１ｘ１０^－２１未満、１ｘ１０^－２２未満、１ｘ１０^－２３未満、または１ｘ１０^－２４未満である。

表４は、ＵＣの患者に比べて健康な対象中に存在するおよび／またはより高度に豊富である対応する菌株を有する医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）中に含まれ得る細菌分離株の例を列挙する。それぞれの分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、およびその１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）により識別される。いくつかの態様では、医薬組成物は、表４で与えられる細菌分離株の少なくとも１種、または表４で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の少なくとも１種を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表４で与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも２種の細菌分離株、少なくとも３種の細菌分離株、少なくとも４種の細菌分離株、少なくとも５種の細菌分離株、少なくとも６種の細菌分離株、少なくとも７種の細菌分離株、少なくとも８種の細菌分離株、少なくとも９種の細菌分離株、少なくとも１０種の細菌分離株、少なくとも１１種の細菌分離株、少なくとも１２種の細菌分離株、少なくとも１３種の細菌分離株、少なくとも１４種の細菌分離株、少なくとも１５種の細菌分離株、少なくとも１６種の細菌分離株、少なくとも１７種の細菌分離株、少なくとも１８種の細菌分離株、少なくとも１９種の細菌分離株、少なくとも２０種の細菌分離株、少なくとも２１種の細菌分離株、少なくとも２２種の細菌分離株、または少なくとも２３種の細菌分離株を含む。

ある実施形態では、細菌分離株は、全内容が参照により本明細書に組み込まれる、Ｍｏｒｇａｎｅｔａｌ．，ＧｅｎｏｍｅＢｉｏｌｏｇｙ１３（２０１２）で報告されたデータセット中のＵＣ患者に比べて、健康な個体で豊富な菌株に対するその対応関係に基づき、本明細書で記載の医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）中への包含に好適であるとして特定される。

ある実施形態では、細菌分離株は、全内容が参照により本明細書に組み込まれる、Ｐａｐａｅｔａｌ．，ＰＬＯＳＯＮＥ７，ｎｏ．６（Ｊｕｎｅ２９，２０１２）で報告されたデータセット中のＵＣ患者に比べて、健康な個体で豊富な菌株に対するその対応関係に基づき、本明細書で記載の医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）中への包含に好適であるとして特定される。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の微生物混合物は、関連細菌分離株である２種以上の細菌分離株を含み得る。本明細書では、「関連細菌分離株」は、少なくとも９５％の配列同一性を通常共有する１６ＳｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、関連細菌分離株は、少なくとも９７％の配列同一性を通常共有する１６ＳｒＲＮＡ配列を有し、従って細菌分離株は同じ種のメンバーである。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、２種以上の関連細菌分離株を含む。他の実施形態では、微生物混合物は、２種の関連細菌分離株を含まない。いくつかの実施形態では、第１の形態の微生物混合物は第１の細菌分離株を含み、第２の形態の微生物混合物は、第１の細菌分離株に対し関連細菌分離株である第２の細菌分離株を含む。

本明細書で記載の微生物混合物中に含まれ得る表４で列挙されたものに対する関連細菌分離株を、表５に示す。表４の細菌分離株と同様に、表５中のものは、ＵＣの患者に比べて、健康なヒト対象中により大きな存在量を有する菌株に対応する。表５は、細菌分離株の識別番号、表４の細菌分離株に対応するＩＤ番号、表４の細菌分離株に対応する配列に対する関連菌株の１６Ｓ配列のパーセント同一性、およびその１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）を列挙する。

いくつかの態様では、医薬組成物は、表１～４の少なくとも１つの細菌分離株の全てまたはサブセット、または表１～４の細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）中の全ての細菌分離株は、表２～４の少なくとも１つに見出される、または表２～４の少なくとも１つで与えられる細菌分離株と、１６ＳｒＲＮＡ配列において少なくとも９５％の同一性を共有する。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の全ての細菌分離株は、表２～４の１つで一緒に列挙される、または表２～４の少なくとも１つで与えられる細菌分離株と１６ＳｒＲＮＡ配列において少なくとも９５％の同一性を共有する。ある態様では、医薬組成物は、表２～４の少なくとも１つ由来のいかなる細菌分離株も含まない、または２～４の少なくとも１つで与えられる細菌分離株と１６ＳｒＲＮＡ配列において少なくとも９５％の同一性を共有する細菌分離株を含まない。

ある態様では、医薬組成物は、表２由来の１種または複数の細菌分離株（例えば、少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、または少なくとも９種の細菌分離株）、または表２で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を含み得る。本明細書で記載の微生物混合物は従って、酪酸などの１種または複数のＳＣＦＡを生成できる複数の細菌分離株を含み得る。混合物を投与された対象の腸中で酪酸などのＳＣＦＡを産生する複数の細菌分離株を含む微生物混合物を提供することにより、医薬組成物は、対象（例えば、ＳＣＦＡが枯渇している）の腸中で酪酸の添加、上昇または「バースト」を誘導できる。表７、表８および表９は、全て表２で認められる細菌分離株を含む代表的微生物混合物を示す；それぞれの分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、およびその１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）により識別される。特定の実施形態では、組成物は、表７～９の１つの細菌分離株、または表７～９の１つの細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株、のそれぞれを含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表７で与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８種の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表８～９の１つで与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも６種の細菌分離株を含む。特定の実施形態では、組成物は、表７～９の１つに列挙された細菌分離株、または表７～９の１つの細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株、から基本的になる微生物混合物を含む。特定の実施形態では、組成物は、表７～９の１つに列挙された細菌分離株、または表７～９の１つの細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株、からなる微生物混合物を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表２中には存在しない細菌分離株の１種または複数（例えば、少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種の、または１５種より多い細菌分離株）を含み得る。いくつかの態様では、医薬組成物は、表２の細菌分離株の少なくとも１種を欠く、または表２の細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株を欠く。いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表２由来のいかなる細菌分離株も含まない。本明細書で記載の医薬組成物は従って、対象の腸中でＳＣＦＡを実質的に産生しない、および／または投与後に対象の腸中のＳＣＦＡの上昇を誘導しない、１種または複数の細菌分離株を含む、またはそれらからなってよい。表１０、表１１および表１２は、表２で認められない細菌分離株を含む代表的微生物混合物を示す；それぞれの分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、およびその１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）により識別される。特定の実施形態では、組成物は、表１０～１２の１つの細菌分離株、または表１０～１２の１つの細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株、のそれぞれを含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１０～１１の１つで与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８種の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１２で与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも６種の細菌分離株を含む。特定の実施形態では、組成物は、表１０～１２の１つに列挙された細菌分離株、または表１０～１２の１つの細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株、から基本的になる微生物混合物を含む。特定の実施形態では、組成物は、表１０～１２の１つに列挙された細菌分離株、または表１０～１２の１つの細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株、からなる微生物混合物を含む。ある実施形態では、微生物混合物は、表１０～１２の１つの細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株、ならびに追加の細菌分離株を含む。例えば、追加の細菌分離株は、属Ｂｌａｕｔｉａのメンバーであり得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表３由来の１種または複数の細菌分離株（例えば、少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、または１１種の細菌分離株）、および／または表３で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株（例えば、少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種の、または１５種より多い細菌分離株）を含み得る。本明細書で記載の微生物混合物は、従って、真核細胞（例えば、微生物混合物を含む組成物を投与された対象の細胞）からの１種または複数のサイトカインの産生および／または放出を調節できる複数の細菌分離株を含み得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表３中には存在しない細菌分離株の１種または複数（例えば、少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種の、または１５種より多い細菌分離株）を含み得る。いくつかの態様では、医薬組成物は、表３の細菌分離株の少なくとも１種を欠く、または表２の細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株を欠く。いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表３由来のいかなる細菌分離株も含まない。本明細書で記載の医薬組成物は従って、真核細胞（例えば、微生物混合物を含む組成物を投与された対象の細胞）からの１種または複数のサイトカインの産生および／または放出を実質的に調節しない１種または複数の細菌分離株を含み得る、またはそれからなり得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表４で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、表４由来の１種または複数の細菌分離株（例えば、少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種の、または１５種より多い細菌分離株）を含み得る。本明細書で記載の微生物混合物は従って、ＵＣの患者に比べて健康な対象中で高度に豊富な菌株に対応する、複数の細菌分離株を含み得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表４中には存在しない細菌分離株の１種または複数（例えば、少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種の、または１５種より多い細菌分離株）を含み得る。いくつかの態様では、医薬組成物は、表４の細菌分離株の少なくとも１種を欠く、または表４の細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株を欠く。いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、表４由来のいかなる細菌分離株も含まない。本明細書で記載の医薬組成物は従って、ＵＣの患者に比べて健康な対象中で高度に豊富な菌株に対応しない、１種または複数の細菌分離株を含み得る、またはそれからなり得る。

ある実施形態では、微生物混合物は、表２～４の２つ以上で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株を含み得る。このような微生物混合物は従って、複数の機序を介して混合物（例えば、医薬組成物の形態で）を投与された対象の健康に有利な影響を与えることができる。例えば、微生物混合物は、表２で与えられる細菌分離株の少なくとも１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株、および表３で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を含み得る。このような場合、組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、１種または複数のＳＣＦＡを産生して対象の腸中のＳＣＦＡ（例えば、酪酸）のレベルを高めることができ（すなわち、「表２の細菌分離株」）、および対象に投与された少なくとも１種の細菌分離株は、対象の宿主細胞によるサイトカインの産生および／または放出を調節できる（すなわち、「表３の細菌分離株」）。

別の例では、微生物混合物は、表２で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株、および表４で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を含み得る。このような場合、組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、１種または複数のＳＣＦＡを産生して対象の腸中のＳＣＦＡ（例えば、酪酸）のレベルを高めることができ（すなわち、「表２の細菌分離株」）、および組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、ＵＣの患者に比べて、健康な対象中で高度に豊富な菌株に対応する（「表４の細菌分離株」）。

別の例では、微生物混合物は、表３で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株、および表４で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を含み得る。このような場合、組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、対象の宿主細胞によるサイトカインの産生および／または放出を調節でき（すなわち、「表３の細菌分離株」）、および組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、ＵＣの患者に比べて健康な対象中で高度に豊富な菌株に対応する（「表４の細菌分離株」）。

別の例では、微生物混合物は、表２で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株、表３で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株、および表４で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を含み得る。このような場合、組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、１種または複数のＳＣＦＡを産生して対象の腸中のＳＣＦＡのレベルを高めることができ（すなわち、「表２の細菌分離株」）、組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、対象の宿主細胞によるサイトカインの産生および／または放出を調節でき（すなわち、「表３の細菌分離株」）、および組成物中の少なくとも１種の細菌分離株は、ＵＣの患者に比べて健康な対象中でより高度に豊富な菌株に対応する（「表４の細菌分離株」）。

表１３～２１は、表２～４で見出される細菌分離株を含む異なる代表的微生物混合物を示し、それに従いまとめて微生物混合物中の細菌分離株は、対象に投与されると、（ｉ）対象の腸中でＳＣＦＡのレベルを高めるように；（ｉｉ）対象の宿主細胞によるサイトカインの放出を調節するように；および（ｉｉｉ）ＵＣの患者に比べて健康な対象中でより高度に豊富な菌株に対応する対象の腸中の細菌分離株を提供するように、作用する。各表では、分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、その１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）、および分離株が登場する上記表（すなわち、表２、３および／または４）により識別される。

特定の実施形態では、組成物は、表１３～２１の１つで与えられるそれぞれの細菌分離株、または表１３～２１の１つで与えられる細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を有する細菌分離株、のそれぞれを含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１３～１５、１５ａ、および１５ｂの１つで与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８種の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１６～１８の１つで与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも７種の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、表１９～２１の１つで与えられる細菌分離株の少なくとも１種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも６種の細菌分離株を含む。特定の実施形態では、組成物は、表１３～２１の１つで与えられるそれぞれの細菌分離株、または表１３～２１の１つで与えられる細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を有する細菌分離株、から基本的になる微生物混合物を含む。特定の実施形態では、組成物は、表１３～２１の１つで与えられるそれぞれの細菌分離株、または表１３～２１の１つで与えられる細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を有する細菌分離株、からなる微生物混合物を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物は、細菌混合物中に１種または複数の有利な表現型の冗長性を一緒に提供する複数の細菌分離株を含む細菌混合物を含み得、これは、例えば、組成物が対象へ投与されると、対象の腸中で特定の機序または経路を誘導する能力を含み得る。このような冗長性は、組成物が投与された対象が、細菌の「冗長な」分離株の間で共通の特定の有利な形質または表現型から恩恵を受ける可能性を高め得る（例えば、対象の腸中でＳＣＦＡのレベルを高める傾向）。理論に束縛されることを望むものではないが、これに対する理由は、特定の細菌分離株が各対象の腸中で生着する可能性における対象間での潜在的な変動であり、生着は通常、細菌分離株がその有益な効果を発揮するために必要である。それぞれが目的の同じ表現型（例えば、閾値を越える１種または複数のＳＣＦＡの産生）を示す遺伝的に明確に異なる分離株を含む組成物を処方することにより、組成物は、個体間で高められた有効性（すなわち、組み込まれた冗長性のない製剤に比べて）を示し得る。理由は、複数の冗長な細菌分離株の少なくとも１種が生着する可能性が、冗長な相手方のない単一細菌分離株の生着の可能性に比べて、増大されるためである。

ある態様では、冗長性は、それぞれが次の表現型の少なくとも１種を有する複数の細菌分離株を細菌混合物中に含むことにより組成物中に組み込まれ得る：（ｉ）複数の細菌分離株のそれぞれが閾値レベルを越えるあるレベルの１種または複数のＳＣＦＡを産生する（例えば、細菌混合物中に組み込むことにより、または表２から選択される複数の細菌分離株を対象に投与することにより）；（ｉｉ）複数の細菌分離株のそれぞれが対象の宿主細胞によるサイトカインの放出を誘導する（例えば、細菌混合物中に組み込むことにより、または表3から選択される複数の細菌分離株を対象に投与することにより）；または（ｉｉｉ）複数の細菌分離株のそれぞれが、ＵＣの患者に比べて健康な対象中でより高度に豊富である菌株に対応する（例えば、例えば、細菌混合物中に組み込むことにより、または表４から選択される複数の細菌分離株を対象に投与することにより）。

ある態様では、表現型の冗長性をもたらす複数の細菌分離株を含む細菌混合物が、表１５ｂに示され、これは、有意水準ＳＣＦＡ（ここでは、酪酸；実施例２参照）を産生する少なくとも５種の細菌分離株（すなわち、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの２種の分離株）、ヒト細胞（ここではＰＢＭＣ；実施例３参照）による炎症促進性サイトカインの放出を誘導する少なくとも４種の細菌分離株（すなわち、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｈｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの２種の分離株）、およびＵＣの患者に比べて、健康な対象中のより高度に豊富な菌株に対応する少なくとも７種の細菌分離株（実施例４参照）（すなわち、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの２種の分離株）を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、それぞれ特定の属のメンバーである複数の明確に異なる細菌分離株、またはそれぞれ特定の種のメンバーである複数の細菌分離株を含み得る。これは、例えば、冗長性を与えることにより有利であり得、ここで同じ属または種の複数の細菌分離株は、目的の特定の機序を最適に誘導できるまたはそれに影響を与えることができる（例えば、ＳＣＦＡを産生すること、抗炎症プロファイルを誘導することにより）。同じ医薬組成物中に、それぞれが類似の最適な形質または表現型（例えば、高レベルのＳＣＦＡを産生する能力）を示す複数の分類学的に関連する細菌分離株を含めることにより、冗長性が、組成物を投与された対象がその形質または表現型から利益を得るより高い可能性を有するように、組成物中に組み込まれる。この理由は、対象の腸中で特定の細菌分離株が生着する能力における対象間での潜在的な変動であり、生着は通常、細菌分離株がその有益な効果を発揮するために必要である。例えば、医薬組成物は、それぞれ属Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバーである複数の（例えば、２、３、４、５種の、または５種を超える）細菌分離株、または複数の（例えば、２、３、４、５種の、または５種をこえる）それぞれ種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのメンバーである細菌分離株を含み得る（例えば、表１５ｂ参照）。別の例では、医薬組成物は、それぞれ属Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓのメンバーである複数の（例えば、２、３、４、５種の、または５種を超える）細菌分離株を含み得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、特定の属のメンバーである１種のみの細菌分離株、または特定の種のメンバーである１種のみの細菌分離株を含み得る。これは、例えば、医薬組成物中の細菌分離株の総数を最小化するために（例えば、それぞれの細菌分離株の増殖および処方に関連するコストおよび資源を低減するために）有利であり得、同時に、組成物を投与された対象中の複数の治療関連機序の誘導（例えば、ＳＣＦＡ産生、または抗炎症性サイトカイン誘導）に対応し得る、細菌分離株により示される分類群の多様性を維持する。例えば、医薬組成物は、属Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓのメンバーである１種のみの細菌分離株を含み得る。ある実施形態では、属Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ由来の単一細菌分離株は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓである（例えば、表１５ａおよび１５ｂ参照）。別の例では、医薬組成物は、属Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバーである１種のみの細菌分離株、または種Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのメンバーである１種のみの細菌分離株を含み得る（例えば、表１５ａおよび１５ｂ参照）。別の例では、医薬組成物は、属Ｒｏｓｅｂｕｒｉａのメンバーである１種のみの細菌分離株、またはＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのメンバーである１種のみの細菌分離株を含み得る（例えば、表１５ａおよび１５ｂ参照）。別の例では、医薬組成物は、属Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓのメンバーである１種のみの細菌分離株、または種Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓのメンバーである１種のみの細菌分離株を含み得る。

別の例では、医薬組成物は、属Ａｌｉｓｔｉｐｅｓのメンバーである１種のみの細菌分離株を含み得る。特定の実施形態では、医薬組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉを含む細菌分離株を含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含まない（例えば、表１５ａおよび１５ｂ参照）。Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡ．ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓと比較してＡ．ｓｈａｈｉｉの包含は、下記実施例と一致し、これは、Ａ．ｓｈａｈｉｉが、（ｉ）ＵＣと診断された患者を上回る健康な対象中での富化；および／または（ｉｉ）ＦＭＴ治療後のＵＣ患者におけるＵＣ症状の臨床的寛解または応答との関連／相関、について、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡ．ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓより小さい横断結合ｐ値を有することを示す。他の実施形態では、医薬組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含む細菌分離株を含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含まない（例えば、表１５参照）。特定の実施形態では、医薬組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含む細菌分離株を含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含まない。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、腸ディスバイオシス（例えば、潰瘍性大腸炎を含むＩＢＤ）に関連する状態を治療するために有益でない可能性のある、または有害であり得る細菌属、種または株を除去または除外できる。例えば、医薬組成物は、属Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ）からの株または細菌分離株を除去または除外できる。下記例は、Ｅ．ｃｏｌｉが、酪酸をほとんどまたは全く産生せず、かつ炎症促進性であるサイトカインプロファイル（すなわち、ＩＬ－１０／ＩＬ－１２および／またはＩＬ－１０／ＴＮＦαの低い比）により特徴づけられることを示す。

他の例では、医薬組成物は、次の細菌性分類群の１種または複数を除外または除去できる：属Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａのメンバー、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａｅｑｕｏｌｉｆａｃｉｅｎｓ、属Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａのメンバー、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、属Ａｌｉｓｔｉｐｅｓのメンバー、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、属Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓのメンバー、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、属Ｂａｃｉｌｌｕｓのメンバー、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｉｒｃｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｉｍｐｌｅｘ、属Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバー、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ、属Ｂｌａｕｔｉａのメンバー、Ｂｌａｕｔｉａｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、属Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓのメンバー、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、属Ｃａｔａｂａｃｔｅｒのメンバー、Ｃａｔａｂａｃｔｅｒｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ、属Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバー、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｍｉｔｓｕｏｋａｉ、属Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍのメンバー、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃｏｃｃｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍａｌｄｅｎｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃｅｌｅｒｅｃｒｅｓｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈａｔｈｅｗａｙｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈｙｌｅｍｏｎａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｉｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｌａｖａｌｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｌｅｐｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｔａｍｉｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｕｌｆａｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ、属Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａのメンバー、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、属Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓのメンバー、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃａｔｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｅｕｔａｃｔｕｓ、属Ｄｏｒｅａのメンバー、Ｄｏｒｅａｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、属Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバー、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｉｆｏｒｍｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｃａｌｌａｎｄｅｒｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｅｌｉｇｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｉｒａｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｘｙｌａｎｏｐｈｉｌｕｍ、属Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバー、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、属Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａのメンバー、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａｆｉｌｉｍｏｒｍｉｓ、属Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍのメンバー、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、属Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバー、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｃｈｌｅｉｆｅｒｉ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓｌｕｔｅｕｓ、属Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒのメンバー、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、属Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒのメンバー、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ、属Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓのメンバー、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｇｏｒｄｏｎｉｉ、属Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａのメンバー、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｅｘｃｒｅｍｅｎｔｉｈｏｍｉｎｉｓ、属Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍのメンバー、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｆａｅｃｉｕｍ、属Ｒｏｓｅｂｕｒｉａのメンバー、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃａｌｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、属Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓのメンバー、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓａｌｂｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｂｒｏｍｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔａｒｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｌｕｔｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｏｂｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｔｏｒｑｕｅｓ、属Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓのメンバー、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、属Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓのメンバー、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｍｉｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、属Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｓのメンバー、および属Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒのメンバー、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒｓａｎｇｕｉｎｉｓ。

いくつかの実施形態では、医薬組成物に組み込まれた細菌分離株は、対象の健康に有利な影響を与えるために複数の機序を介して作用できる。このような細菌分離株は従って、複数の機序を介して混合物（例えば、医薬組成物の形態で）を投与された対象の健康に有利な影響を与えることができる。例えば、医薬組成物は、対象に投与されると１種または複数のＳＣＦＡを産生して対象の腸中のＳＣＦＡ（例えば、酪酸）のレベルを高めることができる（「表２の細菌分離株」）、かつまた対象の宿主細胞によるサイトカインの産生および／または放出を調節できる（「表３の細菌分離株」）、細菌分離株を含む。別の例では、医薬組成物は、対象に投与されると１種または複数のＳＣＦＡを産生して対象の腸中のＳＣＦＡ（例えば、酪酸）のレベルを高めることができる（「表２の細菌分離株」）、かつまたＵＣの患者に比べて健康な対象中でより高度に豊富な菌株に対応する（「表４の細菌分離株」）、細菌分離株を含む。別の例では、医薬組成物は、対象に投与されると対象の宿主細胞によるサイトカインの産生および／または放出を調製できる（「表３の細菌分離株」）、かつまたＵＣの患者に比べて健康な対象中でより高度に豊富な菌株に対応する（「表４の細菌分離株」）、細菌分離株を含む。別の例では、医薬組成物は、対象に投与されると１種または複数のＳＣＦＡを産生して対象の腸中のＳＣＦＡ（例えば、酪酸）のレベルを高めることができる（「表２の細菌分離株」）、また対象の宿主細胞によるサイトカインの産生および／または放出を調節できる（「表３の細菌分離株」）、かつまたＵＣの患者に比べて健康な対象中でより高度に豊富な菌株に対応する（「表４の細菌分離株」）、細菌分離株を含む。

表２２は、複数の機序（例えば、ＳＣＦＡの産生、宿主細胞によるサイトカイン放出の誘導、またはＵＣの患者に比べて健康な対象中でより高度に豊富な菌株に対応する腸中の細菌の提供）を介して対象の健康により影響を与え得る代表的細菌分離株を示す。表２２では、分離株は、ラテン名、識別番号（ＩＤ番号）、その１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）および細菌分離株が登場する上記表２～４（表２は対象の腸中でＳＣＦＡを分泌する細菌分離株を表し、表３は宿主細胞によるサイトカイン産生を調節できる細菌分離株を表し、表４はＵＣの患者より健康な対象中でより高度に豊富な菌株に対応する細菌分離株を表す）で識別される。特定の実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物）は、表２２で与えられる細菌分離株の１種または複数、および／または表２２で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を有する細菌分離株の１種または複数を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、表１～表２２で与えられる細菌分離株の少なくとも1種の１６ＳｒＲＮＡ配列と、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含み得る。いくつかの実施形態では、細菌分離株は、表１～表２２で与えられる細菌分離株の少なくとも1種の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、以前に特定されている少なくとも１種の細菌分離株を含み得る。例えば、特定の実施形態では、既知の基準株（例えば、ＡＴＣＣまたはＤＳＭアーカイブに保管されたコレクション由来の）は、表１～表２２で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９７％同一）である１６ＳｒＲＮＡ配列を含み得る。本明細書で記載の微生物混合物中に含み得る代表的な公的に入手可能な株は、表２３で与えられる。ある実施形態では、特定の医薬組成物について、表１～表２２で与えられる1種または複数の細菌分離株は、表23由来の対応する代表的株（すなわち、同じ分類学上の名称を有する）で置換されてよい。

いくつかの実施形態では、医薬組成物または微生物混合物は、複数の異なるヒトドナーの便試料から分離または精製された複数の細菌分離株を含む。単一のドナーからではなく、複数のヒトドナーの便試料からの細菌分離株の調達の利点は、複数のドナーの便試料が、目的の特定の機序を最適に誘導する細菌分離株を特定するための機能的スクリーニングに供され得る菌株のより大きなプールを提供することである。例えば、１人のドナーの便が高い（最適な）レベルのＳＣＦＡ（例えば、酪酸）を産生する１種または複数の菌株を有し得る一方で、同じドナーの便は、機能的スクリーニングに供される場合、抗炎症プロファイルを中程度にしか誘導しない（例えば、中等度のＩＬ－１０：ＩＬ－１２比）細菌分離株を有し得る。あるいは、異なるドナーの便は、最適抗炎症プロファイル（例えば、高いＩＬ－１０：ＩＬ－１２比）を誘導する１種または複数の菌株を有し得るが、高レベルのＳＣＦＡを産生する菌株を有しない。

本明細書で記載の医薬組成物中に含めるための細菌分離株を特定する場合に、選択の基準として複数の異なるドナーからの便を使用することの別の利点は、複数のドナーからの微生物叢が、その中で（ｉ）腸内菌共生バランス失調の患者に比べて、健康なヒト対象中でより大きな相対存在量、または（ｉｉ）腸内菌共生バランス失調の患者に比べて腸内菌共生バランス失調から寛解期にあるヒト対象中でより大きな相対存在量、を有する菌株に対応する細菌分離株（すなわち、表４で与えられる細菌分離株）を特定する、菌株のより大きなプールをもたらすことである。一般に、上記（ｉ）または（ｉｉ）を有する菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と、選択された細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列との間の一致は、可能な限り近くなければならない（例えば、少なくとも９７％、少なくとも９７．５％、少なくとも９８％、少なくとも９８．５％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％または１００％）。所望の一致を特定する可能性は、複数のドナーからの便を調達することにより提供される選択用の菌株プールが大きくなるに伴い増大する。

従って、通常、微生物治療薬を構築するための本明細書で意図される合理的な機序に基づく選択スキームは、治療薬を投与される対象における目的のそれぞれの機序の誘導のための最適な細菌分離株の選択を可能にするために、単一ドナーの菌株を越えて菌株のプールを大きくすることが好ましい。この複数ドナー選択過程は従って、単一ドナーの便の合成方式を再現することを試みる既知の手法より有利である。

他の実施形態では、医薬組成物または微生物混合物は、単一のヒトドナーのみの単独または複数の便試料から分離または精製された複数の細菌分離株を含む。

種々の実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、対象への組成物の投与後に、対象のＧＩ管中に生着し得る１種または複数の細菌分離株を含む。本明細書では、「生着すること（ｅｎｇｒａｆｔｉｎｇ）」または「生着（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）」は、対象の腸管中での菌株または細菌分離株の細胞の一定の期間にわたる安定な存在を指す（例えば、本明細書で記載の組成物を、例えば、経口または直腸内で、投与することによる対象腸管中への菌株または分離株の導入後に）。通常、患者の腸中へ導入された（例えば、経口および／または直腸内投与により）細菌分離株の生着は、対象への細菌分離株の投与前後に対象の糞便試料中の細菌分離株の存在量を比較することにより、長期間にわたり、または経時的に測定される。ある実施形態では、対象の腸中に導入された細菌分離株は、投与の前に存在しない。別の実施形態では、対象の腸中に導入された細菌分離株は、投与の前に存在するが、投与後に存在量が増加する。特定の実施形態では、生着は、対象への菌株の投与後の少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４、日、少なくとも１週、少なくとも２週、少なくとも３週、少なくとも４週、少なくとも５週、少なくとも６週、少なくとも７週、少なくとも８週、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、または６ヶ月超後に、対象の腸に投与された菌株の存在量の増加を確認することにより決定される。

いくつかの実施形態では、対象の腸中での細菌分離株の生着は、細菌分離株が閾値投与量で、またはそれを超えて対象に投与される場合に、起こる。いくつかの実施形態では、対象の腸中への細菌分離株の生着は、細菌分離株が閾値投与量未満で対象に投与される場合、起こらないか、または比較的非効率的に（例えば、患者全体にわたり）起こる。例えば、対象の腸中への細菌分離株の生着は、細菌分離株が、少なくとも１０^６個の細胞、少なくとも１０^７個の細胞、少なくとも１０^８個の細胞、少なくとも１０^９個の細胞、少なくとも１０^１０個の細胞、少なくとも１０^１１個の細胞、または少なくとも１０^１２個の細胞の投与量で対象に投与される（例えば、本明細書で記載の医薬組成物中で経口または直腸内で）場合、起こり得る。

いくつかの実施形態では、それを必要としている患者への１種または複数の細菌分離株の投与量は、細菌分離株の生着閾値に依存し得る。

いくつかの実施形態では、対象に投与される医薬組成物中の細菌分離株は、対象の十二指腸中で生着する。いくつかの実施形態では、対象に投与される医薬組成物中の細菌分離株は、対象の空腸中で生着する。いくつかの実施形態では、対象に投与される医薬組成物中の細菌分離株は、対象の回腸中で生着する。いくつかの実施形態では、対象に投与される医薬組成物中の細菌分離株は、対象の結腸中で生着する。

いくつかの実施形態では、対象の腸中での細菌分離株の生着は、細菌分離株が閾値投与量で、またはそれ未満の投与量で対象に投与される場合に、起こる。いくつかの実施形態では、対象の腸中での細菌分離株の生着は、細菌分離株が閾値投与量を越える量で対象に投与される場合、起こらないか、または比較的非効率的に（例えば、患者全体にわたり）起こる。例えば、対象の腸中への細菌分離株の生着は、細菌分離株が、１０^８個以下の細胞、１０^９個以下の細胞、１０^１０個以下の細胞、１０^１１個以下の細胞、または１０^１２個以下の細胞の投与量で対象に投与される（例えば、本明細書で記載の医薬組成物中で経口または直腸内で）場合、起こり得る。

種々の実施形態では、本発明の医薬組成物（例えば、微生物混合物）は、相乗的にを含み、相互作用して、組成物を投与された対象の腸中に存在する病原性細菌の増殖および／または生存に対し抑制効果を有する、１種または複数の細菌分離株を含む。例えば、１種または複数の細菌分離株は、病原性細菌に対し細胞傷害性または細胞増殖抑制性効果を有し得る。種々の実施形態では、１種または複数の細菌分離株は、患者のＧＩ管中に存在するまたはその中に侵入する病原性細菌に対し抑制効果を発揮する。種々の実施形態では、１種または複数の細菌分離株は、投与の前に患者のＧＩ管中に検出可能な程度に存在しない少なくとも１つのタイプの細菌の増殖を強化する。

種々の実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、相乗的に相互作用して、病原性細菌の増殖または生存に対し抑制効果を有する（例えば、細胞傷害性および／または細胞増殖抑制性作用を介して）、分離または精製された１種または複数の菌株を含む。本明細書で記載の１種または複数の細菌分離株の投与により影響を受け得る病原性細菌の例としては、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｓｐ．、腸管病原性のＥ．ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、およびＥ．ｃｏｌｉなどの多剤耐性菌、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、拡張型βラクタム耐性バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＥＳＢＬ）、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）が挙げられる。さらなる細菌の例としては、Ｙｅｒｓｉｎｉａ属、Ｖｉｂｒｉｏ属、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ属、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｓｈｉｇｅｌｌａ属、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ属、Ｏｒｉｅｎｔｉａ属、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ属、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ属、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｌｉｓｔｅｒｉａ属、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ属、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ属、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ属、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ属、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ属、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ属、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｃｏｘｉｅｌｌａ属、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ属、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ属、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ属、Ｂｒｕｃｅｌｌａ属、Ｂｏｒｒｅｌｉａ属、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ属、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｂａｃｉｌｌｕｓ属、多剤耐性菌、拡張型βラクタム耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＥＳＢＬ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、およびバンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）が挙げられる。病原性細菌の例としては、Ａｅｒｏｍｏｎａｓｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｆｅｔｕｓ、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｅｒｅｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｊｅｊｕｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、腸管凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、腸管出血性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、腸管侵入性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、腸内毒素原性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（限定されないが、ＬＴおよび／またはＳＴなど）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ０１５７：Ｈ７、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒｐｙｌｏｒｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌｉａｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｌｙｓｔｅｒｉａｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｓｐ．、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｐａｒａｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａｓｐ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ、バンコマイシン耐性ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．、Ｖｉｂｒｉｏｓｐ．、Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖｉｂｒｉｏｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、およびＹｅｒｓｉｎｉａｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａが挙げられる。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、非病原性菌株である。いくつかの実施形態では、非病原性菌株は、病原性および／または毒性を引き起こす、遺伝子、またはその発現を欠くゲノムを含む。例えば、いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株を含む微生物混合物は、微生物混合物を投与された対象において疾患または障害を引き起こし得る生物または物質を実質的に含まない（例えば、病原性細菌を含まない）。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、製造工程中で微生物混合物中に組み込まれる１種または複数の細菌分離株以外の細菌細胞を含まない。例えば、微生物混合物は、培養または未培養に関わらず、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ属、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｍｏｎｉｌｉａ属、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、またはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属を含む特定の種の細菌を不含であってよい。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、元々は健康なヒトドナーの便試料から得られた菌株の実験室ストックまたは細菌細胞バンクから得ることができる。例えば、便細菌叢（例えば、本明細書で記載の方法を用いて便試料から精製された）を、本明細書で記載の医薬組成物中に組み込まれる細菌分離株の供給源として使用できる。特定の実施形態では、便試料の便細菌叢の全てまたは一部は、固体培地基材上で培養され、１種または複数の細菌分離株は、単一コロニーとして特定される。他の実施形態では、便細菌叢の全てまたは一部は、液体培養物中に接種されて、その後系列希釈されて細菌分離株の単一細胞を含む培養物を産生する、混合細菌培養物を産生し得る。いくつかの実施形態では、特定された細菌分離株はその後、既知の技術を使用して培養および増殖され得る（例えば、固体または液体培地中で）。菌株を分離、精製、および／または培養するための方法は、Ｓａｄｏｗｓｋｙｅｔａｌ．，国際公開第２０１２／１２２４７８号に記載され、さらにＢｏｒｏｄｙｅｔａｌ．，国際公開第２０１２／０１６２８７号に記載される。これらの国際公開特許のそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。

未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物
一態様では、本明細書の医薬組成物は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む。例えば、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、実質的に完全な便細菌叢（例えば、健康なヒトドナーから精製された）を含み得る。

いくつかの実施形態では、本明細書で使われる便細菌叢の調製物、または未培養糞便細菌の調製物の製造は、エタノール処理、洗浄剤処理、熱処理、照射および超音波処理からなる群より選択される処理を含む。別の態様では、本明細書で使われる便細菌叢の調製物または未培養糞便細菌の調製物の製造は、エタノール処理、洗剤処理、加熱処理、照射、および超音波処理からなる群から選択される処理を含まない。一態様では、本明細書で使用される便細菌叢の調製物、または未培養糞便細菌の調製物の製造は、密度勾配、ろ過（例えば、ふるい、ナイロンメッシュ）、およびクロマトグラフィーからなる群から選択される分離ステップを含む。別の態様では、本明細書で使用される便細菌叢の調製物、または未培養糞便細菌の調製物の製造は、密度勾配、ろ過（例えば、ふるい、ナイロンメッシュ）、およびクロマトグラフィーからなる群から選択される分離ステップを含まない。別の態様では、本明細書で使用される便細菌叢、または未培養糞便細菌の調製物は、ドナーの全便細菌叢を含む。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、便細菌叢のドナー由来の真核細胞を実質的に含まない、便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む。

別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含み、本明細書で記載の１種または複数の細菌分離株を用いて、さらに補充、添加、または強化される。一態様では、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物に、表１で与えられる細菌分離株が添加される。一態様では、未培養便細菌叢、または未培養糞便細菌の調製物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ属、Ｄｏｒｅａ属、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ属、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属、Ｂａｃｃｉｌｌｕｓ属、またはそれらの組み合わせの非病原性（または病原性弱毒化）細菌で補充される。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含み、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ科、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門、Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ綱、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の種、またはこれらの組み合わせを用いて、さらに補充、添加、または強化される。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含み、糞便細菌胞子を用いてさらに補充される。一態様では、糞便細菌胞子は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ胞子、Ｂａｃｉｌｌｕｓ胞子、または両方である。

ある態様では、医薬組成物は、ヒト、ウシ、乳用子牛、反芻動物、ヒツジ、ヤギ、またはシカからなる群より選択される対象からの未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、治療用組成物は、ヒト、ウシ、乳用子牛、反芻動物、ヒツジ、ヤギ、またはシカからなる群より選択される対象に投与できる。ある態様では、医薬組成物は、実質的に、またはほぼ無臭である。

ある態様では、本明細書で提供または投与される医薬組成物は、０．３以上、０．４以上、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上、０．９以上、１．０以上、１．１以上、１．２以上、１．３以上、１．４以上、１．５以上、１．６以上、１．７以上、１．８以上、１．９以上、２．０以上、２．１以上、２．２以上、２．３以上、２．４以上、２．５以上、３．０以上、３．１以上、３．２以上、３．３以上、３．４以上、３．５以上、３．６以上、３．７以上、３．８以上、３．９以上、４．０以上、４．１以上、４．２以上、４．３以上、４．４以上、４．５以上、または５．０以上のシャノンの多様度指数を含む未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、医薬組成物は、０．１～３．０、０．１～２．５、０．１～２．４、０．１～２．３、０．１～２．２、０．１～２．１、０．１～２．０、０．４～２．５、０．４～３．０、０．５～５．０、０．７～５．０、０．９～５．０、１．１～５．０、１．３～５．０、１．５～５．０、１．７～５．０、１．９～５．０、２．１～５．０、２．３～５．０、２．５～５．０、２．７～５．０、２．９～５．０、３．１～５．０、３．３～５．０、３．５～５．０、３．７～５．０、３１．９～５．０、または４．１～５．０のＳｈａｎｎｏｎ多様度指数を含む便微生物叢を含む。一態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ多様度指数は、門レベルで計算される。別の態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ多様度指数は、科レベルで計算される。一態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ多様度指数は、属レベルで計算される。別の態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ多様度指数は、種レベルで計算される。さらなる態様では、医薬組成物は、健康なヒト糞便細菌叢に類似する比例含量で細菌叢の調製物を含む。

さらなる態様では、医薬組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種の異なる科に由来する糞便細菌を含む。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０種の異なる科に由来する糞便細菌を含む。さらに別の態様では、医薬組成物は、少なくとも２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０種の異なる科に由来する糞便細菌を含む。さらなる態様では、医薬組成物は、少なくとも３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０種の異なる科に由来する糞便細菌を含む。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０種の異なる科に由来する糞便細菌を含む。別の態様では、医薬組成物は、１～１０、１０～２０、２０～３０、３０～４０、４０～５０種の異なる科に由来する糞便細菌を含む。ある態様では、本明細書で提供または投与される医薬組成物は、生体物質の重量当たり、０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または１０％以下の重量の非生物を含む未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、本明細書で提供または投与される医薬組成物は、生体物質の重量当たり、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％以下の重量の非生物を含む未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、本明細書で提供または投与される医薬組成物は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．３３ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、または０．００２ｍｍのふるい、排除、または粒子フィルターサイズを有する、ふるい、カラム、または同様のフィルタリング装置を通過した、糞便試料の非生物および／または生体物質の粒子を含む、それらからなり、または基本的にそれらからなる。「非生物」は、処理された糞便物質に添加される、賦形剤、例えば、凍結保護物質などの薬学的に不活性な物質を含まない。「生体物質」は、糞便物質中の生体を構成する物質を指し、原核細胞などの微生物、例えば、細菌および古細菌（例えば、生きた原核細胞および胞子形成して生きた原核細胞になり得る胞子）、真核細胞、例えば、原虫および真菌、ならびにウィルスを含む。一実施形態では、「生体物質」は、健康なヒトの結腸に存在する、生体を構成する物質、例えば、微生物、真核細胞、およびウィルスを指す。ある態様では、本明細書で提供または投与される医薬組成物は、ヒト便の抽出物を含み、組成物は実質的に無臭である。ある態様では、本明細書で提供または投与される医薬組成物は、凍結乾燥した、粗製の、半精製の、または精製した製剤中の、糞便物質、または糞便細菌叢の調製物を含む。

ある態様では、医薬組成物中の未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、高度に純化されたまたは精製された糞便細菌叢を含み、例えば、非細菌叢の糞便物質を実質的に含まない。ある態様では、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、例えば、精密濾過を受けるために、ふるい分けの前、その後、またはその前後に、さらに処理されることがある。別の態様では、高度に精製された便細菌叢生成物は、限外濾過されて、大きな分子を除去するが、治療用ミクロフローラ、例えば、細菌を保持する。

別の態様では、本明細書で使用される医薬組成物中の未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、Ｓａｄｏｗｓｋｙｅｔａｌ．，国際公開第２０１２／１２２４７８Ａ１号に記載されるように、またはＢｏｒｏｄｙｅｔａｌ．，国際公開第２０１２／０１６２８７Ａ２号に記載されるように、少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、もしくは９９．９％分離されているかまたは純粋であるか、または、約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、もしくは１．０％もしくはそれを越える程度の非糞便細菌叢の物質を有しない、または実質的に分離され、精製された、または実質的に全体の微生物叢である、糞便細菌叢の分離菌である（またはそれを含む）、実質的に分離されたまたは精製された糞便細菌叢または全体の（または実質的に全体の）微生物叢を含むか、基本的にそれらからなる。

ある態様では、医薬組成物中の未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、ドナーのほぼ全体の、または非選択的な便細菌叢を含む。別の態様では、医薬組成物中の便細菌叢は、抗生物質耐性集団を含まない。別の態様では、医薬組成物は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含み、外来の物質（例えば、残存繊維、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ウィルスコーティング材料、生育不能物質などの無細胞物質を含む無生物、および糞便のドナー由来の真核細胞などの生物）をほとんど含まない。

ある態様では、医薬組成物中の未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、ヒトドナーの疾患スクリーニング便試料由来である。ある態様では、便試料は、抗生物質耐性集団を含まない。例えば、糞便組成物は、抗生物質耐性集団を含まない健康なヒトの糞便細菌叢に、比例した含量で、類似し得る、生存可能な細菌叢の調製物を含み得る。細菌叢中の好適な微生物は、以下から選択され得る：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ属、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ属、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｄｏｒｅａ属、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属。

ある態様では、本明細書で開示される治療に使用される医薬組成物は、無菌糞便濾液または非細胞糞便濾液を含む。一態様では、無菌糞便濾液は、ドナーの便由来である。別の態様では、無菌糞便濾液は、培養微生物由来である。別の態様では、無菌糞便濾液は、非細胞の非粒子の糞便成分を含む。一態様では、無菌糞便濾液は、２０１４年５月３０日公開の国際公開第２０１４／０７８９１１号に記載のように作製される。別の態様では、無菌糞便濾液は、Ｏｔｔｅｔａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ１５２：７９９－９１１（２０１７）に記載のように作製される。

一態様では、糞便濾液は、分泌された、排出された、もしくはさもなければ液体の成分または微生物叢、例えば、抗生物質または抗炎症剤であってよい、生物活性分子（ＢＡＭ）を含み、これらは細菌叢抽出物中に保存され、保持され、または再構成される。

一態様では、糞便の濾液を含む代表的医薬組成物は、所定のドナープールからのドナー由来の出発物質を含み、このドナーは、遠心分離され、その後、例えば金属ふるいもしくはＭｉｌｌｉｐｏｒｅフィルターのいずれか、または同等物を用いる非常に高いレベルの濾過法を用いて濾過されて、最終的に、細菌起源の細胞、例えば、直径約５マイクロメートル未満の細胞のみが残ることを可能にする、便を提供する。初期の遠心分離の後、固体物質を液体から分離でき、固体を次いで、例えば、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ濾過を用いる、および任意選択でナノ膜フィルタリングの使用も含む、サイズ漸減ふるいおよびタンジェンシャルフィルターで濾過する。フィルタリングは、国際公開第２０１２／１２２４７８号に記載されるようなふるいによって、実施することもできるが、その一方で、０．０１２０ｍｍより小さく、約０．０１１０ｍｍまでサイズが漸減するふるいを用いることもでき、これは最終的に、細菌細胞のみを有することをもたらす。

遠心分離中に分離された上清を、順次濾過（例えば、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ濾過または同等物で）して、約０．２２ミクロンのフィルターを通して精密濾過された液体を得られる。これは、細菌およびウィルスなどの全ての生物を含む全ての粒子状物質を除去する。生成物はこのように無菌であるが、目的は、ツリシン（ドナーの便中の桿菌により分泌される）、バクテリオシン（コリシン、トロウデュリキシン（ｔｒｏｕｄｕｌｉｘｉｎｅ）、プタインディシン（ｐｕｔａｉｎｄｉｃｉｎｅ）、またはミクロシンまたはサブチロシンＡを含む）、ランティビオティクス（Ｌａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ）（ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、およびシンナマイシンを含む）、ラクチシンおよび他の抗菌性または抗炎症性化合物を含む、それらの分泌物、特に抗菌性バクテリオシン、細菌由来のサイトカイン様産物、および、全ての随伴する生物活性分子（ＢＡＭ）を維持すること以外に細菌を除去することである。

一態様では、本明細書で使用される医薬組成物は、精製された便細菌叢および非細胞の糞便濾液の組み合わせから基本的になる再構成された糞便細菌叢を含む。別の態様では、本明細書で使用される医薬組成物は、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分を補充された精製便細菌叢を含む。一態様では、本明細書で使用される医薬組成物は、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分を含む。一態様では、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分は、合成分子、糞便微生物により産生される生物活性分子、またはそれらの両方を含む。別の態様では、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分は、生物活性タンパク質またはペプチド、微量栄養素、脂肪、糖、低分子炭水化物、微量元素、鉱酸塩、灰分、粘液、アミノ酸、栄養素、ビタミン、ミネラル、またはそれらの任意の組み合わせを含む。一態様では、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分は、バクテリオシン、ランバイオティクス、およびラクチシンからなる群から選択される１種または複数の生物活性成分を含む。別の態様では、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分は、コリシン、トロウドゥリキシン、プタインディシン、ミクロシン、およびサブチロシンＡからなる群から選択される１種または複数のバクテリオシンを含む。一態様では、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分は、ツリシン、ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、およびシンナマイシンからなる群から選択される、１種または複数のランバイオティクスを含む。別の態様では、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分は、抗胞子化合物、抗菌性化合物、抗炎症性化合物、またはそれらの任意の組み合わせを含む。さらなる態様では、１種または複数の非細胞、非粒子の糞便成分は、インターロイキン、サイトカイン、ロイコトリエン、エイコサノイド、またはそれらの任意の組み合わせを含む。

別の態様では、本明細書において提供される治療方法は、両方の糞便場細菌細胞、例えば、ヒト消化管微生物叢の部分的または完全な再現物と、細菌叢（微生物叢）の分離された、加工された、濾過された、濃縮された、再構成された、および／または人工的な液体成分（例えば、糞便濾液）とを含み、それは、他の成分の中でとりわけ、例えば、バクテリオシン（コリシン、トロウドゥリキシン、プタインディシン、またはミクロシンまたはサブチロシンＡを含む細菌により産生されるタンパク質性毒素）、ランバイオティクス（ツリシン（ドナーの便中の桿菌により分泌される）、ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、およびシンナマイシンを含む、特徴的な多環式チオエーテルアミノ酸、ランチオニンまたはメチルランチオニン、および不飽和アミノ酸デヒドロアラニンおよび２－アミノイソブチル酸を含むペプチド抗生物質の部類である）、ラクチシン（ポア形成ペプチド毒素のファミリー）、および糞便の細菌または他の微生物により産生される他の抗菌性または抗炎症性化合物、および／または追加の生物活性成分（ＢＡＭ）、ならびに／または「微生物叢」の「液体成分」中に見出されるものを含む。

一態様では、糞便細菌に基づく医薬組成物は、糞便非細胞濾液に基づく医薬組成物と同時に使用される。別の態様では、患者は、第２の糞便細菌に基づく医薬組成物を投薬される前に、第１の糞便非細胞濾液に基づく医薬組成物により治療され、逆もまた同じである。さらなる態様では、治療方法は、３つのステップを含む：第１に、感染性病原体を非選択的に除去するための抗生物質前治療ステップ、第２に、選択された感染性病原体をさらに抑制するための糞便非細胞濾液に基づく処理ステップ、および第３に、機能性の腸管マイクロバイオームを再確立するための糞便細菌に基づく医薬組成物を患者に投与するステップ。

ある態様では、治療方法は、腸内菌共生バランス失調に関連する治癒、症状の低減、または障害の症状の一定の割合の低減をもたらす。細菌叢の変化は可能な限り「ほぼ完全」であってよく、細菌叢は、全ての残存する元の細菌叢を押しのける生存可能な生物により置き換えられる。典型的には，腸内細菌叢における変化は、消化系中への一連の所定の細菌叢の導入を含み、したがって、ある態様では、治療の方法は、このような治療を必要とする患者における病原性の腸内細菌叢を実質的に、または完全に置き換えることを含む。

ある態様では、医薬組成物中に組み込むための未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍａｂｓｏｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍａｒｇｅｎｔｉｎｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｂａｒａｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃａｄａｖｅｒｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃａｒｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃｅｌａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃｈａｕｖｏｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｆａｌｌａｘ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｆｅｌｓｉｎｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｇｈｏｎｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈａｓｔｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｎｏｖｙｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｏｒｏｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｉｌｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓａｒｄｉｎｉｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓａｒｔａｇｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｅｐｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｔｅｒｔｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｔｅｔａｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｗｅｌｃｈｉｉ、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｖｉｌｌｏｓｕｍからなる群より選択される１種以上、２種以上、３種以上、４種以上のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種の非病原性胞子を含む。

ある態様では、医薬組成物中に組み込むための未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、精製された、分離された、または培養された生存可能な非病原性のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ属、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｄｏｒｅａ属、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属からなる群より選択される１種または複数の属由来の、精製された、分離された、または培養された生存可能な複数の非病原性微生物とを含む。別の態様では、医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ属、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｄｏｒｅａ属、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属からなる群より選択される１種または複数の属由来の、精製された、分離された、または培養された生存可能な複数の非病原性微生物を含む。

ある態様では、医薬組成物中に組み込むための未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ属、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｄｏｒｅａ属、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属からなる群より選択される２種以上の属を含む。別の態様では、医薬組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｄｏｒｅａ属、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属からなる群から選択される２種以上の属を含む。さらなる態様では、医薬組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃａｔｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｅｌｉｇｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｈａｄｒｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｔｏｒｑｕｅｓからなる群から選択される１種以上、２種以上、３種以上、４種以上、または５種以上の種を含む。

一態様では、本明細書で記載の医薬組成物に組み込むための未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、もしくは１０^１３ｃｆｕまたは総細胞数を含む。別の態様では、医薬組成物は、最大で約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、１０^１３もしくは１０^１４ｃｆｕまたは総細胞数を含む。

別の態様では、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、もしくは１０^１３個の細胞または総細胞数を含む。別の態様では、医薬組成物は、最大で約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、１０^１３もしくは１０^１４個の細胞または総細胞数を含む。

便からの細菌の抽出および精製
本明細書で記載の医薬組成物は、ドナー、例えば、健康なヒトドナーの便試料由来の微生物、例えば、細菌を含み得る。ある態様では、組成物は、便試料の便細菌叢の全てまたは一部を組み込む。例えば、組成物は、健康なヒトドナーの便試料の実質的に完全な便細菌叢を組み込んでよい。ある態様では、組成物は、便細菌叢の細菌分離株を組み込み、細菌分離株は、便細菌叢の全てまたは一部から精製および／または培養されている。便試料由来の便細菌叢の抽出および／または精製は、このように行われて、便細菌叢（例えば、実質的に完全便細菌叢）または細菌分離株の少なくとも１種を含む組成物を調製する。

一態様では、本明細書で記載の組成物の調製で使用するための代表的便細菌叢は、ヒトドナー由来の出発物質を含む。別の態様では、代表的便細菌叢は、１種または複数の健康なヒトドナー由来の物質を含む。さらに別の態様では、代表的便細菌叢は、既知の所定のドナーのプール由来の出発物質を含む。別の態様では、ドナーは、成人男性である。別の態様では、ドナーは、成人女性である。さらに別の態様では、ドナーは、青年男性である。別の態様では、ドナーは、青年女性である。別の態様では、ドナーは、女性幼児である。別の態様では、ドナーは、男性幼児である。別の態様では、ドナーは、健康である。一態様では、ヒトドナーは、約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の子供である。別の態様では、ヒトドナーは、高齢者である。さらなる態様では、ヒトドナーは、約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超えるヒトである。別の態様では、ドナーは、約１～５、２～１０、３～１８、２１～５０、２１～４０、２１～３０、５０～９０、６０～９０、７０～９０、６０～８０、または６５～７５歳である。一態様では、ドナーは、前期高齢者（６５～７４歳）である。一態様では、ドナーは、中期高齢者（７５～８４歳）である。一態様では、患者は後期高齢者（＞８５歳）である。さらに別の態様では、ドナーは、注意深くスクリーニングされた、健康で神経学的機能が正常なヒトである。

ある態様では、注意深くスクリーニングされたドナーは、完全病歴検査および身体検査を受ける。ドナーは、感染病原体のリスクがある場合には除外される。追加の除外基準は、下記を含む：
１．Ｂ、Ｃ型肝炎またはＨＩＶウィルスによる既知の感染
２．時期に関係なく、ＨＩＶまたはウィルス性肝炎への既知の曝露
３．薬物またはお金のための性交渉、同性との性交渉のある男性、直近１２ヶ月中の２人以上の相手との性交渉、静脈内薬物または鼻腔内のコカインの何らかの過去の使用、嵌頓症の病歴、を含む高リスク行動。
４．１２か月以内の入れ墨、ボディピアッシング。
５．旅行者の下痢のリスクがＵＳより高い世界の地域への旅行。
６．流行中の伝染病、例えば、上気道ウィルス感染症。
７．過敏性腸症候群の病歴。具体的症状は、高頻度の腹部疝痛、過剰ガス、鼓腸、腹部膨満、腹部膨満、便意切迫、下痢、便秘を含み得る。
８．クローン病、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎などの炎症性腸疾患の病歴。
９．慢性下痢。
１０．慢性便秘または下剤の使用。
１１．胃腸悪性腫瘍または既知の結腸ポリープ症。
１２．なんらかの腹部手術、例えば、胃バイパス、腸切除、虫垂切除術、胆嚢摘出、などの病歴。
１３．消化調節の目的のための潜在的ドナーにより使用されるプロバイオティクスまたは任意の他の店頭助剤。ヨーグルトおよび馬乳酒製品は、栄養サプリメントではなく食品としてただ摂取されるならば許容される。
１４．６週間以内での何らかの適応症のための抗生物質。
１５．何らかの処方免疫抑制薬または抗悪性腫瘍薬。
１６．既発のまたは新たに出現した代謝症候群。ここでの定義に使用される基準は、いずれかの確立された判定基準より厳格である。これらは、高血圧の病歴、糖尿病またはグルコース不耐性の病歴を含む。
１７．既知の全身性自己免疫疾患、例えば、結合組織疾患、多発性硬化症
１８．喘息または湿疹を含む既知のアトピー性疾患。
１９．線維筋痛症、慢性疲労症候群を含む慢性疼痛症候群。
２０．吸入器または局所クリームおよび軟膏を含む進行中の（間欠的であっても）何らかの処方薬物の使用。
２１．自閉症、パーキンソン病を含む神経疾患、神経発達疾患、および神経変性疾患。
２２．一般。肥満度指数＞２６ｋｇ／ｍ２、ウエスト：ヒップ比（ｗａｉｓｔ：ｈｉｐｒａｔｉｏ）＞０．８５（男性）、＞０．８０（女性）により定義される中心性肥満。
２３．血圧＞１３５ｍｍＨｇ（収縮期）、＞８５ｍｍＨｇ（弛緩期）。
２４．皮膚－発疹、一年以内に配置された入れ墨またはボディピアッシング、または黄疸の存在。
２５．肥大化リンパ節。
２６．聴診時の喘鳴。
２７．肝疾患の肝腫大または出血斑。
２８．膨潤または圧痛関節。筋力低下。
２９．異常神経学的検査。
３０．ＰＣＲで試験される陽性便Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂ。
３１．Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属、Ｓｈｉｇｅｌｌａ属、Ｙｅｒｓｉｎｉａ属、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属、Ｅ．ｃｏｌｉ０１５７：Ｈ７を含むいずれかの通例の病原体に対する陽性便培養物。
３２．異常なｏｖａおよび寄生生物試験。
３３．陽性のジアルジア、クリプトスポリジウム、またはヘリコバクター・ピロリ抗原。
３４．ＨＩＶ－１および２型、ウィルス性肝炎ＡＩｇＭ、肝炎表面抗原およびコアＡｂを含む、何らかのウィルス性疾病に対する陽性スクリーニング。
３５．異常ＲＰＲ（梅毒スクリーニング）。
３６．アルカリフォスファターゼ、アスパラギン酸アミントランスアミナーゼ、アラニンアミノトランスフェラーゼを含む、何らかの異常肝臓機能試験。
３７．高血清トリグリセリド＞１５０ｍｇ／Ｄｌ
３８．ＨＤＬコレステロール＜４０ｍｇ／ｄＬ（男性）、＜５０ｍｇ／ｄＬ（女性）
３９．高感度ＣＲＰ＞２．４ｍｇ／Ｌ
４０．高い空腹時血糖値（＞１００ｍｇ／ｄＬ）

いくつかの実施形態では、方法は、（ｉｖ）ヒト糞便試料由来の複数の細菌分離株を用意すること；および（ｖ）（ａ）真核細胞集団をヒト由来細菌分離株と接触させること、（ｂ）真核細胞集団中のサイトカインのレベルを測定すること、および（ｃ）真核細胞集団のサイトカインのレベルの調節をできる細菌分離株を選択すること、を含む機能アッセイを実施することにより第２の治療のための細菌分離株を分離することをさらに含む。いくつかの実施形態では、真核細胞集団は、ＰＢＭＣ集団を含む。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＬ－１０、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２３、およびＩＬ－１２から選択される。

本発明の態様は、第１と第２の細菌分離株を含む微生物混合物を調製する方法であり、方法は、（ｉ）ヒト便から複数の細菌分離株を分離すること；（ｉｉ）（ａ）真核細胞集団を細菌分離株と接触させること、（ｂ）ＩＬ－１０：ＩＬ－１２比およびＩＬ－１０：ＴＮＦα比を測定すること、および（ｃ）真核細胞とインキュベートした場合に少なくとも約５０：１のＩＬ－１０：ＩＬ－１２比または少なくとも約１：１のＩＬ－１０：ＴＮＦα比を誘導できる細菌分離株を第１の細菌分離株として特定すること、を含む第１の機能アッセイを実施すること；（ｉｉｉ）（ａ）細菌分離株により産生された短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルを測定すること、および（ｂ）少なくとも約１０ｍＭの濃度でＳＣＦＡを産生する細菌分離株を第２の細菌分離株として特定すること、を含む第２の機能アッセイを実施すること、および（ｉＶ）第１と第２の細菌分離株を混合して微生物混合物を生成すること、を含む。

いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸、およびこれらの任意の２種以上から選択される。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、酪酸である。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの任意の２種以上から選択される。いくつかの実施形態では、第２の細菌分離株は、配列番号１、２、３、７、８、１７、１９、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

一態様では、本明細書で提供されるのは、糞便細菌叢（例えば、全体（または実質的に全体）微生物叢）を調製するための方法であり、１人または複数の健康な（例えば、スクリーニングされた）ドナーからの収集を最初に含む。一態様では、新しい便が便採集器具を介して輸送され、この器具は、適宜無酸素（または実質的に無酸素）の適切な容器を提供または含み得る。一態様では、容器は、例えば、酸素除去メカニズム（例えば、米国特許第７，５４１，０９１号に記載のような、例えば酸素除去ペレット）を容器に組み込むこと、またはクリップで留めることにより、無酸素に作製され得る。別の態様では、容器自体が、酸素除去物質（例えば、Ｏ２ＢＬＯＣＫ（商標）または同等物により特徴付けられるような酸素除去鉄）で作製され、これは、精製または変性された層状粘土を、酸素除去鉄の性能増強担体として使用し、活性な鉄が、ポリマー中に直接分散される。一態様では、酸素除去ポリマーは、例えば、酸素除去活性を示す、１種以上の不飽和オレフィンホモポリマーもしくはコポリマー、１種または複数のポリアミドホモポリマーもしくはコポリマー、１種以上のポリエチレンテレフタレートホモポリマーまたはコポリマーを有するポリマーブレンドを記載する、米国特許出願公開第２０１１００４５２２２号に記載されるように、容器自体を作製するために、または容器をコートするために、または添加されるペレットとして使用される。一態様では、酸素除去ポリマーは、例えば、ポリエステル、コポリエステルエーテル、および酸化触媒を含み、コポリエステルエーテルが、ポリ（テトラメチレン－コ－アルキレンエーテル）を含むポリエーテルセグメントを含む、組成物を記載する米国特許出願公開第２０１１０００８５５４号に記載されるように、容器自体を作製するか、または容器をコートするために、または添加されるペレットとして使用される。一態様では、酸素除去ポリマーは、例えば、ポリマーマトリックス中に分散した鉄／塩粒子、および酸素除去粒子を有する酸素除去フィルムを記載する、米国特許出願公開第２０１０００２５５２３１号に記載されるように、容器自体を作製するために、または容器をコートするために、または添加されるペレットとして使用される。

あるいは、酸素除去機序に加えてまたはそれに代えて、容器中の空気を、窒素および／または他の不活性な非反応性ガスで置換（完全にまたは実質的に）できる。一態様では、容器は、部分的に、実質的にまたは完全に嫌気性環境を模擬（作成）する。

一態様では、便（例えば、糞便試料）は、漏れも臭気もなくさらに嫌気性環境を維持する、審美的に許容可能な、容器中に保持される。一態様では、容器は、糞便細菌叢を受け取る前に、無菌である。

一態様では、本明細書で提供される便試料は、その輸送および／または例えば、「便バンク」で貯蔵の大部分または全部の期間中、室温で維持される。例えば、「便処理バンク（ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇｓｔｏｏｌｂａｎｋ）」に送達されると、それは、周囲温度で、例えば、室温で貯蔵される。一態様では、グリセロールなどの安定化剤が、回収されたおよび／または貯蔵される物質に添加される。

一態様では、便は、上述の種々の病原体について試験される。一態様では、感染性薬剤を除去すると、便試料は、ホモジナイズされ、濾過されて大きな粒子の物質を除去する。一態様では、便は、例えば、５ｃｃ～３リットル以上であり得る所望の体積に細分される。例えば、一態様では、容器は、５０グラム（ｇ）の便を含み、これは、適切な酸素耐性プラスチック、例えば、金属化ポリエチレンテレフタレートポリエステルフィルム、または金属化マイラー（商標）中に保持されてよい。

一態様では、便は、例えば、混合、かき混ぜ、撹拌または振盪によるホモジナイゼーションに供される。特定の態様では、便試料は、ホモジナイゼーションの前に、ホモジナイゼーション緩衝液で希釈される。ホモジナイゼーション緩衝液は、例えば、凍結保護物質（例えば、トレハロース）、抗酸化剤または還元剤（例えば、システイン）、および緩衝液（例えば、ｐＨ７．４で０．２５ＸＰＢＳ）を含み得る。

一態様では、便細菌叢から非細菌成分を分離するために、便は、粗い粒子状物質からホモジナイズおよび濾過されてよい。一態様では、顕微鏡的繊維／無生物がその後、細菌から分離される。例えば、典型的な細菌サイズまへと漸減的に小さくなる、フィルターサイズによる、例えば、反復濾過を含む、いくつかの方法が使用できる。

一態様では、異なるフィルターを使用して、またはガーゼを用いて濾過する簡単な技術用いる、Ｗｉｌｌｉａｍｓの国際公開第ＷＯ２０１１／０３３３１０Ａ１号により使用された技術を使用して、細菌種を分離する。

一態様では、全体の便を濾過するための濾過手順を適切に使用して、ほぼ１００％の最高細菌濃度に達する。一態様では、濾過手順は、初期清澄化のためにグラスファイバーデプスフィルターを適切に使用する２段階手順である。一態様では、便は、陽圧下で濾過される。一態様では、これは、３０ミクロンのＰＶＤＦフィルターとの組み合わせまたはサンドイッチ構造を使用するであろう。一態様では、このサンドイッチ法は、陽圧下で生成物を濾過する。後に、膜濃縮は、一態様では、濾液の体積を減らす別のステップとして使用できる。一態様では、これは、凍結乾燥またはスプレー乾燥の前に、窒素保護下で実施できる。

濾過に使用できる代替膜としては、限定されないが、ナイロンフィルター、硝酸セルロースフィルター、ポリエーテルスルホン（ＰＥＳ）フィルター、ポリテトラフルオロエチレン（ＰＴＦＥ）フィルター、テフロン（商標）フィルター、混合セルロースエステルフィルター、ポリカーボネートフィルター、ポリプロピレンフィルター、ポリ塩化ビニル（ＰＶＣ）フィルターまたは石英フィルターが挙げられる。これらの様々な組み合わせを使用して、固体および液体が除去された高純度の細菌を得ることができる。

一態様では、それを必要としている対象は、複数の注意深くスクリーニングされた健康なドナーの便細菌叢を含む医薬組成物を投与される。ある態様では、対象は、一定の投与期間にわたり医薬組成物を投与され、最初の投与は、単一ドナーの便細菌叢を含む少なくとも１種の医薬組成物を含み、かつ医薬組成物の第２の投与は、第１の投与のドナーとは異なる単一ドナーの便細菌叢を含む。別の態様では、第１の投与は、単一ドナーの便細菌叢を含む医薬組成物を含み、かつ第２の投与は、ドナープールの便細菌叢を含む。第１と第２の投与は、対象に対する投与の順番を示すものではなく、むしろ、別のドナー由来の便細菌叢が非混合形態で使用できることを示すものである。

別の態様では、本開示は、単一ドナー由来の便細菌叢を含む医薬組成物を含むカプセルを用いてそれを必要としている対象を治療するための方法を提供する。別の態様では、カプセルは、複数のドナー由来の便細菌叢を含む医薬組成物を含む。一態様では、対象は、単一ドナーであるが異なるドナー由来の便細菌叢を含む２つ以上の丸薬を投与される。

一態様では、本開示は、経口で、または大腸内視鏡、浣腸を介する注入により、または経鼻空腸チューブを介して、医薬組成物を投与することを含む、それを必要としている対象を治療するための方法を提供する。別の態様では、各投与は、治療期間における前の投与に類似のまたは異なる単一ドナーの便細菌叢を含む医薬組成物を含む。別の態様では、治療期間は、単一ドナーの便細菌叢を含む医薬組成物を含む第１の用量の投与および複数のドナーの便細菌叢を含む医薬組成物を含む第２の用量の投与を含む。

医薬組成物、製剤、および投与
本明細書で記載されるのは、種々の製剤中に１種または複数の細菌分離株（および／または追加の治療薬、例えば、実質的に完全な便細菌叢）を含む医薬組成物である。本明細書で記載のいずれかの医薬組成物（および／または追加の治療薬）は、錠剤、丸薬、ペレット、カプセル剤、液体含有カプセル剤、複数粒子含有カプセル剤、散剤、溶液、乳剤、点滴剤、坐剤、乳剤、エアロゾル、噴霧剤、懸濁剤、遅延放出製剤、徐放製剤、制御放出製剤、または使用に適する任意の他の形態をとってよい。

医薬組成物を含む製剤は好都合に、単位剤形で提示され得る。例えば、剤形は、１種または複数の補助成分を構成するキャリアと治療薬を結合させるステップを含む方法により調製されてよい。例えば、製剤は、液体キャリア、微粉化固相キャリア、または両方と治療薬を均一に、完全に結合させ、その後、必要に応じ、所望の製剤の剤形に生成物を成形（例えば、湿式または乾式造粒、散剤ブレンド、など、続けて、加圧錠剤化）することにより調製される。

別の態様では、医薬組成物は、薬学的に許容可能な担体と共に提供され得る。本発明で使用する場合、「薬学的に許容可能な担体」は、医薬組成物、例えば、患者に投与可能な剤形の形成を可能にするために生きた細菌と混合される、無毒の溶媒、分散剤、賦形剤、アジュバント、または他の物質を指す。薬学的に許容可能な担体は、液体（例えば生理食塩水）、ゲルもしくは固体形態の希釈剤、アジュバント、賦形剤、または酸耐性カプセル化成分であり得る。好適な希釈剤および賦形剤は、薬学的グレードの生理学的食塩水、デキストロース、グリセロール、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリン、セルロース、マグネシウム炭酸塩など、およびそれらの組み合わせを含む。別の態様では、医薬組成物は、湿潤剤または乳化剤、安定化剤またはｐＨ緩衝剤などの補助物質を含み得る。ある態様では、医薬組成物は、約１％～５％、５％～１０％、１０％～１５％、１５～２０％、２０％～２５％、２５～３０％、３０～３５％、４０～４５％、５０％～５５％、１％～９５％、２％～９５％、５％～９５％、１０％～９５％、１５％～９５％、２０％～９５％、２５％～９５％、３０％～９５％、３５％～９５％、４０％～９５％、４５％～９５％、５０％～９５％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、７０％～９５％、４５％～９５％、８０％～９５％、または８５％～９５％の有効成分を含む。ある態様では、医薬組成物は、約２％～７０％、５％～６０％、１０％～５０％、１５％～４０％、２０％～３０％、２５％～６０％、３０％～６０％、または３５％～６０％の有効成分を含む。

ある態様では、医薬組成物は、錠剤、水薬、ボーラス、カプセル、またはプレミックスに組み込まれ得る。これらの活性成分のそのような剤形への製剤化は、医薬製剤の技術分野に周知の方法により達成され得る。例えば、米国特許第４，３９４，３７７号を参照されたい。任意の所望の形態の有効成分をゼラチンカプセルに充填することにより、容易にカプセルが製造される。必要に応じ、これらの物質を、糖、デンプン、粉ミルク、精製結晶性セルロールなどの不活性の粉末化希釈剤により希釈して、カプセルを充填する便宜のために容積を増大できる。

ある態様では、錠剤などの固体組成物を調製するために、有効成分は、薬学的担体、例えば、トウモロコシデンプン、ラクトース、スクロース、ソルビトール、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウム、リン酸カルシウム、またはゴムなどの従来の錠剤化成分、他の薬学的希釈剤、例えば水と混合されて、本明細書で記載の均質な混合物を含む固体の予備処方組成物を形成する。これらの予備処方組成物を均質であるとして呼ぶとき、有効成分が組成物全体にわたって均等に分散され、それにより組成物が、錠剤、丸剤、およびカプセルなどの同等に効果的な単位剤形へと容易に分割できることを意味する。次いで、この固体の予備処方組成物は、所望量の有効成分（例えば、少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３ｃｆｕ）を含む、上述のタイプの単位剤形に細分される。本明細書で使用される医薬組成物は、風味を付けられてよい。

一実施形態では、本明細書で記載の１種または複数の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を含む医薬組成物は、本明細書で記載の投与方法に適合された組成物として処方される。

種々の実施形態では、投与は、経口、静脈内、腹腔内、および非経口経由のいずれか１種である。例えば、投与経路としては、経口、腹腔内、静脈内、筋肉内、または直腸内が挙げられるが、これらに限定されない。種々の実施形態では、医薬組成物の投与は、経口、鼻腔胃、順方向胃腸、逆方向胃腸、内視鏡、または浣腸である。

一実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物は、経口投与に適合された組成物として処方される。経口送達用の組成物は、例えば、錠剤、トローチ剤、水性または油性懸濁剤、粒剤、散剤、スプリンクル、乳剤、カプセル剤、シロップ剤、またはエリキシル剤の形態であってよい。経口投与される組成物は、薬学的に美味な製剤を提供するために、１種または複数種の薬剤、例えば、ラクトース、アスパルテームまたはサッカリンなどの甘味料、ペパーミント、冬緑油またはチェリー油などの調味料、着色料および保存剤を含んでよい。さらに、タブレットまたは丸薬形態では、組成物をコートして崩壊を遅延させて、長期間にわたり持続作用を提供できる。本明細書で記載のいずれかの細菌分離株（および／または追加の治療薬）を運ぶ浸透圧的に活性な薬剤を取り囲む選択的透過性膜も、経口投与組成物として好適する。これらの後者のプラットフォームでは、カプセルの周りの環境からの液体が、運搬化合物により吸収され、この化合物は、膨潤して、開口部を介し薬剤または薬剤組成物を追い出す。これらの送達プラットフォームは、即時放出製剤の急上昇プロファイルとは対照的に、基本的に０次の送達プロファイルを提供できる。グリセロールモノステアレートまたはグリセロールステアレートなどの時間遅延物質も、有用であり得る。経口組成物は、標準的な賦形剤、例えば、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリン、セルロース、エタクリル酸およびこれらの誘導体ポリマー、ならびに炭酸マグネシウムを含んでよい。一実施形態では、賦形剤は、医薬品グレードのものである。懸濁剤は、活性化合物に加えて、例えば、エトキシ化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトールおよびソルビタンエステル、微結晶セルロース、アルミニウムメタヒドロオキシド、ベントナイト、寒天、トラガント、など、およびこれらの混合物などの沈殿防止剤を含み得る。

種々の実施形態では、医薬組成物は、錠剤、ペレット、分散性散剤、顆粒剤、およびカプセル剤などの固形剤形として処方される。一実施形態では、医薬組成物は、カプセルとして処方される。別の実施形態では、医薬組成物は、タブレットとして処方される。さらに別の実施形態では、医薬組成物は、軟質ゲルカプセルとして処方される。さらなる実施形態では、医薬組成物は、ゼラチンカプセルとして処方される。

ある態様では、医薬組成物は、適切な希釈剤で再構成され得る浣腸組成物；腸溶コーティングされたカプセル；腸溶コーティングされたマイクロカプセル；酸耐性錠剤；酸耐性カプセル；酸耐性マイクロカプセル；経鼻栄養注入または結腸鏡検査注入のための適切な希釈剤による再構成のための散剤；経口摂取のための適切な希釈剤、香味剤および胃酸分泌抑制剤による再構成のための散剤；食品または飲料による再構成のための散剤；または組成物、散剤、ゼリー、または液剤の腸溶コーティングおよび／または酸耐性マイクロカプセルを含む食品または栄養補助食品、の形態である。

種々の実施形態では、製剤は、薬学的に許容可能な担体または賦形剤をさらに含んでよい。当業者ならわかるように、製剤は、所望の用途および投与経路に適する任意の好適な形態であり得る。

いくつかの剤形では、本明細書で記載の１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物（例えば、微生物混合物）は、少なくとも１種の不活性の薬学的に許容可能な、クエン酸ナトリウムまたはリン酸二カルシウムなどの賦形剤または担体および／または、ａ）充填剤または増量剤、例えば、デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ケイ酸、微結晶セルロース、およびＢａｋｅｒｓＳｐｅｃｉａｌＳｕｇａｒ、など、ｂ）結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギネート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース、アラビアゴム、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース（ＨＰＣ）、およびヒドロキシメチルセルロース、など、ｃ）保水剤、例えば、グリセロール、など、ｄ）崩壊剤、例えば、寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモもしくはタピオカデンプン、アルギン酸、特定のケイ酸塩、炭酸ナトリウム、架橋高分子、例えば、クロスポビドン（架橋ポリビニルピロリドン）、クロスカルメロースナトリウム（架橋カルボキシメチルセルロース）、グリコール酸ナトリウムデンプン、など、ｅ）溶解遅延剤、例えば、パラフィン、など、ｆ）吸収促進剤、例えば、第４級アンモニウム化合物、など、ｇ）湿潤剤、例えば、セチルアルコールおよびモノステアリン酸グリセロール、など、ｈ）吸収剤、例えば、カオリンおよびベントナイト粘土、など、ｉ）潤滑剤、例えば、滑石、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固形ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、グリセリルベヘネート、など、およびこのような賦形剤の混合物と混合される。当業者なら、特定の賦形剤は経口剤形中で２つ以上の機能を有し得ることを理解するであろう。経口剤形、例えば、カプセルまたは錠剤の場合、剤形は、緩衝剤も含み得る。

いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物は、薬学的に許容可能な凍結保護物質、凍結乾燥保護剤、結合剤、崩壊剤、賦形剤、充填剤、および／または防腐剤、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２拮抗薬、およびプロトンポンプ阻害剤、またはこれらの組み合わせの１種または複数と組み合わされる。

ある態様では、医薬組成物は、胃における細菌の不活化を抑制するための制酸薬などの他の補助剤（例えば、ミランタ、ムカイン、ガストロゲル）と組み合わされる。別の態様では、胃中での酸分泌はまた、Ｈ２拮抗薬またはプロトンポンプ阻害剤を使用して薬理学的に抑制され得る。Ｈ２拮抗薬の例はラニチジンである。プロトンポンプ阻害剤の例は、オメプラゾールである。一態様では、酸抑制剤は、医薬組成物の投与前に、またはそれとの共投与で投与される。

一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２拮抗薬、プロトンポンプ阻害剤、またはこれらの組み合わせをさらに含む。一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、無生物を実質的に含まない。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、残留繊維、ＤＮＡ、ウィルスコート物質、および生育不能な物質からなる群から選択される無細胞性物質を実質的に含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２拮抗薬、プロトンポンプ阻害剤、またはこれらの組み合わせを含まない。さらに別の態様では、投与される医薬組成物は、酸抑制剤を含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、制酸薬を含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、Ｈ２拮抗薬を含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、プロトンポンプ阻害剤を含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、メトクロプラミドを含まない。

いくつかの実施形態では、細菌混合物は、例えば、それが凍結乾燥細菌細胞／胞子を含む、または無水結合剤、充填剤、および分散剤を含む場合、無水である。あるいは、細菌分離株を含む微生物混合物は、例えば、それが非無水結合剤、充填剤、および分散剤を含む場合、水性である。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の細菌混合物は、凍結乾燥に供され得る。本明細書で使用される場合、「凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚａｔｉｏｎ）」または「フリーズドライ（ｆｒｅｅｚｅｄｒｙｉｎｇ）」は、最初にそれを凍結すること、およびその後、その中の氷を真空環境中で昇華させるように促すことによる、物質の乾燥方法を指す。本明細書で開示されるのは、微生物混合物を製造する方法であり、方法は、第１の細菌分離株を純粋培養として培養すること；第２の細菌分離株を純粋培養として培養すること；第１の細菌分離株を凍結乾燥すること；第２の細菌分離株を凍結乾燥すること；および第１と第２の凍結乾燥細菌分離株を微生物混合物中に混合すること、を含む。別の実施形態では、本明細書で開示されるのは、微生物混合物を製造する方法であり、方法は、第１の細菌分離株を純粋培養として培養すること；第２の細菌分離株を純粋培養として培養すること；および第１の細菌分離株を第２の細菌分離株と混合し、微生物混合物を形成すること、を含む。任意選択で、第１と第２の細菌分離株を含む微生物混合物は、凍結乾燥され得る。従って、微生物混合物は、凍結乾燥されてもよく、または凍結乾燥されなくてもよいこと、および凍結乾燥微生物混合物は、細菌分離株を混合する前または後で混合物を形成する細菌分離株を凍結乾燥により産生され得ることが理解されよう。

一態様では、細菌混合物は、還元剤および／または抗酸化剤をさらに含む凍結乾燥製剤を含む。特定の実施形態では、還元剤は、Ｄ－システインおよびＬ－システインからなる群より選択されるシステインを含む。別の態様では、システインは、少なくとも約０．０２５％の濃度である。一態様では、システインは、約０．０２５％の濃度である。別の態様では、システインは、０．０２５％の濃度である。別の態様では、システイン以外の還元剤が、代わりに、またはシステインと組み合わせて使用される。ある態様では、別の還元剤は、アスコルビン酸、ナトリウムアスコルベート、チオグリコール酸、亜硫酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸カリウム、グルタチオン、メチオニン、チオグリセロール、およびαトコフェロールを含む群から選択される。

一態様では、システインは、少なくとも約０．００５％、少なくとも約０．０１％、少なくとも約０．０１５％、少なくとも約０．０２％、少なくとも約０．０２５％、少なくとも約０．０３％、少なくとも約０．０３５％、少なくとも約０．０４％、少なくとも約０．０４５％、少なくとも約０．０５％、少なくとも約０．０５５％、少なくとも約０．０６％、少なくとも約０．０６５％、少なくとも約０．０７％、少なくとも約０．０７５％、少なくとも約０．０８％、少なくとも約０．０８５％、少なくとも約０．０９％、少なくとも約０．０９５％、少なくとも約０．１％、少なくとも約０．１２％、少なくとも約０．１４％、少なくとも約０．１６％、少なくとも約０．１８％、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．２５％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約４％、少なくとも約６％、少なくとも約８％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２％、少なくとも約１４％、少なくとも約１６％、少なくとも約１８％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２％、少なくとも約２４％、または少なくとも約２６％の濃度である。

いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物は、凍結保護物質または凍結保護物質の混合物を含む。本明細書で使用される場合、「凍結保護物質」は、凍結中に有効成分を保護するために、製剤に加えられる物質を指す。例えば、凍結保護物質は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）もしくは同等物、グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）もしくは同等物、またはアミノ酸（例えば、アラニン、グリシン、プロリン）を含み得る、これらから基本的になり得る、またはこれらからなり得る。本開示のいくつかの実施形態では、凍結保護物質は、５％スクロース；１０％スクロース；１０％スキムミルク；２．５％スクロース含有１０％トレハロース；２．５％スクロース含有５％トレハロース；５％マンニトール；０．１％ポリソルベート８０含有５％マンニトール；１０％マンニトール；０．１％ポリソルベート８０含有１０％マンニトール；５％トレハロース；０．１％ポリソルベート８０含有５％トレハロース；１０％トレハロース；および０．１％ポリソルベート８０含有１０％トレハロース、を含む群から選択されてよい。

いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物は、凍結乾燥保護剤を含む。本明細書で使用される場合、「凍結乾燥保護剤」は、凍結乾燥（フリーズドライとしても知られる）の段階中に有効成分を保護するために、製剤に加えられる物質を指す。いくつかの実施形態では、同じ物質または同じ物質の組み合わせが、凍結保護物質および凍結乾燥保護剤の両方として使用される。代表的凍結乾燥保護剤としては、スクロースまたはトレハロースなどの糖；一ナトリウムグルタミン酸またはヒスチジンなどのアミノ酸；ベタインなどのメチルアミン；硫酸マグネシウムなどの離液性の塩；三価またはより高い価数の糖アルコールなどのポリオール、例えば、グリセリン、エリスリトール、グリセロール、キシリトール、ソルビトール、およびマンニトール；プロピレングリコール；ポリエチレングリコール；プルロニック、およびこれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、凍結乾燥保護剤は、トレハロースまたはスクロースなどの非還元糖である。いくつかの実施形態では、凍結保護物質または凍結乾燥保護剤は、このパラグラフまたは上記段落中で挙げた１種または複数の物質から本質的になる、またはそれらからなる。

いくつかの実施形態では、凍結保護物質または凍結乾燥保護剤は、細胞内薬剤、例えば、ＤＭＳＯ、グリセロール、またはＰＥＧを含み、これらは、細胞の内側に侵入し、膜破裂を生じ得る氷結晶の形成を防止する。いくつかの実施形態では、凍結保護物質または凍結乾燥保護剤は、細胞外薬剤、例えば、スクロース、トレハロース、またはデキストロースを含み、これらは、細胞膜中に侵入しないが、凍結中に起こる浸透圧アンバランスを改善するように作用する。

一態様では、本開示は、少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物調製物を含む医薬組成物を提供する。

いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、トレハロースを含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、２％～３０％、３％～２５％、４％～２０％、５％～１５％、６％～１０％、２％～３０％、２％～２５％、２％～２０％、２％～１５％、または２％～１０％のトレハロースを含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、少なくとも２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、または１５％のトレハロースを含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、最大で２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、または１５％のトレハロースを含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、約５％のトレハロースを含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、トレハロースおよびスクロースを含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、約１．５％～３．５％のスクロースおよび約０．５％～１．５％のＮａＣｌを含有する約８％～１２％のトレハロースを含む。

一態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも約５％、少なくとも約７．５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２．５％、少なくとも約１３％、少なくとも約１３．５％、少なくとも約１４％、少なくとも約１４．５％、少なくとも約１５％、少なくとも約１５．５％、少なくとも約１６％、少なくとも約１６．５％、少なくとも約１７％、少なくとも約１７．５％、少なくとも約１８％、少なくとも約１８．５％、少なくとも約１９％、少なくとも約１９．５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、または少なくとも約６０％のトレハロースを含む。

いくつかの実施形態では、ここで提供される医薬組成物は、周囲温度以下での少なくとも１２週の貯蔵後、再発性または１次のＣ．ｄｉｆｆ．感染症、潰瘍性大腸炎、クローン病、および過敏性腸症候群からなる群より選択される１種または複数の障害の治療に有効である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも４、８、１０、１６、２０、２４、３０、４０、５０、６０、７０、８０または１００週の周囲温度以下での貯蔵後に、有効なままである。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ）またはフリーズドライ（ｆｒｅｅｚｅｄｒｉｅｄ）されてよく、周囲温度で（例えば、室温）、凍結温度、または約２℃～８℃で貯蔵されてよい。いくつかの実施形態では、フリーズドライは、大部分の細胞を生き残らせ、ゆっくり粉砕して粉末にできる粉末化形態の産物を生成する。粉末、または凍結乾燥またはフリーズドライ組成物はその後、担体、例えば、錠剤、ジェルタブ、丸薬またはカプセル、例えば、腸溶性コートカプセル中に封入されてよく、または摂取用の油充填カプセル中に配置されてよい。あるいは、フリーズドライまたは凍結乾燥生成物、または粉末は、流体、例えば、生理食塩水などの無菌流体、緩衝液、または流体－グルコース－セロビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地中で、個体に送達する前に周囲温度で再構成されてよい。

フリーズドライのために、いくつかの実施形態では、細菌分離株は、解凍時に細胞の破裂を防止する液体中に保持される。これは、種々の安定剤、例えば、グリセロールおよび適切な緩衝液、および／またはエチレングリコールを含み得る。いくつかの実施形態では、凍結保護法は、使われる安定化剤に応じて、約１０％～８０％、２０％～７０％、３０％～６０％、または４０％～５０％の濃度の安定化剤を用いる。いくつかの実施形態では、これは、それ以外の方法ではタンパク質構造を破壊し得る氷結晶の形成を防止することにより、タンパク質の安定化を助ける。

いくつかの実施形態では、生きている細菌の破壊の低減に役立つ安定剤としては、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトースおよび他のポリオールが挙げられる。デキストランおよびポリエチレングリコールなどの高分子も、細菌細胞を安定化するために使用できる。

いくつかの実施形態では、医薬組成物の製造は、次記のステップを含み得る：（１）分離カプセル（すなわち、カプセル本体とカプセルキャップを別々に含む）の外面を外面腸溶コーティングでコートするステップ、（２）カプセル本体に１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）を充填するステップ、および（３）カプセル本体をカプセルキャップで覆って閉じ、それにより外面を腸溶性コートしたカプセル中に組成物を封入するステップ。

任意選択で、医薬組成物の製造は、次記のステップを含み得る：（１）分離カプセル（すなわち、カプセル本体とカプセルキャップを別々に含む）の外面を外面腸溶コーティングでコートするステップ、（２）分離カプセルの内側を内側コーティングでコートするステップ、（３）カプセル本体に１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）を充填するステップ、および（４）カプセル本体をカプセルキャップで覆って閉じ、それにより二重コートしたカプセル中に組成物を封入するステップ。

あるいは、医薬組成物の製造は、次記のステップを含み得る：（１）分離カプセル（すなわち、カプセル本体とカプセルキャップを別々に含む）の内側を内側コーティングでコートするステップ、（２）分離カプセルの外面を外面腸溶コーティングでコートするステップ、（３）カプセル本体に細菌分離株を含む医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）を充填するステップ、および（４）カプセル本体をカプセルキャップで覆って閉じ、それにより二重コートしたカプセル中に組成物を封入するステップ。

いくつかの実施形態では、１種または複数の追加の治療薬が、医薬組成物と組み合わされて、カプセルにより封入され得る。

いくつかの実施形態では、ゼラチンカプセル（例えば、サイズ＃００）の本体およびキャップは、分離される。外面腸溶コーティング懸濁液は、溶液中で他の成分と共に１種または複数の腸溶コーティング高分子を分散することにより調製される。外面腸溶コーティング懸濁液は、例えば、流動床ウルスターカラムコーター、流動床コーター、または同等物を用いて、分離されたカプセル本体とキャップの外面に塗布される。カプセルは、ボウル製品中で流動化され、外面腸溶コーティング懸濁液を噴霧して、対象物に対し約２ｍｇ／ｃｍ^２～６ｍｇ／ｃｍ^２、例えば、３ｍｇ／ｃｍ^２の外側コーティングを生成する。このステップの完了後に、カプセルは、例えば、約８時間～２４時間にわたり、乾燥される。乾燥後に、代表的カプセルは、秤量されて外面腸溶コーティングからの重量増を計算する。カプセルは、でこぼこについて検査され得る。

ある実施形態では、オイドラギット（登録商標）Ｓ１００（ポリ（メタクリル酸、メチルメタクリレート））、デンプン、クエン酸トリエチル、およびＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）Ｔ２０が、水、エタノール、およびｎ－ブタノールの溶液中に溶解され、混合され、その後好適な噴霧装置に充填される。この溶液は次に、カプセル物およびカプセルキャップの外表面上に目標重量増まで噴霧コートされる。カプセル物およびカプセルキャップを約８時間～２４時間、またはさらに長時間、例えば、１週間、１か月以上乾燥させた後、さらなる処理、例えば、細菌分離株含有微生物混合物の充填を行う。

いくつかの実施形態では、カプセルの本体中の組成物の提供に加えて、一定量の医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）をカプセルのキャップに供給することが望ましい場合がある。この実施形態では、より多くの組成物がカプセル中に含まれ、および／またはより少ない空気が密閉カプセル中に含まれる。

いくつかの実施形態では、カプセルの内面に内側コーティングが提供される。

上述した組成物（例えば、微生物混合物）、内側コーティング、カプセル、および外側コーティングのいずれもが、本明細書で記載の医薬組成物中に組み合わされ得る。当業者なら、その人の当面の必要性に応じて内側コーティング、カプセル、および外側コーティングをどのように選択するか知っており、それは、例えば、特定の細菌分離株および／または細菌分離株が送達される対象における部位（例えば、結腸中）に基づくであろう。

追加の関連する教示は、その全体が本明細書に参照として組み込まれる、国際公開第２００７／１２２３７４号に開示される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物の製造の間に、薬学的に許容可能な凍結保護物質、凍結乾燥保護剤、結合剤、崩壊剤、充填剤、防腐剤、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２拮抗薬、およびプロトンポンプ阻害剤、またはこれらの組み合わせが、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）へと混合されて、望ましい特性を促進できる。

医薬組成物は、界面活性剤をさらに含み得る。使用に適した界面活性剤は、任意の薬学的に許容可能な非毒性界面活性物質を含むが、これらに限定されない。使用に好適な界面活性物質の種類としては、限定されないが、ポリエトキシ化脂肪酸、ＰＥＧ脂肪酸ジエステル、ＰＥＧ脂肪酸モノおよびジエステル混合物、ポリエチレングリコールグリセロール脂肪酸エステル、アルコール－油エステル交換産物、ポリグリセリル化脂肪酸、プロピレングリコール脂肪酸エステル、プロピレングリコールエステル－グリセロールエステルの混合物、モノ－およびジグリセリド、ステロールおよびステロール誘導体、ポリエチレングリコールソルビタン脂肪酸エステル、ポリエチレングリコールアルキルエーテル、糖エステル、ポリエチレングリコールアルキルフェノール、ポリオキシエチレン－ポリオキシプロピレン（ｐｏｌｙｏｘｙｐｒｏｐｙｌｅｎｅ）ブロックコポリマー、ソルビタン脂肪酸エステル、低級アルコール脂肪酸エステル、イオン性界面活性剤、およびこれらの混合物が挙げられる。いくつかの実施形態では、組成物は、限定されないが、ラウリル硫酸ナトリウム、ポリソルベート２０、ポリソルベート４０、ポリソルベート６０、ポリソルベート８０、およびクエン酸トリエチルを含む、１種または複数の界面活性物質を含んでよい。

医薬組成物はまた、柔軟性および硬度などの所望機械的性質を得るために、薬学的に許容可能な可塑剤も含む。このような可塑剤としては、限定されないが、トリアセチン、クエン酸エステル、クエン酸トリエチル、フタル酸エステル、セバシン酸ジブチル、セチルアルコール、ポリエチレングリコール、ポリソルベートまたは他の可塑剤が挙げられる。

医薬組成物はまた、１種または複数の塗布溶媒を含み得る。遅延放出コーティング組成物用などの塗布するために使用できるいくつかのより一般的な溶媒としては、例えば、イソプロピルアルコール、アセトン、塩化メチレンなどが挙げられる。

医薬組成物は、１種または複数のアルカリ物質も含み得る。組成物中で使用するために好適なアルカリ物質としては、限定されないが、リン酸、炭酸、クエン酸などの酸のナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムおよびアルミニウム塩、および他のアルミニウム／マグネシウム化合物が挙げられる。加えて、アルカリ物質は、水酸化アルミニウム、水酸化カルシウム、水酸化マグネシウムおよび酸化マグネシウムなどの制酸物質から選択されてよい。

不活性希釈剤の他に、経口組成物はまた、甘味料、風味料、および芳香剤などのアジュバントも含み得る。

種々の実施形態では、医薬組成物は、全身送達または局所送達用に処方される。ある実施形態では、投与は、全身性である。別の実施形態では、処置を必要とする領域へ局所的に投与することが望ましい場合がある。

様々な方法を使って、本明細書で記載の医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）を処方および／または目的の部位へ送達できる。例えば、医薬組成物は、ＧＩ管への投与用に処方できる。ＧＩ管は、口、食道、胃、十二指腸、小腸、大腸および直腸などの消化器系の臓器を含み、その全ての細区分を含む（例えば、小腸は十二指腸、空腸および回腸を含んでよく、大腸は、横行結腸、下行結腸、上行結腸、Ｓ状結腸および盲腸を含んでよい）。例えば、組成物は、胃、小腸、大腸および直腸およびその全ての細区分（例えば、十二指腸、空腸および回腸、横行結腸、下行結腸、上行結腸、Ｓ状結腸および盲腸）の１つまたは複数への送達のために処方できる。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の組成物は上部または下部ＧＩ管に送達するために処方できる。ある実施形態では、組成物は、例えば、ＧＩ管の粘膜組織に直接にまたは間接的に接触することにより、対象に投与できる。

種々の実施形態では、医薬組成物の投与は、例えば、経口送達、経鼻胃管、腸内挿管（例えば、腸内チューブまたは栄養管、例えば、空腸チューブまたは胃空腸チューブ、など）、直接注入（例えば、十二指腸注入）、内視鏡法、結腸内視鏡法、または浣腸により、ＧＩ管中へ行われる。

一態様では、方法は、経口、浣腸、または直腸座薬によって、医薬組成物を投与することを含む。一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、腸溶コーティングされた（および／または酸耐性）カプセルもしくはマイクロカプセルとして処方されるか、または食品、食品添加物、乳製品、大豆製品、もしくはそれらの誘導体、ゼリー、風味付き液体、アイスキャンディー、アイスクリーム、もしくはヨーグルトの一部として、またはそれらと共に投与されるように処方される。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、酸耐性腸溶コーティングカプセルとして製剤化される。医薬組成物は、食品または飲料と組み合わせて、販売するための粉末として提供され得る。食品または飲料は、乳製品または大豆製品であり得る。別の態様では、食品または栄養補助食品は、医薬組成物を含む腸溶コーティングおよび／または酸耐性のマイクロカプセルを含む。

ある態様では、医薬組成物は、液体培養物を含む。別の態様では、医薬組成物は、ホモジナイズ、凍結乾燥、微粉砕、および粉末化されている。それは続いて、浣腸液として、生理食塩水などで溶解され、注入され得る。あるいは、粉末は、経口投与用の、腸溶コートされたおよび／または酸耐性の遅延放出カプセルとして封入され得る。ある態様では、粉末は、経口投与用の酸耐性のおよび／または遅延放出のカプセルで二重封入され得る。これらのカプセルは、腸溶コーティングおよび／または酸耐性の遅延放出マイクロカプセルの形態を取り得る。粉末は、飲料用の再構成のため、または食品添加物としての再構成のために口当たりの良い形態で提供され得る。さらなる態様では、食品は、ヨーグルトである。一態様では、粉末は、経鼻十二指腸注入により注入されるように再構成され得る。

別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、液体、凍結、フリーズドライ、噴霧乾燥、泡乾燥、凍結乾燥、または粉末の形態である。さらなる態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、遅延放出または腸内徐放形態として処方される。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、賦形剤、生理食塩水、緩衝液、緩衝剤、または液体グルコース－セロビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地を含む。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、凍結保護物質を含む。一態様では、凍結保護物質は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、またはそれらの組み合わせを含む。

種々の実施形態では、本明細書で提供されるのは、１種または複数の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を含む放出調節製剤であり、製剤は、ＧＩ管の１つまたは複数の領域に実質的な量の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出する。例えば、製剤は、胃の後部およびＧＩ管の１つまたは複数の領域に少なくとも約６０％の細菌分離株を放出し得る。

種々の実施形態では、放出調節製剤は、胃の後部および腸の１つまたは複数の領域に少なくとも６０％の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出できる。例えば、放出調節製剤は、腸中で少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出する。

種々の実施形態では、放出調節製剤は、小腸中で少なくとも６０％の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出できる。例えば、放出調節製剤は、を小腸中（例えば、十二指腸、空腸、回腸、および回盲部の１つまたは複数）で少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出する。

種々の実施形態では、放出調節製剤は、大腸中で少なくとも６０％の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出できる。例えば、放出調節製剤は、大腸中（例えば、盲腸、結腸の上行、横行、下行またはＳ状部分および直腸の１つまたは複数）で少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出する。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、胃での放出用に処方される。他の実施形態では、医薬組成物は、胃中で細菌分離株を実質的に放出しないように処方される。

特定の実施形態では、放出調節製剤は、特定のｐＨで細菌分離株（および／または追加の治療薬）を放出する。例えば、いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、酸性環境で実質的に安定であり、中性近傍からアルカリ環境で実質的に不安定である（例えば、急速に溶解するか、または物理的に不安定である）。いくつかの実施形態では、安定性は、実質的に放出しないことの指標であり、一方で、不安定性は、実質的に放出することの指標である。例えば、いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、約７．０以下、または約６．５以下、または約６．０以下、または約５．５以下、または約５．０以下、または約４．５以下、または約４．０以下、または約３．５以下、または約３．０以下、または約２．５以下、または約２．０以下、または約１．５以下、または約１．０以下のｐＨで実質的に安定である。いくつかの実施形態では、本製剤は、低いｐＨ領域で安定であり、したがって、例えば、胃中では実質的に放出しない。いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、約１～約４またはそれ未満のｐＨで実質的に安定であり、より高いｐＨ値で実質的に不安定である。これらの実施形態では、放出調節製剤は、胃中で実質的に放出しない。これらの実施形態では、放出調節製剤は、小腸（例えば、十二指腸、空腸、および回腸の１つまたは複数）および／または大腸（盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、およびＳ状結腸の１つまたは複数）で実質的に放出する。いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、約４～約５またはそれ未満のｐＨで実質的に安定であり、結果的に、より高いｐＨ値で実質的に不安定であり、したがって、胃および／または小腸（例えば、十二指腸、空腸、および回腸の内の１つまたは複数）で実質的に放出されない。これらの実施形態では、放出調節製剤は、大腸（例えば、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、およびＳ状結腸の内の１つまたは複数）で実質的に放出する。種々の実施形態では、本明細書で記述したｐＨ値は、対象の状態、例えば、空腹時または食後であるかどうかを考慮するために、当技術分野において既知のように調節し得る。

いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、胃液中で実質的に安定であり、腸液中で実質的に不安定であり、したがって、小腸（例えば、十二指腸、空腸、および回腸の１つまたは複数）および／または大腸（例えば、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、およびＳ状結腸の１つまたは複数）で実質的に放出される。

いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、胃液中で安定でありまたは酸性環境で安定である。これらの放出調節製剤は、約１５分、または約３０分、または４５分、または約６０分、または約９０分で、約４～約５またはそれ未満のｐＨの胃液中で、または約４～約５またはそれ未満のｐＨの模擬胃液中で、放出調節製剤中の医薬組成物（例えば、微生物混合物の細菌分離株を含む）の約３０重量％以下を放出する。本発明の放出調節製剤は、約１５分、または約３０分、または４５分、または約６０分、または約９０分で、約４～約５またはそれ未満のｐＨの胃液中で、または約４～約５またはそれ未満のｐＨの模擬胃液中で、放出調節製剤中の組成物の約０重量％～約３０重量％、約０重量％～約２５重量％、約０重量％～約２０重量％、約０重量％～約１５重量％、約０重量％～約１０重量％、約５重量％～約３０重量％、約５重量％～約２５重量％、約５重量％～約２０重量％、約５重量％～約１５重量％、約５重量％～約１０重量％を放出できる。放出調節製剤は、約１５分、または約３０分、または４５分、または約６０分、または約９０分で、５未満のｐＨの胃液中で、または５未満のｐＨの模擬胃液中で、放出調節製剤中の合計組成物の約１重量％、約２重量％、約３重量％、約４重量％、約５重量％、約６重量％、約７重量％、約８重量％、約９重量％、または約１０重量％を放出できる。

いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、腸液中で不安定である。これらの放出調節製剤は、約１５分、または約３０分、または４５分、または約６０分、または約９０分で腸液または模擬腸液中で、放出調節製剤中の細菌分離株および／または追加の治療薬の約７０重量％以上を、放出する。いくつかの実施形態では、放出調節製剤は、中性近傍からアルカリ環境中で不安定である。これらの放出調節製剤は、約１５分、または約３０分、または４５分、または約６０分、または約９０分で約４～５またはそれ超のｐＨの腸液中または約４～５またはそれ超のｐＨの模擬腸液中で、放出調節製剤中の細菌分離株および／または追加の治療薬の約７０重量％以上を放出する。中性近傍またはアルカリ環境中で不安定な放出調節製剤は、約５分～約９０分、または約１０分～約９０分、または約１５分～約９０分、または約２０分～約９０分、または約２５分～約９０分、または約３０分～約９０分、または約５分～約６０分、または約１０分～約６０分、または約１５分～約６０分、または約２０分～約６０分、または約２５分～約９０分、または約３０分～約６０分で約５超のｐＨを有する体液（例えば、約５～約１４、約６～約１４、約７～約１４、約８～約１４、約９～約１４、約１０～約１４、または約１１～約１４のｐＨを有する体液）中で、放出調節製剤中の医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）の７０重量％以上を放出できる。

模擬胃液および模擬腸液の例は、限定されないが、２００５Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ２３ＮＦ／２８ＵＳＰｉｎＴｅｓｔＳｏｌｕｔｉｏｎｓの２８５８頁で開示されているもの、および／またはその他の当業者に既知の模擬胃液および模擬腸液、例えば、酵素なしで調製された模擬胃液および／または腸液を含む。

種々の実施形態では、放出調節製剤は、キームス中で実質的に安定である。例えば、いくつかの実施形態では、投与から約１０時間、または９時間、または８時間、または７時間、または６時間、または５時間、または４時間、または３時間、または２時間、または１時間で、細菌分離株の活性の約５０％未満、または約４０％未満、または約３０％未満、または約２０％未満、または約１０％未満の喪失がある。

種々の実施形態では、放出調節製剤は、即時放出（例えば、摂取時放出）用に設計できる。種々の実施形態では、放出調節製剤は、徐放プロファイル、すなわち、長期間にわたる体内（例えば、ＧＩ管）での有効成分（単一または複数）の持続放出プロファイルを有し得る。種々の実施形態では、放出調節製剤は、遅延放出プロファイル、すなわち、摂取時の有効成分（単一または複数）の即時放出ではなく、むしろ、例えば、小腸（例えば、十二指腸、空腸、回腸の１つまたは複数）または大腸（例えば、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、結腸Ｓ字部分および直腸の１つまたは複数）での放出のために、組成物がＧＩ管の下位に達するまで有効成分（単一または複数）の放出を遅延させるプロファイル、を有し得る。例えば、組成物は、腸溶コートされて、それが小腸または大腸に達するまで有効成分（単一または複数）の放出を遅延させることができる。

種々の実施形態では、放出調節製剤は、１種または複数の遅延放出コーティングなどの放出調節コーティングを使用して、必要に応じ追加の治療薬と共に、細菌分離株のＧＩ管への効果的な、遅延されるが十分な送達を提供する。

一実施形態では、遅延放出コーティングは、酸性環境で実質的に安定であり、中性近傍からアルカリ環境で実質的に不安定である、腸溶剤を含む。ある実施形態では、遅延放出コーティングは、胃液中で実質的に安定である腸溶剤を含む。腸溶剤は、例えば、メタクリル酸コポリマー、セルロースアセタートフタレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、ポリビニルアセテートフタレート、カルボキシメチルエチルセルロース、およびオイドラギット（登録商標）型ポリマー（ポリ（メタクリル酸、メチルメタクリレート））、ヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテートスクシネート、セルロースアセテートトリメリテート、シェラックまたは他の好適な腸溶コーティングポリマーから選択できる。オイドラギット（登録商標）型ポリマーは、例えば、オイドラギット（登録商標）ＦＳ３０Ｄ、Ｌ３０Ｄ－５５、Ｌ１００－５５、Ｌ１００、Ｌ１２，５、Ｌ１２，５Ｐ、ＲＬ３０Ｄ、ＲＬＰＯ、ＲＬ１００、ＲＬ１２，５、ＲＳ３０Ｄ、ＲＳＰＯ、ＲＳ１００、ＲＳ１２，５、ＮＥ３０Ｄ、ＮＥ４０Ｄ、ＮＭ３０Ｄ、Ｓ１００、Ｓ１２，５、およびＳ１２，５Ｐを含む。類似の高分子は、コリコート（登録商標）ＭＡＥ３０ＤＰおよびコリコート（登録商標）ＭＡＥ１００Ｐを含む。いくつかの実施形態では、オイドラギット（登録商標）ＦＳ３０Ｄ、Ｌ３０Ｄ－５５、Ｌ１００－５５、Ｌ１００、Ｌ１２，５、Ｌ１２，５ＰＲＬ３０Ｄ、ＲＬＰＯ、ＲＬ１００、ＲＬ１２，５、ＲＳ３０Ｄ、ＲＳＰＯ、ＲＳ１００、ＲＳ１２，５、ＮＥ３０Ｄ、ＮＥ４０Ｄ、ＮＭ３０Ｄ、Ｓ１００、Ｓ１２，５、Ｓ１２，５Ｐ、コリコート（登録商標）ＭＡＥおよびコリコート（登録商標）ＭＡＥ１００Ｐの１種または複数が使われる。種々の実施形態では、腸溶剤は、前述の溶液または分散液の組み合わせであり得る。

特定の実施形態では、１種または複数のコーティング系添加物が、腸溶剤と共に使用される。例えば、１種または複数のＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）添加物が、粘着防止剤コーティング添加物として使用されてよい。ＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）添加物の例としては、ＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）ＨＴＰ２０およびＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）Ｔ２０が挙げられるが、これらに限定されない。

別の実施形態では、遅延放出コーティングは、溶液中のｐＨおよび／または酵素の存在と関係なく、水溶液中の場合、時間の関数として分解し得る。このようなコーティングは、水不溶性ポリマーを含み得る。その水溶液中の溶解度は、したがって、ｐＨに無関係である。本明細書で使用される場合、用語の「ｐＨに無関係」は、ポリマーの水透過性およびその薬剤成分を放出する能力が、ｐＨの関数ではない、および／または極めてわずかにのみｐＨに依存することを意味する。このようなコーティングを使って、例えば、持続放出製剤を調製し得る。好適な水不溶性ポリマーは、溶液のｐＨにかかわらず水性媒体、例えば、水、に実質的に不溶性である薬学的に許容可能な非毒性ポリマーを含む。好適なポリマーとしては、セルロースエーテル、セルロースエステル、またはセルロースエーテルエステル、すなわち、セルロース骨格上のいくつかのヒドロキシ基がアルキル基で置換され、いくつかのヒドロキシル基がアルカノイル基で修飾されたセルロース誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。例としては、エチルセルロース、アセチルセルロース、ニトロセルロース、などが挙げられる。不溶性ポリマーの他の例としては、ラッカー、およびアクリル酸および／またはメタクリル酸エステルポリマー、低四級アンモニウム含量を有するアクリル酸もしくはメタクリル酸のポリマーもしくはコポリマーまたはこれらの混合物などが挙げられるが、これらに限定されない。不溶性ポリマーの他の例としては、オイドラギットＲＳ（登録商標）、オイドラギットＲＬ（登録商標）、およびオイドラギットＮＥ（登録商標）が挙げられる。不溶性ポリマーには、ポリビニルエステル、ポリビニルアセタール、ポリアクリル酸エステル、ブタジエンスチレンコポリマー、などが挙げられる。一実施形態では、結腸送達は、ゆっくり侵食するワックスプラグ（例えば、ＰＥＧ６０００を含む、種々のＰＥＧＳなど）またはペクチンの使用により達成される。

さらなる実施形態では、遅延放出コーティングは、腸管内菌叢中に存在する微生物酵素により分解され得る。一実施形態では、遅延放出コーティングは、小腸中に存在する細菌により分解され得る。別の実施形態では、遅延放出コーティングは、大腸中に存在する細菌により分解され得る。

種々の実施形態では、放出調節製剤は、結腸中での放出用に設計できる。種々の結腸特異的送達手法を、利用できる。例えば、放出調節製剤は、例えば、Ｌｉｅｔａｌ．，ＡＡＰＳＰｈａｒｍＳｃｉＴｅｃｈ（２００２），３（４）：１－９に記載される結腸特異的薬物送達系（ＣＯＤＥＳ）を使って処方し得る。この文献の全内容は参照により本明細書に組み込まれる。このような系での薬物放出は、ｐＨ感受性ポリマーコーティングと組み合わせた結腸ミクロフローラにより引き起こされる。例えば、製剤は、３層のポリマーを有するコア錠剤として設計できる。第１のコーティングは、酸可溶性ポリマー（例えば、オイドラギットＥ）であり、外側コーティングは腸溶性であり、加えて、ヒドロキシプロピルメチルセルロースバリア層が中間に挿入される。別の実施形態では、結腸送達は、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）と、結腸中で分解する、例えば、ペクチンなどの特定のポリマーとを配合することにより実現できる。ペクチンはさらに、亜鉛カチオンなどのカチオンを使って、ゲル化または架橋されてよい。ある実施形態では、製剤は、イオン的に架橋されたペクチンビーズの形態であり、これはポリマー（例えば、オイドラギットポリマー）でさらにコートされる。さらなる結腸特異的製剤としては、圧力制御薬剤送達系（例えば、エチルセルロースで調製された）および浸透圧制御薬剤送達系（すなわち、ＯＲＤＳ－ＣＴ）が挙げられるが、これらに限定されない。

本明細書に記載のような、細菌分離株（および／または追加の治療薬）の結腸特異的送達のための製剤は、例えば、インビトロ溶出試験を使って評価できる。例えば、異なる緩衝液中での並列溶解調査を行って、異なるｐＨレベルでの製剤の挙動特性を明らかにできる。あるいは、インビトロ酵素試験を実施できる。例えば、製剤を、細菌に好適な培地を含む発酵槽中でインキュベートし、異なる時間間隔での薬物放出の量を測定できる。薬物放出調査は、酵素を含む緩衝培地またはラットもしくはモルモットもしくはウサギの盲腸内容物中で行うこともでき、特定の時間における薬物放出量が測定される。さらなる実施形態では、インビボ評価を、イヌ、モルモット、ラット、およびブタなどの動物モデルを使って実施できる。さらに、結腸特異的薬物送達製剤の臨床評価は、薬物送達インデックス（ＤＤＩ）を計算することにより評価できる。ＤＤＩは、ＲＳＣ（血液中の薬物の相対量、すなわち、薬物への相対全身暴露量である）に対するＲＣＥ（薬物への結腸組織の相対曝露量）の相対比を考慮する。より高い薬物ＤＤＩは、より良好な結腸薬物送達を示す。結腸からの薬物の吸収は、結腸内視鏡および挿管によりモニターできる。

種々の実施形態では、本製剤は、ＧＩ管中の放出領域で細菌分離株（および／または追加の治療薬）の実質的に均一な送達を提供する。ある実施形態では、本製剤は、細菌分離株の不完全なまたは不均一な放出を最小限にする。

種々の実施形態では、本製剤は、ＧＩ管に沿った細菌分離株の多数用量の放出を提供する。例えば、組成物および／または製剤は、腸に沿った異なる部位、異なる時間、および／または異なるｐＨで多数用量の細菌分離株を放出できる。このような製剤の全体放出プロファイルは、例えば、複数粒子タイプまたは多層を用いて調節できる。例えば、一実施形態では、細菌分離株の第１の投与量は、例えば、小腸中（例えば、十二指腸、空腸、回腸の１つまたは複数）での放出用に処方されてよく、一方、第２の投与量は、例えば、大腸中（例えば、盲腸、結腸の上行、横行、下行、もしくはＳ字部分、および直腸の１つまたは複数）での遅延放出用に処方される。別の例では、細菌分離株の第１の投与量は、例えば、小腸中（例えば、十二指腸、空腸、回腸の１つまたは複数）での放出用に処方されてよく、一方、第２の投与量は、例えば、小腸の別の部分（例えば、十二指腸、空腸、回腸の１つまたは複数）での遅延放出用に処方される。別の実施形態では、細菌分離株の第１の投与量は、例えば、大腸中（例えば、盲腸、結腸の上行、横行、下行またはＳ字部分、および直腸の１つまたは複数）での放出用に処方されてよく、一方、第２の投与量は、例えば、大腸中の別の部分（例えば、盲腸、結腸の上行、横行、下行またはＳ字部分、および直腸の１つまたは複数）での遅延放出用に処方される。種々の実施形態では、組成物および／または製剤は、少なくとも１種の投与量、少なくとも２種の投与量、少なくとも３種の投与量、少なくとも４種の投与量、少なくとも５種の投与量の細菌分離株を、腸に沿った異なる部位、異なる時間、および／または異なるｐＨで放出できる。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、生存増殖型細胞の形態である。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、胞子の形態である。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、凍結乾燥される。非限定的例であるが、凍結乾燥は、米国特許第７，７９９，３２８号に記載のものを含む、当該技術分野において既知の方法により行うことができる。この特許の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の凍結乾燥細菌分離株は、腸溶性コート軟質ゲルまたはカプセル中に配置される。

種々の実施形態では、製剤は、米国特許第８，５３５，７１３号および同８，９１１７，７７号および米国特許出願公開第２０１２／０１４１５８５号、同２０１２／０１４１５３１号、同２００６／００１８９６号、同２００７／０２９２５２３号、同２００８／００２００１８号、同２００８／０１１３０３１号、同２０１０／０２０３１２０号、同２０１０／０２５５０８７号、同２０１０／０２９７２２１号、同２０１１／００５２６４５号、同２０１３／０２４３８７３号、同２０１３／０３３０４１１号、同２０１４／００１７３１３号、および同２０１４／０２３４４１８号の１つまたは複数に記載の形態をとる。これら特許の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

種々の実施形態では、製剤は、国際公開第２００８／１３５０９０号に記載の形態を取り得る。この特許の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

種々の実施形態では、製剤は、米国特許第４，１９６，５６４号；同４，１９６，５６５号；同４，２４７，００６号；同４，２５０，９９７号；同４，２６８，２６５号；同５，３１７，８４９号；同６，５７２，８９２号；同７，７１２，６３４号；同８，０７４，８３５号；同８，３９８，９１２号；同８，４４０，２２４号；同８，５５７，２９４号；同８，６４６，５９１号；同８，７３９，８１２号；同８，８１０，２５９号；同８，８５２，６３１号；および同８，９１１，７８８号ならびに米国特許出願公開第２０１４／０３０２１３２号；同２０１４／０２２７３５７号；同２０１４／００８８２０２号；同２０１３／０２８７８４２号；同２０１３／０２９５１８８号；同２０１３／０３０７９６２号；および同２０１３／０１８４２９０号の１つまたは複数に記載の形態を取り得る。これら特許の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

投与および投与量
本明細書で記載の医薬組成物（例えば、細菌分離株および／または追加の治療薬を含む微生物混合物）の実際の投与量は、例えば、特定の剤形および対象への投与方法に応じて変わることは理解されよう。細菌分離株の作用を変え得る多くの要因（例えば、体重、性別、食事、投与時期、投与経路、排出速度、対象の状態、薬剤の組み合わせ、遺伝的素因および反応感度）は、当業者により考慮され得る。投与は、最大耐量の範囲内で連続的にまたは１種または複数の別々の投与量で実施できる。与えられた一連の条件に対する最適投与速度は、従来の投与量試験を使って、当業者により確認できる。

種々の実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）の投与量は、患者のマイクロバイオームを生態学的均衡に好都合になるように、すなわち、本明細書で記載の腸内菌共生バランス失調に関連する障害（胃腸障害を含む）を治療または予防するように調節するために有効である。

一態様では、腸ディスバイオシスに関連する障害の少なくとも１種の症状を治療するために、対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与で）細菌分離株の薬学的に活性な量、または治療有効量は、少なくとも１０^５、少なくとも１０^６、少なくとも１０^７、少なくとも１０^８、少なくとも１０^９、少なくとも１０^１０、少なくとも１０^１１、少なくとも１０^１２、少なくとも１０^１３、少なくとも１０^１４、または少なくとも１０^１５ＣＦＵの細菌分離株を含む。別の態様では、腸ディスバイオシスに関連する障害の少なくとも１種の症状を治療するために、対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与で）細菌分離株の薬学的に活性な量、または治療有効量は、最大で１０^５、最大で１０^６、最大で１０^７、最大で１０^８、最大で１０^９、最大で１０^１０、最大で１０^１１、最大で１０^１２、最大で１０^１３、最大で１０^１４、または最大で１０^１５ＣＦＵの細菌分離株を含む。さらなる態様では、腸ディスバイオシスに関連する障害の少なくとも１種の症状を治療するために、対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与で）細菌分離株の薬学的に活性な量、または治療有効量は、１０^８ＣＦＵ～１０^１４ＣＦＵ、１０^９ＣＦＵ～１０^１３ＣＦＵ、１０^１０ＣＦＵ～１０^１２ＣＦＵ、１０^１０ＣＦＵ～１０^１１ＣＦＵ、１０^９ＣＦＵ～１０^１４ＣＦＵ、１０^９ＣＦＵ～１０^１２ＣＦＵ、１０^９ＣＦＵ～１０^１１ＣＦＵ、１０^９ＣＦＵ～１０^１０ＣＦＵ、１０^１０ＣＦＵ～１０^１４ＣＦＵ、１０^１０ＣＦＵ～１０^１３ＣＦＵ、１０^１１ＣＦＵ～１０^１４ＣＦＵ、１０^１１ＣＦＵ～１０^１３ＣＦＵ、１０^１２ＣＦＵ～１０^１４ＣＦＵ、および１０^１３ＣＦＵ～１０^１４ＣＦＵの細菌分離株からなる群より選択される。

ある態様では、薬学的組成物は、１種または複数の細菌分離株を含み、それぞれの細菌分離株は、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量で、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位容量で、前述の薬学的に活性な量または治療有効量のいずれか１つで、各単位用量中に存在する。

一態様では、腸ディスバイオシスに関連する障害の少なくとも１種の症状を治療するために、対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与で）細菌分離株の薬学的に活性な量、または治療有効量は、少なくとも１０^５、少なくとも１０^６、少なくとも１０^７、少なくとも１０^８、少なくとも１０^９、少なくとも１０^１０、少なくとも１０^１１、少なくとも１０^１２、少なくとも１０^１３、少なくとも１０^１４、または少なくとも１０^１５個の細菌分離株の細胞または胞子を含む。別の態様では、腸ディスバイオシスに関連する障害の少なくとも１種の症状を治療するために、対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与で）細菌分離株の薬学的に活性な量、または治療有効量は、最大で１０^５、最大で１０^６、最大で１０^７、最大で１０^８、最大で１０^９、最大で１０^１０、最大で１０^１１、最大で１０^１２、最大で１０^１３、最大で１０^１４、または最大で１０^１５個の細菌分離株の合計細胞または胞子を含む。さらなる態様では、腸ディスバイオシスに関連する障害の少なくとも１種の症状を治療するために、対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与で）細菌分離株の薬学的に活性な量、または治療有効量は、１０^８～１０^１４、１０^９～１０^１３、１０^１０～１０^１２、１０^１０～１０^１１、１０^９～１０^１４、１０^９～１０^１２、１０^９～１０^１１、１０^９～１０^１０、１０^１０～１０^１４、１０^１０～１０^１３、１０^１１～１０^１４、１０^１１～１０^１３、１０^１２～１０^１４、および１０^１３～１０^１４個の細菌分離株の細胞または胞子からなる群より選択される。

ある態様では、細菌分離株の薬学的に活性な量または治療有効量の細胞数は、生細胞を対象とする。一態様では、医薬組成物は、１種または複数の細菌分離株を含み、それぞれの細菌分離株は、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量で、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位容量で、前述の薬学的に活性な量または治療有効量のいずれか１つで、各投与単位中に存在する。

ある態様では、本明細書で記載の医薬組成物は、カプセルの形態であり、各カプセルは、少なくとも１０^５、少なくとも１０^６、少なくとも１０^７、少なくとも１０^８、少なくとも１０^９、少なくとも１０^１０、少なくとも１０^１１、少なくとも１０^１２、少なくとも１０^１３、少なくとも１０^１４、または少なくとも１０^１５個の細胞または胞子を含む。ある態様では、本明細書で記載の医薬組成物は、カプセルの形態であり、各カプセルは、１０^８～１０^１４、１０^９～１０^１３、１０^１０～１０^１２、１０^１０～１０^１１、１０^９～１０^１４、１０^９～１０^１２、１０^９～１０^１１、１０^９～１０^１０、１０^１０～１０^１４、１０^１０～１０^１３、１０^１１～１０^１４、１０^１１～１０^１３、１０^１２～１０^１４、または１０^１３～１０^１４個の細菌分離株の細胞または胞子を含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、複数の細菌分離株を含む微生物混合物を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の細菌分離株が、ほぼ同じ量（例えば、ほぼ同じ数の合計細胞および／またはほぼ同じ数の生細胞）で微生物混合物中に存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも３種の細菌分離株、少なくとも４種の細菌分離株、少なくとも５種の細菌分離株、少なくとも６種の細菌分離株、少なくとも７種の細菌分離株、少なくとも８種の細菌分離株、少なくとも９種の細菌分離株、少なくとも１０種の細菌分離株、または１０種より大きな数の細菌分離株が、医薬組成物中にほぼ同じ量（例えば、ほぼ同じ数の合計細胞および／またはほぼ同じ数の生細胞）で存在する。いくつかの実施形態では、微生物混合物の全ての細菌分離株は、ほぼ同じ量で存在する。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の微生物混合物の少なくとも２種の細菌分離株が異なる量（例えば、異なる数の合計細胞および／または異なる数の生細胞）で微生物混合物中に存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、または１０種より多くの細菌分離株が、微生物混合物中に異なる量で存在する。

いくつかの実施形態では、微生物混合物の第１と第２の細菌分離株は、微生物混合物中に異なる量で存在し、微生物混合物中の第１と第２の細菌分離株の相互に対する相対的比率は、ヒトの糞便試料の微生物叢中の第１と第２の細菌分離株に対応する第１と第２の菌株の相対比率とほぼ同じである（例えば、１種または複数の第１と第２の細菌分離株のドナーの便細菌叢または第１と第２の細菌分離株を投与された対象の便細菌叢）。

いくつかの実施形態では、微生物混合物の第１と第２の細菌分離株は、微生物混合物中に異なる量で存在し、微生物混合物中の第１と第２の細菌分離株の相互に対する相対的比率は、ヒトの糞便試料の微生物叢中の第１と第２の細菌分離株に対応する第１と第２の菌株の相対比率とは異なる、または類似していない（例えば、１種または複数の第１と第２の細菌分離株のドナーの便細菌叢または第１と第２の細菌分離株を投与された対象の便細菌叢）。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、細菌分離株の生着が対象の腸中で生じるために対象への投与に必要とされる細菌分離株の最小量または投与量で、またはそれを超える量または投与量で１種または複数の細菌分離株を含む。例えば、対象の腸中への細菌分離株の生着のために必要とされる細菌分離株の最小投与量は、少なくとも１０^６個の細胞、少なくとも１０^７個の細胞、少なくとも１０^８個の細胞、少なくとも１０^９個の細胞、少なくとも１０^１０個の細胞、少なくとも１０^１１個の細胞、または少なくとも１０^１２個の細胞であり得る。いくつかの実施形態では、微生物混合物の第１と第２の細菌分離株は、異なる最小限の投与量または量で対象の腸中に生着し、微生物混合物中の第１と第２の細菌分離株のそれぞれの投与量または量は、それぞれの細菌分離株の生着に必要とされるそれぞれの最小限の投与量または量に対応して変動する。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉを含み、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ細胞は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含み、その細胞は、微生物混合物のいずれか他の単一の細菌分離株の細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である（すなわち、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅは、この微生物混合物中で最も豊富である）。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅおよびＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅおよびＡ．ｓｈａｈｉｉを含み、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ細胞は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅおよびＲ．ｆａｅｃｉｓを含み、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ細胞は、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅおよびＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ細胞は、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｒ．ｆａｅｃｉｓおよびＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｒ．ｆａｅｃｉｓおよびＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｒ．ｆａｅｃｉｓおよびＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ細胞は、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｒ．ｆａｅｃｉｓおよびＡ．ｓｈａｈｉｉを含み、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ細胞は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｒ．ｆａｅｃｉｓおよびＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含み、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ細胞は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ細胞よりも豊富である。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含み、その細胞は、微生物混合物のいずれか他の単一の細菌分離株の細胞よりもこの微生物混合物中で少ない（すなわち、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓは、この微生物混合物中で最も少ない）。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓおよびＡ．ｓｈａｈｉｉを含み、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ細胞は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓおよびＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ細胞は、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓおよびＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ａ．ｓｈａｈｉｉおよびＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み、Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞は、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ａ．ｓｈａｈｉｉおよびＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み、Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ細胞よりもこの微生物混合物中で少ない。

いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉに属する複数の細菌分離株を含み、その細菌分離株の１種の細胞は、この微生物混合物中の他の細菌分離株の少なくとも１種の細胞よりも豊富である。いくつかの実施形態では、微生物混合物は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉに属する２種の細菌分離株を含み、その細菌分離株の１種の細胞は、この微生物混合物の他の細菌分離株の細胞よりも豊富である。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^８個の細胞の投与量でＯ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^８～１０^９個の細胞の投与量でＯ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９個以下の細胞の投与量でＯ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^９個の細胞の投与量でＯ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^７個の細胞の投与量でＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^７～１０^８個の細胞の投与量でＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^８個の細胞の投与量でＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^８～１０^９個の細胞の投与量でＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９個以下の細胞の投与量でＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^９個の細胞の投与量でＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^８個の細胞の投与量でＡ．ｓｈａｈｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^８～１０^９個の細胞の投与量でＡ．ｓｈａｈｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９個以下の細胞の投与量でＡ．ｓｈａｈｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^９個の細胞の投与量でＡ．ｓｈａｈｉｉを含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^８個の細胞の投与量でＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^８～１０^９個の細胞の投与量でＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９個以下の細胞の投与量でＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^９個の細胞の投与量でＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^８個の細胞の投与量でＲ．ｆａｅｃｉｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^８～１０^９個の細胞の投与量でＲ．ｆａｅｃｉｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９個以下の細胞の投与量でＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^９個の細胞の投与量でＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９～１０^１０個の細胞の投与量でＲ．ｆａｅｃｉｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^１０個以下の細胞の投与量でＡ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^８個の細胞の投与量でＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^８～１０^９個の細胞の投与量でＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９個以下の細胞の投与量でＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^９個の細胞の投与量でＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９～１０^１０個の細胞の投与量でＲ．ｆａｅｃｉｓを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^１０個以下の細胞の投与量でＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^１０個の細胞の投与量でＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^１１個以下の細胞の投与量でＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^８個の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^８～１０^９個の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９個以下の細胞の投与量のＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^９個の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^９～１０^１０個の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^１０個以下の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^１０個の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^１０～１０^１１個の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１０^１１個以下の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０^１１個の細胞の投与量でＥ．ｒｅｃｔａｌｅを含む。

いくつかの実施形態では、約２００ｍｇごとの薬学的組成物は、薬理学的活性用量を含む。いくつかの実施形態では、約７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００ｍｇごとの薬学的組成物は、薬理学的活性用量を含む。

医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）の個々の用量は、例えば、単位剤形当たり、約０．０１ｍｇ～約５，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約４，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約３，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約１，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約９５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約９００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約８５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約８００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約７５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約７００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約６５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約６００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約５５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約５００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約４５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約４００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約３５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約３００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約１５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約１００ｍｇ、約０．１ｍｇ～約９０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約８０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約７０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約６０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約５０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約４０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約３０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約１０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約５ｍｇ、約０．１ｍｇ～約３ｍｇ、約０．１ｍｇ～約１ｍｇの有効成分、または約５ｍｇ～約８０ｍｇの有効成分を含む単位剤形（例えば、錠剤またはカプセル）で投与されてよい。例えば、単位剤形は、約０．０１ｍｇ、約０．０２ｍｇ、約０．０３ｍｇ、約０．０４ｍｇ、約０．０５ｍｇ、約０．０６ｍｇ、約０．０７ｍｇ、約０．０８ｍｇ、約０．０９ｍｇ、約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約０．６ｍｇ、約０．７ｍｇ、約０．８ｍｇ、約０．９ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約６ｍｇ、約７ｍｇ、約８ｍｇ、約９ｍｇ約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１，０００ｍｇ、約２，０００ｍｇ、約３，０００ｍｇ、約４，０００ｍｇ、または約５，０００ｍｇ（これらの間の全ての値および範囲を含む）の有効成分を含んでよい。

一実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、毎日約０．０１ｍｇ～約１００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約５，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約４，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約３，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約１，０００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約９５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約９００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約８５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約８００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約７５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約７００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約６５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約６００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約５５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約５００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約４５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約４００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約３５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約３００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約２５０ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約２００ｍｇ、毎日約０．０１ｍｇ～約１５０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約１００ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約９５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約９０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約８５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約８０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約７５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約７０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約６５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約６０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約５５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約５０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約４５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約４０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約３５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約３０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約２５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約２０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約１５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約１０ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約５ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約３ｍｇ、毎日約０．１ｍｇ～約１ｍｇ、または毎日約５ｍｇ～約８０ｍｇの量で投与される。種々の実施形態では、細菌分離株（および／または追加の治療薬）は、約０．０１ｍｇ、約０．０２ｍｇ、約０．０３ｍｇ、約０．０４ｍｇ、約０．０５ｍｇ、約０．０６ｍｇ、約０．０７ｍｇ、約０．０８ｍｇ、約０．０９ｍｇ、約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約０．６ｍｇ、約０．７ｍｇ、約０．８ｍｇ、約０．９ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約６ｍｇ、約７ｍｇ、約８ｍｇ、約９ｍｇ約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１，０００ｍｇ、約２，０００ｍｇ、約３，０００ｍｇ、約４，０００ｍｇ、または約５，０００ｍｇ（これらの間の全ての値および範囲を含む）の一日量で投与される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）の好適な投与量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／（対象のｋｇ体重）の範囲、例えば、約０．０１ｍｇ／ｋｇ、約０．０２ｍｇ／ｋｇ、約０．０３ｍｇ／ｋｇ、約０．０４ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．０６ｍｇ／ｋｇ、約０．０７ｍｇ／ｋｇ、約０．０８ｍｇ／ｋｇ、約０．０９ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．６ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ、約０．８ｍｇ／ｋｇ、約０．９ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ、約１．１ｍｇ／ｋｇ、約１．２ｍｇ／ｋｇ、約１．３ｍｇ／ｋｇ、約１．４ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約１．６ｍｇ／ｋｇ、約１．７ｍｇ／ｋｇ、約１．８ｍｇ／ｋｇ、１．９ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、約６ｍｇ／ｋｇ、約７ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約９ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約２０ｍｇ／ｋｇ体重、約３０ｍｇ／ｋｇ体重、約４０ｍｇ／ｋｇ体重、約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約６０ｍｇ／ｋｇ体重、約７０ｍｇ／ｋｇ体重、約８０ｍｇ／ｋｇ体重、約９０ｍｇ／ｋｇ体重、または約１００ｍｇ／ｋｇ体重（これらの間の全ての値および範囲を含む）である。他の実施形態では、組成物の好適な投与量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約９０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約８０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約７０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約６０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約４０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約３０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約９ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約８ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約７ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、０．０１ｍｇ／ｋｇ～約６ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約４ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約３ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約２ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約１．５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、または約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重の範囲である。

特定の実施形態では、医薬組成物（例えば、微生物混合物を含む）は、例えば、１日２回以上、ほぼ１日１回、ほぼ１日おき、ほぼ３日おき、ほぼ週１回、ほぼ２週毎に１回、ほぼ月１回、ほぼ２ヶ月毎に１回、ほぼ３ヶ月毎に１回、ほぼ６ヶ月毎に１回、またはほぼ年１回投与できる。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも２日の間、少なくとも１日１回、それを必要とする患者に投与できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも週２回、３回、４回、または５回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日または週の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週またはヶ月の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月またはヶ年の間、対象の全生涯にわたって長期的に、または無期限の間、少なくとも１回投与される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも２日の間、少なくとも１日２回、それを必要とする患者に投与できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日または週の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週またはヶ月の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月またはヶ年の間、対象の全生涯にわたって長期的に、または無期限の間、少なくとも２回投与される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも２日の間、少なくとも１日３回、それを必要とする患者に投与できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日または週の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週またはヶ月の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月またはヶ年の間、対象の全生涯にわたって長期的に、または無期限の間、少なくとも３回投与される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも連続する３日または３週の間、少なくとも１日１回または２回の投与スケジュールで、それを必要とする患者に投与できる。いくつかの実施形態では、１回分の用量が、２～１２週、３～１２週、４～１２週、５～１２週、６～１２週、７～１２週、８～１２週、９～１２週、１０～１２週、１～２週、２～３週、３～４週、４～５週、５～６週、６～７週、７～８週、８～９週、９～１０週、または１０～１１週の期間にわたり、１日に少なくとも１回、２回、または３回、投与される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、週１回、週２回、または週３回の投与スケジュールで、それを必要とする患者に投与できる。「週１回」という用語は、１回分の用量が通常１週間に１回のみ、例えば、各週の同じ曜日に投与されることを意味する。「週２回」という用語は、１回分の用量が通常１週間に２回のみ、例えば、各週で同じ２つの曜日に投与されることを意味する。「週３回」という用語は、１回分の用量が通常１週間に３回のみ、例えば、各週で同じ３つの曜日に投与されることを意味する。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、それを必要とする患者に投与でき、投与は、第１の投与スケジュールおよびそれに続く第２の投与スケジュールを含む。いくつかの実施形態では、第１の投与スケジュールは、治療用量または導入用量を含む。いくつかの実施形態では、第２の投与スケジュールは、維持用量を含む。例えば、第２の投与量スケジュールの薬学的に活性な維持用量は、第１の投与スケジュールの薬学的に活性な導入用量以下であり得る。他の例では、第２の投与量スケジュールの維持用量は、第１の投与スケジュールの導入用量よりも大きくてよい。

医薬組成物を投与するための、第１と第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも１日の間に１日１回の組成物の投与日を含み得る。いくつかの実施形態では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、連続する少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日の間に少なくとも１日１回の組成物の投与を含む。いくつかの実施形態では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間に少なくとも１日１回の組成物の投与を含む。いくつかの実施形態では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、連続する最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の日または週の間に組成物の投与を含む。いくつかの実施形態では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、連続する最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の週または月の間に組成物の投与を含む。いくつかの実施形態では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の月または年の間、対象の全生涯にわたって長期的に、または無期限の間に組成物の投与を含む。

いくつかの実施形態では、方法で使用される第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、週１回、週２回、または週３回であり得る。

いくつかの実施形態では、第１と第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６ヶ月の間持続できる。いくつかの実施形態では、第２の投与スケジュールは、治療される対象の全生涯、または無期限の間、恒久的に持続する。いくつかの実施形態では、第１と第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、連続投与スケジュールである。いくつかの実施形態では、第１と第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、間欠投与スケジュールである。いくつかの実施形態では、第１と第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間の休止期間が後に続く少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間の治療期間を含む間欠投与スケジュールである。いくつかの実施形態では、第１と第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、１日おき、２日おきに、または３日、４日、５日、６日、７日、８日おきに、投与量を投与すること含む。いくつかの実施形態では、投与量は、用量設定を伴って、または伴わず（またはさもなければ投与量または投与スケジュールを変更して）、長期間投与される。

いくつかの実施形態では、第１と第２の投与スケジュールの間の間隔は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、もしくは７日間、または少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間、または少なくとも約１、２、３、４、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間である。

いくつかの実施形態では、第２の投与スケジュール（例えば、維持用量）は、第１の投与スケジュール（例えば、初期の導入用量）で使用される用量よりも、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、７５、１００、２００、４００、８００、１０００、５０００倍の、またはそれを超える倍数低い投与量を含む。いくつかの実施形態では、第２の投与スケジュール（例えば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（例えば、初期の治療投与スケジュール）以下の投与頻度を有する。いくつかの実施形態では、第２の投与スケジュール（例えば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（例えば、初期の治療投与スケジュール）よりも長い投与間隔を有する。

いくつかの実施形態では、用語の「患者」および「対象」は、同義に使用される。いくつかの実施形態では、対象および／または動物は、哺乳動物、例えば、ヒト、マウス、ラット、モルモット、イヌ、ネコ、ウマ、雌ウシ、ブタ、ウサギ、ヒツジ、または非ヒト霊長類、例えば、サル、チンパンジー、もしくはヒヒである。他の実施形態では、対象および／または動物は、非哺乳動物、例えば、ゼブラフィッシュなどである。

種々の実施形態では、本明細書で記載の方法は、ヒト対象の治療において有用である。いくつかの実施形態では、ヒトは、小児科のヒトである。他の実施形態では、ヒトは、成人のヒトである。他の実施形態では、ヒトは、老人のヒトである。他の実施形態では、ヒトは、患者と呼ばれることもある。いくつかの実施形態では、ヒトは、女性である。いくつかの実施形態では、ヒトは、男性である。

特定の実施形態では、ヒトは、約１～約１８ヶ月、約１８～約３６ヶ月、約１～約５才、約５～約１０才、約１０～約１５才、約１５～約２０才、約２０～約２５才、約２５～約３０才、約３０～約３５才、約３５～約４０才、約４０～約４５才、約４５～約５０才、約５０～約５５才、約５５～約６０才、約６０～約６５才、約６５～約７０才、約７０～約７５才、約７５～約８０才、約８０～約８５才、約８５～約９０才、約９０～約９５才または約９５～約１００才の範囲の年齢である。

一態様では、治療される対象は、ヒト患者である。一態様では、患者は、男性患者である。一態様では、患者は、女性患者である。一態様では、患者は、早産新生児である。一態様では、患者は、正期新生児である。一態様では、患者は、新生児である。一態様では、患者は、乳幼児である。一態様では、患者は、幼児である。一態様では、患者は、小児である。一態様では、患者は、子供である。一態様では、患者は、青年である。一態様では、患者は、小児患者である。一態様では、患者は、老人患者である。一態様では、ヒト患者は、約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の子供患者である。別の態様では、ヒト患者は、成人患者である。別の態様では、ヒト患者は、高齢患者である。さらなる態様では、ヒト患者は、約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える患者である。別の態様では、患者は、約１～５、２～１０、３～１８、２１～５０、２１～４０、２１～３０、５０～９０、６０～９０、７０～９０、６０～８０、または６５～７５歳である。一態様では、患者は、前期高齢者患者（６５～７４歳）である。一態様では、患者は、中期高齢者患者（７５～８４歳）である。一態様では、患者は、後期高齢者（＞８５歳）である。

追加の治療薬および併用療法または共製剤
本明細書で記載の医薬組成物は、１種または複数の追加の治療薬を含んでよく、それは、本明細書で記載の方法において、それを必要としている対象に投与できる。追加の治療薬は、本明細書で記載の微生物治療薬（例えば、微生物混合物）と同時にまたは逐次に投与できる。さらに、本組成物および製剤は、追加の治療薬（例えば、共製剤により）を含み得る。例えば、追加の治療薬および１種または複数の細菌分離株を、単一の製剤へと組み合わせてよい。

一実施形態では、追加の治療薬および微生物治療薬（例えば、１種または複数の細菌分離株）は、対象に同時に投与される。本明細書で使用される場合、用語の「同時に」は、追加の治療薬および微生物治療薬が約６０分以下、例えば、約３０分以下、約２０分以下、約１０分以下、約５分以下、または約１分以下の時間間隔で投与されることを意味する。追加の治療薬および微生物治療薬の投与は、単一製剤（例えば、追加の治療薬および１種または複数の細菌分離株を含む製剤）のまたは別々の製剤（例えば、追加の治療薬を含む第１の製剤および１種または複数の細菌分離株を含む第２の製剤）の同時の投与によってでよい。

共投与は、もしその投与のタイミングが、追加の治療薬および微生物治療薬（例えば、１種または複数の細菌分離株）の薬理学的活性が時がたてば重なりあうようであれば、追加の治療薬が同時に投与される必要はない。例えば、追加の治療薬および微生物治療薬は、順次に投与され得る。本明細書で使用される場合、用語の「順次に」は、追加の治療薬および微生物治療薬が約６０分を超える時間間隔で投与されることを意味する。例えば、追加の治療薬と微生物治療薬との逐次投与の間の時間は、約６０分超、約２時間超、約５時間超、約１０時間超、約１日超、約２日超、約３日超、約１週間超であってよい。最適投与時間は、投与される追加の治療薬および微生物治療薬の代謝、排泄速度、および／または薬力学的活性に依存するであろう。追加の治療薬または微生物治療薬（例えば、１種または複数の細菌分離株）のいずれかが、対象に最初に投与されてよい。

さらなる実施形態では、追加の治療薬および微生物治療薬（例えば、１種または複数の細菌分離株）は、対象に同時に投与されるが、それらそれぞれの剤形（または同時に処方される場合は、単一単位剤形）からの追加の治療薬および微生物治療薬のＧＩ管中での放出は、順次に発生する。

共投与はまた、複数の追加の治療薬が同じ投与経路により対象に投与される必要はない。むしろ、それぞれの追加の治療薬は、任意の適切な経路、例えば、非経口的または非経口ではない経路で投与されてよい。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、ＵＣなどのＩＢＤのための現在の標準治療誘導療法で使われる薬剤である。このような薬剤としては、５－アミノサリチル酸（５－ＡＳＡ）、副腎皮質ステロイド、または生物製剤（例えば、インフリキシマブ、アダリムマブまたはベドリズマブ）が挙げられるが、これらに限定されない。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、ステロイド性抗炎症剤または非ステロイド性抗炎症剤（ＮＳＡＩＤＳ）などの抗炎症剤である。ステロイド、特に副腎皮質ホルモン剤およびそれらの合成類似体は、当該技術分野においてよく知られている。副腎皮質ステロイドの例としては、ヒドロキシルトリアムシノロン、α－メチルデキサメタゾン、β－メチルβ－メタゾン、ベクロメタゾンジプロピオネート、β－メタゾンベンゾエート、β－メタゾンジプロピオネート、β－メタゾンバレレート、クロベタゾールバレレート、デソニド、デソキシメタゾン、デキサメタゾン、ジフロラソンジアセテート、ジフルコルトロンバレレート、フルアドレノロン、フルクロロロンアセトニド、フルメタゾンピバレート、フルオシノロンアセトニド、フルオシノニド、フルコルチンブチルエステル、フルオコルトロン、フルプレドニデン（フルプレドニリデン）アセテート、フルランドレノロン、ハルシノニド、ヒドロコルチゾンアセテート、ヒドロコルチゾンブチレート、メチルプレドニゾロン、トリアムシノロンアセトニド、コルチゾン、コルトドキソン、フルセトニド、フルドロコルチゾン、ジフルオロゾンジアセテート、フルラドレノロンアセトニド、メドリゾン、アムシナフェル、アムシナフィド、ベタメタゾンおよびその残りのエステル、クロロプレドニソン、クロコルテロン、クレシノロン、ジクロリゾン、ジフルプレドネート、フルクロロニド、フルニソリド、フルオロメタロン、フルペロロン、フルプレドニソロン、ヒドロコルチゾン、メプレドニゾン、パラメタゾン、プレドニゾロン、プレドニゾン、ベクロメタゾンジプロピオネートが挙げられるが、これらに限定されない。使用可能な（ＮＳＡＩＤＳ）としては、限定されないが、サリチル酸、アセチルサリチル酸、サリチル酸メチル、グリコールサリチレート、サリチルアミド、ベンジル－２，５－ジアセトキシ安息香酸、イブプロフェン、スリンダク（ｓｕｌｉｎｄａｃ）、ナプロキセン、ケトプロフェン、エトフェナメート、フェニルブタゾン、およびインドメタシンが挙げられる。追加の抗炎症剤は、例えば、米国特許第４，５３７，７７６号に記載され、この特許の全内容は参照により本明細書に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、プロバイオティクスである。使用に好適なプロバイオティクスとしては、限定されないが、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｂｏｕｌａｒｄｉｉ；ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓＧＧ；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌａｎｔａｒｕｍ２９９ｖ；ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｂｕｔｙｒｉｃｕｍＭ５８８；ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅＶＰ２０６２１（無毒のＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ株）；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ（Ｂｉｏ－Ｋ＋ＣＬ１２８５）の組み合わせ；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（Ａｃｔｉｍｅｌ）の組み合わせ；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｉｆｉｄｕｍ（Ｆｌｏｒａｊｅｎ３）の組み合わせ；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｕｌｇａｒｉｃｕｓｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ亜種ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｕｌｇａｒｉｃｕｓｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｕｌｇａｒｉｃｕｓｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｒｅｖｅ、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓａｌｉｖａｒｉｕｓ亜種ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（ＶＳＬ＃３）の組み合わせ、が挙げられる。

ある態様では、本開示は、非選択便細菌叢を含む医薬組成物の投与の前の、プロバイオティクスの投与を提供する。別の態様では、本開示は、プロバイオティクスと非選択便細菌叢を含む医薬組成物の共投与を提供する。別の態様では、プロバイオティクスは、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａまたはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の１種または複数からなる群より選択される。別の態様では、プロバイオティクスは、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａまたはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の２種以上からなる群より選択される。別の態様では、プロバイオティクスは、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａまたはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の３種以上からなる群より選択される。別の態様では、プロバイオティクスは、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａまたはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の４種以上からなる群より選択される。別の態様では、プロバイオティクスは、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａまたはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の５種以上からなる群より選択される。別の態様では、プロバイオティクスは、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａまたはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の６種以上からなる群より選択される。別の態様では、プロバイオティクスは、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａまたはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の１～３、３～５、５～８または８～１０種からなる群より選択される。プロバイオティクスは、単一用量または複数用量で提供されてよい。単一組成物として提供される場合、単一組成物は、単一プロバイオティクスまたはプロバイオティクスの混合物を含み得る。複数組成物として提供される場合、各組成物は、単一プロバイオティクスまたはプロバイオティクスの混合物を含み得る。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、プレバイオティクスである。プレバイオティクスは、対象の腸中の１種または複数の微生物（例えば、細菌）の成長、増殖、または活性を促進する（例えば、１種または複数の微生物により代謝される基質を提供することにより）ために対象に投与される化合物（例えば、１種または複数の栄養素を含む）である。理論に束縛されることを意図するものではないが、プレバイオティクスは、対象の内在性マイクロバイオーム中の、および／または医薬組成物それ自身中の細菌に栄養補給し、例えば、糞便細菌の未培養集団の１種または複数の株、および／または１種または複数の細菌分離株の増殖または活性を刺激するために医薬組成物に添加できる。さらに、１種または複数のプレバイオティクスを、例えば、糞便細菌の未培養集団の分離および／または精製の後で、または凍結、フリーズドライ、噴霧乾燥、溶液中での再構成などの前または後で、新しい環境にそれらの細胞を移行させる際に、細菌細胞への「ショック」を緩衝するために、組成物に添加できる。

医薬組成物に添加できる、または対象に投与できるプレバイオティクスの非限定的例としては、アミノ酸、乳酸、硝酸アンモニウム、アミロース、大麦マルチ、ビオチン、カーボネート、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、フルクトース、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、単一多糖類、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、マンノオリゴ糖、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴ糖、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、水酸化カリウム、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トランスガラクトオリゴ糖、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、および／またはキシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、およびこれらの組み合わせが挙げられる。プレバイオティクスの例としては、複合糖質、アミノ酸、ペプチド、または細菌性組成物の生存のための他の不可欠な栄養成分が挙げられる。

ある態様では、対象は、医薬組成物で治療の前に、プレバイオティクス栄養素で前治療されない。別の態様では、医薬組成物は、プレバイオティクス栄養素を補充されない。

いくつかの実施形態では、プレバイオティクスは、本明細書で記載の医薬組成物、例えば、１種または複数の細菌分離株を含む組成物中に添加（例えば、乾燥または液体形態で）されてよい。

代わりに、または追加で、プレバイオティクスは、微生物治療薬を欠く別の医薬組成物中に含まれてよい（例えば、乾燥または液体形態で）。

プレバイオティクスは、同じ医薬組成物中でまたは別の医薬組成物中でのいずれかで、微生物治療薬（例えば、１種または複数の細菌分離株）を含む医薬組成物の投与の前に、それと同時に、および／またはその後に、対象に提供されてよい。

プレバイオティクスは、単一用量でまたは複数用量で提供されてよい。単一組成物として提供される場合、単一組成物は、単一プレバイオティクスまたはプレバイオティクスの混合物を含み得る。複数組成物として提供される場合、各組成物は、単一プレバイオティクスまたはプレバイオティクスの混合物を含み得る。

例として、複数用量が提供される場合、プレバイオティクスを含む第１の組成物は、１種の特定のプレバイオティクス、例えば、イヌリンを含んでよく、第２の組成物は、第２の特定のプレバイオティクス、例えば、ペクチンを含んでよい。あるいは、第１の組成物は、プレバイオティクスの混合物、例えば、イヌリンとペクチンを含んでよく、第２の組成物は、プレバイオティクスの異なる混合物、例えば、イヌリンとＦＯＳを含んでよい。第１の組成物は、プレバイオティクスの混合物を含んでよく、第２の組成物は、１種の特定のプレバイオティクスを含んでよい。

対象／患者に提供される、および／または組成物中に含まれるプレバイオティクスの量は、特定のプレバイオティクス、有益な細菌の特定の菌株、および／または対象／患者の病状に依存する。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、下痢止め剤である。使用のために好適な下痢止め剤としては、限定されないが、ＤＰＰ－ＩＶ阻害剤；アヘン、パレゴリックおよびコデインのチンキなどの天然オピオイド；ジフェノキシラート、ジフェノキシンおよびロペラミドなどの合成オピオイド；次サリチル酸ビスマス、ランレオチド、バプレオチドおよびオクトレオチド；モチリンアンタゴニスト；セレコキシブなどのＣＯＸ２阻害剤；グルタミン、サリドマイド；およびカオリン、ペクチン、ベルベリンおよびムスカリン性薬物などの従来の下痢止め治療薬が挙げられる。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、鎮痛剤であり得る。本明細書で記載の組成物および方法で有用な鎮痛剤としては、限定されないが、モルヒネ、コデイン、ヘロイン、メサドンおよび関連化合物、テバイン、オルピアビン（ｏｒｐｉａｖｉｎｅ）、ならびにこれらの誘導体、ブプレノルフィン、ピペリジン、モルフィナン、ベンゾモルファン、テトラヒドロイソキノリン、チアンブタン（ｔｈｉａｍｂｕｔａｎｅ）、ベンジルアミン、チリジン、ビミノール、ネホパム、カプサイシン（８－メチル－Ｎ－バニリル－６Ｅ－ノネンアミド）、「合成」カプサイシン（Ｎ－バニリルノネンアミド）、および関連化合物が挙げられる。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、抗菌剤であり、それは、限定されないが、セファロスポリン系抗生物質（セファレキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロール、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、およびセフトビプロール）；フルオロキノロン系抗生物質（シプロ、レヴァキン、フロキシン、テクイン、アベロックスおよびノルフロックス）；テトラサイクリン系抗生物質（テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、およびドキシサイクリン）；ペニシリン系抗生物質（アモキシシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキサシリン、カルベニシリン、バンコマイシン、およびメチシリン）；モノバクタム系抗生物質（アズトレオナム）；およびカルバペネム系抗生物質（エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、およびメロペネム）を含む。いくつかの実施形態では、抗菌薬は、ペニシリン、セファロスポリン、モノバクタム、およびカルバペネム系抗生物質のいずれかであり得る。

一態様では、方法は、治療用の細菌または微生物叢組成物の投与前に、抗生物質組成物で対象を前治療することをさらに含む。一態様では、本明細書で投与される抗生物質組成物は、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。別の態様では、本明細書で投与される抗生物質組成物は、リファキシミン、リファマイシン誘導体、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、ビコザマイシン、アミノグリコシド、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、パロモマイシン、ベルダマイシン（ｖｅｒｄａｍｉｃｉｎ）、ムタマイシン、シソマイシン、ネチルマイシン、レティマイシン（ｒｅｔｙｍｉｃｉｎ）、カナマイシン、アズトレオナム、アズトレオナムマクロライド、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、アジスロマイシン、次サリチル酸ビスマス、バンコマイシン、ストレプトマイシン、フィダキソマイシン、アミカシン、アルベカシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。別の態様では、対象は、治療用の細菌または微生物叢組成物の投与前に、抗生物質組成物で前治療されない。別の態様では、医薬組成物は、抗生物質組成物を補充されない。さらなる態様では、方法は、治療用の細菌または微生物叢組成物の投与前に、抗炎症薬で対象を前治療することをさらに含む。さらに別の態様では、対象は、治療用の細菌または微生物叢組成物の投与前に、抗炎症薬で前治療されない。別の態様では、治療用の細菌または微生物叢組成物は、抗炎症薬を補充されない。

すべての追加の治療薬組成物および方法について、ＧＩ管の種々の部分に対する標的化を、本明細書で記載のように用い得る。

治療の方法
本明細書で開示されるのは、それを必要としている対象において腸内菌共生バランス失調に関連する障害を予防するまたは治療する方法であり、方法は、本明細書で開示のいずれかの医薬組成物の有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、障害は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、および抗生物質誘発性有害作用から選択される。いくつかの実施形態では、障害は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）、および回腸嚢炎から選択されるＩＢＤである。いくつかの実施形態では、方法は、院内感染症および／または二次新興感染症を治療または予防し、および／または対象のＧＩ管中の１種または複数の病原微生物の異常増殖を治療および／または予防する。いくつかの実施形態では、方法は、正常な腸微生物叢の維持を含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象に少なくとも１種のプレバイオティクスを投与することをさらに含む。

種々の実施形態では、本明細書で提供されるのは、生態学的均衡をもたらすまたは回復するために、それを必要としている対象のマイクロバイオームを調節する方法であり、方法は、本明細書で記載の組成物を対象に投与することを含む。例えば、種々の実施形態では、本明細書で記載の組成物を投与することにより１種または複数の病原性細菌を漸減させる、または阻害する方法が提供される。種々の実施形態では、本明細書で記載の１種または複数の細菌分離株の投与は、投与の前に、患者のＧＩ管中に検出可能な程度に存在しない少なくとも１つのタイプの細菌の増殖を強化し、および種々の実施形態では、それは、非病原性である。

種々の実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で記載の組成物を対象に投与することを含む、それを必要としている対象において腸病原体または病原性共生生物に対する生態的管理を回復するまたは強化する方法である。

種々の実施形態では、方法は、それを必要としている対象においてＧＩディスバイオシスに関連する疾患または状態を治療するために、本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、対象は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、例えば、クローン病、大腸炎（例えば、ＵＣまたは顕微鏡的大腸炎）、または回腸嚢炎を有する。ＩＢＤは、大腸の、いくつかの事例では、小腸の一群の炎症状態である。本明細書で記載の組成物、製剤および方法により治療できるＩＢＤの例としては、限定されないが、クローン病、ＵＣ、回腸嚢炎、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、空置腸炎、ベーチェット症候群、感染性腸炎、および分類不能大腸炎が挙げられる。ある実施形態では、本明細書で提供されるのは、それを必要としている対象に本明細書で記載の組成物を投与することを含む、ＵＣを治療する方法である。別の実施形態では、本明細書で提供されるのは、それを必要としている対象に本明細書で記載の組成物を投与することを含む、ＣＤを治療する方法である。さらなる実施形態では、本明細書で提供されるのは、それを必要としている対象に本明細書で記載の組成物を投与することを含む、回腸嚢炎を治療する方法である。

種々の実施形態では、方法は、それを必要としている対象においてＵＣを治療するために、本明細書で記載の組成物を投与することを含む。ＵＣは、ＩＢＤの１つの形態である。それは、結腸の慢性疾患であり、そこで結腸の内壁が炎症を起こし、膿および粘液を生成する小さな開口傷口または潰瘍を生じる。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法は、ＵＣに関連する炎症および／または潰瘍を回復、低減、または除去できる。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法は、限定されないが、腹部不快感または疼痛、高頻度結腸空化、軟便および突然の排便、持続性下痢、血便、食欲不振、および体重減少を含む、ＵＣに関連する１種または複数の症状を回復、低減、または除去できる。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法は、ＵＣに罹患した子供において成長および発達の遅れを減らすまたは防止できる。

種々の実施形態では、方法は、それを必要としている対象においてＵＣを治療するために、本明細書で記載の組成物を投与することを含む。例えば、対象の治療の成功は、下記指数を用いて測定でき、例えば、本発明の方法は、対象活動性スコア閾値を、重度から中等度、軽度、または寛解に変化させる；または患者のスコアを中等度から軽度または寛解に変化させる；または患者のスコアを軽度から寛解に変化させる。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象においてＩＢＳを治療するために本明細書で記載の医薬組成物を投与することを含む。ＩＢＳは、結腸に影響する一般的な障害であり、かつ筋痙攣、腹痛、腹部膨満、ガス、下痢および便秘を引き起こす場合がある。ＩＢＳは、最も多い症状に基づいて、下痢型（下痢が多いＩＢＳ、ＩＢＳ－Ｄ）、便秘型（便秘が多いＩＢＳ、ＩＢＳ－Ｃ）または混合症状型（便秘と下痢が交互するＩＢＳ、ＩＢＳ－Ａ）に分類される。本明細書で記載の方法は、ＩＢＳ－Ｄ、ＩＢＳ－Ｃ、および／またはＩＢＳ－Ａの１種または複数を治療するのに効果的であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法（例えば、本明細書で記載の組成物を投与することを含む）は、ＩＢＳ－Ｄ、ＩＢＳ－Ｃ、および／またはＩＢＳ－Ａの１種または複数に関連する１つまたは複数の症状を低減または除去できる。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において異常な腸内ミクロフローラ（例えば、腸内菌共生バランス失調）を治療するために本明細書で記載の医薬組成物を投与することを含む。疾患／障害は、過敏性腸症候群または痙性結腸を含む胃腸障害；便秘型ＦＢＤ、疼痛型ＦＢＤ、上腹部ＦＢＤを含む機能性腸疾患（ＦＢＤ）；非潰瘍性消化不良（ＮＵＤ）、胃食道逆流；クローン病、潰瘍性大腸炎、分類不能大腸炎、コラーゲン大腸炎、顕微鏡的大腸炎を含む炎症性腸疾患；慢性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、偽膜性大腸炎、粘液大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性または単純な便秘、憩室性疾患、ＡＩＤＳ腸疾患、小腸細菌性異常増殖、セリアック病、大腸ポリポーシス（ｐｏｌｙｐｏｓｉｓｃｏｌｉ）、結腸ポリープ、慢性特発性偽性腸閉塞症、および毒性巨大結腸症から選択できる。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において肝障害に関連する障害を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。肝障害の非限定的例としては、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、脂肪肝、および特発性肝硬変が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような疾患／障害は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象においてリウマチ性疾患を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。リウマチ性疾患の非限定的例としては、関節リウマチ、非リウマチ性関節、非リウマチ性因子陽性関節、強直性脊椎炎、ライム病、およびライター症候群が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような疾患／障害は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において免疫介在障害を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。免疫介在障害の非限定的例としては、糸球体腎炎、溶血性尿毒症症候群（ｈｅｍｏｌｙｔｉｃｕｒｅｍｉｃｓｙｎｄｒｏｍｅ）、若年性糖尿病、混合型クリオグロブリン血症、多発動脈炎、家族性地中海熱、アミロイドーシス、強皮症、全身性エリテマトーデス、およびベーチェット症候群が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような疾患／障害は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において自己免疫疾患を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。自己免疫疾患の非限定的例としては、急性散在性脳脊髄炎（ＡＤＥＭ）、急性壊死性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、アミロイドーシス、強直性脊椎炎、抗ＧＢＭ／抗ＴＢＭ腎炎、抗リン脂質抗体症候群（ＡＰＳ）、自己免疫性血管浮腫、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性自律神経障害、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性高脂血症、自己免疫性免疫不全、自己免疫性内耳疾患（ＡＩＥＤ）、自己免疫性心筋炎、自己免疫性卵巣炎、自己免疫性膵炎、自己免疫性網膜症、自己免疫性血小板減少性紫斑病（ＡＴＰ）、自己免疫性甲状腺疾患、自己免疫性じんま疹、神経細胞軸索型ニューロパチー、バロー病、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、キャッスルマン病、セリアック病、シャーガス病、慢性炎症性脱髄性多発神経障害（ＣＩＤＰ）、慢性再発性多発性骨髄炎（ＣＲＭＯ）、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡／良性粘膜類天疱瘡、クローン病、コーガン症候群、寒冷凝集素症、先天性心ブロック、コクサッキー心筋炎、クレスト病；本態性混合型クリオグロブリン血症、脱髄性神経障害、疱疹状皮膚炎、皮膚筋炎、デビック病（視神経脊髄炎）、円板状ループス、ドレスラー症候群、子宮内膜症、好酸球性食道炎、好酸球性筋膜炎、結節性紅斑、実験的アレルギー性脳脊髄炎、エバンス症候群、線維性肺胞炎、巨細胞性動脈炎（側頭動脈炎）、巨細胞心筋炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、多発血管炎性肉芽腫症（ＧＰＡ）、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本脳症、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、ＩｇＡ腎症、ＩｇＧ４関連硬化性疾患、免疫調節性リポタンパク質、封入体筋炎、間質性膀胱炎、若年性関節炎、若年性特発性関節炎、若年性筋炎、川崎病候群、ランバート・イートン症候群、白血球破壊性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、木質性結膜炎、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ループス（全身性エリテマトーデス）、慢性ライム病、メニエール病、顕微鏡的多発血管炎、混合結合組織疾患（ＭＣＴＤ）、モーレン潰瘍、ムッハ・ハーベルマン病、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、ナルコレプシー、視神経脊髄炎（デビック病）、好中球減少症、眼瘢痕性類天疱瘡、視神経炎、回帰性リウマチ、ＰＡＮＤＡＳ（小児自己免疫性溶連菌関連性精神神経障害）、傍腫瘍性小脳変性症、発作性夜間血色素尿症（ＰＮＨ）、パリー・ロンベルク症候群、パーソナージュ・ターナー症候群、毛様体扁平部炎（周辺性ぶどう膜炎）、天疱瘡、末梢神経障害、静脈周囲性脳脊髄炎、悪性貧血、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発動脈炎、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ型多腺性自己免疫症候群、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、心筋梗塞後症候群、心膜切開後症候群、プロゲステロン皮膚炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、乾癬、乾癬性関節炎、特発性肺線維症、壊疽性膿皮症、赤芽球癆、レイノー現象、反応性関節炎、反射性交感神経性ジストロフィー、ライター症候群、再発性多発軟骨炎、下肢静止不能症候群、後腹膜線維症、リウマチ熱、関節リウマチ、サルコイドーシス、シュミット症候群、強膜炎、強皮症、シェーグレン症候群、精液精巣自己免疫、全身硬直症候群、亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）、スザック症候群、交感性眼炎、高安動脈炎、１型糖尿病、喘息、潰瘍性大腸炎、未分化結合組織病（ＵＣＴＤ）、ぶどう膜炎、血管炎、小水疱水疱性皮膚病、白斑症、およびウェゲナー肉芽腫症が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような障害は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において神経学的症候群を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。神経学的症候群の非限定的例としては、慢性疲労症候群、片頭痛、多発性硬化症、筋萎縮性側索硬化症、重症筋無力症、ギラン・バレー症候群（Ｇｕｉｌｌａｉｎ－Ｂａｒｒｅｓｙｎｄｒｏｍｅ）、パーキンソン病、アルツハイマー病、慢性炎症性脱髄性多発神経障害、および他の変性疾患が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような症候群は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において精神障害を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。精神障害の非限定的例としては、慢性うつ病、統合失調症、精神病性障害、躁鬱病；アスペルガー症候群、レット症候群、注意欠陥多動障害（ＡＤＨＤ）、および注意欠陥障害（ＡＤＤ）を含む退行性障害；退行性障害；自閉症；乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）；神経性食欲不振症が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような疾患／障害は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において皮膚疾患を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。皮膚疾患の非限定的例としては、慢性じんま疹、アクネ、疱疹状皮膚炎および血管炎障害が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような疾患／障害は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において心臓血管および／または血管障害を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、このような疾患／障害は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において血液感染（ＢＳＩ）を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。このようなＢＳＩのリスクがある患者としては、限定されないが、実質臓器移植患者；慢性腎疾患患者、例えば、血液透析の患者；および腫瘍学患者が挙げられる。いくつかの実施形態では、このようなＢＳＩは、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象においてカテーテルまたは血管内感染（例えば、中心線感染）を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、このような感染症は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において皮膚または軟部組織感染を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、このような感染症は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において手術部位感染を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、このような感染症は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において尿路感染症（例えば、抗生物質耐性尿路感染症およびカテーテル関連尿路感染症）を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、このような感染症は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において創感染を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、このような感染症は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において感染症を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。感染症の非限定的例としては、抗生物質耐性感染症および抗生物質感受性感染症が挙げられる。いくつかの実施形態では、このような感染症は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物および方法は、髄膜炎を治療または予防できる。いくつかの実施形態では、髄膜炎は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において肺炎、例えば、人工呼吸器関連肺炎を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、肺炎は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の組成物、製剤および方法は、外来患者設定である、入院している、および／または長期療養施設に入っている患者集団において使用できる。このような患者集団は、院内感染症のリスクがある。いくつかの実施形態では、このような感染症は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。例えば、対象に投与される医薬組成物中の１種または複数の細菌分離株は、腸内菌共生バランス失調の腸マイクロバイオームを健康な集団で置き換えることができ、それにより、少なくとも、胆管炎症を低減し、および／または肝臓機能を改善する。

いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において下痢性疾患を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。下痢性疾患の非限定的例としては、急性血性下痢（例えば、赤痢）、急性水様下痢（例えば、コレラ）、大腸炎関連チェックポイント阻害剤、食中毒による下痢、持続性下痢、および旅行者下痢症が挙げられる。いくつかの実施形態では、下痢は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

種々の実施形態では、本明細書で記載の医薬組成物の投与は、本明細書で記載の状態、疾患、または障害に関連する１種または複数の症状を低減、回復または除去できる。代表的な症状としては、限定されないが、下痢、血便、口のびらん、肛門周囲疾患、腹痛、腹部疝痛、発熱、疲労、体重減少、鉄欠乏症、貧血、食欲減退、体重減少、食欲不振、成長遅延、青春期発育遅延、および皮膚、眼、接合、肝臓、および胆管の炎症、が挙げられる。いくつかの実施形態では、症状は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する。

いくつかの実施形態では、方法は、病原性細菌による感染を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与すること、および／またはそれを必要としている対象のＧＩ管中で病原性細菌の増殖を抑制すること、またはその数を減らすことを含む。ある実施形態では、病原性細菌は、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属などの腸内細菌である。種々の実施形態では、方法は、患者の腸において種々の大腸菌型（毒性および／または抗生物質耐性の大腸菌型を含む）の異常増殖を減らすまたは防ぐために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。大腸菌型の例としては、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ属、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属、Ｈａｆｎｉａ属、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属、および、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属が挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法および組成物は、耐性生物による二次感染を防ぐかまたは減らす。

さらに他の実施形態では、方法は、それを必要としている対象において腸の感染性疾患を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。腸の感染性疾患の非限定的例としては、ＣＤＩおよび／またはＣＤＡＤ，院内感染症、二次新興感染症、アメーバ症、腸結核、または寄生虫炎が挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＣＤＩおよび／またはＣＤＡＤを治療または予防するための方法であり、方法は、それを必要としている対象または患者に本明細書で記載の医薬組成物有効量を投与することを含む。種々の実施形態では、ＣＤＩまたはＣＤＡＤは、下記の１種または複数を含む：Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ下痢（ＣＤＤ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ炎症性腸疾患、大腸炎、偽膜性大腸炎、発熱、腹痛、脱水および電解質障害、巨大結腸症、腹膜炎、および結腸の穿孔および／または破裂。

種々の実施形態では、本明細書で記載の組成物は、初期開始または再燃／再発（例えば、継続されたまたは再開された抗生物質療法による）の場合に、ＧＩディスバイオシスに関連する疾患もしくは状態を治療または予防するために、それを必要としている対象に投与される。例えば、以前にＧＩディスバイオシスに罹患していた患者では、本発明の医薬組成物または製剤を、対象の最初の症状の再発時に投与し得る。非限定的例であるが、再発の症状は、軽度の症例では、１日当たり約５～約１０回の水様便通があり、大きな発熱はなく、血液検査は白血球数の最大で約１５，０００（正常レベルは最大で約１０，０００）のわずかな上昇を示す場合があるが、軽度の腹部疝痛のみであり、および、重症例では、１日当たり約１２回を超える水様便、悪心、嘔吐、高熱（例えば、約１０２～１０４°Ｆ）、直腸出血、重篤な腹痛（例えば、圧痛を伴う）、腹部膨満、および高白血球数（例えば、１５，０００～約４０，０００）を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書記載の方法は、ＧＩディスバイオシスに関連する疾患または状態に罹患している、またはそれに影響を受けやすい対象または患者を治療するために使用できる。例えば、対象は、ＧＩディスバイオシスに関連する疾患または状態の影響を対象に受けやすくする初期および／または補助的療法を受けているまたは受けたことがあり得る。いくつかの実施形態では、対象は、抗生物質による治療を受けているか、または治療を受けたことがある。例えば、対象は、過去約３０日の間に抗生物質を服用したことがあり得る、および／または弱った免疫系を有し得る（例えば、慢性疾病により）。別の例では、患者は最近、集中治療室を含み、入院したことがあり得る。従って、いくつかの実施形態では、方法は、それを必要としている対象において院内感染症および／または二次新興感染症および／または医療関連感染（ＨＡＩ）を治療または予防するために本明細書で記載の組成物を投与することを含む。

種々の実施形態では、本明細書で記載されるのは、それを必要としている患者に微生物治療薬（例えば、１種または複数の細菌分離株）の有効量を投与することを含む、ＧＩ管中の抗生物質誘発性有害作用を治療するための方法である。別の実施形態では、本明細書で提供されるのは、それを必要としている患者に微生物治療薬の有効量を投与することを含む、ＧＩ管中の抗生物質誘発性有害作用を予防するための方法である。

別の態様では、本明細書で開示の医薬組成物または複数の医薬組成物は、例えば、それを必要としている対象における本明細書で記載の状態、疾患、または障害の治療のための、薬物の製造に使用できる。種々の実施形態では、本明細書で記載の細菌分離株は、抗生物質誘発損傷から腸マイクロバイオームを保護する。いくつかの実施形態では、本明細書記載の方法は、下痢、悪心、嘔吐、味覚異常、大腸炎、および偽膜性大腸炎疾患および／または症状を含むが限定されない抗生物質関連有害作用を治療または予防できる。ある実施形態では、本明細書で記載の方法は、抗生物質関連下痢（ＡＡＤ）を治療または予防するために使用できる。

ＧＩ管機能の変化および／または改善を測定する方法としては、限定されないが、上皮および粘膜の直接検査のための内視鏡；構造変化および／または免疫バイオマーカーの直接評価のための組織学的評価および／または組織採取；非吸収性糖およびＬＰＳレベルによる浸透性の評価のための尿試験；炎症および／または微生物叢変化の評価のための便試験（例えば、ＰＣＲによる）；および／またはＣＤ４＋細胞数、Ｔｈ１７細胞数、および／またはＬＰＳレベルを含む特異的マーカーの評価のための血液検査を挙げることができる。

いくつかの実施形態では、本開示は、それを必要としている対象において障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、または本明細書でリストした別の適応症）を治療するための方法を提供し、方法は、本明細書で記載の医薬組成物の薬学的活性用量を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、それを必要としている対象において障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、ＡＳＤ、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、またはクローン病）を治療するための方法を提供し、方法は、本明細書で記載の医薬組成物の薬学的活性用量を対象に毎日投与することを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも２日の間、少なくとも１日１回、それを必要とする患者に投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも週２回、３回、４回、または５回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日または週の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の週または月の間、少なくとも１日１回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象の全生涯にわたって長期的に、または無期限の間、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の月または年の間、少なくとも１回投与される。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも２日の間、少なくとも１日２回、それを必要とする患者に投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の日または週の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の週または月の間、少なくとも１日２回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象の全生涯にわたって長期的に、または無期限の間、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の月または年の間、少なくとも２回投与される。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも２日の間、少なくとも１日３回、それを必要とする患者に投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の日または週の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、連続する最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の週または月の間、少なくとも１日３回投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象の全生涯にわたって長期的に、または無期限の間、連続する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２の月または年の間、少なくとも３回投与される。

いくつかの実施形態では、本開示は、それを必要とする対象において障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、ＡＳＤ、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、またはクローン病）を治療する方法を提供し、方法は、本明細書で記載の１種または複数の生きた非病原性細菌分離株を含む医薬組成物の薬学的活性用量を対象に経口投与することを含み、用量は、連続する少なくとも３日または３週の間、少なくとも１日に１回または２回の投与スケジュールで投与される。いくつかの実施形態では、１回分の用量が、２～１２週、３～１２週、４～１２週、５～１２週、６～１２週、７～１２週、８～１２週、９～１２週、１０～１２週、１～２週、２～３週、３～４週、４～５週、５～６週、６～７週、７～８週、８～９週、９～１０週、または１０～１１週の期間にわたり、１日に少なくとも１回、２回、または３回、投与される。

いくつかの実施形態では、本開示は、それを必要としている対象において障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、ＡＳＤ、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、またはクローン病）を治療する方法を提供し、方法は、併用治療または療法を含む。例えば、方法は、二重併用療法、三重併用療法、または四重併用療法を含み得る。

さらに別の態様では、本明細書で開示されるのは、それを必要としている対象における状態、疾患、または障害の予防または治療での使用のための、複数の医薬組成物、例えば、本明細書で開示の２種以上の医薬組成物である。いくつかの実施形態では、第１の組成物は第１の特性を有する１種または複数の細菌分離株を含み、第２の組成物は第２の特性を有する１種または複数の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、第１の組成物は第１の特性を有する１種または複数の細菌分離株を含み、第２の組成物は第２の特性を有する１種または複数の細菌分離株を含み、第３の組成物は第３の特性を有する１種または複数の細菌分離株を含む。本明細書で使用される場合、細菌分離株の特性は、例えば、組成物を投与された対象の腸中で少なくとも１種の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生する、またはその産生を高める細菌分離株の能力（例えば、表２で与えられる細菌分離株により表される）；真核細胞（例えば、組成物を投与される対象の宿主細胞）中でサイトカイン産生を調節する細菌分離株の能力（例えば、表３で与えられる細菌分離株により表される）；ＵＣの患者と比較して、健康な対象中で高度に豊富な菌株との対応関係（例えば、細菌分離株はその菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％の同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む）（例えば、表４で与えられる細菌分離株により表される）；およびこれらの組み合わせ、を含み得る。

本明細書で記載されるのは、それを必要としている対象における状態、疾患または障害の予防または治療するための方法であり、方法は、本明細書で開示の１種または複数の細菌分離株を含む１種または複数の医薬組成物の有効量を対象に投与することを含む。ある実施形態では、方法は、表１で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の１種または複数を対象に投与することを含む。ある実施形態では、方法は、表２、表３、または表４のいずれか１つで与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の１種または複数を対象に投与することを含む。

ある実施形態では、方法は、表７～２１のいずれか１つで与えられる細菌分離株のそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む複数の細菌分離株を対象に投与することを含む。ある実施形態では、方法は、表２２で与えられる細菌分離株の１種または複数の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株の１種または複数を対象に投与することを含む。

いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法で対象に投与される複数の細菌分離株は、同じ医薬組成物中で投与される。いくつかの実施形態では、本明細書で記載の方法で対象に投与される複数の細菌分離株は、別々の医薬組成物中で投与される。例えば、方法は、有効量の複数の医薬組成物、例えば、本明細書で開示の２種以上の医薬組成物を、それを必要としている対象に投与することを含み得る。複数の医薬組成物は、同時にまたは順次に提供されてよい。従って、対象が、例えば、３種の細菌分離株で治療される場合、第１の組成物は２種の細菌分離株を含み、第２の組成物は第３の細菌分離株を含み得る。異なる例では、対象が３種の細菌分離株で治療される場合、第１の組成物は第１の細菌分離株を含み、第２の組成物は第２の細菌分離株を含み、第３の組成物は第３の細菌分離株を含み得る。

いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるのは、それを必要としている対象において腸微生物叢のディスバイオシスを含む障害、疾患、または状態を治療する方法であり、方法は、本明細書で記載の医薬組成物を対象に投与することを含み、医薬組成物は、１種または複数の細菌分離株を含み、１種または複数の細菌分離株はそれぞれ、特定の投与量（例えば、特定の数の細胞または特定の数の生細胞）で投与される。ある実施形態では、方法は、１種または複数の細菌分離株を投与することを含み、１種または複数の細菌分離株は、Ｏ．ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｒ．ｆａｅｃｉｓ、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ、およびＳ．ｖａｒｉａｂｉｌｅの１種または複数を含み、１種または複数の細菌分離株のそれぞれは、少なくとも１０⁷個の細胞、１０^７～１０^８個の細胞、１０^８個以下の細胞、少なくとも１０⁸個の細胞、１０^８～１０^９個の細胞、１０^９個以下の細胞、少なくとも１０⁹個の細胞、１０^９～１０^１０個の細胞、１０^１０個以下の細胞、少なくとも１０¹⁰個の細胞、１０^１０～１０^１１個の細胞、１０^１１個以下の細胞、少なくとも10¹¹個の細胞、１０^１１～１０^１２個の細胞、１０^１２個以下の細胞、および少なくとも１０¹²個の細胞の投与量で投与される。

別の態様では、本明細書で開示されるのは、それを必要としている対象における状態、疾患、または障害の予防または治療における使用のための、複数の医薬組成物、例えば、本明細書で開示の２種以上の医薬組成物である。いくつかの実施形態では、第１の組成物は１種または複数の本明細書で記載の細菌分離株を含む。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物（例えば、便試料から精製された実質的に完全な便細菌叢）を含む。対象は、障害を治療または予防するために、任意の順序で第１および第２組成物をにより治療され得る。例えば、一実施形態では、対象は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む組成物、続いて１種または複数の細菌分離株を含む組成物で治療される。別の実施形態では、対象は、１種または複数の細菌分離株を含む組成物、続いて未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む組成物で治療される。さらに他の実施形態では、対象は、１種または複数の細菌分離株を含む組成物、および未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を含む組成物で同時に（例えば、細菌分離株および未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の両方を含む組成物で、または細菌分離株または未培養便細菌叢もしくは未培養糞便細菌の調製物の１種をそれぞれ含む複数の組成物で）治療される。

ある実施形態では、対象の状態、疾患または障害を治療または予防するための方法は、（ｉ）１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物；および（ｉｉ）未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物、の対象への投与を含む。例えば、１種または複数の細菌分離株は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の前または後で、または同時に（例えば、異なる組成物中で、または同じ組成物中で一緒に）投与できる。別の実施形態では、対象の障害の治療方法は、（ｉ）１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物；および（ｉｉ）１種または複数の抗生物質、の対象への投与を含む。例えば、１種または複数の細菌分離株は、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の前または後で、または同時に（例えば、異なる組成物中で、または同じ組成物中で一緒に）投与できる。通常、抗生物質は、細菌分離株由来の細菌の腸の補充の前に、有害なおよび／または病原性細菌の対象の腸をパージするために、１種または複数の細菌分離株の投与の前に対象に投与される。ある実施形態では、対象の障害を治療する方法は、（ｉ）１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物；および（ｉｉ）プレバイオティクス、の対象への投与を含む。例えば、１種または複数の細菌分離株は、プレバイオティクスの前または後で、または同時に（例えば、異なる組成物中で、または同じ組成物中で一緒に）投与できる。上記例のそれぞれでは、治療方法のいずれかの所与の成分は、複数回投与されてよいことがさらに理解されよう。例えば、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を対象に投与でき、その後１種または複数の細菌分離株を投与し、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の２回目の投与が続く。

ある実施形態では、対象の状態、疾患または障害を治療または予防する方法は、（ｉ）１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物；および（ｉｉ）未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物；（ｉｉｉ）１種または複数の抗生物質、の対象への投与を含む。（ｉ）～（ｉｉｉ）の異なる成分は、任意の順序で対象に投与できる。例えば、対象は、１種または複数の抗生物質、その後、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の投与に続いて、１種または複数の細菌分離株を投与されてよい。別の例では、対象に、１種または複数の抗生物質、その後、１種または複数の細菌分離株の投与に続けて、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を投与できる。上記例のそれぞれでは、治療方法のいずれかの所与の成分は、複数回投与できることがさらに理解されよう。例えば、抗生物質に続いて、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を対象に投与でき、その後、１種または複数の細菌分離株の投与に続いて、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の２回目の投与ができる。

ある実施形態では、対象の状態、疾患または障害を治療または予防するための方法は、（ｉ）１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物；および（ｉｉ）未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物；（ｉｉｉ）１種または複数のプレバイオティクス、の対象への投与を含む。（ｉ）～（ｉｉｉ）の異なる成分は、任意の順序で対象に投与できる。例えば、対象は、１種または複数のプレバイオティクス、その後、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の投与に続いて、１種または複数の細菌分離株を投与されてよい。別の例では、対象に、１種または複数のプレバイオティクス、その後、１種または複数の細菌分離株の投与に続いて、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を投与できる。別の例では、対象に、１種または複数の細菌分離株および／または未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の片方もしくは両方の投与後に、１種または複数のプレバイオティクスを投与できる。上記例のそれぞれでは、治療方法のいずれかの所与の成分は、複数回投与できることがさらに理解されよう。例えば、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を対象に投与でき、その後、１種または複数の細菌分離株の投与に続いて、プレバイオティクス、続いて、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の２回目の投与ができる。

ある実施形態では、対象の状態、疾患または障害を治療または予防するための方法は、（ｉ）１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物；および（ｉｉ）未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物；（ｉｉｉ）１種または複数のプレバイオティクス；および（ｉｖ）１種または複数の抗生物質、の対象への投与を含む。（ｉ）～（ｉｖ）の異なる成分は、任意の順序で対象に投与できる。例えば、対象は、１種または複数の抗生物質の投与、続いて、１種または複数のプレバイオティクス、その後、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の投与に続いて、１種または複数の細菌分離株を投与されてよい。別の例では、対象に、１種または複数の抗生物質、その後、１種または複数のプレバイオティクス、これに続く、１種または複数の細菌分離株の投与に続いて、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物を投与できる。別の例では、プレバイオティクスは、１種または複数の細菌分離株および／または未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の片方もしくは両方の後に投与できる。上記例のそれぞれでは、治療方法のいずれかの所与の成分は、複数回投与できることがさらに理解されよう。例えば、抗生物質を対象に投与でき、その後、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物に続いて、１種または複数の細菌分離株の投与後に、プレバイオティクス、続けて、未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の２回目の投与ができる。

上記併用療法のそれぞれでは、異なる治療間の時間（未培養便細菌叢または未培養糞便細菌の調製物の投与と１種または複数の細菌分離株の投与の間の時間）は、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも６時間、少なくとも１２時間、少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週、少なくとも２週、少なくとも３週、少なくとも４週、少なくとも５週、少なくとも６週、少なくとも７週、少なくとも８週、または８週超であり得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象の腸内菌共生バランス失調に関連する障害、例えば、ＧＩ障害を治療するための方法において使用される。

キット
本明細書で記載されるのは、いずれかの本明細書で開示の医薬組成物および使用説明書を含むキットである。いくつかの実施形態では、キットは、少なくとも１種のプレバイオティクスを含む追加の医薬組成物をさらに含む（例えば、追加の医薬組成物は微生物治療薬を欠く）。

説明書は、例えば、投与情報を記載できる。例えば、投与頻度および組成物の投与量、例えば、所与の時間に投与されるべき医薬組成物のカプセルの数、および１日／１週当りの投与回数を記載できる。キットが２種以上の組成物（例えば、微生物治療薬および微生物治療薬を欠く追加の医薬組成物）を含むいくつかの実施形態では、説明書は、各組成物の投与を記載できる。例えば、１種の組成物は、別の組成物の前に投与でき、例えば、２種の医薬組成物の、数分、数時間、数日、数週、数ヶ月、またはさらに長い期間の間隔を開けた逐次投与により投与できる。あるいは、２種の組成物は、同時に投与できる。

製造の方法
本明細書で開示されるのは、微生物混合物を含む医薬組成物を製造する方法であり、方法は、２種以上の細菌分離株を混合して微生物混合物を形成することを含む。

本明細書で開示されるのは、１種または複数の細菌分離株を含む医薬組成物を製造する方法であり、方法は、次の特性の少なくとも１つに基づいて１種または複数の細菌分離株を選択することを含む：（ｉ）機能アッセイで測定される、特定の量またはレベルの１種または複数の酪酸などの短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生する能力（表２で与えられる細菌分離株により表される）；（ｉｉ）機能アッセイにおいて細菌分離株とインキュベートされた真核細胞によるサイトカイン産生または放出の特定の量またはレベルを誘導する能力（例えば、表３で与えられる細菌分離株より表される）；および／または（ｉｉｉ）腸内菌共生バランス失調（例えば、潰瘍性大腸炎（ＵＣ））の患者に比較して健康なヒト対象中の細菌分離株のより大きな相対存在量、または腸内菌共生バランス失調の患者に比べて腸内菌共生バランス失調（例えば、ＵＣ）からの寛解期にあるヒト対象中の細菌分離株のより大きな相対存在量（例えば、表４で与えられる細菌分離株により表される）。方法は、１種または複数の細菌分離株を医薬組成物中に組み込むことをさらに含み得る。

いくつかの実施形態では、特性（ｉ）を含む１つの細菌分離株のみが選択され、医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、特性（ｉｉ）を含む１つの細菌分離株のみが選択され、医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、特性（ｉｉｉ）を含む１つの細菌分離株のみが選択され、医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は１種のみの細菌分離株を含む。

本明細書で開示されるのは、複数の細菌分離株を含む医薬組成物を製造する方法であり、方法は、次の特性の少なくとも１つに基づいて複数の細菌分離株を選択することを含む：（ｉ）医薬組成物を投与された対象の腸中で１種または複数の酪酸などの短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生する細菌分離株の能力；（ｉｉ）医薬組成物を投与された対象の宿主細胞中のサイトカイン産生を調節する細菌分離株の能力；および／または（ｉｉｉ）腸内菌共生バランス失調（例えば、潰瘍性大腸炎（ＵＣ））の患者に比較して健康なヒト対象中の細菌分離株のより大きな相対存在量、または腸内菌共生バランス失調の患者に比べて腸内菌共生バランス失調（例えば、ＵＣ）からの寛解期にあるヒト対象中の細菌分離株のより大きな相対存在量。方法は、複数の細菌分離株を微生物混合物中に組み込むこと、およびその微生物混合物を医薬組成物中に組み込むことをさらに含み得る。

いくつかの実施形態では、特性（ｉ）を含む２種以上の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る；特性（ｉｉ）を含む２種以上の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る；および／または特性（ｉｉｉ）を含む２種以上の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る。

いくつかの実施形態では、特性（ｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得、および特性（ｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、特性（ｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得、および特性（ｉｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、特性（ｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得、および特性（ｉｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る。

いくつかの実施形態では、特性（ｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得、および特性（ｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得、および特性（ｉｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る。

いくつかの実施形態では、特性（ｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、医薬組成物中に組み込まれ得、特性（ｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得、および特性（ｉｉｉ）を含む少なくとも１種の細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれ得る。

いくつかの実施形態では、特性（ｉ）を含む細菌分離株は、選択されない。いくつかの実施形態では、特性（ｉｉ）を含む細菌分離株は、選択されない。いくつかの実施形態では、特性（ｉｉｉ）を含む細菌分離株は、選択されない。

いくつかの実施形態では、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種、少なくとも１６種、少なくとも１７種、少なくとも１８種、少なくとも１９種、少なくとも２０種の、または２０種より多い細菌分離株が、特性（ｉ）～（ｉｉｉ）に基づいて選択され、微生物混合物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、微生物混合物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉ）～（ｉｉｉ）の少なくとも１つに基づいて選択される。いくつかの実施形態では、微生物混合物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉ）～（ｉｉｉ）の少なくとも２つに基づいて選択される。いくつかの実施形態では、微生物混合物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉ）～（ｉｉｉ）の３つ全てに基づいて選択される。いくつかの実施形態では、組成物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉ）に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、組成物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉ）のみに基づいて選択される。いくつかの実施形態では、組成物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉｉ）に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、組成物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉｉ）のみに基づいて選択される。いくつかの実施形態では、組成物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉｉｉ）に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、組成物中に組み込まれる全ての細菌分離株は、特性（ｉｉｉ）のみに基づいて選択される。

いくつかの実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｈｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも１つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｈｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも２つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｈｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）のそれぞれを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも１つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも２つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）のそれぞれを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも１つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、および特性（ｉｉ）のそれぞれを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）を示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも１つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）のそれぞれを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも１つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）のそれぞれを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉｉｉ）を示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも１つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）の少なくとも２つを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含む細菌分離株が、選択され、特性（ｉ）、特性（ｉｉ）、および特性（ｉｉｉ）のそれぞれを示す細菌分離株を基準にして医薬組成物中に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、特定の量の酪酸などのＳＣＦＡの産生能力に基づいて（すなわち、特性（ｉ）に基づいて）、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、一連の細菌分離株は、一定期間中にＳＣＦＡに変換できる有機基質とインキュベートされた場合に、閾値濃度のＳＣＦＡを産生する能力でスクリーニングできる。いくつかの実施形態では、基質は、オリゴ糖（例えば、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）またはキシロオリゴ糖（ＸＯＳ））、サンファイバー／部分水解グアーガム）ＰＨＧＧ）、または大麦麦芽の少なくとも１種を含み得る。細菌分離株は、基質のＳＣＦＡへの変換を可能にするのに十分な任意の時間、例えば、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも３時間、少なくとも４時間、少なくとも５時間、少なくとも６時間、少なくとも７時間、少なくとも８時間、少なくとも９時間、少なくとも１０時間、少なくとも１１時間、少なくとも１２時間、少なくとも１３時間、少なくとも１４時間、少なくとも１５時間、少なくとも１６時間、少なくとも１７時間、少なくとも１８時間、少なくとも１９時間、少なくとも２０時間、少なくとも２１時間、少なくとも２２時間、少なくとも２３時間、少なくとも２４時間、少なくとも２５時間、少なくとも２６時間、少なくとも２７時間、少なくとも２８時間、少なくとも２９時間、少なくとも３０時間、少なくとも３５時間、少なくとも４０時間、少なくとも４４時間、少なくとも４８時間、または４８時間超にわたり基質とインキュベートできる。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、少なくとも５ｍＭ、少なくとも１０ｍＭ、少なくとも１５ｍＭ、少なくとも２０ｍＭ、少なくとも２５ｍＭ、少なくとも３０ｍＭ、少なくとも３５ｍＭ、少なくとも４０ｍＭ、少なくとも４５ｍＭ少なくとも５０ｍＭ、少なくとも６０ｍＭ、少なくとも７０ｍＭ、少なくとも８０ｍＭ、少なくとも９０ｍＭ、少なくとも１００ｍＭ、または１００ｍＭ超のレベルでの一定時間（例えば、２４時間）にわたるＳＣＦＡ（例えば、酪酸）の産生に基づいて本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表２で与えられる、または表２で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞による１種または複数のサイトカインの産生および／または放出を調節するその能力に基づいて、すなわち、特性（ｉｉ）に基づいて）、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、一連の細菌分離株は、それぞれの細菌分離株とインキュベートされた真核細胞由来の１種または複数のサイトカインの産生および／または放出を調節する能力についてスクリーニングできる。機能アッセイで使用できる真核細胞の例としては、腸細胞、上皮細胞、腸粘膜細胞、腸上皮細胞、腸粘膜固有層細胞、内皮細胞、線維芽細胞、間質細胞、マクロファージ、Ｂリンパ球、Ｔリンパ球、マスト細胞、および末梢血単核球（ＰＢＭＣ）が挙げられる。いくつかの実施形態では、真核細胞は、ヒト細胞であり得る。

細菌分離株は、サイトカイン発現の調節を可能にするのに十分な任意の時間、例えば、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも３時間、少なくとも４時間、少なくとも５時間、少なくとも６時間、少なくとも７時間、少なくとも８時間、少なくとも９時間、少なくとも１０時間、少なくとも１１時間、少なくとも１２時間、少なくとも１３時間、少なくとも１４時間、少なくとも１５時間、少なくとも１６時間、少なくとも１７時間、少なくとも１８時間、少なくとも１９時間、少なくとも２０時間、少なくとも２１時間、少なくとも２２時間、少なくとも２３時間、少なくとも２４時間、少なくとも２５時間、少なくとも２６時間、少なくとも２７時間、少なくとも２８時間、少なくとも２９時間、少なくとも３０時間、少なくとも３５時間、少なくとも４０時間、少なくとも４４時間、少なくとも４８時間、または４８時間超にわたり真核細胞とインキュベートできる。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）によるＩＬ－１０の誘導に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、少なくとも１０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも１５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも２０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも２５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも３０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも３５００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも４０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも５０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも６０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも７０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも８０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも９０００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも１０，０００ｐｇ／ｍｌ、または１０，０００ｐｇ／ｍｌ超の濃度でＩＬ－１０を誘導できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）によるＧＭ－ＣＳＦの限定産生に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、ＧＭ－ＣＳＦの産生を、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、または２００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度に制限できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）によるＩＬ－１２の限定産生に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、ＩＬ－１２の産生を、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、または２００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度に制限できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）によるＩＦＮγの限定産生に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、ＩＦＮγの産生を、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、または２００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度に制限できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）によるＴＮＦαの限定産生に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、ＴＮＦαの産生を、２０ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、２００ｐｇ／ｍｌ、２５０ｐｇ／ｍｌ、３００ｐｇ／ｍｌ、３５０ｐｇ／ｍｌ、４００ｐｇ／ｍｌ、４５０ｐｇ／ｍｌ、５００ｐｇ／ｍｌ、５５０ｐｇ／ｍｌ、６００ｐｇ／ｍｌ、６５０ｐｇ／ｍｌ、７００ｐｇ／ｍｌ、７５０ｐｇ／ｍｌ、８００ｐｇ／ｍｌ、８５０ｐｇ／ｍｌ、９００ｐｇ／ｍｌ、９５０ｐｇ／ｍｌ、１０００ｐｇ／ｍｌ、１１００ｐｇ／ｍｌ、１２００ｐｇ／ｍｌ、１３００ｐｇ／ｍｌ、１４００ｐｇ／ｍｌ、１５００ｐｇ／ｍｌ、１６００ｐｇ／ｍｌ、１７００ｐｇ／ｍｌ、１８００ｐｇ／ｍｌ、１９００ｐｇ／ｍｌ、２０００ｐｇ／ｍｌ、２１００ｐｇ／ｍｌ、２２００ｐｇ／ｍｌ、２３００ｐｇ／ｍｌ、２４００ｐｇ／ｍｌ、または２５００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度に制限できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）によるＩＬ－２３の限定産生に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、ＩＬ－２３の産生を、５ｐｇ／ｍｌ、１０ｐｇ／ｍｌ、１５ｐｇ／ｍｌ、２０ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、３０ｐｇ／ｍｌ、３５ｐｇ／ｍｌ、４０ｐｇ／ｍｌ、４５ｐｇ／ｍｌ、５０ｐｇ／ｍｌ、５５ｐｇ／ｍｌ、６０ｐｇ／ｍｌ、６５ｐｇ／ｍｌ、７０ｐｇ／ｍｌ、７５ｐｇ／ｍｌ、８０ｐｇ／ｍｌ、８５ｐｇ／ｍｌ、９０ｐｇ／ｍｌ、９５ｐｇ／ｍｌ、１００ｐｇ／ｍｌ、１０５ｐｇ／ｍｌ、１１０ｐｇ／ｍｌ、１１５ｐｇ／ｍｌ、１２０ｐｇ／ｍｌ、１２５ｐｇ／ｍｌ、１３０ｐｇ／ｍｌ、１３５ｐｇ／ｍｌ、１４０ｐｇ／ｍｌ、１４５ｐｇ／ｍｌ、１５０ｐｇ／ｍｌ、１５５ｐｇ／ｍｌ、１６０ｐｇ／ｍｌ、１６５ｐｇ／ｍｌ、１７０ｐｇ／ｍｌ、１７５ｐｇ／ｍｌ、１８０ｐｇ／ｍｌ、１８５ｐｇ／ｍｌ、１９０ｐｇ／ｍｌ、１９５ｐｇ／ｍｌ、２００ｐｇ／ｍｌ、２５０ｐｇ／ｍｌ、または３００ｐｇ／ｍｌ以下の濃度に制限できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）により生成されるＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、少なくとも２１０、少なくとも２２０、少なくとも２３０、少なくとも２４０、少なくとも２５０、少なくとも２６０、少なくとも２７０、少なくとも２８０、少なくとも２９０、少なくとも３００、少なくとも３２５、少なくとも３５０、少なくとも３７５、少なくとも４００、少なくとも４２５、少なくとも４５０、少なくとも４７５、少なくとも５００、少なくとも５５０、少なくとも６００、少なくとも６５０、少なくとも７００、少なくとも７５０、少なくとも８００、少なくとも８５０、少なくとも９００、少なくとも９５０、少なくとも１０００、少なくとも１１００、少なくとも１２００、少なくとも１３００、少なくとも１４００、少なくとも１５００、少なくとも１６００、少なくとも１７００、少なくとも１８００、少なくとも１９００、少なくとも２０００、少なくとも２２００、少なくとも２４００、少なくとも２６００、少なくとも２８００、少なくとも３０００、少なくとも３２００、少なくとも３４００、少なくとも３６００、少なくとも３８００、少なくとも４０００、または４０００超のＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比を生成できる。ある実施形態では、１種または複数の細菌分離株は表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

いくつかの実施形態では、細菌分離株は、機能アッセイで測定される、一定期間（例えば、２４時間）にわたり、細菌分離株とインキュベートされた真核細胞の集団（例えば、ＰＢＭＣ集団）により生成されるＩＬ－１０：ＴＮＦαの比に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中の包含のために選択できる。例えば、細菌分離株は、少なくとも０．５、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、または少なくとも１００のＩＬ－１０：ＴＮＦαの比を生成できる。いくつかの実施形態では、医薬組成物中の包含のために選択される細菌分離株は、表３で与えられる、または表３で与えられる細菌分離株の配列番号に対応する１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む。

ある実施形態では、製造の方法は、表１で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を選択すること、および１種または複数の細菌分離株を医薬組成物中に組み込むこと、を含む。ある実施形態では、表１で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種、少なくとも１６種、少なくとも１７種、少なくとも１８種、少なくとも１９種、少なくとも２０種の、または２０種より多い細菌分離株が、選択され、微生物混合物中に組み込まれる。

ある実施形態では、製造の方法は、表２～４で与えられる１種または複数の細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む１種または複数の細菌分離株を選択すること、および１種または複数の細菌分離株を医薬組成物中に組み込むこと、を含む。

ある実施形態では、製造の方法は、表７～２１の１つで与えられる細菌分離株の全ての１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株を選択すること、細菌分離株を微生物混合物中に組み込むこと、および微生物混合物を医薬組成物中に組み込むこと、を含む。

いくつかの実施形態では、１種または複数の細菌分離株は、分離菌により示される、または有される１種または複数の所望の形質または特性に基づいて、本明細書で記載の医薬組成物中に包含するために合理的に選択できる。合理的選択の基準を形成できる細菌分離株により有されるまたは示される形質の非限定的例としては、ＤＮＡ配列コードまたは非コード配列；ＲＮＡ配列；ポリペプチド配列；特定のＲＮＡまたはタンパク質産物の産生または産生の欠如；代謝経路の活性または不活性；特定の代謝産物の産生または産生の欠如；特定のリガンドまたはリガンドセットの産生または産生の欠如；標的細胞（例えば、真核細胞）中の化合物または経路の生成の誘導または抑制の能力；株の存在または存在量と状態または徴候の存在または重症度との関連性（例えば、ヒト患者における）；および株の属または種を含む特定の分類学上の分類、を挙げることができる。

いくつかの実施形態では、製造の方法は、医薬組成物中に組み込まれるべき細菌分離株の投与量を選択すること、および細菌分離株を選択した投与量で医薬組成物中に組み込むこと、を含む。ある実施形態では、細菌分離株の投与量を選択することは、細菌分離株を投与される対象の腸中でのその細菌分離株の生着のために必要とされる閾値または最小投与量を決定すること、および閾値または最小投与量を越える細菌分離株の投与量を選択すること、を含む。

実施形態
実施形態１：細菌分離株の混合物を含む医薬組成物であって、少なくとも1種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含み、少なくとも２種の細菌分離株が、異なるドナーの便試料から分離される、医薬組成物。

実施形態２：少なくとも２種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１に記載の医薬組成物。

実施形態３：少なくとも３種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１または実施形態２に記載の医薬組成物。

実施形態４：少なくとも４種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１～３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態５：少なくとも５種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１～４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態６：少なくとも６種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１～５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７：少なくとも７種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１～６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８：少なくとも８種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１～７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態９：少なくとも９種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１～８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１０：少なくとも１０種の細菌分離株が、表１で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１～９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１１：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅからなる群より選択される少なくとも２種の細菌分離株を含み、少なくとも２種の細菌分離株が、異なるドナーの便試料から分離される、医薬組成物。

実施形態１２：Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅが、配列番号２２または配列番号２３の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１に記載の医薬組成物。

実施形態１３：Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒが、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１または実施形態１２に記載の医薬組成物。

実施形態１４：Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅが、配列番号８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１～１３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１５：少なくとも２種の細菌分離株が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含まない、実施形態１１～１３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１６：少なくとも２種の細菌分離株が、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含まない、実施形態１１、実施形態１２、実施形態１３、または実施形態１４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１７：少なくとも２種の細菌分離株が、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含まない、実施形態１１、実施形態１３、または実施形態１４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１８：少なくとも２種の細菌分離株が、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含まない、実施形態１１～１４または実施形態１７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種をさらに含む、実施形態１８に記載の医薬組成物。

実施形態２０：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍのそれぞれをさらに含む、実施形態１９に記載の医薬組成物。

実施形態２１：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１９または実施形態２０に記載の医薬組成物。

実施形態２２：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１９～２１のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２３：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１９～２２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２４：Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍが、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１９～２３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２５：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種をさらに含む、実施形態18に記載の医薬組成物。

実施形態２６：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む、実施形態25に記載の医薬組成物。

実施形態２７：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５または実施形態２６に記載の医薬組成物。

実施形態２８：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５～２７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２９：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５～２８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３０：Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓが、配列番号３と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５～２９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３１：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５～３０のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３２：複数の細菌分離株が、ＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍおよびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓの少なくとも１種を含まない、実施形態２５に記載の医薬組成物。

実施形態３３：複数の細菌分離株が、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍを含まない、実施形態３２に記載の医薬組成物。

実施形態３４：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む、実施形態１８に記載の医薬組成物。

実施形態３５：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３４に記載の医薬組成物。

実施形態３６：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３４に記載の医薬組成物。

実施形態３７：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３４～３６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３８：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３４～３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３９：Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍが、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３４～３８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態４０：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３４～３９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態４１：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態１８に記載の医薬組成物。

実施形態４２：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む、実施形態４１に記載の医薬組成物。

実施形態４３：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４１または実施形態４２に記載の医薬組成物。

実施形態４４：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４１または実施形態４２に記載の医薬組成物。

実施形態４５：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４１～４４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態４６：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４１～４５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態４７：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、およびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態18に記載の医薬組成物。

実施形態４８：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、およびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓのそれぞれをさらに含む、実施形態47に記載の医薬組成物。

実施形態４９：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４７または実施形態４８に記載の医薬組成物。

実施形態５０：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４７または実施形態４８に記載の医薬組成物。

実施形態５１：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４７～５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態５２：Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓが、配列番号３と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態４７～５１のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態５３：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種をさらに含む、実施形態１８に記載の医薬組成物。

実施形態５４：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉのそれぞれをさらに含む、実施形態５３に記載の医薬組成物。

実施形態５５：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５３または実施形態５４に記載の医薬組成物。

実施形態５６：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５３または実施形態５４に記載の医薬組成物。

実施形態５７：Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍが、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５３～５６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態５８：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５３～５７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態５９：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態１８に記載の医薬組成物。

実施形態６０：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む、実施形態５９に記載の医薬組成物。

実施形態６１：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５９または実施形態６０に記載の医薬組成物。

実施形態６２：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５９または実施形態６０に記載の医薬組成物。

実施形態６３：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５９～６２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態６４：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態５９～６３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態６５：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態１８に記載の医薬組成物。

実施形態６６：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む、実施形態６５に記載の医薬組成物。

実施形態６７：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態６５または実施形態６６に記載の医薬組成物。

実施形態６８：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態６５または実施形態６６に記載の医薬組成物。

実施形態６９：Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍが、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態６５～６８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７０：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態６５～６９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７１：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態６５～６９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７２：少なくとも２種の細菌分離株が、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含む、実施形態１１に記載の医薬組成物。

実施形態７３：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態７２に記載の医薬組成物。

実施形態７４：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓのそれぞれをさらに含む、実施形態７２または実施形態７３に記載の医薬組成物。

実施形態７５：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態７２～７４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７６：Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓが、配列番号３と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態７２～７５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７７：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態７２～７６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７８：Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓが、配列番号１７と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態７２～７７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態７９：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、またはＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種を含まない、実施形態１～１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８０：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株が、ＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、ならびにＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む、医薬組成物。

実施形態８１：複数の細菌分離株が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、およびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種をさらに含む、実施形態８０に記載の医薬組成物。

実施形態８２：複数の細菌分離株が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、およびＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓのそれぞれを含む、実施形態８０または実施形態８１に記載の医薬組成物。

実施形態８３：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態８０～８２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８４：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態８０～８３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８５：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態８０～８４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８６：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態８０～８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８７：Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅが、配列番号８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態８０～８６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８８：Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓが、配列番号３少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態８０～８７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態８９：複数の細菌分離株が、ＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓおよびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍの少なくとも１種を含まない、実施形態８０～８９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態９０：複数の細菌分離株が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉのそれぞれ含み、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＢｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍをさらに含む、実施形態８０に記載の医薬組成物。

実施形態９１：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓが、配列番号１９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態９０に記載の医薬組成物。

実施形態９２：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態９０または実施形態９１に記載の医薬組成物。

実施形態９３：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、配列番号１または配列番号７の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態９０～９２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態９４：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態９０～９３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態９５：Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅが、配列番号８と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態９０～９４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態９６：Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍが、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態９０～９５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態９７：複数の細菌分離株の１種または複数が、組成物を投与される対象の腸中で短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を分泌する、実施形態１～９６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態９８：ＳＣＦＡが、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、実施形態９７に記載の医薬組成物。

実施形態９９：ＳＣＦＡが、酪酸である、実施形態９７または実施形態９８に記載の医薬組成物。

実施形態１００：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも５ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０１：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも１０ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０２：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも１５ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０３：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも２０ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０４：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも２５ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０５：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも３０ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０６：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも３５ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０７：１種または複数の細菌分離株により２４時間にわたり産生される酪酸のレベルが、少なくとも４０ｍＭである、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０８：少なくとも１種のＳＣＦＡを産生する１種または複数の細菌分離株が、表２で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態９９に記載の医薬組成物。

実施形態１０９：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株が、ＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅならびにＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの少なくとも１種を含む細菌分離株を含む、医薬組成物。

実施形態１１０：複数の細菌分離株が、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの両方を含む、実施形態１０９に記載の医薬組成物。

実施形態１１１：複数の細菌分離株が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓまたはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態１１０に記載の医薬組成物。

実施形態１１２：複数の細菌分離株が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓのそれぞれをさらに含む、実施形態１１１に記載の医薬組成物。

実施形態１１３：Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅが、配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１または実施形態１１２に記載の医薬組成物。

実施形態１１４：Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａが、配列番号２０と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１～１１３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１１５：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉが、配列番号１５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１～１１４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１１６：Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａが、配列番号６と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１～１１５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１１７：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉが、配列番号４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１～１１６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１１８：Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．が、配列番号３４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１～１１７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１１９：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓが、配列番号１１および配列番号１６の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１～１１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１２０：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓが、配列番号１２と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１１１～１１９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１２１：複数の細菌分離株が、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの１種を含まない、実施形態１１１～１２０のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１２２：複数の細菌分離株が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含まない、実施形態１２１に記載の医薬組成物。

実施形態１２３：複数の細菌分離株が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含み、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓをさらに含む、実施形態１０９に記載の医薬組成物。

実施形態１２４：Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅが、配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３に記載の医薬組成物。

実施形態１２５：Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａが、配列番号２０と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３または実施形態１２４に記載の医薬組成物。

実施形態１２６：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉが、配列番号１５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３～１２５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１２７：Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａが、配列番号６と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３～１２６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１２８：Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍが、配列番号９と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３～１２７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１２９：Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．が、配列番号３４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３～１２８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１３０：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓが、配列番号１１および配列番号１６の少なくとも１つと少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３～１２９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１３１：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓが、配列番号１２と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１２３～１３０のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１３２：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、ならびにＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓおよびＤｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの少なくとも１種を含む、医薬組成物。

実施形態１３３：複数の細菌分離株が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、およびＢｌａｕｔｉａｓｐ．の少なくとも１種をさらに含む、実施形態１３２に記載の医薬組成物。

実施形態１３４：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、およびＢｌａｕｔｉａｓｐ．のそれぞれをさらに含む、実施形態１３３に記載の医薬組成物。

実施形態１３５：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉが、配列番号１５と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１３３または実施形態１３４に記載の医薬組成物。

実施形態１３６：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓが、配列番号１１と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１３３～１３５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１３７：Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａが、配列番号６と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１３３～１３６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１３８：Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａが、配列番号２０と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１３３～１３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１３９：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓが、配列番号１２と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１３３～１３８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１４０：Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．が、配列番号３４と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１３３～１３９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１４１：複数の細菌分離株が、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓまたはＤｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの１種を含まない、実施形態１３３～１４０のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１４２：複数の細菌分離株が、表３で与えられる少なくとも１種の細菌分離株を含む、実施形態１～１４１のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１４３：少なくとも１種の細菌分離株が、真核細胞によるサイトカイン産生または放出を調節する、実施形態１４２に記載の医薬組成物。

実施形態１４４：少なくとも１種の細菌分離株が、真核細胞による炎症促進性サイトカインの産生または放出を低減する、実施形態１４３に記載の医薬組成物。

実施形態１４５：炎症促進性サイトカインが、ＩＦＮγ、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１（例えば、ＩＬ－１α、ＩＬ－１β）、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１２、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８、ＩＬ－２３、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、ＴＮＦα、ＴＮＦ－γ、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、実施形態１４４に記載の医薬組成物。

実施形態１４６：少なくとも１種の細菌分離株が、真核細胞による炎症促進性サイトカインの産生または放出を増加させる、実施形態１４３～１４５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１４７：抗炎症性サイトカインが、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＴＧＦ－β、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、実施形態１４６に記載の医薬組成物。

実施形態１４８：抗炎症性サイトカインが、ＩＬ－１０である、実施形態１４７に記載の医薬組成物。

実施形態１４９：少なくとも１種の細菌分離株が、少なくとも５００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する、実施形態１４８に記載の医薬組成物。

実施形態１５０：少なくとも１種の細菌分離株が、少なくとも１０００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する、実施形態１４８に記載の医薬組成物。

実施形態１５１：少なくとも１種の細菌分離株が、少なくとも１５００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する、実施形態１４８に記載の医薬組成物。

実施形態１５２：少なくとも１種の細菌分離株が、少なくとも２０００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する、実施形態１４８に記載の医薬組成物。

実施形態１５３：少なくとも１種の細菌分離株が、少なくとも２５００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する、実施形態１４８に記載の医薬組成物。

実施形態１５４：少なくとも１種の細菌分離株が、少なくとも３０００ｐｇ／ｍｌのＩＬ－１０を産生または放出するように真核細胞を誘導する、実施形態１４８に記載の医薬組成物。

実施形態１５５：真核細胞が、培養細胞である、実施形態１４２～１５４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１５６：培養細胞が、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）である、実施形態１５５に記載の医薬組成物。

実施形態１５７：真核細胞が、組成物を投与された対象の細胞である、実施形態１４２～１６８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１５８：対象の細胞が、上皮細胞、腸粘膜固有層細胞、内皮細胞、線維芽細胞、間質細胞、マクロファージ、Ｂリンパ球、Ｔリンパ球、マスト細胞、および末梢血単核球（ＰＢＭＣ）からなる群より選択される、実施形態１５７に記載の医薬組成物。

実施形態１５９：対象の細胞が、上皮細胞であり、上皮細胞が、腸内上皮細胞である、実施形態１５８に記載の医薬組成物。

実施形態１６０：医薬組成物が、経口投与用のカプセルとして処方される、実施形態１～１５９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１６１：カプセルが、遅延放出コーティングを含む、実施形態１６０に記載の医薬組成物。

実施形態１６２：カプセルが、疎水性コーティングを含む、実施形態１６０または実施形態１６１に記載の医薬組成物。

実施形態１６３：医薬組成物が、腸への混合物の送達用に処方される、実施形態１６０～１６２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１６４：医薬組成物が、小腸への混合物の送達用に処方される、実施形態１６３に記載の医薬組成物。

実施形態１６５：組成物が、大腸への混合物の送達用に処方される、実施形態１６３または実施形態１６４に記載の医薬組成物。

実施形態１６６：混合物が、凍結乾燥される、実施形態１～１６５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１６７：医薬組成物が、薬学的に許容可能な抗酸化剤、凍結保護物質、凍結乾燥保護剤、結合剤、崩壊剤、賦形剤、充填剤、防腐剤、酸抑制剤、制酸薬、Ｈ２拮抗薬、および／またはプロトンポンプ阻害剤の少なくとも１種をさらに含む、実施形態１～１６６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１６８：それを必要としている対象における腸内菌共生バランス失調に関連する障害を治療または予防する方法であって、実施形態１～１６７のいずれか１つの医薬組成物を対象に投与することを含む、方法。

実施形態１６９：障害が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、抗生物質誘発性有害作用、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、実施形態１６８に記載の医薬組成物。

実施形態１７０：それを必要としている対象における過敏性腸症候群を治療または予防する方法であって、複数の細菌分離株を対象に投与することを含み、細菌分離株の１種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種が、異なるドナーの便試料から分離される、方法。

実施形態１７１：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号２６と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７０に記載の方法。

実施形態１７２：複数の細菌分離株が、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓをさらに含む、実施形態１７０または実施形態１７１に記載の方法。

実施形態１７３：細菌分離株の混合物を含む医薬組成物を製造する方法であって、第１の細菌分離株により産生される短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルに基づいて第１の細菌分離株を選択すること；炎症性腸疾患を有する対象に対する健康なヒト対象中の対応する菌株の相対存在量に基づいて第２の細菌分離株を選択することであって、第２の細菌分離株が対応する菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、選択すること；および第１と第２の細菌分離株を組み合わせて細菌分離株の混合物を製造すること、を含む、方法。

実施形態１７４：第１の細菌分離株が、表２で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７３に記載の方法。

実施形態１７５：第２の細菌分離株が、表４で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７３または実施形態１７４に記載の方法。

実施形態１７６：細菌分離株によるサイトカインレベルの調節に基づいて第３の細菌分離株を選択することをさらに含む、実施形態１７３～１７５のいずれか１つに記載の方法。

実施形態１７７：第３の細菌分離株が、表３で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７６に記載の方法。

実施形態１７８：第１の機能アッセイで真核細胞の集団とインキュベートされた場合少なくとも５０のＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比または少なくとも１のＩＬ－１０：ＴＮＦαの比の少なくとも１つを誘導する第１のヒト由来細菌分離株：および第２の機能アッセイで測定される少なくとも１０ｍＭの濃度で短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生する第２のヒト由来細菌分離株を含む、医薬組成物であって、第１と第２の細菌分離株が、対象への医薬組成物の投与後に対象の腸中に生着できる、医薬組成物。

実施形態１７９：ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比が、少なくとも１００である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８０：ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比が、少なくとも５００である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８１：ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比が、少なくとも１０００である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８２：ＩＬ－１０：ＩＬ－１２の比が、少なくとも２０００である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８３：ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比が、少なくとも２である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８４：ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比が、少なくとも５である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８５：ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比が、少なくとも１０である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８６：ＩＬ－１０：ＴＮＦαの比が、少なくとも２０である、実施形態１７８に記載の医薬組成物。

実施形態１８７：真核細胞の集団が、ＰＢＭＣ集団を含む、実施形態１７９～１８６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１８８：第１のヒト由来細菌分離株が、約２４時間にわたり真核細胞の集団とインキュベートされる、実施形態１７９～１８７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１８９：ＳＣＦＡが、酪酸である、実施形態１７８～１８８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９０：ＳＣＦＡが、少なくとも２０ｍＭの濃度で産生される、実施形態１７８～１８９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９１：ＳＣＦＡが、少なくとも２５ｍＭの濃度で産生される、実施形態１７８～１９０のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９２：ＳＣＦＡが、少なくとも３０ｍＭの濃度で産生される、実施形態１７８～１９１のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９３：ＳＣＦＡが、少なくとも３５ｍＭの濃度で産生される、実施形態１７８～１９２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９４：第２の機能アッセイが、第２の細菌分離株を基質とインキュベートすることを含む、実施形態１７８～１９３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９５：基質が、オリゴ糖、サンファイバー、または大麦麦芽の少なくとも１種を含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。

実施形態１９６：オリゴ糖が、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）およびキシロオリゴ糖（ＸＯＳ）の少なくとも１種を含む、実施形態１９５に記載の医薬組成物。

実施形態１９７：基質が、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）およびキシロオリゴ糖（ＸＯＳ）の両方を含む、実施形態１９６に記載の医薬組成物。

実施形態１９８：第２の細菌分離株が、表２で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７８～１９６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態１９９：第２の細菌分離株が、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｓｐ．を含む、実施形態１７８～１９８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２００：Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｓｐ．が、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓである、実施形態１９９に記載の医薬組成物。

実施形態２０１：第２の細菌分離株が、配列番号３に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７８～２００のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２０２：第２の細菌分離株が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．を含む、実施形態１７８～２０１のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２０３：Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｓｐ．が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓである、実施形態２０２に記載の医薬組成物。

実施形態２０４：第２の細菌分離株が、配列番号１９に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７８～２０３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２０５：第２の細菌分離株が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．を含む、実施形態１７８～２０４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２０６：Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅである、実施形態２０５に記載の医薬組成物。

実施形態２０７：第２の細菌分離株が、配列番号８に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７８～２０６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２０８：第２の細菌分離株が、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．を含む、実施形態１７８～２０７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２０９：Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．が、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓである、実施形態２０８に記載の医薬組成物。

実施形態２１０：第２の細菌分離株が、配列番号１７に対応する配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７８～２０９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２１１：第１の細菌分離株が、表３で与えられる細菌分離株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態１７８～１９６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２１２：ＳＣＦＡが、酪酸である、実施形態１７３～１７７のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２１３：第１の細菌分離株が、少なくとも２０ｍＭの酪酸のレベルの産生に基づいて選択される、実施形態１９８に記載の方法。

実施形態２１４：それを必要としている対象に実施形態１７８～１９９のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含む、炎症性腸疾患を治療する方法。

実施形態２１５：第１の細菌分離株と第２の細菌分離株の少なくとも１種の投与量が、１０^１０細胞／ｍｌ未満である、実施形態２００に記載の方法。

実施形態２１６：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、ならびにＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種を含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種が、異なるドナーの便試料から分離される、医薬組成物。

実施形態２１７：複数の細菌分離株が、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓを含む、実施形態２１６に記載の医薬組成物。

実施形態２１８：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む、実施形態２１７に記載の医薬組成物。

実施形態２１９：複数の細菌分離株が、種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのそれぞれのメンバーである２種の異なる細菌分離株を含む、実施形態２１８に記載の医薬組成物。

実施形態２２０：複数の細菌分離株が、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅを含む、実施形態２１８に記載の医薬組成物。

実施形態２２１：複数の細菌分離株が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含む、実施形態２１９に記載の医薬組成物。

実施形態２２２：複数の細菌分離株が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅを含む、実施形態２２０に記載の医薬組成物。

実施形態２２３：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株が、種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのそれぞれのメンバーである２種の異なる細菌分離株を含む、医薬組成物。

実施形態２２４：２種の異なる細菌分離株が、異なるヒトドナーの便試料から分離される、実施形態２２３に記載の組成物。

実施形態２２５：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種をさらに含む、実施形態２２３に記載の組成物。

実施形態２２６：複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれをさらに含む、実施形態２２３に記載の組成物。

実施形態２２７：それを必要としている対象における過敏性腸症候群を治療または予防する方法であって、複数の細菌分離株を対象に投与することを含み、細菌分離株の１種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種が、異なる医薬組成物中で対象に投与される、方法。

実施形態２２８：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種をさらに含む、実施形態２２７に記載の方法。

実施形態２２９：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれをさらに含む、実施形態２２７に記載の方法。

実施形態２３０：複数の細菌分離株が、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれ、および種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのそれぞれメンバーである２種の異なる細菌分離株をさらに含む、実施形態２２７に記載の方法。

実施形態２３１：純粋培養としてＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを培養すること；およびＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓの純粋培養物由来の細菌を凍結乾燥してＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ凍結乾燥物を製造すること、を含む、製造方法。

実施形態２３２：Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ凍結乾燥物を第２の凍結乾燥物と組み合わせることをさらに含み、第２の凍結乾燥物が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種の純粋培養物由来の細菌を凍結乾燥することにより製造される、実施形態２３１に記載の方法。

実施形態２３３：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株の第１の細菌分離株の細胞の量が、複数の細菌分離株の第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１％多く、複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａからなる群より選択される、医薬組成物。

実施形態２３４：第１の細菌分離株の細胞の量が、第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１０％多い、実施形態２３３に記載の医薬組成物。

実施形態２３５：第１の細菌分離株が、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの１種を含む、実施形態２３３または実施形態２３４に記載の医薬組成物。

実施形態２３６：第２の細菌分離株が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１種を含む、実施形態２３３または２３４に記載の医薬組成物。

実施形態２３７：第１と第２の細菌分離株のそれぞれが、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む、実施形態２３３または実施形態２３４に記載の医薬組成物。

実施形態２３８：第１の細菌分離株が、配列番号７と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２３７に記載の医薬組成物。

実施形態２３９：第２の細菌分離株が、配列番号１と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２３７または実施形態２３８に記載の医薬組成物。

実施形態２４０：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株の第１の細菌分離株の細胞の量が、複数の細菌分離株の第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１％多く、第１と第２の細菌分離株のそれぞれが、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む、医薬組成物。

実施形態２４１：第１の細菌分離株の細胞の量が、第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１０％多い、実施形態２４０に記載の医薬組成物。

実施形態２４２：第１の細菌分離株が、配列番号７と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２４０または実施形態２４１に記載の医薬組成物。

実施形態２４３：第２の細菌分離株が、配列番号１と少なくとも９５％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２４０～２４２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２４４：細菌分離株を含む医薬組成物であって、細菌分離株が、（ｉ）潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者群よりも健康な対象の群で豊富である、および／または（ｉｉ）便細菌叢移植患者群のそれぞれの患者の治療後の患者群における１つまたは複数のＵＣ症状の臨床的寛解と相関する、のいずれかである菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含み、菌株の横断結合ｐ値が、１ｘ１０^－１０未満である、医薬組成物。

実施形態２４５：細菌分離株が、菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２４４に記載の医薬組成物。

実施形態２４６：細菌分離株が、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む、実施形態２４４または実施形態２４５に記載の医薬組成物。

実施形態２４７：菌株の横断結合ｐ値が、１ｘ１０^－１４未満である、実施形態２４４～２４６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２４８：細菌分離株が、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む、実施形態２４４～２４７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２４９：菌株の横断結合ｐ値が、１ｘ１０^－２０未満である、実施形態２４４～２４８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２５０：細菌分離株が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉを含む、実施形態２４４～２４９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２５１：Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉが、配列番号１８と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５０に記載の医薬組成物。

実施形態２５２：それを必要としている対象に実施形態２１６～２５２のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含む炎症性腸疾患を治療する方法。

実施形態２５３：それを必要としている対象における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を治療または予防する方法であって、複数の細菌分離株を含む医薬組成物を対象に投与することを含み、複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、ならびにＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも２種を含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種が、異なるヒトドナーの便試料から分離される、方法。

実施形態２５４：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４および／または２６のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６Ｓリボソームリボ核酸（ｒＲＮＡ）配列を含む、請求項２５３に記載の方法。

実施形態２５５：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの２種を含む、実施形態２５３または実施形態２５４に記載の方法。

実施形態２５６：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの３種を含む、実施形態２５３～２５５のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２５７：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの４種を含む、実施形態２５３～２５６のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２５８：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの５種を含む、実施形態２５３～２５７のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２５９：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの６種を含む、実施形態２５３～２５８のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６０：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれを含む、実施形態２５３～２５９のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６１：複数の細菌分離株が、配列番号１、２、７、１８、１９、２０、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５３～２６０のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６２：複数の細菌分離株が；（ａ）配列番号１および／または７のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ；（ｂ）配列番号２のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列；（ｃ）配列番号１９のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列；（ｄ）配列番号２０のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列；（ｅ）配列番号１８のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列；（ｆ）配列番号２２および／または２３のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列；および／または（ｇ）配列番号８のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列、を含む、実施形態２５３～２６１のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６３：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む少なくとも２種の細菌分離株を含み、少なくとも２種の細菌分離株が、異なる１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２５３～２６２のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６４：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む少なくとも２種の細菌分離株が、配列番号１および／または７のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２６３に記載の方法。

実施形態２６５：複数の細菌分離株が、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態２５３～２６４のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６６：複数の細菌分離株が、配列番号３、１１、１６、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する少なくとも１つの１６ＳｒＲＮＡ配列をさらに含む、実施形態２６５に記載の方法。

実施形態２６７：複数の細菌分離株が、凍結乾燥された細菌を含む、実施形態２５３～２６６のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６８：複数の細菌分離株が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉを含まない、実施形態２５３～２６７のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２６９：医薬組成物が、便試料、またはその最小限処理バージョンでない、実施形態２５３～２６８のいずれか１つに記載の方法。

実施形態２７０：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、ならびにＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種を含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種が、異なるヒトドナーの便試料から分離される、医薬組成物。

実施形態２７１：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４および／または２６のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６Ｓリボソームリボ核酸（ｒＲＮＡ）配列を含む、請求項２７０に記載の医薬組成物。

実施形態２７２：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの２種を含む、実施形態２７０または実施形態２７１に記載の医薬組成物。

実施形態２７３：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの３種を含む、実施形態２７０～２７２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２７４：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの４種を含む、実施形態２７０～２７３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２７５：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの５種を含む、実施形態２７０～２７４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２７６：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの６種を含む、実施形態２７０～２７５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２７７：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅのそれぞれを含む、実施形態２７０～２７６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２７８：複数の細菌分離株が、配列番号１、２、７、１８、１９、２０、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２７０～２７７のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２７９：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む少なくとも２種の細菌分離株を含み、少なくとも２種の細菌分離株が、異なる１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２７０～２７８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２８０：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む少なくとも２種の細菌分離株が、配列番号１および／または７のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２７０～２７９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２８１：複数の細菌分離株が、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓの少なくとも１種をさらに含む、実施形態２７０～２８０のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２８２：複数の細菌分離株が、配列番号３、１１、１６、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する少なくとも１つの１６ＳｒＲＮＡ配列をさらに含む、実施形態２８１に記載の医薬組成物。

実施形態２８３：微生物混合物を含む医薬組成物であって、微生物混合物が、種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の少なくとも２種の細菌分離株を含み、少なくとも２種の細菌分離株が、異なるヒトドナーの便試料から分離される、医薬組成物。

実施形態２８４：種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の２種の細菌分離株が、配列番号１および／または７のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２８３に記載の医薬組成物。

実施形態２８５：種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の２種の細菌分離株が、異なる１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２８３または実施形態２８４に記載の医薬組成物。

実施形態２８６：種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の２種の細菌分離株が、配列番号１および／または７のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２８３～２８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２８７：微生物混合物が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種をさらに含む、実施形態２８３～２８６のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２８８：微生物混合物が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも２種、または少なくとも３種、または少なくとも４種、または少なくとも５種、または少なくとも６種、または少なくとも７種、またはこれらのそれぞれを含む、実施形態２８７に記載の医薬組成物。

実施形態２８９：微生物混合物が、配列番号１、２、７、８、１４、１８、１９、２０、２２、２３、および２６から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２８７または実施形態２８８に記載の医薬組成物。

実施形態２９０：微生物混合物を含む医薬組成物であって、微生物混合物が、（ｉ）種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の少なくとも２種の細菌分離株；および（ｉｉ）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、ＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅから選択される少なくとも１種の細菌分離株、を含む、医薬組成物。

実施形態２９１：種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の少なくとも２種の細菌分離株が、配列番号１および／または７のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２９０に記載の医薬組成物。

実施形態２９２：種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の少なくとも２種の細菌分離株が、異なる１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２９０または実施形態２９１に記載の医薬組成物。

実施形態２９３：種Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ由来の少なくとも２種の細菌分離株が、配列番号１および／または７のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２９０～２９２のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２９４：微生物混合物が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも２種、または少なくとも３種、または少なくとも４種、または少なくとも５種、または少なくとも６種、またはこれらのそれぞれを含む、実施形態２９０～２９３のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２９５：微生物混合物が、配列番号、２、８、１４、１８、１９、２０、２２、２３、および２６から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２９０～２９４のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態２９６：複数の細菌分離株を含む医薬組成物であって、複数の細菌分離株の第１の細菌分離株の細胞の量が、複数の細菌分離株の第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１％多く、複数の細菌分離株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａから選択される、医薬組成物。

実施形態２９７：微生物混合物が、配列番号１、２、７、８、１４、１８、１９、２０、および２６から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態２９６に記載の医薬組成物。

実施形態２９８：第１の細菌分離株の細胞の量が、第２の細菌分離株の細胞の量より少なくとも１０％多い、実施形態２９６または実施形態２９７に記載の医薬組成物。

実施形態２９９：第１の細菌分離株が、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの１種を含み、第２の細菌分離株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１種を含む、実施形態２９６～２９８のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３００：複数の細菌分離株が、凍結乾燥された細菌を含む、実施形態２７０～２９９のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３０１：複数の細菌分離株が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉを含まない、実施形態２７０～３００のいずれか１つに記載の医薬組成物。

実施形態３０２：医薬組成物が、便試料、またはその最小限処理バージョンでない、実施形態２７０～３０１のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３０３：細菌分離株を調製する方法であって、（ｉ）（ａ）健康な対象、（ｂ）潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者、および（ｃ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後に１種または複数のＵＣ症状の臨床的寛解を有する患者、由来の糞便物質からの細菌分離株を用意すること、（ｉｉ）細菌分離株由来の１６ＳｒＲＮＡ配列を分析すること、および（ｉｉｉ）（ａ）潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者群に比べて健康な対象群で豊富である；および／または（ｂ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の１種または複数のＵＣ症状の臨床的寛解と相関する、菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む細菌分離株を調製すること、を含み、細菌分離株の横断結合ｐ値が、１ｘ１０^－１４未満である、方法。

実施形態３０４：細菌分離株が、菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３０３に記載の方法。

実施形態３０５：細菌分離株が、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む、実施形態３０３または３０４に記載の方法。

実施形態３０６：微生物混合物が、配列番号２および１８のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３０３～３０５のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３０７：潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者群に比べて健康な対象群で豊富な第１の菌株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、実施形態３０３～３０６のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３０８：潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者群に比べて健康な対象群で豊富な第１の菌株が、配列番号１、２、３、４、７、８、９、１１、１２、１４、１５、１６、１８、２０、２１、２２、２３、３４、３５、３６、および３７から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３０３～３０７のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３０９：便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の１種または複数のＵＣ症状の臨床的寛解と相関する第１の菌株が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含まない；またはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含まない、実施形態３０３～３０８のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３１０：便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の１種または複数のＵＣ症状の臨床的寛解と相関する第１の菌株が、配列番号１５のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含むが、配列番号１８、３５、３６または３７から選択されるヌクレオチド配列を含まない；または配列番号３５～３７から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を有するが、配列番号１５および１８から選択されるヌクレオチド配列を含まない、実施形態３０３～３０９のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３１１：（ｉｖ）糞便試料由来のヒト由来細菌分離株を用意すること；（ｖ）（ａ）真核細胞集団をヒト由来細菌分離株と接触させること、（ｂ）真核細胞集団中のサイトカインのレベルを測定すること、および（ｃ）真核細胞集団中のサイトカインレベルの調節をできるとして細菌分離株を特定すること、を含む機能アッセイを実施することを含む第１の機能アッセイを実施すること、を含む第３の細菌分離株を選択することをさらに含む、実施形態３０３～３１０のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３１２：真核細胞集団が、ＰＢＭＣ集団を含む、実施形態３１１に記載の方法。

実施形態３１３：サイトカインが、ＩＬ－１０、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２３、およびＩＬ－１２から選択される、実施形態３１１または実施形態３１２に記載の方法。

実施形態３１４：第３の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、実施形態３１１～３１３のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３１５：第３の細菌分離株が、配列番号１、２、３、７、１１、１６、１８、２０、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３１１～３１４のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３１６：微生物混合物を含む医薬組成物の調製方法であって、（ｉ）糞便試料からのヒト由来細菌分離株を用意すること；（ｉｉ）（ａ）真核細胞集団をヒト由来細菌分離株と接触させること、（ｂ）ＩＬ－１０：ＩＬ－１２比およびＩＬ－１０：ＴＮＦα比を測定すること、および（ｃ）真核細胞集団と共にインキュベートした場合に少なくとも約５０：１のＩＬ－１０：ＩＬ－１２比または少なくとも約１：１のＩＬ－１０：ＴＮＦα比を誘導できる第１の細菌分離株を特定すること、を含む第１の機能アッセイを実施すること；（ｉｉｉ）（ａ）ヒト由来細菌分離株を培地とインキュベートすること、（ｂ）培地中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を測定すること、および（ｃ）少なくとも約１０ｍＭの濃度でＳＣＦＡを産生できる第２の細菌分離株を特定すること、を含む第２の機能アッセイを実施すること、および（ｉＶ）（ａ）第１の機能アッセイで真核細胞集団とインキュベートする場合、少なくとも約５０のＩＬ－１０：ＩＬ－１２比または少なくとも約１のＩＬ－１０：ＴＮＦα比を誘導できる第１の細菌分離株、および（ｂ）第２の機能アッセイで測定される、少なくとも約１０ｍＭの濃度で短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生できる第２の細菌分離株、を含む微生物混合物を調製すること、を含み、第１と第２の細菌分離株が、医薬組成物の対象への投与後に対象の腸中で生着する、方法。

実施形態３１７：第１の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、実施形態３１６に記載の方法。

実施形態３１８：第１の細菌分離株が、配列番号１、２、３、７、１１、１２、１６、１７、１８、２０、２２、および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３１６または実施形態３１７に記載の方法。

実施形態３１９：真核細胞集団が、ＰＢＭＣ集団を含む、実施形態３１６～３１８のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３２０：ＳＣＦＡが、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸、およびこれらの任意の２種以上から選択される、実施形態３１６～３１９のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３２１：ＳＣＦＡが、酪酸である、実施形態３１６～３２０のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３２２：第２の細菌分離株が、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、実施形態３１６～３２１のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３２３：第２の細菌分離株が、配列番号１、２、３、７、８、１７、１９、２２および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３１６～３２２のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３２４：それを必要としている対象における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を治療または予防する方法であって、複数の細菌分離株を対象に投与することを含み、細菌分離株の１種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含み、複数の細菌分離株の少なくとも２種が、異なるドナーの便試料から分離される、方法。

実施形態３２５：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種をさらに含む、実施形態３２４に記載の方法。

実施形態３２６：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも２種、または少なくとも３種、または少なくとも４種、または少なくとも５種、またはこれらのそれぞれを含む、実施形態３２５に記載の方法。

実施形態３２７：複数の細菌分離株が、配列番号１、２、７、８、１８、１９、および２０から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３２５または実施形態３２６に記載の方法。

実施形態３２８：それを必要としている対象における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を治療または予防する方法であって、対象にＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを含む第１の細菌分離株を含む第１の医薬組成物を投与すること、および第２の細菌分離株を含む第２の医薬組成物を対象に投与すること、を含む方法。

実施形態３２９：第１および／または第２の細菌分離株の少なくとも１種が、凍結乾燥される、実施形態３２８に記載の方法。

実施形態３３０：第１の医薬組成物が、配列番号１４および／または２６のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項３２８または実施形態３２９に記載の方法。

実施形態３３１：第２の医薬組成物が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも１種を含む、実施形態３２８～３３０のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３３２：複数の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅの少なくとも２種、または少なくとも３種、または少なくとも４種、または少なくとも５種、またはこれらのそれぞれを含む、実施形態３３１に記載の方法。

実施形態３３３：第２の医薬組成物が、配列番号１、２、７、８、１８、１９、および２０から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３２８～３３２のいずれか１つに記載の方法。

実施形態３３４：純粋培養としてＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを培養すること；およびＢ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓの純粋培養物由来の細菌を凍結乾燥して、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ凍結乾燥物を製造すること、を含む、組成物を製造する方法。

実施形態３３５：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓが、配列番号１４および／または２６のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項３３４に記載の方法。

実施形態３３６：Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ凍結乾燥物を第２の凍結乾燥物と混合することをさらに含み、第２の凍結乾燥物が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅから選択される少なくとも１種の細菌分離株を含む、実施形態３３４または実施形態３３５に記載の方法。

実施形態３３７：第２の凍結乾燥物が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅから選択される細菌分離株の少なくとも２種、または少なくとも３種、または少なくとも４種、または少なくとも５種、または少なくとも６種、またはこれらのそれぞれを含む、実施形態３３６に記載の方法。

実施形態３３８：第２の凍結乾燥物が、配列番号１、２、７、８、１８、１９、２０、２２、および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、実施形態３３０～３３７のいずれか１つに記載の方法。

実施例
本明細書の実施例は、本発明の技術の利点と利益を例示し、当業者の本発明の技術の組成物の調製または使用をさらに支援するために提供されている。本明細書の実施例はまた、本発明の技術の好ましい態様をより完全に説明するために提示されている。これらの実施例は、いかなる観点からも、添付の特許請求の範囲により定められる本発明の範囲を制限するものと解釈されるべきではない。これらの実施例は、上述の本発明の技術のいずれの変形例、態様または実施形態も包含し、組み込むことができる。上述の変形例、態様または実施形態はまた、本発明の技術のいずれのまたは全ての他の変形例、態様または実施形態の変化をさらにそれぞれ包含するまたは組み込んでよいる。

実施例１：細菌分離株の分離および増殖
候補ヒトドナーからの便試料を採取し、病原体の存在に関しスクリーニングした。便試料が病原体を含まなかった６人のドナーが選択された。ドナー便はその後、ワールパック（登録商標）フィルターバッグ中に集められ、緩衝液（１２．５％グリセロールおよび０．９％ＰＢＳ、ｐＨ７．４）中に懸濁され、ホモジナイズされた。濾液を、０．０５％システイン含有ＰＢＳで約１０^３ｘに希釈し、固体分離培地（ＩＭ；それぞれの株に関しては下記を参照）に播種、またはＩＭブロス中に接種し、嫌気性条件下で増殖させた。細菌分離株を、細菌コロニーから採取することにより培養皿から精製し、および限界希釈することによりＩＭブロスから精製した。精製すると、各細菌分離株を、さらなるキャラクタリゼーションのために、ＩＭブロス中、嫌気性条件下で増殖させ、一定分量を、２０％グリセロール中、－８０℃で凍結して、ストックを作成した。
株のための分離培地（ＩＭ）
次のＩＭを使用して、この試験で使用する株を培養した。それぞれの場合で、ブロス中での培養のために、寒天を省いた。
１．複合腸培地（ＣＧＭ）
ＣＧＭを使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ（例えば、配列番号４を有する細菌分離株、これは、疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（「ドナーＥ」）の便から分離された）
－Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ（例えば、配列番号１１または配列番号１６を有する細菌分離株；これらは、疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（それぞれ「ドナーＫ」および「ドナーＥ」）の便からそれぞれ分離された）。
配合（リットル当たり）：
トリプトン２ｇ
カゼイン由来ペプトン２ｇ
酵母抽出物１ｇ
Ｄ－グルコース０．４ｇ
Ｌ－システイン０．５ｇ
Ｄ－（＋）－セロビオース１ｇ
Ｄ－（＋）－マルトース１ｇ
Ｄ－（＋）－フルクトース１ｇ
肉抽出物５ｇ
ＭｇＳＯ_４・７Ｈ_２Ｏ０．００２５ｇ
ＮａＨＣＯ_３０．４ｇ
ＮａＣｌ_２０．０８ｇ
リン酸緩衝食塩水１００ｍＭ
ＣａＣｌ_２０．８％
ビタミンＫ（メナジオン）５．８ｍＭ
ＦｅＳＯ_４１．４４ｍＭ
ヒスチジンヘマチン０．１％
ツイーン８００．０５％
ＡＴＣＣビタミン混合物１％
ＡＴＣＣ微量鉱物混合物１％
酢酸３０ｍＭ
イソ吉草酸１ｍＭ
プロピオン酸８ｍＭ
酪酸４ｍＭ
レサズリン４ｍＭ
寒天１．５％
最終ｐＨ７．０±０．２
２．最少ムチン培地（Ｍｉｎｍｕｃ）
最少ブチン培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ｄｏｒｅａｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ（例えば、配列番号６を有する細菌分離株、これは、疾患スクリーニングした健康なヒト（「ドナーＦ」）の便から分離された）。
配合（リットル当たり）：
５Ｘ最少塩培地（下記参照）１１．２８ｇ
寒天１２ｇ
ブタ胃ＩＩ型由来ムチン２．５ｇ
最終ｐＨ６．８±０．２
５Ｘ最少塩培地（ＨｉＭｅｄｉａ（登録商標）Ｍ１２５３（Ｍｉｎｍｕｃ培地中で使用）
配合（リットル当たり）：
リン酸二ナトリウム３３．９ｇ
リン酸カリウム１５ｇ
塩化ナトリウム２．５ｇ
塩化アンモニウム５ｇ
３．サプリメント添加Ｖｅｇｇｉｅ脳－心臓浸出物寒天培地（ｖＢＨＩ３）
ｖＢＨＩ３培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ（例えば、配列番号２を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（「ドナーＧ」）の便から分離された）；
－Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ（例えば、配列番号１４を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（「ドナーＧ」）の便から分離された）；
－Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ（例えば、配列番号９を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（「ドナーＧ」）の便から分離された）；
－Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．（例えば、配列番号３４を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（「ドナーＨ」）の便から分離された）；
－Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｍｅｒｄａｅ（例えば、配列番号５を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＨ」）の便から分離された）。
配合（リットル当たり）：
ＨｉＶｅｇ（商標）ペプトンＮｏ．３（ＨｉＭｅｄｉａ（登録商標）ＲＭ００５Ｖ）１０ｇ
ＨｉＶｅｇ（商標）ＳｐｅｃｉａｌＩｎｆｕｓｉｏｎ（ＨｉＭｅｄｉａ（登録商標）ＲＭ１８８Ｖ）７．５ｇ
ＨｉＶｅｇ（商標）Ｉｎｆｕｓｉｏｎ（ＨｉＭｅｄｉａ（登録商標）ＲＭ１９１Ｖ）１０ｇ
デキストロース２ｇ
塩化ナトリウム５ｇ
リン酸二ナトリウム２．５ｇ
寒天１２ｇ
Ｌ－システイン０．００５ｇ
ヘミン０．０５ｍｇ
ビタミンＫ０．００２５ｍｇ
最終ｐＨ７．４±０．２
４．サプリメントおよびタウロコール酸ナトリウム添加Ｖｅｇｇｉｅ脳－心臓浸出物寒天培地（ｖＢＨＩ３＋ＮａＴａｕ）
ｖＢＨＩ３＋ＮａＴａｕ培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ（例えば、配列番号３を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＧ」）の便から分離された）；
配合（リットル当たり）：
サプリメント添加Ｖｅｇｇｉｅ脳－心臓浸出物寒天培地（ｖＢＨＩ３）のための処方を使用
＋タウロコール酸ナトリウム１ｇ
最終ｐＨ７．４±０．２
５．０．２Ｘサプリメントおよびムチン添加Ｖｅｇｇｉｅ脳－心臓浸出物寒天培地（ｖＢＨＩ３＋ムチン）
ｖＢＨＩ３＋ムチン培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ（例えば、配列番号１５を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＥ」）の便から分離された）。
配合（リットル当たり）：
ＨｉＶｅｇ（商標）ペプトンＮｏ．３（ＨｉＭｅｄｉａ（登録商標）ＲＭ００５Ｖ）２ｇ
ＨｉＶｅｇ（商標）ＳｐｅｃｉａｌＩｎｆｕｓｉｏｎ（ＨｉＭｅｄｉａ（登録商標）ＲＭ１８８Ｖ）１．５ｇ
ＨｉＶｅｇ（商標）Ｉｎｆｕｓｉｏｎ（ＨｉＭｅｄｉａ（登録商標）ＲＭ１９１Ｖ）２ｇ
デキストロース０．４ｇ
塩化ナトリウム１ｇ
リン酸二ナトリウム０．５ｇ
寒天１２ｇ
Ｌ－システイン０．００５ｇ
ヘミン０．０５ｍｇ
ビタミンＫ０．００２５ｍｇ
ブタ胃由来ムチンＩＩ型２．５ｇ
最終ｐＨ７．４±０．２
６．ルーメン添加Ｖｅｇｇｉｅ強化クロストリジウム培地（ｖＲＣＭ＋ルーメン）
ｖＲＣＭ＋ルーメン培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ（例えば、配列番号１７を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＪ」）の便から分離された）。
配合（リットル当たり）：
クロストリジウム用選択増菌ＨｉＶｅｇブロス２９ｇ
（下記を参照）。
ノーブル寒天１２ｇ
ルーメン液３０％
Ｌ－システイン０．００５ｇ
最終ｐＨ７．２±０．２
クロストリジウム用選択増菌ＨｉＶｅｇ（商標）ブロス（ＨｉＭｅｄｉａＭＶ５４９）（ｖＲＣＭ＋ルーメン培地中で使用）
配合（リットル当たり）：
ＨｉＶｅｇ（商標）ペプトン１０ｇ
ＨｉＶｅｇ（商標）抽出物１０ｇ
酵母抽出物１．５ｇ
デンプン１ｇ
酢酸ナトリウム５ｇ
グルコース１ｇ
Ｌ－塩酸システイン０．５ｇ
７．調理肉を含むＷｉｌｋｉｎｓ－Ｃｈａｌｇｒｅｎ嫌気性菌寒天培地（ＷＣＡ＋ＣＭ）
ＷＣＡ＋ＣＭ培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ（例えば、配列番号８を有する細菌分離株、これは、疾患スクリーニングした健康なヒト（「ドナーＦ」）の便から分離された）。
配合（リットル当たり）：
Ｗｉｌｋｉｎｓ－Ｃｈａｌｇｒｅｎ嫌気性菌ブロス３３ｇ
（下記を参照）。
ノーブル寒天１２ｇ
粉砕調理肉顆粒１０ｇ
Ｌ－システイン０．００５ｇ
ヘミン０．０５ｍｇ
ビタミンＫ０．００２５ｍｇ
最終ｐＨ７±０．２
Ｗｉｌｋｉｎｓ－Ｃｈａｌｇｒｅｎ嫌気性菌ブロス（オキソイドＣＭ０６４３）（ＷＣＡ＋ＣＭ培地中で使用）
配合（リットル当たり）：
トリプトン１０ｇ
ゼラチンペプトン１０ｇ
酵母抽出物５ｇ
グルコース１ｇ
塩化ナトリウム５ｇ
Ｌ－アルギニン１ｇ
ピルビン酸ナトリウム１ｇ
メナジオン０．０００５ｇ
ヘミン０．００５ｇ
最終ｐＨ７．１±０．２
８．炭水化物を含む酵母抽出物－カシトン－脂肪酸寒天培地（ＹＣＦＡＣ）
ＹＣＦＡＣ培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（例えば、配列番号１または配列番号７を有する細菌分離株、これらは、疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（それぞれ「ドナーＥ」および「ドナーＦ」）の便からそれぞれ分離された）。
－Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ（例えば、配列番号１８を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（「ドナーＥ」）の便から分離された）。
－Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ（例えば、配列番号１１または配列番号１６を有する細菌分離株；これらは、疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（それぞれ「ドナーＫ」および「ドナーＥ」）の便からそれぞれ分離された）。
－Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ（例えば、配列番号１２を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングおよび健康なヒトドナー（「ドナーＫ」）の便から分離された）。
－Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ（例えば、配列番号１９を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＥ」）の便から分離された）。
培地は、ＡｎａｅｒｏｂｅＳｙｓｔｅｍｓから予め購入された（カタログ＃ＡＳ－６７５）
配合（リットル当たり）：
カシトン１０．００ｇ
酵母抽出物２．５０ｇ
重炭酸ナトリウム４．００ｇ
グルコース２．００ｇ
セロビオース２．００ｇ
マルトース２．００ｇ
リン酸カリウム、一塩基性０．４５ｇ
リン酸カリウム、二塩基性０．４５ｇ
塩化ナトリウム０．９０ｇ
硫酸アンモニウム０．９０ｇ
硫酸マグネシウム・七水和物０．０９ｇ
塩化カルシウム０．０９ｇ
ヘミン（０．１％溶液）１０．００ｍＬ
ビタミン混合物１０．００ｍＬ
Ｌ－システイン（２５．０％溶液）４．００ｍＬ
レサズリン（０．０２５％溶液）４．００ｍＬ
揮発性脂肪酸溶液２．９０ｍＬ
寒天１５．００ｇ
最終ｐＨ６．８±０．３
９．ＨｉＶｅｇ（商標）ブルセラ血液寒天培地（ｖＢＢＡ）
ｖＢＢＡ培地を使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｆａｅｃｉｕｍ（例えば、配列番号２１を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＫ」）の便から分離された）。
培地は、脱水混合物として購入され（ブルセラＨｉＶｅｇ寒天ベース；ＨｉＭｅｄｉａＭＶ０７４）、その後、Ｌ－システインおよびウマ血清を添加できる。
配合（リットル当たり）：
ＨｉＶｅｇ加水分解物１０ｇ
ＨｉＶｅｇペプトン１０ｇ
酵母抽出物２ｇ
デキストロース１ｇ
塩化ナトリウム５ｇ
重亜硫酸ナトリウム０．１ｇ
寒天１５ｇ
ウマ血清５０ｍＬ
Ｌ－システイン０．００５ｇ
最終ｐＨ７．０±０．２
１０．最少培地＋精製ムチン
最少培地＋精製ムチンを使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（例えば、配列番号２０を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＦ」）の便から分離された）；
配合（リットル当たり）：
リン酸一カリウム０．４ｇ
リン酸二ナトリウム０．５３ｇ
塩化アンモニウム０．３ｇ
塩化ナトリウム０．３ｇ
塩化マグネシウム０．０４７ｇ
塩化カルシウム０．１１ｇ
重炭酸ナトリウム４ｇ
亜硫酸ナトリウム０．００５ｇ
Ｌ－システイン０．００５ｇ
ＡＴＣＣ微量鉱物溶液１０ｍＬ
ＡＴＣＣビタミン溶液１０ｍＬ
エタノール精製ＩＩＩ型ムチン２．５ｇ
１１．Ｍ１０＋ルーメン液＋ムチン
Ｍ１０＋ルーメン液＋ムチンを使用して次の属および種由来の細菌を培養した：
－Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ（例えば、配列番号２２を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナーＦ」）の便から分離された）；
－Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ（例えば、配列番号３５を有する細菌分離株、これは疾患スクリーニングした健康なヒトドナー（「ドナー＃」）の便から分離された）。
配合（リットル当たり）：
一塩基性リン酸カリウム１．３ｍＭ
塩化ナトリウム０．７６ｍＭ
二塩基性リン酸カリウム１．７ｍＭ
ＡＴＣＣ微量鉱物溶液１０ｍＬ
重炭酸ナトリウム１ｇ
清澄化ルーメン液３００ｍＬ
ＩＩ型ムチン５ｇ
ＡＴＣＣビタミン溶液１０ｍＬ
酢酸１７０μＬ
プロピオン酸６０μＬ
酪酸４０μＬ
イソ酪酸１０μＬ
ｎ－吉草酸１０μＬ
イソ吉草酸１０μＬ
ＤＬ－α－メチル酪酸１０μＬ
Ｌ－システイン０．００５ｇ
ヘミン０．０５ｍｇ
ビタミンＫ０．００２５ｍｇ
最終ｐＨ６．８±０．２

実施例２：短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生する細菌分離株
酪酸の産生に関して細菌分離株をスクリーニングするための機能アッセイを、開発した。細菌分離株を、健康なヒトドナーの便から分離し、上述の液体培養液中で増殖させた。細胞を、遠心分離によりペレット化し、１５０μＬの新しい培地および１５０μＬのアッセイバッファー（フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、サンファイバー／部分水解グアーガム（ＰＨＧＧ）および大麦麦芽のそれぞれ２ｇ／（２００ｍＬのリン酸ナトリウム緩衝液）を含む０．１Ｍのリン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ７））を入れた深いウェルプレート中に再懸濁した。プレートを、炭水化物の酪酸への発酵を可能にするために、２００ｒｐｍのプレート震盪機で嫌気性チャンバー中、３７℃で６時間または２４時間インキュベートした。インキュベーション後、細胞を、ペレット化し、１００μｌの上清を、ＳＣＦＡ抽出のために新しいバイアルに移した。

２ｍＬのガラスバイアル中で、１００μｌの上清を、１０μｌの５０％硫酸および５ｍＭの２－メチルペンタン酸を含む５００μｌのジエチルエーテルと混合した。試料を、３，２２０ｇで１０分間遠心分離して、明確な相境界を得た。次のパラメーターを使って、フレームイオン化検出器（ＦＩＤ）を備えたガスクロマトグラフ（ＧＣ）を用いてＳＣＦＡレベルを測定した：
－注入：１μＬの試料を、高速プランジャ速度で、４回の試料洗浄を行って、８ｍｍの試料深さで注入した。
－注入口：２２５℃でスプリットモード、２０：１のスプリット比。
－キャリアガス：ヘリウム
－オーブン：１４０℃で５分間の恒温プログラム。
－カラム：ニトロテレフタル酸修飾／ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）キャピラリーカラム（直径０．２５ｍｍ、約３０ｍ長さ、０．２５μｍ膜厚）。カラムは、６．０ｍＬ／分の一定流量で保持した。
－フレームイオン化検出器（ＦＩＤ）：温度を２２５℃に設定。水素の流速は３０．０ｍＬ／分。空気の流速は４００．０ｍＬ／分。ヘリウムのメイクアップガス流速は２０．０ｍＬ／分。

酪酸のレベルは、正味濃度（ｔ２４－ｔ０、およびｔ６－ｔ０）として、および総産生ＳＣＦＡのパーセント（炭素基準）として決定された。

図１Ａは、基質緩衝液中で２４時間インキュベーション後に細菌分離株により産生された酪酸の濃度（ｍＭ）を示す。これらの同じ細菌分離株に関し、図１Ｂは、基質緩衝液中で２４時間インキュベーション後の、炭素当たりの、総ＳＣＦＡ産生に対する産生酪酸の％を示す。それぞれの分離菌に対する分類学上の情報、ならびに各１６ＳｒＲＮＡ配列に対応する配列番号は表２で見つけることができる。また、示されるのは、陽性対照株ＤＳＭ１５１７６（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ）、ＤＳＭ１７６７７（ＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉＡ２－１６５）、およびＡＴＣＣ２７７４９（ＧｅｍｍｉｇｅｒｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓＸ２－５６）のデータである。酪酸を分泌しない、Ｅ．ｃｏｌｉＡＴＣＣ８７３９株は、陰性対照として使用した。表２に列挙された２種のＳ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ株（ＩＳ００００７３５９およびＩＳ００００７３５７）も、それらの株ＤＳＭ１５１７６に対するそれらの分類学上の類似性に基づいて、酪酸を産生すると予測される。

これらの細菌分離株の酪酸を産生する能力（例えば、１種または複数の細菌分離株を投与された対象の腸中で）は、それらを、それを必要としている対象における腸内菌共生バランス失調（例えば、ＩＢＤまたは潰瘍性大腸炎）の治療のための本明細書で記載の医薬組成物（例えば、微生物混合物）中の包含のための優れた候補にする。

実施例３：サイトカイン産生を調節する細菌分離株
例えば、ヒト末梢血単核球（ＰＢＭＣ）中の特定のサイトカイン産生に影響を与えることにより、ヒト免疫細胞の調節に関して、細菌分離株をスクリーニングするための機能アッセイを、開発した。

宿主細胞から抗炎症性サイトカインの産生を誘導する一方で、炎症促進性サイトカインの産生を誘導しない（または場合によっては抑制する）菌株を特定する、スクリーニングを実施した。細菌分離株を、ヒトＰＢＭＣと共培養し、６種のサイトカインのレベルを、測定した。６種のサイトカインは：重要な抗炎症性サイトカインである、ＩＬ－１０；証拠は腸免疫学に対する保護効果を有することを示唆する、ＧＭ－ＣＳＦ；ならびに炎症促進性の効果を有すると考えられている、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、およびＩＬ－２３、であった。

細菌分離株を、上述の培養液中で培養し、細胞を、洗浄し、１ｘ１０^９ＣＦＵ／ｍＬで再懸濁した（場合により、後での共培養ステップまで－８０℃で貯蔵した）。ヒトＰＢＭＣを、２４ウェルプレート中に播種し、５％ＣＯ_２中で一晩インキュベートした。細菌分離株を、０．４ｘ、２ｘ、または１０ｘの感染多重度（ＭＯＩ）でＰＢＭＣに加え、２４時間共培養した。その後、培養上清を集め、サイトカインレベル（ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＦＮγ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＴＮＦα、およびＩＬ－２３の）を、ルミネックスにより定量した。

表２４および２４ａは、３人のヒトドナー由来のＰＢＭＣを用いてアッセイした分離株についてのアッセイ結果を示す（ｐｇ／ｍｌ単位）。また、示されるのは、陽性対照株ＤＳＭ１７６７７（ＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉＡ２－１６５）および陰性対照（Ｅ．ｃｏｌｉＡＴＣＣ８７３９、ＰＢＭＣ単独、および細胞培地単独）のデータである。試験した分離株のそれぞれは、抗炎症プロファイルを誘導し、表２４および２４ａのＩＬ－１０／ＩＬ－１２およびＩＬ－１０／ＴＮＦαの比により示されるように、高レベルのＩＬ－１０産生および／または低レベルのＩＬ－１２、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、および／またはＩＬ－２３産生により特徴付けられる。ＰＢＭＣアッセイで免疫調節に有益であると特定された細菌分離株は、それらのそれぞれの１６ＳｒＲＮＡ配列に対する配列識別子（配列番号）と共に、それぞれ上記表３で特定される。

これらの細菌分離株の宿主細胞から抗炎症性サイトカインプロファイルを誘導する能力（例えば、１種または複数の細菌分離株を投与された対象の腸中で）は、それらを、それを必要としている対象における腸内菌共生バランス失調（例えば、ＩＢＤまたは潰瘍性大腸炎）の治療のための本明細書で記載の医薬組成物（例えば、微生物混合物）中の包含のための優れた候補にする。

実施例４：炎症性マーカーの減少
本明細書で記載の細菌分離株を含む微生物混合物の抗炎症活性を、試験した。実施例３で記載のＰＢＭＣアッセイを、生存可能Ｅ．ｃｏｌｉと共にＰＢＭＣを共インキュベートして、炎症反応を誘導することにより変更し、これにより、細菌コンソーシアムの炎症を低減させる能力を測定するために、生理学的および疾患（ＩＢＤ）関連ＰＢＭＣ細胞型を組み込んだ感作されたプラットフォームを生成した。

細菌分離株を、上述の培養液中で培養し、細胞を洗浄し、１ｘ１０^９ＣＦＵ／ｍＬで再懸濁した（場合により、後での共培養ステップまで－８０℃で貯蔵した）。ヒトＰＢＭＣを２４ウェルプレート中に播種し、５％ＣＯ_２中で一晩インキュベートした。コンソーシアムアッセイのために、それぞれ個々の細菌分離株を、０．４の感染多重度（ＭＯＩ）でＰＢＭＣに加え、２４時間共培養した。Ｅ．ｃｏｌｉのＭＯＩを、全実験を通して０．４で保持した。その後、共培養上清を集め、サイトカインレベル（ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、およびＩＬ－２３の）を、ルミネックスにより定量した。

図３Ａ～Ｅおよび図４Ａ～Ｅは、それぞれ、８株および7株微生物混合物を含むＰＢＭＣ／大腸菌混合物のインキュベーションの抗炎症効果を示す。８株の微生物混合物は、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ（ＰＩ００００００７２）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（ＩＳ００００６６３２およびＰＩ０００００３２９）の２種の分離株、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（ＩＳ００００７１８０）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ（ＰＩ０００００３１６）、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ（ＩＳ００００６８６４）、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ）ＰＩ０００００３９５）およびＲｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ（ＰＩ０００００４０４）で構成される。７株の微生物混合物は、Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓを除いて、同じ株を含んだ。ＩＬ－２３（図３Ａおよび４Ａ）、ＴＮＦα（図３Ｂおよび４Ｂ）、ＩＬ－１０（図３Ｃおよび４Ｃ）、ＩＦＮγ（図３Ｄおよび４Ｄ）およびＩＬ１２－ｐ７０（図３Ｅおよび４Ｅ）の低下したレベルにより示されるように、それぞれの微生物混合物とのインキュベーションは、Ｅ．ｃｏｌｉによる治療の抗炎症効果を低減させた。

実施例５：健康な対象中で豊富な細菌分離株
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）に関連するディスバイオシスの低減に関連する種を特定するために、特定の機序に依存しない経験的手法を、開発した。健康な状態またはＦＭＴに対する臨床応答に関連する予測的特徴を開発するために、１６ＳリボソームＤＮＡ（ｒＤＮＡ）およびショットガンメタゲノム配列を、介入による（ＦＭＴ）横断的および時系列データセットから組み込んだ。これらの特徴を、細菌性系統的クレードを、（ｉ）ＵＣと診断された患者と比べて健康な対象中での富化；および／または（ｉｉ）ＦＭＴ治療後のＵＣ患者におけるＵＣ症状の臨床的寛解または応答との関連／相関、のためにランク付けおよび選択するために使用した。クレードを、健康な対象とＵＣの患者の間で、菌株の存在および存在量を比較する「横断結合ｐ値」に基づいてランク付けした。数値が低いほど、クレード中の生物は、（ｉ）ＵＣ患者中のその株の枯渇、および／または（ｉｉ）健康な対象中のその株の高い存在量、に基づく、ＵＣの治療、抑制または予防に対する効果を有する可能性がより高い。その後、分離菌株は、ランク付けした系統的クレードに対する１６ＳｒＤＮＡ類似性により、または上述の基準に従って、それらの１６ＳｒＤＮＡの直接的ランク付けを行うことにより、選択された。

２３種の菌株が、ＵＣ患者に比べて、健康な対象で富化されているとして特定された。２３種の菌株に対応する細菌分離株を特定するために、ドナーの便試料から抽出された微生物叢を、それぞれ特定された菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％の同一性を有する細菌についてスクリーニングした。表２５は、これらの分離菌の分類学上の情報、その１６ＳｒＲＮＡの配列識別子（配列番号）および横断結合ｐ値を示す。

表２５の細菌分離株と少なくとも９５％同一の１６ＳｒＲＮＡ配列を有する追加の１０種の細菌分離株もまた、特性解析した。表２６は、各分離株の識別番号、表２５からの関連細菌分離株のＩＤ番号、表２５の関連分離菌に対する分離株の１６Ｓ配列のパーセント同一性、分離菌の横断結合ｐ値、および分離菌の配列識別子（配列番号）を列挙する。これらのデータは、表２５で特定された細菌分離株のＵＣの１種または複数の症状の除去における機能は、例示的なものに過ぎず、関連分離菌のより大きな集団（例えば、表２５の細菌分離株と少なくとも９５％の１６ＳｒＲＮＡ配列同一性を共有する集団）も同様の機能を有していることを示す。

実施例６：細菌分離株の生着
図２は、１６ＳｒＲＮＡ配列により細菌分離株に対応付けられる種々の菌株の投与量と、その株を含む実質的に完全な便細菌叢（すなわち、未培養糞便細菌の調製物）の対象への投与後の対象の腸中での株の生着の間の相関を示す。

便細菌叢中の所与の株に対応するそれぞれの細菌分離株について、患者に投与される細胞数は、次の式により計算された：細菌分離株の１６Ｓ配列に一致する１６Ｓ配列を有する投与された組成物中の細菌の出現頻度ｘ９ｘ１０^１０（投与された組成物のｇ当りの細胞の概略数）ｘ患者に投与された組成物の累積投与量（ｇ）。細菌の生着は、それぞれのユニークな１６Ｓ配列に対し、投与された組成物、患者のベースライン集団、および患者の治療後集団における相対存在量を比較することにより測定された。患者のベースラインでの存在量が投与される物質の＜２０％であり、かつ治療後の存在量が少なくとも５倍増大した症例を、陽性生着とした。

結果は、スクリーニングしたほとんどの細菌分離株（Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ分離株ＩＳ００００６８６４を除いて）に対し生着を達成する最小投与量は１０^１０個の細胞未満であることを示す。

実施例７：細菌分離株の生着
微生物混合物の投与後の対象の腸中での細菌分離株の生着を評価するために、無菌Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、経管栄養経由で嫌気性条件下で増殖させた実施例４に記載の８株コンソーシアムを接種した。７、１４、２１および２８日に糞便ペレットを集め、ＤＮＡを、１６ｓｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列決定のために単離した。１６ＳｒＲＮＡ遺伝子存在量に基づいて、株の相対存在量を決定した。

図５は、分離株を含む微生物混合物の投与後の無菌マウスの腸中の４種の細菌分離株（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｈｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、およびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ）の生着を示す。

実施例８：治療薬の製造
表７～２２のいずれか１つの細菌分離株を、別々に培養し、投与の前に一緒に混合した。分離株を、実施例１に示すように、例えば、３７℃、ｐＨ７で、支持培地中にて嫌気的に、別々に増殖させた。各分離株が十分なバイオマスに達した後、それは必要に応じて、１ｍｌのクライオチューブ中で、１５％のグリセロールを添加すること、およびその後－８０℃で凍結することにより、バンキングのために保存される。

次に、各細菌分離株は、約１０^１０ＣＦＵ／ｍＬの濃度に培養された後、タンジェンシャルフロー精密ろ過により２０倍濃縮される；使用済み培地は、２％ゼラチン、１００ｍＭトレハロース、および１０ｍＭリン酸緩衝液からなる保存培地、または他の好適な保存培地を用いた透析濾過により交換される。懸濁液を、粉末に凍結乾燥し、滴定する。

乾燥後、粉末を、微結晶セルロースおよびステアリン酸マグネシウムと混合し、１０ｍｇの凍結乾燥粉末（１０^８～１０^１１個の細菌）、１６０ｍｇの微結晶セルロース、７７．５ｍｇのゼラチン、および２．５ｍｇのステアリン酸マグネシウムを含む２５０ｍｇのゼラチンカプセルに処方する。

実施例９：潰瘍性大腸炎の治療
内視鏡および診断と一致した組織学的検査により潰瘍性大腸炎（ＵＣ）と診断された患者は、本明細書で開示の医薬組成物で治療される。

有効性は、１つまたは複数の次の指標を含む（それぞれの指標に関し、関連刊行物は、その全体が参照により組み込まれる）、Ｔｒａｖｉｓ，ｅｔａｌ．ＡｌｉｍｅｎｔＰｈａｒｍａｃｏｌＴｈｅｒ．２０１１；３４（２）：１１３－１２４（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載のようにモニターされる：
臨床的指標：
・ＴｒｕｅｌｏｖｅおよびＷｉｔｔｓ基準（ＴｒｕｅｌｏｖｅＳＣ，ＷｉｔｔｓＬＪ．Ｃｏｒｔｉｓｏｎｅｉｎｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．Ｆｉｎａｌｒｅｐｏｒｔｏｎａｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｔｒｉａｌ．ＢＭＪ１９５５；２：１０４１－８）、
・パウエルタック指数（Ｓｔ．Ｍａｒｋ’ｓ指数；Ｐｏｗｅｌｌ－ＴｕｃｋＪ，ｅｔａｌ．Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎｄｅｆｉｎｅｄｓｉｇｍｏｉｄｏｓｃｏｐｉｃａｐｐｅａｒａｎｃｅｓａｎｄｏｔｈｅｒｍｅａｓｕｒｅｓｏｆｄｉｓｅａｓｅａｃｔｉｖｉｔｙｉｎｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．ＤｉｇＤｉｓＳｃｉ１９８２；２７：５３３－７）、
・臨床的活動指数（ＣＡＩ；ＲａｃｈｍｉｌｅｗｉｔｚＤ．Ｃｏａｔｅｄｍｅｓａｌａｚｉｎｅ（５－ａｍｉｎｏｓａｌｉｃｙｌｉｃａｃｉｄ）ｖｅｒｓｕｓｓｕｌｐｈａｓａｌａｚｉｎｅｉｎｔｈｅｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ：ａｒａｎｄｏｍｉｓｅｄｔｒｉａｌ．ＢＭＪ１９８９；２９８：８２－６）、
・Ｌｉｃｈｔｉｇｅｒ指数（Ｓ．Ｌｉｃｈｔｉｇｅｒ，Ｄ．Ｈ．ＰｒｅｓｅｎｔＰｒｅｌｉｍｉｎａｒｙｒｅｐｏｒｔ：ｃｙｃｌｏｓｐｏｒｉｎｉｎｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆｓｅｖｅｒｅａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓＬａｎｃｅｔ，３３６（１９９０），ｐｐ．１６－１９）、
・Ｓｅｏ指数（ＳｅｏＭ，ｅｔａｌ．Ａｎｉｎｄｅｘｏｆｄｉｓｅａｓｅａｃｔｉｖｉｔｙｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．ＡｍＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ１９９２；８７：９７１－６）、
・医師全般評価（ＨａｎａｕｅｒＳｅｔａｌ．，Ｍｅｓａｌａｍｉｎｅｃａｐｓｕｌｅｓｆｏｒｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ：ｒｅｓｕｌｔｓｏｆａｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄｔｒｉａｌＡｍＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１９９３Ａｕｇ；８８（８）：１１８８－９７）、
・治験責任医師による全般評価（ＨａｎａｕｅｒＳＢｅｔａｌ．，Ｂｕｄｅｓｏｎｉｄｅｅｎｅｍａｆｏｒｔｈｅｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆａｃｔｉｖｅ，ｄｉｓｔａｌｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓａｎｄｐｒｏｃｔｉｔｉｓ：ａｄｏｓｅ－ｒａｎｇｉｎｇｓｔｕｄｙ．Ｕ．Ｓ．ＢｕｄｅｓｏｎｉｄｅｅｎｅｍａｓｔｕｄｙｇｒｏｕｐＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ．１９９８Ｓｅｐ；１１５（３）：５２５－３２）、
・簡易臨床的大腸炎活動度（ＷａｌｍｓｌｅｙＲＳ，ｅｔａｌ．，Ａｓｉｍｐｌｅｃｌｉｎｉｃａｌｃｏｌｉｔｉｓａｃｔｉｖｉｔｙｉｎｄｅｘ．Ｇｕｔ１９９８；４３：２９－３２）、
・個別症状スコアによる改善（ＩｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔＢａｓｅｄｏｎＩｎｄｉｖｉｄｕａｌＳｙｍｐｔｏｍＳｃｏｒｅｓ）（Ｌｅｖｉｎｅｅｔａｌ．，Ａｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ，ｄｏｕｂｌｅｂｌｉｎｄ，ｄｏｓｅ－ｒｅｓｐｏｎｓｅｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｂａｌｓａｌａｚｉｄｅ（６．７５ｇ），ｂａｌｓａｌａｚｉｄｅ（２．２５ｇ），ａｎｄｍｅｓａｌａｍｉｎｅ（２．４ｇ）ｉｎｔｈｅｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆａｃｔｉｖｅ，ｍｉｌｄ－ｔｏ－ｍｏｄｅｒａｔｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓＡｍＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２００２Ｊｕｎ；９７（６）：１３９８－４０７）、および
・患者定義の寛解（Ｐａｔｉｅｎｔ－ｄｅｆｉｎｅｄｒｅｍｉｓｓｉｏｎ）（ＨｉｇｇｉｎｓＰ，ｅｔａｌ．Ｉｓｅｎｄｏｓｃｏｐｙｎｅｃｅｓｓａｒｙｆｏｒｔｈｅｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｏｆｄｉｓｅａｓｅａｃｔｉｖｉｔｙｉｎｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．ＡｍＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ２００５；１００：３５５－６１）。
内視鏡指標：
・ＴｒｕｅｌｏｖｅＷｉｔｔｓＳ状結腸鏡検査評価（ＳｅｏＭ，ｅｔａｌ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎｏｆｄｉｓｅａｓｅａｃｔｉｖｉｔｙｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｍｏｄｅｒａｔｅｌｙａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ：ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎａｎｅｗａｃｔｉｖｉｔｙｉｎｄｅｘａｎｄＴｒｕｅｌｏｖｅａｎｄＷｉｔｔｓｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ．ＡｍＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ１９９５；９０：１７５９－６３）、
・Ｂａｒｏｎスコア（ＢａｒｏｎＪＨ，ｅｔａｌ．Ｖａｒｉａｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｏｂｓｅｒｖｅｒｓｉｎｄｅｓｃｒｉｂｉｎｇｍｕｃｏｓａｌａｐｐｅａｒａｎｃｅｓｉｎｐｒｏｃｔｏｃｏｌｉｔｉｓ．ＢＭＪ１９６４；１：８９－９２）、
・内視鏡指数（ＲａｃｈｍｉｌｅｗｉｔｚＤ．Ｃｏａｔｅｄｍｅｓａｌａｚｉｎｅ（５－ａｍｉｎｏｓａｌｉｃｙｌｉｃａｃｉｄ）ｖｅｒｓｕｓｓｕｌｐｈａｓａｌａｚｉｎｅｉｎｔｈｅｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ：ａｒａｎｄｏｍｉｓｅｄｔｒｉａｌ．ＢＭＪ１９８９；２９８：８２－６）、
・Ｓ状結腸鏡検査指標（ＨａｎａｕｅｒＳｅｔａｌ．，Ｍｅｓａｌａｍｉｎｅｃａｐｓｕｌｅｓｆｏｒｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ：ｒｅｓｕｌｔｓｏｆａｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄｔｒｉａｌＡｍＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１９９３Ａｕｇ；８８（８）：１１８８－９７）、
・Ｓ状結腸鏡検査炎症グレードスコア（ＬｅｍａｎｎＭｅｔａｌ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｂｕｄｅｓｏｎｉｄｅａｎｄ５－ａｍｉｎｏｓａｌｉｃｙｌｉｃａｃｉｄｅｎｅｍａｓｉｎａｃｔｉｖｅｄｉｓｔａｌｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓＡｌｉｍｅｎｔＰｈａｒｍａｃｏｌＴｈｅｒ．１９９５Ｏｃｔ；９（５）：５５７－６２）、
・Ｍａｙｏスコア・フレキシブル直腸Ｓ状結腸鏡検査評価（ＭａｙｏＳｃｏｒｅＦｌｅｘｉｂｌｅＰｒｏｃｔｏｓｉｇｍｏｉｄｏｓｃｏｐｙＡｓｓｅｓｓｍｅｎｔ）（ＳｃｈｒｏｅｄｅｒＫＷ，ｅｔａｌ．Ｃｏａｔｅｄｏｒａｌ５－ａｍｉｎｏｓａｌｉｃｙｌｉｃａｃｉｄｔｈｅｒａｐｙｆｏｒｍｉｌｄｌｙｔｏｍｏｄｅｒａｔｅｌｙａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．Ａｒａｎｄｏｍｉｚｅｄｓｔｕｄｙ．ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ１９８７；３１７：１６２５－９）、
・修正Ｂａｒｏｎスコア（ＲｕｔｇｅｅｒｔｓＰ，ｅｔａｌ．Ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂｆｏｒｉｎｄｕｃｔｉｏｎａｎｄｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅｔｈｅｒａｐｙｆｏｒｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ２００５；３５３：２４６２－７６）。
臨床的および内視鏡指標：
・Ｍａｙｏ臨床スコア（ＳｃｈｒｏｅｄｅｒＫＷ，ｅｔａｌ．Ｃｏａｔｅｄｏｒａｌ５－ａｍｉｎｏｓａｌｉｃｙｌｉｃａｃｉｄｔｈｅｒａｐｙｆｏｒｍｉｌｄｌｙｔｏｍｏｄｅｒａｔｅｌｙａｃｔｉｖｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．Ａｒａｎｄｏｍｉｚｅｄｓｔｕｄｙ．ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ１９８７；３１７：１６２５－９）、および
・Ｓｕｔｈｅｒｌａｎｄ指数（ＳｕｔｈｅｒｌａｎｄＬＲ，ｅｔａｌ．，５－Ａｍｉｎｏｓａｌｉｃｙｌｉｃａｃｉｄｅｎｅｍａｉｎｔｈｅｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆｄｉｓｔａｌｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ，ｐｒｏｃｔｏｓｉｇｍｏｉｄｉｔｉｓ，ａｎｄｐｒｏｃｔｉｔｉｓ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ．１９８７；９２：１８９４－８）。
生活の質：
・ＩＢＤ患者の主訴の評価表（ＤｒｏｓｓｍａｎＤＡｅｔａｌ．Ｈｅａｌｔｈｓｔａｔｕｓａｎｄｈｅａｌｔｈｃａｒｅｕｓｅｉｎｐｅｒｓｏｎｓｗｉｔｈｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙｂｏｗｅｌｄｉｓｅａｓｅ．Ａｎａｔｉｏｎａｌｓａｍｐｌｅ．ＤｉｇＤｉｓＳｃｉ．１９９１Ｄｅｃ；３６（１２）：１７４６－５５）、
・炎症性腸疾患質問票（ＩｒｖｉｎｅＥＪ，ｅｔａｌ．Ｑｕａｌｉｔｙｏｆｌｉｆｅ：ａｖａｌｉｄａｎｄｒｅｌｉａｂｌｅｍｅａｓｕｒｅｏｆｏｕｔｃｏｍｅｆｏｒｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓｉｎｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙｂｏｗｅｌｄｉｓｅａｓｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ．１１９４；１０６：２８７－９６）、および
・短縮版－３６（ＷａｒｅＪＥｅｔａｌ．ＴｈｅＭＯＳ３６－ｉｔｅｍｓｈｏｒｔ－ｆｏｒｍｈｅａｌｔｈｓｕｒｖｅｙ（ＳＦ－３６）．Ｉ．ＣｏｎｃｅｐｔｕａｌｆｒａｍｅｗｏｒｋａｎｄｉｔｅｍｓｅｌｅｃｔｉｏｎＭｅｄＣａｒｅ．１９９２Ｊｕｎ；３０（６）：４７３－８３）。
組織学的指標：
・Ｒｉｌｅｙ指数（ＲｉｌｅｙＳＡ，ｅｔａｌ．Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｉｃａｃｔｉｖｉｔｙｉｎｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ：ｗｈａｔｄｏｅｓｉｔｍｅａｎ？Ｇｕｔ１９９１；３２：１７４－８）、
・Ｇｅｂｏｅｓ指数（ＧｅｂｏｅｓＫｅｔａｌ．ＡｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｌｅｇｒａｄｉｎｇｓｃａｌｅｆｏｒｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌａｓｓｅｓｓｍｅｎｔｏｆｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎｉｎｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓＧｕｔ．２０００Ｓｅｐ；４７（３）：４０４－９）、および
・Ｃｈｉｃａｇｏ指数（ＲｕｂｉｎＤＴ，ｅｔａｌ．Ｉｎｃｒｅａｓｅｄｄｅｇｒｅｅｏｆｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎｐｒｅｄｉｃｔｓｃｏｌｅｃｔｏｍｙａｎｄｈｏｓｐｉｔａｌｉｚａｔｉｏｎｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ２００７；１３２（Ｓｕｐｐｌ．１）：Ａ－１９（Ａｂｓｔｒａｃｔ１０３））。

実施例１２：マウスにおける治療薬のインビボ試験
表１３、１４、１５、１５ａ、および１５ｂのいずれか１つの８種の分離株を含む組成物または各種組成物が、提供される。あるいは、表１３、１４、１５、１５ａ、および１５ｂのいずれか１つの８種の分離株を含む、例えば、限定されないが、実施例８の方法により作成された、治療薬が、提供される。

好適なＵＣマウスモデルが選択され、提供される。モデルの例としては、化学的モデル（ＤＳＳ、ＴＮＢＳ、オキサゾロン、酢酸、およびスルフヒドリル阻害剤など）および遺伝子導入／ノックアウトモデル（ＴＣＲα^－／－、ＷＡＳＰ^－／－、Ｍｄｒ１ａ^－／－、ＩＬ－２^－／－、Ｇａｉ２^－／－、ＩＬ－７Ｔｇ、ＴＲＵＣ、ＴＧＦβＲＩＩＤＮ、およびＣ３Ｈ／ＨｅＪＢｉｒ、など）が挙げられる。ＷｏｒｌｄＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２００７Ｎｏｖ１４；１３（４２）：５５８１－５５９３およびＤｒｕｇＤｅｓＤｅｖｅｌＴｈｅｒ．２０１３；７：１３４１－１３５７（２０１３）を参照されたい。これらの全内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

ＤＳＳを非限定的例として採用して、飲料水中の３～５％のＤＳＳのマウスへの経口投与を行う。例えば、１サイクル３％～５％のＤＳＳの投与を５～７日間、これに続けて、通常の水を投与し、完全な陰窩（例えば、基底陰窩）の喪失および比較的遅い結腸上皮の再生を伴う広範囲にわたる損傷を生じさせる。ＵＣ様症状を発症する動物は、表３６～４３のいずれか１つの９種の分離株を含む組成物もしくは各種組成物または治療薬で治療され（あるいは、細菌組成物がＤＳＳと同時に投与されてよい）、比較を行って、治療効果が、決定される（例えば、体重変化、下痢、結腸直腸の出血および生存を含む、大腸炎の臨床スコアの測定などの、１種または複数のパラメーターを比較する；全体疾患の重症度を、臨床スコアリングシステムにより評価でき、および疾患活動性指数（ＤＡＩ）スコアを、各動物に対し計算できる）。代替物手段は、内視鏡、組織分析、１６ＳｒＲＮＡ塩基配列決定による微生物叢分析、などを含む。さらに詳細なプロトコルは、ＣｕｒｒＰｒｏｔｏｃＩｍｍｕｎｏｌ．２０１４Ｆｅｂ４；１０４：Ｕｎｉｔ－１５．２５で見つけられる。この文献の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。本実施例は、治療効果の存在または非存在を決定するために、必要または所望に応じ、ＣｕｒｒＰｒｏｔｏｃＩｍｍｕｎｏｌ．２０１４Ｆｅｂ４；１０４：Ｕｎｉｔ－１５．２５で見つかる詳細プロトコルにおける変更を認める。

実施例１３：ＵＣの治療
表１３、１４、１５、１５ａ、および１５ｂのいずれか１つの８種の分離株を含む組成物または各種組成物が、提供される。あるいは、表１３、１４、１５、１５ａ、および１５ｂのいずれか１つの８種の分離株を含む、例えば、限定されないが、実施例８の方法により作成された、治療薬が、提供される。実施例９に記載のＵＣの試験が、このような組成物を治療薬として用いて行われる。

等価物
本発明をその特定の実施形態と関連付けて説明してきたが、その実施形態はさらに修正が可能であり、本出願は、一般的に、本発明の原理に従った本発明の任意の変形、使用、または改変を包含することが意図され、本発明が属する技術内の既知のまたは日常的な実施の範囲に入る、および上に示されるおよび以下の添付の請求項の範囲に入る本質的な特徴に該当し得る本開示からの乖離を含むものと理解されよう。
当業者は、本明細書で具体的に記載された特定の実施形態に対する多数の等価物を、ルーチン実験のみを用いて認識し、確認できるであろう。このような等価物は、次の請求項の範囲内に包含されることが意図されている。

参照による組み込み
本明細書で引用されている全ての特許および刊行物は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で考察された出版物は、単に本出願の出願日に先行してそれらが開示されているという理由で提供されている。本明細書のいずれも、本開示が、先行発明の理由でこのような出版物に先行する権利がないことを容認すると解釈されるべきではない。
本明細書で使用されている全ての見出しは、単に構成上の理由によるものであり、どんな形にせよ、本開示を限定することを意図するものではない。任意の個別のセクションの内容は、等しく全てのセクションに適用できる。

Claims

治療のための細菌分離株を調製する方法であって、
（ｉ）
（ａ）健康な対象群、
（ｂ）胃腸疾患または障害の患者群、および
（ｃ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の前記胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解を有する患者群、
由来の糞便物質からの細菌の調製物を用意すること、
（ｉｉ）前記細菌の調製物から１６ＳｒＲＮＡ配列を分析すること、および
（ｉｉｉ）
（ａ）前記胃腸疾患または障害の患者群に比較して健康な対象群で豊富である、
（ｂ）前記便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の前記胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する、
前記細菌の調製物由来の菌株の１６ＳｒＲＮＡと少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含むヒトドナーの便から細菌分離株を分離すること、
を含み、
前記細菌分離株の横断結合ｐ値が、１ｘ１０^－１４未満である、方法。
前記胃腸疾患または障害の患者群に比べて健康な対象群で豊富な前記菌株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａｏｂｅｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、請求項１に記載の方法。
前記胃腸疾患または障害の患者群に比べて健康な対象群で豊富な前記菌株が、配列番号１、２、３、４、７、８、９、１１、１２、１４、１５、１６、１８、２０、２１、２２、２３、３４、３５、３６、および３７から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
前記細菌分離株が、ＯｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉの少なくとも１種を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
前記細菌分離株が、配列番号２および配列番号１８のヌクレオチド配列と少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
前記細菌分離株が、前記菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
前記便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の前記胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する前記細菌が、
Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含まない、または
Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓを含むが、ＡｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉまたはＡｌｉｓｔｉｐｅｓｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉを含まない、
請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
前記便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の前記胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する前記細菌が、
配列番号１５のヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含むが、配列番号１８、３５、３６または３７から選択されるヌクレオチド配列を含まない、または
配列番号３５～３７から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含むが、配列番号１５および１８から選択されるヌクレオチド配列を含まない、
請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
（ｉｖ）ヒト糞便試料由来の複数の細菌分離株を用意すること；および
（ｖ）
（ａ）真核細胞の集団を前記ヒト由来細菌分離株と接触させること、
（ｂ）真核細胞の集団中のサイトカインレベルを測定すること、および
（ｃ）真核細胞の集団中のサイトカインのレベルの調節をできる細菌分離株を選択すること、
を含む機能的アッセイを実施すること、
により第２の治療のための細菌分離株を分離することをさらに含む、
請求項１～８のいずれか１項に記載の方法：
前記真核細胞の集団が、ＰＢＭＣ集団を含む、請求項９に記載の方法。
前記サイトカインが、ＩＬ－１０、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－２３、およびＩＬ－１２から選択される、請求項９または請求項１０に記載の方法。
第２の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、請求項９～１１のいずれか１項に記載の方法。
第２の細菌分離株が、配列番号１、２、３、７、１１、１６、１８、２０、２２、および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項９～１２のいずれか１項に記載の方法。
第１と第２の細菌分離株を含む微生物混合物を調製する方法であって、
（ｉ）ヒト便由来の複数の細菌分離株を分離すること；
（ｉｉ）
（ａ）真核細胞の集団を前記細菌分離株と接触させること、
（ｂ）ＩＬ－１０：ＩＬ－１２比およびＩＬ－１０：ＴＮＦα比を測定すること、および
（ｃ）真核細胞集団と共にインキュベートされた場合少なくとも約５０：１のＩＬ－１０：ＩＬ－１２比または少なくとも約１：１のＩＬ－１０：ＴＮＦα比を誘導できる細菌分離株を第１の細菌分離株として特定すること；
を含む第１の機能的アッセイを実施すること、
（ｉｉｉ）
（ａ）前記細菌分離株により産生された短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルを測定すること、および
（ｂ）少なくとも約１０ｍＭの濃度でＳＣＦＡを産生する細菌分離株を第２の細菌分離株として特定すること、
を含む第２の機能的アッセイを実施すること、および
（ｉｖ）前記第１と第２の細菌分離株を混合して微生物混合物を製造すること、
を含む、方法。
前記第１の細菌分離株が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓｓｈａｈｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、請求項１４に記載の方法。
前記第１の細菌分離株が、配列番号１、２、３、７、１１、１２、１６、１７、１８、２０、２２、および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
前記真核細胞の集団が、ＰＢＭＣ集団を含む、請求項１４～１６のいずれか１項に記載の方法。
前記ＳＣＦＡが、酢酸、酪酸、カプロン酸、ギ酸、ヘプタン酸、イソ酪酸、イソカプロン酸、イソ吉草酸、プロピオン酸、吉草酸、およびこれらの任意の２種以上から選択される、請求項１４～１７のいずれか１項に記載の方法。
前記ＳＣＦＡが、酪酸である、請求項１８に記載の方法。
前記第２の細菌分離株が、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｃｏｍｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａｆａｅｃｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓｈａｄｒｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍｖａｒｉａｂｉｌｅ、およびこれらの任意の２種以上から選択される、請求項１４～１９のいずれか１項に記載の方法。
前記第２の細菌分離株が、配列番号１、２、３、７、８、１７、１９、２２、および２３から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）
（ａ）健康な対象群、
（ｂ）胃腸疾患または障害の患者群、および
（ｃ）便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の前記胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解を有する患者群、
の糞便物質由来細菌調製物から１６ＳｒＲＮＡ配列を分析すること：および
（ｉｉ）
（ａ）前記胃腸疾患または障害の患者群に比較して健康な対象群で豊富である、
（ｂ）前記便細菌叢移植を有する患者群の各患者の治療後の患者群の前記胃腸疾患または障害の１種または複数の症状の臨床的寛解と相関する、
前記細菌調製物由来の菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含むヒトドナーの便からの細菌分離株を第３の細菌分離株として分離すること、
により微生物混合物中に組み込むための第３の細菌分離株を分離することをさらに含む、
請求項１４～２１のいずれか１項に記載の方法：
前記第３の細菌分離株が、前記菌株の１６ＳｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％同一である１６ＳｒＲＮＡ配列を含む、請求項２２に記載の方法。
前記胃腸疾患または障害が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、および抗生物質誘発性有害作用から選択される、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
前記ＩＢＤが、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）、および回腸嚢炎の１種または複数から選択される、請求項２４に記載の方法。
前記胃腸疾患または障害が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ関連疾患（ＣＤＡＤ）、および抗生物質誘発性有害作用から選択される、請求項１４～２３のいずれか１項に記載の方法。
前記ＩＢＤが、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）、および回腸嚢炎の１種または複数から選択される、請求項２６に記載の方法。