CN114514027A - 用于治疗胃肠道病症的方法及产品 - Google Patents

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Abstract

本文描述用于递送微生物治疗剂的组合物和方法，所述微生物治疗剂可用于治疗与肠道菌群失调有关的病症。本文描述了用于保护受试者的胃肠道微生物组的组合物和方法。在各个实施方案中，本文提供了药物组合物，所述药物组合物包含分离的或纯化的细菌分离株和/或分离的或纯化的细菌分离株(例如来自人类，例如来自健康人类的粪便)的混合物。

Description

用于治疗胃肠道病症的方法及产品
优先权
本申请要求2019年7月19日提出申请的美国临时申请号62/876,358的权益和优先权，其内容以全文引用的方式并入本文中。
技术领域
本发明部分地涉及用于递送可用于治疗与肠道菌群失调有关的病症的细菌分离株和/或细菌分离株混合物的组合物和方法。
以电子方式提交的文本文件的说明
本申请包含序列表。该序列表经由EFS-Web以题为“FIN-020PC_ST25”的ASCII文本文件形式，以电子方式提交。序列表的大小是61,430字节，并于或约2019年7月19日编写。该序列表以全文引用的方式并入本文中。
背景技术
人的胃肠道有由一千多种不同细菌物种以及估计超过1×1014种微生物组成的多样化微生物群落。经证实，这一微生物群落，又称为微生物群(并且遗传组分是微生物组)对人体健康至关重要。例如，健康的微生物组为人类宿主带来多种益处，包括抵抗病原体感染、营养物的生物合成和吸收，以及免疫刺激。微生物组的菌群失调或破坏会导致对病原体的敏感性增加、代谢谱(metabolic profile)改变以及全身炎症或自身免疫。事实上，微生物组的菌群失调(即，肠道菌群失调)会使人类宿主易患多种病理疾患，包括胃肠道病症，如炎症性肠病(IBD)和肠易激综合征(IBS)，以及病原体感染，包括艰难梭菌(Clostridiumdifficile/C.diff.；例如艰难梭菌感染(CDI))。
IBD影响超过160万美国人，并且每年在美国诊断出多达70,000例新增病例。IBD以胃肠道中的慢性炎症为特征。IBD的两种最常见形式包括溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩氏病(Crohn’s Disease，CD)。UC在结肠中发生，而CD可能存在于整个胃肠道中。临床症状有腹泻、腹痛、偶尔的直肠出血、体重减轻、疲倦且有时出现发热。对于大多数患者，IBD是一种慢性疾患，并且症状持续数月乃至数年。当前，没有针对IBD的医疗救治措施。相反，当前的疗法是通过减轻炎症来控制胃肠道症状。对于严重病例，可使用手术程序，包括结肠切除术、直肠结肠切除术和回肠造口术。
研究人员曾尝试在这些患者中恢复健康的微生物组，以减轻或消除这些疾病。例如，一种方法涉及移植来源于健康人类供体粪便的粪便微生物群，以重新填充肠道(所谓的粪便微生物群移植(FMT))。然而，这种治疗并不理想，而且特别令人难以接受。因此，最近的方法是开发一种合理选择的、确定的细菌混合物，患者可服用该细菌混合物并代替粪便移植。这一“细菌成药(bugs as drugs)”概念旨在将FMT的治疗益处转化为更加标准化且可成药的系统。遗憾的是，这种方法在早期遇到了麻烦，但这也在意料之中。例如，最近用SER-109进行的临床试验未能满足它在2期试验中的主要目标，SER-109是设计用于治疗CDI患者的细菌孢子的混合物。在治疗后至多八周，与安慰剂相比，该药物未能降低CDI复发的相对风险。
因此，仍然需要能够恢复健康的肠道微生物群，由此为与肠道菌群失调有关的多种病症，例如胃肠道病症提供有效治疗的有效治疗剂。
发明内容
本文描述了用于保护受试者的GI微生物组的组合物和方法。在各个实施方案中，本文提供一种药物组合物，该药物组合物包含分离或纯化的细菌分离株和/或分离或纯化的细菌分离株的混合物(例如来自人类，例如来自健康人类的粪便)。
本发明一方面是一种制备治疗性细菌分离株的方法，所述方法包括：(i)提供来自粪便材料的细菌的制剂，所述粪便材料来自(a)一组健康受试者；(b)一组患有胃肠道疾病或病症的患者；和(c)具有所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解的一组患者，所述临床缓解是在用粪便微生物群移植治疗所述组患者中的每一名患者之后发生；(ii)分析所述细菌的制剂中的16S rRNA序列；以及(iii)从人类供体的粪便分离细菌分离株，所述细菌分离株包含与来自所述细菌的制剂的细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株(a)相对于一组患有所述胃肠道疾病或病症的患者，在一组健康受试者体内富集；和/或(b)与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关，其中所述细菌分离株的横截面组合p值小于1×10-14。
在实施方案中，所述相对于患有所述胃肠道疾病或病症的一组患者，在一组健康受试者体内富集的细菌菌株选自普氏栖粪杆菌(Faeca libacterium prausnitzii)、内脏臭气杆菌(Odoribacter splanchnicus)、丁酸厌氧棒杆菌(Anaerostipes hadrus)、昂氏别样杆菌(Alistipes onderdo nkii)、普氏栖粪杆菌、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、卵形布劳特氏菌(Blautia obeum)、单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)、解纤维拟杆菌(Bacteroides cellulosilyticus)、芬氏别样杆菌(Alistipes finegoldii)、沙氏别样杆菌(Alistipes shahii)、嗜粘蛋白艾克曼氏菌(Akkermansia muciniphila)、粪便考拉杆菌(Phas colarctobacterium faecium)、变异罕见小球菌(Subdoligranulum variab ile)、变异罕见小球菌、布劳特氏菌属某种(Blautiasp.)、腐烂别样杆菌(Alistipes putredinis)、腐烂别样杆菌、腐烂别样杆菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述相对于患有所述胃肠道疾病或病症的一组患者，在一组健康受试者体内富集的细菌菌株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约98％或至少约99％序列同一性的16S rR NA序列：SEQ ID NO:1、2、3、4、7、8、9、11、12、14、15、16、18、20、21、22、23、34、35、36和37。
在实施方案中，所述细菌分离株包含内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。在实施方案中，所述细菌分离株包含与SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:18的核苷酸序列具有至少约98％或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关的细菌菌株包含：芬氏别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或腐烂别样杆菌；或腐烂别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或芬氏别样杆菌。在实施方案中，所述与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关的细菌菌株包含：与SEQ ID NO:15的核苷酸序列，但不与选自SEQ ID NO:18、35、36或37的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；或与选自SEQ ID NO:35-37的核苷酸序列，但不与选自SEQ IDNO:15和18的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述方法另外包括通过以下方式分离第二治疗性细菌：(iv)提供来自人类粪便样品的多种细菌分离株；和(v)执行功能测定，所述功能测定包括：(a)使真核细胞群与人类源性细菌分离株接触；(b)测量所述真核细胞群中细胞因子的水平，和(c)选择能够调节所述真核细胞群中所述细胞因子的水平的细菌分离株。在实施方案中，所述真核细胞群包含PBMC群。在实施方案中，所述细胞因子选自IL-10、GM-CSF、IFN-γ、TNF-α、IL-23和IL-12。
在实施方案中，所述第二细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌、单形拟杆菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述第二细菌分离株包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、7、11、16、18、20、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
本发明一方面是一种制备包含第一细菌分离株和第二细菌分离株的微生物混合物的方法，所述方法包括：(i)从人类粪便分离多种细菌分离株；(ii)执行第一功能测定，所述第一功能测定包括：(a)使真核细胞群与所述细菌分离株接触，(b)测量IL-10:IL-12比率和IL-10:TNF-α比率，以及(c)将当与真核细胞群一起培育时能够诱导至少约50:1的IL-10:IL-12比率或至少约1:1的IL-10:TNF-α比率的细菌分离株鉴别为所述第一细菌分离株；(iii)执行第二功能测定，所述第二功能测定包括：(a)测量由所述细菌分离株产生的短链脂肪酸(SCFA)的水平，和(b)将产生至少约10mM浓度的所述SCFA的细菌分离株鉴别为所述第二细菌分离株；以及(iv)将所述第一细菌分离株与所述第二细菌分离株组合以产生所述微生物混合物。
在实施方案中，所述第一细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、陪伴粪球菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述第一细菌分离株包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、7、11、12、16、17、18、20、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述真核细胞群包含PBMC群。
在实施方案中，所述SCFA选自乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸、戊酸以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述SCFA是丁酸。在实施方案中，所述第二细菌分离株选自内脏臭气杆菌、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、陪伴粪球菌、普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌(Roseburia faecis)、丁酸厌氧棒杆菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述第二细菌分离株包含与选自SEQ IDNO:1、2、3、7、8、17、19、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述方法另外包括通过以下方式分离第三细菌分离株以并入所述微生物混合物中：(i)分析来自粪便材料的细菌的制剂中的16S rRNA序列，所述粪便材料来自：(a)一组健康受试者；(b)一组患有胃肠道疾病或病症的患者；和(c)具有所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解的一组患者，所述临床缓解是在用粪便微生物群移植治疗所述组患者中的每一名患者之后发生；以及(ii)从人类供体的粪便分离细菌分离株作为所述第三细菌分离株，所述细菌分离株包含与来自所述细菌的制剂的细菌菌株的16SrRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株(a)相对于一组患有所述胃肠道疾病或病症的患者，在一组健康受试者体内富集；和/或(b)与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关。
在实施方案中，所述第三细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。
在本文所公开的实施方案中的任一个中，所述胃肠道疾病或病症可选自炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(C.difficile infection，CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。在实施方案中，所述IBD选自溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(Crohn’s disease，CD)和贮袋炎中的一种或多种。在实施方案中，所述胃肠道疾病或病症选自选自炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。在实施方案中，所述IBD选自溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)和贮袋炎中的一种或多种。
本文公开了一种包含细菌分离株混合物的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少一种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少两种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少三种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少四种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少五种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少六种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少七种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少八种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少九种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，所述细菌分离株中的至少十种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
本文公开了一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含至少两种选自由以下组成的组的细菌分离株：直肠真杆菌、内脏臭气杆菌和变异罕见小球菌。在实施方案中，变异罕见小球菌包含与SEQ ID NO:22或SEQ ID NO:23中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，臭气杆菌包含与SEQ ID NO:2具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，直肠真杆菌包含与SEQ ID NO:8具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述至少两种细菌分离株不包括直肠真杆菌。在实施方案中，所述至少两种细菌分离株不包括内脏臭气杆菌。在实施方案中，所述至少两种细菌分离株不包括变异罕见小球菌。
在实施方案中，所述至少两种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和卵形布劳特氏菌(Blautiaobeum)。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和卵形布劳特氏菌。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、粪便罗斯氏菌和卵形布劳特氏菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株不包含卵形布劳特氏菌和丁酸厌氧棒杆菌中的至少一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、丁酸厌氧棒杆菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ IDNO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、卵形布劳特氏菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：解纤维拟杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌和丁酸厌氧棒杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌和丁酸厌氧棒杆菌。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、卵形布劳特氏菌和沙氏别样杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：解纤维拟杆菌、卵形布劳特氏菌和沙氏别样杆菌。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ IDNO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、卵形布劳特氏菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且还包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、卵形布劳特氏菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述至少两种细菌分离株包含直肠真杆菌和变异罕见小球菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含直肠真杆菌和变异罕见小球菌，并且还包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、陪伴粪球菌(Coprococcus comes)、丁酸厌氧棒杆菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含直肠真杆菌和变异罕见小球菌，并且还包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、陪伴粪球菌、丁酸厌氧棒杆菌和粪便罗斯氏菌。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，陪伴粪球菌包含与SEQ ID NO:17具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌菌株不包括以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌、解纤维拟杆菌、沙氏别样杆菌或卵形布劳特氏菌。
本文公开了一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含粪便罗斯氏菌和解纤维拟杆菌，以及普氏栖粪杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株另外包含直肠真杆菌、丁酸厌氧棒杆菌和卵形布劳特氏菌中的至少一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株不包含丁酸厌氧棒杆菌和卵形布劳特氏菌中的至少一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含以下每一种：粪便罗斯氏菌、解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、直肠真杆菌和丁酸厌氧棒杆菌。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，直肠真杆菌包含与SEQ ID NO:8具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含以下每一种：粪便罗斯氏菌、解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、直肠真杆菌和卵形布劳特氏菌。在实施方案中，粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，直肠真杆菌包含与SEQ ID NO:8具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，上述药物组合物中多种细菌分离株中的一种或多种在施用所述组合物的受试者的肠中分泌短链脂肪酸(SCFA)。在实施方案中，SCFA选自由以下组成的组：乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸、戊酸及其组合。在实施方案中，SCFA是丁酸。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少5mM。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少10mM。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少15mM。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少20mM。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少25mM。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少30mM。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少35mM。在实施方案中，所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的丁酸量是至少40mM。在实施方案中，产生至少一种SCFA的所述一种或多种细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
本文公开了一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包括含粪副拟杆菌(Parabacteroides merdae)以及芬氏别样杆菌(Alistipesfinegoldii)和昂氏别样杆菌(Alistipesonderdonkii)中的至少一种的细菌分离株。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含芬氏别样杆菌和昂氏别样杆菌两种。在实施方案中，所述多种细菌分离株不包括芬氏别样杆菌和昂氏别样杆菌中的一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株还包含以下中的至少一种：嗜粘蛋白艾克曼氏菌、长链多利菌(Dorealongicatena)、卵形布劳特氏菌、布劳特氏菌属某种(Blautia sp.)、单形拟杆菌或普通拟杆菌(Bacteroidesvulgatus)。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含粪副拟杆菌以及以下每一种：嗜粘蛋白艾克曼氏菌、芬氏别样杆菌、长链多利菌、昂氏别样杆菌、布劳特氏菌属某种、单形拟杆菌和普通拟杆菌。在实施方案中，粪副拟杆菌包含与SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，嗜粘蛋白艾克曼氏菌包含与SEQ ID NO:20具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，芬氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，长链多利菌包含与SEQ ID NO:6具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，昂氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:4具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，布劳特氏菌属某种包含与SEQ ID NO:34具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，单形拟杆菌包含与SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:16中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普通拟杆菌包含与SEQ IDNO:12具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含粪副拟杆菌以及以下每一种：嗜粘蛋白艾克曼氏菌、芬氏别样杆菌、长链多利菌、卵形布劳特氏菌、布劳特氏菌属某种、单形拟杆菌和普通拟杆菌。在实施方案中，粪副拟杆菌包含与SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，嗜粘蛋白艾克曼氏菌包含与SEQ ID NO:20具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，芬氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，长链多利菌包含与SEQ ID NO:6具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，布劳特氏菌属某种包含与SEQ ID NO:34具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，单形拟杆菌包含与SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:16中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普通拟杆菌包含与SEQ IDNO:12具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
本文公开了一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含芬氏别样杆菌以及单形拟杆菌和长链多利菌中的至少一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株不包含单形拟杆菌或长链多利菌中的一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株另外包含嗜粘蛋白艾克曼氏菌、普通拟杆菌和布劳特氏菌属某种中的至少一种。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含以下每一种：芬氏别样杆菌、单形拟杆菌、长链多利菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、普通拟杆菌和布劳特氏菌属某种。在实施方案中，芬氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，单形拟杆菌包含与SEQID NO:11具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，长链多利菌包含与SEQ IDNO:6具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，嗜粘蛋白艾克曼氏菌包含与SEQID NO:20具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，普通拟杆菌包含与SEQ IDNO:12具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，布劳特氏菌属某种包含与SEQID NO:34具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，任何上述药物组合物的多种细菌分离株包含表3中所提供的至少一种细菌分离株。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株调节真核细胞的细胞因子产生或释放。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株减少真核细胞的促炎性细胞因子的产生或释放。在实施方案中，促炎性细胞因子选自由以下组成的组：IFNγ、IL-12p70、IL-1(例如IL-1α、IL-1β)、IL-6、IL-8、IL-12、IL-17、IL-18、IL-23、MCP1、MIP1α、MIP1β、TNFα、TNF-γ及其组合。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株增加真核细胞的抗炎性细胞因子的产生或释放。在实施方案中，抗炎性细胞因子选自由以下组成的组：IL-10、IL-13、IL-4、IL-5、TGF-β及其组合。在实施方案中，抗炎性细胞因子是IL-10。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株诱导真核细胞产生或释放至少500pg/ml IL-10。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株诱导真核细胞产生或释放至少1000pg/ml IL-10。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株诱导真核细胞产生或释放至少1500pg/ml IL-10。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株诱导真核细胞产生或释放至少2000pg/ml IL-10。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株诱导真核细胞产生或释放至少2500pg/ml IL-10。在实施方案中，所述至少一种细菌分离株诱导真核细胞产生或释放至少3000pg/ml IL-10。在实施方案中，真核细胞是培养的细胞。在实施方案中，培养的细胞是外周血单核细胞(PBMC)。在实施方案中，真核细胞是被施用组合物的受试者的细胞。在实施方案中，受试者的细胞选自由以下组成的组：上皮细胞、肠固有层细胞、内皮细胞、成纤维细胞、基质细胞、巨噬细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、肥大细胞和外周血单核细胞(PBMC)。在实施方案中，受试者的细胞是上皮细胞，并且上皮细胞是肠上皮细胞。
在实施方案中，药物组合物是被配制成供口服施用的胶囊。在实施方案中，胶囊包含延迟释放涂层。在实施方案中，胶囊包含疏水性涂层。在实施方案中，药物组合物被配制成用于将微生物混合物递送至肠。在实施方案中，药物组合物被配制成用于将微生物混合物递送至小肠。在实施方案中，组合物被配制成用于将微生物混合物递送至大肠。在实施方案中，将微生物混合物冻干。在实施方案中，药物组合物另外包含药学上可接受的抗氧化剂、冷冻保护剂、冻干保护剂、粘合剂、崩解剂、赋形剂、填充剂、防腐剂、酸抑制剂、抗酸剂、H2拮抗剂和/或质子泵抑制剂中的至少一种。
在实施方案中，药物组合物是施用给患有与肠道菌群失调有关的病症的受试者。在实施方案中，所述病症选自由以下组成的组：炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌(C.difficile)感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)、抗生素诱导的副作用及其组合。
本文公开了一种治疗或预防有需要的受试者的肠易激综合征的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含解纤维拟杆菌的细菌分离株。在实施方案中，解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:26具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述方法另外包括向所述受试者施用包含内脏臭气杆菌的细菌分离株和/或包含罕见小球菌属某种的细菌分离株。
本文公开了一种制造含细菌分离株混合物的药物组合物的方法，所述方法包括基于由第一细菌分离株产生的短链脂肪酸(SCFA)量选择第一细菌分离株；基于健康人类受试者对比患有炎症性肠病的受试者中相应细菌菌株的相对丰度来选择第二细菌分离株，其中所述第二细菌分离株包含与所述相应细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16SrRNA序列；及组合所述第一细菌分离株与所述第二细菌分离株以产生细菌分离株混合物。在实施方案中，所述第一细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述第二细菌分离株包含与表4中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述方法另外包括基于所述细菌分离株对细胞因子水平的调节来选择第三细菌分离株。在实施方案中，所述第三细菌分离株包含与表3中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
本文公开了一种药物组合物，该药物组合物包含：第一人类源性细菌分离株，该细菌分离株当与真核细胞群在第一功能测定中一起培育时，诱导IL-10:IL-12比率是至少50或IL-10:TNF-α比率是至少1中的至少一种；以及第二人类源性细菌分离株，如通过第二功能测定所测量，该细菌分离株产生至少10mM浓度的短链脂肪酸(SCFA)；其中在将所述药物组合物施用给受试者之后，所述第一细菌分离株和所述第二细菌分离株能够植入受试者的肠中。
在一个方面，IL-10:IL-12比率是至少100。在一个方面，IL-10:IL-12比率是至少500。在一个方面，IL-10:IL-12比率是至少1000。在一个方面，IL-10:IL-12比率是至少2000。在一个方面，IL-10:TNF-α比率是至少2。在一个方面，IL-10:TNF-α比率是至少5。在一个方面，IL-10:TNF-α比率是至少10。在一个方面，IL-10:TNF-α比率是至少20。在一个方面，真核细胞群包含PBMC群。在一个方面，将第一人类源性细菌分离株与真核细胞群一起培育约24小时。在一个方面，SCFA是丁酸酯。在一个方面，SCFA是以至少20mM的浓度产生。在一个方面，SCFA是以至少25mM的浓度产生。在一个方面，SCFA是以至少30mM的浓度产生。在一个方面，SCFA是以至少35mM的浓度产生。在一个方面，SCFA是丁酸酯。
在一个方面，所述第二功能测定包含将第二细菌分离株与底物一起培育。在一个方面，所述底物包含低聚糖、sunfiber或大麦麦芽中的至少一种。在一个方面，低聚糖包含低聚果糖(FOS)和低聚木糖(XOS)中的至少一种。在一个方面，所述底物包含低聚果糖(FOS)和低聚木糖(XOS)两者。在一个方面，第二细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在一个方面，第二细菌分离株包含厌氧棒杆菌属某种。在一个方面，厌氧棒杆菌属某种是丁酸厌氧棒杆菌。在一个方面，第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:3的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在一个方面，第二细菌分离株包含罗斯氏菌属某种。在一个方面，罗斯氏菌属某种是粪便罗斯氏菌。在一个方面，第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:19的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在一个方面，第二细菌分离株包含真杆菌属某种。在一个方面，真杆菌属某种是直肠真杆菌。在一个方面，第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:8的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在一个方面，第二细菌分离株包含粪球菌属某种。在一个方面，粪球菌属某种是陪伴粪球菌。在一个方面，第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:17的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在一个方面，第一细菌分离株包含与表3中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S序列。
本文公开了一种治疗炎症性肠病的方法，该方法包括将药物组合物施用给有需要的受试者，该药物组合物包含第一人类源性细菌分离株和第二人类源性细菌分离株。在一个方面，所述第一细菌分离株和所述第二细菌分离株中的至少一个的剂量小于1010个细胞/毫升。
在一个方面，提供一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含解纤维拟杆菌以及以下中的至少一种：内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、普氏栖粪杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌，其中所述多种细菌分离株中的至少两种是从不同供体的粪便样品分离。
在实施方案中，所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含普氏栖粪杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含两种不同的细菌分离株，所述细菌分离株各自是菌种普氏栖粪杆菌的成员。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含变异罕见小球菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株包含粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
在一个方面，提供一种药物组合物，该药物组合物包含多种细菌分离株，其中所述多种细菌分离株包含两种不同的细菌分离株，所述细菌分离株各自为菌种普氏栖粪杆菌的成员。
在实施方案中，所述两种不同的细菌分离株是从不同人类供体的粪便样品分离。在实施方案中，所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
在一个方面，提供一种治疗或预防有需要的受试者的肠易激综合征的方法，该方法包括向该受试者施用多种细菌分离株，其中所述细菌分离株中的一种包含解纤维拟杆菌，并且其中所述多种细菌分离株中的至少两种是以不同药物组合物施用给受试者。
在实施方案中，所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。在实施方案中，所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、直肠真杆菌以及两种不同的细菌分离株，该两种不同的细菌分离株各自是菌种普氏栖粪杆菌的成员。
在一个方面，提供一种制造方法，该方法包括将解纤维拟杆菌作为纯培养物培养；及将来自解纤维拟杆菌的纯培养物的细菌冻干以产生解纤维拟杆菌冻干物。
在实施方案中，所述方法另外包括将所述解纤维拟杆菌冻干物与第二冻干物组合，其中该第二冻干物是通过将来自以下中的至少一种的纯培养物的细菌冻干产生：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
在一个方面，提供了一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株中第一细菌分离株的细胞的量比所述多种细菌分离株中第二细菌分离株的细胞的量多至少1％，其中所述多种细菌分离株选自由以下组成的组：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、变异罕见小球菌、直肠真杆菌、内脏臭气杆菌、沙氏别样杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌。
在实施方案中，第一细菌分离株的细胞量比第二细菌分离株的细胞量多至少10％。在实施方案中，第一细菌分离株包含直肠真杆菌和普氏栖粪杆菌中的一种。在实施方案中，第二细菌分离株包含沙氏别样杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌中的一种。在实施方案中，第一细菌分离株和第二细菌分离株包含普氏栖粪杆菌。在实施方案中，第一细菌分离株包含与SEQ ID NO:7具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，第二细菌分离株包含与SEQ ID NO:1具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在一个方面，提供一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株中第一细菌分离株的细胞的量比所述多种细菌分离株中第二细菌分离株的细胞的量多至少1％，其中所述第一细菌分离株和所述第二细菌分离株各自包含普氏栖粪杆菌。
在实施方案中，第一细菌分离株的细胞量比该第二细菌分离株的细胞量多至少10％。在实施方案中，第一细菌分离株包含与SEQ ID NO:7具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，第二细菌分离株包含与SEQ ID NO:1具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在一个方面，提供一种包含细菌分离株的药物组合物，其中该细菌分离株包含与细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株(i)相对于一组患有溃疡性结肠炎(UC)的患者，在一组健康受试者体内富集，和/或(ii)与在用粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者后该组患者的一种或多种UC症状的临床缓解相关，其中所述细菌菌株的横截面组合p值小于1×10-10。
在实施方案中，细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，细菌分离株包含以下中的至少一种：内脏臭气杆菌、直肠真杆菌、解纤维拟杆菌和沙氏别样杆菌。在实施方案中，细菌菌株的横截面组合p值小于1×10-14。在实施方案中，细菌分离株包含内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。在实施方案中，细菌菌株的横截面组合p值小于1×10-20。在实施方案中，细菌分离株包含沙氏别样杆菌。在实施方案中，沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少97％同一性的16SrRNA序列。
在一个方面，提供一种治疗炎症性肠病的方法，该方法包括向有需要的受试者施用本文所描述的药物组合物。
本文所描述的任何方面或实施方案均可与本文所公开的任何其他方面或实施方案组合。
附图说明
图1A是显示短链脂肪酸(SCFA)定量测定的结果的图，该测定测量在底物缓冲液中培育二十四小时后由各种细菌分离株分泌的丁酸酯的浓度(以mM计)。图1B显示针对碳计数归一化的转化的丁酸酯的百分比。
图2显示在向受试者施用含有菌株的未培养的粪便细菌后，对应于各种细菌分离株的细菌菌株的剂量与菌株植入之间的关系。
图3A-E显示当与用诱导炎症的大肠杆菌处理过的PBMC一起培育时，含8种菌株的细菌混合物对IL-23(图3A)、TNF-α(图3B)、IL-10(图3C)、IFN-γ(图3D)和IL-12p70(图3E)的抗炎作用。
图4A-E显示当与用诱导炎症的大肠杆菌处理过的PBMC一起培育时，含7种菌株的细菌混合物对IL-23(图4A)、TNF-α(图4B)、IL-10(图4C)、IFN-γ(图4D)和IL-12p70(图4E)的抗炎作用。
图5显示在向无菌小鼠施用包含四种细菌分离株的药物组合物之后所述细菌分离株的植入情况。
具体实施方式
本文描述可用于有效预防和/或治疗与肠道菌群失调有关的各种病症的细菌分离株和细菌分离株混合物。
除非本文另外定义，否则术语应根据相关领域的普通技术人员的常规用法来理解。
除非上下文另外明确指出，否则如本公开和所附权利要求书的描述中所使用，单数形式“一”和“所述”也意图包括复数形式。
如本文所使用，“和/或”是指且涵盖相关所列项目中一个或多个的任何和所有可能组合，并且在以替代选择(“或”)方式解释时不存在组合。
当涉及如百分比、密度、体积之类可测量值时，本文所使用的术语“约”和“大约”意图涵盖指定量的20％、19％、18％、17％、16％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％或甚至0.1％的变化。
如本文所使用，术语“基本上”当用于修饰质量时，一般在不损失该质量的情况下允许一定程度的变化。例如，在某些方面，此类变化程度可小于0.1％、约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.4％、约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、在1％-2％之间、在2％-3％之间、在3％-4％之间、在4％-5％之间或大于5％。
如本文所使用，术语“治疗”是指(i)完全或部分抑制疾病、病症或疾患，例如停滞其发展；(ii)完全或部分缓解疾病、病症或疾患，例如使该疾病、病症和/或疾患消退；或(iii)完全或部分预防可能易患疾病、病症和/或疾患但尚未被诊断患有该疾病、病症和/或疾患的患者发生该疾病、病症或疾患。类似地，“治疗”是指治疗性治疗和预防性或防治性措施。
如本文所使用，“治疗有效量”或“药物活性剂量”是指有效治疗所述疾病、病症或疾患的组合物的量。
如本文所使用，“微生物群”和“植物群”是指可持续地且短暂地在受试者体内或受试者身体上存活的微生物群落，包括真核生物、古细菌、细菌和病毒(包括细菌病毒(即，噬菌体))。未选择的粪便微生物群是指来源于供体粪便样品且未加选择的粪便微生物群落或混合物，该群落或混合物基本上类似于该粪便样品中所发现的微生物成分和种群结构。
如本文所使用，“无菌粪便滤液”或“非细胞粪便滤液”是指粪便材料的液体组分，其中该液体组分不含或基本上不含基于细胞的活生物体(例如细菌、真菌或其孢子)，但保留有噬菌体和非细胞生物材料。在实施方案中，非细胞或无菌粪便滤液也不含真核宿主细胞的病毒。
如本文所使用，“真核的”是指属于含有细胞核和膜结合的细胞器的细胞。
如本文所使用，“细菌(bacteria/bacterium)”和“古细菌”是指缺乏膜结合的细胞核和细胞器的单细胞原核生物。
如本文所使用，“菌落形成单位”(cfu)是指给定样品中存活的微生物细胞数量的估算值。
如本文所使用，“存活的”意谓具有繁殖能力。在一个实施方案中，细菌孢子是存活的。在另一个实施方案中，营养细菌细胞是存活的。
如本文所使用，“粪便细菌”是指可在粪便物中发现的细菌。
如本文所使用，“分离的”或“纯化的”是指这样一种细菌或其他实体或物质，该细菌或其他实体或物质(1)与在最初产生时其所缔合的至少一些组分分离(无论是在自然界中还是在实验背景中)和/或(2)是人工产生、制备、纯化和/或制造的。分离或纯化的细菌可与其最初所缔合的至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更高百分比的其他组分分离。
如本文所使用，“细胞毒性”活性或细菌包括杀死细菌细胞，如致病性细菌细胞的能力。“抑制细胞生长”的活性或细菌包括部分或完全抑制细菌细胞，如致病性细菌细胞的生长、代谢和/或增殖的能力。
如本文所使用，关于细菌或任何其他生物体或实体的术语“病原体”和“致病性”包括能够引起或影响含有该生物体或实体的宿主生物体的疾病、病症或疾患的任何此类生物体或实体。
如本文所使用，“孢子”或“孢子”群包括大体上存活，对环境影响，如对热和杀菌剂的抗性大于该细菌的营养形式，并且典型地能够发芽和长出的细菌(或其他单细胞生物体)。“孢子形成菌”或“能够形成孢子”的细菌是指含有能够在适合环境条件下产生孢子的基因和其他必要能力的细菌。
如本文所使用，两种或更多种细菌的“组合”包括两种细菌在同一材料或产品中或在以物理方式连接的产品中的物理共存，以及该两种细菌在时间上的共同施用或共定位。
如本文所使用，“细菌分离株”是指由单个前代细菌细胞(例如通过培养细菌)经二分裂增殖而产生的基本上遗传相同的细菌细胞群。典型地，细菌分离株最初是以遗传纯细胞或细胞群形式分离，例如以固体培养基上的单个菌落形式或通过在液体培养物中的连续稀释液分离，并且之后储存(例如以冷冻储备液形式)以提供分离株的一致且稳定来源。在分离后，在一些实施方案中，细菌分离株可以呈纯细胞群形式生长；在其他实施方案中，细菌的多个分离株可以呈混合培养物形式在同一容器中同时生长。术语“基本上遗传相同”是指在未污染混合物中的不同细胞由于自共同的前代细胞增殖而共有极高(>99％)的遗传同一性，但由于相对罕见的突变积累而造成群体内极少的遗传差异。一般而言，细菌分离株与培养的细胞群同义。典型地，细菌分离株由非致病性细菌组成。
如本文所使用，术语“微生物混合物”，有时称为“微生物群体”或“合成细菌混合物”或“细菌混合物”，是指包含多种细菌分离株的确定的群体的经过工程改造的组合物(例如药物组合物)。术语“多种细菌分离株的确定的群体”意谓，微生物混合物含有两种或更多种细菌分离株，并且该混合物中各细菌分离株的数量和属性是已知的，并由此该混合物可一致地以在单独批次间具有稳定特性的药物组合物形式产生(例如通过组合分离的细菌菌株)。在本文中，细菌分离株的“属性”可以指所述分离株的任何特征，该特征独特地将该分离株鉴别为不同于一种或多种其他分离株或细菌菌株。鉴别特征的实例包括DNA序列，如16S rRNA序列、一个或多个编码或非编码区的序列以及整个基因组序列、基因表达量、生理或代谢性状、或解剖学性状，如染色图案或细胞壁特征。
本文所述的微生物混合物或群体(例如来源于粪便来源的细菌菌株)可与包含“未培养的粪便微生物群”的组合物(例如药物组合物)区分开，该未培养的粪便微生物群是指至少部分提取或纯化自粪便样品，而未在培养基中培养菌株的多种细菌菌株的混合物。自粪便样品中提取微生物群或粪便细菌群的步骤可包括例如将粪便样品均质化并过滤以将粪便细菌菌株与非细胞粪便材料，如纤维和粗糙颗粒状物质，以及例如真核宿主细胞和病毒分离。在一些实施方案中，包含未培养的粪便微生物群的药物组合物的制备可涉及自微生物群移除某些类型(例如某种)的细菌和/或将一种或多种细菌菌株添加至微生物群中。在某些实施方案中，药物组合物可包含一种或多种培养的细菌菌株(例如细菌分离株)与未培养的粪便微生物群的组合。
在本文中，“未培养的粪便细菌”或“未培养的粪便细菌的制剂”是指包含多种非致病性存活细菌菌株的制剂，这些细菌菌株是自一个或多个粪便样品收集、提取或纯化，而未培养菌株(例如在培养基中培养)。所述未培养的粪便细菌的制剂又可称为未培养的粪便细菌的集合或未培养的粪便细菌群。在某些实施方案中，未培养的粪便微生物群包含未培养的粪便细菌的制剂。
本公开涵盖包含细菌分离株(例如单个微生物分离株或微生物混合物)以及未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂的组合物(例如药物组合物)。例如，在某些实施方案中，组合物可包含基本上全部粪便微生物群或自补充或“掺加”一种或多种细菌分离株的健康受试者的粪便样品提取或纯化的未培养的粪便细菌的制剂。
在本文中，术语“微生物混合物”和“微生物治疗剂”旨在广泛地涵盖并入细菌分离株、微生物混合物、未培养的粪便细菌的制剂和/或未培养的粪便微生物群的任何组合物或治疗。
在本文中，当用于指16S rRNA序列时，“具有至少95％同一性”是指受试者DNA序列与参考DNA序列共有至少95％、至少95.5％、至少96％、至少96.5％、至少97％、至少97.5％、至少98％、至少98.5％、至少99％、至少99.5％或100％同一性。
如本文所使用，“受试者”是指任何动物受试者，包括人、实验动物(例如灵长类动物、大鼠、小鼠)、家畜(例如牛、绵羊、山羊、猪、火鸡、鸡)和家庭宠物(例如犬、猫、啮齿动物等)。在一些实施方案中，受试者和/或动物是哺乳动物，例如人、小鼠、大鼠、豚鼠、犬、猫、马、牛、猪、兔、绵羊或非人类灵长类动物，如猴、黑猩猩或狒狒。在其他实施方案中，受试者和/或动物是非哺乳动物，如斑马鱼。优选受试者是人类受试者。人类受试者可为儿童、成年或老年受试者。在一些实施方案中，术语“患者”与“受试者”可互换使用。
如本文所使用，“香农多样性指数(Shannon Diversity Index)”是指使用以下公式解释给定群落中存在的物种的丰度和均一性的多样性指数：
Figure BDA0003553229680000271
其中H是香农多样性指数，R是群落中物种的总数，并且pi是R中第i个物种所占的比例。较高的值表示多样性且均等分布的群落，并且值0表示给定群落中仅存在一个物种。关于更多参考，参阅Shannon和Weaver,(1949)The mathematical theory ofcommunication.The University of Illinois Press,Urbana.第117页。
如本文所使用，“抗生素”是指用于通过杀死细菌，抑制细菌生长或降低细菌活力来治疗和/或预防细菌感染的物质。
如本文所使用，“间歇性给药时程”是指这样一种给药时程，其中药物组合物施用一段时间(初始治疗期)，随后为第二时间段，在该第二时间段中，停止用该药物组合物进行的治疗(停药期)。停药期之后可任选地为第三时间段，在该第三时间段中，再施用该治疗(与初始治疗期中的剂量相同或不同)，根据需要，随后可为其他停药期和治疗期。间歇性给药方案可表示为以天数或周数计的治疗期/以天数或周数计的停药期。例如，4/1间歇性给药时程是指治疗期为四周/天且停药期是一周/天的间歇性给药时程，视情况而定。
如本文所使用，“连续给药时程”是指在治疗期间施用药物组合物且无停药期的给药时程。在连续给药时程的整个治疗期间，药物组合物可例如每天、或每隔一天、或每三天施用。在施用药物组合物的当天，该药物组合物可在一天内以单次剂量或以多次剂量施用。
如本文所使用，“给药频率”是指在给定时间内施用药物组合物的剂量的频率。给药频率可以表示为给定时间内的剂量数，例如每天一次、一周一次或两周一次。
如本文所使用，“给药间隔”是指在施用给受试者的连续剂量的药物组合物之间所经过的时间量。
如本文所使用，“与肠道菌群失调有关的病症”或“与GI菌群失调有关的病症”或“菌群失调”是指由非典型或不健康微生物组所引起的病症或疾病，例如该病症或疾病包含某些不合需要的细菌菌株和/或缺乏某些合需要的细菌菌株。实例包括但不限于炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。IBD的实例包括溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)和贮袋炎。
在一个方面，受试者已被诊断患有与肠道菌群失调有关的病症。在另一个方面，所治疗的受试者有患待预防的与肠道菌群失调有关的病症的风险或易患该病症。在各方面，所治疗的受试者是待预防与肠道菌群失调有关的病症的受试者。
细菌分离株和微生物混合物
本文描述细菌分离株和细菌分离株的微生物混合物的药物组合物、配制物、制造方法以及所述细菌分离株和细菌分离株的微生物混合物在治疗与肠道菌群失调有关的各种病症，例如胃肠道病症方面的用途。
在各方面，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株包含与表1中所提供的细菌分离株中的一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性(例如具有至少95％同一性、至少95.5％同一性、至少96％同一性、至少96.5％同一性、至少97％同一性、至少97.5％同一性、至少98％同一性、至少98.5％同一性、至少99％同一性、至少99.5％同一性或100％同一性)的16S rRNA序列。在实施方案中，所述组合物包含单一细菌分离株。在实施方案中，所述组合物是微生物混合物，该微生物混合物包含至少两种细菌分离株、至少三种细菌分离株、至少四种细菌分离株、至少五种细菌分离株、至少六种细菌分离株、至少七种细菌分离株、至少八种细菌分离株、至少九种细菌分离株、至少十种细菌分离株或更多数量的细菌分离株，例如十五种、二十种、二十五种、三十种或更多种细菌分离株。在实施方案中，所述例如三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或十种细菌分离株各自包含与表1中所提供的细菌分离株中的一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在一个方面，本文施用的药物组合物包含粪便细菌。在一个方面，本文施用的药物组合物包含一种或多种自健康人类供体的粪便样品提取、分离和/或培养的细菌分离株。在一个方面，本文施用的药物组合物包含一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、或者五种或更多种选自由以下组成的组的分离、纯化或培养的微生物：艾克曼氏菌属、别样杆菌属、厌氧棒杆菌属、芽孢杆菌属(Bac illus)、拟杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、柯林斯氏菌属(Collinsella)、粪球菌属、多利菌属、真杆菌属、栖粪杆菌属、梭杆菌属、臭气杆菌属、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacteriu m)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、罗斯氏菌属、罕见小球菌属、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、埃希氏菌属(E scherichia)、芽殖菌属(Gemmiger)、脱硫单胞菌属(Desulfomonas)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)及其组合。
在一个方面，本文施用的药物组合物包含至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、或至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、或至少十二种选自由以下组成的组的粪便微生物(例如细菌分离株)：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、昂氏别样杆菌、腐烂别样杆菌(Alistipesputredinis)、粪副拟杆菌、长链多利菌、直肠真杆菌、卵形布劳特氏菌、布劳特氏菌属某种、单形拟杆菌、普通拟杆菌、解纤维拟杆菌、芬氏别样杆菌、陪伴粪球菌、沙氏别样杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、粪便考拉杆菌(Phascolarctobacterium faecium)、变异罕见小球菌及其组合。在实施方案中，细菌分离株包含内脏臭气杆菌。在实施方案中，包含臭气杆菌属某种的细菌分离株包含软似羊毛臭气杆菌(Odoribact erlaneus)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含卵形布劳特氏菌(Blautiaobeum)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含马塞布劳特氏菌(Blautiamassiliensis)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含球形布劳特氏菌(B lautiacoccoides)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含生产布劳特氏菌(Blautiaproducta)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含施氏布劳特氏菌(Blautiaschinkii)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含嗜氢布劳特氏菌(Blautiahydrogenotrophica)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含鲁氏布劳特氏菌(Blautialuti)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含汉森布劳特氏菌(Blautiahanseni i)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含粪便布劳特氏菌(Blautiafaecis)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含粪堆布劳特氏菌(Blautiastercoris)。在实施方案中，包含布劳特氏菌属某种的细菌分离株包含韦氏布劳特氏菌(Blautiawexlera e)。
在一个方面，本文施用的药物组合物不包含活的拟杆菌属、梭杆菌属、丙酸杆菌属、乳酸杆菌属、瘤胃球菌属、大肠杆菌、芽殖菌属、脱硫单胞菌属、消化链球菌属、双歧杆菌属、念珠菌属或其任何组合。在另一个方面，本文施用的药物组合物不包含活的脆弱拟杆菌普通亚种(Bacteroides fragilis sp.vulgatus)、产气柯林斯菌(Collinsellaaerofaciens)、脆弱拟杆菌多形亚种(Bacteroides fragilis sp.thetaiotaomicro n)、生产消化链球菌(Peptostreptococcusproductus)II、狄氏副拟杆菌(P arabacteroidesdistasonis)、普拉梭杆菌(Fusobacterium prausnitzii)、规则粪球菌(Coprococcuseutactus)、产气柯林斯菌(Collinsellaaerofacie ns)III、生产消化链球菌(Peptostreptococcusproductus)I、布氏瘤胃球菌(Ruminococcusbromii)、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescenti s)、甲酸芽殖菌(Gemmigerformicilis)、长双歧杆菌(Bifidobacterium lo ngum)、惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)、扭链瘤胃球菌(Ruminococc us torques)、直肠真杆菌(Eubacteriumrectale)、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、柔嫩梭菌(Clostridiu m leptum)、脆弱拟杆菌亚种A、两形真杆菌(Eubacteriumbiforme)、婴儿双歧杆菌(Bifidobacteriuminfantis)、直肠真杆菌III-F、陪伴粪球菌(Coprococcus comes)、多毛假黄杆菌(Pseudoflavonifractorcapillosu s)、白色瘤胃球菌(Ruminococcusalbus)、产蚁酸多利菌(Doreaformicig enerans)、霍氏真杆菌(Eubacteriumhallii)、凸腹真杆菌(Eubacteriumve ntriosum)I、拉氏梭杆菌(Fusobacterium russi)、卵瘤胃球菌(Ruminococcusobeum)、直肠真杆菌、多枝梭菌(Clostridium ramosum)、莱希曼氏乳杆菌(Lactobacillus leichmannii)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcuscal lidus)、穗状丁酸弧菌(Butyrivibriocrossotus)、发酵胺基酸球菌(Acida minococcusfermentans)、凸腹真杆菌、脆弱拟杆菌脆弱亚种(Bacteroid es fragilis sp.fragilis)、拟杆菌AR、尖锐粪球菌(Coprococcuscatus)、丁酸厌氧棒杆菌、圆柱状真杆菌(Eubacteriumcylindroides)、反刍动物真杆菌(Eubacteriumruminantium)、真杆菌CH-1、表皮葡萄球菌(Stap hylococcusepidermidis)、消化链球菌(Peptostreptococcus)BL、粘液真杆菌(Eubacteriumlimosum)、极尖泰氏菌(Tissirellapraeacuta)、拟杆菌L、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)I、舟形梭杆菌(Fusoba cterium naviforme)、无害梭菌(Clostridium innocuum)、多枝梭菌、痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、生黄瘤胃球菌(Ruminococcusflavefaciens)、瘤胃球菌AT、消化球菌AU-1、脆弱拟杆菌卵形亚种(B acteroides fragilissp.ovatus)、d亚种、f亚种；拟杆菌L-1、L-5；具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、死亡梭杆菌(Fusobacterium mor tiferum)、大肠杆菌、麻疹孪生球菌(Gemellamorbillorum)、大芬戈尔德氏菌(Finegoldia magnus)、消化球菌G、-AU-2；中间链球菌(Strept ococcusintermedius)、酸奶瘤胃球菌(Ruminococcuslactaris)、瘤胃球菌CO、芽殖菌X、粪球菌BH、-CC；纤细真杆菌(Eubacterium tenu e)、细枝真杆菌(Eubacteriumramulus)、梭形拟杆菌梭形亚种(Bacteroi des clostridiiformissp.clostridliformis)、凝固拟杆菌(Bacteroides coag ulans)、口腔普雷沃氏菌(Prevotellaoralis)、栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevot ellaruminicola)、臭气杆菌属某种(例如内脏臭气杆菌和/或软似羊毛臭气杆菌)、惰性去硫单胞菌(Desuifomonaspigra)、乳杆菌(Lactobacillus)G、琥珀酸弧菌A(Succinivibrio A)或其组合。
在各个实施方案中，本文所述的细菌分离株包含自人类分离或纯化的细菌。在各个实施方案中，并入本文所述的微生物混合物中的细菌分离株的全部或子集是从人类分离或纯化。例如，可自针对感染源进行预先筛查的一名或多名健康人类供体的粪便样品纯化或分离一种或多种细菌分离株。在其他实施例中，细菌分离株可自胃肠道中的流体的抽吸物或自胃肠道中的部位的粘膜活检体分离或纯化。
在实施方案中，药物组合物或微生物混合物包含从多名人类供体的粪便样品分离或纯化的多种细菌分离株。在实施方案中，药物组合物或微生物混合物包含从仅一名人类供体的一个或多个粪便样品分离或纯化的多种细菌分离株。
在一些实施方案中，并入本文所述的药物组合物中的细菌分离株包含活的营养细胞。在一些实施方案中，细菌分离株包含能够形成孢子的细菌。在一些实施方案中，细菌分离株包含呈孢子形式，例如呈活孢子形式的细菌。在一些实施方案中，细菌分离株包含呈活营养细胞和孢子形式的细菌。在一些实施方案中，细菌分离株基本上不含活的营养细胞。在一些实施方案中，整个微生物混合物基本上不含活的营养细胞。在一些实施方案中，细菌分离株基本上不含孢子。在一些实施方案中，整个微生物混合物基本上不含孢子。
在各方面，药物组合物包含表1中所提供的至少一种细菌分离株，或包含与表1中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株。在某些实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含表1中所提供的至少两种细菌分离株，或包含与表1中所提供的一种或多种细菌分离株的16SrRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的至少两种细菌分离株。表1中的每种细菌分离株均通过拉丁名、标识号(ID编号)及其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)标识。
表1
Figure BDA0003553229680000331
Figure BDA0003553229680000341
在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含约2至约50种细菌分离株、约3至约50种细菌分离株、约3至约45种细菌分离株、约3至约40种细菌分离株、约3至约35种细菌分离株、约3至约30种细菌分离株、约3至约20种细菌分离株、约3至约15种细菌分离株、约3至约10种细菌分离株及约3至约9种细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含约30种细菌分离株、或约29种细菌分离株、或约28种细菌分离株、或约27种细菌分离株、或约26种细菌分离株、或约25种细菌分离株、或约24种细菌分离株、或约23种细菌分离株、或约22种细菌分离株、或约21种细菌分离株、或约19种细菌分离株、或约18种细菌分离株、或约17种细菌分离株、或约16种细菌分离株、或约15种细菌分离株、或约14种细菌分离株、或约13种细菌分离株、或约12种细菌分离株、或约11种细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包括含10种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含9种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含8种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含7种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含6种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含5种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含4种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含3种细菌分离株的微生物混合物。在实施方案中，药物组合物包括含2种细菌分离株的微生物混合物。
在实施方案中，微生物混合物包含至少两种细菌分离株、至少三种细菌分离株、至少四种细菌分离株、至少五种细菌分离株、至少六种细菌分离株、至少七种细菌分离株、至少八种细菌分离株、至少九种细菌分离株、至少十种细菌分离株、或更多数量的细菌分离株，例如十五、二十、二十五、三十种或更多种细菌分离株。在实施方案中，所述三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或十种细菌分离株各自包含与表1中所提供的细菌分离株中至少一个的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含表1中所提供的约6至约20种细菌分离株，或具有与表1中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列，或例如约6至约15种细菌分离株、约6至约10种细菌分离株、约6至约9种细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含表1中所提供的30种细菌分离株、或29种细菌分离株、或28种细菌分离株、或27种细菌分离株、或26种细菌分离株、或25种细菌分离株、或24种细菌分离株、或23种细菌分离株、或22种细菌分离株、或21种细菌分离株、或20种细菌分离株、或19种细菌分离株、或18种细菌分离株、或17种细菌分离株、或16种细菌分离株、或15种细菌分离株、或14种细菌分离株、或13种细菌分离株、或12种细菌分离株、或11种细菌分离株、或10种细菌分离株、或9种细菌分离株、或8种细菌分离株、或7种细菌分离株、或6种细菌分离株、或5种细菌分离株、或4种细菌分离株、或3种细菌分离株、或2种细菌分离株、或1种细菌分离株，或具有与表1中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含8种表1中所提供的细菌分离株，或具有与表1中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含7种表1中所提供的细菌分离株，或具有与表1中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含6种表1中所提供的细菌分离株，或具有与表1中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含一种表1中所提供的细菌分离株，或具有与表1中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，并入本文所述的药物组合物中的细菌分离株能够改善施用该组合物的受试者的健康。在实施方案中，细菌分离株通过诱导或影响在受试者体内起作用以影响受试者健康的一种或多种生物机制来影响受试者的健康。示例性机制包括由受试者肠道中的细菌分离株产生SCFA或通过细菌分离株调节受试者细胞(例如肠细胞)的细胞因子产生和/或释放。在另一个实施例中，相对于患有肠道菌群失调的患者，细菌分离株在健康人类受试者的肠道或粪便微生物群中更为丰富，或者相对于患有肠道菌群失调的患者，细菌分离株在自肠道菌群失调缓解的人类受试者中更为丰富。健康受试者的肠道中细菌分离株的丰度增加可指示该细菌分离株对受试者的健康具有积极影响，即使细菌分离株产生其影响的确切作用机制可能尚不了解(即，细菌分离株对受试者的健康的影响机制不可知)。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株具有产生一种或多种SCFA、或增强由一种或多种细菌菌株产生SCFA的能力。如本文所使用，‘SCFA’是指具有含一至六个碳原子的脂肪族尾的脂肪酸。SCFA可由细菌在细菌代谢过程中产生，如在例如碳水化合物、蛋白质、肽和糖蛋白前体的发酵过程中产生。示例性SCFA包括但不限于乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸和戊酸。不希望受理论束缚，认为SCFA在维持结肠粘膜健康中起到重要作用，并且肠道产SCFA细菌的存在与某些肠道菌群失调，如UC的持续临床缓解相关。因此，在一些实施方案中，并入本文所述的药物组合物中的细菌分离株可产生一种或多种SCFA。例如，在将组合物(例如包含微生物混合物)施用给受试者(例如患有UC的受试者)之后，细菌分离株可在受试者的肠道中产生一种或多种SCFA。在另一个实施例中，细菌分离株可在体外测定中产生一种或多种SCFA，该测定能够检测和/或测量细菌的SCFA产生情况。
在实施方案中，本文所述的细菌分离株产生选自由以下组成的组的SCFA：乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸、戊酸及其组合。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株在24小时的时间期间产生至少5mM、至少10mM、至少15mM、至少20mM、至少25mM、至少30mM、至少35mM、至少40mM、至少45mM、至少50mM、至少60mM、至少70mM、至少80mM、至少90mM、至少100mM、至少110mM、至少120mM、至少130mM、至少140mM、至少150mM或高于150mM浓度的SCFA(例如丁酸酯)。在一个实施方案中，SCFA是在功能测定(即，离体进行且设计成用于测量在一定时间段(例如24小时)期间由细菌分离株、微生物混合物、未培养的粪便细菌的制剂或未培养的粪便微生物群产生的SCFA的浓度或量的测定)中测量。例如，功能测定可包含将一种或多种细菌分离株与底物一起培育(例如24小时)；以及在底物代谢后，测量由该一种或多种细菌分离株产生的SCFA(例如丁酸酯)的量。在实施方案中，底物可包含低聚糖(例如低聚果糖(FOS)或低聚木糖(XOS))、sunfiber/部分水解的瓜尔豆胶(PHGG)或大麦麦芽中的至少一种。
在一个实施方案中，SCFA是在施用本文所述的组合物的受试者的肠中产生。
在一个实施方案中，药物组合物包含内脏臭气杆菌，其中该内脏臭气杆菌在24小时的时间段内产生至少20mM、至少21mM、至少22mM、至少23mM、至少24mM、至少25mM、至少26mM、至少27mM、至少28mM、至少29mM、至少30mM、至少31mM、至少32mM、至少33mM、至少34mM、至少35mM、至少36mM、至少37mM、至少38mM、至少39mM、至少40mM、至少41mM、至少42mM、至少43mM、至少44mM、至少45mM、至少46mM、至少47mM、至少48mM、至少49mM、至少50mM或高于50mM浓度的SCFA(例如丁酸酯)。在一个实施方案中，内脏臭气杆菌包含与SEQ ID NO:2具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。
在一个实施方案中，药物组合物包含罗斯氏菌属某种(例如粪便罗斯氏菌)，其中罗斯氏菌属某种在24小时的时间段内产生至少20mM、至少21mM、至少22mM、至少23mM、至少24mM、至少25mM、至少26mM、至少27mM、至少28mM、至少29mM、至少30mM、至少31mM、至少32mM、至少33mM、至少34mM、至少35mM、至少36mM、至少37mM、至少38mM、至少39mM、至少40mM、至少41mM、至少42mM、至少43mM、至少44mM、至少45mM、至少46mM、至少47mM、至少48mM、至少49mM、至少50mM或高于50mM浓度的SCFA(例如丁酸酯)。在一个实施方案中，罗斯氏菌属某种包含与SEQ ID NO:19具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。
在一个实施方案中，药物组合物包含真杆菌属某种(Eubacteria sp.)(例如直肠真杆菌(Eubacteria rectale))，其中该真杆菌属某种在24小时的时间段内产生至少20mM、至少21mM、至少22mM、至少23mM、至少24mM、至少25mM、至少26mM、至少27mM、至少28mM、至少29mM、至少30mM、至少31mM、至少32mM、至少33mM、至少34mM、至少35mM、至少36mM、至少37mM、至少38mM、至少39mM、至少40mM、至少41mM、至少42mM、至少43mM、至少44mM、至少45mM、至少46mM、至少47mM、至少48mM、至少49mM、至少50mM或高于50mM浓度的SCFA(例如丁酸酯)。在一个实施方案中，真杆菌属某种包含与SEQ ID NO:8具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。
在一个实施方案中，药物组合物包含粪球菌属某种(例如陪伴粪球菌)，其中该粪球菌属某种在24小时的时间段内产生至少20mM、至少21mM、至少22mM、至少23mM、至少24mM、至少25mM、至少26mM、至少27mM、至少28mM、至少29mM、至少30mM、至少31mM、至少32mM、至少33mM、至少34mM、至少35mM、至少36mM、至少37mM、至少38mM、至少39mM、至少40mM、至少41mM、至少42mM、至少43mM、至少44mM、至少45mM、至少46mM、至少47mM、至少48mM、至少49mM、至少50mM或高于50mM浓度的SCFA(例如丁酸酯)。在一个实施方案中，粪球菌属某种包含与SEQID NO:17具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。
在一个实施方案中，药物组合物包括含两种或更多种细菌分离株的微生物混合物，所述细菌分离株包含内脏臭气杆菌、罗斯氏菌属某种(例如粪便罗斯氏菌)、真杆菌属某种(例如直肠真杆菌)或粪球菌属某种(例如陪伴粪球菌)，其中该微生物混合物在24小时的时间段内产生至少20mM、至少21mM、至少22mM、至少23mM、至少24mM、至少25mM、至少26mM、至少27mM、至少28mM、至少29mM、至少30mM、至少31mM、至少32mM、至少33mM、至少34mM、至少35mM、至少36mM、至少37mM、至少38mM、至少39mM、至少40mM、至少41mM、至少42mM、至少43mM、至少44mM、至少45mM、至少46mM、至少47mM、至少48mM、至少49mM、至少50mM、至少60mM、至少65mM、至少70mM、至少75mM、至少80mM、至少85mM、至少90mM、至少95mM、至少100mM、至少105mM、至少110mM、至少115mM、至少120mM、至少125mM、至少130mM、至少135mM、至少140mM、至少145mM、至少150mM或高于150mM浓度的SCFA(例如丁酸酯)。在一个实施方案中，内脏臭气杆菌包含与SEQ ID NO:2具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。在一个实施方案中，罗斯氏菌属某种包含与SEQ ID NO:19具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。在一个实施方案中，真杆菌属某种包含与SEQ ID NO:8具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。在一个实施方案中，粪球菌属某种包含与SEQ ID NO:17具有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。
另外，在一些实施方案中，在先前具有功能缺陷型微生物群落(例如IBD患者的微生物群落)且展现的SCFA产量低于健康受试者的SCFA产量的受试者中，以本文所述的组合物施用的一种或多种细菌分离株可产生与健康受试者相当的SCFA量。
在某些实施方案中，当细菌分离株和细菌菌株一起存在于共同微生物群中时，本文所述的细菌分离株可诱导一种或多种细菌菌株产生一种或多种SCFA。例如，细菌分离株在以本文所述的组合物施用给受试者时，可诱导受试者肠道微生物群内生(即，在施用微生物混合物之前存在于受试者的肠道中)的一种或多种细菌菌株产生一种或多种SCFA。在另一个实施例中，以本文所述的组合物施用给受试者的细菌分离株可诱导施用给受试者的第二细菌分离株(以相同或不同组合物施用)产生一种或多种SCFA。不希望受理论束缚，诱导第二细菌分离株产生SCFA可涉及例如第一细菌分离株产生和释放(例如通过分泌)一种或多种化合物，该一种或多种化合物可被第二细菌分离株利用以产生SCFA。在一个实施例中，被第二细菌菌株使用而产生SCFA的由第一细菌分离株产生和释放的化合物是琥珀酸酯、乳酸或乳酸衍生物。在一个实施方案中，第二细菌分离株响应于暴露于第一细菌分离株产生的化合物(例如乳酸或乳酸衍生物)而产生的SCFA是丁酸。乳酸衍生物的非限制性实例包括异硬脂酰乳酸钠、乳酸钠、乳酸钙、乳酸铝、乳酸铵、乳酸钾、乳酸鲸蜡酯、乳酸肉豆蔻酯、硬脂酰乳酸钠、丙交酯、乳酸丁酯及乳酸乙酯。
在实施方案中，本文所述的药物组合物中包括的产乳酸细菌分离株(即，第一细菌分离株)属于双歧杆菌属。例如，产乳酸细菌分离株可属于长双歧杆菌或青春双歧杆菌。在实施方案中，第二细菌分离株(例如与第一细菌分离株一起包括在本文所述的微生物混合物中或单独组合物中)能够使用由双歧杆菌产生的乳酸产生一种或多种SCFA。在某些实施例中，第二细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株中的一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，并入药物组合物中的细菌分离株能够在施用该混合物后使用由肠道微生物群产生的乳酸来产生一种或多种SCFA。在某些实施例中，细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株中的一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，在将第一细菌分离株和第二细菌分离株施用给受试者(例如呈微生物混合物形式或单独组合物形式)时，第一细菌分离株产生并分泌乳酸，并且第二细菌分离株利用乳酸产生一种或多种SCFA(例如丁酸酯)。因此，施用给受试者的多种细菌分离株可在受试者的肠道内协同相互作用以产生用于治疗受试者的肠道菌群失调(例如IBD或溃疡性结肠炎)的治疗作用(例如产生一种或多种SCFA)。
在实施方案中，本文所述的一种或多种细菌分离株可与包括一种或多种细菌菌株的益生菌一起施用，该一种或多种细菌菌株当施用给受试者时产生并释放化合物，该化合物可被细菌分离株使用以产生一种或多种SCFA。例如，益生菌可包括一种或多种属于双歧杆菌属的细菌菌株(例如青春双歧杆菌或长双歧杆菌)。在实施方案中，益生菌可在施用细菌分离株的同时、在施用细菌分离株之前或在施用细菌分离株之后施用给受试者。在实施方案中，药物组合物包含益生菌和细菌分离株。在其他实施方案中，益生菌和细菌分离株是在单独组合物中。在一些实施方案中，所述组合物包含细菌分离株的微生物混合物。
在实施方案中，本文所述的一种或多种细菌分离株可与提供营养物的益生元(prebiotic)(例如包含乳酸和/或高纤维)一起施用，该益生元当被细菌分离株利用(例如被代谢)时，可促进受试者的治疗作用(例如产生SCFA)。在实施方案中，益生元可在施用细菌分离株的同时、在施用细菌分离株之前或在施用细菌分离株之后施用给受试者。在实施方案中，药物组合物包含益生元和细菌分离株。在其他实施方案中，益生元和细菌分离株是在单独组合物中。在一些实施方案中，所述组合物包含细菌分离株的微生物混合物。在一些实施方案中，益生元选自由以下组成的组：氨基酸、乳酸、硝酸铵、直链淀粉、大麦覆盖物(barley mulch)、生物素、碳酸盐、纤维素、甲壳质、胆碱、低聚果糖(FOS)、果糖、低聚半乳糖(GOS)、葡萄糖、甘油、杂多糖、组氨酸、同多糖、羟基磷灰石、菊糖、异麦芽酮糖、乳糖、乳果糖、麦芽糖糊精、麦芽糖、低聚甘露糖、氮、寡聚右旋糖、低聚果糖、富含低聚果糖的菊糖、低聚糖、果胶、磷酸盐、磷、聚右旋糖、多元醇、钾碱、钾、硝酸钠、淀粉、蔗糖、硫、sun fiber、塔格糖、硫胺素、反式低聚半乳糖、海藻糖、维生素、水溶性碳水化合物、低聚木糖(XOS)及其组合。
在实施方案中，能够产生一种或多种SCFA的细菌分离株(例如表2中列出的细菌分离株)是指实际展示(例如通过实验室测定确定)产生一种或多种SCFA的细菌分离株。可使用任何方法来检测由细菌菌株产生的SCFA，包括色谱法(例如液相色谱法或气相色谱法)和/或质谱法。在其他实施方案中，能够产生一种或多种SCFA的细菌分离株是指预测产生丁酸酯的细菌分离株。关于细菌分离株可产生SCFA的预测可基于例如分离株的分类法(例如属和/或物种)和/或已知介导SCFA产生的细菌分离株的基因或多肽的序列。例如，已知介导丁酸酯产生的基因的实例是丁酸激酶。在一个实施方案中，基于细菌分离株基因组中丁酸激酶基因的鉴定，可预测细菌分离株产生丁酸酯。在一个实施方案中，预测丁酸激酶基因当翻译成蛋白质时可产生功能性(即，具有酶活性的)丁酸激酶。
表2中提供能够产生SCFA的细菌分离株的实例。每种细菌分离株是由拉丁名、标识号(ID编号)及其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)标识。在各方面，药物组合物(例如微生物混合物)包含表2中所提供的至少一种细菌分离株、或包含与表2中所提供的细菌分离株中的一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的至少一种细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含至少两种细菌分离株、至少三种细菌分离株、至少四种细菌分离株、至少五种细菌分离株、至少六种细菌分离株、至少七种细菌分离株、至少八种细菌分离株、或至少九种细菌分离株，各分离株包含与表2中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
表2
Figure BDA0003553229680000431
在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)包含能够调节真核细胞产生细胞因子(例如IL-10、GM-CSF、IFN-γ、TNF-α、IL-23和IL-12)的一种或多种细菌分离株。在本文中，“真核细胞”是指‘原位’位于施用本文所述的组合物的受试者体内的细胞(例如肠细胞)，以及在生物体外“离体”(例如在培养基中)生长或正在生长的细胞。
在一个实施例中，本文所述的药物组合物中的一种或多种细菌分离株在施用给受试者后，即可调节受试者的细胞(本文中称为“宿主细胞”)中细胞因子的产生。在实施方案中，一种或多种细菌分离株调节受试者的宿主细胞中细胞因子的产生和/或分泌，其中该细胞因子往往会对受试者的组织(例如肠组织)发挥抗炎作用。可由宿主细胞响应于以本文所述的组合物施用的细菌分离株的存在而产生和/或分泌的此类抗炎性细胞因子的实例包括IL-10、IL-13、IL-4、IL-5、TGF-β及其组合。在其他实施方案中，以本文所述的组合物施用的一种或多种细菌分离株抑制受试者的宿主细胞产生和/或分泌细胞因子，其中该细胞因子往往会对受试者的组织(例如肠组织)发挥促炎性作用。这些促炎性细胞因子的实例包括IFNγ、IL-12p70、IL-1(例如IL-1α、IL-1β)、IL-6、IL-8、IL-12、IL-17、IL-18、IL-23、MCP1、MIP1α、MIP1β、TNFα、TNF-γ及其组合。通过提供包含一种或多种细菌分离株的组合物，本文所述的组合物(例如微生物混合物)可治疗、缓解、抑制和/或预防与受试者的肠道菌群失调相关的炎症，例如炎症性肠病，该一种或多种细菌分离株可诱导宿主细胞产生或分泌抗炎性细胞因子和/或抑制宿主细胞产生和/或分泌促炎性细胞因子。在本文中，能够调节宿主细胞产生和/或分泌细胞因子的细菌分离株称为“免疫调节性”细菌分离株。
在实施方案中，细菌分离株可直接和/或间接地调节施用药物组合物的受试者的细胞产生和/或释放细胞因子。在一个实施方案中，免疫调节性细菌分离株可通过例如细菌分离株分泌或展示于该细菌分离株的表面上的微生物群关分子模式(MAMPS)直接作用于受试者的宿主细胞。这些MAMPS在宿主对特定细菌物种的免疫反应中起主要作用。MAMPS由与细菌接触的大部分宿主细胞类型上表达的模式识别受体(PRR)感测。本文所述的细菌分离株的MAMPS的实例包括未甲基化的2'-去氧核糖(胞苷-磷酸-鸟嘌呤)(CpG)二核苷酸、细菌肽聚糖、细菌脂多糖(LPS，它与辅助受体MD-2、CD14和LPB相互作用以促进与TLR-4的高亲和力结合以及随后的宿主细胞活化)、细菌脂蛋白(LP)、脂磷壁酸、鞭毛蛋白、膜囊泡和胞外多糖。可通过与MAMPS相互作用介导细胞因子产生的调节的由肠道宿主细胞和驻留肠免疫细胞表达的PRR的实例包括铎样受体(Toll-like receptor，TLR)、核苷酸结合寡聚域(Nod)、NOD样受体和C型凝集素。肠细胞PRR和微生物配体的相互作用引起与先天性和获得性免疫系统相关的信号传导途径，这些先天性和获得性免疫系统是维持免疫耐受性和肠道健康必需的。
在另一个实施方案中，免疫调节性细菌分离株可通过例如分泌调节受试者宿主细胞活性的代谢物，例如通过诱导细胞表达细胞因子来间接作用于施用药物组合物的受试者的细胞(例如免疫细胞)。
可由本文所述的细菌分离株调节细胞因子产生和/或释放的宿主细胞的实例包括肠细胞、上皮细胞、肠粘膜细胞、肠上皮细胞、肠固有层细胞、内皮细胞、成纤维细胞、基质细胞、巨噬细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、肥大细胞以及外周血单核细胞(PBMC)。
在另一个实施方案中，当将本文所述的细菌分离株与真核细胞共培养时，该细菌分离株可调节位于培养基中或在培养基中生长的真核细胞(例如PBMC)的细胞因子产生和/或释放(例如增加细胞因子产生)。
在某些实施方案中，本文所述的细菌分离株可诱导真核细胞产生和/或释放至少500pg/ml、至少1000pg/ml、至少1500pg/ml、至少2000pg/ml、至少2500pg/ml或至少3000pg/ml的量的细胞因子(例如IL-10)。在一个实施方案中，细胞因子是在功能测定(即，离体进行且设计成用于测量在一定时间段(例如24小时)期间由与细菌分离株、微生物混合物、未培养的粪便细菌的制剂或未培养的粪便微生物群接触的真核细胞(例如PBMC)产生的细胞因子的浓度或量的测定)中测量。在一个实施方案中，细胞因子是在施用本文所述组合物的受试者的肠中产生。
在某些实施方案中，本文所述的细菌分离株可诱导抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的IL-10量相对于对照菌株的IL-10产量增加时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的IL-12量相对于对照菌株的IL-12产量降低时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的GM-CSF量相对于对照菌株的GM-CSF产量降低时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的IFN-γ量相对于对照菌株的IFN-γ产量降低时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的TNF-α量相对于对照菌株的TNF-α产量降低时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的IL-23量相对于对照菌株的IL-23产量降低时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的IL-12量相对于对照菌株的IL-12产量降低时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的IL-10:IL-12比率相对于对照菌株的比率增加时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。在一个实施方案中，当细菌分离株产生的IL-10:TNF-α比率相对于对照菌株的比率增加时，该细菌分离株展现抗炎性细胞因子谱。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，诱导产生至少1000pg/ml、至少1500pg/ml、至少2000pg/ml、至少2500pg/ml、至少3000pg/ml、至少3500pg/ml、至少4000pg/ml、至少5000pg/ml、至少6000pg/ml、至少7000pg/ml、至少8000pg/ml、至少9000pg/ml、至少10,000pg/ml或高于10,000pg/ml浓度的IL-10。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，将GM-CSF的产生限制于不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml或200pg/ml的浓度。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，将IL-12(例如IL-12p70)的产生限制于不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml或200pg/ml的浓度。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，将IFN-γ的产生限制于不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml或200pg/ml的浓度。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，将TNF-α的产生限制于不超过20pg/ml、30pg/ml、40pg/ml、50pg/ml、75pg/ml、100pg/ml、150pg/ml、200pg/ml、250pg/ml、300pg/ml、350pg/ml、400pg/ml、450pg/ml、500pg/ml、550pg/ml、600pg/ml、650pg/ml、700pg/ml、750pg/ml、800pg/ml、850pg/ml、900pg/ml、950pg/ml、1000pg/ml、1100pg/ml、1200pg/ml、1300pg/ml、1400pg/ml、1500pg/ml、1600pg/ml、1700pg/ml、1800pg/ml、1900pg/ml、2000pg/ml、2100pg/ml、2200pg/ml、2300pg/ml、2400pg/ml或2500pg/ml的浓度。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，将IL-23的产生限制于不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml、200pg/ml、250pg/ml或300pg/ml的浓度。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，诱导至少20、至少25、至少30、至少35、至少40、至少45、至少50、至少55、至少60、至少65、至少70、至少75、至少80、至少85、至少90、至少95、至少100、至少110、至少120、至少130、至少140、至少150、至少160、至少170、至少180、至少190、至少200、至少210、至少220、至少230、至少240、至少250、至少260、至少270、至少280、至少290、至少300、至少325、至少350、至少375、至少400、至少425、至少450、至少475、至少500、至少550、至少600、至少650、至少700、至少750、至少800、至少850、至少900、至少950、至少1000、至少1100、至少1200、至少1300、至少1400、至少1500、至少1600、至少1700、至少1800、至少1900、至少2000、至少2200、至少2400、至少2600、至少2800、至少3000、至少3200、至少3400、至少3600、至少3800、至少4000或高于4000的IL-10:IL-12比率。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株当在一定时间段(例如24小时)期间与真核细胞(例如PBMC群)接触时，诱导至少0.5、至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24、至少25、至少26、至少27、至少28、至少29、至少30、至少31、至少32、至少33、至少34、至少35、至少36、至少37、至少38、至少39、至少40、至少45、至少50、至少55、至少60、至少65、至少70、至少75、至少80、至少85、至少90、至少95或至少100的IL-10:TNF-α比率。在一个实施方案中，细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
表3中提供具有调节宿主细胞产生细胞因子的能力的细菌分离株的实例。每种分离株均由拉丁名、标识号(ID编号)及其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)标识。在各方面，药物组合物(例如包含微生物混合物)包含表3中所提供的至少一种细菌分离株，或包含与表3中所提供的细菌分离株中一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的至少一种细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含至少两种细菌分离株、至少三种细菌分离株、至少四种细菌分离株、至少五种细菌分离株、至少六种细菌分离株、至少七种细菌分离株、至少八种细菌分离株、至少九种细菌分离株、至少十种细菌分离株、至少十一种细菌分离株、至少十二种细菌分离株、至少十三种细菌分离株或至少十四种细菌分离株，所述细菌分离株各自包含与表3中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
表3
Figure BDA0003553229680000501
Figure BDA0003553229680000511
在实施方案中，药物组合物包含至少一种细菌分离株，该细菌分离株对应于相对于患有肠道菌群失调(例如IBD，如UC)的患者，在健康人类受试者体内具有较高相对丰度，或相对于患有肠道菌群失调的患者，在自肠道菌群失调缓解的人类受试者体内具有较高相对丰度的细菌菌株。在本文中，术语“较高相对丰度”是指在健康人类受试者(相较于患有肠道菌群失调的患者)中或自肠道菌群失调缓解的人类受试者(相较于患有肠道菌群失调的患者)中细菌菌株(即，对应于细菌分离株)的活细胞数量较高。在一些实施方案中，术语“活细胞数量较高”是指在肠道微生物群或其部分中(例如在粪便样品中)细菌菌株的活细胞的绝对数量，而在其他实施方案中，该术语是指细菌菌株的活细胞数量相对于肠道微生物群或其部分中(例如在粪便样品中)活细胞的近似总数的比例。在某些实施例中，对应于药物组合物中所包括的细菌分离株的细菌菌株可在多名所测试的人类受试者(例如健康受试者，或自肠道菌群失调缓解的受试者)中，例如在至少5名人类受试者、至少10名人类受试者、至少20名人类受试者、至少30名人类受试者、至少40名人类受试者、至少50名人类受试者、至少75名人类受试者、至少100名人类受试者、至少200名人类受试者、至少300名人类受试者、至少400名人类受试者、至少500名人类受试者、至少750名人类受试者、至少1000名人类受试者或超过1000名人类受试者中具有较高相对丰度。另外或替代地，对应于细菌分离株的细菌菌株可在一定比例所测试的人类受试者(例如健康受试者，或自肠道菌群失调缓解的受试者)中，例如在至少50％的所测试受试者、至少55％的所测试受试者、至少60％的所测试受试者、至少65％的所测试受试者、至少70％的所测试受试者、至少75％的所测试受试者、至少80％的所测试受试者、至少80％的所测试受试者、至少85％的所测试受试者、至少90％的所测试受试者、至少95％的所测试受试者或100％的所测试受试者中具有较高相对丰度。在本文中，“对应于细菌分离株”的细菌菌株是指在受试者的肠道微生物群中的细菌菌株，其中该细菌菌株具有典型地与细菌分离株的16S rRNA序列共有至少97％同一性(例如至少97.5％同一性、至少98％同一性、至少98.5％同一性、至少99％同一性、至少99.5％同一性或高于99.5％同一性)的16S rRNA序列。同样，“对应于细菌菌株”的细菌分离株是指典型地与受试者的肠道微生物群中细菌菌株的16S rRNA序列共有至少97％同一性(例如至少97.5％同一性、至少98％同一性、至少98.5％同一性、至少99％同一性、至少99.5％同一性或高于99.5％同一性)的细菌分离株。
在实施方案中，细菌分离株可对应于相对于患有肠道菌群失调的患者，在自肠道菌群失调缓解的人类受试者中具有较高相对丰度的细菌菌株。在缓解受试者中细菌菌株的丰度增加将对应于细菌菌株的细菌分离株鉴别为潜在地有利于治疗与肠道菌群失调有关的病症，如UC。人类受试者的肠道菌群失调的缓解可与在肠道菌群失调具有活动性时施用给受试者的干预有关或由其引起。例如，缓解可在用微生物治疗剂治疗受试者之后发生。微生物治疗剂的实例包括包含未培养的粪便细菌的制剂、未培养的粪便微生物群、培养的粪便微生物群和/或细菌分离株的组合物。在实施方案中，诱导自肠道菌群失调缓解的微生物治疗剂是基本上完全的未培养的粪便微生物群。例如，可向受试者施用粪便微生物群移植物(FMT)以诱导肠道菌群失调缓解。在某些实施方案中，受试者的肠道菌群失调是由溃疡性结肠炎(UC)引起。
在一个实施方案中，所述机制不可知的用于鉴别细菌分离株的方法减轻与溃疡性结肠炎(UC)相关的菌群失调。在一个实施方案中，可自例如介入(FMT)、横截面及时间系列数据集并入16S核糖体DNA(rDNA)和鸟枪法总体基因组序列，以研究与健康状态或对FMT的临床反应相关的预测特征。可使用这些特征，针对(i)相对于诊断患有UC的患者，在健康受试者中的富集情况；和/或(ii)与FMT治疗之后UC患者的UC症状的临床缓解或反应的关联/相关对细菌系统发育进化枝(phylogenetic clade)进行分级和选择。进化枝可基于“横截面组合p值”进行分级，该p值比较健康受试者与UC患者之间粪便材料中细菌菌株的存在和丰度。基于以下因素，p值越低，则进化枝中的生物体就越可能对UC的治疗、抑制或预防具有影响：(i)UC患者体内菌株的耗竭和/或(ii)健康受试者体内菌株的高丰度。接着，可通过与分级的系统发育进化枝的16S rDNA相似性或通过直接根据上述标准对其16S rDNA进行分级，从供体粪便样品中选出经分离的细菌菌株。
在一个实施方案中，横截面组合p值的值小于0.1、小于0.01、小于1×10-3、小于1×10-4、小于1×10-5、小于1×10-6、小于1×10-7、小于1×10-8、小于1×10-9、小于1×10-10、小于1×10-11、小于1×10-12、小于1×10-13、小于1×10-14、小于1×10-15、小于1×10-16、小于1×10-17、小于1×10-18、小于1×10-19、小于1×10-20、小于1×10-21、小于1×10-22、小于1×10-23或小于1×10-24。
表4列出可包括在药物组合物(例如包含微生物混合物)中的细菌分离株的实例，所述细菌分离株具有相对于UC患者，在健康受试者中存在和/或丰度更高的相应细菌菌株。每种分离株均由拉丁名、标识号(ID编号)及其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)标识。在各方面，药物组合物包含表4中所提供的至少一种细菌分离株，或包含与表4中所提供的细菌分离株中的一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的至少一种细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含至少两种细菌分离株、至少三种细菌分离株、至少四种细菌分离株、至少五种细菌分离株、至少六种细菌分离株、至少七种细菌分离株、至少八种细菌分离株、至少九种细菌分离株、至少十种细菌分离株、至少十一种细菌分离株、至少十二种细菌分离株、至少十三种细菌分离株、至少十四种细菌分离株、至少十五种细菌分离株、至少十六种细菌分离株、至少十七种细菌分离株、至少十八种细菌分离株、至少十九种细菌分离株、至少二十种细菌分离株、至少二十一种细菌分离株、至少二十二种细菌分离株或至少二十三种细菌分离株，所述细菌分离株各自包含与表4中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
表4
Figure BDA0003553229680000541
在一个实施方案中，基于在Morgan等人,Genome Biology 13(2012)中所报告的数据集中，与在健康受试者中相对于在UC患者中丰富的细菌菌株的对应性，将细菌分离株鉴别为适合包括在本文所述的药物组合物(例如包含微生物混合物)中，该文献的完整内容以引用的方式并入本文中。
在一个实施方案中，基于在Papa等人,PLOS ONE 7,第6期(2012年6月29日)中所报告的数据集中，与在健康受试者中相对于在UC患者中丰富的细菌菌株的对应性，将细菌分离株鉴别为适合包括在本文所述的药物组合物(例如包含微生物混合物)中，该文献的完整内容以引用的方式并入本文中。
在实施方案中，本文所述的微生物混合物可含有两种或更多种细菌分离株，所述细菌分离株是相关细菌分离株。在本文中，“相关细菌分离株”具有典型地共有至少95％序列同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，相关细菌分离株具有共有至少97％序列同一性的16S序列，并且因此，所述细菌分离株是相同物种的成员。在实施方案中，微生物混合物含有两种或更多种相关细菌分离株。在其他实施方案中，微生物混合物不含两种相关细菌分离株。在实施方案中，微生物混合物的第一种形式含有第一细菌分离株，并且微生物混合物的第二种形式含有第二细菌分离株，该第二细菌分离株是与该第一细菌分离株相关的细菌分离株。
可包括在本文所述的微生物混合物中的与表4中所列细菌分离株相关的细菌分离株的实例示于表5中。与表4中的细菌分离株相同，表5中的细菌分离株对应于相对于UC患者，在健康人类受试者中具有较高丰度的细菌菌株。表5列出细菌分离株的标识号、表4中相应细菌分离株的ID编号、相关细菌菌株的16S序列与表4中相应细菌分离株的序列的同一性百分比及其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)。
表5
Figure BDA0003553229680000551
Figure BDA0003553229680000561
在实施方案中，药物组合物包含表1-4中至少一个中的全部或子集细菌分离株，或具有与表1-4中细菌分离株中的一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的细菌分离株。在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)中的所有细菌分离株均见于表2-4中的至少一个中，或其16S rRNA序列与表2-4中的至少一个中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列共有至少95％同一性。在实施方案中，药物组合物中的所有细菌分离株均列于表2-4中的一个中，或其16S rRNA序列与表2-4中的至少一个中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列共有至少95％同一性。在一个方面，药物组合物不含表2-4中的至少一个中的任何细菌分离株，或不含16S rRNA序列与表2-4中至少一个中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列共有95％同一性的细菌分离株。
在一个方面，药物组合物可包含表2中的一种或多种细菌分离株(例如至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种或至少9种细菌分离株)，或包含与表2中所提供的细菌分离株中一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株。因此，本文所述的微生物混合物可包含能够产生一种或多种SCFA(例如丁酸酯)的多种细菌分离株。通过提供含有多种细菌分离株的微生物混合物，药物组合物可在受试者的肠道(例如其已耗尽SCFA)中诱导丁酸酯的剧增或升高或‘突增’，所述多种细菌分离株在施用该混合物的受试者的肠道中产生SCFA，如丁酸酯。表7、表8和表9示出含有细菌分离株的示例性微生物混合物，所述细菌分离株全部存在于表2中；每种分离株均由拉丁名、标识号(ID编号)及其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)标识。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含表7-9中的一个中的每种细菌分离株，或包含与表7-9中的一个中的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含至少八种细菌分离株，各细菌分离株包含与表7中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含至少六种细菌分离株，各细菌分离株包含与表8-9中的一个中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物基本上由表7-9中的一个中列出的细菌分离株，或包含与表7-9中的一个中的每种细菌分离株的16S rRNA序列至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株组成。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物由表7-9中的一个中列出的细菌分离株，或包含与表7-9中的一个中的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株组成。
表7
Figure BDA0003553229680000571
表8
Figure BDA0003553229680000572
Figure BDA0003553229680000581
表9
Figure BDA0003553229680000582
在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)可以包含一种或多种不存在于表2中的细菌分离株(例如至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种或高于15种细菌分离株)。在实施方案中，药物组合物不含表2中的细菌分离株中的至少一种，或不包括含与表2中细菌分离株中的至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的细菌分离株。在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)不含来自表2的任何细菌分离株。因此，本文所述的药物组合物可包含一种或多种基本上不在受试者的肠道中产生SCFA的细菌分离株或由其组成，和/或在施用后不会在受试者的肠道中诱导SCFA的剧增。表10、表11和表12说明示例性微生物混合物，所述微生物混合物含有表2中未发现的细菌分离株；每种分离株均由拉丁名、标识号(ID编号)及其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)标识。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含表10-12中的一个中的每种细菌分离株，或包含与表10-12中的一个中的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含至少八种细菌分离株，所述细菌分离株各自包含与表10-11中的一个中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含至少六种细菌分离株，所述细菌分离株各自包含与表12中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物基本上由表10-12中的一个中所列的细菌分离株，或包含与表10-12中的一个中的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株组成。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物由表10-12中的一个中列出的细菌分离株，或包含与表10-12中的一个中的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株组成。在一个实施方案中，微生物混合物包含细菌分离株，所述细菌分离株包含与表10-12中的一个中的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列；以及另外的细菌分离株。例如，所述另外的细菌分离株可为布劳特氏菌属的成员。
表10
Figure BDA0003553229680000591
Figure BDA0003553229680000601
表11
Figure BDA0003553229680000602
表12
Figure BDA0003553229680000603
在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)可以包含一种或多种来自表3的细菌分离株(例如至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或11种细菌分离株)，和/或包含与表3中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株(例如至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种或高于15种细菌分离株)。因此，本文所述的微生物混合物可包含能够调节真核细胞(例如施用包含该微生物混合物的组合物的受试者的细胞)产生和/或释放一种或多种细胞因子的多种细菌分离株。
在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)可以包含一种或多种不存在于表3中的细菌分离株(例如至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种或高于15种细菌分离株)。在实施方案中，药物组合物不含表3中的细菌分离株中的至少一种，或不包括含与表3中细菌分离株中的至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的细菌分离株。在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)不含来自表3的任何细菌分离株。因此，本文所述的药物组合物可包含一种或多种基本上不调节真核细胞(例如施用包含该微生物混合物的组合物的受试者的细胞)产生和/或释放一种或多种细胞因子的细菌分离株或由其组成。
在实施方案中，药物组合物可以包含一种或多种来自表4的细菌分离株(例如至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种或高于15种细菌分离株)，包含与表4中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株。因此，本文所述的微生物混合物可包含对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的多种细菌分离株。
在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)可以包含一种或多种不存在于表4中的细菌分离株(例如至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种或高于15种细菌分离株)。在实施方案中，药物组合物不含表4中的细菌分离株中的至少一种，或不包括含与表4中细菌分离株中的至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的细菌分离株。在实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)不含来自表4的任何细菌分离株。因此，本文所述的药物组合物可包含不对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的一种或多种细菌分离株或由其组成。
在实施方案中，微生物混合物可以包含细菌分离株，该细菌分离株包含与表2-4中一个以上所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。因此，所述微生物混合物可有利地通过多种机制影响施用该混合物(例如呈药物组合物的形式)的受试者的健康。例如，微生物混合物可以包括含与表2中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株，以及含与表3中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的一种或多种细菌分离株。在这些情况下，组合物中的至少一种细菌分离株可产生一种或多种SCFA以增加受试者的肠道中SCFA(例如丁酸酯)的量(即，‘表2细菌分离株’)，并且施用给受试者的至少一种细菌分离株可调节受试者的宿主细胞产生和/或释放细胞因子(即，‘表3细菌分离株’)。
在另一个实施例中，微生物混合物可包括含与表2中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株，以及含与表4中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的一种或多种细菌分离株。在这些情况下，组合物中的至少一种细菌分离株可产生一种或多种SCFA以增加受试者的肠道中SCFA(例如丁酸酯)的量(即，‘表2细菌分离株’)，并且组合物中的至少一种细菌分离株对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株(‘表4细菌分离株’)。
在另一个实施例中，微生物混合物可包括含与表3中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株，以及含与表4中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列的一种或多种细菌分离株。在这些情况下，组合物中的至少一种细菌分离株可调节受试者的宿主细胞产生和/或释放细胞因子(即，‘表3细菌分离株’)，并且组合物中的至少一种细菌分离株对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株(‘表4细菌分离株’)。
在另一个实施例中，微生物混合物可包括含与表2中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株、含与表3中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株，以及含与表4中所提供的一种或多种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株。在这些情况下，组合物中的至少一种细菌分离株可产生一种或多种SCFA以增加受试者的肠道中SCFA的量(即，‘表2细菌分离株’)，组合物中的至少一种细菌分离株可调节受试者的宿主细胞产生和/或释放细胞因子(即，‘表3细菌分离株’)，并且组合物中的至少一种细菌分离株对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株(‘表4细菌分离株’)。
表13-21说明含表2-4中所发现的细菌分离株的不同示例性微生物混合物，由此使得在将该微生物混合物施用给受试者之后，该微生物混合物中的细菌分离株一起可用于：(i)增加受试者的肠道中SCFA的量；(ii)调节受试者的宿主细胞的细胞因子释放；和(iii)在受试者的肠道中提供对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。在每个表中，分离株均由拉丁名、标识号(ID编号)、其16S rRNA序列的序列标识符(SEQID NO)和呈现所述分离株的上述表(即，表2、3和/或4)进行标识。
在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含表13-21中的一个中所提供的每种细菌分离株，或具有与表13-21中的一个中所提供的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株。在实施方案中，药物组合物包含至少八种细菌分离株，所述细菌分离株各自包含与表13-15、15a和15b中的一个中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含至少七种细菌分离株，所述细菌分离株各自包含与表16-18中的一个中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。在实施方案中，药物组合物包含至少六种细菌分离株，所述细菌分离株各自包含与表19-21中的一个中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物基本上由表13-21中的一个中所提供的每种细菌分离株、或具有与表13-21中的一个中所提供的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株组成。在某些实施方案中，组合物包含微生物混合物，该微生物混合物由表13-21中的一个中所提供的每种细菌分离株、或具有与表13-21中的一个中所提供的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株组成。
表13
Figure BDA0003553229680000641
Figure BDA0003553229680000651
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表14
Figure BDA0003553229680000652
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表15
Figure BDA0003553229680000661
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表15a
Figure BDA0003553229680000662
*表2：能够在受试者的肠道中产生SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表15b
Figure BDA0003553229680000671
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表16
Figure BDA0003553229680000672
Figure BDA0003553229680000681
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表17
Figure BDA0003553229680000682
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表18
Figure BDA0003553229680000691
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表19
Figure BDA0003553229680000692
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表20
Figure BDA0003553229680000701
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
表21
Figure BDA0003553229680000702
Figure BDA0003553229680000711
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
在实施方案中，本文所述的药物组合物可包含细菌混合物，该细菌混合物包含多种细菌分离株，所述细菌分离株一起提供细菌混合物中一种或多种有利表型的冗余，所述表型可包括当将组合物施用给受试者时，例如在受试者的肠中诱导特定机制或途径的能力。所述冗余可增加施用所述组合物的受试者将得益于各细菌的“冗余”分离株之间共有的特定有利性状或表型的可能性(例如增加受试者肠中SCFA的量的倾向)。不打算受理论束缚，其原因是受试者间在特定细菌分离株植入各受试者的肠中的可能性方面的潜在变化，而特定细菌分离株植入肠中典型地是细菌分离株发挥其有益作用必需的。通过配制包含遗传上不同且各自展现相同所关注表型(例如产生一种或多种高于阈值水平的SCFA)的分离株的组合物，该组合物可在受试者间展现出增强的功效(即，与不含固有冗余的配制物相比)，因为与不含冗余对应物的单一细菌分离株植入的可能性相比，多种冗余细菌分离株中的至少一种植入的可能性增加。
在一个方面，冗余可通过在细菌混合物中包括多种细菌分离株而并入组合物中，所述细菌分离株各自具有以下表型中的至少一种：(i)所述多种细菌分离株各自产生高于阈值水平的量的一种或多种SCFA(例如通过将选自表2的多种细菌分离株并入细菌混合物中或施用给受试者)；(ii)所述多种细菌分离株各自诱导受试者的宿主细胞释放细胞因子(例如通过将选自表3的多种细菌分离株并入细菌混合物中或施用给受试者)；或(iii)所述多种细菌分离株各自对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株(例如通过将选自表4的多种细菌分离株并入细菌混合物中或施用给受试者)。
在一个方面，表15b中显示包含提供表型冗余的多种细菌分离株的细菌混合物，所述混合物含有至少五种产生大量SCFA(此处为丁酸酯；参见实施例2)的细菌分离株(即，内脏臭气杆菌、直肠真杆菌、粪便罗斯氏菌以及两种普氏栖粪杆菌分离株)、至少四种诱导人体细胞(此处为PBMC；参见实施例3)释放促炎性细胞因子的细菌分离株(即，内脏臭气杆菌、沙氏别样杆菌以及两种普氏栖粪杆菌分离株)以及至少七种对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株(参见实施例4)(即，解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、直肠真杆菌以及两种普氏栖粪杆菌分离株)。
在实施方案中，药物组合物可包含各自为特定属的成员的多种不同的细菌分离株，或各自为特定物种的成员的多种细菌分离株。此可例如因在同一属或物种的多种细菌分离株能够最佳地诱导或影响所关注的特定机制(例如通过产生SCFA或诱导抗炎谱(anti-inflammatory profile))情况下提供冗余而有利。通过在同一药物组合物中包括在分类上相关且各自展现类似的最佳性状或表型(例如产生大量SCFA的能力)的多种细菌分离株，在该组合物中产生冗余，由此使施用该组合物的受试者将得益于该性状或表型的可能性变高。造成此种情况的原因是各受试者在特定细菌分离株植入受试者肠中的能力方面可能存在差异，而特定细菌分离株植入受试者肠中典型地是该细菌分离株发挥其有益作用必需的。例如，药物组合物可包含多种(例如两种、三种、四种、五种或多于五种)细菌分离株，各细菌分离株是栖粪杆菌属的成员；或者可包含多种(例如两种、三种、四种、五种或多于五种)细菌分离株，各细菌分离株是物种普氏栖粪杆菌的成员(参见例如表15b)。在另一个实施例中，药物组合物可包含多种(例如两种、三种、四种、五种或多于五种)细菌分离株，各细菌分离株是拟杆菌属成员。
在实施方案中，药物组合物可仅包含一种作为特定属成员的细菌分离株，或仅包含一种作为特定物种的成员的细菌分离株。此可为有利的，例如使药物组合物中细菌分离株的总数减到最少(例如减少与生长和配制各细菌分离株相关的成本和资源)，同时维持由细菌分离株表示的分类群的多样性，此可对应于施用该组合物的受试者中多种治疗相关机制的诱导(例如SCFA产生或抗炎性细胞因子诱导)。例如，药物组合物可仅包含一种作为拟杆菌属成员的细菌分离株。在一个实施方案中，来自拟杆菌属的单一细菌分离株是解纤维拟杆菌(参见例如表15a和15b)。在另一个实施例中，药物组合物可仅包含一种作为真杆菌属成员的细菌分离株，或仅包含一种作为直肠真杆菌物种成员的细菌分离株(参见例如表15a和15b)。在另一个实施例中，药物组合物可仅包含一种作为罗斯氏菌属成员的细菌分离株，或仅包含一种作为粪便罗斯氏菌物种成员的细菌分离株(参见例如表15a和15b)。在另一个实施例中，药物组合物可仅包含一种作为粪球菌属成员的细菌分离株，或仅包含一种作为陪伴粪球菌物种成员的细菌分离株。
在另一个实施例中，药物组合物可仅包含一种作为别样杆菌属成员的细菌分离株。在某些实施方案中，药物组合物包括含沙氏别样杆菌的细菌分离株，但不包含芬氏别样杆菌或腐烂别样杆菌(参见例如表15a和15b)。包括沙氏别样杆菌而非芬氏别样杆菌和腐烂别样杆菌与以下实施例一致，由此显示沙氏别样杆菌的横截面组合p值低于芬氏别样杆菌和腐烂别样杆菌，因为(i)沙氏别样杆菌在健康受试者中的富集量高于诊断患有UC的患者；和/或(ii)与FMT治疗后UC患者的UC症状的临床缓解或反应关联/相关。在其他实施方案中，药物组合物包括含芬氏别样杆菌的细菌分离株，但不包含沙氏别样杆菌或腐烂别样杆菌(参见例如表15)。在某些实施方案中，药物组合物包括含腐烂别样杆菌的细菌分离株，但不包含沙氏别样杆菌或芬氏别样杆菌。
在实施方案中，药物组合物可不包括或省略对治疗与肠道菌群失调有关的疾患(例如IBD，包括溃疡性结肠炎)可能无益或可能有害的细菌属、种或菌株。例如，药物组合物可不包括或省略埃希氏菌属(Escherichia)的菌株或细菌分离株(例如大肠杆菌)。以下实施例显示，大肠杆菌产生很少或不产生丁酸酯且以具有促炎性作用的细胞因子谱(即，较低的IL-10/IL-12和/或IL-10/TNF-α比率)为特征。
在其他实施例中，药物组合物可省略或不包括以下细菌分类群中的一种或多种：阿德勒克罗伊茨氏菌属(Adlercreutzia)的成员，产液阿德勒克罗伊茨氏菌(Adlercreutziaequolifaciens)；艾克曼氏菌属(Akkermansia)的成员，嗜粘蛋白艾克曼氏菌(Akkermansiamuciniphila)；别样杆菌属(Alistipes)的成员，芬氏别样杆菌(Alistipesfinegoldii)、腐烂别样杆菌(Alistipesputredinis)、沙氏别样杆菌(Alistipesshahii)；拟杆菌属(Bacteroides)的成员，多毛拟杆菌(Bacteroidescapillosus)、解纤维拟杆菌、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)、多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、单形拟杆菌；芽孢杆菌属(Bacillus)的成员，环状芽孢杆菌(Bacillus circulans)、单纯芽孢杆菌(Bacillussimplex)；双歧杆菌属(Bifidobacterium)的成员，长双歧杆菌(Bifidobacteriumlongum)；布劳特氏菌属(Blautia)的成员，嗜氢布劳特氏菌(Blautiahydrogenotrophica)；短芽孢杆菌属(Brevibacillus)的成员，类短短芽孢杆菌(Brevibacillusparabrevis)；触酶杆菌属(Catabacter)的成员，香港触酶杆菌(Catabacterhongkongensis)；链型杆菌属(Catenibacterium)的成员，光冈链型杆菌(Catenibacteriummitsuokai)；梭菌属(Clostridium)的成员，球形梭菌(Clostridium coccoides)、奥德氏梭菌(Clostridiumaldenense)、芦笋状梭菌(Clostridium asparagiforme)、速生梭菌(Clostridiumcelerecrescens)、哈氏梭菌(Clostridium hathewayi)、海利氏梭菌(Clostridiumhylemonae)、无害梭菌(Clostridium inocuum)、拉瓦梭菌(Clostridium lavalense)、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)、闪烁梭菌(Clostridium scindens)、斯特米尼斯梭菌(Clostridium staminisolvens)、硫酸盐还原梭菌(Clostridium sulfatireducens)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、热纤梭菌(Clostridium thermocellum)；柯林斯氏菌属(Collinsella)的成员，产气柯林斯菌(Collinsellaaerofaciens)；粪球菌属(Coprococcus)的成员，尖锐粪球菌(Coprococcuscatus)、陪伴粪球菌、规则粪球菌(Coprococcuseutactus)；多利菌属(Dorea)的成员，产蚁酸多利菌(Doreaformicigenerans)、长链多利菌(Dorealongicatena)；真杆菌属(Eubacterium)的成员，两形真杆菌(Eubacteriumbiforme)、卡氏真杆菌(Eubacteriumcallanderi)、长真杆菌(Eubacteriumdolichum)、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)、断链真杆菌(Eubacteriumfissicatena)、直肠真杆菌(Eubacteriumrectale)、惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)、凸腹真杆菌(Eubacteriumventriosum)、嗜木聚糖真杆菌(Eubacteriumxylanophilum)；栖粪杆菌属(Faecalibacterium)的成员，普氏栖粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)；霍尔曼氏菌属(Holdemania)的成员，纤维状霍尔曼氏菌(Holdemaniafilimormis)；罕见小球菌属(Subdoligranulum)的成员，变异罕见小球菌(Subdoligranulumvariabile)；微杆菌属(Microbacterium)的成员，施氏微杆菌(Microbacteriumschleiferi)、藤黄微球菌(Micrococcus luteus)；臭气杆菌属(Odoribacter)的成员，内脏臭气杆菌(Odoribactersplanchnicus)；颤杆菌属(Oscillibacter)的成员，产戊酸颤杆菌(Oscillibactervalericigenes)；副拟杆菌属(Parabacteroides)的成员，粪副拟杆菌(Parabacteroides merdae)、格氏副拟杆菌(Parabacteroides gordonii)；毛螺旋菌属(Parasutterella)的成员，Parasutterellaexcrementihominis；考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)的成员，粪便考拉杆菌(Phascolarctobacterium faecium)；罗斯氏菌属(Roseburia)的成员，粪罗斯氏菌(Roseburia faecalis)、粪便罗斯氏菌(Roseburiafaecis)、人罗斯氏菌(Roseburiahominis)、肠道罗斯氏菌(Roseburia intestinalis)；瘤胃球菌属(Ruminococcus)的成员，白色瘤胃球菌(Ruminococcusalbus)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcusbromii)、酸奶瘤胃球菌(Ruminococcuslactaris)、鲁氏瘤胃球菌(Ruminococcusluti)、卵瘤胃球菌(Ruminococcusobeum)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)；葡萄球菌属(Staphylococcus)的成员，表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)；链球菌属(Streptococcus)的成员，轻型链球菌(Streptococcus mitis)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)；互养菌属(Synergistes)的成员；苏黎世杆菌属(Turicibacter)的成员；以及血苏黎世杆菌(Turicibacter sanguinis)。
在实施方案中，并入药物组合物中的细菌分离株可通过多种机制起作用以有利地影响受试者的健康。因此，所述细菌分离株可有利地通过多种机制影响施用该混合物(例如呈药物组合物的形式)的受试者的健康。例如，药物组合物可包含细菌分离株，当将其施用给受试者时，所述细菌分离株可产生一种或多种SCFA以增加受试者肠道中SCFA(例如丁酸酯)的量(‘表2细菌分离株’)，且所述细菌分离株也可调节受试者的宿主细胞产生和/或释放细胞因子(‘表3细菌分离株’)。在另一个实施例中，药物组合物可包含细菌分离株，当将其施用给受试者时，所述细菌分离株可产生一种或多种SCFA以增加受试者肠道中SCFA(例如丁酸酯)的量(‘表2细菌分离株’)，且所述细菌分离株也对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株(‘表4细菌分离株’)。在另一个实施例中，药物组合物可包含细菌分离株，当将其施用给受试者时，所述细菌分离株可调节受试者的宿主细胞产生和/或释放细胞因子(‘表3细菌分离株’)，且所述细菌分离株也对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株(‘表4细菌分离株’)。在另一个实施例中，药物组合物可包含细菌分离株，当将其施用给受试者时，所述细菌分离株可产生一种或多种SCFA以增加受试者肠道中SCFA(例如丁酸酯)的量(‘表2细菌分离株’)，所述细菌分离株也可调节受试者的宿主细胞产生和/或释放细胞因子(‘表3细菌分离株’)，且所述细菌分离株还对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株(‘表4细菌分离株’)。
表22说明示例性细菌分离株，所述细菌分离株能够通过多种机制(例如产生SCFA、诱导宿主细胞释放细胞因子或在肠道中提供对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌)有利地影响受试者的健康。在表22中，分离株是由拉丁名、标识号(ID编号)、其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)以及呈现该细菌分离株的上述表2-4标识(其中表2表示在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株，表3表示能够调节宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株，表4表示对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。在某些实施方案中，药物组合物(例如微生物混合物)包含表22中所提供的一种或多种细菌分离株，和/或具有与表22中所提供的细菌分离株中一种或多种的16SrRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株。
表22
Figure BDA0003553229680000771
*表2：在受试者的肠道中分泌SCFA的细菌分离株。
表3：能够调节受试者宿主细胞的细胞因子产生的细菌分离株。
表4：对应于在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的细菌分离株。
在实施方案中，细菌分离株可包含与表1至表22中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，细菌分离株包含与表1至表22中所提供的细菌分离株中至少一种的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，本文所述的药物组合物(例如包含微生物混合物)可包含至少一种先前标识的细菌分离株。例如，在某些实施方案中，已知类型的菌株(例如来自ATCC或DSM存档的保藏)可包含与表1至表22中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性(例如具有至少97％同一性)的16S rRNA序列。表23提供可包括在本文所述的微生物混合物中的示例性公共可获得的菌株。在一个实施方案中，对于特定药物组合物，可以将表1至表22中所提供的一种或多种细菌分离株替换为表23中的相应代表性菌株(即，具有相同分类学名称)。
表23
Figure BDA0003553229680000781
Figure BDA0003553229680000791
*DSM：莱布尼兹研究所(Leibniz Institute)DSMZ-德国微生物与细胞培养物保藏中心
ATCC：美国典型培养物保藏中心
在实施方案中，药物组合物或微生物混合物包含从多名不同人类供体的粪便样品分离或纯化的多种细菌分离株。从多名人类供体而非单一供体的粪便样品中获得细菌分离株的优势在于，多名供体的粪便样品提供较大的细菌菌株池，所述菌株池可经历功能筛选以鉴别出最佳地诱导所关注特定机制的细菌分离株。例如，尽管一名供体的粪便可能携带一种或多种产生大量(最佳量)SCFA(例如丁酸酯)的细菌菌株，但同一名供体的粪便携带的细菌分离株在经历功能筛选时可能只能中等程度地诱导抗炎谱(例如中等的IL-10:IL-12比率)。或者，不同供体的粪便可能携带一种或多种细菌菌株，该一种或多种细菌菌株诱导最佳的抗炎谱(例如高IL-10:IL-12比率)，但不携带产生大量SCFA的细菌菌株。
在鉴别包括在本文所述的药物组合物中的细菌分离株时，使用多名不同供体的粪便作为选择基础的另一个优势在于，来自多名供体的微生物群产生较大的细菌菌株池，在该细菌菌株池内可鉴别出对应于具有以下特征的细菌菌株的细菌分离株：(i)在健康人类受试者中的相对丰度高于患有肠道菌群失调的患者；或(ii)在自肠道菌群失调缓解的人类受试者中的相对丰度高于患有肠道菌群失调的患者(即，表4中所提供的细菌分离株)。一般而言，具有以上(i)或(ii)的细菌菌株的16S rRNA序列与所选细菌分离株的16S rRNA序列之间的匹配度应尽可能接近(例如至少97％、至少97.5％、至少98％、至少98.5％、至少99％、至少99.5％或至少100％)。鉴别所需匹配度的可能性随着供选择的细菌菌株池的增大而增加，该细菌菌株池是通过从多名供体获得粪便而提供。
因此，一般而言，本文提出的构建微生物治疗剂的基于合理机制的选择方案有利于增加细菌菌株池，使其超过单一供体的细菌菌株，使得能够选择最佳的细菌分离株以诱导施用该治疗剂的受试者中的每种所关注机制。因此，所述多供体选择方法优于试图重建单一供体粪便的合成形式的已知方法。
在其他实施方案中，药物组合物或微生物混合物包含仅从单一人类供体的一份或多份粪便样品分离或纯化的多种细菌分离株。
在各个实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)包含一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株能够在将组合物施用给受试者后植入受试者的胃肠道中。在本文中，“植入(engrafting/engraftment)”是指细菌菌株或细菌分离株的细胞随时间稳定存在于受试者的肠道中(例如在通过例如口服或经直肠施用本文所述的组合物将所述细菌菌株或分离株引入受试者的肠道中之后)。典型地，引入患者肠中(例如通过口服和/或直肠施用)的细菌分离株的植入是通过比较在将该细菌分离株施用给受试者前后受试者的粪便样品中细菌分离株的丰度纵向地或随时间测量。在一个实施方案中，引入受试者的肠中的细菌分离株在施用之前不存在。在另一个实施方案中，引入受试者的肠中的细菌分离株在施用之前存在于肠中，但在施用后丰度增加。在某些实施方案中，植入是通过鉴别在将细菌菌株施用给受试者之后至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少8周、至少1个月、至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月、至少6个月或超过6个月之后施用该受试者的肠道的细菌菌株的丰度增加来确定。
在实施方案中，当将细菌分离株以阈值剂量或高于阈值剂量施用给受试者时，细菌分离株植入受试者的肠中。在实施方案中，当将细菌分离株以低于阈值剂量施用给受试者时，细菌分离株不会植入或以相对较低效率(例如在患者间)植入受试者的肠中。例如，当向受试者施用至少106个细胞、至少107个细胞、至少108个细胞、至少109个细胞、至少1010个细胞、至少1011个细胞或至少1012个细胞的剂量的细菌分离株(例如以本文所述的药物组合物形式口服或直肠施用)时，细菌分离株可植入受试者的肠中。
在实施方案中，用于有需要患者的一种或多种细菌分离株的剂量可取决于细菌分离株的植入阈值。
在实施方案中，施用给受试者的药物组合物中的细菌分离株植入受试者的十二指肠中。在实施方案中，施用给受试者的药物组合物中的细菌分离株植入受试者的空肠中。在实施方案中，施用给受试者的药物组合物中的细菌分离株植入受试者的回肠中。在实施方案中，施用给受试者的药物组合物中的细菌分离株植入受试者的结肠中。
在实施方案中，当将细菌分离株以阈值剂量或低于阈值剂量施用给受试者时，细菌分离株植入受试者的肠中。在实施方案中，当将细菌分离株以高于阈值剂量施用给受试者时，细菌分离株不会植入或以相对较低效率(例如在患者间)植入受试者的肠中。例如，当向受试者施用不超过108个细胞、不超过109个细胞、不超过1010个细胞、不超过1011个细胞或不超过1012个细胞的剂量的细菌分离株(例如以本文所述的药物组合物形式口服或直肠施用)时，细菌分离株可植入受试者的肠中。
在各个实施方案中，本发明的药物组合物(例如微生物混合物)包括一种或多种细菌分离株，该一种或多种细菌分离株相互作用(包括协同相互作用)以对施用该组合物的受试者的肠道中存在的致病细菌的生长和/或存活具有抑制作用。例如，一种或多种细菌分离株可对致病细菌具有细胞毒性或细胞生长抑制作用。在各个实施方案中，一种或多种细菌分离株对存在于或进入患者胃肠道中的致病细菌发挥抑制作用。在各个实施方案中，所述一种或多种细菌分离株增进在施用之前不可检测地存在于患者的胃肠道中的至少一种类型细菌的生长。
在各个实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)包括一种或多种分离或纯化的细菌菌株，所述细菌菌株协同相互作用以对致病细菌的生长或存活具有抑制作用(例如通过细胞毒性和/或细胞生长抑制作用)。可因施用本文所述的一种或多种细菌分离株而受到影响的示例性致病细菌包括艰难梭菌、沙门氏菌属、肠致病性大肠杆菌、多药耐药细菌如克雷伯氏菌属和大肠杆菌、耐碳青霉烯的肠杆菌科(CRE)、超广谱耐β-内酰胺肠球菌(ESBL)以及耐万古霉素肠球菌(VRE)。其他示例性细菌包括耶尔森氏菌、弧菌、密螺旋体(Treponema)、链球菌、葡萄球菌、志贺氏菌、沙门氏菌、立克次氏体、东方体(Orientia)、假单胞菌、奈瑟氏菌(Neisseria)、霉浆菌、分枝杆菌、李斯特氏菌、钩端螺旋体(Leptospira)、军团菌、克雷伯氏菌、螺杆菌、血杆菌、弗朗西斯氏菌(Francisella)、埃希氏菌、埃利希氏体(Ehrlichia)、肠球菌、柯克斯氏体(Coxiella)、棒状杆菌、梭菌、衣原体、嗜衣体、弯曲杆菌、伯克氏菌(Burkholderia)、布鲁氏杆菌、疏螺旋体、鲍特氏菌(Bordetella)、双歧杆菌、芽孢杆菌、多药耐药细菌、超广谱耐内酰胺肠球菌(ESBL)、耐碳青霉烯肠杆菌科(CRE)以及耐万古霉素肠球菌(VRE)。示例性致病细菌包括杜氏气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、胚胎弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、类志贺邻单胞菌(Plesiomonasshigelloides)、蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、肉毒梭菌(Clostridiumbotulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、产气荚膜梭菌(Clostridiumperfringens)、肠聚集性大肠杆菌、肠出血性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、产肠毒素大肠杆菌(如但不限于LT和/或ST)、大肠杆菌0157:H7、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellia pneumonia)、单核细胞增生李斯特氏菌(Lysteriamonocytogenes)、类志贺邻单胞菌(Plesiomonasshigelloides)、沙门氏菌属、伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)、甲型副伤寒沙门氏菌(Salmonella paratyphi)、志贺氏菌属、葡萄球菌属、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、耐万古霉素肠球菌属、弧菌(Vibrio)属、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、创伤弧菌(Vibrio vulnificus)以及小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)。
在一些实施方案中，细菌分离株是非致病性细菌菌株。在实施方案中，非致病性细菌菌株包含不含引起毒力和/或毒性的基因或其表达的基因组。例如，在一些实施方案中，包含一种或多种细菌分离株的微生物混合物基本上不含能够在施用该微生物混合物的受试者中引起疾病或病症的生物体或实体(例如基本上不含致病细菌)。
在实施方案中，微生物混合物不包括除在制造过程期间并入微生物混合物中的一种或多种细菌分离株以外的细菌细胞。例如，微生物混合物可不含特定物种的细菌，无论是培养的细菌还是未培养的细菌，包括拟杆菌、双歧杆菌、脱硫单胞菌、梭菌、大肠杆菌、真杆菌、梭杆菌、乳酸杆菌、念珠菌、消化链球菌、丙酸杆菌或瘤胃球菌。
在实施方案中，细菌分离株可从最初获自健康人类供体的粪便样品的细菌菌株的实验室储备或细菌细胞库获得。例如，粪便微生物群(例如使用本文所述的方法从粪便样品纯化得到)可用作并入本文所述的药物组合物中的细菌分离株的来源。在某些实施方案中，粪便样品的全部或一部分粪便微生物群是在固体培养基底物上培养，并且一种或多种细菌分离株是以单个菌落鉴别。在其他实施方案中，可以将全部或一部分粪便微生物群接种至液体培养物中以产生混合细菌培养物，接着对其进行连续稀释以产生含有细菌分离株的单细胞的培养物。在实施方案中，接着，可使用已知技术培养所鉴别的细菌分离株(例如在固体或液体培养基中)并使其扩增。用于分离、纯化和/或培养细菌菌株的方法描述于Sadowsky等人的WO 2012/122478且描述于Borody等人的WO 2012/016287中，各案以引用的方式并入本文中。
未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂
在一个方面，本文所施用的药物组合物包含未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。例如，未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂可包含基本上全部粪便微生物群(例如从健康人类供体纯化得到)。
在实施方案中，本文所使用的粪便微生物群的制备或未培养的粪便细菌的制剂的制造涉及选自由以下组成的组的处理：乙醇处理、清洁剂处理、热处理、照射和声波处理。在另一个方面，本文所使用的粪便微生物群的制备，或未培养的粪便细菌的制剂的制造不涉及选自由以下组成的组的处理：乙醇处理、清洁剂处理、热处理、照射和声波处理。在一个方面，本文所使用的粪便微生物群的制备，或未培养的粪便细菌的制剂的制造涉及选自由以下组成的组的分离步骤：密度梯度、过滤(例如筛网、耐纶网(nylon mesh))和色谱法。在另一个方面，本文所使用的粪便微生物群的制备，或未培养的粪便细菌的制剂的制造不涉及选自由以下组成的组的分离步骤：密度梯度、过滤(例如筛网、耐纶网)和色谱法。在另一个方面，本文所使用的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含供体的整个粪便微生物群。在另一个方面，本文所施用的药物组合物包含基本上不含来自粪便微生物群供体的真核细胞的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。
在另一个方面，本文所施用的药物组合物包含进一步补充、掺加或增加本文所述的一种或多种细菌分离株的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在一个方面，未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂中掺加有表1中所提供的细菌分离株。在一个方面，未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂补充有梭菌属、柯林斯氏菌属、多利菌属、瘤胃球菌属、粪球菌属、普雷沃氏菌属(Prevotella)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、拟杆菌属、芽孢杆菌属或其组合的非致病性(或致病性减弱)细菌。在另一个方面，本文所施用的药物组合物包含进一步补充、掺加或增加韦荣氏菌科(Veillonellaceae)、厚壁菌门(Firmicutes)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、拟杆菌门物种或其组合的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在另一个方面，本文所施用的药物组合物包含进一步补充有粪便细菌孢子的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在一个方面，粪便细菌孢子是梭菌孢子、芽孢杆菌孢子或两者。
在一个方面，药物组合物包含来自选自由以下组成的组的受试者的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂：人类、牛、奶牛犊、反刍动物、绵羊、山羊或鹿。在另一个方面，可将药物组合物施用给选自由以下组成的组的受试者：人类、牛、奶牛犊、反刍动物、绵羊、山羊或鹿。在一个方面，药物组合物基本上或几乎无气味的。
在一个方面，本文所提供或施用的药物组合物包含香农多样性指数大于或等于0.3、大于或等于0.4、大于或等于0.5、大于或等于0.6、大于或等于0.7、大于或等于0.8、大于或等于0.9、大于或等于1.0、大于或等于1.1、大于或等于1.2、大于或等于1.3、大于或等于1.4、大于或等于1.5、大于或等于1.6、大于或等于1.7、大于或等于1.8、大于或等于1.9、大于或等于2.0、大于或等于2.1、大于或等于2.2、大于或等于2.3、大于或等于2.4、大于或等于2.5、大于或等于3.0、大于或等于3.1、大于或等于3.2、大于或等于3.3、大于或等于3.4、大于或等于3.5、大于或等于3.6、大于或等于3.7、大于或等于3.8、大于或等于3.9、大于或等于4.0、大于或等于4.1、大于或等于4.2、大于或等于4.3、大于或等于4.4、大于或等于4.5、或大于或等于5.0的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在另一个方面，药物组合物包含香农多样性指数在0.1与3.0之间、在0.1与2.5之间、在0.1与2.4之间、在0.1与2.3之间、在0.1与2.2之间、在0.1与2.1之间、在0.1与2.0之间、在0.4与2.5之间、在0.4与3.0之间、在0.5与5.0之间、在0.7与5.0之间、在0.9与5.0之间、在1.1与5.0之间、在1.3与5.0之间、在1.5与5.0之间、在1.7与5.0之间、在1.9与5.0之间、在2.1与5.0之间、在2.3与5.0之间、在2.5与5.0之间、在2.7与5.0之间、在2.9与5.0之间、在3.1与5.0之间、在3.3与5.0之间、在3.5与5.0之间、在3.7与5.0之间、在3.9与5.0之间或在4.1与5.0之间的粪便微生物群。在一个方面，香农多样性指数是在门水平上计算。在另一个方面，香农多样性指数是在科水平上计算。在一个方面，香农多样性指数是在属水平上计算。在另一个方面，香农多样性指数是在物种水平上计算。在另一个方面，药物组合物包含按比例含量的菌群制剂，该含量类似于正常健康人类粪便菌群。
在另一个方面，药物组合物包含来自至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个不同科的粪便细菌。在另一个方面，药物组合物包含来自至少11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个不同科的粪便细菌。在另一个方面，药物组合物包含来自至少21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个不同科的粪便细菌。在另一个方面，药物组合物包含来自至少31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个不同科的粪便细菌。在另一个方面，药物组合物包含来自至少41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个不同科的粪便细菌。在另一个方面，药物组合物包含来自在1与10个之间、在10与20个之间、在20与30个之间、在30与40个之间、在40与50个之间不同科的粪便细菌。在一个方面，本文所提供或施用的药物组合物包含以无生命材料重量/生物材料重量计不超过0.05％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在另一个方面，本文所提供或施用的药物组合物包含以无生命材料重量/生物材料重量计不超过20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在另一个方面，本文所提供或施用的药物组合物包含粪便样品的无生命材料粒子和/或生物材料粒子、由其组成或基本上由其组成，该粪便样品通过筛网尺寸、排阻尺寸或粒子过滤器尺寸为2.0mm、1.0mm、0.5mm、0.33mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm或0.002mm的筛网、柱或类似过滤装置。“无生命材料”不包括添加至加工过的粪便材料中的赋形剂，例如无药物活性的物质，如冷冻保护剂。“生物材料”是指粪便材料中的有生命材料，并且包括微生物，包括原核细胞，如细菌和古细菌(例如活原核细胞以及可形成孢子而变为活原核细胞的孢子)；真核细胞，如原生动物和真菌；以及病毒。在一个实施方案中，“生物材料”是指存在于正常健康人类的结肠内的有生命材料，例如微生物、真核细胞和病毒。在一个方面，本文所提供或施用的药物组合物包含人类粪便的提取物，其中该组合物是基本上无气味的。在一个方面，本文所提供或施用的药物组合物包含呈冻干的、粗制的、半纯化的或纯化的配制物形式的粪便材料或粪便菌群制剂。
在一个方面，药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含高度精制或纯化的粪便菌群，例如基本上不含非菌群粪便材料。在一个方面，未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂可经历进一步加工，例如在筛分之前、之后、或之前和之后经历微过滤。在另一个方面，高度纯化的粪便微生物群产物经过超滤以移除大分子，但保留治疗性微生物群，例如细菌。
在另一个方面，本文所使用的药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含以下各物或基本上由以下各物组成：基本上分离或纯化的粪便菌群或全部(或基本上全部)微生物群，所述粪便菌群或微生物群是(或包含)粪便菌群的分离株，是至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％分离或纯化的，或具有不超过约0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％或1.0％或更高百分比的非粪便菌群材料；或如Sadowsky等人于WO 2012/122478 A1中所述或如Borody等人于WO 2012/016287 A2中所述的基本上分离、纯化或基本上全部的微生物群。
在一个方面，药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含供体的基本上整个或未选择的粪便微生物群。在另一个方面，药物组合物中的粪便微生物群不包含抗生素抗性群体。在另一个方面，药物组合物包含未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂，并且大体上不含外来物质(例如无生命物质，包括非细胞物质，如残留纤维、DNA、RNA、病毒衣壳材料、无活力材料；以及有生命物质，如来自粪便物供体的真核细胞)。
在一个方面，本文所使用的药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂是来源于人类供体的经历疾病筛查的粪便样品。在一个方面，粪便样品不包括抗生素抗性群体。例如，粪便组合物可包含活菌群制剂，所述活菌群制剂可以是成比例的含量，类似于不包括抗生素抗性群体的正常健康人类的粪便菌群。菌群中适合的微生物可选自以下：拟杆菌、真杆菌、梭杆菌、丙酸杆菌、乳酸杆菌、瘤胃球菌、大肠杆菌、芽殖菌、梭菌、脱硫单胞菌、消化链球菌、双歧杆菌、柯林斯氏菌、粪球菌、多利菌和瘤胃球菌。
在一个方面，用于本文所公开的治疗的药物组合物包含无菌粪便滤液或无细胞的粪便滤液。在一个方面，无菌粪便滤液源自于供体粪便。在另一个方面，无菌粪便滤液源自于培养的微生物。在另一个方面，无菌粪便滤液包含无细胞非颗粒状粪便组分。在一个方面，无菌粪便滤液是如2014年5月30日所公开的WO2014/078911中所述制备。在另一个方面，无菌粪便滤液是如Ott等人,Gastroenterology 152:799-911(2017)中所述制备。
在一个方面，粪便滤液包含分泌、排泄或以其他方式形成的液体组分或微生物群，例如生物活性分子(BAM)，所述BAM可以是抗生素或抗炎剂，被保藏、保留或复原于菌群提取物中。
在一个方面，包含粪便滤液的示例性药物组合物包含来自限定供体池的供体的起始物质，其中该供体提供粪便，该粪便经历离心，接着使用例如金属筛分或微孔过滤器，或等效物，通过高水平过滤法进行过滤，以最终仅允许细菌来源的细胞保留，例如通常小于约5微米直径。在初始离心之后，可将固体材料与液体分离，且接着例如使用微孔过滤，并且任选地，还包含使用纳米膜过滤，以尺寸逐渐减小的过滤器和切向流过滤器过滤固体。过滤也可通过如WO 2012/122478中所述的筛网进行，但相比之下，使用的筛网尺寸小于.0120mm，低至约.0110mm，最终使得仅细菌细胞存在。
在离心过程中分离出的上清液可在过滤系统，例如微孔过滤或等效系统中逐步过滤，以产生通过约0.22微米过滤器精细过滤的液体。由此可移除所有颗粒物，包括所有的有生命物质，包括细菌和病毒。接着，产物是无菌的，而且旨在移除细菌，但保留其分泌物，尤其是抗微生物细菌素、细菌源性细胞因子样产品以及所有附加的生物活性分子(BAM)，包括：苏云金素(thuricin)(由供体粪便中的杆菌分泌)、细菌素(bacteriocin)(包括大肠菌素(colicin)、曲妥多辛(troudulixine)或普他地辛(putaindicine)、或微菌素(microcin)或芽孢杆菌素(subtilosin)A)、羊毛硫细菌素(lanbiotics)(包括乳酸链球菌素(nisin)、枯草菌素(subtilin)、表皮素(epidermin)、变链素(mutacin)、杀菌素(mersacidin)、阿肽加定(actagardine)、肉桂霉素(cinnamycin))、乳链球菌素(lacticin)以及其他抗微生物或抗炎化合物。
在一个方面，本文所使用的药物组合物包含复原的粪便菌群，所述复原的粪便菌群基本上由纯化的粪便微生物群和无细胞粪便滤液的组合组成。在另一个方面，本文所使用的药物组合物包含补充有一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分的纯化的粪便微生物群。在一个方面，本文所使用的药物组合物包含一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分。在一个方面，一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分包含合成分子、由粪便微生物产生的生物活性分子或两者。在另一个方面，一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分包含生物活性蛋白质或肽、微量营养素、脂肪、糖、小碳水化合物、微量元素、矿物盐、灰分、粘液、氨基酸、营养物、维生素、矿物质或其任何组合。在一个方面，一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分包含选自由细菌素、羊毛硫细菌素和乳链球菌素组成的组的一种或多种生物活性分子。在另一个方面，一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分包含选自由以下组成的组的一种或多种细菌素：大肠杆菌素、曲妥多辛、普他地辛、微菌素和芽孢杆菌素A。在一个方面，一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分包含选自由以下组成的组的一种或多种羊毛硫细菌素：苏云金素、乳酸链球菌素、枯草菌素、表皮素、变链素、杀菌素、阿肽加定和肉桂霉素。在另一个方面，一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分包含抗孢子化合物、抗微生物化合物、抗炎化合物或其任何组合。在另一个方面，一种或多种无细胞非颗粒状粪便组分包含白细胞介素、细胞因子、白三烯、类花生酸或其任何组合。
在另一个方面，此处提供的治疗方法包括使用粪便细菌细胞，例如人类GI微生物群的部分或全部表示，以及菌群(微生物群)的经过分离、加工、过滤、浓缩、复原和/或人工液体组分(例如粪便滤液)，该液体组分包含细菌分泌产物，例如细菌素(由细菌产生的蛋白质毒素，包括大肠杆菌素、曲妥多辛或普他地辛、或微菌素或芽孢杆菌素A)、羊毛硫细菌素(一类肽类抗生素，它含有特有的多环硫醚氨基酸羊毛硫氨酸或甲基羊毛硫氨酸，以及不饱和氨基酸去氢丙氨酸和2-氨基异丁酸；其包括苏云金素(由供体粪便中的杆菌分泌)、乳酸链球菌素、枯草菌素、表皮素、变链素、杀菌素、阿肽加定、肉桂霉素)、乳链球菌素(一类成孔的肽毒素)以及其他抗微生物或抗炎化合物，和/或由细菌或该微生物群的其他微生物产生的额外生物活性分子(BAM)等成分，和/或其可见于微生物群的“液体组分”中。
在一个方面，基于粪便细菌的药物组合物是与基于粪便无细胞滤液的药物组合物同时使用。在另一个方面，先用第一种基于粪便无细胞滤液的药物组合物治疗患者，随后给予第二种基于粪便细菌的药物组合物，反之亦然。在另一个方面，治疗方法包括三个步骤：第一，抗生素预治疗以非选择性地移除感染性病原体；第二，基于粪便无细胞滤液的治疗步骤，用以进一步抑制选定的感染性病原体；以及第三，给予患者基于粪便细菌的药物组合物，以重新建立功能性肠道微生物组。
在一个方面，治疗方法实现肠道菌群失调相关病症的治愈、症状减轻或症状的部分减轻。菌群的变化可尽可能“接近完全”的，并且菌群被有活力的生物体置换，所述生物体将排挤出任何残留的原始菌群。典型地，肠菌群的改变包括将一系列预定的菌群引入胃肠系统中，并且因此在一个方面，治疗方法包括在需要该治疗的患者中基本上或完全地替换致病性肠菌群。
在一个方面，并入药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含选自由以下组成的组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、或四种或更多种梭菌属某种的非致病性孢子：不同梭菌(Clostridium absonum)、阿根廷梭菌(Clostridium argentinense)、巴氏梭菌(Clostridium baratii)、肉毒梭菌(Clostridiumbotulinum)、尸毒梭菌(Clostridium cadaveris)、肉梭菌(Clostridium carnis)、隐藏梭菌(Clostridium celatum)、气肿疽梭菌(Clostridium chauvoei)、梭状梭菌(Clostridiumclostridioforme)、匙形梭菌(Clostridium cochlearium)、谲诈梭菌(Clostridiumfallax)、费新尼亚梭菌(Clostridium felsineum)、戈氏梭菌(Clostridium ghonii)、乙二醇梭菌(Clostridium glycolicum)、溶血梭菌(Clostridium haemolyticum)、哈氏梭菌(Clostridium hastiforme)、溶组织梭菌(Clostridium histolyticum)、吲哚梭菌(Clostridium indolis)、不规则梭菌(Clostridium irregulare)、泥渣梭菌(Clostridiumlimosum)、恶名梭菌(Clostridium malenominatum)、诺氏梭菌(Clostridium novyi)、乳清酸梭菌(Clostridium oroticum)、类腐败梭菌(Clostridium paraputrificum)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、毛状梭菌(Clostridium piliforme)、腐化梭菌(Clostridium putrefaciens)、腐败梭菌(Clostridium putrificum)、萨尔迪纳梭菌(Clostridium sardiniense)、煎盘梭菌(Clostridium sartagoforme)、闪烁梭菌(Clostridium scindens)、败毒梭菌(Clostridium septicum)、索氏梭菌(Clostridiumsordellii)、蝶形梭菌(Clostridium sphenoides)、螺旋形梭菌(Clostridiumspiroforme)、生孢梭菌(Clostridium sporogenes)、近端梭菌(Clostridiumsubterminale)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、第三梭菌(Clostridium tertium)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)、韦氏梭菌(Clostridiumwelchii)及绒毛梭菌(Clostridium villosum)。
在一个方面，并入药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含经过纯化、分离或培养的有活力非致病性梭菌以及来自选自由以下组成的组的一个或多个属的多种经历纯化、分离或培养的有活力非致病性微生物：柯林斯氏菌属、粪球菌属、多利菌属、真杆菌属和瘤胃球菌属。在另一个方面，药物组合物包含选自由以下组成的组的一个或多个属的多种经历纯化、分离或培养的有活力非致病性微生物：梭菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多利菌属、真杆菌属和瘤胃球菌属。
在一个方面，并入药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含选自由以下组成的组的两个或更多个属：柯林斯氏菌属、粪球菌属、多利菌属、真杆菌属和瘤胃球菌属。在另一个方面，药物组合物包含选自由以下组成的组的两个或更多个属：粪球菌属、多利菌属、真杆菌属和瘤胃球菌属。在另一个方面，药物组合物包含选自由以下组成的组的一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、或五种或更多种物种：尖锐粪球菌、陪伴粪球菌、长链多利菌、挑剔真杆菌、庞大真杆菌(Eubacteriumhadrum)、霍氏真杆菌、直肠真杆菌和扭链瘤胃球菌。
在一个方面，并入本文所述的药物组合物中的未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013cfu或总细胞计数。在另一个方面，药物组合物包含至多约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013或1014cfu或总细胞计数。
在另一个方面，未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂包含至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013个细胞或总细胞计数。在另一个方面，药物组合物包含至多约105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013或1014个细胞或总细胞计数。
粪便中细菌的提取和纯化
本文所述的药物组合物可包含来源于供体，例如健康人类供体的粪便样品的微生物，例如细菌。在一个方面，组合物并入粪便样品的全部或一部分粪便微生物群。例如，组合物可并入健康人类供体的粪便样品的基本上全部粪便微生物群。在一个方面，组合物并入粪便微生物群的细菌分离株，其中该细菌分离株是自该粪便微生物群的全部或一部分纯化和/或培养。因此，可自粪便样品中提取和/或纯化出粪便微生物群，以制备包含粪便微生物群(例如基本上全部粪便微生物群)或细菌分离株中的至少一种的组合物。
在一个方面，用于制备本文所述的组合物的示例性粪便微生物群包含来自人类供体的起始物质。在另一个方面，示例性粪便微生物群包含来自一或多名健康人类供体的材料。在又另一个方面，示例性粪便微生物群包含来自已知、限定的供体池的起始物质。在另一个方面，供体是成年男性。在另一个方面，供体是成年女性。在又另一个方面，供体是青年男性。在另一个方面，供体是青年女性。在另一个方面，供体是女婴。在另一个方面，供体是男婴。在另一个方面，供体是健康的。在一个方面，人类供体是约18岁、15岁、12岁、10岁、8岁、6岁、4岁、3岁、2岁或1岁以下的儿童。在另一个方面，人类供体是老年受试者。在另一个方面，人类供体是大于约30岁、35岁、40岁、45岁、50岁、55岁、60岁、65岁、70岁、75岁、80岁、85岁、90岁或95岁的受试者。在另一个方面，供体在1岁与5岁之间、在2岁与10岁之间、在3岁与18岁之间、在21岁与50岁之间、在21岁与40岁之间、在21岁与30岁之间、在50岁与90岁之间、在60岁与90岁之间、在70岁与90岁之间、在60岁与80岁之间或在65岁与75岁之间。在一个方面，供体是年轻老年受试者(65-74岁)。在一个方面，供体是中年老年受试者(75-84岁)。在一个方面，供体是老年受试者(>85岁)。在又另一个方面，供体是经过仔细筛选的健康且神经典型(neurotypical)的人。
在一个方面，经过仔细筛选的供体经历完整病史和体格检查。如果供体有感染病的风险，则将其排除在外。其他排除标准包含以下：
1.已知的B型肝炎、C型肝炎或HIV病毒感染
2.已知在任何时间暴露于HIV或病毒性肝炎
3.高危行为，包括以毒品或金钱为目的的性行为、与男性发生性关系的男性、在过去12个月中有不止一名性伴侣、过去曾使用静脉内药物或鼻内可卡因(cocaine)、有监禁史。
4.在12个月内经历刺青或身体穿刺。
5.曾旅行至世界上旅行者腹泻风险高于美国的地区。
6.当前患传染病，例如上呼吸道病毒感染。
7.肠易激综合征病史。具体症状可包括频繁的腹部绞痛、胀气、肿胀、腹胀、粪便紧迫、腹泻、便秘。
8.炎症性肠病史，如克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、显微镜下结肠炎。
9.慢性腹泻。
10.慢性便秘或使用泻药。
11.胃肠道恶性病史或已知的结肠息肉病。
12.任何腹部手术史，例如胃旁路手术、肠切除术、阑尾切除术、胆囊切除术等。
13.使用益生菌或潜在供体出于调节消化目的而使用的任何其他非处方药。酸酪乳和克弗(kefir)产品如果仅作为食物而非营养补充剂使用，则是容许的。
14.过去六个月内针对任何适应症的抗生素。
15.任何规定的免疫抑制或抗肿瘤药。
16.已确定或正在发生的代谢综合征。此处用于限定的标准要比任何已确立的标准严格。这些标准包括血压升高史、糖尿病史或葡萄糖耐受不良史。
17.已知的全身性自身免疫性疾病，例如结缔组织疾病、多发性硬化症。
18.已知的异位性疾病，包括哮喘或湿疹。
19.慢性疼痛综合征，包括纤维肌痛、慢性疲劳综合征。
20.持续(即使是间歇性的)使用任何处方药，包括吸入剂或表面用乳膏和软膏。
21.神经系统疾病、神经发育性疾病和神经退化性疾病，包括自闭症、帕金森氏病(Parkinson's disease)。
22.全身：体重指数>26kg/m2，由腰臀比>0.85(男性)和>0.80(女性)定义的中枢性肥胖。
23.血压>135mmHg收缩压和>85mmHg舒张压。
24.皮肤—存在皮疹、一年内出现的刺青或身体刺穿、或黄疸
25.淋巴结肿大。
26.听诊时喘鸣。
27.肝肿大或肝病的病征(stigmata)。
28.关节肿胀或触痛。肌肉无力。
29.神经系统检查异常。
30.通过PCR测试的阳性粪便艰难梭菌毒素B。
31.针对包括沙门氏菌、志贺氏菌、耶尔森氏菌、弯曲杆菌、大肠杆菌0157:H7在内的任何常规病原体的粪便培养呈阳性。
32.卵和寄生虫检查异常。
33.梨形鞭毛虫、隐孢子虫或幽门螺杆菌抗原呈阳性。
34.针对包括HIV 1和2、甲型病毒性肝炎IgM、肝炎表面抗原和核心抗体在内的任何病毒疾病筛查呈阳性。
35.RPR异常(梅毒筛查)。
36.任何异常的肝功能测试，包括碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转胺酶、丙氨酸氨基转移酶。
37.血清甘油三酯升高，>150mg/Dl
38.HDL胆固醇<40mg/dL(男性)和<50mg/dL(女性)
39.高灵敏度CRP>2.4mg/L
40.空腹血糖升高(>100mg/dL)
本发明一方面是一种制备治疗性细菌分离株的方法，所述方法包括：(i)提供来自粪便材料的细菌的制剂，所述粪便材料来自(a)一组健康受试者；(b)一组患有胃肠道疾病或病症的患者；和(c)具有所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解的一组患者，所述临床缓解是在用粪便微生物群移植治疗所述组患者中的每一名患者之后发生；(ii)分析所述细菌的制剂中的16S rRNA序列，以及(iii)从人类供体的粪便分离细菌分离株，所述细菌分离株包含与来自所述细菌的制剂的细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株(a)相对于一组患有所述胃肠道疾病或病症的患者，在一组健康受试者体内富集；和/或(b)与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关，其中所述细菌分离株的横截面组合p值小于1×10-14。
在实施方案中，所述相对于患有所述胃肠道疾病或病症的一组患者，在一组健康受试者体内富集的细菌菌株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、昂氏别样杆菌、普氏栖粪杆菌、直肠真杆菌、卵形布劳特氏菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、解纤维拟杆菌、芬氏别样杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、粪便考拉杆菌、变异罕见小球菌、变异罕见小球菌、布劳特氏菌属某种、腐烂别样杆菌、腐烂别样杆菌、腐烂别样杆菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述相对于患有所述胃肠道疾病或病症的一组患者，在一组健康受试者体内富集的细菌菌株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约98％或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、3、4、7、8、9、11、12、14、15、16、18、20、21、22、23、34、35、36和37。
在实施方案中，所述细菌分离株包含内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。在实施方案中，所述细菌分离株包含与SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:18的核苷酸序列具有至少约98％或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关的细菌菌株包含：芬氏别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或腐烂别样杆菌；或腐烂别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或芬氏别样杆菌。在实施方案中，所述与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关的细菌菌株包含：与SEQ ID NO:15的核苷酸序列，但不与选自SEQ ID NO:18、35、36或37的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；或与选自SEQ ID NO:35-37的核苷酸序列，但不与选自SEQ IDNO:15和18的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述方法另外包括通过以下方式分离第二治疗性细菌：(iv)提供来自人类粪便样品的多种细菌分离株；和(v)执行功能测定，所述功能测定包括：(a)使真核细胞群与人类源性细菌分离株接触；(b)测量所述真核细胞群中细胞因子的水平，和(c)选择能够调节所述真核细胞群中所述细胞因子的水平的细菌分离株。在实施方案中，所述真核细胞群包含PBMC群。在实施方案中，所述细胞因子选自IL-10、GM-CSF、IFN-γ、TNF-α、IL-23和IL-12。
在实施方案中，所述第二细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌、单形拟杆菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述第二细菌分离株包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、7、11、16、18、20、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
本发明一方面是一种制备包含第一细菌分离株和第二细菌分离株的微生物混合物的方法，所述方法包括：(i)从人类粪便分离多种细菌分离株；(ii)执行第一功能测定，所述第一功能测定包括：(a)使真核细胞群与所述细菌分离株接触，(b)测量IL-10:IL-12比率和IL-10:TNF-α比率，以及(c)将当与真核细胞群一起培育时能够诱导至少约50:1的IL-10:IL-12比率或至少约1:1的IL-10:TNF-α比率的细菌分离株鉴别为所述第一细菌分离株；(iii)执行第二功能测定，所述第二功能测定包括：(a)测量由所述细菌分离株产生的短链脂肪酸(SCFA)的水平，和(b)将产生至少约10mM浓度的所述SCFA的细菌分离株鉴别为所述第二细菌分离株；以及(iv)将所述第一细菌分离株与所述第二细菌分离株组合以产生所述微生物混合物。
在实施方案中，所述第一细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、陪伴粪球菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述第一细菌分离株包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、7、11、12、16、17、18、20、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。在实施方案中，所述真核细胞群包含PBMC群。
在实施方案中，所述SCFA选自乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸、戊酸以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述SCFA是丁酸。在实施方案中，所述第二细菌分离株选自内脏臭气杆菌、直肠真杆菌、陪伴粪球菌、普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌、丁酸厌氧棒杆菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。在实施方案中，所述第二细菌分离株包含与选自SEQ ID NO:1、2、3、7、8、17、19、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，所述方法另外包括通过以下方式分离第三细菌分离株以并入所述微生物混合物中：(i)分析来自粪便材料的细菌的制剂中的16S rRNA序列，所述粪便材料来自：(a)一组健康受试者；(b)一组患有胃肠道疾病或病症的患者；和(c)具有所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解的一组患者，所述临床缓解是在用粪便微生物群移植治疗所述组患者中的每一名患者之后发生；以及(ii)从人类供体的粪便分离细菌分离株作为所述第三细菌分离株，所述细菌分离株包含与来自所述细菌的制剂的细菌菌株的16SrRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株(a)相对于一组患有所述胃肠道疾病或病症的患者，在一组健康受试者体内富集；和/或(b)与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关。
在实施方案中，所述第三细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。
在本文所公开的实施方案中的任一个中，所述胃肠道疾病或病症可选自炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。在实施方案中，所述IBD选自溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)和贮袋炎中的一种或多种。在实施方案中，所述胃肠道疾病或病症选自选自炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。在实施方案中，所述IBD选自溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)和贮袋炎中的一种或多种。
在一个方面，本文提供一种用于制备粪便菌群(例如整个(或基本上整个)微生物群)的方法，该方法包括先从一名或多名健康(例如经过筛选的)供体收集。在一个方面，新鲜粪便通过粪便收集装置运输，该粪便收集装置可提供或包含适合地无氧(或基本上无氧)的适当容器。在一个方面，所述容器可通过例如将内置或夹住的除氧机构，例如，如例如美国专利第7,541,091号中所述的除氧粒料并入该容器中来使容器无氧。在另一个方面，容器本身由除氧材料制成，例如除氧铁，例如O2BLOCKTM所述的除氧铁或等效物，它使用经过纯化且改性的层状粘土作为除氧铁的增效载体；活性铁直接分散于聚合物中。在一个方面，使用除氧聚合物来制造容器本身或涂覆容器，或作为要添加的粒料；例如，如美国专利申请公开案20110045222中所述，该案描述具有一种或多种不饱和烯烃均聚物或共聚物、一种或多种聚酰胺均聚物或共聚物、一种或多种聚对苯二甲酸乙二酯均聚物或共聚物的聚合物共混物；所述除氧聚合物展现出除氧活性。在一个方面，使用除氧聚合物来制造容器本身或涂覆容器，或作为要添加的粒料；例如，如美国专利申请公开案20110008554中所述，该案描述包含聚酯、共聚酯醚和氧化催化剂的组合物，其中该共聚酯醚包括含聚(四亚甲基-共-亚烷基醚)的聚醚链段。在一个方面，使用除氧聚合物来制造容器本身或涂覆容器，或作为要添加的粒料；例如，如美国专利申请公开案201000255231中所述，该案描述分散于聚合物基质中的铁/盐粒子以及具有除氧颗粒的除氧膜。
或者，作为除氧机构的补充或替代，容器中的空气可用氮气和/或其他惰性非反应性气体替代(完全或基本上替代)。在一个方面，容器部分地、基本上或完全地模拟(产生)厌氧环境。
在一个方面，粪便(例如粪便样品)是保持在美学上可接受的容器中，该容器将不会泄漏，也不会闻到气味，同时仍保持厌氧环境。在一个方面，容器在接收粪便菌群之前是无菌的。
在一个方面，本文所提供的粪便样品在其运输和/或于例如“粪便库”储存的大部分或整个过程中都维持在室温。例如，一旦被输送到“加工粪便库”，所述样品就在环境温度下，例如在室温下储存。在一个方面，将稳定剂，如甘油，添加至收集和/或储存的材料中。
在一个方面，如上所述，测试粪便中的各种病原体。在一个方面，一旦清除传染原，就将粪便样品均质化并过滤以移除大颗粒物质。在一个方面，将粪便细分成期望的体积，例如，该体积可在5cc与3升或更高体积之间。例如，在一个方面，容器包含50克(g)粪便，这些粪便可保持在适当的耐氧塑料中，例如金属化聚对苯二甲酸乙二酯聚酯膜或金属化MYLARTM中。
在一个方面，通过例如混合、搅动、搅拌或振荡使粪便均质化。在某些方面，在均质化之前，用均质化缓冲液稀释粪便样品。均质化缓冲液可例如含有冷冻保护剂(例如海藻糖)、抗氧化剂或还原剂(例如半胱氨酸)和缓冲剂(例如pH 7.4的0.25X PBS)。
在一个方面，为了从粪便微生物群中分离出非细菌组分，可将粪便均质化并从粗糙的颗粒物质中过滤出来。在一个方面，极细纤维/无生命物质接着与细菌分离。可使用若干方法，包括例如用过滤器尺寸，例如逐渐减小至典型细菌尺寸的过滤器尺寸进行反复过滤。
在一个方面，使用不同的过滤器，或Williams于WO 2011/033310A1中使用的技术，使用纱布过滤的简单技术，分离细菌物种。
在一个方面，用于过滤整个粪便的过滤程序适合用于达到几乎100％细菌的最高浓度。在一个方面，过滤程序是一种两步程序，该程序适当地使用玻璃纤维深度过滤器进行初始澄清。在一个方面，粪便在正压下过滤。在一个方面，这将使用与30微米PVDF过滤器的组合或夹心配置。在一个方面，所述夹心程序将在正压下过滤产品。之后，在一个方面，可使用膜浓缩作为减少滤液体积的另一步骤。在一个方面，这可在冷冻干燥或喷雾干燥之前在氮气保护下完成。
可用于过滤的替代性膜包括但不限于耐纶过滤器、硝酸纤维素过滤器、聚醚砜(PES)过滤器、聚四氟乙烯(PTFE)过滤器、TEFLONTM过滤器、混合纤维素酯过滤器、聚碳酸酯过滤器、聚丙烯过滤器、聚氯乙烯(PVC)过滤器或石英过滤器。这些过滤器的各种组合均可用于获得移除了固体和液体的高纯度细菌。
在一个方面，向有需要的受试者施用药物组合物，该药物组合物包含多名经过仔细筛选的健康供体的粪便微生物群。在一个方面，在给药期间向受试者施用药物组合物，其中第一次剂量包含至少一种药物组合物，该药物组合物包含单一供体的粪便微生物群，并且第二次剂量的药物组合物包含与第一次剂量的供体不同的单一供体的粪便微生物群。在另一个方面，第一次剂量包括含单一供体的粪便微生物群的药物组合物，并且第二次剂量包含供体池的粪便微生物群。第一次剂量和第二次剂量并非指示向受试者施用的次序，而是指示来自单独供体的粪便微生物群可以呈非共混的形式使用。
在另一个方面，本公开提供用胶囊治疗有需要的受试者的方法，所述胶囊包括含来自单一供体的粪便微生物群的药物组合物。在另一个方面，胶囊包括含来自多名供体的粪便微生物群的药物组合物。在一个方面，向受试者施用两粒或更多粒包含来自单一但不同的供体的粪便微生物群的丸剂。
在一个方面，本公开提供用于治疗有需要的受试者的方法，该方法包括口服或通过经结肠镜、灌肠剂或经鼻空肠管输注来施用药物组合物。在另一个方面，每次施用均包含药物组合物，该药物组合物包含来自类似于或不同于治疗期中前次施用的单一供体的粪便微生物群。在另一个方面，治疗期包括施用第一次剂量，该第一次剂量包括含单一供体的粪便微生物群的药物组合物；以及施用第二次剂量，该第二次剂量包括含多名供体的粪便微生物群的药物组合物。
药物组合物、配制物和施用
本文描述呈各种配制物形式的药物组合物，所述药物组合物包含一种或多种细菌分离株(和/或额外治疗剂，例如基本上全部粪便微生物群)。本文所述的任何药物组合物(和/或额外治疗剂)可呈以下形式：片剂、丸剂、小丸剂、胶囊、含液体的胶囊、含多颗粒的胶囊、散剂、溶液、乳剂、滴剂、栓剂、乳剂、气雾剂、喷雾剂、悬浮液、延迟释放配制物、持续释放配制物、控制释放配制物或任何其他适合使用的形式。
包含药物组合物的配制物可便利地以单位剂型存在。例如，剂型可通过以下方法制备，所述方法包括使治疗剂与构成一种或多种辅助成分的载体结合的步骤。例如，配制物是通过以下方式制备：使治疗剂与液体载体、精细分开的固体载体或两者均匀且紧密地结合，接着，必要时，使产物成形为期望配制物的剂型(例如湿法或干法制粒、粉末共混等，随后压片)。
在另一个方面，药物组合物可与药学上可接受的载体一起提供。如本文所使用，“药学上可接受的载体”是指与活细菌混合以允许形成药物组合物，例如能够施用患者的剂型的无毒溶剂、分散剂、赋形剂、佐剂或其他材料。药学上可接受的载体可以是呈液体(例如生理盐水)、凝胶或固体形式的稀释剂、佐剂、赋形剂或耐酸的囊封成分。适合的稀释剂和赋形剂包括医药级生理盐水、右旋糖、甘油、甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、纤维素、碳酸镁等，以及其组合。在另一个方面，药物组合物可含有辅助物质，如润湿剂或乳化剂、稳定剂或pH缓冲剂。在一个方面，药物组合物含有约1％-5％、5％-10％、10％-15％、15％-20％、20％-25％、25％-30％、30％-35％、40％-45％、50％-55％、1％-95％、2％-95％、5％-95％、10％-95％、15％-95％、20％-95％、25％-95％、30％-95％、35％-95％、40％-95％、45％-95％、50％-95％、55％-95％、60％-95％、65％-95％、70％-95％、45％-95％、80％-95％或85％-95％的活性成分。在一个方面，药物组合物含有约2％-70％、5％-60％、10％-50％、15％-40％、20％-30％、25％-60％、30％-60％或35％-60％的活性成分。
在一个方面，药物组合物可并入片剂、兽用顿服药(drench)、大丸剂、胶囊或预混合物中。可通过药物配制领域中众所周知的方法将所述活性成分配制成这些剂型。参见例如美国专利第4,394,377号。用任何期望形式的活性成分填充明胶胶囊容易制造出胶囊。必要时，所述材料可用惰性粉末状稀释剂，如糖、淀粉、奶粉、纯化的结晶纤维素等稀释，以增加体积，以便于填充胶囊。
在一个方面，为了制备固体组合物，如片剂，将活性成分与药物载体混合，以形成包含本文所述组合物的均质混合物的固体预配制组合物，该医药载体例如常规的压片成分，如玉米淀粉、乳糖、蔗糖、山梨糖醇、滑石、硬脂酸、硬脂酸镁、磷酸二钙或树胶，或其他药物稀释剂，例如水。当将所述预配制组合物称为均质时，意味着将活性成分均匀地分散于整个组合物中，由此可容易地将组合物细分为同等有效的单位剂型，如片剂、丸剂和胶囊。接着，将所述固体预配制组合物细分成含有期望量的活性成分(例如至少约105、106、107、108、109、1010、1011、1012或1013cfu)的上述类型的单位剂型。可以对本文所使用的药物组合物进行调味。
在一个实施方案中，本文所述的包含一种或多种细菌分离株(和/或额外治疗剂)的药物组合物被配制成适于本文所述的施用方式的组合物。
在各个实施方案中，药物组合物是口服、静脉内、腹膜内和肠胃外中的任一种方式施用。例如，施用途径包括但不限于口服、腹膜内、静脉内、肌肉内或直肠施用。在各个实施方案中，药物组合物的施用是口服、鼻胃、顺行胃肠道、逆行胃肠道、内窥镜或灌肠进行。
在一个实施方案中，本文所述的药物组合物被配制成适于口服施用的组合物。供口服递送的组合物可呈例如片剂、口含片、水性或油性悬浮液、颗粒剂、粉末、撒剂(sprinkle)、乳剂、胶囊、糖浆或酏剂形式。口服施用的组合物可包含一种或多种剂，例如甜味剂，如果糖、阿斯巴甜或糖精；调味剂，如薄荷、冬青油或樱桃；着色剂；以及防腐剂，以提供药学上适口的制剂。此外，在片剂或丸剂形式的情况下，所述组合物可用包衣包覆以延迟崩解，从而在较长时间段内提供持续作用。在驱动本文所描述的任何细菌分离株(和/或额外治疗剂)的渗透活性剂周围的选择性渗透膜也适于口服施用的组合物。在这些选择性渗透膜平台中，来自胶囊周围环境的流体被驱动化合物吸收，该驱动化合物膨胀以透过孔置换剂或剂组合物。与速释配制物的急剧增加的曲线相反，所述递送平台可提供基本上零阶的递送曲线。延时材料，如单硬脂酸甘油酯或硬脂酸甘油酯也可以是有用的。口服组合物可包括标准赋形剂，如甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、纤维素、乙基丙烯酸和其衍生物聚合物，以及碳酸镁。在一个实施方案中，赋形剂是医药级的。除活性化合物外，悬浮液也可含有悬浮剂，如乙氧基化异硬脂醇、聚氧乙烯山梨糖醇和脱水山梨糖醇酯、微晶纤维素、偏氢氧化铝、膨润土、琼脂、黄芪胶等，及其混合物。
在各个实施方案中，药物组合物被配制成固体剂型，如片剂、可分散的散剂、颗粒剂和胶囊。在一个实施方案中，药物组合物被配制成胶囊。在另一个实施方案中，药物组合物被配制成片剂。在又另一个实施方案中，药物组合物被配制成软凝胶胶囊。在另一个实施方案中，药物组合物被配制成明胶胶囊。
在一个方面，药物组合物呈以下形式：可用适当稀释剂复原的灌肠剂组合物；肠衣胶囊；肠衣微胶囊；耐酸片剂；耐酸胶囊；耐酸微胶囊；供鼻-肠输注或结肠镜输注的用适当稀释剂复原的粉末；供口服摄取的用适当稀释剂、调味剂和胃酸抑制剂复原的粉末；用食物或饮料复原的粉末；或包含所述组合物、粉末、胶状物或液体的肠衣微胶囊和/或耐酸微胶囊的食品或食品补充剂。
在各个实施方案中，配制物可另外包含药学上可接受的载体或赋形剂。本领域技术人员应认识到，所述配制物可呈适于所需用途和施用途径的任何适合形式。
在一些剂型中，将本文所述的包含一种或多种细菌分离株的药物组合物(例如微生物混合物)与至少一种惰性、药学上可接受的赋形剂或载体如柠檬酸钠、磷酸二钙等，和/或以下各物混合：a)填充剂或增量剂，如淀粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露醇、硅酸、微晶纤维素和烘焙专用糖(Bakers Special Sugar)等；b)粘合剂，如羧甲基纤维素、海藻酸盐、明胶、聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖、阿拉伯胶、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、甲基纤维素、羟丙基纤维素(HPC)和羟甲基纤维素等；c)保湿剂，如甘油等；d)崩解剂，如琼脂、碳酸钙、马铃薯淀粉或木薯淀粉、海藻酸、某些硅酸盐、碳酸钠、交联聚合物如交联聚维酮(交联聚乙烯吡咯烷酮)、交联羧甲纤维素钠(croscarmellose sodium)(交联羧甲基纤维素钠)、羟乙酸淀粉钠等；e)溶解延迟剂，如石蜡等；f)吸收促进剂，如季铵化合物等；g)润湿剂，如鲸蜡醇和单硬脂酸甘油酯等；h)吸收剂，如高岭土和膨润土等；以及i)润滑剂，如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二醇、月桂基硫酸钠、山嵛酸甘油酯等，以及所述赋形剂的混合物。本领域技术人员应认识到，特定赋形剂在口服剂型中可具有两种或更多种功能。在口服剂型，例如胶囊或片剂的情况下，剂型还可包含缓冲剂。
在实施方案中，将包含一种或多种细菌分离株的药物组合物与一种或多种药学上可接受的冷冻保护剂、冻干保护剂、粘合剂、崩解剂、赋形剂、填充剂和/或防腐剂、酸抑制剂、抗酸剂、H2拮抗剂和质子泵抑制剂，或其组合相组合。
在一个方面，将药物组合物与其他佐剂如抗酸剂组合以防止细菌在胃中失活。(例如Mylanta、Mucaine、Gastrogel)。在另一个方面，也可使用H2拮抗剂或质子泵抑制剂在药理学上抑制胃中的酸分泌。示例性H2拮抗剂是雷尼替丁(ranitidine)。示例性质子泵抑制剂是奥美拉唑(omeprazole)。在一个方面，酸抑制剂是在施用药物组合物之前施用或与药物组合物共同施用。
在一个方面，本文所施用的药物组合物另外包含酸抑制剂、抗酸剂、H2拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。在一个方面，本文所施用的药物组合物基本上不含无生命物质。在另一个方面，本文所施用的药物组合物基本上不含无细胞材料，该无细胞材料选自由残余纤维、DNA、病毒衣壳材料和无活力材料组成的组。在另一个方面，所施用的药物组合物不包含酸抑制剂、抗酸剂、H2拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。在又另一个方面，所施用的药物组合物不包含酸抑制剂。在另一个方面，所施用的药物组合物不包含抗酸剂。在另一个方面，所施用的药物组合物不包含H2拮抗剂。在另一个方面，所施用的药物组合物不包含质子泵抑制剂。在另一个方面，所施用的药物组合物不包含甲氧氯普胺(metoclopramide)。
在实施方案中，细菌混合物是干燥的，例如当所述混合物包括冻干的细菌细胞/孢子或包含干燥的粘合剂、填充剂和分散剂时。或者，包含细菌分离株的微生物混合物是含水的，例如当所述混合物包含非干燥的粘合剂、填充剂和分散剂时。
在实施方案中，本文所述的细菌混合物可经历冻干。如本文所使用，“冻干”或“冷冻干燥”是指通过先冷冻材料且接着在真空环境下促进其内的冰升华来干燥材料的过程。本文公开了一种制造微生物混合物的方法，该方法包括培养呈纯培养物形式的第一细菌分离株；培养呈纯培养物形式的第二细菌分离株；将第一细菌分离株冻干；将第二细菌分离株冻干；以及将第一种被冻干的细菌分离株与第二种被冻干的细菌分离株组合成微生物混合物。在另一个实施方案中，本文公开了一种制造微生物混合物的方法，该方法包括培养呈纯培养物形式的第一细菌分离株；培养呈纯培养物形式的第二细菌分离株；以及将第一细菌分离株与第二细菌分离株组合以形成微生物混合物。任选地，包含第一细菌分离株和第二细菌分离株的微生物混合物可被冻干。因此，应当理解，微生物混合物可被冻干或未被冻干，并且冻干的微生物混合物可通过在组合形成混合物的细菌分离株之前或之后，将细菌分离株冻干来制造。
在一个方面，细菌混合物包含冻干配制物，所述冻干配制物还包含还原剂和/或抗氧化剂。在某些实施方案中，还原剂包含选自由D-半胱氨酸和L-半胱氨酸组成的组的半胱氨酸。在另一个方面，半胱氨酸的浓度是至少约0.025％。在一个方面，半胱氨酸的浓度是约0.025％。在另一个方面，半胱氨酸的浓度是0.025％。在另一个方面，使用除半胱氨酸外的另一种还原剂作为半胱氨酸的替代或与半胱氨酸组合。在一个方面，另一种还原剂选自由以下组成的组：抗坏血酸、抗坏血酸钠、硫代乙醇酸、亚硫酸钠、亚硫酸氢钠、偏亚硫酸氢钠、偏亚硫酸氢钾、谷胱甘肽、甲硫氨酸、硫代甘油和α-生育酚。
在一个方面，半胱氨酸的浓度是至少约0.005％、至少约0.01％、至少约0.015％、至少约0.02％、至少约0.025％、至少约0.03％、至少约0.035％、至少约0.04％、至少约0.045％、至少约0.05％、至少约0.055％、至少约0.06％、至少约0.065％、至少约0.07％、至少约0.075％、至少约0.08％、至少约0.085％、至少约0.09％、至少约0.095％、至少约0.1％、至少约0.12％、至少约0.14％、至少约0.16％、至少约0.18％、至少约0.2％、至少约0.25％、至少约0.3％、至少约0.4％、至少约0.5％、至少约0.6％、至少约0.7％、至少约0.8％、至少约0.9％、至少约1％、至少约2％、至少约4％、至少约6％、至少约8％、至少约10％、至少约12％、至少约14％、至少约16％、至少约18％、至少约20％、至少约22％、至少约24％或至少约26％。
在实施方案中，包含一种或多种细菌分离株的药物组合物包含冷冻保护剂或冷冻保护剂混合物。如本文所使用，“冷冻保护剂”是指添加至配制物中以便在冷冻过程中保护活性成分的物质。例如，冷冻保护剂可包含以下各物、基本上由以下各物组成或由以下各物组成：聚乙二醇、去脂乳、赤藓糖醇、阿拉伯糖醇、山梨糖醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲基亚砜(DMSO)或等效物、甘油、聚乙二醇(PEG)或等效物、或氨基酸(例如丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸)。在本公开的实施方案中，冷冻保护剂可选自包含以下各物的组：5％蔗糖；10％蔗糖；10％去脂乳；含2.5％蔗糖的10％海藻糖；含2.5％蔗糖的5％海藻糖；5％甘露醇；含0.1％聚山梨醇酯80的5％甘露醇；10％甘露醇；含0.1％聚山梨醇酯80的10％甘露醇；5％海藻糖；含0.1％聚山梨醇酯80的5％海藻糖；10％海藻糖；以及含0.1％聚山梨醇酯80的10％海藻糖。
在实施方案中，包含一种或多种细菌分离株的药物组合物包含冻干保护剂。如本文所使用，“冻干保护剂”是指添加至配制物中以便在冻干(又称为冷冻干燥)阶段期间保护活性成分的物质。在实施方案中，使用相同物质或相同物质的组合同时作为冷冻保护剂和冻干保护剂。示例性冻干保护剂包括糖，如蔗糖或海藻糖；氨基酸，如谷氨酸单钠或组氨酸；甲胺，如甜菜碱；易溶盐，如硫酸镁；多元醇，如三元或更高级的糖醇，例如甘油、赤藓糖醇、甘油、阿拉伯糖醇、木糖醇、山梨糖醇和甘露醇；丙二醇；聚乙二醇；普流尼克(Pluronics)；及其组合。在实施方案中，冻干保护剂是非还原性糖，如海藻糖或蔗糖。在实施方案中，冷冻保护剂或冻干保护剂基本上由或由本段及以上段落中提到的一种或多种物质组成。
在实施方案中，冷冻保护剂或冻干保护剂包含细胞内剂，例如DMSO、甘油或PEG，该剂渗透进入细胞内部，防止形成可能导致膜破裂的冰晶。在实施方案中，冷冻保护剂或冻干保护剂包含细胞外剂，例如蔗糖、海藻糖或右旋糖，该剂不渗透至细胞膜中，但起到改善冷冻过程中发生的渗透失衡的作用。
在一个方面，本公开提供了一种药物组合物，该药物组合物包含冻干的粪便微生物制剂，该制剂包括含至少约12.5％海藻糖的冻干配制物。
在实施方案中，冻干的配制物包含海藻糖。在实施方案中，冻干的配制物包含2％至30％、3％至25％、4％至20％、5％至15％、6％至10％、2％至30％、2％至25％、2％至20％、2％至15％或2％至10％海藻糖。在实施方案中，冻干的配制物包含至少2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％或15％海藻糖。在实施方案中，冻干的配制物包含至多2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％或15％海藻糖。在实施方案中，冻干的配制物包含约5％海藻糖。在实施方案中，冻干的配制物包含海藻糖和蔗糖。在实施方案中，冻干的配制物包含在约8％与12％之间的海藻糖以及在约1.5％与3.5％之间的蔗糖和在约0.5％与1.5％之间的NaCl。
在一个方面，冻干的配制物包含至少约5％、至少约7.5％、至少约10％、至少约12.5％、至少约13％、至少约13.5％、至少约14％、至少约14.5％、至少约15％、至少约15.5％、至少约16％、至少约16.5％、至少约17％、至少约17.5％、至少约18％、至少约18.5％、至少约19％、至少约19.5％、至少约20％、至少约22.5％、至少约25％、至少约27.5％、至少约30％、至少约32.5％、至少约35％、至少约37.5％、至少约40％、至少约42.5％、至少约45％、至少约47.5％、至少约50％、至少约52.5％、至少约55％、至少约57.5％或至少约60％的海藻糖。
在实施方案中，此处提供的药物组合物在环境温度或更低温度下储存至少12周后，可有效治疗一种或多种选自由以下组成的组的病症：复发性或原发性艰难梭菌感染、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病和肠易激综合征。在实施方案中，药物组合物在环境温度或更低温度下储存至少至少4、8、10、16、20、24、30、40、50、60、70、80或100周后仍然有效。
在实施方案中，本文所述的药物组合物(例如包含微生物混合物)可被冻干或冷冻干燥，并在环境温度(例如室温)下、在冷冻温度下或在约2℃与8℃之间的温度下储存。在实施方案中，冷冻干燥使大多数细胞保持活力，并产生粉末形式的产物，该产物可轻柔地粉碎成粉末。接着，可将粉末、或冻干或冷冻干燥的组合物囊封至载体中，例如片剂、明胶包衣剂(geltab)、丸剂或胶囊，例如肠衣胶囊；或放置于油填充的胶囊中以供摄取。或者，冷冻干燥或冻干的产物，或粉末在递送给受试者之前，可在环境温度下于例如流体，例如无菌流体，如生理盐水、缓冲液或介质，如流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(RGCA)介质中复原。
对于冷冻干燥，在实施方案中，将细菌分离株保持在液体中，该液体将防止细胞在解冻时破裂。这可包括各种稳定剂，例如甘油和适当缓冲液，和/或乙二醇。在实施方案中，取决于所用稳定剂，冷冻保护方法使用的最终稳定剂浓度在10％与80％之间、在20％与70％之间、在30％与60％之间或在40％与50％之间；在实施方案中，这通过防止形成冰晶来使蛋白质稳定，否则冰晶会破坏蛋白质结构。
在实施方案中，有助于减少活细菌破坏的稳定剂包括去脂乳、赤藓糖醇、阿拉伯糖醇、山梨糖醇、葡萄糖、果糖和其他多元醇。聚合物，如聚葡萄糖和聚乙二醇，也可用于使细菌细胞稳定。
在实施方案中，制造药物组合物可包括以下步骤：(1)用外部肠溶衣包覆分开的胶囊(即，包含分开的胶囊主体和胶囊盖)的外部；(2)用包含一种或多种细菌分离株的药物组合物(例如包含微生物混合物)填充胶囊主体；以及(3)将胶囊盖封闭在胶囊主体上，由此将该组合物囊封于外部肠衣胶囊中。
任选地，制造药物组合物可包括以下步骤：(1)用外部肠溶衣包覆分开的胶囊(即，包含分开的胶囊主体及胶囊盖)的外部；(2)用内部涂层包覆分开的胶囊的内部；(3)用包含一种或多种细菌分离株的药物组合物(例如包含微生物混合物)填充胶囊主体；以及(4)将胶囊盖封闭在胶囊主体上，由此将该组合物囊封于双涂层胶囊中。
或者，制造药物组合物可包括以下步骤：(1)用内部涂层包覆分开的胶囊(即，包含分开的胶囊主体及胶囊盖)的内部；(2)用外部肠溶衣包覆分开的胶囊的外部；(3)用包含细菌分离株的药物组合物(例如包含微生物混合物)填充胶囊主体；以及(4)将胶囊盖封闭在胶囊主体上，由此将该组合物囊封于双涂层胶囊中。
在实施方案中，可将一种或多种额外治疗剂与药物组合物(例如包含微生物混合物)组合并通过胶囊进行囊封。
在实施方案中，明胶胶囊(例如#00号)的主体与盖分开。通过将一种或多种肠溶衣聚合物与其他组分一起分散于溶液中来制备外部肠溶衣悬浮液。使用例如流化床Wurster柱形涂层机、流化床涂层机(Fluid Bed Coater)或等效物将外部肠溶衣悬浮液施加至分开的胶囊主体与盖的外部。使胶囊在产品碗(product bowl)中流化，并喷涂外部肠溶衣悬浮液，以使外部涂层达到在约2mg/cm2与6mg/cm2之间，例如3mg/cm2的目标。该步骤完成后，使胶囊干燥，例如在约8小时与24小时之间的时间。干燥后，对示例性胶囊称重以计算来自外部肠溶衣的重量增加。可以检查胶囊是否不规则。
在一个实施方案中，将
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S100(聚(甲基丙烯酸、甲基丙烯酸甲酯))、淀粉、柠檬酸三乙酯和PlasACRYLTM T20溶解于水、乙醇和正丁醇的溶液中，混合，接着装填至适合喷雾装置中。接着，将溶液喷涂于胶囊主体和胶囊盖的外表面上达到目标重量增加。在进一步加工之前，例如在填充包含细菌分离株的微生物混合物之前，将胶囊主体和胶囊盖干燥约8小时至约24小时，或更长时间，例如一周、一个月或更长时间。
在实施方案中，除了将组合物提供于胶囊主体中外，可能希望将一定量的药物组合物(例如包含微生物混合物)提供至胶囊盖。在该实施方案中，在胶囊中将包括较多的组合物，和/或在封闭的胶囊中将包含较少的空气。
在实施方案中，胶囊的内表面提供有内部涂层。
可将上述组合物(例如微生物混合物)、内部涂层、胶囊和外部涂层中的任一种组合成本文所述的药物组合物。本领域技术人员将知道如何根据其当前需求选择内部涂层；胶囊及外部涂层，此可例如基于具体的细菌分离株和/或受试者体内应递送细菌分离株的位置(例如在结肠中)。
WO 2007122374中公开了额外的相关传授内容，该专利特此以全文引用的方式并入本文中。
在实施方案中，在制造药物组合物期间，可将药学上可接受的冷冻保护剂、冻干保护剂、粘合剂、崩解剂、填充剂、防腐剂、酸抑制剂、抗酸剂、H2拮抗剂和质子泵抑制剂或其组合混入药物组合物(例如包含微生物混合物)中，以促进所需特性。
药物组合物可另外包括表面活性剂。适合使用的表面活性剂包括但不限于任何药学上可接受的无毒表面活性剂。适合使用的表面活性剂的类别包括但不限于聚乙氧基化脂肪酸、PEG-脂肪酸二酯、PEG-脂肪酸单酯和二酯混合物、聚乙二醇甘油脂肪酸酯、醇-油酯交换产物、聚甘油脂肪酸、丙二醇脂肪酸酯、丙二醇酯-甘油酯的混合物、甘油单酯和甘油二酯、固醇和固醇衍生物、聚乙二醇去水山梨糖醇脂肪酸酯、聚乙二醇烷基醚、糖酯、聚乙二醇烷基酚、聚氧乙烯-聚氧丙烯嵌段共聚物、去水山梨糖醇脂肪酸酯、低级醇脂肪酸酯、离子性表面活性剂以及其混合物。在一些实施方案中，组合物可包含一种或多种表面活性剂，包括但不限于月桂基硫酸钠、聚山梨醇酯20、聚山梨醇酯40、聚山梨醇酯60、聚山梨醇酯80和柠檬酸三乙酯。
药物组合物也可含有药学上可接受的塑化剂以获得所希望的机械特性，如柔性和硬度。这些塑化剂包括但不限于三醋精、柠檬酸酯、柠檬酸三乙酯、邻苯二甲酸酯、癸二酸二丁酯、鲸蜡醇、聚乙二醇、聚山梨醇酯或其他塑化剂。
药物组合物也可包括一种或多种施加溶剂(application solvent)。可用于施加例如延迟释放的涂层组合物的一些较常见的溶剂包括异丙醇、丙酮、二氯甲烷等。
药物组合物也可包括一种或多种碱性材料。适用于组合物的碱性材料包括但不限于如磷酸、碳酸、柠檬酸之类酸的钠、钾、钙、镁和铝盐，以及其他铝/镁化合物。此外，碱性材料可选自抗酸材料，如氢氧化铝、氢氧化钙、氢氧化镁和氧化镁。
除惰性稀释剂外，口服组合物还可包括佐剂，如甜味剂、调味剂和芳香剂。
在各个实施方案中，将药物组合物配制成供全身或局部递送。在一个实施方案中，施用是全身性的。在另一个实施方案中，可能需要局部施用需要治疗的区域。
可使用多种方法来配制本文所述的药物组合物(例如包含微生物混合物)和/或将其递送至感兴趣位置。例如，药物组合物可被配制成用于递送至胃肠道。胃肠道包括消化系统的器官，如口、食道、胃、十二指肠、小肠、大肠和直肠，并包括其所有子部分(例如小肠可包括十二指肠、空肠和回肠；大肠可包括横结肠、降结肠、升结肠、乙状结肠和盲肠)。例如，可将组合物配制成用于递送至胃、小肠、大肠和直肠中的一处或多处，并包括其所有子部分(例如十二指肠、空肠和回肠、横结肠、降结肠、升结肠、乙状结肠和盲肠)。在一些实施方案中，本文所述的组合物可配制成递送至上或下胃肠道。在一个实施方案中，所述组合物可通过例如直接或间接地接触胃肠道的粘膜组织而施用给受试者。
在各个实施方案中，药物组合物是通过例如口服递送、鼻胃管、肠插管(例如肠管或饲管，如空肠管或胃-空肠管等)、直接输注(例如十二指肠输注)、内窥镜检查、结肠镜检查或灌肠法施用至胃肠道中。
在一个方面，一种方法包括口服、通过灌肠剂或通过直肠栓剂施用药物组合物。在一个方面，本文所施用的药物组合物被配制成肠衣(和/或耐酸)胶囊或微胶囊，或配制成食品、食品添加剂、乳制品、大豆制品或其衍生物、果冻、调味液、冰块、冰淇淋或酸酪乳的一部分或与其一起施用。在另一个方面，本文所施用的药物组合物被配制成耐酸肠衣胶囊。药物组合物可以呈粉末形式提供，以与食品或饮料组合出售。食物或饮料可为乳制品或大豆制品。在另一个方面，食品或食品补充剂包括含药物组合物的肠衣和/或耐酸微胶囊。
在一个方面，药物组合物包含液体培养物。在另一个方面，将药物组合物均质化、冻干、粉碎和粉化。接着，药物组合物可溶解于如生理盐水中，作为灌肠剂输注。或者，可将粉末囊封为肠衣和/或耐酸延迟释放胶囊形式以口服施用。在一个方面，粉末可用耐酸/延迟释放胶囊双重囊封以口服施用。这些胶囊可呈肠衣和/或耐酸延迟释放微胶囊形式。粉末可以适口形式提供，用于复原饮用或作为食品添加剂复原。在另一个方面，食品是酸酪乳。在一个方面，粉末可被复原以经由鼻-十二指肠输注进行输注。
在另一个方面，本文所施用的药物组合物呈液体形式、冷冻形式、冷冻干燥形式、喷雾干燥形式、泡沫干燥形式、冻干形式或粉末形式。在另一个方面，本文所施用的药物组合物被配制成延迟或逐步肠释放形式。在另一个方面，本文所施用的药物组合物包含赋形剂、生理盐水、缓冲液、缓冲剂或流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(RGCA)介质。在另一个方面，本文所施用的药物组合物包含冷冻保护剂。在一个方面，冷冻保护剂包含聚乙二醇、去脂乳、赤藓糖醇、阿拉伯糖醇、山梨糖醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲基亚砜(DMSO)、甘油或其组合。
在各个实施方案中，本文提供了包含一种或多种细菌分离株(和/或额外治疗剂)的调释配制物，其中该配制物将大量细菌分离株(和/或额外治疗剂)释放至胃肠道的一个或多个区域中。例如，所述配制物可在胃部并进入胃肠道的一个或多个区域之后释放至少约60％的细菌分离株。
在各个实施方案中，调释配制物可在胃部进入肠道的一个或多个区域之后释放至少60％的细菌分离株(和/或额外治疗剂)。例如，调释配制物在肠中释放至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的细菌分离株(和/或额外治疗剂)。
在各个实施方案中，调释配制物可在小肠中释放至少60％的细菌分离株(和/或额外治疗剂)。例如，调释配制物在小肠(例如十二指肠、空肠、回肠及回盲肠连接处中的一处或多处)中释放至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的细菌分离株(和/或额外治疗剂)。
在各个实施方案中，调释配制物可在大肠中释放至少60％的细菌分离株(和/或额外治疗剂)。例如，调释配制物在大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠或乙状结肠部分及直肠中的一或多处)中释放至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的细菌分离株(和/或额外治疗剂)。
在一些实施方案中，将药物组合物配制成用于在胃中释放。在其他实施方案中，药物组合物被配制成使得基本上不在胃中释放细菌分离株。
在某些实施方案中，调释配制物在特定pH值下释放细菌分离株(和/或额外治疗剂)。例如，在一些实施方案中，调释配制物在酸性环境中基本上稳定，并在接近中性至碱性环境中基本上不稳定(例如迅速溶解或在物理上不稳定)。在一些实施方案中，稳定性指示基本上不释放，而不稳定指示基本上释放。例如，在一些实施方案中，调释配制物在约7.0或更低、或约6.5或更低、或约6.0或更低、或约5.5或更低、或约5.0或更低、或约4.5或更低、或约4.0或更低、或约3.5或更低、或约3.0或更低、或约2.5或更低、或约2.0或更低、或约1.5或更低、或约1.0或更低的pH值下基本上稳定。在一些实施方案中，本发明配制物在较低pH值区域中稳定，并因此基本上在例如胃中不释放。在一些实施方案中，调释配制物在约1至约4或更低的pH值下基本上稳定，而在更高pH值下基本上不稳定。在这些实施方案中，调释配制物基本上不在胃中释放。在这些实施方案中，调释配制物在小肠(例如十二指肠、空肠和回肠中的一处或多处)和/或大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠中的一处或多处)中基本上释放。在一些实施方案中，调释配制物在约4至约5或更低的pH值下基本上稳定，并且必然地在更大pH值下基本上不稳定，并因此在胃和/或小肠(例如十二指肠、空肠和回肠中的一处或多处)中基本上不释放。在这些实施方案中，调释配制物在大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠中的一处或多处)中基本上释放。在各个实施方案中，本文所述的pH值可如本领域中所知进行调整以考虑受试者的状态，例如处于禁食状态还是餐后状态。
在一些实施方案中，调释配制物在胃液中基本上稳定而在肠液中基本上不稳定，并因此，在小肠(例如十二指肠、空肠和回肠中的一处或多处)和/或大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠中的一处或多处)中基本上释放。
在一些实施方案中，调释配制物在胃液中稳定或在酸性环境中稳定。这些调释配制物在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟内于pH值为约4至约5或更低的胃液，或在pH值为约4至约5或更低的模拟胃液中释放调释配制物中按重量计约30％或更低百分比的药物组合物(例如包含微生物混合物的细菌分离株)。调释配制物可在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟内于pH值为约4-5或更低的胃液，或在pH值为约4-5或更低的模拟胃液中释放调释配制物中按重量计约0％至约30％、约0％至约25％、约0％至约20％、约0％至约15％、约0％至约10％、约5％至约30％、约5％至约25％、约5％至约20％、约5％至约15％、约5％至约10％的组合物。调释配制物可以在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟内于pH值为5或更低的胃液，或在pH值为5或更低的模拟胃液中释放调释配制物中按重量计约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％或约10％的总组合物。
在一些实施方案中，调释配制物在肠液中不稳定。这些调释配制物在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟内于肠液或模拟肠液中释放调释配制物中按重量计约70％或更高百分比的细菌分离株和/或额外治疗剂。在一些实施方案中，调释配制物在接近中性至碱性环境中不稳定。这些调释配制物在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟内于pH值为约4-5或更高的肠液、或pH值为约4-5或更高的模拟肠液中释放调释配制物中按重量计约70％或更高百分比的细菌分离株和/或额外治疗剂。在接近中性或碱性环境中不稳定的调释配制物可在约5分钟至约90分钟、约10分钟至约90分钟、约15分钟至约90分钟、约20分钟至约90分钟、约25分钟至约90分钟、约30分钟至约90分钟、约5分钟至约60分钟、约10分钟至约60分钟、约15分钟至约60分钟、约20分钟至约60分钟、约25分钟至约90分钟、约30分钟至约60分钟内于pH值大于约5的流体(例如pH值为约5至约14、约6至约14、约7至约14、约8至约14、约9至约14、约10至约14、或约11至约14的流体)中释放调释配制物中按重量计70％或更高百分比的药物组合物(例如包含微生物混合物)。
模拟胃液和模拟肠液的实例包括但不限于2005年药典23NF/28USP第2858页中的测试溶液(Test Solutions)中所公开的模拟胃液和模拟肠液，和/或本领域技术人员已知的其他模拟胃液和模拟肠液，例如所制备的不含酶的模拟胃液和/或肠液。
在各个实施方案中，调释配制物在食糜中可为基本上稳定的。例如，在一些实施方案中，在施用后约10小时、或9小时、或8小时、或7小时、或6小时、或5小时、或4小时、或3小时、或2小时、或1小时内，有小于约50％、或约40％、或约30％、或约20％、或约10％的细菌分离株活性损失。
在各个实施方案中，调释配制物可设计成用于立即释放的(例如在摄入后)。在各个实施方案中，调释配制物可具有持续释放特征，即，经较长时间段将活性成分缓慢释放于体内(例如胃肠道)。在各个实施方案中，调释配制物可具有延迟释放特征，即，在摄入后不立即释放活性成分；而是推迟活性成分的释放，直至该组合物在胃肠道中较低；例如，在小肠(例如十二指肠、空肠、回肠中的一处或多处)或大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠或乙状结肠部分和直肠中的一处或多处)中释放。例如，组合物可包覆肠衣以延迟释放活性成分，直至它到达小肠或大肠。
在各个实施方案中，调释配制物可利用一种或多种调释涂层，如延迟释放涂层，以将细菌分离株以及任选地存在的额外治疗剂有效、延迟但充分地递送至胃肠道。
在一个实施方案中，延迟释放涂层包括肠溶剂，它在酸性环境中基本上稳定，而在接近中性至碱性环境中基本上不稳定。在一个实施方案中，延迟释放涂层含有在胃液中基本上稳定的肠溶剂。肠溶剂可选自例如以下各物的溶液或分散液：甲基丙烯酸共聚物、邻苯二甲酸乙酸纤维素、邻苯二甲酸羟丙基甲基纤维素、聚乙酸乙烯酯邻苯二甲酸酯、羧甲基乙基纤维素及
Figure BDA0003553229680001211
型聚合物(聚(甲基丙烯酸、甲基丙烯酸甲酯)、乙酸琥珀酸羟丙基甲基纤维素、乙酸偏苯三甲酸纤维素、虫胶或其他适合的肠衣聚合物。
Figure BDA0003553229680001212
型聚合物包括例如
Figure BDA0003553229680001213
FS 30D、L 30D-55、L 100-55、L 100、L 12,5、L 12,5P、RL30D、RL PO、RL 100、RL 12,5、RS 30D、RS PO、RS 100、RS 12,5、NE 30D、NE 40D、NM 30D、S100、S 12,5及S12,5P。类似聚合物包括
Figure BDA0003553229680001214
MAE 30DP和
Figure BDA0003553229680001215
MAE 100P。在一些实施方案中，使用以下中的一种或多种：
Figure BDA0003553229680001216
FS 30D、L 30D-55、L 100-55、L 100、L 12,5、L 12,5P RL 30D、RL PO、RL 100、RL 12,5、RS 30D、RS PO、RS 100、RS 12,5、NE 30D、NE 40D、NM 30D、S 100、S 12,5、S 12,5P、
Figure BDA0003553229680001217
MAE 30DP及
Figure BDA0003553229680001218
MAE100P。在各个实施方案中，肠溶剂可以是前述溶液或分散液的组合。
在某些实施方案中，将一种或多种涂层系统添加剂与肠溶剂一起使用。例如，一种或多种PlasACRYLTM添加剂可用作抗粘剂涂层添加剂。示例性PlasACRYLTM添加剂包括但不限于PlasACRYLTM HTP20和PlasACRYLTM T20。
在另一个实施方案中，当在水溶液中且不考虑pH值和/或溶液中酶的存在时，延迟释放涂层可随时间降解。所述涂层可包含水不溶性聚合物。因此，涂层在水溶液中的溶解度与pH值无关。如本文所使用，术语“与pH值无关”意味着，聚合物的水渗透性和其释放药物成分的能力不会随pH值而变化和/或仅对pH值具有极小依赖性。这些涂层可用于制备例如持续释放配制物。适合的水不溶性聚合物包括药学上可接受的无毒聚合物，该聚合物基本上不溶于水性介质，例如水中，与溶液的pH值无关。适合聚合物包括但不限于纤维素醚、纤维素酯或纤维素醚-酯，即纤维素衍生物，其中纤维素骨架上的一些羟基被烷基取代且一些被烷酰基修饰。实例包括乙基纤维素、乙酰基纤维素、硝化纤维素等等。不溶性聚合物的其他实例包括但不限于清漆，以及丙烯酸和/或甲基丙烯酸酯聚合物、具有低季铵含量的丙烯酸酯或甲基丙烯酸酯的聚合物或共聚物，或其混合物等等。不溶性聚合物的其他实例包括EUDRAGIT
Figure BDA0003553229680001221
EUDRAGIT
Figure BDA0003553229680001222
和EUDRAGIT
Figure BDA0003553229680001223
不溶性聚合物可包括聚乙烯基酯、聚乙烯醇缩醛、聚丙烯酸酯、丁二烯-苯乙烯共聚物等等。在一个实施方案中，结肠递送是通过使用缓慢侵蚀的蜡塞(例如各种PEG，包括例如PEG6000)实现。
在另一个实施方案中，延迟释放涂层可被肠道菌群中存在的微生物酶降解。在一个实施方案中，延迟释放涂层可被小肠中存在的细菌降解。在另一个实施方案中，延迟释放涂层可被大肠中存在的细菌降解。
在各个实施方案中，调释配制物可被设计成在结肠中释放。可利用各种结肠特异性递送方法。例如，调释配制物可使用如例如Li等人,AAPS PharmSciTech(2002),3(4):1-9中所述的结肠特异性药物递送系统(CODES)配制，该文献的全部内容以引用的方式并入本文中。在所述系统中，药物释放是由结肠微生物群以及pH敏感性聚合物涂层引起。例如，配制物可被设计成具有三层聚合物的核心片剂。第一涂层是酸溶性聚合物(例如EUDRAGITE)，外部涂层是肠溶性的，并且其间插入有羟丙基甲基纤维素阻隔层。在另一个实施方案中，结肠递送可通过将药物组合物(例如包含微生物混合物)与在结肠中降解的特定聚合物，例如果胶一起配制来实现。果胶可进一步胶凝，或与阳离子，如锌阳离子交联。在一个实施方案中，所述配制物呈离子交联的果胶珠粒形式，该形式进一步包覆聚合物(例如EUDRAGIT聚合物)。额外的结肠特异性配制物包括但不限于压力控制性药物递送系统(例如用乙基纤维素制备)和渗透控制的药物递送系统(即，ORDS-CT)。
如本文所述，用于细菌分离株(和/或额外治疗剂)的结肠特异性递送的配制物可使用例如体外溶出测试来评价。例如，可在不同缓冲液中进行平行溶出研究以表征配制物在不同pH值下的行为。或者，可进行体外酶测试。例如，所述配制物可在含有适合细菌培养基的发酵罐中培育，并确定在不同时间间隔时释放的药物的量。也可在含有酶或大鼠或豚鼠或兔盲肠内容物的缓冲介质中进行药物释放研究，并确定在特定时间内释放的药物的量。在另一个实施方案中，体内评价可使用动物模型，如狗、豚鼠、大鼠和猪进行。此外，结肠特异性药物递送配制物的临床评价可通过计算药物递送指数(DDI)来评价，DDI考虑RCE(药物的相对结肠组织暴露量)与RSC(血液中药物的相对量，即药物的相对全身暴露量)的相对比率。较高的药物DDI指示较佳的结肠药物递送。结肠中的药物吸收可通过结肠镜检查和插管监测。
在各个实施方案中，本发明配制物提供细菌分离株(和/或额外治疗剂)于胃肠道释放区中基本上均一的递送。在一个实施方案中，本发明配制物使细菌分离株的零散或非均质释放减到最少。
在各个实施方案中，本发明配制物提供多次剂量的细菌分离株沿胃肠道的释放。例如，组合物和/或配制物可在不同时间和/或不同pH值下，在沿肠道的不同位置处释放多次剂量的细菌分离株。所述配制物的总体释放特征可使用例如多种粒子类型或多个层来调整。例如，在一个实施方案中，第一次剂量的细菌分离株可配制成在例如小肠(例如十二指肠、空肠、回肠中的一或多处)中释放，而第二次剂量被配制成在例如大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠或乙状结肠部分和直肠中的一或多处)中延迟释放。在另一个实施例中，第一次剂量的细菌分离株可配制成在例如小肠(例如十二指肠、空肠、回肠中的一或多处)中释放，而第二次剂量被配制成在小肠的另一部分(例如十二指肠、空肠、回肠中的一或多处)中延迟释放。在另一个实施方案中，第一次剂量的细菌分离株可配制成在例如大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠或乙状结肠部分和直肠中的一或多处)中释放，而第二次剂量被配制成在例如大肠的另一部分(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠或乙状结肠部分和直肠中的一或多处)中延迟释放。在各个实施方案中，所述组合物和/或配制物可在不同时间和/或不同pH值下，在沿肠的不同位置处释放至少一次剂量、至少两次剂量、至少三次剂量、至少四次剂量或至少五次剂量的细菌分离株。
在一些实施方案中，本文所述的细菌分离株呈活营养细胞形式。在一些实施方案中，本文所述的细菌分离株呈孢子形式。在一些实施方案中，本文所述的细菌分离株被冻干。作为非限制性实施例，冻干可通过本领域中已知的方法进行，包括美国专利号7,799,328中描述的方法，该专利的内容特此以全文引用的方式并入。在一些实施方案中，将冻干的本文所述的细菌分离株放置于肠衣软凝胶或胶囊中。
在各个实施方案中，配制物可呈美国专利号8,535,713和8,9117,77，以及美国专利公开号20120141585、20120141531、2006/001896、2007/0292523、2008/0020018、2008/0113031、2010/0203120、2010/0255087、2010/0297221、2011/0052645、2013/0243873、2013/0330411、2014/0017313和2014/0234418号中一个或多个中所述的形式，各案的内容特此以全文引用的方式并入。
在各个实施方案中，配制物可呈国际专利公开号WO 2008/135090中所述的形式，该案的内容特此以全文引用的方式并入。
在各个实施方案中，配制物可呈美国专利号4,196,564、4,196,565、4,247,006、4,250,997、4,268,265、5,317,849、6,572,892、7,712,634、8,074,835、8,398,912、8,440,224、8,557,294、8,646,591、8,739,812、8,810,259、8,852,631和8,911,788；以及美国专利公开2014/0302132、2014/0227357、20140088202、20130287842、2013/0295188、2013/0307962和20130184290中一个或多个中所述的形式，各案的内容特此以全文引用的方式并入。
施用和剂量
应理解，本文所述药物组合物(例如包含细菌分离株的微生物混合物和/或额外治疗剂)的实际剂量将根据例如特定剂型和对受试者的施用方式而变化。本领域技术人员可考虑可能改变细菌分离株的作用的许多因素(例如体重、性别、饮食、施用时间、施用途径、排泄速率、受试者的状况、药物组合、遗传倾向和反应敏感性)。施用可连续地进行，或在最大耐受剂量内分一或多次不连续的剂量进行。本领域技术人员可使用常规剂量施用测试来确定一组给定条件下的最佳施用速率。
在各个实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)的剂量有效地调节患者的微生物组以促进生态平衡，即，治疗或预防与本文所述的肠道菌群失调有关的病症(包括胃肠道病症)。
在一个方面，向受试者施用(即，分单次或多次施用)以治疗与肠道菌群失调有关的病症的至少一种症状的细菌分离株的药物活性或治疗有效剂量包含至少105、至少106、至少107、至少108、至少109、至少1010、至少1011、至少1012、至少1013、至少1014或至少1015CFU细菌分离株。在另一个方面，向受试者施用(即，分单次或多次施用)以治疗与肠道菌群失调有关的病症的至少一种症状的细菌分离株的药物活性或治疗有效剂量包含至多105、至多106、至多107、至多108、至多109、至多1010、至多1011、至多1012、至多1013、至多1014或至多1015CFU细菌分离株。在另一个方面，向受试者施用(即，分单次或多次施用)以治疗与肠道菌群失调有关的病症的至少一种症状的细菌分离株的药物活性或治疗有效剂量选自由以下组成的组：108CFU至1014CFU、109CFU至1013CFU、1010CFU至1012CFU、1010CFU至1011CFU、109CFU至1014CFU、109CFU至1012CFU、109CFU至1011CFU、109CFU至1010CFU、1010CFU至1014CFU、1010CFU至1013CFU、1011CFU至1014CFU、1011CFU至1013CFU、1012CFU至1014CFU，及1013CFU至1014CFU细菌分离株。
在一个方面，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，其中在前述药物活性或治疗有效剂量中的一种下，每种细菌分离株以约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克的单位重量、或约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升的单位体积存在于各单位剂量中。
在一个方面，向受试者施用(即，分单次或多次施用)以治疗与肠道菌群失调有关的病症的至少一种症状的细菌分离株的药物活性或治疗有效剂量包含至少105、至少106、至少107、至少108、至少109、至少1010、至少1011、至少1012、至少1013、至少1014或至少1015个细菌分离株细胞或孢子。在另一个方面，向受试者施用(即，分单次或多次施用)以治疗与肠道菌群失调有关的病症的至少一种症状的细菌分离株的药物活性或治疗有效剂量包含至多105、至多106、至多107、至多108、至多109、至多1010、至多1011、至多1012、至多1013、至多1014或至多1015个细菌分离株的总细胞或孢子。在另一个方面，向受试者施用(即，分单次或多次施用)以治疗与肠道菌群失调有关的病症的至少一种症状的细菌分离株的药物活性或治疗有效剂量选自由以下组成的组：108至1014、109至1013、1010至1012、1010至1011、109至1014、109至1012、109至1011、109至1010、1010至1014、1010至1013、1011至1014、1011至1013、1012至1014以及1013至1014个细菌分离株细胞或孢子。
在一个方面，细菌分离株的药物活性或治疗有效剂量细胞计数是针对活细胞。在一个方面，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，其中在前述药物活性或治疗有效剂量中的一种下，每种细菌分离株以约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克的单位重量、或约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升的单位体积存在于各剂量单元中。
在一个方面，本文所述的药物组合物呈胶囊形式，并且每个胶囊包含至少105、至少106、至少107、至少108、至少109、至少1010、至少1011、至少1012、至少1013、至少1014或至少1015个细胞或孢子。在一个方面，本文所述的药物组合物呈胶囊形式，并且每个胶囊包含108至1014、109至1013、1010至1012、1010至1011、109至1014、109至1012、109至1011、109至1010、1010至1014、1010至1013、1011至1014、1011至1013、1012至1014或1013至1014个细菌分离株细胞或孢子。
在实施方案中，药物组合物包含微生物混合物，该微生物混合物包含多种细菌分离株。在实施方案中，至少两种细菌分离株以大致相同的量(例如大致相同的总细胞数量和/或大致相同的活细胞数量)存在于微生物混合物中。在实施方案中，至少三种细菌分离株、至少四种细菌分离株、至少五种细菌分离株、至少六种细菌分离株、至少七种细菌分离株、至少八种细菌分离株、至少九种细菌分离株、至少十种细菌分离株或超过十种细菌分离株以大致相同的量(例如大致相同的总细胞数量和/或大致相同的活细胞数量)存在于药物组合物中。在实施方案中，微生物混合物的所有细菌分离株以大致相同的量存在。
在实施方案中，本文所述的微生物混合物中至少两种细菌分离株以不同的量(例如不同的总细胞数量和/或不同的活细胞数量)存在于微生物混合物中。在实施方案中，至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或超过十种细菌分离株以不同的量存在于微生物混合物中。
在实施方案中，微生物混合物的第一细菌分离株和第二细菌分离株以不同量存在于微生物混合物中，并且微生物混合物中第一细菌分离株与第二细菌分离株彼此的相对比例与人类粪便样品的微生物群(例如第一细菌分离株和第二细菌分离株中一种或多种的供体的粪便微生物群，或施用该第一细菌分离株和第二细菌分离株的受试者的粪便微生物群)中对应于第一细菌分离株个第二细菌分离株的第一细菌菌株与第二细菌菌株的相对比例大致相同。
在实施方案中，微生物混合物的第一细菌分离株和第二细菌分离株以不同量存在于微生物混合物中，并且微生物混合物中第一细菌分离株与第二细菌分离株彼此的相对比例不同于或不类似于人类粪便样品的微生物群(例如第一细菌分离株和第二细菌分离株中一种或多种的供体的粪便微生物群，或施用该第一细菌分离株和第二细菌分离株的受试者的粪便微生物群)中对应于第一细菌分离株和第二细菌分离株的第一细菌菌株与第二细菌菌株的比例。
在实施方案中，药物组合物包含一种或多种细菌分离株，其量或剂量等于或高于施用给受试者以将细菌分离株植入受试者的肠中所需的细菌分离株的最低量或剂量。例如，将细菌分离株植入受试者的肠中所需的细菌分离株的最低剂量可为至少106个细胞、至少107个细胞、至少108个细胞、至少109个细胞、至少1010个细胞、至少1011个细胞或至少1012个细胞。在实施方案中，微生物混合物的第一细菌分离株和第二细菌分离株以不同的最低剂量或量植入受试者的肠中，并且微生物混合物中的第一细菌分离株和第二细菌分离株各自的剂量或量对应于植入对应细菌分离株所需的对应最低剂量或量而变化。
在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和普氏栖粪杆菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞比普氏栖粪杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和普氏栖粪杆菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞不如普氏栖粪杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和普氏栖粪杆菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞比普氏栖粪杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞不如直肠真杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞比嗜粘蛋白艾克曼氏菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和解纤维拟杆菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞比解纤维拟杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和粪便罗斯氏菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞不如粪便罗斯氏菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌，并且在微生物混合物中内脏臭气杆菌细胞比沙氏别样杆菌细胞丰富。
在实施方案中，微生物混合物包含直肠真杆菌，微生物混合物中的直肠真杆菌细胞比该微生物混合物中任何其他单一细菌分离株的细胞丰富(即，直肠真杆菌是微生物混合物中最丰富的细菌分离株)。在实施方案中，微生物混合物包含直肠真杆菌和普氏栖粪杆菌，并且在微生物混合物中直肠真杆菌细胞比普氏栖粪杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含直肠真杆菌和沙氏别样杆菌，并且在微生物混合物中直肠真杆菌细胞比沙氏别样杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含直肠真杆菌和粪便罗斯氏菌，并且在微生物混合物中直肠真杆菌细胞比粪便罗斯氏菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含直肠真杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌，并且在微生物混合物中直肠真杆菌细胞比嗜粘蛋白艾克曼氏菌细胞丰富。
在实施方案中，微生物混合物包含粪便罗斯氏菌和普氏栖粪杆菌，并且粪便罗斯氏菌细胞比普氏栖粪杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含粪便罗斯氏菌和普氏栖粪杆菌，并且粪便罗斯氏菌细胞比普氏栖粪杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含粪便罗斯氏菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌，并且粪便罗斯氏菌细胞比嗜粘蛋白艾克曼氏菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含粪便罗斯氏菌和沙氏别样杆菌，并且粪便罗斯氏菌细胞比沙氏别样杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含粪便罗斯氏菌和解纤维拟杆菌，并且粪便罗斯氏菌细胞比解纤维拟杆菌细胞丰富。
在实施方案中，微生物混合物包含解纤维拟杆菌，微生物混合物中的解纤维拟杆菌细胞不如该微生物混合物中任何其他单一细菌分离株的细胞丰富(即，解纤维拟杆菌是微生物混合物中最不丰富的细菌分离株)。在实施方案中，微生物混合物包含解纤维拟杆菌和沙氏别样杆菌，并且解纤维拟杆菌细胞不如沙氏别样杆菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含解纤维拟杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌，并且解纤维拟杆菌细胞不如嗜粘蛋白艾克曼氏菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含解纤维拟杆菌和普氏栖粪杆菌，并且解纤维拟杆菌细胞不如普氏栖粪杆菌细胞丰富。
在实施方案中，微生物混合物包含沙氏别样杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌，并且沙氏别样杆菌细胞不如嗜粘蛋白艾克曼氏菌细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含沙氏别样杆菌和普氏栖粪杆菌，并且沙氏别样杆菌细胞不如普氏栖粪杆菌细胞丰富。
在实施方案中，微生物混合物包含属于物种普氏栖粪杆菌的多种细菌分离株，并且所述细菌分离株中的一种的细胞比该微生物混合物中其他细菌分离株中至少一种的细胞丰富。在实施方案中，微生物混合物包含属于物种普氏栖粪杆菌的两种细菌分离株，并且所述细菌分离株中的一种的细胞比该微生物混合物中另一细菌分离株的细胞丰富。
在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少108个细胞的内脏臭气杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在108至109个细胞之间的内脏臭气杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过109个细胞的内脏臭气杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少109个细胞的内脏臭气杆菌。
在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少107个细胞的解纤维拟杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在107至108个细胞之间的解纤维拟杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少108个细胞的解纤维拟杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在108至109个细胞之间的解纤维拟杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过109个细胞的解纤维拟杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少109个细胞的解纤维拟杆菌。
在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少108个细胞的沙氏别样杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在108至109个细胞之间的沙氏别样杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过109个细胞的沙氏别样杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少109个细胞的沙氏别样杆菌。
在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少108个细胞的嗜粘蛋白艾克曼氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在108至109个细胞之间的嗜粘蛋白艾克曼氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过109个细胞的嗜粘蛋白艾克曼氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少109个细胞的嗜粘蛋白艾克曼氏菌。
在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少108个细胞的粪便罗斯氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在108至109个细胞之间的粪便罗斯氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过109个细胞的嗜粘蛋白艾克曼氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少109个细胞的嗜粘蛋白艾克曼氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在109至1010个细胞之间的粪便罗斯氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过1010个细胞的嗜粘蛋白艾克曼氏菌。
在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少108个细胞的普氏栖粪杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在108至109个细胞之间的普氏栖粪杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过109个细胞的普氏栖粪杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少109个细胞的普氏栖粪杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在109至1010个细胞之间的粪便罗斯氏菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过1010个细胞的普氏栖粪杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少1010个细胞的普氏栖粪杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过1011个细胞的普氏栖粪杆菌。
在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少108个细胞的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在108至109个细胞之间的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过109个细胞的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少109个细胞的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在109至1010个细胞之间的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过1010个细胞的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少1010个细胞的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量在1010至1011个细胞之间的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量不超过1011个细胞的直肠真杆菌。在实施方案中，药物组合物包含剂量为至少1011个细胞的直肠真杆菌。
在实施方案中，每约200mg的药物组合物包含药理学活性剂量。在实施方案中，每约75、100、125、150、175、200、250、300、350、400、450、500、750、1000、1500或2000mg的药物组合物包含药理学活性剂量。
个别剂量的药物组合物(例如包含微生物混合物)可以呈单位剂型(例如片剂或胶囊)施用，所述单位剂型含有每单位剂型例如约0.01mg至约5,000mg、约0.01mg至约4,000mg、约0.01mg至约3,000mg、约0.01mg至约2,000mg、约0.01mg至约1,000mg、约0.01mg至约950mg、约0.01mg至约900mg、约0.01mg至约850mg、约0.01mg至约800mg、约0.01mg至约750mg、约0.01mg至约700mg、约0.01mg至约650mg、约0.01mg至约600mg、约0.01mg至约550mg、约0.01mg至约500mg、约0.01mg至约450mg、约0.01mg至约400mg、约0.01mg至约350mg、约0.01mg至约300mg、约0.01mg至约250mg、约0.01mg至约200mg、约0.01mg至约150mg、约0.01mg至约100mg、约0.1mg至约90mg、约0.1mg至约80mg、约0.1mg至约70mg、约0.1mg至约60mg、约0.1mg至约50mg、约0.1mg至约40mg、约0.1mg至约30mg、约0.1mg至约20mg、约0.1mg至约10mg、约0.1mg至约5mg、约0.1mg至约3mg、约0.1mg至约1mg活性成分，或每单位剂型约5mg至约80mg活性成分。例如，单位剂型可包括约0.01mg、约0.02mg、约0.03mg、约0.04mg、约0.05mg、约0.06mg、约0.07mg、约0.08mg、约0.09mg、约0.1mg、约0.2mg、约0.3mg、约0.4mg、约0.5mg、约0.6mg、约0.7mg、约0.8mg、约0.9mg、约1mg、约2mg、约3mg、约4mg、约5mg、约6mg、约7mg、约8mg、约9mg、约10mg、约15mg、约20mg、约25mg、约30mg、约35mg、约40mg、约45mg、约50mg、约55mg、约60mg、约65mg、约70mg、约75mg、约80mg、约85mg、约90mg、约95mg、约100mg、约150mg、约200mg、约250mg、约300mg、约350mg、约400mg、约450mg、约500mg、约550mg、约600mg、约650mg、约700mg、约750mg、约800mg、约850mg、约900mg、约950mg、约1,000mg、约2,000mg、约3,000mg、约4,000mg或约5,000mg活性成分，包括其间所有值和范围在内。
在一个实施方案中，施用的药物组合物(例如包含微生物混合物)的量是每天约0.01mg至约100mg、每天约0.01mg至约5,000mg、每天约0.01mg至约4,000mg、每天约0.01mg至约3,000mg、每天约0.01mg至约2,000mg、每天约0.01mg至约1,000mg、每天约0.01mg至约950mg、每天约0.01mg至约900mg、每天约0.01mg至约850mg、每天约0.01mg至约800mg、每天约0.01mg至约750mg、每天约0.01mg至约700mg、每天约0.01mg至约650mg、每天约0.01mg至约600mg、每天约0.01mg至约550mg、每天约0.01mg至约500mg、每天约0.01mg至约450mg、每天约0.01mg至约400mg、每天约0.01mg至约350mg、每天约0.01mg至约300mg、每天约0.01mg至约250mg、每天约0.01mg至约200mg、每天约0.01mg至约150mg、每天约0.1mg至约100mg、每天约0.1mg至约95mg、每天约0.1mg至约90mg、每天约0.1mg至约85mg、每天约0.1mg至约80mg、每天约0.1mg至约75mg、每天约0.1mg至约70mg、每天约0.1mg至约65mg、每天约0.1mg至约60mg、每天约0.1mg至约55mg、每天约0.1mg至约50mg、每天约0.1mg至约45mg、每天约0.1mg至约40mg、每天约0.1mg至约35mg、每天约0.1mg至约30mg、每天约0.1mg至约25mg、每天约0.1mg至约20mg、每天约0.1mg至约15mg、每天约0.1mg至约10mg、每天约0.1mg至约5mg、每天约0.1mg至约3mg、每天约0.1mg至约1mg，或每天约5mg至约80mg。在各个实施方案中，细菌分离株(和/或额外治疗剂)的每天施用剂量是约0.01mg、约0.02mg、约0.03mg、约0.04mg、约0.05mg、约0.06mg、约0.07mg、约0.08mg、约0.09mg、约0.1mg、约0.2mg、约0.3mg、约0.4mg、约0.5mg、约0.6mg、约0.7mg、约0.8mg、约0.9mg、约1mg、约2mg、约3mg、约4mg、约5mg、约6mg、约7mg、约8mg、约9mg、约10mg、约15mg、约20mg、约25mg、约30mg、约35mg、约40mg、约45mg、约50mg、约55mg、约60mg、约65mg、约70mg、约75mg、约80mg、约85mg、约90mg、约95mg、约100mg、约150mg、约200mg、约250mg、约300mg、约350mg、约400mg、约450mg、约500mg、约550mg、约600mg、约650mg、约700mg、约750mg、约800mg、约850mg、约900mg、约950mg、约1,000mg、约2,000mg、约3,000mg、约4,000mg或约5,000mg，包括其间的所有值和范围在内。
在一些实施方案中，药物组合物(例如包含微生物混合物)的适合剂量在约0.01mg/kg至约100mg/kg受试者体重范围内，例如是约0.01mg/kg、约0.02mg/kg、约0.03mg/kg、约0.04mg/kg、约0.05mg/kg、约0.06mg/kg、约0.07mg/kg、约0.08mg/kg、约0.09mg/kg、约0.1mg/kg、约0.2mg/kg、约0.3mg/kg、约0.4mg/kg、约0.5mg/kg、约0.6mg/kg、约0.7mg/kg、约0.8mg/kg、约0.9mg/kg、约1mg/kg、约1.1mg/kg、约1.2mg/kg、约1.3mg/kg、约1.4mg/kg、约1.5mg/kg、约1.6mg/kg、约1.7mg/kg、约1.8mg/kg、1.9mg/kg、约2mg/kg、约3mg/kg、约4mg/kg、约5mg/kg、约6mg/kg、约7mg/kg、约8mg/kg、约9mg/kg、约10mg/kg体重、约20mg/kg体重、约30mg/kg体重、约40mg/kg体重、约50mg/kg体重、约60mg/kg体重、约70mg/kg体重、约80mg/kg体重、约90mg/kg体重或约100mg/kg体重，包括其间的所有值和范围在内。在其他实施方案中，组合物的适合剂量在约0.01mg/kg至约100mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约90mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约80mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约70mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约60mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约50mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约40mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约30mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约20mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约10mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约9mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约8mg/kg体重范围内、在约0.01mg/kg至约7mg/kg体重范围内、在0.01mg/kg至约6mg/kg体重范围内、在约0.05mg/kg至约5mg/kg体重范围内、在约0.05mg/kg至约4mg/kg体重范围内、在约0.05mg/kg至约3mg/kg体重范围内、在约0.05mg/kg至约2mg/kg体重范围内、在约0.05mg/kg至约1.5mg/kg体重范围内或在约0.05mg/kg至约1mg/kg体重范围内。
根据某些实施方案，药物组合物(例如包含微生物混合物)可例如每天多次、约每天一次、约每隔一天一次、约每三天一次、约一周一次、约每两周一次、约每月一次、约每两个月一次、约每三个月一次、约每六个月一次或约每年一次施用。
在实施方案中，药物组合物可每天至少一次施用给有需要的患者，连续施用至少两天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每周施用至少两次、三次、四次或五次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在实施方案中，药物组合物是施用至少一次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或年，长期施用持续受试者的整个一生，或无限期的时间。
在实施方案中，药物组合物可每天至少两次施用给有需要的患者，连续施用至少两天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在实施方案中，药物组合物是施用至少两次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或年，长期施用持续受试者的整个一生，或无限期的时间。
在实施方案中，药物组合物可每天至少三次施用给有需要的患者，连续施用至少两天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在实施方案中，药物组合物是施用至少三次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或年，长期施用持续受试者的整个一生，或无限期的时间。
在实施方案中，药物组合物可按每天至少一次或两次的给药时程施用给有需要的患者，连续施用至少三天或周。在实施方案中，剂量是每天施用至少一次、两次或三次，持续时间在1与12周之间、在2与12周之间、在3与12周之间、在4与12周之间、在5与12周之间、在6与12周之间、在7与12周之间、在8与12周之间、在9与12周之间、在10与12周之间、在1与2周之间、在2与3周之间、在3与4周之间、在4与5周之间、在5与6周之间、在6与7周之间、在7与8周之间、在8与9周之间、在9与10周之间或在10与11周之间。
在实施方案中，药物组合物可按一周一次、一周两次或一周三次的给药时程施用给有需要的患者。术语“一周一次”意思指，剂量典型地一周仅施用一次，例如在每周的同一天施用。“一周两次”意思指，剂量典型地一周仅施用两次，例如在每周时间段的相同两天施用。“一周三次”意思指，剂量典型地一周仅施用三次，例如在每周时间段的相同三天施用。
在实施方案中，药物组合物可施用给有需要的患者，其中该施用包含第一给药时程，随后是第二给药时程。在实施方案中，第一给药时程包含治疗或诱导剂量。在实施方案中，第二给药时程包含维持剂量。例如，第二剂量时程的药物活性维持剂量可低于或等于第一给药时程的药物活性诱导剂量。在其他实施例中，第二给药时程的维持剂量可高于第一给药时程的诱导剂量。
用于施用药物组合物的第一给药时程和第二给药时程中的至少一个可包含每天施用组合物至少一次，施用至少一天。在实施方案中，第一给药时程或第二给药时程中的至少一个包含每天施用组合物至少一次，连续施用至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在实施方案中，第一给药时程或第二给药时程中的至少一个包含每天施用组合物至少一次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，第一给药时程或第二给药时程中的至少一个包含施用组合物，连续施用至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在实施方案中，第一给药时程或第二给药时程中的至少一个包含施用组合物，连续施用至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在实施方案中，第一给药时程或第二给药时程中的至少一个包含施用组合物，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或年，长期施用持续受试者的整个一生，或无限期的时间。
在实施方案中，在方法中使用的第一给药时程或第二给药时程中的至少一个可以是一周一次、一周两次或一周三次。
在实施方案中，第一给药时程和第二给药时程中的至少一个可持续至少约2、4、6、8、10、12、18、24、36、48、72或96个月。在实施方案中，第二给药时程是持久地持续，保持所治疗受试者的整个一生或无限期的时间段。在实施方案中，第一给药时程和第二给药时程中的至少一个是连续性给药时程。在实施方案中，第一给药时程和第二给药时程中的至少一个是间歇性给药时程。在实施方案中，第一给药时程和第二给药时程中的至少一个是间歇性给药时程，该时程包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的治疗期，随后是至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的停药期。在实施方案中，第一给药时程和第二给药时程中的至少一个包含每隔一天、每两天或每3、4、5、6、7、8天施用一次剂量。在实施方案中，剂量在存在或不存在调定(或以其他方式改变剂量或给药时程)的情况下施用较长时间段。
在实施方案中，第一与第二给药时程之间的时间间隔是至少约1、2、3、4、5、6或7天，或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周，或至少约1、2、3、4、6、7、8、9、10、11或12个月。
在实施方案中，第二给药时程(例如维持剂量)包含的剂量比第一给药时程中所使用的剂量(例如初始诱导剂量)低约2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、75、100、200、400、800、1000、5000倍或更多倍。在实施方案中，第二给药时程(例如维持剂量时程)具有等于或低于第一给药时程(例如初始治疗给药时程)的给药频率。在实施方案中，第二给药时程(例如维持剂量时程)具有高于第一给药时程(例如初始治疗给药时程)的给药间隔。
在一些实施方案中，术语“患者”与“受试者”可互换使用。在一些实施方案中，受试者和/或动物是哺乳动物，例如人、小鼠、大鼠、豚鼠、狗、猫、马、牛、猪、兔、绵羊或非人类灵长类动物，如猴、黑猩猩或狒狒。在其他实施方案中，受试者和/或动物是非哺乳动物，如斑马鱼。
在各个实施方案中，本文所述的方法可用于治疗人类受试者。在一些实施方案中，人类是儿童。在其他实施方案中，人类是成年人。在其他实施方案中，人类是老年人。在其他实施方案中，人类可称为患者。在一些实施方案中，人类是女性。在一些实施方案中，人类是男性。
在某些实施方案中，人类的年龄范围是约1至约18月龄、约18至约36月龄、约1至约5岁、约5至约10岁、约10至约15岁、约15至约20岁、约20至约25岁、约25至约30岁、约30至约35岁、约35至约40岁、约40至约45岁、约45至约50岁、约50至约55岁、约55至约60岁、约60至约65岁、约65至约70岁、约70至约75岁、约75至约80岁、约80至约85岁、约85至约90岁、约90至约95岁或约95至约100岁。
在一个方面，所治疗的受试者是人类患者。在一个方面，患者是男性患者。在一个方面，患者是女性患者。在一个方面，患者是早产新生儿。在一个方面，患者是足月新生儿。在一个方面，患者是新生儿。在一个方面，患者是婴儿。在一个方面，患者是学步儿。在一个方面，患者是幼儿。在一个方面，患者是儿童。在一个方面，患者是青少年。在一个方面，患者是儿科患者。在一个方面，患者是老年患者。在一个方面，人类患者是小于约18、15、12、10、8、6、4、3、2或1岁的儿童患者。在另一个方面，人类患者是成年患者。在另一个方面，人类患者是老年患者。在另一个方面，人类患者是大于约30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90或95岁的患者。在另一个方面，患者是约在1与5岁之间、在2与10岁之间、在3与18岁之间、在21与50岁之间、在21与40岁之间、在21与30岁之间、在50与90岁之间、在60与90岁之间、在70与90岁之间、在60与80岁之间或在65与75岁之间。在一个方面，患者是年轻老年患者(65-74岁)。在一个方面，患者是中年老年患者(75-84岁)。在一个方面，患者是老年患者(>85岁)。
额外治疗剂和组合疗法或共配制物
本文所述的药物组合物可包括一种或多种额外治疗剂，所述额外治疗剂可通过本文所述的方法施用给有需要的受试者。所述额外治疗剂可与本文所述的微生物治疗剂(例如微生物混合物)同时或依序施用。此外，本发明的组合物和配制物可包含额外治疗剂(例如通过共同配制)。例如，额外治疗剂与一种或多种细菌分离株可组合于单一配制物中。
在一个实施方案中，额外治疗剂与微生物治疗剂(例如一种或多种细菌分离株)是同时施用给受试者。如本文所使用，术语“同时”意思指，额外治疗剂与微生物治疗剂施用的时间间隔不超过约60分钟，如不超过约30分钟、不超过约20分钟、不超过约10分钟、不超过约5分钟或不超过约1分钟。额外治疗剂和微生物治疗剂的施用可通过同时施用单一配制物(例如包含额外治疗剂和一种或多种细菌分离株的配制物)或单独的配制物(例如包括额外治疗剂的第一配制物和包括一种或多种细菌分离株的第二配制物)来进行。
如果额外治疗剂的施用的时间安排使得额外治疗剂与微生物治疗剂(例如一种或多种细菌分离株)的药理学活性在时间上重叠，则共同施用不需要同时施用额外治疗剂。例如，额外治疗剂与微生物治疗剂可依序施用。如本文所使用，术语“依序”意思指，额外治疗剂与微生物治疗剂是间隔超过约60分钟的时间施用。例如，额外治疗剂与微生物治疗剂的依序施用之间的时间可超过约60分钟、超过约2小时、超过约5小时、超过约10小时、超过约1天、超过约2天、超过约3天或超过约1周。最佳的施用时间将取决于代谢和排泄的速率，和/或所施用的额外治疗剂与微生物治疗剂的药效学活性。可先施用额外治疗剂或微生物治疗剂(例如一种或多种细菌分离株)。
在另一个实施方案中，额外治疗剂与微生物治疗剂(例如一种或多种细菌分离株)是同时施用给受试者，但额外治疗剂与微生物治疗剂自其对应剂型(或在共同配制的情况下是单一单位剂型)在胃肠道中的释放是依序发生的。
共同施用也不需要通过相同施用途径将多种额外治疗剂施用给受试者。相反，每种额外治疗剂可通过任何适当的途径，例如肠胃外或经肠施用。
在一些实施方案中，额外治疗剂是用于IBD，如UC的当前标准护理诱导疗法中的剂。这些剂包括但不限于5-氨基水杨酸(5-ASA)、皮质类固醇或生物制剂(例如英夫利昔单抗(Infliximab)、阿达木单抗(Adalimumab)或维多珠单抗(Vedolizumab))。
在一些实施方案中，额外治疗剂是抗炎剂，如类固醇抗炎剂或非类固醇抗炎剂(NSAIDS)。类固醇，特别是肾上腺皮质类固醇及其合成类似物是本领域中众所周知的。皮质类固醇的实例包括但不限于羟基曲胺西龙(hydroxyltriamcinolone)、α-甲基地塞米松(alpha-methyl dexamethasone)、β-甲基倍他米松(beta-methyl betamethasone)、二丙酸倍氯米松(beclomethasone dipropionate)、苯甲酸倍他米松(betamethasone benzoate)、二丙酸倍他米松(betamethasone dipropionate)、戊酸倍他米松(betamethasonevalerate)、戊酸氯倍他索(clobetasol valerate)、地奈德(desonide)、去氧米松(desoxymethasone)、地塞米松、二乙酸二氟拉松(diflorasone diacetate)、戊酸二氟可龙(diflucortolone valerate)、氟氯缩松(fluadrenolone)、氟氯奈德(flucloroloneacetonide)、特戊酸氟米松(flumethasone pivalate)、丙酮氟欣诺隆(fluosinoloneacetonide)、氟洛奈德(fluocinonide)、氟可丁酯(flucortinebutylester)、氟可龙(fluocortolone)、乙酸氟泼尼定(fluprednidene/fluprednylidene)、氟轻缩松(flurandrenolone)、哈西奈德(halcinonide)、乙酸氢化可的松(hydrocortisoneacetate)、丁酸氢化可的松、甲泼尼龙(methylprednisolone)、曲安奈德(triamcinoloneacetonide)、可的松(cortisone)、可托多松(cortodoxone)、氟西奈德(flucetonide)、氟氢可的松(fludrocortisone)、二乙酸二氟罗松(difluorosone diacetate)、丙酮氟雄诺隆(fluradrenolone acetonide)、甲羟松(medrysone)、安西法尔(amcinafel)、安西非特(amcinafide)、倍他米松且其余为其酯、氯泼尼松(chloroprednisone)、氯可特龙(clocortelone)、克辛诺龙(clescinolone)、二氯松(dichlorisone)、二氟泼尼酯(difluprednate)、氟氯奈德(flucloronide)、氟尼缩松(flunisolide)、氟米龙(fluoromethalone)、氟培龙(fluperolone)、氟泼尼龙(fluprednisolone)、氢化可的松(hydrocortisone)、甲泼尼松(meprednisone)、帕拉米松(paramethasone)、泼尼松龙(prednisolone)、泼尼松(prednisone)、二丙酸倍氯米松(beclomethasonedipropionate)。可使用的(NSAIDS)包括但不限于水杨酸、乙酰水杨酸、水杨酸甲酯、乙二醇水杨酸酯、水杨酰胺、苯甲基-2,5-二乙酰氧基苯甲酸、布洛芬(ibuprofen)、富林达克(fulindac)、萘普生(naproxen)、酮洛芬(ketoprofen)、依托芬酯(etofenamate)、保泰松(phenylbutazone)及吲哚美辛(indomethacin)。额外抗炎剂描述于例如美国专利号4,537,776中，其全部内容以引用的方式并入本文中。
在一些实施方案中，额外治疗剂是益生菌。适合使用的益生菌包括但不限于布拉氏酵母菌(Saccharomyces boulardii)；鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)GG；植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)299v；丁酸梭菌(Clostridium butyricum)M588；艰难梭菌VP20621(非产毒艰难梭菌菌株)；干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)的组合(Bio-K+CL1285)；干酪乳杆菌、保加利亚乳杆菌(Lactobacillus bulgaricus)、嗜热链球菌(Streptococcusthermophilus)的组合(Actimel)；嗜酸乳杆菌、双歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)的组合(Florajen3)；嗜酸乳杆菌、德氏保加利亚乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus bulgaricusdelbrueckii subsp.bulgaricus)、干酪保加利亚乳杆菌(Lactobacillus bulgaricuscasei)、植物保加利亚乳杆菌(Lactobacillus bulgaricus plantarum)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、婴儿双歧杆菌(Bifidobacterium infantis)、短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)及唾液链球菌嗜热亚种(Streptococcussalivariussubsp.thermophilus)的组合(VSL#3)。
在一个方面，本公开提供在施用包含非所选粪便微生物群的药物组合物之前施用益生菌。在另一个方面，本公开提供了共同施用益生菌和包含非所选粪便微生物群的药物组合物。在另一个方面，益生菌选自由一种或多种艾克曼氏菌属某种或拟杆菌属某种组成的组。在另一个方面，益生菌选自由两种或更多种艾克曼氏菌属某种或拟杆菌属某种组成的组。在另一个方面，益生菌选自由三种或更多种艾克曼氏菌属某种或拟杆菌属某种组成的组。在另一个方面，益生菌选自由四种或更多种艾克曼氏菌属某种或拟杆菌属某种组成的组。在另一个方面，益生菌选自由五种或更多种艾克曼氏菌属某种或拟杆菌属某种组成的组。在另一个方面，益生菌选自由六种或更多种艾克曼氏菌属某种或拟杆菌属某种组成的组。在另一个方面，益生菌选自由1至3种、3至5种、5至8种或8至10种艾克曼氏菌属某种或拟杆菌属某种组成的组。益生菌可以通过单次剂量或多次剂量提供。当以单一组合物提供时，该单一组合物可包含单一益生菌或益生菌混合物。当以多种组合物提供时，每种组合物可包含单一益生菌或益生菌混合物。
在一些实施方案中，额外治疗剂是益生元。益生元被施用给受试者以促进受试者肠道(例如通过提供被一种或多种微生物代谢的底物)中一种或多种微生物(例如细菌)的生长、增殖或活性的一种或多种化合物(例如包含一种或多种营养物)。不希望受到理论束缚，可将益生元添加至药物组合物中以营养补充受试者的内源性微生物组中和/或药物组合物本身中的细菌，例如刺激未培养的粪便细菌群中一种或多种菌株和/或一种或多种细菌分离株的生长或活性。此外，当例如在分离和/或纯化未培养的粪便细菌群之后，或在冷冻、冷冻干燥、喷雾干燥、在溶液中复原和类似操作之前或之后，将细菌细胞转移至新环境中时，可将一种或多种益生元添加至组合物中以缓冲对这些细菌细胞的“冲击”。
可添加至药物组合物中或施用给受试者的益生元的非限制性实例包括氨基酸、乳酸、硝酸铵、直链淀粉、大麦覆盖物、生物素、碳酸盐、纤维素、甲壳质、胆碱、低聚果糖(FOS)、果糖、低聚半乳糖(GOS)、葡萄糖、甘油、杂多糖、组氨酸、同多糖、羟基磷灰石、菊糖、异麦芽酮糖、乳糖、乳果糖、麦芽糊精、麦芽糖、低聚甘露糖、氮、低聚右旋糖、低聚果糖、富含低聚果糖的菊糖、低聚糖、果胶、磷酸盐、磷、聚右旋糖、多元醇、钾碱、钾、硝酸钠、淀粉、蔗糖、硫、sun fiber、塔格糖、硫胺素、反式低聚半乳糖、海藻糖、维生素、水溶性碳水化合物和/或低聚木糖(XOS)，及其组合。示例性益生元包括复合碳水化合物、氨基酸、肽或供细菌组合物存活的其他必要营养组分。
在一个方面，在用药物组合物治疗之前，受试者未用益生元营养物预治疗。在另一个方面，药物组合物未补充益生元营养物。
在实施方案中，益生元可添加(例如以干燥或液体形式)至本文所述的药物组合物中，例如包含一种或多种细菌分离株的组合物。
替代地或另外地，益生元可包括(例如以干燥或液体形式)在不含微生物治疗剂的不同药物组合物中。
益生元可在施用包含微生物治疗剂(例如一种或多种细菌分离株)的药物组合物之前、同时和/或之后，以同一药物组合物或以单独药物组合物形式提供给受试者。
益生元可以通过单次剂量或多次剂量提供。当以单一组合物提供时，该单一组合物可包含单一益生元或益生元混合物。当以多种组合物提供时，每种组合物可包含单一益生元或益生元混合物。
例如，当提供多次剂量时，包含益生元的第一组合物可包括一种特定的益生元，例如菊糖，而第二组合物可包括另一种特定的益生元，例如果胶。或者，第一组合物可包括益生元混合物，例如菊糖和果胶，而第二组合物可包括不同的益生元混合物，例如菊糖和FOS。第一组合物可包括益生元混合物，而第二组合物可包括一种特定的益生元。
提供给受试者/患者和/或包括在组合物中的益生元的量取决于特定益生元、有益细菌的特定细菌菌株、和/或受试者/患者的疾病状态。
在一些实施方案中，额外治疗剂是止泻药。适用的止泻药包括但不限于DPP-IV抑制剂；天然阿片类药物；如鸦片酊、鸦片樟脑酊和可待因；合成阿片类药物，如地芬诺酯(diphenoxylate)、地非诺辛(difenoxin)和洛哌丁胺(loperamide)；碱式水杨酸铋；兰瑞肽(lanreotide)；伐普肽(vapreotide)和奥曲肽(octreotide)；胃动素拮抗剂；COX2抑制剂，如塞莱西布(celecoxib)、谷氨酰胺、沙利度胺(thalidomide)；以及传统止泻药，如高岭土、果胶、黄连素(berberine)和蕈毒碱剂。
在一些实施方案中，额外治疗剂可以是镇痛药。可用于本文所述的组合物和方法中的镇痛药包括但不限于吗啡、可待因、海洛因(heroine)、美沙酮(methadone)和相关化合物、蒂巴因(thebaine)、东罂粟碱和其衍生物、丁丙诺啡(buprenorphine)、哌啶类药物、吗啡烷类(morphinans)药物、苯并吗啡烷类药物、四氢异喹啉类药物、噻吩丁烯胺(thiambutane)、苯甲胺类药物、替利定(tilidine)、维米诺(viminol)、奈福泮(nefopam)、辣椒素(8-甲基-N-香草基-6E-壬烯酰胺)、“合成”辣椒素(N-香草基壬酰胺)和相关化合物。
在一些实施方案中，额外治疗剂是抗细菌剂，该抗细菌剂包括但不限于头孢菌素类抗生素(头孢胺芐(cephalexin)、头孢呋辛(cefuroxime)、头孢羟胺苄(cefadroxil)、头孢唑林(cefazolin)、头孢噻吩酸(cephalothin)、头孢克洛(cefaclor)、头孢孟多(cefamandole)、头孢西丁(cefoxitin)、头孢丙烯(cefprozil)和头孢比普酯(ceftobiprole))；氟喹诺酮类抗生素(环丙沙星(cipro)、左氟沙星(Levaquin)、可乐比妥(floxin)、加替沙星(tequin)、威洛速(avelox)和诺氟沙星(norflox))；四环素类抗生素(四环素、米诺环素(minocycline)、土霉素(oxytetracycline)和强力霉素(doxycycline))；青霉素类抗生素(阿莫西林(amoxicillin)、胺芐青霉素(ampicillin)、青霉素V、双氯西林(dicloxacillin)、羧芐青霉素(carbenicillin)、万古霉素(vancomycin)和甲氧西林(methicillin))；单酰胺环类抗生素(胺曲南(aztreonam))；及碳青霉烯类抗生素(厄他培南(ertapenem)、多利培南(doripenem)、亚胺培南(imipenem)/西司他汀(cilastatin)，以及美罗培南(meropenem))。在一些实施方案中，抗细菌剂可以是青霉素类、头孢菌素类、单酰胺环类和碳青霉烯类抗生素中的任一种。
在一个方面，方法另外包括在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前，用抗生素组合物预治疗受试者。在一个方面，本文所施用的抗生素组合物包含选自由以下组成的组的抗生素：利福布汀(rifabutin)、克拉霉素(clarithromycin)、氯法齐明(clofazimine)、万古霉素、利福平(rifampicin)、硝基咪唑(nitroimidazole)、氯霉素(chloramphenicol)以及其组合。在另一个方面，本文所施用的抗生素组合物包含选自由以下组成的组的抗生素：利福昔明(rifaximin)、利福霉素衍生物(rifamycinderivative)、利福平、利福布汀(rifabutin)、利福喷丁(rifapentine)、利福拉齐(rifalazil)、双环霉素(bicozamycin)、胺基糖苷(aminoglycoside)、庆大霉素(gentamycin)、新霉素(neomycin)、链霉素(streptomycin)、巴龙霉素(paromomycin)、维达霉素(verdamicin)、突变霉素(mutamicin)、西梭霉素(sisomicin)、奈替米星(netilmicin)、瑞特米星(retymicin)、卡那霉素(kanamycin)、胺曲南(aztreonam)、胺曲南大环内酯(aztreonammacrolide)、克拉霉素(clarithromycin)、地红霉素(dirithromycin)、罗红霉素(roxithromycin)、泰利霉素(telithromycin)、阿奇霉素(azithromycin)、碱式水杨酸铋、万古霉素、链霉素、非达霉素(fidaxomicin)、阿米卡星(amikacin)、阿贝卡星(arbekacin)、新霉素(neomycin)、奈替米星(netilmicin)、巴龙霉素(paromomycin)、瑞多链霉素(rhodostreptomycin)、妥布霉素(tobramycin)、阿泊拉霉素(apramycin)以及其组合。在另一个方面，在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前，不用抗生素组合物对受试者进行预治疗。在另一个方面，药物组合物未补充抗生素组合物。在另一个方面，方法另外包括在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前，用抗炎药对受试者进行预治疗。在另一个方面，在施用治疗性细菌或微生物群组合物之前，受试者未用抗炎药预治疗。在另一个方面，治疗性细菌或微生物群组合物未补充抗炎药。
对于所有额外治疗剂组合物和方法，可如本文所述，采用靶向胃肠道的各个部分。
治疗方法
本文公开了预防或治疗有需要的受试者的与肠道菌群失调有关的病症的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的任何本文所公开的药物组合物。在实施方案中，所述病症选自炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。在实施方案中，所述病症是选自溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)和贮袋炎的IBD。在实施方案中，所述方法治疗或预防医院感染和/或继发性紧急感染，和/或治疗和/或预防受试者胃肠道中一种或多种致病微生物的过度生长。在实施方案中，所述方法包括维持正常肠道微生物群。在实施方案中，所述方法还包括向受试者施用至少一种益生元。
在各个实施方案中，本文提供一种调节有需要的受试者的微生物组以提供或恢复生态平衡的方法，该方法包括向受试者施用本文所述的组合物。例如，在各个实施方案中，提供通过施用本文所述的组合物来减少或抑制一种或多种致病细菌的方法。在各个实施方案中，施用本文所述的一种或多种细菌分离株增进在施用之前不可检测地存在于患者胃肠道中的至少一种类型细菌的生长，并且在一些实施方案中，所述细菌是非致病性的。
在各个实施方案中，本文提供一种恢复或增强对有需要的受试者的肠道病原体或致病生物的生态控制的方法，该方法包括向受试者施用本文所述的组合物。
在各个实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗有需要的受试者的与胃肠道菌群失调有关的疾病或疾患。在一些实施方案中，受试者患有炎症性肠病(IBD)，例如克罗恩氏病，结肠炎(例如UC或显微镜下结肠炎)、或贮袋炎。IBD是大肠且在一些情况下小肠的一组炎症性疾患。可通过本文所述的组合物、配制物和方法治疗的IBD的实例包括但不限于克罗恩氏病、UC、贮袋炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、改道性结肠炎、贝塞氏综合征(
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syndrome)、感染性结肠炎和不确定性结肠炎。在一个实施方案中，本文提供一种治疗UC的方法，该方法包括将本文所述的组合物施用给有需要的受试者。在另一个实施方案中，本文提供一种治疗CD的方法，该方法包括将本文所述的组合物施用给有需要的受试者。在另一个实施方案中，本文提供一种治疗贮袋炎的方法，该方法包括将本文所述的组合物施用给有需要的受试者。
在各个实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗有需要的受试者的UC。UC是IBD的一种形式。它是结肠的一种慢性疾病，其中结肠的内层发炎且发展成微小开放性创口或溃疡，产生脓液和粘液。在一些实施方案中，本文描述的方法可改善、减轻或消除与UC相关的炎症和/或溃疡。在一些实施方案中，本文所述的方法可改善、减轻或消除与UC相关的一种或多种症状，包括但不限于腹部不适或疼痛、结肠频繁排空、排便失禁和紧迫(lose and urgent bowel movements)、持续腹泻、血便、食欲不振以及体重减轻。在一些实施方案中，本文所述的方法可减少或预防患有UC的儿童的生长和发育迟缓。
在各个实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗有需要的受试者的UC。例如，可使用以下指标度量受试者的成功治疗，例如，本发明的方法使受试者的活动评分阈值从重度变为中度、轻度或缓解；或使患者的评分从中度变为轻度或缓解；或使患者的评分从轻度变为缓解：
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在一些实施方案中，一种方法包括施用本文所述的药物组合物以治疗有需要的受试者的IBS。IBS是一种影响结肠的常见病症且可导致绞痛、腹痛、腹胀、胀气、腹泻和便秘。IBS是基于主要症状，即腹泻(主要伴随腹泻的IBS，IBS-D)、便秘(主要伴随便秘的IBS，IBS-C)或混合症状(交替伴随便秘和腹泻的IBS，IBS-A)进行分类。本文所述的方法可有效治疗IBS-D、IBS-C和/或IBS-A中的一种或多种。在一些实施方案中，本文所述的方法(例如包括施用本文所述的组合物)可减轻或消除与IBS-D、IBS-C和/或IBS-A中的一种或多种有关的一种或多种症状。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的药物组合物以治疗或预防有需要的受试者的与异常肠道微生物群(例如肠道菌群失调)的存在有关的疾病/病症。所述疾病/病症可选自胃肠道病症，包括肠易激综合征或痉挛性结肠；功能性肠病(FBD)，包括以便秘为主的FBD、以疼痛为主的FBD、上腹部FBD、非溃疡性消化不良(NUD)、胃食管返流、炎症性肠病，包括克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、不确定性结肠炎、胶原性结肠炎、显微镜下结肠炎、慢性艰难梭菌感染、假膜性结肠炎、粘液性结肠炎、抗生素相关性结肠炎、特发性或单纯性便秘、憩室病、AIDS肠病变、小肠细菌过度生长、乳糜泻、结肠息肉病(polyposis coil)、结肠息肉、慢性特发性假性阻塞性综合征及中毒性巨结肠。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的与肝脏病症有关的病症。肝脏病症的非限制性实例包括原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎(PSC)、脂肪肝和隐源性肝硬化。在实施方案中，这些疾病/病症与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的风湿病。风湿病的非限制性实例包括类风湿性关节炎、非类风湿性关节炎、非类风湿因子阳性关节炎、强直性脊柱炎、莱姆氏病(Lyme disease)和赖特氏综合征(Reiter'ssyndrome)。在实施方案中，这些疾病/病症与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的免疫介导的病症。免疫介导的病症的非限制性实例包括肾小球肾炎、溶血性尿毒综合征、青少年型糖尿病、混合性冷球蛋白血症、多动脉炎、家族性地中海热、淀粉样变性病、硬皮病、全身性红斑狼疮和贝塞氏综合征。在实施方案中，这些疾病/病症与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的自身免疫性病症。自身免疫性病症的非限制性实例包括急性播散性脑脊髓炎(ADEM)、急性坏死性出血性脑白质炎、艾迪逊氏病(Addison's disease)、无丙种球蛋白血症、斑秃、淀粉样变性病、强直性脊柱炎、抗GBM/抗TBM肾炎、抗磷脂综合征(APS)、自身免疫性血管性水肿、自身免疫性再生障碍性贫血、自身免疫性自主神经机能障碍、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性高脂血症、自身免疫性免疫缺陷、自身免疫性内耳病(AIED)、自身免疫性心肌炎、自身免疫性卵巢炎、自身免疫性胰腺炎、自身免疫性视网膜病变、自身免疫性血小板减少性紫癜(ATP)、自身免疫性甲状腺疾病、自身免疫性荨麻疹、轴突与神经元神经病变、巴洛氏病(Balo disease)、贝塞氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、卡斯曼氏病(Castleman disease)、乳糜泻、恰加斯氏病(Chagas disease)、慢性发炎性脱髓鞘性多发性神经病变(CIDP)、慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)、查-斯二氏综合征(Churg-Strauss syndrome)、瘢痕性类天疱疮/良性粘膜类天疱疮、克罗恩氏病、科根氏综合征(Cogan's syndrome)、冷凝集素病、先天性心脏传导阻滞、柯萨奇病毒性心肌炎(Coxsackiemyocarditis)、CREST疾病、原发性混合性冷球蛋白血症、脱髓鞘性神经病变、疱疹样皮炎、皮肌炎、德维克氏病(Devic's disease)(视神经脊髓炎)、盘状狼疮、德雷斯勒氏综合征(Dressler's syndrome)、子宫内膜异位症、嗜酸性食管炎、嗜酸性筋膜炎、结节性红斑、实验性变态反应性脑脊髓炎、伊凡氏综合征(Evans syndrome)、纤维性肺泡炎、巨细胞动脉炎(颞动脉炎)、巨细胞心肌炎、肾小球肾炎、古德帕斯彻氏综合征(Goodpasture'ssyndrome)、肉芽肿性多血管炎(GPA)、格雷夫斯氏病(Graves'disease)、格林-巴尔二氏综合征(Guillain-Barre syndrome)、桥本氏脑炎(Hashimoto's encephalitis)、桥本氏甲状腺炎、溶血性贫血、亨-舍二氏紫癜(Henoch-Schonlein purpura)、妊娠疱疹、低丙种球蛋白血症、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、IgA肾病、IgG4相关硬化性疾病、免疫调节性脂蛋白、包涵体肌炎、间质性膀胱炎、幼年型关节炎、幼年型特发性关节炎、幼年型肌炎、川崎氏综合征(Kawasaki syndrome)、兰伯特-伊顿综合征(Lambert-Eaton syndrome)、白细胞破裂性血管炎、扁平苔藓、硬化性苔藓、木样结膜炎、线状IgA病(LAD)、狼疮(全身性红斑狼疮)、慢性莱姆氏病、美尼尔氏病(Meniere's disease)、显微镜下多血管炎、混合型结缔组织疾病(MCTD)、莫伦氏溃疡(Mooren's ulcer)、穆哈-哈尔曼二氏疾病(Mucha-Habermanndisease)、多发性硬化症、重症肌无力、肌炎、嗜睡病、视神经脊髓炎(德维克氏病)、嗜中性白细胞减少症、眼部瘢痕性类天疱疮、视神经炎、复发性风湿病、PANDAS(与链球菌相关的儿科自身免疫性神经精神病症)、肿瘤形成性小脑变性、阵发性睡眠性血红蛋白尿病(PNH)、帕-罗二氏综合征(Parry Romberg syndrome)、帕森-特纳二氏综合征(Parsonnage-Turnersyndrome)、睫状体扁平部炎(周边葡萄膜炎)、天疱疮、周围神经病变、周边静脉脑脊髓炎、恶性贫血、POEMS综合征、结节性多动脉炎、I型、II型及III型自身免疫性多线体综合征、风湿性多肌痛病、多肌炎、心肌梗塞后综合征、心包切开术后综合征、孕酮性皮炎、原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎(PSC)、牛皮癣、牛皮癣性关节炎、特发性肺纤维化、坏疽性脓皮病、单纯性红血球再生障碍性贫血、雷诺现象(Raynaud's phenomenon)、反应性关节炎、反射性交感神经萎缩症、瑞特氏综合征、复发性多软骨炎、腿不宁综合征、腹膜后纤维化、风湿热、类风湿性关节炎、结节病、施密特氏综合征(Schmidt syndrome)、硬化症、硬皮病、休格连氏综合征(
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syndrome)、精子和睪丸自身免疫性、僵人综合征、亚急性细菌性心内膜炎(SBE)、苏萨克氏综合征(Susac's syndrome)、交感性眼炎、高安氏动脉炎(Takayasu's arteritis)、颞动脉炎/巨细胞动脉炎、血小板减少性紫癜(TTP)、托-哈二氏综合征(Tolosa-Hunt syndrome)、横贯性脊髓炎、1型糖尿病、哮喘、溃疡性结肠炎、未分化性结缔组织疾病(UCTD)、葡萄膜炎、血管炎、水疱大疱性皮肤病、白斑症和韦格纳氏肉芽肿病(Wegener's granulomatosis)。在实施方案中，这些病症与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的神经系统综合征。神经系统综合征的非限制性实例包括慢性疲劳综合征、偏头痛、多发性硬化症、肌萎缩性侧索硬化症、重症肌无力、吉兰-巴雷综合征(Gillain-Barrésyndrome)、帕金森氏病、阿尔茨海默氏病(Alzheimer's disease)、慢性发炎性脱髓鞘性多发性神经病变和其他退化性疾病。在实施方案中，这些综合征与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的精神病。精神病的非限制性实例包括慢性抑郁症、精神分裂症、精神病、躁狂抑郁症；倒退性病症，包括阿斯伯格氏综合征(Asperger’s syndrome)、瑞特氏综合征、注意力缺陷多动障碍(ADHD)和注意力缺陷障碍(ADD)；倒退性病症；自闭症；婴儿猝死综合征(SIDS)；神经性厌食症。在实施方案中，这些疾病/病症与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的皮肤病疾患。皮肤病疾患的非限制性实例包括慢性荨麻疹、痤疮、疱疹样皮炎和血管炎病症。在实施方案中，这些疾病/病症与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的心血管病症和/或血管病症。在实施方案中，这些疾病/病症与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的血流感染(BSI)。有这些BSI风险的患者包括但不限于实体器官移植患者；慢性肾脏疾病患者，例如血液透析患者；以及肿瘤患者。在实施方案中，这些BSI与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的导管或血管内导管感染(例如中心静脉导管感染)。在实施方案中，这些感染与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的皮肤或软组织感染。在实施方案中，这些感染与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的手术部位感染。在实施方案中，这些感染与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的尿路感染(例如抗生素抗性尿路感染和与导管相关的尿路感染)。在实施方案中，这些感染与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的伤口感染。在实施方案中，这些感染与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的感染。感染的非限制性实例包括抗生素抗性感染和抗生素敏感性感染。在实施方案中，这些感染与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，本文所述的药物组合物和方法可治疗或预防脑膜炎。在实施方案中，脑膜炎与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的肺炎，例如呼吸机相关性肺炎。在实施方案中，肺炎与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，本文所述的组合物、配制物和方法可用于在门诊、住院和/或长期护理机构中的患者群。这些患者群有医院感染的风险。在实施方案中，这些感染与受试者的肠道菌群失调有关。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的原发性硬化性胆管炎(PSC)。例如，施用给受试者的药物组合物中所提供的一种或多种细菌分离株可用健康菌群替代菌群失调的肠道微生物组，由此至少减轻胆管炎症和/或改善肝功能。
在实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的腹泻疾病。腹泻疾病的非限制性实例包括急性出血性腹泻(例如痢疾)、急性水样腹泻(例如霍乱)、检查点抑制剂相关性结肠炎、由食物中毒引起的腹泻、持续性腹泻和旅行者腹泻。在实施方案中，腹泻与受试者的肠道菌群失调有关。
在各个实施方案中，施用本文所述的药物组合物可减轻、改善或消除与本文所述的疾患、疾病或病症有关的一种或多种症状。示例性症状包括但不限于腹泻、血便、口疮、肛周疾病、腹痛、腹部绞痛、发热、疲劳、体重减轻、铁缺乏症、贫血、食欲不振、体重减轻、厌食症、生长迟缓、青春期发育延迟、以及皮肤、眼睛、关节、肝脏和胆管发炎。在实施方案中，所述症状与受试者的肠道菌群失调有关。
在一些实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防由致病细菌引起的感染和/或抑制有需要的受试者的胃肠道中致病细菌的生长或减少致病细菌的数量。在一个实施方案中，致病细菌是肠杆菌，例如沙门氏菌。在各个实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以减轻或预防患者肠道中各种大肠菌群(包括有毒和/或耐抗生素的大肠菌群)的过度生长。示例性大肠菌群包括柠檬酸杆菌(Citrobacter)、肠杆菌(Enterobacter)、哈夫尼菌(Hafnia)、克雷伯氏菌(Kelbsiella)和埃希氏菌。在一些实施方案中，本文所述的方法和组合物预防或减少抗性生物体的继发感染。
在其他实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的肠感染性疾病。肠感染性疾病的非限制性实例包括CDI和/或CDAD、医院感染、继发性紧急感染、阿米巴病、肠结核或寄生虫病。在一些实施方案中，本文提供用于治疗或预防CDI和/或CDAD的方法，所述方法包括向有需要的受试者或患者施用有效量的本文所述的药物组合物。在各个实施方案中，CDI或CDAD包括以下一种或多种：艰难梭菌腹泻(CDD)、艰难梭菌肠炎性疾病、结肠炎、假膜性结肠炎、发热、腹痛、脱水和电解质紊乱、巨结肠、腹膜炎以及结肠穿孔和/或破裂。
在各个实施方案中，将本文所述的组合物施用给有需要的受试者以在与胃肠道菌群失调相关的疾病或疾患初始发作或复发/再发(例如归因于持续或重新开始的抗生素疗法)的情况下对该疾病或疾患进行治疗或预防。例如，在先前患有胃肠道菌群失调的受试者中，可在受试者再发生首个症状时施用本发明的药物组合物或配制物。作为非限制性实例，再发症状包括在轻度情况下每天约5至约10次水样排便，无明显发热，以及仅轻度腹部绞痛，而血液测试可显示白细胞计数轻度升高到至多约15,000个(正常水平是至多约10,000个)，以及在重度情况下每天超过约12次水样便、恶心、呕吐、高烧(例如约102-104℉)、直肠出血、严重腹痛(例如伴随压痛)、腹胀和高白细胞计数(例如约15,000至约40,000个)。
在一些实施方案中，本文所述的方法可用于治疗患有或易患与胃肠道菌群失调有关的疾病或疾患的受试者或患者。例如，受试者可能正在经历或已经历初始和/或辅助疗法，使受试者易患与胃肠道菌群失调有关的疾病或疾患。在一些实施方案中，受试者正在用或曾用抗生素治疗。例如，受试者可在过去约30天内服用抗生素和/或具有虚弱的免疫系统(例如由慢性疾病引起)。在另一个实施例中，患者最近可能住院，包括在重症监护室中。因此，在一些实施方案中，一种方法包括施用本文所述的组合物以治疗或预防有需要的受试者的医院感染和/或继发性紧急感染和/或医院获得性感染(HAI)。
在各个实施方案中，本文描述用于治疗胃肠道中抗生素诱发的不良作用的方法，所述方法包括将有效量的微生物治疗剂(例如一种或多种细菌分离株)施用给有需要的受试者。在另一个实施方案中，本文提供用于预防胃肠道中抗生素诱发的不良作用的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用有效量的微生物治疗剂。
在另一个方面，本文所公开的药物组合物或多种药物组合物可用于制造药物，例如用于治疗有需要的受试者的本文所述的疾患、疾病或病症。在各个实施方案中，本文所述的细菌分离株保护肠微生物组免受抗生素诱发的损害。在一些实施方案中，本文所述的方法可治疗或预防与抗生素相关的不良作用，包括但不限于腹泻、恶心、呕吐、味觉障碍、结肠炎和假膜性结肠炎疾病和/或症状。在一个实施方案中，本文所述的方法可用于治疗或预防抗生素相关性腹泻(AAD)。
用于测量胃肠道功能改变和/或改善的方法可包括但不限于：用于直接检查上皮和粘膜的内窥镜检查；用于直接评价结构改变和/或免疫生物标记物的组织学评价和/或组织采集；用于评估不可吸收性糖的渗透性和LPS的量的尿液测试；用于评估炎症和/或微生物群改变的粪便测试(例如通过PCR)；和/或用于评估特定标记物的血液测试，包括CD4+细胞计数、Th17细胞计数和/或LPS量。
在实施方案中，本公开提供一种用于治疗有需要的受试者的病症(例如艰难梭菌感染、自闭症谱系障碍(ASD)、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病或本文列出的另一种适应症)的方法，其中该方法包括向受试者施用药物活性剂量的本文所述的药物组合物。在实施方案中，本公开提供一种用于治疗有需要的受试者的病症(例如艰难梭菌感染、ASD、炎症性肠病、溃疡性结肠炎或克罗恩氏病)的方法，其中该方法包括每天向该受试者施用药物活性剂量的本文所述的药物组合物。在实施方案中，药物组合物是每天至少一次施用给有需要的患者，连续施用至少两天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每周施用至少两次、三次、四次或五次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少一次，连续施用至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在实施方案中，药物组合物是施用至少一次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或年，长期施用持续受试者的整个一生，或无限期的时间。
在实施方案中，药物组合物是每天至少两次施用给有需要的患者，连续施用至少两天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少两次，连续施用至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在实施方案中，药物组合物是施用至少两次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或年，长期施用持续受试者的整个一生，或无限期的时间。
在实施方案中，药物组合物是每天至少三次施用给有需要的患者，连续施用至少两天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20天或周。在实施方案中，药物组合物是每天施用至少三次，连续施用至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周或月。在实施方案中，药物组合物是施用至少三次，连续施用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或年，长期施用持续受试者的整个一生，或无限期的时间。
在实施方案中，本公开提供一种用于治疗有需要的受试者的病症(例如艰难梭菌感染、ASD、炎症性肠病、溃疡性结肠炎或克罗恩氏病)的方法，其中该方法包括向该受试者口服施用药物活性剂量的本文所述的药物组合物，该药物组合物包含一种或多种活的非致病性细菌分离株，其中所述剂量是按每天至少一次或两次的给药时程施用，连续施用至少三天或周。在实施方案中，剂量是每天施用至少一次、两次或三次，持续时间在1与12周之间、在2与12周之间、在3与12周之间、在4与12周之间、在5与12周之间、在6与12周之间、在7与12周之间、在8与12周之间、在9与12周之间、在10与12周之间、在1与2周之间、在2与3周之间、在3与4周之间、在4与5周之间、在5与6周之间、在6与7周之间、在7与8周之间、在8与9周之间、在9与10周之间、或在10与11周之间。
在实施方案中，本公开提供一种用于治疗有需要的受试者的病症(例如艰难梭菌感染、ASD、炎症性肠病、溃疡性结肠炎或克罗恩氏病)的方法，其中该方法包括组合治疗或疗法。例如，所述方法可包括双重组合疗法、三重组合疗法或四重组合疗法。
在另一个方面，本文描述多种药物组合物，例如本文所公开的两种或更多种药物组合物，所述药物组合物用于预防或治疗有需要的受试者的疾患、疾病或病症。在实施方案中，第一组合物包含一种或多种具有第一特征的细菌分离株，第二组合物包含一种或多种具有第二特征的细菌分离株。在实施方案中，第一组合物包含一种或多种具有第一特征的细菌分离株，第二组合物包含一种或多种具有第二特征的细菌分离株，第三组合物包含一种或多种具有第三特征的细菌分离株。如本文所使用，细菌分离株的特征可包括例如：细菌分离株在施用所述组合物的受试者的肠道中产生至少一种短链脂肪酸(SCFA)或增加SCFA的产量的能力(例如以表2中所提供的细菌分离株为代表)；细菌分离株调节真核细胞(例如施用所述组合物的受试者的宿主细胞)中细胞因子产生的能力(例如以表3中所提供的细菌分离株为代表)；与在健康受试者中的丰度高于UC患者的细菌菌株的对应性(例如细菌分离株包含与该细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列)(例如以表4中所提供的细菌分离株为代表)；以及其组合。
本文描述一种用于预防或治疗有需要的受试者的疾患、疾病或病症的方法，该方法包括向受试者施用有效量的包含一种或多种细菌分离株的本文所公开的一种或多种药物组合物。在一个实施方案中，所述方法包括向受试者施用包含与表1中所提供的细菌分离株中一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株。在一个实施方案中，所述方法包括向受试者施用包含与表2、表3或表4中任一个所提供的细菌分离株中一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株。
在一个实施方案中，所述方法包括向受试者施用包含与表7-21中任一个所提供的细菌分离株各自的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的多种细菌分离株。在一个实施方案中，所述方法包括向受试者施用包含与表22中所提供的细菌分离株中一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的一种或多种细菌分离株。
在实施方案中，在本文所述的方法中施用给受试者的多种细菌分离株是以同一药物组合物施用。在实施方案中，在本文所述的方法中施用给受试者的多种细菌分离株是以单独药物组合物施用。例如，一种方法可包括向有需要的受试者施用有效量的多种本文所公开的药物组合物，例如两种或更多种药物组合物。所述多种药物组合物可同时或依序提供。因此，如果打算用例如三种细菌分离株治疗受试者，则第一组合物可包含两种细菌分离株，而第二组合物可包含第三细菌分离株。在不同的实施例中，如果打算用三种细菌分离株治疗受试者，则第一组合物可包含第一细菌分离株，第二组合物可包含第二细菌分离株，并且第三组合物可包含第三细菌分离株。
在实施方案中，本文公开一种治疗有需要的受试者的涉及肠道菌群失调的病症、疾病或疾患的方法，该方法包括向受试者施用本文所述的药物组合物，其中该药物组合物包含一种或多种细菌分离株，其中该一种或多种细菌分离株各自以特定剂量(例如特定数量的细胞或特定数量的活细胞)施用。在实施方案中，所述方法包括施用一种或多种细菌分离株，其中该一种或多种细菌分离株包含以下一种或多种：内脏臭气杆菌、解纤维拟杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、粪便罗斯氏菌、普氏栖粪杆菌、直肠真杆菌和变异罕见小球菌，其中该一种或多种细菌分离株各自以至少107个细胞、在107至108个之间的细胞、不超过108个细胞、至少108个细胞、在108至109个之间的细胞、不超过109个细胞、至少109个细胞、在109至1010个之间的细胞、不超过1010个细胞、至少1010个细胞、在1010至1011个之间的细胞、不超过1011个细胞、至少1011个细胞、在1011至1012个之间的细胞、不超过1012个细胞以及至少1012个细胞的剂量施用。
在另一个方面，本文公开多种药物组合物，例如本文所公开的两种或更多种药物组合物，所述药物组合物用于预防或治疗有需要的受试者的疾患、疾病或病症。在实施方案中，第一组合物包含一种或多种本文所述的细菌分离株。在实施方案中，第二组合物包含未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂(例如自粪便样品中纯化的基本上全部粪便微生物群)。受试者可用第一组合物和第二组合物以任何次序治疗以治疗或预防病症。例如，在一个实施方案中，受试者用包含未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂的组合物治疗，随后用包含一种或多种细菌分离株的组合物治疗。在另一个实施方案中，受试者用包含一种或多种细菌分离株的组合物治疗，随后用包含未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂的组合物治疗。在又其他实施方案中，受试者可用包含一种或多种细菌分离株的组合物和包含未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂的组合物同时治疗(例如用同时包含细菌分离株和未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂的组合物，或用各自包含细菌分离株或未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂中一种的多种组合物)。
在一个实施方案中，用于治疗或预防受试者的疾患、疾病或病症的方法包括向受试者施用：(i)包含一种或多种细菌分离株的药物组合物；和(ii)未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。例如，所述一种或多种细菌分离株可在未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂之前或之后或同时(例如以不同组合物或一起以同一组合物)施用。在另一个实施方案中，用于治疗受试者的病症的方法包括向受试者施用：(i)包含一种或多种细菌分离株的药物组合物；和(ii)一种或多种抗生素。例如，所述一种或多种细菌分离株可在未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂之前或之后或同时(例如以不同组合物或一起以同一组合物)施用。典型地，在施用所述一种或多种细菌分离株之前，将抗生素施用给受试者，以在用细菌分离株中的细菌补充肠道之前，清除受试者肠中的有害物质和/或致病细菌。在一个实施方案中，用于治疗受试者的病症的方法包括向受试者施用：(i)包含一种或多种细菌分离株的药物组合物；和(ii)益生元。例如，所述一种或多种细菌分离株可在益生元之前或之后或同时(例如以不同组合物或一起以同一组合物)施用。对于上述每个实施例，还应理解，治疗方法中的任何给定组分均可多次施用。例如，可将未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂施用给受试者，随后施用一种或多种细菌分离株，接着再施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。
在一个实施方案中，用于治疗或预防受试者的疾患、疾病或病症的方法包括向受试者施用：(i)包含一种或多种细菌分离株的药物组合物；(ii)未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂；和(iii)一种或多种抗生素。(i)-(iii)的不同组分可按任何次序施用给受试者。例如，可向受试者施用一种或多种抗生素，随后施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂，接着施用一种或多种细菌分离株。在另一个实施例中，可向受试者施用一种或多种抗生素，随后施用一种或多种细菌分离株，接着施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。对于上述每个实施例，还应理解，治疗方法中的任何给定组分均可多次施用。例如，可向受试者施用抗生素，随后施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂，接着施用一种或多种细菌分离株，随后再施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。
在一个实施方案中，用于治疗或预防受试者的疾患、疾病或病症的方法包括向受试者施用：(i)包含一种或多种细菌分离株的药物组合物；(ii)未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂；和(iii)一种或多种益生元。(i)-(iii)的不同组分可按任何次序施用给受试者。例如，可向受试者施用一种或多种益生元，随后施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂，接着施用一种或多种细菌分离株。在另一个实施例中，可向受试者施用一种或多种益生元，随后施用一种或多种细菌分离株，接着施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在另一个实施例中，可在施用所述一种或多种细菌分离株和/或未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂中的一种或两种之后，向受试者施用一种或多种益生元。对于上述每个实施例，还应理解，治疗方法中的任何给定组分均可多次施用。例如，可向受试者施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂，随后施用一种或多种细菌分离株，接着施用益生元，随后再施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。
在一个实施方案中，用于治疗或预防受试者的疾患、疾病或病症的方法包括向受试者施用：(i)包含一种或多种细菌分离株的药物组合物；(ii)未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂；(iii)一种或多种益生元；和(iv)一种或多种抗生素。(i)-(iv)的不同组分可按任何次序施用给受试者。例如，可向受试者施用一种或多种抗生素，随后施用一种或多种益生元，接着施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂，随后施用一种或多种细菌分离株。在另一个实施例中，可向受试者施用一种或多种抗生素，随后施用一种或多种益生元，接着施用一种或多种细菌分离株，随后施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。在另一个实施例中，益生元可在一种或多种细菌分离株和/或未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂中的一种或两种之后施用。对于上述每个实施例，还应理解，治疗方法中的任何给定组分均可多次施用。例如，可向受试者施用抗生素，随后施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂，接着施用一种或多种细菌分离株，随后施用益生元，接着再施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂。
在上述各组合治疗中，不同治疗之间的持续时间(例如施用未培养的粪便微生物群或未培养的粪便细菌的制剂与一种或多种细菌分离株之间的时间)可以是至少1小时、至少2小时、至少6小时、至少12小时、至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少8周或超过8周。
在实施方案中，药物组合物是用于治疗与受试者的肠道菌群失调有关的病症，例如GI病症的方法中。
试剂盒
本文描述包含任何本文所公开的药物组合物和使用说明书的试剂盒。在实施方案中，所述试剂盒另外包含额外药物组合物，该额外药物组合物包含至少一种益生元(例如其中所述额外药物组合物不含微生物治疗剂)。
说明书可描述例如给药信息。举个例子，组合物的施用频率和剂量，例如在给定时间要施用的药物组合物的胶囊的数量，以及每天/周的施用次数。在试剂盒包含多种组合物(例如微生物治疗剂和不含微生物治疗剂的额外药物组合物)的实施方案中，说明书可以描述每种组合物的给药。例如，一种组合物可在另一种组合物之前施用，例如该两种药物组合物间隔数分钟、数小时、数天、数周、数月或更长时间依序施用。或者，两种组合物可同时施用。
制造方法
本文公开一种制造包含微生物混合物的药物组合物的方法，该方法包括组合两种或更多种细菌分离株以形成微生物混合物。
本文公开一种制造包含一种或多种细菌分离株的药物组合物的方法，该方法包括基于以下特征中的至少一种选择一种或多种细菌分离株：(i)如在功能测定中所测量，产生特定量或水平的一种或多种短链脂肪酸(SCFA)，如丁酸酯的能力(例如以表2中所提供的细菌分离株为代表)；(ii)在功能测定中诱导与细菌分离株一起培育的真核细胞产生或释放特定量或水平的细胞因子的能力(例如以表3中所提供的细菌分离株为代表)；和/或(iii)细菌分离株在健康人类受试者中的相对丰度高于患有肠道菌群失调(例如溃疡性结肠炎(UC))的患者，或者细菌分离株在自肠道菌群失调(例如UC)缓解的人类受试者中的相对丰度高于患有肠道菌群失调的患者(例如以表4中所提供的细菌分离株为代表)。所述方法可另外包括将一种或多种细菌分离株并入药物组合物中。
在实施方案中，仅选择一种包含特征(i)的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，仅选择一种包含特征(ii)的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，仅选择一种包含特征(iii)的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，药物组合物仅包含一种细菌分离株。
本文公开一种制造包含多种细菌分离株的药物组合物的方法，该方法包括基于以下特征中的至少一种选择所述多种细菌分离株：(i)细菌分离株在施用所述药物组合物的受试者的肠道中产生一种或多种短链脂肪酸(SCFA)的能力；(ii)细菌分离株调节施用所述药物组合物的受试者的宿主细胞中细胞因子的产生的能力；和/或(iii)细菌分离株在健康人类受试者中的相对丰度高于患有肠道菌群失调(例如溃疡性结肠炎(UC))的患者，或者细菌分离株在自肠道菌群失调(例如UC)缓解的人类受试者中的相对丰度高于患有肠道菌群失调的患者。所述方法可另外包括将所述多种细菌分离株并入微生物混合物中，以及将该微生物混合物并入药物组合物中。
在实施方案中，可选择两种或更多种包含特征(i)的细菌分离株，并将其并入微生物混合物中；可选择两种或更多种包含特征(ii)的细菌分离株，并将其并入微生物混合物中；和/或可选择两种或更多种包含特征(iii)的细菌分离株，并将其并入微生物混合物中。
在实施方案中，可选择至少一种包含特征(i)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中，并且可选择至少一种包含特征(ii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中。在实施方案中，可选择至少一种包含特征(i)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中，并且可选择至少一种包含特征(iii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中。在实施方案中，可选择至少一种包含特征(ii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中，并且可选择至少一种包含特征(iii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中。
在实施方案中，可选择至少一种包含特征(i)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中，并且可选择至少一种包含特征(ii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中，并且可选择至少一种包含特征(iii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中。
在实施方案中，可选择至少一种包含特征(i)的细菌分离株并将其并入药物组合物中，可选择至少一种包含特征(ii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中，并且可选择至少一种包含特征(iii)的细菌分离株并将其并入微生物混合物中。
在实施方案中，不选择包含特征(i)的细菌分离株。在实施方案中，不选择包含特征(ii)的细菌分离株。在实施方案中，不选择包含特征(iii)的细菌分离株。
在实施方案中，基于特征(i)至(iii)选择至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或超过20种细菌分离株并将其并入微生物混合物中。
在实施方案中，基于特征(i)至(iii)中的至少一个选择并入微生物混合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，基于特征(i)至(iii)中的至少两个选择并入微生物混合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，基于全部三个特征(i)至(iii)选择并入微生物混合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，基于特征(i)选择并入组合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，仅基于特征(i)选择并入组合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，基于特征(ii)选择并入组合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，仅基于特征(ii)选择并入组合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，基于特征(iii)选择并入组合物中的所有细菌分离株。在实施方案中，仅基于特征(iii)选择并入组合物中的所有细菌分离株。
在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的至少一个的细菌分离株，选择包含内脏臭气杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的至少两个的细菌分离株，选择包含内脏臭气杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中每一个的细菌分离株，选择包含内脏臭气杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的至少一个的细菌分离株，选择包含普氏栖粪杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的至少两个的细菌分离株，选择包含普氏栖粪杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的每一个的细菌分离株，选择包含普氏栖粪杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，基于展现特征(i)和特征(iii)中的至少一个的细菌分离株，选择包含直肠真杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(i)和特征(ii)中的每一个的细菌分离株，选择包含直肠真杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，基于展现特征(i)的细菌分离株，选择包含粪便罗斯氏菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，基于展现特征(ii)和特征(iii)中的至少一个的细菌分离株，选择包含嗜粘蛋白艾克曼氏菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(ii)和特征(iii)中的每一个的细菌分离株，选择包含嗜粘蛋白艾克曼氏菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，基于展现特征(ii)和特征(iii)中的至少一个的细菌分离株，选择包含沙氏别样杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(ii)和特征(iii)中的每一个的细菌分离株，选择包含沙氏别样杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，基于展现特征(iii)的细菌分离株，选择包含解纤维拟杆菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的至少一个的细菌分离株，选择包含变异罕见小球菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的至少两个的细菌分离株，选择包含变异罕见小球菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。在实施方案中，基于展现特征(i)、特征(ii)和特征(iii)中的每一个的细菌分离株，选择包含变异罕见小球菌的细菌分离株并将其并入药物组合物中。
在实施方案中，可基于在功能测定中所测量的细菌分离株产生特定量或浓度的SCFA，如丁酸酯的能力(即，基于特征(i))，选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，当将一系列细菌分离株与能够在一段时间内转化为SCFA的有机底物一起培育时，可针对产生阈值浓度的SCFA的能力筛选该一系列细菌分离株。在实施方案中，底物可包含低聚糖(例如低聚果糖(FOS)或低聚木糖(XOS))、sunfiber/部分水解的瓜尔豆胶(PHGG)或大麦麦芽中的至少一种。细菌分离株可与底物一起培育足以允许该底物转化为SCFA的任何时间，例如至少1小时、至少2小时、至少3小时、至少4小时、至少5小时、至少6小时、至少7小时、至少8小时、至少9小时、至少10小时、至少11小时、至少12小时、至少13小时、至少14小时、至少15小时、至少16小时、至少17小时、至少18小时、至少19小时、至少20小时、至少21小时、至少22小时、至少23小时、至少24小时、至少25小时、至少26小时、至少27小时、至少28小时、至少29小时、至少30小时、至少35小时、至少40小时、至少44小时、至少48小时或超过48小时。
在实施方案中，基于在一段持续时间(例如24小时)内产生至少5mM、至少10mM、至少15mM、至少20mM、至少25mM、至少30mM、至少35mM、至少40mM、至少45mM、至少50mM、至少60mM、至少70mM、至少80mM、至少90mM、至少100mM或高于100mM的量的SCFA(例如丁酸酯)，可选择细菌分离株包括在本文所述的药物组合物中。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表2中，或包含与对应于表2中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，可基于在功能测定中所测量的细菌分离株调节与细菌分离株一起培育的真核细胞产生和/或释放一种或多种细胞因子的能力(即，基于特征(ii))，选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，可针对与各细菌分离株一起培育的真核细胞产生和/或释放一种或多种细胞因子的能力来筛选一系列细菌分离株。可用于功能测定中的真核细胞的实例包括肠细胞、上皮细胞、肠粘膜细胞、肠上皮细胞、肠固有层细胞、内皮细胞、成纤维细胞、基质细胞、巨噬细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、肥大细胞和外周血单核细胞(PBMC)。在实施方案中，真核细胞可以是人体细胞。
细菌分离株可与真核细胞一起培育足以允许调节细胞因子表达的任何时间段，例如至少1小时、至少2小时、至少3小时、至少4小时、至少5小时、至少6小时、至少7小时、至少8小时、至少9小时、至少10小时、至少11小时、至少12小时、至少13小时、至少14小时、至少15小时、至少16小时、至少17小时、至少18小时、至少19小时、至少20小时、至少21小时、至少22小时、至少23小时、至少24小时、至少25小时、至少26小时、至少27小时、至少28小时、至少29小时、至少30小时、至少35小时、至少40小时、至少44小时、至少48小时或超过48小时。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)对IL-10的诱导作用，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株诱导的IL-10的浓度可为至少1000pg/ml、至少1500pg/ml、至少2000pg/ml、至少2500pg/ml、至少3000pg/ml、至少3500pg/ml、至少4000pg/ml、至少5000pg/ml、至少6000pg/ml、至少7000pg/ml、至少8000pg/ml、至少9000pg/ml、至少10,000pg/ml或高于10,000pg/ml。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)的GM-CSF的有限产生，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株可将GM-CSF的产生限制在不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml或200pg/ml的浓度。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)的IL-12的有限产生，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株可将IL-12的产生限制在不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml或200pg/ml的浓度。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)的IFN-γ的有限产生，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株可将IFN-γ的产生限制在不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml或200pg/ml的浓度。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)的TNF-α的有限产生，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株可将TNF-α的产生限制在不超过20pg/ml、30pg/ml、40pg/ml、50pg/ml、75pg/ml、100pg/ml、150pg/ml、200pg/ml、250pg/ml、300pg/ml、350pg/ml、400pg/ml、450pg/ml、500pg/ml、550pg/ml、600pg/ml、650pg/ml、700pg/ml、750pg/ml、800pg/ml、850pg/ml、900pg/ml、950pg/ml、1000pg/ml、1100pg/ml、1200pg/ml、1300pg/ml、1400pg/ml、1500pg/ml、1600pg/ml、1700pg/ml、1800pg/ml、1900pg/ml、2000pg/ml、2100pg/ml、2200pg/ml、2300pg/ml、2400pg/ml或2500pg/ml的浓度。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)的IL-23的有限产生，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株可将IL-23的产生限制在不超过5pg/ml、10pg/ml、15pg/ml、20pg/ml、25pg/ml、30pg/ml、35pg/ml、40pg/ml、45pg/ml、50pg/ml、55pg/ml、60pg/ml、65pg/ml、70pg/ml、75pg/ml、80pg/ml、85pg/ml、90pg/ml、95pg/ml、100pg/ml、105pg/ml、110pg/ml、115pg/ml、120pg/ml、125pg/ml、130pg/ml、135pg/ml、140pg/ml、145pg/ml、150pg/ml、155pg/ml、160pg/ml、165pg/ml、170pg/ml、175pg/ml、180pg/ml、185pg/ml、190pg/ml、195pg/ml、200pg/ml、250pg/ml或300pg/ml的浓度。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)产生的IL-10:IL-12比率，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株产生的IL-10:IL-12比率可以是至少20、至少25、至少30、至少35、至少40、至少45、至少50、至少55、至少60、至少65、至少70、至少75、至少80、至少85、至少90、至少95、至少100、至少110、至少120、至少130、至少140、至少150、至少160、至少170、至少180、至少190、至少200、至少210、至少220、至少230、至少240、至少250、至少260、至少270、至少280、至少290、至少300、至少325、至少350、至少375、至少400、至少425、至少450、至少475、至少500、至少550、至少600、至少650、至少700、至少750、至少800、至少850、至少900、至少950、至少1000、至少1100、至少1200、至少1300、至少1400、至少1500、至少1600、至少1700、至少1800、至少1900、至少2000、至少2200、至少2400、至少2600、至少2800、至少3000、至少3200、至少3400、至少3600、至少3800、至少4000或超过4000。在一个实施方案中，所述一个或多个细菌分离株中的至少一个提供于表3中，或包含与表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于如在功能测定中所测量的在一段时间(例如24小时)内与细菌分离株一起培育的真核细胞群(例如PBMC群)产生的IL-10:TNF-α比率，可选择细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。例如，细菌分离株产生的IL-10:TNF-α比率可以是至少0.5、至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24、至少25、至少26、至少27、至少28、至少29、至少30、至少31、至少32、至少33、至少34、至少35、至少36、至少37、至少38、至少39、至少40、至少45、至少50、至少55、至少60、至少65、至少70、至少75、至少80、至少85、至少90、至少95或至少100。在实施方案中，选择包括在药物组合物中的细菌分离株提供于表3中，或包含与对应于表3中所提供的细菌分离株的SEQ ID NO的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在一个实施方案中，一种制造方法包括选择一种或多种细菌分离株，并将该一种或多种细菌分离株并入药物组合物中，该一种或多种细菌分离株包含与表1中所提供的细菌分离株中一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。在一个实施方案中，选择至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20或超过20种包含与表1中所提供的细菌分离株中一种或多种的16SrRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列的细菌分离株，并将其并入微生物混合物中。
在一个实施方案中，一种制造方法包括选择一种或多种细菌分离株，并将该一种或多种细菌分离株并入药物组合物中，该一种或多种细菌分离株包含与表2-4中所提供的细菌分离株中一种或多种的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在一个实施方案中，一种制造方法包括选择细菌分离株，将所述细菌分离株并入微生物混合物中，并将该微生物混合物并入药物组合物中，所述细菌分离株包含与表7-21中的一个中所提供的每种细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
在实施方案中，基于分离株所展现或具有的一种或多种期望性状或特征，可合理地选择一种或多种细菌分离株以包括在本文所述的药物组合物中。可形成合理选择基础的细菌分离株所具有或展现的性状的非限制性实例可包括：编码或非编码DNA序列；RNA序列；多肽序列；产生或不产生特定RNA或蛋白质产物；代谢途径的活性或无活性；产生或不产生特定代谢产物；产生或不产生特定配体或一组配体；诱导或抑制靶细胞(例如真核细胞)中化合物或途径产生的能力；菌株的存在或丰度与疾患或适应症(例如在人类患者中)的存在或严重程度的关联；以及菌株的特定分类学分类，包括属或种。
在实施方案中，一种制造方法包括选择要并入药物组合物中的细菌分离株的剂量，并将细菌分离株以选定的剂量并入药物组合物中。在一个实施方案中，选择细菌分离株的剂量包括确定将细菌分离株植入施用细菌分离株的受试者的肠中所需的阈值剂量或最低剂量，以及选择高于阈值剂量或最低剂量的细菌分离株的剂量。
实施方案
实施方案1：一种包含至少两种细菌分离株的混合物的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少一种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列，且其中所述至少两种细菌分离株是从不同供体的粪便样品分离。
实施方案2：如实施方案1所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少两种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案3：如实施方案1或实施方案2所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少三种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案4：如实施方案1至3中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少四种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案5：如实施方案1至4中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少五种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案6：如实施方案1至5中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少六种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案7：如实施方案1至6中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少七种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案8：如实施方案1至7中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少八种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案9：如实施方案1至8中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少九种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案10：如实施方案1至9中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株中的至少十种包含与表1中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案11：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含至少两种选自由直肠真杆菌、内脏臭气杆菌和变异罕见小球菌组成的组的细菌分离株，其中该至少两种细菌分离株是从不同供体的粪便样品分离。
实施方案12：如实施方案11所述的药物组合物，其中所述变异罕见小球菌包含与SEQ ID NO:22或SEQ ID NO:23中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案13：如实施方案11或实施方案12所述的药物组合物，其中所述臭气杆菌包含与SEQ ID NO:2具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案14：如实施方案11至13中任一项所述的药物组合物，其中所述直肠真杆菌包含与SEQ ID NO:8具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案15：如实施方案11至13中任一项所述的药物组合物，其中所述至少两种细菌分离株不包括直肠真杆菌。
实施方案16：如实施方案11、实施方案12、实施方案13或实施方案14中任一项所述的药物组合物，其中所述至少两种细菌分离株不包括内脏臭气杆菌。
实施方案17：如实施方案11、实施方案13或实施方案14中任一项所述的药物组合物，其中所述至少两种细菌分离株不包括变异罕见小球菌。
实施方案18：如实施方案11至14或实施方案17中任一项所述的药物组合物，其中所述至少两种细菌分离株包含内脏臭气杆菌和直肠真杆菌。
实施方案19：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和卵形布劳特氏菌。
实施方案20：如实施方案19所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和卵形布劳特氏菌。
实施方案21：如实施方案19或实施方案20所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案22：如实施方案19至21中任一项所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案23：如实施方案19至22中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案24：如实施方案19至23中任一项所述的药物组合物，其中所述卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案25：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、粪便罗斯氏菌和卵形布劳特氏菌。
实施方案26：如实施方案25所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、丁酸厌氧棒杆菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案27：如实施方案25或实施方案26所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案28：如实施方案25至27中任一项所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案29：如实施方案25至28中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案30：如实施方案25至29中任一项所述的药物组合物，其中所述丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案31：如实施方案25至30中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案32：如实施方案25所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株不包含卵形布劳特氏菌和丁酸厌氧棒杆菌中的至少一种。
实施方案33：如实施方案32所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株不包含卵形布劳特氏菌。
实施方案34：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、卵形布劳特氏菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案35：如实施方案34所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案36：如实施方案34所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQID NO:14具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案37：如实施方案34至36中任一项所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案38：如实施方案34至37中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案39：如实施方案34至38中任一项所述的药物组合物，其中所述卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案40：如实施方案34至39中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案41：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案42：如实施方案41所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：解纤维拟杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案43：如实施方案41或实施方案42所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案44：如实施方案41或实施方案42所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案45：如实施方案41至44中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案46：如实施方案41至45中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案47：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌和丁酸厌氧棒杆菌。
实施方案48：如实施方案47所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌和丁酸厌氧棒杆菌。
实施方案49：如实施方案47或实施方案48所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案50：如实施方案47或实施方案48所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案51：如实施方案47至50中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案52：如实施方案47至51中任一项所述的药物组合物，其中所述丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案53：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、卵形布劳特氏菌和沙氏别样杆菌。
实施方案54：如实施方案53所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：解纤维拟杆菌、卵形布劳特氏菌和沙氏别样杆菌。
实施方案55：如实施方案53或实施方案54所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案56：如实施方案53或实施方案54所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案57：如实施方案53至56中任一项所述的药物组合物，其中所述卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案58：如实施方案53至57中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案59：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案60：如实施方案59所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案61：如实施方案59或实施方案60所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案62：如实施方案59或实施方案60所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案63：如实施方案59至62中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案64：如实施方案59至63中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案65：如实施方案18所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、卵形布劳特氏菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案66：如实施方案65所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、卵形布劳特氏菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案67：如实施方案65或实施方案66所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案68：如实施方案65或实施方案66所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案69：如实施方案65至68中任一项所述的药物组合物，其中所述卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案70：如实施方案65至69中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案71：如实施方案65至69中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案72：如实施方案11所述的药物组合物，其中所述至少两种细菌分离株包含直肠真杆菌和变异罕见小球菌。
实施方案73：如实施方案72所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、陪伴粪球菌、丁酸厌氧棒杆菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案74：如实施方案72或实施方案73所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、陪伴粪球菌、丁酸厌氧棒杆菌和粪便罗斯氏菌。
实施方案75：如实施方案72至74中任一项所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案76：如实施方案72至75中任一项所述的药物组合物，其中所述丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案77：如实施方案72至76中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案78：如实施方案72至77中任一项所述的药物组合物，其中所述陪伴粪球菌包含与SEQ ID NO:17具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案79：如实施方案1至18中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌菌株不包括以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌、解纤维拟杆菌、沙氏别样杆菌或卵形布劳特氏菌。
实施方案80：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含粪便罗斯氏菌及解纤维拟杆菌，以及普氏栖粪杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。
实施方案81：如实施方案80所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：直肠真杆菌、丁酸厌氧棒杆菌和卵形布劳特氏菌。
实施方案82：如实施方案80或实施方案81所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下每一种：粪便罗斯氏菌、解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌、直肠真杆菌和丁酸厌氧棒杆菌。
实施方案83：如实施方案80至82中任一项所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案84：如实施方案80至83中任一项所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案85：如实施方案80至84中任一项所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案86：如实施方案80至85中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案87：如实施方案80至86中任一项所述的药物组合物，其中所述直肠真杆菌包含与SEQ ID NO:8具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案88：如实施方案80至87中任一项所述的药物组合物，其中所述丁酸厌氧棒杆菌包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案89：如实施方案80至89中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株不包含丁酸厌氧棒杆菌和卵形布劳特氏菌中的至少一种。
实施方案90：如实施方案80所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下每一种：粪便罗斯氏菌、解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、沙氏别样杆菌，并且还包含直肠真杆菌和卵形布劳特氏菌。
实施方案91：如实施方案90所述的药物组合物，其中所述粪便罗斯氏菌包含与SEQID NO:19具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案92：如实施方案90或实施方案91所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案93：如实施方案90至92中任一项所述的药物组合物，其中所述普氏栖粪杆菌包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案94：如实施方案90至93中任一项所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案95：如实施方案90至94中任一项所述的药物组合物，其中所述直肠真杆菌包含与SEQ ID NO:8具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案96：如实施方案90至95中任一项所述的药物组合物，其中所述卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案97：如实施方案1至96中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株中的一种或多种在施用所述组合物的受试者的肠中分泌短链脂肪酸(SCFA)。
实施方案98：如实施方案97所述的药物组合物，其中所述SCFA选自由以下组成的组：乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸、戊酸及其组合。
实施方案99：如实施方案97或实施方案98所述的药物组合物，其中所述SCFA是丁酸。
实施方案100：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少5mM。
实施方案101：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少10mM。
实施方案102：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少15mM。
实施方案103：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少20mM。
实施方案104：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少25mM。
实施方案105：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少30mM。
实施方案106：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少35mM。
实施方案107：如实施方案99所述的药物组合物，其中所述一种或多种细菌分离株在24小时的时间内产生的所述丁酸的量是至少40mM。
实施方案108：如实施方案99所述的药物组合物，其中产生至少一种SCFA的所述一种或多种细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案109：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包括含粪副拟杆菌以及含芬氏别样杆菌与昂氏别样杆菌中的至少一种的细菌分离株。
实施方案110：如实施方案109所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含芬氏别样杆菌和昂氏别样杆菌两种。
实施方案111：如实施方案110所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：嗜粘蛋白艾克曼氏菌、长链多利菌、卵形布劳特氏菌、布劳特氏菌属某种、单形拟杆菌或普通拟杆菌。
实施方案112：如实施方案111所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下每一种：嗜粘蛋白艾克曼氏菌、长链多利菌、布劳特氏菌属某种、单形拟杆菌和普通拟杆菌。
实施方案113：如实施方案111或实施方案112所述的药物组合物，其中所述粪副拟杆菌包含与SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案114：如实施方案111至113中任一项所述的药物组合物，其中所述嗜粘蛋白艾克曼氏菌包含与SEQ ID NO:20具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案115：如实施方案111至114中任一项所述的药物组合物，其中所述芬氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案116：如实施方案111至115中任一项所述的药物组合物，其中所述长链多利菌包含与SEQ ID NO:6具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案117：如实施方案111至116中任一项所述的药物组合物，其中所述昂氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:4具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案118：如实施方案111至117中任一项所述的药物组合物，其中所述布劳特氏菌属某种包含与SEQ ID NO:34具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案119：如实施方案111至118中任一项所述的药物组合物，其中所述单形拟杆菌包含与SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:16中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案120：如实施方案111至119中任一项所述的药物组合物，其中所述普通拟杆菌包含与SEQ ID NO:12具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案121：如实施方案111至120中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株不包括芬氏别样杆菌和昂氏别样杆菌中的一种。
实施方案122：如实施方案121所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株不包括芬氏别样杆菌。
实施方案123：如实施方案109所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含芬氏别样杆菌并且另外包含嗜粘蛋白艾克曼氏菌、长链多利菌、卵形布劳特氏菌、布劳特氏菌属某种、单形拟杆菌和普通拟杆菌。
实施方案124：如实施方案123所述的药物组合物，其中所述粪副拟杆菌包含与SEQID NO:5具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案125：如实施方案123或实施方案124所述的药物组合物，其中所述嗜粘蛋白艾克曼氏菌包含与SEQ ID NO:20具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案126：如实施方案123至125中任一项所述的药物组合物，其中所述芬氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案127：如实施方案123至126中任一项所述的药物组合物，其中所述长链多利菌包含与SEQ ID NO:6具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案128：如实施方案123至127中任一项所述的药物组合物，其中所述卵形布劳特氏菌包含与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案129：如实施方案123至128中任一项所述的药物组合物，其中所述布劳特氏菌属某种包含与SEQ ID NO:34具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案130：如实施方案123至129中任一项所述的药物组合物，其中所述单形拟杆菌包含与SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:16中的至少一个具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案131：如实施方案123至130中任一项所述的药物组合物，其中所述普通拟杆菌包含与SEQ ID NO:12具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案132：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含芬氏别样杆菌，以及单形拟杆菌和长链多利菌中的至少一种。
实施方案133：如实施方案132所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：嗜粘蛋白艾克曼氏菌、普通拟杆菌和布劳特氏菌属某种。
实施方案134：如实施方案133所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包括以下每一种：单形拟杆菌、长链多利菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、普通拟杆菌和布劳特氏菌属某种。
实施方案135：如实施方案133或实施方案134所述的药物组合物，其中所述芬氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案136：如实施方案133至135中任一项所述的药物组合物，其中所述单形拟杆菌包含与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案137：如实施方案133至136中任一项所述的药物组合物，其中所述长链多利菌包含与SEQ ID NO:6具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案138：如实施方案133至137中任一项所述的药物组合物，其中所述嗜粘蛋白艾克曼氏菌包含与SEQ ID NO:20具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案139：如实施方案133至138中任一项所述的药物组合物，其中所述普通拟杆菌包含与SEQ ID NO:12具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案140：如实施方案133至139中任一项所述的药物组合物，其中所述布劳特氏菌属某种包含与SEQ ID NO:34具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案141：如实施方案133至140中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株不包含单形拟杆菌或长链多利菌中的一种。
实施方案142：如实施方案1至141中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含表3中所提供的至少一种细菌分离株。
实施方案143：如实施方案142所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株调节真核细胞的细胞因子产生或释放。
实施方案144：如实施方案143所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株减少所述真核细胞的促炎性细胞因子产生或释放。
实施方案145：如实施方案144所述的药物组合物，其中所述促炎性细胞因子选自由以下组成的组：IFNγ、IL-12p70、IL-1(例如IL-1α、IL-1β)、IL-6、IL-8、IL-12、IL-17、IL-18、IL-23、MCP1、MIP1α、MIP1β、TNFα、TNF-γ及其组合。
实施方案146：如实施方案143至145中任一项所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株增加所述真核细胞的抗炎性细胞因子产生或释放。
实施方案147：如实施方案146所述的药物组合物，其中所述抗炎性细胞因子选自由以下组成的组：IL-10、IL-13、IL-4、IL-5、TGF-β及其组合。
实施方案148：如实施方案147所述的药物组合物，其中所述抗炎性细胞因子是IL-10。
实施方案149：如实施方案148所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株诱导所述真核细胞产生或释放至少500pg/ml IL-10。
实施方案150：如实施方案148所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株诱导所述真核细胞产生或释放至少1000pg/ml IL-10。
实施方案151：如实施方案148所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株诱导所述真核细胞产生或释放至少1500pg/ml IL-10。
实施方案152：如实施方案148所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株诱导所述真核细胞产生或释放至少2000pg/ml IL-10。
实施方案153：如实施方案148所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株诱导所述真核细胞产生或释放至少2500pg/ml IL-10。
实施方案154：如实施方案148所述的药物组合物，其中所述至少一种细菌分离株诱导所述真核细胞产生或释放至少3000pg/ml IL-10。
实施方案155：如实施方案142至154中任一项所述的药物组合物，其中所述真核细胞是培养的细胞。
实施方案156：如实施方案155所述的药物组合物，其中所述培养的细胞是外周血单核细胞(PBMC)。
实施方案157：如实施方案142至168中任一项所述的药物组合物，其中所述真核细胞是施用所述组合物的受试者的细胞。
实施方案158：如实施方案157所述的药物组合物，其中所述受试者的细胞选自由以下组成的组：上皮细胞、肠固有层细胞、内皮细胞、成纤维细胞、基质细胞、巨噬细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、肥大细胞和外周血单核细胞(PBMC)。
实施方案159：如实施方案158所述的药物组合物，其中所述受试者的细胞是上皮细胞，并且所述上皮细胞是肠上皮细胞。
实施方案160：如实施方案1至159中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物被配制成供口服施用的胶囊。
实施方案161：如实施方案160所述的药物组合物，其中所述胶囊包含延迟释放涂层。
实施方案162：如实施方案160或实施方案161所述的药物组合物，其中所述胶囊包含疏水性涂层。
实施方案163：如实施方案160至162中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物被配制用于将所述混合物递送至肠。
实施方案164：如实施方案163所述的药物组合物，其中所述药物组合物被配制用于将所述混合物递送至小肠。
实施方案165：如实施方案163或实施方案164所述的药物组合物，其中所述组合物被配制用于将所述混合物递送至大肠。
实施方案166：如实施方案1至165中任一项所述的药物组合物，其中所述混合物经冻干。
实施方案167：如实施方案1至166中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物另外包含以下中的至少一种：药学上可接受的抗氧化剂、冷冻保护剂，冻干保护剂、粘合剂、崩解剂、赋形剂、填充剂、防腐剂、酸抑制剂、抗酸剂、H2拮抗剂和/或质子泵抑制剂。
实施方案168：一种治疗或预防有需要的受试者的与肠道菌群失调有关的病症的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用如实施方案1至167中任一项所述的药物组合物。
实施方案169：如实施方案168所述的药物组合物，其中所述病症选自由以下组成的组：炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)、抗生素诱导的不良作用，以及其组合。
实施方案170：一种治疗或预防有需要的受试者的肠易激综合征的方法，所述方法包括向所述受试者施用多种细菌分离株，其中所述细菌分离株中的一种包含解纤维拟杆菌，并且其中所述多种细菌分离株中的至少两种是从不同供体的粪便样品分离。
实施方案171：如实施方案170所述的方法，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ IDNO:26具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案172：如实施方案170或实施方案171所述的方法，其中所述多种细菌分离株另外包含内脏臭气杆菌。
实施方案173：一种制造含有细菌分离株混合物的药物组合物的方法，所述方法包括基于由第一细菌分离株产生的短链脂肪酸(SCFA)的量选择所述第一细菌分离株；基于健康人类受试者中相应细菌菌株相对于患有炎症性肠病的受试者的相对丰度来选择第二细菌分离株，其中所述第二细菌分离株包含与所述相应细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列；以及将所述第一细菌分离株与所述第二细菌分离株组合以产生所述细菌分离株混合物。
实施方案174：如实施方案173所述的方法，其中所述第一细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案175：如实施方案173或实施方案174所述的方法，其中所述第二细菌分离株包含与表4中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案176：如实施方案173至175中任一项所述的方法，其中所述方法另外包括基于细菌分离株对细胞因子的水平的调节，选择第三细菌分离株。
实施方案177：如实施方案176所述的方法，其中所述第三细菌分离株包含与表3中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案178：一种药物组合物，所述药物组合物包含：第一人类源性细菌分离株，所述细菌分离株当在第一功能测定中与真核细胞群一起培育时，诱导至少50的IL-10:IL-12比率或至少1的IL-10:TNF-α比率中的至少一个；和第二人类源性细菌分离株，如通过第二功能测定所测量，所述细菌分离株产生至少10mM浓度的短链脂肪酸(SCFA)；其中在将所述药物组合物施用给受试者之后，所述第一细菌分离株及所述第二细菌分离株能够植入受试者的肠中。
实施方案179：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:IL-12比率是至少100。
实施方案180：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:IL-12比率是至少500。
实施方案181：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:IL-12比率是至少1000。
实施方案182：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:IL-12比率是至少2000。
实施方案183：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:TNF-α比率是至少2。
实施方案184：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:TNF-α比率是至少5。
实施方案185：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:TNF-α比率是至少10。
实施方案186：如实施方案178所述的药物组合物，其中所述IL-10:TNF-α比率是至少20。
实施方案187：如实施方案179至186中任一项所述的药物组合物，其中所述真核细胞群包含PBMC群。
实施方案188：如实施方案179至187中任一项所述的药物组合物，其中所述第一人类源性细菌分离株与所述真核细胞群一起培育约24小时。
实施方案189：如实施方案178至188中任一项所述的药物组合物，其中所述SCFA是丁酸酯。
实施方案190：如实施方案178至189中任一项所述的药物组合物，其中所述SCFA是以至少20mM的浓度产生。
实施方案191：如实施方案178至190中任一项所述的药物组合物，其中所述SCFA是以至少25mM的浓度产生。
实施方案192：如实施方案178至191中任一项所述的药物组合物，其中所述SCFA是以至少30mM的浓度产生。
实施方案193：如实施方案178至192中任一项所述的药物组合物，其中所述SCFA是以至少35mM的浓度产生。
实施方案194：如实施方案178至193中任一项所述的药物组合物，其中所述第二功能测定包含将所述第二细菌分离株与底物一起培育。
实施方案195：如实施方案194所述的药物组合物，其中所述底物包含低聚糖、sunfiber或大麦麦芽中的至少一种。
实施方案196：如实施方案195所述的药物组合物，其中所述低聚糖包含低聚果糖(FOS)和低聚木糖(XOS)中的至少一种。
实施方案197：如实施方案196所述的药物组合物，其中所述底物包含低聚果糖(FOS)和低聚木糖(XOS)两者。
实施方案198：如实施方案178至196中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含与表2中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案199：如实施方案178至198中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含厌氧棒杆菌属某种。
实施方案200：如实施方案199所述的药物组合物，其中所述厌氧棒杆菌属某种是丁酸厌氧棒杆菌。
实施方案201：如实施方案178至200中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:3的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案202：如实施方案178至201中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含罗斯氏菌属某种。
实施方案203：如实施方案202所述的药物组合物，其中所述罗斯氏菌属某种是粪便罗斯氏菌。
实施方案204：如实施方案178至203中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:19的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案205：如实施方案178至204中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含真杆菌属某种。
实施方案206：如实施方案205所述的药物组合物，其中所述真杆菌属某种是直肠真杆菌。
实施方案207：如实施方案178至206中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:8的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案208：如实施方案178至207中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含粪球菌属某种。
实施方案209：如实施方案208所述的药物组合物，其中所述粪球菌属某种是陪伴粪球菌。
实施方案210：如实施方案178至209中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含与对应于SEQ ID NO:17的序列具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案211：如实施方案178至196中任一项所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株包含与表3中所提供的细菌分离株的16S rRNA序列具有至少95％同一性的16SrRNA序列。
实施方案212：如实施方案173至177中任一项所述的方法，其中所述SCFA是丁酸酯。
实施方案213：如实施方案198所述的方法，其中所述第一细菌分离株是基于至少20mM的丁酸酯产生水平选择。
实施方案214：一种治疗炎症性肠病的方法，所述方法包括将如实施方案178至199中任一项所述的药物组合物施用给有需要的受试者。
实施方案215：如实施方案200所述的方法，其中所述第一细菌分离株及所述第二细菌分离株中的至少一种的剂量小于1010个细胞/毫升。
实施方案216：一种包含多种细菌分离的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含解纤维拟杆菌，以及内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、普氏栖粪杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌中的至少一种，其中所述多种细菌分离株中的至少两种是从不同供体的粪便样品分离。
实施方案217：如实施方案216所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含内脏臭气杆菌。
实施方案218：如实施方案217所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含普氏栖粪杆菌。
实施方案219：如实施方案218所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含两种不同的细菌分离株，所述两种不同的细菌分离株各自是物种普氏栖粪杆菌的成员。
实施方案220：如实施方案218所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含变异罕见小球菌。
实施方案221：如实施方案219所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案222：如实施方案220所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案223：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含两种不同的细菌分离株，所述两种不同的细菌分离株各自是物种普氏栖粪杆菌的成员。
实施方案224：如实施方案223所述的组合物，其中所述两种不同的细菌分离株是从不同人类供体的粪便样品分离。
实施方案225：如实施方案223所述的组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案226：如实施方案223所述的组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案227：一种治疗或预防有需要的受试者的肠易激综合征的方法，所述方法包括向所述受试者施用多种细菌分离株，其中所述细菌分离株中的一个包含解纤维拟杆菌，并且其中所述多种细菌分离株中至少两个是以不同药物组合物施用给所述受试者。
实施方案228：如实施方案227所述的方法，其中所述多种细菌分离株另外包含以下中的至少一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案229：如实施方案227所述的方法，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案230：如实施方案227所述的方法，其中所述多种细菌分离株另外包含以下每一种：内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、直肠真杆菌，以及两种不同的细菌分离株，所述两种不同的细菌分离株各自为物种普氏栖粪杆菌的成员。
实施方案231：一种制造方法，所述方法包括将解纤维拟杆菌作为纯培养物培养；以及将来自解纤维拟杆菌的纯培养物的细菌冻干以产生解纤维拟杆菌冻干物。
实施方案232：如实施方案231所述的方法，所述方法另外包括将所述解纤维拟杆菌冻干物与第二冻干物组合，其中所述第二冻干物是通过将来自以下中的至少一种的纯培养物的细菌冻干产生：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案233：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株中第一细菌分离株的细胞的量比所述多种细菌分离株中第二细菌分离的细胞的量多至少1％，其中所述多种细菌分离株选自由以下组成的组：解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、变异罕见小球菌、直肠真杆菌、内脏臭气杆菌、沙氏别样杆菌及嗜粘蛋白艾克曼氏菌。
实施方案234：如实施方案233所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株的细胞的量比所述第二细菌分离株的细胞的量多至少10％。
实施方案235：如实施方案233或234所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株包含直肠真杆菌和普氏栖粪杆菌中的一种。
实施方案236：如实施方案233或234所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含沙氏别样杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌中的一种。
实施方案237：如实施方案233或234所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株和所述第二细菌分离株各自包含普氏栖粪杆菌。
实施方案238：如实施方案237所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株包含与SEQ ID NO:7具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案239：如实施方案237或238所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含与SEQ ID NO:1具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案240：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株中第一细菌分离株的细胞的量比所述多种细菌分离株中第二细菌分离株的细胞的量多至少1％，其中所述第一细菌分离株和所述第二细菌分离株各自包含普氏栖粪杆菌。
实施方案241：如实施方案240所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株的细胞的量比所述第二细菌分离株的细胞的量多至少10％。
实施方案242：如实施方案240或241所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株包含与SEQ ID NO:7具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案243：如实施方案240至242中任一项所述的药物组合物，其中所述第二细菌分离株包含与SEQ ID NO:1具有至少95％同一性的16S rRNA序列。
实施方案244：一种包含细菌分离株的药物组合物，其中所述细菌分离株包含与细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株(i)相对于一组患有溃疡性结肠炎(UC)的患者，在一组健康受试者体内富集，和/或(ii)与在用粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者后所述组患者的一种或多种UC症状的临床缓解相关，其中所述细菌菌株的横截面组合p值小于1×10-10。
实施方案245：如实施方案244所述的药物组合物，其中所述细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。
实施方案246：如实施方案244或245所述的药物组合物，其中所述细菌分离株包含以下中的至少一种：内脏臭气杆菌、直肠真杆菌、解纤维拟杆菌及沙氏别样杆菌。
实施方案247：如实施方案244至246中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌菌株的横截面组合p值小于1×10-14。
实施方案248：如实施方案244至247中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株包含内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。
实施方案249：如实施方案244至248中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌菌株的横截面组合p值小于1×10-20。
实施方案250：如实施方案244至249中任一项所述的药物组合物，其中所述细菌分离株包含沙氏别样杆菌。
实施方案251：如实施方案250所述的药物组合物，其中所述沙氏别样杆菌包含与SEQ ID NO:18具有至少97％同一性的16S rRNA序列。
实施方案252：一种治疗炎症性肠病的方法，所述方法包括将如实施方案216至252中任一项所述的药物组合物施用给有需要的受试者。
实施方案253：一种治疗或预防有需要的受试者的炎症性肠病的方法(IBD)，所述方法包括向所述受试者施用包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含解纤维拟杆菌，以及以下至少一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌，其中所述多种细菌分离株中的至少两种是从不同人类供体的粪便样品分离。
实施方案254：如实施方案253所述的方法，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ IDNO:14和/或26的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S核糖体核糖核酸(rRNA)序列。
实施方案255：如实施方案253或实施方案254所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含以下中的两种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案256：如实施方案253至255中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含以下中的三种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案257：如实施方案253至256中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含以下中的四种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案258：如实施方案253至257中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株以下中的五种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案259：如实施方案253至258中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株以下中的六种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案260：如实施方案253至259中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案261：如实施方案253至260中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、7、18、19、20、22和23。
实施方案262：如实施方案253至261中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含：(a)与SEQ ID NO:1和/或7的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；(b)与SEQ ID NO:2的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；(c)与SEQ ID NO:19的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；(d)与SEQ ID NO:20的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；(e)与SEQ ID NO:18的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16SrRNA序列；(f)与SEQ ID NO:22和/或23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；和/或(g)与SEQ ID NO:8的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16SrRNA序列。
实施方案263：如实施方案253至262中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株包括含普氏栖粪杆菌的至少两种细菌分离株，其中所述至少两种细菌分离株包含不同16S rRNA序列。
实施方案264：如实施方案263所述的方法，其中含普氏栖粪杆菌的至少两种细菌分离株包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:7的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案265：如实施方案253至264中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株另外包含以下至少一种：丁酸厌氧棒杆菌、变异罕见小球菌、单形拟杆菌。
实施方案266：如实施方案265所述的方法，其中所述多种细菌分离株另外包含至少一个与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:3、11、16、22和23。
实施方案267：如实施方案253至266中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含冻干的细菌。
实施方案268：如实施方案253至267中任一项所述的方法，其中所述多种细菌分离株不包括大肠杆菌。
实施方案269：如实施方案253至268中任一项所述的方法，其中所述药物组合物不是粪便样品，或其最少加工的形式。
实施方案270：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含解纤维拟杆菌，以及以下至少一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌，其中所述多种细菌分离株中的至少两种是从不同人类供体的粪便样品分离。
实施方案271：如实施方案270所述的药物组合物，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ ID NO:14和/或26的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S核糖体核糖核酸(rRNA)序列。
实施方案272：如实施方案270或实施方案271所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下中的两种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案273：如实施方案270至272中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下中的三种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案274：如实施方案270至273中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下中的四种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案275：如实施方案270至274中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下中的五种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案276：如实施方案270至275中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下中的六种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案277：如实施方案270至276中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含以下每一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案278：如实施方案270至277中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、7、18、19、20、22和23。
实施方案279：如实施方案270至278中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包括含普氏栖粪杆菌的至少两种细菌分离株，其中所述至少两种细菌分离株包含不同16S rRNA序列。
实施方案280：如实施方案270至279中任一项所述的药物组合物，其中含普氏栖粪杆菌的至少两种细菌分离株包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:7的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案281：如实施方案270至280中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含以下至少一种：丁酸厌氧棒杆菌、变异罕见小球菌、单形拟杆菌。
实施方案282：如实施方案281所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株另外包含至少一个与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:3、11、16、22和23。
实施方案283：一种包含微生物混合物的药物组合物，其中所述微生物混合物包含来自菌种普氏栖粪杆菌的至少两种细菌分离株，其中所述至少两种细菌分离株是从不同人类供体的粪便样品分离。
实施方案284：如实施方案283所述的药物组合物，其中所述来自菌种普氏栖粪杆菌的两种细菌分离株包含与SEQ ID NO:1和/或7的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案285：如实施方案283或实施方案284所述的药物组合物，其中所述来自菌种普氏栖粪杆菌的两种细菌分离株包含不同16S rRNA序列。
实施方案286：如实施方案283至285中任一项所述的药物组合物，其中来自菌种普氏栖粪杆菌的两种细菌分离株包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:7的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案287：如实施方案283至286中任一项所述的药物组合物，其中所述微生物混合物另外包含以下至少一种：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、普氏栖粪杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案288：如实施方案287所述的药物组合物，其中所述微生物混合物包含以下至少两种、或至少三种、或至少四种或至少五种、或至少六种、或至少七种、或每一种：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、普氏栖粪杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案289：如实施方案287或实施方案288所述的药物组合物，其中所述微生物混合物包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、7、8、14,18、19、20、22、23和26。
实施方案290：一种包含微生物混合物的药物组合物，其中所述微生物混合物包含：(i)至少两种来自菌种普氏栖粪杆菌的细菌分离株；和(ii)至少一种选自以下的细菌分离株：：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案291：如实施方案290所述的药物组合物，其中所述至少两种来自菌种普氏栖粪杆菌的细菌分离株包含与SEQ ID NO:1和/或7的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案292：如实施方案290或实施方案291所述的药物组合物，其中所述至少两种来自菌种普氏栖粪杆菌的细菌分离株包含不同16S rRNA序列。
实施方案293：如实施方案290至292中任一项所述的药物组合物，其中至少两种来自菌种普氏栖粪杆菌的细菌分离株包含与SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:7的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案294：如实施方案290至293中任一项所述的药物组合物，其中所述微生物混合物包含以下至少两种、或至少三种、或至少四种或至少五种、或至少六种、或每一种：解纤维拟杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌和直肠真杆菌。
实施方案295：如实施方案290至294中任一项所述的药物组合物，其中所述微生物混合物包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:2、8、14、18、19、20、22、23和26。
实施方案296：一种包含多种细菌分离株的药物组合物，其中所述多种细菌分离株中第一细菌分离株的细胞量比所述多种细菌分离株中第二细菌分离株的细胞量要高至少1％，其中所述多种细菌分离株选自解纤维拟杆菌、普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌、直肠真杆菌、内脏臭气杆菌、沙氏别样杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌。
实施方案297：如实施方案296所述的药物组合物，其中微生物混合物包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、7、8、14、18、19、20和26。
实施方案298：如实施方案296或实施方案297所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株的细胞量比所述第二细菌分离株的细胞量要高至少10％。
实施方案299：如实施方案296至298中任一项所述的药物组合物，其中所述第一细菌分离株包含直肠真杆菌和普氏栖粪杆菌中的一种，并且所述第二细菌分离株包含沙氏别样杆菌、解纤维拟杆菌和嗜粘蛋白艾克曼氏菌中的一种。
实施方案300：如实施方案270至299中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株包含冻干的细菌。
实施方案301：如实施方案270至300中任一项所述的药物组合物，其中所述多种细菌分离株不包括大肠杆菌。
实施方案302：如实施方案270至301中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物不是粪便样品，或其最少加工的形式。
实施方案303：一种制备细菌分离株的方法，所述方法包括：(i)提供来自粪便样品的细菌分离株，所述粪便样品来自(a)健康受试者、(b)患有溃疡性结肠炎(UC)的患者和(c)在用粪便微生物群移植治疗患者组中每一名患者后具有一种或多种UC症状的临床缓解的患者；(ii)分析所述细菌分离株中的16S rRNA序列；以及(iii)制备细菌分离株，所述细菌分离株包含与细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株(a)相对于一组患有溃疡性结肠炎(UC)的患者，在一组健康受试者体内富集；和/或(b)与在用粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的一种或多种UC症状的临床缓解相关，其中所述细菌菌株的横截面组合p值小于1×10-14。
实施方案304：如实施方案303所述的方法，其中所述细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。
实施方案305：如实施方案303或实施方案304所述的方法，其中所述细菌分离株包含内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。
实施方案306：如实施方案303至305中任一项所述的方法，其中所述微生物混合物包含与SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:18的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案307：如实施方案303至306中任一项所述的方法，其中相对于一组溃疡性结肠炎(UC)的患者，在一组健康受试者体内富集的第一细菌菌株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、昂氏别样杆菌、普氏栖粪杆菌、直肠真杆菌、卵形布劳特氏菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、解纤维拟杆菌、芬氏别样杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、粪便考拉杆菌、变异罕见小球菌、变异罕见小球菌、布劳特氏菌属某种、腐烂别样杆菌、腐烂别样杆菌、腐烂别样杆菌以及其中任何两种或更多种。
实施方案308：如实施方案303至307中任一项所述的方法，其中所述相对于一组溃疡性结肠炎(UC)的患者，在一组健康受试者体内富集的第一细菌菌株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16SrRNA序列：SEQ ID NO:1、2、3、4、7、8、9、11、12、14、15、16、18、20、21、22、23、34、35、36和37。
实施方案309：如实施方案303至308中任一项所述的方法，其中与在用粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的一种或多种UC症状的临床缓解相关的第一细菌菌株包含：芬氏别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或腐烂别样杆菌；或腐烂别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或芬氏别样杆菌。
实施方案310：如实施方案303至309中任一项所述的方法，其中所述与在用粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的一种或多种UC症状的临床缓解相关的第一细菌菌株包含：与SEQ ID NO:15的核苷酸序列，但不与选自SEQ ID NO:18、35、36或37的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；或与选自SEQ ID NO:35-37的核苷酸序列，但不与选自SEQ IDNO:15和18的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案311：如实施方案303至310中任一项所述的方法，其中所述方法另外包括选择第三细菌分离株，所述选择包括：(iv)提供来自粪便样品的人类源性细菌分离株；(v)执行第一功能测定，所述第一功能测定包括：(a)使真核细胞群与所述人类源性细菌分离株接触，(b)测量所述真核细胞群中细胞因子的水平，以及(c)将所述细菌分离株鉴别为能够调节所述真核细胞群中所述细胞因子的水平。
实施方案312：如实施方案311所述的方法，其中所述真核细胞群包含PBMC群。
实施方案313：如实施方案311或实施方案312所述的方法，其中所述细胞因子选自IL-10、GM-CSF、IFN-γ、TNF-α、IL-23和IL-12。
实施方案314：如实施方案311至313中任一项所述的方法，其中所述第三细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌、单形拟杆菌以及其中任何两种或更多种。
实施方案315：如实施方案311至314中任一项所述的方法，其中所述第三细菌分离株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、3、7、11、16、18、20、22和23。
实施方案316：一种制备包含微生物混合物的药物组合物的方法，所述方法包括(i)提供来自粪便样品的人类源性细菌分离株；(ii)执行第一功能测定，所述第一功能测定包括：(a)使真核细胞群与所述人类源性细菌分离株接触，(b)测量IL-10:IL-12比率和IL-10:TNF-α比率，以及(c)鉴别当与真核细胞群一起培育时能够诱导至少约50:1的IL-10:IL-12比率或至少约1的IL-10:TNF-α比率的第一细菌分离株；(iii)执行第二功能测定，所述第二功能测定包括：(a)将所述人类源性细菌分离株与培养基一起培育，(b)测量所述培养基中的短链脂肪酸(SCFA)；和(c)鉴别能够产生至少约10mM浓度的所述SCFA的第二细菌分离株；以及(iv)制备所述微生物混合物，所述微生物混合物包含(a)当在所述第一功能测定中与真核细胞群一起培育时能够诱导至少约50的IL-10:IL-12比率或至少约1的IL-10:TNF-α比率的所述第一细菌分离株，和(b)如通过所述第二功能测定所测量，能够产生至少约10mM浓度的短链脂肪酸(SCFA)的所述第二细菌分离株；其中在将所述药物组合物施用给所述受试者后，所述第一细菌分离株和所述第二细菌分离株植入受试者的肠内。
实施方案317：如实施方案316所述的方法，其中所述第一细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、陪伴粪球菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。
实施方案318：如实施方案316或实施方案317所述的方法，其中所述第一细菌分离株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、3、7、11、12、16、17、18、20、22和23。
实施方案319：如实施方案316至318中任一项所述的方法，其中所述真核细胞群包含PBMC群。
实施方案320：如实施方案316至319中任一项所述的方法，其中所述SCFA选自乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸、戊酸以及其中任何两种或更多种。
实施方案321：如实施方案316至320中任一项所述的方法，其中所述SCFA是丁酸。
实施方案322：如实施方案316至321中任一项所述的方法，其中所述第二细菌分离株选自内脏臭气杆菌、直肠真杆菌、陪伴粪球菌、普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌、丁酸厌氧棒杆菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。
实施方案323：如实施方案316至322中任一项所述的方法，其中所述第二细菌分离株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、3、7、8、17、19、22和23。
实施方案324：一种治疗或预防有需要的受试者的炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括向所述受试者施用多种细菌分离株，其中所述细菌分离株中的一种包含解纤维拟杆菌，并且其中所述多种细菌分离株中的至少两种是从不同供体的粪便样品分离。
实施方案325：如实施方案324所述的方法，其中所述多种细菌分离株另外包含以下至少一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案326：如实施方案325所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含以下至少两种、或至少三种、或至少四种或至少五种、或每一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案327：如实施方案325或实施方案326所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、7、8、18、19和20。
实施方案328：一种治疗或预防有需要的受试者的炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含第一细菌分离株的第一药物组合物，所述第一细菌分离株包含解纤维拟杆菌；以及向所述受试者施用包含第二细菌分离株的第二药物组合物。
实施方案329：如实施方案328所述的方法，其中所述第一细菌分离株和/或所述第二细菌分离株中的至少一种是冻干的。
实施方案330：如实施方案328或实施方案329所述的方法，其中所述第一药物组合物包含与SEQ ID NO:14和/或26的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案331：如实施方案328至330中任一项所述的方法，其中所述第二药物组合物包含以下至少一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案332：如实施方案331所述的方法，其中所述多种细菌分离株包含以下至少两种、或至少三种、或至少四种或至少五种、或每一种：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌和直肠真杆菌。
实施方案333：如实施方案328至332中任一项所述的方法，其中所述第二药物组合物包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、7、8、18、19和20。
实施方案334：一种制造组合物的方法，所述方法包括培养作为纯培养物的解纤维拟杆菌；和将来自所述解纤维拟杆菌纯培养物的细菌冻干以产生解纤维拟杆菌冻干物。
实施方案335：如实施方案334所述的方法，其中所述解纤维拟杆菌包含与SEQ IDNO:14和/或26的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
实施方案336：如实施方案334或实施方案335所述的方法，所述方法另外包括将所述解纤维拟杆菌冻干物与第二冻干物混合，其中所述第二冻干物包含至少一种选自以下的细菌分离株：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌、直肠真杆菌。
实施方案337：如实施方案336所述的方法，其中所述第二冻干物包含选自以下的至少两种、或至少三种、或至少四种或至少五种、或至少六种或每一种细菌分离株：普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、粪便罗斯氏菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、沙氏别样杆菌、变异罕见小球菌、直肠真杆菌。
实施方案338：如实施方案330至337中任一项所述的方法，其中所述第二冻干物包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、7、8、18、19、20、22和23。
实施例
提供本文的实施例旨在说明本发明技术的优点和益处，并进一步帮助本领域普通技术人员制备或使用本发明技术的组合物。呈现本文的实施例也旨在更充分地说明本发明技术的优选方面。所述实施例绝不应解释为限制如所附权利要求书所界定的本公开的范围。所述实例可包括或并入上述本发明技术的任何变化形式、方面或实施方案。上述变化形式、方面或实施方案各自也可另外包括或并入本发明技术的任何或所有其他变化形式、方面或实施方案的变化形式。
实施例1：分离和生长细菌分离株
从候选人类供体收集粪便样品，并针对病原体的存在进行筛选。选出六名粪便样品不含病原体的供体。接着，将供体粪便收集于
Figure BDA0003553229680002201
滤袋中，使其悬浮于缓冲液(12.5％甘油和0.9％PBS，pH 7.4)中，并均质化。在含有0.05％半胱氨酸的PBS中将滤液稀释约103倍，并将其涂铺于固体分离培养基(IM；对于每种菌株，参见下文)上或将其接种于IM培养液中，并使其在厌氧条件下生长。细菌分离株通过拣选细菌菌落自培养板中纯化，并通过稀释至消光而自IM培养液中纯化。纯化后，使每种细菌分离株在厌氧条件下于IM培养液中生长以进行进一步表征，并将等分试样在-80℃下于20％甘油中冷冻，制成储备液。
菌株的分离培养基(IM)
使用以下IM培养本研究中使用的菌株。在每种情况下，在培养液中生长的培养物均省略琼脂。
1.复合肠道培养基(CGM)
CGM用于培养来自以下属和种的细菌：
-昂氏别样杆菌(例如具有SEQ ID NO:4的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体E”)的粪便中分离)；
-单形拟杆菌(例如具有SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:16的细菌分离株；所述细菌分离株分别从经历疾病筛查的健康人类供体(分别为“供体K”和“供体E”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002211
Figure BDA0003553229680002221
最终pH 7.0±0.2
2.基础粘蛋白培养基(Min muc)
基础粘蛋白培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-长链多利菌(例如具有SEQ ID NO:6的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体F”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
5X基础盐(见下文) 11.28g
琼脂 12g
II型猪胃粘蛋白 2.5g
最终pH 6.8±0.2
5X基础盐(
Figure BDA0003553229680002231
M1253)(用于基础粘蛋白培养基)
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002232
3.含补充物的Veggie脑心浸液琼脂(vBHI3)
vBHI3培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-内脏臭气杆菌(例如具有SEQ ID NO:2的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体G”)的粪便中分离)；
-解纤维拟杆菌(例如具有SEQ ID NO:14的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体G”)的粪便中分离)；
-卵形布劳特氏菌(例如具有SEQ ID NO:9的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体G”)的粪便中分离)；
-布劳特氏菌属某种(例如具有SEQ ID NO:34的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体H”)的粪便中分离)；
-粪副拟杆菌(例如具有SEQ ID NO:5的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体H”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002241
最终pH 7.4±0.2
4.含补充物及牛磺胆酸钠的Veggie脑心浸液琼脂(vBHI3+NaTau)
vBHI3+NaTau培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-丁酸厌氧棒杆菌(例如具有SEQ ID NO:3的细菌分离株，自经历疾病筛查的健康人类供体(“供体G”)的粪便中分离)；
配制物(每升)：
使用含有补充物的Veggie脑心浸液琼脂(vBHI3)的配方
加牛磺胆酸钠1g
最终pH 7.4±0.2
5. 0.2X含补充物及粘蛋白的Veggie脑心浸液琼脂(vBHI3+黏蛋白)
vBHI3+粘蛋白培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-芬氏别样杆菌(例如具有SEQ ID NO:15的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体E”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002251
Figure BDA0003553229680002261
最终pH 7.4±0.2
6.带有瘤胃的Veggie强化梭菌培养基(vRCM+瘤胃)
vRCM+瘤胃培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-陪伴粪球菌(例如具有SEQ ID NO:17的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体J”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002262
最终pH 7.2±0.2
强化梭菌鉴别HiVegTM培养液(HiMedia MV549)(用于vRCM+瘤胃培养基)
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002271
7.含熟肉的Wilkins-Chalgren厌氧琼脂(WCA+CM)
WCA+CM培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-直肠真杆菌(例如具有SEQ ID NO:8的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体F”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002272
最终pH 7±0.2
Wilkins-Chalgren厌氧培养液(Oxoid CM0643)(用于WCA+CM培养基)
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002281
最终pH 7.1±0.2
8.含碳水化合物的酵母酪蛋白胨脂肪酸琼脂(YCFAC)
YCFAC培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-普氏栖粪杆菌(例如具有SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:7的细菌分离株，分别从经历疾病筛查的健康人类供体(分别为“供体E”和“供体F”)的粪便中分离)；
-沙氏别样杆菌(例如具有SEQ ID NO:18的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体E”)的粪便中分离)；
-单形拟杆菌(例如具有SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:16的细菌分离株；分别从经历疾病筛查的健康人类供体(分别为“供体K”和“供体E”)的粪便中分离)；
-普通拟杆菌(例如具有SEQ ID NO:12的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体K”)的粪便中分离)；
-粪便罗斯氏菌(例如具有SEQ ID NO:19的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体E”)的粪便中分离)；
培养基预先购自Anaerobe Systems(目录号AS-675)
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002291
Figure BDA0003553229680002301
最终pH 6.8±0.3
9.HiVegTM布鲁氏杆菌血琼脂(vBBA)
vBBA培养基用于培养来自以下属和种的细菌：
-粪便考拉杆菌(例如具有SEQ ID NO:21的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体K”)的粪便中分离)。
培养基可以呈脱水混合物(布鲁氏杆菌HiVeg琼脂基质；HiMedia MV074)形式购买，随后添加L-半胱氨酸和马血清。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002302
Figure BDA0003553229680002311
最终pH 7.0±0.2
10.基础培养基+纯化的粘蛋白
基础培养基+纯化的粘蛋白用于培养来自以下属和种的细菌：
-嗜黏蛋白艾克曼氏菌(例如具有SEQ ID NO:20的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体F”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002312
Figure BDA0003553229680002321
11.M10+瘤胃液+黏蛋白
M10+瘤胃液+粘蛋白用于培养来自以下属和种的细菌：
-变异罕见小球菌(例如具有SEQ ID NO:22的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体F”)的粪便中分离)。
-腐烂别样杆菌(例如具有SEQ ID NO:35的细菌分离株，从经历疾病筛查的健康人类供体(“供体#”)的粪便中分离)。
配制物(每升)：
Figure BDA0003553229680002322
Figure BDA0003553229680002331
最终pH 6.8±0.2
实施例2：产生短链脂肪酸(SCFA)的细菌分离株
开发出一种功能测定，用于筛选产生丁酸酯的细菌分离株。如上所述，从健康人类供体的粪便样品中分离出细菌分离株并使其在液体培养物中生长。通过离心使细胞沉淀，并使其再悬浮于深孔板中的150μL新鲜培养基和150μL测定缓冲液(0.1M磷酸钠缓冲液(pH7)，每200mL磷酸钠缓冲液含低聚果糖(FOS)、低聚木糖(XOS)、sunfiber/部分水解的瓜尔豆胶(PHGG)和大麦麦芽各2g)。在厌氧室中，在37℃，将板在200rpm板振荡器上培育6小时或24小时，以使碳水化合物发酵成丁酸酯。培育后，使细胞沉淀，并将100μl上清液转移至新鲜小瓶中以进行SCFA提取。
在2mL玻璃小瓶中，将100μl上清液与10μl的50％硫酸和500μl含5mM 2-甲基戊酸的乙醚混合。将样品以3,220g离心10分钟以获得清晰的相界。使用带有火焰离子化检测器(FID)的气相色谱仪(GC)，使用以下参数测量SCFA含量：
-进样：以快速柱塞速度注入1μL样品达到8mm样品深度，并进行四次样品洗涤。
-进样口：分流模式，在225℃下，20:1分流比。
-载气：氦
-烘箱：在140℃下进行等温的温度程序5分钟。
-柱：硝基对苯二甲酸改性/聚乙二醇(PEG)毛细管柱，直径0.25mm，长约30m，膜厚0.25μm。柱保持6.0mL/min恒定流量。
-火焰离子化检测器(FID)：温度设定在225℃。氢气流量是30.0mL/min。空气流量是400.0mL/min。氦的尾吹气流量是20.0mL/min。
丁酸酯含量是净浓度(t24-t0和t6-t0)以及以每个碳计，所产生的SCFA总量的百分比确定。
图1A显示在底物缓冲液中培育24小时后，由细菌分离株产生的丁酸酯浓度(mM)。对于所述相同细菌分离株，图1B显示在底物缓冲液中培育24小时后以每个碳计产生的丁酸酯占总SCFA产量的百分比。每种分离株的分类信息以及对应于各16S rRNA序列的SEQ IDNO可见于表2中。也显示出阳性对照菌株DSM 15176(变异罕见小球菌)、DSM 17677(普氏栖粪杆菌A2-165)和ATCC 27749(甲酸芽殖菌X2-56)的数据。不分泌丁酸酯的大肠杆菌ATCC8739菌株用作阴性对照。基于与菌株DSM 15176的分类学相似性，预测表2中列出的两种变异罕见小球菌菌株(IS00007359和IS00007357)也产生丁酸酯。
这些细菌分离株产生丁酸酯(例如在施用所述细菌分离株中的一种或多种的受试者的肠道中)的能力使其成为包括在本文所述的用于治疗有需要的受试者的肠道菌群失调(例如IBD或溃疡性结肠炎)的药物组合物(例如微生物混合物)中的优良候选物。
实施例3：调节细胞因子产生的细菌分离株
开发出一种功能测定，用于筛选供调节人类免疫细胞，例如通过影响人类外周血单核细胞(PBMC)中特定细胞因子产生来调节人类免疫细胞用的细菌分离株。
筛选的执行旨在鉴别诱导宿主细胞中抗炎性细胞因子的产生，但不诱导(或可能抑制)促炎性细胞因子的产生的细菌菌株。将细菌分离株与人类PBMC共培养，并测量六种细胞因子的含量。所述六种细胞因子是：IL-10，一种重要的抗炎性细胞因子；GM-CSF，有证据表明它对肠道免疫有保护作用；以及IL-12p70、IFN-γ、TNF-α及IL-23，认为它们具有促炎性作用。
如上所述，在液体培养物中培养细菌分离株，并洗涤细胞，并使其以1×109CFU/mL再悬浮(任选地，在-80℃下储存直至随后的共培养步骤)。将人类PBMC接种至24孔板中并在5％CO2培育隔夜。将细菌分离株添加至PBMC中达到0.4x、2x或10x感染复数(MOI)，并将其共培养24小时。接着，收集共培养物上清液，并通过Luminex对细胞因子含量(IL-10、IL-12、IFN-γ、GM-CSF、TNF-α和IL-23的含量)进行定量。
表24和24a显示出使用来自三名人类供体的PBMC测定分离株的测定的结果(结果以pg/ml表示)。也显示出阳性对照菌株DSM17677(普氏栖粪杆菌A2-165)和阴性对照(大肠杆菌ATCC 8739、单独PBMC和单独细胞培养基)的数据。如由表24和24a中IL-10/IL-12和IL-10/TNF-α的比率所示，所测试的分离株各自诱导抗炎谱，以较高的IL-10产量和/或较低的IL-12、TNF-α、IFN-γ和/或IL-23含量为特征。在PBMC测定中鉴别为对免疫调节有益的细菌分离株，连同其对应16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)，各自标识于上表3中。
这些细菌分离株诱导宿主细胞中(例如施用所述细菌分离株中的一种或多种的受试者的肠道中)抗炎性细胞因子谱的能力使其成为包括在本文所述的用于治疗有需要的受试者的肠道菌群失调(例如IBD或溃疡性结肠炎)的药物组合物(例如微生物混合物)中的优良候选物。
表24
Figure BDA0003553229680002361
表24a
Figure BDA0003553229680002371
实施例4：减少炎性标记物
对包含本文所述的细菌分离株的微生物混合物的抗炎性活性进行测试。实施例3中所述的PBMC测定通过将PBMC与活的大肠杆菌共培育以诱导炎性反应进行修改，由此产生并入了生理上相关且疾病(例如IBD)相关的PBMC细胞类型的敏化平台，以确定细菌菌群减轻炎症的能力。
如上所述，在液体培养物中培养细菌分离株，并洗涤细胞，并且使其以1×109CFU/mL再悬浮(任选地，在-80℃下储存直至随后的共培养步骤)。将人类PBMC接种至24孔板中并在5％CO2培育隔夜。对于菌群测定，将各种细菌分离株添加至PBMC中达到0.4的感染复数(MOI)，并将其共培养24小时。在所有实验中，大肠杆菌的MOI均保持在0.4。接着，收集共培养物上清液，并通过Luminex对细胞因子含量(IL-10、IL-12、IFN-γ、TNF-α和IL-23的含量)进行定量。
图3A-E和图4A-E显示出将PBMC/大肠杆菌混合物分别与8菌株和7菌株微生物混合物一起培育的抗炎性作用。所述8菌株微生物混合物由以下组成：内脏臭气杆菌(PI00000072)、两种普氏栖粪杆菌分离株(IS00006632和PI00000329)、嗜黏蛋白艾克曼氏菌(IS00007180)、解纤维拟杆菌(PI00000316)、直肠真杆菌(IS00006864)、沙氏别样杆菌(PI00000395)和粪便罗斯氏菌(PI00000404)。所述7菌株微生物混合物包括相同的菌株，但没有解纤维拟杆菌。如含量降低的IL-23(图3A和4A)、TNF-α(图3B和4B)、IL-10(图3C和4C)、IFN-γ(图3D和4D)和IL12-p70(图3E和4E)所示，与每种微生物混合物一起培育使得用大肠杆菌处理的抗炎性作用减弱。
实施例5：健康受试者体内富集的细菌分离株
开发出一种机制不可知的经验方法，用以鉴别与减轻溃疡性结肠炎(UC)相关性菌群失调有关的物种。自介入(FMT)、横截面和时间系列数据集并入16S核糖体DNA(rDNA)和鸟枪法总体基因组序列，以研究与健康状态或对FMT的临床反应相关的预测特征。可使用这些特征，针对(i)相对于诊断患有UC的患者，在健康受试者中的富集情况；和/或(ii)与FMT治疗之后UC患者的UC症状的临床缓解或反应的关联/相关，对细菌系统发育进化枝进行分级和选择。进化枝是基于“横截面组合p值”进行分级，该p值比较健康受试者与UC患者之间细菌菌株的存在和丰度。基于以下因素，所述值越低，则进化枝中的生物体就越可能对UC的治疗、抑制或预防具有影响：(i)UC患者体内菌株的耗竭和/或(ii)健康受试者体内菌株的高丰度。接着，通过16S rDNA与分级的系统发育进化枝的相似性或通过直接根据上述标准对其16S rDNA进行分级，选出分离的细菌菌株。
鉴别出二十三种细菌菌株相对于UC患者，富集于健康受试者中。为了鉴别对应于所述二十三种细菌菌株的细菌分离株，筛选从供体的粪便样品中提取的微生物群中与所鉴别的每种细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的细菌。表25显示出所述分离株的分类信息、其16S rRNA序列的序列标识符(SEQ ID NO)和横截面组合p值。
表25
Figure BDA0003553229680002391
也对具有与表25的细菌分离株具有至少95％同一性的16S rRNA序列的另外十种细菌分离株进行表征。表26列出每种分离株的标识号、来自表25的相关细菌分离株的ID编号、分离株的16S rRNA序列与表25中的相关分离株的同一性百分比、分离株的横截面组合p值及分离株的序列标识符(SEQ ID NO)。这些数据展示，表25中标识的细菌分离株在减轻UC的一种或多种症状方面的功能仅为示例性的，且也是众多相关分离株(例如与表25的细菌分离株共有至少95％的16S rRNA序列同一性的分离株)所具有的。
表26
Figure BDA0003553229680002401
实施例6：细菌分离株的植入
图2显示16S rRNA序列与细菌分离株相对应的各种细菌菌株的剂量与在向受试者施用含所述菌株的基本上全部粪便微生物群(即，未培养的粪便细菌的制剂)之后受试者的肠道中所述菌株的植入之间的关系。
对于对应于粪便微生物群中给定菌株的每种细菌分离株，通过下式计算给予患者的细胞数：所施用的组合物中16S序列匹配该细菌分离株的16S序列的细菌的频率×9×1010(每克施用的组合物的近似细胞数量)×施用给患者的组合物的累积剂量(以克为单位)。通过比较所施用的组合物、患者的基线菌群和患者的治疗后菌群中的相对丰度，针对每个独特16S序列测量细菌的植入。患者的基线丰度<所施用的材料的20％，并且治疗后丰度增加至少5倍的情形称为阳性植入。
结果显示，实现大多数经过筛选细菌分离株(直肠真杆菌分离株IS00006864除外)植入的最低剂量低于1010个细胞。
实施例7：细菌分离株的植入
为了评估细菌分离株在施用微生物混合物后于受试者肠道中的植入情况，经由管饲法对无菌C57BL/6小鼠接种在厌氧条件下生长的实施例4中所描述的8菌株菌群。在7天、14天、21天及28天时收集粪便沉淀，并分离DNA进行16srRNA基因测序。基于16S rRNA基因丰度确定菌株的相对丰度。
图5显示出在施用包含分离株的微生物混合物之后无菌小鼠的肠中四种细菌分离株(解纤维拟杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌)的植入情况。
实施例8：治疗剂的制造
表7-22中的任一个中的细菌分离株独立培养并在施用前混合在一起。如实施例1中所示，使分离株在基础培养基中，例如在37℃、pH 7下以厌氧方式独立生长。在每种分离株达到足够生物量之后，任选地通过添加15％甘油将其保存起来以供储存，接着在-80℃下冷冻于1ml冻存管中。
接着，将每种细菌分离株培养至约1010CFU/mL浓度，接着通过切向流微过滤浓缩20倍；用过的培养基通过用由2％明胶、100mM海藻糖和10mM磷酸钠缓冲液组成的保存培养基或其他适合保存培养基透滤进行交换。将悬浮液冷冻干燥成粉末并滴定。
干燥后，将粉末与微晶纤维素和硬脂酸镁混合，并配制成250mg明胶胶囊，该明胶胶囊含有10mg冻干粉(108至1011个细菌)、160mg微晶纤维素、77.5mg明胶和2.5mg硬脂酸镁。
实施例9：溃疡性结肠炎的治疗
用本文所公开的药物组合物治疗经内窥镜检查和与诊断相符的组织学诊断为溃疡性结肠炎(UC)的患者。
如Travis等人，Aliment PharmacolTher.2011；34(2):113-124(以全文引用的方式并入)所述，监测功效，包括以下指数中的一个或多个(对于每个指数，相关出版物以全文引用的方式并入)：
临床：
·Truelove和Witts(Truelove SC,Witts LJ.Cortisone in ulcerativecolitis.Final report on a therapeutic trial.BMJ 1955；2:1041-8)，
·鲍威尔–塔克指数(圣马克指数；Powell-Tuck J等人，Correlati ons betweendefined sigmoidoscopic appearances and other measures of disease activity inulcerative colitis.Dig DisSci1982；27:533-7)，
·临床活动性指数(CAI；Rachmilewitz D.Coated mesalazine(5-aminosalicylic acid)versus sulphasalazine in the treatment of activeulcerative colitis:a randomised trial.BMJ 1989；298:82-6)，
·利希提格指数(S.Lichtiger,D.H.Present Preliminary report:cyclosporinin treatment of severe active ulcerative colitis Lancet,336(1990),第16-19页)，
·Seo指数(Seo M等人，An index of disease activity in patients withulcerative colitis.Am J Gastroenterol 1992；87:971-6)，
·医师的整体评估(Hanauer S等人，Mesalamine capsules for treatment ofactive ulcerative colitis:results of a controlled trial Am JGastroenterol.1993年8月；88(8):1188-97)，
·研究者的整体评价(Hanauer SB等人，Budesonide enema for the treatmentof active,distal ulcerative colitis and proctitis:a dose-rangingstudy.U.S.Budesonide enema study group Gastroenterology.1998年9月；115(3):525-32)。
·单纯性临床结肠炎活动性指数(Walmsley RS等人，A simple clinicalcolitis activity index.Gut 1998；43:29-32)，
·基于个别症状评分的改善(Levine等人，A randomized,double blind,dose-response comparison of balsalazide(6.75g),balsalazide(2.25g),and mesalamine(2.4g)in the treatment of active,mild-to-moderate ulcerative colitis Am JGastroenterol.2002年6月；97(6):1398-407)，及
·患者定义的缓解(Higgins P等人，Is endoscopy necessary for themeasurement of disease activity in ulcerative colitis.Am J Gastroenterol2005；100:355-61)。
内窥镜检查：
·Truelove Witts乙状结肠镜检评估(Seo M等人，Evaluation of diseaseactivity in patients with moderately active ulcerative colitis:comparisonsbetween a new activity index and Truelove and Witts classification.Am JGastroenterol 1995；90:1759-63)，
·Baron评分(Baron JH等人，Variation between observers in describingmucosal appearances in proctocolitis.BMJ 1964；1:89-92)，
·内窥镜检查指数(Rachmilewitz D.Coated mesalazine(5-amin osalicylicacid)versus sulphasalazine in the treatment of active ulce rative colitis:arandomised trial.BMJ 1989；298:82-6)，
·乙状结肠镜检指数(Hanauer S等人，Mesalamine capsules for treatment ofactive ulcerative colitis:results of a controlled trial Am JGastroenterol.1993年8月；88(8):1188-97)，
·乙状结肠镜检炎症分级评分(Lémann M等人，Comparison of budesonide and5-aminosalicylic acid enemas in active distal ulcerative colitis AlimentPharmacolTher.1995年10月；9(5):557-62.)，
·梅奥评分柔性直肠乙状结肠镜检评估(Schroeder KW等人，Coated oral 5-aminosalicylic acid therapy for mildly to moderately active ulcerativecolitis.A randomized study.NEngl J Med 1987；317:1625-9)，及
·改良的Baron评分(Rutgeerts P等人，Infliximab for induction andmaintenance therapy for ulcerative colitis.NEngl J Med 2005；353:2462-76)。
临床及内窥镜检查：
·梅奥诊所评分(Mayo Clinic Score)(Schroeder KW等人，Coated oral 5-aminosalicylic acid therapy for mildly to moderately active ulcerativecolitis.A randomized study.NEngl J Med 1987；317:1625-9)及
·Sutherland指数(Sutherland LR等人，5-Aminosalicylic acid enema in thetreatment of distal ulcerative colitis,proctosigmoiditis,andproctitis.Gastroenterology 1987；92:1894-8)。
生活质量：
·IBD患者关注分级表(Drossman DA等人，Health status and health care usein persons with inflammatory bowel disease.A national sample.Dig Dis Sci.1991年12月；36(12):1746-55)，
·炎症性肠病问卷(Irvine EJ等人，Quality of life:a valid and reliablemeasure of outcome for clinical trials in inflammatory boweldisease.Gastroenterology.1194；106:287-96)，及
·36项健康调查简表(Ware JE等人，The MOS 36-item short-form healthsurvey(SF-36).I.Conceptual framework and item selection Med Care.1992年6月；30(6):473-83)。
组织学：
·Riley指数(Riley SA等人，Microscopic activity in ulcerative colitis:what does it mean？Gut1991；32:174-8)，
·Gebboes指数(Geboes K等人，A reproducible grading scale forhistological assessment of inflammation in ulcerative colitis Gut.2000年9月；47(3):404-9)，及
·Chicago指数(Rubin DT等人，Increased degree of histologicalinflammation predicts colectomy and hospitalization in patients withulcerative colitis.Gastroenterology 2007；132(增刊1):A-19(摘要103))。
实施例12：在小鼠体内进行的治疗剂的体内测试
提供包含表13、14、15、15a和15b中任一个的八种分离株的组合物或多种组合物。或者，提供例如但不限于通过实施例8的方法制备的治疗剂，该治疗剂包含表13、14、15、15a和15b中任一个的八种分离株。
选择并提供适合的UC鼠类模型。示例性模型包括化学模型(如DSS、TNBS、噁唑酮、乙酸和巯基抑制剂)和转基因/基因敲除模型(如TCRα-/-、WASP-/-、Mdr1a-/-、IL-2-/-、Gαi2-/-、IL-7Tg、TRUC、TGFβRIIDN和C3H/HeJBir)。参见World J Gastroenterol.2007年11月14日；13(42):5581–5593以及Drug Des DevelTher.2013；7:1341–1357(2013)，其全部内容以引用的方式并入。
以DDS为非限制性实施例，对小鼠口服施用含3-5％DSS的饮用水。例如，在一个周期中施用3％-5％DSS达5-7天，随后定期补水，引起大范围损伤，伴随隐窝完全消失(例如基底隐窝)和结肠上皮的再生相对较慢。用包含表36-43中任一个的九种分离株或治疗剂的组合物或多种组合物(或者，细菌组合物可与DSS并行施用)治疗发展UC样症状的动物，并进行比较以确定治疗效果(例如比较一个或多个参数，如测量结肠炎的临床评分，包括体重变化、腹泻、结直肠出血和存活率；总体疾病严重程度可通过临床评分系统评估，并且可计算每一动物的疾病活动性指数(DAI)评分)。替代措施包括内窥镜检查、组织学分析、通过16SrRNA测序进行的微生物群分析和类似措施。更详细的方案见于CurrProtoc Immunol.2014年2月4日；104:Unit-15.25，其全部内容以引用的方式并入。本实施例允许在必要时或需要时，对CurrProtoc Immunol.2014年2月4日；104:Unit-15.25中所见的详细方案进行修改，以确定治疗效果的存在与否。
实施例13：UC的治疗
提供包含表13、14、15、15a和15b中任一个的八种分离株的组合物或多种组合物。或者，提供例如但不限于通过实施例8的方法制备的治疗剂，该治疗剂包含表13、14、15、15a和15b中任一个的八种分离株。用这些组合物作为治疗剂，如实施例9中所述进行UC研究。
等效内容
尽管已结合本发明的具体实施方案对本发明进行描述，但应当理解，本发明能够进行进一步修改，并且本申请意图涵盖总体上遵循本发明的原理的本发明的任何修改、用途或改编，且本发明包括与本公开的偏离，所述偏离在本发明所属领域内的已知或惯常实践中，并且可适用于上文阐述以及在所附权利要求书的范围内的基本特征。
本领域技术人员仅使用常规实验，就能认识到或能够确定本文具体描述的特定实施方案的许多等效内容。这些等效内容意图包含在所附权利要求书的范围内。
以引用的方式并入
本文引用的所有专利和公开均以全文引用的方式并入本文中。
仅提供在本申请申请日期之前本文所论述的公开的公开内容。本文中的任何内容均不应解释为承认本公开无权凭借在先发明而早于该公开。
如本文所使用，所有标题仅用于组织目的，无意以任何方式限制本公开。任何个别部分的内容均可同样适用于所有部分。
SEQUENCE LISTING
<110> 克雷斯顿沃控股公司 (Crestovo Holdings LLC)
<120> 用于治疗胃肠道病症的方法及产品
<130> FIN-020PC/112933-5020
<150> US 62/876,358
<151> 2019-07-19
<160> 35
<170> PatentIn 3.5版
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 17
atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60
aacgaagcac tctatttgat tttcttcgga aatgaagatt ttgtgactga gtggcggacg 120
ggtgagtaac gcgtgggtaa cctgcctcat acagggggat aacagttgga aacgactgct 180
aataccgcat aagcgcacag gatcacatga tccggtgtga aaaactccgg tggtatgaga 240
tggacccgcg tctgattagc cagttggcag ggtaacggcc taccaaagcg acgatcagta 300
gccgacctga gagggtgacc ggccacattg ggactgagac acggcccaaa ctcctacggg 360
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ctaagaagca ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg tgcaagcgtt 540
atccggattt actgggtgta aagggagcgc aggcggtgcg gcaagtctga tgtgaaagcc 600
cggggctcaa ccccggtact gcattggaaa ctgtcgtact agagtgtcgg aggggtaagt 660
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gtgccgcagc aaacgcaata agtattccac ctggggagta cgttcgcaag aatgaaactc 900
aaaggaattg acggggaccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc 960
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gagcatcggt gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta 1080
agtcccgcaa cgagcgcaac ccctgtcctt agtagccagc ggttcggccg ggcactctag 1140
ggagactgcc agggataacc tggaggaagg cggggatgac gtcaaatcat catgcccctt 1200
atgacttggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaagcgga gccgtgaggc 1260
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aggagggagc tgccgaaggc aggttcgata actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500
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<210> 18
<211> 1509
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 18
atggagagtt tgattctggc tcagaacgaa cgctggcggc gtggataaga catgcaagtc 60
gaacgagaga attgctagct tgctaataat tctctagtgg cgcacgggtg agtaacacgt 120
gagtaacctg cccccgagag cgggatagcc ctgggaaact gggattaata ccgcatagta 180
tcgaaagatt aaagcagcaa tgcgcttggg gatgggctcg cggcctatta gttagttggt 240
gaggtaacgg ctcaccaagg cgatgacggg tagccggtct gagaggatgt ccggccacac 300
tggaactgag acacggtcca gacacctacg ggtggcagca gtcgagaatc attcacaatg 360
ggggaaaccc tgatggtgcg acgccgcgtg ggggaatgaa ggtcttcgga ttgtaaaccc 420
ctgtcatgtg ggagcaaatt aaaaagatag taccacaaga ggaagagacg gctaactctg 480
tgccagcagc cgcggtaata cagaggtctc aagcgttgtt cggaatcact gggcgtaaag 540
cgtgcgtagg ctgtttcgta agtcgtgtgt gaaaggcgcg ggctcaaccc gcggacggca 600
catgatactg cgagactaga gtaatggagg gggaaccgga attctcggtg tagcagtgaa 660
atgcgtagat atcgagagga acactcgtgg cgaaggcggg ttcctggaca ttaactgacg 720
ctgaggcacg aaggccaggg gagcgaaagg gattagatac ccctgtagtc ctggcagtaa 780
acggtgcacg cttggtgtgc ggggaatcga ccccctgcgt gccggagcta acgcgttaag 840
cgtgccgcct ggggagtacg gtcgcaagat taaaactcaa agaaattgac ggggacccgc 900
acaagcggtg gagtatgtgg cttaattcga tgcaacgcga agaaccttac ctgggcttga 960
catgtaatga acaacatgtg aaagcatgcg actcttcgga ggcgttacac aggtgctgca 1020
tggccgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt ttggttaagt ccagcaacga gcgcaacccc 1080
tgttgccagt taccagcacg tgaaggtggg gactctggcg agactgccca gatcaactgg 1140
gaggaaggtg gggacgacgt caggtcagta tggcccttat gcccagggct gcacacgtac 1200
tacaatgccc agtacagagg gggccgaagc cgcgaggcgg aggaaatcct aaaaactggg 1260
cccagttcgg actgtaggct gcaacccgcc tacacgaagc cggaatcgct agtaatggcg 1320
catcagctac ggcgccgtga atacgttccc gggtcttgta cacaccgccc gtcacatcat 1380
ggaagccggt cgcacccgaa gtatctgaag ccaaccgcaa ggaggcaggg tcctaaggtg 1440
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acctccttt 1509
<210> 19
<211> 1557
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 19
attggagagt ttgatcctgg ctcaggacga acgctggcgg cgtgcctaac acatgcaagt 60
cgaacggaga attttatttc ggtagaattc ttagtggcga acgggtgagt aacgcgtagg 120
caacctgccc tttagacggg gacaacattc cgaaaggagt gctaataccg gatgtgatca 180
tcgtgccgca tggcaggatg aagaaagatg gcctctacaa gtaagctatc gctaaaggat 240
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ccggtctgag aggatgaacg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360
ggcagcagtg gggaatcttc cgcaatggac gaaagtctga cggagcaacg ccgcgtgagt 420
gatgaaggat ttcggtctgt aaagctctgt tgtttatgac gaacgtgcag tgtgtgaaca 480
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gcttgagtgc aggagaggaa aggggaattc ccagtgtagc ggtgaaatgc gtagatattg 720
ggaggaacac cagtggcgaa ggcgcctttc tggactgtgt ctgacgctga gatgcgaaag 780
ccagggtagc gaacgggatt agataccccg gtagtcctgg ccgtaaacga tgggtactag 840
gtgtaggagg tatcgacccc ttctgtgccg gagttaacgc aataagtacc ccgcctgggg 900
agtacggccg caaggttgaa actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa gcggtggagt 960
atgtggttta attcgacgca acgcgaagaa ccttaccaag gcttgacatt gattgaacgc 1020
tctagagata gagatttccc ttcggggaca agaaaacagg tggtgcatgg ctgtcgtcag 1080
ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccctat cctatgttac 1140
cagcaagtaa agttggggac tcatgggaga ctgccaggga caacctggag gaaggcgggg 1200
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ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc ggaaggtgcg gctggatcac ctccttt 1557
<210> 20
<211> 809
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (631)..(631)
<223> n是a、c、g或t
<400> 20
ctgagggggt caatccccca acacctagta atcatcgttt acggcatgga ctaccagggt 60
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cgccttcgcc actggtgttc ctcccgatat ctacgcattc caccgctaca ccgggaattc 180
catctacctc tgcactactc aagaaaaaca gttttgaaag caattcatgg gttgagccca 240
tggttttcac ttccaacttg tcttcccgcc tgcgctccct ttacacccag taattccgga 300
caacgcttgc accctacgtt ttaccgcggc tgctggcacg tagttagccg gtgctttctt 360
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cccgtaggag tctgggccgt gtctcagtcc caatgtggcc gttcaacctc tcagtccggc 540
taccaatcgt cgccttggtg ggccgttacc tcaccaacta gctaattgga cgcgagtcca 600
tcctaaagcg aataaatcct tttccctcag naccatgcgg taccgtgggc ttatgcggta 660
ttagcagtcg tttccaactg ttgtccccca ctctagggca ggttactcac gcgttactca 720
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aggcgcgccg ccagcgttcg tcctgagcc 809
<210> 21
<211> 902
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (796)..(796)
<223> n是a、c、g或t
<220>
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<220>
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<222> (841)..(841)
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<220>
<221> misc_feature
<222> (881)..(881)
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<400> 21
tgctttctcg agcgagtggc gaacgggtga gtaacgcgtg aggaacctgc ctcaaagagg 60
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agggaaaagg agcaatccgc tttgagatgg cctcgcgtcc gattagctag ttggtgaggt 180
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gg 902
<210> 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 22
ataccttgat ggcgaccggc gcacgggtga gtaacgcgta tgcaacctgc ctgataccgg 60
ggtatagccc atggaaacgt ggattaacac cccatagtac ttttatcctg catgggatgt 120
gagttaaatg ttcaaggtat cggatgggca tgcgtcctat tagttagttg gcggggtaac 180
agcccaccaa gacgatgata ggtaggggtt ctgagaggaa ggtcccccac attggaactg 240
agacacggtc caaacttcta cgggaggcag cagtgaggaa tattggtcaa tggacgtaag 300
tctgaaccag ccaagtcgcg tgagggaaga ctgccctatg ggttgtaaac ctcttttata 360
agggaagaat aagttctacg tgtagaatga tgcctgtacc ttatgaataa gcatcggcta 420
actccgtgcc agcagccgcg gtaatacgga ggatgcgagc gttatccgga tttattgggt 480
ttaaagggtg cgtaggcggt ttattaagtt agtggttaaa tatttgagct aaactcaatt 540
gtgccattaa tactggtaaa ctggagtaca gacgaggtag gcggaataag ttaagtagcg 600
gtgaaatgca tagatataac ttagaactcc gatagcgaag gcagcttacc agactgtaac 660
tgacgctgat gcacgagagc gtgggtagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 720
cgtaaacgat gctcactggt tctgtgcgat atattgtacg ggattaagcg aaagtattaa 780
gtgagccacc tggggagtac gtcggcaacg atgaaactca aaggaattga cggggcccgc 840
acaagcggag gaacatgtgg tttaattcga tgatacgcga ggaaccttac ctgggtttaa 900
atgggaatgt cgtatttggg aacagatatt ctcttcgagc gtttttcaag gtgctgcatg 960
gttgtcgtca gctcgtgcgg tgaggggtcg gtagtccata 1000
<210> 23
<211> 982
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 23
ttttcttcgg aactgaagat ttggtgattg agtggcggac gggtgagtaa cgcgtgggta 60
acctgccctg tacaggggga taacagtcag aaatgactgc taataccgca taagaccaca 120
gcaccgcatg gtgcaggggt aaaaactccg gtggtacagg atggacccgc gtctgattag 180
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acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggaatt actgggtgta 480
aagggtgcgt aggtggtatg gcaagtcaga agtgaaaacc cagggcttaa ctctgggact 540
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 24
agcaatactt tgggtggcga ccggcgcacg ggtgcgtaac gcgtatgtaa cctacctata 60
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<210> 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 25
attgtatcgc aaactcctag taatcatcgt ttactgcgtg gactaccagg gtatctaatc 60
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taa 843
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<211> 939
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 26
gaagcttcgg cagatttggc cggtttctag tggcggacgg gtgagtaacg cgtgggtaac 60
ctgccttata cagggggata acaaccagaa atggttgcta ataccgcata agcgcacagg 120
accgcatggt ccagtgtgaa aaactccggt ggtataagat ggacccgcgt tggattagct 180
agttggcagg gtaacggcct accaaggcga cgatccatag ccggcctgag agggtgaacg 240
gccacattgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 300
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gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat ccggatttac tgggtgtaaa 480
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<212> DNA
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<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 27
tgctaaggcc gatggcgacc ggcgcacggg tgagtaacac gtatccaacc tgccgtctac 60
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taacggccca cctagtcttc gatggatagg ggttctgaga ggaaggtccc ccacattgga 240
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taaaattgca gttgatactg gatatcttga gtgcagttga ggcaggcgga attcgtggtg 600
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<220>
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tgacgctgat gctcgaaagt gtgggtatca aacaggatta gataccctgg tagtccacac 720
agtaaacgat gaatactcgc tgtttgcgat atacagcaag cggccaagcg aaagcattaa 780
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<210> 29
<211> 867
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 29
tgcttcaatt gccggcgacc ggcgcacggg tgcgtaacgc gtatgtaacc tacctataac 60
aggggcataa cactgagaaa ttggtactaa ttccccataa tattcggaga ggcatctctc 120
cgggttgaaa actccggtgg ttatagatgg acatgcgttg tattagctag ttggtgaggt 180
aacggctcac caaggcaacg atacataggg ggactgagag gttaaccccc cacactggta 240
ctgagacacg gaccagactc ctacgggagg cagcagtgag gaatattggt caatggacgc 300
aagtctgaac cagccatgcc gcgtgcagga agacggctct atgagttgta aactgctttt 360
gtacgagggt aaactcacct acgtgtaggt gactgaaagt atcgtacgaa taaggatcgg 420
ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac ggaggattca agcgttatcc ggatttattg 480
ggtttaaagg gtgcgtaggc ggtttgataa gttagaggtg aaatcccggg gcttaactcc 540
ggaactgcct ctaatactgt tagactagag agtagttgcg gtaggcggaa tgtatggtgt 600
agcggtgaaa tgcttagaga tcatacagaa caccgattgc gaaggcagct taccaaacta 660
tatctgacgt tgaggcacga aagcgtgggg agcaaaacag gattagatac cctggtagtc 720
cacgcagtaa acgatgataa ctcgttgtcg gcgatacaca gtcggtgact aagcgaaagc 780
gataagttat ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa cttaaaggaa ttgacggggc 840
ccgcacaagc ggagaactgt ggttatt 867
<210> 30
<211> 261
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 30
ttgctaagtt tgatggcgac cggcgcacgg gtgagtaaca cgtatccaac ctgccgatga 60
ctcggggata gcctttcgaa agaaagatta atacccgatg gcatatttct tccgcatggt 120
agaattatta aagaatttcg gtcatcgatg gggatgcgtt ccattaggtt gttggcgggg 180
taacggccca ccaagccttc gatggatagg ggttctgaga ggaaggtccc ccacattgga 240
actgagccag gatcccacca t 261
<210> 31
<211> 832
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 31
gtgtatcgcc gacaacgagt tatcatcgtt tactgcgtgg actaccaggg tatctaatcc 60
tgtttgctcc ccacgctttc gtgcctcaac gtcagatata gtttggtaag ctgccttcgc 120
aatcggtgtt ctgtatgatc tctaagcatt tcaccgctac accatacatt ccgcctaccg 180
caactactct ctagtctaac agtattagag gcagttccgg agttaagccc cgggatttca 240
cctctaactt atcaaaccgc ctacgcaccc tttaaaccca ataaatccgg ataacgcttg 300
aatcctccgt attaccgcgg ctgctggcac ggagttagcc gatccttatt cgtacgatac 360
tttcagtcac ctacacgtag gtgagtttac cctcgtacaa aagcagttta caactcatag 420
agccgtcttc ctgcacgcgg catggctggt tcagacttgc gtccattgac caatattcct 480
cactgctgcc tcccgtagga gtctggtccg tgtctcagta ccagtgtggg gggttaacct 540
ctcagtcccc ctatgtatcg ttgccttggt gagccgttac ctcaccaact agctaataca 600
acgcatgtcc atctataacc accggagttt tcaacccgga gagatgcctc tccgaatatt 660
atggggaatt agtaccaatt tctcagtgtt atgcccctgt tataggtagg ttacatacgc 720
gttacgcacc cgtgcgccgg tcgccaccaa agtattgcta cctcgtgatg cccctcgact 780
tgcatgtgtt aggcctgccg ctagcgttca tcctgagcca gattcaaact ct 832
<210> 32
<211> 1527
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 32
tcagagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60
gaacgggaaa ccttttattg aagcttcggc agatttagat tgtttctagt ggcggacggg 120
tgagtaacgc gtgggtaacc tgccttatac agggggataa cagtcagaaa tgactgctaa 180
taccgcataa gcgcacagag ctgcatggct cggtgtgaaa aactccggtg gtataagatg 240
gacccgcgtt ggattagcta gttggtgagg taacggccca ccaaggcgac gatccatagc 300
cggcctgaga gggtgaacgg ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag 360
gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtgaagg 420
aagaagtatc tcggtatgta aacttctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480
agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540
cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggatggaca agtctgatgt gaaaggctgg 600
ggctcaaccc cgggactgca ttggaaactg cccgtcttga gtgccggaga ggtaagcgga 660
attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc 720
ttactggacg gtaactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780
cctggtagtc cacgcggtaa acgatgaatg ctaggtgtcg gggagcaaag ctcttcggtg 840
ccgccgcaaa cgcattaagc attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900
ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960
gaaccttacc aagtcttgac atccttctga ccggaactta accgttcctt cccttcgggg 1020
cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080
cccgcaacga gcgcaacccc tatcctcagt agccagcata taaggtgggc actctgggga 1140
gactgccagg gataacctgg aggaaggcgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg 1200
atttgggcta cacacgtgct acaatggcgt aaacaaaggg aagcgaacct gcgagggtgg 1260
gcaaatccca aaaataacgt cccagttcgg actgtagtct gcaacccgac tacacgaagc 1320
tggaatcgct agtaatcgcg gatcagaatg ccgcggtgaa tacgttcccg ggtcttgtac 1380
acaccgcccg tcacaccatg ggagtcagta acgcccgaag tcagtgacct aaccgcaagg 1440
aaggagctgc cgaaggcggg accgatgact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc 1500
ggaaggtgcg gctggatcac ctccttt 1527
<210> 33
<211> 1055
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (868)..(868)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (917)..(917)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (925)..(925)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (984)..(986)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1002)..(1002)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1015)..(1015)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1020)..(1020)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (1049)..(1049)
<223> n是a、c、g或t
<400> 33
gaggggcatg ccatgatgga gtagtaatat ctatggtggc agaccggcgc acgggtgcgt 60
aacgcgtatg caacctacct ttaacagggg gataacactg agaaattggt actaataccc 120
cataatatca tagaaggcat cttttatggt tgaaaattcc gatggttaga gatgggcatg 180
cgttgtatta gctagttggt ggggtaacgg ctcaccaagg cgacgataca tagggggact 240
gagaggttaa ccccccacac tggtactgag acacggacca gactcctacg ggaggcagca 300
gtgaggaata ttggtcaatg gacgcaagtc tgaaccagcc atgccgcgtg caggatgacg 360
gctctatgag ttgtaaactg cttttgtacg agggtaaacg cagatacgtg tatctgtctg 420
aaagtatcgt acgaataagg atcggctaac tccgtgccag cagccgcggt aatacggagg 480
attcaagcgt tatccggatt tattgggttt aaagggtgcg taggcggttt gataagttag 540
aggtgaaatt tcggggctca accctgaacg tgcctctaat actgttgagc tagagagtag 600
ttgcggtagg cggaatgtat ggtgtagcgg tgaaatgctt agagatcata cagaacaccg 660
attgcgaagg cagcttacca aactatatct gacgttgagg cacgaaagcg tggggagcaa 720
acaggattag ataccctggt agtccacgca gtaaacgatg ataactcgtt gtcggcgata 780
cacagtcggt gactaagcga aagcgataag ttatccacct ggggagtacg ttcgcaagaa 840
tgaaactcaa aggaattgac gggggccncg cacaagcgga ggaacatgtg ggtttaattc 900
gatgatacgc gaggaancct taccncgggc ttgaaagtta gcgacgattc ttgaaagagg 960
atttcccttc ggggcgcgaa actnnngctg catggttgtc gncagctcgt gccgngaggn 1020
gtcgggttaa gtcccataac gagcgcacnc cctac 1055
<210> 34
<211> 988
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n是a、c、g或t
<400> 34
acacntgcag tcgaggggca gcataatgga tagcaatatc tatggtggcg accggcgcac 60
gggtgcgtaa cgcgtatgca acctaccttt aacaggggga taacactgag aaattggtac 120
taatacccca taatatcata gaaggcatct tttatggttg aaaattccga tggttagaga 180
tgggcatgcg ttgtattagc tagttggtgg ggtaacggct caccaaggcg acgatacata 240
gggggactga gaggttaacc ccccacactg gtactgagac acggaccaga ctcctacggg 300
aggcagcagt gaggaatatt ggtcaatgga cgcaagtctg aaccagccat gccgcgtgca 360
ggatgacggc tctatgagtt gtaaactgct tttgtacgag ggtaaacgca gatacgtgta 420
tctgtctgaa agtatcgtac gaataaggat cggctaactc cgtgccagca gccgcggtaa 480
tacggaggat tcaagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggtgcgta ggcggtttga 540
taagttagag gtgaaatttc ggggctcaac cctgaacgtg cctctaatac tgttgagcta 600
gagagtagtt gcggtaggcg gaatgtatgg tgtagcggtg aaatgcttag agatcataca 660
gaacaccgat tgcgaaggca gcttaccaaa ctatatctga cgttgaggca cgaaagcgtg 720
gggagcaaac aggattagat accctggtag tccacgcagt aaacgatgat aactcgttgt 780
cggcgataca cagtcggtga ctaagcgaaa gcgataagtt atccacctgg ggagtacgtt 840
cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt 900
taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc gggcttgaaa gttagcgacg attcttgaaa 960
gaggatttcc ctttcggggc gcgaaact 988
<210> 35
<211> 1029
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n是a、c、g或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (989)..(991)
<223> n是a、c、g或t
<400> 35
acacntggaa gtcgaggggc agcataatgg atagcaatat ctatggtggc gaccggcgca 60
cgggtgcgta acgcgtatgc aacctacctt taacaggggg ataacactga gaaattggta 120
ctaatacccc ataatatcat agaaggcatc ttttatggtt gaaaattccg atggttagag 180
atgggcatgc gttgtattag ctagttggtg gggtaacggc tcaccaaggc gacgatacat 240
agggggactg agaggttaac cccccacact ggtactgaga cacggaccag actcctacgg 300
gaggcagcag tgaggaatat tggtcaatgg acgcaagtct gaaccagcca tgccgcgtgc 360
aggatgacgg ctctatgagt tgtaaactgc ttttgtacga gggtaaacgc agatacgtgt 420
atctgtctga aagtatcgta cgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta 480
atacggagga ttcaagcgtt atccggattt attgggttta aagggtgcgt aggcggtttg 540
ataagttaga ggtgaaattt cggggctcaa ccctgaacgt gcctctaata ctgttgagct 600
agagagtagt tgcggtaggc ggaatgtatg gtgtagcggt gaaatgctta gagatcatac 660
agaacaccga ttgcgaaggc agcttaccaa actatatctg acgttgaggc acgaaagcgt 720
ggggagcaaa caggattaga taccctggta gtccacgcag taaacgatga taactcgttg 780
tcggcgatac acagtcggtg actaagcgaa agcgataagt tatccacctg gggagtacgt 840
tcgcaagaat gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggagg aacatgtggt 900
ttaattcgat gatacgcgag gaaccttacc cgggcttgaa agttagcgac gattcttgaa 960
agaggatttc ccttcggggc gcgaaactnn ngctgcatgg tgtcgtcagc tcgtgccgtg 1020
aggtgtcgg 1029

Claims (27)

1.一种制备治疗性细菌分离株的方法，所述方法包括：
(i)提供来自粪便材料的细菌的制剂，所述粪便材料来自
(a)一组健康受试者，
(b)一组患有胃肠道疾病或病症的患者，和
(c)具有所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解的一组患者，所述临床缓解是在用粪便微生物群移植治疗所述组患者中的每一名患者之后发生；
(ii)分析所述细菌的制剂中的16S rRNA序列，以及
(iii)从人类供体的粪便分离细菌分离株，所述细菌分离株包含与来自所述细菌的制剂的细菌菌株的16S rRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株
(a)相对于一组患有所述胃肠道疾病或病症的患者，在一组健康受试者体内富集；和/或
(b)与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关，
其中所述细菌分离株的横截面组合p值小于1×10-14。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述相对于患有所述胃肠道疾病或病症的一组患者，在一组健康受试者体内富集的细菌菌株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、昂氏别样杆菌、普氏栖粪杆菌、直肠真杆菌、卵形布劳特氏菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、解纤维拟杆菌、芬氏别样杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、粪便考拉杆菌、变异罕见小球菌、变异罕见小球菌、布劳特氏菌属某种、腐烂别样杆菌、腐烂别样杆菌、腐烂别样杆菌以及其中任何两种或更多种。
3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述相对于患有所述胃肠道疾病或病症的一组患者，在一组健康受试者体内富集的细菌菌株包含与选自以下的核苷酸序列具有至少约98％或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列：SEQ ID NO:1、2、3、4、7、8、9、11、12、14、15、16、18、20、21、22、23、34、35、36和37。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述细菌分离株包含内脏臭气杆菌和沙氏别样杆菌中的至少一种。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述细菌分离株包含与SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:18的核苷酸序列具有至少约98％或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述细菌分离株包含与所述细菌菌株的16S rRNA序列具有至少99％同一性的16SrRNA序列。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关的细菌菌株包含：
芬氏别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或腐烂别样杆菌；或
腐烂别样杆菌，但不包含沙氏别样杆菌或芬氏别样杆菌。
8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关的细菌菌株包含：
与SEQ ID NO:15的核苷酸序列，但不与选自SEQ ID NO:18、35、36或37的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列；或
与选自SEQ ID NO:35-37的核苷酸序列，但不与选自SEQ ID NO:15和18的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述方法另外包括通过以下方式分离第二治疗性细菌：
(iv)提供来自人类粪便样品的多种细菌分离株；和
(v)执行功能测定，所述功能测定包括：
(a)使真核细胞群与人类源性细菌分离株接触，
(b)测量所述真核细胞群中细胞因子的水平，和
(c)选择能够调节所述真核细胞群中所述细胞因子的水平的细菌分离株。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述真核细胞群包含PBMC群。
11.如权利要求9或权利要求10所述的方法，其中所述细胞因子选自IL-10、GM-CSF、IFN-γ、TNF-α、IL-23和IL-12。
12.如权利要求9至11中任一项所述的方法，其中所述第二细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌、单形拟杆菌以及其中任何两种或更多种。
13.如权利要求9至12中任一项所述的方法，其中所述第二细菌分离株包含与选自SEQID NO:1、2、3、7、11、16、18、20、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
14.一种制备包含第一细菌分离株和第二细菌分离株的微生物混合物的方法，所述方法包括：
(i)从人类粪便分离多种细菌分离株；
(ii)执行第一功能测定，所述第一功能测定包括：
(a)使真核细胞群与所述细菌分离株接触，
(b)测量IL-10:IL-12比率和IL-10:TNF-α比率，以及
(c)将当与真核细胞群一起培育时能够诱导至少约50:1的IL-10:IL-12比率或至少约1:1的IL-10:TNF-α比率的细菌分离株鉴别为所述第一细菌分离株；
(iii)执行第二功能测定，所述第二功能测定包括：
(a)测量由所述细菌分离株产生的短链脂肪酸(SCFA)的水平，和
(b)将产生至少约10mM浓度的所述SCFA的细菌分离株鉴别为所述第二细菌分离株；以及
(iv)将所述第一细菌分离株与所述第二细菌分离株组合以产生所述微生物混合物。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述第一细菌分离株选自普氏栖粪杆菌、内脏臭气杆菌、丁酸厌氧棒杆菌、单形拟杆菌、普通拟杆菌、陪伴粪球菌、沙氏别样杆菌、嗜粘蛋白艾克曼氏菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。
16.如权利要求14或权利要求15所述的方法，其中所述第一细菌分离株包含与选自SEQID NO:1、2、3、7、11、12、16、17、18、20、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
17.如权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述真核细胞群包含PBMC群。
18.如权利要求14至17中任一项所述的方法，其中所述SCFA选自乙酸、丁酸、己酸、甲酸、庚酸、异丁酸、异己酸、异戊酸、丙酸、戊酸以及其中任何两种或更多种。
19.如权利要求18所述的方法，其中所述SCFA是丁酸。
20.如权利要求14至19中任一项所述的方法，其中所述第二细菌分离株选自内脏臭气杆菌、直肠真杆菌、陪伴粪球菌、普氏栖粪杆菌、粪便罗斯氏菌、丁酸厌氧棒杆菌、变异罕见小球菌以及其中任何两种或更多种。
21.如权利要求14至20中任一项所述的方法，其中所述第二细菌分离株包含与选自SEQID NO:1、2、3、7、8、17、19、22和23的核苷酸序列具有至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％序列同一性的16S rRNA序列。
22.如权利要求14至21中任一项所述的方法，所述方法另外包括通过以下方式分离第三细菌分离株以并入所述微生物混合物中：
(i)分析来自粪便材料的细菌的制剂中的16S rRNA序列，所述粪便材料来自：
(a)一组健康受试者，
(b)一组患有胃肠道疾病或病症的患者，和
(c)具有所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解的一组患者，所述临床缓解是在用粪便微生物群移植治疗所述组患者中的每一名患者之后发生；以及
(ii)从人类供体的粪便分离细菌分离株作为所述第三细菌分离株，所述细菌分离株包含与来自所述细菌的制剂的细菌菌株的16SrRNA序列具有至少97％同一性的16S rRNA序列，所述细菌菌株
(a)相对于一组患有所述胃肠道疾病或病症的患者，在一组健康受试者体内富集；和/或
(b)与在用所述粪便微生物群移植治疗一组患者中的每一名患者之后所述组患者的所述胃肠道疾病或病症的一种或多种症状的临床缓解相关。
23.如权利要求22所述的方法，其中所述第三细菌分离株包含与所述细菌菌株的16SrRNA序列具有至少99％同一性的16S rRNA序列。
24.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述胃肠道疾病或病症选自炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。
25.如权利要求24所述的方法，其中所述IBD选自溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)和贮袋炎中的一种或多种。
26.如权利要求14至23中任一项所述的方法，其中所述胃肠道疾病或病症选自选自炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、艰难梭菌相关疾病(CDAD)和抗生素诱发的不良作用。
27.如权利要求26所述的方法，其中所述IBD选自溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)和贮袋炎中的一种或多种。
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