JP2022552005A - 細菌代謝産物を対象に送達するための組成物および方法 - Google Patents

細菌代謝産物を対象に送達するための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、未培養糞便細菌の調製物を含む組成物、その組成物を製造する方法、および腸内ディスバイオシスに関連する障害を処置するためにその組成物を使用する方法に関する。

Description

関連出願
本出願は、２０１９年１０月１８日に出願された米国仮特許出願第６２／９１６，８４７号、２０２０年２月２１日に出願された米国仮特許出願第６２／９７９，８９１号、および２０２０年５月２９日に出願された米国仮特許出願第６３／０３２，１０８号に対する優先権を主張し、これらの内容は、その全体が本明細書において引用により援用される。
病人の腸へのヒト結腸微生物叢の移植または投与は、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ：Ｆｅｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）と呼ばれ、一般に糞便微生物治療法としても知られている。ＦＭＴは、多様な微生物を腸に再配置し、それが主要な病原体の増殖および生存に不利な生態学的環境を作り出すことによってそれらの病原体を制御すると考えられている。これは、正常な組成的および機能的腸微生物コミュニティの迅速な再構成を可能にする治療プロトコルを表すものである。
ＦＭＴは、クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＣＤＩ：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）を処置するために使用されてきた。加えてＦＭＴは、たとえば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）およびバンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ：Ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ）などの他の腸感染因子の処置も示唆されている。ＦＭＴは、ホモジナイズされた糞便か、または培養されたたとえばクロストリジウムなどの糞便成分のいずれかの形態でのヒト微生物叢を、結腸鏡、浣腸、または鼻空腸管によって注入して結腸に移植することを必要とし、それによって、たとえばＣ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）などの病原性細菌を置換または根絶する。加えて糞便微生物治療法は、たとえばＡＳＤ、パーキンソン病、ならびに多発性硬化症および慢性疲労症候群などの神経学的要素を有する状態を処置することに成功している。
ＦＭＴを実施するための組成物は、典型的には、健常ヒトドナーから採取された糞便の糞便微生物叢を組み込む。しかし、糞便の微生物含有量は、ドナー間で均一ではなく、同じドナーから採取された異なるサンプル間でも長期的に均一ではない。結果として、ＦＭＴ組成物の異なる用量では、たとえば細菌の特定の株の存在もしくは不在、または細菌株の相対存在量などの微生物の構成が変動し得る。
特定の細菌株または株群が、たとえば患者の細胞において治療応答を誘導することなどによる状態の処置に関連するか、または必要とされるとき、ＦＭＴ製剤中の細菌株の同一性および／または相対存在量を調節できないことによって、患者に投与されたときの有効性が低下および／または変動し得る可能性がある。
米国仮特許出願第６２／９１６，８４７号 米国仮特許出願第６２／９７９，８９１号 米国仮特許出願第６３／０３２，１０８号
ある態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が少なくとも１つの短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：ｓｈｏｒｔ ｃｈａｉｎ ｆａｔｔｙ ａｃｉｄ）を産生するように選択され、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、糞便細菌の調製物が凍結乾燥細菌を含む、医薬組成物を提供する。
別の態様では、本開示は、本明細書に開示される医薬組成物を対象に投与することを含む、少なくとも１つのＳＣＦＡを必要な対象に送達する方法を提供する。
ある態様では、本開示は、本明細書に開示される医薬組成物を対象に投与することを含む、必要な対象において腸内ディスバイオシスを処置する方法を提供する。
別の態様では、本開示は、必要な対象の腸に短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を送達する方法を提供し、この方法は、健常ヒトドナーの糞便に由来する未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を対象に投与することを含み、ここで（１）未培養糞便細菌が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生するように選択されるか、（２）健常ヒトドナーの糞便中の糞便細菌が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生するか、または（３）健常ヒトドナーが閾値レベル以上のＳＣＦＡを含む糞便を生成する。
ある態様では、本開示は、対象の糞便細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定することと、少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルが閾値レベル未満であるという決定に基づいて医薬組成物を対象に投与することとを含む方法を提供し、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便の未培養糞便細菌の調製物を含む。
別の態様では、本開示は、糞便細菌細胞によって産生される代謝産物のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、代謝産物のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、糞便細菌をドナーの糞便から抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
ある態様では、本開示は、糞便細菌細胞によって産生される短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、ＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
別の態様では、本開示は、１つ以上の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生細菌株の相対存在量が健常ヒトドナーの糞便中で閾値レベル以上であることを決定することと、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
ある態様では、本開示は、第１の糞便中のＳＣＦＡが閾値レベル以上であることをドナーの第１の糞便から決定することと、第２の糞便中のＳＣＦＡが閾値レベル以上であることをドナーの第２の糞便から決定することと、第１および第２の糞便中のＳＣＦＡが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、糞便細菌をドナーの糞便から抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
別の態様では、本開示は、機能アッセイにおいて、ドナーの第１の糞便由来の糞便細菌細胞が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生することを決定することと、機能アッセイにおいて、ドナーの第２の糞便由来の糞便細菌細胞が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生することを決定することと、機能アッセイにおいて第１および第２の糞便由来の糞便細菌細胞が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生するという決定に基づいて、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
ある態様では、本開示は、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が閾値レベル以上であることをドナーの第１の糞便から決定することと、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が閾値レベル以上であることをドナーの第２の糞便から決定することと、第１および第２の糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいて、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
別の態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、ブチレートの閾値レベル以上の量のブチレートを産生し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、ブチレートの閾値レベルが少なくとも４０ｍＭである、医薬組成物を提供する。
ある態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、アセテートの閾値レベル以上の量のアセテートを産生し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、アセテートの閾値レベルが少なくとも６０ｍＭである、医薬組成物を提供する。
別の態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、プロピオナートの閾値レベル以上の量のプロピオナートを産生し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、プロピオナートの閾値レベルが少なくとも１０ｍＭである、医薬組成物を提供する。
ある態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌の調製物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生細菌株を含み、ＳＣＦＡ産生細菌株が糞便細菌の調製物中の細菌株の総数の少なくとも４０％に相当し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含む、医薬組成物を提供する。
別の態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法を提供し、健常ヒトドナーは、ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の糞便代謝産物について予め選択される。
ある態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法を提供し、健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが閾値レベル以上の糞便代謝産物を含む。
別の態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法を提供し、健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは閾値レベル以上の糞便代謝産物を産生できる。
ある態様では、本開示は、必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象は、対象由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される。
別の態様では、本開示は、必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む。
ある態様では、本開示は、必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる。
別の態様では、本開示は、必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象は、対象由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される。
ある態様では、本開示は、必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む。
別の態様では、本開示は、必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる。
別の態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を提供し、ここで（ｉ）糞便細菌は、少なくとも１つの胆汁酸を産生するように選択されるか、（ｉｉ）健常ヒトドナーは、少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株のレベルについて選択されるか、または（ｉｉｉ）健常ヒトドナーは、所定のレベルの少なくとも１つの胆汁酸もしくは少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を有し、ここで糞便細菌は未培養細菌を含み、糞便細菌の調製物は凍結乾燥された細菌を含む。
さらに別の態様では、本開示は、個体の第１の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、ドナーの第２の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、第１および第２の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいて、個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法を提供する。
ある態様では、本開示は、個体の糞便における二次胆汁酸の相対存在量を決定することと、二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるときに個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法を提供する。
別の態様では、本開示は、一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換できる細菌の相対存在量を決定することと、二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるときに糞便を選択することとを含む、糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法を提供する。
別の態様では、本開示は、胆汁酸変換株に関連する潜在的なドナーの糞便微生物遺伝子含有量をスクリーニングすることによって、所望のドナーを選択する方法を提供する。
別の態様では、本開示は、胆汁酸変換株が豊富な糞便細菌の調製物を投与することを含む、必要な過敏性腸疾患（ＩＢＤ：ｉｒｒｉｔａｂｌｅ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ）患者を処置する方法を提供し、必要な患者は不十分な胆汁酸代謝を有する。
さらなる態様では、本開示は、二次胆汁酸のある相対存在量を有する糞便細菌の調製物を投与することを含む、必要な過敏性腸疾患（ＩＢＤ）患者を処置する方法を提供し、必要な患者は不十分な胆汁酸代謝を有し、その二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上である。
別の態様では、本開示は、閾値を超える量の二次胆汁酸および胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、不十分な胆汁酸代謝を有する必要な患者における過敏性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法を提供する。
別の態様では、本開示は、不十分な胆汁酸代謝を有する患者におけるクローン病または潰瘍性大腸炎を処置する方法を提供し、この方法は、（ｉ）二次胆汁酸の量および（ｉｉ）胆汁酸変換株の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを含み、その量は所定の閾値以上である。
さらなる態様では、本開示は、閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有するクローン病患者を処置する方法を提供し、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される。
さらに別の態様では、本開示は、閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有する潰瘍性大腸炎患者を処置する方法を提供し、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される。
別の態様では、本開示は、胆汁酸変換細菌を必要な対象の腸に送達するための方法を提供し、この方法は、健常ヒトドナーの糞便に由来する未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を対象に投与することを含み、ここで未培養糞便細菌が閾値レベル以上で一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換するように選択されるか、健常ヒトドナーの糞便中の糞便細菌が閾値レベル以上の二次胆汁酸を産生するか、または健常ヒトドナーが閾値レベル以上の二次胆汁酸を含む糞便を生成する。
別の態様では、本開示は、少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を含む対象の糞便細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを決定し、少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルが閾値レベル未満であるという決定に基づいて医薬組成物を対象に投与する方法も提供し、この医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便の未培養糞便細菌の調製物を含む。
別の態様では、本開示は、糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法も提供する。
さらなる態様では、本開示は、糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
さらに別の態様では、本開示は、１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が健常ヒトドナーの糞便中で閾値レベル以上であることを決定することと、１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
よりさらなる態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌がある量の一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換し、二次胆汁酸が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートしたときに二次胆汁酸の閾値レベル以上であり、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、二次胆汁酸の閾値レベルが少なくとも１００μＭである、医薬組成物を提供する。
ある態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法を提供し、健常ヒトドナーは、ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の二次胆汁酸について予め選択される。
エクスビボアッセイにおいて炭水化物基質との１２時間のインキュベーション後に糞便細菌によって産生されたブチレート濃度（ｍＭ）を示す図である。図１～図３のすべてについて、ｘ軸は、エクスビボアッセイに使用した糞便のドナー（Ｇ、Ｓ、Ｅ、Ｐ、またはＵ）を表す。ドナーＧおよびＵの各々は、２つのサンプルを提供した（Ｇについては２０１８年８月２９日および９月２０日に採取し、Ｕについては２０１８年８月２９日および３０日に採取した）。「ＳＰＢ」は対照リン酸ナトリウム緩衝液である（対照として各ドナーサンプルにも使用される）。ｙ軸は、エクスビボアッセイ中に産生されたブチレートのｍＭを表す。 エクスビボアッセイにおいて炭水化物基質との１２時間のインキュベーション後に糞便細菌によって産生されたアセテート濃度（ｍＭ）を示す図である。 エクスビボアッセイにおいて炭水化物基質との１２時間のインキュベーション後に糞便細菌によって産生されたプロピオナート濃度（ｍＭ）を示す図である。 健常ヒトドナーの糞便から決定されたブチレート濃度（μｇ／ｇ）を示す図である。 図４Ａの各ドナーからの糞便細菌を含有するＦＭＴを受けた後のＩＢＤ患者（クローン病（ＣＤ：Ｃｒｏｈｎ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ：Ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ Ｃｏｌｉｔｉｓ）と診断）の糞便において誘導されたブチレート濃度の変化（μｇ／ｇ）を示す図である。 ２人のドナーにおける経時的なブチレート濃度の変化（μｇ／ｇ）を示す図である。 ドナーブチレート濃度と患者ベースラインブチレート濃度との差と、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者におけるＦＭＴ後ブチレート濃度とベースラインブチレート濃度との差との相関を示す図である。 ＦＭＴ処置後の患者におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）存在量（黒色線）とブチレート濃度（灰色線）との相関を示す図である。スピアマン相関をサブプロットのタイトルに示す。破線は、フィーカリバクテリム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｍ）（黒色破線）およびブチレート（灰色破線）の両方の平均ドナー値を示す。 ＦＭＴ処置後の患者におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）存在量（黒色線）とブチレート濃度（灰色線）との相関を示す図である。スピアマン相関をサブプロットのタイトルに示す。破線は、フィーカリバクテリム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｍ）（黒色破線）およびブチレート（灰色破線）の両方の平均ドナー値を示す。 ＦＭＴ処置後の患者におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）存在量（黒色線）とブチレート濃度（灰色線）との相関を示す図である。スピアマン相関をサブプロットのタイトルに示す。破線は、フィーカリバクテリム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｍ）（黒色破線）およびブチレート（灰色破線）の両方の平均ドナー値を示す。 ＦＭＴ処置後１２週目における潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）患者の両方におけるファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、およびバクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）の存在量シフトとブチレート濃度との相関分析を示す図である。 ＦＭＴ処置後のＵＣ（図８Ａ）およびＣＤ（図８Ｂ）患者におけるファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、およびバクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）の存在量を示す図である。 患者のＵＣについての部分メイヨー（Ｍａｙｏ）指数（図９Ａ）およびＣＤについてのハーベリー・ブラッドショー（Ｈａｒｖｅｒｙ－Ｂｒａｄｓｈａｗ）指数（図９Ｂ）と、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）存在量との相関を示す図である（相関ｐ値はＵＣについてｐ＝０．１５０、ＣＤについてｐ＝０．５０２）。 ＦＭＴ処置後の週数におけるドナーに対するＵＣ（図１０Ａ）およびＣＤ（図１０Ｂ）患者の類似性の分析を示す図である。 自身のドナーにより類似した患者におけるブチレート濃度変化の分析を示す図である。 １１５人の糞便ドナーの糞便におけるブチレート産生体の相対存在量を示す図である。 個々のドナーの糞便微生物叢間の細菌分類群の存在および存在量の自然変動を考慮したドナー選択戦略の有効性を示す分析を示す図である。
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。
本明細書において言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、各個々の刊行物、特許、または特許出願が引用により援用されることが具体的かつ個別に示されたときと同程度に、本明細書において引用により援用される。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに別様を指示しない限り、複数の指示対象を含む。例として、「要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、少なくとも１つの要素を意味し、２つ以上の要素を含み得る。
本明細書で使用される場合、「実質的に」という用語は、品質を修飾するために使用されるとき、一般的にその品質が失われることなく、ある程度の変動を許容する。たとえば、特定の態様では、こうした変動の程度は０．１％未満、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、１～２％の間、２～３％の間、３～４％の間、４～５％の間、または５％もしくは１０％超であり得る。
値の範囲が提供される場合、その範囲の上限と下限との間の各介在値、およびその記載された範囲内の任意の他の記載された値または介在値が、本開示に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限および下限は、より小さい範囲に独立して含まれてもよく、記載された範囲内の任意の具体的に除外された限界に従って、これらも本開示に包含される。記載された範囲が限界の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界のいずれか両方を除外する範囲も本開示に含まれる。
本明細書で使用される場合、「相対存在量」という用語は、特定のコミュニティ（たとえば、未培養糞便細菌の調製物または細菌混合物など）における類似の性質のすべての生物に対する特定の種類の生物（たとえば、細菌株、種、または属など）の相対的な提示を示す。相対存在量は、特定の種類の生物の数を、特定のコミュニティにおける類似の性質のすべての生物の総数で割ることによって計算される。ある態様では、相対存在量は、目的の特定の細菌株を標的とする１６Ｓプライマーを用いて生成されたＰＣＲ産物を、すべての１６Ｓ配列を標的とするユニバーサルプライマーを用いて生成されたＰＣＲ産物と比較するｑＰＣＲによって測定される。たとえば、チュー（Ｃｈｕ）、Ｎ．らの「生存細菌のプロファイリングは糞便微生物叢移植の調製物の情報を与える（Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｌｉｖｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎｆｏｒｍｓ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｆｅｃａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎｓ）。」プロスワン（ＰＬｏＳ Ｏｎｅ）１２（１）：１－１６（２０１７）などを参照。別の態様では、相対存在量は、ハイスループット配列決定を介して検出された配列リードの数に基づいて測定される。別段の指定がない限り、本明細書で言及される細菌相対存在量は、ハイスループット配列決定によって測定される。さらなる態様では、チューらのプロスワン（ＰＬｏＳ Ｏｎｅ）１２（１）：１－１６（２０１７）に示されるとおり、プロピジウムモノアジド（ＰＭＡ：ｐｒｏｐｉｄｉｕｍ ｍｏｎｏａｚｉｄｅ）を用いて生存可能な糞便微生物と死んだ糞便微生物とを区別する。
本明細書で使用される場合、「処置する」という用語は、（ｉ）疾患、障害、または状態を完全または部分的に阻害すること、たとえば、その進行を停止させることなど、（ｉｉ）疾患、障害、または状態を完全または部分的に軽減すること、たとえば、疾患、障害、および／または状態の退行を引き起こすことなど、あるいは（ｉｉｉ）疾患、障害、および／または状態の素因を有し得るが、まだそれを有するとは診断されていない患者において、疾患、障害、または状態が生じるのを完全または部分的に予防することを示す。同様に、「処置」は、治療的処置および予防的または防止的手段の両方を示す。
本明細書で使用される場合、「対象」は、ヒト、実験動物（たとえば霊長類、ラット、マウスなど）、家畜（たとえばウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、シチメンチョウ、ニワトリなど）、および家庭用ペット（たとえばイヌ、ネコ、げっ歯類など）を含む任意の動物対象を示す。好ましい対象はヒト対象である。ヒト対象は、小児、成人、または老人の対象であってもよい。いくつかの態様では、「患者」および「対象」という用語は、互換的に使用される。
本明細書で使用される場合、糞便とは、排便によって哺乳動物（たとえばヒトなど）によって放出される固形物片またはその一部を示す。
本明細書で使用される場合、「微生物叢」および「フローラ」は、真核生物、古細菌、細菌、およびウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む）を含む、持続的および一時的の両方で対象の体内または体表に生存する微生物のコミュニティを示す。「糞便微生物叢」または「糞便微生物叢調製物」は、対象の糞便中に存在するか、またはそこから調製される微生物のコミュニティを示す。典型的には、本明細書に記載される医薬組成物は、糞便微生物叢を糞便からの精製後に培養せずに、こうした糞便微生物叢を組成物に組み込むことによって調製される。本明細書において、「未培養糞便細菌」または「未培養糞便細菌の調製物」は、（たとえば、培養培地中で）株を培養することなく、１つ以上の糞便サンプルから採取、抽出、または精製された複数の非病原性の生存可能な細菌株を含む調製物を示す。こうした未培養糞便細菌の調製物は、未培養糞便細菌の採取物または未培養糞便細菌の集団と呼ぶこともできる。
いくつかの態様では、未培養糞便細菌の調製物は、非選択糞便細菌を含む。本明細書において、「非選択糞便細菌」とは、抽出された細菌を、（たとえば、細菌の特定の株の意図的な除去、エタノールもしくはクロロホルムなどの薬剤による細菌の処理、または培養などによる）細菌の特定のタイプ、状態、または分類カテゴリーを意図的に選択する環境条件に供することなく、１つ以上の糞便サンプルから抽出された（たとえば、糞便微生物叢に存在する）生存可能な糞便細菌株の採取物を示す。こうした非選択糞便細菌は、正常で健常なヒトの糞便微生物叢または腸内微生物叢における対応する細菌株に比例した含有量の細菌株を含み得る。糞便サンプルから糞便細菌を非選択的に抽出するために行われるステップとしては、たとえば、糞便サンプルをホモジナイズおよび濾過して、たとえば繊維および粗い粒子状物質などの非細胞性糞便物質、ならびにたとえば真核生物宿主細胞およびウイルスなどから糞便細菌株を分離するステップが挙げられ得る。本明細書において、典型的には、非選択糞便細菌調製物は、好気性条件もしくは嫌気性条件のいずれか、またはそれらの組み合わせにおいて調製できる。特定の態様では、非選択糞便細菌の調製物は、糞便サンプルの糞便微生物叢の細菌のすべてまたは実質的にすべてを含む。特定の態様では、非選択糞便細菌の調製物は、糞便サンプルの糞便微生物叢の株のすべてまたは実質的にすべてを含む。特定の態様では、非選択糞便細菌の調製物は、糞便サンプルの糞便微生物叢の種のすべてまたは実質的にすべてを含む。特定の態様では、非選択糞便細菌の調製物は、糞便サンプルの糞便微生物叢の属のすべてまたは実質的にすべてを含む。特定の態様では、非選択糞便細菌の調製物は、糞便サンプルの糞便微生物叢の門のすべてまたは実質的にすべてを含む。したがって、こうした非選択糞便微生物叢は、こうした糞便サンプル中に見出される微生物構成成分および細菌集団構造に実質的に類似し得る。
ある態様では、未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、または６００の細菌種または株を含む。別の態様では、未培養糞便細菌の調製物は、２～５、５～１０、１０～２０、２０～３０、３０～４０、４０～５０、５０～６０、６０～１００、１００～２００、２００～３００、３００～４００、４００～５００、または５００～６００の細菌種または株を含む。
ある態様では、未培養糞便細菌および／または非選択糞便細菌の調製物は、細菌の抗生物質耐性集団を含まない。
別の態様では、未培養糞便細菌を含む組成物の調製は、（たとえば、細菌の特定の株の意図的な除去、エタノールもしくはクロロホルムなどの選択剤による集団の処理、および／または閾値レベル以上の代謝産物を産生する能力に対する細菌のスクリーニングなどによって）細菌の特定のタイプ、状態、または分類カテゴリーについて選択するステップを含み得る。
本明細書において、未培養糞便細菌は、たとえば細菌単離物などの単一の精製された細菌株とは区別される。本明細書で使用される場合、「細菌単離物」とは、単一の先行細菌細胞からの二分裂を介した増殖によって（たとえば、細菌を培養することによって）生成された、実質的に遺伝的に同一の細菌細胞の単離群を示す。典型的には、細菌単離物は、元々は単一細胞または遺伝的に純粋な細胞群として、たとえば固体培養培地上の単一コロニーとして、または液体培養における連続希釈を介して単離され、その後、単離物の一貫した安定な供給源を提供するために（たとえば、凍結ストックとして）保管される。一旦単離されると、いくつかの態様では、細菌単離物は、細胞の純粋な培養物として生育され得る。他の態様では、複数の細菌単離物が混合培養物として同じ容器中で同時に生育され得る。「実質的に遺伝的に同一」という用語は、細菌単離物の汚染されていない純粋な組成物中の異なる細胞によって共有される非常に高い（たとえば＞９９．９％の）遺伝的同一性を示し、これはそれらの細胞が共通の祖先から増殖したことによるものであるが、比較的稀な突然変異の蓄積による細胞間の軽微な遺伝的非類似性を考慮している。一般的に、細菌単離物は、細菌細胞の純粋培養物と同義である。典型的には、本明細書において、細菌単離物は非病原性細菌からなる。ある態様では、細菌単離物は、プロバイオティクスであるか、またはプロバイオティクスの成分であり得る。
本明細書で使用される場合、「細菌カクテル」という用語は、「細菌コンソーシアム」または「合成細菌混合物」と呼ばれることもあり、複数の細菌単離物の定義されたコンソーシアムを含む細菌の操作された混合物を示す。「複数の細菌単離物の定義されたコンソーシアム」という用語は、細菌カクテルが２つ以上の細菌単離物を含有すること、およびカクテル中の各細菌単離物の同一性が既知であり、したがってカクテルが、別々のバッチにわたって安定した組成および特性を有するように（たとえば、単離された細菌株を組み合わせることなどによって）一貫して生成され得ることを意味する。本明細書において、細菌単離物の「同一性」とは、単離物を１つ以上の他の細菌単離物または細菌株とは異なるものとして独自に同定する単離物の任意の特徴を示し得る。細菌単離物を同定する特徴の例としては、たとえば１６Ｓ ｒＲＮＡ配列などのヌクレオチド配列、核酸の１つ以上のコード領域もしくは非コード領域の配列、および全ゲノム配列、遺伝子発現のレベル、生理学的形質もしくは代謝的形質、またはたとえば染色パターンもしくは細胞壁の特徴などの解剖学的形質が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「細菌混合物」は、生存可能な細菌細胞を含む操作された組成物を示す。いくつかの態様では、細菌混合物は、１つ以上の非病原性細菌単離物を含む（たとえば、ＳＣＦＡ産生細菌株を含む）。いくつかの態様では、細菌混合物は、未培養糞便細菌の調製物を含む。いくつかの態様では、細菌混合物は、１つ以上の非病原性細菌単離物および未培養糞便細菌の調製物の両方を含む。
本明細書で使用される場合、「ＳＣＦＡ産生細菌株」は、「ＳＣＦＡ産生細菌単離物」と呼ばれることもあり、これはＳＣＦＡを産生および／または分泌できる細菌株を示す。一態様では、ＳＣＦＡ産生細菌株は、細菌単離物の形態である。別の態様では、ＳＣＦＡ産生細菌株は、未培養糞便細菌の調製物の一部または成分である。態様では、ＳＣＦＡ産生細菌株は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）種、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）種、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種、アナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）種、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）種、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア・セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・オキシドレドゥセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、またはアナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）のメンバーであり得る。ある態様では、ＳＣＦＡ産生細菌株は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）クラスターＩＶまたはＸＩＶａのメンバーであり得る。
本明細書で使用される場合、「治療的に有効な量」、「有効量」、または「薬学的に活性な用量」とは、指定された疾患、障害、状態、または症状の処置に有効である組成物の量を示す。
本明細書で使用される場合、「単離された」または「精製された」とは、（１）最初に生成されたときに関連していた成分の少なくともいくらかから分離された（最初に天然で生成されたか、または実験的設定で生成されたかにかかわらず）、ならびに／あるいは（２）人の手によって生成、調製、精製、および／または製造された、細菌または他の実体もしくは物質を示す。単離または精製された細菌は、それらが最初に関連していた他の成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、またはそれ以上から分離され得る。
本明細書で使用される場合、細菌または任意の他の生物もしくは実体に関する「非病原性」という用語は、その生物または実体を含有する宿主生物の疾患、障害、または状態を引き起こすことも、それに影響を及ぼすこともできない任意のこうした生物または実体を含む。
本明細書で使用される場合、「胞子」または「胞子」の集団は、一般的に生存可能であり、同じ細菌の栄養型よりも熱および殺菌剤などの環境の影響に対してより耐性があり、典型的に発芽および成長が可能な細菌（または他の単細胞生物）を含む。「胞子形成体」または「胞子を形成できる」細菌とは、好適な環境条件下で胞子を産生するための遺伝子および他の必要な能力を含有する細菌である。
本明細書で使用される場合、「コロニー形成単位」（ＣＦＵ：ｃｏｌｏｎｙ ｆｏｒｍｉｎｇ ｕｎｉｔｓ）は、所与のサンプル中の生存可能微生物細胞の数の推定値を示す。ＣＦＵの数は、サンプル中の生存可能な細菌細胞の数を決定するための標準的な方法と同様に、寒天プレート上のコロニー数を計数することによって評価できる。
本明細書で使用される場合、「生存可能な」とは、増殖する能力を有することを意味する。細菌集団の生存率は、細胞の膜完全性の関数としてモニターできる。損なわれた膜を有する細胞は、死んでいるかまたは死につつあると考えられ、一方で無傷の膜を有する細胞は、生きていると考えられる。たとえば、ＳＹＴＯ９およびヨウ化プロピジウムを用いて、生存する細菌および死んだ細菌を染色および区別する。ストックス（Ｓｔｏｃｋｓ）、サイトメトリーＡ（Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ Ａ）２００４ Ｏｃｔ；６１（２）：１８９－９５を参照。加えて細胞生存率は、たとえばＰＣＲに基づくアプローチなどの分子生存率分析によって評価でき、これは、生存可能細胞に関連する核酸を不活性化細胞に関連する核酸と区別し得るものである。カンジェロシ（Ｃａｎｇｅｌｏｓｉ）およびメシュケ（Ｍｅｓｃｈｅｋｅ）、アプライド・アンド・エンバイロンメンタル・マイクロバイオロジー（Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．）２０１４ Ｏｃｔ；８０（１９）：５８８４－５８９１を参照。
本明細書で使用される場合、「シャノン多様性指数」は、次の式を使用して、所与のコミュニティに存在する種の存在量および均一性を考慮した多様性指数を示す。
Figure 2022552005000002
式中、Ｈはシャノン多様性指数であり、Ｒはコミュニティにおける種の総数であり、ｐｉはｉ番目の種から構成されるＲの割合である。より高い値は、多様かつ同等に分布したコミュニティを示し、０の値は、１つの種のみが所定のコミュニティに存在することを示す。さらなる参照については、シャノン（Ｓｈａｎｎｏｎ）およびウィーバー（Ｗｅａｖｅｒ）、（１９４９）「コミュニケーションの数学理論（Ｔｈｅ ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ）。」イリノイ大学出版局（Ｔｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｉｌｌｉｎｏｉｓ Ｐｒｅｓｓ）、アーバナ（Ｕｒｂａｎａ）１１７ｐｐを参照されたい。
本明細書で使用される場合、「抗生物質」とは、細菌を死滅させるか、細菌の成長を阻害するか、または細菌の生存率を低下させることによって、細菌感染症を処置および／または予防するために使用される物質を示す。
本明細書で使用される場合、「有害事象（ＡＥ：ａｄｖｅｒｓｅ ｅｖｅｎｔｓ）」とは、手技関連または微生物叢関連の徴候または症状をもたらす任意の用量を示す。本明細書で使用される場合、「重篤な有害事象（ＳＡＥ：ｓｅｒｉｏｕｓ ａｄｖｅｒｓｅ ｅｖｅｎｔｓ）」とは、任意の用量で、死をもたらすか、または生命を脅かすような任意の医学的出来事を示す。本明細書で使用される場合、「生命を脅かす」とは、その事象の時点で患者が死亡する危険性がある事象を示す。有害事象は、当業者によって使用されるスケール（たとえば、米国国立癌研究所（ＮＣＩ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）の有害事象共通用語規準（ＣＴＣＡＥ：Ｃｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ）など）に従って等級付けされる。
細菌を含む医薬組成物、障害を処置または予防するためにその医薬組成物を使用する方法、およびその医薬組成物を製造する方法が本明細書に記載される。
本開示の態様では、医薬組成物は、患者に投与されたときに代謝産物を産生、放出、または分泌するように選択された未培養糞便細菌の調製物を含む。たとえば、ある態様では、ドナーの糞便から抽出された未培養糞便細菌（たとえば、糞便微生物叢の形態）をスクリーニング、アッセイ、または検査に供して、細菌が目的の特定の代謝産物（たとえば、ＳＣＦＡまたは二次胆汁酸など）を産生する能力または可能性または可能性を決定でき、次いで、そのスクリーニング、アッセイ、または検査の結果に基づいて、その糞便細菌を医薬組成物に含めるために選択できる。別の態様では、ドナーの生の糞便または生の糞便のサンプル（すなわち、糞便細菌およびたとえば繊維などの非フローラ物質を含むもの）をスクリーニング、アッセイ、または検査に供して、目的の特定の代謝産物の存在、不在、および／または量を決定でき、次いで、そのスクリーニング、アッセイ、または検査の結果に基づいて、生の糞便中の糞便細菌（すなわち、代謝産物を産生したもの）を医薬組成物に含めるために選択できる。
ある態様では、医薬組成物は、たとえば閾値レベルより高いレベルなどで一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換する細菌の能力に基づいて組成物に含めるために選択された未培養糞便細菌の調製物を含む。ある態様では、細菌、細菌分類群、または細菌単離物に関する「胆汁酸変換細菌」とは、一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換できる１つ以上の細菌株を示す。理論に束縛されることは望まないが、一次胆汁酸は、肝臓において、コレステロール分解の主要経路を構成するプロセスにおいてコレステロールから合成される。合成後、胆汁酸は胆嚢に貯蔵され、その後十二指腸に分泌される。胆汁は、食物脂質の乳化、ならびに脂肪酸、コレステロール、脂溶性ビタミン、およびその他の疎水性食物成分の消化および吸収のために重要である。分泌された胆汁酸の大部分は小腸で再吸収される。小腸で吸収されない胆汁酸は大腸に移動し、そこで通常は微生物叢によって代謝された後、結腸から再吸収される。フィアモンシニ（Ｆｉａｍｏｎｃｉｎｉ）、Ｊ．、「胆汁酸と腸内微生物叢とのクロストーク（Ｔｈｅ Ｃｒｏｓｓ Ｔａｌｋ Ｂｅｔｗｅｅｎ Ｂｉｌｅ Ａｃｉｄｓ ａｎｄ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ）」、マイクロバイオーム・アンド・メタボローム・イン・ダイアグノシス・セラピー・アンド・アザー・ストラテジック・アプリケーションズ（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ ａｎｄ Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ ｉｎ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ，Ｔｈｅｒａｐｙ，ａｎｄ ｏｔｈｅｒ Ｓｔｒａｔｅｇｉｃ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）。（２０１９）。デオキシコール酸、リトコール酸、およびウルソデオキシコール酸は、ヒト腸内の一次胆汁酸の細菌代謝によって形成される最も一般的な二次胆汁酸である。
本開示のある態様では、一次胆汁酸は、コール酸（ＣＡ：ｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、ケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ：ｃｈｅｎｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、グリココール酸（ＧＣＡ：ｇｌｙｃｏｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、タウロコール酸（ＴＣＡ：ｔａｕｒｏｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、グリコケノデオキシコール酸（ＧＣＤＣＡ：ｇｌｙｃｏｃｈｅｎｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、タウロケノデオキシコール酸（ＴＣＤＣＡ：ｔａｕｒｏｃｈｅｎｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。本開示のある態様においては、２００μＭ未満を含む医薬組成物を提供する。別の態様では、医薬組成物は、１５０μＭ、１００μＭ、５０μＭ、２５μＭ、２０μＭ、１５μＭ、１０μＭ、または５μＭ未満を含む。
本開示の別の態様では、二次二次胆汁酸は、デオキシコール酸（ＤＣＡ：ｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、イソデオキシコール酸、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ：ｇｌｙｃｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ：ｔａｕｒｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、グリコリトコール酸（ＧＬＣＡ：ｇｌｙｃｏｌｉｔｈｏｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ：ｔａｕｒｏｌｉｔｈｏｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、リトコール酸（ＬＣＡ：ｌｉｔｈｏｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ：ｕｒｓｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、イソウルソデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ：ｇｌｙｃｏｕｒｓｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、タウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ：ｔａｕｒｏｕｒｓｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。フィアモンシニ（Ｆｉａｍｏｎｃｉｎｉ）、ジャーリー（Ｊａｒｌｅｉ）、「第１４章 － 胆汁酸と腸内微生物叢とのクロストーク：代謝疾患および減量手術に注目（Ｃｈａｐｔｅｒ １４ － Ｔｈｅ Ｃｒｏｓｓ Ｔａｌｋ Ｂｅｔｗｅｅｎ Ｂｉｌｅ Ａｃｉｄｓ ａｎｄ Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ：Ｆｏｃｕｓ ｏｎ Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｂａｒｉａｔｒｉｃ Ｓｕｒｇｅｒｙ）」、マイクロバイオーム・アンド・マタボローム・イン・ダイアグノシス・セラピー・アンド・アザー・ストラテジック・アプリケーションズ（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ ａｎｄ Ｍａｔａｂｏｌｏｍｅ ｉｎ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ、Ｔｈｅｒａｐｙ、ａｎｄ ｏｔｈｅｒ Ｓｔｒａｔｅｇｉｃ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）、１３９－１４５頁（２０１９）（本明細書において引用により援用される）を参照。ある態様では、本開示は、閾値レベル以上の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つの二次胆汁酸を含む未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を提供する。ある態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はデオキシコール酸（ＤＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、２００μＭ、３００μＭ、３５０μＭ、４００μＭ、４５０μＭ、または５００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はデオキシコール酸（ＤＣＡ）であり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、２００μＭ～４００μＭ、２００μＭ～６００μＭ、４００μＭ～８００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はグリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＧＤＣＡであり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はタウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＴＤＣＡであり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。さらに別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はグリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＧＬＣＡであり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はリトコール酸（ＬＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、調製物の供給源として使用される生の糞便中のＬＣＡの閾値レベルは、少なくとも５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＬＣＡであり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＬＣＡであり、閾値は、ドナーの生の糞便中に少なくとも８００μＭ、少なくとも１０００μＭ、少なくとも１２００μＭ、少なくとも１４００μＭ、少なくとも１６００μＭ、少なくとも１８００μＭ、少なくとも２０００μＭ、または２０００μＭ超である。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＵＤＣＡであり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。さらに別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＵＤＣＡであり、調製物の供給源として使用される生の糞便中のＵＤＣＡの閾値レベルは、少なくとも０．２５μｇ／ｍｇ、少なくとも０．５μｇ／ｍｇ、少なくとも０．７５μｇ／ｍｇ、少なくとも１．０μｇ／ｍｇ、少なくとも１．２５μｇ／ｍｇ、少なくとも１．５μｇ／ｍｇ、少なくとも１．７５μｇ／ｍｇ、少なくとも２．０μｇ／ｍｇ、少なくとも２．２５μｇ／ｍｇ、少なくとも２．５μｇ／ｍｇ、少なくとも２．７５μｇ／ｍｇ、または少なくとも３．０μｇ／ｍｇの生の糞便である。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＵＤＣＡであり、調製物の供給源として使用される生の糞便中のＵＤＣＡの閾値レベルは、３．０μｇ／ｍｇの生の糞便より高い。さらなる態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はグリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はデオキシコール酸（ＤＣＡ）であり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。よりさらなる態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）であり、閾値レベルは１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。別の態様では、少なくとも１つの二次胆汁酸はＴＵＤＣＡであり、閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。
ある態様では、医薬組成物に組み込まれる未培養糞便細菌の調製物は、１つ以上の胆汁酸変換細菌分類群（たとえば、門、綱、目、科、属、種、または株など）を含む。別の例では、医薬組成物に組み込まれる未培養糞便細菌の調製物は、一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換できる１つ以上の細菌分類群（たとえば、門、綱、目、科、属、種、または株など）を含む。
本開示の別の態様では、胆汁酸変換細菌株は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）種、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）種、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種、アナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）種、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）種、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア・セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・オキシドレドゥセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、およびアナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）からなる群から選択される分類群のメンバーである。
本開示の別の態様では、胆汁酸変換細菌株は、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃａｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）科、またはプレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）の科のメンバーである。
ある態様では、医薬組成物は、たとえば閾値レベルより高いレベルなどで１つ以上の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生する細菌の能力に基づいて組成物に含めるために選択された未培養糞便細菌の調製物を含む。本明細書で使用される場合、「短鎖脂肪酸」または「ＳＣＦＡ」とは、１～６個の炭素原子の脂肪族尾部を有する脂肪酸を示す。ＳＣＦＡは、たとえば炭水化物、タンパク質、ペプチド、および糖タンパク質前駆体などの発酵などの細菌代謝の際に、細菌によって産生され得る。例示的なＳＣＦＡとしては、酢酸（アセテートとしても知られる）、酪酸（ブチレートとしても知られる）、カプロン酸（ヘキサン酸またはカプロエートとしても知られる）、ギ酸（メタン酸としても知られる）、ヘプタン酸（エナント酸またはヘプタノエートとしても知られる）、イソ酪酸（２－メチルプロパン酸またはイソブチレートとしても知られる）、イソカプロン酸（４－メチルペンタン酸または４－メチル吉草酸またはイソカプロエートとしても知られる）、イソ吉草酸（３－メチルブタン酸またはβ－メチル酪酸またはイソバレレートとしても知られる）、プロピオン酸（プロパン酸またはプロピオナートとしても知られる）、および吉草酸（ペンタン酸またはバレレートとしても知られる）が挙げられるが、これらに限定されない。理論に束縛されることは望まないが、ＳＣＦＡは、結腸粘膜の健康を維持する上で必須の役割を果たすと考えられており、ＳＣＦＡを産生する腸細菌の存在は、たとえば炎症性腸疾患（ＩＢＤ：ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ）などの特定の腸内ディスバイオシスの持続的な臨床的寛解に関連付けられる。したがって、いくつかの態様では、本明細書に記載される医薬組成物に組み込まれる細菌（たとえば、未培養糞便細菌など）は、１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択される。たとえば、未培養糞便細菌は、組成物が対象（たとえば、ＩＢＤを有する対象）に投与された後に、対象の腸内で１つ以上のＳＣＦＡを産生できる。別の例では、未培養糞便細菌は、たとえば糞便細菌によって産生されるＳＣＦＡのレベルを検出および／または測定し得るアッセイなどの実施中に、１つ以上のＳＣＦＡをエクスビボで産生できる。
ある態様では、医薬組成物は、特定の閾値レベル以上の１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択された細菌（たとえば、未培養糞便細菌）を含む。たとえば、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．５、少なくとも１、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１０．５、少なくとも１１、少なくとも１１．５、少なくとも１２、少なくとも１２．５、少なくとも１３、少なくとも１３．５、少なくとも１４、少なくとも１４．５、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、または２００ｍＭ超のブチレートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたブチレートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、または２００ｍＭ超のアセテートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたアセテートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．５、少なくとも１、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１０．５、少なくとも１１、少なくとも１１．５、少なくとも１２、少なくとも１２．５、少なくとも１３、少なくとも１３．５、少なくとも１４、少なくとも１４．５、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、または１００ｍＭ超のプロピオナートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたプロピオナートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．２、少なくとも０．４、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、または１０ｍＭ超のカプロエートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたカプロエートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．２、少なくとも０．４、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、または１０ｍＭ超のヘプタノエートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたヘプタノエートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．７、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．１、少なくとも１．２、少なくとも１．３、少なくとも１．４、少なくとも１．５、少なくとも１．６、少なくとも１．７、少なくとも１．８、少なくとも１．９、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、または１０ｍＭ超のイソブチレートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたイソブチレートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．７、少なくとも０．８、少なくとも０．９、少なくとも１、少なくとも１．１、少なくとも１．２、少なくとも１．３、少なくとも１．４、少なくとも１．５、少なくとも１．６、少なくとも１．７、少なくとも１．８、少なくとも１．９、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、または１０ｍＭ超のイソカプロエートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたイソカプロエートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．２、少なくとも０．４、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、または１０ｍＭ超のイソバレレートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたイソバレレートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
別の例では、医薬組成物に組み込まれた未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも０．２、少なくとも０．４、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、または１０ｍＭ超のバレレートを（たとえば、組成物を投与された対象の腸において、または基質の存在下で細菌によって産生されたバレレートのレベルを測定するエクスビボアッセイにおいて）産生できるか、または産生するように選択され得る。
本明細書に記載されるとおり、未培養糞便細菌は、糞便細菌のドナーの糞便サンプル中のＳＣＦＡのレベルまたは量に基づいて、（たとえば、組成物を投与された対象の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達するために）本明細書に記載される医薬組成物に含めるために選択され得る。別の態様では、未培養糞便細菌は、エクスビボアッセイにおいて糞便細菌によって産生されるＳＣＦＡのレベルまたは量に基づいて、（たとえば、組成物を投与された対象の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達するために）本明細書に記載される医薬組成物に含めるために選択され得る。別の態様では、未培養糞便細菌の調製物は、調製物中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量に基づいて、（たとえば、組成物を投与された対象の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達するために）本明細書に記載される医薬組成物に含めるために選択され得る。ある態様では、（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量に基づいて選択された）未培養糞便細菌の調製物を調製するための出発材料として使用される糞便のドナーは、糞便を提供する前にプレバイオティクスの投与を受ける。別の態様では、（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量に基づいて選択された）未培養糞便細菌の調製物を調製するための出発材料として使用される糞便のドナーは、提供の前にプレバイオティクスの投与を受けない。
一態様では、未培養糞便細菌の調製物は、ドナーの糞便由来の糞便微生物叢の全体または実質的に完全なものを含む。一態様では、未培養糞便細菌は、生存する非病原性糞便細菌の単離または精製された集団を含む。さらなる態様では、未培養糞便細菌は、単一ドナーからの実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む。別の態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、１つ以上の生存する非病原性細菌単離物と、生存する非病原性の精製または抽出された未培養糞便細菌とを含む細菌混合物を含む。
ある態様では、ドナーの糞便からの未培養糞便細菌の調製は、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、および超音波処理からなる群から選択される処理を含む。別の態様では、ドナーの糞便からの未培養糞便細菌の調製は、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、および超音波処理からなる群から選択される処理を含まない。一態様では、ドナーの糞便からの未培養糞便細菌の調製は、密度勾配、濾過（たとえば、ふるい、ナイロンメッシュなど）、およびクロマトグラフィーからなる群から選択される分離ステップを含む。別の態様では、ドナーの糞便からの未培養糞便細菌の調製は、密度勾配、濾過（たとえば、ふるい、ナイロンメッシュなど）、およびクロマトグラフィーからなる群から選択される分離ステップを含まない。別の態様では、未培養糞便細菌の調製物は、ドナーの糞便サンプル由来の全体または実質的に全体の糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書において投与される医薬組成物は、ドナー真核細胞を実質的に含まない未培養糞便細菌の調製物を含む。
ある態様では、本明細書において提供または投与される医薬組成物は、０．３以上、０．４以上、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上、０．９以上、１．０以上、１．１以上、１．２以上、１．３以上、１．４以上、１．５以上、１．６以上、１．７以上、１．８以上、１．９以上、２．０以上、２．１以上、２．２以上、２．３以上、２．４以上、２．５以上、３．０以上、３．１以上、３．２以上、３．３以上、３．４以上、３．５以上、３．６以上、３．７以上、３．８以上、３．９以上、４．０以上、４．１以上、４．２以上、４．３以上、４．４以上、４．５以上、または５．０以上のシャノン多様性指数を含む未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、医薬組成物は、０．１～３．０、０．１～２．５、０．１～２．４、０．１～２．３、０．１～２．２、０．１～２．１、０．１～２．０、０．４～２．５、０．４～３．０、０．５～５．０、０．７～５．０、０．９～５．０、１．１～５．０、１．３～５．０、１．５～５．０、１．７～５．０、１．９～５．０、２．１～５．０、２．３～５．０、２．５～５．０、２．７～５．０、２．９～５．０、３．１～５．０、３．３～５．０、３．５～５．０、３．７～５．０、３１．９～５．０、または４．１～５．０のシャノン多様性指数を含む糞便微生物叢を含む。一態様では、シャノン多様性指数は、門レベルで計算される。別の態様では、シャノン多様性指数は科レベルで計算される。一態様では、シャノン多様性指数は属レベルで計算される。別の態様では、シャノン多様性指数は種レベルで計算される。さらなる態様では、医薬組成物は、正常な健常ヒト糞便フローラに類似する比例的な含有量のフローラの調製物を含む。
さらなる態様では、医薬組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の異なる科からの糞便細菌（たとえば、閾値レベル以上の１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択された未培養糞便細菌など）を含む。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の異なる科からの糞便細菌を含む。さらに別の態様では、医薬組成物は、少なくとも２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０の異なる科からの糞便細菌を含む。さらなる態様では、医薬組成物は、少なくとも３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０の異なる科からの糞便細菌を含む。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０の異なる科からの糞便細菌を含む。別の態様では、医薬組成物は、１～１０、１０～２０、２０～３０、３０～４０、４０～５０の異なる科からの糞便細菌を含む。ある態様では、本明細書において提供または投与される医薬組成物は、０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または１０％以下の非生存物質重量／生物学的物質重量を含む未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、本明細書において提供または投与される医薬組成物は、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％以下の非生存物質重量／生物学的物質重量を含む糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、本明細書において提供または投与される医薬組成物は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．３３ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、または０．００２ｍｍのふるいサイズ、排除サイズ、または粒子フィルタサイズを有するふるい、カラム、または類似の濾過装置を通過する、糞便サンプルの非生存糞便物質の粒子および／または生物学的物質の粒子を含むか、それからなるか、またはそれから本質的になる。「非生存糞便物質」とは、糞便がドナーから採取されたときに糞便中に存在する物質を示し、それは糞便物質の処理中に添加されるたとえば凍結保護物質などの薬学的に不活性な物質などの賦形剤は含まない。「生物学的物質」とは、糞便物質中の生存する物質を示し、それはたとえば細菌および古細菌などの原核細胞（たとえば、生存する原核細胞、および胞子形成して生存する原核細胞となり得る胞子など）、たとえば原生動物および真菌などの真核細胞、ならびにウイルスを含む微生物を含む。一態様では、「生物学的物質」とは、正常で健常なヒトの腸（たとえば結腸など）に存在する、たとえば微生物、真核細胞、およびウイルスなどの生存物質を示す。ある態様では、本明細書において提供または投与される医薬組成物は、ヒト糞便の抽出物を含み、その組成物は実質的に無臭である。ある態様では、本明細書において提供または投与される医薬組成物は、凍結乾燥されたか、粗製か、半精製されたか、または精製された製剤中に糞便物質または糞便フローラ調製物を含む。
ある態様では、医薬組成物に含まれる未培養糞便細菌の調製物は、たとえば非フローラ糞便物質を実質的に含まない、高度に純化または精製された糞便フローラを含む。ある態様では、ドナーから採取された（未培養糞便細菌を含む）糞便微生物叢をさらに処理して、たとえばふるい分けの前、後、または前後に精密濾過を行い得る。別の態様では、高度に精製された糞便微生物叢生成物を限外濾過して、大きな分子は除去するが、たとえば細菌などの治療用ミクロフローラは保持する。
別の態様では、本明細書に記載される医薬組成物に組み込まれる未培養糞便細菌の調製物は、少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、もしくは９９．９％単離されるかもしくは純粋であるか、または約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、もしくは１．０％以下もしくはそれ以上の非糞便フローラ物質を有する糞便フローラの単離物である（またはそれを含む）、実質的に単離もしくは精製された糞便フローラまたは全体（もしくは実質的に全体）の微生物叢か；あるいはサドウスキー（Ｓａｄｏｗｓｋｙ）らの国際公開第２０１２／１２２４７８（Ａ１）号に記載されるか、またはボロディ（Ｂｏｒｏｄｙ）らの国際公開第２０１２／０１６２８７（Ａ２）号に記載されるとおりの、実質的に単離もしくは精製された微生物叢または実質的に全体の微生物叢を含むか、または本質的にそれからなる。
ある態様では、医薬組成物に含まれる未培養糞便細菌の調製物は、ドナーの糞便の実質的に全体の糞便微生物叢を含む。別の態様では、医薬組成物の未培養糞便細菌は、抗生物質耐性細菌を含まない。別の態様では、医薬組成物は、異物（たとえば、残留繊維、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ウイルス外被物質、非生存可能物質などの無細胞物質を含む無生物；および糞便物質のドナー由来の真核細胞などの生存する物質など）をほとんど含まない未培養糞便細菌の調製物を含む。
ある態様では、医薬組成物に含まれる未培養糞便細菌は、ヒトドナーの疾患スクリーニングされた糞便サンプルに由来する。ある態様では、糞便サンプルは、抗生物質耐性集団を含まない。たとえば、組成物は、抗生物質耐性集団を含まない正常で健常なヒト糞便フローラに比例的含有量が類似し得る生存可能フローラの調製物を含み得る。
一態様では、本明細書に記載され使用される未培養糞便細菌の調製物は、アシドアミノコッカス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、アリスチペス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、アナエロトランカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ホールデマニア（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、モラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラオウルテラ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ）、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）、およびベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の生存糞便微生物を含む。一態様では、未培養糞便細菌の調製物は、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種ブルガタス（ｖｕｌｇａｔｕｓ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種テタイオタオミクロン（ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクツス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）ＩＩ、パラバクテロイデス・ジスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクツス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）Ｉ、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ゲミガー・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ユーバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ）、ルミノコッカス・トルケス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種Ａ、ユーバクテリウム・ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、シュードフラボニフラクター・カピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ａｌｂｕｓ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ベントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）Ｉ、フソバクテリウム・ルッシ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｓｓｉ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、クロストリジウム・ラモスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、ラクトバチルス・ライヒマニ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ブチリビブリオ・クロッソタス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、アシドアミノコッカス・フェルメンタンス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ユーバクテリウム・ベントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種フラジリス（ｆｒａｇｉｌｉｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、アエロスティペス・ハドルス（Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、ユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、ティシレラ・プラエアクタ（Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ ｐｒａｅａｃｕｔａ）、フソバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）Ｉ、フソバクテリウム・ナビフォルメ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎａｖｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・イノクウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、クロストリジウム・ラモスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種オバツス（ｏｖａｔｕｓ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、フソバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、フィネゴルジア・マグナス（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎｕｓ）、ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔａｒｉｓ）、ユーバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｅｎｕｅ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、バクテロイデス・クロストリディフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ）亜種クロストリドリフォルミス（ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、オドリバクター・スプランキニクス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、およびデスイフォモナス・ピグラ（Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ ｐｉｇｒａ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の生存糞便微生物を含む。
一態様では、本明細書に記載され使用される未培養糞便細菌の調製物は、フィーカリバクテリム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）を含む。別の態様では、本明細書に記載され使用される未培養糞便細菌の調製物は、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）を含む。別の態様では、本明細書に記載され使用される未培養糞便細菌の調製物は、フィーカリバクテリム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）およびユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）を含む。さらに別の態様では、未培養糞便細菌の調製物は、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｍ ｈａｌｌｉｉ）、アナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）ＧＤ／７、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）Ｌ２－５０、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）Ａ２－２３２、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、およびアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）からなる群から選択される１つ以上の主要なブチレート産生細菌を含む。別の態様では、未培養糞便細菌の調製物は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）ＸＩＶａおよびクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）ＩＶクラスターの細菌種を含む。
一態様では、本明細書に記載される未培養糞便細菌の調製物は、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含む。態様では、糞便細菌の調製物は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、または５０を超えるＳＣＦＡ産生細菌株を含む。
ある態様では、医薬組成物は、調製物中（または調製物を生成した糞便中）の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の存在に基づくか、または閾値相対存在量以上の調製物中（または調製物を生成した糞便中）の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量に基づいて選択された未培養糞便細菌の調製物を含み得る。さまざまな態様では、医薬組成物は、調製物中に少なくとも０．５、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、または８０％超の相対存在量で１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含む未培養糞便細菌の調製物を含む。
一態様では、本明細書に記載され使用される未培養糞便細菌の調製物は、アシドアミノコッカス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、アリスチペス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、アナエロトランカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ホールデマニア（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、モラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラオウルテラ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ）、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）、およびベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の生存糞便微生物を欠くか、または実質的に有さない。一態様では、未培養糞便細菌の調製物は、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種ブルガタス（ｖｕｌｇａｔｕｓ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種テタイオタオミクロン（ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクツス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）ＩＩ、パラバクテロイデス・ジスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクツス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）Ｉ、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ゲミガー・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ユーバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ）、ルミノコッカス・トルケス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種Ａ、ユーバクテリウム・ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、シュードフラボニフラクター・カピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ａｌｂｕｓ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ベントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）Ｉ、フソバクテリウム・ルッシ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｓｓｉ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、クロストリジウム・ラモスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、ラクトバチルス・ライヒマニ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ブチリビブリオ・クロッソタス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、アシドアミノコッカス・フェルメンタンス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ユーバクテリウム・ベントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種フラジリス（ｆｒａｇｉｌｉｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、アエロスティペス・ハドルス（Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、ユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、ティシレラ・プラエアクタ（Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ ｐｒａｅａｃｕｔａ）、フソバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）Ｉ、フソバクテリウム・ナビフォルメ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎａｖｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・イノクウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、クロストリジウム・ラモスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）亜種オバツス（ｏｖａｔｕｓ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、フソバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、フィネゴルジア・マグナス（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎｕｓ）、ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔａｒｉｓ）、ユーバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｅｎｕｅ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、バクテロイデス・クロストリディフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ）亜種クロストリドリフォルミス（ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、オドリバクター・スプランキニクス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、およびデスイフォモナス・ピグラ（Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ ｐｉｇｒａ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つもしくは生存するより多くの糞便微生物を欠くか、または実質的に有さない。
ある態様では、医薬組成物に組み込むための未培養糞便細菌は、クロストリジウム・アブソヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｂｓｏｎｕｍ）、クロストリジウム・アルゲンチネンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｒｇｅｎｔｉｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・バラティ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂａｒａｔｉｉ）、クロストリジウム・ボツリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・カダベリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｄａｖｅｒｉｓ）、クロストリジウム・カルニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｒｎｉｓ）、クロストリジウム・セラツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌａｔｕｍ）、クロストリジウム・ショウベイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｈａｕｖｏｅｉ）、クロストリジウム・クロストリジオフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・コクレアリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・ファラックス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｆａｌｌａｘ）、クロストリジウム・フェルシネウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｆｅｌｓｉｎｅｕｍ）、クロストリジウム・ゴニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｈｏｎｉｉ）、クロストリジウム・グリコリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ヘモリチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ハスチフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｓｔｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・ヒストリチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・イレグラレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ）、クロストリジウム・リモスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、クロストリジウム・マレノミナツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ）、クロストリジウム・ノビイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｏｖｙｉ）、クロストリジウム・オロチカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｏｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パラプトリフィカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・ピリフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｉｌｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・プトレファシエンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ）、クロストリジウム・プトリフィカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・サルジニエンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｒｄｉｎｉｅｎｓｅ）、クロストリジウム・サルタゴフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｒｔａｇｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・セプチカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｅｐｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ソルデリ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ）、クロストリジウム・スフェノイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・スピロフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・スポロゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・サブターミナレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、クロストリジウム・テルチウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｒｔｉｕｍ）、クロストリジウム・テタニ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、クロストリジウム・ウェルチ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｗｅｌｃｈｉｉ）、およびクロストリジウム・ビロスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｖｉｌｌｏｓｕｍ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、または４つ以上のクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種の非病原性胞子を含む。ある態様では、医薬組成物は、バクテロイデス・コプロコラ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｏｐｒｏｃｏｌａ）、バクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、バクテロイデス・マシリエンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）、バクテロイデス・ヘルコゲネス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｈｅｌｃｏｇｅｎｅｓ）、バクテロイデス・ピオゲネス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、バクテロイデス・テクタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｅｃｔｕｓ）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・ステルコリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、バクテロイデス・フィネゴルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ）、バクテロイデス・アシジファシエンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ａｃｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・カカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・ノルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｎｏｒｄｉｉ）、バクテロイデス・セイリヤーシアエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓａｌｙｅｒｓｉａｅ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・インテスチナリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、バクテロイデス・コプロスイス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｏｐｒｏｓｕｉｓ）、バクテロイデス・ジスタソニス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、バクテロイデス・ゴルドステイニイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｇｏｌｄｓｔｅｉｎｉｉ）、バクテロイデス・メルダエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ）、バクテロイデス・フォルシサス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｏｒｓｙｔｈｕｓ）、バクテロイデス・スプランキニクス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、バクテロイデス・カピローサス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、バクテロイデス・セルロソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ）、およびバクテロイデス・ウレオリチカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）の群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、または４つ以上の非病原性バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）種を含む。
ある態様では、ドナーの糞便から抽出された未培養糞便細菌の調製物は、ドナーの糞便に元々存在した細菌株のすべて（１００％）を含む。ある態様では、ドナーの糞便から抽出された未培養糞便細菌の調製物は、ドナーの糞便に元々存在した細菌株の９９．９％を含む。ある態様では、ドナーの糞便から抽出された未培養糞便細菌の調製物は、ドナーの糞便に元々存在した細菌株の９９．８、９９．７、９９．６、９９．５、９９．４、９９．３、９９．２、９９．１、９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８９、８８、８７、８５、８４、８３、８２、８１、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、または４０％を含む。
ある態様では、本明細書に開示される医薬組成物は、滅菌糞便濾液または非細胞性糞便濾液を含む。一態様では、滅菌糞便濾液はドナー糞便に由来する。別の態様では、滅菌糞便濾液は培養微生物に由来する。別の態様では、滅菌糞便濾液は、非細胞性の非粒子状糞便成分を含む。一態様では、滅菌糞便濾液は、２０１４年５月３０日に公開された国際公開第２０１４／０７８９１１号に記載されるとおりに作製される。別の態様では、滅菌糞便濾液は、オット（Ｏｔｔ）ら、ガストロエンテロロジー（Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ）１５２：７９９－９１１（２０１７）に記載されるとおりに作製される。
一態様では、糞便濾液は、分泌されるか、排出されるか、または別様の液体成分もしくは微生物叢を含み、たとえば、抗生物質または抗炎症剤であり得る生物学的活性分子（ＢＡＭ：ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ ａｃｔｉｖｅ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ）などがフローラ抽出物中に保存、保持、または再構成されている。
一態様では、糞便濾液の調製は、ドナーから糞便を受け取ることと、糞便をホモジナイズおよび遠心分離することと、次いで、たとえば金属ふるいもしくはミリポア（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）フィルタまたは同等物のいずれかなどを使用した非常に高レベルの濾過によって濾過して、最終的に、たとえば多くの場合には直径約５マイクロメートル未満などである細菌起源の細胞のみを残すこととを含む。最初の遠心分離後、固体物質を液体から分離することができ、次いで、たとえばミリポア濾過などを使用し、任意選択でナノ膜濾過も使用して、次第にサイズが小さくなるフィルタおよび接線フィルタで固体バンを濾過することができる。濾過は、国際公開第２０１２／１２２４７８号に記載されるとおりのふるいによって行うこともできるが、これとは対照的に、．０１２０ｍｍ未満の約．０１１０ｍｍまでのふるいを使用することによって、最終的には細菌細胞のみを存在させる。
遠心分離の際に分離された上清は、いくつかの態様では、たとえばミリポア濾過または同等のシステムなどの濾過において漸進的に濾過されて、約０．２２ミクロンフィルタを通して微細に濾過された液体を生成し得る。このフィルタは、細菌およびウイルスを含むすべての生物を含むすべての粒子状物質を除去する。よって生成物は無菌であるが、その目的は細菌を除去してもその分泌物を保持することであり、分泌物は特に抗菌性バクテリオシン、細菌由来のサイトカイン様生成物、およびすべての付随する生物学的活性分子（ＢＡＭ）であり、これにはツリシン（ドナー糞便中の桿菌によって分泌される）、バクテリオシン（コリシン、トロウデュリキシンもしくはプタインディシン、またはミクロシンもしくはサブチロシンＡを含む）、ランバイオティクス（ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、シンナマイシンを含む）、ラクチシン、およびその他の抗菌または抗炎症化合物が含まれる。
一態様では、医薬組成物は、精製された糞便微生物叢（たとえば、未培養糞便細菌の調製物など）と非細胞性糞便濾液との組み合わせから本質的になる再構成された糞便フローラを含む。別の態様では、医薬組成物は、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分が補充された精製糞便微生物叢（たとえば、未培養糞便細菌の調製物など）を含む。一態様では、医薬組成物は、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分を含む。一態様では、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分は、合成分子か、糞便微生物によって産生された生物学的活性分子か、またはその両方を含む。別の態様では、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分は、生物学的に活性なタンパク質もしくはペプチド、微量栄養素、脂肪、糖、低分子炭水化物、微量元素、無機塩、灰分、粘液、アミノ酸、栄養素、ビタミン、無機物、またはそれらの任意の組み合わせを含む。一態様では、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分は、バクテリオシン、ランバイオティクス、およびラクチシンからなる群から選択される１つ以上の生物学的活性分子を含む。別の態様では、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分は、コリシン、トロウデュリキシン、プタインディシン、ミクロシン、およびサブチロシンＡからなる群から選択される１つ以上のバクテリオシンを含む。一態様では、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分は、ツリシン、ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、およびシンナマイシンからなる群から選択される１つ以上のランバイオティクスを含む。別の態様では、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分は、抗胞子化合物、抗菌性化合物、抗炎症性化合物、またはそれらの任意の組み合わせを含む。さらなる態様では、１つ以上の非細胞性非粒子状糞便成分は、インターロイキン、サイトカイン、ロイコトリエン、エイコサノイド、またはそれらの任意の組み合わせを含む。
別の態様では、医薬組成物は、たとえばヒトＧＩ微生物叢の部分的または完全な提示などの未培養糞便細菌と、フローラ（微生物叢）の単離後、処理後、濾過後、濃縮後、再構成後、および／または人工の液体成分（たとえば、糞便濾液など）との両方を含み、この液体成分は、他の成分の中でも特に、細菌分泌産物、たとえばバクテリオシン（コリシン、トロウデュリキシンもしくはプタインディシン、またはミクロシンもしくはサブチロシンＡを含む、細菌によって産生されるタンパク質性毒素）、ランバイオティクス（特徴的な多環チオエーテルアミノ酸のランチオニンもしくはメチルランチオニン、ならびに不飽和アミノ酸のデヒドロアラニンおよび２－アミノイソ酪酸を含有するペプチド抗生物質のクラスであり、それはツリシン（ドナー糞便において桿菌によって分泌される）、ナイシン、スブチリン、エピデルミン、ミュータシン、メルサシジン、アクタガルジン、シンナマイシンを含む）、ラクチシン（孔形成ペプチド毒素のファミリー）、およびその他の抗菌性もしくは抗炎症性化合物、ならびに／または微生物叢の細菌もしくは他の微生物によって産生される付加的な生物学的活性分子（ＢＡＭ）、ならびに／または微生物叢の「液体成分」中に見出されるものを含む。
一態様では、未培養糞便細菌（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択されたもの）の調製物を含む医薬組成物は、糞便非細胞性濾液ベースの医薬組成物と同時に使用される。別の態様では、患者は、未培養糞便細菌（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択される）を含む第２の医薬組成物を投与される前に、第１の糞便非細胞性濾液ベースの医薬組成物で処置されるか、またはその逆である。さらなる態様では、処置方法は３つのステップを含む。第１に、感染性病原体を非選択的に除去するための抗生物質前処置；第２に、選択された感染性病原体をさらに抑制するための糞便非細胞性濾液ベースの処置ステップ；および第３に、機能的腸内マイクロバイオームを再確立するために１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択された未培養糞便細菌を含む医薬組成物による処置である。
ある態様では、障害（たとえば、対象の腸への１つ以上のＳＣＦＡの送達によって処置できる障害）を有するかまたはそのリスクがある対象に投与される、未培養糞便細菌の調製物を含む組成物は、対象の腸内フローラの内因性の細菌細胞を、投与された細菌調製物由来の細菌細胞で置き換えることに基づいて、障害の症状の治癒、低減、または症状のあるパーセンテージの低減をもたらす。フローラの変化は、可能な限り「ほぼ完全」であり得る。典型的には、腸内フローラの変化は、健常ヒトドナーの糞便由来の一連のフローラを対象の胃腸系に導入することを含み、このことによって、こうした処置を必要とする患者（たとえば、ＩＢＤまたは結腸直腸癌の患者）の病原性腸内フローラを実質的または完全に置換することができる。ある態様では、対象の腸における投与された未培養糞便細菌の生着は、生着細菌による１つ以上のＳＣＦＡの産生および分泌をもたらし、これは、本明細書に記載されるとおり、対象において治療効果を生じることができる。
本明細書に記載される医薬組成物は、たとえば健常ヒトドナーなどのドナーの糞便サンプルに由来するたとえば細菌などの微生物を含み得る。ある態様では、組成物は、健常ヒトドナーの糞便サンプルの糞便微生物叢のすべてまたは一部に由来する未培養糞便細菌を組み込む。たとえば、組成物は、健常ヒトドナーの糞便サンプルの実質的に完全な糞便微生物叢を組み込むことができる。ある態様では、組成物は、糞便微生物叢の細菌単離物を組み込み、細菌単離物は、健常ヒトドナー由来の糞便サンプルの糞便微生物叢のすべてまたは一部から精製および／または培養されている。よって、未培養糞便細菌または細菌単離物の少なくとも１つを含む組成物を調製するために、糞便サンプルからの糞便微生物叢の採取、抽出、および／または精製が実施され得る。
一態様では、（たとえば、未培養糞便細菌を含む）本明細書に記載される組成物の調製に使用するための例示的な糞便微生物叢は、ヒトドナー由来の出発材料を含む。別の態様では、例示的な糞便微生物叢は、１人以上の健常ヒトドナー由来の材料を含む。さらに別の態様では、例示的な糞便微生物叢は、既知の定義されたドナーのプールからの出発材料を含む。別の態様では、ドナーは成人男性である。さらなる態様では、ドナーは成人女性である。さらに別の態様では、ドナーは青年期の男性である。別の態様では、ドナーは青年期の女性である。別の態様では、ドナーは女の幼児である。別の態様では、ドナーは男の幼児である。別の態様では、ドナーは健常である。一態様では、ヒトドナーは、約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の小児である。別の態様では、ヒトドナーは高齢個体である。さらなる態様では、ヒトドナーは、約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える個体である。別の態様では、ドナーは１～５、２～１０、３～１８、２１～５０、２１～４０、２１～３０、５０～９０、６０～９０、７０～９０、６０～８０、または６５～７５歳である。一態様では、ドナーは前期高齢者個体（６５～７４歳）である。一態様では、ドナーは、中期高齢者個体（７５～８４歳）である。一態様では、ドナーは高齢者個体（＞８５歳）である。さらに別の態様では、ドナーは、慎重にスクリーニングされた、健常な定型発達のヒトである。
ある態様では、糞便ドナーは、その糞便マイクロバイオームプロファイルについてプレスクリーニングされ得る。別の態様では、糞便ドナーは、ドナーの糞便における１つ以上の細菌分類群（たとえば、門、綱、目、科、属、種、または株など）の存在に基づいて選択され得る。別の態様では、糞便ドナーは、閾値相対存在量を超えるレベルでのドナーの糞便における１つ以上の細菌分類群（たとえば、門、綱、目、科、属、種、または株など）の存在に基づいて選択され得る。ある態様では、糞便ドナーは、ドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の存在または相対存在量に基づいて選択され得る。別の態様では、糞便ドナーは、胆汁酸変換株の１つ以上の細菌分類群（たとえば、門、綱、目、科、属、種、または株など）の存在または相対存在量に基づいて選択され得る。
ある態様では、ドナーの糞便中の１つ以上の細菌株の相対存在量は、プロバイオティクスおよび／またはプレバイオティクスの摂取の不在下での単数または複数の細菌株の相対存在量と比較して、単数または複数の細菌株の増殖または存在を促進するプレバイオティクスおよび／またはプロバイオティクスのドナーによる摂取によって増加する。ある態様では、糞便ドナーは、医薬組成物に組み込むための未培養糞便細菌の調製に使用するための糞便を提供する前に、（たとえば、細菌単離物としての）１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤を摂取できる。ＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤の例としては、プロバイオティクスおよびプレバイオティクスが挙げられる。ある態様では、糞便ドナーは、医薬組成物に組み込むための未培養糞便細菌の調製に使用するための糞便を提供する前に、（たとえば、細菌単離物としての）１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含むプロバイオティクスを摂取できる。別の態様では、糞便ドナーは、医薬組成物に組み込むための未培養糞便細菌の調製に使用するための糞便を提供する前に、プレバイオティクスを摂取できる。ある態様では、プレバイオティクスのドナーへの投与は、ドナーの糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量を増加させる。ある態様では、ドナーから糞便を採取する前にドナーに投与されるプレバイオティクスは、たとえばアミノ酸（たとえば、バリン、ロイシン、イソロイシンなど）、乳酸、硝酸アンモニウム、アミロース、オオムギマルチ、ビオチン、炭酸塩、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ：ｆｒｕｃｔｏｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ）、フルクトース、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、ホモ多糖、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴ糖（たとえば、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ：ｇａｌａｃｔｏｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）、トランス－ガラクトオリゴ糖、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ：ｘｙｌｏｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ）、マンノオリゴ糖、またはキトオリゴ糖などを含む）、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、カリ、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、発酵性多糖、食物繊維、難消化性デンプン、オオムギ、白インゲンマメ粉末、またはそれらの組み合わせなどを含む。
ある態様では、慎重にスクリーニングされたドナーは、完全な病歴および身体検査を受ける。ドナーが感染因子のリスクを有するとき、そのドナーは除外される。追加の除外基準は以下を含む。
１．Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、またはＨＩＶによる既知のウイルス感染。
２．任意の時点でのＨＩＶまたはウイルス性肝炎への既知の曝露。
３．薬物または金銭のための性行為、男性と性行為を有する男性、過去１２ヵ月以内の２人以上の性的パートナー、静脈内薬物または鼻腔内コカインの任意の過去の使用、去勢歴を含む高リスク行動。
４．１２ヵ月以内の刺青または身体穿孔。
５．旅行者の下痢のリスクが米国よりも高い世界の地域への旅行。
６．現在の伝染性疾患、たとえば上気道ウイルス感染症など。
７．過敏性腸症候群の病歴。特定の症状としては、頻繁な腹部痙攣、過剰なガス、鼓脹、腹部膨満、便意切迫、下痢、便秘が挙げられ得る。
８．クローン病、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎などの炎症性腸疾患の病歴。
９．慢性下痢。
１０．慢性便秘または緩下剤の使用。
１１．胃腸悪性腫瘍または既知の結腸ポリポーシスの病歴。
１２．たとえば胃バイパス、腸切除、虫垂切除、胆嚢摘出術などの任意の腹部手術の病歴。
１３．消化を調節する目的のために潜在的ドナーによって使用されるプロバイオティクスまたは任意の他の市販の補助剤の使用。ヨーグルトおよびケフィア製品は、栄養補給剤ではなく単に食品として摂取されるときは許容される。
１４．過去６ヵ月以内の任意の適応症に対する抗生物質。
１５．任意の処方された免疫抑制薬または抗新生物薬。
１６．確立または出現したメタボリックシンドローム。ここで定義に使用される基準は、いかなる確立された基準よりも厳しい。これらの基準には、血圧上昇の病歴、糖尿病またはグルコース不耐性の病歴が含まれる。
１７．既知の全身性自己免疫、たとえば結合組織疾患、多発性硬化症など。
１８．喘息または湿疹を含む既知のアトピー性疾患。
１９．線維筋痛症、慢性疲労症候群を含む慢性疼痛症候群。
２０．吸入器または局所クリームおよび軟膏を含む、任意の処方された薬物を（断続的であっても）使用中であること。
２１．自閉症、パーキンソン病を含む神経障害、神経発達障害、および神経変性障害。
２２．一般。肥満度指数＞２６ｋｇ／ｍ２、中心性肥満は廃棄物（ｗａｓｔｅ）：臀部比率＞０．８５（男性）および＞０．８０（女性）により定義される。
２３．血圧＞１３５ｍｍＨｇ収縮期および＞８５ｍｍＨｇ拡張期。
２４．皮膚 - 発疹、１年以内に施された入れ墨もしくは身体穿孔、または黄疸の存在。
２５．肥大したリンパ節。
２６．聴診時の喘鳴。
２７．肝腫大または肝臓疾患の徴候。
２８．関節の腫脹または圧痛。筋力低下。
２９．神経学的検査の異常。
３０．ＰＣＲ検査による糞便クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂ陽性。
３１．サルモネラ、シゲラ、エルシニア、カンピロバクター、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）０１５７：Ｈ７を含む通常の病原体のいずれかについての陽性糞便培養物。
３２．卵および寄生虫検査の異常。
３３．ジアルジア、クリプトスポリジウム、またはヘリコバクター・ピロリ抗原陽性。
３４．ＨＩＶ１および２、ウイルス性肝炎Ａ ＩｇＭ、肝炎表面抗原およびコアＡｂを含む任意のウイルス性疾患についてのスクリーニング陽性。
３５．異常ＲＰＲ（梅毒のスクリーニング）。
３６．アルカリホスファターゼ、アスパラギン酸アミノトランスアミナーゼ、アラニンアミノトランスフェラーゼを含む肝機能検査の任意の異常。
３７．血清中トリグリセリドの上昇＞１５０ｍｇ／Ｄｌ。
３８．ＨＤＬコレステロール＜４０ｍｇ／ｄＬ（男性）および＜５０ｍｇ／ｄＬ（女性）。
３９．高感受性ＣＲＰ＞２．４ｍｇ／Ｌ。
４０．空腹時血漿グルコースの上昇（＞１００ｍｇ／ｄＬ）。
一態様では、本明細書において、糞便サンプルを採取および処理して、未培養糞便細菌の調製物を生じさせるためのプロセスが提供される。このプロセスは、最初に１人以上の健常な（たとえば、スクリーニングされた）ドナーから糞便サンプルを採取することを含み得る。一態様では、新鮮な糞便は、好適な無酸素（または実質的に無酸素）の適切な容器を提供できるか、またはそれを含む糞便採取デバイスを介して輸送される。一態様では、たとえば、内蔵されるかまたはクリップ留めされた、たとえば米国特許第７，５４１，０９１号に記載される酸素除去ペレットなどの酸素除去機構を容器に組み込むことなどによって容器を無酸素にできる。別の態様では、容器自体が、たとえばＯ２ＢＬＯＣＫＴＭに記載されるものまたは同等物などの酸素除去鉄などの酸素除去材料でできており、この酸素除去材料は、酸素除去鉄の性能増強担体として精製および修飾された層状粘土を使用し、活性鉄はポリマー中に直接分散される。一態様では、酸素除去ポリマーは、容器自体を作製するか、もしくは容器をコーティングするために使用されるか、または添加されるペレットとして使用される。これはたとえば、米国特許出願公開第２０１１００４５２２２号に記載されるとおりであり、これは、酸素除去活性を示す、１つ以上の不飽和オレフィンホモポリマーまたはコポリマー；１つ以上のポリアミドホモポリマーまたはコポリマー；１つ以上のポリエチレンテレフタレートホモポリマーまたはコポリマーを有するポリマー混合物を記載している。一態様では、酸素除去ポリマーは、容器自体を作製するか、もしくは容器をコーティングするために使用されるか、または添加されるペレットとして使用される。これはたとえば、米国特許出願公開第２０１１０００８５５４号に記載されるとおりであり、これは、ポリエステル、コポリエステルエーテル、および酸化触媒を含む組成物を記載しており、ここでコポリエステルエーテルは、ポリ（テトラメチレン－コ－アルキレンエーテル）を含むポリエーテルセグメントを含む。一態様では、酸素除去ポリマーは、容器自体を作製するか、もしくは容器をコーティングするために使用されるか、または添加されるペレットとして使用される。これはたとえば、米国特許出願公開第２０１０００２５５２３１号に記載されるとおりであり、これは、ポリマーマトリックス中に分散した鉄／塩粒子、および酸素除去微粒子を有する酸素除去フィルムを記載している。
代替的には、酸素除去機構に加えて、またはその代わりに、容器内の空気を窒素および／またはその他の単数または複数の不活性非反応性ガスで（完全または実質的に）置換することができる。一態様では、容器は部分的に、実質的に、または完全に嫌気性環境を模倣する（作り出す）。
一態様では、糞便（たとえば、糞便サンプルなど）は、漏出も臭いもせずに嫌気性環境を維持する審美的に許容される容器内に保持される。一態様では、容器は、糞便フローラを受け取る前は無菌である。
一態様では、本明細書で提供される糞便サンプルは、その輸送および／またはたとえば「糞便バンク」などでの貯蔵の大部分またはすべての間、室温で維持される。たとえば、一旦「処理糞便バンク」に配送されると、糞便サンプルはたとえば室温などの周囲温度で貯蔵される。一態様では、採取および／または貯蔵される材料に、たとえばグリセロールなどの安定化剤が添加される。
一態様では、糞便は、上記のとおりさまざまな病原体について検査される。一態様では、感染性物質の疑いがなくなってから、糞便サンプルをホモジナイズし、濾過して大きな粒子物質を除去する。一態様では、糞便は、たとえば５ｃｃ～３リットルまたはそれ以上などであり得る所望の体積に細分される。たとえば一態様では、容器は５０グラム（ｇ）の糞便を含み、これは、たとえば金属化ポリエチレンテレフタレートポリエステルフィルムまたは金属化ＭＹＬＡＲＴＭなどの適切な耐酸素性プラスチック中に保持され得る。
一態様では、糞便は、たとえば混合、かき混ぜ、撹拌、または振とうなどによってホモジナイズされる。特定の態様では、糞便サンプルは、ホモジナイゼーション前にホモジナイゼーション緩衝液で希釈される。ホモジナイゼーション緩衝液は、たとえば凍結保護物質（たとえばトレハロースなど）、抗酸化剤または還元剤（たとえばシステインなど）、および緩衝液（たとえば、ｐＨ７．４の０．２５×ＰＢＳなど）などを含有し得る。
一態様では、糞便微生物叢から非細菌成分を分離するために、糞便をホモジナイズし、粗い粒子状物質を濾過することができる。一態様では、次いで微細繊維／非生物物質を細菌から分離する。たとえば、フィルタサイズをたとえば典型的な細菌のサイズまで徐々に減少させることを伴う反復濾過などを含むいくつかの方法を使用できる。
一態様では、異なるフィルタを使用して細菌種が単離されるか、またはウィリアムス（Ｗｉｌｌｉａｍｓ）の国際公開第２０１１／０３３３１０（Ａ１）号で用いられるガーゼによる粗濾過技術を用いる技術が使用される。
一態様では、糞便全体を濾過するための濾過手順は、ほぼ１００％細菌の最高濃度に達するように適切に使用される。一態様では、濾過手順は、最初の清澄化のためにガラス繊維デプスフィルタを適切に使用する２段階手順である。一態様では、糞便は陽圧下で濾過される。一態様では、この濾過は、３０ミクロンのＰＶＤＦフィルタとの組み合わせまたはサンドイッチ構成を使用することになる。一態様では、このサンドイッチ手順は、陽圧下で生成物を濾過することとなる。その後、一態様では、膜濃縮を別のステップとして使用して、濾液の体積を減少させることができる。一態様では、膜濃縮は、窒素カバー下での凍結乾燥または噴霧乾燥の前に行われ得る。
濾過のために使用され得る代替の膜としては、ナイロンフィルタ、硝酸セルロースフィルタ、ポリエーテルスルホン（ＰＥＳ：ｐｏｌｙｅｔｈｅｒｓｕｌｆｏｎｅ）フィルタ、ポリテトラフルオロエチレン（ＰＴＦＥ：ｐｏｌｙｔｅｔｒａｆｌｕｏｒｅｔｈｙｌｅｎｅ）フィルタ、ＴＥＦＬＯＮ（登録商標）フィルタ、混合セルロースエステルフィルタ、ポリカーボネートフィルタ、ポリプロピレンフィルタ、ポリ塩化ビニル（ＰＶＣ：Ｐｏｌｙｖｉｎｙｌｃｈｌｏｒｉｄｅ）フィルタ、または石英フィルタが挙げられるが、これらに限定されない。これらの膜のさまざまな組み合わせを使用して、固体および液体が除去された高純度の細菌を達成できる。
別の態様では、医薬組成物は、１つ以上の細菌単離物（たとえば、プロバイオティクスなど）が補充、添加、強化、または増強された未培養糞便細菌の調製物を含む細菌混合物を含む。たとえば、細菌混合物は、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含む１つ以上の細菌単離物を添加した未培養糞便細菌の調製物を含み得る。健常ドナーの糞便サンプル（たとえば、糞便微生物叢など）に由来する未培養糞便細菌の調製物に、１つ以上の非病原性細菌単離物（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含むもの）を強化または添加することによって、単数または複数の特定の細菌株（すなわち、添加された細菌単離物）の量を考慮して正確に制御することができる細菌混合物を生成できる。理論に束縛されることは望まないが、このことはたとえば、未培養糞便細菌の調製物と混合される細菌単離物が、対象の障害（たとえば、対象の腸へのＳＣＦＡの送達によって処置され得る障害）の処置にとって重要であるか、またはそれに関与するが、それ自体が対象において完全または最適な治療応答を生じさせるには不十分である場合に有利である。プロバイオティクスとは異なり、未培養糞便細菌（すなわち、健常ドナーに由来するもの）の調製物と一緒に１つ以上の細菌単離物を対象に投与することは、未培養調製物中に存在する追加の糞便細菌株によって付与される多因子性の利益と組み合わされた投与細菌単離物の利点を対象に提供する。これらの追加の糞便細菌株は、たとえば、細菌単離物が対象において最適な応答を誘導することを可能にするために必要な（たとえば、１つ以上の放出された因子を介した）状況または相互作用を提供するために組み合わされてもよいし、対象を処置するために細菌単離物によって誘導される応答と組み合わされ、かつ／または相乗作用する応答を対象において直接誘導してもよい。したがって、特定の態様では、１つ以上の細菌単離物および未培養糞便細菌の調製物の混合物を含む医薬組成物は、細菌単離物または未培養糞便細菌の調製物のいずれかを単独で含む組成物よりも、対象の障害（たとえば、対象の腸へのＳＣＦＡの送達によって処置され得る障害）の処置により有効であり得る。
医薬組成物、製剤、および投与
さまざまな製剤中に未培養糞便細菌の調製物を含む細菌混合物を含む医薬組成物が本明細書に記載される。本明細書に記載される任意の医薬組成物（および／または追加の治療剤）は、錠剤、丸剤、ペレット、カプセル、液体を含有するカプセル、多粒子を含有するカプセル、粉末、溶液、エマルション（ｅｍｕｌｓｉｏｎ）、滴剤、坐剤、エマルション（ｅｍｕｌｓｉｏｎｓ）、エアロゾル、スプレー、懸濁物、遅延放出製剤、持続放出製剤、制御放出製剤の形態、または使用に適した任意のその他の形態をとり得る。
本明細書に記載される医薬組成物を含む製剤は、単位剤形で簡便に提供され得る。たとえば、治療剤を、１つ以上の補助成分を構成する担体と会合させるステップを含む方法によって、剤形を調製できる。たとえば、製剤は、液体担体か、細かく分割された固体担体か、またはその両方と治療剤とを均一かつ密接に会合させ、次いで、必要であれば生成物を所望の製剤の剤形に成形する（たとえば、湿式または乾式造粒、粉末混合などの後にプレス打錠する）ことによって調製される。
別の態様では、医薬組成物は、薬学的に許容される担体を含み得る。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」とは、非毒性の溶媒、分散剤、賦形剤、アジュバント、またはたとえば患者への投与が可能な剤形などの医薬組成物の形成を可能にするために生存細菌と混合されるその他の材料を示す。薬学的に許容される担体は、液体（たとえば、生理食塩水など）、ゲル、または固体形態の希釈剤、アジュバント、賦形剤、または耐酸性封入成分であり得る。好適な希釈剤および賦形剤としては、医薬品等級の生理食塩水、デキストロース、グリセロール、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、および炭酸マグネシウムなど、ならびにそれらの組み合わせが挙げられる。別の態様では、医薬組成物は、たとえば湿潤または乳化剤、安定化またはｐＨ緩衝剤などの補助物質を含有し得る。ある態様では、医薬組成物は、約１％～５％、５％～１０％、１０％～１５％、１５～２０％、２０％～２５％、２５～３０％、３０～３５％、４０～４５％、５０％～５５％、１％～９５％、２％～９５％、５％～９５％、１０％～９５％、１５％～９５％、２０％～９５％、２５％～９５％、３０％～９５％、３５％～９５％、４０％～９５％、４５％～９５％、５０％～９５％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、７０％～９５％、４５％～９５％、８０％～９５％、または８５％～９５％の活性成分を含有する。ある態様では、医薬組成物は、約２％～７０％、５％～６０％、１０％～５０％、１５％～４０％、２０％～３０％、２５％～６０％、３０％～６０％、または３５％～６０％の活性成分を含有する。
ある態様では、医薬組成物は、錠剤、ドレンチ、ボーラス、カプセル、またはプレミックスを含むか、またはそれに組み込まれ得る。これらの活性成分をこうした剤形に製剤化することは、医薬製剤分野で周知の方法によって達成できる。たとえば、米国特許第４，３９４，３７７号などを参照。ゼラチンカプセルに任意の所望の形態の活性成分を充填することにより、カプセルが容易に生成される。所望であれば、これらの材料は、カプセルに充填するのに便利なように体積を増加させるために、たとえば糖、デンプン、粉乳、または精製結晶セルロースなどの不活性粉末希釈剤で希釈され得る。
ある態様では、たとえば錠剤などの固体組成物を調製するために、活性成分を、たとえばコーンスターチ、ラクトース、スクロース、ソルビトール、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウム、リン酸二カルシウム、もしくはガムなどの従来の錠剤化成分か、またはたとえば水などのその他の薬学的希釈剤などの薬学的担体と混合して、本明細書に記載される組成物の均質な混合物を含有する固体予備製剤組成物を形成する。これらの予備製剤組成物を均質と称するときは、活性成分が組成物全体に均一に分散されており、よって組成物をたとえば錠剤、丸剤、およびカプセルなどの同等に有効な単位剤形に容易に細分できることを意味する。次いで、この固体予備製剤組成物は、所望の量の活性成分（たとえば、少なくとも約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、または１０１３ＣＦＵ）を含有する上述のタイプの単位剤形に細分される。本明細書に記載の医薬組成物は、香味付けすることができる。
ある態様では、本明細書に記載される細菌混合物（および任意選択で１つ以上の追加の治療剤）を含む医薬組成物は、本明細書に記載される投与様式に適合した組成物として製剤化される。
さまざまな態様では、医薬組成物の投与は、経口、静脈内、腹腔内、および非経口のうちのいずれか１つである。たとえば、投与経路としては、経口、腹腔内、静脈内、筋肉内、または直腸内が挙げられるが、これらに限定されない。さまざまな態様では、医薬組成物の投与は、経口、経鼻胃、順行性の胃腸、逆行性の胃腸、内視鏡、または浣腸（ｅｎｅｍｉｃ）である。
ある態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、経口投与に適合した組成物として製剤化され得る。経口送達のための組成物は、たとえば錠剤、ロゼンジ剤、水性もしくは油性懸濁物、顆粒、粉末、スプリンクル、エマルション、カプセル、シロップ、またはエリキシルなどの形態であり得る。経口投与される組成物は、薬学的に口当たりのよい調製物を提供するために、たとえばフルクトース、アスパルテーム、またはサッカリンなどの甘味剤；たとえばペパーミント、冬緑油、またはサクランボなどの香味剤；着色剤；および保存剤などの１つ以上の薬剤を含み得る。さらに、錠剤または丸剤の形態である場合、組成物をコーティングして崩壊を遅延させ、長期間にわたって細菌混合物の持続送達を提供できる。浸透圧的に活性の薬剤を選択的透過性膜が取り囲むことも、経口投与組成物に適している。これらの後者のプラットフォームでは、カプセルを取り囲む環境からの流体が駆動化合物によって吸収され、この駆動化合物が膨潤して薬剤または薬剤組成物を開口部を通じて移動させる。これらの送達プラットフォームは、即時放出製剤の添加プロファイルとは対照的に、本質的に０次の送達プロファイルを提供し得る。たとえばモノステアリン酸グリセロールまたはステアリン酸グリセロールなどの時間遅延材料も有用であり得る。経口組成物は、たとえばマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、エタクリル酸およびその誘導体ポリマー、ならびに炭酸マグネシウムなどの標準的な賦形剤を含み得る。ある態様では、賦形剤は医薬品等級のものである。懸濁物は、活性化合物に加えて、たとえばエトキシ化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトールおよびソルビタンエステル、微結晶性セルロース、メタ水酸化アルミニウム、ベントナイト、寒天、トラガカントなど、ならびにそれらの混合物などの懸濁剤を含有し得る。
さまざまな態様では、医薬組成物は、たとえば錠剤、分散性粉末、顆粒、またはカプセルなどの固体剤形として製剤化される。ある態様では、医薬組成物はカプセルとして製剤化される。別の態様では、医薬組成物は錠剤として製剤化される。さらに別の態様では、医薬組成物は軟質ゲルカプセルとして製剤化される。さらなる態様では、医薬組成物はゼラチンカプセルとして製剤化される。
ある態様では、医薬組成物は、適切な希釈剤で再構成することができる浣腸組成物；腸溶性カプセル；腸溶性マイクロカプセル；耐酸性錠剤；耐酸性カプセル；耐酸性マイクロカプセル；鼻－腸注入もしくは結腸鏡注入のための適切な希釈剤で再構成するための粉末；経口摂取のための適切な希釈剤、香味剤、および胃酸抑制剤で再構成するための粉末；食品もしくは飲料で再構成するための粉末；または組成物、粉末、ゼリー、もしくは液体の腸溶性および／もしくは耐酸性マイクロカプセルを含む食品もしくは食品サプリメントの形態である。
さまざまな態様では、製剤は、薬学的に許容される担体または賦形剤を追加で含み得る。当業者が認識することとなるとおり、製剤は、所望の使用および投与経路に適切な任意の好適な形態であり得る。
いくつかの剤形において、本明細書に記載される医薬組成物は、少なくとも１つの不活性な薬学的に許容される賦形剤もしくは担体と混合され、賦形剤はたとえば、クエン酸ナトリウム、リン酸二カルシウムなど、ならびに／またはａ）たとえばデンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ケイ酸、微結晶性セルロース、およびベーカーズ・スペシャル・シュガー（Ｂａｋｅｒｓ Ｓｐｅｃｉａｌ Ｓｕｇａｒ）などの充填剤もしくは増量剤、ｂ）たとえばカルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース、アカシア、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース（ＨＰＣ：ｈｙｄｒｏｘｙｐｒｏｐｙｌ ｃｅｌｌｕｌｏｓｅ）、およびヒドロキシメチルセルロースなどの結合剤、ｃ）たとえばグリセロールなどの保湿剤、ｄ）たとえば寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモもしくはタピオカデンプン、アルギン酸、特定のケイ酸塩、炭酸ナトリウム、たとえばクロスポビドン（架橋ポリビニルピロリドン）、クロスカルメロースナトリウム（架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム）、デンプングリコール酸ナトリウムなどの架橋ポリマーなどの崩壊剤、ｅ）たとえばパラフィンなどの溶解遅延剤、ｆ）たとえば第４級アンモニウム化合物などの吸収促進剤、ｇ）たとえばセチルアルコールおよびグリセロールモノステアレートなどの湿潤剤、ｈ）たとえばカオリンおよびベントナイト粘土などの吸収剤、ならびにｉ）たとえばタルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、ベヘン酸グリセリルなどの潤滑剤、ならびにこうした賦形剤の混合物などである。当業者は、特定の賦形剤が、経口剤形において２つ以上の機能を有し得ることを認識するだろう。たとえばカプセルまたは錠剤などの経口剤形の場合、剤形は緩衝剤も含み得る。
ある態様では、細菌混合物を含む医薬組成物は、１つ以上の薬学的に許容される凍結保護物質、凍結乾燥保護物質、結合剤、崩壊剤、賦形剤、充填剤、および／または保存剤、酸抑制剤、制酸剤、Ｈ２アンタゴニスト、およびプロトンポンプ阻害剤、またはそれらの組み合わせと組み合わされる。
ある態様では、細菌混合物を含む医薬組成物は、たとえば胃における細菌の不活性化を弱めるための制酸剤（たとえば、ミランタ（Ｍｙｌａｎｔａ）、ムカイン（Ｍｕｃａｉｎｅ）、ガストロゲル（Ｇａｓｔｒｏｇｅｌ）など）などの他のアジュバントと組み合わされる。別の態様では、胃における酸分泌は、Ｈ２－アンタゴニストまたはプロトンポンプ阻害剤を使用して薬理学的にも抑制され得る。Ｈ２－アンタゴニストの例はラニチジンである。プロトンポンプ阻害剤の例は、オメプラゾールである。一態様では、酸抑制剤は、医薬組成物を投与する前に投与されるか、または医薬組成物と同時投与される。
一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、酸抑制剤、制酸剤、Ｈ２アンタゴニスト、プロトンポンプ阻害剤、またはそれらの組み合わせをさらに含む。一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、無生物を実質的に含まない。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、残留繊維、ＤＮＡ、ウイルス外被物質、および非生存可能物質からなる群から選択される無細胞物質を実質的に含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、酸抑制剤、制酸剤、Ｈ２アンタゴニスト、プロトンポンプ阻害剤、またはそれらの組み合わせを含まない。さらに別の態様では、投与される医薬組成物は酸抑制剤を含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は制酸剤を含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、Ｈ２アンタゴニストを含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、プロトンポンプ阻害剤を含まない。別の態様では、投与される医薬組成物は、メトクロプラミドを含まない。
ある態様では、細菌混合物は、たとえばそれが凍結乾燥細菌細胞／胞子を含むか、または乾燥結合剤、充填剤、および分散剤を含むときは、乾燥している。代替的に、細菌混合物は、たとえばそれが非乾燥結合剤、充填剤、および分散剤を含むときは、水性であり得る。
ある態様では、本明細書に記載の細菌混合物を凍結乾燥に供することができる。本明細書で使用される場合、「凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚａｔｉｏｎ）」または「フリーズドライ（ｆｒｅｅｚｅ ｄｒｙｉｎｇ）」は、最初に材料を凍結させ、次いで真空環境中でその中の氷の昇華を促進することによって材料を乾燥させるプロセスを示す。
一態様では、細菌混合物は、還元剤および／または抗酸化剤をさらに含む凍結乾燥製剤を含む。特定の態様では、還元剤は、Ｄ－システインおよびＬ－システインからなる群から選択されるシステインを含む。別の態様では、システインは少なくとも約０．０２５％の濃度である。一態様では、システインは約０．０２５％の濃度である。別の態様では、システインは、０．０２５％の濃度である。別の態様では、システイン以外の別の還元剤が、システインの代わりに、またはシステインと組み合わせて使用される。ある態様では、別の還元剤は、アスコルビン酸、アスコルビン酸ナトリウム、チオグリコール酸、亜硫酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、二亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸カリウム、グルタチオン、メチオニン、チオグリセロール、およびアルファトコフェロールを含む群から選択される。
一態様では、システインは、少なくとも約０．００５％、少なくとも約０．０１％、少なくとも約０．０１５％、少なくとも約０．０２％、少なくとも約０．０２５％、少なくとも約０．０３％、少なくとも約０．０３５％、少なくとも約０．０４％、少なくとも約０．０４５％、少なくとも約０．０５％、少なくとも約０．０５５％、少なくとも約０．０６％、少なくとも約０．０６５％、少なくとも約０．０７％、少なくとも約０．０７５％、少なくとも約０．０８％、少なくとも約０．０８５％、少なくとも約０．０９％、少なくとも約０．０９５％、少なくとも約０．１％、少なくとも約０．１２％、少なくとも約０．１４％、少なくとも約０．１６％、少なくとも約０．１８％、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．２５％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約４％、少なくとも約６％、少なくとも約８％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２％、少なくとも約１４％、少なくとも約１６％、少なくとも約１８％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２％、少なくとも約２４％、または少なくとも約２６％の濃度である。
一態様では、細菌混合物は、凍結保護物質または凍結保護物質の混合物を含む。本明細書で使用される場合、「凍結保護物質」は、凍結中に活性成分を保護するために製剤に添加される物質を示す。たとえば、凍結保護物質は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ：ｄｉｍｅｔｈｙｌ ｓｕｌｆｏｘｉｄｅ）もしくは等価物、グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ：ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌ）もしくは等価物、またはアミノ酸（たとえば、アラニン、グリシン、プロリンなど）を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなり得る。本開示のある態様では、凍結保護物質は、５％スクロース；１０％スクロース；１０％スキムミルク；１０％トレハロースおよび２．５％スクロース；５％トレハロースおよび２．５％スクロース；５％マンニトール；５％マンニトールおよび０．１％ポリソルベート８０；１０％マンニトール；１０％マンニトールおよび０．１％ポリソルベート８０；５％トレハロース；５％トレハロースおよび０．１％ポリソルベート８０；１０％トレハロース；ならびに１０％トレハロースおよび０．１％ポリソルベート８０を含む群から選択され得る。
ある態様では、細菌混合物は凍結乾燥保護物質を含む。本明細書で使用される場合、「凍結乾燥保護物質」は、凍結乾燥中に活性成分を保護するために製剤に添加される物質を示す。一態様では、同じ物質または同じ物質の組み合わせが、凍結保護物質および凍結乾燥保護物質の両方として使用される。例示的な凍結乾燥保護物質としては、たとえばスクロースまたはトレハロースなどの糖；たとえばグルタミン酸一ナトリウムまたはヒスチジンなどのアミノ酸；たとえばベタインなどのメチルアミン；たとえば硫酸マグネシウムなどのリオトロピック塩；たとえば三価以上の糖アルコール、たとえばグリセリン、エリスリトール、グリセロール、アラビトール、キシリトール、ソルビトール、およびマンニトールなどのポリオール；プロピレングリコール；ポリエチレングリコール；プルロニック（登録商標）；ならびにそれらの組み合わせが挙げられる。ある態様では、凍結乾燥保護物質は、たとえばトレハロースまたはスクロースなどの非還元糖である。ある態様では、凍結保護物質または凍結乾燥保護物質は、この段落および上記の段落で言及される１つ以上の物質から本質的になるか、またはそれからなる。
ある態様では、凍結保護物質または凍結乾燥保護物質は、細胞の内側に浸透して膜破裂をもたらし得る氷晶の形成を防止する、たとえばＤＭＳＯ、グリセロール、またはＰＥＧなどの細胞内薬剤を含む。ある態様では、凍結保護物質または凍結乾燥保護物質は、細胞膜の中には浸透しないが、凍結中に生じる浸透圧不均衡を改善するように作用する、たとえばスクロース、トレハロース、またはデキストロースなどの細胞外薬剤を含む。
一態様では、本開示は、少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物調製物を含む医薬組成物を提供する。
ある態様では、凍結乾燥製剤はトレハロースを含む。ある態様では、凍結乾燥製剤は、２％～３０％、３％～２５％、４％～２０％、５％～１５％、６％～１０％、２％～３０％、２％～２５％、２％～２０％、２％～１５％、または２％～１０％のトレハロースを含む。ある態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、または１５％のトレハロースを含む。ある態様では、凍結乾燥製剤は、最大で２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、または１５％のトレハロースを含む。別の態様では、凍結乾燥製剤は、約５％のトレハロースを含む。別の態様では、凍結乾燥製剤はトレハロースおよびスクロースを含む。別の態様では、凍結乾燥製剤は、約８％～１２％のトレハロースを、約１．５％～３．５％のスクロースおよび約０．５％～１．５％のＮａＣｌと共に含む。
一態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも約５％、少なくとも約７．５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２．５％、少なくとも約１３％、少なくとも約１３．５％、少なくとも約１４％、少なくとも約１４．５％、少なくとも約１５％、少なくとも約１５．５％、少なくとも約１６％、少なくとも約１６．５％、少なくとも約１７％、少なくとも約１７．５％、少なくとも約１８％、少なくとも約１８．５％、少なくとも約１９％、少なくとも約１９．５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、または少なくとも約６０％のトレハロースを含む。
ある態様では、本明細書で提供される医薬組成物は、周囲温度以下での少なくとも１２週間の貯蔵後に、１つ以上のＳＣＦＡを患者の腸に送達することによって患者における障害を処置または予防するために有効である。ある態様では、医薬組成物は、周囲温度以下で少なくとも４、８、１０、１６、２０、２４、３０、４０、５０、６０、７０、８０、または１００週間貯蔵した後も有効なままである。
ある態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、凍結乾燥またはフリーズドライされて、周囲温度（たとえば、室温など）か、凍結温度か、または約２℃～８℃で貯蔵され得る。ある態様では、凍結乾燥は、大部分の細胞を生存可能のままにでき、穏やかに粉砕して粉末にすることができる粉末形態の生成物を生成する。次いで、その粉末または凍結乾燥もしくはフリーズドライ組成物を、摂取のために、たとえば錠剤、ゲルタブ、丸剤、もしくはたとえば腸溶性カプセルなどのカプセルなどの担体に封入するか、または油充填カプセルに入れ得る。代替的には、フリーズドライまたは凍結乾燥された生成物または粉末は、個体への送達前に、たとえば流体、たとえば滅菌流体など、たとえば生理食塩水、緩衝液など、またはたとえば流体－グルコース－セロビオース寒天（ＲＧＣＡ：ｆｌｕｉｄ－ｇｌｕｃｏｓｅ－ｃｅｌｌｏｂｉｏｓｅ ａｇａｒ）培地などの培地などにおいて、周囲温度で再構成され得る。
凍結乾燥のために、ある態様では、細菌は、解凍時の細胞の破裂を防止する液体中に保持される。この液体は、さまざまな安定剤、たとえばグリセロールおよび適切な緩衝液、ならびに／またはエチレングリコールなどを含み得る。ある態様では、凍結保護プロセスは、使用される安定剤に応じて、約１０％～８０％、２０％～７０％、３０％～６０％、または４０％～５０％の安定剤の最終濃度を使用し、ある態様では、これは、別様にはタンパク質構造を破壊するであろう氷晶の形成を防止することによってタンパク質を安定化することを助ける。
ある態様では、生存細菌の破壊を低減するのを助ける安定剤としては、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、およびその他のポリオールが挙げられる。たとえばデキストランおよびポリエチレングリコールなどのポリマーも、細菌細胞を安定化するために使用できる。
ある態様では、医薬組成物を製造することは、以下のステップを含み得る。（１）分離したカプセル（すなわち、別個のカプセル本体およびカプセルキャップを含むもの）の外部を外部腸溶コーティングでコーティングするステップ、（２）カプセル本体に細菌混合物（たとえば、未培養糞便細菌の調製物を含むもの）を充填するステップ、および（３）カプセル本体上でカプセルキャップを閉じることによって、細菌混合物を腸溶性カプセル内に封入するステップ。
任意選択で、医薬組成物を製造することは、以下のステップを含み得る。（１）分離したカプセル（すなわち、別個のカプセル本体およびカプセルキャップを含むもの）の外部を外部腸溶コーティングでコーティングするステップ、（２）分離したカプセルの内部を内部コーティングでコーティングするステップ、（３）カプセル本体に細菌混合物（たとえば、未培養糞便細菌の調製物を含むもの）を充填するステップ、および（４）カプセル本体上でカプセルキャップを閉じることによって、細菌混合物を二重コーティングカプセル内に封入するステップ。
代替的に、医薬組成物を製造することは、以下のステップを含み得る。（１）分離したカプセル（すなわち、別個のカプセル本体およびカプセルキャップを含むもの）の内部を内部コーティングでコーティングするステップ、（２）分離したカプセルの外部を外部腸溶コーティングでコーティングするステップ、（３）カプセル本体に細菌混合物（たとえば、未培養糞便細菌の調製物を含むもの）を充填するステップ、および（４）カプセル本体上でカプセルキャップを閉じることによって、細菌混合物を二重コーティングカプセル内に封入するステップ。
ある態様では、１つ以上の追加の治療剤を医薬組成物に含め、カプセルに封入することができる。
ある態様では、ゼラチンカプセル（たとえば、サイズ＃００）の本体およびキャップが分離される。外部腸溶コーティング懸濁物は、１つ以上の腸溶コーティングポリマーを他の成分と共に溶液中に分散させることによって調製される。外部腸溶コーティング懸濁物は、たとえば流動床ウルスター（Ｗｕｒｓｔｅｒ）カラムコーター、流動床コーター（Ｆｌｕｉｄ Ｂｅｄ Ｃｏａｔｅｒ）、または等価物）などを使用して、分離されたカプセル本体およびキャップの外部に適用される。カプセルを製品ボウル内で流動化させ、外部腸溶コーティング懸濁物を噴霧して、約２ｍｇ／ｃｍ２～６ｍｇ／ｃｍ２、たとえば３ｍｇ／ｃｍ２の標的に対する外側コーティングを生成する。このステップの完了後、カプセルをたとえば約８時間～２４時間乾燥させる。乾燥後、例示的なカプセルを秤量して、外部腸溶コーティングによる重量増加を計算する。カプセルの凹凸を検査することができる。
ある態様では、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）Ｓ１００（ポリ（メタクリル酸、メチルメタクリレート））、デンプン、クエン酸トリエチル、およびＰｌａｓＡＣＲＹＬ（商標）Ｔ２０を、水、エタノール、およびｎ－ブタノールの溶液に溶解し、混合し、次いで好適な噴霧装置に投入する。次いで、この溶液をカプセル本体およびカプセルキャップの外表面上に目標重量増加まで噴霧コーティングする。カプセル本体およびカプセルキャップは、たとえば細菌混合物の充填などのさらなる処理の前に、約８時間～約２４時間またはそれ以上、たとえば１週間、１ヵ月、またはそれ以上乾燥させる。
ある態様では、カプセルの本体内に組成物を提供することに加えて、ある量の細菌混合物をカプセルのキャップに提供することが望ましいことがある。この態様では、より多くの組成物がカプセルに含まれることとなり、かつ／またはより少ない空気が閉じたカプセルに含まれることとなる。
ある態様では、カプセルの内部表面は内部コーティングを含む。
上記の組成物および材料（たとえば、細菌混合物、内部コーティング、カプセル、および外部コーティング）のいずれかを組み合わせて、本明細書に記載の医薬組成物とすることができる。当業者は、たとえば、組成物の細菌混合物に組み込まれた特定の細菌単離物、および／または細菌混合物（たとえば、未培養糞便細菌の調製物、細菌単離物、および／または追加の治療剤を含むもの）の成分の対象における所望の送達位置（たとえば、結腸内または回腸、空腸、もしくは十二指腸を含む小腸内）などに基づき得る、彼／彼女の現在の必要性に従って、内部コーティング、カプセル、および外部コーティングを選択する方法を知っているだろう。
付加的な関連する教示は、その全体が本明細書において引用により援用される国際公開第２００７１２２３７４号に開示されている。
ある態様では、医薬組成物の製造中に、薬学的に許容される凍結保護物質、凍結乾燥保護物質、結合剤、崩壊剤、充填剤、保存剤、酸抑制剤、制酸剤、Ｈ２アンタゴニスト、およびプロトンポンプ阻害剤、またはそれらの組み合わせを医薬組成物（たとえば、細菌混合物を含むもの）に混合して、所望の特性を促進できる。
ある態様では、医薬組成物は界面活性剤を含む。使用に適した界面活性剤としては、任意の薬学的に許容される非毒性界面活性剤が挙げられるが、これに限定されない。使用に適した界面活性剤のクラスとしては、ポリエトキシル化脂肪酸、ＰＥＧ－脂肪酸ジエステル、ＰＥＧ－脂肪酸モノおよびジエステル混合物、ポリエチレングリコールグリセロール脂肪酸エステル、アルコール－油エステル交換生成物、ポリグリセライズド脂肪酸、プロピレングリコール脂肪酸エステル、プロピレングリコールエステル－グリセロールエステルの混合物、モノおよびジグリセリド、ステロールおよびステロール誘導体、ポリエチレングリコールソルビタン脂肪酸エステル、ポリエチレングリコールアルキルエーテル、糖エステル、ポリエチレングリコールアルキルフェノール、ポリオキシエチレン－オリオキシプロピレンブロックコポリマー、ソルビタン脂肪酸エステル、低級アルコール脂肪酸エステル、イオン性界面活性剤、ならびにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様では、組成物は、ラウリル硫酸ナトリウム、ポリソルベート２０、ポリソルベート４０、ポリソルベート６０、ポリソルベート８０、およびクエン酸トリエチルを含むがこれらに限定されない１つ以上の界面活性剤を含み得る。
ある態様では、医薬組成物は、たとえば可撓性および硬度などの所望の機械的特性を得るために、薬学的に許容される可塑剤を含む。こうした可塑剤としては、トリアセチン、クエン酸エステル、クエン酸トリエチル、フタル酸エステル、セバシン酸ジブチル、セチルアルコール、ポリエチレングリコール、ポリソルベート、またはその他の可塑剤が挙げられるが、これらに限定されない。
別の態様では、医薬組成物は、１つ以上の適用溶媒を含む。たとえば遅延放出コーティング組成物などを適用するために使用され得るより一般的な溶媒のいくつかとしては、イソプロピルアルコール、アセトン、および塩化メチレンなどが挙げられる。
さらに別の態様では、医薬組成物は１つ以上のアルカリ性材料を含む。組成物での使用に適したアルカリ性材料としては、たとえばリン酸、炭酸、クエン酸などの酸のナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、およびアルミニウム塩、ならびにその他のアルミニウム／マグネシウム化合物などが挙げられるが、これらに限定されない。加えて、アルカリ性材料は、たとえば水酸化アルミニウム、水酸化カルシウム、水酸化マグネシウム、および酸化マグネシウムなどの制酸材料から選択できる。
不活性希釈剤に加えて、経口投与される組成物は、たとえば甘味剤、香味剤、および芳香剤などのアジュバントも含み得る。
さまざまな態様では、医薬組成物は、全身または局所送達のために製剤化される。ある態様では、投与は全身的である。別の態様では、処置を必要とする領域に局所的に投与することが望ましいことがある。
さまざまな方法を用いて、本明細書に記載の医薬組成物（たとえば、細菌混合物および／または追加の治療剤を含むもの）を製剤化し、かつ／または目的の場所に送達することができる。たとえば、医薬組成物は、ＧＩ管への送達のために製剤化され得る。ＧＩ管は、たとえば口、食道、胃、小腸、十二指腸、空腸、回腸、大腸、および直腸などの消化器系の器官を含み、そのすべての小区分を含む（たとえば、小腸は十二指腸、空腸、および回腸を含んでもよく、大腸は横行結腸、下行結腸、上行結腸、Ｓ状結腸、および盲腸を含んでもよい）。たとえば、組成物は、胃、小腸、大腸、および直腸、またはそれらの任意の小区分（たとえば、十二指腸、空腸、および回腸、横行結腸、下行結腸、上行結腸、Ｓ状結腸、および盲腸など）のうちの１つ以上への１つ以上の活性薬剤の送達のために製剤化され得る。いくつかの態様では、本明細書に記載される組成物は、上部または下部ＧＩ管への１つ以上の活性薬剤の送達のために製剤化され得る。ある態様では、組成物は、たとえば、ＧＩ管の粘膜組織を組成物と直接または間接的に接触させることなどによって、対象に投与することができる。
さまざまな態様では、医薬組成物の投与は、たとえば経口送達、経鼻胃管、腸管挿管（たとえば、空腸チューブまたは胃－空腸チューブなどの腸内チューブまたは栄養チューブなど）、直接注入（たとえば、十二指腸注入など）、内視鏡、結腸内視鏡、または浣腸などを介したＧＩ管への投与である。
一態様では、方法は、医薬組成物を経口的に、浣腸によって、または直腸坐剤を介して投与することを含む。一態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、腸溶性（および／または耐酸性）カプセルもしくはマイクロカプセルとして製剤化されるか、あるいは食品、食品添加剤、乳製品、大豆製品、もしくはその派生物、ゼリー、ゼラチンベースのチュアブル（たとえば、ガム状のもの）、香味液、氷塊、アイスクリーム、もしくはヨーグルトの一部として製剤化されるか、またはそれと一緒に投与される。別の態様では、本明細書において投与される医薬組成物は、耐酸性腸溶性カプセルとして製剤化される。医薬組成物は、食品または飲料と組み合わせて販売するための粉末として提供され得る。食品または飲料は、乳製品または大豆製品であり得る。別の態様では、食品または食品サプリメントは、医薬組成物を含有する腸溶性および／または耐酸性マイクロカプセルを含有する。
ある態様では、医薬組成物は液体培養物を含む。別の態様では、医薬組成物はホモジナイズされ、凍結乾燥され、粉砕され、粉末化される。次いでそれは、浣腸剤として、たとえば生理食塩水などに溶解されて注入され得る。代替的には、粉末は、経口投与用の腸溶性および／または耐酸性遅延放出カプセルとして封入され得る。ある態様では、粉末は、経口投与用の耐酸性／遅延放出カプセルで二重封入され得る。これらのカプセルは、腸溶性および／または耐酸性の遅延放出マイクロカプセルの形態をとることができる。粉末は、飲用に再構成するため、または食品添加剤として再構成するための口当たりのよい形態で提供され得る。さらなる態様では、食品はヨーグルトである。一態様では、粉末は、経鼻十二指腸注入によって注入されるように再構成され得る。
別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、液体、凍結、フリーズドライ、噴霧乾燥、発泡乾燥、凍結乾燥、または粉末の形態である。さらなる態様では、本明細書において投与される医薬組成物は、遅延または段階的腸放出形態として製剤化される。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、賦形剤、生理食塩水、緩衝液、緩衝剤、または流体－グルコース－セロビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地を含む。別の態様では、本明細書で投与される医薬組成物は、凍結保護物質を含む。一態様では、凍結保護物質は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、またはそれらの組み合わせを含む。
さまざまな態様では、細菌混合物を含む放出調節製剤（たとえば、未培養糞便細菌の調製物を含むもの）であって、その製剤が実質的な量の細菌混合物（および任意選択で追加の治療剤）をＧＩ管の１つ以上の領域に放出する、放出調節製剤が本明細書において提供される。たとえば、製剤は、細菌単離物の少なくとも約６０％を胃の後にＧＩ管の１つ以上の領域に放出できる。
さまざまな態様では、放出調節製剤は、細菌混合物（および任意選択で追加の治療剤）の少なくとも６０％を胃の後に腸の１つ以上の領域に放出できる。たとえば、放出調節製剤は、細菌混合物（および任意選択で追加の治療剤）の少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％を腸内に放出できる。
さまざまな態様では、放出調節製剤は、細菌混合物（および任意選択で追加の治療剤）の少なくとも６０％を小腸に放出できる。たとえば、放出調節製剤は、細菌混合物（および任意選択で追加の治療剤）の少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％を小腸（たとえば、十二指腸、空腸、回腸、および回盲接合部のうちの１つ以上）に放出できる。
さまざまな態様では、放出調節製剤は、細菌混合物（および任意選択で追加の治療剤）の少なくとも６０％を大腸に放出できる。たとえば、放出調節製剤は、細菌混合物（および／または追加の治療剤）の少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％を大腸（たとえば、盲腸、結腸の上行、横行、下行、またはＳ状部分、および直腸のうちの１つ以上）に放出できる。
いくつかの態様では、医薬組成物は、胃での放出のために製剤化される。他の態様では、医薬組成物は、胃内で細菌混合物を実質的に放出しないように製剤化される。
特定の態様では、放出調節製剤は、細菌混合物（および任意選択で追加の治療剤）を特定のｐＨで放出する。たとえば、いくつかの態様では、放出調節製剤は、酸性環境において実質的に安定であり、中性付近からアルカリ性環境において実質的に不安定である（たとえば、急速に溶解するか、または物理的に不安定である）。いくつかの態様では、安定性は実質的に放出されないことを示し、一方で不安定性は実質的に放出されることを示す。たとえば、いくつかの態様では、放出調節製剤は、約７．０以下、または約６．５以下、または約６．０以下、または約５．５以下、または約５．０以下、または約４．５以下、または約４．０以下、または約３．５以下、または約３．０以下、または約２．５以下、または約２．０以下、または約１．５以下、または約１．０以下のｐＨで実質的に安定である。いくつかの態様では、本製剤は、より低いｐＨ領域において安定であり、したがって、たとえば胃などにおいて実質的に放出されない。いくつかの態様では、放出調節製剤は、約１～約４以下のｐＨで実質的に安定であり、より高いｐＨ値で実質的に不安定である。これらの態様では、放出調節製剤は胃で実質的に放出されない。これらの態様では、放出調節製剤は、小腸（たとえば、十二指腸、空腸、および回腸のうちの１つ以上）および／または大腸（たとえば、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、およびＳ状結腸のうちの１つ以上）で実質的に放出される。いくつかの態様では、放出調節製剤は、約４～約５以下のｐＨで実質的に安定であり、結果的により高いｐＨ値で実質的に不安定であり、したがって胃および／または小腸（たとえば、十二指腸、空腸、および回腸のうちの１つ以上）で実質的に放出されない。これらの態様では、放出調節製剤は、大腸（たとえば、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、およびＳ状結腸のうちの１つ以上）で実質的に放出される。さまざまな態様では、本明細書に列挙されるｐＨ値は、たとえば絶食状態であるか食後状態であるかなどの対象の状態を考慮して、当技術分野で公知であるとおりに調整され得る。
いくつかの態様では、放出調節製剤は、胃液中で実質的に安定であり、腸液中で実質的に不安定であり、したがって小腸（たとえば、十二指腸、空腸、および回腸のうちの１つ以上）および／または大腸（たとえば、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、およびＳ状結腸のうちの１つ以上）において実質的に放出される。
いくつかの態様では、放出調節製剤は、胃液中で安定であるか、または酸性環境中で安定である。これらの放出調節製剤は、放出調節製剤中の医薬組成物（たとえば、細菌混合物を含むもの）の約３０重量％以下を、ｐＨ約４～約５以下の胃液、またはｐＨ約４～約５以下の模擬胃液中で、約１５分、または約３０分、または約４５分、または約６０分、または約９０分で放出する。放出調節製剤は、放出調節製剤中の組成物の約０重量％～約３０重量％、約０重量％～約２５重量％、約０重量％～約２０重量％、約０重量％～約１５重量％、約０重量％～約１０重量％、約５重量％～約３０重量％、約５重量％～約２５重量％、約５重量％～約２０重量％、約５重量％～約１５重量％、約５重量％～約１０重量％を、ｐＨ４～５以下の胃液またはｐＨ４～５以下の模擬胃液中で、約１５分、または約３０分、または約４５分、または約６０分、または約９０分で放出できる。放出調節製剤は、放出調節製剤中の全組成物の約１重量％、約２重量％、約３重量％、約４重量％、約５重量％、約６重量％、約７重量％、約８重量％、約９重量％または約１０重量％を、ｐＨ５以下の胃液またはｐＨ５以下の模擬胃液中で、約１５分、または約３０分、または約４５分、または約６０分、または約９０分で放出できる。
いくつかの態様では、放出調節製剤は腸液中で不安定である。これらの放出調節製剤は、放出調節製剤中の細菌混合物および／または追加の治療剤の約７０重量％以上を、腸液または模擬腸液中で、約１５分、または約３０分、または約４５分、または約６０分、または約９０分で放出する。いくつかの態様では、放出調節製剤は、中性付近からアルカリ性の環境で不安定である。これらの放出調節製剤は、放出調節製剤中の細菌混合物および／または追加の治療剤の約７０重量％以上を、ｐＨ約４～５以上の腸液、またはｐＨ約４～５以上の模擬腸液中で、約１５分、または約３０分、または約４５分、または約６０分、または約９０分で放出する。中性付近またはアルカリ性環境で不安定な放出調節製剤は、放出調節製剤中の医薬組成物（たとえば、微生物カクテルを含むもの）の７０重量％以上を、ｐＨ約５超の流体（たとえば、ｐＨが約５～約１４、約６～約１４、約７～約１４、約８～約１４、約９～約１４、約１０～約１４、または約１１～約１４の流体）中で、約５分～約９０分、または約１０分～約９０分、または約１５分～約９０分、または約２０分～約９０分、または約２５分～約９０分、または約３０分～約９０分、または約５分～約６０分、または約１０分～約６０分、または約１５分～約６０分、または約２０分～約６０分、または約２５分～約９０分、または約３０分～約６０分で放出できる。
模擬胃液および模擬腸液の例としては、２００５米国薬局方（Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ）２３ＮＦ／２８ＵＳＰの２８５８頁の検査溶液（Ｔｅｓｔ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ）に開示されているもの、ならびに／または当業者に公知のその他の模擬胃液および模擬腸液、たとえば、酵素なしで調製された模擬胃液および／もしくは腸液などが挙げられるが、これらに限定されない。
さまざまな態様では、放出調節製剤は、粥状液中で実質的に安定であり得る。たとえば、いくつかの態様では、投与から約１０、または９、または８、または７、または６、または５、または４、または３、または２、または１時間以内に、細菌混合物中の細菌の活性または生存率の約５０％、または約４０％、または約３０％、または約２０％、または約１０％未満の喪失がある。
さまざまな態様では、放出調節製剤は、即時放出（たとえば、摂取時）のために設計され得る。さまざまな態様では、放出調節製剤は、持続放出プロファイル、すなわち、長期間にわたる体内（たとえば、ＧＩ管）における活性成分の緩徐な放出を有し得る。さまざまな態様では、放出調節製剤は、遅延放出プロファイルを有することができ、すなわち、摂取時に活性成分を即時放出するのではなく、たとえば、小腸（たとえば、十二指腸、空腸、回腸のうちの１つ以上）または大腸（たとえば、盲腸、結腸の上行、横行、下行、またはＳ状部分、および直腸のうちの１つ以上）における放出のために、組成物がＧＩ管のより下側になるまで活性成分の放出を延期する。たとえば、組成物は、小腸または大腸に到達するまで活性成分の放出を遅延させるために腸溶性であり得る。
さまざまな態様では、放出調節製剤は、たとえば遅延放出コーティングなどの１つ以上の放出調節コーティングを利用して、任意選択の追加の治療剤と共に、細菌混合物のＧＩ管への有効な、遅延されるが実質的な送達を提供できる。
ある態様では、遅延放出コーティングは、酸性環境において実質的に安定であり、中性付近からアルカリ性環境において実質的に不安定である腸溶性薬剤を含む。ある態様では、遅延放出コーティングは、胃液中で実質的に安定である腸溶性薬剤を含有する。腸溶性薬剤は、たとえば、メタクリル酸コポリマー、セルロースアセテートフタレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、ポリビニルアセテートフタレート、カルボキシメチルエチルセルロース、およびＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）型ポリマー（ポリ（メタクリル酸、メチルメタクリレート）、ヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテートスクシネート、セルロースアセテートトリメリテート、セラック、またはその他の適切な腸溶コーティングポリマーの溶液または分散物などから選択できる。ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）型ポリマーとしては、たとえば、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＦＳ ３０Ｄ、Ｌ３０ Ｄ－５５、Ｌ１００－５５、Ｌ１００、Ｌ１２，５、Ｌ１２，５ Ｐ、ＲＬ ３０Ｄ、ＲＬ ＰＯ、ＲＬ １００、ＲＬ １２，５、ＲＳ ３０Ｄ、ＲＳ ＰＯ、ＲＳ １００、ＲＳ １２，５、ＮＥ ３０Ｄ、ＮＥ ４０Ｄ、ＮＭ ３０Ｄ、Ｓ １００、Ｓ １２，５、およびＳ １２，５Ｐなどが挙げられる。類似のポリマーはＫｏｌｌｉｃｏａｔ（登録商標）ＭＡＥ ３０ＤＰおよびＫｏｌｌｉｃｏａｔ（登録商標）ＭＡＥ １００Ｐを含む。いくつかの態様では、ＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）ＦＳ ３０Ｄ、Ｌ３０ Ｄ－５５、Ｌ１００－５５、Ｌ１００、Ｌ１２，５、Ｌ１２，５ Ｐ ＲＬ ３０ Ｄ、ＲＬ ＰＯ、ＲＬ １００、ＲＬ １２，５、ＲＳ ３０Ｄ、ＲＳ ＰＯ、ＲＳ １００、ＲＳ １２，５、ＮＥ ３０Ｄ、ＮＥ ４０Ｄ、ＮＭ ３０Ｄ、Ｓ １００、Ｓ １２，５ Ｓ １２，５ Ｐ、Ｋｏｌｌｉｃｏａｔ（登録商標）ＭＡＥ ３０ ＤＰ、およびＫｏｌｌｉｃｏａｔ（登録商標）ＭＡＥ １００Ｐのうちの１つ以上が使用される。さまざまな態様では、腸溶性薬剤は、前述の溶液または分散物の組み合わせであり得る。
特定の態様では、１つ以上のコーティング系添加剤が、腸溶性薬剤と共に使用される。たとえば、１つ以上のＰｌａｓＡＣＲＹＬＴＭ添加剤を抗粘着剤コーティング添加剤として使用できる。例示的なＰｌａｓＡＣＲＹＬＴＭ添加剤としては、ＰｌａｓＡＣＲＹＬＴＭ ＨＴＰ２０およびＰｌａｓＡＣＲＹＬＴＭ Ｔ２０が挙げられるが、これらに限定されない。
別の態様では、遅延放出コーティングは、溶液中のｐＨおよび／または酵素の存在に関係なく、水溶液中にあるときに時間の関数として分解し得る。こうしたコーティングは、水不溶性ポリマーを含み得る。したがって、水溶液中でのその溶解度はｐＨに依存しない。本明細書で使用される場合、「ｐＨ非依存性」という用語は、ポリマーの水浸透性および医薬成分を放出するその能力が、ｐＨの関数ではなく、かつ／またはｐＨにごくわずかしか依存しないことを意味する。こうしたコーティングは、たとえば徐放性製剤などを調製するために使用され得る。好適な水不溶性ポリマーには、溶液のｐＨとは無関係にたとえば水などの水性媒体に実質的に不溶性である薬学的に許容される非毒性ポリマーが含まれる。好適なポリマーとしては、セルロースエーテル、セルロースエステル、またはセルロースエーテル－エステル、すなわち、セルロース骨格上のヒドロキシ基の一部がアルキル基で置換され、一部がアルカノイル基で修飾されているセルロース誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。例としては、エチルセルロース、アセチルセルロース、およびニトロセルロースなどが挙げられる。不溶性ポリマーの他の例としては、ラッカー、ならびにアクリルおよび／またはメタクリルエステルポリマー、低い第４級アンモニウム含有量を有するアクリレートまたはメタクリレートのポリマーまたはコポリマー、あるいはそれらの混合物などが挙げられるが、これらに限定されない。不溶性ポリマーの他の例としては、ＥＵＤＲＡＧＩＴ ＲＳ（登録商標）、ＥＵＤＲＡＧＩＴ ＲＬ（登録商標）、およびＥＵＤＲＡＧＩＴ ＮＥ（登録商標）が挙げられる。不溶性ポリマーとしては、ポリビニルエステル、ポリビニルアセタール、ポリアクリル酸エステル、およびブタジエンスチレンコポリマーなどを挙げることができる。ある態様では、結腸送達は、ゆっくりと浸食されるワックスプラグ（たとえば、ＰＥＧ６０００などを含むさまざまなＰＥＧ）の使用によって達成される。
さらなる態様では、遅延放出コーティングは、腸フローラに存在する微生物酵素によって分解され得る。ある態様では、遅延放出コーティングは、小腸に存在する細菌によって分解され得る。別の態様では、遅延放出コーティングは、大腸に存在する細菌によって分解され得る。
さまざまな態様では、放出調節製剤は、結腸における放出のために設計され得る。さまざまな結腸特異的送達アプローチを利用することができる。たとえば、放出調節製剤は、たとえば、その内容全体が本明細書において引用により援用されるリ（Ｌｉ）ら、ＡＡＰＳ ＰｈａｒｍＳｃｉＴｅｃｈ（２００２）、３（４）：１－９などに記載される結腸特異的薬物送達系（ＣＯＤＥＳ：ｃｏｌｏｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｄｒｕｇ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍ）を用いて製剤化され得る。こうした系における薬物放出は、ｐＨ感受性ポリマーコーティングと結合した結腸ミクロフローラによって引き起こされる。たとえば、製剤は、３層のポリマーを有するコア錠剤として設計され得る。第１のコーティングは酸可溶性ポリマー（たとえば、ＥＵＤＲＡＧＩＴ Ｅなど）であり、外側コーティングは腸溶性であり、その間にヒドロキシプロピルメチルセルロースバリア層が挿入されている。別の態様では、結腸送達は、医薬組成物（たとえば、微生物カクテルを含むもの）を、たとえばペクチンなどの結腸内で分解する特定のポリマーと共に製剤化することによって達成できる。ペクチンは、たとえば亜鉛カチオンなどのカチオンによってさらにゲル化または架橋され得る。ある態様では、製剤は、ポリマー（たとえば、ＥＵＤＲＡＧＩＴポリマーなど）でさらにコーティングされたイオン架橋ペクチンビーズの形態である。付加的な結腸特異的製剤としては、圧力制御薬物送達系（たとえばエチルセルロースなどを用いて調製される）および浸透圧制御薬物送達系（すなわち、ＯＲＤＳ－ＣＴ）が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に記載される細菌混合物（および／または追加の治療剤）の結腸特異的送達のための製剤は、たとえばインビトロ溶解検査などを使用して評価することができる。たとえば、異なる緩衝液中での並行溶解研究を行って、異なるｐＨレベルでの製剤の挙動を特徴付けることができる。代替的には、インビトロ酵素検査を実施することができる。たとえば、細菌に適した培地を含有する発酵槽中で製剤をインキュベートして、異なる時間間隔で放出される薬物の量を決定できる。加えて薬物放出研究は、酵素またはラットもしくはモルモットもしくはウサギの盲腸内容物を含有する緩衝培地中でも行うことができ、特定の時間に放出された薬物の量が決定される。さらなる態様では、たとえばイヌ、モルモット、ラット、およびブタなどの動物モデルを使用して、インビボ評価が行われ得る。さらに、結腸特異的薬物送達製剤の臨床評価は、ＲＣＥ（薬物に対する相対的結腸組織曝露（ｒｅｌａｔｉｖｅ ｃｏｌｏｎｉｃ ｔｉｓｓｕｅ ｅｘｐｏｓｕｒｅ ｔｏ ｔｈｅ ｄｒｕｇ））対ＲＳＣ（血液中の薬物の相対量、すなわち、薬物に対する相対的全身曝露（ｒｅｌａｔｉｖｅ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｅｘｐｏｓｕｒｅ ｔｏ ｔｈｅ ｄｒｕｇ））の相対比率を考慮した薬物送達指数（ＤＤＩ：ｄｒｕｇ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｉｎｄｅｘ）を計算することによって評価され得る。より高い薬物ＤＤＩは、より良好な結腸薬物送達を示す。結腸からの薬物の吸収は、結腸内視鏡および挿管によってモニターできる。
さまざまな態様では、本製剤は、ＧＩ管における放出領域における細菌混合物（および／または追加の治療剤）の実質的に均一な送達を提供する。ある態様では、本製剤は、細菌混合物のパッチ状または不均一な放出を最小限にする。
さまざまな態様では、本製剤は、ＧＩ管に沿った１つ以上の細菌混合物の複数回用量の放出を提供する。たとえば、組成物および／または製剤は、腸に沿った異なる位置、異なる時間、および／または異なるｐＨで、同じ細菌混合物の複数回用量を放出できる。代替的には、組成物および／または製剤は、腸に沿った異なる位置、異なる時間、および／または異なるｐＨで、ある用量の異なる細菌混合物を放出できる。ある態様では、医薬組成物は、腸内の第１の位置で放出される１つ以上の細菌単離物を含む第１の細菌混合物と、腸内の第２の位置で放出される未培養糞便細菌の調製物を含む第２の細菌混合物とを含む。ある態様では、第１の細菌混合物は回腸で放出され、第２の細菌混合物は結腸で放出される。
こうした製剤の全体的な放出プロファイルは、たとえば、複数の粒子タイプまたは複数の層などを使用して調整できる。たとえば、ある態様では、第１の細菌混合物（または細菌混合物の第１の用量）は、たとえば小腸（たとえば、十二指腸、空腸、回腸のうちの１つ以上）などにおける放出のために製剤化されてもよく、一方で第２の細菌混合物（または細菌混合物の第２の用量）は、たとえば大腸（たとえば、盲腸、結腸の上行、横行、下行、またはＳ状部分、および直腸のうちの１つ以上）などにおける遅延放出のために製剤化される。別の例では、第１の細菌混合物（または細菌混合物の第１の用量）は、たとえば小腸（たとえば、十二指腸、空腸、回腸のうちの１つ以上）などにおける放出のために製剤化されてもよく、一方で第２の細菌混合物（または細菌混合物の第２の用量）は、たとえば小腸の別の部分（たとえば、十二指腸、空腸、回腸のうちの１つ以上）などにおける遅延放出のために製剤化される。別の態様では、第１の細菌混合物（または細菌混合物の第１の用量）は、たとえば大腸（たとえば、盲腸、結腸の上行、横行、下行、またはＳ状部分、および直腸のうちの１つ以上）などにおける放出のために製剤化されてもよく、一方で第２の細菌混合物（または細菌混合物の第２の用量）は、たとえば大腸の別の部分（たとえば、盲腸、結腸の上行、横行、下行、またはＳ状部分、および直腸のうちの１つ以上）などにおける遅延放出のために製剤化される。さまざまな態様では、組成物および／または製剤は、少なくとも１用量、少なくとも２用量、少なくとも３用量、少なくとも４用量、または少なくとも５用量の細菌混合物を、腸に沿った異なる位置、異なる時間、および／または異なるｐＨで放出できる。同様に、さまざまな態様では、組成物および／または製剤は、少なくとも１つの細菌混合物、少なくとも２つの細菌混合物、少なくとも３つの細菌混合物、少なくとも４つの細菌混合物、または少なくとも５つの細菌混合物を、腸に沿った異なる位置、異なる時間、および／または異なるｐＨで放出できる。
別の態様では、遅延または段階的腸放出製剤は、ポリアルキレンオキシド、ポリビニルピロリドン、潤滑剤、またはそれらの混合物を含む第１の層と、ポリエチレンオキシド、カルボキシメチルセルロース、またはその両方を含む第２の浸透圧プッシュ層とを含む二層錠剤またはカプセルの使用を含む。ある態様では、遅延または段階的腸放出製剤は、アクリルポリマー、セルロース、ワックス、脂肪酸、セラック、ゼイン、硬化植物油、硬化ヒマシ油、ポリビニルピロリジン、酢酸ビニルコポリマー、ビニルアルコールコポリマー、ポリエチレンオキシド、アクリル酸およびメタクリル酸コポリマー、メチルメタクリレートコポリマー、エトキシエチルメタクリレートポリマー、シアノエチルメタクリレートポリマー、アミノアルキルメタクリレートコポリマー、ポリ（アクリル酸）、ポリ（メタクリル酸）、メタクリル酸アルキルアミドコポリマー、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（メタクリル酸無水物）、メチルメタクリレートポリマー、ポリメタクリレート、ポリ（メチルメタクリレート）コポリマー、ポリアクリルアミド、アミノアルキルメタクリレートコポリマー、グリシジルメタクリレートコポリマー、メチルセルロース、エチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム、架橋ヒドロキシプロピルセルロース、天然ワックス、合成ワックス、脂肪アルコール、脂肪酸、脂肪酸エステル、脂肪酸グリセリド、硬化脂肪、炭化水素ワックス、ステアリン酸、ステアリルアルコール、蜜ろう、グリコワックス、カスターワックス、カルナウバワックス、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、乳酸とグリコール酸とのコポリマー、カルボキシメチルデンプン、メタクリル酸カリウム／ジビニルベンゼンコポリマー、架橋ポリビニルピロリドン、ポリイニルアルコール（ｐｏｌｙ ｉｎｙｌａｌｃｏｈｏｌｓ）、ポリビニルアルコールコポリマー、ポリエチレングリコール、非架橋ポリビニルピロリドン、ポリビニルアセテート、ポリビニルアセテートコポリマー、またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される放出遅延マトリックス材料の使用を含む。ある態様では、遅延または段階的腸放出製剤は、微小環境ｐＨ調整剤の使用を含む。
本明細書に記載される医薬組成物は、たとえば各細菌混合物に対する異なる送達位置プロファイルを達成するために、複数の別個の細菌混合物を含み得ることが理解されよう。ある態様では、医薬組成物は、第１の細菌混合物が１つ以上の細菌単離物を含み、第２の細菌混合物が未培養糞便細菌の調製物を含むように、少なくとも２つの細菌混合物を含む。ある態様では、第２の細菌混合物は、第１の細菌混合物中の細菌単離物とは異なる１つ以上の細菌単離物をさらに含む。代替的には、第２の細菌混合物は、未培養糞便細菌の調製物から本質的になることができる。別の態様では、第１の細菌混合物は、ただ１つの細菌単離物を含み得る。医薬組成物は、たとえば１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、または１０を超える細菌混合物などの任意の数の細菌混合物を含むことができ、その各々が異なる細菌単離物、細菌単離物の異なる組み合わせ、未培養糞便細菌の調製物、または未培養糞便細菌と１つ以上の細菌単離物との異なる組み合わせを含有し得る。
ある態様では、医薬組成物は水薬であり得る。一態様では、水薬は、医薬組成物の生理食塩水懸濁形態を選択することによって調製される。一方の成分の水溶性形態と、他方の成分の水不溶性形態とは、一方の成分の懸濁物を他方の成分の水溶液によって調製することによって、共に使用され得る。いずれかの活性成分の水不溶性形態は、懸濁物として調製されるか、またはたとえばポリエチレングリコールなどの何らかの生理学的に許容される溶媒中で調製されてもよい。いずれかの活性成分の水不溶性形態の懸濁物は、特定の活性成分の溶解度に応じて、たとえば落花生油、トウモロコシ油、もしくはゴマ油などの油中か、たとえばプロピレングリコールもしくはポリエチレングリコールなどのグリコール中か、または水中で調製できる。活性成分を懸濁状態に保つために、好適な生理学的に許容されるアジュバントが必要なことがある。アジュバントは、たとえばカルボキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、およびアルギン酸塩などの増粘剤を含むことができ、それらから選択され得る。界面活性剤は一般に、活性成分、特に脂溶性プロピオナート増強化合物を懸濁させる働きをする。液体非溶媒中の懸濁物を作製するのに最も有用なものは、アルキルフェノールポリエチレンオキシド付加物、ナフタレンスルホネート、アルキルベンゼンスルホネート、およびポリオキシエチレンソルビタンエステルである。加えて、液体の親水性、密度、および表面張力に影響を及ぼす多くの物質は、個々の場合において懸濁物の作製を補助することができる。たとえば、シリコーン消泡剤、グリコール、ソルビトール、および糖は、有用な懸濁剤であり得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載される１つ以上の細菌単離物は、生存する栄養細胞の形態である。いくつかの態様では、本明細書に記載される１つ以上の細菌単離物は、胞子の形態である。いくつかの態様では、本明細書に記載される１つ以上の細菌単離物は凍結乾燥される。非限定的な例として、凍結乾燥は、その内容全体が本明細書によって引用により援用される米国特許第７，７９９，３２８号に記載されるものを含む、当技術分野で公知の方法によるものであり得る。いくつかの態様では、本明細書に記載される凍結乾燥細菌混合物は、腸溶性軟質ゲルまたはカプセルに入れられる。
さまざまな態様では、製剤は、その内容全体が本明細書によって引用により援用される米国特許第８，５３５，７１３号および第８，９１１７，７７号、ならびに米国特許出願公開第２０１２０１４１５８５号、第２０１２０１４１５３１号、第２００６／００１８９６号、第２００７／０２９２５２３号、第２００８／００２００１８号、第２００８／０１１３０３１号、第２０１０／０２０３１２０号、第２０１０／０２５５０８７号、第２０１０／０２９７２２１号、第２０１１／００５２６４５号、第２０１３／０２４３８７３号、第２０１３／０３３０４１１号、第２０１４／００１７３１３号、および第２０１４／０２３４４１８号のうちの１つ以上に記載されるものの形態をとり得る。
さまざまな態様では、製剤は、その内容全体が本明細書によって引用により援用される国際特許公開第２００８／１３５０９０号に記載されるものの形態をとり得る。
さまざまな態様では、製剤は、その内容全体が本明細書によって引用により援用される米国特許第４，１９６，５６４号；第４，１９６，５６５号；第４，２４７，００６号；第４，２５０，９９７号；第４，２６８，２６５号；第５，３１７，８４９号；第６，５７２，８９２号；第７，７１２，６３４号；第８，０７４，８３５号；第８，３９８，９１２号；第８，４４０，２２４号；第８，５５７，２９４号；第８，６４６，５９１号；第８，７３９，８１２号；第８，８１０，２５９号；第８，８５２，６３１号；および第８，９１１，７８８号、ならびに米国特許出願公開第２０１４／０３０２１３２号；第２０１４／０２２７３５７号；第２０１４００８８２０２号；第２０１３０２８７８４２号；第２０１３／０２９５１８８号；第２０１３／０３０７９６２号；および第２０１３０１８４２９０号のうちの１つ以上に記載されるものの形態をとり得る。
投与および投与量
医薬組成物またはその中の細菌細胞（たとえば、１つ以上の細菌単離物および／または未培養糞便細菌の調製物を含む細菌混合物）の用量は、たとえば特定の剤形、対象への投与様式、組成物中に細菌単離物が存在するときにはその同一性、組成物中に細菌単離物が存在するときにはその数などに従って変化することが認識されよう。これらの因子、ならびに細菌混合物中の細菌の活性を改変し得る変数（たとえば、対象の体重、性別、および食事、投与時間、投与経路、排泄率、対象の状態、薬物の組み合わせ、遺伝的素因、および反応感受性など）は、本明細書に記載される障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防され得る腸内ディスバイオシスに関連する障害など）の少なくとも１つの症状の処置または予防のための有効用量または投与計画を生成するために、当業者によって考慮され得る。投与は、継続的に行われるか、または最大耐量の範囲内で１回以上の別個の用量で行われ得る。所与の条件セットに対する最適な投与速度は、従来の用量投与検査を用いて当業者によって確認され得る。
さまざまな態様では、医薬組成物またはその中の細菌細胞（たとえば、１つ以上の細菌単離物および／または未培養糞便細菌の調製物を含む細菌混合物）の用量は、（たとえば、患者の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達することによって）腸内ディスバイオシスに関連する障害の１つ以上の症状を処置または予防するために、生態学的バランスに有利に働くように患者のマイクロバイオームを調節するのに有効である。
一態様では、障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防することができる腸内ディスバイオシスに関連する障害）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）細菌単離物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、少なくとも１０１２、少なくとも１０１３、少なくとも１０１４、または少なくとも１０１５ＣＦＵの細菌単離物を含む。別の態様では、障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防することができる腸内ディスバイオシスに関連する障害）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）細菌単離物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、最大１０５、最大１０６、最大１０７、最大１０８、最大１０９、最大１０１０、最大１０１１、最大１０１２、最大１０１３、最大１０１４、または最大１０１５ＣＦＵの細菌単離物を含む。さらなる態様では、障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防することができる腸内ディスバイオシスに関連する障害）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）細菌単離物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、１０８ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１３ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１２ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１１ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１２ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１１ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１０ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１３ＣＦＵ、１０１１ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０１１ＣＦＵ～１０１３ＣＦＵ、１０１２ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、および１０１３ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵの細菌単離物からなる群から選択される。
ある態様では、医薬組成物は１つ以上の細菌単離物を含み、各細菌単離物は、前述の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量のうちの１つにて、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量か、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位体積で各単位用量中に存在する。
一態様では、障害の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）細菌単離物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、細菌単離物の少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、少なくとも１０１２、少なくとも１０１３、少なくとも１０１４、または少なくとも１０１５の細胞または胞子を含む。別の態様では、障害の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される、すなわち、単回または複数回投与の）細菌単離物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、細菌単離物の最大１０５、最大１０６、最大１０７、最大１０８、最大１０９、最大１０１０、最大１０１１、最大１０１２、最大１０１３、最大１０１４、または最大１０１５の合計細胞または胞子を含む。さらなる態様では、障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防することができる腸内ディスバイオシスに関連する障害）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）細菌単離物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、細菌単離物の１０８～１０１４、１０９～１０１３、１０１０～１０１２、１０１０～１０１１、１０９～１０１４、１０９～１０１２、１０９～１０１１、１０９～１０１０、１０１０～１０１４、１０１０～１０１３、１０１１～１０１４、１０１１～１０１３、１０１２～１０１４、および１０１３～１０１４の細胞または胞子からなる群から選択される。
ある態様では、細菌単離物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量の細胞数は、生存細胞に向けられたものである。一態様では、医薬組成物は１つ以上の細菌単離物を含み、各細菌単離物は、前述の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量のうちの１つにて、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量か、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位体積で各投与単位中に存在する。
ある態様では、本明細書に記載される医薬組成物はカプセルの形態であり、各カプセルは、細菌単離物の少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、少なくとも１０１２、少なくとも１０１３、少なくとも１０１４、または少なくとも１０１５の細胞または胞子を含む。ある態様では、本明細書に記載される医薬組成物はカプセルの形態であり、各カプセルは、細菌単離物の１０８～１０１４、１０９～１０１３、１０１０～１０１２、１０１０～１０１１、１０９～１０１４、１０９～１０１２、１０９～１０１１、１０９～１０１０、１０１０～１０１４、１０１０～１０１３、１０１１～１０１４、１０１１～１０１３、１０１２～１０１４、または１０１３～１０１４の細胞または胞子を含む。
一態様では、障害（たとえば、腸内ディスバイオシスに関連するもの）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）未培養糞便細菌の調製物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、少なくとも１０１２、少なくとも１０１３、少なくとも１０１４、または少なくとも１０１５ＣＦＵの未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、障害（たとえば、腸内ディスバイオシスに関連するもの）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）未培養糞便細菌の調製物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、最大１０５、最大１０６、最大１０７、最大１０８、最大１０９、最大１０１０、最大１０１１、最大１０１２、最大１０１３、最大１０１４、または最大１０１５ＣＦＵの未培養糞便細菌の調製物を含む。さらなる態様では、障害（たとえば、腸内ディスバイオシスに関連するもの）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）未培養糞便細菌の調製物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、１０８ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１３ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１２ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１１ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１２ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１１ＣＦＵ、１０９ＣＦＵ～１０１０ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０１０ＣＦＵ～１０１３ＣＦＵ、１０１１ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、１０１１ＣＦＵ～１０１３ＣＦＵ、１０１２ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵ、および１０１３ＣＦＵ～１０１４ＣＦＵの未培養糞便細菌の調製物からなる群から選択される。
ある態様では、未培養糞便細菌は、前述の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量のうちの１つにて、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量か、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位体積で医薬組成物の各単位用量中に存在する。
一態様では、障害（たとえば、腸内ディスバイオシスに関連するもの）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）未培養糞便細菌の調製物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、未培養糞便細菌の調製物の少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、少なくとも１０１２、少なくとも１０１３、少なくとも１０１４、または少なくとも１０１５の細胞または胞子を含む。別の態様では、障害（たとえば、腸内ディスバイオシスに関連するもの）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される、すなわち、単回または複数回投与の）未培養糞便細菌の調製物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、未培養糞便細菌の調製物の最大１０５、最大１０６、最大１０７、最大１０８、最大１０９、最大１０１０、最大１０１１、最大１０１２、最大１０１３、最大１０１４、または最大１０１５の合計細胞または胞子を含む。さらなる態様では、障害（たとえば、腸内ディスバイオシスに関連するもの）の少なくとも１つの症状を処置するために対象に投与される（すなわち、単回または複数回投与の）未培養糞便細菌の調製物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量は、未培養糞便細菌の調製物の１０８～１０１４、１０９～１０１３、１０１０～１０１２、１０１０～１０１１、１０９～１０１４、１０９～１０１２、１０９～１０１１、１０９～１０１０、１０１０～１０１４、１０１０～１０１３、１０１１～１０１４、１０１１～１０１３、１０１２～１０１４、および１０１３～１０１４の細胞または胞子からなる群から選択される。
ある態様では、未培養糞便細菌の調製物の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量の細胞数は、生存細胞に向けられたものである。一態様では、未培養糞便細菌の調製物は、前述の薬学的に活性な用量または治療的に有効な用量のうちの１つにて、約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０グラムの単位重量か、または約０．２、０．４、０．６、０．８、もしくは１．０ミリリットルの単位体積で医薬組成物の各単位用量中に存在する。
ある態様では、本明細書に記載される医薬組成物はカプセルの形態であり、各カプセルは、未培養糞便細菌の調製物の少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、少なくとも１０１２、少なくとも１０１３、少なくとも１０１４、または少なくとも１０１５の細胞または胞子を含む。ある態様では、本明細書に記載される医薬組成物はカプセルの形態であり、各カプセルは、未培養糞便細菌の調製物の１０８～１０１４、１０９～１０１３、１０１０～１０１２、１０１０～１０１１、１０９～１０１４、１０９～１０１２、１０９～１０１１、１０９～１０１０、１０１０～１０１４、１０１０～１０１３、１０１１～１０１４、１０１１～１０１３、１０１２～１０１４、または１０１３～１０１４の細胞または胞子を含む。
対象は、障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防することができる腸内ディスバイオシスに関連する障害）の１つ以上の症状の処置のために、未培養糞便細菌の調製物と組み合わせた１つ以上の細菌単離物（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含むもの）を投与され得る。こうした場合、細菌単離物および未培養糞便細菌の調製物は、同じ医薬組成物中で一緒に投与されるか、または別々の組成物中で対象に投与され得る。さらに、医薬組成物（たとえば、１つ以上の細菌単離物、未培養糞便細菌の調製物、またはその両方を含むもの）は、たとえば投与計画の一部として、単回単位用量または複数回単位用量で、対象に投与され得る。ある態様では、対象に投与される未培養糞便細菌の調製物の投与量（たとえば、ＣＦＵまたは細胞／胞子数によって測定される）は、細菌単離物の投与量よりも多い。代替的には、対象に投与される未培養糞便細菌の調製物の投与量（たとえば、ＣＦＵまたは細胞／胞子数によって測定される）は、細菌単離物の投与量未満であり得る。別の態様では、未培養糞便細菌の調製物の投与量（たとえば、ＣＦＵまたは細胞／胞子数によって測定される）は、細菌単離物の投与量とほぼ同じであり得る。たとえば、ある態様では、本明細書に記載される障害の１つ以上の症状を処置または予防するために、対象に、細菌単離物（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含むもの）を約１０１０細胞の投与量で投与でき、未培養糞便細菌の調製物を約１０１０細胞の投与量で投与できる。
ある態様では、本明細書に記載される障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防することができる腸内ディスバイオシスに関連する障害）の１つ以上の症状を処置するために対象に投与される細菌単離物（たとえば、ＳＣＦＡ産生細菌株を含むもの）の細胞の数は、対象に投与される未培養糞便細菌の調製物の細胞の総数とほぼ同じであるか、またはそれより多い。代替的には、障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防することができる腸内ディスバイオシスに関連する障害）の１つ以上の症状を処置するために対象に投与される細菌単離物の細胞の数は、対象に投与される未培養糞便細菌の調製物の細胞の総数とほぼ同じであるか、またはそれ未満であり得る。
ある態様では、医薬組成物は、複数の細菌単離物（たとえば、その少なくとも１つが１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含む）を含む細菌混合物を含む。別の態様では、少なくとも２つの細菌単離物が、ほぼ同じ量または投与量（たとえば、ほぼ同じ数の生存可能細胞もしくは胞子、またはほぼ同じＣＦＵ）で存在する。別の態様では、少なくとも３つの細菌単離物、少なくとも４つの細菌単離物、少なくとも５つの細菌単離物、少なくとも６つの細菌単離物、少なくとも７つの細菌単離物、少なくとも８つの細菌単離物、少なくとも９つの細菌単離物、少なくとも１０の細菌単離物、または１０を超える細菌単離物が、ほぼ同じ量または投与量（たとえば、ほぼ同じ数の生存可能細胞もしくは胞子、またはほぼ同じＣＦＵ）で医薬組成物中に存在する。別の態様では、細菌混合物中のすべての細菌単離物は、ほぼ同じ量で存在する。
ある態様では、医薬組成物は、複数の細菌単離物を含む細菌混合物を含み、複数の細菌単離物のうちの少なくとも２つは、異なる量または投与量（たとえば、異なる数の生存可能細胞もしくは胞子、または異なるＣＦＵ）で存在する。別の態様では、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、または１０を超える細菌単離物が、異なる量または投与量で細菌混合物中に存在する。
医薬組成物は、未培養糞便細菌の調製物と組み合わせて、複数の細菌単離物（たとえば、そのうちの少なくとも１つがＳＣＦＡ産生細菌株を含む）を含む細菌混合物を含み得る。ある態様では、各細菌単離物は、未培養糞便細菌の調製物の量または投与量よりも多い量または投与量で組成物中に存在する（たとえば、生存可能細胞もしくは胞子の数、またはＣＦＵとして測定される）。別の態様では、各細菌単離物は、未培養糞便細菌の調製物の量または投与量よりも少ない量または投与量で組成物中に存在する（たとえば、生存可能細胞もしくは胞子の数、またはＣＦＵとして測定される）。別の態様では、少なくとも１つの細菌単離物は、未培養糞便細菌の調製物の量または投与量よりも多い量または投与量で組成物中に存在し、少なくとも１つの細菌単離物は、未培養糞便細菌の調製物の量または投与量よりも少ない量または投与量で組成物中に存在する（たとえば、生存可能細胞もしくは胞子の数、またはＣＦＵとして測定される）。
ある態様では、医薬組成物は、対象の腸内で細菌単離物の生着を起こすために対象に投与される必要がある細菌単離物の最小量または投与量以上である量または投与量で、１つ以上の細菌単離物を含む。たとえば、対象の腸への細菌単離物の生着のために必要とされる細菌単離物の最小投与量は、少なくとも１０６細胞、少なくとも１０７細胞、少なくとも１０８細胞、少なくとも１０９細胞、少なくとも１０１０細胞、少なくとも１０１１細胞、または少なくとも１０１２細胞であり得る。ある態様では、微生物カクテルの第１および第２の細菌単離物は、異なる最小投与量または量で対象の腸に生着し、微生物カクテル中の第１および第２の細菌単離物の各々の投与量または量は、それぞれの細菌単離物の生着に必要なそれぞれの最小投与量または量に対応して変動する。
医薬組成物（たとえば、細菌混合物を含むもの）の個々の用量は、たとえば単位剤形当たり約０．０１ｍｇ～約５，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約４，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約３，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約１，０００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約９５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約９００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約８５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約８００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約７５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約７００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約６５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約６００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約５５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約５００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約４５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約４００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約３５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約３００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約１５０ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約１００ｍｇ、約０．１ｍｇ～約９０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約８０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約７０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約６０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約５０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約４０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約３０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約１０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約５ｍｇ、約０．１ｍｇ～約３ｍｇ、約０．１ｍｇ～約１ｍｇの活性成分、または単位剤形当たり約５ｍｇ～約８０ｍｇなどを含有する単位剤形（たとえば、錠剤またはカプセルなど）で投与され得る。たとえば、単位剤形は、約０．０１ｍｇ、約０．０２ｍｇ、約０．０３ｍｇ、約０．０４ｍｇ、約０．０５ｍｇ、約０．０６ｍｇ、約０．０７ｍｇ、約０．０８ｍｇ、約０．０９ｍｇ、約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約０．６ｍｇ、約０．７ｍｇ、約０．８ｍｇ、約０．９ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約６ｍｇ、約７ｍｇ、約８ｍｇ、約９ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１，０００ｍｇ、約２，０００ｍｇ、約３，０００ｍｇ、約４，０００ｍｇ、または約５，０００ｍｇの活性成分を含むことができ、それらの間のすべての値および範囲が包含される。
ある態様では、医薬組成物（たとえば、細菌混合物を含むもの）は、１日約０．０１ｍｇ～約１００ｍｇの量、１日約０．０１ｍｇ～約５，０００ｍｇの量、１日約０．０１ｍｇ～約４，０００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約３，０００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約２，０００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約１，０００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約９５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約９００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約８５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約８００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約７５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約７００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約６５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約６００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約５５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約５００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約４５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約４００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約３５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約３００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約２５０ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約２００ｍｇ、１日約０．０１ｍｇ～約１５０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約１００ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約９５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約９０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約８５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約８０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約７５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約７０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約６５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約６０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約５５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約５０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約４５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約４０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約３５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約３０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約２５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約２０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約１５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約１０ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約５ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約３ｍｇ、１日約０．１ｍｇ～約１ｍｇ、または１日約５ｍｇ～約８０ｍｇの量で投与される。さまざまな態様では、細菌混合物（および／または追加の治療剤）は、約０．０１ｍｇ、約０．０２ｍｇ、約０．０３ｍｇ、約０．０４ｍｇ、約０．０５ｍｇ、約０．０６ｍｇ、約０．０７ｍｇ、約０．０８ｍｇ、約０．０９ｍｇ、約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約０．６ｍｇ、約０．７ｍｇ、約０．８ｍｇ、約０．９ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約６ｍｇ、約７ｍｇ、約８ｍｇ、約９ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１，０００ｍｇ、約２，０００ｍｇ、約３，０００ｍｇ、約４，０００ｍｇ、または約５，０００ｍｇの１日用量で投与され、それらの間のすべての値および範囲が包含される。
いくつかの態様では、医薬組成物（たとえば、細菌混合物を含むもの）の好適な投与量は、対象の体重に対して約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇの範囲、たとえば約０．０１ｍｇ／ｋｇ、約０．０２ｍｇ／ｋｇ、約０．０３ｍｇ／ｋｇ、約０．０４ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．０６ｍｇ／ｋｇ、約０．０７ｍｇ／ｋｇ、約０．０８ｍｇ／ｋｇ、約０．０９ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．６ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ、約０．８ｍｇ／ｋｇ、約０．９ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ、約１．１ｍｇ／ｋｇ、約１．２ｍｇ／ｋｇ、約１．３ｍｇ／ｋｇ、約１．４ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約１．６ｍｇ／ｋｇ、約１．７ｍｇ／ｋｇ、約１．８ｍｇ／ｋｇ、１．９ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、約６ｍｇ／ｋｇ、約７ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約９ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約２０ｍｇ／ｋｇ体重、約３０ｍｇ／ｋｇ体重、約４０ｍｇ／ｋｇ体重、約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約６０ｍｇ／ｋｇ体重、約７０ｍｇ／ｋｇ体重、約８０ｍｇ／ｋｇ体重、約９０ｍｇ／ｋｇ体重、または約１００ｍｇ／ｋｇ体重などであり、それらの間のすべての値および範囲が包含される。他の態様では、組成物の好適な投与量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約９０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約８０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約７０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約６０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約４０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約３０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約９ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約８ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約７ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、０．０１ｍｇ／ｋｇ～約６ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約４ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約３ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約２ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約１．５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲、または約０．０５ｍｇ／ｋｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重の範囲である。
特定の態様によれば、医薬組成物（たとえば、細菌混合物を含むもの）は、たとえば１日２回以上、約１日１回、約１日おき、約３日ごと、約１週間に１回、約２週間に１回、約１ヵ月に１回、約２ヵ月に１回、約３ヵ月に１回、約６ヵ月に１回、または約１年に１回投与され得る。
ある態様では、医薬組成物は、必要な患者に少なくとも１日１回、少なくとも連続２日間投与され得る。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、少なくとも連続３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間投与される。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１週間に２回、３回、４回、または５回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、最大で連続４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間または週間投与される。さらなる態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、最大で連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間または月間投与される。さらに別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１回を少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヵ月または年に対して、対象の全生涯にわたって慢性的に、あるいは無期限に投与される。
ある態様では、医薬組成物は、必要な患者に少なくとも１日２回、少なくとも連続２日間投与され得る。ある態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、少なくとも連続３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間投与される。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、最大で連続４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間または週間投与される。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、最大で連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間または月間投与される。別の態様では、医薬組成物は、少なくとも２回を少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヵ月または年に対して、対象の全生涯にわたって慢性的に、あるいは無期限に投与される。
本開示のある態様では、医薬組成物は、必要な患者に少なくとも１日３回、少なくとも連続２日間投与され得る。ある態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、少なくとも連続３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間投与される。ある態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。ある態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、最大で連続４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間または週間投与される。ある態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、最大で連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間または月間投与される。ある態様では、医薬組成物は、少なくとも３回を少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヵ月または年に対して、対象の全生涯にわたって慢性的に、あるいは無期限に投与される。
ある態様では、医薬組成物は、必要な患者に少なくとも１日１回または２回、少なくとも連続３日間または３週間の投与スケジュールで投与され得る。ある態様では、用量は少なくとも１日１回、２回、または３回を、１～１２週間、２～１２週間、３～１２週間、４～１２週間、５～１２週間、６～１２週間、７～１２週間、８～１２週間、９～１２週間、１０～１２週間、１～２週間、２～３週間、３～４週間、４～５週間、５～６週間、６～７週間、７～８週間、８～９週間、９～１０週間、または１０～１１週間の期間にわたって投与される。
ある態様では、医薬組成物は、必要な患者に週１回、週２回、または週３回の投与スケジュールで投与され得る。「週１回」という用語は、用量が典型的には週に１回のみ、たとえば各週の同じ曜日などに投与されることを意味する。「週２回」とは、用量が典型的には週に２回のみ、たとえば各週の期間の同じ２つの曜日などに投与されることを意味する。「週３回」とは、用量が典型的には週に３回のみ、たとえば各週の期間の同じ３つの曜日などに投与されることを意味する。
ある態様では、医薬組成物は必要な患者に投与することができ、ここで投与は、第１の投与スケジュールに続く第２の投与スケジュールを含む。ある態様では、第１の投与スケジュールは、処置または誘導用量を含む。ある態様では、第２の投与スケジュールは、維持用量を含む。たとえば、第２の投与スケジュールの薬学的に活性な維持用量は、第１の投与スケジュールの薬学的に活性な誘導用量以下であり得る。他の例では、第２の投与スケジュールの維持用量は、第１の投与スケジュールの誘導用量よりも高くなり得る。
医薬組成物を投与するための第１および第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも１日１回、少なくとも１日の組成物の投与を含み得る。ある態様では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも１日１回、少なくとも連続２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間の組成物の投与を含む。ある態様では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも１日１回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間の組成物の投与を含む。ある態様では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、最大で連続４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間または週間の組成物の投与を含む。ある態様では、第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、最大で連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間または月間の組成物の投与を含む。ある態様では、第１または第２の投与スケジュールのうちの少なくとも１つは、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヵ月または年にわたって、対象の全生涯にわたって慢性的に、あるいは無期限に組成物を投与することを含む。
ある態様では、方法において使用される第１または第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、週１回、週２回、または週３回であり得る。
ある態様では、第１および第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６ヵ月間続き得る。ある態様では、第２の投与スケジュールは、永続的に、処置される対象の全生涯にわたって、または無期限に続く。ある態様では、第１および第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、継続的な投与スケジュールである。ある態様では、第１および第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、断続的な投与スケジュールである。ある態様では、第１および第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日の処置期間と、それに続く少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日の休止期間とを含む断続的な投与スケジュールである。ある態様では、第１および第２の投与スケジュールの少なくとも１つは、１日おき、２日ごと、または３、４、５、６、７、８日ごとに用量を投与することを含む。ある態様では、用量は、漸増（または別様に投与量もしくは投与スケジュールを変更すること）を伴うか、または伴わずに、長期間にわたって投与される。
ある態様では、第１の投与スケジュールと第２の投与スケジュールとの間の間隔は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、もしくは７日、または少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２週間、または少なくとも約１、２、３、４、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヵ月である。
ある態様では、第２の投与スケジュール（たとえば、維持用量）は、第１の投与スケジュール（たとえば、初期誘導用量）で使用される投与量よりも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、７５、１００、２００、４００、８００、１０００、５０００倍、またはそれ以上低い投与量を含む。別の態様では、第２の投与スケジュール（たとえば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（たとえば、初期処置投与スケジュール）以下の投与頻度を有する。ある態様では、第２の投与スケジュール（たとえば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（たとえば、初期処置投与スケジュール）よりも長い投与間隔を有する。
さまざまな態様では、本明細書に記載される方法は、ヒト対象の処置に有用である。いくつかの態様では、ヒトは小児である。他の態様では、ヒトは成人である。他の態様では、ヒトは高齢者である。他の態様では、ヒトは患者と呼ばれることがある。いくつかの態様では、ヒトは女性である。いくつかの態様では、ヒトは男性である。
特定の態様では、ヒトは約１～約１８ヵ月齢、約１８～約３６ヵ月齢、約１～約５歳、約５～約１０歳、約１０～約１５歳、約１５～約２０歳、約２０～約２５歳、約２５～約３０歳、約３０～約３５歳、約３５～約４０歳、約４０～約４５歳、約４５～約５０歳、約５０～約５５歳、約５５～約６０歳、約６０～約６５歳、約６５～約７０歳、約７０～約７５歳、約７５～約８０歳、約８０～約８５歳、約８５～約９０歳、約９０～約９５歳、または約９５～約１００歳の範囲の年齢を有する。
一態様では、処置される対象はヒト患者である。一態様では、患者は男性患者である。一態様では、患者は女性患者である。一態様では、患者は未熟児である。一態様では、患者は満期産新生児である。一態様では、患者は新生児である。一態様では、患者は乳児である。一態様では、患者は幼児である。一態様では、患者は低年齢の小児である。一態様では、患者は小児である。一態様では、患者は青年である。一態様では、患者は小児患者である。一態様では、患者は高齢患者である。一態様では、ヒト患者は約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の小児患者である。別の態様では、ヒト患者は成人患者である。別の態様では、ヒト患者は高齢患者である。さらなる態様では、ヒト患者は、約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える患者である。別の態様では、患者は約１～５、２～１０、３～１８、２１～５０、２１～４０、２１～３０、５０～９０、６０～９０、７０～９０、６０～８０、または６５～７５歳である。一態様では、患者は前期高齢患者（６５～７４歳）である。一態様では、患者は中期高齢患者（７５～８４歳）である。一態様では、患者は高齢患者（＞８５歳）である。
追加の治療剤および共製剤化
本明細書に記載される医薬組成物は、細菌混合物に加えて１つ以上の治療剤を含むことができ、これは本明細書に記載される方法において、必要な対象に投与され得る。追加の治療剤は、本明細書に記載される細菌混合物（たとえば、１つ以上の細菌単離物および／または未培養糞便細菌の調製物を含むもの）と同時に投与されるか、または逐次的に投与され得る。さらに、本組成物および製剤は、追加の治療剤を（たとえば、共製剤を介して）含み得る。たとえば、追加の治療剤と、１つ以上の細菌単離物と、未培養糞便細菌の調製物とを組み合わせて単一の製剤にすることができる。
ある態様では、追加の治療剤および細菌混合物は、対象に同時に投与される。本明細書で使用される場合、「同時に」という用語は、追加の治療剤および細菌混合物が、約６０分以下、たとえば約３０分以下、約２０分以下、約１０分以下、約５分以下、または約１分以下などの時間間隔で投与されることを意味する。追加の治療剤および細菌混合物の投与は、単一の製剤（たとえば、追加の治療剤および細菌混合物を含む製剤）または別々の製剤（たとえば、追加の治療剤を含む第１の製剤および細菌混合物を含む第２の製剤）の同時投与によるものであり得る。
同時投与は、追加の治療剤および細菌混合物（たとえば、１つ以上の細菌単離物および／または未培養糞便細菌の調製物を含むもの）の薬理学的活性が時間的に重複するような投与のタイミングであれば、追加の治療剤を同時に投与することを必要としない。たとえば、追加の治療剤および細菌混合物は、逐次的に投与され得る。本明細書で使用される場合、「逐次的に」という用語は、追加の治療剤および細菌混合物が、約６０分を超える時間間隔で投与されることを意味する。たとえば、追加の治療剤および細菌混合物の逐次投与の間の時間は、約６０分超、約２時間超、約５時間超、約１０時間超、約１日超、約２日超、約３日超、または約１週間超離れ得る。最適な投与時間は、投与される追加の治療剤および細菌混合物の代謝速度、排出速度、および／または薬力学的活性に依存するだろう。追加の治療剤または細菌混合物のどちらを最初に投与してもよい。
さらなる態様では、追加の治療剤および細菌混合物は、対象に同時に投与され得るが、ＧＩ管におけるそれらのそれぞれの剤形（または共製剤化されるときは単一単位剤形）からの追加の治療剤および細菌混合物の放出は、逐次的に起こり得る。
加えて同時投与は、複数の追加の治療剤が細菌混合物と同じ投与経路によって対象に投与されることを必要としない。むしろ、各々の追加の治療剤は、任意の適切な経路によって、たとえば非経口的または経口的に投与され得る。
いくつかの態様では、追加の治療剤は、本明細書に記載される障害（たとえば、少なくとも１つのＳＣＦＡの投与によって処置または予防され得る腸内ディスバイオシスに関連する障害）の１つ以上の症状を処置または予防するために使用される薬剤である。いくつかの態様では、追加の治療剤は、イスペリドン（ｉｓｐｅｒｉｄｏｎｅ）、フルオキセチン、アリピプラゾール、ビタミンＤ、レボカルニチン、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。
いくつかの態様では、追加の治療剤は、たとえばステロイド性抗炎症剤または非ステロイド性抗炎症剤（ＮＳＡＩＤＳ：ｎｏｎ－ｓｔｅｒｏｉｄａｌ ａｎｔｉ－ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ａｇｅｎｔｓ）などの抗炎症剤である。ステロイド、特に副腎コルチコステロイドおよびそれらの合成類似体は、当技術分野で周知である。追加の治療剤として対象に投与され得るコルチコステロイドの非限定的な例としては、ヒドロキシルトリアムシノロン、アルファ－メチルデキサメタゾン、ベータ－メチルベタメタゾン、ジプロピオン酸ベクロメタゾン、安息香酸ベタメタゾン、ジプロピオン酸ベタメタゾン、吉草酸ベタメタゾン、吉草酸クロベタゾール、デソニド、デスオキシメタゾン、デキサメタゾン、ジフロラゾン酢酸エステル、ジフルコルトロン吉草酸エステル、フルアドレノロン、フルクロロンアセトニド、ピバル酸フルメタゾン、フルオシノロンアセトニド、フルオシノニド、フルコルチンブチルエステル、フルオコルトロン、フルプレドニデン（フルプレドニリデン）アセテート、フルランドレノロン、ハルシノニド、ヒドロコルチゾンアセテート、ヒドロコルチゾン酪酸エステル、メチルプレドニソロン、トリアムシノロンアセトニド、コルチゾン、コルトドキシソン、フルセトニド、フルドロコルチゾン、ジフルオロゾンジアセテート、フルラドレノロンアセトニド、メドリゾン、アムシナフェル、アムシナフィド、ベタメタゾンおよびそのエステルの平衡物、クロロプレドニゾン、クロコルテロン、クレシノロン、ジクロリゾン、ジフルプレドナート、フルクロロニド、フルニソリド、フルオロメタロン、フルペロロン、フルプレドニゾロン、ヒドロコルチゾン、メプレドニゾン、パラメタゾン、プレドニゾロン、プレドニゾン、ベクロメタゾンジプロピオナートが挙げられる。使用され得る（ＮＳＡＩＤＳ）としては、サリチル酸、アセチルサリチル酸、サリチル酸メチル、サリチル酸グリコール、サリチルミド（ｓａｌｉｃｙｌｍｉｄｅｓ）、ベンジル－２，５－ジアセトキシ安息香酸、イブプロフェン、フリンダク（ｆｕｌｉｎｄａｃ）、ナプロキセン、ケトプロフェン、エトフェナメート、フェニルブタゾン、インドメタシン、およびこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。追加の抗炎症剤は、たとえば米国特許第４，５３７，７７６号などに記載されており、その内容全体が本明細書において引用により援用される。
いくつかの態様では、医薬組成物に組み込むことができる追加の治療剤は、プレバイオティクスである。プレバイオティクスとは、（たとえば、１つ以上の微生物によって代謝される基質を提供することによって）対象の腸内の１つ以上の微生物（たとえば、細菌など）の成長、増殖、または活性を促進するために対象に投与される単数または複数の化合物（たとえば、１つ以上の栄養素を含むもの）である。理論に束縛されることは望まないが、プレバイオティクスを医薬組成物に添加して、対象の内因性マイクロバイオームおよび／または医薬組成物自体の中の細菌を栄養的に補うことで、たとえば未培養糞便細菌の調製物の１つ以上の株および／または１つ以上の細菌単離物の成長または活性を刺激することができる。加えて、細菌細胞を新しい環境に移行させるとき、たとえば、未培養糞便細菌の調製物の単離および／もしくは精製の後、または凍結、凍結乾燥、噴霧乾燥、および溶液中での再構成などの前もしくは後などに、細菌細胞に対する「ショック」を緩衝するために、１つ以上のプレバイオティクスを組成物に添加することができる。
医薬組成物に添加できるプレバイオティクスの非限定的な例は、アミノ酸（たとえば、バリン、ロイシン、イソロイシンなど）、乳酸、硝酸アンモニウム、アミロース、オオムギマルチ、ビオチン、炭酸塩、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、フルクトース、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、ホモ多糖、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴ糖（たとえば、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、トランス－ガラクトオリゴ糖、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、マンノオリゴ糖、またはキトオリゴ糖などを含む）、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、カリ、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、発酵性多糖、食物繊維、難消化性デンプン、オオムギ、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせを含む。例示的なプレバイオティクスとしては、複合炭水化物、アミノ酸、ペプチド、または細菌組成物の生存に必須のその他の栄養成分が挙げられる。
ある態様では、対象は、医薬組成物による処置の前にプレバイオティクスで前処置されていない。別の態様では、医薬組成物にはプレバイオティクスが補充されない。
ある態様では、プレバイオティクスは、たとえば細菌混合物を含む本明細書に記載される医薬組成物中に（たとえば、乾燥形態または液体形態で）含まれ得る。
代替的または付加的に、対象に投与されるプレバイオティクスは、細菌混合物を欠く別個の医薬組成物中に（たとえば、乾燥形態または液体形態で）含まれ得る。
プレバイオティクスは、細菌混合物を含む医薬組成物の投与前、投与と同時、および／または投与後に、同じ医薬組成物または別個の医薬組成物のいずれかにおいて、対象に投与され得る。
プレバイオティクスは、単回用量または複数回用量で提供および投与され得る。単回用量として提供されるとき、単一組成物は、ただ１つのプレバイオティクスか、またはプレバイオティクスの混合物を含み得る。複数回用量で提供されるとき、対象に投与される各組成物は、単一のプレバイオティクスまたはプレバイオティクスの混合物を含むことができ、かつ／または対象に投与される第１の組成物は、対象に投与される第２の組成物とは異なる単数または複数のプレバイオティクスを含み得る。
例として、複数回用量が提供されるとき、プレバイオティクスを含む第１の組成物は、たとえばイヌリンなどの第１のプレバイオティクスを含むことができ、第２の組成物は、第１のプレバイオティクスを伴うか、または伴わずに、たとえばフラクトオリゴ糖などの異なるプレバイオティクスを含み得る。代替的に、第１の組成物は、たとえばイヌリンおよびフラクトオリゴ糖などのプレバイオティクスの組み合わせを含むことができ、第２の組成物は、たとえばイヌリンおよび白インゲンマメ粉末などのプレバイオティクスの異なる組み合わせを含み得る。第１の組成物はプレバイオティクスの組み合わせを含むことができ、第２の組成物は１つのプレバイオティクスのみを含み得る。
組成物中に含まれるプレバイオティクスの量は、特定のプレバイオティクス、プレバイオティクスが標的とする単数もしくは複数の特定の細菌株、および／または対象／患者の疾患状態に依存する。
いくつかの態様では、医薬組成物に組み込まれる追加の治療剤は止瀉薬である。本明細書に記載の医薬組成物に含めるのに適した止瀉薬の非限定的な例としては、ＤＰＰ－ＩＶ阻害剤、天然オピオイド、たとえばアヘンチンキ、パレゴリック、およびコデインなど、合成オピオイド、たとえばジフェノキシレート、ジフェノキシン、およびロペラミドなど、次サリチル酸ビスマス、ランレオチド、バプレオチド、およびオクトレオチド、モチリンアンタゴニスト、ＣＯＸ２阻害剤、たとえばセレコキシブなど、グルタミン、サリドマイド、および従来の止瀉薬、たとえばカオリン、ペクチン、ベルベリン、およびムスカリン性薬剤、ならびにそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様では、医薬組成物に組み込まれる追加の治療剤は、鎮痛剤であり得る。本明細書に記載される組成物および方法において有用な鎮痛剤としては、モルヒネ、コデイン、ヘロイン、メタドンおよび関連化合物、テバイン、オルピアビン（ｏｒｐｉａｖｉｎｅ）、およびそれらの誘導体、ブプレノルフィン、ピペリジン、モルフィナン、ベンゾモルファン、テトラヒドロイソキノリン、チアンブタン、ベンジルアミン、チリジン、ビミノール、ネフォパム、カプサイシン（８－メチル－Ｎ－バニリル－６Ｅ－ノネンアミド）、「合成」カプサイシン（Ｎ－バニリルノンアミド）および関連化合物、ならびにそれらの組み合わせが限定なしに挙げられる。
いくつかの態様では、追加の治療剤は抗菌剤であり、これはセファロスポリン系抗生物質（セファレキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロール、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、およびセフトビプロール）、フルオロキノロン系抗生物質（シプロ、レバキン、フロキシン、テキン、アベロックス、およびノルフロックス）、テトラサイクリン系抗生物質（テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、およびドキシサイクリン）、ペニシリン系抗生物質（アモキシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキサシリン、カルベニシリン、バンコマイシン、およびメチシリン）、モノバクタム系抗生物質（アズトレオナム）、カルバペネム系抗生物質（エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、およびメロペネム）、およびそれらの組み合わせを含むが、それらに限定されない。いくつかの態様では、抗菌剤は、ペニシリン、セファロスポリン、モノバクタム、およびカルバペネム系抗生物質、またはそれらの組み合わせのいずれかであり得る。
一態様では、方法は、治療用細菌混合物を投与する前に、抗生物質組成物で対象を前処置することをさらに含む。一態様では、本明細書で投与される抗生物質組成物は、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。別の態様では、本明細書で投与される抗生物質組成物は、リファキシミン、リファマイシン誘導体、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、ビコザマイシン、アミノグリコシド、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、パロモマイシン、ベルダマイシン、ムタマイシン、シソマイシン、ネチルマイシン、レチマイシン、カナマイシン、アズトレオナム、アズトレオナムマクロライド、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、アジトロマイシン、次サリチル酸ビスマス、バンコマイシン、ストレプトマイシン、フィダキソマイシン、アミカシン、アルベカシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。別の態様では、対象は、細菌混合物を投与する前に抗生物質組成物で前処置されない。別の態様では、医薬組成物には抗生物質組成物が補充されない。さらなる態様では、方法は、細菌混合物の投与前に抗炎症薬で対象を前処置することをさらに含む。さらに別の態様では、対象は、細菌または混合物を投与する前に抗炎症薬で前処置されない。別の態様では、細菌混合物には抗炎症剤が補充されない。
本明細書に記載されるとおり、追加の治療剤の送達は、ＧＩ管のさまざまな部分を標的とすることができる。
医薬組成物の使用
対象の腸における１つ以上のＳＣＦＡの量を増加させることによって、ある状態、障害、または疾患を処置または予防するために対象に投与することができる医薬組成物が本明細書に開示される。ある態様では、本明細書に記載される組成物の投与は、医薬組成物の投与後に対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生および／または分泌するように選択された細菌（たとえば、未培養糞便細菌の調製物中のもの）を投与することによって、対象の腸におけるＳＣＦＡの濃度またはレベルを増加させる。ある態様では、本明細書に記載の細菌混合物を含む医薬組成物の投与は、投与された細菌混合物に含有される細菌株の腸内での生着と、その後の生着細菌株によるＳＣＦＡの分泌とを介して、対象の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達することによって障害を処置または予防する。したがって、本明細書に記載される医薬組成物は、細菌混合物の投与およびそれに含まれる細菌株のその後の生着によって、ＳＣＦＡの定期的な（たとえば、毎日の）補充投与を必要とせずに、対象へのＳＣＦＡの継続的な自己持続的長期供給をもたらすので、有限量のＳＣＦＡのみを（すなわち、ＳＣＦＡ産生細菌株の不在下で）投与する組成物よりも有利である。
態様では、医薬組成物は、対象の腸における１つ以上のＳＣＦＡのレベルの低下によって引き起こされる障害を処置または予防することができる。こうした場合、組成物の投与は、腸における１つ以上のＳＣＦＡのレベルを増加させて障害を直接処置し、その障害の１つ以上の症状の重症度の低減をもたらすことができる。態様では、医薬組成物は、１つ以上のＳＣＦＡのレベルの低下によって直接引き起こされないが、対象の腸におけるＳＣＦＡの増加に応答するか、またはそれから利益を得ることができる１つ以上の症状を有する障害を処置または予防することができる（たとえば、障害自体は残存するかもしれないが、腸における１つ以上のＳＣＦＡの増加の結果として、障害の１つ以上の症状の重症度が低減される）。
さまざまな態様では、本明細書に記載される組成物を対象に投与することを含む、必要な対象のマイクロバイオームを調節して、生態学的バランスを提供または回復する方法が本明細書において提供される。たとえば、さまざまな態様では、本明細書に記載される組成物を投与することによって、１つ以上の病原性細菌を減少または阻害する方法が提供される。さまざまな態様では、本明細書に記載される１つ以上の細菌単離物の投与は、投与前に患者のＧＩ管に検出可能なほど存在せず、さまざまな態様において非病原性である少なくとも１つのタイプの細菌の成長を増大させる。
さまざまな態様では、本明細書に記載される組成物を対象に投与することを含む、必要な対象における腸病原体または病原性共生生物に対する生態学的制御を回復または増強する方法が本明細書において提供される。
態様では、医薬組成物は、腸内ディスバイオシスに関連する障害を有する対象への投与のためのものである。態様では、障害は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ：ｉｒｒｉｔａｂｌｅ ｂｏｗｅｌ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、Ｃ．ディフィシル感染症（ＣＤＩ：Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）、Ｃ．ディフィシル関連疾患（ＣＤＡＤ：Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｄｉｓｅａｓｅ）、抗生物質誘発性有害作用、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。
さまざまな態様では、方法は、必要な対象においてＧＩディスバイオシスに関連する疾患または状態を処置するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。いくつかの態様では、対象は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、たとえばクローン病、大腸炎（たとえば、潰瘍性大腸炎または顕微鏡的大腸炎など）、または回腸嚢炎を有する。ＩＢＤは、大腸および場合によっては小腸の一群の炎症状態である。本明細書に記載される組成物、製剤、および方法によって処置できるＩＢＤの例としては、クローン病、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎、回腸嚢炎、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、空置大腸炎、ベーチェット症候群、感染性大腸炎、および不確定大腸炎が挙げられるが、これらに限定されない。ある態様では、本明細書に記載される組成物を必要な対象に投与することを含む、潰瘍性大腸炎を処置する方法が本明細書において提供される。別の態様では、本明細書に記載される組成物を必要な対象に投与することを含む、クローン病を処置する方法が本明細書において提供される。さらなる態様では、本明細書に記載される組成物を必要な対象に投与することを含む、回腸嚢炎を処置する方法が本明細書において提供される。
さまざまな態様では、方法は、必要な対象において潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を処置するために本明細書に記載される組成物を投与することを含む。ＵＣは、ＩＢＤの一形態である。ＵＣは結腸の慢性疾患であり、結腸の内層が炎症を起こし、膿および粘液を産生する小さな開放創または潰瘍を発症する。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法は、ＵＣに関連する炎症および／または潰瘍を改善、低減、または排除することができる。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法は、腹部不快感または疼痛、頻繁な結腸の空化、便意喪失および緊急性便通、持続性の下痢、血便、食欲不振、ならびに体重減少を含むがこれらに限定されない、ＵＣに関連する１つ以上の症状を改善、低減、または排除することができる。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法は、ＵＣに罹患した小児における成長および発達の遅延を低減または予防することができる。
さまざまな態様では、方法は、必要な対象においてＵＣを処置するために本明細書に記載される組成物を投与することを含む。たとえば、対象の処置の成功は、以下の指標を使用して測定することができ、たとえば、本方法は、対象の活動スコア閾値を重度から中程度、軽度、もしくは寛解に変化させるか、または患者のスコアを中程度から軽度もしくは寛解に変化させるか、または患者のスコアを軽度から寛解に変化させる（表１参照）。
Figure 2022552005000003
Figure 2022552005000004
いくつかの態様では、方法は、必要な対象において過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を処置するために本明細書に記載される医薬組成物を投与することを含む。ＩＢＳは、結腸に影響を及ぼす一般的な障害であり、痙攣、腹痛、鼓脹、ガス、下痢、および便秘を引き起こし得る。ＩＢＳは、主症状が下痢（主に下痢（ｄｉａｒｒｈｅａ）を伴うＩＢＳ、ＩＢＳ－Ｄ）か、便秘（主に便秘（ｃｏｎｓｔｉｐａｔｉｏｎ）を伴うＩＢＳ、ＩＢＳ－Ｃ）か、または混合症状（便秘と下痢とが交互に（ａｌｔｅｒｎａｔｉｎｇ）起こるＩＢＳ、ＩＢＳ－Ａ）かに基づいて分類される。本明細書に記載される方法は、ＩＢＳ－Ｄ、ＩＢＳ－Ｃ、および／またはＩＢＳ－Ａの１つ以上を処置するのに有効であり得る。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法（たとえば、本明細書に記載される組成物を投与することを含むもの）は、ＩＢＳ－Ｄ、ＩＢＳ－Ｃ、および／またはＩＢＳ－Ａの１つ以上に関連する１つ以上の症状を低減または排除することができる。
態様では、方法は、必要な対象における異常腸内ミクロフローラ（たとえば、腸内ディスバイオシスなど）に関連する疾患／障害を処置または予防するために、本明細書に記載される医薬組成物を投与することを含む。病気／障害は、過敏性腸症候群または痙攣性結腸を含む胃腸障害、便秘型ＦＢＤ、疼痛型ＦＢＤ、上腹部ＦＢＤを含む機能性腸疾患（ＦＢＤ：Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓｅａｓｅ）、非潰瘍性胃腸障害（ＮＵＤ：Ｎｏｎｕｌｃｅｒ Ｄｙｓｐｅｐｓｉａ）、胃食道逆流、クローン病を含む炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、不確定性大腸炎、コラーゲン大腸炎、顕微鏡的大腸炎、慢性クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症、偽膜性大腸炎、粘液性大腸炎、抗生物質関連大腸炎、突発性または単純性便秘、憩室性疾患、ＡＩＤＳ腸症、小腸細菌異常増殖、セリアック病、ポリポーシスコイル、結腸ポリープ、慢性突発性偽性閉塞症候群、および中毒性巨大結腸症から選択され得る。
態様では、方法は、必要な対象において肝障害に関連する障害を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。肝障害の非限定的な例としては、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ：Ｐｒｉｍａｒｙ Ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ Ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ）、脂肪肝、および特発性肝硬変が挙げられる。態様では、こうした疾患／障害は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象においてリウマチ障害を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。リウマチ障害の非限定的な例としては、関節リウマチ、非関節リウマチ、非リウマチ因子陽性関節炎、強直性脊椎炎、ライム病、およびライター症候群が挙げられる。態様では、こうした疾患／障害は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象における免疫媒介性障害を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。免疫媒介性障害の非限定的な例としては、糸球体腎炎、溶血性尿毒症症候群、若年型糖尿病、混合型クリオグロブリン血症、多発性動脈炎、家族性地中海熱、アミロイドーシス、強皮症、全身性紅斑性狼瘡、およびベーチェット症候群が挙げられる。態様では、こうした疾患／障害は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象における自己免疫障害を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。自己免疫障害の非限定的な例としては、急性散在性脳脊髄炎（ＡＤＥＭ：Ａｃｕｔｅ Ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅｄ Ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ）、急性壊死性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、アミロイドーシス、強直性脊椎炎、抗ＧＢＭ／抗ＴＢＭ腎炎、抗リン脂質抗体症候群（ＡＰＳ：Ａｎｔｉｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、自己免疫性血管性浮腫、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性自律神経障害、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性高脂血症、自己免疫性免疫不全、自己免疫性内耳疾患（ＡＩＥＤ：Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｉｎｎｅｒ Ｅａｒ Ｄｉｓｅａｓｅ）、自己免疫性心筋炎、自己免疫性卵巣炎、自己免疫性膵炎、自己免疫性網膜症、自己免疫性血小板減少性紫斑病（ＡＴＰ：Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｐｅｎｉｃ Ｐｕｒｐｕｒａ）、自己免疫性甲状腺疾患、自己免疫性蕁麻疹、軸索および神経障害、バロ病、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、キャッスルマン病、セリアック病、シャーガス病、慢性炎症性脱髄性多発神経障害（ＣＩＤＰ：Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｄｅｍｙｅｌｉｎａｔｉｎｇ Ｐｏｌｙｎｅｕｒｏｐａｔｈｙ）、慢性再発性多発性骨髄炎（ＣＲＭＯ：Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｕｌｔｉｆｏｃａｌ Ｏｓｔｏｍｙｅｌｉｔｉｓ）、チャーグ－ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡／良性粘膜類天疱瘡、クローン病、コーガン症候群、寒冷凝集素病、先天性心ブロック、コクサッキー心筋炎、ＣＲＥＳＴ病、本態性混合型クリオグロブリン血症、脱髄神経障害、疱疹状皮膚炎、皮膚筋炎、デビック病（視神経脊髄炎）、円板状狼瘡、ドレスラー症候群、子宮内膜炎、好酸球性食道炎、好酸球性筋膜炎、結節性紅斑、実験的アレルギー性脳脊髄炎、エバンス症候群、線維化肺胞炎、巨細胞性動脈炎（側頭動脈炎）、巨細胞性心筋炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、多発性血管炎を伴う肉芽腫症（ＧＰＡ：Ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｏｓｉｓ Ｗｉｔｈ Ｐｏｌｙａｎｇｉｉｔｉｓ）、グレーブズ病、ギラン－バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ－シェーンライン紫斑病、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ：ｉｄｉｏｐａｔｈｉｃ ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｐｅｎｉｃ ｐｕｒｐｕｒａ）、ＩｇＡ腎症、ＩｇＧ４関連硬化性疾患、免疫調節リポタンパク質、封入体筋炎、間質性膀胱炎、若年性関節炎、若年性突発性関節炎、若年性筋炎、川崎病、ランバート－イートン症候群、白血球破砕性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、木質結膜炎、線形ＩｇＡ病（ＬＡＤ：ｌｉｎｅａｒ ＩｇＡ ｄｉｓｅａｓｅ）、狼瘡（全身性紅斑性狼瘡）、慢性ライム病、メニエール病、顕微鏡的多発性血管炎、混合性結合組織病（ＭＣＴＤ：Ｍｉｘｅｄ Ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｅ Ｔｉｓｓｕｅ Ｄｉｓｅａｓｅ）、モーレン潰瘍、ムシャ－ヘイバーマン病、多発性硬化症、重症性筋無力症、筋炎、ナルコレプシー、視神経脊髄炎（デビック病）、好中球減少、眼瘢痕性類天疱瘡、視神経炎、回帰性リウマチ、ＰＡＮＤＡＳ（ストレプトコッカスに関連する小児自己免疫性神経精神障害（Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｉａｔｒｉｃ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ））、傍腫瘍性小脳変性症、発作性夜間血色素尿症（ＰＮＨ：Ｐａｒｏｘｙｓｍａｌ Ｎｏｃｔｕｒｎａｌ Ｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎｕｒｉａ）、パリー・ロンベルグ症候群、パーソネージ－ターナー症候群、毛様体扁平部炎（周辺性ブドウ膜炎）、天疱瘡、末梢ニューロパシー、静脈周囲脳脊髄炎、悪性貧血、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発性動脈炎、Ｉ型、ＩＩ型、およびＩＩＩ型自己免疫性多腺性症候群、リウマチ性多発性筋痛、多発性筋炎、心筋梗塞後症候群、心臓切開術後症候群、プロゲステロン皮膚炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、乾せん、乾せん性関節炎、特発性肺線維症、壊疽性膿皮症、赤芽球癆、レイノー現象、反応性関節炎、反射性交感神経性ジストロフィー、ライター症候群、再発性多発軟骨炎、下肢静止不能症候群、後腹膜線維症、リウマチ熱、リウマチ性関節炎、サルコイドーシス、シュミット症候群、強膜炎、硬皮症、シェーグレン症候群、精子および精巣自己免疫、スティッフパーソン症候群、亜急性感染性心内膜炎（ＳＢＥ：Ｓｕｂａｃｕｔｅ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｅｎｄｏｃａｒｄｉｔｉｓ）、スザック症候群、交感性眼炎、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、血小板減少性紫斑病（ＴＴＰ：Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｐｅｎｉｃ Ｐｕｒｐｕｒａ）、トロサ－ハント症候群、横断性脊髄炎、１型糖尿病、喘息、潰瘍性大腸炎、未分化結合組織疾患（ＵＣＴＤ：Ｕｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ Ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｅ Ｔｉｓｓｕｅ Ｄｉｓｅａｓｅ）、ブドウ膜炎、血管炎、水疱性皮膚疾患、白斑、およびヴェーゲナー肉芽腫症が挙げられる。態様では、こうした障害は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において神経学的症候群を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。神経学的症候群の非限定的な例としては、慢性疲労症候群、片頭痛、多発性硬化症、筋萎縮性側索硬化症、重症筋無力症、ギラン－バレー症候群、パーキンソン病、アルツハイマー病、慢性炎症性脱髄性多発神経障害、およびその他の変性障害が挙げられる。態様では、こうした症候群は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象における精神（ｐｓｙｃｈｉａｔｒｉｃ）障害または精神（ｍｅｎｔａｌ）障害を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。精神（ｐｓｙｃｈｉａｔｒｉｃ）障害または精神（ｍｅｎｔａｌ）障害の非限定的な例としては、慢性うつ、統合失調症、精神（ｐｓｙｃｈｏｔｉｃ）障害、躁鬱性疾患、以下を含む退行性障害、アスペルガー症候群、レット症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ：Ａｔｔｅｎｔｉｏｎ Ｄｅｆｉｃｉｔ Ｈｙｐｅｒａｃｔｉｖｉｔｙ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、注意欠陥障害（ＡＤＤ：Ａｔｔｅｎｔｉｏｎ Ｄｅｆｉｃｉｔ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、退行性障害、自閉症、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ：Ｓｕｄｄｅｎ Ｉｎｆａｎｔ Ｄｅａｔｈ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、および神経性食欲不振症が挙げられる。態様では、こうした疾患／障害は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において皮膚疾患を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。皮膚疾患の非限定的な例としては、慢性蕁麻疹、ざ瘡、湿疹、アトピー性皮膚炎、接触性皮膚炎、疱疹状皮膚炎、および血管炎障害が挙げられる。態様では、こうした疾患／障害は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において心血管障害および／または血管障害を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。態様では、こうした疾患／障害は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において血流感染症（ＢＳＩ：ｂｌｏｏｄｓｔｒｅａｍ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。こうしたＢＳＩのリスクがある患者としては、固形臓器移植患者、たとえば血液透析中などの慢性腎疾患患者、および腫瘍患者が挙げられるが、これらに限定されない。態様では、こうしたＢＳＩは、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象におけるカテーテルまたは血管内感染症（たとえば、中心ライン感染症など）を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。態様では、こうした感染症は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象における皮膚または軟組織感染症を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。態様では、こうした感染症は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象における手術部位感染症を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。態様では、こうした感染症は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象における尿路感染症（たとえば、抗生物質耐性尿路感染症およびカテーテル関連尿路感染症など）を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。態様では、こうした感染症は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において創傷感染症を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。態様では、こうした感染症は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において感染症を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。感染症の非限定的な例としては、抗生物質耐性感染症および抗生物質感受性感染症が挙げられる。態様では、こうした感染症は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、本明細書に記載される医薬組成物および方法は、髄膜炎を処置または予防することができる。態様では、髄膜炎は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において、たとえば人工呼吸器関連肺炎などの肺炎を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。態様では、肺炎は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、本明細書に記載される組成物、製剤、および方法は、外来患者環境、入院施設、および／または長期ケア施設にいる患者集団において使用できる。こうした患者集団は院内感染症のリスクがある。態様では、こうした感染症は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
態様では、方法は、必要な対象において原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。たとえば、対象に投与される医薬組成物中に提供される１つ以上の細菌単離物は、ディスバイオシスの腸内マイクロバイオームを健全なコミュニティと置き換えることによって、少なくとも胆管炎症を低減し、かつ／または肝機能を改善し得る。
態様では、方法は、必要な対象において下痢性疾患を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。下痢性疾患の非限定的な例としては、急性血性下痢（たとえば、赤痢など）、急性水様性下痢（たとえば、コレラなど）、チェックポイント阻害剤関連大腸炎、食中毒による下痢、持続性下痢、および旅行者下痢が挙げられる。態様では、下痢は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
さまざまな態様では、本明細書に記載される医薬組成物の投与は、本明細書に記載される状態、疾患、または障害に関連する１つ以上の症状を低減、改善、または排除することができる。例示的な症状としては、下痢、血便、口腔潰瘍、肛門周囲疾患、腹痛、腹部痙攣、発熱、倦怠感、体重減少、鉄欠乏、貧血、食欲不振、体重減少、拒食症、成長遅延、思春期発育遅延、ならびに皮膚、眼、関節、肝臓、および胆管の炎症が挙げられるが、これらに限定されない。態様では、この症状は、対象の腸内ディスバイオシスに関係する。
いくつかの態様では、方法は、必要な対象のＧＩ管における病原性細菌による感染症を処置もしくは予防し、かつ／または病原性細菌の成長を阻害するかもしくは数を減少させるために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。ある態様では、病原性細菌は、たとえばサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）などの腸内細菌である。さまざまな態様では、方法は、患者の腸内のさまざまな大腸菌群（毒性および／または抗生物質耐性である大腸菌群を含む）の異常増殖を軽減または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。例示的な大腸菌群には、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、ハフニア（Ｈａｆｎｉａ）、ケルブシエラ（Ｋｅｌｂｓｉｅｌｌａ）、およびエシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）が含まれる。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法および組成物は、耐性生物による二次感染症を予防または減少させる。
さらに他の態様では、方法は、必要な対象において腸の感染性疾患を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。腸の感染性疾患の非限定的な例としては、ＣＤＩおよび／もしくはＣＤＡＤ、院内感染症、二次的緊急感染症、アメーバ症、腸結核、または寄生虫障害が挙げられる。いくつかの態様では、本明細書において提供されるのは、ＣＤＩおよび／またはＣＤＡＤを処置または予防するための方法であって、本明細書に記載の医薬組成物の有効量を、必要な対象または患者に投与することを含む方法である。さまざまな態様では、ＣＤＩまたはＣＤＡＤは、Ｃ．ディフィシル下痢（ＣＤＤ：Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ｄｉａｒｒｈｅａ）、Ｃ．ディフィシル（ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）腸炎症性疾患、大腸炎、偽膜性大腸炎、発熱、腹痛、脱水および電解質異常、巨大結腸症、腹膜炎、ならびに結腸の穿孔および／または破裂のうちの１つ以上を含む。
さまざまな態様では、本明細書に記載される組成物は、初期発症または再燃／再発（たとえば、抗生物質療法の継続または再開などに起因するもの）の状況におけるＧＩディスバイオシスに関連する疾患または状態を処置または予防するために、必要な対象に投与される。たとえば、以前にＧＩディスバイオシスに罹患したことがある対象において、本医薬組成物または製剤は、対象における再発の最初の症状の際に投与され得る。非限定的な例として、再発の症状は、軽度の場合、１日当たり約５～約１０回の水様便通、有意な発熱なし、かつ軽度の腹部痙攣のみを含み、一方で血液検査は白血球数最大約１５，０００までの軽度の上昇（正常レベルは最大約１０，０００）を示してもよく、重篤な場合、１日当たり約１２回を超える水様便、悪心、嘔吐、高熱（たとえば、約１０２～１０４°Ｆ）、直腸出血、腹部激痛（たとえば、圧痛を伴うもの）、腹部膨張、および高い白血球数（たとえば、約１５，０００～約４０，０００）を含む。
いくつかの態様では、本明細書に記載の方法を使用して、ＧＩディスバイオシスに関連する疾患もしくは状態に罹患しているか、または罹患しやすい対象もしくは患者を処置することができる。たとえば、対象は、対象をＧＩディスバイオシスに関連する疾患または状態になりやすくするような初期療法および／または補助療法を受けているか、または受けたことがあり得る。いくつかの態様では、対象は、抗生物質による処置を受けているか、または処置を受けたことがある。たとえば、対象は、過去約３０日の間に抗生物質を摂取したか、かつ／または（たとえば、慢性疾患などによる）弱い免疫系を有し得る。別の例では、患者は、最近集中治療室を含む病院内にいたことがあり得る。したがって、いくつかの態様では、方法は、必要な対象における院内（ｎｏｓｏｃｏｍｉａｌ）感染症および／または二次緊急感染症および／または院内感染症（ＨＡＩ：ｈｏｓｐｉｔａｌ ａｃｑｕｉｒｅｄ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）を処置または予防するために、本明細書に記載される組成物を投与することを含む。
さまざまな態様では、有効量の微生物治療剤（たとえば、１つ以上の細菌単離物）を必要な対象に投与することを含む、ＧＩ管における抗生物質誘発性有害作用を処置するための方法が本明細書に記載される。別の態様では、有効量の微生物治療剤を必要な対象に投与することを含む、ＧＩ管における抗生物質誘発性有害作用を予防するための方法が本明細書で提供される。
別の態様では、本明細書に開示される医薬組成物または複数の医薬組成物は、たとえば必要な対象において本明細書に記載される状態、疾患、または障害を処置するなどのための薬物の製造において使用され得る。さまざまな態様では、本明細書に記載される細菌単離物は、抗生物質誘発性の損傷から腸内マイクロバイオームを保護する。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法は、下痢、悪心、嘔吐、味覚異常、大腸炎、および偽膜性大腸炎の疾患および／または症状を含むがこれらに限定されない抗生物質関連有害作用を処置または予防できる。ある態様では、本明細書に記載される方法は、抗生物質関連下痢（ＡＡＤ：ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｄｉａｒｒｈｅａ）を処置または予防するために使用され得る。
本明細書では、必要な対象の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達する方法が提供され、この方法は、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株が対象の腸に生着して対象の腸にＳＣＦＡを放出するように、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株を含む細菌混合物を含む医薬組成物を対象に投与することを含む。
本明細書では、必要な対象の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達する方法が提供され、この方法は、未培養糞便細菌のＳＣＦＡ産生細菌株が対象の腸に生着して対象の腸にＳＣＦＡを放出するように、１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択された未培養糞便細菌を含む細菌混合物を対象に投与することを含む。ある態様では、医薬組成物の投与後の対象の腸における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量は、組成物の投与前の対象の腸における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量よりも多い。
本明細書では、必要な対象の腸に１つ以上のＳＣＦＡを送達する方法が提供され、この方法は、対象の腸内細菌によって産生されるＳＣＦＡのレベルを決定または診断する（すなわち、腸内細菌によって産生および／または分泌されるＳＣＦＡ分子のレベルが決定される）ことと、腸内細菌によって産生されるＳＣＦＡのレベルに基づいて、本明細書に記載される医薬組成物を対象に投与することとを含む。ある態様では、医薬組成物は、腸内細菌によって産生されるＳＣＦＡのレベルが閾値レベル未満であるときに投与される。
ある態様では、対象の腸内細菌によって産生されるＳＣＦＡの存在またはレベルは、対象の糞便から直接決定される（たとえば、ガスクロマトグラフィーを使用した直接ＳＣＦＡ定量アッセイなどで）。
態様として、ＳＣＦＡはブチレートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のブチレートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のブチレートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１ｎｍｏｌである。
ある態様では、ＳＣＦＡはアセテートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のアセテートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のアセテートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり７０、６５、６０、５９、５８、５７、５６、５５、５４、５３、５２、５１、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１ｎｍｏｌである。
ある態様では、ＳＣＦＡはカプロエートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のカプロエートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のカプロエートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり８、７．９、７．８、７．７、７．６、７．５、７．４、７．３、７．２、７．１、７、６．９、６．８、６．７、６．６、６．５、６．４、６．３、６．２、６．１、６、５．９、５．８、５．７、５．６、５．５、５．４、５．３、５．２、５．１、５、４．９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎｍｏｌである。
ある態様では、ＳＣＦＡはヘプタノエートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のヘプタノエートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のヘプタノエートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり１１、１０．５、１０、９．５、９、８．９、８．８、８．７、８．６、８．５、８．４、８．３、８．２、８．１、８、７．９、７．８、７．７、７．６、７．５、７．４、７．３、７．２、７．１、７、６．９、６．８、６．７、６．６、６．５、６．４、６．３、６．２、６．１、６、５．９、５．８、５．７、５．６、５．５、５．４、５．３、５．２、５．１、５、４．９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎｍｏｌである。
ある態様では、ＳＣＦＡはイソブチレートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のイソブチレートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のイソブチレートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり５、４．９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎｍｏｌである。
ある態様では、ＳＣＦＡはイソカプロエートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のイソカプロエートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のイソカプロエートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり５、４．９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎｍｏｌである。
ある態様では、ＳＣＦＡはイソバレレートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のイソバレレートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のイソバレレートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり８、７．９、７．８、７．７、７．６、７．５、７．４、７．３、７．２、７．１、７、６．９、６．８、６．７、６．６、６．５、６．４、６．３、６．２、６．１、６、５．９、５．８、５．７、５．６、５．５、５．４、５．３、５．２、５．１、５、４．９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎｍｏｌである。
態様として、ＳＣＦＡはプロピオナートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のプロピオナートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のプロピオナートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１ｎｍｏｌである。
ある態様では、ＳＣＦＡはバレレートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、対象の糞便中のバレレートのレベルまたは存在が閾値レベル未満であると決定されたときに対象に投与される。態様では、対象の糞便中のバレレートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり７、６．９、６．８、６．７、６．６、６．５、６．４、６．３、６．２、６．１、６、５．９、５．８、５．７、５．６、５．５、５．４、５．３、５．２、５．１、５、４．９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎｍｏｌである。
ある態様では、対象の腸内細菌によって産生されるＳＣＦＡの存在またはレベルは、対象の糞便から腸内細菌を抽出または採取した後の機能アッセイにおいて（たとえば、腸内細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力を直接決定する「エクスビボ」アッセイにおいて）決定される。たとえば、対象の糞便から（たとえば、濾過および／または遠心分離によって）糞便細菌を抽出し、１つ以上の基質（たとえば、イヌリン、オリゴ糖、サンファイバー、および／または白インゲンマメ粉末などの１つ以上の炭水化物基質）と共にある期間（たとえば、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４時間、または２４時間超）インキュベートし、その基質を代謝することによって糞便細菌が産生したＳＣＦＡの存在またはレベルをガスクロマトグラフィーを使用して決定できる）。ある態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、（たとえば、エクスビボアッセイなどの機能アッセイにおいて）糞便細菌によって産生されたＳＣＦＡが閾値レベル未満であるという決定に基づいて、対象に投与され得る。
ある態様では、ＳＣＦＡはブチレートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、機能アッセイによって決定された対象の糞便細菌によって産生されたブチレートのレベルが閾値レベル未満であるときに対象に投与される。態様では、ブチレートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は４０、３５、３０、２９、２８、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１ｍＭである。
ある態様では、ＳＣＦＡはアセテートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、機能アッセイによって決定された対象の糞便細菌によって産生されたアセテートのレベルが閾値レベル未満であるときに対象に投与される。態様では、アセテートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は６０、５５、５０、４５、４０、３５、３０、２９、２８、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１ｍＭである。
ある態様では、ＳＣＦＡはプロピオナートであり、本明細書に記載される医薬組成物は、機能アッセイによって決定された対象の糞便細菌によって産生されたプロピオナートのレベルが閾値レベル未満であるときに対象に投与される。態様では、プロピオナートの閾値レベル（すなわち、それ未満のときに医薬組成物が投与される）は２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１ｍＭである。
ある態様では、対象の腸内細菌が閾値レベル未満の１つ以上のＳＣＦＡを産生するという決定に基づいて、医薬組成物（たとえば、調製物または未培養糞便細菌を含む細菌混合物を含むもの）を投与された対象を、投与後の対象の腸におけるＳＣＦＡレベルの増加についてモニターおよび／または検査することができる。たとえば、投与後、１つ以上のＳＣＦＡのレベルまたは存在を対象の糞便から直接定量してもよいし、機能アッセイ（たとえば、インビボアッセイなど）において糞便細菌によって産生された１つ以上のＳＣＦＡのレベルまたは存在を決定することもできる。さまざまな態様では、対象の腸における１つ以上のＳＣＦＡのレベルまたは存在の決定は、医薬組成物の投与後、少なくとも６時間、少なくとも１２時間、少なくとも１８時間、少なくとも２４時間、少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、少なくとも１２週間、少なくとも１３週間、少なくとも１４週間、少なくとも１５週間、または少なくとも１６週間で実施される。
ある態様では、対象の腸内細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡのレベルを決定することと、腸内細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡが閾値レベル未満であるという決定に基づいて、本明細書に記載される医薬組成物の第１の用量を投与することと、医薬組成物が投与された後に採取されたサンプル（たとえば、糞便）から対象の腸内細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡのレベルを決定することと、腸内細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡが閾値レベル未満であるという決定に基づいて、医薬組成物の第２の用量を投与することとを含む。
本開示の一態様では、必要な対象を処置するために提供される方法は、（１）単一ドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物の第１の薬学的に活性な用量を対象に投与することと、（２）追加用量が必要かどうか、または用量を調整すべきかどうかの有効性を決定するために対象を検査することと、（３）複数のドナーから混合された未培養糞便細菌の調製物を含む第２の医薬組成物を投与することと、（４）任意選択で、追加用量が必要かどうか、または用量を調整すべきかどうかの有効性を決定するために対象を検査することと、（５）任意選択で、複数のドナーから混合された未培養糞便細菌の調製物を含む第３の医薬組成物を投与することとを含み、ここでの複数のドナーは（ａ）第２の医薬組成物のすべてのドナーおよび追加のドナーを含むか、（ｂ）第２の医薬組成物に含まれていない糞便細菌のドナーを含むか、（ｃ）第２の医薬組成物に含まれる糞便細菌のドナーのすべてではないが一部を含むか、または第２の医薬組成物に含まれていない糞便細菌のドナーを含む。別の態様では、第１、第２、および第３の医薬組成物は、異なる順序（すなわち、第１、第３、第２；第３、第２、第１；第３、第１、第２；第２、第１、第３など）で投与される。
ＧＩ管機能の変化および／または改善を測定する方法としては、上皮および粘膜の直接検査のための内視鏡検査；構造変化および／または免疫バイオマーカーの直接評価のための組織学的評価および／または組織調達；非吸収性糖およびＬＰＳレベルによる透過性の評価のための尿検査；炎症および／または微生物叢変化の評価のための（たとえば、ＰＣＲなどによる）糞便検査；ならびに／あるいはＣＤ４＋細胞数、Ｔｈ１７細胞数、および／またはＬＰＳレベルを含む特異的マーカーの評価のための血液検査が挙げられ得るが、これらに限定されない。
態様では、本開示は、必要な対象における障害（たとえば、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ：ａｕｔｉｓｍ ｓｐｅｃｔｒｕｍ ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、または本明細書に列挙される別の適応症）を処置するための方法を提供し、この方法は、本明細書に記載される医薬組成物の薬学的に活性な用量を対象に投与することを含む。態様では、本開示は、必要な対象における障害（たとえば、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症、ＡＳＤ、潰瘍性大腸炎、またはクローン病など）を処置するための方法を提供し、この方法は、本明細書に記載される医薬組成物の薬学的に活性な用量を対象に毎日投与することを含む。態様では、医薬組成物は、必要な患者に少なくとも１日１回、少なくとも連続２日間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、少なくとも連続３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１週間に２回、３回、４回、または５回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、最大で連続４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間または週間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日１回、最大で連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間または月間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１回を少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヵ月または年に対して、対象の全生涯にわたって慢性的に、あるいは無期限に投与される。
態様では、医薬組成物は、必要な患者に少なくとも１日２回、少なくとも連続２日間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、少なくとも連続３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、最大で連続４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間または週間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日２回、最大で連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間または月間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも２回を少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヵ月または年に対して、対象の全生涯にわたって慢性的に、あるいは無期限に投与される。
態様では、医薬組成物は、必要な患者に少なくとも１日３回、少なくとも連続２日間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、少なくとも連続３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、最大で連続４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間または週間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも１日３回、最大で連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間または月間投与される。態様では、医薬組成物は、少なくとも３回を少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヵ月または年に対して、対象の全生涯にわたって慢性的に、あるいは無期限に投与される。
態様では、本開示は、必要な対象における障害（たとえば、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症、ＡＳＤ、潰瘍性大腸炎、またはクローン病など）を処置するための方法を提供し、この方法は、本明細書に記載される１つ以上の生存する非病原性細菌単離物を含む医薬組成物の薬学的に活性な用量を対象に経口投与することを含み、この用量は、少なくとも１日１回または２回、少なくとも連続３日間または３週間の投与スケジュールで投与される。態様では、用量は少なくとも１日１回、２回、または３回を、１～１２週間、２～１２週間、３～１２週間、４～１２週間、５～１２週間、６～１２週間、７～１２週間、８～１２週間、９～１２週間、１０～１２週間、１～２週間、２～３週間、３～４週間、４～５週間、５～６週間、６～７週間、７～８週間、８～９週間、９～１０週間、または１０～１１週間の期間にわたって投与される。
一態様では、本開示は、本明細書に記載される医薬組成物を投与することによって、必要な対象においてＡＳＤを処置するための方法を提供し、この方法は単回投与スケジュールを含む。一態様では、投与スケジュールは、少なくとも連続１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６週間の処置期間を含む。ある態様では、投与スケジュールは、毎日、１日おき、２日ごと、または３、４、５、６、７、８日ごとに用量を投与することを含む。
一態様では、本開示は、本明細書に記載される医薬組成物を投与することによって、必要な対象において障害を処置するための方法を提供し、この方法は、第１の投与スケジュールに続く第２の投与スケジュールを含む。一態様では、第１の投与スケジュールは、処置または誘導用量を含む。一態様では、第１の投与スケジュールは、継続的な投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、連続２日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、等価用量の連続２日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、単一日の用量を含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、連続３日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、連続４日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、連続５日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、連続６日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、連続７日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第１の投与スケジュールは、少なくとも連続３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２日間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第２の投与スケジュールは、第１の投与スケジュールの薬学的に活性な用量以下の維持用量を含む。別の態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも約２、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６週間続く。別の態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも連続２、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６週間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも連続２、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６週間の投与スケジュールを含む。別の態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも連続１２、１４、２１、２８、３５、４２、４９、５６、６３、７０、または７７日間の投与スケジュールを含む。一態様では、第２の投与スケジュールは、永続的に、処置される対象の全生涯にわたって、または無期限に続く。一態様では、第２の投与スケジュールは、継続的な投与スケジュールである。別の態様では、第２の投与スケジュールは、断続的な投与スケジュールである。さらなる態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日の処置期間と、それに続く少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日の休止期間とを含む断続的な投与スケジュールである。別の態様では、第２の投与スケジュールは、第２の用量（たとえば、維持用量）を、１日おき、２日ごと、または３、４、５、６、７、８日ごとに投与することを含む。別の態様では、維持用量は、漸増（または別様に投与量もしくは投与スケジュールを変更すること）を伴うか、または伴わずに、長期間にわたって投与される。一態様では、第１および第２の投与スケジュールの間に間隔はない。別の態様では、第１および第２の投与スケジュールの間の間隔は、少なくとも１、２、３、４、５、６、または７日である。一態様では、第１および第２の投与スケジュールの間の間隔は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６週間である。別の態様では、第２の投与スケジュール（たとえば、維持用量）は、第１の投与スケジュール（たとえば、初期処置用量）で使用される投与量よりも約２、３、４、５、１０、５０、１００、２００、４００、または５００倍低い用量を含む。別の態様では、第２の投与スケジュール（たとえば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（たとえば、初期処置投与スケジュール）以下の投与頻度を有する。別の態様では、第２の投与スケジュール（たとえば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（たとえば、初期処置投与スケジュール）よりも長い投与間隔を有する。
態様では、本開示は、必要な対象における障害（たとえば、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症、ＡＳＤ、潰瘍性大腸炎、またはクローン病など）を処置するための方法を提供し、この方法は、併用処置または併用療法を含む。たとえば、この方法は、二重併用療法、三重併用療法、または四重併用療法を含み得る。
別の態様では、必要な対象における状態、疾患、または障害の予防または処置に使用するための、たとえば本明細書に開示される２つ以上の医薬組成物などの複数の医薬組成物が本明細書に開示される。態様では、第１の組成物は、本明細書に記載される１つ以上の細菌単離物を含む。態様では、第２の組成物は、未培養糞便細菌の調製物（たとえば、糞便サンプルから精製された実質的に完全な糞便微生物叢など）を含む。対象は、障害を処置または予防するために、任意の順序の第１および第２の組成物で処置され得る。たとえば、一態様では、対象は未培養糞便細菌の調製物を含む組成物で処置され、続いて１つ以上の細菌単離物を含む組成物で処置される。別の態様では、対象は１つ以上の細菌単離物を含む組成物で処置され、続いて未培養糞便細菌の調製物を含む組成物で処置される。さらに他の態様では、対象は、１つ以上の細菌単離物を含む組成物および未培養糞便細菌の調製物を含む組成物で（たとえば、細菌単離物および未培養糞便細菌の両方を含む組成物で、または各々が細菌単離物もしくは未培養糞便細菌の調製物のうちの１つを含む複数の組成物で）同時に処置され得る。
ある態様では、対象の状態、疾患、または障害を処置または予防するための方法は、（ｉ）１つ以上の細菌単離物を含む医薬組成物と、（ｉｉ）未培養糞便細菌の調製物とを対象に投与することを含む。たとえば、１つ以上の細菌単離物は、未培養糞便細菌の前または後に投与することも、同時に（たとえば、異なる組成物中で、または同じ組成物中で一緒に）投与することもできる。別の態様では、対象の障害を処置するための方法は、（ｉ）細菌混合物を含む医薬組成物（たとえば、未培養糞便細菌の調製物を含むもの）と、（ｉｉ）１つ以上の抗生物質とを対象に投与することを含む。典型的には、細菌混合物からの細菌を腸に補充する前に対象の腸から有害細菌および／または病原性細菌を除去するために、細菌混合物の投与前に対象に抗生物質を投与する。ある態様では、対象の障害を処置するための方法は、（ｉ）細菌混合物を含む医薬組成物（たとえば、未培養糞便細菌の調製物を含むもの）と、（ｉｉ）プレバイオティクスとを対象に投与することを含む。たとえば、細菌混合物は、プレバイオティクスの前または後に投与することも、同時に（たとえば、異なる組成物中で、または同じ組成物中で一緒に）投与することもできる。上記の例の各々について、処置方法における任意の所与の成分を複数回投与し得ることがさらに理解される。たとえば、未培養糞便細菌の調製物を対象に投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物の第２の投与を行い得る。
ある態様では、対象の状態、疾患、または障害を処置または予防するための方法は、（ｉ）１つ以上の細菌単離物を含む医薬組成物と、（ｉｉ）未培養糞便細菌の調製物と、（ｉｉｉ）１つ以上の抗生物質とを対象に投与することを含む。（ｉ）～（ｉｉｉ）の異なる成分は、任意の順序で対象に投与され得る。たとえば、対象に１つ以上の抗生物質を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与できる。別の例では、対象に１つ以上の抗生物質を投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与できる。上記の例の各々について、処置方法における任意の所与の成分を複数回投与し得ることがさらに理解される。たとえば、対象に抗生物質を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物の第２の投与を行い得る。
ある態様では、対象の状態、疾患、または障害を処置または予防するための方法は、（ｉ）１つ以上の細菌単離物を含む医薬組成物と、（ｉｉ）未培養糞便細菌の調製物と、（ｉｉｉ）１つ以上のプレバイオティクスとを対象に投与することを含む。（ｉ）～（ｉｉｉ）の異なる成分は、任意の順序で対象に投与され得る。たとえば、対象に１つ以上のプレバイオティクスを投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与できる。別の例では、対象に１つ以上のプレバイオティクスを投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与できる。別の例では、１つ以上の細菌単離物および／または未培養糞便細菌の調製物の一方または両方の投与後に、対象に１つ以上のプレバイオティクスが投与され得る。上記の例の各々について、処置方法における任意の所与の成分を複数回投与し得ることがさらに理解される。たとえば、未培養糞便細菌の調製物を対象に投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与し、続いてプレバイオティクスを投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物の第２の投与を行い得る。
ある態様では、対象の状態、疾患、または障害を処置または予防するための方法は、（ｉ）１つ以上の細菌単離物を含む医薬組成物と、（ｉｉ）未培養糞便細菌の調製物と、（ｉｉｉ）１つ以上のプレバイオティクスと、（ｉｖ）１つ以上の抗生物質とを対象に投与することを含む。（ｉ）～（ｉｖ）の異なる成分は、任意の順序で対象に投与され得る。たとえば、対象に１つ以上の抗生物質を投与し、続いて１つ以上のプレバイオティクスを投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与できる。別の例では、対象に１つ以上の抗生物質を投与し、続いて１つ以上のプレバイオティクスを投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与できる。別の例では、プレバイオティクスは、１つ以上の細菌単離物および／または未培養糞便細菌の調製物の一方または両方の後に投与され得る。上記の例の各々について、処置方法における任意の所与の成分を複数回投与し得ることがさらに理解される。たとえば、対象に抗生物質を投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物を投与し、続いて１つ以上の細菌単離物を投与し、続いてプレバイオティクスを投与し、続いて未培養糞便細菌の調製物の第２の投与を行い得る。
上記の併用処置の各々において、異なる処置の間（たとえば、未培養糞便細菌の調製物の投与と１つ以上の細菌単離物の投与との間）の期間は、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも６時間、少なくとも１２時間、少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、または８週間超であり得る。
一態様では、本明細書に記載される組成物を投与することによって処置される対象は、既に障害（たとえば、ＩＢＤ、ＩＢＳ、またはＡＳＤなど）を有する対象である。別の態様では、医薬組成物は、障害（たとえば、ＩＢＤ、ＩＢＳ、またはＡＳＤなど）の遺伝的素因またはその傾向がある臨床的に無症候性のヒト対象に投与され、臨床症状の発症を予防するのにも有用である。障害に対する遺伝的素因またはその傾向があるヒト対象は、その障害を示すかまたはそれに罹患した近親者または親戚を有するヒト対象であり得る。別の態様では、本明細書に記載される組成物を投与することによって処置される対象は、障害を予防すべき対象である。別の態様では、本明細書に記載される組成物を投与することによって処置される対象は、障害の素因があるか、または障害に罹患しやすい。別の態様では、本明細書に記載される組成物を投与することによって処置される対象は、障害を有すると診断された対象である。一態様では、本明細書に記載される組成物を投与することによって処置される対象は、その処置が必要な患者である。
一態様では、本明細書に記載される組成物を投与することによって処置される対象は、ヒト患者である。一態様では、患者は男性患者である。一態様では、患者は女性患者である。一態様では、患者は未熟児である。一態様では、患者は満期産新生児である。一態様では、患者は新生児である。一態様では、患者は乳児である。一態様では、患者は幼児である。一態様では、患者は低年齢の小児である。一態様では、患者は小児である。一態様では、患者は青年である。一態様では、患者は小児患者である。一態様では、患者は高齢患者である。一態様では、ヒト患者は約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の小児患者である。別の態様では、ヒト患者は成人患者である。別の態様では、ヒト患者は高齢患者である。さらなる態様では、ヒト患者は、約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える患者である。別の態様では、患者は約１～５、２～１０、３～１８、２１～５０、２１～４０、２１～３０、５０～９０、６０～９０、７０～９０、６０～８０、または６５～７５歳である。一態様では、患者は前期高齢患者（６５～７４歳）である。一態様では、患者は中期高齢患者（７５～８４歳）である。一態様では、患者は高齢患者（＞８５歳）である。
一態様では、本開示は、必要な対象を処置するための方法を提供し、この方法は、異なる用量が、慎重にスクリーニングされた異なる健常ドナーに由来する未培養糞便細菌の調製物を含むようにして、細菌混合物を含む医薬組成物の複数の薬学的に活性な用量を対象に投与することを含む。ある態様では、対象は、投与期間にわたって医薬組成物を投与され、第１の用量は、単一のドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む少なくとも１つの医薬組成物を含み、医薬組成物の第２の用量は、第１の用量のドナーとは異なる単一のドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む。別の態様では、第１の用量は、単一のドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を含み、第２の用量は、ドナープールの未培養糞便細菌の調製物を含む。第１および第２の用量は、対象への投与の順序を示すものではなく、別々のドナー由来の未培養糞便細菌の調製物が非混合形態で使用されてもよいことを示す。さらに別の態様では、複数の慎重にスクリーニングされた健常ドナー由来の未培養糞便細菌の調製物が、混合形態で提供される。
ある態様では、本明細書で使用される医薬組成物は、予め選択された望ましい特徴を有するか、または特定の前処理を受けたドナーに由来する未培養糞便細菌の調製物を含む細菌混合物を含む。ある態様では、ドナーは、ドナー由来の未培養糞便細菌の調製物で処置されるべき障害（たとえば、ＩＢＤ、ＩＢＳ、またはＡＳＤなど）の現在もしくは過去の診断を有さないか、またはその症状を有さない。別の態様では、ドナーは、ドナーに由来する未培養糞便細菌の調製物で処置されるべき障害と診断されたかまたは障害の症状を示す家族または直接の親戚を有さない。別の態様では、ドナーは、ドナーに由来する未培養糞便細菌の調製物で処置されるべき障害と診断されたかまたはその症状を示す兄弟姉妹、親、または子を有さない。ある態様では、ドナーは、過去に任意の糞便微生物叢移植を受けていない。ある態様では、糞便ドナーは、過去にたとえばＣ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）などのＧＩ障害を処置するために糞便を提供したことがある。
ある態様では、本開示は、単一ドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物の薬学的に活性な用量を対象に投与することによって、必要な対象を処置するための方法を提供する。別の態様では、投与に続いて、医薬組成物の薬学的に活性な用量の有効性を決定するための検査が行われる。別の態様では、対象の検査は、医薬組成物の活性用量を調整すべきかどうかを決定するための結果を提供する。別の態様では、検査に続いて、複数のドナーから混合された未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物が投与される。
別の態様では、本開示は、単一ドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を含有するカプセルによって、必要な対象を処置するための方法を提供する。別の態様では、カプセルは、複数のドナー由来の未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を含む。一態様では、対象は、単一であるが異なるドナー由来の未培養糞便細菌の調製物を含む２つ以上の丸剤を投与される。
一態様では、本開示は、処置期間における以前の投与と類似するかまたは異なる単一ドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を投与することを含む、必要な対象を処置するための方法を提供する。別の態様では、処置期間は、単一のドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を含む第１の用量の投与と、複数のドナーの未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を含む第２の用量の投与とを含む。
ある態様では、本開示は、胆汁酸変換株が豊富な糞便細菌の調製物を投与することを含む、必要な患者における過敏性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法を提供し、必要な患者は、たとえば一次胆汁酸から二次胆汁酸への不十分な変換などの不十分な胆汁酸代謝を有する。別の態様では、本開示は、ある相対存在量の二次胆汁酸を有する糞便細菌の調製物を投与することを提供し、必要な患者は、たとえば一次胆汁酸から二次胆汁酸への不十分な変換などの不十分な胆汁酸代謝を有する。別の態様では、糞便細菌の調製物中の二次胆汁酸の相対存在量は、閾値レベル以上である。本開示のある態様では、過敏性腸疾患（ＩＢＤ）患者は、クローン病患者か、潰瘍性大腸炎患者か、回腸嚢炎患者か、またはこれらの組み合わせである。
別の態様では、本開示は、閾値を超える量の二次胆汁酸および胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、不十分な胆汁酸代謝を有する必要な患者における過敏性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法を提供する。
ある態様では、本開示は、不十分な胆汁酸代謝を有する患者におけるクローン病を処置する方法を提供する。ある態様では、本開示は、二次胆汁酸の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを提供する。別の態様では、本開示は、胆汁酸変換株の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを提供する。さらなる態様では、本開示は、二次胆汁酸の量および胆汁酸変換株の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを提供する。別の態様では、本開示は、閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することによって、患者における胆汁酸変換株を増加させることを提供し、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される。
ある態様では、本開示は、不十分な胆汁酸代謝を有する患者における潰瘍性大腸炎を処置する方法を提供する。ある態様では、本開示は、二次胆汁酸の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを提供する。別の態様では、本開示は、胆汁酸変換株の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを提供する。さらなる態様では、本開示は、二次胆汁酸の量および胆汁酸変換株の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを提供する。別の態様では、本開示は、閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することによって、患者における胆汁酸変換株を増加させることを提供し、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される。
別の態様では、本開示は、閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有する潰瘍性大腸炎患者を処置する方法を提供し、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される。別の態様では、本開示は、閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有するクローン病患者を処置する方法を提供し、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される。別の態様では、本開示は、閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有する過敏性腸疾患患者を処置する方法を提供し、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される。
別の態様では、本開示は、胆汁酸変換細菌を必要な対象の腸に送達するための方法を提供し、この方法は、健常ヒトドナーの糞便に由来する未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を対象に投与することを含み、ここで未培養糞便細菌が閾値レベル以上で一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換するように選択されるか、健常ヒトドナーの糞便中の糞便細菌が閾値レベル以上の二次胆汁酸を産生するか、または健常ヒトドナーが閾値レベル以上の二次胆汁酸を含む糞便を生成する。
別の態様では、本開示は、少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を含む対象の糞便細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを決定し、少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルが閾値レベル未満であるという決定に基づいて医薬組成物を対象に投与する方法も提供し、この医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便の未培養糞便細菌の調製物を含む。
別の態様では、本開示は、糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法も提供する。
さらなる態様では、本開示は、糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
さらに別の態様では、本開示は、１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が健常ヒトドナーの糞便中で閾値レベル以上であることを決定することと、１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む方法を提供する。
よりさらなる態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌がある量の一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換し、二次胆汁酸が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートしたときに二次胆汁酸の閾値レベル以上であり、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、二次胆汁酸の閾値レベルが少なくとも１００μＭである、医薬組成物を提供する。
ある態様では、本開示は、健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法を提供し、健常ヒトドナーは、ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の二次胆汁酸について予め選択される。
ある態様では、未培養糞便細菌の調製物および１つ以上の細菌単離物は、同じ医薬組成物中で、本明細書に記載の方法に従って対象に投与される。ある態様では、未培養糞便細菌の調製物および１つ以上の細菌単離物は、異なる医薬組成物中で、本明細書に記載の方法に従って対象に投与される。ある態様では、複数の細菌単離物が、同じ医薬組成物中で、本明細書に記載の方法に従って対象に投与される。ある態様では、複数の細菌単離物が、異なる医薬組成物中で、本明細書に記載の方法に従って対象に投与される。たとえば、方法は、本明細書に開示されるとおり、たとえば２つ以上の医薬組成物、３つ以上の医薬組成物、４つ以上の医薬組成物、または５つ以上の医薬組成物などの複数の医薬組成物の有効量を必要な対象に投与することを含み得る。複数の医薬組成物は、同時または逐次的に提供され得る。したがって、たとえば未培養糞便細菌の調製物および２つの細菌単離物などで対象を処置するとき、第１の組成物は２つの細菌単離物を含むことができ、第２の組成物は未培養糞便細菌の調製物を含み得る。異なる例において、未培養糞便細菌の調製物および２つの細菌単離物で対象を処置するとき、第１の組成物は、第１の細菌単離物と組み合わされた（またはそれが「添加された」）未培養糞便細菌の調製物を含むことができ、第２の組成物は第２の細菌単離物を含み得る。異なる例において、未培養糞便細菌の調製物および３つの細菌単離物で対象を処置するとき、第１の組成物は第１の細菌単離物を含むことができ、第２の組成物は第２の細菌単離物を含むことができ、第３の組成物は第３の細菌単離物を含むことができ、第４の組成物は未培養糞便細菌の調製物を含み得る。
一態様では、方法は、医薬組成物を経口的に、浣腸によって、または直腸坐剤を介して投与することを含む。一態様では、医薬組成物は、ゲルタブ、丸剤、マイクロカプセル、カプセル、または錠剤として製剤化される。一態様では、医薬組成物は、腸溶性カプセルもしくはマイクロカプセル、耐酸性カプセルもしくはマイクロカプセルとして製剤化されるか、あるいは食品、食品添加剤、乳製品、大豆製品、もしくはその派生物、ゼリー、もしくはヨーグルトの一部として製剤化されるか、またはそれらと一緒に投与される。別の態様では、医薬組成物は、耐酸性腸溶性カプセルとして製剤化される。医薬組成物は、食品または飲料と組み合わせて販売するための粉末として提供され得る。食品または飲料は、乳製品または大豆製品であり得る。別の態様では、食品または食品サプリメントは、医薬組成物を含有する腸溶性および／または耐酸性マイクロカプセルを含有する。
本明細書でさらに提供されるのは、本明細書に開示される任意の医薬組成物および使用説明書を含むキットである。たとえば、キットは、１つ以上の細菌混合物を含む１つ以上の単位剤形を含み得る。こうしたキットは、たとえば、細菌混合物（たとえば、糞便細菌の調製物を含むもの）を含む１つ以上の医薬組成物と、任意選択で対象に組成物を投与するための送達デバイスと、適切な送達経路を介して対象に投与量を投与するための説明書などを含み得る。いくつかの場合において、剤形は、任意の好適な形態の生存細菌（新鮮なもの、凍結されたもの、凍結乾燥されたものなど）を含み、ヒト対象に経口、経鼻胃管、結腸内視鏡によって、または肛門から投与するために製剤化される。本明細書に記載されるとおり、本明細書において提供されるキットに好適な剤形には、液体溶液、カプセル、錠剤、粉末、顆粒、および凍結乾燥形態が限定なしに含まれる。
キットの説明書は、たとえば、キット中の１つ以上の医薬組成物の投与情報などを説明し得る。例としては、投与の頻度および組成物の用量、たとえば所与の時間に投与されるべき医薬組成物のカプセルの数、および１日／週当たりの投与回数などである）。キットが２つ以上の組成物（たとえば、複数の細菌混合物または細菌混合物を欠く追加の医薬品）を含む態様では、説明書は、各組成物の投与を説明し得る。たとえば、１つの組成物を別の組成物より前に投与することができ、それはたとえば数分間、数時間、数日間、数週間、数ヵ月間、またはそれより長く分離された２つの医薬組成物の逐次投与などである。代替的に、２つの組成物を同時に投与することができる。
組成物の製造
さらなる態様では、本明細書に記載される障害を処置するため、または本明細書に記載される障害の１つ以上の症状の重症度を低減するための薬物の製造のための、本明細書に記載される細菌混合物の使用が本明細書で提供される。
本明細書において提供されるのは、組成物を投与された対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択された糞便細菌（たとえば、未培養糞便細菌など）を含む医薬組成物である。態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、その糞便細菌が閾値レベル以上で１つ以上のＳＣＦＡを産生できるという決定に基づいて選択される（たとえば、ドナーの糞便由来のＳＣＦＡの定量もしくはエクスビボアッセイによって決定されるか、またはドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量を評価することによって決定される）。たとえば、エクスビボアッセイの場合、ドナーの糞便から抽出された糞便細菌が閾値レベル以上の１つ以上のＳＣＦＡを産生するとき、そのドナーの糞便（アッセイのために細菌を抽出するために使用したのと同じ糞便または異なる糞便のいずれか）由来の糞便細菌を、未培養糞便細菌の調製物への組み込みのために選択し得る。ある態様では、糞便細菌の選択は、ドナーの糞便の糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力に基づいて、同じドナーの糞便またはその一部から抽出された細菌のすべてを選択することを含む。ある態様では、糞便細菌の選択は、ドナーの糞便の糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力に基づいて、同じドナーの糞便またはその一部の完全または実質的に完全な糞便微生物叢を選択することを含む。したがって、本明細書に記載される糞便細菌を選択するときの「選択の単位」は通常、ドナーの糞便由来の細菌が（たとえば、閾値レベル以上の）１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力に基づいて得られる（すなわち選択される）、同じドナーの糞便から抽出された糞便細菌であることが理解されよう。典型的には、本明細書で理解される糞便細菌の選択は、糞便から細菌を採取した後に、抽出された糞便細菌の全体から特定の細菌株を除去または選択して取り除くことを含まない。
本明細書において提供されるのは、組成物を投与された対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択された糞便細菌（たとえば、未培養糞便細菌など）を含む医薬組成物である。態様では、対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択される糞便細菌は、フィーカリバクテリム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）を含む。別の態様では、対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択される糞便細菌は、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）を含む。別の態様では、対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択される糞便細菌は、フィーカリバクテリム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）およびユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）を含む。さらに別の態様では、対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択される糞便細菌は、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｍ ｈａｌｌｉｉ）、アナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）ＧＤ／７、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）Ｌ２－５０、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）Ａ２－２３２、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、およびアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）からなる群から選択される１つ以上の細菌を含む。別の態様では、対象の腸において１つ以上のＳＣＦＡを産生するように選択される糞便細菌は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）ＸＩＶａおよびクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）ＩＶクラスターの細菌種を含む。本開示は、（たとえば、閾値レベル以上の）１つ以上のＳＣＦＡを産生できる未培養糞便細菌を選択するために任意の方法、アッセイ、検査、またはプロトコルを使用できることを企図する。たとえばある態様では、方法は、ドナー（すなわち、糞便細菌を保有するドナー）の糞便における１つ以上のＳＣＦＡの存在または量を決定することと、ドナーの糞便（たとえば、同じ糞便または異なる糞便）から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することと、糞便における１つ以上のＳＣＦＡの存在または量に基づいて未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物に組み込むこととを含む。別の態様では、方法は、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出することと、糞便細菌が（たとえば、閾値レベル以上の）１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力または可能性を直接決定することと、糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力に基づいて、ドナーの糞便（たとえば、同じ糞便または異なる糞便）由来の未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物に組み込むこととを含む。別の態様では、方法は、ドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量を決定することと、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量に基づいて、ドナーの糞便（たとえば、同じ糞便または異なる糞便）由来の未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物に組み込むこととを含む。
ある態様では、方法は、ドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡの存在または量を決定することと、ドナーの糞便（たとえば、同じ糞便または異なる糞便）から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することと、糞便における１つ以上のＳＣＦＡの存在または量に基づいて未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物に組み込むこととを含む。この態様では、糞便の糞便細菌がＳＣＦＡを産生する能力は、糞便中のＳＣＦＡのレベルに基づいて推測される。ある態様では、ＳＣＦＡのレベルは、ドナーの糞便からＳＣＦＡを直接定量することによって決定される。糞便からのＳＣＦＡの量を決定または定量するために、当技術分野で公知の任意の方法を使用できる。たとえば、生の糞便のサンプル（たとえば、約２５０ｍｇ）を水と混合し、遠心分離することができる。次いで、ある体積の上清（たとえば、１００μｌ）を硫酸およびジエチルエーテルと混合して遠心分離し、ガスクロマトグラフィー（たとえば、ＧＣ－ＦＩＤなど）を使用してＳＣＦＡを測定することができる。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のブチレートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のブチレートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、または８０ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ブチレート産生細菌の存在量の決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。ある態様では、ドナーの糞便は、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｍ ｈａｌｌｉｉ）、アナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）ＧＤ／７、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）Ｌ２－５０、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）Ａ２－２３２、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、およびアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のブチレート産生細菌の存在量の決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。
ある態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーと必要なＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差に基づいて選択される。別の態様では、ドナーは、ドナーと必要なＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差に基づいて選択される。ある態様では、ドナーとＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０倍の差である。別の態様では、ドナーとＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差は、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、または９０％の差である。ある態様では、ドナーとＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差は、２～４倍、５～７倍、８～１０倍、１．５～１０倍、または２～１０倍の差である。別の態様では、ドナーとＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差は、１０～２０％、２０～３０％、３０～４０％、４０～５０％、５０～６０％、６０～７０％、７０～８０％、８０～９０％、１０～３０％、３０～７０％、または７０～１００％の差である。別の態様では、ドナーとＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、または８０ｎｍｏｌ超である。別の態様では、ドナーとＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差は、糞便中のアッセイまたはエクスビボアッセイによって測定される。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のアセテートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のアセテートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、または１５０ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のカプロエートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のカプロエートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１３、１３．５、１４、１４．５、１５、または１５ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のヘプタノエートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のヘプタノエートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり０．２、０．４、０．６、０．８、１、１．２ １．４、１．６、１．８、２、２．２、２．４、２．６、２．８、３、３．２、３．４、３．６、３．８、４、４．２、４．４、４．６、４．８、５、または５ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のイソブチレートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のイソブチレートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり２、２．２、２．４、２．６、２．８、３、３．２、３．４、３．６、３．８、４、４．２、４．４、４．６、４．８、５、５．２、５．４、５．６、５．８、６、６．２、６．４、６．６、６．８、７、７．２、７．４、７．６、７．８、８、８．２、８．４、８．６、８．８、９、９．２、９．４、９．６、９．８、１０、または１０ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のイソカプロエートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のイソカプロエートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、または２ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のイソバレレートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のイソバレレートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり２、２．２、２．４、２．６、２．８、３、３．２、３．４、３．６、３．８、４、４．２、４．４、４．６、４．８、５、５．２、５．４、５．６、５．８、６、６．２、６．４、６．６、６．８、７、７．２、７．４、７．６、７．８、８、８．２、８．４、８．６、８．８、９、９．２、９．４、９．６、９．８、１０、または１０ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のプロピオナートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のプロピオナートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９０ｎｍｏｌ超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便中のバレレートが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。態様では、ドナーの糞便中のバレレートの閾値レベル（たとえば、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、新鮮な糞便または生の糞便１グラム当たり３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１３、１３．５、１４、１４．５、１５、または１５ｎｍｏｌ超である。
ある態様では、方法は、ドナーの糞便由来の糞便細菌が（たとえば、閾値レベル以上の）１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力または可能性を直接決定することと、糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力または可能性に基づいて、同じドナーの糞便（たとえば、同じ糞便または異なる糞便）から調製した未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物に組み込むこととを含む。この態様では、腸内細菌がインキュベーション期間中に１つ以上の基質を代謝することによってＳＣＦＡを産生する能力を、リアルタイムでスクリーニングまたはアッセイする。当業者に公知の任意の機能アッセイまたはエクスビボアッセイを使用して、細菌がＳＣＦＡを産生する能力をアッセイすることができる。典型的には、こうした機能アッセイにおいて、細菌を基質と共にインキュベートする前に、糞便細菌は非細菌性糞便物質（たとえば、繊維など）から少なくとも部分的に精製、抽出、または採取される。糞便細菌がＳＣＦＡを産生する能力をスクリーニングするためのこの方法は、生存可能であり、かつＳＣＦＡを機能的に生成できることが既知である糞便細菌の供給源（たとえば、細菌のサンプルが抽出された糞便）を同定するという点で有利である。糞便の残りの部分（すなわち、アッセイを実施する際に使用されない部分）か、または同じドナーの異なる糞便由来の細菌細胞は、次いで医薬組成物への組み込みのために未培養糞便細菌の調製物に組み込まれ得る。エクスビボアッセイの非限定的な例では、ドナー由来の生の糞便のサンプル（たとえば、約１０ｍｌ）をホモジナイズして遠心分離し、ペレットを緩衝液（たとえば、リン酸ナトリウム緩衝液など）に再懸濁し、糞便細菌によって代謝されてＳＣＦＡを産生し得る１つ以上の基質と共に糞便細菌をインキュベートすることができる。機能アッセイにおいて使用できる基質の非限定的な例は、アミノ酸（たとえば、バリン、ロイシン、イソロイシンなど）、乳酸、硝酸アンモニウム、アミロース、オオムギマルチ、ビオチン、炭酸塩、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、フルクトース、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、ホモ多糖、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴ糖（たとえば、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、トランス－ガラクトオリゴ糖、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、マンノオリゴ糖、またはキトオリゴ糖などを含む）、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、カリ、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、発酵性多糖、食物繊維、難消化性デンプン、オオムギ、白インゲンマメ粉末、またはそれらの組み合わせを含む。細菌によってＳＣＦＡを産生させるのに十分な任意の期間、糞便細菌を基質と共にインキュベートでき、その期間はたとえば少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも３時間、少なくとも４時間、少なくとも５時間、少なくとも６時間、少なくとも７時間、少なくとも８時間、少なくとも９時間、少なくとも１０時間、少なくとも１１時間、少なくとも１２時間、少なくとも１３時間、少なくとも１４時間、少なくとも１５時間、少なくとも１６時間、少なくとも１７時間、少なくとも１８時間、少なくとも１９時間、少なくとも２０時間、少なくとも２１時間、少なくとも２２時間、少なくとも２３時間、少なくとも２４時間、または２４時間超である。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便の糞便細菌が閾値レベル以上のブチレートを産生できるという（たとえば、機能アッセイを用いた）決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。ある態様では、機能アッセイにおいて産生されるブチレートの閾値レベル（すなわち、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、少なくとも０．５、少なくとも１、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１０．５、少なくとも１１、少なくとも１１．５、少なくとも１２、少なくとも１２．５、少なくとも１３、少なくとも１３．５、少なくとも１４、少なくとも１４．５、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、または２００ｍＭ超のブチレートであり得る。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便の糞便細菌が閾値レベル以上のアセテートを産生できるという（たとえば、機能アッセイを用いた）決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。ある態様では、機能アッセイにおいて産生されるアセテートの閾値レベル（すなわち、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、または２００ｍＭ超のアセテートであり得る。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便の糞便細菌が閾値レベル以上のプロピオナートを産生できるという（たとえば、機能アッセイを用いた）決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。ある態様では、機能アッセイにおいて産生されるプロピオナートの閾値レベル（すなわち、そのレベル以上でドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、少なくとも０．５、少なくとも１、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、少なくとも１０．５、少なくとも１１、少なくとも１１．５、少なくとも１２、少なくとも１２．５、少なくとも１３、少なくとも１３．５、少なくとも１４、少なくとも１４．５、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、または１００ｍＭ超のプロピオナートであり得る。
さまざまな態様では、ドナーの糞便の糞便細菌は、ドナーの糞便の糞便細菌が閾値レベル以上のカプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、またはバレレートのうちの１つ以上を産生できるという（たとえば、機能アッセイを用いた）決定に基づいて、医薬組成物への組み込みのために選択される。ある態様では、機能アッセイにおいて産生されるカプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、またはバレレートの閾値レベル（すなわち、そのレベル以上で、ドナーの糞便の糞便細菌を医薬組成物に組み込むことができる）は、少なくとも０．２、少なくとも０．４、少なくとも０．６、少なくとも０．８、少なくとも１、少なくとも１．２、少なくとも１．４、少なくとも１．６、少なくとも１．８、少なくとも２、少なくとも２．２、少なくとも２．４、少なくとも２．６、少なくとも２．８、少なくとも３、少なくとも３．２、少なくとも３．４、少なくとも３．６、少なくとも３．８、少なくとも４、少なくとも４．５、少なくとも５、少なくとも５．５、少なくとも６、少なくとも６．５、少なくとも７、少なくとも７．５、少なくとも８、少なくとも８．５、少なくとも９、少なくとも９．５、少なくとも１０、または１０ｍＭ超であり得る。
別の態様では、方法は、ドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量を決定することと、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量に基づいて、ドナーの糞便（たとえば、同じ糞便または異なる糞便）由来の未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物に組み込むこととを含む。
ある態様では、未培養糞便細菌の調製物は、（たとえば、糞便中のＳＣＦＡの直接定量、糞便由来の糞便細菌によって産生されるＳＣＦＡのレベルを決定する機能アッセイ、または糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量の決定によって）本明細書に記載される組成物への組み込みに対する糞便の糞便細菌の適合性を決定するためにアッセイされるものと同じ糞便から調製される。たとえば、ドナーから受け取った糞便を２つ以上の部分に分割することができ、その第１の部分を、糞便の糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力を決定するための（たとえば、ＳＣＦＡの直接定量、機能アッセイ、または１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の同定による）アッセイに供することができ、第２の部分（たとえば、残りの糞便）を決定がなされるまで凍結することができる。第１の部分の糞便細菌が（たとえば、第１の部分における１つ以上のＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であると決定すること、機能アッセイにおいて糞便細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であると決定すること、または第１の部分における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であると決定することによって）１つ以上のＳＣＦＡを産生できると決定されるとき、貯蔵された糞便を解凍し、処理して、医薬組成物に組み込むための未培養糞便細菌の調製物を生成することができる。別の態様では、糞便の第２の部分（たとえば、残りの糞便）を凍結することなく処理して、未培養糞便細菌の調製物を生成することができる。次いで、第１の部分の糞便細菌が（たとえば、第１の部分における１つ以上のＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であると決定すること、機能アッセイにおいて糞便細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であると決定すること、または第１の部分における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であると決定することによって）１つ以上のＳＣＦＡを産生できると決定されたことに基づいて、その調製物が医薬組成物への組み込みのために選択され得る。
別の態様では、未培養糞便細菌の調製物は、（たとえば、糞便中の１つ以上のＳＣＦＡの直接定量、糞便由来の糞便細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡのレベルを決定する機能アッセイ、または糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量の決定によって）医薬組成物への組み込みに対する糞便細菌の適合性を決定するために用いられる糞便とは異なるが、同じドナー由来の糞便から調製され得る。たとえば、ドナーから受け取った第１の糞便（またはそのサンプル）を、第１の糞便の糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力を決定するための（たとえば、ＳＣＦＡの直接定量、機能アッセイ、または１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量の決定による）アッセイに供することができ、（たとえば、第１の糞便における１つ以上のＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であると決定すること、機能アッセイにおいて糞便細菌によって産生される１つ以上のＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であると決定すること、または第１の糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であると決定することによる）第１の糞便の糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生できるという決定に基づいて、同じドナーから受け取った第２の糞便（またはそのサンプル）を処理して、医薬組成物に組み込むための未培養糞便細菌の調製物を生成することができる。この態様では、ドナーが（たとえば、閾値レベル以上の）１つ以上のＳＣＦＡを産生できる糞便細菌を有する糞便を一貫して提供するとき、ドナーから受け取ったすべての提供物を検査する必要なく、そのドナーの糞便を未培養糞便細菌の供給源として使用できる。
本明細書に開示されるのは、ドナーの糞便の糞便細菌が（たとえば、閾値レベル以上の）１つ以上のＳＣＦＡを産生し得ることを決定することと、糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生し得るという決定に基づいてドナーの糞便（たとえば、同じ糞便または異なる糞便）を選択することと、選択された糞便の糞便細菌を（たとえば、未培養糞便細菌の調製物として）医薬組成物に組み込むこととを含む、糞便ドナーを選択する方法（または未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法）である。たとえば、ドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡが閾値レベル以上であると決定すること、ドナーの糞便由来の糞便細菌が閾値レベル以上のレベルで１つ以上のＳＣＦＡを産生することを機能アッセイを介して決定すること、またはドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であると決定することに基づいて、ドナーを選択できる。
ある態様では、ヒト糞便ドナーを選択する方法（または未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法）は、たとえば、複数の糞便において（たとえば、エクスビボアッセイまたは糞便からの直接定量によって）閾値レベル以上のＳＣＦＡが産生されることを決定すること、または複数の糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することなどによって、ドナーの複数の糞便の糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生し得ることを決定することを含む。態様では、ドナーからの糞便を、たとえば２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０超の時点などの異なる時点で採取することができ、各時点で各糞便における糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生する能力を決定できる。ある態様では、ドナーから採取された複数の糞便は、ドナーの連続的な排便からのものである。ある態様では、ドナーから採取された複数の糞便は、同じ日に採取される。ある態様では、ドナーから採取された複数の糞便は、異なる日に採取される。ある態様では、ドナーから採取された複数の糞便のうちの少なくとも２つは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、または２４時間超離れて採取される。ある態様では、ドナーから採取された複数の糞便のうちの少なくとも２つは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、または７日間超離れて採取される。ある態様では、ドナーから採取された複数の糞便のうちの少なくとも２つは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または２０週間超離れて採取される。ある態様では、ドナーから採取された複数の糞便のうちの少なくとも２つは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、または１２ヵ月超離れて採取される。
本明細書で提供されるのは、個体の第１の糞便由来の糞便細菌が閾値レベル以上の１つ以上のＳＣＦＡを産生することを決定することと、個体の第２の糞便（たとえば、異なる時点で採取されたもの）の糞便細菌が閾値レベル以上の１つ以上のＳＣＦＡを産生することを決定することと、第１および第２の糞便由来の糞便細菌が閾値レベル以上の１つ以上のＳＣＦＡを産生するという決定に基づいて、個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、糞便ドナーを選択する方法（または未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法）である。この方法は、（たとえば、未培養糞便細菌の調製物として）医薬組成物に組み込むために、選択されたドナーの糞便から糞便細菌を抽出することをさらに含み得る。
本明細書においてさらに提供されるのは、個体の第１の糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、ドナーの第２の糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、第１および第２の糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいて、個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、糞便ドナーを選択する方法（または未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法）である。この方法は、（たとえば、未培養糞便細菌の調製物として）医薬組成物に組み込むために、選択されたドナーの糞便から糞便細菌を抽出することをさらに含み得る。
ある態様では、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、または１５を超える糞便から、たとえば、糞便細菌が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生することを決定する（たとえば、生の糞便から定量されるか、またはエクスビボアッセイで定量される）こと、または１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することなどによって、各糞便の糞便細菌が１つ以上のＳＣＦＡを産生することを決定したことに基づいて、ドナーが選択される。ある態様では、糞便ドナーが選択されると、そのドナーの糞便を採取し、その糞便由来の糞便細菌を使用して、本明細書に記載の医薬組成物に組み込むための未培養糞便細菌の調製物を生成できる。
別の態様では、糞便提供を行う前に、糞便ドナーは、たとえば１つ以上のプロバイオティクスの形態などの１つ以上の細菌単離物（たとえば、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌単離物または胆汁酸変換単離物など）を摂取し得る。ある態様では、糞便ドナーは、提供糞便の糞便細菌に細菌単離物を導入するため、すなわち細菌株（たとえば、ＳＣＦＡ産生細菌株または胆汁酸変換単離物など）として導入するために、糞便を提供する前に細菌単離物を摂取し得る。したがって、医薬組成物の細菌混合物に含めるのに望ましい細菌単離物を、ドナーによる細菌単離物の摂取を介して糞便ドナーの糞便細菌に導入することができ、それによって、所望の細菌単離物に由来する細菌株（たとえば、ＳＣＦＡ産生細菌株または胆汁酸変換単離物など）を有するか、またはそれを既に含む「既製」の未培養糞便細菌の調製物をドナーの糞便から調製することが可能になる。（たとえば、プロバイオティクスの形態の）細菌単離物を摂取したドナーの糞便から調製された未培養糞便細菌の調製物は、調製物にいかなる追加の細菌単離物も添加することなく、本明細書に記載される医薬組成物に直接組み込むこともできるし、代替的には細菌単離物の追加用量でさらに添加もしくは強化され得る。糞便ドナーに投与された細菌単離物に由来する１つ以上の所望の細菌株によって糞便ドナーの糞便微生物叢にこうした「前添加」を行うことは、ドナーの糞便微生物叢が細菌単離物と同じ分類カテゴリー（たとえば、門、綱、目、科、属、または種）の細菌株を内因的に含まないか、または閾値レベルを超える細菌単離物との遺伝的同一性を有する（たとえば、細菌単離物の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に対して９７％超の同一性、９８％超の同一性、９９％超の同一性、９９．１％超の同一性、９９．２％超の同一性、９９．３％超の同一性、９９．４％超の同一性、９９．５％超の同一性、９９．６％超の同一性、９９．７％超の同一性、９９．８％超の同一性、または９９．９％超の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する）細菌株を内因的に含まない場合に、特に有利であり得る。本明細書において、糞便微生物叢のドナーによる細菌単離物の摂取を介して糞便微生物叢に組み込まれる細菌単離物は、エクスビボで存在する精製された細菌単離物と区別するために、「細菌株」（すなわち、摂取された細菌単離物に由来するもの）と称される。
ある態様では、ドナーは、プロバイオティクスの摂取前にドナーの糞便中に検出可能でないか、または閾値存在量未満の相対存在量で存在する分類カテゴリーの細菌単離物（たとえば、ＳＣＦＡ産生細菌単離物または胆汁酸変換単離物など）を含むプロバイオティクスを摂取できる。たとえば、ドナーの糞便の微生物叢を、ドナーの糞便微生物叢における特定の分類群（門、綱、目、科、属、種、または株）の存在について（たとえば、ＰＣＲなどの核酸ハイブリダイゼーション技術などを使用して）スクリーニングできる。その分類群が糞便微生物叢に見出されないか、または閾値存在量未満の相対存在量で存在するとき、ドナーは、その分類群の細菌単離物を含むプロバイオティクスを投与されるか、または摂取できる。
ある態様では、糞便ドナーによる１つ以上の細菌単離物の摂取から、ドナーの糞便（すなわち、１つ以上の細菌単離物に由来する細菌株を含む糞便）の採取までの期間は変動し得る。たとえば、その期間は少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも６時間、少なくとも８時間、少なくとも１０時間、少なくとも１２時間、少なくとも１４時間、少なくとも１６時間、少なくとも１８時間、少なくとも２０時間、少なくとも２２時間、少なくとも２４時間、少なくとも２６時間、少なくとも２８時間、少なくとも３０時間、少なくとも３２時間、少なくとも３４時間、少なくとも３６時間、少なくとも３８時間、少なくとも４０時間、少なくとも４２時間、少なくとも４４時間、少なくとも４６時間、少なくとも４８時間、少なくとも５０時間、少なくとも５２時間、少なくとも５４時間、少なくとも５６時間、少なくとも５８時間、少なくとも６０時間、少なくとも６２時間、少なくとも６４時間、少なくとも６６時間、少なくとも６８時間、少なくとも７０時間、少なくとも７２時間、または７２時間超であり得る。
ある態様では、ドナーは、細菌単離物の単回または複数回用量を摂取して、ドナーの糞便微生物叢への細菌単離物の細菌株としての組み込みを促進できる。一態様では、細菌単離物の用量は、少なくとも１日１回または２回、少なくとも連続３日間または３週間にわたってドナーによって摂取され得る。別の態様では、用量は少なくとも１日１回、２回、または３回を、１～１６週間、２～１６週間、３～１６週間、４～１６週間、５～１６週間、６～１６週間、７～１６週間、８～１６週間、１０～１６週間、１２～１６週間、１～１２週間、２～１２週間、３～１２週間、４～１２週間、５～１２週間、６～１２週間、７～１２週間、８～１２週間、９～１２週間、１０～１２週間、１～２週間、２～３週間、３～４週間、４～５週間、５～６週間、６～７週間、７～８週間、８～９週間、９～１０週間、または１０～１１週間の期間にわたって摂取される。
本明細書に開示されるのは、健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物である。ある態様では、糞便細菌は未培養細菌を含む。別の態様では、糞便細菌は胆汁酸変換株を含む。別の態様では、糞便細菌は、少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を含むように選択される。さらに別の態様では、糞便細菌の調製物は、ある量の二次胆汁酸を含む。別の態様では、糞便細菌は凍結乾燥細菌を含む。さらに別の態様では、二次胆汁酸の量は、所定の閾値レベル以上である。ある態様では、所定の閾値レベルは、少なくとも１００μＭである。別の態様では、閾値レベルは５μＭ、１０μＭ、１５μＭ、２０μＭ、３０μＭ、４０μＭ、５０μＭ、６０μＭ、７０μＭ、８０μＭ、９０μＭ、１００μＭ、１２０μＭ、１４０μＭ、１５０μＭ、１７０μＭ、または２００μＭである。さらに別の態様では、所定の閾値レベルは５μＭ～２０μＭ、５μＭ～５０μＭ、５μＭ～１００μＭ、および５μＭ～１５０μＭ、５μＭ～２００μＭ、５μＭ～８００μＭ、１０μＭ～２０μＭ、１０μＭ～５０μＭ、１０μＭ～１００μＭ、１０μＭ～１５０μＭ、１０μＭ～２００μＭ、５０μＭ～１００μＭ、５０μＭ～２００μＭ、１００μＭ～２００μＭ、または２００μＭ～８００μＭである。さらなる態様では、糞便細菌の調製物はＳＣＦＡをさらに含む。
本明細書において開示されるのは、個体の第１の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、ドナーの第２の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、第１および第２の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいて、個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法である。別の態様では、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法は、個体の糞便における二次胆汁酸の相対存在量を決定することと、二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるときに個体を糞便ドナーとして選択することとを含む。さらなる態様では、糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法は、一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換できる細菌の相対存在量を決定することと、二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるときに糞便を選択することとを含む。さらに別の態様では、本開示は、胆汁酸変換株に関連する潜在的なドナーの糞便微生物遺伝子含有量をスクリーニングすることによって、所望のドナーを選択する方法を提供する。
本明細書において開示されるのは、医薬組成物を製造する方法であり、この方法は、健常ヒトドナーの糞便の糞便細菌から未培養糞便細菌の調製物を生成することと、未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物として製剤化することとを含み、未培養糞便細菌の調製物は、健常ヒトドナーによって摂取された細菌単離物（たとえば、ＳＣＦＡ産生細菌単離物または胆汁酸変換単離物など）に由来する細菌株を含む。
本明細書に記載される組成物、剤形、および薬物は、精製された糞便微生物叢組成物に１つ以上の追加の化合物もしくは薬物が添加されるか、または別様にそれと共投与される併用医薬組成物を含むことが認識されるであろう。
ある態様では、本開示は以下の実施形態を提供する。
実施例１。
健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が少なくとも１つの短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生するように選択され、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、糞便細菌の調製物が凍結乾燥細菌を含む、医薬組成物。
実施例２。
少なくとも１つのＳＣＦＡが、ブチレート、アセテート、カプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、プロピオナート、バレレート、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態３。
糞便細菌が、閾値レベル以上のレベルで少なくとも１つのＳＣＦＡを産生するように選択される、実施形態１または実施形態２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態４。
糞便細菌が、少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定するための機能アッセイを使用して選択される、実施形態３に記載の医薬組成物。
実施形態５。
機能アッセイがエクスビボアッセイを含む、実施形態４に記載の医薬組成物。
実施形態６。
エクスビボアッセイが、糞便細菌を基質と接触させることと、基質を代謝することによって糞便細菌によって産生された少なくとも１つのＳＣＦＡの量を決定することとを含む、実施形態５に記載の医薬組成物。
実施形態７。
基質がイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態６に記載の医薬組成物。
実施形態８。
糞便細菌を基質と少なくとも５時間接触させる、実施形態６または実施形態７に記載の医薬組成物。
実施形態９。
糞便細菌を基質と少なくとも１０時間接触させる、実施形態６または実施形態７に記載の医薬組成物。
実施形態１０。
少なくとも１つのＳＣＦＡがブチレートを含む、実施形態３～９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１１。
ブチレートの閾値レベルが２０ｍＭである、実施形態１０に記載の医薬組成物。
実施形態１２。
ブチレートの閾値レベルが４０ｍＭである、実施形態１０に記載の医薬組成物。
実施形態１３。
ブチレートの閾値レベルが６０ｍＭである、実施形態１０に記載の医薬組成物。
実施形態１４。
ブチレートの閾値レベルが８０ｍＭである、実施形態１０に記載の医薬組成物。
実施形態１５。
少なくとも１つのＳＣＦＡがアセテートである、実施形態３～９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１６。
アセテートの閾値レベルが２０ｍＭである、実施形態１５に記載の医薬組成物。
実施形態１７。
アセテートの閾値レベルが４０ｍＭである、実施形態１５に記載の医薬組成物。
実施形態１８。
アセテートの閾値レベルが６０ｍＭである、実施形態１５に記載の医薬組成物。
実施形態１９。
アセテートの閾値レベルが８０ｍＭである、実施形態１５に記載の医薬組成物。
実施形態２０。
アセテートの閾値レベルが１００ｍＭである、実施形態１５に記載の医薬組成物。
実施形態２１。
少なくとも１つのＳＣＦＡがプロピオナートである、実施形態３～９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態２２。
プロピオナートの閾値レベルが１０ｍＭである、実施形態２１に記載の医薬組成物。
実施形態２３。
プロピオナートの閾値レベルが１５ｍＭである、実施形態２１に記載の医薬組成物。
実施形態２４。
プロピオナートの閾値レベルが２０ｍＭである、実施形態２１に記載の医薬組成物。
実施形態２５。
プロピオナートの閾値レベルが２５ｍＭである、実施形態２１に記載の医薬組成物。
実施形態２６。
糞便細菌が、ドナーの生の糞便由来の少なくとも１つのＳＣＦＡの含有量を決定することによって選択される、実施形態３に記載の医薬組成物。
実施形態２７。
少なくとも１つのＳＣＦＡがブチレートである、実施形態２６に記載の医薬組成物。
実施形態２８。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２５ｎＭである、実施形態２７に記載の医薬組成物。
実施形態２９。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり４０ｎＭである、実施形態２７に記載の医薬組成物。
実施形態３０。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり５０ｎＭである、実施形態２７に記載の医薬組成物。
実施形態３１。
少なくとも１つのＳＣＦＡがアセテートである、実施形態２６に記載の医薬組成物。
実施形態３２。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり５０ｎＭである、実施形態３１に記載の医薬組成物。
実施形態３３。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり７５ｎＭである、実施形態３１に記載の医薬組成物。
実施形態３４。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり９０ｎＭである、実施形態３１に記載の医薬組成物。
実施形態３５。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１００ｎＭである、実施形態３１に記載の医薬組成物。
実施形態３６。
少なくとも１つのＳＣＦＡがプロピオナートである、実施形態２６に記載の医薬組成物。
実施形態３７。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２０ｎＭである、実施形態３６に記載の医薬組成物。
実施形態３８。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり３０ｎＭである、実施形態３６に記載の医薬組成物。
実施形態３９。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり４０ｎＭである、実施形態３６に記載の医薬組成物。
実施形態４０。
糞便細菌が、ドナーの糞便における１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量に基づいて選択される、実施形態１または実施形態２に記載の医薬組成物。
実施形態４１。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）種、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）種、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種、アナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）種、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）種、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア・セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・オキシドレドゥセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、およびアナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）からなる群から選択される分類群のメンバーである、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態４２。
組成物がＳＣＦＡをさらに含む、実施形態１～４１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態４３。
組成物がプレバイオティクスをさらに含む、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態４４。
プレバイオティクスがイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態４３に記載の医薬組成物。
実施形態４５。
糞便細菌の調製物が、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される凍結保護物質をさらに含む、実施形態１～４４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態４６。
医薬組成物が経口投与用に製剤化されている、実施形態１～４５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態４７。
医薬組成物が糞便細菌の調製物を封入するためのカプセルを含む、実施形態４６に記載の医薬組成物。
実施形態４８。
カプセルが遅延放出コーティングを含む、実施形態４７に記載の医薬組成物。
実施形態４９。
糞便細菌が、組成物を投与された対象の腸において少なくとも１つのＳＣＦＡを産生する、実施形態１～４８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態５０。
実施形態１～４９のいずれか１つに記載の組成物を対象に投与することを含む、必要な対象に少なくとも１つのＳＣＦＡを送達する方法。
実施形態５１。
実施形態１～４９のいずれか１つに記載の組成物を対象に投与することを含む、必要な対象における腸内ディスバイオシスを処置する方法。
実施形態５２。
腸内ディスバイオシスが、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）、過敏性腸症候群、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態５１に記載の方法。
実施形態５３。
ＩＢＤが、クローン病、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態５２に記載の方法。
実施形態５４。
必要な対象の腸に短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を送達する方法であって、この方法は、健常ヒトドナーの糞便に由来する未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を対象に投与することを含み、ここで未培養糞便細菌が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生するように選択されるか、健常ヒトドナーの糞便中の糞便細菌が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生するか、または健常ヒトドナーが閾値レベル以上のＳＣＦＡを含む糞便を生成する、方法。
実施形態５５。
プレバイオティクスを対象に投与することをさらに含む、実施形態５４に記載の方法。
実施形態５６。
プレバイオティクスは、アミノ酸（たとえば、バリン、ロイシン、イソロイシンなど）、乳酸、硝酸アンモニウム、アミロース、オオムギマルチ、ビオチン、炭酸塩、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、フルクトース、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、ホモ多糖、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴ糖（たとえば、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、トランス－ガラクトオリゴ糖、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、マンノオリゴ糖、またはキトオリゴ糖などを含む）、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、カリ、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、発酵性多糖、食物繊維、難消化性デンプン、オオムギ、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態５５に記載の方法。
実施形態５７。
医薬組成物を対象に投与する前に、抗生物質で対象を前処置することをさらに含む、実施形態５４～５６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５８。
ＳＣＦＡが、ブチレート、アセテート、カプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、プロピオナート、バレレート、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態５４～５７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５９。
糞便細菌が、ドナーの糞便中の少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定することによって選択される、実施形態５４～５８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６０。
医薬組成物を対象に投与する前に、対象の糞便細菌によって産生されるＳＣＦＡの量が閾値レベル未満であることを決定することをさらに含む、実施形態５４～５９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６１。
医薬組成物を投与することが、対象における障害を処置または予防し、障害がＣ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、およびそれらの組み合わせから選択される、実施形態５４～６０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６２。
対象の糞便細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定することと、少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルが閾値レベル未満であるという決定に基づいて医薬組成物を対象に投与することとを含む方法であって、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便の未培養糞便細菌の調製物を含む、方法。
実施形態６３。
少なくとも１つのＳＣＦＡが、ブチレート、アセテート、カプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、プロピオナート、バレレート、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態６２に記載の方法。
実施形態６４。
少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルが、対象の生の糞便から決定される、実施形態６２または実施形態６３に記載の方法。
実施形態６５。
少なくとも１つのＳＣＦＡがブチレートである、実施形態６２～６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６６。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６７。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり５ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６８。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１０ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６９。
少なくとも１つのＳＣＦＡがアセテートである、実施形態６２～６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７０。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１０ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７１。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２５ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７２。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり４０ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７３。
少なくとも１つのＳＣＦＡがプロピオナートである、実施形態６２～６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７４。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２ｎＭである、実施形態７３に記載の方法。
実施形態７５。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり８ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７６。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１２ｎＭである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７７。
未培養糞便細菌が、対象の腸において少なくとも１つのＳＣＦＡを産生するように選択される、実施形態６２～７６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７８。
未培養糞便細菌が、少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定するための機能アッセイを使用して選択される、実施形態７７に記載の方法。
実施形態７９。
機能アッセイがエクスビボアッセイを含む、実施形態７８に記載の方法。
実施形態８０。
エクスビボアッセイが、未培養糞便細菌を基質と接触させることと、基質を代謝することによって未培養糞便細菌によって産生された少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定することとを含む、実施形態７９に記載の方法。
実施形態８１。
基質がイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態８０に記載の方法。
実施形態８２。
未培養糞便細菌が、ドナーの糞便由来の少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定することによって選択される、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８３。
医薬組成物を投与することが、対象の腸における少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを閾値レベルを超えて増加させる、実施形態６２～８２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８４。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも５％増加させる、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８５。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも１０％増加させる、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８６。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも１５％増加させる、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８７。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも２０％増加させる、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８８。
糞便細菌細胞によって産生される代謝産物のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、代謝産物のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、糞便細菌をドナーの糞便から抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態８９。
代謝産物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）または胆汁酸である、実施形態８８に記載の方法。
実施形態９０。
糞便細菌細胞および糞便細菌が、ドナーの同じ糞便に由来する、実施形態８８または実施形態８９に記載の方法。
実施形態９１。
糞便細菌細胞および糞便細菌が、ドナーの異なる糞便に由来する、実施形態８８または実施形態８９に記載の方法。
実施形態９２。
代謝産物のレベルを決定することが、ドナーの生の糞便中の代謝産物のレベルを決定することを含む、実施形態８８～９１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９３。
代謝産物のレベルを決定することが、機能アッセイにおいて糞便細菌細胞によって産生される代謝産物のレベルを決定することを含む、実施形態８８～９１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９４。
機能アッセイがエクスビボアッセイである、実施形態９３に記載の方法。
実施形態９５。
未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物として製剤化することをさらに含む、実施形態８８～９４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９６。
糞便細菌細胞によって産生される短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、ＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態９７。
糞便細菌が、糞便細菌細胞によって産生されるＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便から選択される、実施形態９６に記載の方法。
実施形態９８。
糞便細菌細胞が、糞便細菌細胞によって産生されるＳＣＦＡのレベルが閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便とは異なる糞便から選択される、実施形態９６に記載の方法。
実施形態９９。
少なくとも１つのＳＣＦＡが、ブチレート、アセテート、カプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、プロピオナート、バレレート、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態９６～９８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１００。
ＳＣＦＡのレベルを決定することが、機能アッセイにおいて糞便細菌細胞によって産生されるＳＣＦＡのレベルを決定することを含む、実施形態９９に記載の方法。
実施形態１０１。
機能アッセイがエクスビボアッセイを含む、実施形態１００に記載の方法。
実施形態１０２。
エクスビボアッセイが、糞便細菌細胞を基質と接触させることと、基質を代謝することによって糞便細菌細胞によって産生されたＳＣＦＡの量を決定することとを含む、実施形態１０１に記載の方法。
実施形態１０３。
基質がイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態１０２に記載の方法。
実施形態１０４。
糞便細菌細胞を基質と少なくとも５時間接触させる、実施形態１０２または実施形態１０３に記載の方法。
実施形態１０５。
糞便細菌細胞を基質と少なくとも１０時間接触させる、実施形態１０２または実施形態１０３に記載の方法。
実施形態１０６。
ＳＣＦＡがブチレートである、実施形態９９～１０５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０７。
ブチレートの閾値レベルが２０ｍＭである、実施形態１０６に記載の方法。
実施形態１０８。
ブチレートの閾値レベルが４０ｍＭである、実施形態１０６に記載の方法。
実施形態１０９。
ブチレートの閾値レベルが６０ｍＭである、実施形態１０６に記載の方法。
実施形態１１０。
ブチレートの閾値レベルが８０ｍＭである、実施形態１０６に記載の方法。
実施形態１１１。
ＳＣＦＡがアセテートである、実施形態９９～１０５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１２。
アセテートの閾値レベルが４０ｍＭである、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１３。
アセテートの閾値レベルが６０ｍＭである、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１４。
アセテートの閾値レベルが８０ｍＭである、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１５。
アセテートの閾値レベルが１００ｍＭである、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１６。
ＳＣＦＡがプロピオナートである、実施形態９９～１０５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１７。
プロピオナートの閾値レベルが１０ｍＭである、実施形態１１６に記載の方法。
実施形態１１８。
プロピオナートの閾値レベルが１５ｍＭである、実施形態１１６に記載の方法。
実施形態１１９。
プロピオナートの閾値レベルが２０ｍＭである、実施形態１１６に記載の方法。
実施形態１２０。
プロピオナートの閾値レベルが２５ｍＭである、実施形態１１６に記載の方法。
実施形態１２１。
ＳＣＦＡのレベルを決定することが、ドナーの生の糞便中のＳＣＦＡのレベルを決定することを含む、実施形態９９に記載の方法。
実施形態１２２。
ＳＣＦＡがブチレートである、実施形態１２１に記載の方法。
実施形態１２３。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２５ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１２４。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり４０ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１２５。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり５０ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１２６。
ＳＣＦＡがアセテートである、実施形態１２１に記載の方法。
実施形態１２７。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり５０ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１２８。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり７５ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１２９。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１００ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１３０。
ＳＣＦＡがプロピオナートである、実施形態１２１に記載の方法。
実施形態１３１。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２０ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１３２。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり３０ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１３３。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり４０ｎＭである、実施形態１２２に記載の方法。
実施形態１３４。
この方法が、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合する前に、ドナーの糞便から選択された糞便細菌を抽出することをさらに含む、実施形態９６～１３３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３５。
抽出することが、選択された糞便細菌を濾過することを含む、実施形態１３４に記載の方法。
実施形態１３６。
凍結保護物質が、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態９６～１３５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３７。
未培養糞便細菌の調製物が抗酸化剤をさらに含む、実施形態９６～１３６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３８。
この方法が、未培養糞便細菌の調製物を薬学的に許容される担体に封入することをさらに含む、実施形態９６～１３７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３９。
薬学的に許容される担体が、錠剤、ゲルタブ、丸剤、またはカプセルを含む、実施形態１３８に記載の方法。
実施形態１４０。
薬学的に許容される担体がカプセルであり、カプセルが耐酸性である、実施形態１３９に記載の方法。
実施形態１４１。
１つ以上の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生細菌株の相対存在量が健常ヒトドナーの糞便中で閾値レベル以上であることを決定することと、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態１４２。
糞便細菌が、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便から選択される、実施形態１４１に記載の方法。
実施形態１４３。
糞便細菌が、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便とは異なる糞便から選択される、実施形態１４１に記載の方法。
実施形態１４４。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）種、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）種、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種、アナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）種、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）種、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア・セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・オキシドレドゥセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、およびアナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）からなる群から選択される分類群のメンバーである、実施形態１４１～１４３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４５。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が少なくとも１０％である、実施形態１４１～１４４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４６。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が少なくとも２５％である、実施形態１４１～１４５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４７。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の相対存在量が少なくとも５０％である、実施形態１４１～１４６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４８。
第１の糞便中のＳＣＦＡが閾値レベル以上であることをドナーの第１の糞便から決定することと、第２の糞便中のＳＣＦＡが閾値レベル以上であることをドナーの第２の糞便から決定することと、第１および第２の糞便中のＳＣＦＡが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、糞便細菌をドナーの糞便から抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態１４９。
機能アッセイにおいて、ドナーの第１の糞便由来の糞便細菌細胞が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生することを決定することと、機能アッセイにおいて、ドナーの第２の糞便由来の糞便細菌細胞が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生することを決定することと、機能アッセイにおいて第１および第２の糞便由来の糞便細菌細胞が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生するという決定に基づいて、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態１５０。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が閾値レベル以上であることをドナーの第１の糞便から決定することと、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が閾値レベル以上であることをドナーの第２の糞便から決定することと、第１および第２の糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいて、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態１５１。
ドナーの糞便から糞便細菌を抽出することが、第１および第２の糞便のうちの少なくとも１つから糞便細菌を抽出することを含む、実施形態１４８～１５０のいずれか１つの実施形態に記載の方法。
実施形態１５２。
ＳＣＦＡが、ブチレート、アセテート、カプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、プロピオナート、バレレート、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態１４８～１５１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５３。
ドナーの第１の糞便が第１の時点で採取され、ドナーの第２の糞便が第２の時点で採取される、実施形態１４８～１５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５４。
第１および第２の時点が、少なくとも２４時間離れている、実施形態１５３に記載の方法。
実施形態１５５。
第１および第２の時点が、少なくとも３日間離れている、実施形態１５３に記載の方法。
実施形態１５６。
第１および第２の時点が、少なくとも１週間離れている、実施形態１５３に記載の方法。
実施形態１５７。
抽出することが、糞便細菌を濾過することを含む、実施形態１４８～１５６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５８。
未培養糞便細菌の調製物が、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される凍結保護物質をさらに含む、実施形態１４８～１５７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５９。
未培養糞便細菌の調製物が抗酸化剤をさらに含む、実施形態１４８～１５８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６０。
この方法が、未培養糞便細菌の調製物を薬学的に許容される担体に封入することをさらに含む、実施形態１４８～１５９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６１。
薬学的に許容される担体が、錠剤、ゲルタブ、丸剤、またはカプセルを含む、実施形態１６０に記載の方法。
実施形態１６２。
薬学的に許容される担体がカプセルであり、カプセルが耐酸性である、実施形態１６１に記載の方法。
実施形態１６３。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤をヒトドナーに投与することをさらに含む、実施形態８８～１６２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６４。
ヒトドナーの糞便が、１つ以上の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生細菌株に対する刺激剤の摂取によって上昇したレベルの少なくとも１つのＳＣＦＡを含む、実施形態１～４９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１６５。
ヒトドナーの糞便が、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤の摂取によって上昇したレベルの少なくとも１つのＳＣＦＡ産生細菌株を含む、実施形態１～４９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１６６。
ヒトドナーが、糞便の提供前の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤を毎日摂取する、実施形態１６４または１６５に記載の医薬組成物。
実施形態１６７。
ヒトドナーが、糞便の提供の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日前に、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤を摂取する、実施形態１６４または１６５に記載の医薬組成物。
実施形態１６８。
ヒトドナーが、糞便の提供の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、２４、または４８時間前に、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤を摂取する、実施形態実施形態６４または１６５に記載の医薬組成物。
実施形態１６９。
ヒトドナーが、糞便の提供前の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４週間、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤を毎日摂取する、実施形態１６４または１６５に記載の医薬組成物。
実施形態１７０。
ヒトドナーが、糞便の提供前の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４週間、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株に対する刺激剤を１日おきに摂取する、実施形態１６４または１６５に記載の医薬組成物。
実施形態１７１。
健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、ブチレートの閾値レベル以上の量のブチレートを産生し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、ブチレートの閾値レベルが少なくとも４０ｍＭである、医薬組成物。
実施形態１７２。
ブチレートの閾値レベルが少なくとも６０ｍＭである、実施形態１７１に記載の医薬組成物。
実施形態１７３。
ブチレートの閾値レベルが少なくとも８０ｍＭである、実施形態１７１に記載の医薬組成物。
実施形態１７４。
基質がイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態１７１～１７３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１７５。
基質が白インゲンマメ粉末である、実施形態１７４に記載の医薬組成物。
実施形態１７６。
健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、アセテートの閾値レベル以上の量のアセテートを産生し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、アセテートの閾値レベルが少なくとも６０ｍＭである、医薬組成物。
実施形態１７７。
アセテートの閾値レベルが少なくとも８０ｍＭである、実施形態１７６に記載の医薬組成物。
実施形態１７８。
アセテートの閾値レベルが少なくとも１００ｍＭである、実施形態１７６に記載の医薬組成物。
実施形態１７９。
健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、プロピオナートの閾値レベル以上の量のプロピオナートを産生し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、プロピオナートの閾値レベルが少なくとも１０ｍＭである、医薬組成物。
実施形態１８０。
プロピオナートの閾値レベルが少なくとも２０ｍＭである、実施形態１７９に記載の医薬組成物。
実施形態１８１。
アセテートの閾値レベルが少なくとも２５ｍＭである、実施形態１８０に記載の医薬組成物。
実施形態１８２。
基質がイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態１７６～１８１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１８３。
機能アッセイがエクスビボアッセイを含む、実施形態１７１～１８２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１８４。
糞便細菌を基質と共に少なくとも６時間インキュベートする、実施形態１７１～１８３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１８５。
糞便細菌を基質と共に少なくとも１０時間インキュベートする、実施形態１７１～１８３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１８６。
健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌の調製物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生細菌株を含み、ＳＣＦＡ産生細菌株が糞便細菌の調製物中の細菌株の総数の少なくとも４０％に相当し、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含む、医薬組成物。
実施形態１８７。
ＳＣＦＡ産生細菌株が、糞便細菌の調製物中の細菌株の総数の少なくとも５０％に相当する、実施形態１８６に記載の医薬組成物。
実施形態１８８。
ＳＣＦＡ産生細菌株が、糞便細菌の調製物中の細菌株の総数の少なくとも６０％に相当する、実施形態１８６に記載の医薬組成物。
実施形態１８９。
ＳＣＦＡ産生細菌株が、糞便細菌の調製物中の細菌株の総数の少なくとも７０％に相当する、実施形態１８６に記載の医薬組成物。
実施形態１９０。
組成物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）をさらに含む、実施形態１７１～１８９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１９１。
組成物がプレバイオティクスをさらに含む、実施形態１７１～１９０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１９２。
プレバイオティクスがイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態１９１に記載の医薬組成物。
実施形態１９３。
糞便細菌の調製物が、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される凍結保護物質をさらに含む、実施形態１７１～１９２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１９４。
医薬組成物が経口投与用に製剤化されている、実施形態１７１～１９３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態１９５。
医薬組成物が糞便細菌の調製物を封入するためのカプセルを含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
実施形態１９６。
カプセルが遅延放出コーティングを含む、実施形態１９５に記載の医薬組成物。
実施形態１９７。
健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、健常ヒトドナーは、ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の糞便代謝産物について予め選択される、方法。
実施形態１９８。
健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが閾値レベル以上の糞便代謝産物を含む、方法。
実施形態１９９。
健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが閾値レベル以上の糞便代謝産物を産生できる、方法。
実施形態２００。
糞便代謝産物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）である、実施形態１９７～１９９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０１。
この方法が、ドナーの生の糞便サンプル中の代謝産物のレベルを決定することを含む、実施形態１９７～２００のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０２。
この方法が、機能アッセイにおいて糞便細菌細胞によって産生された代謝産物のレベルを決定することを含む、実施形態１９７～２００のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０３。
機能アッセイがエクスビボアッセイである、実施形態２０２に記載の方法。
実施形態２０４。
未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物として製剤化することをさらに含む、実施形態１９７～２０３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０５。
必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象は、対象由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される、方法。
実施形態２０６。
必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む、方法。
実施形態２０７。
必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる、方法。
実施形態２０８。
必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象は、対象由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される、方法。
実施形態２０９。
必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む、方法。
実施形態２１０。
必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる、方法。
実施形態２１１。
少なくとも１つのＳＣＦＡが、ブチレート、アセテート、カプロエート、ヘプタノエート、イソブチレート、イソカプロエート、イソバレレート、プロピオナート、バレレート、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態２０５～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１２。
少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルが、対象の生の糞便から決定される、実施形態２０５～２１１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１３。
少なくとも１つのＳＣＦＡがブチレートである、実施形態２０５～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１４。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２ｎＭである、実施形態２１３に記載の方法。
実施形態２１５。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり５ｎＭである、実施形態２１３に記載の方法。
実施形態２１６。
ブチレートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１０ｎＭである、実施形態２１３に記載の方法。
実施形態２１７。
少なくとも１つのＳＣＦＡがアセテートである、実施形態２０５～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１８。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１０ｎＭである、実施形態２１７に記載の方法。
実施形態２１９。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２５ｎＭである、実施形態２１７に記載の方法。
実施形態２２０。
アセテートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり４０ｎＭである、実施形態２１７に記載の方法。
実施形態２２１。
少なくとも１つのＳＣＦＡがプロピオナートである、実施形態２０５～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２２。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり２ｎＭである、実施形態２２１に記載の方法。
実施形態２２３。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり８ｎＭである、実施形態２２１に記載の方法。
実施形態２２４。
プロピオナートの閾値レベルが、生の糞便１グラム当たり１２ｎＭである、実施形態２２１に記載の方法。
実施形態２２５。
医薬組成物を投与することが、対象の腸における少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを閾値レベルを超えて増加させる、実施形態２０５～２２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２６。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも５％増加させる、実施形態２２５に記載の方法。
実施形態２２７。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも１０％増加させる、実施形態２２５に記載の方法。
実施形態２２８。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも１５％増加させる、実施形態２２５に記載の方法。
実施形態２２９。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも２０％増加させる、実施形態２２５に記載の方法。
実施形態２３０。
医薬組成物を投与することが、対象の腸における少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを閾値レベルを超えて減少させる、実施形態２０５～２２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３１。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも５％減少させる、実施形態２３０に記載の方法。
実施形態２３２。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも１０％減少させる、実施形態２３０に記載の方法。
実施形態２３３。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも１５％減少させる、実施形態２３０に記載の方法。
実施形態２３４。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを少なくとも２０％減少させる、実施形態２３０に記載の方法。
実施形態２３５。
健常ヒトドナーが、ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプル中の閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される、実施形態２０５～２０７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３６。
対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが、閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む、実施形態２０５～２０７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３７。
健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが、閾値レベル以上で少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる、実施形態２０５～２０７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３８。
健常ヒトドナーが、ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプル中の閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される、実施形態２０８～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３９。
対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが、閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む、実施形態２０８～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４０。
健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが、閾値レベル以下で少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる、実施形態２０８～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４１。
健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌が少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を含むように選択され、糞便細菌が未培養細菌を含み、糞便細菌の調製物が凍結乾燥細菌を含む、医薬組成物。
実施形態２４２。
胆汁酸変換細菌株が、コール酸（ＣＡ）、ケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ）、グリココール酸（ＧＣＡ）、タウロコール酸（ＴＣＡ）、グリコケノデオキシコール酸（ＧＣＤＣＡ）、およびタウロケノデオキシコール酸（ＴＣＤＣＡ）からなる群から選択される少なくとも１つの一次胆汁酸を変換できる、実施形態２４１に記載の医薬組成物。
実施形態２４３。
糞便細菌が、閾値レベル以上で少なくとも１つの二次胆汁酸を産生するように選択される、実施形態２４１または実施形態２４２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態２４４。
二次胆汁酸が、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）、グリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）、リトコール酸（ＬＣＡ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）グリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）、およびタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）からなる群から選択される、実施形態２４３に記載の医薬組成物。
実施形態２４５。
糞便細菌が、少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株のレベルを決定するための機能アッセイを使用して選択される、実施形態２４３に記載の医薬組成物。
実施形態２４６。
機能アッセイがエクスビボアッセイを含む、実施形態２４５に記載の医薬組成物。
実施形態２４７。
少なくとも１つの二次胆汁酸の閾値レベルが１００μＭである、実施形態２４３に記載の医薬組成物。
実施形態２４８。
糞便細菌が、ドナーの糞便中の２つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量に基づいて選択される、実施形態２４１に記載の医薬組成物。
実施形態２４９。
少なくとも１つの胆汁酸転換細菌株が、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）種、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）種、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種、アナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）種、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）種、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア・セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・オキシドレドゥセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、およびアナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）からなる群から選択される分類群のメンバーである、実施形態２４１に記載の医薬組成物。
実施形態２５０。
組成物がＳＣＦＡをさらに含む、実施形態２４１～２４９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態２５１。
組成物がプレバイオティクスをさらに含む、実施形態２４１～２５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態２５２。
プレバイオティクスがイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態２５１に記載の医薬組成物。
実施形態２５３。
糞便細菌の調製物が、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される凍結保護物質をさらに含む、実施形態２４１～２５２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態２５４。
医薬組成物が経口投与用に製剤化されている、実施形態２４１～２５３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
実施形態２５５。
医薬組成物が糞便細菌の調製物を封入するためのカプセルを含む、実施形態２４１に記載の医薬組成物。
実施形態２５６。
カプセルが遅延放出コーティングを含む、実施形態２４１に記載の医薬組成物。
実施形態２５７。
糞便細菌が、組成物を投与された対象の腸において少なくとも１つの二次胆汁酸を産生する、実施形態２４１に記載の医薬組成物。
実施形態２５８。
個体の第１の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、ドナーの第２の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、第１および第２の糞便における二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいて、個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法。
実施形態２５９。
個体の糞便における二次胆汁酸の相対存在量を決定することと、二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるときに個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法。
実施形態２６０。
一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換できる細菌の相対存在量を決定することと、二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であるときに糞便を選択することとを含む、糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法。
実施形態２６１。
胆汁酸変換株に関連する潜在的なドナーの糞便微生物遺伝子含有量をスクリーニングすることによって、所望のドナーを選択する方法。
実施形態２６２。
胆汁酸変換株が豊富な糞便細菌の調製物を投与することを含む、必要な過敏性腸疾患（ＩＢＤ）患者を処置する方法であって、必要な患者は不十分な胆汁酸代謝を有する、方法。
実施形態２６３。
二次胆汁酸のある相対存在量を有する糞便細菌の調製物を投与することを含む、必要な過敏性腸疾患（ＩＢＤ）患者を処置する方法であって、必要な患者は不十分な胆汁酸代謝を有し、その二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上である、方法。
実施形態２６４。
閾値を超える量の二次胆汁酸および胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、不十分な胆汁酸代謝を有する必要な患者における過敏性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法。
実施形態２６５。
ＩＢＤが、クローン病、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態２６２、２６３、または２６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６６。
二次胆汁酸の閾値レベルが少なくとも１００μＭである、実施形態２５８、２５９、２６０、２６３、または２６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６７。
不十分な胆汁酸代謝を有する患者におけるクローン病または潰瘍性大腸炎を処置する方法であって、（ｉ）二次胆汁酸の量および（ｉｉ）胆汁酸変換株の量が豊富なドナー物質で患者を処置することを含み、その量は所定の閾値以上である、方法。
実施形態２６８。
二次胆汁酸の量の所定の閾値が１００μＭである、実施形態２６７に記載の方法。
実施形態２６９。
糞便細菌が、ドナーの糞便における３つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量に基づいて選択される、実施形態２４８に記載の方法。
実施形態２７０。
閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有するクローン病患者を処置する方法であって、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される、方法。
実施形態２７１。
閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有する潰瘍性大腸炎患者を処置する方法であって、ここで患者の胆汁酸代謝が回復される、方法。
実施形態２７２。
胆汁酸変換細菌を必要な対象の腸に送達する方法であって、この方法は、健常ヒトドナーの糞便に由来する未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を対象に投与することを含み、ここで未培養糞便細菌が閾値レベル以上で一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換するように選択されるか、健常ヒトドナーの糞便中の糞便細菌が閾値レベル以上の二次胆汁酸を産生するか、または健常ヒトドナーが閾値レベル以上の二次胆汁酸を含む糞便を生成する、方法。
実施形態２７３。
プレバイオティクスを対象に投与することをさらに含む、実施形態２７２に記載の方法。
実施形態２７４。
プレバイオティクスは、アミノ酸（たとえば、バリン、ロイシン、イソロイシンなど）、乳酸、硝酸アンモニウム、アミロース、オオムギマルチ、ビオチン、炭酸塩、セルロース、キチン、コリン、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、フルクトース、グルコース、グリセロール、ヘテロ多糖、ヒスチジン、ホモ多糖、ヒドロキシアパタイト、イヌリン、イソマルツロース、ラクトース、ラクツロース、マルトデキストリン、マルトース、窒素、オリゴデキストロース、オリゴフルクトース、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴ糖（たとえば、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、トランス－ガラクトオリゴ糖、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、マンノオリゴ糖、またはキトオリゴ糖などを含む）、ペクチン、リン酸塩、リン、ポリデキストロース、ポリオール、カリ、カリウム、硝酸ナトリウム、デンプン、スクロース、硫黄、サンファイバー、タガトース、チアミン、トレハロース、ビタミン、水溶性炭水化物、発酵性多糖、食物繊維、難消化性デンプン、オオムギ、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態２７２に記載の方法。
実施形態２７５。
医薬組成物を対象に投与する前に、抗生物質で対象を前処置することをさらに含む、実施形態２７２～２７４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７６。
二次胆汁酸が、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）、グリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）、リトコール酸（ＬＣＡ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）グリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）、およびタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）からなる群から選択される、実施形態２７２～２７５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７７。
糞便細菌が、ドナーの糞便中の少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを決定することによって選択される、実施形態２７２～２７６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７８。
医薬組成物を対象に投与する前に、対象の糞便細菌によって産生される二次胆汁酸の量が閾値レベル未満であることを決定することをさらに含む、実施形態２７２～２７７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７９。
医薬組成物を投与することが、対象における障害を処置または予防し、障害がＣ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、およびそれらの組み合わせから選択される、実施形態２７２～２７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８０。
少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を含む対象の糞便細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを決定することと、少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルが閾値レベル未満であるという決定に基づいて医薬組成物を対象に投与することとを含む方法であって、この医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便の未培養糞便細菌の調製物を含む、方法。
実施形態２８１。
少なくとも１つの二次胆汁酸が、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）、グリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）、リトコール酸（ＬＣＡ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）グリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）、およびタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）からなる群から選択される、実施形態２８０に記載の方法。
実施形態２８２。
少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルが、対象の生の糞便から決定される、実施形態２８０または実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２８３。
少なくとも１つの二次胆汁酸がデオキシコール酸（ＤＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２８４。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２８５。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２８６。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２８７。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２８８。
少なくとも１つの二次胆汁酸がリトコール酸（ＬＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２８９。
少なくとも１つの二次胆汁酸がウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２９０。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２９１。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）である、実施形態２８１に記載の方法。
実施形態２９２。
医薬組成物を投与することが、対象の腸における少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを閾値レベルを超えて増加させる、実施形態２８０に記載の方法。
実施形態２９３。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを少なくとも５％増加させる、実施形態２８０に記載の方法。
実施形態２９４。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを少なくとも１０％増加させる、実施形態２８０に記載の方法。
実施形態２９５。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを少なくとも１５％増加させる、実施形態２８０に記載の方法。
実施形態２９６。
医薬組成物を投与することが、対象の腸内細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを少なくとも２０％増加させる、実施形態２８０に記載の方法。
実施形態２９７。
少なくとも１つの胆汁酸転換細菌株が、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）種、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）種、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種、アナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）種、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）種、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア・セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・オキシドレドゥセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、およびアナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）からなる群から選択される分類群のメンバーである、実施形態２８０に記載の方法。
実施形態２９８。
糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態２９９。
糞便細菌細胞および糞便細菌が、ドナーの同じ糞便に由来する、実施形態２９８に記載の方法。
実施形態３００。
糞便細菌細胞および糞便細菌が、ドナーの異なる糞便に由来する、実施形態２９８に記載の方法。
実施形態３０１。
二次胆汁酸のレベルを決定することが、ドナーの生の糞便における二次胆汁酸のレベルを決定することを含む、実施形態２９８に記載の方法。
実施形態３０２。
二次胆汁酸のレベルを決定することが、機能アッセイにおいて糞便細菌細胞によって産生される二次胆汁酸のレベルを決定することを含む、実施形態２９８に記載の方法。
実施形態３０３。
機能アッセイがエクスビボアッセイである、実施形態３０２に記載の方法。
実施形態３０４。
未培養糞便細菌の調製物を医薬組成物として製剤化することをさらに含む、実施形態２９８～３０３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３０５。
少なくとも１つの二次胆汁酸が、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）、グリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）、リトコール酸（ＬＣＡ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）グリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）、およびタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）からなる群から選択される、実施形態２９８に記載の方法。
実施形態３０６。
糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、その糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態３０７。
糞便細菌が、糞便細菌細胞によって産生される二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便から選択される、実施形態３０６に記載の方法。
実施形態３０８。
糞便細菌細胞が、糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便とは異なる糞便から選択される、実施形態３０６に記載の方法。
実施形態３０９。
二次胆汁酸のレベルを決定することが、機能アッセイにおいて糞便細菌細胞によって変換される二次胆汁酸のレベルを決定することを含む、実施形態３０６に記載の方法。
実施形態３１０。
機能アッセイがエクスビボアッセイを含む、実施形態３０９に記載の方法。
実施形態３１１。
二次胆汁酸のレベルを決定することが、ドナーの生の糞便における二次胆汁酸のレベルを決定することを含む、実施形態３０６に記載の方法。
実施形態３１２。
二次胆汁酸が、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）、グリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）、リトコール酸（ＬＣＡ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）グリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）、タウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態３０６に記載の方法。
実施形態３１３。
少なくとも１つの二次胆汁酸がデオキシコール酸（ＤＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３１４。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３１５。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３１６。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３１７。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３１８。
少なくとも１つの二次胆汁酸がリトコール酸（ＬＣＡ）であり、閾値レベルが３００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３１９。
少なくとも１つの二次胆汁酸がウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３２０。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３２１。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３１２に記載の方法。
実施形態３２２。
この方法が、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合する前に、ドナーの糞便から選択された糞便細菌を抽出することをさらに含む、実施形態３０６～３２１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３２３。
抽出することが、選択された糞便細菌を濾過することを含む、実施形態３２２に記載の方法。
実施形態３２４。
凍結保護物質が、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリスリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態３０６～３２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３２５。
未培養糞便細菌の調製物が抗酸化剤をさらに含む、実施形態３０６～３２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３２６。
この方法が、未培養糞便細菌の調製物を薬学的に許容される担体に封入することをさらに含む、実施形態３０６～３２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３２７。
薬学的に許容される担体が、錠剤、ゲルタブ、丸剤、またはカプセルを含む、実施形態３２６に記載の方法。
実施形態３２８。
薬学的に許容される担体がカプセルであり、カプセルが耐酸性である、実施形態３２６に記載の方法。
実施形態３２９。
１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が健常ヒトドナーの糞便中で閾値レベル以上であることを決定することと、１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であるという決定に基づいてドナーの糞便細菌を選択することであって、選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
実施形態３３０。
糞便細菌が、１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便から選択される、実施形態３２９に記載の方法。
実施形態３３１。
糞便細菌が、１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定するために使用されるドナーの糞便とは異なる糞便から選択される、実施形態３２９に記載の方法。
実施形態３３２。
１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）種、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）種、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種、アナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）種、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）種、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア・セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・オキシドレドゥセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・ユータクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、およびアナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）からなる群から選択される分類群のメンバーである、実施形態３２９～３３１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３３３。
１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が少なくとも１０％である、実施形態３２９～３３２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３３４。
１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が少なくとも２５％である、実施形態３２９～３３３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３３５。
１つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が少なくとも５０％である、実施形態３２９～３３４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３３６。
健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、糞便細菌がある量の一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換し、二次胆汁酸が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートしたときに二次胆汁酸の閾値レベル以上であり、糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、二次胆汁酸の閾値レベルが少なくとも１００μＭである、医薬組成物。
実施形態３３７。
少なくとも１つの二次胆汁酸がデオキシコール酸（ＤＣＡ）であり、閾値レベルが１００μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３３８。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）であり、閾値レベルが５０μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３３９。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）であり、閾値レベルが５０μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３４０。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコリトコール酸（ＧＬＣＡ）であり、閾値レベルが５０μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３４１。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）であり、閾値レベルが５０μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３４２。
少なくとも１つの二次胆汁酸がリトコール酸（ＬＣＡ）であり、閾値レベルが３００μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３４３。
少なくとも１つの二次胆汁酸がウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）であり、閾値レベルが５０μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３４４。
少なくとも１つの二次胆汁酸がグリコウルソデオキシコール酸（ＧＵＤＣＡ）であり、閾値レベルが５０μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３４５。
少なくとも１つの二次胆汁酸がタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）であり、閾値レベルが５０μＭである、実施形態３３６に記載の方法。
実施形態３４６。
健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、健常ヒトドナーは、１つ以上、２つ以上、３における閾値レベル以上の二次胆汁酸について予め選択される、方法。
本開示は、本開示の例示として提供される以下の非限定的な実施例を参照することによって、よりよく理解されるだろう。以下の実施例は、本開示の好ましい態様をより完全に例示するために提示されるものであるが、決して本開示の広い範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。したがって、添付の特許請求の範囲は、本明細書に含まれる態様の記載に限定されるべきではない。
[実施例１]
エクスビボ糞便微生物叢アッセイを用いたＳＣＦＡの定量
１０ｍｌの生の糞便を１５ｍｌコニカルチューブ中で３２２０×ｇで１５分間遠心分離する。上清を廃棄し、１０ｍｌの０．１Ｍリン酸ナトリウム緩衝液、ｐＨ７（ＳＰＢ：ｓｏｄｉｕｍ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｂｕｆｆｅｒ）をペレットに添加し、ペレットがホモジナイズされるまでチューブをボルテックスして糞便細菌懸濁物を生成する。１５０μｌの糞便細菌を、５つの異なる９６ウェルプレート（０時間、６時間、９時間、１２時間、および２４時間の時点を表す）において１５０μｌの各ＳＣＦＡ基質と混合する。ＳＣＦＡ基質は、アガベイヌリン（２ｇ／５０ｍｌ ＳＰＢ中０．０５％Ｌ－システイン）、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）（２ｇ／５０ｍｌ ＳＰＢ中０．０５％Ｌ－システイン）、サンファイバー部分加水分解グアーガム（ＰＨＧＧ：ｐａｒｔｉａｌｌｙ ｈｙｄｒｏｌｙｚｅｄ ｇｕａｒ ｇｕｍ）（２ｇ／５０ｍｌ ＳＰＢ中０．０５％Ｌ－システイン）、白インゲンマメ粉末（２ｇ／５０ｍｌ ＳＰＢ中０．０５％Ｌ－システイン）、および濾過した白インゲンマメ粉末（２ｇ／５０ｍｌ ＳＰＢ、３２，２０×ｇで５分間遠心分離し、６０℃に加熱して滅菌濾過し、Ｌ－システインを０．０５％まで添加）である。各時点で、それぞれのアッセイプレートを直ちにドライアイス上に２～５分間置き、プレートを３２２０×ｇで１５分間遠心分離する。１００μｌの上清を、２ｍＬガラスバイアル中で１０μｌの５０％硫酸と、５００μｌの５ｍＭ ２－メチルペンタン酸を含有するジエチルエーテルと混合する。サンプルを３，２２０ｇで１０分間遠心分離して、明瞭な相境界を得る。以下のパラメータを使用して、水素炎イオン化型検出器（ＦＩＤ：Ｆｌａｍｅ Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｏｒ）を備えたガスクロマトグラフ（ＧＣ：Ｇａｓ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈ）を使用してＳＣＦＡを測定する。
－ 注入：１μＬのサンプル１を、速いプランジャー速度で８ｍｍのサンプル深さで注入し、サンプルを４回洗浄する。
－ 入口：スプリット比２０：１の２２５℃でのスプリットモード。
－ 担体ガス：ヘリウム。
－ オーブン：１４０℃で５分間の等温温度プログラム。
－ カラム：ニトロテレフタル酸修飾／ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）キャピラリーカラムは、直径０．２５ｍｍ、長さ約３０ｍ、膜厚０．２５μｍである。カラムを６．０ｍＬ／分の一定流量にて維持する。
－ 水素炎イオン化型検出器（ＦＩＤ）：温度を２２５℃に設定する。水素の流量は３０．０ｍＬ／分である。空気の流量は４００．０ｍＬ／分である。ヘリウムの補給流量は２０．０ｍＬ／分である。
図１は、１２時間の時点で糞便細菌によって産生されたブチレートの濃度（ｍＭ）を示す。図２は、１２時間の時点で糞便細菌によって産生されたアセテートの濃度（ｍＭ）を示す。図３は、１２時間の時点で糞便細菌によって産生されたプロピオナートの濃度（ｍＭ）を示す。各グラフは、５人の異なるドナー（１、１６、７６、８１、および８）の糞便からの結果を示す。ドナー１および８については、２つの異なる糞便サンプルからの結果を示す。エクスビボアッセイの結果は、糞便細菌によるＳＣＦＡ産生のレベルがドナー間で変動し得ることを示す。たとえば、ドナー１からの糞便細菌は、エクスビボアッセイにおいて、示されるその他のドナーからの糞便細菌よりも高いレベルのブチレートを産生する。
[実施例２]
生の糞便からのＳＣＦＡの直接定量
２５０ｍｇの生の糞便を、５ｍｌコニカルチューブ中で１．２５ｍｌのＨＰＬＣ水と混合する。サンプルを３２００×ｇで１５分間遠心分離する。１００μｌの上清を、２ｍＬガラスバイアル中で１０μｌの５０％硫酸と、５００μｌの５ｍＭ ２－メチルペンタン酸を含有するジエチルエーテルと混合する。サンプルを３，２２０ｇで１０分間遠心分離して、明瞭な相境界を得る。ＳＣＦＡは、実施例１に記載されるとおり、水素炎イオン化型検出器（ＦＩＤ）を備えたガスクロマトグラフ（ＧＣ）を使用して測定される。
ＳＣＦＡのアセテート（Ａ）、ブチレート（Ｂ）、カプロエート（Ｃ）、ヘプタノエート（Ｈ）、イソブチレート（Ｉｂ）、イソカプロエート（Ｉｃ）、イソバレレート（Ｉｖ）、プロピオナート（Ｐ）、およびバレレート（Ｖ）についての定量結果を表２に示す。エクスビボアッセイの結果と同様に、表２は、糞便ＳＣＦＡレベルがドナー間で変動することを示す。たとえば、ドナー７に由来する糞便は、示されるその他のドナーの糞便よりも高いレベルのブチレートを含有する。
Figure 2022552005000005
[実施例３]
ブチレートを産生するように選択された細菌混合物の生成
スクリーニングされた健常ヒトドナーから糞便を採取し、実施例１に記載されるエクスビボアッセイに従って糞便中の糞便細菌のブチレート産生能力の決定に使用するために１０ｍｌの糞便をアリコートし、基質として白インゲンマメ粉末を使用する。糞便サンプルの残りの部分を、１５％トレハロースおよび０．０５％システインを含むＰＢＳ生理食塩水で希釈し、ホモジナイズし、濾過する。濾液を－８０℃で貯蔵する。エクスビボアッセイの結果が、糞便サンプル中に３０ｍＭを超えるレベルのブチレートが存在することを示すとき、濾液を解凍し、凍結乾燥して、未培養糞便細菌の凍結乾燥調製物を得る。次いで、凍結乾燥調製物を耐酸性カプセルに封入して、ブチレートを産生するように選択された未培養糞便細菌を含有する医薬組成物を生成する。
[実施例４]
ブチレートを産生する未培養糞便細菌によるＩＢＤの処置
２人の糞便ドナー（ＡおよびＢ）の糞便サンプル中のブチレートレベルを、サンプルのアリコートから直接定量する。糞便サンプルの残りの部分を使用して、ＩＢＤ（潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ））と診断された患者にＦＭＴ結腸内視鏡によって投与される未培養糞便細菌調製物を調製する。次いで、各患者の糞便中のＦＭＴ後ブチレートレベルを、ＦＭＴ投与の１週間後、８週間後、および１２週間後の時点の各患者の糞便から直接定量する。次いで、各患者のブチレートレベルを時点にわたって平均し、ベースライン濃度を差し引く。
図４Ａは、ドナー糞便におけるブチレートの量が、ドナーＡについては約１９０μｇ／ｇであり、ドナーＢについては２００μｇ／ｇであると決定されたことを示す。各ドナーからＦＭＴを受けた後の患者の糞便におけるブチレートレベルの変化（μｇ／ｇ）を図４Ｂに示す。ＣＤおよびＵＣ患者診断の両方について、ドナーＢの糞便細菌を含有するＦＭＴによって誘導された患者ブチレートの変化は、ドナーＡの糞便細菌を含有するＦＭＴによって誘導された患者ブチレートの変化よりも大きい。これらの結果は、ドナーの糞便においてブチレートを産生する能力について選択された糞便細菌が、より低いレベルのブチレートを産生する糞便細菌と比較して、ＦＭＴ投与後の患者においてより高いレベルのブチレートを誘導し得ることを示す。
図４Ｃは、ドナー糞便中のブチレートの量が経時的に変動し得ることを示す。処置されたＣＤまたはＵＣ患者におけるＦＭＴ後ブチレートとベースラインブチレートとの間の変化は、ドナーブチレートと患者ベースラインブチレートレベルとの間の差と相関する（図５）。したがって、処置された患者におけるＦＭＴ後のブチレートレベルのより大きな増加を提供するために、ドナーとＦＭＴ前の患者との糞便のブチレートレベルの差に基づいてドナーが選択され得る。
研究は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）およびユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）／ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種が重要なブチレート産生細菌であることを報告している。ルイス（Ｌｏｕｉｓ）、Ｐ．およびフリント（Ｆｌｉｎｔ）、Ｈ．、ＦＥＭＳマイクロバイオロジー・レターズ（ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｌｅｔｔ．）２９４：１－８（２００９）（本明細書において引用により援用される）を参照。図６は、ＦＭＴ処置後の患者サンプルの分析によって、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の存在量（黒色線）がしばしばブチレート（灰色線）と協調して移動することが示されることを示す。
図７は、ＦＭＴ処置後１２週目の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）患者の両方において、ブチレートの増加がファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）の増加およびプロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）の減少と有意に相関することを示す。加えて、ＦＭＴ処置後、ＵＣおよびＣＤ患者において、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）およびバクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）の両方が増加するのに対し、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）レベルは減少する（図８）。患者の部分メイヨー（Ｍａｙｏ）指数およびハーベリー・ブラッドショー（Ｈａｒｖｅｒｙ－Ｂｒａｄｓｈａｗ）指数の考察は、患者のＩＢＤ改善がプロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）の減少と弱く相関することを示す（図９；相関ｐ値はＵＣに対してｐ＝０．１５０、ＣＤに対してｐ＝０．５０２）。
ドナーＦＭＴで処置されたＵＣおよびＣＤ患者の微生物叢細菌組成は、ＦＭＴ処置後にドナーの微生物叢細菌組成により類似するようになる（図１０）。図１１は、患者糞便ブチレートレベルのＦＭＴ後の変化が、患者およびドナーのマイクロバイオームの類似性の増加と相関することを示す。
図１２は、１１５人の糞便ドナーの糞便におけるＳＣＦＡ産生細菌株（すなわち、ブチレート産生体）の相対存在量がドナー間で変動することを示す。グラフを作成するために、各ドナーの糞便由来のＯＴＵの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を、公開データ（ビタル（Ｖｉｔａｌ）ら、（２０１７）、「ヒトにおける結腸ブチレート産生コミュニティ：オミクスデータを用いた概説（Ｃｏｌｏｎｉｃ ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｃｏｍｍｕｎｉｔｉｅｓ ｉｎ ｈｕｍａｎｓ：ａｎ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｕｓｉｎｇ ｏｍｉｃｓ ｄａｔａ）」アメリカン・ソサエティ・フォー・マイクロバイオロジー（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ）２（６）：ｅ００１３０－１７；ビタル（Ｖｉｔａｌ）ら、（２０１４）、「（メタ）ゲノムデータの分析による細菌ブチレート合成経路の解明（Ｒｅｖｅａｌｉｎｇ ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｂｕｔｙｒａｔｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｐａｔｈｗａｙｓ ｂｙ ａｎａｌｙｚｉｎｇ （ｍｅｔａ）ｇｅｎｏｍｉｃ ｄａｔａ）」ｍｂｉｏ ５（２）：ｅ００８８９－１４）に基づいてブチレート産生体であると予測される細菌株由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較した。各サンプル中のブチレート産生ＯＴＵからのリード数を合計し、サンプルから得られた細菌リードの総数で割ることによって、各ドナーについての相対存在量を決定した。
[実施例５]
潰瘍性大腸炎の処置のためのドナーの選択
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）などの適応症におけるさまざまなドナー有効性が報告されている。糞便移植およびその他のドナー由来療法は、微生物株および種の存在量が広範に変動し得るため、薬物効力の差異をもたらし得る。図１に例示されるとおり、生成物の変動性を最小化するために、ドナー選択、プール、および株補完の３つのアプローチが役立ち得る。所望の特徴の存在に対して、ドナーまたは糞便が選択され得る。ドナー間のプールは、非遍在性の生物が生成物に含まれる可能性を増加させ得るが、これらの存在量は希釈されることとなる。送達に重要な特定の成分が存在するとき、別個に培養された単一株によってコミュニティ全体の生成物を補完するハイブリッド戦略は、別の治療アプローチを提供する。加えてコミュニティ全体の生成物は、添加された株の生着を最適化するためのバックグラウンドの健全な生態系を提供する。
個々のドナーの疾患関連微生物の存在および存在量における自然な変動は、生成物の均一性を改善するための戦略の動機となる。主要な細菌分類群の示差的存在量は、ＨＭＰ２ １６Ｓアンプリコン配列決定データセットにおけるＵＣ対非ＩＢＤ対照を比較することによって計算される（赤色：ＵＣにおいて富む；青色：ＵＣにおいて枯渇する；存在量は科レベルで崩壊する）（ロイド－プライス（Ｌｌｏｙｄ－Ｐｒｉｃｅ）、Ｊ．ら（２０１９）「炎症性腸疾患における腸微生物生態系のマルチオミクス（Ｍｕｌｔｉ－ｏｍｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅ ｇｕｔ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｅｃｏｓｙｓｔｅｍ ｉｎ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅｓ）。」ネイチャー（Ｎａｔｕｒｅ）５６９、６５５－６６２）。これらの分類群の存在量は、ＵＣにおけるジェイコブ（Ｊａｃｏｂ）（２０１７）ＦＭＴ試験において使用された４人のドナーにおいて示されている（黄色のバー）（ジェイコブら、（２０１７）「結腸内視鏡による多様性の高い糞便微生物叢調製物の単回送達は、安全かつ活動性潰瘍性大腸炎における微生物多様性の増加に有効である（Ｓｉｎｇｌｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｈｉｇｈ－ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｆｅｃａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ｂｙ ｃｏｌｏｎｏｓｃｏｐｙ ｉｓ ｓａｆｅ ａｎｄ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｉｎ ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ ａｃｔｉｖｅ ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ）。」インフラマトリー・バウエル・ディジーズ（Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓｅａｓｅ）２３（６）：９０３－９１１）。ドナー間で普及率が異なる２つのＵＣ枯渇分類群が示されている（オレンジ色の矢印）。３つの緩和戦略が示されている。（１）ジェイコブらにおいて、各々の患者は、４人のドナーのうちの２つを受ける。このドナープール戦略は、送達される株の多様性を増加させる。（２）所望の成分を含有するドナーについて予めスクリーニングする。たとえばドナー１は、すべての同定されたＵＣ枯渇分類群を含有する。（３）全体のコミュニティと共に、重要な成分の均一な送達を確実にするために別個に培養された株を同時投与することによる補完。

Claims (41)

  1. 健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、前記糞便細菌が少なくとも１つの短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生するように選択され、前記糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、前記糞便細菌の調製物が凍結乾燥細菌を含む、医薬組成物。
  2. 必要な対象の腸に短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を送達する方法であって、前記方法は、健常ヒトドナーの糞便に由来する未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を前記対象に投与することを含み、
    前記未培養糞便細菌が閾値レベル以上の前記ＳＣＦＡを産生するように選択されるか、
    前記健常ヒトドナーの糞便中の糞便細菌が閾値レベル以上の前記ＳＣＦＡを産生するか、または
    前記健常ヒトドナーが閾値レベル以上の前記ＳＣＦＡを含む糞便を生成する、方法。
  3. 対象の糞便細菌によって産生される少なくとも１つのＳＣＦＡのレベルを決定することと、前記少なくとも１つのＳＣＦＡの前記レベルが閾値レベル未満であるという決定に基づいて医薬組成物を前記対象に投与することとを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便の未培養糞便細菌の調製物を含む、方法。
  4. 糞便細菌細胞によって産生される代謝産物のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、前記糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、
    前記代謝産物の前記レベルが前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて、糞便細菌を前記ドナーの糞便から抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  5. 糞便細菌細胞によって産生される短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、前記糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、
    前記ＳＣＦＡの前記レベルが前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて前記ドナーの糞便細菌を選択することであって、前記選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、
    前記選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  6. １つ以上の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生細菌株の相対存在量が健常ヒトドナーの糞便中で閾値レベル以上であることを決定することと、
    前記１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌株の前記相対存在量が前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて前記ドナーの糞便細菌を選択することであって、前記選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、
    前記選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  7. 第１の糞便中のＳＣＦＡが閾値レベル以上であることをドナーの前記第１の糞便から決定することと、第２の糞便中の前記ＳＣＦＡが前記閾値レベル以上であることを前記ドナーの前記第２の糞便から決定することと、前記第１および第２の糞便中の前記ＳＣＦＡが閾値レベル以上であるという決定に基づいて、糞便細菌を前記ドナーの糞便から抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  8. 機能アッセイにおいて、ドナーの第１の糞便由来の糞便細菌細胞が閾値レベル以上のＳＣＦＡを産生することを決定することと、前記機能アッセイにおいて、前記ドナーの第２の糞便由来の糞便細菌細胞が前記閾値レベル以上の前記ＳＣＦＡを産生することを決定することと、前記機能アッセイにおいて前記第１および第２の糞便由来の前記糞便細菌細胞が前記閾値レベル以上の前記ＳＣＦＡを産生するという決定に基づいて、前記ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  9. １つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が閾値レベル以上であることをドナーの第１の糞便から決定することと、１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の相対存在量が前記閾値レベル以上であることを前記ドナーの第２の糞便から決定することと、前記第１および第２の糞便中の１つ以上のＳＣＦＡ産生細菌の前記相対存在量が前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて、前記ドナーの糞便から糞便細菌を抽出して未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  10. 健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、前記糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、ブチレートの閾値レベル以上の量のブチレートを産生し、前記糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、ブチレートの前記閾値レベルが少なくとも４０ｍＭである、医薬組成物。
  11. 健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、前記糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、アセテートの閾値レベル以上の量のアセテートを産生し、前記糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、アセテートの前記閾値レベルが少なくとも６０ｍＭである、医薬組成物。
  12. 健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、前記糞便細菌が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートされたときに、プロピオナートの閾値レベル以上の量のプロピオナートを産生し、前記糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、前記閾値レベル、医薬組成物。
  13. 健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、前記糞便細菌の調製物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生細菌株を含み、前記ＳＣＦＡ産生細菌株が前記糞便細菌の調製物中の細菌株の総数の少なくとも４０％に相当し、前記糞便細菌の調製物が未培養細菌を含む、医薬組成物。
  14. 前記プレバイオティクスがイヌリン、フラクトオリゴ糖、サンファイバー、白インゲンマメ粉末、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１９１に記載の医薬組成物。
  15. 健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、前記健常ヒトドナーは、前記ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の糞便代謝産物について予め選択される、方法。
  16. 健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、前記健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが閾値レベル以上の糞便代謝産物を含む、方法。
  17. 健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、前記健常ヒトドナーの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルが閾値レベル以上の糞便代謝産物を産生できる、方法。
  18. 必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、前記対象は、前記対象由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される、方法。
  19. 必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、前記対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む、方法。
  20. 必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、前記対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以下の少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる、方法。
  21. 必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、前記対象は、前記対象由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡについて予め選択される、方法。
  22. 必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、前記対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡを含む、方法。
  23. 必要な対象に医薬組成物を投与することを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便由来の未培養糞便細菌の調製物を含み、前記対象の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルは、閾値レベル以上の少なくとも１つのＳＣＦＡを産生できる、方法。
  24. 健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、前記糞便細菌が少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を含むように選択され、前記糞便細菌が未培養細菌を含み、前記糞便細菌の調製物が凍結乾燥細菌を含む、医薬組成物。
  25. 個体の第１の糞便における二次胆汁酸の前記相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、ドナーの第２の糞便における前記二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上であることを決定することと、前記第１および第２の糞便における前記二次胆汁酸の前記相対存在量が前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて、前記個体を前記糞便ドナーとして選択することとを含む、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法。
  26. 個体の糞便における二次胆汁酸の前記相対存在量を決定することと、前記二次胆汁酸の前記相対存在量が閾値レベル以上であるときに前記個体を糞便ドナーとして選択することとを含む、未培養糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法。
  27. 一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換できる細菌の前記相対存在量を決定することと、前記二次胆汁酸の前記相対存在量が前記閾値レベル以上であるときに前記糞便を選択することとを含む、糞便細菌の調製物を生成するためにドナーの糞便を選択する方法。
  28. 胆汁酸変換株に関連する潜在的なドナーの糞便微生物遺伝子含有量をスクリーニングすることによって、所望のドナーを選択する方法。
  29. 胆汁酸変換株が豊富な糞便細菌の調製物を投与することを含む、必要な過敏性腸疾患（ＩＢＤ）患者を処置する方法であって、前記必要な患者は不十分な胆汁酸代謝を有する、方法。
  30. 二次胆汁酸のある相対存在量を有する糞便細菌の調製物を投与することを含む、必要な過敏性腸疾患（ＩＢＤ）患者を処置する方法であって、前記必要な患者は不十分な胆汁酸代謝を有し、前記二次胆汁酸の相対存在量が閾値レベル以上である、方法。
  31. 閾値を超える量の二次胆汁酸および胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、不十分な胆汁酸代謝を有する必要な前記患者における過敏性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法。
  32. 不十分な胆汁酸代謝を有する患者におけるクローン病または潰瘍性大腸炎を処置する方法であって、（ｉ）二次胆汁酸の量および（ｉｉ）胆汁酸変換株の量が豊富なドナー物質で前記患者を処置することを含み、前記量は所定の閾値以上である、方法。
  33. 閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、前記患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有するクローン病患者を処置する方法であって、前記患者の胆汁酸代謝が回復される、方法。
  34. 閾値レベル以上の量の胆汁酸変換株を有するドナーに由来する糞便細菌の調製物を患者に投与することを含む、前記患者における胆汁酸変換株を増加させることによって、不十分な胆汁酸代謝を有する潰瘍性大腸炎患者を処置する方法であって、前記患者の胆汁酸代謝が回復される、方法。
  35. 必要な対象の腸に胆汁酸変換細菌を送達する方法であって、前記方法は、健常ヒトドナーの糞便に由来する未培養糞便細菌の調製物を含む医薬組成物を前記対象に投与することを含み、
    前記未培養糞便細菌が閾値レベル以上で一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換するように選択されるか、
    前記健常ヒトドナーの糞便中の糞便細菌が閾値レベル以上の前記二次胆汁酸を産生するか、または
    前記健常ヒトドナーが閾値レベル以上の前記二次胆汁酸を含む糞便を生成する、方法。
  36. 少なくとも１つの胆汁酸変換細菌株を含む対象の糞便細菌によって産生される少なくとも１つの二次胆汁酸のレベルを決定することと、前記少なくとも１つの二次胆汁酸の前記レベルが閾値レベル未満であるという決定に基づいて医薬組成物を前記対象に投与することとを含む方法であって、前記医薬組成物は、健常ヒトドナーの糞便の未培養糞便細菌の調製物を含む、方法。
  37. 糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、前記糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、
    前記二次胆汁酸の前記レベルが前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて、糞便細菌を前記ドナーの糞便から抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  38. 糞便細菌細胞によって変換された二次胆汁酸のレベルが閾値レベル以上であることを決定することであって、前記糞便細菌細胞が健常ヒトドナーの糞便に由来する、決定することと、
    前記二次胆汁酸の前記レベルが前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて前記ドナーの糞便細菌を選択することであって、前記選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、
    前記選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  39. １つ以上の胆汁酸変換細菌株の相対存在量が健常ヒトドナーの糞便中で閾値レベル以上であることを決定することと、
    前記１つ以上の胆汁酸変換細菌株の前記相対存在量が前記閾値レベル以上であるという決定に基づいて前記ドナーの糞便細菌を選択することであって、前記選択された糞便細菌が未培養である、選択することと、
    前記選択された糞便細菌を凍結保護物質と混合して、未培養糞便細菌の調製物を生成することとを含む、方法。
  40. 健常ヒトドナーの糞便由来の糞便細菌の調製物を含む医薬組成物であって、前記糞便細菌がある量の一次胆汁酸を二次胆汁酸に変換し、前記二次胆汁酸が、機能アッセイにおいて基質と共にインキュベートしたときに二次胆汁酸の閾値レベル以上であり、前記糞便細菌の調製物が未培養細菌を含み、前記二次胆汁酸の前記閾値レベルが少なくとも１００μＭである、医薬組成物。
  41. 健常ヒトドナーの糞便から糞便細菌を抽出して、未培養糞便細菌の調製物を生成することを含む方法であって、前記健常ヒトドナーは、前記ドナー由来の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、または１０以上の糞便サンプルにおける閾値レベル以上の二次胆汁酸について予め選択される、方法。
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