JP6868562B2 - 障害の微生物的処置および診断に関する方法および組成物 - Google Patents

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Description

相互参照
本出願は、２０１４年１０月３１日に出願された米国仮特許出願第６２／０７３，９１２号に対する利益を主張し、これはその全体が本明細書に援用される。
個体の体には、様々な場所にわたりしばしばマイクロバイオームと呼ばれる無数の微生物が常在している。マイクロバイオームは、多くの健康状態および疾患において重要な役割を果たす可能性がある。マイクロバイオームと健康との間の相互関係にもかかわらず、様々なマイクロバイオームの複雑性、およびマイクロバイオーム構成要素を特徴付け、類別し、分析することの困難性が、マイクロバイオームの理解を難しくしている。したがって、これらの困難さが、マイクロバイオーム関連健康状態および疾患の診断的適用および治療用途の開発の障害になってきた。本開示は、健康状態および疾患のマイクロバイオーム関連処置の必要性に対処する方法、システム、組成物、およびキットを提供する。
配列表
本願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含有する。２０１５年１０月３０日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、４６７９０−７０２．６０１．ｔｘｔと名付けられ、サイズが３６，２５４，２６７バイトである。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、グルカゴン様ペプチド１（ＧＬＰ−１）産生を変更する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、酪酸キナーゼ、酪酸補酵素Ａ、酪酸補酵素Ａトランスフェラーゼ、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される酵素をコードする微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、酪酸を産生することができる微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌｉａのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、ＣｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓのｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法を含む。
それを必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団を含む、治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏａｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物のｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、方法。
前記処置が、対象のマイクロバイオームの変更をもたらす、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記処置が、対象の消化管マイクロバイオームの変更をもたらす、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、単離および精製された微生物の第２の集団をさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。一部の態様では、本方法は、単離および精製された微生物の第２の集団をさらに含むことができ、前記第２の集団は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物のｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む。
前記代謝障害が、肥満である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記代謝障害が、インスリン非感受性である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記代謝障害が、２型糖尿病である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記処置が、処置前レベルと比較して体重を減らしている対象をもたらす、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記処置が、処置前レベルと比較してインスリン感受性を増大させた対象をもたらす、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記処置が、処置前レベルと比較して代謝障害と関連した症状を低減させた対象をもたらす、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記対象が、臨床研究に登録されている対象である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記少なくとも約８５％の配列同一性が、ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、少なくとも約９９．５％、および少なくとも約９９．５％の配列同一性からなる群から選択される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、対象から得られる糞便物質を実質的に含まない、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記微生物の前記少なくとも１種が、前記微生物の集団を構成する、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記ｒＲＮＡ配列が、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記ｒＲＮＡ配列が、２３Ｓ ｒＲＮＡ配列である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記ｒＲＮＡ配列が、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列および２３Ｓ ｒＲＮＡ配列の両方である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、経口送達用に製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、肛門送達用に製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、ピルとして製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、カプセル剤として製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、浣腸による送達に適した液体形態に製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、坐剤として製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記医薬組成物が、注射による送達に適した液体形態に製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、プロバイオティクスをさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。一部の態様では、医薬組成物は、プロバイオティクスをさらに含むことができ、前記プロバイオティクスは、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
医薬組成物が、プレバイオティクスをさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。一部の態様では、医薬組成物が、プレバイオティクスをさらに含んでもよく、前記プレバイオティクスが、複合炭水化物、複合糖、耐性デキストリン、難消化性デンプン、アミノ酸、ペプチド、栄養化合物、ビオチン、ポリデキストロース、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、イヌリン、デンプン、リグニン、サイリウム、キチン、キトサン、ガム（例えば、グアーガム）、高アミロースコーンスターチ（ＨＡＳ）、セルロース、β−グルカン、ヘミセルロース、ラクツロース、マンノオリゴ糖、マンナンオリゴ糖（ＭＯＳ）、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、ｔｒａｎｓ−ガラクトオリゴ糖、ペクチン、難消化性デンプン、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の態様では、前記プレバイオティクスは、イヌリンである。
医薬組成物が、抗生物質と同時投与される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、抗生物質の後に投与される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。一部の態様では、方法は、抗生物質の後に医薬組成物を投与することを含んでもよく、ここで、医薬組成物は抗生物質の少なくとも１時間後に投与される。一部の態様では、方法は、抗生物質の後に医薬組成物を投与することを含んでもよく、ここで、医薬組成物は抗生物質の少なくとも２時間後に投与される。一部の態様では、方法は、抗生物質の後に医薬組成物を投与することを含んでもよく、ここで、医薬組成物は抗生物質の少なくとも１２時間後に投与される。一部の態様では、方法は、抗生物質の後に医薬組成物を投与することを含んでもよく、ここで、医薬組成物は抗生物質の少なくとも１日後に投与される。一部の態様では、方法は、抗生物質の後に医薬組成物を投与することを含んでもよく、ここで、医薬組成物は抗生物質の少なくとも１週間後に投与される。一部の態様では、方法は、抗生物質の後に医薬組成物を投与することを含んでもよく、ここで、医薬組成物は抗生物質の少なくとも２週間後に投与される。
医薬組成物が、対象によって抗生物質レジメンの完了後に投与される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、栄養補助食品として製剤化される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、生物学的製品である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
シーケンシングによって対象のマイクロバイオームの集団の配列を判定することをさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。一部の態様では、シーケンシングによって対象のマイクロバイオームの配列を判定することをさらに含んでもよく、前記シーケンシングは１６Ｓ ｒＲＮＡをシーケンシングすることを含む。一部の態様では、シーケンシングによって対象のマイクロバイオームの配列を判定することをさらに含んでもよく、前記シーケンシングは２３Ｓ ｒＲＮＡをシーケンシングすることを含む。一部の態様では、シーケンシングによって対象のマイクロバイオームの配列を判定することをさらに含んでもよく、前記シーケンシングは２３Ｓ ｒＲＮＡ および１６Ｓ ｒＲＮＡをシーケンシングすることを含む。一部の態様では、シーケンシングによって対象のマイクロバイオームの配列を判定することをさらに含んでもよく、前記シーケンシングは完全バイオーム試験（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ｂｉｏｍｅ Ｔｅｓｔ）の分解能を含む。一部の態様では、前記シーケンシングは、ロングリードシーケンシングを含む。一部の態様では、本方法は、シーケンシングによって対象のマイクロバイオームの配列を判定することをさらに含んでいてもよく、対象のマイクロバイオームの集団の配列を判定することは、医薬組成物で対象を処置する前に実施される。一部の態様では、本方法は、シーケンシングによって対象のマイクロバイオームの配列を判定することをさらに含んでいてもよく、対象のマイクロバイオームの集団の配列を判定することは、医薬組成物で対象を処置した後に実施される。
機械可読コードによってデータを伝送する工程をさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
機械可読コードによってデータを計算する工程をさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
機械可読コードによってデータを保存する工程をさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
対象が、哺乳動物である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
対象が、研究所哺乳動物である、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
対象が、ヒトである、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
コンパニオン診断をさらに含む、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記実施形態のいずれかに記載の微生物を生成する方法であって、微生物を遺伝的に修飾して組換え微生物を生成することを含む、方法。一部の態様では、本方法は、微生物を遺伝的に修飾して組換え微生物を作製することを含んでいてもよく、オペロンが組換え微生物の増殖を制御する。
医薬組成物が、腸溶性ピルとして製剤化される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。一部の態様では、本方法は、腸溶性ピルとして医薬組成物を製剤化することを含んでいてもよく、腸溶コーティングは、ｐＨ感受性ポリマーによって形成される。一部の態様では、本方法は、腸溶性ピルとして医薬組成物を製剤化することを含んでいてもよく、腸溶コーティングは、ｐＨ感受性ポリマーによって形成され、ポリマーは、オイドラギットＦＳ３０Ｄである。
医薬組成物が、微生物を対象の回腸領域に送達するように製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、微生物を対象の結腸領域に送達するように製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、微生物を対象の回腸および結腸領域に送達するように製剤化されている、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、対象の回腸領域に送達される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、対象の結腸領域に送達される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、対象の回腸および結腸領域に送達される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
医薬組成物が、食物摂取の前に投与される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。一部の態様では、本方法は、食物摂取の前に医薬組成物を投与することを含んでいてもよく、医薬組成物は、食物摂取の少なくとも１時間前に投与される。一部の態様では、方法は、食物摂取の前に医薬組成物を投与することを含んでいてもよく、医薬組成物は、食物摂取の少なくとも２時間前に投与される。一部の態様では、方法は、食物摂取の前に医薬組成物を投与することを含んでいてもよく、医薬組成物は、食物摂取の少なくとも３時間前に投与される。一部の態様では、方法は、食物摂取の前に医薬組成物を投与することを含んでいてもよく、医薬組成物は、食物摂取の少なくとも４時間前に投与される。
前記微生物が、食物摂取とともに投与される、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
前記微生物が、個々の株と比較して医薬組成物中で相乗的安定性を構成する、前記実施形態のいずれかに記載の方法。
参照による組込み
本明細書に述べられるすべての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれの個々の刊行物、特許、または特許出願が、参照により組み込まれるように具体的かつ個々に示されているのと同じ程度に参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、培養コレクションＡＴＣＣ ＢＡＡ−８３５のＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｏｎ（ＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ）受託番号ＣＰ００１０７１．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、培養コレクションＤＳＭ１７２４４のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＪ５１８８７１．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、培養コレクションＤＳＭ１４６６２のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＤＳ４９９７４４．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、酪酸生産細菌Ｌ１−９２のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＪ２７０４８７．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、酪酸生産細菌ＳＳ２／１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＹ３０５３１９．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、培養コレクションＤＳＭ１７２４１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＪ３１５９８０．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、培養コレクションＡＴＣＣ１５７０３のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＰ００９２５６．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ ｓｕｂｓｐ．ｉｎｆａｎｔｉｓ、培養コレクションＡＴＣＣ１５６９７のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＣＰ００１０９５．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。．
微生物株Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、培養コレクションＡＴＣＣ１９１７１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｕ４１１７２．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、１６．４のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＪ２５０３６５．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、ＯＢ１５６のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｕ４１１６８．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株酪酸生産細菌、Ａ２−２３２のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ３０５３０５．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株酪酸生産細菌、ＳＳ３／４のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ３０５３１６．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、培養コレクションＡＴＣＣ８２４のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＥ００１４３７．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、培養コレクションＤＳＭ７９２のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号Ｘ７８０７０．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、培養コレクションＮＣＩＭＢ８０５２のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＣＰ０００７２１．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号Ｘ６８１８９．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号Ｘ７４７７０．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、酪酸生産細菌Ｌ２−５０のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＪ２７０４９１．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、培養コレクションＡＴＣＣ２７７５９のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＥＦ０３１５４３．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、酪酸生産細菌Ｔ２−８７のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ３０５３０６．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、酪酸生産細菌ＳＭ７／１１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ３０５３１３．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、培養コレクションＤＳＭ３９９１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｌ３４６８２．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｉｉ、酪酸生産細菌Ｌ２−７のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＪ２７０４９０．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｉｉ、酪酸生産細菌ＳＭ６／１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ３０５３１８．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｉｉ、培養コレクションＡＴＣＣ２７７５１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｌ３４６２１．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａ１−８６のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＪ２７０４７５．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、培養コレクションＡＴＣＣ３３６５６のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＣ＿０１２７８１．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、培養コレクションＡＴＣＣ２７５６０のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｌ３４４２１．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、酪酸生産細菌Ｍ２１／２のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＹ３０５３０７．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＦＰ９２９０４６．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＧＧ６９７１６８．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ ｓｕｂｓｐ．ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＣＰ００２１５８．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＺ＿ＡＵＪＮ０１０００００１．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、培養コレクションＤＳＭ７５５のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＺ＿ＡＺＵＩ０１０００００１．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、培養コレクションＤＳＭ３３５３のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＣＥＰ０１０００１７５．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ、Ｍ７２／１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ３０５３１０．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、基準株Ａ２−１８３ＴのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＪ２７０４８２．２の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌ１−８２のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＪ３１２３８５．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、基準株Ａ２−１９４ＴのＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＪ２７０４７３．３の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、培養コレクションＤＳＭ１６８４１のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＺ＿ＡＣＦＹ０１０００１７９．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、培養コレクションＡＴＣＣ１９２０８のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＫＩ９１２４８９．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
微生物株Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、培養コレクションＡＴＣＣ２９１４９のＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＡＡＹＧ０２００００４３．１の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の新規の特徴は、添付の特許請求の範囲において厳密に示されている。本発明の特徴および利点のより良好な理解は、本発明の原理が利用されている例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明、および添付の図面を参照することによって得られることになる。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
代謝障害の処置を必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、前記方法は、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、グルカゴン様ペプチド−１（ＧＬＰ−１）産生を変更する微生物を含む、方法。
（項目２）
代謝障害の処置を必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、前記方法は、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、酪酸キナーゼ、酪酸補酵素Ａ、酪酸補酵素Ａトランスフェラーゼ、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される酵素をコードする微生物を含む、方法。
（項目３）
代謝障害の処置を必要とする対象における代謝障害を処置する方法であって、単離および精製された微生物の集団と、薬学的に許容される担体とを含む治療有効量の医薬組成物を投与する工程を含み、ここで、前記微生物の少なくとも１種は、酪酸を産生することができる微生物を含む、方法。
（項目４）
前記処置が、対象のマイクロバイオームの変更をもたらす、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目５）
前記医薬組成物が、単離および精製された微生物の第２の集団をさらに含み、前記第２の集団が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物のｒＲＮＡ配列と少なくとも約８５％の配列同一性を有する微生物を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目６）
前記代謝障害が、肥満である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目７）
前記代謝障害が、インスリン非感受性である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目８）
前記代謝障害が、２型糖尿病である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目９）
前記ｒＲＮＡ配列が、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記ｒＲＮＡ配列が、２３Ｓ ｒＲＮＡ配列である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記医薬組成物が、経口送達用に製剤化されている、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
前記医薬組成物が、プレバイオティクスをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
前記プレバイオティクスが、複合炭水化物、複合糖、耐性デキストリン、難消化性デンプン、アミノ酸、ペプチド、栄養化合物、ビオチン、ポリデキストロース、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、イヌリン、デンプン、リグニン、サイリウム、キチン、キトサン、ガム（例えば、グアーガム）、高アミロースコーンスターチ（ＨＡＳ）、セルロース、β−グルカン、ヘミセルロース、ラクツロース、マンノオリゴ糖、マンナンオリゴ糖（ＭＯＳ）、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、ｔｒａｎｓ−ガラクトオリゴ糖、ペクチン、難消化性デンプン、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記医薬組成物が、前記対象によって抗生物質レジメンの完了後に投与される、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
シーケンシングによって前記対象のマイクロバイオームの集団の配列を判定する工程をさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
前記対象が、ヒトである、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
コンパニオン診断をさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記医薬組成物が、腸溶性ピルとして製剤化されている、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記医薬組成物が、前記対象の回腸および／または結腸領域に送達される、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記医薬組成物が、食物摂取の前に投与される、前記項目のいずれかに記載の方法。
図１は、マイクロバイオーム治療剤および診断剤を使用することができる例示的なマイクロバイオーム関連健康状態および疾患を表す。これらの健康状態として、早産、慢性疲労症候群、皮膚健康（例えば、ざ瘡）、２型糖尿病（Ｔ２ＤＭ）、アレルギー、うつ病、自閉症、喘息、緊張亢進、過敏性腸症候群、代謝、肥満、薬物代謝、膣疾患、アトピー性皮膚炎、乾癬、Ｉ型糖尿病（Ｔ１ＤＭ）、多発性硬化症、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ Ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、尿生殖器障害、および心疾患を挙げることができる。
図２は、２型糖尿病（Ｔ２ＤＭ）治療剤を創出するのに影響され得る例示的なマイクロバイオーム媒介経路を表す。プレバイオティクス（例えば、イヌリン）、一次発酵体（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、および二次発酵体（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍおよび／またはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）を含む製剤を、酪酸産生のために使用することができる。
図３は、完全バイオーム試験（ＣＢＴ：Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ｂｉｏｍｅ Ｔｅｓｔ）のための例示的なプラットフォーム（例えば、診断検査としての、または治療剤を開発するための開発ツールとしての）を表すイラストである。例えば、糞便物質移植片（ＦＭＴ）から得られる短命株からスタートする特定の短命のすぐ使用可能な標的、健康状態または疾患に関連したマイクロオーガニズム（複数可）、属、およびマイクロオーガニズム株（複数可）の存在／非存在は、完全バイオーム試験を使用して判定することができる。
図４は、（Ａ）標準的な試験を使用するマイクロバイオーム株分解能、および（Ｂ）完全バイオーム試験を使用するマイクロバイオーム株分解能の増大を表す。 図４は、（Ａ）標準的な試験を使用するマイクロバイオーム株分解能、および（Ｂ）完全バイオーム試験を使用するマイクロバイオーム株分解能の増大を表す。
図５は、外部データ（例えば、科学文献および／またはデータベース）、患者情報、測定されるエピジェネティックな変化、測定される機能的経路、測定される株分類、ならびにこれらの任意の組合せからなる群から得られるデータを使用してデータベースを作成するための例示的プロセスを表す。データベースは、例えば、治療共同体（例えば、健康状態または疾患を処置するための）の同定を推進するのに使用することができる。
図６は、Ｔ２ＤＭに関連した株を同定する（例えば、治療共同体を同定する）のに使用される例示的プロセスを表す。この方法を使用して見つかる例示的なＴ２ＤＭ株としては、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓがある。
図７は、ユーザーが、機械可読コードを使用してデータ（例えば、シーケンシングデータ、株分類、機能的経路、エピジェネティックな変化、患者情報、外部データ、データベース、マイクロバイオーム株；治療共同体など）を検出、分析、および処理することを可能にするように適応させたシステムを表す。
図８は、本明細書に概説した診断手法および治療手法の両方がどのように、複合糞便マイクロバイオーム移植片と比較して、標的化微生物株選択を構成し得るかを表す。
図９は、製剤中に一緒に株を組み合わせることによって、どのように個々の株のすべての安定性が、高く留まることができ、または劇的に改善し得るかを表す。個々の株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）の安定性を、製剤中に一緒に存在する株ＣＢＵＴ、ＣＢＥＩ、ＢＬＯＮ、ＢＩＮＦを含み得る製剤ＷＢ００００２およびＷＢ００００３と比較した。製剤は、株Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｅ．ｈａｌｌｉｉ、およびＣ．ｉｎｄｏｌｉｓをさらに含み得る。製剤ＷＢ０００２およびＷＢ０００３は、ＷＢ０００３が株と組み合わせてプレバイオティクスも含み得る点で異なる。製剤の安定性の増大は、製剤が、株が個々の株に対して一緒に存在するときに相乗的安定性をもたらし得ることを示唆する。
図１０は、製剤ＷＢ０００３が、食餌誘発性肥満マウスを伴う前臨床研究の投薬期間中に、どのように体重減少の増大をもたらし得るかを表す。この効果のサポートは、ウォッシュアウト期間中に取り戻す体重によってさらに裏付けられる。リナグリプチンは、陽性対照である。
図１１（Ａ）は、製剤ＷＢ０００３を投薬されたマウスの経口グルコース負荷試験（ＯＧＴＴ）曲線下面積（ＡＵＣ）によって測定したグルコース制御における二峰性応答を表す。（Ｂ）レスポンダーをＷＢ０００３と、対照と、および陽性対照、リナグリプチンと比較するＯＧＴＴ曲線を表す。
図１２は、本発明の方法を使用するＣ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの新規アセンブリが、データベースで見出されるもの（例えば、４０コンティグ）より少ないコンティグ（例えば、２コンティグ）の使用をもたらし得ることを例示する。
図１３（Ａ）は、本発明の方法を使用する新規アセンブリが、いくつかのオペロンの順序を区別することができることを例示し、Ｃ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍのこの例示的な株について、「タイプＣ」の順序が発見された。図１３（Ｂ）は、この株の酪酸経路遺伝子のうちの５種についての厳密なゲノム座標を表にしたものである。
図１４は、株による異なる培地（例えば、ＲＣＭ、ＰＹＧ）中の短鎖脂肪酸定量化の例示的データを例示する。短鎖脂肪酸定量化は、株の予測されたゲノム機能が、実際の機能と一致することを示す。これは、異なる培地について同様であり得る。一非限定例では、株１は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ（ＢＡＤＯ）であり得る。一非限定例では、株２は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）である。一非限定例では、株３は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）であり得る。一非限定例では、株４は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）である。一非限定例では、株５は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）である。一非限定例では、株６は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（ＣＩＮＤ）である。一非限定例では、株７は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ（ＥＨＡＬ）である。
図１５は、本発明の改善された培地（例えば、ＰＹＧｖｅｇ＋ｖｉｔ＋塩＋緩衝液）が、より高いピーク細菌密度をもたらし得ることを例示する。一非限定例では、株１は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（ＡＭＵＣ）である。一非限定例では、株２は、ＣＢＥＩである。一非限定例では、株３は、ＥＨＡＬである。一非限定例では、株４は、ＣＩＮＤである。一非限定例では、株５は、ＢＬＯＮである。一非限定例では、株６は、ＢＡＤＯである。一非限定例では、株７は、ＣＢＵＴである。一非限定例では、株８は、ＢＩＮＦである。
定義
本明細書および特許請求の範囲において使用する場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、脈絡による別段の明らかな要求のない限り複数形の言及を含む。例えば、用語「試料（ａ ｓａｍｐｌｅ）」は、その混合物を含めた複数の試料を含む。
用語「微生物」および「マイクロオーガニズム」は、本明細書で互換的に使用され、細菌、古細菌、真核生物（例えば、原生動物、真菌、酵母）、および細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含めたウイルスを指す。
用語「マイクロバイオーム」、「微生物叢」、および「微生物生息環境」は、本明細書で互換的に使用され、対象の体上または体内で生きるマイクロオーガニズムの生態学的コミュニティを指すことができる。マイクロバイオームは、片利共生、相利共生、および／または病原性マイクロオーガニズムから構成され得る。マイクロバイオームは、対象のほとんどの部分までとはいかないが、多くの部分上または部分内に存在することができる。マイクロバイオームの生息環境の一部の非限定的な実施例として、体表、体腔、体液、腸、結腸、皮膚表面および皮膚孔、膣腔、臍領域、結膜領域、腸管領域、胃、鼻腔および鼻道、胃腸管、尿生殖路、唾液、粘液、ならびに糞便を挙げることができる。
用語「プレバイオティクス」は、本明細書で使用する場合、宿主中のマイクロオーガニズムの増殖および／または活性に影響し得る（例えば、マイクロバイオーム中の組成および／または活性の特異的変化を可能にし得る）化学物質および／または成分を指す一般用語であり得る。プレバイオティクスは、宿主に健康上の利益を付与することができる。プレバイオティクスは、例えば、結腸内で選択的に発酵され得る。プレバイオティクスの一部の被限定的な例として、複合炭水化物、複合糖、耐性デキストリン、難消化性デンプン、アミノ酸、ペプチド、栄養化合物、ビオチン、ポリデキストロース、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、イヌリン、リグニン、サイリウム、キチン、キトサン、ガム（例えば、グアーガム）、高アミロースコーンスターチ（ＨＡＳ）、セルロース、β−グルカン、ヘミセルロース、ラクツロース、マンノオリゴ糖、マンナンオリゴ糖（ＭＯＳ）、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、ｔｒａｎｓ−ガラクトオリゴ糖、ペクチン、難消化性デンプン、およびキシロオリゴ糖（ＸＯＳ）が挙げられ得る。プレバイオティクスは、食品（例えば、アカシアゴム、グアーシード、玄米、米糠、オオムギの殻、チコリーの根、キクイモ、タンポポの葉、ニンニク、ニラ、タマネギ、アスパラガス、コムギ糠、オーツ麦糠、ベークドビーンズ、全粒小麦粉、バナナ）、および母乳中に見つけることができる。プレバイオティクスは、他の形態（例えば、カプセル剤または栄養補助食品）で投与することもできる。
用語「プロバイオティクス」は、本明細書で使用する場合、適切に投与されるとき、宿主または対象に健康上の利益を付与することができる１種または複数のマイクロオーガニズムを意味し得る。プロバイオティクスの一部の非限定的な例としては：Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓおよびこれらの任意の組合せがある。
用語「判定すること」、「測定すること」、「評価すること」、「査定すること」、「アッセイすること」、および「分析すること」は、本明細書で互換的に使用することができ、測定の任意の形態を指すことができ、要素が存在するか否かを判定すること（例えば、検出）を含み得る。これらの用語は、定量的および／または定性的判定の両方を含み得る。査定することは、相対的であっても絶対的であってもよい。これらの用語は、本明細書に記載のアルゴリズムおよびデータベースの使用を含み得る。「〜の存在を検出すること」は、存在するものの量を判定すること、およびそれが存在するか、非存在であるかを判定することを含み得る。用語「ゲノムアセンブリアルゴリズム」は、本明細書で使用する場合、ゲノムの完全な配列を判定することができる条件下で互いに（新規）または参照（再シーケンシング）とシーケンシングの読みを整列させることができる任意の方法を指す。
用語「ゲノム」は、本明細書で使用する場合、その一次ＤＮＡ配列でコードされる生物の遺伝情報の全体を指すことができる。ゲノムは、遺伝子および非コード性配列の両方を含む。例えば、ゲノムは、微生物ゲノムを表し得る。マイクロバイオームの遺伝的内容は、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、およびリボソームＲＮＡ、エピゲノム、プラスミド、およびマイクロバイオームを構成する微生物中に見つかる遺伝情報のすべての他のタイプを含み得る。
「核酸配列」ならびに「ヌクレオチド配列」は、本明細書で使用する場合、オリゴヌクレオチド、またはポリヌクレオチド、およびこれらの断片もしくは部分、ならびに一本鎖であっても二本鎖であってもよく、センスまたはアンチセンス鎖を表し得るゲノムまたは合成起源のＤＮＡまたはＲＮＡを指す。核酸配列は、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシル（Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、およびＵ）、ならびに修飾バージョン（例えば、Ｎ６−メチルアデノシン、５−メチルシトシンなど）で構成され得る。
用語「相同性」および「相同の」は、ヌクレオチド配列を参照して本明細書で使用する場合、他のヌクレオチド配列とのある程度の相補性を指す。部分的な相同性または完全な相同性（すなわち、同一性）が存在し得る。核酸配列に部分的に相補的な、すなわち「実質的に相同の」ヌクレオチド配列は、完全相補配列が標的核酸配列にハイブリダイズすることを少なくとも部分的に阻害するものである。
用語「シーケンシング」は、本明細書で使用する場合、核酸分子（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ核酸分子）中のヌクレオチド塩基Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、およびＵの順序を判定するためのシーケンシング法を指す。
用語「バイオチップ」または「アレイ」は、吸着剤が付着しているほぼ平坦な表面を有する固体基板を指すことができる。バイオチップの表面は、複数のアドレス可能な場所を含むことができ、その場所のそれぞれは、そこに結合した吸着剤を有し得る。バイオチップは、プローブ界面を噛み合わせ、したがって、プローブとして機能するように適応させることができる。タンパク質バイオチップは、ポリペプチドを捕捉するために適応されており、アドレス可能な場所で自己に付着したクロマトグラフィー吸着剤または生体特異的吸着剤を有する表面を含み得る。マイクロアレイチップは一般に、ＤＮＡおよびＲＮＡ遺伝子発現検出のために使用される。
用語「バーコード」は、本明細書で使用する場合、核酸断片の元のゲノムを同定するのに使用され得る任意のユニークな天然に存在しない核酸配列を指す。
用語「対象」、「個体」、「宿主」、および「患者」は、本明細書で互換的に使用することができ、ヒト、実験動物、家畜、および家庭ペットを含めた任意の動物対象を指す。対象は、様々なマイクロオーガニズムを宿すことができる。対象は、その体上および体内の様々な生息環境において異なるマイクロバイオームを有し得る。対象は、疾患の高いリスクにあると診断されている場合があり、またはそのようであると疑われている場合がある。対象は、疾患（腸内毒素症）の一因となっているマイクロバイオーム状況を有し得る。一部の場合では、対象は、必ずしも疾患の高いリスクにあると診断され、またはそのようであると疑われているわけではない。一部の事例では、対象は、感染症を罹患している場合があり、または感染症を発病し、もしくは他人に伝染させるリスクにある場合がある。
用語「処置」または「処置すること」は、本明細書で互換的に使用される。これらの用語は、それだけに限らないが、治療上の利益および／または予防的利益を含めた有益なまたは所望の結果を得るための手法を指すことができる。治療上の利益は、処置されている根本的な障害の根絶または寛解を意味し得る。また、治療上の利益は、対象が根本的な障害に依然として苦しめられている場合があるにもかかわらず、改善が対象において観察されるような、根本的な障害と関連した生理学的症状の１つまたは複数の根絶または寛解を伴って実現することができる。予防効果としては、疾患もしくは状態の出現を遅延させ、防止し、もしくは排除すること、疾患もしくは状態の症状の発症を遅延させ、もしくは排除すること、疾患もしくは状態の進行を減速し、停止し、もしくは逆転すること、またはこれらの任意の組合せがある。予防的利益について、特定の疾患を発病するリスクにある対象、または疾患の生理的症状の１つもしくは複数を報告している対象は、この疾患の診断が行われていなくても処置を受けることができる。
用語「１６Ｓ」、「１６Ｓリボソームサブユニット」、および「１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）」は、本明細書で互換的に使用することができ、原核生物（例えば、細菌、古細菌）リボソームの小サブユニット（例えば、３０Ｓ）の構成成分を指すことができる。１６Ｓ ｒＲＮＡは、マイクロオーガニズムの種の中で進化的に高度に保存されている。したがって、１６Ｓリボソームサブユニットのシーケンシングを使用して、試料（例えば、マイクロバイオーム）中に存在するマイクロオーガニズムを同定および／または比較することができる。
用語「２３Ｓ」、「２３Ｓリボソームサブユニット」、および「２３ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）」は、本明細書で互換的に使用することができ、原核生物（例えば、細菌、古細菌）リボソームの大サブユニット（例えば、５０Ｓ）の構成成分を指すことができる。２３Ｓリボソームサブユニットのシーケンシングを使用して、試料（例えば、マイクロバイオーム）中に存在するマイクロオーガニズムを同定および／または比較することができる。
用語「胞子」は、本明細書で使用する場合、高温、湿度、および化学剤などの不都合な条件に抵抗するためにマイクロオーガニズムが産生する生存細胞を指すことができる。胞子は、厚い壁を有することができ、それは、マイクロオーガニズムが長い時間にわたって厳しい条件を生き残ることを可能にする。適当な環境条件下で、胞子は、発芽して、マイクロオーガニズムの複製、および生理活動のすべてをすることができるマイクロオーガニズムの生きた形態を生じさせることができる。
概要
プロバイオティクスなどの微生物を含む組成物は、対象に様々な有益な効果を付与することができる。これらの有益な効果の例として、免疫調節性の特徴、細胞増殖の調節、粘膜上皮の正常な生理学的発達を促進する能力、およびヒト栄養の増強を挙げることができる。微生物ベース組成物を、マイクロバイオーム関連健康状態または障害に罹患している対象に治療剤として投与することができる。
一部の実施形態では、本開示は、対象の疾患ステータス、または治療剤に対する対象の応答の見込みを予測するための診断アッセイを提供する。診断アッセイは、試料中の１種または複数の微生物の存在、または対象のマイクロバイオームプロファイルを使用して、定量的スコアを計算することができる。定量的スコアを使用して対象における疾患ステータス、または治療剤に対する応答の見込みを予測することができる。一部の用途では、診断アッセイは、１種または複数の微生物の存在、および１種または複数の特性、例えば、年齢、体重、性別、医療歴、リスクファクター、家族歴、またはこれらの組合せなどを使用して、定量的スコアを計算することができ、定量的スコアは、対象における疾患ステータス、または治療剤に対する応答の見込みを予測するのに使用することができる。一部の用途では、診断アッセイは、定量的スコアを計算するのに、環境要因、例えば、地理的な場所、仕事のタイプ、および衛生用品の使用などをさらに使用することができる。
本開示の例示的な方法は、以下のステップのうちの少なくとも１つを含み得る：対象由来の生体試料を得るステップ、対象の生体試料中の微生物のパネルを測定するステップ、測定後に疾患ステータスを判定するステップ、判定の結果に対して疾患ステータスの情報を提供するレポートを作成するステップ、およびマイクロバイオームベース障害、または微生物の存在もしくは非存在などの健康状態を防止および／または処置するために、対象に本開示の微生物ベース組成物を投与するステップ。
微生物生息環境のメンバーを判定するための方法
本開示は、対象におけるマイクロバイオーム関連健康状態および／または障害を処置するための方法および微生物集団を含む組成物を提供する。本開示の方法は、マイクロバイオーム分析のための微生物の収集、安定化、および抽出を含み得る。本開示の方法は、マイクロバイオームプロファイルを作成するために宿主の微生物生息環境の組成を判定することを含み得る。微生物生息環境の組成は、例えば、障害の見込みおよび／または障害の処置過程を判定するために、宿主の健康状態を診断するのに使用することができる。
一部の実施形態では、本開示の方法は、対象の腸または胃腸管の微生物生息環境を判定するのに使用することができる。腸は、ビタミン産生および吸収、タンパク質および胆汁酸の代謝、食餌性炭水化物の発酵、ならびに病原体過増殖の防止に寄与し得る複数の種の微生物を含む複雑なマイクロバイオームを含む。腸内の微生物の組成を、対象における機能的代謝経路に結びつけることができる。腸内微生物叢に結びつけられる代謝経路の非限定的な例としては、エネルギー収支調節、レプチンの分泌、脂質合成、肝インスリン感受性、腸管環境のモジュレーション、および食欲シグナル伝達がある。腸マイクロバイオームが改変すると、健康状態、例えば、潰瘍性大腸炎、結腸直腸がん、自己免疫障害、肥満、糖尿病、および炎症性腸疾患などのリスクが増大し得る。
一部の実施形態では、検出法（例えば、シーケンシング）を使用して、例えば、肥満および肥満誘導性糖尿病と関連した腸マイクロバイオームバイオマーカーを同定することができる。例えば、非肥満および肥満対象を、彼らのマイクロバイオーム中に存在する微生物の種の差異に基づいて類別することができる。肥満対象は、非肥満対象と比較して、低減された微生物多様性、ならびにより高いレベルの発酵を引き起こす微生物、例えば、ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門およびメタン生成古細菌を有し得る。肥満誘導性糖尿病を有する対象は、質量増加、代謝性内毒血症、脂肪組織炎症、およびインスリン抵抗性を促進する微生物叢を有し得る。肥満対象と痩せた対象との間の微生物の差異を使用して、リスクファクターおよび／または処置過程を予測するのに使用することができる、肥満と関連した微生物バイオマーカープロファイルを作成することができる。
一部の実施形態では、本開示の検出法（例えば、シーケンシング）を使用して、例えば、抗生物質処置、腸マイクロバイオーム療法、および様々な食事制限中の経時的な腸マイクロバイオーム組成の変化を分析することができる。マイクロバイオームは、固有の微生物集団を枯渇させる抗生物質および食事制限に曝露されると著しく変更され得る。本開示の方法を使用して治療剤を投与する前後の対象のプロファイルを作成することによって微生物叢の差異を特徴付けることができる。
一部の実施形態では、シーケンシングシグネチャーに基づいてマイクロバイオームを可視化する方法が提供されている。一部の実施形態では、シーケンシング情報に基づいて経時的にマイクロバイオームを可視化するための方法が提供されている。
本開示の方法は、妊娠中の女性の羊水の微生物生息環境を検出し、特徴付け、定量化するのに使用することができる。早産を起こしている妊娠中の女性の羊水腔は、満期で出産する妊娠中の女性と比較して、以前に特徴付けられていない微生物を含む、より多様な微生物由来の遺伝物質を抱える場合がある。早産についての臨床的意義および原因となるフレームワークを評価するために、微生物習慣を使用して、羊水腔に侵入している微生物の多様性および存在量を明確にすることができる。満期産および早期産を有する女性の羊水のマイクロバイオームプロファイルを比較して、早産を予測および／または処置するためのバイオマーカーとして使用することができる微生物を判定することができる。
マイクロオーガニズムは、母乳中の母系単核細胞によって母親から乳児に場所を移すことができ、それにより、片利共生細菌および病原性細菌に適切に応答する発達中の乳児免疫系をプライミングすることができる。本開示の方法は、乳児の腸の微生物生息環境を判定して、乳児期および小児期早期中の微生物コロニー形成および免疫の発達に対する微生物の効果のパターンを作成するのに使用することができる。
本開示の方法は、皮膚の微生物生息環境を分析するのに使用することができる。皮膚の陥入および付属肢、汗腺（エクリンおよびアポクリン）、皮脂腺、および毛嚢を含めた皮膚の部分は、それぞれ、ユニークな微生物叢と関連している場合がある。健康な対象および例えば、ざ瘡を有する対象の皮膚マイクロバイオームプロファイルを比較すると、皮膚健康および疾患における微生物関与への洞察をもたらすことができる。
生体試料
生体試料を対象から収集して対象のマイクロバイオームプロファイルを判定することができる。生体試料は、対象の体上の任意の微生物生息環境由来の任意の試料タイプであり得る。微生物生息環境の非限定的な例としては、皮膚生息環境、臍生息環境、膣生息環境、羊水生息環境、結膜生息環境、腸管生息環境、胃生息環境、腸生息環境、口腔生息環境、鼻生息環境、胃腸管生息環境、呼吸器生息環境、および尿生殖路生息環境がある。
用途に応じて、生体試料の選択は、具体的な用途に合わせることができる。生体試料は、例えば、全血、血清、血漿、粘膜、唾液、頬スワブ、尿、大便、細胞、組織、体液、リンパ液、ＣＮＳ流体、および病変滲出液であり得る。生体試料の組合せを、本開示の方法とともに使用することができる。
試料調製
試料調製は、以下のステップのうちのいずれか１つ、またはステップの組合せを含み得る。滅菌したスワブを、滅菌リン酸緩衝溶液（ＰＢＳ）を含有するチューブに最初に浸漬して湿らせる。スワブを、組織がその後わずかにピンク／赤色に色づく十分な勢いで複数回（例えば、１０〜２０回）目的のエリアをスワイプする。スワブを、滅菌したチューブ中の緩衝液（例えば、溶解緩衝液）中に穏やかに浸漬する。スワブを、本明細書に提供されるようにさらに分析される実験室に輸送するためにチューブに残す。得られた試料を室温で一夜の間に輸送することができる。
緩衝液中の微生物細胞を輸送すると、試料中に検出バイアスを導入し得る。一部の微生物は、試料収集とともに付いてくる栄養分で繁殖し続けることができる。一部の微生物は、特定の環境の非存在下でアポトーシスを起こす場合がある。結果として、この様式で輸送される微生物試料は、細胞完全性と関連した初期プロファイリング／集団バイアスを有し得る。
収集された試料を最初に遠心することによってインタクトな細胞を富化させる方法を使用することができる。次いで試料内のインタクトな細胞から形成される、得られるペレットを、下流ステップのすべてについての前駆物質として使用することができる。一部の実施形態では、本開示の方法は、上清中に存在する（例えば、既に溶解した細胞から）任意のＤＮＡを濃縮するための精製ステップをさらに含む。このＤＮＡを標準的なペレット調製から抽出されたＤＮＡと組み合わせることができる。組み合わせたＤＮＡは、下流ステップに対してより完全な前駆物質を形成することができる。
細胞溶解および／または細胞からの核酸の抽出は、物理的方法、化学的方法、または両方の組合せを含めた任意の適当な方法によって実施することができる。核酸は、ゲノムＤＮＡの完全性および連続性を保持するせん断方法を使用して生体試料から単離することができる。
本開示とともに使用される核酸試料は、すべてのタイプのＤＮＡおよびＲＮＡを含み得る。核酸の長さは、長さが約１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１，０００，０００、２，０００，０００、３，０００，０００、４，０００，０００、５，０００，０００、６，０００，０００、７，０００，０００、８，０００，０００、９，０００，０００または１０，０００，０００ヌクレオチドまたは塩基対であり得る。
アンプリコン手法を使用して、マイクロバイオームプロファイリングのためのＤＮＡを調製することができる。この手法は、いくつかのステップ、例えば、ＰＣＲ、試料定量化（例えば、Ｑｕｂｉｔ、ｎａｎｏｄｒｏｐ、ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒなど）、Ｂｌｕｅ Ｐｉｐｐｉｎサイズ選択、０．５×Ａｍｐｕｒｅ精製、試料定量化、ＤＮＡ末端修復、０．５×Ａｍｐｕｒｅ精製、平滑末端アダプターライゲーション、エキソヌクレアーゼ処置、２回の０．５×Ａｍｐｕｒｅ精製、および最終のＢｌｕｅ Ｐｉｐｐｅｎサイズ選択を含み得る。
一部の実施形態では、本方法は、増幅ステップを使用しない。このような方法の例は、全ゲノムショットガン（ＷＧＳ）シーケンシングによるシーケンシングのための試料の調製を含む。これらの手法は、微生物分布をゆがめ得る増幅バイアスを除去することによって利益をもたらし得る。さらに、このような手法は、関係する要素、例えば、細菌プラスミド、真菌、およびウイルスの新規発見を可能にし得る。
本開示の方法の実践では、当技術分野の技術の範囲内である免疫学、生化学、化学的性質、分子生物学、微生物学、細胞生物学、ゲノミクス、および組換えＤＮＡの慣例的な技法を採用することができる。例えば、生体試料の調製は、例えば、細胞または組織からの細胞内材料の抽出または単離、例えば、核酸、タンパク質、または他の巨大分子の抽出などを含み得る。開示の方法とともに使用され得る試料調製としては、それだけに限らないが、遠心分離、親和性クロマトグラフィー、磁気分離、イムノアッセイ、核酸アッセイ、受容体ベースアッセイ、細胞数測定アッセイ、比色アッセイ、酵素アッセイ、電気泳動アッセイ、電気化学的アッセイ、分光学的アッセイ、クロマトグラフィーアッセイ、顕微鏡アッセイ、トポグラフィーアッセイ、熱量測定アッセイ、放射性同位体アッセイ、タンパク質合成アッセイ、組織学的アッセイ、培養アッセイ、およびこれらの組合せがある。
マイクロバイオームプロファイリング
本開示は、対象の少なくとも１つの微生物生息環境由来の生体試料中の少なくとも１種の微生物を測定し、マイクロバイオームプロファイルを判定するための方法を提供する。マイクロバイオームプロファイルは、マイクロバイオームを構成する１種または複数の微生物（細菌、真菌、ウイルス、および古細菌）を測定または定量化することができる任意の適当な検出手段を使用して査定することができる。
完全バイオーム試験（ＣＢＴ）は、例えば、株レベルの分解能を伴ったマイクロバイオームプロファイルを作成することができる。ＣＢＴは、本明細書に記載のマイクロバイオームプロファイリング法を使用して実施され得る。図３は、ＣＢＴの例示的なプラットフォーム（例えば、診断検査としての、または治療剤を開発するための開発ツールとしての）を表すイラストを提供する。例えば、糞便物質移植片（ＦＭＴ）から得られる短命株からスタートする特定の短命のすぐ使用可能な標的、健康状態または疾患に関連したマイクロオーガニズム（複数可）、属、およびマイクロオーガニズム株（複数可）の存在／非存在は、ＣＢＴを使用して判定することができる。図４（Ａ）は、標準的な試験を使用するマイクロバイオーム株分解能を表す。図４（Ｂ）は、ＣＢＴを使用するマイクロバイオーム株分解能の増大を表す。図５は、データベース（例えば、外部データ（例えば、科学文献および／またはデータベース）、患者情報、測定されるエピジェネティックな変化、測定される機能的経路、測定される株分類、ならびにこれらの任意の組合せからなる群から得られるデータを使用するＣＢＴ推進データベース）を作成するための例示的プロセスを表す。データベースは、例えば、治療共同体（例えば、健康状態または疾患を処置するための）の同定を推進するのに使用することができる。図８は、本明細書に概説した診断手法および治療手法の両方がどのように、複合糞便マイクロバイオーム移植片と比較して、標的化微生物株選択または治療共同体を構成し得るかを表す。
生体試料から調製される核酸試料は、試料に関連したマイクロバイオームのプロファイルを作成するための検出法に付すことができる。マイクロバイオームのプロファイリングは、１つまたは複数の検出法を含み得る。
本開示の方法を使用して、例えば、１６Ｓリボソームサブユニット、２３Ｓリボソームサブユニット、遺伝子間領域、および他の遺伝子エレメントを測定することができる。適当な検出法を、情報価値のあるマイクロバイオームプロファイルを同定するために、特定の微生物において十分判別可能な力をもたらすように選択することができる。
一部の用途では、微生物の１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットのゲノム領域全体を分析して、対象のマイクロバイオームプロファイルを判定する。一部の用途では、微生物の１６Ｓおよび／または２３Ｓリボソームサブユニットの可変領域が分析されて、対象のマイクロバイオームプロファイルを判定する。
一部の用途では、微生物のゲノム全体を分析して、対象のマイクロバイオームプロファイルを判定するの。他の用途では、微生物のゲノムの可変領域を分析して、対象のマイクロバイオームプロファイルを判定する。例えば、ゲノム内の遺伝子のバリエーションとして、制限断片長多型、一塩基多型、挿入、欠失、インデル（挿入−欠失）、マイクロサテライトリピート、ミニサテライトリピート、ショートタンデムリピート、転位因子、ランダム増幅多型ＤＮＡ、増幅断片長多型、またはこれらの組合せを挙げることができる。
一部の実施形態では、ロングリード長単一分子シーケンシングなどのシーケンシング法が、検出のために使用される。ロングリードシーケンシングは、それぞれの微生物の株分解能までの微生物分類をもたらすことができる。ロングリード長を実現するために本開示とともに使用され得るシーケンシング技術の例としては、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ製ＳＭＲＴシーケンシングシステム、ロングリード長サンガーシーケンシング、ロングリードアンサンブルシーケンシング手法、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／Ｍｏｌｅｃｕｌｏシーケンシング、および潜在的に、ナノ細孔シーケンシング技術などの他の単一分子シーケンシング手法がある。
ロングリードシーケンシングとして、例えば、５００塩基超、８００塩基超、１０００塩基超、１５００塩基超、２０００塩基超、３０００塩基超、または４５００塩基超の連続した配列リードをもたらすシーケンシングを挙げることができる。
一部の実施形態では、本開示の検出法は、マイクロバイオームをプロファイリングするための増幅モードシーケンシングを含む。一部の実施形態では、本開示の検出法は、マイクロバイオームをプロファイリングするための非増幅モード、例えば、全ゲノムショットガン（ＷＧＳ）シーケンシングを含む。
本開示で使用されるプライマーは、任意の適当な方法、例えば、適切な配列のクローニングおよび直接化学合成によって調製することができる。プライマーは、商業的供給元から得ることもできる。さらに、コンピュータープログラムを使用してプライマーを設計することができる。プライマーは、ユニークなバーコード識別子を含有し得る。
マイクロバイオームプロファイリングは、例えば、核酸マイクロアレイ、バイオチップ、タンパク質マイクロアレイ、分析用タンパク質マイクロアレイ、逆相タンパク質マイクロアレイ（ＲＰＡ）、デジタルＰＣＲデバイス、および／または液滴デジタルＰＣＲデバイスの使用をさらに含み得る。
一部の実施形態では、微生物プロファイルは、追加の情報、例えば、年齢、体重、性別、医療歴、リスクファクター、家族歴、または任意の他の臨床的に妥当な情報などを使用して判定される。
一部の用途では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、単一マイクロバイオームを含む。例えば、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の腸管マイクロバイオームのみからの少なくとも１つの生体試料から構成され得る。別の例では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の胃マイクロバイオームのみからの少なくとも１つの生体試料から構成され得る。別の例では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の腸マイクロバイオームのみからの少なくとも１つの生体試料から構成され得る。別の例では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の口腔マイクロバイオームのみからの少なくとも１つの生体試料から構成され得る。
一部の用途では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、１つを超えるマイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料を含む。例えば、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の皮膚マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料、および臍マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料から構成され得る。別の例では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の腸管マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料、胃マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料、腸マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料、および口腔マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料から構成され得る。別の例では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の腸管マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料、および胃マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料から構成され得る。別の例では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の腸マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料、および口腔マイクロバイオーム由来の少なくとも１つの生体試料から構成され得る。一部の用途では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０のマイクロバイオームから構成され得る。
対象のマイクロバイオームプロファイルは、１種の微生物から構成され得る。一部の適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、例えば、２種の微生物、３またはそれ未満の種の微生物、４またはそれ未満の種の微生物、５またはそれ未満の種の微生物、６またはそれ未満の種の微生物、７またはそれ未満の種の微生物、８またはそれ未満の種の微生物、９またはそれ未満の種の微生物、１０またはそれ未満の種の微生物、１１またはそれ未満の種の微生物、１２以下の種の微生物、１３またはそれ未満の種の微生物、１４またはそれ未満の種の微生物、１５またはそれ未満の種の微生物、１６またはそれ未満の種の微生物、１８またはそれ未満の種の微生物、１９またはそれ未満の種の微生物、２０またはそれ未満の種の微生物、２５またはそれ未満の種の微生物、３０またはそれ未満の種の微生物、３５またはそれ未満の種の微生物、４０またはそれ未満の種の微生物、４５またはそれ未満の種の微生物、５０またはそれ未満の種の微生物、５５またはそれ未満の種の微生物、６０またはそれ未満の種の微生物、６５またはそれ未満の種の微生物、７０またはそれ未満の種の微生物、７５またはそれ未満の種の微生物、８０またはそれ未満の種の微生物、８５またはそれ未満の種の微生物、９０またはそれ未満の種の微生物、１００またはそれ未満の種の微生物、２００またはそれ未満の種の微生物、３００またはそれ未満の種の微生物、４００またはそれ未満の微生物、５００またはそれ未満の種の微生物、６００またはそれ未満の種の微生物、７００またはそれ未満の種の微生物、あるいは８００またはそれ未満の種の微生物から構成される。
アルゴリズムベース方法
本開示は、対象のマイクロバイオームプロファイルを構築するためのアルゴリズムベース方法を提供する。本開示とともに使用され得るアルゴリズムの非限定的な例としては、エラスティックネットワーク、ランダムフォレスト、サポートベクターマシン、およびロジスティック回帰がある。
アルゴリズムは、基礎をなす測定値を、例えば、疾患のリスク、疾患の見込み、疾患の存在もしくは非存在、微生物の存在もしくは非存在、処置応答、および／または疾患ステータスの分類に関する定量的スコアまたは確率に転換することができる。アルゴリズムは、重要な微生物の選択に役立ち得る。
分析
対象のマイクロバイオームプロファイルを分析して、対象の健康ステータスに関する情報を判定することができる。情報は、例えば、障害の見込みの程度、疾患状況の存在または非存在、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のために推奨される処置を含み得る。
分析は、対象の疾患ステータス、または治療剤に対する対象の応答の見込みを予測するための診断アッセイの一部であり得る。診断アッセイは、本明細書に記載のアルゴリズムベース方法によって計算される定量的スコアを使用して分析を実施することができる。
一部の適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１種または複数種の微生物の閾値または定量的スコアの増大は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。一部の実施形態では、定量的スコアの低下は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。
一部の適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１種または複数種の微生物の閾値または定量的スコアの低下は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの低下を示す。一部の実施形態では、定量的スコアの低下は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。
一部の適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１種または複数種の微生物の閾値または定量的スコアの増大は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。一部の適用では、１種または複数種の微生物の閾値の低下は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。
一部の適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１種または複数種の微生物の閾値または定量的スコアの低下は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。一部の適用では、１種または複数種の微生物の閾値の低下は、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。
一部の適用では、参照プロファイルと類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。一部の適用では、参照プロファイルと非類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置の見込みの増大の１つまたは複数を示す。
一部の適用では、参照プロファイルと類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの低下を示す。一部の適用では、参照プロファイルと非類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置の見込みの増大の１つまたは複数を示す。
一部の適用では、参照プロファイルと非類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの増大を示す。一部の適用では、参照プロファイルと非類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置の見込みの増大の１つまたは複数を示す。
一部の適用では、参照プロファイルと非類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置のうちの１つまたは複数の見込みの低下を示す。一部の適用では、参照プロファイルと非類似のマイクロバイオームプロファイルは、臨床転帰不良、良好な臨床転帰、疾患の高いリスク、疾患の低いリスク、完全奏功、部分奏功、安定疾患、非応答、および疾患管理のための推奨処置の見込みの増大の１つまたは複数を示す。
正確な１６Ｓコピー数が、１６Ｓプロファイリングを使用して正確に定量化するのに要求され得る。誤ったデータベースを使用すると、コピー数の推定は、数倍、一部の場合では１桁またはそれ超逸脱し得る。
図１２は、本発明の方法を使用するＣ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの新規アセンブリが、データベースで見出されるもの（例えば、４０コンティグ）より少ないコンティグ（例えば、２コンティグ）の使用をもたらし得ることを例示する。
図１３（Ａ）は、本発明の方法を使用する新規アセンブリが、いくつかのオペロンの順序間を区別することができることを例示し、Ｃ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍのこの例示的な株について、「タイプＣ」の順序が発見された。（Ｂ）この株の酪酸経路遺伝子のうちの５種についての厳密なゲノム座標を表にしたものである。
精度および感受性
本明細書に提供する方法は、１％、２０％、３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％、または９９．９％超の精度で試料中の１種または複数の微生物の属、種、または亜株レベルの株分類を提供することができる。本明細書に提供する方法は、１％、２０％、３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％、または９９．９％超の精度で試料中の１種または複数の微生物の属、種、または亜株レベルの定量を提供することができる。
微生物プロファイルは、生体試料中の１５またはそれ未満の微生物の測定に基づいて７０％またはそれ超の精度を有し得る。そのようなプロファイリング法は、２以下の微生物、３またはそれ未満の微生物、４またはそれ未満の微生物、５またはそれ未満の微生物、６またはそれ未満の微生物、７またはそれ未満の微生物、８またはそれ未満の微生物、９またはそれ未満の微生物、１０またはそれ未満の微生物、１１またはそれ未満の微生物、１２以下の微生物、１３またはそれ未満の微生物、１４またはそれ未満の微生物、１５またはそれ未満の微生物、１６またはそれ未満の微生物、１８またはそれ未満の微生物、１９またはそれ未満の微生物、２０またはそれ未満の微生物、２５またはそれ未満の微生物、３０またはそれ未満の微生物、３５またはそれ未満の微生物、４０またはそれ未満の微生物、４５またはそれ未満の微生物、５０またはそれ未満の微生物、５５またはそれ未満の微生物、６０またはそれ未満の微生物、６５またはそれ未満の微生物、７０またはそれ未満の微生物、７５またはそれ未満の微生物、８０またはそれ未満の微生物、８５またはそれ未満の微生物、９０またはそれ未満の微生物、あるいは１００またはそれ未満の微生物、２００またはそれ未満の微生物、３００またはそれ未満の微生物、４００またはそれ未満の微生物、５００またはそれ未満の微生物、６００またはそれ未満の微生物、７００またはそれ未満の微生物、あるいは８００またはそれ未満の微生物の測定に基づいて少なくとも７０％超の精度を有し得る。
本明細書に提供される疾患について本開示によって提供される診断法は、生体試料中の１５またはそれ未満の微生物の測定に基づいて７０％またはそれ超の感受性および７０％超の特異性のうちの少なくとも１つを有し得る。そのような診断法は、２以下の微生物、３またはそれ未満の微生物、４またはそれ未満の微生物、５またはそれ未満の微生物、６またはそれ未満の微生物、７またはそれ未満の微生物、８またはそれ未満の微生物、９またはそれ未満の微生物、１０またはそれ未満の微生物、１１またはそれ未満の微生物、１２以下の微生物、１３またはそれ未満の微生物、１４またはそれ未満の微生物、１５またはそれ未満の微生物、１６またはそれ未満の微生物、１８またはそれ未満の微生物、１９またはそれ未満の微生物、２０またはそれ未満の微生物、２５またはそれ未満の微生物、３０またはそれ未満の微生物、３５またはそれ未満の微生物、４０またはそれ未満の微生物、４５またはそれ未満の微生物、５０またはそれ未満の微生物、５５またはそれ未満の微生物、６０またはそれ未満の微生物、６５またはそれ未満の微生物、７０またはそれ未満の微生物、７５またはそれ未満の微生物、８０またはそれ未満の微生物、８５またはそれ未満の微生物、９０またはそれ未満の微生物、あるいは１００またはそれ未満の微生物、２００またはそれ未満の微生物、３００またはそれ未満の微生物、４００またはそれ未満の微生物、５００またはそれ未満の微生物、６００またはそれ未満の微生物、７００またはそれ未満の微生物あるいは８００またはそれ未満の微生物の測定に基づいて７０％超の感受性および７０％超の特異性のうちの少なくとも１つを有し得る。
本明細書に提供される方法は、１％、２０％、３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％または９９．９％の受信者動作特性（ＲＯＣ）より大きな特異性で対象の健康状態を提供し得る。本明細書に提供される方法は、１％、２０％、３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％または９９．９％ＲＯＣより低い感度で対象の健康状態を提供し得る。
対象を処置するための方法
本開示は、対象を処置するための方法を提供する。対象におけるマイクロバイオームの組成を変更すると、所望の健康結果を有することができる。本開示の組成物は、健康状態を処置するための治療剤および／または化粧品として投与することができる。宿主マイクロバイオーム（複数可）を変更するように設計された処置は、患者の症状の低減、疾患の防止、および／または疾患もしくは健康状態の処置をもたらし得る。例えば、腸マイクロバイオームを改変すると、代謝障害などの健康状態のリスクを低減することができる。
本開示は、対象の微生物生息環境を健康な状態に回復させるための方法を提供する。本方法は、例えば、固有微生物を補充すること、病原性微生物を除去すること、プレバイオティクス、およびマイクロバイオーム生存に必要な増殖因子を投与することを含めたマイクロバイオーム補正および／または調整を含み得る。一部の実施形態では、本方法は、抗生物質などの抗菌剤を投与することも含む。
マイクロバイオームプロファイルに基づいて、本開示は、対象にとって全般的な処置推奨のための方法、および対象特異的な処置推奨のための方法を提供する。処置のための方法は、以下のステップのうちの１つを含み得る：少なくとも１つの対象から得られる生体試料中の対象特異的なマイクロバイオームプロファイルのレベルと第２のマイクロバイオームプロファイルのレベルの第１の比を判定するステップ、判定ステップに基づいて対象における疾患の存在または非存在を検出するステップ、および疾患症状を寛解させるための全般的または対象特異的処置の少なくとも１つを対象に推奨するステップ。
図１は、マイクロバイオームによって影響され得る一部の限定されない健康状態を表す。これらの健康状態として、例えば、２型糖尿病（Ｔ２ＤＭ）、早産、慢性疲労症候群、ざ瘡などの皮膚状態、アレルギー、自閉症、喘息、うつ病、緊張亢進、過敏性腸症候群、メタボリック症候群、肥満、ラクトース不耐性、口内鵞口瘡、潰瘍性大腸炎、薬物代謝、膣疾患、アトピー性皮膚炎（ａｔｏｐｉｃ ｄｅｒｍｉｔｉｔｕｓ）、乾癬、Ｉ型糖尿病（Ｔ１ＤＭ）、多発性硬化症、パーキンソン病などの神経学的障害、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ Ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、炎症性腸疾患、クローン病、心疾患、糖尿病性足潰瘍、菌血症、乳児疝痛、がん、嚢胞性線維症、多発性硬化症、尿路感染症、放射線腸症、薬物代謝、歯の空洞、および口臭を挙げることができる。本開示は、健康ステータスに対するガイダンスまたは本明細書に記載の健康状態についての処置モダリティーを与えるレポートを含む少なくとも１種のマイクロバイオームの診断アッセイを提供することができる。本開示は、本明細書に記載の健康状態を処置するための治療用製剤および／または化粧品製剤も提供することができる。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、消化管のすべてまたは一部の慢性炎症を伴い得る。ＩＢＤは、潰瘍性大腸炎および／またはクローン病に至り得る。ＩＢＤは、有痛性および衰弱性であり得、時に生命を危うくする合併症に至る。
早産は、収縮が妊娠の３７週前に子宮頚を開き始めるとき起こり得る。早すぎる出生が早期に起こるほど、発達中の仔の健康リスクは大きい。多くの未熟な仔は、新生児集中ケアユニット内で特別なケアを必要とする。未熟な仔は、長期間の精神的および身体的な能力障害も有し得る。
肥満は、過剰な量の体脂肪を伴う複雑な障害であり得る。肥満は、疾患および健康問題、例えば、心疾患、糖尿病、および高血圧などのリスクを増大させ得る。
末梢ニューロパチーは、糖尿病性ニューロパチーの最も一般的な形態である。末梢ニューロパチーでは、足および脚が最初に影響され得、その後に手および腕が続く。末梢ニューロパチーの可能性がある徴候および症状として、潰瘍などの深刻な足問題、感染症、変形、ならびに骨痛および関節痛を挙げることができる。
菌血症または敗血症は、血液中の細菌の存在を指すことができる。菌血症の診断は、血液培養によって確認することができる。処置には、入院および静脈内抗生物質が要求される場合がある。菌血症は、重度の敗血症に急速に進行し得る。
ざ瘡は、毛嚢が油および死んだ皮膚細胞で塞がれた状態になるとき起こり得る皮膚状態である。ざ瘡は、顔、首、胸部、背中、および肩に出現し得る。ざ瘡の重症度に応じて、状態は、精神的苦痛を引き起こし得、皮膚の瘢痕に至り得る。
乳児疝痛は、過剰な泣き、被刺激性、または騒ぎ立てることを伴った乳児に関する状態を指すことができる。疝痛を有する仔は、１日３時間超、３週間にわたって１週間に３日、またはそれ超泣く場合がある。
成人発症またはインスリン非依存性糖尿病としても公知の２型糖尿病は、体がグルコースを代謝するやり方に影響する慢性状態であり得る。２型糖尿病では、体は、インスリンの効果に抵抗し、または正常なグルコースレベルを維持するのに十分なインスリンを産生しない場合がある。処置しないと、２型糖尿病は、生命を危うくする場合がある。２型糖尿病の症状として、例えば、口渇の増大および頻繁な排尿、空腹感の増大、体重増加、体重減少、疲労、かすみ目、治癒が遅い傷または頻繁な感染症、黒ずんだ皮膚のエリア、および黒色表皮腫を挙げることができる。
Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅまたはＣ．ｄｉｆｆとも呼ばれるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅは、下痢症から結腸の生命を危うくする炎症まで及ぶ症状を引き起こし得る細菌である。
喘息は、気道が狭くなり、腫れ、余分の粘液を産生し得る状態である。気道の変化は、呼吸を困難にし、咳嗽、喘鳴、および息切れの誘因となり得る。
自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）は、他人と意見交換し、対話する子どもの能力を損なう深刻な神経発達障害であり得る。障害は、制限された反復的な行動、興味、および活動も含む。ＡＳＣとして、自閉症、アスペルガー症候群、小児期崩壊性障害、および別段に指定されていない広汎性発達障害を挙げることができる。
乾癬は、皮膚細胞のライフサイクルを変化させ得る持続性かつ慢性の皮膚状態である。乾癬は、細胞を皮膚の表面に急速に蓄積させ得る。余分の皮膚細胞は、厚い銀色に輝く鱗片、および時に有痛性である痒い、乾燥した、赤色の斑点を形成し得る。
アレルギーは、免疫系が異物、例えば、花粉、ハチの毒液、またはペットのフケなどと反応するとき起こり得る。アレルゲンに対する免疫系の反応は、皮膚、洞、気道、または消化器系の炎症を伴い得る。
心血管疾患は、体の心臓、動脈、および静脈に影響し得る。いくつかの心血管疾患の例としては、心臓弁疾患、冠動脈疾患、成人における先天性心疾患、および先天性心臓特発性冠動脈解離（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ ｈｅａｒｔ ｓｐｏｎｔａｎｅｏｕｓ ｃｏｒｏｎａｒｙ ａｒｔｅｒｙ ｄｉｓｓｅｃｔｉｏｎ）、心不全、心拍リズム障害（不整脈）がある。
がんは、制御不能に分裂し、正常な体組織および臓器を浸潤および破壊する能力を有する異常細胞の発達によって特徴付けられる多数の増殖性疾患のいずれか１つを指すことができる。
うつ病、大うつ病、大うつ病性障害、または臨床的うつ病は、悲しみの持続性の感覚および興味の喪失を引き起こす気分障害を指すことができる。うつ病は、対象がどのように感じ、考え、行動するかに影響を与える場合があり、様々な情緒的および身体的な問題に至り得る。
嚢胞性線維症は、肺および消化器系に重度の損傷を引き起こし得る生命を危うくする遺伝子障害である。嚢胞性線維症は、分泌液、例えば、体内の滑剤として作用する粘液、汗、および消化液などを産生する細胞に影響する。これらの分泌液は、通常薄く、滑りやすいが、嚢胞性線維症では、分泌物は、濃く、粘着性となり、特に肺および膵臓における管、ダクト、および通路を塞ぐ。
多発性硬化症は、免疫系が、神経を覆う保護鞘（ミエリン）を攻撃する疾患である。ミエリン損傷は、脳と体の残りとの間の通信を混乱させる。最終的に、神経自体が、一般に非可逆性であるプロセスを悪化させ得る。
尿路感染症は、尿路系（例えば、腎臓、尿管、膀胱、および尿道）の任意の部分における感染症である。尿路感染症は、有痛性であり得る。尿路感染症が腎臓に広がる場合、深刻な結果が起こり得る。
放射線腸症は、放射線誘導胃腸傷害を指すことができる。放射線療法は、様々な悪性疾患の腫瘍学的処置の主力である。放射線療法は、胃腸（ＧＩ）、泌尿器科、および婦人科がんを有する患者の腹部および骨盤に投与することができる。
薬物代謝は、体が投与後に薬物として分解する速度を指すことができる。
慢性疲労症候群は、基礎をなす医学的状態によって説明することができない極端な疲労によって特徴付けられる複雑な障害である。疲労は、身体的または精神的活動で悪くなり得るが、休息で改善しない場合がある。
１型糖尿病は、若年性糖尿病またはインスリン依存性糖尿病としても公知であり、膵臓が、糖（グルコース）が細胞に入ってエネルギーを生成するのを可能にするのに必要なホルモンであるインスリンをほとんど、またはまったく産生しない慢性状態である。遺伝学、およびある特定のウイルスへの曝露を含めた様々な要因が、１型糖尿病に寄与し得る。１型糖尿病は、典型的には小児期または青年期中に現れるが、これは、成人においても発病し得る。
歯の空洞は、細菌によって産生されるグルカンスクラーゼ酵素による食品から長くなった粘着性糖鎖への変換によって引き起こされ得る。空洞を処置および／または防止する一手法は、う蝕と関連した細菌であるＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓの割合を低減することであり得る。この手法は、デンプンを分解するのに体が使用する酵素などの酵素をインタクトなままにする一方、同時に、空洞形成の速度を最小限にすることができる。
口臭は、極端に臭い息が対象の口内に存在する微生物叢によって生成され得る歯科状態である。口臭関連微生物の例としては、グラム陰性菌、例えば、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａなどがある。本開示の方法は、口臭に関連した問題となる微生物および保護的な微生物を含むリストを作成するのに使用することができる。
抗生物質は、胃腸管内の微生物集団を変更し得る。この変更は、抗菌薬関連下痢症および／または大腸炎をもたらし得る。
肥満は、３０またはそれ超のボディーマスインデックスを有する対象において起こり得る。肥満は、例えば、息切れ、発汗の増大、いびき、睡眠困難、急激な身体活動に対処することの不能、疲労、背痛、関節痛、高血圧、緊張亢進、高コレステロールレベル、冠動脈性心疾患、脳卒中、口渇、頻繁な排尿、および糖尿病と関連し得る。
本発明の微生物組成物で処置された対象は体重を減らし得る。対象は、例えば、約：０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または１００ポンドの体重を減らし得る。
本発明の微生物組成物で処置された対象は体重を減らし得る。対象は、例えば、約：０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または１００ポンドの体重を減らし得る。
本発明の微生物組成物で処置された対象は体重を増加させ得る。対象は、例えば、約：０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または１００ポンドの体重を増加させ得る。
本発明の微生物組成物で処置された対象のボディーマスインデックスは、例えば、３０未満、約２５〜３０の間、または約２５未満に低減され得る。
本発明の微生物組成物は、血糖値を増大させ得る。本発明の微生物組成物は、血糖値を低下させ得る。経口グルコース負荷試験（ＯＧＴＴ）を、耐グルコース能を測定するのに使用することができる。６．１ｍｍｏｌ／Ｌ（すなわち、１１０ｍｇ／ｄＬ）未満の、ＯＧＴＴが始まる前に測定される空腹時血漿グルコースは、正常と見なすことができる。６．１から７．０ｍｍｏｌ／Ｌ（すなわち、１１０から１２５ｍｇ／ｄＬ）の間の空腹時レベルは、境界（例えば、空腹時高血糖）と見なすことができる。７．０ｍｍｏｌ／Ｌ（すなわち、１２６ｍｇ／ｄＬ）またはそれ超の繰り返しの空腹時レベルは、糖尿病の診断となり得る。本発明の微生物組成物は、血糖値を正常レベル、例えば、６．１ｍｍｏｌ／Ｌ（すなわち、１１０ｍｇ／ｄＬ）未満に低下させることができる。本発明の微生物組成物は、本明細書に記載するように、血糖値を糖尿病レベル未満または境界レベル未満に低下させることができる。
代謝疾患
患者のマイクロバイオーム、例えば、腸、腸管、および／または結腸マイクロバイオームを改変すると、Ｔ２ＤＭ、Ｔ１ＤＭ、肥満、代謝障害、インスリン抵抗性、および他の疾患を含めた代謝的健康状態の防止および／または処置をもたらすことができる。
一部の実施形態では、代謝的状態は、Ｔ２ＤＭである。一部の実施形態では、代謝的状態は、肥満である。一部の実施形態では、代謝的状態は、Ｔ１ＤＭである。
酪酸は、腸透過性に影響し得る抗炎症因子である。低レベルの酪酸産生細菌（例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａおよびＩＶ）、ならびに乳酸産生細菌（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）の低減は、Ｔ１ＤＭと相関し得る。低レベルの酪酸産生細菌（例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａおよびＩＶ）、ならびに乳酸産生細菌（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）の低減は、Ｔ２ＤＭと相関し得る。低レベルの酪酸産生細菌（例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａおよびＩＶ）、ならびに乳酸産生細菌（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）の低減は、肥満と相関し得る。低レベルの酪酸産生細菌（例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａおよびＩＶ）、ならびに乳酸産生細菌（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）の低減は、代謝障害と相関し得る。少なくとも１種の一次発酵体および少なくとも１種の二次発酵体を含む製剤のサブセットを、代謝的健康状態、例えば、Ｔ１ＤＭを処置し、かつ／またはその進行を緩和するのに使用することができる。
図２は、代謝関連健康状態に影響を及ぼし得る極めて重要な消化経路を表す。本発明の微生物組成物を使用して経路を変更すると、処置をもたらすことができる。結腸では、食物繊維は、酪酸産生マイクロオーガニズムによって処理されて短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）である酪酸（すなわち、ブタン酸）を生成することができる。ひいては、酪酸は、Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）シグナル伝達を開始することができ、グルカゴン様ペプチド−１（ＧＬＰ−１）分泌に至り、それは、インスリン感受性の増大および／または食欲の低下をもたらすことができる。例えば、Ｔ２ＤＭまたはインスリン非感受性を有する対象における酪酸産生マイクロバイオームを変更することによって、経路を刺激することができる。一部の患者では、インスリン感受性は、微生物組成物を用いて前糖尿病レベルに増大および／または回復させることができる。
本発明の一部の態様では、目的の株は、ＧＬＰ−１産生に至る機能的経路において役割を果たす細菌（例えば、酪酸キナーゼ、酪酸補酵素Ａ（ＣｏＡ）、および／または酪酸ＣｏＡトランスフェラーゼ遺伝子を有する細菌）のスーパーセットを同定することによって選択される。
酪酸キナーゼは、トランスフェラーゼのファミリー、例えば、アクセプターとしてカルボキシ基を用いてリン含有基を転移させるもの（例えば、ホスホトランスフェラーゼ）に属することができる酵素である。この酵素クラスの系統名は、ＡＴＰ：ブタン酸１−ホスホトランスフェラーゼであり得る。酪酸キナーゼは、酪酸代謝に参加することができる。酪酸キナーゼは、以下の反応を触媒することができる：
Figure 0006868562
酪酸−補酵素Ａ、またブチリル−補酵素Ａは、酪酸の補酵素Ａ活性化形態であり得る。これは、ブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素によって作用され得、アセトン−ブタノール−エタノール発酵における中間化合物であり得る。酪酸−補酵素Ａは、酪酸代謝に関与することができる。
酪酸−補酵素Ａトランスフェラーゼは、酪酸−アセト酢酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼとしても公知であり、トランスフェラーゼ、例えば、ＣｏＡ−トランスフェラーゼのファミリーに属することができる。この酵素クラスの系統名は、ブタノイル−ＣｏＡ：アセト酢酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼであり得る。一般的な使用における他の名称として、ブチリル補酵素Ａ−アセト酢酸補酵素Ａ−トランスフェラーゼ、およびブチリル−ＣｏＡ−アセト酢酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼを挙げることができる。酪酸−補酵素Ａトランスフェラーゼは、以下の化学反応を触媒することができる：
Figure 0006868562
ブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素は、酸化還元酵素のファミリー、例えば、他のアクセプターを用いてドナーのＣＨ−ＣＨ基に作用するものに属することができる。この酵素クラスの系統名は、ブタノイル−ＣｏＡ：アクセプター２，３−酸化還元酵素であり得る。一般的な使用における他の名称として、ブチリル脱水素酵素、不飽和アシル−ＣｏＡ還元酵素、エチレン還元酵素、エノイル−補酵素Ａ還元酵素、不飽和アシル補酵素Ａ還元酵素、ブチリル補酵素Ａ脱水素酵素、短鎖アシルＣｏＡ脱水素酵素、短鎖アシル−補酵素Ａ脱水素酵素、３−ヒドロキシアシルＣｏＡ還元酵素、およびブタノイル−ＣｏＡ：（アクセプター）２，３−酸化還元酵素を挙げることができる。ブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素が参加することができる代謝経路の非限定的な例としては、脂肪酸代謝；バリン、ロイシン、およびイソロイシン分解；ならびにブタン酸代謝がある。ブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素は、１種のコファクター、ＦＡＤを採用することができる。ブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素は、以下の反応を触媒することができる：
Figure 0006868562
ベータ−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素または３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素は、酸化還元酵素のファミリー、例えば、アクセプターとしてＮＡＤ＋またはＮＡＤＰ＋を用いてドナーのＣＨ−ＯＨ基に作用するものに属することができる。酵素クラスの系統名は、（Ｓ）−３−ヒドロキシブタノイル−ＣｏＡ：ＮＡＤＰ＋酸化還元酵素であり得る。一般的な使用における他の名称として、ベータ−ヒドロキシブチリル補酵素Ａ脱水素酵素、Ｌ（＋）−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素、ＢＨＢＤ、脱水素酵素、Ｌ−３−ヒドロキシブチリル補酵素Ａ（ニコチンアミドアデニン、ジヌクレオチドリン酸）、Ｌ−（＋）−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素、および３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素を挙げることができる。ベータ−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素は、ｃｏａライゲーション（ｃｏａ ｌｉｇａｔｉｏｎ）を介した安息香酸分解に参加することができる。ベータ−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素は、ブタン酸代謝に参加することができる。ベータ−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素は、以下の反応を触媒することができる：
Figure 0006868562
クロトナーゼは、例えば、脱ハロゲン酵素、水和酵素、イソメラーゼ活性を有する酵素を含み得る。クロトナーゼは、チオエステルの炭素間結合形成、切断、および加水分解に関係させることができる。クロトナーゼスーパーファミリー内の酵素として、例えば、２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡの３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡへの水和を触媒することができるエノイル−ＣｏＡ水和酵素；不飽和脂肪酸酸化の中間体の３−二重結合を２−ｔｒａｎｓ位にシフトさせることができる３−２ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼまたはドデセノイル−ＣｏＡイソメラーゼ（ｉｓｏｍｅｒｉｓｅ）（例えば、ＥＣ５．３．３．８）；酪酸／ブタノール−産生経路に関与することができる３−ヒドロキシブチリル（ｈｙｄｒｏｘｂｕｔｙｒｙｌ）−ＣｏＡデヒドラターゼ（例えば、クロトナーゼ；ＥＣ４．２．１．５５）；４−クロロ安息香酸−ＣｏＡの４−ヒドロキシ安息香酸−ＣｏＡへの変換を触媒することができる４−クロロベンゾイル−ＣｏＡ脱ハロゲン酵素（例えば、ＥＣ３．８．１．６）；３−ｔｒａｎｓ，５−ｃｉｓ−ジエノイル−ＣｏＡの２−ｔｒａｎｓ，４−ｔｒａｎｓ−ジエノイル−ＣｏＡへの異性化を触媒することができるジエノイル−ＣｏＡイソメラーゼ；メナキノン（例えば、ビタミンＫ２）の生合成に関与することができるナフトエートシンターゼ（例えば、ＭｅｎＢまたはＤＨＮＡ合成酵素；ＥＣ４．１．３．３６）；Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ内でクロトノベタインのＬ−カルニチンへの可逆的変換を触媒することができるカルニチンラセマーゼ（例えば、遺伝子ｃａｉＤ）；メチルマロニルＣｏＡ脱炭酸酵素（例えば、ＭＭＣＤ；ＥＣ４．１．１．４１）；カルバペネム生合成に関与することができるカルボキシメチルプロリンシンターゼ（例えば、ＣａｒＢ）；二環式ベータジケトンの光学活性ケト酸への非対称化を触媒することができる６−オキソカンファー加水分解酵素；脂肪酸酸化複合体のアルファサブユニット、脂肪酸ベータ酸化サイクル中の最後の３つの反応を触媒することができるマルチ酵素複合体；およびエノイル−ＣｏＡ水和酵素の二官能性ＲＮＡ結合相同体であり得るＡＵＨタンパク質を挙げることができる。
チオラーゼは、アセチル−補酵素Ａアセチルトランスフェラーゼ（ＡＣＡＴ）としても公知であり、例えば、メバロン酸経路においてアセチル−ＣｏＡの２ユニットをアセトアセチルＣｏＡに変換することができる。チオラーゼとして、例えば、分解性チオラーゼ（例えば、ＥＣ２．３．１．１６）および生合成チオラーゼ（例えば、ＥＣ２．３．１．９）を挙げることができる。３−ケトアシル−ＣｏＡチオラーゼは、チオラーゼＩとも呼ばれ、脂肪酸ベータ酸化などの分解経路に関与することができる。アセトアセチル−ＣｏＡチオラーゼは、チオラーゼＩＩとも呼ばれ、アセトアセチル−ＣｏＡのチオ開裂に特異的であり得、生合成経路、例えば、ポリベータ−ヒドロキシ酪酸合成またはステロイド生合成などに関与することができる。チオラーゼは、以下の反応を触媒することができる：
Figure 0006868562
図２に示したように、酪酸の産生は、２つの主要なフェーズまたは微生物、例えば、一次発酵体および二次発酵体を伴い得る。一次発酵体は、エネルギー源（例えば、繊維）を与えられたとき中間体分子（例えば、乳酸、酢酸）を産生することができる。二次発酵体は、一次発酵体によって産生される中間体分子を酪酸に変換することができる。一次発酵体の非限定的な例としては、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍがある。二次発酵体の非限定的な例としては、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉがある。一次および二次発酵体の組合せを使用して対象において酪酸を産生させることができる。少なくとも１種の一次発酵体および少なくとも１種の二次発酵体を含む製剤のサブセットを、代謝的健康状態、例えば、Ｔ２ＤＭおよび肥満を処置し、かつ／またはその進行を緩和するのに使用することができる。製剤は、プレバイオティクスをさらに含み得る。
一部の実施形態では、治療用組成物は、少なくとも１種の一次発酵体および少なくとも１種の二次発酵体を含む。一部の実施形態では、治療用組成物は、少なくとも１種の一次発酵体、少なくとも１種の二次発酵体、および少なくとも１種のプレバイオティクスを含む。一非限定例では、治療用組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、およびイヌリンを含み得る。別の非限定的な例では、治療用組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、およびデンプンを含み得る。
Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、ムチン分解に役割を果たすことができるグラム陰性、偏性嫌気性菌であり得る。Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａのレベルを、代謝障害、例えば、肥満およびＴ２ＤＭを有する対象において低減することができる。Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、例えば、炎症、腸障壁、および腸ペプチド分泌を制御する内在性カンナビノイドのレベルの増大によって代謝障害から保護することができる。Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、一次発酵体として機能を果たすことができる。
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓは、乳児期から健康なヒト腸において見つけることができるグラム陽性嫌気性菌である。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓは、ビタミンＢを合成することができる。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓは、一次発酵体として機能を果たすことができる。
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓは、グラム陽性、カタラーゼ陰性、微小耐気性（ｍｉｃｒｏ−ａｅｒｏｔｏｌｅｒａｎｔ）嫌気性菌であり得る。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓは、一次発酵体として機能を果たすことができる。
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍは、グラム陽性、カタラーゼ陰性、微小耐気性嫌気性菌であり得る。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍは、一次発酵体として機能を果たすことができる。
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉは、クロストリジウムクラスターＩに属するグラム陽性、偏性嫌気性菌であり得る。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉは、二次発酵体として機能を果たすことができる。
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍは、二次発酵体として機能を果たすことができるグラム陽性、偏性嫌気性菌であり得る。
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓは、クロストリジウムクラスターＸＩＶＡに属するグラム陽性、偏性嫌気性菌であり得る。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓは、二次発酵体として機能を果たすことができる。
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉは、配置ＡクロストリジウムクラスターＸＩＶＡに属するグラム陽性、嫌気性菌であり得る。Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉは、二次発酵体として機能を果たすことができる。
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、クロストリジウムクラスターＩＶに属するグラム陽性、嫌気性菌であり得る。Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、最も一般的な腸細菌および最大酪酸産生株の１つであり得る。Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、二次発酵体として機能を果たすことができる。
酪酸の生成に関与する遺伝子の非限定的な例としては、ブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素、ベータ−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素または３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素、クロトナーゼ、電子伝達プロテインａ、電子伝達プロテインｂ、およびチオラーゼがある。
宿主のマイクロバイオームを測定すると、マイクロオーガニズムの様々な株を欠くマイクロバイオームは、健康状態および／または疾患状態（例えば、Ｔ２ＤＭおよび肥満）をもたらし得ることを示すことができる。１種または複数の欠如している株を回復させると（例えば、Ｅ．ｈａｌｌｉｉなどの菌株、または発酵乳製品を用いた処置を介して）、健康状態を変更することができる。一部の非限定的な例は、宿主がエネルギー収穫のための容量の増大、インスリン感受性の増大、および／または食欲の低下を有するように腸マイクロバイオームを変更することを含む。
代謝的状態、例えば、Ｔ２ＤＭ、肥満、および／またはＴ１ＤＭを処置するために、以下のマイクロオーガニズムのうちの１種または複数を結腸に投与することができる：Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、またはこれらの任意の組合せ。マイクロオーガニズムは、プレバイオティクスとともに投与することができる。
一部の実施形態では、以下のマイクロオーガニズムのうちの１種または複数を含む医薬組成物が、代謝的状態を処置するために投与される：Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ および Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ。組成物は、プレバイオティクスをさらに含み得る。
図６は、Ｔ２ＤＭの処置で使用されるマイクロオーガニズム株を同定するための例示的方法を表す。多段式手法を使用して、治療剤として使用するための１種または複数のマイクロオーガニズム株を同定することができる。候補株は、科学文献および研究において見つけることができる。候補株は、健康なおよび不健康な宿主を分析することによって見つけることができる。候補株は、患者に投与される能力（例えば、バイオセーフティレベル、製造される利用可能性、増殖条件）についてフィルタリングおよび／または選択することができる。最後に、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ共同体を判定することができる。
一部の実施形態では、プレバイオティクスおよびプロバイオティクス共同体が、いずれの外部入力も必要としない完全に自給自足できるシステムを創出するように選択される。例えば、Ｔ２ＤＭを有する対象を、ＳＣＦＡ産生プロバイオティクスと、食物繊維およびＳＣＦＡ産生プロバイオティクスの活性に要求される他の作用物質を含むプレバイオティクスとの組合せで処置することができる。このようにして、プレバイオティクスおよびプロバイオティクスは、自給自足できるシステムを形成し、プロバイオティクスは、プレバイオティクス食物繊維をＳＣＦＡ（酪酸、酢酸、プロピオン酸）に変換し、それは、肥満、糖尿病を制御するための下流シグナル伝達の誘因となり得、対象における体重減少を促進することができる。
対象のマイクロバイオーム組成に対するプロバイオティクスを生成する方法も提供されている。マイクロバイオーム組成は、対象の疾患ステータスおよび臨床的な処置応答に対する効果を有し得る。本開示の組成物が健康状態に関連した症状の有効な処置にとって適切になるように、対象のマイクロバイオーム組成を適合させることができる。例えば、肥満個体の治療用製剤は、彼らの微生物叢の差異に基づいて特定の障害の処置について、非肥満個体の治療用製剤と異なり得る。
一部の実施形態では、腸マイクロバイオームの標的化リバランスによって体重減少を実現するための方法は、特定のプロバイオティクス株の使用、適切なプレバイオティクスの使用、食事制限推奨、および定期的な監視を含む。例えば、体重減少方法は、過体重対象のマイクロバイオーム由来のｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｓ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門内の群）およびｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓを、健康な対象由来の固有のプロバイオティクス株と置き換えることを含み得る。プレバイオティクスは、食物繊維、および固有のプロバイオティクスの維持に要求される作用物質を含み得る。
健康状態を処置するためのプレバイオティクスおよび／またはプロバイオティクス組合せを製剤化する方法も提供されている。プレバイオティクスおよび／またはプロバイオティクスを含む組成物は、例えば、抗菌因子の産生、宿主免疫系の刺激、および／または栄養分もしくは宿主結合部位についての病原体との競合によって胃腸感染症を防止することができる。プロバイオティクスおよびプレバイオティクスの組合せは、対象においてアミノ酸、ポリフェノール、ビタミン、および栄養価の他の化合物を産生させるための完全なシステムをもたらすことができる。
微生物組成物
本発明の一態様では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓおよびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１種または複数種の微生物を含む種共同体は、肥満またはＴ２ＤＭなどの代謝障害を処置するために使用され得る。
治療共同体は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１種または複数種の微生物を含み得る。
本発明の一態様では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓおよびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１種または複数種の微生物を含む微生物組成物は、肥満またはＴ２ＤＭなどの代謝障害を処置するために使用され得る。
一部の実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物であって、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ 、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物の１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる精製されたマイクロオーガニズム集団を含む医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物であって、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物の１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物であって、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物の１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、代謝障害を処置する治療組成物であって、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉおよびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される微生物を含む単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む治療組成物が提供される。
一部の実施形態では、代謝障害を処置する治療組成物であって、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される微生物を含む単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む治療組成物が提供される。
一部の実施形態では、治療共同体は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉを含む。
一部の実施形態では、治療共同体は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。
一部の実施形態では、治療共同体は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉから本質的になる。
一部の実施形態では、治療共同体は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉから本質的になる。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｕｃａｓｉｃｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
一実施形態では、代謝障害を処置する医薬組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓの１６ＳｒＲＮＡおよび／または２３Ｓ ｒＲＮＡと少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を有する微生物からなる単離および／または精製されたマイクロオーガニズム集団を含む。
治療組成物は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０、または少なくとも７５あるいは少なくとも１００種類の細菌を含み得る。治療組成物は、最大で１、最大で２、最大で３、最大で４、最大で５、最大で６、最大で７、最大で８、最大で９、最大で１０、最大で１１、最大で１２、最大で１３、最大で１４、最大で１５、最大で１６、最大で１７、最大で１８、最大で１９、最大で２０、最大で２１、最大で２２、最大で２３、最大で２４、最大で２５、最大で２６、最大で２７、最大で２８、最大で２９、最大で３０、最大で３１、最大で３２、最大で３３、最大で３４、最大で３５、最大で３６、最大で３７、最大で３８、最大で３９、最大で４０、最大で４５、または最大で５０、または最大で７５あるいは最大で１００種類の細菌を含み得る。
一部の実施形態では、治療用組成物または共同体中に１種または複数の微生物を組み合わせると、図９に例示したように、微生物単独の安定性と比較して組成物中の微生物の安定性が増大し、または維持される。微生物の治療共同体は、個々の株と比較して相乗的安定性をもたらすことができる。
一部の実施形態では、治療用組成物または共同体中に１種または複数の微生物を組み合わせると、個体に投与されるとき相乗効果をもたらすことができる。例えば、第１の微生物の投与は、対象に有益となり得、第２の微生物の投与は、対象に有益となり得るが、２種の微生物が対象に一緒に投与されるとき、利益は、いずれかの利益単独より大きい。
治療用組成物中の異なるタイプの微生物は、同じ量または異なる量で存在し得る。例えば、治療用組成物中の２種の細菌の比は、約１：１、１：２、１：５、１：１０、１：２５、１：５０、１：１００、１：１０００、１：１０，０００、または１：１００，０００であり得る。
一部の実施形態では、治療用組成物は、少なくとも１種の一次発酵体および少なくとも１種の二次発酵体を含む。一部の実施形態では、治療用組成物は、少なくとも１種の一次発酵体、少なくとも１種の二次発酵体、および少なくとも１種のプレバイオティクスを含む。一例では、治療用組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、およびイヌリンを含み得る。別の例では、治療用組成物は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、およびデンプンを含み得る。
本発明のマイクロオーガニズムは、増殖用の任意の適当な培地で生成することができ、一部の非限定的な例としては、ＲＣＭ、ＧＹＴｖｅｇ、ＢＨＩ、ＰＹＧｖｅｇ、栄養培地、最少培地、選択培地、鑑別培地、および輸送培地がある。増殖培地は、微量ミネラルを含み得る。増殖培地は、塩を含み得る。増殖培地は、ビタミンを含み得る。増殖培地は、緩衝液を含み得る。増殖培地のｐＨは、例えば、約７であり得る。増殖培地のｐＨは、例えば、約３、約４、約５、約６、約７、または約８であり得る。増殖培地は、微生物株が増殖し得る最大密度を改善することができる。増殖培地は、より高い株濃度を可能にし得る。増殖培地は、微生物株による酸産生を緩衝することができ、それは、例えば、非常に低いｐＨの阻害作用を最小限にすることができる。
表１は、増殖培地に添加され得る微量ミネラルを示す。
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表２は、増殖培地に添加され得るビタミンを示す。表２に示した濃度は、増殖培地中の最終濃度であり得る。
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表３は、例示的な増殖培地を示す。
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表４は、例示的な増殖培地を示す。
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表５は、例示的な増殖培地を示す。
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表６は、増殖培地に添加され得る例示的な塩を示す。表６に示した濃度は、増殖培地中の最終濃度であり得る。
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一部の実施形態では、増殖培地は、ＰＹＧｖｅｇ（例えば、表５）、ビタミン（例えば、表２）、塩（例えば、表６）、および緩衝液を含む。
医薬製剤
治療剤および／または化粧品として投与され得る組成物が本明細書に提供されている。本明細書に記載の１種または複数のマイクロオーガニズムを使用して、対象を処置するための有効量の組成物を含む医薬製剤を創出することができる。マイクロオーガニズムは、当技術分野で公知の任意の製剤中に存在し得る。一部の非限定的な例として、局所剤（ｔｏｐｉｃａｌ）、カプセル剤、ピル、浣腸、液体、注射などを挙げることができる。一部の実施形態では、本明細書に開示の１種または複数の株は、食品もしくは飲料製品、化粧品、または栄養補給剤中に含められてもよい。
製剤は、１種または複数の活性成分を含み得る。活性成分は、抗生物質、プレバイオティクス、プロバイオティクス、グリカン（例えば、腸壁への特異的な細菌／ウイルス結合を限定するデコイとしての）、バクテリオファージ、マイクロオーガニズムなどからなる群から選択することができる。
一部の実施形態では、製剤は、プレバイオティクスを含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。イヌリンは、微生物製剤のエネルギー源として機能を果たし得る。
製剤は、口腔、口、食道、胃、十二指腸や、十二指腸、空腸、回腸を含む小腸領域、ならびに盲腸、結腸、直腸、および肛門管を含む大腸領域を含めた対象の胃腸管の任意の部分に送達するのに適した方法によって投与することができる。一部の実施形態では、組成物は、胃腸管の回腸および／または結腸領域に送達するために製剤化される。
一部の実施形態では、製剤の投与は、例えば、胃腸管内で組成物を放出するように設計されたカプセル剤、ピル、粉剤、錠剤、ゲル、または液体によって経口的に行われる。一部の実施形態では、製剤の投与は、例えば、酪酸、プロピオン酸、酢酸、および短鎖脂肪酸を含む製剤について注射によって行われる。一部の実施形態では、製剤の投与は、皮膚への塗布、例えば、クリーム、液体、またはパッチによって行われる。一部の実施形態では、製剤の投与は、坐剤によって、かつ／または浣腸よって行われる。一部の実施形態では、投与ルートの組合せが利用される。
微生物組成物は、栄養補助食品として製剤化することができる。微生物組成物は、ビタミンサプリメントとともに組み込むことができる。微生物組成物は、プロバイオティクスのグミなどのチュアブル形態で製剤化され得る。微生物組成物は、食品および／またはドリンクの形態中に組み込むことができる。微生物組成物が組み込まれ得る食品ならびにドリンクの非限定的な例としては、例えば、バー、シェーク、ジュース、乳児用調製粉乳、飲料、冷凍食品、発酵食品、ならびに培養乳製品、例えば、ヨーグルト、ヨーグルトドリンク、チーズ、乳酸菌ドリンク、およびケフィアなどがある。
本開示の製剤は、糞便移植プロセスの一部として投与することができる。製剤は、管、例えば、経鼻胃管、経鼻空腸管、経鼻十二指腸管、経口胃管、経口空腸管、または経口十二指腸管によって対象に投与することができる。製剤は、大腸内視鏡検査、内視鏡検査、Ｓ字結腸鏡検査、および／または浣腸によって対象に投与することができる。
一部の実施形態では、微生物組成物は、１種または複数の微生物が、これらが標的生息環境（例えば、腸）に送達された後、複製することができるように製剤化される。一非限定例では、微生物組成物は、ピルが少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２カ月の保存可能期間を有するようなピルで製剤化される。別の非限定的な例では、微生物組成物の貯蔵は、微生物が、これらが腸に存在した後、再生することができるように策定される。一部の実施形態では、他の構成成分が、微生物組成物の保存可能期間に役立つように添加され得る。一部の実施形態では、１種または複数の微生物は、非天然環境中で生存することができる方式で製剤化され得る。例えば、腸に固有である微生物は、酸素リッチ環境で生存し得ない。この限定事項を克服するために、微生物は、酸素への曝露を低減または排除することができるピル中に製剤化され得る。微生物の保存可能期間を増強する他のストラテジーは、他の微生物を含み得る（例えば、細菌共同体が、１種または複数の株が１種または複数の株の生存に有用である組成物を構成する場合）。
一部の実施形態では、微生物組成物は、凍結乾燥され（例えば、フリーズドライされ）、粉剤、錠剤、腸溶性カプセル剤（例えば、回腸／結腸への送達のための）、または任意の適当なルートによって対象に投与することができるピルとして製剤化される。凍結乾燥製剤は、投与の前に生理食塩水または他の溶液と混合することができる。
一部の実施形態では、微生物組成物は、対象の回腸および／または結腸領域に製剤の内容物を送達するために、例えば、腸溶性カプセル剤またはピルとして経口投与用に製剤化される。
一部の実施形態では、微生物組成物は、経口投与用に製剤化される。一部の実施形態では、微生物組成物は、経口投与用の腸溶性ピルまたはカプセル剤として製剤化される。一部の実施形態では、微生物組成物は、対象の回腸領域に微生物を送達するために製剤化される。一部の実施形態では、微生物組成物は、対象の結腸領域（例えば、上部結腸）に微生物を送達するために製剤化される。一部の実施形態では、微生物組成物は、対象の回腸および結腸領域に微生物を送達するために製剤化される。
腸溶コーティングは、胃の酸性度から経口製剤、例えば、ピルまたはカプセル剤の内容物を保護し、回腸および／または上部結腸領域への送達をもたらすことができる。腸溶コーティングの非限定的な例としては、ｐＨ感受性ポリマー（例えば、オイドラギットＦＳ３０Ｄ）、アクリル酸メチル−メタクリル酸コポリマー、酢酸コハク酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテートスクシネート（例えば、ヒプロメロースアセテートスクシネート）、ポリビニル酢酸フタレート（ＰＶＡＰ）、メチルメタクリレート−メタクリル酸コポリマー、シェラック、酢酸トリメリト酸セルロース、アルギン酸ナトリウム、ゼイン、他のポリマー、脂肪酸、ワックス、シェラック、プラスチック、および植物繊維がある。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、ｐＨ感受性ポリマーによって形成される。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、オイドラギットＦＳ３０Ｄによって形成される。
腸溶コーティングは、任意の適当なｐＨで溶解するように設計することができる。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、約ｐＨ６．５〜約ｐＨ７．０超のｐＨで溶解するように設計される。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、約ｐＨ６．５超のｐＨで溶解するように設計される。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、約ｐＨ７．０超のｐＨで溶解するように設計される。腸溶コーティングは、約５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、または７．５ｐＨ単位超のｐＨで溶解するように設計することができる。
一部の実施形態では、本開示の製剤の投与は、例えば、結腸クレンジング法、例えば、結腸灌漑／水治法、浣腸、緩下剤の投与、栄養補助食品、食物繊維、酵素、およびマグネシウムなどが先行し得る。
一部の実施形態では、微生物は、胞子の集団として製剤化される。胞子含有製剤は、本明細書に記載の任意の適当なルートによって投与することができる。経口投与される胞子含有製剤は、胃の低ｐＨ環境で生存することができる。採用される胞子の量は、例えば、製剤全体の約１％ｗ／ｗ〜約９９％ｗ／ｗであり得る。
本明細書に提供される製剤は、微生物製剤の安定性および／または生存を増強するために、治療剤または化粧品への１種または複数の作用物質の添加を含み得る。安定化剤の非限定的な例としては、遺伝子エレメント、グリセリン、アスコルビン酸、脱脂乳、ラクトース、ｔｗｅｅｎ、アルギネート、キサンタンガム、カラギーナンガム、マンニトール、パーム油、およびポリ−Ｌ−リシン（ＰＯＰＬ）がある。
一部の実施形態では、製剤は、１種または複数の組換え微生物または遺伝的に修飾された微生物を含む。他の実施形態では、１種または複数の微生物は、修飾されておらず、または組換え型でない。一部の実施形態では、製剤は、調節され得る微生物、例えば、微生物増殖を制御するオペロンまたはプロモーターを含む微生物を含む。本発明の微生物は、組換え法を含めた任意の適当な方法を使用して、生成し、増殖させ、または修飾することができる。
製剤は、対象のために特注で作ることができる。特注製剤は、例えば、プレバイオティクス、プロバイオティクス、抗生物質、または本明細書に記載の活性剤の組合せを含み得る。例えば、年齢、性別、および体重を含む対象に特異的なデータを分析結果と組み合わせて対象に対して特注で作られる治療剤を提供することができる。例えば、年齢および性別が一致した健康な対象の亜集団と比べて特定の微生物が低いと判明した対象のマイクロバイオームに、特定の微生物を含む治療用製剤および／または化粧品製剤を提供して、対象と同じ年齢および性別を有する健康な対象の亜集団のものと一致させることができる。
一部の実施形態では、製剤は、抗生物質などの抗菌剤で処置する前、間、かつ／または後に投与される。例えば、製剤は、抗生物質で処置する少なくとも約１時間、２時間、５時間、１２時間、１日、３日、１週間、２週間、１カ月、６カ月、または１年前かつ／または後に投与することができる。製剤は、抗生物質で処置する最大１時間、２時間、５時間、１２時間、１日、３日、１週間、２週間、１カ月、６カ月、または１年前かつ／または後に投与することができる。
一部の実施形態では、製剤は、抗生物質で処置した後に投与される。例えば、製剤は、抗生物質レジメンまたは過程全体が完了した後に投与することができる。
一部の実施形態では、製剤は、対象が食物を摂取する前、間、かつ／または後に投与される。一部の実施形態では、製剤は、対象による食物摂取とともに投与される。一部の実施形態では、製剤は、食物摂取とともに（例えば、同時に）投与される。
一部の実施形態では、製剤は、対象による食物摂取の前に投与される。一部の実施形態では、製剤は、食物摂取の前に投与されるとき微生物状態の処置においてより有効または強力である。例えば、製剤は、対象による食物摂取の約１分、約２分、約３分、約５分、約１０分、約１５分、約３０分、約４５分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約７時間、約８時間、約９時間、約１０時間、約１２時間または約１日前に投与され得る。例えば、製剤は、対象による食物摂取の少なくとも約１分、約２分、約３分、約５分、約１０分、約１５分、約３０分、約４５分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約７時間、約８時間、約９時間、約１０時間、約１２時間または約１日前に投与され得る。例えば、製剤は、対象による食物摂取の最大で約１分、約２分、約３分、約５分、約１０分、約１５分、約３０分、約４５分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約７時間、約８時間、約９時間、約１０時間、約１２時間または約１日前に投与され得る。
一部の実施形態では、製剤は、対象による食物摂取後に投与される。一部の実施形態では、製剤は、食物摂取の後に投与されるとき微生物状態の処置においてより有効または強力である。例えば、製剤は、対象による食物摂取の少なくとも約１分、２分、３分、５分、１０分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、３時間、５時間、１０時間、１２時間または１日後に投与され得る。例えば、製剤は、対象による食物摂取の最大で約１分、２分、３分、５分、１０分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、３時間、５時間、１０時間、１２時間または１日後に投与され得る。
本明細書に提供される製剤として、頬側および舌下を含めた経口、鼻腔内、局所、経皮、経皮パッチ、肺、膣、直腸、坐剤、粘膜、全身性、もしくは筋肉内、動脈内、髄腔内、皮内、腹腔内、皮下、および静脈内を含めた非経口の投与に適したもの、またはエアロゾル投与、吸入、もしくはガス注入による投与に適した形態でのものを挙げることができる。
治療用組成物または化粧品組成物は、担体および賦形剤（それだけに限らないが、緩衝液、炭水化物、脂質、マンニトール、タンパク質、ポリペプチド、もしくはグリシンなどのアミノ酸、抗酸化剤、静菌薬、キレート化剤、懸濁剤、増粘剤、および／もしくは防腐剤などを含む）、金属（例えば、鉄、カルシウム）、塩、ビタミン、ミネラル、水、石油、動物、野菜、または合成起源のものを含めた油、例えば、ラッカセイ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油など、食塩液、水性デキストロースおよびグリセロール溶液、香味剤、着色剤、粘着防止剤、ならびに他の許容される添加剤、補助剤、または結合剤、生理的条件を近似するのに要求される他の薬学的に許容される補助物質、例えば、ｐＨ緩衝剤、張性調整剤、乳化剤、湿潤剤などを含み得る。賦形剤の例としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥脱脂乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどがある。
本開示で使用するのに適した薬学的に許容される賦形剤の非限定的な例としては、顆粒化剤、結合剤、潤滑剤、崩壊剤、甘味剤、流動促進剤、抗粘着剤（ａｎｔｉ−ａｄｈｅｒｅｎｔ）、帯電防止剤、界面活性剤、抗酸化剤、ガム、被覆剤、着色剤、香味剤、分散増強剤、崩壊剤、被覆剤、可塑剤、防腐剤、懸濁剤、乳化剤、植物性セルロース材料、および球状化剤、ならびにこれらの任意の組合せがある。
薬学的に許容される賦形剤の非限定的な例は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ、１９版（Ｅａｓｔｏｎ、Ｐａ．：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ、１９９５年）；Ｈｏｏｖｅｒ， Ｊｏｈｎ Ｅ．、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．、Ｅａｓｔｏｎ、Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ、１９７５年；Ｌｉｂｅｒｍａｎ， Ｈ．Ａ．およびＬａｃｈｍａｎ， Ｌ．編、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ、Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｃｋｅｒ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、Ｎ．Ｙ．、１９８０年；ならびにＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ、７版（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ、１９９９年）に見つけることができ、これらのそれぞれは、その全体が参照により組み込まれる。
治療用組成物または化粧品組成物は、防腐剤を実質的に含んでいなくてもよい。一部の用途では、組成物は、少なくとも１種の防腐剤を含有し得る。
治療用組成物または化粧品組成物は、適当なビヒクル、例えば、リポソーム、ミクロスフェア、または微粒子内に被包することができる。ポリマーまたはタンパク質で形成されるミクロスフェアは、直接血流中へと胃腸管を通過するように適合させることができる。代わりに、ミクロスフェア、またはミクロスフェアの複合体に化合物を組み込むことができ、数日〜数カ月に及ぶ時間にわたって低速放出させるために移植することができる。
治療用組成物または化粧品組成物は、滅菌した溶液または懸濁液として製剤化することができる。治療用組成物または化粧品組成物は、慣例的な技法によって滅菌することができ、または滅菌濾過されてもよい。得られる水溶液は、そのまま使用するために梱包し、または凍結乾燥することができる。微生物組成物の凍結乾燥調製物は、経口投与に適した形態、例えば、カプセル剤またはピルで梱包することができる。
組成物は、局部的に投与することができ、様々な局部的に投与可能な組成物、例えば、溶液、懸濁液、ローション剤、ゲル、ペースト、薬用スティック、香膏、クリーム、および軟膏などに製剤化することができる。このような医薬組成物は、可溶化剤、安定剤、張性増強剤、緩衝液、および防腐剤を含有し得る。
組成物は、直腸用組成物、例えば、慣例的な坐剤ベース、例えば、カカオバターまたは他のグリセリドなど、および合成ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン、ＰＥＧなどを含有する、浣腸、直腸用ゲル、直腸用フォーム、直腸用エアロゾル、坐剤、ゼリー坐剤、または停留浣腸などにも製剤化することができる。組成物の坐剤形態では、任意選択でカカオバターと組み合わせた、脂肪酸グリセリドの混合物などの低融解ワックスを使用することができる。
本明細書に提供される処置または使用の方法の実践では、治療有効量の本明細書に記載の微生物組成物が、処置される疾患または状態を有する対象に医薬組成物で投与される。一部の実施形態では、対象は、ヒトなどの哺乳動物である。治療有効量は、疾患の重症度、対象の年齢および相対的な健康、製剤の効力、ならびに他の要因に応じて大きく変動することができる。対象は、例えば、ヒト、高齢成人、成人、青年、前青年期の若人、小児、幼児、乳児、または新生児であり得る。対象は、患者であり得る。対象は、臨床研究に登録された個体であり得る。対象は、実験動物、例えば、哺乳動物またはげっ歯類であり得る。
医薬組成物は、マイクロオーガニズムの薬学的に使用され得る調製物への加工を促進する賦形剤および助剤を含む１種または複数の生理学的に許容される担体を使用して製剤化することができる。製剤は、選択される投与ルートに応じて改変することができる。本明細書に記載の医薬組成物は、例えば、慣例的な混合、溶解、顆粒化、ガラス化、噴霧乾燥、凍結乾燥、糖衣丸作製、研和、被包、封入、乳化、または圧縮プロセスの手段によって従来の方式で製造することができる。
一部の実施形態では、医薬組成物は、例えば、噴霧乾燥または凍結乾燥によって乾燥形態で製造される。一部の実施形態では、製剤は、微生物の液体形態を維持するために液体カプセル剤として調製される。
本明細書に提供される組成物は、任意の適当な温度で貯蔵することができる。製剤は、例えば、約−８０℃、約−２０℃、約−４℃、または約４℃の温度で、低温貯蔵庫で貯蔵することができる。貯蔵温度は、例えば、約０℃、約１℃、約２℃、約３℃、約４℃、約５℃、約６℃、約７℃、約８℃、約９℃、約１０℃、約１２℃、約１４℃、約１６℃、約２０℃、約２２℃または約２５℃であり得る。一部の実施形態では、貯蔵温度は、約２℃〜約８℃の間である。例えば、約２℃〜約８℃の低温で微生物組成物を貯蔵すると、例えば、液体またはゲル製剤中に存在するとき、微生物を生かしておき、組成物の効率を増大させることができる。凍結保護剤を用いて０℃未満の凍結温度で貯蔵すると、安定性をさらに延長することができる。
組成物のｐＨは、約３〜約１２の範囲となり得る。組成物のｐＨは、例えば、約３〜約４、約４〜約５、約５〜約６、約６〜約７、約７〜約８、約８〜約９、約９〜約１０、約１０〜約１１または約１１〜約１２ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、例えば、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１または約１２ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、例えば、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１または少なくとも１２ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、例えば、最大で３、最大で４、最大で５、最大で６、最大で７、最大で８、最大で９、最大で１０、最大で１１または最大で１２ｐＨ単位であり得る。ｐＨが、配合者に所望される範囲の外である場合、ｐＨは、十分な薬学的に許容される酸および塩基を使用することによって調整することができる。一部の実施形態では、組成物のｐＨは、約４から約６の間である。
本明細書に記載の微生物を含有する医薬組成物は、予防的および／または治療的処置のために投与することができる。治療用途では、組成物は、疾患または状態に既に罹患している対象に、疾患もしくは状態の症状を治癒させ、もしくは少なくとも部分的に停止し、または状態を治癒させ、癒し、改善し、もしくは寛解させるのに十分な量で投与することができる。微生物組成物は、状態を発病し、それにかかり、またはそれを悪化させる見込みを下げるように投与することもできる。この使用に有効な量は、疾患または状態の重症度および過程、以前の療法、対象の健康ステータス、体重、および薬物に対する応答、ならびに治療医師の判断に基づいて変動し得る。
多数の治療剤を任意の順序で、または同時に投与することができる。同時の場合、複数の治療剤は、単一の統一形態で、または複数形態で、例えば、複数の別個のピルとして提供され得る。組成物は、単一パッケージで、または複数のパッケージで一緒に、または別個に包装することができる。治療剤の１種またはすべてを複数回用量で与えることができる。同時でない場合、複数回用量間のタイミングは、約１カ月もの長くまで変動し得る。
本明細書に記載の組成物は、疾患または状態が存在する前、間、または後に投与することができ、組成物を投与するタイミングは変動し得る。例えば、微生物組成物は、予防剤として使用することができ、疾患または状態の存在の見込みを下げるために、状態または疾患の傾向に従って対象に連続的に投与することができる。微生物組成物は、症状の発症中に、または症状を発症して可能な限りすぐに投与することができる。微生物組成物の投与は、症状を発症して最初の４８時間以内、症状を発症して最初の２４時間以内、症状を発症して最初の６時間以内、または症状を発症して３時間以内に開始することができる。初期投与は、本明細書に記載の任意の製剤を使用して、本明細書に記載の任意のルートなどによって、実用的な任意のルートを介するものであり得る。微生物組成物は、疾患または状態の発症が検出され、または疑われた後、実行可能となり次第、かつ疾患の処置に必要な時間の長さ、例えば、約１カ月〜約３カ月などにわたって投与することができる。処置の長さは、それぞれの対象について変動し得る。
本発明の組成物は、別の療法、例えば、免疫療法、化学療法、放射線療法、抗炎症剤、抗ウイルス剤、抗微生物剤、および抗真菌剤と組み合わせて投与することができる。
本発明の組成物は、キットとして梱包することができる。一部の実施形態では、キットは、組成物の投与／使用についての書面による指示書を含む。書面による資料は、例えば、ラベルであり得る。書面による資料は、投与の条件、方法を示唆することができる。指示書は、対象および監督医師に、療法の投与から最適な臨床転帰を実現するための最良のガイダンスを提供する。書面による資料は、ラベルであり得る。一部の実施形態では、ラベルは、管理機関、例えば、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）、欧州医薬品庁（ＥＭＡ）、または他の管理機関によって承認され得る。
投薬
投与される治療用組成物または化粧品組成物の適切な量、処置の数、および単位用量は、対象および／または対象の疾患状況によって変動し得る。
本明細書に記載の医薬組成物は、正確な投与量の単回投与に適した単位剤形であり得る。単位剤形では、製剤は、適切な量の１種または複数の微生物組成物を含有する単位用量に分割され得る。単位投与量は、個別の量の製剤を含有するパッケージの形態であり得る。非限定的な例は、バイアルまたはアンプル中の液体である。水性懸濁液組成物は、単回用量非開閉自在コンテナに梱包することができる。組成物は、複数回用量形式であり得る。複数回用量開閉自在コンテナを、例えば、防腐剤と組み合わせて使用することができる。非経口注射用製剤は、単位剤形で、例えば、アンプルで、または防腐剤を含む複数回用量コンテナで提供することができる。
投与量は、固体、半固体、または液体組成物の形態であり得る。本発明で使用するのに適した剤形の非限定的な例としては、飼料、食品、ペレット、ロゼンジ、液体、エリキシル剤、エアロゾル、吸入剤、噴霧剤、粉剤、錠剤、ピル、カプセル、ゲル、ジェルタブ、ナノ懸濁液、ナノ粒子、ミクロゲル、坐剤トローチ、水性または油性懸濁液、軟膏、パッチ、ローション剤、歯磨剤、エマルジョン、クリーム、滴剤、分散性粉剤または顆粒剤、硬質または軟質ゲルカプセル中のエマルジョン、シロップ剤、フィトシューティカル（ｐｈｙｔｏｃｅｕｔｉｃａｌ）、機能性食品、栄養補助食品、およびこれらの任意の組合せがある。
微生物は、医薬組成物中に任意の適当な濃度で存在し得る。微生物の濃度は、例えば、約１０１〜約１０１８コロニー形成単位（ＣＦＵ）であり得る。微生物の濃度は、例えば、少なくとも１０１、少なくとも１０２、少なくとも１０３、少なくとも１０４、少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、少なくとも１０１２、少なくとも１０１３、少なくとも１０１４、少なくとも１０１５、少なくとも１０１６、少なくとも１０１７または少なくとも１０１８ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、例えば、最大で１０１、最大で１０２、最大で１０３、最大で１０４、最大で１０５、最大で１０６、最大で１０７、最大で１０８、最大で１０９、最大で１０１０、最大で１０１１、最大で１０１２、最大で１０１３、最大で１０１４、最大で１０１５、最大で１０１６、最大で１０１７または最大で１０１８ＣＦＵであり得る。一部の実施形態では、微生物の濃度は、約１０８ＣＦＵ〜約１０９ＣＦＵである。一部の実施形態では、微生物の濃度は、約１０８ＣＦＵである。一部の実施形態では、微生物の濃度は、約１０９ＣＦＵである。
本発明の医薬組成物は、任意の適当な治療有効濃度のプレバイオティクスとともに製剤化することができる。例えば、治療有効濃度のプレバイオティクスは、少なくとも約１ｍｇ／ｍｌ、約２ｍｇ／ｍｌ、約３ｍｇ／ｍｌ、約４ｍｇ／ｍｌ、約５ｍｇ／ｍｌ、約１０ｍｇ／ｍｌ、約１５ｍｇ／ｍｌ、約２０ｍｇ／ｍｌ、約２５ｍｇ／ｍｌ、約３０ｍｇ／ｍｌ、約３５ｍｇ／ｍｌ、約４０ｍｇ／ｍｌ、約４５ｍｇ／ｍｌ、約５０ｍｇ／ｍｌ、約５５ｍｇ／ｍｌ、約６０ｍｇ／ｍｌ、約６５ｍｇ／ｍｌ、約７０ｍｇ／ｍｌ、約７５ｍｇ／ｍｌ、約８０ｍｇ／ｍｌ、約８５ｍｇ／ｍｌ、約９０ｍｇ／ｍｌ、約９５ｍｇ／ｍｌ、約１００ｍｇ／ｍｌ、約１１０ｍｇ／ｍｌ、約１２５ｍｇ／ｍｌ、約１３０ｍｇ／ｍｌ、約１４０ｍｇ／ｍｌまたは約１５０ｍｇ／ｍｌ。例えば、治療有効濃度のプレバイオティクスは、最大で約１ｍｇ／ｍｌ、約２ｍｇ／ｍｌ、約３ｍｇ／ｍｌ、約４ｍｇ／ｍｌ、約５ｍｇ／ｍｌ、約１０ｍｇ／ｍｌ、約１５ｍｇ／ｍｌ、約２０ｍｇ／ｍｌ、約２５ｍｇ／ｍｌ、約３０ｍｇ／ｍｌ、約３５ｍｇ／ｍｌ、約４０ｍｇ／ｍｌ、約４５ｍｇ／ｍｌ、約５０ｍｇ／ｍｌ、約５５ｍｇ／ｍｌ、約６０ｍｇ／ｍｌ、約６５ｍｇ／ｍｌ、約７０ｍｇ／ｍｌ、約７５ｍｇ／ｍｌ、約８０ｍｇ／ｍｌ、約８５ｍｇ／ｍｌ、約９０ｍｇ／ｍｌ、約９５ｍｇ／ｍｌ、約１００ｍｇ／ｍｌ、約１１０ｍｇ／ｍｌ、約１２５ｍｇ／ｍｌ、約１３０ｍｇ／ｍｌ、約１４０ｍｇ／ｍｌまたは約１５０ｍｇ／ｍｌであり得る。例えば、治療有効濃度のプレバイオティクスは、約１ｍｇ／ｍｌ、約２ｍｇ／ｍｌ、約３ｍｇ／ｍｌ、約４ｍｇ／ｍｌ、約５ｍｇ／ｍｌ、約１０ｍｇ／ｍｌ、約１５ｍｇ／ｍｌ、約２０ｍｇ／ｍｌ、約２５ｍｇ／ｍｌ、約３０ｍｇ／ｍｌ、約３５ｍｇ／ｍｌ、約４０ｍｇ／ｍｌ、約４５ｍｇ／ｍｌ、約５０ｍｇ／ｍｌ、約５５ｍｇ／ｍｌ、約６０ｍｇ／ｍｌ、約６５ｍｇ／ｍｌ、約７０ｍｇ／ｍｌ、約７５ｍｇ／ｍｌ、約８０ｍｇ／ｍｌ、約８５ｍｇ／ｍｌ、約９０ｍｇ／ｍｌ、約９５ｍｇ／ｍｌ、約１００ｍｇ／ｍｌ、約１１０ｍｇ／ｍｌ、約１２５ｍｇ／ｍｌ、約１３０ｍｇ／ｍｌ、約１４０ｍｇ／ｍｌまたは約１５０ｍｇ／ｍｌであり得る。一部の実施形態では、医薬組成物中のプレバイオティクスの濃度は、約７０ｍｇ／ｍｌである。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。
本発明の医薬組成物は、例えば、１日１、２、３、４、５回、またはそれ超投与することができる。本発明の医薬組成物は、例えば、状態の処置のために毎日、１日おき、週３回、週２回、週１回、または他の適切な間隔で投与することができる。
コンピューターシステム
本発明は、本開示の方法をインプリメントするように構成されたコンピューターシステムも提供する。システムは、本明細書に記載の方法をインプリメントするようにプログラムされたコンピューターサーバー（「サーバー」）を含み得る。図７は、ユーザーがデータ（例えば、シーケンシングデータ；株分類、機能的経路、エピジェネティックな変化、患者情報、外部データ、データベース、マイクロバイオーム株；治療共同体など）を検出、分析、および処理することを可能にするように適応されたシステム７００を表す。システム７００は、本明細書に記載の例示的な方法をインプリメントするようにプログラムされた中央コンピューターサーバー７０１を含む。サーバー７０１は、中央処理装置（ＣＰＵ、また、「プロセッサー」）７０５を含み、それは、シングルコアプロセッサー、マルチコアプロセッサー、または並列処理用の多数のプロセッサー、またはクラウドプロセッサーであり得る。サーバー７０１は、メモリー７１０（例えば、ランダムアクセスメモリー、リードオンリーメモリー、フラッシュメモリー）；電子ストレージユニット７１５（例えば、ハードディスク）；１つまたは複数の他のシステムと通信するための通信インターフェース７２０（例えば、ネットワークアダプター）；ならびにキャッシュ、他のメモリー、データストレージ、および／または電子ディスプレーアダプターを含み得る周辺デバイス７２５も含む。メモリー７１０、ストレージユニット７１５、インターフェース７２０、および周辺デバイス７２５は、マザーボードなどの通信バス（実線）によってプロセッサー７０５と連通している。ストレージユニット７１５は、データを記憶するためのデータストレージユニットであり得る。サーバー７０１は、通信インターフェース７２０を利用してコンピューターネットワーク（「ネットワーク」）７３０に作動可能に連結している。ネットワーク７３０は、インターネット、イントラネット、ならびに／またはエクストラネット、インターネットと連通しているイントラネットおよび／もしくはエクストラネット、テレコムネットワークもしくはデータネットワークであり得る。一部の場合におけるネットワーク７３０は、サーバー７０１を利用して、サーバー７０１に連結したデバイスがクライアントまたはサーバーとして挙動することを可能にし得るピアツーピアネットワークをインプリメントすることができる。周辺デバイスとして、例えば、シーケンサー７２５またはリモートコンピューターシステム７４０を挙げることができる。
ストレージユニット７１５は、ファイル（例えば、本発明に関連した任意の態様のデータ）を記憶することができる。一部の事例では、クラウドストレージが使用される。クラウドストレージは、デジタルデータが論理プール内に記憶されるデータストレージのモデルであり得、物理記憶は、複数のサーバー、および一部の事例では、１つまたは複数の場所に及び得る。一部の実施形態では、物理的な環境は、ホスティング会社によって所有および管理される。クラウドストレージサービスは、例えば、共同設置されたクラウドコンピュートサービス、ウェブサービスアプリケーションプログラミングインターフェース（ＡＰＩ）を通じて、またはＡＰＩを利用するアプリケーション、例えば、クラウドデスクトップストレージ、クラウドストレージゲートウェイ、もしくはウェブベースコンテンツ管理システムなどによってアクセスすることができる。
サーバーは、ネットワーク７３０によって１つまたは複数のリモートコンピューターシステムと通信することができる。１つまたは複数のリモートコンピューターシステムは、例えば、パーソナルコンピューター、ラップトップ、タブレット、電話機、スマートフォン、またはパーソナルデジタルアシスタントであり得る。
いくつかの局面では、システム７００は、単一のサーバー７０１を含む。他の局面では、システムは、イントラネット、エクストラネット、および／またはインターネットによって互いに連通している複数のサーバーを含む。
サーバー７０１は、情報を記憶するように適応させることができる。このような情報は、ストレージユニット７１５またはサーバー７０１上に記憶させることができ、このようなデータは、ネットワークによって伝送することができる。
本明細書に記載の方法は、サーバー７０１の電子記憶場所、例えば、メモリー７１０または電子ストレージユニット７１５などに記憶された機械（例えば、コンピュータープロセッサー）コンピューター可読媒体（またはソフトウェア）によってインプリメントすることができる。使用中、コードがプロセッサー７０５によって実行され得る。一部の場合では、コードは、ストレージユニット７１５から引き出され、プロセッサー７０５によってすぐにアクセスされるためにメモリー７１０に記憶され得る。いくつかの局面では、電子ストレージユニット７１５は、除外され、機械実行可能命令がメモリー７１０に記憶される。代わりに、コードは、第２のコンピューターシステム７４０で実行され得る。
サーバー７０１などの本明細書に提供されるシステムおよび方法の態様は、プログラミングで具現化され得る。本技術の様々な態様は、典型的には、一タイプの機械可読媒体（例えば、コンピューター可読媒体）で続行され、または具現化される機械（またはプロセッサー）実行可能コードおよび／または関連データの形態での「製品」または「製造の物品」として考えられ得る。機械実行可能コードは、メモリー（例えば、リードオンリーメモリー、ランダムアクセスメモリー、フラッシュメモリー）またはハードディスクなどの電子ストレージユニットに記憶させることができる。「ストレージ」タイプ媒体として、ソフトウェアプログラミングのために任意の時間で非一時的記憶をもたらし得る、コンピューター、プロセッサーなど、またはこれらの関連モジュールの任意またはすべての有形メモリー、例えば、様々な半導体メモリー、テープドライブ、ディスクドライブなどを挙げることができる。すべてまたは一部のソフトウェアは、時折、インターネットまたは様々な他のテレコムネットワークによって通信される場合がある。このような通信は、例えば、１つのコンピューターまたはプロセッサーから別のものへの、例えば、管理サーバーまたはホストコンピューターからアプリケーションサーバーのコンピュータープラットフォームへのソフトウェアのローディングを可能にし得る。したがって、ソフトウェアエレメントを支えることができる別のタイプの媒体として、有線および光地上通信線ネットワーク、ならびに様々なエアリンクを通じて局所的なデバイス間の物理的インターフェースにわたって使用されるものなどの光波、電波、ならびに電磁波が挙げられる。このような波を搬送する物理的エレメント、例えば、有線または無線リンク、光リンクなども、ソフトウェアを支える媒体として見なすことができる。本明細書では、非一時的、有形「記憶」媒体に制限されない限り、コンピューターまたは機械「可読媒体」などの用語は、実行のためにプロセッサーに命令を与えることに参加する任意の媒体を指す。
したがって、コンピューター実行可能コードなどの機械可読媒体は、それだけに限らないが、有形記憶媒体、搬送波媒体、または物理的な伝送媒体を含めた多くの形態を採り得る。非揮発性記憶媒体として、例えば、任意のコンピューター（複数可）などにおける記憶デバイスのいずれかなどの光ディスクまたは磁気ディスクを挙げることができ、このようなものは、システムをインプリメントするのに使用され得る。有形伝送媒体として、同軸ケーブル、銅線、および光ファイバー（コンピューターシステム内でバスを構成するワイヤーを含む）を挙げることができる。搬送波伝送媒体は、高周波（ＲＦ）および赤外線（ＩＲ）データ通信中に生じるものなどの電気信号もしくは電磁信号、または音波もしくは光波の形態を採ることができる。したがって、コンピューター可読媒体の一般的な形態として、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、任意の他の磁性媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、ＤＶＤ−ＲＯＭ、任意の他の光媒体、パンチカード、紙テープ、穴のパターンを有する任意の他の物理的記憶媒体、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ＰＲＯＭおよびＥＰＲＯＭ、ＦＬＡＳＨ−ＥＰＲＯＭ、任意の他のメモリーチップもしくはカートリッジ、搬送波輸送データもしくは命令、ケーブル、またはこのような搬送波を輸送するリンク、またはコンピューターがプログラミングコードおよび／もしくはデータを読むことができる任意の他の媒体がある。コンピューター可読媒体のこれらの形態の多くは、実行のためにプロセッサーに１つまたは複数の命令の１つまたは複数のシーケンスを搬送することに関与し得る。
本発明の好適な実施形態を本明細書に示し、記載してきたが、このような実施形態は、単なる例として提供されていることが当業者に明白となるであろう。多数のバリエーション、変更、および置換が、現在では、本発明から逸脱することなく当業者に見出されるであろう。本明細書に記載の本発明の実施形態の様々な代替案が、本発明の実践において採用され得ることが理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は、本発明の射程を規定し、これらの特許請求の範囲の射程内の方法および構造、ならびにこれらの均等物は、それによってカバーされることが意図されている。
（実施例１）
細菌株を増殖させるための培地
本発明の微生物株は、本実施例に記載の培地を使用して増殖させることができる。
培地を調製するために、表７に示したすべての成分を組み合わせる。
Figure 0006868562
より少ない酸素を含有し得る沸騰水中に成分を溶解させる。培地が完全に無酸素性になるまで窒素ガスをパージする。ゴムセプタムでボトルを密封する。培地を冷却させる。グローブボックス内で無酸素性培地のアリコーティングを実施して無酸素性状態を維持する。培地をセ氏１２１度で約２０分間オートクレーブする。培地を冷却させ、適切な量の以下の表８に示した１００×ビタミンを添加して、増殖培地の１×最終溶液を得る。
Figure 0006868562
図１４は、株によって異なる培地（例えば、ＲＣＭ、ＰＹＧ）中の短鎖脂肪酸定量化についての例示的なデータを例示する。短鎖脂肪酸定量化は、株の予測されたゲノム機能が実際の機能と一致することを示す。これは、異なる培地について同様であり得る。一非限定例では、株１は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ（ＢＡＤＯ）であり得る。一非限定例では、株２は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）であり得る。一非限定例では、株３は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）であり得る。一非限定例では、株４は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）であり得る。一非限定例では、株５は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）であり得る。一非限定例では、株６は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（ＣＩＮＤ）であり得る。一非限定例では、株７は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ（ＥＨＡＬ）であり得る。
図１５は、本発明の改善された培地（例えば、ＰＹＧｖｅｇ＋ｖｉｔ＋塩＋緩衝液）が、より高いピーク細菌密度をもたらし得ることを例示する。一非限定例では、株１は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（ＡＭＵＣ）であり得る。一非限定例では、株２は、ＣＢＥＩであり得る。一非限定例では、株３は、ＥＨＡＬであり得る。一非限定例では、株４は、ＣＩＮＤであり得る。一非限定例では、株５は、ＢＬＯＮであり得る。一非限定例では、株６は、ＢＡＤＯであり得る。一非限定例では、株７は、ＣＢＵＴであり得る。一非限定例では、株８は、ＢＩＮＦであり得る。
（実施例２）
製剤中の株の安定性
図９は、製剤、例えば、ＷＢ０００２およびＷＢ０００３中に一緒に存在するとき観察されるものと比較した、個々にまたは単独で存在するときの微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ （ＣＢＥＩ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ （ＢＬＯＮ）、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）の安定性を例示する。
本発明の一非限定例では、ＷＢ０００２は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）、Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｅ．ｈａｌｌｉｉおよびＣ．ｉｎｄｏｌｉｓを含む。
本発明の一非限定例では、ＷＢ０００３は、株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）、Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｅ．ｈａｌｌｉｉおよびＣ．ｉｎｄｏｌｉｓならびにプレバイオティック（例えば、イヌリン）を含む。
（実施例３）
微生物組成物を用いた代謝的状態の処置
図１０ならびに１１ＡおよびＢは、食餌誘発性肥満マウスに対する本発明の微生物組成物（例えば、ＷＢ０００２およびＷＢ０００３）の効果を試験する前臨床研究の結果を例示する。
本発明の一非限定例では、ＷＢ０００２は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）、Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｅ．ｈａｌｌｉｉおよびＣ．ｉｎｄｏｌｉｓを含む。
本発明の一非限定例では、ＷＢ０００３は、株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）、Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｅ．ｈａｌｌｉｉおよびＣ．ｉｎｄｏｌｉｓならびにプレバイオティック（例えば、イヌリン）を含む。
図１０に例示したように、微生物組成物ＷＢ００００３は、投薬期間中に体重減少の増大をもたらした。
図１１ＡおよびＢは、対照と比較した本発明の製剤を投薬されたマウスにおけるグルコース制御を例示する。
（実施例４）
微生物組成物を用いた代謝的状態の処置
代謝的状態、例えば、肥満、インスリン非感受性、Ｔ２ＤＭ、および／またはＴ１ＤＭを有する患者が、処置のために医療専門家を訪れる。
医療専門家は、微生物株Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉを含む微生物ベース経口組成物を処方する。組成物は、一部の実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉをさらに含み得る。それぞれの株は、組成物中に約１０８〜約１０９ＣＦＵの範囲内で存在する。組成物は、約７０ｍｇ／ｍＬの濃度でイヌリンをさらに含む。経口組成物の予期される送達形態は、腸溶性（例えば、ｐＨ感受性ポリマーオイドラギットＦＳ３０Ｄ）ピルであり、それは、胃の酸性度から保護し、対象の回腸／上部結腸領域に送達することができる。腸溶コーティングは、約６．５〜７超のｐＨで溶解するように設計されている。一部の実施形態では、経口組成物は、液体カプセル剤として投与される。
対象は、１４連続日にわたって１日２回、食物摂取前（例えば、食事の１時間前）に組成物を投与される。一部の場合では、組成物は、食物摂取と同時に投与される。
微生物組成物は、対象の腸の微生物生息環境を健康な対象のものに変更する。対象は、体重を減らす。対象の代謝的状態、例えば、肥満、インスリン非感受性、Ｔ２ＤＭ、および／またはＴ１ＤＭは、組成物によって処置される。
一部の実施形態では、微生物ベース経口組成物の組成を個別化するために、試料が対象から採取される。例えば、対象が低レベルの微生物株の１種または複数を有する場合、対象が欠いている微生物株の１種または複数を含有する微生物ベース経口組成物を投与することができる。
（実施例５）
代謝的状態の処置における微生物組成物を評価する研究
目的：研究の目的は、代謝的状態、例えば、肥満、インスリン非感受性、Ｔ２ＤＭ、および／またはＴ１ＤＭの処置における本発明の微生物組成物の効果を査定することである。
方法：代謝障害を有する２０人の対象を二重盲検、プラセボ対照、および無作為化研究に登録する。
１）実験群：１０人の対象に、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ株、ならびにプレバイオティクスイヌリンを含む活性組成物を含有する経口組成物を与える。組成物は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉをさらに含み得る。組成物は、食事の前または食事と同時に、３週間にわたって１日１回服用される。観察するパラメータは、３週間にわたって毎日、組成物を投与する前後の対象の体重および耐グルコース能である。
２）対照群：１０人の対象にプラセボピルを与える。プラセボは、３週間にわたって１日１回服用される。観察するパラメータは、３週間にわたって毎日、組成物を投与する前後の対象の体重および耐グルコース能である。
予測される結果：処置後、実験群中の対象は、対照群と比較して腸マイクロバイオームが回復し、肥満対象において体重が低減し、耐グルコース能が増大する。
（実施例６）
微生物組成物を用いた代謝的状態の処置
代謝的状態、例えば、肥満、インスリン非感受性、Ｔ２ＤＭ、および／またはＴ１ＤＭを有する対象が、処置のために医療専門家を訪れる。
医療専門家は、微生物株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓを含む微生物ベース経口組成物を処方する。それぞれの株は、組成物中に約１０７〜約１０１２ＣＦＵの範囲内で存在する。組成物は、約７０ｍｇ／ｍＬの濃度でプレバイオティクスをさらに含む。経口組成物の予期される送達形態は、腸溶性（例えば、ｐＨ感受性ポリマーオイドラギットＦＳ３０Ｄ）ピルであり、それは、胃の酸性度から保護し、対象の回腸／上部結腸領域に送達することができる。腸溶コーティングは、約６．５〜７超のｐＨで溶解するように設計されている。一部の実施形態では、経口組成物は、液体カプセル剤として投与される。
対象は、１４連続日にわたって１日２回、食物摂取前（例えば、食事の１時間前）に組成物を投与される。
微生物組成物は、対象の腸の微生物生息環境を健康な対象のものに変更する。対象は、体重を減らす。対象の代謝的状態、例えば、肥満、インスリン非感受性、Ｔ２ＤＭ、および／またはＴ１ＤＭは、組成物によって処置される。
（実施例７）
代謝的状態の処置における微生物組成物を評価する研究
目的：研究の目的は、代謝的状態、例えば、肥満、インスリン非感受性、Ｔ２ＤＭ、および／またはＴ１ＤＭの処置における本発明の微生物組成物の効果を査定することである。
方法：代謝障害を有する２０人の対象を二重盲検、プラセボ対照、および無作為化研究に登録する。
３）実験群：１０人の対象に、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓを含む活性組成物を含有する経口組成物を与える。組成物は、食事の前に、３週間にわたって１日１回服用される。観察するパラメータは、３週間にわたって毎日、組成物を投与する前後の対象の体重および耐グルコース能である。
４）対照群：１０人の対象にプラセボピルを与える。プラセボは、３週間にわたって１日１回服用される。観察するパラメータは、３週間にわたって毎日、組成物を投与する前後の対象の体重および耐グルコース能である。
予測される結果：処置後、実験群中の対象は、対照群と比較して腸マイクロバイオームが回復し、体重が低減し（例えば、肥満対象において）、耐グルコース能が増大する。

Claims (22)

  1. 代謝障害の処置を必要とする対象における代謝障害を処置するための治療剤であって、前記治療剤は、アッカーマンシア ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）を含む単離および精製された微生物の第１の集団と、ユーバクテリウム ハリー（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）を含む単離および精製された微生物の第２の集団と、薬学的に許容される担体とを含み、ここで、前記代謝障害は、２型糖尿病、１型糖尿病、肥満およびインスリン非感受性からなる群から選択される、治療剤。
  2. 前記処置が、対象のマイクロバイオームの変更をもたらす、請求項１に記載の治療剤。
  3. 前記治療剤が、単離および精製された微生物の第３の集団をさらに含み、前記第３の集団が、アナエロスティペス カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）、ビフィドバクテリウム アドルセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ブチリビブリオ フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、クロストリジウム アセトブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム アミノフィラム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ）、クロストリジウム ベイジェリンキイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）、クロストリジウム ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム コリナム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム オルビスシンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ）、エンテロコッカス フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、ユーバクテリウム レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、フィーカリバクテリウム プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、フィブロバクター サクシノゲネス（Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ）、オシロスピラ ギリアーモンディ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ）、ローズブリア セシコラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ローズブリア イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ルミノコッカス フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカス グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、ストレプトコッカス クレモリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）、ストレプトコッカス フェシウム（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、ストレプトコッカス インファンティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ストレプトコッカス ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、アナエロフスティス ステルコリホミニス（Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アナエロスティペス ハドラス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ）、アナエロトランカス コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、クロストリジウム スポロゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム テタニ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コプロコッカス ユータクタス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、ユーバクテリウム シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム ドリカム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｏｌｉｃｈｕｍ）、ユーバクテリウム ベントリオサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、ローズブリア フェシシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｃｉｓ）、ローズブリア ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ローズブリア インテスティナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物の１６S ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％の配列同一性を有する１６S ｒＲＮＡ配列を含む微生物を含む、請求項１〜２のいずれかに記載の治療剤。
  4. 前記代謝障害が、前記肥満である、請求項１〜３のいずれかに記載の治療剤。
  5. 前記代謝障害が、前記インスリン非感受性である、請求項１〜３のいずれかに記載の治療剤。
  6. 前記代謝障害が、前記２型糖尿病である、請求項１〜３のいずれかに記載の治療剤。
  7. クロストリジウム ベイジェリンキイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）の１６S ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％の配列同一性を有する１６S ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製された微生物の集団をさらに含む、請求項１〜２または４〜６のいずれかに記載の治療剤。
  8. 医薬組成物である、請求項１〜７のいずれかに記載の治療剤。
  9. 経口送達用に製剤化されている、請求項１〜８のいずれかに記載の治療剤。
  10. プレバイオティクスをさらに含む、請求項１〜９のいずれかに記載の治療剤。
  11. 前記プレバイオティクスが、複合炭水化物、複合糖、耐性デキストリン、難消化性デンプン、アミノ酸、ペプチド、栄養化合物、ビオチン、ポリデキストロース、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、イヌリン、デンプン、リグニン、サイリウム、キチン、キトサン、ガム（例えば、グアーガム）、高アミロースコーンスターチ（ＨＡＳ）、セルロース、β−グルカン、ヘミセルロース、ラクツロース、マンノオリゴ糖、マンナンオリゴ糖（ＭＯＳ）、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、ｔｒａｎｓ−ガラクトオリゴ糖、ペクチン、難消化性デンプン、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１０に記載の治療剤。
  12. 前記プレバイオティクスが、フラクトオリゴ糖である、請求項１０に記載の治療剤。
  13. 前記プレバイオティクスが、イヌリンである、請求項１０に記載の治療剤。
  14. 前記対象が、ヒトである、請求項１〜１３のいずれかに記載の治療剤。
  15. コンパニオン診断と組み合わせて投与されることを特徴とする、請求項１〜１４のいずれかに記載の治療剤。
  16. 腸溶性ピルとして製剤化されている、請求項１〜１５のいずれかに記載の治療剤。
  17. 前記対象の回腸および／または結腸領域に送達されることを特徴とする、請求項１〜１６のいずれかに記載の治療剤。
  18. 食物摂取とともに投与されることを特徴とする、請求項１〜１７のいずれかに記載の治療剤。
  19. クロストリジウム ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）の１６S ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％の配列同一性を有する１６S ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製された微生物の集団をさらに含む、請求項１〜２または４〜１８のいずれかに記載の治療剤。
  20. ビフィドバクテリウム インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）の１６S ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％の配列同一性を有する１６S ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製された微生物の集団をさらに含む、請求項１〜２または４〜１９のいずれかに記載の治療剤。
  21. ビフィドバクテリウム インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）の１６S ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％の配列同一性を有する１６S ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製された微生物の集団、クロストリジウム ベイジェリンキイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）の１６S ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％の配列同一性を有する１６S ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製された微生物の集団、およびクロストリジウム ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）の１６S ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％の配列同一性を有する１６S ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製された微生物の集団をさらに含む、請求項１〜２、４〜６または８〜１８のいずれかに記載の治療剤。
  22. 前記代謝障害が、前記１型糖尿病である、請求項１〜３または７〜２１のいずれかに記載の治療剤。

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