JP2020513779A5

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Publication number: JP2020513779A5
Application number: JP2019537765A
Authority: JP
Filing date: 2018-01-24
Publication date: 2021-02-25
Anticipated expiration: 2038-01-24

Claims

細胞標的化分子であって、
ｉ）カルボキシ末端を有する志賀毒素Ａ１断片領域を含み、かつ、
ａ）組み込まれた又は挿入された異種ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、
ｂ）前記組み込まれた又は挿入された異種ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープとオーバーラップしない内在性Ｂ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ領域の破壊、並びに
ｃ）前記志賀毒素Ａ１断片領域の前記カルボキシ末端における破壊されたフューリン切断モチーフ
を含む、志賀毒素エフェクターポリペプチドと、
ii）細胞外標的生体分子に特異的に結合することができる結合領域であって、前記志賀毒素エフェクターポリペプチドに対して異種である、前記結合領域と、
iii）前記志賀毒素Ａ１断片領域に組み込まれていない又は挿入されていない異種ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴと
を含み、前記ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴが、前記志賀毒素Ａ１断片領域の前記カルボキシ末端に対してカルボキシ末端側に位置する、前記細胞標的化分子。
ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴが、志賀毒素エフェクターポリペプチド又は結合領域に融合されている、請求項１に記載の細胞標的化分子。
結合領域、志賀毒素エフェクターポリペプチド、及びＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴを含む一本鎖ポリペプチドを含む、請求項２に記載の細胞標的化分子。
結合領域が、２つ又は３つ以上のポリペプチド鎖を含み、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴが、志賀毒素エフェクターポリペプチドを含むポリペプチド及び前記２つ又は３つ以上のポリペプチド鎖のうちの１つに融合されている、請求項２に記載の細胞標的化分子。
志賀毒素エフェクターポリペプチドのカルボキシ末端と会合した分子部分をさらに含む、請求項１〜４のいずれかに記載の細胞標的化分子。
分子部分が、結合領域を含む、請求項５に記載の細胞標的化分子。
分子部分が、細胞毒性である、請求項５に記載の細胞標的化分子。
分子部分が、志賀毒素エフェクターポリペプチドが連結されているアミノ酸を含む、請求項５〜７のいずれかに記載の細胞標的化分子。
分子部分及び志賀毒素エフェクターポリペプチドが融合されて、連続的なポリペプチドを形成している、請求項８に記載の細胞標的化分子。
分子部分が、結合領域を含み、かつ、細胞標的化分子が、志賀毒素エフェクターポリペプチド、前記結合領域を含む前記分子部分、及びＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴを含む一本鎖ポリペプチドからなる、請求項９に記載の細胞標的化分子。
結合領域が、
単一ドメイン抗体断片、一本鎖可変断片、抗体可変断片、相補性決定領域３断片、拘束ＦＲ３−ＣＤＲ３−ＦＲ４ポリペプチド、Ｆｄ断片、抗原結合断片、アルマジロ反復ポリペプチド、フィブロネクチン由来第１０フィブロネクチンIII型ドメイン、テネイシンIII型ドメイン、アンキリン反復モチーフドメイン、低密度リポタンパク質受容体由来Ａドメイン、リポカリン、クニッツドメイン、プロテインＡ由来Ｚドメイン、ガンマ−Ｂ結晶由来ドメイン、ユビキチン由来ドメイン、Ｓａｃ７ｄ由来ポリペプチド、Ｆｙｎ由来ＳＨ２ドメイン、ミニタンパク質、Ｃ型レクチン様ドメイン足場、及び細胞外標的生体分子への結合を保持する前述のもののいずれかの遺伝子操作された対応物
から選択されるポリペプチドを含む、請求項１〜１０のいずれかに記載の細胞標的化分子。
結合領域が、自律的なＶ _Ｈドメイン；ラクダ科動物Ｖ _ＨＨ断片若しくはＶ _Ｈドメイン断片由来の重鎖抗体ドメイン；軟骨魚類由来の重鎖抗体ドメイン；免疫グロブリン新規抗原受容体（ＩｇＮＡＲ）、Ｖ _ＮＡＲ断片；二重特異性抗体、三重特異性抗体、若しくは四重特異性抗体等の多量体ｓｃＦｖ断片；二価ミニボディ；二重特異性タンデムｓｃＦｖ；二重特異性タンデムＶ _ＨＨ；又は二重特異性ミニボディを含む、請求項１〜１０のいずれかに記載の細胞標的化分子。
志賀毒素エフェクターポリペプチドが、
（ｉ）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸７５〜２５１、
（ii）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸１〜２４１、
（iii）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸１〜２５１、及び
（iv）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸１〜２６１
から選択されるポリペプチド配列に少なくとも７５％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、又はそれ以上同一である配列を含むか又はそれからなる、請求項１〜１２のいずれかに記載の細胞標的化分子。
志賀毒素エフェクターポリペプチドが、
（ｉ）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸７５〜２５１、
（ii）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸１〜２４１、
（iii）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸１〜２５１、及び
（iv）配列番号１〜１８のうちのいずれかのアミノ酸１〜２６１
から選択されるポリペプチド配列を含むか又はそれからなる、請求項１３に記載の細胞標的化分子。
破壊されたフューリン切断モチーフが、野生型志賀毒素Ａサブユニットと比較して１つ又は２つ以上の変異を含み、前記変異が、
配列番号１〜２及び７〜１８のうちのいずれかの２４８〜２５１、又は
配列番号３〜６のうちのいずれかの２４７〜２５０
に天然に位置する領域におけるアミノ酸残基を変更する、請求項１〜１４のいずれかに記載の細胞標的化分子。
破壊されたフューリン切断モチーフが、野生型志賀毒素Ａサブユニットと比較して、アミノ酸残基の置換を含む、請求項１５に記載の細胞標的化分子。
置換が、アラニン、グリシン、プロリン、セリン、スレオニン、アスパラギン酸、アスパラギン、グルタミン酸、グルタミン、システイン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、バリン、フェニルアラニン、トリプトファン、及びチロシンから選択される正電荷を有さないアミノ酸残基によるアルギニン残基の置換である、請求項１６に記載の細胞標的化分子。
結合領域が、以下の細胞外標的生体分子：
ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ４０、ＣＤ７４、ＣＤ７９、ＣＤ２５、ＣＤ３０、ＨＥＲ２／ｎｅｕ／ＥｒｂＢ２、ＥＧＦＲ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＢ２、前立腺特異的膜抗原、Ｃｒｉｐｔｏ、ＣＤＣＰ１、エンドグリン／ＣＤ１０５、線維芽細胞活性化タンパク質、ルイス−Ｙ、ＣＤ１９、ＣＤ２１、ＣＳ１／ＳＬＡＭＦ７、ＣＤ３３、ＣＤ５２、ＣＤ１３３、ｇｐＡ３３、ムチン、ＴＡＧ−７２、チロシン−プロテインキナーゼ膜貫通型受容体、炭酸脱水酵素IX、葉酸結合タンパク質、ガングリオシドＧＤ２、ガングリオシドＧＤ３、ガングリオシドＧＭ２、ガングリオシドルイス−Ｙ２、ＶＥＧＦＲ、アルファＶベータ３、アルファ５ベータ１、ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、Ｅｒｂ３、ｃ−ＭＥＴ、ＩＧＦ１Ｒ、ＥｐｈＡ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＲＡＮＫ、テネイシン、ＣＤ６４、メソテリン、ＢＲＣＡ１、ＭＡＲＴ−１／メランＡ、ｇｐ１００、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−１／２、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＤＫ−４、ベータ−カテニン、ＭＵＭ−１、カスパーゼ−８、ＫＩＡＡ０２０５、ＨＰＶＥ６、ＳＡＲＴ−１、ＰＲＡＭＥ、癌胎児性抗原、前立腺特異的抗原、前立腺幹細胞抗原、ヒトアスパルチル（アスパラギニル）ベータ−ヒドロキシラーゼ、ＥｐｈＡ２、ＨＥＲ３／ＥｒｂＢ−３、ＭＵＣ１、チロシナーゼ関連抗原、ＨＰＶ−Ｅ７、エプスタイン−バーウイルス抗原、Ｂｃｒ−Ａｂｌ、アルファ−フェトプロテイン抗原、１７−Ａ１、膀胱腫瘍抗原、ＳＡＩＬ、ＣＤ３８、ＣＤ１５、ＣＤ２３、ＣＤ４５、ＣＤ５３、ＣＤ８８、ＣＤ１２９、ＣＤ１８３、ＣＤ１９１、ＣＤ１９３、ＣＤ２４４、ＣＤ２９４、ＣＤ３０５、Ｃ３ＡＲ、ＦｃｅＲＩａ、ＩＬ−１Ｒ、ガレクチン−９、ｍｒｐ−１４、ＮＫＧ２Ｄ、ＰＤ−Ｌ１、シグレック−８、シグレック−１０、ＣＤ４９ｄ、ＣＤ１３、ＣＤ４４、ＣＤ５４、ＣＤ６３、ＣＤ６９、ＣＤ１２３、ＴＬＲ４、ＩｇＥ、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ２０３ｃ、ＣＤ１４、ＣＤ６８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１１５、Ｆ４／８０、ＩＬＴ−３、ガレクチン−３、ＣＤ１１ａ−ｃ、ＧＩＴＲＬ、ＭＨＣクラスＩ分子、ＭＨＣクラスII分子、ＣＤ２８４、ＣＤ１０７／Ｍａｃ３、ＣＤ１９５、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１６／３２、ＣＤ２８２、ＣＤ１１ｃ、又は前述のもののいずれかの免疫原性断片
に結合することができる、請求項１〜１７のいずれかに記載の細胞標的化分子。
結合領域が、ＰＤ−Ｌ１の細胞外部分に結合することができる、請求項１８に記載の細胞標的化分子。
志賀毒素エフェクターポリペプチドが、１つ又は２つ以上の志賀毒素エフェクター機能を示すことができる、請求項１〜１９のいずれかに記載の細胞標的化分子。
半数阻害濃度（ＩＣ５０）値が１０，０００ピコモル以下のリボソーム阻害活性を示すことができる、請求項２０に記載の細胞標的化分子。
メンバーが結合領域により結合されたいずれの細胞外標的生体分子とも物理的に結合していない第２の細胞集団と比べ、メンバーが結合領域により結合された細胞外標的生体分子と物理的に結合している第１の細胞集団の方が、少なくとも３倍大きい細胞毒性を示す、請求項１〜２１のいずれかに記載の細胞標的化分子。
第１の細胞集団が、細胞外標的生体分子又はその一部分を細胞の外側に結合させる共有結合及び／又は非共有結合による分子間相互作用で、前記細胞外標的生体分子と物理的に結合しているか、あるいは、
細胞外標的生体分子が、第１の細胞集団によって発現される内在性膜タンパク質又は表在性膜タンパク質である、請求項２２に記載の細胞標的化分子。
志賀毒素エフェクターポリペプチドが、野生型志賀毒素Ａサブユニットと比較して変異を含み、前記変異が、アミノ酸残基の欠失、挿入、又は置換であり、かつ、前記野生型志賀毒素Ａサブユニットによって示される細胞毒性を低減又は除去する、請求項１〜２０のいずれかに記載の細胞標的化分子。
志賀毒素Ａ１断片領域に組み込まれていない又は挿入されていない、２つ、３つ、４つ、又は５つ以上の異種ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴを含む、請求項１〜２４のいずれかに記載の細胞標的化分子。
２つ、３つ、４つ、又は５つ以上の異種ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴが、志賀毒素Ａ１断片領域のカルボキシ末端に対してカルボキシ末端側に位置する、請求項２５に記載の細胞標的化分子。
配列番号２４６、２４７、２４８、２４９、２５０、及び／又は２５１に示されるリンカーペプチドを含む、請求項１〜２６のいずれかに記載の細胞標的化分子。
結合領域が、配列番号３９〜２４５のいずれかから選択されるポリペプチド配列を含む、請求項１〜２７のいずれかに記載の細胞標的化分子。
配列番号２９、３０、３１、３３、３５、若しくは３６を含む、又はそれからなる志賀毒素エフェクターポリペプチドを含む、請求項１〜２８のいずれかに記載の細胞標的化分子。
配列番号２５２、２５４、２９６〜３１４、３２７〜３２８、３３２〜３３６、３６６〜３８０、３８９〜４０７、４２０〜４２１、４２５〜４２９、４５９〜４７３、４８２〜５００、５１４、５１８〜５２２、５５０〜５６４、５７３〜５９１、６０４〜６０５、６０９〜６１３、６４２〜６５６、６６５〜６６６、６６８〜６８３、６９６〜６９７、７０１〜７０５、及び７３４〜７４８のうちのいずれかのポリペプチド、又はアミノ末端メチオニン残基をさらに含む配列番号２９６〜３１４、３８９〜４０７、４８２〜５００、５７３〜５９１、６５６、６６５〜６６６、及び６６８〜６８３のうちのいずれかのポリペプチドを含むか又はそれからなる、請求項１〜２９のいずれかに記載の細胞標的化分子。
少なくとも２つの結合領域を含み、それらのそれぞれが、少なくとも１つの細胞外標的生体分子に特異的に結合することができ、結合領域のそれぞれが、志賀毒素エフェクターポリペプチドに対して異種である、請求項１〜３０のいずれかに記載の細胞標的化分子。
少なくとも２つの成分を含み、それぞれの成分が、結合領域及び志賀毒素エフェクターポリペプチドを含む、請求項３１に記載の細胞標的化分子。
（ｉ）１つ又は２つ以上の非共有結合による相互作用を通じて会合した、２つ又は３つ以上のタンパク質成分；
（ii）それぞれのタンパク質が、配列番号２５２、２５４、２９６〜３１４、３２７〜３２８、３３２〜３３６、３６６〜３８０、３８９〜４０７、４２０〜４２１、４２５〜４２９、４５９〜４７３、４８２〜５００、５１４、５１８〜５２２、５５０〜５６４、５７３〜５９１、６０４〜６０５、６０９〜６１３、６４２〜６５６、６６５〜６６６、６６８〜６８３、６９６〜６９７、７０１〜７０５、及び７３４〜７４８に示されるタンパク質のうちのいずれか、あるいは、アミノ末端メチオニン残基をさらに含む配列番号２９６〜３１４、３８９〜４０７、４８２〜５００、５７３〜５９１、６５６、６６５〜６６６、及び６６８〜６８３に示されるタンパク質のうちのいずれかから選択される、２つのタンパク質；又は
１つ又は２つ以上の共有結合による相互作用を通じて会合した、２つ又は３つ以上のタンパク質成分；
を含むか又はそれからなる、請求項３０に記載の細胞標的化分子。
ホモ多量体又はヘテロ多量体の形態である、請求項１〜３３のいずれかに記載の細胞標的化分子。
薬学的に許容される塩又は溶媒和物の形態である、請求項１〜３４のいずれかに記載の細胞標的化分子。
請求項１〜３５のいずれかに記載の細胞標的化分子と、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤又は担体とを含む医薬組成物。
請求項１〜３４のいずれかに記載の細胞標的化分子をコードすることができる、ポリヌクレオチド。
請求項３７に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
請求項３７に記載のポリヌクレオチド及び／又は請求項３８に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
細胞を殺滅するインビトロでの方法であって、前記細胞を、請求項１〜３５のいずれかに記載の細胞標的化分子、又は請求項３６に記載の医薬組成物とインビトロで接触させるステップを含む、前記方法。
ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを、細胞の細胞内ＭＨＣクラスＩ分子に送達するインビトロでの方法であって、前記細胞を、請求項１〜３５のいずれかに記載の細胞標的化分子及び／又は請求項３６に記載の医薬組成物とインビトロで接触させるステップを含み、前記細胞標的化分子の志賀毒素エフェクターポリペプチドが、前記志賀毒素エフェクターポリペプチドが存在する細胞の初期エンドソーム区画から前記細胞のＭＨＣクラスＩ分子にＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴを送達することができ、前記細胞標的化分子を、結合領域により結合された細胞外標的生体分子と物理的に結合している細胞に投与することにより、前記細胞標的化分子が、前記細胞に内在化され、その結果、前記細胞の細胞表面上でのＭＨＣクラスＩ分子と複合体化した前記ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴの提示がもたらされる、前記方法。
細胞が、腫瘍細胞又はがん細胞である、請求項４１に記載の方法。
請求項１〜３５のいずれかに記載の細胞標的化分子、又は請求項３６に記載の医薬組成物を含む、患者における疾患、障害、又は状態の治療剤。
疾患、障害、又は状態が、がん、腫瘍、増殖異常、免疫障害、及び微生物感染から選択される、請求項４３に記載の治療剤。
がんが、骨がん、乳がん、中枢／末梢神経系がん、消化器がん、生殖細胞がん、腺がん、頭頸部がん、血液がん、腎臓から尿道のがん、肝臓がん、肺／胸膜がん、前立腺がん、肉腫、皮膚がん、及び子宮がんから選択される、請求項４４に記載の治療剤。
免疫障害が、アミロイド症、強直性脊椎炎、喘息、自閉症、クローン病、糖尿病、エリテマトーデス、胃炎、移植片拒絶反応、移植片対宿主病、グレーブス病、橋本甲状腺炎、溶血尿毒症症候群、ＨＩＶ関連の疾患、紅斑性狼瘡、リンパ増殖性障害、多発性硬化症、重症筋無力症、神経炎症、結節性多発性動脈炎、多発関節炎、乾癬、乾癬性関節炎、関節リウマチ、強皮症、敗血症性ショック、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス、潰瘍性大腸炎、及び脈管炎から選択される疾患と関連する、請求項４４に記載の治療剤。
細胞標的化分子又は医薬組成物が、脊索動物内の組織の場所を「シーディング」することにより投与するためのものである、請求項４３〜４６のいずれかに記載の治療剤であって、前記組織の場所が、前記細胞標的化分子により標的化される細胞を含む、前記治療剤。
細胞標的化分子のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープカーゴが、
（ｉ）細胞標的化分子により標的化される組織の場所の細胞によって、ＭＨＣクラスＩ複合体において天然に提示されない、（ii）細胞標的化分子によって標的化される組織の場所の細胞によって発現されるいずれのタンパク質中にも天然に存在しない、（iii）細胞標的化分子によって標的化される組織の場所の細胞のプロテオーム中に天然に存在しない、（iv）シーディングされている組織の場所の細胞外微小環境中に天然に存在しない、又は（ｖ）細胞標的化分子によって標的化されている腫瘤又は感染した組織部位に天然に存在しない、アミノ酸配列を含むペプチド
である、請求項４７に記載の治療剤。
組織の場所が、悪性の組織、罹患した組織、炎症を起こした組織、腫瘤、がん性の増殖、腫瘍、感染した組織、又は異常な細胞塊を含む、請求項４７又は４８に記載の治療剤。
がん、腫瘍、免疫障害、又は微生物感染を治療又は予防するための医薬品の製造における、請求項１〜３５のいずれかに記載の細胞標的化分子、請求項３６に記載の医薬組成物、請求項３７に記載のポリヌクレオチド、請求項３８に記載の発現ベクター、又は請求項３９に記載の宿主細胞の使用。
（ｉ）請求項１〜３５のいずれかに記載の細胞標的化分子、
（ii）請求項３６に記載の医薬組成物、
（iii）請求項３７に記載のポリヌクレオチド、
（iv）請求項３８に記載の発現ベクター、及び／又は
（ｖ）請求項３９に記載の宿主細胞、
並びに追加の試薬及び／又は医薬送達デバイス
を含む、キット。