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Description
本発明のこれらのおよび他の特徴は、添付の図面と併せて以下の詳細な説明を参照することによって、より詳細に理解されるであろう。特許または出願書類は、カラーで作成された少なくとも1つの図面を含有する。カラー図面を伴う本特許または特許出願公報のコピーは、申請して必要な料金を支払えば、特許庁によって提供されるであろう。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変;
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変;ならびに
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
を含み、
各細胞が、場合により、
(e)(i)損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体、もしくは該少なくとも1つのキメラ抗原受容体をコードする外因性核酸、ならびに/または
(e)(ii)隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質、もしくは該タンパク質をコードする外因性核酸を含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目2)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるように編集されており、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの5’末端の上流のゲノムDNAの3’末端が、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合されて、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変CTLA4遺伝子が生じ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除する第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるように編集されており、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの上流のゲノムDNAの3’末端が、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合されて、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変PD1遺伝子が生じ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除する第2のゲノム改変
を含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目3)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されており、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第1のペアとを接触させることによって欠失されている第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されており、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチが、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第2のペアとを接触させることによって欠失されている第2のゲノム改変
を含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目4)
リボ核酸の第1のペアが配列番号128および配列番号72を含み、リボ核酸の第2のペアが配列番号462および配列番号421を含む、項目3に記載の細胞。
(項目5)
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変
をさらに含む、項目2〜4のいずれか一項に記載の細胞。
(項目6)
前記ゲノムDNAの第3の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号532〜609および9102〜9545からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第3のペアとを接触させることによって欠失されており、ならびに/または
前記ゲノムDNAの第4の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第4のペアとを接触させることによって欠失されている、項目5に記載の細胞。
(項目7)
前記リボ核酸の第3のペアが配列番号550および配列番号573を含み、ならびに/または前記リボ核酸の第4のペアが配列番号657および配列番号662を含む、項目6に記載の細胞。
(項目8)
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
をさらに含む、項目2〜7のいずれか一項に記載の細胞。
(項目9)
前記ゲノムDNAの第5の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号766〜780および10574〜13257を含む群より選択される配列を有するリボ核酸の第5のペアとを接触させることによって欠失されている、項目8に記載の細胞。
(項目10)
前記リボ核酸の第5のペアが配列番号773および配列番号778を含む、項目9に記載の細胞。
(項目11)
キメラ抗原受容体または該キメラ抗原受容体をコードする外因性核酸をさらに含む、項目2〜10のいずれか一項に記載の細胞。
(項目12)
前記キメラ抗原受容体が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、項目11に記載の細胞。
(項目13)
隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質または該タンパク質をコードする外因性核酸をさらに含む、項目2〜12のいずれか一項に記載の細胞。
(項目14)
前記T細胞が細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目1〜13のいずれか一項に記載の細胞。
(項目15)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目1〜14のいずれか一項に記載の細胞。
(項目16)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞における2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;
(b)前記細胞における2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;
(c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに
(d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含み、場合により、
(e)(i)前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすること、ならびに/または
(e)(ii)前記細胞が、隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすること
を含み、
(a)〜(d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに
(a)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第1のペア、
(b)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第2のペア、
(c)(i)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第3のペア、および/または
(c)(ii)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第4のペア、ならびに
(d)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第5のペアとを接触させることを含む、方法。
(項目17)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞における2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるように編集し、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの5’末端の上流のゲノムDNAの3’末端を、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合して、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変CTLA4遺伝子を生じさせ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞における2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるように編集し、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの上流のゲノムDNAの3’末端を、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合して、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変PD1遺伝子を生じさせ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除すること
を含む、方法。
(項目18)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第1のペアとを接触させ、それにより、2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第2のペアとを接触させ、それにより、2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含む、方法。
(項目19)
前記リボ核酸の第1のペアが配列番号128および配列番号72を含み、前記リボ核酸の第2のペアが配列番号462および配列番号421を含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
(c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
をさらに含む、項目17〜19のいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
(c)(i)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号532〜609および9102〜9750からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第3のペアとを接触させることを含み、ならびに/または
(c)(ii)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第4のペアとを接触させることを含む、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記リボ核酸の第3のペアが配列番号550および配列番号573を含み、ならびに/または前記リボ核酸の第4のペアが配列番号657および配列番号662を含む、項目21に記載の方法。
(項目23)
(d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集することをさらに含む、項目17〜22のいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
(d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号766〜780および10574〜13257からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第5のペアとを接触させることを含む、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記リボ核酸の第5のペアが配列番号773および配列番号778を含む、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすることをさらに含む、項目17〜25のいずれか一項に記載の方法。
(項目27)
前記細胞が隣接細胞、組織または器官の近傍にある場合に、前記細胞が、前記隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすることをさらに含む、項目17〜26のいずれか一項に記載の方法。
(項目28)
前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目16〜27のいずれか一項に記載の方法。
(項目29)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目16〜28のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
項目1〜15のいずれか一項に記載の細胞、または項目16〜29のいずれか一項に記載の方法にしたがって生産された細胞を含む、組成物。
(項目31)
処置を必要とする患者を処置する方法であって、
(a)(i)項目1〜15のいずれか一項に記載の改変T細胞を、このような細胞を必要とする患者に投与すること;
(a)(ii)項目16〜29のいずれか一項に記載の方法にしたがって生産された改変T細胞を、このような細胞を必要とする患者に投与すること;または
(a)(iii)項目30に記載の組成物を、このような細胞を必要とする患者に投与すること
を含む、方法。
(項目32)
前記処置が養子免疫療法を含む、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記投与する工程の前に、前記改変T細胞をエクスパンドすることをさらに含む、項目30または31に記載の方法。
(項目34)
前記患者が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる、項目30〜33のいずれか一項に記載の方法。
(項目35)
キメラ核酸を含む組成物であって、前記キメラ核酸が、
(a)Casタンパク質をコードする核酸配列;
(b)
(i)配列番号1〜195および797〜3637;
(ii)配列番号196〜531および4047〜8945;
(iii)配列番号532〜609および9102〜9750;
(iv)配列番号610〜765および9798〜10532;
(v)配列番号766〜780および10574〜13257;ならびに
(vi)(i)〜(v)の組み合わせ
からなる群より選択される少なくとも1つのリボ核酸配列
を含む、組成物。
(項目36)
(b)におけるリボ核酸配列のペアが、
(i)配列番号128および配列番号72;
(ii)配列番号462および配列番号421;
(iii)配列番号550および配列番号573;
(iv)配列番号657および配列番号662;
(v)配列番号773および配列番号778;ならびに
(vi)(i)〜(v)の組み合わせ
からなる群より選択される、項目35に記載の組成物。
(項目37)
検出可能なマーカーをコードする核酸配列をさらに含む、項目34または35に記載の組成物。
(項目38)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質またはその機能的部分を含む、項目34〜37のいずれか一項に記載の組成物。
(項目39)
ヒト細胞における発現増加に最適化されたプロモーターであって、前記キメラ核酸に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含み、前記プロモーターが、サイトメガロウイルス(CMV)初期エンハンサー要素およびニワトリβ−アクチンプロモーター、ニワトリβ−アクチンプロモーター、伸長因子−1αプロモーターならびにユビキチンプロモーターからなる群より選択される、項目34〜38のいずれか一項に記載の組成物。
(項目40)
前記キメラ核酸が、プソイドウリジン、5−メチルシトシン(methylcytodine)、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目34〜39のいずれか一項に記載の組成物。
(項目41)
前記Casタンパク質をコードする核酸が、Cas9タンパク質をコードするメッセンジャーRNA(mRNA)を含む、項目34〜40のいずれか一項に記載の組成物。
(項目42)
前記mRNAが、プソイドウリジン、5−メチルシトシン、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目41に記載の組成物。
(項目43)
細胞における標的CTLA4ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、
前記CTLA4ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される、方法。
(項目44)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記2つのリボ核酸が配列番号128および配列番号72を含む、項目43または44に記載の方法。
(項目46)
細胞における標的PD1ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記PD1ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的PD1ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的PD1ポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される、方法。
(項目47)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記2つのリボ核酸が配列番号462および配列番号421を含む、項目45または46に記載の方法。
(項目49)
細胞における標的TCRAポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRAポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRAポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRAポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号532〜609および9102〜9750からなる群より選択される、方法。
(項目50)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号532〜609および9102〜9750からなる群より選択される、項目49に記載の方法。
(項目51)
前記2つのリボ核酸が配列番号550および配列番号573を含む、項目49または50に記載の方法。
(項目52)
細胞における標的TCRBポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRBポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRBポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRBポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される、方法。
(項目53)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記2つのリボ核酸が配列番号657および配列番号662を含む、項目52または53に記載の方法。
(項目55)
改変初代ヒトT細胞であって、各細胞が、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、
前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号3638〜4046からなる群より選択される配列を有するリボ核酸とを接触させることによって、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号8946〜9101からなる群より選択される配列を有する第2のリボ核酸とを接触させることによって、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変
を含む改変ゲノムを含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目56)
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が編集されており、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除する第4のゲノム改変
をさらに含む、項目55に記載の細胞。
(項目57)
ゲノムDNAの第3の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号9751〜9797からなる群より選択される配列を有する第3のリボ核酸とを接触させることによって編集されており、ならびに/または
ゲノムDNAの第4の連続ストレッチが、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号10533〜10573からなる群より選択される配列を有する第4のリボ核酸とを接触させることによって編集されている、項目56に記載の細胞。
(項目58)
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が編集されており、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除する第5のゲノム改変をさらに含む、項目55〜57のいずれか一項に記載の細胞。
(項目59)
ゲノムDNAの第5の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号13258〜13719からなる群より選択される配列を有する第5のリボ核酸とを接触させることによって編集されている、項目58に記載の細胞。
(項目60)
キメラ抗原受容体または前記キメラ抗原受容体をコードする外因性核酸をさらに含む、項目55〜59のいずれか一項に記載の細胞。
(項目61)
前記キメラ抗原受容体が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、項目60に記載の細胞。
(項目62)
隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質または前記タンパク質をコードする外因性核酸をさらに含む、項目55〜61のいずれか一項に記載の細胞。
(項目63)
前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目55〜62のいずれか一項に記載の細胞。
(項目64)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目55〜63のいずれか一項に記載の細胞。
(項目65)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号3638〜4046からなる群より選択される配列を有する第1のリボ核酸とを接触させ、それにより、2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号8946〜9101からなる群より選択される配列を有する第2のリボ核酸とを接触させ、それにより、2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含む、方法。
(項目66)
(c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を編集し、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除すること
をさらに含む、項目65に記載の方法。
(項目67)
(c)(i)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号9751〜9797からなる群より選択される配列を有する第3のリボ核酸とを接触させることを含み、ならびに/または
(c)(ii)における編集が、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号10533〜10573からなる群より選択される配列を有する第4のリボ核酸とを接触させることを含む、項目66に記載の方法。
(項目68)
(d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を編集し、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除することをさらに含む、項目65〜67のいずれか一項に記載の方法。
(項目69)
(d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号13258〜13719からなる群より選択される配列を有する第5のリボ核酸とを接触させることを含む、項目68に記載の方法。
(項目70)
前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすることをさらに含む、項目65〜69のいずれか一項に記載の方法。
(項目71)
前記細胞が隣接細胞、組織または器官の近傍にある場合に、前記細胞が、前記隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすることをさらに含む、項目65〜70のいずれか一項に記載の方法。
(項目72)
前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目65〜71のいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目65〜72のいずれか一項に記載の方法。
(項目74)
項目55〜64のいずれか一項に記載の細胞、または項目65〜73のいずれか一項に記載の方法にしたがって生産された細胞を含む、組成物。
(項目75)
キメラ核酸を含む組成物であって、前記キメラ核酸が、
(a)Casタンパク質をコードする核酸配列;
(b)
(i)配列番号3638〜4046;
(ii)配列番号8946〜9101;
(iii)配列番号9751〜9797;
(iv)配列番号10533〜10573;
(v)配列番号13258〜13719;および
(vi)(i)〜(v)の組み合わせ
からなる群より選択されるリボ核酸配列
を含む、組成物。
(項目76)
検出可能なマーカーをコードする核酸配列をさらに含む、項目75に記載の組成物。
(項目77)
前記Casタンパク質が、Cpf1タンパク質またはその機能的部分を含む、項目75〜76のいずれか一項に記載の組成物。
(項目78)
ヒト細胞における発現増加に最適化されたプロモーターであって、前記キメラ核酸に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含み、前記プロモーターが、サイトメガロウイルス(CMV)初期エンハンサー要素およびニワトリβ−アクチンプロモーター、ニワトリβ−アクチンプロモーター、伸長因子−1αプロモーターならびにユビキチンプロモーターからなる群より選択される、項目75〜77のいずれか一項に記載の組成物。
(項目79)
前記キメラ核酸が、プソイドウリジン、5−メチルシトシン、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目75〜78のいずれか一項に記載の組成物。
(項目80)
前記Casタンパク質をコードする核酸が、Cpf1タンパク質をコードするメッセンジャーRNA(mRNA)を含む、項目75〜79のいずれか一項に記載の組成物。
(項目81)
前記mRNAが、プソイドウリジン、5−メチルシトシン、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目80に記載の組成物。
(項目82)
細胞における標的CTLA4ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記CTLA4ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号3638〜4046からなる群より選択される、方法。
(項目83)
細胞における標的PD1ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記PD1ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的PD1ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的PD1ポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号8946〜9101からなる群より選択される、方法。
(項目84)
細胞における標的TCRAポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRAポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRAポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRAポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号9751〜9797からなる群より選択される、方法。
(項目85)
細胞における標的TCRBポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRBポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRBポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRBポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号10533〜10573からなる群より選択される、方法。
(項目86)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変;
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変;ならびに
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
を含み、
各細胞が、場合により、
(e)(i)損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体、もしくは前記少なくとも1つのキメラ抗原受容体をコードする外因性核酸、ならびに/または
(e)(ii)隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質、もしくは前記タンパク質をコードする外因性核酸
を含む、改変初代ヒトT細胞。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変;
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変;ならびに
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
を含み、
各細胞が、場合により、
(e)(i)損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体、もしくは該少なくとも1つのキメラ抗原受容体をコードする外因性核酸、ならびに/または
(e)(ii)隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質、もしくは該タンパク質をコードする外因性核酸を含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目2)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるように編集されており、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの5’末端の上流のゲノムDNAの3’末端が、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合されて、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変CTLA4遺伝子が生じ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除する第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるように編集されており、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの上流のゲノムDNAの3’末端が、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合されて、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変PD1遺伝子が生じ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除する第2のゲノム改変
を含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目3)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されており、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第1のペアとを接触させることによって欠失されている第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されており、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチが、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第2のペアとを接触させることによって欠失されている第2のゲノム改変
を含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目4)
リボ核酸の第1のペアが配列番号128および配列番号72を含み、リボ核酸の第2のペアが配列番号462および配列番号421を含む、項目3に記載の細胞。
(項目5)
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変
をさらに含む、項目2〜4のいずれか一項に記載の細胞。
(項目6)
前記ゲノムDNAの第3の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号532〜609および9102〜9545からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第3のペアとを接触させることによって欠失されており、ならびに/または
前記ゲノムDNAの第4の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第4のペアとを接触させることによって欠失されている、項目5に記載の細胞。
(項目7)
前記リボ核酸の第3のペアが配列番号550および配列番号573を含み、ならびに/または前記リボ核酸の第4のペアが配列番号657および配列番号662を含む、項目6に記載の細胞。
(項目8)
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
をさらに含む、項目2〜7のいずれか一項に記載の細胞。
(項目9)
前記ゲノムDNAの第5の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号766〜780および10574〜13257を含む群より選択される配列を有するリボ核酸の第5のペアとを接触させることによって欠失されている、項目8に記載の細胞。
(項目10)
前記リボ核酸の第5のペアが配列番号773および配列番号778を含む、項目9に記載の細胞。
(項目11)
キメラ抗原受容体または該キメラ抗原受容体をコードする外因性核酸をさらに含む、項目2〜10のいずれか一項に記載の細胞。
(項目12)
前記キメラ抗原受容体が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、項目11に記載の細胞。
(項目13)
隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質または該タンパク質をコードする外因性核酸をさらに含む、項目2〜12のいずれか一項に記載の細胞。
(項目14)
前記T細胞が細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目1〜13のいずれか一項に記載の細胞。
(項目15)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目1〜14のいずれか一項に記載の細胞。
(項目16)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞における2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;
(b)前記細胞における2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;
(c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに
(d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含み、場合により、
(e)(i)前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすること、ならびに/または
(e)(ii)前記細胞が、隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすること
を含み、
(a)〜(d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに
(a)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第1のペア、
(b)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第2のペア、
(c)(i)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第3のペア、および/または
(c)(ii)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第4のペア、ならびに
(d)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第5のペアとを接触させることを含む、方法。
(項目17)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞における2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるように編集し、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの5’末端の上流のゲノムDNAの3’末端を、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合して、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変CTLA4遺伝子を生じさせ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞における2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるように編集し、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの上流のゲノムDNAの3’末端を、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合して、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変PD1遺伝子を生じさせ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除すること
を含む、方法。
(項目18)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第1のペアとを接触させ、それにより、2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第2のペアとを接触させ、それにより、2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含む、方法。
(項目19)
前記リボ核酸の第1のペアが配列番号128および配列番号72を含み、前記リボ核酸の第2のペアが配列番号462および配列番号421を含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
(c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
をさらに含む、項目17〜19のいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
(c)(i)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号532〜609および9102〜9750からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第3のペアとを接触させることを含み、ならびに/または
(c)(ii)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第4のペアとを接触させることを含む、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記リボ核酸の第3のペアが配列番号550および配列番号573を含み、ならびに/または前記リボ核酸の第4のペアが配列番号657および配列番号662を含む、項目21に記載の方法。
(項目23)
(d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集することをさらに含む、項目17〜22のいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
(d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号766〜780および10574〜13257からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第5のペアとを接触させることを含む、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記リボ核酸の第5のペアが配列番号773および配列番号778を含む、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすることをさらに含む、項目17〜25のいずれか一項に記載の方法。
(項目27)
前記細胞が隣接細胞、組織または器官の近傍にある場合に、前記細胞が、前記隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすることをさらに含む、項目17〜26のいずれか一項に記載の方法。
(項目28)
前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目16〜27のいずれか一項に記載の方法。
(項目29)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目16〜28のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
項目1〜15のいずれか一項に記載の細胞、または項目16〜29のいずれか一項に記載の方法にしたがって生産された細胞を含む、組成物。
(項目31)
処置を必要とする患者を処置する方法であって、
(a)(i)項目1〜15のいずれか一項に記載の改変T細胞を、このような細胞を必要とする患者に投与すること;
(a)(ii)項目16〜29のいずれか一項に記載の方法にしたがって生産された改変T細胞を、このような細胞を必要とする患者に投与すること;または
(a)(iii)項目30に記載の組成物を、このような細胞を必要とする患者に投与すること
を含む、方法。
(項目32)
前記処置が養子免疫療法を含む、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記投与する工程の前に、前記改変T細胞をエクスパンドすることをさらに含む、項目30または31に記載の方法。
(項目34)
前記患者が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる、項目30〜33のいずれか一項に記載の方法。
(項目35)
キメラ核酸を含む組成物であって、前記キメラ核酸が、
(a)Casタンパク質をコードする核酸配列;
(b)
(i)配列番号1〜195および797〜3637;
(ii)配列番号196〜531および4047〜8945;
(iii)配列番号532〜609および9102〜9750;
(iv)配列番号610〜765および9798〜10532;
(v)配列番号766〜780および10574〜13257;ならびに
(vi)(i)〜(v)の組み合わせ
からなる群より選択される少なくとも1つのリボ核酸配列
を含む、組成物。
(項目36)
(b)におけるリボ核酸配列のペアが、
(i)配列番号128および配列番号72;
(ii)配列番号462および配列番号421;
(iii)配列番号550および配列番号573;
(iv)配列番号657および配列番号662;
(v)配列番号773および配列番号778;ならびに
(vi)(i)〜(v)の組み合わせ
からなる群より選択される、項目35に記載の組成物。
(項目37)
検出可能なマーカーをコードする核酸配列をさらに含む、項目34または35に記載の組成物。
(項目38)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質またはその機能的部分を含む、項目34〜37のいずれか一項に記載の組成物。
(項目39)
ヒト細胞における発現増加に最適化されたプロモーターであって、前記キメラ核酸に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含み、前記プロモーターが、サイトメガロウイルス(CMV)初期エンハンサー要素およびニワトリβ−アクチンプロモーター、ニワトリβ−アクチンプロモーター、伸長因子−1αプロモーターならびにユビキチンプロモーターからなる群より選択される、項目34〜38のいずれか一項に記載の組成物。
(項目40)
前記キメラ核酸が、プソイドウリジン、5−メチルシトシン(methylcytodine)、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目34〜39のいずれか一項に記載の組成物。
(項目41)
前記Casタンパク質をコードする核酸が、Cas9タンパク質をコードするメッセンジャーRNA(mRNA)を含む、項目34〜40のいずれか一項に記載の組成物。
(項目42)
前記mRNAが、プソイドウリジン、5−メチルシトシン、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目41に記載の組成物。
(項目43)
細胞における標的CTLA4ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、
前記CTLA4ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される、方法。
(項目44)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記2つのリボ核酸が配列番号128および配列番号72を含む、項目43または44に記載の方法。
(項目46)
細胞における標的PD1ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記PD1ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的PD1ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的PD1ポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される、方法。
(項目47)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記2つのリボ核酸が配列番号462および配列番号421を含む、項目45または46に記載の方法。
(項目49)
細胞における標的TCRAポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRAポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRAポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRAポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号532〜609および9102〜9750からなる群より選択される、方法。
(項目50)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号532〜609および9102〜9750からなる群より選択される、項目49に記載の方法。
(項目51)
前記2つのリボ核酸が配列番号550および配列番号573を含む、項目49または50に記載の方法。
(項目52)
細胞における標的TCRBポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRBポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質および1〜2つのリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRBポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRBポリヌクレオチド配列が切断され、前記1〜2つのリボ核酸の少なくとも1つが配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される、方法。
(項目53)
前記1〜2つのリボ核酸がそれぞれ、配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記2つのリボ核酸が配列番号657および配列番号662を含む、項目52または53に記載の方法。
(項目55)
改変初代ヒトT細胞であって、各細胞が、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、
前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号3638〜4046からなる群より選択される配列を有するリボ核酸とを接触させることによって、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号8946〜9101からなる群より選択される配列を有する第2のリボ核酸とを接触させることによって、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変
を含む改変ゲノムを含む、改変初代ヒトT細胞。
(項目56)
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が編集されており、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除する第4のゲノム改変
をさらに含む、項目55に記載の細胞。
(項目57)
ゲノムDNAの第3の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号9751〜9797からなる群より選択される配列を有する第3のリボ核酸とを接触させることによって編集されており、ならびに/または
ゲノムDNAの第4の連続ストレッチが、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号10533〜10573からなる群より選択される配列を有する第4のリボ核酸とを接触させることによって編集されている、項目56に記載の細胞。
(項目58)
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が編集されており、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除する第5のゲノム改変をさらに含む、項目55〜57のいずれか一項に記載の細胞。
(項目59)
ゲノムDNAの第5の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号13258〜13719からなる群より選択される配列を有する第5のリボ核酸とを接触させることによって編集されている、項目58に記載の細胞。
(項目60)
キメラ抗原受容体または前記キメラ抗原受容体をコードする外因性核酸をさらに含む、項目55〜59のいずれか一項に記載の細胞。
(項目61)
前記キメラ抗原受容体が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、項目60に記載の細胞。
(項目62)
隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質または前記タンパク質をコードする外因性核酸をさらに含む、項目55〜61のいずれか一項に記載の細胞。
(項目63)
前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目55〜62のいずれか一項に記載の細胞。
(項目64)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目55〜63のいずれか一項に記載の細胞。
(項目65)
改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号3638〜4046からなる群より選択される配列を有する第1のリボ核酸とを接触させ、それにより、2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号8946〜9101からなる群より選択される配列を有する第2のリボ核酸とを接触させ、それにより、2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含む、方法。
(項目66)
(c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を編集し、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除すること
をさらに含む、項目65に記載の方法。
(項目67)
(c)(i)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号9751〜9797からなる群より選択される配列を有する第3のリボ核酸とを接触させることを含み、ならびに/または
(c)(ii)における編集が、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号10533〜10573からなる群より選択される配列を有する第4のリボ核酸とを接触させることを含む、項目66に記載の方法。
(項目68)
(d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を編集し、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除することをさらに含む、項目65〜67のいずれか一項に記載の方法。
(項目69)
(d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号13258〜13719からなる群より選択される配列を有する第5のリボ核酸とを接触させることを含む、項目68に記載の方法。
(項目70)
前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすることをさらに含む、項目65〜69のいずれか一項に記載の方法。
(項目71)
前記細胞が隣接細胞、組織または器官の近傍にある場合に、前記細胞が、前記隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすることをさらに含む、項目65〜70のいずれか一項に記載の方法。
(項目72)
前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目65〜71のいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、項目65〜72のいずれか一項に記載の方法。
(項目74)
項目55〜64のいずれか一項に記載の細胞、または項目65〜73のいずれか一項に記載の方法にしたがって生産された細胞を含む、組成物。
(項目75)
キメラ核酸を含む組成物であって、前記キメラ核酸が、
(a)Casタンパク質をコードする核酸配列;
(b)
(i)配列番号3638〜4046;
(ii)配列番号8946〜9101;
(iii)配列番号9751〜9797;
(iv)配列番号10533〜10573;
(v)配列番号13258〜13719;および
(vi)(i)〜(v)の組み合わせ
からなる群より選択されるリボ核酸配列
を含む、組成物。
(項目76)
検出可能なマーカーをコードする核酸配列をさらに含む、項目75に記載の組成物。
(項目77)
前記Casタンパク質が、Cpf1タンパク質またはその機能的部分を含む、項目75〜76のいずれか一項に記載の組成物。
(項目78)
ヒト細胞における発現増加に最適化されたプロモーターであって、前記キメラ核酸に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含み、前記プロモーターが、サイトメガロウイルス(CMV)初期エンハンサー要素およびニワトリβ−アクチンプロモーター、ニワトリβ−アクチンプロモーター、伸長因子−1αプロモーターならびにユビキチンプロモーターからなる群より選択される、項目75〜77のいずれか一項に記載の組成物。
(項目79)
前記キメラ核酸が、プソイドウリジン、5−メチルシトシン、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目75〜78のいずれか一項に記載の組成物。
(項目80)
前記Casタンパク質をコードする核酸が、Cpf1タンパク質をコードするメッセンジャーRNA(mRNA)を含む、項目75〜79のいずれか一項に記載の組成物。
(項目81)
前記mRNAが、プソイドウリジン、5−メチルシトシン、2−チオ−ウリジン、5−メチルウリジン−5’−三リン酸、4−チオウリジン−5’−三リン酸、5,6−ジヒドロウリジン−5’−三リン酸および5−アザウリジン−5’−三リン酸からなる群より選択される少なくとも1つの改変ヌクレオチドを含む、項目80に記載の組成物。
(項目82)
細胞における標的CTLA4ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記CTLA4ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的CTLA4ポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号3638〜4046からなる群より選択される、方法。
(項目83)
細胞における標的PD1ポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記PD1ポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的PD1ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的PD1ポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号8946〜9101からなる群より選択される、方法。
(項目84)
細胞における標的TCRAポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRAポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRAポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRAポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号9751〜9797からなる群より選択される、方法。
(項目85)
細胞における標的TCRBポリヌクレオチド配列を変化させるための方法であって、前記TCRBポリヌクレオチド配列と、クラスタ化して規則的な配置の短い回文配列リピートに関連する(Cas)タンパク質およびリボ核酸とを接触させることを含み、前記リボ核酸がCasタンパク質を前記標的TCRBポリヌクレオチド配列の標的モチーフに配向させてそれにハイブリダイズし、前記標的TCRBポリヌクレオチド配列が切断され、前記リボ核酸が配列番号10533〜10573からなる群より選択される、方法。
(項目86)
改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変;
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変;ならびに
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
を含み、
各細胞が、場合により、
(e)(i)損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体、もしくは前記少なくとも1つのキメラ抗原受容体をコードする外因性核酸、ならびに/または
(e)(ii)隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質、もしくは前記タンパク質をコードする外因性核酸
を含む、改変初代ヒトT細胞。
Claims (51)
- 改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変;
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変;ならびに
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
を含み、
各細胞が、場合により、
(e)(i)損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体、もしくは該少なくとも1つのキメラ抗原受容体をコードする外因性核酸、ならびに/または
(e)(ii)隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質、もしくは該タンパク質をコードする外因性核酸
を含む、改変初代ヒトT細胞。 - 改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるように編集されており、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの5’末端の上流のゲノムDNAの3’末端が、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合されて、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変CTLA4遺伝子が生じ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除する第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるように編集されており、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの上流のゲノムDNAの3’末端が、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合されて、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変PD1遺伝子が生じ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除する第2のゲノム改変
を含む、改変初代ヒトT細胞。 - 改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されており、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第1のペアとを接触させることによって欠失されている第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されており、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチが、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第2のペアとを接触させることによって欠失されている第2のゲノム改変
を含む、改変初代ヒトT細胞。 - リボ核酸の第1のペアが配列番号128および配列番号72を含み、リボ核酸の第2のペアが配列番号462および配列番号421を含む、請求項3に記載の細胞。
- (c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変
をさらに含む、請求項2〜4のいずれか一項に記載の細胞。 - 前記ゲノムDNAの第3の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号532〜609および9102〜9545からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第3のペアとを接触させることによって欠失されており、ならびに/または
前記ゲノムDNAの第4の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第4のペアとを接触させることによって欠失されている、請求項5に記載の細胞。 - 前記リボ核酸の第3のペアが配列番号550および配列番号573を含み、ならびに/または前記リボ核酸の第4のペアが配列番号657および配列番号662を含む、請求項6に記載の細胞。
- (d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
をさらに含む、請求項2〜7のいずれか一項に記載の細胞。 - 前記ゲノムDNAの第5の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号766〜780および10574〜13257を含む群より選択される配列を有するリボ核酸の第5のペアとを接触させることによって欠失されている、請求項8に記載の細胞。
- 前記リボ核酸の第5のペアが配列番号773および配列番号778を含む、請求項9に記載の細胞。
- キメラ抗原受容体または該キメラ抗原受容体をコードする外因性核酸をさらに含む、請求項2〜10のいずれか一項に記載の細胞。
- 前記キメラ抗原受容体が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、請求項11に記載の細胞。
- 隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質または該タンパク質をコードする外因性核酸をさらに含む、請求項2〜12のいずれか一項に記載の細胞。
- 前記T細胞が細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項1〜13のいずれか一項に記載の細胞。
- 前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、請求項1〜14のいずれか一項に記載の細胞。
- 改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞における2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;
(b)前記細胞における2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;
(c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに
(d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含み、場合により、
(e)(i)前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすること、ならびに/または
(e)(ii)前記細胞が、隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすること
を含み、
(a)〜(d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに
(a)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第1のペア、
(b)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第2のペア、
(c)(i)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第3のペア、および/または
(c)(ii)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第4のペア、ならびに
(d)における前記遺伝子から前記ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させるためのガイドRNA配列の少なくとも1つの第5のペアとを接触させることを含む、方法。 - 改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞における2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させるように編集し、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの5’末端の上流のゲノムDNAの3’末端を、前記ゲノムDNAの欠失された第1の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合して、前記ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変CTLA4遺伝子を生じさせ、それにより、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞における2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、隣接上流エクソンの少なくとも一部および隣接下流エクソンの少なくとも一部に隣接するイントロンを含むゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させるように編集し、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの上流のゲノムDNAの3’末端を、前記ゲノムDNAの欠失された第2の連続ストレッチの3’末端の下流のゲノムDNAの5’末端に共有結合して、前記ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠く2番染色体上の改変PD1遺伝子を生じさせ、それにより、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除すること
を含む、方法。 - 改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号1〜195および797〜3637からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第1のペアとを接触させ、それにより、2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、ゲノムDNAの第1の連続ストレッチを欠失させ、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号196〜531および4047〜8945からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第2のペアとを接触させ、それにより、2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、ゲノムDNAの第2の連続ストレッチを欠失させ、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含む、方法。 - 前記リボ核酸の第1のペアが配列番号128および配列番号72を含み、前記リボ核酸の第2のペアが配列番号462および配列番号421を含む、請求項18に記載の方法。
- (c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第3の連続ストレッチを欠失させるように編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を、コードエクソンの少なくとも一部を含むゲノムDNAの第4の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
をさらに含む、請求項17〜19のいずれか一項に記載の方法。 - (c)(i)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号532〜609および9102〜9750からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第3のペアとを接触させることを含み、ならびに/または
(c)(ii)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号610〜765および9798〜10532からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第4のペアとを接触させることを含む、請求項20に記載の方法。 - 前記リボ核酸の第3のペアが配列番号550および配列番号573を含み、ならびに/または前記リボ核酸の第4のペアが配列番号657および配列番号662を含む、請求項21に記載の方法。
- (d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を、ゲノムDNAの第5の連続ストレッチを欠失させ、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集することをさらに含む、請求項17〜22のいずれか一項に記載の方法。
- (d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、ならびに配列番号766〜780および10574〜13257からなる群より選択される配列を有するリボ核酸の第5のペアとを接触させることを含む、請求項23に記載の方法。
- 前記リボ核酸の第5のペアが配列番号773および配列番号778を含む、請求項24に記載の方法。
- 前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすることをさらに含む、請求項17〜25のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞が隣接細胞、組織または器官の近傍にある場合に、前記細胞が、前記隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすることをさらに含む、請求項17〜26のいずれか一項に記載の方法。
- 前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項16〜27のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、請求項16〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1〜15のいずれか一項に記載の細胞、または請求項16〜29のいずれか一項に記載の方法にしたがって生産された細胞を含む、組成物。
- 処置を必要とする患者を処置するための、請求項30に記載の組成物。
- 改変初代ヒトT細胞であって、各細胞が、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、
前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号3638〜4046からなる群より選択される配列を有するリボ核酸とを接触させることによって、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;ならびに/または
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号8946〜9101からなる群より選択される配列を有する第2のリボ核酸とを接触させることによって、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変
を含む改変ゲノムを含む、改変初代ヒトT細胞。 - (c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が編集されており、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除する第4のゲノム改変
をさらに含む、請求項32に記載の細胞。 - ゲノムDNAの第3の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号9751〜9797からなる群より選択される配列を有する第3のリボ核酸とを接触させることによって編集されており、ならびに/または
ゲノムDNAの第4の連続ストレッチが、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号10533〜10573からなる群より選択される配列を有する第4のリボ核酸とを接触させることによって編集されている、請求項33に記載の細胞。 - (d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が編集されており、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除する第5のゲノム改変をさらに含む、請求項32〜34のいずれか一項に記載の細胞。
- ゲノムDNAの第5の連続ストレッチが、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸、および配列番号13258〜13719からなる群より選択される配列を有する第5のリボ核酸とを接触させることによって編集されている、請求項35に記載の細胞。
- キメラ抗原受容体または前記キメラ抗原受容体をコードする外因性核酸をさらに含む、請求項32〜36のいずれか一項に記載の細胞。
- 前記キメラ抗原受容体が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、請求項37に記載の細胞。
- 隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質または前記タンパク質をコードする外因性核酸をさらに含む、請求項32〜38のいずれか一項に記載の細胞。
- 前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項32〜39のいずれか一項に記載の細胞。
- 前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、請求項32〜40のいずれか一項に記載の細胞。
- 改変初代ヒトT細胞を生産するための方法であって、
(a)初代ヒトT細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号3638〜4046からなる群より選択される配列を有する第1のリボ核酸とを接触させ、それにより、2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子を、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること;ならびに/または
(b)初代ヒトT細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号8946〜9101からなる群より選択される配列を有する第2のリボ核酸とを接触させ、それにより、2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子を、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集すること
を含む、方法。 - (c)(i)前記細胞における14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子を編集すること、および/または
(c)(ii)前記細胞における7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子を編集し、それにより、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除すること
をさらに含む、請求項42に記載の方法。 - (c)(i)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号9751〜9797からなる群より選択される配列を有する第3のリボ核酸とを接触させることを含み、ならびに/または
(c)(ii)における編集が、前記細胞と、前記Casタンパク質または前記Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号10533〜10573からなる群より選択される配列を有する第4のリボ核酸とを接触させることを含む、請求項43に記載の方法。 - (d)前記細胞における15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子を編集し、それにより、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除することをさらに含む、請求項42〜44のいずれか一項に記載の方法。
- (d)における編集が、前記細胞と、Casタンパク質または該Casタンパク質をコードする核酸配列、および配列番号13258〜13719からなる群より選択される配列を有する第5のリボ核酸とを接触させることを含む、請求項45に記載の方法。
- 前記細胞が、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体を発現するようにすることをさらに含む、請求項42〜46のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞が隣接細胞、組織または器官の近傍にある場合に、前記細胞が、前記隣接細胞、組織または器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つのタンパク質を発現するようにすることをさらに含む、請求項42〜47のいずれか一項に記載の方法。
- 前記T細胞が、細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、記憶T細胞、調節性T細胞、組織浸潤リンパ球およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項42〜48のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞が、自己免疫障害、癌、慢性感染性疾患および移植片対宿主病(GVHD)からなる群より選択される障害を患っているか、前記障害について処置されているか、前記障害と診断されているか、前記障害を発症するリスクを有するか、または前記障害を有すると疑われる被験体から得られる、請求項42〜49のいずれか一項に記載の方法。
- 改変ゲノムを含む改変初代ヒトT細胞であって、
(a)2番染色体上の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)遺伝子が、前記細胞におけるCTLA4受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第1のゲノム改変;
(b)2番染色体上のプログラム細胞死1(PD1)遺伝子が、前記細胞におけるPD1受容体表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第2のゲノム改変;
(c)(i)14番染色体上のT細胞受容体(TCR)α鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第3のゲノム改変;および/または
(c)(ii)7番染色体上のTCRβ鎖遺伝子座をコードする遺伝子が、前記細胞におけるTCR表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第4のゲノム改変;ならびに
(d)15番染色体上のβ2−ミクログロブリン(B2M)遺伝子が、前記細胞におけるMHCクラスI分子表面発現および/または活性を低減または排除するように編集されている第5のゲノム改変
を含み、
各細胞が、場合により、
(e)(i)損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、突然変異細胞およびそれらの組み合わせの少なくとも1つの表面上で発現される目的の抗原もしくはエピトープに特異的に結合する少なくとも1つのキメラ抗原受容体、もしくは前記少なくとも1つのキメラ抗原受容体をコードする外因性核酸、ならびに/または
(e)(ii)隣接細胞、組織もしくは器官における目的の生物学的効果をモジュレートする少なくとも1つの外因性タンパク質、もしくは前記タンパク質をコードする外因性核酸
を含む、改変初代ヒトT細胞。
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