JPWO2019178422A5 - - Google Patents
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Description
いくつかの実施形態では、本開示は、免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、本明細書に記載されている遺伝子調節システムをその免疫エフェクター細胞に導入することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、本明細書に記載されている遺伝子調節システムをその免疫エフェクター細胞に導入することを含み、その改変免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変していないその免疫エフェクター細胞と比べて増強される方法を提供する。いくつかの実施形態では、その1つ以上のエフェクター機能は、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目2)
前記遺伝子調節システムが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目3)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目4)
前記遺伝子調節システムが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目3に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目5)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目4に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目6)
前記遺伝子調節システムがさらに、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1または項目2に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目7)
前記遺伝子調節システムが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目8)
前記遺伝子調節システムが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目9)
前記遺伝子調節システムが、PTPN2及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目10)
前記遺伝子調節システムが、PTPN2及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目11)
前記遺伝子調節システムが、PTPN2及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目12)
前記遺伝子調節システムが、PELI1、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目13)
前記遺伝子調節システムが、PELI1及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目14)
前記遺伝子調節システムが、PELI1及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目15)
前記遺伝子調節システムが、PELI1及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目16)
前記遺伝子調節システムが、SETD5、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目17)
前記遺伝子調節システムが、SETD5及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目18)
前記遺伝子調節システムが、SETD5及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目19)
前記遺伝子調節システムが、SETD5及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目20)
前記遺伝子調節システムが、(i)1つ以上の核酸分子、(ii)1つ以上の酵素タンパク質または(iii)1つ以上のガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、項目1~17のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目21)
前記1つ以上の核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAから選択されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目22)
前記遺伝子調節システムが、siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目23)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目24)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目23に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目25)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目26)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目25に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目27)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目28)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1065~1329からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目29)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1112~1227からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目30)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目31)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1330~1350からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目30に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目32)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目33)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目32に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目34)
前記遺伝子調節システムが、複数のsiRNA分子またはshRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目35)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目36)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目35に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目37)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目35または36に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目38)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目39)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目38に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目40)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目39に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目41)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目39または項目40に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目42)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目43)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目44)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42または項目43に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目45)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目44に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目46)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目47)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目48)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46または項目47に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目49)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目48に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目50)
前記遺伝子調節システムが、酵素タンパク質を含み、前記酵素タンパク質が、前記内在性遺伝子のうちの1つ以上における標的配列に特異的に結合するように操作されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目51)
前記タンパク質が、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼまたはメガヌクレアーゼである、項目50に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目52)
前記遺伝子調節システムが、ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含み、前記核酸分子が、ガイドRNA(gRNA)分子であり、前記酵素タンパク質が、Casタンパク質またはCasオルソログである、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目53)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目54)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目55)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目56)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目57)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目58)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目59)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目60)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目61)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目62)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目63)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目64)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1であり、前記gRNA分子が、表6E及び6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目65)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目66)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目67)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5であり、前記gRNA分子が、表6G及び6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目68)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目69)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目70)
前記遺伝子調節システムが、複数のgRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目71)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCB1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目72)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目71に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目73)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目72に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目74)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目72に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目75)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目76)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目77)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目76に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目78)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目77に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目79)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目80)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN2であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目81)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目78に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目82)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目77に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目83)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目82に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目84)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目85)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目84に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目86)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目85に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目87)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目88)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目86に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目89)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目85に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目90)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目89に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目91)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目92)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目91に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目93)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目94)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目95)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目93に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目96)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目97)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目96に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目98)
a.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを2つ含むとともに、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質であるか、
b.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを1つ含むとともに、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体であるか、または
c.前記Casタンパク質が、不活性型Casタンパク質(dCas)であり、前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している、
項目52~97のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目99)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目52~98のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目100)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン、メチル-CpG結合タンパク質2(MECP2)及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目98に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目101)
前記遺伝子調節システムが、前記1つ以上の内在性標的遺伝子に不活性化変異を導入する、項目50~100のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目102)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目101に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目103)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目102に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目104)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目102に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目105)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させる、項目101~104のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目106)
前記遺伝子調節システムが、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入されている、項目1~105のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目107)
前記遺伝子調節システムが、前記システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド、タンパク質またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として導入されている、項目106に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目108)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目109)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目110)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目111)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目112)
CBLB及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目111に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目113)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目114)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目115)
PTPN2及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目114に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目116)
PTPN2及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目114に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目117)
PTPN2及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目114に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目118)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PELI1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目119)
PELI1及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目118に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目120)
PELI1及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目118に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目121)
PELI1及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目118に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目122)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、SETD5であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目123)
SETD5及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目124)
SETD5及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目125)
SETD5及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目126)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目127)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目128)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目129)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目130)
前記CBLB遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目129に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目131)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目132)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目133)
前記PTPN2遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目132に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目134)
前記PTPN2遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目132に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目135)
前記PTPN2及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目129に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目136)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PELI1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目137)
前記PELI1及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目136に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目138)
前記PELI1遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目136に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目139)
前記PELI1遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目136に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目140)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、SETD5であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目141)
前記SETD5遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目142)
前記SETD5遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目143)
前記SETD5遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目144)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目126~141のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目145)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目144に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目146)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目144に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目147)
前記不活性化変異によって、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が低下する、項目126~146のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目148)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~147のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目149)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の機能が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~147のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目150)
細胞表面に提示された操作免疫受容体をさらに含む、項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目151)
前記操作免疫受容体が、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARである、項目150に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目152)
前記操作免疫受容体が、操作TCRである、項目150に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目153)
前記操作免疫受容体が、標的細胞上に発現する抗原に特異的に結合し、前記抗原が、腫瘍関連抗原である、項目150~152のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目154)
免疫活性化分子を発現する外来性導入遺伝子をさらに含む、項目1~153のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目155)
前記免疫活性化分子が、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、活性化ペプチド、抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択されている、項目154に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目156)
前記抗体またはその結合断片が、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合し、前記タンパク質の機能を阻害する、項目155に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目157)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞から選択したリンパ球である、項目1~156のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目158)
前記リンパ球が、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、項目157に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目159)
前記エフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、腫瘍への浸潤性、細胞傷害性、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択されている、項目1~158のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目160)
項目1~159のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物。
(項目161)
薬学的に許容可能な担体または希釈剤を含む、項目160に記載の組成物。
(項目162)
少なくとも1×10 4 個、1×10 5 個、1×10 6 個、1×10 7 個、1×10 8 個、1×10 9 個、1×10 10 個または1×10 11 個の改変免疫エフェクター細胞を含む、項目160または161に記載の組成物。
(項目163)
前記組成物が必要な対象に投与するのに適する、項目160~162のいずれか1項に記載の組成物。
(項目164)
前記組成物が必要な前記対象に由来する自己免疫エフェクター細胞を含む、項目160~163のいずれか1項に記載の組成物。
(項目165)
ドナー対象に由来する同種異系免疫エフェクター細胞を含む、項目160~163のいずれか1項に記載の組成物。
(項目166)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目167)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目168)
ガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目166または項目167に記載の遺伝子調節システム。
(項目169)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目170)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目169に記載の遺伝子調節システム。
(項目171)
前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目169または項目170に記載の遺伝子調節システム。
(項目172)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目169に記載の遺伝子調節システム。
(項目173)
前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目169または項目172に記載の遺伝子調節システム。
(項目174)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目175)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目176)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目174または項目175に記載の遺伝子調節システム。
(項目177)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2から選択されており、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目178)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目179)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目180)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目177または項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目181)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目180に記載の遺伝子調節システム。
(項目182)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1を含み、前記gRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目183)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目182に記載の遺伝子調節システム。
(項目184)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目182または項目183に記載の遺伝子調節システム。
(項目185)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5を含み、前記gRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目186)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目187)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目185または項目186に記載の遺伝子調節システム。
(項目188)
siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目166または項目167に記載の遺伝子調節システム。
(項目189)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目190)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号154~498から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目191)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号499~813から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目192)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目193)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号814~1064から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目192に記載の遺伝子調節システム。
(項目194)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目195)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1065~1329から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目194に記載の遺伝子調節システム。
(項目196)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1112~1227から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目194または項目195に記載の遺伝子調節システム。
(項目197)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目198)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1330~1350から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目197に記載の遺伝子調節システム。
(項目199)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目200)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1351~1367から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目199に記載の遺伝子調節システム。
(項目201)
細胞内の2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択されており、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、
前記システムが、(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目202)
複数のガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目201に記載の遺伝子調節システム。
(項目203)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目204)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目203に記載の遺伝子調節システム。
(項目205)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目203または項目204に記載の遺伝子調節システム。
(項目206)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目203または項目204に記載の遺伝子調節システム。
(項目207)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目208)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目207に記載の遺伝子調節システム。
(項目209)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目210)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目211)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目212)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目213)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目214)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目213に記載の遺伝子調節システム。
(項目215)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目216)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目217)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目218)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目219)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目220)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目221)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目222)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目223)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目224)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目225)
前記Casタンパク質が、
a.酵素活性ドメインを2つ含み、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質、
b.酵素活性ドメインを1つ含み、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体、
c.前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)である、
項目166~224のいずれか1項に記載の遺伝子調節システム。
(項目226)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目225に記載の遺伝子調節システム。
(項目227)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目225または項目226に記載の遺伝子調節システム。
(項目228)
前記システムが、核酸分子を含み、前記核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAである、項目201に記載の遺伝子調節システム。
(項目229)
複数のshRNA分子またはsiRNA分子を含む、項目228に記載の遺伝子調節システム。
(項目230)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目231)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目230に記載の遺伝子調節システム。
(項目232)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目230または項目231に記載の遺伝子調節システム。
(項目233)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目234)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目233に記載の遺伝子調節システム。
(項目235)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目233または項目234に記載の遺伝子調節システム。
(項目236)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目233または項目234に記載の遺伝子調節システム。
(項目237)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目238)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目237に記載の遺伝子調節システム。
(項目239)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目237または項目238に記載の遺伝子調節システム。
(項目240)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目237または項目238に記載の遺伝子調節システム。
(項目241)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目242)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目241に記載の遺伝子調節システム。
(項目243)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目241または242に記載の遺伝子調節システム。
(項目244)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目241または242に記載の遺伝子調節システム。
(項目245)
前記システムが、DNA結合ドメイン及び酵素ドメインを含むタンパク質を含み、ジンクフィンガーヌクレアーゼ及び転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)から選択されている、項目166、167または201に記載の遺伝子調節システム。
(項目246)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目247)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350または配列番号1351~1367から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目248)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目249)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350または配列番号1351~1367から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目250)
1つ以上のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目251)
複数のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350または配列番号1351~1367から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目252)
項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを含むキット。
(項目253)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、(d)SETD5、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した内在性標的遺伝子内の標的配列に結合するターゲティングドメイン核酸配列を含むgRNA核酸分子。
(項目254)
a.前記内在性遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNAが、表6A及び6Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
b.前記内在性遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群からなる群から選択されており、前記gRNAが、表6C及び表6Dに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
c.前記内在性遺伝子が、PELI1であり、前記gRNAが、表6E及び表6Fに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
d.前記内在性遺伝子が、SETD5であり、前記gRNAが、表6G及び表6Hに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
e.前記内在性遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、または
f.前記内在性遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、
項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目255)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目256)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目257)
前記標的配列が、PAM配列を含む、項目253~256のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目258)
前記gRNAが、モジュラーgRNA分子である、項目253~257のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目259)
前記gRNAが、デュアルgRNA分子である、項目253~257のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目260)
前記ターゲティングドメインが、16ヌクレオチド長、17ヌクレオチド長、18ヌクレオチド長、19ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、26ヌクレオチド長またはそれを上回るヌクレオチド長である、項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目261)
その5’末端もしくはその5’末端近傍(例えば、その5’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変、及び/またはその3’末端もしくはその3’末端近傍(例えば、その3’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変を含む、項目253~260のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目262)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、ヌクレアーゼに対する安定性が向上する、項目261に記載のgRNA分子。
(項目263)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、自然免疫応答が軽減される、項目261または項目262に記載のgRNA分子。
(項目264)
項目253~263のいずれか1項に記載のgRNA分子をコードするポリヌクレオチド分子。
(項目265)
項目253~263のいずれか1項に記載の1つ以上のgRNA分子、または項目264に記載のポリヌクレオチドを含む組成物。
(項目266)
項目253~263のいずれか1項に記載のgRNA分子、または項目264に記載のポリヌクレオチドを含むキット。
(項目267)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞を対象から採取すること、
b.項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入すること、ならびに
c.前記免疫エフェクター細胞を培養して、1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が、改変していない免疫エフェクター細胞と比べて低下するようにすること、
を含む、前記方法。
(項目268)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目269)
CAR及びTCRから選択した操作免疫受容体をコードするポリヌクレオチド配列を導入することをさらに含む、項目267または268に記載の方法。
(項目270)
前記遺伝子調節システム及び/または前記操作免疫受容体をコードする前記ポリヌクレオチドを、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入する、項目269に記載の方法。
(項目271)
前記遺伝子調節システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド配列として、タンパク質として、またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として、前記システムを導入する、項目267~270のいずれか1項に記載の方法。
(項目272)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させること、
b.項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入すること、
を含む、前記方法。
(項目273)
前記免疫エフェクター細胞集団を対象から採取することをさらに含む、項目272に記載の方法。
(項目274)
増殖前、増殖中または増殖後に、前記遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目272または項目273に記載の方法。
(項目275)
前記免疫エフェクター細胞集団の前記増殖が、第1ラウンドの増殖及び第2ラウンドの増殖を含む、項目272または項目273に記載の方法。
(項目276)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖前、前記第1ラウンドの増殖中、または前記第1ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目277)
前記遺伝子調節システムを、前記第2ラウンドの増殖前、前記第2ラウンドの増殖中、または前記第2ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目278)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目279)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目280)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖後、かつ前記第2ラウンドの増殖前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目281)
治療の必要な対象の疾患または障害の治療方法であって、項目1~159のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目160~165のいずれか1項に記載の組成物を有効量投与することを含む、前記方法。
(項目282)
前記疾患または障害が、細胞増殖性障害、炎症性障害または感染症である、項目281に記載の方法。
(項目283)
前記疾患または障害が、がんまたはウイルス感染症である、項目281に記載の方法。
(項目284)
前記がんが、白血病、リンパ腫または固形腫瘍から選択される、項目283に記載の方法。
(項目285)
前記固形腫瘍が、メラノーマ、膵臓腫瘍、膀胱腫瘍、肺腫瘍もしくは肺転移、大腸癌または頭頸部癌である、項目284に記載の方法。
(項目286)
前記がんが、PD1耐性またはPD1非感受性のがんである、項目283~285のいずれか1項に記載の方法。
(項目287)
前記対象が以前に、PD1阻害剤またはPDL1阻害剤による治療を受けたことがある、項目283~286のいずれか1項に記載の方法。
(項目288)
NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合して、そのタンパク質の機能を阻害する抗体またはその結合断片を前記対象に投与することをさらに含む、項目283~287のいずれか1項に記載の方法。
(項目289)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して自家である、項目281~288のいずれか1項に記載の方法。
(項目290)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して同種異系である、項目281~288のいずれか1項に記載の方法。
(項目291)
がん細胞の殺傷方法であって、項目1~159のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目160~165のいずれか1項に記載の組成物に、前記がん細胞を暴露することを含む、前記方法。
(項目292)
前記暴露が、in vitro、in vivoまたはex vivoでの暴露である、項目291に記載の方法。
(項目293)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目294)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含み、前記改変された免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変しなかった前記免疫エフェクター細胞と比べて増強される、前記方法。
(項目295)
前記1つ以上のエフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される、項目294に記載の方法。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目2)
前記遺伝子調節システムが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目3)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目4)
前記遺伝子調節システムが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目3に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目5)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目4に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目6)
前記遺伝子調節システムがさらに、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1または項目2に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目7)
前記遺伝子調節システムが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目8)
前記遺伝子調節システムが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目9)
前記遺伝子調節システムが、PTPN2及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目10)
前記遺伝子調節システムが、PTPN2及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目11)
前記遺伝子調節システムが、PTPN2及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目12)
前記遺伝子調節システムが、PELI1、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目13)
前記遺伝子調節システムが、PELI1及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目14)
前記遺伝子調節システムが、PELI1及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目15)
前記遺伝子調節システムが、PELI1及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目16)
前記遺伝子調節システムが、SETD5、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目17)
前記遺伝子調節システムが、SETD5及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目18)
前記遺伝子調節システムが、SETD5及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目19)
前記遺伝子調節システムが、SETD5及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目20)
前記遺伝子調節システムが、(i)1つ以上の核酸分子、(ii)1つ以上の酵素タンパク質または(iii)1つ以上のガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、項目1~17のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目21)
前記1つ以上の核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAから選択されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目22)
前記遺伝子調節システムが、siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目23)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目24)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目23に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目25)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目26)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目25に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目27)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目28)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1065~1329からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目29)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1112~1227からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目30)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目31)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1330~1350からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目30に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目32)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目33)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目32に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目34)
前記遺伝子調節システムが、複数のsiRNA分子またはshRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目35)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目36)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目35に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目37)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目35または36に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目38)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目39)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目38に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目40)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目39に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目41)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目39または項目40に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目42)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目43)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目44)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42または項目43に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目45)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目44に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目46)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目47)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目48)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46または項目47に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目49)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目48に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目50)
前記遺伝子調節システムが、酵素タンパク質を含み、前記酵素タンパク質が、前記内在性遺伝子のうちの1つ以上における標的配列に特異的に結合するように操作されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目51)
前記タンパク質が、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼまたはメガヌクレアーゼである、項目50に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目52)
前記遺伝子調節システムが、ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含み、前記核酸分子が、ガイドRNA(gRNA)分子であり、前記酵素タンパク質が、Casタンパク質またはCasオルソログである、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目53)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目54)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目55)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目56)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目57)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目58)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目59)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目60)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目61)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目62)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目63)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目64)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1であり、前記gRNA分子が、表6E及び6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目65)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目66)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目67)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5であり、前記gRNA分子が、表6G及び6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目68)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目69)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目70)
前記遺伝子調節システムが、複数のgRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目71)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCB1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目72)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目71に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目73)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目72に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目74)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目72に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目75)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目76)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目77)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目76に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目78)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目77に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目79)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目80)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN2であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目81)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目78に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目82)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目77に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目83)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目82に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目84)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目85)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目84に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目86)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目85に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目87)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目88)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目86に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目89)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目85に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目90)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目89に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目91)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目92)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目91に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目93)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目94)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目70に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目95)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目93に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目96)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目97)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目96に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目98)
a.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを2つ含むとともに、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質であるか、
b.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを1つ含むとともに、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体であるか、または
c.前記Casタンパク質が、不活性型Casタンパク質(dCas)であり、前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している、
項目52~97のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目99)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目52~98のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目100)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン、メチル-CpG結合タンパク質2(MECP2)及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目98に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目101)
前記遺伝子調節システムが、前記1つ以上の内在性標的遺伝子に不活性化変異を導入する、項目50~100のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目102)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目101に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目103)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目102に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目104)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目102に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目105)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させる、項目101~104のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目106)
前記遺伝子調節システムが、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入されている、項目1~105のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目107)
前記遺伝子調節システムが、前記システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド、タンパク質またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として導入されている、項目106に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目108)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目109)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目110)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目111)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目112)
CBLB及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目111に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目113)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目114)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目115)
PTPN2及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目114に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目116)
PTPN2及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目114に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目117)
PTPN2及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目114に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目118)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PELI1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目119)
PELI1及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目118に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目120)
PELI1及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目118に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目121)
PELI1及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目118に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目122)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、SETD5であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目123)
SETD5及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目124)
SETD5及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目125)
SETD5及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目126)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目127)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目128)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目129)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目130)
前記CBLB遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目129に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目131)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目132)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目133)
前記PTPN2遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目132に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目134)
前記PTPN2遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目132に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目135)
前記PTPN2及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目129に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目136)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、PELI1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目137)
前記PELI1及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目136に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目138)
前記PELI1遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目136に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目139)
前記PELI1遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目136に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目140)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、SETD5であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目141)
前記SETD5遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目142)
前記SETD5遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目143)
前記SETD5遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目144)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目126~141のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目145)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目144に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目146)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目144に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目147)
前記不活性化変異によって、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が低下する、項目126~146のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目148)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~147のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目149)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の機能が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~147のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目150)
細胞表面に提示された操作免疫受容体をさらに含む、項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目151)
前記操作免疫受容体が、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARである、項目150に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目152)
前記操作免疫受容体が、操作TCRである、項目150に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目153)
前記操作免疫受容体が、標的細胞上に発現する抗原に特異的に結合し、前記抗原が、腫瘍関連抗原である、項目150~152のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目154)
免疫活性化分子を発現する外来性導入遺伝子をさらに含む、項目1~153のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目155)
前記免疫活性化分子が、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、活性化ペプチド、抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択されている、項目154に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目156)
前記抗体またはその結合断片が、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合し、前記タンパク質の機能を阻害する、項目155に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目157)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞から選択したリンパ球である、項目1~156のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目158)
前記リンパ球が、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、項目157に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目159)
前記エフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、腫瘍への浸潤性、細胞傷害性、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択されている、項目1~158のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目160)
項目1~159のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物。
(項目161)
薬学的に許容可能な担体または希釈剤を含む、項目160に記載の組成物。
(項目162)
少なくとも1×10 4 個、1×10 5 個、1×10 6 個、1×10 7 個、1×10 8 個、1×10 9 個、1×10 10 個または1×10 11 個の改変免疫エフェクター細胞を含む、項目160または161に記載の組成物。
(項目163)
前記組成物が必要な対象に投与するのに適する、項目160~162のいずれか1項に記載の組成物。
(項目164)
前記組成物が必要な前記対象に由来する自己免疫エフェクター細胞を含む、項目160~163のいずれか1項に記載の組成物。
(項目165)
ドナー対象に由来する同種異系免疫エフェクター細胞を含む、項目160~163のいずれか1項に記載の組成物。
(項目166)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目167)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目168)
ガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目166または項目167に記載の遺伝子調節システム。
(項目169)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目170)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目169に記載の遺伝子調節システム。
(項目171)
前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目169または項目170に記載の遺伝子調節システム。
(項目172)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目169に記載の遺伝子調節システム。
(項目173)
前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目169または項目172に記載の遺伝子調節システム。
(項目174)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目175)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目176)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目174または項目175に記載の遺伝子調節システム。
(項目177)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2から選択されており、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目178)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目179)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目180)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目177または項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目181)
前記gRNA分子が、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目180に記載の遺伝子調節システム。
(項目182)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1を含み、前記gRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目183)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目182に記載の遺伝子調節システム。
(項目184)
前記gRNA分子が、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目182または項目183に記載の遺伝子調節システム。
(項目185)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5を含み、前記gRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目186)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目187)
前記gRNA分子が、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目185または項目186に記載の遺伝子調節システム。
(項目188)
siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目166または項目167に記載の遺伝子調節システム。
(項目189)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目190)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号154~498から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目191)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号499~813から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目192)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目193)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号814~1064から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目192に記載の遺伝子調節システム。
(項目194)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目195)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1065~1329から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目194に記載の遺伝子調節システム。
(項目196)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1112~1227から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目194または項目195に記載の遺伝子調節システム。
(項目197)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、PELI1を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目198)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1330~1350から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目197に記載の遺伝子調節システム。
(項目199)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SETD5を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目188に記載の遺伝子調節システム。
(項目200)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1351~1367から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目199に記載の遺伝子調節システム。
(項目201)
細胞内の2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、または(d)SETD5から選択されており、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、
前記システムが、(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目202)
複数のガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目201に記載の遺伝子調節システム。
(項目203)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目204)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目203に記載の遺伝子調節システム。
(項目205)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目203または項目204に記載の遺伝子調節システム。
(項目206)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目203または項目204に記載の遺伝子調節システム。
(項目207)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目208)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目207に記載の遺伝子調節システム。
(項目209)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目210)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目211)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目212)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目213)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目214)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目213に記載の遺伝子調節システム。
(項目215)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目216)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目217)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目218)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目219)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目220)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目221)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目222)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目223)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目224)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目219または項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目225)
前記Casタンパク質が、
a.酵素活性ドメインを2つ含み、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質、
b.酵素活性ドメインを1つ含み、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体、
c.前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)である、
項目166~224のいずれか1項に記載の遺伝子調節システム。
(項目226)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目225に記載の遺伝子調節システム。
(項目227)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目225または項目226に記載の遺伝子調節システム。
(項目228)
前記システムが、核酸分子を含み、前記核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAである、項目201に記載の遺伝子調節システム。
(項目229)
複数のshRNA分子またはsiRNA分子を含む、項目228に記載の遺伝子調節システム。
(項目230)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目231)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目230に記載の遺伝子調節システム。
(項目232)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目230または項目231に記載の遺伝子調節システム。
(項目233)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目234)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目233に記載の遺伝子調節システム。
(項目235)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1329からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目233または項目234に記載の遺伝子調節システム。
(項目236)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1112~1227からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目233または項目234に記載の遺伝子調節システム。
(項目237)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、PELI1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目238)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目237に記載の遺伝子調節システム。
(項目239)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1330~1350からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目237または項目238に記載の遺伝子調節システム。
(項目240)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目237または項目238に記載の遺伝子調節システム。
(項目241)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SETD5であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目242)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目241に記載の遺伝子調節システム。
(項目243)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目241または242に記載の遺伝子調節システム。
(項目244)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1351~1367からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目241または242に記載の遺伝子調節システム。
(項目245)
前記システムが、DNA結合ドメイン及び酵素ドメインを含むタンパク質を含み、ジンクフィンガーヌクレアーゼ及び転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)から選択されている、項目166、167または201に記載の遺伝子調節システム。
(項目246)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目247)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350または配列番号1351~1367から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目248)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目249)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350または配列番号1351~1367から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目250)
1つ以上のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目251)
複数のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350または配列番号1351~1367から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目252)
項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを含むキット。
(項目253)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群、(c)PELI1、(d)SETD5、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した内在性標的遺伝子内の標的配列に結合するターゲティングドメイン核酸配列を含むgRNA核酸分子。
(項目254)
a.前記内在性遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNAが、表6A及び6Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
b.前記内在性遺伝子が、PTPN1、PTPN2、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD及びEGR2からなる群からなる群から選択されており、前記gRNAが、表6C及び表6Dに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
c.前記内在性遺伝子が、PELI1であり、前記gRNAが、表6E及び表6Fに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
d.前記内在性遺伝子が、SETD5であり、前記gRNAが、表6G及び表6Hに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
e.前記内在性遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、または
f.前記内在性遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、
項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目255)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目256)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1329、配列番号1330~1350、配列番号1351~1367、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目257)
前記標的配列が、PAM配列を含む、項目253~256のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目258)
前記gRNAが、モジュラーgRNA分子である、項目253~257のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目259)
前記gRNAが、デュアルgRNA分子である、項目253~257のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目260)
前記ターゲティングドメインが、16ヌクレオチド長、17ヌクレオチド長、18ヌクレオチド長、19ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、26ヌクレオチド長またはそれを上回るヌクレオチド長である、項目253~259のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目261)
その5’末端もしくはその5’末端近傍(例えば、その5’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変、及び/またはその3’末端もしくはその3’末端近傍(例えば、その3’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変を含む、項目253~260のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目262)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、ヌクレアーゼに対する安定性が向上する、項目261に記載のgRNA分子。
(項目263)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、自然免疫応答が軽減される、項目261または項目262に記載のgRNA分子。
(項目264)
項目253~263のいずれか1項に記載のgRNA分子をコードするポリヌクレオチド分子。
(項目265)
項目253~263のいずれか1項に記載の1つ以上のgRNA分子、または項目264に記載のポリヌクレオチドを含む組成物。
(項目266)
項目253~263のいずれか1項に記載のgRNA分子、または項目264に記載のポリヌクレオチドを含むキット。
(項目267)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞を対象から採取すること、
b.項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入すること、ならびに
c.前記免疫エフェクター細胞を培養して、1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が、改変していない免疫エフェクター細胞と比べて低下するようにすること、
を含む、前記方法。
(項目268)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目269)
CAR及びTCRから選択した操作免疫受容体をコードするポリヌクレオチド配列を導入することをさらに含む、項目267または268に記載の方法。
(項目270)
前記遺伝子調節システム及び/または前記操作免疫受容体をコードする前記ポリヌクレオチドを、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入する、項目269に記載の方法。
(項目271)
前記遺伝子調節システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド配列として、タンパク質として、またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として、前記システムを導入する、項目267~270のいずれか1項に記載の方法。
(項目272)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させること、
b.項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入すること、
を含む、前記方法。
(項目273)
前記免疫エフェクター細胞集団を対象から採取することをさらに含む、項目272に記載の方法。
(項目274)
増殖前、増殖中または増殖後に、前記遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目272または項目273に記載の方法。
(項目275)
前記免疫エフェクター細胞集団の前記増殖が、第1ラウンドの増殖及び第2ラウンドの増殖を含む、項目272または項目273に記載の方法。
(項目276)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖前、前記第1ラウンドの増殖中、または前記第1ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目277)
前記遺伝子調節システムを、前記第2ラウンドの増殖前、前記第2ラウンドの増殖中、または前記第2ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目278)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目279)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目280)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖後、かつ前記第2ラウンドの増殖前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目275に記載の方法。
(項目281)
治療の必要な対象の疾患または障害の治療方法であって、項目1~159のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目160~165のいずれか1項に記載の組成物を有効量投与することを含む、前記方法。
(項目282)
前記疾患または障害が、細胞増殖性障害、炎症性障害または感染症である、項目281に記載の方法。
(項目283)
前記疾患または障害が、がんまたはウイルス感染症である、項目281に記載の方法。
(項目284)
前記がんが、白血病、リンパ腫または固形腫瘍から選択される、項目283に記載の方法。
(項目285)
前記固形腫瘍が、メラノーマ、膵臓腫瘍、膀胱腫瘍、肺腫瘍もしくは肺転移、大腸癌または頭頸部癌である、項目284に記載の方法。
(項目286)
前記がんが、PD1耐性またはPD1非感受性のがんである、項目283~285のいずれか1項に記載の方法。
(項目287)
前記対象が以前に、PD1阻害剤またはPDL1阻害剤による治療を受けたことがある、項目283~286のいずれか1項に記載の方法。
(項目288)
NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合して、そのタンパク質の機能を阻害する抗体またはその結合断片を前記対象に投与することをさらに含む、項目283~287のいずれか1項に記載の方法。
(項目289)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して自家である、項目281~288のいずれか1項に記載の方法。
(項目290)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して同種異系である、項目281~288のいずれか1項に記載の方法。
(項目291)
がん細胞の殺傷方法であって、項目1~159のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目160~165のいずれか1項に記載の組成物に、前記がん細胞を暴露することを含む、前記方法。
(項目292)
前記暴露が、in vitro、in vivoまたはex vivoでの暴露である、項目291に記載の方法。
(項目293)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目294)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目166~251のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含み、前記改変された免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変しなかった前記免疫エフェクター細胞と比べて増強される、前記方法。
(項目295)
前記1つ以上のエフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される、項目294に記載の方法。
Claims (45)
- CasエンドヌクレアーゼおよびガイドRNA(gRNA)を含む遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、
前記gRNAは、内在性PTNP2における標的核酸配列に特異的に結合するターゲティングドメイン配列を含み、
前記改変免疫エフェクター細胞において、非改変免疫エフェクター細胞と比べて、(a)内在性PTPN2の発現が低下し、(b)IFNγ刺激に応答してpSTAT1レベルが増加する、
改変免疫エフェクター細胞。 - 前記gRNAが、
(a)(i)chr18:12859205-12859224、(ii)chr18:12884112-12884131、(iii)chr18:12884108-12884127、(iv)chr18:12817197-12817216および(v)chr18:12859218-12859237から選択される一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、
(b)配列番号1141、配列番号1139、配列番号1133、配列番号1132および配列番号1112から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、ならびに/または
(c)配列番号1141、配列番号1139、配列番号1133、配列番号1132および配列番号1112から選択される核酸配列によりコードされる、
ターゲティングドメイン配列を含む、請求項1に記載の改変免疫エフェクター細胞。 - 前記gRNAが、
(a)表6Cから選択される内在性PTPN2のゲノム座標から選択される一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、
(b)配列番号1112~1215からなる群から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/または
(c)配列番号1112~1215からなる群から選択される核酸配列によりコードされる、
標的ドメイン配列を含む、請求項1に記載の改変免疫エフェクター細胞。 - 前記ターゲティングドメイン配列が、
(a)配列番号1112~1148から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/または
(b)配列番号1112~1148から選択される核酸配列によりコードされる、
標的ドメイン配列を含む、請求項3に記載の改変免疫エフェクター細胞。 - 前記細胞はT細胞である、請求項1~3のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記T細胞は腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、請求項5に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記改変免疫エフェクター細胞のエフェクター機能は、非改変免疫エフェクター細胞と比べて増強されている、請求項1~6のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記改変免疫エフェクター細胞では、非改変免疫エフェクター細胞と比べて、腫瘍への浸潤性もしくは遊走性が向上する特徴、増殖性が向上する特徴、細胞生存能が向上もしくは延長する特徴、周囲の微小環境における抑制因子耐性が向上して、その細胞の活性化状態が延長または増大するようになる特徴、炎症誘発性免疫因子の産生が増加する特徴、細胞傷害性が向上する特徴、及び疲弊耐性が向上する特徴のうちの1つ以上を有する、請求項7に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記Casエンドヌクレアーゼが、(a)2つの酵素活性ドメインを含む野生型Casタンパク質、(b)1つの酵素活性ドメインを含むCasニッカーゼ変異体、(c)異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)または(d)Casオルソログである、請求項1~8のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記CasエンドヌクレアーゼがCas9タンパク質である、請求項9に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 遺伝子調節システムが、前記内在性PTPN2に不活性化変異を導入する、請求項1~10のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記不活性化変異が、前記内在性ZC3H12Aにおける1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、請求項11に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記欠失が、前記内在性ZC3H12Aの部分欠失または完全欠失である、請求項12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、請求項11に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 内在性CBLB、PTPN1、PTPN22、SH2B3、SH2D1A、PIK3CD、PELI1、SETD5、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1、BCOR、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3、GNASまたはERG2の発現および/または活性が、非改変免疫エフェクター細胞と比べて低下する、請求項1~14のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記改変免疫エフェクターが細胞表面に提示された操作免疫受容体を発現し、前記操作免疫受容体がキメラ抗原受容体(CAR)およびT細胞受容体(TCR)である、請求項1~15のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 免疫活性化分子を発現する外来性導入遺伝子をさらに含み、前記免疫活性化分子が、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、活性化ペプチドおよび抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択されている、請求項1~16のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 請求項1~17のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む医薬組成物。
- (a)ガイドRNA(gRNA)およびCasエンドヌクレアーゼ、または(b)前記gRNAおよび前記Casエンドヌクレアーゼをコードする1つ以上のポリヌクレオチドであって、前記gRNAが、(i)表6Cに示される一連のゲノム座標から選択されるPTPN2の一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、(ii)配列番号1112~1215から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/もしくは(iii)配列番号1112~1215から選択される核酸配列によりコードされる、ターゲティングドメイン配列を含む、遺伝子調節システム。
- (a)表6Cに示される一連のゲノム座標から選択されるPTPN2の一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、(b)配列番号1112~1215から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/もしくは(c)配列番号1112~1215から選択される核酸配列によりコードされる、ターゲティングドメイン配列を含む、ガイドRNA(gRNA)。
- in vitroで改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、請求項19の遺伝子調節システムを、免疫エフェクター細胞に導入することを含む、方法。
- (a)免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させること、および(b)請求項19に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、請求項21に記載のin vitroの方法。
- 請求項19に記載の遺伝子調節システムを、ヒト対象から得られた前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、請求項21に記載のin vitroの方法。
- (a)ヒト対象から得られた前記免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させ、免疫エフェクター細胞の増殖させた集団を作成すること、および(b)請求項19に記載の遺伝子調節システムを前記増殖させた集団の免疫エフェクター細胞に導入することを含む、請求項21に記載のin vitroの方法。
- 前記免疫エフェクター細胞を培養して、内在性PTPN2の発現を、非改変免疫エフェクター細胞と比べて低下させることをさらに含む、請求項21~24のいずれか一項に記載のin vitroの方法。
- 内在性PTPN2の低下した発現が、前記改変免疫エフェクター細胞の増殖を、非改変免疫エフェクター細胞と比べて増加させる、請求項25に記載のin vitroの方法。
- 免疫エフェクター細胞の前記集団がヒト対象から得られる、請求項26に記載のin vitroの方法。
- 前記遺伝子調節システムを、(a)の前記増殖前、増殖中または増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、請求項26または27に記載のin vitroの方法。
- 前記遺伝子調節システムを、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる前記細胞の膜の物理的破壊によって導入する、請求項21~28のいずれか一項に記載のin vitroの方法。
- 前記免疫エフェクター細胞がT細胞である、請求項21~29のいずれか一項に記載のin vitroの方法。
- 前記T細胞が腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、請求項30に記載のin vitroの方法。
- 疾患または障害の治療を必要とする対象において、疾患または障害を治療するための、請求項1~16のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物または請求項17に記載の医薬組成物。
- 前記疾患または障害が、細胞増殖性障害、炎症性障害または感染症である、請求項32に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記疾患または障害が、がんまたはウイルス感染症である、請求項33に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記がんが、白血病、リンパ腫または固形腫瘍である、請求項34に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記固形腫瘍が、メラノーマ、膵臓腫瘍、膀胱腫瘍、肺腫瘍もしくは肺転移、大腸癌または頭頸部癌である、請求項35に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記がんが、PD1耐性またはPD1非感受性のがんである、請求項32~36のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記対象が以前に、PD1阻害剤またはPDL1阻害剤による治療を受けたことがある、請求項32~37のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記組成物が、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合して、前記タンパク質の機能を阻害する抗体またはその結合断片を組み合わせて前記対象に投与されることをさらに特徴とする、請求項32~38のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 細胞の前記集団が、前記対象に対して自家である、請求項32~39のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 細胞の前記集団が、前記対象に対して同種異系である、請求項32~39のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- がん細胞を殺傷するための、請求項1~16のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物または請求項17に記載の医薬組成物であって、前記がん細胞は前記組成物または医薬組成物に曝露される、組成物または医薬組成物。
- 前記暴露が、in vitroでの暴露である、請求項42に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記暴露が、in vivoでの暴露である、請求項42に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記暴露が、ex vivoでの暴露である、請求項42に記載の組成物または医薬組成物。
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