JPWO2019178421A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2019178421A5 JPWO2019178421A5 JP2020573081A JP2020573081A JPWO2019178421A5 JP WO2019178421 A5 JPWO2019178421 A5 JP WO2019178421A5 JP 2020573081 A JP2020573081 A JP 2020573081A JP 2020573081 A JP2020573081 A JP 2020573081A JP WO2019178421 A5 JPWO2019178421 A5 JP WO2019178421A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- item
- immune effector
- seq
- modified immune
- effector cell
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 claims description 273
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims description 245
- 108020005004 Guide RNA Proteins 0.000 claims description 125
- 229920002391 Guide RNA Polymers 0.000 claims description 124
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 84
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 79
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 79
- 229920001891 Small hairpin RNA Polymers 0.000 claims description 67
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 claims description 67
- 108020004459 Small Interfering RNA Proteins 0.000 claims description 65
- 102100002194 TNFAIP3 Human genes 0.000 claims description 64
- 108010047933 Tumor Necrosis Factor alpha-Induced Protein 3 Proteins 0.000 claims description 64
- 239000002924 silencing RNA Substances 0.000 claims description 63
- 102100004555 BCOR Human genes 0.000 claims description 59
- 108060000889 BCOR Proteins 0.000 claims description 59
- 230000001105 regulatory Effects 0.000 claims description 51
- 102100008718 IKZF2 Human genes 0.000 claims description 50
- 101700002776 IKZF2 Proteins 0.000 claims description 50
- 102000003714 TNF receptor-associated factor 6 Human genes 0.000 claims description 50
- 108090000009 TNF receptor-associated factor 6 Proteins 0.000 claims description 50
- 108091012589 B-Cell Lymphoma 3 Protein Proteins 0.000 claims description 49
- 102000023149 B-Cell Lymphoma 3 Protein Human genes 0.000 claims description 49
- 102100010474 GATA3 Human genes 0.000 claims description 49
- 101700021558 GATA3 Proteins 0.000 claims description 49
- 102100008719 IKZF1 Human genes 0.000 claims description 49
- 101700005406 IKZF1 Proteins 0.000 claims description 49
- 102100004859 IKZF3 Human genes 0.000 claims description 49
- 101700043522 IKZF3 Proteins 0.000 claims description 49
- 102100015758 NFKBIA Human genes 0.000 claims description 49
- 101710003044 NFKBIA Proteins 0.000 claims description 49
- 102100017669 SMAD2 Human genes 0.000 claims description 49
- 101700012842 SMAD2 Proteins 0.000 claims description 49
- 102100003993 TGFBR1 Human genes 0.000 claims description 49
- 102100011658 TNIP1 Human genes 0.000 claims description 49
- 101700041555 TNIP1 Proteins 0.000 claims description 49
- 108010011702 Transforming Growth Factor-beta Type I Receptor Proteins 0.000 claims description 49
- 102000004060 Transforming Growth Factor-beta Type II Receptor Human genes 0.000 claims description 49
- 108010082684 Transforming Growth Factor-beta Type II Receptor Proteins 0.000 claims description 49
- 102100011855 FOXP3 Human genes 0.000 claims description 48
- 101700064140 FOXP3 Proteins 0.000 claims description 48
- 102100010264 RC3H1 Human genes 0.000 claims description 47
- 101700009000 RC3H1 Proteins 0.000 claims description 47
- -1 TANK Proteins 0.000 claims description 45
- 102100019764 PDCD1 Human genes 0.000 claims description 44
- 108060007796 SPATA2 Proteins 0.000 claims description 44
- 102100005310 CTLA4 Human genes 0.000 claims description 42
- 101700054183 CTLA4 Proteins 0.000 claims description 42
- 102100003367 PTPN6 Human genes 0.000 claims description 40
- 101710033203 PTPN6 Proteins 0.000 claims description 40
- 102100013636 ZC3H12A Human genes 0.000 claims description 40
- 101710010164 ZC3H12A Proteins 0.000 claims description 40
- 102100006047 TIGIT Human genes 0.000 claims description 39
- 101700052319 TIGIT Proteins 0.000 claims description 39
- 102100016384 HAVCR2 Human genes 0.000 claims description 34
- 108010007707 Hepatitis A Virus Cellular Receptor 2 Proteins 0.000 claims description 34
- 102100013144 MAP4K1 Human genes 0.000 claims description 34
- 101710038956 MAP4K1 Proteins 0.000 claims description 34
- 108090000772 Neuropilin-1 Proteins 0.000 claims description 34
- 102000004207 Neuropilin-1 Human genes 0.000 claims description 34
- 102100017213 LAG3 Human genes 0.000 claims description 33
- 108060004270 LAG3 Proteins 0.000 claims description 33
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 32
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 32
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 31
- 230000000415 inactivating Effects 0.000 claims description 28
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 28
- 101700000225 NR4A3 Proteins 0.000 claims description 26
- 102100015987 NR4A3 Human genes 0.000 claims description 26
- 230000002829 reduced Effects 0.000 claims description 23
- 108010040168 Bcl-2-Like Protein 11 Proteins 0.000 claims description 22
- 102000001765 Bcl-2-Like Protein 11 Human genes 0.000 claims description 22
- 102100014471 CALM2 Human genes 0.000 claims description 22
- 101700051607 CALM2 Proteins 0.000 claims description 22
- 102100000134 CHIC2 Human genes 0.000 claims description 22
- 101700008564 CHIC2 Proteins 0.000 claims description 22
- 102100002130 DHODH Human genes 0.000 claims description 22
- 101710035145 DHODH Proteins 0.000 claims description 22
- 102100016722 E2F8 Human genes 0.000 claims description 22
- 101700022223 E2F8 Proteins 0.000 claims description 22
- 102100014925 FLI1 Human genes 0.000 claims description 22
- 101700057417 FLI1 Proteins 0.000 claims description 22
- 102100017777 PBRM1 Human genes 0.000 claims description 22
- 101710027500 PBRM1 Proteins 0.000 claims description 22
- 102100020027 RBM39 Human genes 0.000 claims description 22
- 101700074906 RBM39 Proteins 0.000 claims description 22
- 102100019205 SERPINA3 Human genes 0.000 claims description 22
- 101710022687 SERPINA3 Proteins 0.000 claims description 22
- 102100005023 UMPS Human genes 0.000 claims description 22
- 101700005780 UMPS Proteins 0.000 claims description 22
- 102100010104 WDR6 Human genes 0.000 claims description 22
- 101700060034 WDR6 Proteins 0.000 claims description 22
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 22
- 102000033185 GNAS Human genes 0.000 claims description 21
- 101700086896 GNAS Proteins 0.000 claims description 21
- 101710041546 Galphas Proteins 0.000 claims description 21
- 101700016965 PCBP1 Proteins 0.000 claims description 21
- 102100014623 PCBP1 Human genes 0.000 claims description 21
- 102100017842 SEMA7A Human genes 0.000 claims description 21
- 101710023899 SEMA7A Proteins 0.000 claims description 21
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 20
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 20
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 16
- 229920001239 microRNA Polymers 0.000 claims description 15
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 claims description 14
- 102100005410 LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein Human genes 0.000 claims description 14
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 13
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 claims description 13
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 12
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 11
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 10
- 101700080605 NUC1 Proteins 0.000 claims description 8
- 101700006494 nucA Proteins 0.000 claims description 8
- 102000025599 immune receptors Human genes 0.000 claims description 7
- 108091008191 immune receptors Proteins 0.000 claims description 7
- 210000003171 Lymphocytes, Tumor-Infiltrating Anatomy 0.000 claims description 6
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 6
- 102000038129 antigens Human genes 0.000 claims description 6
- 108091007172 antigens Proteins 0.000 claims description 6
- 230000002068 genetic Effects 0.000 claims description 6
- 230000002103 transcriptional Effects 0.000 claims description 6
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 claims description 5
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 claims description 5
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 claims description 5
- 229920002847 antisense RNA Polymers 0.000 claims description 5
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 claims description 5
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 claims description 5
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 5
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 claims description 5
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 239000011701 zinc Substances 0.000 claims description 5
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 108010082319 CRISPR-Associated Protein 9 Proteins 0.000 claims description 4
- 210000004072 Lung Anatomy 0.000 claims description 4
- 230000003833 cell viability Effects 0.000 claims description 4
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 claims description 4
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 claims description 4
- 230000036039 immunity Effects 0.000 claims description 4
- 230000003308 immunostimulating Effects 0.000 claims description 4
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 claims description 4
- 210000001744 T-Lymphocytes Anatomy 0.000 claims description 3
- 230000000735 allogeneic Effects 0.000 claims description 3
- 231100000221 frame shift mutation induction Toxicity 0.000 claims description 3
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 3
- 230000002147 killing Effects 0.000 claims description 3
- 230000036961 partial Effects 0.000 claims description 3
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 3
- 101700064281 ATP1 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100007290 CD274 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710012053 CD274 Proteins 0.000 claims description 2
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 claims description 2
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 claims description 2
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 claims description 2
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 claims description 2
- 206010024324 Leukaemias Diseases 0.000 claims description 2
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 claims description 2
- 206010025650 Malignant melanoma Diseases 0.000 claims description 2
- 206010027476 Metastasis Diseases 0.000 claims description 2
- 206010025310 Other lymphomas Diseases 0.000 claims description 2
- 239000012270 PD-1 inhibitor Substances 0.000 claims description 2
- 229940121655 PD-1 inhibitors Drugs 0.000 claims description 2
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasm Diseases 0.000 claims description 2
- 206010047461 Viral infection Diseases 0.000 claims description 2
- 208000001756 Virus Disease Diseases 0.000 claims description 2
- 201000011231 colorectal cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 230000000139 costimulatory Effects 0.000 claims description 2
- 201000009910 diseases by infectious agent Diseases 0.000 claims description 2
- 201000010536 head and neck cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 200000000018 inflammatory disease Diseases 0.000 claims description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims description 2
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 claims description 2
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 2
- 230000002062 proliferating Effects 0.000 claims description 2
- 230000017613 viral reproduction Effects 0.000 claims description 2
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims 16
- 101700057343 chr1 Proteins 0.000 claims 5
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 claims 2
- 108091008153 T cell receptors Proteins 0.000 claims 2
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 claims 2
- 239000001963 growth media Substances 0.000 claims 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 1
- 239000000367 immunologic factor Substances 0.000 claims 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 claims 1
- 230000000770 pro-inflamatory Effects 0.000 claims 1
- 102100000445 CBLB Human genes 0.000 description 60
- 101700052751 CBLB Proteins 0.000 description 60
- 102100006193 PPP2R2D Human genes 0.000 description 32
- 101710025276 PPP2R2D Proteins 0.000 description 32
- 102000004389 Ribonucleoproteins Human genes 0.000 description 8
- 108010081734 Ribonucleoproteins Proteins 0.000 description 8
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 8
- 229920000023 polynucleotide Polymers 0.000 description 7
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 7
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 description 4
- 230000002708 enhancing Effects 0.000 description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000006011 modification reaction Methods 0.000 description 4
- 101700032543 MXI1 Proteins 0.000 description 3
- 102100010035 MXI1 Human genes 0.000 description 3
- 230000000259 anti-tumor Effects 0.000 description 3
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 3
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 3
- 210000000170 Cell Membrane Anatomy 0.000 description 2
- 210000004698 Lymphocytes Anatomy 0.000 description 2
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 102000006890 Methyl-CpG-Binding Protein 2 Human genes 0.000 description 2
- 108010072388 Methyl-CpG-Binding Protein 2 Proteins 0.000 description 2
- 101700028580 NRPB1 Proteins 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 2
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 2
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 description 2
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 210000000581 Natural Killer T-Cells Anatomy 0.000 description 1
- 102100001279 PAM Human genes 0.000 description 1
- 108010017070 Zinc Finger Nucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 101700056392 gnu Proteins 0.000 description 1
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 description 1
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular Effects 0.000 description 1
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
Description
いくつかの実施形態では、本開示は、免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、本明細書に記載されている遺伝子調節システムをその免疫エフェクター細胞に導入することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、本明細書に記載されている遺伝子調節システムをその免疫エフェクター細胞に導入することを含み、その改変免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変していないその免疫エフェクター細胞と比べて増強される方法を提供する。いくつかの実施形態では、その1つ以上のエフェクター機能は、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目2)
前記遺伝子調節システムが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目3)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目4)
前記遺伝子調節システムが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目3に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目5)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目4に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目6)
前記遺伝子調節システムがさらに、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1または項目2に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目7)
前記遺伝子調節システムが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目8)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目9)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目10)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目11)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目12)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目13)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目14)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目15)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1及びTNFAPI3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目16)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目17)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目18)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目19)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3及びTNFAPI3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目20)
前記遺伝子調節システムが、(i)1つ以上の核酸分子、(ii)1つ以上の酵素タンパク質または(iii)1つ以上のガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、項目1~19のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目21)
前記1つ以上の核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAから選択されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目22)
前記遺伝子調節システムが、siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目23)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目24)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目23に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目25)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目26)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目25に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目27)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目28)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目29)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目30)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目29に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目31)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目32)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目31に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目33)
前記遺伝子調節システムが、複数のsiRNA分子またはshRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目34)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目35)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目36)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目34または35に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目37)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目38)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目39)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目38に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目40)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目39に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目41)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目42)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目43)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目44)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42または項目43に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目45)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目46)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目47)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目48)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46または項目47に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目49)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目50)
前記遺伝子調節システムが、酵素タンパク質を含み、前記酵素タンパク質が、前記内在性遺伝子のうちの1つ以上における標的配列に特異的に結合するように操作されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目51)
前記タンパク質が、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼまたはメガヌクレアーゼである、項目50に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目52)
前記遺伝子調節システムが、ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含み、前記核酸分子が、ガイドRNA(gRNA)分子であり、前記酵素タンパク質が、Casタンパク質またはCasオルソログである、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目53)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目54)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目55)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目56)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目57)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目58)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目59)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目60)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目61)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1であり、前記gRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目62)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目61に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目63)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目61に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目64)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3であり、前記gRNA分子が、表6G及び6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目65)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目66)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目67)
前記遺伝子調節システムが、複数のgRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目68)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCB1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目69)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目68に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目70)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目69に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目71)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目69に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目72)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目73)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目74)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目73に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目75)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目74に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目76)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目74に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目77)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aであり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目78)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目79)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目78に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目80)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目79に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目81)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目79に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目82)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目83)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目84)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目83に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目85)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目84に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目86)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目84に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目87)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目88)
a.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを2つ含むとともに、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質であるか、
b.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを1つ含むとともに、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体であるか、または
c.前記Casタンパク質が、不活性型Casタンパク質(dCas)であり、前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している、
項目52~87のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目89)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目52~88のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目90)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン、メチル-CpG結合タンパク質2(MECP2)及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目88に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目91)
前記遺伝子調節システムが、前記1つ以上の内在性標的遺伝子に不活性化変異を導入する、項目50~90のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目92)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目91に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目93)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目94)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目95)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させる、項目91~94のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目96)
前記遺伝子調節システムが、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入されている、項目1~95のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目97)
前記遺伝子調節システムが、前記システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド、タンパク質またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として導入されている、項目96に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目98)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目99)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目100)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目101)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目102)
CBLB及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目101に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目103)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目104)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目105)
ZC3H12A及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目104に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目106)
ZC3H12A及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目104に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目107)
ZC3H12A及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目104に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目108)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、MAP4K1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目109)
MAP4K1及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目108に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目110)
MAP4K1及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目108に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目111)
MAP4K1及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目108に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目112)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、NR4A3であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目113)
NR4A3及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目112に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目114)
NR4A3及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目112に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目115)
NR4A3及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目112に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目116)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目117)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目118)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目119)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目120)
前記CBLB遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目119に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目121)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目122)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目123)
前記ZC3H12A遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目124)
前記ZC3H12A遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目125)
前記ZC3H12A遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目126)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、MAP4K1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目127)
前記MAP4K1遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目126に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目128)
前記MAP4K1遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目126に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目129)
前記MAP4K1遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目126に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目130)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、NR4A3であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目131)
前記NR4A3遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目130に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目132)
前記NR4A3遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目130に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目133)
前記NR4A3遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目130に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目134)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目116~133のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目135)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目134に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目136)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目134に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目137)
前記不活性化変異によって、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が低下する、項目116~136のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目138)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~137のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目139)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の機能が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~137のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目140)
細胞表面に提示された操作免疫受容体をさらに含む、項目1~139のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目141)
前記操作免疫受容体が、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARである、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目142)
前記操作免疫受容体が、操作TCRである、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目143)
前記操作免疫受容体が、標的細胞上に発現する抗原に特異的に結合し、前記抗原が、腫瘍関連抗原である、項目140~142のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目144)
免疫活性化分子を発現する外来性導入遺伝子をさらに含む、項目1~143のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目145)
前記免疫活性化分子が、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、活性化ペプチド、抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択されている、項目144に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目146)
前記抗体またはその結合断片が、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合し、前記タンパク質の機能を阻害する、項目145に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目147)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞から選択したリンパ球である、項目1~146のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目148)
前記リンパ球が、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、項目147に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目149)
前記エフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、腫瘍への浸潤性、細胞傷害性、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択されている、項目1~148のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目150)
項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物。
(項目151)
薬学的に許容可能な担体または希釈剤をさらに含む、項目150に記載の組成物。
(項目152)
少なくとも1×10 4 個、1×10 5 個、1×10 6 個、1×10 7 個、1×10 8 個、1×10 9 個、1×10 10 個または1×10 11 個の改変免疫エフェクター細胞を含む、項目150または151に記載の組成物。
(項目153)
前記組成物が必要な対象に投与するのに適する、項目150~152のいずれか1項に記載の組成物。
(項目154)
前記組成物が必要な前記対象に由来する自己免疫エフェクター細胞を含む、項目150~153のいずれか1項に記載の組成物。
(項目155)
ドナー対象に由来する同種異系免疫エフェクター細胞を含む、項目150~153のいずれか1項に記載の組成物。
(項目156)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目157)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目158)
ガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目156または項目157に記載の遺伝子調節システム。
(項目159)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目160)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目161)
前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目159または項目160に記載の遺伝子調節システム。
(項目162)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目163)
前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目159または項目162に記載の遺伝子調節システム。
(項目164)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目165)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目164に記載の遺伝子調節システム。
(項目166)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目164または項目165に記載の遺伝子調節システム。
(項目167)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目168)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目167に記載の遺伝子調節システム。
(項目169)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目167または項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目170)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目169に記載の遺伝子調節システム。
(項目171)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1を含み、前記gRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目172)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目171に記載の遺伝子調節システム。
(項目173)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目171または項目172に記載の遺伝子調節システム。
(項目174)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3を含み、前記gRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目175)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目176)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目174または項目175に記載の遺伝子調節システム。
(項目177)
siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目156または項目157に記載の遺伝子調節システム。
(項目178)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目179)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号154~498から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目180)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号499~813から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目181)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目182)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号814~1064から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目181に記載の遺伝子調節システム。
(項目183)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目184)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1065~1509から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目183に記載の遺伝子調節システム。
(項目185)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目186)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号510~1538から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目187)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目188)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1539~1566から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目187に記載の遺伝子調節システム。
(項目189)
細胞内の2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択されており、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、
前記システムが、(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目190)
複数のガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目191)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目192)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目191に記載の遺伝子調節システム。
(項目193)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目191または項目192に記載の遺伝子調節システム。
(項目194)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目191または項目192に記載の遺伝子調節システム。
(項目195)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aであり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目196)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目195に記載の遺伝子調節システム。
(項目197)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目198)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目199)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目200)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目201)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目202)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目201に記載の遺伝子調節システム。
(項目203)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目204)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目205)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目206)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目207)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目208)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目207に記載の遺伝子調節システム。
(項目209)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目210)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目211)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目212)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目213)
前記Casタンパク質が、
a.酵素活性ドメインを2つ含み、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質、
b.酵素活性ドメインを1つ含み、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体、
c.前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)である、
項目156~212のいずれか1項に記載の遺伝子調節システム。
(項目214)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目213に記載の遺伝子調節システム。
(項目215)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目216)
前記システムが、核酸分子を含み、前記核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAである、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目217)
複数のshRNA分子またはsiRNA分子を含む、項目216に記載の遺伝子調節システム。
(項目218)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目219)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目218に記載の遺伝子調節システム。
(項目220)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目218または項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目221)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aであり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目222)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目221に記載の遺伝子調節システム。
(項目223)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目221または項目222に記載の遺伝子調節システム。
(項目224)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目221または項目222に記載の遺伝子調節システム。
(項目225)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目226)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225に記載の遺伝子調節システム。
(項目227)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225または項目226に記載の遺伝子調節システム。
(項目228)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225または項目226に記載の遺伝子調節システム。
(項目229)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目230)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目231)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目229または230に記載の遺伝子調節システム。
(項目232)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目229または230に記載の遺伝子調節システム。
(項目233)
前記システムが、DNA結合ドメイン及び酵素ドメインを含むタンパク質を含み、ジンクフィンガーヌクレアーゼ及び転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)から選択されている、項目156、157または189に記載の遺伝子調節システム。
(項目234)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目235)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538または配列番号1539~1566から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目236)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目237)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538または配列番号1539~1566から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目238)
1つ以上のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目239)
複数のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538または配列番号1539~1566から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目240)
項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを含むキット。
(項目241)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、(d)NR4A3、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した内在性標的遺伝子内の標的配列に結合するターゲティングドメイン核酸配列を含むgRNA核酸分子。
(項目242)
a.前記内在性遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNAが、表6A及び6Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
b.前記内在性遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記gRNAが、表6C及び表6Dに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
c.前記内在性遺伝子が、MAP4K1であり、前記gRNAが、表6E及び表6Fに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
d.前記内在性遺伝子が、NR4A3であり、前記gRNAが、表6G及び表6Hに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
e.前記内在性遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、または
f.前記内在性遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、
項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目243)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目244)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目245)
前記標的配列が、PAM配列を含む、項目241~244のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目246)
前記gRNAが、モジュラーgRNA分子である、項目241~245のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目247)
前記gRNAが、デュアルgRNA分子である、項目241~245のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目248)
前記ターゲティングドメインが、16ヌクレオチド長、17ヌクレオチド長、18ヌクレオチド長、19ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、26ヌクレオチド長またはそれを上回るヌクレオチド長である、項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目249)
その5’末端もしくはその5’末端近傍(例えば、その5’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変、及び/またはその3’末端もしくはその3’末端近傍(例えば、その3’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変を含む、項目241~248のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目250)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、ヌクレアーゼに対する安定性が向上する、項目249に記載のgRNA分子。
(項目251)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、自然免疫応答が軽減される、項目249または項目250に記載のgRNA分子。
(項目252)
項目241~251のいずれか1項に記載のgRNA分子をコードするポリヌクレオチド分子。
(項目253)
項目241~251のいずれか1項に記載の1つ以上のgRNA分子、または項目252に記載のポリヌクレオチドを含む組成物。
(項目254)
項目241~251のいずれか1項に記載のgRNA分子、または項目252に記載のポリヌクレオチドを含むキット。
(項目255)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞を対象から採取すること、
b.項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入すること、ならびに
c.前記免疫エフェクター細胞を培養して、1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が、改変していない免疫エフェクター細胞と比べて低下するようにすること、
を含む、前記方法。
(項目256)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目257)
CAR及びTCRから選択した操作免疫受容体をコードするポリヌクレオチド配列を導入することをさらに含む、項目255または256に記載の方法。
(項目258)
前記遺伝子調節システム及び/または前記操作免疫受容体をコードする前記ポリヌクレオチドを、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入する、項目257に記載の方法。
(項目259)
前記遺伝子調節システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド配列として、タンパク質として、またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として、前記システムを導入する、項目255~258のいずれか1項に記載の方法。
(項目260)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させること、
b.項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入すること、
を含む、前記方法。
(項目261)
前記免疫エフェクター細胞集団を対象から採取することをさらに含む、項目260に記載の方法。
(項目262)
増殖前、増殖中または増殖後に、前記遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目260または項目261に記載の方法。
(項目263)
前記免疫エフェクター細胞集団の前記増殖が、第1ラウンドの増殖及び第2ラウンドの増殖を含む、項目260または項目261に記載の方法。
(項目264)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖前、前記第1ラウンドの増殖中、または前記第1ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目265)
前記遺伝子調節システムを、前記第2ラウンドの増殖前、前記第2ラウンドの増殖中、または前記第2ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目266)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目267)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目268)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖後、かつ前記第2ラウンドの増殖前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目269)
治療の必要な対象の疾患または障害の治療方法であって、項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目150~155のいずれか1項に記載の組成物を有効量投与することを含む、前記方法。
(項目270)
前記疾患または障害が、細胞増殖性障害、炎症性障害または感染症である、項目269に記載の方法。
(項目271)
前記疾患または障害が、がんまたはウイルス感染症である、項目269に記載の方法。
(項目272)
前記がんが、白血病、リンパ腫または固形腫瘍から選択される、項目271に記載の方法。
(項目273)
前記固形腫瘍が、メラノーマ、膵臓腫瘍、膀胱腫瘍、肺腫瘍もしくは肺転移、大腸癌または頭頸部癌である、項目272に記載の方法。
(項目274)
前記がんが、PD1耐性またはPD1非感受性のがんである、項目271~273のいずれか1項に記載の方法。
(項目275)
前記対象が以前に、PD1阻害剤またはPDL1阻害剤による治療を受けたことがある、項目271~274のいずれか1項に記載の方法。
(項目276)
NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合して、そのタンパク質の機能を阻害する抗体またはその結合断片を前記対象に投与することをさらに含む、項目271~275のいずれか1項に記載の方法。
(項目277)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して自家である、項目269~276のいずれか1項に記載の方法。
(項目278)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して同種異系である、項目269~276のいずれか1項に記載の方法。
(項目279)
がん細胞の殺傷方法であって、項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目150~155のいずれか1項に記載の組成物に、前記がん細胞を暴露することを含む、前記方法。
(項目280)
前記暴露が、in vitro、in vivoまたはex vivoでの暴露である、項目279に記載の方法。
(項目281)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目282)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含み、前記改変された免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変しなかった前記免疫エフェクター細胞と比べて増強される、前記方法。
(項目283)
前記1つ以上のエフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される、項目282に記載の方法。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目2)
前記遺伝子調節システムが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目3)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目4)
前記遺伝子調節システムが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目3に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目5)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目4に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目6)
前記遺伝子調節システムがさらに、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1または項目2に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目7)
前記遺伝子調節システムが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目8)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目9)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目10)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目11)
前記遺伝子調節システムが、ZC3H12A及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目12)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目13)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目14)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目15)
前記遺伝子調節システムが、MAP4K1及びTNFAPI3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目16)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目17)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目18)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目19)
前記遺伝子調節システムが、NR4A3及びTNFAPI3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目20)
前記遺伝子調節システムが、(i)1つ以上の核酸分子、(ii)1つ以上の酵素タンパク質または(iii)1つ以上のガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、項目1~19のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目21)
前記1つ以上の核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAから選択されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目22)
前記遺伝子調節システムが、siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目23)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目24)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目23に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目25)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目26)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目25に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目27)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目28)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目29)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目30)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目29に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目31)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目22に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目32)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目31に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目33)
前記遺伝子調節システムが、複数のsiRNA分子またはshRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目34)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目35)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目36)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目34または35に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目37)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目38)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目39)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目38に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目40)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目39に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目41)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目42)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目43)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目44)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42または項目43に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目45)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目46)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目47)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目48)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46または項目47に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目49)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目33に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目50)
前記遺伝子調節システムが、酵素タンパク質を含み、前記酵素タンパク質が、前記内在性遺伝子のうちの1つ以上における標的配列に特異的に結合するように操作されている、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目51)
前記タンパク質が、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼまたはメガヌクレアーゼである、項目50に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目52)
前記遺伝子調節システムが、ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含み、前記核酸分子が、ガイドRNA(gRNA)分子であり、前記酵素タンパク質が、Casタンパク質またはCasオルソログである、項目20に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目53)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目54)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目55)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目53に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目56)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目57)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目58)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目56に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目59)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目60)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目59に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目61)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1であり、前記gRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目62)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目61に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目63)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目61に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目64)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3であり、前記gRNA分子が、表6G及び6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目65)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目66)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目67)
前記遺伝子調節システムが、複数のgRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目68)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCB1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目69)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目68に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目70)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目69に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目71)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目69に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目72)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目73)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目74)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目73に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目75)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目74に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目76)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目74に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目77)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aであり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目78)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目79)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目78に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目80)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目79に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目81)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目79に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目82)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目83)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目84)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目83に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目85)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目84に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目86)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目84に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目87)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3、CBLB及びBCORからなる群から選択されている、項目67に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目88)
a.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを2つ含むとともに、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質であるか、
b.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを1つ含むとともに、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体であるか、または
c.前記Casタンパク質が、不活性型Casタンパク質(dCas)であり、前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している、
項目52~87のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目89)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目52~88のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目90)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン、メチル-CpG結合タンパク質2(MECP2)及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目88に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目91)
前記遺伝子調節システムが、前記1つ以上の内在性標的遺伝子に不活性化変異を導入する、項目50~90のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目92)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目91に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目93)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目94)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目92に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目95)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させる、項目91~94のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目96)
前記遺伝子調節システムが、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入されている、項目1~95のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目97)
前記遺伝子調節システムが、前記システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド、タンパク質またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として導入されている、項目96に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目98)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目99)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目100)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目101)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目102)
CBLB及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目101に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目103)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目104)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目105)
ZC3H12A及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目104に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目106)
ZC3H12A及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目104に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目107)
ZC3H12A及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目104に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目108)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、MAP4K1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目109)
MAP4K1及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目108に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目110)
MAP4K1及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目108に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目111)
MAP4K1及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目108に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目112)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、NR4A3であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、エフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目113)
NR4A3及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目112に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目114)
NR4A3及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目112に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目115)
NR4A3及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目112に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目116)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目117)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目118)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目119)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞。
(項目120)
前記CBLB遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目119に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目121)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目122)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目123)
前記ZC3H12A遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目124)
前記ZC3H12A遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目125)
前記ZC3H12A遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目122に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目126)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、MAP4K1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目127)
前記MAP4K1遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目126に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目128)
前記MAP4K1遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目126に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目129)
前記MAP4K1遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目126に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目130)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、少なくとも1つの標的遺伝子が、NR4A3であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目131)
前記NR4A3遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目130に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目132)
前記NR4A3遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目130に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目133)
前記NR4A3遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目130に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目134)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目116~133のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目135)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目134に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目136)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目134に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目137)
前記不活性化変異によって、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が低下する、項目116~136のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目138)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~137のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目139)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の機能が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~137のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目140)
細胞表面に提示された操作免疫受容体をさらに含む、項目1~139のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目141)
前記操作免疫受容体が、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARである、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目142)
前記操作免疫受容体が、操作TCRである、項目140に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目143)
前記操作免疫受容体が、標的細胞上に発現する抗原に特異的に結合し、前記抗原が、腫瘍関連抗原である、項目140~142のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目144)
免疫活性化分子を発現する外来性導入遺伝子をさらに含む、項目1~143のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目145)
前記免疫活性化分子が、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、活性化ペプチド、抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択されている、項目144に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目146)
前記抗体またはその結合断片が、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合し、前記タンパク質の機能を阻害する、項目145に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目147)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞から選択したリンパ球である、項目1~146のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目148)
前記リンパ球が、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、項目147に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目149)
前記エフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、腫瘍への浸潤性、細胞傷害性、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択されている、項目1~148のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目150)
項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物。
(項目151)
薬学的に許容可能な担体または希釈剤をさらに含む、項目150に記載の組成物。
(項目152)
少なくとも1×10 4 個、1×10 5 個、1×10 6 個、1×10 7 個、1×10 8 個、1×10 9 個、1×10 10 個または1×10 11 個の改変免疫エフェクター細胞を含む、項目150または151に記載の組成物。
(項目153)
前記組成物が必要な対象に投与するのに適する、項目150~152のいずれか1項に記載の組成物。
(項目154)
前記組成物が必要な前記対象に由来する自己免疫エフェクター細胞を含む、項目150~153のいずれか1項に記載の組成物。
(項目155)
ドナー対象に由来する同種異系免疫エフェクター細胞を含む、項目150~153のいずれか1項に記載の組成物。
(項目156)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目157)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択した、細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目158)
ガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目156または項目157に記載の遺伝子調節システム。
(項目159)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目160)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目161)
前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目159または項目160に記載の遺伝子調節システム。
(項目162)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目163)
前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目159または項目162に記載の遺伝子調節システム。
(項目164)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目165)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目164に記載の遺伝子調節システム。
(項目166)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目164または項目165に記載の遺伝子調節システム。
(項目167)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目168)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目167に記載の遺伝子調節システム。
(項目169)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目167または項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目170)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目169に記載の遺伝子調節システム。
(項目171)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1を含み、前記gRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目172)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目171に記載の遺伝子調節システム。
(項目173)
前記gRNA分子が、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目171または項目172に記載の遺伝子調節システム。
(項目174)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3を含み、前記gRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目175)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目176)
前記gRNA分子が、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目174または項目175に記載の遺伝子調節システム。
(項目177)
siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目156または項目157に記載の遺伝子調節システム。
(項目178)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目179)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号154~498から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目180)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号499~813から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目181)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目182)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号814~1064から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目181に記載の遺伝子調節システム。
(項目183)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目184)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1065~1509から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目183に記載の遺伝子調節システム。
(項目185)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、MAP4K1を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目186)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号510~1538から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目187)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、NR4A3を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目177に記載の遺伝子調節システム。
(項目188)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1539~1566から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目187に記載の遺伝子調節システム。
(項目189)
細胞内の2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、または(d)NR4A3から選択されており、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、
前記システムが、(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目190)
複数のガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目191)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目192)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目191に記載の遺伝子調節システム。
(項目193)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目191または項目192に記載の遺伝子調節システム。
(項目194)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目191または項目192に記載の遺伝子調節システム。
(項目195)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aであり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目196)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目195に記載の遺伝子調節システム。
(項目197)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目198)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目199)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目200)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目195または項目196に記載の遺伝子調節システム。
(項目201)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目202)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目201に記載の遺伝子調節システム。
(項目203)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目204)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目205)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目206)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目201または項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目207)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目208)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目207に記載の遺伝子調節システム。
(項目209)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目210)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目211)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目212)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目207または項目208に記載の遺伝子調節システム。
(項目213)
前記Casタンパク質が、
a.酵素活性ドメインを2つ含み、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質、
b.酵素活性ドメインを1つ含み、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体、
c.前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)である、
項目156~212のいずれか1項に記載の遺伝子調節システム。
(項目214)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目213に記載の遺伝子調節システム。
(項目215)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目213または項目214に記載の遺伝子調節システム。
(項目216)
前記システムが、核酸分子を含み、前記核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAである、項目189に記載の遺伝子調節システム。
(項目217)
複数のshRNA分子またはsiRNA分子を含む、項目216に記載の遺伝子調節システム。
(項目218)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目219)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目218に記載の遺伝子調節システム。
(項目220)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目218または項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目221)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ZC3H12Aであり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目222)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目221に記載の遺伝子調節システム。
(項目223)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目221または項目222に記載の遺伝子調節システム。
(項目224)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1509からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目221または項目222に記載の遺伝子調節システム。
(項目225)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、MAP4K1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目226)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225に記載の遺伝子調節システム。
(項目227)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225または項目226に記載の遺伝子調節システム。
(項目228)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号510~1538からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225または項目226に記載の遺伝子調節システム。
(項目229)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、NR4A3であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目217に記載の遺伝子調節システム。
(項目230)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6G及び表6Hに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目229に記載の遺伝子調節システム。
(項目231)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目229または230に記載の遺伝子調節システム。
(項目232)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1539~1566からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目229または230に記載の遺伝子調節システム。
(項目233)
前記システムが、DNA結合ドメイン及び酵素ドメインを含むタンパク質を含み、ジンクフィンガーヌクレアーゼ及び転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)から選択されている、項目156、157または189に記載の遺伝子調節システム。
(項目234)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目235)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538または配列番号1539~1566から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目236)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目237)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538または配列番号1539~1566から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目238)
1つ以上のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目239)
複数のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538または配列番号1539~1566から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目240)
項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを含むキット。
(項目241)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)ZC3H12A、(c)MAP4K1、(d)NR4A3、(e)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2、または(f)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した内在性標的遺伝子内の標的配列に結合するターゲティングドメイン核酸配列を含むgRNA核酸分子。
(項目242)
a.前記内在性遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNAが、表6A及び6Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
b.前記内在性遺伝子が、ZC3H12Aであり、前記gRNAが、表6C及び表6Dに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
c.前記内在性遺伝子が、MAP4K1であり、前記gRNAが、表6E及び表6Fに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
d.前記内在性遺伝子が、NR4A3であり、前記gRNAが、表6G及び表6Hに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、
e.前記内在性遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含むか、または
f.前記内在性遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、
項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目243)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目244)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1509、配列番号510~1538、配列番号1539~1566、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目245)
前記標的配列が、PAM配列を含む、項目241~244のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目246)
前記gRNAが、モジュラーgRNA分子である、項目241~245のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目247)
前記gRNAが、デュアルgRNA分子である、項目241~245のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目248)
前記ターゲティングドメインが、16ヌクレオチド長、17ヌクレオチド長、18ヌクレオチド長、19ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、26ヌクレオチド長またはそれを上回るヌクレオチド長である、項目241~247のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目249)
その5’末端もしくはその5’末端近傍(例えば、その5’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変、及び/またはその3’末端もしくはその3’末端近傍(例えば、その3’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変を含む、項目241~248のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目250)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、ヌクレアーゼに対する安定性が向上する、項目249に記載のgRNA分子。
(項目251)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、自然免疫応答が軽減される、項目249または項目250に記載のgRNA分子。
(項目252)
項目241~251のいずれか1項に記載のgRNA分子をコードするポリヌクレオチド分子。
(項目253)
項目241~251のいずれか1項に記載の1つ以上のgRNA分子、または項目252に記載のポリヌクレオチドを含む組成物。
(項目254)
項目241~251のいずれか1項に記載のgRNA分子、または項目252に記載のポリヌクレオチドを含むキット。
(項目255)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞を対象から採取すること、
b.項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入すること、ならびに
c.前記免疫エフェクター細胞を培養して、1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が、改変していない免疫エフェクター細胞と比べて低下するようにすること、
を含む、前記方法。
(項目256)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目257)
CAR及びTCRから選択した操作免疫受容体をコードするポリヌクレオチド配列を導入することをさらに含む、項目255または256に記載の方法。
(項目258)
前記遺伝子調節システム及び/または前記操作免疫受容体をコードする前記ポリヌクレオチドを、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入する、項目257に記載の方法。
(項目259)
前記遺伝子調節システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド配列として、タンパク質として、またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として、前記システムを導入する、項目255~258のいずれか1項に記載の方法。
(項目260)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させること、
b.項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入すること、
を含む、前記方法。
(項目261)
前記免疫エフェクター細胞集団を対象から採取することをさらに含む、項目260に記載の方法。
(項目262)
増殖前、増殖中または増殖後に、前記遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目260または項目261に記載の方法。
(項目263)
前記免疫エフェクター細胞集団の前記増殖が、第1ラウンドの増殖及び第2ラウンドの増殖を含む、項目260または項目261に記載の方法。
(項目264)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖前、前記第1ラウンドの増殖中、または前記第1ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目265)
前記遺伝子調節システムを、前記第2ラウンドの増殖前、前記第2ラウンドの増殖中、または前記第2ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目266)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目267)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目268)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖後、かつ前記第2ラウンドの増殖前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目263に記載の方法。
(項目269)
治療の必要な対象の疾患または障害の治療方法であって、項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目150~155のいずれか1項に記載の組成物を有効量投与することを含む、前記方法。
(項目270)
前記疾患または障害が、細胞増殖性障害、炎症性障害または感染症である、項目269に記載の方法。
(項目271)
前記疾患または障害が、がんまたはウイルス感染症である、項目269に記載の方法。
(項目272)
前記がんが、白血病、リンパ腫または固形腫瘍から選択される、項目271に記載の方法。
(項目273)
前記固形腫瘍が、メラノーマ、膵臓腫瘍、膀胱腫瘍、肺腫瘍もしくは肺転移、大腸癌または頭頸部癌である、項目272に記載の方法。
(項目274)
前記がんが、PD1耐性またはPD1非感受性のがんである、項目271~273のいずれか1項に記載の方法。
(項目275)
前記対象が以前に、PD1阻害剤またはPDL1阻害剤による治療を受けたことがある、項目271~274のいずれか1項に記載の方法。
(項目276)
NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合して、そのタンパク質の機能を阻害する抗体またはその結合断片を前記対象に投与することをさらに含む、項目271~275のいずれか1項に記載の方法。
(項目277)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して自家である、項目269~276のいずれか1項に記載の方法。
(項目278)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して同種異系である、項目269~276のいずれか1項に記載の方法。
(項目279)
がん細胞の殺傷方法であって、項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目150~155のいずれか1項に記載の組成物に、前記がん細胞を暴露することを含む、前記方法。
(項目280)
前記暴露が、in vitro、in vivoまたはex vivoでの暴露である、項目279に記載の方法。
(項目281)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目282)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、項目156~239のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含み、前記改変された免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変しなかった前記免疫エフェクター細胞と比べて増強される、前記方法。
(項目283)
前記1つ以上のエフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される、項目282に記載の方法。
Claims (59)
- 内在性ZC3H12Aの発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞。
- 前記細胞はT細胞である、請求項1に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記T細胞は腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、請求項2に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記改変免疫エフェクター細胞のエフェクター機能は、非改変免疫エフェクター細胞と比べて増強されている、請求項1~3のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記改変免疫エフェクター細胞では、非改変免疫エフェクター細胞と比べて、腫瘍への浸潤性もしくは遊走性が向上する特徴、増殖性が向上する特徴、細胞生存能が向上もしくは延長する特徴、周囲の微小環境における抑制因子耐性が向上して、その細胞の活性化状態が延長または増大するようになる特徴、炎症誘発性免疫因子の産生が増加する特徴、細胞傷害性が向上する特徴、及び疲弊耐性が向上する特徴のうちの1つ以上を有する、請求項4に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記改変免疫エフェクター細胞がCasエンドヌクレアーゼおよび、内在性ZC3H12Aに特異的に結合するターゲティングドメイン配列を含むガイドRNA(gRNA)を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記ターゲティングドメイン配列が、
(a)(i)chr1:37482799-37482818、(ii)chr1:37480423-37480442、(iii)chr1:37481747-37481766、(iv)chr1:37480362-37480381および(v)chr1:37480274-37480293から選択される一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、
(b)配列番号1267、配列番号1089、配列番号1127、配列番号1076および配列番号1065から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、ならびに/または
(c)配列番号1267、配列番号1089、配列番号1127、配列番号1076および配列番号1065から選択される核酸配列によりコードされる、
請求項6に記載の改変免疫エフェクター細胞。 - 前記gRNAが、(a)表6Cに示されるゲノム座標から選択される一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、(b)配列番号1065~1509からなる群から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/または(c)配列番号1065~1509からなる群から選択される核酸配列によりコードされる、標的ドメイン配列を含む、請求項6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記標的ドメイン配列が、(a)配列番号1065~1264からなる群から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/または(b)配列番号1065~1264からなる群から選択される核酸配列によりコードされる、請求項8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記Casエンドヌクレアーゼが、(a)2つの酵素活性ドメインを含む野生型Casタンパク質、(b)1つの酵素活性ドメインを含むCasニッカーゼ変異体、(c)異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)または(d)Casオルソログである、請求項6~9のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記CasエンドヌクレアーゼがCas9タンパク質である、請求項10に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記遺伝子調節システムが、前記内在性ZC3H12Aにおける標的配列に特異的に結合する酵素タンパク質を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記酵素タンパク質が、転写活性化様(TAL)エフェクタードメインを含む転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガー結合ドメインを含むジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)またはメガヌクレアーゼである、請求項12に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記遺伝子調節システムが、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRおよびアンチセンスRNAから選択される1つ以上の核酸分子を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記1つ以上の核酸分子が、配列番号1065~1509からなる群から選択されるDNA配列によりコードされるRNA配列に特異的に結合する、請求項14に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 遺伝子調節システムが、前記内在性ZC3H12Aに不活性化変異を導入する、請求項1~15のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記不活性化変異が、前記内在性ZC3H12Aにおける1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、請求項16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記欠失が、前記内在性ZC3H12Aの部分欠失または完全欠失である、請求項17に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、請求項17に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 内在性MAP4K1、NR4A3、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1、BCOR、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3またはGNASの発現および/または活性が、非改変免疫エフェクター細胞と比べて低下する、請求項1~17のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 前記改変免疫エフェクターが細胞表面に提示された操作免疫受容体を発現し、前記操作免疫受容体がキメラ抗原受容体(CAR)およびT細胞受容体(TCR)である、請求項1~20のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 免疫活性化分子を発現する外来性導入遺伝子をさらに含み、前記免疫活性化分子が、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、活性化ペプチドおよび抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択されている、請求項1~21のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
- 請求項1~22のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む医薬組成物。
- Casエンドヌクレアーゼおよび、内在性ZC3H12Aにおける標的配列に特異的に結合するターゲティングドメイン配列を含むガイドRNA(gRNA)を含む遺伝子調節システム。
- 前記gRNAが、(a)表6Cに示される一連のゲノム座標から選択される一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、(b)配列番号1065~1509から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/または(c)配列番号1065~1509から選択される核酸配列によりコードされる、ターゲティングドメイン配列を含む、請求項24に記載の遺伝子調節システム。
- 前記Casエンドヌクレアーゼが、(a)2つの酵素活性ドメインを含む野生型Casタンパク質、(b)1つの酵素活性ドメインを含むCasニッカーゼ変異体、(c)異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)または(d)Casオルソログである、請求項24または25に記載の遺伝子調節システム。
- 前記CasエンドヌクレアーゼがCas9タンパク質である、請求項26に記載の遺伝子調節システム。
- 内在性ZC3H12A遺伝子における標的配列に特異的に結合するように操作された酵素タンパク質を含む遺伝子調節システム。
- 前記酵素タンパク質が、転写活性化様(TAL)エフェクタードメインを含む転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガー結合ドメインを含むジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)またはメガヌクレアーゼである、請求項28に記載の遺伝子調節システム。
- 配列番号1065~1509からなる群から選択されるDNA配列によりコードされるRNA配列に特異的に結合する、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRおよびアンチセンスRNAから選択される1つ以上の核酸分子を含む、遺伝子調節システム。
- 内在性ZC3H12A遺伝子における標的配列に特異的に結合するように操作された酵素タンパク質。
- 前記酵素タンパク質が、転写活性化様(TAL)エフェクタードメインを含む転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガー結合ドメインを含むジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)またはメガヌクレアーゼである、請求項31に記載の酵素タンパク質。
- (a)表6Cに示される一連のゲノム座標から選択される一連のゲノム座標によって定義される標的核酸配列に特異的に結合し、(b)配列番号1065~1509から選択される標的DNA配列に特異的に結合し、および/または(c)配列番号1065~1509から選択される核酸配列によりコードされる、ターゲティングドメイン配列を含む、ガイドRNA(gRNA)。
- 配列番号1065~1509からなる群から選択されるDNA配列によりコードされるRNA配列に特異的に結合する、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRおよびアンチセンスRNAから選択される操作された核酸分子。
- in vitroで改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、請求項24~30のいずれか一項に記載の遺伝子調節システムを、免疫エフェクター細胞に導入することを含む、方法。
- (a)免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させること、および(b)請求項24~30のいずれか一項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、請求項35に記載のin vitroの方法。
- 請求項24~30のいずれか一項に記載の遺伝子調節システムを、ヒト対象から得られた前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、請求項35に記載のin vitroの方法。
- (a)ヒト対象から得られた前記免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させ、免疫エフェクター細胞の増殖させた集団を作成すること、および(b)請求項24~30のいずれか一項に記載の遺伝子調節システムを前記増殖させた集団の免疫エフェクター細胞に導入することを含む、請求項35に記載のin vitroの方法。
- 前記免疫エフェクター細胞を培養して、内在性ZC3H12Aの発現を、非改変免疫エフェクター細胞と比べて低下させることをさらに含む、請求項35~38のいずれか一項に記載のin vitroの方法。
- 内在性ZC3H12Aの低下した発現が、前記改変免疫エフェクター細胞の増殖を、非改変免疫エフェクター細胞と比べて増加させる、請求項39に記載のin vitroの方法。
- 免疫エフェクター細胞の前記集団がヒト対象から得られる、請求項40に記載のin vitroの方法。
- 前記遺伝子調節システムを、(a)の前記増殖前、増殖中または増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、請求項40または41に記載のin vitroの方法。
- 前記遺伝子調節システムを、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる前記細胞の膜の物理的破壊によって導入する、請求項35~42のいずれか一項に記載のin vitroの方法。
- 前記免疫エフェクター細胞がT細胞である、請求項35~43のいずれか一項に記載のin vitroの方法。
- 前記T細胞が腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、請求項44に記載のin vitroの方法。
- 疾患または障害の治療を必要とする対象において、疾患または障害を治療するための、請求項1~22のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物または請求項23に記載の医薬組成物。
- 前記疾患または障害が、細胞増殖性障害、炎症性障害または感染症である、請求項46に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記疾患または障害が、がんまたはウイルス感染症である、請求項47に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記がんが、白血病、リンパ腫または固形腫瘍である、請求項48に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記固形腫瘍が、メラノーマ、膵臓腫瘍、膀胱腫瘍、肺腫瘍もしくは肺転移、大腸癌または頭頸部癌である、請求項49に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記がんが、PD1耐性またはPD1非感受性のがんである、請求項46~50のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記対象が以前に、PD1阻害剤またはPDL1阻害剤による治療を受けたことがある、請求項46~51のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記組成物が、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCDによってコードされるタンパク質に特異的に結合して、前記タンパク質の機能を阻害する抗体またはその結合断片を組み合わせて前記対象に投与されることを特徴とする、請求項46~52のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 細胞の前記集団が、前記対象に対して自家である、請求項46~53のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- 細胞の前記集団が、前記対象に対して同種異系である、請求項46~54のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物。
- がん細胞を殺傷するための、請求項1~22のいずれか一項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物または請求項23に記載の医薬組成物であって、前記がん細胞は前記組成物または医薬組成物に曝露される、組成物または医薬組成物。
- 前記暴露が、in vitroでの暴露である、請求項56に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記暴露が、in vivoでの暴露である、請求項56に記載の組成物または医薬組成物。
- 前記暴露が、ex vivoでの暴露である、請求項56に記載の組成物または医薬組成物。
Applications Claiming Priority (26)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201862643597P | 2018-03-15 | 2018-03-15 | |
US201862643598P | 2018-03-15 | 2018-03-15 | |
US201862643587P | 2018-03-15 | 2018-03-15 | |
US201862643578P | 2018-03-15 | 2018-03-15 | |
US62/643,597 | 2018-03-15 | ||
US62/643,587 | 2018-03-15 | ||
US62/643,598 | 2018-03-15 | ||
US62/643,578 | 2018-03-15 | ||
US201862692010P | 2018-06-29 | 2018-06-29 | |
US201862692100P | 2018-06-29 | 2018-06-29 | |
US201862692019P | 2018-06-29 | 2018-06-29 | |
US62/692,019 | 2018-06-29 | ||
US62/692,110 | 2018-06-29 | ||
US62/692,100 | 2018-06-29 | ||
US62/692,010 | 2018-06-29 | ||
US201862768428P | 2018-11-16 | 2018-11-16 | |
US201862768448P | 2018-11-16 | 2018-11-16 | |
US201862768443P | 2018-11-16 | 2018-11-16 | |
US201862768458P | 2018-11-16 | 2018-11-16 | |
US62/768,443 | 2018-11-16 | ||
US62/768,458 | 2018-11-16 | ||
US62/768,448 | 2018-11-16 | ||
US62/768,428 | 2018-11-16 | ||
US201962804265P | 2019-02-12 | 2019-02-12 | |
US62/804,265 | 2019-02-12 | ||
PCT/US2019/022365 WO2019178421A1 (en) | 2018-03-15 | 2019-03-14 | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2021518161A JP2021518161A (ja) | 2021-08-02 |
JP2021518161A6 JP2021518161A6 (ja) | 2021-09-24 |
JPWO2019178421A5 true JPWO2019178421A5 (ja) | 2022-03-24 |
Family
ID=67906919
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020573081A Pending JP2021518161A (ja) | 2018-03-15 | 2019-03-14 | 免疫療法の改善のための遺伝子調節組成物及び遺伝子調節方法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP2021518161A (ja) |
KR (1) | KR20200130826A (ja) |
CN (1) | CN112040987A (ja) |
AU (1) | AU2019236204A1 (ja) |
CA (1) | CA3093919A1 (ja) |
WO (1) | WO2019178421A1 (ja) |
Families Citing this family (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109517820B (zh) | 2017-09-20 | 2021-09-24 | 北京宇繁生物科技有限公司 | 一种靶向HPK1的gRNA以及HPK1基因编辑方法 |
AU2020392094A1 (en) * | 2019-11-25 | 2022-06-23 | KSQ Therapeutics, Inc. | Methods for activation and expansion of tumor infiltrating lymphocytes |
CN110777147A (zh) * | 2019-11-29 | 2020-02-11 | 上海科技大学 | 一种ikzf3基因沉默的t细胞及其应用 |
MX2023003365A (es) | 2020-09-23 | 2023-03-29 | Crispr Therapeutics Ag | Linfocitos t modificados por ingenieria genetica con disrupcion de regnasa-1 y/o tgfbrii tienen una funcionalidad y una persistencia mejoradas. |
JP2024503719A (ja) * | 2021-01-19 | 2024-01-26 | ザ ジェイ. デビッド グラッドストーン インスティテューツ、 ア テスタメンタリー トラスト エスタブリッシュド アンダー ザ ウィル オブ ジェイ. デビッド グラッドストーン | ヒトt細胞の機能を強化するための遺伝子活性化標的 |
EP4341383A1 (en) * | 2021-05-20 | 2024-03-27 | Wuxi Biologics Ireland Limited | Genetically modified nk cells and uses thereof |
WO2023011433A1 (zh) * | 2021-08-03 | 2023-02-09 | 苏州沙砾生物科技有限公司 | 一种修饰的肿瘤浸润淋巴细胞及其用途 |
CN113750218B (zh) * | 2021-08-10 | 2022-05-20 | 南通市肿瘤医院 | 多肽zc3h12a及其突变体在制备抗肝癌药物中的应用 |
WO2023082640A1 (zh) * | 2021-11-10 | 2023-05-19 | 清华大学 | 增强免疫细胞持久性的方法 |
WO2023143515A1 (zh) * | 2022-01-29 | 2023-08-03 | 苏州沙砾生物科技有限公司 | 一种修饰的肿瘤浸润淋巴细胞及其用途 |
WO2023225665A1 (en) * | 2022-05-19 | 2023-11-23 | Lyell Immunopharma, Inc. | Polynucleotides targeting nr4a3 and uses thereof |
WO2024011335A1 (zh) * | 2022-07-10 | 2024-01-18 | 清华大学 | 经修饰的免疫细胞 |
Family Cites Families (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1999014321A1 (en) * | 1997-09-17 | 1999-03-25 | The Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research | Novel therapeutic molecules |
JPWO2010098429A1 (ja) * | 2009-02-27 | 2012-09-06 | 国立大学法人大阪大学 | 免疫アジュバント組成物、及びその利用 |
US20150218636A1 (en) * | 2012-04-12 | 2015-08-06 | Aarhus Universitet | Mutations In Calmodulin Genes |
DK3079725T3 (da) * | 2013-12-12 | 2020-01-20 | Broad Inst Inc | Administration, brug og terapeutiske anvendelser af crispr-cas-systemerne og sammensætninger til genomredigering |
EP3303381A1 (en) * | 2015-05-29 | 2018-04-11 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Compositions for cellular immunotherapy |
EP3317399A1 (en) * | 2015-06-30 | 2018-05-09 | Cellectis | Methods for improving functionality in nk cell by gene inactivation using specific endonuclease |
EP3341006A4 (en) * | 2015-08-28 | 2019-03-13 | BioIncept LLC | COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING NERVE DAMAGE |
WO2017048995A1 (en) * | 2015-09-15 | 2017-03-23 | Mirimus, Inc. | Inducible crispr/cas9 and rnai systems and methods of use |
WO2017079622A1 (en) * | 2015-11-04 | 2017-05-11 | Emory University | Immune cells with dnmt3a gene modifications and methods related thereto |
BE1023924B1 (nl) * | 2015-12-09 | 2017-09-13 | Stairsolutions Vof | Systeem van elementen voor het samenstellen van een trap en een trap samengesteld met elementen van zulk systeem |
-
2019
- 2019-03-14 WO PCT/US2019/022365 patent/WO2019178421A1/en active Application Filing
- 2019-03-14 AU AU2019236204A patent/AU2019236204A1/en active Pending
- 2019-03-14 CN CN201980019421.XA patent/CN112040987A/zh active Pending
- 2019-03-14 KR KR1020207026518A patent/KR20200130826A/ko unknown
- 2019-03-14 JP JP2020573081A patent/JP2021518161A/ja active Pending
- 2019-03-14 CA CA3093919A patent/CA3093919A1/en active Pending
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JPWO2019178422A5 (ja) | ||
US11421228B2 (en) | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy | |
KR20210008502A (ko) | 암을 치료하기 위한 방법 및 조성물 | |
US11261428B2 (en) | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy | |
AU2019236205A1 (en) | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy | |
CN116322716A (zh) | Regnase-1和/或TGFBRII被破坏的基因工程化T细胞具有改善的功能性和持久性 | |
US20200347386A1 (en) | Combination gene targets for improved immunotherapy | |
US8329882B2 (en) | Genetic control of mammalian cells with synthetic RNA regulatory systems | |
WO2019178421A1 (en) | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy | |
CN110913871A (zh) | 生成哺乳动物t细胞活化诱导型合成启动子(syn+pro)以改善t细胞疗法 | |
JP2021518161A6 (ja) | 免疫療法の改善のための遺伝子調節組成物及び遺伝子調節方法 | |
Ploquin et al. | B cells and TCR avidity determine distinct functions of CD4+ T cells in retroviral infection | |
JPWO2019178421A5 (ja) | ||
US20200017881A1 (en) | Programmable Oncolytic Virus Vaccine System and Method | |
JPWO2019178420A5 (ja) | ||
JP2022519070A (ja) | 免疫療法の改善のための遺伝子調節組成物及び遺伝子調節方法 | |
US11332713B2 (en) | Gene-regulating compositions and methods for improved immunotherapy | |
US20170152506A1 (en) | Inactivation of lymphocyte immunological checkpoints by gene editing | |
Kmieciak et al. | CD4+ T cells inhibit the neu-specific CD8+ T-cell exhaustion during the priming phase of immune responses against breast cancer | |
CN111107856A (zh) | 增强基于t细胞的免疫疗法的效力的组合物和方法 | |
JPWO2020163365A5 (ja) | ||
Blum | Molecular therapy and prevention of liver diseases. | |
JP2010521460A (ja) | 癌免疫療法におけるIi−RNAi関与Ii抑制 | |
BR102020024609A2 (pt) | Compostos de rna de interferência para inibição transcricional de foxp3 métodos de obtenção, composições farmaceuticas contendo-os e uso | |
Hagner et al. | 646. Covalently-Closed, Dumbbell-Shaped Double-Stem-Loop DNA Constructs (dSLIM) with Specific Immunomodulatory Function |