JP2018500271A - 細菌株を含む組成物 - Google Patents

Abstract

本発明は、がんを治療及び予防するための細菌株を含む組成物を提供する。

Description

本発明は、哺乳動物の消化管から単離された細菌株を含む組成物及び疾患の治療におけるそのような組成物の使用の分野にある。

ヒト腸管は子宮内で無菌と考えられているが、出生後直ぐに非常に多様な母体及び環境微生物に曝される。その後、微生物の定着及び連鎖の動的期間があるが、この定着及び連鎖は、分娩様式、環境、食事及び宿主の遺伝子型などの因子により影響を受け、それらの因子は全て、特に幼少期において、腸内微生物叢の組成に影響を与える。その後、微生物叢は安定し、成体様になる（Spor et al. (2011) Nat Rev Microbiol. 9(4):279-90）。ヒト腸内微生物叢は、５００〜１０００を超える様々な系統型を含んでおり、この系統型は本質的に２つの主要な細菌分類、バクテロイデス門及びファーミキューテス門に属する（Eckburg et al. (2005) Science. 10;308(5728):1635-8）。細菌のヒト腸への定着から生じる共生関係が成功することにより、多種多様な代謝的、構造的、保護的及び他の有益な機能がもたらされる。定着された腸の増強された代謝活性により、本来なら難消化性の食事成分が、副産物の放出と共に確実に分解され、重要な栄養源が宿主に与えられる。同様に、腸内微生物叢が免疫学的に重要であることも十分に認識されており、例えば、共生細菌の導入後に機能的に再構成される免疫系に障害がある無菌動物において示されている（Macpherson et al. (2001) Microbes Infect. 3(12):1021-35、Macpherson et al. (2002) Cell Mol Life Sci. 59(12):2088-96、Mazmanian et al. (2005) Cell 15;122(1):107-18）。

微生物叢組成物の劇的な変化が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ，inflammatory bowel disease）などの胃腸障害において記録されてきた。例えばクロストリジウム属のクラスターXIVａ細菌のレベルは、ＩＢＤ患者において低減しているが、大腸菌の数は増加しており、腸内の共生生物と病原性共生生物とのバランスがシフトしていることが示唆される（Frank et al. (2007) PNAS 104(34):13780-5、Scanlan et al. (2006) J Clin Microbiol. 44(11):3980-8、Kang et al. (2010) Inflamm Bowel Dis. 16(12):2034-42、Machiels et al. (2013) Gut. 63(8):1275-83）。興味深いことに、この微生物学的腸内菌共生バランス失調は、Ｔエフェクター細胞集団の不均衡とも関連している。

特定の細菌株が動物の腸に与えうる潜在的な肯定的効果の認識において、様々な株が、様々な疾患の治療での使用のために提案されている（例えば、国際公開第２０１３／０５０７９２号パンフレット、国際公開第０３／０４６５８０号パンフレット、国際公開第２０１３／００８０３９号パンフレット、国際公開第２０１４／１６７３３８号パンフレット参照）。さらに、特定の株、例えば、ほとんどのラクトバチルス及びビフィドバクテリウム株は、腸管と直接関連しない様々な炎症性疾患及び自己免疫疾患の治療に使用することが提案されている（Goldin and Gorbach (2008) Clin Infect Dis. 46 Suppl 2:S96-100及びAzad et al. (2013) BMJ. 347:f6471の総説を参照）。しかしながら、異なる疾患と異なる細菌株との間の関係、特定の細菌株が腸及び全身レベル並びに何らかの特定の種類の疾患へ与える正確な効果は、十分に特徴付けられていない。例えば、特定のエンテロコッカス種は、がんの原因に関係があるとされてきた（Strickertsson et al. (2014) Genes. 5(3): 726-738）。

疾患を治療する新しい方法が、当技術分野において必要とされている。さらに、腸内細菌を使用した新しい治療を開発できるような腸内細菌の潜在的効果を特徴付けることが必要とされている。

国際公開第２０１３／０５０７９２号パンフレット 国際公開第０３／０４６５８０号パンフレット 国際公開第２０１３／００８０３９号パンフレット 国際公開第２０１４／１６７３３８号パンフレット

Spor et al. (2011) Nat Rev Microbiol. 9(4):279-90 Eckburg et al. (2005) Science. 10;308(5728):1635-8 Macpherson et al. (2001) Microbes Infect. 3(12):1021-35 Macpherson et al. (2002) Cell Mol Life Sci. 59(12):2088-96 Mazmanian et al. (2005) Cell 15;122(1):107-18 Frank et al. (2007) PNAS 104(34):13780-5 Scanlan et al. (2006) J Clin Microbiol. 44(11):3980-8 Kang et al. (2010) Inflamm Bowel Dis. 16(12):2034-42 Machiels et al. (2013) Gut. 63(8):1275-83 Goldin and Gorbach (2008) Clin Infect Dis. 46 Suppl 2:S96-100 Azad et al. (2013) BMJ. 347:f6471 Strickertsson et al. (2014) Genes. 5(3): 726-738

本発明者らは、疾患を治療及び予防するための新しい治療法を開発した。特に、本発明者らは、がんを治療及び予防するための新しい治療法を開発した。特に、本発明者らは、エンテロコッカス・ガリナラム（Enterococcus gallinarum）種の細菌株が、がんの治療及び予防に有効でありうることを明らかにした。実施例に記載されるように、エンテロコッカス・ガリナラムを含む組成物の経口投与は、がんのマウスモデルにおける腫瘍サイズを低減させうる。

好ましい実施形態において、本発明は、乳がん、肺がん又は肝臓がんなどのがんを治療又は予防する方法に使用するための、エンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株を含む組成物を提供する。本発明者らは、エンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株を含む組成物を用いた治療が、乳がん、肺がん及び肝臓がんのマウスモデルにおける腫瘍増殖を低減させることができることを明らかにした。特定の実施形態において、組成物は、がんの治療において腫瘍サイズを低減させる又は腫瘍増殖を予防する方法に使用するためのものである。エンテロコッカス・ガリナラムを使用する組成物は、がんの治療において腫瘍サイズを低減させる又は腫瘍増殖を予防するために特に有効でありうる。

本発明の好ましい実施形態において、組成物中の細菌株は、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株である。近縁株、例えばエンテロコッカス・ガリナラムの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株も使用しうる。好ましくは、細菌株は、配列番号１又は２と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号２に対するものである。好ましくは、本発明に使用するための細菌株は、配列番号２によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

したがって、本発明は、がんを治療又は予防する方法に使用するための、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物も提供する。特に本発明は、がんを治療又は予防する方法に使用するための、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物を提供する。一部の実施形態において、組成物中の細菌株は、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株ではない。一部の実施形態において、組成物中の細菌株は、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株ではないが、近縁株である。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、経口投与用である。本発明の株の経口投与は、がんを治療するために有効でありうる。また経口投与は、患者及び実務者にとって便利がよく、腸管への送達及び／又は部分的若しくは全体的な定着（colonisation）を可能にする。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、１又は２以上の薬学的に許容される賦形剤又は担体を含む。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、凍結乾燥されている細菌株を含む。凍結乾燥は、細菌の送達を可能にする安定な組成物を調製するための有効で便利な技術である。

特定の実施形態において、本発明は、上記組成物を含む食品を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、上記組成物を含むワクチン組成物を提供する。

さらに、本発明は、がんを治療又は予防する方法であって、エンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株を含む組成物を投与することを含む方法を提供する。

上記発明の開発において、本発明者らは、治療に特に有用な細菌株を特定し、特徴付けた。本発明のエンテロコッカス・ガリナラム株は、がんを治療するために有効であることが示される。したがって、別の態様では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物（derivative）の細胞を提供する。本発明は、そのような細胞又はそのような細胞の生物学的に純粋な培養物を含む組成物も提供する。本発明は、治療、特にがんの治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物の細胞も提供する。同様に、本発明は、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株又はその派生物の細胞も提供する。本発明は、そのような細胞又はそのような細胞の生物学的に純粋な培養物を含む組成物も提供する。本発明は、治療に使用するための、特にがんを治療又は予防するための、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株又はその派生物の細胞も提供する。

乳がんのマウスモデル−腫瘍容量。 肺がんのマウスモデル−腫瘍容量。 肝臓がんのマウスモデル−肝重量。 未熟樹状細胞（細菌なし）中のサイトカインレベル（ｐｇ／ｍｌ）。 ＬＰＳの添加後の未熟樹状細胞中のサイトカインレベル（ｐｇ／ｍｌ）。 ＭＲＸ５１８の添加後の未熟樹状細胞中のサイトカインレベル（ｐｇ／ｍｌ）。 ＭＲＸ５１８及びＬＰＳの添加後の未熟樹状細胞中のサイトカインレベル（ｐｇ／ｍｌ）。 ＴＨＰ−１細胞（細菌なし）中のサイトカインレベル。 細菌沈降の添加後のＴＨＰ−１細胞中のサイトカインレベル。 ＭＲＸ５１８単独又はＬＰＳとの組合せの添加後のＴＨＰ−１細胞中のサイトカインレベル。

細菌株
本発明の組成物は、エンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株を含む。実施例は、この種の細菌が、がんを治療又は予防するために有用であることを実証している。

本発明は、治療に使用するための、例えば、がんを治療又は予防する方法に使用するための、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物も提供する。特に本発明は、治療に使用するための、例えば、がんを治療又は予防する方法に使用するための、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物も提供する。一部の実施形態において、組成物中の細菌株は、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株ではないが、近縁株である。

本発明は、治療に使用するための、例えば、がんの治療又は予防に使用するための、エンテロコッカス・ガリナラムを提供する。同様に、本発明は、治療に使用するための、例えば、がんの治療又は予防に使用するための、エンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株を含む組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明の組成物は、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株、例えば、エンテロコッカス・ガリナラム細菌株を含み、いかなる他属の細菌も含まない。特定の実施形態において、本発明の組成物は、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株の単一株、例えばエンテロコッカス・ガリナラム細菌株の単一株を含み、いかなる他株又は他種の細菌も含まない。

エンテロコッカス・ガリナラムは、球菌様細胞を形成し、ほとんどはペア又は短連鎖である。エンテロコッカス・ガリナラムは非運動性であり、血液寒天又はニュートリエント寒天培地上のコロニーは、円形で平滑である。エンテロコッカス・ガリナラムは、LancefieldのＤ群の抗血清と反応する。エンテロコッカス・ガリナラムの基準株は、Ｆ８７／２７６＝ＰＢ２１＝ＡＴＣＣ４９５７３＝ＣＣＵＧ１８６５８＝ＣＩＰ１０３０１３＝ＪＣＭ８７２８＝ＬＭＧ１３１２９＝ＮＢＲＣ１００６７５＝ＮＣＩＭＢ７０２３１３（以前のＮＣＤＯ２３１３）＝ＮＣＴＣ１２３５９である（Collins et al. (1984) Int J Syst Evol Microbiol. 34: 220-223）。エンテロコッカス・ガリナラムの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列についてのＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、ＡＦ０３９９００である（本明細書では配列番号１として開示）。例示的なエンテロコッカス・ガリナラム株は、Collins et al. (1984) Int J Syst Evol Microbiol. 34: 220-223に記載されている。

受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム細菌を実施例で試験した。この細菌は、本明細書で、ＭＲＸ５１８株としても参照される。ＭＲＸ５１８及びＭＲｘ０５１８に対するリファレンスは、相互に交換可能に使用される。試験されたＭＲＸ５１８株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２で提供される。ＭＲＸ５１８株は、国際寄託機関NCIMB, Ltd. 社（Ferguson Building, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland）に、4D Pharma Research Ltd.社（Life Sciences Innovation Building, Aberdeen, AB25 2ZS, Scotland）により、２０１５年１１月１６日に「エンテロコッカス種」として寄託され、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８が付された。

ＭＲＸ５１８株のゲノムは、染色体及びプラスミドを含む。ＭＲＸ５１８株の染色体配列は、配列番号３で提供される。ＭＲＸ５１８株のプラスミド配列は、配列番号４で提供される。これらの配列は、PacBio RS IIプラットフォームを使用して生成した。

実施例で試験された株の近縁細菌株も、がんを治療又は予防するために有効であると予測される。特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明に使用するための細菌株は、配列番号１又は２と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号２に対するものである。好ましくは、本発明に使用するための細菌株は、配列番号２によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

受託番号４２４８８で寄託された細菌のバイオタイプの細菌株も、がんを治療又は予防するために有効であると予測される。バイオタイプは、同じ又は非常に類似した生理学的及び生化学的特徴を有する近縁株である。

受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌のバイオタイプであって本発明に使用するために適切な株は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌に対して他のヌクレオチド配列を配列決定することにより特定してもよい。例えば、実質的に全ゲノムを配列決定してもよく、本発明に使用するためのバイオタイプ株は、その全ゲノムの少なくとも８０％にわたり（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％若しくは９９％にわたり又はその全ゲノムにわたり）、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有しうる。例えば、一部の実施形態において、バイオタイプ株は、そのゲノムの少なくとも９８％にわたり少なくとも９８％の配列同一性を有する又はそのゲノムの９９％にわたり少なくとも９９％の配列同一性を有する。バイオタイプ株の特定に使用するための他の適切な配列としては、ｈｓｐ６０又は反復配列、例えばＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）_５若しくはＲＥＰ又は（Masco et al. (2003) Systematic and Applied Microbiology, 26:557-563）が挙げられうる。バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有する配列を有しうる。一部の実施形態において、バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたＭＲＸ５１８株の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有する配列を有し、配列番号２と少なくとも９９％同一（例えば、少なくとも９９．５％又は少なくとも９９．９％同一）である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態において、バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたＭＲＸ５１８の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有する配列を有し、配列番号２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号３と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号３の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％）にわたり配列番号３と少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明に使用するための細菌株は、配列番号３の７０％にわたり配列番号３と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３の８０％にわたり配列番号３と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３の９０％にわたり配列番号３と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３の１００％にわたり配列番号３と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３の７０％にわたり配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３の８０％にわたり配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３の９０％にわたり配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３の１００％にわたり配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３の７０％にわたり配列番号３と少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３の８０％にわたり配列番号３と少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３の９０％にわたり配列番号３と少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３の９５％にわたり配列番号３と少なくとも９８％の同一性、又は配列番号３の１００％にわたり配列番号３と少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３の９０％にわたり配列番号３と少なくとも９９．５％の配列同一性、又は配列番号３の９５％にわたり配列番号３と少なくとも９９．５％の同一性、又は配列番号３の９８％にわたり配列番号３と少なくとも９９．５％の同一性、又は配列番号３の１００％にわたり少なくとも９９．５％の配列同一性を有する染色体を有してもよい。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号４と配列同一性を有するプラスミドを有する。好ましい実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号４の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％）にわたり配列番号４と少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性）を有するプラスミドを有する。例えば、本発明に使用するための細菌株は、配列番号４の７０％にわたり配列番号４と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の８０％にわたり配列番号４と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の９０％にわたり配列番号４と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の１００％にわたり配列番号４と少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の７０％にわたり配列番号４と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の８０％にわたり配列番号４と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の９０％にわたり配列番号４と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の１００％にわたり配列番号４と少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の７０％にわたり配列番号４と少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４の８０％にわたり配列番号４と少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４の９０％にわたり配列番号４と少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４の１００％にわたり配列番号４と少なくとも９８％の配列同一性を有するプラスミドを有してもよい。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号３と配列同一性を有する染色体及び配列番号４と配列同一性を有するプラスミドを有する。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号３と配列同一性を有する例えば上記の染色体、及び配列番号１又は２のいずれかと配列同一性を有する、好ましくは配列番号２と少なくとも９９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、より好ましくは配列番号２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有し、配列番号４と配列同一性を有する上記プラスミドを含んでもよい。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号３と配列同一性を有する例えば上記の染色体を有し、配列番号４と配列同一性を有する上記プラスミドを含んでもよく、がんを治療又は予防するために有効である。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号３と配列同一性を有する例えば上記の染色体、及び配列番号１又は２と配列同一性を有する例えば上記の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有し、配列番号４と配列同一性を有する上記プラスミドを含んでもよく、がんを治療又は予防するために有効である。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号２によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％、９９．５％又は９９．９％同一である（例えば、配列番号２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む）１６ｓ ｒＲＮＡ配列、及び配列番号３の少なくとも９０％にわたり配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性を有する染色体を有し、配列番号４と配列同一性を有する上記プラスミドを含んでもよく、がんを治療又は予防するために有効である。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、配列番号２によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％、９９．５％又は９９．９％同一である（例えば、配列番号２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む）１６ｓ ｒＲＮＡ配列、及び配列番号３の少なくとも９８％にわたり（例えば、少なくとも９９％又は少なくとも９９．５％にわたり）配列番号３と少なくとも９８％の配列同一性（例えば少なくとも９９％又は少なくとも９９．５％の配列同一性）を有する染色体を有し、配列番号４と配列同一性を有する上記プラスミドを含んでもよく、がんを治療又は予防するために有効である。

特定の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、エンテロコッカス・ガリナラムであり、配列番号２によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９９％、９９．５％又は９９．９％同一である（例えば、配列番号２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む）１６ｓ ｒＲＮＡ配列、及び配列番号３の少なくとも９８％にわたり（例えば、少なくとも９９％又は少なくとも９９．５％にわたり）配列番号３と少なくとも９８％の配列同一性（例えば少なくとも９９％又は少なくとも９９．５％の配列同一性）を有する染色体を有し、配列番号４と配列同一性を有する上記プラスミドを含んでもよく、がんを治療又は予防するために有効である。

代替的に、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌のバイオタイプであり、本発明に使用するために適切な株は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８の寄託物並びに制限断片分析及び／又はＰＣＲ分析、例えば蛍光増幅フラグメント長多型（ＦＡＦＬＰ，fluorescent amplified fragment length polymorphism）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ，repetitive DNA element）−ＰＣＲフィンガープリンティング、又はタンパク質プロファイリング、又は１６Ｓ若しくは２３ｓ ｒＤＮＡ配列部分分析を使用して特定してもよい。好ましい実施形態において、そのような技術は、他のエンテロコッカス・ガリナラム株を特定するために使用してもよい。

特定の実施形態において、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌のバイオタイプであり、本発明に使用するために適切な株は、増幅リボソームＤＮＡ制限酵素断片分析法（ＡＲＤＲＡ，amplified ribosomal DNA restriction analysis）によって、例えばSau3AI制限酵素を使用して（代表的な方法及び手引きについて、例えば、（Srutkova et al. (2011) J. Microbiol. Methods, 87(1):10-6）を参照）分析するとき、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌と同じパターンを示す株である。代替的に、バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として特定される。一部の実施形態において、炭水化物発酵パターンは、API50CHLパネル（bioMerieux社製）を使用して決定される。一部の実施形態において、本発明に使用される細菌株は、
（ｉ）Ｌ−アラビノース、Ｄ−リボース、Ｄ−キシロース、Ｄ−ガラクトース、Ｄ−グルコース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン、アミグダリン、アルブチン、サリシン、Ｄ−セロビオース、Ｄ−マルトース、スクロース、Ｄ−トレハロース、ゲンチオビオース、Ｄ−タガトース及びグルコン酸カリウムの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７又は全て）の発酵に対して陽性、並びに／又は
（ii）Ｄ−マンニトール、メチル−αＤ−グルコピラノシド（Methyl-αD-glycopyranoside）、Ｄ−ラクトース、デンプン及びＬ−フコースの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４又は全て）の発酵に対して中間
であり、好ましくは、それらの決定は、API50CHL分析（好ましくは、bioMerieux社のAPI50CHLパネルを使用）による。

本発明の組成物及び方法で有用な他のエンテロコッカス・ガリナラム株、例えば受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌のバイオタイプは、実施例に記載のアッセイを含む、いかなる適切な方法又は戦略を使用して特定してもよい。例えば、本発明に使用するための株は、嫌気性ＹＣＦＡ中で培養することにより、及び／又は、細菌をII型コラーゲン誘導関節炎マウスモデルに投与し、サイトカインレベルを評価することにより、特定されうる。特に受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された細菌と同様の増殖パターン、代謝型、及び／又は表面抗原を有する細菌株は、本発明で有用でありうる。有用な株は、ＮＣＩＭＢ４２４８８株に匹敵する免疫調節活性を有する。特にバイオタイプ株は、実施例に示される効果に匹敵するがん疾患モデルに対する効果を誘発することができ、この株は実施例に記載の培養及び投与プロトコルを使用して特定されうる。

一部の実施形態において、本発明に使用される細菌株は、
（ｉ）マンノース発酵、グルタミン酸デカルボキシラーゼ、アルギニンアリールアミダーゼ、フェニルアラニンアリールアミダーゼ、ピログルタミン酸アリールアミダーゼ、チロシンアリールアミダーゼ、ヒスチジンアリールアミダーゼ及びセリンアリールアミダーゼの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７又は全て）に対して陽性、並びに／又は
（ii）β−ガラクトシダーゼ−６−ホスフェート、β−グルコシダーゼ及びＮ−アセチル−β−グルコサミニダーゼの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２又は全て）に対して中間、並びに／又は
（iii）ラフィノース発酵、プロリンアリールアミダーゼ、ロイシルグリシンアリールアミダーゼ、ロイシンアリールアミダーゼ、アラニンアリールアミダーゼ、グリシンアリールアミダーゼ及びグルタミルグルタミン酸アリールアミダーゼの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６又は全て）に対して陰性
であり、好ましくは、それらの決定は、炭水化物、アミノ酸及び硝酸塩の代謝アッセイにより、並びにアルカリホスファターゼ活性分析によるものでもよく、より好ましくはRapid ID 32A分析（好ましくは、bioMerieux社のRapid ID 32A系を使用）による。

一部の実施形態において、本発明に使用される細菌株は、
（ｉ）グリシンアリールアミダーゼ、ラフィノース発酵、プロリンアリールアミダーゼ、及びロイシンアリールアミダーゼの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２、３又は４つ全て）に対して陰性であり、例えば、それらの決定は、炭水化物、アミノ酸及び硝酸塩の代謝アッセイにより、好ましくはRapid ID 32A分析（好ましくは、bioMerieux社のRapid ID 32A系を使用）により；並びに／又は
（ii）Ｌ−フコースの発酵に対して中間陽性であり、好ましくは、それらの決定は、API50CHL分析（好ましくは、bioMerieux社のAPI50CHLパネルを使用）による。

一部の実施形態において、本発明で使用される細菌株は、細胞外ＡＴＰ産生株であり、例えば、ＡＴＰアッセイキット（Sigma-Aldrich社製、ＭＡＫ１９０）を使用して測定される６〜６．７ｎｇ／μｌ（例えば、６．１〜６．６ｎｇ／μｌ又は６．２〜６．５ｎｇ／μｌ又は６．３３±０．１０ｎｇ／μｌ）のＡＴＰを産生する株である。細菌細胞外ＡＴＰは、例えば、Ｔ細胞受容体媒介シグナル伝達の活性化（Schenk et al., 2011）、腸管Ｔｈ１７細胞分化の促進（Atarashi et al., 2008）及びＮＬＲＰ３インフラマソームを活性化することによる炎症促進性メディエータＩＬ−１β分泌の誘導（Karmarkar et al., 2016）などの多面的効果を有することができる。したがって、細胞外ＡＴＰ産生株である細菌株は、がんを治療又は予防するために有用である。

一部の実施形態において、本発明を使用するための細菌株は、以下の３つの遺伝子：可動要素タンパク質；キシロースＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼ成分；及びＦＩＧ００６３２３３３：仮想タンパク質の１又は２以上を含む。例えば、特定の実施形態において、本発明で使用される細菌株は、可動要素タンパク質及びキシロースＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼ成分；可動要素タンパク質及びＦＩＧ００６３２３３３：仮想タンパク質；キシロースＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼ成分及びＦＩＧ００６３２３３３：仮想タンパク質；又は可動要素タンパク質、キシロースＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼ成分及びＦＩＧ００６３２３３３：仮想タンパク質をコードする遺伝子を含む。

本発明の特に好ましい株は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株である。これは実施例で試験された代表的ＭＲＸ５１８株であり、疾患を治療するために有効であることが示されている。したがって、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物の細胞、例えば単離された細胞を提供する。本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物の細胞を含む組成物も提供する。本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株の生物学的に純粋な培養物も提供する。本発明は、治療に使用するための、特に本明細書に記載の疾患の治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物の細胞も提供する。受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された株の派生物は、オリジナル株の娘株（後代）、又はオリジナル株からの培養株（サブクローン）でありうる。

本発明の株の派生物は、改変されていてもよく、例えば遺伝子レベルで、生物活性を消失させずに改変されていてもよい。特に、本発明の派生株は、治療的に活性である。派生株は、オリジナル株のＮＣＩＭＢ４２４８８株に匹敵する免疫調節活性を有する。特に、派生株は、実施例に示される効果に匹敵するブドウ膜炎疾患モデルに対する効果を誘発することができ、この株は実施例に記載の培養及び投与プロトコルを使用して特定されうる。ＮＣＩＭＢ４２４８８株の派生物は、遺伝子的にＮＣＩＭＢ４２４８８株のバイオタイプである。

受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株の細胞に対するリファレンスは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された株と同じ安全性及び治療的有効性特徴を有するいかなる細胞も包含し、そのような細胞は、本発明に包含される。したがって、一部の実施形態において、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株の細胞に対するリファレンスは、ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたＭＲＸ５１８株のみを指し、ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されていない細菌株は指していない。一部の実施形態において、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株の細胞に対するリファレンスは、ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された株ではないが、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託された株と同じ安全性及び治療的有効性特徴を有する細胞を指す。

好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存しており、腸管に部分的若しくは全体的に定着することができる。

がんの治療
好ましい実施形態において、本発明の組成物は、がんの治療又は予防に使用するための組成物である。実施例は、本発明の組成物の投与が、いくつかの腫瘍モデルで腫瘍増殖の低減を導くことができることを実証している。

特定の実施形態において、本発明の組成物を用いた治療は、腫瘍サイズの低減又は腫瘍増殖の低減をもたらす。特定の実施形態において、本発明の組成物は、腫瘍サイズの低減又は腫瘍増殖の低減に使用するためのものである。本発明の組成物は、腫瘍サイズ又は増殖を低減させるために有効でありうる。特定の実施形態において、本発明の組成物は、固形腫瘍を有する患者に使用するためのものである。特定の実施形態において、本発明の組成物は、がんの治療において血管新生の低減又は予防に使用するためのものである。本発明の組成物は、血管新生で中心的な役割を有する免疫又は炎症系で効果を有しうる。特定の実施形態において、本発明の組成物は、転移の予防に使用するためのものである。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、乳がんの治療又は予防に使用するためのものである。実施例は、本発明の組成物が、乳がんを治療するために有効でありうることを実証している。特定の実施形態において、本発明の組成物は、乳がんの治療において腫瘍サイズの低減、腫瘍増殖の低減又は血管新生の低減に使用するためのものである。好ましい実施形態において、がんは、乳癌である。好ましい実施形態において、がんは、ステージIVの乳がんである。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、肺がんの治療又は予防に使用するためのものである。実施例は、本発明の組成物が、肺がんを治療するために有効でありうることを実証している。特定の実施形態において、本発明の組成物は、肺がんの治療において腫瘍サイズの低減、腫瘍増殖の低減又は血管新生の低減に使用するためのものである。好ましい実施形態において、がんは肺癌である。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、肝臓がんの治療又は予防に使用するためのものである。実施例は、本発明の組成物が、肝臓がんを治療するために有効でありうることを実証している。特定の実施形態において、本発明の組成物は、肝臓がんの治療において腫瘍サイズの低減、腫瘍増殖の低減又は血管新生の低減に使用するためのものである。好ましい実施形態において、がんはヘパトーマ（肝細胞癌）である。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、結腸がんの治療又は予防に使用するための組成物である。実施例は、本発明の組成物が、結腸がん細胞に対する効果を有し、結腸がんを治療するために有効でありうることを実証している。特定の実施形態において、本発明の組成物は、結腸がんの治療において腫瘍サイズの低減、腫瘍増殖の低減又は血管新生の低減に使用するための組成物である。好ましい実施形態において、がんは、結腸直腸腺癌である。

一部の実施形態において、がんは、腸管のがんである。一部の実施形態において、がんは、腸管でない身体部分のがんである。一部の実施形態において、がんは、腸管のがんではない。一部の実施形態において、がんは、結腸直腸がんではない。一部の実施形態において、がんは、小腸のがんではない。一部の実施形態において、治療又は予防は、腸管以外の部位で生じる。一部の実施形態において、治療又は予防は腸管で生じ、腸管以外の部位でも生じる。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、癌腫の治療又は予防に使用するための組成物である。実施例は、本発明の組成物が、いくつかの種類の癌腫を治療するために有効でありうることを実証している。特定の実施形態において、本発明の組成物は、非免疫原性がんの治療又は予防に使用するための組成物である。実施例は、本発明の組成物が、非免疫原性がんを治療するために有効でありうることを実証している。

本発明の組成物のがんに対する治療効果は、炎症促進機構によって媒介されうる。実施例２、４及び５は、いくつかの炎症促進性サイトカインの発現がＭＲＸ５１８の投与後に増加されうることを実証している。炎症は、がん抑制効果を有することができ（Haabeth et al. (2012) OncoImmunology 1(1):1146-1152）、ＴＮＦαなどの炎症促進性サイトカインは、がん治療法として検討されている（Lejeune et al. (2006) Cancer Immun. 6:6）。実施例に示されるＴＮＦなどの遺伝子の上方制御は、本発明の組成物が、同様の機構を介してがんを治療するために有用でありうることを示しうる。ＣＸＣＲ３リガンド（ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０）及びＩＦＮγ誘導遺伝子（ＩＬ−３２）の上方制御は、本発明の組成物がＩＦＮγ型応答を誘発することを示しうる。ＩＦＮγは、殺腫瘍（tumirocidal）活性を刺激することができる強力なマクロファージ活性化因子であり（Pace et al. (1983) PNAS. 80:8782-6）、ＣＸＣＬ９及びＣＸＣＬ１０は、例えば、抗がん効果も有しうる（Sgadari et al. (1996) PNAS. 93:13791-6、Arenberg et al. (1996) J. Exp. Med. 184:981-92、Sgadari et al. (1997) Blood. 89:2635-43）。したがって、特定の実施形態において、本発明の組成物は、がんの治療において炎症の促進に使用するための組成物である。好ましい実施形態において、本発明の組成物は、がんの治療においてＴｈ１炎症の促進に使用するための組成物である。Ｔｈ１細胞は、ＩＦＮγを産生し、強力な抗がん効果を有する（Haabeth et al. (2012) OncoImmunology 1(1):1146-1152）。特定の実施形態において、本発明の組成物は、早期がん、例えば、転移していないがん、又は０期若しくは１期のがんの治療に使用するための組成物である。炎症を促進することは、早期がんに対して、より効果的でありうる（Haabeth et al. (2012) OncoImmunology 1(1):1146-1152）。特定の実施形態において、本発明の組成物は、炎症の促進により第２の抗がん剤の効果の増強に使用するための組成物である。特定の実施形態において、がんの治療又は予防は、１又は２以上のサイトカインの発現レベルを増加させることを含む。例えば、特定の実施形態において、がんの治療又は予防は、ＩＬ−１β、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αの１又は２以上、例えば、ＩＬ−１β及びＩＬ−６、ＩＬ−１β及びＴＮＦ−α、ＩＬ−６及びＴＮＦ−α、又はＩＬ−１β、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αの３つ全ての発現レベルを増加することを含む。ＩＬ−１β、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αのいずれかの発現レベルの増加は、がんの治療に有効であることの指標であることが知られている。

実施例４及び５は、本明細書に記載の細菌株とリポ多糖（ＬＰＳ，lipopolysaccharide）とが組み合わせて使用されるとき、ＩＬ−１βの相乗的増加があることを実証している。ＬＰＳは、炎症促進効果を誘発することが知られている。したがって、特定の実施形態において、治療又は予防は、本明細書に記載の細菌株を、ＩＬ−１βを上方制御する薬剤と組み合わせて使用することを含む。特定の実施形態において、治療又は予防は、本明細書に記載の細菌株を、ＬＰＳと組み合わせて使用することを含む。したがって、本発明の組成物は、ＩＬ−１βを上方制御する薬剤を追加的に含んでもよい。したがって、本発明の組成物は、ＬＰＳを追加的に含んでもよい。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、化学療法を以前に受けたことのある患者の治療に使用するための組成物である。特定の実施形態において、本発明の組成物は、化学療法の治療に耐容性がない患者の治療に使用するための組成物である。本発明の組成物は、そのような患者に特に適切でありうる。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、再発を予防するための組成物である。本発明の組成物は、長期投与に適切でありうる。特定の実施形態において、本発明の組成物は、がんの進行の予防に使用するための組成物である。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、非小細胞肺癌の治療に使用するための組成物である。特定の実施形態において、本発明の組成物は、小細胞肺癌の治療に使用するための組成物である。特定の実施形態において、本発明の組成物は、扁平上皮癌の治療に使用するための組成物である。特定の実施形態において、本発明の組成物は、腺癌の治療に使用するための組成物である。特定の実施形態において、本発明の組成物は、腺腫瘍、カルチノイド腫瘍又は未分化癌の治療に使用するための組成物である。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、肝芽腫、胆管癌、胆管細胞癌、嚢胞腺癌（cholangiocellular cystadenocarcinoma）又はウイルス感染に起因する肝臓がんの治療に使用するための組成物である。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、浸潤性乳管癌、腺管上皮内癌又は浸潤性小葉癌の治療に使用するための組成物である。

さらなる実施形態において、本発明の組成物は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ，acute lymphoblastic leukemia）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、基底細胞癌、胆管がん、膀胱がん、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹グリオーマ、脳腫瘍、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性グリオーマ、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉腫瘍、乳がん、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸がん、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸がん、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜がん、上衣腫、食道がん、ユーイング肉腫、眼球内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢がん、胃がん、胃腸カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ，gastrointestinal stromal tumor）、胚細胞腫瘍、グリオーマ、小児視経路及び視床下部膠腫、ホジキンリンパ腫、メラノーマ、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎細胞がん、喉頭がん、白血病、リンパ腫、中皮腫、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、中咽頭がん、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、副甲状腺がん、咽頭がん、下垂体腺腫、形質細胞腫瘍、前立腺がん、腎細胞癌、網膜芽細胞腫、肉腫、精巣がん、甲状腺がん、又は子宮がんの治療又は予防に使用するためのものである。

本発明の組成物は、さらなる治療剤と組み合わせて使用されるときに特に有効でありうる。本発明の組成物の免疫調節効果は、より直接的な抗がん剤と組み合わされるときに有効でありうる。したがって、特定の実施形態において、本発明は、エンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株及び抗がん剤を含む組成物を提供する。好ましい実施形態において、抗がん剤は、免疫チェックポイント阻害剤、標的化抗体免疫療法、ＣＡＲ−Ｔ細胞療法、腫瘍溶解性ウイルス又は細胞分裂阻害薬である。好ましい実施形態において、組成物は、以下からなる群から選択される抗がん剤を含む：Yervoy（イピリムマブ、BMS社製）；Keytruda（ペンブロリズマブ、Merck社製）；Opdivo（ニボルマブ、BMS社製）；MEDI4736（AZ／MedImmune社製）；MPDL3280A（Roche／Genentech社製）；トレメリムマブ（AZ／MedImmune社製）；CT-011（ピディリズマブ、CureTech社製）；BMS-986015（リリルマブ、BMS社製）；MEDI0680（AZ／MedImmune社製）；MSB-0010718C（Merck社製）；PF-05082566（Pfizer社製）；MEDI6469（AZ／MedImmune社製）；BMS-986016（BMS社製）；BMS-663513（ウレルマブ、BMS社製）；IMP321（Prima Biomed社製）；LAG525（Novartis社製）；ARGX-110（arGEN-X社製）；PF-05082466（Pfizer社製）；CDX-1127（バルリルマブ；CellDex Therapeutics社製）；TRX-518（GITR社製）；MK-4166（Merck社製）；JTX-2011（Jounce Therapeutics社製）；ARGX-115（arGEN-X社製）；NLG-9189（インドキシモド、NewLink Genetics社製）；INCB024360（Incyte社製）；IPH2201（Innate Immotherapeutics／AZ社製）；NLG-919（NewLink Genetics社製）；抗VISTA（JnJ社製）；Epacadostat（INCB24360、Incyte社製）；F001287（Flexus／BMS社製）；CP870893（ペンシルバニア大学）；MGA271（Macrogenix社製）；Emactuzumab（Roche／Genentech社製）；Galunisertib（Eli Lilly社製）；ウロクプルマブ（BMS社製）；BKT140／BL8040（Biokine Therapeutics社製）；バビツキシマブ（Peregrine Pharmaceuticals社製）；CC 90002（Celgene社製）；852A（Pfizer社製）；VTX-2337（VentiRx Pharmaceuticals社製）；IMO-2055（ハイブリドン（Hybridon）、Idera Pharmaceuticals社製）；LY2157299（Eli Lilly社製）；EW-7197（梨花女子大学校、韓国）；ベムラフェニブ（Plexxikon社製）；ダブラフェニブ（Genentech／GSK社製）；BMS-777607（BMS社製）；BLZ945（Memorial Sloan-Ketteringがんセンター）；Unituxin（ジヌツキシマブ、United Therapeutics社製）；Blincyto（ブリナツモマブ、Amgen社製）；Cyramza（ラムシルマブ、Eli Lilly社製）；Gazyva（オビヌツズマブ、Roche／Biogen社製）；Kadcyla（アドトラスツズマブエムタンシン（ado-trastuzumab emtansine）、Roche／Genentech社製）；Perjeta（ペルツズマブ、Roche／Genentech社製）；Adcetris（ブレンツキシマブベドチン、Takeda／Millennium社製）；Arzerra（オファツムマブ、GSK社製）；Vectibix（パニツムマブ、Amgen社製）；Avastin（ベバシズマブ、Roche／Genentech社製）；Erbitux（セツキシマブ、BMS／Merck社製）；Bexxar（トシツモマブ-I131、GSK社製）；Zevalin（イブリツモマブチウキセタン、Biogen社製）；Campath（アレムツズマブ、Bayer社製）；Mylotarg（ゲムツズマブオゾガマイシン、Pfizer社製）；Herceptin（トラスツズマブ、Roche／Genentech社製）；Rituxan（リツキシマブ、Genentech／Biogen社製）；ボロシキシマブ（Abbvie社製）；エナバツズマブ（Abbvie社製）；ABT-414（Abbvie社製）；エロツズマブ（Abbvie／BMS社製）；ALX-0141（Ablynx社製）；オゾラリズマブ（Ozaralizumab）（Ablynx社製）；Actimab-C（Actinium社製）；Actimab-P（Actinium社製）；ミラツズマブ-dox（Actinium社製）；Emab-SN-38（Actinium社製）；ナプツモマブ・エスタフェナトクス（Naptumonmab estafenatox）（Active Biotech社製）；AFM13（Affimed社製）；AFM11（Affimed社製）；AGS-16C3F（Agensys社製）；AGS-16M8F（Agensys社製）；AGS-22ME（Agensys社製）；AGS-15ME（Agensys社製）；GS-67E（Agensys社製）；ALXN6000（サマリズマブ、Alexion社製）；ALT-836（Altor Bioscience社製）；ALT-801（Altor Bioscience社製）；ALT-803（Altor Bioscience社製）；AMG780（Amgen社製）；AMG 228（Amgen社製）；AMG820（Amgen社製）；AMG172（Amgen社製）；AMG595（Amgen社製）；AMG110（Amgen社製）；AMG232（アデカツムマブ、Amgen社製）；AMG211（Amgen／MedImmune社製）；BAY20-10112（Amgen／Bayer社製）；リロツムマブ（Amgen社製）；デノスマブ（Amgen社製）；AMP-514（Amgen社製）；MEDI575（AZ／MedImmune社製）；MEDI3617（AZ／MedImmune社製）；MEDI6383（AZ／MedImmune社製）；MEDI551（AZ／MedImmune社製）；Moxetumomab pasudotox （AZ／MedImmune社製）；MEDI565（AZ／MedImmune社製）；MEDI0639（AZ／MedImmune社製）；MEDI0680（AZ／MedImmune社製）；MEDI562（AZ／MedImmune社製）；AV-380（AVEO社製）；AV203（AVEO社製）；AV299（AVEO社製）；BAY79-4620（Bayer社製）；アネツマブ・ラブタンシン（Bayer社製）；バンチクツマブ（Bayer社製）；BAY94-9343（Bayer社製）；Sibrotuzumab（Boehringer Ingleheim社製）；BI-836845（Boehringer Ingleheim社製）；B-701（BioClin社製）；BIIB015（Biogen社製）；オビヌツズマブ（Biogen／Genentech社製）；BI-505（Bioinvent社製）；BI-1206（Bioinvent社製）；TB-403（Bioinvent社製）；BT-062（Biotest社製）BIL-010t（Biosceptre社製）；MDX-1203（BMS社製）；MDX-1204（BMS社製）；ネシツムマブ（BMS社製）；CAN-4（Cantargia AB社製）；CDX-011（Celldex社製）；CDX1401（Celldex社製）；CDX301（Celldex社製）；U3-1565（Daiichi Sankyo社製）；パトリツマブ（Daiichi Sankyo社製）；ティガツズマブ（Daiichi Sankyo社製）；ニモツズマブ（Daiichi Sankyo社製）；DS-8895（Daiichi Sankyo社製）；DS-8873（Daiichi Sankyo社製）；DS-5573（Daiichi Sankyo社製）；MORab-004（Eisai社製）；MORab-009（Eisai社製）；MORab-003（Eisai社製）；MORab-066（Eisai社製）；LY3012207（Eli Lilly社製）；LY2875358（Eli Lilly社製）；LY2812176（Eli Lilly社製）；LY3012217（Eli Lilly社製）；LY2495655（Eli Lilly社製）；LY3012212（Eli Lilly社製）；LY3012211（Eli Lilly社製）；LY3009806（Eli Lilly社製）；シクスツムマブ（Eli Lilly社製）；フランボツマブ（Eli Lilly社製）；IMC-TR1（Eli Lilly社製）；ラムシルマブ（Eli Lilly社製）；タバルマブ（Eli Lilly社製）；ザノリムマブ（Emergent Biosolution社製）；FG-3019（FibroGen社製）；FPA008（Five Prime Therapeutics社製）；FP-1039（Five Prime Therapeutics社製）；FPA144（Five Prime Therapeutics社製）；カツマキソマブ（Fresenius Biotech社製）；IMAB362（Ganymed社製）；IMAB027（Ganymed社製）；HuMax-CD74（Genmab社製）；HuMax-TFADC（Genmab社製）；GS-5745（Gilead社製）；GS-6624（Gilead社製）；OMP-21M18（デムシズマブ、GSK社製）；マパツズマブ（GSK社製）；IMGN289（ImmunoGen社製）；IMGN901（ImmunoGen社製）；IMGN853（ImmunoGen社製）；IMGN529（ImmunoGen社製）；IMMU-130（Immunomedics社製）；ミラツズマブ-dox（Immunomedics社製）；IMMU-115（Immunomedics社製）；IMMU-132（Immunomedics社製）；IMMU-106（Immunomedics社製）；IMMU-102（Immunomedics社製）；エプラツズマブ（Immunomedics社製）；クリバツズマブ（Immunomedics社製）；IPH41（Innate Immunotherapeutics社製）；ダラツムマブ（Janssen／Genmab社製）；CNTO-95（インテツムマブ、Janssen社製）；CNTO-328（シルツキシマブ、Janssen社製）；KB004（KaloBios社製）；モガムリズマブ（Kyowa Hakko Kirrin社製）；KW-2871（エクロメキシマブ、Life Science社製）；Sonepcizumab（Lpath社製）；マルジェツキシマブ（Macrogenics社製）；エノビリツズマブ（Enoblituzumab）（Macrogenics社製）；MGD006（Macrogenics社製）；MGF007（Macrogenics社製）；MK-0646（ダロツズマブ、Merck社製）；MK-3475（Merck社製）；Sym004（Symphogen／Merck Serono社製）；DI17E6（Merck Serono社製）；MOR208（Morphosys社製）；MOR202（Morphosys社製）；Xmab5574（Morphosys社製）；BPC-1C（エンシツキシマブ、Precision Biologics社製）；TAS266（Novartis社製）；LFA102（Novartis社製）；BHQ880（Novartis／Morphosys社製）；QGE031（Novartis社製）；HCD122（ルカツムマブ、Novartis社製）；LJM716（Novartis社製）；AT355（Novartis社製）；OMP-21M18（Demcizumab、OncoMed社製）；OMP52M51（Oncomed／GSK社製）；OMP-59R5（Oncomed／GSK社製）；バンチクツマブ（Oncomed／Bayer社製）；CMC-544（イノツズマブ オゾガマイシン、Pfizer社製）；PF-03446962（Pfizer社製）；PF-04856884（Pfizer社製）；PSMA-ADC（Progenics社製）；REGN1400（Regeneron社製）；REGN910（ネスバクマブ、Regeneron／Sanofi社製）；REGN421（エノチクマブ、Regeneron／Sanofi社製）；RG7221、RG7356、RG7155、RG7444、RG7116、RG7458、RG7598、RG7599、RG7600、RG7636、RG7450、RG7593、RG7596、DCDS3410A、RG7414（パルサツズマブ）、RG7160（イムガツズマブ）、RG7159（オビヌツズマブ）、RG7686、RG3638（オナルツズマブ）、RG7597（Roche／Genentech社製）；SAR307746（Sanofi社製）；SAR566658（Sanofi社製）；SAR650984（Sanofi社製）；SAR153192（Sanofi社製）；SAR3419（Sanofi社製）；SAR256212（Sanofi社製）、SGN-LIV1A（リンツズマブ、Seattle Genetics社製）；SGN-CD33A（Seattle Genetics社製）；SGN-75（ボルセツズマブマホドチン、Seattle Genetics社製）；SGN-19A（Seattle Genetics社） SGN-CD70A（Seattle Genetics社製）；SEA-CD40（Seattle Genetics社製）；イブリツモマブチウキセタン（Spectrum社製）；MLN0264（Takeda社製）；ガニツマブ（Takeda／Amgen社製）；CEP-37250（Teva社製）；TB-403（Thrombogenic社製）；VB4-845（Viventia社製）；Xmab2512（Xencor社製）；Xmab5574（Xencor社製）；ニモツズマブ（YM Biosciences社製）；カルルマブ（Janssen社製）；NY-ESO TCR（Adaptimmune社製）；MAGE-A-10 TCR（Adaptimmune社製）；CTL019（Novartis社製）；JCAR015（Juno Therapeutics社製）；KTE-C19 CAR（Kite Pharma社製）；UCART19（Cellectis社製）；BPX-401（Bellicum Pharmaceuticals社製）；BPX-601（Bellicum Pharmaceuticals社製）；ATTCK20（Unum Therapeutics社製）；CAR-NKG2D（Celyad社製）；Onyx-015（Onyx Pharmaceuticals社製）；H101（Shanghai Sunwaybio社製）；DNX-2401（DNAtrix社製）；VCN-01（VCN Biosciences社製）；Colo-Ad1（PsiOxus Therapeutics社製）；ProstAtak（Advantagene社製）；Oncos-102（Oncos Therapeutics社製）；CG0070（Cold Genesys社製）；Pexa-vac（JX-594、Jennerex Biotherapeutics社製）；GL-ONC1（Genelux社製）；T-VEC（Amgen社製）；G207（Medigene社製）；HF10（Takara Bio社製）；SEPREHVIR（HSV1716、Virttu Biologics社製）；OrienX010（OrienGene Biotechnology社製）；Reolysin（Oncolytics Biotech社製）；SVV-001（Neotropix社製）；Cacatak（CVA21、Viralytics社製）；Alimta（Eli Lilly社製）、シスプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フォリン酸、メトトレキサート、シクロホスファミド、5-フルオロウラシル、Zykadia（Novartis社製）、Tafinlar（GSK社製）、Xalkori（Pfizer社製）、Iressa（AZ社製）、ジロトリフ（Boehringer Ingelheim社製）、Tarceva（Astellas Pharma社製）、Halaven（Eisai Pharma社製）、ベリパリブ（Abbvie社製）、AZD9291（AZ社製）、アレクチニブ（Chugai社製）、LDK378（Novartis社製）、Genetespib（Synta Pharma社製）、Tergenpumatucel-L（NewLink Genetics社製）、GV1001（Kael-GemVax社製）、チバンチニブ（ArQule社製）；Cytoxan（BMS社製）；Oncovin（Eli Lilly社製）；アドリアマイシン（Pfizer社製）；Gemzar（Eli Lilly社製）；Xeloda（Roche社製）；Ixempra（BMS社製）；Abraxane（Celgene社製）；Trelstar（Debiopharm社製）；Taxotere（Sanofi社製）；Nexavar（Bayer社製）；

IMMU-132（Immunomedics社製）；E7449（Eisai社製）；Thermodox（Celsion社製）；Cometriq（Exellxis社製）；Lonsurf（Taiho Pharmaceuticals社製）；Camptosar（Pfizer社製）；UFT（Taiho Pharmaceuticals社製）；及びTS-1（Taiho Pharmaceuticals社製）。

一部の実施形態において、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する１又は２以上の細菌株、例えば、エンテロコッカス・ガリナラム細菌株が、本発明の組成物における唯一の治療的に活性な薬剤である。一部の実施形態において、組成物中の細菌株は、本発明の組成物における唯一の治療活性薬剤である。

投与様式
好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株を腸管へ送達及び／又は部分的若しくは全体的に定着させるために胃腸管に投与される。一般に、本発明の組成物は経口により投与されるが、直腸的に、鼻内に、又は頬側若しくは舌下経路を介して投与されてもよい。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、フォーム（foam）、スプレー又はジェルとして投与されてもよい。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、坐剤、例えば直腸坐剤として、例えば、カカオ油（ココアバター）、合成ハードファット（例えば、suppocire、witepsol）、グリセロ−ゼラチン、ポリエチレングリコール又はソープグリセリン組成物の形態で投与されてもよい。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、チューブ、例えば、経鼻胃チューブ、経口胃チューブ、胃チューブ、空腸瘻チューブ（Ｊチューブ）、経皮内視鏡的胃瘻造設術（ＰＥＧ，percutaneous endoscopic gastrostomy）、又はポート、例えば胃、空腸への接続を与える胸壁ポート及び他の適切な接続ポートを介して胃腸管に投与される。

本発明の組成物は、単回投与されてもよく、又は治療レジメンの一部として連続的に投与されてもよい。特定の実施形態において、本発明の組成物は、毎日、投与される。

本発明の特定の実施形態において、本発明による治療は、患者の腸内微生物叢の評価を伴う。本発明の株の送達及び／又は部分的若しくは全体的な定着が達成されず、有効性が観察されない場合は治療を繰り返してもよく、送達及び／又は部分的若しくは全体的な定着が成功し、有効性が観察される場合には治療を終了してもよい。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、子宮内及び／又は産まれた後で子供にがんが発生する可能性を低減させるために、妊娠している動物、例えばヒトなどの哺乳動物に投与されてもよい。

本発明の組成物は、がんを有すると診断されている又はがんのリスクがあると特定されている患者に投与されてもよい。組成物は、健康な患者において、がんの発生を予防するための防御的手段として投与されてもよい。

本発明の組成物は、異常な腸内微生物叢を有すると特定された患者に投与されてもよい。例えば、患者は、エンテロコッカス・ガリナラムによる定着が低減している又は非存在でありうる。

本発明の組成物は、食品、例えば、栄養補助食品として投与されてもよい。

一般に、本発明の組成物は、ヒトの治療のためのものであるが、動物、例えば、鳥類、ブタ、ネコ、イヌ、ウマ又はウサギなどの単胃動物を治療するために使用されてもよい。本発明の組成物は、動物の成長及び能力を増強するために有用でありうる。動物に投与される場合、経口胃管栄養法が使用されうる。

組成物
一般に、本発明の組成物は、細菌を含む。本発明の好ましい実施形態において、組成物は、フリーズドライ形態で製剤化されている。例えば、本発明の組成物は、本発明の細菌株を含む顆粒又はゼラチンカプセル、例えばハードゼラチンカプセルを含みうる。

好ましくは、本発明の組成物は、凍結乾燥された細菌を含む。細菌の凍結乾燥は、十分に確立された手法であり、関連する手引きは、例えば、参照文献において利用可能である（Miyamoto-Shinohara et al. (2008) J. Gen. Appl. Microbiol., 54, 9-24、Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols, ed. by Day and McLellan, Humana Press、Leslie et al. (1995) Appl. Environ. Microbiol. 61, 3592-3597）。

代替的に、本発明の組成物は、生きている活性な細菌培養物を含んでもよい。

一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は不活化されておらず、例えば加熱不活化されていない。一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、殺傷されておらず、例えば加熱殺傷されていない。一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、減弱化されておらず、例えば加熱減弱化されていない。例えば、一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、殺傷、不活化及び／又は減弱化されていない。例えば、一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生きている。例えば、一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存している。例えば、一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、腸管に部分的又は全体的に定着することができる。例えば、一部の実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存しており、腸管に部分的又は全体的に定着することができる。

一部の実施形態において、組成物は、生きている細菌株と、殺傷された細菌株との混合物を含む。

好ましい実施形態において、本発明の組成物は、腸管に細菌株を送達できるようにカプセル化されている。カプセル化は組成物を、標的位置に送達されるまで、分解から、例えば、化学的若しくは物理的刺激、例えば、圧力、酵素活性による破裂又はｐＨの変化によって引き起こされうる物理的崩壊を通じた分解から保護する。いかなる適切なカプセル化方法も使用されうる。代表的なカプセル化技術としては、多孔質マトリックス内への捕捉、固体担体表面への結合若しくは吸着、凝塊による若しくは架橋剤を用いた自己凝集、並びに微多孔膜若しくはマイクロカプセルの背後への機械的封じ込めが挙げられる。本発明の組成物を調製するために有用となりうるカプセル化についての手引きは、例えば、参照文献Mitropoulou et al. (2013) J Nutr Metab. (2013) 716861及びKailasapathy et al. (2002) Curr Issues Intest Microbiol. 3(2):39-48において利用可能である。

組成物は、経口投与されてもよく、錠剤、カプセル又は粉末の形態であってもよい。カプセル化製品は、エンテロコッカス・ガリナラムが嫌気性菌であることから好適である。他の成分（例えば、ビタミンＣなど）を、酸素スカベンジャーとして、並びに送達及び／又は部分的若しくは全体的な定着及びインビボでの生存を改善するためのプレバイオティク物質として含めてもよい。代替的に、本発明のプロバイオティク組成物は、食品又は栄養製品として、例えば牛乳若しくはホエイベースの発酵酪農製品又は医薬品として、経口投与されてもよい。

組成物は、プロバイオティクとして製剤化されてもよい。

本発明の組成物は、治療有効量の本発明の細菌株を含む。細菌株の治療有効量は、患者に有益な効果を奏するために十分である。細菌株の治療有効量は、患者の腸管に送達及び／又は部分的若しくは全体的に定着させるために十分でありうる。

細菌の適切な１日用量は、例えば、成人に対し、約１×１０^３〜約１×１０^１１コロニー形成単位（ＣＦＵ，colony forming unit）、例えば、約１×１０^７〜約１×１０^１０ＣＦＵでありえ、別の例では、約１×１０^６〜約１×１０^１０ＣＦＵでありうる。

特定の実施形態において、組成物は、組成物の重量に対して、約１×１０^６〜約１×１０^１１ＣＦＵ／ｇの量で細菌株を含有し、例えば、約１×１０^８〜約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇの量で含有する。用量は、例えば、１ｇ、３ｇ、５ｇ、及び１０ｇでありうる。

典型的に、プロバイオティク、例えば本発明の組成物は、少なくとも１つの適切なプレバイオティク化合物と組み合わされてもよい。プレバイオティク化合物は、通常、上部消化管で分解又は吸収されない難消化性炭水化物、例えば、オリゴ糖若しくは多糖類又は糖アルコールである。既知のプレバイオティクとしては、市販製品、例えば、イヌリン及びトランスガラクトオリゴ糖が挙げられる。

特定の実施形態において、本発明のプロバイオティク組成物は、組成物の全重量に対して約１〜約３０重量％（例えば、５〜２０重量％）の量でプレバイオティク化合物を含む。炭水化物は、フラクトオリゴ糖（又はＦＯＳ，fructo-oligosaccharides）、短鎖フラクトオリゴ糖、イヌリン、イソマルトオリゴ糖、ペクチン、キシロオリゴ糖（又はＸＯＳ，xylo-oligosaccharide）、キトサンオリゴ糖（又はＣＯＳ，chitosan-oligosaccharide）、ベータ−グルカン、アラブルガム（arable gum）、化工及び耐性デンプン、ポリデキストロース、Ｄ−タガトース、アカシア繊維、イナゴマメ、カラスムギ及びシトラス繊維からなる群から選択されてもよい。一態様では、プレバイオティクは、短鎖フラクトオリゴ糖（簡素化のために本明細書では下記でＦＯＳｓ−ｃ．ｃ（short-chain fructo-oligosaccharide）と示す）である。前記ＦＯＳｓ−ｃ．ｃ．は消化し易い炭水化物ではなく、一般に甜菜糖の変換により得られ、３つのグルコース分子が結合しているサッカロース分子を含む。

本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤又は担体を含んでもよい。そのような適切な賦形剤の例は、参照文献において見出すことができる（Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by A Wade and PJ Weller）。治療的使用のために許容される担体又は希釈剤は、薬学分野において周知であり、例えば参照文献Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro edit. 1985)に記載されている。適切な担体の例には、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが含まれる。適切な希釈剤の例としては、エタノール、グリセロール及び水が挙げられる。薬学的担体、賦形剤又は希釈剤の選択は、意図する投与経路及び標準的な製薬技術に鑑みて選択されうる。医薬組成物は、担体、賦形剤若しくは希釈剤として又はそれに加えて、適切ないかなる結合剤、滑剤、懸濁剤、コーティング剤、溶解剤を含んでもよい。適切な結合剤の例には、デンプン、ゼラチン、天然糖、例えば、グルコース、無水ラクトース、易流動性（free-flow）ラクトース、ベータ−ラクトース、コーンシロップ、天然及び合成ゴム、例えばアカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース及びポリエチレングリコールが挙げられる。適切な滑剤の例には、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。保存剤、安定剤、色素、さらには芳香剤を医薬組成物に加えてもよい。保存剤の例には、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸及びｐ−ヒドロキシ安息香酸エステルが挙げられる。抗酸化剤及び懸濁剤を使用してもよい。

本発明の組成物は、食品として製品化されてもよい。例えば、食品は、栄養補助食品などにおいて、本発明の治療効果に加えて栄養的利益をもたらしうる。同様に、食品は、本発明の組成物の風味が向上するように、又は医薬組成物よりもむしろ一般的な食品に類似させてより消費の魅力が増した組成物を作製するように、製品化されてもよい。特定の実施形態において、本発明の組成物は、乳製品として製品化される。用語「乳製品」は、様々な脂肪含量を有するあらゆる液体又は半固形乳又はホエイベースの製品を意味する。乳製品は、例えば、牛乳、ヤギ乳、羊乳、脱脂乳、全乳、粉乳からの調製乳並びにいかなる加工も行っていないホエイ、又は加工製品、例えば、ヨーグルト、凝乳、カード、酸乳、酸全乳、バターミルク及び他の酸乳製品でありうる。他の重要な分類としては、乳飲料、例えば、乳清飲料、発酵乳、コンデンスミルク、乳児用若しくは幼児用ミルク、フレーバーミルク、アイスクリーム、菓子などの乳含有食品が挙げられる。

特定の実施形態において、本発明の組成物は、単一の細菌株又は種を含み、他の細菌株又は種を含有していない。そのような組成物は、ごく微量の又は生物学的に無関係な量の他の細菌株又は種のみを含みうる。そのような組成物は、他の種の生物を実質的に含まない培養物でありうる。したがって、一部の実施形態において、本発明は、治療に使用するための、エンテロコッカス・ガリナラム種由来の１又は２以上の株を含み、いかなる他種由来の細菌も含まない又は僅少若しくは生物学的に無関係な量でのみ別種由来の細菌を含む組成物を提供する。

一部の実施形態において、本発明の組成物は、２以上の細菌株又は種を含む。例えば、一部の実施形態において、本発明の組成物は、同じ種由来の２以上の株（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０又は４５株を超える株）を含み、いかなる他種由来の細菌を含まなくてもよい。一部の実施形態において、本発明の組成物は、同じ種由来の５０未満の株（例えば、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、９、８、７、６、５、４又は３株未満の株）を含み、いかなる他種由来の細菌を含まなくてもよい。一部の実施形態において、本発明の組成物は、同じ種由来の１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１９、１〜１８、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５又は３１〜５０株を含み、いかなる他種由来の細菌を含まなくてもよい。一部の実施形態において、本発明の組成物は、同じ属由来の２以上の種（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、１７、２０、２３、２５、３０、３５又は４０を超える種）を含み、いかなる他属由来の細菌を含まなくてもよい。一部の実施形態において、本発明の組成物は、同じ属由来の５０未満の種（例えば、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、８、７、６、５、４又は３未満の種）を含み、いかなる他属由来の細菌を含まなくてもよい。一部の実施形態において、本発明の組成物は、同じ属由来の１〜５０、１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５又は３１〜５０種を含み、いかなる他属由来の細菌を含まなくてもよい。本発明は、前記のいかなる組合せも含む。

一部の実施形態において、組成物は、微生物コンソーシアムを含む。例えば、一部の実施形態において、組成物は、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株、例えば、エンテロコッカス・ガリナラム細菌株を、微生物コンソーシアムの一部として含む。例えば、一部の実施形態において、細菌株は、インビボで腸内共生することのできる他属由来の１又は２以上（例えば、少なくとも２、３、４、５、１０、１５又は２０）の他の細菌株との組合せで存在する。例えば、一部の実施形態において、組成物は、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株、例えば、エンテロコッカス・ガリナラムである細菌株を、異なる属由来の細菌株との組合せで含む。一部の実施形態において、微生物コンソーシアは、単一生物、例えばヒトの糞便試料から得られた２又は３以上の細菌株を含む。一部の実施形態において、微生物コンソーシアは、天然で一緒には見られない。例えば、一部の実施形態において、微生物コンソーシアは、少なくとも２つの異なる生物の糞便試料から得られた複数の細菌株を含む。一部の実施形態において、２つの異なる生物は、同じ種由来であり、例えば２人の異なるヒト、例えば２人の異なるヒト乳児である。一部の実施形態において、２つの異なる生物は、ヒト幼児とヒト成体である。一部の実施形態において、２つの異なる生物は、ヒトと非ヒト哺乳動物である。

一部の実施形態において、本発明の組成物は、ＭＲＸ５１８株と同じ安全性及び治療的有効性の特徴を有するが、ＮＣＩＭＢ４２４８８として寄託されたＭＲＸ５１８ではない又はエンテロコッカス・ガリナラムではない細菌株をさらに含む。

本発明の組成物が２以上の細菌株、種又は属を含む一部の実施形態において、個々の細菌株、種又は属は、別個に、同時に又は連続的に投与されてもよい。例えば、組成物は、２以上の細菌株、種若しくは属を全て含んでもよく、又は細菌株、種若しくは属は別個に保存されて、別個に、同時に若しくは連続的に投与されてもよい。一部の実施形態において、２以上の細菌株、種又は属は、別個に保存されて、使用前に一緒に混合される。

一部の実施形態において、本発明に使用するための細菌株は、ヒト乳児の糞便から取得される。本発明の組成物が２以上の細菌株を含む一部の実施形態において、その細菌株の全てがヒト乳児の糞便から得られ、又は他の細菌株が存在する場合、ごく微量でのみ存在している。細菌は、ヒト乳児の糞便から得られた後に培養されて、本発明の組成物で使用されてもよい。

上記のように、一部の実施形態において、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する１又は２以上の細菌株、例えばエンテロコッカス・ガリナラムである細菌株が、本発明の組成物における唯一の治療活性薬剤である。一部の実施形態において、組成物中の細菌株は、本発明の組成物における唯一の治療活性薬剤である。

本発明に従って使用するための組成物は、販売承認を必要とする場合もあり、必要としない場合もある。

特定の実施形態において、本発明は、前記細菌株が凍結乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明は、前記細菌株が噴霧乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明は、細菌株が凍結乾燥又は噴霧乾燥されており、生きている、上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明は、細菌株が凍結乾燥又は噴霧乾燥されており、生存している、上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明は、細菌株が凍結乾燥又は噴霧乾燥されており、腸管に部分的又は全体的に定着することができる、上記医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明は、細菌株が凍結乾燥又は噴霧乾燥されており、生存しており、腸管に部分的又は全体的に定着することができる、上記医薬組成物を提供する。

一部の場合では、凍結乾燥された又は噴霧乾燥された細菌株は、投与前に再構成される。一部の場合では、再構成は、本明細書に記載の希釈剤の使用による。

本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤又は担体を含むことができる。

特定の実施形態において、本発明は、本発明で使用される細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は乳がんである、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態において、がんは乳癌である。好ましい実施形態において、がんはIV期の乳がんである。

特定の実施形態において、本発明は、本発明で使用される細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は肺がんである、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態において、がんは肺癌である。

特定の実施形態において、本発明は、本発明で使用される細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤を含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は肝臓がんである、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態において、がんはヘパトーマ（肝細胞癌）である。

特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は結腸がんである、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態において、がんは結腸直腸腺癌である。

特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤を含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は癌腫である、医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は非免疫原性がんである、医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平上皮癌、腺癌、腺腫瘍、カルチノイド腫瘍及び未分化癌からなる群から選択される、医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は、肝芽腫、胆管癌、胆管細胞癌、嚢胞腺癌及びウイルス感染に起因する肝臓がんからなる群から選択される、医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤を含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は、浸潤性乳管癌、腺管上皮内癌及び浸潤性小葉癌からなる群から選択される、医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤を含む医薬組成物であって、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるとき、障害を治療するために十分な量で含まれ、障害は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ、acute lymphoblastic leukemia）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、基底細胞癌、胆管がん、膀胱がん、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹グリオーマ、脳腫瘍、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性グリオーマ、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉腫瘍、乳がん、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸がん、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸がん、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜がん、上衣腫、食道がん、ユーイング肉腫、眼球内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢がん、胃がん、胃腸カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ、gastrointestinal stromal tumor）、胚細胞腫瘍、グリオーマ、小児視経路及び視床下部膠腫、ホジキンリンパ腫、メラノーマ、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎細胞がん、喉頭がん、白血病、リンパ腫、中皮腫、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、中咽頭がん、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、副甲状腺がん、咽頭がん、下垂体腺腫、形質細胞腫瘍、前立腺がん、腎細胞癌、網膜芽細胞腫、肉腫、精巣がん、甲状腺がん及び子宮がんからなる群から選択される、医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、細菌株の量が、組成物の重量に対してグラムあたり約１×１０^３〜約１×１０^１１コロニー形成単位である、上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、１ｇ、３ｇ、５ｇ又は１０ｇの用量で投与される、上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、組成物が経口、直腸、皮下、経鼻、頬側及び舌下からなる群から選択される方法で投与される上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール及びソルビトールからなる群から選択される担体を含む、上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、エタノール、グリセロール及び水からなる群から選択される希釈剤を含む上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水ラクトース、易流動性ラクトース、ベータ−ラクトース、コーンシロップ、アカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム及び塩化ナトリウムからなる群から選択される賦形剤を含む、上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、保存剤、抗酸化剤及び安定剤の少なくとも１つをさらに含む、上記組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸及びｐ−ヒドロキシ安息香酸エステルからなる群から選択される保存剤を含む、上記医薬組成物を提供する。

特定の実施形態において、本発明は、組成物を約４℃又は約２５℃で密封容器中に保存して容器を相対湿度５０％の雰囲気中に置いたとき、コロニー形成単位で測定される細菌株が、少なくとも約１カ月、３カ月、６カ月、１年、１．５年、２年、２．５年又は３年後に少なくとも８０％残存している、上記医薬組成物を提供する。

一部の実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載の組成物を含む密封容器の形態で提供される。一部の実施形態において、密封容器は、小袋又は瓶である。一部の実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載の組成物を含むシリンジの形態で提供される。

本発明の組成物は、一部の実施形態で、医薬製剤として提供されてもよい。例えば、組成物は、錠剤又はカプセルとして提供されてもよい。一部の実施形態において、カプセルは、ゼラチンカプセル（「ジェルキャップ（gel-cap）」）である。

一部の実施形態において、本発明の組成物は、経口投与される。経口投与は、化合物が胃腸管に入るような嚥下を含んでもよく、及び／又は化合物が直接口から血流に入る頬側、舌若しくは舌下投与を含んでもよい。

経口投与に適切な医薬製剤には、固形プラグ、固形微粒子、半固形及び液体（例えば、多相又は多分散系）、例えば錠剤；多粒子若しくはナノ粒子を含有するソフト若しくはハードカプセル、液体（例えば、水溶液）、エマルジョン又は粉末；ロゼンジ（例えば、液体充填されたもの）；チュー；ジェル；迅速分散性投薬形態；フィルム；オブール（ovule）；スプレー；並びに頬側／粘膜付着パッチが挙げられる。

一部の実施形態において、医薬製剤は、本発明の組成物を経口投与により腸管に送達するために適切な腸溶性製剤、つまり胃耐性製剤（例えば、胃ｐＨに耐性）である。腸溶性製剤は、細菌又は組成物の別の成分が酸感受性であるとき、例えば胃条件下で分解され易いとき、特に有用でありうる。

一部の実施形態において、腸溶性製剤は、腸溶コーティングを含む。一部の実施形態において、製剤は、腸溶コーティングされた投薬形態である。例えば、製剤は、腸溶コーティングされた錠剤又は腸溶コーティングされたカプセルなどでありうる。腸溶コーティングは、従来の腸溶コーティング、例えば経口投与用の錠剤、カプセルなどに対する従来のコーティングでありうる。製剤は、フィルムコーティング、例えば酸不溶性ポリマーなどの腸溶性ポリマーの薄いフィルム状の層を含むものでもよい。

一部の実施形態において、腸溶性製剤は、本質的に腸溶性であり、例えば、腸溶コーティングを必要とすることなく、胃耐性である。したがって、一部の実施形態において、製剤は、腸溶コーティングを含まない腸溶性製剤である。一部の実施形態において、製剤は、感熱ゲル化材料で作製されたカプセルである。一部の実施形態において、感熱ゲル化材料は、セルロース系材料、例えば、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース又はヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ，hydroxypropylmethylcellulose）である。一部の実施形態において、カプセルは、いかなるフィルム形成ポリマーも含まないシェルを含む。一部の実施形態において、カプセルは、シェルを含み、シェルは、ヒドロキシプロピルメチルセルロースを含み、いかなるフィルム形成ポリマーも含まない（例えば、米国特許出願公開第２０１６／００６７１８８号明細書を参照）。一部の実施形態において、製剤は、本質的に腸溶性カプセル（例えば、Capsugel社のVcaps（登録商標））である。

一部の実施形態において、製剤は、ソフトカプセルである。ソフトカプセルは、軟化剤、例えば、グリセロール、ソルビトール、マルチトール及びポリエチレングリコールを添加してカプセルシェル中に存在させることにより、特定の弾性及び柔軟性を有しうるカプセルである。ソフトカプセルは、例えば、ゼラチン又はデンプンをベースとして製造することができる。ゼラチンをベースとするソフトカプセルは、様々な供給業者から市販されている。投与方法、例えば経口又は直腸などの投与方法に依存して、ソフトカプセルは、様々な形状をとることができ、例えば、丸形、卵形、楕円形又は魚雷形でありうる。ソフトカプセルは、従来の方法、例えばScherer法、Accogel法又は液滴若しくは噴霧法などにより、製造することができる。

培養方法
本発明に使用するための細菌株は、標準的な微生物学技術、例えば、参照文献Handbook of Microbiological Media, Fourth Edition (2010) Ronald Atlas, CRC Press、Maintaining Cultures for Biotechnology and Industry (1996) Jennie C. Hunter-Cevera, Academic Press、Strobel (2009) Methods Mol Biol. 581:247-61に詳細に記載の技術を使用して培養することができる。

培養に使用される固体又は液体培地は、ＹＣＦＡ寒天又はＹＣＦＡ培地でありうる。ＹＣＦＡ培地は、（１００ｍｌあたりのおよその量）：カジトン（１．０ｇ）、酵母エキス（０．２５ｇ）、ＮａＨＣＯ_３（０．４ｇ）、システイン（０．１ｇ）、Ｋ_２ＨＰＯ_４（０．０４５ｇ）、ＫＨ_２ＰＯ_４（０．０４５ｇ）、ＮａＣｌ（０．０９ｇ）、（ＮＨ_４）_２ＳＯ_４（０．０９ｇ）、ＭｇＳＯ_４・７Ｈ_２Ｏ（０．００９ｇ）、ＣａＣｌ_２（０．００９ｇ）、レサズリン（０．１ｍｇ）、ヘミン（１ｍｇ）、ビオチン（１μｇ）、コバラミン（１μｇ）、ｐ−アミノ安息香酸（３μｇ）、葉酸（５μｇ）、及びピリドキサミン（１５μｇ）を含みうる。

ワクチン組成物に使用するための細菌株
本発明者らは、本発明の細菌株が、がんを治療及び予防するために有用であることを明らかにした。これは、本発明の細菌株が宿主免疫系に与える効果の結果と考えられる。したがって、本発明の組成物は、ワクチン組成物として投与されるとき、がんを予防するためにも有用でありうる。特定のそのような実施形態において、本発明の細菌株は生存している。特定のそのような実施形態において、本発明の細菌株は、腸管に部分的又は全体的に定着することができる。特定のそのような実施形態において、本発明の細菌株は生存しており、腸管に部分的又は全体的に定着することができる。他の特定のそのような実施形態において、本発明の細菌株は、殺傷、不活化又は減弱化されていてもよい。特定のそのような実施形態において、組成物は、ワクチンアジュバントを含んでもよい。特定の実施形態において、組成物は、注射、例えば、皮下注射を介した投与のためのものである。

全般
本発明の実施は、別段の記載がない限り、化学、生化学、分子生物学、免疫学及び薬理学の従来の方法を当該分野の技能の範囲内で利用しうる。そのような技術は、文献において十分に説明されている。例えば、参照文献Gennaro (2000) Remington: The Science and Practice of Pharmacy. 20th edition, ISBN: 0683306472及びMolecular Biology Techniques: An Intensive Laboratory Course, (Ream et al., eds., 1998, Academic Press)、Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.)、Handbook of Experimental Immunology, Vols. I IV (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds, 1986, Blackwell Scientific Publications)、Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press)、Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi, K.S. ed., CRC Press, 1997)、Ausubel et al. (eds) (2002) Short protocols in molecular biology, 5th edition (Current Protocols)、PCR (Introduction to Biotechniques Series), 2nd ed. (Newton & Graham eds., 1997, Springer Verlag)などを参照。

用語「含む（comprising）」は、「含む（including）」及び「からなる（consisting）」を包含し、例えば、Ｘを「含む（comprising）」組成物は、Ｘから排他的になるものであってもよく、又は何かが追加されたものを含んでもよく、例えば、Ｘ＋Ｙを含んでもよい。

数値ｘに関連した用語「約」は選択的であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。

語句「実質的に」は、「完全に」を排除せず、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくてもよい。必要に応じて、語句「実質的に」は、本発明の定義から省かれてもよい。

２つのヌクレオチド配列間の配列同一性パーセンテージに対するリファレンスは、整列させたときに、２つの配列の比較においてヌクレオチドのパーセンテージが同じであることを意味する。このアライメント並びに相同性又は配列同一性パーセントは、当該技術分野で既知のソフトウェアプログラム、例えば、参照文献Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987) Supplement 30のセクション７．７．１８に記載のものを使用して決定することができる。好ましいアラインメントは、ギャップオープンペナルティ１２、ギャップエクステンションペナルティ２、ＢＬＯＳＵＭマトリックス６２でアフィンギャップ検索を使用してSmith-Waterman相同性検索アルゴリズムにより決定される。Smith-Waterman相同性検索アルゴリズムは、参照文献Smith & Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2: 482-489に開示されている。

特に示さない限り、いくつかのステップを含むプロセス又は方法は、方法の最初又は最後に追加的なステップを含んでもよく、又は追加的な介在ステップを含んでもよい。またステップは、適切であれば組み合わせてもよく、省いてもよく、又は代替的な順序で実施されてもよい。

本発明の様々な実施形態が、本明細書に記載されている。各実施形態で特定される特徴は、他の特定される特徴と組み合わされて、さらなる実施形態を提供しうることが認識される。特に本明細書において、適切である、典型的又は好ましいと強調された実施形態は、互いに組み合わされてもよい（相互に排他的である場合を除く）。

がんのマウスモデルにおける細菌接種の有効性
概要
この試験では、本発明による細菌株を含む組成物の有効性を、４種の腫瘍モデルで試験した。

材料
被検物質 − 細菌株＃ＭＲＸ５１８
リファレンス物質 − 抗ＣＴＬＡ−４抗体（クローン：9H10、カタログ：BE0131、アイソタイプ：シリアンハムスターＩｇＧ１、Bioxcell社製）。

被検及びリファレンス物質媒体−細菌培養培地（酵母エキス、カジトン、脂肪酸培地（ＹＣＦＡ，Yeast extract, Casitone, Fatty Acid medium））。マウスへの各注射日に、抗体をＰＢＳで希釈した（参照：BE14-516F、Lonza社製、仏国）。

処置用量 − 細菌：２００μＬ中に２×１０^８個。ａ−ＣＴＬＡ−４を、注射あたり１０ｍｇ／ｋｇで注射した。抗ＣＴＬＡ−４は、マウスの最も近時の体重に従って、投与あたり１０ｍＬ／ｋｇの投与容量で投与した（つまり、あるマウスが２０ｇの重さであるとき、２００μＬの被検物質が投与される）。

投与経路 − 細菌接種は、経口胃管栄養法により（経口内（per os，ＰＯ））、カニューレを介して投与した。カニューレは、毎日、浄化した。抗ＣＴＬＡ−４は、マウスの腹腔内に（腹腔内（intraperitoneally，ＩＰ））注射した。

細菌株の培養条件 − 細菌株の培養条件は以下の通りであった：
・１０ｍＬのＹＣＦＡを（調製した１０ｍＬのE&O lab社製ボトルから）Hungateチューブにピペッティングする
・チューブを密封し、シリンジインプットを使用してＣＯ_２でフラッシュし、系を使い切る
・Hungateチューブをオートクレーブする
・冷却されるとき、Hungateチューブに、１ｍＬのグリセロール原液を接種する
・チューブを、静止した３７℃インキュベータ内に約１６時間置く
・翌日、この継代培養物を１ｍＬ取り、１０ｍＬのＹＣＦＡ（事前に加温され、再度フラッシュされたHungateチューブ、全て２連）に接種する
・それらを、静止した３７℃インキュベータ内に５〜６時間置く。

がん細胞株及び培養条件
使用した細胞株の詳細を下記表に示す：

ＥＭＴ−６細胞株は、過形成性乳腺胞節の移植後、ＢＡＬＢ／ｃＣＲＧＬマウスで生じる移植可能なマウス乳癌から樹立した（Rockwell et al., (1972) J Natl Cancer Inst. 49:735-49）。

ＬＬ／２（ＬＬＣ１）細胞株は、原発性Lewis肺癌の移植から生じた腫瘍を担持しているＣ５７ＢＬマウスの肺から樹立した（Bertram and Janik (1980) Cancer Lett. 11:63-73）。

Ｈｅｐａ１−６細胞株は、Ｃ５７／Ｌマウスで生じるＢＷ７７５６マウスヘパトーマの派生物である（Darlington (1987) Meth Enzymol. 151:19-38）。

細胞培養条件 − 全ての細胞株は、湿潤雰囲気下（５％ＣＯ_２、９５％空気）中、３７℃で単層として増殖させた。培養培地及び補足成分を、下記表に示す。

実験的使用のために、接着した腫瘍細胞を、カルシウム又はマグネシウムなしのHanks培地（参照：BE10-543F、Lonza社製）中、トリプシン−バーゼン液（参照：BE17-161E、Lonza社製）を用いた５分間の処置により培養フラスコから分離し、完全培養培地の添加により中和した。細胞は、血球計数板で計数した。細胞の生存可能性は、０．２５％トリパンブルー色素排除試験法で評価される。

動物の使用 − 同重量及び同齢の健常な雌Ｂａｌｂ／Ｃ（ＢＡＬＢ／ｃＢｙＪ）マウスを、ＥＭＴ６モデル実験のために、CHARLES RIVER（L'Arbresles）社から得た。

同重量及び同齢の健常な雌Ｃ５７ＢＬ／６（Ｃ５７ＢＬｌ６Ｊ）マウスを、ＬＬ／２（ＬＬＣ１）及びＨｅｐａ１−６モデル実験のためにCHARLES RIVER（L'Arbresles）社から得た。

動物は、ＦＥＬＡＳＡガイドラインによるＳＰＦ健康状態に維持し、さらに仏国及び欧州の規則による動物収容及び実験手順並びに実験動物の管理と使用に関するＮＲＣガイドに従った（Principe d’ethique de l’experimentation animale, Directive n°2010/63 CEE 22nd September 2010, Decret n°2013-118 1st February 2013、Guide for the Care and Use of Laboratory Animals: Eighth Edition. The National Academies Press; 2011）。動物は、制御された環境条件：温度：２２±２℃、湿度５５±１０％、光周期（１２時間明／１２時間暗）、ＨＥＰＡ除菌空気、再循環なしに１時間あたり１５空気交換の下、収容部屋内で維持した。動物の囲いを、以下に説明するような寝具材料、食料及び水、環境及び社会的エンリッチメント（群飼）を備えた滅菌及び適正な空間に置いた：換気されたラック中の９００ｃｍ^２ケージ（参照：green、Tecniplast社製）、Epicea寝具（SAFE社製）、１０ｋＧｙ照射食（A04-10、SAFE社製）、免疫応答性齧歯動物のための完全食−R/M-H押出物、水差しからの水。

実験計画及び処置
抗腫瘍活性、ＥＭＴ６モデル
処置スケジュール − 最初の投与開始を０日目とした。０日目に、Vivo manager（登録商標）ソフトウェア（Biosystemes社製、クテルノン、仏国）を使用して、個々の体重に応じて非移植マウスをランダムに９／８匹の群にした。０日目に、マウスは、媒体（培養培地）又は細菌株を受けた。１４日目に、全てのマウスに、下記のようにＥＭＴ−６腫瘍細胞を移植した。２４日目に、陽性対照群のマウスは、抗ＣＴＬＡ−４抗体処置を受けた。

処置スケジュールを下記表にまとめている。

動物のモニタリングは、下記のように実施した。

動物におけるＥＭＴ６腫瘍の導入 − １４日目に、２００μＬのＲＰＭＩ１６４０中の１×１０^６個のＥＭＴ−６細胞をマウスの右側腹部に皮下注射することにより、腫瘍を導入した。

安楽死 − 各マウスは、下記の人道的エンドポイントに達したとき又は投与開始から最大６週間後に、安楽死させた。

抗腫瘍活性、ＬＬ／２（ＬＬＣ１）モデル
処置スケジュール−最初の投与開始を０日目とした。０日目に、Vivo manager（登録商標）ソフトウェア（Biosystemes社製、クテルノン、仏国）を使用して、個々の体重に応じて非移植マウスをランダムに９／８匹の７つの群にした。０日目に、マウスは、媒体（培養培地）又は細菌株を受ける。１４日目に、全てのマウスに、下記のようにＬＬ／２腫瘍細胞を移植した。２７日目に、陽性対照群のマウスは、抗ＣＴＬＡ−４抗体処置を受けた。

処置スケジュールを下記表にまとめている。

動物のモニタリングは、下記のように実施した。

動物におけるＬＬ／２（ＬＬＣ１）腫瘍の導入 − １４日目に、２００μＬのＲＰＭＩ１６４０中の１×１０^６個のＬＬ／２（ＬＬＣ１）細胞をマウスの右側腹部に皮下注射することにより、腫瘍を導入した。

安楽死 − 各マウスは、下記の人道的エンドポイントに達したとき又は投与開始から最大６週間後に、安楽死させた。

抗腫瘍活性、Ｈｅｐａ１−６モデル
処置スケジュール−最初の投与開始を０日目とした。０日目に、Vivo manager（登録商標）ソフトウェア（Biosystemes社製、クテルノン、仏国）を使用して、個々の体重に応じて非移植マウスをランダムに９匹の７つの群にした。０日目に、マウスは、媒体（培養培地）又は細菌株を受けた。１４日目に、全てのマウスに、下記のようにＨｅｐａ１−６腫瘍細胞を移植した。１６日目に、陽性対照群のマウスは、抗ＣＴＬＡ−４抗体処置を受けた。

処置スケジュールを下記表にまとめている。

動物のモニタリングは、下記のように実施した。

脾臓内注射による動物におけるＨｅｐａ１−６腫瘍細胞の同所性導入 − １４日目に、５０μＬのＲＰＭＩ１６４０培地中の１００万個の（１×１０^６）Ｈｅｐａ１−６腫瘍細胞を、脾臓内注射を介してマウスに移植した。簡単に述べると、左肋骨下側腹部を小さく切開し、脾臓を露出させた。脾臓を滅菌ガーゼパッドに曝し、２７ゲージ針で、表示管理下に細胞懸濁液を注射した。細胞接種の後、脾臓を切除した。

安楽死 − 各マウスは、下記の項に記載する人道的エンドポイントに達したとき又は投与開始から最大６週間後に、安楽死させた。

安楽死での腫瘍負荷の評価 − 終了時に肝臓を回収し、秤量した。

動物モニタリング
臨床的モニタリング − 腫瘍の長さ及び幅を、週に２回カリパスで測定し、腫瘍の容量を次式により見積もった（Simpson-Herren and Lloyd (1970) Cancer Chemother Rep. 54:143-74）：

人道的エンドポイント（Workman et al. (2010) Br. J. Cancer. 102:1555-77）：痛み、苦痛又は苦悩の徴候；痛みを表す姿勢、痛みを表す表情、挙動；標準体重の１０％を超えるが２０００ｍｍ^３を超えない腫瘍；歩行運動又は栄養に干渉する腫瘍；潰瘍化腫瘍又は組織びらん；３日間連続して２０％体重減少が続く；身体状態不良、痩せ、悪液質、脱水；外部刺激に対する自発的応答が長期間非存在；急速努力呼吸、貧血、出血過多；神経学的徴候：回転、痙攣、麻痺；体温の持続的な低下；腹部膨張。

麻酔 − イソフルランガス麻酔を、全ての手技：手術又は腫瘍接種、静脈内注射、採血に対して使用した。ケタミン及びキシラジン麻酔を、脳定位手術法に対して使用した。

無痛覚 − カプロフェン又はマルチモーダルカプロフェン／ブプレノルフィン無痛覚プロトコルを、手術的手法の辛さに対して適応した。非薬理学的ケアを、全ての有痛性の処置に対して行った。さらに、試験に干渉しない薬理学的ケア（局所的治療）を、担当獣医の勧めがあるときに行った。

安楽死 − 動物の安楽死は、過量投与のガス麻酔（イソフルラン）とその後の頚椎脱臼又は失血により実施した。

結果
抗腫瘍活性、ＥＭＴ６モデル
結果を図１に示す。本発明の細菌株を用いた処置は、両方の陰性対照と比較して、腫瘍容量の明らかな低減を導いた。陽性対照では、予想されたように、腫瘍容量の低減も導かれた。

抗腫瘍活性、ＬＬ／２（ＬＬＣ１）モデル
結果を図２に示す。本発明の細菌株を用いた処置は、両方の陰性対照と比較して、腫瘍容量の明らかな低減を導いた。

抗腫瘍活性、Ｈｅｐａ１−６モデル
結果を図３に示す。未処置陰性対照群は、この群が他の群よりも肝重量が少なかったために、予想されたような態様ではない。しかしながら、媒体陰性対照群及び陽性対照群は、媒体のみで処置したマウスが抗ＣＴＬＡ４抗体で処置したマウスよりも肝臓が大きく、媒体陰性対照群で腫瘍負荷がより大きいことを反映していたために、いずれも予想された態様を示した。本発明の細菌株を用いた治療は、媒体陰性対照群のマウスと比較して肝重量（したがって腫瘍負荷）の明らかな低減を導いた。

これらのデータは、ＭＲＸ５１８株が、がんを治療又は予防すること、特に、乳がん、肺がん及び肝臓がんにおける腫瘍容量を低減させるために有用でありうることを示す。

ＰＣＲ遺伝子分析
細菌ＭＲＸ５１８の純粋な培養物をＰＣＲ遺伝子分析で試験した。実験には２つのアームがあった：１）ＭＲＸ５１８を、ヒト結腸細胞（ＣａＣｏ２）と共培養して、宿主に対する細菌の効果を調査した、及び２）ＭＲＸ５１８を、ＩＬ１で刺激したＣａＣｏ２細胞と共培養し、炎症環境における細菌の効果を模倣した。両方のシナリオにおける効果は、遺伝子発現分析を通じて評価した。結果を以下に示す。

これらのデータは、２種類の遺伝子の発現の徴候を示していると考えられる。つまり炎症促進性細胞遊走と関連しているＣＸＣＲ１／２リガンド（ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１、ＩＬ−８）、並びに、ＩＦＮ−γ誘導性であるＩＬ−３２によっても支持される、ＩＦＮ−γ型応答のより特異的な指標であるＣＸＣＲ３リガンド（ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０）。

安定性試験
本明細書に記載の少なくとも１つの細菌株を含む本明細書に記載の組成物を、密封容器中に２５℃又は４℃で保存し、容器を３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％又は９５％の相対湿度を有する雰囲気中に置く。１カ月、２カ月、３カ月、６カ月、１年、１．５年、２年、２．５年又は３年後、標準的プロトコルで決定されるコロニー形成単位で測定される細菌株が、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％残存する。

ＭＲＸ５１８により誘導される未熟樹状細胞でのサイトカイン産生のＭＲＸ５１８＋ＬＰＳとの比較
概要
この試験では、ＭＲＸ５１８細菌株単独及びリポ多糖（ＬＰＳ）との組合せでの、未熟樹状細胞におけるサイトカイン産生に対する効果を試験した。

単球集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ，peripheral blood mononuclear cell）から単離した。単球細胞は、その後、未熟樹状細胞に分化した。未熟樹状細胞を、２００，０００細胞／ウェルでプレートに蒔き、任意で最終濃度１００ｎｇ／ｍｌのＬＰＳを添加して、最終濃度１０^７／ｍｌのＭＲＸ５１８とインキュベートした。陰性対照では、細胞をＲＰＭＩ培地のみとインキュベートさせることを含め、陽性対照では、細胞を最終濃度１００ｎｇ／ｍｌのＬＰＳとインキュベートした。その後、細胞のサイトカイン含量を分析した。

結果
これらの試験の結果は、図４ａ〜ｄで見ることができる。ＭＲＸ５１８単独の添加は、陰性対照と比較して、サイトカインＩＬ−６及びＴＮＦ−αのレベルの実質的な増加を導く（図４ａ及びｃ）。ＬＰＳ（陽性対照）の添加は、陰性対照と比較して、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αのレベルの増加を導くが、ＩＬ−１βについては増加を導かない（図４ｂ）。ＭＲＸ５１８とＬＰＳとの組合せは、産生されるＩＬ−１βのレベルの相乗的増加を導いた（図４ｄ）。

結論
ＭＲＸ５１８は、未熟樹状細胞におけるＩＬ−６及びＴＮＦ−αサイトカイン産生をより高く誘導する能力を有する。ＬＰＳとＭＲＸ５１８との組合せは、未熟樹状細胞においてサイトカインＩＬ−１βのレベルを増加させることができる。これらのデータは、ＭＲＸ５１８が単独又はＬＰＳとの組合せで、炎症促進によりがんを抑制可能な炎症性サイトカインＩＬ−１β、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αを増加させることができることを示している。ＭＲＸ５１８の単独又は組合せでの処置は、腫瘍増殖を制限することのできるサイトカインを誘導することができる。

ＭＲＸ５１８により誘導されるＴＨＰ−１細胞でのサイトカイン産生のＭＲＸ５１８＋ＬＰＳとの比較
概要
この試験では、ＭＲＸ５１８細菌株単独及びＬＰＳとの組合せでの、単球及びマクロファージについてのモデル細胞株であるＴＨＰ−１細胞のサイトカイン産生に対する効果を試験した。

ＴＨＦ−１細胞を、５ｎｇ／ｍＬのホルボール−１２−ミリステート１３−アセテート（ＰＭＡ，phorbol-12-myristate-13-acetate）を用いて、４８時間、Ｍ０培地中に分化させた。次いでこれらの細胞を、最終濃度１００ｎｇ／ｍｌのＬＰＳの添加あり又はなしで、最終濃度１０^８／ｍｌのＭＲＸ５１８とインキュベートした。その後、細菌を洗浄し、細胞を標準的な増殖条件下で２４時間インキュベートした。細胞を、その後、遠心沈殿し、得られた上清についてサイトカイン含量を分析した。

結果
これらの試験の結果は、図５ａ〜ｃで見ることができる。ＬＰＳなしでのＭＲＸ５１８の添加は、細菌なし及び細菌沈降対照と比較して、ＩＬ−１β、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αのサイトカインレベルの増加を導く。ＬＰＳ及びＭＲＸ５１８の添加は、サイトカイン産生の相乗的増加を導く。

結論
ＭＲＸ５１８は、ＴＨＰ−１細胞におけるサイトカイン産生を誘導させる能力を有し、この産生は、ＬＰＳの添加により、相乗的に増加させることができる。これらのデータは、ＭＲＸ５１８が単独又はＬＰＳとの組合せで、炎症促進によりがんを抑制可能な炎症性サイトカインＩＬ−１β、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αを増加させることができることを示している。ＭＲＸ５１８の単独又は組合せでの処置は、腫瘍増殖を制限することのできるサイトカインを誘導することができる。

配列
配列番号１（エンテロコッカス・ガリナラム１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子−ＡＦ０３９９００）
1 taatacatgc aagtcgaacg ctttttcttt caccggagct tgctccaccg aaagaaaaag
61 agtggcgaac gggtgagtaa cacgtgggta acctgcccat cagaagggga taacacttgg
121 aaacaggtgc taataccgta taacactatt ttccgcatgg aagaaagttg aaaggcgctt
181 ttgcgtcact gatggatgga cccgcggtgc attagctagt tggtgaggta acggctcacc
241 aaggccacga tgcatagccg acctgagagg gtgatcggcc acactgggac tgagacacgg
301 cccagactcc tacgggaggc agcagtaggg aatcttcggc aatggacgaa agtctgaccg
361 agcaacgccg cgtgagtgaa gaaggttttc ggatcgtaaa actctgttgt tagagaagaa
421 caaggatgag agtagaacgt tcatcccttg acggtatcta accagaaagc cacggctaac
481 tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggatt tattgggcgt
541 aaagcgagcg caggcggttt cttaagtctg atgtgaaagc ccccggctca accggggagg
601 gtcattggaa actgggagac ttgagtgcag aagaggagag tggaattcca tgtgtagcgg
661 tgaaatgcgt agatatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggctctctg gtctgtaact
721 gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt agtccacgcc
781 gtaaacgatg agtgctaagt gttggagggt ttccgccctt cagtgctgca gcaaacgcat
841 taagcactcc gcctggggag tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat tgacgggggc
901 ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc
961 ttgacatcct ttgaccactc tagagataga gcttcccctt cgggggcaaa gtgacaggtg
1021 gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca
1081 acccttattg ttagttgcca tcatttagtt gggcactcta gcgagactgc cggtgacaaa
1141 ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg gctacacacg
1201 tgctacaatg ggaagtacaa cgagttgcga agtcgcgagg ctaagctaat ctcttaaagc
1261 ttctctcagt tcggattgta ggctgcaact cgcctacatg aagccggaat cgctagtaat
1321 cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac
1381 cacgagagtt tgtaacaccc gaagtcggtg aggtaacctt tttggagcca gccgcctaag
1441 gtgggataga tgattggggt gaagtcgtaa caaggtagcc gtatcggaag gtgcggctgg
1501 atcacc
配列番号２（エンテロコッカス・ガリナラムＭＲＸ５１８株の１６Ｓ ｒＲＮＡのコンセンサス配列）
TGCTATACATGCAGTCGAACGCTTTTTCTTTCACCGGAGCTTGCTCCACCGAAAGAAAAAGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATCAGAAGGGGATAACACTTGGAAACAGGTGCTAATACCGTATAACACTATTTTCCGCATGGAAGAAAGTTGAAAGGCGCTTTTGCGTCACTGATGGATGGACCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCCACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGAGAAGAACAAGGATGAGAGTAGAACGTTCATCCCTTGACGGTATCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTTTGACCACTCTAGAGATAGAGCTTCCCCTTCGGGGGCAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGAAGTACAACGAGTTGCGAAGTCGCGAGGCTAAGCTAATCTCTTAAAGCTTCTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTTGGAGCCAGCCGCCTAAGGTG
配列番号３（ＭＲＸ５１８株の染色体の配列）−電子形式配列表参照。
配列番号４（ＭＲＸ５１８株のプラスミドの配列）−電子形式配列表参照。

（参考文献）
[1] Spor et al. (2011) Nat Rev Microbiol. 9(4):279-90
[2] Eckburg et al. (2005) Science. 10;308(5728):1635-8
[3] Macpherson et al. (2001) Microbes Infect. 3(12):1021-35
[4] Macpherson et al. (2002) Cell Mol Life Sci. 59(12):2088-96
[5] Mazmanian et al. (2005) Cell 15;122(1):107-18
[6] Frank et al. (2007) PNAS 104(34):13780-5
[7] Scanlan et al. (2006) J Clin Microbiol. 44(11):3980-8
[8] Kang et al. (2010) Inflamm Bowel Dis. 16(12):2034-42
[9] Machiels et al. (2013) Gut. 63(8):1275-83
[10] WO 2013/050792
[11] WO 03/046580
[12] WO 2013/008039
[13] WO 2014/167338
[14] Goldin and Gorbach (2008) Clin Infect Dis. 46 Suppl 2:S96-100
[15] Azad et al. (2013) BMJ. 347:f6471
[16] Strickertsson et al. (2014) Genes. 5(3): 726-738
[17] Collins et al. (1984) Int J Syst Evol Microbiol. 34: 220-223
[18] Masco et al. (2003) Systematic and Applied Microbiology, 26:557-563
[19] Srutkova et al. (2011) J. Microbiol. Methods, 87(1):10-6
[20] Haabeth et al. (2012) OncoImmunology 1(1):1146-1152
[21] Lejeune et al. (2006) Cancer Immun. 6:6
[22] Pace et al. (1983) PNAS. 80:8782-6
[23] Sgadari et al. (1996) PNAS. 93:13791-6
[24] Arenberg et al. (1996) J. Exp. Med. 184:981-92
[25] Sgadari et al. (1997) Blood. 89:2635-43
[26] Miyamoto-Shinohara et al. (2008) J. Gen. Appl. Microbiol., 54, 9-24
[27] Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols, ed. by Day and McLellan, Humana Press
[28] Leslie et al. (1995) Appl. Environ. Microbiol. 61, 3592-3597
[29] Mitropoulou et al. (2013) J Nutr Metab. (2013) 716861
[30] Kailasapathy et al. (2002) Curr Issues Intest Microbiol. 3(2):39-48
[31] Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by A Wade and PJ Weller
[32] Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro edit. 1985)
[33] US 2016/0067188
[34] Handbook of Microbiological Media, Fourth Edition (2010) Ronald Atlas, CRC Press
[35] Maintaining Cultures for Biotechnology and Industry (1996) Jennie C. Hunter-Cevera, Academic Press
[36] Strobel (2009) Methods Mol Biol. 581:247-61
[37] Gennaro (2000) Remington: The Science and Practice of Pharmacy. 20th edition, ISBN: 0683306472
[38] Molecular Biology Techniques: An Intensive Laboratory Course, (Ream et al., eds., 1998, Academic Press)
[39] Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.)
[40] Handbook of Experimental Immunology, Vols. I IV (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds, 1986, Blackwell Scientific Publications)
[41] Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press)
[42] Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi, K.S. ed., CRC Press, 1997)
[43] Ausubel et al. (eds) (2002) Short protocols in molecular biology, 5th edition (Current Protocols)
[44] PCR (Introduction to Biotechniques Series), 2nd ed. (Newton & Graham eds., 1997, Springer Verlag)
[45] Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987) Supplement 30
[46] Smith & Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2: 482-489
[47] Rockwell et al., (1972) J Natl Cancer Inst. 49:735-49
[48] Bertram and Janik (1980) Cancer Lett. 11:63-73
[49] Darlington (1987) Meth Enzymol. 151:19-38
[50] Principe d’ethique de l’experimentation animale, Directive n°2010/63 CEE 22nd September 2010, Decret n°2013-118 1st February 2013
[51] Guide for the Care and Use of Laboratory Animals: Eighth Edition. The National Academies Press; 2011
[52] Simpson-Herren and Lloyd (1970) Cancer Chemother Rep. 54:143-74
[53] Workman et al. (2010) Br. J. Cancer. 102:1555-77

Claims (25)

1. がんを治療又は予防する方法に使用するための、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物。
2. エンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株を含む、請求項１に記載の使用のための組成物。
3. 細菌株が、配列番号３の少なくとも９０％にわたり配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性を有する染色体を有する、請求項１又は２に記載の使用のための組成物。
4. 肺がん、乳がん、肝臓がん又は結腸がんを治療又は予防する方法に使用するための、請求項１〜３のいずれかに記載の組成物。
5. 腫瘍サイズを低減させる、腫瘍増殖を低減させる、転移を予防する、又は血管新生を予防する方法に使用するための、請求項１〜４のいずれかに記載の組成物。
6. 細菌株が、エンテロコッカス・ガリナラムの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
7. 細菌株が、配列番号１又は２と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項１〜６のいずれかに記載の組成物。
8. 細菌株が、配列番号２と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくは９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、或いは
   細菌株が、配列番号２によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、
   請求項７に記載の組成物。
9. 経口投与用である、請求項１〜８のいずれかに記載の組成物。
10. １又は２以上の薬学的に許容される賦形剤又は担体を含む、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
11. 細菌株が凍結乾燥されている、請求項１〜１０のいずれかに記載の組成物。
12. 細菌株が生存しており、腸管に部分的又は全体的に定着することができる、請求項１〜１１のいずれかに記載の組成物。
13. エンテロコッカス・ガリナラムの単一株を含む、請求項１〜１２のいずれかに記載の組成物。
14. 微生物コンソーシアの一部としてエンテロコッカス・ガリナラム細菌株を含む、請求項１〜１３のいずれかに記載の組成物。
15. 請求項１〜５のいずれかに記載の使用のための、請求項１〜１４のいずれかに記載の組成物を含む食品。
16. 請求項１〜５のいずれかに記載の使用のための、請求項１〜１４のいずれかに記載の組成物を含むワクチン組成物。
17. がんを治療又は予防する方法であって、配列番号２と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、前記方法。
18. がんを治療又は予防する方法であって、それを必要とする患者にエンテロコッカス・ガリナラム種の細菌株を含む組成物を投与することを含む、前記方法。
19. 受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物の細胞。
20. 請求項１９に記載の細胞を含む組成物。
21. 薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む、請求項２０に記載の組成物。
22. 受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物の生物学的に純粋な培養物。
23. 治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８８で寄託されたエンテロコッカス・ガリナラム株又はその派生物の細胞。
24. 請求項１〜５のいずれかに規定の方法に使用するための、請求項２３に記載の細胞。
25. エンテロコッカス・ガリナラム種の１又は２以上の細菌株を含み、他の種の細菌を含有していない又はごく微量の若しくは生物学的に無関係な量の別の種の細菌のみを含む、治療に使用するための組成物。