JP2018062520A - 糖質コンジュゲートrna剤およびその調製方法 - Google Patents
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Abstract
Description
Xのそれぞれが、ヒドロキシ保護基または水素であり;
Yのそれぞれが、アミン保護基(例えば、アセチル)であり;
nが0〜20(例えば、0〜15または4〜15、好ましくは7)であり;
q、rおよびsのそれぞれが、独立して、1〜7であり;
Lが連結基であり;
R1がiRNA剤である)で表されるものなどの糖質がコンジュゲートされたiRNA剤を調製するのに有用である。一実施形態において、Xの全てが同じであり、Yの全てが同じであり、qの全てが同じであり、rの全てが同じであり、sの全てが同じである。一実施形態において、Xのそれぞれが水素である。他の実施形態において、Yのそれぞれがアセチルである。一実施形態において、Xのそれぞれが水素であり、Yのそれぞれがアセチルである。
(i)金属不純物(パラジウム、白金、およびルテニウムなど)、
(ii)以下の2つの尿素副生成物のそれぞれ
(i)式(VI)の化合物を、金属アルコキシド塩基(例えば、NaOMe)などの塩基と反応させるステップと;
(ii)ステップ(i)の生成物(例えば、NaBH4で)を還元するステップと;
(iii)ステップ(ii)の生成物を、酸(例えば、HCl)と反応させるステップと
を含み得る。この方法は、単一のポットで、高収率(例えば、>80%)で行われ得る。
Aが、C6〜C14アルキレンリンカー(例えば、−(CH2)10−などのC8〜C12アルキレンリンカー)であり;
各Rが、独立して、酸保護基(例えば、置換または非置換アルキル(例えば、t−ブチル)または置換または非置換アリール)であり;
Rxが、置換または非置換アルキル(例えば、メチル)または置換または非置換アリールなどの酸保護基である。好ましくは、Rxが、全てのR基と異なる)
の化合物を調製するための方法に関する。
X、Y、n、q、r、およびsが、式(A)に関して上に定義されるとおりであり;
Prtがヒドロキシル保護基である)の化合物を調製するための方法に関する。
X、Y、n、q、r、およびsが、上に定義されるとおりであり;
Prtがヒドロキシル保護基であり;
(1)塩基の存在下で、式II:
(2)式(IV)の化合物中のZを脱保護した後、ヒドロキシルプロリン(V):
(3)ステップ(2)の生成物を、無水コハク酸と連結するステップ;および
(4)ステップ(3)の生成物を固体担体に連結して、式(I)の化合物を得るステップ
のうちの1つ以上を含む。この方法がステップ(4)を含まない場合、形成される中間体は、その後、式(I)または(A)の化合物に転化される。式(I)の化合物は、式(A)のものなどの糖質がコンジュゲートされたiRNA剤を調製するのに有用である。
「連結基」という用語は、iRNA剤をGalNAc3部分に連結するための任意の好適な基を指す。連結基の例が、国際公開第2009/082607号パンフレットおよび米国特許出願公開第2012/0136042号明細書に提供され、これらは両方とも、参照により本明細書に援用される。
以下のスキーム1〜8のいずれかに示されるように、AcおよびBzは、本明細書に記載されるように、任意のヒドロキシ保護基で置換され得る。Bocは、本明細書に記載されるように、任意のアミノ保護基で置換され得る。
化合物1が、以下のスキーム1に示される一連の反応を介して化合物7Aに転化され得る。
スキーム1
あるいは、化合物1を、ナトリウムメトキシドなどのアルコキシドと反応させ、還元剤(例えば、水素化ホウ素ナトリウム)を加え、次に、塩酸を加えることによって、化合物1が、1ステッププロセスで化合物4Aに転化され得る。この1ステッププロセスの全収率は84%である。
化合物8が、以下のスキーム2に示される一連の反応を介して化合物13Aに転化され得る。
スキーム2
化合物16が、以下のスキーム3に示される一連の反応を介して化合物19Aに転化され得る。
スキーム3
化合物16が、以下のスキーム4に示される一連の反応を介して化合物19Aに転化され得る。
スキーム4
化合物25Aが、以下のスキーム5に示される一連の反応を介して化合物26Aに転化され得る。
スキーム5
化合物26Aが、以下のスキーム6に示される一連の反応を介して化合物27Aに転化され得る。
スキーム6
化合物27Aが、以下のスキーム7に示される一連の反応を介して化合物29Aに転化され得る。
スキーム7
化合物29Aが、以下のスキーム8に示される一連の反応を介して化合物31に転化され得る。
スキーム8
実施例1−化合物2の合成
ステップ(i)[1]:DCM(3L)中のトランスヒドロキシプロリンメチルエステル・HCL3(100g、552.3mmol)およびBoc2O(132.5g、607.57mmol)の懸濁液に、Et3Nを、1時間にわたって約0〜5℃で滴下して加え、一晩、ゆっくりと室温にした。水(50mL)を加え、有機溶媒を濃縮した後、溶媒を濃縮したところ、粗材料(約115g)が得られ、それを精製せずに次のステップに使用した。1H NMR(CDCl3):1.42、1.46(s,9H)、1.75〜1.77(m,2H)、2.07〜2.11(m,1H)、2.26〜2.34(m,1H)、3.44〜3.67(m,3H)、3.74(s,3H)、4.4(t,J=8.0Hz、1H)、4.48〜4.51(m,1H)。
ステップ(ii)[1]:氷浴上で、オーバーヘッド撹拌機を備えた五つ口の15Lのガラス反応器中で反応を行った。アセトニトリル(8L)中の4(450g、2.94モル)の撹拌溶液に、Et3N(1L、7.2モル)およびトリフルオロ酢酸エチル(1000g、7.04モル)を加え、室温で一晩撹拌した。白色の固体(Et3N.HCl)を焼結式漏斗でろ過し、酢酸エチル(4L)で洗浄した。有機溶液を濃縮した後、トルエン(2L×2)と同時蒸発させ、22Lのロータリーエバポレータ中で、減圧下で一晩乾燥させたところ、粗生成物がゴム状の塊(約600g)として得られた。
ステップ(i)[1]:市販の化合物6(1081g、2.139mol)、ドデカン酸モノメチルエステル(653g、2.673モル)およびHOBt(433.5g、3.209mol)を、アルゴン下で、オーバーヘッド撹拌機を備えた12Lの三つ口丸底フラスコ中で、DCM(6L)とDMF(1L)との混合物に溶解させた。反応混合物を氷水浴中で冷却し、約10℃の温度を維持した。EDAC.HCl(531g、2.673mol)を何回かに分けてゆっくりと加えた後、30分間の期間にわたってDIEA(1.12L、6.42mol)を加えた。反応混合物を、アルゴン下で2日間撹拌し続けた。KMnO4染色を用いて2日後にTLCを確認し、ロータリーエバポレータフラスコに移し、揮発物を減圧下で除去した。ジクロロメタンの大部分を除去した後、フラスコをフードに移し、撹拌しながら15Lの水を加え、混合物を一晩沈降させ続けた。上層をデカントし、粘性の底層を、4LのEtOAcに溶解させ、水(2×4L)、10%のクエン酸水溶液(2×3.5L)、2×4LのNaHCO3水溶液、続いて、飽和塩水(2.5L)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、溶媒を除去した。粗生成物を高真空下で一晩乾燥させ、他の精製を伴わずに次の反応に使用した(1641g、定量的)。LC−MS、C38H69NO12についての計算値、分子量:731.48;実測値732.3(M+H)。1H NMR(400MHz、DMSO)δ 6.85(s,1H)、3.53(dd,J=12.9、6.9Hz、16H)、3.30(s,1H)、2.49(dd,J=3.5、1.7Hz、2H)、2.37(t,J=6.1Hz、7H)、2.26(t,J=7.4Hz、2H)、2.02(t,J=7.3Hz、2H)、1.56〜1.44(m,3H)、1.44〜1.34(m,32H)、1.21(s,13H)。
ステップ(ii)[1]:DCM/DMF(1.5L/0.5L)中の7(89.5g、158.7)、NBocプロパンジアミン(103.6g、595mmol)、EDC(113.7g、595mmol)、HOBt(96.4g、630mmol)の撹拌溶液に、DIEA(207.4mL、1190mmol)を、10分間にわたって滴下して加え、室温で14時間撹拌した。100mLの水を加え、DCMを減圧下で蒸発させた。さらに1Lの水を加えた後、水層を注意深くデカントし、この手順を2回繰り返した。得られた粘性油をDCM(500mL)に溶解させた後、水(500mL)、10%のクエン酸(500mL)、飽和NaHCO3(250mL)、塩水(200mL)で洗浄し、Na2SO4上で乾燥させた。溶媒の濃縮により、対応する生成物(157g)が無色の粘性油として得られた。LCMS:計算値:1031.67(M+)、実測値:1066.4(M++Cl−)
ステップ(iii)[1]:DCM/DMF(250mL/250mL)中の酸8(28g、27.514mmol)トランスヒドロキシルプロリノール4(6.3g、41.27mmol)およびHOBt(16.84g、110.06mmol)の撹拌溶液に、DIEA(17.75g、137.57mmol)を、室温で5分間にわたって滴下して加え、30分間撹拌した。上記の溶液に、HBTU(13.05、34.39mmol)を、10分間にわたって何回かに分けて加え、3時間撹拌した。100mLの水を加えた後、DCMを蒸発させ、次に、500mLの水を加え、1時間静置しておいた。濁った溶液をデカントし、粘着性の固体を水(100mL×3)ですすいだ。ゴム状の材料をDCM(500mL)中の20%のMeOHに溶解させ、濃縮した後、トルエン(100ml×2)と同時蒸発させたところ、対応する生成物(31g)が、黄色がかった泡状の固体として得られた。LCMS:計算値:1116.73(M+)、実測値:1117.7(M++1)、1139.6(M++Na)。
(A)上記のNBoc化合物(0.475g、0.425mmol)を10mLの95%のHCOOHに溶解させ、3時間撹拌した。有機溶媒を濃縮したところ、対応する生成物が定量的収率で得られた。化合物9についてのLCMS:計算値:816.57(M+)、実測値:817.4(M++1)、839.3(M++Na)
(B)上記のNBoc化合物(0.475g、0.425mmol)をDCM中の10mLの20%のTFAに溶解させ、3時間撹拌した。有機溶媒を濃縮したところ、対応する生成物が定量的収率で得られた。化合物9についてLCMS:計算値:816.57(M+)、実測値:817.4(M++1)、839.3(M++Na)
ステップ(iv):DCM(200mL)中の25(10g、15.79)、EDC(3.79g、19.84mmol)、N−ヒドロキシスクシンイミド(2.27g、19.73mmol)の撹拌溶液に、DIEA(5.09g、39.46mmol)を、5分間にわたって滴下して加え、室温で14時間撹拌した。50mLの水を加えた後、DCM(2×100mL)で抽出し、水、10%のクエン酸(100mL)、飽和NaHCO3(250mL)、塩水(200mL)で洗浄し、Na2SO4上で乾燥させた。溶媒の濃縮により、対応する生成物(12g)が、黄色がかった固体として得られ、それを精製せずに次のステップに使用した。
ステップ(i)[1]:無水ピリジン(7.2L)を、Ar雰囲気下で、40Lの反応器中で、無水酢酸(5.3L)中のガラクトサミン.HCl20(1.63kg、7.55mol)の撹拌および(氷浴上で)冷却された懸濁液に加えた。DMAP(79g)、およびトリエチルアミン(1.05L、7.55mol)を連続して加え、混合物を氷浴上で一晩撹拌し、その間、20の溶解、続いて、過アセチル化(peracetylated)糖およびトリエチルアミン塩酸塩の結晶化が、最初の2時間の間に30℃までの発熱効果を伴って起こった。混合物を焼結式ガラスフィルタに通してろ過し、残渣を、トルエン(約4L×2)、続いて水(約3L×2)で洗浄した。結晶性残渣をガラスフィルタ上で一晩乾燥させ、乾燥皿に移し、ホットプレート上で、70℃で2日間にわたって空気中で乾燥させたところ、2.53kg(86%)の純粋な化合物過アセチル化化合物が得られた。
アルゴンをゆっくりと流しながら、20Lの回転蒸発フラスコ中で反応を行った。乾燥メタノール(4L)中のバレロラクトン22(98%の純度(TCI)、1.0kg、10mol)およびトリエチルアミン(140mL、1mol)の溶液を室温で1時間撹拌し、その間、わずかな発熱効果(28℃まで)が観察された。混合物を真空中で濃縮し(25℃の加熱浴)、乾燥トルエン(4L)で希釈し、減圧下で蒸発させ、残渣を、4ミリバール/25℃のロータリーエバポレータで乾燥させた後、高真空(0.4〜0.6トル、室温)下で一晩撹拌したところ、23が1%未満のトルエンを含有する無色の液体、1.39kg(100%)として得られた。
ステップ(iii)[1]:Ar雰囲気下で、冷却ジャケットを備えた20Lの反応器中で反応を行った。TMSOTf(250mL、1.38mol)を、無水DCE(6.5L)中の粗製の21(2.14kg、≦6.49mol)およびヒドロキシエステル23(0.94L、7.14mol)の撹拌および冷却された(12℃)溶液に加えた。直後の発熱効果(23℃まで)が観察され、冷却器をオフにし、混合物を室温で3時間撹拌し、NaHCO3(168g、2.0mol)と、水(3L)と、いくらかの氷との激しく撹拌された混合物を含む22Lの開放されたフラスコに移した。有機相を分離し、無水Na2SO4上で乾燥させ、溶媒を蒸発させ、油状の残渣を、12ミリバール/30℃のロータリーエバポレータで乾燥させたところ、3.09kgの粗生成物が得られ、それをさらに精製せずに次のステップに使用した。
ステップ(iv)[1]:化合物24(1.06kg、3.15mol、約95%の純度)およびDMAP(384g、3.15mol)を、Ar雰囲気下で、無水ピリジン(9.0L)に溶解させた。安息香酸無水物(2.49kg、11.02mol)を加え、混合物を一晩撹拌し、水(200mL)を加え、さらに0.5時間撹拌し続けた。ピリジンを蒸発させ、残渣を、35℃を超える浴温度(結晶化が起こった)で10ミリバールのロータリーエバポレータで乾燥させた。固体が完全に溶解するまで、残渣をロータリーエバポレータフラスコ中で水(2L)とEtOAc(4L)とに分液し、抽出容器に移し、さらなるEtOAc(8L)および水(5L)で希釈した。有機層を分離し、水(10L)、飽和NaHCO3(5L×2)、および再度、水(5L×2)で連続して洗浄した。有機層を分離し、溶媒を、粘性の塊になるまで真空中で蒸発させ、油状の残渣をエタノール(3.8L)に再溶解させ、溶媒を再度蒸発させ、残渣を、20ミリバール/35℃のロータリーエバポレータで乾燥させた。残渣を35℃でエタノール(10.6L)に再溶解させ、加熱/冷却ジャケットを備えた20Lのろ過反応器に移した。水(6.0L)を何度かに分けて加え、混合物を22℃に冷まし、生成物のシードを加えた。一晩撹拌した後、バルク結晶化が起こり;混合物を0℃に冷却し、さらに5時間撹拌し、ろ過した。一晩空気を通すことによって沈殿物を予備乾燥させ、乾燥皿に移し、ホットプレート上で、65℃で2日間にわたって(一定の質量になるまで)空気中で乾燥させたところ、1.70kg(84%)のベンゾイル化生成物(約97%の純度)が得られた。
ステップ(v)[1]:化合物24(12.70g、38mmol)を、メタノール(50mL)および水(5mL)中のNaOH(1.88g、47mmol)の溶液に溶解させ、混合物を一晩撹拌し、酢酸(0.51mL、9mmol)で中和し、無水エタノール(200mL)で希釈し、蒸発させて乾燥させた。0.4トルで一晩乾燥させた後、15.38gの白色の発泡体が得られ、それを150mLの無水ピリジン、続いて、無水酢酸(30mL、152mmol)で研和した。混合物を30℃で一晩撹拌し、0℃に冷却し、水(14mL)を加えた。冷却浴を除去し、混合物を室温で1時間撹拌し、溶媒の大部分を真空中で除去し、残渣を、飽和塩水(150mL)と酢酸エチル(100mL)とに分液し、有機層を分離し、20%のリン酸と20%の塩水との混合物(1:1、250mL)、飽和塩水で3回洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、真空中で蒸発させた。残渣を、n−ブタノール(3回)、続いて、ACN(3回)と同時蒸発させたところ、14.46g(83%)の25が得られた。1H NMR(400MHz、DMSO−d6):δ 1.54(S,4H)、1.71(S,3H)、2.22(t,2H)、3.54(m,1H)、3.81(m,1H)、4.39(m,2H)、4.48(m,2H)、4.74(d,1H)、5.37(dd,1H)、5.76(d,1H)、7.40(t,2H)、7.50(t,2H)、7.58(m,3H)、7.65(t,1H)、7.73(m,3H)、7.92(t,4H)、8.11(d,2H)、12.11(s,1H)。13C NMR(100MHz、DMSO−d6):δ 21.0、22.6、28.3、33.2、49.7、62.0、67.9、68.4、70.0、71.8、100.8、128.5、128.6、128.9、129.0、129.1、133.4、133.6、164.8、165.1、169.3、174.3。LC−MS:634(M+1)+。
ステップ(vii)[1]:化合物7(1090g、1.936mol)およびHOBt(1170g、8.667mol)を、アルゴン下で、オーバーヘッド撹拌機を備えた22Lのフラスコに取り込んだ。4LのDCMおよび2LのDMFを、撹拌しながら加え、混合物を氷水混合物中で約10℃に冷却した。2LのDCM中のモノbocプロピルアミン21(1265g、7.260mol)の溶液を、撹拌しながら上記の溶液に加えた。ゆっくりと全ての試薬を溶液に入れた。4LのDCM中のEDAC.HCl(1439g、7.260mol)のスラリーを、約10℃の温度を維持しながら、反応混合物にゆっくりと加えた。DIEA(2.40L、13.55mol)を、1.5時間の期間にわたってゆっくりと加えた。反応混合物をアルゴン下で一晩撹拌し続けた。TLCを確認し、反応混合物をロータリーエバポレータ漏斗に移し、揮発物を減圧下で除去した。フラスコをフードに移し、10Lの水を、撹拌しながら残渣に加え、混合物を一晩沈降させた。2つの層を一晩分離し、上層をデカントした。底層を8LのEtOAcに溶解させ、分液漏斗に移し、水(2×4L)、NaHCO3水溶液(2.5L)および10%のクエン酸水溶液(2×3.5L)および水(1×4L)および飽和塩水(2.5L)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、溶媒を減圧下で除去した。残渣を、トルエンおよびジクロロメタンと同時蒸発させ、高真空下で乾燥させた(収量2026g、定量的)。LC−MS C50H93N7O15についての計算値、分子量:1031.67;実測値1032.6(M+H)。1H NMR(400MHz、DMSO)δ 7.79(t,J=5.6Hz、1H)、6.94(s,1H)、6.72(t,J=5.3Hz、1H)、3.61〜3.45(m,5H)、3.01(dd,J=12.8、6.6Hz、2H)、2.89(dd,J=12.7、6.5Hz、2H)、2.26(t,J=6.3Hz、3H)、2.03(t,J=7.3Hz、1H)、1.55〜1.38(m,3H)、1.36(d,J=10.7Hz、8H)、1.21(s,3H)。
アセテートのためのステップ(viii)[1]:DCM(500mL)中のGalNAc酸25−Ac(50.65g、113.27mmol)、HBTU(52g、136mmol)およびHOBt(19g、135mmol)の溶液に、DIEA(52ml、10当量)を加え、混合物を15℃で10分間撹拌した。この混合物に、DMF(100mL)中のアミン29(32g、29.80mmol)の溶液を加え、混合物を4時間撹拌した。TLCを確認し、溶媒を除去した。残渣に水を加え、EtOAcで抽出した。有機層を、水(2×200mL)、重炭酸塩水溶液(1×200mL)および塩水(200mL)で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、溶媒を除去した。溶離剤としてEtOAc/MeOH混合物を用いた短いシリカゲルカラムによって、粗生成物を精製したところ、化合物がオフホワイトの固体26a(収量、42.3g、70%)として得られた。MALDI−MS C92H150N10O39についての計算値 分子量:2019.01;実測値2042.10(M+Na)。
方法A:DCM(200mL)中のGalNAc酸25−Bz(35.86g、56.63mmol)、HBTU(28g、73.61mmol)およびHOBt(11.48g、84.90mmol)の溶液に、DIEA(26ml、10当量)を加え、混合物を15℃で10分間撹拌した。この混合物に、DMF(50mL)中のアミン29(15.70g、14.90mmol)の溶液を加え、混合物を4時間撹拌した。TLCを確認し、溶媒を除去した。残渣に水を加え、EtOAcで抽出した。有機層を、水(2×100mL)、重炭酸塩水溶液(1×100mL)および塩水(150mL)で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、溶媒を除去した。溶離剤としてEtOAc/MeOH混合物を用いた短いシリカゲルカラムによって、粗生成物を精製したところ、化合物がオフホワイトの固体26b(収量、25.20g、67%)として得られた。MALDI−MS C137H168N10O39についての計算値、分子量:2577.15;実測値3000.10(M+Na)。1H NMR(400MHz、DMSO)δ 8.04〜7.80(m,1H)、7.79〜7.33(m,2H)、6.96(s,1H)、5.74(d,J=3.3Hz、1H)、5.36(dd,J=11.1、3.3Hz、1H)、4.73(d,J=8.5Hz、1H)、4.55〜4.19(m,1H)、4.01(q,J=7.1Hz、1H)、3.86〜3.73(m,1H)、3.64〜3.45(m,1H)、3.31(s,1H)、3.02(d,J=5.0Hz、1H)、2.36〜2.15(m,1H)、2.13〜1.99(m,1H)、1.69(s,1H)、1.61〜1.35(m,1H)、1.31〜1.02(m,1H)。
ステップ(i):無水DCM(50mL)中の三本鎖酸30(5.00g、2.5mmol)、ヒドロキシプロリノール誘導体5(1.17g、2.8mmol)、HBTU(1.14g、3.0mmol)、HOBt(1.01g、7.5mmol)の撹拌された混合物に、DIEA(1.3mL、7.5mmol)を加えた。混合物を一晩撹拌し、水(60mL)でクエンチし、有機層を分離し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、蒸発させたところ、9.21gの残渣が得られた。それを、酢酸エチル(80mL)とDCM(30mL)との混合物に溶解させ、酢酸エチル中の2%のTEAで非活性化されたシリカゲル(20g)を含むろ過カラムに充填した。ろ過カラムを、90mLのそれぞれ:酢酸エチル−TEA(2%)(×6)、酢酸エチル−メタノール(10:1、×1)、および(3:1、×3)で溶出した。生成物を含有する画分を収集し、真空中で蒸発させ、残渣を、ACNと(2回)同時蒸発させた。生成物を0.4トルで一晩乾燥させたところ、4.77g(80%)の31(Ac)が得られた。1H NMR(400MHz、DMSO−D6):δ 1.21〜1.15(m,12H)、1.49〜1.46(m,22H)、1.76(s,9H)、1.88(s,9H)、1.98(s,12H)、2.01(m,9H)、2.09(s,9H)、2.21(t,2H)、2.27(t,6H)、2.9(m,1H)、3.02(m,14H)、3.52(m,12H)、3.70(m,10H)、3.88(q,3H)、4.0(s,9H)、4.1(m,1H)、4.48(d,3H)、4.7〜4.5(m,1H)、4.98(d,3H)、5.21(d,3H)、6.84(m,4H)、7.02(s,1H)、7.17(m,5H)、7.28(m,4H)、7.79(m,3H)、7.88(m,6H)。MALDI−MS:2429(M+Na)+。
ポリスチレンアミノベースの担体の例:ステップ(ii)[i]からのスクシネート(32.50g、12.46mmol)を、アセトニトリル(1000mL)に取り込み、それに、HBTU(11.80g、31.16mmol)およびDIEA(10mL、4当量)を加え、反応混合物を5分間混合した。アミノ末端ポリスチレン担体(160g)を加え、混合物を室温で24時間振とうした。それをろ過し、DCM、10%のMeOH/DCM、DCMおよびジエチルエーテルで連続して洗浄した。それを真空下で乾燥させ、充填量を確認した。乾燥された固体担体を、25%のAc2O/Pyを用いて3時間キャッピングし、洗浄し、乾燥させたところ、所要の固体担体(186g、67μmol/gの充填量)が得られた。
ステップ(ii)[2]:
上述されるのと同じプロトコルにしたがって、異なるヒドロキシル末端ポリマー担体を充填し、結果を以下に示す。
上述されるのと同じプロトコルにしたがって、異なるヒドロキシル末端ポリマー担体を充填し、結果を以下に示す。
ガス入口、温度計、還流冷却器および還流冷却器上に設置されたガス出口を備え、バブラーに連結された5Lのフラスコ中で反応を行った。MeOH(166mL、0.725mol)中のNaOMeの25重量%の溶液を、Ar雰囲気下で、無水MeOH(1.3L)中の1(131.6g、0.725mol)の冷却(0℃)および撹拌された溶液に加えた後、約1.5時間にわたってNaBH4(90.8g、2.39mol)を何回かに分けて加えた。最初の1/3の分量のボロヒドリドの添加の際に著しい発熱効果が観察され、反応温度を20〜25℃未満に維持するように添加の速度を調整した。氷水冷却浴を水道水冷却浴と交換し、水素発生が停止するまで(ガスバブラー監視)、温度を20〜25℃未満に維持しながら混合物を一晩撹拌した。反応混合物を0℃に冷却し;ジオキサン(3.2mol、800mL)中のHClの4Mの溶液を加え(30℃までの発熱)、冷却浴を除去し、混合物を室温で2時間撹拌した。反応混合物を微多孔性ガラスフィルタに通してろ過し、バルク結晶化が起こるまでろ液を減圧(80ミリバール、30℃)下で蒸発させた(約2Lの溶媒が除去された)。乾燥MeCN(1.5L)を加え、混合物をロータリーエバポレータ(20℃、2時間)で研和し、ろ過し、結晶性残渣をMeCNで1回洗浄し、窒素をゆっくりと流しながら、一晩乾燥させたところ、93.0g(84%)の純粋な4Aが得られた。さらなる分量の11.0g(9%)の4Aが、母液からゆっくりと沈殿し、これは、NH4Clおよび他の少量の不純物で汚染されていた。1H NMR(D2O):1.94〜2.01(m,1H)、2.14〜2.19(m,1H)、3.30〜3.48(m,2H)、3.71〜3.76(m,1H)、3.93〜4.08(m,2H)、4.67〜4.75(m,1H)。
上記の手順をより大きい規模で最適化するために、1から4Aへの転化を、3モルの規模で行い、この手順を以下に示す。
(tert−ブチル−3,3’−(2−アミノ−2−((3−tert−ブトキシ−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ)ジプロパノエート)
無水メタノール(6.5L)中のトリ−GalNAc(Bz)−メチルエステル26B(1.51kg、0.585mol)の溶液に、Ar雰囲気下で、メタノール(135mL、0.585mol)中のNaOMeの25重量%の溶液を加えた。混合物を周囲温度で2時間撹拌し、トリエチルアミン塩酸塩(96.3g、0.70mol)で中和し、減圧下で蒸発させ、残渣を、分液漏斗中で、1%のNaCl水溶液(7.0L)とEtOAc(3.0L)とに分液して、安息香酸メチル(副生成物)を有機層中に抽出した(脱ベンゾイル化された(de−benzoylated)生成物26B−1は水への溶解性が高い)。EtOAc層を分離し、水層をさらなる3.0Lの酢酸エチルで洗浄した。ピリジン(2.0L)を水性抽出物に加え、酢酸エチルの全ての痕跡が除去されるまで(約2時間)、混合物を40ミリバール/35℃のロータリーエバポレータで蒸発させた。
前のステップからの水抽出物を含有するロータリーエバポレータフラスコに、オーバーヘッド撹拌機を装着し、NaOH(70.0g、1.75mol)を加え、混合物を周囲温度で一晩撹拌し、トリエチルアミン塩酸塩(241g、1.75mol)で中和し、6.0Lのピリジンで希釈し、粘性の油状の残渣が得られるまで、溶媒を、20Lのロータリーエバポレータで、13ミリバール/35℃で蒸発させた。残渣をピリジン(6.0L)に再溶解させ、沈殿した塩化ナトリウムをろ過して取り除き、ピリジン(3×500mL)で洗浄し、組み合わされたろ液を、粘性の油状の残渣が得られるまで20ミリバール/45℃で蒸発させた。
ステップ2からの残渣を、Ar雰囲気下で、無水ピリジン(6.0L)に再溶解させ、溶液を、約1.5時間にわたって無水ピリジン(5.6L)と無水酢酸(2.8L)との激しく撹拌された混合物にゆっくりと加えた。混合物を周囲温度で一晩撹拌し、氷水浴中で約4℃に冷却し、1.5Lの氷冷水を加えた。40℃までの発熱効果が観察され;混合物を周囲温度に冷まし(約0.5時間)、ロータリーエバポレータに移して、揮発物を除去した。油状の残渣を、一定重量(約1.82Kg)になるまで、2ミリバール/45℃で、真空下で乾燥させた。残渣を、酢酸エチル(5.0L)とイソプロパノール(1.0L)との撹拌された混合物に溶解させ、25%の塩化ナトリウム水溶液(6.0L)を加えた。トリエチルアミン(1.025L)をゆっくりと加えることによって、水相のpHを7に調整した。中和には、固体塩化ナトリウムの沈殿および中間層の分離が伴い、それを0.5Lのイソプロパノールの添加によって、有機相に戻した。液体を、移送ポンプを用いて、固体NaClから分液漏斗へとデカントした。有機層を分離し、25%のNaCl(6.0L×2)、飽和NaCl(3.0L)で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、溶媒を蒸発させ、泡状の残渣を、無水アセトニトリル(6.0L×2)と同時蒸発させ、2ミリバール/40℃で24時間乾燥させたところ、1.11kg(95%)の27Aが得られた。1H NMR(400MHz、DMSO−d6):δ 8.00(d,J=9.3Hz、3H)、7.96〜7.80(m,15H)、7.80〜7.43(m,30H)、7.37(t,J=7.8Hz、6H)、6.98(s,1H)、5.76(d,J=3.2Hz、3H)、5.37(dd,J=11.1、3.2Hz、3H)、4.74(d,J=8.5Hz、3H)、4.55〜4.40(m,6H)、4.40〜4.20(m,6H)、4.01(q,J=7.1Hz、3H)、3.89〜3.73(m,3H)、3.66〜3.42(m,18H)、3.34(s,2H)、3.03(s,12H)、2.35〜2.17(m,8H)、2.13〜2.00(m,8H)、1.70(s,9H)、1.61〜1.33(m,21H)、1.16(dd,J=12.4、5.2Hz、15H)。
1)対応するトシル酸塩25Bへのトリス(Bocアミン)メチルエステル24Aのp−トルエンスルホン酸(PTSAまたはトシル酸)脱保護
無水DMF(100mL)中のBzGalNAc C5酸−ナトリウム塩13A(21.5g、32.8mmol)およびHOBt−一水和物(5.51g、36mmol)の冷却(10℃)および撹拌された溶液に、EDC塩酸塩(7.1g、36mmol)、続いて、DIEA(10.0mL、73mmol)を加え、EDC塩酸塩の完全な溶解が得られるまで(約15分間)、混合物を10℃で撹拌した。同時に、25B(13.95g、9.1mmol)を含有する前のステップからの固体を、無水DMF(70mL)に溶解させ、溶液を、カニューレを介して、上記の混合物に移した。混合物を一晩で室温に温め、0℃に冷却し、水(600mL)で希釈した。有機成分を0℃で一晩沈降させた後、水層を粘性の有機残渣からデカントし、これをEtOAc(200mL)に取り込み、5%のNaCl(200mL)と、20%のリン酸(20mL)と、5%の塩水(×2)と、飽和塩水との混合物で連続して洗浄し;有機層を、300mLの総体積になるまでEtOAcで希釈し、無水Na2SO4上で乾燥させた。この溶液を、EtOAc中に予め湿式充填された100gのシリカゲルの短いろ過カラムに直接充填した。カラムを、EtOAc(300mL×2)、続いて、3;1のEtOAc−メタノール(300mL×3)で溶出し、所望の生成物を含有する画分をプールし、蒸発させ、0.4トルで一晩乾燥させたところ、20.14g(86%)の26Aが得られた。HPLCプロファイル(87%)は、対照のバッチ(88%)と同等であった。
Claims (19)
- 式(A)
Xのそれぞれが、水素またはヒドロキシ保護基であり;
Yのそれぞれが、アミン保護基(例えば、アセチル)であり;
nが0〜20であり;
q、rおよびsのそれぞれが、独立して、1〜7であり;
Lが連結基であり;
R1がiRNA剤である)
の化合物を調製するための方法であって、
式(A)の前記化合物が、
(i)金属不純物を含まないか、または1000ppm以下の金属不純物を含み、
(ii)以下の2つの尿素副生成物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記尿素副生成物のそれぞれを含み、
(iii)以下の糖化合物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記糖化合物のそれぞれを含み、
(1)式(VI)の前記化合物を塩基と反応させるステップと;
(2)ステップ(2)の前記生成物を還元するステップと;
(3)ステップ(3)の前記生成物を酸と反応させるステップと
を含む、方法。 - 前記塩基が金属アルコキシドである、請求項1に記載の方法。
- 前記塩基がナトリウムメトキシドであり、ステップ(ii)が、ステップ(i)の前記生成物を水素化ホウ素ナトリウムと反応させるステップを含み、前記酸が塩酸である、請求項1または2に記載の方法。
- 式(VII)の前記化合物を式(A)の化合物に転化するステップをさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- 式(A)
Xのそれぞれが、水素またはヒドロキシ保護基であり;
Yのそれぞれが、アミン保護基(例えば、アセチル)であり;
nが0〜20であり;
q、rおよびsのそれぞれが、独立して、1〜7であり;
Lが連結基であり;
R1がiRNA剤である)
の化合物を調製するための方法であって、
式(A)の前記化合物が、
(i)金属不純物を含まないか、または1000ppm以下の金属不純物を含み、
(ii)以下の2つの尿素副生成物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記尿素副生成物のそれぞれを含み、
(iii)以下の糖化合物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記糖化合物のそれぞれを含み、
Aが、C6〜C14アルキレンリンカーであり;
各Rが、独立して、酸保護基であり;
Rxが、酸保護基である)
の化合物を調製するステップを含み、
前記ステップが、式(IX):
- Rがt−ブチルであり、HalがClであり、AがC10アルキレンリンカーである、請求項5に記載の方法。
- 前記反応が、N,N−ジイソプロピルエチルアミンの存在下で行われる、請求項5または6に記載の方法。
- 式(VIII)の前記化合物を式(I)の化合物に転化するステップをさらに含む、請求項5〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 式(A)
Xのそれぞれが、水素またはヒドロキシ保護基であり;
Yのそれぞれが、アミン保護基(例えば、アセチル)であり;
nが0〜20であり;
q、rおよびsのそれぞれが、独立して、1〜7であり;
Lが連結基であり;
R1がiRNA剤である)
の化合物を調製するための方法であって、
式(A)の前記化合物が、
(i)金属不純物を含まないか、または1000ppm以下の金属不純物を含み、
(ii)以下の2つの尿素副生成物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記尿素副生成物のそれぞれを含み、
(iii)以下の糖化合物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記糖化合物のそれぞれを含み、
前記ステップが、式(XII):
- 前記スルホン酸が、p−トルエンスルホン酸またはメタンスルホン酸である、請求項9に記載の方法。
- 式(II)の前記化合物を式(A)の化合物に転化するステップをさらに含む、請求項9または10に記載の方法。
- 式(A)
Xのそれぞれが、水素またはヒドロキシ保護基であり;
Yのそれぞれが、アミン保護基(例えば、アセチル)であり;
nが0〜20であり;
q、rおよびsのそれぞれが、独立して、1〜7であり;
Lが連結基であり;
R1がiRNA剤である)
の化合物を調製するための方法であって、
式(A)の前記化合物が、
(i)金属不純物を含まないか、または1000ppm以下の金属不純物を含み、
(ii)以下の2つの尿素副生成物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記尿素副生成物のそれぞれを含み、
(iii)以下の糖化合物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記糖化合物のそれぞれを含み、
X、Y、n、q、rおよびsが、前記意味を有し;
Prtがヒドロキシル保護基である)
の化合物を調製するステップを含み、
前記ステップが、第三級アミンの存在下で、式(XIV)
- 前記第三級アミンが、トリエチルアミンまたはピリジンである、請求項12に記載の方法。
- 式(XIII)の前記化合物を式(A)の化合物に転化するステップをさらに含む、請求項12または13に記載の方法。
- 式(A)
Xのそれぞれが、水素またはヒドロキシ保護基であり;
Yのそれぞれが、アミン保護基(例えば、アセチル)であり;
nが0〜20であり;
q、rおよびsのそれぞれが、独立して、1〜7であり;
Lが連結基であり;
R1がiRNA剤である)
の化合物を調製するための方法であって、
式(A)の前記化合物が、
(i)金属不純物を含まないか、または1000ppm以下の金属不純物を含み、
(ii)以下の2つの尿素副生成物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記尿素副生成物のそれぞれを含み、
(iii)以下の糖化合物のそれぞれを含まないか、または0.5重量%以下の前記糖化合物のそれぞれを含み、
X、Y、n、q、rおよびsが、前記意味を有し;
Prtがヒドロキシル保護基であり;
前記ステップが、
(1)塩基の存在下で、式II:
(2)式(IV)の前記化合物中のZを脱保護した後、式(V):
(3)ステップ(2)の前記生成物を、無水コハク酸と連結するステップと;
(4)ステップ(3)の前記生成物を固体担体に連結して、式(I)の化合物を得るステップと
を含む、方法。 - Xが、BzまたはAcである、請求項15に記載の方法。
- YがAcである、請求項15または16に記載の方法。
- nが7であり;q、r、およびsがそれぞれ1である、請求項15〜17のいずれか一項に記載の方法。
- Prtが4,4’−ジメトキシトリチル保護基である、請求項15〜18のいずれか一項に記載の方法。
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