JP2017029154A - 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 - Google Patents
試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017029154A JP2017029154A JP2016164716A JP2016164716A JP2017029154A JP 2017029154 A JP2017029154 A JP 2017029154A JP 2016164716 A JP2016164716 A JP 2016164716A JP 2016164716 A JP2016164716 A JP 2016164716A JP 2017029154 A JP2017029154 A JP 2017029154A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- target nucleic
- acid molecule
- target
- sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 title claims abstract description 180
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 103
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title abstract description 21
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 title description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 174
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 174
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims abstract description 158
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 135
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 102
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims abstract description 81
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims abstract description 81
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims abstract description 79
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 50
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 44
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 42
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 42
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 42
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims abstract description 37
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 107
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 107
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 86
- 239000000047 product Substances 0.000 claims description 54
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 52
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 46
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 23
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 23
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 23
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 20
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 20
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 19
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 15
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 13
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 12
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 12
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims description 12
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims description 11
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 10
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 claims description 9
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 claims description 7
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims description 6
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 6
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 claims description 6
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 5
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 claims description 5
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 4
- 239000013077 target material Substances 0.000 claims description 4
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000003756 cervix mucus Anatomy 0.000 claims description 3
- 239000003607 modifier Substances 0.000 claims description 3
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 claims description 3
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 claims description 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 claims description 2
- GTCAXTIRRLKXRU-UHFFFAOYSA-N methyl carbamate Chemical compound COC(N)=O GTCAXTIRRLKXRU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 83
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 24
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 18
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 16
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 16
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 15
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 14
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 14
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 12
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 10
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 10
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 10
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 10
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 9
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 9
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 9
- 102100034035 Alcohol dehydrogenase 1A Human genes 0.000 description 8
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 8
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 7
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 7
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 7
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 6
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 6
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 6
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 6
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 6
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 6
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 6
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 6
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 description 5
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 5
- 235000016383 Zea mays subsp huehuetenangensis Nutrition 0.000 description 5
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 5
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 5
- 235000009973 maize Nutrition 0.000 description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 5
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 5
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 4
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 4
- 238000013461 design Methods 0.000 description 4
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 4
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 4
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 4
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 4
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 4
- 230000004044 response Effects 0.000 description 4
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 4
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 4
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241001136168 Clavibacter michiganensis Species 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 3
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 3
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 3
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 3
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 3
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 3
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 3
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 3
- UFEJKYYYVXYMMS-UHFFFAOYSA-N methylcarbamic acid Chemical compound CNC(O)=O UFEJKYYYVXYMMS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000004476 near response Effects 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 3
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 3
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150021974 Adh1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101710187578 Alcohol dehydrogenase 1 Proteins 0.000 description 2
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091029865 Exogenous DNA Proteins 0.000 description 2
- 241000223221 Fusarium oxysporum Species 0.000 description 2
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 2
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 2
- 239000013616 RNA primer Substances 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020005202 Viral DNA Proteins 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 2
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 125000000250 methylamino group Chemical group [H]N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 2
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 2
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 2
- 238000005382 thermal cycling Methods 0.000 description 2
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KHWCHTKSEGGWEX-RRKCRQDMSA-N 2'-deoxyadenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 KHWCHTKSEGGWEX-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- NCMVOABPESMRCP-SHYZEUOFSA-N 2'-deoxycytosine 5'-monophosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NCMVOABPESMRCP-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- LTFMZDNNPPEQNG-KVQBGUIXSA-N 2'-deoxyguanosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 LTFMZDNNPPEQNG-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- 229930195730 Aflatoxin Natural products 0.000 description 1
- 241001063199 Ahlia Species 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 241000223600 Alternaria Species 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 description 1
- 108030001720 Bontoxilysin Proteins 0.000 description 1
- 206010008631 Cholera Diseases 0.000 description 1
- 241000222290 Cladosporium Species 0.000 description 1
- UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N Coenzym Q(11) Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(O)=O)C(O)C1O UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010071146 DNA Polymerase III Proteins 0.000 description 1
- 102000007528 DNA Polymerase III Human genes 0.000 description 1
- 108020001019 DNA Primers Proteins 0.000 description 1
- 108050009160 DNA polymerase 1 Proteins 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 108010025076 Holoenzymes Proteins 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 description 1
- 231100000678 Mycotoxin Toxicity 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 241000588701 Pectobacterium carotovorum Species 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 1
- 108010066717 Q beta Replicase Proteins 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 241000232299 Ralstonia Species 0.000 description 1
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 description 1
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 108010017898 Shiga Toxins Proteins 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- 244000061456 Solanum tuberosum Species 0.000 description 1
- 235000002595 Solanum tuberosum Nutrition 0.000 description 1
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- DJJCXFVJDGTHFX-UHFFFAOYSA-N Uridinemonophosphate Natural products OC1C(O)C(COP(O)(O)=O)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DJJCXFVJDGTHFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000589636 Xanthomonas campestris Species 0.000 description 1
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N adenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N adenosine monophosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(CO)C(OP(O)(O)=O)C1O LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 239000005409 aflatoxin Substances 0.000 description 1
- 239000003708 ampul Substances 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 230000037429 base substitution Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 239000004566 building material Substances 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000009614 chemical analysis method Methods 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012707 chemical precursor Substances 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 1
- IERHLVCPSMICTF-XVFCMESISA-N cytidine 5'-monophosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 IERHLVCPSMICTF-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- IERHLVCPSMICTF-UHFFFAOYSA-N cytidine monophosphate Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(COP(O)(O)=O)O1 IERHLVCPSMICTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N dTMP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 206010013023 diphtheria Diseases 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 235000021463 dry cake Nutrition 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002158 endotoxin Substances 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000004744 fabric Substances 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 1
- 239000011888 foil Substances 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 230000005021 gait Effects 0.000 description 1
- 210000004051 gastric juice Anatomy 0.000 description 1
- 230000007274 generation of a signal involved in cell-cell signaling Effects 0.000 description 1
- 235000003869 genetically modified organism Nutrition 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N guanosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- 235000013928 guanylic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 239000004009 herbicide Substances 0.000 description 1
- 239000008240 homogeneous mixture Substances 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000009878 intermolecular interaction Effects 0.000 description 1
- 230000008863 intramolecular interaction Effects 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- -1 molecular beacons Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 239000002636 mycotoxin Substances 0.000 description 1
- 230000036963 noncompetitive effect Effects 0.000 description 1
- 238000001921 nucleic acid quantification Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N pentofuranose Chemical group OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- DJJCXFVJDGTHFX-XVFCMESISA-N uridine 5'-monophosphate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DJJCXFVJDGTHFX-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
Abstract
【解決手段】ポリヌクレオチドを増幅する方法であって、(a)標的核酸分子を、実質的な等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが前記標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する2つ以上のプライマーオリゴヌクレオチド、およびニッキング酵素と接触させるステップであって、前記プライマーオリゴヌクレオチドのそれぞれは、前記標的核酸分子と相補的な配列の3’末端に位置する1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含むステップと;(b)前記標的核酸分子の少なくとも一部を含むアンプリコンを生成するステップとを含む方法。これらの方法は、NEAR反応を使用して増幅された標的オリゴヌクレオチドと適合性である方法。
【選択図】なし
Description
本出願は、参照により全体として本明細書に組み込まれる2012年4月9日に出願された米国仮特許出願第61/621,975号明細書の利益を主張する。
本開示において、「含む(comprise)」、「含む(comprising)」、「含有する」および「有する」などは、米国特許法においてそれらに属する意味を有し得、「含む(include)」、「含む(including)」などを意味し得る。「本質的に〜からなる(consisting essentially of)」または「本質的に〜なる(consists essentially)」も同様に、米国特許法に属する意味を有し、その用語は拡張可能であり、言及されるものの基本的なまたは新規な特徴が、言及されるもの以外のものの存在により変更されない限り、言及されるもの以外のものの存在を許容するが、先行技術の実施形態は除く。
NEAR反応は、標的オリゴヌクレオチドの非定量的検出を提供するエンドポイント反応として使用されている。従来型のNEARアッセイは、(1)標的核酸分子;(2)PCRのプライマー分子と類似する2つのオリゴヌクレオチド分子;「テンプレート−プライマー」と呼ばれ、標的核酸分子と相補的ないくらかの数のオリゴヌクレオチドおよびニッキング酵素により開裂することができる部位を含む;(3)dNTP;(4)鎖置換性5’−3’−エキソヌクレアーゼ欠損ポリメラーゼ;ならびに(5)ニッキング酵素を含む。NEAR反応を定量する現在の方法、特にリアルタイムで定量するものは、試料中に存在する非標的分子の不当な増幅を部分的な理由として不適切であり、これは従来型NEAR反応中の標的配列の検出を不明瞭にし得る。例えば、NEAR反応中に望ましくない増幅が一貫して存在し、それは、標的分子の不存在下で検出可能なシグナルをもたらし、または、反応中に存在する標的核酸分子の量をシグナルが正確に反映しない。これはエンドポイント産物の検出を提供するが、反応のリアルタイムのモニタリングを提供し得ない。
例示的なポリメラーゼ停止実体構造は、5’から3’に、安定化配列、ニッキング酵素認識配列、ニッキング酵素スペーサー配列、および標的特異的認識配列を含み、標的特異的認識配列は、1つ以上の2’修飾ヌクレオチド(例えば、2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、2’−ヒドロキシル(RNA)、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、および2’−O−(N−メチルカルバメート))を含む。理論に拘束されるものではないが、認識領域に1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを組み込むことにより、それらの修飾領域が、プライマー/テンプレートの相互作用により形成される非特異的な分子間および/または分子内複合体(例えば、プライマー−ダイマー形成)においてポリメラーゼ伸長のためのテンプレートとして機能することが不適になり、それにより、等温増幅におけるバックグラウンドシグナルが低減または排除されることが仮定される。2’修飾ヌクレオチドは、好ましくは、標的配列と塩基対形成する塩基を有する。特定の実施形態において、標的特異的認識領域中の2つ以上の2’修飾ヌクレオチド(例えば、2つ、3つ、4つ、5つまたはそれを超える2’修飾ヌクレオチド)は、連続的(例えば、修飾ヌクレオチドのブロック)である。一部の実施形態において、2’修飾ヌクレオチドのブロックは、標的特異的認識領域の3’末端において位置する。他の実施形態において、2’修飾ヌクレオチドのブロックは、標的特異的認識領域の5’末端において位置する。2’修飾ヌクレオチドのブロックが標的特異的認識領域の5’末端において位置する場合、2’修飾ヌクレオチドは、1つ以上の非修飾ヌクレオチド(例えば、2つ、3つ、4つ、5つまたはそれを超える2’非修飾ヌクレオチド)によりニック部位から離隔されていてよい。本出願人らは、1つ以上の2’修飾ヌクレオチドの位置調節あるいは2’修飾ヌクレオチドのブロックの位置調節により、増幅のキネティックスが変化することを見出した。1つ以上の2’修飾ヌクレオチドまたは2’修飾ヌクレオチドのブロックが、認識領域の5’末端もしくはその近傍において、またはニック部位に近接して位置する場合、リアルタイム増幅反応は、検出までの時間の減少を示した。さらに、シグナル曲線は縮小され、曲線の傾きはシフトされた。本出願人らは、12ヌクレオチド長を超過する認識領域において、5つの連続する2’−修飾ヌクレオチドの単一ブロックが非特異的増幅を抑制するために十分でなく、したがって、ニック部位から4または5ヌクレオチドまで下流の全認識領域を、非修飾ヌクレオチドと交互になっている2’−修飾ヌクレオチドにより置換しなければならないことも見出した。
本発明の方法および組成物は、試験試料中の標的核酸分子の同定に有用である。標的配列は、標的核酸分子を含む実質的に任意の試料、例として、限定されるものではないが、真菌、胞子、ウイルス、または細胞(例えば、原核細胞、真核細胞)を含む試料から増幅される。規定の実施形態において、本発明の組成物および方法は、(トマトかいよう病菌(Clavibacter michiganensis subsp.michiganensis)、ジャガイモ輪腐病菌(Clavibacter michiganensis subsp.sepedonicus)、トマト斑葉細菌病菌(Pseudomonas syringae pv Tomato)、斑点細菌病菌(Xanthomonas campestris pv Vesicatoria)、アルテルナリア属種(Alternaria spp)、クラドスポリウム属種(Cladosporium spp)、フザリウム・オキシスポルム(Fusarium oxysporum)、バーティシリウム・ダーリア(Verticilium dahlia)、シュードモナス・クルガタ(Pseudomonas currugata)、エルウィニア・カロトボラ(Erwina carotovora)、および青枯病菌(Ralstonia solanacearum)を検出する。例示的な試験試料としては、体液(例えば、血液、血清、血漿、羊水、唾液、尿、脳脊髄液、リンパ液、涙液、糞便または胃液)、組織抽出物、培養培地(例えば、病原細胞のような細胞が培養された液体)、環境試料、農産物または他の食料、およびそれらの抽出物、DNA同定タグが挙げられる。所望により、試料は、NEAR反応中に含ませる前に、生物試料からの核酸分子の単離に典型的に使用される任意の標準的な方法を使用して精製される。
本発明は、少なくとも1つのポリメラーゼ停止分子(例えば、オリゴヌクレオチドの標的核酸分子への結合を可能とするが、その検出可能オリゴヌクレオチドプローブを標的として利用するテンプレート伸長の支持を可能としない、ヌクレオチド修飾または他の部分)を含む非増幅性の検出可能なポリヌクレオチドプローブを使用して、NEAR反応中の標的核酸分子またはそのアンプリコンの定量的検出を提供する。理論により拘束されるものではないが、ポリメラーゼ進行を可能としない1つ以上の部分の存在が、オリゴヌクレオチドへの非核酸骨格付加において、または複製ポリメラーゼの停滞を介して、ポリメラーゼ停止を引き起こす可能性が高い(すなわち、C3−スペーサー、損傷DNA塩基、他のスペーサー部分、O−2−Me塩基)。したがって、これらの構築物は、NEAR反応過程の間のプローブの不当な増幅を防止し、または低減させる。このことにより、これらの構築物は、プローブの増幅を防止するためにNEAR反応の終了時において添加しなければならない従来型検出プローブと区別される。
非増幅性の検出可能なポリヌクレオチドプローブは、ニッキングおよび伸長増幅の反応(NEAR)中の標的核酸分子を定量する方法において有用である。本方法は、標的核酸分子を、実質的に等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが標的ヌクレオチド分子上の相補的配列に特異的に結合する2つのプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、ニッキング酵素、および検出可能なオリゴヌクレオチドプローブと、好適な緩衝液およびdNTPの存在下で接触させること、前記標的核酸分子の少なくとも一部を含むアンプリコンを生成すること;ならびに、標的核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを、反応中のプローブ分子からの蛍光強度に基づいて、反応の間にリアルタイムで定量することにより、反応中に存在する標的核酸分子のレベルを測定することを含む。有利なことに、そのような方法は、リアルタイムでのNEARのモニタリングに有用である。
本発明は、NEARアッセイにおいて増幅された標的核酸分子の検出を提供する。このようなアッセイは、当技術分野において公知であり、本明細書に記載される。例えば、米国特許出願公開第2009/0081670号明細書、PCT出願国際公開第2009/012246号パンフレット、および米国特許第7,112,423号明細書および米国特許第7,282,328号明細書参照(それらのそれぞれは、全体として本明細書に組み込まれる)。本明細書に記載の方法において有用なポリメラーゼは、ヌクレオチドの取り込みを触媒し、標的核酸分子に結合しているオリゴヌクレオチド(例えば、プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドまたは他のプライマー)の3’ヒドロキシル末端を伸長し得る。このようなポリメラーゼとしては、好熱性のものおよび/または鎖置換し得るものが挙げられる。本明細書に記載の方法において有用なポリメラーゼは、普通ならば置換された一本鎖核酸鎖を分解するであろう5’−3’エキソヌクレアーゼ活性を欠く。ポリメラーゼは、逆転写酵素活性も有する(例えば、Bst(大断片)DNAポリメラーゼの誘導体、Therminator DNAポリメラーゼ、Therminator II DNAポリメラーゼ)。例示的なポリメラーゼとしては、限定されるものではないが、Bst DNAポリメラーゼIのBst大断片、大腸菌(E.coli)DNAポリメラーゼI(クレノー断片)、クレノー断片(3’−5’エキソ−)、T4DNAポリメラーゼ、T7DNAポリメラーゼ、Deep VentR.(エキソ−)DNAポリメラーゼ、Deep VentR DNAポリメラーゼ、Therminator、Therminator II DNAポリメラーゼ、AmpliTherm DNAポリメラーゼ、SP6 DNAポリメラーゼが挙げられる。逆転写酵素(RT)の以下の非限定的な例は、本発明の方法の反応中のRNA配列を検出する場合の性能を改善するために使用することができる:OmniScript(Qiagen)、SensiScript(Qiagen)、MonsterScript(Epicentre)、Transcriptor(Roche)、HIV RT(Ambion)、SuperScript III(Invitrogen)、ThermoScript(Invitrogen)、Thermo−X(Invitrogen)、ImProm II(Promega)。
本発明は、出発標的核酸の量の定量的尺度を提供し得る等温増幅NEAR反応のリアルタイムのモニタリングを提供する。本発明の組成物および方法は、迅速な定量的回答が望まれるヒト診断(例えば、15、10、9、8、7、6、5分以下足らずの検出可能な増幅)において有用である。特定の実施形態において、本発明は、臨床的場面でのヒト診断におけるNEAR反応アッセイの使用を提供する。他の実施形態において、本発明は、サーモサイクリング装置へのアクセスが利用不可能である、または非常に高価となる、実地的診断におけるNEAR反応アッセイの使用を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、迅速な定量的回答が望まれる学術的場面におけるNEAR反応アッセイの使用を提供する。
本発明は、標的核酸分子の増幅のためのキットも提供する。このようなキットは、対象から得られた生物試料中の標的核酸の検出または定量に有用である。本発明のキットは、例えば、本明細書に記載の1つ以上のポリメラーゼ、順方向および逆方向プライマー−テンプレート、ならびに1つ以上のニッキング酵素を含み得る。1つの標的を増幅すべき場合に、1つまたは2つのニッキング酵素をキット中に含めることができる。複数の標的配列を増幅すべきであり、それらの標的配列のために設計されたプライマー−テンプレートが同一のニッキング酵素についてのニッキング酵素部位を含む場合、1または2つのニッキング酵素を含めることができる。プライマー−テンプレートが異なるニッキング酵素により認識される場合、より多く、例えば、3つ以上などのニッキング酵素をキット中に含めることができる。
NEAR増幅を、インプット標的核酸無し(すなわち、無標的対照;NTC)で実施する場合、テンプレートの不存在にかかわらずシグナルが生成される。したがって、バックグラウンドシグナルの生成は、NEAR増幅を使用する標的核酸定量の精度を減少させる潜在性を有する。バックグラウンドシグナルは、部分的に、プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドによるプライマー−ダイマー形成により生成されることが仮定された。理論に拘束されるものではないが、2’修飾ヌクレオチドを含むポリメラーゼ停止構造を使用してプライマー/テンプレートの分子間および/または分子内相互作用(例えば、プライマー−ダイマー形成)を低減させ、または排除し、それにより、NEARアッセイにおけるバックグラウンドシグナルを低減させ、または排除することができた。
特異性領域内の異なる位置において2’−O−メチル修飾ヌクレオチドを有する例示的なポリメラーゼ停止実体をNEAR増幅反応中で使用し、それらの反応キネティックスを試験した。特に、試験プライマー/テンプレートは、特異性領域の3’末端においてまたは特異性領域の5’末端(ニック部位の2ヌクレオチド下流)において配置された5つの2’−O−メチルヌクレオチドのブロックを有するオリゴヌクレオチドのペアを含んだ(図5)。標準反応は、3’末端において若しくはニック部位の後から3番目のヌクレオチドから開始して5塩基続く2’−O−メチルヌクレオチドのブロックを用いて、または示されているようにそれらの2つの構造を混合したものを用いて、二重実験で実施した。標的DNAは、クラビバクター・ミシガネンシス・セピドニクス(Clavibacter michiganensis sepidonicus)(Cms)ゲノムであった。検出は、100nMの最終濃度におけるMolecular Beaconに基づいた。
トウモロコシアルコールデヒドロゲナーゼ1遺伝子(ADH1)の定量のためのNEARアッセイを、順方向および逆方向プライマー−テンプレートの2つの代替セット(TS3およびTS3)を利用して設計した。好適なニッキング酵素認識部位は、トウモロコシgDNA中の標的配列領域から500ヌクレオチド以内の上流にも、下流にも、見出されなかった。プライマー−テンプレートの両方のセットは、標的DNAと鎖侵入媒介性ハイブリダイズをし得る、より長い標的相補的領域(それぞれ、16および19ヌクレオチド)を特徴とする。第1のセット(TS3)において、順方向および逆方向プライマー−テンプレートの標的相補的領域は、3’末端デオキシヌクレオチドからすぐ上流に5つの連続する2’−O−メチル修飾リボヌクレオチドのブロックを含有する。標的配列相補的領域の残部は、ニック部位から5ヌクレオチド(順方向プライマー−テンプレート)または4ヌクレオチド(逆方向プライマー−テンプレート)下流から始まる、非修飾デオキシヌクレオチドと2’−O−メチルリボヌクレオチドが交互になった配列を含む。プライマー−テンプレートの第2のセット(TS6)は、3’末端非修飾デオキシヌクレオチドに隣接する5つの2’−O−メチルリボヌクレオチドのブロックのみを有し、標的相補的領域の残部は、非修飾デオキシヌクレオチドのみを含む。
反応物(50μl)は、15mMのMgSO4、0.3mMのdNTP、19.2単位のBstポリメラーゼ、15単位のn.BstNBI、1000nMのテンプレート1、および200nMのテンプレート2を含有した。標的DNAは、クラビバクター・ミシガネンシス・セピドニクス(Clavibacter michiganensis sepidonicus)(Cms)ゲノム、またはCms配列に基づく「ロングマー」であった。テンプレートおよび標的を10μlの総容量で一緒に56℃において30秒間プレインキュベートした。残りの反応成分のマスターミックスを40μlの総容量で56℃において30秒間プレインキュベートした。マスターミックスをテンプレートおよび標的と合わせて、56℃において10分間インキュベートし、インキュベーションの間に10秒毎に蛍光検出(SYBR GreenまたはMolecular Beacon)を採った。反応物を95℃2分間のステップにより「熱殺傷」し、次いで室温に戻した。サイクル閾値(Ct)当量を、Biorad IQ5ソフトウェアにおける曲線フィット公式に基づきそれぞれの反応物について決定し、Microsoft Excelを使用して値をグラフ上でプロットした。線形回帰を実施し、相関係数(R2)を決定した。
上記説明から、本明細書に記載の本発明に変更および改変を行って本発明を種々の使用法および条件に採用することができることが明らかである。このような実施形態も、以下の特許請求の範囲内である。
Claims (49)
- ニッキングおよび伸長増幅の反応中の特異的産物を定量する方法であって、
(a)標的核酸分子を、実質的に等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが前記標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する2つ以上のプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、ニッキング酵素、および検出可能なポリヌクレオチドプローブと接触させるステップであって、前記プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドのそれぞれは、前記標的核酸分子と相補的な配列中に1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含むステップ;
(b)前記標的核酸分子の少なくとも一部を含むアンプリコンを生成するステップ;ならびに
(c)前記標的核酸分子またはそのアンプリコンへのオリゴヌクレオチドプローブハイブリダイゼーションに特異的なシグナルを検出するステップであって、前記シグナルは、試料中に存在する前記標的核酸分子またはそのアンプリコンの量を示すステップ
を含む方法。 - 前記2’修飾は、2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−ヒドロキシル、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、および2’−O−(N−メチルカルバメート)または塩基アナログを含むものからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上の2’修飾ヌクレオチドは、前記標的核酸分子と相補的な配列の3’末端において位置する、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上の2’修飾ヌクレオチドは、前記標的核酸分子と相補的な配列の5’末端において位置する、請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸分子と相補的な配列の5’末端において位置する前記1つ以上の2’修飾ヌクレオチドは、1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたはそれを超える非修飾ヌクレオチドによりニック部位から離隔している、請求項4に記載の方法。
- 2つ以上の2’修飾ヌクレオチドが連続している、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 5つの連続する2’−O−メチル修飾ヌクレオチドが、前記標的核酸分子と相補的な配列の3’末端において位置する、請求項3に記載の方法。
- 5つの連続する2’−O−メチル修飾ヌクレオチドが、前記標的核酸分子と相補的な配列の5’末端において位置する、請求項4に記載の方法。
- 前記検出ステップは、非標的分子のアンプリコンを検出しない、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- リアルタイムで実施される、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 増幅前に生物試料中に存在する核酸分子の量を測定する半定量的および/または量閾値方法を提供する、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを、前記標的核酸分子と相補的な配列のより5’末端近傍に位置調節することにより、増幅の検出時間を増加させる、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
- プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドの比を使用して、異なる量の出発標的材料から生じる反応産物の分解能増加を提供することをさらに含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
- 増幅速度改変剤を使用して、異なる量の出発標的材料から生じる反応産物の分解能増加を提供することをさらに含む、請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAまたはRNA核酸分子である、請求項1〜14のいずれか一項に記載の方法。
- 前記プローブは、SYBRグリーンまたはモレキュラービーコンである請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記プローブは、標的配列と相補的な少なくとも約10ヌクレオチド、検出可能な部分、およびポリメラーゼ停止分子を含む、非増幅性の検出可能なポリヌクレオチドプローブであり、前記ポリメラーゼ停止分子は、通常はポリメラーゼ活性を支持する条件下でポリメラーゼが前記プローブを増幅することを妨害する、請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
- 単一反応の過程で産生された複数の異なる反応産物を検出する方法であって、
(a)標的核酸分子を、実質的に等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが前記標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する2つ以上のプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、ニッキング酵素、および検出可能なポリヌクレオチドプローブと接触させるステップであって、前記プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドのそれぞれは、前記標的核酸分子と相補的な配列中に1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含むステップ;
(b)前記標的核酸分子の少なくとも一部を含むアンプリコンを生成するステップ;ならびに
(c)前記標的核酸分子またはそのアンプリコンへのオリゴヌクレオチドプローブハイブリダイゼーションに特異的なシグナルを検出するステップであって、前記シグナルは、試料中に存在する前記標的核酸分子またはそのアンプリコンの量を示すステップ
を含む方法。 - ニッキングおよび伸長増幅の反応中の特異的産物を定量する方法であって、
(a)標的核酸分子を、実質的に等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが前記標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する2つのプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、ニッキング酵素、および検出可能なポリヌクレオチドプローブと接触させるステップであって、前記プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドのそれぞれは、前記標的核酸分子と相補的な配列の3’末端において位置する5つの連続する2’−O−メチル修飾ヌクレオチドを含むステップ;
(b)前記標的核酸分子の少なくとも一部を含むアンプリコンを生成するステップ;ならびに
(c)前記標的核酸分子またはそのアンプリコンへのオリゴヌクレオチドプローブハイブリダイゼーションに特異的なシグナルを検出するステップであって、前記シグナルは、試料中に存在する前記標的核酸分子またはそのアンプリコンの量を示すステップ
を含む方法。 - ステップ(c)をリアルタイムで実施して前記反応中に存在する標的の量を測定する、請求項18に記載の方法。
- ニッキングおよび伸長増幅の反応をリアルタイムでモニタリングする方法であって、
(a)試験試料を、実質的に等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが前記標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する2つ以上のプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、ニッキング酵素、および検出可能なポリヌクレオチドプローブと接触させるステップであって、前記プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドのそれぞれは、前記標的核酸分子と相補的な配列中に1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含むステップ;
(b)前記標的核酸分子の少なくとも一部を含むアンプリコンを生成するステップ;ならびに
(c)シグナルをリアルタイムで検出し、それにより前記標的核酸分子を定量するステップ
を含む方法。 - 前記試験試料は、病原体を含む、請求項21に記載の方法。
- 前記病原体は、ウイルス、細菌、酵母または真菌である、請求項22に記載の方法。
- 前記試験試料は、生物試料である、請求項21に記載の方法。
- 前記生物試料は、生物体液、細胞、または組織試料である、請求項24に記載の方法。
- 前記生物体液は、尿、精液、膣分泌液、または糞便である、請求項25に記載の方法。
- 前記試験試料は、環境試料である、請求項21に記載の方法。
- ステップ(c)が、リアルタイムで実施される、請求項21に記載の方法。
- NEAR反応中の標的核酸分子をリアルタイムでモニタリングする方法であって、
(a)標的核酸分子を、実質的に等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが前記標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する2つ以上のプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、ニッキング酵素、ヘテロ二本鎖特異的ニッキング酵素、および検出可能なポリヌクレオチドプローブと接触させるステップであって、前記プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドのそれぞれは、前記標的核酸分子と相補的な配列中に1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含むステップ;
(b)前記検出可能なオリゴヌクレオチドプローブに結合する標的配列を含むアンプリコンを生成するステップ;ならびに
(c)シグナルをリアルタイムで検出し、それにより前記標的核酸分子を定量するステップ
を含む方法。 - 試験試料中の標的核酸分子をリアルタイムでモニタリングする方法であって、
(a)標的核酸分子を、実質的に等温条件下で、ポリメラーゼ、それぞれが前記標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する2つ以上のプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、ニッキング酵素、修復酵素またはプルーフリーディング酵素、および検出可能なポリヌクレオチドプローブと接触させるステップであって、前記プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドのそれぞれは、前記標的核酸分子と相補的な配列中に1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含むステップ;
(b)前記検出可能なオリゴヌクレオチドプローブに結合する標的配列を含むアンプリコンを生成するステップ;ならびに
(c)シグナルをリアルタイムで検出し、それにより前記標的核酸分子を定量するステップ
を含む方法。 - 前記試験試料は、病原体を含む、請求項30に記載の方法。
- 前記病原体は、ウイルス、細菌、酵母または真菌である、請求項31に記載の方法。
- 前記試験試料は、生物試料である、請求項30に記載の方法。
- 前記生物試料は、生物体液、細胞、または組織試料である、請求項33に記載の方法。
- 前記生物体液は、尿、精液、膣分泌液、または糞便である、請求項34に記載の方法。
- 前記試験試料は、環境試料である、請求項30に記載の方法。
- ステップ(c)が、リアルタイムで実施される、請求項30に記載の方法。
- NEAR反応中の標的配列を検出するためのキットであって、
標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合し、前記標的核酸分子と相補的な配列中に1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含む、1つ以上のプライマー/テンプレートオリゴヌクレオチド、および
本発明の方法における前記プライマー/テンプレートオリゴヌクレオチドの使用のための説明書
を含むキット。 - 5’から3’に、
i)第1の領域、および
ii)第2の領域
を含み、前記第1の領域は、ニッキング酵素認識配列を含み;前記第2の領域は、標的核酸分子上の相補的配列に特異的に結合する少なくとも9ヌクレオチドを含み;前記第2の領域は、1つ以上の2’修飾ヌクレオチドを含む
単離オリゴヌクレオチド。 - 前記2’修飾は、2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−ヒドロキシル、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、および2’−O−(N−メチルカルバメート)または塩基アナログを含むものからなる群から選択される、請求項36に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 前記1つ以上の2’修飾ヌクレオチドは、前記標的核酸分子と相補的な配列の3’末端において位置する、請求項39または40に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 前記1つ以上の2’修飾ヌクレオチドは、前記標的核酸分子と相補的な配列の5’末端において位置する、請求項39または40に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 前記標的核酸分子と相補的な配列の5’末端において位置する前記1つ以上の2’修飾ヌクレオチドは、1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたはそれを超える非修飾ヌクレオチドによりニック部位から離隔している、請求項42に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 2つ以上の2’修飾ヌクレオチドが連続している、請求項39〜43のいずれか一項に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 連続する2’修飾ヌクレオチドの数は、2つ、3つ、4つ、5つまたはそれを超える、請求項44に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 前記ニッキング酵素認識配列は、5’−GAGT−3’である、請求項39〜45のいずれか一項に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 5つの連続する2’−O−メチル修飾ヌクレオチドが、前記標的核酸分子と相補的な配列の3’末端において位置する、請求項41に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 5つの連続する2’−O−メチル修飾ヌクレオチドが、前記標的核酸分子と相補的な配列の5’末端において位置する、請求項42に記載の単離オリゴヌクレオチド。
- 図1に記載のものである、単離オリゴヌクレオチド。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201261621975P | 2012-04-09 | 2012-04-09 | |
US61/621,975 | 2012-04-09 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015166615A Division JP6169660B2 (ja) | 2012-04-09 | 2015-08-26 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017029154A true JP2017029154A (ja) | 2017-02-09 |
JP6321738B2 JP6321738B2 (ja) | 2018-05-09 |
Family
ID=49328090
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015505849A Active JP5801513B2 (ja) | 2012-04-09 | 2013-04-09 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
JP2015166615A Active JP6169660B2 (ja) | 2012-04-09 | 2015-08-26 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
JP2016164716A Active JP6321738B2 (ja) | 2012-04-09 | 2016-08-25 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
JP2017125772A Active JP6480511B2 (ja) | 2012-04-09 | 2017-06-28 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
Family Applications Before (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015505849A Active JP5801513B2 (ja) | 2012-04-09 | 2013-04-09 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
JP2015166615A Active JP6169660B2 (ja) | 2012-04-09 | 2015-08-26 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017125772A Active JP6480511B2 (ja) | 2012-04-09 | 2017-06-28 | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
Country Status (18)
Country | Link |
---|---|
US (8) | US9096897B2 (ja) |
EP (2) | EP3587587A1 (ja) |
JP (4) | JP5801513B2 (ja) |
KR (4) | KR102048946B1 (ja) |
CN (2) | CN114134207A (ja) |
AU (3) | AU2013246080C1 (ja) |
BR (1) | BR112014025262A8 (ja) |
CA (1) | CA2869971C (ja) |
DK (1) | DK2836609T4 (ja) |
ES (1) | ES2743050T5 (ja) |
HK (1) | HK1210228A1 (ja) |
IN (1) | IN2014DN08831A (ja) |
MX (2) | MX338296B (ja) |
NZ (2) | NZ701145A (ja) |
RU (2) | RU2732589C2 (ja) |
UA (2) | UA125112C2 (ja) |
WO (1) | WO2013155056A1 (ja) |
ZA (3) | ZA201408116B (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2021528091A (ja) * | 2018-06-26 | 2021-10-21 | ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド | Crisprダブルニッカーゼに基づく増幅の組成物、システム、及び方法 |
Families Citing this family (38)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
UA125112C2 (uk) | 2012-04-09 | 2022-01-12 | Енвіролоджикс Інк. | Спосіб ампліфікації полінуклеотиду |
MX2016013877A (es) | 2014-04-22 | 2017-03-09 | Envirologix Inc | Composiciones y metodos para mejorar y/o predecir la amplificacion de adn. |
CN106574299A (zh) * | 2014-04-30 | 2017-04-19 | 龙公司 | 用来检测黄龙病的组合物和方法 |
EP3207159B1 (en) * | 2014-10-14 | 2019-11-20 | Abbott Laboratories | Sequence conversion and signal amplifier dna having poly dna spacer sequences and detection methods using same |
EP4141128A1 (en) | 2014-10-20 | 2023-03-01 | Envirologix Inc. | Compositions and methods for detecting an rna virus |
CA2975328A1 (en) | 2015-01-30 | 2016-08-04 | Envirologix Inc. | Substrates for a nicking and extension reaction |
WO2016122698A1 (en) * | 2015-01-30 | 2016-08-04 | Envirologix, Inc. | Compositions and methods for rapid detection of salmonella |
CN108027335B (zh) * | 2015-06-25 | 2021-05-04 | 罗斯韦尔生物技术股份有限公司 | 生物分子传感器和方法 |
US20200208199A1 (en) * | 2015-07-20 | 2020-07-02 | Envirologix Inc. | Compositions and methods for rapid detection of salmonella serovar d1 |
EP3368654A4 (en) * | 2015-10-30 | 2019-06-05 | Alere Inc. | DETERMINATION OF POLYMORPHISMS BY ISOTHERMAL AMPLIFICATION OF NUCLEIC ACID |
US10329601B2 (en) | 2015-12-28 | 2019-06-25 | Ionian Technologies, Inc. | Nicking and extension amplification reaction (NEAR) of Streptococcus species |
EP4137808A1 (en) | 2016-01-28 | 2023-02-22 | Roswell Biotechnologies, Inc. | Method of making a sequencing device |
US11624725B2 (en) | 2016-01-28 | 2023-04-11 | Roswell Blotechnologies, Inc. | Methods and apparatus for measuring analytes using polymerase in large scale molecular electronics sensor arrays |
JP6854532B2 (ja) | 2016-02-09 | 2021-04-07 | ロズウェル バイオテクノロジーズ,インコーポレイテッド | 電子的、標識フリーのdnaおよびゲノムシークエンシング |
US10597767B2 (en) | 2016-02-22 | 2020-03-24 | Roswell Biotechnologies, Inc. | Nanoparticle fabrication |
GB201611469D0 (en) | 2016-06-30 | 2016-08-17 | Lumiradx Tech Ltd | Improvements in or relating to nucleic acid amplification processes |
US9829456B1 (en) | 2016-07-26 | 2017-11-28 | Roswell Biotechnologies, Inc. | Method of making a multi-electrode structure usable in molecular sensing devices |
CA3052062A1 (en) | 2017-01-10 | 2018-07-19 | Roswell Biotechnologies, Inc. | Methods and systems for dna data storage |
KR20230158636A (ko) | 2017-01-19 | 2023-11-20 | 로스웰 바이오테크놀로지스 인코포레이티드 | 2차원 레이어 재료를 포함하는 솔리드 스테이트 시퀀싱 디바이스들 |
KR20200002897A (ko) | 2017-04-25 | 2020-01-08 | 로스웰 바이오테크놀로지스 인코포레이티드 | 분자 센서들을 위한 효소 회로들 |
US10508296B2 (en) | 2017-04-25 | 2019-12-17 | Roswell Biotechnologies, Inc. | Enzymatic circuits for molecular sensors |
KR102606670B1 (ko) | 2017-05-09 | 2023-11-24 | 로스웰 바이오테크놀로지스 인코포레이티드 | 분자 센서들을 위한 결합 프로브 회로들 |
US10538808B2 (en) | 2017-05-26 | 2020-01-21 | Vibrant Holdings, Llc | Photoactive compounds and methods for biomolecule detection and sequencing |
TWI754652B (zh) * | 2017-07-10 | 2022-02-11 | 英商盧米瑞德克斯英國有限公司 | 核酸擴增方法中或相關之改良 |
KR20200039795A (ko) | 2017-08-30 | 2020-04-16 | 로스웰 바이오테크놀로지스 인코포레이티드 | Dna 데이터 저장을 위한 진행성 효소 분자 전자 센서들 |
RU2020100221A (ru) | 2017-08-31 | 2021-09-30 | Иониан Текнолоджис, Ллс | Реакция амплификации с разрывом и удлинением (near) разновидностей респираторно-синцитиального вируса |
WO2019075100A1 (en) | 2017-10-10 | 2019-04-18 | Roswell Biotechnologies, Inc. | METHODS, APPARATUS AND SYSTEMS FOR STORING DNA DATA WITHOUT AMPLIFICATION |
GB2569965A (en) | 2018-01-04 | 2019-07-10 | Lumiradx Uk Ltd | Improvements in or relating to amplification of nucleic acids |
CN108588252A (zh) * | 2018-03-29 | 2018-09-28 | 杭州泰熙生物技术有限公司 | 一种寄生虫检测试剂盒及其检测方法 |
GB201812149D0 (en) * | 2018-07-25 | 2018-09-05 | Sense Biodetection Ltd | Nucleic acid detection method |
KR102154628B1 (ko) | 2019-01-03 | 2020-09-10 | 베트올 (주) | 반정량 수평류 면역진단 기술을 이용한 랄스토니아 솔라나세아룸과 푸사리움 옥시스포룸의 동시 진단 방법 |
KR102199394B1 (ko) * | 2019-07-01 | 2021-01-06 | 한국화학연구원 | 이중분자비콘과 산화그래핀을 포함하는 핵산 검출용 조성물 및 이를 이용한 핵산 검출의 비색신호 증폭 방법 |
KR102531590B1 (ko) * | 2019-07-16 | 2023-05-11 | 고려대학교 산학협력단 | 절단효소 인식부위의 미러링 결합에 의한 표적핵산의 검출 방법 및 핵산 검출용 조성물 |
CN110408678A (zh) * | 2019-07-26 | 2019-11-05 | 宁儿医院股份有限公司 | 单管型多重微生物检测体系及其即时检测方法 |
WO2023107998A1 (en) * | 2021-12-08 | 2023-06-15 | Massachusetts Institute Of Technology | Cold-temperature isothermal amplification of polynucleotides |
WO2023221939A1 (en) * | 2022-05-14 | 2023-11-23 | Jiangsu Code Biomedical Technology Co., Ltd. | Novel compositions and methods for cell-free dna detection |
WO2024006552A1 (en) * | 2022-07-01 | 2024-01-04 | Sherlock Biosciences, Inc. | Ambient temperature nucleic acid amplification and detection |
WO2024030985A1 (en) | 2022-08-04 | 2024-02-08 | Abbott Laboratories | Assays for detecting monkeypox virus |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002291490A (ja) * | 2000-10-25 | 2002-10-08 | F Hoffmann La Roche Ag | 修飾プライマーを使用する増幅 |
JP2004532615A (ja) * | 2000-12-27 | 2004-10-28 | インヴィトロジェン コーポレーション | 核酸の検出および識別のためのプライマーおよび方法 |
JPWO2003016569A1 (ja) * | 2001-08-20 | 2004-12-02 | タカラバイオ株式会社 | 核酸の増幅方法 |
JP2008526228A (ja) * | 2005-01-04 | 2008-07-24 | 日立化成工業株式会社 | プライマー生成ローリングサークル型増幅 |
US20090017453A1 (en) * | 2007-07-14 | 2009-01-15 | Maples Brian K | Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids |
JP2011521624A (ja) * | 2008-04-30 | 2011-07-28 | インテグレイテツド・デイー・エヌ・エイ・テクノロジーズ・インコーポレイテツド | 修飾されたrna単量体を用いるrnアーゼhを基礎とするアッセイ |
WO2012021493A2 (en) * | 2010-08-13 | 2012-02-16 | Envirologix Inc. | Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample |
Family Cites Families (58)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5455166A (en) † | 1991-01-31 | 1995-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification |
WO1994003635A1 (en) | 1992-08-04 | 1994-02-17 | Institute Of Molecular Biology & Biotechnology | Rapid amplification and detection of nucleic acids |
US5648211A (en) | 1994-04-18 | 1997-07-15 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification using thermophilic enzymes |
US5629179A (en) | 1995-03-17 | 1997-05-13 | Novagen, Inc. | Method and kit for making CDNA library |
AT402203B (de) | 1995-06-13 | 1997-03-25 | Himmler Gottfried Dipl Ing Dr | Verfahren zur transkriptionsfreien amplifizierung von nucleinsäuren |
WO1997035026A1 (en) * | 1996-03-18 | 1997-09-25 | Molecular Biology Resources, Inc. | Target nucleic acid sequence amplification |
DK0912767T3 (da) * | 1996-07-16 | 2006-10-30 | Gen Probe Inc | Fremgangsmåde til sporing og forstærkning af nukleinsyresekvenser ved anvendelse af modificerede oligonukleotider med foröget targetspecifikt TM |
GB9716231D0 (en) | 1997-07-31 | 1997-10-08 | Amersham Int Ltd | Base analogues |
AU1366299A (en) | 1997-10-27 | 1999-05-17 | Boston Probes, Inc. | Methods, kits and compositions pertaining to pna molecular beacons |
US5952202A (en) | 1998-03-26 | 1999-09-14 | The Perkin Elmer Corporation | Methods using exogenous, internal controls and analogue blocks during nucleic acid amplification |
AU1908100A (en) | 1998-11-06 | 2000-05-29 | Molecular Biology Resources, Inc. | Isothermal nucleic acid amplification methods |
US6436677B1 (en) | 2000-03-02 | 2002-08-20 | Promega Corporation | Method of reverse transcription |
AU2001274869A1 (en) * | 2000-05-20 | 2001-12-03 | The Regents Of The University Of Michigan | Method of producing a dna library using positional amplification |
US6191267B1 (en) | 2000-06-02 | 2001-02-20 | New England Biolabs, Inc. | Cloning and producing the N.BstNBI nicking endonuclease |
AU2002313683A1 (en) | 2001-07-15 | 2003-03-03 | Keck Graduate Institute | Nucleic acid amplification using nicking agents |
US20030082590A1 (en) | 2001-07-15 | 2003-05-01 | Keck Graduate Institute | Exponential nucleic acid amplification using nicking endonucleases |
US6977148B2 (en) | 2001-10-15 | 2005-12-20 | Qiagen Gmbh | Multiple displacement amplification |
US6617137B2 (en) | 2001-10-15 | 2003-09-09 | Molecular Staging Inc. | Method of amplifying whole genomes without subjecting the genome to denaturing conditions |
US7399590B2 (en) | 2002-02-21 | 2008-07-15 | Asm Scientific, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US20030211483A1 (en) | 2002-05-09 | 2003-11-13 | Schroeder Benjamin G. | Methods for the enrichment of low-abundance polynucleotides |
JP4632788B2 (ja) | 2002-09-20 | 2011-02-16 | ニュー・イングランド・バイオラブズ・インコーポレイティッド | 核酸のヘリカーゼ依存性増幅 |
US7662594B2 (en) | 2002-09-20 | 2010-02-16 | New England Biolabs, Inc. | Helicase-dependent amplification of RNA |
WO2004067726A2 (en) | 2003-01-29 | 2004-08-12 | Keck Graduate Institute | Isothermal reactions for the amplification of oligonucleotides |
JP4380305B2 (ja) | 2003-11-21 | 2009-12-09 | 味の素株式会社 | 発酵法によるl−アミノ酸の製造法 |
US20090017452A1 (en) | 2004-03-05 | 2009-01-15 | University Of Chicago | Methods and compositions relating to the pharmacogenetics of different gene variants |
US20060115838A1 (en) | 2004-10-19 | 2006-06-01 | Trevigen Inc. | Real-time detection of amplicons using nucleic acid repair enzymes |
JP4555136B2 (ja) * | 2005-03-31 | 2010-09-29 | 本田技研工業株式会社 | 燃料電池の電気システム、燃料電池車両及び電力供給方法 |
US7435561B2 (en) | 2005-07-25 | 2008-10-14 | Asm Scientific, Inc. | Methods for multiplexing recombinase polymerase amplification |
DK1924704T3 (da) | 2005-08-02 | 2011-09-05 | Rubicon Genomics Inc | Sammensætninger og fremgangsmåder til bearbejdning og mangfoldiggørelse af DNA, herunder ved anvendelse af flere enzymer i en enkelt reaktion |
EP1762627A1 (de) | 2005-09-09 | 2007-03-14 | Qiagen GmbH | Verfahren zur Aktivierung einer Nukleinsäure für eine Polymerase-Reaktion |
US7947286B2 (en) | 2005-10-07 | 2011-05-24 | Panthera Biopharma Llc | Drosophila cell lines producing recombinant secretable filovirus surface glycoproteins lacking the membrane spanning domain |
US20090092967A1 (en) | 2006-06-26 | 2009-04-09 | Epoch Biosciences, Inc. | Method for generating target nucleic acid sequences |
US20080096257A1 (en) | 2006-08-15 | 2008-04-24 | Zuxu Yao | Methods for Rapid, Single-Step Strand Displacement Amplification of Nucleic Acids |
DE102006039396A1 (de) | 2006-08-22 | 2008-03-13 | Robert Bosch Gmbh | Laserlichtquelle |
US8399188B2 (en) | 2006-09-28 | 2013-03-19 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for nucleotide sequencing |
AU2007304776A1 (en) | 2006-10-06 | 2008-04-10 | Dna Genotek Inc. | Stabilizing compositions and methods for extraction of ribonucleic acid |
JP2008136451A (ja) | 2006-12-05 | 2008-06-19 | Hitachi Ltd | 核酸増幅法 |
US8202972B2 (en) | 2007-01-10 | 2012-06-19 | General Electric Company | Isothermal DNA amplification |
US20090081760A1 (en) † | 2007-01-12 | 2009-03-26 | Monsanto Technology Llc | Dmo methods and compositions |
US20080254458A1 (en) | 2007-04-10 | 2008-10-16 | Asiagen Corporation | Method of pre-treating in pleural effusion for detection of Mycobacterium tuberculosis |
US20080274458A1 (en) | 2007-05-01 | 2008-11-06 | Latham Gary J | Nucleic acid quantitation methods |
WO2009020609A2 (en) | 2007-08-06 | 2009-02-12 | Nanogen, Inc. | Isolation of nucleic acids molecules using modified solid supports |
US20090197254A1 (en) | 2007-12-14 | 2009-08-06 | Ming-Chou Lee | Variant scorpion primers for nucleic acid amplification and detection |
EP2333109B1 (en) | 2008-09-03 | 2013-08-07 | Takara Bio, Inc. | Composition for detection of rna |
AU2010206492B2 (en) | 2009-01-21 | 2012-07-12 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Improved isothermal strand displacement amplification |
EP2408936A4 (en) | 2009-03-18 | 2013-01-30 | Sequenom Inc | USE OF HEAT-STAINED ENDONUCLEASES FOR THE PREPARATION OF REPORTER MOLECULES |
WO2010126913A1 (en) | 2009-04-27 | 2010-11-04 | Gen-Probe Incorporated | Methods and kits for use in the selective amplification of target sequences |
EP2420579A1 (en) * | 2010-08-17 | 2012-02-22 | QIAGEN GmbH | Helicase dependent isothermal amplification using nicking enzymes |
DK2756101T3 (en) | 2011-09-15 | 2018-08-27 | David A Shafer | PROBLEMS: ANTISON DETAIL COMPOSITIONS FOR DETECTING HIGH OR SPECIFIC DNA OR RNA |
WO2013101783A2 (en) | 2011-12-30 | 2013-07-04 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for performing nucleic acid amplification reactions |
UA125112C2 (uk) | 2012-04-09 | 2022-01-12 | Енвіролоджикс Інк. | Спосіб ампліфікації полінуклеотиду |
EP2867366B1 (en) | 2012-06-29 | 2018-05-16 | General Electric Company | Method for isothermal dna amplification starting from an rna template in a single reaction mixture |
JP2014082936A (ja) | 2012-10-19 | 2014-05-12 | Kyoto Univ | 変異型逆転写酵素 |
MX2016013877A (es) | 2014-04-22 | 2017-03-09 | Envirologix Inc | Composiciones y metodos para mejorar y/o predecir la amplificacion de adn. |
CN106574299A (zh) | 2014-04-30 | 2017-04-19 | 龙公司 | 用来检测黄龙病的组合物和方法 |
EP4141128A1 (en) | 2014-10-20 | 2023-03-01 | Envirologix Inc. | Compositions and methods for detecting an rna virus |
BR112017008718A2 (pt) | 2014-10-28 | 2017-12-19 | Envirologix Inc | ?recipientes de preparação de amostra, circuitos de microfluídos, e sistemas e métodos para preparação, extração e análise da amostra? |
WO2016122698A1 (en) | 2015-01-30 | 2016-08-04 | Envirologix, Inc. | Compositions and methods for rapid detection of salmonella |
-
2013
- 2013-04-09 UA UAA201709549A patent/UA125112C2/uk unknown
- 2013-04-09 RU RU2016138585A patent/RU2732589C2/ru active
- 2013-04-09 CN CN202111049886.5A patent/CN114134207A/zh active Pending
- 2013-04-09 KR KR1020157016789A patent/KR102048946B1/ko active IP Right Grant
- 2013-04-09 CN CN201380029891.7A patent/CN104685066B/zh active Active
- 2013-04-09 KR KR1020147031343A patent/KR101570951B1/ko active IP Right Grant
- 2013-04-09 MX MX2014012214A patent/MX338296B/es active IP Right Grant
- 2013-04-09 KR KR1020197034264A patent/KR102159818B1/ko active IP Right Grant
- 2013-04-09 CA CA2869971A patent/CA2869971C/en active Active
- 2013-04-09 RU RU2014144722/10A patent/RU2601129C2/ru active
- 2013-04-09 WO PCT/US2013/035750 patent/WO2013155056A1/en active Application Filing
- 2013-04-09 IN IN8831DEN2014 patent/IN2014DN08831A/en unknown
- 2013-04-09 BR BR112014025262A patent/BR112014025262A8/pt not_active Application Discontinuation
- 2013-04-09 MX MX2016004384A patent/MX367666B/es unknown
- 2013-04-09 NZ NZ701145A patent/NZ701145A/en unknown
- 2013-04-09 DK DK13775206.9T patent/DK2836609T4/da active
- 2013-04-09 US US14/342,766 patent/US9096897B2/en active Active
- 2013-04-09 NZ NZ723570A patent/NZ723570A/en unknown
- 2013-04-09 EP EP19175608.9A patent/EP3587587A1/en active Pending
- 2013-04-09 AU AU2013246080A patent/AU2013246080C1/en active Active
- 2013-04-09 EP EP13775206.9A patent/EP2836609B2/en active Active
- 2013-04-09 UA UAA201412069A patent/UA116205C2/uk unknown
- 2013-04-09 KR KR1020207027096A patent/KR102362649B1/ko active IP Right Grant
- 2013-04-09 ES ES13775206T patent/ES2743050T5/es active Active
- 2013-04-09 JP JP2015505849A patent/JP5801513B2/ja active Active
-
2014
- 2014-11-06 ZA ZA2014/08116A patent/ZA201408116B/en unknown
-
2015
- 2015-07-01 US US14/789,545 patent/US9322053B2/en active Active
- 2015-08-26 JP JP2015166615A patent/JP6169660B2/ja active Active
- 2015-10-19 AU AU2015246059A patent/AU2015246059B2/en active Active
- 2015-11-02 HK HK15110782.4A patent/HK1210228A1/xx unknown
- 2015-11-05 ZA ZA2015/08197A patent/ZA201508197B/en unknown
-
2016
- 2016-01-06 US US14/989,687 patent/US9631231B2/en active Active
- 2016-08-25 JP JP2016164716A patent/JP6321738B2/ja active Active
- 2016-11-04 ZA ZA2016/07642A patent/ZA201607642B/en unknown
-
2017
- 2017-02-21 US US15/438,330 patent/US20170166960A1/en not_active Abandoned
- 2017-06-28 JP JP2017125772A patent/JP6480511B2/ja active Active
- 2017-11-09 US US15/808,442 patent/US10077467B2/en active Active
-
2018
- 2018-03-07 AU AU2018201671A patent/AU2018201671B2/en active Active
- 2018-08-30 US US16/117,949 patent/US10584376B2/en active Active - Reinstated
-
2020
- 2020-02-05 US US16/782,805 patent/US11208687B2/en active Active
-
2021
- 2021-11-15 US US17/526,638 patent/US11866773B2/en active Active
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002291490A (ja) * | 2000-10-25 | 2002-10-08 | F Hoffmann La Roche Ag | 修飾プライマーを使用する増幅 |
JP2004532615A (ja) * | 2000-12-27 | 2004-10-28 | インヴィトロジェン コーポレーション | 核酸の検出および識別のためのプライマーおよび方法 |
JPWO2003016569A1 (ja) * | 2001-08-20 | 2004-12-02 | タカラバイオ株式会社 | 核酸の増幅方法 |
JP2008526228A (ja) * | 2005-01-04 | 2008-07-24 | 日立化成工業株式会社 | プライマー生成ローリングサークル型増幅 |
US20090017453A1 (en) * | 2007-07-14 | 2009-01-15 | Maples Brian K | Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids |
JP2010533494A (ja) * | 2007-07-14 | 2010-10-28 | イオニアン テクノロジーズ, インコーポレイテッド | 核酸の指数関数的増幅のためのニック形成および伸長増殖 |
JP2011521624A (ja) * | 2008-04-30 | 2011-07-28 | インテグレイテツド・デイー・エヌ・エイ・テクノロジーズ・インコーポレイテツド | 修飾されたrna単量体を用いるrnアーゼhを基礎とするアッセイ |
WO2012021493A2 (en) * | 2010-08-13 | 2012-02-16 | Envirologix Inc. | Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2021528091A (ja) * | 2018-06-26 | 2021-10-21 | ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド | Crisprダブルニッカーゼに基づく増幅の組成物、システム、及び方法 |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6480511B2 (ja) | 試料中の核酸配列を定量するための組成物および方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20170627 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170927 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20180306 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20180405 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6321738 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |