RU2020100221A - Реакция амплификации с разрывом и удлинением (near) разновидностей респираторно-синцитиального вируса - Google Patents

Реакция амплификации с разрывом и удлинением (near) разновидностей респираторно-синцитиального вируса Download PDF

Info

Publication number
RU2020100221A
RU2020100221A RU2020100221A RU2020100221A RU2020100221A RU 2020100221 A RU2020100221 A RU 2020100221A RU 2020100221 A RU2020100221 A RU 2020100221A RU 2020100221 A RU2020100221 A RU 2020100221A RU 2020100221 A RU2020100221 A RU 2020100221A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleotide sequence
paragraphs
template
break
gene
Prior art date
Application number
RU2020100221A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2020100221A3 (ru
Inventor
Хунхуа ЧЖАН
Ричард РОТ
Original Assignee
Иониан Текнолоджис, Ллс
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иониан Текнолоджис, Ллс filed Critical Иониан Текнолоджис, Ллс
Publication of RU2020100221A publication Critical patent/RU2020100221A/ru
Publication of RU2020100221A3 publication Critical patent/RU2020100221A3/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/50—Other enzymatic activities
    • C12Q2521/507—Recombinase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes

Claims (75)

1. Композиция, содержащая
i) первую прямую матрицу, содержащую последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу антисмысловой цепи неструктурного гена NS2 респираторно-синцитиального вируса (RSV); сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва; и
ii) первую обратную матрицу, содержащую последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу смысловой цепи неструктурного гена NS2 RSV; сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва; или
iii) вторую прямую матрицу, содержащую последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу антисмысловой цепи гена N нуклеокапсида RSV; сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва; и
iv) вторую обратную матрицу, содержащую последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу смысловой цепи гена N нуклеокапсида RSV; сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва.
2. Композиция по п. 1, где область распознавания на 3'-конце, комплементарная 3'-концу антисмысловой цепи неструктурного гена NS2 RSV, имеет длину 8-30 нуклеотидов, и/или где область распознавания на 3'-конце, комплементарная 3'-концу антисмысловой цепи гена N нуклеокапсида RSV, имеет длину 8-30 нуклеотидов.
3. Композиция по п. 1 или 2, где область распознавания на 3'-конце, комплементарная 3'-концу смысловой цепи неструктурного гена NS2 RSV, имеет длину 8-30 нуклеотидов, и/или где область распознавания на 3'-конце, комплементарная 3'-концу смысловой цепи гена N нуклеокапсида RSV, имеет длину 8-30 нуклеотидов.
4. Композиция по любому из пп. 1-3, где композиция, содержащая i) и ii), дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности неструктурного гена NS2 RSV.
5. Композиция по любому из пп. 1-3, где композиция, содержащая iii) и iv), дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности гена N нуклеокапсида RSV.
6. Композиция по любому из пп. 1-4, где последовательность нуклеиновой кислоты первой прямой матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 1 (CGACTCACACGAGTCGAAAACTTGATGAAAGA); и последовательность нуклеиновой кислоты первой обратной матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 2 (AGACTCCACACGGAGTCTAGTTGACCAGGAATG).
7. Композиция по любому из пп. 2-4 и 6, где композиция, содержащая i) и ii), дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 3 (ACCAGGAATGTAAATGTGGCCTGGT).
8. Композиция по любому из пп. 1-3 и 5, где последовательность нуклеиновой кислоты второй прямой матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 6 (GACTCGCACACGAGTCACGTAGTACAGGAGATAA); последовательность нуклеиновой кислоты второй обратной матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 7 (GACTCCACACGGAGTCGCTTTTGCACATCATAA).
9. Композиция по любому из пп. 1-3, 5 и 8, где композиция, содержащая iii) и iv), дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 8 (TGACACATCATAATTGGGAGTGTCA).
10. Композиция по любому из пп. 1-9, дополнительно содержащая одну или более ДНК-полимераз, один или более никующих ферментов, дНТФ или смесь дНТФ и ддНТФ.
11. Композиция по п. 10, где ДНК-полимераза выбрана из группы, состоящей из ДНК-полимеразы Geobacillus bogazici, Bst (большой фрагмент), экзо-ДНК-полимеразы, ДНК-полимеразы Manta 1.0 (Enzymatics ®).
12. Способ по п. 10, где один или более никующих ферментов выбраны из группы, состоящей из Nt. BspQI, Nb. BbvCi, Nb. BsmI, Nb. BsrDI, Nb. BtsI, Nt. AlwI, Nt. BbvCI, Nt. BstNBI, Nt. CviPII, Nb. Bpu10I, Nt. Bpu10I и N. BspD61.
13. Композиция по любому из пп. 1-12, где композиция является лиофилизированной.
14. Композиция по любому из пп. 4, 5, 7 и 9, где зонд конъюгирован с обнаружимой меткой.
15. Композиция по п. 14, где обнаружимая метка выбрана из группы, состоящей из флуорофора, фермента, гасителя, ингибитора фермента, радиоактивной метки, члена связывающейся пары и их комбинации.
16. Композиция по любому из пп. 1-15, где одна или более из первой прямой матрицы, первой обратной матрицы, второй прямой матрицы или второй обратной матрицы содержат один или более модифицированных нуклеотидов, спейсеров или блокирующих групп.
17. Композиция по п. 16, где по меньшей мере один модифицированный нуклеотид включает модификацию в 2'-положении.
18. Композиция по п. 17, где по меньшей мере один модифицированный нуклеотид включает 2'-O-метил.
19. Способ обнаружения наличия или отсутствия RSV в биологическом образце, включающий:
приведение указанного биологического образца в контакт с композицией, содержащей
i) первую прямую матрицу, содержащую нуклеотидную последовательность, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу антисмысловой цепи неструктурного гена NS2 RSV; сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва;
ii) первую обратную матрицу, содержащую нуклеотидную последовательность, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу смысловой цепи неструктурного гена NS2 RSV; сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва;
iii) по меньшей мере один никующий фермент; и
(iv) ДНК-полимеразу;
амплификацию нуклеотидной последовательности-мишени в реакции амплификации нуклеиновой кислоты с получением продукта амплификации; и
обнаружение наличия или отсутствия указанного продукта амплификации.
20. Способ по п. 19, где по меньшей мере один никующий фермент включает первый никующий фермент, способный вносить разрыв в сайт разрыва первой прямой матрицы и не вносящий разрыв в антисмысловую цепь неструктурного гена NS2 RSV, и/или второй никующий фермент, способный вносить разрыв в сайт разрыва первой обратной матрицы и не вносящий разрыв в смысловую цепь неструктурного гена NS2 RSV, где первый никующий фермент и второй никующий фермент могут быть одинаковыми или разными.
21. Способ по любому из пп. 19, 20, где композиция дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности неструктурного гена NS2 RSV.
22. Способ обнаружения наличия или отсутствия RSV в биологическом образце, включающий:
приведение указанного биологического образца в контакт с композицией, содержащей
i) вторую прямую матрицу, содержащую нуклеотидную последовательность, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу антисмысловой цепи гена N нуклеокапсида RSV; сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва,
ii) вторую обратную матрицу, содержащую нуклеотидную последовательность, содержащую область распознавания на 3'-конце, комплементарную 3'-концу смысловой цепи гена N нуклеокапсида RSV; сайт связывания никующего фермента и сайт разрыва против хода транскрипции от области распознавания; и область стабилизации против хода транскрипции от сайта разрыва,
iii) по меньшей мере один никующий фермент; и
(iv) ДНК-полимеразу;
амплификацию нуклеотидной последовательности-мишени в реакции амплификации нуклеиновой кислоты с получением продукта амплификации; и
обнаружение наличия или отсутствия указанного продукта амплификации.
23. Способ по п. 22, где по меньшей мере один никующий фермент включает первый никующий фермент, способный вносить разрыв в сайт разрыва второй прямой матрицы и не вносящий разрыв в антисмысловую цепь гена N нуклеокапсида RSV, и/или второй никующий фермент, способный вносить разрыв в сайт разрыва второй обратной матрицы и не вносящий разрыв в смысловую цепь гена N нуклеокапсида , где первый никующий фермент и второй никующий фермент могут быть одинаковыми или разными.
24. Способ по любому из пп. 22, 23, где композиция дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеотидной последовательности гена N нуклеокапсида RSV.
25. Способ по любому из пп. 19-24, где амплификацию проводят в по существу изотермических условиях.
26. Способ по любому из пп. 19-21 и 25, где последовательность нуклеиновой кислоты первой прямой матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 1; и последовательность нуклеиновой кислоты первой обратной матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 2.
27. Способ по любому из пп. 19-21 и 26, где олигонуклеотидный зонд содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 3.
28. Способ по любому из пп. 22-24, где последовательность нуклеиновой кислоты второй прямой матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 6; и последовательность нуклеиновой кислоты второй обратной матрицы содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 7.
29. Способ по любому из пп. 22-24 и 28, где олигонуклеотидный зонд содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 8.
30. Способ по любому из пп. 19-29, где композиция дополнительно содержит дНТФ или смесь дНТФ и ддНТФ.
31. Способ по любому из пп. 19-30, где ДНК-полимераза выбрана из группы, состоящей из ДНК-полимеразы Geobacillus bogazici, Bst (большой фрагмент), экзо-ДНК-полимеразы, ДНК-полимеразы Manta 1.0 (Enzymatics ®).
32. Способ по любому из пп. 19-31, где первая прямая и первая обратные матрицы, вторая прямая и вторая обратные матрицы содержат сайты связывания никующего фермента, распознаваемые одним и тем же по меньшей мере одним никующим ферментом.
33. Способ по любому из пп. 19-32, где по меньшей мере один никующий фермент выбран из группы, состоящей из Nt. BspQI, Nb. BbvCi, Nb. BsmI, Nb. BsrDI, Nb. BtsI, Nt. AlwI, Nt. BbvCI, Nt. BstNBI, Nt. CviPII, Nb. Bpu10I, Nt. Bpu10I и N. SBspD61.
34. Способ по любому из пп. 21, 24, 27 и 29, где зонд конъюгирован с обнаружимой меткой.
35. Способ по п. 34, где обнаружимая метка выбрана из группы, состоящей из флуорофора, фермента, гасителя, ингибитора фермента, радиоактивной метки, члена связывающейся пары и их комбинации.
36. Способ по любому из пп. 19-35, где по меньшей мере один никующий фермент вносит разрыв по ходу транскрипции от сайта связывания никующего фермента.
37. Способ по любому из пп. 19-36, необязательно включающий извлечение/выделение нуклеиновой кислоты из биологического образца перед амплификацией.
38. Способ по любому из пп. 19-37, где биологический образец выбран из фекалий, мазков из полости рта/зева, слюны, гноя, мокроты, крови и мочи, или где биологический образец взят из инфицированных или неинфицированных тканей.
39. Способ по любому из пп. 19-38, где одна или более из первой прямой матрицы, первой обратной матрицы, второй прямой матрицы или второй обратной матрицы содержат один или более модифицированных нуклеотидов, спейсеров или блокирующих групп.
40. Способ по п. 39, где по меньшей мере один модифицированный нуклеотид включает модификацию в 2'-положении.
41. Способ по п. 40, где по меньшей мере один модифицированный нуклеотид включает 2'-O-метил.
42. Набор, содержащий:
олигонуклеотидную матрицу, выбранную из группы, состоящей из:
(a) первой прямой матрицы, содержащей нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 1; и
первой обратной матрицы, содержащей нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 2; или
(b) второй прямой матрицы, содержащей нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 6; и
и второй обратной матрицы, содержащей нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 7.
43. Набор по п. 42, где (a) дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 3.
44. Набор по п. 42, где (b) дополнительно содержит олигонуклеотидный зонд, содержащий нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85% или по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 8.
45. Набор по п. 42, дополнительно содержащий тампон.
46. Набор по п. 42, дополнительно содержащий инструкции по применению набора.
47. Набор по п. 42, дополнительно содержащий один или более дНТФ или смесь дНТФ и ддНТФ.
48. Набор по п. 42, необязательно содержащий реагент для извлечения/выделения нуклеиновой кислоты из биологического образца.
49. Набор по любому из пп. 42-48, где олигонуклеотидная матрица содержит один или более модифицированных нуклеотидов, спейсеров или блокирующих групп.
50. Набор по п. 49, где по меньшей мере один модифицированный нуклеотид включает модификацию в 2'-положении.
51. Набор по п. 50, где по меньшей мере один модифицированный нуклеотид включает 2'-O-метил.
52. Набор по п. 42, дополнительно содержащий полимеразу.
RU2020100221A 2017-08-31 2018-08-30 Реакция амплификации с разрывом и удлинением (near) разновидностей респираторно-синцитиального вируса RU2020100221A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762552546P 2017-08-31 2017-08-31
US62/552,546 2017-08-31
PCT/US2018/048903 WO2019046610A1 (en) 2017-08-31 2018-08-30 REACTION OF SYNCHRONIZATION AMPLIFICATION AND (NEAR) EXTENSION OF SYNCYTIAL RESPIRATORY VIRUS SPECIES

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2020100221A true RU2020100221A (ru) 2021-09-30
RU2020100221A3 RU2020100221A3 (ru) 2022-03-11

Family

ID=65526105

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020100221A RU2020100221A (ru) 2017-08-31 2018-08-30 Реакция амплификации с разрывом и удлинением (near) разновидностей респираторно-синцитиального вируса

Country Status (10)

Country Link
US (1) US11634770B2 (ru)
EP (1) EP3676394A4 (ru)
JP (1) JP2020533974A (ru)
KR (1) KR20200083444A (ru)
CN (1) CN111406118A (ru)
AU (1) AU2018326627A1 (ru)
BR (1) BR112020004071A2 (ru)
CA (1) CA3073954A1 (ru)
RU (1) RU2020100221A (ru)
WO (1) WO2019046610A1 (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9689031B2 (en) * 2007-07-14 2017-06-27 Ionian Technologies, Inc. Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids
GB201611469D0 (en) 2016-06-30 2016-08-17 Lumiradx Tech Ltd Improvements in or relating to nucleic acid amplification processes
GB2569965A (en) 2018-01-04 2019-07-10 Lumiradx Uk Ltd Improvements in or relating to amplification of nucleic acids

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20060287267A1 (en) * 2001-05-18 2006-12-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of respiratory syncytial virus (RSV) expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US6881835B2 (en) * 2002-01-04 2005-04-19 Dr. Chip Biotechnology Inc. Detection of respiratory viruses
US7270981B2 (en) 2002-02-21 2007-09-18 Asm Scientific, Inc. Recombinase polymerase amplification
US7399590B2 (en) 2002-02-21 2008-07-15 Asm Scientific, Inc. Recombinase polymerase amplification
US7435561B2 (en) * 2005-07-25 2008-10-14 Asm Scientific, Inc. Methods for multiplexing recombinase polymerase amplification
AU2007298650B2 (en) 2006-05-04 2013-10-17 Abbott Diagnostics Scarborough, Inc. Recombinase polymerase amplification
US9689031B2 (en) * 2007-07-14 2017-06-27 Ionian Technologies, Inc. Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids
US9057097B2 (en) 2009-06-05 2015-06-16 Alere San Diego Inc. Recombinase polymerase amplification reagents and kits
UA125112C2 (uk) * 2012-04-09 2022-01-12 Енвіролоджикс Інк. Спосіб ампліфікації полінуклеотиду
US10329601B2 (en) * 2015-12-28 2019-06-25 Ionian Technologies, Inc. Nicking and extension amplification reaction (NEAR) of Streptococcus species

Also Published As

Publication number Publication date
EP3676394A1 (en) 2020-07-08
US11634770B2 (en) 2023-04-25
RU2020100221A3 (ru) 2022-03-11
AU2018326627A1 (en) 2020-01-30
EP3676394A4 (en) 2021-06-02
CA3073954A1 (en) 2019-03-07
CN111406118A (zh) 2020-07-10
JP2020533974A (ja) 2020-11-26
KR20200083444A (ko) 2020-07-08
BR112020004071A2 (pt) 2020-09-24
WO2019046610A1 (en) 2019-03-07
US20190194747A1 (en) 2019-06-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN111534576B (zh) 用于荧光定量pcr的方法、组合物、试剂盒及其用途
CN105154556B (zh) 实时荧光恒温指数扩增方法
KR102324117B1 (ko) 가닥 침입에 기초한 증폭에 의한 핵산 검출
RU2020100221A (ru) Реакция амплификации с разрывом и удлинением (near) разновидностей респираторно-синцитиального вируса
ES2776427T3 (es) Método de amplificación de ADN basado en invasión de cadena
US20140017692A1 (en) Method and kit for detecting target nucleic acid
WO2018089943A1 (en) Probe detection of loop-mediated amplification products
JP2024028922A (ja) クラミジア・トラコマチスの増幅及び検出のためのポリヌクレオチド
US8906622B2 (en) Method of amplification
JP2020533974A5 (ru)
BR122020012978B1 (pt) Método de quantificação de um produto específico em uma reação de amplificação por corte e extensão (near)
EP2837684A1 (en) Method for detecting target nucleic acid using molecular beacon-type probe
CN113667726A (zh) DNAzyme和三向结介导的等温扩增反应用于位点特异性m6A的检测
GB2596634A (en) A SARS-CoV-2 molecular diagnostic test
KR102297191B1 (ko) RdRp 유전자에 특이적으로 결합하는 SARS-CoV-2 검출용 프라이머 및 이를 포함하는 키트
JP2013523097A (ja) オリゴヌクレオチド機能性を制御する方法
KR102366553B1 (ko) CRISPR-Cas 시스템과 RT-LAMP용 프라이머 세트를 이용한 SARS-CoV-2의 검출 방법
CN101760562A (zh) 一种核酸等温扩增检测甲肝病毒的方法及试剂盒
EP3954783A1 (en) Polynucleotide detection by cas nucleases
CN116348614A (zh) 开关寡核苷酸
Callison et al. Rapid differentiation of avian infectious bronchitis virus isolates by sample to residual ratio quantitation using real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction
KR20220060668A (ko) CRISPR-Cas 시스템과 멀티플렉스 LAMP 프라이머 세트를 이용한 인플루엔자 바이러스의 검출 방법
KR102555480B1 (ko) 유전자가위 기반 인플루엔자 바이러스 타입의 신속 검출
KR102281380B1 (ko) S 유전자에 특이적으로 결합하는 SARS-CoV-2 검출용 프라이머 및 이를 포함하는 키트
WO2023282857A2 (en) A method for detection of target nucleic acid using isothermal amplification