JP2017018125A5

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Publication number: JP2017018125A5
Application number: JP2016163762A
Authority: JP
Filing date: 2016-08-24
Publication date: 2017-03-30
Anticipated expiration: 2032-04-05

Claims

(ａ)興味対象の１つのDNA標的配列を二本鎖DNAの一方の鎖上で選択し；
(ｂ)下記：
(i)前記興味対象のDNA標的配列に対するDNA結合特異性を有する反復可変ジペプチド領域(RVD)を含んでなる１つのコアTALE足場；
(ii)前記二本鎖DNAに対する切断活性を有し、(i)のコアTALE足場のＣ末端及び/又はＮ末端に融合されたとき前記興味対象のDNA標的配列から数塩基対離れたDNAをプロセシングし得る少なくとも１つの触媒ドメインであって、メガヌクレアーゼバリアントを含む触媒ドメイン；
(iii)任意に、必要な場合に(ii)の触媒ドメインを(i)のコアTALE足場に融合させるための１つのペプチドリンカー
を含んでなり、二量体化を要することなく、前記二本鎖DNAに結合してプロセシングするように組み立てられている独特なコンパクトTALENモノマーを準備し；
(ｃ)前記二本鎖DNAを前記独特なモノマーと、該二本鎖が前記一本鎖標的配列から3'及び/又は5'方向に数塩基対離れた場所でプロセシングされるようにインビトロで接触させる
ことを含んでなる、インビトロで二本鎖DNAを標的してプロセシングする方法。
前記触媒ドメインが単鎖メガヌクレアーゼであるメガヌクレアーゼバリアントを含む請求項１に記載の方法。
前記触媒ドメインが少なくとも２つのLAGLIDADGモチーフを含むメガヌクレアーゼバリアントを含む請求項１又は２に記載の方法。
前記LAGLIDADGモチーフの少なくとも１つがI-CreIに由来する請求項３に記載の方法。
前記触媒ドメインが前記コアTALE足場のＣ末端ドメインに融合されている請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
前記触媒ドメインが前記コアTALE足場のＮ末端ドメインに融合されている請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
前記触媒ドメインが配列番号１と少なくとも70％、好ましくは80％、より好ましくは90％、尚より好ましくは95％の配列同一性を有するポリペプチド配列を含んでなる請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
前記コアTALE足場が配列番号134及び配列番号135からなる群より選択されるタンパク質配列と、少なくとも80％、より好ましくは90％、またより好ましくは95％のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質配列を含んでなる請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
前記コアTALE足場が配列番号136〜配列番号139からなる群より選択されるタンパク質配列と、少なくとも80％、より好ましくは90％、またより好ましくは95％のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質配列を含んでなる請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
前記コンパクトTALENモノマーが細胞で安定に又は一過性に発現する請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
前記細胞が哺乳動物細胞である請求項１０に記載の方法。
前記細胞が初代細胞である請求項１１に記載の方法。
前記細胞が遺伝子操作Ｔ細胞を作製するためのＴ細胞である請求項１０又は１１に記載の方法。
前記コンパクトTALENモノマーがＴ細胞レセプター遺伝子中の配列を標的するように設計されている請求項１３に記載の方法。
前記遺伝子操作Ｔ細胞が悪性腫瘍又は感染性疾患の治療用である請求項１３又は１４に記載の方法。
前記触媒ドメインが配列番号439〜441及び配列番号444〜446の群より選択されるタンパク質配列と、少なくとも80％、好ましくは90％、より好ましくは95％のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質配列を含んでなる請求項１５に記載の方法。
下記：
(i)興味対象の特異的二本鎖DNA標的配列に対するDNA結合特異性を有する反復可変ジペプチド領域(RVD)を含んでなる１つのコアTALE足場；
(ii)前記二本鎖DNAに対する切断活性を有し、(i)のコアTALE足場のＣ末端又はＮ末端に融合されたとき前記興味対象の二本鎖DNA標的配列から数塩基対離れたDNAをプロセシングし得る、メガヌクレアーゼバリアントを含む少なくとも１つの触媒ドメイン；
(iii)任意に、必要な場合に(ii)の触媒ドメインを(i)の遺伝子操作コアTALE足場に融合させるための１つのペプチドリンカー
を含んでなり、二量体化を要することなく、前記標的DNA配列に結合して二本鎖DNAをプロセシングするように組み立てられているコンパクトTALENモノマー。
前記触媒ドメインが単鎖メガヌクレアーゼであるメガヌクレアーゼバリアントを含む請求項１７に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記触媒ドメインが少なくとも２つのLAGLIDADGモチーフを含むメガヌクレアーゼバリアントを含む請求項１７又は１８に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記LAGLIDADGモチーフの少なくとも１つがI-CreIに由来する請求項１９に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記触媒ドメインが前記コアTALE足場のＣ末端ドメインに融合されている請求項１７〜２０のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記触媒ドメインが前記コアTALE足場のＮ末端ドメインに融合されている請求項１７〜２０のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記触媒ドメインが配列番号１と少なくとも70％、好ましくは80％、より好ましくは90％、尚より好ましくは95％の配列同一性を有するポリペプチド配列を含んでなる請求項１７〜２２のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
Ｔ細胞レセプター遺伝子中の配列を標的するように設計されている請求項１７〜２３に記載のコンパクトTALENモノマー。
配列番号444〜446の群より選択されるタンパク質配列と、少なくとも80％、より好ましくは90％、またより好ましくは95％のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質配列を含んでなる請求項２４に記載のコンパクトTALENモノマー。
治療剤としての請求項１７〜２５のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
悪性腫瘍又は感染性疾患の治療用治療剤として用いるための請求項１７〜２６のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記コアTALE足場が配列番号134及び配列番号135からなる群より選択されるタンパク質配列と、少なくとも80％、より好ましくは90％、またより好ましくは95％のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質配列を含んでなる請求項１７〜２７のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記コアTALE足場が配列番号136〜配列番号139からなる群より選択されるタンパク質配列と、少なくとも80％、より好ましくは90％、またより好ましくは95％のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質配列を含んでなる請求項１７〜２８のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
前記ペプチドリンカー配列が配列番号67〜104及び配列番号372〜配列番号415からなる群より選択され得る請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー。
請求項１７〜３０のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマーをコードする組換えポリヌクレオチド。
請求項１７〜３０のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマー又は請求項３１に記載の組換えポリヌクレオチドを含んでなる医薬組成物。
請求項３１に記載の組換えポリヌクレオチドを含んでなる宿主細胞。
インビトロで、細胞、組織又は非ヒト動物の遺伝子座の特異的な単一の二本鎖DNA標的配列中に導入遺伝子を挿入する方法であって、少なくとも１つの請求項１７〜３０のいずれか１項に記載のコンパクトTALENモノマーが前記細胞、組織又は非ヒト動物に導入される方法。