JP2016523547A - 配列タグによる大規模生体分子解析 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2013年7月1日に出願された米国仮出願第61/841,878号、及び2014年5月21日に出願された同第62/001,580号、に対する優先権を主張するものであり、これらの仮出願は、参照によりその全体が本願に援用される。
本願はEFS−Webによって提出されたASCIIフォーマットの配列表を含み、配列表の全内容を参照により本願に援用する。かかるASCIIのコピーは、2014年6月27日に作成されたものであり、ファイル名は848US00−SL−ST25.txtであり、ファイルサイズは2キロバイトである。新規内容は追加されていない。
一態様では、本発明は、T細胞受容体(TCR)又はB細胞受容体(BCR)又はこれらの所定の断片などの免疫分子のレパトアから、配列データを取得及び解析して、迅速かつ効率的にクロノタイププロファイルを決定するための方法を目的とする。配列データは、典型的には、配列リードの大規模コレクションを含み、すなわち、DNAシーケンサ由来のベースコール配列及び関連するクオリティスコアを使用して、免疫分子を解析する。クロノタイププロファイルの構築に当たり、抽出工程、配列決定をするための化学的手法、又は増幅を行うための化学的手法などといった生体以外に由来するエラーを含有している配列リードから、本当に違いを含んでいる配列リードを迅速かつ正確に識別することが重要な課題である。本発明の態様は、複合体の配列リードが同じもとの標的ポリヌクレオチドに由来するものかどうかの判定を補助するため、それぞれの標的ポリヌクレオチド(例えば、サンプル中の再構成された核酸)に、固有の配列タグを付加することを包含する。本発明の一態様によると、タグ−分子複合体を生成するため、配列タグが体細胞性の再構成された核酸分子に付加され、このような複合体の再構成核酸はそれぞれ固有の配列タグを有する。通常、このような付加は、T細胞及び/又はB細胞及び/又は無細胞系DNAを含有しているサンプルから核酸分子を抽出した後になされる。好ましくは、このような固有の配列タグは、ハミング距離などの従来の配列の距離測定法により評価される通り、可能な限り互いに大きく異なるものである。タグ分子複合体中の配列タグ間の距離を最大化することで、配列決定エラー及び増幅エラーが高率の場合でさえ、複合体の配列タグが、異なる複合体の任意のその他のタグ配列よりも、もともとのタグ配列にはるかに近いまま保持される。例えば、16−mer配列タグを利用し、かつクロノタイプのセットのそれぞれのこのようなタグが、クロノタイプのすべてのその他の配列タグから少なくとも50%の距離又は8ヌクレオチドの距離でハミング距離を有する場合、タグを別のものに変換して配列タグのミスリードを生じさせるには少なくとも8つの配列決定エラー若しくは増幅エラーが必要になる(及び誤った配列タグを備えたクロノタイプの配列リードが不適切にグループ分けされる必要がある)。一実施形態では、配列タグは、再構成された核酸分子に付加してタグ−分子複合体を生成した後に選別され、タグ−分子複合体のタグ間のハミング距離は、配列タグの全長の少なくとも25%の数値であり(すなわち、それぞれの配列タグは、少なくとも25%のヌクレオチドが、その他のすべてのタグの配列とは異なっている);別の実施形態では、このような配列タグ間のハミング距離は、配列タグの全長の少なくとも50%の数値である。
[(z)1(z)2...(z)i][(x)1(x)2...(x)j]...が得られ、
ここで、i及びjは同じであっても異なっていてもよく、任意のホモポリマー断片の大きさを制限するよう選択される。一実施形態では、i及びjは1〜6の範囲である。このような実施形態では、配列タグは、12〜36ヌクレオチドの範囲の長さを有してよく;並びに、その他の実施形態では、このような配列タグは、12〜24ヌクレオチドの範囲の長さを有してよい。他の実施形態では、その他のヌクレオチドをペアとして使用することもでき、例えば、zをA又はTとし、かつxをG又はCとすることができ;あるいはzをA又はGとし、かつxをT又はCとすることができる。あるいは、z’を4つの天然のヌクレオチドのうち3つの組み合わせとし、x’をz’以外のいずれかのヌクレオチドにする(例えば、z’をA、C又はGとすると、x’はTになる)。これにより、次の通りの配列タグ構造が与えられる:
[(z’)1(z’)2...(z’)i]x’[(z’)1(z’)2...(z’)i]x’...
ここで、iは上記の通り選択され、かつx’の出現は、中断部分として提供され、任意の望ましくないホモポリマーが終結させられる。
本発明は、ゲノムDNA断片などの核酸を、増幅及び配列決定より前に、「モザイクタグ」を含み得る固有の配列タグにより標識する方法を用いるものである。このような配列タグは、増幅エラー及び配列決定エラーを識別するのに有用である。モザイクタグは、従来の完全にランダムな配列タグにより生じ得る不適切なアニーリング、プライミング、又はヘアピン形成などに起因するアーティファクトの配列決定及び増幅を最小限に抑える。一態様では、モザイクタグは、交互する定常領域及び可変領域を含む配列タグであり、それぞれの定常領域は、モザイクタグにおいて位置を有し、ヌクレオチドの所定の配列を含み、それぞれの可変領域は、モザイクタグにおいて位置を有し、ランダムに選択されたヌクレオチドを所定の数含む。例示目的で、22−merモザイクタグ(配列番号:1)は、以下の形態を有し得る:
この場合、定常領域及び可変領域が合わせて9つあり、可変領域(二重下線を付しているヌクレオチド)としては領域1(ヌクレオチド1〜3)、3(ヌクレオチド9)、5(ヌクレオチド12〜14)、7(ヌクレオチド18〜19)及び9(ヌクレオチド21〜22)を備え、定常領域としては領域2(ヌクレオチド4〜8)、4(ヌクレオチド10〜11)、6(ヌクレオチド15〜17)、及び8(ヌクレオチド20)を備えている。Nは、A、C、G又はTのセットからランダムに選択されたヌクレオチドを表し、したがって、本例のモザイクタグの数は、411=4,194,304タグとなる。bは、記載の位置に所定のヌクレオチドを表す。いくつかの実施形態では、bの配列、「***bbbb*bb***bbb**b**」は、サンプルを構成する生命体のゲノムに対し完全一致を有する尤度を最小限に抑えるよう選択される。
[(N1N2...NKj)(b1b2...bLj)]M
を有する固有の配列タグ(すなわち、モザイクタグ)を有し、ここで、i=1、2、...KjであるそれぞれのNiは、A、C、G及びTからなる群からランダムに選択されたヌクレオチドであり;Kjは1〜10の範囲の整数であり、それぞれのjはM以下であり(すなわち、領域N1N2...NKjは可変領域である);i=1、2、...Ljであるそれぞれのb1はヌクレオチドであり;Ljは1〜10の範囲の整数であり、それぞれのjはM以下であり、すべての配列タグ(i)はすべてのjについて同じKjを有し、かつ(ii)すべてのjについて同じ配列b1b2...bLjを有し(すなわち、領域b1b2...bLjは定常領域である);かつMは2以上の整数である;(c)タグ−テンプレート複合体を増幅させる工程;(d)増幅させたそれぞれのタグ−テンプレート複合体の配列リードを複数生成する工程;(e)同一の配列タグを有する複数の配列リードのそれぞれの核酸位置において一致するヌクレオチドを決定することによりそれぞれの核酸のヌクレオチド配列を決定する工程、で使用することもできる。いくつかの実施形態では複数の配列リードは少なくとも104個あり;他の実施形態では、複数の配列リードは少なくとも105個あり;更に他の実施形態では、複数の配列リードは少なくとも106個ある。いくつかの実施形態では、上記の配列タグの全長は、ヌクレオチド15塩基〜80塩基の範囲である。
様々な異なる付加反応を利用して、上記のものに加え、サンプル中の実質的にすべてのクロノタイプに対し、固有のタグを付加することができる。配列タグを再構成核酸に付加するため、本発明の常軌(routine)改変には、例えば、マイクロアレイ法又はゲノム配列決定法においてサンプルの複雑さを低減するためのものなどの、サンプル核酸のサブセットを捕捉する多くの手法を使用することができる。以降の操作のため、配列タグの付加、配列決定、及び同様の方法など、標的とする核酸の様々なセットを捕捉させる手法の例としては、Willisら、米国特許第7,700,323号;Jonesら、米国特許出願公開第2005/0142577号;Gullbergら、米国特許出願公開第2005/0037356号;Porrecaら、Nature Methods,4(11):931〜936(2007);Turner et al,Nature Methods,6(5):315〜316(2009);Church,米国特許第5,149,625号;及びMacevicz,米国特許第8,137,936号が挙げられる。
用語「サンプル(sample)」は、ある程度の量の生体材料を指し、いくつかの実施形態では、この生体材料は患者から得られ、細胞及び/又は無細胞系DNAを含有する;すなわち、本用語は「検体」又は「組織サンプル」とも言い換えられる。用語「標本(sample)」は、例えば、再構成された核酸の大規模セット又は多量のサブセット又は部分を得るに当たって統計的な観点から使用される場合もある;特に、用語「標本」の統計上の利用は、「代表標本」を意味するものと理解することもでき、このような標本は、(例えば)組織中の異なる核酸の相対頻度を反映する又は概算するものと理解される。当業者であれば、文脈からこの用語の適切な用法を認識することができるであろう。
いくつかの実施形態では、第1及び第2のプライマーセットのプライマー配列は、従来の多重ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)にしたがって選択することもできる。例えば、プライマーの選択、及び様々な免疫受容体鎖をコードしている核酸の多重PCRの実施についての指針は、以下の参照文献に見ることができ、これらの文献は参照により援用される:Faham及びWillis、米国特許第8,236,503号及び同第8,628,927号;Morley、米国特許第5,296,351号;Gorski、米国特許第5,837,447号;Dau、米国特許第6,087,096号;Van Dongen et al、米国特許広報第2006/0234234号;欧州特許公報第1544308B1号;並びにVan Dongen et al,Leukemia,17:2257〜2317(2003)など。多重PCRについての指針は、Henegariu et al,BioTechniques,23:504〜511(1997)などの参照文献に見ることもできる。いくつかの実施形態では、最終産物において増幅されている配列頻度が、出発反応混合物中の配列頻度と実質的に同じになるよう、プライマーが選択される。このようなプライマーの選択には、プライマー長、プライマー結合部位、及びプライマー濃度の選択も包含され得る。上記の通り、配列リードの作成に選択される方法及び付加される配列タグに応じ、多重レベルは多様に変化し得る。
本発明の方法には、任意のハイスループットな核酸配列決定法を使用することができる。好ましくは、このような方法には、費用効率が高い方法で大量の配列データを生成する能力があり、これにより、少なくとも1000種のクロノタイプを決定することができ、好ましくは、少なくとも10,000〜1,000,000種のクロノタイプを生成することができる。DNA配列決定法としては、標識した末端又はプライマーと、スラブゲル及びキャピラリーゲル分離を用いる古典的なジデオキシ法(サンガー法)、可逆的に末端標識したヌクレオチドを用いる合成による配列決定法、ピロシーケンス、454シーケンス、標識したオリゴヌクレオチドプローブのライブラリに対する対立遺伝子特異的なハイブリダイゼーション、標識したクローンライブラリに対する対立遺伝子特異的なハイブリダイゼーション及びそれに続くライゲーションを用いる合成による配列決定、重合工程中に組み込まれる標識ヌクレオチドのリアルタイムモニタリング、ポロニー(polony)配列決定法、及びSOLiD配列決定法が挙げられる。近年では、ポリメラーゼ又はリガーゼを用いる連続的又は単回の伸長反応、並びにプローブライブラリを用いる単回又は連続的な差次的ハイブリダイゼーションにより、分離した分子を配列決定することが実証されている。これらの反応は、これまでにも数多くのクローン配列に対して同時に実施されており、現行の商業用途では、平行して100×106の配列で実証されているものなどが挙げられる。したがって、T細胞受容体(TCR)及び/又はB細胞受容体(BCR)のレパトアを研究するに当たって、これらの配列決定アプローチを使用することができる。本発明の一態様では、同時に配列決定される固相表面上で個々の分子を空間的に分離する工程を含む、ハイスループットな配列決定法を利用する。このような固相表面は、非多孔性表面[Solexaシーケンシング、例えば、Bentley et al,Nature,456:53〜59(2008)又はComplete Genomicsシーケンシング、例えば、Drmanac et al,Science,327:78〜81(2010)]、ビーズ又は粒子を結合させたテンプレートを含み得る、ウェルのアレイ[454社によるものなど、例えば、Margulies et al,Nature,437:376〜380(2005)又はIon Torrentシーケンシング、米国特許公報第2010/0137143号又は同第2010/0304982号]、微細加工膜[SMRTシーケンシング、例えば、Eid et al,Science,323:133〜138(2009)]、又はビーズアレイ(SOLiDシーケンシング又はポロニーシーケンシング、例えば、Kim et al,Science,316:1481〜1414(2007)]を含み得る。別の態様では、このような方法は、固相表面でそれぞれを空間的に分離する前又はその後に単離分子を増幅させることを含む。増幅の前には、エマルジョンPCRなどのエマルジョン系増幅、又はローリングサークル型の増幅を含ませることもできる。
本発明のいくつかの実施形態では、配列タグを使用してクロノタイプを決定し、その他の実施形態では、配列タグを配列リードと組み合わせて結合させる工程を用い、クロノタイプを決定する。単一の固有の配列タグが実質的にすべての異なる標的ポリヌクレオチドに付加される実施形態では、配列タグによるクロノタイプの決定は直接的(straightforward)なものである。このような実施形態では、最初に配列タグに基づき配列リードをグループ化して、サンプルのクロノタイプを決定する。このようなグループ化は、従来の配列アライメント法により実施することもできる。アライメント法を選択するための指針として、参照により本願に援用されるBatzoglou Briefings in Bioinformatics 6:6〜22(2005)に記載のものを使用可能である。配列リードを固有の配列タグに応じたグループに構築した後、関連するクロノタイプの配列を解析して、サンプル由来のクロノタイプの配列を決定することができる。図4Aには、固有の配列タグに関連するクロノタイプの配列(配列番号:2)を決定することによるアライメント及び方法の例を例示する。本例では、それぞれの配列タグ(4302)をもとに11の配列リードをアライメントさせた後、それぞれの配列リードのクロノタイプ部分(4304)のそれぞれの部分のヌクレオチドを1、2、3、4、...nとして示し、比較する。例えば、部分6(4306)のヌクレオチドはt、t、g、t、t、t、t、t、t、c、tである;すなわち、9つのベースコールがtであり、1つは「g」(4308)であり、1つは「c」(4310)である(配列番号:3及び配列番号:4)。一実施形態では、クロノタイプ配列の各位置の正しい塩基の呼称は、主要な塩基がどう同定されるかによる。部分6(4306)の例では、配列リードのほとんどでこの部分のヌクレオチドがtであることから、この塩基の呼称は「t」である。他の実施形態では、配列リードのベースコールのクオリティスコア又は隣接する塩基の同定などの他の因子を考慮に入れて、クロノタイプ配列について正確なベースコールを決定することもできる。クロノタイプを上記の通り決定したならば、サンプルのそれぞれの異なるクロノタイプの豊富さ又は頻度を含むクロノタイププロファイルを構築することもできる。
複数の配列タグがもとの再構成された核酸又はそれらのコピーに付加される実施形態では、クロノタイプを決定するために配列リード(又はグループのコンセンサス配列リード)を結合させる工程を実施してもよい。配列決定法にエラーが含まれない場合、所定のサンプルの配列リードのセットを減少させて、異なるクロノタイプのセットにすること、及びそれぞれのクロノタイプのリード数を記録することは自明である。しかしながら、配列決定エラーが存在する場合には、それぞれの本当のクロノタイプは、その配列に様々な数のエラーを含む配列リードの「集団」に埋没されることになる。配列決定エラーの「集団」は、配列空間のクロノタイプからの距離を延長させて、密度を低下させる。配列リードをクロノタイプに変換するに当たって、様々なアルゴリズムを利用可能である。一態様では、配列リードの結合(すなわち、1つ以上の配列エラーを有することが確認されているクロノタイプ候補を組み合わせること)は、少なくとも3つの因子:比較するそれぞれのクロノタイプについて得られる配列数;異なる塩基の数;及び不一致の部分の配列決定クオリティスコアに依存する。いくつかの実施形態では、予想されるエラー率及びエラーの二項分布をもとに尤度の比を構築し、評価してもよい。例えば、配列決定クオリティの低い領域に違いが1つ含まれる、150リードを有するクロノタイプ及び2リードを有するクロノタイプの2つのクロノタイプは、これらのクロノタイプが配列決定エラーにより生成されている可能性があるものとして、結合される傾向がある。一方で、違いが2つ含まれる、100リードを有するクロノタイプ及び50リードを有するクロノタイプの2つのクロノタイプは、これらのクロノタイプが配列決定エラーにより生成されている可能性は低いものとみなされ結合されない。いくつかの実施形態では、配列リードに由来するクロノタイプを決定するに当たり下記のアルゴリズムを使用することもできる。これらの概念のうちいくつかを図5Aに例示する。結合工程のいくつかの実施形態では、配列リードは、最初に候補のクロノタイプに変換される。このような変換は、利用する配列決定プラットフォームに依存する。Qスコアが高く長い配列リードを生成するプラットフォームに関しては、クロノタイプ候補として配列リード又はそれらの部分を直接採用することもできる。Qスコアが低く短い配列リードを生成するプラットフォームに関しては、関連する配列リードのセットをクロノタイプ候補に変換するにはいくつかのアラインメント及び構築工程が必要とされ得る。例えば、いくつかの実施形態では、Solexa系のプラットフォームに関しては、前述の通り、例えば、10以上の複数のクラスターから対としたリードのコレクションをもとにクロノタイプ候補が生成される。
一態様では、本発明は、サンプル中の、疾患に特徴的な又は疾患に関連する核酸の存在、非存在、及び/又はレベルを評価することにより微小残存病変をモニタリングする方法を目的とする。いくつかの実施形態では、このような核酸は体細胞的に再構成された核酸、あるいは前癌性の状態又はリンパ増殖性疾患若しくは骨髄増殖性疾患などの癌の状態と相関するクロノタイプであり、これを利用して、疾患の状態又は病態をモニターすることができる。このような核酸、及び特にクロノタイプは、処置後に癌の微小残存病変をモニタリングするのに有用であり、このようなモニタリングの結果は、処置の継続、中断、又は変更を決定するに当たって重要な因子である。多くの悪性リンパ腫瘍及び骨髄腫瘍では、クロノタイププロファイルを生成する(「診断的クロノタイププロファイル」)処理より前に、末梢血サンプル又は骨髄サンプルなどの診断用組織サンプルを得る。リンパ増殖性疾患又は骨髄増殖性疾患に関し、通常、診断試料を採取する前には免疫受容体鎖(複数可)が疾患又は状態に関係するリンパ球又は骨髄のクローンに関連するかは分からない。結果として、現在の慣例では、患者の疾患又は状態に関係するクロノタイプを特定する目的で、異なる候補となる免疫受容体鎖をコードしている異なる再構成核酸に対し、増幅及び配列決定を別々に複数回実施する必要がある。このように手間を掛けた増幅及び配列決定により生成されるクロノタイププロファイルにおいて、疾患に関係する1つ以上のクロノタイプ(すなわち、「関係するクロノタイプ」)が特定される。典型的には、クロノタイププロファイルにおいて頻度が最も高いクロノタイプが、対応するクロノタイプとして扱われる。本発明の一態様では、複数の異なる免疫受容体鎖をコードしている再構成された核酸部分の単回反応での大規模多重増幅を提供することにより、関連するクロノタイプを特定するのに必要とされていた増幅及び配列決定の実施回数を大幅に低減させる。いくつかの実施形態では、「複数」とは、異なる免疫受容体鎖が2〜4種の範囲内のものであることを意味し;並びに、その他の実施形態では、「複数」とは、異なる免疫受容体鎖が2〜3種の範囲内のものであることを意味する。より具体的には、いくつかの実施形態では、BCR鎖のなかでも、次のもの:VDJ領域の少なくとも部分を含むIgH、DJ領域の少なくとも部分を含むIgH、及びIgK、をコードしている再構成された核酸を、単回多重反応において増幅させる;並びに、その他の実施形態では、TCR鎖のなかでも、次のもの:TCRβ、TCRδ及びTCRγをコードしている再構成された核酸を、単回多重反応において増幅させる。
キャリーオーバー汚染は、核酸増幅を含む手法に関し重大な問題である[例えば、Borst et al,Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.,23(4):289〜299(2004);Aslanzadeh,Ann.Clin.Lab.Sci.,34(4):389〜396(2004)など]。このような汚染は、サンプルのアッセイにおいて、サンプルのものではない微量の核酸が非意図的に増幅されたときに生じ、測定結果に影響を及ぼす。最悪の場合、患者由来の医学的サンプルにおけるキャリーオーバー汚染では、アッセイ結果において疑陽性の解釈がもたらされる場合もある。サンプルのものではない核酸は、特定の患者とは関係のない供給源に由来する場合もあり;例えば、別の患者のサンプルに由来する場合もある。あるいは、サンプルのものではない核酸は、患者に関係する供給源に由来する場合があり;例えば、過去に同じ検査室で扱われていた、同じ患者に由来する別のサンプルに由来する場合があり、あるいは過去に同じ検査室で処理していた、同じ患者の別のサンプルに対するアッセイ反応物に由来する場合がある。
本発明は、本発明の方法を実施するための様々なキットを含む。いくつかの実施形態では、キットは、(a)多重PCRにおいて、複数の免疫受容体鎖をコードしている再構成された核酸を増幅させるための順方向プライマーのセット及び逆方向プライマーのセットと[ここで、それぞれの順方向プライマー及び/又は逆方向プライマーは標的特異的な部分、配列タグ、及び共通のプライマー結合部位を有する]、(b)セットのプライマーのうち、少なくとも最初の伸長後に組み込まれていないプライマー(すなわち、伸長していないプライマー)を除去するためのプライマー除去成分と、を含む。いくつかの実施形態では、キットは、共通のプライマー結合部位に特異的な共通のプライマーを更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、本発明の方法でキット構成要素を使用するための使用説明書を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、IgH(VDJ)、IgH(DJ)、及びIgKをコードしている再構成された核酸を増幅させるため、順方向及び逆方向に特異的なプライマーを更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、TCRβ、TCRδ及びTCRγをコードしている再構成された核酸を増幅させるため、順方向及び逆方向に特異的なプライマーを更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、標的再構成された核酸を再現する長さ及び組成を有する複数の核酸を含む内部標準を更に含み、内部標準は予め判明している濃度で提供される。いくつかの実施形態では、キットは、プライマー除去成分として、大腸菌(E. coli)エキソヌクレアーゼIなどの一本鎖エキソヌクレアーゼを含む。いくつかの実施形態では、キットは、サイズをもとに二本鎖DNAを選別することのできるスピンカラムをプライマー除去成分として含む。
別途記載のない限り、本明細書で使用する核酸化学、生化学、遺伝学、及び分子生物学に関係する用語及び記号は、当該技術分野の標準的な論文及び文書、例えば、Kornberg and Baker,DNA Replication,Second Edition(W.H.Freeman,New York,1992);Lehninger,Biochemistry,Second Edition(Worth Publishers,New York,1975);Strachan and Read,Human Molecular Genetics,Second Edition(Wiley−Liss,New York,1999);Abbas et al,Cellular and Molecular Immunology,6th edition(Saunders,2007)に従うものである。
Claims (33)
- 複数の免疫細胞受容体鎖からクロノタイププロファイルを生成する方法であって、
(a)反応混合物中、プライマー伸長条件下で、第1セットのプライマーとB細胞及び/又はT細胞由来の再構成された核酸サンプル及び/又は無細胞系DNAサンプルとを組み合わせる工程であって、前記第1セットのそれぞれのプライマーは受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて異なる再構成された核酸にアニーリングし、伸長して第1伸長産物を生成し、前記第1セットのそれぞれのプライマーは、第1のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有する、工程と;
(b)前記反応混合物から、伸長していない前記第1セットのプライマーを除去する工程と;
(c)プライマー伸長条件下で、前記反応混合物に第2セットのプライマーを添加する工程であって、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて前記第1の伸長産物にアニーリングし、第2のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有し、前記第1セットのプライマー及び/又は前記第2セットのプライマーは、それぞれ、前記受容体特異的な部分と前記第1のプライマー結合部位又は前記第2のプライマー結合部位との間に配置された配列タグを含み、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、伸長して第2の伸長産物を生成し、このとき、それぞれの第2の伸長産物は、第1のプライマー結合部位、第2のプライマー結合部位、少なくとも1つの配列タグ、及びT細胞受容体鎖又はB細胞受容体鎖の部分をコードしている再構成された核酸を含む、工程と;
(d)前記反応混合物においてポリメラーゼ連鎖反応を実施して、アンプリコンを生成する工程であって、前記ポリメラーゼ連鎖反応は、前記第1のプライマー結合部位に特異的な順方向プライマーと、前記第2のプライマー結合部位に特異的な逆方向プライマーとを使用する、工程と;
(e)前記アンプリコンの前記核酸を配列決定して、複数のT細胞受容体鎖及び/又はB細胞受容体鎖のクロノタイププロファイルを生成する工程と、を含む、複数の免疫細胞受容体鎖からクロノタイププロファイルを生成する方法。 - 前記複数のT細胞受容体鎖及び/又はB細胞受容体鎖がTCRβ、TCRδ及びTCRγを含み、前記第1セットの前記プライマー及び前記第2セットの前記プライマーが、TCR及びTCRδのVDJ領域をコードしている前記再構成された核酸領域に隣接するプライマー及びTCRγのVJ領域に隣接するプライマーを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記配列決定する工程が:
それぞれのエラー率を有し、それぞれのタグ配列と、再構成された核酸配列とを含む配列リードを生成することと;
同様のタグ配列を有する配列リードをアライメントして、同じ配列タグを有する配列リードのグループを形成することと;
グループの配列リードを結合させてクロノタイプを決定することであって、配列リードの前記グループの尤度が明らかに少なくとも95%であるときは常に、配列リードのグループを、異なる再構成された核酸配列に結合させる、決定することと;
前記クロノタイプから前記クロノタイププロファイルを生成することと、を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記第2の伸長産物の生成後に、除去する第2の工程を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第1の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項1に記載の方法。
- 前記第2セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第2の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項1に記載の方法。
- 前記除去する第2の工程が、前記反応混合物にエキソヌクレアーゼI活性を添加することを含む、請求項1に記載の方法。
- 複数のB細胞受容体鎖からクロノタイププロファイルを生成する方法であって、
(a)反応混合物中、プライマー伸長条件下で、第1セットのプライマーとB細胞由来の再構成された核酸サンプル及び/又は無細胞系DNAサンプルとを組み合わせる工程であって、前記第1セットのそれぞれのプライマーは受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて異なる再構成された核酸にアニーリングし、伸長して第1伸長産物を生成し、前記第1セットのそれぞれのプライマーは、第1のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有する、工程と;
(b)前記反応混合物から、伸長していない前記第1セットのプライマーを除去する工程と、
(c)プライマー伸長条件下で、前記反応混合物に第2のプライマーセットを添加する工程であって、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて前記第1の伸長産物にアニーリングし、第2のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有し、前記第1セットのプライマー及び/又は前記第2セットのプライマーは、それぞれ、前記受容体特異的な部分と前記第1のプライマー結合部位又は前記第2のプライマー結合部位との間に配置された配列タグを含み、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、伸長して第2の伸長産物を生成し、このとき、それぞれの第2の伸長産物は、第1のプライマー結合部位、第2のプライマー結合部位、少なくとも1つの配列タグ、及びB細胞受容体鎖の部分をコードしている再構成された核酸を含む、工程と;
(d)前記反応混合物においてポリメラーゼ連鎖反応を実施して、アンプリコンを生成する工程であって、前記ポリメラーゼ連鎖反応は、前記第1のプライマー結合部位に特異的な順方向プライマーと、前記第2のプライマー結合部位に特異的な逆方向プライマーとを使用する、工程と;
(e)前記アンプリコンの前記核酸を配列決定して、複数のB細胞受容体鎖のクロノタイププロファイルを生成する工程と、を含む、複数のB細胞受容体鎖からクロノタイププロファイルを生成する方法。 - 前記複数のB細胞受容体鎖がIgH及びIgKを含み、前記第1セットの前記プライマー及び前記第2セットの前記プライマーが、IgHのVDJ領域、IgHのDJ領域、及びIgKのVJ領域をコードしている前記再構成された核酸領域に隣接するプライマーを含む、請求項8に記載の方法。
- 前記第1セット又は前記第2セットの前記プライマーが、前記IgH鎖のV領域における複数の異なるプライマー結合部位に特異的なプライマーの少なくとも1つのネステッドセットを含む、請求項9に記載の方法。
- 前記配列決定する工程が:
それぞれのエラー率を有し、それぞれのタグ配列と、再構成された核酸配列とを含む配列リードを生成することと;
同様のタグ配列を有する配列リードをアライメントして、同じ配列タグを有する配列リードのグループを形成することと;
グループの配列リードを結合させてクロノタイプを決定することとであって、配列リードの前記グループの尤度が明らかに少なくとも95%であるときは常に、配列リードのグループを、異なる再構成された核酸配列に結合させる、決定することと;
前記クロノタイプから前記クロノタイププロファイルを生成することと、を含む、請求項8に記載の方法。 - 前記第2の伸長産物の生成後に、除去する第2の工程を更に含む、請求項8に記載の方法。
- 前記第1セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第1の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項8に記載の方法。
- 前記第2セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第2の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項8に記載の方法。
- 前記除去する第2の工程が、前記反応混合物にエキソヌクレアーゼI活性を添加することを含む、請求項8に記載の方法。
- サンプル中の、複数の免疫受容体鎖をコードしている再構成された核酸のクロノタイププロファイルを決定する方法であって、
(a)個人から、T細胞及び/又はB細胞及び/又は無細胞系DNAを含むサンプルを得る工程と;
(b)前記サンプルのT細胞受容体遺伝子又はイムノグロブリン遺伝子の再構成された核酸分子に配列タグを付加させてタグ−核酸複合体を生成する工程であって、少なくとも1つの再構成された核酸又はそれらのコピーには異なる配列タグが付加されている、工程と;
(c)前記タグ−核酸複合体を増幅させる工程と;
(d)前記タグ−核酸複合体のサンプルを配列決定して、それぞれのエラー率を有し、それぞれのタグ配列と、再構成された核酸配列とを含む配列リードを提供する工程と;
(e)同様のタグ配列を有する配列リードをアライメントして、同じ配列タグを有する配列リードのグループを形成する工程と;
(f)グループの配列リードを結合させてクロノタイプを決定する工程であって、配列リードの前記グループの尤度が明らかに少なくとも95%であるときは常に、配列リードのグループを、異なる再構成された核酸配列に結合させる、工程と;
(g)クロノタイプレベルを決定することにより前記サンプルのクロノタイププロファイルを決定する工程と、を含む、サンプル中の、複数の免疫受容体鎖をコードしている再構成された核酸のクロノタイププロファイルを決定する方法。 - 前記付加させる工程及び前記増幅させる工程が、
反応混合物中、プライマー伸長条件下で、第1セットのプライマーとサンプルとを組み合わせることとであって、前記第1セットのそれぞれのプライマーは受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて異なる再構成された核酸にアニーリングし、伸長して第1伸長産物を生成し、前記第1セットのそれぞれのプライマーは、第1のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有する、組み合せることと;
前記反応混合物から、伸長していない前記第1セットのプライマーを除去することと;
プライマー伸長条件下で、前記反応混合物に第2のプライマーセットを添加することとであって、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて前記第1の伸長産物にアニーリングし、第2のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有し、前記第1セットのプライマー及び/又は前記第2セットのプライマーは、それぞれ、前記受容体特異的な部分と前記第1のプライマー結合部位又は前記第2のプライマー結合部位との間に配置された配列タグを含み、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、伸長して第2の伸長産物を生成し、このとき、それぞれの第2の伸長産物は、第1のプライマー結合部位、第2のプライマー結合部位、少なくとも1つの配列タグ、及びT細胞受容体鎖又はB細胞受容体鎖の部分をコードしている再構成された核酸を含む、添加することと;
前記反応混合物においてポリメラーゼ連鎖反応を実施して、アンプリコンを生成することとであって、前記ポリメラーゼ連鎖反応は、前記第1のプライマー結合部位に特異的な順方向プライマーと、前記第2のプライマー結合部位に特異的な逆方向プライマーとを使用する、生成することとを含む、請求項16に記載の方法。 - 前記第2の伸長産物の生成後に、除去する第2の工程を更に含む、請求項17に記載の方法。
- 前記第1セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第1の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項17に記載の方法。
- 前記第2セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第2の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項17に記載の方法。
- 前記除去する第2の工程が、前記反応混合物にエキソヌクレアーゼI活性を添加することを含む、請求項17に記載の方法。
- 前記付加する工程及び前記増幅させる工程がタグ−核酸複合体を生成し、少なくとも1つの前記再構成された核酸及びそのそれぞれのコピーには複数の異なる配列タグが付加されている、請求項17に記載の方法。
- 前記再構成された核酸が、TCRβ、TCRδ及びTCRγ鎖をコードしている再構成された核酸を含み、前記第1セットの前記プライマー及び前記第2セットの前記プライマーが、TCRβ及びTCRδのVDJ領域をコードしている前記再構成された核酸領域に隣接するプライマー及びTCRγのVJ領域に隣接するプライマーを含む、請求項22に記載の方法。
- 前記再構成された核酸が、IgH及びIgKをコードしている再構成された核酸を含み、前記第1セットの前記プライマー及び前記第2セットの前記プライマーが、IgHのVDJ領域、IgHのDJ領域、及びIgKのVJ領域をコードしている前記再構成された核酸領域に隣接するプライマーを含む、請求項22に記載の方法。
- 前記配列リードのグループの尤度が明らかに少なくとも99.9%であるときは常に、前記結合させる工程が、前記配列リードのグループを、異なる再構成された核酸配列に結合させることを含む、請求項16に記載の方法。
- リンパ増殖性疾患の微小残存病変をモニタリングする方法であって、
(a)個人から、T細胞及び/又はB細胞及び/又は無細胞系DNAを含むサンプルを得る工程と;
(b)前記サンプル中の複数の再構成された核酸のそれぞれに配列タグを付加して、タグ−核酸複合体を生成する工程であって、少なくとも1つの再構成された核酸又はそれらのコピーには異なる配列タグが付加されており、個人のリンパ増殖性疾患に特徴的なものである、生成する工程と;
(c)前記タグ−核酸複合体を増幅させる工程と;
(d)前記タグ−核酸複合体のサンプルを配列決定して、それぞれのタグ配列と、再構成された核酸配列とを含む配列リードを提供する工程と;
(e)同様のタグ配列を有する配列リードをアライメントして、同じ配列タグを有する配列リードのグループを形成する工程と;
(f)グループの再構成された核酸配列を結合させてクロノタイプを決定する工程であって、前記再構成された核酸配列のグループの尤度が明らかに少なくとも99.9%であるときは常に、配列リードのグループを異なるクロノタイプに結合させる、決定する工程と;
(g)クロノタイププロファイルにおいて、個人のリンパ増殖性疾患に関連するクロノタイプの存在、非存在、及び/又はレベルを検出する工程と、を含む、リンパ増殖性疾患の微小残存病変をモニタリングする方法。 - 前記付加する工程及び前記増幅させる工程が:
反応混合物中、プライマー伸長条件下で、第1セットのプライマーとB細胞及び/又はT細胞由来の再構成された核酸サンプル及び/又は無細胞系DNAサンプルとを組み合わせることであって、前記第1セットのそれぞれのプライマーは受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて異なる再構成された核酸にアニーリングし、伸長して第1伸長産物を生成し、前記第1セットのそれぞれのプライマーは、第1のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有する、組み合わせることと;
前記反応混合物から、伸長していない前記第1セットのプライマーを除去することと;
プライマー伸長条件下で、前記反応混合物に第2セットのプライマーを添加することとであって、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、受容体特異的な部分を有し、このとき前記受容体特異的な部分は、所定の位置にて前記第1の伸長産物にアニーリングし、第2のプライマー結合部位を含有する5’−非相補的末端を有し、前記第1セットのプライマー及び/又は前記第2セットのプライマーは、それぞれ、前記受容体特異的な部分と前記第1のプライマー結合部位又は前記第2のプライマー結合部位との間に配置された配列タグを含み、前記第2セットのそれぞれのプライマーは、伸長して第2の伸長産物を生成し、このとき、それぞれの第2の伸長産物は、第1のプライマー結合部位、第2のプライマー結合部位、少なくとも1つの配列タグ、及びT細胞受容体鎖又はB細胞受容体鎖の部分をコードしている再構成された核酸を含む、添加することと;
前記反応混合物においてポリメラーゼ連鎖反応を実施して、アンプリコンを生成することとであって、前記ポリメラーゼ連鎖反応は、前記第1のプライマー結合部位に特異的な順方向プライマーと、前記第2のプライマー結合部位に特異的な逆方向プライマーとを使用する、生成することと、を含む、請求項26に記載の方法。 - 前記再構成された核酸が、TCRβ、TCRδ及びTCRγ鎖をコードしている再構成された核酸を含み、前記第1セットの前記プライマー及び前記第2セットの前記プライマーが、TCRβ及びTCRdのVDJ領域をコードしている前記再構成された核酸領域に隣接するプライマー及びTCRγのVJ領域に隣接するプライマーを含む、請求項27に記載の方法。
- 前記再構成された核酸が、IgH及びIgKをコードしている再構成された核酸を含み、前記第1セットの前記プライマー及び前記第2セットの前記プライマーが、IgHのVDJ領域、IgHのDJ領域、及びIgKのVJ領域をコードしている前記再構成された核酸領域に隣接するプライマーを含む、請求項27に記載の方法。
- 前記第1セット又は前記第2セットの前記プライマーが、前記IgH鎖のV領域における複数の異なるプライマー結合部位に特異的なプライマーの少なくとも1つのネステッドセットを含む、請求項29に記載の方法。
- 前記第2の伸長産物の生成後に、除去する第2の工程を更に含む、請求項30に記載の方法。
- 前記第1セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第1の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項30に記載の方法。
- 前記第2セットの前記プライマーのアニーリング及び伸長が、前記第2の伸長産物の融解後に繰り返される、請求項3に記載の方法。
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2020512405A (ja) * | 2017-04-05 | 2020-04-23 | 北京泛生子基因科技有限公司 | ワンステップでアンプリコンライブラリを迅速に構築する方法 |
Families Citing this family (88)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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US9528160B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-12-27 | Adaptive Biotechnolgies Corp. | Rare clonotypes and uses thereof |
GB2477439B (en) | 2008-11-07 | 2012-02-15 | Sequenta Inc | Methods for correlating clonotypes with a disease in a patient |
US9365901B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-06-14 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia |
US8748103B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-06-10 | Sequenta, Inc. | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
US8628927B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-01-14 | Sequenta, Inc. | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
US9506119B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-11-29 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method of sequence determination using sequence tags |
ES2568509T3 (es) | 2009-01-15 | 2016-04-29 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Perfilado de la inmunidad adaptativa y métodos para la generación de anticuerpos monoclonales |
RU2014144463A (ru) | 2009-06-25 | 2015-06-20 | Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер | Способ измерения адаптивного иммунитета |
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
WO2012092426A1 (en) | 2010-12-30 | 2012-07-05 | Foundation Medicine, Inc. | Optimization of multigene analysis of tumor samples |
US10385475B2 (en) | 2011-09-12 | 2019-08-20 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Random array sequencing of low-complexity libraries |
US9279159B2 (en) | 2011-10-21 | 2016-03-08 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells |
ES2683037T3 (es) | 2011-12-09 | 2018-09-24 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Diagnóstico de tumores malignos linfoides y detección de enfermedad residual mínima |
US9499865B2 (en) | 2011-12-13 | 2016-11-22 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes |
CA2865575C (en) | 2012-02-27 | 2024-01-16 | Cellular Research, Inc. | Compositions and kits for molecular counting |
DK2823060T3 (en) | 2012-03-05 | 2018-05-28 | Adaptive Biotechnologies Corp | Determination of associated immune receptor chains from frequency-matched subunits |
US9150905B2 (en) | 2012-05-08 | 2015-10-06 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Compositions and method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed PCR reactions |
CN105189779B (zh) | 2012-10-01 | 2018-05-11 | 适应生物技术公司 | 通过适应性免疫受体多样性和克隆性表征进行的免疫能力评估 |
WO2015160439A2 (en) | 2014-04-17 | 2015-10-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells |
US9708657B2 (en) | 2013-07-01 | 2017-07-18 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method for generating clonotype profiles using sequence tags |
SG10201806890VA (en) | 2013-08-28 | 2018-09-27 | Cellular Res Inc | Massively parallel single cell analysis |
EP3055676A1 (en) | 2013-10-07 | 2016-08-17 | Cellular Research, Inc. | Methods and systems for digitally counting features on arrays |
CA2938910A1 (en) | 2014-02-11 | 2015-08-20 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Targeted sequencing and uid filtering |
AU2015227054A1 (en) | 2014-03-05 | 2016-09-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Methods using randomer-containing synthetic molecules |
US10066265B2 (en) | 2014-04-01 | 2018-09-04 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Determining antigen-specific t-cells |
US11390921B2 (en) | 2014-04-01 | 2022-07-19 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Determining WT-1 specific T cells and WT-1 specific T cell receptors (TCRs) |
AU2015339191A1 (en) | 2014-10-29 | 2017-05-18 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from many samples |
US10246701B2 (en) | 2014-11-14 | 2019-04-02 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture |
WO2016086029A1 (en) | 2014-11-25 | 2016-06-02 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Characterization of adaptive immune response to vaccination or infection using immune repertoire sequencing |
EP3227464B1 (en) * | 2014-12-05 | 2022-04-20 | Foundation Medicine, Inc. | Multigene analysis of tumor samples |
CN107250379B (zh) | 2015-02-19 | 2021-12-28 | 贝克顿迪金森公司 | 结合蛋白质组信息和基因组信息的高通量单细胞分析 |
AU2016222788B2 (en) | 2015-02-24 | 2022-03-31 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Methods for diagnosing infectious disease and determining HLA status using immune repertoire sequencing |
EP3262192B1 (en) | 2015-02-27 | 2020-09-16 | Becton, Dickinson and Company | Spatially addressable molecular barcoding |
ES2906221T3 (es) * | 2015-02-27 | 2022-04-13 | Becton Dickinson Co | Métodos para el marcado con códigos de barras de ácidos nucleicos para secuenciación |
ES2934982T3 (es) | 2015-03-30 | 2023-02-28 | Becton Dickinson Co | Métodos para la codificación con códigos de barras combinatorios |
EP3277294B1 (en) | 2015-04-01 | 2024-05-15 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method of identifying human compatible t cell receptors specific for an antigenic target |
US10975440B2 (en) * | 2015-04-20 | 2021-04-13 | Cellecta, Inc. | Experimentally validated sets of gene specific primers for use in multiplex applications |
US11655510B2 (en) | 2015-04-20 | 2023-05-23 | Cellecta, Inc. | Experimentally validated sets of gene specific primers for use in multiplex applications |
WO2016172373A1 (en) | 2015-04-23 | 2016-10-27 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for whole transcriptome amplification |
US11124823B2 (en) | 2015-06-01 | 2021-09-21 | Becton, Dickinson And Company | Methods for RNA quantification |
WO2017021449A1 (en) | 2015-08-06 | 2017-02-09 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Target enrichment by single probe primer extension |
US10619186B2 (en) | 2015-09-11 | 2020-04-14 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for library normalization |
KR20180097536A (ko) * | 2015-11-04 | 2018-08-31 | 아트레카, 인크. | 단일 세포와 연관된 핵산의 분석을 위한 핵산 바코드의 조합 세트 |
EP4269616A3 (en) | 2016-05-02 | 2024-02-14 | Becton, Dickinson and Company | Accurate molecular barcoding |
US10301677B2 (en) | 2016-05-25 | 2019-05-28 | Cellular Research, Inc. | Normalization of nucleic acid libraries |
EP3465502B1 (en) * | 2016-05-26 | 2024-04-10 | Becton, Dickinson and Company | Molecular label counting adjustment methods |
US10640763B2 (en) | 2016-05-31 | 2020-05-05 | Cellular Research, Inc. | Molecular indexing of internal sequences |
US10202641B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-02-12 | Cellular Research, Inc. | Error correction in amplification of samples |
US10428325B1 (en) | 2016-09-21 | 2019-10-01 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Identification of antigen-specific B cell receptors |
EP3516400B1 (en) | 2016-09-26 | 2023-08-16 | Becton, Dickinson and Company | Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences |
EP3529400B1 (en) | 2016-10-24 | 2021-02-17 | Geneinfosec, Inc. | Concealing information present within nucleic acids |
JP7228510B2 (ja) | 2016-11-08 | 2023-02-24 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 細胞標識分類の方法 |
EP3539035B1 (en) | 2016-11-08 | 2024-04-17 | Becton, Dickinson and Company | Methods for expression profile classification |
US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
CN106755410B (zh) * | 2016-12-23 | 2019-12-06 | 孙涛 | 一种基于高通量测序同时检测t细胞和b细胞免疫组库的方法 |
US10722880B2 (en) | 2017-01-13 | 2020-07-28 | Cellular Research, Inc. | Hydrophilic coating of fluidic channels |
WO2018144240A1 (en) | 2017-02-01 | 2018-08-09 | Cellular Research, Inc. | Selective amplification using blocking oligonucleotides |
EP3625715A4 (en) * | 2017-05-19 | 2021-03-17 | 10X Genomics, Inc. | DATA SET ANALYSIS SYSTEMS AND METHODS |
JP2020522262A (ja) | 2017-06-05 | 2020-07-30 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニーBecton, Dickinson And Company | 単一細胞用のサンプルインデックス付加 |
US11450121B2 (en) * | 2017-06-27 | 2022-09-20 | The Regents Of The University Of California | Label-free digital brightfield analysis of nucleic acid amplification |
EP4379727A1 (en) * | 2017-09-25 | 2024-06-05 | Becton, Dickinson and Company | Immune receptor-barcode error correction |
DE102017124667A1 (de) | 2017-10-23 | 2019-04-25 | Schaeffler Technologies AG & Co. KG | Messsystem zur Überwachung einer Spindel |
US11254980B1 (en) | 2017-11-29 | 2022-02-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Methods of profiling targeted polynucleotides while mitigating sequencing depth requirements |
CN111492068A (zh) | 2017-12-19 | 2020-08-04 | 贝克顿迪金森公司 | 与寡核苷酸相关联的颗粒 |
EP3752832A1 (en) | 2018-02-12 | 2020-12-23 | 10X Genomics, Inc. | Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations |
EP3788170A1 (en) | 2018-05-03 | 2021-03-10 | Becton, Dickinson and Company | Molecular barcoding on opposite transcript ends |
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US11639517B2 (en) | 2018-10-01 | 2023-05-02 | Becton, Dickinson And Company | Determining 5′ transcript sequences |
JP2022506546A (ja) | 2018-11-08 | 2022-01-17 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | ランダムプライミングを使用した単一細胞の全トランスクリプトーム解析 |
CN113195717A (zh) | 2018-12-13 | 2021-07-30 | 贝克顿迪金森公司 | 单细胞全转录组分析中的选择性延伸 |
WO2020146740A1 (en) | 2019-01-10 | 2020-07-16 | Iovance Biotherapeutics, Inc. | System and methods for monitoring adoptive cell therapy clonality and persistence |
WO2020150356A1 (en) | 2019-01-16 | 2020-07-23 | Becton, Dickinson And Company | Polymerase chain reaction normalization through primer titration |
EP4242322A3 (en) | 2019-01-23 | 2023-09-20 | Becton, Dickinson and Company | Oligonucleotides associated with antibodies |
US20220064731A1 (en) * | 2019-04-03 | 2022-03-03 | Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. | Primers for multiplex pcr |
WO2020214642A1 (en) | 2019-04-19 | 2020-10-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data |
US11939622B2 (en) | 2019-07-22 | 2024-03-26 | Becton, Dickinson And Company | Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay |
JP2023500679A (ja) | 2019-11-08 | 2023-01-10 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 免疫レパートリーシーケンシングのための完全長v(d)j情報を得るためのランダムプライミングの使用 |
EP4090763A1 (en) | 2020-01-13 | 2022-11-23 | Becton Dickinson and Company | Methods and compositions for quantitation of proteins and rna |
CN111370074B (zh) * | 2020-02-27 | 2023-07-07 | 北京晶泰科技有限公司 | 一种分子序列的生成方法、装置和计算设备 |
WO2021173502A1 (en) * | 2020-02-28 | 2021-09-02 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for identifying adaptive immune cell clonotypes |
CN111304309A (zh) * | 2020-03-06 | 2020-06-19 | 上海韦翰斯生物医药科技有限公司 | 一种测序平台标签序列污染的检测方法 |
EP4150118A1 (en) | 2020-05-14 | 2023-03-22 | Becton Dickinson and Company | Primers for immune repertoire profiling |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
CN115023505A (zh) * | 2020-10-19 | 2022-09-06 | Imba-莫利库尔生物技术研究所 | 平行核酸分析方法 |
EP3985129A1 (en) * | 2020-10-19 | 2022-04-20 | IMBA-Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH | Method for parallel nucleic acid analysis |
CN116635533A (zh) | 2020-11-20 | 2023-08-22 | 贝克顿迪金森公司 | 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析 |
JP2024512608A (ja) | 2021-03-24 | 2024-03-19 | ジェネンテック, インコーポレイテッド | Tリンパ球における効率的なtcr遺伝子編集 |
WO2023216030A1 (zh) * | 2022-05-07 | 2023-11-16 | 深圳华大智造科技股份有限公司 | 一种占位引物和去除方法 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012508011A (ja) * | 2008-11-07 | 2012-04-05 | シーケンタ インコーポレイテッド | 配列解析によって病態をモニターする方法 |
WO2012142213A2 (en) * | 2011-04-15 | 2012-10-18 | The Johns Hopkins University | Safe sequencing system |
JP2013524848A (ja) * | 2010-05-06 | 2013-06-20 | シーケンタ インコーポレイテッド | クロノタイププロファイルを用いた健康状態および疾患状態のモニタリング |
WO2013155119A1 (en) * | 2012-04-13 | 2013-10-17 | Sequenta, Inc. | Detection and quantitation of sample contamination in immune repertoire analysis |
Family Cites Families (372)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US3270960A (en) | 1964-09-11 | 1966-09-06 | Sperry Rand Corp | Fluid sensor |
US3773919A (en) | 1969-10-23 | 1973-11-20 | Du Pont | Polylactide-drug mixtures |
DE3211263A1 (de) | 1981-03-31 | 1983-01-27 | Otsuka Pharmaceutical Co. Ltd., Tokyo | Human-interferon verwandte peptide, antigene und antikoerper, sowie verfahren zu deren herstellung |
DE3238353A1 (de) | 1982-10-15 | 1984-04-19 | Max Planck Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V., 3400 Göttingen | Verfahren zur simultanen quantitativen bestimmung der blutzellen und reagenz hierfuer |
US5189147A (en) | 1984-06-13 | 1993-02-23 | Massachusetts Institute Of Technology | Meterodimeric T lymphocyte receptor antibody |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
DE3541033A1 (de) | 1985-11-19 | 1987-05-21 | Boehringer Mannheim Gmbh | Verfahren zur quantifizierung von zellpopulationen bzw. subpopulationen sowie hierfuer geeignetes reagenz |
US4800159A (en) | 1986-02-07 | 1989-01-24 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences |
US5149625A (en) | 1987-08-11 | 1992-09-22 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex analysis of DNA |
US4942124A (en) | 1987-08-11 | 1990-07-17 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex sequencing |
US5667967A (en) | 1990-05-01 | 1997-09-16 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | T-cell receptor varible transcripts as disease related markers |
US5506126A (en) | 1988-02-25 | 1996-04-09 | The General Hospital Corporation | Rapid immunoselection cloning method |
US5168038A (en) | 1988-06-17 | 1992-12-01 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | In situ transcription in cells and tissues |
US5296351A (en) | 1988-10-20 | 1994-03-22 | Alexander A. Morley | Method for diagnosis of monoclonality in leukaemia and lymphoma |
US5075217A (en) | 1989-04-21 | 1991-12-24 | Marshfield Clinic | Length polymorphisms in (dC-dA)n ·(dG-dT)n sequences |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5231012A (en) | 1989-06-28 | 1993-07-27 | Schering Corporation | Nucleic acids encoding cytokine synthesis inhibitory factor (interleukin-10) |
CA2020958C (en) | 1989-07-11 | 2005-01-11 | Daniel L. Kacian | Nucleic acid sequence amplification methods |
US5336598A (en) | 1989-11-15 | 1994-08-09 | National Jewish Center For Immunology And Respiratory Medicine | Method for diagnosing a superantigen caused pathologial condition via assay of T-cells |
US5298396A (en) | 1989-11-15 | 1994-03-29 | National Jewish Center For Immunology And Respiratory Medicine | Method for identifying T cells disease involved in autoimmune disease |
US5126022A (en) | 1990-02-28 | 1992-06-30 | Soane Tecnologies, Inc. | Method and device for moving molecules by the application of a plurality of electrical fields |
US6054034A (en) | 1990-02-28 | 2000-04-25 | Aclara Biosciences, Inc. | Acrylic microchannels and their use in electrophoretic applications |
GB9015198D0 (en) | 1990-07-10 | 1990-08-29 | Brien Caroline J O | Binding substance |
US6916605B1 (en) | 1990-07-10 | 2005-07-12 | Medical Research Council | Methods for producing members of specific binding pairs |
EP0542810A1 (en) | 1990-08-02 | 1993-05-26 | B.R. Centre Limited | Methods for the production of proteins with a desired function |
US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
IE76732B1 (en) | 1990-08-07 | 1997-11-05 | Becton Dickinson Co | One step test for absolute counts |
US5699798A (en) | 1990-08-10 | 1997-12-23 | University Of Washington | Method for optically imaging solid tumor tissue |
US5635354A (en) | 1991-01-09 | 1997-06-03 | Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) | Method for describing the repertoires of antibodies (Ab) and of T-cell receptors (TcR) of an individual's immune system |
US5364759B2 (en) | 1991-01-31 | 1999-07-20 | Baylor College Medicine | Dna typing with short tandem repeat polymorphisms and identification of polymorphic short tandem repeats |
CA2079881C (fr) | 1991-02-12 | 2007-11-06 | Thierry Hercend | Sequences nucleotidiques codant pour des regions variables de chaines .beta. des recepteurs des lymphocytes t humains, segments peptidiques correspondants et les applications diagnostiques et therapeutiques |
JP3080178B2 (ja) | 1991-02-18 | 2000-08-21 | 東洋紡績株式会社 | 核酸配列の増幅方法およびそのための試薬キット |
US6091000A (en) | 1991-03-15 | 2000-07-18 | Duke University | SCID mouse engrafted with human synovium tissue |
JP3266311B2 (ja) | 1991-05-02 | 2002-03-18 | 生化学工業株式会社 | 新規ポリペプチドおよびこれを用いる抗hiv剤 |
US20040018489A1 (en) | 1991-09-09 | 2004-01-29 | Ma Wupo | Detection of RNA |
US5674679A (en) | 1991-09-27 | 1997-10-07 | Amersham Life Science, Inc. | DNA cycle sequencing |
US5981179A (en) | 1991-11-14 | 1999-11-09 | Digene Diagnostics, Inc. | Continuous amplification reaction |
US5213960A (en) | 1992-03-09 | 1993-05-25 | Tanox Biosystems, Inc. | Methods for selecting low frequency antigen-specific single B lymphocytes |
US5256542A (en) | 1992-03-09 | 1993-10-26 | Tanox Biosystems, Inc. | Selecting low frequency antigen-specific single B lymphocytes with correction for background noise |
US5837447A (en) | 1992-04-15 | 1998-11-17 | Blood Center Research Foundation, Inc., The | Monitoring an immune response by analysis of amplified immunoglobulin or T-cell-receptor nucleic acid |
US5498392A (en) | 1992-05-01 | 1996-03-12 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale polynucleotide amplification device and method |
US5587128A (en) | 1992-05-01 | 1996-12-24 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale polynucleotide amplification devices |
US5981176A (en) | 1992-06-17 | 1999-11-09 | City Of Hope | Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
CA2177988A1 (en) | 1993-12-03 | 1995-06-08 | Kazuo Higuchi | Expression vector for preparing an anti-body-variable-region library |
JPH10504181A (ja) | 1994-04-18 | 1998-04-28 | ニューヨーク ソサエティ フォー ザ リリーフ オブ ザ ラプチャード アンド クリップルド メインティニング ザ ホスピタル フォー スペシャル サージェリー | 保存されたt細胞レセプター配列 |
US6001229A (en) | 1994-08-01 | 1999-12-14 | Lockheed Martin Energy Systems, Inc. | Apparatus and method for performing microfluidic manipulations for chemical analysis |
US6090592A (en) | 1994-08-03 | 2000-07-18 | Mosaic Technologies, Inc. | Method for performing amplification of nucleic acid on supports |
FR2724182B1 (fr) | 1994-09-02 | 1996-12-13 | Pasteur Institut | Obtention d'un anticorps monoclonal recombinant a partir d'un anticorps monoclonal humain anti-rhesus d, sa production en cellules d'insecte, et ses utilisations |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5776737A (en) | 1994-12-22 | 1998-07-07 | Visible Genetics Inc. | Method and composition for internal identification of samples |
US6919434B1 (en) | 1995-02-20 | 2005-07-19 | Sankyo Co., Ltd. | Monoclonal antibodies that bind OCIF |
US5698396A (en) | 1995-06-07 | 1997-12-16 | Ludwig Institute For Cancer Research | Method for identifying auto-immunoreactive substances from a subject |
AU7437996A (en) | 1995-10-11 | 1997-04-30 | Leonard Adleman | Large scale dna sequencing by position sensitive hybridization |
WO1997013877A1 (en) | 1995-10-12 | 1997-04-17 | Lynx Therapeutics, Inc. | Measurement of gene expression profiles in toxicity determination |
US6087096A (en) | 1995-11-13 | 2000-07-11 | Dau; Peter C. | Method of intrafamily fragment analysis of the T cell receptor α and β chain CDR3 regions |
US5854033A (en) | 1995-11-21 | 1998-12-29 | Yale University | Rolling circle replication reporter systems |
US20020076725A1 (en) | 1996-03-13 | 2002-06-20 | Tomoko Toyosaki-Maeda | Human t cell clone specific for rheumatoid arthritis |
US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
US6699658B1 (en) | 1996-05-31 | 2004-03-02 | Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Yeast cell surface display of proteins and uses thereof |
US6300065B1 (en) | 1996-05-31 | 2001-10-09 | Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Yeast cell surface display of proteins and uses thereof |
AU736742B2 (en) | 1996-06-03 | 2001-08-02 | Governors Of The University Of Alberta, The | Methods for detection of rearranged DNA |
ATE295427T1 (de) | 1996-06-04 | 2005-05-15 | Univ Utah Res Found | Überwachung der hybridisierung während pcr |
AU3878697A (en) | 1996-06-20 | 1998-02-02 | Cornell Research Foundation Inc. | Identification of abnormalities in the expression of t and cell antigen receptors as indicators of disease diagnosis, prognosis and therapeutic predictors |
US6074827A (en) | 1996-07-30 | 2000-06-13 | Aclara Biosciences, Inc. | Microfluidic method for nucleic acid purification and processing |
PT937251E (pt) | 1996-09-06 | 2007-01-31 | Ortho Mcneil Pharm Inc | Purificação de células específicas de antigénio |
US6255071B1 (en) | 1996-09-20 | 2001-07-03 | Cold Spring Harbor Laboratory | Mammalian viral vectors and their uses |
US5935793A (en) | 1996-09-27 | 1999-08-10 | The Chinese University Of Hong Kong | Parallel polynucleotide sequencing method using tagged primers |
US6136566A (en) | 1996-10-04 | 2000-10-24 | Lexicon Graphics Incorporated | Indexed library of cells containing genomic modifications and methods of making and utilizing the same |
US6207371B1 (en) | 1996-10-04 | 2001-03-27 | Lexicon Genetics Incorporated | Indexed library of cells containing genomic modifications and methods of making and utilizing the same |
US6228589B1 (en) | 1996-10-11 | 2001-05-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Measurement of gene expression profiles in toxicity determination |
GB9626815D0 (en) | 1996-12-23 | 1997-02-12 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
GB9704444D0 (en) | 1997-03-04 | 1997-04-23 | Isis Innovation | Non-invasive prenatal diagnosis |
ES2563643T3 (es) | 1997-04-01 | 2016-03-15 | Illumina Cambridge Limited | Método de secuenciación de ácido nucleico |
US6143496A (en) | 1997-04-17 | 2000-11-07 | Cytonix Corporation | Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly |
DE69838521T2 (de) | 1997-07-07 | 2008-05-21 | Medical Research Council | Methode zur Erhöhung der Konzentration von Nucleinsäuremolekülen |
US6794499B2 (en) | 1997-09-12 | 2004-09-21 | Exiqon A/S | Oligonucleotide analogues |
US7572582B2 (en) | 1997-09-12 | 2009-08-11 | Exiqon A/S | Oligonucleotide analogues |
CA2306126A1 (en) | 1997-10-15 | 1999-04-22 | Aclara Biosciences, Inc. | Laminate microstructure device and method for making same |
JP2001520054A (ja) | 1997-10-23 | 2001-10-30 | エグザクト サイエンシーズ コーポレイション | Pcrを用いる分子診断におけるコンタミネーションを検出するための方法 |
US7351578B2 (en) | 1999-12-10 | 2008-04-01 | Invitrogen Corp. | Use of multiple recombination sites with unique specificity in recombinational cloning |
US6210910B1 (en) | 1998-03-02 | 2001-04-03 | Trustees Of Tufts College | Optical fiber biosensor array comprising cell populations confined to microcavities |
JP4262799B2 (ja) | 1998-04-16 | 2009-05-13 | 平田機工株式会社 | 生タイヤ供給方法 |
DE19833738A1 (de) | 1998-07-27 | 2000-02-03 | Michael Giesing | Verfahren zur Isolierung von Krebszellen aus zellhaltigen Körperflüssigkeiten sowie Sets zur Durchführung dieses Verfahrens |
US6787308B2 (en) | 1998-07-30 | 2004-09-07 | Solexa Ltd. | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
DE19844931C1 (de) | 1998-09-30 | 2000-06-15 | Stefan Seeger | Verfahren zur DNS- oder RNS-Sequenzierung |
US6541608B1 (en) | 1999-02-23 | 2003-04-01 | Baylor College Of Medicine | T cell receptor Vβ-Dβ-Jβ sequence and methods for its detection |
US6307024B1 (en) | 1999-03-09 | 2001-10-23 | Zymogenetics, Inc. | Cytokine zalpha11 Ligand |
US6300070B1 (en) | 1999-06-04 | 2001-10-09 | Mosaic Technologies, Inc. | Solid phase methods for amplifying multiple nucleic acids |
US6440706B1 (en) | 1999-08-02 | 2002-08-27 | Johns Hopkins University | Digital amplification |
MXPA02001911A (es) | 1999-08-24 | 2003-07-21 | Medarex Inc | Anticuerpos ctla-4 humanos y sus usos. |
US20040209314A1 (en) | 1999-09-06 | 2004-10-21 | Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale France | Means for detection and purification of CD8+ T lymphocyte populations specific to peptides presented in the context of HLA |
US6235483B1 (en) | 2000-01-31 | 2001-05-22 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and kits for indirect labeling of nucleic acids |
US20040121364A1 (en) * | 2000-02-07 | 2004-06-24 | Mark Chee | Multiplex nucleic acid reactions |
US7955794B2 (en) | 2000-09-21 | 2011-06-07 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
WO2001075172A1 (en) | 2000-03-31 | 2001-10-11 | University Of Southern California | Epigenetic sequences for esophageal adenocarcinoma |
AUPQ687600A0 (en) | 2000-04-13 | 2000-05-11 | Flinders Technologies Pty Ltd | A method of detection |
US20030207300A1 (en) | 2000-04-28 | 2003-11-06 | Matray Tracy J. | Multiplex analytical platform using molecular tags |
US6596492B2 (en) | 2000-07-11 | 2003-07-22 | Colorado State University Research Foundation | PCR materials and methods useful to detect canine and feline lymphoid malignancies |
US7567870B1 (en) | 2000-07-31 | 2009-07-28 | Institute For Systems Biology | Multiparameter analysis for predictive medicine |
NZ524523A (en) | 2000-08-03 | 2006-02-24 | Therapeutic Human Polyclonals | Production of humanized antibodies in transgenic animals |
US6939451B2 (en) | 2000-09-19 | 2005-09-06 | Aclara Biosciences, Inc. | Microfluidic chip having integrated electrodes |
JP4287652B2 (ja) | 2000-10-24 | 2009-07-01 | ザ・ボード・オブ・トラスティーズ・オブ・ザ・レランド・スタンフォード・ジュニア・ユニバーシティ | ゲノムdnaの直接多重処理による性状分析 |
US6778724B2 (en) | 2000-11-28 | 2004-08-17 | The Regents Of The University Of California | Optical switching and sorting of biological samples and microparticles transported in a micro-fluidic device, including integrated bio-chip devices |
US6947748B2 (en) | 2000-12-15 | 2005-09-20 | Adaptix, Inc. | OFDMA with adaptive subcarrier-cluster configuration and selective loading |
ATE488576T1 (de) | 2001-02-20 | 2010-12-15 | Univ Georgia | Schnellproduktion monoklonaler antikörper |
US6969597B2 (en) | 2001-02-21 | 2005-11-29 | Clontech Laboratories, Inc. | Nucleic acids encoding non aggregating fluorescent proteins and methods for using the same |
US7265208B2 (en) | 2001-05-01 | 2007-09-04 | The Regents Of The University Of California | Fusion molecules and treatment of IgE-mediated allergic diseases |
US20040235061A1 (en) | 2001-05-24 | 2004-11-25 | Wilkie Bruce N. | Methods for selecting and producing animals having a predicted level of immune response, disease resistance or susceptibility, and/or productivity |
US20050260570A1 (en) | 2001-05-29 | 2005-11-24 | Mao Jen-I | Sequencing by proxy |
US7026121B1 (en) | 2001-06-08 | 2006-04-11 | Expression Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection |
US6720144B1 (en) | 2001-06-21 | 2004-04-13 | Quest Diagnostics | Detection of clonal T-cell receptor-γ gene rearrangement by PCR/temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE) |
CA2492220C (en) | 2001-07-15 | 2014-03-18 | Keck Graduate Institute | Nucleic acid amplification using nicking agents |
US20030096277A1 (en) | 2001-08-30 | 2003-05-22 | Xiangning Chen | Allele specific PCR for genotyping |
AU2002322518A1 (en) | 2001-08-31 | 2003-03-18 | Rosetta Inpharmactis Llc | Methods for preparing nucleic acid samples |
DE60203125T2 (de) | 2001-08-31 | 2006-04-06 | Avidex Ltd., Abingdon | Löslicher t zell rezeptor |
DK1436404T3 (da) | 2001-09-19 | 2010-03-08 | Alexion Pharma Inc | Manipulerede templates og deres anvendelse i single-primer amplifikation |
KR20040064275A (ko) | 2001-11-09 | 2004-07-16 | 소스 프리시전 메디슨, 인코포레이티드 | 유전자 발현 프로파일을 이용한 질병의 동정, 모니터링,치료 및 생물학적 상태의 확인 |
CA2467460A1 (en) | 2001-11-19 | 2003-05-30 | Parallele Bioscience, Inc. | Multiplex oligonucleotide addition and target amplification |
GB2382137A (en) | 2001-11-20 | 2003-05-21 | Mats Gullberg | Nucleic acid enrichment |
GB0128153D0 (en) | 2001-11-23 | 2002-01-16 | Bayer Ag | Profiling of the immune gene repertoire |
WO2003052101A1 (en) | 2001-12-14 | 2003-06-26 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | Sample tracking using molecular barcodes |
GB0130267D0 (en) | 2001-12-19 | 2002-02-06 | Neutec Pharma Plc | Focussed antibody technology |
WO2003059155A2 (en) | 2002-01-09 | 2003-07-24 | Maxx Genetech Co. Ltd | Method of detecting t-cell proliferation for diagnosis of diseases by gene array |
US7323306B2 (en) * | 2002-04-01 | 2008-01-29 | Brookhaven Science Associates, Llc | Genome signature tags |
US7157274B2 (en) | 2002-06-24 | 2007-01-02 | Cytonome, Inc. | Method and apparatus for sorting particles |
EP1511690A4 (en) | 2002-05-16 | 2007-10-24 | Univ Vanderbilt | TECHNIQUE FOR PREDICTING AUTOIMMUNE DISEASES |
JP4665119B2 (ja) | 2002-07-01 | 2011-04-06 | アンスティテュ・パストゥール | オートシーケンサーからピーク・データを抽出、収集、操作、そして分析するためのシステム、方法、装置およびコンピュータ・プログラム製品 |
WO2004005465A2 (en) | 2002-07-03 | 2004-01-15 | Institute For Scientific Research, Inc. | Compositions and methods for the detection of human t cell receptor variable family gene expression |
EP1551449B1 (en) | 2002-07-12 | 2010-10-06 | The Johns Hopkins University | Reagents and methods for engaging unique clonotypic lymphocyte receptors |
WO2004009765A2 (en) | 2002-07-19 | 2004-01-29 | Althea Technologies, Inc. | Strategies for gene expression analysis |
US7157228B2 (en) | 2002-09-09 | 2007-01-02 | Bioarray Solutions Ltd. | Genetic analysis and authentication |
US7459273B2 (en) | 2002-10-04 | 2008-12-02 | Affymetrix, Inc. | Methods for genotyping selected polymorphism |
WO2004034031A2 (en) | 2002-10-11 | 2004-04-22 | The Regents Of The University Of California | A method for diagnosis and prognosis of multiple sclerosis |
CN1965089A (zh) | 2002-10-11 | 2007-05-16 | 鹿特丹伊拉兹马斯大学 | 用于基于pcr的克隆系研究的核酸扩增引物 |
WO2004044209A1 (en) | 2002-11-13 | 2004-05-27 | Monoquant Pty Ltd | A method of detection |
WO2004051266A1 (ja) | 2002-11-14 | 2004-06-17 | Atsushi Muraguchi | 抗原特異的リンパ球検出用マイクロウェルアレイチップ、抗原特異的リンパ球の検出法及び製造方法、並びに抗原特異的リンパ球抗原受容体遺伝子のクローニング方法 |
AU2003300919A1 (en) | 2002-12-11 | 2004-06-30 | Coley Pharmaceutical Gmbh | 5' cpg nucleic acids and methods of use |
WO2004063706A2 (en) | 2003-01-08 | 2004-07-29 | Maxx Genetech Co., Ltd. | Method of detecting over-expression of t-cell receptor genes by real-time pcr |
EP2159285B1 (en) | 2003-01-29 | 2012-09-26 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
GB0304068D0 (en) | 2003-02-22 | 2003-03-26 | Avidex Ltd | Substances |
US20070042349A1 (en) | 2003-04-24 | 2007-02-22 | Ogle Brenda M | Methods for assessing biologic diversity |
AU2003902299A0 (en) | 2003-05-13 | 2003-05-29 | Flinders Medical Centre | A method of analysing a marker nucleic acid molecule |
US20070105105A1 (en) | 2003-05-23 | 2007-05-10 | Mount Sinai School Of Medicine Of New York University | Surrogate cell gene expression signatures for evaluating the physical state of a subject |
US20050010030A1 (en) | 2003-07-02 | 2005-01-13 | Zang Jingwu Z. | T cell receptor CDR3 sequence and methods for detecting and treating rheumatoid arthritis |
EP1641809B2 (en) | 2003-07-05 | 2018-10-03 | The Johns Hopkins University | Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations |
TW200510723A (en) | 2003-07-15 | 2005-03-16 | Bioarray Solutions Ltd | Concurrent optimization in selection of primer and capture probe sets for nucleic acid analysis |
US20060228350A1 (en) | 2003-08-18 | 2006-10-12 | Medimmune, Inc. | Framework-shuffling of antibodies |
US20050048498A1 (en) | 2003-08-29 | 2005-03-03 | Applera Corporation | Compositions, methods, and kits for assembling probes |
WO2005026686A2 (en) | 2003-09-09 | 2005-03-24 | Compass Genetics, Llc | Multiplexed analytical platform |
TWI333977B (en) | 2003-09-18 | 2010-12-01 | Symphogen As | Method for linking sequences of interest |
FR2863274B1 (fr) | 2003-12-05 | 2012-11-16 | Commissariat Energie Atomique | Procede d'evaluation quantitative d'un rearrangement ou d'une recombinaison genetique ciblee d'un individu et ses applications. |
US20070238099A1 (en) | 2003-12-08 | 2007-10-11 | Cohen Irun R | Antigen Receptor Variable Region Typing |
EP1704251A1 (en) | 2003-12-15 | 2006-09-27 | Institut Pasteur | Repertoire determination of a lymphocyte b population |
EP1544308B1 (en) | 2003-12-15 | 2009-01-28 | Institut Pasteur | Repertoire determination of a lymphocyte B population |
US20080166718A1 (en) | 2003-12-15 | 2008-07-10 | Institut Pasteur | Repertoire determination of a lymphocyte B population |
EP1721014B1 (en) | 2004-02-18 | 2013-07-17 | Trustees Of Boston University | Method for detecting and quantifying rare mutations/polymorphisms |
US20060046258A1 (en) | 2004-02-27 | 2006-03-02 | Lapidus Stanley N | Applications of single molecule sequencing |
WO2005084134A2 (en) | 2004-03-04 | 2005-09-15 | Dena Leshkowitz | Quantifying and profiling antibody and t cell receptor gene expression |
JP4480423B2 (ja) | 2004-03-08 | 2010-06-16 | 独立行政法人科学技術振興機構 | 免疫細胞クローンの拡大の有無の判定方法 |
DE102004016437A1 (de) | 2004-04-04 | 2005-10-20 | Oligene Gmbh | Verfahren zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen |
WO2005111242A2 (en) | 2004-05-10 | 2005-11-24 | Parallele Bioscience, Inc. | Digital profiling of polynucleotide populations |
WO2006076025A2 (en) | 2004-05-14 | 2006-07-20 | Amaox, Inc. | Immune cell biosensors and methods of using same |
EP1598429A1 (en) | 2004-05-19 | 2005-11-23 | Amplion Ltd. | Detection of amplicon contamination during PCR exhibiting two different annealing temperatures |
GB0412973D0 (en) | 2004-06-10 | 2004-07-14 | Celltech R&D Ltd | Identification of antibody producing cells |
US20060020397A1 (en) | 2004-07-21 | 2006-01-26 | Kermani Bahram G | Methods for nucleic acid and polypeptide similarity search employing content addressable memories |
US20060019304A1 (en) | 2004-07-26 | 2006-01-26 | Paul Hardenbol | Simultaneous analysis of multiple genomes |
US20060094018A1 (en) | 2004-08-03 | 2006-05-04 | Bauer A R Jr | Discovery and a method for the early detection of pancreatic cancer and other disease conditions |
US7820382B2 (en) | 2004-08-03 | 2010-10-26 | Bauer A Robert | Method for the early detection of breast cancer, lung cancer, pancreatic cancer and colon polyps, growths and cancers as well as other gastrointestinal disease conditions and the preoperative and postoperative monitoring of transplanted organs from the donor and in the recipient and their associated conditions related and unrelated to the organ transplantation |
MX2007001470A (es) | 2004-08-05 | 2007-03-26 | Genentech Inc | Antagonistas anti-cmet humanizados. |
CA2580412A1 (en) | 2004-09-13 | 2006-03-23 | Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary , Department Of Health And Human Services | Compositions comprising t cell receptors and methods of use thereof |
US7170050B2 (en) | 2004-09-17 | 2007-01-30 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Apparatus and methods for optical analysis of molecules |
AU2005302425A1 (en) | 2004-10-29 | 2006-05-11 | Benaroya Research Institute At Virginia Mason | Methods of generating antigen-specific CD4+CD25+ regulatory T cells, compositions and methods of use |
US7966988B2 (en) | 2005-01-11 | 2011-06-28 | Exxonmobil Research And Engineering Company | Method for controlling soot induced lubricant viscosity increase |
US8029783B2 (en) | 2005-02-02 | 2011-10-04 | Genentech, Inc. | DR5 antibodies and articles of manufacture containing same |
FR2881436B1 (fr) | 2005-02-03 | 2007-04-27 | Commissariat Energie Atomique | Procede de determination de la diversite des lymphocytes t dans un echantillon biologique |
US7393665B2 (en) | 2005-02-10 | 2008-07-01 | Population Genetics Technologies Ltd | Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides |
CN101156067A (zh) | 2005-02-16 | 2008-04-02 | 惠氏公司 | 用于白血病诊断、预后和治疗选择的方法和系统 |
US7537894B2 (en) | 2005-03-02 | 2009-05-26 | The University Of Chicago | Methods and kits for monitoring Barrett's metaplasia |
WO2006099164A2 (en) | 2005-03-10 | 2006-09-21 | Applera Corporation | Methods for multiplex amplification |
WO2006099604A2 (en) | 2005-03-16 | 2006-09-21 | Compass Genetics, Llc | Methods and compositions for assay readouts on multiple analytical platforms |
CA2604095A1 (en) | 2005-04-12 | 2006-10-19 | 454 Life Sciences Corporation | Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing |
WO2006116155A2 (en) | 2005-04-21 | 2006-11-02 | The Regents Of The University Of California | A method for diagnosis and prognosis of multiple sclerosis subtypes |
US20060263789A1 (en) | 2005-05-19 | 2006-11-23 | Robert Kincaid | Unique identifiers for indicating properties associated with entities to which they are attached, and methods for using |
US7208795B2 (en) | 2005-05-24 | 2007-04-24 | Atmel Corporation | Low-cost, low-voltage single-layer polycrystalline EEPROM memory cell integration into BiCMOS technology |
US8426146B2 (en) | 2005-06-03 | 2013-04-23 | University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education | Multiparameteric method for assessing immune system status |
US20090264299A1 (en) | 2006-02-24 | 2009-10-22 | Complete Genomics, Inc. | High throughput genome sequencing on DNA arrays |
EP3492602A1 (en) | 2005-06-15 | 2019-06-05 | Complete Genomics, Inc. | Single molecule arrays for genetic and chemical analysis |
WO2007008759A2 (en) | 2005-07-07 | 2007-01-18 | Hematologics, Inc. | Methods for detecting and confirming minimal disease in a cancer patient |
US20070020640A1 (en) | 2005-07-21 | 2007-01-25 | Mccloskey Megan L | Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis |
GB0521521D0 (en) | 2005-10-21 | 2005-11-30 | Medical Res Council | Diagnostic methods and kits |
GB0522310D0 (en) | 2005-11-01 | 2005-12-07 | Solexa Ltd | Methods of preparing libraries of template polynucleotides |
US20070105165A1 (en) | 2005-11-04 | 2007-05-10 | Charles Goolsby | Composite profiles of cell antigens and target signal transduction proteins for analysis and clinical management of hematologic cancers |
US7375211B2 (en) | 2005-11-18 | 2008-05-20 | Kou Zhong C | Method for detection and quantification of T-cell receptor Vβ repertoire |
US8137936B2 (en) | 2005-11-29 | 2012-03-20 | Macevicz Stephen C | Selected amplification of polynucleotides |
US7537897B2 (en) | 2006-01-23 | 2009-05-26 | Population Genetics Technologies, Ltd. | Molecular counting |
WO2007087310A2 (en) | 2006-01-23 | 2007-08-02 | Population Genetics Technologies Ltd. | Nucleic acid analysis using sequence tokens |
KR20080113223A (ko) | 2006-03-06 | 2008-12-29 | 심포젠 에이/에스 | 호흡기세포 융합 바이러스 감염 치료용 재조합 폴리클로날 항체 |
ES2546848T3 (es) | 2006-03-10 | 2015-09-29 | Epigenomics Ag | Un método para identificar una muestra biológica para el análisis de la metilación |
US20090253581A1 (en) | 2006-04-04 | 2009-10-08 | Keygene N.V. | High Throughput Detection of Molecular Markers Based on AFLP and High Throughput Sequencing |
CA2652086A1 (en) | 2006-05-11 | 2007-11-22 | University Of Maryland Biotechnology Institute | A general method for generating human antibody responses in vitro |
WO2007136518A2 (en) | 2006-05-17 | 2007-11-29 | Torrey Pines Institute For Molecular Studies | Treatment of autoimmune disorders |
CA2653256C (en) | 2006-05-25 | 2018-08-28 | Institute For Advanced Study | Methods for identifying sequence motifs, and applications thereof |
US7833716B2 (en) | 2006-06-06 | 2010-11-16 | Gen-Probe Incorporated | Tagged oligonucleotides and their use in nucleic acid amplification methods |
CN101467082B (zh) | 2006-06-12 | 2011-12-14 | 加利福尼亚太平洋生物科学公司 | 实施分析反应的基材 |
US8372584B2 (en) | 2006-06-14 | 2013-02-12 | The General Hospital Corporation | Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags |
US20100027896A1 (en) | 2006-06-28 | 2010-02-04 | Amir Geva | Automated application interaction using a virtual operator |
CA2656525A1 (en) | 2006-06-30 | 2008-01-10 | Applera Corporation | Reversible terminator nucleotides and methods of use |
WO2008108803A2 (en) | 2006-07-13 | 2008-09-12 | Amaox, Ltd. | Immune cell biosensors and methods of using same |
US8394590B2 (en) | 2006-08-02 | 2013-03-12 | California Institute Of Technology | Capture agents and related methods and systems for detecting and/or sorting targets |
US20080274904A1 (en) | 2006-08-10 | 2008-11-06 | Niall Anthony Gormley | Method of target enrichment |
WO2008026927A2 (en) | 2006-08-30 | 2008-03-06 | Academisch Medisch Centrum | Process for displaying t- and b-cell receptor repertoires |
US20100035764A1 (en) | 2006-09-26 | 2010-02-11 | St. Jude Children's Research Hospital | Methods and compositions for monitoring t cell receptor diversity |
US8088379B2 (en) | 2006-09-26 | 2012-01-03 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Modified T cell receptors and related materials and methods |
JP5026047B2 (ja) | 2006-10-18 | 2012-09-12 | 株式会社膠原病研究所 | 自己免疫疾患の発症に関わる自己応答性t細胞またはt細胞受容体の同定方法、およびその利用 |
WO2008140484A2 (en) | 2006-11-09 | 2008-11-20 | Xdx, Inc. | Methods for diagnosing and monitoring the status of systemic lupus erythematosus |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
US7862999B2 (en) | 2007-01-17 | 2011-01-04 | Affymetrix, Inc. | Multiplex targeted amplification using flap nuclease |
EP2121983A2 (en) | 2007-02-02 | 2009-11-25 | Illumina Cambridge Limited | Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates |
ES2369946T3 (es) | 2007-03-01 | 2011-12-09 | Symphogen A/S | Procedimiento para clonación de anticuerpos análogos. |
WO2008147879A1 (en) | 2007-05-22 | 2008-12-04 | Ryan Golhar | Automated method and device for dna isolation, sequence determination, and identification |
CN101720359A (zh) | 2007-06-01 | 2010-06-02 | 454生命科学公司 | 从多重混合物中识别个别样本的系统和方法 |
WO2009015296A1 (en) | 2007-07-24 | 2009-01-29 | The Regents Of The University Of California | Microfabricated dropley generator |
US7901889B2 (en) | 2007-07-26 | 2011-03-08 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Molecular redundant sequencing |
ITRM20070429A1 (it) | 2007-08-06 | 2009-02-07 | Uni Cattolica Del Sacro Cuor E | Mezzi per la diagnosi la prevenzione e la cura dell'artrite reumatoide. |
WO2009021215A1 (en) | 2007-08-09 | 2009-02-12 | Celula, Inc. | Methods and devices for correlated, multi-parameter single cell measurements and recovery of remnant biological material |
US8268564B2 (en) | 2007-09-26 | 2012-09-18 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and applications for stitched DNA barcodes |
US20100285984A1 (en) | 2007-09-28 | 2010-11-11 | Wettstein Peter J | Assessing t cell repertoires |
US7960116B2 (en) | 2007-09-28 | 2011-06-14 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Nucleic acid sequencing methods and systems |
CA2704499C (en) | 2007-11-07 | 2020-03-10 | Genentech, Inc. | Methods and compositions for assessing responsiveness of b-cell lymphoma to treatment with anti-cd40 antibodies |
EP2060637A1 (en) | 2007-11-14 | 2009-05-20 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Means and methods for detection of nucleic acids |
WO2009070767A2 (en) | 2007-11-28 | 2009-06-04 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Systemic instigation systems to study tumor growth or metastasis |
EP2062982A1 (fr) | 2007-11-26 | 2009-05-27 | ImmunID | Procédé d'étude de la diversité combinatoire V(D)J |
CN101225441B (zh) | 2007-12-05 | 2010-12-01 | 浙江大学 | 一种检测克隆特异性t淋巴细胞tcr bv cdr3基因组成的方法 |
US20100021894A1 (en) | 2007-12-20 | 2010-01-28 | Northwestern University | Nanoparticle-Based Colorimetric Detection Of Cysteine |
US8621502B2 (en) | 2007-12-21 | 2013-12-31 | Microsoft Corporation | Obtaining user reactions to video |
US7767400B2 (en) | 2008-02-03 | 2010-08-03 | Helicos Biosciences Corporation | Paired-end reads in sequencing by synthesis |
US8211673B2 (en) | 2008-02-04 | 2012-07-03 | Life Technologies Corporation | Composition and method for sequencing nucleic acid |
EP2088205A1 (en) | 2008-02-11 | 2009-08-12 | Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) | PSMB10: A diagnosis marker and therapeutic target of chronic rejection. |
EP2088432A1 (en) | 2008-02-11 | 2009-08-12 | MorphoSys AG | Methods for identification of an antibody or a target |
EP2250496A4 (en) | 2008-02-28 | 2011-08-31 | Univ Ohio State Res Found | MICRO-RNA SIGNATURES ASSOCIATED WITH CYTOGENETICS AND PROGNOSIS IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA (AML) AND USES THEREOF |
CN104031984A (zh) | 2008-02-28 | 2014-09-10 | 俄亥俄州立大学研究基金会 | 用于前列腺相关病症的诊断、预后和治疗的基于微rna的方法和组合物 |
US20090226975A1 (en) | 2008-03-10 | 2009-09-10 | Illumina, Inc. | Constant cluster seeding |
TW200938840A (en) | 2008-03-12 | 2009-09-16 | Emo Biomedicine Corp | A method for in vitro study of immune modulation using pig blood cell |
US8143007B2 (en) | 2008-03-13 | 2012-03-27 | National Institute Of Immunology | Nested primer sets for amplifying mouse immunoglobulin variable gene segments |
CA2991818C (en) | 2008-03-28 | 2022-10-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Compositions and methods for nucleic acid sequencing |
EP2107040B1 (en) | 2008-03-31 | 2011-10-26 | Sony Deutschland Gmbh | A method of fabricating a membrane having a tapered pore |
US9012148B2 (en) | 2008-04-16 | 2015-04-21 | Jian Han | Method for evaluating and comparing immunorepertoires |
US8911948B2 (en) | 2008-04-30 | 2014-12-16 | Integrated Dna Technologies, Inc. | RNase H-based assays utilizing modified RNA monomers |
CA2725548A1 (en) | 2008-05-09 | 2009-11-12 | Duke University | Autoantibodies in the detection and treatment of cancer |
US9068181B2 (en) | 2008-05-23 | 2015-06-30 | The General Hospital Corporation | Microfluidic droplet encapsulation |
DE102008025656B4 (de) | 2008-05-28 | 2016-07-28 | Genxpro Gmbh | Verfahren zur quantitativen Analyse von Nukleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung |
CN102112624A (zh) | 2008-05-30 | 2011-06-29 | 麻省理工学院 | 用于对细胞进行空间分割以及筛选的组合物以及方法 |
WO2009151628A2 (en) | 2008-06-12 | 2009-12-17 | Gov't Of The Usa, As Represented By The Secretary, Department Of Health Human Services | Monitoring tcr-b to determine hiv therapy and disease progression |
MX2010014556A (es) | 2008-06-25 | 2011-07-28 | Baylor Res Inst | Firma transcripcional de sangre por infeccion de mycobacterium tuberculosis. |
CA2769002C (en) | 2008-07-24 | 2018-05-08 | The Board Of Regents Of The University Of Texas System | Vh4 codon signature for multiple sclerosis |
EP3629022A1 (en) | 2008-07-25 | 2020-04-01 | Richard W. Wagner | Protein screening methods |
US8586310B2 (en) | 2008-09-05 | 2013-11-19 | Washington University | Method for multiplexed nucleic acid patch polymerase chain reaction |
US9156010B2 (en) | 2008-09-23 | 2015-10-13 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Droplet-based assay system |
GB2502409B8 (en) | 2008-09-23 | 2014-10-15 | Bio Rad Laboratories | Droplet-based assay system |
US8699361B2 (en) | 2008-09-30 | 2014-04-15 | Qualcomm Incorporated | Out-of-synchronization handling method and apparatus |
US8546128B2 (en) | 2008-10-22 | 2013-10-01 | Life Technologies Corporation | Fluidics system for sequential delivery of reagents |
US20100137143A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
US9506119B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-11-29 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method of sequence determination using sequence tags |
US9528160B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-12-27 | Adaptive Biotechnolgies Corp. | Rare clonotypes and uses thereof |
US8628927B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-01-14 | Sequenta, Inc. | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
US8748103B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-06-10 | Sequenta, Inc. | Monitoring health and disease status using clonotype profiles |
US9365901B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-06-14 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia |
US20140234835A1 (en) | 2008-11-07 | 2014-08-21 | Sequenta, Inc. | Rare clonotypes and uses thereof |
US9394567B2 (en) | 2008-11-07 | 2016-07-19 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Detection and quantification of sample contamination in immune repertoire analysis |
US8691510B2 (en) | 2008-11-07 | 2014-04-08 | Sequenta, Inc. | Sequence analysis of complex amplicons |
WO2010060051A2 (en) | 2008-11-21 | 2010-05-27 | Emory University | Systems biology approach predicts the immunogenicity of vaccines |
US8367330B2 (en) | 2008-12-22 | 2013-02-05 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Methods for detecting TCR-gamma gene rearrangement |
CA2750155A1 (en) | 2008-12-30 | 2010-07-08 | Centocor Ortho Biotech Inc. | Serum markers predicting clinical response to anti-tnf.alpha. antibodiesin patients with ankylosing spondylitis |
ES2568509T3 (es) | 2009-01-15 | 2016-04-29 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Perfilado de la inmunidad adaptativa y métodos para la generación de anticuerpos monoclonales |
AU2010206843B2 (en) | 2009-01-20 | 2015-01-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Single cell gene expression for diagnosis, prognosis and identification of drug targets |
US20100323348A1 (en) | 2009-01-31 | 2010-12-23 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process |
US8673627B2 (en) | 2009-05-29 | 2014-03-18 | Life Technologies Corporation | Apparatus and methods for performing electrochemical reactions |
US8574835B2 (en) | 2009-05-29 | 2013-11-05 | Life Technologies Corporation | Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using |
RU2014144463A (ru) | 2009-06-25 | 2015-06-20 | Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер | Способ измерения адаптивного иммунитета |
EP2449103B1 (en) | 2009-06-29 | 2016-08-03 | California Institute of Technology | Isolation of unknown rearranged t-cell receptors from single cells |
EP2462236B1 (en) | 2009-07-17 | 2016-03-09 | Brown University | Detection of short rna sequences |
US8586359B2 (en) | 2009-07-28 | 2013-11-19 | Promising Furture, LLC | Compositions and methods of preparing alloreactive cytotoxic T cells |
EP2480683B1 (en) | 2009-09-22 | 2017-11-29 | Roche Diagnostics GmbH | Determination of kir haplotypes by amplification of exons |
GB0917094D0 (en) | 2009-09-29 | 2009-11-11 | Ucl Biomedica Plc | T-cell receptor |
US9043160B1 (en) | 2009-11-09 | 2015-05-26 | Sequenta, Inc. | Method of determining clonotypes and clonotype profiles |
US9315857B2 (en) | 2009-12-15 | 2016-04-19 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags |
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
US8545248B2 (en) | 2010-01-07 | 2013-10-01 | Life Technologies Corporation | System to control fluid flow based on a leak detected by a sensor |
KR101323827B1 (ko) | 2010-01-08 | 2013-10-31 | 키스트 유럽 에프게엠베하 | 강직성척추염 진단용 프라이머 및 이를 이용한 강직성 척추염 진단 방법 |
GB201000375D0 (en) | 2010-01-09 | 2010-02-24 | Univ Cardiff | T Cell clonotypes |
WO2011106738A2 (en) | 2010-02-25 | 2011-09-01 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Use of tcr clonotypes as biomarkers for disease |
EP2367000A1 (en) | 2010-03-04 | 2011-09-21 | Charité Universitätsmedizin Berlin | High throughput analysis of T-cell receptor repertoires |
EP2566984B1 (en) | 2010-05-07 | 2019-04-03 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Measurement and comparison of immune diversity by high-throughput sequencing |
US20130123120A1 (en) | 2010-05-18 | 2013-05-16 | Natera, Inc. | Highly Multiplex PCR Methods and Compositions |
US20120035062A1 (en) | 2010-06-11 | 2012-02-09 | Life Technologies Corporation | Alternative nucleotide flows in sequencing-by-synthesis methods |
WO2012012703A2 (en) | 2010-07-23 | 2012-01-26 | Esoterix Genetic Laboratories, Llc | Identification of differentially represented fetal or maternal genomic regions and uses thereof |
JP6192537B2 (ja) | 2010-08-06 | 2017-09-06 | ルードヴィヒ−マクシミリアン−ウニヴェルズィテート ミュンヘン | T細胞の標的抗原の同定 |
WO2012027503A2 (en) | 2010-08-24 | 2012-03-01 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Method of measuring adaptive immunity |
EP3213765B1 (en) | 2010-09-20 | 2019-08-28 | BioNTech Cell & Gene Therapies GmbH | Antigen-specific t cell receptors and t cell epitopes |
PT2623613T (pt) | 2010-09-21 | 2016-10-11 | Population Genetics Tech Ltd | Aumento da confiança da designação de alelos por contagem molecular |
EP3447155A1 (en) | 2010-09-30 | 2019-02-27 | Raindance Technologies, Inc. | Sandwich assays in droplets |
EP2625320B1 (en) | 2010-10-08 | 2019-03-27 | President and Fellows of Harvard College | High-throughput single cell barcoding |
ES2730951T3 (es) | 2010-10-08 | 2019-11-13 | Harvard College | Secuenciación inmune de alto rendimiento |
US8753816B2 (en) | 2010-10-26 | 2014-06-17 | Illumina, Inc. | Sequencing methods |
CA2821299C (en) | 2010-11-05 | 2019-02-12 | Frank J. Steemers | Linking sequence reads using paired code tags |
WO2012083069A2 (en) | 2010-12-15 | 2012-06-21 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Measurement and monitoring of cell clonality |
WO2012083225A2 (en) | 2010-12-16 | 2012-06-21 | Gigagen, Inc. | System and methods for massively parallel analysis of nycleic acids in single cells |
WO2012118555A1 (en) | 2010-12-29 | 2012-09-07 | Life Technologies Corporation | Time-warped background signal for sequencing-by-synthesis operations |
WO2012092455A2 (en) | 2010-12-30 | 2012-07-05 | Life Technologies Corporation | Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations |
WO2012112804A1 (en) | 2011-02-18 | 2012-08-23 | Raindance Technoligies, Inc. | Compositions and methods for molecular labeling |
HUE037095T2 (hu) | 2011-03-09 | 2018-08-28 | Cell Signaling Technology Inc | Eljárások és reagensek monoklonális ellenanyagok elõállítására |
US8759036B2 (en) | 2011-03-21 | 2014-06-24 | Affymetrix, Inc. | Methods for synthesizing pools of probes |
EP3415619B1 (en) | 2011-04-28 | 2020-12-16 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Identification of polynucleotides associated with a sample |
CN105999250B (zh) | 2011-05-24 | 2020-03-10 | 生物技术Rna制药有限公司 | 用于癌症的个体化疫苗 |
US9834766B2 (en) | 2011-09-02 | 2017-12-05 | Atreca, Inc. | DNA barcodes for multiplexed sequencing |
US20140356339A1 (en) | 2011-09-09 | 2014-12-04 | Sequenta Inc. | Sequence-based measures of immune response |
US10385475B2 (en) | 2011-09-12 | 2019-08-20 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Random array sequencing of low-complexity libraries |
US20140256592A1 (en) | 2011-10-11 | 2014-09-11 | Sequenta, Inc. | Determining responsiveness of autoimmune patients to dmard treatment |
US9279159B2 (en) | 2011-10-21 | 2016-03-08 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells |
US20130137108A1 (en) | 2011-10-25 | 2013-05-30 | Anubhav Tripathi | Magnetic bead separation apparatus and method |
EP2773773B1 (en) | 2011-11-04 | 2017-01-11 | Adaptive Biotechnologies Corporation | T-cell receptor clonotypes shared among ankylosing spondylitis patients |
US20140336059A1 (en) | 2011-12-05 | 2014-11-13 | Sequenta, Inc. | Clonotypes as biometric specimen tags |
ES2683037T3 (es) | 2011-12-09 | 2018-09-24 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Diagnóstico de tumores malignos linfoides y detección de enfermedad residual mínima |
JP2015501644A (ja) | 2011-12-09 | 2015-01-19 | シーケンタ インコーポレイテッド | 免疫活性化を測定する方法 |
US9499865B2 (en) | 2011-12-13 | 2016-11-22 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes |
US20150031553A1 (en) | 2011-12-13 | 2015-01-29 | Sequenta, Inc. | Method of measuring immune activation |
WO2013096480A2 (en) | 2011-12-20 | 2013-06-27 | Sequenta, Inc. | Monitoring transformation of follicular lymphoma to diffuse large b-cell lymphoma by immune repertoire analysis |
US20150031555A1 (en) | 2012-01-24 | 2015-01-29 | Gigagen, Inc. | Method for correction of bias in multiplexed amplification |
CN104204803B (zh) | 2012-02-09 | 2018-08-07 | 米密德诊断学有限公司 | 用于诊断感染的标记和决定因素和其使用方法 |
PT3363901T (pt) * | 2012-02-17 | 2021-01-22 | Hutchinson Fred Cancer Res | Composições e métodos para identificar mutações com precisão |
ES2776673T3 (es) | 2012-02-27 | 2020-07-31 | Univ North Carolina Chapel Hill | Métodos y usos para etiquetas moleculares |
WO2013131074A1 (en) | 2012-03-02 | 2013-09-06 | Diogenix, Inc. | Methods and reagents for evaluating autoimmune disease and determining antibody repertoire |
US20150038346A1 (en) | 2012-03-05 | 2015-02-05 | Sequenta, Inc. | Monitoring immune responsiveness to cancer vaccination |
WO2013134302A1 (en) | 2012-03-05 | 2013-09-12 | Sequenta, Inc. | Monitoring immune responsiveness to cancer vaccination |
DK2823060T3 (en) | 2012-03-05 | 2018-05-28 | Adaptive Biotechnologies Corp | Determination of associated immune receptor chains from frequency-matched subunits |
CA2867293C (en) | 2012-03-13 | 2020-09-01 | Abhijit Ajit PATEL | Measurement of nucleic acid variants using highly-multiplexed error-suppressed deep sequencing |
WO2013158936A1 (en) | 2012-04-20 | 2013-10-24 | Sequenta, Inc | Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in b-cell acute lymphoblastic leukemia |
CN104603286B (zh) | 2012-04-24 | 2020-07-31 | Gen9股份有限公司 | 在体外克隆中分选核酸和多重制备物的方法 |
US9150905B2 (en) | 2012-05-08 | 2015-10-06 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Compositions and method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed PCR reactions |
US20150247201A1 (en) | 2012-05-31 | 2015-09-03 | Malek Faham | Predicting relapse of chronic lymphocytic leukemia patients treated by allogeneic stem cell transplantation |
US20130324422A1 (en) | 2012-06-04 | 2013-12-05 | Sequenta, Inc. | Detecting disease-correlated clonotypes from fixed samples |
AU2013274366A1 (en) | 2012-06-11 | 2015-01-22 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method of sequence determination using sequence tags |
CA2876209A1 (en) | 2012-06-15 | 2013-12-19 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Uniquely tagged rearranged adaptive immune receptor genes in a complex gene set |
US20150154352A1 (en) | 2012-06-21 | 2015-06-04 | Gigagen, Inc. | System and Methods for Genetic Analysis of Mixed Cell Populations |
SG11201500313YA (en) | 2012-07-24 | 2015-02-27 | Sequenta Inc | Single cell analysis using sequence tags |
JP2015524282A (ja) | 2012-08-10 | 2015-08-24 | シーケンタ インコーポレイテッド | 配列タグを用いた高感度突然変異検出 |
US20140065629A1 (en) | 2012-08-29 | 2014-03-06 | Israel Barken | Methods of treating diseases |
CA2884246C (en) | 2012-09-24 | 2023-11-07 | Cb Biotechnologies, Inc. | Multiplex pyrosequencing using non-interfering noise-canceling polynucleotide identification tags |
AU2013331135A1 (en) | 2012-10-19 | 2015-05-07 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Monitoring diffuse large B-cell lymphoma from peripheral blood samples |
AU2013331212A1 (en) | 2012-10-19 | 2015-05-07 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Monitoring clonotypes of plasma cell proliferative disorders in peripheral blood |
WO2015160439A2 (en) | 2014-04-17 | 2015-10-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells |
CA2888524A1 (en) | 2012-10-22 | 2014-05-01 | Sequenta, Inc. | Monitoring mantle cell lymphoma clonotypes in peripheral blood after immunotransplant |
ES2748204T3 (es) | 2013-02-22 | 2020-03-13 | Adaptive Biotechnologies Corp | Procedimiento para seleccionar clonotipos raros |
US20140255944A1 (en) | 2013-03-08 | 2014-09-11 | Sequenta, Inc. | Monitoring treatment-resistant clones in lymphoid and myeloid neoplasms by relative levels of evolved clonotypes |
US20140255929A1 (en) | 2013-03-11 | 2014-09-11 | Sequenta, Inc. | Mosaic tags for labeling templates in large-scale amplifications |
AU2014232314B2 (en) | 2013-03-15 | 2020-05-14 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Uniquely tagged rearranged adaptive immune receptor genes in a complex gene set |
US9708657B2 (en) | 2013-07-01 | 2017-07-18 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method for generating clonotype profiles using sequence tags |
US20160186260A1 (en) | 2013-07-26 | 2016-06-30 | Sequenta, Llc | Cancer vaccination with antigen evolution |
WO2015058159A1 (en) | 2013-10-18 | 2015-04-23 | Sequenta, Inc. | Predicting patient responsiveness to immune checkpoint inhibitors |
CA2936446A1 (en) | 2014-01-10 | 2015-07-16 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Methods for defining and predicting immune response to allograft |
US20150218656A1 (en) | 2014-02-03 | 2015-08-06 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Methods for detection and diagnosis of a lymphoid malignancy using high throughput sequencing |
AU2015227054A1 (en) | 2014-03-05 | 2016-09-22 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Methods using randomer-containing synthetic molecules |
US10066265B2 (en) | 2014-04-01 | 2018-09-04 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Determining antigen-specific t-cells |
AU2015339191A1 (en) | 2014-10-29 | 2017-05-18 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from many samples |
US10246701B2 (en) | 2014-11-14 | 2019-04-02 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture |
AU2016222788B2 (en) | 2015-02-24 | 2022-03-31 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Methods for diagnosing infectious disease and determining HLA status using immune repertoire sequencing |
EP3277294B1 (en) | 2015-04-01 | 2024-05-15 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Method of identifying human compatible t cell receptors specific for an antigenic target |
-
2014
- 2014-06-27 US US14/317,087 patent/US9708657B2/en active Active
- 2014-06-30 AU AU2014284501A patent/AU2014284501B2/en active Active
- 2014-06-30 JP JP2016524301A patent/JP6383789B2/ja active Active
- 2014-06-30 CN CN201480048119.4A patent/CN105658812B/zh active Active
- 2014-06-30 EP EP14819680.1A patent/EP3017066B1/en active Active
- 2014-06-30 CN CN202011257884.0A patent/CN112375816A/zh active Pending
- 2014-06-30 ES ES14819680T patent/ES2709212T3/es active Active
- 2014-06-30 ES ES18211168T patent/ES2811520T3/es active Active
- 2014-06-30 EP EP18211168.2A patent/EP3486327B1/en active Active
- 2014-06-30 WO PCT/US2014/044971 patent/WO2015002908A1/en active Application Filing
- 2014-06-30 CA CA2916703A patent/CA2916703C/en active Active
-
2016
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-
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-
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Patent Citations (5)
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---|---|---|---|---|
JP2012508011A (ja) * | 2008-11-07 | 2012-04-05 | シーケンタ インコーポレイテッド | 配列解析によって病態をモニターする方法 |
JP2013524848A (ja) * | 2010-05-06 | 2013-06-20 | シーケンタ インコーポレイテッド | クロノタイププロファイルを用いた健康状態および疾患状態のモニタリング |
JP2013524849A (ja) * | 2010-05-06 | 2013-06-20 | シーケンタ インコーポレイテッド | 複雑なアンプリコンの配列解析 |
WO2012142213A2 (en) * | 2011-04-15 | 2012-10-18 | The Johns Hopkins University | Safe sequencing system |
WO2013155119A1 (en) * | 2012-04-13 | 2013-10-17 | Sequenta, Inc. | Detection and quantitation of sample contamination in immune repertoire analysis |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
KINDE I. ET AL.: "Detection and quantification of rare mutations with massively parallel sequencing", PROC. NATL. ACAD. SCI. U.S.A., vol. 108, JPN6017024067, 2011, pages 9530 - 9535, XP055855692, ISSN: 0003766792, DOI: 10.1073/pnas.1105422108 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2020512405A (ja) * | 2017-04-05 | 2020-04-23 | 北京泛生子基因科技有限公司 | ワンステップでアンプリコンライブラリを迅速に構築する方法 |
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