MX2010014556A - Firma transcripcional de sangre por infeccion de mycobacterium tuberculosis. - Google Patents

Abstract

La presente invención incluye métodos, sistemas y equipos para distinguir entre infección activa y latente de mycobacterium tuberculosis en un paciente que se sospecha está infectado con mycobacterium tuberculosis, y distinguir estos pacientes de individuos no infectados, el método incluye las etapas de obtener un conjunto de datos de expresión de genes de la muestra obtenida de sangre entera del paciente y determinar la expresión diferencial de uno o más módulos de expresión de genes de transcripción que distinguen entre pacientes infectados y no-infectados, en donde el conjunto de datos demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleótidos en el uno o más módulos de expresión de genes de transcripción, en comparación con pacientes no-infectados comparados, para de esta manera distinguir entre infección activa y latente de mycobacterium tuberculosis.

Description

FIRMA TRANSCRIPCIONAL DE SANGRE POR INFECCIÓN DE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS CAMPO TÉCNICO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere en general al campo de infecciones de Mycobacterium tuberculosis, y más particularmente a un sistema, método y aparato para el diagnóstico, pronóstico y supervisión de infección de Mycobacterium tuberculosis latente y activa y avance de enfermedad antes, durante y después del tratamiento.

TABLA VOLUMINOSA La solicitud de patente contiene una sección de tabla voluminosa. Una copia de la tabla está disponible en forma electrónica del sitio de la red de USPTO (http: //seqdata.uspto. gov/ ) . Una copia electrónica de la tabla también estará disponible de la USPTO ante solicitud y pago de la cuota establecida en 37 CFR 1.19(b) (3) .

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Sin limitar el alcance de ' la invención, sus antecedentes se describen en conexión con la identificación y tratamiento de infección de Mycobacterium tuberculosis .

La tuberculosis pulmonar (PTB) es una causa mayor y creciente de morbidez y mortalidad mundial provocada por Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) . Sin embargo, la mayoría de los individuos infectados con M. tuberculosis permanecen asintomáticos , reteniendo la infección en una forma latente y se considera que este estado latente se mantiene por una respuesta inmune activa (WHO; Kaufmann, SH & McMichael, AJ.; Nat Med, 2005). Esto es soportado por reportes que muestran que el tratamiento de pacientes con enfermedad de Crohn o Artritis Reumatoide con anticuerpos anti-TNF, resulta en mejora de síntomas autoinmunes , pero por otra parte provoca reactivación de TB en pacientes previamente en contacto con M. tuberculosis (Keane) . La respuesta inmune a M. tuberculosis es multifactorial e incluye factores hospederos determinados genéticamente, tales como TNF, e lFN-? e IL-12, del eje Thl (Revisado en Casanova, Ann Rev; Newport) . Sin embargo, células inmunes de pacientes de TB pulmonar adulta pueden producir IFN-?, IL-12 y TNF, y la terapia de IFN-? no ayuda en mejorar la enfermedad (Revisado en Reljic, 2007, J Interferon & Cyt Res., 27, 353-63), sugiriendo que un número más amplio de factores inmunes hospederos . están involucrados en protección contra M. tuberculosis y el mantenimiento de latencia. De esta manera, un conocimiento de factores hospederos inducidos en TB latente contra activa puede proporcionar información con respecto a la respuesta inmune que pueda controlar la infección con M. tuberculosis. El diagnóstico de PTB puede ser difícil y problemático por una cantidad de razones. Primero demostrar la presencia de bacilos de M. tuberculosis típicos en el esputo por examen de microscopio (frotis positivo) tiene una sensibilidad de solo 50 - 70%, y el diagnóstico positivo requiere aislamiento de M. tuberculosis por cultivo, que puede tardar hasta 8 semanas. Además, algunos pacientes son . frotis negativo en esputo y son incapaces de producir esputo, y de esta manera se requiere muestreado adicional por broncoscopía, , un procedimiento invasivo. Debido a estas limitaciones en el diagnóstico de PTB, los pacientes de frotis negativo en ocasiones se prueban por reactividad en la piel de tuberculina (PPD) (Mantoux) . Sin embargo, la reactividad en la piel de tuberculina (PPD) no puede distinguir entre vacunación BCG, TB latente o activa. En respuesta a este problema, se han desarrollado ensayos que demuestran inmunoreactividad a antígenos de M. tuberculosis específicos, que están ausentes en BCG. La reactividad a estos antígenos de M. tuberculosis, como se mide por producción de IFN-? por células de- sangre en Ensayos dé Liberación de Gamma Interferona (IGRA = Interferon Gamma Reléase Assays) , sin embargo, no diferencia la enfermedad latente de la activa. B latente se define en la clínica por una reacción de hipersensibilidad de tipo retardado cuando el paciente se somete a prueba intradérmicamente con PPD, junto con un resultado IGRA positivo, en la ausencia de síntomas o signos clínicos, o radiología que sugiere la enfermedad activa. La reactivación de tuberculosis latente/durmiente (TB) presenta un riesgo principal de la salud con el riesgo de transmisión a otros individuos, y de esta manera, biomarcadores que reflejan diferencias en pacientes de TB latente y activa serían de utilidad para manejo de la enfermedad, particularmente ya que el tratamiento con droga anti-micobacteriana es arduo y puede resultar en serios efectos secundarios .

COMPENDIO DE LA INVENCIÓN La presente invención incluye métodos y equipos para identificación de pacientes de tuberculosis latente contra activa (TB) , en comparación con controles sanos. En una modalidad, análisis de microhileras de sangre de una firma inmune distinta y recíproca, se utiliza para determina, diagnosticar, dar seguimiento y tratar pacientes de tuberculosis latente contra activa (TB) .

En una modalidad, la presente invención incluye métodos, sistemas y equipos para distinguir entre infección de JVTycojacteriun? tuberculosis activa y latente en un paciente que se sospecha esté infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método incluye las etapas de: obtener un conjunto de datos para expresión de genes de una muestra de sangre entera del paciente; determinar la expresión diferencial de uno o más módulos de expresión de genes transcripcional que distingue entre pacientes infectados e individuos no infectados, en donde el conjunto de datos demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleotidos en el uno o más módulos de expresión de genes transcripcionales en comparación con individuos no infectados de características similares, y distinguir entre infección de Mycobacterium tuberculosis (TB) activa y latente con base en el uno o más módulos de expresión de genes transcripcionales que diferencian entre la infección activa y latente. En un aspecto, la invención también puede incluir la etapa de utilizar la información de producto de genes comparativo determinado para formular un diagnóstico. En otro aspecto, el método también puede incluir la etapa de utilizar la información de producto de genes comparativo determinada para formular un pronóstico o la etapa de utilizar la información de producto de genes comparativo determinada para formular un plan de tratamiento. En un aspecto alterno, el método puede incluir la etapa de distinguir pacientes con TB latente de pacientes con TB activa. En un aspecto, el módulo puede incluir un conjunto de datos de los genes en los módulos MI .2 , MI .3 , MI . , Mi .5 , Mi .8 , M2.1 , M2. , M2.8 , M3.1 , M3.2 , M3.3, M3.4, M3.6, M3.7 , M3.8 o M3.9 para detectar infección pulmonar activa. En otro aspecto, el módulo puede incluir un conjunto de datos de los genes en los módulos Mi.5, M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3 para detectar una infección latente. Todavía en otro aspecto, los siguientes genes se regulan por disminución en infección pulmonar activa a CD3 , CTLA-4, CD28, ZAP-70, IL-7R, CD2 , SLAM, CCR7 y GATA-3. En un aspecto específico, el perfil de expresión de los módulos en la Figura 9 es indicativo de infección pulmonar activa y el perfil de expresión de los módulos en la Figura 10 es indicativo de infección latente. Se ha encontrado que la sub-expresión de genes en los módulos M3.4, M3.6, M3.7, M3.8 y M3.5 es indicativa de infección activa. También se ha encontrado que la sobre-expresión de genes en los módulos 3.1 es indicativa de infección activa.

Todavía en otro aspecto de la presente invención, el método también puede incluir la etapa de distinguir infección de TB de otras infecciones bacterianas al determinar la expresión de genes en los módulos M2.2 , M2.3 y M3.5, que se sobre-expresan por las células - mononucleares de sangre periférica o sangre entera en infección diferente a Mycobacterium. En forma alterna, el método puede incluir la etapa de distinguir las firmas de transcripción diferenciales y recíprocas en la sangre de pacientes de TB latente y activa utilizando dos o más de los siguientes módulos: Mi .3 , Mi .4 , MI.5, MI.8, M2.1, M2.4 , M2.8 , M3.1, M3.2 , M3.3 , M3.4 , M3.6 , M3.7 , M3.8 o M3.9 para infección pulmonar activa y los módulos Mi.5, M2.1, M2.6 , M2.10, M3.2 o M3.3 para una infección latente. Ejemplos de los genes que se regulan por incremento en infección TB pulmonar activa contra pacientes sanos se eligen de las Tablas 7A, 7D, 71, 7J y 7K. Adicionales ejemplos de los genes que se regulan por disminución en infección ' B pulmonar activa contra un paciente sano, se eligen de las Tablas 7B, 7C, 7E, 7F, 7G, 7H, 7L, 7M, 7N, 70 y 7P. En un aspecto específico, los genes que se regulan por aumento en infección de TB latente contra un paciente sano, pueden seleccionarse de la Tabla 8B. * En otro aspecto específico, los genes que se . regulan por disminución en infección de TB latente contra un paciente sano pueden seleccionarse de las Tablas 8A, 8C, 8D, 8E y 8F. Otra modalidad de la presente invención es un método para distinguir entre infección de Mycoiacterium tuberculosis activa y latente en un paciente que se sospecha está infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método incluye las etapas de: obtener un primer conjunto de datos de expresión de genes que se obtiene de un primer grupo clínico con infección de Mycobacterium tuberculosis activa, un segundo conjunto de datos de expresión génica que se obtiene de un segundo grupo clínico con un paciente con infección de Mycobacterium tuberculosis latente y un tercer conjunto de datos de expresión que se obtiene de un grupo clínico de individuos no infectados; generar un conjunto de datos de enjambre de genes que comprende la expresión diferencial de genes entre cualesquiera dos del primero, segundo y tercer conjuntos de datos; y determinar un patrón único de expresión/representación que es indicativo de infección latente, infección activa o que están sanos. En un aspecto, cada grupo clínico se separa en un patrón único de expresión/representación para cada uno de los 119 genes de la Tabla 6. En otro aspecto, valores para el primer y tercer conjuntos de datos se comparan y los valores para el conjunto de datos del primer conjunto de datos se substraen de ahí. En otro aspecto específico, los valores para el segundo y tercer conjuntos de datos se comparan y los valores para el conjunto de datos del tercer conjunto de datos se substraen de ahí. En una modalidad específica, el método además puede incluir la etapa de comparar valores para dos conjuntos de datos diferentes y substraer los valores para el conjunto de datos restante para distinguir entre un paciente con una infección latente, un paciente con una infección activa y un individuo no infectado. En un aspecto, el método además puede comprender la etapa de utilizar la información de producto de gen comparativo para formular un diagnóstico o pronóstico. Todavía en otro aspecto, el. método incluye la etapa de utilizar información de producto de gen comparativo determinado para determinar un plan de tratamiento. El método también puede incluir la etapa de distinguir pacientes con TB latente de pacientes con TB activa al analizar la expresión/representación de genes en los enjambres de pacientes y genes.

En un aspecto específico, el método además puede incluir la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: ST3GAL6, PAD14, TNFRSF12A, VAMP3 , BR13 , RGS19 , PILRA, NCFl, LOC652616, PLAUR(CD87), SIGLEC5 , B3GALT7 , IBRDC3 (NKLAM) , AL0X5AP (FLAP) , M P9 , ANPEP (APN) , NALP12 , CSF2RA, IL6R(CD126), RASGRP4 , TNFSF14 (CD258 ) , NCF4 , HK2 , ARID3A, PGLYRP1 ( PGRP) , que se sobre-expresan/sub-representan en la sangre de pacientes de TB Latente pero no en la sangre de individuos Sanos o individuos con TB Activa. En otro aspecto específico, el método además puede incluir la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: ABCG1, SREBFl , RBP7(CRBP4), C22orf5, FAM101B, S100P, LOC649377, UBTDl , PSTPIP-1, RENBP, PGM2 , SULF2 , FAM7A1 , HOMTES- 103, DUFAF1, CES1, CYP27A1, FLJ33641, GPR177, MIDlIPl (MIG-12 ) , PSD4, SF3A1, NOV(CCN3), SG (SGKl), CDK5R1 , LOC642035, que . se sobre-expresan/sobre-representan en la sangre de individuos de control Sanos pero fueron sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB Latente, y sub-expresados/sub-representados en la sangre del paciente de TV Activa. En otro aspecto específico, el método además puede incluir la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: ARSG, LOC284757, MDM4, CR KLl , IL8 , LOC389541, CD300LB, NIN, PHKG2, HlPl, que se sobre-expresan/sobre-representan en la sangre de individuos Sanos , son sub-expresados/sub-representados en la sangre de tanto pacientes de TB Latente como Activa. En un aspecto específico, el método además puede incluir la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: PSMB8(LMP7), APOL6 , GBP2, GBP5, GBP4, ATF3 , GCHl, VAMP5 , WARS, LIMKl , NPC2 , IL-15, LMTK2, STX11(FHL4), que se sobre-expresan/sobre-representan en la sangre de TB Activa, y sub-expresan/sub-representan en la sangre en pacientes de TB Latente e individuos de control Sanos. En un aspecto específico, el método además puede incluir la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: FLJ11259 (DRAM) , JA 2, GSDMDC1 (DF5L) (FKSG10) , SIPAIL1, [2680400] (KIAA1632) , ACTA2 (ACTSA) , KCMMBl (SLOBETA) , que se sobre-expresan/sobre-representan en sangre de pacientes con TB Activa, y sub-expresan/sub-representan en la sangre de pacientes con TB Latente e individuos de control Sanos. En un aspecto específico, el método además puede incluir la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: SPTA I, KIAAD179 (Nnpl ) (RRPl ) , FAM84B (NSE2 ) , SELM, IL27RA, MRPS34, [ 6940246 ]( IL23A) , PRKCA(PKCA), CCDC41, CD52(CDW52), [3890241] (ZN404) , MCCC1 (MCCA/B) , SOX8 , SYNJ2 , FLJ21127, FHIT, que se sub-expresan/sub-representan en la sangre de pacientes de TB Activa pero no en la sangre de pacientes de TB Latente o individuos de control Sanos. En un aspecto específico, el método además puede incluir la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: CDKLl(p42), MICALCL, MBNL3 , RHD, ST7(RAYl), PPR3R1, [360739] (PIP5K2A) , AMFR, FLJ22471, CRAT (CATl ) ,. PLA2G4C, ACOT7 (ACT) (ACHI) , R F182, KLRC3 (NKG2E) , HLA-DPBl , que se SUb- expresan/sub-representan en la sangre de individuos de control Sanos, sobre-expresan/sobre-representan en la sangre de pacientes de TB Latente, y sobre-expresan/sobre-representan en la sangre de pacientes de TB Activa.

Todavía en otra modalidad de la presente invención, está un método para distinguir entre infección de mycobacterium tuberculosis activa y latente en un paciente que se sospecha esté infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método incluye las etapas de: obtener un conjunto de datos de expresión de genes de una muestra de sangre entera; clasificar el conjunto de datos de expresión de genes en uno o más módulos de expresión de genes de transcripción; y cartografiar la expresión diferencial de uno o más módulos de expresión de genes de transcripción que distinguen entre infección de Mycobacterium tuberculosis activo y latente, de esta manera .distinguiendo entre infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis . En un aspecto, el conjunto de datos incluye genes TRIM. En un aspecto, el conjunto de datos incluye genes TRIM, específicamente, TRIM 5, 6, 19(PML), 21, 22, 25, 68 se sobre-representan/expresan en TB pulmonar activa. En un aspecto, el conjunto de datos de genes TRIM, incluye TRIM 28, 32, 51, 52, 68, están sub-representados/expresados en TB pulmonar activa.

Otra modalidad de la presente invención se refiere a un método para diagnosticar a un paciente con infección de Mycobacterium tuberculosis activa y latente en un paciente que se sospecha está infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método comprende detectar expresión diferencial de uno o más módulos de expresión de genes transcripcionales que distinguen entre pacientes infectados y no-infectados que se obtienen de sangre entera, en donde la sangre entera demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleotidos en el uno o más módulos de expresión de genes transcripcionales en comparación con pacientes no-infectados de características similares, de esta manera distinguiendo entre infección de Mycobacterium tuberculosis activa y. latente. En otro aspecto, el método incluye una o más de la etapa de: utilizar la información de producto de gen comparativo determinada para formular un diagnóstico, la etapa de utilizar la información de producto de genes comparativos determinada para formular un pronóstico y la etapa de utilizar la información de producto de genes comparativa determinada para formular un plan de tratamiento. En un aspecto alterno, el método puede incluir la etapa de distinguir pacientes con pacientes de TB latente de pacientes de TB activa. En un aspecto, el modulo puede incluir un conjunto de datos de los genes en los módulos Mi.2, Mi.3, MI .4 , MI .5 , Mi .8 , M2.1 , M2. , M2.8 , M3.1 , M3.2 , M3.3 , ' M3.4 , ' M3.6, M3.7, M3.8 o M3.9 para detectar infección pulmonar activa. En otro aspecto, el modulo puede incluir un conjunto de datos de los genes en los módulos Ml.5,.M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3 para detectar una infección latente. Todavía en otro aspecto, los siguientes genes se regulan por disminución en infección pulmonar activa CD3 , CTLA-4, CD28, ZAP-70, IL-7R, CD2, SLAM, CCR7 y GATA-3. En un aspecto específico, el perfil de expresión de los módulos en la Figura 9 es indicativo de infección pulmonar activa y el perfil de expresión de los módulos en la Figura 10 es indicativo de infección latente. Se ha encontrado que la sub-expresión de genes en los módulos M3.4, M3.6, M3.7, M3.8 y M3.9 es indicativa de infección activa. También se ha encontrado que la sobre-expresión de genes en los módulos M3.1 es indicativo de infección activa.

Todavía en otro aspecto de la presente invención, el método también puede incluir la etapa de distinguir infección de TB de otras infecciones bacterianas al determinar la expresión génica en los módulos M2.2, M2.3 y M3.5, que se sobre-expresan por células mononucleares de sangre periférica o sangre entera en infección diferente a Mycobacterium. En forma alterna, el método puede incluir la etapa de distinguir las firmas de transcripción diferenciales y recíprocas en la sangre de pacientes de TB latente y activo utilizando dos o más de los siguientes módulos: Mi.3, MI.4, MI .5 , MI .8 , M2.1 , M2.4 , M2.8 , M3.1 , M3.2 , M3.3 , M3.4 , M3.6 , M3.7 , ?3.8 o ?3.9 para infección pulmonar activa y los módulos Mi.5, M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3 para infección latente. Ejemplos de los genes que se regulan por incremento en infección de TB pulmonar activa contra pacientes sanos , se eligen de las Tablas 7A, 7D, 71, 7J y 7K. Adicionales ejemplos de los genes que se regulan por disminución en infección de TB pulmonar activa contra un paciente sano se eligen de las Tablas 7B, 7C, 7E, 7F, 7G, 7H, 7L, 7M, 7N, 70 y 7P. En un aspecto específico, los genes que se regulan por aumento en infección de TB latente contra un paciente sano pueden seleccionarse de la Tabla 8B. En otro aspecto específico, los genes que se regulan por disminución en infección de TB latente contra un paciente sano, pueden seleccionarse de las Tablas 8A, 8C, 8D, 8E y 8F.

Otra modalidad de la presente invención es un equipo para diagnosticar a un paciente con infección de Mycobacterium tuberculosis activa y latente, en un paciente que se sospecha está infectado con Mycojacfcerium tuberculosis, el equipo que incluye un detector de expresión de genes para obtener un conjunto de datos de expresión de genes del paciente; y un procesador capaz de comparar la expresión de genes con el conjunto de datos del módulo génico pre-definido que distingue entre pacientes infectados y no infectados que se obtiene de sangre entera, en donde la sangre entera demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleotidos en el uno o más módulos de expresión de genes transcripcionales en comparación con pacientes no infectados de características similares, de esta manera distinguiendo entre infección de Mycobacterium tuberculosis activa y latente.

Todavía otra modalidad incluye un sistema para diagnosticar a un paciente con infección de Mycobacterium tuberculosis activa y latente que comprende: un conjunto de datos de expresión génica del paciente; y un procesador capaz de comparar la expresión génica con el conjunto de módulo de genes pre-definido que distingue entre pacientes infectados y no infectados que se obtiene de sangre entera, en donde la sangre entera demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleotidos en el uno o más módulos de expresión de genes de transcripción en comparación con pacientes no infectados de características similares, de esta manera distinguiendo entre infección de Mycobacterium tuberculosis activa y latente, en donde los módulos se eligen de Mi .3 , Mi.4, Mi .5 , MI.8, M2.1, M2.4, M2.8 , M3.1, M3.2 , M3..3, M3.4, M3.6, M3.7, M3.8 o M3.9 para infección pulmonar activa y módulos MI.5, M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3 para infección latente.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS Para una compresión más completa de las características y ventajas de la presente invención, ahora se hace referencia a la descripción detallada de la invención junto con las figures acompañantes y en donde: La Figura 1 muestra los resultados de expresión de matriz de genes de 42 participantes, genes presentes en al menos 2 muestras (PAL2) , genes 2 plegados sobre o sub-representados en comparación con la mediana, en enjambre por Pearson Correlation que compara PTB activa, TB latente, controles no vacunados de BCG sanos y controles vacunados BCG sanos ; La Figura 2 muestra los resultados de expresión de matriz de genes de PAL2, 2 pliegues expresados por disminución o aumento, filtrados para diferencias estadísticamente significantes en expresión entre grupos clínicos utilizando una prueba no-paramétrica (Kruskal-Wallis) , P < 0.01, con corrección Benjamini-Hocnberg (1473 genes) y agrupado o enjambrado independiente utilizando la correlación Pearson que compara PTB activa, TB latente y controles sanos; Las Figuras 3A - 3D muestran los resultados de expresión de matriz de genes de PAL2 , 2 pliegues expresados por disminución o por aumento, filtrados para diferencias estadísticamente significantes en expresión entre grupos clínicos utilizando una prueba no paramétrica (Kruskal-Wallis) , P < 0.01, con corrección Benjamini-Hocnberg, y después filtrados por la presencia del término de ontología génica para "inmuno respuesta" de proceso biológico en la anotación de genes y enjambrado independiente utilizando correlación Pearson (158 genes). Estos 158 genes se muestran separados en 4 figuras (3A - 3D) para legibilidad.

La Figura 3A muestra resultados de expresión de matriz de genes que comparan PTB activa, TB latente, controles no vacunados BCG sanos y controles vacunados BCG sanos; La Figura 3B muestra resultados de expresión de matriz de genes que comparan PTB activa, TB latente, controles no vacunados BCG sanos y controles vacunados BCG sanos ; La Figura 3C muestra resultados de expresión de matriz de genes que comparan PTB activa, TB latente, controles no vacunados BCG sanos y controles vacunados BCG sanos ; La Figura 3D muestra resultados de expresión de matriz de genes que comparan PTB activa, TB latente, controles no vacunados BCG sanos y controles vacunados BCG sanos ; La Figura 4 muestra los resultados de expresión de matriz de genes de 42 participantes, genes presentes en al menos 2 muestras (PAL2), genes con 2 pliegues sobre y sub-representados comparados con la mediana, Genes seleccionados como TRIMs - enjambrados por Correlación Pearson que compara PTB activa, TB latente, controles no vacunados BCG sanos y controles vacunados BCG sanos; La Figura 5A muestra detalle de los resultados de expresión de matriz de genes de 42 participantes, genes presentes en al menos 2 muestras (PAL2), genes de 2 pliegues sobre y sub-representados en comparación con la mediana, enjambrados por Correlación Pearson que compara PTB activa, TB latente, controles no vacunados .BCG sanos y controles vacunados BCG sanos, que muestran que ligandos inmunoregulatorios inhibitorios (PDL1/CD274, PDL2/CD273) se sobre-expresan en pacientes TB activas.

La Figura 5B muestra los resultados de expresión de matriz de genes sin filtrar que demuestran que PDLl solo se expresa en pacientes de TB activa; La Figura 6 muestra los resultados de expresión de matriz de genes filtrados para genes presentes en al menos 2 muestras, 2 pliegues por disminución o por aumento "representados" comparados con mediana, expresados en forma estadísticamente significante en forma diferencial a través de grupos (P<0.1, prueba no paramétrica Kruskal-Wallis con corrección Bonferroni) (46 genes) enjambrados en forma independiente utilizando la correlación Pearson, comparando PTB activa, TB latente, controles no vacunados BCG sanos y controles vacunados BCG sanos; La Figura 7 muestra los resultados de expresión de matriz de genes filtrados para genes presentes en al menos 2 muestras, 2 pliegues "representados" por disminución o aumento . comparados con mediana, expresados en forma estadísticamente significantes en forma diferencial a través, de grupos (P<0.05, prueba no paramétrica Kruskal-Wallis con corrección Bonferroni) (18 genes) enjambrados en forma independiente utilizando correlación Pearson, comparando PTB activa, TB latente, controles no vacunados BCG sanos y controles vacunados BCG sanos; La Figura 8A muestra que resultados de fusionar diferentes filtros estadísticos aplicado a la lista .de genes filtrados presente en al menos 2 muestras, 2 pliegues por disminución o por aumento "representados" en comparación con mediana, discrimina entre todos los tres grupos clínicos. Las transcripciones mostradas son expresadas en forma estadística significante de manera diferencial entre Latentes y Sanos (P<0.005, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney sin corrección) más las transcripciones expresadas en forma estadísticamente significante de manera diferencial entre Activos y Sanos (P<0.5, prueba no paramétrica Wilcoxon- Mann-Whitney con corrección Bonferroni) - 119 genes en total enjambrados en forma independiente utilizando correlación Pearson (enjambres de grupos pacientes/clínicos se presentan en forma horizontal y enjambres de genes se presentan en forma vertical) ; Estos 119 genes se muestran separados en 5 figuras adicionales (8B -8F) para legibilidad y para mostrar que los sub-grupos de estos genes también pueden emplearse para distinguir entre diferentes grupos clínicos (es decir entre Activo, Latente y Sano) .

La Figura 8B muestra los resultados de expresión de matriz de genes filtrados para genes presentes en al menos 2 muestras, 2 pliegues "representados" por disminución o por aumento comparados con la mediana, transcripciones de expresión estadística significante diferencial entre Latente y Sano (P<0.005, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney sin corrección) transcripciones PLUS, expresadas en forma estadística significante diferencial entre Activos y Sanos (P<0.5, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney con corrección Bonferroni) (enjambres de grupos de pacientes/clínicos ) se presentan horizontalmente y enjambres de genes se presentan verticalmente) ; La Figura 8C muestra los resultados de expresión de matriz de genes filtrados para genes presentes en al menos 2 muestras, 2 pliegues "representados" por disminución o por aumento comparados con la mediana, transcripciones de expresión estadística significante diferencial entre Latente y Sano (P<0.005, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney sin corrección) transcripciones PLUS expresadas en forma estadística significante diferencial entre Activo y Sano (P<0.5, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney con corrección Bonferroni) ; La Figura 8D muestra los resultados de expresión de matriz de genes filtrados para genes presentes en al menos 2 muestras, 2 pliegues por disminución o por aumento "representados" en comparación con mediana, transcripciones expresadas en forma estadística significante diferencial entre Latente y Sanos (P<0.005, prueba no para-métrica Wilcoxon-Mann-Whitney sin corrección) transcripciones PLUS que expresan en forma estadística significante diferencial entre Activo y Sano (P<0.5, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney sin corrección Bonferroni) (enjambres de pacientes/grupos clínicos, se presentan horizontalmente y enjambres de genes se presentan verticalmente) ; La Figura 8E muestra los resultados de expresión de matriz de genes filtrados para genes presentes en al menos 2 muestras, 2 pliegues "representados" por disminución o por aumento comparados con la mediana, transcripciones expresadas en forma estadística significante diferencial entre Latente y Sano (P<0.005, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney sin corrección) transcripciones PLUS expresadas en forma estadística significante diferencial entre Activo y Sano (P<0.5, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney con corrección Bonferroni) (enjambres de grupos de pacientes/clínicos se presentan horizontalmente y enjambres de genes sé presentan verticalmente) ; La Figura 8F muestra los resultados de expresión de matriz de genes filtrados para genes presentes en al menos 2 muestras, 2 pliegues "representados" por disminución o por aumento comparados con la mediana, transcripciones expresadas en forma estadística significante diferencial entre Latente y Sano (P<0.005, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney sin corrección) transcripciones PLUS expresadas en forma estadística significante diferencial entre Activo y Sano (P<0.5, prueba no paramétrica Wilcoxon-Mann-Whitney con corrección Bonferroni) (enjambres de grupos de pacientes/clínicos se presentan horizontalmente y enjambres de genes se presentan verticalmente) ; La Figura 9 muestra los resultados de expresión de matriz de genes de un análisis de módulo de genes de PTB (9) contra Control(6) : de 5281 genes, filtrado para PAL2 , expresado en forma estadística significante diferencial entre PTB activa y controles sanos con la prueba Wilcoxon-Mann-Whitney, p<0.05, sin corrección de múltiples pruebas; y La Figura 10 muestra los resultados de expresión de matriz de genes de un análisis de modulo de genes de LTB ( 9 ) contra Control(6) : de - 3137 genes, filtrado para PAL2 , expresado estadísticamente significante en forma diferencial entre PTB activa y controles sanos por la prueba Wilcoxon-Mann-Whitney, p<0.05, sin corrección de múltiples pruebas.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN Mientras que la elaboración y uso de diversas modalidades de la presente invención se discuten en detalle a continuación, habrá de apreciarse que la presente invención proporciona muchos conceptos inventivos aplicables' que pueden incorporarse en una amplia variedad de contextos específicos. Las modalidades específicas aquí discutidas son solamente ilustrativas de formas específicas paira hacer y usar la invención y no delimitan el alcance de la invención.

Para facilitar la comprensión de esta invención, a continuación se define una cantidad de términos . Términos definidos aquí tiene significados como se comprende comúnmente por una persona con destreza ordinaria en las áreas relevantes para la presente invención. Términos tales como "un", "una" y "el/la" no se pretende que se refieran solo a una entidad en singular, sino incluye la clase general de la cual puede emplearse para ilustración un ejemplo específico. La presente terminología se emplea para describir modalidades específicas de la invención, pero su uso no delimita la invención, excepto como se establece en las reivindicaciones. A menos que se defina de otra forma, todos los términos técnicos y científicos aquí empleados tienen el significado comúnmente comprendido por una persona con destreza en la técnica a la cual pertenece la invención. Las siguientes referencias proporcionan a una persona con destreza con una definición general de muchos de los términos empleados en esta invención: Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (2d ed. 1994) ; The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walker ed. , 1988); The Glossary of Genetics, 5TH ED., R. Rieger et al. (eds.), Springer Verlag (1991); y Hale & Marham, The Harper Collins Dictionary of Biology (1991) .

Diversos métodos de biología molecular y bioquímica son bien conocidos en la técnica. Por ejemplo, métodos para aislamiento y purificación de ácidos nucleicos se describen en detalle en WO 97/10365; WO 97/27317; Capítulo 3 de Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology: Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part I. Theory and Nucleic Acid Preparación, (P. Tijssen, ed.) Elsevier, N.Y. (1993); Sambrook, et al., Molecular Cloning: A' Laboratory Manual, Coid Spring Harbor Press, N.Y., (1989); y Current Protocols in Molecular Biology, (Ausubel, F. M. et al., eds.) John Wiley & Sons, Inc., New York (1987-1999), incluyendo suplementos .

DEFINICIONES BIOIMFORMÁTICAS Como se emplea aguí, un "objeto" se refiere a cualquier ítem o información de interés (en general textual, incluyendo nombre, verbo, adjetivo, adverbio, frase, oración, símbolo, caracteres numéricos, etc.). Por lo tanto, un objeto es cualquier cosa que pueda formar una relación y cualquier cosa que pueda obtenerse, identificarse y/o buscarse de una fuente. "Objetos" incluyen, pero no están limitados a una entidad de interés tal como un gen, proteína, enfermedad, fenotipo, mecanismo, droga, etc. En algunos aspectos, un objeto puede ser datos, como se describe adicionalmente a continuación. Como se emplea aquí, una "relación" se refiere a la co-ocurrencia de objetos dentro de la misma unidad (por ejemplo, una frase, oración, dos o más líneas de texto, un párrafo, una sección de una página de la red, una página, una revista, documento, libro, etc.) . Puede ser texto, símbolos, números y combinaciones de los mismos.

Como se emplea aquí, "contenido de meta datos" se refiere a información en cuanto a la organización de texto en una fuente de datos . Meta datos pueden comprender meta datos estándar tales como meta datos Dublin Core o pueden ser específicos de colección. Ejemplos de formatos de meta datos incluye pero no están limitados a registros de Catálogo Legible por Máquina (MARC = Machine Readable Catalog) utilizados para catálogos de bibliotecas, Formato de Descripción de Recursos (RDF = Resource Description Format) y Lenguaje de Marcas Extensible o Lenguaje de Etiquetado Sensible (XML = Extensible Markup Language) . Meta objetos pueden ser generados en forma manual o a través de algoritmos para extracción de información automatizada.

Como se emplea aquí, un "motor" se refiere a un programa que realiza una función núcleo o esencial para otros programas. Por ejemplo, un motor puede ser un programa central en un sistema operativo o programa de aplicación que coordina la operación total de otros programas . El término "motor" también puede referirse a un programa que contiene un algoritmo que puede cambiarse. Por ejemplo, un motor de descubrimiento de conocimiento puede diseñarse de manera tal que su enfoque para identificar relaciones pueda cambiarse para reflejar nuevas reglas para identificar y clasificar jerárquicamente relaciones. Como se emplea aquí, "análisis semántico" se refiere a la identificación de relaciones entre palabras que representan conceptos similares, por ejemplo a través de eliminación de sufijo o radicación, o al emplear un tesauro. "Análisis estadístico" se refiere a una técnica basada en contar el número de ocurrencias de cada término (palabra, raíz de palabra, raíz de la palabra, n-grama, frase, etc.). En colecciones no restringidas en cuanto a sujeto, la misma frase empleada en diferentes . contextos puede representar diferentes conceptos. Análisis estadístico de co-ocurrencia de frase puede ayudar en resolver ambigüedad del sentido de la palabra. "Análisis sintáctico" puede emplearse para disminuir adicionalmente la ambigüedad por análisis de parte-de-habla. Como se emplea aquí, uno o más de estos análisis se refiere en forma más general como "análisis léxico". "Inteligencia Artificial (AI = Artificial intelligence) " se refiere a métodos por los cuales un dispositivo no humano, tal como una computadora, realiza tareas que los humanos considerarían valiosas o notables o "inteligentes". Ejemplos incluyen identificar imágenes, comprender palabras habadas o texto escrito y resolver problemas. Términos tales "datos", "conjunto de datos" e "información" a menudo se emplean en forma intercambiable, al igual que "información" y "conocimiento". Como se emplea aquí, "datos" es la unidad más fundamental que es una medida o conjunto de medidas empíricas. Los datos se compilan para contribuir a información, pero fundamentalmente depende de esta, que puedan combinarse en un conjunto de datos. Información, por contraste de deriva de. intereses, por ejemplo datos (la unidad) puede recolectarse por etnicidad, género, altura, peso y dieta con el propósito de encontrar variables correlacionadas con riesgo de enfermedad cardiovascular. Sin embargo, los mismos datos pueden emplearse para desarrollar una fórmula o para crear "información" respecto a preferencias de dieta, es decir probabilidad que ciertos productos en un supermercado tengan superior probabilidad de venderse.

Como se emplea aquí, el término "base de datos" se refiere a depósitos para datos en crudo o compilados, incluso si se pueden encontrar diversas facetas de información dentro de los campos de datos . Una base de datos puede incluir uno o más conjunto de datos. Una base de datos típicamente se organiza, de manera tal que sus contenidos pueden tener acceso, ser manejados y actualizados (por ejemplo, la base de datos es dinámica). El término "base de datos" y "fuente" también se emplea en forma intercambiable en la presente invención, debido a que fuentes primarias de datos e información son bases de datos. Sin embargo, una "base de datos fuente" o "datos fuente" se refiere en general a datos, por ejemplo, texto no estructurado y/o datos estructurados que se alimentan al sistema para identificar objetos y determinar relaciones . Una base de datos fuente puede o no ser una base de datos de relación. Sin embargo, una base de datos del sistema usualmente incluye una base de datos de relación o algún tipo equivalente de base de datos que almacena valores referentes a relaciones entre objetos. Como se emplea aquí, una "base de datos de sistema " y "base de datos dé relación" se emplean en forma intercambiable y se refieren a una o más colecciones de datos organizadas como un conjunto de tablas que contienen datos adaptados en categorías predeterminadas. Por ejemplo, una tabla de base de datos puede comprender una o más categorías definidas por columnas (por ejemplo atributos) , mientras que hileras de la base de datos pueden contener un objeto único para las categorías definidas por las columnas. De esta manera, un objeto tal como la identidad de un gen puede tener columnas por su presencia, ausencia y/o nivel de expresión del gen. Una hilera de una base de datos de relación también puede ser referida como un "conjunto" y en general se define por los valores de sus columnas. Un "dominio" en el contexto de una base de datos de relación es un intervalo de valores validos que un campo tal como una columna puede incluir. Como se emplea aquí, un "dominio de conocimiento" se refiere a un área de estudio sobre la cual es operativo el sistema, por ejemplo, todos los datos biomédicos. Habrá de señalarse que hay ventaja en combinar datos de varios dominios, por ejemplo datos biomédicos y datos de ingeniería para que esto datos diversos en ocasiones puede ligar o enlazar cosas que no pueden unirse por una persona normal que solo esta familiarizada con un área o investigación/estudio (un dominio) . Una "base de datos de distribución" se refiere a una base de datos que puede dispersarse o replicarse entre diferentes puntos en una red.

Como se emplea aquí, "información" se refiere a un conjunto de datos que puede incluir números, letras, conjuntos de números, conjuntos de letras o conclusiones que resultan o derivan de un conjunto de datos. "Datos" entonces son una medición o estadística y la unidad fundamental de información. "Información" también puede incluir otros tipos de datos tales como palabras, símbolos, texto, tales como texto libre sin estructurar, código, etc. "Conocimiento" se define en forma suelta u holgada como un conjunto de información que da suficiente comprensión de un sistema para modelar causa y efecto. Para exténder el ejemplo previo, información demográfica, de género y compras previas pueden emplearse para, desarrollar una estrategia de comercialización regional para ventas de alimentos mientras que información de nacionalidad puede emplearse por los compradores como una guía para importación de productos . Es importante notar que no hay fronteras estrictas entre datos, información, y conocimiento; los tres términos en ocasiones se consideran equivalentes. En general, datos provienen de examen, información proviene de correlación y conocimiento proviene de modelado.

Como se emplea aquí, "un programa" o "programa de computadora" se refiere en general a una unidad sintáctica que se adapta a las reglas de un lenguaje de programación particular y que esta compuesto por declaraciones o instrucciones, divisible en, "segmentos de código" requiere resolver o ejecutar una cierta función tarea o problema. Un lenguaje de programación en general es un lenguaje artificial para expresar programas .

Como se emplea aquí, un "sistema" o un "sistema de computadora" en general se refiere a una o más < computadoras , equipo periférico y soporte lógico que realiza procesamiento de datos. Un "usuario" u "operador de sistema" en general incluye una persona, que utiliza una red de computadoras a la que se tiene acceso a través de un "dispositivo de usuario" (por ejemplo, una computadora, un dispositivo inalámbrico, etc.) con el propósito de procesamiento de datos e intercambio de información. Una "computadora" en general es una unidad funcional que puede realizar cómputos substanciales, incluyendo numerosas operaciones aritméticas y operaciones lógicas sin intervención de humanos.

Como se emplea aquí, "soporte lógico de aplicación" o un "programa de aplicación" se refiere en general a soporte lógico o un programa que es específico para la solución de un problema de aplicación. Un "problema de aplicación" en general es un problema presentado por un usuario final y requiere procesamiento de información para su solución.

Como se emplea aquí, un "lenguaje natural" se refiere a un lenguaje cuyas reglas se basan en uso actual sin estar prescrito específicamente, por ejemplo, ingles, español o chino. Como se emplea aquí, un "lenguaje artificial" se refiere a un lenguaje cuyas reglas se establecen explícitamente antes de su uso, por ejemplo lenguajes de programación de computadora tales como C, C++, Java, BASIC, FORTRAN, O COBOL.

Como se emplea aquí, "relevancia estadística" se refiere a utilizar uno o más de los esquemas de clasificación jerárquica (proporción O/E,, fuerza, etc.), en donde una relación se determina que es estadísticamente relevante si ocurre en forma significativa más frecuentemente que lo que se esperaría por selección al azar.

Como se emplea aquí, los "términos "genes regulados en forma coordinada" o "módulos de transcripción" se emplean en forma intercambiable para referirse a perfiles de expresión de genes agrupados (por ejemplo, valores de señal asociados con una secuencia de genes específica) de genes específicos. Cada modulo de transcripción se correlaciona dos partes clave de datos, una porción de búsqueda de literatura y datos de valor de expresión para gen empírico actuales obtenidos de una micro hilera de genes o génica. El conjunto de genes que se elige en módulos de transcripción se basa en el análisis de datos de expresión de genes (algoritmo de extracción de modulo descrito anteriormente) . Etapas adicional se ilustran por Chaussabel, D. & Sher, A. Mining microarray expression data by literature profiling. Genome Biol 3, RESEARCHO055 (2002), (http : //genomebiology. com/2002 /3/10/research/0055) porciones relevantes, aquí se incorporan por referencia y datos de expresión que se obtienen de una enfermedad o condición de interés, por ejemplo lupus sistémico eritematoso, artritis, linfoma, carcinoma, melanoma, infección aguda, desordenes autoinmunes, desordenes auto inflamatorios, etc.).

La Tabla siguiente cita ejemplos de claves que se emplearon para desarrollar la porción de búsqueda , en literatura o contribución a los módulos de transcripción. La persona con destreza reconocerá que otros términos igualmente pueden seleccionarse para otras condiciones, por ejemplo, canceres específicos, enfermedad infecciosa específica, trasplante, etc. Por ejemplo, genes y señales para esos genes asociados con activación de célula T se describen a continuación como Módulo ID "M 2.8" en donde ciertas claves (por ejemplo, Linfoma, célula T, CD4, CD8, TCR, Timus, Linfoide, IL2) se emplearon para identificar genes asociados a célula T claves, por ejemplo, marcadores de superficie de célula T (CD5, CD6, CD7, CD26, CD28, CD96); moléculas expresadas por células de linaje linfoide (linfotóxina beta, cinasa de célula T inducible por IL2 , ' TCF7 ; y proteína' de diferenciación de célula T mal, GATA3 , STAT5B) . A continuación, el . módulo completo se desarrolla al correlacionar datos de una población de pacientes para estos genes (independientemente de la plataforma, presencia/ausencia y/o regulación por aumento o disminución) para generar el módulo de transcripción. En algunos casos, el perfil de genes no corresponde (en este momento) con ningún agrupamiento particular o enjambrado de genes para estas condiciones y datos de enfermedad, sin embargo ciertas rutas fisiológicas (por ejemplo, señalización cAMP, proteínas de dedo de zinc, marcadores de superficie celular, etc.) se encuentran dentro de los módulos "No determinados". De hecho, el conjunto de datos de expresión de genes puede emplearse para extraer genes que tienen expresión coordinada antes de acoplar con la búsqueda de palabra clave, es decir cualquier juego de datos puede correlacionarse antes de hacer referencia cruzada con el segundo conjunto de datos.

Tabla 1 Módulos de Transcripción I.D. de Selección de Evaluación de Perfil de Módulo palabra clave Genes E empla Ejemplar r M 1.1 ig, Células de Plasma: Inmunog1obu1ina, Incluyen genes que Hueso, Medula, codifican cadenas de PreB, IgM, Mu. Inmunoglobulina (por ejemplo IGHM, IGJ, IGLL1, IGKC, IGHD) y el marcador de de célula de plasma CD38.

M 1.2 Plaqueta, Plaquetas : Incluyen Adhesión, genes que codifican Agregación, glicoproteínas de Endotelial , plaquetas (ITGA2B, Vascular ITGB3, GP6, GP1A/B) , y mediadores inmunes derivados de plaquetas tales como proteína básica pro-plaquetas (PPPB = pro-platelet basic protein) y factor de plaquetas 4 (PF4 = platelet factor) .

M 1.3 Inmunoreceptor, Células B: Incluyen BCR, célula B, IgG genes que codifican marcadores de superficie celular B (CD72, CD79A/B, CD19, CD22) y otras moléculas asociadas a célula B: factor de célula B temprano (EBF = Early B-cell factor) , enlazadores células B (BLNK)¦ y tirosina cinasa linfoide (BLK = lymphoid tyrosine kinase) .

M 1.4 Replicación, No determinado. Este Represión, conjunto incluye Reparación, CREB, reguladores y objetivos Linfoide, TNF-alfa de ruta de señalización cAMP (JUD, ATF4, CREM, PDE4, NR4A2, VIL2), así como represores de activación NF-KB mediados por TNF-alfa (CYLD, ASK, TNFAIP3).

M 1.5 ' Monocitos , Lineage mieloide: Dendritico, MHC , Incluye moléculas Co-estimulatoria , expresadas por células TLR4, YD88 de lineage mieloide (CD86, CD163, FCGR2A) , algunas de las cuales están involucradas en reconocimiento de patógeno (CD14, TLR2 , MYD88) . Éste conjunto también incluye miembros de familia TNF (TNFR2 , · BAFF) .

M 1.6 Zinc, dedo, P53, No determinado. Este RAS conjunto incluye genes que codifican moléculas de señalización, por ejemplo, el inhibidor que contiene dedo de zinc de STAT activado (PIASl y PIAS2) , o el factor nuclear de células T activadas NFATC3.

M 1 .7 Ribosoma de Proteínas Traducción, 40S, MHC/Ribosomales : Casi 6OS, HLA formadas exclusivamente por genes que codifican moléculas MHC clase I (HLA-A, B, C, G, E) + Beta 2-microglobulina (B2M) o proteínas Ribosomales (RPLs, RPSs) .

M 1 .8 Metabolismo, No determinado . Incluye Biosíntesis , genes que codifican Replicación, enzimas metabólicas Helicasa (GLS, NSF1, NATI) y factores involucrados en replicación de ADN (PURA, TERF2, EIF2S1).

M 2 .1 NK, destructora, Células Citotóxicas: Citolítico, CD8, Incluyen células T mediada por citotóxicas y Célula, célula T, marcadores de CTL, IFN-g superficie de células NK (CD8A, CD2, CD160, NKG7, KLRs ) , moléculas citolíticas (granzima, perforina, granulisina) , quimiosinas (CCL5, XCLl) y moléculas asociadas a célula CTL/NK (CTSW) .

M 2.2 Graulocitos , Neutrófilos: Este Neutrófilos , conjunto incluye Defensa, Mieloide, moléculas innatas que Medula se encuentran en gránulos de neutrófilo (Lactotransferina : LTF, defensina: DEAFl, proteína que incrementa la Permeabilidad Bacterial: (BPI, = Bacterial Permeabili y Increasing protein) Catelicidina proteína antimicrobiana: (CAMP = Cathelicidin antimicrobial protein) .

M 2 3 Eritrocitos, Roja, Eritrocitos: Incluyen Anemia, Globina, genes de hemoglobina Hemoglobina (HGBs) y otros genes asociados con eritrocitos (alquirina eritrocitica :ANKl , Glicoforina C: GYPC, hidroximetilbilano sintasa: HMBS, factor asociado a eritroides: ERAF) .

M 2 .4 Ribonucleopro eína Proteínas Ribosomales : , 60S, nucléolo, Incluyendo genes que Puntaje, codifican proteínas Elongación ribosomales (RPLs, RPSs) , miembros de la familia de factor de Elongación de Traducción Eucariótica (EEFS) y proteínas nucleolares (NPMl, NOAL2 , NAP1L1) .

M 2 .5 Adenoma, No determinado. Este Intersticial , modulo incluye genes de Mesenquisma, codificación inmuno Dendrito, Motor relacionada (CD40, CD80, CXCL12, IFNA5, IL4R) así como moléculas relacionadas con citoesqueleto (Miosina, Dedicator de Citoquenesis , Syndecan 2, Plexina Cl, Distrobrevina) .

M 2.6 Graulocitos , Lineage Mieloide: onocitos , Relacionado a M 1.5. Mieloide, ERK, Incluye genes Necrosis expresados en células de lineage mieloide (IGTB2/CD18, receptor de beta Linfotoxina, proteínas relacionadas a Mieloide 8/14 receptor de Formil péptido 1) , tales como Monocitos y Neutrófilos : M 2.7 No se extrajeron No determinado. Este palabras clave . módulo substancialmente esta compuesto por trascripciones sin función conocida. Solo 20 genes asociados con la literatura, incluyendo un miembro de la súper familia de factor tipo qumiocina (CKLFSF8) .

M 2.8 Linfoma, Célula T, Células T: Incluyen CD4, CD8, TCR, marcadores de Timo, Linfoide, superficie de célula T IL2 (CD5 , ' CD6, CD7, CD26,.

CD28, CD96) y moléculas expresadas por células de lineage¦ linfoide (linfotoxina beta, cinasa de célula T inducible por IL-2, proteína de TCF7 , diferenciación de Célula T mal, GATA3 , STAT5B) .

M 2.9 ERK, No determinado. Incluye, Transactivación, genes que codifican Citoesqueleto, moléculas que asocian MAPK, JNK el citoesqueleto (proteína relacionada con Actina 2/3, MAPK1, AP3K1, RAB5A) . También están presentes genes expresados en célula T (FAS, ITGA4/CD49D, ZNF1A1) . 2.10 Mieloide, No determinado . Incluye Macrofago, genes que codifican Dendritico, moléculas de superficie Inflamatorio, de células Inmuno Interleucina relacionadas (CD36, CD86, LILRB) , citoquinas (IL15) y moléculas involucradas en las rutas de señalización (FYB, ruta de receptor tipo TICAM2-Toll) .

M 2.11 Replicación, No determinado. Incluye Represión, RAS, quinasas (UHMKl, Autofosforilación, CSNK1G1 , CDK6 , WNKl , Oncogénico TAOK1 , CALM2 , PRKCI , ITPKB, SRPK2, STK17B, DYR 2, PIK3R1, STK4, CLK4, PKN2) y miembros de la familia RAS (G3BP, RAB14, RASA2 , RAP2A, KRAS) .

M 3.1 ISRE, Influenza, Inducible por Antiviral, IFN- interferona: Este gamma, IFN-alfa, conjunto incluye genes Interferona inducibles por interferona: moléculas antivirales (OAS1/2/3/L, GBPl, G1P2, EIF2AK2/PKR, MXl , PML) , quimiosinas (CXCL10/IP-10) , moléculas de señalización (STATl, STAt2, IRF7, ISGF3G) .

M 3.2 TGF-beta, TNF, Inflamación I: Incluye Inflamatorio, genes que codifican Apoptocica, moléculas involucradas Lipopolisacárido en . procesos inflamatorios (por ejemplo, IL8, ICAMl, C5R1, CD44, PLAUR, IL1A, CXCL16), y reguladores de apoptosis (MCLl, FOX03A, RARA, BCL3/6/2A1, GADD45B) .

M 3 .3 Granulocito, Inflamación II: Incluye Inflamatorio, moléculas que inducen o Defensa, Oxidar, inducibles por Lisosomal Granulocito-Macrófago CSF (SPI1, IL18, ALOX5, ANPEP) , así como enzimas lisosomales (PPT1, CTSB/S, CES1, NEU1 , ASAHI , LAMP2 , CAST) .

M 3 .4 Sin palabra clave Sin determinar. Incluye extraída fosfatos de proteína (PPP1R12A, PTPRC, PPP1CB, PPM1B) y miembros de familia fosfoinositida 3-cinasa (PI3K) (PIK3CA, PIK32A, PIP5K3) .

M 3 .5 Sin palabra clave No determinado . extraída Compuesto de solo una pequeña cantidad de transcripciones . incluye genes de hemog1obina (HBAl , HBA2, HBB) .

M 3.6 Complemento, No determinado . Gran hospedero, conjunto que incluye Oxidativo, marcadores de Citoesqueleto, superficie de célula T células T (CD101, CD102, CD103) así como moléculas expresadas en forma oblicua entre leucocitos de sangre (CXRCR1: receptor fractalquina, CD47, ligando P-selectina) .

M 3.7 Espliceosoma, No determinado. Incluye Metilación, genes que codifican Ubiquitina, Beta- subunidades proteasoma catenina ( PSMA2 /5 , PS B5 /8 ) ; ubiquitina de proteína ligasas' HIP2, STUBl, así como componentes de complejos de ubicuitina ligasa (SUGTl) .

M 3.8 CDC, TCR, CREB , No determinado . Incluye Glicosilasa genes que codifican varias enzimas : áminometiltransferasa, argini1transferasa, asparaginas sintetasa, diacilglicerol quinasa, inositol fosfatasas, metiltránsferasas , helicasas...

M 3.9 Cromatina, Punto No determinado . Incluye de Control genes que codifican (Checkpoint) , proteína quinasas Replicación, (PRKPIR, PRKDC, PRKCI ) Transactivación y fosfatasas (por ejemplo, PTPLB, PPP1R8/2CB) También se incluyen miembros de la familia de oncogén RAS y el receptor de célula mRAS y el receptor de célula NK 2B4 (CD244).

DEFINICIONES BIOLÓGICAS Como se emplea aquí, el término "matriz" se refiere a un soporte de substrato sólido o con una o más sondas de ácido nucleico o péptidos conectados al soporte.. Las matrices típicamente tienen una o más sondas de péptido o ácido nucleicos diferentes que se acoplan a una superficie de un substrato en sitios diferentes, conocidos. Estas matrices, también descritas como "micro matrices" o "chips génicos" que pueden tener 10,000; 20,000, 30,000; o 40,000. diferentes genes identificables con base en el genoma conocido, por ejemplo el genoma humano. Estas pan-matrices se emplean para detectar todo el " transcriptoma" o acervo de transcripción de genes que se expresan o encuentran en una muestra, por ejemplo ácidos nucleicos que se expresan como ARN, ARNm y semejantes que pueden someterse a RT y/o RT-PCR para hacer un conjunto complementario de AD replicones. Las matrices pueden producirse utilizando métodos de síntesis mecánica, métodos de síntesis dirigida por luz y semejantes que incorporan una combinación de métodos no litográficos y/o fotolitográficos y métodos de síntesis en fase sólida. Diversas técnicas para la síntesis de estas matrices de ácido nucleico se han descrito, por ejemplo, fabricado en una superficie virtualmente de cualquier forma o incluso una multiplicidad de superficies. Matrices pueden ser péptidos o ácido nucleicos en perlas, geles, superficies poliméricas, fibras tales como fibras ópticas, vidrio o cualquier otro substrato apropiado. Las matrices pueden empacarse de manera tal que permitan diagnósticos u otras manipulaciones de un dispositivo todo inclusive, ver por ejemplo, la Patente de los E.U.A. Número 6,955,788, porciones relevantes que se incorporan aquí por referencia. Como se emplea aquí, el término "enfermedad" se refiere a un estado fisiológico de un organismo con un estado anormal biológico de una célula. La enfermedad incluye, pero no esta limitada a, una interrupción, cesación o suspensión o desorden de células, tejidos, funciones corporales, sistemas u órganos que pueden ser heredadas, inherentes, provocadas por una infección, provocadas por función de células anormal, divisiones de células anormal y semejantes. Una enfermedad que lleva a un "estado de enfermedad" en general es nociva al sistema biológico, esto es, el hospedero de la enfermedad. Con respecto a la presente invención, cualquier estado biológico, tal como una infección (por ejemplo, viral, bacteriana, fungal, helmíntica, etc.), inflamación, autoinflamación, autoinmunidad, anafilaxis, alergias, premalignidad, malignidad, quirúrgica, trasplante^ fisiológica y semejantes que se asocian con una enfermedad o desorden, se consideran como un estado de enfermedad. Un estado patológico en general es el equivalente de un estado de enfermedad.

Estado de enfermedad también pueden ser categorizados en diferentes niveles de estado de enfermedad. Como se emplea aquí, el nivel de una enfermedad o estado de desorden es una medida arbitraria que refleja el avance de una enfermedad o estado de enfermedad así como la respuesta fisiológica sobre, durante y después de tratamiento. En general, una enfermedad o estado de enfermedad avanzará a través de niveles o etapas, en donde los efectos de la enfermedad se vuelven cada vez más severos. El nivel de un estado de enfermedad puede ser impactado por el estado fisiológico de las células en la muestra. Como se emplea aguí, los términos "terapia" o "régimen terapéutico" se refieren a aquellas etapas medicas que se toman para aliviar o alterar un estado de enfermedad, por ejemplo un curso de tratamiento pretendido para reducir o eliminar los efectos o síntomas de una enfermedad utilizando técnicas farmacológicas, quirúrgicas, de dieta y/u otras. Un régimen terapéutico puede incluir una dosis prescrita o recetada de una o más drogas o cirugía. Terapias más a menudo serán benéficas y reducirán el estado de enfermedad pero en muchos casos el efecto de una terapia tendrá efectos secundarios o no deseables . El efecto de la terapia también será impactado por el estado fisiológico del hospedero, por ejemplo edad, genero, genética, peso, otras condiciones de enfermedad, etc.

Como se emplea aquí, el término "estado farmacológico" o "estatus farmacológico" se refiere a aquellas muestras que serán, son y/o fueron tratadas con una o más drogas, cirugías y semejantes que pueden afectar el estado farmacológico de uno o más ácido nucleicos en una muestra, por ejemplo recientemente transcrita, estabilizada y/o desestabilizada como resultado de la intervención farmacológica. El estado farmacológico de una muestra se refiere a cambios en el estado biológico antes durante y/o después de tratamiento con la droga y pueden servir como una función de diagnóstico o pronóstico, como se ilustra aquí. Algunos cambios después de tratamiento de droga o cirugía pueden ser relevantes al estado de enfermedad y/o pueden ser efectos secundarios no relacionados de la terapia. Cambios en el estado farmacológico son probablemente resultados de la duración de la terapia, tipos y dosis de drogas recetadas, grado de cumplimiento con un curso determinado de terapia y/o drogas no recetadas ingeridas . Como se emplea aquí , el término "estado biológico" se refiere al estado del transcriptoma (es decir toda la colección de transcripciones de ARN) de la muestra celular aislada y purificada para el análisis de cambios en expresión. El estado biológico refleja el estado fisiológico de las células en la muestra al medir la abundancia y/o actividad de constituyentes celulares, caracterizado de conformidad con fenotipo morfológico o una combinación de los métodos para la detección de transcripciones.

Como se emplea aquí, el término "perfil de expresión" se refieren a la abundancia relativa de ARN, ADN o abundancias de proteínas o niveles de actividad. El perfil de expresión puede ser una. medida por ejemplo del estado de transcripción o el estado de traducción por cualquier cantidad de métodos y utilizando cualquier cantidad de chips génicos, matrices de genes, perlas, PCR multiplex, PCR cuantitativo, ensayos sobre la marcha, análisis de transferencia Northerm, análisis de transferencia Western, expresión de proteína, clasificación celular activada por fluorescencia (FACS = fluorescence activated . cell sorting) , ensayo de inmuno absorción ligado a una enzima (ELISA = enzyme linked immunosorbent assays) , estudios de quimioluminiscencia, ensayos enzimáticos, estudios de proliferación o cualquier otros métodos, aparato y sistema para la determinación y/o análisis de expresión de genes que están disponibles fácilmente en el comercio.

Como se emplea aquí, el término "estado de transcripción" de una muestra incluyen las identidades y abundancias relativas de las especies de. ARN, en especial ARNms (mRNAs) presentes en la muestra. Todo el estado de transcripción de una muestra, esto es la combinación de identidad y abundancia de ARN, también se refiere .aquí, como el transcriptoma . En general, una fracción substancial de todos los constituyentes relativos de todo el conjunto de especies de AR en la muestra, se miden.

Como se emplea aquí, el término "vectores de transcripción modular" se refiere a datos de expresión de transcripción que reflejan la "proporción de genes expresados en forma diferencial". Por ejemplo, para cada módulo, la proporción de transcripciones expresados en forma diferencial entre al menos dos grupos (por ejemplo sujetos sanos contra pacientes) . Este vector se deriva de la comparación de dos grupos de muestras. La primera etapa analítica se emplea para la selección de conjuntos específicos de enfermedad de transcripciones dentro de cada módulo. A continuación, está el "nivel dé expresión" . La comparación de grupo para una enfermedad determinada proporciona la lista de transcripciones expresadas en forma diferencial para cada módulo. Se encontró que diferentes enfermedades producen diferentes subconjuntos de transcripciones modulares. Con este nivel de expresión entonces es posible calcular vectores para cada módulo para una sola muestra al promediar valores de expresión de subconjuntos específicos de enfermedad de genes identificados como expresados en forma diferencial. Este enfoque permite la generación de mapas de vectores de expresión modular para una sola muestra, por ejemplo aquellos descritos en los mapas de módulo aquí descritos. Estos mapas de módulo de vector representan un nivel de expresión promediado para cada módulo (en lugar de una proporción de genes expresados en forma diferencial) que pueden derivarse para cada muestra.

Utilizando la presente invención es posible identificar y distinguir enfermedades no solo a nivel de módulo, sino también a nivel de genes; es decir, dos enfermedades pueden tener el mismo vector (proporción idéntica de transcripciones expresadas en forma diferencial, "polaridad" idéntica) , pero la composición de genes del vector todavía puede ser específica de enfermedad. Expresión a nivel de genes proporciona la ventaja distinta de aumentar enormemente la resolución del análisis. Además, la presente invención aprovecha marcadores de transcripción compuestos. Como se emplea aquí, el término "marcadores de transcripción compuesto" se refiere a los valores de expresión promedio de múltiples genes (sub-con untos de módulos) en comparación a utilizar genes individuales como marcadores (y la composición de estos marcadores puede ser específica en enfermedad) . El enfoque de marcadores de transcripción compuesto es único debido a que el usuario puede desarrollar calificaciones de micromatrices multivariadas para estimar la severidad de enfermedad en pacientes con por ejemplo, SLE, o para derivar los vectores de expresión aquí descritos. De manera más importante, se ha encontrado que utilizando los marcadores de transcripción modulares compuestos de la presente invención, los resultados aquí encontrados son reproducibles a través de la plataforma de micromatriz, de esta manera proporcionando mayor conflabilidad para aprobación regulatoria. Los sistemas de supervisión de expresión de genes para uso con la presente invención pueden incluir matrices de genes ajustados a la medida con una cantidad limitada y/o básica de genes que son específicos y/o ajustados a la medida para la una o más enfermedades objetivo. A diferencia de las matrices pan-genómicas generales que están en uso, la presente invención proporciona no solo el uso de estas pan-matrices generales para análisis retrospectivo de genes y genomas sin necesidad por utilizar una plataforma específica, pero en forma más importante, proporciona el desarrollo de matrices ajustadas a la medida que proporcionan un conjunto óptimo de genes para análisis sin necesidad por los miles de otros genes no relevantes. Una ventaja distinta de las matrices y módulos optimizados de la presente invención frente a la técnica existente es una reducción en los costos financieros (por ejemplo, costo por ensayo, materiales, equipo, tiempo, personal, entrenamiento, etc.), y de manera más importante, el costo ambiental de fabricar pan-matrices en donde la vasta mayoría de los datos son irrelevantes. Los módulos de la presente invención permiten por primera vez el diseño de matrices simples a la medida, que proporcionan datos óptimos con el mínimo número de sondas mientras que lleva al máximo la proporción de señal a interferencia. Al eliminar el número total de genes para análisis, es posible por ejemplo, eliminar la necesidad por fabricar miles de máscaras de platino costosas para fotolitografía durante la fabricación de chips pan-genéticos que proporcionan vastas cantidades de datos irrelevantes. Utilizando la presente invención, es posible evitar en forma completa la necesidad por micromatrices o microhileras si el o los conjuntos de sondas limitados de la presente invención se emplean, por ejemplo con matrices de química óptica digital, matrices o hileras de cuantificación con microesferas-bolas, perlas (e.g., Luminex) , PCR múltiples, PCR cuantitativo, ensayos sobre la marcha, análisis de transferencia Northern, o incluso para análisis de proteína, e.g., análisis de transferencia Western, expresión de proteínas en gel de 2-D y 3-D, MALDI, MALDI-TOF, clasificación celular activada por fluorescencia (FACS = fluorescence activated cell sorting) (superficie celular o intracelular) , ensayos de inmuno absorción ligado a una enzima (ELISA), estudios de quimioluminescencia, ensayos enzimáticos, estudios de proliferación o cualquier otro método, aparato y sistema para la determinación y/o análisis de expresión de genes que estén comercialmente disponibles.

El "sistema de identificación molecular" de la presente invención puede emplearse para facilitar y conducir un análisis comparativo de expresión en diferentes células o tejidos, diferentes sub-poblaciones de las mismas células o tejidos, diferentes estados fisiológicos de las mismas células o tejido, diferentes etapas de desarrollo, de las mismas células o tejido, o diferentes poblaciones celulares del mismo tejido contra otras enfermedades y/o controles de células normales. En algunos casos, los. datos de expresión de tipo silvestre o normal pueden ser de muestras analizadas en o aproximadamente al mismo tiempo o pueden, ser datos de expresión obtenidos o extraídos de bases de datos de expresión de matriz génica existentes, por ejemplo bases de datos públicos tales como la base de datos NCBI Gene Expression Omnibus. Como se emplea aquí, el termino "expresado en forma diferencial" se refiere a la medición de un constituyente celular (por ejemplo, ácido nucleico, proteína, actividad enzimática y semejantes) que varía en dos o más muestras, por ejemplo, entre una muestra enferma y una muestra normal . . El constituyente celular puede ser activo o inactivo (presente o ausente) , regulado por incremento respecto a una referencia o regulado por disminución respecto a la referencia. Para utilizar con chips-génicos o matrices de genes, expresión de gen diferencial de ácidos nucleicos, por ejemplo, mKNA u otros RNAs (miRNA, siR A, hnRNA, rRNA, tR A, etc.) pueden emplearse para distinguir entre tipos de células o ácidos nucleicos. En forma más común, la medición del estado de transcripción de una célula se logra por transcriptasa inversa cuantitativa (RT) y/o reacción de cadena polimerasa-transcriptasa inversa cuantitativa (RT-PCR) , análisis de expresión genómica, análisis posttraducción, modificaciones a ADN genómico, translocaciones, hibridización in situ y semejantes.

Para algunos estados de enfermedad, es posible identificar diferencias celulares o morfológicas, en especial a niveles tempranos del estado de enfermedad,. La presente invención evita la necesidad por identificar esas mutaciones específicas o uno o más genes al buscar en módulos de genes de' las células mismas o en , forma más importante, de la expresión de AR celular de. genes¦ de células efectoras inmunes que actúan dentro de su contexto fisiológico regular, esto es, durante activación inmune, tolerancia inmune o incluso anergia inmune. Mientras que una mutación genética puede resultar en un cambio dramático en los niveles de expresión de un grupo de genes, sistemas biológicos a menudo compensan cambios al alterar la expresión de otros genes . Como resultado de estas respuestas de compensación interna, muchas perturbaciones pueden tener efectos mínimos en fenotipos observables del sistema pero efectos profundos a la composición de constituyentes celulares. Igualmente, las copias actuales de una transcripción de genes pueden no aumentar o disminuir, sin embargo, la longevidad o vida media de la transcripción puede ser afectada llevando a enormes aumentos en la producción de proteínas . La presente invención elimina la necesidad por detectar el mensaje actual en una modalidad, al buscar en células efectoras (por ejemplo, leucocitos, linfocitos y/o sus sub-poblaciones) en vez de mensajes y/o mutaciones sencillas.

La persona con destreza apreciará fácilmente que pueden obtenerse muestras de una variedad de fuentes incluyendo, por ejemplo células sencillas, una colección de células, tejido, cultivo celular y semejantes. En ciertos casos, incluso puede ser posible aislar suficiente ARN de células que se encuentran por ejemplo en muestras de orina, sangre, saliva, tejido o biopsia y semejantes. En ' ciertas circunstancias, pueden obtenerse suficientes células y/o - ARN de: secreción mucosal, heces, lágrimas, plasma de sangre, fluido peritoneal, fluido intersticial, intradural, fluido cerebroespinal, sudor u otros fluidos corporales. La fuente de ácido nucleico, por ejemplo de fuentes de tejido o celulares pueden incluir una muestra de biopsia de .tejido, una o más poblaciones de células clasificadas, cultivo celular, clones celulares, células transformadas, biopsias o una sola célula. La fuente de tejido puede incluir, por ejemplo, cerebro, hígado, corazón, riñon, pulmón, bazo, retina, hueso, neural, nodo linfático, glándula endocrina, órgano reproductivo, sangre, nervio, tejido vascular, y epitelio olfatorio. La presente invención incluye los siguientes componentes básicos, que pueden emplearse solos o en combinación, es decir, uno o más algoritmos de extracción de datos; uno o más procesos analíticos a nivel de módulo; la caracterización de módulos de transcripción de leucocitos de sangre; el uso de datos modulares agregados en análisis multivariado para el diagnóstico/pronóstico molecular de enfermedades en humanos; y/o visualización de datos a nivel de módulo y resultados. Utilizando la presente invención, también es posible desarrollar y analizar marcadores de transcripción compuestos que pueden ser además agregados en una sola calificación multivariada.

Una explosión en velocidades de adquisición de datos ha impulsado el desarrollo de herramientas de extracción y algoritmos para la explotación de datos de micromatriz y conocimiento biomédico. Enfoques dirigidos a descubrir la organización modular y función de sistemas de transcripción constituyen métodos promisorios para la identificación de firmas moleculares robustas de enfermedad. Sin duda, estos análisis pueden transformar la percepción de estudios de transcripción a gran escala al tomar la conceptualización de datos de micromatriz más allá del nivel de genes o listas de genes individuales.

Los presentes inventores han reconocido que la actual investigación basada en micromatriz enfrenta significantes retos con el análisis de datos que son notoriamente "ruidosos o con interferencia", esto es, datos que son difíciles de interpretar y no se comparan bien a través de laboratorios y plataformas . Un enfoque ampliamente aceptado para el análisis de datos de micromatriz empieza con la identificación de sub-conjuntos de genes expresados en forma diferencial entre grupos de estudio. A continuación, los usuarios tratan subsecuentemente de "darle sentido" a las listas de genes resultantes utilizando algoritmos de escurrimiento de patrón y conocimientos científico existente.

En vez de tratar con la gran variabilidad a través de plataformas, los presentes inventores han desarrollado una estrategia que enfatiza la selección de genes biológicamente relevantes en una etapa temprana del análisis. Brevemente, el . método incluye la identificación de componentes de transcripción que caracterizan un sistema biológico determinado para el cual un algoritmo de extracción de datos mejorado se desarrolló para analizar y extraer grupos de genes expresados en forma coordinada o módulos de transcripción, de grandes colecciones de datos.

La Tuberculosis Pulmonar (PTB) es una causa principal y creciente de morbidez y mortalidad en todo el mundo provocada por Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) . Sin embargo, la mayoría de individuos infectados con M. tuberculosis permanecen asintomáticos , reteniendo la infección en una forma latente y se considera que este estado latente se mantiene por una respuesta inmune activa. La sangre es 'el ducto del sistema inmune, y como tal es el material biológico ideal del cual la salud y el estado inmune de un individuo pueden establecerse. Aquí ,¦ utilizando la tecnología de micromatriz para estimar la actividad de todo el genoma en células de sangre, identificamos firmas de biornarcadores de transcripción de sangre recíprocos y distintos en pacientes con tuberculosis pulmonar activa y tuberculosis latente. Estas firmas también fueron distintas de aquellas en individuos de control . La firma de tuberculosis latente, que muestra una sobre-representación de expresión de genes citotóxica inmune en sangre entera, puede ayudar en determinar factores inmune protectores contra infección de M. tuberculosis, ya que estos pacientes están infectados pero la mayoría no desarrollan enfermedad manifiesta. Esta firma de biomarcador de transcripción distinta de pacientes con TB activa y latente también puede emplearse para diagnosticar infección, y para supervisar respuesta a tratamiento con drogas anti-micobacterianas . Además, la firma en pacientes de tuberculosis activa ayudará en determinar factores involucrados en inmunopatogénesis y posiblemente llevará a estrategias para intervención de terapia inmune. Esta invención se refiere a una aplicación previa que reclama el uso de biomarcadores de transcripción de sangre para el diagnóstico de infecciones. Sin embargo, esta aplicación previa no describe la existencia de biomarcadores para tuberculosis activa y latente y se enfoca más bien en niños con otras infecciones agudas (Ramillo, Blood, 2007) .

La presente identificación de una firma de transcripción en sangre de pacientes de TB latente contra activa puede emplearse para probar pacientes con infección de Mycóbacterium tuberculosis sospecha así como por evaluación de salud/detección temprana de la enfermedad. La invención también permite' la evaluación de la respuesta a tratamiento con drogas anti-micobacterianas . En este contexto, una prueba también será particularmente. valiosa en él contexto de pruebas de drogas, y particularmente para estimar tratamientos de droga en pacientes Resistentes a Múltiples-Drogas. Además, la presente invención puede emplearse para obtener datos de plazo inmediato, intermedio y a largo plazo de la firma inmune de tuberculosis latente para definir mejor una inmuno respuesta protectora durante pruebas de vacunación. También, la firma en pacientes de tuberculosis activa ayudará en determinar factores involucrados en .la inmunopatogénesis y posiblemente llevar a estrategias para intervención terapéutica inmune.

Sangre representa un depósito y un compartimiento de migración para células de los sistemas inmune adaptativo e innato, incluyendo ya sea neutrófilos, células dendríticas y monocitos, o linfocitos B y T, respectivamente que, durante infección habrán sido expuestos a agentes infecciosos en el tejido. Por esta razón, sangre entera de individuos infectados proporciona una fuente accesible de material clínicamente relevante donde un fenotipo molecular sin sesgo puede obtenerse utilizando micromatrices de expresión génica como se describió previamente para el estudio de cáncer en tejidos (Alizadeh AA. , 2000; Golub, TR. , 1999; Bittner, 2000), y autoinmunidad (Bennet, 2003; Baechler, EC, 2003; Burczynski, ME, 2005; Chaussabel, D., 2005; Cobb, JP., 2005; Kaizer, EC, 2007; Allantaz, 2005; Allantaz, 2007), e inflamación (Thach, DC. , 2005) y enfermedad infecciosa (Ramillo, Blood, 2007) en sangre o tejido (Bleharski, JR et al., 2003) . Análisis de micromatriz de expresión de genes en leucocitos de sangre ha identificado firmas de expresión de genes de pronóstico y diagnóstico, que han llevado a una mejor comprensión de los mecanismos del inicio de enfermedad y respuestas a tratamiento (Bennet, L 2003; Rubins, KH. , 2004; Baechler, EC, .2003; Pascual, V., 2005; Allantaz, F: , 2007; Allantaz, F., 2007) . Estos enfoques de micromatriz se han intentado para el estudio de TB activa y latente pero aún han dado por resultado cantidades pequeñas solamente de genes expresados en forma diferencial (Jacobsen, M. , Kaufmann, SH., 2006; Mistry, R, Lukey, PT, 2007), y en cantidades de pacientes relativamente pequeñas (Mistry, R. , 2007), que pueden no ser suficientemente robustas para distinguir entre otras enfermedades inflamatorias e infecciosas .

Para definir una firma inmune en TB, la sangre de pacientes de TB activa y latente y los controles se analizaron; pacientes se seleccionan utilizando criterios clínicos muy severos. Se reclutaron pacientes de Londres, Reino Unido, donde los números de casos de TB activa son crecientes, y de manera más importante en donde el riesgo de confundir con infecciones es mínimo, para dar por resultado una firma robusta que puede distinguir TB latente de activa. Micromatrices se emplearon para analizar todo el genoma y extracción de datos subsecuente reveló una gran cantidad de genes que se encuentran expresados en forma diferencial a un nivel estadísticamente significante a través de todos los grupos de pacientes, incluyendo pacientes con TB activa y latente y controles sanos. A continuación, un enfoque novedoso con base en estrategia de extracción de datos modular se empleó, este enfoque proporciona una base para la selección de biomarcadores de transcripción relevantes clínicamente para el análisis de perfiles de transcripción de micromatriz de sangre en SLE y otras enfermedades, y mejoró nuestra comprensión de patogénesis de enfermedad (Chaussabel, 2008, Immunity) . Los mapas de módulo definidos en este estudio proporciona un medio para organizar y reducir la dimensión de datos complejos, mientras que aún retiene la gran cantidad de genes expresados en sangre humana, de esta manera permitiendo visualización de huellas de enfermedades específicas (Chaussabel, 2008, Immunity) . Utilizando este enfoque de firmas de transcripción modular claramente definidas se obtuvieron, que son distintas y recíprocas en la sangre entera de pacientes de TB activa y latente y que también difieren de controles sanos. Los biomarcadores aquí descritos mejoran el diagnóstico de PTB, y además ayudarán en definir factores de hospederos importantes en la protección contra M. tuberculosis en pacientes de TB latente, y aquellos involucrados en la inmunopatogénesis de TB activa, y de esta manera se utilizarán para reducir y manejar enfermedad de TB.

PACIENTES, MATERIALES Y MÉTODOS.

Reclutamiento de participantes y caracterización de pacientes: Los participantes fueron reclutados de St. Mary's Hospital TB Clinic, Imperial College Healthcare HS Trust, Londres, con controles sanos reclutados de voluntarios en el Instituto Nacional para Investigación Médica (NIMR = National Institute for Medical Research), Mili Hill, Londres. El estudio fue aprobado por el Comité Local de Ética de Investigación de NHS NHS Research Ethics Committee en St Marys Hospital), (LREC) Londres, Reino Unido. Todos los participantes (con edades de 18 y más) dieron consentimiento escrito informado. Criterios clínicos estrictos fueron satisfechos antes de que los participantes reclutados tuvieran confirmación de su agrupamiento de estudio provisional y solo fueron asignados entonces al grupo final para análisis. Las cohortes de pacientes y control fueron como sigue: (i) PTB activo con base en diagnóstico clínico subsecuentemente confirmado por aislamiento de laboratorio de M. tuberculosis en cultivo micobacterial ; (ii) TB latente -definido por una prueba en piel de tuberculina positiva (TST, Utilizando 2TU tuberculina (Serum Statens Institute, Copenhage, Dinamarca) , =6mm si BCG sin vacunar, =15mm si BCG vacunados, junto con un resultado positivo utilizando un Ensayo de Liberación de Gamma Interferona · (IGRA, específicamente el Quantiferon-TB Gold . In-tube assay, Cellestis, Australia). Este ensayo IGRA midió reactividad a antígenos . (ESAT-6/CFP-10/TB 7.7 - presentes en M. tuberculosis pero no en la mayoría de las micobacterias ambientales o la vacuna BCG M. bovis) por liberación de IFN-? de sangre entera.

Pacientes con TB latente han tenido que evidenciar exposición a casos de TB infecciosa, ya sea a través de cercano contacto en el hogar o el sitio de trabajo,, o como recientes "nuevos participantes" de áreas endémicas; Pacientes con hallazgos incidentales de positividad TST sin evidencia de exposición a personas infectadas, rio fueron eligibles para inclusión en el estudio (iii) Controles voluntarios sanos (BCG vacunados y no vacunados, =14 mm o = 5 mm por TST respectivamente; y negativos por IGRA) .

Participantes que estaban embarazadas, que se sabían inmunosuprimidas, tomando terapias inmunosupresoras o con diabetes, o enfermedad autoinmune también fueron no elegibles y excluidos de este estudio inicial . Individuos HIV positivos (Solo 1% de los pacientes TB en Londres presentes con HIV sin diagnóstico previo) fueron excluidos del estudio. Sangre de pacientes PTB activa y latente se recolectó del estudio antes de que se les administrara cualesquiera drogas anti-micobacterianas , y después subsecuentemente a intervalos de tiempo establecidos por la parte longitudinal del estudio, para estudio posterior.

Información clínica detallada se recolectó en forma prospectiva para todo participante y se ha suministrado a una base de datos accesible en la red desarrollada por los presentes inventores. Utilizando estos datos clínicos registrados, y ensayos de base inmune como se describió anteriormente, 15 de 58 participantes fueron excluidos del estudio ya que no cumplen con los criterios estándar para el estudio. Esto resultó en cohortes de 6 voluntarios sanos no vacunados con BCG; 6 voluntarios sanos vacunados con BCG, 17 pacientes de TB¦ latente y 14 pacientes de PTB activa, todas estas muestras después se utilizaron para aislamiento de ARN. Una muestra de un paciente de TB activa no produjo suficiente ARN reducido en globina después de procesamiento para proceder y por lo tanto se excluyó del análisis final.

Muestreado, extracción, procesamiento de ARN para micromatriz: Sangre entera de las cohortes de pacientes anteriores se recolectó en tubos Tempus (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) y almacenó entre -20 grados C y - 80 grados C antes de extracción de ARN . ARN total se aisló utilizando el PerfectPure RNA Blood kit (5 PRIME Inc, Gaithersburg, MD, USA) . Muestras se homogeneizaron con etanol frío al 100%, sometieron a torbellino, después centrifugaron a 4000g por 60 minutos a 0 grados C, y se descartó el sobrenadante. Solución de lisis 300 µ? después se agrega al precipitado y somete a torbellino. Enlace de ARN, tratamiento con Dnase, lavado y las etapas de elución de ARN después se realizaron de acuerdo con las instrucciones del fabricante. ARN total aislado después se redujo con globina utilizando el GLOBINclear1^ 96-well format kit (Ambion, Austin, X, USA) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Integridad de ARN reducida en globina y total se estima utilizando un Bioanalizador Agilent 2100 (Agilent, Palo Alto, CA) . Una muestra de un paciente de TB activa no produjo suficiente ARN reducido en globina después de procesar para proceder, y por lo tanto se excluyó del análisis final. Blancos de ARN amplificados, biotinilados (cRNA) después se prepararon a partir del ARN reducido en globina utilizando el Illumina CustomPrep RNA amplification kit (Ambion, Austin, TX, USA) . cRNA etiquetado se hibridizó durante la noche en Sentrix Human-6 V2 BeadChip array (>48,000 sondas, Illumina Inc, San Diego, CA, USA), lavó, bloqueó, tiñó y exploró en un Illumina BeadStation 500 siguiendo los protocolos del fabricante. Se empleó el programa Illumina 's BeadStudio versión 2, para generar valores de intensidad de señal de las exploraciones, se substrae el fondo, y ajuste en escala cada micromatriz a la intensidad promedio-mediana para todas las muestras (normalización por. chip) . Estos datos normalizados se utilizan para todos los análisis de datos subsecuentes.

Análisis de datos de micromatriz: Un programa para análisis de expresión de genes, Genespring, versión 7.1.3 (Agilent) , se utilizó para realizar análisis estadísticos y agrupamiento jerárquico de muestras. Genes de expresión diferencial fueron seleccionados y agrupados como se describe en Resultados y leyendas de Figuras .

RESULTADOS Y DISCUSIÓN.

Firmas de sangre que distinguen a pacientes de TB activa y latente entre sí, y de individuos de control sanos: Para determinar si sangre muestreada de pacientes con TB activa y latente transportan firmas de expresión de genes que permiten discriminación entre TB activa y latente en comparación con controles sanos, se realizó un análisis en etapas. Después de filtrar transcripciones sin detectar y genes con una desviación de la mediana menor a 2 veces, es decir un perfil plano, , 6269 genes se emplearon para análisis de agrupamientos sin supervisión por correlación Pearson de los perfiles de expresión obtenidos de las muestras de ARN de sangre entera de TB activa y latente y controles sanos (Figura 1) . Este análisis sin supervisión identificó firmas distintas, que se encontró corresponde a fenotipos clínicos distintos: en pacientes con TB pulmonar activa (PTB activa); y: en individuos con tuberculosis latente (TB latente) . El agrupamiento de muestras no fue perfecto (10 de 13 pacientes con TB activa, y 11 de 17 pacientes con TB latente) . Sin embargo, la mayoría de pacientes con PTB activa y TB latente en este grupo del conjunto de tratamiento de pacientes parece tener firmas de transcripción claras y distintas. De manera importante, estas firmas parecen ser representadas a través del amplio número de etnicidades recolectadas del estudio, incluyendo Blancos, Negros Africanos, Indo-Asiáticos, Bangladeshi Asiáticos, Otros Asiáticos, Irlandés Blanco, Blanco Mixto, Negro del Caribe (no se muestran detalles de estos datos) .

Esta lista de 6269 genes fue analizada adicionalmente utilizando una comparación de grupo estadístico no-paramétrico (prueba Kruskal-Wallis ) para identificar genes que fueron expresados en forma significativa diferencial entre grupos. Utilizando una corrección de comparación múltiple moderadamente severa para controlar error Tipo I (corrección Benjamini-Hochberg) , 1473 genes fueron expresados/representados en forma diferencial a través de TB activa y TB latente, y controles sanos (P< 0.01) (Figura 2; y cita de 1473 genes en TABLA VOLUMINOSA, aquí presentada) . Estos grupos o enjambres de genes después se correlacionaron con hallazgos relevantes en la literatura. El filtrado de estos genes para el término ontológico "respuesta Inmune" generó una lista de 158 de estos genes (Figuras 3A-D; Tabla 2) . Este patrón de expresión/representación de 158 genes (Figuras 3A - 3D) permite · discriminación del grupo de pacientes de TB Activa de los pacientes de TB Latente y de los individuos de control Sanos .

La Tabla 2. Lista de 158 genes anotados con término de ontología de genes, proceso biológico: inmuno respuesta y que se encuentran expresados en forma significativa diferencial (p<0.01) entre TB activa y otros grupos clínicos. peptidoglicano 1 FAS Fas (superfamilia de receptor TNF, miembro 6) IFITM3 proteína de transmembrana inducida por interferona 3 (1-8U) FCGR2A fragmento Fe de igG, lia de baja afinidad, receptor (CD32) FCGR2A Fragmento Fe de IgG, baja afinidad lia, receptor (CD32) ST6GAL1 ST6 beta-galactosamida alfa-2,6- sialiltranferasa 1 ETS1 homólogo de oncogen v-ets virus de eritroblastosis E26 1 (aviar) CYBB citocromo b-245, beta . polipéptido (enfermedad granulomatosa crónica) IFNAR1 receptor de interferona (alfa, beta y omega) 1 LY96 antígeno de linfocito 96 TRIM22 que contiene motivo tripartita 22 GBP2 proteína de enlace guanilato 2,- inducible por interferona DDX58 polipéptido de caja DEAD (Asp-Glu-Ala- Asp) '58 LAX1 adaptador de transmembrana de linfocito 1 IFI16 proteína inducible por gamma interferona 16 LCK proteína tirosina cinasa específica de linfocito IL32 interleucina 32 CXCL16 ligando de quimiocina (motivo C-X-C) 16 CD40LG ligando CD40 (superfamilia TNF, miembro 5, síndrome hiper-IgM) TNFSF13B. superfamilia de factor de necrosis de tumor (ligando) , miembro 13b IRF2 factor regulatorio de interferona 2 C5 componente de complemento 5 CD46 molécula CD46, proteína regulatoria de complemento TNFAIP6 factor de necrosis de tumor, proteína alfa-inducida 6 DPP4 dipeptidil-peptidasa 4 (CD26, proteína complejante de adenosina deaminasa 2) EBI2 gen inducido por virus Epstein-Barr 2 (receptor acoplado a proteína G específico de linfocitos) NFX1 factor de transcripción nucelar enlace caja-x 1 MICB secuencia relacionada a polipéptido MHC clase I B GBP3 proteína de enlace guanilato 3 SLAMF7 miembro de familia SLA 7 CARD12 familia NLR, que contiene dominio CARD 4 GBP6 familia de proteína de enlace guanilato, miembro 6 IFIT3 proteína inducida por interferona con repeticiones tetratricopéptido 3 TAP2 transportador 2, cásete de enlace ATP, sub-familia B (MDR/TAP) HLA-DPB1 complejo mayor de histocompatibilidad,. clase II, DP beta 1 CD3G molécula CD3g, gamma (complejo CD3-TCR) PRKCQ proteína cinasa C, teta IL7R receptor de interleucina.7 SLAMF1 miembro de familia de molécula de activación de señalización linfocítica 1 CD274 molécula CD274 GBP1 proteína de enlace guanilato 1, inducible por interferona, 67kDa IFITM2 proteína de transmembrana inducible por interferona 2 (1-8D) ITK cinasa de célula T inducible por IL2 APOL2 apolipoproteína L, 2 PSME1 sub-unidad activador de proteasoma (prosoma, macrodolor) 1 (PA28 alfa) LAT2 enlazador para activación de familia de células T, miembro 2 IL18RAP proteína accesoria de receptor interleucina 18 OSM oncostatina M CD6 molécula CD6 WWP1 dominio W que contiene ubiguitina proteína ligasa E3 1 CD3E molécula CD3e, épsilon (complejo CD3-TCR) VIPR1 receptor de p ptido intestinal vasoactivo 1 TNFSF10 super-familia de factor de necrosis de tumor (ligando) , miembro 10 PRKRA proteína cinasa, activador dependiente de ARN de doble hebra inducible por interferona TNFRSF1A superfamilia de receptor de factor de necrosis de tumor, miembro 1A BCL6 CLL célula B/linfoma 6 (proteína dedo de zinc 51) IL8 interleucina 8 OAS3 2 ' -5 ' -oligoadenilato sintetasa 3, lOOkDa IFIH1 interferona inducida con dominio helicasa C 1 SIGIRR dominio de inmunoglobulina sencilla y receptor de interleucina toll 1 (TIR) SIGIRR dominio de inmunoglobulina sencilla y receptor interleucina toll 1 (TIR) SIT1 adaptador de transmembrana regulador de umbral de señalización 1, ITGAM integrina, alfa (sub-unidad 3 receptor 3 de componente de complemento) C1QB componente complemento 1, sub-componente q, cadena B IL27RA receptor de interleucina 27, alfa AL0X5AP proteína activadora de araquidonato 5- lipoxigenasa SERPING1 Inhibidor dé serpina peptidasa, ciado G (inhibidor Cl), miembro 1, (angioedema, hereditario) IL1RM Antagonista de receptor de interleucina 1 ILlRM Antagonista de receptor de interleucina 1 CLEC4D Familia de dominio de lectina tipo C4, miembro D ICOS Co-estimulador de célula T inducible 0AS1 2 ' , 5 ' -oligoadenilato sintetasa 1, 40/46kDa ZAP70 Proteína quinasa asociada con cadena zeta (TCR) 70kDa IL1B Interleucina 1, beta C4BPA Proteína de enlace de componente de complemento 4, alfa TNFSF13 Superfamilia de factor de necrosis de tumor (ligando) miembro 13 IFI30 Proteína inducible por gamma interferona 30 HPSE Heparanasa CD59 Molécula CD59, proteína regulatoria de complemento CTLA4 Proteína asociada a linfocito T citotóxico 4 BCL2 CLL célula B/linfoma 2 TNFRSF7 Molécula CD27 FPR1 Receptor de formil péptido 1 IL2RA Receptor de interleucina 2, alfa GATA3 Proteína de enlace GÁTA3 S100A9 Proteína de enlace de calcio S100 A9 TLRS Receptor tipo toll 8 NCFl Factor citosólico de neutrófilo 1, (enfermedad granulomatosa crónica, autosomal 1) BCL6 CLL célula B/linfoma 6 (proteína de dedo de zinc 51) BST1 Antígeno de célula estromal de médula ósea 1 G1P2 Modificador tipo ubicuitina ISG15 C1QA Componente de complemento 1, sub- componente Q, cadena A TCF7 Factor de trascripción 7 (específico de células T, box-HMG) IFITM1 Proteína de transmembrana inducida por interferona 1(9-27) TAPBPL Tipo proteína de enlace TAP AIM2 Ausente en melanoma 2 CCR7 Receptor de quimiocina (motivo C-C) 7 LTBR Receptor de linfotoxina beta (superfamilia TNFR, miembro 3) FYB Proteína de enlace FYN (FYB-120/130) NFIL3 Factor nuclear, interleucina 3 regulada LAT Enlazador para activación de células T CBLB Secuencia de transformación retroviral ecotropica b Cas-Br-M (murino) CD74 Molécula CD74, complejo mayor de histocompatibilidad, cadena invariante clase II TAP2 Transportador 2, cásete de enlace ATP, sub-familia B (MDR/TAP) > FLJ14466 Proteína transmembrana 142A PSMB9 Sub-unidad proteasoma (prosome, macropain) , tipo beta, 9 (peptidasa multifuncional grande 2) PSMB8 Sub-unidad proteasoma (prosome, macropain) , tipo beta, 8 (peptidasa multifuncional grande 7) FAIM3 Molécula inhibitoria apoptosica Fas 3 LTA4H Leucotrieno A4 hidrolasa IRF1 Factor regulatorio de interferona 1 OAS2 2 ' , 5 ' -oligoadenilatos sintetasa 2, 69/61kDa RELB Homólogo oncógeno viral de retículo endotelosis v-rel B, factor nuclear de mej orador de gen polipéptido kappa ligero en células B 3 (aviar) TRA@ Sitio receptor de célula T alfa LTB R Receptor de leucotrieno B4 PIK3R1 Fosfoinocitida 3-cinasa, sub-unidad regulatoria 1 (p85 alfa) OASL Tipo 2 ',5' oligoadenilato sintetasa OASL Tipo 2 ',5' oligoadenilato sintetasa PSME2 Sub-unidad activadora de proteasoma (prosome, macropain) 2 (PA28 beta) CLEC6A Familia de dominio de lectina tipo C6, miembro A NBN Nibrina FCGR1A Fragmento Fe de IgG, alta afinidad la, receptor (CD64) SH2D1A Proteína de dominio SH21A, enfermedad de Duncan (síndrome linfoproliferativo) IL15 Interleucina 15 LY9 Antígeno de linfocito 9 LILRB1 Receptor tipo inmunoglobulina de leucocito, sub-familia B (con dominios TM y ITIM) miembro 1 APOL3 Apolipoproteína L,3 PSMB8 Sub-unidad proteasoma (prosome, macropain) , tipo beta, 8 (peptidasa multifuncional grande 7) CCR6 Receptor de quimiocina (motivo C-C) 6 PDCD1LG2 Ligando de muerte celular programada 1 2 CD96 Moléculas CD96 EPHX2 Epóxido hidrolasa 2, citoplásmica BST2 Antígeno de célula estromal-médula ósea 2 RIPK2 Serina-treonina quinasa de interacción con receptor 2 SCAP1 Fosfoproteína asociada con quinasa src 1 GBP5 Proteína de enlace guanilato 5 TRATl Adaptador de transmembrana asociado con receptor de célula T 1 ALOX5 Araquidonato 5-lipoxigenasa LY9 Antígeno de linfbcito 9 TAP1 Transportador 1, cásete de enlace ATP, sub-familia B (MDR/TAP) RHOH Familia de gen homólogo ras, miembro H IFI35 Proteína inducida por interferona 35 CD28 Molécula CD28 FYB Proteína de enlace FY (FYB-120/130) IFIT2 Proteína inducida por interferona con repeticiones tetratricopéptido 2 TLR7 Receptor tipo toll 7 CD2 Molécula CD2 FCER1G Fragmento Fe de IgE, alta afinidad I, receptor para; polipéptido gamma SMAD3 Miembro de familia SMAD 3 FCERlA Fragmento Fe de IgE, alta afinidad I, receptor para; alfa polipéptido SERPINAl Inhibidor de serpina peptidasa, ciado A (antiproteinasa alfa-1, antitripcina) , miembro 1 SERPINAl Inhibidor de serpina peptidasa, ciado A (antiproteinasa alfa-1, antitripcina), miembro 1 SECTMl Secretado y transmembrana 1 l Interactor R-myc (y STAT) TLR5¦ Receptor tipo toll 5 IFIT3 Proteína inducida por interferona con repeticiones tetratricopéptido 3 IFIT3 Proteína inducida por interferona con repeticiones tetratricopéptido 3 CD5 Molécula CD5 Genes sobreexpresados/representados en TB activa: de interés es que una gran . cantidad de genes inducibles/asociados IFN se expresaron: por ejemplo, los genes inducibles por interferona (IFN), por ejemplo, S0CS1, STATl, PML (TRIM19), TRIM22, muchas proteínas de, enlace guanilato, y muchos otros genes inducibles por IFN como se indica en la Tabla 2, como se espera en TB activa, pero en forma interesante no fueron evidentes en pacientes de TB latente, aunque la representación/expresión de estos pacientes de transcripciones de IFN-gamma en sangre entera de hecho fue superior que en los pacientes de TB activa. Para enfocarse en esto ciertas familias de genes, algunos de los cuales se conocen regulados por incremento por IFNs y otros no, fueron adicionalmente estudiados incluyendo la familia TRIM.

Un sub-conjunto de TRIMS son sobreexpresados/representados en TB Activa: la familia de motivo tripartita (TRIM) de proteínas se caracteriza por una estructura discreta (Reymond, A., EMBO J., 2001) y se ha mostrado que tiene múltiples funciones, incluyendo actividad de ubicuitina ligasas E3 , inducción de proliferación celular, diferenciación y apoptosis, señalización de células inmunes (Meroni, G., Bioessays, 2005). Su participación ha sido implicada en interacciones proteína-proteína, autoinmunidad y desarrollo (Meroni, G. , Bioessays, 2005). Además, una cantidad de proteínas TRIM se ha encontrado que tienen actividad antiviral y posiblemente están involucradas en inmunidad innata (Nisole, F, 2005, Nat. Rev. Microbiol.; Gack, MU. , 2007, Nature) . De manera interesante, 30 transcripciones TRIM (algunas sondas superpuestas) se mostró que se expresan en TB activa, con algunas también que se expresan en TB latente, y sangre de control de sanos (figura 4; Tabla 3) . La mayoría de estas TRI s se han mostrado previamente expresadas tanto en macrófagos humanos como macrófagos de ratón y células dendríticas (Rajsbaum, 2008, EJI; Martínez, FO., J. Imm. , 2006) y reguladas por IFNs, mientras que TRIMs mostraron ser expresadas en forma constitutiva en DC o en células T (Rajsbaum, 2008, EJI) no se detectaron o no se encontraron expresadas en forma diferencial en TB activa o latente contra sangre de control de sanos. De manera interesante, se ha encontrado que TRIM 5, 6, 19(PML), 21, 22, 25, 68 se sobrerepresentan/expresan, mientras que otros son sub-representados/expresados : TRIM 28, 32, 51, 52, 68. De interés un grupo TRIMs se expresó altamente en TB activa, pero bajo a indetectable en TB latente y controles sanos, cuatro de estos (TRIM 5, 6, 21, 22) se ha mostrado que se agrupan en el cromosoma humano 11, y reporta que tiene actividad antiviral (Song, B., 2005, J. Virol.); Li, X, Virology, 2007) . Un grupo de TRIMs sin embargo se encontró que es sub-expresado en la sangre de pacientes TB activas contra la de TB latente y controles sanos, incluyendo TRIM 28, 32, 51, 52 68, y estos se han reportado que no se expresan en macrófagos derivados de sangre humana (TRIM 51) o solo expresan en monocitos no diferenciados (TRIM-28, 52) o macrófagos no activados o macrófagos activados en forma alterna (TRIM-32), o solo regulados por incremento a un bajo nivel en macrófagos activados diferenciados de sangre humana (TRIM-68) (Martínez, FO. , J. Imm. , 2006) .

Tabla 3. Genes TRIM expresados en forma diferencial en tuberculosis pulmonar activa, tuberculosis latente y controles sanos .

MYL; R F71; PML leucemia promielocítica PP8675; TRIM19 RNF89 TRIM6 que contiene motivo tripartita 6 TRIM51; MGC10977 TRIM51 que contiene dominio SPRY 5 R F9 ; HERF1 ; TRIM10 que contiene motivo RFB30 ; tripartita 10 GC141979 PML PML Leucemia promielocítica; sinónimos; MYL, R F71, PP8675, TRIM19; isoforma 7 se codifica por variante de trascripción 7; leucemia promielocítica, inductor de; proteína o motivo tripartita TRIM19; proteína de leucemia promielocítica; leucemia promielocítica de Homo sapiens (PML) , variante de trascripción 7, ARNm RNF88; TRIM5 que contiene motivo TRIM5alpha tripartita 5 RNF88 ; TRIM5 que contiene motivo TRIM5alpha tripartita 5 BIA2 ; TRIM58 que contiene motivo DKFZp434C091 tripartita 58 Trif; HSD34; TRIM69 que contiene motivo R F36 tripartita 69 RNF88; TRIM5 que contiene motivo TRIM5alpha tripartita 5 SSA; R052; SSAl ; TRIM21 que contiene motivo R F81 ' tripartita 21 KIAA0129 TRIM14 que contiene motivo tripartita 14 R F9; HERFl ; , TRIM10 que contiene motivo RFB30 ; tripartita 10 MGC141979 EFP; Z147; TRIM25 que contiene motivo RNF147; tripartita 25 ZNF147 HLS5; MAIR; TRIM35 que contiene motivo KIAA1098; tripartita 35 MGC17233 R F86; KIAA0517 TRIM2 que contiene motivo tripartita 2 R F9; HERF1; TRIMIO que contiene motivo RFB30 ; tripartita 10 MGC141979 GNIP; R F90 TRIM7 que contiene motivo tripartita 7 KIAA0129 TRIM14 que contiene motivo tripartita 14 TRIM50B; TRIM50B que contiene motivo MGC45477 tripartita 73 4732463Gl2Rik TRIM65 que contiene motivo tripartita 65 MRF1 ; TSBF1 ; TRIM59 que contiene motivo R F104; tripartita 59 TRIM57; MGC26631; MGC129860; MGC129861 FMF; MEF; MEFV fiebre del mediterráneo j TRIM20; MGC126560; MGC126586 TRI 52 que contiene motivo tripartita 52 CAR; LEU5; RFP2 ; RFP2 que contiene motivo DLEU5; R F77 tripartita 13 KAPl; TFlB; TRI 28 que contiene motivo RNF96; tripartita 28 TIF1B; FLJ29029 SS-56; RNF137; TRIM68 que contiene motivo FLJ10369; tripartita 68 MGC126176 HT2A; BBSll; TRIM32 que contiene motivo TATIP; tripartita 32 LGMD2H La sebreexpresion/representación selectiva de ligandos inn CD274 (PDL1) y PCDLG2 ( PDL2 , CD273) se expresan solo en los pacientes de TB activa (figuras 5A y B) . Estas moléculas se han mostrado previamente involucradas en la regulación de la respuesta inmune tanto para infección viral aguda como crónica (A Sharpe, Ann. Rev. Imm.). Estas moléculas actúan como receptores de co-estímulo inhibitorio para la molécula PDl en interacciones entre células T y APCs , y el bloqueo de esta ruta se ha mostrado que restaura las funciones proliferativas y efectoras de células T específicas de antígeno en HIV (VIH) Hepatitis B e infección C.

Genes sub-expresados /representados en TB activa: marcadamente, una cantidad de genes que se conocen expresados en células T (algunos también en células NK y B) se encontró que están profundamente regulados por decremento/sub-representados en la sangre de pacientes de TB activa (figura 3D) , (pero no en TB latente o controles sanos, incluyendo, CD3, CTLA-4, CD28, ZAP-70 (células T, NK y B) , IL-7R, CD2 (también en células B) , SLAM (también en células NK) , CCR7, GATA-3 (también en células NK) . Esto puede indicar que la expresión de genes se reguló por decremento en células T, NK y B durante PTB activa, o que las células se han reclutado en otra parte (es decir, el pulmón) como resultado de infección con M. tuberculosis . Esto actualmente esta bajo investigación utilizando análisis de citometría de flujo de sangre de los diferentes grupos de pacientes, así como por análisis de trascripción de poblaciones purificadas de células T de los diferentes grupos de pacientes.

Análisis Estadístico de Alta Severidad de perfiles de trascripción en pacientes de TB latente y activa contra controles sanos. La comparación de grupo estadístico además se realizó como con anterioridad al identificar genes expresados en forma diferencial entre los grupos utilizando la prueba Kruskal-Wallis no paramétrica, pero ahora utilizando la corrección de comparación múltiple más severa para controlar error de tipo I (corrección Bonferroni) . Con esta incrementada severidad 46 genes (P<0.1) y 18 genes (P < 0.05) se identificaron como expresados en forma diferencial entre grupos (figuras 6 y 7; Tablas 4 y 5) . De los 46 genes, una gran cantidad de genes IFN inducibles, tales como STAT-1, GBP y IRF-1 todavía se observaron que se sobreexpresan/representan en la sangre de pacientes de TB activa, y ya se regulan por decremento o están sin cambio en los pacientes latentes o controles sanos . Una cantidad de estos genes también se encontró que se sobreexpres-a/representa en la sangre de pacientes de TB activa, incluso con el análisis de más alta severidad que todavía extrae genes (corrección Bonferroni, P<0.05). Solo 3 transcripciones en TB activa aún se observaron reguladas por decremento/sub-representadas dentro del grupo de 46 genes, incluyendo IL-7R (expresado en células T) , el receptor de quimiocina CXCR3 (perdido a superior severidad estadística) y alfa II-espectrina . La sub-expresión/representación de CXCR3 es de interés ya que este receptor de quimiocina se ha mostrado que es altamente expresado en células Thl requeridas para protección contra infección micobacteriana, que puede reflejar su supresión o migración de la sangre a tejido infectado. La Tabla 5 incluye 18 genes con IL7R y SPTA l que son sub-representados/expresados en PTB activa, y todos los otros se sobrerepresentan/expresan y diagnostican para enfermedad activa.

Tabla 4. Genes expresados en forma significativa diferencial entre TB activa y otros grupos clínicos.

CXCR3 Receptor de quimiocina (motivo C-X-C) 3 ETV7 Gen variante ets 7 (TEL2 oncógeno) DUSP3 Fosfatasa de especificidad dual 3 (virus vaccinia relacionado a fosfatasa VHl) WARS Triptofanil-ARNt sintetasa CNIH4 Epinillo, homólogo 4 (Drosophila) STAT1 Transductor de señal y activador de trascripción 1, 91kDa IRFl Factor regulatorio de interferona 1 LILRB1 Receptor tipo inmunoglobulina leucocito, sub-familia B (con dominios TM y ITIM) , miembro 1 SIPA1L1 Proliferación inducida por señal asociada 1 tipo 1 GSD DC1 Que contiene dominio gasdermina DY LT1 Dineina, cadena ligera, tipo Tctex 1 DKFZp76lE Proteína DKFZp76lEl98 198 LOC400759 GBPl Proteína de enlace guanilato 1, inducible por interferona, 67kDa GBP5 Proteína de enlace guanilato 5 FLJ11259 Modulador de autofagia regulado por daño LYPLA1 Lisofosfolipasa 1 RHBDF2 Homólogo romboide 5 2 (Drosophila) PLEK Plecstrina ANKRD22 Dominio de repetición anquirina 22 CASP1 Caspasa 1, cisteina peptidasa relacionada a apoptosis (interleucina 1, beta, convertasa) FLJ39370 Marco de lectura abierto cromosoma 4 32 FBX06 Proteína F-box 6 GCHl GTP ciclohidrolasa 1 (distonia en respuesta a dopa) GBP4 Proteína de enlace de guanilato 4 IFI30 Proteína inducible por gamma interferona 30 VAPM5 Proteína de membrana asociada a vesículas (miobrevina) GBP2 Proteína de enlace guanilato 2, inducible por interferona STXll Sintaxina 11 SPTA 1 Espectrina, alfa, no-eritrocítica 1 (alfa fodrina) POLB Polimerasa (dirigida por ADN) , beta IL7R Receptor de interleucina 7 APOL6 Apolipoproteína L, 6 AGT3. Homólogo 3 relacionado a autofagia ATG3 (S. cerevisiae) SQRDL Tipo sulfuro quinona reductasa (levadura) PSME2 Proteasoma (prosoma, macropain) subunidad activadora 2 (PA28 beta) FLJ10379 SI dominio de enlace ARN 1 WDFY1 Que contiene dominio FYVE y repetición WDl TAP2 Transportador 2, cásete de enlace ATP, sub-familia B (MDR/TAP) NPC2 Enfermedad Niemann-Pick, tipo C2 ATF3 Factor de trascripción de activación 3 VAMP3 Proteína de membrana asociada de vesículas 3 (celubrevina) PSMB8 Sub-unidad proteasoma (prosoma, macropain) tipo beta, 8 (peptidasa muítifuncional grande 7) JAK2 Janus quinasa 2 (una proteína tirosina quinasa) Tabla 5.18 genes expresados en forma significativa ial entre TB activa y otros grupos clínicos Símbolo Descripción de gen VAMP5 Proteína de membrana asociada a vesícula 5 (miobrevina) GBP2 Proteína de enlace guanilato 2, inducible por interferoña STX11 Sintaxina 11 SPTAN1 Espectrina, alfa, no eritrocítica 1 (alfa fodrina) POLB Polimerasa (ADN dirigida) , beta IL7R Receptor de interleucina 7 APOL6 Apolipoproteína L, 6 ATG3 Homólogo relacionado a autofagia 3 ATG3 (S. cerevisiae) SQRDL Tipo sulfuro quinona reductasa (levadura) PSME2 Sub-unidad activadora de proteasoma (prosoma, macropain) 2 (PA28 beta) FLJ10379 Dominio de enlace ARN SI 1 WDFY1 Que contiene dominio FYVE y repetición WDl TAP2 Transportador 2, cásete de enlace ATP, sub-familia B (MDR/TAP) NPC2 Enfermedad Niemann'-Pick, tipo C2 ATF3 Factor de trascripción de activación 3 VAMP3 Proteína de membrana asociada a vesículas 3 (Celubrevina) PSMB8 Sub-unidad de proteasoma (prosoma, macropain) , tipo beta 8 (pept'idasa muítifuncional grande 7) JA 2 Janus quinasa 2 (una proteína tirosina quinasa) Discriminación mejorada entre pacientes con TB activa y latente y controles sanos: Los enfoques descritos anteriormente aunque son capaces de discriminar en TB activa de TB latente y controles sanos, son menos capaces de discriminar entre todos los tres grupos clínicos. Para seleccionar genes discriminantes se empleó el siguiente enfoque. Primero, genes expresados en sangre de individuos sanos se compararon contra pacientes de TB latente, utilizando la prueba ' Wilcoxon-Mann- hitney a p<0.005, que produce 89 genes discriminatorios. Genes expresados en sangre de individuos sanos contra pacientes de TB activa se compararon, de nuevo utilizando la prueba Wilcoxon-Mann-Whitney pero con una p<0.5, y el factor de corrección Bonferroni más severo, que produce una lista de 30 genes discriminatorios. Esta lista se combinó para dar una lista total de 119 genes discriminatorios (Tabla 6) . Esta lista de genes después se empleó para interrogar el conjunto de datos de todos los grupos clínicos utilizando análisis de agrupamiento en lo supervisado por correlación Pearson. Este análisis genera tres grupos distintos de grupos clínicos (figuras 8A a 8F) : un grupo esta compuesto por 11 de 13 pacientes de TB activa (figura 8, agrupamiento C) ; un segundo agrupamiento esta compuesto por 16 de 17 pacientes con TB latente, y 1 paciente de TB activa (figura 8, agrupamiento B) ; un tercer agrupamiento contiene todos los 12 controles sanos incluidos en el estudio, más 1 TB activa y un TB latente atípico (figura 8, agrupamiento A). Para cada una de las figuras 8A a 8F, los agrupamientos de grupos de pacientes /clínicos se presentan horizontalmente y agrupamientos de genes se presentan verticalmente. Este patrón de expresión/representación de toda la lista de 119 genes (figura 8A) ahora permite discriminación de todos los tres grupos clínicos entre sí: es decir, permite discriminación de TB activa, TB latente e individuos sanos entre sí, cada grupo clínico exhibe un patrón único de expresión/representación de estos 119 genes o sus sub-grupos . La persona con destreza reconocerá que 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 12, 15, 20, 25, 30, 35 o más genes pueden colocarse en un conjunto de datos que representa un agrupamiento de genes que puede compararse a través de agrupamientos de los grupos clínicos A (Sanos) , B (Latente) , C (Activa) , y que cualquiera solo o en combinación con otros de estos agrupamientos, cada grupo clínico puede exhibir un patrón único de expresión/representación obtenido de estos 119 genes.

Específicamente, la figura 8B demuestra que los genes ST3GAL6, PAD1 , TNFRSF12A, VAMP3 , BR13 , RGS19, PILRA, NCF1, LOC652616, PLAUR(CD87), SIGLEC5, B3GALT7 , IBRDC3 (NKLAM) , ALOX5AP (FLAP) , MMP9 , A PEP(APN), NALP12 , CSF2RA, IL6R(CD126), RASGRP4 , TNFSF1 (CD258 ) , NCF4, HK2 , ARID3A, PGLYRP1 (PGRP) están sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes con TB latente pero no en la sangre de individuos sanos o de pacientes de TB activa.

Los genes presentados en la figura 8C, ABCG1, SREBFl , RBP7(CRBP4), C22orf5, FAM101B, S100P, LOC649377, UBTDl , PSTPIP-1, RENBP, PGM2 , SULF2 , FAM7A1, HOM-TES-103, NDUFAFl , CES1, CYP27A1, FLJ33641, GPR177, MIDlIPl ( IG-12 ) , PSD4 , SF3A1, NOV(CCN3), SGK(SGKl), CDK5R1 , LOC642035, se muestran sobre-expresados /sobre-representados en la sangre de individuos de control sanos pero fueron sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB latente, y en una gran proporción fueron sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB activa.

El patrón de genes en la figura 8D, ARSG, LOC284757, MDM4 , CRNKLl , IL8 , LOC389541, CD300LB, NIN, PHKG2 , HIPl, se mostró que se sobre-expresan/sobre-representan en la sangre de individuos sanos pero fueron sub-expresados/sub-representados en la sangre tanto de pacientes con TB latente como activa. Por el contrario, los genes en la figura 8D, PSMB8 (LMP7 ) , AP0L6 , GBP2 , GBP5 , GBP4, ATF3 , GCH1 , VAMP5 , ARS, LIMKl, NPC2, IL-15, LMTK2 , STXll (FHL4) , se mostró que se sobre-expresan, sobre-representan en la sangre de TB activa, pero sub-expresan/sub-representan en la sangre de pacientes de TB latente e individuos de control sanos .

El patrón de genes en la figura 8E, de FLJ11259 (DRAM) , JAK2 , GSDMDC1 (DF5L) (FKSG10 ) , SIPAIL1, [2680400] (KIAA1632) , ACTA2 (ACTSA) , KCNMB1 (SLO-BETA) , todos fueron sobre-expresados/sobre-representados en sangre de pacientes de TB activa pero no representados o incluso sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB latente e individuos de control sanos. Por el contrario, los genes SPTA I, KIAAD179 (Nnpl ) (RRPl ) , FAM84B (NSE2 ) , SELM, IL27RA, MRPS34, [ 6940246 ](IL23A) , PRKCA(PKCA) , CCDC41 , CD52(CDW52), [3890241] (ZN404) , CCC1 (MCCA/B) , S0X8, SYNJ2 , FLJ21127, FHIT, fueron sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB activa pero no en la sangre de pacientes de TB latente o individuos de control sanos, en donde fueron sobre-expresados/sobre-representados .

Muchos de los genes (dentro de estos 119 genes seleccionados por este método descrito anteriormente) se encontró que se sobre-expresan/sobre-representan en la sangre de pacientes de TB activa citadas en las figuras 8D y 8E, fueron comunes con aquellos identificados por el método alterno utilizando el Análisis de Superior Severidad de perfiles de trascripción en pacientes de TB activa, latente y controles sanos descritos previamente (genes mostrados como subrayados anteriormente de las figuras 8D y 8E están contenidos en la lista de genes en la figura 7, Tabla 5, 18 genes p<0.05; genes mostrados como en itálicas anteriormente las figuras 8D y 8E están contenidos en la lista de genes en la figura 6, Tabla 4, 46 genes P<0.1).

El patrón de genes mostrados en la figura 8F, CD52(CDW52), [3890241] (ZNF404) , MCCCl (MCCA/B) , SOX8 , SY J2 , FLJ21127, FHIT, fueron sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB activa pero no en la sangre de pacientes de TB latente o individuos de control sanos, en donde estarían de haber algo sobre-expresado/sobre-representado. Esto también se presenta (traslapa) en la figura 8E. Los genes CDKLl(p42), MICALCL, MBNL3 , RHD, ST7(RAY1), PPR3R1, [360739 ] ( PIP5K2A) , AMFR, FLJ22471, CRAT(CATl), PLA2G4C, AC0T7 (ACT) (ACHI) , RNF182, KLRC3 (NKG2E) , HLA-DPBl , fueron sub-expresados/sub-representados en la sangre de individuos de control sanos, pero fueron sobre-expresados/sobre-representados en la sangre de pacientes de TB latente, y sobre-expresados/sobre-representados en la sangre de la mayoría de los pacientes de TB activa (figura 8F) . Para concluir, el patrón agregado de expresión del total de 119 genes en la figura 8A (descompuesto para legibilidad de genes y especificidad entre estados clínicos en las figuras 8B-8F) que distingue entre pacientes infectados (TB activa y TB latente) de pacientes no infectados (controles sanos) y adicionalmente, distingue entre los dos grupos de pacientes infectados, esto es, pacientes de TB activa y latente. Muchos de los genes sobre-expresados en la sangre de pacientes de TB activa mediante este método fueron los mismos genes que aquellos identificados utilizando el filtrado estadístico más estricto (mostrado en la figura 7, Tabla 6), y muchos fueron inducibles por IFN y/o involucrados en tráfico celular endocítico y/o metabolismo de lípidos.

Tabla 6. Genes que se encuentran expresados en forma significativa diferencial entre latentes y sanos o entre activos y sanos, que cuando se emplean en combinación diferencian entre activo, sano y latente utilizando algoritmos de agrupamiento de correlación Pearson sin supervisar (119 genes) .

Símbolo Descripción de gen HMFN0839 Proteína asociada con metástasis de cáncer pulmonar LOC653820 MID1IP1 Proteína de interacción MIDI 1 (homólogo G12 específico de gastrulación (pezcebra) ) SPTANl Espectrina, alfa, no eritrocítica 1 (alfa fodrina) NALP12 Familia NLR, que contiene dominio pirina 12 PSMB8 Proteasoma (prosoma, macropain) sub- unidad, tipo beta 8 (peptidasa multifuncional grande 7) RNF182 Proteína con dedo de zinc 182 KC MBl Canal de activación de calcio de gran conductancia-potasio, sub-familia M, miembro beta 1 Interleucina 23, sub-unidad alfa P19 CDKL1 Tipo cinasa dependiente de ciclina 1 (quinasa relacionada a CDC2) IL8 Interleucina 8 NOV Gen sobre-expresado nefroblastoma APOL6 Apolipoproteína L, 6 KLRC3 Sub-familia de receptor tipo lectina célula asesina C, miembro 3 SOX8 SRY-box 8 (región de determinación de sexo Y) B3GALT7 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1, 3-N- acetilglucosaminiltransferasa 8 GCH1 GTP ciclohidrolasa 1 (distonia de respuesta a dopa) IL6R Receptor de interleucina 6 RASGRP4 Proteína de liberación de RAS guanil 4 SGK Quinasa regulada por suero/glucocorticoide LOC389541 Similar a CG14977-PA MICALCL Tipo terminal C MICAL VAMP3 Proteína de membrana asociada a vesícula 3 (celubrevina) NPC2 Enfermedad de Niemann-Pick, tipo C2 SYNJ2 Sinaptojanina 2 IN Nineína (proteína de interacción GSK3B) MBNL3 Tipo muscleblind-3 (Drosophila) FLJ11259 Modulador de autófagia regulado por daño NALP12 Que contiene dominio pirina, familia NLR 12 LIMK1 ARSG Arilsulfatasa G FLJ33641 Marco de lectura abierto cromosoma 5 29 PADI4 Peptidil argidina deiminasa, tipo IV RENBP Proteína de enlace renina SULF2 Sulfatasa 2 GSDMDC1 Que contiene dominio gasdernina 1 ST7 Supresión de tumorigenisidad 7 RBP7 Proteína, de enlace retinol 7, celular HK2 Hexoquinasa 2 VAMP5 Proteína de membrana asociada con vesículas (miobrevina) GPR177 Receptor acoplado a proteína G 177 CES1 Carboxilésterasa 1 (monocito/macrófago serina esterasa 1) CD52 Molécula CD52 ABCG1 Cásete tipo ATP, sub-familia G (WHITE) miembro 1 GBP5 Proteína de enlace guanilato 5 MDM4 Proteína de enlace P53, Mdm4, transformada célula 3T3 doble minuto 4 (ratón) SIGLEC5 Lectina tipo Ig de enlace ácido siálico 5 ARID3A Dominio interactivo rico en AT (tipo BRIGHT) KIAA0179 Homólogo B de procesamiento ribosomal ARN • 1 (S. cerevisiea) PSD4 Plectrina que contiene dominios Sec7 4 ALOX5AP Proteína de activación de araquidonato 5- lipoxigenasa CSF2RA Receptor de factor de estímulo de colonia 2, alfa, baja afinidad, granulocito- macrófago M P9 en matriz metalopeptidasa 9 (gelatinasa B, gelatinasa de 92kDa, colagenasa tipo IV de 92kDa) PGLYRP1 Proteína de reconocimiento peptidoglicano 1 CYP27A1 citocromo P450, familia 27, sub-familia A, polipéptido 1 LMTK2 Lémur tirosina quinasa 2 BRI3 Proteína del cerebro 13 PILRA Receptor alfa tipo 2 como inmunoglobulina apareada Proteína de dedo de zinc 404 FLJ21127 Tectonic 1 GBP2 Proteína de enlace guanilato 2, inducible por interferona ST3GAL6 Beta galactosido ST3 2,3 alfa sialiltransferasa 6 PLAUR Activador de plasminógeno , receptor de uroquinasa NCF4 Factor citosolico de neutrofilo 4, 40kDa JAK2 Quinasa Janus 2 (una proteína tirosina quinasa) SREBFl Factor de transcripción de enlace de elemento esterol regulatorio 1 SELM Selenoproteína M PPP3R1 * Proteína fosfatasa 3 (anteriormente 2B) , sub-unidad regulatoria B, isoforma alfa PRKCA Proteína cinasa C, alfa PLA2G4C Fosfolipasa A2, grupo IVC (citosólica, independiente a calcio) GBP4 Proteína de enlace guanilato 4 HIP1 Proteína de interacción huntingtin 1 PGM2 Fosfoglucomutasa 2 KIAA1632 S100P Proteína de enlace de calcio S100P IL27RA Receptor de interleucina 27, alfa IL15 Interleucina 15 FHIT Gen de triada histidina frágil FAM84B Familia con similaridad de secuencia 84, miembro B MCCC1 Metilcrotonoil-coenzima A carbixilasa 1 alfa ACOT7 Acil-CoA tioesterasa 7 TNFRSF12A Súper-familia de receptor de factor de necrosis de tumor, miembro 12A SF3A1 De empalme 3A, sub-unidad 1, 120kDa TNFSF14 Súper-familia de factor de necrosis de tumor (ligando) miembro 14 CD300LB Miembro de familia tipo molécula CD300 b ANPEP Alanil (membrana) animopeptidasa (aminopeptidasa N, aminopeptidasa M, aminopeptidasa microsomal, CD13, pl50) FAM7A1 Grupo de sangre Rh, antígeno D HOM-TES- Proteína hipotética LOC25900 103 CCDC41 Que contiene dominio super-enrollado 41 CRN L1 Tipo factor de unión pre-AR m de cuello torcido (Drosophila) NCF1 Factor citosólico de neutrófilo 1 (enfermedad granulomatosa crónica, autosomal 1) UBTD1 Que contiene dominio ubiquitina 1 FLJ22471 Que contiene dominio super-enrollado 92.

FAMlOlB Familia con similaridad de secuencia 101, miembro B LOC284757 LOC649377 CDK5R1 Quinasa dependiente de ciclina 5, sub- unidad regulatoria 1 (p35) Clon ADNc de longitud íntegra CS0DC025YP03 de neuroblastoma Cot 25-normalizado de Homo sapiens (humano) MBNL3 Tipo muscleblind 3 (Drosophila) PSTPIP1 Proteína de interacción prolina-serina- treonina fosfatasa 1 WARS Triptofanil-ARNt sintetasa HLA-DPB1 Complejo de histocompatibilidad mayor, clase II, DP beta 1 LOC652616 ACTA2 Actina alfa 2, músculo liso, aorta IBRDC3 Que contiene dominio IBR 3 PHKG2 Fosforilasa quinasa, gamma 2 (testículos) Fosfatidi1linositol-4-fosfato 5-quinasa, tipo II, alfa LOC642035 AMFR RGS19 Regulador de señalización de proteína G 19 C22orf5 Cuadro de lectura abierto 5 cromosoma 22 ATF3 Factor de transcripción de activación 3 SIPAILI Tipo asociado a proliferación inducida por señal 1, 1 MRPS34 Proteina ribosomal mitocondrial S34 ADAL Tipo adenosina deaminasa NDUFAF1 Sub-complejo alfa NAHD dehidrogenasa (ubiquinona) 1, factor de ensamblaje 1 CRAT Carnitina acetil transferasa STX11 Sintaxina 11 Diferentes y recíprocas firmas inmunes en TB activa y latente se revelan utilizando un enfoque modular. Para dar mayor información en patogénesis, los datos normalizados por chip se analizaron adicionalmente utilizando una estructura para análisis modular estable recientemente descrita con base en grupos predefinidos de transcripciones de genes que se muestran expresadas de manera coordinada a través de un amplio intervalo de enfermedades, y a menudo representan un grupo o enjambre de moléculas o células relacionadas al nivel funcional (Chaussabel et al., 2008, Immunity) .

Como el objetivo de este análisis era dar información funcional respecto a genes contenidos dentro de las firmas de transcripción para cada grupo, el análisis se enfocó en sub-conjuntos de pacientes que se encuentran agrupados cerradamente en conjunto en nuestros análisis previos, excluyendo atípicos, razonando que estos grupos más probablemente revelarían . rutas y procesos comunes involucrados en el proceso de la enfermedad.

Nueve pacientes con TB activa, seis controles sanos y nueve pacientes con TB latente se seleccionaron y utilizaron en el análisis modular. Cada comparación se realizó por separado, de esta manera nueve pacientes con TB activa se compararon con seis controles sanos en un análisis, y después nueve pacientes con TB latente se compararon con los mismos seis controles sanos en un análisis separado. Se filtraron transcripciones para excluir cualesquiera no detectados en al menos dos individuos de cualquier grupo comparado. Comparaciones estadísticas entre grupos de controles sanos y pacientes se realizaron (prueba Wilcoxon-Mann-Whitney no paramétrica, P < 0.05) a fin de identificar genes que se expresaron diferencialmente entre el grupo de pacientes y controles sanos. Estos genes expresados en forma diferencial se separaron en aquellos con regulación por incremento/sobre-representados en el grupo de enfermedad en comparación con control, y aquellos con regulación por decremento/sub-representados en grupo de enfermedad comparado con control. Estas listas después se analizan en una base módulo-por-módulo . Genes expresados en forma diferencial ya son sobre-expresados en forma predominante o sub-expresados en forma predominante en cada módulo. Para asegurar validez cada módulo debe tener >25% del total de cambio de genes en la dirección representada y el número de genes que cambian en una dirección particular debe ser >10. Para presentar gráficamente los cambios de transcripción global en TB activa contra controles sanos, o TB latente contra controles sanos, se alinearon puntos en una red, con cada posición que corresponde a un módulo diferente con base en su definición original .. La intensidad de punto indica la proporción de transcripciones expresadas diferencialmente cambiando en la dirección mostrada del número total de transcripciones detectados para ese módulo, mientras que el color de punto indica la polaridad del cambio (rojo: sobre-expresado/representado, azul: sub-expresado/representado) . Además, las coordenadas de los módulos pueden asociarse con anotaciones funcionales para facilitar interpretación de datos (Chaussabel, Immunity, 2008; y figuras 9 y 10) .

Un mapa modular de TB activa comparada con controles sanos (Figura 9, Tabla 7A -' P; y Tabla 8) se muestra que es distinta al mapa de TB latente en comparación con controles sanos (Figura 10, Tabla 7A - F; y Tabla 9) . De hecho, estos mapas de módulos derivados en forma independiente de TB activa y TB latente muestran un patrón inverso de expresión/representación de genes, en módulos que muestran cambios en ambos estados de enfermedad cuando se comparan con controles sanos . Genes en el módulo M2.1 asociados con células citotóxicas fueron sub-expresados /representados (36% - 18 genes sub-expresados /representados de 50 detectados en el módulo, genes citados en la Tabla 6F) en TB activa y sin embargo sobre-expresados /representados (43% - 22 genes sobre-expresados /representados de 51 detectados en el módulo, genes citados en la Tabla 7B) en TB latente. Por otra parte, una cantidad de genes en M3.2 y M3.3 ("inflamación") (genes citados en las Tablas 6J y 6K) se sobre-expresaron/representaron en pacientes de TB activa pero sub-expresados /representados en pacientes de TB latente (genes citados en las Tablas 7E y 7F) . Igualmente, genes en Mi.5 ("linaje mieloide") se sobre-expresaron/representaron en TB activa (genes citados en la Tabla 6D) mientras que fueron sub-expresados /representados en TB latente (genes citados en la Tabla 7A) . Genes en un módulo M2.10 que no forman un módulo funcional coherente pero consisten de un conjunto de genes aparentemente diverso, fueron sub-expresados /representados en TB latente (genes citados en la Tabla 7D) pero no sobre o sub-expresados /representados en TB activa en comparación con controles . Uno de estos genes en el adaptador receptor tipo toll, TRAM, que esta corriente abajo de TLR-4 (LPS) y señalización TLR-3 (dsR A) (Akira, Nat . Rev. Imm.) . Para las Tablas 7A a 70, una expresión normalizada relativa para TB activa se da como expresión en pacientes activos respecto al control. En las Tablas 8A a 8F, una expresión normalizada relativa para TB latente se da como expresión en controles sanos respecto a pacientes latentes.

Tabla 7A Mi .2 PTB contra Control, Genes Sobre-representados en TB Activa.

Expresión. Nombre Común símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09May08_ PAL2Ttest_UP_Ml .2 2.447 KX; Xlk; XKRl XK 2.239 2.239 CD62; GRMP; PSEL; SELP CD62P; GMP140; PADGEM; FLJ45155 2.161 URG EGF 2.133 JAMC; JAM-C; FLJ14529 JAM3 2.13 H2B; GL105; H2B.1; H2B/q; HIST2H2BE H2BFQ; MGC129733; MGC129734 1.889 4.10; P410; EPB41L40; FRMD3 MGC20553; RP11-439K3.2 1.875 CKLFSF5; FLJ37521 CMTM5 1.829 ECM; MMR ; GPIa* ; EMILIN4 MMR 1 1.757 PSA; PROS; PS21; PS22; PS23 ; PR0S1 PS24; PS25; PS 26; Protein S; protein Sa 1.752. F13A F13A1 1.698 H2B/S; H2BFT; H2BFAÍÜ; HIST1H2BK MGC131989 1.638 RTN2 1.59 T SA; HTM-alpha; TPMl-alpha; TPM1 TPMl-kappa 1.419 C6orf79 1.408 BSS; GPlB; CD42B; MGC34595; GP1BA CD42b-alpha 1.338 CD61; GP3A; GPIIIa ITGB3 1.183 CMIP; KIAA1694 CMIP Tabla 7A (2a . Parte) Expresión Descripción normalizada relativa 2.447 Grupo de sangre Kx enlazado X (síndrome de McLeod) 2.239 Selectina P (proteína de membrana de gránulo 140kDa, antígeno CD62) 2.161 Factor de crecimiento epidérmico (beta- urogastrona) 2.133 Molécula de adhesión atrioventricular 3 2.13 Agrupamiento histona 2, h2be 1.889 Que contiene dominio FERM 3 1.875 Que contiene dominio de transmembrana MARVEL tipo CKLF 5 1.829 Multimerin 1 1.757 Proteína S (alfa) 1.752 Factor de coagulación XIII, polipéptido Al 1.698 Agrupamiento histona 1, H2bk 1.638 1.59 Tropomiosina 1 (alfa) 1.419 1.408 Glicoproteína Ib (plaqueta) , alfa polipéptido 1.338 Integrina, beta 3 (glicoproteína de plaqueta Illa, antígeno CD61) 1.183 Proteína que induce c-Maf Tabla 7B Mi .3 PTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo de normalizada Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09 ay08_ PAL2Ttest_D0WN_Ml .3 0.82 FLJ31738; KIAA1209 PLEKHG1 0.778 SPI-B SPIB 0.767 EVI9; CTIP1; BCLllA-L; BCL11A BCL11A-S; FLJ10173; FLJ34997; KIAA1809; BCL11A-XL 0.715 MGC20446 CYBASC3 0.677 NIDD; MGC42530 ZDHHC23 0.629 ESG; ESG1; GRG1 TLE1 0.612 B2 ; IGB CD79B 0.581 LYB2; CD72b CD72 0.559 KIAA0977 COBLL1 0.556 BASH; Ly57; SLP65; BLNK-S; BLNK SLP-65; MGC111051 0.543 TCLl TCL1A 0.518 C-Myc . YC 0.512 BANK; FLJ20706; FLJ34204 BANK1 0.51 B4; GC12802 CD19 0.496 FCRH1; IFGP1; IRTA5; RPll- FCRL1 367J7.7; DKFZp6670l421 0.487 FLJ00058 GNG7 0.482 FLJ21562; FLJ43762 C13orfl8 0.477 BRDG1 ; STAPl BRDG1 0.471 MGC10442 BLK 0.467 Rl; JP02; RAM2 ; DKFZp762L0311 CDCA7L 0.445 ORP10; OSBP9; FLJ20363 OSBPL10 0.397 8HS20; N27C7-2 VPREB3 0.361 LAF4; MLLT2-like AFF3 0.334 FCRL; FREB; FCRLX; FCRLb; FCRLMl FCRLd; FCRLe; FCRLMl ; FCRLcl; FCRLc2; MGC4595; RPll- 474116.5 Tabla 7B (2a parte) Expresión Descripción normalizada relativa 0.82 Que contiene dominio de homología de plextrina, familia G (con dominio RhoGef) miembro 1 0.778 Factor de transcripción Spi-B (Spi-l/PU.l relacionado) 0.767 CLL célula B/linfoma 11A (proteína de dedo de zinc) 0.715 Citocromo b, dependiente de ascorbato 3 0.677 Dedo de zinc, que contiene tipo DHHC 23 0.629 Mejorador tipo · transducina de split 1 (E(spl) homólogo, Drosophila) 0.612 Molécula CD79b, asociado a inmunoglobulina beta 0.581 Molécula CD72 0.559 Tipo COBL 1 0.556 Enlazador célula B 0.543 Leucemia de célula T/linfoma 1A 0.518 Homólogo de oncogen viral v-myc mielocitomatosis (aviar) 0.512 Proteína de andamio de célula B con repeticiones anquirina I 0.51 Molécula CD19 0.496 Tipo de -receptor Fe 1 0.487 Proteína de enlace nucleótido guanina (proteína G) , gamma 7 0.482 Marco de lectura abierto 18 cromosoma 13 0.477 Señalización corriente abajo de BCR 1 0.471 Linfoide B de tirosina cinasa 0.467 Tipo asociado al ciclo división celular 7 0.445 Tipo proteína de enlace oxisterol 10 0.397 Gen pre-B linfocito 3 0.361 Familia AF4/FMR2, miembro 3 0.334 Tipo receptor Fe A Tabla 7C Mi.4 PTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

TCP80; DRBP76; NFAR-1 ; MPHOSPH4; NFAT- 90 0.689 TIMAP; ANKRD4; KIAA0823 PPP1R16B 0.678 PRP21; PRPF21; SAP114; SF3A120 SF3A1 0.667 SDS; SWDS; CGI-97; FLJ10917 SBDS . 0.665 BL11; HB15 CD83 0.645 NOT; RNRl; HZF-3 ; URRl ; TINUR NR4A2 0.62 H1R A R ASEH1 Tabla 7C (2*. Parte) Expresión Descripción normalizada relativa 0.907 Proteína de dedo de zinc 394 0.835 Proteína regulatoria y mediadora de unión 0.825 Ribonucleoproteína .nuclear heterogénea C (C1/C2) 0.78 Proteína de enlace SON DNA 0.77 Tipo grpe 1, mitocondrial (E. Coli) 0.747 Asociada a ciclo de división celular 4 0.723 Proteína de dedo de zinc 331 0.698 Marco de lectura abierto 41 cromosoma 12 0.698 Factor de enlace .me orador de interleucina 3, 90kDa 0.689 Proteína fosfatasa 1, sub-unidad regulatoria (inhibidor) 16B 0.678 Factor de empalme 3a, sub-unidad 1, 120kDa 0.667 Síndrome Shwachman-Bodian-Diamond 0.665 Molécula CD83 0.645 Sub- familia de receptor nuclear 4, grupo A, miembro 2 0.62 Ribonucleasa Hl Tabla 7D Mi .5 PTB contra Control, Genes Sobre-representados en TB Activa. 1.844 KYNU KYNU¦ 1.618 BLVR; BVRA BLVRA 1.594 RP35; SEMB; SEMAB; CORD10; SEMA4A FLJ12287; RPll- 54H19.2 1.535 GRN 1.531 G6S; MGC21274 GNS 1.524 FOAP-10; EMILIN-2; FLJ33200 EMILIN2 1.507 cent-b; HSA272195 CENTA2 1.449 APPS; CPSB CTSB 1.438 ASGPR; CLEC4H1; Hs.12056 ASGR1 1.433 CD32; FCG2; FcGR; CD32A; FCGR2A CDw32; FCGR2; IGFR2 ; FCGR2A1; MGC23887; MGC30032 1.425 TIL4; CD282 TLR2 1.424 PI; A1A; AAT; PI1; A1AT; SERPINA1 MGC9222; PR02275; MGC23330 1.413 TEM7R; FLJ14623 PLXDC2 1.41 CD14 CD14 1.398 Rab22B RAB31 1.386 FEXl; FEEL-1; FELE-1; STAB-1; STAB1 CLEVER-1; KIAA0246 1.352 MYD88 MYD88 1.349 MLN70; S100C S100A11 1.347 FLJ22662 FLJ22662 1.346. CLN2; GIG1; LPIC; PP I; TPP1 MGC21297 1.251 p75; TBPII; FBR; TNFR2 ; TNFRSF1B CD12 Ob; TNFR80 ; TNF-R75 ; p75TNFR; TNF-R-II 1.239 JTK9 HCK 1.172 IBA1; AIF-1; IRT-1 AIF1 Segunda parte Tabla Expresión Descripción normalizada relativa 2.384 Fosfatasa de especificidad dual 3 (virus vaccinia fosfatasa VHl-relacionado) 2.139 Tipo banda de proteína de membrana de eritrocitos 4.1-3 2.014 Hexoquinasa 3 (glóbulos blancos) 1.972 Lectina, enlace de galactosido, soluble, 2 1.844 Quinureninasa (L-quinurenina hidrolasa) 1.618 Biliverdina reductasa A 1.594 Dominio sema, dominio inmunoglobulina (Ig) , dominio transmembrana (TM) y dominio citoplásmico corto, (semaforina) 4A 1.535 1.531 Glucosamina (N-acetil ) -6-sulfatasa (enfermedad de Sanfilippo IIID) 1.524 Interfase de elastina microfibrila 2 1.507 Centaurina, alfa 2 1.449 Catepsina B 1.438 Receptor de asialoglicoproteína 1 1.433 Fragmento Fe de IgG, baja afinidad lia, receptor (CD32) 1.425 Receptor tipo toll 2 1.424 Inhibidor de serpina peptidasa, ciado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina) , miembro 1 1.413 que contiene dominio plexina 2 1.41 Molécula CD14 1.398 RAB31, miembro de familia oncogen RAS 1.386 Estabilina 1 1.352 Gen de respuesta primaria de 20 diferenciación mieloide (88) 1.349' Proteína de enlace de calcio S100 All 1.347 Proteína hipotética FLJ22662 1.346 Tripeptidil peptidasa I 1.251 Súper-familia de receptor de factor de 25 necrosis de tumor, miembro IB 1.239 quinasa de célula hemopoyética 1.172 factor inflamatorio de aloinjerto I Tabla 7E Mi .8 PTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09MayO 8_PAL2Ttest_DOW _Ml .8 0.878 DBP2; PRP8; DDX16; PRO2014 DHX16 0.858 ANll; HA 11 WDR68 0.843 NDR; DR1 STK38 0.821 FLJ20097; FLJ23581; KIAA1861 FLJ2009 7 0.814 FLJ42526; FLJ45813; MGC71764. RSBN1L 0.809 C9orf55; C9orf55B; FLJ20686; DE D4C bA513Ml6.3; DKFZp686l09113 0.808 SON3; BASS1; DBP-5; NREBP; SON C21orf50; FLJ21099; FLJ33914; KIAA1019 0.807 pl50; VPS15; MGC102700 PIK3R4 0.8 4E-T; Clast4; FLJ21601; EIF4ENI FLJ26551 Fl 0.798 TAF2D; TAFIIlOO TAF5 0.793 DBRl DBR1 0.785 SMAP; pl20; SMAP2 BRD8 0.785 CASP2 0.772 TRF2; TRBF2 TERF2 0.772 hNUPl33; FLJ10814; MGC21133 UP133 0.762 MGC4268; FLJ38552 MGC4268 0.761 PUMH2 ; PUML2 ; FLJ36528; PUM2 KIAA0235; MGC138251; MGC138253 0.751 BYE1; DI01; DATFl; DID02 ; DIDOl DID03; DIO-1; FLJ11265; KIAA0333; MGC16140;. C20orfl58; dJ885L7.8; DKFZp434Plll5 0.738 KOX5 ; ZNF13 ZNF45 0.727 FLJ20558 FLJ2055 8 0.713 FLJ32343 CWF19L2 0.709 GC16770 RAB22A 0.708 FLJ14431 CBR4 0.704 AASDH; NRPS998; NRPS1098 AASDH 0.698 ZSCA ll ZNF232 0.692 NudCL; KIAA1068 NUDCD3 0.691 CCA1; MtCCA; CGI-47 TR Tl 0.689 RBM30; RBM4L; ZCRB3B; ZCCHC15; RBM4B MGC10871 0.683 CLF; CRN; HCRN; SYF3 ; MSTP021 CRNKL1 0.676 ZBU1; HLTF1; RNF80; HIP116; SMARCA3 SNF2L3; HIP116A; SMARCA3 0.666 SWAN; KIAA0765; HRIHFB2091 RBM12 0.658 FLJ10287; FLJ11219 CCDC76 0.654 IN 5; KIAA1698 KIAA169 8 0.652 IAN7; hIAN7; MGC27027 GIMAP7 0.651 TTC20; DKFZP586B0923 KIAA127 9 0.65 RAL; MGC48949 RALA 0.639 MPRB; LMPB1; C6orf33; FLJ32521; PAQR8 FLJ46206 0.634 FLJ11171 FLJ1117 1 0.613 LCF; IL-16; prIL-16; FLJ16806; IL16 FLJ42735; FLJ44234; HST19289 0.611 FLJ33226; 1190004M2lRik PYG02 0.577 GLC1G; UTP21; TAWDRP; TA-WDRP; DR36 DKFZp686H650 0.574 FLJ20287; bA208Fl.2; RPll- TEX10 208F1.2 0.568 IAA1982 ZNF721 0.55 FLJ22457; RP5-1180E21 ,2 DE ND2D 0.545 ozrfl; ZFP260 ZFP260 0.491 GLS1; FLJ10358; KIAA0838; GLS DKFZp686015119 Segunda parte Tabla 7E Expresión Descripción normalizada relativa 0.878 Polipéptido caja DEAH (Asp-Glu-Ala-His ) 16 0.858 Dominio de repetición WD 68 0.843 Serina/treonina quinasa 38 0.821 Que contiene dominio superenrollado 132' 0.814 Tipo proteína básica de espermátida redonda 1 0.809 gue contiene dominio DEMN/MADD 4C 0.808 proteína de enlace SON DNA 0.807 fosfoinositida-3-quinasa, sub-unidad regulatoria 4, pl50 0.8 factor de inicio de . traducción eucariotica 4E factor de importación nuclear 1 0.798 polimerasa TAF5 R A II, factor asociado a proteína de enlace ca a TATA (TBP) , lOOkDa 0.793 homólogo de enzima de desramificación 1 (s. Cerevisiae) 0.785 que contiene bromodominio 8 0.785 0.772 factor de enlace de repetición telomérico 2 0.772 nucleoporina 133kDa 0.762 tipo gen de región cromosomal AMME 1 0.761 homólogo pumilio 2 (Drosophila) 0.751 obliterador-inductor de muerte 1 0.738 proteína de dedo de zinc 45 0.727 cromosoma 2 cuadro de lectura abierto 42 0.713 tipo CWF19 2, control de ciclo celular (S. pombe) 0.709 RAB22A, miembro de familia de oncogén RAS 0.708 carbonil reductasa 4 0.704 6-semialdehído dehidrogenasa 2- aminoadípica 0.698 proteína de dedo de zinc 232 0.692 que contiene dominio Nudc 3 0.691 AR t nucleotidil transferasa, que agrega cea-, 1 0.689 proteína motivo de enlace ARN 4b 0.683 tipo factor de empalme pre-AR m de 5 cuello torcido 1 (drosophila) 0.676 factor de transcripción tipo Helicasa 0.666 proteína motivo de enlace ARN 12 0.658 que contiene dominio superenrollado 76 0.654 sub-unidad de complejo integrador 5 0.652 GTPase, miembro de familia IMAP 7 0.651 KIAA1279 0.65 homólogo de oncogén viral de leucemia de simio V-ral A (relacionado a ras) 0.639 progestina y miembro de familia de receptor adipoQ VIII 0.634 proteína hipotética FLJ11171 0.613 interleucina 16 (factor quimioatrayente de linfocitos) 0.611 homólogo de pygopus 2 (Drosophila) 20 0.577 dominio de repetición WD 36 0.574 expresado en testículos 10 0.568 proteína de dedo de zinc 721 0.55 que contiene dominio DEN /MADD 2D 0.545 proteína de dedo de zinc 260 25 0.491 glutaminasa Tabla 7F M2.1 PTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09May0 8_PAL2Ttest_DOW _M2.01 0.712 PTPMEG; PTPMEG1 PTPN4 0.665 FLJ34563; MGC35163 SAMD3 0.643 STAT4 STAT4 0.638 DIL1; DIL-1; Mindin; Mspondin SPON2 0.631 SLP2; SGA72M; CHR11SYT; SYTL2 KIAA1597; MGC102768 0.628 D0RZ1; DKFZP5640243 ABHD14A 0.615 LPAP; CD45-AP; MGC138602; PTPRCAP MGC138603 0.595 PKCL; PKC-L; PRKCL; MGC5363 ; PR CH MGC26269; nPKC-eta 0.581 MGC33870; MGC74858 NCALD 0.566 Til; SRBC CD2 0.554 KLR; CD31 ; NKG2D; NKG2- D; KLRK1 D12S2489E 0.546 LAX; FLJ20340 LAX1 0.529 CD122; P70-75 IL2RB 0.515 FEZl FEZ1 0.509 CHK; CTK; HYL; Lsk; HYLTK; MATK HHYLTK; MGC1708; MGC2101; DKFZp434Nl212 0.468 CLIC3 CLIC3 0.439 1C7; CD337; LY117 ; NKp30 NCR3 0.39 TRYP2 GZMK Tabla 7F (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 0.712 proteína tirosina fosfatasa, tipo no receptor 4 (megacariocito) 0.66.5 que contiene dominio de motivo alfa estéril 3 0.643 transductor de señal y activador de transcripción 4 0.638 espondina 2, proteína de matriz extracelular 0.631 tipo sinaptotagmina 2 0.628 que contiene dominio abhidrolasa 14A 0.615 proteína tirosina fosfatasa, tipo receptor proteína C asociada 0.595 proteína cinasa C, eta 0.581 neurocalcina delta 0.566 molécula CD2 0.554 sub-familia de receptor tipo lectina de célula destructora K, miembro 1 0.546 adaptador de transmembrana de linfocitos 1 0.529 receptor de interleucina 2 , beta 0.515 proteína zeta de fasciculación y elongación 1 (zygin I) 0.509 tirosina quinasa. asociada a megacariocitos 0.468 canal intracelular de cloruro 3 0.439 .receptor de activación- de citotoxicidad natural 3 0.39 granzima K (granzima 3; triptasa II) Tabla 7G M2.4 PTB contra Control , Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo de Gen normalizada relativa P22_15_PTBvCSelect_ 09MayO 8_PAL2Ttest_DO _M2.04 0 .858 ATPO; OSCP ATP50 0 .831 M9; eIF3k; ARG134; EIF3S12 5 PTD001; HSPC029; MSTP001; PLAC- 24; PR01474 0 .822 RPL8 RPL8 0 .811 EF2; EEF-2' EEF2 10 0 .804 RPB9; hRPB14.5 POLR2I 0 .801 RP8; Z YND7; MGC12347 PDCD2 0 .788 ARI2; TRIAD1; ARIH2 FLJ10938; FLJ33921 0 .776 Erv46; CGI-54; ERGIC3 15 PRO0989; C20orf47; Y- BR-84; SDBCAG84; dJ47704.2 0 .771 ART-27 UXT 0 .769 H12.3; HLC-7; PIG21; GNB2L1 20 RACKl; Gnb2-rsl 0 .766 eIF3h; eIF3-p40; EIF3S3 MGC102958; eIF3-gamma 0 .759 HCA56 LGTN 0 .758 2PP2A; IGAAD; I2PP2A; SET 25 PHAPII; TAF-IBETA 0.752 ANG2 Cllorf2 0.74 C6.1B MTCP1 0.736 LCP; HCLP-1 KLHDC2 0.722 DKFZP566B023 RPL36 0.712 KOX30 ZNF32 0.71 AMP; MGC125856; APRT MGC125857; MGC129961; DKFZp686Dl3177 0.694 GDH; MGC149525; CRYL1 MGC149526; lambda-CRY 0.689 FLJ27451; MGC102930 RPS20 0.686 INT6; eIF3e; EIF3-P48; EIF3S6 eIF3- p46 0.68 LK4; hCERK; FLJ21430; CERK FLJ23239; KIAA1646; MGC131878; dA59Hl8.2; dA59Hl8.3; DKFZp434E0211 0.675 HINT; PKCI-1; PRKC Hl HINT1 0.675 NHP2; HP2P NOLA2 0.668 AMP; MGC125856; APRT MGC125857; MGC129961; DKFZp686Dl3177 0.667 TOM7 TOMM7 655 SIVA; CD27BP; Siva-1; SIVA Siva-2 646 PBP; HCNP; PEBP; RKIP PEBP1 628 PRP9; PRPF9; SAP61; SF3A3 SF3a60 62 FLJ12525; dJ475B7.2; LAS1L RP3- 475B7.2 593 EC45 ; RPL10 ; RPLY10 ; RPL15 RPYL10; FLJ26304; MGC88603 567 H R P; JKTBP; JKTBP2 ; HNRPDL laAUFl 562 SMD2 ; SNRPD1 S RPD2 549 PPIA 527 LOC130074; MGC87527 LOC130074 524 RDGBB; RDGBBl ; PITPNC1 RDGBBETA 5 HEI10; C14orfl8 CCNB1IP1 492 EAP; HBP15; HBP15/L22 RPL22 Tabla 7G (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 0.858 ATP sintasa, transporte H+, complejo mitocondrial Fl , sub-unidad 0 (proteína que contiene sensibilidad a oligomicina) 0.831 factor de inicio de traducción eucariótico 3, sub-unidad 12 0.822 proteína ribosomal L8 0.811 factor de elongación de traducción eucariótica 2 0.804 polipéptido de polimerasa (AR ) II (ADN dirigido) I, 14.5kDa 0.801 muerte celular programada 2 0.788 homólogo ariadne 2 (Drosophila) 0.776 ERGIC y golgi 3 0.771 transcripción expresada en forma ubicua 0.769 proteína de enlace de nucleótido guanina (proteína G) , tipo beta polipéptido 2-1 0.766 factor de inicio de traducción eucariótico 3, sub-unidad 3 gamma, 40kDa 0.759 Ligatina 0.758 translocación SET (asociada a leucemia mieloide) 0.752 marco de lectura abierto 2 cromosoma 11 0.74 proliferación de células T maduras 1 0.736 que contiene dominio kelch 2 0.722 proteína ribosomal L36 0.712 proteína de dedo de zinc 32 .0.71 adenina fosforibosiltransferasa 0.694 cristalina, lambda 1 0.689. proteína ribosomal S20 0.686- factor de inicio de traducción 10 eucariótico 3, sub-unidad 6, 48kDa 0.68 ceramida quinasa . 0.675 proteína de enlace de nucleótido de triada de histidina 1 0.675 familia de proteína nucleolar A, miembro 15 2 (RNPs nucleolar pequeño H/ACA) 0.668 adenina fosforibosiltransferasa 0.667 translocación de homólogo de membrana mitocondrial exterior 7 (levadura) 0.655 SIVAl, factor que induce apoptosis 20 0.646 proteína de enlace de fosfatidiletanolamina 1 0.628 factor de empalme 3a, sub-unidad 3, 60kDa 0.62 tipo LAS1 (S. cerevisiae) 25 0.593 proteína ribosomal L15 0.567 tipo riboñkcleoproteína nuclear heterogénea D 0.562 polipéptido D2 de ribonucleoproteína nuclear pequeña 16.5kDa 0.549 0.527 p20 0.524 proteína de transferencia de fosfatidilinositol, citoplásmica 1 0.5 proteína de interacción de ciclina Bl 1 0.492 proteína ribosomal L22 Tabla 7H M2.8 PTB contra Control , Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09MayO 8_PAL2Ttést_DOWN_M2.08 0.871 KPLl ; PHRl ; PHRETl PLEKHB1 0.816 MGC132014 INPP4B 0.732 SEP2; SEPT2; KIAA0128; 6-Sep MGC16619; MGC20339; RP5- 876A24.2 0.711 GIL AQP3 0.691 FLJ36386 LZTFLl 0.67 p52; p75; PAIP; DFS70; LEDGF; PSIP1 PSIP2; MGC74712 0.669 GRG; ESP1; GRG5 ; TLE5; AES-1; AES AES-2 0.668 p33; TNFC; TNFSF3 LTB 0.646 KIAA0521; MGC15913 ARHGEF1 8 0.634 TEM3; TEM7; FLJ36270; FLJ45632; PLXDC1 DKFZp686F0937 0.626 HPIP PBXIP1 0.621 KIAA0495; MGC138189 KIAA049 5 0.615 UP; ZNF46 ZBTB25 0.61 FLJ20729; FLJ20760; Y-BR- 75; Clorfl8 MGC131963 1 0.609 AAG6; PKCA; PRKACA; MGC129900; PRKCA MGC129901; PKC-alpha 0.604 CGI-25 NOSIP 0.602 FLJ20152; FLJ22155; FLJ22179 FLJ2015 2 0.599 FRA3B; AP3Aase FHIT 0.596 WDR74 WDR7 0.595 E25A; BRICD2A ITM2A 0.587 HPF2 ZNF84 0.58 SEK; HEK8; TYROl EPHA4 0.578 SID1; SID-1; FLJ20174; SIDT1 B83002lE24Rik 0.557 LTBP2; LTBP-3; pp6425; LTBP3 FLJ33431; FLJ39893; FLJ42533; FLJ44138; DKFZP586M2123 0.556 V; RASGRP; hRasGRPl; MGC129998; RASGRP1 MGC129999; CALDAG-GEFI ; CALDAGGEFII 0.546 TTF; ARHH RHOH 0.545 LAT3; LAT-2; y+LAT-2; KIAA0245; SLC7A6 DKFZp686Kl5246 0.541 TP120 CD6 0.537 MGC29816 CH P7 0.53 DAGK; DAGKl ;. MGC12821; DGKA MGC42356; DGK-alpha 0.523 hly9; mLY9 ; CD229; SLAMF3 LY9 0.52 EMT; LYK; PSCTK2 ; GC126257; ITK MGC126258 0.519 TACTILE; MGC22596; CD96 1 DKFZp667E2122 0.518 SEP2; SEPT2; KIAA0128; 6-Sep MGC16619; MGC20339; RP5- 876A24.2 0.501 SCAPl; SKAP55 SCAP1 0.49 FLJ12884; MGC130014; MGC130015 C10orf3 8 0.488 TI; LEU1 CD5 0.487 MAL MAL 0.484 SATB1 SATB1 0.48 LDH-H; TRG-5 LDHB 0.473 Ray; FLJ39121; DKFZP586F1318 SH3YL1 0.466 P19; SGRF; IL-23; IL-23A; IL23A IL23P19; MGC79388 0.465 KE6; FABG; HKE6; FABGL; RING2 ; HSD17B8 H2-KE6; D6S2245E; dJl033Bl0.9 0.456 ARH; ARHl ; ARH2 ; FHCBl ; FHCB2 ; LDLRAP1 MGC34705; DKFZp586D0624 0.453 MGC45416; DKFZp686C03164 OCIAD2 0.451 CDl72g; SIRPB2; SIRP-B2 ; SIRPB2 bA77C3.1 ; SIRPgamma 0.435 GP40; TP41; Tp40; LEU-9 CD7 0.427 MGC15763 MGC1576 3 0.41 AS160; DKFZp779C0666 TBC1D4 0.404 HMIC; MA 1C; MAN1A3 ; pp6318 MA 1C1 0.401 Tp44; MGC1382 0 CD28 0.394 FLJ12586 ZNF329 0.39 TCF-1; MGC47735 TCF7 0.385 ABLIM; LIMABl ; LIMATIN; ABLIM1 MGC1224; FLJ14564; KIAA0059; DKFZp78lD0148 0.383 NSE2; BCMP101 FAM84B 0.377 OSO FAI 3 0.371 EEIGl; C9orfl32; MGC50853; C9orfl3 bA203J24.7 2 0.36. RIT1; CTIP2; CTIP-2 ; hRITl- BCL11B alpha 0.33 CLP24; FLJ20898; MGC111564 C16orf3 0 0.315 TCF1ALPHA; DKFZp586H0919 LEF1 0.29 BLR2; EBI1; CD197; CDwl97 ; CCR7 CMKBR7 0.244 STK37; PASKIN; KIAA0135; PASK DKFZP434O051; DKFZp686P2031 0.205 NRP2 NELL2 Tabla 7H (Parte 2) plextrina, miembro de familia ¦ B (evectinas) 1 0.816 inositol polifosfato-4-fosfatasa, tipo II, 105kDa 0.732 se tina 6 0.711 aquaporina 3 (grupo de sangre Gilí) 0.691 tipo factor de transcripción cremallera de leucina 1 0.67 proteína de interacción PC4 y SFRSl 1 0.669 mejorador amino-terminal de hendidura 0.668 beta linfotoxina (súper-familia TNF, miembro 3 ) 0.646 factor de intercambio de nucleótido rho/rac guanina (GEF) 18 0.634 que contiene dominio plexina 1 0.626 proteína de interacción de homeosecuencia de leucemia pre-célula B 1 0.621 KIAA0495 0.615 dedo de zinc y que contiene dominio BTB 25 0.61 marco de lectura abierto 181 cromosoma 1 0.609 proteína quinasa C, alfa 0.604 proteína de interacción de óxido nítrico sintasa 0.602 familia con similaridad de secuencia 134, miembro B 0.599 gen de triada de histidina frágil 0.596 dominio de repetición WD 74; sinónimos: FLJ10439, FLJ21730; dominio de repetición WD de Homo sapiens 74 (WDR74) , ARm. 0.595 proteína de membrana integral 2A 0.587 proteína de dedo de zinc 84 0.58 receptor EPH A4 0.578 familia transmembrana SIDl, miembro 1 0.557 proteína de enlace de factor de crecimiento de transformación latente beta 3 0.556 proteína de liberación de RAS guanil 1 (regulada por DAG y calcio) 0.546 familia de gen homólogo ras, miembro H 0.545 familia de portador soluto 7 (transportador aminoácido catiónico, 20 sistema y+) , miembro 6 0.541 molécula CD6 0.537 familia CHMP, miembro 7 0.53 diacilglicerol quinasa, alfa 80kDa 0.523 antígeno de linfocito 9 25 0.52 quinasa de célula T inducible por IL2 0.519 molécula CD96 0.518 septina 6 0.501 fosfoproteína asociada con src quinasa 1 0.49 marco de lectura abierto 38 cromosoma 10 0.488 molécula CD5 0.487 mal, proteína de diferenciación de célula T 0.484 homeosecuencia SATB 1 0.48 lactato dehidrogenasa B 0.473 que contiene dominio SH3 , tipo Ysc84 1 (S. cerevisiae) 0.466 interleucina 23, sub-unidad alfa pl9 0.465 hidroxiesteroide (17-beta) dehidrogenasa 8 0.456 proteína adaptadora de receptor de lipoproteína de baja densidad 1 0.453 que contiene dominio OCIA 2 0.451 proteína regulatoria de señal gamma 0.435 molécula CD7 0.427 que contiene dominio de enlace NAD óxido reductasa 1 0.41 familia del dominio TBC1, miembro 4 0.404 manosidasa, alfa, clase 1C, miembro 1 0.401 molécula CD28 0.394 proteína de dedo de zinc 329 0.39 factor de transcripción 7 (específico de célula T, HMGbox) 0.385 proteína LIM de enlace de actina 1 0.383 familia con similaridad de secuencia 84, miembro B 0.377 molécula inhibitoria apoptósica Fas 3 0.371 familia con similaridad de secuencia 102, miembro A 0.36 CLL de célula B/linfoma 11B (proteína de dedo de zinc) 0.33 marco de lectura abierto cromosoma 16 30 0.315 factor de enlace de mej orador linfoide 1 0.29 receptor de quimiocina (motivo C-C) 7 0.244 dominio PAS que contiene serina/treonina/quinasa 0.205 tipo NEL 2 (pollo) Tabla 71 3.1 PTB contra Control, Genes sobre-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09MayO 8_PAL2Ttest_UP_M3.1 . 17.93 MGC22805 ANKRD22 14.86 C1IN.; C1 H; HAEl; HAE2 ; ClINH SERPING1 9.425 cig5; vigl; 2510004L0lRik RSAD2 8.938 BRESI1; MGC29634 EPSTI1 8.226 GS3686; Clorf29 IFI44L 7.566 GBPl GBP1 5.677 p44; MTAP44 IFI44 4.701 LAP; PEPS ; LAPEP LAP3 4.401 IRG2; IFI60; IFIT4; ISG60; IFIT3 RIG-G; CIG-49; GARG-49 4.091 OIAS; IFI-4; OIASI OAS1 3.947 plOO; MGC133260 OAS3 3.944 G1P2; UCRP; IFI15 G1P2 3.915 UEFl; DRIF2; C7orf6; SAMD9L FLJ39885; KIAA2005 3.909 MMTRAlB PLSCR1 3.792 XAF1; BIRC4BP; HSXIAPAFl BIRC4BP 3.731 RIGE; SCA2; RIG-E; SCA-2; LY6E TSA-1 3.726 C7; IFI10; INP10; IP-10; crg- CXGL10 2; mob-1; SCYB10; gIP-10 3.668 FBG2; FBS2; FBX6 ; Fbx6b FBX06 3.652 R F 4; STAF50; GPSTAF50 TRIM22 3.619 LOC129607 LOC129607 3.419 ISGF-3; ' STAT91; STAT1 DKFZp686B04100 3.398 TRIP14; p590ASL OASL 3.284 IFP35; FLJ21753 IFI35- 3.154 LOC26010; DNAPTP6; DNAPTP6 DKFZp564A2416 3.076 BAL; BAL1; FLJ26637; PARP9 FLJ41418; MGC:7868; DKFZp666B0810; DKFZp686Ml5238 3.032 BAL2; KIAA1268 PARP14 2.977 RIG-B; UBCH8; MGC40331 UBE2L6 2.839 APT1; PSF1; ABC17; ABCB2 ; TAP1 RING4; TAPlN; D6S114E; FLJ26666; FLJ41500; TAPl*0102N 2.814 MX; MxA; IFI78; IFI-78K MXl 2.632 IRF7 2.511 GCH; DYT5; GTPCHl ; GTP- GCH1 2.434 9-27; CD225; IFI17; LEU13 IFITM1 2.415 G10P2; IFI54; ISG54; " cig42; IFIT2 IFI-54-; GARG-39; ISG-54K 2.414 Hlcd; MDA5; MDA-5; IDDM19; IFIH1 MGC133047 2.378 P113; ISGF-3; STAT113; STAT2 MGC59816 2.321 TL2; AP02L; CD253; TRAIL; TNFSF10 Apo-2L 2.32 TEL2; TELB; TEL-2 ETV7 2.214 OIAS; IFI-4; OIASI OAS1 2.206 APT2; PSF2; ABC18; ABCB3 ; TAP2 RING11; D6S217E 2.134 MGC78578 OAS2 2 VRK2 VRK2 1.975 PN-I; PSN1; UMPH; UMPHl; NT5C3 P5'N-1; CN-III; MGC27337; MGC87109; MGC87828 1.895 R F88; TRIM5alpha TRIM5 1.89 CGI-34; PNAS-2; C9orf83; CHMP5 HSPC177; SNF7DC2 1.863 ZC3H1; PARP-12; ZC3HDC1 ; PARP12 FLJ22693 1.845 PKR; PRKR; EIF2AK1 ; MGC126524 EIF2AK2 1.842 90K; MAC-2-BP LGALS3BP 1.807 RNF88; TRIM5alpha TRIM5 1.743 C15; onzin PLAC8 1.732 p48; IRF9; IRF-9; ISGF3 ISGF3G 1.713 CD317 BST2 1.665 ESNA1; ERAP140; FLJ45605; NCOA7 MGC88425; bla00052; Nblal0993; dJl87Jll.3 1.649 FLJ39275; MGC131926 ZNFX1 1.628 VODI; IFI41 IFI75 FLJ22835 SP110 1.627 EFP; Z147; RNF147; ZÑF147 TRIM25 1.523 NMI NMI 1.505 TRAP; KIAA1529; PCTAIRE2BP; TDRD7 RPll- 508D10.1 1.499 DSH; GlPl; IFI ; pl36; ADARl ; ADAR DRADA; DSRAD; IFI-4; K88dsRBP 1.494 C1GALT; T-synthase C1GALT1 1.478 . PHF11 1.461 SCOTIN SCOTIN 1.433 FLJ00340; , FLJ34579; SP100 DKFZp686E07254 1.415 FLJ45064 AGRN 1.351 NFTC; OEF1; OEF2 ; C7orf5; SAMD9 FLJ20073; KIAA2004 1.26 MEL; RAB8 RAB8A 1.215 6-16; G1P3; FAM14C; IFI616; G1P3 IFI-6-16 Tabla 71 (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 17.93 dominio de repetición de anquirina 22 14.86 inhibidor de serpina peptidasa, ciado G (inhibidor Cl) , miembro 1, (angioedema, hereditario) 9.425 que contiene dominio de radical S- adenosil metioniña 2 8.938 interacción epitelial estromal 1 (mama) 8.226 tipo prote na que induce interferona 44 7.566 proteína de enlace guanilato 1, inducible por interferona, 67kDa 5.677 proteína inducida por interferona 44 4.701 leucina aminopeptidasa 3 4.401 proteína inducida por interferona con repeticiones tetratricopéptido 3 4.091 2 ' , 5 ' -oligoadenilato sintetasa 1, 40/46kDa 3.947 2 ' -5 ' -oligoadenilato sintetasa 3, lOOkDa 3.944 modificador tipo ubicuitina ISG15 3.915 tipo que contiene dominio de motivo alfa estéril 9 3.909 fosfolípido escramblasa 1 3.792 factor asociado con XIAP-1 3.731 complejo de antígeno de linfocito 6, sitio E 3.726 quimiocina (motivo C-X-C) ligando 10 3.668 proteína F-box 6 3.652 que contiene motivo tripartita 22 3.619 proteína hipotética LOC129607 3.419 transductor de señal y activador de transcripción 1, 91kDa 3.398 tipo 21 -5 ' -oligoadenilato sintetasa 3.284 proteína inducida por interferona 35 3.154 proteína transactivada con polimerasa de AR viral 6 3.076 familia poli (ADP-ribosa) polimerasa, miembro 9 3.032 familia poli (ADP-ribosa) polimerasa, miembro 14 2.977 enzima de conjugación de ubicuitina E2L 6 2.839 transportador 1, cásete de enlace ATP, sub-familia B (MDR/TAP) 2.814 resistencia a míxovirus (virus de influenza) 1, proteín inducible por interferona p78 (ratón) 2.632 2.511 GTP ciclohidrolasa 1 (distonia de respuesta a dopa CH-1) 2.434 proteína de transmembrana inducida por interferona 1 (9-27) 2.415 proteína inducida por interferona con repeticiones tetratricopéptido 2 2.414 interferona inducida con dominio helicasa C 1 2.378 transductor de señal y activador, de transcripción 2, 113kDa 2.321 súper-familia de factor de necrosis de tumor (ligando) , miembro 10 2.32 gen variante ets 7 (oncogén TEL2) 2.214 2 ' , 5 ' -oligoadenilato sintetasa 1, 40/46kDa 2.206 transportador 2, cásete de enlace ATP , sub-familia B (MDR/TAP ) 2.134 2 ' -5 ' -oligoadenilato sintetasa 2, 69/71kDa 2 quinasa relacionada a vaccinia 2 1.975 51 -nucleotidasa, citosólica III 1.895 que contiene motivo tripartita 5 1.89 proteína que modifica cromatina 5 1.863 familia de poli (ADP-ribosa) polimerasa, miembro 12 1.845 factor de inicio de traducción eucariótica 2- alfa quinasa 2 1.842 lectina, de enlace galactósido, soluble, proteína de enlace 3 1.807 que contiene motivo tripartita 5 1.743 específico de placenta 8 1.732 factor de transcripción estimulado por interferona 3, gamma 48kDa 1.713 antígeno de célula estromal de médula ósea 2 1.665 coactivador de receptor nuclear 7 1.649 dedo de zinc, que contiene tipo NFXl 1 1.628 proteína de cuerpo nuclear SPllO 1.627 que contiene motivo tripartita 25 1.523 interactor N-myc (y STAT) 1.505 que contiene dominio tudor 7 1.499 adenosina deaminasa, específica de ARN 1.494 núcleo 1 sintasa, glicoproteína N acetilgalactosamina 3-beta- galactosiltransferasa, 1 1.478 1.461 escotina 1.433 antígeno nuclear SP100 1.415 agrina 1.351 que contiene dominio de motivo estéril alfa 9 1.26 RAB8A, miembro de familia de oncogén RAS 1.215 interferona, proteína alfa inducible 6 Tabla 7J M3.2 PTB control Control, Genes Sobre-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09MayO 8_PAL2Ttest_UP_M3.2 2.767 MGC20461 ; OS 2.202 FHL4; HLH4; HPLH4 STX11 2.136 LPCAT2; FLJ20481-; LysoPAFAT; AYTL'l DKFZp686H22112 1.987 UP; UPP; UPASE; UDRPASE UPPl 1.969 IL-1; IL1F2; ILl-BETA IL1B 1.886 SAT; DC21; KFSD; SSAT; SSAT-1 SAT 1.862 PFK2; IPFK2 PF FB3 1.755 BB2; CD54; P3.58 ICAMl 1.742 BCL4; D19S37 BCL3 1.695 KRML; MGC43127 MAFB 1.686 SRPSOX; CXCLG16; SRPSOX CXCL16 1.658 B3GN-T5; beta3Gn-T5 B3GNT5 1.62 LA1; ME491; LAMP-3; OMA81H; CD63 TSPA 30 1.562 P21; CIP1; SDIl; WAFl; CAP20; CDKN1A CDK 1; MDA-6; p21CIPl 1.548 URAX1; TAIP-3; FAM130B; AXUD1 DKFZp566Fl64 1.542 NHE8; FLJ42500; KIAA0939; SLC9A8 MGC138418; DKFZp686C03237 1.542 GS; GLNS; PIG43 GLUL 1.504 CD87; UPAR; URKR PLAUR 1.474 PBEF ; NAMPT; MGC117256; PBEFl DKFZP666B131; 1110035O14Rik 1.472 P47; FLJ27168 PLEK 1.45 GNA16 GNA15 1.435 FTH; PLIF; FTHL6 ; PIG15; FTH1 MGC104426 1.42 MGC14376; MGC149751; MGC1437 DKFZp686O06159 6 1,395 NER; UNR; LXRB; LXR-b; NER-I; NR1H2 RIP15 1.39 TTP; G0S24; GOS24; TISll; ZFP36 UP475; R F162A 1.389 E4BP4; IL3BP1; NFIL3A; NFIL3A NFIL3 1.328 C8FW; GIG2; SKIPl TRIB1 1.296 ARI; HARI; HHARI ; UBCH7BP ARIH1 1.272 FRA2; FLJ23306 FOSL2 1.269 RIT; RIBB; R0C1; MGC125864; RIT1 MGC125865 1.25 RBT1 SERTAD3 1.227 MAPKAPK2 MAPKAPK 2 1.217 PPG; PRG; PRG1 ; MGC9289; PRG1 FLJ12930 1.181 SEIl; TRIP-Brl SERTAD1 1.172 CMT2; KIAA0110; MGC11282; RPl- MAD2L1B 261G23.6 P 1.169 UBP; SIH003; MGC129878; USP3 MGC129879 Tabla 7J (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 2.767 oncostatina M 2.202 sintaxina 11 2.136 tipo aciltransferasa 1 1.987 uridina fosforilasa 1 1.969 interleucina 1, beta ·. 1.886 espermidina/espermina Nl- acetiltransferasa 1 1.862 6-fosfofructo-2-quinasa/fructosa-2 , 6- bifosfatasa 3 1.755 molécula de adhesión intercelular 1 (CD54), receptor de rinovirus humano 1.742 linfoma/CLL de célula B 3 1.695 homólogo de oncogén de fibrosarcoma musculoaponeurótico v-maf B (aviar) 1.686 ligando de quimiocina (motivo C-X-C) 16 1.658 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3- Nacetilglucosaminiltransferasa 5 1.62 molécula CD63 1.562 inhibidor de quinasa dependiente de ciclina 1A (p21, Cipl) 1.548 AXINl de regulación positiva 1 1.542 familia portadora de soluto 9 (intercambiador de sodio/hidrógeno) , miembro 8 1.542 glutamato-amoniaco ligasa (glutamina sintetasa) 1.504 activador de plasminógeno, receptor de uroquinasa 1.474 factor de mejora de colonia pre-célula B •1 1.472 plextrina 1.45 proteína de enlace de guanina nucleótido (proteína G) , alfa 15 (clase Gq) 1.435 ferritina, polipéptido pesado 1 1.42 proteína hipotética MGC14376 1.395 sub-familia de receptor nuclear 1, grupo H, miembro 2 1.39 proteína de dedo de zinc 36, tipo C3H, homólogo (ratón) 1.389 factor nuclear, regulado por interleucina 3 1.328 homólogo de tribbles 1 (Drosophila) 1.296 homólogo de ariadne, proteína de enlace E2 de enzima que conjuga ubicuitina, 1 (Drosophila) 1.272 antígeno tipo FOS 2 1.269 tipo Ras sin CAAX 1 1.25 que contiene dominio SERTA 3 1.227 proteína quinasa activada por mitógeno- proteína quinasa activada 2 1.217 serglicina 1.181 que contiene dominio SERTA 1 1.172 proteína de enlace MAD2L1 1.169 peptidasa específica de ubicuitina 3 Tabla 7K M3.3 PTB contra Control, Genes Sobre-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizad de Gen a relativa P22_l5_PTBvCSelect_09May0 8_PAL2Ttest_UP_M3.3 3.651 MAYP; MGC34175 PSTPIP2 3.2 Tiff66; MGC116930; MGC116931; VNN1 MGC116932; MGC116933 2.604 Rsc6p; BAF60C; CRACD3 ; SMARCD3 MGC111010 2.157 FERlLl; LGMD2B; FLJ0.0175; DYSF FLJ90168 2.091 ASRT5; IRAKM; IRAK-M IRAK3 2.082 p6; CAGC; CGRP; MRP6 ; CAAFl; S100A12 ENRAGE 1.888 CGI-44 SQRDL 1.819 FAM31A; FLJ38464; KIAA1608; DENNDlA RP11-230L22.3 1.736 APG3; APG3L; PC3-96; FLJ22125; ATG3 MGC15201; ATG3 1.715 CAT1 CRAT 1.703 MGC2654; FLJ12433 GC2654 1.7 MD-2 LY96 1.695 AD3; VRP; HBLPl TBC1D8 1.663 FLJ20424 Cl4orf94 1.638 P28; GSTTLp28; DKFZp686Hl3163 GSTOl 1.635 ATRAP; MGC29646 AGTRAP 1.572 FAT; GP4; GP3B; GPIV; CHDS7 ; CD36 PASIV; SCARB3 1.547 El; LEI; PI2 ; MNEI ; M/NEI ; SERPINB1 ELA H2 1.546 RAB32 RAB32 1.541 CR3A; MOIA; CDllB; MAC- 1 ; ITGAM MAC1A; MGC117044 1.481 ALFY; ZFYVE25; KIAA0993; DFY3 MGC16461 1.467 ARHU; WRCH1; hG28K; CDC42L1; RHOU FLJ10616; DJ646B12.2; fJ646Bl2.2 1.459 SELR; SELX; MSRBl ; HSPC270; SEPX1 MGC3344 1.432 LTA4H LTA4H 1.409 VMP1;. DKFZP566I133 TMEM49 1.405 MGC33054 . SNX10 1.376 STX3A STX3A 1.369 TTG2; RBTN2; RHOM2 ; RBTNLl LM02 1.368 DBI; IBP; MBR; PBR; BZRP; PKBS; BZRP 5 PTBR; mDRC; pkl8 1.361 CRE-BPA CREB5 1.344 MAY1; MGC49908; nPKCdelta PRKCD 1.341 AAA; AD1; PN2 ; ABPP; APPI ; APP CVAP; ABETA; CTFgamma 1.333 CRFB4; CRF2-4; D21S58; D21S66; IL10RB CDW210B; IL-10R2 1.31 DCIR; LLIR; DDB27; CLECSF6; CLEC4A HDCGC13P 1.304 HUFI-2; FLJ20248; FLJ22683; LRRFIP2 DKFZp434H2035 1.301 C32; CKLF1; CKLF2 ; CKLF3 ; CKLF CKLF4; UCK-1; HSPC224 1.289 ACSS2 1.265 ESP-2; HED-2 ZYX 20 1.263 SH3BGR; MGC117402 SH3BGRL 1.239 MTX; MTX MTX1 1.237 ASC; TMS1; CARD5; PYCARD MGC10332 1.233 a3; - Stvl; Vphl ; Atp6i; OC116; TCIRG1 OPTB1 ; IRC7 ; ATP6N1C ; 25 ATP6V0A3; OC-116kDa 1.223 JTK8; FLJ26625 LYN 1.209 GAIP; RGSGAIP RGS19 1.186 NEU; SIALl NEU1 Tabla 7K (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 3.651 proteína de interacción prolina-serina- treonina fosfatase 2 3-2 vanina 1 2.604 relacionado a SWI/SNF, asociado a matriz, regulador dependiente de actina de cromatina, sub-familia d, miembro 3 2.157 disferlina, distrofia muscular de anillo óseo o de cinturas 2B (recesiva autosomal) 2.091 quinasa asociada a receptor de interleucina-1 3 2.082 proteína de enlace de calcio S100 A12 1.888 tipo sulfuro quinona reductasa (levadura) 1.819 que contiene dominio DENN/MADD 1A 1.736 homólogo relacionado a autofagia ATG33 (S. cerevisiae) DKFZp564Mll78 1.715 carnitina acetiltransferasa 1.703 marco de lectura abierto 68 cromosoma 16 1.7 antígeno de linfocitos 96 1.695 familia de dominio TBC1, miembro 8 (con dominio GRA ) 1.663 marco de lectura abierto cromosoma 14 94 1.638 glutationa S-transferasa omega 1 1.635 proteína asociada a receptor de angiotensina II 1.572 molécula CD36 (receptor de tromboespondina) 1.547 inhibidor de serpina peptidasa, ciado B (ovalbúmina) , miembro 1 1.546 RAB32, miembro de familia de oncogén RAS 1.541 integrina, alfa M (sub-unidad del receptor 3 componente complemento 3 ) 1.481 que contiene dominio FYVE y repetición WD 3 1.467 familia de gen homólogo ras, miembro U 1.459 selenoproteína X, 1 1.432 leucotrieno A4 hidrolasa 1.409 proteína de transmembrana 49 1.405 nexina de clasificación 10 1.376 sintaxina 3 1.369 solo dominio LIM 2 (tipo rombotina 1) 1.368 proteína de translocador (18kda) 1.361 proteína de enlace de elemento de respuesta a Camp 5 1.344 proteína cinasa C, delta 1.341 proteína precursora beta amiloide (A4) (peptidasa nexina-ll, enfermedad de Alzheimer) 1.333 receptor de interleúcina 10, beta 1.31 familia y dominio lectina tipo C 4, miembro A 1.304 proteína de interacción de repetición rica en leucina (en FLII) 2 1.301 factor tipo quimiocina 1.289 1.265 zixina 1.263 tipo proteína rica en ácido glutámico de 20 enlace de dominio SH3 1.239 metaxina 1 1.237 que contiene dominio PYD y CARD 1.233 sub-unidad A3 lisosomal V0, de transporte de H+, ATPasa, reguladora 25 inmune 1 , de célula-T 1.223 homólogo oncogén relacionado viral a sarcoma Yamaguchi v-yes-1 1.209 regulador de señalización de próteína G 19 1.186 Sialidasa 1 (sialidasa lisosomal) Tabla 7L M3.4 PTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09May0 8_PAL2Ttest_DOWN_ 3.4 0.921 ZZZ4; FLJ10821; FLJ45574; ZZEF1 KIAA0399 0.905 TILZ4a; TILZ4b; TILZ4C; TSC22D2 KIAA0669 0.891 XTP2; BAT2-ÍSO BAT2D1 0.885 U2AF65 U2AF2 0.878 DKFZp781l24156 PCNP 0.876 NY-CO-1; FLJ10051 SDCCAG1 0.868 GCP16; HSPC041; MGC4876; GOLGA7 MGC21096; G0LGA3AP1 0.866 CPR3; DJA2; DNAJ; DNJ3 ; RDJ2 ; DNAJA2 HIRIP4; PRO3015 0.863 B2-1; SEC7; D17S811E; FLJ34050; PSCD1 FLJ41900; CYTOHESIN-1 0.855 SRrp86; SRrp508; MGC133045; SFRS12 DKFZp564Bl76 0.84 G3BP2 G3BP2 0.831 p532; p619 HERC1 0.826 DKFZP564O0523; HSPC304; DKFZP56 DKFZp686Dl651 4O0 523 0.823 TSPYL TSPYL1 0.82 KIP1; MEN4; CDK 4 ; MENlB; CD 1B P27KIP1 0.82 SA2; SA-2; FLJ25871; bA51701.1; STAG2 DKFZp686Pl68; DKFZp78lHl753 0.815 HR21; MCDl; NXPl ; SCC1; hHR21 ; RAD21 HRAD21; FLJ25655; FLJ40596; KIAA0078 0.808 GCC185; KIAA0336 GCC2 0.806 PIR1 ' DUSP11 0.804 AS3; CG008; PDS5B; APRIN FLJ23236; KIAA0979; RPl- 267P19.1 0.803 LOC5848 6 0.798 SLTM 0.795 AS; ANCR; E6-AP; HPVE6A; UBE3A EPVE6AP; FLJ26981 0.793 DKFZp686C1054 THUMPD1 0.791 SIR2L1 SIRT1 0.79 FLJ40359 TPP2 0.789 DKFZP564D172 C5orf21 0.788 PALBH; CALPAIN7 ; FLJ36423 CAPN7 0.775 IAA1116 RBM16 0.771 FLJ42355; KIAA0276 DCU 1D4 0.768 Rhe; FLJ33619; DKFZp586K0717 FIP1L1 0.766 RCP9; RCP; CRCP; CGRPRCP; RCP9 MGC111194 0.764 DIF3; LZKl; DIF-3 ; LCRG1 ; ZNF403 ZFP403; FLJ21230; FLJ22561; FLJ42090 0.76 AD013; CReMM; KISH2 ; PRIC320 CHD9 0.757 VACM1; VACM-1 CUL5 0.755 MGC13407 NUP54 0.751 ENTH; EPN4; EPNR; CLINT; ENTH EPSINR; KIAA0171 0.743 SEC24B SEC24B 0.742 HAKAI; RNF188; FLJ23109; CBLL1 MGC163401; MGC163403 0.738 XE7; 721P; XE7Y; CCDC133; DXYS155 CXYorf3; DXYS155E; MGC39904; E MGC125365; MGC125366 0.737 NGB; CRFG; FLJ10686; FLJ10690; GTPBP4 FLJ39774 0.734 VELI3; LIN-7C; MALS-3 ; LIN-7-C; LIN7C FLJ11215 0.732 JTK5; RYK1; JTK5A; D3S3195 RYK 0.731 K10; KPP; CK10 KRT10 0.728 CYP-M; MGC22229 CYP20A1 0.725 CHP1 CHORDC1 0.724 NET1A; ARHGEF8 NETl 0.723 ZF5; ZBTB14; ZNF478; MGC126126 ZFP161 0.718 JAK1A; JAK1B JAK1 0.717 p5; p6; RRP45; PMSCLl; Rrp45p; EXOSC9 PM/Scl-75 0.716 GR; GCR; GRL; GCCR NR3C1 0.713 L9mt MRPL9 0.705 GRB1; p85-ALPHA PIK3R1 0.7 MST4; MASK MASK 0.7 UPF3; HUPF3A; RENT3A UPF3A 0.698 pl7; YBL1; CHRAC17; CHARAC17 POLE3 0.694 PCGF4; RNF51; MGC12685 PCGF4 0.692 MIF2; CENPC; hcp-4; CENPC CENPC1 0.686 YAF9 ; GAS41 ; NUBI-1 ; YEATS4 4930573Hl7Rik; B230215Ml0Rik 0.679 R3HDM; FLJ23334; KIAA0029 R3HDM1 0.676 FBX21; FLJ90233; KIAA0875; FBX021 5 MGC26682; DKFZp434G058 0.665 GRIPE; TULIP1; KIAA0884; GAR L1 DKFZp566D133 ; DKFZp667F074 0.663 BRL; BRPF1; BRPF2 ; BRD1 DKFZp686F0325 0.651 TIFIA; MGC104238; DKFZp566El04 RR 3 0.65 DKFZP586L0724 NOL11 0.645 FLJ20628; DKFZp564l2178 FLJ2062 8 0.642 FLJ21657; MGC90226; MGC149524 FLJ2165 7 0.638 NS3TP1; FLJ20752; NBLA00058 ASNSD1 0.636 MEX3C; BM-013; MEX-3C; RNF194; RKHD2 FLJ38871 0.628 E6BP; ERC55; ERC-55 RCN2 20 0.613 PHLLl CRYl 0.612 Cdcl4; hCDC14; Cdcl4Al; Cdcl4A2 CDC14A 0.576 LCA; LY5; B220; CD45; T200; PTPRC GP180 0.521 PBF; PRF1; HDBP2 ; PRF-1; Si-l- ZNF395 25 8-14; DKFZp434Kl210 Tabla 7L (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 0.921 dedo de zinc, tipo ZZ con dominio de mano EF 1 0.905 familia de dominio TSC22, miembro 2 0.891 que contiene dominio BAT2 1 0.885 factor auxiliar ARN nuclear pequeño U2 2 0.878 proteína nuclear que contiene señal proteolítica PEST 0.876 antígeno de cáncer de colon definido serológicamente 1 0.868 auto-antígeno golgi, sub-familia golgina a, 7 0.866 homólogo de DnaJ (Hsp40) , sub-familia A, miembro 2 0.863 homología de plextrina, dominios Sec7 y superenrollado 1 (citohesina 1) 0.855 factor de empalme, rica en arginina/serina 12 0.84 proteína de activación de GTPasa (dominio de SH3 ) proteína de enlace 2 0.831 dominio ect (homólogo al extremo carboxilo E6-AP (UBE3A) ) y dominio tipo RCC1 (CHC1) (RLD) 1 0.826 proteína hipotética DKFZp564O0523 0.823 tipo TSPY 1 0.82 inhibidor de quinasa dependiente de ciclina IB (p27, Kipl) 0.82 antígeno estromal 2 0.815 homólogo RAD21 (S. pombe) 0.808 que contiene dominio superenrollado y GRIP 2 0.806 Eosfatasa de especificidad dual 11 (que interactúa con complejo RNA/RNP 1) 0.804 inhibidor de proliferación inducido por andrógeno 0.803 0.798 0.795 ubicuitina proteína ligasa E3A (proteína asociada a virus de papiloma humano E6, síndrome de Angelman) 0.793 que contiene dominio THUMP 1 0.791 sirtuina (homólogo 2 de regulación de información de tipo acoplamiento silencioso) 1 (S. cerevisiae) 0.79 tripeptidil peptidasa II 0.789 marco de lectura abierto de cromosoma 5 21 0.788 calpaina 7 0.775 proteína de motivo de enlace de ARN 16 0.771 DCNl, que contiene dominio defectuoso en culiná hedilación 1, 4 (S. cerevisiae) 0.768 tipo FIPl 1 (S. cerevisiae) 0.766 proteína componente de receptor-péptido relacionado a gen de calcitonina 0.764 proteína de dedo de zinc 403 0.76 proteína de enlace de ADN helicasa cromodominio 9 0.757 culin 5 0.755 nucleoporina 54kDa 0.751 interactor de clatrina 1 0.743 familia de gen relacionado a SEC24, miembro B (S. cerevisiae); sinónimos: SEC24, MGC48822; isoforma a se codifica por variante de transcripción 1; proteína secretoria 24; proteína relacionada a Sec24 B; proteína de transporte de. proteína Sec24B; familia de genes relacionada a SEC24 de Homo sapiens, miembro B (S. cerevisiae) (SEC24B) , variante de transcripción 1, ARm. 0.742 tipo secuencia de transformación retroviral ecotrópica Cas-Br-M (murino)l 0.738 factor de empalme, rico en arginina/serina 17A 0.737 proteína de enlace GTP 4 0.734 homólogo lin-7 C (C. elegans) 0.732 tirosina cinasa tipo receptor RYK 0.731 queratina 10 (hiperqueratosis epidermolítica; keratosis palmaris et plantaris) 0.728 citocromo P450, familia 20, sub-familia A, polipéptido 1 0.725 que contiene dominio rico en cisteina e histidina (CHORD) 1 0.724 gen de transformación de célula neuroepitelial 1 0.723 homólogo de proteína de dedo de zinc 161 (ratón) 0.718 cinasa Janus 1 (una proteína tirosina quinasa) 0.717 componente de exosoma 9 0.716 sub-familia de receptor nuclear 3, grupo C, miembro 1 (receptor glucocorticoide) 0.713 proteína ribosomal mitocondrial L9 0.705 fosfoinositida-3-quinasa, sub-unidad regulatoria 1 (p85 alfa) 0.7 serina/treonina proteína quinasa MST4 0.7 regulador UPF3 de homólogo de transcripciones sin sentido A (levadura) 0.698 polimerasa (dirigida por ADN) , épsilon 3 (sub-unidad pl7) 0.694 oncogén de dedo de anillo policomb BMIl 0.692 proteína de centrómero C 1 0.686 que contiene dominio YEATS 4 0.679 que contiene dominio R3H 1 0.676 proteína caja F 21 0.665 tipo dominio Rap/RanGAP que activa GTPasa 1 0.663 que contiene bromodominio 1 0.651 homólogo de factor de transcripción RRN3 RNA polimerasa I (S. cerevisiae) 0.65 proteína nucleolar 11 0.645 proteína hipotética FLJ20628 0.642 marco de lectura abierto cromosoma 5 28 0.638 que contiene dominio asparagina sintetasa 1 0.636 que contiene dominio KH y dedo de anillo 2 0.628 retículo calbina 2, dominio de enlace de calcio mano-EF 0.613 criptocromo 1 (tipo fotoliasa) 0.612 homólogo A de ciclo de división celular 14 CDC14 (S. cerevisiae) 0.576 tipo receptor, proteína tirosina fosfatasa, C 0.521 proteína de dedo de zinc 395 Tabla 7M M3.6 PTB contra Control, Genes Sub-itados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09May0 8_PAL2Ttest_DOW _M3.6 0.898 ABHS; ORF20; TTDNl C7orfll 0.852 BTF2; TFIIH GTF2H1 0.845 MGC51029 FUNDC1 0.844 SCOCO; HRIHFB2072 SCOC 0.839 IF-3mt; IF3(mt) MTIF3 0.816 DAB1; MPRP-l; Y R087C; 0MA1 ZMPOMA1 ; FLJ33782; 201000lO09Rik 0.815 LOC644560 0.795 JNKK; MEK4; MKK4 ; SEKl; MAP2K4 JNKK1; SERK1; APKK4 ; PRKMK4 0.775 REPA2; RPA32 RPA2 0.765 AMMERC1 AMMECR1 0.741 CBX; M31; MODl ; HPl- BETA; CBX1 HPlHs-beta 0.739 DLTA; PDCE2; PDC-E2 DLAT 0.732 p38; AHA1; C14orf3 AHSA1 0.731 VEZATIN; DKFZp761C241 VEZT 0.728 ' HDPY-30 LOC84661 0.727 DERP6; MST071; HSPC002; C17orf81 MSTP071 0.723 EFG; GFM; EFG1; EFGM; EGFl; GFM1 hEFGl ; COXPDl ; FLJ12662 ; FLJ13632; FLJ20773 0.721 MGC3232; hAtNOSl; mAtNOSl C4orfl4 0.72 P15RS; FLJ10656; MGC19513 P15RS 0.719 MGC9912 C14orfl26 0.704 . CCR4; KIAA1194 CNO 6 0.7 PRED31; HSPC230; FLJ34245; C6orf203 RP11-59I9.1 0.696 76P; GCP4 76P 0.694 FLJ10422 ELP3 0.677 MGC13379 MGC13379 0.677 CCTE; KIAA0098; CCTepsilort; CCT5 TCP-l-epsilon 0.675 MTMR12 0.671 ABRA1; FLJ11520; FLJ12642; FLJ13614 FLJ13614 0.671 CDG1; CDGS; CDGla PMM2 0.646 TPA1; FLJ10826; KIAA1612 OGFOD1 0.641 HV1; MGC15619 GC15619 0.639 JJJ3; ZCSL3 ZCSL3 0.631 GI008; RPMS13; MRP-S13; MRP- MRPS26 S26; Y-BR-87; C20orfl93; dJ534B8.3 0.63 RPMS6; MRP-S6; C21orfl01 MRPS6 0.622 CGI-55; CHD3IP; . HABP4L; SERBPl PAIRBPl; FLJ90489; PAIRBPl; DKFZp564M2423 0.621 MRP-S14 ; HSMRPS14; DJ262D12.2 MRPS14 0.542 LOC153364; MGC46734; LOC153364 DKFZp686Pl5118 Tabla 7 (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 0.898 marco de lectura abierto 11 cromosoma 7 0.852 factor de transcripción general IIH, polipéptido 1, 62kDa 0.845 que contiene dominio FU 14 1 0.844 Proteína superenrollada corta 0.839 factor de inicio de traducción mitocondrial 3 0.816 homólogo OMAl, zinc metalopeptidasa (S. cerevisiae) 0.815 0.795 proteína quinasa activada por mitógeno 4 0.775 proteína de replicación A2, 32kDa 0.765 síndrome Alport, retardo mental, hipoplasia de mitad de la cara y región cromosomal de eliptocitosis , gen 1 0.741 homólogo de cromobox 1 (homólogo beta HP1 Drosophila) 0.739 dihidrolipoamida S-acetiltransferasa (componente E2 de complejo piruvato dehidrogenasa) 0.732 AHAl, activador de choque térmico 90kDa homólogo de proteína ATPasa 1 (levadura) 0.731 vezatina, proteína transmembrana de 5 uniones adherens 0.728 proteína tipo dpy-30 0.727 marco de lectura abierto 81 cromosoma 17 0.723 factor de elongación G, mitocondrial 1 0.721 marco de lectura abierto 14 cromosoma 4 0.72 proteína hipotética FLJ10656 0.719 marco de lectura abierto 126 cromosoma 14 0.704 complejo de transcripción CCR4-NOT, sub- unidad 6 0.7 marco de lectura abierto 203 cromosoma 6 0.696 proteína de complejo de anillo gamma tubulina (gen 76p) 0.694 homólogo de proteína de elongación 3 (S. cerevisiae) 0.677 HSPC244 0.677 chaperonina que contiene TCPl, sub- unidad 5 (épsilon) 0.675 0.671 que contiene dominio superenrollado 98 25 0.671 fosfomanomutasa 2 0.646 que contiene dominio oxigenase dependiente de hierro y 2-oxoglutarato 1 0.641 canal controlado por voltaje de hidrógeno 1 0.639 homólogo DPH4 , JJJ3 (S. cerevisiae) 0.631 proteína ribosomal mitocondrial S26 0.63 proteína ribosomal mitocondrial S6 0.622 proteína de enlace SERPINE1 mR A 1 0.621 proteína mitocondrial ribosomal S14 0.542 similar a proteína de súper-familia metalo-beta-lactamasa Tabla 7N M3.7 PTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo de normalizada Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09May0 8_PAL2Ttest_DOWN_M3.7 0.914 RED; CSA2; MGC59741; IK protein IK 0.875 IBP DEF6 0.861 NAT3; dJl002M8.1 NAT5 0.857 OFOXD; OFOXD1; FLJ20308 ALKBH5 0.848 H-IDHB; MGC903; FLJ11043 IDH3B 0.846 PGR1; PAM14 MRFAP1 0.845 B17.2; DAP13 NDUFA12 0.836 MGC11134 TRPT1 0.832 H-1 (3)m t-l L3MBTL2 0.831 HSCARG; FLJ25918 HSCARG 0.817 ABC27; ABC50 ABCF1 0.816 LOC124512 LOC124512 0.815 HSPC203 Cl4orfll2 0.814 EXOSC1 EXOSC1 0.81 pl4; DOC-1R; FLJ10636 CDK2AP2 0.81 MGC14833; bA6B20.2 C6orfl25 0.809 SRP68 SRP68 0.805 GC3320; FLJ14936; RP5- PRPF38A 965L7.1 0.805 DBP-RB; UKVH5d DDXl 0.804 ACRP; FSA-1; MGC20134 SPAG7 0.802 DHA; MOR2; DH-S; MGC:1375 MDH1 0.801 MDS016; RPMS21; MRP-S21 MRPS21 0.8 AIBP; MGC119143; MGC119144; APOA1BP MGC119145 0.8 ERV29; FLJ22993; MGC102753 SURF4 0.797 MGC874 CXorf26 0.795 FLJ22789 C12orf26 0.795 RC68; INT11; RC-68; INTS11; CPSF3L CPSF73L; FLJ13294; FLJ20542 0.793 HSPC196 HSPC196 0.79 DS-1 ICT1 0.789 : SIAHBP1; FIR; PUF60 ; RoBPI ; SIAHBP1 FLJ31379 0.788 bMRP36a; MGC17989; MGC48892 MRPL43 0.788 HIT-17 HINT2 0.785 MGC2714; FLJ32431 DCUN1D5 0.784 DC146; FLJ11294 WDR33 0.775 N27C7-4; MGC70831 C22orfl6 0.774 LOC6537.09 0.772 CGI-138; HSPC329; MRP-S23 MRPS23 0.769 P54; NM 55; NRB54; P54NRB NONO ,0.764 . NSE2; MMS21; C8orf36; C8orf36 FLJ32440 0.764 C8orf40 C8orf40 0.763 FLJ31795 CCDC43 0.755 NSE1 NS CE1 0.753 Y105; THY28; MDS012; THY l HSPC144; THY28KD; MGC12187 0.752 YSA1H; hYSAHl NUDT5 0.751 TOK-1 BCCIP 0.747 VARSL; VARS2L; MGC138259; VARSL GC142165 0.732 FLJ13657; RP11-337A23.1 C9orf82 0.728 GLOD2 MCEE 0.728 C40 C2orf29 0.726 MGC12966 MGC12966 0.722 FLJ14803 FLJ14803 0.717 HSPC335; MRP-S24 MRPS24 0.716 RALBP1 REPS1 0.712 CAF1; hCAF-1 CNOT7 0.711 A1U; UBIN; Clorf6 UBQLN4 0.71 CGI-118; MGC13323 MRPL 8 0.701 Gm83; HSPC064; MGC126859; WDSOF1 MGC138247; DKFZP564O0463 0.701 FMT1 MTFMT 0.697 DKFZp686El0109 UDCD2 0.697 GC11321 MRPL45 0.691 SDOS; MGC11275 UDT16L1 0.683 FLJ20989 C8orf33 0.681 AK6; FIX; A 3L1; AKL3L; AK3 AKL3L1 0.671 RIP; HRIP; MGC4189 RIP 0.666 PRP8; RP13; HPRP8 ; PRPC8 PRPF8 0.664 PCMT; PPMT; PCCMT; HSTE14; ICMT MST098; MSTP098; MGC39955 0.66 YTMl; FLJ10881; FLJ12719; WDR12 FLJ12720 0.646 GABl; CDC91L1; MGC40420 CDC91L1 0.613 MGC4248 ClOorf58 0.613 senl5 Clorf19 0.599 MGC2404 ACBD6 Tabla 7N (Parte 2) 0.817 Cásete de enlace ATP, sub-familia F (GCN20) , miembro 1 0.816 Proteína hipotética LOC124512 0.815 Marco de lectura abierto 112 cromosoma 14 0.814 Componente exosoma 1; sinónimos: pl3, CSL4, SKI4, Csl4p, Ski4p, hCsl4p, CGI- 108, RP11-452K12.9; homólogo de proteína núcleo exosomal de levadura CSL4 ; homólogo de 3 ' -5 ' ex.oribonucleasa CSL4; homólogo de proteína núcleo exosomal CSL4; componente de exosoma de Homo sapiens 1 (EXOSC1) , mRNA. 0.81 Proteína asociada con CDK2 2 0.81 Marco de lectura abierto 125 cromosoma 6 0.809 partícula de reconocimiento de señal 68kDa 0.805 contiene dominio PRP38 factor de procesamiento pre-mRA 38 (levadura) A 20 0.805 polipéptido DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box 1 0.804 antígeno asociado con esperma 7 0.802 malato dehidrogenasa 1, NAD (soluble) 0.801 proteína ribosomal mitocondrial S21 0.8 proteína de enlace de apolipoproteína A- 25 I 0.8 saciedad 4 0.797 marco de lectura abierto 26 cromosoma X 0.795 marco de lectura abierto 26 cromosoma 12 0.795 Tipo-factor específico de poliadenilación y división 3 0.793 Proteína de transmembrana 138 0.79 transcripción de carcinoma de colon inmaduro 1 0.789 Represor de interacción-proteína de enlace-fusión 0.788 proteína ribosomal mitocondrial L43 0.788 proteína de enlace de nucleótido tríada histidina 2 0·.785 Que contiene dominio de DCNl, defectuoso en nedilación de Cullin 1, 5 (S. cerevisiae) 0.784 Dominio de repetición WD 33 0.775 . marco de lectura abierto 16 cromosoma 22 0.774 0.772 proteína ribosomal mitocondrial S23 0.769 Que contiene dominio no-POU, enlace de octámero 0.764 Elemento no-S C 2, homólogo MMS21 (S. cerevisiae) 0.764 marco de lectura abierto 40 cromosoma 8 0,763 Que contiene dominio superenrrollado 43 0.755 Homólogo elemento no-SMC 1 (S. cerevisiae) 0.753 Proteína nuclear de timocito 1 0.752 Motivo tipo-nudix (porción enlazada a nucleósido difosfato X) 5 0.751 Proteína de interacción BRCA2 y CDKNlA 0.747 valil-AR t sintetasa 2, mitocondrial (putativa) 0.732 marco de lectura abierto 82 cromosoma 9 0.728 metilmalonil CoA epimerasa 0.728 ¦ marco de lectura abierto 29 cromosoma 2 0.726 proteína hipotética LOC84792; prot ína hipotética Homo sapiens LOC84792 (MGC12966), mRNA. 0.722 proteína hipotética FLJ14803 0.717 proteína mitocondrial ribosomal S24 0.716 que contiene dominio Eps asociado con RALBPl 1 0.712 complejo de transcripción CCR4-NOT, sub- unidad 7 0.711 ubicuilina 4 0.71 proteína mitocondrial ribosomal' L48 0.701 repeticiones WD y que contiene dominio SOF1 0.701 metionil tRNA formiltransferasa mitocondrial 0.697 que contiene dominio NudC 2 0.697 proteína mitocondrial ribosomal L45 0.691 tipo motivo 16 tipo nudix (porción ligada a nucleosido difosfato X) 1 0.683 marco de lectura abierto 33 cromosoma 8 0.681 adenilato cinasa 3 0.671 proteína de interacción RPA 0.666 homólogo de factor de procesamiento PRP8 pre-mRNA 8 (S. cerevisiae) 0.664 isoprenilcisteína carboxil meti1transíerasa 0.66 dominio de repetición WD 12 0.646 biosíntesis de ancla fosfatidilinositol glicano, clase U 0.613 marco de lectura abierto 58 cromosoma 10 0.613 marco de lectura abierto 19 cromosoma 1 0.599 que contiene dominio de enlace acil- Coenz A 6 Tabla 70 M3.8 PTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo normalizada de Gen relativa P22_15_PTBvCSelect_09MayO 8_PAL2Ttest_DOW _M3.8 0.841 MAP; RUSC3; SGSM3 ; RUTBC3 DKFZp761D051 0.84 FLJ13848 FLJ13848 0.827 HEL308; MGC20604 HEL308 0.826 dgkd-2; DGKdelta; KIAA0145 DGKD 0.814 DKFZp779L2418 SFRS14 0.814 HMMH; MUTM; OGHl ; HOGG1 OGG1 0.808 PR09856; LAVS3040; BRD9 DKFZp434D0711; DKFZp686L0539 0.807 HCDI Cl4orfl24 0.798 GTF2D; SCA17; TFIID; GTF2D1; TBP MGC117320; MGC126054; MGC126055 0.772 ZIS; ZIS1; ZIS2; ZNF265; ZNF265 FLJ41119; DKFZp686Jl831 ; DKFZp686N09117 0.764 OGT 0.762 MTMR8; C8orf9; LIP-STYX; MTMR9 MGC126672; DKFZp434Kl71 0.76 TDP-43 TARDBP 0.754 FPM315; Z SCA 12 ZNF263 0.754 C42; CGI-05; HSPC167; CDK5RAP1 C20orf34; CDK5RAP1.3 ; CDK5RAP1.4 0.747 P50; P85; PAK3 ; PIXB; COOL1; ARHGEF7 P50BP; P85SPR; BETA-PIX; KIAA0142; KIAA0412; P85COOL1; lal0314; DKFZp76lKl021 0.745 NAC; CARD7; NALPl ; SLEVl; NALP1 DEFCAP; PPl044 ; VAMAS1 ; CLR17.1; KIAA0926; DEFCAP- L/S; DKFZp5860l822 0.744 IAA0388 EZH1 0.741 GC19570; dJ34B21.3 C6orfl30 0.737 RP11-336K24.1 KIAA0907 0.732 LAM; TSC; KIAA0243; MGC86987 TSC1 0.725 LRS; LEUS; LARS1; LEURS; LARS PIG44; R TLS; HSPC192 ; hr025Cl; FLJ10595; FLJ21788; 20 KIAA1352 0.724 HZFl ZNF266 0.72 FACI; FALZ ; NURF301 FALZ 0.72 FLJ12892; FLJ41065; CCDC14 DKFZp434Ll050 25 0.708 TIR8; MGC110992 SIGIRR 0.7 FLJ21007; RP11-459E2.1 TDRD3 0.691 CGI75; mtTFB; CGI-75 TFBIM 0.689 FP977; FLJ12270; MGC11230 DR59 0.684 TS11 ASNS 0.677 MGC111199 NIT2 0.675 ASB1 0.663 MCAF2; FLJ12668 ATF7IP2 0.648 SIN; RPC5 POLR3E 0.646 BMS1L; KIAA0187 BMS1L 0.636 CBX7 CBX7 0.63 PAN2 ; hPAN2 ; FLJ39360; USP52 IAA0710 0.623 MSKl; RLPK; MSPKl; MGC1911 RPS6KA5 0.612 SYB1; VAMP-1; DKFZp686Hl2131 VAMP1 0.601 ALC1; CHDL; FLJ22530 CHD1L 0.587 IAA0355 KIAA0355 0.557 KIAA1615 ZNF529 0.554 MGC2146 IL11RA 0.552 RNF84; MGC : 39780 TRAF5 0.551 FLJ11795; MGC126013; FLJ11795 MGC126014 0.548 DKFZp6860l788 MTX3 0.544 DABP DBP 0.541 FISH; SH3MD1 SH3PXD2A 0.524 CLAX; LL l ; OCIL CLEC2D 0.518 HPFl; FLJ11015; FLJ14876; ZNF83 FLJ90585; MGC33853 0.514 ZCW4; ZCWCC2; · FLJ11565; MORC4 dJ75H8.2 0.512 RTS; TYMSAS; RTS beta; ENOSF1 HSRTSBETA; RTS alpha 0.483 C7orf32; ATP6V0E2L ATP6V0E2L 0.458 PLC1; PLC-II; PLC148; PLCG1 PLCgamma1 0.428 RLK; TKL; BT L; PTK4 ; PSCTK5 ; TXK MGC22473 0.367 T14; S152; Tp55; TNFRSF7 ; TNFRSF7 MGC20393 O (Parte 2) Expresión Descripción normalizada relativa 0.841 que contiene dominio RUN y TBCl 3 0.84 N-acetiltransferasa 11 0.827 DNA helicasa HEL308 0.826 diacilglicerol quinasa, delta 130kDa 0.814 factor de empalme, rica en arginina/serina 14 0.814 8-oxoguanina DNA glicosilasa 0.808 que contiene bromodominio 9 0.807 marco de lectura abierto 124 cromosoma 14 0.798 proteína de enlace caja TATA 0.772 dedo de zinc, que contiene dominio de enlace RAN 2 0.764 0.762 proteína relacionada a miotubularina 9 0.76 proteína de enlace TAR DNA 0.754 proteína de dedo de zinc 263 0.754 proteína asociada a sub-unidad regulatoria CDK5 1 0.747 factor de intercambio Rho guanina nucleótido (GEF) 7 0.745 familia NLR, que contiene dominio pirina 1 0.744 mejorador de homólogo zeste 1 (Drosophila) 0.741 marco de lectura abierto 130 cromosoma 6 0.737 KIAA0907 0.732 esclerosis tuberosa 1 0.725 leucil-tRNA sintetasa 0.724 proteína de dedo de zinc 266 0.72 factor de transcripción de dedo bromodomonio PHD 0.72 que contiene dominio superenrollado 14 0.708 dominio de receptor de inmunoglobulina 5 sencilla e interleucina toll 1 (TIR) 0.7 que contiene dominio tudor 3 0.691 factor de transcripción Bl, mitocondrial 0.689 dominio de repetición WD 59 0.684 asparagina sintetasa 0.677 familia nitrilasa, miembro 2 0.675 0.663 Proteína de interacción 2 de factor de transcripción de activación 7 0.648 Polimerasa (RNA) III (DNA dirigida) polipéptido E (80kD) 0.646 Homólogo BMSl, proteína de ensamble de ribosoma (levadura) 0.636 homólogo de chromobox 7 0.63 peptidasa específica de ubicuitina 52 20 0.623 proteína ribosomal S6 quinasa, 90kDa, polipéptido 5 0.612 proteína de membrana asociada a vesícula 1 (sinaptobrevina 1) 0.601 tipo proteína de enlace de ADN helicasa 25 cromodominio 1 0.587 KIAA0355 0.557 proteína de dedo de zinc 529 0.554 receptor de interleucina 11, alfa 0.552 factor asociado a receptor TNF 5 0.551 dominio de repetición de anquirina 55 0.548 metaxina 3 0.544 proteína de enlace de sitio de D promotor de albúmina (caja D de albúmina) 0.541 dominios SH3 y PX 2A 0.524 familia de dominio de lectina tipo C 2, miembro D 0.518 proteina de dedo de zinc 83 0.514 dedo de zinc tipo CW familia MORC 4 0.512 miembro de super-familia enolasa 1 0.483 ATPasa, sub-unidad H+ que transporta V0 e2 0.458 fosfolipasa C, gamma 1 0.428 TXK tirosina quinasa 0.367 molécula CD27 Tabla 7P M3.9 PTB contra- Control, Genes Sub-representados en TB Activa.

Expresión Nombre Común Símbolo de relativa gen normalizada P22_15_PTBvCSelect_09May0 8_PAL2Ttest_DOW _M3.9 0.869 ABC43; PMP70; PXMPl ABCD3 0.86 SPG8; MGC111053 KIAA0196 0.859 PUMH; HSPUM; PUMHl ; PUMLl; PUM1 IAA0099 0.856 ASF; SF2; SF2p33; SRp30a; SFRS1 MGC5228 0.848 DKFZp779N2044 KIAA0528 0.843 ALG6 ALG6 0.829 MGC111579; DKFZp78lBll202 DARS 0.829 ADDL ADD3 0.829 OX18; ZNF36; PHZ-37; ZNF139; ZKSCA 1 MGC138429; 9130423Ll9Rik 0.826 RPD3 ; YAF1 HDAC2 0.825 FLJ21634; MGC71630 GALNT11 0.816 POLZ; REV3 REV3L 0.812 Ki; PA28G; REG-GAMMA; PA28- PSME3 gamma 0.811 BRM; SNF2; SWI2 ; hBRM; Sthlp; SMARCA2 BAF190 ; SNF2L2 ; SNF2LA; hSNF2a; FLJ36757; MGC74511 0.807 ZNT5; ZTL1; ZNTLl; ZnT-5; SLC30A5 MGC5499; FLJ12496; FLJ12756 0.802 RAB7L; DKFZp686Pl051 RAB7L1 0.796 ASCIZ; . KIAA0431; ASCIZ DKFZp779Kl455 0.796 TAF2B; CIF150; TAFII150 TAF2 0.786 N4WBP5; MGC10924 DFIP1 0.782 PAP41; MGC117304; MGC126719; PRPSAP2 MGC126721 0.779 FLJ22584 TTC13 0.775 CLCI; ICln; CLNS1B CLNS1A 0.772 LRRC5; FLJ10470; FLJ20403 LRRC8D 0.77 CCT6; Cctz; HTR3 ; TCPZ; CCT6A TCP20; MoDP-2; TTCP20; CCT- zeta; MGC126214; MGC126215; CCT-zeta-1; TCP-l-zeta 0.765 TOK-1 BCCIP 0.764 G3BP; HDH-VIII; MGC1110 0 G3BP 0.763 FAC ; CDC68 ; FACTPl 0 ; SUPT16H FLJ10857; FLJ140Í0; FLJ34357; SPT16/CDC68 0.757 FBP2; FLJ12799; FLJ38170 C14orfl35 0.753 GCP3; SPBC98; Spc98p TUBGCP3 0.752 FLJ13576; DKFZp564C012 FLJ13576 0.751 SRP72 SRP72 0.75 CIAl; WDR39 WDR39 0.738 HPT; MRS2; MGC78523 RS2L 0.729 CED-4; FLASH; RIP25; CASP8AP2 FLJ11208; IAA1315 0.728 PTPLB PTPLB 0.724 CHAC; FLJ42030; KIAA0986 VPS13A 0.724 REC14 DR61 0.719 EB9; PDAF; RCAS1 EBAG9 0.712 SNX4 SNX4 0.704 TOPIIB; top2beta TOP2B 0.704 CGI-12; FLJ10939 TERFD1 0.703 CBC2; NIP1; CBP20; PIG55 NCBP2 0.702 HAD; HHF4; HADHl ; SCHAD; HADHSC HADHSC; M/SCHAD; MGC8392 0.701 p56; HSD8; FLJ11088; DKFZP779L1 " DKFZP779L1558; DKFZp779Ll558 0.701 CREB; MGC9284 CREBl 0.7 AIP5; Tiull; hSDRPl; WWP1 DKFZp434D2111 0.681 TAT-SF1; dJl96E23.2 HTATSF1 0.674 LDLC COG2 0.671 HC71; CGI-150; C17orf25 C17orf25 0.67 GABAT; NPD00 ; GABA-AT ABAT 0.668 AKAP18 AKAP7 0.661 LSFC; GP130; LRP130; CLONE- LRPPRC 23970 0.644 SCC-112; PIG54; FLJ41012; SCC-112 KIAA0648; MGC131948; MGC161503; DKFZp686Bl9246 0.643 GDE AGL 0.643 NIP3 BNIP3 0.64 HSSB; RF-A; RP-A; REPAl; RPA1 RPA70 0.63 TAF2C; TAF4A; TAF2C1; TAF4 FLJ41943; TAFII130; TAFII135 0.626 TMP21; S31I125; Tmp-21-?; TMED10 S31III125; P24 (DELTA) 0.617 FLJ20397; FLJ25564; FLJ31671; FLJ20397 FLJ39381 0.612 CHA; Figlb; E2BP-1; MGC46135 TCFL5 0.588 SRB; Cctd; MGC126164; CCT4 MGC126165 0.582 Sehl; SEH1A; SEH1B; SEC13L SEH1L 0.527 HSU79274 Cl2orf24 Tabla 7P (Parte 2) Expresión Description relativa normalizada 0.869 cassette de enlace ATP, sub-familia D (ALD) , miembro 3 0.86 KIAA0196 0.859 homólogo pumilio 1 (Drosophila) 0.856 factor de empalme, rico en arginina/serina 1 (factor de empalme 2, factor de empalme alterno) 0.848 KIAA0528 0.843 homólogo de glicosilación enlazado a asparagina 6 (S. cerevisiae, alfa-1,3- glucosiltransíerasa) 0.829 aspartil-AR t sintetasa 0.829 aducina 3 (gamma) 0.829 dedo de zinc con dominios KRAB y SCAN 1 0.826 histona deacetilasa 2 0.825 UDP-N-acetil-alfa-Dgalactosamina : polipéptido N acetilgalactosaminiltransferasa 11 (GalNAc-Tll) 0.816 tipo REV3 , unidad catalítica de ADN polimerasa ceta (levadura) 0.812 sub-unidad activadora de proteasoma (prosoma, macropain) 3 (PA28 gamma; Ki) 0.811 relacionado a SWI/SNF, asociado con matriz, regulador dependiente de actina de cromatina, sub-familia a, miembro 2 0.807 familia portador de soluto 30 (transportador de zinc) , miembro 5 0.802 RAB7, tipo familia de oncogén miembro RAS 1 0.796 substrato ATM/ATR interactúa Chk2 proteína dedo Zn2+ 0.796 TAF2 RNA polimerasa II, factor asociado a proteína de enlace TATA box (TBP) , 150kDa 0.786 proteína de interacción de familia Nedd4 1 0.782 proteína asociada a fosforibosil pirofosfato sintetasa 2 0.779 · dominio de repetición tetratricopéptido 13 0.775 canal cloruro, sensible a nucleótido 1A 0.772 familia 8 que contiene repetición rica en leucina, miembro D 0.77 chaperonina que contiene TCPl , sub- unidad 6A (zeta 1) 0.765 proteína de interacción BRCA2 y CDKNlA 0.764 proteína de activación GTPasa (dominio SH3 ) proteína de enlace 1 0.763 supresor de homólogo Ty 16 (S. cerevisiae) 0.757 marco de lectura abierto 135 cromosoma 14 0.753 tubulina, proteína asociada a complejo gamma 3 0.752 proteína de transmembrana 168 0.751 partícula de reconocimiento de señal 72kDa 0.75 homólogo de ensamblado de proteína de hierro-azufre citosólico 1 (S. cerevisiae) 0.738 factor de homeostásis de magnesio, tipo MRS2 (S. cerevisiae)' 0.729 proteína asociada a CASP8 2 0.728 tipo proteína tirosina fosfatasa (prolina en lugar de arginina catalítica) , miembro b 0.724 homólogo de clasificación de proteína vacuolar 13 A (S. cerevisiae) 0.724 dominio de repetición WD 61 0.719 antígeno asociado a sitio de enlace receptor de estrógeno, 9 0.712 nexina 4 de clasificación 0.704 topoisomerasa (ADN) II beta 180kDa 0.704 que contiene dominio MTERF 1 0.703 sub-unidad de proteína de enlace de tapa nuclear 2, 20kDa 0.702 hidroxiacil-Coenzima A dehidrogenasa 0.701 que contiene dominio súper enrollado 91 0.701 proteína dé enlace de elemento de respuesta cAMP 1 0.7 dominio WW que contiene E3 ubicuitina proteína ligasa 1 0.681 factor específico de HIV-1 Tat 1 0.674 componente de complejo de golgi oligomérico 2 0.671 que contiene dominio glioxalasa 4 0.67 4-aminobutirato aminotransferasa 0.668 proteína ancla A quinasa (PRKA) 7 0.661 que contiene motivo PPR rico en leucina 0.644 proteína SCC-112 0.643 amilo-1, 6-glucosidasa, 4- alfaglucanotransferasa (enzima de desramificación de glicógeno, tipo enfermedad de almacenamiento de glicógeno III) 0.643 proteína de interacción BCL2/adenovirus E1B 19kDa 3 0.64 proteína de replicacion Al, 70kDa 0.63 TAF4 RNA polimerasa II, factor asociado a proteína de enlace TATA box (TBP) , 135kDa 0.626 proteína de tráfico tipo transmembrana emp24 10 (levadura) 0.617 que contiene repetición HEAT 2 0.612 tipo factor de transcripción 5 (hélice de bucle-hélice básica) 0.588 que contiene chaperonina TCPl, sub- unidad 4 (delta) 0.582 tipo SEHl (S. cerevisiae) 0.527 marco de lectura abierto 24 cromosoma 12 Tabla 8A Mi .5 LTB control Control , Genes Sub-representados en TB Latente.

Expresión Nombre Común Símbolo relativa de gen normalizada P22_15_LTBvCSelect_09May 08_PAL2Ttest_DOW _Ml .5 2.007 STFl; STFA CSTA 1.915 LSH; NRA P; NRAMPl SLC11A1 1.903 EZI; Zfp467 ZNF467 1.813 TIL4; CD282 TLR2 1.811 HSULF-2; FLJ90554; KIAA1247; SULF2 MGC126411; DKFZp313E091 1.716 FLJ22662 FLJ22662 1.691 FDF03 PILRA 1.686 HET; ITM; BWRlA; IMPTl ; TSSC5; SLC22A18 ORCTL2; BWSCRlA; SLC22A1L; p45- BWRlA; DKFZp667Al84 1.682 ILT1; LIR7; CD85H; LIR-7 LILRA2 1.657 C1QR1; ClqRP; CDw93; MXRA4 ; C1QR1 ClqR(P)-; dJ737E23.1 1.636 NCF; MGC3810; P40PHOX; SH3PXD4 NCF4 1.623 NOXA2; p67phox; P67-PHOX NCF2 1.542 FLJ10357; SOLO FLJ10357 1.525 JTK9 HCK 1.521 FEM-2; POPX2; hFEM-2 ; Ca KPase; PPM1F KIAA0015 1.498 CD32; FCG2; FcGR; CD32A; CDw32; FCGR2A FCGR2 ; IGFR2 ; FCGR2A1 ; MGC23887; MGC30032 1.493 DHRS8; PA lB; RETSDR2 ; 17-BETA- DHRS8 HSD11; 17-BETAHSDXI 1.482 FLJ11151; CSTPl FLJ11151 1.478 CD31; PEC/AM-l PECAM1 1.469 DORA IGSF6 1.452 GP; G1RZFP; GOLIATH; MGC99542; R F130 MGC117241; MGC138647 1.45 MLN70; S100C S100A11 1.449 . MGC3886 CTSS 1.425 APPH; APPL2; CDEBP APLP2 1.41 IMPD; RP10; IMPDl ; LCAll; IMPDH1 SWSS2608; DKFZp78lN0678 1.406 FCNM FCN1 1.376 MYD88 MYD88 1.371 B144; LST-l; D6S49E; MGC119006; LST1 MGC119007 1.348 OS9 OS9 1.334 TEM7R; FLJ14'623 PLXDC2 1.334 Rab22B RAB31 1.301 TS; TXS; CYP5 ; THAS ; TXAS; TBXAS1 CYP5A1 1.292 HXK3; HKIII HK3 1.292 RISC; HSCP1 SCPEP1 1.283 IBAl; AIF-1; IRT-1 AIF1 1.283 CD14 CD14 1.27 PI; AlA; AAT; PIl; AlAT; SERPINAl MGC9222; PR02275; MGC23330 1.261 LIR6; CD85I; LIR-6; MGC126563 LILRA1 1.221 CAPI02; FLJ36832 CT NA1 1.192 BCKDK BCKDK 1.137 p75; TBPII; TNFBR; TNFR2 ; TNFRSF1B CDl20b; TNFR80; TNF-R75; p75TNFR; TNF-R-II Tabla 8A (Parte 2) Expresión Description relativa normal zada 2.007 cistatina A (estefina A) 1.915 familia portadora de soluto 11 (transportadores de ión de metal divalente acoplados a protón) , miembro 1 1.903 proteína de dedo de zinc 467 1.813 receptor tipo toll 2 1.811 sulfatasa 2 1.716 ' proteína hipotética FLJ22662 1.691 receptor alfa 2 tipo inmunoglobulina apareada 1.686 familia de portador de soluto 22 (transportador de catión orgánico) , miembro 18 1.682 receptor tipo leucocito inmunoglobulina, sub-familia A (con dominio T ) , miembro 2 1.657 molécula CD93 1.636 factor de neutrofilo citosólico 4, 40kDa 1.623 factor neutrofilo citosólico 2 (65kDa, enfermedad granulomatosa crónica, autosomal 2 ) 1.542 proteína hipotética FLJ10357 1.525 cinasa de célula hemopoyética 1.521 proteína fosfatasa 1F (que contiene dominio PP2C) 1.498 fragmento Fe de IgG, baja afinidad lia, receptor (CD32) 1.493 hidroxiesteróide (17-beta) dehidrogenasa 11 1.482 proteína hipotética FLJ11151 1.478 molécula de adhesión celular endotelial/plaquetas (antígeno CD31) 1.469 súper-familia de inmunoglobulina, miembro 6 1.452 proteína de dedo de zinc 130 1.45 proteína de enlace de calcio S100 All 1.449 catepsina S 1.425 proteína de tipo precursor amiloide beta (A4) 2 1.41 IMP (inosina monofosfato) dehidrogenasa 1 1.406 ficolina (que contiene dominio de colágeno/fibrinógeno) 1 1.376 gen de respuesta primaria diferenciación mieloide (88) 1.371 transcripción específica de leucocitos 1 1.348 amplificado en osteosarcoma 1.334 que contiene dominio de plexina 2 1.334 RAB31, miembro de familia de oncogén RAS 1.301 tromboxano A sintasa 1 (plaqueta, citócromo P450, familia 5, sub-familia A) 1.292 hexoquinasa 3 (glóbulos blancos) 1.292 serina carboxipeptidasa 1 1.283 factor inflamatorio de aloinjerto 1 1.283 molécula CD14 1.27 inhibidor de serpina peptidasa, ciado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina) , miembro 1 1.261 receptor tipo leucocito inmunoglobulina, sub-familia A (con dominio TM) , miembro 1 1.221 catenina (proteína asociada a cadherina) , alfa 1, 102kDa 1.192 cetoácido de hidrogenasa quinasa de cadena ramificada 1.137 súper-familia de receptor de factor de necrosis de tumor, miembro IB 2.007 cistatina A (estefina A) Tabla 8B M2.1 LTB contra Control , Genes Sobre- Representados TB Latente.

Expresión Nombre Común Símbolo relativa de gen normalizada P22_15_LTBvCSelect_09May 08_PAL2Ttest_UP_M2.01 0.801 LIME; LP8067; FLJ20406; LIMEl dJ583Pl5.4; RP4-583P15.5 0.769 FLJ34563; MGC35163 SA D3 0.763 SISd; SCYA5; RANTES ; TCP228; CCL5 D17S136E; MGC17164 0.758 ORP7; MGC71150 OSBPL7 0.757 LOC387882 0.736 SLP2; SGA72M; CHRllSYT; SYTL2 KIAA1597; MGC102768 0.735 DORZl; DKFZP5640243 . ABHD14A 0.727 MGC33870; MGC74858 NCALD 0.691 LPAP; CD45-AP; MGC138602; PTPRCAP MGC138603. 0.686 Til; SRBC. CD2 0.671 CD8; MAL; p32; Leu2 CD8A 0.656 HOP; OBI; LAGY; Toto; Cameo; HOP NECC1; SMAP31; MGC20820 0.651 2F1; MAFA; MAFA-L; CLEC15A; KLRG1 MAFA-2F1; MGC13600 0.65 LOC197135 0.643 GIG1 NKG7 0.638 TSAd; F2771 SH2D2A 0.634 FEOM; CFEOM; FEOMl ; CFEOMl; KIF21A FLJ20052; KIAA1708; DKFZp779C159 0.627 KIAA0442; MGC13140 AUTS2 0.583 BFPP; TM7LN4 ; TM7XN1 ; GPR56 DKFZp78lLl398 0.572 TARP; CD3G; TCRG; TCRGC1; TARP TCRGC2 0.502 519; LAG2; KG ; LAG-2; GNLY D2S69E; TLA519 0.303 CCP-X; CGL-2; CSP-C; CTLAl; GZMH CTSGL2 Tabla 8B (Parte 2) Expresión Description relativa normalizada 0.801 adaptador de transmembrana de interacción Lck 1 0.769 que contiene dominio de motivo estéril alpha 3 0.763 ligando quimiocina (motivo C-C) 5 0.758 tipo proteína de enlace oxiesterol 7 0.757 0.736 tipo sinaptotagmina 2 0.735 que contiene dominio abhidrolasa 14A 0.727 neurocalcina delta 0.691 proteína tirosina fosfatasa, tipo receptor, proteína asociada a C 0.686 molécula CD2 0.671 molécula CD8a 0.656 proteína de solo homeodominio 0.651 sub-familia de receptor tipo lectina.de célula asesina G, miembro 1 0.65 0.643 secuencia de grupo de célula asesina natural 7 0.638 proteína de dominio SH2 2A 0.634 miembro de familia guinesina 21A 0.627 candidato de susceptibilidad de autismo 2 0.583 receptor acoplado a proteína G 56 0.572 proteína de marco de lectura alterno TCR gamma 0.502 granulisina 0.303 granzima H (tipo catepsina G 2, proteína h- CCPX) Tabla 8C M2.6 LTB contra Control , Genes Sub-representados en TB Latente.

Expresión Nombre Común Símbolo relativa de gen normalizada P22_15_LTBvCSelect_09May 08_PAL2Ttest_DOWN_M2.06 2.409 HsT287 · ZNF516 2.286 CRISP11; LCRISP2; MGC74865; CRISPLD2 DKFZP434B044 2.177 MAG1; GPAT3; AGPAT8; MGC11324 HMFN0839 2.095 CDD CDA 2.094 CRBP4; CRBPIV; MGC70641 RBP7 1.917 SSC1; HST17287 AQP9 1.916 GMR; CD116; CSF2R; CDwll6; CSF2RA CSF2RX; CSF2RY; GMCSFR; CSF2RAX; CSF2RAY; MGC3848; MGC4838; GM-CSF-R-alpha 1.853 G0S8 RGS2 1.734 HKII; HXK2; DKFZp686Ml669 HK2 1.734 BBl LENG4 1.701 UBI; CEP3; BORG2 ; FLJ46903 CDC42EP3 1.671 SPAL2; FLJ23126; FLJ23632; SIPA1L2 1.669 ST1; SYCL; MDA-9; TACIP18 SDCBP 1.669 CAN; CAIN; N214; D9S46E; NUP214 MGC104525 1.651 SLC19A1 1.65 LPB3; S1P3; EDG-3; S1PR3; EDG3 FLJ37523; MGC71696 1.642 FPR; FMLP FPR1 1.61 GPCR1; GPR86; GPR94; P2Y13; P2RY13 SP174; FKSG77 1.606 DR80; FLJ00012 ATG16L2 1.601 LENG5; SEN34; SEN34L TSEN34 1.575 FPF; p55; p60; TBPl ; TNF-R; TNFRSF1A TNFAR; TNFRl ; p55-R; CDl20a; TNFR55; TNFR60; TNF-R-I; TNF- 5 R55; MGC19588 1.572 PELI2 PELI2. 1.562 FLJ13052; FLJ37724; dJ283E3.1; NADK RP1-283E3.6 1.558 5-LO; 5LPG; LOG5; MGC163204 ALOX5 1.534 TMPIT TMPIT 1.517 FLJ31978 GLT1D1 1.517 PFKFB4 PFKFB4 1.516 FLJ22470; KIAA1993; MGC24652; ZBTB34 RP11-106H5.1 1.482 P39; VATX; VMA6 ; ATP6D; ATP6DV; ATP6V0D1 VPATPD 1.473 PRAM-1; MGC39864 PRAMl 1.471 BIT; MFR; P84; SIRP; MYD- 1 ; PTPNS1 SHPS1; CD172A; PTPNS1; SHPS-l; 20 SIRPalpha; SIRPalpha2 ; SIRP- ALPHA-1 1.463 M130; MM130 CD163 1.434 AF-1; IFGR2; IFNGTl IFNGR2 1.405 RALB RALB 25 1.405 SLC03A1 SLC03A1 1.397 PTPE; HPTPE; DKFZp313Fl310 ; R- PTPRE PTPEPSILON 1.397 RCC4; FLJ14784 DIRC2 1.396 DAP12; KARAP; PLOSL TYROBP 1.371 B144; LST-1; D6S49E; MGC119006; LST1 MGC119007 1.359 BFD; PFC; PFD; PROPERDIN PFC 1.31 CAG4A; ERDA5 ; PRAT4A TNRC5 1.307 CD18; TNFCR; D12S370; TNFR-RP; LTBR TNFRSF3; TNFR2- RP; LT-BETA-R; TNF-R-III 1.305 CEB VAMP3 1.304 CSC-21K TIMP2 1.301 BPOZ; EF1ABP; PP2259; MGC20585 ABTB1 1.294 C6orf209; FLJ11240; bA810l22.1 ; LMBRD1 RP11-810I22.1 . 1.266 PBF; C21orfl; C21orf3 PTTG1IP 1.235 ZFYVE10; FLJ32333; KIAA0371; TMR3 FYVE-DSP1 1.216 CFP1; CBCP1; C10orf9 C10orf9 1.2 SPT4H; SUPT4H SUPT4H1 Tabla 8C (Parte 2} Expresión Description relativa normalizada 2.409 proteína dedo de zinc 516 2.286 que contiene dominio de proteína secretoria rica en cisteína LCCL 2 2.177 proteína asociada con metástasis de cáncer pulmonar 2.095 citidina deaminasa 2.094 proteína de enlace de retinol 7, celular 1.917 acuaporina 9 1.916 receptor de factor de estímulo de colonias 2, alfa, baja afinidad (granulocito-macrófago) 1.853 regulador de señalización de proteína G 2, 24kDa 1.734 hexoquinasa 2 1.734 miembro de agrupamiento de receptor de leucocitos (LRC) 4 1.701 proteína efectora CDC42 (enlace Rho GTPasa) 3 1.671 tipo asociado a proliferación inducida por señal 1, 2 1.669 proteína de enlace sindecano (sintenina) 1.669 nucleoporina 214kDa 1.651 1.65 diferenciación endotelial, receptor acoplado a proteína esfingolípido G, 3 1.642 receptor de formil péptido 1 1.61 receptor purinérgico P2Y, acoplado a proteína G, 13 1.606 tipo ATG16 relacionado a autofagia 16 2 (S. cerevisiae) 1.601 homólogo de ARNt de empalme endonucleasa 34 (S. cerevisiae) 1.575 súper-familia de receptor de factor de necrosis de tumor, miembro 1A 1.572 homólogo pelino 2 (Drosophila) 1.562 NAD quinasa 1.558 araquidonato 5-lipoxigenasa 1.534 proteína transmembrana inducida por factor de necrosis de tumor alfa 1.517 que contiene dominio glicosiltransferasa 1, 1 1.517 6-fosfofructo-2-quinasa/fructosa-2 , 6- bifosfatasa 4 1.516 que contiene dominio BTB y dedo de zinc 34 1.482 ATPasa, transporte de H+, lisosomal 38kDa, sub-unidad V0 di 1.473 molécula adaptadora regulada PML-RARA. 1 1.471 proteína reguladora de señal alfa 1.463 molécula CD163 1.434 receptor de gamma interferona 2 (transductor de gamma interferona 1) 1.405 homólogo oncogén viral de leucemia de simio v-ral B (relacionado a ras; 10 proteína de enlace GTP) 1.405 homólogo oncogén viral de leucemia de simio v-ral B (relacionado a ras; proteína de enlace GTP) 1.397 familia de transportador de anión 15 orgánico portador soluble, miembro 3A1; sinónimos: OATP-D, OATP3A1 , FLJ40478, SLC21A11; familia de transportador de soluto 21 (transportador de anión orgánico), miembro 11; familia de 20 transportador aniónico orgánico portador de soluto Homo sapiens, miembro 3A1 (SLC03A1) , mRNA. 1.397 proteína tirosina fosfatasa, tipo receptor, E 25 1.396 alterado en carcinoma renal 2 1.371 proteína de enlace proteína tirosina quinasa TYRO 1.359 transcripción específica de leucocitos 1 1.31 properdina factor de complemento 1.307 que contiene repetición trinucleotido 5 1.305 receptor beta de linfotoxina (súper- familia TNFR, miembro 3) 1.304 proteína de membrana asociada a vesícula 3 (celubrevina) 1.301 inhibidor de metalopeptidasa TIMP 2 1.294 repetición de anquirina y que contiene dominio BTB (POZ) 1 1.266 que contiene dominio LMBRl, 1 1.235 proteína de interacción de transformación de tumor pituitario 1 1.216 proteína relacionda a miotubularina 3 1.2 ciclina Y supresor de homólogo Ty 4 1 (S. cerevisiae) Table 8D M2.10 LTB v. Control, Genes Underrepresented in Latent TB.

Expresión Nombre Común Símbolo relativa de gen normalizada P22_15_LTBvCSelect_09May 08_PAL2Ttest_DO N_M2.10 1.608 JAML; AMICA; Gm638; CREA7-1; AMICAl CREA7-4; FLJ37080; MGC118814; MGC118815 1.537 MPEG1; MGC132657; MGC138435 MPEG1 1.514 L13; MGC13061 RNF135 1.507 PAKalpha; MGC130000; MGC130001 PAK1 1.471 T49; pT49 FGL2 1.405 KIAA0513 KIAA0513 1.396 NCKX4; SLC24A2; FLJ38852 SLC24A4 1.358 FLJ34389 MLKL 1.348 ET02; MTG16; MTGR2 ; ZMY D4 CBFA2T3 1.331 IRC1; IRC2; ,IRp60; IGSF12; CD300A CMRF35H; CMRF-35H; CMRF35H9; CMRF-35-H9 1.3 GLIPR; RTVP1; CRISP7 GLIPR1 1.229 ENC-1AS HEXB 1.222 TIRP; TRAM; TIRAP3 ; TICAM-2 ; TICAM2 MGC129876; MGC129877 1.175 FLJ31265 NUDT16 1.17 FKBP133; KIAA0674 KIAA0674 Tabla 8D (Parte 2) Expresión Description relativa normalizada 1.608 molécula de adhesión, interactúa con antígeno CXADR 1 1.537 gen expresado por macrófago 1 1.514 proteína de dedo de zinc 135 1.507 quinasa activada por p21/Cdc42/Racl-l (homólogo STE20, levadura) 1.471 tipo fibrinógeno 2 , 1.405 KIAA0513 1.396 familia de portador soluto 24 (intercambiador de sodio/potasio/calcio) , miembro 4 1.358 tipo dominio quinasa de linaje mixto 1.348 factor de enlace núcleo, dominio runt, sub-unidad alfa 2; traslocado a, 3 1.331 molécula CD300a 1.3 relacionado a patogénesis GLI 1 (glioma) ¦ 1.229 hexosaminidasa B (beta polipéptido) 1.222 molécula adaptadora de receptor tipo toll 2 1.175 motivo tipo nudix (porción enlazada a nucleósido difosfato ) 16 1.17 proteína de enlace FK506 15, 133kDa Tabla 8E M3.2 LTB contra Control, Genes Sub-representados en TB Latente.

Expresión Nombre Común Símbolo relativa de gen normalizada P22_15_LTBvCSelect_09May 08_PAL2Ttest_DOWN_M3.2 4.289 K60 NAF; GCPl ; LECT; LUCT; IL8 NAP1; 3-10C; CXCL8 ; GCP-1; LYNAP; MDNCF; MONAP; NAP-1; SCYB8; TSG-1; AMCF-I; b-ENAP 2.068 CD87; UPAR; URKR PLAUR 2.009 PBEF; NAMPT; MGC117256; PBEF1 DKFZP666B131; 1110035O14Rik 1.9 IER3 1.87 TREM-1 TREMI 1.79 E4BP4; IL3BP1; NFIL3A; NFIL3A NFIL3 1.739 KIAA1145 TMCC3 1.728 PINH; FLJ21759; FLJ23500; TP53INP2 C20orfll0; dJH8lN3.1; DKFZp434B2411; DKFZp434O0827 1.705 MAD; MAD1; MGC104659 MXD1 1.657 SGK1 SG 1.654 SLC03A1 SLC03A1 1.637 C5orf6 FAM53C 1.632 PDLIM7 PDLIM7 1.591 NIN1; NINJURIN NINJ1 1.572 RIT; RIBB; ROC1 ; MGC125864; RIT1 MGC125865 1.567 SB135 MYADM 1.54 RCP; NOEL1A; FLJ22524; RAB11 FLJ22622; MGC78448; rabll- RAB11FIP1; FIPl; DKFZp686E2214 1.526 DA GER; bAl27L20; bAl27L20.2; KIAA1754 RP11-127L20.4 1.515 SPAG9 1.499 HSS; JLP; HLC4 ; PHET; PIG6; SPAG9 FLJ13450; FLJ14006; FLJ26141; FLJ34602; KIAA0516; MGC14967; MGC74461; MGC117291 1.496 MGC20461 OSM 1.444 IAA1673 CPEB4 1.433 IL-1; IL1F2; ILl-BETA ILlB 1.413 TRIP8; FLJ14374; KIAA1380; JMJD1C RP11-10C13.2; DKFZp76lF0118 1.41 FLJ11080; FLJ33961; FAM49 5 DKFZP566A1524 1.4 EOPA; NUDEL; MITAPl; NDELl DKFZp45lM0318 1.384 NHE8; FLJ42500; KIAA0939; SLC9A8 MGC138418; DKFZp686C03237 1.379 FLJ14744 PPP1R15B 1.356 PPG; PRG; PRG1 ; MGC9289; PRG1 FLJ12930 1.348 ATG8; GEC1; APG8L GABARAPL1 1.332 TTP; G0S24; GOS24; TIS11; ZFP36 NUP475; R F162A 1.329 PFK2; IPFK2 PFKFB3 1.31 DKFZp547M072 MIDN 1.301 FLJ13448 COQ10B 1.285 C8FW; GIG2; SKIPl TRIB1 20 1.284 FLJ13725; KIAA1930 FAM65A 1.272 FLJ46337; MGC117209; C15orf39 DKFZP434H132 1.258 AII; AVP; FCU; M S; FCAS; CIAS1 CIAS1; NALP3; Clorf7; CLR1.1; 25 PYPAF1; AII/AVP; AGTAVPRL 1.252 BRF1; ERF1; cMGl ; ERF-1; ZFP36L1 Berg36; TIS11B; R F162B 1.249 FRA2; FLJ23306 FOSL2 1.235 GADD34 PPP1R15A 1.235 p33; p47; p33lNGl; p24lNGlc; ING1 p33lNGlb; p 7INGla 1.231 P47; FLJ27168 PLEK 1.218 UBP; SIH003; MGC129878; USP3 MGC129879 1.208 Sei-2; TRIP-Br2; MGC126688; SERTAD2 MGC126690 1.204 DCTN4 DCTN4 1.192 ROX; MAD6; MXD6 M T 1.165 ' RBT1 SERTAD3 1.157 WIPI3; WIPI-3 DR45L 1.156 ERF; RF1; ERFl; TB3-1; ETFl D5S1995; SUP45L1; MGC111066 1.156 KIAA0118 RAB21 1.098 APKAPK2 MAPKAPK2.

Tabla 8E (Parte 2) Expresión Description relativa normalizada 4.289 interleucina 8 2.068 activador de plasminogeno, receptor de uroquinasa 2.009 factor de mejora de colonia pre-célula- B 1 1.9 1.87. receptor de activación expresado en células mieloide 1 1.79 factor nuclear, regulado por interleucina 3 1.739 familia de dominio superenrollado y transmembrana 3 1.728 proteína nuclear inducible por proteína de tumor p53 2 1.705 proteína de dimerización MAX 1 1.657 quinasa regulada por suero/glucocorticoide 1.654 familia de transportador de anión orgánico portador de soluto, miembro 3A1; sinónimos: OATP-D, OATP3A1, FLJ40478, SLC21A11; familia de portador de soluto 21 (transportador de anión orgánico) , miembro 11; familia transportador de anión orgánico 5 portador de soluto Homo sapiens, miembro 3Al (SLC03A1) , mRNA. 1.637 familia con similaridad de secuencia 53, miembro C 1.632 dominio PDZ y LIM 7 (enigma) 1.591 ninjurina 1 1.572 tipo Ras sin CAAX 1 1.567 marcador con diferenciación asociado con mieloide 1.54 prote na de interacción de familia Rabil 1 (clase I) 1.526 KIAA1754 1.515 1.499 antígeno asociado con esperma 9 1.496 oncostatina M 20 1.444 proteína de enlace de elemento de póliadenilacion citoplásmica 4 1.433 interleucina 1, beta 1.413 que contiene dominio jumonji 1C 1.41 familia con similaridad de secuencia 25 49, miembro A 1.4 tipo homólogo de gen E de distribución nuclear nudE (A. nidulans) 1 1.384 familia de portador de soluto 9 (intercambiador de sodio/hidrógeno) , miembro 8 1.379 proteína fosfatasa 1, sub-unidad regulatoria (inhibidor) 15B 1.356 serglicina 1.348 tipo proteína asociada a * receptor GABA(A) 1 1.332 proteína de dedo de zinc 36, tipo C3H, homólogo (ratón) 1.329 6-fosfofructo-2-quinasa/fructosa-2 , 6- bifosfatasa 3 1.31 midnolina 1.301 homólogo de coehzima Q10 B (S. cerevisiae) 1.285 homólogo tribbles 1 (Drosophila) 1.284 familia con similaxidad de secuencia 65, miembro A 1.272 marco de lectura abierto 39 cromosoma 15 1.258 que contiene dominio de pirina 3, familia NLR · 1.252 proteína de dedo de zinc 36, tipo C3H 1 1.249 antígeno tipo FOS 2 1.235 proteína fosfatasa 1, sub-unidad regulatoria (inhibidor) 15A 1.235 inhibidor de familia de crecimiento, miembro 1 1.231 plextrina 1.218 peptidasa específica de ubicuitina 3 1.208 que contiene dominio SERTA 2 1.204 dinactina 4 (p62) 1.192 proteína de enlace MAX 1.165 que contiene dominio SERTA 3 1.157 tipo WDR45 1.156 factor de término de traducción eucariótico 1 1.156 RAB21, familia de oncogén miembro RAS 1.098 proteína quinasa 2 activada por proteína quinasa activada por mitógeno Tabla 8F M3.3 LTB contra Control, Genes Representados en TB Latente.

Expresión Nombre Común Símbolo relativa de gen normalizada P22_15_LTBvCSelect_09May 08_PAL2Ttest_DO _M3.3 2.716 QC; GCT QPCT 2.579 CRE-BPA CREB5 2.468 APN; CD13; LAPl ; PEPN; gpl50 A PEP 2.426 PAD; PDI ; PDI5; PADI5 PADI4 2.245 MRP; WLS; Clorfl39; FLJ23091; GPR177 MGC14878; MGC131760 2 HIS; HSTD; histidase HAL 1.963 PYGL PYGL 1.948 EGFL5 1.935 L-H2; ASGP-R; ' CLEC4H2 ; ASGR2 Hs.1259. 1.892 CD114; GCSFR CSF3R 1.882 LAMPB; CDl07b; LAMP-2C LAMP2 1.813 ALFY; ZFYVE25; KIAA0993; DFY3 MGC16461 1.8 STX3A STX3A 1.771 CRl CRl · 1.764 DCL-1; BIMLEC; CLEC13A; CD302 KIAA0022 1.758 FER1L1; LGMD2B; FLJ00175; DYSF FLJ90168 1.733 TM6SF1 TM6SF1 1.721 MYOlF MY01F 1.691 CPR8; KIAA1254 . CCPG1 1.688 LAB; NTAL; WSCR5; WBSCR5 ; LAT2 HSPC046; WBSCR15 1.687 CNAIP; FLJ40652; bKl26B4.4 NFAM1 1.659 FVL; PCCF; factor V F5 1.655 FLJ20273; DKFZp686F02235 FLJ2027 3 1.647 NR4; CD213A1; IL-13Ra IL13RA1 1.636 NCF; MGC3810; P40PHOX; NCF4 SH3PXD4 1.635 p63; CLIMP-63; ERGIC-63; CKAP4 MGC99554 1.611 SELR; SELX; MSRBl ; HSPC270; SEPX1 MGC3344 1.6 MD-2 LY96 1.599 NPL1; cll2; Clorf13 ; NPL GC61869; MGC149582 1.59 HAP; ASYIP; NSPL2 ; NSPLII; RTN3 RTN3-A1 1.581 . VMP1; DKFZP566I133 TMEM49 1.567. HBP; HEBP HEBP1 1.562 LAMPB; CDl07b; LA P-2C LAMP2 1.559 C32; CKLF1; CKLF2 ; CKLF3 ; CKLF CKLF4; UCK-1; HSPC224 1.538 RASSF2 1.532 SemE; SEMAE SEMA3C 1.53 ARAP3; DRAG1 ; FLJ21065 CENTD3 1.516 HIG-1; C14orf75; FLJ36164; TDRD9 GC135025; DKFZp434N0820 1.51 CAMKK; CAMKKB; KIAA0787; CAMKK2 MGC15254 1.503 MEKK3 ; MAPKKK3 MAP3 3 1.488 AC; PHP; ASAH; PHP32; ASAH1 FLJ21558; FLJ22079 1.484 FCRN; alpha-chain FCGRT 1.479 MGC33054 SNX10 1.474 H068; VA68; VPP2 ; Vmal; ATP6V1A ATP6A1; ATP6V1A1 1.466 MGST; GST12; MGST-I; MGC14525 MGST1 1.466 GAIP; RGSGAIP RGS19 1.461 TKT1; FLJ34765 TKT 1.449 S171 NUMB 1.448 FCH02 FCH02 1.444 LOC339745 LOC3397 45 1.443 CR3A; MOlA; CDllB; MAC- 1; ITGAM MAC1A; MGC117044 1.442 D54; hD54; DKFZp686Al765 TPD52L2 1.432 MY014; KIAA0488; MGC20471; SNX27 MGC126871; MGC126873 1.429 QK; Hqk; QK3 ; DKFZp586l0923 QKI 1.424 EVDB; D17S376 EVI2B 1.424 PPT; CLN1; INCL PPT1 1.405 AOAH AOAH 1.404 MAY1; MGC49908; nPKCdelta PRKCD 1.39 IMPA2 IMPA2 1.382 ZYG11; FLJ13456 ZYG11B 1.366 a3; Stvl; Vphl ; Atp6i; OC116; TCIRG1 OPTB1 ; TIRC7 ; ATP6N1C ; 1.364 ATP6V0A3; OC-116kDa PGCP PGCP 1.362 NA1; KIAA1035; AGTPBPl D FZp686M20191 1.355 TTG2; RBTN2; RHOM2 ; RBTNLl LM02 1.344 CIP1; FLJ46905 SLC12A9 1.34 ASRT5; IRAKM; IRAK-M IRAK3 1.34 NEU; SIALl NEU1 1.332 CRFB4; CRF2-4; D21S58; IL10RB D21S66; CDW210B; IL-10R2 1.321 ASC; TMS1; CARD5 ; MGC10332 PYCARD 1.31 KLHDC7C; KIAA0711 KBTBD11 1.308 LTA4H LTA4H 1.307 NR2B1; FLJ16020; FLJ16733; RXRA MGC102720 1.303 JAM; AT ; JAMl ; JAMA; JCAM; F11R CD321; JAM-1; JAMA; PAM-1 1.298 LH; LLH; PLOD PLOD1 1.285 JTK8; FLJ26625 LYN 1.281 MTX; MTXN MTX1 1.28 CGI-44 SQRDL 1.267 FLJ20424 C14orf9 4 1.248 DCIR; LLIR; DDB27; CLECSF6; CLEC4A HDCGC13P 1.238 El; LEI; PI2; MNEI; M/NEI ; SERPINB ELANH2 1 1.234 3PK; MAPKAP3 MAPKAPK 3 1.227 ACSS2 1.217 H2A.y; H2A/y; H2AFJ; mH2Al ; H2AFY H2AF12M; MACROH2A1.1 ; macroH2Al .2 1.213 PP3856 NAPRT1 1.212 ESP-2; HED-2 ZYX 1.179 SPC18; SPCS4A; SEC11L1; SEC11L1 sid2895; 1810012E07Rik 1.173 hEDTP; C3orf29; FLJ22405; C3orf29 FLJ90311 1.129 TGN38; TGN46; TGN48; TGN51; TG0LN2 TTGN2; MGC14722 Tabla 8E (Parte 2) Expresión Description relativa normalizada 2.716 glutaminil-péptido ciclotransferasa (glutaminil ciclasa) 2.579 proteína de enlace de elemento que responde a cAMP 5 2.468 alanil (membrana) aminopeptidasa (aminopeptidasa N, aminopeptidasa M, aminopeptidasa microsomal, CD13, pl50) 2.426 peptidil arginina deiminasa, tipo IV 2.245 receptor acoplado a proteína G 177 2 histidina amoniaco-liasa 1.963 fosforilasa, . glicógeno; hígado (enfermedad Hers, tipo enfermedad de almacenamiento de glicógeno VI) 1.948 1.935 receptor de asialoglicoproteína 2 1.892 receptor de factor de estímulo de 5 colonias 3 (granulocito) 1.882 proteína de membrana asociada lisosomal 2 1.813 que contiene dominio FYVE y repetición WD 3 10 1.8 sintaxina 3 1.771 receptor de componente de complemento (3b/4b) 1 (grupo de sangre Knops) ; sinónimos: KN, C3BR, CD35; precursor de isoforma. F se codifica por variante de 15 transcripción F; proteína de enlace C3 ; antígeno CD35; receptor de componente de complemento 1; receptor C3b/C4b; antígeno de grupo sanguíneo Knops; receptor de componente de complemento 20 de Homo sapiens (3b/4b) 1 (grupo sanguíneo Knops) (CRl), variante de transcripción F, mRNA. 1.764 molécula CD302 1.758 disferlina, distrofia muscular de 25 anillo óseo 2B (autosomal recesivo) 1.733 miembro de super-familia de transmembrana 6 1 1.721 miosina IF 1.691 progresión de ciclo celular 1 1.688 enlazador para activación de familia de células T, miembro 2 1.687 proteína de activación NFAT con motivo ITAM 1 1.659 factor de coagulación V (proacelerina, factor lábil) 1.655 proteína de enlace de ARN 1.647 receptor de interleucina 13, alfa 1 1.636 factor citosólico de neutrófilos 4, 40kDa 1.635 proteína asociada a cito esqueleto 4 1.611 selenoproteína X, 1 1.6 autógeno de linfocitos 96 1.599 N-acetilneuraminato piruvato liasa (dihidrodipicolinato sintasa) 1.59 reticulon 3 1.581 proteína transmembrana 49 1.567 proteína de enlace M 1 1.562 proteína de membrana asociada a lisosomal 2 1.559 factor tipo quimiocina 1.538 1.532 dominio sema, dominio inmunoglobulina (Ig) , dominio básico corto, secretado, (semaforina) 3C 1.53 centaurina, delta 3 1.516 que contiene dominio tudor 9 1.51 proteína dependiente de calmodulina/calcio quinasa quinasa 2, beta 1.503 proteína activada por mitógeno quinasa quinasa 3 1.488 N-acilesfingosina amidohidrolasa (ceramidasa ácida) 1 1.484 fragmento Fe de IgG, receptor, transportador, alfa 1.479 nexina de clasificación 10 1.474 ATPasa, transporte H+, lisosomal 70kDa, sub-unidad VI A 1.466 glutationa S-transferasa microsomal 1 1.466 regulador de señalización de proteína G 19 1.461 transquetolasa (síndrome Wernicke- Korsakoff) 1.449 homólogo numb (Drosophila) 1.448 solo dominio FCH 2 1.444 proteína hipotética LOC339745 1.443 integrina, alfa M (sub-unidad de componente de complemento 3 receptor 3 ) 1.442 tipo proteína tudor D52-2 1.432 miembro de familia de nexina de clasificación 27 1.429 homólogo tembloroso, de enlace AR dominio KH (ratón) 1.424 sitio de integración viral ecotrópico 2B 1.424 palmitoil-proteína tioesterasa 1 ( lipofuscinosis ceroide, neuronal 1, infantil) 1.405 aciloxiacil hidrolasa (neutrófilo) 1.404 proteína guinasa C, delta 1.39 inositol (mió) -1 (o 4) -monofosfatasa 2 1.382 homólogo zyg-11 B (C. elegans) 1.366 célula T, regulador inmune 1, ATPasa, transporte H+, sub-unidad lisosomal V0 A3 1.364 plasma glutamato carboxipeptidasa 1.362 proteína de enlace ATP/GTP 1 1.355 solo dominio LIM 2 (tipo rombotina 1) 1.344 familia portador de soluto 12 (transportadores de potasio/cloruro) , miembro 9 1.34 receptor de interléucina-1 asociado a quinasa 3 1.34 sialidasa 1 (sialidasa lisosomal) 1.332 receptor de interleucina 10, beta 1.321 que contiene dominio PYD y CARD 1.31 repetición kelch y que contiene dominio BTB (POZ) 11 1.308 leucotrieno A4 hidrolasa 1.307 receptor de retinoide X, alfa 1.303 receptor Fll 1.298 procolágeno-lisina 1, 2-oxoglutarato 5- dioxigenasa 1 1.285 homólogo de oncogén relacionado viral a sarcoma Yamaguchi v-yes-1 1.281 metaxina 1 1.28 tipo sulfuro quinona reductasa (levadura) 1.267 marco de lectura abierto 94 cromosoma 14 1.248 familia de dominio de lectina tipo C 4, miembro A 1.238 inhibidor de serpina peptidasa, ciado B (ovalbumina) , miembro 1 1.234 proteína quinasa activada por mitógeno- proteína quinasa activada 3 1.227 1.217 familia de histona H2A, miembro Y 1.213 que contiene dominio nicotinato fosforibosiltransferasa 1 1.212 zixina 1.179 homólogo SEC11 A (S. cerevisiae) 1.173 proteína relacionada a miotubularina 14 1.129 proteína de red trans-golgi 2 El grupo de TB activa mostró 5281 genes que se expresan diferencialmente en comparación con controles sanos, en comparación con el grupo latente, que mostró solo expresión diferencial de 3137 genes en comparación con controles, posiblemente que refleja una respuesta inmune más ténue, aunque claramente activa como se muestra por sobreexpresión/representación de genes en el módulo citotóxico. Como una explicación, y no una limitación de la presente invención, estos resultados probablemente explican la observación de que cambios en módulos adicionales se vieron en pacientes de TB activa en comparación con controles, pero no en TB latente en comparación con controles. Estos incluyen genes sobre-expresados/representados en MI.2 (plaquetas, genes citados en la Tabla 7A) , y genes sub-expresados /representados en Mi.3 (células B, genes citados en la Tabla 7B) , y M2.8 (células T, genes citados en la Tabla 7H) , estos últimos probablemente se esperaban ya que en las células T la respuesta a infección de M. tuberculosis , es posible que las células T se recluten en el sitio de infección y/o se supriman durante infección crónica. Genes en el módulo M2.4, sub-expresados /representados (genes citados en la Tabla 7G) incluyen transcripciones que codifican miembros de familia de proteína ribosomal cuya expresión se altera en infección aguda y sepsis (Calvano, 2005 ; Thach, 2005 ) , y genes en este módulo también se han mostrado que se sub-expresan en SLE, pacientes de transplante de hígado y otros infectados con Streptococcus (S) . pneumoniae (Chaussabel, I munity, 2005 ) . El conjunto más grande de genes sobre-expresados (66 genes de 90 detectados, Tabla 71) en TB activa se observó en módulo, M3.1, ( IFN-inducible) , y siguiendo con un papel de IFN-? en. protección, sin embargo genes en este módulo no se expresaron diferencialmente en pacientes de TB latente, que controla la infección, en comparación con controles. En genes de TB activa fueron sub-expresados en una cantidad de módulos (M3.4, M3.6, M3.7, M3.8 y M3.9 , genes citados en las Tablas 7L - 7P) que contiene genes, que no presentan un módulo funcional coherente pero consisten de un conjunto de genes aparentemente diverso y también se ha observado sub- expresados en recipientes de transplante de hígado (Chaussabel . , 2008, Immunity) .

Con base en el análisis de transcripción de sangre entera y utilizando este enfoque de mapa modular, pacientes de TB activa puedieron distinguirse de pacientes de TB latente. Además, comparación del mapa modular obtenida para TB activa en este estudio con otros mapas modulares creado para enfermedades diferentes, es claro que pacientes de TB activa tienen un perfil de transcripción global distinto (Figura 9) , que el observado en pacientes con SLE, transplante, melanoma o pacientes de S. pneumoniae (Chaussabel, 2008, Immunity). Ciertos módulos pueden ser comunes a una cantidad de enfermedades tales como M2.4, incluidos transcripciones que codifican miembros de familia de proteína ribosomal, que se sub-expresan en TB activa, SLE, pacientes de transplante de hígado y aquellos infectados con S. pneumoniae. Sin embargo, genes en otros módulos son menos ampliamente afectados, tales como M3.1 (IFN-inducible) , que aunque son sobre-expresados en TB activa (Figura 9) y SLE (Chaussabel, 2008, Immunity), pero no otras enfermedades, particularmente S. pneumoniae, que no muestra expresión de gen diferencial en M3.1 en comparación con los controles. Perfiles de transcripción en SLE difieren de TB activa con respecto a sobre o sub-expresión de genes en una cantidad de otros módulos. Igualmente, aunque la sobre-expresión de genes en los módulos M3.2 y M3.3 ("inflamatorio")/ Mi.2 (plaquetas) y Mi.5 ( "mieloide" ) , y la sub-expresión de genes en M3.4, 5, 6, 7, 8 y 9 (módulos no funcionalmente coherentes) se observa en TB activa y S. pneumoniae, estas enfermedades todavía pueden distinguirse por este método ya que los genes en los módulos M2.2 (neutrófilos ) , M2.3 (eritrocitos), M3.5 (módulo no funcionalmente coherente) se sobre-expresan en S. pneumoniae en comparación con controles pero no se afectan diferencialmente en TB activa. De esta manera, al retener la complejidad y magnitud de los datos, sin embargo organizar y reducir la dimensión de los datos complejos, es posible distinguir diferentes infecciones y enfermedades inflamatorias por perfiles de transcripción de la sangre (Chaussabel, 2008, Immunity) .

La presente invención identifica un conjunto de datos recíproco y diferencial discreto de firmas de transcripción en la sangre de pacientes de TB latente y activa. Específicamente, pacientes de TB activa mostraron una sobre-expresión/representación de genes en módulos funcionales inducibles por IFN, inflamatorios y mieloides, que por otra parte fueron regulados a la baja/sub-representados en TB latente. Pacientes de TB activa mostraron e incrementaron expresión/sobre-representación de genes inmunomodulatorios PDL-1 y PDL-2, que pueden contribuir a la inmunopatogenesis en TB. Sangre de pacientes de TB latente mostró una sobre-expresión/representación de genes dentro de un módulo citotóxico, que puede contribuir a la respuesta protectora que contiene la infección con M. tuberculosis en estos pacientes y puede proporcionar biomarcadores para probar la eficacia de vacunaciones en pruebas clínicas. Consideramos que el éxito de nuestro estudio preliminar se logra por los criterios clínicos estrictos que hemos empleado, acompañando estudios inmuno reactivos para soportar la atribución de latencia, mejorar calidad de recolección y aislamiento de ARN, una avanzada plataforma de micromatriz de genoma entero de alto rendimiento, y sofisticadas herramientas de extracción de datos para retener la magnitud de la expresión de genes pero con un formato accesible (Chaussabel et al., presentado). Estos hallazgos serán de valor como agentes de diagnóstico de TB latente y activa, pueden dar por resultado conocimientos en los mecanismos potenciales de inmuno protección (TB Latente) contra patogénesis inmune (TB Activa) , subyacentes a estas diferencias de transcripción, y el diseño de terapias novedosas para protección o en el diseño de agentes terapéuticos inmunes en TB activa para lograr un más rápido curado con drogas anti-micobacterianas .

Se contempla que cualquier modalidad discutida en esta, especificación puede ser implementada con respecto a cualquier método, equipo, reactivo o composición de la invención, y vice versa. Además, composiciones de la invención pueden emplearse para lograr los métodos de la invención.

Se entenderá que modalidades, particulares aquí descritas se muestran a manera de ilustración y no como limitaciones de la invención. Las características principales de esta invención pueden emplearse en diversas modalidades sin apartarse del alcance de la invención. Aquellas con destreza en la técnica reconocerán, o serán capaces de evaluar utilizando nada más que experimentación rutinaria, numerosos equivalentes a los procedimientos específicos aquí descritos. Estos equivalentes se consideran dentro del alcance de esta invención y están cubiertos por las reivindicaciones.

Todas las publicaciones y solicitudes de patente mencionadas en la especificación son indicativas del nivel de destreza de aquellos en la especialidad a la cual se refiere esta invención. Todas las publicaciones y solicitudes de patente aquí s;e÷ .incorporan por referencia en la misma proporción que si cada-, publicación o solicitud de patente individual se indicara en forma específica e individual como incorporada ' por referencia. El uso de la palabra "un" o "una" ,cuando se emplea en conjunto con el término "comprende" en las reivindicaciones y/o la especificación puede significar "uno/una", pero también es consistente con el significado de "uno o más", "al menos uno" y "uno o más que uno". El uso del término "o" en las reivindicaciones se emplea para significar "y/o" a menos de que se indique explícitamente que se refiere a alternativas solamente o las alternativas son mutuamente ¦ excluyentes, aunque la descripción soporta una definición que se refiere solo a alternativas y "y/o" . A través de esta solicitud, el término "aproximadamente" se emplea para indicar que un valor incluye la variación inherente de error para el dispositivo, el método se emplea para determinar el valor, o la variación que existe entre los sujetos del estudio. Como se emplea en esta especificación y reivindicaciones, las palabras "comprender" (y cualquier forma de "comprender" tal como "comprende" y "que comprende"), "tener" (y cualquier forma de tener, tales como "tener" y "que tiene"), "incluir" (y cualquier forma de incluir, tal como "incluye" y "que incluye") o "contener" (y cualquier forma de contener, tal como "contiene" y "que contiene") y similares son incluyentes o de extremo abierto y no excluyen elementos o etapas de método adicionales no descritos .

El término "o sus combinaciones" como se emplea aquí, se refieren a todas las permutaciones y combinaciones de los ítems citados precedentes al término. Por ejemplo, "A, B, C, o sus combinaciones" se pretende que incluya al menos uno de: A, B, C, AB, AC, BC o ABC, y si es importante el orden en un contexto particular, también BA, CA, CB, CBA, BCA, ACB, BAC o CAB . Continuando con este ejemplo, se incluyen expresamente combinaciones que contienen repeticiones de uno o más ítems o términos, tales como BB, AAA, MB, BBC, AAABCCCC, CBBAAA, CABABB y así en adelante. La persona con destreza en la especialidad comprenderá que típicamente no hay límite en la cantidad de ítems o términos en cualquier combinación, a menos que de otra forma sea aparente del contexto.

Todas las . composiciones y/o métodos descritos y reivindicados aquí pueden hacerse y ejecutarse sin indebida experimentación a la luz de la presente descripción. Mientras que las composiciones y métodos de esta invención se han descrito en términos de modalidades preferidas, será aparente para aquellos con destreza en la técnica que pueden aplicarse variaciones a las composiciones y/o métodos y en las etapas o en la secuencia de etapas del método aquí descrito sin apartarse del concepto, espíritu y alcance de la invención. Todos estos substitutos y modificaciones similares aparentes para aquellos con destreza en la especialidad se consideran dentro del espíritu, alcance y concepto de la invención como se define por las reivindicaciones anexas .

REFERENCIAS Alizadeh, A. A., Eisen, M. B., Davis, R. E . , Ma, C, Lossos, I. S., Rosenwald, A. , Boldrick, J. C, Sabet, H. , Tran, . , Yu, X., et al . (2000) . Distinct types of diffuse large Bcell lymphoma identified by gene expression profiling. Nature 403, 503-511. Allantaz, F., Chaussabel, D. , Stichweh, D., Bennett, L., Allman, . , Mejias, A., Ardura, M. , Chung, W., Wise, C, Palucka, K. , et al. (2007) . Blood leukocyte microarrays to diagnose systemic onset juvenile idiopathic arthritis and follow the response to IL-1 blockade. J Exp Med 204, 2131-2144. Allantaz F, Chaussabel D, Banchereau J, Pascual V (2007) Microarray-based identification of novel biomarkers in IL-l-mediated diseases. Curr Opin Immunol 19: 623-632. Baechler, E. C, Batliwalla, F. M. , Karypis, G. , Gaffney, P. M. , Ortmann, W. A., Espe, K. J. , Shark, K. B., Grande, W. J., Hughes, K. M. , Kapur, V., et al. (2003) . Interferon inducible gene expression signature in peripheral blood cells of patients with severe lupus. Proc Nati Acad Sci U S A 100, 2610-2615. Bennett, L., Palucka, A.. K., Arce, E . , Cantrell, V., Borvak, J. , Banchereau, J. , and Pascual, V. (2003) . Interferon and granulopoiesis signatures in systemic lupus erythematosus blood. J Exp Med 197, 711-723. Bittner, M. , Meltzer, P., Chen, Y., Jiang, Y., Seftor, E . , Hendrix, M. , Radmacher, M. , Simón, R., Yakhini, Z., Ben-Dor, A., et al. (2000) . Molecular classification of cutaneous malignant melanoma by gene expression profiling. Nature 406, 536-540. Bleharski, J.R., H. Li, C. Meinken, T.G. Graeber, M.T. Ochoa, M. Yamamura, A. Burdick, E.N. Sarno, M. Wagner, M. Rollinghoff, T.H. Rea, M. Colonna, S. Stenger, B.R. Bloom, D . Eisenberg, and R.L. Modlin. Use of genetic profiling in leprosy to discrimínate clinical forms of the disease. Science (New York, N.Y 2003.301:1527-1530. Burczynski, M. E., Twine, N. C, Dukart, G., Marshall, B., Hidalgo, M. , Stadler, W. M. , Logan, . , Dutcher, J. , Hudes, G. , Trepicchio, W. L. , et al. (2005). Transcripciónal profiles in peripheral blood mononuclear cells prognostic of clinical outcomes in patients with advanced renal cell carcinoma. Clin Cáncer Res 11, 1181-1189. Casanova, J.L., and L. Abel. Genetic dissection of immunity to mycobacteria : the human model . Annual review of immunology 2002.20:581-620. Chaussabel, D., Allman, W. , Mejias, A., Chung, W. , Bennett, L., Ramilo, 0., Pascual, V. , Palucka, A. K. , and Banchereau, J. (2005). Analysis of significance patterns identifies ubiquitous and disease-specific geneexpression signatures in patient peripheral blood leukocytes. Ann N Y' Acad Sci 1062, 146-154. Chaussabel, C, Quinn, C, Shen, J., Patel, P, Glaser, C, Baldwin, N. , Stichweh, D., Blankenship, D., Li, L., Munagala, -I., Bennett, L., Allantaz, F.( Mejias, A., Ardura, M. , Kaizer, E., Monnet, L., Allman, W. , Randall, H., Johnson, D., Lanier, A., Punar, M. , Wittkowski, K. M. , hite, P., Fay, J., Klintmalm, G. , Ramilo, 0., Palucka, A. K. , Banchereau, J., and Pascual, V. (2008) . A Modular Framework for Biomarker and Knowledge Discovery from 'Blood Transcriptional Profiling Studies: Applicación to Systemic Lupus Erythematosus. Immunity.. In press. Cobb, J. P., Mindrinos, M. N. , Miller-Graziano , C, Calvano, S. E., Baker, H. V., Xiao,W., Laudanski, ?'. , Brownstein, B. H. , Elson, C. M. , Hayden, D. L . , et al . (2005) . Application of genome-wide expression analysis to human health and disease. Proc Nati Acad Sci U S A 102, 4801-4806. Gack, M.U., Y.C. Shin, C.H. Joo, T. Urano, C. Liang, L. Sun, O. Takeuchi, S. Akira, Z. Chen, S. Inoue, and J.U. Jung. TRIM25 RING-finger E3 ubiquitin ligase is essential for RIG-I-mediated antiviral activity. Nature 2007.446:916-920. Greenwald, R.J., Y.E. Latchman, and A.H. Sharpe. Negative co-receptors on lymphocytes . Current opinión in immunology 2002.14:391-396. Golub, T. R. , Slonim, D. K . , Tamayo, P. , Huard, C., Gaasenbeek, M. , Mesirov, J. P. , Coller, H. , Loh, M. L . , Downing, J. R. , Caligiuri, M. A. , et al . (1999). Molecular classification of cáncer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring. Science 286, 531-537. Jacobsen, M. , J. Mattow, D. Repsilber, and S.H. Kaufmann. Novel strategies to identify biomarkers in tuberculosis. Biological chemistry 2008. Jacobsen, M. , D. Repsilber, A. Gutschmidt, A. Jtfeher, K. Feldmann, H.J. Mollenkopf, A. Ziegler, and S.H. Kaufmann. Candidate biomarkers for discrimination between infection and disease caused by Mycobacterium tuberculosis. Journal of molecular medicine (Berlín, Germany) 2007.85:613-621. Kaizer, E. C, Glaser, C. L., Chaussabel, D., Banchereau, J., Pascual, V. , and White, P. C. (2007). Gene expression in peripheral blood mononuclear cells from children with diabetes. J Clin Endocrinol Metab 92, 3705-3711. Kaufmann, S.H., and A.J. McMichael. Annulling a dangerous liaison: vaccination strategies against AIDS and tuberculosis. Nature medicine 2005.11:S33-44. Keane, J. TNF-blocking agents and tuberculosis: new drugs illuminate an oíd topic. Rheumatology (Oxford, England) 2005.44:714-720. Li, X., B. Gold, C. O'Huigin, F. Diaz-Griffero, B. Song, Z. Si, Y. Li , W. Yuan, M. Stremlau, C. Mische, H. Javanbakht, M. Scally, C. Winkler, M. Dean, and J. Sodroski . Unique features of TRIM5alpha among closely related human TRIM family members . Virology 2007.360:419-433. Martínez, F.O., S. Gordon, M. Locati, and A. Mantovani. Transcriptional prpfiling of the human monocyteto-macrophage differentiation and polarization: new molecules and ' patterns of gene' expression. J Immunol 2006.177:7303-7311. Meroni, G., and G. Diez-Roux. TRIM/RBCC, a novel class of 'single protein RING finger' E3 ubiquitin ligases. Bioessays 2005.27:1147-1157. Mistry, R. , J.M. Cliff, C.L. Clayton, N. Beyers, Y.S. Mohamed, P.A. Wilson, H.M. Dockrell, D.M. Wallace, P.D. van Helden, K. Duncan, and P.T. Lukey. Gene-expression patterns in whole blood identify subjects at risk for recurrent tuberculosis. The Journal of infectious diseases 2007.195:357-365. Nisole, S., J.P. Stoye, and A. Saib. TRIM family proteins : retroviral restriction and antiviral defence. Nat Rev Microbiol 2005.3:799-808. Pascual V, Allantaz F, Arce E, Punaro M, Banchereau J (2005) Role of interleukin-1 (IL-1) in the pathogenesis of systemic onset juvenile idiopathic arthritis and clinical response to IL-1 blockade. J Exp Med 201: 1479-1486. Rajsbaum, R. , J.P. Stoye, and A. O' Garra. Type I interferon-dependent and -independent expression of tripartite motif proteins in immune cells . European journal of immunology 2008.38:619-630. Ramilo, O., Allman, W. , Chung, W. , Mejias, A., Ardura, M. , Glaser, C, Wittkowski, . M. , Piqueras, B., Banchereau, J. , Palucka, A. K., and Chaussabel, D. (2007). Gene, expression patterns in blood leukocytes discrimínate patients with acute infections. Blood 109, 2066-2077. Reljic, R. IFN-gamma therapy of tuberculosis and related infections. J Interferon Cytokine Res 2007.27:353- 364. Reymond, A., G. Meroni, A. Fantozzi, G. Merla, S. Cairo, L. Luzi, D. Riganelli, E. Zanaria, S. Messali, S. Cainarca, A. Guffanti, S. Minucci, P.G. Pelicci, and A. Ballabio. The tripartite motif family identifies cell compartments . Embo .J 2001.20:2140-2151. Rubins, K.H., L.E. Hensley, P.B. Jahrling, A.R. Whitney, T.W. Geisbert, J.W. Huggins, A. Owen, J.W. Leduc, P.O. Brown, and D.A. Relman. The host response to smallpox: analysis of the gene expression program in peripheral blood cells in a nonhuman primate model . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2004..101 : 15190-15195. Song, B. , B. Gold, C. O'Huigin, H. Javanbakht, X. Li , M. Stremlau, C. Winkler, M. Dean, and J. Sodroski. The B30.2(SPRY) domain of the retroviral restriction factor TRIM5alpha exhibits lineage-specific length and sequence variation in primates. J Virol 2005.79:6111-6121. Thach, D. C, Agan, B. K., Olsen, C, Diao, J., Lin, B., Gómez, J. , Jesse, M. , Jenkins, M. , Rowley, R. , Hanson, E., et al. (2005) . Surveillance of transcriptomes in basic military trainees with normal, febrile respiratory illness, and convalescent phenotypes. Genes Immun. 6(7): 588-95.

Claims (52)

REIVINDICACIONES

1. Un método para distinguir entre infecciones activas y latentes de Mycobacte-rium tuberculosis en un paciente que se sospecha está infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método se caracteriza porgue comprende: obtener un conjunto de datos de expresión de genes de una muestra de sangre entera del paciente; determinar la expresión diferencial de uno o más módulos de expresión de gen de transcripción que distingue entre pacientes infectados e individuos no infectados, en donde el conjunto de datos demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleótidos en el uno o más módulos de expresión de gen de transcripción, en comparación con individuos no infectados de características similares, y distinguir entre infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis (TB) , con base en el uno o más módulos de expresión de gen de transcripción que diferencian entre infección activa y latente.

2. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque además comprende la etapa de utilizar la información de producto de gen comparativo determinada para formular un diagnóstico .

3. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque además comprende la etapa de utilizar la información de producto de gen comparativo determinada para formular un pronóstico.

4. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque además comprende la etapa de utilizar la información de producto de gen comparativo determinada para formular un plan de tratamiento.

5. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque además comprende la etapa de distinguir pacientes con TB latente de pacientes con TB activa.

6. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el módulo comprende un conjunto de datos de los genes en los módulos Mi.2, Mi.3, Mi.4, Mi.5, Mi.8, M2.1, M2.4, M2.8 , M3.1, M3.2, M3.3 , M3.4 , M3.6 , M3.7 , M3.8 o M3.9 para detectar infección pulmonar activa.

7. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porgue el módulo comprende un conjunto de datos de los genes en los módulos Mi.5, M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3 para detectar una infección latente.

8. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque los siguientes genes se regulan por disminución en infección pulmonar activa CD3 , CTLA-4, CD28, ZAP-70, IL-7R, CD2 , SLAM, CCR7 y GATA-3.

9. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el perfil de expresión de la Figura 9 es indicativo de infección pulmonar activa.

10. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el perfil de expresión de la Figura 10 es indicativo de infección latente.

11. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque la sub-expresión de genes en los módulos M3.4, M3.6, M3.7, M3.8 y M3.9 es indicativa de infección activa.

12. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque la sobre-expresión de genes en los módulos M3.1 es indicativa de infección activa.

13. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque además comprende la etapa de distinguir infección de TB de otras infecciones bacterianas al determinar la expresión de genes en los módulos M2.2, M2.3 y M3.5, que se sobre-expresan por células mononucleares de sangre periférica o sangre entera en infección diferente a Mycobacterium.

14. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque además comprende la etapa de distinguir las firmas de transcripción diferenciales y recíprocas en la sangre de pacientes de TB latente y activa utilizando dos o más de los siguientes módulos: Mi .3 , Mi.4, Mi .5 , MI .8 , M2.1 , M2.4 , M2.8 , M3.1 , M3.2 , M3.3 , M3.4 , M3.6 , M3.7, M3.8 o M3.9 para infección pulmonar activa y módulos Mi.5, M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3 para una infección latente.

15. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque los genes que se regulan por incremento en la infección de TB pulmonar activa contra un paciente sano, se eligen de las Tablas 7A, 7D, 71, 7J y 7K.

16. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque los genes que se regulan por disminución en infección de TB pulmonar activa contra un paciente sano se eligen de las Tablas 7B, 7C, 7E, 7F, 7G, 7H, 7L, 7M, 7N, 70 y 7P.

17. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque los genes que se regulan por incremento en infección de TB latente contra un paciente sano se eligen de la Tabla 8B.

18. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque los genes que se regulan por disminución en infección de TB latente contra un paciente sano se eligen de las Tablas 8A, 8C, 8D, 8E y 8F.

19. Un método para distinguir entre una infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis en un paciente que se sospecha está infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método se caracteriza porque comprende: obtener un primer conjunto de datos de expresión de genes que se obtiene de un primer grupo clínico con infección activa de Mycójbacfcerium tuberculosis, un segundo conjunto de datos de expresión de genes que se obtiene de un segundo grupo clínico con un paciente de infección latente de Mycobacterium tuberculosis y un tercer conjunto de expresión de genes que se obtiene de un grupo clínico de individuos no infectados; generar un conjunto de datos de agrupamiento de genes que comprende la expresión diferencial de genes entre cualquiera dos de los primeros, segundos y terceros conjuntos de datos ; y determinar un patrón único de expresión/representación que es indicativo de infección latente, infección activa o estar sanos .

20. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque cada grupo clínico se separa en un patrón único de expresión/representación para cada uno de los 119 genes de la Tabla 6.

21. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque los valores para el primer y tercer conjuntos de datos se comparan y los valores para el conjunto de datos del tercer conjunto de datos se sustraen de ahí .

22. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque los valores del segundo y tercer conjuntos de datos se comparan y los valores para el conjunto de datos del tercer conjunto de datos se sustraen de ahí .

23. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porgue además comprende la etapa de comparar valores para dos conjuntos de datos diferentes y sustrae los valores para el conjunto de datos restante para distinguir entre un paciente con una infección latente, un paciente con infección activa y un individuo no infectado.

24. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende la etapa de utilizar la información de producto de gen comparativo determinada para formular un diagnóstico o un pronóstico.

25. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende la etapa de utilizar la información de producto de gen comparativo determinada para formular un plan de tratamiento.

26. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porgue además comprende la etapa de distinguir pacientes con TB latente de pacientes con TB activa.

27. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende determinar los niveles de expresión de los genes: ST3GAL6 , PAD14, TNFRSF12A, VA P3, BR13, RGS19, PILRA, NCFl , LOC652616, PLAUR(CD87), SIGLEC5, B3GALT7, IBRDC3 (NKLAM) , AL0X5AP (FLAP) , M P9 , A PEP(APN), NALP12, CSF2RA, IL6R(CD126), RASGRP4, TNFSF1 (CD258) , NCF4 , HK2 , ARID3A, PGLYRPl (PGRP) , que son sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB Latente pero no en la sangre de individuos sanos o pacientes de TB Activa.

28. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende determinar los niveles de expresión de los genes: ABCG1 , SREBFl , RBP7(CRBP4), C22orf5, FAM101B, S100P, LOC649377, UBTDl , PSTPIP-1, RENBP, PGM2 , SULF2 , FAM7A1 , HOM-TES-103, NDUFAFl , CES1, CYP27A1, FLJ33641, GPR177, MIDlIPl (MIG-12 ) , PSD4 , SF3A1, NOV(CCN3), SGK.(SGKl), CDK5R1 , LOC642035, que són sobre-expresados /sobre-representados en la sangre de individuos de control sanos pero fueron sub-expresados/sobre-presentados en la sangre de pacientes de TB Latente, y sub-expresados /sub-representados en la sangre de pacientes de TB Activa.

29. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende determinar los niveles de expresión de los genes: ARSG, LOC284757, MDM4, CR KL1, IL8, LOC389541, CD300LB, NIN, PHKG2 , HIPl, que son sobre-expresados /sobre-representados en la sangre de individuos sanos, son sub-expresados/sub-representados en la sangre tanto de pacientes de TB Latente y Activa.

30. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende determinar los niveles de expresión de los genes: PSMB8(LMP7), APOL6, GBP2 , GBP5, GBP4, ATF3 , GCHl , VAMP5, ARS, LIM l , NPC2 , IL-15, LMTK2, STX11(FHL4), que son sobre-expresados/sobre-representados en la sangre de TB Activa, y sub-expresados /sub-representados en la sangre de pacientes de TB Latente e individuos de control sanos .

31. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende la etapa de determinar los niveles de expresión de los genes: FLJ11259 (DRAM) , JAK2 , GSDMDC1 (DF5L) (FKSG10) , SIPAILl, [2680400] (KIAA1632) , ACTA2 (ACTSA) , KC MBl ( SLO-BETA) , que son sobre-expresados /sobre-representados en la sangre de pacientes de TB Activa, y sub-expresados/sub-representados en la sangre de pacientes de TB Latente e individuos de control sanos .

32. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende determinar los niveles de expresión de los genes: SPTA I, KÍAAD179 (Nnpl) (RRPl) , FAM84B (NSE2 ) , SELM, IL27RA, MRPS34, [6940246] (IL23A) , PRKCA(P CA) , CCDC41 , CD52(CD 52), [3890241] (ZN404) , MCCC1 (MCCA/B) , SOX8, SYNJ2 , FLJ21127, FHIT, que son sobre-expresados /sub-representados en la sangre de pacientes de TB Activa pero no en la sangre de pacientes de1 TB Latente o individuos de control sanos .

33. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque además comprende determinar los niveles de expresión de los genes: CDKLl(p42), MICALCL, MBNL3, RHD, ST7(RAY1), PPR3R1, [360739] (PIP5 2A) , AMFR, FLJ22471, CRAT(CATl), PLA2G4C, ACOT7 (ACT) (ACHI ) , R F182, KLRC3 (NKG2E) , HLA-DPB1, que son sub-expresados /sub- representados en la sangre de individuos de control sanos , sobre-expresados/sobre-representados en la sangre de pacientes de TB Latente, y sobre-expresados/sobre-representados en la sangre de pacientes de TB Activa.

34 . Un método para distinguir entre infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis en un paciente que se sospecha está infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método se caracteriza porque comprende: obtener un conjunto de datos de expresión de genes de una muestra de sangre entera; clasificar o separar el conjunto de datos de expresión de genes en uno o más módulos de expresión de genes de transcripción; y cartografiar la expresión diferencial del uno o más módulos de expresión de genes de transcripción que distinguen entre infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis, de esta manera distinguiendo entre infección activa y latente de Wycojacter um tuberculosis.

35 . El método de conformidad con la reivindicación 34 , caracterizado porque el conjunto de datos comprende genes TRIM.

36 . El método de conformidad con la reivindicación 34 , caracterizado porque el conjunto de datos comprende genes TRIM, y TRIM 5 , 6 , 19(PML), 21 , 22 , 25 , 68 son sobre-representados/expresados en TB pulmonar activa.

37 . El método de conformidad con la reivindicación 34, caracterizado porque el conjunto de datos comprende genes TRIM, y TRIM 28, 32, 51, 52, 68, son sub-representados/expresados en TB pulmonar activa.

38. Un método para diagnóstico de un paciente con infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis en un paciente que se sospecha está infectado con Mycobacterium tuberculosis, el método comprende detectar expresión diferencial de uno. o más módulos de expresión de genes de transcripción que distinguen entre pacientes infectados y no infectados, que se obtienen de sangre entera, en donde la sangre entera demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleótidos en el uno o más módulos de expresión de gen de transcripción en comparación con pacientes no-infectados de características similares, de esta manera distinguiendo entre infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis .

39. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porgue además comprende la etapa de utilizar la información de producto de gen comparativa determinada para formular un diagnóstico.

40. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque además comprende la etapa de utilizar información de producto de gen comparativa determinada para formular un pronóstico.

41. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque además comprende la etapa de utilizar información de producto de gen comparativa determinada, para formular un plan de tratamiento.

42. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque el módulo comprende un conjunto de datos de los genes en los módulos Mi.2, Mi.3, Mi.4, Mi.5, MI .8 , M2.1 , M2.4 , M2.8 , M3.1 , M3.2 , M3.3 , M3.4 , M3.6 , M3.7 , M3.8 o M3.9, para detectar infección pulmonar activa.

43. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque el módulo comprende un conjunto de datos de los genes en los módulos Mi.5, M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3, para detectar una infección latente.

44. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque los siguientes genes se regulan por disminución en infección pulmonar activa CD3 , CTLA-4, CD28, ZAP-70, IL-7R, CD2 , SLAM, CCR7 ' y GATA-3.

45. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque el perfil de expresión de los módulos de la Figura 9 es diagnóstico de infección pulmonar activa.

46. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque el perfil de expresión de los módulos de la Figura 10 es diagnóstico de infección latente.

47. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque la sub-expresión de genes en los módulos M3.4 , M3 , 6 , ?3.7 , ?3.8 y ?3.9 , es indicativa de infección activa.

48. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque la sobre-expresión de los genes en los módulos M3.1, es indicativa de infección activa.

49. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque además, comprende la etapa de distinguir infección de TB de otras infecciones bacterianas al determinar la expresión de genes en los módulos M2.2, M2.3 y M3.5, que se sobre-expresan por células mononucleares de sangre periférica o sangre entera en infección diferente a Micobacterium.

50. El método de conformidad con la reivindicación 38, caracterizado porque además comprende la etapa de distinguir las firmas de transcripción diferencial y recíproca en la sangre de pacientes de TB latente y activa utilizando dos o más de los siguientes módulos: Mi.3, Mi.4, Mi .5 , Mi .8 , M2.1 , M2.4 , M2.8 , M3.1 , M3.2 , M3.3 , M3.4 , M3.6 , M3.7 , M3.8 o M3.9 , para infección pulmonar activa y módulos Mi.5, M2.1, M2.6, . M2.10, M3.2 o M3.3 , para una infección latente.

51. Un equipo para diagnóstico de un paciente con infección de Mycoiiacterium tuberculosis activa y latente, en un paciente que se sospecha está infectado con Mycobacterium tuberculosis , el equipo se caracteriza porque comprende: un detector de expresión de genes paira obtener un conjunto de datos de expresión de genes del paciente; y un procesador capaz de comparar la expresión de genes con conjunto de datos de módulo de gen pre-definido que ' distingue entre pacientes infectados y no infectados que se obtiene de sangre entera, en donde la sangre entera demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleótidos en el uno o más módulos de expresión de gen de transcripción, en comparación con pacientes no infectados de características similares, de esta manera distinguiendo entre infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis.

52. Un sistema para diagnosticar a un paciente con infección activa y latente de Mycobacterium tuberculosis, caracterizado porque comprende: un conjunto de datos de expresión de genes del paciente; y un procesador capaz de comparar la expresión de genes con conjuntos de datos de módulo de gen pre-definido que distingue entre pacientes infectados y no infectados que se obtiene de sangre entera, en donde la sangre entera demuestra un cambio agregado en los niveles de polinucleótidos en el uno o más módulos de expresión de genes de transcripción, en comparación con pacientes no infectados de características similares, de esta manera distinguiendo entre infección · activa y latente de Mycobacterium tuberculosis, en donde los módulos se eligen de MI.3, MI.4, MI.5, Mi .8 , M2.1 , M2.4, M2.8, M3.1 , M3.2 , M3.3 , M3.4, M3.6, M3.7, M3.8 o M3.9, para infección pulmonar activa o los módulos Mi.5, M2.1, M2.6, M2.10, M3.2 o M3.3 , para infección latente.