JP2002516112A - 植物内の遺伝子発現のdsrna介在調節 - Google Patents
植物内の遺伝子発現のdsrna介在調節Info
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Abstract
Description
チセンスRNAフラグメントを使用した方法、および本発明の方法を使用して得ら
れた遺伝子発現が変えられた植物に関する。
菌または細菌病原体に対する耐性、除草剤に対する耐性または付加価値性質のよ
うな種々の望ましい性質を有するトランスジェニック植物の製造を可能にしてい
る。これらの望ましい性質は、主に植物内のトランスジーンの過剰発現により得
られる。しかし、ある場合、特定の遺伝子の発現を変え、商業的利益の望ましい
表現型または特性を有する植物を作るように植物を修飾することも望まれる。遺
伝子の発現を変えるための現在の方法は、通常センスまたはアンチセンス抑制に
基づく。例えば、ペチュニアにおけるカルコン合成遺伝子のセンス抑制は、着色
が変えられた花をもたらし、トマトにおけるポリガラクツロニダーゼ遺伝子のア
ンチセンス抑制は果実成熟の遅延を導く。不運なことに、これらの方法はしばし
ば、遺伝子発現を変えるその能力に関して可変性であり、予測できず、多くの場
合、特定の遺伝子活性の完全な破壊は達成されない。遺伝子発現を変えるための
方法は、技術的に試みられている触媒的リボヌクレオチドまたはリボザイムの使
用、または、遺伝的に最も望ましいが、このような目的で慣用的に使用される現
在利用可能な方法では、残念なことに十分ではない相同性遺伝子破壊を含む。し
たがって、改善されたそして商業的に重要な特性を有する植物を得るための、植
物細胞内の遺伝子の発現を効率的におよび予測可能に変えることができる新規方
法のための、長く待望されているが、充たされていない必要性がある。
性質の植物の製造に関する。特に、本発明は遺伝子のセンスおよびアンチセンス
RNAフラグメントを使用した、植物細胞における遺伝子の発現を変える方法に関
する。重要なことに、このようなセンスおよびアンチセンスRNAフラグメントは
二本鎖RNA分子の形成ができる。本発明はまたこのような方法を使用して得た植
物細胞、このような細胞由来の植物、このような植物の子孫およびこのような植
物由来の種子に関する。このような植物細胞または植物において、特定の遺伝子
発現の変化が、当分野で現在既知の方法を使用して得られる特定の遺伝子の遺伝
子発現の変化よりも、より効率的であり、選択的であり、より予測可能である。
グメントを植物細胞内に挿入することを含み、該センスRNAフラグメントおよび
該アンチセンスRNAフラグメントが二本鎖RNA分子を形成でき、該標的遺伝子の該
細胞内での発現が変えられる方法。好ましい態様において、RNAフラグメントは
二つの異なるRNA分子に含まれる。他の好ましい態様において、RNAフラグメント
は該細胞に挿入する前に混合する。他の好ましい態様において、RNAフラグメン
トを二本鎖RNA分子を形成させる条件下で、該細胞に挿入前に混合する。他の好
ましい態様において、RNAフラグメントを該細胞に連続的に挿入する。さらにま
た別の好ましい態様において、RNAフラグメントは一つのRNA分子に含まれる。こ
のような場合、RNA分子は、好ましくは、その中に包含されるRNAフラグメントが
二本鎖RNA分子を形成するように折りたたまれることが可能である。
1DNA配列、および該細胞内で標的遺伝子のアンチセンスRNAフラグメントを発現
できる第2DNA配列を挿入することを含み、該センスRNAフラグメントおよび該ア
ンチセンスRNAフラグメントは二本鎖RNA分子を形成でき、該標的遺伝子の該植物
細胞内での発現が変更される。好ましい態様において、DNA配列は植物細胞のゲ
ノムに安定に統合される。好ましい態様において、DNA分子は更に該第1または
該第2DNA配列に操作可能に結合したプロモーターを含む。他の好ましい態様に
おいて、第1DNA配列および第2DNA配列は二つの異なるDNA分子内に包含される
。
この場合、第1DNA配列および第2DNA配列が好ましくは該DNA分子の同じDNA鎖に
含まれ、そして、好ましくは、センスRNAフラグメントおよびアンチセンスRNAフ
ラグメントが一つのRNA分子内に包含される。好ましくは、RNA分子は、その中に
包含されている該RNAフラグメントが二本鎖領域を形成するように折りたたまれ
ることが可能である。他の好ましい態様において、センスRNAフラグメントおよ
びアンチセンスRNAフラグメントは二本鎖RNA分子中に含まれ、または二本鎖RNA
分子として発現される。この場合、第1DNA配列および第2DNA配列は好ましくは
二方向プロモーターに操作可能に結合しているか、または、あるいは、第2DNA
配列が第1プロモーターに操作可能に結合し、第2DNA配列が第2プロモーター
に操作可能に結合し、第1プロモーターおよび第2プロモーターが同じプロモー
ターまたは異なるプロモーターである。他の好ましい態様において、第1DNA配
列および第2DNA配列は該DNA分子の相補的鎖中に包含される。
補的DNA鎖である。 この場合、DNA分子は更に該第1DNA配列に操作可能に結合した第1プロモータ
ーを含む。好ましい態様において、DNA分子は更に第1部位特異的組換え部位を
該第1プロモーターと該第1DNA配列の間に、および第1部位特異的組換え部位
を該DNA配列の3'末端に含み、部位特異的リコンビナーゼの存在下、該第1およ
び第2部位特異的組換え部位は該第1および該第2部位特異的組換え部位の間の
該第1DNA配列を逆にすることができ、好ましくは、互いに逆の配向である。植
物細胞は、好ましくは、更に、該部位特異的組換え部位を認識することができる
部位特異的リコンビナーゼを含む。
結合した第1プロモーターおよび該第2DNA配列に操作可能に結合した第2第2
プロモーターを含み、第1プロモーターおよび第2プロモーターは同じプロモー
ターを含み、または異なるプロモーターを含む。
は該植物細胞の必須遺伝子である。更に別の好ましい態様において、DNA分子中
のプロモーターは該天然標的遺伝子の天然プロモーターを含む。更に好ましい態
様において、プロモーターは異種プロモーター、例えば、組織特異的プロモータ
ー、発育調節プロモーター、構造プロモーターまたは誘導性プロモーターである
。所望により、プロモーターはプロモーターの各側でDNA配列の転写開始をでき
る分岐プロモーターである。他の好ましい態様において、遺伝子は、好ましくは
該植物細胞のゲノムに安定に統合された、あるいは、染色体外分子として該植物
細胞に存在する、該植物細胞中の異種遺伝子である。
フラグメントをコードするDNA配列の間にリンカーを含む。リンカーは、例えば
、機能的遺伝子、例えば、選択可能マーカー遺伝子または調節配列、例えば、イ
ントロン処理シグナルを含む発現カセットを含む。
本発明のセンスおよびアンチセンスRNAフラグメントを含む植物細胞、その植物
細胞に由来する植物およびその子孫、およびその植物に由来する種子。
的遺伝子のアンチセンスRNAフラグメントを含み、両方とも互いに相補的なヌク
レオチド配列を含み、それによりセンスおよびアンチセンスRNAフラグメントが
対となり、二本鎖RNA分子を形成することが可能となる。
水素結合の形成により、互いに対を形成することが可能となる逆平行ヌクレオチ
ド配列を含む二つのヌクレオチド配列を意味する。
方向で、他方のヌクレオチド配列では3'−5'の方向で走るホスホジエステル結
合を有する相補的塩基残基の間の水素結合を通して対になる二つのヌクレオチド
配列を意味する。
既知の機能の遺伝子または、その機能が未知であるが、その完全なまたは部分的
ヌクレオチド配列が既知である遺伝子である。あるいは、標的遺伝子の機能およ
びそのヌクレオチド配列は両方とも未知である。標的遺伝子は植物細胞の天然遺
伝子または予め植物細胞内または該植物細胞の親細胞に、例えば、遺伝子形質転
換により挿入されている異種遺伝子である。異種標的遺伝子は植物細胞のゲノム
に安定に統合されているか、または植物細胞に染色体外分子として、例えば、自
己複製染色体外分子として存在する。
意味する。
レセプター、シグナル伝達タンパク質、構造遺伝子生産物、または輸送タンパク
質のようなタンパク質をコードする遺伝子である。
の植物細胞における標的遺伝子の発現のレベルが、その方法の適用前の細胞にお
ける発現と異なることを意味する。遺伝子発現を変えるのは、好ましくは、植物
細胞内の標的遺伝子の発現が減少する、好ましくは強く減少する、より好ましく
は遺伝子の発現が検出されないことを意味する。必須遺伝子の発現の変更は、植
物細胞またはそれ由来の植物内のノックアウト変異表現型をもたらし得る。
在し、従って天然の生産物ではない単離核酸分子を意味する。単離核酸分子は、
精製形で存在し得、または、例えば、トランスジェニック宿主細胞のような非天
然環境で存在し得る。
チド配列の発現を指向できるDNA配列を意味し、停止シグナルに操作可能に結合
した目的のヌクレオチド配列に操作可能に結合したプロモーターを含む。典型的
に、ヌクレオチド配列の適当な翻訳に必要な配列も含む。コード領域は、通常目
的のタンパク質をコードするが、また目的の機能的RNA、例えば、センスまたは
アンチセンス方向でコードするアンチセンスRNAまたは非翻訳RNAをコードし得る
。目的のヌクレオチド配列を含む発現カセットはキメラであり得、少なくともそ
の一つのコンポーネントが、少なくとも一つの他のコンポーネントに関して異種
であることを意味する。発現カセットは、天然に存在するが、異種発現に有用な
組換え形で得られるものであり得る。しかし、典型的に、発現カセットは宿主に
関して異種であり、即ち、発現カセットの特定のDNA配列は宿主細胞に天然で存
在せず、宿主細胞または宿主細胞の先祖に、形質転換により挿入されなければな
らない。発現カセット中のヌクレオチド配列の発現は、構造的プロモーターまた
は、宿主細胞がある特定の外部刺激に曝された時にのみ転写を開始する誘導性プ
ロモーターの制御下にあり得る。植物のような多細胞性生物において、プロモー
ターはまた特定の組織または器官または発育段階に特定であり得る。
は非天然状態を示す。例えば、宿主細胞が他の生物、特に他の種由来の核酸配列
で形質転換された場合、核酸配列は宿主細胞に関して、また核酸配列を担持する
宿主細胞の子孫に関しても異種である。同様に、異種は、同じ天然、原細胞タイ
プに由来し、挿入されるが、天然状態では存在しない、例えば、異なるコピー数
、または異なる調節要素の制御下にあるものを意味する。
して使用するとき、例えば、一つのアミノ酸の変化が発生するポリペプチド機能
に影響しない場合、対応する配列が、対照ヌクレオチド配列によりコードされる
ポリペプチドと実質的に同じ構造および機能を有するポリペプチドをコードする
ものである、対照ヌクレオチド配列に対応するヌクレオチド配列を意味する。望
ましくは、実質的に同様のヌクレオチド配列は対照ヌクレオチド配列によりコー
ドされるポリペプチドをコードする。実質的に同様のヌクレオチド配列と対照ヌ
クレオチド配列の間の同一性の割合は(相補的配列の塩基の総数で割った相補的
配列における相補的塩基の数)、望ましくは少なくとも80%、より望ましくは
85%、好ましくは少なくとも90%、より好ましくは少なくとも95%、より
更に好ましくは少なくとも99%である。
節要素は、目的のヌクレオチド配列に制御可能に結合したプロモーターおよび停
止シグナルを含む。それらはまた典型的にヌクレオチド配列の適当な翻訳に必要
な配列を包含する。
の中には切り枝、細胞または組織培養および種子も含む。本発明と関連して使用
する限り、“植物組織”なる用語は、全植物、植物細胞、植物器官、植物種子、
プロトプラスト、カルス、培養物、および構造および/または機能的単位に組織
化された植物細胞のグループを含むが、これらに限定されない。
発現を調節するために一般に利用可能な方法は予測性に欠け、どの遺伝子を調節
するかに依存して可変性を示す。本方法はこれらの問題を解決し、植物細胞にお
ける再現性があり、有効な遺伝子の調節のために提供される。
AフラグメントおよびアンチセンスRNAフラグメントを利用する。第1の態様にお
いて、本発明は、植物細胞内への標的遺伝子のセンスRNAフラグメントおよび該
標的細胞のアンチセンスRNAフラグメントの挿入を含み、該センスRNAフラグメン
トおよび該アンチセンスRNAフラグメントが二本鎖RNA分子の形成をでき、該標的
遺伝子の該細胞内での発現が変えられる、植物細胞内の標的遺伝子の発現を変え
るための方法を提供する。好ましい態様において、RNAフラグメントは植物細胞
に異なる形質転換法により挿入される。例えば、同時継続出願08/717,6
76号に記載のように、RNAフラグメントは粒子衝撃を使用して宿主細胞に移入
される。他の好ましい態様において、RNAフラグメントがプロトプラストまたは
他のタイプの細胞に、Lebel et al. (1995) Theor. Appl. Genet. 91:899-906に
記載のようなPEG−介在形質転換により、またはエレクトロポレーションにより
挿入する。他の好ましい態様において、RNAフラグメントのマイクロインジェク
ションのような他の技術を使用する。
れる。この場合、RNAフラグメントを該細胞に挿入前に、例えば、二本鎖RNA分子
を形成させる条件下で混合する。他の好ましい態様において、RNAフラグメント
を該細胞に連続して挿入する。好ましくは、RNA分子の各々の挿入の間の間隔は
短く、好ましくは1時間より短い。更に別の態様において、RNAフラグメントは
一つのRNA分子に包含される。一つのRNA分子の使用により、二つの相補的RNAブ
ラグメントが、対形成および二本鎖形成に好都合であるように密接して近い。こ
の場合、RNA分子は、好ましくはその中に含まれる該RNAフラグメントが二本鎖領
域の形であるように折りたたまれることが可能である。この場合、RNAフラグメ
ントの相補的部分は互いに認識し、互いに対を形成し、二本鎖RNA分子を形成す
る。好ましい態様において、RNAフラグメントを、細胞挿入前に二本鎖RNA分子を
形成させる条件下でインキュベートする。更に別の態様において、RNA分子はセ
ンスRNAフラグメントとアンチセンスRNAフラグメントの間にリンカーを含む。リ
ンカーは、好ましくは機能的遺伝子、例えば、選択可能マーカー遺伝子を含む発
現カセットによりコードされるRNA配列を含む。他の態様において、リンカーは
調節配列によりコードされるRNA配列を含み、それは、例えば、イントロン処理
シグナルを含む。
のセンスRNAフラグメントを発現できる第1DNA配列および該細胞内で該標的遺伝
子のアンチセンスRNAフラグメントを発現できる第2DNA配列を挿入することを含
み、該センスRNAフラグメントおよび該アンチセンスRNAフラグメントは二本鎖RN
A分子を形成でき、該細胞内の該標的遺伝子の発現が変えられる、方法を提供す
る。好ましい態様において、第1DNA配列および第2DNA配列は、植物細胞のゲノ
ム内に安定に統合される。他の好ましい態様において、第1DNA配列および第2D
NA配列は、植物細胞内に、染色体外分子上、例えば、自己複製分子上に存在する
。あるいは、第1DNA配列は、植物細胞のゲノム内に安定に統合され、第2DNA配
列は植物細胞内に染色体外分子上に存在する。
場合、第1DNA配列は第1プロモーターに操作可能に結合し、第2DNA配列は第2
プロモーターに操作可能に結合する。
は、第1および第2DNA配列はDNA分子の同じDNA鎖内に包含され、好ましくは、
センスRNAフラグメントおよびアンチセンスRNAフラグメントが、DNA分子により
コードされる一つのRNA分子内に含まれ、またはそれとして発現される。この場
合、DNA分子は更に第1または第2DNA配列に操作可能に結合したプロモーターを
含み、プロモーターは第1および第2DNA配列を転写できる。プロモーターは、
好ましくはアンチセンスフラグメントをコードするDNA配列に操作可能に結合し
、これはそれ自体センスフラグメントをコードするDNA配列に結合する。あるい
は、プロモーターはセンスフラグメントをコードするDNA配列に操作可能に結合
し、これはそれ自体アンチセンスフラグメントをコードするDNA配列に結合する
。一つのRNA分子の使用により、二つの相補的RNAフラグメントは、二本鎖形成に
好都合であるように密接して近い。
、例えば、一つのRNA分子はセンスRNAフラグメントを含み、一つのRNA分子はア
ンチセンスRNAフラグメントを含む。この場合、DNA分子は好ましくは更にRNAフ
ラグメントの発現をできる調節要素を含む。好ましい態様において、このような
調節要素は分岐、2方向プロモーターを含み、これはセンスRNAフラグメントを
コードするDNA配列とアンチセンスRNAフラグメントをコードするDNA配列の間に
位置する。他の好ましい態様において、同じプロモーターまたは、あるいは、別
のプロモーターを含む二つの別のプロモーターを二つのDNA配列の間に置く。更
に他の好ましい態様において、DNA分子は第1DNA配列に操作可能に結合した第1
プロモーターおよび第2DNA分子に操作可能に結合した第2プロモーターを含み
、DNA配列が二つのプロモーターの間に置かれ、二つのプロモーターは逆方向で
の転写の指示ができる。更に別の態様において、DNA配列は更に、該二つの相補
的RNAフラグメントをコードするDNA配列の間にリンカーを含む。リンカーは、好
ましくは、機能的遺伝子、例えば、選択可能マーカー遺伝子を含む発現カセット
を含む。他の態様において、リンカーは、例えば、イントロン処理シグナルを含
む調節配列を含む。
A鎖中に含まれる。より好ましくは、第1DNA配列がDNA分子中の第2DNA配列の相
補鎖である。例えば、この場合、第1DNA配列は標的遺伝子のコード鎖に対応し
、センスRNAフラグメントの発現ができ、第2DNA配列は標的遺伝子の相補的非コ
ード鎖に対応し、アンチセンスRNAフラグメントの発現ができる。このように、
この場合、二つの異なるRNA分子が好ましく産生される。したがって、ここでは
、DNA分子は第1DNA配列の5'末端に操作可能に結合し、第1DNA配列の発現がで
きる第1プロモーター、および、第1DNA配列の3'末端に結合し、第1DNA配列
の相補鎖である第2DNA配列の発現ができる第2プロモーターを含む。好ましい
態様において、二つの異なるプロモーターを使用し、あるいは、同じプロモータ
ーを使用し、二つのDNA配列を発現する。他の好ましい態様において、DNA分子は
更にプロモーターの遠位に転写ターミネーターを含む。好ましくは、この場合、
転写は一つのプロモーターの3'末端で開始し、一つの方向でDNA配列を通って処
理され、第2プロモーターを通って3'末端から5'末端に処理され、第2プロモ
ーターの5'末端の転写ターミネーターで停止する。転写ターミネーターの使用
はRNA転写の安定に働き得る。
合したプロモーターを含み、更に、該プロモーターと該第1DNA配列の間に第1
部位特異的組換え部位および該DNA配列の3'末端に第2部位特異的組換え部位を
含み、該第1および第2部位特異的組換え部位は該第1DNA配列を該第1および
該第2組換え部位の間で、部位特異的認識部位の認識ができる部位特異的リコン
ビナーゼの存在下で逆転できる。リコンビナーゼ非存在下で、第1DNA配列によ
りコードされるセンスRNAフラグメントのみが産生できる。対応するリコンビナ
ーゼ存在下で、部位特異的組換え部位の間の対応DNA配列は逆転され、第2DNA配
列はプロモーターに操作可能に結合し、アンチセンスフラグメントが発現される
ようになる。リコンビナーゼの連続した存在下で、更なるDNA配列の逆転が起こ
り、センスおよびアンチセンスRNAフラグメントの両方が蓄積される。本発明は
、従って、また更に、該部位特異的組換え部位の認識ができる部位特異的リコン
ビナーゼを含む。本発明のこの態様は、実施例5に更に記載する。
合する。好ましい態様において、DNA分子内のプロモーターは、標的遺伝子が発
現されるように、二本鎖RNAが同じ組織内に、発育の同時期に存在することを確
実とするために、不活性にする該天然標的遺伝子の天然プロモーターを含む。他
の態様において、プロモーターは異種プロモーター、例えば、組織特異的プロモ
ーター、発育調節プロモーター、構造プロモーター、分岐プロモーターまたは誘
導性プロモーターである。他の好ましい態様において、遺伝子は該植物細胞に異
種遺伝子である。停止シグナルはまた、DNA分子に所望により挿入される。
RNAフラグメントの相補的部分が互いに認識し、互いに対を形成し、二本鎖RNA分
子を形成する。本発明のDNA分子は、当分野で既知のまたは下記の方法を使用し
て植物細胞内に形質転換する。例えば、微粒子銃、マイクロインジェクションま
たはAgrobacterium介在形質転換を使用する。また、エレクトロポレーションま
たは化学処理(例えば、PEG処理)を使用した本発明のDNA分子でのプロトプラスト
の形質転換を使用する。
アグロインフェクションを介して挿入するために、ウイルスベクターを使用する
。他の好ましい態様において、本発明のDNAまたはRNAフラグメントは、植物細胞
内に、真空浸潤により、または葉表面の摩擦により挿入する。
えられた、本発明のセンスおよびアンチセンスRNAフラグメントを含む植物細胞
、植物細胞由来の植物および子孫、およびその植物由来の種子をもたらし得る。
域の長さは、望ましくは少なくとも15ヌクレオチド長、より望ましくは少なく
とも50ヌクレオチド長、好ましくは少なくとも500bp長である。好ましくは
相補的領域は5kbより小さく、より好ましくは2kbより小さい。所望により、セ
ンスおよびアンチセンスRNAフラグメントの間の相補的領域は、標的遺伝子のコ
ード領域を含む。他の好ましい態様において、相補的領域は標的遺伝子の非翻訳
領域(UTR)、例えば、5'UTRまたは3'UTRを含む。他の好ましい態様において、
本発明のセンスまたはアンチセンスRNAフラグメントをコードするDNA配列はc−D
NA分子由来である。他の態様において、プロモーターまたは停止シグナルのよう
な、発現が変えられる標的遺伝子の調節要素を含む。
の相補的領域は、発現を変える遺伝子の対応する配列と同一である。他の好まし
い態様において、センスおよびアンチセンスRNAフラグメントの間の相補的領域
は、発現を変え、まだ遺伝子の発現の変更が可能である遺伝子の対応する配列と
実質的に同様である。この場合、相補的領域は発現を変える遺伝子の対応する配
列と望ましくは少なくとも50%同一であり、より望ましくは少なくとも70%
同一であり、好ましくは少なくとも90%同一であり、より好ましくは少なくと
も95%同一である。それにより、一つの二本鎖RNA分子の使用は一つの遺伝子
または複数の遺伝子の発現の変更が可能であり、一つの遺伝子は二本鎖RNAと同
一の配列を含むか、二本鎖RNAと実質的に同様である。
の相補的領域は、センスおよびアンチセンスフラグメントの間にミスマッチを含
まない。他の好ましい態様において、センスおよびアンチセンスRNAフラグメン
トの間の相補的領域は、少なくとも一つのミスマッチをセンスおよびアンチセン
スRNAフラグメントの間に含み、二つのRNAフラグメントはまだ対形成し、二本鎖
RNA分子を形成でき、それにより遺伝子の発現が変えられる。相補的領域のセン
スおよびアンチセンスRNAフラグメントの間に、望ましくは50%より少ないミ
スマッチ、より望ましくは30%より少ないミスマッチ、好ましくは20%より
少ないミスマッチ、より好ましくは10%より少ないミスマッチ、より更に望ま
しくは5%より少ないミスマッチが存在する。
は感受性または細胞分化に関する遺伝子の発現の変更に使用する。このような変
化は、特定の代謝経路の修飾、疾病に対する耐性または細胞分化の変化のような
商業的に重要な改善された性質の植物をもたらす。標的遺伝子の他の例は、本明
細書に引用して包含させる、米国特許第5,107,065号および第5,034,
323号に記載される。本発明の方法はまたその機能を解明するための遺伝子の
発現の変更に使用できる。この場合、例えば、遺伝子のセンスおよびアンチセン
スRNAを発現することができるDNA配列を、当分野で既知のまたは下記の形質転換
法により植物細胞内に挿入する。DNA配列は、例えば、植物細胞のゲノム内に安
定に統合される。次いで、植物細胞を、例えば、表現型または代謝変化に関して
試験する。あるいは、植物を植物細胞から再生させ、植物またはその子孫を、例
えば、表現型または代謝変化に関して試験する。例えば、必須遺伝子をこのよう
な方法を使用し、形質転換植物を、例えば、胚芽致死、苗木致死または他の関連
した表現型に関してスクリーニングして発見する。次いで、遺伝子の機能の知識
を使用して、遺伝子形質転換により改善された特性の作物を産生し、または新規
化学物質のスクリーニングをする。特に、必須遺伝子は除草剤化合物の標的とし
て良い候補物である。必須遺伝子配列は、例えば、植物で過発現され、遺伝子に
よりコードされる天然に存在する遺伝子の機能を阻害する除草化合物に対する植
物の耐性を付与する。必須遺伝子の変異した変異体はまた除草化合物または関連
化合物に対する耐性のために製造され、スクリーニングされる。このような変異
した変異体は当分野で既知の種々の方法で製造する。必須遺伝子によりコードさ
れる酵素はまたその機能を阻害する化合物のためのスクリーニング、例えば、イ
ンビトロ高処理スクリーニングに使用する。阻害化合物を、次いで、除草活性に
関して試験する。
を無作為に変えるために使用する。この場合、対になり二本鎖RNA分子を形成で
きる無作為RNAフラグメントのライブラリー、または、対になり二本鎖RNA分子を
形成することができるRNAフラグメントをコードする無作為DNA配列のライブラリ
ーを産生し、当分野で既知のまたは下記の方法を使用して植物細胞に挿入する。
形質転換植物細胞または植物を特定の特性または表現型に関してスクリーニング
する。例えば、上記のような必須遺伝子を、このようなスクリーニングを使用し
て発見する。スクリーニングの他の例は、高塩濃度または浸透圧、高温、毒性ま
たは有害物質、例えば、除草化合物の存在のような種々の条件下で、制約されな
い生育、または非形質転換細胞よりも制約されていない生育に関する。このよう
なスクリーニング後、二本鎖RNAまたは二本鎖RNAをコードするDNA分子を回収し
、相補的RNAフラグメントの配列を決定し、このように、発現の変更が特定の特
性または表現型をもたらす遺伝子を単離する。このような遺伝子を、次いで、例
えば、遺伝子形質転換により作物改善にまたは新規化学物質のスクリーニングに
使用する。
する。一般に、本発明のDNA分子を形質転換ベクターに包含させる。プラスミド
、バクテリオファージウイルスおよび他の修飾ウイルスのような、当分野で既知
である多数のこのようなベクター系が使用されている。発現系の成分をまた修飾
し、例えば、センスおよびアンチセンスRNAフラグメントの発現を増加させる。
例えば、切断配列、ヌクレオチド置換または他の修飾を使用する。当分野で既知
の発現系を使用して適当な条件下の事実上任意の植物細胞を形質転換する。本発
明のDNA分子を含むトランスジーンを好ましくは安定に形質転換し、宿主細胞の
ゲノムに統合させる。他の好ましい態様において、本発明のDNA分子を含むトラ
ンスジーンを自己複製ベクター上に位置させる。自己複製ベクターの例はウイル
ス、特にジェミニウイルスである。形質転換細胞を好ましくは全植物に再生する
。本発明に従って形質転換する植物は、単子葉植物および双子葉植物であり得、
メイズ、小麦、大麦、ライ麦、甘藷、インゲンマメ、エンドウマメ、チコリ、レ
タス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、カブラ、ラディッシュ、ホウレ
ンソウ、アスパラガス、タマネギ、ニンニク、コショウ、セロリ、スカッシュ、
パンプキン、アサ、ズッキーニ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メロン、プラム、サ
クランボ、モモ、ネクタリン、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラズベリー、ブ
ラックベリー、パイナップル、アボガド、パパイヤ、マンゴー、バナナ、ダイズ
、トマト、ソルガム、サトウキビ、サトウダイコン、ヒマワリ、ナタネ、クロー
バー、タバコ、ニンジン、ワタ、アルファルファ、コメ、ジャガイモ、ナス、キ
ュウリ、アラビドプシス、および針葉樹および落葉樹のような樹木植物を含むが
、これらに限定されない。望むヌクレオチド配列が特定の植物種に形質転換され
たら、伝統的育種法を使用して、その種中で増殖させ得るか、または、特に商業
品種を含む同じ種の他の変種に移動し得る。
発現可能な適当なプロモーターの後ろに、発現カセットに集める。発現カセット
はまた更にトランスジーンの発現に必要なまたは選ばれた更なる配列を含み得る
。このような配列は、例えば、転写ターミネーター、イントロンのような発現を
促進するための外来配列、核心配列(vital sequences)、および遺伝子産物の特
異的細胞小器官および細胞区画への標的を意図した配列を含むが、これらに限定
されない。これらの発現カセットを、次いで、植物形質転換ベクターに下記のよ
うに容易に移入する。以下は典型的発現カセットの種々の成分の記載である。
トランスジーンの空間的および時間的発現パターンを決める。選択したプロモー
ターは、トランスジーンを特異的細胞タイプ(葉表皮細胞、葉肉細胞、根皮層細
胞など)または特異的組織または器官(例えば、根、葉または花)で発現させ、選
択は遺伝子産物の蓄積の望ましい位置を反映する。あるいは、選択したプロモー
ターは、種々の誘導条件下で遺伝子の発現を駆動する。プロモーターは強度、即
ち、転写を促進する能力を変える。使用する宿主系に依存して、当分野で既知の
多くの適当なプロモーターの任意の一つを使用する。例えば、構造的発現のため
に、CaMV 35Sプロモーター、コメアクチンプロモーター、またはユビキチンプロ
モーターを使用する。例えば、調節可能発現のために、タバコまたはアラビドプ
シス由来の化学誘導性PR−1プロモーターを使用する(例えば、米国特許第5,6
89,044号参照)。
ロモーターが、傷部位で発現されると記載されている。この種の好ましいプロモ
ーターは、Stanford et al. Mol. Gen. Genet. 215:200-208 (1989), Xu et al.
Plant Molec. Biol. 22:573-588 (1993), Logemann et al. Plant Cell 1:151-
158 (1989), Rohrmeier & Lehle, Plant Molec. Biol. 22:783-792 (1993), Fir
ek et al. Plant Molec. Biol. 22:129-142 (1993)およびWarner et al. Plant
J. 3:191-201 (1993)に記載のものを含む。
び花特異的を含む。緑色組織での発現に適したプロモーターは、光合成に関与す
る遺伝子を調節する多くのものを含み、こららの多くは単子葉植物および双子葉
植物の両方からクローン化されている。好ましいプロモーターはホスホエノール
カルボキシラーゼ遺伝子由来のメイズPEPCプロモーターである(Hudspeth & Grul
a, Plant Molec. Biol. 12:579-589 (1989))。根特異的発現に好ましいプロモー
ターは、de Framond(FEBS 290:103-106 (1991) ; EP 0452 269)により記載のも
の、および更に好ましい根特異的プロモーターは、本発明により提供されるT−
1遺伝子由来のものである。好ましい幹特異的プロモーターは米国特許第5,6
25,136号に記載のものおよびメイズtrpA遺伝子の発現を駆動するものであ
る。
スジェニック植物である。更に好ましい態様は、傷誘導性または病原体感染誘導
性様式でヌクレオチド配列を発現するトランスジェニック植物である。
はトランスジーンを超えた転写の停止およびその正確なポリアデニル化を担う。
適当な転写ターミネーターは、植物中で機能することが既知のものであり、CaMV
35Sターミネーター、tmlターミネーター、ノパリンシンターゼターミネーター
およびエンドウマメrbcS E9ターミネーターを含む。これらは単子葉植物および
双子葉植物の両方で使用する。
物内のその発現を増加するために、本発明の遺伝子と組合わせて使用できること
が判明している。例えば、メイズAdhI遺伝子のイントロンのような種々のイント
ロン配列が、特に単子葉植物細胞内で発現を促進することが示されている。加え
て、ウイルス由来の多くの非翻訳リーダー配列がまた発現を促進することが既知
であり、これらは双子葉植物細胞で特に有用である。
列を変えることにより、遺伝子操作し得る。特定の作物種における最適発現を達
成するためのコード配列の修飾法は、既知である(例えば、Perlak et al., Proc
. Natl. Acad. Sci. USA 88:3324 (1991);およびKoziel et al., Bio/technol.
11:194 (1993))。
転換する。プラスチド形質転換法は、米国特許第5,451,513号および第5
,545,818号、PCT出願番号WO95/16783およびMcBride et al. (1994) Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 91, 7301-7305に詳述されている。葉緑体形質転換の方
法は、選択可能マーカーにフランキングなクローン化プラスチドDNAの領域に、
適当な標的組織への目的の遺伝子と一緒の、例えば、バイオリスティクス(bioli
stics)またはプロトプラスト形質転換(例えば、塩化カルシウムまたはPEG介在形
質転換)を使用した挿入を含む。1から1.5kbフランキング領域、期間標的配列
はプラスチドゲノムとの相同組換えを促進し、従ってプラストーム(plastome)の
特異的領域の置換または修飾を可能にする。最初に、スペクチノマイシンおよび
/またはストレプトマイシンに対する耐性を付与する葉緑体16S rRNAおよびrps
12遺伝子における点変異を形質転換の選択可能マーカーとして使用する(Svab,
Z., Hajdukiewicz, P., and Maliga, P. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA
87, 8526-8530; Staub, J. M. and Maliga, P. (1992) Plant Cell 4, 39-45)。
これらのマーカーの間のクローニング部位の存在は、外来DNA分子の挿入のため
のプラスチド標的ベクターの製造を可能にする(Staub, J.M., and Maliga, P. (
1993) EMBO J. 12, 601-606)。形質転換頻度の実質的な増加は、劣性形質rRNAま
たはr−タンパク質抗生物質耐性遺伝子の優勢選択可能マーカーであるスペクチ
ノマイシン無毒化酵素アミノグリコシド−3'−アデニルトランスフェラーゼを
コードする細菌aadA遺伝子での置換により得られる(Svab, Z., and Maliga, P.
(1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 913-917)。先に、このマーカーは緑藻
Chlamydomonas reinhardtiiのプラスチドゲノムの高頻度形質転換の十分使用さ
れている(Goldschmidt-Clermont, M. (1991) Nucl. Acids Res. 19:4083-4089)
。プラスチド形質転換に有用な他の選択可能マーカーは、当分野で既知であり、
本発明の範囲内に包含される。
るプラスチド発現が、各植物細胞に存在する。好ましい態様において、本発明の
DNAはプラスチド標的ベクターに挿入し、望ましい植物宿主のプラスチドゲノム
に形質転換する。本発明のDNA分子を含むプラスチドゲノムにホモプラスミック(
homoplasmic)な植物が得られ、DNA分子の高発現が優先的に可能である。好まし
くは、DNA分子によりコードされるセンスおよびアンチセンスRNAフラグメントは
、植物プラスチド内で対形成でき、二本鎖RNA分子を形成でき、プラスチド遺伝
子の発現を変える。好ましい態様において、センスおよびアンチセンスフラグメ
ントは相補的領域にミスマッチを含まない。他の好ましい態様において、センス
およびアンチセンスフラグメントは少なくとも一つのミスマッチを相補的領域に
含む。この場合、RNAフラグメントをコードするDNA分子中のRNA配列は互いに組
換えできない。
者に既知であり、本発明に適当な遺伝子は任意のこのようなベクターと関連して
使用できる。ベクターの選択は好ましい形質転換法および形質転換の標的種に依
存する。ある標的種に関しては、種々の抗生物質または除草剤選択マーカーが好
ましい。形質転換で慣用的に使用される選択マーカーは、カナマイシンおよび関
連抗生物質に耐性を付与するnptII遺伝子(Messing & Vierra. Gene 19:259-268
(1982); Bevan et al., Nature 304:184-187 (1983))、除草剤ホスホイノスリシ
ンに耐性を付与するbar遺伝子(White et all., Nucl. Acids Res 18: 1062 (199
0), Spencer et al. Theor. Appl. Genet 79:625-631 (1990))、抗生物質ヒグロ
マイシンに耐性を付与するhph遺伝子(Blochinger & Diggelmann, Mol Cell Biol
4:2929-2931)、マンノース存在下での陽性選択を可能にするmamA遺伝子(Miles
and Guest (1984) Gene, 32:41-48; 米国特許第5,767,378号)およびメト
トレキサートに耐性を付与するdhfr遺伝子(Bourouis et al., EMBO J. 2(7): 10
99-1104 (1983))、およびグリフォサートに耐性を付与するEPSPS遺伝子(米国特
許第4,949,935号および第5,188,642号)を含む。
である。これらは典型的に少なくとも一つのT−DNAボーダー配列を担持し、pBIN
19のようなベクターを含む(Bevan, Nucl. Acids Res. (1984))。Agrobacterium
形質転換に適した典型的なベクターはバイナリーベクターpCIB200およびpCIB200
1、ならびにバイナリーベクターpCIB10およびそのヒグロマイシン選択誘導体を
含む(例えば、米国特許第5,639,949号参照)。
におけるT−DNA配列に関する条件を回避し、結果として、これらの配列を欠くベ
クターがT−DNA配列を含む上記のようなベクターに加えて利用される。Agrobact
eriumに頼らない形質転換法は、微粒子銃、プロトプラスト取り込み(例えば、PE
Gおよびエレクトロポレーション)およびマイクロインジェクションを含む。ベク
ターの選択は、形質転換する種の好ましい選択に大きく依存する。非Agrobacter
ium形質転換に適した典型的ベクターは、pCIB3064、pSOG19およびpSOG35を含む(
例えば、米国特許第5,639,949号参照)。
する。植物の形質転換および再生法は当分野で既知である。例えば、Tiプラスミ
ドベクターを外来DNAの輸送、および直接DNA取りこみ、リポソーム、エレクトロ
ポレーション、マイクロインジェクションおよび微粒子銃に利用する。加えて、
Agrobacterium属由来の細菌を利用して植物細胞を形質転換できる。
法およびAgrobacteriumを必要としない方法を含む。非Agrobacterium法はプロト
プラストまたは細胞による外来遺伝物質の直接の取り込みを含む。これはPEGま
たはエレクトロポレーション介在取り込み、微粒子銃介在送達、またはマイクロ
インジェクションにより達成される。いずれの場合も、形質転換細胞は、当分野
で既知の標準法を使用して全植物に再生される。殆どの単子葉植物種の形質転換
は現在また日常の仕事になっている。好ましい方法は、PEGまたはエレクトロポ
レーション法を使用したプロトプラストへの直接遺伝子移入、カルス組織への微
粒子銃、ならびにAgrobacterium介在形質転換を含む
せ、望ましい性質の子孫を作り、望ましい性質の種子を得る。
の目的でのみ提供し、特記しない限り限定するものと意図しない。
であり、Sambrook, et al., Molecular Cloning, 編, Cold Spring Harbor Labo
ratory Press, Cold Spring Harbor, NY(1989)およびT.J. Silhavy, M.L. Berma
n and L.W. Enquist, Experiments with Gene Fusions, Cold Spring Harbor La
boratory, Cold Spring Harbor, NY(1984)およびAusubel, F.M. et al., Curren
t Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley-Int
erscience (1987)出版により記載されている。
NA分子の構築(センス/アンチセンス構築) プラスミドpLuc+(Promega)由来のホタルルシフェラーゼ遺伝子の738bp“セ
ンス”配向フラグメントを、オリゴヌクレオチドプライマーds LuC1(5'-CGC GGA
TCC TGG AAG ACG CCA AAA ACA-3'、配列番号1;BamHI制限部位下線)およびds
Luc2(5'-CGG AAG CTT AGG CTC GCC TAA TCG CAG TAT CCG GAA TG-3'、配列番号
2;HindIII制限部位下線)を使用して、pPH108プラスミドDNAから増幅する。Trb
oPfu熱安定制DNAポリメラーゼ(Stratagene)を、製造者のプロトコールに従って
、50μl反応物中、95℃/1分、55℃/1.5分、72℃/2分の5サイク
ル、続いて95℃/1分、72℃/3.5分の25サイクルで使用する。同様の
方法で、プラスミドpLuc+由来のホタルルシフェラーゼ遺伝子の737bp“アン
チセンス”配向フラグメントを、オリゴヌクレオチドプライマーds Luc3(5'-CGG
TCT AGA GGA AGA CGC CAA AAA CAT A-3'、配列番号3;XbaI制限部位下線)およ
びds Luc2(5'-CGG AAG CTT AGG CTC GCC TAA TCG CAG TAT CCG GAA TG-3'、配列
番号4;HindIII制限部位下線)を使用して、pPH108プラスミドDNAから増幅する
。得られるDNAフラグメントを、低融点アガロース(FMC)から製造した1%トリス
−酢酸ゲルを通した電気泳動、続くPCR産物を含む摘出ゲル切片のフェノール−
クロロホルム抽出により精製する。センス生産物(ds LuC1/2)をBamHIおよびHind
IIIで消化し、アンチセンス生産物由来のDNA(ds Luc3/2)をXbaIおよびHindIIIで
標準法に従って消化する(制限酵素はNew England Biolabsから得た)。得られる
粘着末端DNAフラグメントを上記のようにゲル精製する。mas 1'プロモーター(Va
lten et al. (1984) EMBO J. 3:2723-2730)を含むDNAフラグメントを、プラスミ
ドCSA104をEcoRIおよびHincIIで消化し、564bp DNAフラグメントを精製する
ことにより得る。このフラグメントをBamHIで再消化し、mas 1'プロモーターを
含む484bp EcoRI−BamHIサブフラグメントを単離し、ゲル精製する。プラス
ミドpPH169を構築するために、クローニングベクターpLitmus29(New England Bi
olabs)からのDNAをEcoRIおよびXbaIで消化し、単離フラグメントをT4 DNAリガ
ーゼ(New England Biolabs)を使用して、4方向反応でmas 1'プロモーターEcoRI
−BamHIフラグメントおよびセンス(BamHI−HindIII)およびアンチセンス(HindII
I−XbaI)ds Lucルシフェラーゼ遺伝子フラグメントにライゲートする。
換のために、バイナリーベクターpPH170を構築するために、細菌選択のためのカ
ナマイシン耐性遺伝子およびトランスジェニック植物選択のためのヒグロマイシ
ン耐性遺伝子を担持するバイナリープラスミドpSGCHC1をEcoRIおよびXbaIで消化
する。得られるpSGCHC1からの11.6kb単離フラグメントをT4 DNAリガーゼ(Ne
w England Biolabs)を使用して、4方向反応でmas 1'プロモーターEcoRI−BamHI
フラグメントおよびセンス(BamHI−HindIII)およびアンチセンス(HindIII−XbaI
)ds Lucルシフェラーゼ遺伝子フラグメントにライゲートする。
ョンにより挿入し、形質転換コロニーを選択し、増幅する。構造的に(UBQプロモ
ーター(Norris et al. (1993) PMB 21:895-906)/UBQ + CaMV 35S 5' UTR/luc+
; pPH108)または誘導性に(Arabidopsis PR-1プロモーター/luc;pPH135、ライン
6E)発現するArabidopsis thaliana変異系の4から5週齢植物を、pPH170バイナ
リーT−DNAベクターを他にするAgrobacteriumクローンで真空浸潤する。形質転
換植物をヒグロマイシンおよびカナマイシンで共選択し、ルシフェラーゼ活性測
定のために制御されたファイトトロン条件下で生育させる。加えて、pPH135-6E
バックグラウンドのルシフェラーゼ活性をBTH(BTH処理は本質的にLawton et al.
Plant J. 10: 71-82に記載の通り)導入後48時間に評価する。ルシフェラーゼ
活性は、ルシフェリン基質添加後の組織抽出物における蛍光ベースアッセイを使
用して定量する。ルシフェラーゼ活性はまた植物内でCCD−冷却ビデオ造影シス
テムを使用してまた追跡する(Hamamatsu)。
る(Oppenheimer et al. (1991) Cell 67: 483-493)。発育初期でのGL1発現のノ
ックアウトは、突起様構造を欠く植物をもたらす。ノックアウト表現型は、若い
苗木で容易に同定され、致死ではない。培養発現のための3つのベクターおよび
GAL4/C1−調節発現のための3つのベクターを構築する。各プロモーターの試験
のための3つの異なるベクターは、GL1遺伝子フラグメントのセンス(+)発現、
アンチセンス(−)発現ならびにセンスおよびアンチセンス(+/−)RNA発現であ
る。(+)および(−)ベクターは、GL1の発現への効果を比較するためにコントロ
ールする。各場合において、GL1配列の塩基#739から#1781までの5'フ
ラグメント(GenBank Accession M79448)をベクター構築に使用する。
ラグメントとしてクローン化する。プラスミドpJG304はpBSSK+由来である。プラ
スミドpBS SK+(Stratagene, LaJolla, CA)をSacIで直線化し、ヤエナリヌクレ
アーゼで処理してSacI部位を除去し、T4リガーゼで再ライゲートしてpJG201を作
る。10XGAL4コンセンサス結合部位/CaMV 35S最小プロモーター/GUS遺伝子/Ca
MVターミネーターカセットをpAT71からKpnIで除去し、pJG201のKpnI部位にクロ
ーン化し、pJG304を作る。プラスミドpJG304を制限エンドヌクレアーゼAsp718で
部分的に消化し、完全長直鎖状フラグメントを単離する。フラグメントを22塩
基オリゴヌクレオチドJG-L(5'-GTA CCT CGA G TC TAG ACT CGA G-3'、配列番号
5)のモル過剰とライゲートする。制限分析を使用して、このリンカーがGAL4 D
NA結合部位の5'に挿入されたクローンを同定し、このプラスミドをpJG304DXhoI
と名付ける。
合成することにより、(+)および(−)フラグメントの末端に添加する。(+/−)
GL1フラグメントを、最初に二つのフラグメントを作ることにより作る:5'末端
にNcoI部位および3'末端にHindIII部位を有する(+)フラグメント、および5'
末端にHindIII部位および3'末端にSacI部位を有する(−)フラグメント。(+/
−)ユニットを、得られるフラグメントをEcoRI部位でライゲートすることにより
産生する。発現ユニットはGAL4 DNA結合ドメイン、続いて最小TATA配列、およ
び(+)、(−)または(+/−)のいずれかに配向するGL1遺伝子フラグメントを含
む(Guyer et al. (1998) Genetics, 149:633-639)。
ンダーゼのmas 1'プロモーター(Velten et al. (1984) EMBO Journal 3:2723-27
30)を使用する。上記のように、GL1(+)、(−)、および(+/−)フラグメントを
pBluescript中の1'プロモーターの後ろにライゲートする。3つの異なる発現カ
セットをpCIB200にEcoRI/SalIフラグメントとしてライゲートする(Uknes et al
. (1993) Plant Cell 5:159-169)。
階を行うタンパク質をコードする。CBLはシスタチオニンからホモシステインへ
の変換を触媒する(Ravanel et al. (1998) Proc. Natl. Acad, Sci, USA 95:780
5-7812にレビュー)。Arabidopsis CBL遺伝子のcDNAは同定されている(Ravanel e
t al. (1995) Plant Mol. Biol. 29:875-772)。植物内のその発現の調節の効果
を、RNA発現(センス構築物)、アンチセンスRNA発現(アンチセンス構築物)ならび
にセンスおよびアンチセンスRNA発現(センス/アンチセンス構築物)の構築物を
使用して試験する。
JG304DXhoIベクター由来のバイナリーBASTAベクターpLG261を使用する。 pJG304/aCBL:プラスミドpJG304DXhoIをNcoIおよびSacIで消化し、GUS遺伝子を
切除する。pJG304DXhoI由来のGUSをまたNcoIおよびSacIで消化したCBL PCR生産
物で置き換える。この生産物を、プライマーDG354(5'-GAT CGA GCT CCA CGA GAA
CTG TCT CCG-3';配列番号6)およびDG357(5'-TCA GCC ATG GGA AGA CAA GTA C
AT TGC-3';配列番号7)ならびにpFL61 Arabidopsis cDNAライブラリー(Minet e
t al. (1992) Plant J. 2:417-422)を鋳型として使用して作る。プラスミドpJG3
04/aCBLを、CBL PCR産物にライゲートしたpJG304DXhoI消化ベクターから構築
する。 pJG261/aCBL:pJG304/aCBLをXhoIで切断し、GAL4 DNA結合部位/35S最小プロ
モーター/アンチセンスCBL/CaMVターミネーター融合を含むカセットを切除す
る。このカセットをXhoI消化pJG261にライゲートし(Guyer, et al, Genetics (1
998), 149:633-639)、pJG261/aCBLを作る。
物と同じである。この構築物はATG開始コドンおよび殆どのCBL ORFを含み、CBL
遺伝子の発現の調節のコントロールとして働く。 pJG304/sCBL:プラスミドpJG304DXhoIをNcoIおよびSacIで消化し、GUS遺伝子を
切除する。pJG304DXhoI由来のGUS遺伝子をまたNcoIおよびSacIで消化したCBL P
CR生産物で置き換える。この生産物をプライマーCBL1(5'-CTT GCC ATG GCA CGA
GAA CTG TCT CCG-3';配列番号8)およびCBL2(5'-CAT GGA GCT CGA AGA CAA GT
A CAT TGC A-3';配列番号9)ならびにpFL61 Arabidopsis cDNAライブラリーを
鋳型として使用して作る。プラスミドpJG304/sCBLを、CBL PCR生産物にライゲ
ートしたpJG304DXhoI消化ベクターから構築する。 pJG261/sCBL:pJG304/sCBLをXhoIで切断し、GAL4 DNA結合部位/35S最小プロ
モーター/センスCBL/CaMVターミネーター融合を含むカセットを切除する。こ
のカセットをXhoI消化pJG261にライゲートし、pJG261/sCBLを作る。
を、CBL遺伝子のアンチセンス配向版の下流のベクターpJG304DXhoIのSalI部位に
挿入する。約10bpのリンカーが二つのコピーのCBLの間に存在する。 pJG304/dsCBL:プラスミドpJG304/aCBLをSacIで消化する。またSacIで消化し
たCBL PCR生産物を、挿入CBL遺伝子がセンス配向で挿入されるように挿入する
。この生産物はCBL2(5'-CAT GGA GCT CGA AGA CAA GTA CAT TGC A-3';配列番号
9)およびCBL3(5'-CAT CGA GCT CCT CTG TTT AAA CCA CGA GAA CTG TCT CCG TCG
C-3';配列番号10)ならびにpFL61 Arabidopsis cDNAライブラリーを鋳型とし
て使用して作る。挿入DNAの所望の配向のプラスミド構築物を、HindIIIでの消化
により同定する。プラスミドpJG304/dsCBLを、CBL PCR生産物にライゲートし
たpJG304/aCBL消化ベクターから構築する。SURE2(Stratagene, LaJolla, CA)
を、構築物を安定化するために細菌宿主として使用する。 pJG261/dsCBL:pJG304/dsCBLをXhoIで切断し、GAL4 DNA結合部位/35S最小プ
ロモーター/アンチセンスCBL/センスCBL/CaMVターミネーター融合を含むカセ
ットを切除する。このカセットをSpeI消化pJG261にライゲートし、pJG261/dsCB
Lを作る。XL1−BLUEMRF'(Stratagene, LaJolla, CA)を細菌宿主として使用し、
構築物を部分的に安定化する。
1(Lazo et al. (1991) Bio/Technology 9:963-967)に電子形質転換(electro-tra
nsformation)し、Arabidopsis植物(Ecotype Colimbia)を浸潤により形質転換す
る(Bechtold et al., (1993) C. R. Acad. Sci. Paris, 316:1188-1193)。浸潤
植物由来の種子を、15mg/リットルのBastaを含む発芽培地(4.3g/リットル
のMurashige-Skoog塩、0.5g/リットルのMes、1%スクロース、10μg/リ
ットルのチアミン、5μg/リットルのピリドキシン、5μg/リットルのニコチ
ン酸、1mg/リットルのミオイノシトール、pH5.8)で選択する。
使用したCBLの阻害の比較 GAL4結合部位/最小CaMV 35Sプロモーター/CBL構築物を含むトランスジェニ
ック植物を土壌に移植し、温室で成熟するまで生育させる。各系におけるトラン
スジェニックCBLフラグメントの存在をPCRで確認する。アンチセンス構築物の試
験のためにプライマーASV1(5'-TTT GGA GAG GAC AGA CCT GC-3';配列番号11)
およびCBL3(5'-CAT CGA GCT CCT CTG TTT AAA CCA CGA GAA CTG TCT CCG TCG C-
3';配列番号10)を使用して、約1200pb生産物の存在を確認する。6個の
アンチセンス構築物を有するトランスジェニック系を同定する。センス構築物を
試験するために、プライマーASV2(5'-GGA TTT TGG TTT TAG GAA TTA GAA-3';配
列番号12)およびCBL3(5'-CAT CGA GCT CCT CTG TTT AAA CCA CGA GAA CTG TCT
CCG TCG C-3';配列番号10)を使用して、約1200pb生産物の存在を確認す
る。13個のセンス構築物を有するトランスジェニック系を同定する。センス/
アンチセンス構築物を試験するために、プライマーASV2(5'-GGA TTT TGG TTT TA
G GAA TTA GAA-3';配列番号12)およびCBL3(5'-CAT CGA GCT CCT CTG TTT AAA
CCA CGA GAA CTG TCT CCG TCG C-3';配列番号10)を使用して、約1200pb
生産物の存在を確認する。加えて、センス/アンチセンス構築物を試験するため
に、プライマーASV1(5'-TTT GGA GAG GAC AGA CCT GC-3';配列番号11)および
CBL3(5'-CAT CGA GCT CCT CTG TTT AAA CCA CGA GAA CTG TCT CCG TCG C-3';配
列番号10)を使用して、約1200pb生産物の存在を確認する。センス/アン
チセンス構築物を有する11個のトランスジェニック系を同定する。
53-103の花粉と交配する(Guyer et al., Genetics (1998) 149:633-649)。F1種
子をMS+2%スクロース培地(4.3g/リットルのMurashige-Skoog塩、0.5g/
リットルのMes、2%スクロース)に蒔く。アンチセンス構築物を含む系は、全て
プレート上のF1子孫に関して異常な表現型を示さない。センス構築物を示す13
個の系のうち2個は、各プレートで約半分のF1子孫に関して弱い表現型を示す。
センス構築物を含む13個の系のうち残りの11個は、プレート上のF1子孫に関
して異常表現型を示さない。センス/アンチセンス構築物を含む11個の系のう
ち10個は、各プレートで約半分のF1子孫に関して弱いから強い範囲の表現型を
示す。強い表現型を示す植物は生存せず、プレート上で14日後に、紫色の着色
が増加し、緑色色素を失い、葉の形成ができない。弱い表現型の植物は、プレー
ト上で14日後に幾分かの紫色の着色を有し、正常より薄い緑色であり、小さい
葉を形成する。このように、センス/アンチセンス構築物は、アンチセンスまた
はセンス構築物のいずれかよりも内因性必須遺伝子の活性の減少に有効である。
、他方はアンチセンスの転写を引き起こす −− の間に置く。この試みにおい
て、両方のセンスおよびアンチセンスRNAが植物細胞内で作られ、二つのタイプ
の鎖が互いにハイブリダイズでき、二本鎖RNA分子の形成を導く。ACTIN2をCBL遺
伝子の両方の側にフランキングなプロモーターとして使用する。全てのこれらの
試みに関して、プロモーターの遠位側に転写ターミネーターを使用するか使用し
ない選択がある。転写ターミネーターを使用する場合、転写は一つのプロモータ
ーの3'末端で開始し、一つの配向でCBL遺伝子を通って進み、第2プロモーター
を3'末端から5'末端に通って進み、第2プロモーターの5'末端の転写ターミ
ネーターで停止する。転写ターミネーターは転写されたRNAの安定化に働き得る
。
NA分子の構築(センス/アンチセンス構築物) プラスミドpLuc+(PromegaベクターpGL3、Genbank Accession # U47295)からの
ホタルルシフェラーゼ遺伝子の670bp“センス”配向フラグメントをpPH108プ
ラスミドDNAから、オリゴヌクレオチドプライマーds Luc1(5'-CGC GGA TCC AAG
ATT CAA AGT GCG CTG CTG-3'、配列番号13;BamHI制限部位下線)およびds Luc
2(5'-GCG AAG CTT GGC GAC GTA ATC CAC GAT CTC-3'、配列番号14;HindIII制
限部位下線)を使用して増幅する。TurboPfu熱安定性DNAポリメラーゼ(Stratagen
e)を、製造者のプロトコールに従って、50μl反応物中、95℃/1分、55
℃/1.5分、72℃/2分の5サイクル、続いて95℃/1分、72℃/3.5
分の25サイクルで使用する。同様の方法で、プラスミドpLuc+由来のホタルル
シフェラーゼ遺伝子の737bp“アンチセンス”配向フラグメントを、pPH108プ
ラスミドDNAから、オリゴヌクレオチドプライマーds Luc3(5'-CGG TCT AGA AAG
ATT CAA AGT GCG CTG CTG-3'、配列番号15;XbaI制限部位下線)およびds Luc2
(5'-GCG AAG CTT GGC GAC GTA ATC CAC GAT CTC-3'、配列番号16;HindIII制
限部位下線)を使用して増幅する。得られるDNAフラグメントを、低融点アガロー
ス(FMC)から製造した1%トリス−酢酸ゲルを通した電気泳動、続くPCR産物を含
む摘出ゲル切片のフェノール−クロロホルム抽出により精製する。センス生産物
(ds LuC1/2)をBamHIおよびHindIIIで消化し、アンチセンス生産物由来のDNA(ds
Luc3/2)をXbaIおよびHindIIIで標準法に従って消化する(制限酵素はNew England
Biolabsから得た)。得られる粘着末端DNAフラグメントを上記のようにゲル精製
する。センスBamHI−HindIIIフラグメントおよびアンチセンスHindIII−XbaIフ
ラグメントを、次いで3方向ライゲーションで、BamHIおよびXbaITheで消化させ
たクローニングベクターpLitmus28(New England Biolabs)にクローン化し、得ら
れる構築物をpAdF3と名付ける。bar遺伝子のオープン・リーディング・フレーム
(D'Halluin et al. (1992) Methods in Enzymology 216:415-426)を含む563b
p DNAフラグメントを、プラスミドCSA104 DNAから、オリゴヌクレオチドbar-1(
5'-GCG AAG CTT GAT CCA TGA GCC CAG AAC GA-3'、配列番号17;HindIII制限
部位太字)およびbar-2(5'-GCC AAG CTT CCT AGA ACG CGT GAT CTC-3'、配列番号
18;HindIII制限部位太字)を使用して増幅する。Pfu熱安定性DNAポリメラーゼ
(Stratagene)を、製造者のプロトコールに従って、100μl反応物中、94℃
/1分、55℃/1分、72℃/1分の25サイクルで使用する。フェノール抽
出およびエタノール沈殿の精製に続き、bar PCR生産物を、上記のようにHindIII
で消化し、2%アガロースゲルを通してゲル精製する。プラスミドpAdF1をHindI
II bar DNAフラグメントの、HindIIIで消化されているプラスミドpAdF3へのライ
ゲーションにより構築する。この非指向性クローニングの2つの可能性のある構
築物のうち、pAdF1はbar遺伝子への配向により特徴付けられ、これはpAdF3に存
在するルシフェラーゼ遺伝子の“センス”と同じである。Arabidopsis ACT2プロ
モーター(An et al., (1996) Plant J. 10:107-121)を含むBamHI-SalI 1.2kb
DNAフラグメントを、pNOV1416(Scott Rabe; NB171 p.122; 8-17-98により作ら
れた構築物)から切断し、BamHIおよびSalIで消化したpUB21にクローン化して、
構築物pAct2を産生する。ACT2プロモーターを次いで、BamHIおよびSpeIでの消化
によりpAct2から切断する。
換のためのバイナリーベクターpAdF4を構築するために、細菌選択のためにカナ
マイシン耐性遺伝子を担持し、植物選択のためにヒグロマイシン耐性遺伝子を担
持するバイナリープラスミドpSGCHC1を、SpeIおよびSacIで消化する。pSGCHC1か
ら得られる11.6kb単離フラグメントをを3方向反応で、T4 DNAリガーゼ(New
England Biolabs)を使用して、センスおよびアンチセンスルシフェラーゼ遺伝子
フラグメントの両方を含むpAdF3由来のAct2プロモーターBamHI-SpeIフラグメン
トおよびBamHI-SacIフラグメントにライゲートする。同様に、上記のようにSpeI
およびSacIで消化させた11.6kb pSGCHC1ベクター、Act2プロモーターを担持
するSpeI-BamHIフラグメントおよび、bar遺伝子を囲むセンスおよびアンチセン
スルシフェラーゼフラグメントを含むpAdF1由来のBamHI-SacIフラグメントを含
むバイナリーベクターpAdF2を3方向ライゲーションで構築した。
トロポレーションにより挿入し、形質転換コロニーを選択および増幅する。ルシ
フェラーゼを構造的(UBQ3プロモーター(Norris et al. (1993) PMB 21:895-906)
/UBQ3+CaMV 35S 5' UTR/luc+;pPH108)または誘導的(Arabidopsis PR-1プロ
モーター/luc+;pCIB200、系6E)に発現するArabidopsis thaliana変異系の4
から5週齢植物を、pAdF2またはpAdF4バイナリーT-DNAベクターを担持するAgrob
acteriumクローンで真空浸潤する。形質転換植物をヒグロマイシンおよびカナマ
イシンで共選択し、ルシフェラーゼ活性を測定するために制御されたファイトト
ロン条件下で生育させる。加えて、pCIB200-6Eバックグラウンドにおけるルシフ
ェラーゼ活性を、BTH(本質的に、Lawton et al. (1996) Plant J. 10:71-82に記
載のようなBTH処理)導入48時間後に評価する。ルシフェラーゼ活性を、ルシフ
ェリン基質の添加に続く組織抽出物中のルミネッセンスベースアッセイを使用し
て定量する。スリフェラーゼ活性をまた植物内でCCD−冷却ビデオ造影システム
を使用してまた追跡する(Hamamatsu)。pPH108中のルシフェラーゼ遺伝子はpGL3(
Promega, Genbank Accession # U47295)由来である;そしてpCIB200-6E中のルシ
フェラーゼ遺伝子はpGL2(Promega, Genbank Accession # X65323)由来である。
号E1501)。葉パンチを0.1M KPO4 pH7.8緩衝液中で4℃で挽き、短く回転
沈下させる。上清の一定量をルシフェラーゼアッセイ試薬と混合し、ルシフェラ
ーゼ活性をMonolight 2010ルミノメーターで定量する(Becton Dickinson Microb
iology System)。センス/アンチセンス構築物pAdF2およびpAdF4で形質転換した
pPH108植物の分析の結果を表1に、およびセンス/アンチセンス構築物pAdF4で
形質転換したpCIB200-6E植物の結果を表2に示す。
ルを決定する。この系は同型接合ではなく、従ってルシフェラーゼの最大レベル
を示す個々の植物(即ち、植物1、2および3)が同型接合であり得る。pPH108バ
ックグラウンドでpAdF2構築物を含むダブルトランスジェニック植物pPH108(pAdF
2)、またはpPH108バックグラウンドでpAdF4構築物を含むpPH108(pAdF4)の独立し
たT1系を分析する。ルシフェラーゼレベルは、恐らくセンス/アンチセンス構築
物の発現レベルの範囲のために、系毎に異なる。独立したT1事象、pAdF2(Columb
ia(pAdF2))またはpAdF4(Columbia(pAdF4))で形質転換した野生型Arabidopsis Co
lumbia植物をまたコントロールとして分析する。
ト 親系pCIB200-6E由来の苗木を生育させ、独立したT1ダブルトランスジェニック
系pCIB200-6E(pAdF4)と同様にサンプルにする。独立したT1事象、pAdF4で形質転
換した野生型Arabidopsis Columbia植物をまたコントロールとして分析する。
部位特異的組換え系を使用して産生する。部位特異的組換えは、DNA開裂および
酵素リコンビナーゼにより介在される再ライゲーションの工程である。レコンビ
ナーゼは非常に特異的DNA配列を認識する。ある部位特異的組換え系はその標的
部位に作用するのに一つだけタンパク質を使用する。Cre/lox、FLP/FRT、R/RSお
よびGin/gixのような数個の部位特異的組換え系が、植物内での部位特異的組換
え系を介在することが既知である(Ow and Medberry, 1995, Critical Reviews i
n Plant Sciences 14:239-261)。組換え基質におけるリコンビナーゼ認識部位の
配置に依存して、組換え工程はDNAは配列の欠失、逆転または統合をもたらす。
この種の一つの特定の反応、即ち逆転が本発明に関連する。二つのリコンビナー
ゼ認識部位を、逆の配向で望ましい遺伝子発現カセットに置く。第1認識部位は
、トランスジーンコード配列の非翻訳リーダー中または5'−遠位領域の中側に
、プロモーターの下流に置く。第2部位は第1部位と逆の配向で、トランスジー
ンコード配列の3'非翻訳領域中または3'−遠位領域の中側に置く。望ましいDN
A配列のコードまたは非コード領域はプロモーターと操作可能に結合する。リコ
ンビナーゼの存在下、逆の配向で二つの認識部位に側面を接する配列が逆転する
。組換え過程の結果として、望ましい遺伝子のコードまたは非コード鎖の両方が
プロモーターに操作可能に結合し、センスおよびアンチセンス転写が同じ染色体
環境において同じ遺伝子座からから産生され、dsRNA分子の形成が可能である。
おける異常表現型をもたらすことができる(Que et al., 1998, Plant J. 13:401
-409)。好ましくは、リコンビナーゼの発現は誘導性プロモーターの制御下であ
る。本発明の一つの態様において、リコンビナーゼ発現カセットを、逆の配向で
二つのリコンビナーゼ認識部位に側面を接する望ましいトランスジーン配列の導
入に使用する同じ形質転換ベクターに置く。本発明の他の態様において、リコン
ビナーゼ認識部位に側面を接するトランスジーンを含むトランスジェニック植物
をリコンビナーゼを発現する系と交配するか、リコンビナーゼ発現ベクターで再
形質転換する。本発明の他の態様において、誘導性リコンビナーゼ発現カセット
を含む組換えRNAまたはDNAウイルスを、望ましいトランスジーン構築物を含む植
物の感染に使用する。組換えウイルスは好ましくは異常表現型をもたらさない。
上記態様において、リコンビナーゼは望ましい配列の染色体コピーの逆転をもた
らし、それにより望ましいdsRNAを産生する。
るセンスおよびアンチセンスRNAフラグメントの産生に使用する。典型的に植物D
NAウイルスは染色体外的(epi-chromosomally)に複製される。好ましい態様にお
いて、二つの逆転リコンビナーゼ認識部位に側面を接する標的遺伝子のRNAフラ
グメントの発現ができるDNA配列を含む構築物を、リコンビナーゼを発現する第
2組換えウイルスと共に植物細胞に挿入する。あるいは、リコンビナーゼ発現カ
セットおよび逆転認識部位に側面を接するDNA配列の両方を同じウイルスDNAベク
ターに結合させる。ウイルスDNAベクターが植物内に挿入された後、リコンビナ
ーゼ遺伝子を発現する。リコンビナーゼ遺伝子の発現は、リコンビナーゼ認識部
位に側面を接するウイルスDNA配列の逆転をもたらし、細胞中のウイルスゲノム
の高コピー数のために、所望のDNA配列からのdsRNAの大量の産生をもたらす。好
ましいリコンビナーゼシステムは、Cre/lox、FLP/FRT、R/RSおよびGin/gixが、
植物内の部位特異的組換え過程の介在が既知である(Ow and Medberry, 1995, Cr
itical Reviews in Plant Sciences 14:239-261、本明細書に引用して包含させ
る)。
モーターの後ろおよび適当な転写ターミネーターの上流の発現カセットに集合す
る。植物発現カセットの構築の全ての要件は、本発明のDNA分子に適用され、当
分野で既知の方法を使用する。
DNA分子の空間的および時間的発現パターンを決定する。選択したプロモーター
はDNA分子を特異的細胞タイプ(葉表皮細胞、葉肉細胞、根皮層細胞など)または
特異的組織または器官(例えば、根、葉または花)で発現させ、選択はDNA分子に
よりコードされるRNAフラグメントの生合成の望ましい位置を反映する。あるい
は、選択したプロモーターは、光誘導または他の時間的調節プロモーター下での
DNA分子の発現を駆動し得る。更に別法は、選択プロモーターの化学的調節であ
る。これは、望ましい、化学インデューサーでの処理によりもたらされる時のみ
のDNA分子の発現の誘導を可能する。
は転写の停止、および好ましくは、正確なポリアデニル化を担う。適当な転写タ
ーミネーターは植物で機能することが既知のものであり、CaMV 35Sターミネータ
ー、tmlターミネーター、ノパリンシンターゼターミネーター、エンドウマメrbc
S E9ターミネーターを含む。これらは単子葉植物および双子葉植物の両方で使用
できる。
おり、これらの配列は本発明のDNA分子と組合わせて、トランスジェニック植物
内でのその発現の増加のために使用できる。
ている。例えば、メイズAdh1遺伝子のイントロンは、メイズ細胞内に挿入された
とき、その同起源プロモーター下に野性型遺伝子の発現を有意に促進することが
判明している。イントロン1は特に有用であり、クロラムフェニコールアセチル
トランスフェラーゼ遺伝子との融合構築物内の発現を促進することが判明してい
る(Callis et al., Genes Develep 1:1183-1200 (1987))。同じ実験系において
、メイズbronze1遺伝子由来のイントロンは発現促進に同じ作用を有する(Callis
et al., 前掲)。イントロン配列は、慣用的に植物形質転換ベクター内に、典型
的に非翻訳リーダー内に包含されている。
あり、これらは特に双子葉植物細胞で有用である。特に、タバコモザイク病ウイ
ルス(TMV、“Ω−配列”)、メイズクロロティックモットルウイルス(MCMV)およ
びアルファルファモザイクウイルス(AMV)が発現の促進に有効であることが示さ
れている(例えば、Gallie et al. Nucl. Acids Res. 15:8693-8711 (1987); Sku
zeski et al. Plant Molec. Biol. 15; 65-79 (1990))。
制御下の本発明のDNA分子の発現を包含する。したがって、DNA分子を、当分野で
既知の方法を使用して発現カセットに挿入する。これらの発現カセットは、次い
で、下記のように植物形質転換ベクターに容易に移入できる。更に、本発明はま
たDNA分子の発現に必要なまたはDNA分子のために選択した更なる配列と関連した
植物発現可能プロモーターの使用も包含する。このような配列は、転写ターミネ
ーター、発現を促進するための外来配列(イントロンのような[例えば、Adhイン
トロン1]、ウイルス配列[例えば、TMV-Ω]を含むが、これらに限定されない。
N1761は“ダブル”35Sプロモーターおよびtml転写ターミネーターを、プロモー
ターおよびターミネーターの間の独得なEcoRI部位と共に含み、pUCタイプ骨格を
有する。NotIおよびXhoI部位を存在するEcoRI部位に加えて含む修飾ポリリンカ
ーを含むpCGN1761の誘導体が構築される。この誘導体はpCGN1761ENXと名付ける
。pCHN1761ENXは、トランスジェニック植物の35Sプロモーターの制御下の発現の
目的での、cDNA配列または遺伝子配列(微生物ORF配列を含む)の、そのポリリン
カー内でのクローニングに有用である。このような構築物の全35Sプロモーター
遺伝子−遺伝子配列−tmlターミネーターカセットは、プロモーターの5'のHind
III、SphI、SalIおよびXbaI部位およびターミネーターの3'のXbaI、BamHIおよ
びBglI部位で、形質転換ベクターの移入のために切断できる。更に、ダブル35S
プロモーターフラグメントは、HindIII、SphI、SalI、XbaIまたはPstIでの5'切
断およびポリリンカー制限部位(EcoRI、NotIまたはXhoI)での3'切断により、他
のプロモーターとの置換のために除去できる。
現のためのpCGN176ENXに挿入する。
の置換を記載する;例示のために、化学的調節PR-1aプロモーターを記載する。
選択したプロモーターは、好ましくはその源から、制限酵素により切除されるが
、別法として、適当な末端制限部位を担持するプライマーを使用してPCR増幅で
きる。PCR増幅を行ったなら、次いで、プロモーターを再配列させ、標的ベクタ
ー中の増幅プロモーターのクローニング後の増幅エラーをチェックする。化学的
調節可能タバコPR-1aプロモーターをプラスミドpCIB1004から開裂し(EP0332104
参照)、プラスミドoCGN1761ENXに移入する。pCIB1004をNcoIで開裂し、直線状プ
ラスミドの得られる3'突出を、T4 DNAポリメラーゼでの処理により平滑とする
。フラグメントを次いでHindIIIで切断し、フラグメントを含む得られるPR-1aプ
ロモーターをゲル精製し、ダブル35Sプロモーターが除去されているpCGN1761ENX
にクローン化する。これをXhoIで開裂し、T4ポリメラーゼで平滑にし、続いてHi
ndIIIで開裂し、pCIB1004プロモーターフラグメントをクローン化するフラグメ
ントを含む大ベクターターミネーターの単離により行う。これは、PR-1aプロモ
ーターおよびtmlターミネーターおよび独得なEcoRIおよびNotI部位を有する介在
ポリリンカーを有するpCGN1761ENX誘導体を産生する。
子−ターミネーター)を連続して、本発明に記載のものを含む選択した形質転換
ベクターに移入し、このようにDNA分子の化学的誘導性発現を提供する。
ロモーターは構造的プロモーターの良い選択であることが知られている。特に、
コメAct1遺伝子由来のプロモーターがクローン化され特徴付けされている(McElr
oy et al., Plant Cell 2:163-171 (1990))。プロモーターの1.3kbフラグメント
は、コメプロトプラストの発現に必要な全ての調節エレメントを含むことが判明
している。更に、Act1プロモーターに基づく多くの発現ベクターが、特に単子葉
植物での使用のために構築されている(McElroy et al. Mol. Gen. Genet. 231:1
50-160 (1991))。これらはAct1−イントロン1、Adh1 5'フランキング配列お
よびAdh1−イントロン1(メイズアルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子から)および
CaMV 35Sプロモーター由来の配列を含む。最大発現を示すベクターは35SとAct1
イントロンまたはAct1 5'フランキング配列とAct1イントロンの融合である。M
cElroy et al. (Mol. Gen. Genet. 231:160-160 (1991))に記載のプロモーター
発現カセットは、本発明のDNA分子の発現のために容易に修飾され、特に単子葉
植物宿主での使用に適している。例えば、フラグメントを含むプロモーターをMc
Elroy構築物から除去し、pCGN1761ENX中のダブル35Sプロモーターの置換に使用
し、それは次いで挿入または特異的遺伝子配列に利用可能である。このように構
築した融合遺伝子を、適当な形質転換ベクターに移入する。別の報告で、大1イ
ントロンを有するコメAct1プロモーターが培養大麦細胞における高発現を指示す
ることも判明している(Chibbar et al. Plant Cell Rep. 12:506-509 (1993))。
プロモーター−遺伝子−ターミネーター)を、続いて、本発明に記載のものを含
む選択した形質転換ベクターに移入する。
であり、そのプロモーターはトランスジェニックでの使用のために数種からクロ
ーン化されている(例えば、ヒマワリ−Binet et al. Plant Science 79:87-94 (
1991)、メイズ−Christensen et al. Plant Molec. Biol. 12:619-632 (1989))
。メイズユビキチンプロモーターはトランスジェニック単子葉植物系およびその
配列のために構築されており、単子葉植物形質転換のために構築されたベクター
が特許公開EP0342926に記載されている。更に、Taylor et al. (Plant Cell Rep
. 12:491-495 (1993))が、メイズユビキチンプロモーターおよびダウイ1イント
ロンを含むベクター(pAHC25)、および、微粒子銃を介して挿入したとき、多くの
単子葉植物の細胞懸濁液中でのその高い活性を記載する。ユビキチンプロモータ
ーは、トランスジェニック植物、特に単子葉植物における本発明のDNA分子の発
現に明らかに適している。適当なベクターはpAHC25の誘導体または、適当なユビ
キチンプロモーターおよび/またはイントロン配列の挿入により修飾した本出願
に記載の形質転換ベクターである。
、プロモーター−遺伝子−ターミネーター)を植物の形質転換に使用し、DNA分子
の構造的発現をもたらす。
チド配列の根組織のみへの発現は、その葉および花組織および種子中の発現の付
随した変更なしに、根中のみの標的遺伝子の発現を変える利点を有する。適当な
根プロモーターは、Framond(FEBS 290:103-106 (1991))におよびまた公開特許出
願EP0452269に記載のものである。このプロモーターをpCGN1761ENXのような適当
なベクターに移入し、DNA分子をこのようなベクターに挿入する。全プロモータ
ー−遺伝子−ターミネーターカセットを続いて目的の形質転換ベクターに移入す
る。
Biol. 22:573-588 (1993), Logemann et al. Plant Cell 1:151-158 (1989), Ro
hrmeier & Lehle, Plant Molec. Biol. 22:783-792 (1993), Firek et al. Plan
t Molec. Biol 22:129-142 (1993), Warner et al. Plant J. 3:191-201 (1993)
)、全て本発明での使用に適している。Logemann et al.’(前掲)は双子葉植物ジ
ャガイモwun1遺伝子の5'樹流配列を記載する。Xu et al.(前掲)は、双子葉植物
ジャガイモ由来の傷誘導性プロモーター(pin2)が単子葉植物コメで活性であるこ
とを示す。更に、Rohrmeier & Lehle(前掲)は、傷誘導され、標準法を使用して
同起源プロモーターの単離に使用できるメイズWip1 cDNAのクローニングを記載
する。同様に、Firek et al.(前掲)およびWarner et al.(前掲)は、局所傷およ
び病原体浸潤部位で発現される単子葉植物Asparagus officinalis由来の傷誘導
遺伝子を記載する。当分野で既知のクローニング法を使用して、これらのプロモ
ーターを適当なベクターに移入し、本発明のDNA分子に融合し、昆虫病原体河川
の部位でのこれらの遺伝子の発現に使用する。
を記載する。標準分子生物学的方法を使用して、このプロモーターまたはその一
部を、pCGN1761のようなベクターに移入でき、そこでそれが35Sプロモーターを
置換し、髄優先法で本発明のDNA分子の発現を駆動するのに使用することができ
る。実際、髄優先プロモーターまたはその一部を含むフラグメントをベクターに
移入し、トランスジェニック植物での利用のために修飾する。DNA分子の髄優先
発現は、このようなベクターへのDNAの挿入により達成される。
インキナーゼ(CDPK)遺伝子の単離を記載する。遺伝子配列およびプロモーターは
転写の開始からbpまで伸びる。標準分子生物学的方法を使用して、このプロモー
ターまたはその一部をpCGN1761のようなベクターに移入でき、そこでそれが35S
プロモーターを置換し、花粉優先法で本発明のDNA分子の発現を駆動するのに使
用することができる。実際、花粉特異的プロモーターまたはその一部を含むフラ
グメントをベクターに移入し、トランスジェニック植物での利用のために修飾で
きる。
& Grula (Plant Molec Biol 12:579-589 (1989))に記載されている。標準生物
学的方法を使用して、この遺伝子のプロモーターを、トランスジェニック植物中
で葉特異的方法での本発明のDNA分子の発現の駆動のために使用する。
を、適当な条件下で、望ましい細胞でDNA分子の発現をできるように寿樹の発現
カセットに挿入する。ヌクレオチド配列含有発現カセットを、次いで下記の適当
な形質転換ベクターに挿入する。使用のためのベクターの選択は、好ましい形質
転換法および形質転換の標的種に依存する。ある標的種に関して、異なる抗生物
質または除草剤選択マーカーが好ましいことがある。形質転換に慣用的に使用さ
れる選択マーカーは、カナマイシンおよび関連抗生物質に耐性を付与するnptII
遺伝子(Messing & Vierra. Gene 19:259-268 (1982); Bevan et al., Nature 30
4:184-187 (1983))、除草剤ホスホイノスリシンに耐性を付与するbar遺伝子(Whi
te et all., Nucl. Acids Res 18: 1062 (1990), Spencer et al. Theor. Appl.
Genet 79:625-631 (1990))、抗生物質ヒグロマイシンに耐性を付与するhph遺伝
子(Blochinger & Diggelmann, Mol Cell Biol 4:2929-2931)およびメトトレキサ
ートに耐性を付与するdhfr遺伝子(Bourouis et al., EMBO J. 2(7): 1099-1104
(1983))を含む。
である。これらは典型的に少なくとも一つのT-DNAボーダー配列を担持し、およ
びpBIN19のようなベクターを含む(Bevan, Nucl. Acids Res. (1984)。以下に二
つの典型的ベクターを記載する。
の組換えベクターの構築に使用し、以下の方法で構築する。pTJS75kanを、テト
ラサイクリン耐性遺伝子の切断を可能にするpTJS75(Schmidhauser & Helinski,
J. Bacterio. 164: 446-455 (1985))のNarI消化、続いくNPTII(Messing & Vierr
a, Gene 19:259-268 (1982); Bevan et al., Nature 304:184-187 (1983); McBr
ide et al., Plant Molecular Biology 14:266-276 (1990))を担持するpUC4K由
来のAcclフラグメントの挿入により作る。XhoIリンカーを、左および右T-DNAボ
ーダー配列、植物選択可能nos/nptIIキメラ遺伝子およびpUCポリリンカーを含む
pCIB7のEcoRVフラグメントにライゲートし(Rothstein et al. Gene 53:163-161
(1987))、XhoI消化フラグメントをSalI消化pTJS75kanにクローン化し、pCIB200
を作る(EP0332104をまた参照)。pCIB200は以下の独得なポリリンカー制限部位を
含む:EcoRI、SstI、KpnI、BglII、XbaIおよびSalI。pCIB2001は、ポリリンカー
に更なる制限部位を挿入することにより作ったpCIB200の誘導体である。pCIB200
1のポリリンカー中の独得な制限部位は、EcoRI、SstI、KpnI、BglII、XbaI、Sal
I、MluI、BclI、AvrII、ApaI、HpaIおよびStuIである。pCIB2001は、これらの独
得な制限部位の包含に加えて、また植物および細菌カナマイシン選択、Agrobact
erium介在形質転換のための左および右T-DNAボーダー、E. coliと他の宿主の間
の移動のためのRK2由来trfA機能、およびまたRK2由来のOriTおよびOriV機能を有
する。pCIB2001ポリリンカーは、それ自体の調節シグナルを含む植物発現カセッ
トのクローニングに適している。
1に、好ましくはポリリンカーを使用して挿入する。
コードする遺伝子、T-DNAボーダー配列を含み、E. coliおよびAgrobacteriumの
両方での複製を可能にする広い宿主範囲プラスミドpRK252由来の配列を含む。そ
の構築はRothstein et al. (Gene 53:153-161 (1987))に記載されている。Gritz
et al. (Gene 25:179-188 (1983))に記載のヒグロマイシンBホスフォトランス
フェラーゼの遺伝子を含むpCIB10の種々の誘導体が構築されている。これらの誘
導体はヒグロマイシンのみ(pCIB743)またはヒグロマイシンとカナマイシン(pCIB
715、pCIB717)上でのトランスジェニック細胞の選択が可能である。このベクタ
ーを本発明のDNA分子を含む発現カセットの形質転換に使用する。
におけるT-DNA配列の必要性を回避し、結果としてこれらの配列を欠くベクター
が、T-DNA配列を含む上記のもののようなベクターに加えて利用できる。Agrobac
teriumに頼らない形質転換法は、微粒子銃、プロトプラスト取り込み(例えば、P
EGおよびエレクトロポレーション)、マイクロインジェクションまたは花粉形質
転換(米国特許第5,629,183号)を含む。ベクターの選択は、形質転換する
種の好ましい選択に大きく依存する。以下に、ある典型的ベクターの構築を記載
する。
直接遺伝子移入法に適したpUC由来ベクターである。プラスミドpCIB246は、E. c
oli GUS遺伝子およびCaMV 35S転写ターミネーターへの操作的融合でCaMV 35Sプ
ロモーターを含み、PCT公開出願WO93/07278に記載されている。このベクターの3
5Sプロモーターは二つのATG配列を出発側の5'に含む。これらの側は、ATGを除
去し、制限部位SspIおよびPvuIIを産生するような方法で標準PCR法を使用して変
異させる。新規制限部位は独得なSalI部位から96および37bp離れ、実際の出
発部位から101および42bp離れている。pCIB246の得られる誘導体をpCIB302
5と名付ける。GUS遺伝子を次いで、SalIおよびSacIでの消化によりpCIB3025から
切除し、末端を平滑にし、再ライゲートしてプラスミドpCIB3060を産生する。プ
ラスミドpJIT82をJoh Innes Centre, Norwichから得、Streptomyces viridochro
mogenes由来のbar遺伝子を含む400bp SmaIフラグメントを切除し、pCIB3060
のHpaI部位に挿入する(Thompson et al. EMBO J 6:2519-2523 (1987))。これはC
aMV 35Sプロモーターおよびターミネーターの制御下の除草剤選択のためのbar遺
伝子、アンピシリン耐性のための遺伝子(E. coliでの選択のため)および独得な
制限部位SphI、PstI、HindIIIおよびBamHIを含むpCIB3064を作る。このベクター
は、本発明のDNA分子の発現を指示するためのそれ自体の調節シグナルを含む植
物発現カセットのクローニングに適する。
E. coliジヒドロフォレートレダクターゼ(DHFR)を使用する形質転換ベクターで
ある。PCRを使用して35Sプロモーター(〜800bp)、メイズAdh1遺伝子由来のイ
ントロン6(〜550bp)およびpSOG10由来のGUS非翻訳リーダー配列の18bpを
増幅する。E. coliジヒドロフォレートレダクターゼタイプII遺伝子をコードす
る250bpフラグメントをまたはPCRで増幅し、これら二つのPCRフラグメントを
、pUC19バックボーンおよびノパリンシンターゼターミネーターを含むpBI221(Cl
ontech)由来のSacI-PstIフラグメントと集合させる。これらのフラグメントの集
合は、イントロン6配列と融合した35Sプロモーター、GUSリーダー、DHFR遺伝子
およびノパリンシンターゼターミネーターを含む。pSOG19中のGUSリーダーのメ
イズクロロティックモットルウイルス(MCMV)での置換によりベクターpSOG35を産
生する。pSOG19およびpSOG35は、アンピシリン耐性のためのpUC遺伝子を担持し
、外来配列、特に本発明のDNA分子のクローニングに利用可能なHindIII、SphI、
PstIおよびEcoRI部位を有する。
ベクターpPH143(WO97/32011、実施例36)を使用する。次いで、このベクターを
pPH143に挿入し、それによりPROTOXコード配列を置換する。このベクターを、次
いでプラスチド形質転換におよびスペクチノマイシン耐性に関する形質転換体の
選択に使用する。あるいは、DNA分子をpPH143に挿入し、aadH遺伝子を置換させ
る。この場合、形質転換体はPROTOX阻害剤に対する耐性に関して選択する。
プレート当たり7つ発芽させ、種蒔き後12−14日に、本質的に記載のような
pPH143およびpPH145由来のDNAでコートした1μmタングステン粒子(M10、Biorad
, Hercules, CA)で照射した(Svab, Z. and Maliga, P. (1993) PNAS 90, 913-91
7)。照射した苗をT培地上で2日間インキュベートし、その後葉を取り、500
μg/mlスペクチノマイシンジヒドロクロライド(Sigma, St. Louis, MO)含有RMO
P培地(Svab, Z., Hajdukiewicz, P. and Maliga, P. (1990) PNAS 87, 8526-853
0)のプレート上に明るい光(350−500μmol光子/m2/s)の中、背軸側を上
に置いた。照射後3から8週間に白色葉の下に現れる耐性の芽を、同じ培地上で
サブクローン化し、カルスを形成させ、2次芽を単離しサブクローン化する。独
立したサブクローンの形質転換プラスチドゲノムコピーの完全な隔離(ホモプラ
スミシティー)は、サザンブロット(Sambrook et al., (1989) Molecular Clonin
g: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbo
r)の標準法で評価した。BamHI/EcoRI消化全細胞性DNA(Mettler, I. J. (1987) P
lant Mol Biol Reporter 5, 346-349)を1%Tris−ボレート(TBE)アガロースゲル
で分離し、ナイロン膜(Amersham)に移し、rps7/12プラスチド標的配列の部分を
含むpC8由来の0.7kb BamHI/HindIII DNAフラグメントを含む32P標識した無作
為にプライムしたDNA配列とプローブした。同原形質(homoplasmic)芽をスペクチ
ノマイシン含有MS/IBA培地(McBride, K. E. et al. (1994) PNAS 91, 7301-7305
)に無菌的に根付かせ、温室に移す。
Claims (34)
- 【請求項1】 標的遺伝子のセンスRNAフラグメントおよび該標的遺伝子の
アンチセンスRNAフラグメントを植物細胞内に挿入することを含み、該センスRNA
フラグメントおよび該アンチセンスRNAフラグメントが二本鎖RNA分子を形成でき
るものである、植物細胞内の標的遺伝子の発現を変える方法。 - 【請求項2】 該RNAフラグメントが二つの異なるRNA分子に包含されている
、請求項1記載の方法。 - 【請求項3】 該RNAフラグメントが一つのRNA分子に包含されている、請求
項1記載の方法。 - 【請求項4】 RNA分子が、その中に包含されるRNAフラグメントが二本鎖領
域を形成するように折りたたむことができる、請求項3記載の方法。 - 【請求項5】 植物細胞内に、該細胞内で標的遺伝子のセンスRNAフラグメ
ントを発現できる第1DNA配列、および該細胞内で標的遺伝子のアンチセンスRNA
フラグメントを発現できる第2DNA配列を挿入することを含み、該センスRNAフラ
グメントおよび該アンチセンスRNAフラグメントが、二本鎖RNA分子を形成できる
ものである、植物細胞内の標的遺伝子の発現を変える方法。 - 【請求項6】 該標的遺伝子が該植物細胞の必須遺伝子である、請求項5記
載の方法。 - 【請求項7】 該標的遺伝子が該植物細胞のゲノムに安定に統合された異種
遺伝子である、請求項5記載の方法。 - 【請求項8】 異種遺伝子が、染色体外分子として該植物細胞内に存在する
、請求項7記載の方法。 - 【請求項9】 該第1DNA配列および該第2DNA配列が該植物細胞のゲノム内
に安定に統合されている、請求項5記載の方法。 - 【請求項10】 該第1DNA配列および該第2DNA配列がが二つの異なるDNA
分子に包含されている、請求項5記載の方法。 - 【請求項11】 該DNA分子が更に該第1DNA配列に操作可能に結合した第1
プロモーターおよび該第2DNA配列に操作可能に結合した第2プロモーターを含
む、請求項10記載の方法。 - 【請求項12】 該第1DNA配列および該第2DNA配列が一つのDNA分子内に
包含される、請求項5記載の方法。 - 【請求項13】 該第1DNA配列および該第2DNA配列が、該DNA分子の同じD
NA鎖に包含される、請求項12記載の方法。 - 【請求項14】 該センスRNAフラグメントおよび該アンチセンスRNAフラグ
メントが一つのRNA分子として発現される、請求項13記載の方法。 - 【請求項15】 該RNA分子が、その中に包含されるRNAフラグメントが二本
鎖領域を形成するように折りたたむことができる、請求項14記載の方法。 - 【請求項16】 該DNA分子が更に該第1または該第2DNA配列に操作可能に
結合したプロモーターを含む、請求項14記載の方法。 - 【請求項17】 該プロモーターが天然標的遺伝子の天然プロモーター、異
種プロモーター、構造的プロモーター、誘導性プロモーター、組織特異的プロモ
ーターまたは発育調節プロモーターである、請求項16記載のプロモーター。 - 【請求項18】 該DNA分子が更に該センスRNAフラグメントと該アンチセン
スRNAフラグメントの間にリンカーを含む、請求項12記載の方法。 - 【請求項19】 該リンカーが選択可能マーカー遺伝子のような機能的遺伝
子を含む、請求項18記載の方法。 - 【請求項20】 該リンカーが、イントロン処理シグナルのような調節性配
列を含む、請求項18記載の方法。 - 【請求項21】 該センスRNAフラグメントおよび該アンチセンスRNAフラグ
メントが二つのRNA分子として発現される、請求項13記載の方法。 - 【請求項22】 該第1DNA配列が第1プロモーターに操作可能に結合し、
該第2DNA配列が第2プロモーターに操作可能に結合している、請求項21記載
の方法。 - 【請求項23】 該第1DNA配列および該第2DNA配列が二方向プロモーター
に操作可能に結合している、請求項21記載の方法。 - 【請求項24】 該第1DNA配列および該第2DNA配列が該DNA分子の相補的
鎖に包含されている、請求項12記載の方法。 - 【請求項25】 該第1DNA配列が、該DNA分子内の該第2DNA配列の相補的D
NA鎖である、請求項24記載の方法。 - 【請求項26】 該DNA分子が更に該第1DNA配列に操作可能に結合した第1
プロモーターを含む、請求項24記載の方法。 - 【請求項27】 該DNA分子が更に第1部位特異的組換え部位を該第1プロ
モーターと該第1DNA配列の間に、および第1部位特異的組換え部位を該DNA配列
の3'末端に含み、部位特異的リコンビナーゼの存在下、該第1および第2部位
特異的組換え部位が該第1および該第2部位特異的組換え部位の間の該第1DNA
配列を逆にすることができる、請求項26記載の方法。 - 【請求項28】 逆転の結果として、該第1プロモーターが該第2DNA配列
を発現できる、請求項27記載の方法。 - 【請求項29】 該植物細胞が、更に該部位特異的組換え部位を認識できる
部位特異的リコンビナーゼを含む、請求項27記載の方法。 - 【請求項30】 該DNA分子が更に該第2DNA配列に操作可能に結合したぢア
2プロモーターを含む、請求項26記載の方法。 - 【請求項31】 標的遺伝子のセンスRNAフラグメントを発現できる第1DNA
配列、および該細胞内で標的遺伝子のアンチセンスRNAフラグメントを発現でき
る第2DNA配列を含み、該DNA配列が発現されたとき、該センスRNAフラグメント
および該アンチセンスRNAフラグメントは二本鎖RNA分子を形成でき、該植物細胞
内での該標的遺伝子の発現が変更されるものである、植物細胞。 - 【請求項32】 請求項31記載の植物細胞由来の植物およびその子孫。
- 【請求項33】 請求項32記載の植物由来の種子。
- 【請求項34】 植物細胞内に標的遺伝子のセンスRNAフラグメントを発現
できる第1DNA配列、および該細胞内で標的遺伝子のアンチセンスRNAフラグメン
トを発現できる第2DNA配列を挿入することにより得、該センスRNAフラグメント
および該アンチセンスRNAフラグメントが二本鎖RNA分子を形成できるものである
、植物細胞。
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