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Fachgebiet
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Die
vorliegende Erfindung betrifft ein Gen, das bei der Bildung von
Läsionen
bei Pflanzen und an Wärmebelastungsbeständigkeit
bei Pflanzen beteiligt ist, sowie Verfahren zum Modifizieren von
Pflanzen über
das Gen. Die vorliegende Erfindung ist auf dem Gebiet der Landwirtschaft,
einschließlich
der Pflanzenzüchtungstechnologie
nützlich.
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Hintergrund der Erfindung
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In
der Vergangenheit sind verschiedene mutierte Stämme von Reis produziert worden.
Diese umfassen mutierte Stämme,
bei denen während
des Wachstums von Reis läsionsartige
nekrotische Flecken auf dem Blatt gebildet werden (1)
(Rice Genetics Newsletter 12, 9–153
(1995)). Diese Läsionsbildung
tritt bei diesen mutierten Stämmen
bei hoher Temperatur und starker Licht auf, wodurch eine Beziehung
zwischen den mutierten Genen und der Vermeidung von Schäden durch
Licht oder Wärme
nahe gelegt wird (T. Fuse et al., Physiol. Plant 89, 799–804 (1993)).
Andererseits wird davon ausgegangen, dass diese Gene mit Überempfindlichkeitsreaktionen
in Pflanzenzellen und daraus resultierendem Zelltod in Verbindung
stehen, weil manche Pflanzen, die Läsionen bilden, gegenüber Infektionen
pathogener Mikroorganismen resistent sind (T. Kawasaki und K. Shimamoto,
Cell Engineering Supplement "Plant
Cell Engineering Series 8: Disease Resistance of Plants at Molecular
Level", 124–130 (1997)).
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Deshalb
kann die Identifikation dieses mutierten Gens in diesen mutierten
Stämmen
gemeinsam mit der Isolierung des entsprechenden Wildtypgens eine
Unterdrückung
von Läsionsbildung
und erhöhte
Restenz gegenüber
Belastungen wie Licht und Wärme
bei Reispflanzen durch Einführung
des Gens in willkürliche
Sorten mittels Transformationsverfahren ermöglichen.
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Es
bestand daher im Fachgebiet einn Bedarf daran, das mutierte Gen
in diesen mutierten Stämmen zu
identifizieren und auch das entsprechende Wildtypgen zu identifizieren.
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Offenbarung der Erfindung
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Dieser
Bedarf im Fachgebiet führte
zur vorliegenden Erfindung, deren Ziel es ist, ein neues Gen zu isolieren,
das mit der Unterdrückung
der Läsionsbildung
bei Pflanzen in Verbindung steht. Ein anderes Ziel der vorliegenden
Erfindung ist es, Pflanzen unter Nutzung des neuen Gens zu modifizieren.
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Um
das Ziel zu erreichen, das mutierte Gen zu identifizieren und auch
das entsprechende Wildtypgen zu isolieren, führten die Erfinder der vorliegenden
Erfindung umfassende Forschung durch Fokussierung auf Spl7, worin
ein mutiertes Gen auf Chromosom 5 existiert, unter mutierten Stämmen, die
läsionsartige
nekrotische Flecken auf dem Blatt in Verbindung mit dem Wachstum
von Reis induzierten, durch.
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Erstens
führten
die Erfinder der vorliegenden Erfindung eine Kopplungsanalyse durch
und glichen die Spl7-Genregion von künstlichen Hefechromosom-("yeast artificial
chromosome"-, YAC-)Klonen
ab. Insbesondere wurde eine Kopplungsanalyse einer großen segregierenden
Population durchgeführt,
was für
die Isolierung des Spl7-Gens essenziell war. Weiters wurden YAC-Klone
in Nachbarschaft zum Spl7-Genlocus
durch Verwendung der YAC-Genomklonbibliothek identifiziert, die
im Rice Genome Research Program hergestellt wurde. Dann wurden die
Endfragmente der identifizierten YAC-Klone isoliert und abgeglichen,
um zu zeigen, dass die YAC-Klone eine Spl7-Genregion umfassen (2C).
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Die
vorliegenden Erfinder wählten
9-PAC-Klone aus einer genomischen PAC-Klon-Bibliothek von Nipponbare aus, die im
Rahmen des Rice Genome Research Program geschaffen wurde, wobei
STS-Primersets verwendet wurden, die aus dem RFLP-Marker C11368
hergestellt wurden, ein Gen auf demselben Locus wie der Spl7-Locus.
Diese PAC-Klone wurden abgeglichen, um den PAC-Klon anzuzeigen,
der einen Spl7-Locus enthielt (2D).
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Anhand
einer feinabgestuften ("small
scale") genetischen
Karte, die unter Einsatz von Endfragmenten von YAC- und PAC-Klonen,
die in der Spl7-Region abgeglichen wurden, als neue RFLP-Marker
oder CAPS-Marker erzeugt worden war, wurde gezeigt, dass der Spl7-Locus
in einer Genomregion von etwa 16 kb zwischen den RFLP-Markern P461H4T
und P693G10S (2) vorliegt.
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Es
wurde die Nucleotidsequenz der genomischen Kandidatenregion analysiert.
Basierend auf den Sequenzinformationen wurde ein neuer CAPS-Marker
hergestellt, um die Kandidatenregion weiter abzugrenzen, und es
wurde geschlossen, dass das Spl7-Gen auf einer Genomregion von etwa
3 kb zwischen den CAPS-Markern S12C6-6d und HsfC3-3' (3)
vorliegt.
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Es
wurde eine Genprognose- und Ähnlichkeitssuche
bezüglich
der Nucleotidsequenz der Kandidaten-Genomregion durchgeführt. Dies
ergab, dass es nur einen prognostizierten ORF gab, der eine ähnliche Sequenz
wie das Hsf-Gen aufwies, das aus Pflanzen, wie z.B. Tomate und Arabidopsis,
isoliert wurde. Daher wurde angenommen, dass das Gen ein Kandidat
für das
Spl7-Gen war, und die Nucleotidsequenz der entsprechenden Region
in einem mutierten Stamm KL210 wurde bestimmt. Das Ergebnis lieferte
eine Nucleotidsubstitution in der Nucleotidsequenz des mutierten
Gens im Vergleich zum Wildtypgen (4). Eine
mit der Nucleotidsubstitution korrelierende Aminosäuresubstitution
wurde als Grund für
den Verlust oder die Abnahme der Funktion des Spl7-Proteins angesehen.
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Weiters
führten
die Erfinder der vorliegenden Erfindung die genomische Region (die
als Kandidat für das
Spl7-Gen spezifiziert worden war) durch Insertion dieser Region
in einen Vektor, der unter Verwendung von Agrobacterium transformiert
werden kann, in den Spl7-mutierten Stamm ein. Die transformierten
Pflanzen wurden in einer isolierten Wachstumskammer unter Bedingungen
natürlicher
Lichtperioden gezüchtet,
um die Bildung von Läsionen
zu überwachen.
Läsionen
waren auf beiden Kontrollpflanzen (die nur mit dem Vektor transformiert
wurden) und mutierten Stämmen
in der späten
Wachstumsphase zu beobachten, während
die Pflanzen, die mit dem Kandidatengen transformiert worden war,
keinerlei Läsionen
bildeten (5). Daher kann der Schluss gezogen
werden, dass die Kandidaten-Genregion die Läsionsbildung im mutierten Stamm KL210
unterdrückte.
Weiters war bei geselbsteter Nachkommenschaft transgener Pflanzen
das Segregationsverhältnis
zwischen Pflanzen, die Läsionen
bildeten, und jenen, die keine bildeten, an das erwartete Verhältnis angepasst.
Deshalb wurde der Schluss gezogen, dass das Kandidatengen das Spl7-Gen war.
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Weiters
untersuchten die Erfinder der vorliegenden Erfindung die für Läsionsbildung
notwendigen Bedingungen. Es wurde entdeckt, dass sowohl hohe Temperaturen
(6) als auch ultraviolette Strahlung Bedingungen
sind, die eine Läsionsbildung
fördern
(7). Diese Tatsache zeigt, dass das Spl7-Gen eine
wichtige Rolle bei der Prävention
von Belastungen durch hohe Temperaturen bei Pflanzen spielt. Daher
wird durch die Züchtung
transgener Pflanzen, die das Spl7-Gen exprimieren, ermöglicht,
die inherente Fähigkeit
von Pflanzen, Wärmebelastungen
zu vermeiden und Läsionsbildung
auf Pflanzen zu unterdrücken,
zu verstärken.
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In
anderen Worten haben die Erfinder der vorliegenden Erfindung erfolgreich
ein Gen isoliert, das an der Unterdrückung von Läsionsbildung bei Pflanzen beteiligt
ist. Die Erfinder der vorliegenden Erfindung haben festgestellt,
dass dieses Gen die Läsionsbildung
auf Pflanzen unterdrücken
kann und dass die Widerstandsfähigkeit
gegen Wärmebelastung
bei Pflanzen mittels dieses Gens erhöht werden kann, wodurch die
vorliegende Erfindung entstanden ist.
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Genauer
gesagt stellt diese Erfindung Folgendes bereit:
- (1)
DNA, die für
ein von Pflanzen abstammendes Protein kodiert, das die Bildung von
Läsionen
bei Pflanzen unterdrückt,
wobei die DNA aus der aus Folgendem bestehenden Gruppe ausgewählt ist:
(a)
DNA, die für
ein Protein kodiert, das die Aminosäuresequenz von Seq.-ID Nr.
2 umfasst;
(b) DNA, welche die kodierende Region der Nucleotidsequenz
von Seq.-ID Nr. 1 umfasst;
(c) DNA, die für ein Protein kodiert, das
zumindest 50 % Identität
mit einem Protein aufweist, das die Aminosäuresequenz von Seq.-ID Nr.
2 umfasst; und
(d) DNA, die in der Lage ist, unter stringenten
Bedingungen mit DNA zu hybridisieren, die aus der Nucleotidsequenz
von Seq.-ID Nr. 1 besteht.
- (2) DNA, die für
ein von Pflanzen stammendes Protein kodiert, das die Widerstandsfähigkeit
von Pflanzen gegen Wärmebelastung
erhöht,
worin die DNA aus der aus Folgendem bestehenden Gruppe ausgewählt ist:
(a)
DNA, die für
ein Protein kodiert, das die Aminosäuresequenz von Seq.-ID Nr.
2 umfasst;
(b) DNA, welche die kodierende Region der Nucleotidsequenz
von Seq.-ID Nr. 1 umfasst;
(c) DNA, die für ein Protein kodiert, das
zumindest 50 % Identität
mit einem Protein aufweist, das die Aminosäuresequenz von Seq.-ID Nr.
2 umfasst;
(d) DNA, die in der Lage ist, unter stringenten
Bedingungen mit DNA zu hybridisieren, die aus der Nucleotidsequenz
von Seq.-ID Nr. 1 besteht.
- (3) Einen Vektor, der DNA gemäß (1) oder (2) umfasst.
- (4) Eine transformierte Zelle, in die DNA gemäß (1) oder
(2) oder ein Vektor gemäß (3) eingeführt worden ist.
- (5) Eine transformierte Zelle gemäß (4), worin die transformierte
Zelle eine Pflanzenzelle ist.
- (6) Ein Protein, für
das DNA gemäß (1) oder
(2) kodiert.
- (7) Ein Verfahren zur Herstellung eines Proteins gemäß (6), worin
das Verfahren Folgendes umfasst:
das Kultivieren einer transformierten
Zelle gemäß (4) und
das
Gewinnen eines exprimierten Proteins aus der transformierten Zelle
oder aus deren Kulturüberstand.
- (8) Eine Pflanzentransformante, die eine transformierte Zelle
gemäß (5) umfasst.
- (9) Eine Pflanzentransformante, die ein Nachkomme oder ein Klon
einer Pflanzentransformante gemäß (8) ist.
- (10) Transformiertes Zuchtmaterial für eine Pflanzentransformante
gemäß (8) oder
(9).
- (11) Ein Verfahren zur Herstellung einer Pflanzentransformante
gemäß (8), worin
das Verfahren Folgendes umfasst:
(a) das Einführen von
DNA gemäß (1) oder
(2) in eine Pflanzenzelle und
(b) das Regenerieren einer Pflanze
aus der Pflanzenzelle.
- (12) Ein Verfahren zur Unterdrückung der Bildung von Läsionen bei
Pflanzen, wobei das Verfahren den Schritt des Exprimierens von DNA
gemäß (1) in
Zellen der Pflanze umfasst.
- (13) Ein Verfahren zur Erhöhung
der Widerstandsfähigkeit
von Pflanzen gegen Wärmebelastung,
worin das Verfahren den Schritt des Exprimierens von DNA gemäß (2) in
Zellen der Pflanzen umfasst.
- (14) Sowie einen Antikörper,
der sich spezifisch an ein Protein gemäß (6) bindet.
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Die
vorliegende Erfindung stellt DNA bereit, die für ein Spl7-Protein kodiert.
Die Nucleotidsequenz der genomischen Spl7-DNA von Nipponbare-Reis
ist in Seq.-ID Nr. 1 angeführt,
und die Aminosäuresequenz
eines Proteins, für
das die DNA kodiert, ist in Seq.-ID Nr. 2. dargestellt. Es ist bekannt,
dass das Spl7-Gen an der Unterdrückung
der Bildung von Läsionen
bei Reis beteiligt ist. Es existiert irgendwo innerhalb der breiten Region
von Chromosom 5. Allerdings war das Spl7-Gen nie zuvor identifiziert
oder isoliert worden. Nach der Durchführung umfassender Forschungen
haben die Erfinder der vorliegenden Erfindung letztlich die Region identifiziert,
in der sich das Gen befindet, und waren die ersten, die dieses Gen
als einzelnes Gen isoliert haben.
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Das
Spl7-Protein besitzt eine Funktion, die Bildung von durch Wärmebelastung
verursachten Läsionen
bei Reis zu unterdrücken.
Weiters ergibt sich aus der Struktur des Spl7-Proteins die Beziehung
zwischen dem Spl7-Protein und der Transkriptionsregulierung von
Hitzeschockprotein-Genen. Kürzlich
wurde berichtet, dass ein Hitzeschockprotein eng mit der Vermeidung
von Wärmebelastung
bei Pflanzen in Verbindung steht (C. Queitsch et al., Plant Cell
12, 479–492
(2000)). Deshalb wird der Schluss gezogen, dass Widerstandsfähigkeit
gegen Wärmebelastung
erhöht
und die Bildung von Läsionen
dadurch unterdrückt
werden kann, dass Pflanzen mit DNA transformiert werden, die für das Spl7-Protein
kodiert.
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Für das Spl7-Protein
kodierende DNA der vorliegenden Erfindung umfasst genomische DNA,
cDNA, und chemisch synthetisierte DNA. Genomische DNA und cDNA können gemäß herkömmlichen
fachbekannten Verfahren erzeugt werden. Genauer gesagt kann genomische
DNA wie folgt hergestellt werden: (1) Extrahieren genomischer DNA
aus Reissorten, die über
das Spl7-Gen verfügen
(z.B. Nipponbare); (2) Erzeugen einer genomischen Bibliothek (unter
Einsatz eines Vektors, wie z.B. Plasmid, Phage, Cosmid, BAC, PAC
etc.); (3) Ausbreiten der Bibliothek; und (4) Durchführen von
Koloniehybridisierung oder Plaquehybridisierung unter Einsatz einer
Sonde, die auf der Basis von DNA hergestellt wird, die für ein Protein
der vorliegenden Erfindung kodiert (z.B. Seq.-ID Nr. 1). Alternativ
dazu kann genomische DNA mittels PCR unter Einsatz von Primern hergestellt
werden, die für
DNA spezifisch sind, die für
ein Protein der vorliegenden Erfindung kodiert (Seq.-ID Nr. 1).
Andererseits kann cDNA wie folgt hergestellt werden: (1) Synthetisieren
von cDNAs basierend auf mRNAs, die aus Reissorten extrahiert wurden,
die über
das Spl7Gen verfügen
(z.B. Nipponbare); (2) Erzeugen einer cDNA-Bibliothek durch Einführen der
synthetisierten cDNA in Vektoren, wie z.B. λZAP; (3) Ausbreiten der cDNA-Bibliothek;
und (4) Durchführen
von oben beschriebener Koloniehybridisierung oder Plaque-Hybridisierung.
Alternativ dazu kann cDNA auch mittels PCR erzeugt werden.
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Die
vorliegende Erfindung umfasst die in den Ansprüchen definierten DNAs, die
für Proteine
(Nipponbare) kodieren, die funktionell dem Spl7-Protein der Seq.-ID
Nr. 2 entsprechen. Obwohl es keine Einschränkung hinsichtlich der Pflanzenspezies
gibt, aus der DNA der vorliegenden Erfindung stammt, sind es bevorzugt Gramineae
und insbesondere Reis. Dabei bedeutet der Ausdruck "funktionell dem Spl7-Protein
entsprechend", wie
hierin verwendet, dass das Zielprotein die Funktion hat, die Bildung
von Läsionen
bei Pflanzen zu unterdrücken,
und/oder die Funktion, die Widerstandsfähigkeit gegen Wärmebelastung
zu steigern.
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Beispiele
für solche
DNAs umfassen jene kodierenden Mutanten, Derivate, Allele, Varianten
und Homologe, welche eine Aminosäuresequenz
der Seq.-ID Nr. 2 umfassen, in der eine oder mehrere Aminosäuren substituiert,
deletiert, addiert und/oder insertiert wurden, unter der Voraussetzung,
dass sie wie in den beiliegenden Ansprüchen definiert sind.
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Dem
Fachmann bekannte Beispiele für
Verfahren zur Herstellung von DNA, die für ein Protein kodiert, das
geänderte
Aminosäuren
umfasst, umfassen ortsspezifische Mutagenese (W. Kramer und H. J.
Fritz, "Oligonucleotide-directed
construction of mutagenesis via gapped duplex DNA", Methods in Enzymology
154, 350–367
(1987)). Die Aminosäuresequenz
eines Proteins kann auch in der Natur aufgrund einer Mutation seiner
entsprechenden Nucleotidsequenz mutiert werden. DNA, die für ein Protein
kodiert, das die Aminosäuresequenz
des natürlichen
Spl7-Proteins aufweist, in der eine oder mehrere Aminosäuren substituiert,
deletiert und/oder addiert wurden, sind ebenfalls im Schutzumfang
von DNA der vorliegenden Erfindung enthalten – unter der Voraussetzung,
dass sie für
ein Protein kodiert, das funktionell dem natürlichen Spl7-Protein (Seq.-ID Nr.
2) entspricht, und unter der Voraussetzung, dass sie so beschaffen
ist wie in den beiliegenden Ansprüchen definiert. Außerdem sind
auch Nucleotidsequenzmutanten im Schutzumfang von DNA der vorliegenden
Erfindung enthalten, die keine Aminosäuresequenzänderungen im Protein bewirken
(Degenerationsmutanten).
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Die
Erfinder der vorliegenden Erfindung haben bestimmen können, ob
eine DNA für
ein Protein kodierte, das die Bildung von Läsionen bei Pflanzen unterdrückt, indem
die betreffende DNA in einen geeigneten Vektor eingeführt wurde,
ein Spl7-mutierter Stamm damit transformiert wurde und beobachtet
wurde, ob die Bildung von Läsio nen
auf dem mutierten Stamm unterdrückt
wurde oder nicht (in Beispiel 6 beschrieben). Andererseits kann
mithilfe der folgenden Schritte bestimmt werden, ob DNA für ein Protein
kodiert, das über
eine die Widerstandsfähigkeit
gegen Wärmebelastung
von Pflanzen erhöhende
Funktion verfügt,
oder nicht: Einführung
der betreffenden DNA in einen geeigneten Vektor, Transformation
des Wildtypstamms mit dem Vektor, Beobachtung des Wachstums des
Stammes sowohl unter Bedingungen hoher Temperaturen (etwa 40°C) als auch
unter Bedingungen niedriger Temperaturen (etwa 25°C); und dann
Vergleich des Rückgangs
der Wachstumsrate des transformierten Wildtypstamms unter hohen
Temperaturen mit dem des Wildtypstamms. Es wird davon ausgegangen,
dass die betreffende DNA eine Funktion aufweist, Pflanzen Widerstandsfähigkeit
gegenüber
Wärmebelastung
zu verleihen, wenn der Rückgang
der Wachstumsrate unter den Bedingungen hoher Temperaturen geringer
ist als jener beim Wildtypstamm.
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DNA,
die für
ein Protein kodiert, das funktionell dem Spl7-Protein entspricht,
das in Seq.-ID Nr. 2 beschrieben ist, kann beispielsweise nach fachbekannten
Verfahren erzeugt werden. Die Verfahren umfassen: Verfahren unter
Einsatz von Hybridisierungstechniken (E. M. Southern, Journal of
Molecular Biology 98, 503 (1975)) und Polymerasekettenreaktions-(PCR-)Verfahren
(R. K. Saiki et al.; Science 230, 1350–1354 (1985); R.K. Saiki et
al., Science 239, 487–491
(1988)). Es ist für
den Fachmann ein Routinevorgang, DNA mit hoher Homologie zum Spl7-Gen
aus Reis und anderen Pflanzen unter Verwendung der Nucleotidsequenz
des Spl7-Gens (Seq.-ID Nr. 1) oder Teilen davon als Sonde und von
Oligonucleotiden, die spezifisch an eine Nucleotidsequenz des Spl7-Gens
hybridisieren, als Primer zu isolieren. Derartige DNA, die für Proteine
kodiert, die funktionell mit dem Spl7-Protein äquivalent sind, und die durch
Hybridisierungs- oder PCR-Verfahren erhalten werden kann, wie in
den Ansprüchen
definiert, liegt im Schutzumfang von DNA dieser Erfindung.
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Hybridisierungsreaktionen
zur Isolierung von DNA werden bevorzugt unter stringenten Bedingungen ausgeführt. Stringente
Hybridisierungsbedingungen gemäß vorliegender
Erfindung umfassen Bedingungen wie: 6 M Harnstoff, 0,4 % SDS; und
0,5 × SSC.
Es wird DNA mit höherer
Homologie erwartet, wenn die Hybridisierung unter Bedingungen höherer Stringenz
durchgeführt
wird, wie z.B. 6 M Harnstoff, 0,4 % SDS und 0,1 × SSC. Es wird erwartet, dass
die DNA, die unter solchen Bedingungen isoliert wird, für ein Protein
kodiert, das einen hohen Grad an Aminosäurehomologie mit dem Spl7-Protein
(Seq.-ID Nr. 2) aufweist. Wie hierin verwendet steht der Ausdruck "hohe Homologie" der gesamten Aminosäuresequenz
für eine
Identität
von zumindest 50 % oder mehr, vorzugsweise 70 % oder mehr und noch
bevorzugter 90 % oder mehr (z.B. 95 % oder mehr). Der Grad an Sequenzhomologie
kann mittels der Programme BLASTn (auf Nucleotidebene) und BLASTx
(auf Aminosäureebene)
(Altschul et al., J. Mol. Biol. 215, 403–410 (1990)) bestimmt werden.
Diese Programme basieren auf dem BLAST-Algorithmus von Karlin und
Altschul (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 2264–2268 (1990) und Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 90, 5873–5877
(1993)). Zur Analyse von Nucleotidsequenzen nach BLASTN, werden
die Parameter beispielsweise auf Score = 100 und Wortlänge = 12
eingestellt. Andererseits werden die Parameter, die für die Analyse
von Aminosäuresequenzen
mittels BLASTX verwendet werden, auf Score = 50 und Wortlänge = 3
eingestellt. Es werden Standardparameter jedes Programms verwendet,
wenn das BLAST- und das Gapped-BLAST-Programm verwendet werden.
Spezifische Vorgangsweisen für
eine solche Analyse sind fachbekannt (http://www.ncbi.nlm.nih.gov).
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DNA
der vorliegenden Erfindung kann beispielsweise zur Produktion rekombinanter
Proteine verwendet werden, um Pflanzentransformanten mit unterdrückter Läsionsbildung
oder erhöhter
Widerstandsfähigkeit gegen
Wärme zu
produzieren, usw.
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Gemäß vorliegender
Erfindung wird ein rekombinantes Protein allgemein durch Einführen von
DNA, die für
ein Protein der vorliegenden Erfindung kodiert, in einen geeigneten
Expressionsvektor, durch Einführen des
Vektors in eine geeignete Zelle, durch Kultivieren der transformierten
Zellen, durch die Ermöglichung,
dass Zellen das rekombinante Protein exprimieren, und durch Reinigung
des exprimierten Proteins hergestellt. Ein rekombinantes Protein
kann als Fusionsprotein mit anderen Proteinen exprimiert werden,
um einfacher gereinigt werden zu können, z.B. als Fusionsprotein
mit Maltosebindungsprotein in Escherichia coli (New England Biolabs,
USA, Vektoren der pMAL-Reihe), als Fusionsprotein mit Glutathion-S-transferase (GST)
(Amersham Pharmacia Biotech, Vektoren der pGEX-Reihe) oder markiert
mit Histidin (Novagen, pET-Reihe). Die Wirtszelle ist nicht auf
einen bestimmten Typ beschränkt,
solange die Zelle zur Expression des rekombinanten Proteins geeignet
ist. Es ist möglich,
Hefe-, verschiedene Tier-, Pflanzen- oder Insektenzellen neben den
oben beschriebenen E. coli-Zellen zu verwenden. Ein Vektor kann über eine
Vielzahl fachbekannter Verfahren in eine Wirtszelle eingeführt werden.
Beispielsweise kann ein Transformationsverfahren unter Verwendung
von Kalziumionen (M. Mandel und A. Higa, Journal of Molecular Biology
53, 158–162
(1970); D. Hanahan, Journal of Molecular Biology 166, 557–580 (1983))
verwendet werden, um einen Vektor in E. coli einzuführen. Ein
rekombinantes Protein, das in Wirtszellen exprimiert wird, kann
aus den Wirtszellen oder deren Kulturüberstand mithilfe von Standardverfahren
gereinigt und gewonnen werden. Wenn ein rekombinantes Protein als
Fusionsprotein mit Maltosebindungsprotein oder anderen Partnern
exprimiert wird, kann das rekombinante Protein einfach mittels Affinitätschromatographie
gereinigt werden.
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Das
resultierende Protein kann verwendet werden, um einen Antikörper herzustellen,
der sich an das Protein bindet. Zum Beispiel kann ein polyklonaler
Antikörper
mittels Immunisierung von Tieren (wie z.B. Kaninchen) mit einem
gereinigten Protein der vorliegenden Erfindung oder einem Teil davon,
gefolgt von der Abnahme von Blut des Tieres nach einem bestimmten
Zeitraum und Entfernung der Blutgerinnsel hergestellt werden. Ein
monoklonaler Antikörper
kann durch Fusionieren von Myelomzellen mit antikörperbildenden
Zellen von Tieren, die mit dem obigen Protein oder einem Teil davon
immunisiert wurden, Isolieren einer monoklonalen Zelle, die einen
gewünschten
Antikörper
exprimiert (Hybridom), und Gewinnung des Antikörpers aus der Zelle hergestellt
werden. Der Antikörper,
der mithilfe dieses Verfahrens hergestellt wird, kann verwendet
werden, um ein Protein der vorliegenden Erfindung zu reinigen oder
zu detektieren. Dementsprechend umfasst ein anderer Aspekt der vorliegenden
Erfindung Antikörper,
die sich spezifisch an Proteine der Erfindung binden.
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Eine
Pflanzentransformante mit unterdrückter Bildung von Läsionen oder
verstärkter
Widerstandsfähigkeit
gegen Wärme
kann unter Einsatz von DNA der vorliegenden Erfindung hergestellt
werden. Speziell wird DNA, die für
ein Protein der vorliegenden Erfindung kodiert, in einen geeigneten
Vektor eingeführt,
der Vektor in eine Pflanzenzelle eingeführt und die resultierende transformierte
Pflanzenzelle regeneriert.
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Vektoren,
die zur Transformation der Pflanzenzelle verwendet werden, sind
nicht auf einen bestimmten Typ beschränkt, solange der Vektor insertierte
Gene in Pflanzenzellen exprimiert. Beispielsweise können Vektoren
verwendet werden, die Promotoren für konstitutive Genexpression
in Pflanzenzellen (z.B. Blumenkohl-Mosaikvirus-35S-Promotor) und Promotoren, die durch
exogene Reize induzierbar sind, umfassen. Der hierin verwendete
Begriff "Pflanzenzelle" umfasst verschiedene
Formen von Pflanzenzellen, wie z.B. kultivierte Zellsuspensionen,
Protoplasten, Blattschnitte und Kallus.
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Ein
Vektor kann mittels bekannter Verfahren, wie z.B. das Polyethylenglykol-Verfahren,
Elektroporation, agrobacteriumvermittelten Transfer und Teilchenbeschuss,
in Pflanzenzellen eingeführt
werden. Pflanzen können
aus transformierten Pflanzenzellen mittels fachbekannter Verfahren,
abhängig
vom Typ der Pflanzenzelle, regeneriert werden (Toki et al., Plant
Physiol. 100, 1503–1507
(1995)). Einige der Transformations- und Regenerationsverfahren
für Reispflanzen
umfassen: (1) Einführung
von Genen in Protoplasten unter Einsatz von Polyethylenglykol und
Regenerierung der Pflanze (geeignet für Indica-Reissorten) (S. K.
Datta, in "Gene Transfer
to Plants", I. Potrykus
und Spangenberg (Hrsg.), 66–74
(1995)); (2) Einführen
von Genen in Protoplasten unter Einsatz von elektrischen Impulsen
und Regenerierung der Pflanze (für
Japonica-Reissorten geeignet) (Toki et al.; Plant Physiol. 100,
1503–1507
(1992)), (3) direktes Einführen
von Genen in Zellen mittels Teilchenbeschuss und Regenerierung der
Pflanze (Christou et al. Bio/Technology 9, 957–962 (1991)); (4) Einführen von
Genen unter Einsatz von Agrobacterium und Regenerierung der Pflanze
(Hiei et al., Plant J. 6, 271–282
(1994)). Diese Verfahren sind gut etablierte, fachbekannte Verfahren
und werden auf dem Fachgebiet der vorliegenden Erfindung umfassend
eingesetzt. Diese Verfahren können
in der vorliegenden Erfindung in geeigneter Weise angewandt werden.
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Sobald
eine transformierte Pflanze erhalten wurde, welche die DNA der vorliegenden
Erfindung in das Genom eingeführt
enthält,
ist es möglich,
durch sexuelle oder vegetative Fortpflanzung Nachkommen dieser Pflanze
zu erhalten. Alternativ dazu können
Pflanzen aus Zuchtmaterialien (z.B. Samen, Früchte, Ähren, Knollen, Knöllchen,
Tubs, Kallus, Protoplasten etc.), die aus der Pflanze erhalten werden,
sowie durch Nachkommen oder Klone davon massenproduziert werden.
Pflanzenzellen, die mit DNA der vorliegenden Erfindung transformiert
wurden, Pflanzen, die diese Zellen umfassen, Nachkommen und Klone
dieser Pflanzen, sowie Zuchtmaterial, das von der Pflanze erhalten
wurde, ihre Nachkommen und Klone sind allesamt im Schutzumfang der
vorliegenden Erfindung enthalten.
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Pflanzen,
die wie zuvor beschrieben erzeugt wurden, weisen erhöhte Widerstandsfähigkeit
gegen Wärmebelastung
und unterdrückte
Bildung von Läsionen
im Vergleich zu Wildtyppflanzen auf. Unter Anwendung des Verfahrens
der vorliegenden Erfindung kann die Produktivität wertvoller Feldfrüchte wie
Reis erhöht werden,
was von großem
Vorteil ist.
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Kurzbeschreibung der Zeichnungen
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1 zeigt
Fotos eines Blatts der Spl7-Mutante KL210 (linkes Feld) und eines
Blatts von Nipponbare (rechtes Feld).
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2 zeigt
eine feinabgestufte Kopplungskarte des Spl7-Genregion und einer
Abgleichskarte von genomischen Klonen. A und B stehen für Genkarten,
die aus einer Segregationspopulation aus 298 Individuen bzw. 2944
Individuen erstellt wurde. C und D stehen für Abgleichskarten, die aus
YAC- bzw. PAC-Klonen von Nipponbare erstellt wurden.
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3 zeigt
eine feinabgestufte Genkarte der Spl7-Genregion und eine Karte,
welche die Kandidaten-Genomregion und das prognostizierte Gen darauf
zeigt.
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4 zeigt
die Struktur des Kandidaten-Spl7-Gens und vergleicht die genomische
Nucleotidsequenz von Nipponbare mit der von KL210.
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5 sind
Fotos eines Blatts der Spl7-Mutante KL210 (linkes Bild) und eines
Blatts der Transformante (4 Bilder rechts davon).
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6 stellt
die Beziehung zwischen den für
die Bildung einer Läsion
auf Spl7-Mutanten erforderlichen Tagen und der mittleren Temperatur
unter natürlichen
Wachstumsbedingungen dar.
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7 sind
Fotos eines Blatts der Spl7-Mutante KL210, die unter Abblocken ultravioletter
Strahlen gezüchtet
wurde (linkes Bild), und eines Blatts, das ohne Blockieren ultravioletter
Strahlen gezüchtet
wurde (rechtes Bild).
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Beste Art der Durchführung der
Erfindung
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Die
vorliegende Erfindung wird nachstehend unter Verweis auf Beispiele
spezifisch veranschaulicht, ist aber nicht als darauf beschränkt zu verstehen.
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[Beispiel 1]
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Herstellung einer Genkarte
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Eine
feinabgestufte Kopplungsanalyse einer Spl7-Region, die für Positionsklonierung
essentiell ist, wurde unter Einsatz einer Segregationspopulation
in großem
Maßstab
durchgeführt.
298 Individuen der F2-Population, die durch Kreuzung des Spl7-mutierten
Stamms mit SL18 erhalten wurde, wurden als Population für die Kopplungsanalyse
verwendet. SL18 hat einen genetischen Hintergrund von Nipponbare,
und sein Chromosom 5 wurde durch das von Kasalath ersetzt. Gemäß der Kopplungsanalyse,
die RFLP-Marker verwendet, wurde festgestellt, dass der Spl7-Locus
zwischen den RFLP-Markern S869 und R2781 liegt und mit C11368, S2581,
S1762, S1831 und B344 gemeinsam segregiert wird (2A).
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Weiters
wurden 2646 Individuen der F2-Population zur Kopplungsanalyse verwendet,
um eine feinabgestufte genetische Karte der Spl7-Region zu erzeugen.
CAPS-("cleaved amplified
polymorphic sequence", gespaltene
amplifizierte Polymorph-Sequenz-)Marker wurden für wirksame Analyseprozesse
verwendet. Genauer gesagt wurden Pflanzen mit Chromosomenrekombinationen
in Nachbarschaft zu Spl7 in der F2-Population unter Einsatz der
CAPS-Marker 3869 und R2781 gescreent, wobei jeder Marker zu Spl7
benachbart ist. Dementsprechend konnten 65 Rekombinanten selektiert
werden (2B). Unter Verwendung dieser
Rekombinanten wurde eine feinabgestufte Kopplungskarte mit RFLP-Markern
erzeugt, die wie nachstehend beschrieben hergestellt wurden.
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[Beispiel 2]
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Abgleich
der Spl7-Genregion unter Einsatz von künstlichen Hefechromosom-(YAC-)Klonen
und von P1 stammenden künstlichen
Chromosom-(PAC-)Klonen YAC-Klone, welche die Nucleotidsequenz der DNA-Marker
S869, C11368, 82581 und R2781 umfassten, die an den Spl7-Locus angrenzten,
wurden unter Einsatz der Abgleichskarte von Nipponbare-YAC-Klonen
im Rice Genome Research Program (2C) hergestellt.
Zusätzlich
wurden Endfragmente der angegebenen YAC-Kone, Y4666, Y2205, Y3824c,
Y6089 und Y2288 mithilfe des Kassettenverfahrens zum Abgleich der
angegebenen YAC-Klone isoliert. Die Ergebnisse zeigten, dass die
YAC-Klone Y4666, Y2205 und Y3824c die Spl7-Genregion umfassten (2C).
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Weiters
wurde zur Eingrenzung der Kandidatenregion für das Spl7-Gen der STS-Primersatz
(die Primer 5'-GACCTGTGCTCTGCCTTTCT-3'/Seq.-ID Nr. 3 und
5'-GTATGCCAACTGCTCAACTT-3'/Seq.-ID Nr. 4; amplifiziertes
genomisches Fragment mit 0,4 kb), der aus dem RFLP-Marker C11368
erzeugt wurde, der an derselben Position wie der Spl7-Locus lag,
zum Screening der Nipponbare-PAC-Klon-Bibliothek (mittlere Insertlänge 112
kb; 18.432 Klone; etwa das 4,5fache des Reisgenoms) eingesetzt,
die im Zuge des Rice Genome Research Program hergestellt wurde (Baba
et al., Bull. Natl. Inst. Agrobiol. Resour. 14, 24–36 (2000)).
Als Folge wurden 9 PAC-Klone selektiert. Durch Abgleich dieser PAC-Klone
wurde gezeigt, dass 8 PAC-Klone, die durch P0029H1 dargestellt sind,
den Spl7-Locus enthielten (2D).
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[Beispiel 3]
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Eingrenzung der Spl7-Genregion
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Die
Endfragmente von YAC- und PAC-Klonen, die durch Abgleich als innerhalb
der Spl7-Region liegend ermittelt wurden, wurden kloniert und als
neue RFLP- oder CAPS-Marker zur Herstellung einer feinabgestuften
genetischen Karte verwendet. Das Ergebnis zeigte, dass der Spl7-Locus
in einer Genomregion zwischen den RFLP-Markern P461H4T und P693G10S
liegt und gemeinsam mit RFLP-Marker C11368B segregiert wird. Dementsprechend
wurde gezeigt, dass der Spl7-Locus in einer Genomregion von etwa
16 kb zwischen den zwei Markern liegt (2).
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[Beispiel 4]
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Identifizierung der Kandidaten-Genomregion
durch Nucleotidsequenzanalyse
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Die
Kandidaten-Genomregion von 16 kb im PAC-Klon P0029H1, von der erwartet
wird, dass sie das Spl7-Gen enthält,
wurde Nucleotidsequenzanalyse unterzogen. Die Nucleotidsequenz wurde
durch Subklonierung der Kandidatenregion erst mit den Restriktionsenzymen
Not I und Sal I und dann mit verschiedenen anderen Restriktionsenzymen,
gefolgt vom Farbstoff-Primer-Verfahren analysiert. CAPS-Marker wurden
unter Nutzung der durch Kopplungsanalyse bestimmten Nucleotidsequenzinformation
der Kandidatenregion neu erstellt, um die Kandidatenregion weiter
einzugrenzen. Das Spl7-Gen segregierte gemeinsam mit dem CPAS-Marker
HsfC2-1 (Primer 5'-TCTCTCTCGTTCGTTCCCCG-3'/Seq.-ID Nr. 5 und
5'-TGGATAAATGGAGATGGGCA-3'/Seq. ID. Nr. 6;
Restriktionenzym Apa I), und bei S12C6-6d (Primer 5'-TCGGCATCGGCTATTATCGG-3'/Seq.-ID Nr. 7 und
5'-GATTTCGGGATACTGTGCGT/Seq.-ID
Nr. 8; Restriktionsenzym N1a III) und HsfC3-3' (Primer 5'-ACGATGTGTTTTGGGAGCGG-3'/Seq.-ID Nr. 9 und
5'-GACCTGTGCTCTGCCTTTCT-3/Seq.-ID
Nr. 10; Restriktionsenzym N1a III) wurden 3 bzw. 7 Rekombinanten
identifiziert.
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Somit
wurde gezeigt, dass das Spl7-Gen in einer Genomregion von etwa 3
kb zwischen den CAPS-Markern S12C6-6d und HsfC3-3' (3)
lag. Weiters wurde die Genprognose- und Ähnlichkeitssuche bezüglich Nucleotidsequenz
der Kandidaten-Genomregion
durchgeführt,
wobei nur ein Gen prognostiziert wurde, das eine ähnliche
Nucleotidsequenz wie das Hsf-Gen aufweist, das aus Pflanzen wie
Tomate und Arabidopsis isoliert wurde (3). Es zeigt
sich, dass das Hsf-Gen als transkriptionsregulierender Faktor eines durch
Hitzeschock induzierten Proteins wirkt.
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[Beispiel 5]
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Nucleotidsequenzanalyse des Spl7-Kandidatengens
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Unter
Einsatz des Hsf-ähnlichen
Gens als Kandidat für
das Spl7-Gen wurde die Nucleotidsequenz der entsprechenden Region
im mutierten Stamm KL210 bestimmt. Speziell wurde die Nucleotidsequenzanalyse durch
Klonierung von Produkten von genomischer PCR und RT-PCR unter Einsatz
von Primern durchgeführt, die
dazu geschaffen worden waren, die entsprechenden Nucleotide basierend
auf den bereits erhaltenen Nucleotidsequenzinformationen von Nipponbare
zu amplifizieren. Eine Substitution eines Nucleotids konnte durch
Vergleich der Nucleotidsequenz des Wildtyps mit jener der mutierten
Gene detektiert werden. Wie prognostiziert wurde, führt die
Nucleotidsubstition zu einer Substitution von Tryptophan zu Cystein
(4). Die substituierte Aminosäure ist ein Teil jener Aminosäuren, die
im Hsf-Gen stark konserviert sind. Daher scheint die Aminosäuresubstitution
der Grund für
den Verlust der Spl7-Proteinfunktion in mutierten Stämmen zu
sein.
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[Beispiel 6]
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Verifizierung der Kandidatengenfunktion
durch Transformation
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Das
5,6-kb-NspV-BglIII-Fragment der Nipponbare-Genomregion, das die
prognostizierte 5'-Stromauf-Promotorregion
umfasst, die als Kandidat für
das Spl7-Gen spezifiziert wurde, wurde in Vektor pPZP2H-lac insertiert,
sodass es zur Transformation mittels Agrobacterium verwendet werden
konnte. Die Transformation wurde gemäß dem Verfahren von Toki (Plant
Mol. Biol. Rep. 15, 16–21
(1997)) entweder unter Ein satz des Vektors Nr. 178, der zusammen
mit dem Fragment eingeführt
wird, oder des Vektors alleine durchgeführt. Der Spl7-mutierte Stamm
KL210 wurde als Stamm für
die Transformation verwendet. 150 bzw. 50 hygromycinresistente Individuen
wurden durch einen Transformationsversuch unter Einsatz des 5,6-kb-NspV-BglII-Fragments
und des Vektors alleine erhalten. Die Integration des Kandidatengens
wurde durch ein PCR-Verfahren unter Einsatz kandidatengenspezifischer
Primer (Sense-Strang 5'-GTCTCCGTGGCCGTGGCTGA-3'/Seq.-ID Nr 11 und
Antisense-Strang 5'-AACGAGGAATCTTAGAAGGG-3'/Seq.-ID Nr. 12)
bestätigt.
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Das
Ergebnis zeigt, dass alle 150 Transformanten das Kandidatengen enthielten.
Die Transformanten wurden in einem isolierten Gewächshaus
unter Bedingungen einer natürlichen
Tageslänge
(im März
aus einer Wachstumskammer in ein isoliertes Treibhaus (Tsukuba)
transferiert) gezüchtet,
um die Bildung von Läsionen zu
untersuchen. Als Ergebnis bildeten die Pflanzen, die mit dem Vektor
alleine transformiert waren, im späten Stadium des Wachstums ähnlich wie
der mutierte Stamm KL210 Läsionen,
während
keine Bildung von Läsionen
auf irgendeiner Pflanze zu beobachten war, in die das Kandidatengen
eingeführt
worden war (5). Weiters wurden von den 24
selbstbestäubten
Nachkommen, von denen erwartet wurde, dass sie nur mit einer Kopie
des Transgens transformiert waren, bei 6 Pflanzen Läsionen gebildet
und bei 18 Pflanzen nicht. Das resultierende Segregationsverhältnis stimmte
mit dem erwarteten Verhältnis
von 1:3 überein.
Diese Ergebnisse zeigen, dass es die Funktion der Kandidaten-Genregion
(NSpV-BglII mit 5,6 kb) ist, die Bildung von Läsionen auf dem mutierten Stamm
KL210 zu unterdrücken,
und auch, dass das Kandidatengen das Spl7-Gen ist.
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[Beispiel 7]
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Für
Läsionsbildung
erforderliche Bedingungen
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Die
Anzahl der Tage, die für
die Bildung von Läsionen
beim Spl7-mutierten Stamm KL210 notwendig sind, wurden durch Säen von KL210
und Nipponbare, die über
das Wildtypgen verfügten,
in einem Intervall von 14 Tagen, beginnend am 17. Mai 1999 untersucht.
Die Anzahl der Tage, die für
die Bildung von Läsionen erforderlich
war, nahm bei Pflanzen, die bis zum 23. August ausgesät wurden,
ab und stieg bei jenen, die am 6. September ausgesät wurden,
an (6). Andererseits stieg die mittlere Temperatur
von der Aussaat bis zur Bildung von Läsionen bis zum 9. August an
und ging danach wieder zurück
(6). Die kürzeste
Zeit bis zur Bildung von Läsionen
betrug 11 Tage für
jene Pflanzen, die am 23. August ausgesät wurden, als die mittlere Temperatur
zurückgegangen
war. Allerdings wurde die höchste
Temperatur von 36°C
1999 kurz vor der Bildung von Läsionen
verzeichnet. Mehr Tage (mehr als 60 Tage nach der Aussat) sind für die Bildung
von Läsionen
auf Pflanzen erforderlich, die in Wachstumskammern im Winter gezüchtet werden.
Weiters wurde im Winter auch der Grad der Läsionsbildung unterdrückt. Als
Pflanzen in einer Wachstumskammer wuchsen, in der die Temperatur
26°C oder
weniger betrug, zeigten sich während
keiner Wachstumsperiode Läsionen,
während in
einer Wachstumskammer, in der die Temperatur 37°C betrug, nach einem Monat Läsionen auftraten.
Aus diesen Ergebnissen wurde der Schluss gezogen, dass hohe Temperaturen
zu einem gewissen Grad für
die Bildung von Läsionen
essentiell sind, und außerdem,
dass hohe Temperaturen die Bildung von Läsionen verstärken.
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Als
Nächstes
wurden KL210 und Nipponbare gezüchtet,
indem sie mit Folien, die ultraviolette Strahlung abhielten, oder
mit Plastikfolien, die UV-Strahlen nicht abhielten, abgedeckt wurden.
Egal, mit welcher Folie KL210 abgedeckt wurde, war am 25. Tag nach
Aussaat eine Bildung von Läsionen
beobachtet. Allerdings war der Grad der Bildung von Läsionen auf
Pflanzen, die vor UV-Strahlung geschützt waren, im Vergleich zu jenen
unterdrückt,
bei denen UV-Strahlen durchgelassen wurden (7). Diese
Ergebnisse zeigen, dass UV-Strahlung eine der Bedingungen ist, die
für eine
verstärkte
Bildung von Läsionen
erforderlich sind.
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In
Anlehnung an die oben erhaltenen Ergebnisse wurde der Schluss gezogen,
dass das Hsf-ähnliche Gen
der Spl7-Genkandidat ist. Dann wurde mittels Positionsklonierungsverfahren
festgestellt, dass es das Spl7-Gen ist, das die Bildung von Läsionen bei
Reis unterdrückt.
Somit wurde die biologische Funktion von Hsf-ähnlichen Genen in Pflanzen
zum ersten Mal in der vorliegenden Erfindung bewiesen.
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Gewerbliche Anwendbarkeit
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Tropische
Pflanzen, z.B. Reis, sind im Vergleich zu Gerste bis zu einem gewissen
Grad an hohe Temperaturen angepasst und erwerben daher Widerstandsfähigkeit
gegen Wärmebelastung.
Allerdings steigt die Wachstumstemperatur von Pflanzen aufgrund
der globalen Erwärmung
an. Unter solchen Bedingungen waren zur Stabilisierung der zukünftigen
Produktion von Feldfrüchten
Verfahren erwünscht,
die dazu dienen, Pflanzen wirksam Widerstandsfähigkeit gegenüber Wärmebelastung
zu verleihen. Viele Punkte im Mechanismus der Widerstandsfähigkeit
gegenüber
Wärmebelastung
bleiben ungeklärt,
und es war kein wirksames Verfahren zur positiven Verstärkung der
Widerstandsfähigkeit
durch Modifikationen bekannt. Indem Pflanzen wirksam Widerstandsfähigkeit
gegenüber
Wärmebelastung
verliehen wird, wird nicht nur die stabile Nahrungsmittelproduktion
in heutigem Ausmaß trotz
der globalen Erwärmung
beibehalten, sondern es wird die Kultivierung von Feldfrüchten in
Regionen möglich,
wo es bisher nicht möglich
war, Pflanzen zu züchten.
Das Spl7-Gen der vorliegenden Erfindung verstärkt die Widerstandsfähigkeit
gegenüber
Wärmebelastung
bei Pflanzen und hat eine Funktion, die Bildung von Läsionen auf
Pflanzen zu unterdrücken.
Daher trägt
das Spl7-Gen der vorliegenden Erfindung stark zu den oben genannten
Zielen bei. SEQUENZPROTOKOLL