CN109661400A - 用于耗尽cd117+细胞的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了组合物和方法，该组合物和方法可用于耗尽CD117+细胞，以及用于治疗尤其是多种造血系统疾病、代谢紊乱、癌症和自身免疫性疾病。本文描述了抗体、抗原结合片段、配体及其缀合物，它们可以被应用于例如通过耗尽患者诸如人类中CD117+细胞的群体来实现这些状况的治疗。本文描述的组合物和方法可以用于例如通过耗尽CD117+癌细胞或自身免疫性细胞的群体来直接治疗紊乱。本文描述的组合物和方法还可以用于为患者准备造血干细胞移植疗法，并且通过在移植程序之前选择性耗尽内源性造血干细胞来改善造血干细胞移植物的植入。

Description

用于耗尽CD117+细胞的组合物和方法
发明领域
本发明涉及通过施用能够结合由造血细胞诸如造血干细胞表达的抗原的抗体、其抗原结合片段或配体来治疗罹患多种病理学诸如尤其是血液疾病、代谢紊乱、癌症和自身免疫性疾病的患者。
发明背景
尽管在医学领域取得了进步，但对治疗造血系统病理学，诸如尤其是特定血细胞的疾病、代谢紊乱、癌症和自身免疫性状况仍然存在需求。虽然造血干细胞具有显著的治疗潜力，但阻碍其在临床中使用的限制是与确保造血干细胞移植物在宿主中的植入相关的困难。目前，对用于促进外源性造血干细胞植入物的植入使得这些细胞的多潜能性和造血功能性在植入后得以保留的组合物和方法存在需求。
发明概述
本发明提供了用于直接治疗尤其是多种造血系统紊乱、代谢紊乱、癌症和自身免疫性疾病的组合物和方法。本发明另外的特征在于这样的方法，该方法用于在接受造血干细胞移植疗法之前调节患者诸如人类患者，以促进造血干细胞植入物的植入。患者可以是罹患一种或更多种血液紊乱诸如血红蛋白异常或其他造血病理学并且因此需要造血干细胞移植的患者。如本文描述的，造血干细胞能够分化成造血谱系中的众多细胞类型，并且可以被施用至患者以便植入(populate)或再植入(re-populate)患者中缺乏的细胞类型。本发明的特征在于用这样的方法，该方法用能够结合由造血细胞表达的蛋白(诸如CD117(包括，例如，GNNK+CD117))的抗体和药物-抗体缀合物治疗患者，以便(i)通过选择性耗尽表达CD117的细胞的群体诸如异常血细胞、癌细胞或自身免疫性细胞来直接治疗疾病，除其他以外诸如本文描述的血液紊乱、代谢疾病、癌症或自身免疫性疾病，和/或(ii)耗尽患者中的内源性造血干细胞的群体。前一种活性能够直接治疗与造血谱系细胞相关的各种各样的紊乱，因为CD117可以由癌性细胞，诸如尤其是白血病细胞，自身免疫性淋巴细胞诸如表达与自身抗原交叉反应的T细胞受体的T细胞表达。后一种活性(即造血干细胞的选择性耗尽)继而产生空位，该空位随后可以被外源性(例如，自体、同种异体或同基因的(syngeneic))造血干细胞植入物的移植填充。因此，本发明提供了治疗多种造血系统状况的方法，所述造血系统状况，除其他以外，诸如尤其是镰状细胞性贫血症、地中海贫血、范可尼贫血、威斯科特-奥尔德里奇综合征、腺苷脱氨酶缺乏症-重症综合性免疫缺陷、异染性脑白质营养不良症、Diamond-Blackfan贫血和Schwachman-Diamond综合征、人类免疫缺陷病毒感染和获得性免疫缺陷综合征，以及癌症和自身免疫性疾病。
在第一方面中，本发明提供了一种通过施用有效量的与细胞毒素缀合的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段来耗尽人类患者中CD117+细胞的群体的方法。
在另一方面中，本发明提供了一种通过在需要造血干细胞移植物的人类患者接受含有造血干细胞的移植物之前施用有效量的与细胞毒素缀合的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段来耗尽患者中CD117+细胞的群体的方法。
在另一方面中，本发明的特征在于例如治疗需要造血干细胞移植的人类患者的方法，所述方法包括向人类患者施用包含造血干细胞的移植物，其中所述患者先前已经被施用足以耗尽患者中CD117+细胞的群体的量的与细胞毒素缀合的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段。
在另外的方面中，本发明的特征在于例如治疗需要造血干细胞移植物的人类患者的方法，所述方法包括：向人类患者施用足以耗尽患者中CD117+细胞的群体的量的与细胞毒素缀合的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且随后向患者施用包含造血干细胞的移植物。
在本发明的前述方面中任一个的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段与细胞毒素缀合。
在以上方面中任一个中，细胞毒素可以是例如假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈碱、皂草素(saporin)、美登素、美登素的化学衍生物(maytansinoid)、澳瑞他汀(auristatin)、蒽环霉素、加利刹霉素(calicheamicin)、伊立替康、SN-38、倍癌霉素(duocarmycin)、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，CD117是GNNK+CD117。
在另一方面中，本发明提供了通过施用有效量的能够结合CD117的配体或其片段来耗尽人类患者中CD177+细胞的群体的方法。
在另一方面中，本发明提供了通过在需要造血干细胞移植物的人类患者接受包含造血干细胞的移植物之前施用有效量的能够结合CD117的配体或其片段来耗尽患者中CD117+细胞的群体的方法。
在另一方面中，本发明的特征在于例如治疗需要造血干细胞移植物的人类患者的方法，所述方法包括向人类患者施用包含造血干细胞的移植物，其中患者先前已经被施用足以耗尽患者中CD117+细胞的群体的量的能够结合CD117的配体或其片段。
在另外的方面中，本发明的特征在于例如治疗需要造血干细胞移植物的人类患者的方法，所述方法包括：向人类患者施用足以耗尽患者中CD117+细胞的群体的量的能够结合CD117的配体或其片段；并且随后向患者施用包含造血干细胞的移植物。
在前述四个方面中任一个的一些实施方案中，结合CD117(例如GNNK+CD117)的配体或其片段与Fc结构域，诸如从人类抗体分离的(例如，从IgG1、IgG2、IgG3或IgG4同种型人类抗体分离的)二聚Fc结构域共价结合。在一些实施方案中，Fc结构域是含有单条多肽链的单体Fc结构域。在一些实施方案中，配体或其片段的N-末端与Fc结构域结合。在一些实施方案中，配体或其片段的C末端与Fc结构域结合。Fc结构域可以与配体或其片段的一个或更多个拷贝缀合。例如，可以与本文描述的方法一起使用的缀合物包括二聚Fc结构域，其中Fc结构域的每条多肽链与配体或其片段缀合。Fc结构域继而可以与细胞毒素缀合，所述细胞毒素诸如本文描述的细胞毒素(例如，假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈碱、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体)。
在前述四个方面的一些实施方案中，配体或其片段与细胞毒素共价结合，所述细胞毒素诸如本文描述的细胞毒素(例如，假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈碱、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体)。在一些实施方案中，配体或其片段的N-末端与细胞毒素结合。在一些实施方案中，配体或其片段的C末端与细胞毒素结合。细胞毒素继而可以与Fc结构域缀合。
在一些实施方案中，配体或其片段在配体或其片段的一个位点(例如，配体或其片段的N-末端或C-末端)处与细胞毒素共价结合并且在配体或其片段上的另一个位点(例如，配体或其片段的相对末端)处与Fc结构域共价结合。
在一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG1同种型Fc结构域。在一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG2同种型Fc结构域。在一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG3同种型Fc结构域。在一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG4同种型Fc结构域。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，细胞毒素是鹅膏蕈毒素或其衍生物，诸如α-鹅膏蕈碱、β-鹅膏蕈碱、γ-鹅膏蕈碱、ε-鹅膏蕈碱、鹅膏素、鹅膏素酰胺(amaninamide)、一羟鹅膏素酰胺(amanullin)、一羟鹅膏毒肽羧酸(amanullinic acid)和proamanullin。在以上方面中任一个的一些实施方案中，细胞毒素是鹅膏蕈毒素，并且与细胞毒素缀合的抗体、其抗原结合片段或配体由式Ab-Am表示，其中Ab是抗体、其抗原结合片段或配体，并且Am是鹅膏蕈毒素。在一些实施方案中，Am由式(I)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分。
在一些实施方案中，Am精确地含有一个RC取代基。
在一些实施方案中，Am由式(IA)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；
Z是由L上存在的反应性取代基与结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分；并且
其中Am精确地含有一个RC取代基。
在一些实施方案中，Am由式(IB)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；
Z是由L上存在的反应性取代基与结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分；并且
其中Am精确地含有一个RC取代基。
在一些实施方案中，RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
其中Y选自O、S、NRE和CRERE'，并且
RE和RE'各自独立地是任选地被取代的C1-C6亚烷基-RC、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基-RC、任选地被取代的C2-C6亚烯基-RC、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基-RC、任选地被取代的C2-C6亚炔基-RC，任选地被取代的C2-C6杂亚炔基-RC、任选地被取代的环亚烷基-RC、任选地被取代的杂环亚烷基-RC、任选地被取代的亚芳基-RC或任选地被取代的杂亚芳基-RC。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3是H或RC；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC或NHRC；
R9是H或OH；并且
其中RC和RD各自如以上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3是H或RC；
R4和R5各自独立地是H、OH、ORC、RC或ORD；
R6和R7各自是H；
R8是OH、NH2、ORC或NHRC；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3、R4、R6和R7各自是H；
R5是ORC；
R8是OH或NH2；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3是RC；
R4、R6和R7各自是H；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H、OH、ORC或RC；
R8是OH或NH2；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H或OH；
R8是OH、NH2、ORC或NHRC；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(II)表示
其中X是S、SO或SO2；R1是H或与抗体或其抗原结合片段共价结合的连接基；并且R2是H或与抗体或其抗原结合片段共价结合的连接基；其中当R1是H时，R2是连接基，并且当R2是H时，R1是连接基。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，细胞毒素是选自由以下组成的组中的美登素的化学衍生物：DM1和DM4。在一些实施方案中，细胞毒素是选自由以下组成的组中的澳瑞他汀：单甲基澳瑞他汀E和单甲基澳瑞他汀F。在一些实施方案中，细胞毒素是选自由以下组成的组中的蒽环霉素：柔红霉素、多柔比星、表柔比星和伊达比星。
在另一方面中，本发明的特征在于通过施用有效量的能够结合GNNK+CD117的抗体或其抗原结合片段来消除人类患者中CD117+细胞的群体的方法。
另外，本发明的特征在于通过在需要造血干细胞移植物的人类患者接受含有造血干细胞的移植物之前施用有效量的能够结合GNNK+CD117的抗体或其抗原结合片段来耗尽患者中CD117+细胞的群体的方法。
在另一方面中，本发明的特征在于例如治疗需要造血干细胞移植物的人类患者的方法，所述方法包括向人类患者施用含有造血干细胞的移植物，其中患者先前已经被施用足以耗尽患者中的CD117+细胞的群体的量的能够结合GNNK+CD117的抗体或抗原结合片段。
在另外的方面中，本发明的特征例如治疗需要造血干细胞移植物的人类患者的方法，所述方法包括：向人类患者施用足以耗尽患者中CD117+细胞的群体的量的能够结合GNNK+CD117的抗体或其抗原结合片段，以及随后向患者施用包括造血干细胞的移植物。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的组：单克隆抗体或其抗原结合片段、多克隆抗体或其抗原结合片段、人源化抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段、双重可变免疫球蛋白结构域、单链Fv分子(scFv)、双体(diabody)、三体(triabody)、纳米抗体、抗体样蛋白支架、Fv片段、Fab片段、F(ab′)2分子和串联二-scFv。在一些实施方案中，抗体具有选自由以下组成的组中的同种型：IgG、IgA、IgM、IgD和IgE。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，抗体、其抗原结合片段或配体在施用至患者后被造血细胞诸如造血干细胞、癌细胞或自身免疫性细胞内化。例如，抗体、其抗原结合片段或配体可以通过受体介导的胞吞(例如，在与细胞表面CD117诸如GNNK+ CD117结合后)被造血干细胞、癌细胞或自身免疫性细胞内化。在一些实施方案中，与抗体或其抗原结合片段共价结合的细胞毒素可以通过化学裂解(例如，通过本文描述的连接基的酶促或非特异性裂解)在细胞内释放。然后细胞毒素可进入其细胞内靶(诸如尤其是有丝分裂纺锤体(mitotic spindle apparatus)、核DNA、核糖体RNA或拓扑异构酶)，以便在移植疗法之前促进内源性造血细胞诸如尤其是内源性造血干细胞、内源性癌细胞或内源性自身免疫性细胞等的死亡。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，抗体、其抗原结合片段或配体能够促进造血细胞诸如尤其是造血干细胞、癌症细胞或免疫细胞的坏死。在一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段在施用至患者后可以通过将一种或更多种补体蛋白、自然杀伤(NK)细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞和/或嗜酸性粒细胞募集到造血细胞诸如造血干细胞来促进内源性造血干细胞，尤其是内源性癌细胞或内源性自身免疫性细胞在移植疗法之前死亡。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，在抗体或其抗原结合片段的浓度已经基本上从患者的血液中清除之后，将含有造血干细胞的移植物施用至患者。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，在造血干细胞被移植到患者中后两天或更多天(例如，约2至约5天、约2至约7天、约2至约20天、约2天到约30天、诸如2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天或更多天)之后，造血干细胞或其后代仍然维持造血干细胞功能潜力。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，在造血干细胞被移植到患者中后，造血干细胞或其后代能够定位至造血组织诸如骨髓和/或重建血细胞生成。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，在移植到患者后，造血干细胞引起选自由以下组成的组的细胞的群体的恢复：巨核细胞、凝血细胞、血小板、红细胞、肥大细胞、myeoblast、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、小胶质细胞、粒细胞、单核细胞、破骨细胞、抗原呈递细胞、巨噬细胞、树突细胞、自然杀伤细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，方法用于诸如通过在造血干细胞移植疗法之前耗尽患者中造血干细胞的群体以便提供所移植的造血干细胞可以归巢至其的小生境(niche)来治疗一种或更多种紊乱。在移植后，造血干细胞可以建立富有成效的血细胞生成，以便补充患者中的缺乏的细胞类型或者例如被化学治疗方法主动杀伤或已经被杀伤的细胞类型。例如，患者可以是罹患干细胞紊乱的患者。在一些实施方案中，患者患有血红蛋白异常紊乱，诸如镰状细胞性贫血、地中海贫血、范可尼贫血、再生障碍性贫血和威斯科特-奥尔德里奇综合征(Wiskott-Aldrich syndrome)。患者可以罹患免疫缺陷紊乱，诸如先天性免疫缺陷紊乱或获得性免疫缺陷紊乱(例如，人类免疫缺陷病毒或获得性免疫缺陷综合征)。在一些实施方案中，患者罹患代谢紊乱，诸如糖原贮积病、黏多糖贮积病、高歇氏病(Gaucher's Disease)、Hurler病、鞘脂贮积病和异染性脑白质营养不良。在一些实施方案中，患者罹患选自由以下组成的组中的紊乱：腺苷脱氨酶缺乏症和重症综合性免疫缺陷、高免疫球蛋白M综合征、Chediak-Higashi病、遗传性淋巴组织细胞增多症、骨硬化病、成骨不全症、贮积病、重型地中海贫血、系统性硬化、系统性红斑狼疮和青少年类风湿性关节炎。在一些实施方案中，患者罹患自身免疫性疾病，诸如硬皮病、多发性硬化、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病、1型糖尿病。在一些实施方案中，患者罹患癌症或骨髓增生性疾病，诸如血液学癌症。在一些实施方案中，患者罹患急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、多发性骨髓瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤。在一些实施方案中，患者罹患骨髓增生异常疾病，诸如骨髓增生异常综合征。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，方法用于通过施用耗尽患者中CD117+癌细胞的群体的抗体、其抗原结合片段或配体和/或通过施用抗体、其抗原结合片段或配体以便在造血干细胞移植之前耗尽内源性造血干细胞的群体来直接治疗癌症，诸如以CD117+细胞为特征的癌症(例如，以CD117+细胞为特征的白血病)。在后一种情况下，移植继而可以重构例如在消除癌细胞的过程期间被耗尽的细胞的群体。癌症可以是血液学癌症，诸如急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性类淋巴性白血病、多发性骨髓瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤。
在以上方面中任一个的一些实施方案中，方法用于诸如通过施用抗体、其抗原结合片段或配体以便耗尽CD117+自身免疫性细胞的群体和/或通过施用抗体、其抗原结合片段或配体以便在造血干细胞移植之前耗尽内源性造血干细胞群来治疗自身免疫性疾病。在后一种情况下，移植继而可以重构例如在消除自身免疫性细胞的过程期间被耗尽的细胞的群体。自身免疫性疾病可以是例如硬皮病、多发性硬化(MS)、人类系统性红斑狼疮(SLE)、类风湿性关节炎(RA)、炎性肠病(IBD)、治疗银屑病、1型糖尿病(Type 1diabetes mellitus)(1型糖尿病(Type 1diabetes))、急性播散性脑脊髓炎(ADEM)、爱迪生氏病、普秃、强直性脊柱炎、抗磷脂抗体综合征(APS)、再生障碍性贫血、自身免疫性性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性内耳病(AIED)、自身免疫性淋巴细胞增生综合征(ALPS)、自身免疫性卵巢炎、巴洛病、白塞氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、恰加斯氏病、慢性疲劳免疫功能障碍综合征(CFIDS)、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病、克罗恩氏病(Crohn's disease)、瘢痕性类天疱疮、乳糜泻性疱疹样皮炎、冷凝集素病、CREST综合征、Degos病、盘状红斑狼疮、自主神经功能障碍、子宫内膜异位、原发性混合型冷球蛋白血症(essential mixedcryoglobulinemia)、纤维肌痛-纤维肌炎、Goodpasture综合征、格雷夫斯病、格林-巴利综合征(GBS)、桥本氏甲状腺炎、化脓性汗腺炎、特发性和/或急性血小板减少性紫癜、特发性肺纤维化、IgA神经病变、间质性膀胱炎、青少年关节炎、川崎病、扁平苔藓、莱姆病、梅尼埃病、混合性结缔组织病(MCTD)、重症肌无力、神经性肌强直、斜视眼阵挛肌阵挛综合征(OMS)、视神经炎、奥德氏甲状腺炎、寻常型天疱疮、恶性贫血、多软骨炎、多肌炎和皮肌炎、原发性胆汁性肝硬化、结节性多动脉炎、多腺体综合征、风湿性多肌痛、原发性无丙种球蛋白血症、雷诺现象、Reiter综合征、风湿热、结节病、硬皮病、干燥综合征、僵人综合征、Takayasu氏动脉炎、颞动脉炎(又称“巨细胞动脉炎”)、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、血管炎、白癜风、外阴痛(“外阴前庭炎”)和韦格纳肉芽肿病。
因此，在以上方面中任一个的一些实施方案中，本发明的特征在于治疗血红蛋白异常紊乱的方法，所述血红蛋白异常紊乱诸如镰状细胞性贫血、地中海贫血、范可尼贫血、再生障碍性贫血和威斯科特-奥尔德里奇综合征。在一些实施方案中，本发明的特征在于治疗免疫缺陷紊乱的方法，所述免疫缺陷紊乱诸如先天性免疫缺陷紊乱或获得性免疫缺陷紊乱(例如，人类免疫缺陷病毒或获得性免疫缺陷综合征)。在一些实施方案中，本发明的特征在于治疗代谢紊乱的方法，所述代谢紊乱诸如糖原贮积病、黏多糖贮积病、高歇氏病、Hurler病、鞘脂贮积病和异染性脑白质营养不良。在一些实施方案中，本发明的特征在于治疗选自由以下组成的组的紊乱的方法：腺苷脱氨酶缺乏症和重症综合性免疫缺陷、高免疫球蛋白M综合征、Chediak-Higashi病、遗传性淋巴组织细胞增多症、骨硬化病、成骨不全症、贮积病、重型地中海贫血、系统性硬化、系统性红斑狼疮和青少年类风湿性关节炎。在一些实施方案中，本发明的特征在于治疗自身免疫性疾病的方法，所述自身免疫性疾病诸如硬皮病、多发性硬化、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病、和1型糖尿病。在一些实施方案中，本发明的特征在于治疗癌症或骨髓增生性疾病诸如血液学癌症的方法。在一些实施方案中，本发明的特征在于治疗急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴性白血病、多发性骨髓瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤的方法。在一些实施方案中，患者罹患骨髓增生性疾病，诸如骨髓增生异常综合征。在这些实施方案中，方法可以包括施用根据本发明的以上描述的方面和实施方案中任一个的方法的结合CD117(例如，GNNK+CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体和/或造血干细胞移植物的步骤。
类似地，在以上方面中任一个的一些实施方案中，本发明提供了直接治疗癌症，诸如以CD117+细胞为特征的癌症(例如，以CD117+细胞为特征的白血病)的方法。在这些实施方案中，方法包括施用结合CD117(例如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体。癌症可以是血液学癌症，诸如急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴性白血病、多发性骨髓瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤。
另外，在以上方面中任一个的一些实施方案中，本发明提供了治疗自身免疫性疾病的方法，所述自身免疫性疾病诸如多发性硬化(MS)、人类系统性红斑狼疮(SLE)、类风湿性关节炎(RA)、炎性肠病(IBD)、治疗银屑病、1型糖尿病(Type 1diabetes mellitus)(1型糖尿病(Type 1diabetes))、急性播散性脑脊髓炎(ADEM)、爱迪生氏病、普秃、强直性脊柱炎、抗磷脂抗体综合征(APS)、再生障碍性贫血、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性内耳病(AIED)、自身免疫性淋巴细胞增生综合征(ALPS)、自身免疫性卵巢炎、巴洛病、白塞氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、恰加斯氏病、慢性疲劳免疫功能障碍综合征(CFIDS)、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病、克罗恩氏病、瘢痕性类天疱疮、乳糜泻性疱疹样皮炎、冷凝集素病、CREST综合征、Degos病、盘状红斑狼疮、自主神经功能障碍、子宫内膜异位、原发性混合型冷球蛋白血症、纤维肌痛-纤维肌炎、Goodpasture综合征、格雷夫斯病、格林-巴利综合征(GBS)、桥本氏甲状腺炎、化脓性汗腺炎、特发性和/或急性血小板减少性紫癜、特发性肺纤维化、IgA神经病变、间质性膀胱炎、青少年关节炎、川崎病、扁平苔藓、莱姆病、梅尼埃病、混合性结缔组织病(MCTD)、重症肌无力、神经性肌强直、斜视眼阵挛肌阵挛综合征(OMS)、视神经炎、奥德氏甲状腺炎、寻常型天疱疮、恶性贫血、多软骨炎、多肌炎和皮肌炎、原发性胆汁性肝硬化、结节性多动脉炎、多腺体综合征、风湿性多肌痛、原发性无丙种球蛋白血症、雷诺现象、Reiter综合征、风湿热、结节病、硬皮病、干燥综合征、僵人综合征、Takayasu氏动脉炎、颞动脉炎(也被称为“巨细胞动脉炎”)、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、血管炎、白癜风、外阴痛(“外阴前庭炎”)和韦格纳肉芽肿病。在这些实施方案中，方法包括施用结合CD117(例如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体。
在另一方面中，本发明的特征在于通过使群体与有效量的由式Ab-Am表示的缀合物接触来耗尽CD117+(例如GNNK+ CD117)细胞的群体的方法，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段并且Am是鹅膏蕈毒素。Am可以由式(IA)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4、R5、R6和R7各自独立地是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与抗体或其抗原结合片段内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分，
其中Am精确地含有一个RC取代基。
在一些实施方案中，Am由式(IB)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；
Z是由L上存在的反应性取代基与结合CD117(诸如GNNK+CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分；并且
其中Am精确地含有一个RC取代基。
在另一方面中，本发明的特征在于由式Ab-Am表示的缀合物，其中Ab是结合CD117(例如GNNK+CD117)的抗体或其抗原结合片段，并且Am是鹅膏蕈毒素。在一些实施方案中，Am由以上式(IA)或式(IB)表示。
在前述两个方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段通过抗体或其抗原结合片段的Fc结构域中的半胱氨酸残基与鹅膏蕈毒素缀合。在一些实施方案中，半胱氨酸残基通过抗体或其抗原结合片段的Fc结构域中的突变被引入。例如，半胱氨酸残基可以选自由以下组成的组：Cys118、Cys239和Cys265。
在这些方面的一些实施方案中，半胱氨酸残基天然存在于抗体或其抗原结合片段的Fc结构域中。例如，Fc结构域可以是IgG Fc结构域，诸如人类IgG1Fc结构域，并且半胱氨酸残基可以选自由以下组成的组：Cys261、Csy321、Cys367和Cys425。
在这些方面的一些实施方案中，R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3、R4、R6和R7各自是H；
R5是ORC；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
在一些实施方案中，R1和R2各自独立地是H或OH；
R3是RC；
R4、R6和R7各自是H；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
在一些实施方案中，R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4是ORC或RC；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
在一些实施方案中，R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H或OH；
R8是ORC或NHRC；并且
R9是H或OH。
在这些方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段被CD117+细胞内化。
在这些方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段以以下的Kd结合CD117：小于1μM、小于750nM、小于500nM、小于250nM、小于200nM、小于150nM、小于100nM、小于75nM、小于50nM、小于10nM、小于1nM、小于0.1nM、小于10pM、小于1pM或小于0.1pM。在一些实施方案中，Kd为约0.1pM至约1μM。
在这些方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段以约9×10-2M-1s-1至约1×102M-1s-1的kon结合CD117。
在这些方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段竞争性抑制CD117与第二抗体或其抗原结合片段的结合，其中第二抗体或其抗原结合片段具有以下互补决定区(CDR)：
a.具有氨基酸序列SYWIG(SEQ ID NO:1)的CDR-H1；
b.具有氨基酸序列IIYPGDSDTRYSPSFQG(SEQ ID NO:2)的CDR-H2；
c.具有氨基酸序列HGRGYNGYEGAFDI(SEQ ID NO:3)的CDR-H3；
d.具有氨基酸序列RASQGISSALA(SEQ ID NO:4)的CDR-L1；
e.具有氨基酸序列DASSLES(SEQ ID NO:5)的CDR-L2；和
f.具有氨基酸序列CQQFNSYPLT(SEQ ID NO:6)的CDR-L3。
在这些方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段是选自由以下组成的组：单克隆抗体或其抗原结合片段、多克隆抗体或其抗原结合片段、人源化抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段、双重可变免疫球蛋白结构域、单链Fv分子(scFv)、双体、三体、纳米抗体、抗体样蛋白支架、Fv片段、Fab片段、F(ab′)2分子和串联二-scFv。
在另一方面中，本发明的特征在于由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117(例如GNNK+ CD117)的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是细胞毒素。在该方面的一些实施方案中，细胞毒素是假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类或吲哚并苯二氮卓类二聚体，或前述细胞毒素中任一种的变体。
在该方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段被CD117+细胞内化。
在该方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段以以下的Kd结合CD117：小于1μM、小于750nM、小于500nM、小于250nM、小于200nM、小于150nM、小于100nM、小于75nM、小于50nM、小于10nM、小于1nM、小于0.1nM、小于10pM、小于1pM或小于0.1pM。在一些实施方案中，Kd为约0.1pM至约1μM。
在该方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段以约9×10-2M-1s-1至约1×102M-1s-1的kon结合CD117。
在该方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段竞争性抑制CD117与第二抗体或其抗原结合片段的结合，其中第二抗体或其抗原结合片段具有以下CDR：
a.具有氨基酸序列SYWIG(SEQ ID NO:1)的CDR-H1；
b.具有氨基酸序列IIYPGDSDTRYSPSFQG(SEQ ID NO:2)的CDR-H2；
c.具有氨基酸序列HGRGYNGYEGAFDI(SEQ ID NO:3)的CDR-H3；
d.具有氨基酸序列RASQGISSALA(SEQ ID NO:4)的CDR-L1；
e.具有氨基酸序列DASSLES(SEQ ID NO:5)的CDR-L2；和
f.具有氨基酸序列CQQFNSYPLT(SEQ ID NO:6)的CDR-L3。
在该方面的一些实施方案中，抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的组：单克隆抗体或其抗原结合片段、多克隆抗体或其抗原结合片段、人源化抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段、双重可变免疫球蛋白结构域、单链Fv分子(scFv)、双体、三体、纳米抗体、抗体样蛋白支架、Fv片段、Fab片段、F(ab体、2分子和串联二-scFv。在一些实施方案中，抗体具有选自由以下组成的组的同种型：IgG、IgA、IgM、IgD和IgE。
在另一方面中，本发明的特征在于结合CD117(例如，GNNK+CD117)的配体或其片段与Fc结构域，诸如从人类抗体分离的(例如，从IgG1、IgG2、IgG3或IgG4同种型人类抗体分离的)二聚Fc结构域共价结合。在该方面的一些实施方案中，Fc结构域是含有单条多肽链的单体Fc结构域。在该方面的一些实施方案中，配体或其片段的N-末端与Fc结构域结合。在该方面的一些实施方案中，配体或其片段的C末端与Fc结构域结合。Fc结构域可以与配体或其片段的一个或更多个拷贝缀合。例如，本文描述的缀合物包括二聚Fc结构域，其中Fc结构域的每条多肽链与配体或其片段缀合。Fc结构域继而可以与细胞毒素缀合，所述细胞毒素诸如本文描述的细胞毒素(例如，假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈毒素、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体)。
在该方面的一些实施方案中，配体或其片段与细胞毒素共价结合，所述细胞毒素诸如本文描述的细胞毒素(例如，假单胞菌外毒素A，deBouganin、白喉毒素、鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈毒素、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体)。在该方面的一些实施方案中，配体或其片段的N-末端与细胞毒素结合。在该方面的一些实施方案中，配体或其片段的C末端与细胞毒素结合。细胞毒素继而可以与Fc结构域缀合。
在该方面的一些实施方案中，配体或其片段在配体或其片段上的一个位点(例如，配体或其片段的N-末端或C-末端)处与细胞毒素共价结合，并且在配体或其片段上另一个位点(例如，配体或其片段的相对末端)处与Fc结构域共价结合。
在该方面的一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG1同种型Fc结构域。在该方面的一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG2同种型Fc结构域。在该方面的一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG3同种型Fc结构域。在该方面的一些实施方案中，Fc结构域是人类IgG4同种型Fc结构域。
附图简述
图1是显示不同浓度的抗-CD117单克隆抗体或同种型匹配的阴性对照(其中各自通过皂草素缀合的Fab片段与皂草素缀合)对Kasumi-1细胞体外存活力的影响的图。使用如下文中的实施例4中描述的Annexin V染色评价细胞存活力。
图2是显示不同浓度的抗-CD117单克隆抗体Ab A、Ab B、和Ab C，或同种型匹配的阴性对照(其中各自通过皂草素缀合的Fab片段与皂草素缀合)对Kasumi-1细胞体外存活力的影响的图。使用如下文中的实施例4中描述的CellTiter-GloTM(Promega,Madison,WI)测定试剂盒评价细胞存活力。
图3是示显不同浓度的抗CD117单克隆抗体或同种型匹配的阴性对照(其中各自与单甲基澳瑞他汀E(MMAE)、单甲基澳瑞他汀F(MMAF)或α-鹅膏蕈碱直接缀合)对Kasumi-1细胞体外存活力的影响的图。使用如下文中的实施例4中描述的CellTiter-GloTM测定试剂盒评价细胞存活力。
图4A和图4B是显示不同浓度的抗CD117单克隆抗体或同种型匹配的阴性对照(其中各自与皂草素或α-鹅膏蕈碱缀合，如下实施例4中描述的)对人类CD34+细胞的体外存活力的影响的图。使用流式细胞术(图4A)或CellTiter-GloTM测定试剂盒(图4B)评价细胞存活力。
图5A和图5B是显示不同浓度的抗CD117单克隆抗体或同种型匹配的阴性对照(其中各自与MMAE或MMAF直接缀合)对人类CD34+细胞体外存活力的影响的图。使用流式细胞术评价细胞存活力。
图6是显示在NSG小鼠中不同剂量的与α-鹅膏蕈碱缀合的抗CD117单克隆抗体以及同种型匹配的阴性对照抗体-α-鹅膏蕈碱缀合物和单独的抗CD117单克隆抗体对人类CD34+细胞的存活力的影响的图，如下文实施例4中描述的。
详述
本发明提供了治疗多种紊乱的方法，所述紊乱诸如尤其是造血谱系中的细胞类型的疾病、癌症、自身免疫性疾病、代谢紊乱和干细胞紊乱等。本文描述的组合物和方法可以(i)直接耗尽引起病理学的细胞的群体，诸如癌细胞(例如，白血病细胞)和自身免疫性细胞(例如，自身反应性T细胞)的群体，和/或(ii)耗尽内源性造血干细胞的群体，以便通过提供所移植的细胞可以归巢至其的小生境来促进所移植的造血干细胞的植入。前述活性可以通过施用能够结合由内源性致病细胞或造血干细胞表达的抗原的抗体、其抗原结合片段或配体来实现。在直接治疗疾病的情况下，该施用可以引起引起感兴趣的病理学的细胞数量的减少。在为患者准备造血干细胞移植疗法的情况下，该施用可以引起内源性造血干细胞的群体的选择性耗尽，从而在造血组织诸如骨髓中产生空位，该空位随后可以被移植的外源性造血干细胞填充。本发明部分地基于以下发现：能够结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段和配体可以被施用至患者以实现以上两种活性。结合CD117的抗体、其抗原结合片段和配体可以被施用至罹患癌症或自身免疫性疾病的患者，以直接耗尽癌性细胞或自身免疫性细胞的群体，并且还可被施用至需要造血干细胞移植疗法的患者，以促进移植的造血干细胞的存活和植入可能性。
由于施用抗CD117抗体、其抗原结合片段或配体，造血干细胞移植物的植入可以在多种经验测量中表现出来。例如，移植的造血干细胞的植入可以通过评价在施用能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段以及随后施用造血干细胞移植物后的患者的骨髓内存在的竞争性再植入单位(competitive repopulating unit)(CRU)的数量来评价。另外，人们可以通过将报告物基因(诸如催化产生荧光、发色或发光产物的化学反应的酶)掺入到藉以已经转染供体造血干细胞的载体中，并且然后监测造血干细胞已经归巢到其中的组织诸如骨髓中的对应信号来观察造血干细胞移植物的植入。人们还可以通过评价造血干细胞和祖细胞的数量和存活(例如，如通过本领域已知的荧光激活细胞分选(FACS)分析方法确定的)来观察造血干细胞植入。植入也可以通过在移植后期间中测量外周血中的白细胞计数，和/或通过测量骨髓抽出物样品中供体细胞对骨髓细胞的恢复来确定。
以下部分提供了抗体、其抗原结合片段和配体以及向患者施用这样的治疗剂的方法(例如，在造血干细胞移植之前)的描述，所述抗体抗体、其抗原结合片段和配体可以被施用至患者，诸如罹患癌症或自身免疫性疾病的患者，或需要造血干细胞移植疗法的患者，以便促进造血干细胞植入物的植入。
定义
如本文使用的，术语“约”是指高于或低于所描述的值的10％以内的值。例如，术语“约5nM”指示4.5nM至5.5nM的范围。
如本文使用的，术语“鹅膏蕈毒素”是指由鬼笔鹅膏(Amanita phalloides)蘑菇产生的鹅膏蕈毒素肽家族成员，或其变体或衍生物，诸如其能够抑制RNA聚合酶II活性的变体或衍生物。可用于与本文所描述的组合物和方法结合使用的鹅膏蕈毒素包括根据下式(III)的化合物，诸如α-鹅膏蕈碱、β-鹅膏蕈碱、γ-鹅膏蕈碱、ε-鹅膏蕈碱、鹅膏素、鹅膏素酰胺、一羟鹅膏素酰胺、、一羟鹅膏毒肽羧酸和proamanullin。式(III)如下：
其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H或RD；
R4是H、OH、ORD或RD；
R5是H、OH、ORD或RD；
R6是H、OH、ORD或RD；
R7是H、OH、ORD或RD；
R8是OH、NH2或ORD；
R9是H、OH或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；并且
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基。
例如，可与本文描述的组合物和方法结合使用的鹅膏蕈毒素包括根据下式(IIIA)的化合物：
其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H或RD；
R4是H、OH、ORD或RD；
R5是H、OH、ORD或RD；
R6是H、OH、ORD或RD；
R7是H、OH、ORD或RD；
R8是OH、NH2或ORD；
R9是H、OH或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；并且
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基。
可与本文描述的组合物和方法结合使用的鹅膏蕈毒素还包括根据下式(IIIB)的化合物：
其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H或RD；
R4是H、OH、ORD或RD；
R5是H、OH、ORD或RD；
R6是H、OH、ORD或RD；
R7是H、OH、ORD或RD；
R8是OH、NH2或ORD；
R9是H、OH或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；并且
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基。
如本文描述，可以通过例如连接基部分将鹅膏蕈毒素与抗体、其抗原结合片段或配体缀合。可用于这类方法的鹅膏蕈毒素缀合的示例性方法和连接基描述于标题为“用于化学缀合的连接基”的部分以及下表1中。可用于与根据本文所描述的组合物和方法的合抗体、抗原结合片段或配体缀合的示例性含有连接基的鹅膏蕈毒素以本文例举的结构式(I)、(IA)、(IB)和(II)显示。
如本文使用的，术语“抗体”是指与特定抗原特异性结合或与特定抗原免疫反应的免疫球蛋白分子，并且包括多克隆、单克隆、基因工程和其他方式修饰形式的抗体，包括但不限于嵌合抗体、人源化抗体、异源缀合抗体(例如，双特异性抗体、三特异性抗体、和四特异性抗体、双体、三体和四体(tetrabody))和抗体的抗原结合片段，包括例如Fab'、F(ab')2、Fab、Fv、rlgG和scFv片段。除非另有指示，否则术语“单克隆抗体”(mAb)意在包括能够与靶蛋白特异性结合的完整分子以及抗体片段(包括例如Fab和F(ab')2片段)两者。如本文使用的，Fab和F(ab')2片段是指缺乏完整抗体的Fc片段的抗体片段。本文描述了这些抗体片段的实例。
如本文使用的术语“抗原结合片段”是指抗体的一个或更多个片段，其保留与靶抗原特异性结合的能力。抗体的抗原结合功能可以通过全长抗体的片段进行。抗体片段可以是例如Fab、F(ab')2、scFv、双体、三体、亲和体(affibody)、纳米抗体、适配体或结构域抗体。涵盖术语抗体的“抗原结合片段”的结合片段的实例包括但不限于：(i)Fab片段，由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段；(ii)F(ab')2片段，含有在铰链区通过二硫键连接的两个Fab片段的二价片段；(iii)由VH和CH1结构域组成的Fd片段；(iv)由抗体单臂的VL和VH结构域组成的Fv片段，(v)包含VH和VL结构域的dAb；(vi)由VH结构域组成的dAb片段(参见，例如，Ward等人,Nature 341:544-546,1989)；(vii)由VH或VL结构域组成的dAb；(viii)分离的互补决定区(CDR)；和(ix)两个或更多个(例如，两个、三个、四个、五个或六个)分离的CDR的组合，该CDR可以任选地通过合成连接基连接。此外，尽管Fv片段的两个结构域VL和VH由单独的基因编码，但它们可以使用重组方法通过连接基连接，该连接基使得它们能够成为单个蛋白链，其中VL和VH区配对形成单价分子(称为单链Fv(scFv)；参见例如Bird等人,Science242:423-426,1988和Huston等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883,1988)。这些抗体片段可以使用本领域技术人员已知的常规技术获得，并且可以以与完整抗体相同的方式筛选这些片段的效用。抗原结合片段可以通过重组DNA技术、完整免疫球蛋白的酶促或化学裂解，或在某些情况下，通过本领域已知的化学肽合成程序产生。
如本文使用的，术语“抗-CD117抗体”是指含有能够与CD117(例如GNNK+CD117)特异性结合的蛋白或肽的分子，所述分子包含免疫球蛋白分子的至少一部分，诸如但不限于重链或轻链或其配体结合部分的至少一个互补决定区(CDR)、重链或轻链可变区、重链或轻链恒定区、框架区或其任何部分。抗CD117抗体还包含抗体样蛋白支架，诸如III型纤连蛋白第十结构域(10Fn3)，其含有在结构和溶剂可及性方面相似于抗体CDR的BC、DE和FG结构环。10Fn3结构域的三级结构类似于IgG重链的可变区的三级结构，并且本领域技术人员可以通过用来自抗CD117单克隆抗体的CDRH-1、CDRH-2或CDRH-3区的残基代替10Fn3的BC、DE和FG环的残基将例如抗CD117单克隆抗体的CDR移植到纤连蛋白支架上。
如本文使用的，术语“双特异性抗体”是指例如能够结合至少两种不同抗原的单克隆抗体，通常是人类或人源化抗体。例如，结合特异性中的一种可以针对造血干细胞表面抗原，CD117(例如，GNNK+ CD117)，并且另一种可以特异性结合不同的造血干细胞表面抗原或另一种细胞表面蛋白，诸如尤其是参与加强细胞生长的信号转导途径的受体或受体亚基。
如本文使用的，术语“互补决定区”(CDR)是指在抗体的轻链和重链可变结构域中均发现的高变区。可变结构域的更高度保守的部分称为框架区(FR)。描绘抗体的高变区的氨基酸位置可以根据背景和本领域已知的各种定义而变化。可变结构域内的一些位置可以被视为混合高变位置，因为这些位置可以根据一组标准被认为是在高变区内，而根据不同组标准被认为是在高变区外。这些位置中的一个或更多个也可以见于扩展的高变区中。本文描述的抗体可以在这些混合高变位置中含有修饰。天然重链和轻链的可变结构域各自含有通过三个CDR连接的四个框架区，其主要采用β-折叠构型，该CDR形成连接β-折叠结构的环，并且在一些情况下形成β-折叠结构的一部分。每个链中的CDR通过框架区以FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4的顺序紧密靠近在一起，并且与来自其他抗体链的CDR一起促成抗体的靶结合位点的形成(参见Kabat等人,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,National Institute of Health,Bethesda,MD.,1987)。如本文使用的，除非另有指示，否则根据Kabat等人的免疫球蛋白氨基酸残基编号系统进行免疫球蛋白氨基酸残基的编号。
如本文使用的，术语“调节(condition)”和“调节性(conditioning)”是指患者通过其准备接受含有造血干细胞的移植物的过程。这样的程序促进造血干细胞移植物的植入(例如，由从在调节性程序和随后的造血干细胞移植后的患者分离的血液样品内存活的造血干细胞数量的持续增加推断)。根据本文所描述的方法，通过向患者施用能够结合由造血干细胞(诸如CD117(例如GNNK+ CD117)表达的抗原的抗体或其抗原结合片段，患者可以被调节以便于造血干细胞移植疗法。如本文描述的，抗体可以与细胞毒素共价缀合以形成药物-抗体缀合物。将能够结合前述抗原中的一种或更多种的抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物施用至需要造血干细胞移植疗法的患者可以例如通过选择性耗尽内源性造血干细胞从而产生被外源性造血干细胞移植物填充的空位来促进造血干细胞植入物的植入。
如本文使用的，术语“缀合物”是指通过化学键合一个分子(诸如抗体或其抗原结合片段)的反应性官能基团与另一分子(诸如本文所描述的细胞毒素)的适当反应性官能团形成的化合物。缀合物可以在彼此结合的两个分子之间包含连接基。可以用于形成缀合物的连接基的实例包括含肽的连接基，诸如含有天然存在的或非天然存在的氨基酸，诸如D-氨基酸的连接基。可以使用本文描述的和本领域已知的各种策略制备连接基。取决于其中的反应性组分，可以通过例如酶促水解、光解、在酸性条件下水解、在碱性条件下水解、氧化、二硫化物还原、亲核裂解或有机金属裂解来裂解连接基(参见，例如Leriche等人,Bioorg.Med.Chem.,20:571-582,2012)。
如本文使用的，术语“偶联反应”是指化学反应，其中两个或更多个适于彼此反应的取代基发生反应以形成将与每个取代基结合的分子片段连接起来(例如，共价地)的化学部分。偶联反应包括那些反应，其中与作为细胞毒素(诸如本领域已知的或本文所描述的细胞毒素)的片段结合的反应性取代基和与作为抗体、其抗原结合片段或配体(诸如对本领域已知或本文所描述的CD117(诸如GNNK+ CD117)具有特异性的抗体、其抗原结合片段或配体)的片段结合的适当反应性取代基发生反应。适当反应性取代基的实例包括亲核体/亲电子体对(例如尤其是，硫醇/卤代烷基对、胺/羰基对或硫醇/α,β-不饱和羰基对)、二烯/亲二烯体对(例如尤其是，叠氮化物/炔烃对)等。偶联反应包括但不限于硫醇烷基化、羟基烷基化、胺烷基化、胺缩合、酰胺化、酯化、二硫化物形成、环加成(例如尤其是[4+2]Diels-Alder环加成、[3+2]Huisgen环加成)、亲核芳族取代、亲电芳族取代和本领域已知或本文所描述的其他反应形式。
如本文使用的，“CRU(竞争性再植入单位)”是指在体内移植后可被检测到的长期植入干细胞的测量单位。
如本文使用的，术语“供体”是指在将细胞或其子代施用至接受者之前从其中分离一种或更多种细胞的人类或动物。一种或更多种细胞可以是例如造血干细胞的群体。
如本文使用的，术语“双体(diabody)”是指含有两条多肽链的二价抗体，其中每条多肽链包含通过连接基连接的VH和VL结构域，该连接基太短(例如，包含五个氨基酸的连接基)而不允许同一肽链上的VH和VL结构域的分子内缔合。该构型迫使每个结构域与另一条多肽链上的互补结构域配对，以便形成同二聚体结构。因此，术语“三体(triabody)”是指含有三条肽链的三价抗体，肽链中每个含有通过连接基连接的一个VH结构域和一个VL结构域，该连接基是极短的(例如，包含1-2个氨基酸的连接基)而不准许在同一肽链内VH和VL结构域的分子内缔合。为了折叠成它们的天然结构，以这种方式配置的肽通常是三聚化的，以便将相邻肽链的VH和VL结构域定位成在空间上彼此接近(参见，例如，Holliger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-48,1993)。
如本文使用的，“双重可变结构域免疫球蛋白”(“DVD-Ig”)是指经由连接基组合两种单克隆抗体的靶结合可变结构域以产生四价双靶向单一剂的抗体(参见，例如，Gu等人,Meth.Enzymol.,502:25-41,2012)。
如本文使用的，术语“内源性”描述在特定生物体诸如人类患者中天然存在的物质，诸如分子、细胞、组织或器官(例如，造血干细胞或造血谱系细胞，诸如巨核细胞、凝血细胞、血小板、红细胞、肥大细胞、myeoblast、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、小胶质细胞、粒细胞、单核细胞、破骨细胞、抗原呈递细胞、巨噬细胞、树突细胞、自然杀伤细胞、T淋巴细胞或B淋巴细胞)。
如本文使用的，术语“植入潜力”用于指造血干细胞和祖细胞再植入组织的能力，无论这样的细胞是天然循环性的还是通过移植提供。术语涵盖围绕或导致植入的所有事件，诸如细胞的组织归巢和细胞在感兴趣组织内的定植。使用本领域技术人员已知的任何临床可接受的参数或通过疾病进展、造血干细胞和祖细胞的存活或接受者的存活来评价受试者的进展，植入效率或植入率可被来评价或定量，并且可以包括例如评价竞争性再植入单位(CRU)、标志物在干细胞归巢、定植或变成植入到其中的一个或更多个组织(tissue(s))中的掺入或表达。植入也可以通过测量移植后期间中外周血中的白细胞计数来确定。植入还可以通过测量骨髓抽出物样品中供体细胞对骨髓细胞的恢复来评价。
如本文使用的，术语“外源性”描述在特定有机体诸如人类患者中并不天然存在的物质，诸如分子、细胞、组织或器官(例如，造血干细胞或造血谱系细胞，诸如巨核细胞、凝血细胞、血小板、红细胞、肥大细胞、myeoblast、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、小胶质细胞、粒细胞、单核细胞、破骨细胞、抗原呈递细胞、巨噬细胞、树突细胞、自然杀伤细胞、T淋巴细胞或B淋巴细胞)。外源性物质包括从外部来源提供至生物体或从其提取的经培养的物质的那些物质。
如本文使用的，术语“框架区”或“FW区”包括与抗体或其抗原结合片段的CDR相邻的氨基酸残基。FW区残基可以存在于例如尤其是人类抗体、人源化抗体、单克隆抗体、抗体片段、Fab片段、单链抗体片段、scFv片段、抗体结构域和双特异性抗体中。
如本文使用的，术语“造血干细胞”(“HSC”)是指具有自我更新和分化成含有不同谱系细胞的成熟血细胞的能力的未成熟的血细胞，所述谱系细胞包括但不限于粒细胞(例如，早幼粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞)、红细胞(例如，网织红细胞、红细胞)、凝血细胞(例如，原巨核细胞、产生血小板的巨核细胞、血小板)、单核细胞(例如，单核细胞、巨噬细胞)、树突细胞、小胶质细胞、破骨细胞和淋巴细胞(例如NK细胞、B细胞和T细胞)。这样的细胞可以包括CD34+细胞。CD34+细胞是表达CD34细胞表面标志物的未成熟细胞。在人类中，CD34+细胞被认为是包括具有以上定义的干细胞特性的细胞亚群，而在小鼠中，HSC是CD34-。另外，HSC还指长期重建HSC(LT-HSC)和短期重建HSC(ST-HSC)。基于功能潜力和细胞表面标志物表达，LT-HSC和ST-HSC是分化的。例如，人类HSC是CD34+、CD38-、CD45RA-、CD90+、CD49F+和lin-(对于成熟谱系标志物(包括CD2、CD3、CD4、CD7、CD8、CD10、CD11B、CD19、CD20、CD56、CD235A)呈阴性)。在小鼠中，骨髓LT-HSC是CD34-、SCA-1+、C-kit+、CD135-、Slamfl/CD150+、CD48-和lin-(对于成熟谱系标志物(包括Ter119、CD11b、Gr1、CD3、CD4、CD8、B220、IL7ra)呈阴性)，而ST-HSC是CD34+、SCA-1+、C-kit+、CD135-、Slamfl/CD150+和lin-(对于成熟谱系标志物(包括Ter119、CD11b、Gr1、CD3、CD4、CD8、B220、IL7ra)呈阴性)。另外，在稳态条件下，ST-HSC比LT-HSC更少地静止且更多地增殖。然而，LT-HSC具有更大的自我更新潜力(即，它们在整个成年期存活，并且可以通过连续接受者连续移植)，而ST-HSC具有有限的自我更新(即，它们在仅有限的时间段内存活，并且不具备连续移植潜力)。这些HSC中的任一种都可以用于本文所描述的方法中。ST-HSC特别有用，因为它们是高度增殖性的，并且因此可以更快地产生分化的后代。
如本文使用的，术语“造血干细胞功能潜力”是指造血干细胞的功能特性，其包括1)多潜能性(其是指分化成多种不同血液谱系细胞的能力，该血液谱系细胞包括但不限于粒细胞(例如，早幼粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞)、红细胞(例如，网织红细胞、红细胞)、凝血细胞(例如，原巨核细胞、产生血小板的巨核细胞、血小板)、单核细胞(例如，单核细胞、巨噬细胞)、树突细胞、小胶质细胞、破骨细胞和淋巴细胞(例如，NK细胞、B细胞和T细胞)，2)自我更新(其是指造血干细胞产生与母细胞具有等同潜力的子细胞的能力，并且此外该能力可以在个体的整个寿命中反复发生而不会衰竭)，以及3)造血干细胞或其后代被重新引入到移植物接受者的能力，届时它们归巢到造血干细胞小生境，并且重建富有成效的和持续的血细胞生成。
如本文使用的，术语“人类抗体”是指这样的抗体，其中基本上蛋白的每个部分(例如，所有CDR、框架区、CL、CH结构域(例如，CH1、CH2、CH3)、铰链和VL和VH结构域)在人类中基本上是非免疫原性的，具有仅很小的序列改变或变异。人类抗体可以在人类细胞中产生(例如，通过重组表达)或由能够表达功能重排的人类免疫球蛋白(诸如重链和/或轻链)基因的非人类的动物或原核或真核细胞产生。当人类抗体是单链抗体时，它可以包括在天然人类抗体中不存在的连接基肽。例如，Fv可以含有连接重链的可变区和轻链的可变区的连接基肽，诸如二至约八个甘氨酸或其他氨基酸残基。这样的连接基肽被认为是人类来源的。人类抗体可以通过本领域已知的多种方法制备，所述方法包括使用源自人类免疫球蛋白序列的抗体文库的噬菌体展示方法。人类抗体还可以使用不能表达功能性内源性免疫球蛋白但可表达人类免疫球蛋白基因的转基因小鼠来产生(参见，例如，PCT公布第WO 1998/24893号；第WO 1992/01047号；第WO 1996/34096号；第WO 1996/33735号；美国专利第5,413,923号；第5,625,126号；第5,633,425；第5,569,825号；第5,661,016号；第5,545,806号；第5,814,318号；第5,885,793号；第5,916,771号；和第5,939,598号)。
如本文使用的，术语“人源化”抗体是指含有源自非人类免疫球蛋白的最小序列的非人类抗体。通常，人源化抗体含有基本上至少一个并且通常是两个可变结构域的全部，其中全部或基本上全部CDR区对应于非人类免疫球蛋白的那些。全部或基本上全部FW区也可为人免疫球蛋白序列的那些。人源化抗体还可以含有至少一部分免疫球蛋白恒定区(Fc)，通常是人类免疫球蛋白共有序列的恒定区。抗体人源化的方法是本领域已知的，并且已描述于例如Riechmann等人，Nature 332:323-7,1988；美国专利第5,530,101号；第5,585,089号；第5,693,761号；第5,693,762号；和第6,180,370号中。
如本文使用的，“需要”造血干细胞移植物的患者包括在一种或更多种血细胞类型方面表现出缺乏或缺陷的患者，以及患有干细胞紊乱、自身免疫性疾病、癌症或本文描述的其他病理学的患者。造血干细胞通常表现出：1)多潜能性并且因此可以分化成多种不同的血液谱系细胞，包括但不限于粒细胞(例如，早幼粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞)、红细胞(例如，网织红细胞、红细胞)、凝血细胞(例如，原巨核细胞、产生血小板的巨核细胞、血小板)、单核细胞(例如，单核细胞、巨噬细胞)、树突细胞、小胶质细胞、破骨细胞和淋巴细胞(例如，NK细胞、B细胞和T细胞)，2)自我更新并且因此可以产生与母细胞具有等同潜力的子细胞，以及3)被重新引入移植物接受者的能力，届时它们归巢至造血干细胞小生境并且重建富有成效的和持续的血细胞生成。因此，造血干细胞可以被施用至一种或更多种细胞类型的造血谱系细胞缺乏或缺陷的患者，以便在体内重构缺陷或缺乏的细胞的群体。例如，患者可以罹患癌症，并且缺乏可以通过施用选择性或非特异性耗尽癌性细胞群体的化学治疗剂或其他药物而引起。另外或可选地，患者可能罹患血红蛋白异常(例如，非恶性血红蛋白异常)，诸如镰状细胞性贫血、地中海贫血、范可尼贫血、再生障碍性贫血和威斯科特-奥尔德里奇综合征。受试者可以是罹患以下的患者：腺苷脱氨酶重症综合性免疫缺陷(ADA SCID)、HIV/AIDS、异染性脑白质营养不良、Diamond-Blackfan贫血和Schwachman-Diamond综合征。受试者可以患有或受以下影响：遗传性血液紊乱(例如，镰状细胞性贫血)或自身免疫性疾病。另外或可选地，受试者可以患有或受以下影响：恶性肿瘤，诸如神经母细胞瘤或血液学癌症。例如，受试者可以患有白血病、淋巴瘤或骨髓瘤。在一些实施方案中，受试者患有急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴性白血病、多发性骨髓瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤。在一些实施方案中，受试者患有骨髓增生异常综合征。在一些实施方案中，受试者患有自身免疫性疾病，诸如硬皮病、多发性硬化、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病、1型糖尿病或本文所描述的另一种自身免疫性病状。在一些实施方案中，受试者需要嵌合抗原受体T细胞(CART)疗法。在一些实施方案中，受试者患有或以其他方式受代谢性贮积紊乱影响。受试者可以罹患或者以其他方式受选自由以下组成的组的代谢紊乱的影响：糖原贮积病、黏多糖贮积病、高歇氏病、Hurler病、鞘脂贮积病、异染性脑白质营养不良，或可以受益于本文所公开的治疗和疗法的任何其他疾病或紊乱，所述其他疾病或紊乱包括但不限于重症综合性免疫缺陷、Wiscott-Aldrich综合征、高免疫球蛋白M(IgM)综合征、Chediak-Higashi病、遗传性淋巴组织细胞增多症、骨硬化病、成骨不全症、贮积病、重型地中海贫血、镰状细胞病、系统性硬化、系统性红斑狼疮、多发性硬化、青少年类风湿性关节炎和在"Bone Marrow Transplantation forNon-Malignant Disease,"ASH Education Book,1:319-338(2000)”中描述的疾病或紊乱，其公开内容在其涉及可以通过施用造血干细胞移植疗法来治疗的病理学时通过引用以其整体并入本文。另外或可选地，“需要”造血干细胞移植物的患者可以是罹患或未罹患前述病理学之一但是仍然表现出以下的患者：造血谱系内一种或更多种内源性细胞类型，诸如巨核细胞、凝血细胞、血小板、红细胞、肥大细胞、myeoblast、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、小胶质细胞、粒细胞、单核细胞、破骨细胞、抗原呈递细胞、巨噬细胞、树突细胞、自然杀伤细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞的减少的水平(例如，与其他健康受试者的水平相比)。例如，除其他程序以外，通过本领域已知的流式细胞术和荧光激活细胞分选(FACS)方法，本领域技术人员可以容易地确定一种或更多种前述细胞类型或其他血细胞类型中之一的水平相对于其他健康受试者是否减少。
如本文使用的，术语“单克隆抗体”是指源自单个克隆的抗体，包括任何真核、原核或噬菌体克隆，而不是藉以产生它的方法。
如本文使用的，术语“接受者”是指接受移植物(诸如含有造血干细胞的群体的移植物)的患者。被施用至接受者的移植的细胞可以是例如自体细胞、同基因细胞或同种异体细胞。
如本文使用的，术语“样品”是指取自受试者的样本(例如，血液、血液组分(例如血清或血浆)、尿液、唾液、羊水、脑脊液、组织(例如胎盘或真皮)、胰液、绒毛膜绒毛样品和细胞)。
如本文使用的，术语“scFv”是指单链Fv抗体，其中来自抗体的重链和轻链的可变结构域已经被连接形成一条链。scFv片段含有单条多肽链，其包含通过连接基分开的抗体轻链可变区(VL)(例如，CDR-L1、CDR-L2和/或CDR-L3)和抗体重链可变区(VH)(例如，CDR-H1、CDR-H2和/或CDR-H3)。连接scFv片段的VL和VH区的连接基可以是包含蛋白原(proteinogenic)氨基酸的肽连接基。可以使用可选的连接基以增加scFv片段对蛋白水解降解的耐受性(例如，含有D-氨基酸的连接基)，以增强scFv片段的溶解度(例如，亲水连接基诸如含有聚乙二醇的连接基或含有重复甘氨酸和丝氨酸残基的多肽)，以改善分子的生物物理稳定性(例如，含有形成分子内或分子间二硫键的半胱氨酸残基的连接基)，或以减弱scFv片段的免疫原性(例如，含有糖基化位点的连接基)。本领域普通技术人员还将理解，本文所描述的scFv分子的可变区可以被修饰，使得它们的氨基酸序列与它们源自的抗体分子的氨基酸序列不同。例如，可以在氨基酸残基处(例如，在CDR和/或框架残基中)进行导致保守取代或改变的核苷酸或氨基酸取代，以便保存或增强scFv与被对应抗体识别的抗原结合的能力。
如本文使用的，术语“受试者”和“患者”是指接受如本文所描述的特定疾病或状况的治疗的生物体，诸如人类。例如，患者诸如人类患者可以在造血干细胞移植疗法之前接受治疗，以便促进外源性造血干细胞的植入。
如本文使用的，短语“基本上从血液中清除”是指在将治疗剂(诸如抗CD117抗体、其抗原结合片段或配体)施用至患者后的时间点，在该时间点，从患者分离的血液样品中的治疗剂的浓度使得治疗剂通过常规手段不能被检测到(例如，使得在用于检测治疗剂的装置或检验手段的噪声阈值之上不能检测到治疗剂)。本领域已知的多种技术可以用于检测抗体、抗体片段和蛋白配体，诸如本领域已知的或本文描述的基于ELISA的检测测定。可以用于检测抗体、抗体片段和蛋白配体的另外的测定，包括尤其是本领域已知的免疫沉淀技术和免疫印迹测定。
如本文使用的，短语“干细胞紊乱”广泛地指可以通过调节受试者的靶组织和/或通过消融靶组织中的内源性干细胞群体(例如，消融来自受试者的骨髓组织中内源性造血干细胞或祖细胞群体)和/或通过在受试者的靶组织中植入或移植干细胞来治疗或治愈的任何疾病、紊乱或状况。例如，I型糖尿病已经被证明通过造血干细胞移植物被治愈，并且可以受益于根据本文所描述的组合物和方法的调节。可以使用本文所描述的组合物和方法治疗的另外的紊乱包括但不限于镰状细胞性贫血、地中海贫血、范可尼贫血、再生障碍性贫血、威斯科特-奥尔德里奇综合征、ADA SCID、HIV/AIDS、异染性脑白质营养不良、Diamond-Blackfan贫血和Schwachman-Diamond综合征。可以使用本文所描述的患者调节和/或造血干细胞移植物方法治疗的另外的疾病包括遗传性血液紊乱(例如，镰状细胞性贫血)和自身免疫性紊乱，诸如硬皮病、多发性硬化、溃疡性结肠炎和克罗恩氏病。可以使用本文所描述的调节和/或移植方法治疗的另外的疾病包括恶性肿瘤，诸如神经母细胞瘤或血液癌症，诸如白血病、淋巴瘤和骨髓瘤。例如，癌症可以是急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴性白血病、多发性骨髓瘤，弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤。可使用本文所描述的调节和/或移植方法治疗的另外的疾病包括骨髓增生异常综合征。在一些实施方案中，受试者患有或以其他方式受代谢性贮积紊乱影响。例如，受试者可以罹患或者以其他方式受选自由以下组成的组的代谢紊乱的影响：糖原贮积病、黏多糖贮积病、高歇氏病、Hurler病、鞘脂贮积病、异染性脑白质营养不良，或可以受益于本文公开的治疗和疗法的任何其他疾病或紊乱，并且所述其他疾病或紊乱包括但不限于重症综合性免疫缺陷、Wiscott-Aldrich综合征、高免疫球蛋白M(IgM)综合征、Chediak-Higashi病、遗传性淋巴组织细胞增多症、骨硬化病、成骨不全症、贮积病、重型地中海贫血、镰状细胞病、系统性硬化、系统性红斑狼疮、多发性硬化，青少年类风湿性关节炎和在"Bone MarrowTransplantation for Non-Malignant Disease,"ASH Education Book,1:319-338(2000)中描述的那些疾病或紊乱，其公开内容当其涉及可以通过施用造血干细胞移植疗法来治疗的病理学时通过引用以其整体并入本文。
如本文使用的，术语“转染”是指通常用于将外源DNA引入到原核或真核宿主细胞中的多种技术中的任一种，诸如电穿孔、脂质转染、磷酸钙沉淀、DEAE-右旋糖酐转染等。
如本文使用的，术语“治疗(treat)”或“治疗(treatment)”是指治疗性治疗，其中目的是预防或减缓(减轻)不期望的生理改变或紊乱，或者促进所治疗患者中的有益表型。有益或期望的临床结果包括但不限于在本文所描述的抗体调节性疗法和随后的造血干细胞移植疗法之后促进患者中外源性造血细胞的植入。另外的有益结果包括在调节性疗法和随后向患者施用外源性造血干细胞植入物后需要造血干细胞移植物的患者中造血干细胞的细胞计数或相对浓度的增加。本文所描述疗法的有益结果还可以包括在调节性疗法和随后的造血干细胞移植疗法后造血谱系细胞中的一种或更多种的细胞计数或相对浓度的增加，所述造血谱系细胞诸如巨核细胞、凝血细胞、血小板、红细胞、肥大细胞、myeoblast、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、小胶质细胞、粒细胞、单核细胞、破骨细胞、抗原呈递细胞、巨噬细胞、树突细胞、自然杀伤细胞、T淋巴细胞或B淋巴细胞。另外的有益结果可以包括致病细胞群体的数量的减少，所述致病细胞群体诸如癌细胞(例如CD117+白血病细胞)或自身免疫性细胞(例如CD117+自身免疫性淋巴细胞，诸如表达与自身抗原交叉反应的T细胞受体的117+ T细胞)的群体。
如本文使用的，术语“变体”和“衍生物”可互换使用，并且是指本文所描述的化合物、肽、蛋白或其他物质的天然存在的、合成的和半合成的类似物。本文所描述的化合物、肽、蛋白或其他物质的变体或衍生物可以保留或改善原始材料的生物活性。
如本文使用的，术语“载体”包括核酸载体，诸如质粒、DNA载体、质粒、RNA载体、病毒或其他合适的复制子。本文所描述的表达载体可以含有多核苷酸序列以及例如用于表达蛋白和/或将这些多核苷酸序列整合到哺乳动物细胞基因组中的另外的序列元件。可以用于表达本发明的抗体和抗体片段的某些载体包括含有指导基因转录的调节序列(诸如启动子和增强子区)的质粒。用于表达抗体和抗体片段的其他有用载体含有增强这些基因的翻译速率或改善由基因转录产生的mRNA的稳定性或核输出的多核苷酸序列。这些序列元件可以包括例如5'和3'非翻译区和多腺苷酸化信号位点，以便指导表达载体上携带的基因的有效转录。本文所描述的表达载体还可以含有编码用于选择含有这样的载体的细胞的标志物的多核苷酸。合适的标志物的实例包括编码对抗生素(诸如氨苄青霉素、氯霉素、卡那霉素和诺尔丝菌素)的耐受性的基因。
如本文使用的，术语“烷基”是指在链中具有例如1至20个碳原子的直链或支链烷基基团。烷基基团的实例包括甲基、乙基、正丙基、异丙基、丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、戊基、异戊基、叔戊基、己基、异己基等。
如本文使用的，术语“亚烷基”是指直链或支链二价烷基基团。二价位置可在烷基链内的相同或不同原子上。亚烷基的实例包括亚甲基、亚乙基、亚丙基、亚异丙基等。
如本文使用的，术语“杂烷基”是指在链中具有例如1至20个碳原子并且在链中还含有一个或更多个杂原子(例如尤其是氧原子、氮原子或硫原子)的直链或支链烷基基团。
如本文使用的，术语“杂亚烷基”是指直链或支链二价杂烷基基团。二价位置可以在杂烷基链内的相同或不同原子上。二价位置可以是一个或更多个杂原子。
如本文使用的，术语“烯基”是指在链中具有例如2至20个碳原子的直链或支链烯基基团。烯基基团的实例包括乙烯基、丙烯基、异丙烯基、丁烯基、叔丁烯基、己烯基等。
如本文使用的，术语“亚烯基”是指直链或支链二价烯基基团。二价位置可以在烯基链内的相同或不同原子上。亚烯基的实例包括亚乙烯基、亚丙烯基、异亚丙烯基、亚丁烯基等。
如本文使用的，术语“杂烯基”是指在链中具有例如2至20个碳原子并且在链中还含有一个或更多个杂原子(例如尤其是，氧原子、氮原子或硫原子)的直链或支链烯基基团。
如本文使用的，术语“杂亚烯基”是指直链或支链二价杂烯基基团。二价位置可以在杂烯基链内的相同或不同原子上。二价位置可以是一个或更多个杂原子。
如本文使用的，术语“炔基”是指在链中具有例如2至20个碳原子的直链或支链炔基基团。炔基基团的实例包括炔丙基、丁炔基、戊炔基、己炔基等。
如本文使用的，术语“亚炔基”是指直链或支链二价炔基基团。二价位置可以在炔基链内的相同或不同原子上。
如本文使用的，术语“杂炔基”是指在链中具有例如2至20个碳原子并且还在链中含有一个或更多个杂原子(例如尤其是，氧原子、氮原子或硫原子)的直链或支链炔基基团。
如本文使用的，术语“杂亚炔基”是指直链或支链二价杂炔基基团。二价位置可以在杂炔基链内的相同或不同原子上。二价位置可以是一个或更多个杂原子。
如本文使用的，术语“环烷基”是指是饱和的并且具有例如3至12个碳环原子的单环、或稠合、桥连、或螺多环环结构。环烷基的实例包括环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、环辛基、双环[3.1.0]己烷等。
如本文使用的，术语“环亚烷基”是指二价环烷基基团。二价位置可以在环结构内的相同或不同原子上。环亚烷基的实例包括亚环丙基、亚环丁基、亚环戊基、亚环己基等。
如本文使用的，术语“杂环烷基”是指是饱和的并且每个环结构具有例如3至12个选自碳原子和选自例如尤其是氮原子、氧原子和硫原子的杂原子的环原子的单环、或稠合、桥连或螺多环环结构。环结构可以例如在碳、氮或硫环成员上含有一个或更多个氧代基团。
如本文使用的，术语“杂环亚烷基”是指二价杂环烷基基团。二价位置可以在环结构内的相同或不同原子上。
如本文使用的，术语“芳基”是指含有例如6至19个碳原子的单环或多环芳族环体系。芳基基团包括但不限于苯基、芴基、萘基等。二价位置可以是一个或更多个杂原子。
如本文使用的，术语“亚芳基”是指二价芳基基团。二价位置可以在相同或不同的原子上。
如本文使用的，术语“杂芳基”是指单环杂芳族或双环或三环稠环杂芳族基团。杂芳基基团包括吡啶基、吡咯基、呋喃基、噻吩基、咪唑基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、异噻唑基、吡唑基、1,2,3-三唑基、1,2,4-三唑基、1,2,3-噁二唑基、1,2,4-噁二唑基、1,2,5-噁二唑基、1,3,4-噁二唑基、1,3,4-三嗪基、1,2,3-三嗪基、苯并呋喃基、[2,3-二氢]苯并呋喃基、异苯并呋喃基、苯并噻吩基、苯并三唑基、异苯并噻吩基、吲哚基、异吲哚基、3H-吲哚基、苯并咪唑基、咪唑并[1,2-a]吡啶基、苯并噻唑基、苯并噁唑基、喹嗪基、喹唑啉基、酞嗪基、喹喔啉基、噌啉基、萘啶基、吡啶并[3,4-b]吡啶基、吡啶并[3,2-b]吡啶基、吡啶并[4,3-b]吡啶基、喹啉基、异喹啉基、四唑基、5,6,7,8-四氢喹啉基、5,6,7,8-四氢异喹啉基、嘌呤基、蝶啶基、咔唑基、呫吨基、苯并喹啉基等。
如本文使用的，术语“杂亚芳基”是指二价杂芳基基团。二价位置可以在相同或不同的原子上。二价位置可以是一个或更多个杂原子。
除非另外受单独取代基的定义限制，否则前述化学部分，诸如“烷基”、“亚烷基”、“杂烷基”、“杂亚烷基”、“烯基”、“亚烯基”、“杂烯基”、“杂亚烯基”、“炔基”、“亚炔基”、“杂炔基”、“杂亚炔基”、“环烷基”、“环亚烷基”、“杂环烷基”、“杂环亚烷基”、“芳基”、“亚芳基”、“杂芳基”和“杂亚芳基”基团可以任选地例如被1至5个选自由以下组成的组的取代基取代：烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、烷基芳基、烷基杂芳基、烷基环烷基、烷基杂环烷基、氨基、铵基、酰基、酰氧基、酰氨基、氨基羰基、烷氧基羰基、脲基、氨基甲酸酯、芳基、杂芳基、亚磺酰基、磺酰基、烷氧基、硫烷基、卤素、羧基、三卤甲基、氰基、羟基、巯基、硝基等。取代可以包括邻近取代基经历闭环的情况，诸如邻位官能取代基的闭环，以形成例如通过环闭合形成的内酰胺、内酯、环酐、缩醛、半缩醛、硫代缩醛、缩醛胺和缩甲醛以提供保护基团。
抗CD117抗体和配体
本发明部分基于以下发现：能够结合CD117诸如GNNK+ CD117的抗体、其抗原结合片段和配体可以被用作疗法剂，以(i)直接治疗以CD117+细胞为特征的癌症和自身免疫性疾病，和(ii)促进需要移植疗法的患者中移植的造血干细胞的植入。这些治疗活性可以通过以下引起：例如抗CD117抗体、其抗原结合片段和/或配体与细胞诸如癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞的表面上表达的CD117(例如，GNNK+CD117)的结合，并且随后诱导细胞死亡。内源性造血干细胞的耗尽可以提供移植的造血干细胞可以朝向其归巢的小生境，并随后建立富有成效的血细胞生成。以这种方式，移植的造血干细胞可以成功地植入患者，诸如罹患本文所描述的干细胞紊乱的人类患者中。
能够结合人类CD117(还被称为c-Kit，mRNA NCBI参考序列：NM_000222.2，蛋白NCBI参考序列：NP_000213.1)的抗体和抗原结合片段(包括能够结合GNNK+ CD117的那些)可以与本文所描述的组合物和方法结合使用，以调节患者以便于造血干细胞移植疗法。目前在非肿瘤学指示物(indication)中，在较大百分比的群体中影响CD117的编码区或细胞外结构域的多态性并非是熟知的。存在已经鉴定的具有在肿瘤细胞中表达的另外的同种型的潜力的至少四种CD117同种型，。所述CD117同种型中的两种位于蛋白的细胞内结构域上，并且两种存在于外部近膜区域。两种细胞外同种型GNNK+和GNNK-在4氨基酸序列的存在(GNNK+)或不存在(GNNK-)方面不同。据报道，这些同种型对配体(SCF)具有相同的亲和力，但据报道配体与GNNK-同种型的结合增加内化和降解。GNNK+同种型可以被用作免疫原以产生能够结合CD117的抗体，因为针对该同种型产生的抗体将包括GNNK+和GNNK-蛋白。
可以与本文描述的患者调节性方法结合使用的抗CD117抗体包括例如由ATCC登录号10716(保藏为BA7.3C.9)产生和释放的抗体，诸如SR-1抗体，其例如在美国专利第5,489,516号中描述，该专利的公开内容在涉及抗CD117抗体时通过引用并入本文。
可以与本文描述的患者调节性方法结合使用的另外的抗CD117抗体包括以下中描述的那些：美国专利第7,915,391号，其描述例如人源化SR-1抗体；美国专利第5,808,002号，其描述例如抗CD117 A3C6E2抗体，以及例如在WO 2015/050959中描述的那些，其描述结合含有人类CD117的Pro317、Asn320、Glu329、Val331、Asp332、Lus358、Glue360、Glue376、His378和/或Thr380的表位的抗CD117抗体；和US 2012/0288506(也公布为美国专利第8,552,157号)，其描述例如抗CD117抗体CK6，该抗CD117抗体具有以下CDR序列：
a.具有氨基酸序列SYWIG(SEQ ID NO:1)的CDR-H1；
b.具有氨基酸序列IIYPGDSDTRYSPSFQG(SEQ ID NO:2)的CDR-H2；
c.具有氨基酸序列HGRGYNGYEGAFDI(SEQ ID NO：3)的CDR-H3；
d.具有氨基酸序列RASQGISSALA(SEQ ID NO:4)的CDR-L1；
e.具有氨基酸序列DASSLES(SEQ ID NO:5)的CDR-L2；和
f.具有氨基酸序列CQQFNSYPLT(SEQ ID NO:6)的CDR-L3。
可以与本文描述的组合物和方法结合使用的另外的抗CD117抗体及其抗原结合片段包括US 2015/0320880中描述的那些，诸如克隆9P3、NEG024、NEG027、NEG085、NEG086和20376。
前述出版物中每个的公开内容在它们涉及抗CD117抗体时通过引用并入本文。可以与本文描述的组合物和方法结合使用的抗体和抗原结合片段包括以上描述的抗体及其抗原结合片段，以及以上描述的那些非人类抗体和抗原结合片段的人源化变体和结合与以上描述的那些抗体及其抗原结合片段相同的表位(如例如通过竞争性CD117结合测定评价的)的抗体和抗原结合片段。
另外的抗体及其抗原结合片段
用于与本文描述的方法结合使用的抗体和配体包括以上描述的那些抗体的变体，诸如含有或缺乏Fc结构域的抗体片段，以及本文描述的非人类抗体的人源化变体和含有本文描述的抗体、抗体片段或配体的一个或更多个或所有CDR或其等效区域的抗体样蛋白支架(例如，10Fn3结构域)。前述抗体的示例性抗原结合片段，包括尤其是双重可变免疫球蛋白结构域、单链Fv分子(scFv)、双体、三体、纳米抗体、抗体样蛋白支架，Fv片段、Fab片段、F(ab')2分子和串联二-scFv。
鉴定抗体和配体的方法
用于高通量筛选能够结合CD117(例如GNNK+ CD117)的分子的抗体、抗体片段和配体文库的方法可以用于鉴定可用于治疗癌症、自身免疫性疾病和调节需要如本文描述的造血干细胞疗法的患者(例如，人类患者)的亲和成熟抗体。这样方法包括本领域已知的体外展示技术，诸如尤其是噬菌体展示、细菌展示、酵母展示、哺乳动物细胞展示、核糖体展示、mRNA展示和cDNA展示。使用噬菌体展示来分离结合生物相关分子的配体已经被综述于以下中：例如Felici等人,Biotechnol.Annual Rev.1:149-183,1995；Katz,AnnualRev.Biophys.Biomol.Struct.26:27-45,1997；和Hoogenboom等人,Immunotechnology 4:1-20,1998，其每个的公开内容在它们涉及体外展示技术时通过引用并入本文。已经构建随机组合肽文库以选择结合细胞表面抗原的多肽，如Kay,Perspect.Drug Discovery Des.2:251-268,1995和Kay等人,Mol.Divers.1:139-140,1996中所述，其每个的公开内容在它们涉及发现抗原结合分子时通过引用并入本文。蛋白诸如多聚体蛋白已成功地噬菌体展示为功能性分子(参见，例如，EP 0349578；EP 4527839；和EP 0589877，以及Chiswell和McCafferty，Trends Biotechnol.10:80-84 1992，其每个的公开内容在它们涉及体外展示技术用于发现抗原结合分子时通过引用并入本文。另外，功能性抗体片段诸如Fab和scFv片段已经以体外展示形式被表达(参见，例如，McCafferty等人，Nature 348:552-554,1990；Barbas等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7978-7982,1991；和Clackson等人，Nature352:624-628,1991，其每个的公开内容在它们涉及体外展示平台用于发现抗原结合分子时通过引用并入本文)。尤其是，这些技术可以用于鉴定和改善结合CD117(例如GNNK+CD117)的抗体的亲和力，所述抗体继而可以用于耗尽需要造血干细胞移植疗法的患者(例如，人类患者)中的内源性造血干细胞。
除了体外展示技术之外，计算建模技术可以用于在计算机上(in silico)设计和鉴定结合CD117(例如GNNK+ CD117)的抗体、抗体片段和配体。例如，使用计算机建模技术，本领域技术人员可以在计算机上筛选能够结合该抗原的特异性表位例如细胞外表位的分子的抗体、抗体片段和配体的文库。通过这些计算技术鉴定的抗体、其抗原结合片段和配体可以与本文描述的治疗方法，诸如本文描述的癌症和自身免疫性疾病治疗方法以及本文描述的患者调节性程序结合使用。
可以使用另外的技术鉴定结合细胞(例如，癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞)表面上的CD117(例如GNNK+ CD117)并且例如通过受体介导的胞吞被细胞内化的抗体、其抗原结合片段和配体。例如，以上描述的体外展示技术可以被修改以筛选结合癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞的表面上的CD117(例如GNNK+ CD117)并且随后被内化的抗体、其抗原结合片段和配体。噬菌体展示代表一种这样的可以与该筛选范例结合使用的技术。为了鉴定结合CD117(例如GNNK+ CD117)并且随后被癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞内化的抗体、其片段和配体，本领域技术人员可以修改例如在Williams等人Leukemia 19:1432-1438,2005中描述的噬菌体展示技术，其的公开内容通过引用以其整体并入本文。例如，使用本领域已知的诱变方法，可以产生重组噬菌体文库，所述重组噬菌体文库，编码尤其是抗体、抗体片段，诸如scFv片段、Fab片段、双体、三体和10Fn3结构域，或者含有(例如，在一个或更多个或所有的CDR或其等效区域或者抗体或抗体片段中的)随机化氨基酸盒的配体。可以设计框架区、铰链、Fc结构域和抗体或抗体片段的其他区域，使得它们由于例如具有人类种系抗体序列或相对于人类种系抗体仅表现出微小变异的序列而在人类中是非免疫原性的。
使用本文描述的或本领域已知的噬菌体展示技术，例如，通过首先将噬菌体文库与封闭剂(诸如，例如，乳蛋白、牛血清白蛋白和/或IgG)一起孵育以便去除编码表现出非特异性蛋白结合的抗体、其片段或配体的噬菌体，和编码结合Fc结构域的抗体或其片段的噬菌体，并且然后将噬菌体文库与造血干细胞的群体一起孵育，可以将含有与噬菌体颗粒共价结合的随机化抗体、抗体片段或配体的噬菌体文库与CD117(例如GNNK+ CD117)抗原一起孵育。噬菌体文库可以与靶细胞诸如癌细胞、自身免疫性细胞或造血细胞干细胞一起孵育足以使CD117特异性抗体、其抗原结合片段或配体(例如，GNNK+ CD117特异性抗体、其抗原结合片段或配体)结合细胞表面CD117(例如细胞表面GNNK+ CD117)抗原并且随后被癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞内化的时间(例如，在4℃30分钟至6小时，诸如在4℃1小时)。含有对这些抗原中的一种或更多种未表现出足够亲和力以便允许与癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞结合并且被其内化的抗体、其片段或配体的噬菌体随后可以通过例如用pH为2.8的冷(4℃)的0.1M甘氨酸缓冲液洗涤细胞来去除。可以通过例如裂解细胞和从细胞培养基中回收内化的噬菌体来鉴定与被癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞内化的抗体、其片段或配体结合的噬菌体。然后例如通过使用本领域已知的方法将细菌细胞与回收的噬菌体在2xYT培养基中孵育可以在细菌细胞中扩增噬菌体。然后可以例如通过确定插入噬菌体基因组内的编码抗体、其片段或配体的一个或更多个基因(gene(s))的核酸序列来表征从该培养基中回收的噬菌体。随后可以通过化学合成(例如，抗体片段诸如scFv片段或配体)或通过重组表达(例如，全长抗体)从头制备编码的抗体、其片段或配体。
孵育孵育孵育孵育孵育
例如，可以使用本领域已知的放射性核素内化测定来评价制备的抗体、其片段或配体的内化能力。例如，使用本文描述的或本领域已知的体外展示技术鉴定的抗体、其片段或配体可以通过掺入放射性同位素来官能化，该放射性同位素诸如18F、75Br、77Br、122I、123I、124I、125I、129I、131I、211At、67Ga、111In、99Tc、169Yb、186Re、64Cu、67Cu、177Lu、77As、72As、86Y、90Y、89Zr、212Bi、213Bi或225Ac。例如、可使用含有亲电子卤素试剂的珠子(例如Iodination Beads,Thermo Fisher Scientific,Inc.,Cambridge,MA)将放射性卤素诸如18F、75Br、77Br、122I、123I、124I、125I、129I、131I、211At掺入到抗体、其片段或配体中。放射性标记的抗体、其片段或配体可以与癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞一起孵育足以允许内化的时间(例如，在4℃30分钟至6小时，诸如在4℃1小时)。然后可以洗涤细胞以去除未内化的抗体、其片段或配体(例如，使用pH为2.8的冷(4℃)的0.1M甘氨酸缓冲液)。通过检测所得癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞的发射辐射(例如，γ-辐射)与回收的洗涤缓冲液的所发射辐射(例如，γ-辐射)相比，可以鉴定内化的抗体、其片段或配体。孵育
药物-抗体缀合物和药物-配体缀合物
细胞毒素
本文描述的抗体、其抗原结合片段和配体(例如，识别并结合CD117(诸如GNNK+CD117)的抗体、抗原结合片段和配体)可以与细胞毒素，诸如假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈碱、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体，或本文描述的或本领域已知的另一种细胞毒性化合物缀合，例如以便治疗本文描述的癌症或自身免疫性疾病，或者在施用至需要造血干细胞移植疗法的患者(例如，人类患者)后促进内源性造血干细胞的耗尽。在一些实施方案中，细胞毒性分子与内化抗体、其抗原结合片段或配体缀合，使得在细胞摄取抗体、抗原结合片段或配体后，细胞毒素可以进入其细胞内靶并介导内源性造血细胞死亡。适用于与本文描述的组合物和方法一起使用的细胞毒素，除本领域已知的其他的以外，包括DNA嵌入剂(例如蒽环霉素)、能够破坏有丝分裂纺锤体的剂(例如，长春花生物碱、美登素、美登素的化学衍生物及其衍生物)、RNA聚合酶抑制剂(例如，鹅膏蕈毒素，诸如α-鹅膏蕈碱及其衍生物)、能够破坏蛋白生物合成的剂(例如，表现出rRNA N-糖苷酶活性的剂，诸如皂草素和蓖麻毒蛋白A链)。
在一些实施方案中，细胞毒素是鹅膏蕈毒素或其衍生物，诸如α-鹅膏蕈碱、β-鹅膏蕈碱、γ-鹅膏蕈碱、ε-鹅膏蕈碱、鹅膏素、鹅膏素酰胺、一羟鹅膏素酰胺、一羟鹅膏毒肽羧酸和proamanullin。例如，本文描述的抗体、抗原结合片段和配体可以与鹅膏蕈毒素结合，以便形成由式Ab-Am表示的缀合物，其中Ab是抗体、其抗原结合片段或配体，并且Am是鹅膏蕈毒素。在一些实施方案中，Am由式(I)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与结合CD117(诸如GNNK+CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分。。
在一些实施方案中，Am精确地含有一个RC取代基。
在一些实施方案中，Am由式(IA)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；
Z是由L上存在的反应性取代基与结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分；并且
其中Am精确地含有一个RC取代基。
在一些实施方案中，Am由式(IB)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的烷基(例如，C1-C6烷基)、任选地被取代的杂烷基(例如，C1-C6杂烷基)、任选地被取代的烯基(例如，C2-C6烯基)、任选地被取代的杂烯基(例如，C2-C6杂烯基)、任选地被取代的炔基(例如，C2-C6炔基)、任选地被取代的杂炔基(例如，C2-C6杂炔基)、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是连接基，诸如任选地被取代的亚烷基(例如，C1-C6亚烷基)、任选地被取代的杂亚烷基(C1-C6杂亚烷基)、任选地被取代的亚烯基(例如，C2-C6亚烯基)、任选地被取代的杂亚烯基(例如，C2-C6杂亚烯基)、任选地被取代的亚炔基(例如，C2-C6亚炔基)、任选地被取代的杂亚炔基(例如，C2-C6杂亚炔基)、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；
Z是由L上存在的反应性取代基与结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分；并且
其中Am精确地含有一个RC取代基。
在一些实施方案中，RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
其中Y选自O、S、NRE和CRERE'，并且
RE和RE'各自独立地是任选地被取代的C1-C6亚烷基-RC、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基-RC、任选地被取代的C2-C6亚烯基-RC、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基-RC、任选地被取代的C2-C6亚炔基-RC，任选地被取代的C2-C6杂亚炔基-RC、任选地被取代的环亚烷基-RC、任选地被取代的杂环亚烷基-RC、任选地被取代的亚芳基-RC或任选地被取代的杂亚芳基-RC。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3是H或RC；
R4是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R5是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R6是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R7是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC或NHRC；
R9是H或OH；并且
其中RC和RD各自如以上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3是H或RC；
R4和R5各自独立地是H、OH、ORC、RC或ORD；
R6和R7各自是H；
R8是OH、NH2、ORC或NHRC；
R9是H或OH；并且
其中RC如上所定义。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3、R4、R6和R7各自是H；
R5是ORC；
R8是OH或NH2；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。这样的鹅膏蕈毒素缀合物描述于例如美国专利申请公布第2016/0002298号中，其公开内容通过引用以其整体并入本文。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3是RC；
R4、R6和R7各自是H；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。这样的鹅膏蕈毒素缀合物描述于例如美国专利申请公布第2014/0294865号中，其公开内容通过引用以其整体并入本文。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H、OH、ORC或RC；
R8是OH或NH2；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。这样的鹅膏蕈毒素缀合物描述于例如美国专利申请公布第2015/0218220号中，其公开内容通过引用以其整体并入本文。
在一些实施方案中，Am由式(IA)或式(IB)表示，
其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H或OH；
R8是OH、NH2、ORC或NHRC；
R9是H或OH；并且
其中RC如以上所定义。这样的鹅膏蕈毒素缀合物描述于例如美国专利第9,233,173号和第9,399,681号以及第US 2016/0089450号中，其每个的公开内容通过引用以其整体并入本文。
可以用于与根据本文所描述的组合物和方法的抗体、其抗原结合片段或配体缀合的另外的鹅膏蕈毒素描述于例如WO 2016/142049；WO 2016/071856；和WO 2017/046658中，其每个的公开内容通过引用以其整体并入本文。
在一些实施方案中，Am由式(II)表示，
其中X是S、SO或SO2；
R1是H或与抗体或其抗原结合片段共价结合的连接基；
R2是H或与抗体或其抗原结合片段共价结合的连接基；并且
其中当R1是H时，R2是连接基，并且当R2是H时，R1是连接基。
与本文描述的组合物和方法一起使用的抗体、抗原结合片段和配体可以使用本领域已知的或本文描述的缀合技术与鹅膏蕈毒素(诸如α-鹅膏蕈碱或其变体)缀合。例如，识别并结合CD117(诸如GNNK+CD117)的抗体、其抗原结合片段和配体可以与鹅膏蕈毒素，诸如α-鹅膏蕈碱或其变体缀合，如US 2015/0218220中所述，其的公开内容在涉及鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈碱及其变体以及可以用于共价缀合的共价连接基时通过引用并入本文。
与本文描述的方法结合使用的示例性抗体-药物和配体-药物缀合物可以通过使抗体、其抗原结合片段或配体与与含有适用于与抗体、其抗原结合片段或配体上的反应性残基反应的连接基缀合的鹅膏蕈毒素反应而形成。与含有适用于与本文描述的抗体、其抗原结合片段或配体上的反应性残基反应的取代基的连接基缀合的鹅膏蕈毒素包括但不限于7'C-(4-(6-(马来酰亚胺基)己酰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷羰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰氨基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(3-羧基丙酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(2-溴乙酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(3-(吡啶-2-基二硫烷基)丙酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(4-(马来酰亚胺基)丁酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(马来酰亚胺基)乙酰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(3-(马来酰亚胺基)丙酰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(4-(马来酰亚胺基)丁酰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(3-((6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(3-((6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(3-((4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(3-((6-((4-(马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(6-(2-(氨氧基)乙酰胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(4-(2-(氨氧基)乙酰胺基)丁酰胺基)乙基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(4-(2-(氨氧基)乙酰胺基)丁酰基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(6-(2-(氨氧基)乙酰胺基)己酰氨基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；(R)-7'C-((3-((6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；(S)-7'C-((3-((6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰胺基)-S-甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰胺基)-R-甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)-S-甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)-R-甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(3-羧基丙酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(马来酰亚胺基)乙酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(3-(马来酰亚胺基)丙酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(4-(马来酰亚胺基)丁酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(2-(马来酰亚胺基)乙酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(4-(马来酰亚胺基)丁酰氨基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)甲基)氮杂环丁烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-(2-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)乙基)氮杂环丁烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)甲基)氮杂环丁烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-(2-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)乙基)氮杂环丁烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-(2-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)乙基)氮杂环丁烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(((2-(6-(马来酰亚胺基)-N-甲基己酰胺基)乙基)(甲基)氨基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(((4-(6-(马来酰亚胺基)-N-甲基己酰胺基)丁基(甲基)氨基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((2-(2-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)乙基)氮杂环丁烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((2-(2-(6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)乙基)氮杂环丁烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(6-(6-(2-(氨氧基)乙酰胺基)己酰胺基)己酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(1-(氨氧基)-2-氧代-6,9,12,15-四氧杂-3-氮杂十七烷-17-酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(2-(氨氧基)乙酰胺基)乙酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(3-(2-(氨氧基)乙酰胺基)丙酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(4-(2-(氨氧基)乙酰胺基)丁酰基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(6-(2-(氨氧基)乙酰胺基)己酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(2-(2-(氨氧基)乙酰胺基)乙酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(4-(2-(氨氧基)乙酰胺基)丁酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(20-(氨氧基)-4,19-二氧代-6,9,12,15-四氧杂-3,18-二氮杂二十烷基(diazaiicosyl))哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(((2-(6-(2-(氨氧基)乙酰胺基)-N-甲基己酰胺基)乙基)(甲基)氨基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(((4-(6-(2-(氨氧基)乙酰胺基)-N-甲基己酰胺基)丁基)(甲基)氨基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)甲基)吡咯烷-1-基)-S-甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((3-((6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)己酰胺基)-R-甲基)吡咯烷-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(2-溴乙酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(2-溴乙酰胺基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；7'C-((4-(2-(3-(吡啶-2-基二硫烷基)丙酰氨基)乙基)哌啶-1-基)甲基)-鹅膏蕈毒素；6'O-(6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己基)-鹅膏蕈毒素；6'O-(5-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰胺基)戊基)-鹅膏蕈毒素；6'O-(2-((6-(马来酰亚胺基)己基)氧基)-2-氧代乙基)-鹅膏蕈毒素；6'O-((6-(马来酰亚胺基)己基)氨基甲酰基)-鹅膏蕈毒素；6'O-((6-(4-((马来酰亚胺基)甲基)环己烷甲酰氨基)己基)氨基甲酰基)-鹅膏蕈毒素；6'O-(6-(2-溴乙酰胺基)己基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(6-(叠氮基)己酰胺基)哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(己-5-炔酰胺(hex-5-ynoylamino))哌啶-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；7'C-(4-(2-(6-(6-(马来酰亚胺基)己酰胺基)己酰胺基)乙基)哌嗪-1-基)-鹅膏蕈毒素；6'O-(6-(6-(11,12-二脱氢-5,6-二氢-二苯并[b,f]氮杂环辛(azocin)-5-基)-6-氧代己酰胺基)己基)-鹅膏蕈毒素；6'O-(6-(己-5-炔酰胺)己基)-鹅膏蕈毒素；6'O-(6-(2-(氨氧基)乙酰基酰胺基)己基)-鹅膏蕈毒素；6'O-((6-氨氧基)己基)-鹅膏蕈毒素；和6'O-(6-(2-碘乙酰胺基)己基)-鹅膏蕈毒素。除其他以外，与本文描述的组合物和方法结合使用的前述连接基被描述于例如美国专利申请公布第2015/0218220号中，其的公开内容通过引用以其整体并入本文。
可以与用于在直接治疗癌症、自身免疫性状况中使用或用于调节患者(例如，人类患者)以准备造血干细胞移植疗法的识别并结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段和配体缀合的另外的细胞毒素包括但不限于，尤其是，5-乙炔基尿嘧啶、阿比特龙、酰基富烯(acylfulvene)、阿的培诺(adecypenol)、阿多来新(adozelesin)、阿地白介素、六甲蜜胺、氨莫司汀、艾美多(amidox)、氨磷汀、氨基酮戊酸(aminolevulinic acid)、氨柔比星(amrubicin)、安吖啶、阿那格雷(anagrelide)、阿那曲唑(anastrozole)、穿心莲内酯、血管生成抑制剂、安雷利克斯(antarelix)、抗背部化形态发生蛋白-1、抗雄激素、前列腺癌、抗雌激素、抗新普拉通(antineoplaston)、反义寡核苷酸、甘氨酸阿非迪霉素(aphidicolin glycinate)、凋亡基因调节剂、凋亡调节剂、脱嘌呤核酸、奥沙那宁(asulacrine)、阿他美坦(atamestane)、阿莫司汀(atrimustine)、阿新司坦汀1(axinastatin 1)、阿新司坦汀2(axinastatin 2)、阿新司坦汀3(axinastatin 3)、阿扎司琼(azasetron)、阿扎托新(azatoxin)、重氮酪氨酸、巴卡亭III衍生物(baccatin IIIderivatives)、班兰诺(balanol)、巴马司他(batimastat)、BCR/ABL拮抗剂、苯并二氢卟酚(benzochlorins)、苯甲酰基星形孢菌素(benzoylstaurosporine)、β内酰胺衍生物、β-阿立辛(beta-alethine)、β可来霉素B(betaclamycinB)、桦木酸、bFGF抑制剂、比卡鲁胺(bicalutamide)、比生群(bisantrene)、双氮丙啶基精胺(bisaziridinylspermine)、双奈法德(bisnafide)、bistratene A、比折来新(bizelesin)、比锐来特(breflate)、博来霉素A2、博来霉素B2、溴匹立明(bropirimine)、布多替钛(budotitane)、丁硫氨酸亚砜胺、卡泊三醇、钙磷酸蛋白C(calphostin C)、喜树碱衍生物(例如10-羟基-喜树碱)、卡培他滨(capecitabine)、甲酰胺-氨基三唑(carboxamide-amino-triazole)、羧酰胺基三唑(carboxyamidotriazole)、卡折来新(carzelesin)、酪蛋白激酶抑制剂、栗树精胺、杀菌肽B(cecropin B)、西曲瑞克(cetrorelix)、二氢卟酚、氯喹喔啉磺胺、西卡前列素(cicaprost)、顺式卟啉、克拉屈滨(cladribine)、氯米芬及其类似物、克霉唑、克立霉素A(collistycin A)、克立霉素B(collismycin B)、康柏斯达汀A4(combretastatin A4)、康柏斯达汀类似物、康纳京尼(conagenin)、卡那贝西汀816(crambescidin 816)、克里斯奈托(crisnatol)、念珠藻环肽8、念珠藻环肽A衍生物、卡拉新A(curacin A)、环戊蒽醌、环普兰姆(cycloplatam)、西匹霉素(cypemycin)、十八烷基磷酸阿糖胞苷(cytarabineocfosfate)、溶细胞因子、磷酸己烷雌酚(cytostatin)、达昔单抗、地西他滨、脱氢膜海鞘素B、2'脱氧柯福霉素(2'deoxycoformycin)(DCF)、地洛瑞林(deslorelin)、右异环磷酰胺(dexifosfamide)、右雷佐生(dexrazoxane)、右维拉帕米(dexverapamil)、地吖醌(diaziquone)、膜海鞘素B、地多西(didox)、二乙基降精胺(diethylnorspermine)、二氢-5-氮杂胞嘧啶核苷(dihydro-5-azacytidine)、二氢紫杉醇(dihydrotaxol)、二恶霉素(dioxamycin)、二苯基螺莫司汀、圆皮海绵内酯、多可沙诺(docosanol)、多拉司琼、去氧氟尿苷、屈洛昔芬、屈大麻酚、倍癌霉素SA(duocannycin SA)、依布硒啉、依考莫司汀、依地福新、依决洛单抗、依氟鸟氨酸(eflornithine)、榄香烯、乙嘧替氟、埃博霉素、epithilones、爱普列特(epristeride)、雌莫司汀及其类似物、依托泊苷、依托泊苷4'-磷酸酯(也称为etopofos)、依西美坦、法倔唑、法扎拉滨、维甲酰酚胺(fenretinide)、非格司亭、非那雄安(fmasteride)、夫拉平度(flavopiridol)、夫来折司汀(flezelastine)、夫斯特隆(fluasterone)、氟达拉滨、盐酸氟道诺霉素(fluorodaunorunicin hydrochloride)、福酚美克(forfenimex)、福美司坦(formestane)、福司曲星(fostriecin)、福莫司汀(fotemustine)、钆德卟啉(gadolinium texaphyrin)、硝酸镓、加洛他滨(galocitabine)、加尼瑞克(ganirelix)、明胶酶抑制剂、吉西他滨、谷胱甘肽抑制剂、和普苏姆(hepsulfam)、高三尖杉酯碱(homoharringtonine)(HHT)、金丝桃素、伊班膦酸、艾多昔芬(idoxifene)、伊决孟酮(idramantone)、伊莫福新(ilmofosine)、伊洛马司他(ilomastat)、咪唑吖啶酮(imidazoacridones)、咪喹莫特(imiquimod)、免疫刺激肽、碘苄胍、碘多柔比星、甘薯醇、伊立替康、伊罗普拉(iroplact)、伊索拉定(irsogladine)、异苯胍唑(isobengazole)、杰斯普拉克立德(jasplakinolide)、卡哈拉立得F(kahalalide F)、三醋酸层状素N(lamellarin-Ntriacetate)、兰乐肽(lanreotide)、leinamycin、来格司亭(lenograstim)、硫酸香菇多糖(lentinan sulfate)、雷托他汀(leptolstatin)、来曲唑(letrozole)、亲脂性铂类化合物、立索克林酰胺7(lissoclinamide 7)、洛铂、洛美曲索(lometrexol)、氯尼达明(lonidamine)、洛索蒽醌(losoxantrone)、洛索立宾(loxoribine)、勒托替康(lurtotecan)、镥德卟啉(lutetium texaphyrin)、立索茶碱(lysofylline)、马索罗酚、马司非(maspin)、基质金属蛋白酶抑制剂、美诺立尔(menogaril)、rnerbarone、美替瑞林(meterelin)、甲硫氨酸酶、甲氧氯普胺、MIF抑制剂、米非司酮(ifepristone)、米替福新(miltefosine)、米立司亭(mirimostim)、光辉霉素(mithracin)、米托胍腙(mitoguazone)、二溴卫矛醇、丝裂霉素及其类似物、米托萘胺(mitonafide)、米托蒽醌(mitoxantrone)、莫法罗汀(mofarotene)、莫拉司亭(molgramostim)、美卡普罗B(myloroxide B)、美瑞泡仁((myriaporone)、N-乙酰基地那林(N-acetyldinaline)、N-取代苯甲酰胺、那法瑞林(nafarelin)、纳格瑞替(nagrestip)、纳普维(napavin)、萘特非(naphterpin)、那托司亭(nartograstim)、奈达铂(nedaplatin)、奈莫柔比星(nemorubicin)、奈立膦酸、尼鲁米特(nilutamide)、丽沙霉素(nisamycin)、里挫林(nitrullyn)、奥曲肽(octreotide)、奥克恩(okicenone)、奥那司酮(onapristone)、昂丹司琼(ondansetron)、奥拉新(oracin)、奥马铂(ormaplatin)、奥沙利铂(oxaliplatin)、厄诺霉素(oxaunomycin)、紫杉醇及其类似物、帕诺明(palauamine)、十六酰基根霉素(palmitoylrhizoxin)、帕米膦酸、人参炔三醇、帕诺米芬(panomifene)、帕拉贝新(parabactin)、帕折普汀(pazelliptine)、培门冬酶(pegaspargase)、皮地新(peldesine)、戌聚糖聚硫酸钠、喷司他丁(pentostatin)、喷唑(pentrozole)、潘氟隆(perflubron)、培磷酰胺、苯连氮霉素(phenazinomycin)、皮西板尼(picibanil)、吡柔比星(pirarubicin)、吡曲克辛(piritrexim)、鬼臼毒素(podophyllotoxin)、泊非霉素(porfiromycin)、嘌呤核苷磷酸化酶抑制剂、雷替曲塞(raltitrexed)、根霉素、罗谷亚胺(rogletimide)、罗希吐碱、鲁滨吉隆B1(rubiginoneB1)、鲁泊塞(ruboxyl)、沙芬戈(safingol)、圣特平(saintopin)、沙卡弗托A(sarcophytolA)、沙格司亭(sargramostim)、索布佐生(sobuzoxane)、索纳明(sonermin)、斯帕磷酸、斯皮卡霉素D(spicamycin D)、螺莫司汀(spiromustine)、斯替皮米德(stipiamide)、sulfinosine、他莫司汀(tallimustine)、替加氟(tegafur)、替莫唑胺、替尼泊苷、噻立拉斯汀(thaliblastine)、噻考瑞林(thiocoraline)、替拉扎明(tirapazamine)、拓扑替康(topotecan)、托普升替(topsentin)、曲西立滨(triciribine)、三甲曲沙(trimetrexate)、凡拉明、长春瑞滨(vinorelbine)、维萨汀(vinxaltine)、伏罗唑(vorozole)、折尼铂(zeniplatin)和亚苄维C(zilascorb)。
用于化学缀合的连接基
多种连接基可以用于将本文描述的抗体、抗原结合片段和配体(例如，识别并结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段和配体)与细胞毒性分子缀合。连接基包括可以被以下裂解的那些：通过例如酶水解、光解、在酸性条件下水解、在碱性条件下水解、氧化、二硫化物还原、亲核裂解或有机金属裂解(参见，例如，Leriche等人，Bioorg.Med.Chem.,20:571-582,2012，其公开内容在涉及适用于共价缀合的连接基时通过引用并入本文)。可用于合成药物-抗体缀合物和药物-配体缀合物的连接基的实例包括，含有适用于与抗体或抗原结合片段内存在的亲核取代基(诸如胺和硫醇部分)反应的亲电子体的那些，诸如尤其是迈克尔(Michael)受体(例如马来酰亚胺)、活化酯、缺电子羰基化合物和醛。例如，适用于合成药物-抗体缀合物和药物-配体缀合物的连接基包括但不限于，尤其是，琥珀酰亚胺基4-(N-马来酰亚胺基甲基)-环己烷-L-羧酸酯(SMCC)、N-琥珀酰亚胺基碘乙酸酯(SIA)、磺基-SMCC、间-马来酰亚胺基苯甲酰基-N-羟基琥珀酰亚胺酯(m-maleimidobenzoyl-N-hydroxysuccinimidyl ester)(MBS)、磺基-MBS和琥珀酰亚胺基碘乙酸酯，它们被描述于例如Liu等人，18：690-697,1979中，其的公开内容在其涉及用于化学缀合的连接基时通过引用并入本文。另外的连接基包括特别适用于微管破坏剂诸如澳瑞他汀的缀合、被描述于Doronina等人，Bioconjugate Chem.17:14-24,2006(其的公开内容在其涉及用于化学缀合的连接基通过引用并入本文)的不可裂解的马来酰亚胺己酰基连接基。适用于合成如本文描述的药物-抗体缀合物和药物-配体缀合物的另外的连接基包括能够通过1,6-消除过程释放细胞毒素的那些，诸如对氨基苯甲醇(PABC)、6-马来酰亚胺基己酸、pH敏感性碳酸盐和在Jain等人，Pharm.RES.32:3526-3540,2015中描述的其他试剂，其公开内容通过引用以其整体并入本文。
可以用于将抗体、其抗原结合片段或配体与细胞毒性剂缀合的连接基包括那些连接基，其在该连接基的一个末端与细胞毒性剂共价结合并且在该连接基的另一个末端含有由连接基上存在的反应性取代基与在结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分。可以存在于结合CD117(诸如GNNK+ CD117)的抗体、其抗原结合片段或配体内的反应性取代基包括但不限于丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸残基的羟基部分；赖氨酸残基的氨基部分；天冬氨酸和谷氨酸残基的羧基部分；和半胱氨酸残基的硫醇部分，以及非天然存在的氨基酸的炔丙基、叠氮基、卤代芳基(例如氟芳基)、卤代杂芳基(例如，氟杂芳基)、卤代烷基和卤代杂烷基部分。与本文描述的抗体-药物和配体-药物缀合物结合使用的连接基包括但不限于含有通过如下表1中描绘的偶联反应形成的化学部分的连接基。曲线分别表示抗体、抗原结合片段或配体和细胞毒性分子的附接点。
表1.通过在抗体-药物和配体-药物缀合物的形成中的偶联反应形成的示例性化学部分
治疗的方法
如本文描述的，造血干细胞移植疗法可以被施用至需要治疗的受试者，以便植入或再植入一种或更多种血细胞类型。造血干细胞通常表现出多潜能性，并且因此可以分化成多种不同的血液谱系，包括但不限于粒细胞(例如，早幼粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞)、红细胞(例如，网织红细胞、红细胞)、凝血细胞(例如，原巨核细胞、血小板产生巨核细胞、血小板)、单核细胞(例如，单核细胞、巨噬细胞)、树突细胞、小胶质细胞、破骨细胞和淋巴细胞(例如，NK细胞、B细胞和T细胞)。另外，造血干细胞能够自我更新并且因此可以产生与母细胞具有等同潜力的子细胞，并且还具有被重新引入移植物接受者的能力的特征，届时它们归巢至造血干细胞小生境并且重建富有成效的和持续的血细胞生成。
因此，造血干细胞可以被施用至造血谱系的一种或更多种细胞类型缺乏或缺陷的患者，以便重构体内缺陷或缺陷的细胞的群体，从而治疗与内源性血细胞群体的缺陷或耗尽相关的病理学。因此，本文描述的组合物和方法可以用于治疗非恶性血红蛋白异常(例如，选自由以下组成的组的血红蛋白异常：镰状细胞性贫血、地中海贫血、范可尼贫血、再生障碍性贫血和威斯科特-奥尔德里奇综合征)。另外或可选地，本文描述的组合物和方法可以用于治疗免疫缺陷，诸如先天性免疫缺陷。另外或可选地，本文描述的组合物和方法可以用于治疗获得性免疫缺陷(例如，选自由以下组成的组的获得性免疫缺陷：HIV和AIDS)。本文描述的组合物和方法可以用于治疗代谢紊乱(例如，选自由以下组成的组的代谢紊乱：糖原贮积病、黏多糖贮积病、高歇氏病、Hurler病、鞘脂贮积病和异染性脑白质营养不良)。
另外或可选地，本文描述的组合物和方法可以用于治疗恶性肿瘤或增生性紊乱，诸如血液癌症、骨髓增生性疾病。在癌症治疗的情况下，本文描述的组合物和方法可以被施用至患者，以便在造血干细胞移植疗法之前耗尽内源性造血干细胞的群体，在这种情况下，移植的细胞可以归巢至由内源性细胞耗尽步骤产生的小生境并且建立富有成效的血细胞生成。这继而可以重构在癌细胞消除期间诸如在全身化学疗法期间耗尽的细胞的群体。可以使用本文描述的组合物和方法治疗的示例性血液学癌症包括但不限于急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴性白血病、多发性骨髓瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤，以及其他癌性状况，包括神经母细胞瘤。
可以用本文描述的组合物和方法治疗的另外的疾病包括但不限于腺苷脱氨酶缺乏和重症综合性免疫缺陷、高免疫球蛋白M综合征、Chediak-Higashi病、遗传性淋巴组织细胞增多症、骨硬化病、成骨不全症、贮积病、重型地中海贫血、系统性硬化、系统性红斑狼疮、多发性硬化和青少年类风湿性关节炎。
本文描述的抗体、其抗原结合片段、配体和缀合物可以用于诱导实体器官移植物耐受性。例如，本文描述的组合物和方法可以用于消除或消融来自靶组织的细胞的群体(例如，以耗尽来自骨髓干细胞小生境的造血干细胞)。在这样的耗尽来自靶组织的细胞后，来自器官供体的干细胞或祖细胞的群体(例如，来自器官供体的造血干细胞)可以被施用至移植物接受者，并且在这样的干细胞或祖细胞植入后，可以实现暂时或稳定的混合嵌合(chimerism)，从而允许长期移植物器官耐受性而无需另外的免疫抑制剂。例如，本文描述的组合物和方法可以用于在实体器官移植物接受者中诱导移植物耐受性(例如尤其是，肾移植物、肺移植物、肝移植物和心脏移植物)。本文描述的组合物和方法适合与诱导实体器官移植物耐受性一起使用，例如因为低百分比的临时或稳定供体植入足以诱导移植器官的长期耐受性。
另外，本文描述的组合物和方法可以用于直接治疗癌症，诸如以作为CD117+的细胞为特征的癌症。例如，本文描述的组合物和方法可以用于治疗白血病，特别是在表现出CD117+白血病细胞的患者中。通过耗尽CD117+癌性细胞诸如白血病细胞，本文描述的组合物和方法可以用于直接治疗多种癌症。可以以该方式治疗的示例性癌症包括血液学癌症，诸如急性骨髓性白血病、急性淋巴性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴性白血病、多发性骨髓瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤。
另外，本文描述的组合物和方法可以用于治疗自身免疫性紊乱。例如，抗体、其抗原结合片段或配体可以被施用至受试者，诸如罹患自身免疫性紊乱的人类患者，以便杀伤CD117+免疫细胞。CD117+免疫细胞可以是自身反应性淋巴细胞，诸如表达特异性结合自身抗原并产生针对自身抗原的免疫应答的T细胞受体的T细胞。通过耗尽自身反应性CD117+细胞，本文描述的组合物和方法可以用于治疗自身免疫性病理学，诸如下文描述的那些。另外或可选地，本文描述的的组合物和方法可以用于通过在造血干细胞移植疗法之前耗尽内源性造血干细胞的群体来治疗自身免疫性疾病，在这种情况下，移植的细胞可以归巢至由内源性细胞耗尽步骤产生的小生境并且建立富有成效的血细胞生成。这继而可以重构在自身免疫性细胞消除期间被耗尽的细胞的群体。
可以使用本文描述的组合物和方法治疗的自身免疫性疾病包括但不限于银屑病、银屑病性关节炎、1型糖尿病(Type 1diabetes mellitus)(1型糖尿病(Type 1diabetes))、类风湿性关节炎(RA)、人类系统性红斑狼疮(SLE)、多发性硬化(MS)、炎性肠病(IBD)、淋巴细胞性结肠炎、急性播散性脑脊髓炎(ADEM)、爱迪生氏病、普秃、强直性脊柱炎、抗磷脂抗体综合征(APS)、再生障碍性贫血、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性内耳病(AIED)、自身免疫性淋巴细胞增生综合征(ALPS)、自身免疫性卵巢炎、巴洛病、白塞氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、恰加斯氏病、慢性疲劳免疫功能障碍综合征(CFIDS)、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病、克罗恩氏病、瘢痕性类天疱疮、乳糜泻性疱疹样皮炎，冷凝集素病、CREST综合征、Degos病、盘状红斑狼疮、自主神经功能障碍、子宫内膜异位、原发性混合型冷沉蛋白血症、纤维肌痛-纤维肌炎、Goodpasture综合征、格雷夫斯病、格林-巴利综合征(GBS)、桥本氏甲状腺炎、化脓性汗腺炎、特发性和/或急性血小板减少性紫癜、特发性肺纤维化、IgA神经病变、间质性膀胱炎、青少年关节炎、川崎病、扁平苔藓、莱姆病、梅尼埃病、混合性结缔组织病(MCTD)、重症肌无力、神经性肌强直、斜视眼阵挛肌阵挛综合征(OMS)、视神经炎、奥德氏甲状腺炎、寻常型天疱疮、恶性贫血、多软骨炎、多肌炎和皮肌炎、原发性胆汁性肝硬化、结节性多动脉炎、多腺体综合征、风湿性多肌痛、原发性无丙种球蛋白血症、雷诺现象、Reiter综合征、风湿热、结节病、硬皮病、干燥综合征、僵人综合征、Takayasu氏动脉炎、颞动脉炎(又称“巨细胞动脉炎”)、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、葡萄膜炎、血管炎、白癜风、外阴痛(“外阴前庭炎”)和韦格纳肉芽肿病。
施用和给药的途径
本文描述的抗体、其抗原结合片段和配体可以以多种剂型被施用至患者(例如罹患癌症、自身免疫性疾病或需要造血干细胞移植疗法的人类患者)。例如，本文描述的抗体、其抗原结合片段和配体可以以水性溶液诸如含有一种或更多种药学上可接受的赋形剂的水性溶液的形式被施用至罹患癌症、自身免疫性疾病或需要造血干细胞移植疗法的患者。与本文描述的组合物和方法一起使用的药学上可接受的赋形剂包括粘度调节剂。水性溶液可以使用本领域已知的技术进行灭菌。
本文描述的抗体、抗原结合片段和配体可以通过多种途径施用，所述多种途径诸如口服、透皮、皮下、鼻内、静脉内、肌内、眼内或胃肠外。在任何给定情况下，最合适的施用途径将取决于所施用的特定抗体、抗原结合片段或配体、患者、药物配制方法、施用方法(例如，施用时间和施用途径)、患者的年龄、体重、性别、所治疗疾病的严重程度、患者的饮食和患者的排泄率。
本文描述的抗体、其抗原结合片段或配体的有效剂量的范围可以为例如每次(例如，推注(bolus))施用、多次施用或连续施用约0.001mg/kg至约100mg/kg体重，或者可以在达到抗体、其抗原结合片段或配体的最佳血清浓度(例如，0.0001-5000μg/mL的血清浓度)的范围。剂量可以每天、每周或每月一次或更多次(例如，2-10次)被施用至罹患癌症、自身免疫性疾病或经历调节性疗法以准备接受造血干细胞移植物的受试者(例如，人类)。在造血干细胞移植之前的调节性程序的情况下，抗体、其抗原结合片段或配体可以在最佳地促进外源性造血干细胞的植入的时间被施用至患者，例如在施用外源性造血干细胞移植物之前1小时至1周(例如，1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天或7天)或更长时间。
实施例
提出以下实施例以向本领域普通技术人员提供可以如何使用、制备和评价本文描述的组合物和方法的描述，并且意图对本发明仅仅是示例性的，并且不意图限制本发明人认为是其发明的范围。
实施例1.抗CD117抗体施用至人类患者以准备造血干细胞移植疗法
使用本文公开的方法，本领域熟练的医师可以向需要造血干细胞移植疗法的人类患者施用能够结合由造血干细胞表达的抗原的抗体或其抗原结合片段，诸如结合CD117的抗体或其抗原结合片段(例如，结合GNNK+ CD117的抗体或其抗原结合片段)。以这种方式，内源性造血干细胞的群体可以在施用外源性造血干细胞植入物之前被耗尽，以促进造血干细胞植入物的植入。抗体可以与毒素，诸如本文描述的或本领域已知的细胞毒性分子共价缀合。例如，抗CD117抗体或其抗原结合片段(诸如抗GNNK+ CD117抗体或其抗原结合片段)可以与细胞毒素共价缀合，所述细胞毒素诸如假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、鹅膏蕈毒素诸如α-鹅膏蕈碱、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类、吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体。可以使用本文描述的或本领域已知的共价键形成技术进行该缀合。随后可以在将外源性造血干细胞(诸如自体、同基因或同种异体的造血干细胞)移植至患者之前，例如通过静脉内施用将抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物施用至患者。
抗CD117(例如，抗GNNK+ CD117)抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物可以在造血干细胞移植疗法之前以足以将内源性造血干细胞的数量减少例如10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或更多的量被施用。可以使用本领域已知的常规技术诸如通过FACS分析在调节性疗法期间的不同的间隔从患者抽取的血液样品中的表达特征性造血干细胞表面抗原的细胞来监测造血干细胞计数的减少。例如，本领域熟练的医师可以在调节性疗法期间的不同时间点从患者抽取血液样品，并且通过进行FACS分析来确定内源性造血干细胞减少的程度，以使用与造血干细胞标志物抗原结合的抗体来阐明样品中造血干细胞的相对浓度。根据一些实施方案，当造血干细胞的浓度响应于用抗CD117(例如，抗GNNK+ CD117)抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物的调节性疗法达到最小值时，医师可以结束调节性疗法，并且可以开始为患者准备造血干细胞移植疗法。
抗CD117(例如，抗CNNK+CD117)抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物可以以含有一种或更多种药学上可接受的赋形剂诸如粘度调节剂的水性溶液被施用至患者。水性溶液可以使用本文描述的或本领域已知的技术进行灭菌。在造血干细胞植入物施用至患者之前，抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物可以以例如0.001mg/kg至100mg/kg的剂量被施用至患者。抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物可以在最佳地促进外源性造血干细胞植入的时间被施用至患者，例如在施用外源性造血干细胞移植物之前1小时至1周(例如、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天或7天)或更长时间。
在调节性疗法结束后，然后患者可以接受诸如来自进行调节性疗法的同一医师或由不同医师的外源性造血干细胞的输注(例如，静脉内输注)。医师可以向患者施用例如剂量从1×103至1×109个造血干细胞/kg的剂量的自体、同基因或同种异体造血干细胞的输注剂。医师可以例如通过在施用移植物后从患者抽取血液样品并确定造血干细胞或造血谱系细胞(诸如巨核细胞、凝血细胞、血小板、红细胞、肥大细胞、myeoblast、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、小胶质细胞、粒细胞、单核细胞、破骨细胞、抗原呈递细胞、巨噬细胞、树突细胞、自然杀伤细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞)的浓度的增加来监测造血干细胞移植的植入。该分析可以在造血干细胞移植疗法后例如1小时至6个月或更长时间(例如，1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天、7天、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、13周、14周、15周、16周、17周、18周、19周、20周、21周、22周、23周、24周或更长时间)进行。这一发现，即在移植疗法后造血干细胞或造血谱系细胞的浓度相对于在移植疗法之前对应的细胞类型的浓度已经增加(例如，增加1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％、500％或更多)，提供用抗CD117(例如，抗GNNK+ CD117)抗体、其抗原结合片段或药物-抗体缀合物的治疗已经成功地促进移植的造血干细胞植入物的植入的一个指示。
实施例2.通过噬菌体展示产生能够结合造血干细胞的抗体
用于与本文描述的组合物和方法一起使用的抗CD117(例如抗GNNK+ CD117)抗体的体外演化的示例性方法是噬菌体展示。噬菌体展示文库可以通过在抗体的CDR或抗体样支架的类似区域(例如，10Fn3结构域的BC、CD和DE环)的编码序列内进行被设计的一系列突变或变异来创建。这些突变被引入其中的模板抗体编码序列可以是例如天然人类种系序列。可以使用本领域已知的标准诱变技术进行这些突变。因此，每个突变体序列编码对应于模板的保留了一个或更多个氨基酸变异的抗体。可以使用本领域已知的标准载体构建技术工程化逆转录病毒和噬菌体展示载体。P3噬菌体展示载体连同相容的蛋白表达载体可以用来产生用于抗体多样化的噬菌体展示载体。
突变的DNA提供序列多样性，并且每个转化体噬菌体展示由DNA编码的初始模板氨基酸序列的一个变体，产生展示大量不同但结构相关的氨基酸序列的噬菌体群体(文库)。由于抗体高变区的界限清楚的(well-defined)结构，噬菌体展示筛选中引入的氨基酸变异被预期改变结合性肽或结合性结构域的结合特性而不显著改变其整体分子结构。
在典型的筛选中，噬菌体文库可以与前述抗原或其表位之一接触并允许其结合。为了促进结合物(binders)和非结合物的分离，将靶固定在固体支持物上是方便的。携带CD117-结合部分的噬菌体可以与固体支持物上的靶形成复合物，而非结合噬菌体仍然保持在溶液中并可以用过量缓冲液洗去。然后，结合的噬菌体可以通过将缓冲液改变至极端pH(pH 2或pH 10)、改变缓冲液的离子强度、添加变性剂或其他已知方法从靶释放。
然后回收的噬菌体可以通过感染细菌细胞来扩增，并且筛选过程可以使用新汇集物(pool)重复，该新汇集物现在在非结合抗体方面被耗尽并被富集结合CD117(例如，GNNK+CD117)的抗体。甚至少数结合噬菌体的回收足以扩增噬菌体以用于随后的筛选迭代。在几轮选择之后，编码源自结合池中选择的噬菌体克隆的抗体或其抗原结合片段的基因序列通过常规方法确定，从而揭示赋予噬菌体对靶的结合亲和力的肽序列。在淘选过程期间，群体的序列多样性随着每轮选择而减少，直到期望的肽结合抗体留存下来。序列可以集中在少量相关抗体或其抗原结合片段上。在每轮选择中回收的噬菌体数量的增加指示在筛选中已发生文库的会聚(convergence)。
实施例3.产生结合造血干细胞抗原的人源化抗体
例如根据以下程序可以将结合CD117(例如GNNK+CD117)的非人类抗体人源化。共有人类抗体的重链和轻链序列是本领域已知的(参见例如“VBASE”人类种系序列数据库；Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版,U.S.Department of Health and Human Services,NIH公布第91-3242号,1991；Tomlinson等人,J.Mol.Biol.227:776-798,1992；和Cox等人.Eur.J.Immunol.24:827-836,1994，其每个的公开内容在其涉及共有人类抗体重链和轻链序列时通过引用并入本文中。本领域技术人员可以使用已建立的程序鉴定共有抗体序列的可变结构域框架残基和CDR(例如，通过序列比对)。人们可以将共有人类抗体的重链和/或轻链可变结构域的一个或更多个CDR替换为结合如本文描述的CD117(例如GNNK+CD117)的非人类抗体的一个或更多个对应的CDR，以便产生人源化抗体。可以使用本文描述的或本领域已知的基因编辑技术进行该CDR交换。
共有人类抗体的可变结构域的一个实例含有在美国专利第6,054,297中被鉴定的重链可变结构域
和轻链可变结构域
其公开内容在其涉及人类抗体共有序列时通过引用并入本文。上述序列中的CDR以粗体显示。
为了产生人源化抗体，人们可以重组表达编码以上共有序列的多核苷酸，其中一个或更多个可变区CDR已经被结合CD117(例如GNNK+CD117)的非人类抗体的一个或更多个可变区CDR序列代替。由于抗体对造血干细胞抗原的亲和力主要由CDR序列确定，因此所得的人源化抗体被预期对造血干细胞抗原表现出与该人源化抗体源自的非人类抗体相同的亲和力。确定抗体对靶抗原的亲和力的方法包括，例如本文描述的和本领域已知的基于ELISA的技术，以及尤其是表面等离子体共振、荧光各向异性和等温滴定量热法。
实施例4.抗CD117抗体-药物缀合物耗尽CD117+细胞的群体的能力
为了研究抗CD117抗体-药物缀合物杀伤CD117+细胞的能力，进行了一系列实验，其中一系列结合CD117的单克隆抗体与多种细胞毒性剂中的一个缀合，并且随后与不同的CD117+细胞系孵育。在确定的孵育时间后，通过以下任一个来确定细胞的存活力：(i)确定与膜联蛋白V(一种识别磷脂酰丝氨酸的磷脂结合蛋白)交叉反应的细胞的比例，以鉴定凋亡细胞，(ii)使用CellTiter-GloTM测定(Promega,Madison,WI)，其由于三磷酸腺苷(ATP)介导的萤光素酶催化的萤光素转化为氧化萤光素而产生发光信号，从而检测由培养物中的存活细胞产生的ATP的相对浓度，或(iii)使用流式细胞术。使用相同同种型但不结合CD117的单克隆抗体-药物缀合物作为阴性对照。
为了产生在这些实验中使用的抗体-药物缀合物，将单克隆抗CD117抗体或同种型对照和与皂草素缀合的Fab片段结合或与皂草素、单甲基澳瑞他汀E(MMAE)、单甲基澳瑞他汀F(MMAF)或α-鹅膏蕈碱直接缀合。
首先评价单克隆抗体-药物缀合物对CD117+Kasumi-1细胞的作用。在一个实验中，将细胞和与如以上所描述的皂草素缀合的Fab片段结合的抗CD117抗体或同种型对照一起孵育三天，然后在所述时间后，通过确定膜联蛋白V反应性来评价细胞的存活力。该实验的结果示于图1中。为了评价其他抗CD117单克隆抗体-皂草素缀合物的细胞杀伤能力，将一系列单克隆抗CD117抗体，Ab A、Ab B和Ab C，以相同的方式与皂草素缀合的Fab片段结合，并且类似地与Kasumi-1细胞一起孵育3天。在该孵育时间后，使用CellTiter-GloTM测定来确定细胞存活力。该实验的结果示于图2中。为了评价与其他细胞毒性剂缀合的抗CD117抗体的作用，将与MMAE、MMAF或α-鹅膏蕈碱直接缀合的抗CD117单克隆抗体或同种型对照与Kasumi-1细胞一起孵育4天时间，在所述时间后，使用CellTiter-GloTM测定来评价细胞存活力。这些结果报告在图3中。令人惊讶的是，发现，相对于所测试的多种其他毒素，与α-鹅膏蕈碱缀合的抗CD117抗体表现出优异的杀伤CD117+Kasumi-1细胞的能力，如抗CD117抗体-α-鹅膏蕈碱缀合物以剂量依赖性方式耗尽Kasumi-1细胞并且出乎预料地具有比澳瑞他汀和皂草素细胞毒素更高的效力。
为了评价单克隆抗体-药物缀合物对CD117+ CD34+细胞的作用，将抗CD117抗体与皂草素或α-鹅膏蕈碱直接缀合，并且随后以增加的浓度与CD117+ CD34+细胞一起孵育。作为阴性对照，使同种型匹配的单克隆抗体与皂草素缀合的Fab片段结合或与α-鹅膏蕈碱直接缀合。在与CD117+ CD34+细胞孵育5天时间后，使用流式细胞术评价用皂草素缀合物处理的细胞的存活力或使用CellTiter-GloTM测定评价用α-鹅膏蕈碱缀合物处理的细胞的细胞存活力。如图4A和4B中所示，与α-鹅膏蕈碱缀合的抗CD117抗体表现出令人惊讶的优异的耗尽CD117+ CD34+细胞的能力，以剂量依赖性方式发挥该细胞杀伤作用并且具有在与皂草素结合的单克隆抗体相比更大的程度上的显著更高的效力。使用与MMAE和MMAF直接缀合的抗CD117单克隆抗体或同种型匹配的抗体进行类似的一系列实验，将该抗CD117单克隆抗体或同种型匹配的抗体与CD117+ CD34+细胞一起孵育6天，在所述之间后，通过流式细胞术评价细胞死亡。如图5A和5B中所示，相对于同种型匹配的对照，抗CD117单克隆抗体-MMAE和抗CD117单克隆抗体-MMAF缀合物未在更大程度地或以更大效力耗尽测试细胞群体。
前述实验的结果显示，并非所有与抗CD117抗体结合的毒素都能够杀伤CD117+细胞，并且与α-鹅膏蕈碱缀合的抗CD117抗体对于耗尽跨越不同细胞系的CD117+细胞表现出令人惊讶的优异的能力。为了研究抗CD117抗体-α-鹅膏蕈毒素缀合物在体内耗尽表达造血干细胞标志物CD34的人类细胞的能力，用PBS缓冲液、单独的单克隆抗CD117抗体、单克隆抗CD117抗体-α-鹅膏蕈毒素缀合物或同种型匹配的阴性对照α-鹅膏蕈毒素缀合物通过单次静脉内施用处理植入人类CD34+细胞的NSG小鼠。随后观察小鼠，并且在施用22天后，收获骨髓并分析以鉴定人类细胞，包括CD45+和CD34+细胞。如图6中所示，与α-鹅膏蕈碱缀合的抗CD117抗体能够以剂量依赖性方式基本上耗尽NSG小鼠中的人类CD34+细胞的群体，而单独的抗CD117单克隆抗体和同种型匹配的α-鹅膏蕈碱缀合物未表现出这种表型。这些结果证明，与鹅膏蕈毒素缀合的抗CD117抗体可以用来耗尽例如准备造血干细胞移植疗法的受试者中造血干细胞的群体，以便提供造血干细胞可以归巢至其的小生境。
其他实施方案
本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同每个单独的出版物或专利申请被具体和单独地指示通过引用并入的相同程度。
虽然已经结合本发明的具体实施方案描述了本发明，但是应该理解，本发明能够具有进一步的修改，并且本申请意图覆盖本发明的任何变化、用途或修改，所述本发明的任何变化、用途或修改在总体上遵循本发明的原则，并且包括在本发明所属的领域内是已知或惯用实践之内的并且可以被应用于在上文中陈述的必要特征且落入权利要求的范围的此类偏离。
其他实施方案落入权利要求内。
序列表
<110> 美真达治疗公司
<120> 51125-020WO1
<130> 用于耗尽CD117+细胞的组合物和方法
<150> US 62/448,782
<151> 2017-01-20
<150> US 62/437,729
<151> 2016-12-22
<150> US 62/351,725
<151> 2016-06-17
<160> 8
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
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1 5
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<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Glu Asn Gly Ser Asp Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Arg Gly Gly Ala Val Ser Tyr Phe Asp Val Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 8
<211> 109
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 8
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asn Ser Leu Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr
100 105

Claims (112)

1.一种耗尽人类患者中CD117+细胞的群体的方法，所述方法包括向所述患者施用有效量的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的细胞毒素缀合：鹅膏蕈毒素、假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体。
2.一种耗尽需要造血干细胞移植物的人类患者中CD117+细胞的群体的方法，所述方法包括在所述患者接受包含造血干细胞的移植物之前向所述患者施用有效量的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的细胞毒素缀合：鹅膏蕈毒素、假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体。
3.一种方法，所述方法包括向人类患者施用包含造血干细胞的移植物，其中所述患者先前已经被施用足以耗尽所述患者中CD117+细胞的群体的量的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的细胞毒素缀合：鹅膏蕈毒素、假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体。
4.一种方法，所述方法包括：
a.向人类患者施用足以耗尽所述患者中CD117+细胞的群体的量的能够结合CD117的抗体或其抗原结合片段；以及
b.随后向所述患者施用包含造血干细胞的移植物，
其中所述抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的细胞毒素缀合：鹅膏蕈毒素、假单胞菌外毒素A、deBouganin、白喉毒素、皂草素、美登素、美登素的化学衍生物、澳瑞他汀、蒽环霉素、加利刹霉素、伊立替康、SN-38、倍癌霉素、吡咯并苯二氮卓类、吡咯并苯二氮卓类二聚体、吲哚并苯二氮卓类和吲哚并苯二氮卓类二聚体，或其变体。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中CD117是GNNK+CD117。
6.一种耗尽人类患者中CD117+细胞的群体的方法，所述方法包括向所述患者施用有效量的能够结合GNNK+的抗体或其抗原结合片段。
7.一种耗尽需要造血干细胞移植物的人类患者中CD117+细胞的群体的方法，所述方法包括在所述患者接受包含造血干细胞的移植物之前向所述患者施用有效量的能够结合GNNK+CD117的抗体或其抗原结合片段。
8.一种方法，所述方法包括向人类患者施用包含造血干细胞的移植物，其中所述患者先前已经被施用足以耗尽所述患者中CD117+细胞的群体的量的能够结合GNNK+CD117的抗体或其抗原结合片段。
9.一种方法，所述方法包括：
a.向人类患者施用足以耗尽所述患者中的CD117+细胞的群体的量的能够结合GNNK+CD117的抗体或其抗原结合片段；以及
b.随后向所述患者施用包含造血干细胞的移植物。
10.如权利要求6-9中任一项所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段与细胞毒素缀合。
11.如权利要求1-4和10中任一项所述的方法，其中与细胞毒素缀合的所述抗体或其抗原结合片段由式Ab-Am表示，其中Ab是所述抗体或其抗原结合片段，并且Am是由式(I)表示的鹅膏蕈毒素
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4、R5、R6和R7各自独立地是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的C1-C6烷基、任选地被取代的C1-C6杂烷基、任选地被取代的C2-C6烯基、任选地被取代的C2-C6杂烯基、任选地被取代的C2-C6炔基、任选地被取代的C2-C6杂炔基、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是任选地被取代的C1-C6亚烷基、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基、任选地被取代的C2-C6亚烯基、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基、任选地被取代的C2-C6亚炔基、任选地被取代的C2-C6杂亚炔基、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与所述抗体或其抗原结合片段内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分，
其中Am精确地包含一个RC取代基。
12.如权利要求11所述的方法，其中Am是由式(IA)表示的鹅膏蕈毒素
13.如权利要求11所述的方法，其中Am是由式(IB)表示的鹅膏蕈毒素
14.如权利要求12或13所述的方法，其中RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
其中Y选自O、S、NRE和CRERE'，并且
RE和RE'各自独立地是任选地被取代的C1-C6亚烷基-RC、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基-RC、任选地被取代的C2-C6亚烯基-RC、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基-RC、任选地被取代的C2-C6亚炔基-RC、任选地被取代的C2-C6杂亚炔基-RC、任选地被取代的环亚烷基-RC、任选地被取代的杂环亚烷基-RC、任选地被取代的亚芳基-RC或任选地被取代的杂亚芳基-RC。
15.如权利要求14所述的方法，其中RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
16.如权利要求12或13所述的方法，其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3、R4、R6和R7各自是H；
R5是ORC；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
17.如权利要求12或13所述的方法，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3是RC；
R4、R6和R7各自是H；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
18.如权利要求12或13所述的方法，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H、OH、ORC或RC；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
19.如权利要求12或13所述的方法，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H或OH；
R8是ORC或NHRC；并且
R9是H或OH。
20.如权利要求1-4和10中任一项所述的方法，其中与细胞毒素缀合的所述抗体或其抗原结合片段由式Ab-Am表示，其中Ab是抗体或其抗原结合片段，并且Am是由式(II)表示的鹅膏蕈毒素
其中X是S、SO或SO2；
R1是H或与所述抗体或其抗原结合片段共价结合的连接基；并且
R2是H或与所述抗体或其抗原结合片段共价结合的连接基；
其中当R1是H时，R2是所述连接基，并且当R2是H时，R1是所述连接基。
21.如权利要求1-4和10中任一项所述的方法，其中所述细胞毒素是选自由以下组成的组的美登素的化学衍生物：DM1和DM4。
22.如权利要求1-4和10中任一项所述的方法，其中所述细胞毒素是选自由以下组成的组的澳瑞他汀：单甲基澳瑞他汀E和单甲基澳瑞他汀F。
23.如权利要求1-4和10中任一项所述的方法，其中所述细胞毒素是选自由以下组成的组的蒽环霉素：柔红霉素、多柔比星、表柔比星和伊达比星。
24.如权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的组：单克隆抗体或其抗原结合片段、多克隆抗体或其抗原结合片段、人源化抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段、双重可变免疫球蛋白结构域、单链Fv分子(scFv)、双体、三体、纳米抗体、抗体样蛋白支架、Fv片段、Fab片段、F(ab′)2分子和串联二-scFv。
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述抗体具有选自由以下组成的组的同种型：IgG、IgA、IgM、IgD和IgE。
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段在施用至所述患者后被癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞内化。
27.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段能够促进癌细胞、自身免疫性细胞或造血干细胞的坏死。
28.如权利要求2-5和7-27中任一项所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段在施用至所述患者后能够将一种或更多种补体蛋白募集到所述造血干细胞。
29.如权利要求2-5和7-28中任一项所述的方法，其中在所述抗体或其抗原结合片段的浓度基本上从所述患者的血液中清除后将包含造血干细胞的所述移植物施用至所述患者。
30.如权利要求2-5和7-29中任一项所述的方法，其中在所述造血干细胞被移植到所述患者中两天或更多天之后所述造血干细胞或其后代仍然维持造血干细胞功能潜力。
31.如权利要求2-5和7-30中任一项所述的方法，其中在所述造血干细胞被移植到所述患者中后所述造血干细胞或其后代能够定位至造血组织和/或重建血细胞生成。
32.如权利要求2-5和7-31中任一项所述的方法，其中在移植到所述患者中后，所述造血干细胞引起选自由以下组成的组的细胞的群体的恢复：巨核细胞、凝血细胞、血小板、红细胞、肥大细胞、myeoblast、嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、小胶质细胞、粒细胞、单核细胞、破骨细胞、抗原呈递细胞、巨噬细胞、树突细胞、自然杀伤细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞。
33.如权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述患者罹患干细胞紊乱。
34.如权利要求1-33中任一项所述的方法，其中所述患者罹患血红蛋白异常紊乱。
35.如权利要求34所述的方法，其中所述血红蛋白异常紊乱选自由以下组成的组：镰状细胞性贫血、地中海贫血、范可尼贫血、再生障碍性贫血和威斯科特-奥尔德里奇综合征。
36.如权利要求34所述的方法，其中所述血红蛋白异常紊乱是范可尼贫血。
37.如权利要求34所述的方法，其中所述血红蛋白异常紊乱是再生障碍性贫血。
38.如权利要求34所述的方法，其中所述血红蛋白异常紊乱是镰状细胞性贫血。
39.如权利要求34所述的方法，其中所述血红蛋白异常紊乱是地中海贫血。
40.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述患者罹患骨髓增生异常紊乱。
41.如权利要求1-40中任一项所述的方法，其中所述患者患有免疫缺陷紊乱。
42.如权利要求41所述的方法，其中所述免疫缺陷紊乱是先天性免疫缺陷。
43.如权利要求41所述的方法，其中所述免疫缺陷紊乱是获得性免疫缺陷。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述获得性免疫缺陷是人类免疫缺陷病毒或获得性免疫缺陷综合征。
45.如权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述患者罹患代谢紊乱。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述代谢紊乱选自由以下组成的组：糖原贮积病、黏多糖贮积病、高歇氏病、Hurler病、鞘脂贮积病和异染性脑白质营养不良。
47.如权利要求1-46中任一项所述的方法，其中所述患者罹患癌症。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症选自由以下组成的组：白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤和成神经细胞瘤。
49.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是血液学癌症。
50.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是急性骨髓性白血病。
51.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是急性淋巴性白血病。
52.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是慢性骨髓性白血病。
53.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是慢性淋巴性白血病。
54.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是多发性骨髓瘤。
55.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是弥漫性大B细胞淋巴瘤。
56.如权利要求47所述的方法，其中所述癌症是非霍奇金淋巴瘤。
57.如权利要求1-56中任一项所述的方法，其中所述患者罹患选自由以下组成的组的紊乱：腺苷脱氨酶缺乏症和重症综合性免疫缺陷、高免疫球蛋白M综合征、Chediak-Higashi病、遗传性淋巴组织细胞增多症、骨硬化病、成骨不全症、贮积病、重型地中海贫血、系统性硬化、系统性红斑狼疮、多发性硬化和青少年类风湿性关节炎。
58.如权利要求1-57中任一项所述的方法，其中所述患者罹患自身免疫性紊乱。
59.如权利要求58所述的方法，其中所述自身免疫性紊乱选自由以下组成的组：多发性硬化、人类系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、炎性肠病、治疗银屑病、1型糖尿病、急性播散性脑脊髓炎、爱迪生氏病、普秃、强直性脊柱炎、抗磷脂抗体综合征、再生障碍性贫血、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性内耳病、自身免疫性淋巴细胞增生综合征、自身免疫性卵巢炎、巴洛病、白塞氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、恰加斯氏病、慢性疲劳免疫功能障碍综合征、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病、克罗恩氏病、瘢痕性类天疱疮、乳糜泻性疱疹样皮炎、冷凝集素病、CREST综合征、Degos病、盘状红斑狼疮、自主神经功能障碍、子宫内膜异位、原发性混合型冷球蛋白血症、纤维肌痛-纤维肌炎、Goodpasture综合征、格雷夫斯病、格林-巴利综合征、桥本氏甲状腺炎、化脓性汗腺炎、特发性和/或急性血小板减少性紫癜、特发性肺纤维化、IgA神经病变、间质性膀胱炎、青少年关节炎、川崎病、扁平苔藓、莱姆病、梅尼埃病、混合性结缔组织病、重症肌无力、神经性肌强直、斜视眼阵挛肌阵挛综合征、视神经炎、奥德氏甲状腺炎、寻常型天疱疮、恶性贫血、多软骨炎、多肌炎和皮肌炎、原发性胆汁性肝硬化、结节性多动脉炎、多腺体综合征、风湿性多肌痛、原发性无丙种球蛋白血症、雷诺现象、Reiter综合征、风湿热、结节病、硬皮病、干燥综合征、僵人综合征、Takayasu氏动脉炎、颞动脉炎、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、血管炎、白癜风、外阴痛和韦格纳肉芽肿病。
60.如权利要求58所述的方法，其中所述自身免疫性紊乱是硬皮病。
61.如权利要求58所述的方法，其中所述自身免疫性紊乱是多发性硬化。
62.如权利要求58所述的方法，其中所述自身免疫性紊乱是溃疡性结肠炎。
63.如权利要求58所述的方法，其中所述自身免疫性紊乱是克罗恩氏病。
64.如权利要求58所述的方法，其中所述自身免疫性紊乱是1型糖尿病。
65.如权利要求33-65中任一项所述的方法，其中所述方法治疗所述紊乱或癌症。
66.一种耗尽CD117+细胞的群体的方法，所述方法包括使所述群体与有效量的由式Ab-Am表示的缀合物接触，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Am是鹅膏蕈毒素。
67.如权利要求66所述的方法，其中Am由式(IA)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4、R5、R6和R7各自独立地是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的C1-C6烷基、任选地被取代的C1-C6杂烷基、任选地被取代的C2-C6烯基、任选地被取代的C2-C6杂烯基、任选地被取代的C2-C6炔基、任选地被取代的C2-C6杂炔基、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是任选地被取代的C1-C6亚烷基、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基、任选地被取代的C2-C6亚烯基、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基、任选地被取代的C2-C6亚炔基、任选地被取代的C2-C6杂亚炔基、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与所述抗体或其抗原结合片段内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分，
其中Am精确地包含一个RC取代基。
68.如权利要求66所述的方法，其中Am由式(IB)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4、R5、R6和R7各自独立地是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的C1-C6烷基、任选地被取代的C1-C6杂烷基、任选地被取代的C2-C6烯基、任选地被取代的C2-C6杂烯基、任选地被取代的C2-C6炔基、任选地被取代的C2-C6杂炔基、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是任选地被取代的C1-C6亚烷基、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基、任选地被取代的C2-C6亚烯基、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基、任选地被取代的C2-C6亚炔基、任选地被取代的C2-C6杂亚炔基、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与所述抗体或其抗原结合片段内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分，
其中Am精确地包含一个RC取代基。
69.如权利要求66所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段通过所述抗体或其抗原结合片段的Fc结构域中的半胱氨酸残基与所述鹅膏蕈毒素缀合。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述半胱氨酸残基通过所述抗体或其抗原结合片段的所述Fc结构域中的突变被引入。
71.如权利要求70所述的方法，其中所述半胱氨酸残基选自由以下组成的组：Cys118、Cys239和Cys265。
72.如权利要求69所述的方法，其中所述半胱氨酸残基天然存在于所述抗体或其抗原结合片段的所述Fc结构域中。
73.如权利要求72所述的方法，其中所述Fc结构域是IgG Fc结构域，并且所述半胱氨酸残基选自由以下组成的组：Cys261、Csy321、Cys367和Cys425。
74.如权利要求67或68所述的方法，其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3、R4、R6和R7各自是H；
R5是ORC；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
75.如权利要求67或68所述的方法，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3是RC；
R4、R6和R7各自是H；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
76.如权利要求67或68所述的方法，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4是ORC或RC；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
77.如权利要求67或68所述的方法，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H或OH；
R8是ORC或NHRC；并且
R9是H或OH。
78.如权利要求66所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段被CD117+细胞内化。
79.如权利要求66所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段以约0.1pM至约1μM的Kd结合CD117。
80.如权利要求66所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段以约9×10-2M-1s-1至约1×102M-1s-1的kon结合CD117。
81.如权利要求66所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段竞争性抑制CD117与第二抗体或其抗原结合片段的结合，其中所述第二抗体或其抗原结合片段包含以下互补决定区(CDR)：
a.具有氨基酸序列SYWIG(SEQ ID NO:1)的CDR-H1；
b.具有氨基酸序列IIYPGDSDTRYSPSFQG(SEQ ID NO:2)的CDR-H2；
c.具有氨基酸序列HGRGYNGYEGAFDI(SEQ ID NO:3)的CDR-H3；
d.具有氨基酸序列RASQGISSALA(SEQ ID NO:4)的CDR-L1；
e.具有氨基酸序列DASSLES(SEQ ID NO:5)的CDR-L2；和
f.具有氨基酸序列CQQFNSYPLT(SEQ ID NO:6)的CDR-L3。
82.如权利要求66所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的组：单克隆抗体或其抗原结合片段、多克隆抗体或其抗原结合片段、人源化抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段、双重可变免疫球蛋白结构域、单链Fv分子(scFv)、双体、三体、纳米抗体、抗体样蛋白支架、Fv片段、Fab片段、F(ab′)2分子和串联二-scFv。
83.一种由式Ab-Am表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Am是鹅膏蕈毒素。
84.如权利要求83所述的缀合物，其中Am由式(IA)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4、R5、R6和R7各自独立地是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的C1-C6烷基、任选地被取代的C1-C6杂烷基、任选地被取代的C2-C6烯基、任选地被取代的C2-C6杂烯基、任选地被取代的C2-C6炔基、任选地被取代的C2-C6杂炔基、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是任选地被取代的C1-C6亚烷基、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基、任选地被取代的C2-C6亚烯基、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基、任选地被取代的C2-C6亚炔基、任选地被取代的C2-C6杂亚炔基、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与所述抗体或其抗原结合片段内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分，
其中Am精确地包含一个RC取代基。
85.如权利要求83所述的缀合物，其中Am由式(IB)表示
其中R1是H、OH、ORA或ORC；
R2是H、OH、ORB或ORC；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成任选地被取代的5-元杂环烷基基团；
R3是H、RC或RD；
R4、R5、R6和R7各自独立地是H、OH、ORC、ORD、RC或RD；
R8是OH、NH2、ORC、ORD、NHRC或NRCRD；
R9是H、OH、ORC或ORD；
X是-S-、-S(O)-或-SO2-；
RC是-L-Z；
RD是任选地被取代的C1-C6烷基、任选地被取代的C1-C6杂烷基、任选地被取代的C2-C6烯基、任选地被取代的C2-C6杂烯基、任选地被取代的C2-C6炔基、任选地被取代的C2-C6杂炔基、任选地被取代的环烷基、任选地被取代的杂环烷基、任选地被取代的芳基或任选地被取代的杂芳基；
L是任选地被取代的C1-C6亚烷基、任选地被取代的C1-C6杂亚烷基、任选地被取代的C2-C6亚烯基、任选地被取代的C2-C6杂亚烯基、任选地被取代的C2-C6亚炔基、任选地被取代的C2-C6杂亚炔基、任选地被取代的环亚烷基、任选地被取代的杂环亚烷基、任选地被取代的亚芳基或任选地被取代的杂亚芳基；并且
Z是由L上存在的反应性取代基与所述抗体或其抗原结合片段内存在的反应性取代基之间的偶联反应形成的化学部分，
其中Am精确地包含一个RC取代基。
86.如权利要求83所述的缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段通过所述抗体或其抗原结合片段的Fc结构域中的半胱氨酸残基与所述鹅膏蕈毒素缀合。
87.如权利要求86所述的缀合物，其中所述半胱氨酸残基通过所述抗体或其抗原结合片段的所述Fc结构域中的突变被引入。
88.如权利要求87所述的缀合物，其中所述半胱氨酸残基选自由以下组成的组：Cys118、Cys239和Cys265。
89.如权利要求86所述的缀合物，其中所述半胱氨酸残基天然存在于所述抗体或其抗原结合片段的所述Fc结构域中。
90.如权利要求89所述的缀合物，其中所述Fc结构域是IgG Fc结构域，并且所述半胱氨酸残基选自由以下组成的组：Cys261、Csy321、Cys367和Cys425。
91.如权利要求84或85所述的缀合物，其中R1是H、OH或ORA；
R2是H、OH或ORB；
RA和RB与它们结合的氧原子一起组合形成：
R3、R4、R6和R7各自是H；
R5是ORC；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
92.如权利要求84或85所述的缀合物，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3是RC；
R4、R6和R7各自是H；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
93.如权利要求84或85所述的缀合物，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4是ORC或RC；
R5是H、OH或OC1-C6烷基；
R8是OH或NH2；并且
R9是H或OH。
94.如权利要求84或85所述的缀合物，其中R1和R2各自独立地是H或OH；
R3、R6和R7各自是H；
R4和R5各自独立地是H或OH；
R8是ORC或NHRC；并且
R9是H或OH。
95.如权利要求83所述的缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段被CD117+细胞内化。
96.如权利要求83所述的缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段以约0.1pM至约1μM的Kd结合CD117。
97.如权利要求83所述的缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段以约9×10-2M-1s-1至约1×102M-1s-1的kon结合CD117。
98.如权利要求83所述的缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段竞争性抑制CD117与第二抗体或其抗原结合片段的结合，其中所述第二抗体或其抗原结合片段包含以下CDR：
a.具有氨基酸序列SYWIG(SEQ ID NO:1)的CDR-H1；
b.具有氨基酸序列IIYPGDSDTRYSPSFQG(SEQ ID NO:2)的CDR-H2；
c.具有氨基酸序列HGRGYNGYEGAFDI(SEQ ID NO:3)的CDR-H3；
d.具有氨基酸序列RASQGISSALA(SEQ ID NO:4)的CDR-L1；
e.具有氨基酸序列DASSLES(SEQ ID NO:5)的CDR-L2；和
f.具有氨基酸序列CQQFNSYPLT(SEQ ID NO:6)的CDR-L3。
99.如权利要求83所述的缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的组：单克隆抗体或其抗原结合片段、多克隆抗体或其抗原结合片段、人源化抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段、双重可变免疫球蛋白结构域、单链Fv分子(scFv)、双体、三体、纳米抗体、抗体样蛋白支架、Fv片段、Fab片段、F(ab’)2分子和串联二-scFv。
100.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是假单胞菌外毒素A。
101.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是deBouganin。
102.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是白喉毒素。
103.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是皂草素。
104.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是美登素或美登素的化学衍生物。
105.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是澳瑞他汀。
106.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是蒽环霉素。
107.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是加利刹霉素。
108.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是伊立替康。
109.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是SN-38。
110.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是倍癌霉素。
111.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是吡咯并苯二氮卓类或吡咯并苯二氮卓类二聚体。
112.一种由式Ab-Cy表示的缀合物，其中Ab是结合CD117的抗体或其抗原结合片段，并且Cy是吲哚并苯二氮卓类或吲哚并苯二氮卓类二聚体。
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