CN104560951A - 一种宏基因组dna的提取方法及其试剂盒 - Google Patents
一种宏基因组dna的提取方法及其试剂盒 Download PDFInfo
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Abstract
本发明涉及生物技术领域,尤其涉及一种宏基因组DNA的提取方法。该方法包括:取待测样品与裂解液混合后,经溶菌酶溶液处理、震荡破壁、蛋白酶K处理后,经NaCl处理、异丙醇处理、乙醇洗涤,即得;本发明通过在提取前加入裂解液和溶菌酶,并调节提取条件,使微生物细胞壁更易破碎,DNA分子更多的溶出,从而保证了提取所得DNA的丰度、片段完整性和纯度,且操作简单,成本较低。实验表明,采用本发明提供的方法提取唾液宏基因组DNA或对细菌、真菌的总DNA进行提取,与现有试剂盒相比,所得产物经PCR后电泳条带更加清晰,特别是对唾液样本的提取,所得产物经PCR后电泳条带较用现有试剂盒提取的结果更加清晰,明亮,完整。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域,尤其涉及一种宏基因组DNA的提取方法及其试剂盒。
背景技术
宏基因组(the genomes of the total microbiota found in nature)是指生境中全部微生物基因的总和,它包含了可培养的和未培养的微生物的基因总和。人类生活在一个微生物的世界,作为一个完整的人体,真核细胞仅占细胞总数的10%,而90%是原核细胞,因此诺贝尔奖获得者Lederberg提出人体是由真核细胞与体内共生的原核细胞共同组成的“超级生物体(Super organism)”。
越来越多研究表明,人体的生理代谢和生长发育不仅受自身基因控制。有许多现象,例如对疾病的易感性、药物反应等,无法全部用人体基因的差异来解释。而体内菌群的组成和活动与人的生长发育、生老病死息息相关。因此,宏基因组研究已经成为目前微生物生态学和生物医学研究的新热点。
宏基因组学研究的对象是特定环境中的总DNA,因此,DNA的提取是宏基因组研究成功的关键步骤。提取步骤通常需要满足两个条件:既要尽可能提取样品所有微生物的基因,又要保持片段的完整和纯度。
目前所开发的DNA提取方法有两种:细胞提取法和直接裂解法。但这些常规提取细菌DNA的方法往往只能针对革兰氏阳性细菌或革兰氏阴性细菌中的一类,缺乏通用性,所得宏基因组DNA丰度欠佳。有些方法虽能更好的提取多种生物中的基因组DNA,但却存在操作繁琐、成本高、得率低的弊端。
因此,进一步开发宏基因组DNA的提取方法,提高提取丰度、片段完整性和纯度,并降低成本是十分必要的。
发明内容
有鉴于此,本发明要解决的技术问题在于提供一种宏基因组DNA的提取方法及其试剂盒,本发明提供的方法和试剂盒能够提高丰度、片段完整性和纯度,且操作简单,成本较低。
本发明提供的基因组DNA的提取方法包括:取待测样品与裂解液混合后,经溶菌酶溶液处理、震荡破壁、蛋白酶K处理后,经NaCl处理、异丙醇处理、乙醇洗涤,即得;
溶菌酶溶液的pH值为8.0,其中包括:20mM Tris-Cl、2mM EDTA、体积分数为1.2%的Triton X-100、溶菌酶20mg/mL。
溶菌酶的作用在于破坏细胞壁中的N-乙酰胞壁酸和N-乙酰氨基葡糖之间的β-1,4糖苷键,使微生物细胞壁不溶性黏多糖分解成可溶性糖肽,导致细胞壁破裂内容物逸出而使细菌溶解。
作为优选,溶菌酶溶液的配制方法为现用现配,预先配制溶菌酶缓冲液,用前加入溶菌酶粉末溶解,经超滤,低温离心机12000rpm离心20min,即得。
优选的,超滤采用100kDa超滤管。
优选的,溶菌酶缓冲液包括:20mM Tris-Cl、2mM EDTA、体积分数为1.2%的Triton X-100。
裂解液的加入一方面可以破裂微生物的细胞,另一方面也阻止了菌类的增殖,本发明提供方法所采用的裂解液中包括:50mM Tris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mM NaCl、质量分数为1%的SDS,pH值为8.0。
作为优选,震荡破壁具体为:取玻璃珠与经溶菌酶溶液处理的样品混合,以组织细胞破碎仪震荡5min后,以涡旋振荡20min。
优选的,玻璃珠的直径为0.1mm、0.5mm和1.0mm,其中,直径0.1mm玻璃珠、直径0.5mm玻璃珠和直径1.0mm玻璃珠的体积比为1:1:1。
作为优选,待测样品与裂解液混合的体积比为1:1。
作为优选,溶菌酶溶液处理的温度为37℃,时间为30min。
作为优选,溶菌酶溶液与待测样品的体积比为9:50。
利用无菌的玻璃珠进行打击,充分的破裂细胞壁,保证细胞壁较厚的革兰氏阳性菌也能充分破裂。
作为优选,蛋白酶K处理的温度为53℃,时间为8h~12h。
优选的,蛋白酶K处理采用蛋白酶K溶液。其质量体积浓度为20mg/mL。
优选的,蛋白酶K处理具体为:经震荡破壁的样品加入1.5%倍体积的蛋白酶K溶液和7%~8%倍体积的SDS溶液,53℃孵育8h~12h后,95℃孵育10min。
作为优选,NaCl处理具体为:取经蛋白酶K处理的样品与1~3倍体积5mol/LNaCl混合,0℃孵育10min,经离心取上清液。
作为优选,异丙醇处理具体为:取经NaCl处理的上清液,与3~5倍体积异丙醇混合,18~30℃孵育10min,经离心取沉淀。
优选的,以本发明提供的方法提取唾液宏基因组DNA包括以下步骤:
步骤1:取唾液样品与裂解液以体积比为1:1混合后,加入溶菌酶溶液,37℃处理30min,制得第一细胞溶液,溶菌酶溶液加入量为待测样品体积的18%;
步骤2:以体积比为1:1:1取直径为0.1mm玻璃珠、0.5mm玻璃珠和1.0mm玻璃珠,与第一细胞溶液混合,以组织细胞破碎仪震荡5min后,以涡旋震荡20min,8000rpm离心5min取第一上清液;
步骤3:取第一上清液加入1.5%体积的蛋白酶K溶液和7%~8%倍体积的SDS溶液,53℃孵育8h~12h后,95℃孵育10min,制得第二细胞溶液;
步骤4:取第二细胞溶液,加入0.2倍体积的NaCl溶液,NaCl溶液的摩尔浓度为5mol/L,0℃孵育10min后,13000rpm离心10min,取第二上清液;
步骤5:取第二上清液,与60%~70%体积的异丙醇混合,18~30℃孵育10min后,13000rpm离心15min,取沉淀;
步骤6:取沉淀,以3~5倍体积的乙醇水溶液洗涤2次,晾干后用50μL TE缓冲液溶解,即得。
更优选的,唾液样品的取法具体为:
步骤1:唾液样品提供者在收集唾液前30分钟内无饮食,无咀嚼口香糖;
步骤2:唾液样品提供者用舌尖顶住上颚或按摩唾液样品提供者两侧颊部,保持2min后,将唾液含于口中,轻柔的刷洗两颊约10秒钟;
步骤3:取装有裂解液的离心管,唾液样品提供者低头,张口,使唾液自然沿下唇流出,收集唾液的体积与裂解液体积相等时,停止收集。
本发明提供的提取方法在提取唾液宏基因组DNA、细菌或真菌总DNA中的应用。
作为优选,细菌为大肠杆菌。
作为优选,真菌为枯草芽孢杆菌或细黄链霉菌。
本发明通过在提取前加入裂解液和溶菌酶,并调节提取条件,使微生物细胞壁更易破碎,DNA分子更多的溶出,从而保证了提取所得DNA的丰度、片段完整性和纯度,且操作简单,成本较低。
本发明还提供了一种提取唾液宏基因组DNA、细菌或真菌总DNA的试剂盒,包括:溶菌酶溶液;
溶菌酶溶液的pH值为8.0,其中包括:20mM Tris-Cl、2mM EDTA、体积分数为1.2%的Triton X-100、溶菌酶20mg/mL。
作为优选,试剂盒中还包括:玻璃珠、裂解液和蛋白酶K;
裂解液的pH值为8.0,其中包括:50mM Tris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mM NaCl、质量分数为1%的SDS;
玻璃珠的直径为0.1mm、0.5mm和1.0mm;
优选的,试剂盒中还包括:质量分数为10%的SDS溶液、摩尔浓度为5M的NaCl溶液、异丙醇、TE缓冲液和体积分数为70%的乙醇水溶液。
更优选的,TE缓冲液的pH值为8.0,其中包括:10mMTris-HCl和1mMEDTA。
本发明提供的基因组DNA的提取方法包括:取待测样品与裂解液混合后,经溶菌酶溶液处理、震荡破壁、蛋白酶K处理后,经NaCl处理、异丙醇处理、乙醇洗涤,即得;本发明通过在提取前加入裂解液和溶菌酶,并调节提取条件,使微生物细胞壁更易破碎,DNA分子更多的溶出,从而保证了提取所得DNA的丰度、片段完整性和纯度,且操作简单,成本较低。本发明提供的试剂盒以本发明提供的方法为基础,操作简单,提取出的DNA丰度较高。
实验表明,采用本发明提供的方法提取唾液宏基因组DNA或对细菌、真菌的总DNA进行提取,与现有试剂盒相比,所得产物经PCR后电泳条带更加清晰,特别是对唾液样本的提取,所得产物经PCR后电泳条带较用现有试剂盒提取的结果更加清晰,明亮,完整。
附图说明
图1示实施例1~4及对比例1~4所提取的DNA的扩增产物电泳结果;
其中,泳道CK示未添加模板的PCR扩增产物电泳结果;
泳道M示DNA分子标准;
泳道1示以实施例1提取唾液宏基因组DNA为模板扩增产物电泳结果;
泳道2示以实施例2提取枯草芽孢杆菌总DNA为模板扩增产物电泳结果;
泳道3示以实施例3提取大肠杆菌总DNA为模板扩增产物电泳结果;
泳道4示以实施例4提取细黄链霉菌总DNA为模板扩增产物电泳结果;
泳道5示以对比例1提取唾液宏基因组DNA为模板扩增产物电泳结果;
泳道6示以对比例2提取枯草芽孢杆菌总DNA为模板扩增产物电泳结果;
泳道7示以对比例3提取大肠杆菌总DNA为模板扩增产物电泳结果;
泳道8示以对比例4提取细黄链霉菌总DNA为模板扩增产物电泳结果;
图2示本发明提供试剂盒提取唾液宏基因组DNA为模板扩增产物电泳结果,其中,
泳道M示DNA分子标准;
泳道1示以本发明提供试剂盒提取的唾液宏基因组DNA为模板扩增产物电泳结果。
具体实施方式
本发明提供了一种宏基因组DNA的提取方法,本领域技术人员可以借鉴本文内容,适当改进工艺参数实现。特别需要指出的是,所有类似的替换和改动对本领域技术人员来说是显而易见的,它们都被视为包括在本发明。本发明的方法及应用已经通过较佳实施例进行了描述,相关人员明显能在不脱离本发明内容、精神和范围内对本文的方法和应用进行改动或适当变更与组合,来实现和应用本发明技术。
本发明所用的试材皆为普通市售品,皆可由市场购得。
其中,蛋白酶K购自Sigma公司;
溶菌酶购自Sigma公司;
玻璃珠购自biospec公司;
组织细胞破碎仪购自next advance公司;
涡旋振荡器购自VORTEX-GENIE公司;
对照试验采用试剂盒购自天根;
化学试剂皆为国产分析纯;
下面结合实施例进一步阐述本发明。
实施例1唾液样品宏基因组DNA提取
试剂配制:
裂解液中包括:50mMTris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mMNacl、质量分数为1%的SDS,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶缓冲液中包括:20mMTris-Cl、2mMEDTA、体积分数为1.2%的Triton X-100,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶溶液的配制:使用前,在溶菌酶缓冲液中加入溶菌酶,至浓度为20mg/mL,混合溶解,用100kDa超滤管超滤,低温离心机12000rpm离心20min,即得。
取样:
1).确保标本提供者在收集唾液前30分钟内无饮食,无咀嚼口香糖。
2).用准备好的含有2mL裂解液的离心管,每次至吐出唾液时候才将盖子打开,吐完后立刻盖起。
3).收集唾液首先要刺激唾液分泌增多,如用舌尖顶住上颚,帮助提供者按摩两侧颊部,并嘱咐提供者勿将唾液吞入。约2分钟后口腔内大致有5毫升唾液。
4).嘱咐提供者将唾液含于口中,轻柔的刷洗两颊约10秒钟。
5).打开离心管瓶盖,低头,张口,使唾液自然沿下唇流出。
6).当离心管满4毫升时(即收集了大约2毫升的唾液时),将盖子封紧。充分混匀(上下翻转8-10下)。
唾液样品宏基因组DNA的提取:
取收集的唾液样本3ml到15ml离心管,加入270μL溶菌酶溶液,混匀,置于37°水浴锅中孵育30min;
在有帽管中加入1/5左右的玻璃珠(直径0.1mm、0.5mm、1.0mm的玻璃珠等比例混匀),加入孵育后的唾液样本,用组织细胞破碎仪振荡5min,涡旋振荡20min后,8000rpm离心5min上述液体,使玻璃珠沉淀,取上清液。
在上清液中加入45μL蛋白酶k(20mg/ml),和225μl 10%SDS,充分混匀,置于53℃水浴锅孵育8~12h(中间隔一段时间最好振荡一次);取过夜的样本于95℃水浴锅中孵育10min;
将孵育后的样品置于冰块上冷却,加入600μL5MNaCl,稍微混匀,冰上孵育10min,13000rpm离心10min,取上清;
将上清液转出到新的15mL离心管,加入2250μL 100%异丙醇,室温下孵育10min,同时柔和地上下颠倒管子,13000rpm离心15min,取沉淀;
用1500μL 70%乙醇洗涤沉淀2次,13000rpm离心5min,取沉淀在空气中晾干(用时5~10min),用50μL TE缓冲液溶解沉淀,即得。
实施例2枯草芽孢杆菌总DNA提取
试剂配制:
裂解液中包括:50mMTris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mMNacl、质量分数为1%的SDS,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶缓冲液中包括:20mMTris-Cl、2mMEDTA、体积分数为1.2%的Triton X-100,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶溶液的配制:使用前,在溶菌酶缓冲液中加入溶菌酶,至浓度为20mg/mL,混合溶解,用100kDa超滤管超滤,低温离心机12000rpm离心20min,即得。
实验方法:
取枯草芽孢杆菌培养液1.5mL,与1.5mL裂解液混合后加入270μL溶菌酶溶液,混匀,置于37°水浴锅中孵育30min;
在有帽管中加入1/5左右的玻璃珠(直径0.1mm、0.5mm、1.0mm的玻璃珠等比例混匀),加入孵育后的唾液样本,用组织细胞破碎仪振荡5min,涡旋振荡20min后,8000rpm离心5min上述液体,使玻璃珠沉淀,取上清液。
在上清液中加入45μL蛋白酶k(20mg/ml),和225μl 10%SDS,充分混匀,置于53℃水浴锅孵育8~12h(中间隔一段时间最好振荡一次);取过夜的样本于95℃水浴锅中孵育10min;
将孵育后的样品置于冰块上冷却,加入600μL5MNaCl,稍微混匀,冰上孵育10min,13000rpm离心10min,取上清;
将上清液转出到新的15mL离心管,加入2250μL 100%异丙醇,室温下孵育10min,同时柔和地上下颠倒管子,13000rpm离心15min,取沉淀;
用1500μL 70%乙醇洗涤沉淀2次,13000rpm离心5min,取沉淀在空气中晾干(用时5~10min),用50μL TE缓冲液溶解沉淀,即得。
实施例3大肠杆菌DNA提取
试剂配制:
裂解液中包括:50mMTris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mMNacl、1%SDS,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶缓冲液中包括:20mMTris-Cl、2mMEDTA、1.2%Triton X-100,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶溶液的配制:使用前,在溶菌酶缓冲液中加入溶菌酶,至浓度为20mg/mL,混合溶解,用100kDa超滤管超滤,低温离心机12000rpm离心20min,即得。
实验方法:
取大肠杆菌培养液1.5mL,与1.5mL裂解液混合后加入270μL溶菌酶溶液,混匀,置于37°水浴锅中孵育30min;
在有帽管中加入1/5左右的玻璃珠(直径0.1mm、0.5mm、1.0mm的玻璃珠等比例混匀),加入孵育后的唾液样本,用组织细胞破碎仪振荡5min,涡旋振荡20min后,8000rpm离心5min上述液体,使玻璃珠沉淀,取上清液。
在上清液中加入45μL蛋白酶k(20mg/ml),和225μl 10%SDS,充分混匀,置于53℃水浴锅孵育8~12h(中间隔一段时间最好振荡一次);取过夜的样本于95℃水浴锅中孵育10min;
将孵育后的样品置于冰块上冷却,加入600μL5MNaCl,稍微混匀,冰上孵育10min,13000rpm离心10min,取上清;
将上清液转出到新的15mL离心管,加入2250μL 100%异丙醇,室温下孵育10min,同时柔和地上下颠倒管子,13000rpm离心15min,取沉淀;
用1500μL 70%乙醇洗涤沉淀2次,13000rpm离心5min,取沉淀在空气中晾干(用时5~10min),用50μL TE缓冲液溶解沉淀,即得。
实施例4细黄链霉菌总DNA提取
试剂配制:
裂解液中包括:50mMTris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mMNacl、1%SDS,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶缓冲液中包括:20mMTris-Cl、2mMEDTA、1.2%Triton X-100,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶溶液的配制:使用前,在溶菌酶缓冲液中加入溶菌酶,至浓度为20mg/mL,混合溶解,用100kDa超滤管超滤,低温离心机12000rpm离心20min,即得。
取细黄链霉菌培养液1.5mL,与1.5mL裂解液混合后加入270μL溶菌酶溶液,混匀,置于37°水浴锅中孵育30min;
在有帽管中加入1/5左右的玻璃珠(直径0.1mm、0.5mm、1.0mm的玻璃珠等比例混匀),加入孵育后的唾液样本,用组织细胞破碎仪振荡5min,涡旋振荡20min后,8000rpm离心5min上述液体,使玻璃珠沉淀,取上清液。
在上清液中加入45μL蛋白酶k(20mg/ml),和225μl 10%SDS,充分混匀,置于53℃水浴锅孵育8~12h(中间隔一段时间最好振荡一次);取过夜的样本于95℃水浴锅中孵育10min;
将孵育后的样品置于冰块上冷却,加入600μL5MNaCl,稍微混匀,冰上孵育10min,13000rpm离心10min,取上清;
将上清液转出到新的15mL离心管,加入2250μL 100%异丙醇,室温下孵育10min,同时柔和地上下颠倒管子,13000rpm离心15min,取沉淀;
用1500μL 70%乙醇洗涤沉淀2次,13000rpm离心5min,取沉淀在空气中晾干(用时5~10min),用50μL TE缓冲液溶解沉淀,即得。
对比例1采用现有试剂盒提取唾液样品宏基因组DNA
采用实施例1提供的取样方法进行取样,采用购自莱枫(lifefeng)试剂盒对唾液样品的宏基因组DNA进行提取。操作参照试剂盒说明书。
对比例2采用现有试剂盒提取枯草芽孢杆菌总DNA
采用购自天根的试剂盒对枯草芽孢杆菌的总DNA进行提取,操作参照试剂盒说明书。
对比例3采用现有试剂盒提取大肠杆菌DNA
采用购自天根的试剂盒对大肠杆菌的总DNA进行提取,操作参照试剂盒说明书。
对比例4采用现有试剂盒提取细黄链霉菌总DNA
采用购自天根的试剂盒对细黄链霉菌的总DNA进行提取,操作参照试剂盒说明书。
实施例5实施例1~4及对比例1~4提取的DNA质量鉴定
取实施例1~4及对比例1~4所提取的DNA为模板,以
16S rRNA_Primer_F:AGAGTTTGATCMTGGCTCAG和
16S rRNA_Primer_R:TACGGYTACCTTGTTACGACTT为引物,
进行PCR扩增;
扩增体系为:25μL体系,其中PCR Mix 12.5μL,Primer F 0.5μL(20μM),Primer R 0.5ul(20μM),DNA模板1μL,最终用双蒸水补齐到25μL。
扩增程序为:
取扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,结果如图1所示。
由图可知,以本发明提供的方法提取唾液宏基因组DNA,经PCR扩增后,条带明亮清晰。如图所示,本发明提供的方法提取的DNA质量明显优于以现有试剂盒提取的DNA质量。并且,以本发明提供方法提取真菌或细菌中的DNA,经PCR扩增后也取得了良好的效果,DNA质量优于现有试剂盒提取效果。
实施例6本发明提供的试剂盒的制备
裂解液包括:50mMTris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mMNacl、1%SDS,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
溶菌酶缓冲液包括:20mMTris-Cl、2mMEDTA、1.2%Triton X-100,以双蒸水配制,调节pH 8.0。
TE缓冲液包括:10mMTris-HCl和1mM EDTA,以双蒸水配制,调节pH8.0。
取配置好的裂解液、溶菌酶缓冲液、溶菌酶、蛋白酶K、直径为0.1mm、0.5mm和1.0mm的玻璃珠、质量分数为10%的SDS溶液、摩尔浓度为5M的NaCl溶液、异丙醇、体积分数为70%的乙醇水溶液和TE缓冲液,包装即得。
实施例7本发明提供试剂盒的使用
使用本发明提供的试剂盒对目前公认难以提取的唾液宏基因组DNA进行提取,唾液的取样方法参照实施例1提供的取样方法。
取收集的唾液样本3ml到15ml离心管,加入270μL溶菌酶溶液,混匀,置于37°水浴锅中孵育30min;
在有帽管中加入1/5左右的玻璃珠(直径0.1mm、0.5mm、1.0mm的玻璃珠等比例混匀),加入孵育后的唾液样本,用组织细胞破碎仪振荡5min,涡旋振荡20min后,8000rpm离心5min上述液体,使玻璃珠沉淀,取上清液。
在上清液中加入45μL蛋白酶k(20mg/ml),和225μl 10%SDS,充分混匀,置于53℃水浴锅孵育8~12h(中间隔一段时间最好振荡一次);取过夜的样本于95℃水浴锅中孵育10min;
将孵育后的样品置于冰块上冷却,加入600μL 5MNaCl,稍微混匀,冰上孵育10min,13000rpm离心10min,取上清;
将上清液转出到新的15mL离心管,加入2250μL 100%异丙醇,室温下孵育10min,同时柔和地上下颠倒管子,13000rpm离心15min,取沉淀;
用1500μL 70%乙醇洗涤沉淀2次,13000rpm离心5min,取沉淀在空气中晾干(用时5~10min),用50μL TE缓冲液溶解沉淀,即得。
对所得DNA采用实施例5所述的引物和扩增体系及扩增程序进行扩增,结果如图2所示。扩增产物电泳结果显示条带明亮清晰。说明提取DNA的丰度较高;扩增条带无拖尾表明DNA的完整度和纯度较高。表明本发明提供的试剂盒提取的唾液宏基因组DNA质量很好,且操作简单。
以上仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
Claims (11)
1.一种基因组DNA的提取方法,其特征在于,包括:将待测样品与裂解液混合,经溶菌酶溶液处理、震荡破壁、蛋白酶K处理后,经NaCl处理、异丙醇处理、乙醇洗涤,即得;
所述溶菌酶溶液的pH值为8.0,其中包括:20mM Tris-Cl、2mM EDTA、体积百分数为1.2%的Triton X-100、溶菌酶20mg/mL。
2.根据权利要求1所述的提取方法,其特征在于,所述震荡破壁具体为:取玻璃珠与经溶菌酶溶液处理的样品混合,以组织细胞破碎仪震荡5min后,涡旋震荡20min。
3.根据权利要求2所述的提取方法,其特征在于,所述玻璃珠的直径为0.1mm、0.5mm和1.0mm,其中,直径0.1mm玻璃珠、直径0.5mm玻璃珠和直径1.0mm玻璃珠的体积比为1:1:1。
4.根据权利要求1所述的提取方法,其特征在于,所述裂解液的pH值为8.0,其中包括:50mM Tris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mM NaCl、质量分数为1%的SDS。
5.根据权利要求1所述的提取方法,其特征在于,所述待测样品与裂解液的体积比为1:1。
6.根据权利要求1所述的提取方法,其特征在于,所述溶菌酶溶液处理的温度为37℃,时间为30min。
7.根据权利要求1所述的提取方法,其特征在于,所述蛋白酶K处理的温度为53℃,时间为8h~12h。
8.如权利要求1~7任一项所述的提取方法在提取唾液宏基因组DNA、细菌或真菌总DNA中的应用。
9.一种提取唾液宏基因组DNA、细菌或真菌总DNA的试剂盒,其特征在于,包括:溶菌酶溶液;
所述溶菌酶溶液的pH值为8.0,其中包括:20mM Tris-Cl、2mM EDTA、体积分数为1.2%的Triton X-100、溶菌酶20mg/mL。
10.根据权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,还包括:玻璃珠、裂解液和蛋白酶K;
所述裂解液的pH值为8.0,其中包括:50mM Tris、50mM EDTA、50mM蔗糖、100mM NaCl、质量分数为1%的SDS;
所述玻璃珠的直径为0.1mm、0.5mm和1.0mm。
11.根据权利要求9或10所述的试剂盒,其特征在于,还包括:质量分数为10%的SDS溶液、摩尔浓度为5M的NaCl溶液、异丙醇、TE缓冲液和体积分数为70%的乙醇水溶液。
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