CN103582648B - 乙型肝炎病毒(hbv)表达的调节 - Google Patents

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Abstract

本发明公开用于减少HBV mRNA、DNA和蛋白质表达的反义化合物和方法。此类方法、化合物以及组合物适用于治疗、预防或改善HBV相关疾病、病症或病状。

Description

乙型肝炎病毒(HBV)表达的调节
序列表
本申请正连同呈电子格式的序列表一起提交。序列表是提供为2012年4月18日建立的大小为约256KB的题为BIOL0175WOSEQ.txt的文档。电子格式的序列表中的信息以引用的方式整体并入本文。
领域
在某些实施方案中,提供用于抑制乙型肝炎病毒(HBV)mRNA及蛋白质在动物体内的表达的方法、化合物及组合物。所述方法、化合物及组合物适用于治疗、预防或改善HBV相关疾病及病症。
背景
乙型肝炎为由被污染的物质(如血液及血液制品)、被污染的针以胃肠外方式传播、性传播及由受感染或携带者母体垂直传播至其后代的病毒性疾病。据世界卫生组织(World Health Organization)估计,在世界范围内有超过20亿人已受感染,其中每年有约400万急性病例,每年有100万例死亡,以及3.5-4亿个慢性携带者(World HealthOrganization:Geographic Prevalence of Hepatitis B Prevalence,2004.http://www.who.int/vaccines-surveillance/graphics/htmls/hepbprev.htm)。
病毒HBV为仅感染人及非人灵长类动物的双链嗜肝性病毒。病毒主要在肝脏中进行复制,且以较少程度在肾脏、胰脏、骨髓及脾中进行复制(Hepatitis B virusbiology.Microbiol Mol Biol Rev.64:2000;51-68.)。病毒及免疫标记可在血液中检测出,且特征性抗原-抗体型态随时间推移演变。首先可检测的病毒标记为HBsAg,继而为乙型肝炎e抗原(HBeAg)及HBV DNA。滴度在潜伏期期间可较高,但HBVDNA及HBeAg水平在疾病发作时开始下降且在临床疾病最高点时可能不可检测(Hepatitis B virus infection-natural history and clinical consequences.N Engl J Med..350:2004;1118-1129)。HBeAg为可在血液中检测出的病毒标记并且与活性病毒复制有关,且因此与高病毒负荷及感染性有关(Hepatitis B e antigen-the dangerous end game of hepatitis B.N EnglJ Med.347:2002;208-210)。抗-HBsAb和抗-HBcAb(IgG)的存在指示先前受感染的个体的恢复和免疫力。
当前由美国肝病研究协会(American Association for the Study of LiverDiseases,AASLD)及欧洲肝脏研究协会(European Association for the Study of theLiver,EASL)推荐的用于慢性HBV感染的疗法包括干扰素α(INFα)、聚乙二醇化干扰素α-2a(Peg-IFN2a)、恩替卡韦(entecavir)及泰诺福韦(tenofovir)。核苷及核苷酸疗法(即恩替卡韦和泰诺福韦)成功地降低病毒负荷,但HBeAg血清转化率和HBsAg丧失率甚至低于使用IFNα疗法所获得的速率。还使用其它类似疗法,包括拉米夫定(lamivudine,3TC)、替比夫定(telbivudine,LdT)及阿德福韦(adefovir),但一般对于核苷/核苷酸疗法而言,抗性的出现会限制治疗功效。
因此,在本领域中需要发现和开发新的抗病毒疗法。另外,需要能够提高HBeAg和HBsAg血清转化率的新的抗-HBV疗法。新近临床研究已发现血清转化与HBeAg降低(Fried等(2008)Hepatology47:428)及HBsAg降低(Moucari等(2009)Hepatology49:1151)之间的相关性。抗原水平的降低可允许免疫学控制HBV感染,因为高抗原水平被认为会诱导免疫耐受。当前用于HBV的核苷疗法能够显著降低HBV的血清水平,但对HBeAg及HBsAg水平几乎无影响。
反义技术作为减少特定基因产物表达的有效手段而出现且因此可证明在多种治疗、诊断及研究应用中独特地适用于调节HBV表达(参见美国专利公布号2008/0039418和2007/0299027)。反义疗法与核苷疗法的不同之处在于其可直接靶向HBV抗原的转录物且因此降低血清HBeAg及HBsAg水平。由于在HBV感染时产生多种重叠转录物,所以单个反义寡聚物除HBeAg和HBsAg之外还有可能减少HBV DNA。因此,反义技术作为减少某些基因产物表达的有效手段而出现且因此可证明在多种治疗、诊断及研究应用中独特地适用于调节HBV。
概述
本发明提供调节HBV mRNA及蛋白质的表达的方法、化合物及组合物。在某些实施方案中,适用于调节HBV mRNA及蛋白质的表达的化合物为反义化合物。在某些实施方案中,反义化合物为反义寡核苷酸。
在某些实施方案中,可在细胞或组织中进行调节。在某些实施方案中,细胞或组织处于动物体内。在某些实施方案中,动物为人。在某些实施方案中,HBVmRNA水平降低。在某些实施方案中,HBV DNA水平降低。在某些实施方案中,HBV蛋白水平降低。在某些实施方案中,HBV抗原水平降低。在某些实施方案中,HBV s-抗原(HBsAg)水平降低。在某些实施方案中,HBV e-抗原(HBeAg)水平降低。所述降低可以时间依赖性方式或以剂量依赖性方式出现。
还提供适用于预防、治疗及改善疾病、病症及病状的方法、化合物及组合物。在某些实施方案中,所述HBV相关疾病、病症及病状为肝脏疾病。在某些实施方案中,所述肝脏疾病、病症及病状包括黄疸、肝癌、肝脏炎症、肝纤维化、炎症、肝硬化、肝衰竭、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、血清肝炎、HBV病毒血症及与肝脏疾病相关的移植。在某些实施方案中,所述HBV相关疾病、病症及病状为过度增生性疾病、病症及病状。在某些实施方案中,所述过度增生性疾病、病症及病状包括癌症以及相关恶性病和转移。在某些实施方案中,所述癌症包括肝癌和肝细胞癌(HCC)。
所述疾病、病症及病状可共同具有一个或多个风险因素、成因或结果。产生肝脏疾病或过度增生性疾病的某些风险因素及成因包括逐渐变老;使用烟草;暴露于日光及电离辐射;与某些化学物质接触;感染某些病毒及细菌;某些激素疗法;癌症家族史;使用酒精;及某些生活方式选择,包括不良膳食、缺乏身体运动和/或超重。与产生肝脏疾病或过度增生性疾病有关的某些症状及结果包括但不限于:流行性感冒样疾病、虚弱、疼痛、头痛、发烧、食欲丧失、腹泻、黄疸、恶心及呕吐、身体肝区疼痛、黏土色或灰色粪便、全身发痒及尿色深。
在某些实施方案中,治疗方法包括向有需要的个体施用HBV反义化合物。在某些实施方案中,治疗方法包括向有需要的个体施用HBV反义寡核苷酸。
详述
应了解,以上一般描述及以下详述仅具例示性及说明性而不限制如所要求的本发明。在本文中,除非另外特别说明,否则单数的使用包括复数。除非另外说明,否则本文所用的“或”的使用意谓“和/或”。此外,术语“包括(including)”以及其它形式,如“包括(includes)”及“包括(included)”的使用不具限制性。并且,除非另外特别说明,否则如“元件”或“组件”的术语涵盖包括一个单位的元件和组件以及包括超过一个亚单位的元件和组件。
本文所用的章节标题仅用于组织目的而不被视为限制所述标的物。本申请中引用的所有文献或文献的部分(包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍及论文)关于本文所论述的文献部分明确地以引用方式特此并入以及以引用方式特此整体并入。
定义
除非提供具体定义,否则关于本文所述的分析化学、合成有机化学及医学和药物化学所用的命名及本文所述的分析化学、合成有机化学及医学和药物化学的工序及技术为本领域中熟知且常用的。可使用标准技术进行化学合成及化学分析。在允许的情况下,贯穿本公开中所提及的所有专利、申请、公布的申请及其它公布、可经由数据库(如美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI))获得的GENBANK登录号及相关序列信息及其它数据关于本文所论述的文献部分以引用方式并入本文以及以引用方式整体并入本文。
除非另外指示,否则以下术语具有以下含义:
“2'-O-甲氧基乙基”(又为2'-MOE和2'-O(CH2)2-OCH3)是指呋喃糖环的2'位上的O-甲氧基-乙基修饰。2'-O-甲氧基乙基修饰的糖为修饰的糖。
“2'-MOE核苷”(又为2'-O-甲氧基乙基核苷)意谓包含2'-MOE修饰的糖部分的核苷。
“2'-取代的核苷”意谓在呋喃糖基环的2'位上包含除H或OH以外的取代基的核苷。在某些实施方案中,2'取代的核苷包括具有双环糖修饰的核苷。
“3'目标位点”是指目标核酸中与具体反义化合物的3'最末端核苷酸互补的核苷酸。
“5'目标位点”是指目标核酸中与具体反义化合物的5'最末端核苷酸互补的核苷酸。
“5-甲基胞嘧啶”意谓用连接至5位的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶为修饰的核酸碱基。
“约”意谓在值±7%的范围内。举例来说,如果指出“化合物将HBV抑制至少约70%”,那么表示63%至77%范围内的HBV水平被抑制。
“可接受的安全性概况”意谓在临床上可接受的限度内的副作用型态。
“活性药剂”意谓药物组合物中在向个体施用时提供治疗益处的物质。举例来说,在某些实施方案中,靶向HBV的反义寡核苷酸为活性药剂。
“活性目标区”意谓一种或多种活性反义化合物所靶向的目标区。“活性反义化合物”意谓降低目标核酸水平或蛋白质水平的反义化合物。
“急性乙型肝炎感染”在暴露于乙型肝炎病毒的人开始产生病毒性肝炎的体征和症状时产生。这被称作潜伏期的时段平均为90天,但可短至45天或长达6个月。对于大多数人,这感染将引起轻度至中度不适,但会因身体免疫反应成功战胜病毒而自行消失。然而,有些人,尤其是免疫系统受损的那些人,如患有AIDS、进行化学疗法、服用免疫抑制药物或服用类固醇的人会因急性HBV感染而产生极严重的问题,且进展成更严重的病状,如爆发性肝衰竭。
“同时施用”是指两种药剂以这两者的药理学作用在患者体内同时显现的任何方式共同施用。同时施用不需要这两种药剂于单一药物组合物中、以相同剂型或通过相同施用途径来施用。这两种药剂的作用本身无需同时显现。这些作用仅需重叠一段时间而无需共同延长。
“施用”意谓向个体提供药剂,且包括但不限于由医学专业人员施用及自行施用。
“药剂”意谓在向动物施用时可提供治疗益处的活性物质。“第一药剂”意谓本文所述的治疗性化合物。举例来说,第一药剂可为靶向HBV的反义寡核苷酸。“第二药剂”意谓本文所述的第二治疗性化合物(例如靶向HBV的第二反义寡核苷酸)和/或非HBV治疗性化合物。
“改善”是指减轻病状或疾病严重性的至少一个指标。指标的严重性可通过本领域的技术人员已知的主观或客观度量来确定。
“动物”是指人或非人动物,包括但不限于小鼠、大鼠、家兔、狗、猫、猪,及非人灵长类动物,包括但不限于猴及黑猩猩。
“抗体”是指特征在于与抗原以某种方式特异性反应的分子,其中抗体与抗原各自利用另一者来定义。抗体可指的是完全抗体分子或其任何片段或区域,如重链、轻链、Fab区及Fc区。
“反义活性”意谓可归于反义化合物与其目标核酸杂交的任何可检测或可测量活性。在某些实施方案中,反义活性为目标核酸或由所述目标核酸编码的蛋白质的量或表达的减少。
“反义化合物”意谓能够与目标核酸经由氢键进行杂交的寡聚化合物。反义化合物的实例包括单链和双链化合物,如反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、snoRNA、miRNA及卫星重复序列。
“反义抑制”意谓在与目标核酸互补的反义化合物存在下目标核酸水平相较于在不存在反义化合物下的目标核酸水平有所减少。
“反义机制”为所有涉及化合物与目标核酸的杂交的机制,其中杂交的结果或效果为目标降解或目标占有,伴随阻碍涉及例如转录或剪接的细胞机构。
“反义寡核苷酸”意谓具有允许与目标核酸的相应区域或区段杂交的核酸碱基序列的单链寡核苷酸。
“碱基互补性”是指反义寡核苷酸的核酸碱基与目标核酸中的相应核酸碱基进行准确碱基配对(即杂交)的能力,且由相应核酸碱基之间的沃森-克里克(Watson-Crick)、霍氏(Hoogsteen)或反霍氏氢键结合介导。
“双环糖”意谓由两个非偕位碳原子桥连修饰的呋喃糖环。双环糖为修饰的糖。
“体重”是指动物的全身重量,包括所有组织(包括脂肪组织)。
“帽结构”或“末端帽部分”意谓已并入反义化合物任一末端处的化学修饰。
“cEt”或“限制性乙基”意谓包含连接4'-碳与2'-碳的桥基的双环糖部分,其中所述桥基具有下式:4'-CH(CH3)-O-2'。
“限制性乙基核苷”(又为cEt核苷)意谓包含含4'-CH(CH3)-O-2'桥的双环糖部分的核苷。
“化学相异区”是指反义化合物中以某种方式在化学上不同于同一反义化合物的另一区的区域。举例来说,具有2'-O-甲氧基乙基核苷酸的区域在化学上与具有无2'-O-甲氧基乙基修饰的核苷酸的区域不同。
“嵌合反义化合物”意谓具有至少2个化学相异区的反义化合物,每一位置具有多个亚单位。
“慢性乙型肝炎感染”在人最初患有急性感染,但接着不能抗击感染时出现。疾病变成慢性抑或完全消退主要取决于受感染的人的年龄。出生时受感染的约90%婴儿将进展成慢性疾病。然而,随着人年龄的增长,慢性感染的风险降低,因此20%至50%的儿童及不到10%的年龄较大的儿童或成人将由急性感染进展成慢性感染。慢性HBV感染为本发明的实施方案的主要治疗目标,但本发明的ASO组合物还能够治疗HBV相关病状,如炎症、纤维化、硬化、肝癌、血清肝炎及其它病状。
“共同施用”意谓向个体施用两种或更多种药剂。两种或更多种药剂可在单个药物组合物中,或可在单独的药物组合物中。所述两种或更多种药剂可各自经由相同或不同的施用途径来施用。共同施用涵盖并行或依序施用。
“互补性”意谓第一核酸与第二核酸的核酸碱基之间配对的能力。
“顺应”意谓个体对所推荐的疗法的依从性。
“包含(comprise)”、“包含(comprises)”及“包含(comprising)”应理解为意指包括所述步骤或要素或步骤或要素的群组,但不排除任何其它步骤或要素或步骤或要素的群组。
“连续的核酸碱基”意谓彼此紧邻的核酸碱基。
“治愈”意谓恢复健康的方法或过程或针对疾病所开出的治疗。
“脱氧核糖核苷酸”意谓在核苷酸的糖部分的2'位上具有氢的核苷酸。脱氧核糖核苷酸可被多种取代基中的任一种修饰。
“设计”或“被设计来”是指设计与所选核酸分子特异性杂交的寡聚化合物的方法。
“稀释剂”意谓组合物中缺乏药理学活性,但为药学上必需或所需的成分。举例来说,在注射的药物中,稀释剂可为液体,例如生理盐水溶液。
“剂量单位”意谓提供药剂的形式,例如丸剂、片剂或本领域中已知的其它剂量单位。
“剂量”意谓单次施用中或指定时段内提供的药剂的指定量。在某些实施方案中,可以两次或更多次快速注射(bolus)、片剂或注射来施用剂量。举例来说,在某些实施方案中,在需要皮下施用时,所需剂量需要不易由单次注射提供的体积。在所述实施方案中,可使用两次或更多次注射来达成所需剂量。在某些实施方案中,可以两次或更多次注射施用剂量以使个体的注射部位反应减至最小。在其它实施方案中,药剂通过经长时段或连续输注来施用。剂量可被规定为每小时、每天、每周或每个月的药剂的量。
“给药方案”为被设计以达成一种或多种所需作用的剂量的组合。
“持续时间”意谓活性或事件持续的时段。在某些实施方案中,治疗的持续时间为施用药剂的剂量的时段。
“有效量”在调节活性或治疗或预防病状的情况下意谓向需要所述调节、治疗或防治的受试者以单次剂量或一系列剂量的一部分形式施用有效调节所述效应,或治疗或防治或改善所述病状的活性成分的量。有效量将视以下因素而变化:所治疗受试者的健康及身体状况、所治疗受试者的分类学群组、组合物的配制、医学病况的评估及其它相关因素。
“功效”意谓产生所需效果的能力。
“表达”包括基因密码信息借以转化成细胞中存在且起作用的结构的所有功能。所述结构包括但不限于转录及转译的产物。
“完全互补”或“100%互补”意谓第一核酸的各核酸碱基在第二核酸中皆具有互补核酸碱基。在某些实施方案中,第一核酸为反义化合物且目标核酸为第二核酸。
“完全修饰的基元”是指反义化合物所包含的连续核苷序列中基本上各核苷均为具有均一修饰的糖修饰的核苷。
“间隔体(gapmer)”意谓具有多个支持核糖核酸酶H裂解的核苷的内部区域位于具有一个或多个核苷的外部区域之间的嵌合反义化合物,其中构成内部区域的核苷在化学上与构成外部区域的核苷不同。内部区域可称为“间隔区”且外部区域可称为“翼区”。
“间隔加宽”意谓反义化合物具有位于具有1至6个具有修饰的糖部分的核苷酸的5'与3'翼段之间的具有12个或超过12个连续的2'-脱氧核糖核苷酸的间隔段。
“HBV”意谓哺乳动物乙型肝炎病毒,包括人乙型肝炎病毒。所述术语涵盖乙型肝炎病毒,尤其人乙型肝炎病毒的地理基因型,以及乙型肝炎病毒的地理基因型的变异病毒株。
“HBV抗原”意谓任何乙型肝炎病毒抗原或蛋白质,包括核心蛋白,如“乙型肝炎核心抗原”或“HBcAG”及“乙型肝炎E抗原”或“HBeAG”,及包膜蛋白,如“HBV表面抗原”或“HBsAg”或“HBsAG”。
“乙型肝炎E抗原”或“HBeAg”或“HBeAG”为分泌的非微粒形式的HBV核心蛋白。HBV抗原HBeAg与HBcAg共有主要氨基酸序列,因此在T细胞水平上展示交叉反应性。HBeAg不为病毒组装或复制所需,但研究表明其可为发生慢性感染所需。新生儿HBeAg阴性突变体感染常引起爆发的急性而非慢性HBV感染(Terezawa等(1991)Pediatr.Res.29:5),而用WHeAg阴性突变体使幼年土拨鼠感染会引起低得多的慢性WHV感染率(Cote等(2000)Hepatology31:190)。HBeAg可能通过经由缺失或克隆无能使核心特异性T细胞失活而充当耐受原(Milich等(1998)J.Immunol.160:8102)。在抗病毒疗法及HBeAg血清转化时HBV病毒负荷及抗原减少与T细胞的抑制性受体程序化死亡-1(PD-1;又称为PDCD1)(活化的T细胞的负向调节因子)的表达减少之间存在正相关(Evans等(2008)Hepatology48:759)。
“HBV mRNA”意谓由乙型肝炎病毒表达的任何信使RNA。
“HBV核酸”或“HBV DNA”意谓编码HBV的任何核酸。举例来说,在某些实施方案中,HBV核酸包括不限于编码HBV基因组或其部分的任何病毒DNA序列、自病毒DNA转录的任何RNA序列,包括编码HBV蛋白质的任何mRNA序列。
“HBV蛋白”意谓由乙型肝炎病毒分泌的任何蛋白质。所述术语涵盖各种HBV抗原,包括核心蛋白,如“肝炎E抗原”、“HBeAg”或“HBeAG”,及包膜蛋白,如“HBV表面抗原”或“HBsAg”。
“HBV表面抗原”或“HBsAg”或“HBsAG”为感染性HBV病毒粒子的包膜蛋白,但还分泌为非感染性粒子,其血清水平比HBV病毒粒子高1000倍。受感染的人或动物的HBsAg血清水平可高达1000μg/mL(Kann和Gehrlich(1998)Topley&Wilson's Microbiology andMicrobial Infections,第9版,745)。在急性HBV感染中,HBsAg在血清中的半衰期或血清t1/2为8.3天(Chulanov等(2003)J.Med.Virol.69:313)。由脊髓树突状细胞内化HBsAg会抑制共刺激分子(即B7)上调并且抑制T细胞刺激能力(den Brouw等(2008)Immunology126:280),且受慢性感染的患者的树突状细胞在HBsAg存在下还展示缺乏共刺激分子的表达、IL-12分泌及对T细胞的刺激(Zheng等(2004)J.Viral Hepatitis11:217)。CHB患者的HBsAg特异性CD8细胞展示改变的四聚体结合。这些CD8细胞并非无变应性,但可具有赋予部分耐受性或忽视性的TCR拓扑(Reignat等(2002)J.Exp.Med.195:1089)。此外,在Peg-IFNα2a疗法期间在第24周血清HBsAg降低>1log对于持续病毒学反应(SVR-定义为治疗后1年内不可由PCR检测到HBV DNA)具有高预测值(92%)(Moucari等(2009)Hepatology49:1151)。
“乙型肝炎相关病状”或“HBV相关病状”意谓由乙型肝炎感染、暴露或疾病恶化、由乙型肝炎感染、暴露或疾病所引起、与其相关、与其有关或可归因于乙型肝炎感染、暴露或疾病的任何疾病、生物学病状、医学病状或事件。术语乙型肝炎相关病状包括慢性HBV感染、炎症、纤维化、硬化、肝癌、血清肝炎、黄疸、肝癌、肝脏炎症、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、血清肝炎、HBV病毒血症、与肝脏疾病相关的移植,以及在结合针对乙型肝炎病毒、乙型肝炎病毒抗原的存在的阳性测试或针对乙型肝炎病毒抗原特异性抗体的存在的阳性测试时,具有可包括以下任一种或全部的症状的病状:流行性感冒样疾病、虚弱、疼痛、头痛、发烧、食欲丧失、腹泻、恶心及呕吐、身体肝区疼痛、黏土色或灰色粪便、全身发痒及尿色深。
“杂交”意谓互补核酸分子的退火。在某些实施方案中,互补核酸分子包括但不限于反义化合物与核酸目标。在某些实施方案中,互补核酸分子包括但不限于反义寡核苷酸与核酸目标。
“鉴别患有HBV感染的动物”意谓鉴别已诊断感染有HBV的动物;或鉴别具有包括但不限于以下的HBV感染的任一症状的动物:慢性HBV感染、炎症、纤维化、硬化、肝癌、血清肝炎、黄疸、肝癌、肝脏炎症、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、血清肝炎、HBV病毒血症、与肝脏疾病相关的移植,以及在结合针对乙型肝炎病毒、乙型肝炎病毒抗原的存在的阳性测试或针对乙型肝炎病毒抗原特异性抗体的存在的阳性测试时,具有可包括以下任一种或全部的症状的病状:流行性感冒样疾病、虚弱、疼痛、头痛、发烧、食欲丧失、腹泻、恶心及呕吐、身体肝区疼痛、黏土色或灰色粪便、全身发痒及尿色深。
“紧邻”意谓紧邻元件之间不存在介入元件。
“个体”意谓选用于治疗或疗法的人或非人动物。
“个体顺应性”意谓个体对于所推荐或开出的疗法的依从性。
“诱导”、“抑制”、“增强”、“升高”、“增加”、“降低”或其类似术语一般表示两种状态之间的定量差异。所述术语可指两种状态之间具统计显著性的差异。举例来说,“有效抑制HBV的活性或表达的量”意谓处理的样品中HBV的活性水平或表达水平与未处理的细胞中HBV的活性水平或表达水平在定量上有所不同,且可能具统计显著性。所述术语适用于例如表达水平及活性水平。
“抑制HBV”意谓降低HBV mRNA、DNA和/或蛋白质的水平或表达。在某些实施方案中,相较于在不存在HBV反义化合物(如反义寡核苷酸)下HBV mRNA、DNA和/或蛋白质的表达水平,HBV在靶向HBV的反义化合物(包括靶向HBV的反义寡核苷酸)存在下得到抑制。
“抑制表达或活性”是指降低、阻断表达或活性且不一定指示完全消除表达或活性。
“注射部位反应”意谓个体的注射部位处皮肤的炎症或异常发红。
“核苷间键”是指核苷之间的化学键。
“腹膜内施用”意谓经由输注或注射于腹膜中来施用。
“静脉内施用”意谓施用至静脉内。
“延长的”反义寡核苷酸为相对于本文所公开的反义寡核苷酸具有一个或多个额外核苷的反义寡核苷酸。
“连接的脱氧核苷”意谓由磷酸酯连接形成核苷酸的被脱氧核糖取代的核酸碱基(A、G、C、T、U)。
“连接的核苷”意谓由核苷间键连接在一起的相邻核苷。
“锁核酸”或“LNA”或“LNA核苷”意谓在核苷糖单位的4'位与2'位之间具有连接两个碳原子,从而形成双环糖的桥基的核酸单体。所述双环糖的实例包括但不限于A)α-L-亚甲氧基(4'-CH2-O-2')LNA;(B)β-D-亚甲氧基(4'-CH2-O-2')LNA;(C)亚乙氧基(4'-(CH2)2-O-2')LNA;(D)氨氧基(4'-CH2-O-N(R)-2')LNA;及(E)氧氨基(4'-CH2-N(R)-O-2')LNA,如下文所描绘。
本文所用的LNA化合物包括但不限于在糖的4'位与2'位之间具有至少一个桥基的化合物,其中各桥基独立地包含1个或2至4个独立地选自以下的连接基团:-[C(R1)(R2)]n-、-C(R1)=C(R2)-、-C(R1)=N-、-C(=NR1)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(R1)2-、-S(=O)x-及-N(R1)-;其中:x为0、1或2;n为1、2、3或4;各R1及R2独立地为H、保护基、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基、取代的杂环基、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环基、取代的C5-C7脂环基、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(=O)2-J1)或亚磺酰基(S(=O)-J1);且各J1及J2独立地为H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、杂环基、取代的杂环基、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
LNA的定义内所涵盖的4'-2'桥连基团的实例包括但不限于下式中的一种:-[C(R1)(R2)]n-、-[C(R1)(R2)]n-O-、-C(R1R2)-N(R1)-O-或-C(R1R2)-O-N(R1)-。此外,LNA定义中所涵盖的其它桥连基团为4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'、4'-(CH2)2-O-2'、4'-CH2-O-N(R1)-2'及4'-CH2-N(R1)-O-2'-桥,其中各R1及R2独立地为H、保护基或C1-C12烷基。
本发明的LNA的定义内还包括如下LNA,其中核糖基糖环的2'-羟基连接至糖环的4'碳原子,从而形成亚甲氧基(4'-CH2-O-2')桥而形成双环糖部分。桥基还可为连接2'氧原子与4'碳原子的亚甲基(-CH2-),对于其使用术语亚甲氧基(4'-CH2-O-2')LNA。此外,在于这个位置上具有亚乙基桥连基团的双环糖部分的情况下,使用术语亚乙氧基(4'-CH2CH2-O-2')LNA。在本文所用的LNA的定义内还涵盖α-L-亚甲氧基(4'-CH2-O-2'),其为亚甲氧基(4'-CH2-O-2')LNA的异构体。
“错配”或“非互补核酸碱基”是指第一核酸的核酸碱基不能与第二或目标核酸的相应核酸碱基配对的状况。
“修饰的核苷间键”是指与天然存在的核苷间键(即磷酸二酯核苷间键)相比存在取代或任何变化。
“修饰的核酸碱基”意谓任何除腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶以外的核酸碱基。“未修饰的核酸碱基”意谓嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)及尿嘧啶(U)。
“修饰的核苷”意谓独立地具有修饰的糖部分和/或修饰的核酸碱基的核苷。
“修饰的核苷酸”意谓独立地具有修饰的糖部分、修饰的核苷间键或修饰的核酸碱基的核苷酸。
“修饰的寡核苷酸”意谓包含至少一个修饰的核苷间键、修饰的糖和/或修饰的核酸碱基的寡核苷酸。
“修饰的糖”意谓与天然糖部分相比存在取代和/或任何变化。
“单体”是指寡聚物的单个单元。单体包括但不限于天然存在或修饰的核苷及核苷酸。
“基元”意谓反义化合物中未修饰的及修饰的核苷的型态。
“天然糖部分”意谓见于DNA(2'-H)或RNA(2'-OH)中的糖部分。
“天然存在的核苷间键”意谓3'至5'磷酸二酯键。
“非互补核酸碱基”是指一对彼此不形成氢键或以其它方式支持杂交的核酸碱基。
“核酸”是指由单体核苷酸构成的分子。核酸包括但不限于核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、单链核酸、双链核酸、小干扰核糖核酸(siRNA)及微小RNA(miRNA)。
“核酸碱基”意谓能够与另一核酸的碱基配对的杂环部分。
“核酸碱基互补性”是指核酸碱基能够与另一核酸碱基进行碱基配对。举例来说,在DNA中,腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)互补。举例来说,在RNA中,腺嘌呤(A)与尿嘧啶(U)互补。在某些实施方案中,互补核酸碱基是指反义化合物中能够与其目标核酸的核酸碱基进行碱基配对的核酸碱基。举例来说,如果反义化合物的某一位置上的核酸碱基能够与目标核酸的某一位置上的核酸碱基进行氢键键结,那么在所述核酸碱基对处寡核苷酸与目标核酸之间的氢键位置被视作具互补性。
“核酸碱基序列”意谓连续核酸碱基的次序,而与任何糖、键和/或核酸碱基修饰无关。
“核苷”意谓核酸碱基连接至糖。
“核苷模拟物”包括用于在寡聚化合物的一个或多个位置处置换糖或糖及碱基且不一定替换键的那些结构,如具有N-吗啉基、环己烯基、环己基、四氢吡喃基、双环或三环糖模拟物(例如非呋喃糖糖单位)的核苷模拟物。核苷酸模拟物包括用于在寡聚化合物的一个或多个位置处置换核苷及键的那些结构,如肽核酸或N-吗啉基(由-N(H)-C(=O)-O-或其它非磷酸二酯键连接的N-吗啉基)。糖替代物与稍微更广泛的术语核苷模拟物重叠,但仅旨在指示置换糖单位(呋喃糖环)。本文提供的四氢吡喃基环说明糖替代物的一个实例,其中呋喃糖糖基已被四氢吡喃基环系统置换。“模拟物”是指替代糖、核酸碱基和/或核苷间键的基团。一般而言,使用模拟物替代糖或糖-核苷间键组合,且维持核酸碱基以便与所选目标杂交。
“核苷酸”意谓具有共价连接至核苷的糖部分的磷酸酯基的核苷。
“脱靶效应”是指与调节除预定目标核酸以外的基因的RNA或蛋白质表达有关的不必要或有害的生物效应。
“寡聚化合物”意谓具有连接的单体亚单位且能够与核酸分子的至少一个区域杂交的聚合物。
“寡核苷”意谓核苷间键不含磷原子的寡核苷酸。
“寡核苷酸”意谓具有各自可彼此独立地修饰或未修饰的连接的核苷的聚合物。
“以胃肠外方式施用”意谓经由注射(例如快速注射)或输注施用。以胃肠外方式施用包括皮下施用、静脉内施用、肌肉内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用,例如鞘内或脑室内施用。
“肽”意谓至少两个氨基酸由酰胺键连接而形成的分子。在无限制的情况下,本文所用的“肽”是指多肽及蛋白质。
“药学上可接受的载体”意谓不干扰寡核苷酸结构的介质或稀释剂。某些所述载体使得药物组合物能够配制成例如由受试者经口摄取的片剂、丸剂、糖衣药丸、胶囊、液体、凝胶剂、糖浆、浆料、混悬液及锭剂。
“药学上可接受的衍生物”涵盖本文所述的化合物的药学上可接受的盐、缀合物、前药或异构体。
“药学上可接受的盐”意谓反义化合物的生理学上及药学上可接受的盐,即保持母体寡核苷酸的所需生物活性且不赋予其不合需要的毒理效应的盐。
“药剂”意谓在向个体施用时提供治疗益处的物质。举例来说,在某些实施方案中,靶向HBV的反义寡核苷酸为药剂。
“药物组合物”意谓适于向受试者施用的物质的混合物。举例来说,药物组合物可包含反义寡核苷酸及无菌水溶液。在某些实施方案中,药物组合物在对某些细胞系的自由吸收测定中展示活性。
“硫代磷酸酯键”意谓核苷之间的键,其中磷酸二酯键通过用硫原子置换一个非桥连氧原子而被修饰。硫代磷酸酯键为修饰的核苷间键。
“部分”意谓核酸中确定数目的连续(即连接的)核酸碱基。在某些实施方案中,部分为目标核酸中确定数目的连续核酸碱基。在某些实施方案中,部分为反义化合物中确定数目的连续核酸碱基。
“预防(Prevention)”或“预防(preventing)”是指延迟或预先阻止病状或疾病的发作或发展达数小时至数天,优选数周至数月的时段。
“前药”意谓以非活性形式制备且在身体或其细胞内通过内源酶或其它化学物质和/或条件的作用转化成活性形式(即药物)的治疗剂。
“防治有效量”是指向动物提供防治或预防益处的药剂的量。
“推荐的疗法”意谓由医学专业人员推荐用于治疗、改善或预防疾病的治疗方案。
“区”被定义为目标核酸中具有至少一个可鉴别的结构、功能或特征的部分。
“核糖核苷酸”意谓在核苷酸的糖部分的2'位上具有羟基的核苷酸。核糖核苷酸可被多种取代基中的任一种修饰。
“盐”意谓反义化合物的生理学上及药学上可接受的盐,即保持母体寡核苷酸的所需生物活性且不赋予其不合需要的毒理效应的盐。
“段”被定义为目标核酸内的区的较小部分或子部分。
“血清转化”被定义为在监测HBeAg作为血清转化的决定因素的情况下血清HBeAg不存在而存在血清HBeAb,或定义为在监测HBsAg作为血清转化的决定因素的情况下血清HBsAg不存在,如由商购的ELISA系统的当前可达的检测极限所决定。
本文所教导的反义寡核苷酸的“缩短”或“截短”型式有一个、两个或更多个核苷缺失。
“副作用”意谓除所需作用以外的可归因于治疗的生理反应。在某些实施方案中,副作用包括不限于注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝中毒、肾中毒、中枢神经系统异常及肌病。举例来说,血清中的转氨酶水平升高可指示肝中毒或肝功能异常。举例来说,胆红素增加可指示肝中毒或肝功能异常。
本文所用的“显著”意谓可测量或可观测到的,例如显著结果,如显著改善或显著减少一般是指可测量或可观测到的结果,如可测量或可观测到的改善或减少。
本文所用的“位点”被定义为目标核酸内的独特核酸碱基位置。
“减缓进展”意谓减慢所述疾病的发展。
“可特异性杂交”是指反义化合物在反义寡核苷酸与目标核酸之间具有足够的互补度以在需要特异性结合的条件下,即在体内测定及治疗性治疗的状况下于生理条件下诱导所需作用,而对非目标核酸展现极小的影响或无影响。“严格杂交条件”或“严格条件”是指寡聚化合物与其目标序列杂交,但与极少数目的其它序列杂交的条件。
本文所用的“统计显著的”意谓不可能偶然出现的可测量或可观测的参数。
“皮下施用”意谓紧邻皮肤下施用。
“受试者”意谓选用于治疗或疗法的人或非人动物。
“目标”是指需要调节的蛋白质。
“目标基因”是指编码目标的基因。
“靶向”意谓设计及选择将与目标核酸特异性杂交并诱导所需效应的反义化合物的过程。
“目标核酸”、“目标RNA”、“目标RNA转录物”及“核酸目标”都意谓能够由反义化合物靶向的核酸。
“目标区”意谓目标核酸中由一种或多种反义化合物所靶向的部分。
“目标段”意谓目标核酸中由反义化合物所靶向的核苷酸序列。“5'目标位点”是指目标段的5'最末端核苷酸。“3'目标位点”是指目标段的3'最末端核苷酸。
“治疗有效量”意谓向个体提供治疗益处的药剂的量。
“治疗”是指施用组合物以改变或改善疾病或病状。
“未修饰的”核酸碱基意谓嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)及尿嘧啶(U)。
“未修饰的核苷酸”意谓由天然存在的核酸碱基、糖部分及核苷间键构成的核苷酸。在某些实施方案中,未修饰的核苷酸为RNA核苷酸(即β-D-核糖核苷)或DNA核苷酸(即β-D-脱氧核糖核苷)。
“确认的目标段”被定义为目标区中由活性寡聚化合物所靶向的具有至少8个核酸碱基的部分(即8个连续核酸碱基)。
“翼段”意谓被修饰来赋予寡核苷酸以如抑制活性增强、对目标核酸的结合亲和力增强或对由体内核酸酶引起的降解具抗性的性质的多个核苷。
某些实施方案
某些实施方案提供抑制HBV mRNA表达的方法、化合物及组合物。
某些实施方案提供靶向HBV核酸的反义化合物。在某些实施方案中,HBV核酸为GENBANK登录号U95551.1中所列的序列(以SEQ ID NO:1形式并入本文)。
在某些实施方案中,本文提供的化合物为或包含修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,所述化合物包含如本文所述的修饰的寡核苷酸及缀合物。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸为药学上可接受的衍生物。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。HBV目标可具有SEQ ID NO:1中所述的序列或其部分或其变异体。
在某些实施方案中,本文提供的化合物或修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV。在某些实施方案中,HBV目标具有SEQ ID NO:1中所述的序列。在某些实施方案中,所述化合物或寡核苷酸靶向HBV的以下核苷酸区中的一个:CCTGCTGGTGGCTCCAGTTC(SEQ ID NO:1273);AGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCA(SEQ IDNO:1354);CATCCTGCTGCTATGCCTCATCTTCTT(SEQ ID NO:1276);CAAGGTATGTTGCCCGT(SEQ IDNO:1277);CCTATGGGAGTGGGCCTCAG(SEQ ID NO:1279;TGGCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTGGTTCG(SEQ ID NO:1287);TATATGGATGATGTGGT(SEQID NO:1359);TGCCAAGTGTTTGCTGA(SEQ ID NO:1360);TGCCGATCCATACTGCGGAACTCCT(SEQID NO:1361);CCGTGTGCACTTCGCTTCACCTCTGCACGT(SEQ ID NO:1352);GGAGGCTGTAGGCATAAATTGGT(SEQ ID NO:1353);CTTTTTCACCTCTGCCTA(SEQ ID NO:1362);TTCAAGCCTCCAAGCTGTGCCTTGG(SEQ ID NO:1363);AGAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGGGG(SEQ ID NO:1274);TGGATGTGTCTGCGGCGTTTTATCAT(SEQ ID NO:1275);TGTATTCCCATCCCATC(SEQ ID NO:1278);TGGCTCAGTTTACTAGTGC(SEQ ID NO:1280);GGGCTTTCCCCCACTGT(SEQ ID NO:1281);TCCTCTGCCGATCCATACTGCGGAACTCCT(SEQ ID NO:1282);CGCACCTCTCTTTACGCGG(SEQ ID NO:1283);GGAGTGTGGATTCGCAC(SEQ ID NO:1284);或GAAGAAGAACTCCCTCGCCT(SEQ ID NO:1285)。在某些实施方案中,所述化合物或寡核苷酸具有含9个、10个或超过10个连接的脱氧核苷的间隔段。在某些实施方案中,所述化合物或寡核苷酸具有含6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个或16个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,翼段中的一个或多个修饰的核苷具有修饰的糖。在某些实施方案中,修饰的糖为双环糖。在某些实施方案中,修饰的核苷为LNA核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-取代的核苷。在某些实施方案中,2'-取代的核苷包括具有双环糖修饰的核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-MOE核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为限制性乙基(cEt)核苷。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个或30个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补。在某些实施方案中,所述寡核苷酸具有含9个、10个或超过10个连接的脱氧核苷的间隔段。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,翼段中的一个或多个修饰的核苷具有修饰的糖。在某些实施方案中,修饰的糖为双环糖。在某些实施方案中,修饰的核苷为LNA核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-取代的核苷。在某些实施方案中,2'-取代的核苷包括具有双环糖修饰的核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-MOE核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为限制性乙基(cEt)核苷。在某些实施方案中,各翼段中的各修饰的核苷独立地为2'-MOE核苷或具有双环糖修饰的核苷,如限制性乙基(cEt)核苷或LNA核苷。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:5-310、321-802、804-1272、1288-1350、1364-1372、1375、1376或1379中任一个的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基的核酸碱基序列。在某些实施方案中,所述寡核苷酸具有含9个、10个或超过10个连接的脱氧核苷的间隔段。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有1-5个、1-4个、1-3个、2-5个、2-4个或2-3个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,翼段中的一个或多个修饰的核苷具有修饰的糖。在某些实施方案中,修饰的糖为双环糖。在某些实施方案中,修饰的核苷为LNA核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-取代的核苷。在某些实施方案中,2'-取代的核苷包括具有双环糖修饰的核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-MOE核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为限制性乙基(cEt)核苷。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个或4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,各糖修饰的核苷独立地为2'-MOE核苷或具有双环糖部分的核苷,如限制性乙基(cEt)核苷或LNA核苷。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含9个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个或5个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,各糖修饰的核苷独立地为2'-MOE核苷或双环核苷,如限制性乙基(cEt)核苷或LNA核苷。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:5-310、321-802、804-1272、1288-1350、1364-1372、1375、1376或1379中任一个的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基的核酸碱基序列。在某些实施方案中,所述寡核苷酸具有含10个或超过10个连接的脱氧核苷的间隔段。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有1-5个、1-4个、1-3个、2-5个、2-4个或2-3个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,翼段中的一个或多个修饰的核苷具有修饰的糖。在某些实施方案中,修饰的糖为双环糖。在某些实施方案中,修饰的核苷为LNA核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-取代的核苷。在某些实施方案中,2'-取代的核苷包括具有双环糖修饰的核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-MOE核苷。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:5、15、16、33、39-95、123-135、163-175、180-310、321-406、413-455、461-802或804-1272中任一个的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基的核酸碱基序列。在某些实施方案中,所述寡核苷酸具有含10个或超过10个连接的脱氧核苷的间隔段。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有1-5个、1-4个、1-3个、2-5个、2-4个或2-3个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,翼段中的一个或多个修饰的核苷具有修饰的糖。在某些实施方案中,修饰的糖为双环糖。在某些实施方案中,修饰的核苷为LNA核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-取代的核苷。在某些实施方案中,2'取代的核苷包括具有双环糖修饰的核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-MOE核苷。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:6-14、17-32、34-38、96-122、136-162、176-179、407-412、456-462、523-538中任一个的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基的核酸碱基序列。在某些实施方案中,所述寡核苷酸具有含10个或超过10个连接的脱氧核苷的间隔段。在某些实施方案中,所述间隔段处于两个独立地具有1-5个、1-4个、1-3个、2-5个、2-4个或2-3个连接的修饰的核苷的翼段之间。在某些实施方案中,翼段中的一个或多个修饰的核苷具有修饰的糖。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-取代的核苷。在某些实施方案中,修饰的核苷为2'-MOE核苷。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为14个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-3个或2个糖修饰的核苷的翼段。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含9个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个或5个糖修饰的核苷(如2'-MOE核苷)的翼段。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为17个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3-4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个或6个糖修饰的核苷(如2'-MOE核苷)的翼段。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为18个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、3-5个或4个糖修饰的核苷的翼段。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为20个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个或5个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个糖修饰的核苷(如2'-MOE核苷)的翼段。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸的盐。
在某些实施方案中,化合物或组合物进一步包含药学上可接受的载体或稀释剂。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的核酸碱基序列与SEQ ID NO:1至少70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%互补,如在修饰的寡核苷酸的整体范围内所测量。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的核酸碱基序列与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中的任一个至少70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%互补,如在修饰的寡核苷酸的整体范围内所测量。
在某些实施方案中,化合物或修饰的寡核苷酸为单链化合物或修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个或30个连接的核苷组成。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由14个连接的核苷组成。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键为修饰的核苷间键。在某些实施方案中,各核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含修饰的糖。在某些实施方案中,至少一个修饰的糖包含2'-O-甲氧基乙基(2'-O(CH2)2-OCH3)。在某些实施方案中,修饰的糖包含2'-O-CH3基团。
在某些实施方案中,至少一个修饰的糖为双环糖。在某些实施方案中,至少一个修饰的糖为双环糖,其包含4'-(CH2)n-O-2'桥,其中n为1或2。在某些实施方案中,双环糖包含4'-CH2-O-2'桥。在某些实施方案中,双环糖包含4'-CH(CH3)-O-2'桥。
在某些实施方案中,所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含修饰的核酸碱基。在某些实施方案中,修饰的核酸碱基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由单链修饰的寡核苷酸组成。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸包含:a)由连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由连接的核苷组成的5'翼段;及c)由连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间且各翼段的各核苷包含修饰的糖。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由3个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖和/或限制性乙基(cEt)糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在一些方面,5'翼段的3个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖且3'翼段的3个连接的核苷各自为限制性乙基(cEt)糖。在其它方面,5'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、限制性乙基(cEt)糖及2'-O-甲氧基乙基糖。在其它方面,5'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由2个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在一些方面,5'翼段的2个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由2个连接的核苷组成;5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的2个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由8个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成;5'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的5个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由8个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成;5'翼段的3个连接的核苷各自为限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的5个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由4个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成;各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在一些方面,5'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由4个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成;5'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由4个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成;5'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由8个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成;5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由8个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成;5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由7个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成;5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的5个连接的核苷为限制性乙基(cEt)糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由7个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由6个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成;5'翼段的6个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由7个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由6个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成;5'翼段的6个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含限制性乙基(cEt)糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶,其中5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼段的5个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由3个连接的核苷组成的3'翼段。在一些方面,间隔段位于5'翼段与3'翼段之间;5'翼段的3个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖且3'翼段的3个连接的核苷各自为限制性乙基(cEt)糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。在其它方面,间隔段位于5'翼段与3'翼段之间;5'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、限制性乙基(cEt)糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。在其它方面,5'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由2个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段。在一些方面,间隔段位于5'翼段与3'翼段之间;5'翼段的2个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由2个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的2个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由8个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的3个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的5个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由8个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的3个连接的核苷各自为限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的5个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由4个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在一些方面,5'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由4个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷为限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由4个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的4个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由8个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由8个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由7个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的5个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的5个连接的核苷为限制性乙基(cEt)糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖及2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由7个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由6个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的6个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由7个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由6个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段,其中5'翼段的6个连接的核苷按5'至3'方向为2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-O-甲氧基乙基糖、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖;3'翼段的4个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖;各核苷间键为硫代磷酸酯键;且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段,各翼段的各核苷包含限制性乙基(cEt)糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶,其中5'翼的5个连接的核苷按5'至3'方向为限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷、限制性乙基(cEt)糖、2'-脱氧核苷及限制性乙基(cEt)糖,且3'翼的5个连接的核苷各自为2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由2个连接的核苷组成,3'翼段由8个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由8个连接的核苷组成,3'翼段由2个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由7个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由7个连接的核苷组成,3'翼段由3个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由4个连接的核苷组成,3'翼段由6个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由6个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由4个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由2个连接的核苷组成,3'翼段由6个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由6个连接的核苷组成,3'翼段由2个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由4个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由3个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由3个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由5个连接的核苷组成,3'翼段由2个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由2个连接的核苷组成,3'翼段由5个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由4个连接的核苷组成,3'翼段由3个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成,间隔段由9个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由3个连接的核苷组成,3'翼段由4个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸由14个连接的核苷组成,间隔段由10个连接的脱氧核苷组成,5'翼段由2个连接的核苷组成,3'翼段由2个连接的核苷组成,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由2个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由8个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由8个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由2个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由7个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由7个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由3个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由4个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由6个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由6个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由4个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由2个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由6个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由6个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由2个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由4个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由3个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由3个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由5个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由2个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由2个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由5个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由4个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由3个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由9个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由3个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由4个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由14个连接的核苷组成且具有如下核酸碱基序列,所述核酸碱基序列包含具有至少8个连续核酸碱基且与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的任何核酸碱基的等长部分互补的部分,其中所述核酸碱基序列与SEQ ID NO:1互补且其中所述修饰的寡核苷酸包含:a)由10个连接的脱氧核苷组成的间隔段;b)由2个连接的核苷组成的5'翼段;及c)由2个连接的核苷组成的3'翼段。间隔段位于5'翼段与3'翼段之间,各翼段的各核苷包含2'-O-甲氧基乙基糖,各核苷间键为硫代磷酸酯键且各胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,所提供的方法、化合物及组合物抑制HBV mRNA表达和/或DNA水平和或蛋白质水平和/或抗原水平。
另一实施方案提供用于治疗哺乳动物的HBV相关疾病、病症及病状的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的任何药物组合物,以治疗HBV相关疾病、病症及病状。在相关实施方案中,哺乳动物为人且HBV相关疾病、病症及病状为由人乙型肝炎病毒所致的乙型肝炎病毒感染。更具体来说,人乙型肝炎病毒可为人类地理基因型中的任何一种:A型(西北欧(Northwest Europe)、北美洲(North America)、中美洲(Central America));B型(印度尼西亚(Indonesia)、中国(China)、越南(Vietnam));C型(东亚(East Asia)、韩国(Korea)、中国、日本(Japan)、波利尼西亚(Polynesia)、越南);D型(地中海区(Mediterranean area)、中东(Middle East)、印度(India));E型(非洲(Africa));F型(美洲土著人(Native American)、波利尼西亚);G型(美国(UnitedStates)、法国(France));或H型(中美洲)。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸与SEQ ID NO:1在以下核苷酸区内互补:1-20、10-29、10-56、13-38、13-35、19-38、25-47、25-50、25-56、43-68、43-63、55-74、58-73、58-74、58-77、58-79、58-80、58-84、59-74、59-75、59-80、60-75、60-76、60-79、61-76、61-77、61-80、62-77、63-84、68-114、101-123、98-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、158-177、167-186、191-215、196-224、196-215、196-218、199-228、199-218、199-224、200-224、205-224、206-228、218-237、224-243、233-264、242-263、243-262、244-263、245-274;245-260、245-264、246-266、247-266、247-269、247-270、245-267、251-267、245-266、250-269、251-266、251-268、251-269、245-269、245-266、245-261、250-265、250-266、250-267、250-268、250-269、251-270、252-267、253-268、253-269、253-272、253-274、254-269、254-270、254-274、255-270、255-271、255-274、255-401、255-400、255-274、255-273、255-272、255-271、256-271、256-275、255-276、256-272、256-276、253-275、256-279、257-276、258-273、259-274、260-279、262-281、262-321、262-315、262-312、265-312、266-288、266-291、266-285、281-321、281-303、290-321、290-312、292-311、290-312、293-312、293-315、293-321、296-321、302-321、324-343、339-361、339-367、348-367、342-367、358-392、358-378、360-392、360-383、360-388、360-385、362-381、366-388、369-388、366-385、366-392、370-389、370-392、380-399、382-401、384-433、384-400、384-401、385-401、405-424、409-428、405-428、411-426、411-427、411-430、411-431、411-437、412-431、411-426、411-427、412-428、412-431、412-427、413-433、413-432、413-428、413-429、413-432、413-433、414-427、415-427、414-429、414-430、414-433、415-428、415-429、415-430、415-431、415-434、416-431、416-432、416-429、416-435、417-432、417-433、417-436、418-433、418-435、418-434、418-437、419-435、419-434、420-435、419-432、419-434、421-436、422-437、422-441、423-436、425-465、454-473、454-472、457-476、457-472、457-473、454-476、455-472、457-485、458-485、458-483、458-477、458-473、459-485、460-485、463-498、463-485、466-485、463-482、457-491、458-491、459-491、460-491、463-491、466-491、472-491、472-493、473-492、475-491、459-494、460-494、463-494、466-494、467-498、472-494、475-494、457-473、457-472、458-494、454-494、457-494、457-473、485-513、470-493、476-519、485-519、500-519、512-534、512-550、524-546、536-559、548-567、548-570、550-570、548-594、554-573、548-576、560-594、584-606、611-645、617-363、623-642、617-645、639-754、639-658、639-654、641-656、642-657、643-658、642-754、653-672、662-685、665-685、665-689、668-687、670-754、670-706、670-685、670-686、670-689、671-690、671-691、671-686、671-687、672-693、672-697、672-707、672-687、672-688、673-688、674-693、678-693、679-694、679-707、679-698、679-701、679-702、679-707、680-695、680-699、679-699、681-706、681-696、682-697、682-706、682-707、682-702、682-701、683-698、684-699、685-700、686-701、687-754、688-704、689-709、689-710、690-705、679-705、679-710、679-706、690-710、691-710、690-754、690-706、684-703、687-705、687-702、687-703、687-706、688-703、688-704、688-705、689-704、689-705、689-708、690-705、690-706、690-709、691-706、692-711、693-716、693-712、695-715、697-716、697-716、690-716、724-746、724-752、724-754、724-758、733-752、738-754、738-753、739-758、739-754、739-775、739-754、740-754、742-785、742-773、757-776、757-785、790-815、793-812、811-833、811-844、814-833、811-906、820-839、822-844、822-867、823-842、845-864、845-867、854-906、845-909、845-906、854-876、863-882、863-885、878-900、887-906、899-918、899-933、899-958、905-927、905-933、914-933、936-958、936-955、945-964、951-970、951-985、951-1044、951-1024、951-1056、951-997、960-985、963-1044、963-1024、963-997、972-1015、1025-1044、1031-1056、1037-1056、1046-1083、1049-1068、1070-1089、1070-1095、1082-1101、1081-1134、1081-1143、1082-1101、1088-1107、1088-1134、1094-1119、1097-1119、1112-1134、1118-1143、1118-1146、1088-1146、1121-1140、1127-1146、1127-1193、1150-1193、1156-1187、1165-1187、1170-1192、1171-1191、1172-1191、1176-1192、1176-1285、1177-1192、1176-1191、1203-1297、1206-1228、1206-1255、1209-1228、1215-1255、1245-1265、1251-1280、1262-1285、1251-1285、1259-1296、1259-1290、1259-1287、1261-1296、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1296、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1264-1297、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1296、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1270-1285、1271-1290、1271-1296、1277-1296、1261-1290、1262-1290、1268-1290、1263-1305、1259-1305、1259-1305、1266-1305、1259-1302、1275-1294、1281-1306、1281-1324、1281-1336、1282-1301、1286-1306、1290-1324、1293-1318、1290-1324、1293-1315、1296-1315、1311-1336、1311-1333、1326-1345、1353-1381、1359-1378、1395-1414、1498-1532、1498-1523、1498-1535、1510-1529、1515-1535、1515-1563、1515-1596、1515-1605、1515-1602、1515-1540、1515-1535、1518-1605、1518-1602、1518-1537、1521-1563、1521-1540、1550-1655、1550-1563、1550-1569、1553-1578、1553-1599、1553-1590、1565-1584、1571-1595、1577-1605、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1578-1598、1571-1598、1579-1594、1579-1594、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1580-1605、1580-1602、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1582-1602、1553-1655、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1586-1652、1642-1664、1651-1720、1651-1673、1655-1679、1695-1720、1716-1738、1743-1763、1743-1768、1764-1783、1773-1792、1777-1796、1777-1800、1778-1800、1778-1793、1778-1794、1778-1797、1779-1798、1779-1797、1779-1796、1779-1795、1779-1794、1780-1799、1780-1796、1780-1795、1781-1797、1781-1796、1781-1796、1781-1800、1781-1797、1782-1799、1782-1797、1782-1798、1783-1798、1783-1799、1784-1800、1784-1799、1779-1799、1778-1889、1778-1794、1779-1795、1780-1799、1785-1800、1794-1813、1806-1837、1806-1828、1806-1825、1809-1828、1812-1843、1812-1837、1812-1831、1815-1843、1815-1844、1815-1840、1815-1834、1818-1837、1821-1840、1821-1844、1821-1837、1822-1843、1822-1839、1822-1837、1823-1843、1823-1838、1824-1839、1827-1846、1861-1884、1861-1880、1865-1885、1866-1881、1867-1882、1867-1886、1868-1883、1869-1885、1869-1884、1870-1885、1871-1886、1872-1887、1874-1889、1876-1895、1888-1914、1888-1908、1891-1910、1891-1914、1895-1938、1895-1935、1913-1935、1898-1920、1907-1929、1913-1935、1918-1934、1919-1938、1919-1934、1921-1934、1928-1956、1957-1976、2035-2057、2083-2141、2230-2261、2368-2393、2381-2397、2368-2394、2379-2394、2381-2396、2368-2397、2368-2396、2420-2439、2458-2476、2459-2478、2819-2838、2818-2838、2873-2892及3161-3182。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:1的以下核苷酸区:1-20、10-29、10-56、13-38、13-35、19-38、25-47、25-50、25-56、43-68、43-63、55-74、58-73、58-74、58-77、58-79、58-80、58-84、59-74、59-75、59-80、60-75、60-76、60-79、61-76、61-77、61-80、62-77、63-84、68-114、101-123、98-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、158-177、167-186、191-215、196-224、196-215、196-218、199-228、199-218、199-224、200-224、205-224、206-228、218-237、224-243、233-264、242-263、243-262、244-263、245-274、245-260、245-264、246-266、247-266、247-269、247-270、245-267、251-267、245-266、250-269、251-266、251-268、251-269、245-269、245-266、245-261、250-265、250-266、250-267、250-268、250-269、251-270、252-267、253-268、253-269、253-272、253-274、254-269、254-270、254-274、255-270、255-271、255-274、255-401、255-400、255-274、255-273、255-272、255-271、256-271、256-275、255-276、256-272、256-276、253-275、256-279、257-276、258-273、259-274、260-279、262-281、262-321、262-315、262-312、265-312、266-288、266-291、266-285、281-321、281-303、290-321、290-312、292-311、290-312、293-312、293-315、293-321、296-321、302-321、324-343、339-361、339-367、348-367、342-367、358-392、358-378、360-392、360-383、360-388、360-385、362-381、366-388、369-388、366-385、366-392、370-389、370-392、380-399、382-401、384-433、384-400、384-401、385-401、405-424、409-428、405-428、411-426、411-427、411-430、411-431、411-437、412-431、411-426、411-427、412-428、412-431、412-427、413-433、413-432、413-428、413-429、413-432、413-433、414-427、415-427、414-429、414-430、414-433、415-428、415-429、415-430、415-431、415-434、416-431、416-432、416-429、416-435、417-432、417-433、417-436、418-433、418-435、418-434、418-437、419-435、419-434、420-435、419-432、419-434、421-436、422-437、422-441、423-436、425-465、454-473、454-472、457-476、457-472、457-473、454-476、455-472、457-485、458-485、458-483、458-477、458-473、459-485、460-485、463-498、463-485、466-485、463-482、457-491、458-491、459-491、460-491、463-491、466-491、472-491、472-493、473-492、475-491、459-494、460-494、463-494、466-494、467-498、472-494、475-494、457-473、457-472、458-494、454-494、457-494、457-473、485-513、470-493、476-519、485-519、500-519、512-534、512-550、524-546、536-559、548-567、548-570、550-570、548-594、554-573、548-576、560-594、584-606、611-645、617-363、623-642、617-645、639-754、639-658、639-654、641-656、642-657、643-658、642-754、653-672、662-685、665-685、665-689、668-687、670-754、670-706、670-685、670-686、670-689、671-690、671-691、671-686、671-687、672-693、672-697、672-707、672-687、672-688、673-688、674-693、678-693、679-694、679-707、679-698、679-701、679-702、679-707、680-695、680-699、679-699、681-706、681-696、682-697、682-706、682-707、682-702、682-701、683-698、684-699、685-700、686-701、687-754、688-704、689-709、689-710、690-705、679-705、679-710、679-706、690-710、691-710、690-754、690-706、684-703、687-705、687-702、687-703、687-706、688-703、688-704、688-705、689-704、689-705、689-708、690-705、690-706、690-709、691-706、692-711、693-716、693-712、695-715、697-716、697-716、690-716、724-746、724-752、724-754、724-758、733-752、738-754、738-753、739-758、739-754、739-775、739-754、740-754、742-785、742-773、757-776、757-785、790-815、793-812、811-833、811-844、814-833、811-906、820-839、822-844、822-867、823-842、845-864、845-867、854-906、845-909、845-906、854-876、863-882、863-885、878-900、887-906、899-918、899-933、899-958、905-927、905-933、914-933、936-958、936-955、945-964、951-970、951-985、951-1044、951-1024、951-1056、951-997、960-985、963-1044、963-1024、963-997、972-1015、1025-1044、1031-1056、1037-1056、1046-1083、1049-1068、1070-1089、1070-1095、1082-1101、1081-1134、1081-1143、1082-1101、1088-1107、1088-1134、1094-1119、1097-1119、1112-1134、1118-1143、1118-1146、1088-1146、1121-1140、1127-1146、1127-1193、1150-1193、1156-1187、1165-1187、1170-1192、1171-1191、1172-1191、1176-1192、1176-1285、1177-1192、1176-1191、1203-1297、1206-1228、1206-1255、1209-1228、1215-1255、1245-1265、1251-1280、1262-1285、1251-1285、1259-1296、1259-1290、1259-1287、1261-1296、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1296、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1264-1297、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1296、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1270-1285、1271-1290、1271-1296、1277-1296、1261-1290、1262-1290、1268-1290、1263-1305、1259-1305、1259-1305、1266-1305、1259-1302、1275-1294、1281-1306、1281-1324、1281-1336、1282-1301、1286-1306、1290-1324、1293-1318、1290-1324、1293-1315、1296-1315、1311-1336、1311-1333、1326-1345、1353-1381、1359-1378、1395-1414、1498-1532、1498-1523、1498-1535、1510-1529、1515-1535、1515-1563、1515-1596、1515-1605、1515-1602、1515-1540、1515-1535、1518-1605、1518-1602、1518-1537、1521-1563、1521-1540、1550-1655、1550-1563、1550-1569、1553-1578、1553-1599、1553-1590、1565-1584、1571-1595、1577-1605、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1578-1598、1571-1598、1579-1594、1579-1594、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1580-1605、1580-1602、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1582-1602、1553-1655、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1586-1652、1642-1664、1651-1720、1651-1673、1655-1679、1695-1720、1716-1738、1743-1763、1743-1768、1764-1783、1773-1792、1777-1796、1777-1800、1778-1800、1778-1793、1778-1794、1778-1797、1779-1798、1779-1797、1779-1796、1779-1795、1779-1794、1780-1799、1780-1796、1780-1795、1781-1797、1781-1796、1781-1796、1781-1800、1781-1797、1782-1799、1782-1797、1782-1798、1783-1798、1783-1799、1784-1800、1784-1799、1779-1799、1778-1889、1778-1794、1779-1795、1780-1799、1785-1800、1794-1813、1806-1837、1806-1828、1806-1825、1809-1828、1812-1843、1812-1837、1812-1831、1815-1843、1815-1844、1815-1840、1815-1834、1818-1837、1821-1840、1821-1844、1821-1837、1822-1843、1822-1839、1822-1837、1823-1843、1823-1838、1824-1839、1827-1846、1861-1884、1861-1880、1865-1885、1866-1881、1867-1882、1867-1886、1868-1883、1869-1885、1869-1884、1870-1885、1871-1886、1872-1887、1874-1889、1876-1895、1888-1914、1888-1908、1891-1910、1891-1914、1895-1938、1895-1935、1913-1935、1898-1920、1907-1929、1913-1935、1918-1934、1919-1938、1919-1934、1921-1934、1928-1956、1957-1976、2035-2057、2083-2141、2230-2261、2368-2393、2381-2397、2368-2394、2379-2394、2381-2396、2368-2397、2368-2396、2420-2439、2458-2476、2459-2478、2819-2838、2818-2838、2873-2892及3161-3182。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸与SEQ ID NO:1在对应于核苷酸区1-1932的HBV前S1(pre-S1)第二部分基因区内互补。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸与SEQ ID NO:1在对应于核苷酸区2831-3182的HBV前S1第一部分基因区内互补。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸靶向对应于SEQ IDNO:1的核苷酸区1-1932的HBV前S1第二部分基因区。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸靶向对应于SEQ ID NO:1的核苷酸区2831-3182的HBV前S1第一部分基因区。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区。在某些实施方案中,所述靶向HBV核酸的区的化合物或寡核苷酸具有与所述区的等长核酸碱基部分互补的连续核酸碱基部分。举例来说,所述部分可为具有至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基且与本文所述的区的等长部分互补的部分。在某些实施方案中,所述化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:1的以下核苷酸区:1-20、10-29、10-56、13-38、13-35、19-38、25-47、25-50、25-56、43-68、43-63、55-74、58-73、58-74、58-77、58-79、58-80、58-84、59-74、59-75、59-80、60-75、60-76、60-79、61-76、61-77、61-80、62-77、63-84、68-114、101-123、98-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、158-177、167-186、191-215、196-224、196-215、196-218、199-228、199-218、199-224、200-224、205-224、206-228、218-237、224-243、233-264、242-263、243-262、244-263、245-274、245-260、245-264、246-266、247-266、247-269、247-270、245-267、251-267、245-266、250-269、251-266、251-268、251-269、245-269、245-266、245-261、250-265、250-266、250-267、250-268、250-269、251-270、252-267、253-268、253-269、253-272、253-274、254-269、254-270、254-274、255-270、255-271、255-274、255-401、255-400、255-274、255-273、255-272、255-271、256-271、256-275、255-276、256-272、256-276、253-275、256-279、257-276、258-273、259-274、260-279、262-281、262-321、262-315、262-312、265-312、266-288、266-291、266-285、281-321、281-303、290-321、290-312、292-311、290-312、293-312、293-315、293-321、296-321、302-321、324-343、339-361、339-367、348-367、342-367、358-392、358-378、360-392、360-383、360-388、360-385、362-381、366-388、369-388、366-385、366-392、370-389、370-392、380-399、382-401、384-433、384-400、384-401、385-401、405-424、409-428、405-428、411-426、411-427、411-430、411-431、411-437、412-431、411-426、411-427、412-428、412-431、412-427、413-433、413-432、413-428、413-429、413-432、413-433、414-427、415-427、414-429、414-430、414-433、415-428、415-429、415-430、415-431、415-434、416-431、416-432、416-429、416-435、417-432、417-433、417-436、418-433、418-435、418-434、418-437、419-435、419-434、420-435、419-432、419-434、421-436、422-437、422-441、423-436、425-465、454-473、454-472、457-476、457-472、457-473、454-476、455-472、457-485、458-485、458-483、458-477、458-473、459-485、460-485、463-498、463-485、466-485、463-482、457-491、458-491、459-491、460-491、463-491、466-491、472-491、472-493、473-492、475-491、459-494、460-494、463-494、466-494、467-498、472-494、475-494、457-473、457-472、458-494、454-494、457-494、457-473、485-513、470-493、476-519、485-519、500-519、512-534、512-550、524-546、536-559、548-567、548-570、550-570、548-594、554-573、548-576、560-594、584-606、611-645、617-363、623-642、617-645、639-754、639-658、639-654、641-656、642-657、643-658、642-754、653-672、662-685、665-685、665-689、668-687、670-754、670-706、670-685、670-686、670-689、671-690、671-691、671-686、671-687、672-693、672-697、672-707、672-687、672-688、673-688、674-693、678-693、679-694、679-707、679-698、679-701、679-702、679-707、680-695、680-699、679-699、681-706、681-696、682-697、682-706、682-707、682-702、682-701、683-698、684-699、685-700、686-701、687-754、688-704、689-709、689-710、690-705、679-705、679-710、679-706、690-710、691-710、690-754、690-706、684-703、687-705、687-702、687-703、687-706、688-703、688-704、688-705、689-704、689-705、689-708、690-705、690-706、690-709、691-706、692-711、693-716、693-712、695-715、697-716、697-716、690-716、724-746、724-752、724-754、724-758、733-752、738-754、738-753、739-758、739-754、739-775、739-754、740-754、742-785、742-773、757-776、757-785、790-815、793-812、811-833、811-844、814-833、811-906、820-839、822-844、822-867、823-842、845-864、845-867、854-906、845-909、845-906、854-876、863-882、863-885、878-900、887-906、899-918、899-933、899-958、905-927、905-933、914-933、936-958、936-955、945-964、951-970、951-985、951-1044、951-1024、951-1056、951-997、960-985、963-1044、963-1024、963-997、972-1015、1025-1044、1031-1056、1037-1056、1046-1083、1049-1068、1070-1089、1070-1095、1082-1101、1081-1134、1081-1143、1082-1101、1088-1107、1088-1134、1094-1119、1097-1119、1112-1134、1118-1143、1118-1146、1088-1146、1121-1140、1127-1146、1127-1193、1150-1193、1156-1187、1165-1187、1170-1192、1171-1191、1172-1191、1176-1192、1176-1285、1177-1192、1176-1191、1203-1297、1206-1228、1206-1255、1209-1228、1215-1255、1245-1265、1251-1280、1262-1285、1251-1285、1259-1296、1259-1290、1259-1287、1261-1296、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1296、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1264-1297、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1296、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1270-1285、1271-1290、1271-1296、1277-1296、1261-1290、1262-1290、1268-1290、1263-1305、1259-1305、1259-1305、1266-1305、1259-1302、1275-1294、1281-1306、1281-1324、1281-1336、1282-1301、1286-1306、1290-1324、1293-1318、1290-1324、1293-1315、1296-1315、1311-1336、1311-1333、1326-1345、1353-1381、1359-1378、1395-1414、1498-1532、1498-1523、1498-1535、1510-1529、1515-1535、1515-1563、1515-1596、1515-1605、1515-1602、1515-1540、1515-1535、1518-1605、1518-1602、1518-1537、1521-1563、1521-1540、1550-1655、1550-1563、1550-1569、1553-1578、1553-1599、1553-1590、1565-1584、1571-1595、1577-1605、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1578-1598、1571-1598、1579-1594、1579-1594、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1580-1605、1580-1602、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1582-1602、1553-1655、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1586-1652、1642-1664、1651-1720、1651-1673、1655-1679、1695-1720、1716-1738、1743-1763、1743-1768、1764-1783、1773-1792、1777-1796、1777-1800、1778-1800、1778-1793、1778-1794、1778-1797、1779-1798、1779-1797、1779-1796、1779-1795、1779-1794、1780-1799、1780-1796、1780-1795、1781-1797、1781-1796、1781-1796、1781-1800、1781-1797、1782-1799、1782-1797、1782-1798、1783-1798、1783-1799、1784-1800、1784-1799、1779-1799、1778-1889、1778-1794、1779-1795、1780-1799、1785-1800、1794-1813、1806-1837、1806-1828、1806-1825、1809-1828、1812-1843、1812-1837、1812-1831、1815-1843、1815-1844、1815-1840、1815-1834、1818-1837、1821-1840、1821-1844、1821-1837、1822-1843、1822-1839、1822-1837、1823-1843、1823-1838、1824-1839、1827-1846、1861-1884、1861-1880、1865-1885、1866-1881、1867-1882、1867-1886、1868-1883、1869-1885、1869-1884、1870-1885、1871-1886、1872-1887、1874-1889、1876-1895、1888-1914、1888-1908、1891-1910、1891-1914、1895-1938、1895-1935、1913-1935、1898-1920、1907-1929、1913-1935、1918-1934、1919-1938、1919-1934、1921-1934、1928-1956、1957-1976、2035-2057、2083-2141、2230-2261、2368-2393、2381-2397、2368-2394、2379-2394、2381-2396、2368-2397、2368-2396、2420-2439、2458-2476、2459-2478、2819-2838、2818-2838、2873-2892及3161-3182。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区。在某些实施方案中,所述靶向HBV核酸的区的化合物或寡核苷酸具有与所述区的等长核酸碱基部分互补的连续核酸碱基部分。举例来说,所述部分可为具有至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基且与本文所述的区的等长部分互补的部分。在某些实施方案中,所述化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:1的以下核苷酸区:58-73、58-74、58-77、59-74、60-75、61-76、62-77、245-274、245-260、250-265、251-266、252-267、253-268、254-269、255-270、256-271、256-272、258-273、259-274、380-399、382-401、411-437、411-427、411-426、412-427、413-428、413-432、414-429、415-430、416-431、417-432、418-433、419-434、420-435、421-436、422-437、457-472、458-473、639-754、639-658、639-654、641-656、642-657、643-658、670-754、670-706、670-685、671-686、672-687、673-688、678-693、679-694、680-695、681-706、681-696、682-697、683-698、684-699、685-700、686-701、687-702、688-703、689-704、690-705、691-706、738-754、738-753、739-754、1176-1285、1176-1191、1177-1192、1261-1285、1261-1276、1262-1277、1263-1278、1264-1279、1265-1280、1266-1281、1267-1282、1268-1283、1269-1284、1270-1285、1577-1606、1577-1592、1578-1593、1579-1594、1580-1595、1581-1596、1582-1597、1583-1598、1584-1599、1585-1600、1586-1601、1587-1602、1588-1603、1589-1604、1590-1605、1591-1606、1778-1889、1778-1800、1778-1793、1779-1794、1780-1799、1780-1796、1780-1795、1781-1796、1782-1797、1783-1798、1784-1799、1785-1800、1822-1839、1822-1837、1823-1838、1824-1839、1866-1881、1867-1882、1868-1883、1869-1884、1870-1885、1871-1886、1872-1887或1874-1889,并且其中所述化合物或修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖或限制性乙基(cEt)糖。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸与SEQ ID NO:1在以下核苷酸区内互补:58-73、58-74、58-77、59-74、59-75、60-75、60-76、61-76、61-77、62-77、253-272、253-269、254-270、255-271、256-272、411-437、411-426、411-427、411-430、412-427、412-428、412-431、413-428、413-429、413-432、414-429、414-430、414-433、415-430、415-431、415-434、416-431、416-432、416-435、417-432、417-433、417-436、418-433、418-434、418-437、457-472、457-473、458-473、670-706、670-685、670-686、671-686、671-687、672-687、672-688、673-688、687-702、687-703、687-706、688-703、688-704、689-704、689-705、690-705、690-706、691-706、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1269-1284、1269-1285、1270-1285、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1594、1579-1594、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1778-1800、1778-1793、1778-1794、1778-1797、1779-1794、1779-1795、1779-1798、1780-1795、1780-1796、1780-1799、1781-1796、1781-1797、1781-1800、1782-1797、1782-1798、1783-1798、1783-1799、1784-1799及1784-1800。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:1的以下核苷酸区:58-73、58-74、58-77、59-74、59-75、60-75、60-76、61-76、61-77、62-77、253-272、253-269、254-270、255-271、256-272、411-437、411-426、411-427、411-430、412-427、412-428、412-431、413-428、413-429、413-432、414-429、414-430、414-433、415-430、415-431、415-434、416-431、416-432、416-435、417-432、417-433、417-436、418-433、418-434、418-437、457-472、457-473、458-473、670-706、670-685、670-686、671-686、671-687、672-687、672-688、673-688、687-702、687-703、687-706、688-703、688-704、689-704、689-705、690-705、690-706、691-706、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1269-1284、1269-1285、1270-1285、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1594、1579-1594、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1778-1800、1778-1793、1778-1794、1778-1797、1779-1794、1779-1795、1779-1798、1780-1795、1780-1796、1780-1799、1781-1796、1781-1797、1781-1800、1782-1797、1782-1798、1783-1798、1783-1799、1784-1799及1784-1800。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区。在某些实施方案中,所述靶向HBV核酸的区的化合物或寡核苷酸具有与所述区的等长核酸碱基部分互补的连续核酸碱基部分。举例来说,所述部分可为具有至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基且与本文所述的区的等长部分互补的部分。在某些实施方案中,所述化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:1的以下核苷酸区:1-20、10-29、10-56、13-38、13-35、19-38、25-47、25-50、25-56、43-68、43-63、55-74、58-73、58-74、58-77、58-79、58-80、58-84、59-74、59-75、59-80、60-75、60-76、60-79、61-76、61-77、61-80、62-77、63-84、68-114、101-123、98-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、158-177、167-186、191-215、196-224、196-215、196-218、199-228、199-218、199-224、200-224、205-224、206-228、218-237、224-243、233-264、242-263、243-262、244-263、245-264、246-266、247-266、247-269、247-270、245-267、251-267、245-266、250-269、251-268、251-269、245-269、245-266、245-261、250-266、250-267、250-268、250-269、251-270、253-269、253-272、253-274、254-270、254-274、255-271、255-274、255-401、255-400、255-274、255-273、255-272、255-271、256-275、255-276、256-272、256-276、253-275、256-279、257-276、260-279、262-281、262-321、262-315、262-312、265-312、266-288、266-291、266-285、281-321、281-303、290-321、290-312、292-311、290-312、293-312、293-315、293-321、296-321、302-321、324-343、339-361、339-367、348-367、342-367、358-392、358-378、360-392、360-383、360-388、360-385、362-381、366-388、369-388、366-385、366-392、370-389、370-392、384-433、384-400、384-401、385-401、405-424、409-428、405-428、411-426、411-427、411-430、411-431、411-437、412-431、411-426、411-427、412-428、412-431、412-427、413-433、413-432、413-428、413-429、413-432、413-433、414-427、415-427、414-429、414-430、414-433、415-428、415-429、415-430、415-431、415-434、416-431、416-432、416-429、416-435、417-432、417-433、417-436、418-433、418-435、418-434、418-437、419-435、419-434、420-435、419-432、419-434、422-441、423-436、425-465、454-473、454-472、457-476、457-472、457-473、454-476、455-472、457-485、458-485、458-483、458-477、458-473、459-485、460-485、463-498、463-485、466-485、463-482、457-491、458-491、459-491、460-491、463-491、466-491、472-491、472-493、473-492、475-491、459-494、460-494、463-494、466-494、467-498、472-494、475-494、457-473、457-472、458-494、454-494、457-494、457-473、485-513、470-493、476-519、485-519、500-519、512-534、512-550、524-546、536-559、548-567、548-570、550-570、548-594、554-573、548-576、560-594、584-606、611-645、617-363、623-642、617-645、642-754、653-672、662-685、665-685、665-689、668-687、670-706、670-685、670-686、670-689、671-690、671-691、671-686、671-687、672-693、672-697、672-707、672-687、672-688、673-688、674-693、679-707、679-698、679-701、679-702、679-707、680-699、679-699、682-706、682-707、682-702、682-701、687-754、688-704、689-709、689-710、690-705、679-705、679-710、679-706、690-710、691-710、690-754、690-706、684-703、687-705、687-702、687-703、687-706、688-703、688-704、688-705、689-704、689-705、689-708、690-705、690-706、690-709、691-706、692-711、693-716、693-712、695-715、697-716、697-716、690-716、724-746、724-752、724-754、724-758、733-752、738-754、739-758、739-754、739-775、739-754、740-754、742-785、742-773、757-776、757-785、790-815、793-812、811-833、811-844、814-833、811-906、820-839、822-844、822-867、823-842、845-864、845-867、854-906、845-909、845-906、854-876、863-882、863-885、878-900、887-906、899-918、899-933、899-958、905-927、905-933、914-933、936-958、936-955、945-964、951-970、951-985、951-1044、951-1024、951-1056、951-997、960-985、963-1044、963-1024、963-997、972-1015、1025-1044、1031-1056、1037-1056、1046-1083、1049-1068、1070-1089、1070-1095、1082-1101、1081-1134、1081-1143、1082-1101、1088-1107、1088-1134、1094-1119、1097-1119、1112-1134、1118-1143、1118-1146、1088-1146、1121-1140、1127-1146、1127-1193、1150-1193、1156-1187、1165-1187、1170-1192、1171-1191、1172-1191、1176-1192、1177-1192、1176-1191、1203-1297、1206-1228、1206-1255、1209-1228、1215-1255、1245-1265、1251-1280、1262-1285、1251-1285、1259-1296、1259-1290、1259-1287、1261-1296、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1296、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1264-1297、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1296、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1270-1285、1271-1290、1271-1296、1277-1296、1261-1290、1262-1290、1268-1290、1263-1305、1259-1305、1259-1305、1266-1305、1259-1302、1275-1294、1281-1306、1281-1324、1281-1336、1282-1301、1286-1306、1290-1324、1293-1318、1290-1324、1293-1315、1296-1315、1311-1336、1311-1333、1326-1345、1353-1381、1359-1378、1395-1414、1498-1532、1498-1523、1498-1535、1510-1529、1515-1535、1515-1563、1515-1596、1515-1605、1515-1602、1515-1540、1515-1535、1518-1605、1518-1602、1518-1537、1521-1563、1521-1540、1550-1655、1550-1563、1550-1569、1553-1578、1553-1599、1553-1590、1565-1584、1571-1595、1577-1605、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1578-1598、1571-1598、1579-1594、1579-1594、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1580-1605、1580-1602、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1582-1602、1553-1655、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1586-1652、1642-1664、1651-1720、1651-1673、1655-1679、1695-1720、1716-1738、1743-1763、1743-1768、1764-1783、1773-1792、1777-1796、1777-1800、1778-1800、1778-1793、1778-1794、1778-1797、1779-1798、1779-1797、1779-1796、1779-1795、1779-1794、1780-1799、1780-1796、1780-1795、1781-1797、1781-1796、1781-1796、1781-1800、1781-1797、1782-1799、1782-1797、1782-1798、1783-1798、1783-1799、1784-1800、1784-1799、1779-1799、1778-1794、1779-1795、1780-1799、1794-1813、1806-1837、1806-1828、1806-1825、1809-1828、1812-1843、1812-1837、1812-1831、1815-1843、1815-1844、1815-1840、1815-1834、1818-1837、1821-1840、1821-1844、1821-1837、1822-1843、1822-1839、1823-1843、1827-1846、1861-1884、1861-1880、1865-1885、1867-1886、1869-1885、1876-1895、1888-1914、1888-1908、1891-1910、1891-1914、1895-1938、1895-1935、1913-1935、1898-1920、1907-1929、1913-1935、1918-1934、1919-1938、1919-1934、1921-1934、1928-1956、1957-1976、2035-2057、2083-2141、2230-2261、2368-2393、2381-2397、2368-2394、2379-2394、2381-2396、2368-2397、2368-2396、2420-2439、2458-2476、2459-2478、2819-2838、2818-2838、2873-2892及3161-3182。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区。在某些实施方案中,所述靶向HBV核酸的区的化合物或寡核苷酸具有与所述区的等长核酸碱基部分互补的连续核酸碱基部分。举例来说,所述部分可为具有至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核酸碱基且与本文所述的区的等长部分互补的部分。在某些实施方案中,所述化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:1的以下核苷酸区:233-264、242-263、243-262、244-263、245-264、246-266、247-266、247-269、247-270、245-267、251-267、245-266、250-269、251-268、251-269、245-269、245-266、245-261、250-266、250-267、250-268、250-269、251-270、253-272、253-274、254-274、255-274、255-401、255-400、255-274、255-273、255-272、255-271、256-275、255-276、256-276、253-275、256-279、257-276、260-279、262-281、262-321、262-315、262-312、265-312、266-288、266-291、266-285、281-321、281-303、405-424、409-428、405-428、411-430、411-431、411-431、412-431、411-426、411-427、412-428、412-431、412-427、413-433、413-432、413-428、413-433、411-427、414-427、415-427、415-428、415-429、416-432、416-429、418-435、418-434、419-435、419-434、420-435、419-432、419-434、422-441、423-436、425-465、584-606、611-645、617-363、623-642、617-645、642-754、653-672,并且其中所述化合物或修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少50%抑制:1-20、10-29、10-56、13-38、13-35、19-38、25-47、25-50、25-56、43-68、43-63、55-74、58-77、58-74、58-73、58-79、58-80、58-84、59-74、59-75、59-80、60-79、60-75、60-76、61-80、61-76、61-77、62-77、63-84、68-114、101-123、98-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、158-177、167-186、191-215、196-224、196-215、196-218、199-228、199-218、199-224、200-224、205-224、206-228、218-237、224-243、233-264、242-263、243-262、244-263、245-264、246-266、247-266、247-269、247-270、245-267、251-267、245-266、250-269、251-268、251-269、245-269、245-266、245-261、250-265、250-266、250-267、250-268、250-269、251-266、251-270、252-267、253-268、253-269、253-272、253-274、254-269、254-270、254-274、255-274、255-401、255-400、255-274、255-273、255-272、255-271、255-270、256-271、256-272、256-275、255-276、256-276、253-275、256-279、257-276、258-273、259-274、260-279、262-281、262-321、262-315、262-312、265-312、266-288、266-291、266-285、281-321、281-303、290-321、290-312、292-311、290-312、293-312、293-315、293-321、296-321、302-321、324-343、339-361、339-367、348-367、342-367、358-392、358-378、360-392、360-383、360-388、360-385、362-381、366-388、369-388、366-385、366-392、370-389、370-392、380-399、382-401、384-433、384-400、384-401、385-401、405-424、409-428、405-428、411-430、411-431、411-431、412-431、411-426、411-427、411-430、411-437、412-428、412-431、412-427、413-432、413-428、413-429、413-433、411-427、414-427、414-429、414-430、414-433、415-427、415-428、415-429、415-430、415-431、415-434、416-435、416-432、416-431、416-429、417-432、417-433、417-436、418-437、418-435、418-434、418-433、419-435、419-434、420-435、419-432、419-434、421-436、422-441、422-437、423-436、425-465、454-473、454-472、457-476、454-476、455-472、457-485、457-473、457-472、458-485、458-483、458-477、458-473、459-485、460-485、463-498、463-485、466-485、463-482、457-491、458-491、459-491、460-491、463-491、466-491、472-491、472-493、473-492、475-491、459-494、460-494、463-494、466-494、467-498、472-494、475-494、457-473、457-472、458-494、454-494、457-494、457-473、485-513、470-493、476-519、485-519、500-519、512-534、512-550、524-546、536-559、548-567、548-570、550-570、548-594、554-573、548-576、560-594、584-606、611-645、617-363、623-642、617-645、639-654、641-656、642-657、642-754、643-658、653-672、662-685、665-685、665-689、668-687、670-689、670-706、670-685、670-686、671-686、671-687、671-690、671-691、672-687、672-688、672-693、672-697、672-707、673-688、674-693、678-693、679-707、679-694、679-698、679-701、679-702、679-707、680-699、679-699、680-695、681-696、682-706、682-707、682-702、682-701、682-697、683-698、684-699、685-700、686-701、687-702、687-703、687-706、687-754、688-703、688-704、689-704、689-705、689-709、689-710、690-705、690-706、691-706、679-705、679-710、679-706、690-710、691-710、690-754、690-706、684-703、687-705、687-703、687-706、688-705、689-708、690-709、692-711、693-716、693-712、695-715、697-716、697-716、690-716、724-746、724-752、724-754、724-758、733-752、738-753、738-754、739-758、739-754、739-775、739-754、740-754、742-785、742-773、757-776、757-785、790-815、793-812、811-833、811-844、814-833、811-906、820-839、822-844、822-867、823-842、845-864、845-867、854-906、845-909、845-906、854-876、854-873、863-882、863-885、878-900、878-897、887-906、899-918、899-933、899-958、905-927、905-933、914-933、936-958、936-955、945-964、951-970、951-985、951-1044、951-1024、951-1056、951-997、960-985、963-1044、963-1024、963-997、966-985、972-1015、978-997、1025-1044、1031-1056、1037-1056、1046-1083、1049-1068、1070-1089、1070-1095、1082-1101、1081-1134、1081-1143、1082-1101、1088-1107、1088-1134、1094-1119、1097-1119、1112-1134、1118-1143、1118-1146、1088-1146、1121-1140、1127-1146、1127-1193、1150-1193、1156-1187、1165-1187、1170-1192、1171-1191、1172-1191、1176-1192、1177-1192、1176-1191、1203-1297、1206-1228、1206-1255、1209-1228、1215-1255、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1245-1265、1251-1280、1251-1285、1251-1270、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1296、1259-1290、1259-1287、1260-1279、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1261-1296、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1262-1285、1262-1296、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1264-1297、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1296、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1270-1285、1271-1290、1271-1296、1277-1296、1261-1290、1262-1290、1268-1290、1263-1305、1259-1305、1259-1305、1266-1305、1259-1302、1275-1294、1281-1306、1281-1324、1281-1336、1782-1797、1282-1301、1286-1306、1290-1324、1293-1318、1290-1324、1293-1315、1296-1315、1311-1336、1311-1333、1326-1345、1353-1381、1359-1378、1395-1414、1498-1532、1498-1523、1498-1535、1510-1529、1515-1535、1515-1563、1515-1596、1515-1605、1515-1602、1515-1540、1515-1535、1518-1605、1518-1602、1518-1537、1521-1563、1521-1540、1550-1655、1550-1563、1550-1569、1553-1578、1553-1599、1553-1590、1565-1584、1571-1595、1577-1606、1577-1605、1577-1596、1577-1592、1577-1593、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1578-1598、1579-1594、1579-1595、1579-1598、1571-1598、1580-1605、1580-1602、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1582-1602、1553-1655、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1586-1652、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、158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在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少60%抑制:1-20、10-29、10-53、13-38、25-50、43-68、55-74、58-84、58-77、58-74、58-73、58-79、59-80、59-74、59-75、60-75、60-76、61-77、61-76、61-80、62-77、68-114、98-123、101-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、191-215、196-224、196-215、199-228、199-218、200-223、199-218、205-224、206-228、218-237、224-243、233-263、244-263、245-264、247-266、250-265、251-266、252-267、253-272、253-269、251-267、253-274、254-270、255-276、256-279、256-276、256-274、256-272、256-271、258-273、259-274、265-388、265-284、266-291、266-288、260-279、281-321、281-303、290-321、290-312、293-312、296-315、302-321、324-343、339-367、339-361、342-367、348-367、358-392、358-378、360-392、360-379、366-392、366-385、369-388、370-392、382-401、405-428、405-424、409-428、411-436、411-433、411-431、411-426、411-430、411-427、412-431、412-428、412-427、413-428、413-429、413-433、414-433、414-430、414-429、414-433、415-430、415-431、415-434、415-435、415-436、416-429、416-434、416-431、416-432、416-436、416-435、417-436、417-433、417-432、418-434、418-433、418-437、419-434、420-435、421-436、422-437、423-436、425-465、454-472、455-472、457-476、457-472、457-473、458-485、458-473、458-483、463-498、467-498、463-482、470-493、472-491、485-519、485-513、500-519、512-534、524-546、536-558、548-567、554-573、548-576、560-594、584-606、608-648、639-654、640-656、641-656、642-657、642-658、643-658、653-672、662-685、665-685、670-706、670-689、670-685、670-686、671-690、671-686、671-687、672-707、672-697、672-693、672-687、672-688、673-688、679-707、679-698、679-694、680-695、681-696、682-697、682-701、683-698、684-699、685-700、686-701、687-754、687-702、687-705、687-703、687-706、688-704、688-703、688-704、688-705、688-707、689-710、689-709、689-705、689-704、690-754、690-705、690-706、691-706、691-710、692-711、697-716、724-758、724-754、724-752、724-746、738-754、738-753、739-754、742-785、757-785、790-815、811-906、811-844、811-833、822-867、822-844、823-842、845-867、854-906、854-873、878-897、899-958、899-933、936-958、945-964、951-1044、951-1024、951-985、951-997、963-1044、963-1024、963-997、966-985、978-997、1031-1056、1046-1083、1070-1095、1081-1143、1081-1134、1082-1101、1088-1146、1088-1134、1118-1146、1118-1143、1127-1193、1170-1189、1176-1192、1176-1191、1177-1192、1203-1297、1206-1255、1209-1228、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1251-1270、1251-1285、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1278、1260-1279、1261-1276、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1281、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1297、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1287、1269-1284、1269-1285、1270-1285、1281-1336、1281-1324、1281-1306、1286-1305、1290-1324、1311-1336、1326-1345、1353-1381、1395-1414、1498-1535、1498-1532、1515-1535、1515-1534、1521-1540、1550-1655、1553-1599、1553-1590、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1594、1579-1595、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1642-1664、1651-1720、1716-1738、1743-1763、1764-1783、1773-1792、1777-1800、1777-1797、1655-1674、1778-1794、1778-1800、1781-1800、1781-1797、1784-1800、1779-1799、1778-1794、1778-1797、1779-1795、1779-1798、1780-1795、1780-1796、1780-1799、1781-1796、1781-1797、1781-1800、1782-1797、1794-1813、1806-1837、1806-1825、1812-1837、1812-1831、1815-1844、1815-1834、1818-1837、1821-1837、1822-1838、1827-1846、1861-1884、1821-1840、1866-1885、1867-1886、1888-1914、1888-1907、1891-1914、1895-1938、1895-1935、1919-1938、1928-1956、1957-1976、2035-2057、2083-2141、2230-2261、2278-2297、2281-2300、2284-2303、2368-2397、2368-2396、2368-2394、2368-2393、2379-2394、2381-2396、2420-2439、2458-2476、2819-2838、2873-2892及3161-3182。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少65%抑制:1-20、10-29、10-53、13-38、25-50、43-68、55-74、58-84、58-79、58-74、58-73、58-77、59-75、59-80、58-77、60-75、60-76、61-77、61-76、61-80、62-77、68-114、98-123、101-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、191-215、196-215、199-228、199-218、200-223、199-218、205-224、206-228、218-237、224-243、233-263、244-263、245-264、250-265、251-266、253-269、253-274、255-276、256-279、256-276、256-274、256-272、256-271、247-266、253-272、258-273、266-291、266-288、260-279、281-321、281-303、290-321、290-312、296-315、293-312、302-321、324-343、339-367、339-361、342-367、348-367、358-392、358-378、360-392、360-379、366-392、366-385、369-388、370-392、382-401、405-428、405-424、409-428、411-433、411-431、411-430、411-427、411-426、412-431、412-428、412-427、413-433、413-428、413-429、413-432、414-433、414-430、414-429、415-430、415-431、415-434、415-435、415-436、416-434、416-436、416-435、416-432、416-431、417-436、417-433、417-432、418-433、418-434、418-437、420-435、422-437、423-436、425-465、454-472、455-472、457-472、458-485、458-483、458-473、463-498、467-498、457-476、470-493、472-491、485-519、485-513、500-519、512-534、524-546、536-558、548-567、554-573、548-576、560-594、584-606、608-648、639-654、640-656、641-656、642-657、642-658、643-658、653-672、662-685、665-685、670-685、670-706、670-689、670-686、670-685、671-686、671-687、671-690、672-688、672-687、672-707、672-697、672-693、673-688、679-698、680-695、681-696、682-697、682-701、683-698、684-699、685-700、686-701、687-702、688-703、688-707、687-754、690-754、690-706、690-705、687-705、687-703、687-706、687-702、688-705、688-703、688-704、689-705、691-706、692-711、697-716、724-758、724-754、724-752、724-746、738-754、739-754、742-785、757-785、790-815、811-906、811-844、811-833、822-867、822-844、823-842、845-867、854-906、854-873、878-897、899-958、899-933、936-958、945-964、951-1044、951-1024、951-985、951-997、963-1044、963-1024、963-997、966-985、978-997、1031-1056、1046-1083、1070-1095、1081-1143、1081-1134、1082-1101、1088-1146、1088-1134、1118-1146、1118-1143、1127-1193、1170-1189、1176-1192、1177-1192、1203-1297、1206-1255、1209-1228、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1251-1270、1251-1285、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1278、1260-1279、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1281、1262-1277、1262-1278、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1297、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1265-1280、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1287、1269-1284、1269-1285、1270-1285、1281-1336、1281-1324、1281-1306、1290-1324、1311-1336、1326-1345、1353-1381、1395-1414、1498-1535、1498-1532、1515-1535、1515-1534、1550-1655、1553-1599、1553-1590、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1594、1579-1595、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1642-1664、1651-1720、1655-1674、1716-1738、1743-1763、1764-1783、1773-1792、1777-1800、1777-1797、1778-1800、1778-1797、1779-1799、1778-1794、1779-1794、1779-1795、1779-1798、1780-1796、1780-1799、1780-1795、1781-1796、1781-1797、1781-1800、1782-1797、1794-1813、1806-1837、1806-1825、1812-1837、1812-1831、1815-1844、1815-1834、1818-1837、1821-1837、1822-1838、1827-1846、1861-1884、1866-1885、1867-1886、1888-1914、1888-1907、1891-1914、1895-1938、1895-1935、1919-1938、1928-1956、1957-1976、2035-2057、2083-2141、2230-2261、2278-2297、2281-2300、2284-2303、2368-2397、2368-2396、2368-2394、2368-2393、2379-2394、2381-2396、2420-2439、2458-2476、2819-2838、2873-2892及3161-3182。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少70%抑制:1-20、10-29、10-53、13-38、25-50、43-68、55-74、58-84、58-79、58-74、59-75、59-80、58-77、60-75、60-76、61-77、68-114、98-123、101-123、113-138、116-138、131-150、137-162、152-186、191-215、199-228、199-218、200-223、205-224、206-228、218-237、224-243、233-263、244-263、245-264、253-269、253-274、255-276、256-279、256-276、256-274、256-272、247-266、250-265、251-266、253-272、256-271、266-291、266-288、260-279、281-321、281-303、290-321、290-312、293-312、302-321、324-343、339-367、339-361、342-367、348-367、358-392、358-378、360-392、360-379、366-392、366-385、370-392、382-401、405-428、405-424、409-428、411-433、411-431、411-430、411-427、411-426、412-431、412-428、412-427、413-428、413-429、413-432、414-433、414-430、414-429、415-430、414-433、415-434、415-435、415-436、416-431、416-434、416-436、416-435、416-432、417-436、417-433、418-433、418-437、423-436、425-465、454-472、455-472、457-472、457-476、458-473、458-485、458-483、463-498、467-498、457-476、470-493、470-493、472-491、485-519、485-513、485-519、485-513、500-519、512-534、524-546、536-558、548-567、554-573、548-576、560-594、584-606、608-648、639-654、640-656、641-656、642-657、642-658、643-658、653-672、662-685、665-685、670-706、670-689、670-685、670-686、671-690、671-686、671-687、672-687、672-688、672-707、672-697、672-693、673-688、679-698、681-696、682-697、682-701、683-698、684-699、686-701、687-702、687-754、687-702、688-703、690-754、690-706、687-705、687-703、687-706、692-711、697-716、724-758、724-754、724-752、724-746、738-754、739-754、738-754、742-785、757-785、790-815、811-906、811-844、811-833、822-867、822-844、845-867、854-906、854-873、878-897、899-958、899-933、936-958、945-964、951-1044、951-1024、951-985、951-997、963-1044、963-1024、963-997、966-985、978-997、1031-1056、1046-1083、1070-1095、1081-1143、1081-1134、1082-1101、1088-1146、1088-1134、1118-1146、1118-1143、1127-1193、1170-1189、1176-1192、1177-1192、1203-1297、1206-1255、1209-1228、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1251-1285、1251-1270、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1278、1260-1279、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1281、1262-1277、1262-1278、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1297、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1265-1281、1265-1284、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1287、1269-1284、1269-1285、1270-1285、1281-1336、1281-1324、1281-1306、1290-1324、1311-1336、1326-1345、1353-1381、1395-1414、1498-1535、1498-1532、1515-1535、1550-1655、1553-1599、1553-1590、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1594、1579-1595、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1580-1599、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1602、1586-1605、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1642-1664、1651-1720、1716-1738、1743-1763、1764-1783、1773-1792、1777-1800、1777-1797、1778-1800、1778-1797、1779-1799、1778-1794、1779-1795、1779-1798、1780-1795、1780-1796、1780-1799、1781-1800、1782-1797、1794-1813、1806-1837、1806-1825、1812-1837、1812-1831、1815-1844、1815-1834、1818-1837、1821-1837、1822-1838、1827-1846、1861-1884、1866-1885、1867-1886、1888-1914、1888-1907、1891-1914、1895-1938、1895-1935、1919-1938、1928-1956、1957-1976、2035-2057、2083-2141、2230-2261、2278-2297、2281-2300、2284-2303、2368-2397、2368-2396、2368-2394、2368-2393、2379-2394、2381-2396、2420-2439、2458-2476、2819-2838、2873-2892及3161-3182。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少75%抑制:13-32、16-35、19-38、25-44、28-47、31-50、43-62、46-65、49-68、55-74、58-82、58-74、58-77、59-75、60-75、60-76、61-77、65-84、98-117、101-120、104-123、116-135、119-138、131-150、137-156、140-159、143-162、158-177、161-180、164-183、167-186、200-219、203-226、209-228、218-237、233-252、236-255、239-258、242-264、247-266、251-266、253-272、255-276、266-285、269-288、281-300、284-303、290-313、298-317、302-321、324-343、339-358、342-361、348-367、358-381、364-383、366-386、370-389、373-392、382-401、405-424、409-428、411-430、411-426、411-427、412-427、412-431、413-428、413-429、413-432、414-436、414-430、414-429、415-430、416-431、416-432、417-433、418-437、422-441、425-444、428-447、434-453、440-459、443-462、446-465、456-477、458-473、464-483、470-493、476-495、479-498、488-507、491-510、494-513、500-519、512-531、515-534、524-543、527-546、536-555、539-558、560-579、566-585、569-588、572-591、575-594、584-603、587-606、608-627、614-633、617-636、620-639、623-642、626-645、629-648、639-654、641-656、642-657、643-658、653-672、665-684、668-688、670-706、670-686、670-685、671-691、671-687、671-686、672-688、673-688、679-703、681-696、682-697、686-701、686-706、687-702、687-703、688-703、689-708、693-712、695-714、696-715、697-716、727-746、739-754、742-761、748-767、751-770、754-773、757-776、760-779、763-782、766-785、790-809、793-812、796-815、811-830、814-833、817-836、820-839、822-844、845-864、854-873、857-876、863-882、866-885、872-891、875-894、878-897、881-900、884-903、887-906、899-918、902-921、905-924、908-927、911-930、914-933、936-955、939-958、951-970、954-973、957-976、960-979、963-982、966-985、969-988、972-991、975-994、978-997、996-1015、1002-1021、1025-1044、1031-1050、1034-1053、1037-1056、1046-1065、1049-1068、1052-1071、1055-1074、1058-1077、1061-1080、1064-1083、1070-1089、1073-1092、1076-1095、1082-1101、1088-1107、1094-1113、1097-1116、1100-1119、1103-1122、1106-1125、1109-1128、1112-1131、1115-1134、1121-1140、1127-1146、1153-1172、1156-1175、1159-1178、1162-1181、1165-1184、1168-1191、1174-1193、1206-1225、1209-1228、1212-1231、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1239-1258、1242-1261、1245-1264、1251-1270、1254-1273、1254-1279、1257-1283、1257-1276、1258-1277、1260-1279、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1277、1262-1278、1263-1278、1263-1279、1263-1282、1264-1279、1264-1280、1264-1283、1265-1281、1265-1284、1266-1281、1266-1282、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1268-1287、1269-1284、1269-1285、1270-1285、1272-1291、1275-1294、1282-1303、1286-1306、1290-1309、1293-1312、1296-1315、1299-1318、1305-1324、1311-1330、1314-1333、1317-1336、1353-1381、1356-1375、1359-1378、1498-1517、1501-1520、1504-1523、1510-1529、1553-1572、1556-1575、1559-1578、1562-1581、1565-1584、1571-1590、1574-1599、1577-1606、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1594、1579-1595、1579-1598、1580-1595、1580-1596、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1598、1582-1601、1582-1602、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1600、1584-1603、1585-1600、1585-1601、1585-1604、1586-1601、1586-1605、1586-1602、1587-1602、1587-1603、1587-1606、1588-1603、1588-1604、1589-1604、1589-1605、1590-1605、1590-1606、1591-1606、1604-1623、1607-1626、1630-1649、1633-1652、1645-1664、1651-1670、1654-1674、1657-1676、1660-1679、1663-1682、1666-1685、1689-1708、1695-1714、1698-1717、1701-1720、1716-1735、1778-1797、1778-1794、1778-1797、1779-1795、1779-1798、1780-1795、1780-1796、1780-1799、1781-1800、1794-1813、1895-1914、1898-1917、1901-1920、1907-1926、1910-1929、1913-1932、1916-1935、1919-1938、2278-2297、2281-2300及2284-2303。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少80%抑制:13-32、16-35、19-38、25-44、28-47、46-65、49-68、58-77、59-80、63-82、98-120、116-135、137-159、158-177、167-186、203-224、205-224、209-228、218-237、233-252、236-263、245-264、253-272、256-275、257-276、266-288、281-300、290-312、293-312、324-343、339-358、348-367、358-378、360-379、361-383、366-385、373-392、382-401、405-424、411-431、411-426、411-427、411-430、413-428、414-433、414-434、415-430、415-434、416-431、416-435、417-436、418-437、422-441、425-444、434-453、456-476、458-473、458-477、464-483、471-493、488-507、494-513、512-531、524-543、527-546、536-558、560-579、566-585、572-591、575-594、584-603、587-606、608-627、614-633、617-636、620-639、623-642、626-645、629-648、639-654、641-656、642-657、643-658、665-688、670-687、670-686、671-686、671-687、671-691、673-688、679-699、682-697、682-706、686-701、687-702、687-706、687-703、693-715、727-746、742-761、748-767、757-776、766-785、790-815、814-833、820-839、822-844、845-864、854-873、854-876、863-885、872-906、878-897、899-918、905-933、936-955、951-979、963-985、966-985、972-1015、978-997、1002-1021、1025-1044、1031-1056、1049-1074、1061-1083、1070-1089、1082-1101、1088-11107、1094-1119、1109-1134、1121-1140、1127-1146、1159-1187、1171-1191、1206-1228、1209-1228、1215-1255、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1245-1264、1251-1279、1251-1270、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1278、1260-1279、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1282、1264-1279、1264-1283、1265-1284、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1283、1268-1284、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1270-1285、1275-1294、1282-1301、1286-1306、1293-1318、1311-1333、1326-1345、1359-1378、1553-1578、1565-1584、1571-1590、1574-1599、1577-1592、1577-1596、1577-1593、1577-1596、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1595、1579-1598、1580-1596、1580-1599、1581-1596、1581-1597、1581-1600、1582-1597、1582-1601、1582-1602、1583-1598、1583-1599、1583-1602、1584-1599、1584-1603、1585-1601、1585-1604、1586-1605、1587-1602、1587-1606、1588-1603、1589-1604、1589-1605、1657-1679、1780-1795、1780-1796、1780-1799、1913-1935、2278-2297、2281-2300及2284-2303。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少85%抑制:13-32、16-35、19-38、25-44、46-65、59-80、101-120、140-159、158-177、167-186、200-219、205-224、209-228、233-252、242-263、253-272、266-285、281-300、290-311、293-312、359-379、361-381、370-389、382-401、411-426、411-430、411-427、413-428、414-433、415-430、416-435、417-436、422-441、456-476、458-473、470-493、512-531、524-543、536-558、566-585、575-594、587-606、608-627、614-636、623-645、639-654、665-687、671-686、671-687、680-699、682-703、687-706、687-703、727-746、742-761、757-776、793-812、822-843、854-876、854-873、863-885、878-900、878-897、887-906、899-918、905-927、914-933、936-955、951-985、966-985、972-1015、978-997、1002-1021、1025-1044、1037-1056、1049-1074、1064-1083、1070-1089、1088-1107、1094-1119、1109-1128、1121-1140、1156-1175、1162-1187、1172-1191、1206-1228、1209-1228、1215-1255、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1245-1264、1251-1279、1251-1270、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1278、1260-1279、1261-1285、1261-1276、1261-1277、1261-1280、1262-1277、1262-1278、1262-1281、1263-1278、1263-1282、1264-1279、1264-1283、1265-1284、1266-1285、1267-1282、1267-1283、1268-1284、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1270-1285、1275-1294、1282-1301、1293-1315、1311-1330、1359-1378、1574-1593、1577-1592、1577-1593、1577-1596、1577-1606、1578-1593、1578-1594、1578-1597、1579-1598、1580-1596、1580-1599、1581-1597、1581-1600、1582-1601、1583-1598、1583-1602、1584-1603、1585-1601、1585-1604、1586-1605、1587-1602、1588-1603、1780-1799、1780-1796及2278-2297、2281-2300及2284-2303。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少90%抑制:13-32、16-35、60-80、140-159、158-177、167-186、242-261、292-311、362-381、370-389、382-401、411-427、411-426、413-428、415-430、416-435、422-441、473-492、617-636、623-642、639-654、668-687、680-699、682-701、684-703、687-706、727-746、757-776、824-843、854-873、854-876、863-882、878-897、878-900、887-906、899-918、905-927、914-933、936-955、951-970、960-985、966-985、972-1015、978-997、1025-1044、1037-1056、1070-1089、1097-1119、1109-1128、1121-1140、1165-1187、1172-1191、1206-1228、1209-1228、1215-1234、1215-1234、1215-1255、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1245-1264、1251-1279、1251-1270、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1278、1260-1279、1261-1285、1261-1280、1262-1278、1261-1276、1262-1281、1262-1277、1263-1282、1263-1278、1264-1283、1265-1284、1266-1285、1268-1284、1269-1284、1269-1285、1269-1288、1296-1315、1577-1605、1577-1596、1577-1593、1577-1592、1578-1597、1581-1600、1582-1601、1583-1602、1583-1598、1585-1601、1585-1604、1586-1605、1588-1603、1780-1799、1780-1796、2278-2297、2281-2300及2284-2303。
在某些实施方案中,SEQ ID NO:1的以下核苷酸区在由反义化合物或寡核苷酸靶向时呈现至少95%抑制:411-426、411-427、413-428、617-636、623-642、668-687、680-699、682-701、854-873、878-897、887-906、914-933、966-985、978-997、1209-1228、1215-1234、1218-1237、1221-1240、1224-1243、1227-1246、1230-1249、1233-1252、1236-1255、1245-1264、1251-1270、1254-1273、1254-1279、1257-1276、1258-1277、1259-1278、1260-1279、1261-1285、1261-1280、1262-1281、1263-1282、1263-1278、1264-1283、1265-1284、1266-1285、1268-1284、1269-1288、1577-1592、1577-1596、1577-1601、1583-1598、1585-1601、1588-1603、1780-1799、2278-2297、2281-2300及2284-2303。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少50%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸的ISIS识别号(ISIS ID)为:510088、510089、510090、510092、510096、510097、510098、510099、510100、510101、510102、505330、509928、510104、509929、510105、509930、510106、510107、510108、510111、510115、509931、510116、510117、510118、510119、510120、510121、509932、510122、509933、510123、509934、510124、509935、510125、510126、510127、510128、510140、146779、505314、505315、505316、505317、146821、505318、509922、505319、509925、505320、509952、505321、505322、505323、505324、505325、505326、505327、505328、505329、509956、509957、509927、509958、510038、505330、509959、510039、509960、510040、509961、510041、509962、509963、505331、505332、509968、509969、510050、510052、505333、505334、505335、505336、509972、146823、509974、505338、505339、509975、505340、509978、505341、509979、510058、505342、509981、510061、505344、505345、509983、505346、509984、505347、505348、505350、505352、505353、505354、505355、505356、146786、505357、505358、505359、505360、509985、509986、509987、509988、505363、505364、505365、505366、146787、510079、524410、524411、524413、524414、524415、524416、524417、524418、524419、524420、524421、524422、524424、524425、524426、524427、524428、524429、524431、524432、524433、524434、524435、524436、524439、524440、524442、524444、524446、524447、524448、524450、524451、524452、524453、524454、524455、524456、524457、524458、524459、524460、524461、524462、524464、524466、524467、524468、524469、524470、524471、524472、524473、524474、524475、524477、524478、524479、524480、524481、524482、524483、524484、524485、524486、524487、524489、524490、524491、524492、524493、524494、524495、524496、524498、524499、524500、524501、524502、524503、524504、524506、524507、524508、524509、524510、524511、524512、524513、524514、524515、524516、524517、524518、524519、524520、524521、524522、524523、524524、524525、524526、524527、524528、524529、524530、524531、524532、524533、524534、524535、524536、524537、524538、524539、524540、524541、524543、524544、524546、524547、524548、524549、524550、524551、524552、524553、524554、524555、524556、524557、524558、524559、524560、524561、524562、524563、524564、524565、524568、524569、524570、524571、524572、524573、524574、524575、524576、524577、524578、524579、524580、524581、524582、524584、524585、524586、524587、524588、524589、524590、524591、524592、524593、524594、524595、524598、524599、524600、524601、524602、524603、524604、524605、524606、524607、524608、524609、524610、524611、524614、524615、524616、524617、524618、524619、524620、524621、524622、524623、524624、524625、524626、524627、524629、524632、524633、524634、524635、524636、524637、524638、524639、524640、524641、524642、524643、524644、524646、524647、524648、524649、524650、524651、524652、524654、524656、524657、524658、524659、524660、524661、524662、524663、524664、524665、524666、524667、524668、524669、524670、524672、524673、524675、524676、524678、524679、524680、524682、524683、524684、524685、524686、524687、524688、524689、524690、524691、524692、524693、524694、524695、524696、524697、524698、524699、524700、524701、524702、524703、524704、524705、524706、524707、524708、524709、524710、524712、524713、524714、524715、524716、524717、524718、524719、524721、524722、524723、524724、524726、524727、524728、524729、524730、524731、524732、524733、524734、524735、524736、524737、524738、524739、524740、524741、524742、524743、524744、524745、524746、524747、524748、524749、524750、524751、524752、524753、524754、524755、524756、524757、524758、524759、524760、524761、524762、524763、524764、524765、524766、524767、524768、524769、524770、524771、524772、524773、524774、524775、524776、524777、524778、524779、524780、524781、524782、524783、524784、524785、524786、524787、524788、524789、524790、524791、524792、524793、524794、524795、524796、524797、524798、524799、524800、524801、524802、524803、524804、524805、524806、524807、524808、524809、524810、524811、524812、524813、524814、524815、524816、524817、524818、524819、524820、524821、524822、524823、524824、524825、524826、524827、524828、524829、524830、524831、524632、524833、524834、524835、524842、524843、524844、524845、524847、524848、524856、524857、524861、524866、524867、524868、524869、524870、524871、524872、524873、524875、524876、524877、524878、524879、524880、524881、524882、524883、524884、524885、524886、524887、524888、524889、524890、524891、524892、524893、524894、524895、524896、524897、524898、524899、524900、524901、524902、524903、524904、524905、524906、524907、524908、524909、524910、524911、524912、524913、524914、524915、524916、524917、524918、524919、524921、524922、524923、524924、524925、524926、524927、524928、524929、524930、524931、524932、524933、524934、524935、524936、524937、524938、524939、524940、524941、524942、524943、524944、524945、524946、524947、524948、524949、524950、524951、524952、524953、524954、524955、524956、524957、524958、524959、524960、524961、524962、524964、524965、524976、524977、524978、524979、524980、524981、524982、524983、524984、524985、524986、524987、524988、524989、524991、524992、524993、524994、524997、524998、525021、525022、525037、525039、525043、525050、525052、525086、525090、525100、551909、551910、551911、551912、551913、551916、551917、551918、551919、551920、551921、551922、551923、551924、551925、551926、551927、551928、551929、551930、551932、551933、551934、551935、551936、551937、551939、551940、551941、551942、551943、551944、551945、551946、551947、551948、551949、551950、551951、551952、551953、551954、551955、551956、551957、551958、551959、551960、551962、551963、551964、551965、551966、551967、551968、551971、551972、551973、551974、551975、5519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。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少50%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸具有SEQ ID NO:5、6、7、9、10、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、33、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、74、83、85、86、87、88、89、92、96、98、99、100、102、103、104、106、108、109、111、112、115、117、121、122、123、124、125、126、127、128、136、137、139、140、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、153、155、157、159、161、165、166、167、168、169、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、186、187、188、189、190、191、192、193、194、197、198、199、201、203、206、207、208、209、210、211、212、213、215、217、218、220、221、222、224、225、226、227、228、230、231、232、233、234、235、236、237、240、241、242、243、244、250、283、321、322、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、335、336、337、338、339、340、342、343、344、345、346、347、350、351、353、355、357、358、359、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、372、373、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、399、400、401、402、403、404、405、406、408、409、410、411、412、413、414、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、453、454、456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、473、474、475、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、539、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、564、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、582、583、585、586、588、589、590、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、622、623、624、625、626、627、628、629、631、632、633、634、636、637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、754、755、756、757、759、760、768、769、773、777、778、779、780、781、782、783、784、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、847、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、876、877、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、903、904、905、906、909、910、933、934、949、951、955、962、964、998、1002、1013、1052、1267、1271、1272、1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、1295、1296、1297、1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、1310、1311、1312、1313、1314、1315、1316、1317、1318、1319、1320、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1334、1335、1336、1337、1338、1339、1340、1341、1342、1343、1344、1345、1346、1347、1348、1349、1350、1364、1365、1366、1367、1368、1369、1370、1371、1372、1375及1376。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少60%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸的ISIS识别号为:510090、510100、510102、505330、509928、510104、509929、510105、509930、510106、510107、510111、509931、510116、510117、510118、510119、510120、510121、509932、510122、509933、510123、509934、510124、509935、510125、510128、146779、505314、505315、505316、505317、146821、505318、505319、505322、505323、505324、505325、505326、505327、505328、505329、509956、509957、509958、505330、509959、510041、505332、509968、505333、505335、146823、509974、505338、505339、509975、505340、505341、509979、505342、509981、505344、505345、509983、505346、509984、505347、505348、505353、505354、505356、146786、505357、505358、505359、505360、509985、509986、505363、505366、524410、524413、524414、524415、524416、524417、524418、524419、524420、524421、524422、524424、524425、524426、524428、524431、524432、524433、524434、524435、524439、524440、524446、524447、524448、524451、524452、524453、524454、524455、524456、524457、524459、524460、524461、524464、524466、524467、524468、524469、524471、524472、524473、524474、524475、524477、524478、524479、524480、524481、524482、524485、524486、524487、524489、524490、524491、524492、524493、524494、524495、524496、524499、524500、524501、524502、524503、524504、524506、524507、524508、524509、524510、524511、524512、524513、524514、524515、524516、524517、524519、524520、524521、524523、524525、524526、524527、524528、524529、524532、524533、524534、524535、524536、524537、524538、524539、524540、524541、524543、524546、524547、524549、524550、524552、524553、524554、524555、524556、524557、524558、524559、524560、524561、524562、524563、524564、524565、524568、524569、524570、524571、524572、524573、524574、524575、524576、524577、524578、524579、524580、524581、524582、524585、524586、524587、524588、524589、524590、524591、524593、524594、524595、524598、524599、524600、524602、524603、524604、524605、524606、524607、524610、524611、524614、524615、524616、524617、524618、524619、524620、524621、524622、524623、524625、524627、524629、524632、524633、524634、524635、524636、524637、524638、524639、524640、524641、524642、524643、524644、524646、524647、524648、524649、524650、524651、524654、524656、524657、524658、524659、524661、524662、524663、524664、524665、524666、524667、524668、524669、524670、524673、524675、524676、524678、524679、524680、524683、524684、524685、524686、524687、524688、524689、524690、524691、524692、524694、524695、524696、524697、524698、524699、524700、524701、524702、524703、524704、524705、524706、524707、524708、524709、524710、524713、524714、524715、524716、524717、524718、524719、524721、524722、524724、524726、524727、524728、524729、524730、524731、524732、524733、524734、524735、524736、524737、524738、524739、524741、524742、524743、524744、524746、524747、524748、524749、524750、524751、524752、524753、524754、524755、524756、524757、524758、524759、524760、524761、524762、524763、524764、524765、524766、524767、524768、524769、524770、524771、524772、524773、524774、524775、524776、524777、524778、524779、524780、524781、524782、524783、524784、524785、524787、524788、524789、524790、524791、524792、524793、524794、524795、524796、524797、524798、524799、524800、524801、524802、524803、524804、524805、524806、524807、524808、524809、524810、524811、524812、524813、524814、524815、524816、524817、524818、524819、524820、524821、524822、524823、524824、524825、524826、524827、524828、524829、524830、524632、524833、524842、524843、524844、524845、524847、524856、524866、524867、524868、524869、524870、524871、524872、524873、524876、524878、524879、524880、524881、524882、524883、524884、524885、524886、524887、524888、524889、524890、524891、524892、524893、524894、524895、524896、524897、524898、524899、524900、524901、524902、524903、524904、524905、524906、524907、524908、524909、524910、524911、524912、524913、524914、524915、524916、524921、524922、524923、524924、524925、524926、524928、524929、524930、524931、524932、524933、524936、524937、524938、524939、524940、524941、524942、524944、524946、524947、524948、524949、524950、524952、524953、524954、524955、524961、524977、524978、524979、524980、524981、524982、524983、524984、524985、524986、524987、524988、524991、524992、524993、524994、525037、525052、551909、551911、551919、551920、551921、551922、551924、551925、551926、551927、551928、551932、551933、551934、551935、551936、551941、551943、551944、551948、551949、551950、551951、551952、551953、551954、551955、551956、551957、551958、551959、551960、551962、551963、551965、551966、551967、551968、551973、551975、551979、551981、551982、551983、551984、551985、551986、551987、551989、551990、551992、551993、551994、551995、551996、551997、551998、551999、552000、552001、552002、552003、552005、552006、552007、552009、552010、552012、552013、552014、552015、552016、552017、552018、552019、552020、552021、552022、552023、552024、552025、552026、552027、552028、552029、552030、552031、552032、552033、552034、552035、552036、552038、552039、552041、552042、552044、552045、552046、552047、552048、552049、552050、552051、552052、552053、552054、552055、552056、552057、552058、552059、552060、552061、552062、552063、552064、552065、552068、552069、552070、552071、552073、552074、552075、552076、552077、552078、552079、552080、552081、552082、552083、552084、552085、552086、552087、552088、552089、552090、552091、552092、552093、552094、552095、552096、552097、552098、552099、552100、552101、552102、552114、552115、552116、552117、552118、552119、552123、552124、552125、552126、552127、552128、552129、552131、552132、552133、552134、552135、552136、552138、552139、552140、552141、55214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在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少60%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸具有SEQ ID NO:7、9、10、12、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、33、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、56、83、85、86、87、88、89、92、96、98、100、102、103、112、115、117、122、123、124、125、126、127、128、136、137、139、140、142、143、145、147、149、150、151、153、155、157、159、161、166、167、168、172、174、176、177、178、179、180、181、186、187、188、189、190、191、192、193、194、198、199、201、206、207、208、209、210、211、212、213、218、220、222、224、225、226、227、228、230、231、232、233、234、240、243、321、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、335、336、337、339、342、343、344、345、346、350、351、357、358、359、362、363、364、365、366、367、368、370、371、372、375、376、377、378、379、381、382、383、384、387、388、389、390、391、392、395、396、397、399、400、401、402、403、404、405、406、409、410、411、412、413、414、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、429、430、431、433、435、436、437、438、439、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、453、456、457、459、460、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、473、474、475、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、495、496、497、498、499、500、501、503、504、505、508、509、510、512、513、514、515、516、517、520、521、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、535、537、539、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、564、566、567、568、569、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、583、585、586、588、589、590、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、623、624、625、626、627、628、629、631、632、634、636、637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、652、653、654、655、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、740、741、742、744、745、754、755、756、757、759、768、777、778、779、780、781、782、783、784、787、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、833、834、835、836、837、838、840、841、842、843、844、845、848、849、850、851、852、853、854、856、858、859、860、861、862、864、865、866、867、873、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、903、904、905、906、949、964、1271、1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、1295、1296、1297、1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、1310、1311、1312、1313、1314、1315、1316、1317、1318、1319、1320、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1334、1335、1336、1337、1338、1339、1340、1341、1342、1343、1344、1345、1346、1347、1348、1349、1350、1365、1366、1367、1368、1369、1370、1371、1372及1376。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少70%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸的ISIS识别号为:510100、505330、509928、509929、509930、510106、509931、510116、510119、510120、510121、509932、510122、509933、510123、509934、510124、509935、146779、505317、146821、505318、505319、505323、505325、505326、505327、509957、505330、505332、505335、509974、505338、505339、509975、505342、509981、505345、505346、505347、505348、146786、505357、505358、505359、505363、524410、524413、524414、524415、524416、524418、524419、524420、524421、524424、524425、524426、524428、524431、524432、524433、524434、524435、524446、524447、524448、524452、524453、524457、524459、524460、524461、524464、524466、524467、524468、524469、524472、524473、524474、524475、524477、524478、524479、524480、524481、524482、524485、524487、524490、524491、524492、524493、524494、524495、524499、524500、524502、524503、524507、524508、524510、524511、524512、524513、524514、524515、524516、524517、524520、524525、524526、524528、524532、524533、524534、524535、524536、524537、524538、524539、524540、524541、524547、524549、524552、524553、524554、524555、524556、524557、524558、524559、524560、524561、524563、524564、524565、524568、524569、524570、524571、524572、524573、524574、524575、524577、524578、524579、524580、524582、524586、524587、524590、524591、524594、524595、524598、524600、524602、524603、524604、524605、524606、524607、524610、524611、524614、524615、524616、524617、524618、524619、524620、524621、524629、524633、524634、524635、524636、524637、524638、524641、524642、524643、524644、524646、524647、524648、524649、524650、524651、524656、524657、524659、524661、524662、524663、524664、524665、524666、524667、524668、524669、524670、524678、524679、524680、524685、524686、524687、524688、524689、524690、524691、524692、524695、524696、524698、524699、524700、524701、524702、524703、524704、524705、524706、524707、524708、524709、524713、524714、524715、524716、524717、524718、524721、524722、524724、524726、524727、524728、524729、524730、524731、524732、524733、524734、524735、524736、524737、524738、524739、524741、524742、524743、524746、524747、524748、524749、524750、524751、524752、524754、524755、524756、524758、524760、524761、524762、524763、524764、524765、524766、524767、524768、524769、524771、524773、524775、524776、524777、524778、524779、524780、524781、524782、524783、524784、524785、524787、524788、524789、524790、524791、524792、524793、524794、524795、524796、524797、524798、524799、524800、524801、524802、524803、524804、524805、524806、524807、524808、524809、524810、524811、524812、524813、524814、524815、524816、524817、524818、524819、524821、524822、524823、524824、524825、524826、524827、524828、524829、524830、524833、524842、524843、524844、524845、524856、524866、524867、524868、524869、524870、524871、524873、524879、524880、524881、524882、524883、524884、524885、524886、524887、524888、524889、524890、524891、524892、524893、524894、524895、524896、524897、524898、524899、524900、524902、524903、524905、524906、524907、524908、524909、524910、524911、524912、524913、524914、524915、524916、524921、524922、524930、524931、524932、524937、524940、524942、524948、524980、524981、524982、524983、524984、524985、524986、524987、524988、551919、551921、551922、551924、551925、551926、551933、551941、551950、551951、551952、551953、551955、551956、551957、551958、551966、551983、551984、551985、551986、551987、551989、551990、551992、551993、551994、551995、551996、551997、551998、551999、552000、552005、552006、552009、552012、552013、552014、552015、552017、552018、552019、552020、552021、552022、552023、552024、552025、552026、552027、552028、552029、552030、552031、552032、552033、552034、552038、552039、552041、552044、552046、552047、552049、552050、552051、552052、552053、552054、552055、552056、552057、552058、552059、552060、552061、552062、552063、552064、552065、552068、552069、552070、552071、552073、552074、552075、552076、552077、552078、552079、552080、552081、552082、552083、552084、552085、552086、552087、552088、552089、552090、552091、552092、552093、552094、552095、552096、552097、552098、552099、552100、552101、552115、552117、552123、552125、552127、552128、552129、552132、552133、552138、552139、552140、552141、552143、552144、552145、552146、552147、552148、552149、552150、552151、552152、552158、552159、552160、552163、552168、552179、552187、552188、552192、552193、552195、552199、552200、552201、552202、552203、552204、552205、552206、552207、552208、552210、552211、552213、552214、552222、552246、552247、552248、552253、552254、552255、552258、552294、552301、552302、552306、552307、552308、552309、552310、552312、552314、552315、552317、552318、552321、552322、552323、552325、552332、552337、552339、552347、552348、552349、552354、552355、552358、552359、552360、552361、552362、552363、552364、552365、552366、552367、552368、552369、552371、552373、552374、552375、552376、552377、552378、552379、552403、552408、552409、552411、552418、552419、552420、552424、552442、552464、552465、552466、552467、552472、552474、552475、552477、552478、552521、552522、552523、552527、552528、552529、552530、552534、552567、552578、552579、552584、552586、552587、552588、552590、552789、552803、552804、552805、552808、552816、552817、552818、552819、552820、552821、552822、552823、552824、552828、552829、552830、552833、552834、552835、552842、552843、552844、552846、552848、552849、552850、552851、552852、552853、552854、552855、552856、552857、552858、552859、552860、552861、552863、552864、552865、552872、552894、552903、552904、552907、552909、552910、552911、552913、552914、552915、552916、552917、552918、552922、552923、552925、55292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在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少70%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸具有SEQ ID NO:12、17、18、20、21、22、24、25、26、27、28、29、39、40、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、83、89、92、96、98、100、103、112、123、125、126、127、136、137、139、140、142、143、145、147、149、151、153、166、167、168、174、176、177、178、179、181、186、187、188、190、198、201、207、209、210、211、212、213、224、225、226、227、232、234、240、321、324、325、326、327、329、330、331、332、335、336、337、339、342、343、344、345、346、357、358、359、363、364、368、370、371、372、375、376、377、378、379、382、383、384、387、388、389、390、391、392、395、397、400、401、402、403、404、405、409、410、412、413、417、418、420、421、422、423、424、425、426、427、430、435、436、438、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、457、459、462、463、464、465、466、467、468、469、470、473、474、475、478、479、480、481、482、483、484、485、487、488、489、490、492、496、497、500、501、504、505、508、510、512、513、514、515、516、517、520、521、524、525、526、527、528、529、530、531、539、543、544、545、546、547、548、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、566、567、569、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、588、589、590、595、596、597、598、599、600、601、602、605、606、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、623、624、625、626、627、628、631、632、634、636、637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、652、653、654、657、658、659、660、661、662、663、665、666、667、669、671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、682、684、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、733、734、735、736、737、738、740、741、742、745、754、755、756、757、768、777、778、779、780、781、782、784、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、814、815、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、833、834、842、843、844、849、852、854、860、892、893、894、895、896、897、898、899、900、1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、1295、1296、1297、1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、1310、1311、1312、1313、1314、1315、1316、1317、1320、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1329、1330、1331、1332、1333、1334、1335、1336、1337、1338、1340、1341、1342、1343、1344、1345、1346、1347、1348、1349及1350、1367、1368、1369、1370、1372及1376。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少80%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸的ISIS识别号为:510100、509931、510116、505317、505319、505323、505326、505327、505330、505339、505346、505347、505358、509934、146786、524414、524415、524416、524418、524419、524425、524426、524431、524432、524434、524446、524447、524452、524459、524460、524466、524469、524475、524477、524478、524479、524482、524485、524490、524491、524492、524493、524494、524495、524499、524502、524503、524507、524510、524511、524512、524520、524525、524528、524532、524533、524534、524535、524536、524540、524541、524547、524552、524553、524556、524561、524564、524565、524568、524570、524571、524572、524573、524578、524580、524586、524590、524591、524594、524595、524602、524604、524606、524607、524610、524611、524614、524616、524617、524618、524619、524620、524621、524633、524634、524635、524636、524637、524641、524643、524644、524646、524649、524650、524651、524657、524662、524664、524667、524670、524678、524679、524680、524686、524688、524690、524691、524692、524695、524698、524699、524701、524702、524704、524705、524706、524707、524708、524709、524713、524715、524716、524717、524718、524721、524726、524727、524728、524729、524730、524731、524733、524734、524735、524737、524739、524741、524742、524743、524747、524748、524749、524751、524752、524754、524758、524760、524762、524763、524764、524767、524768、524769、524771、524773、524777、524778、524779、524780、524781、524783、524784、524788、524789、524791、524792、524793、524794、524795、524796、524797、524798、524801、524803、524804、524805、524806、524807、524808、524809、524810、524811、524813、524816、524819、524822、524823、524824、524827、524828、524829、524833、524842、524844、524880、524881、524882、524884、524886、524887、524888、524889、524890、524891、524893、524907、524908、524980、524986、524987、551921、551924、551925、551953、551956、551957、551984、551986、551987、551989、551990、551993、551994、551995、551996、551997、551998、551999、552000、552005、552006、552018、552019、552020、552021、552022、552023、552024、552025、552026、552027、552028、552029、552030、552031、552032、552033、552034、552039、552044、552046、552050、552051、552052、552053、552054、552055、552056、552057、552058、552059、552060、552061、552062、552063、552064、552065、552073、552077、552078、552079、552080、552082、552083、552084、552085、552086、552087、552088、552089、552090、552091、552092、552093、552094、552095、552096、552097、552098、552138、552139、552145、552146、552147、552149、552192、552193、552199、552200、552201、552207、552246、552247、552253、552301、552307、552308、552310、552317、552347、552348、552354、552355、552360、552361、552362、552363、552364、552365、552366、552367、552371、552375、552464、552465、552521、552808、552816、552817、552818、552819、552820、552822、552824、552834、552844、552849、552850、552851、552852、552853、552854、552916、552922、552923、552925、552930、552931、552932、552933、552936、552937、552938、552939、552942、552943、552944、552980、552988、552989、552996、552998、553002、553003、566828、566829、566830、566831、566832、577120、577121、577122、577123、577124、577125、577126、577127、577128、577130、577131、577132、577133、577134、577135、577136及582666。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少80%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸具有SEQ ID NO:17、20、22、24、26、28、39、40、50、51、83、89、103、123、126、127、136、137、143、147、149、168、176、177、178、179、187、188、210、211、212、224、225、226、227、232、325、326、327、329、330、336、337、342、343、345、357、358、363、370、371、376、379、387、388、389、392、395、400、401、402、403、404、405、409、412、413、417、420、421、422、430、435、438、442、443、444、445、446、450、451、457、462、463、466、474、475、478、480、481、482、483、488、490、496、500、501、504、505、512、514、516、517、520、521、524、526、527、528、529、530、531、543、544、545、546、547、551、553、554、555、559、560、561、567、572、574、577、580、588、589、590、596、598、600、601、602、605、608、609、611、612、614、615、616、617、618、619、623、625、626、627、628、631、636、637、638、639、640、641、643、644、645、646、648、650、652、653、654、658、659、660、662、663、665、669、671、673、674、675、678、679、680、682、684、688、689、690、691、692、694、695、699、700、702、703、704、705、706、707、708、709、712、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、725、728、731、734、735、736、740、741、745、756、791、792、793、795、797、798、799、800、801、802、804、805、806、807、819、820、892、898、899、1292、1293、1295、1296、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1310、1312、1316、1322、1324、1325、1326、1327、1330、1331、1332、1333、1334、1335、1338、1339、1340、1341、1344、1345、1349、1350、1368、1372及1376。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少90%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸的ISIS识别号为:524414、524415、524432、524460、524466、524469、524475、524477、524493、524512、524535、524540、524552、524561、524572、524617、524619、524634、524641、524644、524657、524667、524691、524698、524699、524701、524706、524707、524709、524713、524715、524716、524718、524721、524726、524729、524730、524731、524733、524734、524735、524739、524743、524754、524763、524764、524767、524771、524780、524781、524784、524788、524789、524791、524792、524793、524794、524795、524796、524797、524798、524801、524803、524804、524805、524806、524807、524808、524809、524810、524811、524822、524827、524842、551986、551987、551989、552005、552018、552019、552020、552021、552022、552023、552025、552046、552050、552051、552052、552053、552054、552055、552057、552082、552083、552084、552085、552086、552087、552088、552089、552092、552093、552096、552097、552307、552317、552355、552361、552362、552363、552817、552851、552922、552923、566828、566829、566830、566831、566832、577120、577121、577122、577123、577124、577125、577126、577127、577128、577130、577131、577132、577134、577135、577136及582666。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少90%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸具有SEQ ID NO:17、24、50、51、137、143、147、176、211、212、224、226、227、325、326、343、371、376、379、403、422、445、450、462、482、527、529、544、551、554、567、577、601、608、609、611、616、617、619、623、625、626、628、631、636、639、640、641、643、644、645、646、650、654、665、674、675、678、682、691、692、695、699、700、702、703、704、705、706、707、708、709、712、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、735、801、804、805、807、1296、1302、1303、1304、1312、1325、1326、1332、1334、1340、1345、1349及1376。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少95%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸的ISIS识别号为:524619、524634、524641、505339、524698、524709、524718、524731、524734、524789、524791、524792、524793、524794、524795、524796、524797、524798、524801、524803、524804、524805、524806、505346、146785、524807、505347、524808、524809、524810、524811、146786、525101、525102、525103、525107、525108、525109、525110、525111、525112、525113、525114、525115、525116、525117、525118、525119、525120、552018、552050、552019、552051、552020、552052、551987、552021、552053、552005、552022、552054、551989、552023、552055、552084、552085、552086、552087、552088、552361、552317、566831、577123、577124、566830、566828、566829、577127、577135、577132、577136、566832及577122。
在某些实施方案中,以下反义化合物或寡核苷酸靶向HBV核酸的区且对HBV mRNA达成至少95%的抑制作用,所述反义化合物或寡核苷酸具有SEQ ID NO:17、50、137、143、187、210、212、224、529、544、551、608、619、628、641、645、700、702、703、704、705、706、707、708、709、712、715、716、717、718、719、720、721、722、723、1014、1015、1016、1020、1021、1022、1023、1024、1025、1026、1027、1028、1029、1030、1031、1032、1033、1236、1302、1312、1334、1340、1345、1349。
某些实施方案提供治疗动物的HBV相关疾病、病症或病状的方法,其包括向有需要的动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含核酸碱基序列SEQ ID NO:5-310、321-802、804-1272、1288-1350、1364-1372、1375、1376及1379中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列。
某些实施方案提供治疗动物的HBV相关疾病、病症或病状的方法,其包括向有需要的动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:17、51、86、93、95、98、100、102、104、106、109、112、115、117、137、140、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、167、168、176、177-179、181、188、190-192、194、199、201、208、209、211、226、230-237、244、245、247、252、254、256、258、260、262、264、266、271、1318-1347、1364-1372、1375、1376及1379,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖和/或限制性乙基(cEt)糖。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个或4个糖修饰的核苷的翼段。
某些实施方案提供减少动物的HBV表达的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV并具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:5-310、321-802、804-1272、1288-1350、1364-1372、1375、1376及1379。
某些实施方案提供减少动物的HBV表达的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV并具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:17、51、86、93、95、98、100、102、104、106、109、112、115、117、137、140、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、167、168、176、177-179、181、188、190-192、194、199、201、208、209、211、226、230-237、244、245、247、252、254、256、258、260、262、264、266、271、1318-1347、1364-1372、1375及1376,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖和/或限制性乙基(cEt)糖。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个或5个糖修饰的核苷的翼段。
某些实施方案提供预防、改善或治疗动物的HBV相关疾病、病症或病状的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV并具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ IDNO:17、51、86、93、95、98、100、102、104、106、109、112、115、117、137、140、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、167、168、176、177-179、181、188、190-192、194、199、201、208、209、211、226、230-237、244、245、247、252、254、256、258、260、262、264、266、271、1318-1347、1364-1372、1375及1376,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖和/或限制性乙基(cEt)糖。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个或5个糖修饰的核苷的翼段。
某些实施方案提供治疗动物的HBV相关疾病、病症或病状的方法,其包括向有需要的动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:5、15、16、33、39-95、123-135、163-175、180-310、321-406、413-455、461-802或804-1272。
某些实施方案提供治疗动物的HBV相关疾病、病症或病状的方法,其包括向有需要的动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成且具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:6-14、17-32、34-38、96-122、136-162、176-179、407-412、456-462、523-538,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为14个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-3个或2个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个或5个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为17个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3-4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个或6个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为18个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、3-5个或4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为20个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个或5个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个糖修饰的核苷的翼段。
某些实施方案提供减少动物的HBV表达的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV并具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:5-310、321-802、804-1272或1288-1350。
某些实施方案提供减少动物的HBV表达的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV并具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:5、15、16、33、39-95、123-135、163-175、180-310、321-406、413-455、461-802或804-1272。
某些实施方案提供减少动物的HBV表达的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV并具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:6-14、17-32、34-38、96-122、136-162、176-179、407-412、456-462、523-538,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖。
在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为14个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-3个或2个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个或5个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为17个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个或6个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为17个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3-4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为18个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、3-5个或4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为20个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为20个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个或5个糖修饰的核苷的翼段。
某些实施方案提供预防、改善或治疗动物的HBV相关疾病、病症或病状的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸,所述修饰的寡核苷酸的长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV并具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:5-310、321-802、804-1272或1288-1350,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸具有包含核酸碱基序列SEQ ID NO:5-310、321-802或804-1272中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:5、15、16、33、39-95、123-135、163-175、180-310、321-406、413-455、461-802或804-1272。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ IDNO:6-14、17-32、34-38、96-122、136-162、176-179、407-412、456-462、523-538,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为14个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-3个或2个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个或5个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为17个核苷且具有含9个或10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个或6个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为17个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3-4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为18个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、3-5个或4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为20个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为20个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个或5个糖修饰的核苷的翼段。
HBV相关疾病、病症或病状的实例包括但不限于慢性HBV感染、黄疸、肝癌、肝脏炎症、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、血清肝炎、HBV病毒血症,以及在结合针对乙型肝炎病毒、乙型肝炎病毒抗原的存在的阳性测试或针对乙型肝炎病毒抗原特异性抗体的存在的阳性测试时,具有可包括以下任一种或全部的症状的病状:流行性感冒样疾病、虚弱、疼痛、头痛、发烧、食欲丧失、腹泻、恶心及呕吐、身体肝区疼痛、黏土色或灰色粪便、全身发痒及尿色深。
某些实施方案提供减少动物的HBV mRNA表达的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,减少动物的HBV mRNA表达可预防、改善或治疗HBV相关疾病、病症或病状。在某些实施方案中,减少动物的HBV mRNA表达可预防、改善或治疗肝脏疾病。在某些实施方案中,HBV mRNA表达减少至少5%、10%、20%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
某些实施方案提供用于降低动物的HBV蛋白水平的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,降低动物的HBV蛋白水平可预防、改善或治疗HBV相关疾病、病症或病状。在某些实施方案中,降低动物的HBV蛋白水平可预防、改善或治疗肝脏疾病。在某些实施方案中,HBV蛋白水平降低至少5%、10%、20%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
某些实施方案提供降低动物的HBV DNA水平的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,降低动物的HBV DNA水平可预防、改善或治疗HBV相关疾病、病症或病状。在某些实施方案中,哺乳动物可为人,且乙型肝炎病毒可为人乙型肝炎病毒。更具体来说,人乙型肝炎病毒可为人类地理基因型中的任一种:A型(西北欧、北美洲、中美洲);B型(印度尼西亚、中国、越南);C型(东亚、韩国、中国、日本、波利尼西亚、越南);D型(地中海区、中东、印度);E型(非洲);F型(美洲土著人、波利尼西亚);G型(美国、法国);或H型(中美洲)。在某些实施方案中,降低动物的HBV DNA水平可预防、改善或治疗肝脏疾病。在某些实施方案中,HBV DNA水平降低至少5%、10%、20%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
某些实施方案提供降低动物的HBV抗原水平的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,抗原为HBsAG或HBeAG。在某些实施方案中,降低动物的HBV抗原水平可预防、改善或治疗HBV相关疾病、病症或病状。在某些实施方案中,降低动物的HBV抗原水平可预防、改善或治疗肝脏疾病。在某些实施方案中,HBV抗原水平降低至少5%、10%、20%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
某些实施方案提供减少感染了乙型肝炎病毒的动物的HBV DNA及HBV抗原的方法,其包括向所述动物施用本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,抗原为HBsAG或HBeAG。在某些实施方案中,HBV抗原的量可充分降低以引起血清转化,所述血清转化被定义为在监测HBeAg作为血清转化的决定因素的情况下血清HBeAg不存在而存在血清HBeAb,或定义为在监测HBsAg作为血清转化的决定因素的情况下血清HBsAg不存在,如由商购的ELISA系统的当前可达的检测极限所决定。
某些实施方案提供用于治疗患有HBV相关疾病、病症或病状的动物的方法,其包括:a)鉴别所述患有HBV相关疾病、病症或病状的动物,及b)向所述动物施用治疗有效量的包含修饰的寡核苷酸的化合物或组合物,所述修饰的寡核苷酸由14至20个连接的核苷组成且具有如在所述修饰的寡核苷酸的整体范围内所测量与SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中的任一个至少90%互补的核酸碱基序列。在某些实施方案中,向所述动物施用治疗有效量的所述化合物或组合物可治疗或减轻所述动物的HBV相关疾病、病症或病状或其症状。在某些实施方案中,HBV相关疾病、病症或病状为肝脏疾病。在某些实施方案中,相关疾病、病症或病状为慢性HBV感染、黄疸、肝癌、肝脏炎症、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、血清肝炎、HBV病毒血症,或与肝脏疾病相关的移植。
某些实施方案提供用于治疗患有HBV相关疾病、病症或病状的动物的方法,其包括:a)鉴别所述患有HBV相关疾病、病症或病状的动物,及b)向所述动物施用治疗有效量的包含修饰的寡核苷酸的化合物或组合物,所述修饰的寡核苷酸由14至20个连接的核苷组成且具有如在所述修饰的寡核苷酸的整体范围内所测量与SEQ ID NO:1至少90%互补的核酸碱基序列。在某些实施方案中,向所述动物施用治疗有效量的所述化合物或组合物可治疗或减轻所述动物的HBV相关疾病、病症或病状或其症状。在某些实施方案中,HBV相关疾病、病症或病状为肝脏疾病。在某些实施方案中,相关疾病、病症或病状为慢性HBV感染、黄疸、肝癌、肝脏炎症、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、血清肝炎、HBV病毒血症,或与肝脏疾病相关的移植。
在某些实施方案中,HBV具有如GenBank登录号U95551.1中所列的序列(以SEQ IDNO:1形式并入本文)或其任何变异体或片段。在某些实施方案中,HBV具有如SEQ ID NO:1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1287、1352、1353、1354、1359、1360、1361、1362及1363中所列的人类序列的截短部分。
在某些实施方案中,动物为人。
在某些实施方案中,所述化合物或组合物被指定为第一药剂。在某些实施方案中,所述方法包括施用第一药剂及一种或多种第二药剂。在某些实施方案中,所述方法包括施用第一药剂及一种或多种第二药剂。在某些实施方案中,共同施用第一药剂与一种或多种第二药剂。在某些实施方案中,依序或同时共同施用第一药剂与一种或多种第二药剂。
在某些实施方案中,所述一种或多种第二药剂也为本文所述的化合物或组合物。在某些实施方案中,所述一种或多种第二药剂不同于本文所述的化合物或组合物。所述一种或多种第二药剂的实例包括但不限于抗炎剂、化学治疗剂或抗感染剂。
在其它相关实施方案中,额外治疗剂可为HBV药剂、HCV药剂、化学治疗剂、抗生素、镇痛剂、非类固醇抗炎剂(NSAID)、抗真菌剂、抗寄生虫剂、止吐剂、止泻剂或免疫抑制剂。
在某些实施方案中,所述一种或多种第二药剂为HBV药剂。在某些实施方案中,HBV药剂可包括但不限于干扰素α-2b、干扰素α-2a及干扰素αcon-1(聚乙二醇化及非聚乙二醇化)、病毒唑;HBV RNA复制抑制剂;第二反义寡聚物;HBV治疗性疫苗;HBV防治性疫苗;拉米夫定(3TC);恩替卡韦(ETV);反丁烯二酸泰诺福韦酯(tenofovir diisoproxil fumarate,TDF);替比夫定(LdT);阿德福韦;或HBV抗体疗法(单克隆或多克隆)。
在某些实施方案中,所述一种或多种第二药剂为HCV药剂。在某些实施方案中,HBV药剂可包括但不限于干扰素α-2b、干扰素α-2a及干扰素αcon-1(聚乙二醇化及非聚乙二醇化);病毒唑;HCV RNA复制抑制剂(例如ViroPharma的VP50406系列);HCV反义剂;HCV治疗性疫苗;HCV蛋白酶抑制剂;HCV解螺旋酶抑制剂;或HCV单克隆或多克隆抗体疗法。
在某些实施方案中,所述一种或多种第二药剂为抗炎剂(即炎症减弱疗法)。在某些实施方案中,炎症减弱疗法可包括但不限于治疗性生活方式改变、类固醇、NSAID或DMARD。类固醇可为皮质类固醇。NSAID可为阿司匹灵(aspirin)、对乙酰氨基酚(acetaminophen)、布洛芬(ibuprofen)、萘普生(naproxen)、COX抑制剂、吲哚美辛(indomethacin)及类似物。DMARD可为TNF抑制剂、嘌呤合成抑制剂、钙调磷酸酶抑制剂、嘧啶合成抑制剂、柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤(methotrexate)及类似物。
在某些实施方案中,所述一种或多种第二药剂为化学治疗剂(即癌症治疗剂)。化学治疗剂可包括但不限于柔红霉素(daunorubicin)、道诺霉素(daunomycin)、更生霉素(dactinomycin)、阿霉素(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、伊达比星(idarubicin)、依索比星(esorubicin)、博来霉素(bleomycin)、马磷酰胺(mafosfamide)、异环磷酰胺(ifosfamide)、阿糖胞苷(cytosine arabinoside)、双氯乙基亚硝基脲、白消安(busulfan)、丝裂霉素C(mitomycin C)、放线菌素D(actinomycin D)、光神霉素(mithramycin)、泼尼松(prednisone)、羟孕酮(hydroxyprogesterone)、睪固酮、他莫昔芬(tamoxifen)、达卡巴嗪(dacarbazine)、丙卡巴肼(procarbazine)、六甲嘧胺(hexamethylmelamine)、五甲嘧胺、米托蒽醌(mitoxantrone)、安吖啶(amsacrine)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、甲基环己基亚硝基脲、氮芥(nitrogen mustard)、美法仑(melphalan)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷(cytarabine,CA)、5-氮杂胞苷、羟基脲、脱氧柯福霉素(deoxycoformycin)、4-羟基过氧环磷酰胺、5-氟尿嘧啶(5-FU)、5-氟脱氧尿苷(5-FUdR)、甲氨蝶呤(MTX)、秋水仙碱(colchicine)、紫杉醇(taxol)、长春新碱(vincristine)、长春花碱(vinblastine)、依托泊苷(etoposide)、三甲曲沙(trimetrexate)、替尼泊苷(teniposide)、顺铂(cisplatin)、吉西他滨(gemcitabine)及己烯雌酚(diethylstilbestrol,DES)。
在某些实施方案中,所述一种或多种第二药剂为抗感染剂。抗感染剂的实例包括但不限于抗生素、抗真菌药物及抗病毒药物。
在某些实施方案中,施用包含以胃肠外方式施用。
某些实施方案提供用于降低感染乙型肝炎病毒的哺乳动物的HBV mRNA、DNA、蛋白质的量和/或HBV抗原的量的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物,以使得乙型肝炎病毒感染及乙型肝炎抗原相较于哺乳动物在治疗前的HBV mRNA、蛋白质的量及HBV抗原的量有所减少。在一些实施方案中,哺乳动物可为人,且乙型肝炎病毒可为人乙型肝炎病毒。更具体来说,人乙型肝炎病毒可为人类地理基因型中的任一种:A型(西北欧、北美洲、中美洲);B型(印度尼西亚、中国、越南);C型(东亚、韩国、中国、日本、波利尼西亚、越南);D型(地中海区、中东、印度);E型(非洲);F型(美洲土著人、波利尼西亚);G型(美国、法国);或H型(中美洲)。
在某些实施方案中,提供用于降低感染乙型肝炎病毒的哺乳动物的HBV mRNA、DNA、蛋白质的量和/或HBV抗原的量的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物,以使得乙型肝炎病毒感染及乙型肝炎抗原相较于哺乳动物在治疗前的HBV mRNA、蛋白质的量及HBV抗原的量有所减少,其中mRNA的量相较于在施用修饰的反义寡核苷酸之前的量降低至少70%。在某些实施方案中,提供用于降低感染乙型肝炎病毒的哺乳动物的HBV mRNA、DNA、蛋白质的量和/或HBV抗原的量的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物,以使得乙型肝炎病毒感染及乙型肝炎抗原相较于哺乳动物在治疗前的HBV mRNA、蛋白质的量及HBV抗原的量有所减少,其中mRNA的量相较于在施用修饰的反义寡核苷酸之前的量降低至少75%。在某些实施方案中,提供用于降低感染乙型肝炎病毒的哺乳动物的HBV mRNA、DNA、蛋白质的量和/或HBV抗原的量的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物,以使得乙型肝炎病毒感染及乙型肝炎抗原相较于哺乳动物在治疗前的HBV mRNA、蛋白质的量及HBV抗原的量有所减少,其中mRNA的量相较于在施用修饰的反义寡核苷酸之前的量降低至少80%。在某些实施方案中,提供用于降低感染乙型肝炎病毒的哺乳动物的HBVmRNA、DNA、蛋白质的量和/或HBV抗原的量的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物,以使得乙型肝炎病毒感染及乙型肝炎抗原相较于哺乳动物在治疗前的HBV mRNA、蛋白质的量及HBV抗原的量有所减少,其中mRNA的量相较于在施用修饰的反义寡核苷酸之前的量降低至少85%。在某些实施方案中,提供用于降低感染乙型肝炎病毒的哺乳动物的HBV mRNA、DNA、蛋白质的量和/或HBV抗原的量的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物,以使得乙型肝炎病毒感染及乙型肝炎抗原相较于哺乳动物在治疗前的HBVmRNA、蛋白质的量及HBV抗原的量有所减少,其中mRNA的量相较于在施用修饰的反义寡核苷酸之前的量降低至少90%。在某些实施方案中,提供用于降低感染乙型肝炎病毒的哺乳动物的HBV mRNA、DNA、蛋白质的量和/或HBV抗原的量的方法,所述方法包括向有需要的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物,以使得乙型肝炎病毒感染及乙型肝炎抗原相较于哺乳动物在治疗前的HBVmRNA、蛋白质的量及HBV抗原的量有所减少,其中mRNA的量相较于在施用修饰的反义寡核苷酸之前的量降低至少95%。在相关方法中,HBV抗原可为HBsAg或可为HBeAg,且更具体来说,HBV抗原的量可充分降低以引起血清转化,所述血清转化被定义为在监测HBeAg作为血清转化的决定因素的情况下血清HBeAg不存在而存在血清HBeAb,或定义为在监测HBsAg作为血清转化的决定因素的情况下血清HBsAg不存在,如由商购的ELISA系统的当前可达的检测极限所决定。
某些实施方案提供用于促进感染HBV的哺乳动物的乙型肝炎病毒进行血清转化的方法,所述方法包括向感染乙型肝炎的哺乳动物施用治疗有效量的如上所述的药物组合物;监测哺乳动物的血清样品中HBeAg+HBeAb的存在,或监测哺乳动物的血清样品中HBsAg的存在,从而在监测HBeAg作为血清转化的决定因素的情况下血清样品中不存在HBeAg而存在HBeAb,或在监测HBsAg作为血清转化的决定因素的情况下血清样品中不存在HBsAg(如由商购的ELISA系统的当前检测极限所决定)指示哺乳动物体内进行血清转化。
某些实施方案提供如本文所述的化合物或组合物的用途,其用于预防、改善或治疗动物的肝脏疾病或其症状。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包含长度为10至30个连接的核苷且靶向HBV的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸具有包含以下核酸碱基序列中任一个的至少10个连续核酸碱基的核酸碱基序列:SEQ ID NO:17、51、86、93、95、98、100、102、104、106、109、112、115、117、137、140、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、167、168、176、177-179、181、188、190-192、194、199、201、208、209、211、226、230-237、244、245、247、252、254、256、258、260、262、264、266、271、1318-1347、1364-1372、1375、1376及1379。
在某些实施方案中,如本文所述的化合物或组合物在向HepG2.2.1细胞递送时因具有以下至少一种体外IC50而有效:低于250nM、低于200nM、低于150nM、低于100nM、低于90nM、低于80nM、低于70nM、低于65nM、低于60nM、低于55nM、低于50nM、低于49nM、低于47nM、低于46nM的体外IC50。在某些实施方案中,用如本文所述的引物探针集RTS3370测量抑制作用。
在某些实施方案中,如本文所述的化合物或组合物在向HepG2.2.1细胞递送时因具有以下至少一种体外IC50而有效:低于250nM、低于200nM、低于100nM、低于90nM、低于80nM、低于70nM、低于60nM、低于50nM、低于40nM、低于35nM、低于34nM、低于33nM、低于32nM、低于31nM的体外IC50。在某些实施方案中,用如本文所述的引物探针集RTS3371测量抑制作用。
在某些实施方案中,如本文所述的化合物或组合物如本文所述在向HepG2.2.1细胞递送时因具有以下至少一种体外IC50而有效:低于20μM、低于10μM、低于9.5μM、低于9.0μM、低于8.5μM、低于8.0μM、低于7.5μM、低于7.0μM、低于6.5μM、低于6.0μM、低于5.5μM、低于5.0μM、低于4.5μM、低于4.0μM、低于3.5μM、低于3.0μM、低于2.5μM的体外IC50
在某些实施方案中,如本文所述的化合物或组合物具有高度可耐受性,如由以下至少一个所表明:ALT或AST值增加至用生理盐水处理过的动物的至多4倍、3倍或2倍,或肝脏、脾脏或肾脏重量增加至多30%、20%、15%、12%、10%、5%或2%。在某些实施方案中,如本文所述的化合物或组合物具有高度可耐受性,如由相较于用生理盐水处理过的动物而言ALT或AST未增加所表明。在某些实施方案中,如本文所述的化合物或组合物具有高度可耐受性,如由相较于用生理盐水处理过的动物而言肝脏、脾脏或肾脏重量未增加所表明。在某些实施方案中,这些化合物或组合物包括ISIS146779、ISIS146786、ISIS505317、ISIS505329、ISIS505332、ISIS505346、ISIS505347、ISIS505358、ISIS509926、ISIS509927、ISIS509932、ISIS509934、ISIS509960、ISIS509974、ISIS510038、ISIS510039、ISIS510040、ISIS510041、ISIS510050、ISIS509975、ISIS510100、ISIS510106及ISIS510116。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包括包含SEQ ID NO:5-310、321-802或804-1272中任一个的核酸碱基序列的化合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包括包含SEQ ID NO:5、15、16、33、39-95、123-135、163-175、180-310、321-406、413-455、461-802或804-1272中任一个的核酸碱基序列的化合物。在某些实施方案中,所述化合物或组合物包括包含SEQ ID NO:6-14、17-32、34-38、96-122、136-162、176-179、407-412、456-462、523-538(更新SEQ ID NO)中任一个的核酸碱基序列的化合物,其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含至少一个2'-O-甲氧基乙基糖。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为14个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-3个或2个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为17个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、2-4个或3-4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为18个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个、3-5个或4个糖修饰的核苷的翼段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸的长度为20个核苷且具有含10个连接的核苷的间隔段。在某些实施方案中,修饰的寡核苷酸在间隔的5'端及3'端上各具有一个独立地具有1-5个或5个糖修饰的核苷的翼段。
某些实施方案提供如本文所述的化合物或组合物的用途,其用于制造治疗、改善、延迟或预防动物的HBV相关疾病、病症或病状的药物。
某些实施方案提供如本文所述的化合物或组合物的用途,其用于制造治疗、改善、延迟或预防动物的肝脏疾病的药物。
某些实施方案提供用于治疗、预防或改善如本文所述的HBV相关疾病、病症或病状或其症状的试剂盒,其中所述试剂盒包含:a)如本文所述的化合物或组合物;及任选地b)如本文所述的额外药剂或疗法。所述试剂盒可进一步包括使用所述试剂盒来治疗、预防或改善HBV相关疾病、病症或病状的说明书或标签。
反义化合物
寡聚化合物包括但不限于寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸类似物、寡核苷酸模拟物、反义化合物、反义寡核苷酸及siRNA。寡聚化合物可为目标核酸的“反义序列”,意味着其能够与目标核酸经由氢键键结进行杂交。
在某些实施方案中,反义化合物具有在按5'至3'方向书写时包含其所靶向的目标核酸的目标段的反向互补序列的核酸碱基序列。在某些所述实施方案中,反义寡核苷酸具有在按5'至3'方向书写时包含其所靶向的目标核酸的目标段的反向互补序列的核酸碱基序列。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为10至30个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为12至30个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为12至22个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为14至30个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为14至20个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为15至30个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为15至20个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为16至30个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为16至20个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为17至30个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为17至20个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为18至30个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为18至21个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为18至20个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为20至30个亚单位。换句话来说,所述反义化合物分别为12至30个连接的亚单位、14至30个连接的亚单位、14至20个亚单位、15至30个亚单位、15至20个亚单位、16至30个亚单位、16至20个亚单位、17至30个亚单位、17至20个亚单位、18至30个亚单位、18至20个亚单位、18至21个亚单位、20至30个亚单位或12至22个连接的亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为14个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为16个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为17个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为18个亚单位。在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物的长度为20个亚单位。在其它实施方案中,反义化合物为8至80个、12至50个、13至30个、13至50个、14至30个、14至50个、15至30个、15至50个、16至30个、16至50个、17至30个、17至50个、18至22个、18至24个、18至30个、18至50个、19至22个、19至30个、19至50个或20至30个连接的亚单位。在某些所述实施方案中,反义化合物的长度为8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个、42个、43个、44个、45个、46个、47个、48个、49个、50个、51个、52个、53个、54个、55个、56个、57个、58个、59个、60个、61个、62个、63个、64个、65个、66个、67个、68个、69个、70个、71个、72个、73个、74个、75个、76个、77个、78个、79个或80个连接的亚单位,或处于由上述任何两个值所界定的范围内。在一些实施方案中,反义化合物为反义寡核苷酸,且连接的亚单位为核苷酸。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义寡核苷酸可为缩短或截短的反义寡核苷酸。举例来说,单个亚单位可自5'端缺失(5'截短),或者自3'端缺失(3'截短)。靶向HBV核酸的缩短或截短的反义化合物可有两个亚单位自反义化合物的5'端缺失,或者可有两个亚单位自反义化合物的3'端缺失。或者,缺失的核苷可散布于整个反义化合物中,例如在5'端有一个核苷缺失和3'端有一个核苷缺失的反义化合物中。
当单个额外亚单位存在于延长的反义化合物中时,所述额外亚单位可位于反义化合物的5'端或3'端处。当存在两个或更多个额外亚单位时,所添加的亚单位可彼此邻近,例如在反义化合物的5'端上添加有两个亚单位(5'添加)或3'端上添加有两个亚单位(3'添加)的反义化合物中。或者,所添加的亚单位可散布于整个反义化合物中,例如在5'端上添加有一个亚单位和3'端上添加有一个亚单位的反义化合物中。
有可能增加或减少反义化合物(如反义寡核苷酸)的长度和/或引入错配碱基而不消除活性。举例来说,在Woolf等(Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:7305-7309,1992)中,测试长度为13至25个核酸碱基的一系列反义寡核苷酸在卵母细胞注射模型中诱导目标RNA裂解的能力。长度为25个核酸碱基且在接近反义寡核苷酸的末端处具有8或11个错配碱基的反义寡核苷酸能够导引目标mRNA进行特异性裂解,但程度低于不含错配的反义寡核苷酸。同样,目标特异性裂解可使用具有13个核酸碱基的反义寡核苷酸(包括具有1或3个错配者)达成。
Gautschi等(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471,2001年3月)表明与bcl-2mRNA具有100%互补性且与bcl-xL mRNA具有3个错配的寡核苷酸在体外及体内减少bcl-2及bcl-xL两者的表达的能力。此外,这个寡核苷酸展现有效的体内抗肿瘤活性。
Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)分别测试一系列具有14个核酸碱基的串联反义寡核苷酸以及包含所述串联反义寡核苷酸中的两个或三个的序列的具有28个及42个核酸碱基的反义寡核苷酸在家兔网状红血球测定中阻止人DHFR转译的能力。3个具有14个核酸碱基的反义寡核苷酸各自能够单独抑制转译,但程度相较于具有28个或42个核酸碱基的反义寡核苷酸而言更适中。
反义化合物基元
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有排列成一定型态或基元的化学上修饰的亚单位,以赋予反义化合物以如抑制活性增强、对目标核酸的结合亲和力增强或对由体内核酸酶引起的降解具抗性的性质。
嵌合反义化合物通常含有至少一个修饰的以赋予增强的核酸酶降解抗性、增加的细胞吸收、增强的对目标核酸的结合亲和力和/或增强的抑制活性的区。嵌合反义化合物的第二区可任选用作细胞核酸内切酶核糖核酸酶H的底物,所述酶裂解RNA:DNA双螺旋体的RNA链。
具有间隔体基元的反义化合物被认为是嵌合反义化合物。在间隔体中,具有多个支持核糖核酸酶H裂解的核苷酸的内部区位于具有多个在化学上与内部区的核苷不同的核苷酸的外部区之间。在具有间隔体基元的反义寡核苷酸的状况下,间隔段一般用作核酸内切酶裂解的底物,而翼段包含修饰的核苷。在某些实施方案中,间隔体的各区由构成各相异区的糖部分的类型来区分。用于区分间隔体的各区的糖部分的类型在一些实施方案中可包括β-D-核糖核苷、β-D-脱氧核糖核苷、2'-修饰的核苷(所述2'-修饰的核苷可尤其包括2'-MOE及2'-O-CH3),以及双环糖修饰的核苷(所述双环糖修饰的核苷可包括具有限制性乙基的核苷)。在某些实施方案中,翼中的核苷可包括若干修饰的糖部分,包括例如2'-MOE及双环糖部分,如限制性乙基或LNA。在某些实施方案中,翼可包括若干修饰的及未修饰的糖部分。在某些实施方案中,翼可包括2'-MOE核苷、双环糖部分(如限制性乙基核苷或LNA核苷)及2'-脱氧核苷的各种组合。
各相异区可包含均一糖部分、变化或交替的糖部分。翼-间隔-翼基元常被描述为“X-Y-Z”,其中“X”表示5'翼的长度,“Y”表示间隔的长度,且“Z”表示3'翼的长度。“X”及“Z”可包含均一、变化或交替的糖部分。在某些实施方案中,“X”及“Y”可包含一个或多个2'-脱氧核苷。“Y”可包含2'-脱氧核苷。本文所用的描述为“X-Y-Z”的间隔体具有一定构型以使间隔紧邻5'翼及3'翼中的每一个而定位。因此,在5'翼与间隔之间,或间隔与3'翼之间不存在介入的核苷酸。本文所述的任何反义化合物均可具有间隔体基元。在某些实施方案中,“X”与“Z”相同;在其它实施方案中,它们不同。在某些实施方案中,“Y”为8至15个核苷。X、Y或Z可为1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、25个、30个或超过30个核苷中的任一个。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元1-9-1的十一聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元1-9-2、2-9-1或1-10-1的十二聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元1-9-3、2-9-2、3-9-1、1-10-2或2-10-1的十三聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元1-9-4、2-9-3、3-9-2、4-9-1、1-10-3、2-10-2或3-10-1的十四聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元1-9-5、2-9-4、3-9-3、4-9-2、5-9-1、1-10-4、2-10-3、3-10-2或4-10-1的十五聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元4-8-4、2-9-5、3-9-4、4-9-3、5-9-2、1-10-5、2-10-4、3-10-3、4-10-2、3-8-5或5-10-1的十六聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元3-9-5、3-10-4、4-9-4、5-9-3、2-10-5、3-10-4、4-10-3、5-10-2、2-9-6、5-8-4、5-7-5、6-7-4或6-9-2的十七聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元4-9-5、5-9-4、3-10-5、4-10-4或5-10-3的十八聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元5-9-5、4-10-5或5-10-4的十九聚体。
在某些实施方案中,本文提供的间隔体包括例如具有基元5-10-5、2-10-8、8-10-2、3-10-7、7-10-3、4-10-6或6-10-4的二十聚体。
在某些实施方案中,反义化合物具有“翼体(wingmer)”基元,其具有翼-间隔或间隔-翼构型,即如上文对于间隔体构型所述的X-Y或Y-Z构型。因此,本文提供的翼体构型包括但不限于例如5-10、8-4、4-12、12-4、3-14、16-2、18-1、10-3、2-10、1-10、8-2、2-13、5-13、5-8或6-8。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有2-10-2间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有3-10-3间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有4-10-4间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有5-10-5间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有3-10-4间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有2-10-4间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有2-10-8间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有8-10-2间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有3-10-7间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有7-10-3间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有4-10-6间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有6-10-4间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有2-9-6间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有6-9-2间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有4-9-4间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有5-9-3间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有3-9-5间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有5-9-2间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有2-9-5间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有4-9-3间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有3-9-4间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有间隔加宽的基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有间隔由6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个或16个连接的核苷组成的间隔体基元。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物具有以下糖基元中的任一个:
k-d(10)-k
e-d(10)-k
k-d(10)-e
k-k-d(10)-k-k
k-k-d(10)-e-e
e-e-d(10)-k-k
k-k-k-d(10)-k-k-k
e-e-e-d(10)-k-k-k
k-k-k-d(10)-e-e-e
k-k-k-d(10)-k-k-k
e-k-k-d(10)-k-k-e
e-e-k-d(10)-k-k-e
e-d-k-d(10)-k-k-e
e-k-d(10)-k-e-k-e
k-d(10)-k-e-k-e-e
e-e-k-d(10)-k-e-k-e
e-d-d-k-d(9)-k-k-e
e-e-e-e-d(9)-k-k-e
e-e-e-e-e-d(10)-e-e-e-e-e
k-d-k-d-k-d(9)-e-e
e-e-k-k-d(9)-e-k-e-e
k-d-k-d-k-d(10)-e-e-e-e-e
k-e-k-d(10)-k-e-k
e-e-e-k-k-d(8)-e-e-e-e
e-e-e-k-k-d(7)-k-k-e-e-e
e-e-e-k-d(9)-k-e-e-e
e-e-e-k-k-d(7)-k-k-e-e-e
e-e-e-e-k-k-d(7)-e-e-e-e
e-k-e-k-d(9)-e-e-e-e
e-k-e-k-d-k-d(7)-e-e-e-e
e-e-e-k-k-d(7)-k-k-e-e-e
k-d-k-d-k-d(8)-e-e-e-e-e
其中k为限制性乙基核苷,e为2'-MOE取代的核苷,且d为2'-脱氧核苷。
在某些实施方案中,反义寡核苷酸具有由如下式A所述的糖基元:(J)m-(B)n-(J)p-(B)r-(A)t-(D)g-(A)v-(B)w-(J)x-(B)y-(J)z
其中:
各A独立地为2'-取代的核苷;
各B独立地为双环核苷;
各J独立地为2'-取代的核苷或2'-脱氧核苷;
各D为2'-脱氧核苷;
m为0-4;n为0-2;p为0-2;r为0-2;t为0-2;v为0-2;w为0-4;x为0-2;y为0-2;z为0-4;g为6-14;
条件是:
m、n及r中的至少一个不为0;
w和y中的至少一个不为0;
m、n、p、r及t的总和为2至5;并且
v、w、x、y及z的总和为2至5。
目标核酸、目标区及核苷酸序列
编码HBV的核苷酸序列包括不限于以下:GENBANK登录号U95551.1(以SEQ ID NO:1形式并入本文)。
应了解,本文中所含的实例中的各SEQ ID NO中所列的序列与糖部分、核苷间键或核酸碱基的任何修饰无关。因而,由SEQ ID NO定义的反义化合物可独立地包含糖部分、核苷间键或核酸碱基的一个或多个修饰。由Isis编号(Isis No)所述的反义化合物指示核酸碱基序列与基元的组合。
在某些实施方案中,目标区为目标核酸的结构明确的区。举例来说,目标区可涵盖3'UTR、5'UTR、外显子、内含子、外显子/内含子接合点、编码区、转译起始区、转译终止区或其它明确的核酸区。HBV的结构明确的区可由来自序列数据库(如NCBI)的登录号获得,且所述信息以引用的方式并入本文。在某些实施方案中,目标区可涵盖从所述目标区内的一个目标段的5'目标位点至同一目标区内的另一目标段的3'目标位点的序列。
靶向包括确定至少一个与反义化合物杂交,从而出现所需作用的目标段。在某些实施方案中,所需作用为mRNA目标核酸水平降低。在某些实施方案中,所需作用为由目标核酸编码的蛋白质水平的降低或与目标核酸有关的表型改变。
目标区可含有一个或多个目标段。目标区内的多个目标段可重叠。或者,它们可不相重叠。在某些实施方案中,目标区内的目标段相隔至多约300个核苷酸。在某些实施方案中,目标区内的目标段相隔目标核酸上一定数目的核苷酸,所述数目为、为约、为至多、为至多约250个、200个、150个、100个、90个、80个、70个、60个、50个、40个、30个、20个或10个核苷酸,或为由前述任何两个值所界定的范围。在某些实施方案中,目标区内的目标段相隔目标核酸上的至多或至多约5个核苷酸。在某些实施方案中,目标段为连续的。涵盖由具有为本文所列的5'目标位点或3'目标位点中的任一个的起始核酸的范围所界定的目标区。
适合的目标段可见于5'UTR、编码区、3'UTR、内含子、外显子或外显子/内含子接合点内。含有起始密码子或终止密码子的目标段也为适合的目标段。适合的目标段可尤其排除某一结构明确的区,如起始密码子或终止密码子。
确定适合的目标段可包括将目标核酸的序列与整个基因组中的其它序列相比较。举例来说,可使用BLAST算法来鉴别不同核酸当中具相似性的区域。这个比较可防止选择可能以非特异性方式与除所选目标核酸以外的序列(即非目标或脱靶序列)杂交的反义化合物序列。
反义化合物在活性目标区内的活性(例如如由目标核酸水平的降低百分比所定义)可能不同。在某些实施方案中,HBV mRNA水平的降低指示对HBV表达的抑制。HBV蛋白质水平的降低也指示对目标mRNA表达的抑制。此外,表型改变指示对HBV表达的抑制。在某些实施方案中,疲劳减轻、流行性感冒样症状减轻、食欲增加、恶心减少、关节疼痛减轻、黄疸减轻、腹部疼痛减轻、虚弱减轻、体重下降减少、男性乳房增大减少、手掌上的皮疹减少、凝血困难减轻、硬化减轻、皮肤上蜘蛛样血管减少、维生素A和维生素D吸收增加、肿瘤生长减少、肿瘤体积减小、头痛减轻、发热减轻、腹泻减轻、身体肝区疼痛减轻、黏土色或灰色粪便减少、发痒减轻、深色尿减少以及恶心和呕吐减少可指示对HBV表达的抑制。在某些实施方案中,与HBV相关病状、疾病及病症有关的症状改善可指示对HBV表达的抑制。在某些实施方案中,硬化减轻指示对HBV表达的抑制。在某些实施方案中,肝癌标记减少可指示对HBV表达的抑制。
杂交
在一些实施方案中,在本文公开的反义化合物与HBV核酸之间进行杂交。杂交的最常见机制涉及核酸分子的互补核酸碱基之间的氢键键结(例如沃森-克里克、霍氏或反霍氏氢键键结)。
杂交可在不同条件下进行。严格条件具序列依赖性且由待杂交的核酸分子的性质和组成决定。
确定序列是否可与目标核酸特异性杂交的方法在本领域中为熟知的。在某些实施方案中,本文提供的反义化合物可与HBV核酸特异性杂交。
互补性
当反义化合物中足够数目的核酸碱基可与目标核酸中的相应核酸碱基进行氢键键结,从而出现所需作用(例如对目标核酸(如HBV核酸)的反义抑制)时,反义化合物与目标核酸彼此互补。
可容忍反义化合物与HBV核酸之间的非互补性核酸碱基,前提是所述反义化合物仍能够与目标核酸特异性杂交。此外,反义化合物可在HBV核酸的一个或多个段上杂交,以使得介入或相邻段不参与杂交事件(例如环结构、错配或发夹结构)。
在某些实施方案中,本文提供的反义化合物或其指定部分与HBV核酸、目标区、目标段或其指定部分具有或具有至少70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%互补性。反义化合物与目标核酸的互补性百分比可使用常规方法测定。
举例来说,反义化合物中反义化合物的20个核酸碱基中有18个核酸碱基与目标区互补且因此特异性杂交将表示90%互补性。在这个实施例中,其余非互补核酸碱基可与互补核酸碱基丛集或交替并且不需要彼此相邻或与互补核酸碱基相邻。因而,长度为18个核酸碱基并具有4个非互补核酸碱基且所述非互补核酸碱基由与目标核酸完全互补的两个区侧接的反义化合物与目标核酸将具有77.8%的总体互补性且因而处于本发明的范围内。反义化合物与目标核酸的区的互补性百分比可常规地使用本领域中已知的BLAST程序(基本局部比对搜寻工具(basic local alignment search tool))及PowerBLAST程序来测定(Altschul等,J.Mol.Biol.,1990,215,403410;Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649656)。同源性、序列一致性或互补性的百分比可通过例如使用Smith和Waterman(Adv.Appl.Math.,1981,2,482489)的算法的Gap程序(威斯康星序列分析包(WisconsinSequence Analysis Package),用于Unix的版本8,Genetics Computer Group,UniversityResearch Park,Madison Wis.)使用默认设置来测定。
在某些实施方案中,本文提供的反义化合物或其指定部分与目标核酸或其指定部分完全互补(即100%互补)。举例来说,反义化合物可与HBV核酸或其目标区或目标段或目标序列完全互补。本文所用的“完全互补”意指反义化合物的各核酸碱基皆能够与目标核酸的相应核酸碱基进行准确碱基配对。举例来说,具有20个核酸碱基的反义化合物与长度为400个核酸碱基的目标序列完全互补,只要目标核酸中有具有20个核酸碱基的相应部分与反义化合物完全互补即可。完全互补还可对于第一和/或第二核酸的指定部分来使用。举例来说,具有30个核酸碱基的反义化合物中的20个核酸碱基的部分可与长度为400个核酸碱基的目标序列“完全互补”。具有30个核酸碱基的寡核苷酸中的20个核酸碱基的部分在目标序列具有含20个核酸碱基且各核酸碱基与反义化合物中的所述20个核酸碱基的部分互补的相应部分的情况下与目标序列完全互补。同时,整个具有30个核酸碱基的反义化合物与目标序列可能完全互补或可能不是完全互补,这取决于反义化合物的其余10个核酸碱基是否也与目标序列互补。
非互补核酸碱基的位置可处于反义化合物的5'端或3'端处。或者,一个或多个非互补核酸碱基可处于反义化合物的内部位置处。当存在两个或更多个非互补核酸碱基时,它们可为连续(即连接的)或不连续的。在一个实施方案中,非互补核酸碱基位于间隔体反义寡核苷酸的翼段中。
在某些实施方案中,长度为或为多达11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个核酸碱基的反义化合物相对于目标核酸(如HBV核酸)或其指定部分包含至多4个、至多3个、至多2个或至多1个非互补核酸碱基。
在某些实施方案中,长度为或为多达11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个或30个核酸碱基的反义化合物相对于目标核酸(如HBV核酸)或其指定部分包含至多6个、至多5个、至多4个、至多3个、至多2个或至多1个非互补核酸碱基。
所提供的反义化合物还包括与目标核酸的一部分互补的反义化合物。本文所用的“部分”是指目标核酸的区或段内确定数目的连续(即连接的)核酸碱基。“部分”还可指反义化合物中确定数目的连续核酸碱基。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少8个核酸碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少9个核酸碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少10个核酸碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少11个核酸碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少12个核酸碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少13个核酸碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少14个核酸碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与目标段中具有至少15个核酸碱基的部分互补。还涵盖与目标段中具有至少9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个或更多个(或由这些值中的任何两个所界定的范围)核酸碱基的部分互补的反义化合物。
一致性
本文提供的反义化合物还可与特定核苷酸序列SEQ ID NO或由特定Isis编号表示的化合物或其部分具有确定的一致性百分比。如本文所用,如果反义化合物具有相同的核酸碱基配对能力,那么其与本文公开的序列一致。举例来说,在所公开的DNA序列中含有尿嘧啶代替胸苷的RNA将被视作与DNA序列一致,因为尿嘧啶和胸苷皆与腺嘌呤配对。还涵盖本文所述的反义化合物的缩短及延长型式以及相对于本文提供的反义化合物具有不一致碱基的化合物。不一致碱基可彼此相邻或散布于整个反义化合物中。反义化合物的一致性百分比是根据相对于与其比较的序列具有一致碱基配对的碱基的数目来计算的。
在某些实施方案中,反义化合物或其部分与本文公开的一种或多种反义化合物或SEQ ID NO或其部分具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性。
在某些实施方案中,将反义化合物的一部分与目标核酸的等长部分相比较。在某些实施方案中,将具有8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个或25个核酸碱基的部分与目标核酸的等长部分相比较。
在某些实施方案中,将反义寡核苷酸的一部分与目标核酸的等长部分相比较。在某些实施方案中,将具有8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个或25个核酸碱基的部分与目标核酸的等长部分相比较。
修饰
核苷为碱基-糖组合。核苷的核酸碱基(又称为碱基)部分通常为杂环碱基部分。核苷酸为进一步包括共价连接至核苷的糖部分的磷酸酯基的核苷。对于包括戊呋喃糖基糖的那些核苷,磷酸酯基可连接至糖的2'、3'或5'羟基部分。寡核苷酸是经由相邻核苷彼此共价键联形成线性聚合寡核苷酸而形成的。在寡核苷酸结构内,磷酸酯基通常被视作形成寡核苷酸的核苷间键。
反义化合物的修饰涵盖核苷间键、糖部分或核酸碱基的取代或改变。修饰的反义化合物常因具有如以下的所需性质而优于原生形式:细胞吸收增强、对核酸目标的亲和力增强、在核酸酶存在下的稳定性增强或抑制活性增强。
化学上修饰的核苷还可用于增强缩短或截短型反义寡核苷酸对其目标核酸的结合亲和力。因此,常可以具有所述化学上修饰的核苷的较短反义化合物获得类似结果。
修饰的核苷间键
RNA和DNA的天然存在的核苷间键为3'至5'磷酸二酯键。相较于具有天然存在的核苷间键的反义化合物,具有一个或多个修饰的(即非天然存在)的核苷间键的反义化合物常会因具有所需性质(如细胞吸收增强、对目标核酸的亲和力增强及在核酸酶存在下的稳定性增强)而被优先选择。
具有修饰的核苷间键的寡核苷酸包括保留磷原子的核苷间键以及不具磷原子的核苷间键。代表性含磷的核苷间键包括但不限于磷酸二酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯及硫代磷酸酯。制备含磷键及不含磷键的方法为熟知的。
在某些实施方案中,靶向HBV核酸的反义化合物包含一个或多个修饰的核苷间键。在某些实施方案中,修饰的核苷间键为硫代磷酸酯键。在某些实施方案中,反义化合物的各核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键。
修饰的糖部分
本文提供的反义化合物可任选含有其中糖基已被修饰的一个或多个核苷。所述糖修饰的核苷可赋予反义化合物以增强的核酸酶稳定性、增强的结合亲和力或某种其它有利生物性质。在某些实施方案中,核苷包含化学上修饰的呋喃核糖环部分。化学上修饰的呋喃核糖环的实例包括不限于添加取代基(包括5'及2'取代基);非偕位环原子桥连形成双环核酸(BNA);核糖基环氧原子用S、N(R)或C(R1)(R)2(R=H、C1-C12烷基或保护基)置换;及其组合。化学上修饰的糖的实例包括2'-F-5'-甲基取代的核苷(关于其它所公开的5',2'-双取代的核苷,参见08年8月21日公开的PCT国际申请WO2008/101157);核糖基环氧原子被S置换且2'位上被进一步取代(参见2005年6月16日公开的公开美国专利申请US2005/0130923);或者BNA的5'-取代(参见07年11月22日公开的PCT国际申请WO2007/134181,其中LNA被例如5'-甲基或5'-乙烯基取代)。
具有修饰的糖部分的核苷的实例包括不限于包含5'-乙烯基、5'-甲基(R型或S型)、4'-S、2'-F、2'-OCH3及2'-O(CH2)2OCH3取代基的核苷。2'位上的取代基还可选自烯丙基、氨基、叠氮基、硫基、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、OCF3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)及O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn),其中各Rm及Rn独立地为H或取代或未取代的C1-C10烷基。
本文所用的“双环核苷”是指包含双环糖部分的修饰的核苷。双环核苷的实例包括不限于在4'与2'核糖基环原子之间包含桥基的核苷。在某些实施方案中,本文提供的反义化合物包括一个或多个双环核苷,其中桥基构成4'至2'双环核苷。所述4'至2'双环核苷的实例包括但不限于下式中的一个:4'-(CH2)-O-2'(LNA);4'-(CH2)-S-2';4'-(CH2)2-O-2'(ENA);4'-CH(CH3)-O-2'(cEt)及4'-CH(CH2OCH3)-O-2'及其类似物(参见2008年7月15日颁布的美国专利7,399,845);4'-C(CH3)(CH3)-O-2'及其类似物(参见2009年1月8日公开的公开PCT国际申请WO2009/006478);4'-CH2-N(OCH3)-2'及其类似物(参见2008年12月11日公开的公开PCT国际申请WO2008/150729);4'-CH2-O-N(CH3)-2'(参见2004年9月2日公开的公开美国专利申请US2004/0171570);4'-CH2-N(R)-O-2',其中R为H、C1-C12烷基或保护基(参见2008年9月23日颁布的美国专利7,427,672);4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(参见Chattopadhyaya等,J.Org.Chem.,2009,74,118-134);以及4'-CH2-C(=CH2)-2'及其类似物(参见2008年12月8日公开的公开PCT国际申请WO2008/154401)。还参见例如:Singh等,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkin等,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Wahlestedt等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638;Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039;Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.,129(26)8362-8379(2007年7月4日);Elayadi等,Curr.OpinionInvens.Drugs,2001,2,558-561;Braasch等,Chem.Biol.,2001,8,1-7;Orum等,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239-243;美国专利号U.S.6,670,461、7,053,207、6,268,490、6,770,748、6,794,499、7,034,133、6,525,191、7,399,845;公开PCT国际申请WO2004/106356、WO94/14226、WO2005/021570及WO2007/134181;美国专利公布号US2004/0171570、US2007/0287831及US2008/0039618;及美国专利序号12/129,154、60/989,574、61/026,995、61/026,998、61/056,564、61/086,231、61/097,787及61/099,844;及PCT国际申请号PCT/US2008/064591、PCT/US2008/066154及PCT/US2008/068922。上述各双环核苷可被制备而具有一种或多种立体化学糖构型,包括例如α-L-呋喃核糖及β-D-呋喃核糖(参见1999年3月25日公开为WO99/14226的PCT国际申请PCT/DK98/00393)。
在某些实施方案中,BNA核苷的双环糖部分包括但不限于在戊呋喃糖基糖部分的4'位与2'位之间具有至少一个桥基的化合物,其中所述桥基独立地包含1个或2至4个独立地选自以下的连接基团:-[C(Ra)(Rb)]n-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-及-N(Ra)-;
其中:
x为0、1或2;
n为1、2、3或4;
各Ra及Rb独立地为H、保护基、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基、取代的杂环基、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环基、取代的C5-C7脂环基、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(=O)2-J1)或亚磺酰基(S(=O)-J1);并且
各J1及J2独立地为H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、杂环基、取代的杂环基、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
在某些实施方案中,双环糖部分的桥基为-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(RaRb)-N(R)-O-或-C(RaRb)-O-N(R)-。在某些实施方案中,桥基为4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'、4'-(CH2)2-O-2'、4'-CH2-O-N(R)-2'及4'-CH2-N(R)-O-2'-,其中各R独立地为H、保护基或C1-C12烷基。
在某些实施方案中,双环核苷进一步由异构构型定义。举例来说,包含4'-2'-亚甲基-氧基桥基的核苷可呈α-L构型或β-D构型。α-L-亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA先前已并入展示反义活性的反义寡核苷酸中(Frieden等,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。
在某些实施方案中,双环核苷包括但不限于(A)α-L-亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA;(B)β-D-亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA;(C)亚乙氧基(4'-(CH2)2-O-2')BNA;(D)氨氧基(4'-CH2-O-N(R)-2')BNA;(E)氧氨基(4'-CH2-N(R)-O-2')BNA;(F)甲基(亚甲氧基)(4'-CH(CH3)-O-2')BNA;(G)亚甲基-硫基(4'-CH2-S-2')BNA;(H)亚甲基-氨基(4'-CH2-N(R)-2')BNA;(I)甲基碳环(4'-CH2-CH(CH3)-2')BNA;及(J)亚丙基碳环(4'-(CH2)3-2')BNA,如下文所描绘。
其中Bx为碱基部分且R独立地为H、保护基或C1-C12烷基。
在某些实施方案中,双环核苷具有式I:
其中:
Bx为杂环碱基部分;
-Qa-Qb-Qc-为-CH2-N(Rc)-CH2-、-C(=O)-N(Rc)-CH2-、-CH2-O-N(Rc)-、-CH2-N(Rc)-O-或-N(Rc)-O-CH2
Rc为C1-C12烷基或氨基保护基;且
Ta及Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价连接。
在某些实施方案中,双环核苷具有式II:
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta及Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价连接;
Za为C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、取代的C1-C6烷基、取代的C2-C6烯基、取代的C2-C6炔基、酰基、取代的酰基、取代的酰胺、硫醇或取代的硫基。
在一个实施方案中,各取代的基团独立地被独立地选自以下的取代基单取代或多取代:卤素、氧基、羟基、OJc、NJcJd、SJc、N3、OC(=X)Jc及NJeC(=X)NJcJd,其中各Jc、Jd及Je独立地为H、C1-C6烷基或取代的C1-C6烷基且X为O或NJc
在某些实施方案中,双环核苷具有式III:
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta及Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价连接;
Zb为C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、取代的C1-C6烷基、取代的C2-C6烯基、取代的C2-C6炔基或取代的酰基(C(=O)-)。
在某些实施方案中,双环核苷具有式IV:
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta及Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价连接;
Rd为C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基;
各qa、qb、qc及qd独立地为H、卤素、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基、C1-C6烷氧基、取代的C1-C6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-C6氨基烷基或取代的C1-C6氨基烷基;
在某些实施方案中,双环核苷具有式V:
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta及Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价连接;
qa、qb、qe及qf各自独立地为氢、卤素、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk或N(H)C(=S)NJjJk
或qe连同qf一起为=C(qg)(qh);
qg及qh各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基或取代的C1-C12烷基。
亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA单体腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、5-甲基-胞嘧啶、胸腺嘧啶及尿嘧啶的合成及制备以及它们的寡聚及核酸识别性质已有所描述(参见例如Koshkin等,Tetrahedron,1998,54,3607-3630)。BNA及其制备还描述于WO98/39352及WO99/14226中。
亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA、亚甲氧基(4'-CH2-O-2')BNA及2'-硫基-BNA的类似物也已被制备(参见例如Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222)。构成作为核酸聚合酶的底物的寡脱氧核糖核苷酸双螺旋体的锁核苷类似物的制备也已有所描述(参见例如Wengel等,WO99/14226)。此外,2'-氨基-BNA(一种新颖的构形受限的高亲和力寡核苷酸类似物)的合成在本领域中已有所描述(参见例如Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039)。另外,2'-氨基-BNA及2'-甲基氨基-BNA已制备且它们与互补的RNA及DNA链的双螺旋体的热稳定性先前已有所报导。
在某些实施方案中,双环核苷具有式VI:
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta及Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价连接;
各qi、qj、qk及ql独立地为H、卤素、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk或N(H)C(=S)NJjJk;且
qi连同qj或ql连同qk一起为=C(qg)(qh),其中qg及qh各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基或取代的C1-C12烷基。
一种具有4'-(CH2)3-2'桥及烯基类似物(即桥4'-CH=CH-CH2-2')的碳环双环核苷已有所描述(参见例如Freier等,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443;以及Albaek等,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740)。碳环双环核苷的合成和制备以及它们的寡聚及生物化学研究也已有所描述(参见例如Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.2007,129(26),8362-8379)。
本文所用的“双环核苷”是指包含连接糖环的两个碳原子,从而形成双环糖部分的桥基的核苷。在某些实施方案中,桥基连接糖环的2'碳与另一个碳。
本文所用的“4'-2'双环核苷”或“4'至2'双环核苷”是指包含含连接2'碳原子与4'碳原子的桥基的呋喃糖环的双环核苷。
本文所用的“单环核苷”是指包含不为双环糖部分的修饰的糖部分的核苷。在某些实施方案中,核苷的糖部分或糖部分类似物可在任何位置上被修饰或取代。
本文所用的“2'-修饰的糖”意谓在2'位上修饰的呋喃糖基糖。在某些实施方案中,所述修饰包括选自以下的取代基:包括但不限于卤基、取代及未取代的烷氧基、取代及未取代的硫烷基、取代及未取代的氨基烷基、取代及未取代的烷基、取代及未取代的烯丙基以及取代及未取代的炔基。在某些实施方案中,2'修饰选自包括但不限于以下的取代基:O[(CH2)nO]mCH3、O(CH2)nNH2、O(CH2)nCH3、O(CH2)nONH2、OCH2C(=O)N(H)CH3及O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2,其中n及m为1至约10。其它2'-取代基还可选自:C1-C12烷基;取代的烷基;烯基;炔基;烷芳基;芳烷基;O-烷芳基或O-芳烷基;SH;SCH3;OCN;Cl;Br;CN;CF3;OCF3;SOCH3;SO2CH3;ONO2;NO2;N3;NH2;杂环烷基;杂环烷芳基;氨基烷氨基;聚烷氨基;取代的硅烷基;RNA裂解基团;报导基团;嵌入剂;改进药物动力学性质的基团;及改进反义化合物的药效学性质的基团,以及其它具有类似性质的取代基。在某些实施方案中,修饰的核苷包含2'-MOE侧链(参见例如Baker等,J.Biol.Chem.,1997,272,11944-12000)。所述2'-MOE取代已被描述为相较于未修饰的核苷及其它修饰的核苷(如2'-O-甲基、O-丙基及O-氨基丙基)具有改善的结合亲和力。具有2'-MOE取代基的寡核苷酸还已展示为基因表达的反义抑制剂且具有有希望用于体内使用的特征(参见例如Martin,P.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504;Altmann等,Chimia,1996,50,168-176;Altmann等,Biochem.Soc.Trans.,1996,24,630-637;以及Altmann等,Nucleosides Nucleotides,1997,16,917-926)。
本文所用的“修饰的四氢吡喃核苷”或“修饰的THP核苷”意谓具有取代普通核苷中的戊呋喃糖基残基的6员四氢吡喃“糖”(糖替代物)的核苷。修饰的THP核苷包括但不限于在本领域中称为己糖醇核酸(HNA)、anitol核酸(ANA)、甘露醇核酸(MNA)(参见Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.(2002)10:841-854)、氟HNA(F-HNA)的核苷或那些具有式X的化合物:
式X:
其中独立地对于所述至少一种式X的四氢吡喃核苷类似物中的每一个:
Bx为杂环碱基部分;
T3及T4各自独立地为将四氢吡喃核苷类似物连接至反义化合物的核苷间连接基团,或T3及T4中的一个为将四氢吡喃核苷类似物连接至反义化合物的核苷间连接基团且T3及T4中的另一个为H、羟基保护基、连接的缀合基团或5'或3'-端基;
q1、q2、q3、q4、q5、q6及q7各自独立地为H、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基;且
R1及R2中的一个为氢且另一个选自卤素、取代或未取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2及CN,其中X为O、S或NJ1,且各J1、J2及J3独立地为H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中,提供式X的修饰的THP核苷,其中qm、qn、qp、qr、qs、qt及qu各自为H。在某些实施方案中,qm、qn、qp、qr、qs、qt及qu中的至少一个不为H。在某些实施方案中,qm、qn、qp、qr、qs、qt及qu中的至少一个为甲基。在某些实施方案中,提供式X的THP核苷,其中R1及R2中的一个为F。在某些实施方案中,R1为氟且R2为H,R1为甲氧基且R2为H,及R1为甲氧基乙氧基且R2为H。
本文所用的“2'-修饰的核苷”或“2'-取代的核苷”是指包含在呋喃糖环的2'位上包含除H或OH以外的取代基的糖的核苷。2'-修饰的核苷包括但不限于其中连接糖环的两个碳原子的桥基连接糖环的2'碳与另一个碳的双环核苷以及具有如以下的非桥连2'取代基的核苷:烯丙基、氨基、叠氮基、硫基、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、-OCF3、O-(CH2)2-O-CH3、2'-O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)或O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn),其中各Rm及Rn独立地为H或取代或未取代的C1-C10烷基。2'-修饰的核苷可进一步例如在糖的其它位置上和/或在核酸碱基上包含其它修饰。
本文所用的“2'-F”是指在2'位上包含氟基的糖。
本文所用的“2'-OMe”或“2'-OCH3”或“2'-O-甲基”各自是指包含在糖环的2'位上包含-OCH3基团的糖的核苷。
本文所用的“寡核苷酸”是指包含多个连接的核苷的化合物。在某些实施方案中,多个核苷中的一或多个是修饰的。在某些实施方案中,寡核苷酸包含一个或多个核糖核苷(RNA)和/或脱氧核糖核苷(DNA)。
许多其它双环及三环糖替代物环系统在本领域中也是已知的,其可用于修饰用于并入反义化合物中的核苷(参见例如综述文章:Leumann,J.C,Bioorganic&MedicinalChemistry,2002,10,841-854)。可对所述环系统进行各种其它取代以增强活性。
用于制备修饰的糖的方法为本领域技术人员所熟知。
在具有修饰的糖部分的核苷酸中,核酸碱基部分(天然、修饰的或其组合)被维持以便与适当核酸目标杂交。
在某些实施方案中,反义化合物包含一个或多个具有修饰的糖部分的核苷酸。在某些实施方案中,修饰的糖部分为2'-MOE。在某些实施方案中,2'-MOE修饰的核苷酸排列于间隔体基元中。在某些实施方案中,修饰的糖部分为cEt。在某些实施方案中,cEt修饰的核苷酸排列于整个间隔体基元的翼中。
组合物及用于配制药物组合物的方法
反义寡核苷酸可与药学上可接受的活性或惰性物质混合以制备药物组合物或配制品。组合物及用于配制药物组合物的方法取决于许多标准,包括但不限于施用途径、疾病程度或所施用的剂量。
靶向HBV核酸的反义化合物可通过将反义化合物与适合的药学上可接受的稀释剂或载体组合而用于药物组合物中。药学上可接受的稀释剂包括磷酸盐缓冲的生理盐水(PBS)。PBS是适用于以胃肠外方式递送的组合物中的稀释剂。因此,在一个实施方案中,在本文所述的方法中使用包含靶向HBV核酸的反义化合物及药学上可接受的稀释剂的药物组合物。在某些实施方案中,药学上可接受的稀释剂为PBS。在某些实施方案中,反义化合物为反义寡核苷酸。
包含反义化合物的药物组合物涵盖在动物(包括人)施用时能够提供(直接或间接)其生物活性代谢物或残余物的任何药学上可接受的盐、酯或所述酯的盐,或任何其它寡核苷酸。因此,例如,还公开反义化合物的药学上可接受的盐、前药、所述前药的药学上可接受的盐,及其它生物等效物。适合的药学上可接受的盐包括但不限于钠盐及钾盐。
前药可包括在反义化合物的一端或两端上并入可由体内内源性核酸酶裂解而形成活性反义化合物的额外核苷。
缀合的反义化合物
反义化合物可共价连接至一个或多个增强所得反义寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞吸收的部分或缀合物。典型缀合基团包括胆固醇部分及脂质部分。额外的缀合基团包括碳水化合物、磷脂、生物素、啡嗪、叶酸盐、啡啶、蒽醌、吖啶、荧光素、若丹明(rhodamine)、香豆素及染料。
反义化合物还可被修饰以具有一个或多个稳定化基团,所述一个或多个稳定化基团一般连接至反义化合物的一端或两端以增强如核酸酶稳定性的性质。在稳定化基团中包括帽结构。这些末端修饰保护具有末端核酸的反义化合物免遭核酸外切酶降解,且可有助于递送和/或定位于细胞内。帽可存在于5'端(5'帽)或3'端(3'帽)上,或可存在于这两端上。帽结构在本领域中为熟知的且包括例如反向脱氧无碱基帽。其它可用于对反义化合物的一端或两端进行封端以赋予核酸酶稳定性的3'及5'-稳定化基团包括2003年1月16日公开的WO03/004602中所公开的那些基团。
细胞培养及反义化合物处理
可在多种细胞类型中体外测试反义化合物对HBV核酸的水平、活性或表达的作用。用于所述分析的细胞类型可获自商业供货商(例如American Type Culture Collection,Manassus,VA;Zen-Bio,Inc.,Research Triangle Park,NC;Clonetics Corporation,Walkersville,MD)且根据供货商的说明书使用商购的试剂(例如Invitrogen LifeTechnologies,Carlsbad,CA)进行培养。说明性细胞类型包括但不限于HuVEC细胞、b.END细胞、HepG2细胞、Hep3B细胞及初级肝细胞。
体外测试反义寡核苷酸
本文描述用反义寡核苷酸处理细胞的方法,所述方法可被适当修改以用于用其它反义化合物进行的处理。
可当细胞在培养中达到约60%至80%汇合度时,用反义寡核苷酸处理细胞。
一种常用于将反义寡核苷酸引入培养细胞中的试剂包括阳离子型脂质转染试剂脂质体(LIPOFECTIN)(Invitrogen,Carlsbad,CA)。可将反义寡核苷酸与脂质体在OPTI-MEM1(Invitrogen,Carlsbad,CA)中混合以达成反义寡核苷酸的所需最终浓度及可在每100nM反义寡核苷酸2至12ug/mL范围内的脂质体浓度。
另一种用于将反义寡核苷酸引入培养细胞中的试剂包括脂染胺(LIPOFECTAMINE)(Invitrogen,Carlsbad,CA)。将反义寡核苷酸与脂染胺在OPTI-MEM1血清减少型培养基(Invitrogen,Carlsbad,CA)中混合以达成反义寡核苷酸的所需浓度及可在每100nM反义寡核苷酸2至12ug/mL范围内的脂染胺浓度。
另一种用于将反义寡核苷酸引入培养细胞中的技术包括电穿孔。
通过常规方法用反义寡核苷酸处理细胞。可在反义寡核苷酸处理后16至24小时收获细胞,此时通过本领域中已知及本文所述的方法测量目标核酸的RNA或蛋白质水平。一般来说,当在多次重复实验中进行处理时,数据呈现为重复处理的平均值。
所用的反义寡核苷酸浓度在细胞系之间有所不同。确定用于特定细胞系的最佳反义寡核苷酸浓度的方法在本领域中为熟知的。当用脂染胺转染时,通常使用浓度在1nM至300nM范围内的反义寡核苷酸。当使用电穿孔进行转染时,使用625nM至20,000nM范围内的较高浓度的反义寡核苷酸。
RNA分离
可对总细胞RNA或聚(A)+mRNA进行RNA分析。RNA分离的方法在本领域中为熟知的。RNA是使用本领域中熟知的方法,例如使用TRIZOL试剂(Invitrogen,Carlsbad,CA),根据制造商推荐的方案来制备。
分析对目标水平或表达的抑制
对HBV核酸的水平或表达的抑制可以本领域中已知的多种方式来测定。举例来说,目标核酸水平可通过例如RNA印迹分析、竞争性聚合酶链反应(PCR)或定量实时PCR来定量。可对总细胞RNA或聚(A)+mRNA进行RNA分析。RNA分离的方法在本领域中为熟知的。RNA印迹分析在本领域中也是常规的。定量实时PCR宜使用商购的ABI PRISM7600、7700或7900序列检测系统(可获自PE-Applied Biosystems,Foster City,CA且根据制造商说明书来使用)完成。
对目标RNA水平的定量实时PCR分析
可通过定量实时PCR,使用ABI PRISM7600、7700或7900序列检测系统(PE-AppliedBiosystems,Foster City,CA)根据制造商说明书来对目标RNA水平进行定量。定量实时PCR的方法在本领域中为熟知的。
在实时PCR之前,使分离的RNA经历逆转录酶(RT)反应,产生互补的DNA(cDNA),其接着用作实时PCR扩增的底物。在同一样品孔中依序进行RT及实时PCR反应。RT及实时PCR试剂可获自Invitrogen(Carlsbad,CA)。RT实时PCR反应通过本领域技术人员熟知的方法进行。
通过实时PCR获得的基因(或RNA)目标量是使用表达恒定的基因(如亲环素A(cyclophilin A))的表达水平或通过使用RIBOGREEN(Invitrogen,Inc.Carlsbad,CA)定量总RNA来标准化。亲环素A表达是通过实时PCR,通过与目标同时操作、复合操作或分开操作来定量。总RNA是使用RIBOGREEN RNA定量试剂(Invetrogen,Inc.Eugene,OR)来定量。通过RIBOGREEN定量RNA的方法是教导于Jones,L.J.等(Analytical Biochemistry,1998,265,368-374)中。使用CYTOFLUOR4000仪器(PE Applied Biosystems)来测量RIBOGREEN荧光。
探针及引物被设计来与HBV核酸杂交。用于设计实时PCR探针及引物的方法在本领域中为熟知的,且可包括使用软件,如PRIMER EXPRESS软件(Applied Biosystems,FosterCity,CA)。
对目标DNA水平的定量实时PCR分析
可通过定量实时PCR,使用ABI PRISM7600、7700或7900序列检测系统(PE-AppliedBiosystems,Foster City,CA)根据制造商说明书来对目标DNA水平进行定量。定量实时PCR的方法在本领域中为熟知的。
通过实时PCR获得的基因(或DNA)目标量是使用表达恒定的基因(如亲环素A)的表达水平或通过使用RIBOGREEN(Invitrogen,Inc.Carlsbad,CA)定量总DNA来标准化。亲环素A表达是通过实时PCR,通过与目标同时操作、复合操作或分开操作来定量。总DNA是使用RIBOGREEN RNA定量试剂(Invetrogen,Inc.Eugene,OR)来定量。通过RIBOGREEN定量DNA的方法教导于Jones,L.J.等(Analytical Biochemistry,1998,265,368-374)中。使用CYTOFLUOR4000仪器(PE Applied Biosystems)测量RIBOGREEN荧光。
探针及引物被设计来与HBV核酸杂交。用于设计实时PCR探针及引物的方法在本领域中为熟知的,且可包括使用软件,如PRIMER EXPRESS软件(Applied Biosystems,FosterCity,CA)。
分析蛋白质水平
对HBV核酸的反义抑制可通过测量HBV蛋白质水平来评估。HBV的蛋白质水平可以本领域中熟知的多种方式来评价或定量,如免疫沈淀法、蛋白质印迹分析(免疫印迹法)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、定量蛋白质测定、蛋白质活性测定(例如卡斯蛋白酶活性测定)、免疫组织化学、免疫细胞化学或荧光活化细胞分选法(FACS)。针对目标的抗体可被鉴别且获自多种来源,如MSRS抗体目录(Aerie Corporation,Birmingham,MI),或可经由本领域中熟知的常规单克隆或多克隆抗体生成方法来制备。
体内测试反义化合物
在动物体内测试反义化合物(例如反义寡核苷酸)以评估它们抑制HBV表达及引起表型改变的能力。可在正常动物或实验疾病模型中进行测试。为了向动物施用,在药学上可接受的稀释剂(如磷酸盐缓冲的生理盐水)中配制反义寡核苷酸。施用包括胃肠外方式的施用途径,如腹膜内、静脉内、皮下、鞘内及脑室内。计算反义寡核苷酸剂量及给药频率在本领域技术人员的能力范围内,且取决于如施用途径及动物体重的因素。在用反义寡核苷酸处理一段时间后,自肝脏组织分离RNA且测量HBV核酸表达的改变。还测量HBV DNA水平的改变。还测量HBV蛋白质水平的改变。还测量HBV HBeAg水平的改变。还测量HBV HBsAg水平的改变。
某些适应症
在某些实施方案中,本发明提供治疗个体的方法、化合物及组合物,其包括施用本文提供的一种或多种药物组合物。在某些实施方案中,个体患有HBV相关病状。在某些实施方案中,慢性HBV感染、炎症、纤维化、硬化、肝癌、血清肝炎、黄疸、肝癌、肝脏炎症、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、血清肝炎及HBV病毒血症。在某些实施方案中,HBV相关病状在结合针对乙型肝炎病毒、乙型肝炎病毒抗原的存在的阳性测试或针对乙型肝炎病毒抗原特异性抗体的存在的阳性测试时可具有可包括以下任一个或全部的症状:流行性感冒样疾病、虚弱、疼痛、头痛、发烧、食欲丧失、腹泻、黄疸、恶心及呕吐、身体肝区疼痛、黏土色或灰色粪便、全身发痒及尿色深。在某些实施方案中,个体有患HBV相关病状的风险。这包括有产生HBV相关病状的一种或多种风险因素的个体,包括性暴露于感染乙型肝炎病毒的个体、与患有终身乙型肝炎病毒感染的个体居住在同一房屋中、暴露于感染乙型肝炎病毒的人血液、注射违禁药物、为患有血友病的人及造访乙型肝炎流行的地区。在某些实施方案中,个体已被鉴别为需要针对HBV相关病状进行治疗。在某些实施方案中,本发明提供防治性减少个体的HBV表达的方法。某些实施方案包括通过向个体施用治疗有效量的靶向HBV核酸的反义化合物来治疗有需要的个体。
归因于传播途径重叠,许多人已暴露于乙型肝炎病毒(HBV)及C型肝炎病毒(HCV)两者,且较小比例慢性感染这两种病毒,尤其是在HBV流行的地区(如亚洲)。估计表明多达10%感染HCV的人也可能感染HBV,而可能20%感染HBV的人合并感染HCV。然而,对乙型肝炎或HBV-HCV共同感染的个体的乙型肝炎的治疗未得到深入研究。治疗因如下事实而为复杂的:HCV与HBV看似彼此抑制对方复制(但并非所有研究皆观测到此相互作用)。因此,完全抑制HBV的治疗可能潜在地使得HCV再出现,或反之亦然。因此,本文所述的化合物及组合物可有利地用于治疗感染HBV及HCV两者的患者。用于C型肝炎(HCV)的例示性治疗选择方案包括干扰素,例如干扰素α-2b、干扰素α-2a及干扰素αcon-1。可使用聚乙二醇化干扰素(干扰素连接至改善其药物动力学概况的聚乙二醇部分)来使得干扰素给药频率较低。以干扰素α-2b(聚乙二醇化及非聚乙二醇化)及病毒唑进行的组合疗法也已展示可有效用于一些患者群体。当前正研发的其它药剂包括HCV RNA复制抑制剂(例如ViroPharma的VP50406系列)、HCV反义剂、HCV治疗性疫苗、HCV蛋白酶抑制剂、HCV解螺旋酶抑制剂及HCV抗体疗法(单克隆或多克隆)。
在某些实施方案中,以本文所述的方法、化合物及组合物进行的治疗适用于预防与存在乙型肝炎病毒有关的HBV相关病状。在某些实施方案中,以本文所述的方法、化合物及组合物进行的治疗适用于预防HBV相关病状。
在一个实施方案中,施用治疗有效量的靶向HBV核酸的反义化合物同时伴随监测个体血清中的HBV mRNA水平以测定个体对施用反义化合物的反应。在某些实施方案中,施用治疗有效量的靶向HBV核酸的反义化合物同时伴随监测个体血清中的HBV DNA水平以测定个体对施用反义化合物的反应。在某些实施方案中,施用治疗有效量的靶向HBV核酸的反义化合物同时伴随监测个体血清中的HBV蛋白质水平以测定个体对施用反义化合物的反应。在某些实施方案中,施用治疗有效量的靶向HBV核酸的反义化合物同时伴随监测个体血清中的HBVS抗原(HBsAg)水平以测定个体对施用反义化合物的反应。在某些实施方案中,施用治疗有效量的靶向HBV核酸的反义化合物同时伴随监测个体血清中的HBV E抗原(HBeAg)水平以测定个体对施用反义化合物的反应。个体对施用反义化合物的反应可由医师用于确定治疗性干预的量及持续时间。
在某些实施方案中,施用靶向HBV核酸的反义化合物会使得HBV表达减少至少15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%,或由这些值中的任何两个所界定的范围。在某些实施方案中,施用靶向HBV核酸的反义化合物会减少与HBV相关病状有关的症状且减少血液中的HBV相关标记。在某些实施方案中,施用HBV反义化合物会使得HBV RNA水平、HBV DNA水平、HBV蛋白质水平、HBsAg水平或HBeAg水平减少至少15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%,或由这些值中的任何两个所界定的范围。
在某些实施方案中,包含靶向HBV的反义化合物的药物组合物是用于制备治疗患有或易患HBV相关病状的患者的药物。
某些组合疗法
在某些实施方案中,本文提供的一种或多种药物组合物与一种或多种其它药剂共同施用。在某些实施方案中,所述一种或多种其它药剂被设计来与本文提供的一种或多种药物组合物治疗相同疾病、病症或条件。在某些实施方案中,所述一种或多种其它药剂被设计来与本文提供的一种或多种药物组合物治疗不同疾病、病症或条件。在某些实施方案中,所述一种或多种其它药剂被设计来处理本文提供的一种或多种药物组合物的不合需要的副作用。在某些实施方案中,本文提供的一种或多种药物组合物与另一药剂共同施用以处理所述另一药剂的不合需要的作用。在某些实施方案中,本文提供的一种或多种药物组合物与另一药剂共同施用来产生组合作用。在某些实施方案中,本文提供的一种或多种药物组合物与另一药剂共同施用来产生协同作用。
在某些实施方案中,本文提供的一种或多种药物组合物与一种或多种其它药剂同时施用。在某些实施方案中,本文提供的一种或多种药物组合物与一种或多种其它药剂在不同时间施用。在某些实施方案中,将本文提供的一种或多种药物组合物与一种或多种其它药剂一起制备成单个配制品。在某些实施方案中,本文提供的一种或多种药物组合物与一种或多种其它药剂是单独制备的。在某些实施方案中,所公开的反义寡核苷酸与HCV药剂组合施用。在其它实施方案中,HCV化合物与反义化合物同时施用;在其它实施方案中,单独施用HCV化合物,以使得HCV药剂与反义化合物各自的给药在时间上于患者体内重叠。在相关实施方案中,HCV药剂可选自干扰素α-2b、干扰素α-2a及干扰素αcon-1(聚乙二醇化及非聚乙二醇化);病毒唑;HCV RNA复制抑制剂(例如ViroPharma的VP50406系列);HCV反义剂;HCV治疗性疫苗;HCV蛋白酶抑制剂;HCV解螺旋酶抑制剂;及HCV抗体疗法(单克隆或多克隆)。
在其它实施方案中,本发明的HBV反义化合物可与一种或多种HBV治疗剂组合施用于感染HBV的患者,其中所述一种或多种HBV治疗剂可与HBV ASO化合物以同一药物配制品施用,或可以各别配制品施用。所述一种或多种HBV治疗剂可与ASO HBV化合物同时施用,或可单独施用以使得HBV ASO化合物与HBV治疗剂各自的给药在时间上于患者体内重叠。在相关实施方案中,所述一种或多种HBV治疗剂可选自干扰素α-2b、干扰素α-2a及干扰素αcon-1(聚乙二醇化及非聚乙二醇化)、病毒唑;HBV RNA复制抑制剂;第二HBV反义化合物;HBV治疗性疫苗;HBV防治性疫苗;拉米夫定(3TC);恩替卡韦;泰诺福韦;替比夫定(LdT);阿德福韦;及HBV抗体疗法(单克隆或多克隆)。
实施例
非限制性公开且以引用方式并入
虽然已根据某些实施方案具体描述本文所述的某些化合物、组合物及方法,但以下实施例仅用以说明本文所述的化合物而不旨在限制其。本申请中所述的各参考文献以引用的方式整体并入本文。
实施例1:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。使用电穿孔以15,000nM反义寡核苷酸转染密度为每孔25,000个细胞的培养的HepG2.2.15细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370(正向序列:CTTGGTCATGGGCCATCAG,本文指定为SEQ ID NO:2;反向序列:CGGCTAGGAGTTCCGCAGTA,本文指定为SEQ ID NO:3;探针序列:TGCGTGGAACCTTTTCGGCTCC,本文指定为SEQ ID NO:4)来测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
表1中的新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为5-10-5MOE间隔体或3-10-4MOE间隔体。5-10-5MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含5个核苷的翼侧接。3-10-4MOE间隔体的长度为17个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含3个核苷及4个核苷的翼侧接。5'翼段中的各核苷及3'翼段中的各核苷具有MOE糖修饰。中心间隔段中的各核苷具有脱氧糖修饰。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各间隔体当中的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。‘基元’列指示各间隔体的间隔及翼结构。表1中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ IDNO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。
表1
由靶向SEQ ID NO:1的MOE间隔体对病毒HBV mRNA水平的抑制
实施例2:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计其它靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。使用电穿孔以15,000nM反义寡核苷酸转染密度为每孔25,000个细胞的培养的HepG2.2.15细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370测量mRNA水平。RTS3370检测全长mRNA及前S1、前S2及前C mRNA转录物的第二部分。还用其它引物探针集探测间隔体。还使用病毒引物探针集RTS3371(正向序列:CCAAACCTTCGGACGGAAA,本文指定为SEQ ID NO:311;反向序列:TGAGGCCCACTCCCATAGG,本文指定为SEQ ID NO:312;探针序列:CCCATCATCCTGGGCTTTCGGAAAAT,本文指定为SEQ ID NO:313)来测量mRNA水平。RTS3371检测全长mRNA及前S1、前S2及前C mRNA转录物的第二部分,RTS3371类似于RTS3370,但检测不同区。使用病毒引物探针集RTS3372(正向序列:ATCCTATCAACACTTCCGGAAACT,本文指定为SEQID NO:314;反向序列:CGACGCGGCGATTGAG,本文指定为SEQ ID NO:315;探针序列:AAGAACTCCCTCGCCTCGCAGACG,本文指定为SEQ ID NO:316)测量mRNA水平。RTS3372检测全长基因组序列。使用病毒引物探针集RTS3373MGB(正向序列:CCGACCTTGAGGCATACTTCA,本文指定为SEQ ID NO:317;反向序列:AATTTATGCCTACAGCCTCCTAGTACA,本文指定为SEQ ID NO:318;探针序列:TTAAAGACTGGGAGGAGTTG,本文指定为SEQ ID NO:319)测量mRNA水平。RTS3373MGB检测全长mRNA及前S1、前S2、前C及前X mRNA转录物的第二部分。
根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
表2中新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为5-10-5MOE间隔体、3-10-3MOE间隔体或2-10-2MOE间隔体。5-10-5MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含5个核苷的翼侧接。3-10-3MOE间隔体的长度为16个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含3个核苷的翼侧接。2-10-2MOE间隔体的长度为14个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含2个核苷的翼侧接。5'翼段中的各核苷及3'翼段中的各核苷具有MOE糖修饰。中心间隔段中的各核苷具有脱氧糖修饰。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各间隔体当中的所有胞嘧啶残基为5'-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。‘基元’列指示各间隔体的间隔及翼结构。表2中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。
表2
由靶向SEQ ID NO:1的MOE间隔体对病毒HBV mRNA水平的抑制(由RTS3370、RTS3371、RTS3372及RTS3373MGB检测)
实施例3:在HepAD38(Tet-HBV)细胞中由MOE间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
测试选自实施例2中所述的研究的某些反义寡核苷酸在另一细胞系(即人肝癌HepAD38细胞)中对HBV mRNA的作用,在所述细胞中HBV在四环素(tetracycline)调节的启动子控制下产生。使用电穿孔以15,000nM反义寡核苷酸转染密度为每孔45,000个细胞的培养的HepAD38(Tet-HBV)细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。个别地使用病毒引物探针集RTS3372及RTS3373MGB测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果在表3中呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
表3
在HepAD38(Tet-HBV)细胞中由MOE间隔体对病毒HBV mRNA水平的抑制(由RTS3372及RTS3373MGB检测)
实施例4:在HepAD38(Tet-HBV)细胞中由MOE间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
测试来自实施例1及2中所述的研究的某些反义寡核苷酸在体外对HBV mRNA的作用。使用电穿孔以15,000nM反义寡核苷酸转染密度为每孔45,000个细胞的培养的HepAD38(Tet-HBV)细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3372测量mRNA水平。还使用RTS3373MGB引物探针集测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果在表4中呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
表4
由MOE间隔体对病毒HBV mRNA水平的抑制(RTS3372及RTS3373MGB)
实施例5:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对病毒HBV RNA的剂量依赖性抑制
在人HepG2.2.15细胞中以各种剂量测试来自实施例3及4中所述的研究的某些间隔体。以每孔25,000个细胞的密度接种细胞且使用电穿孔以2.5μM、5.0μM、10.0μM及20.0μM浓度的反义寡核苷酸转染,如表5中所说明。在约16小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
各寡核苷酸的半数最大抑制浓度(IC50)也呈现于表5中。如表5中所说明,在用反义寡核苷酸处理的细胞中HBV mRNA水平以剂量依赖性方式显著降低。
表5
在HepG2.2.15细胞中使用RTS3370测得的对HBV RNA的剂量依赖性反义抑制
实施例6:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对病毒HBV RNA的剂量依赖性抑制
在人HepG2.2.15细胞中以各种剂量进一步测试来自实施例3及4中所述的研究的其它间隔体。以每孔28,000个细胞的密度接种细胞且使用LipofectAMINE试剂以15.625nM、31.25nM、62.5nM、125.0nM及250.0nM浓度的反义寡核苷酸转染,如表6中所说明。在约16小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBVmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
各寡核苷酸的半数最大抑制浓度(IC50)也呈现于表6中。如表6中所说明,在一些用反义寡核苷酸处理的细胞中HBV mRNA水平以剂量依赖性方式显著降低。
表6
在HepG2.2.15细胞中使用RTS3370测得的对HBV RNA的剂量依赖性反义抑制
还用引物探针集RTS3371测量mRNA水平。结果呈现于表7中。
表7
在HepG2.2.15细胞中使用RTS3371测得的对HBV RNA的剂量依赖性反义抑制
实施例7:靶向HBV的MOE间隔体在BALB/c小鼠中的可耐受性
BALB/c小鼠(Charles River,MA)为多用途小鼠模型,常用于安全性及功效测试。用选自上文所述的研究的ISIS反义寡核苷酸处理小鼠且评价各种代谢标记的水平的变化。
研究1
每周两次向各组4只BALB/c小鼠皮下注射50mg/kg以下化合物历时3周:ISIS146779、ISIS146786、ISIS505317、ISIS505319、ISIS505330、ISIS505332、ISIS505339、ISIS505346、ISIS505347、ISIS505358、ISIS509929、ISIS509931、ISIS509932、ISIS509934、ISIS509957、ISIS510100、ISIS510106、ISIS510116及ISIS510140。每周两次向一组4只BALB/c小鼠皮下注射50mg/kg ISIS141923(CCTTCCCTGAAGGTTCCTCC(SEQ ID NO:320))历时3周,ISIS141923为一种与任何人或小鼠基因序列不具已知同源性的5-10-5MOE间隔体。每周两次向另一组4只BALB/c小鼠皮下注射PBS历时3周。这组小鼠用作对照组。在最后一次给药后三天的各时间点,获得体重,使小鼠安乐死且收集器官及血浆以进行进一步分析。
体重及器官重量
在给药前及各处理期结束时测量小鼠的体重。体重呈现于表8中,且表示为相较于开始处理前获得的体重的变化百分比。在研究结束时测量肝脏、脾脏及肾脏重量,且在表9中呈现为相较于PBS对照组的各别器官重量的差异百分比。结果指示大部分ISIS寡核苷酸对体重或器官重量未引起任何不利影响。
表8
在反义寡核苷酸处理后BALB/c小鼠的体重变化(%)
体重
PBS 9
ISIS141923 9
ISIS146779 11
ISIS146786 9
ISIS505317 10
ISIS505319 14
ISIS505330 11
ISIS505332 10
ISIS505339 14
ISIS505346 12
ISIS505347 16
ISIS505358 12
ISIS509929 8
ISIS509931 9
ISIS509932 21
ISIS509934 14
ISIS509957 10
ISIS510100 10
ISIS510106 15
ISIS510116 16
ISIS510140 19
表9
在反义寡核苷酸处理后BALB/c小鼠的器官重量变化(%)
肝脏 肾脏 脾脏
PBS - - -
ISIS141923 3 -3 -9
ISIS146779 10 1 13
ISIS146786 19 -3 4
ISIS505317 -4 -7 9
ISIS505319 1 -16 23
ISIS505330 12 -4 9
ISIS505332 7 -2 14
ISIS505339 5 -6 7
ISIS505346 7 -6 0
ISIS505347 12 -7 5
ISIS505358 8 0 3
ISIS509929 17 14 200
ISIS509931 -4 -9 3
ISIS509932 18 -9 79
ISIS509934 6 -6 2
ISIS509957 0 -2 15
ISIS510100 2 1 8
ISIS510106 5 -2 58
ISIS510116 12 -8 7
ISIS510140 20 -8 49
肝功能
为评价ISIS寡核苷酸对肝功能的影响,使用自动临床化学分析器(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶的血浆浓度。测量ALT(丙氨酸转氨酶)及AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆浓度且结果呈现于表10中,以IU/L表示。也使用同一临床化学分析器测量胆固醇及甘油三酯的血浆水平且结果也呈现于表10中。
表10
反义寡核苷酸处理对BALB/c小鼠的肝脏中的代谢标记的影响
肾功能
为评价ISIS寡核苷酸对肾功能的影响,使用自动临床化学分析器(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)的血浆浓度。结果呈现于表11中,以mg/dL表示。
表11
反义寡核苷酸处理对BALB/c小鼠的肾脏标记的影响
BUN(mg/dL)
PBS 29
ISIS141923 29
ISIS146779 28
ISIS146786 30
ISIS505317 30
ISIS505319 30
ISIS505330 29
ISIS505332 28
ISIS505339 29
ISIS505346 27
ISIS505347 26
ISIS505358 26
ISIS509929 25
ISIS509931 23
ISIS509932 28
ISIS509934 25
ISIS509957 24
ISIS510100 27
ISIS510106 27
ISIS510116 25
ISIS510140 22
研究2
每周两次向各组4只BALB/c小鼠皮下注射50mg/kg以下化合物历时3周:ISIS505329、ISIS509926、ISIS509927、ISIS509958、ISIS509959、ISIS509960、ISIS509974、ISIS509975、ISIS510038、ISIS510039、ISIS510040、ISIS510041及ISIS510050。每周两次向一组4只BALB/c小鼠皮下注射PBS,历时3周。这组小鼠用作对照组。在最后一次给药后三天的各时间点,获得体重,使小鼠安乐死且收集器官及血浆以进行进一步分析。
器官重量
在研究结束时测量肝脏、脾脏及肾脏重量,且还在表12中呈现为相较于PBS对照组的各别器官重量的变化百分比。
表12
在反义寡核苷酸处理后BALB/c小鼠的器官重量变化(%)
肝功能
为评价ISIS寡核苷酸对肝功能的影响,使用自动临床化学分析器(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶的血浆浓度。测量ALT(丙氨酸转氨酶)及AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆浓度且结果呈现于表13中,以IU/L表示。
表13
反义寡核苷酸处理对BALB/c小鼠的肝脏中的转氨酶(IU/L)的影响
ALT AST
PBS 37 78
ISIS505329 48 65
ISIS509926 77 120
ISIS509927 71 92
ISIS509958 106 105
ISIS509959 119 122
ISIS509960 40 66
ISIS509974 38 43
ISIS509975 33 45
ISIS510038 69 66
ISIS510039 32 61
ISIS510040 83 113
ISIS510041 32 45
ISIS510050 26 47
肾功能
为评价ISIS寡核苷酸对肾功能的影响,使用自动临床化学分析器(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)的血浆浓度。结果呈现于表14中,以mg/dL表示。
表14
反义寡核苷酸处理对BALB/c小鼠的肾脏标记的影响
BUN
PBS 21
ISIS505329 22
ISIS509926 20
ISIS509927 20
ISIS509958 22
ISIS509959 21
ISIS509960 20
ISIS509974 19
ISIS509975 19
ISIS510038 19
ISIS510039 19
ISIS510040 22
ISIS510041 18
ISIS510050 22
实施例8:在HepG2.2.15细胞中靶向HBV的MOE间隔体的剂量反应确认
基于如在实施例7及8中所述的研究中所测量的序列保守性、活性及可耐受性来选择间隔体,且在HepG2.2.15细胞中以各种剂量进行测试。以每孔28,000个细胞的密度接种细胞且使用脂染胺2000试剂以15.625nM、31.25nM、62.5nM、125.0nM及250.0nM浓度的反义寡核苷酸转染。转染后两天,用新鲜的培养基替换培养基。转染后4天收集样品。测量上清液中DNA、RNA、HBsAg及HBeAg的水平。
通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用HBV引物探针集RTS3370测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBVmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。如表15中所说明,在大部分用反义寡核苷酸处理的细胞中HBV mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
用ELISA技术检测上清液中的HBV抗原。通过来自Abazyme LLC,MA的ELISA检测HBs抗原(HBsAg)水平。如表16中所呈现,用以下ISIS寡核苷酸处理引起HBsAg水平的显著降低:146779、146786、505329、505330、505339、505347、505358、509927、509934、509958、509959、509960、509974、5100038、510039、510040、510041、510100、510106及510116。通过来自International Immuno-diagnostics,CA的ELISA检测HBe抗原(HBeAg)水平。如表17中所呈现,用以下ISIS寡核苷酸处理引起HBeAg水平的显著降低:146779、146786、505329、505330、505339、505347、505358、509927、509934、509958、509959、509960、509974、5100038、510039、510040、510041、510100、510106及510116。使用引物探针集RTS3370测量HBV DNA水平。如表18中所呈现,用以下ISIS寡核苷酸处理引起HBV DNA水平的显著降低:146779、146786、505329、505330、505339、505347、505358、509927、509934、509958、509959、509960、509974、5100038、510039、510040、510041、510100、510106及510116。通过DC蛋白质测定(BioRad)测量上清液中的总蛋白质,如表19中所呈现。
表15
在HepG2.2.15细胞中对HBV RNA的剂量依赖性反义抑制
表16
在HepG2.2.15细胞上清液中S抗原的剂量依赖性减少
表17
在HepG2.2.15细胞上清液中E抗原的剂量依赖性减少
表18
在HepG2.2.15细胞中对HBV DNA的剂量依赖性反义抑制
表19
在HepG2.2.15细胞上清液中的总蛋白质水平
实施例9:在HBV转基因小鼠中由MOE间隔体对HBV mRNA的体内抑制
ISIS146786(5-10-5MOE间隔体)及ISIS510100(3-10-4MOE间隔体)皆对HBV mRNA展现显著抑制,在含有HBV基因的转基因小鼠(Chisari1.3.32品系)(Guidotti,L.G.等,J.Virol.1995,69,6158-6169)中对其进行测试且评价所述间隔体的功效。
处理
每周两次向两组HBV转基因雄性及雌性小鼠(各组10-11只小鼠)皮下施用25mg/kgISIS146786或ISIS510100,历时4周。每日向另一组14只雄性及雌性HBV转基因小鼠施用1mg/kg恩替卡韦(一种用于治疗乙型肝炎感染的口服抗病毒药物),历时两周。每周两次向另一组10只雄性及雌性HBV转基因雌性小鼠皮下注射PBS,历时四周。注射PBS的小鼠用作对照组。测量肝脏HBV mRNA及DNA水平、血浆ALT以及体重和器官重量。
RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3370、RTS3371及RTS3372对HBV进行实时PCR分析。结果呈现为相对于PBS对照组的HBV mRNA的抑制百分比。如表20中所示,用ISIS反义寡核苷酸的处理引起HBV mRNA相较于PBS对照组有显著减少,与用于测量的引物探针集无关。恩替卡韦不使HBVmRNA表达减少。
表20
相对于PBS对照组的HBV转基因小鼠肝脏中HBV mRNA的抑制
DNA分析
自肝脏组织提取DNA以使用引物探针集RTS3370及RTS3371对HBV进行实时PCR分析。针对标准化水平。结果呈现为相对于PBS对照组的HBV DNA的抑制百分比。如表21中所示,用ISIS反义寡核苷酸的处理会引起HBV DNA相较于PBS对照组有显著减少,与用于测量的引物探针集无关。用恩替卡韦的处理也如所预期使得DNA水平降低。
表21
相对于PBS对照组的HBV转基因小鼠肝脏中HBV DNA的抑制
肝功能
为评价ISIS寡核苷酸对肝功能的影响,使用手动临床化学分析器(TecoDiagnostics,Anaheim,CA)测量转氨酶的血浆浓度。测量ALT(丙氨酸转氨酶)的血浆浓度且结果呈现于表22中,以IU/L表示。结果指示对HBV的反义抑制对小鼠的肝功能无不利影响。
表22
反义寡核苷酸处理对转基因小鼠的肝脏ALT的影响
IU/mL
PBS 12.7
ISIS146786 24.1
ISIS510100 25.8
恩替卡韦 23.7
所述研究的数据指示ISIS146786及ISIS510100两者使得肝脏HBV RNA及DNA稳固减少且用这些寡核苷酸的处理可被转基因小鼠良好耐受。
实施例10:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计其它靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。在测定中还包括几种来自上文所述的研究的反义寡核苷酸。使用LipofectAMINE试剂以100nM反义寡核苷酸转染密度为每孔28,000个细胞的培养的HepG2.2.15细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
表23中新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为5-10-5MOE间隔体。所述间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含5个核苷的翼侧接。5'翼段中的各核苷及3'翼段中的各核苷具有MOE糖修饰。中心间隔段中的各核苷具有脱氧糖修饰。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各间隔体当中的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。表23中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。
表23
由靶向SEQ ID NO:1的嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制(RTS3370)
实施例11:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计其它靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。在测定中还包括上文所述的研究中的几种反义寡核苷酸。使用LipofectAMINE试剂以70nM反义寡核苷酸转染密度为每孔28,000个细胞的培养的HepG2.2.15细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370测量mRNA水平。还使用RTS3372测量一些间隔体的mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
表24及25中新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为5-10-5MOE间隔体。所述间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含5个核苷的翼侧接。5'翼段中的各核苷及3'翼段中的各核苷具有MOE糖修饰。中心间隔段中的各核苷具有脱氧糖修饰。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各间隔体当中的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。表24中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。表25中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ ID NO:1286(GENBANK登录号U95551.1的置换型式)的病毒基因组序列。‘n/a’指示未用所述具体引物探针集测量所述具体间隔体的抑制数据。
表24
由靶向SEQ ID NO:1的嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制(RTS3370及RTS3372)
表25
由靶向SEQ ID NO:1286的嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制(RTS3370及RTS3372)
实施例12:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对病毒HBV RNA的剂量依赖性抑制
在人HepG2.2.15细胞中以各种剂量测试来自实施例11及12中所述的研究的某些间隔体。以每孔28,000个细胞的密度接种细胞且使用LipofectAMINE试剂以5.56nM、16.67nM、50.0nM及150.0nM浓度的反义寡核苷酸转染,如表26中所说明。在约16小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
各寡核苷酸的半数最大抑制浓度(IC50)也呈现于表26中。如表26中所说明,在用反义寡核苷酸处理的细胞中HBV mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表26
在HepG2.2.15细胞中使用RTS3370测得的对HBV RNA的剂量依赖性反义抑制
还使用引物探针集RTS3372测试其中一些ISIS寡核苷酸。结果呈现于表27中。
表27
在HepG2.2.15细胞中使用RTS3372测得的对HBV RNA的剂量依赖性反义抑制
实施例13:在HepG2.2.15细胞中由MOE间隔体对病毒HBV RNA的剂量依赖性抑制
在人HepG2.2.15细胞中以各种剂量测试来自上文所述的研究的某些间隔体。以每孔30,000个细胞的密度接种细胞且使用LipofectAMINE试剂以7.8125nM、15.625nM、31.25nM、62.5nM、125.0nM及250.0nM浓度的反义寡核苷酸转染,如表28中所说明。在约16小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
各寡核苷酸的半数最大抑制浓度(IC50)也呈现于表28中。如表28中所说明,在若干用反义寡核苷酸处理的细胞中HBV mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表28
在HepG2.2.15细胞中使用RTS3370测得的HBV RNA的剂量依赖性反义抑制
实施例14:在HepG2细胞中由MOE间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。在具有相似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果呈现于各别表中。还包括来自上文所述的研究的ISIS146786、509934、ISIS509959及ISIS510100。使用Lipofect以70nM反义寡核苷酸转染密度为每孔28,000个细胞的培养的HepG2细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370(正向序列:CTTGGTCATGGGCCATCAG,本文指定为SEQ ID NO:2;反向序列:CGGCTAGGAGTTCCGCAGTA,本文指定为SEQ ID NO:3;探针序列:TGCGTGGAACCTTTTCGGCTCC,本文指定为SEQ ID NO:4)测量mRNA水平。还使用引物探针集RTS3371(正向序列:CCAAACCTTCGGACGGAAA,本文指定为SEQ ID NO:311;反向序列:TGAGGCCCACTCCCATAGG,本文指定为SEQ ID NO:312;探针序列:CCCATCATCCTGGGCTTTCGGAAAAT,本文指定为SEQ ID NO:313)测量水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。在表32、35、42、45及46中所示的一些测定中,在单个培养盘中的两个孔中测量ISIS146786的效能。在那些状况下,已呈现两个孔中的抑制水平值。
下表中新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为2-9-5MOE间隔体、2-9-6MOE间隔体、2-10-8MOE间隔体、3-9-4MOE间隔体、3-9-5MOE间隔体、3-10-3MOE间隔体、3-10-4MOE间隔体、3-10-7MOE间隔体、4-9-3MOE间隔体、4-9-4MOE间隔体、4-10-6MOE间隔体、5-9-2MOE间隔体、5-9-3MOE间隔体、5-10-5MOE间隔体、6-9-2MOE间隔体、6-10-4MOE间隔体、7-10-3MOE间隔体或8-10-2MOE间隔体。2-9-5MOE间隔体的长度为16个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含2个核苷及5个核苷的翼侧接。2-9-6MOE间隔体的长度为17个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含2个核苷及6个核苷的翼侧接。2-10-8MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含2个核苷及8个核苷的翼侧接。3-9-4MOE间隔体的长度为16个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含3个核苷及4个核苷的翼侧接。3-9-5MOE间隔体的长度为17个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含3个核苷及5个核苷的翼侧接。3-10-3MOE间隔体的长度为16个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含3个核苷的翼侧接。3-10-4MOE间隔体的长度为17个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含3个核苷及4个核苷的翼侧接。3-10-7MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含3个核苷及7个核苷的翼侧接。4-9-3MOE间隔体的长度为16个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含4个核苷及3个核苷的翼侧接。4-9-4MOE间隔体的长度为17个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含4个核苷的翼侧接。4-10-6MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含4个核苷及6个核苷的翼侧接。5-9-2MOE间隔体的长度为16个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含5个核苷及2个核苷的翼侧接。5-9-3MOE间隔体的长度为17个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含5个核苷及3个核苷的翼侧接。5-10-5MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含5个核苷的翼侧接。6-9-2MOE间隔体的长度为17个核苷,其中中心间隔段包含9个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含6个核苷及2个核苷的翼侧接。6-10-4MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含6个核苷及4个核苷的翼侧接。7-10-3MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含7个核苷及3个核苷的翼侧接。8-10-2MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由分别包含8个核苷及2个核苷的翼侧接。5'翼段中的各核苷及3'翼段中的各核苷具有MOE糖修饰。‘基元’列指示在各寡核苷酸的翼段及间隔段中具有所述数目的核苷的基元。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各寡核苷酸当中的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。‘基元’列指示各间隔体的间隔及翼结构。下表中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ IDNO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。将新设计的寡核苷酸的效能与ISIS146786、509934、ISIS509959及ISIS510100相比较,它们的信息已置放于各表顶部。
表29
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表30
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表31
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表32
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表33
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表34
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表35
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表36
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表37
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表38
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表39
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表40
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表41
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表42
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表43
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表44
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表45
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表46
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
实施例15:在HepG2细胞中由脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。在具有相似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果呈现于下文所示的各别表中。在这些研究中还包括先前申请(2011年4月21日提交的美国临时申请号61/478,040)中所述的ISIS146786及ISIS509934以进行比较。使用Lipofect以70nM反义寡核苷酸转染密度为每孔28,000个细胞的培养的HepG2细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3370(正向序列:CTTGGTCATGGGCCATCAG,本文指定为SEQ ID NO:1;反向序列:CGGCTAGGAGTTCCGCAGTA,本文指定为SEQ ID NO:2;探针序列:TGCGTGGAACCTTTTCGGCTCC,本文指定为SEQ ID NO:3)测量mRNA水平。还使用引物探针集RTS3371(正向序列:CCAAACCTTCGGACGGAAA,本文指定为SEQID NO:311;反向序列:TGAGGCCCACTCCCATAGG,本文指定为SEQ ID NO:312;探针序列:CCCATCATCCTGGGCTTTCGGAAAAT,本文指定为SEQ ID NO:313)测量水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
下表中新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体。间隔体的长度为16个核苷,其中核苷具有MOE糖修饰、(S)-cEt糖修饰或脱氧修饰。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰。‘k’指示(S)-cEt糖修饰;数字指示脱氧核苷的数目;且‘e’指示MOE修饰。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各寡核苷酸当中的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。下表中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。将新设计的寡核苷酸的效能与ISIS146786、509934、ISIS509959及ISIS510100相比较。
表47
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表48
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表49
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表50
以RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表51
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
表52
以RTS3370测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
实施例16:在HepG2细胞中由MOE间隔体对HBV mRNA的剂量依赖性反义抑制
选择来自实施例14中所述的研究且对HBV mRNA展现体外抑制的反义寡核苷酸且在HepG2细胞中以各种剂量测试。以每孔28,000个细胞的密度接种细胞且使用Lipofect以9.26nM、27.78nM、83.33nM及250.00nM浓度的反义寡核苷酸转染,如表53中所说明。在约16小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用HBV引物探针集RTS3371测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBVmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
如表53中所说明,在用反义寡核苷酸处理的细胞中HBV mRNA水平以剂量依赖性方式降低。‘n/a’指示所述剂量的数据不可得。
表53
在HepG2细胞中对人HBV的剂量依赖性反义抑制
实施例17:在HepG2细胞中由脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体对HBVmRNA的剂量依赖性反义抑制
选择来自实施例15中所述的研究且对HBV mRNA展现体外抑制的反义寡核苷酸且在HepG2细胞中以各种剂量测试。以每孔28,000个细胞的密度接种细胞且使用Lipofect以9.26nM、27.78nM、83.33nM及250.00nM浓度的反义寡核苷酸转染,如表54中所说明。在约16小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用HBV引物探针集RTS3371测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBVmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
如表54中所说明,在用反义寡核苷酸处理的细胞中HBV mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表54
在HepG2细胞中对人HBV的剂量依赖性反义抑制
实施例18:在HepG2细胞中由脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计其它靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。在这些研究中还包括US5985662中所公开的ISIS5808及ISIS9591以及ISIS146781、ISIS146786、524518、ISIS552859及ISIS552870以进行比较且用星号加以辨别。使用Lipofect以100nM反义寡核苷酸转染密度为每孔28,000个细胞的培养的HepG2细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。分别使用病毒引物探针集RTS3370及RTS3371测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
下表中新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为MOE间隔体或脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体。5-10-5MOE间隔体的长度为20个核苷,其中中心间隔段包含10个2'-脱氧核苷且在两侧上(在5'及3'方向上)由各自包含5个核苷的翼侧接。脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体的长度为16个核苷,其中核苷具有MOE糖修饰、(S)-cEt糖修饰或脱氧修饰。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰。‘k’指示(S)-cEt糖修饰;数字指示脱氧核苷的数目;另外,‘d’指示脱氧核苷;且‘e’指示MOE修饰。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各寡核苷酸当中的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。表55中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。
表55
以RTS3370或RTS3371测量的由嵌合反义寡核苷酸对病毒HBV mRNA水平的抑制
实施例19:靶向HBV的间隔体对转基因小鼠的功效
在多个研究中用ISIS反义寡核苷酸处理转基因小鼠以评价间隔体的功效。评估HBV DNA及RNA水平。
研究1
每周两次向各组12只小鼠皮下注射50mg/kg ISIS510106、ISIS510116、ISIS505347或ISIS509934,历时4周。每周两次向对照组12只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集肝脏以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3370、RTS3371及RTS3372对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3370及RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。数据呈现于表56中,表示为相较于对照组的抑制百分比。如表56中所示,相较于PBS对照组,大部分反义寡核苷酸使得HBVDNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。化学列指示各间隔体的间隔-翼基元。
表56
对转基因小鼠肝脏中HBV RNA及DNA的抑制
研究2
每周两次向各组6只小鼠皮下注射50mg/kg ISIS146779、ISIS505358、ISIS146786、ISIS509974、ISIS509958或ISIS509959,历时4周。每周两次向对照组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集肝脏以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3370对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3370测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。数据呈现于表57中,表示为相较于对照组的抑制百分比。如表57中所示,相较于PBS对照组,大部分反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。化学列指示各间隔体的间隔-翼基元。
表57
对转基因小鼠肝脏中HBV RNA及DNA的抑制百分比
研究3
每周两次向各组6只小鼠皮下注射50mg/kg ISIS509960、ISIS505329、ISIS146786、ISIS505339或ISIS509927,历时4周。每日向另一组6只小鼠施用1mg/kg恩替卡韦(一种用于治疗乙型肝炎感染的口服抗病毒药物),历时两周。每周两次向对照组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集肝脏以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。数据呈现于表58中,表示为相较于对照组的抑制百分比。如表58中所示,相较于PBS对照组,大部分反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。化学列指示各间隔体的间隔-翼基元。
表58
对转基因小鼠肝脏中HBV RNA及DNA的抑制百分比
研究4
每周两次向各组6只小鼠皮下注射25mg/kg ISIS146786、ISIS552176及ISIS552073,历时4周。每周两次向一组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血浆以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。数据呈现于表59中。如表59中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBVmRNA或DNA的抑制百分比。化学列指示各间隔体的间隔-翼基元。
表59
对转基因小鼠的HBV RNA及DNA的抑制百分比
肝功能
为评价ISIS寡核苷酸对肝功能的影响,使用自动临床化学分析器(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量ALT的血浆浓度(Nyblom,H.等,Alcohol&Alcoholism39:336-339,2004;Tietz NW(编):Clinical Guide to Laboratory Tests,第3版,W.B.Saunders,Philadelphia,PA,1995)。结果呈现于表60中,以IU/L表示。认为两种ISIS寡核苷酸皆可由小鼠耐受,如由小鼠肝脏转氨酶概况所表明。
表60
转基因小鼠的ALT水平(IU/L)
ALT
PBS 77
ISIS146786 21
ISIS552073 19
ISIS552176 27
研究5
每周两次向各组6只小鼠皮下注射25mg/kg ISIS146786、ISIS552056、ISIS552088及ISIS552309,历时4周。每周两次向一组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血浆以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。如表61中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。化学列指示各间隔体的间隔-翼基元。
表61
对转基因小鼠的HBV DNA及RNA的抑制百分比
研究6
每周两次向各组6只小鼠皮下注射25mg/kg ISIS146786、ISIS505330、ISIS509932、ISIS552032、ISIS552057、ISIS552075、ISIS552092及ISIS552255,历时4周。每周两次向一组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血浆以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。如表62中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。化学列指示各间隔体的间隔-翼基元。
表62
对转基因小鼠的HBV DNA及RNA的抑制百分比
研究7
每周两次向各组6只小鼠皮下注射20mg/kg ISIS552859、ISIS577121、ISIS577122、ISIS577123、ISIS577132、ISIS577133及ISIS577134,历时4周。这些间隔体具有脱氧、MOE及(S)-cEt化学。每周两次向一组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血浆以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。如表63中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰。‘k’指示(S)-cEt糖修饰;数字指示脱氧核苷的数目;另外,‘d’指示脱氧核苷;且‘e’指示MOE修饰。
表63
对转基因小鼠的HBV DNA及RNA的抑制百分比
研究8
每周两次向一组6只小鼠皮下注射25mg/kg ISIS146786(5-10-5MOE间隔体),历时4周。每周两次向各组6只小鼠皮下注射10mg/kg ISIS552803、ISIS552903、ISIS552817、ISIS552822及ISIS552907,历时4周。这些间隔体皆具有脱氧、MOE及(S)-cEt化学。每周两次向一组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血浆以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。数据呈现于表64中。如表64中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰。‘k’指示(S)-cEt糖修饰;数字指示脱氧核苷的数目;另外,‘d’指示脱氧核苷;且‘e’指示MOE修饰;在MOE间隔体的状况下,化学列定义间隔-翼结构。
表64
对转基因小鼠的HBV RNA及DNA的抑制百分比
研究9
每周两次向一组6只小鼠皮下注射25mg/kg ISIS146786,历时4周。每周两次向各组6只小鼠皮下注射10mg/kg ISIS552853、ISIS552854、ISIS552932及ISIS552938,历时4周。每周两次向一组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血浆以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。如表65中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰。‘k’指示(S)-cEt糖修饰;数字指示脱氧核苷的数目;另外,‘d’指示脱氧核苷;且‘e’指示MOE修饰;在MOE间隔体的状况下,化学列定义间隔-翼结构。
表65
对转基因小鼠的HBV DNA及RNA的抑制百分比
研究10
每周两次向一组6只小鼠皮下注射25mg/kg ISIS146786,历时4周。每周两次向各组6只小鼠皮下注射10mg/kg ISIS552922、ISIS552923、ISIS552942、ISIS552872、ISIS552925、ISIS552937及ISIS552939,历时4周。每周两次向一组10只小鼠皮下注射PBS,历时4周。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血浆以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3371对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。如表66中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰。‘k’指示(S)-cEt糖修饰;数字指示脱氧核苷的数目;另外,‘d’指示脱氧核苷;且‘e’指示MOE修饰;在MOE间隔体的状况下,化学列定义间隔-翼结构。
表66
对转基因小鼠的HBV DNA及RNA的抑制百分比
实施例20:靶向HBV的间隔体对转基因小鼠的功效
使用带有HBV基因片段的小鼠(Guidotti,L.G.等,J.Virol.1995,69,6158-6169)。用选自上文所述的研究的ISIS反义寡核苷酸处理小鼠且评价其对这个模型的功效。评估HBV DNA、RNA及抗原水平。
在第一周每周两次向各组10只小鼠皮下注射50mg/kg ISIS146786或ISIS510100,且继而在随后3周内每周两次皮下注射25mg/kg ISIS146786或ISIS510100。以类似方式用ISIS141923(CCTTCCCTGAAGGTTCCTCC,SEQ ID NO:320;无已知鼠类目标的5-10-5MOE间隔体)或ISIS459024(CGGTCCTTGGAGGATGC,SEQ ID NO:1351;无已知鼠类目标的3-10-4MOE间隔体)处理各对照组10只小鼠。在最后一次给药后48小时使小鼠安乐死,且收集器官及血清以进行进一步分析。
DNA及RNA分析
自肝脏组织提取RNA以使用引物探针集RTS3370、RTS3371或RTS3372(正向序列:ATCCTATCAACACTTCCGGAAACT,指定为SEQ ID NO:314;反向序列:CGACGCGGCGATTGAG,指定为SEQ ID NO:315;探针序列:AAGAACTCCCTCGCCTCGCAGACG,指定为SEQ ID NO:316)对HBV DNA进行实时PCR分析。针对荧光染料picogreen标准化DNA水平。在RT-PCR分析后还用引物探针集RTS3370及RTS3371测定HBV RNA样品。针对标准化mRNA水平。数据呈现于表67中。在研究期后分析血清DNA样品。数据呈现于表68中,相对于在对照组中所测量的水平来表示。如表67及68中所示,相较于PBS对照组,反义寡核苷酸使得HBV DNA及RNA有所减少。结果呈现为相对于对照组的HBV mRNA或DNA的抑制百分比。化学列定义各间隔体的间隔-翼结构。
表67
对转基因小鼠肝脏中HBV RNA及DNA的抑制百分比
表68
对转基因小鼠血清中HBV DNA的抑制百分比
HBV抗原分析
用ELISA技术检测上清液中的HBV抗原。通过来自Abazyme LLC,MA的ELISA检测HBs抗原(HBsAg)水平。如表57中所呈现,用ISIS寡核苷酸146786或510100的处理会引起HBsAg水平降低。通过来自International Immuno-diagnostics,CA的ELISA检测HBe抗原(HBeAg)水平。如表69中所呈现,用ISIS寡核苷酸146786或510100的处理也会引起HBeAg水平降低。
表69
转基因小鼠的HBV抗原水平(PEI U/mL)
HBsAg HBeAg
PBS 40 80
146786 3 15
510100 15 22
141923 32 80
459024 44 51
实施例21:在HepG2细胞中由脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体对HBV病毒mRNA的反义抑制
设计其它靶向HBV病毒核酸的反义寡核苷酸且测试其在体外对HBV mRNA的作用。在测定中还包括ISIS146786、ISIS505358、ISIS509932及ISIS510100(公开于2011年4月21日提交的美国临时申请号61/478,040中);ISIS552859(公开于2012年2月8日提交的美国临时申请号61/596692中);ISIS577121、ISIS577122、ISIS577123、ISIS577132、ISIS577133及ISIS577134(公开于上文所述的研究中)。使用细胞转染素(Cytofectin)以9.375nM、18.75nM、37.50nM、75.00nM、150.00nM或300.00nM反义寡核苷酸转染密度为每孔28,000个细胞的培养的HepG2细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3371测量mRNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的HBV的抑制百分比。
下表中新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计为脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体。脱氧间隔体、MOE间隔体及(S)-cEt间隔体的长度为16个、17个或18个核苷,其中核苷具有MOE糖修饰、(S)-cEt糖修饰或脱氧修饰。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰。‘k’指示(S)-cEt糖修饰;数字指示脱氧核苷的数目;另外,‘d’指示脱氧核苷;且‘e’指示MOE修饰。整个各间隔体当中的核苷间键为硫代磷酸酯(P=S)键。整个各寡核苷酸当中的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由间隔体靶向的3'-最末端核苷酸。表70中所列的各间隔体靶向本文指定为SEQ IDNO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。
表70
靶向SEQ ID NO:1的嵌合反义寡核苷酸
表71
由嵌合反义寡核苷酸对HBV mRNA水平的剂量依赖性抑制
表72
由嵌合反义寡核苷酸对HBV mRNA水平的剂量依赖性抑制
实施例22:分析均一脱氧寡核苷酸在HepG2细胞中抑制HBV mRNA的效能
测试其它反义寡核苷酸在体外对HBV mRNA的作用。在测定中还包括ISIS5808及ISIS9591(US5985662中所公开)。在测定中包括ISIS146786作为基准。使用Lipofect以18.75nM、37.50nM、75.00nM、150.00nM或300.00nM反义寡核苷酸转染密度为每孔28,000个细胞的培养的HepG2细胞。在约24小时的处理期后,自细胞分离RNA且通过定量实时PCR测量HBV mRNA水平。使用病毒引物探针集RTS3371测量mRNA及DNA水平。根据如由所测量的总RNA含量调整HBV mRNA水平。还通过ELISA测量S抗原及E抗原水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞的抑制百分比。
所测试的反义寡核苷酸ISIS582699、ISIS582700及ISIS582701是根据Korba及Gerin,Antiviral Research,1995,第28卷,225-242中所公开的序列及化学来设计;参考文献中的所述寡核苷酸的相应名称分别为S1、C1及L2c。下表中的反义寡核苷酸被设计为均一脱氧寡核苷酸,长度为16个或21个核苷,其中核苷具有脱氧修饰。“病毒目标起始位点”指示病毒基因序列中由寡核苷酸靶向的5'-最末端核苷酸。“病毒目标终止位点”指示病毒基因序列中由寡核苷酸靶向的3'-最末端核苷酸。表73中所列的各寡核苷酸靶向本文指定为SEQID NO:1(GENBANK登录号U95551.1)的病毒基因组序列。结果指示脱氧寡核苷酸对HBV mRNA表达水平、DNA水平及HBV抗原水平的作用可忽略不计。
表73
靶向SEQ ID NO:1的均一脱氧寡核苷酸
表74
在用寡核苷酸处理后对HBV mRNA水平的剂量依赖性抑制
表75
在用寡核苷酸处理后对HepG2细胞中HBV DNA水平的剂量依赖性抑制
表76
在用寡核苷酸处理后的HBV S抗原水平(任意单位)
表77
在用寡核苷酸处理后的HBV E抗原水平(任意单位)

Claims (8)

1.一种化合物,包括单链的修饰的寡核苷酸,其中所述单链的修饰的寡核苷酸由具有核酸碱基序列SEQ ID NO:226的20个连接的核苷组成,并且所述单链的修饰的寡核苷酸包含:
间隔段,其由10个连接的脱氧核苷组成;
5’翼段,其由5个连接的核苷组成;以及
3’翼段,其由5个连接的核苷组成;
其中所述间隔段位于所述5’翼段与所述3’翼段之间,其中每个翼段的每个核苷均包含2’-O-甲氧基乙基糖;并且其中每个核苷间键均为硫代磷酸酯键,并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
2.如权利要求1中所述的化合物,其中所述化合物由所述单链的修饰的寡核苷酸组成。
3.如权利要求1中所述的化合物,其中所述化合物是缀合的反义化合物。
4.一种组合物,其包含如权利要求1至3中任一项所述的化合物或其盐以及药学上可接受的载体或稀释剂中的至少一个。
5.权利要求1-3中任一项所述的化合物或权利要求4所述的组合物在制备药物中的用途,所述药物用于治疗主体中HBV相关疾病、病症或病状,其中所述疾病、病症或病状是黄疸、肝纤维化、炎症、肝硬化、肝衰竭、肝癌、弥漫性肝细胞炎症性疾病、噬血细胞综合征、HBV病毒血症或与肝脏疾病相关的移植。
6.利要求1-3中任一项所述的化合物或权利要求4所述的组合物在制备药物中的用途,所述药物用于治疗主体中HBV相关疾病、病症或病状,其中所述疾病、病症或病状是肝炎。
7.利要求1-3中任一项所述的化合物或权利要求4所述的组合物在制备药物中的用途,所述药物用于治疗主体中HBV相关疾病、病症或病状,其中所述疾病、病症或病状是血清肝炎。
8.权利要求1-3中任一项所述的化合物或权利要求4所述的组合物在制备药物中的用途,所述药物用于降低HBV感染的主体中的HBsAG水平。
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