CN103550764A - 疫苗组合物及其在刺激免疫反应中的用途 - Google Patents

Abstract

本发明尤其涉及引起抗病原体的免疫反应的方法，包括：给予(i)源自所述病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂；其中所述一种或多种第一免疫原性多肽、所述一种或多种腺病毒载体和所述佐剂并行给予。本发明还涉及采用所述多肽、腺病毒载体和佐剂的病毒、药物组合物、试剂盒和用途。

Description

疫苗组合物及其在刺激免疫反应中的用途

本申请是2008年2月28日提交的题为“新的方法和组合物”的国家申请号为200880014359.7（PCT/EP2008/052448）的发明专利申请的分案申请。 

技术领域

本发明涉及新的疫苗组合物及其用于刺激哺乳动物尤其人中的免疫反应的用途，特别是用于预防和治疗病原体所致的感染。具体地，本发明涉及能够在受试者中诱导CD4+和CD8+T细胞反应以及抗体反应而不依赖于复杂的初免-加强（prime-boost）方案的组合物。 

背景技术

十九世纪晚期开始，灭活的整个有机体就已成功地用于疫苗接种。近来，采用了涉及给予提取物、亚基、类毒素和荚膜多糖的疫苗。自从可以使用基因工程技术以来，重组蛋白的使用成为了受欢迎的策略，它消除了与使用来自天然来源的纯化蛋白相关的一些风险。 

早期的疫苗方法基于在体内刺激免疫反应的某些方面的蛋白的给药。随后理解到还可以通过给予可以被宿主转录和翻译成免疫原性蛋白的DNA来增加免疫反应。 

哺乳动物免疫反应具有两个重要的组分：体液反应和细胞介导的反应。体液反应包括循环抗体的产生，该循环抗体结合其所特异性的抗原，从而中和抗原并有助于其随后的清除，这种清除是通过涉及其他细胞毒性或吞噬性细胞的过程达成的。B细胞负责产生抗体（浆B细胞），并保持免疫性体液记忆（记忆B细胞），即，在第一次接触抗原（例如，通过疫苗接种）后若干年识别该抗原的能力。细胞介导的反应涉及许多不同类型的细胞的相互影响，尤其是T细胞。T细胞分为一些不同的亚型，主要是CD4+和CD8+细胞。 

诸如巨噬细胞和树突细胞等抗原呈递细胞(APC)充当免疫系统的守卫，屏蔽机体与外来抗原。当APC检测到胞外的外来抗原时，将这些抗原吞噬（吞入）到APC内，这些抗原在此被加工成较小的肽。随后，这些肽被呈递到APC表面的II类主要组织相容性复合体（MHC II）上，它们在此可以 被表达CD4表面分子的抗原特异性T淋巴细胞（CD4+T细胞）识别。当CD4+T细胞在存在其他足够的共刺激信号的条件下，识别它们在MHC II分子上的特异性抗原时，它们被激活，并分泌一批细胞因子，这些细胞因子随后激活其他组的免疫系统。一般地，CD4+T细胞根据抗原识别后它们所产生的反应类型被分为1类辅助性T细胞（Th1）或2类辅助性T细胞（Th2）亚型。在识别肽-MHC II复合体后，Th1CD4+T细胞分泌白细胞介素和细胞因子（如干扰素γ），从而激活巨噬细胞释放有毒化学物质，如一氧化氮和活性氧/氮。IL-2和TNF-α也一般被分为Th1细胞因子。相比之下，Th2CD4+细胞一般分泌如IL-4、IL-5或IL-13等白细胞介素。 

辅助性CD4+T细胞的其他功能包括为激活B细胞产生和释放抗体提供帮助。它们还可以参与抗原特异性CD8+T细胞的激活，CD8+T细胞是除CD4+T细胞之外的另一主要的T细胞亚型。 

当在存在适当的共刺激信号的条件下，CD8+T细胞特异性的肽由I类主要组织相容性（MHC I）分子呈递到宿主细胞表面时，CD8+T细胞识别它们。为了呈递到MHC I分子上，外来抗原需要直接进入细胞内（胞质溶胶或核），如在病毒或胞内细菌直接穿过宿主细胞或在DNA疫苗接种后的情况下。在细胞内，抗原被加工成小肽，这些小肽将被加载到MHC I分子上，重新定位到细胞表面。在激活后，CD8+T细胞分泌一批细胞因子，如干扰素γ，它们激活巨噬细胞和其他细胞。具体地，CD8+T细胞的一个亚组在激活后分泌溶解性和细胞毒性分子（如，粒酶（granzyme）、穿孔素）。这种CD8+T细胞被称为细胞毒性T细胞。 

最近，描述了抗原呈递的另一途径，该途径涉及将胞外抗原或其片段加载到MHC I复合体上，它被称为“交叉呈递”。 

T细胞反应的性质还受疫苗中所使用的佐剂的组成的影响。例如，已经显示含有MPL&QS21的佐剂能激活Th1CD4+T细胞分泌IFN-γ（Stewart等人Vaccine.2006,24(42-43):6483-92）。 

尽管已熟知佐剂在增强对蛋白抗原的免疫反应中有作用，但它们一般不与DNA或DNA基载体疫苗接种结合使用。有一些关于佐剂为何不与DNA载体基疫苗结合使用的假说。确实，佐剂和载体之间的干涉可能对它们的稳 定性有影响。此外，人们可能预测到在减毒载体中添加佐剂能增加此产品诱导的反应原性。最后，增加DNA载体基疫苗的免疫原性可以导致抗载体本身的中和免疫反应增强，从而排除了相同载体基疫苗随后注射的任何加强效应。事实上，在涉及防止恶性疟原虫（p.falciparum）感染中，Jones等人（2001,J infect Diseases183,303-312）已报道了在DNA的初次免疫后组合DNA、重组蛋白和佐剂作为加强组合物的不利后果。确实，在加强组合物只含有蛋白和佐剂的群组中寄生虫血症的水平显著较低。推断在此方法中使用DNA、重组蛋白和佐剂的组合不利地影响了寄生虫血症和抗体反应的后果。 

另一方面，有加佐剂的DNA基载体疫苗效力增强的报道（Ganne等人Vaccine(1994)12(1301190-1196)。具体地，通过添加油佐剂的复制缺陷型腺病毒载体疫苗效力的增强与较高的抗体水平相关，但是未报道对CD4和CD8T细胞反应的影响。 

WO2007/016715公开了非致病性病毒作为佐剂的用途。它未提出所述病毒可以含有任何异源多核苷酸。 

通常认为CD4+和CD8+细胞两者的刺激都是最佳保护性免疫所需的，尤其是在某些疾病中，如HIV感染/AIDS。为预防性或治疗性地诱导最佳的免疫反应，需要刺激CD4+和CD8+细胞两者。这是“初免-加强”疫苗接种策略的主要目的之一，其中蛋白基疫苗（主要诱导CD4+T细胞）与DNA载体基疫苗（即，裸DNA、病毒载体或胞内细菌载体，如李斯特菌（listeria））（主要诱导CD8+T细胞）的交替给药或相反情况很可能激活CD4+和CD8+T细胞反应。 

然而，尽管“初免-加强”疫苗策略一般可能产生更强或更平衡的反应，不止一次，且当然是超过两次接种的需要可能是繁琐的或甚至不可能的，尤其是在发展中国家的大量免疫程序中。 

此外，如上面已经提到的，通常不可能加强病毒载体组分，因为可能产生抗载体本身的免疫。 

因此，本发明的目的包括下列的一个或多个：(a)提供完整的疫苗接种方法和疫苗组合物，该疫苗组合物刺激CD4+和/或CD8+细胞和/或抗体产生，尤其是能消除或减轻重复免疫接种的需要；(b)提供疫苗接种方法和疫苗组合 物，该疫苗组合物与仅含有免疫原性多肽或仅含有多核苷酸的疫苗组合物相比，或与包括单独给予免疫原性多肽和多核苷酸的传统初免-加强方法相比，更好地刺激CD4+细胞和/或CD8+细胞和/或抗体产生；(c)提供刺激或更好地刺激Th1反应的疫苗组合物；(d)提供疫苗组合物和疫苗接种方法，其中组分的所需剂量，尤其是病毒载体的所需剂量是最小的；和(e)更一般地提供可用于治疗或防止病原体引起的疾病的疫苗组合物和疫苗接种方法。所谓“更好地刺激”是指反应的强度和/或持久性增强。 

发明内容

因此，根据本发明，提供一种引起抗病原体的免疫反应的方法，包括给予(i)源自所述病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂；其中所述一种或多种第一免疫原性多肽、所述一种或多种腺病毒载体和所述佐剂并行给予。 

根据本发明的具体方面，提供一种疫苗组合物，包含(i)源自病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂。 

还提供一种免疫原性组合物，包含（i）源自病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂。 

所述疫苗和免疫原性组合物适当地刺激病原体特异性CD4+T细胞和/或CD8+T细胞和/或抗体的产生。 

所谓“病原体特异性CD4+T细胞和/或CD8+T细胞和/或抗体”是指特异性识别整个病原体或其部分（如，免疫原性亚基）的CD4+T细胞和/或CD8+T细胞和/或抗体。所谓“特异性识别”是指CD4+T细胞和/或CD8+T细胞和/或抗体以免疫特异性方式而不是非特异性方式识别所述病原体（或 其部分）。 

还提供一种刺激哺乳动物中免疫反应的方法，该方法包括给予受试者免疫有效量的此种组合物。 

还提供此种组合物在制造用于刺激哺乳动物中免疫反应的药物中的用途。 

还提供此种组合物用于刺激哺乳动物中的免疫反应。 

还提供刺激哺乳动物中病原体特异性CD4+T细胞和/或CD8+T细胞和/或抗体产生的方法，包括给予所述哺乳动物(i)源自病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂；其中所述一种或多种第一免疫原性多肽、所述一种或多种腺病毒载体和所述佐剂并行给予，例如通过给予免疫有效量的上述组合物。 

还提供了上述组合物在制备药物中的用途，所述药物用于刺激哺乳动物中病原体特异性的CD4+和/或CD8+细胞和/或抗体的产生。 

例如，刺激CD4+T细胞或CD8+T细胞或抗体产生。 

合适的是刺激CD4+T细胞和/或CD8+T细胞和/或抗体中的2种、尤其是3种的产生。 

合适的是刺激CD8+T细胞的产生。合适的是刺激CD4+和CD8+T细胞的产生。合适的是刺激CD4+和CD8+T细胞和抗体的产生。 

另外合适的是刺激CD4+T细胞的产生。合适的是刺激CD4+和抗体的产生。 

另外合适的是刺激抗体的产生。 

本发明的方法旨在适合地提供用于引起免疫反应的完整方法的足够步骤（尽管需要时可以重复该方法）。因此合适的是该方法不包括使用初免剂量的任何免疫原性多肽或编码任何免疫原性多肽的多核苷酸（例如，载体形式，如腺病毒载体）。 

例如，提供了引起抗病原体的免疫反应的方法，该方法由下列组成：(a)给予(i)源自所述病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多 种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂；其中所述一种或多种免疫原性多肽、所述一种或多种腺病毒载体和所述佐剂并行给予；和(b)任选地重复步骤(a)。 

如果重复能产生改善的免疫反应则可以重复该方法的步骤。可以不需要任何重复而获得足够的反应，至少是就T细胞反应来说。 

还提供了引起抗病原体的免疫反应的方法，该方法包括(a)给予(i)源自所述病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂；其中所述一种或多种第一免疫原性多肽、所述一种或多种腺病毒载体和所述佐剂并行给予；所述方法不包括给予任何初免剂量的免疫原性多肽或编码免疫原性多肽的多核苷酸。 

还提供了一种试剂盒，所述试剂盒包含(i)源自病原体的一种或多种第一免疫原性多肽；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种第二免疫原性多肽；和(iii)佐剂；具体地，包含(i)源自病原体的一种或多种第一免疫原性多肽和佐剂；和(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种第二腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码源自所述病原体的一种或多种免疫原性多肽；所述试剂盒用于根据本发明的方法。 

本发明的组合物和方法可用于预防未感染过病原体的（naive）受试者中由病原体所致的感染，或预防之前病原体感染过的受试者再次感染，或治疗被病原体感染的受试者。 

附图简述 

图1显示质粒p73i-Tgrn的构建的代表图； 

图2-8显示实施例1中所讨论的实验的结果，具体地： 

图2a、2b、3a、3b：在各种免疫方法之后在不同的时间点，响应于源自p24、RT、Nef和p17的肽库的再次刺激的CD4+和CD8+T细胞反应； 

图4：抗F4的抗体反应； 

图5-8：分别抗F4组分p24、RT、p17和Nef的抗体反应； 

图9显示实施例2中所讨论的实验结果，具体地：在各种免疫方法后，响应于源自p24和RT的肽库的再次刺激的CD4+T细胞反应。 

图10-12显示实施例3所讨论的实验的结果，具体地： 

图10显示兔PBMC抗含有F4序列的肽库的淋巴增殖性反应； 

图11显示抗F4的抗体反应的时程； 

图12a和12b分别显示抗F4组分p24和RT的抗体反应（第77天）； 

图13显示HIV-1特异性CD4T细胞的定量； 

图14显示在两次免疫后7天F4特异性CD4T细胞的频率分布； 

图15显示两次免疫后7天F4特异性CD4T细胞的细胞因子产生； 

图16显示HIV-1特异性CD8T细胞的定量； 

图17显示在两次免疫后7天F4特异性CD8T细胞的细胞因子产生； 

图18显示CSP特异性CD4T细胞的定量； 

图19显示CSP特异性CD8T细胞的定量； 

图20显示CSP（N末端）特异性CD4T细胞的定量； 

图21显示CSP（C末端）特异性CD4T细胞的定量； 

图22显示CSP（N末端）特异性CD8T细胞的定量； 

图23显示CSP（C末端）特异性CD8T细胞的定量； 

图24显示CSP特异性抗体效价的定量。 

序列表总结 

上面所列的序列可以作为本发明示例性方面中所用的多肽或编码多肽的多核苷酸使用。所述多肽可以由上述序列组成或包含上述序列。任选初始Met残基。任选N末端His残基（包括紧随初始Met之后的His残基，如SEQ ID No9）或者可以采用不同长度的N末端His标签（如，通常可以采用最多6个His残基以有助于蛋白分离）。可以采用与参考序列的全长具有显著序列同一性的类似蛋白，如大于80%，如大于90%，如大于95%，如大于99%的序列同一性，尤其是在类似蛋白具有类似的功能时，具体是在类似蛋白具有类似的免疫原性时。例如可以接受最多20个，如最多10个，如1-5个取代（如，保守取代）。可以采用与上述那些不同但是编码相同蛋白或上述类似蛋白的核酸。可以通过常规方法测定序列同一性，如使用BLAST。在可能提到的一个SEQ ID No16的特定变体中，残基398是Ser而不是Cys。 

发明详述 

如本文所用，术语“并行（concomitantly）”意指所述一种或多种免疫原性多肽、一种或多种腺病毒载体和佐剂在不超过12小时的期间内给予，如在不超过1小时的期间内，通常是在一次的情况下，例如，在对健康专家的 同一次探访过程中，例如所述一种或多种免疫原性多肽、一种或多种腺病毒载体和佐剂顺序给予或同时给予。 

如本文所用，术语“表位”是指免疫原性氨基酸序列。表位通常是指通常6-8个氨基酸的最小氨基酸序列，该最小序列在从其天然环境移出时是免疫原性的，如移植到异源多肽中时。表位还可指蛋白的免疫原性部分，其中含有表位的多肽被称为抗原（或者有时称为“多肽抗原”）。多肽或抗原可以含有一个或多个（如2个或3个或更多个）不同的表位。术语“表位”包括B细胞和T细胞表位。术语“T细胞表位”包括CD4+T细胞表位和CD8+T细胞表位（有时也称为CTL表位）。 

术语“免疫原性多肽”是指免疫原性的多肽，也就是说能够在哺乳动物中引起免疫反应，因此含有一个或多个表位（如，T细胞和/或B细胞表位）。免疫原性多肽可以含有一个或多个多肽抗原（如非天然排列的，如在融合蛋白中）。 

免疫原性多肽通常为重组蛋白，通过（例如）在诸如细菌宿主、酵母或培养的哺乳动物细胞等异源宿主中表达来制备。 

术语“源自病原体的多肽”是指部分或完整地含有在病原体中天然出现的序列（即，抗原）或与其具有高度序列同一性（如，在一段至少10个，例如至少20个氨基酸的长度上大于95%的同一性）的多肽。 

免疫原性多肽可以含有一个或多个（例如，1、2、3或4个）多肽抗原。 

除非另外指明，否则“免疫反应”可以是细胞反应和/或体液反应。 

在本发明的一个实施方式中，所述一种或多种第一免疫原性多肽的一种或多种基本上与所述一种或多种第二免疫原性多肽的一种或多种相同。例如，至少一种第一免疫原性多肽之一和至少一种第二免疫原性多肽之一的整体序列同一性沿一个或另一个免疫原性多肽的长度可以为90%或更高，如95%或更高，如98%或99%或更高。 

在本发明的另一个实施方式中，所述一种或多种第一免疫原性多肽的一种或多种含有至少一个与所述第二免疫原性多肽的一种或多种中所含的抗原基本上相同的抗原。例如，至少一种第一免疫原性多肽之一和至少一种第二免疫原性多肽之一的整体序列同一性在一段20个氨基酸或更多，如40个 氨基酸或更多，如60个氨基酸或更多的长度上可以为90%或更高，如95%或更高，如98%或99%或更高。 

合适地，一种或多种第一免疫原性多肽含有至少一个T细胞表位。 

合适地，一种或多种第二免疫原性多肽含有至少一个T细胞表位。 

合适地，一种或多种第一免疫原性多肽含有至少一个B细胞表位。 

合适地，一种或多种第二免疫原性多肽含有至少一个B细胞表位。 

在本发明的另一个实施方式中，所述一种或多种第一免疫原性多肽的一种或多种和所述第二免疫原性多肽的一种或多种共有一个或多个相同的B细胞和/或T细胞表位。合适地，它们共有一个或多个相同的氨基酸序列，所述氨基酸序列长度为10个氨基酸或更多，如15个氨基酸或更多，如25个氨基酸或更多。 

在本发明的另一个实施方式中，所述一种或多种第一免疫原性多肽的一种或多种没有一种与所述一种或多种第二免疫原性多肽的一种或多种相同或与其含有任何共同抗原，例如它们在一段20个氨基酸或更多，如40个氨基酸或更多，如60个氨基酸或更多的长度上的整体序列同一性小于90%。 

因此，它们可能不共有任何B细胞或T细胞表位。例如它们可以不共有任何长度为10个氨基酸或更多，如15个氨基酸或更多，如25个氨基酸或更多的相同氨基酸序列。 

在本发明的一个具体实施方式中，第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽含有相同排列或不同排列（如，不同排列）的相同抗原。所谓“不同排列”意指它们可以不同的顺序排列和/或它们可以分开。在本发明的另一具体实施方式中，第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽是相同的。 

根据本发明的组合物可以含有一种第一免疫原性多肽作为组合物中仅有的免疫原性多肽。或者，根据本发明的组合物可以含有不止一种第一免疫原性多肽，如2或3或4或更多种免疫原性多肽。 

根据本发明的组合物可以含有一种腺病毒载体。或者它们可以含有不止一种腺病毒载体，如2种腺病毒载体。 

在根据本发明的组合物中，腺病毒载体可以含有异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码一种第二免疫原性多肽，或者它可以含有不止一种异源多核苷 酸，所述异源多核苷酸在多于1个的启动子的控制下编码多于1种的第二免疫原性多肽。 

至于预防性疫苗接种，本发明的组合物还可以用于已经被病原体感染的个体中，结果是改善对已形成的感染的免疫控制。这在病原体为HIV时尤其受关注。在HIV的情况下，这种控制被认为是通过特异性识别HIV感染的细胞的CD8阳性T细胞达成的。这种CD8阳性T细胞反应通过HIV特异性CD4阳性的辅助性T细胞的存在来维持，因此，两种类型的免疫反应的诱导都特别有用，可以通过组合不同的疫苗组合物来达成。特别关注的是加佐剂的蛋白与重组腺病毒的组合。在接种时为HIV感染的初级（primary）感染、潜伏期或末期的HIV感染患者都将从上述疫苗接种中获益。患者在疫苗接种时可以经受或不经受其他抗病原体的治疗干涉（在HIV的情况下-例如，高活性的抗逆转录病毒治疗）。 

抗原 

根据本发明使用的抗原源自病原体。病原体包括病毒、细菌、原生动物和其他对哺乳动物（包括人）有害的寄生有机体。 

作为多肽或编码根据本发明的多肽的多核苷酸给予的合适多肽抗原包括源自下列的抗原：HIV（如HIV-1）、人疱疹病毒（如gH、gL、gM、gB、gC、gK、gE或gD或其衍生物、或立即早期蛋白（Immediate Early protein），如来自HSV1或HSV2的ICP27、ICP47、ICP4、ICP36）、巨细胞病毒（尤其人的，如gB或其衍生物）、EB（Epstein Barr）病毒（如gp350或其衍生物）、水痘带状疱疹病毒（如gpI、II、III和IE63）；或来自肝炎病毒，如乙肝病毒（例如，乙肝表面抗原、PreS1、PreS2和表面env蛋白、乙肝核心抗原或pol）、丙肝病毒（如核心、E1、E2、P7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A和B）和戊型肝炎病毒抗原；或来自其他病毒病原体，如副粘病毒（paramyxovirus）：呼吸道合胞病毒（如F和G蛋白或其衍生物）；或来自下列的抗原：副流感病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒、人乳头瘤病毒（例如，HPV6、11、16、18，如L1、L2、E1、E2、E3、E4、E5、E6、E7）、黄病毒（如，黄热病病毒、登革热(Dengue)病毒、蜱传脑炎病毒（Tick-borne  encephalitis virus）、日本脑炎病毒）或流感病毒（如，血凝素(haemaggluttin)、核蛋白、NA或M蛋白、或它们的组合）；或源自细菌病原体的抗原，如奈瑟菌属（Neisseria spp），包括：淋病奈瑟菌（N.gonorrhea）和脑膜炎奈瑟菌（N.meningitidis），如转铁蛋白结合蛋白、乳铁蛋白结合蛋白、PiIC、粘附素）；化脓性链球菌（S.pyogenes）（例如，M蛋白或其片段、C5A蛋白酶、无乳链球菌（S.agalactiae）、变形链球菌（S.mutans）；杜克雷嗜血杆菌（H.ducreyi）；莫拉克氏菌属（Moraxella spp），包括粘膜炎莫拉菌（M.Catarrhalis），也称为粘膜炎布兰汉氏菌（Branhamella Catarrhalis）（例如，高分子量和低分子量粘附素和侵袭素）；博德特氏菌（Bordetella spp），包括百日咳杆菌（B.pertussis）(例如，百日咳菌粘附素（pertactin）、百日咳毒素或其衍生物、丝状血凝素、腺苷酸环化酶、菌毛（fimbriae）)、副百日咳杆菌（B.parapertussis）和支气管败血性博德特氏菌（B.bronchiseptica）；分支杆菌属（Mycobacterium spp），包括结核分支杆菌（M.tuberculosis）、牛分支杆菌（M.bovis）、麻风分支杆菌（M.leprae）、鸟分支杆菌（M.avium）、副结核分支杆菌（M.paratuberculosis）、耻垢分支杆菌（M.smegmatis）；军团杆菌属（Legionella spp），包括嗜肺性军团杆菌（L.pneumophila）；埃希氏菌属（Escherichia spp），包括肠毒性大肠杆菌（E.coli）(例如，移生因子（colonization factor）、不耐热肠毒素或其衍生物、热稳定性毒素或其衍生物)、肠出血性大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌（例如，志贺毒素（shiga toxin）样毒素或其衍生物）；弧菌属（Vibrio spp），包括霍乱弧菌（V.cholera）（例如，霍乱毒素或其衍生物）；志贺菌属（Shigella spp），包括宋内志贺菌（S.sonnei）、痢疾志贺菌（S.dysenteriae）、福氏志贺菌（S.flexnerii）；耶尔森菌属（Yersinia spp），包括小肠结肠炎耶尔森菌（Y.enterocolitica）(例如，Yop蛋白)、鼠疫耶尔森菌（Y.pestis）、假结核耶尔森菌（Y.Pseudotuberculosis）；弯曲杆菌属（Campylobacter spp.），包括空肠弯曲杆菌（C.jejuni）（例如，毒素，粘附素和侵袭素）和结肠弯曲杆菌（C.coli）；沙门氏菌属（Salmonella spp），包括伤寒沙门氏菌（S.typhi）、副伤寒沙门氏菌（S.paratyphi）、猪霍乱沙门氏菌（S.choleraesuis）、肠炎沙门氏菌（S.enteritidis）；李斯特菌属（Listeria spp），包括单核细胞增多性李斯特 菌（L.monocytogenes）；螺旋杆菌属（Helicobacter spp），包括幽门螺旋杆菌（H.pylori）（例如脲酶、过氧化氢酶、空泡毒素）；假单胞菌属（Pseudomonas spp），包括绿脓假单胞菌（P.aeruginosa）；葡萄球菌属（Staphylococcus spp），包括金黄色葡萄球菌（P.aureus）、表皮葡萄球菌（P.epidermidis）；肠球菌属（Enterococcus spp），包括粪肠球菌（E.faecalis）、屎肠球菌（E.faecium）；梭菌属（Clostridium spp），包括破伤风梭状芽孢杆菌（C.tetani）(例如，破伤风毒素及其衍生物)、肉毒梭状芽孢杆菌（C.botulinum）（例如，肉毒杆菌毒素及其衍生物）、艰难梭状芽孢杆菌（C.difficile）（例如梭菌毒素A或B及其衍生物）；杆菌属（Bacillus spp），包括炭疽杆菌（B.anthracis）(例如，肉毒杆菌毒素及其衍生物）；棒状杆菌属（Corynebacterium spp），包括白喉杆菌（C.diphtheriae）（例如，白喉毒素及其衍生物）；疏螺旋体属（Borrelia spp），包括博氏疏螺旋体（B.burgdorferi）(例如，OspA、OspC、DbpA、DbpB)、B.garinii(例如，OspA、OspC、DbpA、DbpB)、B.afzelii（例如，OspA、OspC、DbpA、DbpB）、B.andersonii（例如，OspA、OspC、DbpA、DbpB）、赫氏疏螺旋体（B.hermsii）；埃利希氏体属（Ehrlichia spp），包括马埃里希体（E.equi）和人粒细胞性埃利希体（Human granulocytic ehrlichiosis）的制剂；立克次氏体属（Rickettsia spp），包括立克氏立克次氏体（R.rickettsii）；衣原体属（Chlamydia spp），包括沙眼衣原体（C.trachomatis）、肺炎衣原体（C.pneumoniae）、鹦鹉热衣原体（C.psittaci）；钩端螺旋体属（Leptospira spp），包括问号钩端螺旋体（L.interrogans）；密螺旋体属（Treponema spp），包括梅毒密螺旋体（T.pallidum）(例如，微量外膜蛋白)、齿垢密螺旋体（T.denticola）、舌骨痢疾密螺旋体（T.hyodysenteriae）；或源自寄生虫，如疟原虫属（Plasmodium spp），包括恶性疟原虫和间日疟原虫（P.vivax）；弓形体属（Toxoplasma spp），包括鼠弓形体（T.gondii）(例如，SAG2、SAG3、Tg34)；内阿米巴属（Entamoeba spp），包括溶组织内阿米巴（E.histolytica）；巴贝西虫属（Babesia spp），包括果氏巴贝虫（B.microti）；锥虫属（Trypanosoma spp），包括克氏锥虫（T.cruzi）；贾第虫属（Giardia spp），包括兰伯贾第虫（G.lamblia）；利什曼原虫属（Leishmania spp），包括硕大利什曼原虫（L.major）；肺囊 虫属（Pneumocystis spp），包括卡氏肺囊虫（P.carinii）；毛滴虫属（Trichomonas spp），包括阴道毛滴虫（T.vaginalis）；血吸虫属（Schisostoma spp），包括曼氏血吸虫（S.mansoni）；或源自酵母，如念珠菌属（Candida spp），包括白色念珠菌（C.albicans）；隐球菌属（Cryptococcus spp），包括新型隐球菌（C.neoformans）。 

其他的细菌抗原包括源自下列的抗原：链球菌属（Streptococcus spp），包括肺炎链球菌（S.pneumoniae）(PsaA、PspA、链球菌溶血素、胆碱结合蛋白)和蛋白抗原肺炎球菌溶血素（Biochem Biophys Acta,1989,67,1007;Rubins等人,Microbial Pathogenesis,25,337-342）、及其突变蛋白去毒衍生物（WO90/06951；WO99/03884）。其他细菌抗原包括源自下列的抗原：嗜血杆菌属（Haemophilus spp），包括B型流感嗜血杆菌（H.influenzae type B）(例如PRP及其结合物)、非典型性流感嗜血杆菌，例如OMP26、高分子量粘附素、P5、P6、蛋白D和脂蛋白D、和丝束蛋白和丝束蛋白来源的肽（US5,843,464）或其多拷贝变体或融合蛋白。 

具体地，本发明的方法或组合物可以用于预防或治疗病毒性疾病，如由乙肝病毒、丙肝病毒、人乳头瘤病毒、人免疫缺陷性病毒（HIV）、或单纯胞疹病毒引起的疾病；细菌性疾病，如由结核分支杆菌（Mycobacterium tuberculosis，TB）或衣原体属引起的那些疾病；和寄生虫感染，如疟疾。 

应认识到这些具体的疾病状况、病原体和抗原仅为示例性参考，而不旨在限制本发明的范围。 

TB抗原 

病原体可以为（例如）结核分支杆菌。 

源自结核分枝杆菌的示例性抗原为：例如，α-晶体蛋白（HspX）、HBHA、Rv1753、Rv2386、Rv2707、Rv2557、Rv2558、RPFs：Rv0837c、Rv1884c、Rv2389c、Rv2450、Rv1009、aceA（Rv0467）、ESAT6、Tb38-1、Ag85A、Ag85B或Ag85C、MPT44、MPT59、MPT45、HSP10、HSP65、HSP70、HSP75、HSP90、PPD19kDa[Rv3763]、PPD38kDa[Rv0934]、PstS1（Rv0932）、SodA（Rv3846）、Rv2031c，16kDa、Ra12、TbH9、Ra35、 Tb38-1、Erd14、DPV、MTI、MSL、DPPD、mTCC1、mTCC2、hTCC1（WO99/51748）和hTCC2，尤其是Mtb32a、Ra35、Ra12、DPV、MSL、MTI、Tb38-1、mTCC1、TbH9（Mtb39a）、hTCC1、mTCC2和DPPD。源自结核分枝杆菌的抗原还包括融合蛋白及其变体，其中至少两个或（例如，3个）结核分枝杆菌的多肽融合成较大的蛋白。这种融合体可以包括Ra12-TbH9-Ra35、Erd14-DPV-MTI、DPV-MTI-MSL、Erd14-DPV-MTI-MSL-mTCC2、Erd14-DPV-MTI-MSL、DPV-MTI-MSL-mTCC2、TbH9-DPV-MTI（WO99/51748）、Ra12-Tbh9-Ra35-Ag85B和Ra12-Tbh9-Ra35-mTCC2。可以提到的具体的Ra12-Tbh9-Ra35序列定义为WO2006/117240SEQ ID No6与其中该序列的Ser70突变为非丝氨酸（例如Ala）的变体以及它们整合了适当长度的N末端His标签的衍生物（如，WO2006/117240的SEQ ID No2或4）。还参见SEQ ID No10，它是含有任选的初始M和任选的N末端His-His标签（位置2和3）并且其中在位置706的Ala突变为野生型Ser的序列。 

衣原体抗原 

病原体可以为（例如）衣原体属，如沙眼衣原体。 

源自如沙眼衣原体等衣原体属的示例性抗原选自：CT858、CT089、CT875、MOMP、CT622、PmpD、PmpG及其片段、SWIB和它们任何一种的免疫原性片段（如PmpDpd和PmpGpd）和它们的组合。优选的抗原组合包括CT858、CT089和CT875。可以采用的具体序列和组合描述于WO2006/104890。 

疟原虫抗原 

病原体可以为（例如）引起疟疾的寄生虫，如疟原虫属，如恶性疟原虫(P falciparum)或间日疟原虫（P vivax）。 

例如，源自恶性疟原虫的抗原包括环子孢子(circumsporozoite)蛋白（CS蛋白）、PfEMP-1、Pfs16抗原、MSP-1、MSP-3、LSA-1、LSA-3、AMA-1和TRAP。可以提及的具体的杂合抗原为RTS。RTS是包含恶性疟原虫的环 子孢子（CS）蛋白的基本上所有的C末端部分的杂合蛋白，该C末端部分通过乙肝表面抗原的PreS2部分的4个氨基酸连接到乙肝病毒表面（S）抗原。当在酵母中表达时，产生的RTS为脂蛋白粒子，当其与来自HBV的S抗原共表达时，产生称为RTS,S的混合粒子。RTS和RTS,S的结构公开于WO93/10152。TRAP抗原描述于WO90/01496中。其他的疟原虫抗原包括恶性疟原虫EBA、GLURP、RAP1、RAP2、钳合蛋白、Pf332、STARP、SALSA、PfEXP1、Pfs25、Pfs28、PFS27/25、Pfs48/45、Pfs230以及它们在其他疟原虫中的类似物。本发明的一个实施方式是包含下列的组合物：RTS，S或CS蛋白或其片段，如RTS,S的CS部分与一种或多种另外的疟疾抗原的组合，该另外的疟疾抗原可以选自：例如MSP-1、MSP-3、AMA-1、Pfs16、LSA-1或LSA-3。来自间日疟原虫的可能抗原包括环子孢子蛋白（CS蛋白）和Duffy抗原结合蛋白及其免疫原性片段，如RvRII（参见，例如WO02/12292）。 

因此，在本发明的一个合适的实施方式中，第一和第二免疫原性多肽选自源自恶性疟原虫和/或间日疟原虫的抗原。 

例如，第一和/或第二免疫原性多肽选自源自恶性疟原虫和/或间日疟原虫的抗原，该抗原选自RTS（如，RTS,S）、环子孢子（CS）蛋白、MSP-1、MSP-3、AMA-1、LSA-1或LSA-3以及它们的免疫原性衍生物或它们的免疫原性片段。 

可以提及的一个具体的衍生物为称为RTS的杂合蛋白，尤其在其以称为RTS,S的混合粒子形式存在时。 

示例性恶性疟原虫CS蛋白源抗原示于SEQ ID No12中。该具体序列对应于恶性疟原虫（3D7株系）的CSP序列，该序列还含有来自7G8株系的19aa的插入序列（81-100）。 

在本发明的一个具体实施方式中，第一免疫原性多肽为RTS,S，第二免疫原性多肽为来自恶性疟原虫的CS蛋白或其免疫原性片段。 

HPV抗原 

病原体可以为（例如）人乳头瘤病毒。 

因此本发明中所用的抗原可以源自：例如认为能产生生殖器疣的人乳头 瘤病毒（HPV）（HPV6或HPV11和其他）、和/或产生子宫颈癌的HPV病毒（HPV16、HPV18、HPV33、HPV51、HPV56、HPV31、HPV45、HPV58、HPV52和其他）。在一个实施方式中，生殖器疣预防或治疗组合物的形式包括L1粒子或壳粒、和融合蛋白，该融合蛋白包含一种或多种选自HPV蛋白E1、E2、E5、E6、E7、L1和L2的抗原。在一个实施方式中，融合蛋白的形式为：L2E7，如WO96/26277中所公开；和PCT/EP98/05285中所公开的蛋白D（1/3）-E7。 

优选的HPV子宫颈感染或癌症预防或治疗组合物可以包含HPV16或18抗原。例如，L1或L2抗原单体、或一起作为病毒样粒子（VLP）存在的L1或L2抗原或在VLP或壳粒结构中单独存在的L1蛋白。这类抗原、病毒样粒子和壳粒本身是已知的。参见，例如WO94/00152、WO94/20137、WO94/05792、和WO93/02184。可以单独或以融合蛋白形式包括其他的早期蛋白，如E7、E2或优选E5；它的具体的优选实施方式包括含有L1E7融合蛋白的VLP（WO96/11272）。在一个实施方式中，HPV16抗原包括早期蛋白E6或E7与蛋白D载体融合形成来自HPV的蛋白D-E6或E7融合体、或它们的组合；或E6或E7与L2的组合（WO96/26277）。或者HPV16或18早期蛋白E6和E7可以单个分子存在，优选为蛋白D-E6/E7融合体。这种组合物可以任选提供来自HPV18的E6和E7蛋白的任一种或两种，优选为蛋白D-E6或蛋白D-E7融合蛋白或蛋白D-E6/E7融合蛋白的形式。可以采用来自其他HPV菌株的其他抗原，优选来自HPV31或33菌株。 

HIV抗原 

病原体可以（例如）为HIV，如HIV-1。 

因此，抗原可以选自HIV源抗原，具体为HIV-1源抗原。 

HIV Tat和Nef蛋白为早期蛋白，即，它们在感染早期表达，不存在结构蛋白。 

Nef基因编码早期HIV辅助蛋白，该蛋白已显示具有一些活性。例如，已知Nef蛋白引起CD4（HIV受体）从细胞表面移除，尽管此功能的生物学重要性还有争议。此外，Nef与T细胞信号通路相互作用，诱导活性状态， 继而可以促进更有效的基因表达。一些HIV分离物在此区域具有突变或缺失，这使它们不编码功能蛋白并严重降低它们在体内的复制和致病性。 

Gag基因由全长RNA翻译产生前体多聚蛋白，该前体多聚蛋白随后被裂解为3-5个外壳蛋白；基质蛋白p17、外壳蛋白p24和核酸结合蛋白（Fundamental Virology,Fields BN,Knipe DM and Howley M19962.Fields Virology第2卷1996）。 

Gag基因产生55千道尔顿（kd）的Gag前体蛋白，也称为p55，其由未剪接的病毒mRNA表达。在翻译期间，p55的N末端被十四烷基化，从而触发其与细胞膜胞质方面的结合。膜结合的Gag多聚蛋白募集两个拷贝的病毒基因组RNA与触发病毒粒子从感染的细胞表面出芽的其他病毒和细胞蛋白。在出芽后，在病毒成熟过程中，p55被病毒编码的蛋白酶（Pol基因的产物）裂解成4个较小的蛋白，称为MA（基质[p17]）、CA（外壳[p24]）、NC（核壳[p9]）、和p6.（4）。 

除了3个主要的Gag蛋白（p17、p24和p9）外，所有的Gag前体都含有几个其他的区域，它们被裂解并以各种大小的肽保留在病毒粒子中。这些蛋白具有不同的作用，例如，p2蛋白在调控蛋白酶的活性中有作用并且有助于校正蛋白水解进程的时限。 

MA多肽源自p55的十四烷基化N末端。大部分MA分子仍然连接在病毒粒子脂质双层的内表面，稳定粒子。MA的一个亚群在病毒粒子更深层内募集，它们在此处成为复合体的一部分保护病毒DNA到核。这些MA分子促进病毒基因组的核转运，因为MA上的亲核信号能够被细胞核输入机制识别。这种现象使得HIV能够感染未分裂的细胞，这是反转录病毒不常见的特性。 

p24（CA）蛋白形成病毒粒子的锥形核。已证明亲环蛋白（Cyclophilin）A与p55的p24区域相互作用导致其整合到HIV粒子中。Gag与亲环蛋白A之间的相互作用很重要，因为环孢霉素对这种相互作用干扰能抑制病毒复制。 

Gag的NC区域负责特异性识别HIV的所谓包装信号。包装信号由位于病毒RNA5’端附近的4个茎环结构构成，其足以介导异源RNA整合到HIV-1 病毒中。NC通过由两个锌指基序介导的相互作用结合至包装信号。NC还能促进反转录。 

p6多肽区域介导p55Gag与辅助蛋白Vpr的相互作用，导致Vpr整合到组装的病毒粒子中。p6区域还含有晚期结构域，该晚期结构域是从感染的细胞有效释放出芽病毒粒子所需要的。 

Pol基因编码三种蛋白，这三种蛋白具有病毒在早期感染中所需要的活性：反转录酶RT、蛋白酶和将病毒DNA整合到细胞DNA中所需的整合酶蛋白。Pol的初级产物被病毒粒子蛋白酶裂解产生含有DNA合成所需活性（RNA和DNA指导的DNA聚合酶、核糖核酸酶H）的氨基末端RT肽和羧基末端整合酶蛋白。HIV RT是的全长RT（p66）和缺乏羧基末端RNase H结构域的裂解产物（p51）的异二聚体。 

RT是反转录病毒基因组编码的保守性最高的蛋白之一。RT的两种主要活性是DNA Pol和核糖核酸酶H。RT的DNA Pol活性可互换地使用RNA和DNA为模板，像所有已知的NDA聚合物一样能够从头开始DNA合成，但是需要预先存在的分子作为引物（RNA）。 

所有RT蛋白中所固有的RNase H活性在复制早期起重要作用，它随DNA合成的进行移除RNA基因组。它从所有的RNA-DNA杂合分子中选择性地降解RNA。聚合酶和和ribo H在结构上在Pol内占有独立的、不重叠的结构域，覆盖了Pol三分之二的氨基。 

p66催化亚基折叠成5个不同的亚结构域。它们的氨基末端具有有RT活性的部分。它们的羧基末端为RNase H结构域。 

在感染宿主细胞后，反转录病毒RNA基因组通过在感染粒子中存在的反转录酶复制成线性双链DNA。整合酶（在Skalka AM’99Adv in Virus Res52271-173中的综述）识别病毒DNA末端，修整它们，将病毒DNA附接到宿主染色体位点以催化整合。宿主DNA的许多位点可以是整合的靶标。尽管整合酶足以催化体外的整合，但它并不是与体内病毒DNA有关的唯一蛋白-从感染的细胞分离的大的蛋白-病毒DNA复合体代表了前整合复合体。这有助于子代病毒基因组获得宿主细胞基因。 

整合酶由3个不同的结构域组成，N末端结构域、催化核心和C末端结 构域。催化核心结构域含有所有多核苷酸转移的化学需要。 

因此，用于本发明的HIV-1源抗原可以（例如）选自Gag（例如，全长Gag）、p17（Gag的一部分）、p24（Gag的另一部分）、p41、p40、Pol（例如，全长pol）、RT（Pol的一部分）、p51（RT的一部分）、整合酶（Pol的一部分）、蛋白酶（Pol的一部分）、Env、gp120、gp140或gp160、gp41、Nef、Vif、Vpr、Vpu、Rev、Tat和它们的免疫原性衍生物和它们的免疫原性片段，尤其是Env、Gag、Nef和Pol以及它们的免疫原性衍生物和它们的免疫原性片段，包括p17、p24、RT和整合酶。HIV疫苗可以包含对应于多种不同的HIV抗原的多肽和/或编码多肽的核苷酸，例如，2或3或4或更多种可选自上述列表的HIV抗原。在单个融合蛋白中可以包含（例如）几个不同的抗原。可以采用各自为HIV抗原或不止一个抗原的融合体的不止一种第一免疫原性多肽和/或不止一种第二免疫原性多肽。 

例如，抗原可以包含Gag或其免疫原性衍生物或免疫原性片段，其融合至RT或其免疫原性衍生物或免疫原性片段，融合至Nef或其免疫原性衍生物或免疫原性片段，其中融合蛋白的Gag部分存在于多肽5’末端。 

根据本发明所用的Gag序列可以不包括Gag p6多肽编码序列。用于本发明的Gag序列的一个具体实例包含p17和/或p24编码序列。 

RT序列可以含有基本上灭活任何反转录酶活性的突变（参见WO03/025003）。 

RT基因是HIV基因组中较大的Pol基因的组分。应了解根据本发明所采用的RT序列可以存在于Pol的上下文中，或者至少对应于RT的Pol片段。这种Pol的片段保留着Pol的主要CTL表位。在一个具体的实施例中，所包括的RT仅为RT的p51或p66片段。 

根据本发明的融合蛋白或组合物的RT组分任选包含如下的突变：该突变移除作为原核表达系统内的起始位点的位点。 

任选地，用于本发明的Nef序列被平截以移除编码N末端区域的序列，即，移除30至85个氨基酸，例如65至85个氨基酸，尤其是N末端的65个氨基酸（后一种平截在本文中称为trNef）。或者或另外地，可以修饰Nef以移除十四烷基化位点。例如，Gly2十四烷基化位点可以通过剔除或取代 来移除。或者或另外地，可以修饰Nef以改变Leu174和Leu175的双亮氨酸基序，这通过剔除或取代一个或两个亮氨酸来达成。在CD4下调中亮氨酸基序的重要性描述于：例如Bresnahan P.A.等人(1998)Current Biology,8(22):1235-8。 

Env抗原可以全长（如gp169）或平截的（如gp140）或更短的形式存在（任选具有适当的突变，该突变破坏gp120与gp41之间的裂解位点基序）。Env抗原还可以其天然出现的加工形式（如gp120和gp41）存在。这两种gp160的衍生物可以单独或一起组合使用。上述Env抗原还可以表现有缺失（尤其是可变环的缺失）和平截。也可以使用Env的片段。 

示例性gp120序列示于SEQ ID No8中。示例性gp140序列示于SEQ ID No6中。 

根据本发明的免疫原性多肽可以包含Gag、Pol、Env和Nef，其中存在至少75%、或至少90%、或至少95%，例如96%的这些天然抗原的CTL表位。 

在根据本发明的包含p17/p24Gag、p66RT和上文所定义的平截Nef的免疫原性多肽中，适合存在天然Gag、Pol和Nef抗原的96%的CTL表位。 

本发明的一个实施方式提供含有p17、p24Gag、p66RT、平截Nef（缺乏编码末端氨基酸1-85的核苷酸-“trNef”）的免疫原性多肽，顺序为Gag、RT、Nef。在编码本发明的免疫原性多肽的多核苷酸中，合适的是将p24Gag和P66RT进行密码子优化。 

根据本发明的具体多核苷酸构建体和对应的多肽抗原包括： 

1、p17、p24（密码子优化的）Gag-p66RT（密码子优化的）-平截Nef； 

2、平截Nef-p66RT（密码子优化的）-p17、p24（密码子优化的）Gag； 

3、平截Nef-p17、p24（密码子优化的）Gag-p66RT（密码子优化的）； 

4、p66RT（密码子优化的）-p17、p24（密码子优化的）Gag-平截Nef； 

5、p66RT（密码子优化的）-平截Nef-p17、p24（密码子优化的）Gag； 

6、p17、p24（密码子优化的）Gag-平截Nef-p66RT（密码子优化的）； 

示例性的融合体为Gag、RT和Nef的融合体，尤其是以Rag-RT-Nef的顺序（参见，例如SEQ ID No2）。另一示例性融合体是p27、p24、RT 和Nef的融合体，尤其是以p24-RT-Nef-p17的顺序（参见，例如SEQ ID No16，在本文其他地方称为“F4”）。 

在另一实施例中，免疫原性多肽含有Gag、RT、整合酶和Nef，尤其是以Gag-RT-整合酶-Nef的顺序（参见，例如SEQ ID No4）。 

在另一实施例中，HIV抗原可以为融合多肽，该融合多肽包含Nef或其免疫原性衍生物或其免疫原性片段、和p17Gag和/或p24Gag或其免疫原性衍生物或其免疫原性片段，其中当p17和p24Gag都存在时，在它们之间至少有一个HIV抗原或其免疫原性片段。 

例如，Nef适宜为全长Nef。 

例如，p17Gag和p24Gag分别适宜为全长p17和p24。 

在一个实施方式中，免疫原性多肽包含p17和p24Gag或它们的免疫原性多肽。在此构建体中，p24Gag组分和p17Gag组分被至少一个另外的HIV抗原或免疫原性片段隔开，如Nef和/或RT或其免疫原性衍生物或其免疫原性片段。其他细节参见WO2006/013106。 

在包含p24和RT的融合蛋白中，可能优选的是在构建体中p24在RT之前，因为当抗原单独在大肠杆菌中表达时，观察到p24比RT表达更好。 

根据本发明的一些构建体包括下列： 

1、p24-RT-Nef-p17 

2、p24-RT*-Nef-p17 

3、p24-p51RT-Nef-p17 

4、p24-p51RT*-Nef-p17 

5、p24-p51RT-Nef 

6、p24-p51RT*-Nef 

7、Nef-p17 

8、具有连接子的Nef-p17 

9、p17-Nef 

10、具有连接子的p17-Nef 

*表示RT甲硫氨酸₅₉₂突变为赖氨酸。 

在另一方面，本发明提供HIV抗原的融合蛋白，该融合蛋白包含至少4 个HIV抗原或免疫原性片段，其中四个抗原或片段是或衍生自Nef、Pol和Gag。优选地，Gag以被至少一个其他抗原隔开的两个单独组分存在于融合体中。优选地，Nef为全长Nef。优选地，Pol为p66或p51RT。优选地，Gag为p17和p24Gag。本发明这个方面中融合体的抗原组分的其他优选特征和性质如本文所描述。 

本发明此方面的优选实施方案为如上面已列出的四组分融合体： 

1、p24-RT-Nef-p17 

2、p24-RT*-Nef-P17 

3、p24-p51RT-Nef-p17 

4、p24-p51RT*-Nef-p17 

本发明的免疫原性多肽在对应于如Gag、RT和Nef等特定抗原的序列之间可以存在连接子序列。此类连接子序列可以为（例如）长度上最多20个氨基酸。在一个具体实例中，它们可以为1至10个氨基酸、或1至6个氨基酸，例如4至6个氨基酸。 

此类适合的HIV抗原的进一步说明可以参见WO03/025003。 

本发明的HIV抗原可以衍生自任何HIV进化枝，例如进化枝A、进化枝B或进化枝C。例如HIV抗原可以衍生自进化枝A或B，尤其是B。 

在本发明的一个具体实施方式中，第一免疫原性多肽为包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任何一种的片段或衍生物的多肽（如，p24-RT-Nef-p17）。在本发明的一个具体实施方式中，第二免疫原性多肽为包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任何一种的片段或衍生物的多肽（如，Gag-RT-Nef或Gag-RT-整合酶-Nef）。 

因此在一个具体实施方式中，包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任何一种的片段或衍生物的多肽（如，p24-RT-Nef-p17）为第一免疫原性多肽，包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任何一种的片段或衍生物的多肽（如，Gag-RT-Nef或Gag-RT-整合酶-Nef）为第二免疫原性多肽。 

在本发明的另一具体实施方式中，第一免疫原性多肽为Env或其片段或衍生物，如gp120、gp140或gp160（尤其是gp120）。在本发明的一个具体实施方式中，第二免疫原性多肽为包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任 何一种的片段或衍生物的多肽（如，p24-RT-Nef-p17）。 

因此，在一个具体实施方式中，Env或其片段或衍生物（如gp120、gp140或gp160（尤其gp120））为第一免疫原性多肽，包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任何一种的片段或衍生物的多肽（如，p24-RT-Nef-p17）为第二免疫原性多肽。 

在本发明的另一具体实施方式中，第一免疫原性多肽为包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任何一种的片段或衍生物的多肽（如，p24-RT-Nef-p17）。在本发明的一个具体实施方式中，第二免疫原性多肽为Env或其片段或衍生物，如gp120、gp140或gp160（尤其gp120）。 

因此，在一个具体实施方式中，包含Gag和/或Pol和/或Nef或它们中任何一种的片段或衍生物的多肽（如，p24-RT-Nef-p17）为第一免疫原性多肽，Env或其片段或衍生物（如gp120、gp140或gp160（尤其gp120））为第二免疫原性多肽。 

抗原的免疫原性衍生物和免疫原性片段 

上述抗原可以其免疫原性衍生物或免疫原性片段而非整个抗原的形式采用。 

如本文所用，术语“免疫原性衍生物”在涉及天然来源的抗原时是指抗原相对于其天然对应物进行了有限修饰。例如，它可以包括点突变，该点突变可以（例如）通过改善在原核系统中的表达或通过移除不希望的活性（如酶活性）改变蛋白的性质。然而，免疫原性衍生物应与天然抗原足够类似，以便保持它们的抗原性质并仍然能够引起抗天然抗原的免疫反应。给定的衍生物是否能引起这种免疫反应可以通过适宜的免疫分析测量，如ELISA（用于抗体反应）或使用适宜的细胞标记物染色的流式细胞术（用于细胞反应）。 

免疫原性片段是编码至少一个表位（例如，CTL表位）的片段，通常为至少8个氨基酸的肽。认为长度为至少8个，例如8-10个氨基酸或最多20、50、60、70、100、150或200个氨基酸的片段在本发明的范围内，只要多肽表现出抗原性即可，也就是说多肽保留着主要的表位（如，CTL表位）。 

腺病毒 

本发明的腺病毒载体包含一种或多种编码一种或多种免疫原性多肽的异源多核苷酸（DNA）。 

用于本发明的腺病毒载体可以源自许多哺乳动物宿主。 

腺病毒（本文称为“Ad”或“Adv”）具有二十面体衣壳的特征性形态，该二十面体衣壳由三种主要蛋白：六位体(II)、五位体基质(III)和多节纤维(knobbed fibre，IV)以及一些其他的次要蛋白VI、VIII、IX、IIIa和IVa2构成(Russell W.C.2000,Gen Viriol,81:2573-2604)。病毒基因组为线性双链DNA，其中末端蛋白共价连接到具有反向末端重复(ITR)的5’末端。病毒DNA与高碱性蛋白VII和称为mu的小肽紧密结合。另一蛋白V与DNA-蛋白复合体一起包装，经由蛋白VI提供与衣壳的结构连接。病毒还含有病毒编码的蛋白酶，该蛋白酶是加工一些结构蛋白产生成熟的感染性病毒所需要的。 

分离出了感染多种哺乳动物的100余种不同血清型的腺病毒，其中的51种是人源的。因此一种或多种腺病毒载体可以源自人腺病毒。这种人源腺病毒的实例为Adl、Ad2、Ad4、Ad5、Ad6、Adll、Ad24、Ad34、Ad35，尤其为Ad5、Adll和Ad35。人血清型根据一些生物、化学、免疫和结构上的标准分为6个亚属（A-F）。 

尽管Ad5基载体已广泛用于许多基因治疗试验中，但是Ad55和其他C类腺病毒载体的使用可能有限制，因为在一般人群中由于天然感染会预先存在免疫性。Ad5和其他C类成员是血清普遍性最高的血清型。在治疗期间向载体的暴露可能会产生对已有载体的免疫。这些预先存在的或产生的对血清普遍性载体的免疫可能限制基因治疗或疫苗接种的效力。因此其他的腺病毒血清型在能够侵袭宿主免疫反应的基因递送系统的开发中构成了极为重要的靶标。 

一种这种方面的其他血清型是源自非人的灵长类的那些，尤其是黑猩猩腺病毒。参见美国专利6,083,716，其描述了两种黑猩猩腺病毒的基因组。 

已经显示黑猩猩（“Pan”或“C”）腺病毒载体与人腺病毒载体一样有效地针对转基因产品诱导强免疫反应（Fitzgerald等人J.Immunol.170:1416）。 

非人灵长类腺病毒可以从黑猩猩的肠系膜淋巴结分离。黑猩猩腺病毒与 C亚型人腺病毒类似足以使E1缺失的病毒在HEK293细胞中复制。然而，黑猩猩腺病毒在种系发生上与更常见的人血清型（Ad2和Ad5）不同。Pan6与Pan5、7和9相关性略低并且在血清学上与它们不同。 

因此一种或多种腺病毒载体可源自非人的灵长类腺病毒，如黑猩猩腺病毒，如选自血清型Pan5、Pan6、Pan7和Pan9中的一种。 

腺病毒载体可以源自不止一种腺病毒血清型，并且每种血清型可以来自相同或不同的来源。例如，它们可以源自不止一种人血清型和/或不止一种非人灵长类血清型。构建嵌合腺病毒载体的方法公开于WO2005/001103。 

将异源DNA插入腺病毒可能伴有某些大小上的限制。人腺病毒具有包装最多野生型基因组长度的105%的能力（Bett等人1993,J Virol67(10),5911-21）。已显示人腺病毒的包装下限为野生型基因组长度的75%（Parks等人1995,J Virol71(4),3293-8）。 

用于本发明的腺病毒的一个实例是与人群中天然产生的普遍的血清型（如Ad2和Ad5）不同的腺病毒。这避免了诱导抗载体的强效免疫反应，抗载体的强效免疫反应能通过经由中和抗体并影响毒性而阻断载体吸收，从而限制随后给予相同血清型的效力。 

因此腺病毒可以不是天然产生的普遍的人病毒血清型的腺病毒。自动物分离的腺病毒具有免疫原性不同的衣壳、六位体、五位体和纤维组分，但是在种系发生上很相近。具体地，病毒可为非人腺病毒，如猿腺病毒，尤其是黑猩猩腺病毒，如Pan5、6、7或9。这些菌株的实例描述于WO03/000283，可以得自美国标准培养物保藏中心（10801University Boulevard,Manassas,Virginia20110-2209）和其他来源。希望的黑猩猩腺病毒菌株为Pan5[ATCC VR-591]、Pan6[ATCC VR-592]、和Pan7[ATCC VR-593]。 

据认为使用黑猩猩腺病毒比使用人腺病毒血清型有利，因为缺乏预先存在的对靶群体中腺病毒的免疫性，尤其是缺乏抗靶群体中腺病毒的交叉中和抗体。黑猩猩腺病毒与预先存在的中和抗体反应的交叉反应仅存在于2%的靶群体中，相比之下在某些候选的人腺病毒载体的情况下为35%。黑猩猩腺病毒与更常见的人亚型Ad2和Ad5不同，但是更接近人E亚组的Ad4，该亚型不是普遍的亚型。Pan6与Pan5、7和9相关性稍差。 

本发明的腺病毒可以是复制缺陷型的。这是指与野生型病毒相比其具有较低的在非补足（non-complementing）细胞中复制的能力。这可以通过突变病毒而产生，例如通过剔除参与复制的基因，例如剔除E1a、E1b、E3或E4基因。 

根据本发明的腺病毒载体可以源自包含功能性E1缺失的复制缺陷型腺病毒。因此，根据本发明的腺病毒载体可以是复制缺陷型的，因为不存在表达腺病毒E1a和E1b的能力，即，在E1a和E1b中功能性缺失。重组腺病毒还可以具有其他基因的功能缺失[参见WO03/000283]，例如，E3或E4基因中的缺失。可以从形成重组病毒的一部分的腺病毒序列中移除腺病毒延迟早期基因E3。E3的功能不是产生重组腺病毒粒子所必须的。因此，不需要为了包装可用于本发明的重组腺病毒而补偿（replace）该基因产物的功能。在一个具体实施方式中，重组腺病毒具有功能上缺失的E1和E3基因。此类载体的构建描述于Roy等人,Human Gene Therapy15:519-530,2004。 

重组腺病毒还可以被构建成具有功能缺失的E4基因，尽管可能需要保留E4ORF6功能。根据本发明的腺病毒载体还可以含有延迟早期基因E2a中的缺失。缺失还可以在腺病毒基因组的晚期基因L1至L5中的任何一个中进行。类似地，也可以使用中间基因IX和IVa的缺失。 

可以在其他的结构性或非结构性腺病毒基因中进行其他缺失。上述缺失可以单独使用，即，用于本发明的腺病毒序列可以仅含有E1缺失。或者，可以任何组合使用能有效破坏其生物活性的整个基因或其部分的缺失。例如，在一个示例性载体中，腺病毒序列可以具有E1基因和E4基因缺失；或E1、E2a和E3基因缺失；或E1和E3基因缺失（如E1a和E1b的功能缺失、和至少部分E3的缺失）；或具有或不具有E3缺失的E1、E2a和E4基因缺失等。这些缺失可以是这些基因的部分或全部缺失，并且可以与其他突变（如温度敏感性突变）组合以达成所需的结果。 

腺病毒载体可以在病毒能够在其中复制的任何适宜的细胞系中制备。具体地，可以使用补足（complementing）细胞系，该补足细胞系能提供病毒载体所丢失的削弱其复制特征的因子（如E1和/或E4）。不受限制，此细胞系可以为HeLa[ATCC登录号CCL2]、A549[ATCC登录号CCL185]、 HEK293、KB[CCL17]、Detroit[例如，Detroit510、CCL72]和WI-38[CCL75]细胞等。这些细胞系均得自美国标准培养物保藏中心（10801University Boulevard,Manassas,Virginia20110-2209）。其他合适的亲本细胞系可以从其他来源获得，例如PER.C6○c细胞，如在微生物应用与研究中心（Centre for Applied Microbiology and Research，CAMR，UK）的欧洲动物细胞培养物保藏中心（European Collection of Animal Cell Cultures,ECACC）以ECACC no.96022940保藏的细胞；或Her96细胞（Crucell）。 

编码免疫原性多肽的多核苷酸序列可以针对哺乳动物进行密码子优化。这种密码子优化详细描述于WO05/025614中。某些HIV序列的密码子优化进一步描述于WO03/025003中。 

在本发明的一个实施方式中，多核苷酸构建体包含N末端前导序列。信号序列、跨膜结构域和胞质结构域各自都任选地存在或缺失。在本发明的一个实施方式中，存在所有这些区域，但是它们被修饰。 

用于根据本发明的腺病毒载体的启动子可以为来自HCMV IE基因的启动子，例如其中包括含外显子1的HCMV IE基因的5’非翻译区域，并且完全或部分地排除了内含子A，如WO02/36792所述。 

当几个抗原融合成融合蛋白时，该蛋白将在单个启动子控制下由多核苷酸编码。 

在本发明的另一实施方式中。几个抗原可以通过单独的启动子独立表达，每个所述启动子可以相同或不同。在本发明的又一实施方式中，一些抗原可以形成连接到第一启动子的融合体，其他抗原可以连接到第二启动子，第二启动子可以与第一启动子相同或不同。 

因此，腺病毒载体可以包含一个或多个表达框，每个表达框在一个启动子的控制下编码一种抗原。或者或另外，它可以含有一个或多个表达框，每个表达框在一个启动子的控制下编码不止一种抗原，这些抗原因因而表达成融合体。各表达框可以存在于腺病毒载体中的不止一个位置上。 

编码待表达的免疫原性多肽的一种或多种多核苷酸可以插入任何腺病毒缺失区域，例如插入E1缺失区域。 

尽管编码免疫原性多肽的两个或多个多核苷酸可以连接成融合体，但所 得蛋白可以表达成融合蛋白，或它可以表达成单独的蛋白产物，或它可以表达为融合蛋白然后降解成较小的亚基。 

佐剂 

佐剂大致描述于Vaccine Design–the Subunit and Adjuvant Approach（例如，Powell和Newman,Plenum Press,New York,1995）。 

合适的佐剂包括铝盐，如氢氧化铝或磷酸铝，但也可以为钙、铁或锌盐，或者可以是酰化酪氨酸、或酰化糖、阳离子或阴离子衍生的多糖或聚磷腈的不溶性悬浮液。 

在本发明的制剂中，优选的是佐剂组合物优先诱导Th1反应。然而，应当理解不排除其他反应，包括其他体液反应。 

已知某些病毒佐剂特别适于刺激Th1或Th2型细胞因子反应。传统上在疫苗接种或感染后免疫反应的Th1:Th2平衡的最佳指示包括：在体外用抗原再刺激后直接测量T淋巴细胞产生的Th1或Th2细胞因子；和/或测量抗原特异性抗体反应的IgG1:IgG2a比率。 

因此，Th1型佐剂能够刺激分离的T细胞群体在体内（如在血清中测量）或离体（在体外用抗原再刺激细胞时测量的细胞因子）条件下产生高含量的Th1型细胞因子，并诱导与Th1型血清型相关的抗原特异性免疫球蛋白反应。 

可以配制以产生适用于本发明的佐剂的优选Th1型免疫刺激剂包括但不限制为下列： 

Toll样受体（TLR）4配体，尤其是激动剂，如脂质A衍生物，具体是单磷酰（monophosphoryl）脂质A或更具体为3脱酰单磷酰脂质A（3D-MPL）。 

3D-MPL由GlaxoSmithKline以商标出售，它主要促进CD4+T细胞反应，CD4+T细胞的特征在于产生IFN-g（Th1细胞，即，具有1型表型的辅助性CD4T细胞）。它可以根据GB2220211A中所公开的方法制备。从化学上讲，它是3脱酰单磷酰脂质A与3、4、5或6个酰化链的混合物。优选地，在本发明的组合物中使用小颗粒3D-MPL。小颗粒3D-MPL具有使其可以通过0.22μm滤器无菌过滤的粒径。这类制剂描述于国际专利申请No.WO94/21292中。已知的认为是TLR4拮抗剂的脂质A的合成衍生 物包括，但不限于： 

OM174(2-脱氧-6-o-[2-脱氧-2-[(R)-3-十二烷酰氧基四-癸酰基氨基]-4-o-膦酰基-β-D-吡喃葡糖基]-2-[(R)-3-羟基四癸酰基氨基]-a-D-吡喃葡糖基二氢磷酸酯),(W095/14026) 

OM294DP(3S,9R)-3--[(R)-十二烷酰氧基四癸酰基氨基]-4-氧代-5-氮杂-9(R)-[(R)-3-羟基四癸酰基氨基]癸-l,l0-二醇,l,l0-双(二氢磷酸酯)（W099/64301和W000/0462） 

OM197MP-Ac DP(3S-,9R)-3-[(R)-十二烷酰氧基四癸酰基氨基]-4-氧代-5-氮杂-9-[(R)-3-羟基四癸酰基氨基]癸-l,l0-二醇,l-二氢磷酸酯10-(6-氨基己酸酯)(W001/46127) 

可以使用的其他TLR4配体为烷基氨基葡糖苷磷酸酯（AGP），如WO9850399或US6303347中所公开的（还公开了制备AGP的方法）或AGP药学上可接受的盐（如US6764840中所公开）。一些AGP为TLR4激动剂，一些为TLR4拮抗剂。认为两种都可用作佐剂。 

皂苷也是根据本发明的优选Th1免疫刺激剂。皂苷是熟知的佐剂，在Lacaille-Dubois,M和Wagner H.(1996.A review of the biological and pharmacological activities of saponins.Phytomedicine第2卷第363-386页)中提出。例如，Quil A（源自一种南美洲的树智利皂荚树（Quillaja saponaria molina）的树皮）及其级分，描述于US5,057,540和“Saponins as vaccine adjuvants”,Kensil,C.R.,Crit Rev Ther Drug Carrier Syst,1996,12(1-2):1-55；和EP0362279B1。已经描述了溶血性皂苷QS21和QS17（Quil A的HPLC纯化级分）为有效的全身性佐剂，它们的制备方法公开于美国专利No.5057,540和EP0362279B1。这些参考文献中还描述了QS7（Quil-A的非溶血性级分）的用途，QS7用作全身性疫苗的有效佐剂。QS21的用途另外描述于Kensil等人（1991.J.Immunology第146卷，431-437）。还已知了QS21和聚山梨醇酯或环糊精的组合（WO99/10008）。包含Quil A的级分（如QS21和QS7）的微粒佐剂系统描述于WO96/33739和WO96/11711。一种此类系统称为Iscom，可能含有一种或多种皂苷。 

本发明的佐剂尤其可以包含Toll样受体（TLR）4配体（尤其是3D-MPL） 与皂苷的组合。 

其他合适的佐剂包括TLR9配体（激动剂）。因此，另一优选的免疫刺激剂为含有未甲基化的CpG二核苷酸（“CpG”）的免疫刺激性寡核苷酸。CpG是DNA中存在的胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸基序的缩写。业内已知CpG在通过全身性和粘膜途径给予时作为佐剂（WO96/02555；EP468520；Davis等人,J.Immunol,1998,160(2):870-876；McCluskie和Davis,J.Immunol.,1998,161(9):4463-6）。从历史上看，据观察BCG的DNA级分可以施加抗肿瘤作用。在进一步的研究中，据显示源自BCG基因序列的合成寡核苷酸能够诱导免疫刺激性效应（体外和体内）。这些研究的作者推断某些回文序列（包括中心的CG基序）具有此活性。之后CG基序在免疫刺激中的主要作用在Kreg发表的文章（Nature374,第546页,1995）中阐明。详细的分析显示CG基序需要在某些序列环境内，并且这些序列在细菌DNA中常见但在脊椎动物DNA中很罕见。免疫刺激性序列通常为：嘌呤、嘌呤、C、G、嘧啶、嘧啶；其中CG基序未被甲基化，但是其他已知为免疫刺激性的未甲基化CpG序列可用于本发明。 

在六个核苷酸的某些组合中，存在回文序列。这些基序中的几个可以作为一个基序的重复或不同基序的组合存在于相同的寡核苷酸中。一种或多种含有这些免疫刺激性序列的寡核苷酸的存在可以激活多种免疫亚群，包括自然杀伤细胞（其产生干扰素γ，具有细胞毒活性）和巨噬细胞（Wooldrige等人,第89卷（第8期）,1977）。其他含有未甲基化CpG而不具有这种共有序列的序列也显示为免疫调节性的。 

当CpG配制成疫苗时，它通常以游离溶液与游离的抗原一起给予（WO96/02555；McCluskie和Davis，如上）或者共价结合至抗原（WO98/16247）；或者与载体（如氢氧化铝）一起配制（肝炎表面抗原）Davis等人，如上；Brazolot-Millan等人，Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,1998,95(26),15553-8)。 

可能关注到的其他TLR9激动剂包括含有免疫刺激性CpR基序的寡核苷酸和含YpG基序的寡核苷酸（Idera）。 

上面所述的这些免疫刺激剂可以与载体一起配制，如脂质体、水包油乳液、和/或金属盐，包括铝盐（如氢氧化铝）。例如，3D-MPL可以与氢氧化 铝（EP0689454）或水包油乳液（WO95/17210）一起配制；Q21可以有利地与含胆固醇的脂质体（WO96/33739）、水包油乳液（WO95/17210）或明矾（WO98/15287）一起配制；CpG可以与明矾（Davis等人，如上；Brazolot-Millan，如上）或与其他阳离子载体一起配制。 

免疫刺激剂的组合也是优选的，具体是单磷酰脂质A和皂苷衍生物的组合（WO94/00153；WO95/17210；WO96/33739；WO98/56414；WO99、12565；WO99/11241），更具体为QS21与3D-MPL的组合，如WO94/00153中所公开。或者，CpG加上皂苷（如QS21）的组合也形成用于本发明的有效佐剂。或者，皂苷可以在脂质体中或在Iscorn中与免疫刺激性寡核苷酸一起配制。 

因此，适宜的佐剂系统包括（例如）单磷酰脂质A（优选3D-MPL）与铝盐一起的组合（如WO00/23105中所述）。 

增强系统包括单磷酰脂质A与皂苷衍生物的组合，具体为QS21与3D-MPL的组合，如WO94/00153中所公开；或为反应原性较弱的组合物，其中QS21在含有胆固醇的脂质体（DQ）中弱化，如WO96/33739中所公开。这种组合还可以包含免疫刺激性寡核苷酸。 

因此，一种实例性的佐剂包含QS21和/或MPL和/或CpG。 

一种具体的有效佐剂制剂包含在水包油乳液中的QS21、3D-MPL和生育酚，它描述于WO95/17210中，是用于本发明的另一优选制剂。 

另一优选的制剂仅包含CpG寡核苷酸或其与铝盐一起。 

在本发明的另一方面，提供一种制备本文所述疫苗制剂的方法，其中该方法包括将根据本发明的一种或多种第一免疫原性多肽与合适的佐剂混合。 

用于根据本发明的制剂的具体的优选佐剂如下： 

i）3D-MPL+在脂质体中的QS21（参见，例如下面的佐剂B） 

ii）明矾+3D-MPL 

iii）明矾+在脂质体中的QS21+3D-MPL 

iv）明矾+CpG 

v）3D-MPL+QS21+水包油乳液 

vi）CpG 

vii）3D-MPL+QS21（例如，在脂质体中）+CpG 

viii）QS21+CpG 

优选地，佐剂以脂质体、ISCOM或水包油乳液形式存在。在本发明的一个实例性实施方式中，佐剂包含水包油乳液。在本发明的另一个实例性实施方式中，佐剂包含脂质体。 

适宜的佐剂组分不含有任何病毒。因此，合适的是，根据本发明使用的组合物除了包含编码源自病原体的一种或多种第二免疫原性多肽的一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒之外不含有任何病毒。 

组合物、剂量和给药 

在本发明的方法中，免疫原性多肽、腺病毒载体和佐剂并行给予。 

通常佐剂与免疫原性多肽共同配制。合适地，佐剂还与要给予的任何其他免疫原性多肽共同配制。 

因此，在本发明的一个实施方式中，提供一种引起免疫反应的方法，包括：给予(i)一种或多种与佐剂共同配制的第一免疫原性多肽；和（ii）包含一种或多种异源多核苷酸的一种或多种腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码一种或多种第二免疫原性多肽；其中一种或多种第一免疫原性多肽和佐剂、以及一种或多种腺病毒载体并行给予。 

所谓“共同配制的”意指第一免疫原性多肽和佐剂包含在相同的组合物例如药物组合物中。 

通常，腺病毒载体包含在组合物例如药物组合物中。 

或者，一种或多种第一免疫原性多肽、一种或多种腺病毒载体和佐剂共同配制。 

因此，根据本发明提供了组合物，其包含一种或多种免疫原性多肽、一种或多种腺病毒载体、和佐剂 

根据本发明的组合物和方法可以包括使用不止一种免疫原性多肽和/或不止一种腺病毒载体。多种抗原的使用在引起对某些病原体（如HIV、结核分支杆菌、疟原虫属）的保护性免疫反应中是尤其有利的。根据本发明的组合物可以包含不止一种佐剂。 

根据本发明所采用的组合物和方法通常可以包含载体，例如水性缓冲的载体。可以包含保护性组分，如糖。 

组合物给予的量应足以转导靶细胞；并且提供足够水平的基因转移和表达；并且允许产生病原体特异性的免疫反应，从而提供预防或治疗有益效果，而没有不适当的不利效果或具有医学上可接受的生理效果，该量可以由医学领域内的那些技术人员确定。常规的和药学上可接受的给药途径包括但不限于：直接递送给视网膜和其他眼内递送方法、直接递送给肝、吸入、鼻内、静脉内、肌内、气管内、皮下、皮内、表皮、直肠、经口和其他胃肠外给药途径。如果需要，给药途径可以组合，或者根据基因产物或病况进行调整。给药途径主要取决于所治疗的病况的性质。最适宜的途径是肌内、皮内或表皮。 

优选的靶向组织为肌肉、皮肤和粘膜。皮肤和粘膜是通常遇到大部分感染性抗原的生理部位。 

当第一免疫原性多肽、佐剂和腺病毒载体不是共同配制时，不同的制剂（例如多肽/佐剂和腺病毒载体制剂）可以通过相同给药途径或不同给药途径给药。 

本方法中组合物的剂量主要取决于诸如所治疗的病况、受试者的年龄、体重和健康状况等因素，因此在受试者之间可以不同。例如，治疗有效的成人或脊椎动物剂量通常在下列范围内：约100μL至约100mL载体含有浓度约1×10⁶至约1×10¹⁵的病毒粒子、约1×10¹¹至1×10¹³的病毒粒子、或约1×10⁹至1×10¹²的病毒粒子与约1-1000μg、或约2-100μg（例如约4-40μg）的免疫原性多肽。剂量可以依据动物的大小和给药途径而变化。例如，对于肌内注射的适宜的人或脊椎动物剂量（对于约80kg动物）对于单个部位介于每ml约1×10⁹至约5×10¹²病毒粒子和4-40μg蛋白的范围内。本领域的技术人员可以根据给药途径、和采用该组合物的治疗或疫苗应用来调整这些剂量。 

佐剂的量取决于佐剂和免疫原性多肽的性质、所治疗的病况和受试者的年龄、体重和健康状况。通常对于人类给药，每剂1-100μg，例如10-50μg的佐剂量可能是合适的。 

合适的是，通过以本发明的方法单次并行给予本发明的（一种或多种） 组合物来达成足够的免疫反应。然而，如果通过在第二次或后续情况（例如在一个月或两个月之后）给予另外剂量的第一免疫原性多肽、佐剂和腺病毒载体来进一步增强免疫反应，则这种提议也包含在本发明中。 

我们发现在以本发明的方法单次并行给予本发明的（一种或多种）组合物之后通常可以引起有利的病原体特异性CD4+和/或CD8+T细胞反应。然而我们发现有利的病原体特异性抗体反应可能需要本发明的（一种或多种）组合物的第二次或另外的并行给药。 

本发明的组分可以与诸如水、缓冲剂等任何适宜的药物赋形剂组合或一起配制。 

实施例

佐剂制备

1）根据WO95/17210中所列的方法制备水包油乳液 

乳液含有：42.72mg/ml鲨烯、47.44mg/ml生育酚、19.4mg/ml吐温80。 

所得油滴大小约180nm。 

将吐温80溶解于磷酸盐缓冲盐水（PBS）中得到在PBS中的2%溶液。 

为提供100ml的两倍浓缩液，将5g DLα生育酚和5ml角鲨烯的乳液旋涡直至彻底混合。添加90ml PBS/吐温溶液并充分混合。然后将所得乳液通过注射器，最终通过使用M110S微流机进行微流化。所得油滴的大小为约180nm。 

2）用QS21和MPL制备水包油乳液 

将无菌本体乳液添加至PBS中达到终浓度为500μl乳液/ml(v/v)。然后添加3D-MPL。然后在各组分添加之间添加QS21，将中间产物搅拌5分钟。15分钟后，检查pH，如果需要用NaOH或HCl将其调整到6.8+/-0.1。3D-MPL和QS21的终浓度各自为100μg/ml。 

3）制备脂质体MPL 

将脂质（如来自卵黄的或合成的磷脂酰胆碱）和胆固醇和3D-MPL在有 机溶剂中的混合物在真空下（或者在惰性气体流下）干燥。然后添加水溶液（如磷酸缓冲盐水），搅动容器直到所用脂质悬浮。然后将此悬浮液微流化直至脂质体大小降低至约100nm，然后通过0.2μm的滤器无菌过滤。挤出或超声波可以代替此步骤。 

通常，胆固醇：磷脂酰胆碱的比率为1:4（w/w），添加水溶液使得胆固醇终浓度为10mg/ml。 

MPL的终浓度为2mg/ml。 

脂质体的大小为约100nm，被称为SUV（小单层囊泡(small unilamelar vesicles)。脂质体本身随时间是稳定的，并且不具有促融合（fusogenic）能力。 

4)制备佐剂B（“adj B”） 

将无菌的SUV本体添加到PBS中。PBS组成为：Na₂HPO₄：9mM；KH₂PO₄：48mM；NaCl：100nM，pH6.1。将QS21水溶液添加到SUV中。3D-MPL和QS21的终浓度各自为100μg/ml。该混合物称为佐剂B。在各个组分添加之间，将中间产物搅拌5分钟。检查pH，如果需要，用NaOH或HCl将其调整到6.1+/-0.1。 

制备p24-RT-Nef-P17蛋白（“F4”）

按照WO2006/013106实施例1，密码子优化方法制备F4。 

制备含有Gag-RT-Nef转基因的黑猩猩腺病毒Pan7（“Pan7GRN”）

构建Gag、RT、Nef质粒 

质粒p73i-Tgrn 

Tgrn质粒插入片段的全长序列在SEQ ID No1中给出，质粒构建在图1中示意性示出。它含有p17、p24（密码子优化）Gag、p66RT（密码子优化和灭活的）和平截的Nef。 

按照WO03/025003实施例1-13中所述制备质粒P73i-Tgrn。 

构建E1/E3缺失的Pan7腺病毒 

按照WO2006/120034实施例1中所述制备E1/E3缺失的Pan7腺病毒。 

载体的其他血清型可以类似的方法构建。在这个或其他的Pan腺病毒血清型中的E1、E3和E4缺失的构建的完整说明在WO03/0046124中给出。其他信息也可见于Human Gene Therapy15:519-530。 

Gag、RT、Nef序列插入到腺病毒中。 

按照WO2006/120034实施例3中所述使用质粒P73i-Tgrn将GRN表达框插入E1/E3缺失的Pan7腺病毒中制备C7-GRNc。C7-GRNc是本文所列的实施例中所用的Pan7GRN腺病毒组分。 

实施例1

用腺病毒组分（Pan7GRN）和蛋白组分（F4/佐剂B）单独免疫或用腺病毒和蛋白组分一起共同配制的制剂免疫的小鼠中的免疫原性研究

所用的小鼠株系为CB6F1，每个时间点用3只小鼠。对于用F4/佐剂B（P）进行的免疫，注射1/10的人剂量，即，9μg F4蛋白/50μl佐剂B。对于用Pan7GRN(A)进行的免疫使用的是10×10⁸病毒粒子/50μl盐水（对于注射液为0.9%NaCl水）。Pan7GRN黑猩猩腺病毒携带编码Gag(G)、RT(R)和Nef(N)的基因。 

疫苗接种方案如下： 

因此，可以看出在组1和组2中，小鼠分别用蛋白(pp)或腺病毒(AA)注射2次免疫。来自组3和4的小鼠接受传统的初免-加强方案：蛋白然后腺病毒(PPAA)或者另一种反向方式（AAPP），而组5和6中，小鼠接受一次或两次根据本发明的蛋白和腺病毒组合在一起（combo）的注射。来自组7的小鼠仅接受佐剂对照，而来自组6的小鼠未接受注射（naive）。 

进行下列读出： 

抗体反应（对来自各组的各个动物的血清进行ELISA）： 

-抗F4的抗体反应（图4） 

-抗F4组分p24、RT、Nef和p17的抗体反应（图5-8） 

细胞反应（图2-3） 

-通过如下方法测量：用p24、RT、Nef或p17的库（pool）再次刺激脾细胞过夜，然后进行表面和细胞内细胞因子染色，之后进行流式细胞术分析。每个时间点每组收集3只小鼠的脾细胞用于分析。 

对于组1和2，在相应的最后免疫之后21天取样测量。对于剩余的组，在相应的最后免疫之后21天、56天和112天进行测量。 

结果： 

结果示于图2-8中。 

X轴标记如下对应： 

PP–在第二次免疫后的组1动物 

AA–在第二次免疫后的组2动物 

PPAA–在第四次免疫后的组3动物 

AAPP–在第四次免疫后的组4动物 

Combo–免疫后的组5动物 

Combo×2–第二次免疫后的组6动物 

测量时间点（最后免疫之后21、56或112天）示于括号中。 

细胞反应（图2-3）：

在所分析的时间点，数据显示主要观察到抗p24、RT和Nef的CD4+T细胞反应。 

如图2a和2b（左侧栏）所示，最后免疫之后21天，观察到两次腺病毒免疫之后进行两次蛋白/佐剂免疫（组4动物）具有最高的CD4+T细胞反应。用p24、RT或Nef肽再次刺激之后，（发现）注射一次腺病毒/蛋白/佐剂的组合比注射两次蛋白/佐剂诱导更高的CD4+T细胞水平。对于RT和Nef再次刺激，用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次诱导的CD4+T细胞反应比用该组合免疫一次诱导的略高，而对于p24，用一次或两次免疫的反应相同。 

在所分析的时间点，主要观察到抗p24和RT肽的CD8+T细胞反应，没有检测到显著数量的对Nef或p17特异性的CD8+T细胞。如图2a和2b（右侧栏）中所示，在最后免疫后21天，用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫一次或两次后CD8+T细胞反应类似。在(i)用腺病毒免疫两次或（ii）用腺病毒免疫两次然后用蛋白免疫两次或（iii）用腺病毒/蛋白/佐剂免疫的组合免疫一次或两次的组中，观察到抗p24的CD8反应各自相当并且比来自用蛋白免疫两次然后用腺病毒免疫两次的组中的反应略低。观察到在用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫一次或两次的组中，抗RT的CD8反应相当并且比以下组的反应略低(i)用腺病毒免疫两次或（ii）用腺病毒免疫两次然后用蛋白免疫两次或（iii）用蛋白免疫两次然后用腺病毒免疫两次。 

还在较晚的时间点（最后免疫之后56和112天）分析了CD4和CD8T细胞反应，这些时间点可以测定反应的持久性（图3a和3b）。主要观察到抗p24、RT和Nef的CD4反应（图3a和3b，左侧栏）。在这些时间点，在用腺病毒免疫两次然后用蛋白免疫两次的动物中观察到了最高的CD4反应。观察到在用腺病毒/蛋白/佐剂免疫一次或两次的小鼠中，CD4反应彼此相当，并且一般高于用蛋白免疫两次然后用腺病毒免疫两次的组中所观察到的反应。 

在较晚的时间点，抗p24的CD8反应在用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫一次的组中最高（图3b，右侧栏）。其与用蛋白免疫两次然后用腺病毒免 疫两次的动物中的反应相当，并且略高于（i）用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次或（ii）用腺病毒免疫两次然后用蛋白免疫两次的动物的反应。后两者彼此相当。下组中抗RT的CD8反应最高并且类似（i）用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次或（ii）用腺病毒免疫两次然后用蛋白免疫两次。（i）用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次或（ii）用蛋白免疫两次然后用腺病毒免疫两次的组中的抗RT的CD8反应略低，但是它们彼此相当（图3）。如图3a（右侧栏）中所示，没有检测到显著数量的Nef或p17特异性的CD8+T细胞。 

抗体反应： 

如图4至8所示，检测到的抗体反应主要是抗p24（图5）、RT（图6）和Nef（图8）的。抗F4（图4）反应大致类似于所观察到的抗p24、RT或Nef组分各自的反应，特点如下： 

-在（i）用腺病毒免疫两次或（ii）用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫一次的组中检测到低乃至无抗体反应； 

-免疫后21天在用蛋白免疫两次的组中通常检测到最高的抗体反应。然而，在该组中还检测到个体间最高的变异性。此外，对于抗Nef血清学，用腺病毒免疫两次然后用蛋白免疫两次的组与其他组相比似乎显示最高的反应； 

-在（i）用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次或（ii）用蛋白免疫两次然后用腺病毒免疫两次或（iii）用腺病毒免疫两次然后用蛋白免疫两次的组中所观察到的反应相当，峰值在免疫后21天，然后随时间稍微降低。 

在所有组中抗p17的抗体反应（图7）都极低乃至不可检测。 

结论： 

总体上，在四次免疫后的AAPP处理组观察到最高的抗原特异性的细胞介导的免疫反应。然而，当比较两次免疫后的组（即，AA、PP和2×combo组）时，仅在用蛋白/腺病毒/佐剂的组合免疫两次的组中观察到了抗原特异性CD4和CD8T细胞反应两者的诱导。此外，在单次注射蛋白/腺病毒/佐剂 组合之后可以达成相似水平的CD4和CD8T细胞反应。此外，在持久性方面，在用蛋白/腺病毒/佐剂组合第2次免疫之后112天所观察到的抗原特异性T细胞反应与在AAPP处理组中4次免疫之后112天所观察到的抗原特异性T细胞反应相当。最后，似乎需要用蛋白/腺病毒/佐剂组合免疫2次以获得与用加佐剂的蛋白免疫两次的组（一般提供最高的抗体反应的组）所获得的抗体反应相当的抗体反应。 

实施例2 

在用Pan7GRN腺病毒和F4蛋白/佐剂B一起共同配制的制剂免疫的小鼠中的免疫原性研究

所用的小鼠株系为CB6F1，每组9只小鼠。用F4蛋白（注射1/10人剂量，即，9μg）与在50μL佐剂B或其稀释液（1/2、1/4或1/10）中的10×10⁸个Pan7GRN病毒粒子一起的共制剂免疫小鼠一次。在免疫后21天测定抗Nef、p17、p24或RT肽库的CD4和CD8细胞反应（每组3个脾的3个库）。 

进行下列读出： 

细胞反应（图9）： 

-通过如下方法测量：用p24、RT、Nef或p17肽库再次刺激脾细胞过夜，然后进行表面和细胞内细胞因子染色，之后进行流式细胞术分析。收集脾细胞用于分析（每组3个脾的3个库）。 

结果： 

图9中所示的结果表示用p24或RT肽库再次刺激后所观察到的细胞反应。 

X轴标记对应如下： 

Adj B–用9μg F4/10⁸vpPan7GRN/未稀释的佐剂B免疫的小鼠 

1/2Adj B–用9μg F4/10⁸vpPan7GRN/1/2稀释的佐剂B免疫的小鼠 

1/4Adj B–用9μg F4/10⁸vpPan7GRN/1/4稀释的佐剂B免疫的小鼠 

1/10Adj B–用9μg F4/10⁸vpPan7GRN/1/10稀释的佐剂B免疫的小鼠 

空白–空白小鼠（未免疫） 

结果表明主要观察到抗p24和RT的CD4（图9，左侧栏）和CD8（图9，右侧栏）反应，RT特异性的CD8T细胞反应低于p24特异性的CD8T细胞反应。此外，结果表明在用未稀释的佐剂B或其1/2稀释液免疫的组在免疫后21天抗p24和RT的CD4反应类似。当佐剂1/4稀释时，这些CD4反应趋于降低。当佐剂B以1/10稀释时，所观察到的CD4反应与用佐剂B的1/4稀释液免疫的组中的CD4反应类似。佐剂1/2稀释或不稀释时，抗p24的抗CD8反应相当。然而，当佐剂B1/4稀释时，反应降低，如果1/10稀释，甚至降低更多。相比之下，这些趋势没有在抗RT CD8反应中看到，其中没有所用佐剂剂量的真正剂量范围效应。 

结论： 

通过单次给予含有免疫原性多肽、含有编码免疫原性多肽的异源多核苷酸的腺病毒载体和佐剂的组合物，诱导了抗F4组分的CD4+细胞和CD8+细胞，即使在佐剂被稀释时也如此。佐剂稀释的影响依据所关注的抗原特异性CD4或CD8反应而不同。具体地，观察到的最高的反应是抗p24的，抗p24CD4和CD8T细胞反应显示出与组合疫苗中所用的佐剂剂量相关的剂量范围效应。尽管对于抗RT CD4T细胞反应可以观察到相同的效应，但combo中所用的佐剂剂量的剂量范围效应不如抗RT CD8T细胞反应明确。最后，如果我们考虑总体的抗原特异性CD4和CD8T细胞反应并将抗4种抗原的反应加起来，则可以观察到剂量范围。 

实施例3

在用Pan7GRN免疫或用F4/佐剂B顺序免疫或用腺病毒和蛋白组分一起共同配制的制剂免疫的新西兰白兔中的免疫原性研究

对于用F4/佐剂B进行的免疫，注射人剂量，即，90μg F4蛋白/500μL佐剂B。对于用Pan7GRN进行的免疫，使用10×10¹⁰或10×10¹²病毒粒子/500μL盐水。对于用腺病毒和蛋白组分一起共同配制的制剂进行的免疫， 使用每500μL佐剂B90μg F4蛋白、10×10¹¹Pan7GRN病毒粒子。 

疫苗接种方案如下： 

除组1仅包括2只兔子外，每组3只兔子。 

进行下列读出： 

抗体反应（对来自各组的各个动物的血清进行ELISA）： 

-抗F4的抗体反应 

-抗F4组分p24、RT、Nef和p17的抗体反应 

淋巴增殖性反应 

通过外周血单核细胞（在密度梯度后从全血分离）对氚标记的胸腺嘧啶的吸收来测定淋巴增殖，该外周血单核细胞在体外经Nef、p17、p24和/或RT肽库再刺激88小时，孵育的最后16小时存在氚标记的胸腺嘧啶。 

结果： 

淋巴增殖性反应： 

如图10中所示，在用蛋白免疫两次的组中观察到了最高的淋巴增殖性反应。在用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次的动物中的淋巴增殖性反应在该组的所有兔子中都观察到了。事实上它在一次注射后达到峰值并且在第三次注射腺病毒/蛋白/佐剂的组合后进一步恢复（与第一次注射后水平相似），这表明前两次注射没有诱导中和反应，该中和反应将抑制对任何再进行类似注射的反应。在其强度方面，在用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫的兔子中所观察到的增殖性反应与用10¹²腺病毒的病毒粒子免疫一次或两次的动物中 观察到的增殖性反应相当，并且高于用10¹⁰腺病毒的病毒粒子免疫一次或两次的动物中的增殖性反应。总之，这表明使用腺病毒/蛋白/佐剂的组合可以降低使用的腺病毒剂量。最后，在第三次注射腺病毒/蛋白/佐剂的组合后，在组4中观察到的反应与用蛋白免疫3次的动物（组1）的反应类似。 

血清学： 

如图11所示，在用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次的动物中所观察到的抗F4抗体反应的动力学与用蛋白免疫两次的动物的动力学类似：其在第二次注射后7天检测到，然后随时间降低。然而，在强度方面，用腺病毒/蛋白/佐剂的组合免疫两次的动物的抗F4反应与用蛋白免疫两次的动物的抗F4反应相比在后期时间点（第二次免疫后21和63天）仍然较高。在用10¹⁰腺病毒的病毒粒子免疫一次的兔子中没有观察到抗F4抗体反应。在用10¹²腺病毒的病毒粒子免疫一次的兔子中，仅在免疫后21和63天检测到抗F4反应。在那个组中，在免疫时间点后63天（d77）观察到了反应的高度变异性，这是由于（3只动物中的）一只动物展示出抗不同F4组分的较高效价，尤其是抗p24和RT，如分别在图12a和12b中所示。抗F4抗体反应主要由靶向p24和RT的抗体以及明显较小程度的Nef和p17抗体构成。 

结论： 

在两次注射含有免疫原性多肽、含有编码免疫原性多肽的异源多核苷酸的腺病毒载体和佐剂的组合物后，可以在兔子中诱导淋巴增殖性反应和抗体反应。此外，我们证明淋巴增殖性反应可以在第三次注射此组合物之后恢复。最后，观察到的最佳的抗体反应（强度和持久性方面）是用腺病毒/蛋白/佐剂的组合引起的抗体反应。 

实施例4 

在CB6F1小鼠中F4（密码子优化的）/佐剂B和C7-GRN组合给予时的免疫原性 

实验设计 

用下列不同的组合免疫CB6F1小鼠两次（第0天和21天）。以50μl佐剂B中9μg F4co/动物（1/10人剂量）使用F4co/佐剂B。实施例4中的F4co如WO2006/013106实施例1的密码子优化方法中所述制备的F4。 

组合

C7-GRN 

C7-GRN/佐剂B 

C7-GRN/F4co 

C7-GRN/F4co/佐剂B 

F4co 

F4co/佐剂B 

佐剂B 

C7空白 

C7空白/佐剂B 

C7空白/F4co 

C7空白/F4co/佐剂B 

免疫方案和免疫反应分析

在第0天和第21天进行免疫。在第21天、28天（第2次免疫后7天）、42天（第2次免疫后21天）、和77天（第2次免疫后56天）进行胞内细胞因子染色（ICS）。 

结果 

HIV特异性CD4T细胞反应 

结果显示在下列图中： 

图13.HIV-1特异性CD4T细胞的定量。示出了在4个时间点，对于各个免疫方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD3CD4T细胞的百分比。在离体条件下，用含有F4序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素（Brefeldin），然后过夜），通过ICS测量细胞因子的产生。每 个值是3只小鼠的5个库的几何平均值。 

图14.在两次免疫后7天F4特异性CD4T细胞的频率分布。示出了对于各个方法，在两次免疫后7天F4特异性循环CD4T细胞的频率。每个点表示3只小鼠的一个库所获得的值。 

图15.在两次免疫后7天F4特异性CD4T细胞的细胞因子的产生。示出了对于3只小鼠的5个库，分泌IFN-γ和/或IL-2的F3特异性CD4T细胞的百分比。示出了用F4co/佐剂B(A)、F4co/佐剂B/C7空白(B)和F4co/佐剂/C7-GRN(C)免疫的结果。 

F4特异性循环CD4T细胞频率在用F4co/佐剂B组合免疫两次后21天达2.82%，在免疫后56天降至0.91%（图13）。两次剂量的单独C7-GRN病毒在最后免疫后21天产生0.52%的F4特异性循环CD4T细胞，佐剂B的存在不会改变此反应。 

在F4co/佐剂B混合物之外，空载体C7或重组C7-GRN病毒的存在不增加或干扰F4特异性CD4T细胞反应的频率（最后免疫后21天分别为3.58%和2.82%）。即使不进行统计分析，群体分布也表明F4特异性CD4T细胞反应的强度在F4co/佐剂B、F4co/佐剂B/C7空白和F4co/佐剂B/C7-GRN三种方法之间没有不同（图14）。 

如所预料的，给予没有佐剂B的F4co不会诱导显著的F4特异性CD4T细胞。 

细胞因子产生的曲线图显示，在用F4co/佐剂B免疫后，F4特异性CD4T细胞分泌IFN-γ和IL-2两者。免疫方法中添加C7空白或C7-GRN不改变此曲线图。 

因此，这些数据表明，在用F4co/佐剂B组合免疫后得到最高的F4特异性CD4T细胞反应，C7-GRN病毒的存在不会改善或改变这种反应。 

抗原特异性CD8T细胞反应

结果显示在下列图中 

图16.HIV-1特异性CD8T细胞的定量。示出了在4个时间点，对于各个免疫方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD3CD8T细胞的百分比。在离体条 件下，用含有F4序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素，然后过夜），通过ICS测量细胞因子产物。每个值是3只小鼠的5个库的几何平均值。 

图17.在两次免疫后7天F4特异性CD8T细胞的细胞因子产生。示出了对于3只小鼠的5个库，分泌IL-2和/或IFN-γ的F4特异性CD8T细胞的百分比。示出了用C7-GRN(A)、C7-GRN/佐剂B(B)和C7-GRN+F4co/佐剂B(C)免疫的结果。 

在一次注射后，重组载体C7-GRN诱导高频率的F4特异性循环CD8T细胞（9.70%的总CD8T细胞，免疫后21天）（图4）。第二次注射没有加强F4特异性CD8T细胞反应。F4co/佐剂B组合诱导很低乃至不可检测的F4特异性CD8T细胞，添加这种组合到C7-GRN不会改善或削弱F4特异性CD8T细胞反应。 

当将佐剂B添加到C7-GRN中时F4特异性CD8T细胞反应被延迟，但是在第二次免疫后21天达到与C7-GRN单独或C7-GRN/F4co/佐剂B组合相同的水平。 

C7-GRN载体单独或与F4co/佐剂B组合注射时，F4特异性CD8T细胞都主要分泌IFN-γ（图17）。 

有趣的是，F4特异性CD8T细胞反应持续到最后免疫后56天而没有下降，这表明C7载体引起高且持久的CD8T细胞。 

结论 

F4co/佐剂B疫苗在CB6F1小鼠中诱导高频率的多功能HIV特异性CD4T细胞但非HIV特异性CD8T细胞。在相同的动物模型中，表达Gag、RT和Nef的重组腺病毒C7（Ad C7-GRN）诱导很高的抗原特异性CD8T细胞反应以及很低乃至不可检测的抗原特异性CD4T细胞反应。F4/佐剂B和Ad C7-GRN的组合同时引起抗原特异性的CD4和CD8T细胞两者。F4co、佐剂B和C7-GRN三种组分的组合同时引起最高水平的抗原特异性CD4和CD8T细胞两者。组合F4/佐剂B和Ad C7-GRN对两种细胞免疫反应的强度具有叠加效应。此模型中抗原特异性CD4T细胞反应对抗原特异性CD8T 细胞反应的功能性的作用仍待测定。 

实施例5 

表达恶性疟原虫CSP蛋白的CS2构建体的黑猩猩腺病毒C7（C7-CS2）单独给予时的免疫原性 

实验设计：

用表达CSP疟疾抗原的C7黑猩猩腺病毒的剂量范围（10¹⁰、10⁹&10⁸病毒粒子）肌内免疫CB6F1小鼠一次，在注射后21、28和35天通过ICS（胞内细胞因子染色）测定CSP特异性（C-末端和N-末端）CD4和CD8T细胞反应。 

CSP特异性CD4T细胞反应

结果显示于下列图中： 

图18.CSP特异性CD4T细胞的定量。示出了在三个时间点，对于各个方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD4T细胞的百分比。在离体条件下，用含有CSP N-末端或CSP C-末端序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素，然后过夜），通过ICS测量细胞因子产物。对C末端和N末端肽库的反应进行合计，每个值是4只小鼠的5个库的几何平均值。 

图19.CSP特异性CD8T细胞的定量。示出了在三个时间点，对于各个免疫方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD8T细胞的百分比。在离体条件下，用含有CSP N-末端或CSP C-末端序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素，然后过夜），通过ICS测量细胞因子产物。对C末端和N末端肽库的反应进行合计，每个值是4只小鼠的5个库的几何平均值。 

这些结果表明10¹⁰和10⁹剂量的C7-CS2引起类似水平的CSP特异性CD4T细胞反应（峰值为0.5%）和类似水平的CSP特异性CD8T细胞反应（峰值为8%）。在随后的实验中选择10¹⁰的C7-CS2剂量，其中测试了C7-CS2 与RTS,S组合的免疫原性（参见下文）。 

实施例6 

当C7-CS2与RTS,S组合给予时在CB6F1小鼠中的免疫原性 

实验设计：

用在50μl佐剂B中的疟疾疫苗候选物RTS,S(5μg)的组合（在下面的图中称为P-P-P）或在50μl佐剂B中的RTS,S(5μg)与C7-CS2（10¹⁰病毒粒子）的组合（在下图中称为C-C-C）肌内免疫CB6F1小鼠三次（第0、14、28天）。在下列时间点测定CSP特异性（C末端和N末端）CD4和CD8T细胞反应： 

-2次免疫后7天 

-3次免疫后7、21、35和49天 

通过ICS（胞内细胞因子染色）测定CSP特异性T细胞反应。 

还在第3次免疫后14和42天通过ELISA测定了来自免疫动物的血清中的CSP特异性抗体反应。 

CSP特异性CD4T细胞反应

结果显示在下列图中： 

图20.CSP（N-末端）特异性CD4T细胞的定量。示出了在五个时间点，对于各个免疫方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD4T细胞的百分比。在离体条件下，用含有CSP N-末端序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素，然后过夜），通过ICS测量细胞因子产物（IFNg和/或IL-2）。每个值是7只小鼠的4个库的几何平均值。 

图21.CSP（C-末端）特异性CD4T细胞的定量。示出了在五个时间点，对于各个免疫方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD4T细胞的百分比。在离体条件下，用含有CSP C-末端序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素，然后过夜），通过ICS测量细胞因子产物（IFNg和/或IL-2）。每个值是7只小鼠的4个库的几何平均值。 

这些结果表明，用组合[RTS,S+C7-CS210¹⁰+佐剂B]注射3次免疫的小鼠比用RTS,S+佐剂B注射3次免疫的小鼠展现出更高的抗原特异性CD4T细胞反应（抗CSP的C-末端和N-末端部分）。 

CSP特异性CD8T细胞反应

结果显示在下列图中： 

图22.CSP（N-末端）特异性CD8T细胞的定量。示出了在五个时间点，对于各个免疫方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD8T细胞的百分比。在离体条件下，用含有CSP N-末端序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素，然后过夜），通过ICS测量细胞因子产物（IFNg和/或IL-2）。每个值是7只小鼠的4个库的几何平均值。 

图23.CSP（C-末端）特异性CD8T细胞的定量。示出了在五个时间点，对于各个免疫方法，分泌IFN-γ和/或IL-2的CD8T细胞的百分比。在离体条件下，用含有CSP C-末端序列的肽库刺激外周血淋巴细胞（PBL）（2小时后添加布雷菲德菌素，然后过夜），通过ICS测量细胞因子产物（IFNg和/或IL-2）。每个值是7只小鼠的4个库的几何平均值。 

这些结果表明，用组合[RTS,S+C7-CS210¹⁰+佐剂B]注射3次免疫的小鼠比用RTS,S+佐剂B注射3次免疫的小鼠展现出更高的抗原特异性CD8T细胞反应（抗CSP的C-末端和N-末端部分）。 

CSP特异性抗体反应

结果显示在下列图中： 

图24.CSP特异性抗体效价的定量。在第3次免疫后14和42天收集来自小鼠的血清。通过ELISA测量这些个体中每个的抗CSP抗体效价。数据显示为几何平均值的抗体效价±95%置信区间。 

这些结果显示，用组合[RTS,S+C7-CS210¹⁰+佐剂B]注射3次免疫的小鼠展示出与用RTS,S+佐剂B注射3次免疫的小鼠类似的CSP特异性抗体效价。 

结论 

RTS,S/佐剂B疫苗诱导高频率的CSP C-末端特异性CD4T细胞而非CSP N-末端特异性CD4T细胞。此外，RTS,S/佐剂B疫苗诱导很低乃至不可检测的CSP C&N-末端特异性CD8T细胞。在相同的动物模型中，表达CSP的重组腺病毒C7诱导很高的CSP（C-末端和N-末端）特异性CD8T细胞反应和较低的CSP（C-末端和N-末端）特异性CD4T细胞反应。RTS,S/佐剂B与Ad C7-CS2的组合同时引起高水平的CSP（C-末端和N-末端）特异性CD4和CD8T细胞两者。组合RTS,S/佐剂B与Ad C7-CS2对两种T细胞反应的强度具有叠加效应。最后，RTS,S/佐剂B与Ad C7-CS2的组合引起高水平的CSP特异性抗体反应，与RTS,S/佐剂B诱导的CSP特异性抗体反应相当。 

序列

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序列表 

<110>葛兰素史密丝克莱恩生物有限公司（GlaxoSmithKline Biologicals）     葛兰素史密丝克莱恩生物有限公司（GlaxoSmithKline Biologicals） 

<120>新的方法和组合物 

<130>V62209 

<160>16 

<170>PatentIn3.5版 

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aaccagcagg agaagaacga gcaggatctg ctggccctgg acaagtgggc caacctgtgg 1980 

aactggttcg acatcagcaa gtggctgtgg tacatcagat cttga                 2025 

<210> 6 

<211> 674 

<212> PRT 

<213> HIV 

<400> 6 

<210> 7 

<211> 1545 

<212> DNA 

<213> HIV 

<400> 7 

atgaaagtga aggagaccag gaagaattat cagcacttgt ggagatgggg caccatgctc 60 

cttgggatgt tgatgatctg tagtgctgca gaacaattgt gggtcacagt ctattatggg 120 

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ggagtagcac ccaccagggc aaagagaaga gtggtgcaga gataa                 1545 

<210> 8 

<211> 514 

<212> PRT 

<213> HIV 

<400> 8 

<210> 9 

<211> 2178 

<212> DNA 

<213> 结核分支杆菌 

<400> 9 

atgcatcaca cggccgcgtc cgataacttc cagctgtccc agggtgggca gggattcgcc 60 

attccgatcg ggcaggcgat ggcgatcgcg ggccagatcc gatcgggtgg ggggtcaccc 120 

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gtggtcaaca tcaacaccaa actgggctac aacaacgccg tgggcgccgg gaccggcatc 1740 

gtcatcgatc ccaacggtgt cgtgctgacc aacaaccacg tgatcgcggg cgccaccgac 1800 

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<210> 10 

<211> 725 

<212> PRT 

<213> 结核分支杆菌 

<400> 10 

<210> 11 

<211> 1149 

<212> DNA 

<213> 恶性疟原虫 

<400> 11 

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<210> 12 

<211> 382 

<212> PRT 

<213> 恶性疟原虫 

<400> 12 

<210> 13 

<211> 1275 

<212> DNA 

<213> 恶性疟原虫 

<400> 13 

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tgggtataca tttaa                                                  1275 

<210> 14 

<211> 424 

<212> PRT 

<213> 恶性疟原虫 

<400> 14 

<210> 15 

<211> 3411 

<212> DNA 

<213> HIV 

<400> 15 

atggtcattg ttcagaacat acagggccaa atggtccacc aggcaattag tccgcgaact 60 

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atagccgaga tccagaagca ggggcagggc caatggacgt accagatata tcaagaaccg 1740 

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ctagtcccag tggaacccga caaggtcgaa gaggctaata agggcgagaa cacttctctt 2880 

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ttcgactctc gacttgcgtt ccatcacgta gcacgcgagc tgcatccaga atatttcaag 3000 

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caggccgccg ccgacaccgg gcacagcaac caggtgtccc aaaactacta a          3411 

<210> 16 

<211> 1136 

<212> PRT 

<213> HIV 

<400> 16 

本申请中所引用的所有参考文献，包括专利和专利申请，以全文可用的程度并入本文。 

整个说明书和下面的权利要求书中，除非内容另外要求，否则词语“包括”和变化形式如“包含”和“含有”，应理解为包括所述的整数、步骤、整数组或步骤组，但是不排除任何其他的整数、步骤、整数组或步骤组。 

部分由此说明书和权利要求构成的申请可以用作任何后续申请的优先权基础。该后续申请的权利要求可以涉及本文所述特征的任何特征或组合。它们可以采取产品、组合物、方法或用途权利要求的形式，可以包括：例如但不限于下列权利要求。 

Claims (15)

1.一种疫苗组合物，包含：（i）一种或多种第一免疫原性多肽，其包含疟原虫环子孢子蛋白（CSP）或其免疫原性片段或免疫原性衍生物；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的Pan7腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码包含一种或多种CSP抗原或其免疫原性片段或免疫原性衍生物的一种或多种第二免疫原性多肽；和 (iii)佐剂，其包含3D-MPL和QS21。

2.根据权利要求1所述的疫苗组合物，其中（i）或（ii）的CSP来自恶性疟原虫。

3.根据权利要求1所述的疫苗组合物，其中所述一种或多种第一免疫原性多肽包含至少一个T细胞表位和/或至少一个B细胞表位。

4.根据权利要求1所述的疫苗组合物，其中所述一种或多种第一免疫原性多肽的一种或多种和所述一种或多种第二免疫原性多肽的一种或多种共有一个或多个相同的B细胞和/或T细胞表位。

5.根据权利要求1所述的疫苗组合物，其中第一免疫原性多肽为RTS,S。

6.根据权利要求1所述的疫苗组合物，其中所述佐剂进一步包含CpG。

7.根据权利要求1所述的疫苗组合物，其中所述佐剂包含水包油乳液，或其中所述佐剂包含脂质体。

8.根据权利要求1所述的疫苗组合物，用于哺乳动物中产生针对疟原虫的免疫反应，或用于刺激哺乳动物中产生疟原虫特异性的CD4＋和/或CD8＋ T细胞和/或抗体。

9.根据权利要求2所述的疫苗组合物，其中所述第一免疫原性多肽包括RTS,S；所述佐剂包括脂质体制剂中的QS21和3D-MPL；所述腺病毒载体包括黑猩猩腺病毒血清型Pan7载体，所述载体包含编码免疫原性多肽CSP的多核苷酸。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的疫苗组合物，其中所述多肽、腺病毒载体和佐剂组分中的一种、或两种或所有与药学上可接受的赋形剂组合。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的疫苗组合物在制备用于哺乳动物中产生针对疟原虫的免疫反应，或用于刺激哺乳动物中产生疟原虫特异性的CD4＋和/或CD8＋ T细胞和/或抗体的药物中的用途。

12.一种试剂盒，包含（i）一种或多种第一免疫原性多肽，其包含疟原虫环子孢子蛋白（CSP）或其免疫原性片段或免疫原性衍生物；(ii)包含一种或多种异源多核苷酸的Pan7腺病毒载体，所述一种或多种异源多核苷酸编码包含一种或多种CSP抗原或其免疫原性片段或免疫原性衍生物的一种或多种第二免疫原性多肽；和 (iii)佐剂，其包含3D-MPL和QS21。

13.根据权利要求12所述的试剂盒，其中（i）或（ii）的CSP来自恶性疟原虫。

14.根据权利要求12或13所述的试剂盒，其中所述第一免疫原性多肽包括RTS,S；所述佐剂包括脂质体制剂中的QS21和3D-MPL；所述腺病毒载体包括黑猩猩腺病毒血清型Pan7载体，所述载体包含编码免疫原性多肽CSP的多核苷酸。

15.根据权利要求12-14所述的试剂盒，其中所述多肽、腺病毒载体和佐剂组分中的一种、或两种或所有与药学上可接受的赋形剂组合。

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