CN103003430A - 反义分子和治疗疾病的方法 - Google Patents
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Abstract
一种能在肌营养不良蛋白基因中结合所选靶点诱导外显子跳跃的反义分子,如下序列所述,SEQ ID NO:1至59。
Description
技术领域
本发明涉及适于促进外显子跳跃的新型反义化合物和组合物。利用适合用于本发明方法的反义化合物和治疗组合物,本发明也提供了诱导外显子跳跃的方法。
背景技术
下述背景技术讨论只是为了便于理解本发明。该讨论并不承认或认为:引用的任何材料在本申请优先权日时是或曾经是公共知识的一部分。
目前,科研人员正付出巨大努力研究抑制或弥补疾病引起的基因突变的方法。反义技术正在开发之中,利用一系列的化学物质在多种不同水平上(转录、剪接、稳定、翻译)影响基因表达。该研究大多聚焦于使用反义化合物纠正或弥补各种不同疾病中异常或与疾病有关的基因。
反义分子能够精确特异性地抑制基因表达,正因为如此,关于寡聚核苷酸作为基因表达调节物的许多研究都聚焦于抑制如原癌基因或病毒基因等靶基因的表达。这些反义寡核苷酸或抑制RNA(正义链),或通过与DNA形成三螺旋结构,抑制RNA聚合酶II的转录,来抑制DNA。
为了获得特定基因下调的预期效应,寡核苷酸必须促进靶mRNA的衰减或阻断mRNA的翻译来有效阻止非预期靶蛋白的从头合成。
当目标是使天然蛋白产物上调、或者用来弥补无义突变或移码突变引起翻译提前终止时,这类技术就没有作用了。
此外,由于突变使得正常功能蛋白过早失效的情况,利用反义技术,通过剪接加工期间的干预作用,来恢复一些功能蛋白产物的方法已成为可能。(Sierakowska H,et al.,(1996)ProcNatl Acad Sci USA 93,12840-12844;Wilton SD,et al.,(1999)Neuromusc Disorders9,330-338;van Deutekom JC et al.,(2001)Human Mol Genet 10,1547-1554)。在这些情况下,有缺陷的基因转录物不应当被靶向降解,因此反义寡核苷酸化合物不应当促进靶mRNA的衰减。
在各种遗传疾病中,突变对基因最后表达的影响可通过剪接加工期间靶向的外显子跳跃过程进行调节。剪接加工通过复杂的多粒子剪接体定向,该剪接体将mRNA前体(Pre-mRNA)中毗邻的外显子-内含子结点紧靠,并将内含子末端的磷酸二酯键断裂,随后在外显子之间进行重排从而剪接在一起。这个复杂且高度精确的过程通过mRNA前体中的序列基元调节,序列基元是相对短的半保守RNA片段,其能与剪接反应中有关的各种核剪接因子结合。通过改变剪接体读取或识别mRNA前体过程中有关的基序的方式,可创造出不同的被剪接mRNA分子。现已知大多数人类基因在正常基因表达期间可替代性剪接,尽管涉及的机制还没有明确。现已显示,利用反义寡核苷酸,可从成熟的基因转录中绕过或去除编码mRNA中的错误和缺陷。
自然情况下,剪接加工中遗传缺失或外显子跳跃的程度并不完全为人所知,尽管已记录了许多实例,通常以极低水平发生(Sherrat TG,et al.,(1993)Am J Hum Genet 53,1007-1015)。但是,现已明确假如与引起疾病突变有关的外显子可以特异性地从某些基因上缺失,有时候可以产生较短的蛋白产物,该蛋白产物具有与天然蛋白相似的生物学性质,或者具有足够的生物学活性以改善与靶外显子有关的突变引起的疾病(Lu QL,et al.,(2003)Nature Medicine9,1009-1014;Aartsma-Rus A et al.,(2004)Am J Hum Genet 74:83-92)。
靶向于外显子跳跃的过程可能在长基因中特别有用,长基因中具有许多外显子和内含子,其中外显子的遗传组成上具有冗余,或者一个蛋白可以具有功能而不需要一个或多个特定的外显子(例如肌营养不良蛋白基因有79个外显子组成;或者可能有些胶原蛋白基因编码重复的序列块,或者巨大的伴肌动蛋白或肌联蛋白基因分别由-80和超过370个外显子组成)。
各种基因中的突变引起了截短,利用基因改造治疗与该截短有关的遗传疾病,该基因改造有关的研究工作主要集中于利用反义寡核苷酸:(1)与剪接加工中涉及的元件部分或完全重叠;或(2)在非常靠近元件的位点结合mRNA前体,以阻断剪接因子的结合和功能,正常情况下,剪接因子可调节发生在上述元件上的特定剪接反应(例如在待阻断元件的3、6或9核苷酸位点结合mRNA前体)。
例如,现已报道了体外和体内中利用反义寡核苷酸调节突变肌营养不良蛋白mRNA前体的剪接。在由日本报道的一类肌营养不良蛋白突变中,52-碱基对的缺失突变导致剪接加工中去除了外显子19与侧翼内含子(Matsuo et al.,(1991)J Clin Invest.87:2127-2131)。体外小基因剪接系统已用于显示31部分2’-O-甲基寡核糖核苷酸与肌营养不良蛋白Kobe外显子19中缺失序列的5’端互补,抑制了野生型mRNA前体的剪接(Takeshima et al.(1995),J.Clin.Invest.95:515-520)。在人体培养的成淋巴细胞样中,相同的寡核苷酸用于从天然肌营养不良蛋白基因转录物中诱导外显子跳跃。
Dunckley et al.(1997)Nucleosides & Nucleotides,16,1665-1668描述了用于体外构建体,该体外构建物用于分析mdx小鼠突变种中突变肌营养不良蛋白的外显子23周围的剪接,mdx小鼠突变种是一种肌营养不良症模型。尽管没有给出靶点或序列,但对体外利用2’修饰的寡核苷酸分析这些构建体的计划进行了讨论,所述寡核苷酸靶向作用于剪接位点,剪接位点位于小鼠肌营养不良蛋白外显子23之内或与之紧邻。
随后报道了2’-O-甲基寡核糖核苷酸能纠正这类mdx小鼠肌细胞中的肌营养不良蛋白缺陷。靶向作用于鼠肌营养不良蛋白内含子223’端剪接位点的反义寡核苷酸也得到报道,该反义核苷酸导致突变外显子和数个两侧外显子发生了跳跃,并产生了具有新型内部缺失的新型结构内(in-frame)肌营养不良蛋白转录物。1-2%反义治疗的mdx小鼠表达了这种突变的肌营养不良蛋白。其他修饰的寡核苷酸如2’-O-甲氧乙基磷酸二酯的应用也有所描述(Dunckley et al.(1998)Human Mol.Genetics,5:1083-90)。
因此,反义分子可以提供一种治疗遗传疾病如杜氏肌营养不良(DMD)的工具。然而,利用反义分子诱导外显子跳跃的尝试结果喜忧参半。
Errington et al.(2003)J Gen Med 5:518-527)描述了针对肌营养不良蛋白外显子19的研究,该研究中使用各种反义分子成功将该外显子从肌营养不良蛋白mRNA前体中跳跃出来,所述反义分子靶向作用于两侧剪接位点或所定义外显子内部的基序。
与外显子19明显易于跳跃相比,Dunckley等(1998)首次报道了mdx小鼠中外显子23发生了跳跃,如今被认为只是自然发生了回复突变转录或者只是人为产物,而不是任何真实的反义活性。除了不能持续产生缺失外显子23的转录物,Dunckley等(1998)没有显示任何诱导外显子跳跃的时间过程,或反义寡核苷酸的均匀滴度,以证明剂量依赖效应,其中外显子跳跃的水平与反义寡核苷酸量的增加或减少相对应。此外,其他研究者并不能重复该项研究工作。
文献Wilton et al.,(1999)Neuromuscular Disorders 9,330-338报道了在mdx小鼠模型中首个特异性可重复外显子跳跃的实例。通过将反义分子靶向作用于供体剪接位点,培养细胞处理6小时之内诱导了肌营养不良蛋白mRNA的外显子23持续和有效的跳跃。Wilton等(1999)也描述了使用更长反义寡核苷酸靶向作用于小鼠肌营养不良蛋白mRNA前体的受体区域,并不能重复Dunckley等(1998)的公开结果。选择使用靶向作用于内含子22受体剪接位点的反义寡核苷酸,没有重复性地检测到任何外显子跳跃,无论单独是23抑或是数个临近外显子的多重跳跃。
当首个靶向作用于内含子23供体剪接位点的反义寡核苷酸在原代肌细胞培养物中持续诱导了外显子跳跃时,发现在表达更高水平肌营养不良蛋白的无限增殖细胞培养物中该化合物的效果要低得多。然而,随着进一步优化靶点和反义寡核苷酸设计,特异性外显子跳跃的效率几乎提高了一个数量级(参见Mann CJ et al.,(2002)J Gen Med 4,644-654)。
因此,仍有需要提供能结合和修饰靶核苷酸序列剪接的反义寡核苷酸。简单将反义寡核苷酸靶向作用于推测的对剪接起关键作用的基序,并不能保证该化合物在治疗装置中的有效性。
上述对本发明的背景讨论只是为了便于理解本发明。应当理解,本讨论并不承认或认为引用的任何材料在本申请优先权日时是公共知识的一部分。
发明内容
本发明提供了能诱导特异性和高效的外显子跳跃的反义分子化合物和组合物及它们的使用方法,所述反义分子化合物和组合物适于结合与mRNA前体剪接有关的RNA基序。
靶点的选择在外显子有效跳跃以及之后的潜在治疗应用中起到关键作用。针对推测的剪接中涉及的mRNA前体的靶区域,简单设计反义分子并不能保证有效和特异性诱导外显子跳跃。针对剪接干预最明显或容易定义的靶点为供体或受体的剪接位点,尽管有更少定义或保守的基序,包括外显子剪接增强子、静默元件和分支点。受体和供体剪接位点大约各自具有16和8个碱基的共有序列(参见图1图示外显子识别、内含子去除和剪接加工中涉及的基序和域)。
一方面,本发明提供了能结合所选靶点诱导外显子跳跃的反义分子。
例如,为了在肌营养不良蛋白基因转录物中诱导外显子5、12、17、21、22、24、43-47、49、50、54-64、66、67、70和72发生外显子跳跃,反义分子优选选自表1A所列。
在另一个实施例中,可能将本发明的两个或更多反义寡核苷酸组合,以在外显子3、4、8、10、26、36、48、60、66和68中诱导更有效的外显子跳跃。该反义寡核苷酸的组合物或“混合物”定向作用于外显子诱导有效的外显子跳跃。
第二方面,本发明提供了可选为或适用于帮助预防或治疗遗传疾病的反义分子,所述反义分子包含至少一种可以以适当剂型给予患者的反义分子。
第三方面,本发明提供了治疗患有遗传疾病的患者的方法,所述患者的编码特殊蛋白的基因发生了突变,突变的影响可通过外显子跳跃消除,包括以下步骤:(a)依据本文中所述方法选择反义分子;(b)将所述分子施用于需要此类治疗的患者。
本发明也公开了利用本发明纯化并分离的反义寡核苷酸的用途,用于制造治疗遗传疾病的药物。
本发明还提供了治疗特征为杜氏肌营养不良的疾病的方法,该方法包含给予需要治疗的患者有效量的本发明适当设计的反义寡核苷酸,所述反义寡核苷酸与患者特定的遗传病损有关。此外,本发明提供了预防性治疗患者的方法,以防止或尽量减少杜氏肌营养不良症,包含以下步骤:给予患者有效量的反义寡核苷酸或者包含一种或多种上述生物分子的药物组合物。
本发明也提供了治疗遗传疾病的试剂盒,所述试剂盒包含至少一种本发明的反义寡核苷酸,该反义寡核苷酸连同说明书包装于合适的容器和进行使用的装置中。
对于本领域普通技术人员而言,下述说明书综述结合下述附图使本发明的其他方面和优点变得明显。
附图说明
图1图示了外显子识别、内含子去除和剪接加工中有关的基序和域。
图2图示了反义寡核苷酸诱导外显子跳跃来绕过引起疾病的突变的概念(未按规定比例绘图)。阴影框代表携带有突变的外显子,该突变阻止了其余mRNA翻译成蛋白。黑色实线代表反义核苷酸,此反义核苷酸能防止成熟mRNA中含有该外显子。
图3凝胶电泳显示靶向作用于外显子3的反义分子混合物在正常人肌细胞培养物中10纳摩尔转染浓度时诱导强而持续的外显子跳跃。
图4凝胶电泳显示靶向作用于外显子4的反义分子混合物在正常人肌细胞培养物中25纳摩尔转染浓度时诱导强而持续的外显子跳跃。
图5凝胶电泳显示使用反义分子[H5A(+35+65)]靶向作用于外显子5的内部域(推测为外显子剪接增强子),人外显子5发生强而有效的外显子跳跃。该优选的化合物在正常人肌细胞培养物中25纳摩尔转染浓度时诱导持续的外显子跳跃。
图6凝胶电泳显示靶向作用于外显子8的反义分子混合物在正常人肌细胞培养物中10纳摩尔转染浓度时诱导外显子8和外显子8/9产生强而持续的外显子跳跃。
图7凝胶电泳显示各种混合物和单个反义分子诱导了外显子10和周围外显子的跳跃。[H10A(-05+16)]和[H10A(+98+19)]或[H10A(-05+16)]和[H10A(+130+49)]的组合物诱导了外显子10和外显子9-12发生跳跃,而[H10A(-05+16)]单独诱导外显子9-14发生跳跃。
图8凝胶电泳显示使用反义分子H14A(+31+61)靶向作用于外显子14引起了外显子14的跳跃。
图9凝胶电泳显示使用反义分子H 17A(+10+35)靶向作用于外显子17引起了外显子17的跳跃。
图10凝胶电泳显示了靶向作用于外显子26的两组反义分子混合物。[H26A(-07+19)]和[H26A(+24+50)]的双重混合物很好的诱导了外显子26的跳跃,向该混合物中添加另外的反义分子不影响跳跃效率。
图11凝胶电泳显示靶向作用于外显子36的反义分子混合物在正常人肌细胞培养物中25纳摩尔转染浓度时诱导了强而持续的跳跃。
图12凝胶电泳显示在正常人肌细胞培养物中使用反义分子H43A(+92+117)25纳摩尔转染浓度时诱导外显子43产生强而持续的跳跃。
图13凝胶电泳显示使用反义分子H44A(+65+90)外显子55发生剂量依赖的的跳跃。
图14凝胶电泳显示使用反义分子H45A(09+25)外显子45发生强而持续的跳跃。
图15凝胶电泳显示使用反义分子H46A(+81+109)外显子46发生强而持续的跳跃。
图16凝胶电泳显示使用反义分子H47A(+01+29)外显子47发生强而持续的跳跃。
图17凝胶电泳显示靶向作用于外显子47的反义分子混合物诱导了强而持续的外显子跳跃。
图18凝胶电泳显示使用反义分子H49A(+45+70)外显子49发生强而持续的跳跃。
图19凝胶电泳显示使用反义分子H50A(+48+74)外显子50发生强而持续的跳跃。
图20凝胶电泳显示使用反义分子H51A(+66+95)外显子51发生强而持续的跳跃。
图21凝胶电泳显示使用反义分子H54A(+67+97)外显子54发生强而持续的跳跃。
图22凝胶电泳显示使用反义分子H55A(-10+20)外显子55发生剂量依赖的跳跃。
图23凝胶电泳显示使用反义分子H56A(+92+121)外显子56发生强而持续的跳跃。
图24凝胶电泳显示使用反义分子H57A(-10+20)外显子57发生剂量依赖的跳跃。
图25凝胶电泳显示使用靶向作用于外显子59的反义分子H59A(+96+120)外显子59和外显子58/59发生了跳跃。
图26凝胶电泳显示诱导外显子60发生跳跃的两组不同的混合物。
图27凝胶电泳显示使用反义分子H63A(+20+49)外显子63发生了跳跃。
图28凝胶电泳显示使用反义分子H64A(+34+62)外显子64发生了跳跃。
图29凝胶电泳显示使用靶向作用于外显子66的反义分子混合物诱导了剂量依赖的外显子跳跃。
图30凝胶电泳显示使用反义分子H67A(+17+47)外显子67发生了跳跃。
图31凝胶电泳显示使用靶向作用于外显子68的反义分子混合物诱导了剂量依赖的外显子跳跃。
图32凝胶电泳显示反义分子混合物在正常人肌细胞培养物中25纳摩尔转染浓度时诱导外显子69/70发生强而持续的跳跃。
图33凝胶电泳显示各种不同反义分子混合物诱导外显子50发生各种水平的跳跃。
图34凝胶电泳显示三种反义分子的混合物诱导外显子50/51发生有效的跳跃。
图35光密度测定结果图显示各种外显子跳跃的效率。受试反义分子为外显子外显子3[H3A(+30+60)和H3A(+61+85)];外显子4[H4D(+14-11)和H4A(+11+40)];外显子14[H14A(+32+61)];外显子17[H17A(+10+35)];外显子26[H26A(-07+19)、H26A(+24+50)和H26A(+68+92)];外显子36[H36A(-16+09)和H36A(+22+51)]。
图36光密度测定结果图显示各种外显子跳跃的效率。受试反义分子为外显子46[H46A(+81+109)];外显子47[H47A(+01+29)];外显子48[H48A(+01+28)和H48A(+40+67)];外显子49[H49A(+45+70)]。
图37凝胶电泳显示使用反义分子H11A(+50+79)外显子11发生了跳跃。
图38凝胶电泳显示使用反义分子H12A(+30+57)外显子12发生了跳跃。
图39凝胶电泳显示使用反义分子H44A(+59+85)外显子44发生了跳跃。
图40凝胶电泳显示使用反义分子H45A(-03+25)外显子45发生了跳跃。
图41凝胶电泳显示使用反义分子H51A(+71+100)外显子51发生了跳跃。
图42凝胶电泳显示使用反义分子H52A(+09+38)外显子52发生了跳跃。
图43凝胶电泳显示使用反义分子H53A(+33+65)外显子53发生了跳跃。
图44凝胶电泳显示使用反义分子H46A(+93+122)外显子46发生了跳跃。
图45凝胶电泳显示使用反义分子H73A(+02+26)外显子73发生了跳跃。
图46反义分子序列。
详述
序列表简述
表1A:单个反义分子
表1B:反义分子混合物
SEQ ID | 外显子 | 序列 |
外显子3混合物 | ||
31 | H3A(+30+60) | UAG GAG GCG CCU CCC AUC CUG UAG GUC ACU G |
32 | H3A(+61+85) | G CCC UGU CAG GCC UUC GAG GAG GUC |
外显子4混合物 | ||
33 | H4A(+11+40) | UGU UCA GGG CAU GAA CUC UUG UGG AUC CUU |
34 | H4D(+14-11) | GUA CUA CUU ACA UUA UUG UUC UGC A |
外显子8混合物 | ||
35 | H8A(-06+24) | UAU CUG GAU AGG UGG UAU CAA CAU CUG UAA |
36 | H8A(+134+158) | AUG UAA CUG AAA AUG UUC UUC UUU A |
外显子10混合物 | ||
37 | H10A(-05+16) | CAG GAG CUU CCA AAU GCU GCA |
38 | H10A(+98+119) | UCC UCA GCA GAA AGA AGC CAC G |
外显子26混合物 | ||
39 | H26A(-07+19) | CCU CCU UUC UGG CAU AGA CCU UCC AC |
40 | H26A(+24+50) | CUU ACA GUU UUC UCC AAA CCU CCC UUC |
41 | H26A(+68+92) | UGU GUC AUC CAU UCG UGC AUC UCU G |
外显子36混合物 | ||
42 | H36A(-16+09) | CUG GUA UUC CUU AAU UGU ACA GAG A |
43 | H36A(+22+51) | UGU GAU GUG GUC CAC AUU CUG GUC AAA AGU |
外显子48混合物 |
44 | H48A(+01+28) | CUU GUU UCU CAG GUA AAG CUC UGG AAA C |
45 | H48A(+40+67) | CAA GCU GCC CAA GGU CUU UUA UUU GAG C |
外显子60混合物 | ||
46 | H60A(+87+116) | UCC AGA GUG CUG AGG UUA UAC GGU GAG AGC |
47 | H60A(+37+66) | CUG GCG AGC AAG GUC CUU GAC GUG GCU CAC |
外显子66混合物 | ||
48 | H66A(-02+28) | CAG GAC ACG GAU CCU CCC UGU UCG UCC CCU |
49 | H66D(+13-17) | UAA UAU ACA CGA CUU ACA UCU GUA CUU GUC |
外显子68混合物 | ||
50 | H68A(+48+72) | CAC CAU GGA CUG GGG UUC CAG UCU C |
51 | H68D(+23-03) | UAC CUG AAU CCA AUG AUU GGA CAC UC |
总言
本领域技术人员应当理解:在此描述的本发明除那些明确描述的之外还有变化和修饰。应当理解,本发明包括所有这些变化和修饰。本发明也包括本说明书引用或标明的所有步骤、特征、组合物和化合物,单独或全部、和任一或所有组合物或任何两个或更多步骤或特征。
本文描述的具体实施方案并不限定本发明的范围,具体实施方案只是为了起到说明本发明。功能上等同的产品、组合物和方法明显在本文描述的本发明的范围之内。
本发明中包括的含有核苷酸和氨基酸序列信息的序列身份号(SEQ ID NO:)集中在本说明书的最后,使用num="FF-ln Version 3.0程序制作。序列表中通过数字指示符确定每条核苷酸或氨基酸序列<210>,随后是序列标识符(如<210>1、<210>2等)。数字指示符区域<211>、<212>和<213>中提供的信息分别表示每条核苷酸或氨基酸序列的长度、序列类型和生物来源。本说明书中引用的核苷酸和氨基酸序列通过数字指示符区域<400>中提供的信息定义,数字指示符区域随后是序列标识符(如<400>1、<400>2等)。
提出和公开反义分子命名系统是为了区分不同的反义分子(参见Mann et al.,(2002)J GenMed 4,644-654)。如下所示,当测试数个区别不大、都作用于同一靶区的反义分子时,该命名法就变得特别适当:
H#A/D (x:y)
第一个字母代表种(如H:人,M:鼠,C:犬)
“#”代表靶肌营养不良蛋白外显子号。
“A/D”分别代表外显子起始端和末端的受体或供体剪接位点。
(x y)代表退火配位物(annealing coordinate),其中“-”或“+”分别代表内含子或外显子序列。例如,A(-6+18)表示靶外显子之前内含子的最后6个碱基以及靶外显子的最初18个碱基。最接近的剪接位点是受体则这些配位物之前使用“A”。所述位于供体剪接位点的退火配位物可以为D(+2-18),其中外显子的最后2个碱基和内含子的最初18个碱基对应反义分子的退火点。A(+65+85)表示整个外显子的退火配位物,退火点为在外显子开始的第65个和第85个核苷酸之间。
在此引用的所有出版物(包括专利、专利申请、杂志文章、实验室手册、书或其他文献)通过引用结合到本文中。并不承认任何引用构成了本发明相关领域的现有技术或者是普通公共知识的一部分。
本文使用的术语“衍生”和“衍生自”应当标明特定事物可能来自的具体来源,尽管没有必要直接从该来源得来。
贯穿全文,除非上下文另有要求,词“包含”或其变化如“包含”或“包含”应理解为包括所述整体(integer)或整体组而不排除整体的其他部分。
本文使用术语的其他定义可在本发明详述中找到,并应用全文。除非另有定义,本文使用的所有其他科学和技术术语的含义与本发明所属领域普通技术人员所理解的相同。
发明详述
当反义分子在mRNA前体序列内的外显子中靶向作用于剪接作用有关的核苷酸序列时,外显子的正常剪接作用就可能被抑制了,导致剪接机制从成熟的mRNA中绕过整个突变的外显子。反义寡核苷酸诱导外显子跳跃的概念显示在图2中。
在许多基因中,通过丢失重要的功能域或破坏读码框,整个外显子的缺失导致产生非功能蛋白。然而,在一些蛋白中可能通过在蛋白内部删除一个或多个外显子而不破坏读码框来缩短蛋白,但并不严重改变该蛋白的生物学活性。典型地,这类蛋白在具有结构性作用和或其末端具有功能域。本发明描述了能结合特定肌营养不良蛋白mRNA前体靶点、并改变该基因处理的反义分子。
基于反义分子的治疗的优选目的在于:通过提供尽可能低浓度的反义分子最大限度地进行外显子跳跃。通常,反义分子可能引起强而稳定的外显子跳跃、弱而偶尔发生的外显子跳跃或根本不发生外显子跳跃。优选开发能以低治疗剂量诱导强烈、稳定、持续的外显子跳跃的反义分子(单独或组合)。
反义分子
本发明的第一方面,提供了能结合所选靶点诱导外显子跳跃的反义分子。为了在肌营养不良蛋白基因转录物的外显子中诱导外显子跳跃,反义分子优选选自表1A所示的化合物组。
同样也提供了能结合所选靶点诱导外显子跳跃的两个或更多反义分子组成的组合物或混合物(“鸡尾酒”)。为了在肌营养不良蛋白基因转录物的外显子中诱导外显子跳跃,混合物中的反义分子优先选自表1B所示的化合物组。
以完全屏蔽共有剪接位点来设计反义分子未必能使靶外显子产生任何跳跃。此外,本发明发现,当设计反义分子时,反义寡核苷酸本身的大小和长度并不总是主要因素。对于一些靶点如外显子19而言,12个碱基长度的反义寡核苷酸就能诱导外显子跳跃,虽然其没有更长的寡核苷酸(2031个碱基)有效。在其他靶点中,如小鼠肌营养不良蛋白外显子23,相比另一个具有25个核苷酸重叠化合物,只有17个残基长度的反义寡核苷酸能更有效诱导外显子跳跃。但是,在本发明中普遍发现长的反义分子通常比短的反义分子更有效诱导外显子跳跃。因此,优选的是本发明的反义分子长度在24至30个核苷酸之间,优选约28个核苷酸长度。例如,先前发现20个碱基的反义分子((H16A(-07+13))对于诱导外显子16测试外显子跳跃无效,但是完全包含前述短寡核苷酸的31个碱基的寡核苷酸(H16A(-06+25))有效诱导了跳跃(Harding et al(2007)Mol Ther 15:157-166)。
发明者们也发现,看来不存在任何能被反义分子阻断或屏蔽以改变剪接的标准基序。在一些外显子中,如小鼠肌营养不良蛋白外显子23,供体剪接位点是最适应于更改该外显子的跳跃的作用靶点。应当注意,根据与供体剪接位点的重叠区域退火而设计和测试了一系列外显子23特异性反义分子,显示这些分子在诱导外显子跳跃方面的效益差异巨大。如Mann等所报道(2002),依赖于反义寡核苷酸的退火(annealing)来绕过无义突变在效率方面差异巨大(在肌营养不良症mdx小鼠模型中改善的反义寡核苷酸诱导外显子跳跃J Gen Med 4:644-654)。靶向作用于数个内部域或外显子23的受体位点,发现不能诱导外显子23产生任何持续的子跳跃。
在其他靶向去除的外显子中,屏蔽受体剪接位点并不能诱导任何外显子跳跃。然而,通过将反义分子定向作用于受体剪接位点(如下所述的人外显子8),诱导了强而持续的外显子跳跃。应当注意,人类外显子8的去除与外显子9的共去除紧密连锁。外显子8反义寡核苷酸和外显子9的对应区域没有很强的序列同源性,显然并不是交叉反应的问题。相反,这两个外显子的剪接通常是连锁的。这并不是一个孤立事件,在犬类细胞中也发现了同样的效应,即靶向作用于外显子8的去除也同样引起了外显子9的跳跃。在小鼠肌营养不良蛋白mRNA前体中靶向作用于外显子23的去除也引起了外显子22频繁去除。这种效应以剂量依赖方式发生,也表明着2个相邻外显子的紧密协调处理。
在其他靶外显子中,定向于供体或受体剪接位点的反义分子并不诱导外显子跳跃或者诱导的跳跃很弱,而将反义分子与内含子区域(即人肌营养不良蛋白外显子4剪接增强子)退火时,诱导外显子跳跃最有效。至一些外显子中,例如小鼠和人外显子19,通过将反义分子作用于多种基序,外显子可容易发生跳跃。也即是说,使用反义寡核苷酸屏蔽供体和受体剪接位点或外显子剪接增强子后可诱导靶外显子发生跳跃。
哪些反义分子混合物将诱导外显子跳跃是不可能预测的。例如,两个反义分子,其各自本身都能很好诱导特定外显子的跳跃,但其组合物以鸡尾酒形式组合时可能不诱导外显子跳跃。例如,H50A(+02+30)和H50A(+66+95)各自诱导外显子50和外显子51的强烈跳跃。但以鸡尾酒组合时,它们只能诱导2个外显子很弱地跳跃。同样地,H50A(+02+30)和H51A(+66+90)或H50A(+02+30)和H51A(+61+90)的组合并不能诱导外显子50和51有效跳跃,尽管单个的反义分子都有效。然而,引入第三个反义分子([H51D(+16-07)],其本身不能引起跳跃),产生了一种由三种成分组成的混合物([H50A(+02+30)]、H51A(+66+90)和[H51D(+16-07)]),该混合物在低至1nM时也能诱导外显子50和51产生跳跃。
又或者,两个或三个反义分子其各自本身无效或只适度有效,但当组合时组合物可引起外显子极好的跳跃。例如,H26A(-07+19)[SEQ ID NO:39]、H26A(+24+50)[SEQ ID NO:40]和H26A(+68+92)[SEQ ID NO:41]各自都不能有效诱导外显子26发生跳跃,这些反义分子也诱导多个外显子发生跳跃(26-29或27-30)。但是,当这三个外显子以鸡尾酒方式混合时,外显子26发生高效跳跃。
从上述实例和讨论中可以明显看出还不能准确预测组合物是否有用。
反义分子可以以剂量依赖或非剂量依赖方式诱导外显子跳跃。对于剂量依赖方式,意味着反义分子量越大,诱导的外显子跳跃更强,而非剂量依赖的反义分子甚至在极低剂量下都可以诱导跳跃。例如,从图15中可以看到,不管反义分子存在的量多少,H46A(+81+109)[SEQ ID NO:12]可以诱导外显子46发生同样强的跳跃(从600nM至25nM)。相反,H57A(-10+20)[SEQ ID NO:20](图24)在100nM时诱导外显子57产生强烈跳跃,但在50nM时跳跃强度有所降低,而在25nM时跳跃下降更多。
优选的是选择以非剂量依赖方式诱导跳跃的反义分子,因为这些反义分子可以以极低浓度给药而仍然具有治疗效果。但是,选择以剂量依赖方式诱导跳跃的反义分子作为优先分子也是可接受,尤其是假如那些分子在低浓度时诱导好的或极好的跳跃。优选是在浓度低于500nM、甚至更优选低于200nM、更甚至优选低至100nM、50nM甚至25nM时,本发明的反义分子也能诱导外显子发生强的或极强的跳跃。最优选的是,本发明的寡核苷酸分子能在100nM浓度下诱导高于30%水平的跳跃。
为了鉴定和选择适合调节外显子跳跃的反义寡核苷酸,必须要对调节功能的一段核苷酸序列进行鉴定。例如该段核苷酸序列可能这样一段基因(或从基因转录而来的mRNA):其表达与某种具体疾病或病态有关;或来源于传染源的核苷酸分子。在本发明的上下文中,优选靶点为与mRNA剪接有关位点(即剪接供体位点、剪接受体位点、或外显子剪接增强子元件)。剪接分支点和外显子识别序列或剪接增强子也是调节mRNA剪接的潜在靶点。
优选地,本发明旨在提供能在肌营养不良蛋白mRNA前体中结合所选靶点的反义分子,以诱导外显子产生有效和持续的跳跃。杜氏肌营养不良的病因源于基因发生突变而妨碍了有功能的基因产物的合成。这些杜氏肌营养不良基因缺损是典型的无义突变或基因组重排如缺失、重复或少量缺失或插入,从而破坏了读码框。因为人肌营养不良蛋白基因是一条巨大而复杂的基因(79个外显子被剪接在一起形成具有开放读码框、约11000个碱基的成熟mRNA),因此有许多位点可能发生突变。结果是,利用反义寡核苷酸治疗肌营养不良蛋白基因中许多不同致病突变,以此疗法为基础的广泛的寡核苷酸需要能将许多外显子作为靶点,使外显子在剪接加工期间可以靶向去除。
在本发明的上下文中,优选的靶点为那些mRNA剪接中涉及的靶点(即剪接供体位点、剪接受体位点或外显子剪接增强子元件)。剪接分支点和外显子识别序列或剪接增强子也是调节mRNA剪接的潜在靶点。
当核酸通过各自之间的氢键作用占据寡核苷酸和DNA或RNA各个分子中的足量对应点时,寡核苷酸和该DNA或RNA之间相互互补。因此,术语“特异性可杂交(hybridisable)”和“互补”用于说明互补性和精确配对的充分程度,如此寡核苷酸和DNA或RNA靶点之间发生稳定和特异性的结合。本领域中可以理解,反义分子序列无需100%与靶序列互补进行特异性杂交。当反义分子与靶DNA和RNA分子结合,干扰这些靶DNA或RNA分子的正常功能而使该DNA或RNA无效,则这些反义化合物就为特异性可杂交,同时也要有充分的互补性,以避免反义化合物与非靶序列在希望特异性结合的条件下发生非特异性结合,所述特异性结合条件即在体内试验或治疗的情况、体外试验的情况下的生理条件,以及进行上述体内、体外试验的条件。
当上述方法被用于选择如下反义分子时,即该反义分子能从蛋白内中删除任何外显子从而缩短蛋白而不影响该蛋白的生物学功能,在缩短的转录mRNA中外显子的缺失不应当导致读码框的移位。因此,假如在三个外显子的线性序列中,第一个外显子的末端编码一个密码子中三个核苷酸中两个,下一个外显子缺失,然后线性序列中的第三个外显子必须从能使核苷酸三联体成为完整密码子的单个核苷酸开始。假如第三个外显子不能从单个核苷酸开始,读码框就会发生移位,这将导致产生截短的或无功能的蛋白。
应当了解,在结构蛋白中外显子末端的密码子重排可能不总是在密码子的末端中断。因此,可能需要从mRNA前体中缺失多个外显子,以保证mRNA的框内阅读。这种情况下,可能需要通过本发明的方法选择多数反义寡核苷酸,其中每一条反义寡核苷酸都作用于不同的区,以诱导待缺失外显子中的剪接作用。
反义分子的长度可以有所变化,只要该反义分子能选择性结合mRNA前体分子内预作用的部位。这些序列的长度可依据本文所述的选择方法确定。通常,反义分子的长度从约10个核苷酸到约50个核苷酸。然而,应当了解,该范围之内的任何核苷酸长度都可用于本方法。反义分子的长度优选在17至30个核苷酸。令人惊奇的是,发现通常更长的反义分子在诱导外显子跳跃方面更有效。因此,反义分子的长度最优选在24和30个核苷酸之间。
为了测定肌营养不良蛋白基因中哪一个外显子可被连接,应当参照外显子的边界图。一个外显子与另一个外显子连接,基于将该外显子3’端的数量处理成与待连接的外显子的5’端的相同。因此,假如外显子7缺失了,外显子6必须与其他外显子12或18连接以维持读码框。因此,需要选择重新定向剪接的反义寡核苷酸,其在第一个实例中重定向剪接外显子7-11,或在第二个实例中重定向剪接外显子7-17。在外显子7缺失的周围恢复读码框的另一个和稍微简单的方法为去除两侧的外显子。诱导外显子6和8的跳跃将导致外显子5与外显子9剪接而形成框内转录。然而,实际上,靶向作用于外显子8使其从mRNA前体中去除导致了外显子9的共同去除,如此最终的转录物为外显子5连接到外显子10。是否包含外显子并不会改变读码框。
一旦受试反义分子得以鉴定,这些反义分子可依据本领域已知的标准技术制备。生产反义分子的最普通方法为2’羟基核糖位点的甲基化以及掺入磷硫酰骨架。该种分子与RNA表面相似,但更能抵抗核酸酶的降解作用。
为了避免mRNA前体与反义分子形成双链体时被降解,本方法中使用的反义分子应当很少或不能为内源性RNA酶H所裂解。这种性质是高度优选的,因为在胞内环境下,或者与含有RNA酶H的粗提物接触时,未甲基化的RNA寡核苷酸的存在将导致mRNA前体反义寡核苷酸双螺旋体的降解。对反义分子进行任何形式的修饰,以使该反义分子能绕过或不诱导上述这种降解,都可用于本发明方法。通过修饰本发明的反义分子可获得核酸酶抗性,因此反义分子局部包含了不饱和的脂肪链和一个或多个极性的、带电荷的基团包括羧酸、酯和醇基。
反义分子与RNA形成双链体时反义分子不被胞内RNA酶H所降解的实例为2’-O-甲基衍生物。2’-O-甲基寡核苷酸在细胞环境和动物组织内非常稳定,与它们的核糖或脱氧核糖对应物相比,这种2’-O-甲基寡核苷酸与RNA形成的双链体具有更高的Tm值。作为选择,本发明核酸酶抗性的反义分子3’端至少最后一个核苷酸被氟化了。仍然作为选择,本发明核酸酶抗性的反义分子3端至少最后两个核苷酸碱基与磷硫酰键相连,优选磷硫酰键与3’端最后四个核苷酸碱基相连。
依据已知技术(参见美国专利5,149,797)可以制备不激活RNA酶H的反义分子。这类反义分子可为脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸序列,简单包含立体妨碍或阻止RNA酶H结合双链分子的任何结构修饰,所述双链分子包含该所述反义寡核苷酸作为双链分子的一员,结构修饰实质上并不妨碍或阻碍了双链体的形成。因为双链体形成中涉及的寡核苷酸部分实质上不同于RNA酶H所要结合的那一部分,因此得到很多不激活RNA酶H的反义分子。例如,这些反义分子可以是以下这种寡核苷酸,这种寡核苷酸中至少一个或所有核苷酸内桥连的磷酸酯基为修饰的磷酸,例如甲基磷酸酯、甲基磷硫酰、磷酸吗啉酯(phosphoromorpholidates)、磷酸哌嗪酯(phosphoropiperazidates)、氨基磷酸酯。例如,每隔一个核苷酸内桥连的磷酸酯残基可按所述进行修饰。在另一个非限制性的实例中,这些反义分子为以下该类分子,这些分子中至少一个或所有的核苷酸含有2’较低级的烷基(例如C1-C4、线性或分支、饱和或不饱和的烷基如甲基、乙基、乙烯基、丙基、1-丙烯基、2-丙烯基和异丙基)。例如,每隔一个核苷酸可如上所述进行修饰。
当反义寡核苷酸为反义分子的优选形式时,本发明包括其他寡聚的反义分子,包括但不限于如下所述的寡核苷酸类似物。
用于本发明的优选反义化合物的具体实例包括含有修饰骨架或非天然核苷间连接键的寡核苷酸。如本说明书所定义,具有修饰骨架的寡核苷酸包括骨架中保留磷原子那些寡核苷酸,以及包括骨架中没有磷原子的寡核苷酸。为了本说明的目的,以及有时如本领域所引参考的,核苷间骨架中不含磷原子的修饰寡核苷酸也可被认为是寡核苷酸。
在其他优选的寡核苷酸类似物中,使用新的基团取代核苷酸单元的糖和核苷间连键(即骨架)。该碱基单元被保持为仍可与与合适的核苷酸靶化合物进行杂交。一种这样的寡核苷酸化合物——显示具有极佳杂交性质的寡核苷酸类似物——被称之为核酸肽(PNA)。在PNA化合物中,使用含有骨架的氨基,特别是氨乙基甘氨酸骨架,取代寡核苷酸的糖骨架。核苷碱基被保留下来,并能直接或间接与骨架氨基部位的杂氮原子结合。
修饰的寡核苷酸也可含有一个或多个取代的糖基。寡核苷酸也可包括核苷碱基(本领域通常简单称之为碱基)修饰物或取代物。某些核苷碱基对于增加本发明寡核苷酸的亲和力特别有用。这些核苷碱基包括5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤,包括2-氨丙基腺嘌呤、5-丙基尿嘧啶、5-炔丙基胞嘧。显示5-甲基胞嘧啶将核酸双链体的稳定性增强了0.6-1.2℃,是优选的碱基取代物,当与2’-O-甲氧乙基糖修饰物组合时甚至更具有特异性。
另一个本发明寡核苷酸的修饰包括在寡核苷酸上化学连接一个或多个增强寡核苷酸活性、细胞分配和细胞摄入的部分或共轭物。这些部分包括但不限于脂质部分,如胆固醇、胆酸、硫醚如已基-S-三苯甲硫醇、巯基胆固醇、脂肪链如十二烷二醇或十一烷基、磷脂如双十六烷基-RAC-甘油或三乙胺1,2-双-O-十六烷基-RAC-甘油-3H-磷酸酯、聚胺或聚乙二醇链,或金刚烷酸、软脂酰部分、或十八胺或己氨基-羰基-羟胆固醇部分。
将给定化合物中的所有位点进行单一均匀修饰是非必要的,事实上单个化合物中、甚至一个寡核苷酸内的单个核酸上可以掺入多个上述的修饰物。本发明也包括为嵌合化合物的反义化合物。本发明上下文中的“嵌合”反义化合物或“嵌合体”为反义分子,具体为寡核苷酸,其含有两个或更多的化学性质不同的区,每一区由至少一种单体构成,即寡核苷酸化合物情况下的核苷。这些寡核苷酸典型地含有至少一个如下所述的区,其中对寡核苷酸进行了修饰,只要这种修饰增强靶核苷酸对核酸酶降解的抗性、增加细胞的摄入以及增强对另外区对靶向核酸的亲和力。
反义分子的制造方法
用于本发明的反义分子可通过众所周知的固相合成技术方便地、常规化地制备。多家厂商销售这种合成设备,包括例如Applied Biosystems(Foster城,加利福尼亚)。美国专利号4,458,066中描述了一种在修饰的固体载体上合成寡核苷酸的方法。
本领域中任何其他已知的固相合成方法都可另外和变化地应用。利用类似的技术合成寡核苷酸如磷硫酰和烷基化衍生物都是为人所熟知的。在一个这样的新自动化的实施方案中,二乙基亚磷酰胺被用作为原材料,并可如Beaucage et al.,(1981)Tetrahedron Letters,22:1859-1862中所述合成。
本发明的反义分子在体外合成,不包括生物来源的反义成分、或不包括设计为指引反义分子体内合成的遗传载体构建物。本发明的分子也可与其他分子、分子结构或化合物混合物一起混合、制成胶囊、共轭或以其他方式联合,例如脂质体、靶分子受体,口服、直肠、局部或其他制剂形式,以协助摄入、分配和/或吸收。
治疗药物
本发明也可用作为预防或治疗药物,其可用于治疗遗传疾病。
相应地,在一个本发明的实施方案中提供了反义分子,如本文所述,该反义分子以治疗有效量与药物可接受的载体、稀释剂或赋形剂混合,在肌营养不良蛋白基因mRNA前体中结合所选靶点诱导外显子有效而持续的跳跃。
术语“药物可接受的”是指但当给予患者时生理上容许的、通常不会产生过敏或相似如嘈杂等等的不良反应的分子实体和组分。术语“载体”是指稀释剂、辅料、赋形剂或与该化合物一起给药的媒介物。这些药物载体可以是无菌液体如水和油,包括石油、动物油、植物或合成来源的油,例如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等等。具体对于注射溶液,优选水和盐溶液、葡萄糖和甘油的水溶液作为载体。Martin,Remington's Phannaceutical Sciences,18th Ed.,Mack Publishing Co.,Easton,PA,(1990)描述了合适的载体。
在本发明一个更特别的形式中,提供了含有治疗有效量反义分子和药物可接受的稀释剂、防腐剂、增溶剂、乳化剂、辅料和/或载体的药物组合物。这类组合物包括具有各种缓冲物(如Tris盐酸、乙酸、磷酸盐)、pH和离子强度和添加剂的稀释剂,所述添加剂如洗涤剂和增溶剂(如吐温80、聚山梨醇酯80)、抗氧化剂(如抗坏血酸、焦亚硫酸钠)、防腐剂(如硫柳汞Thimersol,、苯甲醇)和包装物质(如乳糖、甘露醇)。该物质可掺入多聚化合物的微粒制剂或掺入脂质体中,多聚化合物如聚乳酸、聚乙醇酸等。也可使用透明质酸。这种组合物可以影响本发明蛋白和衍生物的物理状态、稳定性、体内释放率和体内清除率。例如,参见Martin,Remington's Pharniaceutical Sciences,18th Ed.(1990,Mack Publishing Co.,Easton,PA18042)第1435-1712页,通过引用结合到本文中。也可将该组合物制成液体形式,或干粉形式如冻干形式。
应当了解,本发明提供的药物组合物可通过本领域的任何方法给药。优选通过注射、口服、或通过肺部、或鼻腔给予所述药物组合物。更优选通过静脉注射、动脉内、腹膜内、肌肉注射、或皮下注射进行给药。
以反义分子为基础的疗法
本发明也阐述了本发明反义分子的用途,用于制作药物调节遗传疾病。
通过先前公开的方法可获得治疗有效量反义分子的递药系统。例如,可通过含有混合了反义分子与有效量嵌段共聚物的组合物进行反义分子的细胞内给药。美国专利申请US20040248833描述这种方法的实例。
在文献Mann CJ et al.,(2001)["Antisense-induced exon skipping and the synthesisof dystrophin in the mdx mouse".Proa,Natl.Acad.Science,98(1)42-47]和Gebski etal.,(2003).Human Molecular Genetics,12(15):1801-181中也描述了将反义分子递送到细胞核的其他方法。
美国专利US 6,806,084描述了经由表达载体如裸露DNA或与脂质载体复合将核苷酸导入细胞的方法。
在胶体分散系统中递送反义分子或许是令人满意的。胶体分散系统包括高分子复合物、纳米囊、微球、小球和以脂质为基础的系统,以脂质为基础的系统包括水包油乳剂、微胶粒、混合微胶粒和脂质体或脂质体制剂。
脂质体是一种人工膜囊,其在体外和体内可用作为递药赋形剂。这些制剂可具有纯粹的阳离子、阴离子或中性电荷特性,对于体外、体内和活体外递送方法这些都是有用的特性。很显然,大小范围为0.2-4.0.PHI.m的大单室脂质体(LUV)能将大部分含有大型大分子的缓冲水溶液包裹入其中。RNA和DNA可被包入水溶液内,以生物活性形式递送入细胞(Fraley,et al.,Trends Biochem.Sci.,6:77,1981)。
作为高效基因转移载体的脂质体应当具备以下特性:(1)可以高效地包裹相关的反义分子而不损害它们的生物学活性;(2)与非靶细胞相比优选牢固结合靶细胞;(3)高效递送泡囊的水性内容物至靶细胞细胞质;(4)精确和有效表达遗传信息(Mannino,et al.,Biotechniques,6:682,1988)。
脂质体组合物通常为磷脂,特别是高相变温度的磷脂,的组合物,通常与甾体、特别是胆固醇组合。也可使用其他磷脂或其他脂类。脂质体的物理特性取决于pH、离子强度和存在的二价阳离子。
另一个选择是,本反义构建物可与其他药物可接受的载体或稀释剂组合制作药物组合物。合适的载体和稀释剂包括等渗盐溶液,例如磷酸缓冲盐。该组合物可制成不经肠、肌肉射、静脉射、皮下、眼球、口服或经皮肤给药的制剂。
所述给药途径只是作为指导,因为技术人员能针对任何具体动物和疾病轻易确定给药途径和给药剂量。
本发明的反义分子包含任何药物可接受的盐、酯或这类酯的盐、或任何其他化合物,通过施予包括人在内的动物,能直接或间接提供其生物活性的代谢物或残余物。相应地,例如,也公开了本发明化合物的前药和药物可接受的盐、所述前药的药物可接受的盐、以及其他生物等价物。
术语“药物可接受的盐”是指本发明化合物的生理和药物可接受的盐,即该盐保留了母体化合物预期的生物活性,而不会传递不希望的毒性效果。
对于寡核苷酸,药物可接受盐的优选实例包括但不限于(a)与阳离子形成的盐,如钠、钾、铵、镁、钙、聚胺如精胺和精脒等等;(b)与无机酸形成的酸加成盐,无机酸如盐酸、氢溴酸、硫酸、磷酸、硝酸等;(c)与有机酸形成的盐,有机酸如乙酸、草酸、酒石酸、琥珀酸、马来酸、延胡索酸、葡萄糖酸、柠檬酸、苹果酸、抗坏血酸、苯甲酸、鞣酸、棕榈酸、海藻酸、聚谷氨酸、萘磺酸、甲磺酸、对甲基苯磺酸、萘二磺酸、多聚半乳糖醛酸等等;(d)与阴离子元素形成盐,阴离子元素如氯、溴和碘。本发明药物可接受的组合物可以以多种方式给药,取决于是否需要进行局部或系统治疗以及取决于待治疗的面积。可进行局部给药(包括眼内和粘膜给药,粘膜给药包括直肠给药),如通过粉剂或气雾剂的吸入或喷射进行肺部给药(包括通过喷雾器、气管内、鼻内、表皮和经皮给药),口服或非经肠给药。非经肠给药包括静脉、动脉内、皮下、腹膜内或肌肉注射或灌注;或颅内如鞘内给药或心室内给药。据信具有至少一个2’-O-甲氧基修饰的寡核苷酸对口服给药特别有用。
本发明的药物制剂可通常以单位剂型存在,其可以通过制药工业中已知的常规技术进行制备。这些技术包括将活性成分和药物载体或赋形剂组合的步骤。通常,通过将活性成分与液体载体或细分的固体载体或两者均匀仔细混合,然后假如需要对产品重新塑形,制备本制剂。
本发明的试剂盒
本发明也提供了治疗患有遗传疾病患者的试剂盒,该试剂盒包含至少一种反义分子以及指导其使用的说明书,该反义分子包装入合适的容器内。
在优选的实施方案中,该试剂盒含有至少一种表1A所示的反义分子,或表1B中所示的反义分子的混合物。该试剂盒也可包含如缓冲液、稳定剂等的辅助试剂。
该试剂盒的内容物可以是冻干的,试剂盒可另外含有将所述冻干成分再配制成溶液的合适溶剂。试剂盒的各个组分单独包装入容器内,以及可以将政府监管部门发布的规范生产、使用或销售药物或生物产品的公告附在该容器上,该公告反映出来自政府有关人用药物的生产、使用和销售部门的批准。
当提供的试剂盒组分是一种或多种液体溶剂时,该液体溶剂可以是水溶液,例如无菌水溶液。对于体内应用,可将表达构建物制入药物可接受的可注射的组合物中。该情况下,意味着该容器自身就是吸入器、注射器、吸管、滴眼管、或其他相似的装置,从中可将制剂应用于动物的受影响部位如肺部、注射入动物、或甚至应用于试剂盒的其他组分或与试剂盒的其他组分混合。
试剂盒的组分也可以干的或冻干的形式提供。当以干燥物形式提供试剂或组分时,通常通过添加合适溶剂进行重构。可以想象,也可在另一个包装容器内提供溶剂。不论容器的数量和类型,本发明的试剂盒也包含或共同包装便于注射/给药、或在动物体内放置最后复合成分的装置。这种装置可以是吸入器、注射器、吸管、镊子、定量勺、滴眼管或任何这种医药上批准的给药工具。
本领域普通技术人员应当理解上述方法广泛应用于鉴定反义分子,所述反义分子适合用于许多其他疾病的治疗。
具体实施方式
下述实施例是为了更加全面描述上述发明的使用方式,以及阐述实现本发明各种方面的最佳方式。应理解,这些实施例不是为了限制本发明的真实范围,而是为了说明目的。引用的参考文献通过引用结合到为本文中。
下述实施例中没有明确描述分子克隆、免疫和蛋白化学的方法,这些方法在文献中有所报道,并为本领域那些技术人员所知。本领域内描述常规分子生物学、微生物学和重组DNA技术的普通文献包括,例如,Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,SecondEdition,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,New York(1989);Glover ed.,DNA Cloning:A Practical Approach,Volumes I和II,MRL Press,Ltd.,Oxford,U.K.(1985);和Ausubel,F.,Brent,R.,Kingston,R.E.,Moore,D.D.,Seidmari,J.G.,Smith,J.A.,Struhl,K.Current Protocols in Molecular Biology.Greene PublishingAssociates/Wiley Intersciences,New York(2002)。
在人类肌细胞中测定诱导的外显子跳跃
发明家们在反义分子设计方面开发一种合理方法的尝试并没有取得完全成功,因为没有持续的趋势可应用于所有的外显子。如此,鉴定最有效和最佳治疗效果的反义分子化合物是实验研究的结果。
这些实验研究包含利用计算机程序鉴定可能涉及剪接加工的基序。其他计算机程序也用于鉴定不可能具有扩展的二级结构的mRNA前体区,因此鉴定反义分子退火的可能位点。在设计可靠和有效诱导外显子跳跃的反义供寡核苷酸方面,没有哪种方法完全可靠。
最开始基于剪接中有关的已知或预知的基序或区来选择人肌营养不良蛋白mRNA的退火位点进行试验。经过研究,设计了2甲氧基的反义寡核苷酸用于互补靶序列,在Expedite 8909核酸合成仪上进行合成。合成结束之后,将寡核苷酸从支撑柱上裂解下来,并在脱盐之前在氨水中脱保护。寡核苷酸合成的质量根据合成期间每一步脱保护中三苯甲基的信号强度来监控,如合成日志中检测到的那样。将样品稀释后在260nm处测定吸收度,以此评估反义寡核苷酸的浓度。
然后按如下所述在体外试验中测定特定量反义分子诱导外显子跳跃的能力。
简言之,经知情同意后进行人的肌活检,从中制备正常的原代肌原细胞培养物。使用标准培养技术繁殖该细胞,并使之分化成肌管。然后通过将反义寡核苷酸以阳离子脂复合物、反义分子混合物或阳离子脂质体制剂形式地送入细胞,使用反义寡核苷酸转染该细胞。
然后将该细胞另外生长24小时,之后提取总RNA并开始分子分析。使用反转录扩增(RT-PCR)研究肌营养不良蛋白mRNA前体或诱导外显子重排的靶区域。
例如,在诱导外显子19跳跃的反义分子的测试中,RT-PCR测试扫描了数个外显子,以检测所涉及的任何相邻外显子。例如,当诱导外显子19跳跃时,使用交叉扩增外显子17和21的引物进行RT-PCR。在这个区域中甚至也可扩增更长的产物(即外显子13-26),以保证尽量减少较短产物诱导跳跃转录的扩增偏倚。较短和或外显子跳跃的产物趋向于更有效地扩增,可能与预估的正常和诱导转录物有所偏差。
在琼脂糖凝胶上与合适的标准分子大小比较,评估扩增反应产物的大小。通过定向DNA测序最终确定这些产物,以确保正确的或预期的外显子连接。
一旦使用一种反义分子高效诱导外显子跳跃,可合成后续重叠的反义分子,然后如上述进行测试评估。高效的反义分子定义为:一种反义分子,其在大约300nM或更低转染浓度时能诱导外显子发生强烈而持续的跳跃。更优选的是,本发明的寡核苷酸分子能在100nM时诱导水平大于30%的跳跃。
光密度测定法
使用光密度分析测定了外显子跳跃过程的结果,以确定哪一条反义分子获得了预期效果。在2%琼脂糖凝胶上分离扩增产物,溴化乙锭染色,Chemi-Smart 3000凝胶成像系统获取图像(Vilber Lourmat,Marne La Vallee)。然后依据厂商说明书,使用凝胶成像系统分析条带(Bio-Profil,Bio-1D version 1.9,Vilber Lourmat,Marne La Vallee)。
对下列反义分子进行光密度测定:
图35
外显子3 H3A(+30+60)&H3A(+61+85)
外显子4 H4D(+14-11)&H4A(+11+40)
外显子14 H14A(+32+61)
外显子17 H17A(+10+35)
外显子26 H26A(-07+19),H26A(+24+50)&H26A(+68+92)
外显子36 H36A(-16+09)&H36A(+22+51)
图36
外显子46 H46A(+81+109)
外显子47 H47A(+01+29)
外显子48 H48A(+01+28)&H48A(+40+67)
外显子49 H49A(+45+70)
定向作用于外显子17的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子17的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
从下面的表2中可以看出,作用于相同位点(外显子17的受体剪接位点)的反义分子的效果可以区别很大,尽管两个反义分子的结合区相互重叠。H17A(-07+23)[SEQ ID NO:3]退火(anneal)到内含子16的最后7个碱基和外显子17的前面23个碱基,当将其地送入细胞,在25nM浓度下诱导了外显子17发生跳跃。相反,反义分子H17A(-12+18)退火到内含子16的最后12个碱基和外显子17的前面18个碱基,因此与H17A(-07+23)的结合区重叠,根本不能诱导外显子跳跃。此外,H17A(-07+16)退火到内含子16的最后7个碱基和外显子17的最前面16个碱基,在200nM时引起外显子17和外显子18发生跳跃。反义分子H17A(+61+86)[SEQ IDNO:4]结合外显子17的内含子-外显子剪接增强子基序,也能很好诱导跳跃。可以看出,不能从反义分子的结合区上简单预测反义分子诱导外显子跳跃的能力,而必须通过严格测试才能确定。
表2:测试反义分子序列确定是否诱导外显子17发生跳跃
该数据表明,一些特定的反义分子有效诱导外显子发生跳跃,而作用于附近或重叠区域的另一反义分子诱导效果却差很多。滴度研究表明,一种分子能在20-25nM时诱导靶外显子跳跃,而效果差的反义分子可能只是在300nM和更高浓度时诱导外显子跳跃。因此,我们看出反义分子靶向作用于剪接加工中涉及的基序,对该化合物的总体有效性起到了重要作用。
有效性是指诱导靶外显子发生持续跳跃的能力。然而,有时候靶外显子与侧翼的外显子一起发生持续跳跃。即我们发现某些外显子的剪接是紧密连锁的。例如,在肌营养不良小鼠模型中,使用反义分子定向作用于靶外显子23的供体位点,随后检测到缺失外显子22和23的肌营养不良蛋白转录产物。作为另一个实例,当使用反义分子靶向作用于人肌营养不良蛋白基因外显子8时,许多诱导的转录物缺失外显子8和外显子9。
定向作用于外显子2的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子2的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表3:测试反义分子序列确定是否诱导外显子2发生跳跃
反义寡核苷酸名称 | 序列 | 诱导跳跃的能力 |
H2A(14+10) | UCU CUU UCA UCU AAA AUG CAA AAU | 没有跳跃 |
H2A(1+23) | CUU UUG AAC AUC UUC UCU UUC AUC | 没有跳跃 |
H2A(+7+38) | UUU UGU GAA UGU UUU CUU UUG AAC AUC UUC UC | 没有跳跃 |
H2A(+16+39) | AUU UUG UGA AUG UUU UCU UUU GAA | 没有跳跃 |
H2A(+30+60) | UAG AAA AUU GUG CAU UUA CCC AUU UUG UGA A | 没有跳跃 |
H2D(+1911) | ACC AUU CUU ACC UUA GAA AAU UGU GCA UUU | 没有跳跃 |
H2D(+0321) | AAA GUA ACA AAC CAU UCU UAC CUU | 没有跳跃 |
定向作用于外显子3的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子3的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
单独使用时,反义分子H3A(+30+60)[SEQ ID NO:31]和H3A(+61+85)[SEQ ID NO:32]都诱导外显子3发生跳跃。但是,两个分子组合时甚至更有效诱导跳跃(图3),也能在300nM和600nM时诱导外显子4和外显子5发生跳跃,该结果是单独使用各个反义分子所不能看到或预测到的。从来自RT-PCR以及异源双链结构的携带外引物的扩增产物中,产生了多于缺失外显子3的诱导转录物的额外产物。
表4:测试反义分子序列确定是否诱导外显子3发生跳跃
定向作用于外显子4的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子4的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。图4显示,使用H4A(+11+40)[SEQ ID NO:33]和H4D(+14-11)[SEQID NO:34]的混合物,外显子4发生了跳跃。
表5:测试反义分子序列确定是否诱导外显子4发生跳跃
定向作用于外显子5的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子5的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。H5D(+26-05)被认为是非优选的反义分子,因为其不能诱导外显子5发生甚至是低水平的跳跃。然而,经评估H5A(+35+65)[SEQ ID NO:1],其大致靶向作用于外显子剪接增强子,如图5所示发现高效诱导该靶外显子发生跳跃,被认为是诱导外显子5跳跃的优选化合物。
表6:测试反义分子序列确定是否诱导外显子5发生跳跃
定向作用于外显子6的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子6的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表7:测试反义分子序列确定是否诱导外显子6发生跳跃
定向作用于外显子7的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子7的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表8:测试反义分子序列确定是否诱导外显子7发生跳跃
定向作用于外显子8的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子8的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图6。
表9:测试反义分子序列确定是否诱导外显子8发生跳跃
定向作用于外显子9的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子9的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表10:测试反义分子序列确定是否诱导外显子9发生跳跃
定向作用于外显子10的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子10的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图7,例如单个的反义分子和混合物诱导外显子10和周围的外显子发生跳跃。单个的反义分子H10A(-05+16)[SEQ ID NO:37]能诱导外显子9-14发生跳跃,同时H10A(-05+16)[SEQ ID NO:37]与H10A(+98+119)[SEQ ID NO:38]的组合物能诱导外显子10发生单独跳跃以及诱导外显子9-12发生跳跃(外显子10-12发生一些跳跃)。H10A(-05+16)和H10A(+130+149)的组合物能诱导外显子10和外显子9-12发生跳跃。
表11:测试反义分子序列确定是否诱导外显子10发生跳跃
定向作用于外显子11的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子11的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图37.
表12:测试反义分子序列确定是否诱导外显子11发生跳跃
定向作用于外显子12的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子12的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图38。
表13:测试反义分子序列确定是否诱导外显子12发生跳跃
定向作用于外显子13的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子13的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表14:测试反义分子序列确定是否诱导外显子13发生跳跃
定向作用于外显子14的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子14的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图8。
表15:测试反义分子序列确定是否诱导外显子14发生跳跃
定向作用于外显子16的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子16的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表16:测试反义分子序列确定是否诱导外显子16发生跳跃
定向作用于外显子17的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子17的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表64:测试反义分子序列确定是否诱导外显子17发生跳跃
定向作用于外显子18的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子18的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图9。
表17:测试反义分子序列确定是否诱导外显子18发生跳跃
定向作用于外显子19的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子19的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表18:测试反义分子序列确定是否诱导外显子19发生跳跃
定向作用于外显子20的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子20的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表19:测试反义分子序列确定是否诱导外显子20发生跳跃
定向作用于外显子23的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子23的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子23的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。H23(+69+98)-SNP含有先前已被记载的的单核苷酸多态性(SNP)。
表65:测试反义分子序列确定是否诱导外显子23发生跳跃
定向作用于外显子24的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子24的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表20:测试反义分子序列确定是否诱导外显子24发生跳跃
定向作用于外显子25的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子25的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。寡核苷酸H25A(+95+119)-DupA是一种患者特异性反义分子。
表21:测试反义分子序列确定是否诱导外显子25发生跳跃
定向作用于外显子26的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子26的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图10。
表22:测试反义分子序列确定是否诱导外显子26发生跳跃
定向作用于外显子31的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子31的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表23:测试反义分子序列确定是否诱导外显子31发生跳跃
定向作用于外显子32的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子32的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表24:测试反义分子序列确定是否诱导外显子32发生跳跃
定向作用于外显子34的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子34的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表25:测试反义分子序列确定是否诱导外显子34发生跳跃
定向作用于外显子35的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子35的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表26:测试反义分子序列确定是否诱导外显子35发生跳跃
定向作用于外显子36的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子36的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图11。
表27:测试反义分子序列确定是否诱导外显子36发生跳跃
定向作用于外显子38的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子38的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表28:测试反义分子序列确定是否诱导外显子38发生跳跃
定向作用于外显子39的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子39的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表29:测试反义分子序列确定是否诱导外显子39发生跳跃
定向作用于外显子41的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子41的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表30:测试反义分子序列确定是否诱导外显子41发生跳跃
定向作用于外显子42的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子42的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表31:测试反义分子序列确定是否诱导外显子20发生跳跃
定向作用于外显子43的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子43的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图12。
表32:测试反义分子序列确定是否诱导外显子20发生跳跃
定向作用于外显子44的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子44的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图13和图39。
表33:测试反义分子序列确定是否诱导外显子44发生跳跃
定向作用于外显子45的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子45的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图14和图40。
表34:测试反义分子序列确定是否诱导外显子45发生跳跃
定向作用于外显子46的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子46的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图15和图44。
表35:测试反义分子序列确定是否诱导外显子46发生跳跃
定向作用于外显子44-46的反义寡核苷酸混合物
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子44-46的反义寡核苷酸混合物,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表36:诱导外显子44-46发生跳跃的反义分子序列混合物
定向作用于外显子47的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子47的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图16。
表37:测试反义分子序列确定是否诱导外显子47发生跳跃
定向作用于外显子48的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子48的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图17。
表38:测试反义分子序列确定是否诱导外显子48发生跳跃
定向作用于外显子49的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子49的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图18。
表39:测试反义分子序列确定是否诱导外显子49发生跳跃
定向作用于外显子50的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子50的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图19和33。
表40:测试反义分子序列确定是否诱导外显子50发生跳跃
定向作用于外显子51的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子51的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图20和41。
表41:测试反义分子序列确定是否诱导外显子51发生跳跃
定向作用于外显子52的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子52的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图42。
表42:测试反义分子序列确定是否诱导外显子52发生跳跃
定向作用于外显子53的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子53的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图43。
表43:测试反义分子序列确定是否诱导外显子53发生跳跃
定向作用于外显子54的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子54的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图21。
表44:测试反义分子序列确定是否诱导外显子54发生跳跃
定向作用于外显子55的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子55的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图22。
表45:测试反义分子序列确定是否诱导外显子55发生跳跃
定向作用于外显子56的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子56的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图23。
表46:测试反义分子序列确定是否诱导外显子56发生跳跃
定向作用于外显子57的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子57的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图24。
表47:测试反义分子序列确定是否诱导外显子57发生跳跃
定向作用于外显子59的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子59的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图25。
表48:测试反义分子序列确定是否诱导外显子59发生跳跃
定向作用于外显子60的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子60的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图26。
表49:测试反义分子序列确定是否诱导外显子60发生跳跃
定向作用于外显子61的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子61的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表50:测试反义分子序列确定是否诱导外显子61发生跳跃
定向作用于外显子62的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子62的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表51:测试反义分子序列确定是否诱导外显子62发生跳跃
定向作用于外显子63的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子63的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图27。
表52:测试反义分子序列确定是否诱导外显子63发生跳跃
定向作用于外显子64的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子64的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图28。
表53:测试反义分子序列确定是否诱导外显子64发生跳跃
定向作用于外显子65的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子65的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表54:测试反义分子序列确定是否诱导外显子65发生跳跃
定向作用于外显子66的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子66的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图29。
表55:测试反义分子序列确定是否诱导外显子66发生跳跃
定向作用于外显子67的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子67的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图30。
表56:测试反义分子序列确定是否诱导外显子67发生跳跃
定向作用于外显子68的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子68的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图31。
表57:测试反义分子序列确定是否诱导外显子68发生跳跃
定向作用于外显子69的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子69的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。参见图32,显示H69A(+32+60)和H70A(-06+18)的混合物去除外显子69和70。
表58:测试反义分子序列确定是否诱导外显子69发生跳跃
定向作用于外显子70的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子70的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表59:测试反义分子序列确定是否诱导外显子70发生跳跃
定向作用于外显子71的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子71的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表60:测试反义分子序列确定是否诱导外显子71发生跳跃
定向作用于外显子72的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子72的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表61:测试反义分子序列确定是否诱导外显子72发生跳跃
定向作用于外显子73的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子73的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表62:测试反义分子序列确定是否诱导外显子73发生跳跃
定向作用于外显子74的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子74的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表66:测试反义分子序列确定是否诱导外显子74发生跳跃
定向作用于外显子76的反义寡核苷酸
使用上述相似方法,制备了定向作用于外显子76的反义寡核苷酸,并测试了其在人肌细胞中诱导外显子跳跃的能力。
表63:测试反义分子序列确定是否诱导外显子76发生跳跃
基于相关的已公开发明,对上述实施本发明各实施方案的方式进行修改,对于本领域那些普通技术人员是显而易见的。本发明的上述实施方案只是为了说明本发明,不应当解释为以任何方式进行限制。
序列表SEQUENCE LISTING
<110>西澳大利亚大学(The University of Western Australia)
<120>反义分子和治疗疾病的方法
<130>207542
<140>WO 2011/057350
<141>2010-11-12
<150>AU2009905549
<151>2009-11-12
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<213>人类(Homo sapiens)
<400>80
accauucuua ccuuagaaaa uugugcauuu 30
<210>81
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>81
aaaguaacaa accauucuua ccuu 24
<210>82
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>82
aggucacuga agagguucuc aauau 25
<210>83
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>83
guaggucacu gaagagguuc u 21
<210>84
<211>35
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>84
aggaggcguc ucccauccug uaggucacug aagag 35
<210>85
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>85
aggucuagga ggcgccuccc a 21
<210>86
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>86
cuucgaggag gucuaggagg cgccuc 26
<210>87
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>87
ucacauacag uuuuugcccu gucag 25
<210>88
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>88
uacaguuuuu gcccugucag g 21
<210>89
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>89
aagucacaua caguuuuugc ccug 24
<210>90
<211>19
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>90
ucacauacag uuuuugccc 19
<210>91
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>91
gauccuuuuu cuuuuggcug agaac 25
<210>92
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>92
ccgcagugcc uuguugacau uguuc 25
<210>93
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>93
guacuacuua cauuauuguu cugca 25
<210>94
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>94
cuuaccugcc aguggaggau uauauuccaa a 31
<210>95
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>95
uucauuacau uuuugaccua caugug 26
<210>96
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>96
cuuuucacug uugguuuguu gcaauc 26
<210>97
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>97
aauuacgagu ugauugucgg acccagcuc 29
<210>98
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>98
auaauuacga guugauuguc ggacccag 28
<210>99
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>99
ggugaaguug auuacauuaa ccugug 26
<210>100
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>100
ucuuaccuau gacuauggau gaga 24
<210>101
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>101
caguaaucuu cuuaccuaug ac 22
<210>102
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>102
ucaguaaucu ucuuaccuau gac 23
<210>103
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>103
ugucucagua aucuucuuac cuau 24
<210>104
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>104
ucaaauaggu cuggccuaaa ac 22
<210>105
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>105
ccagucaaau aggucuggcc ua 22
<210>106
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>106
uguuccaguc guuguguggc uga 23
<210>107
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>107
uguugaaugc auguuccagu cguugugu 28
<210>108
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>108
uggauaggug guaucaacau cuguaagcac 30
<210>109
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>109
aggugguauc aac aucugua ag 22
<210>110
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>110
gauagguggu aucaacaucu gu 22
<210>111
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>111
gccuuggcaa cauuuccacu uccug 25
<210>112
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>112
uacacacuuu accuguugag aauag 25
<210>113
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>113
agcagccugu guguaggcau agcucuugaa u 31
<210>114
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>114
agaccuguga aggaaauggg cuccguguag 30
<210>115
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>115
caggagcuuc caaaugcugc acaau 25
<210>116
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>116
ugacuugucu ucaggagcuu 20
<210>117
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>117
caaugaacug ccaaaugacu ug 22
<210>118
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>118
acucuccauc aaugaacugc caaau 25
<210>119
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>119
cuguuugaua acgguccagg uuuac 25
<210>120
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>120
gccacgauaa uacuucuucu aaag 24
<210>121
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>121
uuaguuuacc ucaugaguau gaaac 25
<210>122
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>122
uuagaaaucu cuc cuugugc 20
<210>123
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>123
ccaucaugua ccccugacaa 20
<210>124
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>124
cccugaggca uucccaucuu gaau 24
<210>125
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>125
auuaccaacc cggcccugau gggcug 26
<210>126
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>126
uccaaucagc uuacuuccca auuguagaau 30
<210>127
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>127
uccaaucagc uuacuuccca auugua 26
<210>128
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>128
aguuucuuca ucuucugaua auuuuc 26
<210>129
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>129
auuuaggaga uuc aucugcu cuuguacuuc 30
<210>130
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>130
auuuaggaga uucaucugcu cuugua 26
<210>131
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>131
uugaauuuag gagauucauc ugcucuugua 30
<210>132
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>132
cauaagauac accuaccuua ug 22
<210>133
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>133
uuccuuguuc uuucuucugu uuuuguua 28
<210>134
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>134
agaucagguc caagaggcuc uuccucca 28
<210>135
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>135
uguuguugua cuuggcguuu uaggucuu 28
<210>136
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>136
uucuugaagc accugaaaga uaaa 24
<210>137
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>137
gaaggauguc uuguaaaaga acccagcgg 29
<210>138
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>138
cuagauccgc uuuuaaaacc uguuaa 26
<210>139
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>139
gcuuuuucuu uucuagaucc gcu 23
<210>140
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>140
cacuaaccug ugcuguacuc uuuuc 25
<210>141
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>141
uguggucacc guaguuacug uuuccauuca a 31
<210>142
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>142
guucccuugu ggucaccgua guuacuguuu c 31
<210>143
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>143
caacauccuu ccuaagacug 20
<210>144
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>144
gcgaguaauc cagcugugaa 20
<210>145
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>145
uucaggacuc ugcaacagag cuucugagcg 30
<210>146
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>146
uugucuguga aguugccuuc cuuccg 26
<210>147
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>147
uuaaugcaua accuacauug 20
<210>148
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>148
ggcaucuugc aguuuucuga acuucucagc 30
<210>149
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>149
ucugcuggca ucuugcaguu uucugaac 28
<210>150
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>150
ucaacucgug uaauuaccgu 20
<210>151
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>151
guucaguugu ucugaggcuu guuug 25
<210>152
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>152
aguaguuguc aucugcucca auugu 25
<210>153
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>153
cggcuaauuu cagagggcgc uuucuuugac 30
<210>154
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>154
ugggcugaau ugucugaaua ucac 24
<210>155
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>155
gagauugucu auaccuguug 20
<210>156
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>156
agacugggcu gaauugucug aauaucacu 29
<210>157
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>157
uugaguucug uucucaaguc ucgaag 26
<210>158
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>158
gagauugucu auaccuguug gcacaug 27
<210>159
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>159
ggcauagacc uuccacaaaa caaac 25
<210>160
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>160
aaggccuccu uucuggcaua gaccuuccac 30
<210>161
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>161
cuucaaggcc uccuuucugg cauagaccuu 30
<210>162
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>162
aaccucccuu caaggccucc uuucuggcau 30
<210>163
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>163
uuucuuuuuu uuuuuuuacc uucau 25
<210>164
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>164
uuaccuucau cucuucaacu gcuuu 25
<210>165
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>165
uuuuuuuuac cuucaucucu 20
<210>166
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>166
uucugaaauu ucauauaccu gugcaacauc 30
<210>167
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>167
uaguuucuga aauaacauau accugugcaa 30
<210>168
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>168
cuuaguuucu gaaauaacau auac cugugc 30
<210>169
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>169
uaguuucuga aauaacauau accu 24
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<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>170
ccuuaguuuc ugaaauaaca uauacc 26
<210>171
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>171
acuuucuugu agacgcugcu caaaauuggc 30
<210>172
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>172
uuucgcaucu uacgggacaa uuuc 24
<210>173
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>173
cauucauuuc cuuucgcauc uuacgggaca 30
<210>174
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>174
gacauucauu uccuuucgca ucuuacggga 30
<210>175
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>175
ucugucaaga cauucauuuc cuuucgcauc 30
<210>176
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>176
ugaucucuuu gucaauucca uaucuguagc 30
<210>177
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>177
cugaucucuu ugucaauucc auaucugugg 30
<210>178
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>178
ugaucucuuu gucaauucca uaucug 26
<210>179
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>179
cugcugaucu cuuugucaau uccauaucug 30
<210>180
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>180
ucuucaggug cac cuucugu uucucaaucu 30
<210>181
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>181
ucugugauac ucuucaggug caccuucugu 30
<210>182
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>182
ccauguguuu cugguauucc 20
<210>183
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>183
cacauucugg ucaaaaguuu ccauguguuu 30
<210>184
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>184
ugugaugugg uccacauucu gguca 25
<210>185
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>185
cacuuuguga ugugguccac auucugguca 30
<210>186
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>186
ugauccacuu ugugaugugg uccacauucu 30
<210>187
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>187
aaguguguca gccugaauga 20
<210>188
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>188
ucucugauuc auccaaaagu gugucagccu 30
<210>189
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>189
gcugggguuu cuuuuucucu gauucaucca 30
<210>190
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>190
uauuugcuac cuuaagcacg ucuuc 25
<210>191
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>191
cuaaaaaaaa agauagugcu a 21
<210>192
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>192
aaaggaaugg aggccuaaaa aaaaag 26
<210>193
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>193
aaccaauuua ccauaucuuu auuga 25
<210>194
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>194
acaguaccau cauugucuuc auucugauc 29
<210>195
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>195
acaguacccu cauugucuuc auucugauc 29
<210>196
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>196
cucucgcuuu cucucaucug ugauucuuug 30
<210>197
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>197
uccucucgcu uucucucauc ugugauucuu 30
<210>198
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>198
uauguuuugu cuguaacagc ugcug 25
<210>199
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>199
auuuccuauu gagcaaaacc 20
<210>200
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>200
cauugcggcc ccauccucag acaag 25
<210>201
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>201
gcugagcugg aucugaguug gcuccacug 29
<210>202
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>202
guugagucuu cgaaacugag caaauuugc 29
<210>203
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>203
ccaguaacaa cucacaauuu 20
<210>204
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>204
accuucagag acuccucuug c 21
<210>205
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>205
uccuguagcu ucacccuuuc cacaggcg 28
<210>206
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>206
aaucagcugg gagagagcuu ccuguagcu 29
<210>207
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>207
uguguuaccu acccuugucg 20
<210>208
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>208
uagacuaucu uuuauauucu guaauau 27
<210>209
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>209
gagagcuucc uguagcuuca cccuuucca 29
<210>210
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>210
uuccuguagc uucacccuuu ccacaggcgu u 31
<210>211
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>211
agcuuccugu agcuucaccc uuu 23
<210>212
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>212
gagagcuucc uguagcuuca ccc 23
<210>213
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>213
ucugucaaau cgc cugcagg uaaaag 26
<210>214
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>214
uucucaacag aucugucaaa ucgccugcag 30
<210>215
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>215
gccacugauu aaauaucuuu auauc 25
<210>216
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>216
ucuguuagc c acugauuaaa uaucuuuaua 30
<210>217
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>217
uguucagcuu cuguuagcca cuga 24
<210>218
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>218
gagaaacugu ucagcuucug uuagccacug a 31
<210>219
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>219
ucuuucugag aaacuguuca gcuucuguua g 31
<210>220
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>220
cagaucuguc aaaucgccug caggua 26
<210>221
<211>33
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>221
aaacuguuca gcuucuguua gccacugauu aaa 33
<210>222
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>222
gaaacuguuc agcuucuguu agccacugau u 31
<210>223
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>223
aaacuguuca gcuucuguua gccacuga 28
<210>224
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>224
ugagaaacug uucagcuucu guuagcca 28
<210>225
<211>32
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>225
uucugagaaa cuguucagcu ucuguuagcc ac 32
<210>226
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>226
uucugagaaa cuguucagcu ucuguu 26
<210>227
<211>32
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>227
gcugcccaau gccauccugg aguuccugua ag 32
<210>228
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>228
ccaaugccau ccuggaguuc cuguaagaua 30
<210>229
<211>39
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>229
uugccgcugc ccaaugccau ccuggaguuc cuguaagau 39
<210>230
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>230
caaugccauc cuggaguucc uguaaga 27
<210>231
<211>32
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>231
gcugcccaau gccauccugg aguuccugua ag 32
<210>232
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>232
caguuugccg cugcccaaug ccaucc 26
<210>233
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>233
cuuccccagu ugcauucaau guuc 24
<210>234
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>234
cuggcaucug uuuuugagga uug 23
<210>235
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>235
uuagaucugu cgcccuaccu 20
<210>236
<211>39
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>236
gcugcccaau gccauccugg aguuccugua agauaccaa 39
<210>237
<211>34
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>237
gcccaaugcc auccuggagu uccuguaaga uacc 34
<210>238
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>238
cauccuggag uuccuguaag auacc 25
<210>239
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>239
gcccaaugcc auccuggagu uccuguaaga u 31
<210>240
<211>39
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>240
uugccgcugc ccaaugccau ccuggaguuc cuguaagau 39
<210>241
<211>32
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>241
gcugcccaau gccauccugg aguuccugua ag 32
<210>242
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>242
gcccaaugcc auccuggagu uccuguaa 28
<210>243
<211>34
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>243
gccgcugccc aaugacaucc uggaguuccu guaa 34
<210>244
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>244
gcccaaugcc auccuggagu uccug 25
<210>245
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>245
gccgcugccc aaugccaucc uggaguuccu g 31
<210>246
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>246
auuagaucug ucgcccuacc ucuuuuuuc 29
<210>247
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>247
ugucgcccua ccucuuuuuu cugucug 27
<210>248
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>248
auucuuuugu ucuucuagc c ugga 24
<210>249
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>249
ucucuuugaa auucugacaa gauauuc 27
<210>250
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>250
uuaaaucucu uugaaauucu 20
<210>251
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>251
aaaacaaauu cauuuaaauc ucuuug 26
<210>252
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>252
cugcuuccuc caaccauaaa ac 22
<210>253
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>253
gcaauguuau cugcuuccuc caacc 25
<210>254
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>254
uucaaguggg auacuagcaa u 21
<210>255
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>255
uccagguuca agugggauac 20
<210>256
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>256
cugcucuuuu ccagguucaa gugggaua 28
<210>257
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>257
guugcugcuc uuuuccaggu ucaagugg 28
<210>258
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>258
cuuuuaguug cugcucuuuu ccagguuc 28
<210>259
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>259
aagcuuuucu uuuaguugcu gcuc 24
<210>260
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>260
gcuuuucuuu uaguugcugc 20
<210>261
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>261
gacuugcuca agcuuuucuu uuaguugcug 30
<210>262
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>262
uucagaaaau aaaauuaccu 20
<210>263
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>263
uaguugcugc ucuuuuccag guucaagugg 30
<210>264
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>264
caagcuuuuc uuuuaguugc ugcucuuuuc c 31
<210>265
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>265
gcaacucuuc cac caguaac ugaaac 26
<210>266
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>266
gcacgggucc uccaguuuca uuuaauu 27
<210>267
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>267
gggcuuaugg gagcacuuac aagca 25
<210>268
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>268
cuugcucuuc ugggcuuaug ggagcacuua c 31
<210>269
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>269
cuugcucuuc ugggcuuaug ggagcacu 28
<210>270
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>270
aaugucuaac cuuuauccac uggagau 27
<210>271
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>271
cucagguaaa gcucuggaaa ccugaaagga 30
<210>272
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>272
cagguaaagc ucuggaaacc ugaaagg 27
<210>273
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>273
uucucaggua aagcucugga aaccugaaag 30
<210>274
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>274
guuucucagg uaaagcucug gaaaccugaa 30
<210>275
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>275
uucuccuugu uucucaggua aagcucu 27
<210>276
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>276
uuaacugcuc uucaaggucu ucaagc 26
<210>277
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>277
gauaaccaca gcagcagaug auuuaac 27
<210>278
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>278
aguucccuac cugaacguca aaugguc 27
<210>279
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>279
guucccuacc ugaacgucaa auggu 25
<210>280
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>280
gaacugcuau uuc aguuuc c ugggga 26
<210>281
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>281
aucucuucca cauccgguug uuuagc 26
<210>282
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>282
uucauuaccu ucacuggcug aguggc 26
<210>283
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>283
cucagaucuu cuaacuuccu cuuuaac 27
<210>284
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>284
cucagagcuc agaucuucua acuuccucu 29
<210>285
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>285
cgccuuccac ucagagcuca gaucuuc 27
<210>286
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>286
ucagcucuug aaguaaacgg uuuaccg 27
<210>287
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>287
uuugcccuca gcucuugaag uaaacgg 27
<210>288
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>288
caggagcuag gucaggcugc uuugcc 26
<210>289
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>289
uccaauagug gucaguccag gagcu 25
<210>290
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>290
aaagagaaug ggauccagua uacuuac 27
<210>291
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>291
aaauagcuag agc caaagag aauggga 27
<210>292
<211>33
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>292
ggcugcuuug cccucagcuc uugaaguaaa cgg 33
<210>293
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>293
aggcugcuuu gcccucagcu cuugaaguaa 30
<210>294
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>294
gucaggcugc uuugcccuca gcucuugaag u 31
<210>295
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>295
aggucaggcu gcuuugcccu cagcucuuga 30
<210>296
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>296
aagauaauuc augaacaucu uaaucca 27
<210>297
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>297
uuuggguuuu ugc aaaaagg 20
<210>298
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>298
cuaaaauauu uuggguuuuu gc 22
<210>299
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>299
ugaguaggag cuaaaauauu uugg 24
<210>300
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>300
guuuccuuag uaaccacagg uuguguc 27
<210>301
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>301
aguuuggaga uggcaguuuc cuuaguaa 28
<210>302
<211>12
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>302
uggcauuucu ag 12
<210>303
<211>15
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>303
agauggcauu ucuag 15
<210>304
<211>18
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>304
ggaagauggc auuucuag 18
<210>305
<211>18
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>305
cuccaacauc aaggaaga 18
<210>306
<211>15
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>306
cuccaac auc aagga 15
<210>307
<211>12
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>307
cuccaacauc aa 12
<210>308
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>308
gaaaucugcc agagcaggua ccuccaa 27
<210>309
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>309
gauggcauuu cuaguuugga gauggca 27
<210>310
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>310
aaggaagaug gcauuucuag uuuggagau 29
<210>311
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>311
agcagguacc uccaacauca aggaagaug 29
<210>312
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>312
ccugcauugu ugccuguaag aacaa 25
<210>313
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>313
gcauuguugc cuguaagaac 20
<210>314
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>314
gggacgccuc uguuccaaau ccugcau 27
<210>315
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>315
guucuuccaa cuggggacgc cucuguucca 30
<210>316
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>316
acuggggacg ccucuguucc a 21
<210>317
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>317
ccucuugauu gcuggucuug uuuuucaa 28
<210>318
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>318
uaccccuuag uaucaggguu cuucagc 27
<210>319
<211>33
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>319
uccaacuggg gacgccucug uuccaaaucc ugc 33
<210>320
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>320
ucuuccaacu ggggacgccu cuguuccaaa 30
<210>321
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>321
auaguaguaa augcuagucu ggag 24
<210>322
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>322
gaaaaauaaa uauauaguag uaaaug 26
<210>323
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>323
auaaaaggaa aaauaaauau auaguag 27
<210>324
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>324
ucugaauucu uuc aacuaga auaaaaggaa 30
<210>325
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>325
caacuguugc cuccgguucu gaaggug 27
<210>326
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>326
uucaacuguu gccuccgguu cugaaggug 29
<210>327
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>327
cguucaacug uugccuccgg uucugaaggu g 31
<210>328
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>328
ucauucaacu guugccuccg guucugaagg u 31
<210>329
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>329
cauucaacug uugccuccgg uucugaagg 29
<210>330
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>330
cauucaacug uugccuccgg uucugaa 27
<210>331
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>331
cagccauugu guugaauccu uuaacauuuc 30
<210>332
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>332
uauauaguag uaaaugcuag ucugg 25
<210>333
<211>33
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>333
uugccuccgg uucugaaggu guucuuguac uuc 33
<210>334
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>334
uugccuccgg uucugaaggu guucuuguac 30
<210>335
<211>35
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>335
aacuguugcc uccgguucug aagguguucu uguac 35
<210>336
<211>40
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>336
cauucaacug uugccuccgg uucugaaggu guucuuguac 40
<210>337
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>337
acuguugccu ccgguucuga agguguucuu g 31
<210>338
<211>35
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>338
uucaacuguu gccuccgguu cugaaggugu ucuug 35
<210>339
<211>33
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>339
uucaacuguu gccuccgguu cugaaggugu ucu 33
<210>340
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>340
uucaacuguu gccuccgguu cugaaggugu u 31
<210>341
<211>35
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>341
ucauucaacu guugccuccg guucugaagg uguuc 35
<210>342
<211>33
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>342
uucauucaac uguugccucc gguucugaag gug 33
<210>343
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>343
uucauucaac uguugccucc gguucugaag 30
<210>344
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>344
uugucugcca cuggcggagg uc 22
<210>345
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>345
aucugcagaa uaaucccgga gaaguuucag 30
<210>346
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>346
ucugcagaau aaucccggag aag 23
<210>347
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>347
ggacuuuucu gguaucaucu gcagaauaau 30
<210>348
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>348
cucgcucacu cacccugcaa agga 24
<210>349
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>349
cagggggaac uguugcagua auc 23
<210>350
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>350
ucuuuuacuc ccuuggaguc uucuaggagc c 31
<210>351
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>351
ucuguaagcc aggcaagaaa c 21
<210>352
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>352
ccuuacgggu agcauccuga uggacauugg c 31
<210>353
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>353
cuuacgggua gcauccugua ggaca 25
<210>354
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>354
ccuuggaguc uucuaggagc cuuuccuuac 30
<210>355
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>355
cuuggagucu ucuaggagcc 20
<210>356
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>356
cucuuuuacu cccuuggagu cuucuaggag 30
<210>357
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>357
ccugacuuac uugccauugu 20
<210>358
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>358
gcuucaauuu caccuuggag guccuacag 29
<210>359
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>359
uucaccuugg agguccuaca g 21
<210>360
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>360
guugugauaa acaucugugu ga 22
<210>361
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>361
ccagggaucu caggauuuuu uggcug 26
<210>362
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>362
cggaaccuuc cagggaucuc aggau 25
<210>363
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>363
guuauccaaa cgucuuugua acagg 25
<210>364
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>364
uucauguuau ccaaacgucu uuguaacagg 30
<210>365
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>365
ucacuccacu ugaaguucau guuauccaaa 30
<210>366
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>366
cuccacuuga aguucauguu auc 23
<210>367
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>367
cuuuuccuac caaauguuga g 21
<210>368
<211>33
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>368
cuggcuucca aaugggaccu gaaaaagaac agc 33
<210>369
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>369
cuggcuucca aaugggaccu gaaaaagaac 30
<210>370
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>370
ucagaacugg cuuccaaaug ggaccugaaa 30
<210>371
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>371
ggugcagacg cuuccacugg ucag 24
<210>372
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>372
gcuguagcca caccagaagu uccugcagag a 31
<210>373
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>373
cugccggcuu aauucaucau cuuuc 25
<210>374
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>374
cugcuggaaa gucgccucca auaggug 27
<210>375
<211>22
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>375
uccucaggag gcagcucuaa au 22
<210>376
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>376
uccucgccug cuuucguaga agccgaguga 30
<210>377
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>377
agguucaauu uuucccacuc aguauu 26
<210>378
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>378
cucaucuauu uuucucugcc agucagcgga 30
<210>379
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>379
cagggucuca ucuauuuuuc ucugccaguc a 31
<210>380
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>380
cauccguggc cucuugaagu uccug 25
<210>381
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>381
agguccagcu cauccguggc cucuu 25
<210>382
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>382
gcgcagcuug agguccagcu caucc 25
<210>383
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>383
gcuuggcgca gcuugagguc cagcucaucc 30
<210>384
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>384
caccucagcu uggcgcagcu ugagguc 27
<210>385
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>385
cccuugauca ccucagcuug gcgca 25
<210>386
<211>21
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>386
acgggcugcc aggaucccuu g 21
<210>387
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>387
gagagaguca augaggagau cgccc 25
<210>388
<211>34
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>388
cucaucuauu uuucucugcc agucagcgga gugc 34
<210>389
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>389
gcaauuucuc cucgaagugc cugugugcaa 30
<210>390
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>390
caauuucucc ucgaagugcc ugugugc 27
<210>391
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>391
caaggucauu gacguggcuc acguucucuu 30
<210>392
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>392
cuggcgagca aggucauuga cguggcucac 30
<210>393
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>393
cuggcgagca agguccuuga cguggcuc 28
<210>394
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>394
ugguaagcug gcgagcaagg uccuugacgu g 31
<210>395
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>395
agugguaagc uggcgugcaa gguca 25
<210>396
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>396
uuauacggug agagcugaau gcccaaagug 30
<210>397
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>397
gagguuauac ggugagagcu gaaugcccaa a 31
<210>398
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>398
ugcugagguu auacggugag agcugaa 27
<210>399
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>399
cuuuccugca gaagcuucca ucugguguuc 30
<210>400
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>400
cucgguccuc gacggccacc ugggag 26
<210>401
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>401
caugcagcug ccugacucgg uccucgccgg 30
<210>402
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>402
gggcuucaug cagcugccug acucg 25
<210>403
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>403
ccugugggcu ucaugcagcu gccugacucg 30
<210>404
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>404
gcugagaugc uggaccaaag ucccug 26
<210>405
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>405
gcugaaaaug acuuacugga aagaaa 26
<210>406
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>406
gacccuggac agacgcugaa aagaagggag 30
<210>407
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>407
ccagggaccc uggacagacg cugaaaagaa 30
<210>408
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>408
gacccuggac agacgcugaa 20
<210>409
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>409
cucucccagg gacccuggac agacgcug 28
<210>410
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>410
uggcucucuc ccagggaccc uggacagacg 30
<210>411
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>411
gagauggcuc ucucccaggg acccugg 27
<210>412
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>412
uuguuuggug agauggcucu cuc c caggga c 31
<210>413
<211>20
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>413
uacuugauau aguagggcac 20
<210>414
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>414
cuuacuugau auaguagggc acuuuguuug 30
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<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>415
gagucucgug gcuaaaacac aaaac 25
<210>416
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>416
ugggaugguc ccagcaaguu guuug 25
<210>417
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>417
gacugguaga gcucugucau uuugg 25
<210>418
<211>23
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>418
cuaaagacug guagagcucu guc 23
<210>419
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>419
cauggccaug uccuuaccua aagac 25
<210>420
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>420
cugagaaucu gac auuauuc aggucagcug 30
<210>421
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>421
aaagggccuu cugcagucuu cggaguuuca 30
<210>422
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>422
gcaaagggcc uucugcaguc uucggag 27
<210>423
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>423
caauacuuac agcaaagggc cuucu 25
<210>424
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>424
uugaccaaau uguugugcuc uugcuc 26
<210>425
<211>28
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>425
agcuccggac acuuggcuca auguuacu 28
<210>426
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>426
gcagcuccgg acacuuggcu caaug 25
<210>427
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>427
uaacuuacaa auuggaagca gcuccggaca 30
<210>428
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>428
gaucucuggc uuauuauuag ccugc 25
<210>429
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>429
cauccagucu aggaagaggg ccgcuuc 27
<210>430
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>430
cagcagccac ucugugcagg acgggcagcc 30
<210>431
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>431
gugcuuuaga cuc cuguacc ugauaaagag c 31
<210>432
<211>31
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>432
uggcagaugu cauaauuaaa gugcuuuaga c 31
<210>433
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>433
ccagaaaaaa agcagcuuug gcagauguc 29
<210>434
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>434
ggccuuuugc aacucgacca gaaa 24
<210>435
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>435
uuuuauggcc uuuugcaacu cgaccagaaa 30
<210>436
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>436
cuggcgucaa acuuaccgga gugc 24
<210>437
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>437
uucuc cugau guagucuaaa aggg 24
<210>438
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>438
cgaacaucuu cuccugaugu agucuaaaag 30
<210>439
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>439
guaccuuggc aaagucucga acauc 25
<210>440
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>440
guuuuuuagu accuuggcaa aguc 24
<210>441
<211>29
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>441
gguucgaaau uuguuuuuua guaccuugg 29
<210>442
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>442
gcccauucgg ggaugcuucg caaaauaccu 30
<210>443
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>443
gaucagagua acgggacugc aaaa 24
<210>444
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>444
acuggccaga aguugaucag agua 24
<210>445
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>445
gcagaaucua cuggccagaa guug 24
<210>446
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>446
cucacgcaga aucuacuggc caga 24
<210>447
<211>30
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>447
aagcugaggg gac gaggcag gc cuauaagg 30
<210>448
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>448
gugugaaagc ugaggggacg aggcagg 27
<210>449
<211>24
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>449
agucucauac cugcuagcau aaug 24
<210>450
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>450
augcuaucau uuagauaaga uccau 25
<210>451
<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>451
uucugcuagc cugauaaaaa acguaa 26
<210>452
<211>25
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>452
acaugcucuc auuaggagag augcu 25
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<211>26
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>453
uaucauuuag auaagaucca uugcug 26
<210>454
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>454
guucaaacuu uggcaguaau gcuggau 27
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<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>455
gacuacgagg cuggcucagg ggggaguc 28
<210>456
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>456
gcuccccucu uuccucacuc ucuaagg 27
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<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>457
cauucacuuu ggccucugcc uggggcu 27
<210>458
<211>27
<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>458
gacugccaac cacucggagc agcauag 27
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<212>RNA
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ggugacagcc ugugaaaucu gugagaagua 30
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<213>人类(Homo sapiens)
<400>460
ugacagccug ugaaaucugu gag 23
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agugauggcu gagugguggu gacagc 26
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<400>462
acaguugucu guguuaguga 20
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<211>20
<212>RNA
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<400>463
cagaauccac aguaaucugc 20
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<212>RNA
<213>人类(Homo sapiens)
<400>464
gcgccuccca uccuguaggu cacug 25
Claims (12)
1.一种能在肌营养不良蛋白基因中结合所选靶点诱导外显子跳跃的反义分子,如下序列所述,SEQ ID NO:1至59。
2.一种根据权利要求1所述的反义分子,能在肌营养不良蛋白基因外显子5、11、12、17、21、22、24、43-47、49-64、66和67中诱导外显子跳跃。
3.一种由两种以上根据权利要求1或2所述的反义分子组成的组合物,能在肌营养不良蛋白基因中结合所选靶点以诱导外显子跳跃。
4.一种由两种以上根据权利要求3所述的反义分子的组成的组合物,所述组合物选自表1B。
5.根据权利要求1至4之一所述的反义分子,能结合所选靶位,其中所述靶位为选自剪接供体位点、剪接受体位点或外显子剪接增强子元件的mRNA剪接位点。
6.一种治疗患者肌营养不良症的方法,包括施予患者包含根据权利要求1至4之一所述的反义分子的组合物。
7.一种用于治疗患者肌营养不良症的药物或治疗组合物,包含(a)至少一种如权利要求1至4之一所述的反义分子,和(b)一种或多种药物可接受的载体和/或稀释剂。
8.根据权利要求7所述的组合物,包含约20nM至600nM的反义分子。
9.将根据权利要求1至4之一所述反义分子用于制作药物调节肌营养不良症的应用。
10.一种根据权利要求1至4之一所述反义分子用于以反义分子为基础的治疗。
11.一种根据权利要求1至4之一所述的反义分子,如上文参考实施例所述。
12.一种试剂盒,包含至少一种如权利要求1至4之一所述的反义分子、合适的载体和使用说明。
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