TR201909021T4 - Çeşitli nöronal tümörlere ve beyin tümörlerine karşı kişiselleştirilmiş immünoterapi. - Google Patents

Çeşitli nöronal tümörlere ve beyin tümörlerine karşı kişiselleştirilmiş immünoterapi. Download PDF

Info

Publication number
TR201909021T4
TR201909021T4 TR2019/09021T TR201909021T TR201909021T4 TR 201909021 T4 TR201909021 T4 TR 201909021T4 TR 2019/09021 T TR2019/09021 T TR 2019/09021T TR 201909021 T TR201909021 T TR 201909021T TR 201909021 T4 TR201909021 T4 TR 201909021T4
Authority
TR
Turkey
Prior art keywords
peptide
cell
cells
peptides
tumor
Prior art date
Application number
TR2019/09021T
Other languages
English (en)
Inventor
Weinschenk Toni
fritsche Jens
Walter Steffen
Hilf Norbert
Schoor Oliver
Singh Harpreet
KUTTRUFF-COQUI Sabrina
Song Colette
Original Assignee
Immatics Biotechnologies Gmbh
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Immatics Biotechnologies Gmbh filed Critical Immatics Biotechnologies Gmbh
Publication of TR201909021T4 publication Critical patent/TR201909021T4/tr

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14—Blood; Artificial blood
    • A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4615—Dendritic cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/462—Cellular immunotherapy characterized by the effect or the function of the cells
    • A61K39/4622—Antigen presenting cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4632—T-cell receptors [TCR]; antibody T-cell receptor constructs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/18—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for pancreatic disorders, e.g. pancreatic enzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/08—Drugs for disorders of the urinary system of the prostate
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/12—Drugs for disorders of the urinary system of the kidneys
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70517—CD8
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/71—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/78—Connective tissue peptides, e.g. collagen, elastin, laminin, fibronectin, vitronectin or cold insoluble globulin [CIG]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2833—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2863—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/40—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against enzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/08—Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C12N5/0638—Cytotoxic T lymphocytes [CTL] or lymphokine activated killer cells [LAK]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0012—Oxidoreductases (1.) acting on nitrogen containing compounds as donors (1.4, 1.5, 1.6, 1.7)
    • C12N9/0026—Oxidoreductases (1.) acting on nitrogen containing compounds as donors (1.4, 1.5, 1.6, 1.7) acting on CH-NH groups of donors (1.5)
    • C12N9/0032—Oxidoreductases (1.) acting on nitrogen containing compounds as donors (1.4, 1.5, 1.6, 1.7) acting on CH-NH groups of donors (1.5) with oxygen as acceptor (1.5.3)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0071—Oxidoreductases (1.) acting on paired donors with incorporation of molecular oxygen (1.14)
    • C12N9/0083—Miscellaneous (1.14.99)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/1025—Acyltransferases (2.3)
    • C12N9/1029—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1205—Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor (2.7.1), e.g. protein kinases
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1229—Phosphotransferases with a phosphate group as acceptor (2.7.4)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/13—Transferases (2.) transferring sulfur containing groups (2.8)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • C12N9/50—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
    • C12N9/64—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue
    • C12N9/6421—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue from mammals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/93—Ligases (6)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y105/00—Oxidoreductases acting on the CH-NH group of donors (1.5)
    • C12Y105/03—Oxidoreductases acting on the CH-NH group of donors (1.5) with oxygen as acceptor (1.5.3)
    • C12Y105/03016—Spermine oxidase (1.5.3.16)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
    • C12Y207/04—Phosphotransferases with a phosphate group as acceptor (2.7.4)
    • C12Y207/04008—Guanylate kinase (2.7.4.8)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
    • C12Y301/03—Phosphoric monoester hydrolases (3.1.3)
    • C12Y301/03048—Protein-tyrosine-phosphatase (3.1.3.48)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y603/00—Ligases forming carbon-nitrogen bonds (6.3)
    • C12Y603/02—Acid—amino-acid ligases (peptide synthases)(6.3.2)
    • C12Y603/02019—Ubiquitin-protein ligase (6.3.2.19), i.e. ubiquitin-conjugating enzyme
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5158—Antigen-pulsed cells, e.g. T-cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A61K2039/55522—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • A61K2039/55527—Interleukins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A61K2039/55522—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • A61K2039/55527—Interleukins
    • A61K2039/55533—IL-2
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/572—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 cytotoxic response
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
    • A61K2239/47—Brain; Nervous system
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/33—Fusion polypeptide fusions for targeting to specific cell types, e.g. tissue specific targeting, targeting of a bacterial subspecies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)

Abstract

Mevcut buluş immünoterapötik yöntemlerde kullanılan peptitler, nükleik asitler ve hücrelerle ilgilidir. Mevcut buluş özellikle, kanser immünoterapisi ile ilgilidir. Buluş ayrıca, diğer tümör bağlantılı peptitlerle birlikte veya tek başına anti-tümör immün yanıtlarını teşvik eden aşı kompozisyonlarının aktif farmasötik muhteviyatları şeklinde kullanılan, tümör ilişkili sitotoksik T hücresi (STL) peptit epitopları ile de ilgilidir. Mevcut buluş anti tümör immün yanıtları oluşturmak için aşı kompozisyonlarında kullanılabilen, insan tümör hücrelerinin HLA klas I ve klas II moleküllerinden türetilmiş peptit dizinleri ve bunların varyantları ile ilgilidir.

Description

Tarifname Çesitli nöronal tümörlere ve beyin tümörlerine karsi kisisellestirilmis immünoterapi Mevcut bulus immünoterapötik yönteinlerde kullanilan bir peptitle, nükleik asitlerle ve hücrelerle ilgilidir. Mevcut bulus özellikle kanser immünoterapisi ile ilgilidir. Bulus ayrica, diger tümör iliskili peptitlerle birlikte veya tek basina anti-tümör immün yanitlarini tesvik eden asi kompozisyonlarinin aktif farmasötik bilesenleri seklinde kullanilan bir tümör iliskili sitotoksik T hücre (STL) peptit epitopu ile de ilgilidir. Mevcut bulus anti tümör immün yanitlari olusturmak için asi kompozisyonlarinda kullanilabilen, insan tümör hücrelerinin bir HLA klas I molekülünden türetilmis spesifik bir peptit dizini ve ihtiyaci olan kisilere en uygun asilari saglamaya yönelik bir yöntemle ilgilidir.
Bulusun geçmisi Gliomalar sinir sisteminde glial hücrelerden gelisen beyin tümörleridir. Genel adiyla nöroglia ya da kisaca glia olarak adlandirilan glial hücreler nöronal olmayan, sinir sisteminde destek, beslenme ve hemostaz saglama gibi görevler üstlenen ve sinyal iletiminde rol oynayan hücrelerdir. Gliomalarin en önemli iki alt grubu, köken aldiklari normal glial hücre tipine (astrositler ve oligodendrositler) atfen adlandirilan astrositomlar ve oligodendrogliomalardir.
Astrositomlar alt grubuna dahil olan glioblastoma multiforme (bundan böyle glioblastoma olarak anilacaktir) eriskinlerde en yaygin malign beyin tümörü olup tüm malign beyin tümörlerinin yaklasik yüzde 40'indan ve gliomalarin yaklasik yüzde 50'sinden sorumludur.
Merkezi sinir sistemini agresif biçimde istila eder ve tüm gliomalar arasinda en yüksek malignite derecesiyle (derece IV) birinci sirada yer alirlar. Nörogörüntüleme, mikrosirürji, temozolomid tedavisi veya radyoterapi gibi alanlarda yasanan gelismelere ve bunlarin tedavi yöntemlerine sagladigi sürekli katkilara ragmen hastaligin tedavisi henüz mümkün degildir.
Bu beyin tümörünün letalitesi son derece yüksektir: Ilk tani konduktan sonra beklenen yasam yüzde 8,0 olmustur. Hâlihazirda, büyük çapli tümör rezeksiyonlari da dâhil olinak üzere, uygulanan agresif tedavi prosedürlerine ragmen 5 yillik yasam süresi hala yüzde 10'un altinda kalmaktadir. Dolayisiyla, alternatif ve etkili terapötik yöntemlere büyük ihtiyaç vardir.
Glioblastoma tümör hücreleri beyin tümörleri arasinda en az farklilasmis hücreler olup bu nedenle yüksek yayilma ve çogalma potansiyeline sahip, yüksek ölçüde invaziv ve çok kötü prognoz gösteren hücrelerdir. Glioblastomalar beyinde hizli, agresif ve infiltratif bir büyüme göstererek ölüme neden olurlar. Infiltratif büyüme özelligi bu tümörlerin cerrahi girisimle çikartilmamasinin baslica nedenidir. Glioblastomalar ayrica radyasyon ve kemoterapiye karsi oldukça dirençli oldugundan tedavi sonrasi yineleme oranlari yüksektir. Bunun yani sira, neoplastik hücrelerin immün yaniti da rezeksiyon veya radyoterapi sonrasinda tüm neoplastik hücrelerin imha olmasini saglayacak düzeyde degildir.
Glioblastoma, farklilasmamis astrosit veya glial öncül hücrelerin malign transformasyonu sirasinda etkili olan genetik mekanizmalarin farkliliklarina göre primer (de novo) ve sekonder glioblastoma olmak üzere, iki sinifa ayrilir. Sekonder glioblastomalar 45 yas altindaki genç popülasyonda görülür. Sekonder glioblastoma düsük dereceli astrositomdan baslayarak ortalama 4 ilâ 5 yil içerisinde farklilasmamis astrositom üzerinden gelisir. Buna karsilik, primer glioblastoma agirlikli olarak yas ortalamasi 55 olan daha yasli kesimi tutmaktadir.
Primer glioblastoma genel olarak ani gelisen, yani klinik veya patolojik anorrnallikler gözlenmeyen evreden 3 ay içerisinde tümör progresyonuna geçen bir hastalik olarak karakterizedir (Pathology and Genetics of the Nervous Systems. 29-39 (IARC Press, Lyon, France, 2000)).
Glioblastoma miyelinli sinirler boyunca göç ederek merkezi sinir sistemini yaygin biçimde istila eder. Çogu vakalarda cerrahi tedavi yalnizca sinirli ölçüde sürdürülebilir bir terapötik etki göstermektedir. Malign glioma hücreleri T hücre proliferasyonunu ve immunostimülan sitokin IL-2 üretimini etkileyen immünosüpresif maddeler üreterek konagin immün sistemi tarafindan tespit edilmekten kaçarlar.
Intrakraniyal neoplazmlar, beyin, meninges, hipofiz bezi, kafatasi ve hatta rezidüel embriyonik doku dâhil olmak üzere, merkezi sinir sisteminde yer alan her türlü doku ve yapidan gelisebilir. Amerika Birlesik Devletlerinde primer beyin tümörlerinin genel yillik insidansi 100.000 kiside 14 vakadir. Primer beyin tümörlerinin en yaygin türü, tüm primer beyin tümörlerinin yüzde 27'sini olusturan meningiomlardir. Bunlari yine tüm primer beyin tümörlerinin yüzde 23'ünü olusturan glioblastomalar izler (ancak glioblastomalar eriskinlerde malign beyin tümörlerinin yüzde 40'indan sorumludur). Bu tümörlerin çogu agresif ve yüksek derecelidir. Primer beyin tümörleri çocuklarda en yaygin solid tümör türü olup çocuklarda kanser ölümlerinde lösemiden sonra ikinci sirada yer alirlar.
Günümüzde glioblastomali hastalarin tedavisine yönelik etkin tedavi yöntemleriyle ilgili arastirmalar hizla sürmektedir. Immünoterapi, ya da diger bir deyisle iinmün sistemi devreye sokarak bu hücrelerle mücadele etme yöntemleri arastirilmistir.
Ingilteretde immatics biotechnologies (Tübingen, Alinanya) tarafindan çoklu peptit asisi peptitleridir. ark.: "Concurrent Gene Signatures for Han Chinese Breast Cancers", PLoS ONE, vol. 8, no. etmektedir.
Mevcut bulusa ait proteinleri asiri ifade eden glioblastoma ve medulloblastomaya ve diger tümörlere yönelik, kemoterapötik ajanlar veya agir yan etkilere neden olan diger ajanlar kullanilmadan baska HLA alelleri veya alellerin kombinasyonu ile hastalarin esenligini artiran, etkin ve güvenli tedavi seçeneklerine ihtiyaç bulunmaktadir.
Bulusun özeti Mevcut bulusun bir ilk yönüyle mevcut bulus SEQ ID NO: 28'den olusan bir peptitle veya onun farinasötik açidan kabul edilebilir bir tuzuyla ilgilidir.
Asagidaki tablolarda mevcut bulusa ait peptitler, bunlarla iliskili SEQ ID Noflari ve bu peptitlerin prospektif kaynak proteinleri gösterilmektedir. la, lb ve lc tablolarindaki peptitlerin tümü HLA-A*02 allellerine, 1d ve le tablolarindaki peptitler ise HLA-DR allellerine baglanir. 1d ve le tablolarindaki klas H peptitler özellikle BCAN, BIRC5 ve/Veya PTPRZl polipeptitlerini asiri ifade eden ve/Veya asiri sunan kanserlerin tedavisi için uygundur.
Tablo la: Mevcut bulusa ait peptitler SEQ ID NO: Peptit Kodu Dizin Kaynak Protein(1er) 1 CSRP2-001 RLGIKPESV CSRP2 3 ELOVL2-001 YLPTFFLTV ELOVLZ PTP-O 13 MIWEHNVEV PTPRZl 7 PCDHGCS-OOI GLDPSSGAIHV PCDHGCS 8 GRIK3 -001 LLYDAVHIV GRIK3 9 SEZ6L-001 LLLGSPAAA SEZ6L ANKRD40-001 ALGDIREV ANKRD40 12 KCN-002 AL SVRISNV KCNJ] 0 13 ECA-003 FLWSDGVPL BCAN 14 MAG12-001 AVAPGPWKV MAGIZ PTP-O 12 FLLPDTDGLTAL PTPRZl 17 GRI-002 VLIQDVPTL GRIA4 18 CLU-001 KLFDSDPITVTV CLU 19 CERSl-OOI FLHDISDVQL CERSl 21 GPR98-001 ALF NKGGSVF L GPR98 22 GYG2 -001 KVFDEVIEV GYG2 23 CPTl C-OOl GLMEKIKEL CPT 1 C FTP-002 FLYKVILSL PTPRZl 26 FTP-001 ALTTLMHQL PTPRZl 27 ASIC4-001 EILDYIYEV ASIC4 29 EGFR-008 YQDPHSTAV EGFR J AK-OOl KLTDIQIEL JAKMIPZ/JAKMIP3 32 lRS-OOl RVAS*PTSGV IRSZ 33 NAT8L-001 SLAERLFFQV NATSL 34 TNC-001 AMTQLLAGV TNC MAPlB-002 GLSEFTEYL MAPlB 36 NCAN-001 VLCGPPPAV NCAN 40 GRI-001 NILEQIVSV GRIA4 41 DPP3-001 FLYNEALYSL DPP3/BBSI S* = istege bagli olarak fosforlanmis serin Tablo lb: Ifsa edildigi sekliyle ek peptitler SEQ ID NO: Peptit Kodu Dizin Kaynak Protein(ler) 42 USPl 1-001 MLFGHPLLVSV USP 1 1 43 ElF4E-001 RLISKFDTV EIF4E 44 PLEKHA4-001 LLQDRLVSV PLEKHA4 45 CCT-OOl TLLAAEFLKQV CCT7 46 NOC4-001 LTAPPEALLMV NOC4L 47 MAP lB-OOl FLDSKFYLL MAP 1 B 48 CHCHD2-005 KLCEGFN EV CHCH D2 49 SOX-001 KLADQYPHL SOX8/ SOX9/ SOX 1 0 Tablo lc: Glioblastomada asiri ifade edilen ek peptitler SEQ ID NO: Peptit Kodu Dizin Kaynak Protein(ler) 50 FTP-005 KVFAGIPTV PTPRZl 51 ECA-002 ALWAWPSEL BCAN 52 CDK4-001 TLWYRAPEV CDK4/CDK6 3 MAGEF l -001 ILFPDIIARA MAGEFl 54 FTP-003 AIIDGVESV PTPRZI 57 NRCAM-001 GLWHHQTEV NRCAM 59 FABP7-001 LTFGDVVAV FABP7 60 CSP-OO] TMLARLASA CSPG4 61 ORMDL 1-002 TLTNIIHNL ORMDLl 62 TACC3-001 KLVEFDFLGA TACC3 63 DCA-OO 1 KLGDFGLATVV DCLK2 66 lGF2BP3-001 KlQEILTQV IGFZBP3 70 CNOT'l-OOZ SLADFMQEV CNOTI Tablo 1d: Ifsa edildigi sekliyle MHC klas II peptitleri SEQ ID NO: Peptit Kodu Dizin Kaynak Protein(ler) 71 ECA-005 VKVNEAYRFRVALPA BCAN Tablo le: Ek MHC klas II peptitleri SEQ ID NO: Peptit Kodu Dizin Kaynak Protein(ler) 72 BIR-002 TLGEFLKLDRERAKN BIRC5 73 PTP-O 10 EIGWSYTGALNQKN PTPRZI Tablo 221 ve bide, ifsa edildigi sekliyle ek peptitler, bunlarin ilgili SEQ ID No.'lari ve bu peptitlerin kökenini olusturan kaynak proteinler gösterilmektedir. 2 n0”lu tablolardaki peptitlerin tümü HLA A*24 alellerine baglanir.
Tablo Za: Ifsa edildigi sekliyle ek peptitler SEQ ID NO: Peptit Kodu Dizin Kaynak Protein(ler) 75 ST8SIA5-001 VYYFHPQYL ST8SIA5 77 GRIK3 -002 YYHFIFTTL GRIK3 79 PTP-O 19 NYTSLLVTW+4 PTPRZ 1 80 FABP7-002 EYMKALGVGF FABP7 81 ZNF3-001 KYNDFGNSF ZNF 3 82 DOCK7-002 LYIYPQSLNF DOCK7 84 PJA2-001 RYQESLGNTVF PJ A2 85 HEATRl -001 KYNEFSVSL HEATRl 86 GPM-002 TYNYAVLKF GPM6B 87 CRB1-001 SYFENVHGF CRB 1 88 FTP-016 VYDTMIEKF PTPRZl 89 PTP-O 15 QYVFIHDTL PTPRZl 90 FTP-018 NYTSLLVTW PTPRZl 91 OLIG2-001 IYGGHHAGF OLIG2 92 VCAN-003 TYVDSSHTI VCAN 93 SMOX-001 VYNLTQEFF SMOX 94 EXOC7-001 YYQIRSSQL EXOC7 95 LZTSl-OOI RYSDGLLRF LZTSl 96 FADSZ-003 QYQlIMTMl FADS2 98 ASCLl-OOl EYIRALQQL ASCLl 99 UNKN-003 TYIIKSVGF TXNZ 100 NKA-OOI QWAPILANF NKAIN 1 /N KAINZ/N 101 PCD-002 RYGPQF TL PCDHG-Family 104 FADS2-002 PYNHQHEYF FADSZ 105 APC-001 VLPDADTLLHF APC 106 WASL-OOl FYGPQVNNI WASL/ASB 15 108 TENM4-001 AYSDGHFLF TENM4 1 10 EFCAB7-001 VYLTIKPLNL EFCAB7 112 BMP7-001 VYQVLQEHL BMP7 1 13 ITGA7-001 AFSPDSHYLLF ITGA7 1 14 RPL-OO] NYNDRYDEI RPL7A 1 15 HSZ-OOI KYNLINEYF HSZSTI 1 16 VIM-002 NYQDTIGRL VIM 1 18 GAB-OOI AYPRLSLSF GABRB 1/ GABRB3 120 SCARA3-002 YYLDKSVSI SCARA3 121 SSRl -001 NYKDLNGNVF SSR] 123 LNXl-OOl NYIDNVGNLHF LNXl 125 KIF 1 B-001 VYLKEANAI KIF 1 B 126 RHOBTB3-001 KYFGGVLEYF RHOBTB3 127 KIF7-001 KYFDKVVTL KIF7 128 K1F1B-002 VYNDIGKEMLL KIFIB 129 MAPK6-001 TYTSYLDKF MAPK6 SEQ ID NO 101,e uygun peptitler asagidaki proteinlerin herhangi birinden türetilebilir: PCDHGAIZ, PCDHGC3, PCDHGCS, PCDHGC4, PCDHGB7, PCDHGB6, PCDHGBS, PCDHGB3, PCDHGBZ, PCDHGBl, PCDHGAll, PCDHGAIO, PCDHGA9, PCDHGA7, PCDHGAÖ, PCDHGAS, PCDHGA4, PCDHGA3, PCDHGAZ, PCDHGA, PCDHGB4 veya PCDHGAS. SEQ ID NO 109”a uygun peptit çerçeve kaymasi sonucunda EVPSKQCVS”den aminofeni1)-4-okso-butanoik asit). SEQ ID NO: 99'a uygun peptit TXN2”nin ilk intronunun parçasidir (EST, BGl 69743.] ile uyusmasi bunu desteklemektedir).
Tablo 2b: Glioblastomada asiri ifade edilen ek peptitler SEQ ID NO: Peptit Kodu Dizin Kaynak Protein(ler) 130 ASPM-002 SYNPLWLRI ASPM 131 SMC4-001 HYKPTPLYF SMC4 Tablo 2c: Ifsa edildigi sekliyle, sözü geçen endikasyonlarda asiri ifade edilen ve/veya asiri sunulan peptitler bazinda ek endikasyonlar (örn. tedavi edilecek kanserler).
NO Dizin Peptit Kodu Ek Endikasyonüar) l RLGIKPESV CSRP2-001 Karaciger, Prostat SLC lOA4- 2 ALAFKLDEV 001 Akciger 3 YLPTFFLTV ELOVL2-001 Böbrek, Karaciger 4 V MTSS lL-001 Böbrek, Karaciger 8 LLYDAVHIV GRIK3-001 Lösemi ALGDIREV 001 Böbrek, Kolon, Rektum, Karaciger ll SLDTLMTYV NLGN4Y-001 Kolon, Rektum, Prostat, Lösemi 12 ALSVRISNV KCN-002 Böbrek, Karaciger, Pankreas AVAPGPWK 14 V MAG12-001 Karaciger KLFDSDPITV l 8 TV CLU-OOl Karaciger GMMTAILG 24 V SLC35El-002 Karaciger 29 YQDPHSTAV EGFR-008 Böbrek, Karaciger KLTDIQIEL JAK-OOl Prostat AMTQLLAG 34 V TNC-001 Akciger, Kolon, Rektum GLSEFTEYL MAPlB-002 Böbrek, Prostat 37 ALADIAVGV 001 Akciger, Böbrek, Pankreas, Prostat 40 NILEQIVSV GRI-001 Böbrek MLFGHPLLV 42 SV USPl 1-001 Akciger, Böbrek, Karaciger, Pankreas, Prostat 43 RLISKFDTV ElF4E-001 Akciger, Kolon, Rektum, Karaciger, Prostat PLEKHA4- 44 LLQDRLVSV 001 Kolon, Rektum, Karaciger TLLAAEFLK 45 QV CCT-001 Akciger, Karaciger LTAPPEALL Akciger, Böbrek, Kolon, Rektum, Karaciger, 46 MV NOC4-001 Pankreas 47 FLDSKFYLL MAPlB-001 Böbrek, Karaciger, Prostat 48 KLCEGFNEV CHCHDZ-OOS Kolon, Rektum, Karaciger 52 TLWYRAPEV CDK4-001 Akciger, Böbrek, Mide, Kolon, Rektum, Karaciger Akciger, Böbrek, Kolon, Rektum, Karaciger, 53 ILFPDIIARA MAGEFl-OOI Lösemi SLWGGDVV 56 L VPSISB-OOI Akciger, Kolon, Rektum, Karaciger, Prostat 58 SLYKGLLSV RAD54B-001 Akciger, Böbrek, Kolon, Rektum, Prostat 59 LTFGDVVAV FABP7-001 Mide 60 TMLARLASA CSP-OOI Böbrek ORMDLl- 61 TLTNIIHNL 002 Akciger, Böbrek, Karaciger, Lösemi KLVEFDFLG 62 A TACC3-001 Akciger, Mide, Kolon, Rektum, Karaciger Akciger, Böbrek, Mide, Kolon, Rektum, Karaciger, 64 GVLENIFGV PCNXL3-001 Prostat Akciger, Böbrek, Mide, Kolon, Rektum, Karaciger, 66 KIQEILTQV IGFZBPS-OOI Pankreas, Lösemi DROSHA- Akciger, Böbrek, Mide, Kolon, Rektum, Karaciger, 67 AVVEFLTSV 001 Pankreas 68 ILFEINPKL ABCA13-001 Akciger, Lösemi Akciger, Böbrek, Mide, Kolon, Rektum, Karaciger, 69 lLlDWLVQV CCNB1-002 Pankreas 70 SLADFMQEV CNOT1-002 Akciger, Böbrek, Kolon, Rektum, Pankreas 74 YYPGVILGF 001 Akciger 81 KYNDFGNSF ZNF3-001 Akciger, Karaciger 82 LYIYPQSLNF DOCK7-002 Akciger, Böbrek, Karaciger 83 IFTYIHLQL 001 Karaciger 92 TYVDSSHTI VCAN-003 Akciger, Mide, Karaciger 93 VYNLTQEFF SMOX-OO] Akciger, Böbrek, Mide 94 YYQIRSSQL EXOC7-001 Akciger, Mide, Karaciger 96 QYQIIMTMI FADS2-003 Karaciger 97 TYIPPLLVAF 001 Akciger, Böbrek, Mide, Karaciger 103 AYVLRLETL PNMA2-001 Akciger 104 PYNHQHEYF FADSZ-OOZ Akciger, Karaciger VLPDADTLL 105 HF APC-001 Karaciger 108 AYSDGHFLF TENM4-001 Akciger, Böbrek, Mide, Prostat 109 RYLPSSVF L ZNF749-001 Akciger, Mide, Karaciger VYLTIKPLN 110 L EFCAB7-001 Akciger, Mide, Karaciger 112 VYQVLQEHL BMP7-001 Mide AFSPDSHYL l 13 LF ITGA7-001 Akciger, Böbrek, Karaciger 115 KYNLINEYF HSZ-OOl Akciger, Böbrek, Karaciger l 16 NYQDTIGRL VIM-002 Böbrek 117 AYLlDlKTl IF Tl 7-001 Akciger, Böbrek, Karaciger 1 18 AYPRLSLSF GAB-OOl Karaciger 119 KFAEEFYSF CDCA7L-001 Akciger, Böbrek, Mide 122 AYLKGTVLF NROB l -001 Akciger 124 PFAKPLPTF EP4-001 Akciger, Böbrek, Mide, Karaciger KYFGGVLEY RHOBTB3- 126 F 001 Akciger, Mide, Karaciger 127 KYFDKVVTL KIF7-001 Akciger, Karaciger, Prostat 129 TYTSYLDKF MAPK6-001 Akciger, Karaciger 130 SYNPLWLRI ASPM-002 Akciger, Mide, Karaciger 131 HYKPTPLYF SMC4-001 Akciger, Mide, Karaciger, Prostat Dolayisiyla, mevcut bulusun tercih edilen diger bir yönü mevcut bulusa ait peptidin -tercihen kombineli olarak- yukaridaki sekliyle Tablo 2c”ye uygun kanseröz hastaliklarin, burada öm. glioblastoma için açiklanmis olan kullanimlara benzer sekilde, tercihli olarak immünoterapisi için kullanilmasi ile ilgilidir.
Mevcut bulusa uygun peptitler insan majör histokompatibilite kompleksi (MHC) klas I'in bir molekülüne baglanma yetenegine sahiptir.
Mevcut bulus ayrica mevcut bulusa ait peptitle ilgili olup, burada söz konusu peptit peptit bagi olmayan baglar içerir.
Mevcut bulus ayrica mevcut bulusa ait peptidi kodlayan bir nükleik asit ile ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica mevcut bulusa ait nükleik asitle ilgili olup, söz konusu nükleik asit DNA, cDNA, RNA veya bunlarin kombinasyonudur.
Mevcut bulus ayrica bir ifade vektörüyle ilgili olup, söz konusu ifade vektörü mevcut bulusa ait bir nükleik asidi ifade eder.
MeVCut bulus ayrica, bir hastaligin tedavisinde kullanilmak üzere mevcut bulusa ait bir peptitle, mevcut bulusa ait bir nükleik asitle veya mevcut bulusa ait bir ifade vektörüy'le Mevcut bulus ayrica mevcut bulusa ait peptidi spesifik olarak taniyan bir antikor ile ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica, amino asit dizini SEQ ID No. 28”den olusan bir HLA ligandi ile reaksiyona girisen bir T hücre reseptörü ile ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait bir nükleik asit veya daha önce tarif edildigi sekliyle bir ifade vektörü içeren bir konak hücreyle ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait konak hücreyle ilgili olup, söz konusu konak hücre antijen sunan bir hücredir. Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait konak hücreyle ilgili olup, söz konusu antijen sunan hücre bir dendritik hücredir.
Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait bir peptidi üretmeye yönelik bir yöntemle ilgili olup, söz konusu yöntem mevcut bulusa ait konak hücrenin kültivasyonundan ve peptidin konak hücreden veya onun besiyerinden izole edilmesinden olusur.
Mevcut bulus ayrica, aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositlerin (STL) üretilmesi için bir in vitro yöntemle ilgili olup, söz konusu yöntem STL'lerin in vitro kosullarda uygun bir antijen sunucu hücrenin yüzeyi üzerinde ifade edilen antijen yüklü insan klas I MHC molekülleri ile, söz konusu STL'leri antijen spesifik olarak aktiflestirmek için yeterli bir süre boyunca, temas ettirilmesini ve söz konusu antijenin mevcut bulusa ait peptitlerden herhangi biri olmasini Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait yöntemle ilgili olup, burada söz konusu antijen, yeterli miktarda antijenin bir antijen sunucu hücre ile temas ettirilmesi sonucunda uygun bir antij en sunucu hücrenin yüzeyinde ifade edilen insan klas I MHC moleküllerine yüklenir.
Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait yöntemle üretilen ve mevcut bulusa ait bir amino asit dizinini içeren bir polipeptidi anormal sekilde ifade eden bir hücreyi seçici olarak taniyan aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositlerle (STL) ilgilidir.
Hedef hücreleri mevcut bulusa ait herhangi bir amino asit dizininden olusan bir polipeptidi anormal sekilde ifade eden bir hastada hedef hücreleri öldürmek için bir yöntem ifsa edilmektedir, yöntem, mevcut bulusa uygun bir sekilde hastaya etkin bir miktarda sitotoksik T lenfositler (CTL) uygulanmasindan ibarettir.
Mevcut bulus ayrica, tercihen bir farmasötik bilesim, örn. asi seklinde bir hastaligin tedavisinde kullanilmak üzere peptit, aktiflestirilmis sitotoksik T lenfosit, antikor, T hücre reseptörü, nükleik asit veya ifade vektörü veya hücre ile ilgili olup, burada söz konusu hastalik kanserdir.
Ayrica, mevcut bulus spesifik bir alel setine sahip olan bir hasta havuzu için ve / veya hastaya özel asilar saglamaya ve üretmeye yönelik bir yöntem ifsa etmektedir.
Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait bir nükleik asit veya daha önce tarif edildigi sekliyle bir ifade vektörü içeren bir konak hücreyle ilgilidir. Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait konak hücreyle ilgili olup, söz konusu konak hücre antijen sunan bir hücredir. Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait konak hücreyle ilgili olup, söz konusu antijen sunan hücre bir dendritik hücredir.
Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait bir peptidi üretmeye yönelik bir yöntemle ilgili olup, söz konusu yöntem mevcut bulusa ait konak hücrenin kültivasyonundan ve peptidin konak hücreden veya onun besiyerinden izole edilmesinden olusur.
Mevcut bulus ayrica, aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositlerin (STL) üretilmesi için bir in vitro yöntemle ilgili olup, söz konusu yöntem STL'lerin in vitro kosullarda uygun bir antijen sunucu hücrenin yüzeyi üzerinde ifade edilen antijen yüklü insan klas l MHC molekülleri ile, söz konusu STL'leri antijen spesifik olarak aktiflestirmek için yeterli bir süre boyunca, temas ettirilmesini ve söz konusu antijenin mevcut bulusa ait peptitlerden herhangi biri olmasini Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait yöntemle ilgili olup, burada söz konusu antijen, yeterli miktarda antijenin bir antijen sunucu hücre ile temas ettirilmesi sonucunda uygun bir antijen sunucu hücrenin yüzeyinde ifade edilen insan klas I MHC moleküllerine yüklenir.
Mevcut bulus ayrica, mevcut bulusa ait yöntemle ilgili olup, burada söz konusu antijen sunucu hücre SEQ ID No. 28 dizinini içeren söz konusu peptidi ifade eden bir ifade vektörü Mevcut bulus ayrica, burada tarif edildigi sekliyle mevcut bulusa ait yöntemle üretilen ve mevcut bulusa ait bir amino asit dizinini içeren bir polipeptidi anormal sekilde ifade eden bir hücreyi seçici olarak taniyan aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositlerle (STL) ilgilidir.
Ayrica, mevcut bulus tek bir hastada bireysel olarak kullanilmak üzere tasarlanmis ve formüle edilmis, mevcut bulusa uygun en az bir peptit, mevcut bulusa uygun bir nükleik asit, mevcut bulusa uygun bir ifade vektörü, mevcut bulusa uygun bir konak hücre veya hücre veya mevcut bulusa uygun bir aktiflestirilmis sitotoksik T lenfosit içeren kisisellestirilmis bir anti-kanser asisi üretmeye yönelik bir yöntem ifsa etmekte olup, burada söz konusu tasarim önceden seçilmis ve/veya önceden taranmis, hastaya ve/veya hasta grubuna ve/veya kansere özgü tümör iliskili peptitler içeren bir veri tabaninin (“Depo”) kullanimini kapsamaktadir.
Mevcut bulusa ait peptitler mevcut bulusa ait MHC/peptit komplekslerine (örn. SEQ lD No. 28 dizinini içeren) karsi spesifik antikorlarin olusturulmasinda, üretilmesinde ve gelistirilmesinde kullanilabilir. Bu antikorlar hastalikli bir dokuya toksinler veya radyoaktif maddeler yönlendirerek tedavi amaciyla kullanilabilir. Bu antikorlarin diger bir kullanim alani, görüntüleme amaciyla, örnegin PET'te, radyonüklidleri hastalikli dokuya yönlendirmek olabilir.
Dolayisiyla bulusun diger bir yönü, bir HLA kisitli antijen (örn. SEQ ID No. 28 dizinini içeren) ile kompleks olusturmus bir klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan bir rekombinant antikorun üretilmesine yönelik bir yöntem olup, yöntem: genetik mühendislik isleminden geçirilmis, insan olmayan ve söz konusu klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksini (MHC) ifade eden hücreler içeren bir memelinin söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus MHC klas I molekülünün çözünür bir sekli ile asilanmasindan; söz konusu insan olmayan memelinin antikor üreten hücrelerinden mRNA molekülleri izole edilmesinden; söz konusu mRNA molekülleri tarafindan kodlanan protein moleküllerini görüntüleyen bir faj gösterim kitapligi olusturulmasindan ve söz konusu faj gösterim kitapligindan en az bir fajin, yani söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus söz konusu klas I insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan söz konusu antikoru gösteren en az bir fajin izole edilmesinden olusmaktadir.
Bulusun diger bir yönü, bir HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus bir klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan bir antikor saglamak olup, antikor burada tercihen bir poliklonal antikor, inonoklonal antikor, bispesifik antikor ve/veya bir kimerik antikordur.
Mevcut bulusun yine diger bir yönü bir HLA kisitli antijen (örn. SEQ ID No. 28 dizinini içeren) ile kompleks olusturmus bir klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan bir antikor üretilmesine yönelik bir yöntem olup, yöntem: genetik mühendislik isleminden geçirilmis, insan olmayan, söz konusu klas I insan majör histokompatibilite kompleksini (MHC) ifade eden hücreler içeren bir memelinin söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus MHC klas I molekülünün çözünür bir sekliyle asilanmasindan; söz konusu insan olmayan memelinin antikor üreten hücrelerinden mRNA molekülleri izole edilmesinden; söz konusu inRNA molekülleri tarafindan kodlanan protein moleküllerini görüntüleyen bir faj gösterim kitapligi olusturulmasindan ve söz konusu faj gösterim kitapligindan en az bir fajin, yani söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus söz konusu klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanabilen söz konusu antikoru gösteren en az bir fajin izole edilmesinden olusmaktadir. Bu tür antikorlarin ve tek Zincirli klas I majör histokompatibilite komplekslerinin üretimiyle ilgili yöntemler ve diger araçlar.
Bulusun diger bir yönü, ifsa edildigi sekliyle spesifik bir peptit-MHC kompleksini taniyan bir çözünür T hücre reseptörü üretmeye yönelik bir yöntem saglamaktir. Bu tür çözünür T hücre reseptörleri spesifik T hücre klonlarindan olusturulabilir ve bunlarin afinitesi tamamlayiciliklarini (komplementerlik) belirleyen bölgeleri hedef alan mutagenez araciligiyla artirilabilir.
Bir immün yanitin uyarilmasi konak immün sistem tarafindan yabanci olarak algilanan antijenlerin varligina baglidir. Tümör iliskili antijenlerin varliginin kesfedilmesi konagin immün sistemini kullanarak tümör büyümesine müdahale etme olanagi saglamaktadir. Immün sisteminin hem salgisal hem de hücresel kollarinin çesitli kosum mekanizmalari bugün kanser immünoterapisi açisindan arastirilmaktadir.
Hücresel iminün yanitin spesifik unsurlari tümör hücrelerini spesifik olarak tanima ve yok etme olanagina sahiptir. Sitotoksik T hücrelerinin (STL) tümör infiltre eden hücre popülasyonlarindan veya periferik kandan izole edilmesi bu tip hücrelerin kansere karsi dogal immün savunmada önemli bir rol oynadigini düsündürmektedir. Sitozolde yer alan proteinlerden veya kusurlu ribozomal ürünlerden (DRIPS) türeyen genellikle 8 ilâ lO amino asit kalintili büyük histo uyumlu kompleks (MHC) tasiyan peptitlerin klas I moleküllerini taniyan CD8-pozitif T hücreleri bu yanitta önemli bir rol oynar. Insanin MHC molekülleri de insan lökosit antij enler (HLA) seklinde tanimlanmaktadir.
Iki MHC molekülü sinifi mevcuttur: MHC klas I moleküller çogu çekirdekli hücrenin üzerinde bulunur. MHC molekülleri sirasiyla bir agir alfa zincir ile beta-2-mikro globülinden (MHC klas I reseptörleri) veya bir alfa ve bir beta Zincirden (MHC klas II reseptörleri) olusurlar. Üç boyutlu konformasyonlari, peptitlerle non-kovalent etkilesim amaciyla kullanilan bir baglayici oluk olusturur. MHC klas I, agirlikli olarak endojen proteinlerin, DRIP'lerin ve büyükçe peptitlerin proteolitik yarilmasi sonucunda ortaya çikan peptitleri sunar. MHC klas II-molekülleri ise agirlikli olarak profesyonel antijen sunan hücrelerde (APC'ler) bulunur ve öncelikle endositoz süreci içerisinde APC'ler tarafindan içeri alinarak islenen hücre disi veya transmembran proteinlerin peptitlerini sunarlar. Peptit ve MHC klas l moleküllerinden olusan kompleksler, uygun TCR (T hücresi reseptörü) içeren CBS-pozitif sitotoksik T-lenfositler tarafindan, peptit ve MHC klas II moleküllerinden olusan kompleksler ise uygun TCR içeren CD4-pozitif yardimci T hücreleri tarafindan taninir. Burada TCR, peptit ve MHC'nin 1:1:1 stokiyometrik oraninda yer aldigi iyi bilinmektedir.
CD4-pozitif yardimci T hücreleri, CDS-pozitif sitotoksik T hücrelerinin olusturdugu etkin yanitlarinin indükleninesinde ve sürdürülmesinde öneinli bir rol oynamaktadir (Wang and antijenlerden (TIA) türetilen CD4-pozitif T hücresi epitoplarinin tanimlanmasi, anti-tümör immün yanit tetikleyen farmasötik ürünlerin gelistirilmesi açisindan büyük önem tasimaktadir mahallinde STL dostu bir sitokinli ortaini destekleyerek (Qin and Blankenstein, 2000; Mortara et al., 2006) efektör hücreleri, örnegin STL'leri, NK hücrelerini, makrofajlari oraya çekerler (Marzo et al., 2000; Hwang et al., 2007).
Inflamasyon yoklugunda MHC klas II moleküllerin ifadesi esas olarak immün sistem hücreleri, özellikle de profesyonel antijen sunan hücreler (APC) örnegin monositler, monosit türevli hücreler, makrofajlar ve dendritik hücreler ile sinirlidir. Kanser hastalarinda sasirtici bir sekilde tüinör hücrelerinin MHC klas ll molekülleri ifade ettigi tespit edilmistir (Dengjel STL efektör hücrelerinin (örn. CD8-pozitif T-lenfositlerin) bulunmadigi durumlarda dahi CD4-pozitif T hücrelerinin, Interferon-gamma (IFN-y) salgilayarak anjiyogenezi baskilamak yoluyla tümör manifestasyonunu baskilamaya yeterli oldugu memeli hayvan modellerinde, örnegin farelerde gösterilmistir.
Ayrica, tümör iliskili antijenlerden kaynaklanan ve HLA klas II molekülleri tarafindan sunulan peptitleri taniyan CD4-pozitif T hücrelerinin antikor (Ak) yaniti tetikleyerek tümör progresyonuna karsi koydugu da ortaya konmustur (Kennedy et al., 2003).
Su ana kadar, HLA klas l inoleküllerine baglanan tümör iliskili peptitlerin aksine, yalnizca az sayida tümör iliskili antijen (TIA) klas Il ligandi, tarif edilmistir.
HLA klas II moleküllerinin yapisal ifadesi normal olarak immün sistemin hücreleriyle sinirli oldugundan, klas II peptitleri dogrudan primer tümörlerden izole etmek olanak disi kabul 1 760 088 El) elde edilmis bir dizi MHC klas II epitopunu tanimlamayi basarmislardir; (Dengjel et al., 2006).
Tümör spesifik sitotoksik T-lenfositler tarafindan taninan antijenler yani bunlarin epitoplari, ilgili tümörde ifade edilen ve ayni kökenden gelen degisime ugramamis hücrelere kiyasla yukari regüle edilmis her siniftan protein molekülleri, örnegin enzimler, reseptörler, transkripsiyon faktörleri vs. olabilir.
Gerek CD8, gerek CD4 baglantili olmak üzere her iki yanit tipi birlikte ve sinerj ik olarak anti- tümör etkiye katki sagladigindan, hem CD8+ STL'ler tarafindan (ligand: MHC klas I molekülü + peptit epitopu), hem de CD4-pozitif T yardimci hücreleri tarafindan (ligand: MHC klas II molekülü + peptit epitopu) taninan tümör iliskili antijenlerin tanimlanmasi ve karakterizasyonu tümör asilarinin gelistirilmesi açisindan önemlidir.
Ayrica, çok yararli bir MHC klas ll peptidi (bakiniz SEQ ID NO 71) ifsa edilmistir. Bu peptit glioblastomaya ve BCAN asiri ifade eden ve / veya asiri sunan diger kanserlere karsi yararlidir.
Bir peptidin hücresel bir immün yaniti tetikleyebilmesi (olusturmasi) için bir MHC- molekülüne baglanmasi gerekmektedir. Bu süreç MHC molekülünün aleline ve peptidin amino asit dizinindeki spesifik poliinorfizinlere baglidir. MHC klas I'e baglanan peptitler genellikle 8-12 amino asit kalintisi uzunlugunda olup normal olarak MHC molekülünün karsilik gelen baglayici olugu ile etkilesimde bulunan dizinlerinde iki muhafaza edilmis kalinti ("çipa") içerirler. Böylelikle, her MHC aleli, baglanma oluguna hangi peptidin Spesifik olarak baglanacagini belirleyen bir "baglayici motife" sahiptir .
MHC klas I bagimli immün reaksiyonda peptitlerin yalnizca tümör hücreleri tarafindan ifade edilen belli MHC klas l moleküllerine baglanmasi yeterli degildir, ayni zamanda spesifik T hücre reseptörleri (TCR) içeren T hücreleri tarafindan da taninmalari gerekir Tümör spesifik sitotoksik T-lenfositler tarafindan taninan antijenler yani bunlarin epitoplari, ilgili tümörde ifade edilen ve ayni kökenden gelen degisime ugramamis hücrelere kiyasla yukari regüle edilmis her siniftan protein molekülleri, örnegin enzimler, reseptörler, transkripsiyon faktörleri vs. olabilir.
Su anda kullanilan siniflandirmaya göre tümör iliskili antijenler baslica su gruplardan olusmaktadir: a) Kanser testis antijenleri: T hücreleri tarafindan tanindigi kesfedilen ilk TIA'lar, ilk basta kanser testis (CT) antijenleri adi verilen bu sinifa dahildir. Bu adin verilmesinin nedeni, bu sinifin üyelerinin histolojik açidan farkli insan tümörlerinde ifade edilmesi, normal dokularda ise yalnizca testiste, spermatosit/spermatogoniada ve ara sira plasentada ifade edilmesidir.
Testis hücreleri klas I ve II HLA inolekülü üretmediginden bu antijenlerin normal dokulardaki T hücreleri tarafindan taninmasi mümkün degildir, bundan dolayi immünolojik açidan tümör spesifik olarak kabul edilmektedirler. CT antijenlerinin taninmis örnekleri MAGE ailesinin üyeleri veya NY-ESO-l'dir. b) Diferansiyasyon antijenleri: Bu TIA'lar tümör ile tümörün köken aldigi normal doku tarafindan paylasilir; en sik olarak melanomlarda ve normal melanositlerde görülürler.
Melanosit kökenli bu proteinlerin çogu melanin biyosentezinde rol oynamaktadir, dolayisiyla tümör spesifik degillerdir, ancak buna ragmen kanser immünoterapisinde yaygin biçimde kullanilmaktadirlar. Örnekler, yalnizca bunlarla sinirli olmainak kaydiyla, melanom için tirozinaz ve Melan-A/MART-l veya prostat kanseri için PSA'dir. 0) Asiri ifade edilen TIA'lar: Histolojik açidan farkli tümör tiplerinde genis çapli olarak, bir çok normal dokuda ise daha düsük düzeylerde ifade edilen TIA'lari kodlayan genler bulunmustur. Normal dokular tarafindan islenen ve potansiyel olarak sunulan epitoplarin çogunun T hücresi tarafindan taninma esiginin altinda olmasi, ancak tümör hücrelerinde gerçeklesen asiri ifadenin daha önce olusmus toleransi yikarak bir anti-kanser yanit tetiklemesi mümkündür. Bu TIA sinifinin taninmis örnekleri Her-2/neu, Survivin, Telomeraz veya WT 1 'dir. (1) Tümör spesifik antijenler: Bu benzersiz TIA'lar normal genlerin (örnegin ß-katenin, CDK4 vs.) mutasyonu sonucunda meydana gelir. Bu moleküler degisimlerin bazilari neoplastik transformasyon ve/veya progresyonla iliskilidir. Tümör spesifik antijenler genellikle normal dokulara karsi otoimmün reaksiyon riskine yol açmadan güçlü iininün reaksiyonlar indüklemektedir. Öte yandan, bu TIA'lar çogu kez kesinlikle yalnizca tanimlandiklari tümörle iliskili olup normal olarak birçok bireysel tümör tarafindan paylasilmamaktadir. e) Anormal post-translasyonel modifikasyonlardan kaynaklanan TIA'lar: Bu TIA'lar ne tümörler için spesifik olan ne de tümörlerde asiri ifade edilen, ancak öncelikle tümörlerde aktif olan post-translasyonel süreçler nedeniyle tümör iliskili hale gelen proteinlerden olusabilir. Bu sinifa ait örnekler, glikolizasyon patemlerindeki degisimler nedeniyle tümörlerde MUCl gibi yeni epitoplarin olusmasi ya da bozunum sirasinda protein uçbirlestirinesi gibi, tümör spesifik olabilen ya da olmayan olgulardir. f) Onkoviral proteinler: Bu TlA'lar, olasilikla onkojenik süreçte kritik rol oynamis viral proteinler olup yabanci kökenli olduklarindan (insan kökenli degil) bir T hücresi yaniti olusturabilirler. Bu proteinlerin bazi örnekleri, servikal karsinoinda ifade edilen insan papilloma tip 16 virüsü proteinleri E6 ve E7'dir.
Proteinlerin sitotoksik T-lenfositler tarafindan tümör spesifik veya iliskili antijen olarak taninmasi ve bir tedavide kullanilabilmesi için özel ön kosullarin yerine getirilmesi gerekmektedir. Antijen esas olarak tümör hücrelerinde ifade edilmeli, normal, saglikli dokuda ise ifade edilmemeli ya da nispeten düsük oranlarda ifade edilmeli, ya da diger bir somut uygulamada tümör hücrelerinde normal, saglikli dokuya kiyasla asiri oranda sunulmalidir.
Ayrica, ilgili antijenin bir tümör tipinde yalnizca buluninasi degil, konsantrasyonunun da (örnegin ilgili peptidin hücre basina kopya sayisi) yüksek olmasi arzu edilir. Tümör spesifik ve tümör iliskili antijenler çogu kez, sahip oldugu, ömegin hücre döngüsü kontrolü veya apoptoz baskilama gibi bir fonksiyon nedeniyle normal bir hücrenin tümör hücresine dönüsmesinde dogrudan etkili olan proteinlerden olusur. Buna ek olarak, transformasyonla dogrudan nedensel iliskisi olan proteinlerin akis asagi hedefleri yukari regüle edilerek dolayli yoldan tümör iliskili hale gelebilirler. Bu tür dolayli tümör iliskili antijenler de asi yaklasimin hedefi olabilir. Her iki durumda da antijenin amino asit dizinine sahip olan epitoplarin bulunmasi zorunludur, çünkü bir tümör iliskili antijenden türeyen bu tür bir peptidin ("immünojenik peptit") bir in vitro veya in vivo T hücresi yanitina yol açmasi gereklidir.
Ilke olarak, bir MHC molekülüne baglanabilen her peptit bir T hücresi epitopu olarak görev yapabilir. Bir in vitro veya in vivo T hücresi yanitinin indüklenmesi için gereken ön sartlar karsilik gelen TCR'ye sahip bir T hücresinin bulunmasi ve bu özel epitopa karsi immünolojik tolerans olmamasidir.
Dolayisiyla, bir tümör asisi gelistirmek için çikis noktasi TIA'lardir. TIA'larin tanimlanmasina ve karakterizasyonuna yönelik yöntemler, hastalardan veya saglikli bireylerden izole edilen STL'lerin kullanimini esas alir, ya da tümörler ve normal dokular arasinda diferansiyel transkripsiyon profilleri veya diferansiyel peptit ifade örnekleri olusturulmasina dayanir.
Ancak, tümör dokularinda veya insan tümör hücre çizgilerinde asiri ifade edilen ya da bu tür dokularda veya hücre çizgilerinde seçili olarak ifade edilen genlerin tanimlanmasi, bu genlerin transkripsiyonundan kaynaklanan antijenlerin bir immünoterapide kullanilmasiyla ilgili kesin bilgi saglamaz. Bunun nedeni, bu antijenler içinde yalnizca bireysel bir epitop alt popülasyonunun böyle bir uygulama için uygun olacagidir, çünkü bunun için karsilik gelen TCR'ye sahip bir T hücresinin bulunmasi ve bu özel epitopa yönelik immünolojik tolerans olmamasi ya da asgari düzeyde olmasi gerekmektedir. Dolayisiyla, bulusun çok tercih edilen somut bir uygulamasinda asiri veya seçili ifade edilen peptitler arasindan yalnizca fonksiyonel ve / veya prolifere bir T hücresi karsiligi olanlarin seçilmesi önemlidir. Böyle bir T hücresi, spesifik antijenle uyarildiktan sonra klonal olarak çogaltilabilen ve efektör islevleri yerine getiren ("efektör T hücresi") bir T hücresi olarak tanimlanir.
Bulusa ait TCR'ler ve antikorlar baglaminda altta yatan peptitlerin iininünojenisitesi ikinci plandadir. Bulusa ait TCR'ler ve antikorlar için belirleyici faktör sunumdur.
T yardimci hücreleri anti-tümör iminünitesinde STL'lerin efektör islevini yönetmede önemli bir rol oynar. Tm tipinde bir T yardimci hücresi yanitini tetikleyen T yardimci hücre epitoplari, hücre yüzeyleri üzerinde tümör iliskili peptit/MHC kompleksleri sergileyen tümör hücrelerine karsi yönlendirilinis sitotoksik fonksiyonlar içeren CD8-pozitif katil T hücrelerinin efektör fonksiyonlarini destekler. Böylelikle, tümör iliskili T yardimci hücre peptit epitoplari, tek baslarina ya da tümör baglantili peptitler ile birlestirilerek anti-tümör immün yanitlarini tesvik eden asi kompozisyonlarinin aktif farmasötik bilesenleri olarak kullanilabilirler.
Ek kanserlere karsi kullanimlar bulusa ait peptitlerin temelini olusturan polipeptitlerin açiklandigi asagidaki bölümlerde ifsa edilmektedir.
Kollajen, tip XX, alfa 1 (COLZOAI) kromozomuna ataninistir (Deloukas et al., 2001). Bu genin fonksiyonu henüz bilinmemektedir. Kisa bir süre önce bir çalismada meme kanseri reküransi, metastazlar veya sagkalim analizlerinde mortalite ile iliskili kesisen gen alt setleri tanimlanmistir. Han Çinlisi meme kanseri hastalarinda hastaliksiz sagkalim süresi için, COL20A1 dahil olmak üzere, 16 genlik bir signatür gösterilmistir (Huang et al., 2013a).
Kanser tedavisinde kullanilmak üzere bulusa ait peptit, bulusa ait bir aktiflestirilmis sitotoksik T-lenfosit, bulusa ait bir antikor, bulusa ait bir T hücre reseptörü, bulusa ait nükleik asit veya ifade vektörü veya bulusa ait hücre tercih edilir ve söz konusu kanser astrositoma, pilositik astrositoma, disembriyoplastik nöroepitelyal tümör, oligodendrogliomalar, ependimoma, glioblastoma multiforme, karisik gliomalar, oligoastrositomalar, medulloblastoma, retinoblastoma, nöroblastoma, germinoma, teratoma, gangliogliomalar, gangliositoma, santral gangliositoma, primitif nöroektodermal tümörler (PNET, örn. medulloblastoma, medulloepitelyoma, nöroblastoma, retinoblastoma, ependimoblastoma), pineal parankim tümörleri (örn. pineositoma, pineoblastoma), ependimal hücre tümörleri, koroid pleksus tümörleri, kaynagi belirsiz nöroepitelyal tümörler (öm. gliomatozis cerebri, astroblastoma), glioblastoma, prostat tümörü, meme kanseri, özofagus kanseri, kolorektal kanser, berrak hücreli renal hücre karsinomu, akciger kanseri, MSS, over, melanom, pankreas kanseri, skuamöz hücre karsinomu, lösemi, medulloblastoma, kolon, rektum, mide, böbrek, akciger, pankreas, prostat ve cilt kanserleri arasindan seçilir.
Mevcut bulus diger bir yönüyle, asagidakilerden olusan bir kit ile ilgilidir: (a) mevcut bulusa ait bir peptidi, mevcut bulusa ait nükleik asidi veya ifade vektörünü, mevcut bulusa ait bir hücreyi veya mevcut bulusa ait bir aktiflestirilmis sitotoksik T lenfosit içeren bir farmasötik bilesimi çözelti ya da liyofilize edilmis sekilde içeren bir kap; (b) istege bagli olarak liyofilize edilmis formülasyon için bir seyreltici veya sulandirma çözeltisi içeren ikinci bir kap; (c) istege bagli olarak, çözeltinin kullanimi ve/veya liyofilize edilmis formülasyonun sulandirilmasi ve/veya kullanimi için kullanma talimatlari.
Bir HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus bir klas 1 veya 11 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan bir rekombinant antikorun üretilmesine yönelik bir yöntem ifsa edilmekte olup, yöntem: genetik mühendislik isleminden geçirilmis, insan olmayan ve söz konusu klas 1 veya ll insan majör histokompatibilite kompleksini (MHC) ifade eden hücreler içeren bir inemelinin söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus MHC klas 1 veya 11 molekülünün çözünür bir sekli ile asilanmasindan; söz konusu insan olmayan memelinin antikor üreten hücrelerinden mRNA molekülleri izole edilmesinden; söz konusu protein inolekülü tarafindan kodlanan protein moleküllerini görüntüleyen bir faj gösterim kitapligi olusturulmasindan ve söz konusu faj gösterim kitapligindan en az bir fajin, yani söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus söz konusu klas 1 veya II insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanabilen söz konusu antikoru gösteren en az bir fajin izole edilmesinden olusmaktadir.
Mevcut bulusun diger bir yönü mevcut bulusa ait !EM spesifik olarak baglanan, tercihen mevcut bulusa uygun HLA kisitli antijen ve/veya peptit ile kompleks olusturmus bir klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan bir antikor ile ilgili olup, burada antikor tercihen bir poliklonal antikor, monoklonal antikor ve/veya bir kimerik antikordur.
Burada "peptit" kavrami, bitisik amino asitlerin alfa-amino ve karbonil gruplari arasinda olusan tipik peptit baglariyla birbirlerine baglanmis bir dizi amino asit kalintisini tanimlamak için kullanilmaktadir. Peptitler tercihen 9 amino asit uzunlugundadir, ancak daha kisa, yani 8 Ayrica, "peptit" kavrami, bitisik amino asitlerin alfa-amino ve karbonil gruplari arasinda olusan tipik peptit baglariyla birbirlerine baglanmis bir dizi amino asit kalintisinin tuzlarini da kapsayacaktir. Tuzlar tercihen farmasötik açidan kabul edilebilir tuzlardir. amino asitlerin alfa-amino ve karbonil gruplari arasinda olusan tipik peptit baglariyla birbirlerine baglanmis bir dizi ainino asit kalintisini tanimlamak için kullanilmaktadir.
Oligopeptitler tipik olarak yaklasik 30 amino asidin altinda ve yaklasik 15 amino asidin üzerinde bir uzunluga sahiptir.
Burada "polipeptit" kavrami, bitisik amino asitlerin alfa-amino ve karbonil gruplari arasinda olusan tipik peptit baglariyla birbirlerine baglanmis olan bir dizi amino asit kalintisini tanimlamak için kullanilmaktadir. Peptit veya oligopeptit kavramlarinin tersine, polipeptit kavrami ile yaklasik 30'un üzerinde amino asit kalintisi içeren moleküller kastedilmektedir.
Eger bir peptit, oligopeptit, protein, ya da bu tür bir molekülü kodlayan bir polinükleotid bir immün yanit indükleme yetenegine sahipse, o zaman "immünojeniktir" (yani ifsa edildigi sekliyle bir "immünojendir"). Mevcut bulus kapsaminda immünojenisite daha spesifik bir anlamda, T hücresi aracili bir yanit indükleme yetenegi seklinde tanimlanmaktadir. Yani bir kapsaminda ise bir T hücresi yaniti indükleyen bir moleküldür.
Bir klas 1 T hücresi "epitopunun", bir klas l MHC reseptörüne baglanarak üçül bir kompleks olusturan kisa bir peptide (MHC klas I alfa zinciri, beta-2-mikr0globülin ve peptit) ihtiyaci vardir. Bu MHC/peptit kompleksine karsi uygun egilimli ve uyumlu bir T hücre reseptörü içeren bir T hücresi bu kompleksi taniyabilir. MHC klas I moleküllerine baglanan peptitler tipik olarak 8 ilâ 14 amino asit uzunlugunda, en tipik sekliyle de 9 amino asit uzunlugundadir.
Insanda MHC klas I moleküllerini kodlayan üç farkli genetik lokus bulunmaktadir (insan MHC molekülleri ayni zamanda insan lökosit antijenleri (HLA) olarak da belirlenmistir): HLA-A, HLA-B, ve HLA-C. HLA-A*Ol, HLA-A*02 ve HLA-B*O7 bu lokuslardan ifade edilebilen degisik MHC klas l alellerine örnektir.
Terapötik ve tanisal amaçlar dogrultusunda uygun bir afiniteyle birçok farkli HLA klas ll reseptörüne baglanabilen bir peptide büyük talep vardir. Birden fazla farkli HLA klas ll molekülüne baglanan bir peptide seçici olmayan (promiscuous binder) denir.
Burada kullanilan sekliyle, bir DNA dizinine yapilan atif hem tek Zincirli hem de çift zincirli DNA'yi kapsar. Yani, baglamda baska türlü belirtilmedikçe, spesifik dizin terimiyle bu dizini olusturan tek Zincirli DNA, bu dizinin tümleci terimiyle ise olusturdugu dubleks (çift zincirli DNA) ve bu dizinin tüinleci kastedilmektedir. "Kodlama bölgesi" terimi bir genin dogal genom ortaminda ifadesi sonucunda ortaya çikan ürünü ya dogal ya da normal olarak Kodlama bölgesi, mutasyonsuz ("normal"), mutasyonlu veya degistirilmis bir genden ve hatta DNA sentezi konusunda deneyimli kisiler tarafindan bilinen yöntemler uygulanarak tamamen laboratuvarda sentezlenmis bir DNA dizini veya genden olusabilir. kastedilmektedir.
Belli bir peptidi, oligopeptidi veya polipeptidi kodlayan nükleotid dizini dogal kökenli ya da sentetik olarak yapilandirilmis olabilir. Bu bulusun peptitlerini, polipeptitlerini ve proteinlerini kodlayan DNA segmentleri genel olarak, mikrobiyal veya viral bir operondan elde edilen düzenleyici unsurlar içeren bir rekoinbinant transkripsiyon ünitesinde ifade edilme yetenegine sahip sentetik bir gen saglamak üzere cDNA parçalari ve kisa oligonükleotid baglayicilarindan veya bir dizi oligonükleotidden olusur.
Burada kullanildigi sekliyle “bir peptidi kodlayan bir nükleotid” kavrami ile dizinin ifade edilecegi biyolojik sistem ile uyumlu yapay (insan yapimi) baslatma ve sonlanma kodonlari dâhil olinak üzere, peptidi kodlayan nükleotid dizini kastedilmektedir. ayni amino asit(ler)i kodlayan, herhangi bir nükleik asit dizininin dogal translasyon ürünü olan polipeptitleri veya proteinleri tanimlar.
Kodlayici dizin baglaminda kullanilan "fragman" kavrami, kodlama bölgesinin bütününden daha küçük bir parçadan olusan ve ifade ürünü kodlama bölgesinin bütününün ifade ürünüyle temelde ayni biyolojik fonksiyona veya etkinlige sahip olan bir DNA parçasini tanimlar. edilmis, yani kirleten endojen materyal içermeyen ve segmentin ve onun nükleotid dizinlerinden olusan bilesenlerinin standart biyokimyasal yöntemlerle, örnegin bir klonlama vektörü kullanilarak, tanimlanmasina, manipülasyonuna ve geri kazanilmasina olanak verecek miktar veya konsantrasyonlarda elde edilmis DNA'dan türemis daha büyük bir DNA yapisinin bileseni seklindeki bir DNA polimerini tanimlar. Bu tür segmentler, çevrilmeyen dizinler veya tipik olarak ökaryotik genlerde bulunan intronlar tarafindan kesilmeyen açik okuma iskeletleri seklinde saglanir. Çevrilmeyen DNA dizinleri, kodlama bölgelerinin ifadesiyle veya manipülasyonuyla etkilesime girmeyecek sekilde açik okuma iskeletinin akis asagi yönünde bulunabilir. zinciri sentezi baslatabilecegi bir serbest 3'OH ucu saglayan kisa nükleik asit dizinini tanimlar. oynayan bir DNA bölgesini tanimlar. ortamindan) çikarildigini belirtir. Örnegin, yasayan bir hayvanin içindeki dogal kökenli polinükleotid veya polipeptit izole degildir, ancak ayni polinükleotid veya polipeptit dogal sistemde ayni ortami paylastigi materyallerin bazilarindan veya tümünden ayrilirsa, izole olmus olur. Bu tür polinükleotidler bir vektörün parçasi olabilir ve/veya bu tür polinükleotidler veya polipeptitler bir bilesimin parçasi olabilir, ancak bu vektör veya bilesim dogal ortamlarinin bir parçasi olmadigindan buna ragmen izole olmus olarak tanimlanirlar.
Mevcut bulusa göre ifsa edilen polinükleotidler ve rekombinant veya immünojenik polipeptitler "saflastirilmis" durumda da olabilirler. "Saflastirilmis" kavrami mutlak saflik kriteri içermez; amaç daha çok göreceli bir tanimlama olup ilgili teknolojide deneyimli kisilerin anladigi sekilde, yüksek ölçüde saflastirilmis ya da yalnizca kismen saflastirilmis preparasyonlar kastedilir. Örnegin bir CDNA kütüphanesinden izole edilen bireysel klonlar konvansiyel yöntemlerle elektroforetik homojenite düzeyine saflastirilmistir. Baslangiç materyalinin veya dogal materyalin en az bir büyüklük sirasi, tercihen iki veya üç büyüklük sirasi, daha da tercihli olarak dört veya bes büyüklük sirasi saflastirilmasi özellikle öngörülmektedir. Ayrica, istem konusu polipeptidin agirlikça tercihen %99,999 veya en az öngörülmektedir. Polipeptitler sulu çözelti içinde olabilir ve bu durumda saflik tanimlanirken su ve çözünine için gerekli olan etkenler dikkate alinmaz.
Mevcut bulusa göre ifsa edilen nükleik asitler ve polipeptit ifade ürünleri ile bu tür nükleik asitleri ve/veya bu tür polipeptitleri içeren ifade vektörleri "zenginlestirilmis sekilde" olabilir.
Burada kullanilan sekliyle "zenginlestirilmis" kavrami, materyalin konsantrasyonunun dogal bulusu olusturan dizinler, yapilar, vektörler, klonlar ve diger materyaller avantajli olarak zenginlestirilmis veya izole edilmis sekilde olabilirler. hayvana, örnegin bir memeliye, örnegin bir tavsana veya bir fareye, veya örnegin bir insana uygulandiginda, alici hayvanda ya da insanda bir T hücresi yaniti uyarilmasi seklinde bir immün yanit (yani bir iminünojenik aktivite) olusturan bir fragman anlamina gelir. "Aktif fragman" alternatif olarak in vitro kosullarda T hücresi yaniti indüklemek için de kullanilabilir.
Polipeptitlerle iliskili olarak kullanildiklarinda burada kullanilan "bölüm, segment," ve dizini, örnegin amino asit kalintisi dizini, kastedilmektedir. Örnegin, bir polipeptit, tripsin veya kimotripsin gibi yaygin olarak kullanilan herhangi bir endopeptidaz ile isleme tabi tutuldugunda, bu islemin sonucunda meydana gelen oligopeptitler bastaki polipeptidin bölümlerini, segmentlerini veya fragmanlarini olusturur. Bu kavramlar polinükleotidler baglaminda kullanildiginda, söz konusu polinükleotidin herhangi bir endonükleaz ile isleme tabi tutulmasi durumunda meydana gelen ürünler kastedilmektedir.
Mevcut bulusa göre, bir dizine atfen kullanilan 'yüzde özdeslik" veya "yüzde özdes" kavramlari, bir dizinin istem konusu olan veya tarif edilmis bir dizinle karsilastirildigi ve bu karsilastirmanin karsilastirilacak olan dizinin ("Karsilastirilan Dizin") tarif edilmis ya da istem konusu olan dizinle ("Referans Dizini") hizalanarak gerçeklestirildigi anlamina gelmektedir. Bu durumda Yüzde Özdeslik asagidaki formüle göre belirlenir: Yüzde Özdeslik = ] Formülde yer alan C, Referans Dizini ile Karsilastirilan Dizin arasindaki hizalama boyunca Referans Dizini ve Karsilastirilan Dizin arasindaki farkliliklarin sayisidir, burada (i) Karsilastirilan Dizinde uyumlu baz veya amino asit karsiligi bulunmayan Referans Dizinindeki her baz veya amino asit ve (ii) Karsilastirilan Dizinde bulunan her aralik ve (iii) Karsilastirilan Dizinde hizasindaki baz veya amino asitten farkli olan Referans Dizinindeki hizalanmis her baz veya amino asit, bir farklilik olusturinaktadir; R ise Referans Dizini ile Karsilastirilan Dizin arasindaki hizalama boyunca Referans dizininde bulunan baz veya amino asitlerin sayisidir. Burada Referans dizininde olusmus tüm bosluklar da baz veya amino asit olarak sayilir.
Eger bir Karsilastirilan Dizin ile Referans Dizini arasinda, yukaridaki yöntemle hesaplanmis ve belirlenmis asgari bir Yüzde Özdesligine esit veya onun üzerinde yüzde özdesligi olan bir hizalama mevcutsa, o zaman, hesaplanmis yüzde özdesligin belirlenmis yüzde özdeslikten daha düsük oldugu hizalamalar mevcut olsa dahi Karsilastirilan Dizin ile Referans Dizini arasinda asgari bir özdeslik yüzdesi mevcuttur.
Burada ifsa edilen orijinal peptitler, baska türlü belirtilmedigi sürece, bir veya birden fazla kalintinin peptit zinciri içerisinde farkli, olasilikla seçili noktalarda sübstitüsyonu yoluyla degistirilebilir. Tercihen, bu sübstitüsyonlar amino asit zincirinin sonunda gerçeklestirilir. Bu sübstitüsyonlar konservatif tarzda olabilir, yani bir ainino asit, benzer yapiya ve özelliklere sahip bir amino asit ile, örnegin hidrofobik bir amino asit baska bir hidrofobik amino asitle degistirilebilir. Boyutlari ve kimyasal dogalari ayni veya benzer olan amino asitlerin, örnegin lösinin izolösin ile degistirilmesi, daha da konservatif bir uygulama olacaktir. Dogada bulunan homolog protein aileleri üzerinde yapilan dizin varyasyonu arastirmalarinda belli amino asit sübstitüsyonlari digerlerine kiyasla daha fazla tolere edilmektedir. Bunlar çogu kez orijinal amino asit ile onun yerini alan amino asit arasinda boyut, elektrik yükü, polarite ve hidrofobisite açisindan benzerlik gösteren iliskiler sergilemektedir ve “konservatif sübstitüsyonlar” tanimi bu temele dayanarak yapilmaktadir.
Burada, konservatif sübstitüsyonlar asagidaki bes gruptan biri içerisinde gerçeklestirilen degisimler olarak tanimlanmaktadir: Grup l-küçük alifatik, polar olmayan veya hafif polar kalintilar (Ala, Ser, Thr, Pro, Gly); Grup 2-polar, negatif yüklü kalintilar ve bunlarin amidleri (Asp, Asn, Glu, Gln); Grup 3-polar, pozitif yüklü kalintilar (His, Arg, Lys); Grup 4--büyük, alifatik, polar olmayan kalintilar (Met, Leu, Ile, Val, Cys); ve Grup 5-büyük, aromatik kalintilar (Phe, Tyr, Trp).
Daha az konservatif sübstitüsyonlar, bir amino asidin benzer karakteristige sahip ancak boyut açisindan oldukça farkli olan baska bir amino asitle, örnegin alaninin bir izolösin kalintisiyla, degistirilmesini kapsayabilir. Yüksek ölçüde konservatif olmayan degisimler ise asidik bir amino asidin polar ve hatta bazik karakterli biriyle degistirilmesini içerebilir. Ancak bu tür birakilmamalidir, çünkü kimyasal efektleri tam olarak öngörmek mümkün degildir. Köklü sübstitüsyonlar pekala, sans eseri kesfedilen ve basit kimyasal ilkelerden hareket edilerek baska türlü öngörülmesi mümkün olmayan efektler ortaya çikarabilir.
Bu sübstitüsyonlar elbette olagan L-amino asitler disinda baska yapilari da içerebilir. Yani, D- amino asitler de bulusa ait antijenik peptitlerde yaygin bir sekilde bulunan L-amino asitlerle yer degistirebilir ve buna ragmen buradaki ifsaatin kapsainina girerler. Bunlara ek olarak, mevcut bulusa göre immünojen ve immünojenik polipeptit üretimi için standart olmayan R gruplarina (yani dogal proteinlerin yapisinda yer alan 20 ainino asitte bulunanlardan farkli R gruplarina) sahip olan amino asitler de sübstitüsyon amaciyla kullanilabilir.
Eger bir veya birden fazla pozisyonda yapilan sübstitüsyonlar sonucunda, asagidaki tanima uygun olarak, büyük ölçüde esit ya da daha yüksek bir antijenik etkinlige sahip bir peptit ortaya çikarsa, bu sübstitüsyonlarin kombinasyonlari denenecek ve bu kombine sübstitüsyonlarin peptidin antijenesitesi üzerinde aditif veya sinerjistik bir etkisi olup olmadigi incelenecektir. Peptidin içerisinde ayni anda azami 4 pozisyondan fazla sübstitüsyon uygulanmayacaktir.
Bulusa ait peptitler dört amino aside kadar uzatilabilir, yani 4:0 ile 024 arasinda her türlü sekilde kombine edilerek her ucuna 1, 2, 3, veya 4 amino asit eklenebilir. Bulusa uygun uzatma kombinasyonlari asagidaki Tablo 3'ten betimlenebilir: OV alV a2vea3v a4 Uzatma amaciyla kullanilan amino asitler proteinin orijinal dizininin peptitleri veya diger herhangi bir amino asit olabilir. Uzatma islemi peptitlerin stabilitesini veya çözünürlügünü artirmak için kullanilabilir. efektör fonksiyonlari aktivasyonunun bir peptit tarafindan indüklenmesi anlamina gelir. MHC klas l kisitli STL'lerde efektör fonksiyonlari peptit pulslu, peptit prekürsörü pulslu veya dogal peptit sunan hedef hücrelerin lizisi, peptit tarafindan indüklenen sitokin, tercihen Interferon- gamma, TNF-alfa veya lL-2 salinimi, peptit tarafindan indüklenen efektör moleküllerinin, tercihen granzim veya perforinlerin salinimi veya degranülasyon olabilir. peptitlerinden biri için spesifik olan STL”ler sübstitüsyon yapilmis peptitlere karsi test edildiginde (onlarla karsilastirildiginda), sübstitüsyon yapilmis peptit tarafindan artalana göre azami lizis artisinin yarisinin gerçeklestirildigi peptit konsantrasyonu yaklasik 1 mM°den daha fazla, tercihen yaklasik 1 uM”den daha fazla, daha da tercihli olarak yaklasik 1 nM7den daha fazla, yine daha tercihli olarak yaklasik 100 pM”den daha fazla ve en çok tercih edilen sekliyle yaklasik 10 pM,den daha fazla degildir. Ayrica, sübstitüsyon yapilmis peptidin, en az iki, daha da tercih edilen sekliyle üç olmak üzere, birden fazla bireyin STL°leri tarafindan Dolayisiyla, epitoplar ifsa edildigi sekliyle dogal olusumlu tümör iliskili veya tümör spesifik epitoplarla özdes olabilecekleri gibi, büyük ölçüde özdes antijenik etkinlik sahibi olmak kosuluyla, 4 kalintiyi asmamak üzere, referans peptitten farklilik gösterebilir. Büyük Ölçüde özdes antijenik etkinlik, T hücrelerinin karsilastirilabilir siklik veya sayilarda karsilastirilabilir çekim, efektör veya bellek fenotipi, benzer yanit paterni ile uyarilmasi anlamina gelmektedir.
Bir immün yanitin tesviki konagin immün sistemi tarafindan yabanci olarak algilanan antijen mevcudiyetine baglidir. Tümör iliskili antijenlerin varliginin kesfedilmesi artik konagin iminün sistemini kullanarak tümör büyümesine müdahale etme olanagi saglamaktadir.
Hâlihazirda, immün sistemin hem salgisal hem de hücresel kollarinin çesitli kosum mekanizmalari kanser immünoterapisi açisindan arastirilmaktadir.
Hücresel immün yanitin spesifik unsurlari spesifik olarak tümör hücrelerini tanima ve yok etmeye gücüne sahiptir. Sitotoksik T hücrelerinin (STL) tümör infiltre eden hücre popülasyonlarindan veya periferik kandan izole edilmesi bu tip hücrelerin kansere karsi dogal immün savunmada önemli bir rol oynadigini düsündürmektedir. Sitozollerde lokalize proteinlerden veya kusurlu ribozomal ürünlerden (DRIPS) türeyen genellikle 8 ilâ 12 amino asit kalintili büyük histo uyumlu kompleks (MHC) tasiyan peptitlerin klas I moleküllerini taniyan CD8-pozitif T hücreleri bu yanitta önemli bir rol oynar. Insanin MHC molekülleri de insan lökosit antij enler (HLA) seklinde tanimlanmaktadir.
MHC klas I-molekülleri, agirlikli olarak hücre içi sitozolik ve nükleer proteinlerin, DRIPS'in ve büyükçe peptitlerin proteolitik yarilmasi sonucunda meydana gelen peptitleri sunan çogu çekirdekli hücrenin üzerinde bulunur. Öte yandan, MHC klas l moleküllerin üzerinde endozomal kompartimandan veya hücre disi kaynaklardan türeyen peptitlere de sik sik rastlanmaktadir. Klasik sunum tarzindan farkli olan bu klas l sunumu literatürde çapraz sunum olarak adlandirilmaktadir.
Gerek CD8, gerek CD4 baglantili olmak üzere her iki yanit tipi birlikte ve sinerj ik olarak anti- tümör etkiye katki sagladigindan, hem CD8 pozitif STL'ler (MHC klas I molekülü), hem de CD4-pozitif STL'ler (MHC klas II molekülü) tarafindan taninan tümör iliskili antijenlerin tanimlanmasi ve karakterizasyonu tümör asilarinin gelistirilmesi açisindan önemlidir.
Dolayisiyla, mevcut bulusun bir amaci, MHC komplekslerinin her iki klasina baglanan peptitler içeren peptit bilesimleri saglamaktir.
Kanser tedavisiyle iliskili agir yan etkiler ve maliyetler göz önünde bulunduruldugunda, prognoza ve taniya yönelik yöntemlerin gelistirilmesine acilen ihtiyaç oldugu görülmektedir.
Bu nedenle, genel olarak kanser ve özel olarak glioblastoma için biyobelirteç görevi yapacak baska faktörlerin tanimlaninasina gerek duyulmaktadir. Ayrica, genel olarak kanser ve özel olarak glioblastoma tedavisinde kullanilacak faktörlerin tanimlanmasina gerek duyulmaktadir.
Mevcut bulus, kanserlerin / tümörlerin, tercihen beyin kanserlerinin, daha da tercih edilen haliyle bulusa ait peptitleri asiri sekilde veya münhasiran sunan glioblastomalarin tedavisinde kullanilmak için uygun bir peptit saglamaktadir. Bu peptidin HLA molekülleri tarafindan primer insan glioblastoma örnekleri üzerinde dogal olarak sunuldugu kütle Spektrometrisiyle gösterilmistir (bakiniz Örnek 1 ve Sekil 1).
Peptitlerin türetildigi kaynak genin/proteinin (“tam uzunluktaki protein” veya “altta yatan protein” olarak da adlandirilir) glioblastomada normal dokulara kiyasla yüksek Ölçüde asiri ifade edildigi (bakiniz glioblastoma için Örnek 2 ve Sekil 2) gösterilerek kaynak genlerin yüksek ölçüde tümör iliskili oldugu kanitlanmistir. Ayrica, peptitler de tümör dokusunda güçlü bir sekilde asiri ifade edilmekte, normal dokularda ise edilmemektedir (bakiniz Örnek 1 ve Sekil 3).
HLA'ya baglanan peptitler, basta T lenfositler/T hücreleri olmak üzere, immün sistem tarafindan taninirlar. T hücreleri, taninan HLA/peptit kompleksini sunan hücreleri, yani örnegin türetilmis peptitleri sunan glioblastoma hücrelerini tahrip edebilir.
Ifsa edildigi sekliyle peptitlerin T hücre yanitlarini uyarma yetenegine sahip olduklari ve / veya asiri sekilde sunulduklari ve mevcut bulusa uygun antikorlarin ve/veya sTCRlerin üretiminde kullanilabilirlikleri gösterilmistir (bakiniz Örnek 3 ve 1 ve Sekil 4 ve 3). Yani, peptitler bir hastada tümör hücrelerini tahrip edebilecek bir immün yanit olusturmak için kullanislidir. Bir hastada bir immün yanit, tarif edilen peptitlerin veya uygun öncül maddelerin (örnegin uzatilmis peptitler, proteinler veya bu peptitleri kodlayan nükleik asitler), ideal olarak immünojenisiteyi güçlendiren bir ajanla (örnegin bir adjüvanla) birlestirilerek, dogrudan hastaya uygulanmasi yoluyla indüklenebilir. Böyle terapötik amaçli bir asi uygulamasindan kaynaklanan immün yanitin tümör hücrelerine karsi yüksek ölçüde spesifik olacagi beklenebilir, çünkü ifsa edildigi sekliyle hedef peptitleri normal dokularda kayda deger kopya sayilarinda sunulmamakta, bu da hastanin normal hücrelerine yönelik arzu edilmeyen bir otoimmün reaksiyon riskini önlemektedir.
Farmasötik bilesim, peptidi ya serbest sekliyle ya da farmasötik açidan kabul edilebilir bir tuzu seklinde içerir. Burada kullanilan "farmasötik açidan kabul edilebilir bir tuz" kavrami, ifsa edilen peptitlerin, ajanin asit veya baz tuzu olusturularak peptidin modifiye edildigi türevleri anlamina gelmektedir. Örnegin, asit tuzlari serbest bazdan (tipik hallerde, ilacin nötr seklinin nötr bir -NH2 grubuna sahip oldugu durumlarda) uygun bir asitle tepkimeye tabi tutularak olusturulur. Asit tuzlarini olusturmak için kullanilan uygun asitler, gerek örn. asetik asit, propiyonik asit, glikolik asit, pirüvik asit, oksalik asit, malik asit, malonik asit, süksinik asit, maleik asit, liimarik asit, tartarik asit, sitrik asit, benzoik asit, sinnamik asit, mandelik asit, metan sülfonik asit, etan sülfonik asit, p-toluen sülfonik asit, salisilik asit ve benzerleri gibi organik asitleri, gerekse de örn. hidroklorik asit, hidrobromik asit, sülfürik asit, nitrik asit, fosforik asit ve benzerleri gibi inorganik asitleri kapsamaktadir. Diger yandan, muhtemelen bir peptidin üzerinde yer alan asit gruplarin bazik tuzlari ise sodyum hidroksit, potasyum hidroksit, amonyum hidroksit, kalsiyum hidroksit, trimetilamin veya benzerleri gibi farmasötik açidan kabul edilebilir bazlar kullanilarak gerçeklestirilir. Özellikle tercih edilen somut bir uygulamada, farmasötik bilesim, peptitleri asetik asitin tuzlari (asetatlar), tri-floro asetatlar veya hidroklorik asitin tuzlari (klorürler) seklinde içerir.
Mevcut bulusa ait peptit, MHC/peptit komplekslerine karsi özel antikorlar olusturmak ve gelistirmek için kullanilabilir. Bunlar hastalikli dokuya toksinler veya radyoaktif maddeler yönlendirerek tedavi amaciyla kullanilabilir. Bu antikorlarin diger bir kullaniin alani, görüntüleme amaciyla, örnegin PET'te, radyonüklidleri hastalikli dokuya yönlendirmek olabilir. Bu, küçük metastazlari tespit etmeye veya hastalikli dokunun boyutunu ve tam konumunu tespit etmeye yardimci olabilir.
Dolayisiyla, bir HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus bir klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan bir rekombinant antikorun üretilmesine yönelik bir yöntem ifsa edilmekte olup, yöntem: genetik mühendislik isleminden geçirilmis, insan olmayan ve söz konusu klas I veya II insan majör histokompatibilite kompleksini (MHC) ifade eden hücreler içeren bir memelinin söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus MHC klas l molekülünün çözünür bir sekli ile asilanmasindan; söz konusu insan olinayan inemelinin antikor üreten hücrelerinden mRNA inolekülleri izole edilmesinden; söz konusu protein molekülü tarafindan kodlanan protein moleküllerini görüntüleyen bir faj gösterim kitapligi olusturulinasindan ve söz konusu faj gösterim kitapligindan en az bir fajin, yani söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus söz konusu klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan söz konusu antikoru gösteren en az bir fajin izole edilmesinden olusmaktadir.
Bulusun diger bir yönü, bir HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus bir klas I insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan bir antikor saglamak olup, antikor burada tercihen bir poliklonal antikor, monoklonal antikor, bISpesifik antikor ve/veya bir kimerik antikordur.
Bir HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus bir klas 1 insan inajör histokoinpatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanan söz konusu antikorun üretilmesine yönelik bir yöntem ifsa edilmekte olup, yöntem: genetik mühendislik isleminden geçirilmis, insan olmayan ve söz konusu klas 1 veya 11 insan majör histokompatibilite kompleksini (MHC) ifade eden hücreler içeren bir memelinin söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus MHC klas I molekülünün çözünür bir sekli ile asilanmasindan; söz konusu insan olmayan memelinin antikor üreten hücrelerinden mRNA molekülleri izole edilmesinden; söz konusu protein molekülü tarafindan kodlanan protein moleküllerini görüntüleyen bir faj gösterim kitapligi olusturulmasindan ve söz konusu faj gösterim kitapligindan en az bir fajin, yani söz konusu HLA kisitli antijen ile kompleks olusturmus söz konusu klas 1 insan majör histokompatibilite kompleksine (MHC) spesifik olarak baglanabilen söz konusu antikoru gösteren en az bir fajin izole edilmesinden olusmaktadir. Bu tür antikorlarin ve tek Zincirli klas I majör histokompatibilite komplekslerinin ve bu antikorlarin üretimiyle ilgili araçlarin 03/070752 ve Cohen CJ, Denkberg G, Lev A, Epel M, Reiter Y. Recombinant antibodies with MHC-restricted, peptide-specific, T-cell receptor-like specificity: new tools to study antigen 32.; Denkberg G, Lev A, Eisenbach L, Benhar I, Reiter Y. Selective targeting of melanoma and APCs using a recombinant antibody with TCR-like specificity directed toward a Sarig O, Yamano Y, Tomaru U, Jacobson S, Reiter Y. Direct phenotypic analysis of human MHC class l antigen presentation: visualization, quantitation, and in situ detection of human Viral epitopes using peptide-specific, MHC-restricted human recombinant antibodies. J Antikor tercihen 20 nanomolar'in altinda, tercihen 10 nanomolar'in altinda bir baglanma afinitesiyle komplekse baglanir, bu, mevcut bulus baglaminda "spesifik" olarak kabul edilir.
Spesifik bir peptit-MHC kompleksini taniyan çözünür bir T hücre reseptörü üretmeye yönelik bir yöntem ifsa edilmektedir. Bu tür çözünür T hücre reseptörleri spesifik T hücre klonlarindan olusturulabilir ve bunlarin afinitesi tamamlayiciliklarini (komplementerlik) belirleyen bölgeleri hedef alan mutagenez araciligiyla artirilabilir. T hücre reseptörü seçimi Mahon TM, Hassan NJ, et al. Monoclonal TCR-redirected tumor cell killing. Nat Med 2012 Jun;18(6):980-987). T hücre reseptörlerini faj gösterimi sirasinda ve pratikte ilaç olarak kullanildiklari durumlarinda stabilize etmek için alfa ve beta zincirleri dogal olmayan disülfid baglariyla, baska kovalent baglarla (tek zincirli T hücre reseptörü) veya dimerizasyon domainleriyle birbirine baglanabilir (bakiniz Boulter JM, et al. Stable, soluble T-cell receptor KF, Price-Schiavi SA, Liu B, Thomson E, Nieves E, Belmont H, et al. A soluble single-chain T-cell receptor IL-2 fusion protein retains MHC-restricted peptide specificity and IL-2 Wyer JR, O'Callaghan CA, Boulter JM, Jones EY, et al. Production of soluble alphabeta T- cell receptor heterodimers suitable for biophysical analysis of ligand binding. Protein Sci . T hücre reseptörü hedef hücreler üzerinde özel islevler icra gibi efektör hücreleri yönlendiren domainlere vs. baglanabilir. Bunun ötesinde, adoptif transfer amaciyla kullanilan T hücrelerinde ifade edilebilir. Daha fazla bilgi için bakiniz WO ifsa edilmistir.
Asiri sunulan peptitleri seçmek amaciyla ortalama numune sunumunu ve tekrarlanan deneylerdeki degiskenligi gösteren bir sunum profili hesaplanmaktadir. Profil, ilgi konusu tümör biriminin nuinunelerini karsilastirma amaciyla normal bir doku numunesinin taban çizgisiyle yan yana göstermektedir. Bu profillerin her biri daha sonra, bir Dogrusal Karisik Etkiler Modelinden hesaplanan p-degeriyle (J. Pinheiro, D. Bates, S. DebRoy, Sarkar D., R Core team. nlme: Linear and Nonlinear Mixed Effects Models. 2008), Yanlis Bulgu Orani kullanilarak (Y. Benjamini and Y. Hochberg. Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing. Journal ofthe Royal Statistical Society. asiri sunum skoru seklinde konsolide edilebilir.
HLA ligandlarini kütle spektrometrisiyle tanimlamak ve göreceli olarak kantifiye etmek için sok dondurulmus doku numunelerinden HLA molekülleri saflastirilmis ve HLA iliskili peptitler izole edildi. Izole peptitler ayristirilmis ve dizinleri çevrim içi nano-elektrOSprey iyonizasyon (nanoESI) sivi kromatografisi kütle spektrometrisi (LC-MS) deneyleriyle belirlendi. Elde edilen peptit dizinleri glioblastoma numunelerinden kaydedilen dogal TUMAP'larin parçalanma paterni ile karsilik gelen es dizinli sentetik referans peptitlerinin parçalanma paterni karsilastirilarak dogrulandi. Peptitler dogrudan primer tümörlerin HLA moleküllerinin ligandlari olarak tanimlandigindan bu sonuçlar tanimlanan peptitlerin glioblastoma hastalarindan alinan primer tümör dokusu üzerinde dogal islemlerden geçirildigi ve sunuldugu konusunda dogrudan kanit olusturmaktadir.
Kurum içi ardisik düzenli bulus yöntemi XPRESIDENT® v2.1 (örnek için bakiniz US Patent Uygulamasi No.: 13/640,989) kanser dokularindaki HLA kisitli peptit düzeylerinin kanseröz olmayan çesitli doku ve organlarla karsilastirmali olarak dogrudan göreceli kantitasyonu araciligiyla asiri sunulan ilgili asi adayi peptitlerin taniinlanmasina ve seçilmesine olanak saglamaktadir. Bu, dizin tanimlama, spektrum kümeleme, iyon sayimi, alikonma sürelerinin uyumlandirilmasi, yük durumu dekonvolüsyonu ve normalizasyonuna yönelik algoritmalar kombine edilerek kuruma özel, ardisik düzenli bir veri analizi yöntemiyle islenmis eldeki LC- MS verileri kullanilarak gerçeklestirilen isaretsiz bir diferansiyel kantitasyonun gelistirilmesiyle basarildi.
Her peptit ve numune için, hata tahminleri de dahil olmak üzere, sunum düzeyleri olusturuldu.
Yalnizca tümör dokularinda bulunan peptitler ile kanseröz olmayan doku ve organlara kiyasla tümörlerde asiri sunulan peptitler tanimlandi.
Sok dondurulmus 32 HLA-A*02 kisitli ve 13 HLA-A*24 kisitli glioblastoma tümör dokusu numunesinden HLA peptit kompleksleri saflastirildi ve HLA iliskili peptitler LC-MS ile izole ve analiz edildi.
Eldeki uygulamanin kapsamina giren tüm TUMAP'lar bu yaklasimla primer glioblastoma tümör numunelerinin üzerinde tanimlandi ve primer glioblastomada sunulduklari onaylandi. Çoklu glioblastoma tümör dokularinda ve normal dokularda belirlenen TUMAP'lar isaretsiz LC-MS verilerinde iyon sayimi yoluyla kantifiye edildi. Yöntem, peptidin LC-MS sinyal alanlarinin numunedeki bolluk oraniyla iliskili oldugundan yola çikmaktadir. Bir peptidin çesitli LC-MS deneylerindeki tüm kantitatif sinyalleri merkezi egilim bazinda normalize edildi, numune basina ortalamasi alindi ve sunum profili olarak adlandirilan bir çubuk diyagrama aktarildi. Sunum profili, protein veri tabani arastirmasi, spektrum kümeleme, yük durumu dekonvolüsyonu (desarj) ve alikonina sürelerinin uyumlandirilmasi ve normalizasyon gibi degisik analiz yöntemlerini konsolide etmektedir.
Mevcut bulus ayrica, daha önce tarif edilmis ve insan majör histokompatibilite kompleksi (MHC) klas I'in bir molekülüne baglanma yetenegine sahip olan peptitle de ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica daha önce tarif edilmis peptitle ilgili olup, burada söz konusu peptit peptit bagi olmayan baglar içerir.
Bir füzyon proteini ifsa edilmekte olup, söz konusu füzyon proteini özellikle HLA-DR antijen iliskili sabit zincirin (li) N-terminal amino asitlerini içerir.
Mevcut bulus ayrica, daha önce tarif edilmis peptidi kodlayan bir nükleik asit ile ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica daha önce tarif edilmis nükleik asitle ilgili olup, söz konusu nükleik asit DNA, cDNA, RNA veya bunlarin kombinasyonudur.
Mevcut bulus ayrica bir ifade vektörüyle ilgili olup, söz konusu ifade vektörü daha önce tarif edilmis bir nükleik asidi kodlar.
Mevcut bulus ayrica, bir hastaligin tedavisinde kullanilmak üzere, daha önce tarif edildigi sekliyle bir peptitle, daha önce tarif edildigi sekliyle bir nükleik asitle veya daha önce tarif edildigi sekliyle bir ifade vektörüyle ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica, daha önce tarif edildigi sekliyle bir nükleik asit veya daha önce tarif edildigi sekliyle bir ifade vektörü içeren bir konak hücreyle ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica tarif edilen konak hücreyle ilgili olup, söz konusu konak hücre antijen sunan bir hücredir.
Mevcut bulus ayrica tarif edilen konak hücreyle ilgili olup, söz konusu antijen sunan hücre bir dendritik hücredir.
Mevcut bulus ayrica tarif edildigi sekliyle peptidi üretmeye yönelik bir yöntemle ilgili olup, söz konusu yöntein tarif edilen konak hücrenin kültivasyonundan ve peptidin konak hücreden veya onun besiyerinden izole edilmesinden olusur.
Mevcut bulus ayrica aktiflestirilmis sitotoksik T-lenfositlerin (STL) üretilmesi için bir in vitro yöntemle ilgili olup, söz konusu yöntem STL'lerin in vitro kosullarda uygun bir antijen sunucu hücrenin yüzeyi üzerinde ifade edilen antijen yüklü insan klas I MHC molekülleri ile, söz konusu STL'leri antijen spesifik olarak aktiflestirmek için yeterli bir süre boyunca, temas ettirilmesini ve söz konusu antijenin ifsa edilen peptitlerden herhangi biri olmasini içerir.
Mevcut bulus ayrica, tarif edildigi sekliyle, yöntemle ilgili olup, burada söz konusu antijen, yeterli miktarda antijenin bir antijen sunucu hücre ile temas ettirilmesi sonucunda uygun bir antijen sunucu hücrenin yüzeyi üzerinde ifade edilen insan klas I MHC moleküllerine yüklenir.
Mevcut bulus ayrica, tarif edildigi sekliyle, yöntemle ilgili olup, burada antijen sunucu hücre SEQ ID No. 28 dizinini içeren söz konusu peptidi ifade etme yetenegine sahip bir ifade vektörü içerir.
Mevcut bulus ayrica, tarif edildigi sekliyle, yöntemle üretilen ve tarif edilen bir amino asit dizinini içeren bir polipeptidi anormal sekilde ifade eden bir hücreyi seçici olarak taniyan aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositlerle (STL) ilgilidir.
Tarif edildigi sekliyle, herhangi bir amino asit dizininden olusan bir polipeptidi anorinal sekilde ifade eden hedef hücrelere sahip bir hastada bu hedef hücreleri öldüimeye yönelik bir yöntem ifsa edilmektedir, yöntem hastaya, tanimlandigi sekilde, etkin bir miktarda sitotoksik T lenfositleri (STL) uygulamayi kapsamaktadir.
Mevcut bulus ayrica, kanser tedavisinde kullanilmak üzere, tarif edildigi sekliyle herhangi bir peptidin, tarif edildigi sekliyle bir nükleik asidin, tarif edildigi sekliyle bir ifade vektörünün, tarif edildigi sekliyle bir hücrenin veya tarif edildigi sekliyle bir aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositin kullanimiyla ilgilidir.
Mevcut bulus ayrica, tarif edildigi sekliyle bir kullanimla ilgili olup, burada söz. konusu kanser glioblastoma veya diger bir beyin tümörüdür. de monoklonal antikorlari kapsamaktadir. "Antikorlar" terimi saglam immünoglobulin moleküllerinin yani sira, burada tarif edilen gerekli niteliklerden (örn., spesifik olarak bir glioblastoma belirteç polipeptidine baglanma, bir toksini bir glioblastoma belirteç genini yükselmis düzeyde ifade eden bir glioblastoma hücresine tasima ve/veya bir glioblastoma belirteç polipeptidin aktivitesini baskilama nitelikleri) herhangi birine sahip olmak kosuluyla, bu immünoglobulin moleküllerinin fragman veya polimerlerini ve immünoglobulin moleküllerinin insanlastirilmis versiyonlarini da kapsamaktadir.
Bulusa ait antikorlari iyi bilinen yöntemleri kullanarak üretmek mümkündür. Yetkin bir uzman, bulusa ait antikorlari tarif edildigi sekliyle olusturmak için tam uzunlukta glioblastoma belirteç polipeptitlerinin mi yoksa onun fragmanlarinin m1 kullanilmasi gerektigini bilir. Bulusa ait antikoru olusturmak için kullanilan bir polipeptit dogal bir kaynaktan kismen veya tamamen saflastirilmis olabilir ya da rekombinant DNA teknikleri kullanilarak üretilmis olabilir Örnegin, PTPRZI , BCAN ve FABPTyi, veya SEQ 1D No. 1 ilâ SEQ ID No. 49, SEQ 1D No. 71 ve SEQ ID No. 74 ilâ 129,a uygun herhangi bir diger polipeptidi, veya bunun SEQ 1D No. homolog olan bir varyant dizinini, veya bunun bir fragmanini kodlayan bir cDNA prokaryotik hücrelerde (örn. bakteriler) veya ökaryotik hücrelerde (örn. maya, böcek veya memeli hücresi) ifade edilebilir, ardindan rekombinant protein saflastirilarak antikoru olusturmak için kullanilan glioblastoma belirteç polipeptidine spesifik olarak baglanan bir monoklonal veya poliklonal antikor preparasyonu elde edilir.
Teknolojide deneyimli bir kisi iki veya daha fazla farkli monoklonal veya poliklonal antikor seti olusturulmasinin öngörülen kullanim amaci (öm. ELISA, immünohistokimya, in vivo görüntüleme, immünotoksin tedavisi) için gereken spesifiteye ve afiniteye sahip bir antikor elde etme olasiligini maksimum düzeye çikaracagini bilecektir. Antikorlar bilinen yöntemler araciligiyla, antikorlarin kullanilacagi amaç dogrultusunda (örn. ELISA, immünohistokimya, immünoterapi vs.; antikor olusturmaya ve test etmeye yönelik daha fazla yönlendirici bilgi için öm., bakiniz Harlow ve Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1988) arzu edilen aktiviteleri bakimindan test edilir. Örnegin, antikorlar ELISA deneyleriyle, Western blot deneyleriyle, formalin ile fikse edilmis glioblastomanin veya dondurulmus doku kesitlerinin immünohistokimyasal yöntemle boyanmasiyla test edilebilir, Ilk in vitro karakterizasyonun ardindan terapötik veya in vivo tanisal kullanim için öngörülen antikorlar bilinen klinik test yöntemlerine göre test edilir.
Burada kullanilan "monoklonal antikor" terimi, büyük ölçüde homojen bir popülasyondan seçilmis bir antikoru tanimlar, yani popülasyonu olusturan bireysel antikorlar, küçük miktarlarda mevcut olan olasi dogal mutasyonlar disinda özdestir. Söz konusu monoklonal antikorlar burada spesifik olarak "kimerik" antikorlari ve arzu edilen antagonistik etkinligi göstermek kosuluyla, bunlarin fragmanlarini da kapsamaktadir; bunlarda agir ve/veya hafif zincirin bir bölümü belli bir türden türetilen veya belli bir antikor sinifina ya da alt sinifina ait olan bir antikorun karsilik gelen dizinleriyle özdes veya homolog, zincir(1er)in geriye kalan kismi ise baska bir türden türetilen veya baska bir antikor sinifina ya da alt sinifina ait olan bir antikorun karsilik gelen dizinleriyle özdes veya homologdur (A.B.D. Pat. No. 4,816,567).
Bulusa ait antikorlari hibridoma yöntemleri kullanarak hazirlamak da mümkündür. Bir hibridoma yönteminde bir fare veya diger bir uygun konak hayvan immünize edici bir ajanla asilanir, bunun amaci, spesifik olarak iinmünize edici ajana baglanan antikorlari üreten veya üretme yetenegine sahip olan lenfositler elde etmektir. Lenfositler alternatif olarak in vitro kosullarda da immünize edilebilir.
Monoklonal antikorlar 4,816,567 no'lu ABD patentinde açiklanan rekombinant DNA yöntemleriyle de olusturulabilir. Bulusa ait monoklonal antikorlari kodlayan DNA konvansiyonel prosedürler araciligiyla (örn. murin antikorlarinin agir ve hafif Zincirlerini kodlayan genlere spesifik olarak baglanabilen oligonükleotid problari kullanilarak) kolayca izole edilebilir ve dizini belirlenebilir Monovalent antikorlari hazirlamak için in vitro yöntemler de uygundur. Antikorlarin fragmanlarini, özellikle Fab fragmanlarini olusturmak amaciyla sindirilmesi teknolojide bilinen rutin teknikler kullanilarak gerçeklestirilebilir. Örnegin, sindirme islemi papain kullanilarak yerine getirilebilir. Papain sindirimine iliskin örnekler 22 Aralik 1994'te olarak, antikorlarin papain ile sindirilmesi Fag fragmanlari adi verilen ve her biri tek bir antijen baglama yeri ile bir rezidüel Fe fragmanina sahip olan iki özdes antijen baglayan fragman olusturur. Pepsinle yapilan islem iki antijen kombine yeri olan, yani antijenle çapraz bag olusturma yetenegini yitirmemis olan bir fragman saglar.
Antikor fragmanlari, diger dizinlere baglanmis olsun veya olinasin, belli bölgelerde veya spesifik amino asit kalintilarinda, fragmanin aktivitesinin modifiye edilmemis antikora veya antikor fragmanina kiyasla önemli ölçüde degismemesi veya bozulmamasi kosuluyla, insersiyonlar, delesyonlar, sübstitüsyonlar veya seçili baska modifikasyonlar da içerebilir Bu modifikasyonlar ek özellikler saglayabilir, örnegin biyolojik ömrünü uzatmak veya salgisal özelliklerini degistirmek amaciyla disülfid bagi olusturma yetenegine sahip amino asitlerin çikarilmasi/eklenmesi gibi. Antikor fragmani her halükarda, örnegin baglanma aktivitesi, veya baglanma domaininde baglanmanin düzenlenmesi vs. gibi bir biyoaktif özellige sahip olmalidir. Proteinin spesifik bölgeleri mutageneze tabi tutularak antikorun islevsel veya aktif bölgeleri belirlenebilir ve ifade edildikten sonra ifade edilen polipeptit test edilir. Antikor fragmanini kodlayan nükleik asidin bölgeye özel mutagenezini de kapsayan bu yöntemler teknolojide yetkin bir pratisyen tarafindan kolayca anlasilir.
Bulusa ait antikorlar ayrica insanlastirilmis antikorlar veya insan antikorlari da içerebilir.
Insan kökenli olmayan (öm. murin) antikorlarin insanlastirilmis sekilleri, insan kökenli olmayan immünoglobülinden türetilmis asgari düzeyde bir dizin içeren kimerik immünoglobülinler, iininünoglobülin zincirleri veya bunlarin fragmanlaridir (örnegin F v, F ab, Fab' veya diger antijen baglayan antikor alt dizinleri). Insansi özellikler kazandirilmis antikorlar, alicinin (alici antikoru) tamamlayicilik belirleme bölgelerinde (CDR) kalintilarin, fare, siçan veya tavsan gibi, insan kökenli olmayan (donör antikoru) ve arzu edilen spesifite, afinite ve kapasiteye sahip olan antikorlarin CDR bölgelerinden alinmis kalintilarla degistirildigi insan immünoglobülinleri içerir. Bazi durumlarda, insan immünoglobülininin Fv çerçeve (FR) kalintilari karsilik gelen, insan kökenli olmayan kalintilarla degistirilmistir.
Insansi özellikler kazandirilmis antikorlar hem alici antikorunda, hem de disaridan alinan CDR'de veya çerçeve dizininde bulunmayan kalintilar da içerebilir. Genellikle, insanlastirilmis antikor esas olarak hepsinden en az bir olmak üzere, tipik olarak iki degisken domain içerir, bunlardan birinde CDR bölgelerinin tümü ya da büyük ölçüde tümü insan kökenli olmayan immünoglobülinin, Fr bölgelerinin tümü ya da büyük ölçüde tümü ise insan immünoglobülininin konsensüs dizilerine karsilik gelir. En ideal olarak, insanlastirilmis antikor, tipik olarak insan immünoglobülininden olmak üzere, sabit immünoglobülin bölgesinden (Fc) en az bir bölüm içerir.
Insan kökenli olmayan antikorlari insanlastirmaya yönelik yöntemler teknolojide iyi bilinmektedir. Genel olarak, insanlastirilmis bir antikor insan kökenli olmayan bir kaynaktan alinmis bir veya birden fazla amino asit kalintisi içerir. Insan kökenli olmayan bu amino asit kalintilari tipik olarak "disaridan gelen" bir degisken domainden alinir ve "disaridan gelen" kalintilar olarak adlandirilir. Insanlastirma özünde, rodent CDR'lerinin veya CDR dizinlerinin bir insan antikorunda karsilik gelen dizinlerin yerine geçirilmesi seklinde gerçeklestirilir.
Buna göre, bu tür "insanlastirilmis" antikorlar kimerik antikorlar olup (ABD Pat.
No.4,816,567), burada saglam bir insan degisken domaininden oldukça küçük bir parça insan olmayan bir türden elde edilen karsilik gelen parçayla degistirilmistir. Insanlastirilmis antikorlar pratikte tipik insan antikorlari olup içerdikleri bazi CDR kalintilari ve olasilikla bazi FR kalintilari rodent antikorlarinin karsilik gelen bölgelerinden alinan kalintilarla de gistirilmistir.
Immünizasyon üzerine endojen immünoglobülin üretimi yapmadan insan antikorlarinin tüm repertuarini üretebilme yetenegine sahip transgenik hayvanlar (örn. fare) kullanilabilir. Örnegin, kimerik ve germline farelerde antikor agir zincirinin baglanti bölgesinin homozigot delesyonunun endojen antikor üretimini tamamen baskiladigi tarif edilmistir. Bu tür germline mutant farelere insan gerrnline immünoglobülin gen dizilerinin aktarilmasi, antijen uyarimi üzerine insan antikorlarinin üretilmesini saglayacaktir. Insan antikorlari faj gösterim kitapliklarinda da üretilebilir.
Bulusa ait antikorlar bir bireye tercihen farmasötik açidan kabul görmüs bir tasiyici araciligiyla verilir. Tipik olarak, forrnülasyonda uygun miktarda farmasötik açidan kabul görmüs bir tasiyici kullanilarak formülasyon izotonik hale getirilir. Farmasötik açidan kabul görmüs bir tasiyici için örnekler salin, Ringer solüsyonu ve dekstroz solüsyonudur.
Solüsyonun pH degeri tercihen yaklasik 5 ilâ 8 arasinda, daha tercihli olarak yaklasik 7 ile yaklasik 7,5 arasindadir. Daha baska tasiyicilar arasinda sürekli salim preparasyonlari, Örnegin antikoru içeren kati hidrofobik polimerlerden olusan yarigeçirgen matriksler bulunmakta olup, matriksler film, lipozom veya mikropartiküller gibi sekillendirilmis nesnelerden olusur. Teknolojide deneyimli kisiler için bazi tasiyicilarin örnegin verilis yoluna ve verilen antikorun konsantrasyonuna bagli olarak daha tercihli olacagi asikârdir.
Antikorlar bireye, hastaya veya hücreye enjeksiyon (örn. intravenöz, intraperitoneal, subkutan, intramüsküler) veya maddenin etkin biçimde kan dolasimina uygulanmasini saglayan inûizyon gibi diger bir yöntem araciligiyla verilebilir. Antikorlar, hem lokal hem de sistemik tedavi yollarini kullanmak için intratümöral veya peritümöral olarak da uygulanabilirler. Lokal veya intravenöz enjeksiyon tercih edilmektedir.
Antikorlarin verilmesine iliskin etkin dozajlar ve zaman çizelgeleri deneysel olarak belirlenebilir, bu belirlenimler teknoloji deneyiminin kapsamindadir. Teknolojide deneyimli kisiler uygulanmasi gereken antikor dozajinin örnegin antikoru alacak olan birey, verilis yolu, kullanilan antikorun tipi ve verilen diger ilaçlar gibi faktörlere bagli olarak degisecegini bilir.
Tek basina kullanilan bir antikorun tipik günlük dozu, yukarida sözü edilen faktörlere bagli olarak, günde yaklasik 1 ug/kg vücut agirligindan 100 mg/kg ve fazlasina kadar ulasabilir.
Antikorun glioblastoma tedavisi amaciyla uygulanmasinin ardindan terapötik antikorun etkinligi yetkin bir pratisyen tarafindan bilinen çesitli yöntemlerle degerlendirilebilir. Örnegin, bir bireydeki glioblastoma büyüklügü, sayisi ve/veya dagilimi standart tümör görüntüleme teknikleri araciligiyla gözetimlenebilir. Terapötik amaçla uygulanan bir antikor, hastaligin antikor verilmeden izleyecegi seyre kiyasla tümör büyümesini durduruyor, tümörün büzülmesini sagliyor ve/veya yeni tümörlerin gelismesini engelliyorsa, glioblastoma tedavisi için etkili bir antikordur.
Ifsa edildigi sekliyle glioblastoma belirteçleri PTPRZl, BCAN, FABP7 glioblastoma hücrelerinde yüksek düzeyde, normal hücrelerde ise olaganüstü düsük düzeylerde ifade edildiginden, PTPRZl, BCAN, FABP7 ifadesinin veya polipeptit aktivitesinin baskilanmasi glioblastoma tedavisine veya önlenmesine yönelik herhangi bir terapötik stratejiye dahil edilebilir.
Yukarida açiklanan ve eksojen DNA'nin bir bireye verilmesini ve hücrelerine girmesini kapsayan yöntemlerde (örn. transdüksiyon veya transfeksiyon) mevcut bulusa ait nükleik asitler çiplak DNA seklinde olabilir veya nükleik asitler gastrik tümör belirteç proteininin ifadesini baskilamak için nükleik asitleri hücrelere iletme amaçli bir vektörün içinde yer alabilir. Vektör piyasada satilan bir preparasyon, örnegin bir adenovirüs vektörü (Quantum Biotechnologies, lnc. (Laval, Quebec, Kanada) olabilir. Nükleik asitlerin veya vektörlerin hücrelere aktarimi çesitli mekanizmalar araciligiyla gerçeklestirilebilir. Bir örnekte aktarim, lipozom araciligiyla, piyasada satilan LIPOFECTIN, LIPOFECTAMINE (GIBCO- 25 BRL, TRANSFECTAM (Promega Biotec, Inc., Madison, Wis., ABD) gibi lipozomlar ya da teknolojinin standart prosedürlerine göre hazirlanmis diger lipozomlar kullanilarak gerçeklestirilebilir. Buna ek olarak, bu bulusa ait nükleik asit veya vektör in vivo kosullarda, teknolojisi Genetronics, Inc. (San Diego, Calif., ABD) firmasindan temin edilebilen elektroporasyon yönteini ya da SONOPORATION (lmaRx Pharmaceutical Corp., Tucson, Arizona, ABD) makinesiyle de aktarilabilir.
Dolayisiyla, mevcut bulus SEQ ID NO. 28'den olusan bir peptidi veya onun farmasötik açidan kabul edilebilir bir tuzunu saglamaktadir.
Mevcut bulusa ait peptitler insan majör histokompatibilite kompleksi (MHC) klas I'in bir molekülüne baglanma yetenegine sahiptir.
Mevcut bulusta "homolog" terimi, iki amino asit dizininin, örnegin peptit veya polipeptit dizinlerinin, dizinler arasindaki özdeslik derecesini belirtir. Yukarida sözü geçen "homoloji", karsilastirilacak dizinler üzerine optimal kosullarda hizalanmis iki dizinin karsilastirilmasi yoluyla belirlenir. Burada, iki dizinin optimum biçimde hizalanmasiyla karsilastirilan dizinlerde bir eklenti veya eksilme (örnegin bir bosluk ve benzeri) olabilir. Bu tür dizin homolojileri, örnegin ClustalW gibi algoritmalar kullanilarak olusturulan hizalamalardan hesaplanabilir. Piyasadan temin edilebilen dizin analizi yazilimlari, daha spesifik olan Vector NTI, GENETYX veya kamuya açik veri tabanlari tarafindan saglanan analiz araçlari.
Teknolojide deneyimli bir kisi, spesifik bir peptidin bir varyantiyla indüklenen T hücrelerinin peptidin kendisiyle çapraz reaksiyona girip girmeyecegini belirleyebilir. (Fong et al., 2001); Bu STL daha sonra, bulusa ait yaklasimlarda tanimlandigi gibi, es asilli peptidin amino asidi dizinini içeren bir polipeptit ifade eden hücrelerle çapraz reaksiyona girebilir ve hücreleri Öldürebilir. Bilimsel literatürde (Rammensee et al., 1997) ve veri tabanlarinda da (Rammensee et al., 1999) açiklandigi gibi, HLA'ya baglanan peptitlerin belli bölgeleri tipik çipa kalintilari olup, yapisi baglanma olugunu olusturan polipeptit zincirlerinin polar, elektrofiziksel, hidrofobik ve uzaysal iliskiler tarafindan belirlenen HLA reseptörünün baglanma motiflyle uyusan çekirdek dizinler olustururlar.
Elbette ki, mevcut bulusa uygun peptitler insan majör histokompatibilite kompleksi (MHC) klas I'in bir molekülüne baglanma yetenegine sahip olacaktir. Bir peptidin veya varyantin bir MHC kompleksine baglanmasi teknolojide bilinen yöntemlerle test edilebilir.
NCBI, Gen Bankasi X00497 erisim numarasindan türetilen HLA-DR antijen iliskili degisken olmayan zincirin (p33, bundan böyle ”li” olarak), örnegin 80 N-terminal amino asidini içeren bir füzyon proteini ifsa edilmistir.
Bunun yani sira peptit, daha güçlü bir immün yanit elde etmek için stabilitesini artirmak ve/veya MHC moleküllerine baglanmasini güçlendirmek amaciyla daha fazla modifiye edilebilir. Peptit dizininin bu sekilde optimizasyonuna yönelik yöntemler teknolojide iyi bilinir. Bunlar arasinda, örnegin ters peptit baglari veya peptit bagi olmayan baglarin olusturulmasi sayilabilir.
Ters peptit baginda amino asit kalintilari birbirlerine (-CO-NH-) baglariyla bagli degildir, peptit bagi tersine döndürülmüstür. Bu tür retro-invers peptidomimetikler teknolojide bilinen 3237. Bu yaklasim, omurgayi ilgilendiren ancak yan zincirlerin yönelimini kapsamayan degisimler içeren psödopeptitlerin yapimiyla ilgilidir. Meziere ve arkadaslari (1997) bu psödopeptitlerin MHC'ye baglanmasi ve T yardimci hücre yanitlari açisindan yararli oldugunu göstermislerdir. CO-NH peptit bagi yerine NH-CO bagi içeren retro invers peptitler proteolize karsi çok daha dirençlidir.
Peptit bagi olmayan bir bag, örnegin, -CHz-NH, -CHZS-, -CHZCH2-, -CH=CH-, -COCH2-, - CH(OH)CH2- ve -CHZSO- bagidir. Birlesik Amerika Patenti 4.897.445'te peptit zincirlerinde peptit bagi olmayan baglarin (-CH2-NH) kati faz sentezi için bir yöntem saglanmistir, buna göre, polipeptitlerin sentezi standart yöntemlere göre gerçeklestirilmekte, peptit bagi olmayan baglar ise bir amino aldehit ile bir amino asidin NaCNBH3 varliginda tepkiinesiyle sentezlenmektedir.
Woodward,s Reagent K özel glutamik asit kalintilarini degistirmek için kullanilabilir. N-(3- (dimetilamino)propil)-N,-etilkarbodiimid bir lizin kalintisi ile bir glutamik asit kalintisi arasinda intramoleküler çapraz bag olusturmak için kullanilabilir.
Peptidin peptit bagi olmayan baglar içerdigi bir peptit bulusun tercih edilen somut bir örnegidir. Genellikle, peptitler (en azindan amino asit kalintilari arasinda peptit baglantilari içerenler) Lu ve ark. (1981) ve burada atifta bulunulan referanslar tarafindan ifsa edildigi sekilde kati faz peptit sentezinin Fmoc-poliamid modunda sentezlenebilir. Geçici N-amino grup korumasi fluorenyl-9-methoxycarb0nyl (Fmoc) grubu tarafindan saglanir.
Bu yüksek baz labil koruma grubunun tekrarli yarilmasi N, N-dimetilformamid içinde % 20 piperidin kullanilarak gerçeklestirilmektedir. Yan zincir islevsellikleri butil eterler (serin, treonin ve tirosin durumunda), butil esterler (glutamik asit ve aspartik asit durumunda), butiloksikarbonil türevleri (lisin ve histidin durumunda), tritil türevi (sistein durumunda) ve 4- metoksi-2,3,6-trimetilbenzensülfonil türevi (arginin durumunda) seklinde korunabilir.
Glutamin ya da asparaginin C terminal kalintilari olmasi durumunda yan zincir amido islevselliklerini korumak için 4.4'-dimetoksi benzidril grubu kullanilmaktadir. Kati faz destegi üç monomerden, dimetil akrilamid (omurga monomeri), bisakriloil etilen diamin (çapraz bag) ve akriloil sarkosin metil esterden (islevsel ajan), olusan bir polidimetil akrilamide dayanmaktadir. Kullanilan yarilabilir peptit reçine baglanti ajani, asit dayaniksiz 4 hidroksimetil fenoksiasetik asit türevidir. Tüm amino asit türevleri bir tersine çevrilmis N, N- disikloheksil karbodiimid / lhidroksibenzotriazol aracili kuplaj prosedürü kullanilarak eklenen asparagin ve glutamin haricinde önceden olusturulmus simetrik anhidrit türevleri seklinde ilave edilmislerdir. Tüin kenetleme ve koruyucu gruplari uzaklastirma reaksiyonlari ninhidrin, trinitrobenzen sülfonik asit ya da izotin test prosedürleri kullanilarak izlenmektedir.
Sentezin tamamlanmasinin ardindan peptitler, %50'lik bir skavenger (çöpçü) karisimi içeren uzaklastirilmasi ile birlikte reçine desteginden ayrilmaktadir. Yaygin olarak kullanilan scavengerler etanditiol, fenola anisol ve suyu kapsar; kesin seçim sentezlenen peptidi olusturan amino asitlerine göre yapilir. Peptitlerin sentezi için kati faz ile çözelti fazi yöntemlerinin bir kombinasyonu da kullanilabilir (bakiniz, örnegin (Bruckdorfer et al., 2004) ve burada atifta bulunulan referanslar).
Tritloroasetik asit vakumda uçurulur, ardindan dietil eter ile tritürasyon uygulanarak ham peptit alinir. Mevcut skavengerlerin tümü basit bir ekstraksiyon islemi araciligiyla atilir, ardindan su fazindan yapilan liyofilizasyonla skavengerlerden arinmis ham peptit elde edilir.
Peptit sentezi için gereken reaktitler genel olarak örn. Calbiochem-Novabiochem (UK) Ltd, Nottinghain NG7 2QJ, Ingiltere'den temin edilebilir.
Saflastiima, rekristalizasyon, boyut dislama kromatografisi, iyon degistirme kromatografisi, hidrofobik etkilesim kromatografîsi ve (genellikle) öm. asetonitril/su gradienti kullanilarak ayirma yapilan ters fazli yüksek performansli sivi kromatografisi gibi tekniklerden herhangi biri veya birden fazlasinin kombinasyonu yoluyla gerçeklestirilebilir.
Peptitlerin analizi MALDI ve ESl-Q-TQF kütle spektrometresi analizlerinin yani sira ince katman kromatografisi, elektroforez, özellikle kapiller elektroforez, kati faz ekstraksiyonu (KFE), ters fazli yüksek performansli sivi kromatografisi, asit hidrolizini izleyen amino asit analizi ve hizli atom bombardimani (FAB) kütle spektrometresi analizi kullanilarak yürütülmektedir.
Bulusun bir diger yaklasimi bulusa ait bir peptidi kodlayan bir nükleik asit (örnegin bir polinükleotid) saglamaktadir. Polinükleotid, örnegin, DNA, cDNA, RNA veya bunlarin kombinasyonlari olabilir, ya tek ve/veya çift Zincirli, ya da dogal veya stabilize edilmis polinükleotid, örnegin fosforotiyoat omurgali polinükleotid seklinde olabilir ve peptit için kodlama yaptigi sürece intronlar içerebilir veya içermeyebilir. Elbette ki yalnizca dogal olarak görülen amino asitleri içeren ve bunlarin dogal olarak görülen peptit baglariyla birlesmesiyle meydana gelen peptitlerin bir polinükleotid tarafindan kodlanabilmesi mümkündür. Bulusun yine diger bir yaklasimi, bulusa ait bir polipeptit ifade eden bir ifade vektörü saglar.
Polinükleotidler, özellikle DNA'nin, örnegin tamamlayici yapiskan uçlar yoluyla vektörlere baglanmasi için bir dizi yöntem gelistirilmistir. Örnegin, vektör DNA'ya eklenmek üzere DNA segmentin tamamlayici homopolimer yollar ilave edilebilir. Ardindan vektör ile DNA segmenti tamamlayici özellikli homopolimerik kuyruklar arasindaki hidrojen baglari araciligiyla birleserek rekombinant DNA molekülleri olustururlar.
Bir veya daha fazla restriksiyon alani içeren sentetik baglayicilar DNA segmentlerini vektörlerle birlestirmek için alternatif bir yöntem saglamaktadir. Kesme enzimi bölgesi içeren bir dizi sentetik baglayicinin, International Biotechnologies Inc. New Haven, CN, ABD gibi çok sayida kaynaktan temin edilmesi mümkündür.
Bulusa ait polipeptidi kodlayan DNA üzerinde degisiklik yapmak için arzu edilen bir yöntem, (Saiki et al., 1988) tarafindan açiklanmis olan polimeraz zincir reaksiyonunu kullanir. Bu yöntem DNA'yi, örnegin uygun restriksiyon bölgelerini mühendislik isleminden geçirerek, uygun bir vektör içerisine yerlestirmek, ya da DNA'yi teknolojide bilinen baska elverisli yollarla modifiye etmek için kullanilabilir. Viral vektörlerin kullanildigi durumlarda pox veya adenovirüs vektörleri tercih edilir.
DNA (ya da retroviral vektör kullanilmasi durumunda RNA) daha sonra, bulusa ait peptidi içeren polipeptidi üretmek için uygun bir konagin içinde ifade edilebilir. Dolayisiyla, bulusa ait peptidi kodlayan DNA, uygun bir konak hücreye aktarilarak bulusa ait polipeptidin ifadesi ve üretimi için kullanilacak bir ifade vektörünü insa etmek üzere burada verilen ögretiler isiginda uygun sekilde modifiye edilmis bilinen teknikler dogrultusunda kullanilabilir. Bu Bulusa ait bilesigi olusturan polipeptidi kodlayan DNA (veya retroviral vektörler durumunda RNA), uygun bir konaga dâhil edilmek üzere pek çok degisik DNA dizinine ilave edilebilir.
Eslik eden DNA, konagin özelliklerine, DNA'nin konaga yerlestirilme sekline ve arzu edilen konumunun epizomal mi, yoksa entegre mi olacagina baglidir.
DNA genel olarak, ifade açisindan uygun bir yönelim ve dogru okuma çerçevesi gözetilerek örnegin plazmid gibi bir ifade vektörünün içine yerlestirilir. DNA gerekirse, her ne kadar bu tür kontroller genellikle ifade vektörlerinde mevcut olsa da, arzu edilen konak tarafindan taninan uygun transkripsiyonel ve translasyonel düzenleyici kontrol nükleotid dizinlerine baglanabilir. Vektör daha sonra standart teknikler araciligiyla konaga dahil edilir. Genelde, konaklarin tümü vektör tarafindan transforme olmamaktadir. Bu nedenle, transforme edilmis konak hücrelerinin seçilmesi gerekmektedir. Seçim tekniklerinden biri ifade vektörüne, transforme olmus hücrede bütün gerekli kontrol elemanlari ile birlikte seçilebilir bir özellik, örnegin antibiyotik direnci, kodlayan bir DNA dizisi yerlestirilmesini içerir.
Alternatif olarak, bu seçilebilir özelligin geni, arzu edilen konak hücreyi birlikte transforme etmek üzere kullanilan baska bir vektörün üzerinde olabilir.
Bulusa ait rekombinant DNA tarafindan transforme edilen konak hücreler daha sonra polipeptidin ifadesini saglamak üzere burada açiklanan ögretiler isiginda, yeterli bir süreyle, teknolojide deneyimli kisiler tarafindan bilinen uygun kosullar altinda kültive edilir ve Bakterileri (örnegin E. 0011' ve Bacillus subtili's), mayalari (örnegin Saccharomyces cerevi'si'cie), ipliksi mantarlari (örnegin Aspergillus spec.), bitkisel hücreleri, hayvansal hücreleri ve böcek hücrelerini kapsayan pek çok ifade sistemi bilinmektedir. Sistem tercihen memeli hücreleri, örnegin ATCC Hücre Biyolojisi Koleksiyonundan temin edilebilen CHO hücreleri olabilir.
Yapisal ifade için tipik bir memeli hücre vektör plazmidi, uygun bir poli A kuyrugu ve bir direnç isareti, örnegin neomisin, içeren CMV veya SV40 promotöründen olusur. Bir örnegi, Pharmacia, Piscataway, NJ, USA firmasindan temin edilebilen pSVL'dir. Indüklenebilen memeli ifade vektörlerinin bir örnegi yine Pharmacia firmasindan temin edilebilen pMSG vektörüdür. Elverisli maya plazinid vektörleri genel olarak Stratagene Cloning Systems (Ylp'ler), bunlar seçilebilir maya belirteçleri HIS3, TRPl, LEU2 ve URA3'ü içerir. pRS4l3- 416 plazmidleri maya sentromer plazmidlerdir (Ycp'ler). CMV promotörü bazli vektörler (örnegin Sigma-Aldrich'ten) geçici veya kalici ifade veya salgilama ve FLAG, 3xFLAG, c- myc veya MAT etiketleriyle N-terminal veya C-terminal uçlari etiketleme olanagi saglar. Bu füzyon proteinleri rekombinant proteinlerin tespitine, saflastirilmasina ve analizine olanak saglar. Çifte etiketli füzyonlar tespitte daha yüksek esneklik sunar.
Güçlü insan sitomegalovirüs (CMV) promotörü düzenleyici bölgesi COS hücrelerinde yapisal protein ifadesini 1 mg/l düzeylerine kadar çikarmaktadir. Daha zayif hücre çizgilerinde tipik protein düzeyleri ~0,1 mg/l'dir. SV40 replikasyon (ikilesme) pennisif COS hücrelerinde SV40 replikasyon orijinin varligi yüksek düzeyde DNA replikasyonuna neden olacaktir. Örnegin, CMV vektörleri, bakteri hücrelerinde replikasyon için pMBl (pBR322'nin türevi) orijinini, bakterilerde ampisilin direnci bazinda seleksiyon için b-laktamaz genini, hGH polyA, ve fl orijinini içerebilir. Preprotripsin (PPT) lider dizinini içeren vektörler FLAG füzyon proteinlerinin besiyerine salinmasina öncü olarak bunlarin ANTI-FLAG antikorlari, rezinler ve plakalar araciligiyla saflastirilmasina olanak saglar. Genis bir konak hücre çesitliliginde kullanim açisindan baska vektörler ve ifade sistemleri de iyi bilinmektedir.
Mevcut bulus ayni zamanda mevcut bulusa ait bir polinükleotid vektör insasi ile transforme edilmis bir konak hücre ile ilgilidir. Konak hücre prokaryotik ya da ökaryotik olabilir. Bazi durumlarda bakteriyel hücreler tercih edilen prokaryotik konak hücreler olabilir, bunlar tipik olarak örnegin Bethesda Research Laboratories Inc. firmasindan (Bethesda, MD, ABD) temin edilebilen DH5 ve American Type Culture Collection kurumundan (ATCC) temin edilebilen (Rockville, MD, ABD) RRl (ATCC no. 31343) E. coli suslari gibi bir E. coli susu olabilir.
Tercih edilen Ökaryotik konak hücreler maya, böcek ve memeli hücreleri, tercihen fare, siçan, maymun veya insan fibroblastik ve kolon hücre hatlarinin hücreleri gibi omurgali hücrelerini içermektedir. Maya konak hücreleri, genel olarak Stratagene Cloning Systems firmasindan temin edilebilen (La Jolla, CA YPH499, YPH500 ve YPH501 hücrelerini kapsar. Tercih edilen memeli konak hücreleri, ATCC'den CCL61 olarak temin edilebilen Çin hamster over (CHO) hücrelerini, ATCC'den CRL 1658 olarak temin edilebilen NIH Isviçre fare embriyo NIH/3T3 hücrelerini, ATCC'den CRL 1650 olarak temin edilebilen maymun böbregi türevli COS-l hücrelerini ve insan embriyonik böbrek hücreleri olan 293 hücreyi kapsamaktadir. Tercih edilen böcek hücreleri bakulovirüs ifade vektörleri ile transforme edilebilen Sf9 hücreleridir. Ifade için uygun konak hücre seçiiniyle ilgili genel açiklamalar, örnegin Paulina Balbâs ve Argelia Lorence'in “Methods in Molccular Biology Recombinant Gene Expression, Reviews and Protocols,” Part One, Second Edition, ISBN 978-1-58829- 262-9, kitabinda ve deneyimli kisiler tarafindan bilinen diger literatürde bulunabilir.
Uygun hücre konaklarinin mevcut bulusa ait bir DNA yapisi ile transformasyonu, tipik olarak kullanilan vektörün tipine bagli olarak iyi bilinen yöntemlerle saglanmaktadir. Prokaryotik konak hücrelerin transformasyonu baglaminda bkz. örnegin Cohen ve arkadaslari (1972) A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY. Maya hücrelerinin transformasyonu Sherman ve ark. (1986) Methods In Yeast Genetics, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, NY yayininda tarif edilmektedir. Beggs'in (1978) Nature 275,104-109 yöntemi de yararlidir. Omurgali hücreler baglaminda hücreyi transfekte etmek açisindan kullanisli reaktifler, örnegin kalsiyum fosfat ve DEAE-dekstran veya lipozom formülasyonlari Stratagene Cloning Systems veya Life Technologies lnc. firmalarindan (Gaithersburg, MD temin edilebilir. Elektroporasyon yöntemi de hücreleri transforme ve/veya transfekte etme açisindan kullanislidir ve maya hücrelerinin, bakteriyel hücrelerin, böcek hücrelerinin ve omurgali hücrelerinin transforme edilmesi tekniklerinde iyi bilinmektedir.
Basariyla transforme edilmis olan, yani mevcut bulusa ait bir DNA yapisi içeren hücreler, iyi bilinen teknikler, örnegin PCR, araciligiyla tanimlanabilir. Alternatif olarak üst fazda (süpernatan) proteinin mevcudiyeti antikorlar kullanilarak saptanabilir.
Bulusa ait bazi konak hücrelerin, örnegin bakteriyel, maya ve böcek hücrelerinin, bulusa ait peptitlerin preparasyonunda yararli olmasi olumlu karsilanacaktir. Öte yandan, diger konak hücreler de bazi terapötik yöntemlerde yararli olabilir. Örnegin dendritik hücreler türünden antijen sunan hücreler, bulusa ait peptitlerin uygun MHC moleküllere yüklenmesini saglamak suretiyle ifade edilmelerinde yararli olabilir. Dolayisiyla, mevcut bulus, mevcut bulusa ait bir nükleik asit veya bir ifade vektörü içeren bir konak hücre saglamaktadir.
Tercih edilen somut bir örnekte konak hücre, antijen sunan bir hücre, özellikle bir dendritik hücre veya antijen sunan bir hücredir. Prostatik asit fosfataz (PAP) içeren bir rekombinant füzyon proteiniyle yüklenmis APC'ler halihazirda prostat kanserinin tedavisi baglaminda arastirilmaktadir (Sipuleucel-T) (Small et al., 2006; Rini et al., 2006).
Bulusun diger bir yaklasimi bir peptidi üretmeye yönelik bir yöntem saglamaktadir, yöntein bir konak hücrenin kültivasyonu ve peptidin konak hücreden veya onun besiyerinden izole edilmesinden olusur.
Diger bir somut uygulamada, bulusa ait peptit, nükleik asit veya ifade vektörü tipta kullanilmaktadir. Örnegin peptit veya varyanti, intravenöz (i.v.) enjeksiyon, subkutan (s.c.) enjeksiyon, intradermal (i.d.) enjeksiyon, intraperitoneal (i.p.) enjeksiyon ve intramüsküler (im.) enjeksiyon için hazirlanabilir. Peptit enjeksiyonunun tercih edilen yöntemleri s.c., i.d., I.p., i.m. ve i.v.'yi içerir. DNA enjeksiyonunun tercih edilen yöntemleri i.d., i.m., s.c., I.p. ve i.v.'yi içerir. Dozlar, ilgili peptide veya DNA'ya bagli olarak, örnegin 50 ug ile 1,5 mg arasinda, tercihen 125 ug ilâ 500 ug peptit veya DNA seklinde verilebilir. Bu araliktaki dozajlar daha önceki çalismalarda basariyla uygulanmistir (Brunsvig et al., 2006; Staehler et Mevcut bulusun diger bir yaklasimi, aktiflestirilmis T hücrelerinin üretilmesi için bir in vitro yöntem olup özelligi T hücrelerinin in vitro kosullarda, uygun bir antijen sunucu hücrenin yüzeyi üzerinde ifade edilen antijen yüklü insan MHC molekülleri ile söz konusu T hücreleri antijen spesifik olarak aktitlestirmek için yeterli bir süre boyunca temas ettirilmesi ve antijenin, bulusun konusu olan peptit olmasidir. Tercihen, antijen sunan bir hücreyle birlikte yeterli miktarda antijen kullanilir.
Memeli hücresi tercihen TAP peptit tasiyici sistemden yoksundur ya da düsük düzeyde veya fonksiyon düzeyinde sahiptir. TAP peptit tasiyici sisteinden yoksun olan uygun hücreler T2, RMA-S ve Drosophila hücreleridir. TAP antij en isleme ile iliskili tasiyicidir.
Insan peptidi yükleyen noksanli T2 hücre hatti CRL 1992 katalog numarasiyla American ABD); Schneider-2 Drosophila hücre hatti CRL 19863 katalog numarasiyla yine ATCC'den temin edilebilir; fare RMA-S hücre hatti Karre ve ark. (1985) tarafindan tarif edilmistir.
Konak hücre tercihen transfeksiyon öncesinde önemli ölçüde MHC sinif 1 molekülü ifade etmemelidir. Ayrica, uyarici hücrenin T hücreleri için es zamanli bir uyarim sinyali saglamak bakimindan önein tasiyan bir molekül, örnegin B7.1, B7.2, ICAM-l ve LFA 3 ifade etmesi de tercih edilen bir durumdur. Çok sayida MHC sinif 1 molekülünün ve kostiinülatör molekülünün nükleik asit dizinleri GenBank ve EMBL veri tabanlarinda kainuya açiktir.
Bir MHC klas l epitopunun antijen olarak kullanilmasi durumunda, T hücreleri CBS-pozitif STL'lerdir.
Eger antijen sunan hücre böyle bir epitopu ifade etmesi için transfekte edilirse, hücre tercihen SEQ ID No. 28'i içeren bir peptidi ifade etme yetenegine sahip bir ifade vektörü içerir.
In vitro kosullarda STL olusturmak için bir dizi baska yöntem kullanilabilir. Örnegin Peoples ve ark. (1995) ve Kawakami ve ark. (1992) yayinlarinda tarif edilen yöntemlerde STL olusturmak için otolog tümör infiltre edici lenfositler kullanilmistir. Plebanski ve ark. (1995) STL preparasyonunda otolog periferik kan lenfositlerinden (PLB'ler) yararlaninaktadir.
Jochmus ve ark. (1997) otolog STL'lerin peptit veya polipeptitle pulse edilmis dendritik hücreler ya da rekombinant virüsle enfeksiyon yoluyla elde edildigini tarif etmislerdir. Hill ve ark. (1995) ve Jerome ve ark. (1993) çalismalarinda otolog STL'lerin üretiminde B-hücreler kullanilmistir. Bunlara ek olarak, otolog STL'lerin preparasyonunda peptit veya polipeptit ile pulse edilmis ya da rekombinant virüs ile enfekte edilmis makrofajlar da kullanilabilir. S.
Walter ve ark. ( kullanilarak in vitro hazirlanmasini (priming) tarif etmektedir, bu yöntem seçilen peptide karsi T hücreleri olusturmak için de uygun bir yoldur. Bu çalismada aAPC'ler önceden olusturulmus MHC2peptit komplekslerinin biotinzstreptavidin biyokimyasal yöntemiyle polistiren partiküllerinin (mikro boncuklar) yüzeyine baglanmasiyla olusturulmustur. Bu sistem aAPC'lerde MHC yogunlugunun hassas bir sekilde kontrol edilmesini saglar, bu da kan numunelerinde yüksek veya düsük aviditeli antijen spesifik T hücresi yanitlarini seçici olarak belirlemeye izin verir. MHCzpeptit komplekslerinin disinda aAPC'ler yüzeylerine baglanmis, örnegin anti-CD28 antikorlari gibi, es zamanli uyarma aktivitesine sahip olan baska proteinler tasimalidir. Ayrica, bu tür aAPC bazli sistemler çogu kez uygun çözünür faktörlerin, örnegin interleukin-12 gibi sitokinlerin eklenmesini gerektirmektedir.
Allojeneik hücreler de T hücrelerinin preparasyonunda kullanilabilir, bu yöntem ayrintili bir sekilde WO 97/26328'de tarif edilmektedir. Örnegin, Drosophila hücrelerinin ve T2 hücrelerinin yani sira CHO hücreleri, bakulovirüs ile enfekte edilmis böcek hücreleri, bakteriler, mayalar, vaksiniya ile enfekte edilmis hedef hücreler gibi baska hücreler de antijen sunmak için kullanilabilir. Bunlarin disinda bitki virüsleri de kullanilabilir (örnegin bkz. Porta ve ark. (1994)), bu çalismada börülce mozaik virüsünün yabanci peptitlerin sunumunda yüksek verimli bir sistem olarak gelistirilmesi tarif` edilmektedir).
Bulusa ait peptitlere karsi yönlendirilen aktiflestirilmis T hücreleri tedavide yararlidir.
Dolayisiyla, bulusun bir diger yaklasimi bulusun yukaridaki yöntemleri araciligiyla elde edilebilen aktiflestirilmis T hücreleri saglar.
Yukaridaki yönteme göre üretilmis, aktiflestirilmis T hücreleri, SEQ ID No. 28'in bir amino asit dizinini içeren bir polipeptidi anormal sekilde ifade eden bir hücreyi seçici olarak taniyacaktir.
Tercihen, T hücresi TCR'si araciligiyla HLA/peptit kompleksi ile etkilesim kurarak (örnegin baglanma) hücreyi tanir. T hücreleri, bir hastadaki hedef hücrelerin bulusa ait bir amino asit dizininden olusan bir polipeptidi anormal sekilde ifade etmesi durumunda, bu hedef hücreleri öldürmeye yönelik bir yöntemde kullanilmaya uygundur, bu kapsamda hastaya etkin bir miktarda aktiflestirilmis T hücresi uygulanmaktadir. Hastaya uygulanan T hücreleri hastadan türetilebilir ve yukarida tarif edildigi sekilde aktiflestirilebilir (örnegin otolog T hücreleri olabilir). Alternatif` sekilde, T hücreleri hastadan degil baska bir bireyden alinmis olabilir.
Dogal olarak, bireyin saglikli bir kisi olmasi tercih edilmektedir. "Saglikli birey" ile bulus sahipleri, sagligi genel olarak düzgün olan, tercihen yetkin bir bagisiklik sistemine sahip olan ve daha tercih edilen sekliyle, kolayca test ve tespit edilen herhangi bir hastaligi olmayan bir bireyi kastetmektedir. hücreleri (bazen MHC klas 11 de ifade eden) ve/veya tümörü (tümör hücrelerini) çevreleyen stromal hücreler (bazen MHC klas 11 de ifade eden; (Dengjel et al., 2006)) olabilir.
Mevcut bulusa ait T hücreleri bir terapötik bilesim için aktif bilesen olarak kullanilabilir.
Dolayisiyla, bu bulusa ait bir amino asit dizininden olusan bir polipeptidi anormal sekilde ifade eden hedef hücrelere sahip bir hastada bu hedef hücreleri öldürmeye yönelik bir yöntem ifsa edilmektedir, yöntem hastaya, yukarida açiklandigi gibi, etkin bir miktarda aktiflestirilmis T hücresi uygulamayi kapsamaktadir.
Bulusu yapanlar, ”anormal sekilde ifade edilen" kavramiyla, polipeptidin, normal ifade düzeyleri ile kiyaslandiginda asiri derecede ifade edildigi ya da, genin tümörün türedigi dokuda sessiz oldugu, ancak tümörde ifade edildigini de kastetmektedir. Bulusu yapanlar, kat , tercihen en az 2 kat ve daha da çok tercih edilen sekliyle normal dokudaki mevcut düzeye göre en az 5 kat ya da 10 kat bir düzeyde mevcut oldugunu kastetmektedir.
T hücreleri teknolojide bilinen, örnegin yukarida tarif edilmis olan yöntemler araciligiyla elde edilebilir.
T hücrelerinin adoptif transferi olarak adlandirilan bu prosedüre iliskin protokoller teknolojide iyi bilinir. Derlemeler için bakiniz (Gattinoni et al., 2006) ve (Morgan et al., 2006).
Bulusa ait her molekül, örnegin peptit, nükleik asit, antikor, ifade vektörü, hücre, aktiflestirilmis STL, T hücre reseptörü veya onu kodlayan nükleik asit, hücrelerin immün yanittan kaçmasiyla karakterize olan bozukluklarin tedavisi için yararlidir. Bu nedenle, mevcut bulusa ait her molekül ilaç olarak veya ilaç imalatinda kullanilabilir. Moleküller tek basina veya bulusa ait diger molekül(ler)le veya bilinen molekül(ler)le birlestirilerek kullanilabilir.
Mevcut bulusun ilaci tercihen bir asidir. Etkilenen organin içerisine veya sistemik olarak hastaya dogrudan i.d., i.m., s.c,, i.p. ve i.v verilebilir, ya da hastadan elde edilmis hücrelere veya eks vivo kosullarda bir insan hücre çizgisine uygulanarak bunlar ardindan hastaya verilebilir, ya da hastadan elde edilmis immün hücrelerin in vitro kosullarda bir alt kümesini seçerek tekrar hastaya vermek için kullanilabilir. Nükleik asit eger in vitro kosullarda hücrelere verilecekse, o zaman hücrelerin es zamanli olarak interleukin-Z gibi immün uyarici sitokinleri de ifade edecek sekilde transfekte edilmesi yararli olabilir. Peptit büyük ölçüde saf olabilir ya da immün uyarici bir adjüvanla (bakiniz asagida) kombine edilebilir ya da immün uyarici sitokinlerle birlikte kombineli olarak kullanilabilir ya da uygun bir uygulama sistemiyle, örnegin lipozomlarla, verilebilir. Ifsa edildigi sekliyle peptitlerin CD4 veya CD8 T hücrelerini uyarmasi beklenmektedir. Ancak eger CD4 T yardimci hücreleri tarafindan destek saglanirsa, CD8 STL'ler daha etkin biçimde uyarilir. Dolayisiyla, CD8 STL'leri uyaran MHC klas I epitoplari için füzyon partnerinin veya hibrit molekülün bölümlerinin CD4 pozitif T hücreleri uyaran epitoplar içermesi uygun olacaktir. CD4 ve CD8 uyarici epitoplar teknolojide iyi bilinmektedir, bunlara mevcut bulusta tanimlanmis olanlar da dahildir.
Bir yaklasimda, asi SEQ lD NO: 28`de ortaya konan amino asit dizininden olusan en az bir peptit ile ek olarak en az bir peptit, tercihen iki ilâ 50, daha tercihli olarak iki ilâ 25, daha da tercih edilen haliyle iki ilâ 20 ve en çok tercih edilen haliyle iki, üç, dört, bes, alti, yedi, sekiz, dokuz, on, on bir, on iki, on üç, on dört, on bes, on alti, on yedi veya on sekiz peptit içerir.
Peptit(ler) bir veya birden fazla spesifik TIA'dan türetilmis olabilir ve MHC klas I moleküllerine baglanabilir.
Polinükleotid büyük ölçüde saf olabilir ya da uygun bir vektöre yahut uygulama sistemine dahil olabilir. Nükleik asit, DNA, CDNA, PNA, RNA veya bunlarin bir kombinasyonu olabilir. Bu tür bir nükleik asidi tasarlamaya ve yerlestirmeye iliskin yöntemler teknolojide iyi bilinmektedir. Örnegin, (Pascolo et al., 2005) bu konuda bir derleme hazirlamistir.
Polinükleotid asilarinin hazirlanmasi kolaydir, ancak bu vektörlerin immün yaniti nasil bir etki mekanizmasiyla indükledigi tam olarak açikliga kavusturulamamistir. Uygun vektörler ve uygulama sistemleri adenovirüs, vaccinia virüs, retrovirüsler, herpes virüsü, adeno iliskili virüs ya da birden fazla virüs unsuru içeren hibritlere dayanan sistemler gibi viral DNA ve/veya RNA sistemleri içerir. Viral olmayan uygulama sistemleri katyonik lipitler ve katyonik polimerler içerir ve DNA uygulama teknolojisinde iyi bilinir. Örnegin, bir "gen tabancasi" yoluyla fiziksel verme de uygulanabilir. Nükleik asit tarafindan kodlanan peptit veya peptitler, örnegin yukarida belirtildigi gibi, ilgili karsiti CDR için T hücrelerini uyaran bir epitopu olan bir füzyon proteini olabilir.
Bulusa ait ilaç bir veya birden fazla adjüvan da içerebilir. Adjüvanlar, hücrelerin bir antijene karsi immün yanitini (örn. STL°ler ve yardimci-T (TH) aracili immün yanitlar) spesifik olmayan bir sekilde artiran veya güçlendiren ve bu nedenle mevcut bulusa ait ilaçta yer almalari yararli görülen maddelerdir. Uygun adjüvanlar, yalnizca bunlarla sinirli olmamak CyaA, dSLIM, flagellin veya flagellinden türetilmis TLR5 ligandlari, FLT3 ligandi, GM- seklinde Interlökinler, Interferon-alfa veya -beta veya bunlarin pegli türevleri, IS Patch, ISS, içinde su ve su içinde yag emülsiyonlari, OK-432, OM-l74, OM-l97-MP-EC, ONTAK, OspA, PepTel® vektör sistemi, poli (laktid ko-glikolid) [PLG] bazli ve dextran mikropartikülleri, talactoferrin, SRL172, virosomlar ve diger virüs benzeri partiküller, YF- 17D, VEGF tuzagi, R848, beta-glukan, Pam3Cys, saponinden türetilmis Aquila's QS21 stimulon, mikobakteriyel ekstreler ve sentetik bakteriyel hücre duvari taklitleri ile Ribi's Detox, Quil veya Superfos gibi diger özel adjüvanlari kapsar. Freund's veya GM-CSF gibi adjüvanlar tercih edilmektedir. Daha önce, dendritik hücrelere ve bunlarin preparasyonlarina karsi spesifik çesitli iininünolojik adjüvanlar (örn., MF59) tarif edilmistir (Allison and Krummel, 1995; Allison and Krummel, 1995). Sitokinler de kullanilabilir. Çesitli sitokinler lenfoid dokulara dendritik hücre göçünün etkilenmesi (örn., TNF- l), dendritik hücrelerin olgunlasmasinin hizlandirilarak T-lenfositler etkin antijen sunucu haline getirilmesi (örn., GM-CSF, lL-l ve lL-4) (A.B.D. Pat. No. 5,849,589) ve immünoadjüvan etkinligi (örn., [L- Immün sistemi uyarici CpG oligonükleotidlerinin de asi bilesenlerindeki adjüvanlarin etkisini artirdigi bildirilmistir. Teoriye baglanmaksizin, CpG oligonükleotidleri Toll-like reseptörler (TLR), özellikle de TLR9 araciligiyla içsel (adaptif olmayan) immün sistemi aktiflestirerek etkili olmaktadir. CpG tarafindan tetiklenen TLR9 aktivasyonu, gerek profilaktik, gerekse de terapötik amaçli asilarda peptit veya protein antijenleri, canli veya ölü virüsler, dendritik hücre asilari, otolog hücre asilari ve polisakkarit konjügeleri gibi genis bir antijen yelpazesine karsi antijen spesifik humoral ve hücresel yanitlari güçlendirmektedir. Daha da önemlisi, dendritik hücrelerin olgunlasmasini ve farklilasmasini hizlandirarak THi hücre aktivasyonunu güçlendirmekte ve CD4 T hücresi destegi olmadan da yüksek düzeyde sitotoksik T-lenfosit (STL) olusmasini saglamaktadir. TLR9 uyarisiyla indüklenen TH] yönelimi, alum ve normal olarak Tm yönelimini destekleyen tamainlanmamis Freund adjüvani (incomplete Freundis adjuvant - IFA) gibi asi adjüvanlarinin varliginda da korunmaktadir. CpG oligonükleotidleri, baska adjüvanlarla birlikte veya mikropartikül, nanopartikül, lipid emülsiyonu formülasyonlarinda ya da buna benzer, özellikle antijenin zayif oldugu durumlarda güçlü bir yanit indüklemek için gerekli olan formülasyonlarda formüle edildikleri veya bunlarla birlikte uygulandiklarinda, daha güçlü bir adjüvan etkisi gösterirler. Bunlar ayrica, immün yaniti hizlandirarak bazi deneylerde CpG olmadan tam dozlu asiya verilen antikor yanitiyla karsilastirilabilir bir etkiyi, yaklasik iki büyüklük kertesi düsürülmüs antijen dozuyla elde oligonükleotidlerinin nükleik asit olmayan adjüvanlarla birlikte kullanimini ve antij en spesifik immün yanit indükleme amaçli bir antijeni tarif etmektedir. CpG TLR9 antagonistlerinden biri de mevcut bulusun farmasötik bilesiminin tercih edilen bilesenlerinden biri olan ve Mologen (Berlin, Almanya) firmasi tarafindan üretilen dSLlMidir (double Stem Loop lmmunomodulator). TLR baglayan baska moleküller, örnegin RNA baglayan TLR 7, TLR 8 ve/veya TLR 9 da kullanilabilir.
Elverisli adjüvanlar için diger örnekler, yalnizca bunlarla sinirli olmamak üzere, kimyasal modifikasyona tabi tutulmus CpGiler (örn. CpR, Idera), Poli(I:C) gibi dsRNA analoglari ve bunlarin türevleri (örn. AmpliGen®, Hiltonol®, poly-(ICLC), poly(IC-R), poly(I:C12U)), CpG olmayan bakteriyel DNA veya RNA, ayrica siklofosfamid, sunitinib, bevacizumab, celebrex, NCX-4016, sildenatil, tadalafil, vardenafil, sorafenib, temozolomide, temsirolimus, immünoaktif küçük moleküller ve antikorlar, immün sistemin kilit yapilarini hedef alan diger antikorlar (örn. anti-CD40, anti-TGFbeta, anti-TNFalfa reseptörü) ve SC58175 gibi terapötik amaçlarla ve/veya adjüvan olarak kullanilan maddelerdir. Mevcut bulus açisindan elverisli olan adjüvan ve adititlerin miktar ve konsantrasyonlari yetkin bir uzman tarafindan gereksiz deneylere basvurmadan kolayca belirlenebilir.
Tercih edilen adjüvanlar imiquimod, resiquimod, GM-CSF, siklofosfamid, sunitinib, bevacizumab, interferon-alfa, CpG oligonükleotidler ve türevleri, poly-(IzC) ve türevleri, RNA, sildenaiil ve PLG veya virozomlarla olusturulan partikülat formülasyonlaridir.
Tercih edilen somut bir örnekte, mevcut bulusa uygun farmasötik bilesimde adjüvan, Granülosit Makrofaj Koloni Uyarici Faktör (GM-CSF, sargramostim), imiquimod, resiquimod, ve interferon-alfa gibi koloni uyarici faktörlerden olusan bir gruptan seçilmistir.
Mevcut bulusa uygun farmasötik bilesimin tercih edilen somut bir örneginde adjüvan, Granülosit Makrofaj Koloni Uyarici Faktör (GM-CSF, sargramostim), immiquimod, resiquimod gibi koloni uyarici faktörlerden olusan bir gruptan seçilmistir.
Mevcut bulusa uygun farmasötik bilesimin tercih edilen somut bir örneginde adjüvan Bu bilesim subkutan, intradermal, intramüsküler ya da oral uygulama gibi parenteral uygulamalar için kullanilmaktadir. Bu amaçla, peptitler ve istege bagli olarak baska moleküller farmasötik açidan kabul edilebilir, tercihen su esasli, bir tasiyici içerisinde çözündürülür veya askiya alinir. Bilesim buna ek olarak tamponlar, baglayici ajanlar, patlayici ajanlar, seyrelticiler, aromalar, kayganlastiricilar vs. gibi yardimci maddeler içerebilir.
Peptitler ayni zamanda sitokin türünden immün uyarici maddelerle birlikte de uygulanabilir.
Bu tür bilesimlerde kullanilma olanagi olan yardimci maddelerin genis bir listesi örnegin A.
Kibbe, Handbook of Pharmaceutical Excipients, 3. Ed. 2000, American Pharmaceutical Association and Pharmaceutical Press kaynagindan alinabilir. Bilesim adenomatöz veya kanseröz hastaliklarin prevansiyonu, profilaksisi ve/veya tedavisi amaciyla kullanilabilir. Örnek niteliginde fonnülasyonlar EP2113253'te bulunabilir. Bununla birlikte, bulusa ait peptitlerin sayisina ve fiziko-kimyasal özelliklerine bagli olarak, stabilitesini 12 7 18 aydan daha uzun bir süre koruyacak özel peptit kombinasyonlarindan olusan formülasyonlar saglamak için daha fazla arastirmaya ihtiyaç vardir.
Mevcut bulus kanserin, özellikle küçük hücreli olmayan akciger karsinomunun, gastrik kanserin, renal hücre karsinomunun, kolon kanserinin, adenokarsinomun, prostat kanserinin, benign neoplazmanin ve malignant melanomun tedavisinde yararli olan bir ilaç saglamaktadir.
Mevcut bulus ayrica sunlardan olusan bir kit içermektedir: (a) mevcut bulusa ait bir peptidi, mevcut bulusa ait bir aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositi, mevcut bulusa ait bir antikoru, mevcut bulusa ait bir T hücre reseptörünü, mevcut bulusa ait nükleik asidi veya ifade vektörünü veya mevcut bulusa ait hücreyi içeren bir farinasötik bilesimi çözelti ya da liyofilize edilinis sekilde içeren bir kap; (b) liyofilize edilmis formülasyon için bir seyreltici veya sulandirma çözeltisi içeren ikinci bir kap; ve (c) istege bagli olarak, (i) çözeltinin kullanimi veya (ii) liyofilize edilmis formülasyonun sulandirilmasi ve/veya kullanimi için kullanma taliinatlari.
Kit ayrica bir veya birden fazla (iii) tampon, (iv) bir seyreltici, (v) bir filtre, (vi) bir igne veya (vii) bir enjektör veya SEQ ID No. 1 ilâ SEQ ID No. 27 ve SEQ ID No. 29 ilâ SEQ ID No. 131”den olusan gruptan seçilmis en az bir veya birden fazla peptit içerebilir. Kap tercihen bir sise, bir flakon, bir enjektör veya test tüpü olabilir ve çok amaçli bir kap olabilir. Farmasötik bilesim tercihen liyofilize edilmistir.
Mevcut bulusa ait kitler tercihen uygun bir kap içerisinde mevcut bulusa ait bir liyofilize formülasyon ve bunun sulandirilmasi ve/veya kullanilmasi için talimatlar içerir. Uygun kaplar arasinda örnegin sise, flakon (örnegin iki bölmeli flakonlar), enjektör (öm. iki bölmeli enjektörler) ve test tüpleri sayilabilir. Kap, plastik veya cam gibi çesitli materyallerden yapilmis olabilir. Tercihen, kit ve/veya kap sulandirmayla ve/veya kullaniinla ilgili talimatlar içerir, bunlar kabin üzerinde belirtilmis veya kapla birlikte verilmis olabilir. Örnegin, liyofilize edilmis formülasyonun yukarida belirtilen peptit konsantrasyonlarini olusturacak sekilde sulandirilmasi gerektigi etikette belirtilebilir. Etiket ayrica formülasyonun subkutan uygulama için elverisli oldugunu veya öngörüldügünü gösterebilir.
Formülasyonu içeren kap, sulandirilmis formülasyonun tekrar tekrar uygulanmasina (öm. 2 ilâ 6 uygulama) olanak saglayan birden fazla kullanimli bir flakon olabilir. Kit ayrica uygun bir seyreltici (öm. sodyum bikarbonat çözeltisi) içeren ikinci bir kap kapsayabilir.
Seyreltici ile liyofilize formülasyon karistirildiktan sonra, sulandirilmis formülasyonda olusan nihai peptit konsantrasyonu tercihen en az 0,15 mg/ml/peptit (:75 ug) ve tercihen en fazla 3 mg/ml/peptit (:1500 ug) olacaktir. Kit ayrica ticari açidan ya da kullanici açisindan arzu edilen, örnegin baska tamponlar, seyrelticiler, filtreler, igneler, enjektörler ve kullanim talimati içeren ambalaj prospektüsleri gibi baska materyalleri de kapsayabilir.
Mevcut bulusa ait kitler, mevcut bulusa ait farrnasötik bilesimlerin formülasyonlarini baska bilesenlerle birlikte (örn. baska maddeler veya bu baska maddelerin farmasötik bilesimleri) ya da tek basina içeren tek bir kaptan ya da her bileseni ayri ayri içeren degisik kaplardan olusabilir.
Tercihen, bulusa ait kitler, ekte verilen ikinci bir maddeyle (örnegin adjüvanlar (öm. GM- CSF), bir kemoterapötik ajan, dogal bir ürün, bir hormon, veya antagonist, bir anti anjiyogenez ajani veya inhibitörü, apoptoz indükleyici bir ajan veya bir selatör) ya da ondan olusan bir farmasötik bilesimle kombineli olarak kullanilacak sekilde ambalajlanmis, bulusa ait bir formülasyon içerir . Kitin bilesenleri önceden kompleks haline getirilmis ya da her bilesen hastaya uygulanmadan önce ayri kaplara konmus olabilir. Kitin bilesenleri tercihen sulu çözelti ve daha da tercih edilen sekliyle steril bir sulu çözelti olmak üzere, bir veya birden fazla sivi çözelti içerisinde temin edilebilir. Kitin bilesenleri kati madde olarak da temin edilebilir. Bunlar, tercihen ayri bir kapta sunulan, uygun çözücüler katilarak sivi hale getirilebilir.
Terapötik kitin kabi bir Ilakon, test tüpü, küçük sise, sise, enjektör veya herhangi bir kati madde veya sivi kabi olabilir. Normal olarak, birden fazla bilesenin mevcut oldugu durumlarda, ayri ayri dozlamaya olanak saglamak amaciyla kit ikinci bir flakon veya baska bir kap içerecektir. Kit ayrica farmasötik açidan kabul edilir bir sivi için baska bir kap içerebilir. Tercihen, bir terapötik kit, mevcut kitin bilesenlerini olusturan mevcut bulusa ait maddelerin uygulanmasini saglayan bir alet içerir (örn. bir veya birden fazla igne, enjektörler, Mevcut formülasyon, peptitlerin herhangi bir kabul edilir yoldan, örnegin oral (enteral), nazal, oftal, subkutan, intraderinal, intramüsküler, intravenöz veya transdermal uygulanmasi için uygun olan formülasyondur. Uygulama tercihen s.c., ve en çok tercih edilen sekliyle i.d.,dir.
Uygulama infüzyon pompasiyla yapilabilir.
SEQ ID No. 28,den türetilen bulusa ait peptit glioblastomadan izole edildiginden bulusa ait ilaç tercihen glioblastoma tedavisinde kullanilmaktadir.
Simdi mevcut bulus asagida, onun tercih edilen somut uygulamalarini tasvir eden, ancak bunlarla sinirli olmayan, örneklerle açiklanacaktir.
Sekil 1: lGFZBP3-001'in primer tümör numunesi glioblastoma üzerinde sunuldugunu gösteren örnek niteliginde kütle spektrumu. NanoESl-SKKS, 6010 no'lu glioblastoma Da, 2 = 2 için alinan kütle spektrumu 48,76 dk alikonma süresinde bir peptit piki gösterdi. B) sinyali olusturdu. C) Seçilen m/z 536,3229 prekürsörüyle gerçeklestirilen ve verilen alikoyma zamaninda nanoESI-LCMS deneyinde kaydedilen bir çarpismayla indüklenen parçalanmali kütle spektrumu glioblastoma 6010 tümör numunesinde IGF2BP3-001'in varligini onayladi.
D) Sentetik IGF2BP3-001 referans peptidinin parçalanma örnegi kaydedildi ve dizini onaylamak amaciyla, C'de gösterilen, dogal TUMAP'in parçalanmasiyla olusturulmus örnek ile karsilastirildi.
Sekil 2: Normal dokuda ve 25 glioblastoma kanser numunesinde seçili proteinlerin mRNA'larinin ifade profilleri. a) CSRP2 (Probeset ID: 211126_s_at); b) PTPRZl (Probeset Sekil 3: Seçili HLA klas l peptitlerinin sunum profilleri. Her bir peptit için ortalama numune sunumunu ve deney tekrarlari arasindaki degiskenlikleri gösteren bir sunum profili hesaplandi. Profil, ilgi konusu tümör biriminin numunelerini karsilastirma amaciyla normal bir doku numunesinin taban çizgisiyle yan yana göstermektedir. a) CSRP; Sekil 4: HLA*A02 ve HLA*A24 için klas I TUMAP'larin peptit spesifik in vitro immünojenisitesinin örnek niteliginde sonuçlari. Spesifik CD8+ T hücreleri, her biri iki farkli florokroma bagli HLA multimerleri ile boyandi. Noktali plotlar uyarici peptitler için MHC multimer çift-pozitif popülasyonlari (soldaki paneller) ve ilgili negatif kontrol uyarimlarini (sagdaki paneller) göstermektedir. ÖRNEKLER Hücre yüzeyinde sunulan tümör iliskili peptitlerin tanimlanmasi ve kantitasyonu Doku numuneleri Hastalardan alinan tümör dokulari Almanya,daki Heidelberg Üniversitesi ve Tübingen Üniversitesi ile Isviçre”deki Cenevre Üniversitesi tarafindan saglandi. Tüm hastalardan ameliyat öncesinde yazili aydinlatilmis onam alindi. Dokular ameliyatin hemen ardindan sivi nitrojenle sok donduruldu ve TUMAP'lar izole edilinceye kadar -80°C'de saklandi.
HLA peptitlerinin doku numunelerinden izole edilmesi HLA peptit havuzlari sok dondurulmus doku numunelerinden küçük çapta degistirilmis bir BB7.2, HLA-A, -B, -C-spesifik antikor W6/32 kullanilarak kati dokudan immün çökertme, CNBr ile aktive edilmis sefaroz, asit islemi ve ultrafiltrasyon yöntemleriyle elde edildi.
Yöntemler Elde edilen HLA peptit havuzlari ters faz kromatografi (Acquity UPLC system, Waters) kullanilarak hidrofobisitelerine göre ayrildi ve elue olan peptitler ESI kaynagiyla donatilmis bir LTQ- Orbitrap hibrit kütle spektrometresinde (ThermoElectron) analiz edildi. Peptit havuzlari dogrudan, 1,7 um C18 ters faz materyaliyle (Waters) doldurulmus, analitik, kaynasmis silika mikro kapiller kolona (75 um iç çap x 250 mm) yüklendi ve dakikada 400 nl akis hizi uygulandi. Ardindan peptitler %10 ilâ %33 B arasinda, iki kademeli 180 dakikalik ikili gradient ile dakikada 300 nl akis hiziyla ayristirildi. Gradient, Solvent A (su içinde %0,l formik asit) ve Solvent B'den (asetonitril içinde %0,l formik asit) olusuyordu. Numunelerin nanoESI kaynagina uygulanmasi altin kaplamali bir cam kapiller (PicoTip, New Objective) ile gerçeklestirildi. LTQ-Orbitrap kütle spektrometresi veri bagimli modda, TOP5 stratejisi uygulanarak çalistirildi. Kisaca, orbitrap'ta (R = 30 000) yüksek kütle hassasliginda tam taramali bir tarama döngüsü baslatildi, bunu, önceden seçilen iyonlarin dinamik olarak dislandigi, yine orbitrapta (R : 7500) gerçeklestirilen, en bol 5 prekürsör iyonuna yönelik bir MS/MS taramasi izledi. Tandem kitle spektrumlari SEQUEST ile yorumlandi ve manuel olarak kontrol edildi. Tanimlanan peptit dizini, olusturulan dogal peptit parçalanma paterni ile es dizinli sentetik peptidin parçalanma paterni karsilastirilarak dogrulandi. Sekil 1'de örnek niteliginde MHC klas I iliskili IGF2BP3-001 peptidi için tümör dokusundan elde edilen bir spektruin ve peptidin UPLC sistemindeki elüsyon profili gösterilmektedir.
Isaretsiz göreceli LC-MS kantitasyonu iyon sayimi yöntemiyle, yani LC-MS özelliklerinin ekstraksiyonu ve analizi yoluyla gerçeklestirildi (Mueller et al., 2007). Yöntem, peptidin LC- MS sinyal alanlarinin numunedeki bolluk oraniyla iliskili oldugundan yola çikmaktadir.
Ekstre edilen özellikler ayrica yük durumu dekonvolüsyonu ve alikonma sürelerinin uyumlandirilmasi yöntemleriyle islendi (Mueller et al., 2007). Son olarak, farkli numunelerin ve dokularin kantitatif verilerini peptit sunum profilleriyle kombine etmek için tüin LC-MS özellikleri dizin tanimlama sonuçlariyla çapraz referanslandirildi. Teknik ve biyolojik tekrarlar arasindaki farkliliklari hesaba katinak için kantitatif veriler merkezi egilime göre iki kadeineli bir yaklasimla normalize edildi. Böylece, tanimlanan her peptit kantitatif verilerle iliskilendirilebilmekte ve numunelerle dokular arasinda göreceli kantifikasyona olanak saglanmaktadir. Buna ek olarak, peptit adaylari için elde edilen tüm kantitatif veriler veri tutarliligini garanti etmek ve otomatik analizin dogrulugunu onaylamak için manuel olarak denetlendi. Her peptit için ortalama numune sunumunu ve tekrarlanan deneylerdeki degiskenlikleri gösteren bir sunum profili hesaplandi. Profil, glioblastoma numunelerini normal doku numunelerinin taban çizgisiyle yan yana göstermektedir.
Asiri sunulan peptitlerin örnek niteligindeki sunuin profilleri Sekil 3 ,te gösterilmistir.
Ifsa edildigi sekliyle peptitleri kodlayan genlerin ifade profilinin çikarilmasi MHC molekülleri tarafindan tümör hücrelerinin yüzeyinde sunuldugu tespit edilen her peptit immünoterapi için uygun degildir, çünkü bu peptitlerin çogunlugu birçok hücre tipi tarafindan ifade edilen normal hücre proteinlerinden kaynaklanmaktadir. Bu peptitlerin yalnizca birkaçi tümör iliskilidir ve olasilikla türedikleri tümörü yüksek ölçüde spesifik olarak taniyacak T hücrelerini indükleme yetenegine sahiptir. Bulusu yapanlar, bu tür peptitleri tespit etmek ve asidan kaynaklanabilecek otoimmünite riskini en aza indirgemek için normal dokularin çogunlugunun aksine tümör hücrelerinde asiri ifade edilen proteinlerden elde edilen peptitlere odaklanmislardir.
Ideal peptit, tümöre mahsus olan ve baska dokularda bulunmayan bir proteinden elde edilen bir peptit olacaktir. Ifade profilleri ideal peptidinkine benzer genlerden kaynaklanan peptitleri tespit etmek için, tanimlanan peptitler proteinlere ve bunlarin kaynaklandigi genlere atanmis ve bu genlerin ifade profilleri çikartilmistir.
RNA kaynaklari ve preparasyon Her hastadan yazili aydinlatilmis onam alindiktan sonra cerrahiyle çikarilan doku numuneleri listesi Örnek 1,de verilen çesitli kurumlardan saglandi. Tümör dokusu numuneleri ameliyatin hemen ardindan sivi nitrojenle sok donduruldu ve daha sonra sivi nitrojen altinda havanda homojenize edildi. Total RNA bu numunelerden TRl Reagent reaktifi (Ambion, Darmstadt, Almanya) kullanilarak hazirlandi, bunu RNeasy (QlAGEN, Hilden, Alinanya) ile bir saflastirma adimi izledi; her iki islem üreticilerin protokolüne göre gerçeklestirildi.
Saglikli insan dokusundan total RNA piyasadan temin edildi (Ambion, Huntingdon, Ingiltere; Clontech, Heidelberg, Almanya; Stratagene, Amsterdam, Hollanda; BioChain, Hayward, CA, ABD). Degisik bireylerin (2 ilâ 123 arasinda birey) RNA'lari her bireyin RNA'si esit agirlikli olacak sekilde karistirildi.
Tüm RNA nuinunelerinin kalite ve miktari, RNA 6000 Pico LabChip Kit (Agilent) kullanilarak bir Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, Waldbronn, Germany) analizörüyle onaylandi.
Mikrodizi deneyleri Tüm tümör ve normal doku RNA numunelerinin gen ifadesi analizleri Affymetrix Human Genome (HG) U133A veya HG-Ul33 Plus 2.0 oligonükleotid inikrodizileriyle (Affymetrix, Santa Clara, CA, ABD) gerçeklestirildi. Tüm adimlar Affymetrix el kitabi dogrultusunda uygulandi. Kisaca, çift Zincirli cDNA, ve oligo-dT-T7 primer (MWG Biotech, Ebersberg, Almanya) kullanilarak kilavuzda tarif edildigi gibi sentezlendi. In vitro transkripsiyon U133A dizilerinde BioArray High Yield RNA Transcript Labelling Kit (ENZO Diagnostics, Inc., Farmingdale, NY, ABD) veya U133 Plus kullanilarak gerçeklestirildi, bunu CRNA fragmentasyonu, hibridizasyon, streptavidin-fikoeritrin ve biotinlenmis anti- streptavidin antikoru (Molecular Probes, Leiden, Hollanda) ile boyama islemleri izledi.
Görüntüler Agilent 2500A GeneArray Scanner (U133A) veya Affymetrix Gene-Chip Scanner ile, tüm parametreler varsayilan degerlere ayarlanarak analiz edildi. Normalizasyon için Affymetrix tarafindan tedarik edilen 100 referans gen kullanildi. Göreceli ifade degerleri yazilimin sagladigi sinyal günlügü oranlarindan hesaplandi ve normal böbrek numunesi istege göre 1.0 degerine ayarlandi.
Ifsa edildigi sekliyle glioblastomada yüksek düzeyde asiri ya da münhasiran ifade edilen kaynak genlerin örnek niteligindeki ifade profilleri Sekil 2'de gösterilmistir.
Glioblastoma MHC klas I sunumlu peptitlerin in vitro immünojenisitesi Ifsa edildigi sekliyle TUMAP'larin immünojenisitesi hakkinda bilgi elde etmek amaciyla CD8+ T hücrelerinin peptit/MHC kompleksleri ve anti-CD28 antikoruyla yüklü yapay antijen sunan hücreler (aAPC'ler) ile tekrarli uyarilmasina dayanan bir in vitro T hücre hazirlaina deneyi kullanarak arastirmalar yaptik. Böylece, ifsa edilen sekliyle 69 HLA- A*0201 ve 58 HLA-A*24 kisitli TUMAP için immünojenisite bulgusu ortaya koyduk ve bu peptitlerin insanda mevcut olan CD8+ öncül T hücrelerine karsi T hücre epitopu oldugunu gösterdik.
CD8+ T hücrelerinin in vitro kosullarda hazirlanmasi (priming) Peptit-MHC kompleksi (pMHC) ve anti-CD28 antikoru yüklenmis yapay antijen sunan hücrelerin (aAPC) in vitro kosullarda uyarilmasini gerçeklestirmek için önce, yazili aydinlatilmis onam alindiktan sonra Tübingen Transfüzyon Saglik Merkezi tarafindan saglikli donörlerden elde edilmis taze HLA-A*02 lökaferez ürünlerinden CD8 MicroBeads (Miltenyi Biotec, Bergisch-Gladbach, Almanya) kullanarak pozitif seçim yöntemiyle CD8+ T hücreleri izole ettik.
Izole edilen CD8+ lenfositleri veya PBMC'ler, %10, isiyla inaktive edilmis, insan AB serumu (PAN Biotech, Aidenbach, Almanya), 100 U/ml penisilin/ 100 tig/ml streptomisin (Cambrex, Köln, Almanya), 1 mM sodyum piruvat (CC Pro, Oberdorla, Almanya), 20 tig/ml gentamisin (Cambrex) katkili RPMI-Glutamax'tan (Invitrogen, Karlsruhe, Germany) olusan T hücresi ortaminda (TCM) kullanilincaya kadar inkübe edildi. Bu kültür kademesinde TCM'ye 2,5 ng/ml IL-7 (PromoCell, Heidelberg, Almanya) ve 10 U/ml IL-2 de (Novartis Pharma, Nürnberg, Almanya) katildi. pMHC/anti-CD28 kapli boncuklarin olusturulmasi, T hücresi uyarimlari ve disa okuma yüksek ölçüde tanimlanmis bir in vitro sistemde, uyarim durumu basina dört farkli pMHC molekülü ve disa okuma durumu basina 8 farkli pMHC molekülü kullanilarak gerçeklestirildi. aAPC yükleme ve sitometrik disa okuma amaciyla kullanilan tüm pMHC kompleksleri küçük degisikliklerle UV indüklü MHC ligand degistiriminden türetildi. Degistirim sonucu elde edilen pMHC monomerinin miktarini belirlemek için (Rodenko et al., 2006) makalesine uygun bir sekilde streptavidin bazli sandviç ELISA'lar icra ettik. Saflastirilmis es uyarici fare IgG2a anti insan CD28 Ab Sulfo-N- hydroxysuccinimidobiotin kullanilarak üretici tarafindan (Perbio, Bonn, Germany) önerildigi sekilde kimyasal olarak biotinlendi. Boncuk olarak 5,6 um çapinda, streptavidin kapli polistren parçaciklar kullanildi (Bangs Laboratories, lllinois, ABD).
Yüksek immünojenik ve düsük immünojenik uyarimlarin kontrolleri olarak sirasiyla A*0201/MLA-001 (modifiye edilmis Melan-A/MART-l'den elde edilmis ELAGIGILTV peptidi) ve A* pMHC'leri kullanildi. kaplandi, yikandi ve ardindan 200 uHik bir hacim içerisinde 600 ng biotin anti-CD28 katildi.
(PromoCell) katkili TCM'de, 2)(105 yikanmis kapli boncukla birlikte 37°C'de 3-4 gün inkübe edilmesiyle baslatildi. Ardindan, ortamin yarisi, 80 U/ml IL-2 katkili taze TCM ile degistirildi ve inkübasyona 37°C'de 3-4 gün devam edildi. Bu uyarim döngüsü, durum basina 12 ayri kuyucuk olmak üzere, toplam olarak üç kez uygulandi. Durum basina 8 farkli pMHC molekülü kullanilarak gerçeklestirilen pMHC multimer disa okuma islemi için, daha önce tarif edildigi sekliyle (Andersen et al., 2012), 5 farkli florokroma kuplaj islemini de kapsayan küçük degisikliklerle iki boyutlu bir birlesimsel kodlama yaklasimi kullanildi. Son olarak, hücreler Live/dead-Aqua yakin IR boyasi (lnvitrogen, Karlsruhe, Almanya), CD8-FlTC antikor klonu SKl (BD, Heidelberg, Almanya) ve floresan pMHC multimerleriyle boyanarak multimer analizleri icra edildi. Analiz için, uygun lazer ve filtrelerle donatilmis bir BD LSRII SORP sitometresi kullanildi. Peptit spesifik hücreler toplam CD8+ hücrelerinin yüzdesi olarak hesaplandi. Multimerik analizler FlowJo yazilimi (Tree Star, Oregon, ABD) kullanilarak degerlendirildi. Spesifik multimer+ CD8+ lenfositlerinin in vitro hazirlanmasi (priming) ilgisiz kontrol uyarimlariyla karsilastirma yoluyla belirlendi. Belli bir antijenle ilgili olarak immünojenisiteden bahsetmek için in vitro uyariinin ardindan, degerlendirilebilir bir in vitro uyarim görülen, saglikli bir donöre ait en az bir kuyucukta spesifik bir CD8+ T hücre hatti bulunmasi (yani bu kuyucugun CD8+ T hücreleri arasinda en az %1 spesifik multimer+ hücre bulunmasi ve spesifik multimer+ hücre yüzdesinin ilgisiz kontrol uyarimlarinin ortalamasinin en az 10 kati olmasi) gerekiyordu.
Glioblastoma peptitlerinin in vitro immünojenisitesi Incelenen HLA klas I peptitlerde in vitro immünojenisite peptit spesifik T hücre hatlari olusturularak gösterildi. Ifsa edildigi sekliyle iki peptit için TUMAP spesifik multimer boyama sonrasi akis sitometrisi sonuçlari ilgili negatif` kontroller ile birlikte Sekil 4'te Tablo Sa ve blde toparlanmistir.
Tablo Sa: Ifsa edildigi sekliyle HLA-A*02 klas I peptitlerinin in vitro immünojenisitesi Ifsa edildigi sekliyle, basvuru sahibi tarafindan peptitler için icra edilen in vitro immünoj enisite deneylerine ait örnek niteliginde sonuçlar.
NO: Peptit Kodu Kuyucuklar Donörler 68 ABCA13-001 + ++ 37 ADORA3-001 + ++ ANKRD40-001 + +++ 27 ASIC4-001 + ++ 51 ECA-002 ++++ ++++(100%) 13 ECA-003 + ++ 69 CCNB1-002 + +++ 45 CCT-001 + +++ 52 CDK4-001 ++ ++++ 48 CHCHD2-005 + +++ 18 CLU-OOI + ++ 70 CNOT1-002 + ++ 28 COL20-001 + ++ 23 CPTlC-OOI + ++ 60 CSP-OOl + +++ 1 CSRP2-001 ++ ++++( 100%) 63 DCA-001 + ++ 41 DPP3-001 + +++ 65 DPYSL4-001 + ++ 67 DROSHA-OOI + ++ 29 EGFR-OOS + ++ 43 EIF4E-001 + +++ 3 ELOVL2-001 + ++++ 59 FABP7-001 + ++++ 21 GPR98-001 + ++ 40 GRI-OOl + ++ 17 GRI-002 + ++ 8 GRIK3-001 + ++++ 22 GYG2-001 + ++ 66 IGF2BP3-001 + +++ 32 IRS-OO] + +++ J AK-001 + ++ 12 KCN-OOZ + +++ 6 KIF 1 A-001 ++ +++ 53 MAGEF 1 -001 ++ ++++ 14 MAGI2-001 + ++ 47 MAP 1B-001 + +++ MAP 1 B-002 + ++ 4 MTSS lL-OO 1 +++ ++++(100%) 33 NAT8L-001 + ++++ 36 NCAN-OOI + ++++(100%) 55 NLGN4X-001 ++ ++++(100%) 39 NLGN4X-002 + ++ 1 1 NLGN4Y-001 + ++++ 46 NOC4-001 + +++ 33 NPAS3-001 + ++ 57 NRCAM-OOI + ++++(100%) 61 ORMDLl-002 + +++ 7 PCDHGCS-OOI + ++++(100%) 64 PCNXL3-001 + ++ 44 PLEKHA4-001 + +++ 26 FTP-001 + ++ FTP-002 + +++ 54 FTP-003 + ++++ 50 FTP-005 ++ ++++ PTP-O 12 + ++ PTP-O 13 + ++++ 16 SCARA3-001 + ++ 9 SEZ6L-001 + ++++ 2 SLC10A4-001 ++ +++ SLC10A4-002 + +++ 24 SLC35E1-002 + ++ 49 SOX-OOl + ++++ 62 TACC3-001 + ++ 34 TNC-OOl + ++ 42 USPl 1-001 ++ ++++ 56 VPS l3B-001 ++ ++++(100%) 31 WLS-002 + +++ Tablo 5b: Bulusa ait HLA-A*24 klas I peptitlerin in vitro immünojenisitesi Bulusu yapanlar tarafindan bulusa ait peptitler için icra edilen in vitro immünojenisite deneylerine ait örnek niteliginde sonuçlar.
NO: Peptit Kodu Kuyucuklar Donörler 74 TMEM255A-001 + ++ 75 ST8SIA5-001 ++ ++++ 77 GRIK3-002 + ++++ 78 FTP-014 + ++ 79 FTP-019 + ++ 80 FABP7-002 + ++ 81 ZNF749-001 + ++ 82 DOCK7-002 + +++ 84 PJA2-001 + ++ 85 HEATRI-OOl + +++ 86 GPM-OO2 + +++ 87 CRBl-OOI + ++ 88 FTP-016 + ++ 89 FTP-015 + ++ 90 FTP-018 + ++++ 91 OLIG2-001 + ++ 92 VCAN-003 + +++ 93 SMOX-OOI + ++ 94 EXOC7-001 + ++ 95 LZTS] -001 + ++ 96 FADS2-003 + +++ 97 TMEM231-001 + +++ 98 ASCLl-OOl + ++ 99 UNKN-003 + ++ 100 NKA-OOI + ++ 101 PCD-002 + ++ 102 ARHGAP2l-001 + ++ 103 PNMA2-001 + ++ 104 FADS2-002 + ++++ 105 APC-001 + ++ 106 WASL-OOl + ++++ 107 SLC-002 + ++ 108 TENM4-001 + ++ 109 ZNFS3-001 ++ +++ 1 10 EFCAB7-001 + ++ 1 1 1 DOCK7-003 + ++ 1 12 BMP7-001 + ++ 1 13 ITGA7-001 + ++ 114 RPL-OOI + ++ 115 HS2-001 + ++ 116 VIM-002 + ++ 117 IFT17-001 + +++ 118 GAB-001 + ++ 1 19 CDCA7L-001 + ++ 120 SCARA3-002 + ++ 121 SSR] -001 + ++ 122 NROBl-OO] + ++ 123 LNX1-001 + ++ 124 EP4-001 + ++ 125 KIFlB-OOl + ++ 126 RHOBTB3-001 + ++ 127 KIF7-001 + ++ 128 KIFlB-002 + ++ 129 MAPK6-001 + ++ 130 ASPM-002 + +++ 131 SMC4-001 + ++

Claims (14)

    ISTEMLER
  1. l. SEQ ID NO. 28'den olusan bir peptit veya onun farmasötik açidan kabul edilebilir bir tuzu.
  2. 2. Istem l'e uygun bir peptit olup özelligi, söz konusu peptidin, peptit bagi olmayan baglar içermesidir.
  3. 3. Aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositlerin (STL) üretilmesi için bir in vitro yöntem olup özelligi, yöntemin STL'lerin in vitro kosullarda, uygun bir antijen sunucu hücrenin veya antijen sunan hücreyi taklit eden yapay bir yapinin yüzeyi üzerinde ifade edilen antijen yüklü insan klas I MHC molekülleri ile temas ettirilmesi, temas süresinin söz konusu STL'leri antijen spesifik olarak aktiflestirmek için yeterli olmasi ve söz konusu antijenin Istem l'e uygun bir peptit olmasidir.
  4. 4. Istem 3'e uygun yöntemle üretilen aktiflestirilmis bir sitotoksik T lenfosit (STL) olup özelligi, Istem 1*de verilen bir amino asidi dizinini içeren bir polipeptidi anormal sekilde ifade eden bir hücreyi seçimli olarak tanimasidir.
  5. 5. Istein 1 veya 2°ye uygun peptidi ya da söz konusu peptidin bir MHC molekülüne baglanmis halini spesifik olarak taniyan bir antikor.
  6. 6. Amino asit dizini SEQ ID No. 28'den olusan bir HLA ligandi ile reaksiyona girisen bir T hücre reseptörü.
  7. 7. Istege bagli olarak bir heterolog promotör dizisine veya söz konusu nükleik asidi ifade eden bir ifade vektörüne baglanmis olmak üzere, Istem 1 veya Z'den herhangi birine uygun bir peptidi kodlayan bir nükleik asit, Istem 4”e uygun bir aktiflestirilmis sitotoksik T lenfosit, Istem 5”e uygun bir antikor veya Istem 6°ya uygun bir T hücre reseptörü.
  8. 8. Istem 7'ye uygun nükleik asidi veya ifade vektörünü içeren bir konak hücre.
  9. 9. Istem R'ya uygun bir konak hücre olup, özelligi söz konusu konak hücrenin antijen sunan bir hücre veya bir dendritik hücre olmasidir.
  10. 10. Bir hastaligin tedavisinde kullanilmak üzere, Istem 1 veya Z'den herhangi birine uygun bir peptit, Istein 4°e uygun bir aktiflestirilmis sitotoksik T lenfosit, Istem 5°e uygun bir antikor, Istem 6”ya uygun bir T hücre reseptörü, Istem 7`ye uygun nükleik asit veya ifade vektörü veya Istem 8 veya 9°a uygun hücre.
  11. ll. Tercihen bir farmasötik bilesim, örn. asi seklinde Istem 10`a göre kullanilmaya uygun peptit, aktiflestirilmis sitotoksik T lenfosit, antikor, T hücre reseptörü, nükleik asit veya ifade vektörü veya - 170 - EP-l9037 hücre olup, burada söz konusu hastalik kanseridir.
  12. 12. Istem ll'e göre kullanilmaya uygun farmasötik bilesim olup, burada söz konusu kanser astrositoma, pilositik astrositoma, disembriyoplastik nöroepitelyal tümör, oligodendrogliomalar, ependimoma, glioblastoma multiforme, karisik gliomalar, oligoastrositomalar, medulloblastoma, retinoblastoma, nöroblastoma, germinoma, teratoma, gangliogliomalar, gangliositoma, santral gangliositoma, primitit` nöroektodermal tümörler (PNET, örn. medulloblastoma, medulloepitelyoma, nöroblastoma, retinoblastoma, ependimoblastoma), pineal parankim tümörleri (örn. pineositoma, pineoblastoma), ependimal hücre tümörleri, koroid pleksus tümörleri, kaynagi belirsiz nöroepitelyal tümörler (öm. gliomatozis cerebri, astroblastoma), glioblastoma, prostat tümörü, meme kanseri, özofagus kanseri, kolorektal kanser, berrak hücreli renal hücre karsinomu, akciger kanseri, MSS, over, melanoin, pankreas kanseri, skuamöz hücre karsinomu, lösemi, medulloblastoma, kolon, rektum, mide, böbrek, akciger, pankreas, prostat ve cilt kanserleri arasindan seçilir.
  13. 13. Asagidakileri içeren bir kit: a) Istem 1 veya 2'den herhangi birine uygun bir peptidi, Istem 4,6 uygun bir aktiflestirilmis sitotoksik T lenfositi, Istem 5'e uygun bir antikoru, Istem 6`ya uygun bir T hücre reseptörünü, Istem 7`ye uygun nükleik asidi veya ifade vektörünü, Istein 8 veya 9'a uygun bir hücreyi çözelti olarak veya liyofilizat seklinde içeren bir farmasötik bilesimi içeren bir kap, b) liyotilize edilmis formülasyon için bir seyreltici veya sulandirma çözeltisi içeren ikinci bir c) istege bagli olarak, (i) çözelti için veya (ii) sulandirma ve/veya liyofilize edilmis formülasyon için kullanma talimatlari.
  14. 14. Istem 13'e uygun kit olup, özelligi ayrica sunlari içermesidir: d) SEQ ID No. 1 ilâ SEQ ID No. 27'den ve SEQ ID No. 29 ilâ SEQ ID No. 131'den seçilmis en az bir veya birden fazla peptit.
TR2019/09021T 2013-11-04 2014-11-03 Çeşitli nöronal tümörlere ve beyin tümörlerine karşı kişiselleştirilmiş immünoterapi. TR201909021T4 (tr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361899680P 2013-11-04 2013-11-04
GBGB1319446.9A GB201319446D0 (en) 2013-11-04 2013-11-04 Personalized immunotherapy against several neuronal and brain tumors

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TR201909021T4 true TR201909021T4 (tr) 2019-07-22

Family

ID=49767624

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TR2019/09021T TR201909021T4 (tr) 2013-11-04 2014-11-03 Çeşitli nöronal tümörlere ve beyin tümörlerine karşı kişiselleştirilmiş immünoterapi.

Country Status (27)

Country Link
US (9) US10946064B2 (tr)
EP (3) EP4253401A3 (tr)
JP (2) JP6632982B2 (tr)
KR (3) KR102414447B1 (tr)
CN (2) CN105793280B (tr)
AU (3) AU2014343599B2 (tr)
BR (1) BR112016009402A2 (tr)
CA (1) CA2929445A1 (tr)
CU (1) CU20160060A7 (tr)
CY (1) CY1121691T1 (tr)
DK (1) DK3066115T3 (tr)
EA (1) EA036517B1 (tr)
ES (1) ES2733517T3 (tr)
GB (1) GB201319446D0 (tr)
HR (1) HRP20191009T1 (tr)
HU (1) HUE045038T2 (tr)
LT (1) LT3066115T (tr)
ME (1) ME03458B (tr)
MX (1) MX2016005866A (tr)
PL (1) PL3066115T3 (tr)
PT (1) PT3066115T (tr)
RS (1) RS59031B1 (tr)
SG (2) SG11201603299PA (tr)
SI (1) SI3066115T1 (tr)
TR (1) TR201909021T4 (tr)
UA (1) UA124048C2 (tr)
WO (1) WO2015063302A2 (tr)

Families Citing this family (77)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10704021B2 (en) 2012-03-15 2020-07-07 Flodesign Sonics, Inc. Acoustic perfusion devices
TWI777198B (zh) * 2013-08-05 2022-09-11 德商伊瑪提克斯生物科技有限公司 新穎肽類，細胞及其用於治療多種腫瘤的用途，其製造方法及包含其等之醫藥組成物（七）
MX2019013161A (es) * 2013-11-04 2020-02-03 Immatics Biotechnologies Gmbh Inmunoterapia personalizada contra diversos tumores cerebrales y neuronales.
US9725710B2 (en) 2014-01-08 2017-08-08 Flodesign Sonics, Inc. Acoustophoresis device with dual acoustophoretic chamber
US10000533B2 (en) * 2014-06-20 2018-06-19 Immatics Biotechnologies Gmbh Immunotherapy against several tumors of the blood, in particular chronic lymphoid leukemia (CLL)
WO2016174085A1 (en) * 2015-04-27 2016-11-03 Cancer Research Technology Limited Method for treating cancer
US11377651B2 (en) 2016-10-19 2022-07-05 Flodesign Sonics, Inc. Cell therapy processes utilizing acoustophoresis
US11708572B2 (en) 2015-04-29 2023-07-25 Flodesign Sonics, Inc. Acoustic cell separation techniques and processes
GB201507719D0 (en) 2015-05-06 2015-06-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides and scaffolds thereof for use in immunotherapy against colorectal carcinoma (CRC) and other cancers
PE20180253A1 (es) * 2015-06-19 2018-02-02 Immatics Biotechnologies Gmbh Nuevos peptidos y nuevas combinaciones de peptidos para el uso en la inmunoterapia y metodos para crear soportes para el uso contra el cancer de pancreas y otros tipos de cancer
MY189596A (en) * 2015-07-15 2022-02-18 Immatics Biotechnologies Gmbh A novel peptides for use in immunotherapy against epithelial ovarian cancer and other cancers
CN105092859B (zh) * 2015-08-04 2016-09-14 中国农业大学 Net49蛋白作为糖尿病生物标记物及治疗靶点的应用
GB201513921D0 (en) 2015-08-05 2015-09-23 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against prostate cancer and other cancers
GB201516047D0 (en) 2015-09-10 2015-10-28 Cancer Rec Tech Ltd Method
GB201520567D0 (en) * 2015-11-23 2016-01-06 Immunocore Ltd & Adaptimmune Ltd Peptides
GB201520550D0 (en) 2015-11-23 2016-01-06 Immunocore Ltd & Adaptimmune Ltd Peptides
GB201520568D0 (en) 2015-11-23 2016-01-06 Immunocore Ltd Peptides
WO2017095632A1 (en) 2015-11-30 2017-06-08 Mayo Foundation For Medical Education And Research Heatr1 as a marker for chemoresistance
GB201521746D0 (en) 2015-12-10 2016-01-27 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against CLL and other cancers
GB201521894D0 (en) 2015-12-11 2016-01-27 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against various cancers
US10383896B2 (en) 2015-12-11 2019-08-20 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against various cancers
MY196837A (en) 2015-12-11 2023-05-03 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against various cancers
SG11201804957VA (en) 2015-12-16 2018-07-30 Gritstone Oncology Inc Neoantigen identification, manufacture, and use
GB201522667D0 (en) 2015-12-22 2016-02-03 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against breast cancer and other cancers
SG10202111399YA (en) 2015-12-22 2021-11-29 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against breast cancer and other cancers
GB201603568D0 (en) * 2016-03-01 2016-04-13 Immatics Biotechnologies Gmbh Efficient treatment options including peptides and combination of peptide and cell based medicaments for use in immunotherapy against urinary bladder cancer
GB201604494D0 (en) * 2016-03-16 2016-04-27 Immatics Biotechnologies Gmbh Transfected T-Cells and T-Cell receptors for use in immunotherapy against cancers
MY193474A (en) * 2016-03-16 2022-10-15 Immatics Biotechnologies Gmbh Transfected t-cells and t-cell receptors for use in immunotherapy against cancers
GB201604458D0 (en) * 2016-03-16 2016-04-27 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against cancers
GB201604490D0 (en) 2016-03-16 2016-04-27 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides combination of peptides for use in immunotherapy against cancers
US11214789B2 (en) 2016-05-03 2022-01-04 Flodesign Sonics, Inc. Concentration and washing of particles with acoustics
GB201609193D0 (en) * 2016-05-25 2016-07-06 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides, combination of peptides as targets for use in immunotherapy against gallbladder cancer and cholangiocarcinoma and other cancers
JP7075125B2 (ja) 2016-05-25 2022-05-25 イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー 標的としてのおよび胆嚢がんおよび胆管がんおよびその他のがんに対する免疫療法で使用するための新規ペプチド、ペプチド組み合わせ
TWI796299B (zh) * 2016-08-26 2023-03-21 德商英麥提克生物技術股份有限公司 用於頭頸鱗狀細胞癌和其他癌症免疫治療的新型肽和支架
AU2017363308B2 (en) * 2016-11-23 2024-08-08 Gritstone Bio, Inc. Viral delivery of neoantigens
KR102639592B1 (ko) 2016-12-08 2024-02-21 이매틱스 바이오테크놀로지스 게엠베하 짝짓기가 향상된 t 세포 수용체
DE102016123893A1 (de) 2016-12-08 2018-06-14 Immatics Biotechnologies Gmbh T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung
TWI796314B (zh) * 2017-01-27 2023-03-21 德商英麥提克生物技術股份有限公司 用於卵巢癌和其他癌症免疫治療的新型肽和肽組合物
NZ754139A (en) 2017-01-27 2022-07-01 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against ovarian cancer and other cancers
EA201991444A1 (ru) 2017-01-27 2019-12-30 Имматикс Байотекнолоджиз Гмбх Новые пептиды и комбинации пептидов для применения в иммунотерапии рака яичника и других видов рака
SG11201906969PA (en) 2017-02-01 2019-08-27 Modernatx Inc Immunomodulatory therapeutic mrna compositions encoding activating oncogene mutation peptides
BR112019021094A2 (pt) 2017-04-10 2020-05-12 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptídeos e combinações dos mesmos para uso na imunoterapia contra leucemias e outros cânceres
SG11201909153UA (en) * 2017-04-10 2019-10-30 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination thereof for use in the immunotherapy against cancers
WO2018189148A1 (en) 2017-04-10 2018-10-18 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination thereof for use in the immunotherapy against cancers
US10899819B2 (en) 2017-04-10 2021-01-26 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against leukemias and other cancers
BR112019023477A2 (pt) 2017-05-08 2020-06-30 Gritstone Oncology, Inc. vetores de neoantígeno de alfavírus
WO2018212237A1 (ja) * 2017-05-16 2018-11-22 学校法人 久留米大学 テーラーメイド型ペプチドワクチン剤に対する脳腫瘍患者の適格性を判定する方法
WO2019007974A1 (en) 2017-07-07 2019-01-10 Immatics Biotechnologies Gmbh NOVEL PEPTIDES AND COMBINATION OF PEPTIDES FOR USE IN IMMUNOTHERAPY OF LUNG CANCER, INCLUDING NSCLC, CPPC AND OTHER CANCERS
BR112019028070A2 (pt) 2017-07-07 2020-07-14 Immatics Biotechnologies Gmbh peptídeos e combinações de peptídeos para uso em imunoterapia contra câncer de pulmão, incluindo cpcnp, cppc e outros cânceres
JP7227237B2 (ja) 2017-10-10 2023-02-21 グリットストーン バイオ インコーポレイテッド ホットスポットを利用した新生抗原の特定
CN111630602A (zh) 2017-11-22 2020-09-04 磨石肿瘤生物技术公司 减少新抗原的接合表位呈递
KR102439221B1 (ko) 2017-12-14 2022-09-01 프로디자인 소닉스, 인크. 음향 트랜스듀서 구동기 및 제어기
KR20200118029A (ko) 2018-01-04 2020-10-14 아이코닉 테라퓨틱스, 인코포레이티드 항-조직 인자 항체, 항체-약물 결합체, 및 관련 방법
DE102018107224A1 (de) 2018-02-21 2019-08-22 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptide und Kombinationen von Peptiden nicht-kanonischen Ursprungs zur Verwendung in der Immuntherapie gegen verschiedene Krebsarten
CN108623661B (zh) * 2018-05-14 2021-04-27 中国医学科学院肿瘤医院 一种靶向胰腺癌肿瘤细胞的双特异性多肽分子探针及应用
TW202016131A (zh) 2018-05-16 2020-05-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 用於抗癌免疫治療的肽
DE102018115865A1 (de) * 2018-06-29 2020-02-20 Immatics Biotechnologies Gmbh A*03-restringierte Peptide zur Verwendung in der Immuntherapie gegen Krebs und verwandte Verfahren
US10925947B2 (en) 2018-06-29 2021-02-23 Immatics Biotechnologies Gmbh A*03 restricted peptides for use in immunotherapy against cancers and related methods
US11945850B2 (en) 2018-09-17 2024-04-02 Immatics Biotechnologies Gmbh B*44 restricted peptides for use in immunotherapy against cancers and related methods
TW202024121A (zh) 2018-09-18 2020-07-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 A*01 限制肽和肽組合物在抗癌免疫治療中的用途和相關方法
TW202039535A (zh) 2018-12-18 2020-11-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 B*08限制肽和肽組合物抗癌免疫治療和相關方法
CN109706065A (zh) * 2018-12-29 2019-05-03 深圳裕策生物科技有限公司 肿瘤新生抗原负荷检测装置及存储介质
CN109750040B (zh) * 2019-03-05 2023-05-12 上海市第七人民医院 Heatr1基因或蛋白的抑制剂在制备抗肿瘤药物中的应用
MX2021014525A (es) 2019-05-30 2022-03-17 Gritstone Bio Inc Adenovirus modificados.
US12036204B2 (en) 2019-07-26 2024-07-16 Eisai R&D Management Co., Ltd. Pharmaceutical composition for treating tumor
WO2021138209A1 (en) * 2020-01-02 2021-07-08 The Regents Of The University Of California Methods for culturing cancer cells and for inhibiting invasion of cancer
GR1010022B (el) * 2020-03-17 2021-06-01 Πανεπιστημιο Πατρων Μεθοδοι για προσδιορισμο της προγνωσης της επιβιωσης ενος ατομου με αδενοκαρκινωμα πνευμονα και της ανταποκρισης στη θεραπεια
KR20230046313A (ko) 2020-08-06 2023-04-05 그릿스톤 바이오, 인코포레이티드 다중에피토프 백신 카세트
CN112053785A (zh) * 2020-09-02 2020-12-08 北京小白世纪网络科技有限公司 基于冠心病诊断神经网络模型冠心病诊断方法及系统
US20230349920A1 (en) * 2020-09-04 2023-11-02 Meso Scale Technologies, Llc. Methods for isolating central nervous system surface marker displaying agents
CN112946279A (zh) * 2021-03-17 2021-06-11 扬州大学 一种基于油水界面自组装的三明治sers免疫传感器检测宫颈癌患者血清生物标志物方法
CN114022472B (zh) * 2021-11-17 2022-05-20 深圳裕策生物科技有限公司 一种肿瘤浸润淋巴细胞分析方法、装置和存储介质
CN114231494B (zh) * 2021-11-29 2023-09-05 中国科学院动物研究所 USP10基因和/或Ascl1基因在诱导成纤维细胞转分化为神经元细胞的应用及方法
CN114146180B (zh) * 2021-12-22 2022-12-23 首都医科大学附属北京地坛医院 抑制chchd2活性的物质在制备治疗nash和肝损伤所致肝纤维化的产品中的应用
US20230377140A1 (en) * 2022-02-01 2023-11-23 4D Path Inc. Systems and Methods for Image-Based Disease Characterization
WO2023213904A1 (en) * 2022-05-04 2023-11-09 Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des öffentlichen Rechts T cell receptor derived binding polypeptides
EP4382121A1 (en) 2022-12-07 2024-06-12 Altevax Vaccines against ptprz1-positive tumors

Family Cites Families (58)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2000E (fr) 1901-04-20 1903-11-24 Albert Lagarde Cadre pliant en fer pour le transport en wagons des fruits et primeurs
US3119139A (en) 1961-02-06 1964-01-28 Taylor Mfg Bottle case inverter
DE2148469A1 (de) 1971-09-28 1973-04-05 Ullrich G Messwerkzeug Kg Wasserwaage mit einer im winkel einstellbaren libelle
US4440859A (en) 1977-05-27 1984-04-03 The Regents Of The University Of California Method for producing recombinant bacterial plasmids containing the coding sequences of higher organisms
US4704362A (en) 1977-11-08 1987-11-03 Genentech, Inc. Recombinant cloning vehicle microbial polypeptide expression
DD147855A5 (de) 1978-12-22 1981-04-22 Biogen Nv Verfahren zur erzeugung mindestens eines hbv-antigenwirkung aufweisenden polypeptids
US4530901A (en) 1980-01-08 1985-07-23 Biogen N.V. Recombinant DNA molecules and their use in producing human interferon-like polypeptides
US4342566A (en) 1980-02-22 1982-08-03 Scripps Clinic & Research Foundation Solid phase anti-C3 assay for detection of immune complexes
US4678751A (en) 1981-09-25 1987-07-07 Genentech, Inc. Hybrid human leukocyte interferons
US4766075A (en) 1982-07-14 1988-08-23 Genentech, Inc. Human tissue plasminogen activator
US4582800A (en) 1982-07-12 1986-04-15 Hoffmann-La Roche Inc. Novel vectors and method for controlling interferon expression
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4757006A (en) 1983-10-28 1988-07-12 Genetics Institute, Inc. Human factor VIII:C gene and recombinant methods for production
US4677063A (en) 1985-05-02 1987-06-30 Cetus Corporation Human tumor necrosis factor
US4810648A (en) 1986-01-08 1989-03-07 Rhone Poulenc Agrochimie Haloarylnitrile degrading gene, its use, and cells containing the gene
US4897445A (en) 1986-06-27 1990-01-30 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Method for synthesizing a peptide containing a non-peptide bond
US6193969B1 (en) 1993-06-03 2001-02-27 Protherics Inc. Antibody fragments in therapy
AUPM322393A0 (en) 1993-12-24 1994-01-27 Austin Research Institute, The Mucin carbohydrate compounds and their use in immunotherapy
WO1997026328A1 (en) 1996-01-17 1997-07-24 Imperial College Innovations Limited Immunotherapy using cytotoxic t lymphocytes (ctl)
US5849589A (en) 1996-03-11 1998-12-15 Duke University Culturing monocytes with IL-4, TNF-α and GM-CSF TO induce differentiation to dendric cells
US6406705B1 (en) 1997-03-10 2002-06-18 University Of Iowa Research Foundation Use of nucleic acids containing unmethylated CpG dinucleotide as an adjuvant
US6514935B1 (en) 1997-03-14 2003-02-04 President And Fellows Of Harvard Methods of treating hypertension
US7030235B1 (en) * 1998-09-29 2006-04-18 The Brigham & Women's Hospital, Inc. Compositions to detect lesions associated with hearing loss in the cochlear gene, COCH5B2
AU2001233114A1 (en) * 2000-02-04 2001-08-14 Aeomica, Inc. Methods and apparatus for predicting, confirming, and displaying functional information derived from genomic sequence
US20040191260A1 (en) 2003-03-26 2004-09-30 Technion Research & Development Foundation Ltd. Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof
EP1294748B1 (en) 2000-03-27 2010-06-30 Technion Research and Development of Foundation, Ltd. Single chain class i major histo-compatibility complexes, constructs encoding same and methods of generating same
JP4439808B2 (ja) 2000-06-05 2010-03-24 アルター・バイオサイエンス・コーポレーション Ｔ細胞レセプター融合体および結合体ならびにそれらの使用方法
GB0017512D0 (en) 2000-07-17 2000-08-30 Smithkline Beecham Biolog Novel compounds
CA2439630A1 (en) * 2001-03-23 2002-10-03 Agy Therapeutics Use of biomolecular targets in the treatment and visualization of brain tumors
US7803915B2 (en) * 2001-06-20 2010-09-28 Genentech, Inc. Antibody compositions for the diagnosis and treatment of tumor
KR100628425B1 (ko) * 2001-06-20 2006-09-28 제넨테크, 인크. 종양의 진단 및 치료를 위한 방법 및 이를 위한 조성물
CA2457819A1 (en) * 2001-08-14 2003-02-27 The General Hospital Corporation Nucleic acid and amino acid sequences involved in pain
US6992176B2 (en) 2002-02-13 2006-01-31 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease
CA2476625A1 (en) 2002-02-20 2003-08-28 Dyax Corp. Mhc-peptide complex binding ligands
AU2003271904B2 (en) 2002-10-09 2009-03-05 Adaptimmune Limited Single chain recombinant T cell receptors
JP4975324B2 (ja) 2002-11-09 2012-07-11 イムノコア リミテッド Ｔ細胞レセプターディスプレイ
GB0304068D0 (en) 2003-02-22 2003-03-26 Avidex Ltd Substances
JP2005245430A (ja) * 2003-08-25 2005-09-15 Medeinetto:Kk Ｃｔｌの誘導方法
WO2006034334A2 (en) 2004-09-21 2006-03-30 University Of Pittsburgh Of The Commonwealth System Of Higher Education Peptide analogs capable of enhancing stimulation of a glioma-specific ctl response
WO2006091734A2 (en) * 2005-02-24 2006-08-31 Cemines, Inc. Compositions and methods for classifying biological samples
ES2341295T3 (es) 2005-09-05 2010-06-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptidos asociados a tumores unidos promiscuamente a moleculas del antigeno de leucocito humano (hla) de clase ii.
DE602006015365D1 (de) 2006-05-09 2010-08-19 Comacchio Internat S A Bohrmaschine mit karussell-bohrschaft und mantelrohrlader
ES2553270T3 (es) * 2007-07-27 2015-12-07 Immatics Biotechnologies Gmbh Nuevo epítopo inmunogénico para inmunoterapia
CN103911358B (zh) 2007-07-27 2017-03-01 伊玛提克斯生物技术有限公司 神经元和脑肿瘤的新型免疫疗法
CN101648012A (zh) * 2008-04-24 2010-02-17 伊玛提克斯生物技术有限公司 结合到人类白细胞抗原(hla)ⅰ类或ⅱ类分子上用作疫苗的肿瘤相关肽新制剂
DE602008000891D1 (de) 2008-04-30 2010-05-12 Immatics Biotechnologies Gmbh Neuartige Formulierungen von Tumor-assoziierten Peptiden, welche an menschliche Leukozytenantigene der Klasse I oder II für Impfungen binden
RS53872B2 (sr) 2008-05-14 2018-06-29 Immatics Biotechnologies Gmbh Novi i snažni mhc peptidi klase ii izvedeni iz survivina i neurokana
DK2172211T3 (en) 2008-10-01 2015-02-16 Immatics Biotechnologies Gmbh Composition of tumor-associated peptides and related anti-cancer vaccine for the treatment of glioblastoma (GBM) and other cancers
EP2494351B1 (en) * 2009-10-26 2016-06-08 Externautics S.p.A. Colon and rectal tumor markers and methods of use thereof
EP2493916B1 (en) * 2009-10-26 2016-06-08 Externautics S.p.A. Lung tumor markers and methods of use thereof
GB201006360D0 (en) * 2010-04-16 2010-06-02 Immatics Biotechnologies Gmbh Method for differentially quantifying naturally processed HLA-restricted peptides for cancer, autoimmune and infectious diseases immunotherapy development
US20130310266A1 (en) * 2010-09-03 2013-11-21 Immport Therapeutics, Inc. Methods and Compositions For The Diagnosis And Treatment Of Cancer and Autoimmune Disorders
EP2632955A1 (en) 2010-10-26 2013-09-04 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibodies which bind soluble t-cell receptor ligands
US9103183B2 (en) 2011-08-03 2015-08-11 Vetco Gray Inc. Method and apparatus for launching multiple balls in a well
WO2013057586A1 (en) 2011-10-19 2013-04-25 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for producing soluble t - cell receptors
US20140273091A1 (en) * 2011-11-10 2014-09-18 Rutgers, The State University Of New Jersey Transcript optimized expression enhancement for high-level production of proteins and protein domains
CN106661126B (zh) * 2014-05-28 2021-12-10 诺诺公司 TAT-NR2B9c的氯盐
DE102016123893A1 (de) 2016-12-08 2018-06-14 Immatics Biotechnologies Gmbh T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung

Also Published As

Publication number Publication date
CN105793280B (zh) 2020-02-11
RS59031B1 (sr) 2019-08-30
US20220362363A1 (en) 2022-11-17
WO2015063302A3 (en) 2015-10-29
KR20220100705A (ko) 2022-07-15
AU2019201558A1 (en) 2019-03-28
HUE045038T2 (hu) 2019-12-30
US20210393754A1 (en) 2021-12-23
AU2020273312B2 (en) 2022-05-26
US20210369826A1 (en) 2021-12-02
US11529400B1 (en) 2022-12-20
AU2014343599B2 (en) 2018-12-20
AU2014343599A1 (en) 2016-05-26
WO2015063302A2 (en) 2015-05-07
US11759507B2 (en) 2023-09-19
JP2017502076A (ja) 2017-01-19
MX2016005866A (es) 2016-12-09
US11607446B2 (en) 2023-03-21
KR102414447B1 (ko) 2022-07-04
BR112016009402A2 (pt) 2017-09-19
JP6632982B2 (ja) 2020-01-22
PT3066115T (pt) 2019-07-12
CN111303244B (zh) 2024-07-16
US20220362362A1 (en) 2022-11-17
KR102415748B1 (ko) 2022-07-05
SG11201603299PA (en) 2016-05-30
US20150125477A1 (en) 2015-05-07
EP3066115B1 (en) 2019-04-03
KR20210068615A (ko) 2021-06-09
US11890333B2 (en) 2024-02-06
LT3066115T (lt) 2019-06-10
AU2020273312A1 (en) 2020-12-17
CN111303244A (zh) 2020-06-19
HRP20191009T1 (hr) 2019-08-23
US11529401B2 (en) 2022-12-20
NZ719767A (en) 2021-11-26
US11890334B2 (en) 2024-02-06
US11524059B2 (en) 2022-12-13
CU20160060A7 (es) 2017-02-02
CY1121691T1 (el) 2020-07-31
ME03458B (me) 2020-01-20
EP4253401A2 (en) 2023-10-04
EP4253401A3 (en) 2023-11-22
EA036517B1 (ru) 2020-11-18
EP3539979A2 (en) 2019-09-18
EA201690868A1 (ru) 2016-08-31
DK3066115T3 (da) 2019-06-11
CN105793280A (zh) 2016-07-20
EP3066115A2 (en) 2016-09-14
EP3539979A3 (en) 2020-01-01
SG10201900727QA (en) 2019-02-27
JP7426972B2 (ja) 2024-02-02
KR102651028B1 (ko) 2024-03-25
CA2929445A1 (en) 2015-05-07
KR20160079102A (ko) 2016-07-05
US20230089882A1 (en) 2023-03-23
US20230263873A1 (en) 2023-08-24
AU2019201558B2 (en) 2021-02-11
UA124048C2 (uk) 2021-07-14
SI3066115T1 (sl) 2019-07-31
US10946064B2 (en) 2021-03-16
ES2733517T3 (es) 2019-11-29
JP2021192610A (ja) 2021-12-23
GB201319446D0 (en) 2013-12-18
US20210228697A1 (en) 2021-07-29
PL3066115T3 (pl) 2020-01-31

Similar Documents

Publication Publication Date Title
TR201909021T4 (tr) Çeşitli nöronal tümörlere ve beyin tümörlerine karşı kişiselleştirilmiş immünoterapi.
JP7074369B2 (ja) 上皮性卵巣がんおよびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチドの組み合わせ
KR102493344B1 (ko) 자궁암 치료
JP6884752B2 (ja) 前立腺がんおよびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチドの組み合わせ
JP6560261B2 (ja) 数種の血液腫瘍、特に慢性リンパ性白血病（ｃｌｌ）に対する新規免疫療法
CN107438619B (zh) 用于肾细胞癌(rcc)免疫治疗的新型肽和肽组合物和支架
KR20180086190A (ko) 만성 림프구성 백혈병 및 다른 암에 대한 면역요법에서의 사용을 위한 신규 펩티드 및 펩티드의 조합
KR20180111998A (ko) 비호지킨 림프종 및 기타 암에 대한 면역요법에서의 사용을 위한 신규 펩티드 및 펩티드의 조합
JP2017524337A (ja) 急性骨髄性白血病（ａｍｌ）などの血液のいくつかの腫瘍に対する新規免疫療法
CN109748953B (zh) 用于治疗多种肿瘤(例如包括nsclc在内的肺癌)的新型免疫疗法
KR20110021881A (ko) 서바이빈으로부터 유래된 신규하고 강력한 ｍｈｃ-클래스 ｉｉ 펩티드
TWI727029B (zh) 用於aml和其他癌症免疫治療的新型肽和肽組合物
KR20210061340A (ko) 암에 대한 면역요법용 b*44 제약 펩티드 및 관련 방법들
JP2024102112A (ja) がんに対するａ＊０１拘束性ペプチドおよびペプチド組み合わせによる免疫療法
KR20200026898A (ko) Nsclc, sclc 등 폐암 및 기타 암에 대한 면역요법에서의 사용을 위한 신규 펩티드 및 펩티드의 조합
TW202019462A (zh) A*03限制肽在抗癌免疫治療和相關方法中的用途
JP2021522779A (ja) がんに対する免疫療法で使用するためのペプチド
KR20210104674A (ko) B*08 제약 펩티드 및 펩티드의 조합에 의한 암에 대한 면역요법 및 관련 방법들
JP2020014460A (ja) 数種の血液腫瘍、特に慢性リンパ性白血病（ｃｌｌ）に対する新規免疫療法
JP2023030082A (ja) Ａｍｌおよびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチドの組み合わせ
JP2021045124A (ja) Ｎｈｌおよびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチドの組み合わせ
JP2021048852A (ja) 腎細胞がん（ｒｃｃ）およびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチドとスキャフォールドの組み合わせ