RU2003126575A - Высокочувствительный метод обнаружения структур метилирования цитозина - Google Patents

Высокочувствительный метод обнаружения структур метилирования цитозина Download PDF

Info

Publication number
RU2003126575A
RU2003126575A RU2003126575/13A RU2003126575A RU2003126575A RU 2003126575 A RU2003126575 A RU 2003126575A RU 2003126575/13 A RU2003126575/13 A RU 2003126575/13A RU 2003126575 A RU2003126575 A RU 2003126575A RU 2003126575 A RU2003126575 A RU 2003126575A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
dna
further characterized
oligonucleotides
additional
oligonucleotide
Prior art date
Application number
RU2003126575/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2332462C2 (ru
Inventor
Александр ОЛЕК (DE)
Александр Олек
Курт БЕРЛИН (DE)
Курт Берлин
Original Assignee
Эпигеномикс АГ (DE)
Эпигеномикс Аг
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=26008786&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RU2003126575(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Priority claimed from DE10158283A external-priority patent/DE10158283A1/de
Application filed by Эпигеномикс АГ (DE), Эпигеномикс Аг filed Critical Эпигеномикс АГ (DE)
Publication of RU2003126575A publication Critical patent/RU2003126575A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2332462C2 publication Critical patent/RU2332462C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism

Claims (41)

1. Метод обнаружения метилирования цитозина в образцах ДНК, отличающийся проведением следующих стадий:
образец геномной ДНК, включающий исследуемую ДНК и фоновую ДНК подвергают химической обработке таким образом, что все не метилированные основания цитозина преобразуют в урацил, при этом основания 5-метипцитозина остаются неизмененными; химически обработанный образец ДНК амплифицируют применением по меньшей мере 2 олигонуклеотидов-праймеров, а также полимеразы, в результате чего исследуемая ДНК становится матричной по отношению к фоновой ДНК, и
амплифицированные продукты анализируют, и из наличия амплифицированного продукта и/или из анализа добавочных положений делают вывод о состоянии метилирования исследуемой ДНК.
2. Метод по п.1, отличающийся далее тем, что образец ДНК получают из сыворотки или других жидкостей тела человека.
3. Метод по п.1, отличающийся далее тем, что образцы ДНК получают из клеточных линий, крови, мокроты, стула, мочи, сыворотки, цереброспинальной жидкости, ткани, залитой парафином, например, ткани глаз, кишечника, почек, мозга, сердца, предстательной железы, легкого, молочной железы или печени, гистологических слайдов или других их возможных комбинаций.
4. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что химическую обработку проводят бисульфитам (=дисульфитом, кислым сульфитом).
5. Метод по п.4, отличающийся далее тем, что химическую обработку проводят после заливки ДНК в агарозу.
6. Метод по п.4, отличающийся далее тем, что в химической обработке присутствует реагент, денатурирующий дуплекс ДНК, и/или ловушка для радикалов.
7. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что амплификацию на второй стадии проводят в присутствии по меньшей мере одного добавочного олигонуклеотида или ПНК олигомера, который связывается с 5′-CG-3′-динуклеотидом или 5′-TG-3′-динуклеотидом или 5′-СА-3′динуклеотидом, при этом другой олигонуклеотид или ПНК олигомер предпочтительно связывается с фоновой ДНК и тормозит ее амплификацию.
8. Метод по п.7, отличающийся далее тем, что этот связующий сайт добавочного олигонуклеотида или ПНК олигомера и связующие сайты праймеров на фоновой ДНК перекрываются, и добавочный олигонуклеотид замедляет связывание по меньшей мере одного праймера-олигонуклеотида с фоновой ДНК.
9. Метод по одному из п.7 или 8, отличающийся далее тем, что применяют по меньшей мере два других олигонуклеотида или ПНК олигомера, в результате чего их связующие сайты вновь перкрываются каждый раз со связующим сайтом праймера на фоновой ДНК, и добавочные олигонуклеотиды и/или ПНК олигомеры замедляют связывание обоих олигонуклеотидов-праймеров с фоновой ДНК.
10. Метод по п.9, отличающийся далее тем, что один из добавочных олигонуклеотидов и/или ПНК олигомеры тормозят связывание прямого праймера, в то время как другой тормозит связывание обратного праймера.
11. Метод по любому из пп.7-10, отличающийся далее тем, что концентрация добавочных олигонуклеотидов и/или ПНК олигомеров по меньшей мере в пять раз превышает концентрацию олигонуклеотидов-праймеров.
12. Метод по п.7, отличающийся далее тем, что добавочные олигонуклеотиды и/или ПНК олигомеры связываются с фоновой ДНК, и, таким образом, тормозят полную элонгацию олигонуклеотидов-праймеров в реакции полимеразы.
13. Метод по п.12, отличающийся далее тем, что применяемая полимераза не обладает активностью 5′-3′-экзонуклеазы.
14. Метод по п.12, отличающийся далее тем, что присутствующие добавочные олигонуклеотиды модифицированы на 5′ конце и не могут существенно разрываться полимеразой с 5′-3′ активностью экзонуклеазы.
15. Метод по одному из пунктов 7-14, отличающийся далее тем, что олигонуклеотиды, применяемые в дополнение к праймерам, не имеют 3′-OH функции.
16. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что химически обработанный образец ДНК амплифицируют на второй стадии с использованием по меньшей мере 2 олигонуклеотидов-праймеров и одного добавочного олигонуклеотида или ПНК олигомера, который гибридизируется с 5′-CG-3′-динуклеотидом или 5′-TG-3′-динуклеотидом или 5′-CA-3′-динуклеотидом, и по меньшей мере одного олигонуклеотида-репортера, который гибридизируется с 5′-CG-3′-динуклеотидом или 5′-TG-3′-динуклеотидом или 5′-СА-3′-динуклеотидом, а также полимеразой; в результате чего добавочный олигонуклеотид или ПНК олигомер связывается с фоновой ДНК и сдерживает ее амплификацию, и в результате чего олигонуклеотид-репортер связывается с исследуемой ДНК и указывает на ее амплификацию.
17. Метод по п.16, отличающийся далее тем, что кроме олигонуклеотида-репортера применяют другой олигомер, помеченный флуоресцентным красителем, который гибридизируется с участком, непосредственно прилегающим к олигонуклеотиду-репортеру, и эту гибридизацию можно обнаружить посредством передачи резонансной энергии флуоресценции.
18. Метод по любому из п.16 или 17, отличающийся далее тем, что анализ проводят по методике TaqMan.
19. Метод по любому из п.16 или 17, отличающийся далее тем, что анализ проводят по методике LightCycle.
20. Метод по любому из пп.16-19, отличающийся далее тем, что олигонуклеотид-репортер имеет по меньшей мере одну флуоресцентную метку.
21. Метод по любому из пп.16-20, отличающийся далее тем, что молекулы репортера указывают амплификацию либо усилением, либо ослаблением флуоресценции.
22. Метод по п.21, отличающийся далее тем, что усиление или ослабление флуоресценции также непосредственно используют для анализа, и состояние метилирования исследуемой ДНК определяют по флуоресцентному сигналу.
23. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что концентрация присутствующей фоновой ДНК в 100 раз превышает концентрацию исследуемой ДНК.
24. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что концентрация присутствующей фоновой ДНК в 1000 раз превышает концентрацию исследуемой ДНК.
25. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что анализ или, в случае метода по любому из пп.6-11, дополнительный анализ, проводят посредством гибридизации с олигомерными решетками, где олигомерами могут быть нуклеиновые кислоты или молекулы, такие как ПНК, схожие с ними по своим свойствам гибридизации.
26. Метод по п.25, отличающийся далее тем, что олигомеры гибридизируются с анализируемой ДНК посредством сегмента длиной в 12-22 основания и включают CG-, TG- или СА-динуклеотид.
27. Метод по одному из п.25 или 26, отличающийся далее тем, что состояние метилирования более 20 положений метилирования анализируемой ДНК выявляют в одном эксперименте.
28. Метод по одному из п.25 или 26, отличающийся далее тем, что состояние метилирования более 60 положений метилирования анализируемой ДНК выявляют в одном эксперименте.
29. Метод по одному из пп.1-24, отличающийся далее тем, что анализ или, в случае пп.16-19, дополнительные анализы, проводят измерением длины исследуемой амплифицированной ДНК, и методы измерения длины включают гель-электрофорез, капиллярный гель-электрофорез, хроматографию (например, ЖХВР), масс-спектрометрию и другие подходящие методы.
30. Метод по одному из пп.1-24, отличающийся далее тем, что анализ, или, в случае пп.16-19, дополнительные анализы, проводят секвенированием, и методы секвенирования включают метод Санджера, метод Максам-Гилберта и другие методы, такие как секвенирование гибридизацией (SBH).
31. Метод по п.30, отличающийся далее тем, что секвенирование для каждого CpG-положения или небольшой группы этих положений проводят каждый раз отдельным олигонуклеотидом-праймером и удлинение сегмента праймера включает только одно или несколько оснований, и по типу удлинения сегмента праймера делают вывод о состоянии метилирования соответствующих положений в ДНК, предназначенной для исследования.
32. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что о наличии заболевания или другого клинического состояния больного делают вывод из степени метилирования различных исследуемых CpG-положений.
33. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что сами амплифицированные продукты для их выявления снабжены обнаруживаемой меткой.
34. Метод по п.33, отличающийся далее тем, что метками являются флуоресцентные метки.
35. Метод по п.33, отличающийся далее тем, что метки представляют собой радионуклиды.
36. Метод по п.33, отличающийся далее тем, что метки представляют собой съемные метки массы, которые обнаруживаются масс-спектрометром.
37. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что в амплификации один из праймеров связан с твердой фазой.
38. Метод по одному из пп.1-33, отличающийся далее тем, что амплифицированные продукты обнаруживаются в целом в масс-спектрометре и, таким образом, четко характеризуются по массе.
39. Применение метода по одному из предшествующих пунктов для диагностики и/или прогнозирования неблагоприятных явлений для больных, если такие неблагоприятные явления входят по меньшей мере в одну из следующих категорий: нежелательная лекарственная интерференция; раковые заболевания; CNS дисфункции, нарушения или заболевания; симптома агрессии или поведенческие реакции; клинические, психологические или социальные последствия нарушения мозговой деятельности; психотические расстройства и изменения личности; старческое слабоумие и/или сопутствующие синдромы; сердечно-сосудистые заболевания, расстройства и нарушения; расстройства, нарушения и заболевания желудочно-кишечного тракта; расстройства, нарушения и заболевания дыхательной системы; повреждения, воспаление, инфекция, состояния иммунитета и/или выздоровления; дисфункции, нарушения или заболевания организма как отклонение в развитии; патология, повреждения или заболевания кожи, мышц, соединительной ткани или костей; нарушение, дисфункции или заболевания эндокринной системы и обменных процессов; головные боли или расстройства функции половой сферы.
40. Применение метода по одному из предшествующих пунктов для различения типов клеток или тканей или для исследования клеточной дифференциации.
41. Комплект, включающий реагент, содержащий бисульфит, праймеры и другие олигонуклеотиды без 3′-ОН функции для получения амплифицированных продуктов, а также инструкцию для проведения анализа по изобретению в соответствии с одним из пп.1-38.
RU2003126575/13A 2001-03-09 2002-03-08 Способ обнаружения метилирования цитозина в образцах днк RU2332462C2 (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE10112515.1 2001-03-09
DE10112515A DE10112515B4 (de) 2001-03-09 2001-03-09 Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität
DE10158283A DE10158283A1 (de) 2001-11-19 2001-11-19 Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität
DE10158283.8 2001-11-19

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2003126575A true RU2003126575A (ru) 2005-02-20
RU2332462C2 RU2332462C2 (ru) 2008-08-27

Family

ID=26008786

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2003126575/13A RU2332462C2 (ru) 2001-03-09 2002-03-08 Способ обнаружения метилирования цитозина в образцах днк

Country Status (18)

Country Link
US (2) US7229759B2 (ru)
EP (2) EP1370691B1 (ru)
JP (1) JP4484431B2 (ru)
KR (1) KR100839984B1 (ru)
CN (1) CN100347314C (ru)
AT (1) ATE362995T1 (ru)
AU (1) AU2002253108B2 (ru)
CA (1) CA2435917C (ru)
DE (2) DE10112515B4 (ru)
DK (1) DK1370691T3 (ru)
ES (1) ES2287269T3 (ru)
HK (1) HK1069604A1 (ru)
IL (1) IL157080A0 (ru)
IS (1) IS6887A (ru)
NZ (1) NZ527350A (ru)
PT (1) PT1370691E (ru)
RU (1) RU2332462C2 (ru)
WO (1) WO2002072880A2 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EA013634B1 (ru) * 2005-04-15 2010-06-30 Эпиджиномикс Аг Способы и нуклеиновые кислоты для анализов клеточных пролиферативных нарушений

Families Citing this family (155)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7668658B2 (en) * 1999-10-13 2010-02-23 Sequenom, Inc. Methods for generating databases and databases for identifying polymorphic genetic markers
DE19951189C2 (de) * 1999-10-15 2003-11-06 Epigenomics Ag Verfahren zur Unterscheidung von 5-Position-Methylierungsänderungen von Cytosin-Basen und Cytosin-zu-Thymin-Mutationen und zum Nachweis von single nucleotide polymorphisms (SNPs) oder Punktmutation in genomischer DNA
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7611869B2 (en) * 2000-02-07 2009-11-03 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US8076063B2 (en) 2000-02-07 2011-12-13 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
AU2002352745A1 (en) * 2001-11-16 2003-06-10 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method of detection of prostate cancer
US20110151438A9 (en) * 2001-11-19 2011-06-23 Affymetrix, Inc. Methods of Analysis of Methylation
US6960436B2 (en) * 2002-02-06 2005-11-01 Epigenomics Ag Quantitative methylation detection in DNA samples
US7820378B2 (en) * 2002-11-27 2010-10-26 Sequenom, Inc. Fragmentation-based methods and systems for sequence variation detection and discovery
WO2004050915A1 (en) * 2002-12-02 2004-06-17 Solexa Limited Determination of methylation of nucleic acid sequences
DE10304219B3 (de) * 2003-01-30 2004-08-19 Epigenomics Ag Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität
US20050009053A1 (en) * 2003-04-25 2005-01-13 Sebastian Boecker Fragmentation-based methods and systems for de novo sequencing
US7288373B2 (en) 2003-05-02 2007-10-30 Human Genetic Signatures Pty Ltd. Treatment of methylated nucleic acid
US20050009059A1 (en) * 2003-05-07 2005-01-13 Affymetrix, Inc. Analysis of methylation status using oligonucleotide arrays
DE602004028478D1 (de) 2003-06-17 2010-09-16 Human Genetic Signatures Pty Verfahren zur genomamplifikation
DE10328813B4 (de) * 2003-06-20 2006-04-13 Epigenomics Ag Verfahren zur Untersuchung von Cytosin-Methylierungen in DNA-Sequenzen mittels triplexbildender Oligomere
DE10329240A1 (de) * 2003-06-24 2005-01-20 Epigenomics Ag Verfahren zur Analyse des Cytosin-Methylierungsstatus von Cancer-Testis-Antigenen für eine individualisierte Immuntherapie
WO2004113567A2 (en) * 2003-06-24 2004-12-29 Epigenomics Ag Improved heavymethyl assay for the methylation analysis of the gstpi gene
DE10331107B3 (de) * 2003-07-04 2004-12-02 Epigenomics Ag Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in DNA mittels Cytidin-Deaminasen
DE10338308B4 (de) 2003-08-15 2006-10-19 Epigenomics Ag Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in DNA
EP1668148B1 (en) 2003-09-04 2008-12-31 Human Genetic Signatures PTY Ltd. Nucleic acid detection assay
WO2005024068A2 (en) * 2003-09-05 2005-03-17 Sequenom, Inc. Allele-specific sequence variation analysis
DE10346363B4 (de) * 2003-09-30 2005-09-29 Epigenomics Ag Verfahren zur Methylierungsanalyse von DNA
ES2432025T3 (es) 2003-10-09 2013-11-29 Epigenomics Ag Conversión mejorada de ADN con bisulfito
WO2005054517A2 (en) * 2003-12-01 2005-06-16 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for the analysis of gene expression associated with the development of prostate cell proliferative disorders
ATE447627T1 (de) * 2004-02-05 2009-11-15 Epigenomics Ag Verfahren zur kalibrierung und kontrolle von methylierungsanalyse-methoden mit hilfe von nicht-methylierter dna
WO2005090597A2 (en) * 2004-03-19 2005-09-29 Epigenomics Ag Calibration standard for determining base proportions of degenerated bases in dna
EP1735460A1 (de) * 2004-03-24 2006-12-27 Epigenomics AG Verfahren zur analyse von cytosinmethylierungen
US9249456B2 (en) * 2004-03-26 2016-02-02 Agena Bioscience, Inc. Base specific cleavage of methylation-specific amplification products in combination with mass analysis
AU2005231971A1 (en) * 2004-04-06 2005-10-20 Epigenomics Ag Method for the quantification of methylated DNA
WO2005100240A1 (ja) * 2004-04-08 2005-10-27 Toyo Boseki Kabushiki Kaisha Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法
US20050233340A1 (en) * 2004-04-20 2005-10-20 Barrett Michael T Methods and compositions for assessing CpG methylation
US8168777B2 (en) 2004-04-29 2012-05-01 Human Genetic Signatures Pty. Ltd. Bisulphite reagent treatment of nucleic acid
DE602004030430D1 (de) * 2004-06-23 2011-01-20 Epigenomics Ag Verfahren zur Quantifizierung von methylierter DNS
EP2281902A1 (en) 2004-07-18 2011-02-09 Epigenomics AG Epigenetic methods and nucleic acids for the detection of breast cell proliferative disorders
ATE504661T1 (de) * 2004-08-19 2011-04-15 Epigenomics Ag Methode für die analyse von methylierter dna
EP1632578A1 (en) * 2004-09-03 2006-03-08 Roche Diagnostics GmbH DNA decontamination method
CN101072882A (zh) * 2004-09-10 2007-11-14 塞昆纳姆股份有限公司 用于核酸长程序列分析的方法
EP1794173B1 (en) * 2004-09-10 2010-08-04 Human Genetic Signatures PTY Ltd Amplification blocker comprising intercalating nucleic acids (ina) containing intercalating pseudonucleotides (ipn)
WO2006034264A2 (en) * 2004-09-21 2006-03-30 Applera Corporation Methods of using sulfur nucleophiles as improved alternatives to sodium bisulfite for methylated dna analysis
ES2564659T3 (es) 2004-09-30 2016-03-28 Epigenomics Ag Método para proveer fragmentos de ADN derivados de una muestra archivada
US9074013B2 (en) 2004-11-29 2015-07-07 Sequenom, Inc. Means and methods for detecting methylated DNA
US9249464B2 (en) * 2004-11-29 2016-02-02 Sequenom, Inc. Kits and methods for detecting methylated DNA
NZ555620A (en) 2004-12-03 2008-08-29 Human Genetic Signatures Pty Methods for simplifying microbial nucleic acids by chemical modification of cytosines
CA2592993C (en) * 2004-12-13 2013-06-18 National University Corporation Okayama University Method for detecting methylation in genes and method for examining neoplasm through detecting methylation in genes
US20060134650A1 (en) * 2004-12-21 2006-06-22 Illumina, Inc. Methylation-sensitive restriction enzyme endonuclease method of whole genome methylation analysis
EP1869215B1 (en) 2005-04-01 2014-05-07 Epigenomics AG Improved bisulfite conversion of dna
SI1871912T1 (sl) 2005-04-15 2012-06-29 Epigenomics Ag Postopek za določitev DNA metilacije v vzorcih krvi ali urina
EP1883707B1 (en) 2005-05-26 2014-04-09 Human Genetic Signatures PTY Ltd Isothermal strand displacement amplification using primers containing a non-regular base
US20060292585A1 (en) * 2005-06-24 2006-12-28 Affymetrix, Inc. Analysis of methylation using nucleic acid arrays
DE102005034628B4 (de) * 2005-07-19 2007-08-23 Epigenomics Ag Verfahren zur Untersuchung von Cytosin-Methylierungen in DNA
EP1746169B1 (de) 2005-07-21 2009-12-23 Epigenomics AG Verfahren zur Quantifizierung methylierter DNA
JP5164845B2 (ja) 2005-09-14 2013-03-21 ヒューマン ジェネティック シグネチャーズ ピーティーワイ リミテッド 健康状態のアッセイ
US7820385B2 (en) * 2006-03-22 2010-10-26 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services, Centers For Disease Control And Prevention Method for retaining methylation pattern in globally amplified DNA
US7901882B2 (en) 2006-03-31 2011-03-08 Affymetrix, Inc. Analysis of methylation using nucleic acid arrays
US20090317810A1 (en) * 2006-04-17 2009-12-24 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for the detection of colorectal cell proliferative disorders
US20080050738A1 (en) * 2006-05-31 2008-02-28 Human Genetic Signatures Pty Ltd. Detection of target nucleic acid
EP2602321B1 (en) 2006-05-31 2017-08-23 Sequenom, Inc. Methods and compositions for the extraction and amplification of nucleic acid from a sample
EP1882746A3 (en) * 2006-07-27 2008-03-19 Epigenomics AG Method for detecting a methylation pattern
ATE543621T1 (de) 2006-10-04 2012-02-15 Messer Group Gmbh Verfahren und vorrichtung zur herstellung von gekühltem frischbeton
US7902345B2 (en) 2006-12-05 2011-03-08 Sequenom, Inc. Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry
WO2008096146A1 (en) * 2007-02-07 2008-08-14 Solexa Limited Preparation of templates for methylation analysis
US20080213870A1 (en) * 2007-03-01 2008-09-04 Sean Wuxiong Cao Methods for obtaining modified DNA from a biological specimen
AU2008229628A1 (en) * 2007-03-16 2008-09-25 Human Genetic Signatures Pty Ltd Assay for gene expression
EP2479289B1 (en) 2007-06-08 2016-04-06 Epigenomics AG Method for methylation analysis
EP2195452B1 (en) 2007-08-29 2012-03-14 Sequenom, Inc. Methods and compositions for universal size-specific polymerase chain reaction
WO2009037635A2 (en) * 2007-09-17 2009-03-26 Koninklijke Philips Electronics N. V. Method for the analysis of breast cancer disorders
JP5431351B2 (ja) 2007-11-27 2014-03-05 ヒューマン ジェネティック シグネチャーズ ピーティーワイ リミテッド バイサルファイト修飾された核酸を増幅およびコピーするための酵素
AU2008331435B2 (en) * 2007-12-05 2013-01-10 Human Genetic Signatures Pty Ltd Bisulphite treatment of RNA
EP2071035A1 (en) 2007-12-13 2009-06-17 Epigenomics AG Facilitator and method for amplification
EP2222850A4 (en) * 2007-12-20 2011-12-07 Human Genetic Signatures Pty DISPOSAL OF CONTAMINANTS RELATED TO NUCLEIC ACID AMPLIFICATION
US7888127B2 (en) 2008-01-15 2011-02-15 Sequenom, Inc. Methods for reducing adduct formation for mass spectrometry analysis
US8852864B2 (en) 2008-01-17 2014-10-07 Sequenom Inc. Methods and compositions for the analysis of nucleic acids
EP3699291A1 (en) 2008-01-17 2020-08-26 Sequenom, Inc. Single molecule nucleic acid sequence analysis processes and compositions
WO2009114543A2 (en) * 2008-03-11 2009-09-17 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination
US8476013B2 (en) * 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US8962247B2 (en) * 2008-09-16 2015-02-24 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses
EP2340314B8 (en) 2008-10-22 2015-02-18 Illumina, Inc. Preservation of information related to genomic dna methylation
EP2189538A1 (en) 2008-11-21 2010-05-26 Epigenomics AG An analysis molecule and method for the analysis of a nucleotide position in a nucleic acid
CA2743908A1 (en) 2008-11-24 2010-05-27 Sequenom, Inc. Nucleic acid quantification products and processes
US9534255B2 (en) 2008-12-17 2017-01-03 Life Technologies Corporation Methods, compositions, and kits for detecting allelic variants
WO2010107946A2 (en) * 2009-03-18 2010-09-23 Sequenom, Inc. Use of thermostable endonucleases for generating reporter molecules
JP5805064B2 (ja) 2009-03-27 2015-11-04 ライフ テクノロジーズ コーポレーション 対立遺伝子変種を検出するための方法、組成物、およびキット
US20110287424A1 (en) * 2009-03-27 2011-11-24 Life Technologies Corporation Methylation-specific competitive allele-specific taqman polymerase chain reaction (cast-pcr)
EP3964586A1 (en) 2009-04-03 2022-03-09 Sequenom, Inc. Nucleic acid preparation compositions and methods
WO2010127499A1 (zh) * 2009-05-08 2010-11-11 Gui Yaoting 利用人体甲基化信息测定泌尿结石的装置及方法
EP2309005B1 (en) 2009-08-03 2015-03-04 Epigenomics AG Methods for preservation of genomic DNA sequence complexity
US20110104695A1 (en) 2009-11-05 2011-05-05 Epigenomics Ag Methods of predicting therapeutic efficacy of cancer therapy
ES2577017T3 (es) 2009-12-22 2016-07-12 Sequenom, Inc. Procedimientos y kits para identificar la aneuploidia
CA2834218C (en) 2011-04-29 2021-02-16 Sequenom, Inc. Quantification of a minority nucleic acid species using inhibitory oligonucleotides
WO2012177792A2 (en) 2011-06-24 2012-12-27 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of a genetic variation
EP2729579B1 (en) 2011-07-08 2017-10-04 Epigenomics AG Methods and nucleic acids for determining the prognosis of a cancer subject
EP3141616B1 (en) * 2011-07-29 2020-05-13 Cambridge Epigenetix Limited Methods for detection of nucleotide modification
US9732375B2 (en) 2011-09-07 2017-08-15 Human Genetic Signatures Pty. Ltd. Molecular detection assay using direct treatment with a bisulphite reagent
US10196681B2 (en) 2011-10-06 2019-02-05 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US9367663B2 (en) 2011-10-06 2016-06-14 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
WO2013052907A2 (en) 2011-10-06 2013-04-11 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US9984198B2 (en) 2011-10-06 2018-05-29 Sequenom, Inc. Reducing sequence read count error in assessment of complex genetic variations
US10424394B2 (en) 2011-10-06 2019-09-24 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US8688388B2 (en) 2011-10-11 2014-04-01 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US10131953B2 (en) 2011-11-03 2018-11-20 Wisconsin Alumni Research Foundation Unbiased DNA methylation markers define an extensive field defect in histologically normal prostate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer
WO2013084075A2 (en) 2011-12-06 2013-06-13 Mdxhealth Sa Methods of detecting mutations and epigenetic changes
AU2013209499B2 (en) 2012-01-20 2018-05-10 Sequenom, Inc. Diagnostic processes that factor experimental conditions
ES2930180T3 (es) 2012-03-02 2022-12-07 Sequenom Inc Métodos para enriquecer ácido nucleico canceroso a partir de una muestra biológica
US9428813B2 (en) 2012-03-26 2016-08-30 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health & Human Services DNA methylation analysis for the diagnosis, prognosis and treatment of adrenal neoplasms
EP3524693A1 (en) 2012-04-30 2019-08-14 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis
US9920361B2 (en) 2012-05-21 2018-03-20 Sequenom, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acid
US10504613B2 (en) 2012-12-20 2019-12-10 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP2859353B1 (en) 2012-06-11 2018-09-12 Medizinische Hochschule Hannover Susceptibility to and stratification for monoaminergic antidepressants
US10497461B2 (en) 2012-06-22 2019-12-03 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US20140004105A1 (en) 2012-06-29 2014-01-02 Sequenom, Inc. Age-related macular degeneration diagnostics
CA2878979C (en) 2012-07-13 2021-09-14 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
RU2700088C2 (ru) * 2012-08-31 2019-09-12 Нэшнл Дифенс Медикл Сентэ Способы скрининга рака
US10482994B2 (en) 2012-10-04 2019-11-19 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP2914753A4 (en) * 2012-10-31 2016-06-08 Becton Dickinson Co SELECTIVE AMPLIFICATION AND REAL-TIME PCR DETECTION OF RARE MUTATIONS
US20140193819A1 (en) * 2012-10-31 2014-07-10 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for modulation of amplification efficiency
US20130309666A1 (en) 2013-01-25 2013-11-21 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US20130189684A1 (en) 2013-03-12 2013-07-25 Sequenom, Inc. Quantification of cell-specific nucleic acid markers
US9305756B2 (en) 2013-03-13 2016-04-05 Agena Bioscience, Inc. Preparation enhancements and methods of use for MALDI mass spectrometry
US11060145B2 (en) 2013-03-13 2021-07-13 Sequenom, Inc. Methods and compositions for identifying presence or absence of hypermethylation or hypomethylation locus
WO2014160829A2 (en) 2013-03-28 2014-10-02 Wisconsin Alumni Research Foundation Unbiased dna methylation markers define an extensive field defect in histologically normal porstate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer
EP2981921B1 (en) 2013-04-03 2023-01-18 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP2986762B1 (en) 2013-04-19 2019-11-06 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital analyte analysis
WO2014190286A2 (en) 2013-05-24 2014-11-27 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
DE102013009654A1 (de) * 2013-06-07 2014-12-11 Klaus Olek Eine Methode zum Nachweis und zur Unterscheidung von Körperflüssigkeiten aus forensischem Material
KR20240014606A (ko) 2013-06-21 2024-02-01 시쿼넘, 인코포레이티드 유전적 변이의 비침습 평가를 위한 방법 및 프로세스
CA2925528C (en) 2013-10-04 2023-09-05 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US10438691B2 (en) 2013-10-07 2019-10-08 Sequenom, Inc. Non-invasive assessment of chromosome alterations using change in subsequence mappability
CN104611410A (zh) * 2013-11-04 2015-05-13 北京贝瑞和康生物技术有限公司 一种无创癌症检测方法及其试剂盒
JP6895753B2 (ja) 2014-01-07 2021-06-30 フンダシオ プリバーダ インスティトゥト デ メディシナ プレディクティヴァ イ パーソナリトザダ デル キャンサー 二本鎖ｄｎａライブラリー作出法およびメチル化シトシンの同定のためのシーケンシング法
US11365447B2 (en) 2014-03-13 2022-06-21 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US11783911B2 (en) 2014-07-30 2023-10-10 Sequenom, Inc Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
LT3234184T (lt) * 2014-12-19 2019-07-10 Epigenomics Ag Cpg metilinimo aptikimo ir vėžio diagnostikos būdai
CN104502492B (zh) * 2015-01-14 2016-01-27 武汉大学 一种化学衍生化方法及其在lc-ms法检测核酸修饰中的应用
ES2842205T3 (es) 2015-06-15 2021-07-13 Cepheid Integración de la purificación del ADN y la medición de su metilación y la medición conjunta de mutaciones y/o niveles de expresión de ARNm en un cartucho de reacción automático
US10913986B2 (en) 2016-02-01 2021-02-09 The Board Of Regents Of The University Of Nebraska Method of identifying important methylome features and use thereof
US11685955B2 (en) 2016-05-16 2023-06-27 Dimo Dietrich Method for predicting response of patients with malignant diseases to immunotherapy
DE102016005947B3 (de) 2016-05-16 2017-06-08 Dimo Dietrich Verfahren zur Abschätzung der Prognose und zur Prädiktion des Ansprechens auf eine Immuntherapie von Patienten mit malignen Erkrankungen
CA3030890A1 (en) 2016-07-27 2018-02-01 Sequenom, Inc. Genetic copy number alteration classifications
CN116445593A (zh) 2016-08-10 2023-07-18 格里尔公司 测定一生物样品的一甲基化图谱的方法
US11130998B2 (en) 2016-11-14 2021-09-28 Wisconsin Alumni Research Foundation Unbiased DNA methylation markers define an extensive field defect in histologically normal prostate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer
AU2017376118B2 (en) 2016-12-12 2022-09-01 Cepheid Integrated purification and measurement of DNA methylation and co-measurement of mutations and/or mRNA expression levels in an automated reaction cartridge
CA3207879A1 (en) 2017-01-24 2018-08-02 Sequenom, Inc. Methods and processes for assessment of genetic variations
DE102017125780B3 (de) 2017-11-05 2018-12-13 Dimo Dietrich Verfahren zur Bestimmung des Ansprechens einer malignen Erkrankung auf eine Immuntherapie
KR20210035094A (ko) * 2018-05-23 2021-03-31 항저우 뉴 호리즌 헬스 테크놀로지 코. 엘티디. 결장직장암 및 진행성 선종을 스크리닝하기 위한 키트 및 그의 적용
CN109337984A (zh) * 2018-12-14 2019-02-15 北京华夏时代基因科技发展有限公司 用于氟尿嘧啶代谢相关基因snp检测的核苷酸分子组合
EP3918089A1 (en) 2019-01-31 2021-12-08 Guardant Health, Inc. Compositions and methods for isolating cell-free dna
US11542548B2 (en) 2019-06-11 2023-01-03 Wisconsin Alumni Research Foundation; Blood DNA methylation biomarker diagnostic test for anxiety and depressive disorders
US20220290245A1 (en) 2019-09-11 2022-09-15 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Servic Cancer detection and classification
CN110669828A (zh) * 2019-11-22 2020-01-10 上海鹍远健康科技有限公司 转化dna回收率的检测方法及引物
US20230203585A1 (en) 2020-05-22 2023-06-29 Wisconsin Alumni Research Foundation Epigenetic modification of select genes as markers of hypersomnolence
EP4189111A1 (en) 2020-07-30 2023-06-07 Guardant Health, Inc. Methods for isolating cell-free dna
CN114507719A (zh) * 2022-02-23 2022-05-17 厦门飞朔生物技术有限公司 一种针对dna甲基化监测的定量分析方法
KR20240020498A (ko) 2022-08-08 2024-02-15 전북대학교산학협력단 N4-메틸시토신 변형 예측 방법 및 시스템

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5849497A (en) * 1997-04-03 1998-12-15 The Research Foundation Of State University Of New York Specific inhibition of the polymerase chain reaction using a non-extendable oligonucleotide blocker
US5952202A (en) * 1998-03-26 1999-09-14 The Perkin Elmer Corporation Methods using exogenous, internal controls and analogue blocks during nucleic acid amplification
AUPP312998A0 (en) * 1998-04-23 1998-05-14 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation Diagnostic assay
US6331393B1 (en) * 1999-05-14 2001-12-18 University Of Southern California Process for high-throughput DNA methylation analysis

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EA013634B1 (ru) * 2005-04-15 2010-06-30 Эпиджиномикс Аг Способы и нуклеиновые кислоты для анализов клеточных пролиферативных нарушений
US9695478B2 (en) 2005-04-15 2017-07-04 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for the analyses of cellular proliferative disorders
US10385402B2 (en) 2005-04-15 2019-08-20 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for analyses of cellular proliferative disorders
US11186879B2 (en) 2005-04-15 2021-11-30 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for analyses of cellular proliferative disorders

Also Published As

Publication number Publication date
KR100839984B1 (ko) 2008-06-19
DK1370691T3 (da) 2007-10-01
DE10112515A1 (de) 2002-11-14
EP1818414A3 (de) 2009-03-11
KR20030084975A (ko) 2003-11-01
IS6887A (is) 2003-07-24
RU2332462C2 (ru) 2008-08-27
US7229759B2 (en) 2007-06-12
PT1370691E (pt) 2007-09-04
DE10112515B4 (de) 2004-02-12
CA2435917C (en) 2011-05-17
HK1069604A1 (en) 2005-05-27
EP1370691A2 (de) 2003-12-17
ATE362995T1 (de) 2007-06-15
CN100347314C (zh) 2007-11-07
JP2004527241A (ja) 2004-09-09
EP1818414A2 (de) 2007-08-15
CA2435917A1 (en) 2002-09-19
DE50210199D1 (de) 2007-07-05
IL157080A0 (en) 2004-02-08
EP1370691B1 (de) 2007-05-23
US20120107807A1 (en) 2012-05-03
NZ527350A (en) 2005-09-30
CN1539023A (zh) 2004-10-20
WO2002072880A3 (de) 2003-09-25
AU2002253108B2 (en) 2007-03-15
JP4484431B2 (ja) 2010-06-16
ES2287269T3 (es) 2007-12-16
US20030082600A1 (en) 2003-05-01
WO2002072880A2 (de) 2002-09-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2003126575A (ru) Высокочувствительный метод обнаружения структур метилирования цитозина
US6238866B1 (en) Detector for nucleic acid typing and methods of using the same
JP5674696B2 (ja) 遠隔サンプル由来のｄｎａ断片を提供する方法
RU2223324C2 (ru) Способ получения фингерпринтов комплексно метилированной днк
AU2016266065B2 (en) Methods for pcr and hla typing using raw blood
CA2462932A1 (en) Method for the detection of cytosine methylations in immobilized dna samples
Luque-González et al. Identification of Trypanosomatids by detecting Single Nucleotide Fingerprints using DNA analysis by dynamic chemistry with MALDI-ToF
Deng et al. Microfluidic epigenomic mapping technologies for precision medicine
US8080372B2 (en) Method for detecting nucleic acid in sample, method for designing probes, system for designing probes therefor
US20230383355A1 (en) Methods for characterizing cell-free nucleic acid fragments
CN108823303A (zh) 一种检测试剂盒及其评估精神分裂症遗传风险的用途
JP2022145606A (ja) 核酸の正確な並行定量のための高感度な方法
RU2005127807A (ru) Применение нового полиморфизма в гене hsgki для диагностики гипертонии и применение генов семейства sgk для диагностики и терапии синдрома удлиненного q/t-периода
CN113260451A (zh) 单分子表观遗传定位
JP2004521630A (ja) 変更検出のための方法
CN115058493B (zh) 一种用于多重核酸检测的dna探针、crispr-反向点杂交核酸检测系统及应用
Satcher DNA Methylation Analysis for Tissue and Age Determination for Forensic Human Identification
CN109355355A (zh) 一种用于目标dna富集的试剂盒、制备方法和应用
CN116814778A (zh) 用于结直肠癌和/或腺瘤诊断的dna甲基化标志物、方法和试剂盒
JP4227139B2 (ja) 生体試料の分析方法、反応液、及び分析装置
CN109355288A (zh) 一种目标dna富集的方法和应用
US20090075285A1 (en) Primer kit
Acharya Molecular Pathology–Review
JP2006158341A (ja) 遺伝子多型検出キット
KR20070023625A (ko) 중아황산염을 활용한 디엔에이의 전환방법 및 그의사용용도