MX2013005242A - Derivados de farmacos. - Google Patents

Derivados de farmacos.

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MX2013005242A
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Derek Lindsay
Ronald Palin
Mark Craighead
Neil Murray
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Redx Pharma Ltd
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Abstract

La presente invención se refiere a derivados de compuestos farmacéuticos activos conocidos; estos derivados se diferencian del compuesto activo precursor en virtud de que son derivados redox del compuesto activo; esto significa que uno o más de los grupos funcionales en el compuesto activo han sido convertidos a otro grupo en una o más reacciones, las cuales puede considerarse representan un cambio de estado de oxidación; se hace referencia a estos compuestos generalmente como derivados redox; los derivados de la invención pueden relacionarse con el compuesto farmacéutico activo precursor original por sólo la transformación de un sólo paso, o pueden relacionarse por medio de varios pasos de síntesis que incluyen uno o más cambios de estado de oxidación; en ciertos casos, el grupo funcional obtenido después de dos o más transformaciones puede estar en el mismo estado de oxidación que el compuesto activo precursor (y se incluyen estos compuestos en la definición que se da de los derivados redox); en otros casos, puede considerarse que el estado de oxidación del derivado de la invención es diferente del estado de oxidación del compuesto precursor; en muchos casos, los compuestos de la invención tienen actividad terapéutica inherente propia; en algunos casos, esta actividad respecto al mismo objetivo o los mismos objetivos del compuesto precursor es tan buena o mejor, que la actividad que el compuesto precursor tiene contra el objetivo o los objetivos.

Description

DERIVADOS DE FÁRMACOS MEMORIA DESCRIPTIVA La presente invención se refiere a derivados de compuestos farmacéuticos activos conocidos. Estos derivados se diferencian del compuesto activo precursor, en virtud de que son derivados redox del compuesto activo. Esto significa que uno o más de los grupos funcionales en el compuesto activo han sido convertidos hasta otro grupo en una o más reacciones las cuales puede considerarse que representan un cambio de estado de oxidación. Se hace referencia a estos compuestos generalmente como derivados redox.
Muchos fármacos conocidos son menos estables que lo ideal. Por ejemplo, las moléculas de fármaco que contienen ácidos carboxílicos pueden sufrir descarboxilación del ácido terminal. Esto representa un problema significativo durante la fabricación de un compuesto activo principal o durante el almacenamiento extendido del mismo en una farmacia. Asimismo, pueden someterse amidas a hidrólisis hasta los derivados de ácido carboxílico. Los productos de descomposición resultantes pueden tener actividad reducida y toxicidad potencialmente incrementada cuando se comparan con el compuesto activo precursor.
Es por lo tanto un objetivo de la presente invención proveer derivados reducidos u oxidados de compuestos activos que sean capaces de demostrar longevidad similar a o mejor que el compuesto activo precursor. Es también un objetivo de la presente invención proveer compuestos que tengan un valor de IC50 comparable a o mejor que el del compuesto activo precursor. Idealmente, estos derivados reducidos u oxidados tendrán buena estabilidad y/o biodisponibilidad respecto al compuesto activo precursor. Es de esta manera un objetivo proveer derivados reducidos u oxidados que tengan estabilidad mejorada. Otro objetivo de la presente invención es proveer compuestos que tengan biodisponibilidad mejorada. Idealmente, los derivados reducidos u oxidados tendrán una vida útil en depósito extendida.
Los derivados de la invención pueden estar relacionados con el compuesto farmacéutico activo precursor original por sólo la transformación de un solo paso, o pueden estar relacionados por medio de varios pasos de síntesis que incluyen uno o más cambios de estado de oxidación. En ciertos casos, el grupo funcional obtenido después de dos o más transformaciones puede estar en el mismo estado de oxidación que el compuesto activo precursor (y se incluye a estos compuestos en la definición que se da aquí de los derivados redox). En otros casos, puede considerarse que el estado de oxidación del derivado de la invención es diferente de aquel del compuesto precursor.
En muchos casos, los compuestos de la invención tienen actividad terapéutica inherente como tales. En algunos casos, esta actividad respecto al mismo objetivo u objetivos del compuesto precursor es tan buena como o mejor que la actividad que el compuesto precursor tiene contra el objetivo o los objetivos. Sin embargo, la presente invención se refiere también a dichos derivados redox de compuestos activos que tienen sólo un bajo nivel de actividad respecto al del compuesto precursor, pero los cuales son fácilmente capaces de ser metabolizados in vivo hasta compuestos farmacéuticos activos, incluyendo el compuesto activo precursor mismo. Estos compuestos realizan una función útil como profármacos del compuesto activo.
En general, la presente invención se refiere de esta manera a derivados redox que tienen el mismo tipo de actividad, es decir, contra los mismos objetivos que el compuesto farmacéutico activo precursor conocido mismo tiene. En algunos casos, los compuestos pueden tener una nueva actividad contra un diferente objetivo también además de la del precursor, o pueden tener una actividad contra un diferente objetivo de preferencia que el del precursor. Sin embargo, se pretende generalmente que la actividad de los compuestos de la invención sea la misma en términos de su tipo que la de su compuesto precursor último respectivo, es decir, el compuesto farmacéuticamente activo conocido sobre el cual el compuesto redox de la invención se basa finalmente.
Esta invención provee compuestos que logran uno o más de los objetivos anteriores. Los compuestos pueden ser activos como tales, o pueden metabolizarse o reaccionar en medios acuosos, para dar un compuesto activo precursor. Finalmente, el esqueleto general, es decir, la estructura general de la molécula activa precursora es retenida, pero los varios grupos funcionales han sido modificados, y se han identificado "islas de actividad" en estos nuevos compuestos. La actividad de estos compuestos de la presente invención no puede predecirse empíricamente con base en el conocimiento de los compuestos precursores respectivos, debido a que el cambio de potencia de un inhibidor depende de la unión del inhibidor a la proteína. En general, sólo las moléculas que tengan la forma y las propiedades electrónicas correctas, serán adecuadas para unirse en el sitio relevante en la proteína. Sin embargo, se ha identificado un pequeño grupo de compuestos relacionados con cada precursor para el cual se tiene evidencia de actividad. Esta evidencia muestra que en el caso de cada una de las "islas de compuestos", es decir, para cada uno de los géneros individuales representados por las fórmulas 1 a 159, existe actividad a través del grupo de compuestos. Esto es así a pesar de que cada uno de estos géneros tiene una forma diferente, debido a cambios en sustitución, y tiene una distribución de electrones diferente, debido a diferentes propiedades electrónicas en los nuevos sustituyentes, respecto al compuesto precursor relevante. Esta actividad a través de la gama pequeña pero diversa de compuestos dentro de cada fórmula es bastante sorprendente, pero puede verse de los varios ejemplos provistos más adelante, que todos muestran actividad. Además, la sabiduría convencional en el campo farmacéutico pretende específicamente evitar que se tengan grupos sustituyentes tales como los usados en la presente invención, por ejemplo, tales como aldehidos y oximas, etc., presentes en moléculas activas a causa de una inestabilidad esperada o reactividad no deseada. Se ha encontrado en forma sorprendente que los compuestos de la invención son activos y estables.
De conformidad con un primer aspecto, la presente invención provee un compuesto o compuestos de conformidad con cualquiera de las fórmulas siguientes considerados solos, o en cualquier combinación de más de uno de las fórmulas 1 a 161 considerados en conjunto: g c ?? 5 15 15 20 10 15 20 10 15 20 5 10 15 20 15 5 10 20 10 20 5 15 20 en donde: Z, Zi y Z2 se seleccionan independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: se seleccionan independientemente, cada ocurrencia, del grupo que comprende: se seleccionan independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: W se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: J se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: -NO2; y -NHR1; Q, Q1 y Q2 se seleccionan independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: U se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: T, Ti y T2 se seleccionan independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: N y NO; L se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: Ra es H o Ac; R es independientemente en cada ocurrencia H o Ac; R2 es independientemente en cada ocurrencia H, alquilo de C-i , alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4; R3 y R4 se seleccionan independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: H y alquilo de Ci-4, o en forma alternativa R3 y R4, junto con los átomos X a los cuales están unidos y el átomo de carbono que posee los átomos X, forman un anillo de 5, 6 o 7 miembros el cual es saturado o insaturado; R5 se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: H, Ac y alquilo de Ci, alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4; R6 se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: H, alquilo de Ci, alquilo de C2, haloalquilo de C1 y haloalquilo de C2; R7 se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: H, alquilo de alquilo de C2, haloalquilo de haloalquilo de C2 y NR6R6; X es independientemente, en cada ocurrencia, -O- o -S-; siempre que el compuesto no se seleccione del grupo que comprende: cefadroxilo, cefazolina, cefacetrilo, cefaloglicina, cefalonio, cefaloridina, cefalotina, cefapirina, cefatrizina, cefazedona, cefazaflur, cefradina, cefroxadina, ceftezol, cefaclor, cefamandol, cefminox, cefonicid, ceforanida, cefotiam, cefbuperazona, cefuroxima, cefuzonam, cefoxitin, cefotetán, cefmetazol, flomoxef, loracarbef, cefixima, ceftazidima, ceftriaxona, cefcapene, cefdaloxima, cefetamet, cefmenoxima, cefodizima, cefoperazona, cefotaxima, cefpimizol, cefpiramida, cefpodoxima, cefsulodina, cefteram, ceftibuten, ceftioleno, ceftizoxima, moxalactama, cefepima, cefozopran, cefpirome, cefquinome, ceftobiprol, ceftarolina, faropenem, biapenem, doripenem, ertapenem, imipenem, meropenem, panipenem, cefdinir, cefprozil, cefalexina, enoxacina, fleroxacina, lomefloxacina, nadifloxacina, norfloxacina, rufloxacina, balofloxacina, grepafloxacina, pazufloxacina, esparfloxacina, temafloxacina, tosufloxacina, besifloxacina, clinafloxacina, garenoxacina, gemifloxacina, gatifloxacina, sitafloxacina, trovafloxacina, prulifloxacina, ciprofloxacina, clindamicina, metronidazol, mupirocina, verapamilo, alitretinoína, aliskiren, eprosartán, doxorrubicina, etopósido, raloxifeno, fulvestrant, gemcitabina, imatinib, clorambucilo, megestrol, bexaroteno, BIBF-1120, eprotirome, remikiren, acadesina, aleglitazar, nifedipina, alvocidib, amrubicina, apaziquona, azilsartán, bendamustina, canagliflozina, cladribina, etexilato de dabigatrán, acetónido de fluocinolona, forodesina, nabumetona, laninamivir, lixivaptan, mirabegron, motesanib, neratinib, otamixaban, pemetrexed, rivaroxaban, safinamida, sapacitabina, saredutant, semagacestat, teriflunomida, trabectedina, ramelteon, ombrabuiina (AVE8062), PD 0332991 , sunitinib, adapaleno, aripiprazol, bimatoprost, candesartán, cilexetilo, ezetimiba, fenofibrato, latanoprost, losartán, clopidogrel, olopatadina, quetiapina, sitagliptina, telmisartán, valaciclovir, valsartán, aciclovir, besilato de amlodipina, mepesuccinato de omacetaxina, voreloxin, ABT-263, diltiazem, etodolac, felodipina, fexofenadina, gemfibroziio, hidroxizina, aztreonam, apixaban e indometacina.
El compuesto puede seleccionarse del grupo de compuestos definidos por todas las 161 fórmulas, o puede seleccionarse de un grupo más pequeño tal como el definido por una sola fórmula dentro de las fórmulas 1 a 161 , o de un grupo de compuestos definidos por una combinación de dos a veinte de cualquiera de las fórmulas anteriores.
En una modalidad, W se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: en donde R1 y R2 son como se describieron anteriormente.
En una modalidad, Ra es H.
En una modalidad, R6 es H.
En una modalidad R7 es H.
Los compuestos de la invención se basan en los compuestos precursores aprobados farmacéuticamente activos descritos más adelante. Las vías de síntesis hacia cada uno de los compuestos están disponibles en la literatura, y en los archivos reguladores relevantes de la EMA y FDA, y por consiguiente no se reproducen aquí. Estas descripciones hasta donde los procedimientos de síntesis son referidos, forman parte de la descripción de la presente invención. En el interés de brevedad, los detalles de estos procedimientos de síntesis no se reproducen aquí, pero se pretende que esta materia en cuestión sea incorporada específicamente en la descripción de estos documentos como referencia.
Igualmente, los compuestos pueden prepararse mediante síntesis total o parcial. De esta manera, en forma conveniente, los derivados de cada compuesto activo precursor pueden prepararse directamente del compuesto activo precursor respectivo mismo mediante reacciones conocidas por los expertos en la técnica. Sin embargo, en la práctica, el experto en la técnica diseñará un procedimiento de síntesis adecuado, incluyendo síntesis convergente, para preparar un derivado dado dependiendo de su funcionalidad y estado de oxidación particular. El experto en la técnica está familiarizado con dichos procedimientos, y estos representan conocimiento general común como se expone en libros de texto tales como Warren Organic Synthesis: The disconnection" Approach; Mackie y Smith "Guidebook to Organic Chemistry"; y Clayden, Greeves, Warren and Wothers Organic Chemistry".
Sólo por conveniencia, los derivados de la invención pueden obtenerse efectuando la oxidación o reducción del grupo funcional objetivo en una etapa intermedia en la síntesis, más que como una etapa final en la síntesis de los derivados de la presente invención. En donde sea necesario, el experto en la técnica estará al tanto de la necesidad de usar grupos protectores adecuados para proteger otras funcionalidades en la molécula ante la oxidación o reducción no deseada durante la transformación del grupo funcional objetivo.
El experto en la técnica apreciará que la adaptación de métodos conocidos en la técnica podría aplicarse en la fabricación de los compuestos de la presente invención.
Por ejemplo, el experto en la técnica estará inmediatamente familiarizado con libros de texto estándar tales como "Comprehensive Organic Transformations - A Guide to Functional Group Transformations", RC Larock, Wiley-VCH (1999 o o ediciones posteriores), "March's Advanced Organic Chemistry - Reactions, Mechanisms and Structure", MB Smith, J. March, Wiley (quinta edición o posteriores) "Advanced Organic Chemistry, parte B, Reactions and Synthesis", FA Carey, RJ Sundberg, Kluwer Academic/Plenum Publications (2001 o ediciones posteriores), Organic Synthesis - The Disconnection Approach", S Warren (Wiley) (1982 o ediciones posteriores), "Designing Organic Syntheses" S Warren (Wiley) (1983 o ediciones posteriores), "Guidebook To Organic Synthesis" RK Mackie y DM Smith (Longman) (1982 o ediciones posteriores), etc., y las referencias en las mismas como una guía.
El químico experto ejercitará su juicio y aptitud en cuanto a la secuencia de reacciones más eficiente para la síntesis de un compuesto objetivo dado, y usará grupos protectores, según sea necesario. Esto dependerá, entre otras cosas, de factores tales como la naturaleza de otros grupos funcionales presentes en un substrato particular. Claramente, el tipo de química implicado influirá sobre la elección del reactivo que se use en dichos pasos de síntesis, la necesidad y el tipo de grupos protectores que se usan, y la secuencia para lograr los pasos de protección/desprotección. Estos y otros parámetros de reacción serán evidentes para los expertos en la técnica haciendo referencia a libros de texto estándar y a los ejemplos provistos en la presente.
Grupos funcionales sensibles pueden necesitar ser protegidos y desprotegidos durante la síntesis de un compuesto de la invención. Esto puede lograrse mediante métodos convencionales, por ejemplo, como se describe en "Protective Groups in Organic Synthesis" por TW Greene y PGM Wuts, John Wiley & Sons Inc (1999), y referencias en la misma.
Cada uno de los compuestos de la presente invención puede usarse como un medicamento.
Los compuestos de la presente invención pueden usarse en el tratamiento del cuerpo humano. Pueden usarse en el tratamiento del cuerpo de un animal. En particular, los compuestos de la presente invención pueden usarse para tratar animales comerciales tales como el ganado. En forma alternativa, los compuestos de la presente invención pueden usarse para tratar animales de compañía tales como gatos, perros, etc.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse en el tratamiento de diabetes, infecciones bacterianas e infecciones virales. Pueden usarse en los campos de oncología, urología, inmunología y oftalmología. Pueden usarse para tratar enfermedades y trastornos del sistema gastrointestinal, el sistema nervioso central, los huesos y articulaciones, y el sistema cardiovascular.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar diabetes tipo II que incluye diabetes mellitus no insulinodependiente (de inicio en el adulto), o como una terapia auxiliar para la hiperglucemia.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar infecciones por bacterias Gram positivas y Gram negativas, tales como infecciones del tracto urinario, el tracto respiratorio, el oído, la piel, la garganta, tejidos blandos, huesos y articulaciones (incluyendo infecciones causadas por Staphylococcus aureus). Los compuestos pueden usarse para tratar neumonía, sinusitis, sinusitis bacteriana aguda, bronquitis, exacerbación bacteriana aguda de bronquitis crónica, ántrax, prostatitis bacteriana crónica, pielonefritis aguda, faringitis, tonsilitis, E. coli, profilaxis antes de cirugía dental, celulitis, acné, cistitis, diarrea infecciosa, fiebre tifoidea, infecciones causadas por bacterias anaeróbicas, peritonitis, malaria, babesiosis, vaginosis bacteriana, enfermedad inflamatoria pélvica, colitis pseudomembranosa, Helicobacter pylorí, amibiasis, giardasis, gingivitis aguda, enfermedad de Crohn, rosácea, tumores fungiformes, MRSA e impétigo.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar infecciones virales que incluyen VIH, virus de la influenza A y B, hepatitis B, herpes simple y herpes zoster.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar cánceres tales como cáncer de colon, cáncer de mama (cáncer de mama metastásico, post-menopáusico, positivo para el receptor de hormonas), cáncer de próstata, leucemia mielógena crónica, tumores estromáticos Gl (que incluyen tumores estromáticos Gl resistentes a imatinib), cáncer de endometrio, linfoma cutáneo de células T, cáncer de ovario (que incluye cáncer de ovario resistente a platino), leucemia linfoblástica aguda, leucemia linfocítica crónica, cáncer pulmonar (que incluye cánceres pulmonares de células pequeñas y células no pequeñas), cáncer de vejiga invasivo no muscular superficial, leucemia de células pilosas, leucemia linfocítica crónica recurrente de células B, mesotelioma pleural, tumores sólidos y hematológicos, leucemia mieloide aguda, sarcoma avanzado de tejidos blandos, sarcoma avanzado refractario de tejidos blandos, neoplasmas de ovario y peritoneales, cánceres de cabeza y cuello, glioma, mieloma múltiple, carcinoma de células renales, linfoma no de Hodgkin, melanoma de etapa III o IV, cáncer de mama metastásico negativo para HER2, trastornos neoplásicos y malignidades de células B.
Los compuestos de la presente invención pueden usarse para tratar incontinencia y trastorno de vejiga demasiado activa.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar lesiones cutáneas en pacientes con sarcoma de Kaposi relacionado con SIDA, eczema crónico de las manos, asma, poliposis nasal, rinitis alérgica, enfermedad de Crohn, prevención de rechazo en trasplantes de órganos, lupus, acné, queratosis pilosa, alergias, fiebre del heno, angioedema, enfermedad pulmonar obstructiva crónica, púrpura trombocitopénica idiopática, conjuntivitis alérgicas y otras alergias oculares (por ejemplo, debidas a lentes de contacto), brocoespasmos, urticaria idiopática, comezón e hiperalgesia.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar edema macular del diabético, glaucoma de ángulo abierto e hipertensión ocular.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar úlceras del estómago, síndrome de Zollinger Ellison, enfermedad de reflujo gastroesofágico, esofagitis erosiva, H. pylorí, dispepsia funcional, colitis ulcerosa y enfermedad de Crohn.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar depresión bipolar, esquizofrenia (que incluye esquizofrenia recurrente aguda), narcolepsia, enfermedad de Parkinson (enfermedad de Parkinson de etapa temprana y avanzada), enfermedad de Alzheimer, síndrome de las piernas inquietas, epilepsia, esclerosis múltiple recurrente/remitente, insomnio, trastorno de fase retardada del sueño, trastornos bipolares I y II, depresión clínica, ADHD, ortostasis postural, síndrome de taquicardia, náusea, vómito (en regímenes de quimioterapia), vaciamiento gástrico en pacientes con gastroparesis, enfermedad de reflujo gastroesofágico, migraña, manía, trastorno depresivo mayor, trastorno de ansiedad generalizado, trastorno obsesivo-compulsivo, trastorno de ansiedad social, trastorno de pánico, bochornos de la menopausia, psicosis aguda, parasomnia, trastorno de movimientos rápidos del ojo, lesión de médula espinal, diplejía espástica, esclerosis lateral amiotrófica, neuropatía periférica, neuralgias del trigémino y glosofaríngea, retiro de alcohol, cese de fumar, disfunción sexual, obesidad, trastorno afectivo estacional, prolactinomas, hiperprolactinemia y psiconeurosis, dolor neuropático por neuropatía diabética, neuralgia post-herpética, convulsiones parciales y fibromialgia.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar osteoporosis en la menopausia, artritis reumatoide, osteoartritis, gota artrítica, artritis reactiva, enfermedad ósea de Paget, síndrome de Barter y pseudogota y tendonitis.
Los compuestos y formulaciones de la presente invención pueden usarse para tratar hipotensión ortostática, hipertensión, insuficiencia cardiaca congestiva, complicaciones MI, renales y retínales de la diabetes, taquicardia, angina, insuficiencia cardiaca, profilaxis de la migraña, síncope vasovagal, tratamiento auxiliar de hipertiroidismo, síndrome QT largo (en pacientes con asma), hipertensión del feocromocitoma, taquiarritmias supraventriculares, cefaleas acuminadas, migraña, tratamiento no quirúrgico de cálculos biliares, hipercolesterolemia, cirrosis biliar, hiperplasia prostética benigna (BPH), arritmia cardiaca, insuficiencia cardiaca congestiva, enfermedad de arteria coronaria, síndrome coronario agudo, dolor torácico, dislipidemia tratada con estatina, hiponatremia (con cirrosis hepática o insuficiencia cardiaca congestiva, tromboembolia venosa, fitosterolemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, dislipidemias combinadas, neuropatía diabética, hipertensión esencial, fibrilación ventricular, taquicardia ventricular, fibrilación auricular, enfermedad vascular periférica, enfermedad cerebrovascular, prevención de eventos isquémicos en pacientes con aterosclerosis, enfermedad de Graves, pre-eclampsia, espasmo esofágico, acalacia leve, edema asociado con insuficiencia cardiaca, cirrosis hepática, deterioro renal e hiperlipidemia.
En una modalidad, el precursor del derivado de la invención se selecciona de uno de los compuestos identificados en el cuadro siguiente. En cada caso, se identifica la clase terapéutica y la indicación objetivo para los derivados de la invención. Esto puede verse en la segunda y tercera columnas, respectivamente.
CUADRO Los compuestos de la presente invención pueden usarse también en el tratamiento de otras condiciones tratables, modulando el receptor adecuado.
En un segundo aspecto de la presente invención, se provee un método para preparar una formulación de un derivado oxidado o reducido de un compuesto farmacéuticamente activo, el método comprendiendo: (i) sintetizar un derivado de un compuesto farmacéuticamente activo como se define en el primer aspecto de la invención; u oxidar el compuesto farmacéuticamente activo para proveer un derivado oxidado el cual está en un estado de oxidación uno o más estados de oxidación mayores que el compuesto farmacéuticamente activo; o reducir el compuesto farmacéuticamente activo para proveer un derivado reducido el cual está en un estado de oxidación uno o más estados de oxidación menores que el compuesto farmacéuticamente activo; (ii) aislar el derivado oxidado o reducido; y (iii) mezclar el derivado oxidado o reducido con uno o más excipientes farmacéuticamente aceptables para producir la formulación farmacéutica.
En una modalidad, el paso (i) del método comprende oxidar el compuesto farmacéuticamente activo para proveer un derivado oxidado.
En una modalidad, el paso (i) del método comprende reducir el compuesto farmacéuticamente activo para proveer un derivado reducido.
Los compuestos de la invención destinados para uso farmacéutico pueden administrarse como productos cristalinos o amorfos. Pueden obtenerse, por ejemplo, como tapones sólidos, polvos o películas mediante métodos tales como precipitación, cristalización, liofilización o secado por aspersión, o secado evaporativo. Puede usarse secado con radiofrecuencias o microondas para esté propósito.
Se ha demostrado que los métodos in silico anteriores predicen la actividad contra los receptores objetivo. Los candidatos más prometedores se usan entonces en pruebas in vitro.
En otro aspecto, la presente invención provee una formulación farmacéutica que comprende un compuesto seleccionado de los compuestos de las fórmulas 1 a 161 y un excipiente farmacéuticamente aceptable.
En otro aspecto, la presente invención provee una formulación farmacéutica que comprende un compuesto seleccionado de los compuestos de fórmula 162 a 169 y un excipiente farmacéuticamente aceptable: donde Ra, Z, L, G, W y V son como se definieron anteriormente; siempre que el compuesto no se seleccione del grupo que comprende: pefloxacina, moxifloxacina, ofloxacina, oseltamivir, pregabalina, darifenacina, peramivir y zanamivir.
Los compuestos de la invención que contienen uno o más átomos de carbono asimétricos pueden existir como dos o más estereoisómeros. En donde un compuesto de la invención contenga un doble enlace tal como un grupo C=C o C=N, son posibles los isómeros geométricos cis/trans (o Z/E). En donde los isómeros estructurales son interconvertibles por medio de una barrera de baja energía, puede ocurrir isomería tautómero ("tautomería"). Este puede tomar la forma de tautomería de protones en compuestos de la invención que contengan, por ejemplo, un grupo ¡mino, ceto u oxima, o denominado también tautomería de valencia en compuestos que contengan una porción aromática. Se desprende que un compuesto individual puede exhibir más de un tipo de ¡somería.
Incluidos dentro del alcance de la presente invención, son todos los estereoisómeros, isómeros geométricos y formas tautómeras de los compuestos de la invención, incluyendo compuestos que exhiban más de un tipo de isomería, y mezclas de uno o más de los mismos. Incluidas también son las sales ácidas o básicas de adición, en donde el contraión es ópticamente activo, por ejemplo, d-lactato o l-lisina, o racémico, por ejemplo, dl-tartrato o dl-arginina.
Pueden separarse los isómeros cis/trans mediante técnicas convencionales bien conocidas por los expertos en la materia, por ejemplo, mediante cromatografía y cristalización fraccional.
Las técnicas convencionales para la preparación/aislamiento de los enantiómeros individuales cuando es necesario, incluyen la síntesis quiral a partir de un precursor adecuado ópticamente puro, o la resolución del racemato (o el racemato de una sal o derivado) usando, por ejemplo, cromatografía de líquidos de alta presión quiral (CLAR).
En forma alternativa, puede hacerse reaccionar el racemato (o un precursor racémico) con un compuesto adecuado ópticamente activo, por ejemplo, un alcohol o, en el caso en donde el compuesto de la invención contiene una porción acida o básica, una base o ácido tal como 1-feniletilamina o ácido tartárico. La mezcla diastereomérica resultante puede separarse mediante cromatografía y/o cristalización fraccional, y ambos diastereoisómeros o uno de ellos pueden ser convertidos hasta los enantiómeros puros correspondientes, mediante medios bien conocidos por los expertos en la técnica.
Pueden obtenerse compuestos quirales de la invención (y precursores quirales de los mismos) en forma enantioméricamente enriquecida usando cromatografía, típicamente CLAR, o una resina asimétrica con una fase móvil que consista de un hidrocarburo, típicamente heptano o hexano, conteniendo de 0 a 50% en volumen de isopropanol, típicamente de 2% a 20%, y de 0 a 5% en volumen de una alquilamina, típicamente dietilamina a 0.1%. La concentración del eluato da la mezcla enriquecida.
Cuando algún racemato se cristaliza, son posibles cristales de dos diferentes tipos. El primer tipo es el compuesto racémico (racemato verdadero) referido anteriormente, en donde una forma homogénea de cristal se produce conteniendo ambos enantiómeros en cantidades equimolares. El segundo tipo es la mezcla racémica o conglomerado, en donde se producen dos formas de cristal en cantidades equimolares, cada una comprendiendo un enantiómero individual.
Mientras que ambas formas cristalinas presentes en una mezcla racémica tienen propiedades físicas idénticas, pueden tener diferentes propiedades físicas en comparación con el racemato verdadero. Pueden separarse mezclas racémicas mediante técnicas convencionales conocidas por los expertos en la materia - véase, por ejemplo, "Stereochemistry of Organic Compounds" por E. L. Eliel y S. H. Wilen (Wiley, 1994).
La actividad de los compuestos de la presente invención puede evaluarse mediante una variedad de pruebas in silico, in vitro e in vivo. Se ha demostrado que el análisis in silico de una variedad de compuestos es predictivo de la última actividad in vitro e incluso in vivo, lo cual se ilustra en los ejemplos más adelante.
La actividad de los compuestos de la presente invención puede predecirse usando una o más de las técnicas in silico mencionadas a continuación como un precursor para las pruebas in vitro.
El diseño de fármacos basado en la estructura funciona posicionando los compuestos o los fragmentos de compuestos de una base de datos, en una región seleccionada de una estructura objetivo. Estos compuestos o fragmentos de compuestos se registran y se clasifican jerárquicamente, con base en sus interacciones estéricas y electrostáticas con el sitio objetivo. Los compuestos de mejor puntuación y clasificación jerárquica se ponen a prueba entonces con pruebas bioquímicas (Anderson, A. C, Chemistry & Biology, Vol. 10, 787-797).
La estructura objetivo se elige primero sobre la base de propiedades biológicas y bioquímicas. Idealmente, una estructura objetivo es una que (i) está vinculada a una enfermedad en humanos, (ii) se une para llevar a cabo una función, y (iii) tiene una cavidad de unión bien definida. Una vez que una estructura objetivo se ha identificado, es necesario obtener información estructural precisa. Esto puede lograrse usando cristalografía de rayos X, RMN y/o representando con un modelo la homología. Una vez que se ha obtenido la información estructural a través de estas técnicas, la estructura del objetivo puede prepararse entonces para el programa de cómputo del diseño de fármacos, por ejemplo, añadiendo átomos de hidrógeno que pueden estar ausentes, y definiendo correctamente las estructuras tautómeras. En forma alternativa, puede estar también disponible comercialmente la información estructural de las estructuras objetivo.
Después de que se ha obtenido la información estructural de la estructura objetivo, debe identificarse entonces un sitio de unión potencial del ligando en la estructura objetivo. El sitio objetivo es idealmente una cavidad o una saliente que tiene un número de donadores y aceptores de enlaces de hidrógeno posibles y características hidrofóbicas/hidrofílicas particulares. De nuevo, la información respecto a los sitios de unión al ligando en las estructuras objetivo, puede estar fácilmente disponible comercialmente.
Después de la identificación del sitio de unión de la estructura objetivo, pueden seleccionarse virtualmente bases de datos de pequeñas moléculas para acoplamiento en el sitio de interés objetivo in silico. Cada pequeña molécula de la base de datos puede registrarse con base en la interacción predicha con el sitio objetivo.
Ejemplos de algoritmos para el acoplamiento de pequeñas moléculas y/o fragmentos contra el sitio de unión objetivo, incluyen: Una vez que se ha identificado que una pequeña molécula se une potencialmente a la molécula objetivo, debe evaluarse antes de proceder a etapas posteriores. Usualmente, varias moléculas que calificaron bien durante la prueba de acoplamiento se evalúan en pruebas adicionales, por ejemplo, visualmente con gráficas de cómputo o su probabilidad de que estén biodisponibles oralmente usando la denominada "regla de 5", la cual establece que las buenas guías tienen generalmente menos de cinco donadores de enlaces de hidrógeno y menos de 10 aceptores de enlaces de hidrógeno, un peso molecular menor de 500, y el log calculado del coeficiente de partición menor de 5.
En muchos casos, las conformaciones acoplada y experimental están dentro de una desviación estándar media de la raíz (rmsd) de 2 A usando métodos de diseño de fármacos basados en la estructura.
Métodos alternativos para métodos de diseño basados en la estructura, incluyen métodos de relación de estructura-actividad cuantitativos tridimensionales (3D-QSAR) para derivar modelos basados en el ligando para estimar las actividades de nuevos compuestos. Algunos métodos proveen también un resultado gráfico que indica las regiones en donde podrían esperarse incrementos en afinidad a partir de la modificación de propiedades físicas tales como el bloqueo estérico, la carga parcial, el carácter hidrofóbico o la capacidad de los donadores de enlaces de hidrógeno.
El análisis comparativo del campo molecular (CoMFA) y el análisis comparativo de los índices de similitud molecular (CoMSIA), son ejemplos bien conocidos de estas técnicas. Estos métodos comparan las moléculas en términos de las energías de campo basadas en las rejillas o los índices de similitud, y usan estadística parcial de mínimos cuadrados para generar modelos que se han aplicado ampliamente a problemas de química medicinal. Sin embargo, los antagonistas de receptores específicos pueden abarcar una amplia gama de estructuras. Por ejemplo, los antagonistas del receptor de colecistocinina 2 incluyen moléculas de estructura variable (C. M. R., J. Med. Chem., 2008, 51 , 565-573). Esto puede hacer que ciertos antagonistas de receptores sean candidatos inadecuados para 3D-QSAR.
Una alternativa a los métodos de QSAR, incluye el análisis de similitud basado en el campo molecular. Estos métodos dependen del hecho de que los patrones de campo similares se unirán en el mismo sitio objetivo sin tener en cuenta su estructura subyacente. De hecho, se ha reportado que puede haber una correlación lineal entre la similitud del ligando y la actividad biológica.
Las moléculas interactúan por medio de sus propiedades electrónicas: fuerzas electrostáticas y de van der Waals. Si dos moléculas con estructuras diversas interactúan con una enzima o receptor en una manera similar, sus conformaciones unidas tendrán propiedades similares, aunque esto no podría ser inmediatamente evidente a partir de una consideración de sus estructuras solas. La idea de un patrón de campo alrededor de un ligando es intuitivamente atrayente como el criterio principal para el reconocimiento de la unión, y se ha reconocido por muchos años. Existen métodos in silico para definir los campos moleculares en una forma que permita hacer comparaciones de similitud a través de las moléculas en tres dimensiones y que definen cómo pueden usarse los campos moleculares como moldes no estructurales para definir un comportamiento biológico similar.
El plantillaje de campo y el examen de campo dependen de la suposición de que esas moléculas cuyos patrones de campo son más similares a aquellos de una molécula de búsqueda activa, serán las que más probablemente muestren los mismos patrones de actividad biológica y deben seleccionarse para más investigación.
Se reporta en C. M. R., J. Med. Chem., 2008, 51 , 565-573, que los patrones de campo de tres antagonistas de CCK2 potentes y selectivos pueden amalgamarse para dar una vista basada en el ligando, del sitio activo del receptor en términos del punto de campo. Una serie de compuestos de prueba puede seleccionarse entonces de una colección muy diversa de ligandos-receptores de CCK2, y cada uno puede compararse con el "molde del receptor". Las puntuaciones de la extensión del campo para el sistema modelo pueden compararse entonces con estimaciones de afinidad experimentalmente determinadas (valores de pKB) para los compuestos en un bioensayo de CCK2 funcional in vitro.
Se ha demostrado que los métodos in silico anteriores, predicen la actividad contra los receptores objetivo. Los candidatos más prometedores se usan entonces en pruebas in vitro.
Las siguientes modalidades se aplican independientemente a los compuestos de conformidad con cualquiera, o cualquier combinación de más de una, de las fórmulas 1 a 169.
En una modalidad, cuando Z es CO2H, G no es = O.
En una modalidad, cuando G es = O, Z no es C02H.
En una modalidad, Z, Z\ o Z2 son independientemente en cada ocurrencia: De esta manera, Z, Z1 o?z pueden ser independientemente en ncia: en forma alternativa, Z, Z1 o Z2 pueden ser independientemente en ncia: En una modalidad alternativa, Z, Z-i o Z2 son independientemente en cada ocurrencia: De preferencia, Z, Zi o Z2 son independientemente : En otra modalidad alternativa, Z, Zi o Z2 son entemente: En esta modalidad, R2 puede ser H. En forma alternativa, R2 puede seleccionarse de alquilo de Ci , alquilo de C2) alquilo de C3 o alquilo de C4. Por ejemplo, R2 puede ser metilo, etilo, propilo, isopropilo, butilo o ter-butilo. En modalidades particulares, R2 es metilo.
En otra modalidad alternativa, Z, Z^ o Z2 son independientemente en cada ocurrencia: . De preferencia, Z, Z1 o Z2 son independientemente en cada : . En estas modalidades, R2 puede ser H. En forma alternativa, R2 puede seleccionarse de alquilo de alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4. Por ejemplo, R2 puede ser metilo, etilo, propilo, isopropilo, butilo o ter-butilo. En modalidades particulares, R2 es metilo.
En otra modalidad alternativa, Z, 1 o Z2 son independientemente en cada ocurrencia: . En una modalidad preferida, Z, Z^ o Z2 son independientemente rrencia: De preferencia, X es O. En estas modalidades, R3 y R4 pueden ser ambos alquilo de Ci, alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4. R3 y R4 pueden ser iguales o diferentes. Por ejemplo, R3 y R4 pueden ser ambos metilo o pueden ser ambos etilo. En forma alternativa, R3 y R4, junto con los átomos X a los cuales están unidos y el átomo de carbono que posee los átomos X, forman un anillo de 5 miembros. Por ejemplo, Z, Z-i y Z2 pueden ser independientemente en cada ocurrencia CH-etilenglicol acetal, es decir, Z, Z\ o Z2 son independientemente: se seleccionan independientemente, donde quiera que ocurran, del grupo que comprende: ppuueeddeenn sseerr iinnddeeppeennddiieenntteemmeennttee eenn ccaaddaa ooccuurrrreenncciiaa:: pueden ser independientemente en cada ocurrencia: xVx x o son independientemente: o En una modalidad alternativa: esta modalidad, R2 puede ser H. En forma alternativa, R2 puede seleccionarse de alquilo de d, alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4. Por ejemplo, R2 puede ser metilo, etilo, propilo, isopropilo, butilo o ter-butilo. En modalidades particulares, R2 es metilo.
En otra modalidad alternativa: preferencia, X es O. En una modalidad, R3 y R4 pueden ser alquilo de C-i , alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4. R3 y R4 pueden ser iguales o diferentes. Por ejemplo, R3 y R4 pueden ser ambos metilo o pueden ser ambos etilo. En forma alternativa, R3 y R4, junto con los átomos X a los cuales están unidos y el átomo de carbono que posee los átomos X, forman un anillo de 5 miembros. Por ejemplo, G, G1, G2, G3 y G4 pueden ser independientemente, en cada ocurrencia, etilenglicol acetal, es decir: pueden ser dependientemente, en cada ocurrencia: En una modalidad: independientemente en cada ocurrencia: . En esta modalidad, R2 puede ser H. En forma alternativa, R2 puede seleccionarse de alquilo de Ci, alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4. Por ejemplo, R2 puede ser metilo, etilo, propilo, isopropilo, butilo o ter- butilo. En modalidades particulares, R2 es metilo.
En una modalidad alternativa: En una modalidad, Q, Q1 o Q2 pueden ser independientemente en cada ocurrencia: W . En una modalidad alternativa, Q, Q1 o Q2 pueden ser independientemente, en cada ocurrencia: O II V . En otra modalidad alternativa, Q, Q1 o Q2 pueden ser independientemente, en cada ocurrencia: En una modalidad, W es: , En una modalidad alternativa, W es: . En esta modalidad, W puede seleccionarse de: En otra modalidad alternativa, W es: . En esta modalidad, W puede seleccionarse de: En otra modalidad alternativa, W es: . En una modalidad alternativa preferida, W es . En estas modalidades, R2 puede ser H. En forma alternativa, R2 puede seleccionarse de alquilo de alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4. Por ejemplo, R2 puede ser metilo, etilo, propilo, isopropilo, butilo o ter-butilo. En modalidades particulares, R2 es metilo.
En una modalidad, T, ?? o T2 pueden ser independientemente, en cada ocurrencia, N. En forma alternativa, T, Ti o T2 pueden ser independientemente, en cada ocurrencia, NO.
En una modalidad, L es: En una modalidad, dos grupos G, V o Y adyacentes cuando están presentes en una disposición vecinal, pueden formar un anillo de 5 ó 6 miembros, opcionalmente sustituido con un grupo oxo. En una modalidad preferida, dos grupos G, V o Y adyacentes cuando están presentes en una disposición vecinal, pueden formar un anillo de 5 miembros, opcionalmente sustituido con un grupo oxo.
La presente invención incluye también la síntesis de todos los compuestos isotópicamente marcados farmacéuticamente aceptables de las fórmulas (I) a (VI), en donde uno o más átomos son reemplazados por átomos que tienen el mismo número atómico, pero una masa atómica o número de masa diferente de la masa atómica o número de masa usualmente encontrado en la naturaleza.
Ejemplos de isótopos adecuados para su inclusión en los compuestos de la invención, incluyen los isótopos de hidrógeno tales como 2H y 3H, de carbono tales como 11C, 3C y 14C, de cloro tal como 36CI, de flúor tal como 18F, de yodo tales como 23l y 125l, de nitrógeno tales como 13N y 15N, de oxígeno tales como 15O, 17O y 18O, de fósforo tal como 32P, y de azufre tal como 35S.
Ciertos compuestos isotópicamente marcados, por ejemplo, aquellos que incorporan un isótopo radiactivo, son útiles en estudios de distribución de fármacos y/o substratos en tejidos. Los isótopos radiactivos tritio, es decir, 3H, y carbono-14, es decir, C, son particularmente útiles para este propósito en vista de su facilidad de incorporación y fáciles medios de detección.
La sustitución con isótopos más pesados tal como el deuterio, es decir, 2H, puede dar ciertas ventajas terapéuticas que resultan de mayor estabilidad metabólica, por ejemplo, vida media in vivo incrementada o requerimientos de dosificación reducidos, y por ende pueden preferirse en algunas circunstancias.
La sustitución con isótopos emisores de positrones, tales como 11C, 18F, 50 y 13N, puede ser útil en estudios de tomografía de emisión de positrones (PET) para el examen de la ocupación de los receptores del substrato.
Pueden prepararse generalmente compuestos isotópicamente marcados mediante técnicas convencionales conocidas por los expertos en la materia, o mediante procedimientos análogos a los descritos usando un reactivo adecuado isotópicamente marcado en lugar del reactivo no marcado usado previamente.
A lo largo de la descripción y las reivindicaciones de esta especificación, los términos "comprende" y "contiene", y variaciones de los términos, por ejemplo, "que comprende" y "comprende", significan "incluyendo, pero no limitado a", y no se pretende que (y no) excluyan otras porciones, aditivos, componentes, enteros o pasos.
A lo largo de la descripción y las reivindicaciones de esta especificación, el singular abarca el plural, a menos que el contexto lo requiera de otra manera. En particular, en donde se usa el artículo indefinido, se entenderá que la especificación contempla la pluralidad, así corrió la singularidad, a menos que el contexto lo requiera de otra manera.
Se entenderá que los rasgos, enteros, características, compuestos, porciones o grupos químicos descritos en conjunto con un aspecto, modalidad o ejemplo particular de la invención, son aplicables a cualquier otro aspecto, modalidad o ejemplo descrito en la presente, a menos que sean incompatibles con los mismos.
La figura 1 ¡lustra la eficacia de compuestos de rosuvastatina particulares in vivo como se describe en el ejemplo 1.
EJEMPLO 1 Este ejemplo sirve para ilustrar que la actividad de los compuestos de la presente invención derivados mediante métodos in silico, puede ser profética de actividad última in vitro e incluso in vivo.
In silico Se examinaron in silico las estructuras de muchos análogos de rosuvastatina para determinar si o no estos compuestos son activos contra la enzima 3-hidroxi-3-metilglutaril-coenzima A reductasa (HMG-CoA). Los resultados se dan como la energía libre de unión (kcal/mol) cuando cada compuesto es acoplado con la estructura 1 HWL (es decir, el complejo de la porción catalítica de la HMG CoA reductasa humana con rosuvastatina) in silico. Dos conformaciones diferentes del sitio de unión se representaron también mediante un modelo para comparación. Puede deducirse que todos los compuestos enlistados en el cuadro más adelante tienen una energía de unión comparable a la de la rosuvastatina, y por lo tanto puede esperarse que tengan una actividad comparable a la de la rosuvastatina.
In vitro ... Se siguió el siguiente procedimiento usando un kit de prueba de HMG-CoA reductasa obtenido de Sigma-Aldrich (número de catálogo CS1090). La prueba se basa en la medición espectrofotométrica de la disminución en la absorbancia a 340 nm de NADPH en solución. Una disminución en absorbancia es causada por la oxidación del NADPH por la subunidad catalítica del HMGR en presencia del substrato HMG-CoA. La inhibición efectiva de la HMG-CoA lleva a una reducción en la oxidación del NADPH, lo cual a su vez lleva a una menor reducción en la absorbancia a 340 nm con el tiempo. Esto se ilustra en el siguiente esquema de reacción: HMG-CoA + 2NADPH + 2H+? mevalonato + 2NADP+ + CoA-SH Los compuestos que muestran la mejor acción inhibidora, son aquellos que reducen la absorbancia al mínimo.
Preparación de la solución de prueba Se usó agua ultrapura (17 ?O-cm o equivalente) para la preparación de los reactivos y a lo largo del procedimiento.
Primero, se preparó una solución de regulador de pH de prueba usando el siguiente método: se diluyeron 0.2 mi de regulador de pH de prueba, 5 x (número de catálogo A5981) con 0.8 mi de agua ultrapura. La solución de regulador de pH resultante se mantuvo en hielo o se almacenó a -20°C para uso posterior.
Después, se reconstituyeron 25 mg de NADPH (número de catálogo N6505) con 1.5 mi de la solución de regulador de pH. El NADPH reconstituido se almacenó en alícuotas útiles a -20°C.
La solución de substrato de HMG-CoA (número de catálogo S7447), HMG-CoA reductasa (número de catálogo H8789) y solución de inhibidor (por ejemplo, pravastatina, número de catálogo I5909), se mantuvieron en hielo a lo largo del procedimiento. 1. Antes del inicio, el espectrofotómetro se ajustó a 37°C y 340 nm, con un programa de cinética: muestra de 1 mi, lectura cada 20 segundos por hasta 10 minutos. 2. Los volúmenes adecuados de las soluciones de reacción se añadieron de acuerdo con el cuadro 1 (prueba de 1 mi).
CUADRO 1 Volúmenes de reacción para muestras de 1 mi Los reactivos se añadieron a la reacción, en el siguiente orden: a. Añadir un regulador de pH a todas las muestras. b. Añadir el inhibidor (compuesto de prueba/pravastatina) a la muestra de inhibición. c. Añadir el NADPH reconstituido a todas las muestras. d. Añadir la solución de substrato (HMG-CoA) a todas las muestras. e. Añadir la HMG-CoA reductasa (HMGR) a las muestras de actividad e inhibición. f. Mezclar las muestras completamente. 3. El programa de cinética se inició de inmediato. La actividad del producto se calculó de acuerdo con la siguiente ecuación: Unidades /mgP = (AA mifWstra - AA34o mincontro,) x TV 12.44 x V x 0.6 x LP en donde: 12.44 = e mM - el coeficiente de extinción para el NADPH a 340 nm es de 6.22 mM~1cm"1. 12.44 representa las 2 moléculas de NADPH consumidas en la reacción.
TV = volumen total de la reacción en 1 mi (1 mi para recipientes de mezclado) V = volumen de enzima usado en la prueba (mi) 0.6 = concentración de la enzima en mg-proteína (mgPO/ml (0.55-0.65 mgP/ml)) LP = - trayectoria de la luz en cm (1 para recipientes de mezclado).
Los valores de la IC50 para análogos de rosuvastatina particulares, se proveen en el cuadro más adelante. Puede verse que los análogos de rosuvastatina tienen un valor de IC50 comparable al de la rosuvastatina misma. Esto confirma la conclusión derivada de los datos in silico.
In vivo La eficacia de compuestos de rosuvastatina particulares se determinó entonces in vivo. El ejemplo demuestra el efecto de 3 o 5 días de tratamiento dos veces por día con análogos de rosuvastatina y rosuvastatina (todos a 25 kg/kg vía oral), sobre los niveles de triglicéridos en plasma de ratas 16 horas después de la última dosis de tratamiento. Se considera que la medición del cambio en los niveles de triglicéridos en plasma de las ratas, es una prueba adecuada para determinar la actividad de la HMG CoA reductasa. 112 ratas SD machos (Harían) fueron alojadas en grupos de 6 bajo un ciclo de 12 horas de luz/oscuridad (luces encendidas a las 7 de la mañana), con acceso libre a alimento (alimento normal de laboratorio) y agua. Los animales entre 148 y 83 g fueron asignados a grupos de tratamiento de 8 balanceados por peso corporal, y se balancearon los tratamientos a través de las jaulas.
Los análogos de rosuvastatina se prepararon en 10% de PEG300/10% de cremofor/80% de metilcelulosa (a 0.5%) (vehículo 1), para obtener una solución de 5 mg/mL. Los compuestos de rosuvastatina usados fueron: Éter bencílico de lactol isopropil acetal rosuvastatina; y éster de nicotinoilo de rosuvastatina lactol metil acetal (relación diastereomérica 2/1).
Se formuló la rosuvastatina en Tween a 0.5% en metilcelulosa a 0.5% (vehículo 2) a 5 mg/kg como una suspensión.
Se dosificó oralmente a las ratas con el vehículo 1 , uno de los análogos de rosuvastatina en el vehículo 1 (25 mg/kg), vehículo 2 o rosuvastatina en el vehículo 2 (25 mg/kg vía oral), dos veces por día por 3 o 5 días.
Dieciséis horas después del último tratamiento, se tomaron muestras terminales de plasma, se almacenaron a -20°C, y se transportaron en hielo seco para el análisis de los niveles de triglicéridos.
Los datos para cada punto de tiempo se analizaron mediante ANOVA unidireccional y prueba de Dunnett post-hoc.
Los resultados se dan en la figura 1 , de la cual puede deducirse que la administración de rosuvastatina (25 mg/kg vía oral) dos veces por día por 3 o 5 días, causa una reducción notable en los niveles de triglicéridos en plasma. Todos los análogos de rosuvastatina redujeron también significativamente los niveles de triglicéridos en plasma después de 3 y 5 días de tratamiento dos veces por día. Todos los animales toleraron bien los tratamientos con rosuvastatina, y no hubo evidencia de algún evento adverso.
La magnitud del efecto de los análogos de rosuvastatina, fue equivalente a la de la rosuvastatina.
EJEMPLO 2 Este ejemplo sirve para ¡lustrar que la actividad de los compuestos de la presente invención derivados mediante métodos in silico, puede ser profética de actividad última in vitro e incluso in vivo.
In silico Las estructuras de muchos análogos de rosuvastatina y atorvastatina se examinaron in silico, para determinar si o no estos compuestos son activos contra la enzima 3-hidroxi-3-metilglutaril-coenzima A reductasa (HMG-CoA). Los resultados se dan como la energía libre de unión (kcal/mol), cuando cada compuesto es acoplado con la estructura de 1 HWL (es decir, el complejo de la porción catalítica de la HMG CoA reductasa humana con rosuvastatina) o la estructura de 1 HWK (es decir, el complejo de la porción catalítica de la HMG CoA reductasa humana con atorvastatina) in silico. Puede deducirse que todos los compuestos enlistados en el cuadro siguiente tienen una energía de unión comparable a la de la rosuvastatina o atorvastatina, y por lo tanto puede esperarse que tengan una actividad comparable a la de la rosuvastatina o atorvastatina.
In vitro Se siguió el procedimiento de prueba anterior descrito en el ejemplo 1.
Los valores de la IC50 para análogos de rosuvastatina y atorvastatina particulares, se proveen en el cuadro siguiente. Puede verse que los análogos tienen un valor de IC50 comparable al de la rosuvastatina y atorvastatina mismas. Esto confirma la conclusión derivada de los datos in silico.
EJEMPLOS DE SÍNTESIS Materiales y métodos Equipo: Se registraron espectros de 1H RMN a 400 MHz usando un espectrómetro Bruker AVANCE de 400 MHz. El equipo y las condiciones de la LC-MS, son las siguientes: LC-MS (Agilent): 1. LC: Agilent Technologies serie 1200, bomba binaria, detector de la disposición de diodos. Columna Ultímate AQ-C18, 3 pm, 2.1 x 50 mm. Fase móvil: B (MeOH) y A (solución acuosa de HCOOH a 0.07%). Magnitud de flujo: 0.4 mL min a 25°C. Detector. 214 nm, 254 nm. Tiempo de interrupción del gradiente, 5 minutos. Horario: 2. MS: G6110A, LC/MS cuadripolo, fuente de iones: ES-API, TIC: 50~900 m/z, fragmentador: 60, flujo de gas de desecación: 10 Umin, presión del nebulizador: 2.4605 kg/cm2, temperatura del gas de desecación: 350°C, Vcap: 3500 V. 3. Preparación de las muestras: Se disolvieron las muestras en metano! a 1-10 pg/mL, y entonces se filtraron a través de una membrana de filtración de 0.22 pm. Volumen de inyección: 1- 0 pl_.
LC-MS (Waters): 1. LC: Waters 2695, bomba cuaternaria, detector de la disposición de fotodiodos Waters 2996, columna Xbridge-C18, 3.5 pm, 2.1 x 50 mm. Fase móvií: B (MeOH) y A (solución acuosa de HCOOH a 0.07%). Magnitud de flujo: 0.3 mL/min a 30°C. Detector: 214 nm, 254 nm. Tiempo de interrupción del gradiente, 10 min. Horario: 2. MS: Micromass QZ, TIC: 100-900 m/z, fuente de iones: ES, capilar: 3kV, cono: 3V, extractor: 3V, flujo del gas de desecación: 600 L/hr, cono: 50 L/hr, temperatura de desolvatación: 300°C, temperatura de la fuente: 100°C. 3. Preparación de las muestras: Se disolvieron las muestras en metanol a 1~10 pg/mL, y entonces se filtraron a través de una membrana de filtración de 0.22 pm. Volumen de inyección: 1-10 pL.
Síntesis de compuestos: Los compuestos de la invención pueden prepararse mediante métodos bien conocidos por los expertos en la técnica, y como se describe en los procedimientos experimentales de síntesis mostrados a continuación.
Definiciones: Ac20 (anhídrido acético); AcOK (acetato de potasio); Boc (ter-butoxicarbonilo); Boc20 (dicarbonato de di-ter-butilo); cat (catalítico); Cbz-OSu (N-(benciloxicarboniloxi)succinimida); CDCI3 (cloroformo deuterado); CD3OD (metanol deuterado); conc (concentrado); DIBAI-H (hidruro de diisobutilaluminio); DIPEA (?/JV-diisopropiletilamina); DMAP (4-dimetilaminopiridina); DMF (/\/,A/-dimetilformam¡da); DMP (peryodinano de Dess-Martin); DMSO (sulfóxido de dimetilo); DMSO-d6 (sulfóxido de dimetilo deuterado), EDCI (1-etil-3-(3-dimetilam¡nopropil)carbodiimida); eq (equivalente); ES-API (electroaspersíón-ionización a presión atmosférica); Et3N (trietilamina); Et20 (éter dietílico); EtOAc (acetato de etilo); EtOH (etanol); g (gramo); h (hora); HATU (hexafluorofosfato de 2-(7-aza-1-H-benzotriazol-1-il)-1 , 1 ,3,3-tetrametiluronio); HBTU (hexafluorofosfato de 2-(1 H-benzotriazol-1- il)-1 ,1 ,3,3-tetrametiluronio); 1H RMN (resonancia magnética nuclear de protones); HOBt (hidroxibenzotriazol); CLAR (cromatografía de líquidos de alto rendimiento); Hz (hertz); IBX (ácido 2-yodoxibenzoico); i-PrOH (isopropanol); L (litro); LAH (hidruro de litio-aluminio); LC-MS (cromatografía de líquidos-espectrometría de masa); M (molar); m-CPBA (ácido meta-cloroperoxibenzoico); MeCN (acetonitrilo); MeOH (metanol); mg (miligramos); MHz (megahertz); min (minutos); mL (mililitros), mmol (milimoles); MTBE (éter ter-butil metílico); NaOMe (metóxido de sodio); PCC (clorocromato de piridinio); ppm (partes por millón); PPTS (p-toluensulfonato de piridinio); Rt (tiempo de retención); RT (temperatura ambiente); TBAF (fluoruro de tetra-n-butilamonio); TBS-CI (cloruro de ter-butildimetilsililo); t-BuOH (ter-butanol); TFA (ácido trifluoroacético); THF (tetrahidrofurano); TLC (cromatografía en capa delgada); Tol (tolueno); Ts-OH (ácido p-toluensulfónico); v/v (volumen/volumen).
EJEMPLO 3 Fórmula 1 - compuestos 3a y 3b 02N "N 3a 2-(2-Metil-5-nitro-1 H-imidazol-1 -iQacetaldehído A una solución de DMSO anhidro (10 mL) en CH2CI2 (120 mL) a -78°C, se añadió una solución 2 M de cloruro de oxalilo en CH2CI2 (10 mL, 20 mmoles) lentamente gota a gota. La mezcla de reacción se dejó agitando por 20 minutos, y se añadió a -78°C una solución del compuesto A (2.00 g, 11.7 mmoles) en DMSO (15 mL) y CH2CI2 (25 mL). La mezcla se agitó a -78°C por 1 hora, entonces se añadió trietilamina (14.2 g, 140.3 mmoles) y se continuó la agitación a -78°C por otra hora. La mezcla se dejó calentando hasta temperatura ambiente, entonces se vertió en agua (70 mL) y se extrajo con CH2CI2 (50 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, entonces se secaron (MgSO4) y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 100-40/1, v/v), para dar 2-(2-metil-5-nitro-1 H- ¡midazol-1-il)acetaldehído (1.30 g, 66%) como un aceite amarillo.
LC-MS (Agilent): R, 2.61 min; m/z calculada para C6H7N30 [M+MeOH+H]+ 202.2, encontrada 202.1.
Compuesto 3a: 1 -(2.2-Dimetoxietil)-2-metil-5-nitro-1 H-imidazol Una solución del intermediario B (200 mg, 1.18 mmoles, 1.0 eq), CH(OCH3)3 (376 mg, 3.55 mmoles, 3 eq) y Tos-OH (10 mg) en MeOH (4 ml_), se calentó a reflujo durante la noche. La mezcla de reacción se dejó enfriando hasta temperatura ambiente y se concentró bajo presión reducida. El residuo se diluyó con EtOAc y se lavó con agua, salmuera, entonces se secó sobre Na2SO4 y se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/CH2Cl2, 1/2 para CH2CI2, v/v), para dar 1-(2,2-dimetoxietil)-2-metil-5-nitro-1 H-imidazol (120 mg, 47%) como un aceite pardo claro.
LC-MS (Agilent): Rt 2.86 min; m/z calculada para C8H13N3O4 [M+H]+ 216.2, encontrada 216.1.
H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.97 (s, 1 H), 4.57 (t, J = 5.2 Hz, 1 H), 4.39 (d, J = 5.2 Hz, 2H), 3.45 (s, 6H), 2.53 (s, 3H).
Compuesto 3b: 2-(2-Metil-5-nitro-1 H-imidazol-1-il)acetaldehído O-metil oxima Una solución del intermediario B (200 mg, 1.18 mmoles, 1.0 eq) y clorhidrato de O-metilhidroxilamina (197 mg, 2.36 mmoles, 2.0 eq) en MeOH (3 mL), se agitó a temperatura ambiente por 16 horas. La mezcla se concentró bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con agua (5 mL) y salmuera (5 mL) y se extrajo con EtOAc (10 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04 y se concentraron bajo presión reducida, para dar 2-(2-metil-5-nitro-1H-imidazol-1-il)acetaldehído O-metil oxima (120 mg, 53%) como un aceite pardo claro. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla 2:3 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 2.87 min; m/z calculada para C7H10N4O3 [M+Hf 199.2, encontrada 199.1.
H RMN: (400 IvIHz, CDCI3) d (ppm): 7.98 (s, 0.4H), 7.97 (s, 0.6H), 7.52 (t, J = 4.8 Hz, 0.6H), 6.75 (t, J = 4.4 Hz, 0.4H), 5.16 (d, J = 4.4 Hz, 0.8H), 5.05 (d, J = 4.8 Hz, 1.2H), 4.0 (s, 1.2H), 3.85 (s, 1.8H), 2.53 (s, 1.8H), 2.50 (S, 1.2H).
EJEMPLO 4 Fórmula 141 - compuestos 4a y 4b Intermediario B: 1 -((2'-(2H-Tetrazol-5-il)-H .1 '-bifenill-4-il)metil)-2- butil-4-cloro-1 H-imidazol-5-carbaldehído Método 1 : A una solución del compuesto A (922 mg, 2.0 mmoles) en agua (15 mL) y THF (10 mL) se añadió Mn02 (522 mg, 6.0 mmoles, 3.0 eq), y la mezcla resultante se calentó a reflujo por 24 horas. El Mn02 se removió mediante filtración por succión, y el filtrado se concentró bajo presión reducida. El residuo se disolvió en EtOH (30 mL) y el solvente se removió mediante evaporación rotatoria, para remover el agua residual antes de purificación mediante cromatografía en columna de gel de sílice (MeOH/CH2CI2, 0-1/50, v/v), para dar 1-((2'-(2H-tetrazol-5-il)-[1,1'-bifen¡l]-4- il)metil)-2-butil-4-cloro-1 H-imidazol-5-carbaldehído (280 mg, 33%) como un sólido pardo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.23 min; m/z calculada para C22H2iCIN60 [M+H]+ 420.9, [M+Na]+ 442.9, encontrada 421.1, 443.1. 1H RMN: (400 MHz, CD3OD) d (ppm): 9.77 (s, 1 H), 7.71-7.67 (m, 2H), 7.60-7.55 (m, 2H), 5.65 (s, 2H), 2.53 (s, 3H), 2.69 (t, J = 7.8 Hz, 2H), 1.64-1 56 (m, 2H), 1.31-1.39 (m, 2H), 0.90 (t, J = 7.4 Hz, 3H).
Método 2: A una solución del compuesto A (2.31 g, 5.0 mmoles) en t-BuOH (20 mL) se añadieron Mn02 (2.17 mg, 25.0 mmoles, 5.0 eq) y MeSOaH (238 mg, 2.5 mmoles, 0.5 eq), y la mezcla resultante se calentó a reflujo por 16 horas. La mezcla se dejó enfriando hasta temperatura ambiente y se añadió MeOH (50 mL). El Mn02 se removió mediante filtración por succión y el filtrado se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (MeOH/C^C , 0-1/50, v/v), para dar 1-((2'-(2H-tetrazol-5-ilH1 ,1'-bifenil]-4-il)metil)-2-butil-4-cloro-1H-imidazol-5-carbaldehído (1.27 g, 60%) como un sólido pardo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.23 min; m/z calculada para C22H2iCINeO [M+H]+ 420.9, [M+Na]+ 442.9, encontrada 421.1 , 443.1.
Compuesto 4a: 1-((2'-(2H-Tetrazol-5-il)-f1 ,1'-b¡feniH-4-il)metil)-2-butil-4-cloro-1 H-imidazol-5-carbaldehído oxima A una solución del intermediario B (250 mg, 0.545 mmoles) en EtOH (5 mL) y agua (10 mL), se añadieron clorhidrato de hidroxilamina (189 mg, 2.72 mmoles, 5.0 eq) y KHCO3 (327 mg, 3.27 mmoles, 6.0 eq). La mezcla resultante se calentó a 60°C por 16 horas, entonces se vertió en agua (20 mL) y se extrajo con EtOAc (20 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2SO4 y se concentraron bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (MeOH/CH2CI2, 0-1/20, v/v), para dar 1-((2'-(2H-tetrazol-5-il)-[1 ,1'-bifenil]-4-¡l)metil)-2-butil-4-cloro-1 H-imidazol-5-carbaldehído oxima (100 mg, 39%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): R, 3.20 min; m/z calculada para C22H22CIN7O [M+H]+ 435.9, encontrada 436. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 11.39 (s, 1H), 8.01 (s, 1H), 7.66-7.50 (m, 2H), 7.09 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 6.97 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 5.56 (s, 2H), 2.50 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 1.48 (quinteto, 2H), 1.28-1.19 (m, 2H), 0.80 (t, J = 7.4 Hz, 3H).
Compuesto 4b: 1-((2'-(2H-Tetrazol-5-ilH1.1'-bifenill-4-il)metíl)-2-butil-4-cloro-1 H-imidazol-5-carbaldehído O-metil oxima A una solución del intermediario B (300 mg, 0.713 mmoles) en EtOH (10 mL) y agua (15 mL), se añadieron clorhidrato de O-metilhidroxilamina (298 mg, 3.57 mmoles, 5.0 eq) y KHCO3 (428 mg, 4.28 mmoles, 6.0 eq). La mezcla resultante se calentó a 60°C por 16 horas, entonces se vertió en agua (15 mL) y se extrajo con EtOAc (20 mL x 3). Las capas o'rgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2SO y se concentraron bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (MeOH/CH2Cl2, 0-1/50, v/v), para dar 1-((2,-(2H-tetrazol-5-il)-[1 ,1'-bifenil]-4-il)metil)-2-butil-4-cloro-1H-imidazol-5-carbaldehído O-metil oxima (100 mg, 31%) como un sólido blanco. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla 8:92 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 3.34 min; m/z calculada para C23H24CIN7O [M+H]+ 449.9, encontrada 450.1. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 8.02 (s, 0.92H), 7.70-7.52 (m, 4H), 7.46 (s, 0.08H), 7.09 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.97 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 5.51 (s, 1.84H), 5.23 (s, 0.16H), 3.80 (s, 0.24H), 3.76 (s, 2.76H), 2.60 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 1.52 (quinteto, 2H), 1.33-1.24 (m, 2H), 0.83 (t, J = 7.2 Hz, 3H).
EJEMPLO 5 Fórmula 135 - ejemplos 5a y 5b Intermediario B: (6-(3-(Adamantan-1-il)-4-metoxifenil)naftalen-2-iDmetanol Una solución del compuesto A (2.00 g, 4.85 mmoles, 1 eq) en THF (180 mL), se enfrió hasta 0°C antes de que se añadiera BH3 THF (solución 1 M en THF, 14.6 mL, 14.6 mmoles, 3 eq) gota a gota. La mezcla de reacción se calentó hasta temperatura ambiente y se agitó por 3 horas, entonces se diluyó con agua y se extrajo con CH2CI2 (30 mL x 3). Las capas orgánicas se combinaron, se lavaron con salmuera y se secaron sobre MgSÜ anhidro. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (CH^Cb/éter de petróleo, 1/2, v/v), para dar (6-(3-(adamantan-1-il)-4-metoxifenil)naftalen-2-il)metanol (1.90 g, 98%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 4.11 min; m/z calculada para C28H30O2 [M+Na]+ 421.5, encontrada [M+Na]+ 421.2. 1H RMN: (400 Hz, CDCI3) d (ppm): 8.00 (s, 1H), 7.92-7.75 (m, 4H), 7.62 (d, J = 2.4 Hz, 1H), 7.57-7.51 (m, 2H), 7.01 (d, J = 8.4 Hz, 1 H), 4.90 (s, 2H), 3.93 (s, 3H), 2.21 (s, 6H), 2.13 (s, 3H), 1.83 (m, 6H).
Intermediario C: 6-(3-(Adamantan-1-il)-4-metoxifenil)-2-nafthaldehído Una solución del intermediario B (1.00 g, 2.51 mmoles) y PCC (1.62 g, 7.53 mmoles) en CH2CI2 seco (80 mL), se agitó a temperatura ambiente por 3 horas. Los sólidos se removieron mediante filtración y se enjuagaron con CH2CI2. El filtrado se concentró bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (CH2CI2/éter de petróleo, 1/10-1/2, v/v), para dar 6-(3-(adamantan-1-il)-4-metoxifenil)-2-nafthaldehído (800 mg, 80%) como un sólido rojo claro.
H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 10.18 (s, 1 H), 8.37 (s, 1 H), 8.07 (m, 2H), 7.99 (s, 1 H), 7.87 (dd, J = 7.2, 1.6 Hz, 1 H), 7.63 (d, J = 2.0 Hz, 1H), 7.58 (dd, J = 6.0, 2.0 Hz, 1H), 7.03 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 3.94 (s, 3H), 2.21 (d, J = 2.8 Hz, 6H), 2.13 (s, 3H), 1.83 (s, 6H). 5a: 6-(3-(Adamantan-1-il)-4-metoxifenil)-2-nafthaldehido oxima Una solución del intermediario C (200 mg, 0.25 mmoles) y clorhidrato de hidroxilamina (42 mg, 0.5 mmoles) en CH2CI2 (5 mL) y MeOH (5 mL), se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se concentró bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (CH2Cl2/éter de petróleo, 1/10~1/2, v/v), para dar 6-(3-(adamantan-1-il)-4-metoxifenil)-2-nafthaldehído oxima (180 mg, 80%) como un sólido blanquecino. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 8.32 (s, 1 H), 8.00 (s, 1 H), 7.92-7.84 (m. 4H), 7.77 (dd, J = 6.8, 2.0 Hz, 1H), 7.67 (s, 1 H), 7.61 (d, J = 2.4 Hz, 1H), 7.55 (dd, J = 6.4, 2.0 Hz, 1H), 7.01 (d, J = 8.4 Hz, 1 H), 3.93 (s, 3H), 2.21 (d, J = 2.8 Hz, 6H), 2.13 (br s, 3H), 1.82 (s, 6H). 5b: 6-(3-(Adamantan-1-il)-4-metoxifen¡n-2-nafthaldehído O-metil oxima Una solución del intermediario C (100 mg, 0.25 mmoles) y clorhidrato de O-metilhidroxilamina (42 mg, 0.5 mmoles) en CH2CI2 (5 mL) y MeOH (5 mL), se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se concentró bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (CH2CI2/éter de petróleo, 1/10-1/2, v/v), para dar 6-(3-(adamantan-1-il)-4-metoxifenil)-2-nafthaldehído O-metil oxima (67 mg, 62%) como un sólido blanquecino. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 8.24 (s, 1H), 7.99 (d, J = 1.6 Hz, 1 H), 7.89 (m, 4H), 7.77 (dd, J = 6.8, 2.0 Hz, 1 H), 7.61 (d, J = 2.4 Hz, 1 H), 7.55 (dd, J = 6.0, 2.4 Hz, 1 H), 7.01 (d, J = 8.4 Hz, 1 H), 4.05 (s, 3H), 3.92 (s, 3H), 2.21 (d, J = 2.8 Hz, 6H), 2.12 (s, 3H), 1.82 (s, 6H).
EJEMPLO 6 Fórmula 113 - compuestos 6a y 6b Intermediario B: 4-(5-(Bis(2-cloroetil)amino)-1-metil- H-benzofdlimidazol-2-il)butan-1-ol A una solución agitada del compuesto A (393 mg, 1 mmol) en THF seco (20 mL), se añadió borano en THF (1 M, 3.0 mL, 3 mmoles) gota a gota a 0°C bajo nitrógeno. La mezcla resultante se dejó calentando hasta temperatura ambiente y se agitó durante la noche. La reacción se extinguió con agua a 0°C, se extrajo con CH2CI2 (20 mL x 3), y las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera y entonces se secaron sobre Na2S04 anhidro. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 50/1 a 25/1 , v/v), para dar 4-(5-(bis(2-cloroetil)amino)-1-metil-1H-benzo[d]imidazol-2-il)butan-1-ol (300 mg, 86%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 2.84 min; m/z calculada para C16H23CI2N3O [M+H]+ 344.28, encontrada [M+H]+ 344.1.
EJEMPLO 6A 4-(5-(Bis(2-cloroetil)amino)-1-metil-1H-benzord1imidazol-2-il)butanal A una solución agitada del intermediario B (1.03 g, 3.0 mmoles) en CH2CI2 seco (50 mL) se añadió peryodinano de Dess-Martin (1.90 g, 4.5 mmoles) a temperatura ambiente, y la mezcla se dejó agitando durante la noche. La reacción se extinguió con agua y se extrajo con CH2CI2 (30 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04, y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 100/1 a 25/1 , v/v), para dar 4-(5-(bis(2-cloroetil)amino)-1-metil-1 H-benzo[d]imidazol-2-il)butanal (590 mg, 59%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 2.74 min; m/z calculada para C16H2iCl2N30 [M+H]+ 342.26, encontrada [M+H]+ 342.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 8.46 (br s, 1 H), 7.94 (br s, 1 H), 7.35 (d, J = 1.6 Hz, 1 H), 6.93 (dd, J = 7.6, 1.6 Hz, 1H), 3.98 (m, 4H), 3.89 (s, 3H), 3.82 (t, J = 6.0 Hz, 4H), 3.33 (m, 1 H), 2.89 (m, 1 H), 1.96-2.10 (m, 4H).
EJEMPLO 6B 4-(5-(Bis(2-cloroetil)amino)-1 -metil-1 H-benzord1imidazol-2-il)butanal oxima Una solución agitada del ejemplo 4a (171 mg, 0.5 mmoles), clorhidrato de hidroxilamina (208 mg, 3 mmoles) y NaHC03 (252 mg, 3 mmoles) en EtOH (20 mL), se calentó a reflujo durante la noche. La mezcla de reacción se dejó enfriando hasta temperatura ambiente y se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2Cl2/MeOH, 50/1 a 25/1, v/v), para dar 4-(5-(bis(2-cloroetil)amino)-1-metil-1 H-benzo[d]imidazol-2-il)butanal oxima (130 mg, 73%) como un sólido blanco. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla ~2:1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 2.79 min; m/z calculada para C16H22Cl2N40 [M+H]+ 357.28, encontrada [M+H]+ 357.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.48 (t, J = 6.0 Hz, 0.65H), 7.20 (dd, J = 8.8, 1.6 Hz, 1 H), 7.11 (t, J = 1.6 Hz, 1H), 6.79 (m, 1.35H), 3.76- 3.64 (m, 11 H), 2.89 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 2.55 (m, 1 H), 2.40 (m, 1H), 2.11 (m, 2H).
EJEMPLO 7 Fórmula 99 - compuestos 7a y 7b 7b Intermediario B: 5-(2,5-Dimetilfenoxi)-2,2-dimetilpentan-1-ol A una solución agitada del compuesto A (250 mg, 1.0 mmol, 1.0 eq) en THF seco (25 mL) se añadió BH3.THF (solución 1 M en THF, 3 mL, 3 mmoles, 3 eq) gota a gota a 0°C, y la mezcla se agitó a 0°C por 1 hora. La mezcla se dejó calentando hasta temperatura ambiente y se agitó por 16 horas, entonces se diluyó con agua y se extrajo con EtOAc (20 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con una solución acuosa saturada de NaHC03, entonces salmuera y se secaron sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida, para dar 5-(2,5-dimetilfenoxi)-2,2-dimetilpentan-1-ol (229 mg, 97%) como un aceite incoloro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.51 min; m/z calculada para C15H24O2 [M+H]+ 237.35, encontrada 237.2.
Intermediario C: 5-(2. 5-Dimetilfenoxi)-2.2-dimetilpentanal A una solución del intermediario B (400 mg, 1.69 mmoles, 1 eq) en CH2CI2 (5 mL) se añadió PCC (1.09 g, 5.09 mmoles, 3 eq), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 16 horas. Los sólidos se removieron mediante filtración y se lavaron con CH2CI2. El filtrado se concentró bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía (éter de petróleo/EtOAc, 50/1 , v/v), para dar 5-(2,5-dimetilfenoxi)-2,2-dimetilpentanal (215 mg, 54%) como un aceite pardo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.51 min; m/z calculada para C15H22O2 [M+Na]+ 257.33, [M+MeOH+Na]+ 289.33, encontrada [M+Na]+ 257.2, [M+MeOH+Na]+ 289.2.
EJEMPLO 7A 2-((5.5-Dimetoxi-4.4-dimetilpentiDoxi)-1 ,4-dimetilbenceno A una solución del intermediario C (200 mg, 0.85 mmoles, 1 eq) en MeOH (10 mL), se añadieron CH(OCH3)3 (271 mg, 2.57 mmoles, 3 eq) y Tos-OH (5 mg). La mezcla se calentó a reflujo por 5 horas, entonces se dejó enfriando hasta temperatura ambiente y se concentró bajo vacío. El residuo se diluyó con una solución acuosa saturada de NaHCÜ3 y se extrajo con EtOAc (20 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2SO4, y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía (éter de petróleo/EtOAc, 100/1 a 50/1 , v/v), para dar 2-((5,5-dimetoxi-4,4-dimetilpentil)oxi)-1 ,4-dimetilbenceno (150 mg, 63%) como un aceite incoloro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.70 min; m/z calculada para C17H28O3 [M+Na]+ 303.4, encontrada 303.2. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.02 (d, J = 7.6 Hz, 1H), 6.67 (d, J = 7.6 Hz, 1H), 6.64 (s, 1H), 3.94 (t, J = 6.4 Hz, 2H), 3.89 (s, 1 H), 3.54 (s, 6H), 2.33 (s, 3H), 2.22 (s, 3H), 1.81-1.76 (m, 2H), 1.50-1.46 (m, 2H), 0.94 (s, 6H).
EJEMPLO 7B 5-(2.5-Dimetilfenoxi)-2,2-dimetilpentanal oxima A una solución del intermediario C (90 mg, 0.384 mmoles, 1 eq) en MeOH (5 mL) se añadió clorhidrato de hidroxilamina (54 mg, 0.768 mmoles, 2 eq), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 16 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía (éter de petróleo/EtOAc, 50/1 , v/v), para dar 5-(2,5- dimetilfenoxi)-2,2-dimet¡lpentanal oxima (65 mg, 68%) como un aceite incoloro.
LC-MS (Agilent): R, 3.45 min; m/z calculada para C15H23NO2 [M+H]+ 250.35, [M+Na]+ 272.35, encontrada [M+H]+ 250.2, [M+Na] + 272.2. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.45 (br s, 1H), 7.36 (s, 1H), 7.02 (d, J = 7.6 Hz, 1 H), 6.89 (d, J = 7.6 Hz, 1H), 6.63 (s, 1H), 3.94 (t, J = 6.4 Hz, 2H), 2.33 (s, 3H), 2.20 (s, 3H), 1.81-1.77 (m, 2H), 1.63-1.59 (m, 2H), 1.15 (s, 6H).
EJEMPLO 8 Fórmula 138 - compuestos 8a y 8b Intermediario B: (3S,4R)-1 -(4-Fluorofenil)-3-(3-(4-fluorofenil)-3-oxopropil)-4-(4-hidroxifenil)azetidin-2-ona A una solución rápidamente agitada del compuesto A (1.0 g, 2.4 mmoles) en CH2CI2 (50 mL), se añadió óxido de manganeso (IV) activado (1.0 g, 12 mmoles) en pequeñas porciones durante 15 minutos. La mezcla se calentó a reflujo por 18 horas, entonces se añadió más óxido de manganeso activado (IV) (0.5 g, 6.0 mmoles) en porciones. La mezcla se calentó a reflujo por otras 24 horas y entonces se enfrió hasta temperatura ambiente. Los sólidos se removieron mediante filtración y se lavaron con CH2CI2 (3 x 50 mL). El filtrado se concentró bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de gel de sílice (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 , v/v), para dar (3S,4R)-1-(4-fluorofenil)-3-(3-(4-fluorofenil)-3-oxopropil)-4-(4-hidroxifenil)-azet¡din-2-ona (410 mg, 41%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.21 min; m/z calculada para C24H19F2NO3 [M+H]+ 408.41 , [M+Na]+ 430.41 , encontrada [M+H]+ 408.0, [M+Naf 430.1. 8a: 3S.4R)-1-(4-Fluorofenil)-3-(3-(4-fluorofenil)-3-(hidroxiimino)-propil)-4-(4-hidroxifenil)azetidin-2-ona Una solución del intermediario B (180 mg, 0.44 mmoles) y clorhidrato de hidroxilamina (92 mg, 1.33 mmoles) en EtOH (50 mL), se calentó a reflujo por 5 horas. La mezcla se enfrió hasta temperatura ambiente, se vertió en agua y se extrajo con EtOAc (3 x 50 mL). Las capas orgánicas se combinaron, se secaron sobre Na2S04 y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de gel de sílice (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 , v/v), para dar (3S,4R)-1-(4-fluorofenil)-3-(3-(4-fluorofenil)-3-(hidroxiimino)propil)-4-(4-hidroxifenil)azetidin-2-ona (108 mg, 60%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 2.70 min; m/z calculada para C24H20F2N2O3 [M+H]+ 423.14, [M+Na]+ 445.14, encontrada [M+H]+ 423.1 , [M+Naf 445.1. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 11.3 (s, 1H), 9.55 (s, 1 H), 7.69 (dd, J = 8.8, 5.6 Hz, 2H), 7.21 (m, 8H), 6.76 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 4.89 (d, J = 2.0 Hz, 1H), 3.15 (m, 1H), 2.87 (m, 2H), 2.22 (m, 2H). 8b: (3S,4R)-1-(4-Fluorofenil)-3-(3-(4-fluorofenil)-3-(metoxiimino)-propil)-4-(4-hidroxifenil)azetidin-2-ona Una solución del intermediario B (200 mg, 0.49 mmoles) y clorhidrato de O-metilhidroxilamina (123 mg, 1.47 mmoles) en EtOH (50 mL), se calentó a reflujo por 5 horas. La mezcla se enfrió hasta temperatura ambiente y se vertió en agua y se extrajo con EtOAc (3 x 50 mL). Las capas orgánicas combinadas se concentraron bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de gel de sílice (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 , v/v), para dar (3S,4R)-1-(4-fluorofenil)-3-(3-(4-fluorofenil)-3-(metoxiimino)-propil)-4-(4-hidroxifenil)azetidin-2-ona (120 mg, 56%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.33 min; m/z calculada para C25H22F2N2O3 [M+H]+ 437.16, [M+Naf 459.15, encontrada [M+H]+ 437.2, [M+Na]+ 459.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.63 (m, 2H), 7.25 (m, 4H), 7.05 (t ap., J = 8.8 Hz, 2H), 6.93 (t ap., J = 8.8 Hz, 2H), 6.86 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 5.85 (s, 1 H), 4.62 (d, J = 2.4 Hz, 1 H), 3.89 (s, 3H), 3.14 (m, 1H), 2.93 (m, 2H), 2.13 (m, 2H).
EJEMPLO 9 Fórmula 133 - compuesto 9a A 9a 9a: Clorhidrato de (S)-N-(2-(2.6.7.8-tetrahidro-1 H-indenor5,4-b1furan-8-il)etil)propan-1-amina A una solución del compuesto A (200 mg, 0.77 mmoles) en THF anhidro (50 mi) se añadió BH3.THF (solución 1 M en THF, 2.3 mL, 2.3 mmoles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 2 horas. Entonces, se añadió gota a gota una solución de HCI acuoso 1 M en la mezcla de reacción hasta pH 7. La solución se extrajo con EtOAc (3 x 50 mL), y las capas orgánicas se combinaron, se secaron sobre Na2S0 y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (éter de petróleo/EtOAc, 5/1, v/v), para dar clorhidrato de (S)-N-(2-(2,6,7,8-tetrahidro-1 H-indeno[5,4-b]furan-8-il)etil)propan-1 -amina (105 mg, 56%) como un sólido blanco.
LC- S (Agilent): R, 2.84 min; m/z calculada para C16H23NO [M+Hf 246.36, encontrada 246.2. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 9.56 (br s, 2H), 6.94 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 6.62 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 4.62-4.50 (m, 2H), 3.36 (m, 1H), 3.24- 3.16 (m, 2H), 3.13-2.75 (m, 6H), 2.48 (m, 1H), 2.29 (m, 1H), 2.12 (m, 1 H), 1.89 (m, 2H), 1.81-1.71 (m, 1 H), 0.92 (t, J = 7.6 Hz, 3H).
EJEMPLO 10 Fórmula 137 - compuestos 10a y 10b 10b Intermediario B: (1 -((2'-(1 H-Tetrazol-5-il)-f 1.1 '-bifenill-4-il)metil)-2- etoxi-1H-benzofd]imidazol-7-il)rnetanol A una solución del compuesto A (2.0 g, 4.54 mmoles) en THF seco (50 mL) a temperatura ambiente, se añadió LAH (345 mg, 9.1 mmoles) en cinco porciones. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche, entonces se enfrió hasta 0°C y se extinguió con agua (100 ml_) y se agitó por otros 30 minutos. La mezcla de reacción se filtró y el filtrado se acidificó lentamente con una solución de HCI acuoso 1 M. El precipitado cristalino resultante se recogió mediante filtración por succión y se lavó con una solución acuosa saturada de NaHC03 (3 x 50 mL), para dar (1-((2'-(1 H-tetrazol-5-il)-[1 , 1 '-bifenil]- -il)metil)-2-etoxi-1 H-benzo[d]imidazol-7-il)metanol (1.5 g, 77%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.15 min; m/z calculada para C24H22N6O2 [M+HT 427.18, [M+Na]+ 449.18, encontrada [M+Hf 427.2, [M+Na]+ 449.2.
Intermediario C: 1 -((2'-(1 H-Tetrazol-5-il)-[1 , 1 '-bifenill-4-il)metil)-2-etoxi-1 H-benzord|imidazol-7-carbaldehído A una solución agitada del intermediario B (1.5 g, 3.5 mmoles) en DMSO (50 mL), se añadió peryodinano de Dess-Martin (2.2 g, 5.25 mmoles). La mezcla se agitó a temperatura ambiente por 6 horas y entonces se vertió en una solución acuosa saturada de NaHS03 (300 mL). El precipitado formado se recogió mediante filtración y se lavó con una solución acuosa saturada de NaHC03 (50 mL x 3), para dar 1-((2'-(1 H-tetrazol-5-il)-[1,r-bifenil]-4-il)metil)-2-etoxi-1 H-benzo[d]imidazol-7-carbaldehído (0.8 g, 54%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.26 min; m/z calculada para C24H20 6O2 [M+Hf 425.16, [M+Na]+ 447.16, encontrada [M+H]+ 425.2, [M+Na]+ 447.1.
EJEMPLO 10A 1 -«2'-( 1 H-Tetrazol-5-il)-n ,1 '-bifenil -il)metil)-2-etoxi-1 H- benzordlimidazol-7-carbaldehído oxima Una mezcla del intermediario C (100 mg, 0.24 mmoles), AcOK (46 mg, 0.47 mmoles) y clorhidrato de hidroxilamina (33 mg, 0.47 mmoles) en MeOH (5 mL), se agitó a temperatura ambiente por 20 minutos. El solvente se removió bajo presión reducida a temperatura ambiente, y el residuo se vertió en agua y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 10 minutos. El sólido formado se filtró, se lavó con agua (10 mL x 3) y se secó bajo vacío a 50CC por 3 horas, para dar 1-((2'-(1H-tetrazol-5-il)-[1,r-bifenil]-4-il)metil)-2-etoxi-1 H-benzo[d]imidazol-7-carbaldehído oxima (80 mg, 77%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.23 min; m/z calculada para C2 H21 N7O2 [M+Hf 440.47, [M+Na]+ 462.47, encontrada [M+H]+ 440.2, [M+Na]+ 462.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 11.3 (br s, 1 H), 8.30 (s, 1 H), 7.47-7.63 (m, 5H), 7.29 (d, J = 7.6 Hz, 1H), 7.12 (t, J = 8.0 Hz, 1H), 7.03 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 6.95 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 5.48 (s, 2H), 4.58 (q, J = 7.2 Hz, 2H), 1.38 (t, J = 7.2 Hz, 3H).
EJEMPLO 10B 1 -((2'-( 1 H-Tetrazol-5-in-M .1 '-bifenil -inmet¡n-2-etoxi-1 H- benzordlimidazol-7-carbaldehído O-metil oxima Una mezcla del intermediario C (150 mg, 0.35 mmoles), AcOK (69 mg, 0.71 mmoles) y clorhidrato de O-metilhidroxilamina (59 mg, 0.71 mmoles) en MeOH (5 mL), se agitó a temperatura ambiente por 20 minutos. El solvente se removió bajo presión reducida a temperatura ambiente, y el residuo se vertió en agua y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 10 minutos. El sólido formado se filtró y se lavó con agua (10 mL x 3). El sólido se recogió y se secó bajo presión reducida a 50°C por 3 horas, para dar 1-((2'-(1 H-tetrazol-5-il)-[1 , 1 '-bifenil]-4-il)metil)-2-etoxi-1 H-benzo[d]imidazol-7-carbaldehído O-metil oxima (95 mg, 59%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.30 min; m/z calculada para C25H23 7O2 [M+H]+ 454.50, [M+Na]+ 476.50, encontrada [M+H]+ 454.2, [M+Na]+ 476.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 8.36 (s, 1 H), 7.48-7.64 (m, 5H), 7.30 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.15 (t, J = 8.0 Hz, 1 H), 7.04 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 6.92 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 5.49 (s, 2H), 4.58 (q, J = 7.2 Hz, 2H), 3.81 (s, 3H), 1.38 (t, J = 7.2 Hz, 3H).
EJEMPLO 11 Fórmula 147 - compuesto 11a Intermediario B; 4-Bromo-3-oxobutanoato de etilo A una solución del compuesto A (10.0 g, 76.9 mmoles, 1.0 eq) en ácido acético (30 mL), se añadió bromo (12.3 g, 76.9 mmoles, 1.0 eq) a 0°C durante 10 minutos. La mezcla se agitó a 0°C por 1 hora, el solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con agua (50 mL). La mezcla acuosa se extrajo con CH2CI2 (50 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera (60 mL x 2), se secaron sobre MgS04 y se concentraron bajo presión reducida, para dar 4-bromo-3-oxobutanoato de etilo (14.3 g, 85%) como un aceite amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.06 min; m/z calculada para C6H9Br03 [M+H]+ 208.97, encontrada 209.1.
Intermediario C: 4-Acetoxi-3-oxobutanoato de etilo A una solución del intermediario B (10.0 g, 47.4 mmoles, 1.0 eq) en DMF seca (60 mL), se añadió acetato de potasio (13.9 g, 142.2 mmoles, 3.0 eq) a temperatura ambiente. La mezcla se calentó a 80°C por 16 horas, entonces se dejó enfriando hasta temperatura ambiente, se diluyó con EtOAc (150 mL) y se lavó con agua (120 mL x 3). La capa orgánica se lavó con salmuera (60 mL x 2), se secó sobre Na2S04 y se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 1/10 a 1/2, v/v), para dar 4-acetoxi-3-oxobutanoato de etilo (1.44 g, 16%) como un aceite amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.12 min; m/z calculada para C9H 205 [M+H]+ 189.07, encontrada 189.1 Intermediario D: 5-Metil-2-(acetoximetil)-4-(2-clorofenil)-1 ,4-dihidro-6-metilpiridin-3,5-dicarboxilato de 3-etilo A una solución del intermediario C (1.2 g, 6.4 mmoles, 1.0 eq) y 2-clorobenzaldehído (890 mg, 6.4 mmoles, 1.0 eq) en isopropanol (30 mL) se añadió 3-aminobut-2-enoato de (Z)-metilo (736 mg, 6.4 mmoles, 1.0 eq), y la mezcla se calentó a reflujo por 16 horas. La mezcla se concentró bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con agua (50 mL). La mezcla acuosa se extrajo con EtOAc (60 mL x 3), y las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04 y se concentraron bajo presión reducida, para dar 5-metil-2-(acetoximetil)-4-(2-clorofenil)-1 ,4-dihidro-6-metilpiridin-3,5-dicarboxilato de 3-etilo (1.2 g, 53%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.20 min; m/z calculada para C20H22CINO6 [M+Hf 408.11 , encontrada 408.1.
Intermediario E: 5-Metil-4-(2-clorofenil)-2-(hidroximetil)-6-metil-1 ,4-dihidropiridin-3,5-d¡carboxilato de 3-etilo A una solución del intermediario D (1.2 g, 2.9 mmoles, 1.0 eq) en metanol (20 mL), se añadió una solución de amoníaco metanólico (1.0 M, 15 mL, 15 mmoles). La mezcla se agitó a 0°C por 2 horas, entonces el solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se diluyó con agua (50 mL). La mezcla acuosa se extrajo con CH2CI2 (50 mL x 3), y las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera (60 mL x 2), se secaron sobre MgS0 y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 1/10 a 1/2, v/v), para dar 5-metil-4-(2-clorofenil)-2-(hidroximetil)-6-met¡l-1 ,4-dihidropiridin-3,5-dicarboxilato 3-etilo (0.70 g, 65%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.28 min; m/z calculada para C18H20CINO5 [M+H]+ 366.1 , [M+Na]+ 388.1, encontrada [M+H]+ 366.1 , [M+Naf 388.1.
H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.39 (m, 1 H), 7.25 (m, 1 H), 7.13 (m, 1 H), 7.05 (m, 1 H), 5.41 (s, 1 H), 4.75 (d, J = 4.4 Hz, 2H), 4.06 (m, 2H), 3.63 (s, 3H), 2.33 (s, 3H), 1.20 (t, J = 7.2 Hz, 3H).
Intermediario F: 5-Metil-4-(2-clorofenil)-2-((cianometoxi)metil)-6-metil-1 ,4-dihidropiridin-3,5-dicarboxilato de 3-etilo A una solución del intermediario E (0.6 g, 1.6 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (20 ml_), se añadió 2-bromoacetonitrilo (0.59 g, 4.8 mmoles, 3.0 eq) a temperatura ambiente. La mezcla se agitó a temperatura ambiente por 1 hora antes de la adición de Ag20 (1.1 g, 4.8 mmoles, 3.0 eq) y n-Bu NI (586 mg, 1.6 mmoles, 1.0 eq). Se continuó la agitación a temperatura ambiente por otras 16 horas en la oscuridad. Los sólidos se removieron mediante filtración a través de Celite, y el filtrado se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 1/10 a 1/2, v/v), para dar 5-metil-4-(2-clorofenil)-2-((cianometoxi)metil)-6-metil-1 ,4-dihidropiridin-3,5-dicarboxilato de 3-etilo (0.40 g, 60%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.30 min; m/z calculada para C20H21CIN2O5 [M+H]+ 405.1 , [M+Na]+ 427.1 , encontrada [M+H]+ 405.1 , [M+Na]+ 427.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.38 (m, 1 H), 7.25 (m, 1 H), 7.16 (m, 1 H), 7.10 (m, 1 H), 6.71 (br s, 1 H), 5.43 (s, 1 H), 4.95 (d, J = 16.0 Hz, 1 H), 4.88 (d, J = 14.8 Hz, 1 H), 4.41 (s, 2H), 4.08 (m, 2H), 3.64 (s, 3H), 2.36 (s, 3H), 1.21 (t, J = 7.2 Hz, 3H). 11a: 5-Metil-2-((am¡dinometoxi)metil)-4-(2-clorofenil)-1.4-dihidro-6-metilpiridin-3,5-dicarboxilato de 3-etilo A una solución del intermediario F (380 mg, 0.940 mmoles) y NH4CI (127 mg, 2.35 mmoles, 2.5 eq) en tolueno (35 mL) se añadió NaOMe (127 mg, 2.35 mmoles, 2.5 eq), y la mezcla resultante se agitó a 80°C por 40 minutos. Después de enfriamiento hasta temperatura ambiente, la mezcla se trató con una solución de amoníaco metanólico (1.0 M, 10 mL, 10 mmoles) y se agitó por otras 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con agua (50 mL) y se extrajo con CH2CI2 (50 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera (60 mL x 2), se secaron sobre MgS0 y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 1 :10 a 1 :2, v/v), para dar 5-metil-2-((amid¡nometoxi)metil)-4-(2-clorofen¡l)-1 ,4-dihidro-6-metilpiridin-3,5-dicarboxilato de 3-etilo (210 mg, 53%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.00 min; m/z calculada para C20H24CIN3O5 [M+H]+ 422.1 , encontrada 422.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3), d (ppm): 8.38 (br s, 3H), 8.21 (s, 1 H), 7.36-7.39 (m, 1 H), 7.21 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.1 1 (t, J = 7.6 Hz, 1H), 7.00 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 5.38 (s, 1H), 4.56-4.84 (m, 4H), 3.93-4.06 (m, 2H), 3.58 (s, 3H), 2.37 (s, 3H), 1.14 (t, J = 6.8 Hz, 3H).
EJEMPLO 12 Fórmula 139 - compuestos 12a v 12b Intermediario B: Ácido 2-(4-(4-clorobenzoil)fenoxi)-2-metilpropanoico A una solución agitada del compuesto A (1.0 g, 2.77 mmoles) en THF (10 mL), se añadió LiOH-H20 (0.7 g, 16.6 mmoles) y H20 (10 mL). La mezcla resultante se calentó a reflujo durante la noche, entonces se extinguió con una solución de HCI acuoso 1 M y se extrajo con EtOAc (10 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre gS04 y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (C^C MeOH, 15/1 , v/v), para dar ácido 2-(4-(4-clorobenzoil)fenoxi)-2-metilpropanoico (130 mg, 15%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.00 min; m/z calculada para C17H15CIO4 [M+H]+ 319.07, encontrada 319.1.
Intermediario C: 2-(4-((4-Clorofenil)(hidroxi)metil)fenoxi)-2-metilpropan-1-ol A una solución agitada del intermediario B (500 mg, 1.57 mmoles) en THF seco (10 mL) a 0°C bajo nitrógeno, se añadió una solución de borano en THF (1 M, 4.7 mL, 4.7 mmoles) gota a gota. La mezcla resultante se calentó a 50°C por 3 horas, entonces se enfrió hasta 0°C, se extinguió con MeOH y se extrajo con EtOAc (10 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre MgSO4, y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 a 2/1 , v/v), para dar 2-(4-((4-clorofenil)(hidroxi)metil)fenoxi)-2-metilpropan-1-ol (452 mg, 94%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.00 min; m/z calculada para C17H19CIO3 [M+Na]+ 329.1 , encontrada 329.0. 12a: 2-(4-(4-Clorobenzoil)fenoxi)-2-metilpropanal A una solución agitada del intermediario C (453 mg, 1.4 mmoles) en CH2CI2 (10 mL) a temperatura ambiente se añadió peryodinano de Dess-Martin (1.8 g, 4.3 mmoles), y la mezcla resultante se agitó durante la noche. La reacción se extinguió con agua y la mezcla se extrajo con CH2CI2 (10 mL x 3), y las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera y se secaron sobre MgS04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc; 5/1 a 2/1 , v/v), para dar 2-(4-(4-clorobenzoil)fenoxi)-2-metilpropanal (284 mg, 66%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.37 min; m/z calculada para C17H15CI03 [M+MeOH+H]+ 335.1 , encontrada 335.1. 1H-RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 9.82 (s, 1H), 7.74 (d, J = 9.2 Hz, 2H), 7.71 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.45 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.89 (d, J = 8.8 Hz, 2H), 1.52 (s, 6H). 12b: (E)-2-(4-(4-Clorobenzoil)fenoxi)-2-metilpropanal oxima Una solución del ejemplo 11a (80 mg, 0.26 mmoles) y clorhidrato de hidroxilamina (18 mg, 0.26 mmoles) en piridina (2.5 mL), se agitó a 10°C por 90 minutos. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 10/1 a 5/1 , v/v), para dar (E)-2-(4-(4-clorobenzoil)fenoxi)-2-metilpropanal oxima (52 mg, 62%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.32 min; m/z calculada para C17H16CIN03 [M+H]+ 318.08, [M+Na]+ 340.1 , encontrada [M+H]+ 318.1 , [M+Na]+ 340.1. 1H-RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 11.1 (s, 1 H), 7.70 (m, 4H), 7.62-7.59 (m, 3H), 7.06 (d, J = 8.8 Hz, 2H), 1.53 (s, 6H).
EJEMPLO 13 Fórmula 102 - compuestos 13a y 13b Intermediario B: (4-( 1 -(3.5.5.8.8-Pentametil-5,6,7.8-tetrahidronaftalen-2-il)vinil)fenil)metanol A una solución agitada del compuesto A (4.0 g, 1 1.5 mmoles) en THF (100 mL) a temperatura ambiente, se añadieron cloroformiato de etilo (1.43 mL, 14.3 mmoles) y trietilamina (2.26 mL). La mezcla se agitó a temperatura ambiente por 30 minutos y entonces se filtró. El filtrado se diluyó con agua y el solvente se removió bajo presión reducida. Al residuo se añadió agua helada (200 mL) y NaBH (15 g, 38 mmoles). La mezcla resultante se agitó a 0°C por 1 hora, y entonces se añadieron agua (100 mL) y éter ter-butil metílico (300 mL). La capa orgánica se separó, se lavó con salmuera, se secó sobre Na2SC»4 y se concentró bajo presión reducida, para dar (4-(1 -(3,5, 5,8,8-pentametil-5,6,7,8-tetrahidronaftalen-2-il)vinil)fenil)metanol (3.6 g, 93%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.77 min; m/z calculada para C24H30O [M+Na]+ 357.2, encontrada 357.2.
Intermediario C: 4-(1 -(3.5.5.8.8-Pentametil-5,6,7 8-tetrahidronaftalen-2-il)vinil)benzaldehído A una solución agitada del intermediario B (0.5 g, 1.50 mmoles) en DMSO (20 mL) se añadió ácido 2-yodoxibenzoico (0.84 g, 3.0 mmoles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 2 horas. La reacción se extinguió con NaHSO3, y la mezcla se diluyó con EtOAc (400 mL) y se lavó con agua (400 mL x 4). La capa orgánica se secó sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar 4-(1-(3,5,5)8,8-pentametil-5,6,7l8-tetrahidronaftalen-2-il)vinil)benzaldehído (0.48 g, 97%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.93 min; m/z calculada para C20H28O [M+H]+ 333.5, [M+Na]+ 355.5, encontrada [M+H]+ 333.2, [M+Na]+ 355.2. 13a: 4-n-f3.5.5.8.8-Pentametil-5.6.7.8-tetrahidronaftalen-2-iQvtniObenzaldehído oxima A una solución agitada del intermediario C (150 mg, 0.45 mmoles) en metanol (10 mL) a temperatura ambiente se añadió clorhidrato de hidroxilamina (94 mg, 1.35 mmoles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. El metanol se removió bajo presión reducida, y el residuo se dividió entre EtOAc (300 mL) y agua (300 mL). Las capas se separaron y la fase acuosa se extrajo con EtOAc (200 mL x 2). Las capas orgánicas combinadas se secaron sobre Na2SO4 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar 4-(1-(3,5,5,8,8-pentametil-5,6,7,8-tetrahidronaftalen-2-il)vinil)benzaldehído oxima (160 mg, 100%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.93 min; m/z calculada para C24H29 O [M+H]+ 348.2, [M+Na]+ 370.5, encontrada [M+H]+ 348.2, [M+Na]+ 370.2. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 8.12 (s, 1 H), 7.51 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.31 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.12 (s, 1H), 7.07 (s, 1 H), 5.77 (d, J = 1.2 Hz, 1 H), 5.25 (d, J = 1.2 Hz, 1 H), 1.96 (s, 3H), 1.70 (s, 4H), 1.30 (s, 6H), 1.27 (s, 6H). 13b: 4-(1-(3.5.5.8.8-Pentametil-5.6.7.8-tetrahidronaftalen-2-iQviniObenzaldehldo O-metil oxima A una solución agitada del intermediario C (100 mg, 0.3 mmoles) en metanol (5 mL) se añadió clorhidrato de O-metilhidroxilamina (75 mg, 0.9 mmoles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. El metanol se removió bajo presión reducida, y el residuo se dividió entre EtOAc (200 mL) y agua (200 mL). Las capas se separaron y la fase acuosa se extrajo con EtOAc (150 mL x 2). Las capas orgánicas combinadas se secaron sobre Na2SO4 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar 4-(1-(3,5,5,8,8-pentametil-5,6,7,8-tetrahidronaftalen-2-il)vinil)benzaldehido O-metil oxima (70 mg, 64%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 4.42 min; m/z calculada para C25H31NO [M+Hf 362.2, [M+Na]+ 384.5, encontrada [M+Hf 362.3, [M+Na]+ 384.2. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 8.04 (s, 1H), 7.51 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.29 (d, J = 10.8 Hz, 2H), 7.12 (s, 1 H), 7.07 (s, 1 H), 5.76 (s, 1 H), 2.25 (s, 1H), 3.97 (s, 3H), 1.95 (s, 3H), 1.69 (s, 4H), 1.30 (s, 6H), 1.27 (s, 6H).
EJEMPLO 14 Fórmula 151 - compuestos 14a y 14b 14a 14b Intermediario B: 2-(2-Clorofenil)-2-(6.7-dihidrotienof3.2-clpiridin-5(4H)-il)acetato de metilo El compuesto A (1.25 g, 0.03 moles) se trató con una solución acuosa saturada de Na2C03 (10 mL), y la mezcla se extrajo con CH2CI2 (30 mL x 2). Las capas orgánicas combinadas se secaron sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar 2-(2-clorofenil)-2-(6,7-dihidrotieno[3,2-c]pirid¡n-5(4H)-il)acetato de metilo (0.96 g, 99%) como un aceite amarillo.
Intermediario C: 2-(2-Clorofenil)-2-(6.7-dihidrotienof3,2-c1piridin- 5(4H)-il)etanol A una solución agitada del intermediario B (960 mg, 3.0 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (15 mL) a 0°C se añadió una solución 1.0 M de DIBAI-H en hexanos (9 ml_, 9.0 mmoles, 3.0 eq) gota a gota, y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 1 hora. La reacción se extinguió con agua (10 mL), y la mezcla se extrajo con CH2CI2 (25 mL x 2). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar 2-(2-clorofenil)-2-(6,7-dihidrotieno[3,2-c]piridin-5(4H)-il)etanol (850 mg, 95%) como un aceite amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 2.88 min; m/z calculada para C15H16CINOS [M+H]+ 294.06, encontrada 294.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.49 (m, 2H), 7.28 (m, 2H), 7.10 (d, J = 5.2 Hz, 1 H), 6.75 (d, J = 5.2 Hz, 1 H), 4.55 (dd, J = 4.8, 4.4 Hz, 1H), 4.00 (dd, J = 11.2, 7.6 Hz, 1 H), 3.84 (dd, J = 11.2, 4.8 Hz, 1H), 3.80 (d, J = 14.4 Hz, 1H), 3.68 (d, J = 14.4 Hz, 1 H), 3.06 (m, 1H), 2.90 (m, 2H), 2.80 (m, 1H).
Intermediario D: 2-(2-Clorofenil)-2-(6.7-dihidrotienor3.2-c1piridin-5(4H -il)acetaldehído A una solución agitada del intermediario C (440 mg, 1.5 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (10 mL) a temperatura ambiente, se añadieron PCC (645 mg, 3 mmoles) y Celite (-0.5 g). La mezcla se agitó a temperatura ambiente por 3 horas, se añadió más PCC (645 mg, 3 mmoles), y se continuó la agitación por otras 5 horas a 40°C. La mezcla se filtró y el filtrado se lavó con agua, se secó sobre Na2S04, y el solvente se removió bajo presión reducida.
El residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 20/1 , v/v), para dar 2-(2-clorofenil)-2-(6,7-dihidrotieno[3,2-c]piridin-5(4H)-il)acetaldehído (80 mg) como un aceite amarillo claro, el cual se usó directamente en el siguiente paso. 14a: Acetato de 2-(2-clorofenin-2-(6.7-dihidrotienof3.2-clpiridin- 5(4H)-il)etilo A una solución agitada del intermediario C (270 mg, 0.9 mmoles) en CH2CI2 (20 mL) a temperatura ambiente se añadió cloruro de acetilo (235 mg, 3 mmoles, 3.0 eq), y la mezcla resultante se agitó a esta temperatura durante la noche. La mezcla se concentró bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 , v/v), para dar acetato de 2-(2-clorofenil)-2-(6,7-dihidrotieno[3,2-c]piridin-5(4H)-il)etilo (80 mg, 35%) como un aceite amarillo claro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.15 min; m/z calculada para C 7H18CIN02S [M+H]+ 336.07, encontrada 336.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.61 (m, 1 H), 7.38 (m, 1 H), 7.26 (m, 2H), 7.09 (d, J = 4.8 Hz, 1H), 6.97 (d, J = 4.8 Hz, 1 H), 4.55 (m, 1 H), 4.41 (t, J = 5.6 Hz, 1 H), 4.37 (m, 1 H), 3.83 (d, J = 14.4 Hz, 1H), 3.62 (d, J = 14.8 Hz, 1 H), 2.76-2.93 (m, 4H), 2.00 (s, 3H). 14b: (E)-2-(2-Clorofenil)-2-(6,7-dihidrotienor3.2-clpiridin-5(4H)-¡Qacetaldehído O-metil oxima A una solución del intermediario D (70 mg, 0.24 mmoles) en metanol (2 ml_) a temperatura ambiente, se añadió clorhidrato de O-metilhidroxilamina (40 mg, 0.48 mmoles, 2.0 eq). La mezcla resultante se calentó a 70°C por 2 horas, y la reacción se extinguió mediante la adición de una solución acuosa saturada de a2CÜ3 hasta pH > 8. La mezcla se extrajo con EtOAc, y las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar (E)-2-(2-clorofenil)-2-(6,7-dihidrotieno[3,2-c]piridin-5(4H)-il)acetaldehído O-metil oxima (50 mg, 40%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): Rt 2.88 min; m/z calculada para C16Hi7CIN2OS [M+H20+H]+ 339.08, encontrada 339.1 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 8.15 (s, 1 H), 7.22-7.39 (m, 5H), 7.14 (d, J = 5.2 Hz, 1 H), 4.35 (dd, J = 8.4, 4.0 Hz, 1H), 3.95 (s, 3H), 3.79 (dd, J = 10.8, 4.0 Hz, 1 H), 3.50 (dd, J = 10.8, 8.4 Hz, 1H), 3.08 (m, 2H), 2.83 (m, 2H).
EJEMPLO 15 Fórmula 121 - compuestos 15a y 15b Intermediario E: (4-Am¡no-2-clorofenil)(5H-benzo[e1pirroloí1 ,2- alH .4ldiazepin-10(1 1 HHDmetanona Se obtuvo (4-amino-2-clorofenil)(5H-benzo[e]p¡rrolo[1 ,2- a][1 ,4]diazepin-10(11 H)-il)metanona a partir del compuesto A en cuatro pasos y 27% de rendimiento general, de acuerdo con los procedimientos descritos en J. Med. Chem. 1998, 41 , 2442-2444 y J. Med. Chem. 1980, 23, 462-465.
Intermediario F: 4-((5H-BenzorelPirroloH .2-airi.41diazepin- 10(11 H)-il)metil)-3-cloroanilina A una solución del intermediario E (600 mg, 1.8 mmoles, 1.0 eq) en THF seco (20 mL) se añadió una solución 1.0 M de BH3 en THF (4.5 mL, 4.5 mmoles, 2.5 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 18 horas. Se añadió agua (20 mL), y la mezcla se agitó por 15 minutos y entonces se extrajo con EtOAc. Las capas orgánicas combinadas se secaron sobre Na2S04 y se concentraron bajo presión reducida, para dar un sólido el cual se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 10/1 , v/v), para dar 4-((5H-benzo[e]pirrolo[1 ,2-a][1,4]diazepin-10(11 H)-il)metil)-3-cloroanilina (110 mg, 19%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.41 min; m/z calculada para Ci9H18CIN3 [M+H]+ 324.12, encontrada 324.1. 15a: N-(4-((5H-Benzorelpirrolon ,2-a1[1.41diazepin-10( 1 H)-i0metil)-3-clorofenil)-5-fluoro-2-metilbenzamida A una solución del intermediario F (100 mg, 0.3 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (15 mL) se añadió trietilamina (1.0 g, 0.9 mmoles, 3.0 eq) a temperatura ambienté, y la mezcla resultante se agitó por 30 minutos. Entonces, se añadió una solución de cloruro de 5-fluoro-2-metilbenzoilo (50.0 mg, 0.36 mmoles, 1.2 eq) en CH2CI2 (5 mL), y la agitación se continuó por otras 18 horas. El solvente se evaporó bajo presión reducida para dar un sólido, el cual se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 , v/v), para dar N-(4-((5H-benzo[e]pirrolo[1 ,2-a][1 ,4]diazepin-10(11 H)-il)metil)-3-clorofenil)-5-fluoro-2-metilbenzamida (72 mg, 51 %) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.69 min; m/z calculada para C27H23CIFN3O [M+H]+ 460.15, encontrada 460.1. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 10.5 (s, 1H), 8.01 (d, J = 2.0 Hz, 1H), 7.57 (dd, J = 8.4, 2.0 Hz, 1 H), 7.37-7.31 (m, 3H), 7.25 (m, 1 H), 7.15 (dd, J = 7.6, 1.6 Hz, 1 H), 7.08 (m, 1 H), 6.82 (m, 1 H), 6.70 (m, 1H), 6.63 (d, J = 8.4 Hz, 1 H), 5.89-5.92 (m, 2H), 5.29 (s, 2H), 4.48 (d, J = 3.6 Hz, 4H), 2.35 (s, 3H). 15b: (5H-BenzorelpirroloM ,2-alM .41diazepin-10(11 H)-il)(2-cloro- 4- (5-fluoro-2-metilbencilamino)fenil)metanona Una solución del intermediario E (200 mg, 0.6 mmoles, 1.0 eq) y 5- fluoro-2-metil-benzaldehído (124 mg, 0.9 mmoles, 1.5 eq) en MeOH (20 mL) se calentó a reflujo por 18 horas, y entonces se enfrió hasta temperatura ambiente. Entonces, se añadió NaBH4 (45 mg, 1.2 mmoles, 2.0 eq), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 4 horas. El solvente se removió bajo presión reducida para dar un sólido, el cual se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 5/1, v/v), para dar (5H-benzo[e]pirrolo[1 ,2-a][1 ,4]diazepin-10(11 H)-il)(2-cloro-4-(5-fluoro-2-metilbencilamino)fenil)metanona (50 mg, 18%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.49 min; m/z calculada para C27H23CIFN3O [M+H]+ 460.15, encontrada 460.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.25 (m, 1H), 7.19-6.79 (m, 7H), 6.65 (m, 1H), 6.43 (m, 1H), 6.24 (m, 1H), 6.10-5.98 (m, 2H), 5.38-4.77 (m, 4H), 4.17 (m, 2H), 2.26 (s, 3H).
EJEMPLO 16 Fórmula 158 - compuestos 16a y 16b 16b Intermediario B: (4-Clorofenil)(3-(hidroximetil)-5-metoxi-2-metil-1 H-indol-1-il)metanona A una solución agitada del compuesto A (200 mg, 0.559 mmoles) en THF (2 mL), se añadió una solución 2 M de BH3.Me2S en THF (0.31 mL, 0.615 mmoles) a -20°C. La mezcla se dejó calentando hasta temperatura ambiente y se agitó por 18 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (CH2CI2/MeOH, 50/1 , v/v), para dar (4-clorofenil)(3-(hidroximetil)-5-metoxi-2-metil-1 H-indol-1-il)metanona (150 mg, 83%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): R, 3.45 min; m/z calculada para C19H18CIN03 [M+Na]+ 366.1 , encontrada 366.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.66 (dd, J = 6.8, 2.0 Hz, 2H), 7.48 (dd, J = 6.8, 2.0 Hz, 2H), 6.97 (d, J = 2.4 Hz, 1 H), 6.89 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 6.68 (dd, J = 8.8 Hz, 2.4 Hz, 1H), 3.88 (t, J = 6.8 Hz, 2H), 3.87 (s, 3H), 2.96 (t, J = 6.8 Hz, 2H), 2.39 (s, 3H).
Intermediario C: 2-(1 -(4-Clorobenzoil)-5-metoxi-2-metil-1 H-indol-3-il)acetaldehido A una solución del intermediario B (150 mg, 0.44 mmoles) en EtOAc (1.5 mL) se añadió IBX (0.31 g, 1.1 mmoles) a temperatura ambiente, y la mezcla resultante se calentó a 80°C por 2 horas. La mezcla se filtró y el filtrado se concentró bajo presión reducida, para dar 2-(1-(4-clorobenzoil)-5-metoxi-2-metil-1H-indol-3-il)acetaldehído (100 mg, 67%) como un polvo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.47 min; m/z calculada para C19Hi6CIN03 [M+MeOH+Na]+ 396.08, encontrada 369.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 9.73 (s, 1H), 7.70 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.50 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.29 (s, 1H), 6.87 (m, H), 6.71 (m, 1H), 3.85 (s, 3H), 3.75 (d, J = 1.6 Hz, 2H), 2.40 (s, 3H). 16a: 2-(1 -(4-Clorobenzoil)-5-metoxi-2-metil-1 H-indol-3-iOacetaldehído oxima A una solución del intermediario C (200 mg, 0.6 mmoles) en MeOH (2 mL) y piridina (0.2 mL) se añadió NH2OH.HCI (48 mg, 0.7 mmoles) a temperatura ambiente, y la mezcla resultante se agitó por 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (éter de petróleo/EtOAc, 3/1 , v/v), para dar 2-(1-(4-clorobenzoil)-5-metoxi-2-metil-1 H-indol-3-il)acetaldehído oxima (150 mg, 72%) como un sólido blanco. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla 1 :1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): R, 3.40 min; m/z calculada para Ci9H17CIN203 [M+H]+ 357.09, [M+Na]+ 379.09, encontrada [M+H]+ 357.1 , [M+Na]+ 379.1. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 11.2 (s, 0.5H), 10.6 (s, 0.5H), 7.70-7.63 (m, 4H), 7.38 (t, J = 6.0 Hz, 0.5H), 7.08 (m, 1H), 6.94 (dd, J = 9.2, 4.8 Hz, 1H), 6.73-6.70 (m, 1.5H), 3.77 (s, 3H), 3.67 (d, J = 5.6 Hz, 1 H), 3.54 (d, J = 6.0 Hz, 1H), 2.23 (s, 3H). 16b: 2-(1-(4-Clorobenzoil)-5-metoxi-2-metil-1H-indol-3- ¡Dacetaldehído O-metil oxima A una solución del intermediario C (200 mg, 0.6 mmoles) en MeOH (2 mL) y piridina (0.2 mL) se añadió NH2OMe.HCI (56 mg, 0.68 mmoles) a temperatura ambiente, y la mezcla resultante se agitó por 2 horas.
El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (éter de petróleo/EtOAc, 3/1 , v/v), para dar 2-(1-(4-clorobenzoil)-5-metoxi-2-metil-1 H-indol-3-il)acetaldehído O-metil oxima (150 mg, 71 %) como un sólido blanco. La espectroscopia de 1H- RMN reveló una mezcla 1:1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 3.55 min; m/z calculada para C20H19CIN2O3 [M+Hf 371.11 , [M+Naf 393.11 , encontrada [M+H]+ 371.1 , [M+Na]+ 393.1. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 7.69 (AB, J = 8.4 Hz, 2H), 7.65 (AB, J = 8.8 Hz, 2H), 7.45 (t, J = 6.4 Hz, 0.5H), 7.10 (d, J = 2.8 Hz, 0.5H), 7.05 (d, J = 2.4 Hz, 0.5H), 6.94 (dd, J = 9.2, 2.8 Hz, 1H), 6.82 (t, J = 5.6 Hz, 0.5H), 6.73 (dd, J= 9.2, 2.4 Hz, 1 H), 3.89 (s, 1.5H), 3.77 (s, 3H), 3.74 (s, 1.5H), 3.66 (d, J= 5.6 Hz, 1 H), 3.56 (d, J= 6.0 Hz, 1 H), 2.24 (s, 1.5H), 2.22 (s, 1.5H).
EJEMPLO 17 Fórmula 154 - compuesto 17a 17a j Intermediario B: 2-(2,3-Díclorobencil¡den)-3-oxobutanoato de (Z)-metilo A una solución del compuesto A (10.1 g, 57 mmoles, 1.0 eq) y 3-oxobutanoato de metilo (8.60 g, 74 mmoles, 1.3 eq) en isopropanol (100 mL), se añadieron piperidina (0.24 g, 2.8 mmoles, 0.05 eq) y ácido picolínico (0.35 g, 2.8 mmoles, 0.05 eq) a temperatura ambiente. La mezcla resultante se calentó a 45°C durante la noche, entonces se enfrió hasta 0°C y el sólido cristalino se recogió mediante filtración por succión, se lavó con isopropanol (20 mL) y se secó bajo vacío, para dar 2-(2,3-diclorobenciliden)-3-oxobutanoato de (Z)-metilo (4.00 g, 25%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.62 min; m/z calculada para Ci2H10Cl2O3 [M+H]+ 273.1 , [M+Na]+ 295.0, encontrada [M+H]+ 273.0, [M+Na]+ 294.9.
Intermediario C: 3-(2.3-Diclorofenin-2-(2-metil-1.3-dioxolan-2-iQacrilato de (Z)-metilo A una solución del intermediario B (2.0 g, 7.3 mmoles, 1.0 eq) en tolueno (50 mL) se añadieron etilenglicol (0.9 g, 14.6 mmoles, 2.0 eq) y ácido p-toluensulfónico (126 mg, 0.7 mmoles, 0.1 eq), y la mezcla resultante se calentó a reflujo por 6 horas en un aparato de Dean-Stark. La mezcla se enfrió hasta temperatura ambiente, se añadió agua (50 mL), y la capa orgánica se separó y se secó sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 10/1 , v/v), para dar 3-(2,3-diclorofenil)-2-(2-metil-1 ,3-dioxolan- 2-il)acrilato de (Z)-metilo (1.0 g, 43%) como un sólido blanco.
LC-MS (Waters): Rt 7.46 min; m/z calculada para C14HUCI2O4 [M+Na]+ 339.03, encontrada 338.9.
Intermediario D: (E)-3-(2.3-Diclorofenil)-2-(2-metil-1.3-dioxolan-2-il)prop-2-en-1-ol A una solución del intermediario C (500 mg, 1.6 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (10 mL), se añadió una solución 1.0 M de DIBAI-H en hexanos (6.3 mL, 6.3 mmoles, 4.0 eq) gota a gota a -78°C. La mezcla resultante se calentó hasta temperatura ambiente y se agitó durante la noche. Se añadieron agua (0.24 mL), NaOH acuoso a 15% (0.24 mL) y agua (0.72 mL) a la mezcla de reacción en ese orden, y se continuó la agitación por 15 minutos a temperatura ambiente. Entonces, se añadió gS04, y la agitación se continuó por otros 15 minutos. La mezcla se filtró, el filtrado se concentró bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 10/1 , v/v), para dar (E)-3-(2,3-diclorofenil)-2-(2-metil-1 ,3-dioxolan-2-il)prop-2-en-1-ol (250 mg, 55%) como un aceite incoloro.
LC-MS (Waters): Rt 6.88 min; m/z calculada para Ci3H1 CI203 [M+Naf 31 .03, encontrada 311.0.
Intermediario E: (E)-3-(2.3-Diclorofenil)-2-(2-metil-1.3-dioxolan-2-¡Oacñlaldehído A una solución del intermediario D (1.3 g, 4.5 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (20 mL), se añadió PCC (1.9 g, 9.0 mmoles, 2.0 eq). La mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 2 horas y entonces se filtró a través de Celite. El filtrado se concentró bajo presión reducida, para dar (E)-3-(2,3-diclorofenil)-2-(2-metil-1 ,3-dioxolan-2-il)acrilaldehído (1.3 g, 100%) como un aceite pardo, el cual se usó directamente en el siguiente paso.
Intermediario F: (1E.2E)-3-(2.3-Diclorofenil)-2-(2-metil-1 ,3-dioxolan-2-il)acrilaldehído oxima A una solución del intermediario E (1.3 g, 4.5 mmoles, 1.0 eq) en piridina (2.5 mL) y metanol (25 mL) se añadió clorhidrato de hidroxilamina (310 mg, 4.5 mmoles, 1.0 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla se concentró bajo presión reducida, y el residuo se trató con una solución acuosa de HCI 1 M (10 mL) y EtOAc (10 mL). La capa orgánica se separó, se secó sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar (1 E,2E)-3-(2,3-diclorofenil)-2-(2-metil-1 ,3-dioxolan-2-il)acrilaldehído oxima (1.3 g, 96%) como un sólido verde claro.
LC-MS (Waters): Rt 8.03 min; m/z calculada para C13H13Cl2N03 [M+Hf 302.03, [M+Na]+ 324.03, encontrada [M+H]+ 302.0, [M+Na]+ 324.0.
Intermediario G: (1 E.2E)-3-(2,3-Diclorofenil)-2-(2-metil-1.3-dioxolan-2-il)acrilaldehído O-alil oxima A una solución del intermediario F (1.3 g, 4.3 mmoles, 1.0 eq) en acetona (30 mL) se añadieron K2C03 (1.2 g, 8.6 mmoles, 2.0 eq) y 3-bromoprop-1-eno (1.6 g, 12.9 mmoles, 3.0 eq), y la mezcla resultante se calentó a reflujo durante la noche. La mezcla se concentró bajo presión reducida, y el residuo se dividió entre agua (20 mL) y EtOAc (20 mL). La capa orgánica se separó, se secó sobre Na2SO4 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar (1E,2E)-3-(2,3-diclorofenil)-2-(2-metil-1,3-dioxolan-2-il)acrilaldehído O-alil oxima (1.3 g, 88%) como un aceite pardo, el cual se usó directamente en el siguiente paso.
Intermediario H: (1 E.2E)-2-(2,3-Diclorobenciliden)-3-oxobutanal O-alil oxima A una solución del intermediario G (1.3 g, 3.8 mmoles, 1.0 eq) en THF (30 mL) se añadió una solución acuosa de HCI 2 M (60 mL), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Se añadió EtOAc (50 mL) a la mezcla, y la capa orgánica se separó, se secó sobre Na2SO4 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar (1E,2E)-2-(2,3-diclorobenciliden)-3-oxobutanal O-alil oxima (1.0 g, 91 %) como un aceite amarillo.
LC-MS (Waters): Rt 4.28 min; m/z calculada para Ci4Hi3CI2NO2 [M+H]+ 298.03, [M+Na]+ 320.03, encontrada [M+H]+ 297.9, [M+Na]+ 319.9.
Intermediario I: 3-lminobutanoato de etilo Una solución de acetoacetato de etilo (50 g, 385 mmoles, 1.0 eq) en amoníaco acuoso a 25% (300 mL) se agitó a temperatura ambiente por 1 hora, y entonces se extrajo con EtOAc (2 x 300 mL). Las capas orgánicas combinadas se secaron sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar 3-iminobutanoato de etilo (42 g, 85%) como un aceite amarillo, el cual se usó directamente en el siguiente paso.
Intermediario J: 5-((Aliloxiimino)metil)-4-(2,3-diclorofenil)-2,6-dimetil-1 ,4-dihidropiridin-3-carboxilato de (E)-etilo A una solución del intermediario H (1.0 g, 3.4 mmoles, 1.0 eq) en isopropanol (20 mL) se añadió el intermediario I (432 mg, 3.4 mmoles, 1.0 eq), y la mezcla resultante se agitó a reflujo durante la noche. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter dé petróleo/EtOAc, 5/1 , v/v), para dar 5-((aliloxiimino)metil)-4-(2,3-diclorofenil)-2,6-dimetil-1 ,4-dihidropiridin-3-carboxilato de (E)-etilo (0.8 g, 58%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Waters): Rt 6.67 min; m/z calculada para C20H22CI2N2O3 [M+H]+ 409.1 , encontrada 409.0. 17a: 4-(2.3-Diclorofenil)-5-((hidroxiimino)metil)-2,6-climetil-1.4-dihidropiridin-3-carboxilato de (E)-etilo A una solución del intermediario J (400 mg, 0.98 mmoles, 1.0 eq) en EtOH (20 ml_) y H20 (5 ml_) se añadieron HCOOH-NEt3 (431 mg, 2.93 mmoles, 3 eq) y Pd[PPh3]4 (113 mg, 0.10 mmoles, 0.1 eq), y la mezcla resultante se calentó a reflujo por 3 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 , v/v), para dar 4-(2,3-diclorofenil)-5-((hidroxiim¡no)metil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3-carboxilato de (E)-etilo (100 mg, 28%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.35 min; m/z calculada para C17H18CI2N2O3 [M+H]+ 369.07, encontrada 369.1. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 10.3 (s, 1 H), 8.74 (s, 1 H), 7.84 (s, 1 H), 7.35 (dd, J = 7.6, 1.6 Hz, 1 H), 7.27 (dd, J = 8.0, 1.6 Hz, 1H), 7.22 (m, 1 H), 5.28 (s, 1 H), 3.94 (qd, J = 7.2, 1.2 Hz, 2H), 2.22 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.09 (t, J = 7.2 Hz, 3H).
EJEMPLO 18 Fórmula 98 - compuestos 18a y 18b 18a: 6-(((5S,5aR,8R.8aR,9R)-8-Hidroxi-9-(4-hidroxt-3.5- dimetoxifenil)-5,5a,6.8.8a,9-hexahidrofurof3'.4':6.7lnafto[2.3-dlf1,3ldioxol-5- iDoxD^-metilhexahidropiranofS^-dlfl .Sldioxino-y.S-diol A una solución agitada del compuesto A (300 mg, 0.51 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (30 mL) se añadió una solución 1.0 M de DIBAI-H en hexanos (1.5 mL, 1.5 mmoles, 3.0 eq) a -78°C, y la mezcla resultante se agitó a esta temperatura por 40 minutos. Se añadió lentamente una solución acuosa saturada de cloruro de amonio, y la mezcla se extrajo con CH2CI2 (60 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera (50 mL x 2), se secaron sobre Na2S04 y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna (MeOH/CH2CI2, 1/100 a 1/10, v/v), para dar e-^SS.SaR.eR.eaR.gRÍ-S-hidroxi-G^-hidroxi-a.S-dimetoxifeni -S.Sa.e.e.ea.Q-hexahidrofurolS'^Vejlnafto^.S-dKI .Sldioxol-S-il)ox¡)-2-metilhexahidropirano[3,2-d][1 ,3]diox¡no-7,8-diol (40 mg, 13%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): R, 3.07 min; m/z calculada para C29H34O13 [M+Na]+ 613.2, encontrada 613.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 6.76 (s, 1H), 6.51 (s, 1 H), 6.09 (s, 2H), 5.98 (d, J = 3.6 Hz, 2H), 5.50 (s, 1H), 4.95 (d, J = 2.8 Hz, 1H), 4.70 (m, 2H), 4.32 (m, 2H), 4.20 (m, 2H), 3.82 (t, J = 7.6 Hz, 1H), 3.77 (s, 6H), 3.60 (m, 2H), 3.41 (m, 1H), 3.31-3.21 (m, 2H), 2.75 (m, 1H), 2.53 (m, 1H), 1.39 (d, J = 4.8 Hz, 3H).
Intermediario B: (5R,5aR,8aR.9S)-5-(4-((Ter-butildimetilsilinoxi)-3.5-d¡metoxifenil)-9-((7-((ter-butildimetilsilil)oxi)-8-hidroxi-2-metilhexahi piranor3,2-d1f1.31d¡oxin-6-il)oxi)-5.5a,8a.9-tetrahidrofuror3'.4':6.71naftor2.3-din .31dioxol-6(8H)-ona A una solución del compuesto A (300 mg, 0.51 mmoles, 1.0 eq) y TBSCI (375 mg, 2.5 mmoles, 5.0 eq) en DMF (40 mL) se añadió 1H-imidazol (347 mg, 5.1 mmoles, 10 eq), y la mezcla resultante se agitó a 80°C por 1 hora. La mezcla se diluyó entonces con EtOAc (100 mL), y se lavó con agua (60 mL x 3) y salmuera (50 mL x 2) y se secó sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (EtOAc/hexano, 1/10 a 1/1 , v/v), para dar (5R,5aR,8aR,9S)-5-(4-((ter-butildimetilsilil)oxi)-3,5-dimetoxifenil)-9-((7-((ter-butildimetilsilil)oxi)-8-hidroxi-2-metilhexahidropirano[3,2-d][1 ,3]dioxin-6-il)oxi)-5,5a,8a,9-tetrahidrofuro[3,,4':6,7]nafto[2,3-d][1 ,3]dioxol-6(8H)-ona (310 mg, 73%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.99 min; m/z calculada para C41 H60O13SÍ2 [M+Na]+ 839.36, encontrada 840.0.
H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 6.85 (s, 1 H), 6.58 (s, 1 H), 6.22 (s, 2H), 6.01 (dd, J = 10.8, 1.2 Hz, 2H), 4.91 (d, J = 3.6 Hz, 1H), 4.69 (m, 1H), 4.63 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 4.59 (d, J = 5.2 Hz, 1H), 4.41 (dd, J = 10.4, 8.8 Hz, 1 H), 4.22-4.13 (m, 2H), 3.67 (s, 6H), 3.66 (t, J = 8.4 Hz, 1H), 3.56 (t, J = 6.0 Hz, 1 H), 3.40 (t, J = 8.0 Hz, 1H), 3.30-3.20 (m, 3H), 2.87 (m, 1 H), 1.36 (d, J = 4.8 Hz, 3H), 0.99 (s, 9H), 0.90 (s, 9H), 0.1 1 (m, 12H).
Intermediario C: (5R.5aR.6R.8aR.9S)-5-(4-((Ter-butildimetilsilil)-oxi)-3.5-dimetoxifenil)-9-((7-((ter-butildimetilsilil)oxi)-8-hidroxi-2-metilhexah piranof3.2-d1f1 ,31dioxin-6-il)oxi)-5.5a.6.8.8a,9-hexahidrofuror3'.4':6.71naftof2.3-dU1.31d¡oxol-6-ol A una solución agitada del intermediario B (310 mg, 0.38 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (30 mL) se añadió una solución 1.0 M de DIBAI-H en hexanos (1.1 mL, 1.1 mmoles, 3.0 eq) a -78°C, y la mezcla resultante se agitó a esta temperatura por 40 minutos. Se añadió lentamente una solución acuosa saturada de cloruro de amonio, y la mezcla se extrajo con CH2CI2 (60 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera (50 mL x 2), se secaron sobre Na2SC>4 y se concentraron bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 100/1 a 10/1 , v/v), para dar (5R,5aR,6R,8aR,9S)-5-(4-((ter-butildimetilsilil)oxi)-3,5-dimetoxifenil)-9-((7-((ter-butild¡metilsilil)oxi)-8-hidrox ^ metilhexahidropiranotS^-dlIl.Sldioxin-e-i oxií-S.Sa.e.e.ea.g-hexahidrofuro-[3\4':6,7]nafto[2,3-d][1 ,3]d¡oxol-6-ol (120 mg, 39%) como un sólido amarillo claro, el cual se usó directamente en el siguiente paso.
Intermediario D; 7-((Ter-butildímetilsilil)oxi)-6-(((5S,5aR,8R.8aR,9R)-9-(4-(rter-butildimetilsilil)oxi)-3,5-dimetoxifenil)-8-metoxi-5,5a,6,8,8a,9-hexahidrofuror3'.4':6.71naftof2,3-dlf1.3ldioxol-5-il)oxi)-2-metilhexahidropiranoí3,2-d1H,31dioxin-8-ol A una solución del intermediario C (120 mg, 0.14 mmoles, 1.0 eq) en trimetoximetano (10 ml_) se añadió PPTS (2.5 mg, 0.01 mmoles, 0.1 eq), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 40 minutos. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con CH2CI2 (60 mL), se lavó con agua (30 mL x 2) y se secó sobre MgS04. El solvente se removió bajo presión reducida, para dar 7-((ter-butildimetilsilil)oxi)-6-(((5S,5aR,8R,8aR,9R)-9-(4-((ter-butildimetilsilil)oxi)-3,5-dimetoxifenil)-8-metoxi-5,5a,6,8,8a,9-hexahidrofuro[3'l4,:6,7]nafto[2,3-d][1 ,3]dioxol-5-il)oxi)-2-metilhexahidropirano[3,2-d][1,3]dioxin-8-ol (110 mg, 92%), el cual se usó en el siguiente paso sin más purificación.
LC-MS (Waters): Rt 3.43 min; m/z calculada para C42H640-i3Si2 [M-2TBS+Na]+ 627.22, encontrada 627.1. 18b: 6-(((5S.5aR,8R,8aR.9R)-9-(4-Hidroxi-3,5-dimetoxifenil)-8-metoxi-5.5a.6.8,8a.9-hexahidrofuror3'.4':6.7lnaftor2.3-d1í1.3ldioxol-5-il)oxi)-2-metilhexahidropiranof3,2-d1f1 ,31dioxino-7,8-diol A una solución agitada del intermediario D (110 mg, 0.13 mmoles, 1.0 eq) en THF (20 mL) se añadió TBAF (34 mg, 0.13 mmoles, 1.0 eq) a temperatura ambiente, y la mezcla se agitó por 1 hora. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con EtOAc (80 mL), se lavó con agua (60 mL x 2) y se secó sobre MgS04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 100/1 a 10/1 , v/v), para dar 6-(((5S,5aR,8R,8aR,9R)-9-(4-hidroxi-3,5-dimetoxifenil)-8-metoxi-5,5a,6,8,8a)9-hexahidrofuro[3',4':6,7]nafto[2,3-d][1,3]dioxol-5-il)oxi)-2-metilhexahidropirano[3,2-d][1,3]dioxino-7,8-diol (40 mg, 50%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.26 min; m/z calculada para C30H36O13 [M+Naf 627.22, encontrada 627.3. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 6.75 (s, 1 H), 6.52 (s, 1H), 6.12 (s, 2H), 5.98 (d, J = 10.0 Hz, 2H), 5.47 (s, 1 H), 4.90 (d, J = 3.2 Hz, 1 H), 4.75 (m, 1 H), 4.52 (d, J = 7.6 Hz, 1 H), 4.33 (m, 2H), 4.18 (m, 1H), 4.11 (m, 1H), 3.88 (t, J = 7.6 Hz, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.72 (m, 1H), 3.59 (m, 1H), 3.42 (m, 1 H), 3.40 (s, 3H), 3.36 (m, 2H), 2.80-2.75 (m, 1 H), 2.55-2.47 (m, 1H), 1.40 (d, J = 4.8 Hz, 3H).
EJEMPLO 19 Fórmula 57 - compuesto 19a 19a: Óxido de (E)-4-((4-((3-cloro-4-(piridin-2-ilme amino)-3-c¡ano-7-etoxiauinolin-6-il)amino)-N.N-dimetil-4-oxobut-2-en-1-am A una solución del compuesto A (200 mg, 0.36 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 (20 mL) se añadió m-CPBA (74 mg, 0.43 mmoles, 1.2 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 4 horas. Entonces, se añadió una solución. acuosa saturada de NaHC03 (20 mL), y la capa orgánica se separó, se secó sobre Na2SÜ y se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante TLC preparativa (Ch^C /MeOH, 10/1 , v/v), para dar óxido de (E)-4-((4-((3-cloro-4-(piridin-2-ilmetoxi)fenil)amino)-3-ciano-7- etoxiquinolin-6-il)amino)-N,N-dimetil-4-oxobut-2-en-1 -amina (20 mg, 10%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.03 min; m/z calculada para C30H29CIN6O4 [M+Hf 573.19, encontrada 573.2. 1H RMN: (400 MHz, CD3OD) d (ppm): 8.98 (s, 1 H), 8.57 (m, 1 H), 8.39 (s, 1 H), 7.92 (td, J = 7.2, 1.6 Hz, 1H), 7.72 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 7.39 (m, 1 H), 7.36 (d, J = 2.4 Hz, 1 H), 7.28 (s, 1 H), 7.24-7.13 (m, 3H), 6.74 (d, J = 15.6 Hz, 1 H), 5.29 (s, 2H), 4.32 (q, J = 6.8 Hz, 2H), 4.20 (d, J = 7.2 Hz, 2H), 3.28 (s, 6H), 1.57 (t, J = 6.8 Hz, 3H).
EJEMPLO 20 Fórmula 153 - compuestos 20a y 20b OH G S03. // wJT ? — O THF J D SO/ 20b Intermediario B: (R)-2-(1.8-Dietil-1.3,4.9-tetrahidropiranof3,4-blindol-1 -iOetanol A una solución del compuesto A (2.0 g, 6.97 mmoles, 1.0 eq) en THF seco (15.5 mL) bajo nitrógeno se añadió una solución de LiAIH4 (0.4 g, 10.5 mmoles, 1.5 eq) en THF seco (10.5 mL) gota a gota, y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se extinguió lentamente con EtOAc (15 mL) y se vertió en agua. La emulsión resultante se filtró, y el filtrado se extrajo dos veces con EtOAc (30 mL x 2). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04 y se concentraron bajo presión reducida. La purificación mediante cromatografía en columna (CH2CI2/ eOH, 50/1 a 20/1), dio (R)-2-(1 ,8-dietil-1 ,3,4,9-tetrahidropirano[3,4-b]indol-1-il)etanol (835 mg, 44%) como un aceite amarillo.
LC-MS (Waters): Rt 5.89 min; m/z calculada para C17H23N02 [M+Na]+ 296.17, encontrada 296.1.
Intermediario C: (R)-2-(1.8-D¡etil-1.3.4.9-tetrahidropiranof3.4-b]indol-1-il)acetaldehído A una solución del intermediario B (530 mg, 1.94 mmoles, 1.0 eq) en acetonitrilo (2.5 mL), DMSO (2.5 mL) y Et3N (2.5 mL) se añadió S03-piridina (1.85 g, 11.6 mmoles, 6.0 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 40 minutos. La mezcla se vertió en agua y se extrajo con EtOAc (20 mL x 2). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con una solución acuosa de HCI a 3% (20 mL), una solución acuosa saturada de NaHC03 (20 mL) y salmuera (20 mL), y entonces se secó sobre MgS04 y se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 50/1 a 30/1 , v/v), para dar (R)-2-(1 ,8-dietil-1 ,3,4,9-tetrahidropirano[3,4-b]indol-1-il)acetaldehído (292 mg, 58%) como un aceite amarillo.
LC-MS (Waters): Rt 6.03 min; m/z calculada para C17H21 NO2 [M+MeOH+Na]+ 326.3, encontrada 326.1. 20a: (R)-2-(1 ,8-Dietil-1 .3,4.9-tetrahidropiranof3,4-blindol-1 -iDacetaldehido oxima A una solución del intermediario C (50 mg, 0.184 mmoles, 1.0 eq) en metanol (10 ml_) y piridina (1 ml_) se añadió clorhidrato de hidroxilamina (38.4 mg, 0.552 mmoles, 3.0 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 4 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 50/1 a 30/1 , v/v), para dar (R)-2-(1 ,8-dietil-1 , 3,4,9-tetrahidropirano[3,4-b]indol-1 -il)acetaldehído oxima (40 mg, 76%) como un aceite amarillo. La espectroscopia de 1H R N reveló una mezcla ~1 :1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 3.48 min; m/z calculada para C17H22N2O2 [M+H]+ 287.17, encontrada 287.2. 1H-RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 10.8 (s, 0.5H), 10.5 (s, 1 H), 10.4 (s, 0.5H), 7.25-7.22 (m, 1 H), 7.16 (dd, J = 6.8, 5.2 Hz, 0.5H), 6.94-6.87 (m, 2H), 6.58 (t ap, J = 4.4 Hz, 0.5H), 3.92 (m, 2H), 2.96-2.81 (m, 3.5H), 2.70-2.62 (m, 2.5H), 2.0 (m, 1 H), 1 .83 (m, 1 H), 1.25 (m, 3H). 0.75 (t, J = 7.2 Hz, 1 .5H), 0.71 (t, J = 7.2 Hz, 1.5H). 20b: (R)-2-H .8-Dietil-1.3.4.9-tetrahidropiranor3,4-b1indol-1 -iDacetaldehído O-metil oxima A una solución del intermediario C (50 mg, 0.184 mmoles, 1.0 eq) en metanol (10 ml_) y piridina (1 ml_) se añadió clorhidrato de metilhidroxilamina (18.5 mg, 0.22 mmoles, 1.2 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 4 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 50/1 a 30/1, v/v), para dar (R)-2-( 1 ,8-dretil- 1.3.4,9-tetrahidropirano[3,4-b]indol-1-il)acetaldehído O-metil oxima (50 mg, 91%) como un sólido amarillo. La espectroscopia de H RMN reveló una mezcla -1:1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 3.52 min; m/z calculada para C18H24N2O2 [M+Hf 301.18, [M+Na]+ 323.4, encontrada [M+H]+ 301.2, [M+Na]+ 323.2. 1H-RMN (400 Hz, DMSO-d6) d (ppm): 10.5 (m, 1 H), 7.25-7.20 (m, 1.5H), 6.94-6.88 (m, 2H), 6.62 (t, J = 4.8 Hz, 0.5H), 3.91 (m, 2H), 3.77 (s, 1.5H), 3.67 (s, 1.5H), 2.96-2.82 (m, 3.5H), 2.73-2.63 (m, 2.5H), 1.96-2.05 (m, 1H), 1.90-1.75 (m, 1 H), 1.25 (m, 3H), 0.75 (t, J= 7.2 Hz, 1.5H), 0.71 (t, J= 7.2 Hz, 1.5H).
EJEMPLO 21 Fórmula 123 - compuestos 21a v 21b Los compuestos A y B pueden sintetizarse de acuerdo con los procedimientos descritos en el documento US20030125339.
Intermediario C: 1 -Óxido de 4-(((3-((1-acetil-3,3-dimetilindolin-6-il)carbamoil)piridin-2-il)amino)metil)pirid¡na A una solución del compuesto A (200 mg, 0.48 mmoles) en CH2CI2 seco (10 mL) a 0°C se añadió m-CPBA (166 mg, 0.96 mmoles) en tres porciones, y la mezcla se dejó calentando hasta temperatura ambiente y se agitó por 30 minutos. Se añadió una solución acuosa de Na2S204 a 5%, y la mezcla se extrajo con EtOAc (3 x 20 mL). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con una solución acuosa saturada de NaHC03, salmuera, y se secaron sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se lavó con éter, para dar 1 -óxido de 4-(((3-((1-acetil-3,3-dimetilindolin-6-il)carbamoil)piridin-2-il)amino)metil)piridina (130 mg, 63%) como un sólido amarillo pálido.
LC-MS (Agilent): Rt 3.24 min; m/z calculada para C24H25N5O3 [M+H]+ 432.49, encontrada 432.2.2. 1H RMN: (400 Hz, DMSO-d6) d (ppm): 10.3 (s, 1 H), 8.48 (t, J = 6.0 Hz, 1 H), 8.35 (s 1H), 8.16-8.08 (m, 4H), 7.45 (dd, J = 8.0, 1.2 Hz, 1 H), 7.33 (d, J = 6.8 Hz, 2H), 7.20 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 6.70 (m, 1 H), 4.62 (d, J = 6.0 Hz, 2H), 3.87 (s, 2H), 2.17 (s, 3H), 1.30 (s, 6H). 21a: 3,3-Dimetil-N-((2-(piridin-4-ilmet¡lamino)piridin-3-il)met¡l)-indolin-6-amina A una solución de BH3-Me2S (1 M en THF, 10 mL, 10 mmoles, 12.5 eq) se añadió el intermediario B (300 mg, 0.8 mmoles, 1.0 eq) a 0°C bajo nitrógeno. La mezcla se dejó calentando hasta temperatura ambiente, se agitó por 1 hora y entonces se calentó a reflujo por 48 horas. Después de enfriamiento hasta 0°C, se añadió gota a gota una solución acuosa de HCI 2 M (20 mL), y la mezcla se calentó a 70°C por 3 horas, y entonces se enfrió hasta temperatura ambiente y se lavó con EtOAc (15 mL x 3). La capa acuosa se basificó hasta pH 8~9 con una solución acuosa de NaOH 3 M y se extrajo con EtOAc (20 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2SO4, y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna (EtOAc/éter de petróleo, 1/100 a 1/5, v/v), para dar un aceite pegajoso amarillo claro, el cual se purificó adicionalmente mediante TLC preparativa (EtOAc/éter de petróleo, 1/2, v/v), para dar 3,3-dimetil-N-((2-(pirid¡n-4-ilmetilamino)piridin-3-il)metil)indolin-6-amina (22 mg, 8%) como un sólido amarillo pálido.
LC-MS (Agilent): Rt 3.19 min; m/z calculada para C22H25N5 [M+H]+ 360.47, encontrada 360.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 8.93 (br s, 3H), 8.09 (br s, 2H), 7.84 (m, 2H), 7.14 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 6.91 (m, 1H), 6.69 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 6.61 (s, 1 H), 5.18 (s, 2H), 4.37 (s, 2H), 3.38 (s, 3H), 3.17 (s, 1 H), 1.29 (s, 6H). 21 b: 1 -Óxido de 4-(((3-((3.3-dimetilindolin-6-il)carbamoil)piridin-2-il)amino)metil)piridina Una mezcla del intermediario C (120 mg, 0.28 mmoles), HCI concentrado (5 mL) y etanol (5 mL) se calentó a 70°C durante la noche, y entonces se dejó enfriando hasta temperatura ambiente. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con agua y se lavó con EtOAc (3 x 10 mL). La fase acuosa se basificó hasta pH 7-8 con una solución acuosa de NaOH 3 M y se extrajo con EtOAc (3 x 20 mL). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera y se secaron sobre Na2SO4. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se lavó con éter, para dar 1 -óxido de 4-(((3-((3,3-dimetilindolin-6-il)carbamoil)piridin-2- il)amino)met¡l)piridina (80 mg, 74%) como un sólido amarillo pálido.
LC-MS (Agiient): Rt 2.85 min; miz calculada para C22H23N5O2 [M+H]+ 390.45, encontrada 390.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 9.98 (s, 1H), 8.42 (t, J = 6.0 Hz, 1H), 8.14 (m, 3H), 8.03 (d, J = 6.8 Hz, 1 H), 7.31 (d, J = 6.4 Hz, 2H), 6.97-6.87 (m, 3H), 6.68 (dd J = 4.8, 2.4 Hz, 1H), 5.55 (s, 1 H), 4.62 (d, J = 6.0 Hz, 2H), 3.19 (s, 2H), 1.22 (s, 6H).
EJEMPLO 22 Fórmula 152 - compuesto 22a D Intermediario C: 2-(4-Metoxifenil)benzofb1f 1.41tiazepino-3.4(2H.5H)-diona El compuesto A fue convertido hasta 2-(4-metoxifenil)benzo[b][1 ,4]tiazepino-3,4(2H,5H)-diona en dos pasos, usando el procedimiento descrito en Journal of Organic Chemistry, 1996, 61 , 8586.
Intermediario D: 2-(4-Metoxifenil)-2H-espirorbenzorbin .41-tiazepin-3.2'-n.31dioxolanl-4(5H)-ona Una mezcla del intermediario C (798 mg, 2.7 mmoles), etáno- 1 ,2-diol (661 mg, 10.7 mmoles) y Ts-OH (184 mg, 1.1 mmoles) en tolueno (40 mL), se calentó a reflujo en un aparato de Dean-Stark por 3 horas. La mezcla se vertió en agua y la solución acuosa se extrajo con EtOAc. La capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre Na2S04 y se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 4/1 , v/v), para dar 2-(4-metoxifenil)-2H-espirolbenzolbjll .^tiazepin-S.Z'-tl .Sjdioxolanl^íSHÍ-ona (390 mg, 43%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): Rt 2.83 min; m/z calculada para C18H17N04S [M+H]+ 344.09, encontrada 344.1. 22a: 5-(2-(Dimetilamino)etil)-2-(4-metoxifenil)-2H-espirorbenzo-fbl-? .41tiazepin-3.2'-n ,31dioxolanl-4(5H)-ona A una mezcla del intermediario D (200 mg, 0.6 mmoles) y K2C03 (241 mg, 1.7 mmoles) en DMF (5 mL), se añadió clorhidrato de 2-cloro-N,N-dimetiletanamina (101 mg, 0.7 mmoles). La mezcla se agitó a 60°C por 6 horas, y entonces se enfrió hasta temperatura ambiente y se vertió en agua. La mezcla acuosa se extrajo con EtOAc, y la capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre a2S04 y se concentró bajo presión reducida, El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 20: 1 , v/v), para dar 5-(2-(dimetilamino)etil)-2-(4-metoxifenil)-2H-espiro[benzo[b][1 ,4]tiazepin-3,2'-[1 ,3]dioxolan]-4(5H)-ona (120 mg, 50%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): R, 2.91 min; m/z calculada para C22H26 2O4S [M+H]+ 415.16, encontrada 415.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 7.51 (d, J = 8.8 Hz, 2H), 7.44 (d, J = 7.2 Hz, 1H), 7.33 (m, 2H), 7.07 (m, 1H), 6.88 (d, J = 8.8 Hz, 2H), 5.41 (s, 1 H), 3.82-4.13 (m, 6H), 3.70 (s, 3H), 2.30-2.46 (m, 2H), 2.17 (s, 6H).
EJEMPLO 23 Fórmula 104 - compuestos 23a y 23b 23b El compuesto A puede sintetizarse de acuerdo con el procedimiento descrito en el documento WO2003039456. El compuesto B puede sintetizarse de acuerdo con el procedimiento descrito en J. Med. Chem. 2005, 48, 306. 23a: Ácido 3-(3.5-dibromo-4-(4-hidroxi-3-isopropilfenoxi)-fenilamino)propanoico Una solución del compuesto A (200 mg, 0.5 mmoles, 1.0 eq) y ácido acrílico (54 mg, 0.75 mmoles, 1.5 eq) en tolueno (2 mL), se calentó a 100°C en un tubo de acero sellado durante la noche. La mezcla de reacción se enfrió hasta temperatura ambiente y se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna (??2??2/?T??, 20/1 , v/v), para dar ácido 3-(3,5-dibromo-4-(4-hidrox¡-3-isopropilfenoxi)-fenilamino)propanoico (60 mg, 25%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.40 min; m/z calculada para Ci8Hi9Br2N04 [M+H]+ 473.97, encontrada 474.0, 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 8.95 (s, 1 H), 6.88 (s, 2H), 6.65-6.62 (m, 2H), 6.26-6.23 (dd, J = 8.4, 2.8 Hz, 1 H), 6.16-6.13 (m, ÍH), 3.24 (m, 2H), 3.17 (septeto, J = 7.2 Hz, 1 H), 2.49 (t, J = 6.8 Hz, 2H), 1.10 (d, J = 7.2 Hz, 6H). 23b: N-f4-(4-Hidroxi-3-isopropilfenoxi)-3.5-dibromofenil)-3,3-dietoxipropanamida A una solución del compuesto A (202 mg, 1.25 mmoles, 1.0 eq) en DMF (20 mL) se añadieron HBTU (592 mg, 1.56 mmoles, 1.25 eq) y DIPEA (323 mg, 2.50 mmoles, 2.0 eq), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 30 minutos. Entonces, se añadieron el compuesto B (500 mg, 1.25 mmoles, 1.0 eq) y K2CO3 (172 mg, 1.25 mmoles, 1.0 eq), y se continuó la agitación a temperatura ambiente durante la noche. Se añadió agua (30 mL), y la mezcla se extrajo con EtOAc (20 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con agua (50 mL), una solución acuosa saturada de Na2C03 (50 mL), salmuera (50 mL), y entonces se secaron sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 7/1 , v/v), para dar N-(4-(4-hidroxi-3-isopropilfenoxi)-3,5-dibromofenil)-3,3-dietoxipropanamida (72 mg, 15%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.69 min; m/z calculada para C22H27Br2N05 [M+Na]+ 566.0, 568.0, encontrada 566.0, 568.0. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 10.3 (s, 1H), 9.05 (s, 1 H), 7.98 (s, 2H), 6.66 (m, 2H), 6.27 (dd, J= 8.8, 3.2 Hz, 1H), 4.92 (t, J = 5.6 Hz, 1H), 3.66-3.59 (m, 2H), 3.54-3.46 (m, 2H), 3.15 (pent, J = 7.2 Hz, 1 H), 2.65-2.64 (d, J = 5.6 Hz, 2H), 1.13-1.10 (m, 12H).
EJEMPLO 24 Fórmula 3 - compuestos 24a v 24b Intermediario B: 1-(3-(Trifluorometil)-5,6-dihidro-[ ,2,41triazolo-f4.3-alpira2in-7(8H)-il)-4-(2,4.5-trifluorofenil)butano-1.3-diona Puede obtenerse el intermediario B en dos pasos a partir del compuesto A, de acuerdo con el procedimiento descrito en el documento WO2010122578. 24a: (f?)-4-(3-(Trifluorometil)-5,6-dihidro-f1 ,2,41triazolof4.3-alpirazin-7(8H)-il)-1-(2,4.5-trifluorofenil)butan-2-amina A una solución agitada del compuesto A (500 mg, 1.25 mmoles) en THF (50 mL) a temperatura ambiente se añadió una solución 1.0 M de BH3.THF en THF (5.75 mL, 5.75 mmoles), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se extinguió lentamente mediante la adición, gota a gota, de metanol (10 mL) seguido de la adición de una solución acuosa de HCI 0.5 M (5 mL). La mezcla se extrajo con EtOAc (50 mL x 3), y las capas orgánicas combinadas se secaron sobre Na2S04 y se concentraron bajo presión reducida, para dar un sólido. El producto crudo se lavó con CH2CI2 y THF, para dar (R)-4-(3-(trifluorometil)-5,6-dihidro-[1 ,2,4]triazolo[4,3-a]pirazin-7(8H)-il)-1 -(2,4,5-trifluorofenil)butan-2-amina (68 mg, 14%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 2.98 mín; m/z calculada para Ci6H17F6N5 [M+Hf 394.14, encontrada 394.1. 1H RMN: (400 MHz, CD3OD) d (ppm): 7.35 (m, 1 H), 7.24 (m, 1 H), 4.26 (t, J = 5.6 Hz, 2H), 3.94 (AB, J = 15.2 Hz, 1 H), 3.87 (AB, J = 15.6 Hz, 1 H), 3.68 (m, 1 H), 3.12-2.93 (m, 4H), 2.82 (m, 2H), 1.89 (m, 2H). 24b: 3-(Metoxiimino)-1-(3-(trifluorometil)-5.6-dihidro-[1.2.41-triazolof4.3-a1pirazin-7(8H)-il)-4-(2,4,5-trifluorofenil)butan-1-ona A una solución agitada del intermediario B (93 mg, 0.23 mmoles) en etanol (5 mL) y piridina (5 mL) se añadió clorhidrato de O-metilhidroxilamina (30 mg, 0.35 mmoles), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 4 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se disolvió en THF (5 mL) y CH2CI2 (5 mL), entonces se lavó con una solución acuosa de HCI 2 M y se secó sobre NazS04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (C^Cfe/MeOH, 50/1 a 25/1, v/v), para dar 3-(metoxiimino)-1-(3-(trifluorometil)-5,6-dihidro-[1 ,2,4]triazolo[4,3-a]pirazin-7(8H)- il)-4-(2,4,5-trifluorofenil)butan-1-ona (20 mg, 20%) como un sólido blanco. El análisis de CLAR reveló una mezcla ~1 :1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 3.36 min; m/z calculada para C17H15F6N502 [M+H]+ 436.1 1 , [M+Na]+ 458.1 , encontrada [M+H]+ 436.1 , [M+Na]+ 458.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.14-7.07 (m, 1 H), 6.94- 6.90 (m, 1 H), 5.04-4.90 (m, 2H), 4.18 (m, 2H), 4.12-3.94 (m, 2H), 3.91 (br s, 1 H), 3.82 (br s, 1 H), 3.78-3.70 (m, 1 H), 3.65 (m, 2H), 3.49-3.40 (m, 1 H), 3.37- 3.31 (m, 1 H). 25a: 8-Ciclopentil-6-( 1 -hidroxiet¡l)-5-metil-2-(5-(piperazin-1 - il)piridin-2-ilamino)piridor2.3-dlPirimidin-7(8H)-ona A una solución agitada del compuesto A (100 mg, 0.22 mmoles, 1.0 eq) en MeOH (50 mL) y THF (20 mL), se añadió CeCI3 7H20 (164 mg, 0.44 mmoles, 2.0 eq) y entonces NaBH4 (16.3 mg, 0.44 mmoles, 2.0 eq). La mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 48 horas, y entonces se extinguió con una solución acuosa saturada de NH4CI (10 mL). La capa acuosa se extrajo con CH2CI2 (10 mL x 2), y las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera y se secaron sobre MgS04. Los solventes se removieron bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2Cl2/lvleOH, 10/1 , v/v), para dar 8-ciclopentil-6-(1 -hidroxietil)-5-metil-2-(5-(piperazin-1 -il)piridin-2-ilamino)pirido-[2,3-d]pirimidin-7(8H)-ona (31 mg, 30%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.02 min; m/z calculada para C24H31N7O2 [M+H]+ 450.25, encontrada 450.3. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 9.86 (s, 1H), 8.91 (s, 1 H), 8.02 (d, J = 2.8 Hz, 1 H), 7.87 (d, J = 9.2 Hz, 1H), 7.44 (dd, J = 8.8, 2.8 Hz, 1 H), 5.86 (m, 1 H), 5.23 (m, 1H), 5.15 (d, J = 5.6 Hz, 1 H), 3.06 (m, 4H), 2.86 (m, 4H), 2.55 (s, 3H), 2.25 (m, 2H), 1.91 (m, 2H), 1.75 (m, 2H), 1.59 (m, 2H), 1.35 (d, J = 6.4 Hz, 3H).
EJEMPLO 26 Fórmula 142 - compuestos 26a y 26b 26b Intermediario B: (Z)-2-( 1 -(3-(Dimetilamino)propiliden)-6.1 1 -dihidrodibenzofb.e1oxepin-2-il)-N-metoxi-N-metilacetamida A una solución agitada del compuesto A (2.0 g, 5.9 mmoles, 1.0 eq), EDCI (1.7 g, 8.9 mmoles, 1.5 eq), HOBt (1.2 g, 8.9 mmoles, 1.5 eq) y Et3N (1.7 g, 17.7 mmoles, 3.0 eq) en CH2CI2 seco (100 mL), se añadió clorhidrato de ?,?-dimetilhidroxilamina (1.1 g, 1 1.8 mmoles, 2.0 eq). La mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 16 horas, se diluyó con CH2CI2 (100 mL), se lavó con agua (100 mL x 2) y se secó sobre MgS04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 100/1 a 10/1 , v/v), para dar (Z)-2-(11-(3-(dimetilamino)propiliden)-6,11-dihidrodibenzo[b,e]oxepin-2-il)-N-metoxi- N-metilacetamida (800 mg, 37%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Waters): Rt 4.57 min; m/z calculada para C23H28N2O3 [M+H]+ 381.21 , encontrada 381.1. 26a: (Z)-2-(11-(3-(Dimetilamino)propiliden)-6.11-dihidrodibenzo- [b,e1oxepin-2-il)acetaldehído oxima A una solución agitada del intermediario B (800 mg, 2.1 mmoles, 1.0 eq) en CH2CI2 seco (50 mL) se añadió una solución 1.0 M de DIBAI-H en hexanos (4.2 mL, 4.2 mmoles, 2.0 eq) gota a gota a -78°C, y la mezcla se agitó a esta temperatura por 1 hora. La reacción se extinguió con MeOH, se añadieron clorhidrato de hidroxilamina (292 mg, 4.2 mmoles, 2.0 eq) y Et3N (636 mg, 6.3 mmoles, 3.0 eq), y se continuó la agitación a temperatura ambiente por otras 5 horas. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se disolvió en CH2CI2 (100 mL), se lavó con agua (60 mL x 2), salmuera (50 mL x 2), y se secó sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 100/1 a 10/1 , v/v), para dar (Z)-2-(11-(3-(dimetilamino)propiliden)-6,11-dihidrodibenzo[b,e]oxepin-2-il)acetaldehído oxima (95 mg, 13%) como un sólido blanco. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla -1:1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 3.04 min; m/z calculada para C2iH24N202 [M+H]+ 337.18, encontrada 337.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 11.0 (s, 0.5 H), 10.6 (s, 0.5H), 7.40-7.25 (m, 4.5H), 7.04 (m, 2H), 6.78 (m, 1.5H), 5.68 (t, J = 6.8 Hz, 1 H), 5.20 (m, 2H). 3.53 (d, J = 5.2 Hz, 1 H), 3.18 (d, J = 4.4 Hz, 0.5H), 2.48-2.39 (m, 4H), 2.11 (s, 6H). 26b: (ZV2-M 1-(3-(Dimetilamino)propiliden)-6.11-dihidrodibenzo-fb,e oxepin-2-il)acetaldehido O-metil oxima A una solución agitada del intermediario B (800 mg, 2.1 mmóles, 1.0 eq) en CH2CI2 seco (50 mL) se añadió una solución 1.0 M de DIBAI-H en hexanos (4.2 mL, 4.2 mmoles, 2.0 eq) gota a gota a -78°C, y la mezcla se agitó a esta temperatura por 1 hora. La reacción se extinguió con MeOH, se añadieron clorhidrato de metoxilamina (359 mg, 4.2 mmoles, 2.0 eq) y Ets (636 mg, 6.3 mmoles, 3.0 eq), y se continuó la agitación a temperatura ambiente por otras 5 horas. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se disolvió en CH2CI2 (100 mL), se lavó con agua (60 mL x 2), salmuera (50 mL x 2), y se secó sobre Na2S04, El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/MeOH, 100/1 a 10/1 , v/v), para dar (Z)-2-(11 -(3-(dimetilamino)propiliden)-6, 11 -dihidrodibenzo[b,e]oxepin-2-il)acetaldehido O-metil oxima (68 mg, 9%) como un sólido blanco. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla ~1:1 de isómeros.
LC-MS (Agilent): Rt 3.22 min; m/z calculada para C22H26N2O2 [M+Hf 351.2, encontrada 351.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 7.49 (t, J = 6.4 Hz, 0.5 H), 7.38-7.25 (m, 4H), 7.02 (m, 2H), 6.87 (t, J = 5.6 Hz, 0.5 H), 6.80 (dd, J = 8.0, 2.4 Hz, 1 H), 5.67 (t, J = 6.4 Hz, 1H), 5.15 (br s, 2H), 3.83 (s, 1.3H), 3.73 (s, 1.7 H), 3.55 (d, J = 5.6 Hz, 1 H), 3.41 (d, J = 6.4 Hz, 1H), 2.54 (m, 4H), 2.23 (s, 6H).
EJEMPLO 27 Intermediario B: Cloruro de (6R.7S)-7-(2- (cianometiltio)acetamido)-7-metoxi-3-((1-metil-1H-tetrazol-5-iltio)metil)-8-oxo- 5-tia-1-aza-biciclo[4.2.0loct-2-en-2-carbonilo A una suspensión agitada del compuesto A (10.0 g, 21.2 mmoles, 1.0 eq) y DMF (0.5 mL) en CH2CI2 seco (120 mL) a 0°C bajo nitrógeno, se añadió una solución de cloruro de oxalilo (5.2 mL, 42.5 mmoles) en CH2CI2 (20 mL) durante 20 minutos. La mezcla resultante se agitó a 0°C por 1 hora para dar una solución clara, y se continuó la agitación por otras 3 horas. El solvente se removió bajo presión reducida manteniendo la temperatura abajo de 10°C, para dar cloruro de (6R,7S)-7-(2-(cianometiltio)acetamido)-7-metoxi-3-((1-metil-1 H-tetrazol-5-iltio)metil)-8-oxo-5-tia-1-aza-biciclo[4.2.0]oct-2-en-2-carbonilo crudo (12.4 g) como un sólido amarillo, el cual se usó directamente en el siguiente paso sin purificación.
LC-MS (Agilent): Rt 1.25 min; m/z calculada para C22H27Br2N05 [M-Cr+HOCH3r 486.06, encontrada 485.9.
EJEMPLO 27A 2-(C¡anometiltio -N-((6R7S)-2-(hidroximetil)-7-metoxi-3-((1-metil-1H- tetrazol-5-iltio)metil)-8-oxo-5-tia-1 -aza-biciclor4.2.01oct-2-en-7- iQacetamida A una solución del intermediario B (12.4 g, 21.2 mmoles, 1.0 eq) en THF (160 mL) a 0°C bajo nitrógeno, se añadió una solución de LiAI(0-tBu)3H (10.3 g, 42.5 mmoles, 2.0 eq) en THF (50 mL) durante 30 minutos. La mezcla resultante se agitó a 0°C por 4 horas, y entonces se vertió en una solución acuosa fría de HCI 0.1 M (300 mL). El pH de la solución se ajustó a 2 con una solución acuosa saturada de NaHC03, y la mezcla se extrajo con EtOAc (50 mL x 3). Las capas orgánicas combinadas se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S0 , y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2CI2/ eOH, 50/1 , v/v), para dar 2-(cianometiltio)-N-((6R,7S)-2- (hidroximet¡l)-7-metox¡-3-((1 -metil-1 H-tetrazol-5-iltio)metil)-8-oxo-5-tia-1 -aza-biciclo[4.2.0]oct-2-en-7-il)acetamida (2.10 g, 22%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 0.91 min; m/z calculada para Ci5H19N704S3 [M+Na]+ 480.07, encontrada 479.9. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 9.52 (s, 1 H), 5.15 (t, J = 5.6 Hz, 1 H), 5.09 (s, 1 H), 4.30 (m, 2H), 4.25 (d, J = 13.6 Hz, 1H), 4.04 (d, J = 13.6 Hz, 1 H), 3.93 (s, 3H), 3.76 (m, 2H), 3.63 (d, J = 17.6 Hz, 1 H), 3.48 (br s, 2H), 3.42 (s, 3H), 3.31 (d, J = 17.6 Hz, H).
EJEMPLO 28 Fórmula 125 - compuesto 28a Intermediario B: Ácido (S)-5-(benciloxi)-2-(ter-butoxicarbonil)-5-oxopentanoico A una solución del compuesto A (5.0 g, 21.1 mmoles) en dioxano y agua (1 :1 , 40 mL) a 0°C se añadió Boc20 (5.06 g, 23.1 mmoles), y la mezcla se agitó durante la noche. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se diluyó con agua (30 mL), se basificó con Na2C03 (0.7 g) y se lavó con EtOAc (3 x 20 mL). La capa acuosa se ajustó a pH 2-3 con una solución acuosa de HCI 5M y se extrajo con EtOAc (4 x 50 mL). Los extractos orgánicos combinados se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar ácido (S)-5-(benciloxi)-2-(ter-butoxicarbonil)-5-oxopentanoico (7.1 g, 100%) como un aceite incoloro viscoso.
LC-MS (Agilent): Rt 3.40 min; m/z calculada para Ci7H23N06 [M+Na]+ 360.15, encontrada 360.1.
Intermediario C: 4-(Ter-butoxicarbonil)-5-hidroxipentanoato de (S)-bencilo A una solución del intermediario B (6.5 g, 20 mmoles) en THF (20 mL) bajo nitrógeno a -10°C se añadieron N-metilmorfolina (2.0 g, 20 mmoles) y cloroformiato de etilo (2.3 g, 20 mmoles), y la mezcla se agitó a -10°C por 25 minutos. Entonces, se añadió a la mezcla borohidruro de sodio (2.2 g, 60 mmoles), seguido de una adición lenta de MeOH (60 mL) durante un período de 1 hora a 0°C. La mezcla se agitó a 0°C por otros 10 minutos, y entonces se extinguió con una solución acuosa de HCI 1 M (20 mL). Los solventes orgánicos se removieron bajo presión reducida, y la mezcla acuosa se extrajo con EtOAc. Los extractos orgánicos combinados se lavaron con una solución acuosa de HCI 1 M, agua y una solución acuosa de NaHCC a 5%, se secaron sobre Na2S04, y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna (éter de petróleo/EtOAc, 5/1 , 2/1 , 1/1, v/v), para dar 4-(ter-butoxicarbonil)-5-hidroxipentanoato de (S)-bencilo (3.7 g, 60%) como un aceite amarillo.
LC-MS (Waters): Rt 5.54 min; m/z calculada para C17H25 O5 [M+Na]+ 346.17, encontrada 346.0.
Intermediario D: 5-Acetoxi-4-(ter-butoxicarbonil)pentanoato de (S)-bencilo A una solución agitada del intermediario C (3.6 g, 11 mmoles) y DMAP (2.0 g, 14 mmoles) en CH2CI2 (15 mL) a temperatura ambiente se anadió anhídrido acético (1.7 g, 16 mmoles), y la mezcla se agitó por 1 hora. La mezcla se diluyó con CH2CI2 (20 mL), se lavó con una solución acuosa de HCI 2 M y una solución acuosa de NaHC03 a 5%, y entonces se secó sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida, para dar 5-acetoxi-4-(ter-butoxicarbonil)pentanoato de (S)-bencilo (4.0 g, 98%) como un aceite amarillo, el cual se usó sin más purificación.
LC-MS (Waters): Rt 5.72 min; m/z calculada para C19H27 O6 [M+Na]+ 388.17, encontrada 388.0. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.38 (m, 5H), 5.15 (s, 2H), 4.61 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 4.09 (m, 2H), 3.92 (m, 1 H), 2.49 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 2.09 (s, 3H), 1.94 (m, 1 H), 1.73 (m, 1 H), 1.45 (s, 9H).
Intermediario E: 5-Acetoxi-4-aminopentanoato de (S)-bencilo A una solución agitada del intermediario D (950 mg, 2.60 mmoles) en CH2CI2 (14 mL) a 0°C se añadió TFA (14 mL), y la mezcla resultante se agitó a 0°C por 15 minutos y entonces a temperatura ambiente por otras 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se co-evaporó con tolueno para remover el TFA residual, para dar 5-acetoxi-4-aminopentanoato de (S)-bencilo, el cual se usó directamente en el siguiente paso.
Intermediario G: Ácido 4-(2-(2-amino-4-oxo-4.7-dihidro-3H-pirrolof2.3-dlpirimidin-5-il)etil)benzoico Se suspendió el compuesto F (1.40 g, 2.97 mmoles) en una solución de HCI acuoso 4 M (18 mL), y la mezcla se calentó a 100°C por 5 días y entonces se dejó enfriando hasta temperatura ambiente. El precipitado se filtró y se lavó con agua caliente (30 mL) y EtOH (30 mL), se secó en vacío, y entonces se suspendió con EtOH/H20 caliente (10:1, 30 mL x 2). El sólido se recogió mediante filtración y se secó en vacío, para dar ácido 4-(2-(2-amino-4-oxo-4,7-dih¡dro-3H-pirrolo[2,3-d]pirimidin-5-il)etil)benzoico (0.326 g, 37%) como un sólido verde.
LC-MS (Waters): Rt 5.10 min; m/z calculada para C15Hi4N403 [M+H]+ 299.11 , encontrada 299.1. 1H-RMN: (400 MHz, D SO-d6) d (ppm): 11.6 (br s, 1 H), 11.5 (s, 1 H), 7.84 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 7.30 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 6.49 (s, 1H), 2.85-2.97 (m, 4H).
Intermediario H: 5-Acetoxi-4-(4-(2-(2-amino-4-oxo-4,7-dihidro-3H-pirrolo[2,3-dlpirimidin-5-il)etil)benzamido)pentanoato de (S)-bencilo A una suspensión del intermediario G (0.50 g, 1.68 mmoles) en DMF seca (10 mL) se añadieron 2-cloro-4,6-dimetoxi-1 ,3,5-triazina (0.35 g, 2.01 mmoles) y N-metilmorfolina (0.37 mL, 3.4 mmoles), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 3 horas. Se añadió una solución del intermediario E (2.5 mmoles supuestos) y N-metilmorfolina (0.37 mL, 3.4 mmoles) en DMF (5 mL), y se continuó la agitación a temperatura ambiente durante la noche. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna de gel de sílice (CH2Cl2/ eOH, 15/1 a 5/1), para dar 5-acetoxi-4-(4-(2-(2-amino-4-oxo-4,7-dihidro-3H-pirrolo[2,3-d]pirimidin-5-il)etil)benzamido)pentanoato de (S)-bencilo (0.70 g, 77%).
LC-MS (Waters): Rt 6.14 min; m/z calculada para C29H3 N506 [M+H]+ 546.23, encontrada 546.0.
EJEMPLO 28A Ácido (S)-5-acetoxi-4-(4-(2-(2-amino-4-oxo-4,7-dihidro-3H-pirrolor2,3- d1pirimidin-5-il)etil)benzamtdo)pentanoico Una mezcla del intermediario H (100 mg, 0.183 mmoles) y Pd a 10%/C (10 mg) en DMF y THF (1:1 , 6 mL), se agitó bajo una atmósfera de hidrógeno (1 atm) durante la noche. La mezcla se filtró a través de Celite, y el filtrado se concentró bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante CLAR preparativa, para dar ácido (S)-5-acetoxi-4-(4-(2-(2-amino-4-oxo-4,7-dihidro-3H-pirrolo[2,3-d]pirimidin-5-il)etil)benzamido)pentanoico como un sólido verde claro (4.9 mg, 6%).
LC-MS (Waters): Rt 4.13 min; m/z calculada para C22H25N5O6 [M+H]+ 456.18, encontrada 456.0. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 10.9 (s, 1 H), 10.6 (br s, 1 H), 8.17 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 7.74 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 7.29 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 6.57 (br s, 2H), 6.40 (s, 1H), 4.24-3.90 (m, 3H), 2.97 (m, 2H), 2.86 (m, 2H), 2.28 (m, 2H), 2.0 (s, 3H), 1.91-1.65 (m, 2H).
EJEMPLO 29 Fórmula 101 - compuestos 29a y 29b A 29a 29b 29a: (3S.10R.13S. 7RV17-((R)-1 -hidroxietil)-6, 10.13-trimetil-2,3.8.9.10.11.12.13.14.15.16.17-dodecahidro-1 H-cicloDentaralfenantreno-3.17-diol 29b: (3S.10R.13S.17R)-17-((S)-1 -hidroxietih-6.10.13-trimetil- 2.3.8.9.10.11.12.13.14.15.16.17-dodecahidro-1 H-ciclopentaralfenantreno-3.17-diol A una solución del compuesto A (200 mg, 0.58 mmoles, 1.0 eq) y heptahidrato de cloruro de cerio (LU) (653 mg, 1.75 mmoles, 3.0 eq) en metanol (20 ml_) a 0°C, se añadió borohidruro de sodio (66 mg, 1.75 mmoles, 3.0 eq). La mezcla se agitó por 5 minutos, y entonces se diluyó con agua (50 mL) y se extrajo con CH2CI2 (2 x 50 mL). Las capas orgánicas combinadas se secaron sobre Na2SÜ4 y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante CLAR preparativa, para dar dos productos isoméricos. Un isómero (40 mg, 20%) se obtuvo como un sólido blanco, y se asignó como (3S, 10R, 13S, 17R)-17-((R)-1 -hidroxietil)-6, 10, 13-trimetil-2,3,8,9,10,11 ,12,13,14,15,16,17-dodecahidro-1 H-ciclopenta[a]fenantreno-3,17-diol.
LC-MS (Agilent): Rt 3.69 min; m/z calculada para C22H3 O3 [M+Na]+ 369.25, encontrada 369.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 5.47 (s, 1 H), 5.43 (s, 1 H), 4.72 (d, J = 5.6 Hz, 1 H), 4.12 (d, J = 6.4 Hz, 1 H), 4.07 (m, 1H), 3.61 (m, 1 H), 3.54 (s, 1 H), 1.96 (m, 2H), 1.90-1.65 (m, 6H), 1.65-1.35 (m, 6H), 1.20 (m, 3H), 1.02 (d, J = 6.4 Hz, 3H), 0.89 (s, 3H), 0.85 (m, 1H), 0.69 (s, 3H).
El otro isómero (40 mg, 20%) se obtuvo como un sólido blanco, y se asignó como (3S,10R,13S,17R)- 7-((S)-1-hidroxietil)-6,10,13-trimetil-2,3,8,9.10,11 ,12,13,14,15,16,17-dodecahidro-1 H-ciclopenta[a]fenantreno-3,17-diol.
LC-MS (Agilent): Rt 3.66 min; m/z calculada para C22H3 O3 [M+Na]+ 369.25, encontrada 369.2. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 5.46 (s, 1H), 5.43 (s, 1 H), 4.72 (d, J = 5.6 Hz, 1H), 4.07 (m, 1H), 4.01 (d, J = 6.8 Hz, 1 H), 3.75 (quinteto, J = 6.8 Hz, 1H), 3.43 (s, 1 H), 2.01 (m, 1H), 1.85 (m, 1H), 1.75-1.65 (m, 6H), 1.60-1.40 (m, 5H), 1.40-1.10 (m, 4H), 1.01 (d, J = 6.0 Hz, 3H), 0.90 (s, 3H), 0.86 (m, 1H), 0.78 (s, 3H).
EJEMPLO 30 Fórmula 93 - compuesto 30a Intermediario B: N1-(3,4-Dimetoxifenetil)-4-(3.4-dimetoxifeniO-4-isopropil-N1-metilpentano-1.5-diamina A una solución del compuesto A (300 mg, 0.66 mmoles) en THF (30 mL) a temperatura ambiente se añadió L1AIH4 (606 mg, 16 mmoles), y la mezcla resultante se calentó a reflujo por 10 horas. La mezcla se enfrió hasta 0°C, se diluyó con Et20 (150 mL), y el exceso de LiAIH4 se extinguió con una solución acuosa de KOH 2 M (6 mL). La mezcla se agitó por 30 minutos y se extrajo con EtOAc (3 x 20 mL). Los extractos orgánicos combinados se secaron sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar N1-(3,4-d¡metoxifenetil)-4-(3,4-dimetoxifenil)-4-isoprop¡l-N1-metilpentano-1 ,5-diamina (284 mg, 100%), el cual se usó sin más purificación.
LC-MS (Agilent): Rt 3.24 min; m/z calculada para C27H 2N204 [M+H]+ 459.31 , encontrada 459.3. 30a: N-(5-((3,4-Dimetoxifenetil)(metil)amino)-2-(3,4-d¡metoxi-fenil)-2-isopropilpentil)acetamida A una solución del intermediario B (284 mg, 0.62 mmoles) y EtaN (68.7 mg, 0.68 mmoles) en CH2CIZ anhidro (20 mL) a 0°C, se añadió cloruro de acetilo (53.5 mg, 0.68 mmoles). La mezcla se agitó a temperatura ambiente por 1 hora, se lavó con agua, y la capa orgánica se secó sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 1/1 , v/v), para dar N-(5-((3,4-dimetoxifenetil)(metil)amino)-2-(3,4-dimetoxifenil)-2-isopropilpentil)acetamida (21 mg, 7%) como un aceite incoloro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.24 min; m/z calculada para C29H 4N205 [M+H]+ 501.33, encontrada 501.3.
H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 6.84-6.73 (m, 6H), 6.07 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.87 (s, 3H), 3.86 (s, 3H), 3.85 (s, 3H), 3.60 (dd, J = 13.6, 4.4 Hz, 1H), 2.75 (m, 2H), 2.63 (m, 2H), 2.43 (m, 2H), 2.31 (s, 3H), 1.91 (s, 3H), 1.83 (m, 2H), 1.45-1.28 (m, 4H), 0.80 (d, J = 6.8 Hz, 3H), 0.76 (d, J = 6.8 Hz, 3H).
EJEMPLO 31 Fórmula 127 - compuestos 31a y 31b El compuesto A puede sintetizarse de acuerdo con el procedimiento descrito en el documento WO2009074478.
Intermediario B: (S)-2-(4-(3-Fluorobenciloxi)bencilamino)propan- 1-ol A una solución del compuesto A (3.36 g, 15 mmoles) en metanol (30 mL) se añadió (S)-2-aminopropan-1-ol (1.29 mL, 16.5 mmoles), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente durante la noche. A la mezcla se añadió NaCNBH3 (3.78 g, 60 mmoles), y se continuó la agitación a temperatura ambiente por 3 horas. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se disolvió con EtOAc (300 ml_) y se lavó con agua (3 x 200 ml_) y entonces se secó sobre Na2SO_¡. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (CH2Cl2/MeOH, 25/1 , v/v), para dar (S)-2-(4-(3-fluorobenciloxi)bencilamino)propan-1-ol (3.13 g, 72%) como un aceite.
LC-MS (Agilent): R, 3.04 min; m/z calculada para C17H2oFN02 [M+H]+ 290.15, encontrada 290.1.
Intermediario C: 4-(3-Fluorobenciloxi)bencil(1-hidroxipropan-2- ¡Ocarbamato de (SHer-butilo A una solución del intermediario B (3.13 g, 10.8 mmoles) en THF anhidro (30 ml_) se añadieron Boc20 (3.46 ml_, 16.2 mmoles) y Et3N (2.34 mL, 16.2 mmoles), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 4 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 6/1 , v/v), para dar 4-(3-fluorobenciloxi)bencil(1-hidroxipropan-2-il)carbamato de (S)-ter-butilo (3.7 g, 80%) como un aceite.
LC-MS (Agilent): Rt 3.74 min; m/z calculada para C22H28FNO4 [M+Na]+ 412.2, encontrada 412.2.
Intermediario D: 4-(3-Fluorobenciloxi)bencil(1-oxopropan-2-¡Dcarbamato de (S)-ter-butilo A una solución del intermediario C (3.2 g, 8.22 mmoles) en CH2CI2 (50 ml_) a temperatura ambiente se añadió peryodinano de Dess-Martin (13.9 g, 32.9 mmoles), y la mezcla resultante se agitó por 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 10/1 , v/v), para dar 4-(3-fluorobenciloxi)bencil(1-oxopropan-2-il)carbamato de (S)-ter-butilo (1.2 g, 38%) como un sólido amarillo.
Intermediario E: 4-(3-Fluorobenciloxi)bencil(1-(hidroxiimino)-propan-2-il)carbamato de (SHer-butilo A una solución del intermediario D (550 mg, 1.42 mmoles) en metanol (28 mi_) a temperatura ambiente se añadió clorhidrato de hidroxilamina (197 mg, 2.84 mmoles) y Et3N (0.41 mL, 2.94 mmoles), y la mezcla resultante se agitó por 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 10/1 , v/v), para dar 4-(3-fluorobenciloxi)bencil(1-(hidroxiimino)propan-2-il)carbamato de (S)-ter-butilo (421 mg, 74%) como un aceite.
LC-MS (Agilent): Rt 3.85 min; m/z calculada para C22H27FN2O4 [M+Na]+ 425.2, encontrada 425.2. 31a: (S)-2-(4-(3-Fluorobenciloxi)bencilamino)propanal oxima Se disolvió el intermediario E (380 mg, 0.94 mmoles) en una solución 1 M de TFA en CH2CI2 (8.5 mL, 8.5 mmoles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante TLC de gel de sílice preparativa (éter de petróleo/EtOAc, 3/2, v/v), para dar (S)-2-(4-(3-fluorobenciloxi)bencilamino)propanal oxima (27 mg, 10%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): R, 3.24 min; m/z calculada para C17Hi9FN202 [M+H]+ 303.14, encontrada 303.1. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.33 (m, 2H), 7.24 (m, 2H), 7.18-7.12 (m, 2H), 7.03 (m, 1H), 6.91 (m, 2H), 5.05 (s, 2H), 3.82 (dd, J = 12.8, 4.8 Hz, 1H), 3.75 (m, 1 H), 3.53 (quinteto, J = 6.4 Hz, 1 H), 1.27 (d, J = 6.8 Hz, 3H).
Intermediario F: 4-(3-Fluorobenciloxi)bencil(1-(metoxiimino)-propan-2-il)carbamato de (S)-ter-butilo A una solución del intermediario D (550 mg, 1.42 mmoles) en metanol (28 mL) a temperatura ambiente se añadió clorhidrato de metilhidroxilamina (197 mg, 2.36 mmoles) y Et3N (0.41 mL, 2.94 mmoles), y la mezcla resultante se agitó por 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía de vaporización instantánea (éter de petróleo/EtOAc, 10/1 , v/v), para dar 4-(3- fluorobenciloxi)bencil(1-(metoxiimino)propan-2-il)carbamato de (S)-ter-butilo (421 mg, 74%) como un aceite.
LC-MS (Agilent): Rt 3.97 min; m/z calculada para C23H29FN2O4 [M+Na]+ 439.21 , encontrada 439.2. 31b: (S)-2-(4-(3-Fluorobenciloxi)bencilamino)propanal O-metil oxima Se disolvió el intermediario F (450 mg, 1.08 mmoles) en una solución 1 M de TFA en CH2CI2 (9.72 mL, 9.72 mmoles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente por 2 horas. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante TLC de gel de sílice preparativa (éter de petróleo/EtOAc, 4/1 , v/v), para dar (S)-2-(4-(3-fluorobenciloxi)-bencilamino)propanal O-metil oxima (8 mg, 2%) como un sólido amarillo claro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.21 min; m/z calculada para C18H2iFN2O2 [M+Naf 317.16, encontrada 317.2. 1H RMN: (400 MHz, CDCI3) d (ppm): 7.40-7.28 (m, 4H), 7.21-7.10 (m, 2H), 7.03 (m, 1 H), 6.93 (m, 2H), 5.06 (s, 2H), 3.88 (s, 3H), 3.83-3.71 (m, 2H), 3.51 (quinteto, J = 6.4 Hz, 1 H), 1.31 (d, J = 6.8 Hz, 3H).
EJEMPLO 32 Fórmula 122 - compuesto 32a 32a 32a: (R)-2-(4-(2-(2-Aminotiazol- -il)etilamino)fenetilamino)-1-feniletanol A una solución del compuesto A (300 mg, 0.76 mmoles) en THF seco (15 mL), se añadió una solución 1 M de BH3 THF en THF (2.27 mL, 2.27 mmoles) gota a gota a 0°C. La mezcla se agitó a 50°C por 2 horas, y entonces se dejó enfriando hasta temperatura ambiente y se continuó la agitación durante la noche. La reacción se extinguió con una solución acuosa de HCI 1 M (5 mL) y se diluyó con agua (20 mL). La mayor parte del THF se removió bajo presión reducida, y la mezcla acuosa se ajustó a pH 10 con una solución acuosa de NaOH. 1 M y se extrajo con CH2CI2. Los extractos orgánicos combinados se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04, y el solvente se removió bajo presión reducida. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna (CH2CI2/MeOH/NH4OH conc, 10/1/0.05, v/v) seguida de CLAR preparativa, para dar el producto como una sal de TFA (62 mg). Una alícuota de la sal (25 mg) se liberó de la base mediante disolución en una solución acuosa saturada de Na2C03 (5 mL) y extracción con CH2CI2. La capa orgánica se secó sobre Na2S04 y se concentró bajo presión reducida, para dar (R)-2-(4-(2-(2-aminotiazol-4-il)etilamino)fenetilamino)-1-feniletanol (10 mg, 9%) como una espuma blanca.
LC-MS (Agilent): R, 3.07 min; m/z calculada para C2iH26N4OS [M+H]+ 383.18, encontrada 383.2.
H RMN: (400MHz, CDCI3/CD3OD, -20:1 ) d (ppm): 7.29 (m, 4H), 7.22 (m, 1 H), 6.95 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.53 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 6.10 (s, 1 H), 4.66 (dd, J = 9.2, 4.0 Hz, 1H), 3.32 (t, J = 6.8 Hz, 2H), 2.80-2.61 (m. 8H).
EJEMPLO 33 Fórmula 131 - compuesto 33a 33a 33a: 3-(Dimetilcarbamoil)-4-oxo-4-(4-(trifluorometil)fenilamino)-but-2-en-2-olato de sodio A una suspensión agitada de metal sodio (0.25 g, 11 mmoles, 1.1 eq) en THF seco (50 mL) se añadió N,N-dimetil-3-oxobutanamida (1.3 g, 10 mmoles, 1.0 eq), y la mezcla se agitó durante la noche. A la suspensión blanca resultante se le añadió isocianato de 4-(trifluorometil)fenilo (1.8 g, 10 mmoles, 1.0 eq) gota a gota a temperatura ambiente. La mezcla se calentó entonces a reflujo por 4 horas, se enfrió hasta temperatura ambiente y se diluyó con MTBE (80 mL). El sólido en la mezcla se recogió mediante filtración, se lavó con EtOAc (20 mL) y CH2CI2 (20 mL) y se secó bajo vacío, para dar 3-(dimetilcarbamoil)-4-oxo-4-(4-(trifluorometil)fenilamino)but-2-en-2-olato de sodio (40 mg, 1 %) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.40 min; m/z calculada para C14H14F3N2Na03 [M+Hf 339.09, encontrada 339.1.
H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 13.5 (s, 1H), 7.65 (d, J = 8.8 Hz, 2H), 7.45 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 2.90 (s, 3H), 2.85 (s, 3H), 1.69 (s, 3H).
EJEMPLO 34 (SEMAGACESTAT) Fórmula 130 - compuestos 34a, 34b y 34c El compuesto A puede sintetizarse de acuerdo con el procedimiento descrito en el documento US7468365. Puede obtenerse como una mezcla -1.5:1 de diastereoisómeros, determinada mediante la integración del espectro de RMN.
Intermediario B: (S)-2-Amino-N-(3-metil-2-oxo-2.3,4,5-tetrahidro-1 H-benzo[d1azepin-1 -iflpropanamida A una solución 1 M de TFA en CH2CI2 (30 mL, 30 mmoles) a temperatura ambiente se añadió el compuesto A (600 mg, 1.66 mmoles), y la mezcla resultante se agitó durante la noche. Se añadió lentamente una solución acuosa saturada de Na2C03 para ajustar el pH a 8~9. La capa orgánica se separó y la capa acuosa se extrajo con CH2CI2 (2 x 30 mL). Los extractos orgánicos combinados se lavaron con salmuera, se secaron sobre Na2S04 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar (S)-2-amino-N-(3-rnetil-2-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1 H-benzo[d]azepin-1 -il)propanamida (278 mg, 64%) como un sólido amarillo.
LC-MS (Agilent): Rt 3.90 min; m/z calculada para C 4H19N302 [M+H]+ 262.15, encontrada 262.1. 34a: (S)-3-Metil-N-( 1 -(3-metil-2-oxo-2.3.4.5-tetrahidro- 1 H-benzofdlazepin-1-ilamino)-1-oxopropan-2-il)-2-oxobutanamida A una solución de ácido 3-metil-2-oxobutanoico (100 mg, 0.87 mmoles, 1.0 eq) en DMF seca (25 mL) a temperatura ambiente se añadieron HATU (413 mg, 0.87 mmoles, 1.0 eq) y DIPEA (561 mg, 1.09 mmoles, 1.25 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 30 minutos. Entonces, se añadió el intermediario B (227 mg, 0.87 mmoles, 1.0 eq), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla se diluyó con agua (30 mL) y se extrajo con EtOAc (3 x 20 mL). Los extractos orgánicos combinados se lavaron con agua (50 mL), una solución acuosa saturada de Na2C03 (50 mL) y salmuera (50 mL), y entonces se secaron sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (CH2CI2/MeOH, 50/1 a 15/1 , v/v), para dar (S)-3-metil-N-(1-(3-metil-2-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1 H-benzo[d]azepin-1-ilamino)-1-oxopropan-2-il)-2-oxobutanamida (150 mg, 48%) como un sólido blanco. La espectroscopia de 1H-RMN reveló que la relación diastereomérica es de -2:1.
LC-MS (Agilent): Rt 3.40 min; m/z calculada para C19H25N304 [M+H]+ 360.18, encontrada 360.2. 1H-RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 8.88 (d, J = 8.0 Hz, 0.66H), 8.82 (d, J = 8.0 Hz, 0.33H), 8.44 (d, J = 7.6 Hz, 0.33H), 8.36 (d, J = 7.6 Hz, 0.66H), 7.26-7.13 (m, 4H), 6.26-6.21 (m, 1 H), 4.60 (m, 1 H), 4.25 (m, 1 H), 3.39 (m, 1 H), 3.22-3.15 (m, 2H), 2.93 (m, 1H), 2.92 (m, 3H), 1.40 (m, 3H), 1.06 (d, J = 6.8 Hz, 6H). 34b: 2-(Hidroxiimino)-3-metil-N-((S)-1-((R)-3-metil-2-oxo-2.3,4.5-tetrahidro-1 H-benzofdlazepin-1 -ilaminoM -oxopropan-2-il)butanamida 34c: 2-(Hidroxiimino)-3-metil-N-((S)-1-((S)-3-metil-2-oxo-2.3.4.5-tetrahidro-1 H-benzofdlazepin-1 -ilaminoH -oxopropan-2-il)butanamida A una solución del ejemplo 33a (100 mg, 0.28 mmoles, 1.0 eq) en metanol (20 mL) y piridina (2 mL) se añadió clorhidrato de hidroxilamina (23 mg, 0.33 mmoles, 1.2 eq), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 4 horas. El solvente se removió bajo presión reducida, y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (CH2Cl2/MeOH, 50/1 a 30/1 , v/v) para separar los diastereoisómeros. El diastereoisómero menor (25 mg, 24%) se obtuvo como un aceite incoloro, y se asignó como 2-(hidroxiimino)-3-metil-N-((S)-1 -((R)-3-metil-2-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1 H-benzo[d]azepin-1-ilamino)-1-oxopropan-2-il)butanamida. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla ~1 :1 de isómeros de oxima.
LC-MS (Agilent): Rt 3.43 min; m/z calculada para C19H26 4O4 [M+Hf 375.2, encontrada 375.2. 1H-RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 11.6 (s, 0.5H), 11.5 (s, 0.5H), 8.30 (m, 1 H), 8.22 (m, 1 H), 7.25-7.13 (m, 4H), 6.21 (m, 1H), 4.55 (m, 1H), 4.24 (m, 1H), 3.42-3.38 (m, 1H), 3.32-3.28 (m, 1H), 3.22-3.16 (m, 2H), 2.91 (s, 1.5H), 2.90 (s, 1.5H), 1.37 (m, 3H), 1.15 (m, 6H).
El diastereoisómero mayor (45 mg, 43%) se obtuvo como un aceite incoloro, y se asignó como 2-(hidroxiimino)-3-metil-N-((S)-1-((S)-3-metil-2-oxo-2,3,4,5-tetrahidro-1H-benzo[d]azepin-1-ilamino)-1-oxopropan-2-il)butanamida. La espectroscopia de 1H-RMN reveló una mezcla ~1:1 de isómeros de oxima.
LC-MS (Agilent): Rt 3.41 min; m/z calculada para C^h^^C [M+H]+ 375.2, encontrada 375.2. 1H-RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 1 .1 (s, 0.5H), 1 1.06 (s, 0.5H), 8.80 (d, J = 6.8 Hz, 0.5H), 8.68 (d, J = 7.6 Hz, 0.5H), 8.27 (d, J = 7.2 Hz, 0.5H), 8.23 (d, J = 7.6 Hz, 0.5H), 7.31-7.1 1 (m, 4H), 6.23 (m, 1 H), 4.62 (m, 0.5H), 4.50 (m, 0.5H), 4.24 (m, 1 H), 3.41-3.36 (m, 1 H), 3.18 (m, 2H), 2.92 (s, 3H), 2.68 (m, 1 H), 1.33 (m, 3H), 1.15 (m, 6H).
EJEMPLO 35 Fórmula 95 - compuesto comparativo 35a Intermediario Bj (3S.5S.6S .8S)-3-(4-Metoxi-3-(3-metoxipropoxi)bencil)-8-((3-amino-2.2-dimetil-3-oxopropil)carbamoil)-6-hidroxi-2.9-dimetildecan-5-ilcarbamato de bencilo A una solución del compuesto A (0.99 g, 1.8 mmoles) en CH2CI2 (15 mL) se añadieron Et3N (364 mg, 3.6 mmoles) y Cbz-OSu (673 mg, 2.7 mmoles), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 1 hora. La mezcla se diluyó con EtOAc, se lavó con agua y salmuera, se secó sobre MgSC y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar (3S,5S,6S,8S)-3-(4-metoxi-3-(3-metoxipropoxi)bencil)-8-((3-amino-2,2-dimetil-3-oxopropil)carbamoil)-6-hidroxi-2,9-dimetildecan-5-ilcarbamato de bencilo (1.1 g, 100%) como un aceite incoloro.
Intermediario C: Acetato de (3S.5S.6S.8S)-8-(4-metoxi-3-(3-metoxipropoxi)bencil)-3-((3-amino-2.2-dimetil-3-oxopropil)carbamoil)-6-(benciloxicarbonil)-2.9-dimetildecan-5-ilo A una solución del intermediario B (1.05 g, 1.8 mmoles) en CH2CI2 (15 mL) se añadieron Et3N (364 mg, 3.6 mmoles) y anhídrido acético (364 mg, 2.7 mmoles), y la mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 1 hora. La mezcla se diluyó con EtOAc, se lavó con agua y salmuera, se secó sobre MgSO4 y el solvente se removió bajo presión reducida, para dar acetato de (3S,5S,6S,8S)-8-(4-metoxi-3-(3-metoxipropoxi)bencil)-3-((3-amino-2,2-dimetil-3-oxopropil)carbamoil)-6-(benciloxicarbonil)-2,9-dimetildecan-5-ilo (1.3 g, 99%) como un aceite incoloro.
Intermediario D: Acetato de (3S.5S.6S.8S)-8-(4-metoxi-3-(3-metoxipropoxi)benc¡l)-6-(benciloxicarbonil)-3-((2-ciano-2-metilprop¡n-carbamoil)-2,9-dimetildecan-5-ilo A una solución del intermediario C (1.3 g, 1.8 mmoles) y EtaN (546 mg, 5.4 mmoles) en MeCN (10 ml_), se añadió POCI3 (364 mg, 2.7 mmoles) a 0°C. La mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente por 30 minutos y se vertió sobre hielo. La mezcla se extrajo con EtOAc, y los extractos orgánicos combinados se lavaron con agua, salmuera y se secaron sobre MgS0 . El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante cromatografía en columna (hexanos/EtOAc, 3/1 , v/v), para dar acetato de (3S,5S,6S,8S)-8-(4-metoxi-3-(3-metoxipropox¡)bencil)-6-(benciloxicarbonil)-3-((2-ciano-2-metilpropil)carbamoil)-2,9-dimetildecan-5-ilo (0.62 g, 49%) como un aceite incoloro.
LC-MS (Waters): Rt 6.52 min; m/z calculada para C 0H59N3O8 [M+H]+ 710.43, encontrada 710.5.
EJEMPLO 35A (S)-2-((f4S,5S)-4-((S)-2-(4-metoxl-3-(3-metoxipropoxi)bencih-3-metilbutil)- 2 xooxazolidin-5-il)metin-N-(2-ciano-2-metilpropil)-3-metilbutanamida A una solución del intermediario D (25 mg, 0.035 mmoles) en etanol (10 mL) se añadió una solución acuosa 1 M de NaOH (5 mL), y la mezcla resultante se calentó a reflujo por 3 horas. La mezcla se extrajo con EtOAc, y los extractos orgánicos combinados se lavaron con agua, salmuera y se secaron sobre MgS04. El solvente se removió bajo presión reducida y el residuo se purificó mediante TLC preparativa (hexanos/EtOAc, 3/1 , v/v), para dar (S)-2-(((4S,5S)-4-((S)-2-(4-metoxi-3-(3-metoxipropoxi)bencil)-3-metilbutil)-2-oxooxazolidin-5-il)metil)-N-(2-ciano-2-metilpropil)-3-metilbutanamida (12 mg, 61%) como un aceite incoloro.
LC-MS (Agilent): Rt 3.55 min; m/z calculada para C31H49N3O6 [M+H]+ 560.36, encontrada 560.4. 1H RMN: (400 MHz, DMSO-d6) d (ppm): 6.80 (d, J = 1.6 Hz, 1 H), 6.77 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 6.68 (dd, J = 8.0, 1.6 Hz, 1H), 6.56 (t ap, J = 6.4 Hz, 1 H), 6.36 (br s, 1 H), 4.18 (t, J = 6.4 Hz, 2H), 3.94 (ddd, J = 11.6, 6.0, 2.0 Hz, 1 H), 3.86 (s, 3H), 3.65 (t, J = 6.4 Hz, 2H), 3.54 (dd, J = 14.0, 7.2 Hz, 1 H), 3.41 (s, 3H), 3.36 (dd, J = 13.6, 6.0 Hz, 1H), 3.22 (m, 1H), 2.49 (m, 2H), 2.26 (m, 1 H), 2.13 (m, 2H), 1.95-1.73 (m, 4H), 1.71-1.48 (m, 3H), 1.35 (s, 3H), 1.34 (s, 3H), 0.97-0.93 (m, 6H), 0.85-0.82 (m, 6H).
EJEMPLO 36 Fórmula 117 - compuestos 36a y 36b intermediario B: 2-((2S.6aS,6bR,7S,8aS.8bS.1 aR.12aS.12bS)- 2.6b-Difluoro-7-hidroxi-6a,8a.10.10-tetrametil-4-oxo- 2,4.6a.6b.7.8.8a.8b.11a.12.12a.12b-dodecahidro-1 H-naftof2'.1 ':4.51indenof ,2-d|f ,31dioxol-8b-il)-2-oxoacetaldehído A una solución del compuesto A (2.7 g, 6.0 mmoles) en MeOH (60 mL) se añadió Cu(OAc)2 (1.3 g, 7.2 mmoles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Los sólidos se removieron mediante filtración y se lavaron con EtOAc. El filtrado se concentró bajo presión reducida y el residuo se disolvió en EtOAc (100 mL), se lavó con agua (40 mL x 2), y entonces se secó sobre Na2S04. El solvente se removió bajo presión reducida, para dar 2-((2S,6aS,6bR,7S,8aS,8bS,11aR,12aS,12bS)-2,6b-difluoro-7-hidroxi-6a,8a, 10, 10-tetrametil-4-oxo- 2,4,6a,6b>7,8,8a,8b,11a,12,12a,12b-dodecahidro-1 H-nafto[2M':4,5]indeno[1 ,2-d][1 ,3]dioxol-8b-il)-2-oxoacetaldehído (2.8 g, 98%) como un sólido blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.11 min; m/z calculada para C24H2906 [M+ eOH+H]+ 483.2, encontrada 483.2. 36a: 2-((2S.6aS.6bR,7S.8aS.8bS.11 aR.12aS.12bS)-2.6b-Difluoro-7-hidroxi-6a.8a, 10, 0-tetrametil-4-oxo- 2.4.6a.6b.7.8.8a.8b.11a.12.12a,12b-dodecahidro-1 H-naftor2',1':4,51indenon ,2-dlf ,31dioxol-8b-il)-2-oxoacetaldehido oxima Una solución del intermediario B (450 mg, 1 mmol, 1.0 eq), clorhidrato de hidroxilamina (80 mg, 1.1 mmoles, 1.1 eq) y trietilamina (110 mg, 1.1 mmoles, 1.1 eq) en MeOH (10 mL), se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se extinguió con agua (5 mL), y el solvente se removió bajo presión reducida. El producto crudo se purificó mediante TLC preparativa (éter de petróleo/EtOAc, 1/2, v/v), para dar 2-^S.eaS.ebRJS.SaS.ebS.HaR.^aS.^bS^.eb-difluoro^-hidroxi-6a,8a, 10, 10-tetrametil-4-oxo-2,4,6a,6b,7,8,8a,8b,11 a, 12, 12a, 12b-dodecahidro-1 H-nafto[2',1 ':4,5]indeno[1 ,2-d][1 ,3]dioxol-8b-il)-2-oxoacetaldehido oxima (70 mg, 15%) como un polvo blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.22 min; m/z calculada para C24H29NO6 [M+H]+ 466.2, encontrada 466.1. 1H RMN: (400 MHz, CD3OD) d (ppm): 8.02 (s, 1 H), 7.33 (d, J = 10.0 Hz, 1 H), 6.39 (d, J = 10.0 Hz, 1H), 6.32 (s, 1 H), 5.51 (m, 1H), 5.15 (d, J = 3.6 Hz, 1H), 4.32 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 2.71 (m, 1 H), 2.26 (m, 3H), 1.69 (m, 4H), 1.59 (s, 3H), 1.45 (s, 3H), 1.14 (s, 3H), 0.95 (s, 3H). 36b: 2-((2S,6aS,6bR.7S.8aS.8bS, 11 aR.12aS, 12bS)-2,6b- Difluoro-7-hidroxi-6a.8a, 10, 10-tetrametil-4-oxo- 2.4,6a.6b.7,8.8a,8b.11a.12.12a.12b-dodecahidro-1 H-naftof2',r:4,5lindenori .2-dU1 ,3]dioxol-8b-il)-2-oxoacetaldehido O-metil oxima Una solución del intermediario B (450 mg, 1 mmol, 1.0 eq), clorhidrato de O-metilhidroxilamina (92 mg, 1.1 mmoles, 1.1 eq) y trietilamina (110 mg, 1.1 mmoles, 1.1 eq) en MeOH (10 mL), se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se extinguió con agua (5 mL), y el MeOH se removió bajo presión reducida. El producto crudo se recogió mediante filtración y se lavó con agua (5 mL). La purificación mediante TLC preparativa (éter de petróleo/EtOAc, 1/1 , v/v), dio entonces 2-((2S,6aS,6bR,7S,8aS,8bS,11aR,12aS,12bS)-2,6b-difluoro-7-hidroxi-6a,8a, 10,10-tetrametil-4-oxo-2,4,6a,6b,7,8,8a,8b, 11 a, 12, 12a, 12b-dodecahidro-1H-nafto[2',r:4,5]indeno[1 ,2-d][1 ,3]dioxol-8b-il)-2-oxoacetaldehído O-metil oxima (70 mg, 5%) como un polvo blanco.
LC-MS (Agilent): Rt 3.31 min; m/z calculada para C25H31 NO6 [M+H]+ 480.2, encontrada 480.2. 1H RMN: (400 MHz, CD3OD) d (ppm): 8.00 (s, 1H), 7.35 (d, J = 10.0 Hz, 1 H), 6.36 (d, J = 10.0 Hz, 1H), 6.32 (s, 1 H), 5.51 (m, 1H), 5.13 (d, J = 4.8 Hz, 1H), 4.31 (d, J = 9.2 Hz, 1H), 4.08 (s, 3H), 2.64 (m, 1 H), 2.36 (m, 1H), 2.29 (m, 2H), 1.71 (m, 4H), 1.59 (s, 3H), 1.45 (s, 3H), 1.14 (s, 3H), 0.95 (s, 3H).
Metodología - Cresset Los compuestos se analizaron para similitud de campo con el precursor. Esto se determinó con base en la conformación del precursor cuando el precursor está en el sitio activo. En algunos casos, la conformación se determinó usando estructuras cristalinas del precursor en el sitio activo. En algunos casos, la conformación del precursor en el sitio activo fue una conformación predicha basada en qué información estaba disponible. En algunos casos, se calcularon también las energías de unión de los compuestos. La metodología usada para estos análisis se describe en más detalle a continuación: La identidad estereoisomérica (R contra S o E contra Z) de cualquier grupo descrito en los siguientes ejemplos, es aquella del compuesto activo precursor, a menos que se indique de otra manera.
Los compuestos analizados en los siguientes ejemplos se han organizado en bandas, dependiendo de los resultados obtenidos en el análisis de ese compuesto. En una modalidad de la invención, el compuesto es cualquiera que se sitúe con la banda A para un análisis específico para una fórmula específica. En otra modalidad, el compuesto es cualquiera que se sitúe dentro de la banda A o la banda B para un análisis específico para una fórmula específica. En otra modalidad, el compuesto es cualquiera que se sitúe dentro de la banda A, la banda B o la banda C para un análisis específico para una fórmula específica.
EJEMPLO 37 Se ha evaluado una gama de estructuras por su potencial como análogos de oseltamivir. Oseltamivir es una neuraminidasa usada para tratar la influenza. Actúa bloqueando la acción de la neuraminidasa, liberando nuevas partículas del virus desde la superficie de una célula infectada. Existen muchas estructuras cristalinas de rayos X de la neuraminidasa, incluyendo varias con inhibidores unidos. El molde para el análisis se basó en la estructura 2HU4 de oseltamivir unido a la neuraminidasa viral.
Para la similitud de campo: A tiene más de 80% de similitud; B tiene de 60 a 79% de similitud, y C tiene de 30 a 59% de similitud.
EJEMPLO 38 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de los antibióticos de fluoroquinolona, tales como ciprofloxacina. Los antibióticos de fluoroquinolona son activos debido a su capacidad para interactuar con la ADN girasa y/o topoisomerasa II bacteriana. La ADN girasa (o "girasa" para abreviar) es una proteína importante implicada en la replicación del ADN dentro de las bacterias; desde el punto de vista mecanicista, la girasa está implicada en la relajación de los "superenrollamíentos" dentro de la cadena del ADN que se forman delante del punto de replicación (por la ADN polimerasa). Las fluoroquinolonas intercalan el ADN y previenen la desconcatenación del ADN replicado debida a la girasa. Con base en la estructura de 2XCT, puede verse el complejo de interacciones que son hechas por el ligando de la fluoroquinolona: está intercalando en la cadena del ADN, encajando entre dos de los nucleósidos, así como quelando con un ión manganeso, e interactuando con el sitio de unión al ADN de la girasa misma.
La complejidad de estas interacciones significa que fue difícil sacar conclusiones exactas o hacer predicciones cuantitativas de la probable actividad de unión.
Un factor motriz para estos compuestos, será la capacidad para quelar el manganeso, el cual es el ión de metal catalítico que se sitúa en el sitio activo de la girasa. Esta capacidad se evaluó observando la intensidad del campo electrostático negativo en el positrón de manganeso; un sustituto para esto fue inspeccionar la magnitud del punto de campo negativo que es generado por algún análogo dado. El punto de campo negativo en el carbonilo del anillo para varios antibióticos de fluoroquinolona conocidos, es el siguiente: Para los análogos, los valores son los siguientes: A si el punto de campo negativo está entre -20 y -15; B si el punto de campo negativo está entre -10 y -15; y C si el punto de campo negativo está entre -5 y -10.
EJEMPLO 39 Se ha evaluado una gama de estructuras por su potencial como análogos de la pregabalina. La pregabalina es una moléculas de señalización neuronal primaria, que media muchos procesos dentro de las sinapsis neuronales. Su actividad principal es como un neurotransmisor inhibidor, y parece que actúa a través de la unión a un canal de iones de Ca2+ específico en el sistema nervioso central. No hay información relevante sobre la biología estructural de cómo la pregabalina se une a un dominio extracelular del canal de iones que no ha sido caracterizado mediante estudios de rayos X. El análisis se basó en la observación de la similitud de campo cuantitativa de los análogos con una serie de compuestos activos conocidos, y también en una evaluación más cualitativa de los patrones de campo mostrados por las moléculas.
Para la similitud de campo: La similitud de campo A significa una similitud de 80 a 85%; y B significa una similitud de 70 a 79%.
EJEMPLO 40 Reporte 4 Las proteínas de unión a la penicilina (nombradas por su propensión para unirse a la penicilina y compuestos relacionados), son proteínas críticas implicadas en las etapas finales del ensamble de las paredes de las células bacterianas, en donde catalizan el entrelazamiento de las unidades de peptidoglucanos. La interferencia con este proceso, lleva a irregularidades en la construcción de la pared celular, con efecto bactericida concomitante. La proteína de unión a la penicilina 3 ("PBP-3") es un miembro bien caracterizado del grupo de PBP's, y es el objetivo de una variedad de agentes antibióticos. Los antibióticos de ß-lactama (penicilinas, penems, carbapenems, cafalosporinas, etc.) inactivan a las PBP's uniéndose covalentemente al residuo catalítico de serina dentro del sitio activo de la PBP.
Existen varios ejemplos en el PDB de compuestos unidos a PBP-3, incluyendo aztreonam (código de la PDB: 3PBS), meropenem (código de la PDB: 3PBR), imipenem (3PBQ), ceftazidima (3PBO) y cefotaxima (2XD1). Los análogos de meropenem fueron alineados con un molde basado en la configuración (de anillo abierto) de meropenem en 3PBR. Los análogos de faropenem e imipenem fueron alineados con un molde basado en la configuración (de anillo abierto) de meropenem en 3PBQ. Los análogos de cefmetazol y cefepima fueron alineados con un molde basado en la configuración (de anillo abierto) de cefotaxima en 2XD1.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 80 a 89% de similitud; C tiene 70 a 79% de similitud, y D tiene 60 a 69% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 41 Se ha evaluado una gama de estructuras por su potencial como análogos de metronidazol. El metronidazol es un antibiótico usado para tratar infecciones por parásitos y bacterias anaeróbicos. El mecanismo de acción implica la activación reducida del sistema nitroaromático. No existe información directamente relevante de la biología estructural. El metronidazol ha sido acoplado en una estructura cristalina (1L5P) de la ferredoxina de los tricomas, y existe una estructura cristalina de metronidazol en complejo con la proteína NimA, la cual está implicada en la resistencia a los nitroimidazoles por la reducción de 2 electrones. El molde usado para el análisis se deriva de una combinación de fármacos: dimetridazol; nimorazol; metronidazol; ornidazol; secnidazol y tinidazol.
La similitud de campo A significa una similitud de 80 a 85%; y B significa una similitud de 75 a 79%.
EJEMPLO 42 Se ha evaluado una gama de estructuras por su actividad en el receptor de angiotensina. La angiotensina es una hormona peptídica que es crítica en el control de la dilatación/contracción vascular. Los bloqueadores del receptor de angiotensina disminuyen la presión sanguínea bloqueando el receptor de angiotensina 1. Una primera evaluación de la similitud de campo se basó en la alineación de las estructuras con la molécula de angiotensina II extraída del modelo en el código de la PDB 1ZV0 (la alineación siendo llevada a cabo en presencia de la estructura del receptor modelo). Una segunda evaluación de la similitud de campo se basa en una alineación simple basada en el campo de las estructuras contra un molde derivado de las estructuras de una serie de bloqueadores del receptor de angiotensina conocidos, que incluyen al candesartán. Se calculó también una energía de unión para el acoplamiento con el receptor de angiotensina.
Para la similitud de campo de los análogos de candesartán: A tiene más de 80% de similitud; B tiene 60 a 79% de similitud, y C tiene 30 a 59% de similitud.
Para la similitud de campo de los análogos de losartán: A tiene más de 75% de similitud; B tiene 60 a 74% de similitud, y C tiene 30 a 59% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 43 Se ha evaluado una gama de estructuras por su actividad como bloqueadores de los canales de calcio. Los bloqueadores de los canales de calcio son una terapia de elección para varias aplicaciones en las cuales la vasodilatación desempeña una función clave, tales como angina de pecho, migraña, hipertensión y arritmia cardiaca. Existen tres clases de bloqueadores de los canales de calcio que se unen a diferentes sitios de unión en los canales de calcio tipo L: fenilalquilaminas tales como verapamilo; benzotiazepinas tal como diltiazem y 1 ,4-dihidropiridinas tales como amlodipina, felodipina y nifedipina. La evaluación se ha llevado a cabo alineando las estructuras con la molécula precursora relevante en una conformación probablemente activa. La conformación probablemente activa se ha derivado mediante la comparación y el análisis del compuesto precursor junto con otros compuestos activos conocidos de los canales de calcio de la misma clase. En el caso del verapamilo, la conformación activa se ha derivado del conocimiento previo de los modos de unión, guiada por el uso de un modelo de homología del canal de calcio.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 80 a 89% de similitud; C tiene 60 a 79% de similitud, y D tiene 40 a 59% de similitud.
EJEMPLO 43 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de ezetimiba, el cual se piensa opera bloqueando la absorción de colesterol en el intestino delgado. Se cree que el mecanismo de acción es la unión a la proteína tipo Niemann-Pick C1 (NPC1 L1 ), la cual es expresada en las células del borde en cepillo que revisten el epitelio del intestino delgado. Existen estructuras de rayos X de secuencia corta disponibles para el análogo estrecho, NPC1 , y para la NPC1 L1 misma, pero estas fueron insuficientemente precisas. Más bien, se adoptó un procedimiento basado en el ligando para generar un molde de la conformación activa de ezetimiba.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud; y C tiene 75 a 80% de similitud.
EJEMPLO 44 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de otamixaban y apixaban. Otamixaban y apixaban son inhibidores del factor Xa usados como anticoagulantes. Se llevó á cabo el análisis de campo en las estructuras de otamixaban alineándolas con la conformación activa extraída de la estructura del factor Xa de la PDB, la cual tiene a otamixaban en el sitio activo (código de la PDB: 1 KSN). Se llevó a cabo el análisis de campo en las estructuras de apixaban alineándolas con la conformación activa extraída de la estructura de la PDB (código de la PDB: 2P16) del factor Xa, la cual tiene a apixaban en el sitio activo. Se han calculado también las energías de unión.
Para la similitud de campo de otamixaban: A tiene más de 80% de similitud; y B tiene 70 a 80% de similitud.
Para la similitud de campo de apixaban: A tiene más de 90% de similitud; y B tiene 85 a 89% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 750 Kcal del precursor.
EJEMPLO 45 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de clopidogrel, un inhibidor de la agregación plaquetaria inducida por el ADP. El mecanismo de acción del clopidogrel requiere activación oxidativa que resulte en la apertura del anillo de tiofeno para generar el reactivo antitrombótico activo, el cual es un antagonista reversible del receptor de ADP P2Yi2. No existe estructura cristalina conocida del receptor P2Yi2, aunque se han construido modelos de homología. Se llevó a cabo la alineación de las estructuras con el clopidogrel, y fue la alineación con el metabolito activo del clopidogrel y el anión del metabolito activo. metabolito activo de clopidogrel Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 80 a 84% de similitud.
EJEMPLO 46 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de remikiren y aliskiren, los cuales son inhibidores de la proteína objetivo renina humana. i Estructuras de rayos X de las formas humanas de renina unidas a remikiren y aliskiren, están disponibles de la PDB como complejos individuales (entradas de la PDB: 2V0Z, 3D91). El análisis de la estructura de cada proteína y las interacciones con los ligandos se logró sobreponiendo otros ejemplos de complejos de la PDB. Esta información se usó para derivar los moldes usados en este estudio.
Para la similitud de campo de los análogos de aliskiren: A tiene más de 70% de similitud; B tiene 66 a 69% de similitud; C tiene 63 a 65% de similitud; y D tiene 55 a 62% de similitud.
Para la similitud de campo de los análogos de remikiren: A tiene más de 70% de similitud; B tiene 60 a 70% de similitud; C tiene 55 a 59% de similitud, y D tiene 50 a 54% de similitud.
EJEMPLO 47 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de pemetrexed. Los derivados de folato tienen un sinnúmero de enzimas que los procesan y transportan para su uso en vías de biosíntesis que llevan a la producción de ADN/ARN, y la transferencia de un carbono. El modo de acción de los antifolatos es complicado por su similitud molecular con el folato, de modo que son en consecuencia capaces de acceder a los mismos mecanismos del transporte activo y sitios de unión de las múltiples enzimas relacionadas con el folato. Los tres objetivos de proteína principales que están implicados en la acción de estos fármacos son dihidrofolato reductasa (DHFR), timidilato sintasa (TS) y glicinamida ribonucleótido formil transferasa (GARFT). La actividad farmacológica de los análogos de PMT propuestos dependerá del equilibrio general de las interacciones con estos 4 objetivos y los varios transportadores. Estructuras de rayos X de las formas humanas de DHFR, TS y GARFT están disponibles de la PDB como complejos del PMT mismo o de análogos estrechos.
La proteína FPGS no está disponible como la forma humana, pero están disponibles ejemplos bacterianos. El análisis de las diferentes formas de FPGS mediante la alineación de la secuencia de aminoácidos primaria bacteriana con la secuencia humana, muestra que la arquitectura y los residuos clave de la proteína que probablemente entran en contacto con el PMT, están conservados. De esta manera, pareció que el uso de una forma bacteriana adecuada como un molde de proteína para FPGS es una aproximación adecuada. De esta manera, se llevaron a cabo evaluaciones de la similitud de campo para los cuatro objetivos. Debido a la flexibilidad conformacional de los análogos, se evaluaron sólo como el núcleo del glutamato de bencilo.
Para la similitud de campo: A tiene más de 70% de similitud; B tiene 65 a 69% de similitud; C tiene 60 a 64% de similitud, y D tiene 50 a 59% de similitud.
EJEMPLO 48 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de bendamustina, la cual es un agente anti-cáncer de mostaza de nitrógeno con actividad clínica contra una variedad de cánceres que incluyen linfoma no de Hodgkin, leucemia linfocítica crónica, mieloma múltiple y algunos tumores sólidos. Se presume que como una mostaza de nitrógeno, la bendamustina actúa alquilando el ADN. En ausencia de información estructural relevante, se eligió una conformación extendida de baja energía para la cadena lateral del ácido butanoico. El análisis se llevó a cabo en las formas protonada y no protonada del grupo bencimidazol.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 80 a 84% de similitud.
EJEMPLO 49 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos del acetónido de fluocinolona, un corticosteroide de potencia baja a media usado para el tratamiento tópico de trastornos de la piel y condiciones inflamatorias del ojo, oído y nariz. El mecanismo de acción es complejo, pero implica unión inicial al receptor glucocorticoide citosólico.
El sistema de anillo fusionado del acetónido de fluocinolona provee un esqueleto rígido con una cadena lateral que provee el único sitio de flexibilidad conformacional. La conformación de la cadena lateral de la dexametasona, un corticosteroide relacionado, se ha publicado en muchas estructuras cristalinas (3MNE, 3MNO, 3MNP, 3GN8, 1M2Z, 1P93). Esta conformación es muy similar a la conformación de la cadena lateral del acetónido de fluocinolona de más baja energía encontrada mediante la optimización de la mecánica molecular. Esta estructura de baja energía se usó como el molde para el análisis de la similitud de campo.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 87 a 88% de similitud, y C tiene 80 a 86% de similitud.
EJEMPLO 50 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de neratinib, un inhibidor de tirosina cinasa bajo investigación para el tratamiento del cáncer de mama y otros tumores sólidos. Es un inhibidor doble de las cinasas receptor del factor de crecimiento epidérmico humano 2 (her2) y receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR). La conformación de neratinib en un complejo covalente con el dominio de cinasa de un mutante del factor de crecimiento epidérmico (T790M), se muestra en una estructura cristalina (2JIV), y esta conformación se ha usado como la base del molde para este análisis. En el caso de los análogos de neratinib que difirieron en el sitio W, el mismo ejercicio se repitió, esta vez usando el núcleo de neratinib en el sitio de unión de 2JIV, más que el neratinib mismo. Para calcular las energías de unión predichas, se usó el molde de neratinib. núcleo de neratinib Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 90 a 94% de similitud; C tiene 85 a 89% de similitud, y D tiene 75 a 84% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 51 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de gemfibrozilo, fenofibrato y aleglitazar. El gemfibrozilo y el fenofibrato se usan en combinación con inhibidores de la HMG-CoA reductasa para el tratamiento de la dislipidemia y la hipercolesterolemia en trastornos cardiovasculares tales como la aterosclerosis. El modo de acción es reducir los niveles de triglicéridos e incrementar la excreción de colesterol, los cuales son efectos mediados por los receptores activados por el proliferador de peroxisomas (PPARs). El dominio de unión al ligando del subtipo alfa es el objetivo para los fibratos, y están disponibles muchas formas de rayos X de los dominios de unión al ligando de los PPARs unidos a compuestos relacionados con los fibratos. Se midió la similitud de campo respecto a la conformación representada con un modelo del precursor en la estructura a partir de PDB: 3DKT. Puesto que el fenofibrato es un profármaco de éster y metabolizado hasta la forma activa de ácido fenofíbrico, se evaluaron también las variantes de ácido de los análogos de éster propuestos.
Aleglitazar es también un fibrato el cual es un agonista para el dominio de unión al ligando del subtipo alfa de PPARs. Además, aleglitazar es un agonista para el receptor gamma, y se usa por lo tanto como un tratamiento de fármaco activo doble para la diabetes tipo II. Están disponibles estructuras de rayos X de aleglitazar unido a los dominios de unión al ligando de PPARa y PPARy (3G8I y 3G9E). La similitud de campo de los análogos de aleglitazar con aleglitazar, se evaluó usando moldes basados en ambos receptores.
Para la similitud de campo: A tiene más de 80% de similitud; B tiene 70 a 79% de similitud; C tiene 60 a 69% de similitud, y D tiene 40 a 59% de similitud.
¡ EJEMPLO 52 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de sitagliptina, un inhibidor de DPP-4. Existen muchas estructuras de rayos X disponibles que muestran la enzima DPP-A, tanto como la apo-proteína y también con inhibidores unidos. Se ha llevado a cabo el análisis mediante la alineación de los análogos con la estructura del precursor. Se ha llevado a cabo también una predicción de la energía de unión para cada una de las estructuras en la estructura cristalina de DPP-4.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 85% de similitud, y C tiene 70 a 80% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; y B significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal del precursor.
EJEMPLO 53 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de adapaleno, alitretinoína y bexaroteno. El adapaleno es un retinoide usado para el tratamiento tópico del acné. Se desconoce su modo de acción. La alitretinoína se usa para el tratamiento antiproliferativo tópico de lesiones de la piel en el sarcoma de Kaposi y para el tratamiento oral del eczema crónico de las manos. La alitretinoína puede activar a los receptores de ácido retinoico nucleares y los receptores retinoides X (RXRs), los cuales están implicados en la replicación génica. El bexaroteno se usa como un agente antineoplásico oral para el linfoma cutáneo de células T y es selectivo de los RXRs. Están disponibles muchas estructuras cristalinas de alitretinoína en complejos con el receptor nuclear de RXR-alfa. De estos, el más prometedor es 30AP. Para generar un molde de alitretinoína y adapaleno, se usó FieldTemplater para encontrar alineaciones posibles entre la alitretinoína y el adapaleno. Una de las dos alineaciones de puntuación más alta tiene una conformación similar a la de la entrada de la PDB 30AP, y esta se usó para el análisis de la similitud de campo de la alitretinoína y el adapaleno. Un procedimiento idéntico, que usa bexaroteno más que adapaleno, se usó para generar el molde para bexaroteno.
Para la similitud de campo de los análogos de adapaleno: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud; y C tiene 80 a 84% de similitud.
Para la similitud de campo de los análogos de alitretinoína: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud; y C tiene 80 a 84% de similitud.
Para la similitud de campo de los análogos de bexaroteno: A tiene más de 88% de similitud; B tiene 84 a 87% de similitud; y C tiene 80 a 84% de similitud.
EJEMPLO 54 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de eprotirome. Eprotirome es un agonista selectivo del hígado para el receptor nuclear de la hormona tiroidea beta 1 (TRpi ), y se ha mostrado que reduce los niveles totales de LDL-colesterol en suero y de apolipoproteína B en humanos. Existen varias estructuras cristalinas (por ejemplo, 3JZC, 3I Y, 3GWX, 2PIN, SJ4A, 1 R6G, 1 Q4X, 1 NAX, 1 N46) del dominio de unión al ligando de TR 1 en combinación con agonistas y antagonistas. Para generar una conformación de referencia de eprotirome, tres ligandos de estructuras cristalinas (azauracilo rígido 1 N46, ácido propanoico 2J4A y ácido oxiacético 1 Q4X) fueron alineados entre sí, y eprotirome alineado entonces con este ensamble usando el sitio de unión de 1 46 como volumen excluido.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 80 a 85% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 55 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos del mepesuccinato de omacetaxina, un inductor de apoptosis por inhibición de la síntesis de proteínas (en particular Mcl-1 , que inhibe la apoptosis). El mecanismo de acción implica la unión a la hendidura del sitio A ribosomal en el centro de la peptidil-transferasa. Existe una estructura cristalina publicada (entrada de la PDB 3G6E) de omacetaxina unida a la gran subunidad ribosomal de Haloarcula marismortui (un organismo arcaico halofílico extremo). Esta conformación se usó como la base para la estructura del molde usada en los estudios de la similitud de campo.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud, y C tiene 70 a 79% de similitud.
EJEMPLO 56 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de safinamida, un inhibidor de la monoamina oxidasa B, la cual inhibe también la absorción de dopamina, bloquea los canales de sodio dependientes del voltaje, modula los canales de calcio e inhibe la liberación de glutamina inducida por la actividad neuronal anormal. Existe una estructura cristalina publicada de safinamida unida a la monoamina oxidasa B humana (entrada de la PDB 2V5Z). Esta conformación se usó como la base para la estructura del molde usada en los análisis de la similitud de campo. Esta estructura cristalina se usó también para predecir las energías de unión respecto al precursor.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud, y C tiene 70 a 79% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión está dentro de 15 Kcal del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 25 Kcal del precursor, y C significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor.
EJEMPLO 57 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de etopósido y voreloxin, los cuales son inhibidores de la topoisomerasa II. Se llevó a cabo un análisis de la similitud de campo de los análogos de etopósido en ausencia de alguna información específica sobre la manera como el etopósido interfiere con la ligación del ADN; para la voreloxin, se llevó a cabo el análisis de la similitud de campo basado en una evaluación del mecanismo de acción de la voreloxin, es decir, intercalación del ADN que lleva a interferencia con la replicación.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud; C tiene 80 a 84% de similitud, y D tiene 70 a 79% de similitud.
EJEMPLO 58 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de doxorrubicina, un antibiótico usado en quimioterapia para una gama de cánceres. Su modo de acción primario es por intercalación del ADN. Existen varias estructuras cristalinas que contienen doxorrubicina, o análogos de doxorrubicina intercalada con el ADN. La conformación de referencia de la doxorrubicina usada en este análisis se basó en 1P20. El análisis se llevó a cabo dos veces, una comparando la estructura entera con una alineación rígida de la molécula entera, y con una alineación flexible de la estructura del núcleo correspondiente del molde del núcleo de la doxorrubicina. núcleo de doxorrubicina Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 90 a 94% de similitud; y C tiene 84 a 89% de similitud.
EJEMPLO 59 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de la cladribina. La cladribina es un análogo de 2-desoxiadenosina usada para el tratamiento de la leucemia de células pilosas. La cladribina tiene interacciones potencialmente importantes con la desoxicitidina cinasa (como substrato/inhibidor competitivo) y la adenosina desaminasa (como inhibidor). Existen diferencias significativas en la conformación del anillo de la desoxirribosa en estas dos estructuras. La alineación de los análogos se determinó contra la cladribina en el molde de la desoxicitidina cinasa (basado en 2ZIA; cladribina en C4S en complejo con UDP) y contra la cladribina en el molde de la adenosina desaminasa (basado en 3IAR; 2-desoxiadenosina en la adenosina desaminasa humana).
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 80 a 84% de similitud.
EJEMPLO 60 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de etodolac e indometacina, inhibidores de ciclo-oxigenasa (COX). El etodolac se usa en el tratamiento de la inflamación y el dolor causados por la osteoartritis y la artritis reumatoide. La indometacina se usa para el tratamiento de la fiebre, el dolor, la rigidez y la hinchazón. No existen estructuras cristalinas publicadas del etodolac unido a la COX. Para generar una estructura del molde, se hicieron alineaciones del etodolac con tres de los inhibidores de COX-2 publicados. El molde elegido fue el creado mediante la alineación con la entrada de la PDB 3NTG. Se generó un molde de indometacina usando la conformación de indometacina extraída de la entrada de la PDB 4COX, en la cual la indometacina está unida a la isoforma de COX-2.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 80 a 84% de similitud.
EJEMPLO 61 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de olopatadina, un agonista inverso del receptor H1 de histamina. Una estructura de rayos X de olopatadina unida al receptor H1 (entrada de la PDB: 3RZE), se usó para generar el molde para la evaluación de la similitud de campo.
Para la similitud de campo: A tiene más de 75% de similitud; B tiene 70 a 74% de similitud; y C tiene 64 a 69% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 62 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de etexilato de dabigatrán, un inhibidor de la trombina objetivo humana. Es un profármaco, estando presentes el carbamato de hexilo y el éster de etilo para asegurar la biodisponibilidad. Está disponible una I estructura de rayos X de la forma humana de la trombina unida al derivado de éster de etilo de la "amidina libre" de dabigatrán (PDB: 1KTS), y el molde para los estudios de la alineación de campo se basó en ella. El éster de dabigatrán fue truncado de nuevo con el fragmento de metil bencimidazol, debido a la I flexibilidad inherente del dabigatrán, y al hecho de que la conformación unida parece ser inusual y problemática de reproducir.
Se calcularon también las energías de unión predichas, usando la estructura de la PDB 1 KTS, y creando manualmente los análogos en la conformación de la estructura Xtal, seguida de acoplamiento en la proteína y optimización de la estructura del ligando.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 75 a 84% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 63 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de semagacestat, un inhibidor de la gamma secretasa humana objetivo. La gamma secretasa es un complejo de proteínas múltiples que consiste de una relación 1 :1 : 1 :1 de nicastrina, pen-2, presenilina y aphl , todas las cuales contienen dominios alfa helicoidales múltiples. La presenilina es una aspartil proteasa. Se usaron ejemplos de aspartil proteasas para mapear la conformación de la cadena beta que probablemente es formada por él APP (péptido precursor beta amiloide), el cual es procesado por la gamma secretasa. Se usó la geometría resultante representada con un modelo para el sitio de desdoblamiento del APP para derivar un molde raíz para semagacestat. Esta conformación fue consistente con muchos inhibidores estructuralmente relacionados de la literatura.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud, y C tiene 75 a 79% de similitud.
EJEMPLO 64 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de megestrol. El acetato de megestrol es un miembro de la familia de fármacos esferoides, y está relacionado estructuralmente con la progesterona y el cortisol.
Se desconoce actualmente el objetivo biológico del megestrol, pero la alta similitud estructural con la progesterona y el cortisol sugiere que muy probablemente comparten actividad en muchos de los receptores y enzimas implicados en el reconocimiento y el metabolismo del cortisol y la progesterona.
Están disponibles estructuras de rayos X para muchas de las enzimas y receptores humanos unidos a los esteroides (códigos de la PDB 1GWR, 1A28, 2Q1V), y estos proveyeron el molde para alinear el megestrol con los análogos.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud, y C tiene 75 a 79% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 20 Kcal del precursor; y C significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal.
EJEMPLO 65 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de ombrabulina, la cual es citotóxica para las células cancerosas, específicamente debilitando los tumores eligiendo como objetivo las células epiteliales en la vasculatura del tumor. El modo de acción es inhibir la polimerización de la tubulina por unión al sitio de la colchicina. La ombrabulina es un profármaco en la cual la unidad de serina es hidrolizada in vivo para generar el sitio activo. Se llevó a cabo la evaluación de la similitud de campo con relación a tres diferentes sitios de enzima. Se seleccionaron la aspartil aminopeptidasa (APP; molde derivado de la estructura cristalina 3L6S) y la caspasa 1 (caspl ; molde derivado de la estructura cristalina 1 RWV), como los candidatos de proteasa más representativos para la remoción del residuo de serina. El sitio de unión de la tubulina a la colchicina (molde derivado de 1SA1) se usó también para la evaluación en caso de qúe el residuo de serina no sea removido in vivo del análogo de la ombrabulina.
Para la similitud de campo: A tiene más de 70% de similitud; B tiene 60 a 70% de similitud; C tiene 50 a 60% de similitud, y D tiene 40 a 50% de similitud.
EJEMPLO 66 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de quetiapina. La quetiapina es un antipsicótico que actúa como un antagonista en muchos receptores, que incluyen a la dopamina (Q1 y D2), la adrenalina (alfa 1 y alfa 2), la serotonina (5-HT2) y la histamina (H1 ). Estuvieron disponibles estructuras de rayos X para un receptor D3 de dopamina y un receptor H1 de histidina. Estos son sustitutos razonables que sondean la actividad de los análogos de la quetiapina en los receptores objetivo. Con base en la unión del antagonista D2/D3 eticloprida y un antagonista H1 estructuralmente relacionado, se derivaron dos modos de unión al molde.
Para la similitud de campo: A tiene más de 86% de similitud; B tiene 82 a 86% de similitud, y C tiene 75 a 82% de similitud.
EJEMPLO 67 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de mupirocina. La mupirocina es un antibiótico que inhibe fuertemente la síntesis de proteínas y ARN. La actividad de la mupirocina parece ser por medio de la inhibición reversible de la isoleucil ARN de transferencia sintetasa (lleRS). Están disponibles estructuras cristalinas de lleRS, la forma apo de la enzima, y también con inhibidores unidos. Los análogos de mupirocina se evaluaron con base en la similitud de campo y la energía de unión predicha con la estructura de lleRS 1JZS. En el caso de las alineaciones de campo, se espera que las puntuaciones sean relativamente bajas debido a la larga cadena de alquilo flexible.
Para la similitud de campo: A tiene más de 55% de similitud; B tiene 50 a 54% de similitud, y C tiene 45 a 50% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal de precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 200 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 350 Kcal del precursor.
EJEMPLO 68 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de clindamicina. La clindamicina se une a una subunidad del ribosoma bacteriano, y causa la disociación prematura del peptidil-ARNt del ribosoma. Existen estructuras cristalinas disponibles con la clindamicina unida al ribosoma bacteriano. Se evaluaron análogos de mupirocina con base en la similitud de campo y la energía de unión predicha con la estructura 30FZ.
Para la similitud de campo: A tiene más de 80% de similitud; B tiene 75 a 79% de similitud, y C tiene 65 a 74% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; y C significa que la energía de unión está dentro de 750 Kcal del precursor.
EJEMPLO 69 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de canagliflozina. La canagliflozina es un inhibidor del subtipo 2 de la proteína del transporte de sodio-glucosa (SGLT2), que es responsable de la mayor parte de la reabsorción de glucosa en el riñon. No pudieron encontrarse estructuras cristalinas con información suficiente para proponer un modo de unión con alguna confianza. Se llevó a cabo la alineación de campo usando la estructura del núcleo con anillos aromáticos remotos removidos, permitiendo la orientación de los grupos polares que van a ser muestreados más efectivamente. núcleo de canagliflozina Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 90 a 94% de similitud, y C tiene 80 a 90% de similitud.
EJEMPLO 70 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de bimatoprost y latanoprost. Bimatoprost y latanoprost son análogos de prostaglandina usados tópicamente para controlar la progresión del glaucoma y para el manejo de la hipertensión ocular. Son análogos de prostaglandina F2a, y probablemente actúan como agonistas de los receptores de prostaglandina tipo F (FP). No existen estructuras de los receptores de prostaglandina F, pero existe una estructura de bimatoprost unida a la prostaglandina F sintetasa (entrada de la PDB 2F38). Esta estructura se usó para proveer una conformación de referencia, reduciendo al mínimo la estructura usando el campo de fuerza XED para proveer un molde para bimatoprost y latanoprost para el análisis de la similitud de campo.
Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 92 a 95% de similitud; C tiene 90 a 91% de similitud, y C tiene 85 a 89% de similitud.
EJEMPLO 71 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de gemcitabina. La gemcitabina se usa en quimioterapia contra muchos cánceres. La gemcitabina es un profármaco que requiere activación por la desoxicitidina cinasa. Existe una estructura cristalina (entrada de la PDB 2NO0) de gemcitabina unida a una desoxicitidina cinasa humana muíante (C4S). El complejo incluye también ADP unido. La alineación del molde de gemcitabina se llevó a cabo en presencia de la proteína a partir de esta estructura cristalina.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 84 a 89% de similitud; C tiene 80 a 84% de similitud, y D tiene 75 a 79% de similitud.
EJEMPLO 72 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de darifenacina, la cual es un agonista inverso del receptor muscarínico m3. Se llevó a cabo el análisis de campo mediante la alineación con un molde consenso construido representando con un modelo los agentes activos de m3 conocidos, tiotropio, darifenacina y dos análogos de tiotropio.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud, y C tiene 70 a 79% de similitud.
EJEMPLO 73 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de aciclovir, un antiviral usado principalmente para el tratamiento de infecciones por herpes simples, varicela zoster y herpes zoster. El aciclovir es un profármaco que requiere activación por la timidina cinasa viral. Existe una estructura cristalina de aciclovir unido a la timidina cinasa tipo 1 del herpes simple. La estructura cristalina muestra dos diferentes orientaciones para el fragmento de "acicloazúcar" en la subunidad A. La subunidad B tiene sólo una orientación, similar a una de aquellas en A. Esta se usó como la base de la estructura del molde en este análisis.
Para la similitud de campo: A tiene más de 88% de similitud; y B tiene 85 a 87% de similitud.
EJEMPLO 74 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de BIBF-1 120, el cual es un inhibidor del receptor del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGFR), receptor del factor de crecimiento de fibroblastos (FGFR) y receptor del factor de crecimiento derivado de plaquetas (PDGFR). Existe una estructura cristalina de BIBF-1120 unido al dominio de cinasa del VEGFR2 humano (entrada de la PDB 3C7Q). La estructura de BIBF-1 20 en la entrada de la PDB 3C7Q tiene algunos ángulos de enlace más bien restringidos. Se generó por lo tanto una conformación del molde mediante la alineación flexible de BIBF-1120 con la estructura de rayos X en presencia de la proteína 3C7Q.
Para la similitud de campo: A tiene más de 93% de similitud; B tiene 90 a 92% de similitud, y C tiene 80 a 89% de similitud.
EJEMPLO 75 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de ABT-263, el cual es un agonista de los miembros antiapoptóticos de las proteínas Bcl-2, tales como Bcl-2, Bcl-xL y Bcl-w, así como Mcl-1 y BclA1. No existen estructuras cristalinas que contengan al ABT-263 mismo, pero se han publicado estructuras que contienen a los análogos ABT-737 (2YXJ) y W1 19542 (3INQ) unidos a Bcl-xL. No sorprendentemente para un inhibidor de la interacción proteína-proteína, ABT-263 es una molécula grande y flexible. Por consiguiente, no es posible muestrear el espacio conformacional de la molécula entera adecuadamente. El análisis de la similitud de campo se ha llevado a cabo por lo tanto en análogos de la estructura del núcleo. Se creó el molde correspondiente mediante la alineación manual del núcleo de ABT-263 con ABT-737 a partir de la entrada de la PDB 2YXJ. núcleo de ABT-263 Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 90 a 94% de similitud, y C tiene 80 a 89% de similitud.
EJEMPLO 76 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de acadesina, un activador de la proteína cinasa activada por AMP. Los moldes para el análisis de la similitud de campo y la determinación de las energías de unión, se derivaron de una estructura cristalina de acadesina en complejo con el sensor de adenilato de la proteína cinasa activada por adenosín monofosfato (entrada de la PDB 2QRE).
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 80 a 84% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 150 Kcal, y D significa que la energía de unión está dentro de 1250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 77 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de amrubicina, un inhibidor de la topoisomerasa II que actúa por intercalación entre pares de bases del complejo de ADN. No existen estructuras cristalinas que contengan amrubicina, pero existen varias que contienen otros antibióticos de antraciclina (por ejemplo, daunomicina, doxorrubicina y análogos) intercalados con ADN (entradas de la PDB 1 P20, 151 D, 1 DA9, 1 D12). Se usó la estructura 1 P20 para proveer una conformación de referencia de la antraciclina para este análisis. La alineación se llevó a cabo en estructuras del núcleo de amrubicina. núcleo de amrubicina Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud, tiene 85 a 89% de similitud.
EJEMPLO 78 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de alvocidib, el cual muestra inhibición dependiente de la dosis de varias fosfocinasas, y principalmente las cinasas cdk-1 a cdk-9 dependientes de ciclina. Existe una estructura cristalina publicada de alvocidib en la cdk-9 humana (entrada de la PDB 3BLR). Existen también tres estructuras de alvocidib en la glucógeno fosforilasa. El molde usado para el análisis de la similitud de campo se generó a partir de la estructura de alvocidib, entrada de la PDB 3BLR, en la cual la geometría del nitrógeno de la piperidina ha sido enmendada a la forma protonada.
Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 90 a 94% de similitud; C tiene 85 a 89% de similitud, y D tiene 80 a 84% de similitud.
EJEMPLO 79 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de PD 0332991. PD 0332991 es un inhibidor altamente específico de la cinasa 4 dependiente de ciclina (cdk4) y cdk6, no mostrando actividad contra un panel de otras 36 cinasas. Se ha demostrado actividad antiproliferativa en una variedad de líneas de células que incluyen células de cáncer de mama positivas para el receptor de estrógeno, de mieloma de médula ósea primarias, y positivas para retinoblastoma, y está siendo puesto a prueba en pruebas en humanos contra una variedad de cánceres.
Existe una estructura cristalina publicada de PD 0332991 en la cdk6 humana a resolución moderada (entrada de la PDB 2EUF). La estructura del molde del precursor se generó mediante la alineación flexible con la geometría del ligando excluido de entrada de la PDB 2EUF, seguida de ajuste del ángulo de torsión entre el grupo acetilo y el anillo de piridina. Se calcularon también las energías de unión para los análogos con la estructura cristalina de 2EUF.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud; C tiene 75 a 79% de similitud, y D tiene 70 a 74% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; y C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal.
EJEMPLO 80 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de apaziquona. La apaziquona es un fármaco anticáncer que sufre pruebas para el tratamiento del cáncer de vejiga superficial (no invasivo). No muestra toxicidad significativa para la médula ósea, a diferencia de otros fármacos de quinona con un mecanismo de acción similar, tal como la mitomicina.
Es un profármaco, con reducción de 2 electrones por la NAD(P)H:quinona oxidorreductasa (DT-diaforasa, la cual es sobreexpresada en muchas células tumorales), convirtiendo la quinona en la hidroquinona. El hidroximetilpirrol es inerte en la quinona, pero un agente de alquilación reactivo en la hidroquinona, con eliminación de agua que lleva a una especie electrófila de azafulveno, la cual alquila al ADN.
Existe una estructura cristalina de apaziquona unida a la DT-diaforasa (entrada de la PDB 1 GG5), y esta se usó para formar un molde para el análisis de la similitud de campo.
Para la similitud de campo: A tiene más de 93% de similitud; B tiene 90 a 92% de similitud; C tiene 85 a 89% de similitud, y D tieneÍ 70 a 74% de similitud.
EJEMPLO 81 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de forodesina, un inhibidor oralmente biodisponible de púrina nucleósido fosforilasa (PNPasa) bajo desarrollo, para el tratamiento de la leucemia linfocítica crónica recurrente de células B. Existen varias estructuras de forodesina en la PNPasa (2Q70; 1PF7; IB80). La estructura IB80 se usó como la base para el análisis. La estructura del molde usada se generó mediante minimización simple de la estructura de la forodesinja de IB80 usando el campo de fuerza XED.
Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 90 a 94% de similitud; y C tiene 75 a 89% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal del precursor; y D significa que la energía de unión está dentro de 250 Kcal del precursor.
EJEMPLO 82 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de teriflunomida, la cual se ha desarrollado como un tratamiento para quienes sufren de esclerosis múltiple (MS). El mecanismo de acción es la interferencia con la síntesis de pirimidina, principalmente inhibiendo la dihidroorotato deshidrogenasa (DHODH). Existe un gran número de estructuras de rayos X de alta resolución conocidas para la DHODH, incluyendo muchas con inhibidores unidos. Este análisis se basa en la enzima humana con teriflunomida unida (entrada de la PDB 1D3H). Se llevó a cabo el análisis de la similitud de campo mediante la alineación con la conformación del ligando a partir de la estructura de rayos X. Se llevaron a cabo predicciones de la energía de unión tomando las tres posiciones de alineación de puntuación superior de FieldAlign, y dando la puntuación contra la estructura cristalina 1D3H usando CHARMm, con optimización flexible del ligando.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 75 a 84% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor, y B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor.
EJEMPLO 83 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de mirabegron, un agonista ß3 adreno-receptor oralmente activo. No existen estructuras cristalinas del ß3 adreno-receptor mismo, pero existen varias estructuras de los receptores ß2 y ß? homólogos, algunas con ligandos unidos. La más relevante es la entrada de la PDB 3PDS del receptor ß2, con un ligando unido el cual es de tamaño similar a mirabegron. Un molde basado en esto se usó para el análisis de la similitud de campo. El nitrógeno de la etanolamina se trató como protonado para todos los análogos.
Se calcularon también las energías de unión.
Para la similitud de campo: A tiene más de 85% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud, y C tiene 75 a 79% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor, y B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor.
EJEMPLO 84 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de sapacitabina. La sapacitabina es un profármaco análogo de nucleósidos. Consiste de una ojiva de combate activa con una cadena lateral de palmitoilo la cual infiere biodisponibilidad oral. El grupo palmitoilo es removido por varias amidasas para revelar la molécula activa CNDAC (2'-C-ciano-2'-desoxi-1 -ß-D-arabinopentofuranosilcitosina), aunque algunos estudios han mostrado que la sapacitabina misma tiene también actividad antiproliferativa contra ciertos tumores. El mecanismo de acción para la CNDAC es de pasos múltiples: 1) como un análogo de nucleósidos, es fosforilada por la desoxicitidina cinasa (dCk) e incorporada entonces en las cadenas de ADN que están siendo sintetizadas, pero después de la incorporación la molécula sufre una eliminación beta, que lleva a un rompimiento del ADN de cadena sencilla, 2) existe entonces una cascada de acciones de señalización celular que lleva principalmente a apoptosis y una acumulación de células en la fase G2/M. Estos resultados llevan a actividad antiproliferativa ya sea a través de la muerte de las células o la interrupción de la división celular. Para representar con un modelo la actividad de la sapacitabina de esta serie de análogos, la atención se centró principalmente en los equivalentes de la CNDAC, es decir, removiendo el grupo palmitoilo de las estructuras. Se llevó a cabo el análisis de campo en las especies resultantes, mediante la alineación con la estructura del precursor en la conformación cristalina 1 P62. Se hicieron también predicciones de la energía de unión.
Para la similitud de campo: A tiene más de 90% de similitud; B tiene 85 a 89% de similitud, y C tiene 80 a 84% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor; B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor; C significa que la energía de unión está dentro de 100 Kcal de precursor, y C significa que la energía de unión está dentro de 300 Kcal del precursor.
EJEMPLO 85 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de trabectedina. La trabectedina se usa para el tratamiento del cáncer, y se cree que su modo de acción es a través del reconocimiento y la alquilación de secuencias de nucleótidos específicas en el dúplex de ADN. Bloquea la transcripción de, y finalmente causa daño del ADN en, oncogenes específicos. Se cree que el sitio de acción es la hendidura menor del dúplex de ADN, en donde el compuesto alquila el átomo N2 de la guanina por medio de una especie de ¡minio intermediaria. Una reproducción de la literatura representa con un modelo la interacción del objetivo, junto con la estructura de rayos X de un alquilador de guanina similar (antramicina) que se usó para proveer el molde para los análisis de la similitud de campo de los análogos.
Para la similitud de campo: A tiene 85 a 90% de similitud; B tiene 80 a 84% de similitud; C tiene 75 a 79% de similitud, y D tiene 70 a 74% de similitud.
EJEMPLO 86 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de motesanib, un candidato de fármaco anticáncer oralmente biodisponible. Inhibe a los receptores del factor de crecimiento endotelial vascular 1 , 2 y 3 (VEGFR1-3), el factor de crecimiento derivado de plaquetas (PDGFR) y el factor de células madre (c-kit). Existe una estructura cristalina publicada de motesanib en complejo con el dominio de cinasa del VEGFR2 humano (entrada de la PDB 3EFL), y la geometría de motesanib de la misma se usó directamente como la estructura molde para el análisis.
Para la similitud de campo: A tiene más de 95% de similitud; B tiene 90 a 94% de similitud, y C tiene 85 a 89% de similitud.
Para la energía de unión relativa: A significa que la energía de unión es mayor que la del precursor, y B significa que la energía de unión está dentro de 50 Kcal del precursor.
EJEMPLO 87 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de saredutant, un antidepresivo y antiansiolítico. Saredutant es un inhibidor del receptor NK2, cuyo substrato normal es la sustancia K (taquicinina A). No existen estructuras de rayos X del receptor NK2 disponibles, y de esta manera los análogos se evaluaron solamente a través del análisis de campo.
Para la similitud de campo: A tiene 80 a 85% de similitud, y B tiene 75 a 79% de similitud.
EJEMPLO 88 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de ramelteon, el cual se usa para el tratamiento del insomnio, en particular del inicio retardado del sueño. Es un agonista selectivo de los receptores de melatonina MTi y MT2. Se generó una conformación de referencia de ramelteon a partir de cinco agonistas de melatonina MTyMT2 (agomelatina, LY-156,735), melatonina, ramelteon y tasimelteon), y se usó para determinar las puntuaciones de la similitud de campo para los análogos.
Para la similitud de campo: A tiene 85 a 90% de similitud.
EJEMPLO 89 Se puso a prueba una gama de estructuras por su potencial como análogos de lixivaptan, un antagonista no peptídico del subtipo V2 del receptor de vasopresina, el cual se ha usado como un tratamiento para la hiponatremia (bajos niveles de sodio en la sangre) común en la insuficiencia cardiaca. No están disponibles estructuras de rayos X para la vasopresina específicamente. El molde para el análisis de la similitud de campo se basó en un análisis de algunos antagonistas y derivados más grandes de la literatura.
Para la similitud de campo: A tiene 90 a 95% de similitud, y B tiene 80 a 89% de similitud.
Metodología para los ejemplos 90 a 92 Manejo de células Se expandieron líneas de células PathHunter NHRPro de provisiones del congefador en matraces T25 de acuerdo con procedimientos estándar, y se mantuvieron en medio de crecimiento selectivo antes de la prueba.
Una vez que se estableció que las células estaban sanas y estaban creciendo normalmente, las células se hicieron pasar de los matraces usando reactivo de disociación de células, y se sembraron en microplacas de 384 cavidades de fondo claro de pared blanca para el análisis de los compuestos.
Para el análisis, las células se sembraron a una densidad de 10,000 células por cavidad en un volumen total de 20 pL, y se dejó que se adhirieran y se recuperaran durante la noche antes de la adición del compuesto. El medio contenía suero filtrado de carbón vegetal-dextrán para reducir el nivel de hormonas presentes.
Formato para el agonista Se generó la dilución de intermediarios de provisiones del compuesto, de modo que pudieran añadirse 5 pL de 5X el compuesto a cada cavidad con una concentración final de DMSO de 1% del volumen total.
Para el análisis del compuesto en el modo agonista, las células se incubaron en presencia del compuesto a 37°C por 5 horas.
Formato para el antagonista Se obtuvieron curvas de dosis del agonista la mañana del análisis para determinar el valor de la EC80 para la siguiente prueba de antagonistas con los compuestos. Se añadieron 5 pL de 5X el agonista a cada cavidad con una concentración igual de vehículo presente.
Se determinó directamente la concentración (EC80) del agonista a partir de la curva de dosis del agonista.
Para la determinación del antagonista, las células se preincubaron con el antagonista seguido de desafío con el agonista a la concentración EC80.
Se añadieron 5 µ?_ de 5X el compuesto a las células, y se incubaron a 37°C por 30 minutos.
Se añadieron 5 µ?_ de 6X el agonista a la EC80 a las células, y se incubaron a 37°C por 90 minutos (180 minutos para EDG2 y EDG8).
Detección de la señal Después de incubación adecuada del compuesto, se generó la señal de prueba a través de una sola adición de 15 pL del coctel de reactivos de detección PathHunter a 50% en v/v para las pruebas del agonista y antagonista, respectivamente, seguida de una hora de incubación a temperatura ambiente.
Se leyeron las microplacas después de la generación de la señal con un instrumento Envision™ de PerkinElmer para la detección de la señal de quimioluminiscencia.
Análisis de datos Las curvas de dosis en presencia y ausencia del compuesto se graficaron usando GraphPad Prism o Acitivity Base.
Para el modo agonista, se calculó el porcentaje de actividad usando la siguiente fórmula: % de actividad = 100% x (RLU media de la muestra de prueba - RLU media del control de vehículo)/(RLU máxima media del ligando control - RLU media del control de vehículo) EJEMPLO 90 EJEMPLO 91 Mientras que ambos análogos de lixivaptan mostraron actividad, las actividades relativas de los dos compuestos análogos fueron como se predijo mediante el análisis in silico (véase el ejemplo 89).
EJEMPLO 92 Metodología para los ejemplos 93 a 95 Se pusieron a prueba muchos análogos por su capacidad para destruir células cancerosas.
Resumen del protocolo Se sembraron células HepG2 en placas de cultivo de tejidos de 96 cavidades tratadas con poliestireno, a 0.5x104 células en 100 µ?_ por cavidad. Después de 24 horas, las células se dosificaron con el compuesto de prueba a una escala de concentraciones, y se incubaron por 72 horas. Una hora antes del término del período de incubación, las células se cargaron con MTT [amarillo; bromuro de 3-(4,5-dimetil-2-tiazolil)-2,5-difenil-2H-tetrazolio], las placas se secaron y se volvieron a solubilizar usando DMSO. Las placas se exploraron entonces usando SpectraFluorPlus (TECAN).
Sensibilidad de la prueba Se evaluó la citotoxicidad usando MTT. La prueba provee una medición de la actividad de la deshidrogenasa mitocondrial y la pérdida de células.
Pérdida de células: Una disminución puede indicar una pérdida de células que indica toxicidad debido a necrosis, apoptosis o una reducción en la proliferación celular.
Actividad mitocondrial: Una disminución puede indicar también un efecto sobre la función mitocondrial, ya que la deshidrogenase mitocondrial reduce el MTT [amarillo; bromuro de 3-(4,5-dimetil-2-tiazolil)-2,5- difenil-2H-tetrazolio] hasta formazán. El formazán se detecta en esta prueba.
EJEMPLO 93 Las células se dosificaron a las concentraciones de 0.04, 0.1 , 0.4, 1 , 4, 10, 40 y 100 µ?. La prueba se repitió tres veces a cada concentración.
Los resultados fueron los siguientes: MEC = Concentración mínima efectiva que cruza significativamente el umbral del vehículo.
AC50 = Concentración a la cual se observa 50% de efecto máximo para cada parámetro de la salud de las células. í Ambos compuestos exhibieron actividad. El compuesto 6a exhibió una mayor actividad que el compuesto 6b. Esto corresponde a las predicciones del análisis in silico en el ejemplo 48.
EJEMPLO 94 Las células se dosificaron a las concentraciones de 0.02, 0.05, 0.2, 0.5, 2, 5, 20 y 50 µ?. La prueba se repitió tres veces a cada concentración.
Los resultados fueron los siguientes: MEC = Concentración mínima efectiva que cruza significativamente el umbral del vehículo.
AC50 = Concentración a la cual se observa 50% de efecto máximo para cada parámetro de la salud de las células.
EJEMPLO 95 Las células se dosificaron a las concentraciones de 0.04, 0.1 , 0.4, 1 , 4, 10, 40 y 100 µ? para bexaroteno y el compuesto de fórmula 102, cuando Z es CH=NOH (compuesto 13a). Las células se dosificaron a las concentraciones de 0.02, 0.05, 0.2, 0.5, 2, 5, 20 y 50 µ? para el compuesto de fórmula 102, cuando Z es CH=NOMe (compuesto 13b). La prueba se repitió tres veces a cada concentración.
Los resultados fueron los siguientes: EJEMPLO 96 La eficacia in vitro de una serie de compuestos, se evaluó para actividad contra una gama de cepas bacterianas. Todos los artículos de prueba se almacenaron en la oscuridad a 4°C después del suministro. Inmediatamente antes del uso, aproximadamente 1 mg de cada compuesto se pesó con precisión y se disolvió en el volumen adecuado de DMSO, para dar una concentración de repuesto de 1.28 g/L.
Cepas Se llevaron a cabo pruebas de susceptibilidad contra una gama de cepas de bacterias anaeróbicas. Los detalles de las cepas usadas, son los siguientes: Restablecimiento y crecimiento de las cepas Todas las cepas se recuperaron del almacenamiento a largo plazo a -80°C mediante subcultivo en placas de agar-sangre frescas, e incubando anaeróbicamente a 37°C por hasta 4 días. Después de verificaciones visuales para asegurar las características apropiadas y de pureza de las colonias, se consideró que los aislados eran adecuados para su uso.
Preparación del inóculo Los inóculos para cada cepa bacteriana se prepararon tomando 5 a 10 colonias distintas de las placas de cultivo (asegurando que las placas no estuvieran en una atmósfera aeróbica por más de 30 minutos), y suspendiéndolas en 3 mi de caldo de Wiikins-Chalgren reducido. El inóculo se resuspendió mediante agitación vigorosa en un mezclador de acción de remólino por 15 segundos. La turbiedad se ajustó entonces al estándar 0.5 de McFarland (1-5 x 106 CFU/ml). El inóculo se diluyó adicionalmente en el caldo de Wiikins-Chalgren reducido con sangre lisada a 5% para pruebas de MIC, para dar un inóculo final en cada cavidad de 2-8x105 CFU/ml.
Condiciones de prueba de MIC Se pusieron a prueba MICs en caldo de Wiikins-Chalgren que había sido reducido mediante enfriamiento rápido después de tratamiento en autoclave y complementado con sangre lisada de caballo a 5%, de acuerdo con las normas generales adecuadas de CLSI (M1 1-A7).
Paso 1 : Adición del artículo de prueba a. Se preparó una solución de repuesto a una concentración de 1.28 g/L en DMSO. El repuesto se diluyó adicionalmente en caldo de Wilkins- Chalgren reducido con sangre lisada a 5%, para dar una concentración de partida superior de 128 mg/L en la prueba. Se dispensaron 100 pl_ del caldo de Wilkins-Chalgren reducido con sangre lisada a 5% en cada cavidad en las columnas 2 a 12. Se dispensaron 200 pL de la solución adecuada del compuesto de prueba (a 256 mg/mL) en cada cavidad en la columna 1. b. Se pipetearon alícuotas de 100 µ?_ de las cavidades de la columna 1 y se dispensaron en la columna 2 con una pipeta de canales múltiples (coeficiente de variación de ± 2%), diluyendo de esta manera 2 veces. Entonces se pipetearon muestras de 100 µ?_ de las cavidades dé la columna 2 y se dispensaron en la columna 3. El procedimiento se repitió a través de la columna 10. Se desecharon entonces los 100 µ?_ finales del fármaco diluido de la columna 10. La hilera 1 1 actuó como un control positivo (ningún fármaco o artículo de prueba u organismos añadidos). La hilera 2 actuó como un control negativo (ningún fármaco o artículo de prueba, y ningún organismo añadido).
Paso 2: Adición de las cepas bacterianas 100 µ?_ de la suspensión adecuada del inoculo en caldo de Wilkins-Chalgren reducido con sangre lisada a 5%, se añadieron aj las cavidades adecuadas. Esto resultó en una cavidad que contenía 200 µ?_ de volumen final (obtenidos de 100 µ?_ del compuesto o los diluyentes diluidós y 100 pL de inoculo o caldo solo).
Paso 3: Incubación de las placas de prueba Todas las placas se incubaron en la oscuridad bajo condici nes anaeróbicas a 37°C por 48 horas.
Paso 4: Lectura de las placas i Las placas se leyeron visualmente 48 horas post-inoculación. Se determinaron los puntos finales de >90% de inhibición (puntos finales de la interpretación de CLSI después del examen visual).
Resultados Metodología para el ejemplo 97 y el ejemplo comparativo 98 Las soluciones de los compuestos por ser puestos a prueba se prepararon en DMSO a una concentración de 10 mM, se dividieron en alícuotas y se almacenaron a -20°C. Las soluciones de repuesto se diluyeron adicionalmente con regulador de pH de prüeba para obtener las soluciones de prueba finales. Todas las soluciones de prueba finales no contenían más que DMSO a 2.0%.
Método ? Diluir los artículos de prueba a la concentración deseada con el regulador de pH de prueba ? Diluir la proteasa con el regulador de pH de prueba ? Añadir la solución de prueba diluida en la placa ? Añadir el componente de DPPVI proteasa diluido en la placa ? Preincubar por 10 minutos a 30°C, sellado con TopSeal-A 384, adhesivo claro (PE) ? Añadir el substrato (Gly-Pro-AMC) para iniciar la reacción ? Leer la absorción usando el modelo de cinética con PHERAstarPLUS (BMG).
Se registraron los datos mediante PHEARstarPLUS. La adquisición y el análisis de los datos se llevaron a cabo usando Excel 2003 y GraphPad Prism 4.
Cada prueba se repitió para cada compuesto 10 veces.
EJEMPLO 97 Se pusieron a prueba análogos de sitagliptina por su capacidad como inhibidores de DPPIV.
Se puso a prueba también el inhibidor conocido KR-62436 como un control positivo.
Los valores de IC50 de los compuestos puestos a prueba, fueron los siguientes: Compuesto IC50 KR-62436 78.6 nM Sitagliptina 6 nM Fórmula 3; V es =NOMe; Y es =0; compuesto 24b Fórmula 3; V es H(NH2); Y es H2; compuesto 81.3 nM 24a El compuesto 24a mostró una actividad en esta prueba. El compuesto 24b no exhibió actividad significativa en esta prueba. Esto corresponde a las predicciones en el análisis in silico descrito en el ejemplo 52 anterior.
EJEMPLO COMPARATIVO 98 Se puso a prueba el compuesto 35a por su capacidad como un inhibidor de renina. Se predijo que el compuesto 35a es un inhibidor de renina deficiente en el análisis in silico (véase el ejemplo 46).
El inhibidor de renina conocido Ac-HPFV-(Sta)-LF-NH2 se usó como un control positivo.
Los valores de IC50 de los compuestos puestos a prueba, fueron los siguientes: Compuesto IC50 Control positivo 8.4 nM Hemifumarato de aliskiren 1.4 nM Compuesto 35a - EJEMPLO 99 Las concentraciones de ocho compuestos de prueba (0.001 -10 µ?; concentración final de DMSO, 0.5%) se incubaron con la MAO-B humana recombinante (2 pg/mL), en presencia del substrato de sondeo kinuramina (25 µ?) por 25 minutos a 37°C. La concentración de cada compuesto de prueba se evaluó por duplicado. El inhibidor de la MAO no selectivo, tranilcipromina, se examinó junto con los compuestos de prueba como un control positivo. Las reacciones concluyeron mediante la adición de metanol conteniendo estándar interno para cuantificación analítica. Las muestras extinguidas se incubaron a 4°C por 10 minutos y se centrifugaron a 4°C por 10 minutos. El sobrenadante se removió y se analizó mediante LC-MS/MS para el metabolito de sondeo 4-hidroxiquinolina. Se usaron condiciones analíticas genéricas de LC-MS/MS de Cyprotex. i Una disminución en la formación del metabolito en comparación con el control de vehículo, se usó para calcular un valor de IC50.
Inhibición de la actividad de la MAO-B por los compuestos de prueba y el control positivo (ICso. substrato = kinuramina 25 µ?) EJEMPLO 100 Se evaluaron seis compuestos para actividad anti-neuraminidasa de la influenza. Se incubó virus de la influenza sensible a oseltamivir con los compuestos (8 concentraciones, por duplicado), en presencia de un substrato quimioluminiscente de neuraminidasa (NA-XTD), de Applied Biosystems, Se monitorearon las reacciones con un luminómetro. Como control, se incubó el virus en ausencia de los compuestos, y también en presencia de diferentes concentraciones de oseltamivir (forma carboxílica de oseltamivir). Todos los compuestos de prueba y el oseltamivir se pusieron a prueba en paralelo. Se determinaron los valores de EC5o y ECgo con GraphPad Prism.
Los valores de EC50 y EC90 fueron los siguientes: No se observó actividad para el ejemplo comparativo. Se predijo que este compuesto tiene actividad deficiente mediante el análisis in silico (véase el ejemplo 37).

Claims (13)

NOVEDAD DE LA INVENCION REIVINDICACIONES
1.- Un compuesto de acuerdo con la fórmula 3 a continuación: en donde: nte del grupo que comprende: se selecciona independientemente del R1 es independientemente en cada ocurrencia H o Ac; R2 es independientemente en cada ocurrencia H, alquilo de Ci, alquilo de C2, alquilo de C3 o alquilo de C4; R5 se selecciona independientemente, en cada ocurrencia, del grupo que comprende: H, Ac y alquilo de C ¡ siempre que el compuesto no sea sitagliptina.
2 - El compuesto de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque
3.- El compuesto de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque
4.- El compuesto de conformidad con cualquier reivindicación anterior, caracterizado además porque 2
5. - El compuesto de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado además porque R2 es H.
6. - El compuesto de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado además porque R2 es metilo, etilo, propilo, isopropilo, butilo o ter-butilo.
7. - El compuesto de conformidad con la reivindicación 1 o reivindicación 2, caracterizado además porque
8 - El compuesto de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, para usarse como un medicamento.
9 - Una composición farmacéutica que comprende el compuesto de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, junto con uno o más excipientes farmacéuticos.
10. - Una forma de dosificación oral que comprende el compuesto de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, junto con uno o más excipientes farmacéuticos.
11. - Una forma de dosificación intravenosa que comprende el compuesto de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, junto con uno o más excipientes farmacéuticos.
12. - El compuesto de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, para usarse en el tratamiento de diabetes.
13. - El uso del compuesto de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, para la elaboración de un medicamento para el tratamiento de diabetes. 18B P13/350F
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