KR20190134631A - 암의 진단 및 치료 방법 - Google Patents

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마루크 후세니
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제넨테크, 인크.
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Abstract

본 발명은 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요상피 방광암 (UBC)), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))의 치료를 위한 진단 방법, 치료 방법, 및 조성물을 제공한다. 본 발명은, 적어도 부분적으로, 개체로부터의 샘플에서 본 명세서에 기재된 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준이 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))에 의한, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))에 의한 치료의 치료적 효능을 예측하는 방법에서 사용될 수 있는 발견을 기반으로 한다.

Description

암의 진단 및 치료 방법
서열 목록
본원은 ASCII 포맷으로 전자 형식으로 제출되어, 그 전체가 참조로 본원에 편입된 서열 목록을 포함한다. 상기 ASCII 복사물 (2018년 2월 28일 제작)는 50474-164WO4_Sequence_Listing_02.28.18_ST25로 명명되고, 그 크기는 235,647 바이트이다.
기술분야
본 발명은 암의 치료를 위한 진단 및 치료 방법에 관한 것이다. 관련된 키트 및 검정이 또한 제공된다.
암은 인간 건강에 가장 치명적인 위협들 중 하나로 남아있다. 미국에서, 암은 매년 거의 130만명의 신규한 환자에게 영향을 미치며, 심장병 이후 사망의 두 번째 주된 원인으로, 대략 4분의 1이 사망한다. 또한 암은 5년 이내에 사망 원인 중 1위로 심혈관 질환을 능가할 것으로 예상된다. 고형 종양은 대부분의 사망에 대한 원인으로 작용한다. 특정 암의 의학적 치료에 유의미한 진전이 있어 왔지만, 모든 암의 경우 총 5년 생존율이 지난 20년에 걸쳐 약 10%만 개선된 바 있다. 특히, 악성 고형 종양은 조절되지 않는 방식으로 전이되고 빠르게 성장하여, 그것의 시기적절한 검출 및 치료를 극도로 어렵게 한다.
면역 관문 억제제를 갖는 인간에서의 연구는 종양 성장을 제어하고 박멸하기 위해 면역계를 이용하는 유망함을 실증했다. 프로그래밍된 사망 1 (PD-1) 수용체 및 그것의 리간드 프로그래밍된 사망-리간드 1 (PD-L1)은 만성 감염, 임신, 조직 동종이식편, 자가면역 질환, 및 암 동안 면역계 반응의 억제에 연루된 면역 관문 단백질이다. PD-L1은 T-세포, B-세포, 및 단핵구의 표면 상에 발현되는, 억제성 수용체 PD-1에 결합함에 의해 면역 반응을 조절한다. PD-L1은 또 다른 수용체, B7-1과 또한 상호작용을 통해 T-세포 기능을 음성으로 조절한다. PD-L1/PD-1 및 PD-L1/B7-1 복합체의 형성은 T-세포 수용체 신호화를 음성으로 조절하여, T-세포 활성화의 후속 하향조절 및 항-종양 면역성 활성의 억제를 초래한다.
암의 치료에서의 상당한 진전에도 불구하고, 개선된 진단 방법 및 암 요법이 여전히 모색되있다.
본 발명은 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요상피 방광암 (UBC)), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))를 가지고 있는 개체를 치료하기 위한 진단 및 치료 방법 및 조성물을 제공한다.
일 양태에서, 본 발명은 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 방법을 특징으로 하고, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9; (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는 (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 샘플 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 가지고 있는 개체를 위한 요법을 선택하는 방법을 특징으로 하고, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9; (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는 (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 수준 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 추가로, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법을 특징으로 하고, 상기 방법은 하기의 단계를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9; (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되고; 및 (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로서, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 개체에게 투여하는 단계.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준PD-L1의 참조 발현 수준의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 상기 개체에게 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제의 유효량을 포함하는 항-암 요법을 투여하는 것을 포함하되, 치료 전에, (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
일부 구현예에서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과에서 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법을 특징으로 하고, 상기 방법은 하기의 단계를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계: VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고; 그리고 (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로서, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법을 특징으로 하고, 상기 방법은 상기 개체에게, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 투여하는 것을 포함하고, 치료 전에, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 참조 수준은 신장암을 가지고 있는 개체의 모집단으로부터 결정된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 참조 수준은 신장암을 가지고 있는 환자의 모집단에서 결정된 중앙 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 참조 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현 수준의 Z-점수의 중앙이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 발현 수준은 핵산 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준이다. 일부 구현예에서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, ISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정된다.
이전의 양태 중 임의의 것의 다른 구현예에서, 발현 수준은 단백질 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 단백질 발현 수준은 면역조직화학 (IHC), 웨스턴 블랏, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 면역침강, 면역형광, 방사선면역검정, 또는 질량 분광분석법에 의해 결정된다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플, 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 포르말린-고정된 및 파라핀-포매된 (FFPE) 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 개체는 신장암에 대해 이전에 치료되지 않았다. 일부 구현예에서, 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)이다. 일부 구현예에서, RCC는 전이성 RCC (mRCC)이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체 또는 VEGF 수용체 (VEGFR) 억제제이다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체이다. 일부 구현예에서, 항-VEGF 항체는 베바시주맙이다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제는 VEGFR 억제제이다. 일부 구현예에서, VEGFR 억제제는 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제이다. 일부 구현예에서, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙이다. 일부 구현예에서, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의, 그것의 리간드 결합 파트너 중 하나 이상에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MPDL3280A (아테졸리주맙), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (드루발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기 초가변성 영역 (HVR)을 포함한다: (a) 하기의 HVR-H1 서열: GFTFSDSWIH (서열번호: 63); (b) 하기의 HVR-H2 서열: AWISPYGGSTYYADSVKG (서열번호: 64); (c) 하기의 HVR-H3 서열: RHWPGGFDY (서열번호: 65); (d) 하기의 HVR-L1 서열: RASQDVSTAVA (서열번호: 66); (e) 하기의 HVR-L2 서열: SASFLYS (서열번호: 67); 및 (f) 하기의 HVR-L3 서열: QQYLYHPAT (서열번호: 68). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변성 (VH) 도메인: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호: 69);
(b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변성 (VL) 도메인: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열번호: 70); 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
(b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
(c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; 및 (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 본 방법은 추가로, 추가의 치료제를 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 치료제는 면역요법제, 세포독성 약물, 성장 억제성 제제, 방사선 요법제, 항-혈관신생제, 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 개체는 인간이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 키트를 특징으로 하고, 상기 키트는 하기를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 발현 수준을 결정하기 위한 시약:
CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9; 및, 선택적으로, (b) VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하기 위한 시약을 사용하기 위한 지침.
이전의 양태의 일부 구현예에서, 본 키트는 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
이전의 양태의 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
이전의 양태의 일부 구현예에서, 본 키트는 PD-L1 및 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 VEGF 길항제에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 키트를 특징으로 하고, 상기 키트는 하기를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 발현 수준을 결정하기 위한 시약:VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 및, 선택적으로, (b) VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 시약을 사용하기 위한 지침. 일부 구현예에서, 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 본 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 특징으로 한다 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료를 위한 후보인 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 검정, 상기 검정은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9; (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는 (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 샘플 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 상기 개체를 확인한다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 VEGF 길항제를 포함하는 치료를 위한 후보인 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 검정을 특징으로 하고, 상기 검정은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다: VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다. 일부 구현예에서, 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함한다.
이전의 양태의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 초과이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에서 사용하기 위한, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법을 특징으로 하고, 치료 전에, (i) 상기 개체로부터의 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에서의, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법의 용도를 제공하고, 치료 전에, (i) 상기 개체로부터의 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과에서 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에서 사용하기 위한 VEGF 길항제를 특징으로 하고, 치료 전에, 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제는 PD-L1 축 결합 길항제와 함께 사용하기 위해 제형화된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에서의 VEGF 길항제의 용도를 제공하고, 치료 전에, 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 약제는 PD-L1 축 결합 길항제와 함께 사용하기 위해 제형화된다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체 또는 VEGF 수용체 (VEGFR) 억제제이다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체이다. 일부 구현예에서, 항-VEGF 항체는 베바시주맙이다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제는 VEGFR 억제제이다. 일부 구현예에서, VEGFR 억제제는 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제이다. 일부 구현예에서, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙이다. 일부 구현예에서, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙이다.
이전의 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의, 그것의 리간드 결합 파트너 중 하나 이상에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MPDL3280A (아테졸리주맙), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (드루발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기 초가변성 영역 (HVR)을 포함한다: (a) 하기의 HVR-H1 서열: GFTFSDSWIH (서열번호: 63); (b) 하기의 HVR-H2 서열: AWISPYGGSTYYADSVKG (서열번호: 64); (c) 하기의 HVR-H3 서열: RHWPGGFDY (서열번호: 65); (d) 하기의 HVR-L1 서열: RASQDVSTAVA (서열번호: 66); (e) 하기의 HVR-L2 서열: SASFLYS (서열번호: 67); 및 (f) 하기의 HVR-L3 서열: QQYLYHPAT (서열번호: 68). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변성 (VH) 도메인: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호: 69);
(b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변성 (VL) 도메인: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열번호: 70); 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
(b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
(c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; 및 (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다.
도 1은 아테졸리주맙 및 베바시주맙 병용 치료를 받는 신장 세포 암종 (RCC) 환자의 종양 부담을 경시적으로 나타낸 그래프이다. 그래프 상의 점은 표적 병변에 대한 가장 긴 직경 (SLD)의 합계에서 기준선으로부터 최대 감소를 나타낸다. PR, 부분 반응; PD, 진행성 질환; SD, 무변성 질환.
도 2는 각 RCC 환자에 대한 연구 치료의 지속 기간을 보여주는 그래프이다. 제1 PR 또는 CR 시간은 원으로 표시되며; 제1 PD의 시간은 삼각형으로 표시되며; 치료 중단은 흑색 막대로 표시되고; 그리고 분석 시점에서 치료를 받고 있는 환자는 화살표로 표시된다.
도 3은 베바시주맙 ("Bev") 치료 후 종양 바이오마커의 유전자 발현 수준을 나타낸 그래프이다. 치료중(on-treatment) 종양 샘플의 발현 수준은 기준선 발현 수준 (전처리)과 관련하여 나타낸다. 혈관 특질 유전자 (ANGPT2, CD34, DLL4, EGFL7 및 ESM1)가 흑색으로 표시되며, CD8 T 세포 효과기 유전자 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, IFNG 및 PRF1)는 패턴화된 회색으로 표시되며, Th1 케모카인 (CXCL10, CXCL11, CXCL13 및 CXCL9)은 백색으로 표시되고, 자연 살해 (NK) 세포 유전자 (GZMB, KLRK1 및 SLAMF7)는 완전 회색으로 표시된다.
도 4는 아테졸리주맙 및 베바시주맙 병용 ("Bev+Atezo") 치료 후 종양 바이오마커의 유전자 발현 수준을 나타낸 그래프이다. 치료중(on-treatment) 종양 샘플의 발현 수준은 기준선 발현 수준 (전처리)과 관련하여 나타낸다. 혈관 특질 유전자 (ANGPT2, CD34, DLL4, EGFL7 및 ESM1)가 흑색으로 표시되며, CD8 T 세포 효과기 유전자 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, IFNG 및 PRF1)는 패턴화된 회색으로 표시되며, Th1 케모카인 (CXCL10, CXCL11, CXCL13 및 CXCL9)은 백색으로 표시되고, NK 세포 유전자 (GZMB, KLRK1 및 SLAMF7)는 완전 회색으로 표시된다.
도 5는 면역조직화학 (IHC)에 의하여 평가 시 환자 3 유래의 종양 샘플 내 면역 및 맥관구조 마커의 단백질 발현을 나타내는 일련의 대표적인 이미지이다. CD31은 암회색으로 염색되어 있으며 (제1 행), CD8은 암회색으로 염색되어 있으며 (제2 행), MHC-I는 암회색으로 염색되어 있으며 (제3 행), 및 PD-L1은 암회색으로 염색되어 있다 (제4 행). 전처리 샘플은 왼쪽 칼럼에 나타나 있으며, 베바시주맙-후 샘플은 중간 칼럼에 나타나 있으며, 및 베바시주맙+아테졸리주맙-후 샘플은 오른쪽 칼럼에 나타나 있다.
도 6은 IHC에 의해 평가 시, 지시된 시점에서의 면역 및 맥관구조 마커의 정량화를 나타내는 일련의 그래프이다. CD31 발현은 최상부 패널에 나타나 있으며, CD8 발현은 중간 패널에 나타나 있으며, MHC-I 발현은 하단 패널에 나타나 있다. P 값은 양말단 t-시험에 의해 계측되었다. "VPOSVE"는 혈관 밀도의 척도이다.
도 7는 IHC에 의한 평가시, 환자 3으로부터의 종양 샘플의 연속 섹션으로부터 면역 및 맥관구조 마커의 단백질 발현을 도시하는 일련의 대표적인 이미지이다. 제1 행은 CD34, 알파 평활근 액틴 (αSMA) 및 포도플라닌의 발현을 나타낸다. 제2 행은 CD8 및 Ki67의 발현을 나타낸다. 제3 행은 CD68 및 CD163의 발현을 나타낸다. 전처리 샘플은 왼쪽 칼럼에 나타나 있으며, 베바시주맙-후 샘플은 중간 칼럼에 나타나 있으며, 및 베바시주맙+아테졸리주맙-후 샘플은 오른쪽 칼럼에 나타나 있다.
도 8는 IHC에 의한 평가시, 종양 샘플에서 CD34 및 αSMA의 단백질 발현을 도시하는 일련의 대표적인 이미지 이다. 전처리 샘플은 왼쪽 칼럼에 나타나 있으며, 베바시주맙-후 샘플은 중간 칼럼에 나타나 있으며, 및 베바시주맙+아테졸리주맙-후 샘플은 오른쪽 칼럼에 나타나 있다. 개별 환자 1-6의 섹션이 각각의 행에 배열된다. 각 환자의 반응도 또한 표시된다.
도 9는 IHC에 의해 평가된, 종양의 연속 절편으로부터 면역 및 맥관구조 마커의 단백질 발현을 나타내는 일련의 대표적인 이미지이다. 제1 행은 CD34, αSMA 및 포도플라닌의 발현을 나타낸다. 제2 행은 CD8 및 Ki67의 발현을 나타낸다. 제3 행은 CD68 및 CD163의 발현을 나타낸다. 베바시주맙-후 샘플은 왼쪽 칼럼에 나타나 있으며, 및 베바시주맙+아테졸리주맙-후 샘플은 오른쪽 칼럼에 나타나 있다.
도 10은 IHC에 의해 평가된, 종양 베바시주맙+아테졸리주맙-후의 연속 절편으로부터 면역 및 맥관구조 마커의 단백질 발현을 나타내는 일련의 대표적인 이미지이다. 상부의 이미지는 CD34, αSMA 및 포도플라닌의 발현을 나타낸다. 중간 이미지는 CD8 및 Ki67의 발현을 나타낸다. 하단의 이미지는 CD68 및 CD163의 발현을 나타낸다.
도 11은 베바시주맙 및 베바시주맙+아테졸리주맙 치료에 반응하여 종양에서의 VEGF 전사체 발현의 상향조절을 나타내는 그래프이다. 발현은 하우스 키핑 (HK) 유전자 발현으로 정규화된다. 각각의 라인은 개별 환자를 나타낸다.
도 12는 IHC에 의해 평가 시, 종양 절편으로부터 CD8 (염색된 암회색)의 단백질 발현을 나타내는 일련의 대표적인 이미지이다. 전처리 샘플은 왼쪽 칼럼에 나타나 있으며, 베바시주맙-후 샘플은 중간 칼럼에 나타나 있으며, 및 베바시주맙+아테졸리주맙-후 샘플은 오른쪽 칼럼에 나타나 있다. 개별 환자 1-6의 섹션이 각각의 행에 배열된다. 각 환자의 반응도 또한 표시된다.
도13는 IHC에 의한 평가시, 종양 섹션으로부터 CD8 및 Ki67의 단백질 발현을 도시하는 일련의 대표적인 이미지이다. 전처리 샘플은 왼쪽 칼럼에 나타나 있으며, 베바시주맙-후 샘플은 중간 칼럼에 나타나 있으며, 및 베바시주맙+아테졸리주맙-후 샘플은 오른쪽 칼럼에 나타나 있다. 개별 환자 1-6의 섹션이 각각의 행에 배열된다.
도 14a-14c는 전처리 시점에서 각각의 환자의 경우, 제곱 밀리미터(㎟) 종양 면적당 CD8 또는 Ki67 및 CD8 모두를 발현하는 세포의 수를 나타내는 일련의 그래프이다. 도 14a는 환자 1 및 2에 대한 데이터를 나타낸다. 도 14b는 환자 3 및 4에 대한 데이터를 나타낸다. 도 14c는 환자 5에 대한 데이터를 나타낸다. 각 환자의 반응도 또한 표시된다.
도 15a-15c는 베바시주맙 이후 시점에서 각각의 환자의 경우, ㎟ 종양 면적당 CD8 또는 Ki67 및 CD8 모두를 발현하는 세포의 수를 나타내는 일련의 그래프이다. 도 15a는 환자 1 및 2에 대한 데이터를 나타낸다. 도 15b는 환자 3 및 5에 대한 데이터를 나타낸다. 도 15c는 환자 6에 대한 데이터를 나타낸다. 각 환자의 반응도 또한 표시된다.
도 16a-16c는 후-베바시주맙+아테졸리주맙 시점에서 각각의 환자에 대한 mm2 종양 면적당 CD8 또는 Ki67 및 CD8 둘 모두를 발현시키는 세포의 수를 도시하는 일련의 그래프이다. 도 16a는 환자 1 및 2에 대한 데이터를 나타낸다. 도 16b는 환자 3 및 4에 대한 데이터를 나타낸다. 도 16c는 환자 5 및 6에 대한 데이터를 나타낸다. 각 환자의 반응도 또한 표시된다.
도 17a 및 17b는 CX3CR1를 발현시키는 종양 샘플에서 CD8+ 세포의 백분율을 도시하는 일련의 유세포측정 플롯이다. 전처리 샘플은 왼쪽 칼럼에 나타나 있으며, 베바시주맙-후 샘플은 중간 칼럼에 나타나 있으며, 및 베바시주맙+아테졸리주맙-후 샘플은 오른쪽 칼럼에 나타나 있다. 각각의 행은 개별 환자의 결과를 보여준다. 도 17a는 환자 2 및 3에 대한 데이터를 나타낸다. 도 17b는 환자 5 및 6에 대한 데이터를 나타낸다.
도 18은 유세포측정 분석을 기초로 한, 전체 CD8+ 세포 (왼쪽)의 백분율 및 종양 항원-특이적 (Dex-APC+) T 세포 (오른쪽)의 백분율로서의 CX3CR1의 발현을 나타내는 그래프이다.
도 19는 혈액내 항원-특이적 T 세포의 대표적인 빈도를 나타내는 일련의 유세포측정법이다. 종양 생검시점에 맞춰 채혈한 혈액을 가진 2명의 HLA-A2 양성 환자로부터의 대표적인 데이터가 나타나 있다.
도 20은 종양에서 표시된 치료 시점에서의 케모카인 발현 (CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 및 CXCL10)의 변화를 나타내는 일련의 그래프이다. 발현은 하우스 키핑 (HK) 유전자 발현으로 정규화되었다.
도 21a 내지 21c는 환자 6의 종양 샘플에서 치료 전후의 침윤 림프구 (TIL)의 TCRβ 서열분석 결과를 보여주는 일련의 그래프이다. 각각의 그룹의 최상부 클론 (최대 25개)이 표시되어 있다. 경향이 있는 TCRβ 클론 집단의 유병률은 도 21a (하부 패널), 21b 및 21c에 진한 선으로 표시되어 있다.
도 22는 베바시주맙+아테졸리주맙 치료 전 및 후 환자 3 TIL로부터 TCRβ 서열분석의 결과를 도시하는 그래프이다.
도 23a 및 23b는 환자 2, 3, 및 6으로부터 전처리 PBMC, 후-베바시주맙+아테졸리주맙 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC), 및 후-베바시주맙+아테졸리주맙 TIL의 TCRβ 서열분석의 결과를 도시하는 일련의 그래프이다. 도 23a는 환자 2 및 3에 대한 데이터를 도시하며, 그리고 도 23b는 환자 6에 대한 데이터를 도시한다. 각각의 그룹의 최상부 클론 (최대 25개)이 표시되어 있다.
도 24는 환자 3 및 6에 대해, 각각의 치료 시점에서 PBMC 풀 대 TIL 풀에서 바이러스 항원-특이적 클론의 수를 도시하는 열지도이다.
도 25는 지시된 유전자 발현 하위그룹에서 무진행 생존 (PFS)과 상관된 전체적인 반응 속도 (ORR)를 도시하는 그래프이다. Atezo, 아테졸리주맙; atezo+bev; 아테졸리주맙 및 베바시주맙이다. Ang는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34를 나타내고; Teff는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1을 나타낸다.
도 26은 RCC 종양에서 혈관신생인, 면역 연관되고 골수 연관된 유전자의 전사체 지도를 도시하는 열지도이다.
도 27a 및 27b는 아테졸리주맙에 베바시주맙의 첨가는 T-효과기 (Teff) 높은/골수 염증 (골수) 높은 하위그룹 (도 27b)에서 개선된 PFS 이점과 연관되었지만, Teff 높은 골수 낮은 하위그룹 (도 27a)에서는 그렇지 않은 것을 나타내는 일련의 그래프이다. Teff는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1을 나타낸다. 골수는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2를 나타낸다. 높음:≥ 중앙 발현, 낮음:< 중앙 발현.
도 28은 실시예 5에 기재된 연구의 Atezo+Bev 아암 내에서 골수 높은 환자 대 골수 낮은 환자를 비교할 때 Teff 유전자와 독립적으로, 골수 유전자 (IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2)가 상대적으로 더 나쁜 PFS 결과와 연관되었다는 것을 나타내는 그래프이다. 수니티닙 (Sun)에 비교될 때, Atezo+Bev는 골수 높은 모집단에서는 Sun과 상이하지 않았지만, Atezo+Bev는 골수 낮은 모집단에서 개선된 PFS 이점을 실증했다. 높음:≥ 중앙 발현, 낮음:< 중앙 발현.
도 29a 및 29b는 아테졸리주맙+베바시주맙이 혈관신생 낮은 하위그룹 (도 29a)에서 수니티닙에 비교하여 개선된 PFS를 실증한 반면에 수니티닙 치료는 혈관신생 높은 하위그룹 (도 29b)에서 개선된 PFS를 실증했다는 것을 나타내는 일련의 그래프이다. 혈관신생 유전자 (VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34)의 높은 (≥ 중앙 발현) 또는 낮은 (< 중앙 발현) 발현을 갖는 환자에 대한 PFS가 지시된 처리 아암에 대해 도시되어 있다.
도 30a-30c는 수니티닙 치료가 혈관신생 낮은 서브셋에 비교하여 혈관신생 높은 서브셋에서 개선된 PFS를 실증했다는 것을 나타내는 일련의 그래프이다. 수니티닙 (도 30a), 아테졸리주맙+베바시주맙 (도 30b), 및 아테졸리주맙 (도 30c) 처리 아암에서 환자에 대한 PFS가 혈관신생 유전자 (VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34)의 높은 (≥ 중앙 발현) 또는 낮은 (< 중앙 발현) 발현을 갖는 환자 하위그룹에 대해 평가되었다. 그래프 아래 표는 위험 비율 (HR) 및 95% 신뢰 구간 (95% CI)을 나타낸다.
도 31a 및 31b는 아테졸리주맙+베바시주맙이 Teff 높은 서브셋에서 수니티닙에 비교하여 개선된 PFS를 실증했다는 것을 나타내는 일련의 그래프이다. Teff 유전자 (CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1)의 높은 (≥ 중앙 발현) (도 31a) 또는 낮은 (< 중앙 발현) (도 31b) 발현을 갖는 환자에 대한 PFS가 지시된 처리 아암에 대해 도시되어 있다.
도 32a-32c는 아테졸리주맙+베바시주맙이 Teff 높은 하위그룹 대 Teff 낮은 하위그룹에서 개선된 PFS를 실증했다는 것을 나타내는 일련의 그래프이다. 수니티닙 (도 32a), 아테졸리주맙+베바시주맙 (도 32b), 및 아테졸리주맙 (도 32c) 처리 아암에서 환자에 대한 PFS가 Teff 유전자 (CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1)의 높은 (≥ 중앙 발현) 또는 낮은 (< 중앙 발현) 발현을 갖는 환자 하위그룹에 대해 평가되었다. 그래프 아래 표는 위험 비율 (HR) 및 95% 신뢰 구간 (95% CI)을 나타낸다.
도 33은 IMmotion150 시험에서 3개 처리 아암: 수니티닙, 아테졸리주맙 단일요법, 또는 조합으로 아테졸리주맙+베바시주맙 중 하나로 무작위화된 환자의 흐름도를 도시하는 개략도이다. 수니티닙 아암에서 일 환자는 동의의 철회에 기인하여 연구 약물을 투여받지 않았고 안전성 분석으로부터 배제되었다.
도 34a-34c는 PD-L1+ IC로 mRCC 환자에서 아테졸리주맙+베바시주맙과 연관된 양성 독립적인 검토 설비 (IRF)-평가된 효능을 나타내는 일련의 그래프이다. 카플란-마이어 곡선은 하기를 묘사한다 : 33개월에 걸쳐 ITT 모집단 (도 34a) 및 PD-L1+ (IHC에 의한 IC 상에 ≥1% PD-L1 발현) 모집단 (도 34b)에서 아테졸리주맙 베바시주맙, 아테졸리주맙 단일요법, 및 수니티닙 처리 아암에서의 IRF-평가된 중앙 PFS.검열받은 데이터는 카플란-마이어 곡선에서 수직 눈금에 의해 표시된다. 각각의 처리 아암에 대한 ITT 및 PD-L1+ 모집단에 대하여 부분적인 반응 (PR) 및 완전한 반응 (CR)에 의해 묘사된 객관적인 반응 속도 (ORR) (도 34c).
도 35a 및 35b는 PD-L1+ IC로 mRCC 환자에서 아테졸리주맙+베바시주맙과 연관된 조사자 (INV)-평가된 PFS를 나타내는 일련의 그래프이다. 카플란-마이어 곡선은 ITT 모집단 (도 35A) 및 PD-L1+ (IHC에 의한 IC 상에 ≥1% PD-L1 발현) 모집단 (도 35B) 에서 33개월에 걸쳐 아테졸리주맙+베바시주맙, 아테졸리주맙 단일요법, 및 수니티닙 처리 아암에서의 INV-평가된 중앙 PFS를 묘사한다. 검열받은 데이터는 카플란-마이어 곡선에서 수직 눈금에 의해 표시된다.
도 36A 및 36B는 주요 하위그룹에서 IRF-평가된 PFS 위험 비율 (HR)을 나타내는 일련의 포레스트 플롯이다. 아테졸리주맙+베바시주맙 (도 36A) 및 아테졸리주맙 단일요법 (도 36B)에 대한 특이적 환자 하위그룹에서 중앙 PFS 대 수니티닙 HR을 묘사하는 포레스트 플롯이 도시되어 있다. 분석은 계층화되지 않았다.
도 37A 및 37B는 아테졸리주맙+베바시주맙 대 수니티닙 아암 (도 37A)과 하기 내의 ≥ 20% 빈도 사이의 빈도에서 > 5% 차이를 갖는 유해 사례 (AE)를 나타내는 일련의 그래프이다: 아테졸리주맙 대 수니티닙 모집단 (도 37B).
도 38A는 하기를 나타내는 열지도이다: 263개 전처리 종양 (칼럼)에서 관심있는 유전자의 발현 (열). 혈관신생, 면역 및 항원 전달, 및 골수 염증에 관련된 유전자의 정규화된 계수는 가시화 전에 Z-점수로 전환되었다. 샘플 주석은 종양-침윤 면역 세포 (IC)에 대한 PD-L1 IHC 상태, 육종양 특징의 존재, MSKCC 점수, 및 종양 단계를 포함한다.
도 38B는 평균 CD31 IHC 염색 강도가 Angio낮은 모집단에서보다 Angio높은 모집단에서 더 높다는 것을 나타내는 그래프이다 (2-테일드 t 테스트, P = 4.19 × 10-21). 그룹 당 샘플 수는 그래프 위에 나타나 있다.
도 38C 및 38D는 Teff 서명 점수가 IHC에 의한 IC 상의 PD-L1 단백질 발현 수준 (도 38C; 왈드 테스트 P = 3.26 × 10-20) 및 IHC에 의한 종양내 CD8A 단백질 발현 (도 38D; 2-테일드 t 테스트 P = 1.26 x 10- 28)과 연관된다는 것을 나타내는 일련의 그래프이다. 그룹 당 샘플 수는 각각의 그래프 위에 나타나 있다.
도 38E는 각각의 처리 아암에 대한 Angio높은 및 Angio낮은 모집단에서 ORR (PR + CR)을 도시하는 그래프이다. 오차 막대는 ORR에 대한 95% CI를 나타낸다.
도 38F는 각각의 처리 아암 내의 Angio높은 대 Angio낮은 모집단에 대한 PFS HR 및 CI의 포레스트 플롯을 도시하는 그래프이다.
도 38G 및 38H는 Angio낮은 (도 38G) 및 Angio높은 (도 38H) 하위그룹에서 처리 아암에 걸친 PFS의 개연성을 나타내는 카플란-마이어 곡선을 도시하는 일련의 그래프이다; HR은 수니티닙에 대비해 계산했다.
도 38I는 각각의 처리 아암에 대한 Teff높은 및 Teff낮은 모집단에서 ORR (PR + CR)을 나타내는 그래프이다. 오차 막대는 ORR에 대한 95% CI를 나타낸다.
도 38J는 각각의 처리 아암 내의 Teff높은 대 Teff낮은 모집단에 대한 PFS HR 및 CI의 포레스트 플롯을 도시하는 그래프이다.
도 38K 및 38L은 Teff낮은 (도 38K) 및 Teff높은 (도 38L) 하위그룹에서 처리 아암에 걸친 PFS의 개연성을 나타내는 카플란-마이어 곡선을 도시하는 일련의 그래프이다; HR은 수니티닙에 대비해 계산된다.
도 38M 및 38N은 하기를 도시하는 일련의 그래프이다: 카플란-마이어 곡선으로 Teff높은골수낮은 (도 38M) 및 Teff높은골수높은 (도 38N) 하위그룹에서 PFS의 개연성을 나타냄; HR은 아테졸리주맙 단일요법에 대비해 계산된다. 검열받은 데이터는 카플란-마이어 곡선에서 수직 눈금에 의해 표시된다. PFS에 대한 모든 HR 및 CI 값은 Cox 비례 위험 회귀 모델로부터 추출되었다; 그룹 당 중앙 생존 시간이 표시되어 있다.
본 발명은 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요상피 방광암 (UBC)), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))의 치료를 위한 진단 방법 및 검정, 치료 방법 및 용도, 및 조성물을 제공한다. 본 발명은, 하기인 발견을 적어도 부분적으로 기반으로 한다: 암 예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요상피 방광암 (UBC)), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))을 가지고 있는 개체로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준이 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 것 같은 지를 확인하는 단계; 상기 개체를 치료하기 위한 요법을 선택하는 단계; VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료의 치료적 효능을 최적화하는 단계; 및/또는 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 상기 개체의 반응을 모니터링하는 단계를 포함하는 방법에서 바이오마커 (예를 들어, 예측의 바이오마커)로서 사용될 수 있다. 본 발명은 또한, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 항암 요법을 투여함으로써 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요상피 방광암 (UBC)), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))를 가지고 있는 개체를 치료하는 방법을 제공한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은, 하기인 발견을 적어도 부분적으로, 기반으로 한다: 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 및/또는 CD34)의 발현 수준이, 상기 개체가 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함하는 항암 요법에 의한 치료에 반응할 것 같은 지를 확인하는 단계; 상기 개체를 치료하기 위한 요법을 선택하는 단계; 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 항-암 요법에 의한 치료의 치료적 효능을 최적화하는 단계; 및/또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함하는 치료에 대한 개체의 반응을 모니터링하는 단계를 포함하는 방법에서 바이오마커 (예를 들어, 예측의 바이오마커)로서 사용될 수 있다. 본 발명은 또한, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 투여함으로써 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 사례에서, VEGF 길항제는 단일요법으로서 투여된다.
I. 정의
본원에 기재된 발명의 양태 및 구현예는 "포함하는(comprising)", "구성되는(consisting) 및 "~로 본질적으로 구성되는"의 측면 및 구현예를 포함하는 것으로 이해된다. 본원에 사용된 것으로서, 단수 용어("a," "an" 및 "the")는, 내용이 달리 명확하게 표지되지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다.
본 명세서에 사용된 용어 "약"은 당업자에게 용이하게 알려진 각각의 값에 대한 보통의 오차 범위를 지칭한다. 본 명세서에서 "약" 값 또는 파라미터 지칭은 그 값 또는 파라미터 자체에 관한 구현예를 포함한다 (그리고 기재한다).
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 "개별," "환자," 또는 "대상체"는 상호교환적으로 사용되고 치료가 요구되는 임의의 단일 동물, 더 바람직하게는 포유동물 (그와 같은 비-인간 동물, 예를 들어, 고양이, 개, 말, 토끼, 동물원 동물, 소, 돼지, 양, 및 비-인간 영장류 포함)을 지칭한다. 특정 구현예에서, 본원에서 환자는 인간이다. 상기 환자는 "암 환자" 즉, 암의 하나 또는 그 이상의 증상을 앓거나, 암을 앓을 위험이 있거나, 또는 암을 앓고 있는 사람일 수 있다.
용어 "암" 및 "암성"은 전형적으로 조절되지 않은 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물에서의 생리적 조건을 지칭하거나 또는 이를 기술한다. 암의 예는, 비제한적으로, 암종, 림프종, 모세포종, 육종, 및 백혈병 또는 림프성 악성종양을 포함한다. 그와 같은 암의 더 많은 특정 예는, 비제한적으로, 하기를 포함한다: 신장 또는 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)); 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종, 및 폐의 편평상피 암종을 포함하는 폐암; 방광암 (예를 들어, 요상피 방광암 (UBC), 근육 침습성 방광암 (MIBC), 및 BCG-불응성 비-근육 침습성 방광암 (NMIBC)); 요로의 암; 유방암 (예를 들어, HER2+ 유방암 및 삼중-음성 유방암 (TNBC) (이는 에스트로겐 수용체 (ER-), 프로게스테론 수용체 (PR-), 및 HER2 (HER2-) 음성)임); 전립선암, 예컨대 거세-저항성 전립선암 (CRPC); 복막의 암; 간세포 암; 위장 암 및 위장 기질 암을 포함하는 위 또는 위암; 췌장 암; 교모세포종; 자궁경부암; 난소암; 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)); 간종양; 결장암; 직장암; 결장직장암; 자궁내막 또는 자궁 암종; 타액샘 암종; 전립선암; 외음부 암; 갑상선암; 간 암종; 항문 암종; 음경 암종; 표재 확장성 흑색종, 악성 흑자 흑색종, 선단 흑자성 흑색종, 및 결절성 흑색종을 포함하는 흑색종; 다발성 골수종 및 B-세포 림프종 (저등급/여포성 비-호지킨 림프종 (NHL); 소림프구성 (SL) NHL; 중간 등급/여포성 NHL; 중간 등급 미만성 NHL; 고등급 면역아세포성 NHL; 고등급 림프아구성 NHL; 고등급 작은 비-절단된 세포 NHL; 거대 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련된 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성 림프구성 백혈병 (CLL); 급성 림프아구성 백혈병 (ALL); 급성 골수성 백혈병 (AML); 모발 세포 백혈병; 만성 골수아세포 백혈병 (CML); 이식후 림프증식성 장애 (PTLD); 및 골수이형성 증후군 (MDS), 뿐만 아니라 모반증과 연관된 비정상 혈관 증식, 부종 (예컨대 뇌종양과 연관된 것), 메이그스 증후군, 뇌암, 두경부 암, 및 연관된 전이. 일부 구현예에서, 암은 신장암이다. 특정 구현예에서, 신장암은 RCC (예를 들어, 이전에 미치료된 RCC을 포함하는 진전된 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC))이다.
"초기 단계 암" 또는 "초기 단계 종양"은 침습성 또는 전이성이 아닌 또는 0, I, 또는 II 기 암으로서 분류되지 않는 암을 의미한다.
"진행성" 암은 국소 침습 또는 전이에 의해 부위 또는 본래의 기관 밖으로 퍼진 암이다.
"난치성" 암은 화학치료제와 같은 항-종양제가 암 환자에게 투여되고 있음에도 불구하고 진행되는 암이다. 난치성 암의 예로는 백금 불응성인 암이 있다.
"재발성" 암은, 초기 요법에 대한 반응 이후, 초기 부위 또는 먼 부위에서, 재성장한 것이다.
용어 "세포 증식성 장애" 및 "증식성 장애"는 일정 정도의 비정상 세포 증식과 연관된 장애를 지칭한다. 일 구현예에서, 세포 증식성 장애는 암이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "종양"은 악성이든 양성이든, 모든 신생물성 세포 성장 및 증식, 그리고 모든 전-암성 및 암성 세포 및 조직을 지칭한다.
용어들 "암", "암성", "세포 증식성 장애", "증식성 장애" 및 "종양"은 본원에서 상호 배타적인 것이 아니다.
"장애"는 하기를 비제한적으로 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 임의의 병태이다: 포유동물이 문제 장애를 갖기 용이하게 만드는 병리적 상태를 포함하는 만성 및 급성 장애 또는 질환.
용어 "검출"은 직접 및 간접 검출을 포함하는, 검출의 임의의 수단을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "샘플,"은 예를 들어, 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특성을 기준으로 특성 분석되고/되거나 식별되어야만 하는 세포 및/또는 다른 분자 실체를 함유하는 목적하는 환자 및/또는 개체로부터 수득되거나 유래된 조성물을 지칭한다. 샘플은 하기를, 비제한적으로, 포함한다: 조직 샘플, 원발성 또는 배양된 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 활액, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전혈, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 및 이들의 조합.
본원에 사용된 바와 같은, 표현 "세포", "세포주", 및 "세포 배양물"은 상호교환적으로 사용되고 모든 상기 지정은 후손을 포함한다. 따라서, 단어 "변형체" 및 "변형된 세포"는 전달 수와 관련 없이 주요 피험체 세포 및 그들로부터 유래된 배양물을 포함한다. 또한, 모든 후손이 의도하거나 의도하지 않은 돌연변이로 인해 DNA 함량에서 정확하게 동일하지 않을 수 있는 것으로 이해된다. 본래 변형된 세포에서 스크리닝된 바와 같은 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이체 자손이 포함된다. 뚜렷이 다른 지정이 의도되는 경우, 맥락에서 명확해질 것이다.
용어 "바이오마커" 및 "마커"는 환자의 샘플에서 표준 방법 (또는 본원에 개시된 방법)에 의해 검출될 수 있는 DNA, RNA, 단백질, 탄수화물, 당지질 또는 세포-기반 분자 마커 발현 또는 존재를 지칭하기 위해 상호교환적으로 사용된다. 그와 같은 바이오마커는, 비제한적으로, 하기를 포함한다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9. 그와 같은 바이오마커의의 발현은 참조 수준 (원발성 종양 설정, 및 전이를 이제 경험할 수 있는 사람에서 예를 들어, 환자, 예를 들어, 암을 가지고 있고 치료에 대한 반응성을 위해 시험되고 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준; 환자, 예를 들어, 암을 가지고 있고 치료에 대해 반응하지 않는 것으로 확인된 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준; 이전의 시간에서 개체로부터 이전에 수득된 샘플에서의 수준; 또는 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제, 또는 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제에 의한 치료를 포함하는 항-암 요법에 의한) 전치료를 수용한 환자로부터의 샘플에서의 수준 포함)보다 치료 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료, 또는 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제에 의한 치료)에 대해 감수성 또는 반응성 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 더 높거나 낮을 수 있는 것으로 결정될 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "CD8A"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 CD8A를 나타낸다. 용어는 "전장" 비가공된 CD8A 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 CD8A의 임의의 형태를 포함한다. 용어는 또한 CD8A의 자연 발생 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 CD8A의 핵산 서열은 서열 번호: 1에 명시되어 있다. 인간 CD8A에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 에 도시된다.
본원에서 사용되는 용어 "EOMES"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 EOMES (에오메소데르민)를 나타낸다. 상기 용어는 "전장"의 가공되지 않은 EOMES 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 EOMES를 포함한다. 상기 용어는 또한 EOMES의 천연 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 EOMES의 핵산 서열은 서열 번호: 에 명시되어 있다. 인간 EOMES에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 4에 도시된다.
본원에서 사용되는 용어 "GZMA"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 GZMA (그란자임 A)를 나타낸다. 상기 용어는 "전장"의 가공되지 않은 GZMA 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 GZMA를 포함한다. 상기 용어는 또한 GZMA의 천연 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 GZMA의 핵산 서열은 서열 번호: 51에 명시되어 있다. 인간 GZMA에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 52에 도시된다.
본원에서 사용되는 용어 "GZMB"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 GZMB (그란자임 B)를 나타낸다. 상기 용어는 "전장"의 가공되지 않은 GZMB 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 GZMB를 포함한다. 상기 용어는 또한 GZMB의 천연 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 GZMB의 핵산 서열은 서열 번호: 53에 명시되어 있다. 인간 GZMB에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 54에 도시된다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "PRF1"는 달리 지적되지 않는 경우 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 PRF1 (페르포린 1; 또한 공극 형성 단백질로서 공지됨)을 지칭하고, 이는 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한다. 용어는 "전장" 비가공된 PRF1 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 PRF1의 임의의 형태를 포함한다. 용어는 또한 PRF1의 자연 발생 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 PRF1의 핵산 서열은 서열 번호: 5에 명시되어 있다. 인간 PRF1에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 6에 도시된다.
본원에서 사용되는 용어 "IFNG"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 IFNG (인터페론, 감마)를 나타낸다. 상기 용어는 "전장"의 가공되지 않은 IFNG 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 IFNG를 포함한다. 상기 용어는 또한 IFNG의 천연 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 IFNG의 핵산 서열은 서열 번호: 7에 명시되어 있다. 인간 IFNG에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 8에 도시된다.
용어 "프로그래밍된 사망 리간드 1" 및 "PD-L1"은 본 명세서에서 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드, 폴리펩티드 변이체, 및 (본 명세서에서 추가로 정의된) 천연 서열 폴리펩티드와 폴리펩티드 변이체의 단편에 대하여 지칭한다. 본원에 기술된 PD-L1 폴리펩티드는 다양한 공급원으로부터, 예를 들면, 인간 조직 유형으로부터 또는 다른 공급원으로부터 단리되거나, 또는 재조합 또는 합성 방법에 의해 제조될 수 있다.
"천연 서열 PD-L1 폴리펩티드"는, 상응하는 천연 유래의 PD-L1 폴리펩티드와 상동한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다. 용어는 세포에서의 처리로부터 수득된 "전장," 미가공된 PD-L1 뿐만 아니라 임의의 형태의 IFNG를 포괄한다. 상기 용어는 또한 IFNG의 천연 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다.
"PD-L1 폴리펩티드 변이체", 또는 이들의 변형은 PD-L1 폴리펩티드, 일반적으로 본 명세서에서 개시된 바와 같은 임의의 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열과 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성을 갖는 본 명세서에서 정의된 바와 같은 활성 PD-L1 폴리펩티드를 의미한다. 상기 PD-L1 폴리펩티드 변이체는, 예를 들면, 하나 이상의 아미노산 잔기가 천연 아미노산 서열의 N 또는 C-말단에서 첨가되거나, 또는 결실된 PD-L1 폴리펩티드를 포함한다. 통상적으로, PD-L1 폴리펩티드 변이체는 본 명세서에서 개시된 바와 같은 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열에 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성, 대안적으로 적어도 약 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 보통, PD-L1 변이체 폴리펩티드는, 길이가 적어도 약 10 아미노산, 대안적으로 길이가 적어도 약 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 또는 289 아미노산 이상이다. 선택적으로, PD-L1 변이체 폴리펩티드는 PD-L1 천연 폴리펩티드 서열에 비교하여 1 이하 보존적 아미노산 치환, 대안적으로 천연 PD-L1 폴리펩티드 서열에 비교하여 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 이하 보존적 아미노산 치환을 가질 것이다.
용어 "혈관 내피 성장 인자" 또는 "VEGF"는, Swiss Prot 수탁 번호 P15692, 유전자 ID (NCBI)에 의해 예시된 바와 같이 혈관 내피 성장 인자 단백질 A (VEGFA)를 지칭한다: 7422. 용어 "VEGF"는 하기를 포괄한다: Swiss Prot 수탁 번호 P15692, 유전자 ID (NCBI): 7422 (뿐만 아니라 이의 동족체 및 동형체)의 아미노산 서열을 갖는 단백질."VEGF"라는 용어는 또한 하기에 기재된 VEGF165의 플라스민 절단에 의해 생성된 110개의 아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자를 포함하여, VEGF의 공지된 동형체, 예를 들어 스플라이스 동형체, 예를 들어, VEGF111, VEGF121, VEGF145, VEGF165, VEGF189, 및 VEGF206을 그의 자연-발생 대립유전자 및 가공된 형태와 함께 포함한다: Ferrara Mol. Biol. 세포.21:687, 2010; Leung 등, Science, 246:1306.1989; 및 Houck 등, Mol. Endocrin., 5:1806, 1991. 용어 "VEGF"는 또한 비-인간 종, 예컨대 마우스, 랫트 또는 영장류에서 유래된 VEGF를 지칭한다. 때로, 특정 종에서 유래된 VEGF는 예컨대 인간 VEGF에 대한 hVEGF, 뮤린 VEGF에 대한 mVEGF 등과 같은 용어에 의해 명시된다. 용어 "VEGF"는 또한 165-아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자의 아미노산 8 내지 109 또는 1 내지 109를 포함하는 폴리펩티드의 절단된 형태를 지칭하기 위해 사용된다. VEGF의 모든 형태에 대한 언급은 본원에서 예컨대, "VEGF109," "VEGF (8-109)," "VEGF (1-109)" 또는 "VEGF165에 의해 식별될 수 있다. "절단된(절단된)" 천연 VEGF에 대한 아미노산 위치는 상기 천연 VEGF 서열에서 명시되는 바와 같이 숫자로 표시된다. 예를 들어, 절단된 천연 VEGF의 아미노산 위치 17(메티오닌)은 또한 천연 VEGF에서의 위치 17 (메티오닌)이다. 상기 절단된 천연 VEGF는 천연 VEGF에 필적하는 KDR와 Flt-1 수용체에 대한 결합 친화도를 갖는다. 본 명세서에서 사용된 용어 "VEGF 변이체"는 천연 VEGF 서열에서 하나 이상의 아미노산 돌연변이를 포함하는 VEGF 폴리펩티드를 지칭한다. 선택적으로, 하나 이상의 아미노산 돌연변이는 아미노산 치환(들)을 포함한다. 본 명세서에 기재된 VEGF 변이체의 속기 지정을 위해, 숫자들이 추정 원상태 VEGF의 아미노산 서열을 따라 아미노산 잔기 위치를 지칭함에 주목한다 (Leung 등(상동) 및 Houck 등(상동)에서 제공됨). 달리 구체화되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 용어 "VEGF"는 VEGF-A를 나타낸다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "키나제 삽입체 도메인 수용체" 또는 "KDR"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 KDR (또한 태아 간 키나제 1 (FLK1) 또는 혈관 내피 성장 인자 수용체 2 (VEGFR2) 으로서 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 KDR 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 KDR을 포괄한다. 용어는 또한 KDR의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 KDR의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 9. 인간 KDR에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 10.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "내피 세포 특이적 분자 1" 또는 "ESM1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 ESM1 (또한 엔도칸 으로서 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 ESM1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 ESM1을 포괄한다. 용어는 또한 ESM1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 ESM1의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 11. 인간 ESM1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 12.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "혈소판 및 내피 세포 유착 분자 1" 또는 "PECAM1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 PECAM1 (또한 CD31, 엔도CAM, GPIIA, 또는 PECA1 으로서 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 PECAM1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 PECAM1을 포괄한다. 용어는 또한 PECAM1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 PECAM1의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 13. 인간 PECAM1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 14.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "FLT1" 은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 FLT1 (또한 혈관 내피 성장 인자 수용체 1 (VEGFR1) 또는 fms 관련된 티로신 키나제 1으로서 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 FLT1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 FLT1를 포괄한다. 용어는 또한 FLT1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 FLT1의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 55. 인간 FLT1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 56.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "안지오포이에틴 예컨대 4" 또는 "ANGPTL4"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 ANGPTL4 (또한 간 피브리노겐/안지오포이에틴-관련된 단백질 (HFARP), 페록시솜 증식체-활성화된 수용체 (PPAR) 감마, 간 안지오포이에틴-관련된 단백질 (HARP), 안지오포이에틴-관련된 단백질 4 (Arp4), 또는 공복-유도된 지방질 인자 (FIAF)으로 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 ANGPTL4 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 ANGPTL4을 포괄한다. 용어는 또한 ANGPTL4의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 ANGPTL4의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 15. 인간 ANGPTL4에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 16.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CD34"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CD34 (또한 CD34 분자 또는 CD34 항원으로 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CD34 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CD34을 포괄한다. 용어는 또한 CD34의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CD34의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 17. 인간 CD34에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 18.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "인터류킨 6" 또는 "IL6"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 IL6을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 IL6 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 IL6을 포괄한다. 용어는 또한 IL6의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 IL6의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 19. 인간 IL6에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 20.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CXCL1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CXCL1 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 1; GRO1 또는 중성구-활성화 단백질 3 (NAP-3)로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CXCL1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CXCL1을 포괄한다. 용어는 또한 CXCL1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CXCL1의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 21. 인간 CXCL1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 22.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CXCL2"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CXCL2 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 2; 대식세포 염증성 단백질 2-알파 (MIP2-알파)로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CXCL2 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CXCL2을 포괄한다. 용어는 또한 CXCL2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CXCL2의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 23. 인간 CXCL2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 24.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CXCL3"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CXCL3 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 3; 대식세포 염증성 단백질 2-베타 (MIP2-베타)로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CXCL3 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CXCL3을 포괄한다. 용어는 또한 CXCL3의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CXCL3의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 25. 인간 CXCL3에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 26.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CXCL8"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CXCL8 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 8; 인터류킨 8 (IL8)로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CXCL8 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CXCL8을 포괄한다. 용어는 또한 CXCL8의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CXCL8의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 27. 인간 CXCL8에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 28.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "PTGS2" 은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 PTGS2 (프로스타글란딘-엔도퍼옥사이드 합성효소 2; 사이클로옥시게나제-2 (COX-2)로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 PTGS2 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 PTGS2를 포괄한다. 용어는 또한 PTGS2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 PTGS2의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 29. 인간 PTGS2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 30.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CXCR1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CXCR1 (C-X-C 모티프 케모카인 수용체 1; 인터류킨 8 수용체, 알파, IL8RA, 및 CD181로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CXCR1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CXCR1을 포괄한다. 용어는 또한 CXCR1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CXCR1의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 75. 인간 CXCR1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 76.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CXCR2"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CXCR2 (C-X-C 모티프 케모카인 수용체 2; 인터류킨 8 수용체, 베타, IL8RB, 및 CD182로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CXCR2 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CXCR2을 포괄한다. 용어는 또한 CXCR2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CXCR2의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 77. 인간 CXCR2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 78.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "S100A8"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 S100A8 (S100 칼슘-결합 단백질 A8; 칼그라눌린 A로도 알려짐)을 지칭한다. S100A8은 칼프로텍틴으로 불리는 S100A9와 이종이량체를 형성할 수 있다. 용어는 "전장," 미가공된 S100A8 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 S100A8을 포괄한다. 용어는 또한 S100A8의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 S100A8의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 79. 인간 S100A8에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 80.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "S100A9"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 S100A9 (S100 칼슘-결합 단백질 A9; 칼그라눌린 B 및 이동 억제 인자-관련된 단백질 14 (MRP14)로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 S100A9 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 S100A9을 포괄한다. 용어는 또한 S100A9의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 S100A9의 핵산 서열은 하기에서 제시된다: 서열번호: 81. 인간 S100A9에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 82.
본원에서 사용되는 용어 "CXCL9"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 CXCL9 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 9)를 지칭한다. 용어는 "전장" 비가공된 CXCL9 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 CXCL9의 임의의 형태를 포함한다. 용어는 또한 CXCL9의 자연 발생 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 CXCL9의 핵산 서열은 서열 번호:에 명시되어 있다. 57. 인간 CXCL9에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:58.
본원에서 사용되는 용어 "CXCL10"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 CXCL10 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 10)를 지칭한다. 용어는 "전장" 비가공된 CXCL10 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 CXCL10의 임의의 형태를 포함한다. 용어는 또한 CXCL10의 자연 발생 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 CXCL10의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:59. 인간 CXCL10에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:60.
본원에서 사용되는 용어 "CXCL11"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 천연 CXCL11 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 11)를 지칭한다. 용어는 "전장" 비가공된 CXCL11 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 CXCL11의 임의의 형태를 포함한다. 용어는 또한 CXCL11의 자연 발생 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 CXCL11의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:61. 인간 CXCL11에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:62.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CD27"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CD27 (또한 CD27L 수용체 또는 TNFRSF7으로서 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CD27 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CD27을 포괄한다. 용어는 또한 CD27의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CD27의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 31. 인간 CD27에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 32.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "FOXP3"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 FOXP3 (포크 헤드 박스 P3, 또한 스커핀으로 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 FOXP3 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 FOXP3을 포괄한다. 용어는 또한 FOXP3의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 FOXP3의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 33. 인간 FOXP3에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 34.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "PD-1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 PD-1 (PDCD1, 프로그래밍된 세포사 단백질 1, 또는 CD279로도 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 PD-1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 PD-1을 포괄한다. 용어는 또한 PD-1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 PD-1의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 35. 인간 PD-1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 36.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "CTLA4"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 CTLA4 (세포독성 T-림프구-연관된 단백질 4, 또한 CD152로 당업계에서 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 CTLA4 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 CTLA4을 포괄한다. 용어는 또한 CTLA4의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 CTLA4의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 37. 인간 CTLA4에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 38.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "TIGIT"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 TIGIT (Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체)을 지칭한다. 상기 용어는 "전장"의 가공되지 않은 TIGIT뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 TIGIT를 포함한다. 상기 용어는 또한 TIGIT의 천연 변이체, 예컨대, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 TIGIT의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 39. 인간 TIGIT에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 40.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "IDO1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 IDO1 (인돌아민 2,3-디옥시게나제 1)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 IDO1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 IDO1을 포괄한다. 용어는 또한 IDO1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 IDO1의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 41. 인간 IDO1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 42.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "PSMB8"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 PSMB8 (프로테아솜 서브유닛 베타 유형-8)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 PSMB8 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 PSMB8을 포괄한다. 용어는 또한 PSMB8의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 PSMB8의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 43. 인간 PSMB8에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 44.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "PSMB9"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 PSMB9 (프로테아솜 서브유닛 베타 유형-9)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 PSMB9 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 PSMB9을 포괄한다. 용어는 또한 PSMB9의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 PSMB9의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 45. 인간 PSMB9에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 46.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "TAP1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 TAP1 (항원 처리 1과 연관된 수송체; 또한 항원 펩타이드 수송체 1로서 당업계에 알려짐)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 TAP1 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 TAP1을 포괄한다. 용어는 또한 TAP1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 TAP1의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 47. 인간 TAP1에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 48.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "TAP2"응, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)을 포함하는 임의의 척추동물 공급원으로부터 임의의 미접촉 TAP2 (항원 펩타이드 수송체 2)을 지칭한다. 용어는 "전장," 미가공된 TAP2 뿐만 아니라 세포에서 가공으로부터 수득한 임의의 형태의 TAP2을 포괄한다. 용어는 또한 TAP2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예시적인 인간 TAP2의 핵산 서열은 하기에서 열거된다: 서열번호: 49. 인간 TAP2에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에서 보여진다: 서열번호: 50.
일반적으로 용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 상호교환하여 사용가능하고, 일반적으로 생물학적 샘플 중의 바이오마커의 양을 가리킨다. "발현"은 일반적으로 정보(예컨대, 유전자-암호화 및/또는 후성적 정보)가 상기 세포에 존재하고 작동하는 구조체로 전환되는 과정을 가리킨다. 따라서, 본 명세서에서 사용된 바와 같이, "발현"은 폴리뉴클레오티드로 전사, 폴리펩티드, 또는 더욱이 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형으로 번역 (예를 들면, 폴리펩티드의 번역후 변형)을 지칭한다. 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 폴리펩티드, 또는 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형 (예컨대, 폴리펩티드의 변역 후 변형)의 단편 또한 이들이 대안적 스플라이싱(대안적인 스플라이싱)에 의해 생성된 전사물 또는 분해된 전사물에서 유래되든지, 또는 예컨대, 단백질 가수분해에 의한 상기 폴리펩티드의 번역후 과정에서 유래되든, 발현된 것으로 간주되어야 한다. "발현된 유전자"는 mRNA로 폴리뉴클레오티드로 전사되고 그리고 그 다음 폴리펩티드로 번역된 것 및 또한 RNA로 전사되었지만 폴리펩티드로 번역되지 않은 것 (예를 들면, 이동 및 리보솜 RNA들)을 포함한다. 하나 초과의 관심 유전자에 대한 발현 수준은 당해 분야의 숙련가에게 알려져 있고 또한 본 명세서에 개시된, 예를 들어, 관심 유전자의 모든 발현 수준의 중앙 또는 평균을 계산함에 의한 것을 포함하는, 응집 방법에 의해 결정될 수 있다. 응집 전에, 각각의 관심 유전자의 발현 수준은, 예를 들어, 하나 이상의 하우스키핑 유전자의 발현 수준으로 정규화되거나, 또는 총 라이브러리 크기로 정규화되거나, 또는 측정된 모든 유전자에 걸쳐 중앙 또는 평균 발현 수준 값으로 정규화되는 것을 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려져 있고 또한 본 명세서에 개시된 통계적인 방법을 사용하여 정규화될 수 있다. 일부 사례에서, 관심 다중 유전자에 걸친 응집 전에, 각각의 관심 유전자의 정규화된 발현 수준은, 예를 들어, 각각의 관심 유전자의 정규화된 발현 수준의 Z-점수를 계산함에 의한 것을 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려져 있고 또한 본 명세서에 개시된 통계적인 방법을 사용함에 의해 표준화될 수 있다.
목적 단백질을 "발현하는" 샘플 또는 세포는 단백질 또는 단백질 단편을 포함하는 단백질을 암호화하는 mRNA가 샘플 또는 세포에 존재하는 것으로 계측된 것이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "참조 발현 수준"은 또 다른 발현 수준, 예를 들어, 개체로부터의 샘플에서 본 명세서에 기재된 하나 이상의 유전자 (예를 들어, 표 1 또는 이들의 임의의 조합 (예를 들어, 표 2-12 중 임의의 하나에서 제시된 임의의 조합)에 제시된 임의의 유전자의 발현 수준이, 예를 들어, 예측, 진단, 예후, 및/또는 치료적 결정을 하기 위해 비교되어 지는 발현 수준을 지칭한다. 예를 들어, 참조 발현 수준은 참조 모집단 (예를 들어, 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 환자의 모집단에서의 중앙 발현 수준), 참조 샘플, 및/또는 사전-배정된 값 (예를 들어, 참조 모집단에서 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제를 포함하는 항-암 요법)으로 치료된 개체의 제1 서브셋과 동일한 참조 모집단에서 상이한 항-암 요법으로 치료된 (또는 항-암 요법으로 치료되지 않은) 개체의 제2 서브셋을 컷-오프 값 이상 및/또는 컷-오프 값 아래로 항-암 요법으로 치료에 대한 개체의 반응성과 상이한 항-암 요법으로 치료에 대한 개체의 반응성 사이의 유의차에 기반하여 상당히 (예를 들어, 통계적으로 상당히) 구별하도록 이전에 결정된 컷-오프 값)에서의 발현 수준으로부터 유래될 수 있다. 일부 구현예에서, 컷-오프 값은 참조 모집단에서의 중앙 또는 평균 발현 수준일 수 있다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 특정 구현예에서, 컷-오프 값은 참조 모집단에서의 중앙 발현 수준일 수 있다. 참조 발현 수준에 대한 수치는 조짐 (예를 들어, 암 (예를 들어, 신장암, 유방암, 폐암, 또는 방광암), 발현 수준을 검출하기 위해 사용된 방법론 (예를 들어, RNA-seq 또는 RT-qPCR), 및/또는 검사된 유전자의 특이적 조합 (예를 들어, 표 1에서 제시된 유전자의 임의의 조합; 또는 표 2-12에 열거된 유전자의 조합 중 임의의 하나)에 의존하여 다양할 수 있다는 것이 당해 분야의 숙련가에 의해 인정될 것이다.
표현 "이상" 수준 (예를 들어, 참조 수준 이상), "증가된 발현," "증가된 발현 수준," "증가된 수준," "상승된 발현," "상승된 발현 수준" 또는 "상승된 수준"은 대조군 (예를 들어, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 앓고 있지 않은 개체 또는 개체들, 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 바이오마커), 또는 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 길항제를 포함하는 항-암 요법)의 투여 이전에 수득된 샘플에서의 바이오마커의 수준)에서 바이오마커의 발현 수준에 비하여, 또는 참조 수준 (예를 들어, 하기에서의 바이오마커의 중앙 발현 수준: 환자, 예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제에 대한 반응성에 대해 시험된 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플; 환자, 예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제에 대하여 반응성이 아닌 것으로 확인된 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커의 중앙 발현 수준; 또는 이전의 시간에서 개체로부터 이전에 수득된 샘플에서의 수준)에 비하여 개체에서 바이오마커의 증가된 발현 또는 증가된 수준을 지칭한다.
표현 "아래" 수준 (예를 들어, 참조 수준 아래), "줄어든 발현," "줄어든 발현 수준," "줄어든 수준," "감소된 발현," "감소된 발현 수준," 또는 "감소된 수준"은 대조군 (예를 들어, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 앓고 있지 않은 개체 또는 개체들, 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 바이오마커), 또는 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 길항제를 포함하는 항-암 요법)의 투여 이전에 수득된 샘플에서의 바이오마커의 수준)에서 바이오마커의 발현 수준에 비하여, 또는 참조 수준 (예를 들어, 하기에서의 바이오마커의 중앙 발현 수준: 환자, 예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제에 대한 반응성에 대해 시험된 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플; 환자, 예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제에 대하여 반응성이 아닌 것으로 확인된 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커의 중앙 발현 수준; 또는 이전의 시간에서 개체로부터 이전에 수득된 샘플에서의 수준)에 비하여 개체에서 바이오마커의 감소 발현 또는 줄어든 수준을 지칭한다. 일부 구현예에서, 감소된 발현은 거의 발현이 없다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 "참조 샘플," "참조 세포," "참조 조직," "대조군 샘플," "대조군 세포," 또는 "대조군 조직"은, 비교하기 위해 사용된 샘플, 세포, 조직, 또는 표준을 지칭한다. 일 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 동일한 환자 또는 개체의 신체(예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-이환 부분으로부터 수득될 수 있다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 이환 세포 또는 조직 (예를 들어, 종양에 인접한 세포 또는 조직)에 인접한 건강한 및/또는 비-이환 세포 또는 조직일 수 있다. 또 다른 구현예에서, 참조 샘플은 동일한 환자 또는 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득된다. 또한 또 다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 환자 또는 개체가 아닌 개체의 신체(예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-이환 부분으로부터 수득될 수 있다. 추가의 기타 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 환자 또는 개체가 아닌 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득될 수 있다. 또 다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 및/또는 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법)의 투여 전에 환자로부터 수득된다.
본원에 사용된, 어구 "을 기준으로 하여"는, 상기 정보가 하나 이상의 바이오마커가 치료 결정, 패키지 삽입물 상에 제공된 정보, 또는 마케팅/홍보 안내사항 등을 알리는데 사용된다는 것을 의미한다.
용어 "하우스키핑(하우스키핑) 바이오마커"는 모든 세포 유형에 전형적으로 유사하게 존재하는 바이오마커 또는 일단의 바이오마커(예컨대, 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드)를 가리킨다. 일부 구현예에서, 하우스키핑 바이오마커는 "하우스키핑 유전자"이다. "하우스키핑 유전자"는 본원에서 세포 작용의 유지를 위해 필수적인 활성을 갖는 단백질을 암호화하고 전형적으로 모든 세포 유형에 유사하게 존재하는 유전자 또는 유전자 그룹을 지칭한다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은 모든 방식으로 제1 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과를 제2 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 두 번째 프로토콜을 수행할 때 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하거나 및/또는 두 번째 분석 또는 프로토콜이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리펩티드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 레지멘이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 폴리펩티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 요법이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 폴리뉴클레오티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다.
본원에서 사용되는 "치료"(및 "치료하다" 또는 "치료하는"과 같은 이의 문법적 변형)는 치료되는 개체의 자연적인 과정을 변경하려는 임상적 중재술을 나타내며, 예방을 위해 또는 임상 병리학의 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환의 발생 또는 재발의 예방, 증상의 호전, 질환의 임의의 직접 또는 간접 병리학적 결과의 감소, 전이의 예방, 질환 진행의 속도의 감소, 질환 상태의 호전 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 일부 구현예에서, 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체 및 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 질환의 발달을 지연시키거나 질환 또는 장애의 진행을 느리게 하기 위해 사용된다.
본원에 사용되는 "증폭"은 일반적으로 원하는 서열의 복수의 사본을 생성하는 과정을 가리킨다. "복수의 사본"은 적어도 2개의 사본을 의미한다. "사본"은 반드시 상기 주형 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하지 않는다. 예를 들어, 사본에는 뉴클레오티드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적 서열 변경 (예컨대 혼성가능하나 상기 주형에 상보적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 유도되는 서열 변경), 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오류가 포함된다.
용어 "다중-PCR"은 단일 반응에서 2 이상의 DNA 서열을 증폭할 목적으로 설정된 하나 초과의 프라이머를 사용하여 단일 공급원(예컨대, 개체)에서 수득된 핵산에서 수행된 단일 PCR를 가리킨다.
본원에 사용되는 "중합효소 연쇄반응" 즉 "PCR" 기법은 일반적으로 핵산, RNA 및/또는 DNA의 특정 조각의 소량이 하기에 기술된 바와 같이 증폭되는 절차를 지칭한다: 예를 들어, 미국특허 번호 4,683,195. 일반적으로, 관심대상의 영역의 말단 또는 그것을 초과하는 것에서 유래된 서열 정보가 확보가능하여, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 설계될 수 있어야 하며; 이와 같은 프라이머는 증폭될 주형의 반대 가닥에 대하여 서열에서 동일하거나 또는 유사하다. 상기 두 개 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭된 재료의 말단과 동일할 수 있다. PCR은 특이적 RNA 서열, 총 게놈 DNA로부터 특이적 DNA 서열, 및 총 세포 RNA, 박테리오파아지, 또는 플라스미드 서열, 등으로부터 전사된 cDNA를 증폭시키는데 사용될 수 있다. 참고 일반적으로 Mullis 등., Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 51:263 (1987) 및 Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989). 본원에 사용되는 PCR는 핵산 검사 샘플을 증폭하기 위한 핵산 폴리머라제 반응 방법의 하나의 예(그러나 유일하지 않음)로 간주되고(여기에는 알려진 핵산(DNA 또는 RNA)을 프라이머로 사용하는 것이 포함됨), 핵산 폴리머라제를 활용하여 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성하거나 또는 특정 핵산에 상보적인 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성한다.
"정량적 실시간 폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "qRT-PCR"은 PCR 생성물의 양이 PCR 반응에서 각 단계에서 측정되는 PCR의 형태를 지칭한다. 이러한 기술은, 예를 들어, 하기를 포함하는 다양한 공보에서 기재되어 있다: Cronin 등., Am. J. Pathol.164(1): 35-42 (2004) 및 Ma 등., Cancer Cell 5:607-616 (2004).
용어 "미세유전자배열"은 기질 상에서의 하이브리드화 가능한 배열 요소들, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브의 순서상 배열을 가리킨다.
용어 "RNA-seq," 또한 소위 "전체의 전사체 샷건 서열분석 (WTSS)"는 샘플의 RNA 내용에 관한 정보를 얻기 위해 cDNA를 서열화 및/또는 정량화하기 위해 고-처리량 서열분석 기술의 사용을 지칭한다. RNA-seq를 기재하고 있는 공보는 하기를 포함한다: Wang 등 Nature Reviews Genetics 10(1): 57-63, 2009; Ryan 등 BioTechniques 45(1): 81-94, 2008; 및 Maher 등 Nature 458(7234): 97-101, 2009.
용어 "진단"은 분자 또는 병리적 상태, 질환 또는 병태 (예를 들어, 암 (예를 들어, 신장암))의 확인 또는 분류를 지칭하는 것으로 본 명세서에 사용된다. 예를 들어, "진단"은 암의 특정 유형의 식별을 지칭할 수 있다. "진단"은, 또한, 예를 들어 조직병리학적 기준에 의한, 또는 분자적 특징 (예컨대, 일 바이오마커 또는 이의 조합의 발현에 의해 특성화된 하위유형 (예컨대, 상기 유전자에 의하여 암호화된 특정 유전자 또는 단백질))에 의한 암의 특정 하위유형의 분류를 지칭할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 "종양-침윤 면역 세포"는 이의 종양 또는 샘플 내 존재하는 임의의 면역 세포를 지칭한다. 종양-침윤 면역 세포는 비제한적으로 하기를 포함한다: 종양내 면역 세포, 종양주변 면역 세포, 기타 종양 기질 세포 (예컨대, 섬유아세포), 또는 이의 임의의 조합. 종양-침윤 면역 세포는, 하기일 수 있다: T 림프구 (예컨대 CD8+ T 림프구 및/또는 CD4+ T 림프구), B 림프구, 또는 기타 골수-계통 세포 (과립구 (예컨대, 호중구, 호산구, 및 호염기구) 포함), 단핵구, 대식세포 (예컨대, CD68+/CD163+ 대식세포), 수지상 세포 (예컨대, 지상감입 수지상 세포), 조직구, 및 자연 살해 (NK) 세포.
"종양 세포"는, 본원에 사용된 바와 같이, 이의 종양 또는 샘플 내에 존재하는 임의의 종양 세포를 지칭한다. 종양 세포는, 본원에 기술되거나 본 분야에 공지된 방법을 사용하여, 종양 샘플, 예를 들어, 기질 세포 및 종양-침윤 면역 세포에 존재할 수 있는 기타 세포와 구별될 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "투여하는"은 환자에게 하기의 투약량을 제공하는 방법을 의미한다: 화합물 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))), PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙), 및/또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))) 또는 조성물 (예를 들어, 약제학적 조성물, 예를 들어, VEGF 길항제, PD-L1 축 결합 길항제, 및/또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함하는 약제학적 조성물). 본 명세서에서 기재된 방법에서 이용될 조성물은, 예를 들어, 근육내로, 정맥내로, 진피내로, 경피로, 동맥내로, 복강내로, 병소내로, 두개내로, 관절내로, 전립선내로, 늑막내로, 기관내로, 척추강내로, 비강내로, 질내로, 직장내로, 국소적으로, 종양내로, 복막으로, 피하로, 결막하로, 방광내로, 점막으로, 심막내로, 탯줄내로, 안구내로, 안와내로, 유리체내로 (예를 들어, 유리체내 주사에 의해), 점안액에 의해, 경구로, 국소적으로, 경피로, 비경구로, 흡입에 의해, 주사로, 이식에 의해, 주입에 의해, 연속적 주입에 의해, 직접적으로 국소화된 관류 수영 표적 세포에 의해, 카테터에 의해, 세척에 의해, 크림 내에서, 또는 지질 조성물 내에서 투여될 수 있다. 본 명세서에서 기재된 방법에서 이용된 조성물은 또한 전신으로 또는 국소로 투여될 수 있다. 투여 방법은 다양한 인자 (예를 들면, 투여될 화합물 또는 조성물 및 치료될 병태, 질환, 또는 장애의 중증도)에 따라 가변될 수 있다.
"치료적 유효량"은 포유동물에서 질환 또는 장애 (예를 들어, 암, 예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 치료 또는 예방하기 위한 치료제의 양을 지칭한다. 암의 경우, 치료제의 치료적 유효량은 암 세포의 수를 감소시키고; 원발성 종양 크기를 감소시키고; 말초 기관 내로의 암 세포 침윤을 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 전이를 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 성장을 얼마간 억제하고; 상기 장애와 관련된 하나 이상의 증상을 얼마간 경감시킬 수 있다. 상기 약물이 성장을 방지하거나 및/또는 기존 암 세포를 사멸시킬 정도이면, 상기 약물은 세포증식 억제제 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 요법에 대해, 생체내 효능은, 예를 들어, 생존 (예를 들어, 전체 생존 또는 무진행 생존)의 기간, 질환 진행까지의 시간 (TTP), 반응 속도 (예를 들어, 완전한 반응 (CR) 및 부분적인 반응 (PR)), 반응의 기간, 및/또는 삶의 질을 평가함으로써 측정될 수 있다.
용어 "동시에"는 2 이상의 치료제의 투여를 가리키기 위해 사용되는데, 적어도 투여의 일부가 시간적으로 겹치는 것을 가리킨다. 따라서, 동시 투여에는 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여를 중단한 후 하나 이상의 제제(들)의 투여가 이어질 때의 투여 레지멘이 포함된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제는 동반하여 투여될 수 있다.
"감소 또는 억제"는 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 그 이상의 전체적 감소를 유발하는 능력을 의미한다. 감소 또는 억제는 예를 들어 원발성 종양의 크기, 전이의 크기 또는 존재, 또는 치료될 장애의 증상을 감소 또는 억제시키는 것을 지칭한다.
본원에서 "부하" 용량은 일반적으로 환자에게 투여되는 치료제의 초기 용량을 포함하며, 이의 하나 이상의 유지 용량(들)이 이어진다. 일반적으로, 단일 부하 용량이 투여되지만, 다회 부하 용량이 본 명세서에서 상정된다. 보통, 투여되는 부하 용량(들)의 양은 투여되는 유지 용량(들)의 양을 초과하고/하거나 부하 용량(들)은 유지 용량(들)보다 더 빈번하게 투여되어서, 유지 용량(들)에 의해 달성될 수 있는 것보다 더 조기에 치료제의 목적으로 하는 농도를 달성할 수 있다.
본원에서의 "유지" 용량 또는 "연장된" 용량은 치료 시기에 걸쳐 환자에 투여되는 치료제의 1회 이상의 용량을 지칭한다. 보통, 상기 유지 용량은 치료 간격을 두고, 예컨대 대략 1주, 대략 2주, 대략 3주, 또는 대략 4주 간격으로 투여된다.
"치료에 대한 반응," "치료에 대해 반응하는," 또는 "치료로부터 유익한"은 하기를 비제한적으로 포함하는 개체에 이점을 나타내는 임의의 종점을 사용하여 평가될 수 있다: (1) 어느 정도까지, 느리게 함 및 완전한 체포를 포함하는 질환 진행 (예를 들어, 암 진행)의 억제; (2) 종양 크기의 감소; (3) 암 세포 침윤의 인접한 주변 기관 및/또는 조직으로의 억제 (즉, 감소, 느리게 함 또는 완전한 정지); (4) 전이의 억제 (즉 감소, 느리게 함 또는 완전한 정지); (5) 어느 정도까지, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)과 연관된 하나 이상의 증상의 완화; (6) 전체 생존 (OS HR < 1) 및 무진행 생존 (PFS HR<1)를 포함하는 생준의 길이의 증가 또는 연장; 및/또는 (9) 치료 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 항-암 요법에 의한 치료) 다음의 주어진 시점에서 줄어든 사망률.
"객관적 반응"은 측정가능한 반응, 예를 들면 완전한 반응(CR) 또는 부분적 반응(PR)을 가리킨다. 일부 구현예에서, "객관적 반응 속도" (ORR)은 완전 반응 (CR) 속도 및 부분 반응 (PR) 속도의 총합을 지칭한다.
"완전한 반응" 또는 "CR"이란 치료 반응에서 암의 모든 조짐의 사라짐 (예컨대, 모든 표적 병변의 사라짐)이 의도된다. 이것은 암이 치유되었다는 것을 항상 의미하는 것은 아니다.
본원에 사용된 바와 같이, "부분적 반응" 또는 "PR"는 치료에 대한 반응에서 하나 이상의 종양 또는 병변의 크기, 또는 체내에서 암의 길이의 감소를 가리킨다. 예를 들어, 일부 구현예에서, PR 은, 기준선 SLD를 참조로, 표적 병변의 가장 긴 직경 (SLD)의 총합의 적어도 30%의 감소를 지칭한다.
"지속된 반응"은, 치료 중지 후 종양 성장 감소에 대한 지속된 효과를 지칭한다. 예를 들어, 종양 크기는, 투여 단계의 개시시점에서의 크기와 비교하여 상동하거나 보다 작게 유지될 수 있다. 일부 구현예에서, 지속된 반응은, 적어도 치료 기간의 적어도 1.5x, 2.0x, 2.5x, 또는 3.0x 길이의 치료 기간 또는 그 이상의 기간과 상동한 기간을 갖는다.
본원에 사용된 바와 같이, "무변성 질환" 또는 "SD"는 치료 개시 이래 가장 작은 합계 직경(SLD)을 참조로 고려하여 PD에 대한 자격이 되도록 충분히 증가하지 않거나 또는 PR에 대한 자격이 되도록 표적 병변의 충분한 위축이 발생하지 않은 상태를 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, "진행성 질환" 또는 "PD"는 표적 병변의 SLD의 적어도 20% 증가를 지칭한다 (치료 개시 또는 하나 이상의 신규 병변의 존재 이후 보고된 최소 SLD를 참고로 하여).
용어 "생존"은 살아남은 환자를 지칭하고 전체 생존뿐만 아니라 무진행 생존을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "무진행 생존" 또는 "PFS"는 치료되는 질환 (예를 들어, 암, 예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))이 그 동안 진행 또는 악화되지 않는 치료 동안과 치료 후의 시간의 길이를 지칭한다. 무진행 생존은 개체가 완전한 반응 또는 부분적인 반응을 경험한 시간의 양뿐만 아니라 개체가 안정한 질환을 경험한 시간의 양을 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "전체 생존" 또는 "OS"는 특정 기간의 시간 (예를 들어, 진단 또는 치료의 시기로부터 6개월, 1년, 2년, 3년, 4년, 5년, 10년, 15년, 20년, 또는 20년 초과) 후에 생존해 있을 가능성이 있는 그룹 내 대상체의 백분율을 지칭한다.
"생존을 연장하는 것"은 비치료된 환자에 비하여 (즉 약제로 치료되지 않은 환자에 비하여), 또는 지정된 수준으로 바이오마커를 발현하지 않는 환자에 비하여, 및/또는 승인된 항종양 제제 (예를 들어, 항-VEGF 항체 (예를 들어, 베바시주맙), PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 아테졸리주맙), 및/또는 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙))로 치료된 환자에 비하여 치료된 환자에서 전체적인 또는 무진행 생존을 증가하는 것을 의미한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "위험 비율" 또는 "HR"은 사건의 비율에 대한 통계적인 정의이다. 본 발명의 목적의 경우, 위험 비율은 임의의 특이적 시점에서 대조군 그룹/아암에서 사건의 개연성으로 나누어진 실험적 (예를 들어, 치료) 그룹/아암에서의 사건 (예를 들어, PFS 또는 OS)의 개연성을 나타내는 것으로 정의된다. 1의 값을 갖는 HR은 종점 (예를 들어, 사망)의 위험이 "치료군" 및 "대조군" 그룹 양자에서 동일하다는 것을 나타내고; 1 초과의 값은 위험이 대조군 그룹에 비하여 치료군 그룹에서 더 크다는 것을 나타내고; 그리고 1 미만의 값은 위험이 치료군 그룹에 비하여 대조군 그룹에서 더 크다는 것을 나타낸다. 무진행 생존 분석에서 "위험 비율" (즉, PFS HR)은 후속조치의 기간에 걸쳐 대조군에 비교하여 치료군에 대한 사망의 위험에서의 감소를 나타내는, 2개 무진행 생존 곡선 사이에서 차이의 요약이다. 전체 생존 분석에서 "위험 비율" (즉, OS HR)은 후속조치의 기간에 걸쳐 대조군에 비교하여 치료군에 대한 사망의 위험에서의 감소를 나타내는, 2개 전체 생존 곡선 사이에서 차이의 요약이다.
용어 "항암 요법"은 암 치료에 유용한 요법을 지칭한다. 항암 치료제의 예시에는 비제한적으로 세포독성제, 화학치료제, 성장 억제제, 방사선 요법에서 사용되는 제제, 항-신생혈관제, 세포자멸제, 항-튜불린 제제, 및 암을 치료하기 위한 다른 제제, 예를 들어, 항-CD20 항체, 혈소판 유도된 성장 인자 억제제(예를 들면, GLEEVEC™ (이마티닙 메실레이트)), COX-2 억제제(예를 들면, 셀레콕시브), 인터페론, 사이토카인, 하나 이상의 하기 표적 중 하나 이상에 결합하는 길항제 (예컨대, 중화 항체): PDGFR-β, BIγS, APRIL, BCMA 수용체(들), TRAIL/Apo2, 다른 생물활성 및 유기 화학 제제 등.이의 조합물이 또한 본 발명에 포함된다.
"VEGF 길항제" 또는 "VEGF-특이적 길항제"는, 비제한적으로, 하나 이상의 VEGF 수용체에 결합하는 VEGF, VEGF 신호전달, 및 VEGF 매개된 혈관형성 및 내피 세포 생존 또는 증식을 포함하여, VEGF에 결합할 수 있고, VEGF 발현 수준을 감소하거나 또는 VEGF 생물학적 활성을 중화, 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해하는 분자를 지칭한다. 예를 들면, VEGF 생물학적 활성을 중화, 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해하는 분자는 하나 이상의 VEGF 수용체 (VEGFR) (예를 들면, VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3, 막-결합 VEGF 수용체 (mbVEGFR), 또는 가용성 VEGF 수용체 (sVEGFR))에 결합함에 의해 그것의 효과를 발휘할 수 있다. 그와 같은 길항제는 또한 본 명세서에서 일명 "VEGFR 억제제이다. " 본 발명의 방법에서 유용한 VEGF-특이적 길항제는 VEGF, 항-VEGF 항체 및 이의 항원-결합 단편, 수용체 분자 및 VEGF에 특이적으로 결합하여 그것에 의해 하나 이상의 수용체, 융합 단백질 (예를 들어, VEGF-Trap (Regeneron)), 및 VEGF121-젤로닌 (Peregrine)에 대한 그것의 결합을 격리시키는 유도체에 특이적으로 결합하는 폴리펩타이드이다. VEGF-특이적 길항제는 또한 VEGF 폴리펩티드의 길항제 변이체, VEGF 폴리펩티드를 암호화하는 적어도 핵산 분자의 단편에 상보적인 안티센스 핵염기 올리고머; VEGF 폴리펩티드를 암호화하는 적어도 핵산 분자의 단편에 상보적인 작은 RNAs; VEGF를 표적하는 리보자임; VEGF에 대한 펩티바디; 및 VEGF 압타머를 포함한다. VEGF 길항제는 또한 VEGFR, 항-VEGFR 항체, 및 이의 항원-결합 단편에 결합하는 폴리펩티드, 및 VEGFR에 결합하고 그렇게 함으로써 VEGF 생물학적 활성 (예를 들면, VEGF 신호전달)을 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해하는 유도체, 또는 융합 단백질을 포함한다. VEGF-특이적 길항제는 또한 VEGF 또는 VEGFR에 결합하고 그리고 VEGF 생물학적 활성을 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해할 수 있는 비펩티드 소분자를 포함한다. 따라서, 용어 "VEGF 활성"은 특이적으로 VEGF의 VEGF 매개된 생물학적 활성을 포함한다. 특정 구현예에서, VEGF 길항제는 VEGF의 발현 수준 또는 생물학적 활성을, 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상 만큼 감소시키거나 억제한다. 일부 구현예에서, VEGF-특이적 길항제에 의해 억제되는 VEGF는 VEGF(8-109), VEGF(1-109) 또는 VEGF165이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 VEGF 길항제는, 비제한적으로, 항-VEGFR2 항체 및 관련된 분자 (예를 들면, 라무시루맙, 타니비루맙, 아플리베르셉트), 항-VEGFR1 항체 및 관련된 분자 (예를 들면, 이크루쿠맙, 아플리베르셉트 (VEGF 트랩-Eye; EYLEA®), 및 지브-아플리베르셉트 (VEGF 트랩(Trap); ZALTRAP®)), 이중특이적 VEGF 항체 (예를 들면, MP-0250, 바누시주맙 (VEGF-ANG2), 및 US 2001/0236388에 개시된 이중특이적 항체), 항-VEGF, 항-VEGFR1, 및 항-VEGFR2 아암 중 둘의 조합을 포함하는 이중특이적 항체, 항-VEGFA 항체 (예를 들면, 베바시주맙, 세바시주맙), 항-VEGFB 항체, 항-VEGFC 항체 (예를 들면, VGX-100), 항-VEGFD 항체, 및 비펩티드 소분자 VEGF 길항제 (예를 들면, 파조파닙, 악시티닙, 반데타닙, 스티바가, 카보잔티닙, 렌바티닙, 닌테다닙, 오란티닙, 텔라티닙, 도비티니그, 세디라닙, 모테사닙, 설파티닙, 아파티닙, 포레티닙, 파미티닙, 및 티보자닙)를 포함할 수 있다.
"항-VEGF 항체"는 충분한 친화도 및 특이성이 있는 VEGF와 결합하는 항체이다. 특정 구현예에서, 항체는 일반적으로 VEGF에 대한 충분히 강한 결합 친화도를 가질 것이며, 예를 들어, 상기 항체는 100 nM 내지 1 pM 사이의 Kd 값을 갖는 hVEGF와 결합할 수 있다. 항체 친화도는, 예를 들면 표면 플라즈몬 공명 기반 분석(예컨대 PCT 출원 공개 번호 WO2005/012359에 기재된 BIAcore® 분석); 효소-결합 면역흡착제 분석(ELISA); 및 경쟁 분석(예를 들면 방사면역검정(RIA))에 의해 계측될 수 있다.
특정 구현예에서, 항-VEGF 항체는 질환 또는 질환을 표적으로 삼을 때 및 방해할 때 치료제로서 사용될 수 있되, VEGF 활성이 수반된다. 또한 상기 항체는 예컨대, 치료로서 효과성을 평가하기 위해 기타 생물학적 활성 분석을 받을 수 있다. 이와 같은 분석은 당해기술에 알려져 있고 표적 항원 및 상기 항체에 대한 의도된 사용에 의존한다. 예시는 하기를 포함한다: HUVEC 억제 분석; 종양 세포 성장 억제 분석(예를 들어 WO 89/06692에 기술된 바와 같음); 항체-의존 세포 세포독성(ADCC) 및 보완-매개 세포독성(CDC) 분석(미국특허 번호 5,500,362); 및 길항(효능적) 활성 또는 조혈 분석(WO 95/27062 참조). 항-VEGF 항체는 일반적으로 다른 VEGF 상동체, 예컨대 VEGF-B 또는 VEGF-C, 또는 기타 다른 성장 인자, 예컨대 PIGF, PDGF 또는 bFGF와 결합하지 않는다. 일 구현예에서, 항-VEGF 항체는 하이브리도마(하이브리도마) ATCC HB 10709에 의해 생산된 단클론성 항-VEGF 항체 A4.6.1과 동일한 에피토프에 결합하는 단클론성 항체이다. 또 다른 구현예에서, 항-VEGF 항체는 Presta 등 (Cancer Res. 57:4593-4599, 1997)에 따라 생성된 재조합 인간화 항-VEGF 단클론성 항체이다 (비제한적으로 베바시주맙 (BV; AVASTIN®)으로 공지된 항체를 포함함).
"rhuMAb VEGF" 또는 "AVASTIN®"으로도 공지된 항-VEGF 항체 "베바시주맙(BV)"은 Presta 등 (Cancer Res. 57:4593-4599, 1997)에 따라 산출된 재조합 인간화 항-VEGF 단클론성 항체이다. 57:4593-4599, 1997). 이는 그 수용체에 대한 인간 VEGF의 결합을 차단하는 뮤린 항-hVEGF 단클론성 항체 A.4.6.1로부터의 항원-결합 상보성-결정 영역 및 돌연변이된 인간 IgG1 프레임워크 영역을 포함한다. 베바시주맙의 아미노산 서열의 대략 93%, 예를 들면 상기 프레임워크 영역의 대부분이, 인간 IgG1에서 유도되고, 상기 서열의 약 7%가 뮤린 항체 A4.6.1에서 유도된다. 베바시주맙은 약 149,000 달톤의 분자량을 가지며 글리코실화된다. 베바시주맙과 기타 인간화된 항-VEGF 항체는 2005년 2월 26일에 발행된 미국특허 제6,884,879호에 추가로 기술되었으며, 이의 전체 개시내용이 본원에 참고로 명시적으로 편입된다. 추가 바람직한 항체는 하기를 포함한다: G6 또는 B20 시리즈 항체 (예컨대, G6-31, B20-4.1) (PCT 출원 공보 번호 WO 2005/012359에 기술됨). 추가 바람직한 항체에 대하여, 하기를 참고한다: 미국특허 7,060,269, 6,582,959, 6,703,020; 6,054,297; WO98/45332; WO 96/30046; WO94/10202; EP 0666868B1; 미국특허 출원 공개 번호 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409, 및 20050112126; 및 Popkov 등, (Journal of Immunological Methods 288:149-164, 2004). 기타 바람직한 항체는 잔기 F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, 191, K101, E103, 및 C104를 포함하거나, 대안적으로 잔기 F17, Y21, Q22, Y25, D63, 183 및 Q89를 포함하는 인간 VEGF 상에서 기능적 에피토프에 결합하는 것들을 포함한다.
용어 "PD-L1 축 결합 길항제"는, 복구되거나 증진된 T-세포 작용을 갖는, PD-L1 신호전달 축 상의 신호전달로부터 유발된, T-세포 기능이상을 제거하기 위하여, 이의 결합 상대 중 하나 이상과의 PD-1 축 결합 상대의 상호작용을 억제하는 분자를 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제뿐만 아니라 PD-L1과 PD-1 사이의 상호작용 (예를 들면, PD-L2-Fc 융합)을 억제하는 분자를 포함한다.
용어들 "항-PD-L1 항체" 및 "PD-L1에 결합하는 항체"는 항체가 PD-L1를 표적화하는데 있어서 진단 및/또는 치료제로서 유용하도록 충분한 친화도를 가지고 PD-L1에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 일 구현예에서, 비관련, 비-PD-L1 단백질에 대한 항-PD-L1 항체의 결합 정도는, 예를 들면, RIA로 측정 시, 약 10% 미만의 PD-L1에 대한 항체의 결합이다. 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 상이한 종 유래의 PD-L1 중 보존되어 있는 PD-L1의 에피토프에 결합한다.
용어 "항-PD-1 항체" 및 "PD-1에 결합하는 항체"는 항체가 PD-1을 표적화하는데 있어서 진단제 및/또는 치료제로서 유용하도록 하기에 충분한 친화도로 PD-1에 결합할 수 있는 항체를 나타낸다. 일 구현예에서, 비관련, 비-PD-1 단백질에 대한 항-PD-1 항체의 결합 정도는, 예를 들면, RIA로 측정 시, 약 10% 미만의 PD-1에 대한 항체의 결합이다. 특정 구현예에서, 항-PD-1 항체는 상이한 종 유래의 PD-1 중 보존되어 있는 PD-1의 에피토프에 결합한다.
용어 "PD-L1 결합 길항제"는 PD-L1과 그것의 결합 파트너, 예컨대 PD-1 또는 B7-1 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유도된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 방해하는 분자를 지칭한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 결합상대로의 PD-L1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및/또는 B7-1로의 PD-L1 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 및 PD-L1과 그것의 결합 파트너, 예컨대 PD-1 또는 B7-1 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유도된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 방해하는 다른 분자를 포함한다. 일 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1을 통한 T 림프구 매개된 신호전달에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 통해 매개된 음성 공통자극 신호를 감소시켜서 기능이상 T-세포에 기능이상을 덜게 한다 (예를 들면, 항원 인식에 대한 효과기 반응을 증진함). 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙 (CAS 등록번호:1422185-06-5) (이는 MPDL3280A로도 알려지고 본 명세서에 기재됨)이다. 또 다른 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 YW243.55.S70이다. 또 다른 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MDX-1105이다. 또 다른 구체적인 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MEDI4736 (더발루맙)이다. 또 다른 구체적인 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MSB0010718C (아벨루맙)이다.
본원에 사용된 바와 같이, "PD-1 결합 길항제"는, PD-1의, 이의 결합 상대 예컨대 PD-L1 및/또는 PD-L2 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 억제하는 분자이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 이의 결합 상대로의 PD-1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2로의 PD-1 결합을 억제한다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 항 PD-1 항체 및 이의 항원-결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 소분자 길항제, 폴리뉴클레오타이드 길항제, 및 PD-1과 PD-L1 및/또는 PD-L2와의 상호작용으로부터 유래한 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 방해하는 다른 분자를 포함한다. 일 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 작용이상 T-세포에 보다 낮은 작용이상성을 부여하기 위하여, 하기를 감소시킨다: T 림프구 상에 발현된 세포 표면 단백질, 및 기타 세포를 통하여, 또는 이에 의하여 매개된 음성 신호, PD-1 또는 PD-L1을 통하여 매개된 신호전달. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 MDX-1106 (니볼루맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 MK-3475 (펨브롤리주맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 CT-011 (피딜리주맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 MEDI-0680 (AMP-514)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 PDR001 이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 REGN2810 이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 BGB-108 이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224 이다.
"혈관신생 억제제" 또는 "항-혈관신생 제제"는 작은 분자량 서브스턴스, 폴리뉴클레오타이드, 폴리펩타이드, 단리된 단백질, 재조합 단백질, 항체, 또는 콘주게이트 또는 이의 융합 단백질을 지칭하되, 이는 혈관신생, 맥관형성, 또는 바람직하지 않은 혈관 투과성을, 직접적으로 또는 간접적으로 억제한다. 항-혈관형성 제제에는 혈관형성 인자 또는 이것의 수용체의 혈관형성의 활성을 구속 및 차단하는 제제들이 포함되는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 항-혈관형성 제제는 상기 정의된 바와 같은 혈관형성 제제에 대한 항체 또는 기타 길항제로, 예컨대, VEGF-A 또는 VEGF-A 수용체(예컨대, KDR 수용체 또는 Flt-1 수용체)에 대한 항체, 항-PDGFR 억제제, 예컨대 GLEEVECTM (이마티닙 메실레이트)이다. 항-혈관신생 제제는 또한 미접촉 혈관신생 억제제, 예를 들어, 안지오스타틴, 엔도스타틴, 등을 포함한다. 참고, 예를 들어, Klagsbrun 및 D’Amore, Annu.Rev. Physiol., 53:217-39 (1991); Streit 및 Detmar, Oncogene, 22:3172-3179 (2003) (예를 들어, 악성 흑색종에서 항-혈관신생 요법을 열거하는 표 3); Ferrara & Alitalo, Nature Medicine 5(12): 1359-1364 (1999); Tonini 등, Oncogene, 22:6549-6556 (2003) 및, Sato Int. J. Clin. Oncol., 8:200-206 (2003).
용어 "세포독성제"는 본원에서 사용된 바와 같이 세포의 기능을 억제 또는 예방 및/또는 세포의 파괴를 유발시키는 물질을 지칭한다. 상기 용어는 방사성 동위원소 (예를 들면, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, 및 Lu의 방사성 동위원소); 화학치료제 또는 예를 들면, 메토트렉세이트, 아드리아마이신, 빈카 알카로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로르암부실, 다우노루비신 또는 다른 개재 약물); 효소 및 이의 단편 예컨대 핵산분해 효소; 항생제; 및 독소 예컨대 소분자 독소 또는 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소적으로 활성인 독소 (단편 및/또는 이의 변이체 포함); 및 하기 개시된 다양한 항종양 또는 항암제를 포함하는 것으로 의도된다. 종양파괴 제제는 종양 세포의 파괴를 유발시킨다.
"화학치료제"는 암의 치료에 유용한 화학적 화합물을 포함한다. 화학치료제의 예는 하기를 포함한다: 에를로티닙 (TARCEVA®, Genentech/OSI Pharm.), 보르테조밉 (VELCADE®, Millennium Pharm.), 디설피람, 에피갈로카테킨 갈레이트, 살리노스포라마이드 A, 카르필조밉, 17-AAG (젤다나마이신), 라디시콜, 락테이트 탈수소효소 A (LDH-A), 풀베스트란트 (FASLODEX®, AstraZeneca), 서니팁 (SUTENT®, Pfizer/Sugen), 레트로졸 (FEMARA®, Novartis), 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®, Novartis), 피나서네이트 (VATALANIB®, Novartis), 옥살리플라틴 (ELOXATIN®, Sanofi), 5-FU (5-플루오로우라실), 류코보린, 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®, Pfizer), 라파티닙 (TYKERB®, GSK572016, Glaxo Smith Kline), 로나파밉 (SCH 66336), 소라페닙 (NEXAVAR®, Bayer Labs), 게피티닙 (IRESSA®, AstraZeneca), AG1478, 알킬화제 예컨대 티오테파 및 CYTOXAN® 사이클로스포스파마이드; 알킬 설포네이트 예컨대 부설판, 임프로설판 및 피포설판; 아지리딘 예컨대 벤조도파, 카보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파; 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸로멜라민을 포함하는 에틸렌이민 및 메틸아멜라민; 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 캄프토테신 (토포테칸 및 이리노테칸 포함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065 (그것의 아도젤레신, 카르젤레신 및 바이젤레신 합성 유사체 포함); 크립토파이신 (특히 크립토파이신 1 및 크립토파이신 8); 아드레노코르티코스테로이드 (프레드니손 및 프레드니솔론 포함); 사이프로테론 아세테이트; 피나스테라이드 및 두타스테라이드를 포함하는 5α-환원효소; 보리노스타트, 로미뎁신, 파노비노스타트, 발프로산, 모세티노스타트 돌라스타틴; 알데스류킨, 탈크 듀오카르마이신 (합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘류테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드 예컨대 클로르암부실, 클로마파진, 클로로포스파마이드, 에스트라무스틴, 이포스파마이드, 메클로르에타민, 메클로르에타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 펜에스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파마이드, 우라실 머스타드; 니트로소우레아 예컨대 카무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 및 라님누스틴; 항생제 예컨대 엔디인 항생제 (예를 들어, 칼리키아마이신, 특히 칼리키아마이신 γ1I 및 칼리키아마이신 ω1I (Angew.Chem. Intl.Ed. Engl.33:183-186, 1994); 다이네마이신 (다이네마이신 A 포함); 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트; 에스페라마이신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 색소단백질 엔디인 항생 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 오트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이시니스, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, ADRIAMYCIN® (독소루비신), 모르폴리노-독소루비신, 시아노모폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신), 에피루비신, 에소루비신, 아이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신 예컨대 미토마이신 C, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포르피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항-대사물질 예컨대 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 엽산 유사체 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체 예컨대 플루다라빈, 6-머캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카모푸르, 사이타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스탄올, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-부신제 예컨대 아미노글루테트이미드, 미토탄, 트릴로스탄; 엽산 보충물 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파마이드 글리코사이드; 아미노레벌린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비스안트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피담놀; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 포도필린산; 2-에틸하이드라자이드; 프로카바진; PSK® 다당류 착물 (JHS Natural Products, Eugene, Oreg.); 라족산; 라이족신; 시조푸란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2"-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신; 다카바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라바이노사이드 ("Ara-C"); 사이클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드, 예컨대, 탁솔(탁솔) (파클리탁셀; Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.),ABRAXANE® (크레모포어-없음), 파클리탁셀의 알부민-가공 나노입자 제형 (American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, III.), 및 TAXOTERE® (도세탁셀, 독세탁셀; Sanofi-Aventis); 클로르람부실; GEMZAR® (젬시타빈); 6-티오구아닌; 머캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 유사체 예컨대 시스플라틴 및 카보플라틴; 빈블라스틴; 에토포사이드 (VP-16); 이포스파마이드; 미톡산트론; 빈크리스틴; NAVELBINE® (비노렐빈); 노반트론; 테니포사이드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 카페시타빈 (XELODA®); 이반드로네이트; CPT-11; 토포이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드 예컨대 레티노산; 및 상기 중 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 및 유도체.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: 하기의 단계들을 포함하는, 항-에스트로겐 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절인자 (SERM)와 같이 종양에 대한 호르몬 작용을 조절하거나 억제하는 작용을 하는 항호르몬제: 예를 들어, 타목시펜 (NOLVADEX®; 타목시펜 시트레이트 포함), 랄록시펜, 드롤록시펜, 아이오독시펜, 4-하이드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케옥시펜, LY117018, 오나프리스톤, 및 FARESTON® (토레미핀 시트레이트); 하기와 같은, 부신에서 에스트로겐 생산을 조절하는 효소 아로마타제를 억제하는 아로마타제 억제제: 예를 들어, 4(5)-이미다졸, 아미노글루테트이미드, MEGASE® (메게스트롤 아세테이트), AROMASIN® (엑세메스탄; Pfizer), 포르메스타니, 파드로졸, RIVISOR® (보로졸), FEMARA® (레트로졸; Novartis), 및 ARIMIDEX® (아나스트로졸; AstraZeneca); 항-안드로겐 예컨대 플루타미드, 닐루타미드, 비칼루타미드, 류프롤리드 및 고세렐린; 부세렐린, 트립테레린, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 디에틸스틸베스트롤, 프레마린, 플루옥시메스테론, 모든 트랜스레티온산, 펜레티나이드, 뿐만 아니라 트록사시타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); 단백질 키나아제 억제제; 지질 키나아제 억제제; 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적인 세포 증식에서 연루된 신호전달 경로에서 유전자의 발현을 억제하는 것들, 예를 들어, PKC-알파, Ralf 및 H-Ras; 리보자임 예컨대 VEGF 발현 억제제 (예컨대, ANGIOZYME®) 및 HER2 발현 억제제; 백신 예컨대 유전자 요법 백신, 예를 들어, ALLOVECTIN®, LEUVECTIN®, 및 VAXID®; PROLEUKIN®, rIL-2; 토포이소머라제 1 억제제 예컨대 LURTOTECAN®; ABARELIX® rmRH; 및 상기 중 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 및 유도체.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: 알렘투주맙(Campath), 베바시주맙(AVASTIN®, Genentech); 세툭시맙(ERBITUX®, Imclone); 파니투무맙(VECTIBIX®, Amgen), 리툭시맙(RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec), 퍼투주맙(OMNITARG®, 2C4, Genentech), 트라스투주맙(HERCEPTIN®, Genentech), 토시투모맙(벡사르, 코릭시아) 및 항체 약물 콘주게이트, 겜투주맙 오조가미신(MYLOTARG®, Wyeth). 본 발명의 화합물과 조합된 제제로서 치료적 잠재력을 갖는 추가의 인간화된 단클론성 항체는 하기를 포함한다: 아폴리주맙, 아셀리주맙, 아틀리주맙, 바피뉴주맙, 비바투주맙 메르탄신, 칸투주맙 메르탄신, 세델리주맙, 세르톨리주맙 페골, 시드푸시투주맙, 시드투주맙, 다클리주맙, 에쿨리주맙, 에팔리주맙, 에프라투주맙, 에를리주맙, 펠비주맙, 폰톨리주맙, 젬투주맙 오조가미신, 이노투주맙 오조가미신, 이필리무맙, 라베투주맙, 린투주맙, 마투주맙, 메폴리주맙, 모타비주맙, 모토비주맙, 나탈리주맙, 니모투주맙, 놀로비주맙, 누마비주맙, 오크렐리주맙, 오말리주맙, 팔리비주맙, 파스콜리주맙, 펙푸시투주맙, 펙투주맙, 펙셀리주맙, 랄리비주맙, 라니비주맙, 레슬리비주맙, 레슬리주맙, 레시비주맙, 로벨리주맙, 루플리주맙, 시브로투주맙, 시플리주맙, 손투주맙, 타카투주맙 테트락세탄, 타도시주맙, 탈리주맙, 테피바주맙, 토실리주맙, 토랄리주맙, 트라스투주맙, 투코투주맙 셀모류킨, 투쿠시투주맙, 우마비주맙, 유르톡사주맙, 유스테키누맙, 및 비실리주맙, 항-인터류킨-12 (예컨대, ABT-874/J695, Wyeth Research and Abbott Laboratories (인터류킨-12 p40 단백질을 인식하기 위하여 유전적으로 변형된 재조합 배타적 인간-서열, 전장 IgG1 λ 항체).
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: "EGFR 억제제," (EGFR에 결합하거나, 달리는 이에 직접 상호작용하고, 이의 신호전달 활성을 예방 또는 감소시키는 화합물로 지칭되고, 대안적으로 "EGFR 길항제"로 지칭됨). 상기 제제의 예시는 EGFR에 결합하는 항체 및 소분자를 포함한다. EGFR에 결합하는 항체의 예는 하기를 포함한다: MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (참고, US 특허 번호 4,943, 533, Mendelsohn 등) 및 이의 변이체, 예컨대 키메라화된 225 (C225 또는 세툭시맙; ERBUTIX®) 및 재형상화된 인간 225 (H225) (참고, WO 96/40210, Imclone Systems Inc.);IMC-11F8, 완전하게 인간, EGFR-표적화된 항체 (Imclone); 유형 II 돌연변이체 EGFR을 결합시키는 항체 (미국 특허 번호. 5,212,290); 미국 특허 번호 5,891,996에서 기재된 바와 같이 EGFR을 결합시키는 인간화된 및 키메라성 항체; 및 EGFR, 예컨대 ABX-EGF 또는 파니투무맙을 결합시키는 인간 항체 (참고 WO98/50433, Abgenix/Amgen); EMD 55900 (Stragliotto 등. Eur.J. Cancer 32A:636-640 (1996)); EGFR 결합 (EMD/Merck)를 위해 EGF 및 TGF-알파 둘 모두와 경쟁하는 EGFR에 대항하여 지향된 EMD7200 (마투주맙) 인간화된 EGFR 항체; 인간 EGFR 항체, HuMax-EGFR (젠맙); E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 및 E7.6.3로서 알려지고 하기에 기재된 완전 인간 항체: US 6,235,883; MDX-447 (Medarex Inc); 및 mAb 806 또는 인간화된 mAb 806 (Johns 등, J. Biol. Chem. 279(29): 30375-30384 (2004)). 항-EGFR 항체는 세포독성 제제와 콘주게이트되어 이로써 면역콘주게이트를 생성할 수 있다 (참고: 예를 들어 EP659,439A2, Merck Patent GmbH). EGFR 길항제는 미국 특허 번호5,616,582, 5,457,105, 5,475,001, 5,654,307, 5,679,683, 6,084,095, 6,265,410, 6,455,534, 6,521,620, 6,596,726, 6,713,484, 5,770,599, 6,140,332, 5,866,572, 6,399,602, 6,344,459, 6,602,863, 6,391,874, 6,344,455, 5,760,041, 6,002,008, 및 5,747,498, 뿐만 아니라 하기의 PCT 공보:WO98/14451, WO98/50038, WO99/09016, 및 WO99/24037에 기술된 화합물과 같은 소분자를 포함한다. 특정 소분자 EGFR 길항제는 하기를 포함한다: OSI-774 (CP-358774, 에를로티닙, 타르세바® Genentech/OSI Pharmaceuticals); PD 183805 (CI 1033, 2-프로펜아미드, N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[3-(4-모폴리닐)프로폭시]-6-퀴나졸리닐]-, 디하이드로클로라이드, Pfizer Inc.);ZD1839, 게피티닙 (IRESSA®) 4-(3’-클로로-4’-플루오로아닐리노)-7-메톡시-6-(3-모폴리노프로폭시)퀴나졸린, AstraZeneca); ZM 105180 ((6-아미노-4-(3-메틸페닐-아미노)-퀴나졸린, Zeneca); BIBX-1382 (N8-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-N2-(1-메틸-피페리딘-4-일)-피리미도[5,4-d]피리미딘-2,8-디아민, Boehringer Ingelheim); PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-페닐에틸)아미노]-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀); (R)-6-(4-하이드록시페닐)-4-[(1-페닐에틸)아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘); CL-387785 (N-[4-[(3-브로모페닐)아미노]-6-퀴나졸리닐]-2-부틴아미드(부틴아미드); EKB-569 (N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-3-시아노-7-에톡시-6-퀴놀리닐]-4-(디메틸아미노)-2-부텐아미드) (Wyeth); AG1478 (Pfizer); AG1571 (SU 5271; Pfizer); 이중 EGFR/HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 라파티닙 (TYKERB®, GSK572016 또는 N-[3-클로로-4-[(3 플루오로페닐)메톡시]페닐]-6[5[[[2메틸설포닐)에틸]아미노]메틸]-2-푸라닐]-4-퀴나졸린아민).
화학치료제는 또한 하기를 포함할 수 있다: 티로신 키나제 억제제 (선행 단락에 주지된 EGFR-표적화된 약물 포함); 소분자 HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 TAK165 (Takeda로부터 이용가능함); CP-724,714, ErbB2 수용체 티로신 키나제의 경구 선택적 억제제 (Pfizer 및 OSI); 이중-HER 억제제 예컨대 EKB-569 (Wyeth로부터 이용가능함) (EGFR에 우선적으로 결합하지만 HER2 및 EGFR-과발현 세포 둘 모두를 억제함); 라파티닙 (GSK572016; Glaxo-SmithKline로부터 이용가능함), 경구 HER2 및 EGFR 티로신 키나제 억제제; PKI-166 (Novartis로부터 이용가능함); pan-HER 억제제 예컨대 카네르티닙 (CI-1033; Pharmacia); Raf-1 억제제 예컨대 안티센스 제제 ISIS-5132 (Raf-1 신호전달을 억제하는 ISIS 의약품으로부터 이용가능함); 비-HER 표적화된 TK 억제제 예컨대 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®, Glaxo SmithKline로부터 이용가능함); 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 예컨대 수니티닙 (SUTENT®, Pfizer로부터 이용가능함); VEGF 수용체 티로신 키나제 억제제 예컨대 바탈라닙 (PTK787/ZK222584, Novartis/Schering AG로부터 이용가능함); MAPK 세포외 조절된 키나제 I 억제제 CI-1040 (Pharmacia로부터 이용가능함); 퀴나졸린, 예컨대 PD 153035,4-(3-클로로아닐리노) 퀴나졸린; 피리도피리미딘; 피리미도피리미딘; 피롤로피리미딘, 예컨대 CGP 59326, CGP 60261 및 CGP 62706; 피라졸로피리미딘, 4-(페닐아미노)-7H-피롤로[2,3-d] 피리미딘; 커큐민 (디페룰로일 메탄, 4,5-비스 (4-플루오로아닐리노)프탈이미드); 타이르포스틴 (니트로티오펜 모이어티 함유); PD-0183805 (Warner-Lamber); 안티센스 분자 (예를 들면, HER-암호화 핵산에 결합하는 것들); 퀴녹살린 (미국 특허 번호 5,804,396); 트리포스틴 (미국 특허 번호 5,804,396); ZD6474 (Astra Zeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); pan-HER 억제제 예컨대 CI-1033 (Pfizer); 아피니탁 (ISIS 3521; Isis/Lilly); 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®); PKI 166 (Novartis); GW2016 (Glaxo SmithKline); CI-1033 (Pfizer); EKB-569 (Wyeth); 세막시닙 (Pfizer); ZD6474 (AstraZeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); INC-1C11 (Imclone), 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®); 또는 하기 특허 공보 중 임의의 것에 기재된 것들: 미국 특허 번호 5,804,396, WO 1999/09016, WO 1998/43960, WO 1997/38983, WO 1999/06378, WO 1999/06396, WO 1996/30347, WO 1996/33978, WO 1996/3397, 및 WO 1996/33980.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "다중-표적화된 티로신 키나제 억제제"는, 다중 (즉, 1 초과) 티로신 키나제 단백질을 억제하는 티로신 키나제 억제제를 지칭한다. 티로신 키나제 단백질은 be 수용체 티로신 키나제 및/또는 세포 티로신 키나제일 수 있다. 예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 혈소판-유래된 성장 인자 수용체 (예를 들어, PDGFR-αα, PDGFR-ββ, 및/또는 PDGFR-αβ), VEGF 수용체 (예를 들어, VEGFR1 및/또는 VEGFR2), CD117 (c-Kit), RET, CD114, 및/또는 CD135을 억제할 수 있다. 예시적인 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙 (N-[2-(디에틸아미노)에틸]-5-[(Z)-(5-플루오로-2-옥소-1,2-디하이드로-3H-인돌-3-일리덴)메틸]-2,4-디메틸-1H-피롤-3-카복사미드, SUTENT® 또는 SU11248로도 알려짐), SU6656, 모테사닙, 소라페닙 (예를 들어, NEXEVAR® 또는 BAY439006), 악시티닙, 아파티닙, 보수티닙, 크리조티닙, 카보잔티닙, 다사티닙, 엔트렉티닙, 파조파닙, 라파티닙, 및 반데타닙 (ZACTIMA® 또는 ZD6474로도 알려짐)을 포함한다. VEGF 수용체를 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제가 또한, VEGFR 억제제로 간주될 수 있음을 이해해야 하다.
화학치료제는 덱사메타손, 인터페론, 콜히친, 메토프린, 사이클로스포린, 암포테리신, 메트로니다졸, 알렘투주맙, 알리트레티노인, 알로푸리놀, 아미포스틴, 삼산화비소, 아스파라기나제, BCG 생균, 베바쿠지맙, 벡사로텐, 클라드리빈, 클로파라빈, 다베포에틴 알파, 데니류킨, 덱스라족산, 에포에틴 알파, 엘로티닙, 필그라스팀, 히스트렐린 아세테이트, 이브리투모맙, 인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2b, 레날리도미드, 레바미졸, 메스나, 메톡살렌, 난드롤론, 넬라라빈, 노페투모맙, 오프렐베킨, 팔리페르민, 파미드로네이트, 페가데마제, 페가스파가제, 페그필그라스팀, 페메트렉세드 이나트륨, 플리카마이신, 포르피머 나트륨, 퀴나크린, 라스부리카제, 사르그라모스팀, 테모졸로미드, VM-26, 6-TG, 토레미펜, 트레티노인, 전체-트랜스 레티노산 (ATRA), 발루비신, 졸레드로네이트 및 졸레드론산 및 이들의 약제학적으로 허용가능한 염을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "전구약물"은 친계 약물과 비교하여 종양 세포에 덜 세포독성이고, 더욱 활성인 친계 형태로 전환 또는 효소적으로 활성화될 수 있는 약제학적 활성 물질의 전구체 또는 유도체를 지칭한다. 참고, 예를 들어, Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) 및 Stella 등, "Prodrugs:A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt 등, (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985). 본 발명의 전구약물은 비제한적으로 하기를 포함한다: 포스페이트-함유 전구약물, 티오포스페이트-함유 전구약물, 설페이트-함유 전구약물, 펩티드-함유 전구약물, D-아미노산-변형된 전구약물, 글리코실화된 전구약물, β-락탐-함유 전구약물, 선택적으로 치환된 페녹시아세트아미드-함유 전구약물 또는 선택적으로 치환된 페닐아세트아미드-함유 전구약물, 5-플루오로시토신 및 다른 5-플루오로우리딘 전구약물 (보다 더 활성인 세포독성 없는(세포독성 없음) 약물로 전환될 수 있음). 본 발명에서의 사용을 위하여 전구약물 형태로 유도될 수 있는 세포독성 약물의 예시는 비제한적으로 상기 기재된 화학치료제를 포함한다.
"성장 억제성 제제"는, 본 명세서에서 사용될 때, 시험관내 또는 생체내에서 세포 (예를 들어, 성장이 PD-L1 발현에 좌우되는 세포)의 성장 및/또는 증식을 억제하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 따라서, 성장 억제제는 S 상에서 세포의 백분율을 유의미하게 감소시키는 것일 수 있다. 성장 억제제의 예는 (S 상 이외의 위치에서) 세포 주기 진행을 차단하는 제제, 예컨대 G1 상 및 M-상 정지를 유도하는 제제를 포함한다. 고전적 M-상 차단제는 하기를 포함한다: 빈카 (빈크리스틴 및 빈블라스틴), 탁산, 및 토포이소머라제 II 억제제 예컨대 안트라사이클린 항생제 독소루비신 ((8S-시스)-10-[(3-아미노-2,3,6-트리데옥시-α-L-릭소-헥사피라노실)옥시]-7,8,9,10-테트라하이드로-6,8,11-트리하이드록시-8-(하이드록시아세틸)-1-메톡시-5,12-나프타센디온), 에피루비신, 다우노루비신, 에토포시드, 및 블레오마이신.G1을 정지시키는 제제, 예를 들어, DNA 알킬화제 예컨대 타목시펜, 프레드니손, 다카바진, 메클로르에타민, 시스플라틴, 메토트렉세이트, 5-플루오로우라실, 및 ara-C는 S-상 정지로 또한 넘쳐 나왔다. 추가 정보는 아래에 발견될 수 있다: "The Molecular Basis of Cancer," Mendelsohn and Israel, eds., Chapter 1, entitled "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" by Murakami 등 (WB Saunders:Philadelphia, 1995), 특히 p. 13.탁산(파클리탁셀 및 도세탁셀)은 둘 다 주목(주목 나무)에서 유도된 항암 약물이다. 유럽 주목에서 유도된 도세탁셀(TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer)은 파클리탁셀의 반합성 유사체(TAXOL®, Bristol-Myers Squibb)이다. 파클리탁셀 및 도세탁셀은 튜불린 이량체로부터 미세소관의 어셈블리를 촉진하고, 탈중합 방지에 의해 미세소관을 안정화하여 세포에서 유사분열의 억제를 야기한다.
"방사선 요법"은 세포를 정상적으로 작용하도록 하거나 세포를 파괴하는 것을 함께 제한하기 위하여 세포에 충분한 손상을 유도하기 위하여 지시된 감마선 또는 베타선의 사용을 의미한다. 치료의 투여량 또는 기간을 결정하기 위하여 본 분야에서 많은 방법이 있을 것이라는 것이 고려된다. 전형적인 치료를 1회성 투여로 실시하였으며, 전형적인 투여량은 1일 당 10 내지 200 단위 (Grays)의 범위이다.
용어 "약제학적 제형"은 그안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 하기 위한 형태인, 그리고 제형이 투여되는 환자에 허용불가능하게 독성인 추가의 성분을 함유하지 않는 제형을 지칭한다.
"약제학적으로 허용가능한 담체"는 환자에 무독성인, 활성 성분 이외의, 약제학적 제형 중의 성분을 나타낸다. 약제학적으로 허용 가능한 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 보존제를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.
용어 "패키지 삽입물"은 치료학적 제품의 상업 패키지에 통상적으로 포함되는 설명서를 지칭하기 위해 사용되고 이는 상기 치료학적 제품의 사용에 관한 적응증, 용도, 투여량, 투여, 병용 요법, 사용금지 사항 및/또는 경고에 관한 정보를 함유한다.
"멸균된" 제형은 무균성이거나 또는 모든 살아있는 미생물 및 그의 포자가 없다.
"제조 물품"은 적어도 하나의 시약, 예를 들면 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 프로브 또는 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)의 치료를 위한 약제를 포함하는 임의의 제조물 또는 키트 (예를 들면, 패키지 또는 용기)이다. 특정 구현예에서, 상기 제조물 또는 키트는 바람직하게는 본 발명의 방법들을 수행하기 위한 단위로서 선전, 유통 또는 판매된다.
용어 "소분자"는 2000 달톤 이하, 바람직하게는 약 500 달톤 이하의 분자량을 갖는 임의의 분자를 지칭한다.
단어 "표지"는, 본원에 사용될 경우, 시약, 예컨대 폴리뉴클레오티드 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 콘주게이트되거나 또는 융합되고, 이것이 콘주게이트되거나 또는 융합되는 상기 시약의 검출을 용이하게 하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지 (예를 들어, 방사성 동위원소 라벨 또는 형광 라벨)는 자체 검출가능할 수 있거나, 또는, 효소적 표지의 경우에, 검출가능한 기재 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉진할 수 있다. 상기 용어는 하기를 포괄하는 것으로 의도된다: 검출가능한 물질을 프로브 또는 항체에 커플링 (즉, 물리적으로 연결)함에 의한 프로브 또는 항체의 직접 표지, 뿐만 아니라 직접적으로 표지된 또 다른 시약과의 반응성에 의한 프로브 또는 항체의 간접 표지.간접 표지의 예시는 형광-표지 2차 항체를 사용한 1차 항체, 및 비오틴에 의한 DNA 프로브의 말단-표지의 검출을 포함하며, 이로써 이는 형광-표지 스트렙타비딘에 의하여 검출될 수 있다.
용어 "항체"는 광범위한 의미로 사용되며, 구체적으로는 단클론성 항체 (전장 단클론성 항체 포함), 다클론성 항체, 다중특이적 항체 (예를 들면, 이중특이적 항체), 및 원하는 생물학적 활성을 나타내기만 한다면 항체 단편을 포함한다.
"천연 항체"는 보통 2개의 동일한 경(L) 쇄 및 2개의 동일한 중(H) 쇄로 구성된 약 150,000 달톤의 이형사량체 당단백질이다. 각 경쇄는 하나의 공유 디설파이드 결합에 의해 중쇄에 연결되고, 반면 디설파이드 연결기의 수는 상이한 면역글로불린 이소형의 중쇄 중에서 다변한다. 각 중쇄 및 경쇄는 또한 규칙적으로 이격된 사슬내 디설파이드 가교를 가진다. 각각의 중쇄는 하나의 말단에서 가변 도메인(VH) 다음에 복수의 불변 도메인을 가진다. 각각의 경쇄는 하나의 말단에 가변 도메인을(VL) 그리고 그 다른 말단에 불변 도메인을 갖는다; 경쇄의 불변 도메인은 중쇄의 제1 불변 도메인과 정렬되며, 경쇄 가변 도메인은 중쇄의 가변 도메인과 정렬된다. 특정한 아미노산 잔기가 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 간 계면을 형성하는 것으로 여겨진다.
"단리된" 항체는 그것의 천연 환경의 성분으로부터 식별되고, 분리되고, 그리고/또는 회수된 항체이다. 그 천연 환경의 오염물질 성분은 항체에 대한 연구, 진단적 및/또는 치료적 사용을 방해할 물질이며, 효소, 호르몬, 및 다른 단백질성 또는 비단백질성 용질이 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 (1) 예를 들면, Lowry 방법에 의해 측정 시 항체의 95 중량% 초과로, 일부 구현예에서 99 중량% 초과로; (2) 예를 들면, 회전 컵 시쿼네이터(회전 컵 서열분석기)를 이용해서 N-말단 또는 내부 아미노산 서열의 적어도 15 개 잔기를 수득하기 충분한 정도로, 또는 (3) 예를 들면, 쿠마씨 블루 또는은 염색을 이용해서 환원 또는 비환원 조건 하에 SDS-PAGE에 의해 균질성으로까지, 정제된다. 단리된 항체가 재조합 세포 내의 원위치 항체를 포함하는 것은, 항체의 천연 환경의 적어도 하나의 성분이 존재하지 않을 것이기 때문이다. 그러나, 통상적으로, 단리된 항체는 적어도1종의 정제 단계에 의해 제조될 것이다.
"차단" 항체 또는 "길항제" 항체는, 그것이 결합되는 항원의 생물학적 활성을 억제시키거나 또는 감소시키는 것이다. 예를 들어, VEGF-특이적 길항제 항체는 VEGF를 결합시키고 VEGF가 혈관 내피 세포 증식을 유도하는 능력을 억제한다. 바람직한 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 완전히 억제한다.
달리 명시하지 않는 한, 본 명세서 전반에 걸쳐 "다가 항체(다가 항체)"라는 표현은 3개 이상의 항원 결합 부위를 포함하는 항체를 나타내기 위해 사용된다. 다가 항체는 바람직하게는 3개 이상의 항원 결합 부위를 갖도록 가공되고 일반적으로 천연 서열 IgM 또는 IgA 항체가 아니다.
임의의 포유동물 종 유래의 항체 (면역글로불린)의 "경쇄"는, 이들의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기초하여, 카파 ("κ") 및 람다 ("λ")로 불리는 2개의 명확하게 구별되는 유형 중 하나에 할당될 수 있다.
용어 "불변 도메인"은, 항원 결합 부위를 함유하는, 면역글로불린의 다른 부분, 즉 가변 도메인에 비하여 더욱 보존된 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 분자의 부분을 지칭한다. 불변 도메인은 중쇄의 CH1, CH2 및 CH3 도메인 (집합적으로, CH) 및 경쇄의 CHL (또는 CL) 도메인을 함유한다.
항체의 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항체의 중쇄 또는 경쇄의 아미노-말단 도메인을 지칭한다. 중쇄의 가변 도메인은 "VH"로 지칭될 수 있다. 경쇄의 가변 도메인은 "VL"로 지칭될 수 있다. 이들 도메인은 일반적으로 항체의 가장 가변성 부분이고 항원-결합 부위를 함유한다.
용어 "가변"은 가변 도메인의 특정 분절에서 항체 간 서열이 항체 중 차례로 광범위하게 상이한 사실을 지칭한다. 가변 또는 "V" 도메인은 항원 결합을 매개하고, 그의 특정 항원에 대한 특정 항체의 특이성을 정의한다. 그러나, 가변성은 가변 도메인의 범위에 균일하게 분포되지 않는다. 대신에, V 영역은 각각 9-12 아미노산 길이인 "초가변성 영역"이라 불리는 극단적인 가변성의 짧은 영역에 의해 분리된 15-30 아미노산의 프레임워크 영역 (FR)으로 불리는 상대적으로 비변이적인 연신부로 구성된다. 본 명세서에서 사용될 때 용어 "초가변성 영역" 또는 "HVR"은 항원-결합을 담당하는 항체의 아미노산 잔기를 지칭한다. 초가변성 영역은 일반적으로 하기를 포함한다: 예를 들어, VL에서 약 잔기 24-34 (L1), 50-56 (L2) 및 89-97 (L3), 및 VH에서 약 잔기 26-35 (H1), 49-65 (H2) 및 95-102 (H3) (일 구현예에서, H1는 약 잔기 31-35이다)로부터 아미노산 잔기; Kabat 등, Sequences of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md.(1991)) 및/또는 "초가변성 루프" (예를 들어, VL에서 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2), 및 91-96 (L3), 및 VH에서 26-32 (H1), 53-55 (H2), 및 96-101 (H3)로부터의 잔기들; Chothia 및 Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987). 천연 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인 각각은 3개의 초가변 영역에 의해 연결된, 크게는 베타-시트 입체배치를 채택한 4개의 FR을 포함하여, 베타-시트 구조를 연결하고, 그리고 일부 경우에는 베타-시트 구조의 일부를 형성하는 루프를 형성한다. 각각의 사슬 중 초가변성 영역은 FRs와 근접하여 함께 유지되고, 그리고 다른 사슬로부터의 초가변성 영역으로, 항체의 항원-결합 부위의 형성에 기여한다 (참고 Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD.(1991)). 따라서 HVR과 FR 서열은 일반적으로 VH (또는 VL)에서 하기 순서로 출현한다: FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4.불변 도메인은 항원에 항체를 결합하는 것에 직접적으로 관여하지는 않지만, 항체 의존성 세포 독성 (ADCC)에서의 항체의 참여와 같은 다양한 효과기 작용을 나타낸다.
본 명세서에서의 목적을 위한 "억셉터 인간 프레임워크"는 하기 정의된 바와 같은 인간 면역글로불린 프레임워크 또는 인간 공통 프레임워크로부터 유래된 경쇄 가변 도메인(VL) 프레임워크 또는 중쇄 가변 도메인(VH) 프레임워크의 아미노산 서열을 포함하는 프레임워크이다. 인간 면역글로불린 프레임워크 또는 인간 공통 프레임워크로부터 "유래된" 억셉터 인간 프레임워크는 이의 동일한 아미노산 서열을 포함할 수 있거나, 이것은 아미노산 서열 변화를 함유할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 아미노산 변화의 수는 10개 이하, 9개 이하, 8개 이하, 7개 이하, 6개 이하, 5개 이하, 4개 이하, 3개 이하, 또는 2개 이하이다. 몇몇 실시형태에서, VL 억셉터 인간 프레임워크는 VL 인간 면역글로불린 프레임워크 서열 또는 인간 공통 프레임워크 서열에 서열이 동일하다.
본원에서 사용될 경우, 용어 "초가변 영역", "HVR" 또는 "HV"는 서열이 초가변성이고/이거나 구조적으로 정의된 루프를 형성하는 항체-가변 도메인 영역을 나타낸다. 일반적으로, 항체는 6개의 HVR: VH (H1, H2, H3)로 3개 및 VL (L1, L2, L3)로 3개를 포함한다. 천연 항체에서, H3 및 L3은 6 개 HVR의 가장 큰 다양성을 나타내며, H3은 특히 항체에 대해 미세한 특이성을 부여하는데 있어서 독특한 역할을 담당하는 것으로 여겨진다. 참고, 예를 들어, Xu 등, Immunity 13:37-45 (2000); Johnson and Wu, in Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003). 사실상, 중쇄만으로 구성된 천연 발생 낙타과 항체는 경쇄의 부재 하에서 작용적이고 무변성이다. 참고, 예를 들어, Hamers-Casterman 등, Nature 363:446-448 (1993); Sheriff 등, Nature Struct.Biol. 3:733-736 (1996).
수많은 HVR 묘사가 사용되며, 본원에서 포괄된다. 카밧 상보성 결정 영역 (CDRs)는 서열 가변성을 기반으로 하고, 그리고 가장 통상적으로 사용된다 (Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md.(1991)). 초티아는 그 대신에, 구조적 루프의 위치를 지칭한다 (Chothia 및 Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)). AbM HVR은 카밧 HVR 및 초티아 구조적 루프 간 절충을 나타내며, Oxford 분자의 AbM 항체-모델링 소프트웨어에 의해 이용된다. "컨택" HVR은 이용 가능한 복합체 결정 구조의 분석에 기반한다. 이들 HVR 각각으로부터의 잔기가 아래에 주지된다.
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HVR은 하기와 같이 "연장된 HVR"을 포함할 수 있다: 24-36 또는 24-34 (L1), 46-56 또는 50-56 (L2) 및 89-97 또는 89-96 (L3) (VL 중) 및 26-35 (H1), 50-65 또는 49-65 (H2) 및 93-102, 94-102, 또는 95-102 (H3) (VH 중). 가변 도메인 잔기는 이들 정의 각각에 대해 상기 카바트 등에 따라 넘버링된다.
"프레임워크" 또는 "FR" 잔기는 본원에서 정의된 바와 같이 HVR 잔기 이외의 가변-도메인 잔기이다.
"인간 공통 프레임워크"는 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 프레임워크 서열의 선택에서 가장 공통으로 발생하는 아미노산 잔기를 나타내는 프레임워크이다. 일반적으로, 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 서열의 선택은 가변 도메인 서열의 하위그룹 유래이다. 일반적으로, 서열의 하위그룹은 Kabat 등의 문헌[Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3]에서처럼 하위그룹이다. 일 실시형태에서, VL에 대해, 하위그룹은 상기 Kabat 등의 문헌에서처럼 하위그룹 카파 I이다. 일 실시형태에서, VH에 대해, 하위그룹은 상기 Kabat 등의 문헌에서처럼 하위그룹 III이다.
용어 "카바트에서와 같은 가변 도메인 잔기 넘버링" 또는 "카바트에서와 같은 아미노산 위치 넘버링," 및 이의 변형은 상기 카바트 등에서 항체의 편집의 중쇄 가변 도메인 또는 경쇄 가변 도메인에 사용된 넘버링 시스템을 지칭한다. 상기 넘버링 시스템을 이용하여, 실제 선형 아미노산 서열은 가변 도메인의 FR 또는 HVR의 단축 또는 이것으로의 삽입에 대응하는 더 적거나 더 많은 아미노산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 중쇄 가변 도메인에는 H2의 잔기 52 뒤에 단일 아미노산 삽입(카밧에 따른 잔기 52a) 및 중쇄 FR 잔기 82 뒤에 삽입된 잔기(예를 들면, 카밧에 따른 잔기 82a, 82b, 및 82c 등)가 포함될 수 있다. 잔기의 카밧 넘버링은 항체 서열의 상동성 영역에서 "표준" 카밧 넘버링된 서열과의 정렬에 의해 소정의 항체에 대해 결정될 수 있다.
카밧 넘버링 시스템는 가변 도메인 중 잔기 (대략 경쇄의 잔기 1-107 및 중쇄의 잔기 1-113)를 언급할 때 일반적으로 사용된다 (예를 들어, Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD.(1991)). "EU 넘버링 시스템" 또는 "EU 지수"는 일반적으로 면역글로불린 중쇄 불변 영역 내의 잔기를 지칭할 때 사용된다 (예컨대, 상기 카바트 등에서 보고된 EU 지수). "카밧으로의 EU 지수"는 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 넘버링을 지칭한다. 본원에서 달리 언급하지 않는다면, 항체의 가변 도메인에서 잔기 수에 대한 언급은 카밧 넘버링 시스템에 의한 잔기 넘버링을 의미한다. 본원에서 달리 언급하지 않는다면, 항체의 불변 도메인의 잔기 수에 대한 언급은, EU 넘버링 시스템 (예컨대, 참고: 미국 가출원 번호 60/640,323, EU 넘버링에 대한 도면)에 의한 잔기 넘버링을 의미한다.
달리 나타내지 않는 한, 가변 도메인 중 HVR 잔기 및 다른 잔기 (예를 들어, FR 잔기)는 Kabat 등(상동)에 따란 본 명세서에서 넘버링된다.
본원에서 사용된 용어들 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 상호교환적으로 아래에서 정의된 바와 같이 항체 단편이 아닌 그 실질적으로 무손상 형태의 항체를 나타낸다. 상기 용어는 특히 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 나타낸다.
"항체 단편"은 바람직하게는 이들의 항원-결합 영역을 포함하는 무손상 항체의 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체 단편은 항원-결합 단편이다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체(선형 항체); 단일-쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
항체의 파파인 소화는 각각 단일 항원-결합 부위를 갖는 "Fab" 단편으로 불리는 2 개의 동일한 항원-결합 단편 및 그 명칭이 쉽게 결정화하는 그 능력을 반영하는 잔여 "Fc" 단편을 생성한다. 펩신 처리는 F(ab')2 단편을 산출하는데, 이것은 2개의 항원 결합 부위를 갖고 항원을 여전히 가교결합할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "Fc 영역"은 불변 영역의 적어도 일부를 함유하는 면역글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하도록 사용된다. 상기 용어는 네이티브 서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역을 포함한다. 일 실시형태에서, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 Cys226으로부터 또는 Pro230으로부터 중쇄의 카복실 말단으로 연장된다. 그러나, Fc 영역의 C 말단 라이신(Lys447)은 존재하거나 존재하지 않을 수 있다. 본 명세서에서 달리 구체화되지 않는 한, Fc 영역 또는 불변 영역에서 아미노산 잔기의 넘버링은 하기에 기재된 바와 같이 EU 넘버링 시스템, 또한 소위 EU 지수를 따른다: Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991).
"효과기 기능"은 항체 아이소타입에 따라 변하는 항체의 Fc 영역에 기여 가능한 생물학적 활성을 의미한다. 항체 효과기 기능의 예는 하기를 포함한다: C1q 결합 및 보체 의존적 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존적 세포-매개된 세포독성 (ADCC); 식세포작용; 세포 표면 수용체의 하향 조절 (예를 들면, B 세포 수용체); 및 B 세포 활성화.
"Fv"는 완전한 항원-결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 일 구현예에서, 2개의 사슬 Fv 종은 단단하게 비공유 결합된 하나의 중쇄 가변 도메인 및 하나의 경쇄 가변 도메인의 이합체로 구성된다. 단일-쇄 Fv(scFv) 종에서, 1 개의 중쇄 및 1 개의 경쇄 가변 도메인은 경쇄 및 중쇄가 2-쇄 Fv 종에서와 비슷한 "이량체" 구조로 결합할 수 있도록 가요성 펩티드 링커에 의해 공유 결합될 수 있다. 이 구조 내에서, 각 가변 도메인의 3개의 HVR은 상호작용하여 VH-VL 이량체의 표면 상의 항원-결합 부위를 정의한다. 총괄적으로, 6 개의 HVR은 항체에 대한 항원-결합 특이성을 부여한다. 그러나, 전체 결합 부위에 비해 더 낮은 친화도에서지만, 단일 가변 도메인(또는 항원에 대해 특이적인 3 개의 HVR만을 포함하는 Fv의 절반)도 항원을 인식하고 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 중쇄- 및 경쇄 가변 도메인을 함유하며, 또한 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 제1 불변 도메인 (CH1)을 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터 하나 또는 그 초과의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카복시 말단에서 몇 개의 잔기를 첨가함으로써 Fab 단편과 상이하다. Fab’-SH는 본 명세서에서 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 유리 티올기를 보유하는 Fab’에 대한 명칭이다. F(ab’)2 항체 단편은 상기 단편 사에에 힌지 시스테인을 가지고 있는 Fab’ 단편의 쌍으로서 본래 생산되었다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어 있다.
"단일-쇄 Fv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 VH 및 VL 도메인을 포함하며, 여기서 이들 도메인은 단일 폴리펩티드 쇄에 존재한다. 일반적으로, scFv 폴리펩티드는 VH와 VL 도메인 사이에 폴리펩티드 링커를 추가로 포함하며, 그것은 scFv가 항원 결합을 위한 원하는 구조를 형성할 수 있게 한다. scFv의 검토에 대해, 참고, 예를 들어, Pluckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York, 1994), pp. 269-315.
용어 "다중특이적 항체"는 가장 넓은 의미에서 사용되고 특이적으로 중쇄 가변 도메인 (VH) 및 경쇄 가변 도메인 (VL)을 포함하는 항체에 이르고, 여기에서 VH-VL 유닛은 폴리에피토프 특이성을 갖는다 (즉, 1개의 생물학적 분자에서 2개의 상이한 에피토프 또는 상이한 생물학적 분자에서 각각의 에피토프에 결합할 수 있다). 상기 다중특이적 항체는 전장 항체, 2개 이상의 VL 및 VH 도메인을 갖는 항체, Fab, Fv, dsFv, scFv, 디아바디, 이중특이적 디아바디 및 트리아바디와 같은 항체 단편, 공유적으로 또는 비공유적으로 결합된 항체 단편을 포함하지만 이에 국한되지 않는다. "다중에피토프 특이성"은 동일하거나 상이한 표적(들)상에 2개 이상의 상이한 에피토프에 특이적으로 결합하는 능력을 지칭한다. "이중에피토프 특이성" 또는 "이중특이성"은 동일하거나 상이한 표적(들)상에 2개 이상의 상이한 에피토프에 특이적으로 결합하는 능력을 지칭한다. 그러나, 이중특이적 항체와 대조적으로, 이중-특이적 항체는 아미노산 서열에서 동일한 2 항원-결합 아암을 갖고 각각의 Fab 아암은 2 항원을 인식할 수 있다. 이중-특이성은 단일 Fab 또는 IgG 분자로서 2개의 상이한 항원과 높은 친화성으로 항체를 상호작용하게 한다. 일 구현예에 따라서, IgG1 형태의 다중특이적 항체는 5 μM 내지 0.001 pM, 3 μM 내지 0.001 pM, 1 μM 내지 0.001 pM, 0.5 μM 내지 0.001 pM, 또는 0.1 μM 내지 0.001 pM의 친화도로 각 에피토프에 결합한다. "단일 특이적"은 단지의 하나의 에피토프에 결합하는 능력을 언급한다.
용어 "디아바디"는 동일한 폴리펩티드 사슬 (VH-VL) 내에 경쇄 가변 도메인 (VL)에 연결된 중쇄 가변 도메인 (VH)을 포함하는 2개의 항원-결합 부위를 갖는 항체 단편을 지칭한다. 동일한 쇄 상에서 2 개의 도메인 간 쌍형성을 허용하기에는 너무 짧은 링커를 이용함으로써, 도메인은 또 하나의 쇄의 상보적 도메인과 쌍을 이루고 2 개의 항원-결합 부위를 생성하도록 유도된다. 디아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있다. 디아바디는, 예를 들어, 하기에서 더 완전하게 기재된다: EP 404,097; WO 1993/01161; Hudson 등, Nat. Med. 9:129-134 (2003); 및 Hollinger 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993). 트라이바디 및 테트라바디는 또한 문헌[Hudson 등, Nat. Med. 9:129-134 (2003)]에 기재되어 있다.
항체의 "클래스"는 이의 중쇄가 보유한 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 의미한다. 5개 주요 부류의 항체가 있다: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM (이들 중 몇몇은 하위부류(이소형), 예를 들면 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2로 추가 구분될 수 있음). 항체의 상이한 부류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ, 및 μ로 지칭된다.
본원에 사용된 바와 같이 용어 "단클론 항체"는 실질적으로 균질한 항체의 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하며, 예컨대, 상기 집단을 구성하는 개별 항체는 가능한 돌연변이, 예컨대, 소량으로 존재할 수 있는 자연발생 돌연변이를 제외하고 동일하다. 따라서, 수식어 "단일클론"은 구별된 항체의 혼합물이 아닌 항체의 특징을 표지한다. 특정 구현예에서, 그와 같은 단클론성 항체에는 전형적으로 표적에 결합하는 폴리펩티드 서열을 포함하는 항체가 포함되며, 상기 표적 결합 폴리펩티드 서열은 복수의 폴리펩티드 서열로부터의 단일 표적 결합 폴리펩티드 서열의 선택이 포함되는 방법에 의해 수득되었다. 예를 들면, 선택 방법은 복수의 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파아지 클론, 또는 재조합 DNA 클론의 풀로부터의 독특한 클론의 선택일 수 있다. 선택된 표적 결합 서열은, 예를 들어, 표적에 대한 친화성을 개선하기 위해, 표적 결합 서열을 인간화하기 위해, 세포 배양에서 그의 생산을 개선하기 위해, 생체내에서 그의 면역원성을 감소시키기 위해, 다중특이적 항체를 생성하기 위해, 더 변경될 수 있고, 변경된 표적 결합 서열을 포함하는 항체는 또한 본 발명의 단클론 항체인 것으로 이해되어야 한다. 상이한 결정부위(에피토프)에 대해 지시된 상이한 항체를 통상적으로 포함하는 다중클론 항체 제제와 반대로, 단일클론 항체 제제의 각각의 단일클론 항체는 항원 상의 단일 결정부위에 대해 지시된다. 이들의 특이성에 부가하여, 단클론성-항체 제조물은 이들이 전형적으로 다른 면역글로불린에 의해 오염되지 않는다는 점에서 유리하다.
수식어 "단클론성"은 항체의 실질적으로 균질한 집단으로부터 수득되는 항체의 특징을 시사하며, 임의의 특정한 방법에 의한 항체의 생산을 필요로 하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용될 단클론성 항체는 예를 들어, 하기를 포함하는 다양한 기술에 의해 만들어질 수 있다: 하이브리도마 방법 (예를 들어, Kohler 및 Milstein, Nature 256:495-97 (1975); Hongo 등, Hybridoma 14 (3): 253-260 (1995), Harlow 등, Antibodies:A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988); Hammerling 등, in:Monoclonal Antibodies and T cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)), recombinant DNA methods (see, e.g., U.S.Pat. No. 4,816,567), 파아지-디스플레이 기술 (참고, 예를 들어, Clackson 등, Nature, 352:624-628, 1991; Marks 등, J. Mol. Biol. 222:581-597, 1992; Sidhu 등, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004; Lee 등, J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004; Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472,2004; 및 Lee 등, J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004; 및 인간 면역글로불린 서열을 인코딩하는 일부 또는 모든 인간 면역글로불린 유전자좌 또는 유전자를 가지고 있는 동물에서 인간 또는 인간-유사 항체를 생산하는 기술 (참고, 예를 들어, WO 1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:2551, 1993; Jakobovits 등, Nature 362:255-258, 1993; Bruggemann 등, Year in Immunol. 7:33,1993; U.S.Pat. Nos. 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 및 5,661,016; Marks 등, Bio/Technology 10:779-783 (1992); Lonberg 등, Nature 368:856-859, 1994; Morrison, Nature 368:812-813, 1994; Fishwild 등, Nature Biotechnol.14:845-851, 1996; Neuberger, Nature Biotechnol.14:826, 1996; 및 Lonberg 등, Intern.Rev. Immunol. 13:65-93, 1995.
본원의 단클론성 항체는 구체적으로 중쇄 및/또는 경쇄 부분이 특정 종으로부터 유래되거나 특정 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이고 나머지 쇄(들)은 또 다른 종으로부터 유래되거나 또 다른 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체, 및 이들이 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 한 상기 항체의 단편들을 포함한다 (참고: 예를 들어, 미국특허 번호 4,816,567; 및 Morrison 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)). 키메라성 항체에는 PRIMATIZED® 항체가 포함되며, 여기서 항체의 상기 항원-결합 영역은, 예를 들면 관심 항원으로 마카크 원숭이를 면역화하여 생성된 항체로부터 유도된다.
"인간 항체"는 인간 항체 레퍼토리 또는 다른 인간 항체 코딩 서열을 사용하는 비인간 소스로부터 유래되거나, 인간 또는 인간 세포에 의해 제조되거나 항체의 것에 상응하는 아미노산 서열을 보유하는 것이다. 인간 항체의 이 정의는 구체적으로 비인간 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화된 항체를 배제한다.
"인간화된" 형태의 비-인간 (예를 들어, 설치류) 항체는 비-인간 항체로부터 유래된 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 대개, 인간화된 항체는 수령체의 초가변 영역으로부터의 잔기가 원하는 항체 특이성, 친화도, 및 능력을 가지는 비-인간 종 (공여체 항체) 예컨대 마우스, 랫트, 토끼 또는 비인간 영장류의 초가변 영역으로부터의 잔기로 대체된 인간 면역글로불린 (수령체 항체)이다. 일부 경우에, 인간 면역글로불린의 FR 잔기는 상응하는 비-인간 잔기들에 의해 대체된다. 더욱이, 인간화 항체는 수용자 항체 또는 공여자 항체에서 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 이들 변형은 항체 수행능을 추가로 개선하기 위해 수행된다. 일반적으로, 인간화된 항체는 실질적으로 적어도 하나, 그리고 전형적으로는 2개의 모든 가변 도메인을 포함할 것이며, 모든 또는 실질적으로 모든 초가변성 루프는 비-인간 면역글로불린의 것과 상응하고 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 면역글로불린 서열의 것들이다. 인간화된 항체는 선택적으로 또한 면역글로불린 불변 영역 (Fc)의 적어도 일부, 전형적으로 인간 면역글로불린의 부분을 포함할 것이다. 추가 세부사항에 대해, 참고 Jones 등, Nature 321:522-525, 1986; Riechmann 등, Nature 332:323-329, 1988; 및 Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596, 1992.
"야생형 (WT)" 또는 "참조" 서열 또는 "야생형" 또는 "참조" 단백질/폴리펩티드, 예컨대 참조 항체의 HVR 또는 가변 도메인은 변이체 폴리펩티드가 돌연변이의 도입을 통해 유래되는 참조 서열일 수 있다. 일반적으로, 제공된 단백질용 "야생형" 서열은 자연에서 가장 흔한 서열이다. 유사하게, "야생형" 유전자 서열은 자연에서 가장 흔하게 발견되는 그 유전자용 서열이다. 돌연변이는 "야생형" 유전자 (및 따라서 암호화하는 단백질)에 어느 한쪽 자연적 과정을 통해 또는 인간-유도된 수단을 통해 도입될 수 있다. 상기 공정의 생성물은 최초 "야생형" 단백질 또는 유전자의 "변이체" 또는 "돌연변이체" 형태이다.
개시 또는 참조 폴리펩티드 (예를 들면, 참조 항체 또는 이의 가변 도메인(들)/HVR(들))의 "변이체" 또는 "돌연변이체"는 (1) 개시 또는 참조 폴리펩티드의 것과 상이한 아미노산 서열을 갖는 그리고 (2) 어느 한쪽 천연 또는 인공 (사람이 만든) 돌연변이유발을 통해 개시 또는 참조 폴리펩티드로부터 유래된 폴리펩티드이다. 상기 변이체는, 예를 들어, 본 명세서에서 "아미노산 잔기 변경"으로서 지칭된, 관심 폴리펩티드의 아미노산 서열 이내 잔기의 결실, 및/또는 삽입 및/또는 치환을 포함한다. 따라서, 변이체 HVR은 개시 또는 참조 폴리펩티드 서열 (예컨대 공급원 항체 또는 항원 결합 단편의 것)에 대해 변이체 서열을 포함하는 HVR을 지칭한다. 아미노산 잔기 변경은, 상기 맥락에서, 개시 또는 참조 폴리펩티드 서열 (예컨대 참조 항체 또는 이들의 단편의 것)에서 대응하는 위치에 아미노산과 상이한 아미노산을 지칭한다. 최종 변이체 또는 돌연변이체 작제물에 도달하도록 결실, 삽입, 및 치환의 임의의 조합이 이루어질 수 있으며, 단, 최종 작제물은 목적 기능적 특징을 가져야 한다. 아미노산 변화는 또한 글리코실화 부위의 수 또는 위치를 변화시키는 것과 같은 폴리펩티드의 번역 후 과정을 변화시킬 수 있다.
"친화도"는 분자의 단일 결합 부위(예를 들어, 항체)와 이의 결합 파트너(예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총계의 강도를 의미한다. 달리 표시되지 않은 한, 본 명세서에 기재된 "결합 친화도"는 결합쌍(예를 들면, 항체 및 항원)의 구성원 간의 1:1 상호작용을 반영하는 고유 결합 친화도를 의미한다. 분자 X의 이의 파트너 Y에 대한 친화도는 일반적으로 분해 상수(Kd)로 표시될 수 있다. 친화도는 본 명세서에 기재된 것을 포함하여 당해 분야에 공지된 흔한 방법에 의해 측정될 수 있다. 결합 친화성을 측정하기 위한 특정 도해적 및 예시적 양태가 본원에 기재되어 있다.
표적 분자에 대한 항체의 결합에 관하여, 특정한 폴리펩티드 또는 특정한 폴리펩티드 표적 상의 에피토프에 "특이적 결합" 또는 "특이적으로 결합한다" 또는 "특이적인"이라는 용어는 비-특이적 상호작용과는 다른 측정가능한 결합을 의미한다. 특이적 결합은 예를 들어, 대조군 분자로의 결합과 비교하여 분자로의 결합을 계측함에 의해 측정될 수 있다. 예를 들어, 특이적 결합은 표적, 예를 들어 과량의 비표지된 표적과 유사한 조절 분자와의 경쟁에 의해 계측될 수 있다. 이 경우에, 프로브에 대한 표지된 표적의 결합이 과량의 비표지된 표적에 의해 경쟁적으로 억제되는 경우 특이적 결합이 나타난다. 본 명세서에서 사용된 바와 같은 특정 폴리펩타이드 표적에 대한 특정 폴리펩타이드 또는 에피토프에 대한 용어 "특이적 결합" 또는 "에 특이적으로 결합하는" 또는 "에 대해 특이적인"은, 예를 들어, 10-4 M 이하, 대안적으로 10-5 M 이하, 대안적으로 10-6 M 이하, 대안적으로 10-7 M 이하, 대안적으로 10-8 M 이하, 대안적으로 10-9 M 이하, 대안적으로 10-10 M 이하, 대안적으로 10-11 M 이하, 대안적으로 10-12 M 이하 또는 10-4 M 내지 10-6 M 또는 10-6 M 내지 10-10 M 또는 10-7 M 내지 10-9 M 범위의 Kd의 상기 표적에 대한 Kd를 가지고 있는 분자에 의해 나타낼 수 있다. 당업자에게 인지되는 바와 같이, 친화성 및 Kd 값은 역으로 관련된다. 항원에 대한 고친화성은 낮은 Kd 값에 의해 측정된다. 일 구현예에서, 용어 "특이적 결합"은 분자가 임의의 다른 폴리펩티드 또는 폴리펩티드 에피토프에 실질적으로 결합하는 것 없이 특정 폴리펩티드 상의 특정 폴리펩티드 또는 에피토프에 결합하는 경우의 결합을 언급한다.
"친화도 성숙된" 항체는 이러한 변경을 보유하지 않는(이러한 변경은 항원에 대한 항체의 친화도를 개선함) 모 항체와 비교하여 하나 이상의 초가변 영역(HVR)에서의 하나 이상의 변경을 갖는 항체를 의미한다.
기준 항체와 "동일한 에피토프에 결합하는 항체"는 경쟁 검정에서 이의 항원에 대한 기준 항체의 결합을 50% 이상 차단하는 항체를 의미하고, 반대로, 기준 항체는 경쟁 검정에서 이의 항원에 대한 항체의 결합을 50% 이상 차단한다.
"면역콘주게이트"는 세포독성제를 포함하지만 이에 제한되지 않는 하나 이상의 이종성 분자(들)에 콘주게이트된 항체이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "면역접합체(면역부착소)"는 이종성 단백질 ("접합체")의 결합 특이성을 면역글로불린 불변 도메인의 효과기 작용과 조합하는 항체-유사 분자를 가리킨다. 구조적으로, 면역접합체는 원하는 결합 특이성을 갖는 아미노산 서열의 융합을 포함하고, 이는 항체의 항원 인식 및 결합 부위 (즉, "이형"임) 및 면역글로불린 불변 도메인 서열 이외의 것이다. 면역접합체 분자의 접합체 부분은 전형적으로 적어도 수용체 또는 리간드의 결합 부위를 포함하는 인접 아미노산 서열이다. 면역접합체 내의 면역글로불린 불변 도메인 서열은 임의의 면역글로불린, 예컨대 IgG1, IgG2 (IgG2A 및 IgG2B 포함), IgG3, 또는 IgG4 하위유형, IgA (IgA1 및 IgA2 포함), IgE, IgD, 또는 IgM으로부터 수득될 수 있다. Ig 융합은 바람직하게는 하기를 포함한다: 본원에 기술된 폴리펩티드 또는 항체의 도메인의, Ig 분자 내의 적어도 1종의 가변 영역을 대신한 치환. 특히 바람직한 구현예에서, 면역글로불린 융합은 IgG1 분자의 힌지, CH2 및 CH3, 또는 힌지, CH1, CH2 및 CH3 영역을 포함한다. 면역글로불린 융합의 생산에 관하여는, 또한 하기를 참고한다: 미국 특허 번호 5,428,130.예를 들어, 본원의 요법에 대해 유용한 약제로서의 유용한 면역접합체는 하기를 포함하는 폴리펩티드를 포함한다: 면역글로불린 서열의 불변 도메인, 예컨대 PD-L1 ECD-Fc, PD-L2 ECD-Fc, 및 PD-1 ECD-Fc, 각각에 융합된, PD-L1 또는 PD-L2의 세포외 도메인 (ECD) 또는 PD-1-결합 부분, 또는 PD-1의 세포외 또는 PD-L1- 또는 PD-L2-결합 부분.Ig Fc 및 세포 표면 수용체의 ECD의 면역부착소 조합은 종종 가용성 수용체로 불린다.
"융합 단백질" 및 "융합 폴리펩티드"는 함께 공유 결합된 2개 부분을 갖는 폴리펩티드를 지칭하며, 상기 부분의 각각은 상이한 특성을 갖는 폴리펩티드이다. 상기 특성은 생물학적 특성, 예컨대 시험관내 또는 생체내에서의 활성일 수 있다. 상기 특성은 또한 단순한 화학적 또는 물리적 특성, 예컨대 표적 분자로의 결합, 반응의 촉매작용 등일 수 있다. 상기 2개 부분은 단일 펩티드 결합에 의하여 직접, 또는 펩티드 링커를 통하여 연결될 수 있으나, 서로 해독 틀 내에 존재한다.
본원에 식별된 폴리펩티드 서열과 관련하여 "퍼센트 (%) 아미노산 서열 동일성"은 서열을 정렬하고 필요한 경우 최대 퍼센트 서열 동일성을 성취하기 위해 갭을 도입한 후 비교되는 폴리펩티드 내 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열에서의 아미노산 잔기의 %로서 정의되고 서열 동일성의 일부로서 임의의 보존성 치환을 고려하지 않는다. 백분율 아미노산 서열 동일성의 결정의 목적을 위한 정렬은 예를 들어 공공으로 이용 가능한 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 Megalign(DNASTAR) 소프트웨어를 이용하여 당해 분야의 지식 내에 있는 다양한 방식으로 달성될 수 있다. 당업자는 정렬을 측정하기 위하여, 비교되는 서열의 전장에 걸쳐서 최대 정렬을 달성하는 데 필요한 임의의 알고리즘을 포함하여, 적절한 파라미터를 결정할 수 있다. 그러나, 본 명세서에서의 목적을 위해, % 아미노산 서열 동일성 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 사용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제조사 (Genentech, Inc. )에 의해 개발되었고, 소스 코드는 사용자 기록문서와 함께 미국저작권 청, 워싱턴 D.C., 20559 (미국저작권 등록 번호 TXU510087 하에서 등록됨)와 같이 제출되었다. ALIGN-2 프로그램은 캘리포니아 주 사우스샌프란시스코 소재의 Genentech, Inc. 을 통해 공공연하게 이용가능하다. ALIGN-2 프로그램은 UNIX 운영 체제, 바람직하게는 디지털 UNIX V4.0D 상에서 사용하기 위해 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 매개변수는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되고 변하지 않는다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교에 사용되는 경우에, 소정의 아미노산 서열 B에 대한, 이것과, 또는 이에 대항한 소정의 아미노산 서열 A의 % 아미노산 서열 동일성(대안적으로 소정의 아미노산 서열 B에 대한, 이것과, 또는 이에 대항한 소정의 % 아미노산 서열 동일성을 갖거나 포함하는 소정의 아미노산 서열 A로서 표현될 수 있음)은 하기한 바대로 계산된다:
분수 X/Y의 100배
여기서, X는 A 및 B의 프로그램 정렬에서 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의한 동일한 매치로서 스코어되는 아미노산 잔기의 수이고 Y는 B에서 아미노산 잔기의 총 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않는 경우, A 대 B의 % 아미노산 서열 동일성이 B 대 A의 % 아미노산 서열 동일성과 동일하지 않는 것으로 이해될 것이다. 구체적으로 달리 언급되지 않는 한, 본 명세서에 사용된 모든 % 아미노산 서열 동일성 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 이용하여 즉시 이전의 문단에 기재된 바대로 얻어진다.
"폴리뉴클레오티드", 또는 "핵산"은, 본원에서 상호교환적으로 사용되는 바와 같이, 임의의 길이의 뉴클레오티드의 폴리머를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기, 및/또는 그의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 폴리머라제에 의해, 또는 합성 반응에 의해 폴리머에 편입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 따라서, 예를 들어, 본원에 정의된 폴리뉴클레오티드에는, 비제한적으로, 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥, 또는 좀 더 전형적으로, 이중-가닥일 수 있는 DNA 및 RNA 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 하이브리드 분자가 포함된다. 뿐만 아니라, 본원에 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드"는 RNA 또는 DNA를 포함하거나 또는 RNA 및 DNA를 모두 포함하는 삼중-가닥 영역를 포함한다. 이와 같은 영역에서의 가닥은 동일한 분자에서 유래되거나 또는 상이한 분자에서 유래된 것일 수 있다. 상기 영역에는 상기 분자들 중 하나 이상의 모두가 포함될 수 있으나, 좀 더 전형적으로 상기 분자들의 일부의 한 영역만이 수반된다. 삼중-나선 영역의 분자들 중 하나는 올리고뉴클레오티드이다. 용어 "폴리뉴클레오티드"에는 구체적으로 cDNA가 포함된다.
폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 메틸화된 뉴클레오티드 및 그의 유사체를 포함할 수 있다. 존재한다면, 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 폴리머의 어셈블리 이전 또는 이후 부여될 수 있다. 뉴클레오티드의 서열은 비-뉴클레오티드 성분에 의해 방해될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 합성 이후, 예컨대 표지를 이용한 콘주게이션에 의해 추가로 변형될 수 있다. 변형의 다른 유형은, 예를 들어, 하기를 포함한다: "캡(caps)", 하나 이상의 자연 발생 뉴클레오티드의 유사체로의 치환, 뉴클레오티드간 변형 예를 들어, 비하전된 연결 (예를 들면, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카바메이트, 등) 및 하전된 연결 (예를 들면, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 등)을 가진 것, 펜던트 모이어티, 예를 들어, 단백질 (예를 들면, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-라이신, 등)을 함유한 것, 삽입제 (예를 들면, 아크리딘, 소랄렌, 등)을 가진 것, 킬레이터 (예를 들면, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화적 금속, 등)을 가진 것, 알킬화제를 함유한 것, 폴리뉴클레오티드(들)의 변형된 연결 (예를 들면, 알파 아노머성 핵산, 등), 뿐만 아니라 비변형된 형태를 가진 것. 추가로, 당류에 통상적으로 존재하는 임의의 하이드록실기는, 예를 들어, 포스포네이트 기, 포스페이트에 의해 대체될 수 있거나, 표준 보호기에 의해 보호될 수 있거나, 또는 추가 뉴클레오티드에 추가 연결을 제조하기 위해 활성화될 수 있거나, 또는 고형 또는 반-고형 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 1 내지 20개의 탄소 원자의 아민 또는 유기 캡핑 기 모이어티로 인산화 또는 치환될 수 있다. 다른 하이드록실은 또한 표준 보호기로 유도될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한, 예를 들면, 2'-O-메틸-, 2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보오스, 카보사이클릭 당 유사체, α-아노머성 당, 에피머 당류 예컨대 아라비노오스, 자일로스 또는 릭소스, 파이라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환식 유사체 및 무염기성 뉴클레오사이드 유사체 예컨대 메틸 리보사이드를 포함하여, 당해기술에 일반적으로 공지되는 리보오스 또는 데옥시리보스 당류의 유사 형태를 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결기는 대안적인 연결기에 의해 대체될 수 있다. 이러한 대안적인 결합기는, 비제한적으로 구현예들을 포함하며, 여기서 포스페이트는 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), (O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("폼아세탈(포름아세탈)")로 교체될 수 있으며, 여기서 각 R 또는 R'은 독립적으로 H 또는 선택적으로 에터 (-O-) 결합, 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐, 또는 아랄딜을 함유하는 치환된 또는 비치환된 알킬 (1-20 C)이다. 폴리뉴클레오티드에서 모든 연결기가 동일할 필요는 없다. 이전의 설명은 RNA 및 DNA를 포함하여 본원에서 언급되는 모든 폴리뉴클레오티드에 적용한다.
"올리고뉴클레오티드"는, 본원에서 사용된 바와 같이, 짧고, 일반적으로 단일 가닥이고, 필수적인 것은 아니나 길이가 250 뉴클레오티드 미만인, 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드는 합성일 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 상호 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기술은 올리고뉴클레오티드에 동등하게, 그리고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는 핵산에 하이브리드화할 수 있고, 일반적으로 유리 3'-OH 작용기를 제공함으로써, 상보적 핵산의 중합화를 허용할 수 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다.
용어 "숙주 세포", "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양"은 상호 교환되어 사용되고, 외인성 핵산이 도입된 세포, 예를 들어 이러한 세포의 자손을 의미한다. 숙주 세포는 계대배양의 수와 관련 없이 1차 형질전환된 세포 및 이로부터 유래된 자손을 포함하는 "형질전환체" 및 "형질전환된 세포"를 포함한다. 자손은 모 세포에 대해 핵산 함량에서 완전히 동일하지 않을 수 있지만, 돌연변이를 함유할 수 있다. 원래 형질전환된 세포에서 스크리닝되거나 선택되는 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이체 자손이 본 명세서에 포함된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "벡터"는 연결되는 또 다른 핵산을 전파시킬 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 상기 용어는 자가 복제 핵산 구조로서의 벡터, 및 이것이 도입된 숙주 세포의 게놈으로 도입된 벡터를 포함한다. 소정의 벡터는 작동 가능하게 연결된 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 이러한 벡터는 본 명세서에서 "발현 벡터"라 칭해진다.
"단리된" 핵산 분자는, 본래 핵산의 천연 공급원과 관계된 적어도 하나의 오염물질 핵산 분자로부터 동정 및 분리된 핵산 분자이다. 단리된 핵산 분자는 자연에서 발견되는 형태 또는 설정 이외의 것이다. 따라서 단리된 핵산 분자는 이것이 천연 세포 내에 존재하는 핵산 분자와 구별된다. 그러나 단리된 핵산 분자에는, 예를 들면 핵산 분자가 천연 세포와 상이한 염색체 위치에 있는, 항체를 대개 발현하는 세포 내에 함유된 핵산 분자가 포함된다.
II. 진단 방법 및 검정
VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는상기 개체로부터의 샘플에서 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)), 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암 (NSCLC)), 방광암 (예를 들어, 요상피 방광암 (UBC)), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, 삼중-음성 유방암 (TNBC)))를 가지고 있는 개체를 확인하기 위한 방법 및 검정이 본 명세서에 제공된다. 또한 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 확인하기 위한 방법 및 검정이 본 명세서에 제공된다. 특정 구현예에서, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))) 요법은 be 단일요법 (예를 들어, 수니티닙 단일요법)일 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법 및 검정은, 하나 이상의 유전자 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준이 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 항-암 요법의 치료적 효능을 예측하기 위해 사용될 수 있다는 발견을 기반으로 한다. 또 다른 양태에서, 본 명세서에 기재된 방법 및 검정은, 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 및/또는 CD34)의 발현 수준이 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 치료의 치료적 효능을 예측하기 위해 사용될 수 있다는 발견을 기반으로 한다.
암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체에 대해 요법을 선택하는 방법 및 검정; 암을 가지고 있는 개체가 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 치료에 반응할 것 같은 지를 결정하는 방법; 암을 가지고 있는 개체가 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함하는 치료에 반응할 것 같은 지를 결정하는 방법; VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 암을 갖고 있는 개체의 반응성을 예측하는 방법; 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 치료에 대해 암을 가지고 있는 개체의 반응성을 예측하는 방법; VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))을 포함하는 치료에 대해 암을 가지고 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법; 및 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함하는 치료에 대해 암을 가지고 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법. 본 명세서에 제공된 방법 중 임의의 것은 추가로, 상기 개체에게 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 아래의 부문 III에 기재됨)를 투여하는 것을 포함할 수 있다.
VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 확인하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 표 1에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계을 수반하고, 표 1 에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준의 변화는 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제 또는 혈관신생 억제제를 포함하는 항-암 요법)에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다. 일부 사례에서, 변화는 증가된다. 다른 사례에서, 변화는 감소된다.
Figure pct00002
본 발명은 또한 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체에 대한 요법을 선택하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 표 1에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 표 1에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준의 변화은 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다. 일부 사례에서, 변화는 증가된다. 다른 사례에서, 변화는 감소된다.
또 다른 구현예에서, 본 발명은 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 진단 또는 예측하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준을 결정하는 단계 및 상기 샘풀 중 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준을 참조 수준과 비교함으로써, 암을 진단 또는 예측하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 참조 수준에 대한 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 개체를 진단 또는 예측한다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 표 1에서 제시된다.
또 다른 구현예에서, 본 발명은 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 환자는 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))를 포함하는 항-암 요법)에 의한 치료에 반응할 것 같은 지를 결정하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준를 결정하는 단계 및 상기 샘플 중 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준을 참조 수준과 비교하여, 항-암 요법에 반응할 것 같은 사람으로서 개체를 확인하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 참조 수준에 대한 생물학적 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 항-암 요법에 의한 치료에 반응할 것 같은 것으로서 환자를 확인한다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 표 1에서 제시된다.
다른 구현예에서, 본 발명은 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))를 포함하는 항-암 요법)의 치료적 효능을 최적화하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준을 결정하는 단계 및 샘플 중 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함하고, 참조 수준에 대한 생물학적 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 항-암 요법에 반응할 것 같은 환자를 확인한다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 표 1에서 제시된다.
또 다른 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))을 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 확인하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9, (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는 (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다.
또 다른 구현예에서, 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체에 대한 요법을 선택하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37)을 결정하는 것을 포함한다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9, (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는 (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))을 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다.
이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
Figure pct00003
일부 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것은 PD-L1 및 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있고, 상기 하나 이상의 추가의 유전자는 PD-L1 외의 것이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본 방법은 PD-L1 및 하기로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가의 유전자 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 또는 36)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9. 일부 구현예에서, 상기 방법은 PD-L1 및 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 추가의 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 PD-L1 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 PD-L1 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
이전의 방법 중 임의의 것은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
Figure pct00004
Figure pct00005
이전의 방법 중 임의의 것은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
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Figure pct00027
이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20), 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개), 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나 및 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
다른 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20), 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나 및 표 5-8에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
추가 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10), 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10), 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나 및 표 5-8에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, S100A9, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 방법은 추가로, 상기 개체에게 유효량의 항-암 요법을 투여하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 사례에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의)의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 2-4에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 9-16에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 방법은 추가로, 상기 개체에게 유효량의 항-암 요법을 투여하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 종양에서 골수 염증의 존재를 확인한다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)의 발현 수준은 종양에서 골수 염증의 존재를 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20)의 발현 수준, 및 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)의 발현 수준은, 개체가 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙) 단일요법에 대해 덜 유익할 것 같다(예를 들어, 그것에 대해 내성이 있다)는 것을 나타낸다.
이전의 방법 중 임의의 것의 다른 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이고, 그리고 본 방법은 추가로, 상기 개체에게, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙) 또는 항-PD-1 항체) 단일요법의 유효량을 투여하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6의 참조 수준 또는 그 초과이고 CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 미만이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19개의) 추가의 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 5-8에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만이다.
다른 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 참조 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수분 미만이다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 표 5-8에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 샘플에서 표 9-16에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 다른 구현예에서, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 본 방법은 추가로, 상기 개체에게, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))의 유효량을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의) 샘플 수분은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 5-8에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 특정 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체의 모집단에서 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37) 유전자 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9) 중 하나 이상의 발현 수준이다. 특정 구현예에서, 상기 암은 신장암 (예를 들어, RCC, 예를 들어, mRCC)이다. 특정 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암을 가지고 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 특정 구현예에서, 참조 수준은 하나 이상의 유전자에 대한 사전-배정된 발현 수준이다. 기타 구현예에서, 참조 수준은 사전 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이며, 상기 사전 시점은 항암 요법의 투여 후의 시점이다. 이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 참조 수준은 항-암 요법의 투여 (예를 들어, 분, 시간, 일, 주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 개월, 또는 년 전에) 수득된 환자로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 분, 시간, 일, 주, 개월, 또는 년 후에) 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
상기 기술된 바이오마커 중 임의의 것의 존재 및/또는 발현 수준은, 비제한적으로 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 사본수를 포함하는, 당해 기술에서 공지된 임의의 적합한 기준을 기준으로 하여 정성적으로 및/또는 정량적으로 평가될 수 있다. 그와 같은 바이오마커를 측정하는 방법은 당해 기술에 공지되어 있고 숙련가에 의해 이해되고, 비제한적으로, 하기를 포함한다: 면역조직화학 ("IHC"), 웨스턴 블랏 분석, 면역침강, 분자 결합 검정, ELISA, ELIFA, 형광 활성화된 세포 분류 ("FACS"), MassARRAY, 프로테오믹스, 정량적 혈액 기반 검정 (예를 들어, 혈청 ELISA), 생화학적 효소적 활성 검정, 원위치 하이브리드화 (ISH), 형광 원위치 하이브리드화 (FISH), 서던 분석, 노던 분석, 전체의 게놈 서열분석, 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR) 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예를 들어, 분지형 DNA, SISBA, TMA 및 동종의 것을 포함하는 중합효소 연쇄 반응 (PCR), RNA-Seq, 마이크로어레이 분석, 유전자 발현 프로파일링, 전체의-게놈 서열분석 (WGS), 및/또는 유전자 발현의 연속 분석 ("SAGE"), 뿐만 아니라 단백질, 유전자, 및/또는 조직 배열 분석에 의해 수행될 수 있는 광범위한 검정 중 임의의 것.유전자 및 유전자 산물의 상태를 평가하기 위한 전형적인 프로토콜 은, 예를 들어, 하기에서 발견된다: Ausubel 등 eds. ((Current Protocols In Molecular Biology, 1995), Units 2 (노던 블랏팅), 4 (서던 블랏팅), 15 (면역블로팅) 및 18 (PCR 분석). 멀티플렉스 면역검정, 예컨대 Rules Based Medicine 또는 Meso Scale Discovery ("MSD")에서 이용가능한 것들이 또한 사용될 수 있다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 be 핵산 발현 수준 (예를 들어, DNA 발현 수준 또는 RNA 발현 수준 (예를 들어, mRNA 발현 수준))일 수 있다. 핵산 발현 수준을 계측하는 임의의 적합한 방법이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 핵산 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, ISH, 또는 이들의 조합을 사용하여 결정된다.
세포에서 mRNA의 평가를 위한 방법은 잘 알려져 있고 그리고, 예를 들면, 유전자 발현의 일련 분석 (SAGE), 전체 게놈 서열분석 (WGS), 상보적 DNA 프로브를 사용한 하이브리드화 검정 (예컨대 하나 이상의 유전자에 특이적인 표지된 리보프로브를 사용한 동일계내 하이브리드화, 노던 블롯 및 관련된 기술) 및 다양한 핵산 증폭 검정 (예컨대 유전자 중 하나 이상에 특이적인 상보적 프라이머를 사용한 RT-PCR (예컨대, qRT-PCR), 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예컨대, 예를 들면, 분지형 DNA, SISBA, TMA 등)을 포함한다. 게다가, 이와 같은 방법에는 생물학적 샘플 내 표적 mRNA의 수준을 계측하도록 하는 하나 이상의 단계들(예컨대, 하우스키핑 유전자, 예컨대 액틴 패밀리 구성원의 비교 대조군 mRNA 서열 수준을 동시에 조사함으로써)이 포함될 수 있다. 선택적으로, 상기 증폭된 표적 cDNA의 서열이 측정될 수 있다. 선택적인 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직 또는 세포 샘플 내에서 mRNA, 예컨대 표적 mRNA를 조사하거나 또는 검출하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 시험 및 대조군 조직 샘플로부터 시험 및 대조군 mRNA 샘플이 역전사되고 그리고 표지되어 cDNA 프로브를 생성한다. 상기 프로브는 그런 다음 고형 지지체 상에 고정된 핵산의 배열에 하이브리드화된다. 상기 배열은 배열의 각 구성원의 서열 및 위치를 알 수 있도록 구성된다. 예를 들어, 발현이 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료의 증가 또는 감소된 임상 이득과 관련된 유전자의 선택은 be 고형 지지체 상에서 배열될 수 있다. 특정 배열 구성원으로 표지된 프로브의 하이브리드화는 프로브가 유도된 샘플이 그 유전자를 발현한다는 것을 나타낸다.
이전의 방법 중 임의의 것의 다른 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 단백질 발현 수준일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 바이오마커의 결합을 위해 사용된 조건 하에서, 상기 샘플을 본 명세서에 기재된 바이오마커에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계, 및 복합체가 항체와 바이오마커 사이에 형성되는 지를 검출하는 단계를 포함한다. 그와 같은 방법은 시험관내 또는 생체내 방법일 수 있다. 일부 사례에서, 항체는 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 예를 들어, 개체의 선택을 위한 바이오마커에 의한 요법에 자격있는 환자를 선택하기 위해 사용된다. 다른 사례에서, 항체는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))), 예를 들어, 개체의 선택을 위한 바이오마커에 의한 요법에 자격있는 환자를 선택하기 위해 사용된다. 당해 기술에서 공지된 또는 본 명세서에서 제공된 단백질 발현 수준을 측정하는 임의의 방법이 사용될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 유세포측정 (예를 들어, 형광-활성화된 세포 분류 (FACS™)), 웨스턴 블랏, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 면역침강, 면역조직화학 (IHC), 면역형광, 방사선면역검정, 닷 블랏팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 질량 분광분석법, 및 HPLC로 구성된 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 결정된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 종양-침윤 면역 세포에서 계측된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 종양 세포에서 계측된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 종양-침윤 면역 세포에서 그리고/또는 종양 세포에서 계측된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)에서 계측된다.
특정 구현예에서, 샘플 내 바이오마커 단백질의 존재 및/또는 발현 수준/양은 IHC 및 염색 프로토콜을 사용하여 측정될 수 있다. 조직 절편의 IHC 염색이 샘플에서 단백질의 존재를 계측하거나 검출하는 신뢰할 만한 방법임이 밝혀진 바 있다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 구현예에서, 바이오마커는 하기 유전자의 단백질 발현 생성물 중 하나 이상이다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9. 일 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 하기를 포함하는 방법을 사용하여 계측된다: (a) 항체로 샘플 (예컨대 환자로부터 수득된 종양 샘플)의 IHC 분석을 수행하는 단계; 및 (b) 샘플 내 바이오마커의 발현 수준을 계측하는 단계. 일부 구현예에서, IHC 염색 강도는 참조치와 비교하여 계측된다. 일부 구현예에서, 참조는 참조 값이다. 일부 구현예에서, 참조는 참조 샘플 (예를 들어, 대조군 세포주 염색 샘플, 비-암성 환자로부터의 조직 샘플 또는 관심 바이오마커에 대해 음성으로 계측된 종양 샘플)이다.
IHC는 추가의 기술 예컨대 형태적 염색 및/또는 원위치 하이브리드화 (예를 들어, ISH) 와 함께 수행될 수 있다. IHC의 2개의 일반적인 방법이 이용가능하며; 이는 직접 검정 및 간접 검정이다. 제1 검정에 따라서, 항체의 표적 항원으로의 결합이 직접적으로 계측된다. 이와 같은 직접적인 검정은 표지된 시약, 예컨대 형광 태그 또는 효소로 표지된 1차 항체(추가적인 항체 작용 없이 가시화될 수 있음)를 사용한다. 전형적인 간접적 검정에서, 비콘주게이트된 1차 항체는 상기 항원에 결합하고, 이어서 표지된 2차 항체가 상기 1차 항체에 결합한다. 상기 2차 항체가 효소 표지에 콘주게이트된 경우, 발색성 또는 형광성 기질이 첨가되어 항원의 가시화를 제공한다. 신호 증폭은 여러 2차 항체가 상기 1차 항체 상의 상이한 에피토프와 반응할 수 있기 때문에 발생한다.
IHC을 위해 사용되는 상기 1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지될 것이다. 일반적으로 다음의 범주로 나뉠 수 있는 수많은 표지가 이용가능하다: (a) 방사성 동위원소, 예컨대 35S, 14C, 1251, 3H, 및 131I; (b) 콜로이드성 금 입자; (c) 형광 표지, 예컨대 비제한적으로, 희토류 킬레이트(유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드, 로다민, 플루오레세인, 단실, 리스사민, 엄벨리페론, 파이코크리테린, 파이코시아닌 또는 상업적으로 사용가능한 형광단, 예컨대 스펙트럼 오렌지7 및 스펙트럼 GREEN7 및/또는 상기의 것들 중 하나 이상의 유도체; (d) 다양한 효소-기질 표지가 이용가능하며, 미국특허 번호 4,275,149는 이들 중 일부의 고찰을 제공한다. 효소 표지의 예에는 루시퍼라아제(예컨대, 반딧불이 루시퍼라아제 및 세균성 루시퍼라아제; 참고: 예컨대 미국특허 제4,737,456호), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 데하이드로게나아제, 우레아제, 과산화효소, 예컨대 호스래디쉬 퍼옥시다제(HRPO), 알칼리성 포스파타제, β-갈락토시다아제, 글루코아밀라아제, 라이소자임, 사카라이드 옥시다아제(예컨대, 글루코오스 옥시다아제, 갈락토오스 옥시다아제 및 글루코오스-6-포스페이트 데하이드로게나아제), 헤테로환계 옥시다아제(예컨대 유리카아제 및 잔틴 옥시다아제), 락토퍼록시다아제, 마이크로퍼록시다아제 등이 포함된다.
효소-기질 조합의 예시는 하기를 포함한다: 예를 들어, 수소 퍼옥시다제를 기질로서 갖는 호스래디쉬 퍼옥시다제 (HRPO); 발색성 기질로서 니트로페닐 포스페이트를 갖는 알칼리성 인산가수분해효소 (AP); 발색성 기질 (예컨대, p-니트로페닐-β-D-갈락토시다아제) 또는 형광원성 기질 (예컨대, 4-메틸엄벨리페릴-β-D-갈락토시다아제)를 갖는 β-D-갈락토시다아제 (β-D-Gal). 이들의 일반적인 고찰을 위하여, 예를 들면, 미국특허 4,275,149 및 4,318,980를 참고한다.
시료는, 예를 들어, 매뉴얼대로, 또는 자동화된 염색 기기 (예컨대, Ventana BenchMark XT 또는 Benchmark ULTRA 기기)를 사용하여 제조될 수 있다. 이렇게 제조된 시료는 장착되어 유리덮개로 덮일 수 있다. 슬라이드 평가가 이후 계측되며, 예를 들어, 본 분야에서 일상적으로 사용되는, 현미경 및 염색 강도 기준을 사용하는 것이 이용될 수 있다. 일 구현예에서, 하기가 이해될 것이다: 종양 유래의 세포 및/또는 조직이 IHC 염색을 사용하여 측정될 경우, 염색은 일반적으로 종양 세포(들) 및/또는 조직에서 계측 또는 평가된다 (샘플 내 존재할 수 있는 기질 또는 주변 조직에 대향하여). 일부 구현예에서, 하기가 이해될 것이다: 종양 유래의 세포 및/또는 조직이 IHC 염색을 사용하여 측정될 경우, 염색은 종양내 또는 종양주변 면역 세포를 포함하는, 종양-침윤 면역 세포 내에서 계측 또는 평가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 존재는 샘플의 >0%로, 샘플의 적어도 1%로, 샘플의 적어도 5%로, 샘플의 적어도 10%로, 샘플의 적어도 15%로, 샘플의 적어도 15%로, 샘플의 적어도 20%로, 샘플의 적어도 25%로, 샘플의 적어도 30%로, 샘플의 적어도 35%로, 샘플의 적어도 40%로, 샘플의 적어도 45%로, 샘플의 적어도 50%로, 샘플의 적어도 55%로, 샘플의 적어도 60%로, 샘플의 적어도 65%로, 샘플의 적어도 70%로, 샘플의 적어도 75%로, 샘플의 적어도 80%로, 샘플의 적어도 85%로, 샘플의 적어도 90%로, 샘플의 적어도 95%, 또는 그 초과로 IHC에 의해 검출된다. 샘플은, 예를 들어, 병리학자에 의하여, 또는 자동화 이미지 분석을 사용하여, 본 발명에 공지된 임의의 방법을 사용하여 스코어링될 수 있다.
본 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커는 진단 항체 (즉, 일차 항체)을 사용하는 면역조직화학에 의해 검출된다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 인간 항원에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 비-인간 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 랫트, 마우스, 또는 토끼 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 토끼 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 직접적으로 표지된다. 기타 구현예에서, 진단성 항체는 간접적으로 표지된다.
이전의 구현예 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플은 항-암 요법의 투여 전에 (예를 들어, 분, 시간, 일, 주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 개월, 또는 년 전에) 개체로부터 수득된다. 이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 개체로부터의 샘플은 항-암 요법의 투여 후 약 2 내지 약 10 주 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 주)에 수득된다. 일부 구현예에서, 개체로부터의 샘플은 항-암 요법의 투여 약 4 내지 약 6 주 후에 수득된다.
선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준 또는 수는 하기에서 검출된다: 조직 샘플, 1차 또는 배양 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 활액, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전혈, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 또는 이의 임의의 조합. 일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플), 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 포르말린-고정된 및 파라핀-포매된 (FFPE) 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플이다.
예를 들어, 선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 공지된 기술 (예를 들어, 유세포측정 또는 IHC)을 사용하여 종양-침윤 면역 세포, 종양 세포, PBMC 또는 이들의 조합에서 검출된다. 종양-침윤 면역 세포는 비제한적으로 하기를 포함한다: 종양내 면역 세포, 종양주변 면역 세포 또는 이의 임의의 조합, 및 기타 종양 기질 세포 (예컨대, 섬유아세포). 상기 종양-침윤 면역 세포는, 하기일 수 있다: T 림프구 (예컨대 CD8+ T 림프구 (예컨대, CD8+ T 효과기 (Teff) 세포) 및/또는 CD4+ T 림프구 (예컨대, CD4+ Teff 세포), B 림프구, 또는 과립구 (호중구, 호산구, 호염기구)를 포함하는 기타 골수-계통 세포, 단핵구, 대식세포, 수지상 세포 (예컨대, 지상감입 수지상 세포), 조직구, 및 자연 살해 (NK) 세포. 일부 구현예에서, 바이오마커에 대한 염색은 막 염색, 세포질 염색 또는 이의 조합으로서 검출된다. 기타 구현예에서, 바이오마커의 부재는 참조 샘플과 비교하여 샘플 내 염색의 부재 또는 없음으로서 검출된다.
이전의 방법 중 임의의 것의 특정 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 암 세포를 함유하거나 함유할 것으로 의심되는 샘플에서 평가된다. 샘플은, 예를 들어, 암 (예를 들어, 신장암, 특히 신장 세포 암종 (RCC), 예컨대 진전된 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC))을 앓고 있거나 환자 앓고 있는 것으로 의심되거나, 그것으로 진단된 환자로부터 수득된 조직 생검 또는 전이성 병변일 수 있다. 일부 구현예에서, 샘플은 순환 암 세포, 예컨대, 신장암 세포를 포함하는 것으로 공지되거나 의심되는 신장 조직의 샘플, 신장 종양의 생검, 공지되거나 의심되는 전이성 신장암 병변 또는 절편, 또는 혈액 샘플, 예컨대, 말초 혈액 샘플이다. 샘플 둘 모두는 암 세포, 즉, 종양 세포, 및 비-암성 세포 (예를 들어, 림프구, 예컨대 T 세포 또는 NK 세포)를 포함할 수 있고, 그리고 특정 구현예에서, 둘 모두는 암성 및 비-암성 세포를 포함한다. 조직 절제, 생검, 및 체액, 예를 들면, 암/종양 세포를 포함하는 혈액 샘플을 포함하는 생물학적 샘플을 수득하는 방법은 당해 기술에 공지되어 있다.
선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 환자는 하기를 갖는다: 암종, 림프종, 아세포종 (수아세포종 및 망막아세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (카르시노이드 종양, 가스트린종, 및 소도 세포 암 포함), 중피종, 신경집종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프양 악성종양. 일부 구현예에서, 상기 암은 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC), 예를 들어, 진전된 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC)), 편평상피 세포 암 (예를 들어, 상피성 편평상피 세포 암), 폐암 (소세포 폐암 (SCLC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종, 및 폐의 편평상피 암종 포함), 복막의 암, 간세포 암, 위장 암을 포함하는 위 또는 위암, 췌장 암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암 (예를 들어, HCC), 간종양, 유방암 (전이성 유방암 포함), 방광암, 결장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액샘 암종, 전립선암, 외음부 암, 갑상선암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 머켈 세포 암, 균상식육종, 고환암, 식도암, 담관의 종양, 두경부 암, B-세포 림프종 (저등급/여포성 비-호지킨 림프종 (NHL); 소림프구성 (SL) NHL; 중간 등급/여포성 NHL; 중간 등급 미만성 NHL; 고등급 면역아세포성 NHL; 고등급 림프아구성 NHL; 고등급 작은 비-절단된 세포 NHL; 거대 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련된 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성 림프구성 백혈병 (CLL); 급성 림프아구성 백혈병 (ALL); 모발 세포 백혈병; 만성 골수아세포 백혈병; 및 이식후 림프증식성 장애 (PTLD), 모반증과 연관된 비정상 혈관 증식, 부종 (예컨대 뇌종양과 연관된 것), 또는 메이그스 증후군이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC)이다. 바람직한 구현예에서, 환자는 신장암 (예를 들어, RCC, 예를 들어, 진전된 RCC 또는 mRCC, 예를 들어, 이전에 미치료된 진전된 RCC 또는 mRCC)을 가지고 있다. 환자는 선택적으로 진행성, 난치성, 재발성, 화학요법-내성 및/또는 백금-내성 형태의 암을 가질 수 있다.
특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재/부재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 증가되거나 또는 상승되었다. 특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 감소되거나 또는 줄었다. 특정 구현예에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직이다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 하나 이상의 상이한 시점에서 수득된 동일한 환자 또는 개체로부터 단일 샘플 또는 합치된 다중 샘플이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 테스트 샘플가 수득될 때보다 동일한 환자 또는 개체로부터 더 이른 시점에서 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 만일 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고 그리고 시험 샘플은 암이 전이성이 된 때 나중에 수득되면 유용할 수 있다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 건강한 개체 유래의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들어, 암을 가지고 있는 하나 이상의 개체로부터의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 개인으로부터 정상 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 종양 조직 또는 풀링된 플라즈마 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 참조 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수 초과인 발현 수준은, 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직과 비교하여, 방법 예컨대 본 명세서에서 기재되고/거나 당업계에서 알려진 것에 의해 검출된 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과 중 약 임의의 것의 전체적인 증가를 지징한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2 CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준/양의 증가를 지칭하고, 상기 증가는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 각각의 바이오마커의 발현 수준/양 중 적어도 약 임의의 것이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)와 비교하여 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과의 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2 CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준/양의 전체적인 증가를 지칭한다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 참조 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수의 미만인 발현 수준은, 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직과 비교하여 표준 기술 알려진 방법 예컨대 본 명세서에서 기재된 것에 의한 검출시, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과 중 약 임의의 것의 전체적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준/양의 감소를 지칭하고, 상기 감소는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 발현 수준/양의 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 중 적어도 약 임의의 것이다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)와 비교하여 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과의 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준/양의 전반적인 감소를 지칭한다.
III. 치료 방법 및 용도
암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 특정 구현예에서, 상기 암은 신장암, 예컨대 RCC, 예를 들어, 진전된 RCC 또는 mRCC, 예를 들어, 이전에 미치료된 진전된 RCC 또는 mRCC이다. 일부 사례에서, 본 발명의 방법은 본 발명의 바이오마커의 발현 수준을 기준으로 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))을 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 본 발명의 방법은 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다 .VEGF 길항제, PD-L1 축 결합 길항제, 혈관신생 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제), 또는 (예를 들어, 부문 IV 및/또는 실시예에서 기재된 바와 같이) 본 명세서에 기재되거나 당업계에서 알려진 다른 항암제 중 임의의 것은 be 상기 방법에서 사용될 수 있다. 본 발명은 또한, 하기를 포함하는 항-암 요법의 투여에 의해 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 앓고 있는 환자의 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존 (OS)을 향상시키는 방법에 관한 것이다: VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)). 본 발명은 또한, 하기를 포함하는 항-암 요법의 투여에 의해 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 앓고 있는 환자의 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존 (OS)을 향상시키는 방법에 관한 것이다: 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))). 본 명세서에 기재된 바이오마커 중 임의의 것의 발현 수준 또는 수는, 예를 들어, 상기 부문 II 및/또는 실시예에서 당해 분야에 알려지고/거나 본 명세서에 기재된 임의의 방법을 사용하여 결정될 수 있다.
암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC)) 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 표 1에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계로서, 표 1에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 참조 수준에 대해 변화될 것으로 결정되는 단계; 및 (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로 항-암 요법의 유효량 (예를 들어, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))))을 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 사례에서, 변화는 증가된다. 다른 사례에서, 변화는 감소된다.
암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 또한 제공되고, 상기 방법은 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))))의 유효량을 개체에게 투여하는 것을 포함하되, 상기 개체로부터의 샘플에서 표 1에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 참조 수준에 대해 변화될 것으로 결정되었고, 표 1 에서 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준의 변화는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다. 일부 사례에서, 변화는 증가된다. 다른 사례에서, 변화는 감소된다.
또 다른 양태에서, (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37)의 발현 수준을 결정하는 단계: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9, (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 ; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되는 단계; 및 (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로 VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 상기 개체에게 투여하는 단계 .
이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
일부 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것은 PD-L1 및 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있고, 상기 하나 이상의 추가의 유전자는 PD-L1 외의 것이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본 방법은 PD-L1 및 하기로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가의 유전자 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 또는 36)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9. 일부 구현예에서, 상기 방법은 PD-L1 및 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 추가의 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 PD-L1 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 PD-L1 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
이전의 방법 중 임의의 것은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
이전의 방법 중 임의의 것은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20), 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개), 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나 및 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
다른 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20), 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나 및 표 5-8에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
추가 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10), 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개), 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나 및 표 5-8에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, S100A9, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 사례에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 2-4에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 9-16에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현의 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준의 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19개의) 추가의 유전자의 발현 수준은 하나 이상의 추가의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 5-8에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다.
다른 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 참조 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 표 5-8에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 샘플에서 표 9-16에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37)의 발현 수준을 결정하는 단계: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9, (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고; 그리고 (ii) 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되는 단계; 및 (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 단일요법의 유효량을 개체에게 투여하는 단계 .
이전의 방법 중 임의의 것에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20), 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 이전의 방법 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개), 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나 및 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1, 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준을 결정하는 것을 수반한다.
이전의 방법 중 임이의 것의 일부에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정된다.
또 다른 양태에서, (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 상기 개체에게 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 투여하는 것을 포함하고, (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 항-암 요법에 의한 치료 전에 결정되었다. 다른 구현예에서, 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 항-암 요법에 의한 치료 후에 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 사례에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 2-4에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 9-16에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 표 9-16에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 또는 그 촉과인 것으로 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19개의) 추가의 유전자의 발현 수준은 하나 이상의 추가의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 5-8에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
다른 구현예에서, 이전의 방법 중 임의의 것에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 참조 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 표 5-8에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 샘플에서 표 9-16에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하는 단계: VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는 단계; 그리고 (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로 유효량의 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 개체에게 투여하는 단계.
일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 5-8에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
또 다른 양태에서, 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 상기 개체에게 유효량의 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 투여하는 것을 포함하고, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
일부 구현예에서, 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 5-8에서 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 상기 개체에게 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 단일요법을 투여하는 것을 포함하되, (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 PD-L1 축 결합 길항제 단일요법에 의한 치료 전에 결정되었다. 다른 구현예에서, 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 PD-L1 축 결합 길항제 단일요법에 의한 치료 후에 결정되었다.
이전의 방법 중 임이의 것의 일부에서, 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모두 5개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 모두 10개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 표 2-4에서 제시된 조합 중 임의의 하나의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 표 9-12에서 제시된 조합 중 임의의 것의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준은, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 그리고 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))와 조합한, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)에 의한 요법은 바람직하게는 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존 (OS)을 포함하는 생존을 연장하고/거나 개선한다. 일 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))와 조합한, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)에 의한 요법은 치료되고 있는 암을 위해, 승인된 항종양 제제를 투여함으로써 달성된 생존, 또는 관리 기준에 비해 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 또는 그 초과 까지 생존을 연장시킨다.
이전의 방법 중 임의의 것의 다른 구현예에서, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))에 의한 요법은 바람직하게는 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존 (OS)을 포함하는 생존을 연장하고/거나 개선한다. 일 구현예에서, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))에 의한 요법은 치료되고 있는 암을 위해, 승인된 항종양 제제를 투여함으로써 달성된 생존, 또는 관리 기준에 비해 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 또는 그 초과 까지 생존을 연장시킨다.
이전의 방법 중 임의의 것의 특정 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체의 모집단에서 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37) 유전자 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9) 중 하나 이상의 발현 수준이다. 특정 구현예에서, 상기 암은 신장암 (예를 들어, RCC, 예를 들어, mRCC)이다. 특정 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암을 가지고 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 특정 구현예에서, 참조 수준은 하나 이상의 유전자에 대한 사전-배정된 발현 수준이다. 기타 구현예에서, 참조 수준은 사전 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이며, 상기 사전 시점은 항암 요법의 투여 후의 시점이다. 이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 참조 수준은 항-암 요법의 투여 (예를 들어, 분, 시간, 일, 주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 개월, 또는 년 전에) 수득된 환자로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 분, 시간, 일, 주, 개월, 또는 년 후에) 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서의 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
이전의 구현예 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 샘플은 항-암 요법의 투여 전에 (예를 들어, 분, 시간, 일, 주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 개월, 또는 년 전에) 개체로부터 수득된다. 이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 개체로부터의 샘플은 항-암 요법의 투여 후 약 2 내지 약 10 주 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 주)에 수득된다. 일부 구현예에서, 개체로부터의 샘플은 항-암 요법의 투여 약 4 내지 약 6 주 후에 수득된다.
선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준 또는 수는 하기에서 검출된다: 조직 샘플, 1차 또는 배양 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 활액, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전혈, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 또는 이의 임의의 조합. 일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플), 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 포르말린-고정된 및 파라핀-포매된 (FFPE) 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플이다.
예를 들어, 선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 공지된 기술 (예를 들어, 유세포측정 또는 IHC)을 사용하여 종양-침윤 면역 세포, 종양 세포, PBMC 또는 이들의 조합에서 검출된다. 종양-침윤 면역 세포는 비제한적으로 하기를 포함한다: 종양내 면역 세포, 종양주변 면역 세포 또는 이의 임의의 조합, 및 기타 종양 기질 세포 (예컨대, 섬유아세포). 상기 종양-침윤 면역 세포는, 하기일 수 있다: T 림프구 (예컨대 CD8+ T 림프구 (예컨대, CD8+ T 효과기 (Teff) 세포) 및/또는 CD4+ T 림프구 (예컨대, CD4+ Teff 세포), B 림프구, 또는 과립구 (호중구, 호산구, 호염기구)를 포함하는 기타 골수-계통 세포, 단핵구, 대식세포, 수지상 세포 (예컨대, 지상감입 수지상 세포), 조직구, 및 자연 살해 (NK) 세포. 일부 구현예에서, 바이오마커에 대한 염색은 막 염색, 세포질 염색 또는 이의 조합으로서 검출된다. 기타 구현예에서, 바이오마커의 부재는 참조 샘플과 비교하여 샘플 내 염색의 부재 또는 없음으로서 검출된다.
이전의 방법 중 임의의 것의 특정 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 암 세포를 함유하거나 함유할 것으로 의심되는 샘플에서 평가된다. 샘플은, 예를 들어, 암 (예를 들어, 신장암, 특히 신장 세포 암종 (RCC), 예컨대 진전된 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC))을 앓고 있거나 환자 앓고 있는 것으로 의심되거나, 그것으로 진단된 환자로부터 수득된 조직 생검 또는 전이성 병변일 수 있다. 일부 구현예에서, 샘플은 순환 암 세포, 예컨대, 신장암 세포를 포함하는 것으로 공지되거나 의심되는 신장 조직의 샘플, 신장 종양의 생검, 공지되거나 의심되는 전이성 신장암 병변 또는 절편, 또는 혈액 샘플, 예컨대, 말초 혈액 샘플이다. 샘플 둘 모두는 암 세포, 즉, 종양 세포, 및 비-암성 세포 (예를 들어, 림프구, 예컨대 T 세포 또는 NK 세포)를 포함할 수 있고, 그리고 특정 구현예에서, 둘 모두는 암성 및 비-암성 세포를 포함한다. 조직 절제, 생검, 및 체액, 예를 들면, 암/종양 세포를 포함하는 혈액 샘플을 포함하는 생물학적 샘플을 수득하는 방법은 당해 기술에 공지되어 있다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 개체는 암종, 림프종, 모세포종 (수모세포종 및 망막모세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (유암종, 가스트린종, 및 소도세포 암 포함), 중피종, 신경집종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프양 악성종양을 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 암은 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC), 예를 들어, 진전된 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC)), 편평상피 세포 암 (예를 들어, 상피성 편평상피 세포 암), 폐암 (소세포 폐암 (SCLC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종, 및 폐의 편평상피 암종 포함), 복막의 암, 간세포 암, 위장 암을 포함하는 위 또는 위암, 췌장 암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암 (예를 들어, HCC), 간종양, 유방암 (TNBC 및 전이성 유방암 포함), 방광암, 결장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액샘 암종, 전립선암, 외음부 암, 갑상선암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 머켈 세포 암, 균상식육종, 고환암, 식도암, 담관의 종양, 두경부 암, B-세포 림프종 (저등급/여포성 비-호지킨 림프종 (NHL); 소림프구성 (SL) NHL; 중간 등급/여포성 NHL; 중간 등급 미만성 NHL; 고등급 면역아세포성 NHL; 고등급 림프아구성 NHL; 고등급 작은 비-절단된 세포 NHL; 거대 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련된 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성 림프구성 백혈병 (CLL); 급성 림프아구성 백혈병 (ALL); 모발 세포 백혈병; 만성 골수아세포 백혈병; 및 이식후 림프증식성 장애 (PTLD), 모반증과 연관된 비정상 혈관 증식, 부종 (예컨대 뇌종양과 연관된 것), 또는 메이그스 증후군이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC)이다. 바람직한 구현예에서, 환자는 신장암 (예를 들어, RCC, 예를 들어, 진전된 RCC 또는 mRCC, 예를 들어, 이전에 미치료된 진전된 RCC 또는 mRCC)을 가지고 있다. 환자는 선택적으로 진행성, 난치성, 재발성, 화학요법-내성 및/또는 백금-내성 형태의 암을 가질 수 있다.
특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재/부재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 증가되거나 또는 상승되었다. 특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 감소되거나 또는 줄었다. 특정 구현예에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직이다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 하나 이상의 상이한 시점에서 수득된 동일한 환자 또는 개체로부터 단일 샘플 또는 합치된 다중 샘플이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 테스트 샘플가 수득될 때보다 동일한 환자 또는 개체로부터 더 이른 시점에서 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 만일 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고 그리고 시험 샘플은 암이 전이성이 된 때 나중에 수득되면 유용할 수 있다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 건강한 개체 유래의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들어, 암을 가지고 있는 하나 이상의 개체로부터의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 개인으로부터 정상 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 종양 조직 또는 풀링된 플라즈마 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 참조 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수 초과인 발현 수준은, 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직과 비교하여, 방법 예컨대 본 명세서에서 기재되고/거나 당업계에서 알려진 것에 의해 검출된 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과 중 약 임의의 것의 전체적인 증가를 지징한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준/양의 증가를 지칭하고, 상기 증가는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 발현 수준/양의 적어도 약 임의의 것이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)와 비교하여 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과의 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수분/양의 전체적인 증가를 지칭한다.
이전의 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 참조 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수의 미만인 발현 수준은, 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직과 비교하여 표준 기술 알려진 방법 예컨대 본 명세서에서 기재된 것에 의해 검출시, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 약 임의의 것의 전체적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준/양의 감소를 지칭하고, 상기 감소는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 발현 수준/양의 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 중 적어도 약 임의의 것이다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)와 비교하여 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과의 바이오마커 (예를 들어, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)의 발현 수준/양의 전반적인 감소를 지칭한다.
암의 예방 또는 치료에 대해, 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))))의 용량은 상기에서 정의된 바와 같은 치료될 암의 유형, 중증도 및 암의 과정, 항-암 요법이 예방적 또는 치료적 목적을 위해 투여되는 지 여부, 이전의 요법, 환자의 임상 이력 및 약물에 대한 반응, 및 주치의의 재량에 좌우될 것이다.
일부 구현예에서, 항-암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)), 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))))는 한꺼번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에게 적합하게 투여될 것이다. 한 가지 전형적인 일일 투여량은 전술한 인자에 따라, 약 1 μg/kg 내지 100 mg/kg 또는 그 이상의 범위에서 변할 수 있다. 수 일 또는 그 이상에 걸친 반복된 투여의 경우, 병태에 따라, 치료는 일반적으로 질환 증상의 목적하는 억제가 일어날 때까지 지속될 것이다. 그와 같은 용량은 간헐적으로, 예를 들어, 매주 또는 매 3 주 투여될 수 있다 (예를 들어, 이로써, 환자는, 예를 들어, 항-암 요법의 약 2 내지 약 20, 또는 예를 들어, 약 6 용량을 수용한다). 최초의 더 많은 부하 용량에 이어, 하나 이상의 더 적은 용량이 투여될 수 있다. 그러나, 다른 투여 레지멘이 유용할 수 있다. 이 치료의 진행은 종래의 기법 및 검정에 의해 쉽게 모니터링된다.
예를 들어, 일반적인 제의로서, 인간에게 투여된 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))및/또는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))의 치료적 유효량은 하나 이상의 투여에 의해 약 0.01 내지 약 50 mg/kg의 환자 체중의 범위일 것이다. 일부 구현예에서, 사용된 치료제 (예를 들어, 항체)는 예를 들어 매일, 매주, 2 주마다, 매 3 주, 또는 매월 투여된 약 0.01 mg/kg 내지 약 45 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 40 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 35 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 25 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 20 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 15 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 10 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 5 mg/kg, 또는 약 0.01 mg/kg 내지 약 1 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 항체는 15 mg/kg로 투여된다. 그러나, 다른 투여 레지멘이 유용할 수 있다. 일 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및/또는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예컨대 아테졸리주맙)는 21-일 주기 (매 3 주, q3w)의 첫 번째 날에 약 50 mg, 약 100 mg, 약 200 mg, 약 300 mg, 약 400 mg, 약 420 mg, 약 500 mg, 약 525 mg, 약 600 mg, 약 700 mg, 약 800 mg, 약 840mg, 약 900 mg, 약 1000 mg, 약 1050 mg, 약 1100 mg, 약 1200 mg, 약 1300 mg, 약 1400 mg, 약 1500 mg, 약 1600 mg, 약 1700 mg, 또는 약 1800 mg의 용량으로 인간에게 투여된다.
일부 구현예에서, 아테졸리주맙은 3주마다(q3w) 정맥내로 1200 mg로 투여된다. 일부 구현예에서, 베바시주맙은 한꺼번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 고정 용량으로 투여된다. 고정 용량이 투여될 경우, 바람직하게는 이는 약 5 mg 내지 약 2000 mg의 범위이다. 예를 들어, 고정 용량은 대략 420 mg, 대략 525 mg, 대략 840 mg, 또는 대략 1050 mg일 수 있다. 일부 구현예에서, 베바시주맙은 매 2주마다 10 mg/kg으로 정맥내 투여된다. 일부 구현예에서, 베바시주맙은 매 3주마다 정맥내로 15 mg/kg로 투여된다. VEGF 길항제 및/또는 PD-L1 축 결합 길항제의 용량은 단일 용량 또는 다중 용량 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 회 이상의 용량)으로 투여될 수 있다. 일련의 투여가 투여될 경우, 이들은 예를 들어, 대략 1주 마다, 대략 2주 마다, 대략 3주 마다, 또는 대략 4주 마다 투여될 수 있다. 병용 치료 중 투여된 항체의 투여는, 단일 치료와 비교하여, 감소될 수 있다. 이 치료법의 과정은 통상적인 기술에 의해 용이하게 모니터링된다.
임의의 적합한 용량의 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))는 본 명세서에서 기재된 방법에서 사용될 수 있다. 적합한 투약량는 당해 기술에 공지되어 있다. 예를 들어, 서니팁에 대해, 12.5 mg, 25 mg, 및 50 mg의 수니티닙의 캡슐은 상업적으로 입수가능하다. 예를 들어, 전이성 신장 세포 암종 또는 위장 간질성 종양의 치료를 위해, 수니티닙은 50 mg으로 입 (PO) 1일 1회 (qDay)에 의해 4주 동안, 이어서, 사이클의 추가 반복으로 2 주 무약물로 투여될 수 있다. 췌장 신경내분비 종양의 치료를 위해, 표준 용량은 계획된 오프-치료 기간 없이 계속해서 37.5 mg PO qDay이다.
본 명세서에 기재된 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙), 결합 폴리펩타이드, 및/또는 소분자) (임의의 추가의 치료제)는 양호한 의료 실시와 일치하는 방식으로 제형화, 투약 및 투여될 수 있다. 마찬가지로, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))는 양호한 의료 실시와 일치하는 방식으로 제형화, 투약 및 투여될 수 있다. 본 맥락에서 고려되는 인자는 치료되는 특정 장애, 치료되는 특정 동물, 개별적인 환자의 임상 조건, 장애의 원인, 제제의 전달 부위, 투여 방법, 투여 스케줄, 및 의사에에 공지된 다른 인자를 포함한다. VEGF 길항제 및 PD-L1 길항제, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))는, 문제의 장애를 예방 또는 치료하기 위해 현재 사용된 하나 이상의 제제로 선택적으로 제형화되고/거나 그것과 함께 투여될 필요는 없다. 그와 같은 다른 제제의 유효량은 제형 내에 존재하는 VEGF 길항제, PD-L1 길항제, 및/또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))의 양, 장애 또는 치료의 유형, 및 상기에 논의된 다른 인자에 좌우된다. 이들은 일반적으로 본원에 기재된 바와 동일한 용량으로 및 투여 경로로, 또는 본원에 기재된 용량의 약 1 내지 99%, 또는 적절하다고 경험적/임상적으로 결정된 임의 용량으로 및 임의 경로에 의해 사용된다.
일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)) 와 함께 투여된다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 동일한 제형의 일부로서 투여된다. 다른 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))와 별도로 투여된다.
일부 구현예에서, 임의의 이전의 방법은 추가의 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 추가 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 면역치료제, 세포독성제, 성장 억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합.
일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 활성화 공통자극 분자에 대항하여 지향된 효능제와 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 활성화 공통자극 분자는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 활성화 공통자극 분자에 대하여 지향된 효능제는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127에 결합하는 효능제 항체이다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 억제성 공통자극 분자에 대항하여 지향된 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 억제성 공-자극성 분자는 CTLA-4 (CD152로도 공지됨), TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, 마이카/B, 또는 아르기나제를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 억제성 공-자극성 분자에 대하여 지향된 길항제는 CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, 마이카/B, 또는 아르기나제에 결합하는 길항제 항체이다.
일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 CTLA-4 (로도 알려짐 CD152), 예를 들어, 차단 항체에 대항하여 지향된 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 와 함께 투여될 수 있다 이필리무맙 (MDX-010, MDX-101, 또는 YERVOY® 로도 알려짐). 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 트레멜리무맙 (틸실리무맙 또는 CP-675,206로도 알려짐) 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 B7-H3 (CD276 로도 알려짐), 예를 들어, 차단 항체에 대항하여 지향된 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 MGA271와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 TGF-베타, 예를 들어, 메텔리무맙 (CAT-192 로도 알려짐), 프레솔리무맙 (GC1008 로도 알려짐), 또는 LY2157299에 대항하여 지향된 길항제와 함께 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 CD137 (TNFRSF9, 4-1BB, 또는 ILA 로도 알려짐), 예를 들어, 활성화 항체에 대항하여 지향된 효능제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 우렐루맙 (BMS-663513 로도 알려짐) 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 CD40, 예를 들어, 활성화 항체에 대항하여 지향된 효능제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 CP-870893 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 OX40 (CD134 로도 알려짐), 예를 들어, 활성화 항체에 대항하여 지향된 효능제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 항-OX40 항체 (예를 들어, AgonOX) 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 CD27, 예를 들어, 활성화 항체에 대항하여 지향된 효능제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 CDX-1127 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 TIGIT, 예를 들어, 항-TIGIT 항체에 대항하여 지향된 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 인돌아민-2,3-디옥시게나제 (IDO)에 대항하여 지향된 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, IDO 길항제는 1-메틸-D-트립토판 (또한 1-D-MT로서 공지됨)이다.
일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 암 백신 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 암 백신은, 일부 구현예에서 개인화된 펩티드 백신인, 펩티드 암 백신을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서 펩타이드 암 백신은 다가의 긴 펩타이드, 다중-펩타이드, 펩타이드 칵테일, 하이브리드 펩타이드, 또는 펩타이드-펄스화 수지상 세포 백신이다 (참고, 예를 들어, Yamada 등, Cancer Sci. 104:14-21, 2013). 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 아쥬반트 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 TLR 효능제, 예를 들어, Poly-ICLC (HILTONOL® 로도 알려짐), LPS, MPL, 또는 CpG ODN를 포함하는 치료 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 종양 괴사 인자 (TNF) 알파 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 IL-1 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 HMGB1 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 IL-10 길항제 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 IL-4 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 IL-13 길항제 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 HVEM 길항제 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 예를 들어, 아이코스-L, 또는 ICOS에 대항하여 지향된 효능적 항체의 투여에 의해 ICOS 효능제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 치료 표적화 CX3CL1 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 치료 표적화 CXCL9 와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 치료 표적화 CXCL10과 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 치료 표적화 CCL5와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 LFA-1 또는 ICAM1 효능제와 함께 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))는 셀렉틴 효능제와 함께 투여될 수 있다.
만일 투여된다면, 화학치료제는 보통 따라서 공지된 용량으로 투여되거나, 또는 선택적으로 화학치료제의 투여에 기인하는 음성적 부작용 또는 약물의 조합된 작용에 기인하여 낮아진다. 그와 같은 화학치료제에 대한 제조 및 투여 일정은 제조자의 설명서에 따라 또는 당업자에 의해 실험적으로 결정된 바에 따라 사용될 수 있다. 화학요법제가 파클리탁셀인 경우, 바람직하게는 이는 약 130 mg/㎡ 내지 200 mg/㎡(예를 들어, 약 175 mg/㎡)의 투여량으로 예를 들어 3시간에 걸쳐 3주에 1회 투여된다. 화학치료제가 카보플라틴인 경우, 바람직하게는 이것은 환자의 기존의 신장 기능 또는 신장 기능 및 원하는 혈소판 최하점에 기반한 캘버트 식을 사용하여 카보플라틴의 용량을 계산함에 의해 투여된다. 신장 배출은 카보플라틴에 대한 제거의 주요 경로이다. 체표면적에 기반한 경험적 용량 계산에 비교할 때, 이 투약 식의 사용은 그렇지 않으면 과소투약 (평균 신장 기능 이상인 환자) 또는 과다투약 (손상된 신장 기능이 있는 환자)을 초래할 수 있는 전처리 신장 기능에서 환자 편차를 보상할 수 있다. 단일 제제 카보플라틴을 사용한 4-6 mg/mL/min의 표적 AUC는 이전에 치료된 환자에서 가장 적절한 용량 범위를 제공하는 것으로 보인다.
상기 치료적 요법에 부가하여, 환자는 종양 및/또는 암 세포의 외과적 제거를 받을 수 있다.
상기에 나타난 그와 같은 병용 요법은 병용 투여 (2 또는 그 초과 치료제가 동일 또는 개별의 제형에 포함된 경우), 및 별개의 투여를 포괄하고, 이 경우에, VEGF 길항제 및/또는 PD-L1 축 결합 길항제, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))의 투여는 추가의 치료제 또는 제제의 투여 이전에, 동시에, 및/또는 이후에 발생할 수 있다. 일 구현예에서, VEGF 길항제 및/또는 PD-L1 축 결합 길항제, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))의 투여, 및 추가의 치료제의 투여는 서로의 투여 약 1개월 이내, 또는 약 1, 2 또는 3주 이내, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6일 이내에 일어난다.
VEGF 길항제 또는 PD-L1 축 결합 길항제 중 어느 하나가 항체 (예를 들어, 베바시주맙 또는 아테졸리주맙)인 구현예에서, 투여된 항체는 기존의 항체일 수 있다. 투여된 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙) 및/또는 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예컨대 아테졸리주맙)는 세포독성 약물과 접합될 수 있다. 바람직하게는, 결합된 콘주게이트 및/또는 항원은 세포에 의해 내재화되어 이것이 결합하는 암 세포의 사멸에서 콘주게이트의 증가된 치료적 효능을 유발한다. 바람직한 구현예에서, 세포독성제는 암 세포에서 핵산을 표적으로 하거나 이를 방해할 수 있다. 그와 같은 세포독성제의 예에는 메이탄시노이드, 칼리키아마이신, 리보뉴클레아제 및 DNA 엔도뉴클레아제가 포함된다.
본 명세서에서 기재된 방법에 이용된 조성물은 예를 들어 하기를 포함하는 임의의 적합한 방법에 의해 투여될 수 있다: 정맥내로, 근육내로, 피하로, 진피내로, 경피로, 동맥내로, 복강내로, 병소내로, 두개내로, 관절내로, 전립선내로, 늑막내로, 기관내로, 척추강내로, 비강내로, 질내로, 직장내로, 국소적으로, 종양내로, 복막으로, 결막하로, 방광내로, 점막으로, 심막내로, 탯줄내로, 안구내로, 안와내로, 경구로, 국소적으로, 경피로, 유리체내로 (예를 들어, 유리체내 주사에 의해), 비경구로, 점안액에 의해, 흡입에 의해, 주사로, 이식에 의해, 주입에 의해, 연속적 주입에 의해, 직접적으로 국소화된 관류 수영 표적 세포에 의해, 카테터에 의해, 세척에 의해, 크림에서, 또는 지질 조성물에서. 본 명세서에서 기재된 방법에서 이용된 조성물은 또한 전신으로 또는 국소로 투여될 수 있다. 투여 방법은 다양한 인자 (예를 들면, 투여될 화합물 또는 조성물 및 치료될 병태, 질환, 또는 장애의 중증도)에 따라 가변될 수 있다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 정맥내로, 근육내로, 피하로, 국소적으로, 경구로, 경피로, 복강내로, 안와내로, 이식에 의해, 흡입에 의해, 척추강내로, 심실내로, 또는 비강내로 투여된다. 일부 구현예에서, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 경구로 투여된다. 투여는 모든 적합한 경로, 예컨대 부분적으로 상기 투여가 간단한 것이냐 또는 만성적인 것이냐에 따라, 주사, 예컨대 정맥내 또는 피하 주사에 의해 수행될 수 있다. 비제한적으로 다양한 시점에 걸친 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 비롯한 다양한 복용 스케줄이 본원에 고안되었다.
IV. 조성물 및 약제학적 제형
일 양태에서, 본 발명은, 부분적으로, 본 발명의 바이오마커가 be VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항암 요법으로부터 유익할 수 있다 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 사용될 수 있다는 발견을 기반으로 한다. 또 다른 양태에서, 본 발명은, 부분적으로, 본 발명의 바이오마커가 be 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 항암 요법으로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 사용될 수 있다는 발견을 기반으로 한다. 이들 제제들, 및 이들의 조합은 예를 들어, 본 명세서에서 기재된 방법 중 임의의 것의 일부로서, 예를 들어, 상기의 섹션 II 및 III에서 암의 치료를 위해 유용하다. 임의의 적합한 VEGF 길항제, PD-L1 축 결합 길항제, 및/또는 혈관신생 억제제는 본 명세서에 기재된 방법 및 검정에서 사용될 수 있다. 본 발명의 방법 및 검정에서 사용하는데 적합한 비-제한적인 예는 아래에 추가로 기재된다.
A. 예시적인 VEGF 길항제
VEGF 길항제는 VEGF에 결합하고, VEGF 발현 수준을 감소시키거나, 또는 VEGF 생물학적 활성을 중화, 차단, 억제, 폐지, 감소 또는 방해할 수 있는 임의의 분자를 포함한다. 예시적인 인간 VEGF는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁 번호 P15692, 유전자 ID (NCBI): 7422 하에 도시된다.
일부 경우에서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체이다. 일부 구현예에서, 항-VEGF 항체는, "rhuMab VEGF" 또는 "AVASTIN®"로 알려져 있는 베바시주맙이다. 베바시주맙은 하기에 따라 생성된 재조합 인간화된 항-VEGF 단클론성 항체이다: Presta 등 (Cancer Res. 57:4593-4599, 1997). 이는 그 수용체에 대한 인간 VEGF의 결합을 차단하는 뮤린 항-hVEGF 단클론성 항체 A.4.6.1로부터의 항원-결합 상보성-결정 영역 및 돌연변이된 인간 IgG1 프레임워크 영역을 포함한다. 베바시주맙의 아미노산 서열의 대략 93%, 예를 들면 상기 프레임워크 영역의 대부분이, 인간 IgG1에서 유도되고, 상기 서열의 약 7%가 뮤린 항체 A4.6.1에서 유도된다. 베바시주맙은 약 149,000 달톤의 분자량을 가지며 글리코실화된다. 베바시주맙과 기타 인간화된 항-VEGF 항체는 2005년 2월 26일에 발행된 미국특허 제6,884,879호에 추가로 기술되었으며, 이의 전체 개시내용이 본원에 참고로 명시적으로 편입된다. 추가 바람직한 항체는 하기를 포함한다: G6 또는 B20 시리즈 항체 (예컨대, G6-31, B20-4.1) (PCT 출원 공보 번호 WO 2005/012359에 기술됨). 추가 바람직한 항체에 대하여, 하기를 참고한다: 미국특허 7,060,269, 6,582,959, 6,703,020; 6,054,297; WO98/45332; WO 96/30046; WO94/10202; EP 0666868B1; 미국특허 출원 공개 번호 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409, 및 20050112126; 및 Popkov 등 (Journal of Immunological Methods 288:149-164, 2004). 기타 바람직한 항체는 잔기 F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, 191, K101, E103, 및 C104를 포함하거나, 대안적으로 잔기 F17, Y21, Q22, Y25, D63, 183 및 Q89를 포함하는 인간 VEGF 상에서 기능적 에피토프에 결합하는 것들을 포함한다.
다른 사례에서, VEGF 길항제는 항-VEGFR2 항체 또는 관련된 분자 (예를 들어, 라무시루맙, 타니비루맙, 아플리베르셉트); 항-VEGFR1 항체 또는 관련된 분자 (예를 들어, 이크루쿠맙, 아플리베르셉트 (VEGF 트랩-아이; EYLEA®), 또는 ziv-아플리베르셉트 (VEGF 트랩; ZALTRAP®)); 이중특이적 VEGF 항체 (예를 들어, MP-0250, 바누시주맙 (VEGF-ANG2), 또는 US 2001/0236388에 개시된 이중특이적 항체); 항-VEGF, 항-VEGFR1, 및 항-VEGFR2 아암 중 2개의 조합을 포함하는 이중특이적 항체; 항-VEGFA 항체 (예를 들어, 베바시주맙, 세바시주맙); 항-VEGFB 항체; 항-VEGFC 항체 (예를 들어, VGX-100), 항-VEGFD 항체; 또는 비펩타이드 소분자 VEGF 길항제 (예를 들어, 파조파닙, 악시티닙, 반데타닙, 스티바가, 카보잔티닙, 렌바티닙, 닌테다닙, 오란티닙, 텔라티닙, 도비티닙, 세디라닙, 모테사닙, 설파티닙, 아파티닙, 포레티닙, 파미티닙, 또는 티보자닙).
상기에 열거된 구현예 중 임의의 것에서 사용하기 위한 그와 같은 VEGF 길항제 항체 또는 본 명세서에 기재된 다른 항체 (예를 들어, VEGF 발현 수준의 검출을 위한 항-VEGF 항체)가 특징, 단독으로 또는 함께, 아래의 하위 섹션 C의 섹션 i-vii 에서 기재된 특징 중 임의의 것을 가질 수 있음이 명시적으로 고려된다.
B. 예시적 PD-L1 축 결합 길항제
PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제를 포함한다. PD-1 (프로그램된 사멸 1)은 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1," "PDCD1," "CD279," 및 "SLEB2"로 지칭된다. 예시적 인간 PD-1는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q15116에 나타난다. PD-L1 (프로그램된 사멸 리간드 1)은 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1 리간드 1," "PDCD1LG1," "CD274," "B7-H," 및 "PDL1"로 지칭된다. 예시적 인간 PD-L1는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q9NZQ7.1에 나타난다. PD-L2 (프로그램된 사멸 리간드 2)은 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1 리간드 2," "PDCD1LG2," "CD273," "B7-DC," "Btdc," 및 "PDL2"로 지칭된다. 예시적 인간 PD-L2는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q9BQ51에 나타난다. 일부 구현예에서, PD-1, PD-L1, 및 PD-L2는 인간 PD-1, PD-L1, 및 PD-L2이다. PD-1 축 결합 길항제는, 일부 사례에서, PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제, 또는 PD-L2 결합 길항제일 수 있다.
(i) PD-L1 결합 길항제
일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MPDL3280A (아테졸리주맙), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (드루발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙).
일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 단클론성 항체이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 Fab, Fab’-SH, Fv, scFv, 및 (Fab’)2 단편으로 구성된 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 인간화 항체이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 인간 항체이다. 일부 사례에서, 본 명세서에 기재된 항-PD-L1 항체는 인간 PD-L1에 결합한다. 일부 특정 사례에서, 항-PD-L1 항체는 하기이다: 아테졸리주맙 (CAS 등록번호:1422185-06-5). 아테졸리주맙 (Genentech)는 MPDL3280A 로도 알려지다.
일부 사례에서, 항-PD-L1 항체는 HVR-H1, HVR-H2, 및 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (HVR-H)을 포함한다:
(a) HVR-H1 서열은 하기이다: GFTFSDSWIH (서열번호: 62);
(b) HVR-H2 서열은 하기이다: AWISPYGGSTYYADSVKG (서열번호: 63); 및
(c) HVR-H3 서열은 하기이다: RHWPGGFDY (서열번호: 64).
일부 사례에서, 항-PD-L1 항체는 HVR-L1, HVR-L2, 및 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (HVR-L)을 추가로 포함한다:
(a) HVR-L1 서열은 하기이다: RASQDVSTAVA (서열번호: 65);
(b) HVR-L2 서열은 하기이다: SASFLYS (서열번호: 66); 및
(c) HVR-L3 서열은 하기이다: QQYLYHPAT (서열번호: 67).
일부 사례에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하되,
(a) 중쇄 가변성 (VH) 영역 서열은 하기의 아미노산 서열을 포함하고: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호: 69); 및
(b) 경쇄 가변성 (VL) 영역 서열은 하기의 아미노산 서열을 포함한다: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열번호: 70).
일부 사례에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하되,
(a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열번호: 71); 및
(b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호: 72).
일부 사례에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기 또는 그의 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성 (예를 들어, 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: (서열번호: 69); (b) 하기 또는 그의 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성 (예를 들어, 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: (서열번호: 70); 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.다른 사례에서, 항-PD-L1 항체는 YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)로 구성된 군으로부터 선택된다. 항체 YW243.55.S70는 하기에 기재된 항-PD-L1이다: PCT Pub.번호 WO 2010/077634.BMS-936559로도 알려진 MDX-1105는 하기에 기재된 항-PD-L1 항체이다: PCT Pub.번호 WO 2007/005874.MEDI4736 (더발루맙)는 하기에 기재된 항-PD-L1 단클론성 항체이다: PCT 공개 번호 WO 2011/066389 및 U.S. 공보 번호 2013/034559. 본 발명의 방법에 유용한 항-PD-L1 항체, 및 이의 제조 방법의 예는 하기에 기재되어 있다: PCT 공개번호 WO 2010/077634, WO 2007/005874, 및 WO 2011/066389, 및 또한 U.S. 특허 번호 8,217,149, 및 U.S. 공보 번호 2013/034559 (이는 본 명세서에 참고로 편입되어 있음).
(ii) PD-1 결합 길항제
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 예를 들어, 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MDX 1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다. 예를 들어, 일부 경우에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다.
추가 양태에서, 본 발명은 약제의 제작 또는 제조에서 PD-L1 축 결합 길항제의 사용를 위해 제공된다. 일 구현예에서, 약제는 암의 치료용이다. 추가 구현예에서, 약제는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 것이고, 상기 방법은 암을 앓고 있는 환자에게 유효량의 약제를 투여하는 것을 포함한다. 일 상기 구현예에서, 상기 방법은 예를 들어, 하기 기재된 바와 같이 적어도 하나의 추가 치료제의 유효량을 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대로의 PD-1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-1 리간드 결합 상대는 PD-L1 및/또는 PD-L2이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 결합 리간드로의 PD-L1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L1 결합 상대는 PD-1 및/또는 B7-1이다. 또 다른 구현예에서, PD-L2 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대로의 PD-L2 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L2 결합 리간드 상대는 PD-1 이다. 길항제는 하기일 수 있다: 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 또는 올리고펩티드.
일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 예를 들어, 하기에 기술된, 항-PD-1 항체 (예컨대, 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체)이다. 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108. MDX-1106 (또한 MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558, 또는 니볼루맙으로 공지됨)은 WO2006/121168에 기술된 항-PD-1 항체이다. MK-3475 (또한 펨브롤리주맙 또는 람브롤리주맙으로 공지됨)은 WO 2009/114335에 기술된 항-PD-1 항체이다. CT-011 (또한 hBAT, hBAT-1 또는 피딜리주맙으로 공지됨)은 WO 2009/101611에 기술된 항-PD-1 항체이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는, 면역접합체 (예컨대, 불변 영역 (예컨대, 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 PD-L1 또는 PD-L2의 세포외 또는 PD-1 결합부를 포함하는 면역접합체)이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224이다. AMP-224 (또한 B7-DCIg로 공지됨)는 WO 2010/027827 및 WO 2011/066342에 기술된 PD-L2 Fc 융합 가용성 수용체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 MDX-1106이다. "MDX-1106"에 대한 대안적 명칭은 하기를 포함한다: MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558, 및 니볼루맙이다. 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기이다: 니볼루맙 (CAS 등록 번호:946414-94-4). 또 추가의 구현예에서, 하기를 포함하는 단리된 항-PD-1 항체가 제공된다: 하기로부터 중쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역: 서열번호: 73 및/또는 하기로부터 경쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역: 서열번호: 74.
또한 추가의 구현예에서, 중쇄 및/또는 경쇄 서열을 포함하는 단리된 항-PD-1 항체가 본원에서 제공되고, 여기서:
(a) 상기 중쇄 서열은 상기 중쇄 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다: QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (서열번호: 73), 및
(b) 경쇄 서열은, 상기 경쇄 서열에 대한 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다: EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호: 74).
상기에 열거된 구현예 중 임의의 것에서 사용하기 위한 그와 같은 PD-L1 축 결합 길항제 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 및 항-PD-L2 항체), 또는 본 명세서에 기재된 다른 항체 (예를 들어, PD-L1 발현 수준의 검출을 위한 항-PD-L1 항체)가 아래의 하위 섹션 C의 섹션 i-vii에서 기재된 특징 중 임의의 것을, 단독으로 또는 함께 가질 수 있음이 명시적으로 고려된다.
C. 항체
i. 항체 친화도
특정 구현예에서, 본 명세서에 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 ≤ 1μM, ≤ 100 nM, ≤ 10 nM, ≤ 1 nM, ≤ 0.1 nM, ≤ 0.01 nM, 또는 ≤ 0.001 nM (예를 들어, 10-8 M 또는 그 미만, 예를 들어, 10-8 M 내지 10-13 M, 예를 들어, 10-9 M 내지 10-13 M)의 해리 상수 (Kd)를 갖는다.
일 구현예에서, Kd는 방사표지된 항원 결합 검정(RIA)에 의해 측정된다. 일 구현예에서, RIA는 관심의 대상인 항체의 Fab 버젼 및 이의 항원으로 수행된다. 예를 들어, 항원에 대한 Fabs의 용액 결합 친화도는 비표지된 항원의 적정 시리즈의 존재에서 (125I)-라벨링된 항원의 최소 농도로 Fab을 평형화시키고, 그 다음 항-Fab 항체-코팅된 플레이트로 결합된 항원을 포획함으로써 측정된다 (참고, 예를 들어, Chen 등, J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999). 검정에 대한 조건을 확립하기 위해, 미세적정(등록상표) 멀티웰 플레이트(Thermo 과학적)를 50mM 탄산나트륨(pH 9.6) 중에 5㎍/㎖의 포획 항-Fab 항체(Cappel Labs)와 밤새 코팅하고, 후속하여 실온(대략 23℃)에서 2시간 내지 5시간 동안 PBS 중의 2%(w/v) 소 혈청 알부민에 의해 차단하였다. 비-흡착제 플레이트 (Nunc #269620)에서, 100 pM 또는 26 pM [125I]-항원은 관심 Fab의 연속 희석과 혼합된다 (예를 들어, 하기에서 항-VEGF 항체, Fab-12의 평가와 일치함: Presta 등, Cancer Res. 57:4593-4599, 1997). 이후, 관심 대상의 Fab를 밤새 배양하지만, 항온처리는 평형이 도달된다는 것을 보장하도록 더 긴 기간(예를 들어, 약 65시간) 동안 계속할 수 있다. 이후, 혼합물을 실온에서(예를 들어, 1시간 동안) 항온처리를 위해 포획 플레이트로 옮긴다. 이후, 용액을 제거하고, 플레이트를 PBS 중의 0.1% 폴리소르베이트 20(TWEEN-20(등록상표))에 의해 8회 세척한다. 플레이트가 건조되어 있을 경우, 150 μl/웰의 발광제(섬광기; MICROSCINT-20™; Packard)를 첨가하고, 플레이트를 10분간 탑카운트 감마(TOPCOUNT™ 감마) 카운터 (Packard) 상에서 카운팅하였다. 최대 결합의 20% 이하를 제공하는 각각의 Fab의 농도는 경쟁적 결합 검정에서의 사용을 위해 선택된다.
또 다른 구현예에 따르면, Kd는 BIACORE® 표면 플라스몬 공명 검정을 사용하여 측정된다. 예를 들면, BIACORE®-2000 또는 BIACORE®-3000(BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)을 사용한 검정은 25 ℃에서 고정화된 항원 CM5 칩으로 ~10 반응 단위(RU)로 수행한다. 일 구현예에서, 카복시메틸화된 덱스트란 바이오센서 칩 (CM5, BIACORE, Inc.)는 공급자의 지침에 따라 N-에틸-N’-(3-디메틸아미노프로필)-카보디이미드 하이드로클로라이드 (EDC) 및 N-하이드록시석신이미드 (NHS)로 활성화된다. 항원을 10mM 아세트산나트륨(pH 4.8)에 의해 5㎍/㎖(약 0.2μM)로 희석한 후, 커플링된 단백질의 대략 10의 반응 단위(RU)를 달성하기 위해 5㎕/분의 유속에서 주입한다. 항원의 주입 후, 1M 에탄올아민을 주입하여 비치료된 그룹을 차단한다. 역학적 측정을 위해, 2배 연속 희석된 Fab (0.78 nM 내지 500 nM)를 대략 25 μl/min의 유속으로 25 ℃에서 PBS 중에서 0.05% 폴리소르베이트 20 (TWEEN-20™) 계면활성제 (PBST)와 함께 사용한다. 결합 속도 (kon) 및 해리 속도 (koff)를 결합 및 해리 센서그램의 동시 피팅(동시에 적합화)에 의하여 단순한 일 대 일 랭뮤어(랑뮤어) 결합 모델 (BIACORE® 평가 소프트웨어 버젼 3.2)을 사용하여 산출하였다. 평형 해리 상수 (Kd)는 비 koff/kon으로 계산된다. 하기 참고: 예를 들어, Chen 등, (J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999). 온-레이트가 상기 표면 플라즈몬 공명 검정에 의해 106 M-1s-1을 초과하는 경우에는, 온-레이트는 교반 큐벳을 갖는 정지-유동 장착된 분광측정기 (Aviv Instruments) 또는 8000-시리즈 SLM-AMINCO™ 분광측정기 (ThermoSpectronic)와 같은, 분광기에서 측정될 때 증가하는 항원의 농도의 존재에서, pH 7.2, PBS에서 25 ℃의 20 nM 항-항원 항체 (Fab 폼)에서 형광 방출 강도 (여기 = 295 nm; 방출 = 340 nm, 16 nm 대역통과)에서 증가 또는 감소를 측정하는 형광 켄칭 기술을 사용함에 의해 결정될 수 있다.
ii. 항체 단편
특정 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 항체 단편이다. 항체 단편은, 비제한적으로, Fab, Fab’, Fab’-SH, F(ab’)2, Fv, 및 scFv 단편, 및 하기에 기재된 다른 단편을 포함한다. 특정 항체 단편의 검토를 위해, Hudson 등 (Nat. Med. 9:129-134, 2003)을 참고한다. scFv 단편의 검토를 위해, 예를 들어, Plucktheun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)를 참고한다. 또한 하기를 참고한다: WO 93/16185; 및 미국특허 번호 5,571,894 및 5,587,458.회수 수용체 결합 에피토프 잔기를 포함하고 증가된 생체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab’)2 단편의 논의를 위해, 하기를 참고한다: 미국특허 번호 5,869,046.
다이아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있는 2개의 항원 결합 부위를 갖는 항체 단편이다. 하기 참고: 예를 들어, EP 404,097, WO 1993/01161, Hudson 등 Nat. Med. 9:129-134, 2003, 및 Hollinger 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448, 1993. 트리아바디 및 테트라바디는 또한 Hudson 등 (Nat. Med. 9:129-134, 2003)에 기재되어 있다.
단일 도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 구현예에서, 단일-도메인 항체는 인간 단일-도메인 항체이다 (Domantis, Inc., 매사추세츠주 월샘 소재; 하기 참고: 예를 들어, 미국특허 번호 6,248,516 B1).
항체 단편은, 비제한적으로 온전한 항체의 단백질분해 소화를 포함하는 다양한 기술뿐만 아니라 알려진 방법에 따른 재조합 숙주세포 (예를 들어, E. 콜리 또는 파아지)에 의한 생산에 의해 제조될 수 있다.
iii. 키메라 및 인간화 항체
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 키메라 항체이다. 특정 키메라성 항체는, 예를 들면 하기에 기재되어 있다: 미국특허 번호 4,816,567; 및 Morrison 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855, 1984). 일 예에서, 키메라 항체는 비인간 가변 영역(예를 들어, 마우스, 랫트, 햄스터, 토끼 또는 비인간 영장류, 예컨대 원숭이로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 실시예에서, 키메라 항체는 클래스 또는 하위클래스가 모 항체로부터 변한 "클래스 스위치 된" 항체이다. 키메라 항체는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
소정의 실시형태에서, 키메라 항체는 인간화된 항체이다. 통상적으로, 비인간 항체는 모 비인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유하면서 인간에 대한 면역원성을 감소시키도록 인간화된다. 일반적으로, 인간화된 항체는 HVR, 예를 들어 CDR(또는 이의 일부)이 비인간 항체로부터 유래되고, FR(또는 이의 일부)이 인간 항체 서열로부터 유래된 하나 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화된 항체는 임의로 또한 인간 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 것이다. 몇몇 실시형태에서, 인간화된 항체에서의 몇몇 FR 잔기는, 예를 들어 항체 특이성 또는 친화도를 복원하거나 개서하도록, 비인간 항체(예를 들어, HVR 잔기가 유래된 항체)로부터의 상응하는 잔기에 의해 치환된다.
인간화 항체 및 이의 제조 방법은, 예를 들면, 하기에 고찰되고: Almagro 및 Fransson, (Front.Biosci.13:1619-1633, 2008), 그리고 예를 들어, 하기에서 추가로 기재된다: Riechmann 등 (Nature 332:323-329, 1988); Queen 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:10029-10033, 1989); US 특허 번호 5, 821,337, 7,527,791, 6,982,321, 및 7,087,409; Kashmiri 등 (방법 36:25-34, 2005) (특이성 결정 영역 (SDR) 그라프팅을 기재함); Padlan, (Mol. Immunol. 28:489-498, 1991) ( "재표면화"를 기재함); Dall’Acqua 등 (Methods 36:43-60, 2005) ("FR 셔플링"을 기재함); Osbourn 등 (Methods 36:61-68, 2005), 및 Klimka 등 (Br.J. Cancer, 83:252-260, 2000) (FR 셔플링에 대한 "유도된 선택" 접근법을 기재함).
인간화를 위해 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역에는 비제한적으로 하기를 포함한다: "최적화" 방법을 사용하여 선택된 프레임워크 영역 (참고, 예를 들어, Sims 등 J. Immunol. 151:2296, 1993); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정 하위그룹의 인간 항체의 공통 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (참고, 예를 들어, Carter 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285, 1992; 및 Presta 등 J. Immunol., 151:2623, 1993); 인간 성숙한 (체세포 돌연변이된) 프레임워크 영역 또는 인간 생식계열 프레임워크 영역 (참고, 예를 들어, Almagro 및 Fransson, Front.Biosci.13:1619-1633, 2008); 및 스크리닝 FR 라이브러리로부터 유래된 프레임워크 영역 (참고, 예를 들어, Baca 등, J. Biol. Chem. 272:10678-10684, 1997; 및 Rosok 등 J. Biol. Chem. 271:22611-22618, 1996).
iv. 인간 항체
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 인간 항체이다. 인간 항체는 당업계에 공지된 다양한 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 다음 문헌에 기재되어 있다: van Dijk 및 van de Winkel, (Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74, 2001) 및 Lonberg (Curr.Opin.Immunol. 20:450-459, 2008).
인간 항체는 항원성 시험감염에 반응하여 인간 가변 영역을 갖는 온전한 인간 항체 또는 온전한 항체를 제조하기 위해 변형된 전이유전자 동물에 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 이러한 동물은 통상적으로, 내인성 면역글로불린 유전좌위를 대체하거나, 염색체외 존재하거나 무작위로 동물의 염색체로 통합된, 인간 면역글로불린 유전좌위의 전부 또는 일부를 함유한다. 이러한 전이유전자 마우스에서, 내인성 면역글로불린 유전좌위는 일반적으로 불활성화된다. 형질전환 동물로부터 인간 항체를 얻기 위한 방법의 검토에 대해, 하기를 참고한다: Lonberg, (Nat. Biotech. 23:1117-1125, 2005). 또한 하기를 참고한다: 예를 들어, 미국특허 번호 6,075,181 및 6,150,584 (이는 XENOMOUSETM 기술을 기재함); U.S. 특허 제 5,770,429호(HUMAB® 기술을 설명함); 미국특허 제7,041,870호(K-M MOUSE® 기술을 설명함), 및 미국특허 출원 공보 번호 US 2007/0061900(VELOCIMOUSE® 기술을 설명함). 이러한 동물에 의해 생성된 온전한 항체로부터의 인간 가변 영역은 예를 들어 상이한 인간 불변 영역과 조합함으로써 추가로 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한 하이브리도마 기반 방법에 의해 제조될 수 있다. 인간 단일클론 항체의 제조를 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되어 있다. 참고, 예를 들어, Kozbor, (J. Immunol. 133:3001, 1984); Brodeur 등 (Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63, Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner 등 (J. Immunol., 147:86, 1991). 인간 B-세포 하이브리도마 기술을 통해 생성된 인간 항체는 또한 하기에 기재된다: Li 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562, 2006. 추가의 방법은, 예를 들면, 하기이다: 미국특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터 단클론성 인간 IgM 항체의 생산을 기재함) 및 Ni, (Xiandai Mianyixue, 26(4): 265-268, 2006) (인간-인간 하이브리도마를 기재함). 인간 하이브리도마 기술 (트리오마 기술)는 또한 하기에 기재되어 있다: Vollmers 및 Brandlein, (Histology and Histopathology, 20(3): 927-937, 2005) 및 Vollmers 및 Brandlein, (Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3): 185-91, 2005).
인간 항체는 또한 인간 유래된 파지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리함으로써 생성될 수 있다. 이후, 이러한 가변 도메인 서열은 원하는 인간 불변 도메인과 조합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하는 기법은 하기 기재되어 있다.
v. 라이브러리-유래 항체
본 발명의 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 항-PD-L1 항체, 또는 항-PD-1 항체)는 원하는 활성 또는 활성들 갖는 항체에 대해 조합 라이브러리를 스크리닝함으로써 단리될 수 있다. 예를 들어, 파지 디스플레이 라이브러리를 생성하고, 원하는 결합 특징을 보유하는 항체에 대해 이러한 라이브러리를 스크리닝하기 위한 다양한 방법이 공지되어 있다. 그와 같은 방법은, 예를 들어, 하기에서 검토된다: Hoogenboom 등 (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O’Brien 등, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001) 및 추가로 기재된, 예를 들어, McCafferty 등 (Nature 348:552-554, 1990); Clackson 등 (Nature 352:624-628, 1991); Marks 등 (J. Mol. Biol. 222:581-597, 1992); Marks 및 Bradbury, (Methods in Molecular Biology 248:161-175, Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu 등 (J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004); Lee 등 (J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004); Fellouse, (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004); 및 Lee 등 (J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004).
특정 파아지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자의 레퍼토리는 중합효소 연쇄 반응 (PCR)에 의해 별도로 클로닝되고 하기에 기재된 바와 같이 항원-결합 파아지에 대해 선별될 수 있는 파아지 라이브러리에서 무작위로 재조합된다: Winter 등 (Ann. Rev. Immunol., 12:433-455, 1994). 파지는 통상적으로 단쇄 Fv(scFv) 단편으로서 또는 Fab 단편으로서 항체 단편을 디스플레이한다. 면역화된 소스로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 구축하는 것의 필요 없이 면역원에 고친화도 항체를 제공한다. 대안적으로, 비접촉 레퍼토리는 (예를 들어, 인간)으로부터 클로닝되어 하기에 의해 기재된 바와 같이 항체의 단일 공급원을, 임의의 면역화 없이 광범위한 비-자체 및 자체 항원을 제공할 수 있다: Griffiths 등 (EMBO J, 12:725-734, 1993). 마지막으로, 미접촉 라이브러리는 또한, 하기에 기재된 바와 같이 줄기 세포로부터, 재배열되지 않은 V-유전자 분절을 클로닝하고 그리고 랜덤 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용하여 고가변성 CDR3 영역을 인코딩하고 시험관내 재배열을 달성하여 합성으로 만들어 질 수 있다: Hoogenboom 및 Winter, (J. Mol. Biol., 227:381-388, 1992). 인간 항체 파아지 라이브러리를 기재하는 특허 공보는 예를 들어, 다음의 문헌을 포함한다: 미국 특허 번호 5,750,373, 및 미국 특허 공개 번호 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936, 및 2009/0002360.
인간 항체 라이브러리로부터 단리된 항체 또는 항체 단편은 본 명세서에서 인간 항체 또는 인간 항체 단편으로 생각된다.
vi. 다중특이적 항체
상기 양태 중 임의의 하나에서, 본 명세서에 제공된 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 항-PD-L1 항체, 또는 항-PD-1 항체)는 다중특이적 항체, 예를 들어, 이중특이적 항체일 수 있다. 다중특이적 항체는 적어도 2개의 상이한 부위에 대한 결합 특이성을 갖는 단일클론 항체이다. 특정 구현예에서, 본원에서 제공된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들면, 이중특이적 항체이다. 특정 구현예에서, 결합 특이성 중 하나는 PD-L1에 대한 것이고 다른 것은 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 결합 특이성 중 하나는 VEGF에 대한 것이고 다른 것은 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 이중특이적 항체는 PD-L1의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 특정 구현예에서, 이중특이적 항체는 VEGF의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 이중특이적 항체는 또한, PD-L1 또는 VEGF를 발현시키는 세포에 대한 세포독성 약물을 국소화하기 위해 사용될 수 있다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편으로서 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 제조하기 위한 기술은 하기이다: 상이한 특이성을 갖는 2개의 면역글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 동시 발현 (참고: Milstein 및 Cuello, Nature 305:537, 1983), WO 93/08829 및 Traunecker 등 EMBO J. 10:3655, 1991), 및 "크놉-인-홀" 가공 (참고: 예를 들면, 미국특허 번호 5,731,168). 다중-특이적 항체는 또한, 하기에 의해 만들어질 수 있다: 항체 Fc-헤테로이량체성 분자를 제조하기 위해 정전기 조향 효과를 엔지니어링함 (참고, 예를 들어, WO 2009/089004A1); 2개 이상의 항체 또는 단편를 가교결합시킴 (참고, 예를 들어, US 특허 번호 4,676,980, 및 Brennan 등 Science 229:81, 1985); 이중특이적 항체를 생산하기 위해 류신 지퍼를 사용함 (참고, 예를 들어, Kostelny 등 J. Immunol. 148(5): 1547-1553, 1992); 이중특이적 항체 단편을 제조하기 위해 "디아바디" 기술을 사용함 (참고, 예를 들어, Hollinger 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448, 1993); 및 단일-사슬 Fv (sFv) 이량체를 사용함 (참고, 예를 들어, Gruber 등 J. Immunol. 152:5368, 1994); 및 예를 들어, 하기에 기재된 바와 같이 삼중특이적 항체를 제조함: Tutt 등 J. Immunol. 147:60, 1991).
"옥토퍼스 항체"를 포함하는, 3개 이상의 기능성 항원 결합 부위를 갖는 가공된 항체는 또한 본원에 포함된다(문헌참조: 예를 들어 US 2006/0025576A1).
본원에서 항체 또는 단편은 PD-L1 및 또 다른 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이원 작용 FAb" 또는 "DAF"를 포함한다. 본원에서 항체 또는 단편은 VEGF 및 또 다른, 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 DAF를 포함한다.
vii. 항체 변이체
특정 구현예에서, 본 발명의 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 항-PD-L1 항체, 및 항-PD-1 항체)의 아미노산 서열 변이체가 고려된다. 예를 들어, 항체의 결합 친화도 및/또는 다른 생물학적 특성을 개선하는 것이 바람직할 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변이체는 항체를 코딩하는 뉴클레오타이드 서열로 적절한 변형을 도입함으로써 또는 펩타이드 합성에 의해 제조될 수 있다. 이러한 변형은 예를 들어 항체의 아미노산 서열 내의 잔기로부터의 결실 및/또는 이것으로의 삽입 및/또는 이것의 치환을 포함한다. 결실, 삽입, 및 치환의 임의의 조합은 최종 작제물이 원하는 특징, 예를 들어, 항원-결합을 보유하는 경우, 최종 작제물에 도달하도록 이뤄질 수 있다.
a. 치환, 삽입 및 결실 변이체
소정의 실시형태에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체가 제공된다. 치환 돌연변이유발에 대한 관심 대상의 부위는 HVR 및 FR을 포함하다. 보존적 치환은 "바람직한 치환."의 제목하에 표 17에서 보여준다. 보다 실질적 변화는 "예시적 치환"의 표제하에 표 17에 제공되고, 추가로 아미노산 측쇄 부류를 참조로 하기에 기재된 바와 같다. 아미노산 치환이 관심 항체 내로 도입될 수 있고, 원하는 활성, 예를 들어, 유지된/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대하여 스크리닝될 수 있다.
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아미노산은 공통 측쇄 특성에 따라 그룹화될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gin;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 사슬 배향에 영향을 미치는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비보존적 치환은 또 다른 클래스에 대해 이 클래스의 하나의 구성원을 교환하는 것을 포함할 것이다.
치환형 변이체의 한 유형은 친계 항체 (예를 들면 인간화 또는 인간 항체)의 하나 또는 그 초과 초가변 영역 잔기의 치환을 포함한다. 일반적으로 추가의 연구를 위해 선택된 수득한 변이체(들)은 모 항체와 비교하여 특정 생물학적 성질 (예를 들어, 증가된 친화도, 및/또는 감소된 면역원성)에서 변형(예를 들어, 개선)을 갖고/갖거나 상기 모 항체의 특정 생물학적 성질을 실질적으로 보유한다. 예시적인 치환형 변이체는, 예컨대, 본원에 기재된 것과 같은 파아지 디스플레이-기반의 친화도 성숙 기술을 사용하여, 간편하게 생성될 수 있는 친화도 성숙된 항체이다. 간단히, 하나 이상의 HVR 잔기는 돌연변이화되고 파아지에서 변이체 항체 표시되고 특정한 생물학적 활성 (예를 들면, 결합 친화도)에 대하여 스크리닝된다.
예를 들어, 항체 친화도를 개선하기 위해 HVR에서 변경(예를 들어, 치환)이 이루어질 수 있다. 그와 같은 변경은 HVR "핫스팟," 체세포 성숙 과정 동안 고주파수에서 돌연변이를 겪은 코돈에 의해 인코딩된 잔기 (참고, 예를 들어, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196, 2008), 및/또는 항원과 접촉하는 잔기에 행해질 수 있고, 수득한 변이체 VH 또는 VL은 결합 친화도에 대해 시험된다. 이차 라이브러리의 작제 및 그것으로부터 재선택에 의한 친화성 성숙은 예를 들어, 하기에 기재되었다: Hoogenboom 등 (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O’Brien 등, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001). 친화도 성숙의 몇몇 실시형태에서, 다양성은 임의의 다양한 방법(예를 들어, 오차 발생이 쉬운 PCR, 사슬 셔플링 또는 올리고뉴클레오타이드 지시된 돌연변이유발)에 의해 성숙에 대해 선택된 가변 유전자로 도입된다. 이후, 2차 라이브러리가 생성된다. 이후, 라이브러리는 원하는 친화도를 갖는 임의의 항체 변이체를 확인하도록 스크리닝된다. 다양성을 도입하기 위한 또 다른 방법은 HVR 지시된 접근법을 수반하고, 여기서 몇몇 HVR 잔기(예를 들어, 한 번에 4개 내지 6개의 잔기)가 랜덤화된다. 항원 결합에 관여된 HVR 잔기는 구체적으로 예를 들어 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 또는 모델링을 이용하여 확인될 수 있다. CDR-H3 및 CDR-L3은 특히 자주 표적화된다.
소정의 실시형태에서, 이러한 변경이 항원에 결합하는 항체의 능력을 실질적으로 감소시키지 않는 한, 하나 이상의 HVR 내에 치환, 삽입 또는 결실이 발생할 수 있다. 예를 들어, 결합 친화도를 실질적으로 감소시키지 않는 보존적 변경(예를 들어, 본 명세서에 제공된 바와 같은 보존적 치환)은 HVR에서 이루어질 수 있다. 상기 변경은, 예를 들면, HVR에서 항원 접촉 잔기의 외부일 수 있다. 상기 제공된 변이체 VH 및 VL 서열의 소정의 실시형태에서, 각각의 HVR은 비변경되거나, 1개, 2개 또는 3개 이하의 아미노산 치환을 함유한다.
돌연변이유발을 표적으로 할 수 있는 항체의 잔기 또는 영역의 유용한 확인 방법은 Cunningham and Wells (Science, 244:1081-1085, 1989)에 기재된 바와 같이 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발"이라 부른다. 상기 방법에서, 잔기 또는 표적 잔기들 그룹 (예를 들어, Arg, Asp, His, Lys, 및 Glu와 같은 하전된 잔기들)은 중성 또는 음으로 하전된 아미노산(예를 들어, 알라닌 또는 폴리알라닌)에 의해 동정되고 대체되어 항체와 항원의 상호작용이 영향받는지를 계측한다. 추가의 치환은 아미노산 위치에서 도입될 수 있어서 초기 치환에 대한 작용기 민감도를 나타낸다. 대안적으로, 또는 추가적으로, 항체와 항원 사이의 접촉 점을 확인하기 위한 항원-항체 복합체의 결정 구조. 이러한 접촉 잔기 및 이웃하는 잔기는 치환에 대한 후보로서 표적화되거나 제거될 수 있다. 변이체는 이것이 원하는 특성을 함유하는지를 결정하기 위해 스크리닝될 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 1개의 잔기 내지 100개 이상의 잔기를 함유하는 폴리펩타이드의 길이의 범위의 아미노 및/또는 카복실 말단 융합, 및 단일 또는 다수의 아미노산 잔기의 서열내 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N 말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 항체의 N- 또는 C-말단의, 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 효소 (예를 들어, ADEPT에 대해) 또는 폴리펩타이드에의 융합을 포함한다.
b. 글라이코실화 변이체
특정 구현예에서, 본 발명의 항체는 항체가 글리코실화된 정도를 증가시키거나 감소시키기 위해 변경될 수 있다. 본 발명의 항체에 대한 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 하나 이상의 글리코실화 부위가 생성되거나 제거되도록 아미노산 서열을 변경시킴으로써 간편하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함할 때, 이것에 부착된 탄수화물은 변경될 수 있다. 포유류 세포에 의해 제조된 네이티브 항체는 통상적으로 N 연결에 의해 일반적으로 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 부착된 분지된 2안테나(바이안테너리) 올리고사카라이드를 포함한다. 참고, 예를 들어, Wright 등 TIBTECH 15:26-32, 1997. 올리고사카라이드는 다양한 탄수화물, 예를 들어 만노스, N-아세틸 글루코사민(GlcNAc), 갈락토스 및 시알산, 및 2안테나 올리고사카라이드 구조의 "줄기"에서 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 소정의 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 생성하기 위해 본 발명의 항체에서의 올리고사카라이드의 변형이 이루어질 수 있다.
일 실시형태에서, Fc 영역에 (직접적으로 또는 간접적으로) 부착된 푸코스가 결여된 탄수화물 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들어, 이러한 항체에서의 푸코스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코스의 양은 예를 들어 WO 2008/077546에 기재된 바와 같이 MALDI-TOF 질량 분광분석법으로 측정시, Asn 297에 부착된 모든 당구조 (예를 들어 복합체, 하이브리드 및 높은 만노스 구조)의 합에 대해 Asn297에서 당 사슬 내의 푸코스의 평균 양을 계산하여 결정된다. Asn297은 Fc 영역에서의 대략 위치 297 (Fc 영역 잔기의 EU 넘버링)에 배치된 아스파라긴 잔기를 지칭하지만; 그러나, Asn297은, 항체내 작은 서열 변이로 인해, 위치 297의 약 ± 3 아미노산 업스트림 또는 다운스트림, 즉, 위치 294 와 300 사이에 또한 배치될 수 있다. 이러한 푸코실화 변이체는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 하기를 참고한다: 예를 들어, 미국특허 공보 번호 US 2003/0157108; US 2004/0093621."탈푸코실화된" 또는 "푸코스-결핍" 항체 변이체와 관련된 공보의 예는 다음을 포함한다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki 등 (J. Mol. Biol. 336:1239-1249, 2004); 및 Yamane-Ohnuki 등 (Biotech. Bioeng. 87:614, 2004). 탈푸코실화 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예는 하기를 포함한다: 단백질 푸코실화가 결핍된 Lec13 CHO 세포 (Ripka 등 Arch.Biochem.Biophys.249:533-545, 1986); 미국특허 출원No. US 2003/0157108 A1; 및 WO 2004/056312 A1, 특히 실시예 11에서), 및 녹아웃 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실전달효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (참고, 예를 들어, Yamane-Ohnuki 등 Biotech. Bioeng.87:614, 2004; Kanda, Y. 등 Biotechnol.Bioeng.94(4): 680-688, 2006; 및 WO 2003/085107).
항체 변이체는, 예를 들어 항체의 Fc 영역에 부착된 2분지 올리고당이 GlcNAc에 의해 이등분된, 이등분된 올리고당으로 추가적으로 제공된다. 이러한 항체 변이체는 감소된 푸코실화 및/또는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 그와 같은 항체 변이체의 예는, 예를 들어, WO 2003/011878; US 특허 번호 6,602,684; 및 US 2005/0123546에 기재되어 있다. Fc 영역에 부착된 올리고사카라이드에서 적어도 하나의 갈락토스 잔기를 갖는 항체 변이체가 또한 제공된다. 이러한 항체 변이체는 개선된 CDC 기능을 가질 수 있다. 그와 같은 항체 변이체는, 예를 들어, WO 1997/30087; WO 1998/58964; 및 WO 1999/22764에 기재되어 있다.
c. Fc 영역 변이체
특정 구현예에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본 발명의 항체의 Fc 영역에 도입되어, Fc 영역 변이체를 생성할 수 있다. Fc 영역 변이체는 하나 또는 그 이상의 아미노산 위치에서 아미노산 변형 (가령, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (가령, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
소정의 실시형태에서, 본 발명은, 이것이 생체내 항체의 반감기가 중요한 분야에 바람직한 후보가 되게 하지만, 소정의 효과기 기능(예컨대, 보체 및 ADCC)이 불필요하거나 해로운, 모두가 아닌 몇몇 효과기 기능을 보유하는 항체 변이체를 고려한다. 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 검정은 CDC 및/또는 ADCC 활성의 감소/고갈을 확인하도록 수행될 수 있다. 예를 들어, Fc 수용체(FcR) 결합 검정은 항체가 FcyR 결합이 결여되지만(그러므로 아마도 ADCC 활성이 결여), FcRn 결합 능력을 보유한다는 것을 보장하도록 수행될 수 있다. NK 세포인 ADCC를 매개하기 위한 1차 세포는 오직 FcyRIII을 발현하는 한편, 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포상의 FcR 발현은 다음 문헌의 464 페이지 상의 표 3에 요약되어 있다: Ravetch 및 Kinet, (Annu.Rev. Immunol. 9:457-492, 1991). 해당 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위한 시험관내 검정의 비-제한적인 예는 하기에 기재된다: 미국특허 번호 5,500,362 (참고, 예를 들어, Hellstrom, I. 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:7059-7063, 1986) 및 Hellstrom, I 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:1499-1502, 1985; U.S. 특허 번호 5,821,337; Bruggemann 등 J. Exp. Med. 166:1351-1361, 1987). 대안적으로, 하기와 같은 비-방사능활성 검정 방법이 사용될 수 있다: 예를 들어, 유동 세포측정을 위한 ACTI™ 비-방사능활성 세포독성 검정 (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA); 및 CYTOTOX 96® 비 방사성 세포독성 검정 (Promega, Madison, WI). 이러한 검정에 유용한 효과기 세포는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 및 천연 살해(NK) 세포를 포함한다. 대안적으로, 또는 추가로, 관심 분자의 ADCC 활성은, 예를 들어, 동물 모델 예컨대 Clynes 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656, 1998)에 개시된 것에서 생체내에서 평가될 수 있다. C1q 결합 검정은 항체가 C1q에 결합할 수 없고 그러므로 CDC 활성이 결여된다는 것을 확인하도록 또한 수행될 수 있다. 참고, 예를 들어, WO 2006/029879 및 WO 2005/100402에서 C1q 및 C3c 결합 ELISA. 보체 활성화를 평가하기 위해, CDC 검정이 수행될 수 있다 (참고, 예를 들어, Gazzano-Santoro 등 J. Immunol. Methods 202:163, 1996; Cragg 등 Blood. 101:1045-1052, 2003; 및 Cragg 등 Blood. 103:2738-2743, 2004). FcRn 결합 및 생체내 청소능/반감기 결정은 또한 당해 분야에서 알려진 방법을 사용하여 수행될 수 있다 (참고, 예를 들어, Petkova 등 Int’l. Immunol. 18(12): 1759-1769, 2006).
감소된 효과기 기능을 가진 항체는 하나 이상의 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329의 치환을 갖는 것들을 포함한다 (미국특허 번호 6,737,056 및 8,219,149). 상기 Fc 돌연변이체는, 알라닌에 대하여 잔기 265 및 297의 치환을 갖는 소위 "DANA" Fc 돌연변이체를 포함하여, 2 또는 그 초과의 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체를 포함한다 (미국 특허 번호 7,332,581 및 8,219,149).
FcR로의 개선되거나 감소된 결합을 갖는 특정 항체 변이체가 기재되어 있다 (예를 들어, 참고: 미국특허 번호 6,737,056; WO 2004/056312, 및 Shields 등, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604, 2001).
소정의 실시형태에서, 항체 변이체는 ADCC를 개선하기 위해 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들어 Fc 영역의 298번, 333번, 및/또는 334번 위치(잔기의 EU 넘버링)에서의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다.
일부 구현예에서, 예를 들어 하기에 기재된 바와 같이 변경된 (즉, 개선된 또는 줄어든) C1q 결합 및/또는 보체 의존적 세포독성 (CDC)를 초래하는 Fc 영역에서 변경된다: US 특허 번호 6,194,551, WO 99/51642, 및 Idusogie 등 (J. Immunol. 164:4178-4184, 2000).
모계 IgGs의 태아로의 이동에 책임있는 신생아 Fc 수용체 (FcRn)에 대한 증가된 반감기 및 개선된 결합을 가지고 있는 항체 (Guyer 등, J. Immunol. 117:587, 1976; 및 Kim 등 J. Immunol. 24:249, 1994)는 하기에서 기재되어 있다: U.S.공보번호 2005/0014934A1. 이 항체는 FcRn에 대한 Fc 영역의 결합을 개선하는 내부에 하나 이상의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 상기 Fc 변이체는 Fc 영역 잔기:238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434의 하나 이상에서 치환, 예를 들면, Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국특허 번호 7,371,826).
또한 하기를 참조한다: Duncan 및 Winter, (Nature 322:738-40, 1988); U.S. 특허 번호 5,648,260; 미국특허 번호 5,624,821; 및 WO 94/29351.
d. 시스테인 조작된 항체 변이체
특정 구현예에서, 시스테인이 가공된 항체, 예컨대, "thioMAbs"(항체의 하나 이상의 잔기가 시스테인 잔기로 치환된 것임)를 형성하는 것이 바람직할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치환된 잔기는 항체의 접근 가능한 부위에서 발생한다. 이 잔기를 시스테인에 의해 치환함으로써, 반응성 티올기는 이로써 항체의 접근 가능한 부위에 위치하고, 본 명세서에 추가로 기재된 바대로 면역접합체를 생성하기 위해 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 모이어티에 항체를 접합시키도록 사용될 수 있다. 특정 양태에서, 하기의 잔기들 중 임의의 하나 이상은 시스테인으로 치환될 수 있다: 경쇄의 V205 (카밧 넘버링); 중쇄의 A118 (EU 넘버링); 및 중쇄 Fc 영역의 S400 (EU 넘버링). 시스테인 가공된 항체는, 예를 들면, 미국 특허 제7,521,541호에 기재된 바와 같이 생성될 수 있다.
e. 항체 유도체
소정의 실시형태에서, 본 명세서에 제공된 항체는 당해 분야에 공지되고 용이하게 이용 가능한 추가적인 비단백질성 모이어티를 함유하도록 추가로 변형될 수 있다. 항체의 유도체화에 적합한 모이어티는 수용성 중합체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 수용성 폴리머의 비제한적 예에는, 비제한적으로, 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 에틸렌 글리콜/프로파일렌 글리콜의 코폴리머, 카복시메틸셀룰로스, 덱스트란, 폴리비닐 알코올, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1, 3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레산 무수물 코폴리머, 폴리아미노산(호모폴리머 또는 랜덤 코폴리머), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로파일렌 글리콜 호모폴리머, 프롤리프로파일렌 옥사이드/에틸렌 옥사이드 코폴리머, 폴리옥시에틸화된 폴리올(예컨대, 글리세롤), 폴리비닐 알코올 및 이들의 혼합물이 포함된다. 폴리에틸렌 글라이콜 프로피온알데하이드는 물 중의 이의 안정성으로 인해 제조에서 이점을 가질 수 있다. 중합체는 임의의 분자량일 수 있고, 분지 또는 비분지될 수 있다. 항체에 부착된 폴리머의 수는 다양할 수 있고, 만일 1 초과 폴리머가 부착되면, 이들은 동일 또는 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 사용된 중합체의 수 및/또는 유형은 개선하고자 하는 항체의 특정한 특성 또는 기능, 항체 유도체가 한정된 조건 하에 치료에 사용되는지 등(이들로 제한되지는 않음)을 포함하는 고려사항에 기초하여 결정될 수 있다.
또 다른 실시형태에서, 방사선에 대한 노출에 의해 선택적으로 가열될 수 있는 항체 및 비단백질성 모이어티의 접합체가 제공된다. 일 구현예에서, 비단백질성 모이어티는 탄소 나노튜브이다 (Kam 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:11600-11605, 2005). 방사선은 임의의 파장일 수 있고, 보통의 세포에 해롭지 않지만, 항체-비단백질성 모이어티에 근위인 세포가 사멸되는 온도에서 비단백질성 모이어티를 가열시키는 파장을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.
f. 면역콘주게이트
본 발명은 또한 하나 이상의 세포독성 약물, 예컨대 화학치료제 또는 약물, 성장 억제성 제제, 독소 (예를 들어, 단백질 독소, 박테리아, 진균, 식물, 또는 동물 기원의 효소 활성 독소, 또는 이의 단편), 또는 방사성 동위원소에 접합된 본 명세서의 항체 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 항-PD-L1 항체, 또는 항-PD-1 항체)를 포함하는 면역접합체를 제공한다.
일 구현예에서, 면역콘주게이트는 항체가 비제한적으로 하기를 포함하는 하나 이상 상의 약물에 콘주게이트되는 항체-약물 콘주게이트 (ADC)이다: 메이탄시노이드(미국특허 번호 5,208,020 및 5,416,064 및 유럽 특허 EP 0 425 235 B1); 아우리스타틴, 예컨대 모노메틸아우리스타틴 약물 모이어티 DE 및 DF(MMAE 및 MMAF)(참고: 미국특허 번호 5,635,483, 5,780,588, 및 7,498,298); 돌라스타틴; 칼리케아미신 또는 이것의 유도체(참고: 미국특허 번호 5,712,374, 5,714,586, 5,739,116, 5,767,285, 5,770,701, 5,770,710, 5,773,001, 및 5,877,296; Hinman 등 Cancer Res. 53:3336-3342, 1993; 및 Lode 등 Cancer Res. 58:2925-2928, 1998); 안트라사이클린, 예컨대 다우노마이신 또는 독소루비신(참고: Kratz 등 Current Med. Chem. 13:477-523, 2006; Jeffrey 등 Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362, 2006; Torgov 등, Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik 등, Bioorg.& Med. Chem. Letters 12:1529-1532, 2002; King 등, J. Med. Chem. 45:4336-4343, 2002; 및 미국미국 특허 번호 6,630,579); 메토트렉세이트; 빈데신; 탁산 예컨대 도세탁셀, 파클리탁셀, 라로탁셀, 테세탁셀, 및 오르타탁셀; 트리코테센; 및 CC1065.
또 다른 구현예에서, 면역콘주게이트는 디프테리아 A 쇄, 디프테리아 독소의 비결합 활성 단편, (슈도모나스 애루기노사(슈도모나스 에어루기노사)로부터의) 외독소 A 쇄, 리신 A 쇄, 아브린 A 쇄, 모덱신 A 쇄, 알파-사르신, 유동(알류라이테스 포르디) 단백질, 디안틴 단백질, 미국 자리공(파이톨라카 아메리카나) 단백질(PAPI, PAPII, 및 PAP-S), 모모르디카 카란티아(모모르디카 차란티아) 억제제, 쿠르신, 크로틴, 사파오나리아 오피시날리스(사파오나리아 오피시날리스) 억제제, 젤로닌, 미토젤린, 레스트릭토신, 페노마이신, 에노마이신, 및 트리코테센을 포함하지만 이에 제한되지 않는 효소 활성 독소 또는 이의 단편에 콘주게이트된 본원에 기재된 바와 같은 항체를 포함한다.
또 다른 구현예에서, 면역콘주게이트는 본원에 기술된 바와 같이, 방사성 원자에 접합되어 방사콘주게이트를 형성하는 항체를 포함한다. 다양한 방사성 동위원소가 방사콘주게이트의 생산을 위해 사용가능하다. 그 예는 At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사성 동위원소.방사콘주게이트가 검출을 위해 사용되는 경우, 이것은 신티그래프 연구를 위한 방사성 원자, 예를 들면 tc99m 또는 I123, 또는 핵자기 공명(NMR) 영상화(자기 공명 영상화, MRI 로도 공지됨)를 위한 스핀 표지, 예를 들면, 아이오딘-123, 아이오딘-131, 인듐-111, 불소-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망간 또는 철을 포함할 수 있다.
항체 및 세포독성제의 콘주게이트는 다양한 이작용성 단백질 커플링제, 예를 들면, N-석신이미딜-3-(2-피리딜디티오) 프로피오네이트(SPDP), 석신이미딜-4-(N-말레이미도메틸) 사이클로헥산-1-카르복실레이트(SMCC), 이미노티올란(IT), 이미도에스테르의 이작용성 유도체(예를 들면, 디메틸 아디프이미데이트 HCl), 활성 에스테르(예를 들면, 디석신이미딜 수베레이트), 알데히드(예를 들면, 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물(예를 들면, 비스(p-아지도벤조일) 헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체(예를 들면, 비스-(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트(예를 들면, 톨루엔 2,6-디이소시아네이트), 및 비스-활성 불소 화합물(예를 들면, 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)을 사용하여 제조될 수 있다. 예를 들어, 리신 면역독소는 Vitetta 등 (Science 238:1098, 1987)에 기재된 바와 같이 제조될 수 있다. 탄소-14-표지된 1-이소티오시아네이토벤질-3-메틸디에틸렌 트리아민펜타아세트산(MX-DTPA)이 항체에의 방사성 뉴클레오티드의 콘주게이션을 위한 예시적인 킬레이트제이다. 참고: WO94/11026. 상기 링커는 상기 세포에서 세포독성 약물의 방출을 용이하게 하는 "쪼개질 수 있는 링커"일 수 있다. 예를 들어, 산-불안정성 링커, 펩티다아제-감수성 링커, 광불안정적인 링커, 디메틸 링커 또는 디설파이드-함유 링커 (Chari 등 Cancer Res. 52:127-131, 1992; 및 미국특허 번호 5,208,020)가 사용될 수 있다.
본 명세서의 면역접합체 또는 ADC는, 명시적으로, 비제한적으로, BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, 설포-EMCS, 설포-GMBS, 설포-KMUS, 설포-MBS, 설포-SIAB, 설포-SMCC, 및 설포-SMPB, 및 SVSB (석신이미딜-(4-비닐설폰)벤조에이트) (이는 예를 들어, Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.A로부터 상업저으로 입수가능함)를 비제한적으로 가교결합제 시약으로 제조된 그와 같은 콘주게이트를 고려한다.
D. 다중- 표적화된 티로신 키나제 억제제
임의의 적합한 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 본 명세서에서 기재된 방법에서 사용될 수 있다. 예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 혈소판-유래된 성장 인자 수용체 (예를 들어, PDGFR-αα, PDGFR-ββ, 및 PDGFR-αβ), VEGF 수용체 (예를 들어, VEGFR1 및 VEGFR2), CD117 (c-Kit), RET, CD114, 및/또는 CD135를 억제할 수 있다. 예시적인 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙 (N-[2-(디에틸아미노)에틸]-5-[(Z)-(5-플루오로-2-옥소-1,2-디하이드로-3H-인돌-3-일리덴)메틸]-2,4-디메틸-1H-피롤-3-카복사미드, SUTENT®, 또는 SU11248 로도 알려지다), SU6656, 모테사닙, 소라페닙 (예를 들어, NEXEVAR® 또는 BAY439006), 악시티닙, 아파티닙, 보수티닙, 크리조티닙, 카보잔티닙, 다사티닙, 엔트렉티닙, 파조파닙, 라파티닙, 및 반데타닙 (ZACTIMA® 또는 ZD6474 로도 알려지다)를 포함한다. 일부 구현예에서, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 VEGFR 억제제이다.
E. 약제학적 제제
본 발명에 따라 사용된 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제의 치료적 제형 (예를 들어, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙, 및 항-PD-L1 항체, 예컨대 아테졸리주맙)는 동결건조된 제형 또는 수용액의 형태로 원하는 정도의 순도를 가지고 있는 길항체를, 선택적인 약제학적으로 허용가능한 캐리어, 부형제, 또는 안정화제와 혼합하여 저장용으로 제조된다. 본 발명에 따라 사용된 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제의 치료적 제형 (예를 들어, 수니티닙)는 또한 동결건조된 제형 또는 수용액의 형태로 원하는 정도의 순도를 가지고 있는 길항체를 선택적인 약제학적으로 허용가능한 캐리어, 부형제, 또는 안정화제와 혼합하여 저장용으로 제조된다. 제형에 관한 일반적인 정보에 대해서는, 예를 들어, 하기를 참고한다: Gilman 등 (eds.)The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8th Ed., Pergamon Press, 1990; A.Gennaro (ed.),Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18th Edition, Mack Publishing Co., Pennsylvania, 1990; Avis 등 (eds.)약제학적 투약 형태:Parenteral Medications Dekker, New York, 1993; Lieberman 등 (eds.)약제학적 투약 형태:Tablets Dekker, New York, 1990; Lieberman 등 (eds.),약제학적 투약 형태:Disperse Systems Dekker, New York, 1990; 및 Walters (ed.)Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), Vol 119, Marcel Dekker, 2002.
허용가능한 캐리어, 부형제, 또는 안정화제는 이용된 투약량 및 농도에서 수령체에게 무독성이고, 완충액 예컨대 포스페이트, 시트레이트, 및 다른 유기 산; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함하는 산화방지제; 보존제 (예컨대 옥타데실디메틸벤질 염화암모늄; 헥사메토늄 염화물; 벤즈알코늄 염화물, 벤즈에토늄 염화물; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 알킬 파라벤 예컨대 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 사이클로헥산올; 3-펜타놀; 및 m-크레졸); 저분자량 (약 10개 미만의 잔기) 폴리펩타이드; 단백질, 예컨대 혈청 알부민, 젤라틴, 또는 면역글로불린; 친수성 폴리머 예컨대 폴리비닐피롤리돈; 아미노산 예컨대 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌, 또는 라이신; 단당류, 이당류, 및 글루코스, 만노스, 또는 덱스트린을 포함하는 다른 탄수화물; 킬레이트제 예컨대 EDTA; 당류 예컨대 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염 형성 반대 이온 예컨대 나트륨; 금속 착물 (예를 들어, Zn-단백질 복합체); 및/또는 비-이온성 계면활성제 예컨대 TWEEN™, PLURONICS™, 또는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG)를 포함한다.
본원에서 제형은 또한 1 초과의 활성 화합물, 바람직하게는 서로 부정적으로 영향을 미치지 않는 상보적 활성을 갖는 것들을 포함할 수 있다. 그와 같은 약제의 유형 및 유효량은, 예를 들면 제형에 존재하는 길항제의 양 및 유형, 그리고 환자의 임상 파라미터에 의존한다.
활성 성분은 또한, 예를 들어, 코아세르베이션 기술 또는 계면 중합에 의해 제조된 마이크로캡슐, 예를 들어, 하이드록시메틸셀룰로오스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타실레이트) 마이크로캡슐, 각각에, 콜로이드성 약물 전달 시스템 (예를 들어, 리포좀, 알부민 미소구체, 마이크로에멀젼, 나노-입자 및 나노캡슐)에 또는 매크로에멀젼에 포집될 수 있다. 그와 같은 기술는 아래에서 개시되어 있다: Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A.Ed., 1980.
서방출성(지속-방출) 제제를 제조할 수 있다. 지속-방출 제제의 적합한 예는 상기 길항제를 함유하는 고체 소수성 폴리머의 반-침투성 매트릭스를 포함하고, 상기 매트릭스는 형상화된 물품, 예를 들어, 필름, 또는 마이크로캡슐의 형태이다. 서방형 매트릭스의 예에는 폴리에스테르, 하이드로겔(예를 들면, 폴리(2-하이드록시에틸-메타크릴레이트), 또는 폴리(비닐알코올)), 폴리락타이드(미국특허 번호 3,773,919), L-글루탐산 및 γ 에틸-L-글루타메이트의 공중합체, 비-분해성 에틸렌-비닐 아세테이트, 분해성 락트산-글라이콜산 공중합체, 예컨대 루프론 데포™(락트산-글라이콜산 공중합체 및 류프롤라이드 아세테이트로 이루어진 주사형 마이크로구형체), 및 폴리-D-(-)-3-하이드록시부티르산이 포함된다.
생체내 투여를 위해 사용될 제형은 멸균되어야 한다. 이는 멸균된 여과 막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성된다.
V. 제조 물품 및 키트
본 발명의 또 다른 양태에서, 개체의 치료, 예방, 및/또는 진단에 유용한 물질을 함유하는 키트 또는 제조 물품이 제공된다.
일부 사례에서, 그와 같은 키트 또는 제조 물품은 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))을 포함하는 항-암 요법으로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 사용될 수 있다. 다른 사례에서, 그와 같은 제조 물품 또는 키트는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 항-암 요법으로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 사용될 수 있다. 그와 같은 제조 물품 또는 키트는 (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 표 1에서 제시된 하나 이상의 유전자, 또는 이들의 임의의 조합 (예를 들어, 표 2-12 중 임의의 하나에서 제시된 임의의 조합)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약 및 (b) VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하거나, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 신장암 (예를 들어, RCC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 시약을 사용하기 위한 지침.
일 양태에서, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A)) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체))를 포함하는 항-암 요업에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 확인하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되고, 상기 키트는 하기를 포함한다: (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37개의) 발현 수준의 결정하기 위한 시약:CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9; 및, 선택적으로, (b) VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 암을 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 시약을 사용하기 위한 지침.
이전의 키트 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의) 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
예를 들어, 이전의 키트 중 임의의 것은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개의) 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 모든 5개의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 2개, 예를 들어, 표 2에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 3개, 예를 들어, 표 3에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1 중 4개, 예를 들어, 표 4에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
일부 구현예에서, 이전의 키트 중 임의의 것은 PD-L1 및 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있고, 상기 하나 이상의 추가의 유전자는 PD-L1 외의 것이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본 키트는 PD-L1 및 하기로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 또는 36개의) 추가의 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9. 일부 구현예에서, 키트는 PD-L1 및 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19개의) CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 추가의 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 다른 구현예에서, 키트는 PD-L1 및 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 다른 구현예에서, 키트는 PD-L1 및 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
이전의 키트 중 임의의 것은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의) 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
이전의 키트 중 임의의 것은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 또는 S100A9 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 2개, 예를 들어, 표 9에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 3개, 예를 들어, 표 10에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 4개, 예를 들어, 표 11에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 5개, 예를 들어, 표 12에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 6개, 예를 들어, 표 13에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 7개, 예를 들어, 표 14에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 8개, 예를 들어, 표 15에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9 중 9개, 예를 들어, 표 16에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및 S100A9의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
일 양태에서, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 암 (예를 들어, 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 확인하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되고 상기 키트는 (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 및, 선택적으로, (b) 혈관신생 억제제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 암을 가지고 있는 대상체를 확인하기 위해 시약을 사용하기 위한 지침.
일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 2개, 예를 들어, 표 5에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 3개, 예를 들어, 표 6에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 4개, 예를 들어, 표 7에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34 중 5개, 예를 들어, 표 8에서 나타낸 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
일부 사례에서, 그와 같은 키트 또는 제조 물품은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 신장암 (예를 들어, RCC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하기 위해 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))을 포함한다. 일부 사례에서, 그와 같은 제조 물품 또는 키트는 추가로, VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A))을 포함하는 항-암 요법을 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 신장암 (예를 들어, RCC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))를 가지고 있는 개체에게 투여하기 위한 지침을 포함하는 포장 삽입물을 포함하고, 상기 환자는 본 명세서에 기재된 방법 및/또는 키트 중 임의의 것에 의해 항-암 요법으로부터 유익할 수 있는 사람으로서 확인된다.
다른 사례에서, 그와 같은 키트 또는 제조 물품은 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 신장암 (예를 들어, RCC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하기 위해 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 신장암 (예를 들어, RCC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하기 위해 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함한다. 일부 사례에서, 그와 같은 제조 물품 또는 키트는 추가로, 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 항-암 요법의 투여용 지침을 포함하는 포장 삽입물을 포함하고, 상기 환자는 본 명세서에 기재된 방법 및/또는 키트 중 임의의 것에 의해 항-암 요법으로부터 유익할 수 있는 사람으로서 확인된다.
다른 사례에서, 그와 같은 키트 또는 제조 물품은암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 신장암 (예를 들어, RCC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하기 위해 암 (예를 들어, 폐암 (예를 들어, NSCLC), 방광암 (예를 들어, UBC), 신장암 (예를 들어, RCC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC))을 가지고 있는 개체를 치료하기 위해PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙 (MPDL3280A), 또는 PD-1 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-1 항체) 단일요법을 포함한다. 일부 사례에서, 그와 같은 제조 물품 또는 키트는 추가로 PD-L1 축 결합 길항제 단일요법의 투여에 대한 지침을 포함하는 포장 삽입물을 포함하고, 여기서 환자는 본 명세서에 기재된 방법 및/또는 키트 중 임의의 것에 의해 항-암 요법으로부터 유익할 수 있는 사람으로서 확인된다.
기재된 임의의 키트 또는 제조 물품은 엄중히 감금하여 하나 이상의 용기 수단 예컨대 바이알, 튜브, 및 동종의 것을 수용하도록 구분된 담체 수단을 포함할 수 있고, 각각의 상기 용기 수단은 본 방법에 사용되어 지는 별개의 요소 중 하나를 포함한다. 제조 물품 또는 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 하이브리드화를 이용하는 경우, 키트는 또한 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오타이드(들)를 함유하는 용기 및/또는 리포터-수단, 예컨대 효소적, 형광, 또는 방사성 동위원소 표지를 포함하는 용기를 가질 수 있다.
일부 사례에서, 제조 물품 또는 키트는 상기에 기재된 용기 및, 완충액, 희석제, 필터, 니들, 주사기, 및 사용 지침이 있는 포장 삽입물을 포함한, 상업적 및 사용자 관점으로부터 바람직한 물질을 포함한 하나 이상의 다른 용기를 포함한다. 표지는 본 조성물이 특이적 적용에 사용되는 것을 나타내도록 용기 상에 제시될 수 있고, 또한 생체내 또는 시험관내 사용을 위한 지시, 예컨대 상기에 기재된 것들을 나타낼 수 있다. 예를 들어, 제조 물품 또는 키트는 추가로 약제학적으로-허용가능한 완충액, 예컨대 주사용 정균 물 (BWFI), 포스페이트-완충 식염수, 링거액, 및 덱스트로스 용액을 포함하는 용기를 포함할 수 있다.
본 명세서에 기재된 키트 또는 제조 물품은 수많은 구현예를 가질 수 있다. 일 사례에서, 키트 또는 제조 물품은 용기, 상기 용기 상의 표지, 및 상기 용기 내에 함유된 조성물을 포함하고, 조성물은 엄격한 조건하에서 본 명세서에서 열거된 유전자 (예를 들어, 표 1에 제시된 유전자, 또는 표 2-12에 제시된 임의의 조합의 유전자)의 보체에 혼성화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하고, 상기 용기 상의 표지는 본 조성물이 샘플에서 본 명세서에서 열거된 유전자 (예를 들어, 표 1에 제시된 유전자, 또는 표 2-12에 제시된 임의의 조합의 유전자)의 존재를 평가하기 위해 사용될 수 있다는 것을 나타내고, 그리고 본 키트는 특정 샘플 유형에서 유전자 RNA 또는 DNA의 존재를 평가하기 위해 폴리뉴클레오타이드(들)를 사용하는 지침을 포함한다.
올리고뉴클레오타이드-기반 제조 물품 또는 키트의 경우, 본 제조 물품 또는 키트는, 예를 들어, 하기를 포함할 수 있다: (1) 올리고뉴클레오타이드, 예를 들어, 단백질을 인코딩하는 핵산 서열에 혼성화하는 검출가능하게 라벨링된 올리고뉴클레오타이드, 또는 (2) 핵산 분자를 증폭하는데 유용한 한 쌍의 프라이머. 제조 물품 또는 키트는 또한, 예를 들어, 완충제, 보존제, 또는 단백질 안정화제를 포함할 수 있다. 제조 물품 또는 키트는 추가로 검출가능한 표지 (예를 들어, 효소 또는 기질)를 검출하기 위해 필요한 성분을 포함할 수 있다. 제조 물품 또는 키트는 또한 분석되고 테스트 샘플에 대해 비교될 수 있는 대조군 샘플 또는 일련의 대조군 샘플들을 함유할 수 있다. 제조 물품 또는 키트의 각각의 성분은 개체 용기 내에 봉입될 수 있고, 모든 다양한 용기는, 키트를 사용하여 수행된 검정의 결과를 해석하는 지침과 함께 단일 패키지 내에 있을 수 있다.
VI. 실시예
하기는 본 발명의 방법의 실시예이다. 상기 제공된 일반적인 설명이 주어지면, 다양한 다른 구현예가 실시될 수 있다.
실시예 1: 재료 및 방법
A. 연구 설계
실시예 1 내지 4에서 기술된 Ib 상 연구의 목표는 이전에 치료되지 않은 진행성 전이성 신장 세포 암종 (mRCC) 환자에게 3 주마다 (q3w) 정맥내 주입에 의해 동시에 투여되는 인간, 단클론성, 조작된 항-VEGF 항체인 베바시주맙과 조합된 항-PD-L1 항체 아테졸리주맙의 안전성 및 내성을 평가하는 것이다. 조사자의 의견으로 환자가 임상적 이득을 경험하는 한 (즉, 질환의 진행에 기인하는 허용될 수 없는 독성 또는 증상의 악화가 없는 경우) 치료가 계속되었다. 가성진행이 의심되거나 혼합된 반응의 증거가 있는 경우, 환자는 조사자의 재량에 따라 연구 치료를 계속 받을 수 있었다. 연구 목적은 베바시주맙과 아테졸리주맙의 투여와 관련된 종양 및 순환 약동학적 마커의 평가 및 치료 조합의 항 종양 활성에 대한 예비 평가를 포함했다.
스크리닝 및 임상 시험에서 안전성 평가 (임상 및 실험실)가 수행되었다. 최종 평가는 마지막 복용 후 30 일까지 이루어졌다. 부작용 (AEs)의 발병률, 특성 및 중증도는 국립 암 연구소 부작용평가 척도(National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events, CTCAE) 버전 4.0에 따라 등급이 매겨졌다.
임의의 평가가능한, 또는 측정가능한 질환이 스크리닝시 문서로 기록되었으며, 각각의 종양 평가시 재평가되었다. 종양 평가는 주기 2, 4, 6, 8, 12 및 16의 말기에 또는 임상적으로 지시된대로 수행하였다. 평가는 약물 투여 주기의 마지막 주 동안, 및 다음 주기의 치료 시작 전에 수행되었다. 질환 진행 이외의 이유로 연구 치료를 중단한 환자는 그 환자가 질환 진행을 경험하거나 추가의 전신 암 요법을 시작하거나, 사망할 때까지 12 주마다 종양 평가를 계속했다.
프로토콜-정의된 용량-제한 독성 (DLT) 기준에는 표준 등급 ≥ 3 또는 4개의 혈액성 및 비-혈액성 독성이 포함되었다. 투약은 베바시주맙의 q3w 용량과 조합 투여된 아테졸리주맙의 2상 권장 용량으로 시작하였으며, 어떠한 DLT도 보고되지 않았다.
B. 환자
이전의 전신 요법을 받지 않은 진행성 또는 전이성 RCC를 가진 환자는 이 Ib 상 연구의 코호트에 참여할 자격이 있었다. 환자는 적어도 18 세이어야 하며; 적절한 혈액 및 말초-장기 기능을 가지고 있어야 하며; 동부 협력 종양학 그룹의 성능 상태가 0 또는 1이어야 했다. 고형 종양의 반응 평가 기준(RECIST)에 따라 질환을 측정할 수 있어야했다. 공지된 1차 중추신경계 (CNS) 악성 종양 또는 증상을 보이는 CNS 전이, 자가 면역 질환의 병력 또는 위험, 또는 인간 면역결핍 바이러스, B형 간염 또는 C형 간염 감염의 병력이 있는 환자는 제외되었다. 또한 연구 시작전 지정된 기간내에 전신 면역자극성 제제 또는 전신 면역억제성 약물로 치료받은 환자뿐만 아니라 항-CTLA-4, 항-PD-1 또는 항-PD-L1 치료 항체 또는 경로-표적 치료제로 사전 치료를 받은 환자도 제외되었다.
연구에 참여한 10명의 환자 중 6명은 후처리 시점 모두에서 충분한 생존가능한 종양 세포를 가진 생검을 산출했다. 6쌍 (즉, 양쪽 치료 시점에서 동일한 환자로부터의 생검) 중, 7개는 신장 병변으로부터 유래되었고, 4개는 복벽/흉벽으로부터 유래되었고, 1개는 폐 병변으로부터 유래되었고, 1개는 림프절로부터 유래되었으며, 및 5개는 개시되지 않은 병변으로부터 유래되었다.
C. PD-L1, CD8 및 MHC -I에 대한 면역조직화학 분석
4 μm 두께의 포르말린-고정된, 파라핀- 포매된 (FFPE) 조직 절편이 디아미노벤지딘에 의한 신호 가시화로, 4.3mg/ml의 농도를 사용하는 자동화된 염색 플랫폼 (기준점; Ventana)에서 항-인간 PD-L1 토끼 단클론성 항체 (클론 SP142; Ventana, Tucson, AZ)로 PD-L1에 대해 염색되었고; 절편은 헤마톡실린으로 대조-염색되었다. PD-L1 발현이 종양 세포 및 종양-침윤 면역 세포 상에서 평가되었다. 종양 세포의 경우, PD-L1-양성 종양 세포의 비율은 종양 세포의 전체 수의 백분율로 추정되었으며; 종양 세포는 전형적으로 세포질 염색의 가변적으로 강한 성분으로 막성 염색을 나타냈다. 소정의 종양 샘플 내의 PD-L1-양성 종양 세포의 분포는 전형적으로 매우 집중적이었으며; 응집하는 고체로서 성장하는 종양에서, PD-L1-양성 종양 세포는 악성 세포와 종양-침윤성 면역 세포를 함유하는 기질 사이의 계면에서 통상적으로 더 많이 관찰되었다. 종양-침윤성 면역 세포의 경우, 종양을 차지하는 PD-L1-양성 종양-침윤 면역 세포의 백분율을 계측하였다. 명확하게 식별가능한 세포질을 갖는 종양-침윤 면역 세포, 예컨대 대식세포 및 수지상 세포는 PD-L1에 대한 막성 염색 패턴을 나타냈다. 이것은 적은 양의 세포질로 작은 림프양 형태의 세포를 결정하는 것이 더 어려웠다. PD-L1-양성 종양-침윤 면역 세포는 전형적으로 종양 덩어리의 주변, 종괴를 해부하는 기질 밴드, 기질 내에 분산된 단일 세포, 또는 종양-침윤성 면역 세포 응집체 내에서 가변적으로-크기의 응집체로 보였다. 시료는, 면적당 세포의 < 1%, ≥ 1% 이지만 < 5%, ≥ 5% 이지만 < 10%, 또는 ≥ 10%가 PD-L1 양성, 각각이면 IHC 0, 1, 2, 또는 3으로서 채점되었다. 다중 샘플을 가진 환자의 PD-L1 IHC 스코어는 최고 스코어를 기반으로 한다. CD8 (클론 SP16 (Epitomics)) IHC는 CC1 항원 회수 및 OMNIMAPTM (Ventana) 검출 기술을 사용하여 Discovery XT 자동염색기 (Ventana)에서 수행되었다.
전체 MHC-I IHC 단계는 벤타나 디스커버리 XT 자동화 플랫폼 (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) 상에서 수행되었다. 섹션은 세포 컨디셔너 1, 표준 시간으로 처리되었고, 그 다음 1:5000 희석으로 37°C에서 60분 동안 일차 항체, MHC 부류 I (EP1395Y, Novus, cat. # NB110-57201)에서 인큐베이션되었다. 결합된 일차 항체는 OMNIMAPTM 항-토끼 HRP 검출 키트, 이어서 DAB (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ)에 의해 검출되었다. 절편을 헤마톡실린 II (Ventana Medical Systems, Tucson, AZ)로 4분간 대조염색한 후, 4분 동안 용액을 블루잉(bluing)한 다음 탈수시키고, 커버-슬립시켰다. 저, 중 및 고 MHC-I을 내인성으로 발현하는 인간 세포 펠릿을 양성 대조군으로 병행하여 사용하였다. 토끼 단클론 항체 (클론 DA1E, 세포 신호전달 기술, Cat#3900S) 이소형 항체를 사용하여 음성 대조군을 수행하였다. 종양 세포에서의 MHC-I 염색은 H-스코어 시스템을 사용하여 채점하였다. 간단히, 종양 세포막의 염색 강도를 각각 무, 저, 중, 또는 고 3,3'-디아미노벤지딘 (DAB) 신호 강도에 상응하는 0, 1, 2 또는 3의 수치로 배정하였다. 전체 종양 면적에 대해, 상이한 염색 강도에서의 세포의 백분율을 시각적인 평가에 의해 결정하였다. 최종 스코어는 막 강도 스코어에 소정의 종양 샘플 내에 존재하는 각각의 집단의 면적 백분율을 하기와 같이 곱함으로써 계산되었다: 1 × (1 + 세포의 %) + 2 × (2 + 세포의 %) + 3 × (3 + 세포의 %) = H 점수. 사례는 2 명의 독립적인 병리학자에 의해 채점되었다. 평점 괄호는 ≤100, 101-200 및 201-300의 점수로 정의되었으며, 일치도는 동일한 괄호 안에 있는 독립적인 스코어로 정의되었다. 임의의 불일치는 사례에 대한 상호 검토시 해결되었다.
D. 이중- 및 삼중-색상 면역조직화학 및 전체 슬라이드 디지털 분석
FFPE 종양 조직의 연속 4 μm의 두께 섹션을 벤타나 벤치마크(Ventana 기준점) XT 또는 벤치마크 울트라 자동화 플랫폼(Ventana Medical Systems; Tucson, AZ)을 사용하여 하기의 자체 개발된 IHC 분석 염색하였다: Ki67/CD8, PDPN/CD34/ASMA, 및 CD163/CD68.
Ki67/CD8 검정에 대해, 섹션은 64분 동안에 세포 컨디셔너 1로 처리되었다. 그 다음 섹션은37°C에서 4분 동안 일차 항체, Ki67에서 인큐베이션되었다 (30-9, RTU, Ventana). 결합된 일차 항체는 OptiView DAB IHC 검출 키트 (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ)에 의해 검출되었다. 후속해서, 슬라이드를 1차 항체 항-CD8 (SP239, 스프링 Biosciences)에서 37℃에서 60 분 동안 1:100으로 희석하여 항온 처리하였다. 결합된 1차 항체를 UltraView Universal AP Red 검출 키트 (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ)에 의하여 검출하였다. 절편을 헤마톡실린 II (Ventana Medical Systems, Tucson, AZ)로 4분간 대조염색한 후, 4분 동안 용액을 블루잉(bluing)한 다음 탈수시키고, 커버-슬립시켰다.
PDPN/CD34/ASMA 검정에 대해, 절편은 세포 컨디셔너 1로 32분 동안 처리하였다. 절편은 그 다음 일차 항체 항-포도플라닌 (D2-40, RTU, Ventana)에서 16분 동안 37℃에서 항온 처리하였다. 결합된 일차 항체를 OptiView DAB IHC 검출 키트 (Ventana Medical Systems; 애리조나주 투손 소재)에 의해 검출하였다. 후속해서, 슬라이드를 1차 항체 항-CD34 (QBEnd/10; RTU, Ventana)에서 37℃에서 16분 동안 항온 처리하였다. 결합된 1차 항체를 iView Blue Plus 검출 키트 (Ventana Medical Systems; 애리조나주 투손 소재)에 의하여 검출하였다. 최종적으로, 슬라이드를 37°C에서 16분 동안 1차 항체 항-평활근 액틴 ("SMActin") (1A4; RTU, Ventana)에서 항온 처리하였다. 결합된 1차 항체를 UltraView Universal AP Red 검출 키트 (Ventana Medical Systems; 애리조나주 투손 소재)에 의하여 검출하였다. 절편을 헤마톡실린 II (Ventana Medical Systems, Tucson, AZ)로 4분간 대조염색한 후, 4분 동안 용액을 블루잉(bluing)한 다음 탈수시키고, 커버-슬립시켰다.
CD163/CD68 검정에 대해, 절편은 세포 컨디셔너 1로 32분 동안 처리하고 일차 항체 항-CD163 (MRQ-26, RTU, Ventana)에서 8분 동안 37℃에서 항온 처리하였다. 결합된 일차 항체를 OptiView DAB IHC 검출 키트 (Ventana Medical Systems; 애리조나주 투손 소재)에 의해 검출하였다. 후속하여, 슬라이드를 37°C에서 8분 동안 1차 항체 항-CD68 (KP-1, RTU, Ventana)에서 항온처리하였다. 결합된 1차 항체를 UltraView Universal AP Red 검출 키트 (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ)에 의하여 검출하였다. 절편을 헤마톡실린 II (Ventana Medical Systems, Tucson, AZ)로 4분간 대조염색한 후, 4분 동안 용액을 블루잉(bluing)한 다음 탈수시키고, 커버-슬립시켰다. 적절한 음성 및 양성 대조군을 공지된 방법에 따라 수행하였다.
전체 슬라이드 기반에서 IHC-염색된 물체를 검출하고 분류하는 알고리즘은 Matlab에 작성되었다. 명시야 염색 비혼합 후, IHC-염색된 물체가 세포 후보로 검출되었다. 모든 세포 후보에 대해 정량적인 특징이 추출되었다. 후보는 그 다음 지도 기계 학습을 사용하여 다양한 세포 부류 (예를 들어 CD8+/Ki67- 세포)로 분류되었다. 분류 방법은 진짜 및 거짓 염색된 물체(병리학자에 의해 제공됨)의 그라운드 진실 갤러리(ground truth gallery)를 사용하여 숙련되었다. 마지막으로, 분류된 세포 및 종양 면적 (디지털 슬라이드 주석을 통해 병리학자에 의해 제공됨)이 보고되고, 병리학 검토를 위해 품질 관리 (QC) 이미지가 생성되었다. 종양 면적에 대한 자동화된 디지털 슬라이드 분석의 결과가 아래와 같이 보고되었다: Ki67-/CD8+ 및 Ki67+/CD8+ 세포 밀도 (mm2 당 세포수), CD68+/CD163+ 및 면적 적용범위 (전체의 종양 면적와 관련된 면적 적용범위)의 CD68+/CD163- 퍼센트, CD34+/αSMA- 및 CD34+/αSMA+ 혈관 밀도 (mm2당 혈관수).
E. FFPE 종양 조직으로부터의 RNA 단리
RNA 단리는 Schleifman 등 (PLoS One 8:e74231, 2014)에 의해 기재된 바와 같이 수행되었다. 간단히, 종양 FFPE 섹션은 신생물성 조직에 대해 풍부하도록 매크로-해부되고 그리고 조직은 종양 세포용해 버퍼 및 프로테이나제 K를 사용하여 용해되어 완벽한 소화 및 핵산의 방출을 허용하였다. RNA는 제조자의 프로토콜에 따라 하이 퓨어 FFPE RNA 마이크로 키트 (로슈 어플라이드 사이언스스, 인디애나주 인디아나폴리스 소재)를 사용하여 단리되었다. 제조자의 프로토콜에 따라 DNA를 QIAAMP® DNA FFPE 조직 키트 (Qiagen, Hilden, Germany)를 사용하여 단리하였다. RNA와 DNA는 분석이 수행될 때까지 280 uC에서 저장했다.
F. 플루이다임 및 나노스트링 발현 분석
유전자-발현 분석은 Schleifman 등 (PLoS One 8:e74231, 2014)에 기재된 바와 같이 BioMark HD™ 실시간 PCR 플랫폼 (플루이다임)을 사용하여 수행되었다. 발현 패널의 모든 TAQMAN® 분석에는 FAM™ 염료-표지된 TAQMAN® 소홈 결합제 (MGB) 프로브가 사용되었으며, 및 4가지 기준 유전자를 포함하여, Life Technologies에서 주문 제작되었거나 구입-설계하였다: SP2, GUSB, TMEM55B 및 VPS33B.네 개의 참조 유전자 (SP2, GUSB, TMEM55B 및 VPS33B)에 대한 Ct 값의 기하학적 중앙이 각 샘플에 대해 계산되었고 그리고 발현 수준은 아래와 같이 델타 Ct (ΔCt)) 방법을 사용하여 결정되었다: Ct (표적 유전자)2지오메디안(GeoMedian) Ct (참조 유전자). 연구 대상 환자 전체의 (면역칩 (iChip)에 의해 측정된) mRNA 발현 수준 중앙값은 높은-발현 대 낮은-발현 범주화를 도출하기 위한 컷오프로 사용되었다. P 값은 t 시험에 의해 계측되었다.
나노스트링(나노스트링) 유전자 발현 데이터는 R/Bio전도체 패키지 "나노스트링QCPro"를 사용하여 처리하였다. 원시 계수는 프로브- 및 레인-특정 배경이 음성 대조군과 블랭크 측정 모두를 기반으로 계산되기 전에 양성 대조군 계수에 의해 조정되었다. 백그라운드 정정 후, 하우스키핑 유전자 발현 (TMEM55B, VPS33B, TBP 및 TUBB)에 의해 카운트가 log2 전환되고, 및 정규화되었다.
G. TCR 서열분석
TCRβ 레퍼토리의 증폭 및 서열분석은 Klinger 등 (PLoS One 8:e74231, 2013)에 의해 기재된 바와 같이 Adaptive Biotechnologies에서 수행되었다.
H. 유동 세포측정
CD3, CD8, HLA-DR 및 Ki-67 발현을 위한 전혈 유세포측정은 확립된 프로토콜에 따라 LabCorp 중앙 연구소에서 수행되었다. 정확성 Bio서비스에서 말초 혈액 단핵 세포 (PBMCs)를 단리하고, 동결보존된 샘플을 프렉탈카인 수용체 발현 분석 및 종양-특이적 T 세포 검출을 위해 Genentech로 운송했다. PBMC를 해동하고, 밤새 휴지시켰으며, 및 HLA-A2 상태를 계측하기 위해 항-HLA-A2-FITC (BB7.2, BD) 및 항-CD45-APC-H7 (2D1, BD)로 세포의 작은 분획을 염색하였다. 잔존 세포를 HLA-A*0201/펩티드 덱스트라머 및 오량체의 혼합물(Immudex 및 Proimmune, 표 18 참조)로 실온에서 10분 동안 염색한 후, 항-CD3-BV510 (UCHTI, Biolegend), 항-CD8-A700 (RPA-T8, BD), 항-CD4-PE-Cy7 (RPA-T4, eBioscience), 항-CD45RA-eVolve605 (HI100, eBioscience), 항-CCR7-BV421 (G043H7, Biolegend), 항-CX3CR1-PerCP-eFluor710 (2A9-1, eBioscience) 및 고정가능한 생존력 염료 eFluor780 (eBioscience)으로 얼음 상에서 30분 동안 염색하였다. 샘플을 FACSDIVATM v8 소프트웨어를 실행하는 BD FACSARIATM에서 데이터 수집 및 분류 전에 2회 세정했다. 50,000 개의 CD8+ T 세포 중 최소 10 개의 덱스트라머-양성 반응이 종양-특이적 반응으로 간주된다. 표 18은 유세포측정에 사용된 덱스트라머의 목록을 보여준다.
Figure pct00029
I. 통계적 분석
아테졸리주맙과 베바시주맙의 1회 용량 이상을 21일 간격으로 정맥내로 투여받은, RCC를 가진 모든 10 명의 환자로부터의 데이터를 기준선 특성과 부작용 비율을 계측하는데 사용했다. 효능은 RECIST v1.1에 따라 평가되었다. 가장 잘 확인된 전체 객관적 반응속도는 조사자-보고된 평가에서 얻었다. 객관적 반응속도 (ORR)는 전체 또는 부분적인 반응의 전체 객관적 반응이 가장 좋은 환자의 수를 기준선 종양 평가를 받은 환자의 총 수로 나눈 값으로 정의된다.
컷오프 일자에 살아 있었고, 질환 진행을 경험하지 않은 환자를 마지막 종양 평가 시점에서 검열하였다. 반응 지속 기간은 카플란 Meier 방법으로 얻었다. 모든 AE, 치료와 관련된 AE, 및 등급 3-4의 AE에 대한 요약은 10명의 모든 환자로부터 제공된다.
실시예 2: 유전자 발현 분석은 베바시주맙 단일요법 및 베바시주맙 및 아테졸리주맙 병용 요법과 관련된 바이오마커를 확인한다
이전에 치료받지 않은 mRCC 환자 10 명에게 C1D1에 대한 단일 용량의 베바시주맙을 투여한 후, C2D1을 시작으로 3주마다 아테졸리주맙과 베바시주맙을 병용 투여하는, 1b상 임상 연구가 수행되었다. 환자 코호트의 기준선 인구 통계는 표 19에 개시되어 있다. RECIST v1.1을 사용한 10 명의 환자 중 4 명에서 부분적인 반응 (PR)이 관측되었고, 반면 추가의 5 명의 환자는 장기적인 안정한 질환(SD)을 가졌다 (도 1 및 2). 이 작은 코호트에서 관측된 임상 활성은 단일 요법으로 이전에 수득된 것보다 높았다. 반응 지속 기간에 도달하지 않았고, 반응 시간 중앙값은 4.2 개월이었다.
Figure pct00030
안전성, 내성 및 임상 활성 외에도 위에서 기재된 Ib상 연구의 핵심 목표 중 하나는 조합 활성의 기전을 평가하는 것이었다. 시험 설계에는 베바시주맙과 병행하여 베바시주맙이 국소 종양 면역 미세환경에 미치는 영향을 구체적으로 조사한 후 아테졸리주맙을 이용한 면역 관문 봉쇄와 병용 요법이 포함되었다. 종양 생검 및 혈액은 치료 전, 베바시주맙 후 15 내지 18 일, 아테졸리주맙 및 베바시주맙 병용 치료가 시작된 후 4 내지 6 주 후에 수집되었다.
베바시주맙 단일요법 또는 병용 요법과 연관된 종양 마커를 확인하기 위해, 유전자 발현 분석은 90 유전자 PCR-기반 플루이다임 패널 및 800 유전자 구입 나노스트링 패널 둘 모두를 사용하여 수행되었다. VEGF 다운스트림 신호전달 활성을 반영하는, 네오-맥관구조와 관련된 유전자는 모든 환자의 치료 시점 모두에서 상당히 감소되어 (도 3), 베바시주맙의 항-혈관형성 활성을 확인하였다. 놀랍게도, 전처리 시점과 베바시주맙 단독 치료 시점을 비교하면, Th1 케모카인 (CXCL9, CXLC10, CXCL11 및 CXCL13) (전처리 수준에 비해 약 0.7배 내지 6.9배 범위), CD8 T-효과기 마커 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG 및 PRF1) (전처리 수준에 비해 약 0.4배 내지 6.2배 범위), 뿐만 아니라 NK 세포 마커 (GZMB, KLRK1 및 SLAMF7) (전처리 수준에 비해 약 0.7배 내지 8.2배 범위)의 유전자 발현이 증가한 것으로 나타났다(도 3). 베바시주맙 치료로 6 명의 환자 중 4 명이 Th1 신호전달과 관련된 유전자 특질의 유의미한 증가를 보였다. 중요하게는, 개별 환자 수준에서, 이들 특질은 VEGF 의존적 특질의 감소 정도로부터 탈락되었다. IHC에 의한 FasL 발현은 RCC을 포함하는 몇 개의 암에서 면역 세포에 대한 잠재적 장벽으로서 기재되었다 (Motz 등 Nat. Med. 20:607-615, 2014). 이 연구에서, 베바시주맙 또는 병용 치료에 의한 FasL 유전자 발현의 일관된 변화는 관측되지 않았다. 전반적으로, 이러한 차이는 베바시주맙 단독 요법이 종양 미세환경에서 가장 중요한 치료-유도된 변화를 반영하는 Th1-관련된 특질을 가진 종양 면역 미세환경의 조절을 초래한다는 것을 나타낸다.
Th1 케모카인 (CXCL9, CXLC10, CXCL11, 및 CXCL13), CD8 T-효과기 마커 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, 및 PRF1), 및 NK 세포 마커 (GZMB, KLRK1, 및 SLAMF7)의 증가된 발현은 베바시주맙과 함께 아테졸리주맙의 투여시 향상되었다 (도 4). Th1 케모카인 서명의 발현 수준은 전치료에 비해 베바시주맙+아테졸리주맙 시점에서2.9- 내지 250.4-배 증가되었고, 그리고 베바시주맙 단독 시점과 비교하여 0.9- 내지 81.8-배 증가되었다. CD8 Teff 서명의 발현 수준은 전치료에 대해 베바시주맙+아테졸리주맙 시점에서0.8- 내지 51.8-배 증가되었고, 그리고 베바시주맙 단독 시점과 비교하여0.3- 내지 17.6-배 증가되었다. NK 세포 서명의 발현 수준은 전치료에 비해 베바시주맙+아테졸리주맙 시점에서 0.7- 내지 7.8-배 증가되었고, 그리고 베바시주맙 단독 시점과 비교하여 0.4- 내지 13.1-배 증가되었다.
실시예 3: 치료중 시점에서의 베바시주맙 단일요법 또는 병용 요법 후의 혈관 및 면역 반응 바이오마커의 특성규명
종양에서 관측된 면역 및 혈관 유전자 발현 변화를 확인하기 위해, 전처리 및 치료중 조직에서의 면역 및 혈관 단백질 발현 변화를 면역조직화학으로 평가하였다. 혈관-내피 세포의 마커인 CD31의 감소가 관측되었다 (도 5 및 6). 알파-평활근 액틴 (αSMA)을 가진 내피 세포의 또 다른 마커인 CD34의 이중 염색은 미성숙한 또는 유변성 혈관 (CD34+/αSMA-)이 주로 베바시주맙 치료에 의해 영향을 받는다는 것을 보여주었으며(도 7 및 8), 다른 공개된 보고서와 일치한다 (참고: 예를 들어, Gasparini 등 Nat. Clin. Pract. Oncol. 2: 562-577, 2005). 내피 세포에서 형태적 변화는 이필루미맙 및 베바시주맙 치료 다음의 전이성 흑색종에서의 발견과 일치하는, 병용 치료에 대해 분명했다 (참고, 예를 들어, Hodi 등 Cancer Immunol. Res. 2: 632-642, 2014). 또한, 미성숙한 혈관에 인접한 4 명의 치료중 환자에서는 CD68+/CD163- 대식세포가 아닌, CD68+/CD163+의 맥락막 국소화가 확인되었으나, 성숙한 혈관에서는 관측되지 않았으며, 이는 베바시주맙 요법에 크게 영향을 받지 않았다 (도 7, 9, 및 10). 이론에 의해 구속되기를 바라지 않으면서, 하나의 잠재적인 설명은 불안정한 혈관에 국한된 대식세포가 베바시주맙에 의해 야기된 염증 및 혈관-유도된 변화에 반응할 수 있다는 것이다. 대식세포는 VEGF를 분비하여 혈관형성을 촉진시키는 것으로 나타났으며(Lamagna 등 J. Leukoc.Biol. 80:705-713, 2006), 그리고 VEGF 전사체 발현은 치료중인 종양에서 상향조절되었다 (도 11).
종양내 CD8+ T 세포 증가는 환자 중 하나를 제외한 모든 환자에서 병용 치료 후에 확연했다 (도 5, 6, 및 12). 그러나, IFN-γ 반응 유전자인 PD-L1의 상향조절은 PR을 입증한 1 명의 환자에서 면역조직화학에 의해서만 검출되었다 (도 5). 반대로 및 예상외로, 베바시주맙과 병용 요법 모두 후에 MHC-I 염색의 수반되는 증가가 관측되었다 (도 5 및 6). 항-VEGF 항체 요법에 의한 MHC-I의 조절은 이전에 기술되지 않았으며, CD8+ T 세포의 증가와 일관되게 연관되지 않았다. 저산소증이 HIF-1α를 통한 증가된 MHC-I 발현과 연관되어 있다는 이전의 연구 결과가 있다 (Ghosh 등 Mol. Cell.Biol. 33:2718-2731, 2013).
병용 요법시 CD8+ T 세포 밀도의 증가가 향상된 종양내 증식 또는 증가된 수송에 기인한 경우를 다루기 위해, 증식 마커 Ki67에 의한 CD8의 이중 면역조직화학 염색이 사용되었다. 치료중에 변화가 없었던 Ki67+/CD8+ 세포와 Ki67-/CD8+ 세포의 비율(도 7, 13, 14a-14c, 15a-15c 및 16a-16c)은, CD8+ T 세포 증가가 향상된 종양내 증식보다는 증식하는 CD8+ T 세포의 증가된 수송 및 침윤으로 인한 것임을 시사한다.
실시예 4: 병용 요법에 따른 항원-특이적 T 세포 반응의 특성규명
종양 내 CD8+ T 세포의 상승이 증가된 수송로 인한 것인지 확인하기 위해, 주변의 세포 집단을 유세포측정으로 표현형 결정했다. 이전에 기술된 RCC 종양 항원 펩티드 (표 18)를 함유하는 HLA-A2 덱스트라머를 사용하여 항원-특이적 T 세포가 환자 혈액내에 존재하는지 여부 및 이들 세포 집단이 치료에 따라 변하는지를 결정하였다. 10 명의 환자 중 단지 2 명의 HLA-A2 양성 환자에서 Dex-APC 채널의 세포가 치료전 시점에서 양성이었다 (도 19). 이 두 환자 중 환자 6만이 종양 내 CD8+ T 세포의 증가를 입증했다. 흥미롭게도, Dex-APC-양성 염색은 환자 6의 후 병용 치료 시점에서 적어도 3배 감소했지만, 종양내 CD8+ T 세포의 증가를 나타내지 않은 환자 2에서는 감소하지 않았다. 이러한 변화는 RCC 항원-특이적 T 세포가 말초에서 종양으로 이동함을 시사할 수 있다.
유전자 발현 데이터는 또한 치료중인 환자의 종양에서 몇 가지 다른 케모카인과 케모카인 수용체가 증가함을 나타냈다 (도 20). 대부분의 유의미한 변화는 염증성 또는 저산소 환경에서 활성화된 내피 세포의 막 상에서 발현되는 것으로 알려진 프렉탈카인 (CX3CL1)로 일어났다 (Szukiewicz 등 Mediators Inflamm. 2013: 437576, 2013; Umehara 등 Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 24:34-40, 2004).
프렉탈카인, CX3CR1에 대한 수용체는, 무장된 CD8+ T 세포 상에서 발현되는 것으로 밝혀졌다 (페르포린+/그란자임 B+) (Nishimura 등 J. Immunol. 168:6173-6180, 2002). 본 연구에서 CX3CR1은 병용 치료 후 주변 CD8+ T 세포에서 상향조절되었다 (도 13). 게다가, 다수의 덱스트라머-양성 세포 (도 19)는 또한 CX3CR1을 발현시켰다 (환자 2 및 6 각각에 대해 84% 및 100%; 도 16). 종양내 프렉탈카인 및 다른 케모카인과 치료중 CD8+ T 세포 상에서의 CX3CR1의 일치성 상향조절은 CD8+ T 세포의 증가된 종양 침윤에 대한 기전을 시사한다.
종양에 대해 T 세포 수용체 (TCR) 서열분석을 수행하고, CD8+ T 세포를 매칭된 PBMC로부터 분류하여, T 세포 레퍼토리의 치료-유도된 변화 및 T 세포의 종양으로의 수송을 조사하였다. 환자 3 및 6에 대한 전처리 및 치료중 TIL로부터의 최상부 클론의 비교는 일부 클론이 치료 중에 유지되었음을 보여 주었다 (도 21a 내지 23c 및 22). 베바시주맙 단독 투여 후 나타나는 클론이 있었지만, 다른 클론은 병용 요법 후에만 나타났다. 치료전에 검출된 클론도 있었으나, 치료중인 종양에서는 발견되지 않았다. 전체적으로, 종양 내 T 세포 조성의 상기 동적 변화는 항-종양 T 세포 반응이 치료 중 진화하고 있음을 시사한다.
분류된 말초 CD8+ T 세포 유래의 TCR 서열의 평가는, 다수의 상부 클론이 전처리 및 치료중 샘플 사이에서 유지되나, 치료중 TIL에 대한 PBMC에서 발견된 클론 사이에 일부 중첩이 또한 존재한다 (도 23a 및 23b). 특히, 종양 내 CD8+ T 세포가 치료 중에 증가하지 않은 환자인 환자 2의 PBMC와 TIL 사이에는 공유된 클론이 없었다. 환자 3 및 6의 경우, PBMC와 TIL 사이의 유사한 빈도로 존재하는 일부 클론이 존재했다. 적응성 공공 클론 데이터베이스 (적응성 공공 클론 데이터베이스)의 폭발로 인해 최상부 PBMC 클론의 일부가 바이러스 항원을 인식하는 것으로 나타났으나, 이들 클론 중 일부만 TIL에서 검출되어, 종양 항원-특이적 T 세포가 종양으로 이동하고 있을 수 있음을 추가로 시사하였다 (도 24). 치료중인 TIL의 최상부 클론의 대다수는 혈액에서 훨씬 낮은 농도로 존재하지만 혈액에서 가장 우세한 클론은 종양에서 검출되지 않는다. 최상부 클론의 상대적인 비율이 TIL에 비해 PBMC에서 유지되지 않기 때문에, 이것은 병용 치료에 의해 유도된 종양의 CD8+ T 세포의 증가가 선택적 수송 기전을 통해 발생함을 시사할 수 있다. 침윤이 편향되지 않고 종양내 항원-특이적 T 세포의 보유도 또한 가능하다.
실시예 5: 수니티닙 단일요법에 비교된 아테졸리주맙 단일요법 및 베바시주맙과 아테졸리주맙 병용 요법에 대한 차별적인 반응의 분자 관련요인
II상 임상 연구인, IMmotion150 (NCT01984242)을 수행하여 이전에 미치료된 전이성 신장 세포 암종 (mRCC)이 있는 환자에서 수니티닙에 비교하여, 아테졸리주맙 단독 또는 베바시주맙과 함께의 안전성 및 내성을 평가하였다. 통합된 종양 게놈 분석을 또한 수행하여 분자 바이오마커를 II상 연구에서 관측된 임상 결과와 상관관계를 입증하였다.
종양-침윤 면역 세포 (IC) 상에서 PD-L1 상태는 항-인간 PD-L1 토끼 단클론성 항체인, SP142를 사용하여 면역조직화학 (IHC)에 의한 II상 IMmotion150 연구에서 평가되었고 동일한 IHC 평점 기준을 사용하여 채점되었다 (종양-침윤 림프구의 IC1/2/3 = ≥ 1%는 PD-L1-양성이고; 종양-침윤 림프구의 IC2/3 = ≥ 5%는 PD-L1-양성임) (n=297). PD-L1 상태는 국제 특허 출원 공개 번호 WO 2016/183326 및 WO 2016/196298에 기재된 바와 같이 평가될 수 있다. 전체의 엑솜 서열분석 (WES)에 의한 돌연변이 평가 및 RNA-Seq (n=263)에 의한 유전자 발현 분석이 또한 수행되었다. 유전자 발현 분석에 대해, 유전자 발현 수준은 T 효과기 및 IFNγ 반응 (Teff) 유전자 (CD8A, IFNG, PRF1, EOMES, 및 PD-L1)에 대해서뿐만 아니라 혈관신생-관련된 (Ang) 유전자 (VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34), 및 골수 염증-관련된 (골수) 유전자 (IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2)에 대해 평가되었다. 낮은 발현 수준 (즉, 평가된 Teff 유전자의 중앙 발현 수준 아래; "Teff 낮은") 및 높은 발현 수준 (즉, 평가된 Teff 유전자의 중앙 발현 수준 이상; "Teff 높은")에서의 Teff 유전자가 독립적인 검토 설비 (IRF) 평가를 통해 RECIST v.1.1 당 진행-없는 생존 (PFS)에 대해 관계하여 평가되었다. 낮은 발현 수준 (즉, 평가된 Ang 유전자의 중앙 발현 수준 아래; "Ang 낮은") 및 높은 발현 수준 (즉, 평가된 Ang 유전자의 중앙 발현 수준 이상; "Ang 높은")에서의 Ang 유전자가 또한 IRF 평가를 통해 RECIST v.1.1 당 PFS에 대해 관계하여 평가되었다. 낮은 발현 수준 (즉, 평가된 골수 유전자의 중앙 발현 수준 아래; "골수 낮은") 및 높은 발현 수준 (즉, 평가된 골수 유전자의 중앙 발현 수준 이상; "골수 높은")에서의 골수 유전자가 또한 IRF 평가를 통해 RECIST v.1.1 당 PFS에 대해 관계하여 평가되었다. 중앙 발현 수준을 결정하기 위해, 제1의 Z-점수가 그룹에서 모든 유전자의 정규화된 발현에 대해 계산되었다. 데이터세트에 걸친 모든 Z-점수의 중앙 수준은 바이오마커 높은 대 바이오마커 낮은 하위그룹을 확인하기 위한 참조 수준으로 사용되었다.
PFS는 수니티닙 단일요법 아암에서의 환자에 대한 PFS에 비하여 아테졸리주맙+베바시주맙 처리 아암에서 PD-L1 IC2/3 및 PD-L1 IC1/2/3 환자에 대해 더 긴 것으로 결정되었다. PFS는 또한 수니티닙 단일요법 아암에서의 환자에 대한 PFS에 비하여 아테졸리주맙 단일요법 아암에서 PD-L1 IC2/3 환자에 대해 더 긴 것으로 결정되었다. 평가된 유전자 발현 수준을 고려할 때, Teff 높은 발현 수준은 PD-L1 IHC와 연관되고 수니티닙 단일요법 아암에서의 환자에 대한 PFS에 비하여 아테졸리주맙+베바시주맙 처리 아암에서 환자에 대한 PFS가 더 긴 것으로 밝혀졌다 (도 31a, 31b, 및 32a-32c). Ang 낮은 발현 수준은 또한 수니티닙 단일요법 아암에서의 환자에 대한 PFS에 비하여 아테졸리주맙+베바시주맙 처리 아암에서의 환자에 대해 개선된 PFS와 연관되는 것으로 밝혀졌다 (도 29a). 다른 한편으로, Ang 높은 발현 수준은 수니티닙 단일요법 아암에서 개선된 임상 활성과 연관되었지만, 아테졸리주맙+베바시주맙 처리 아암에서는 그렇지 않았다 (도 29b 및 30a-30c). 수니티닙 처리 아암에 비하여 아테졸리주맙+베바시주맙 및 아테졸리주맙 처리 아암 둘 모두에 대한 95% 신뢰 구간 (95% CI)을 갖는 PFS 위험 비율 (HR)이 PD-L1 상태, Teff 유전자 발현 수준, 및 Ang 유전자 발현 수준에 따라 비닝된 환자에 대해 표 20에 제공되어 있다. PD-L1 IHC에 관한 표 20에서의 데이터는 계층화되지 않은 HR이다. 전체적인 반응 속도 (ORR)는 유전자 발현 하위그룹에서 PFS와 상관되었다 (도 25). 표 21은 하기를 나타낸다: 계층화된 PFS HR로 PD-L1 상태에 따라 그리고 치료 목적 (ITT) 모집단에서 비닝된 환자에 대한 수니티닙 처리 아암에 비한 아테졸리주맙+베바시주맙 및 아테졸리주맙 처리 아암 둘 모두에 대한 95% CI를 갖는 PFS HR.
Figure pct00031
Figure pct00032
도 26은 RCC 종양에서 혈관신생 및 면역-연관된 유전자의 전사체 맵을 도시한다. 도 26에 도시된 유전자의 발현 수준은 VEGF 길항제 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)를 포함하는 항-암 요법, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))을 포함하는 항-암 요법에 대한 반응을 위한 예측 바이오마커로서 사용될 수 있다. 특히, 혈관신생 (예를 들어, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGLT4, 및/또는 CD34), 면역/항원 전달 (예를 들어, CD8A, CD27, INFG, PD-L1 (CD274), FOXP3, EOMES, GZMA, PFR1, PD-1 (PDCD1), CLTA4, TIGIT, GZMB, IDO1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및/또는 TAP2), 및 골수 염증 (예를 들어, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, IL6, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9)과 연관된 유전자는 VEGF 길항제 (예를 들어, 항-VEGF 항체, (예를 들어, 베바시주맙) 또는 VEGFR 억제제 (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, PD-L1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 예를 들어, 아테졸리주맙) 또는 PD-1 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)를 포함하는 항-암 요법, 또는 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙))))를 포함하는 항-암 요법에 대한 반응을 예측하기 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 CD8A, CD27, INFG, PD-L1 (CD274), FOXP3, EOMES, GZMA, PFR1, PD-1 (PDCD1), CLTA4, TIGIT, GZMB, IDO1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및/또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은, 상기 환자가 아테졸리주맙 및 베바시주맙 (또는 다른 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제)에 의한 치료로부터 유익할 수 있다는 것을 나타낼 수 있다. 일부 사례에서, 그와 같은 환자는 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, IL6, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준을 가질 수 있다. 또 다른 예에서, 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만의 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGLT4, 및/또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은, 상기 환자가 아테졸리주맙 및 베바시주맙 (또는 다른 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제)에 의한 치료로부터 유익할 수 있다는 것을 나타낸다. 추가 예에서, 참조 수준 초과의 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGLT4, 및/또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은, 상기 환자가 수니티닙 (또는 또 다른 혈관신생 억제제 (예를 들어, VEGF 길항제 (예를 들어, VEGFR 억제제, (예를 들어, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 (예를 들어, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙)))))에 의한 치료로부터 유익할 수 있다는 것을 나타낸다. 또 다른 예에서, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, IL6, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, 및/또는 S100A9 중 하나 이상의 발현 수준은, 상기 환자가 아테졸리주맙 및 베바시주맙 (또는 다른 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제)에 의한 치료로부터 유익할 수 있다는 것을 나타낼 수 있다.
아테졸리주맙에 베바시주맙의 첨가 (Atezo+Bev)는 Teff 높은/골수 높은 하위그룹에서 개선된 PFS와 연관되었다 (도 27). Teff 높은/골수 높은 환자에서 감소된 아테졸리주맙 단일요법 1L 활성은 첨가 베바시주맙에 의해 구조될 수 있는 면역 탈출의 잠재적 기전을 시사한다. Teff-관련된 유전자와 독립적으로 골수 유전자는 아테졸리주맙+베바시주맙 처리 아암 내에서 골수 낮은 발현 수준에 골수 높은 발현 수준을 비교할 때 상대적으로 더 나쁜 PFS 결과와 연관되었다 (도 28). 아테졸리주맙+베바시주맙으로부터 PFS의 관점에서 치료 이점은 골수 높은 모집단에서 수니티닙 단일요법과 상이하지 않았지만, 수니티닙 단일요법에 비교하여 골수 낮은 모집단에서는 개선되었다 (도 28).
아테졸리주맙 또는 수니티닙에 대해 진행 후, 아테졸리주맙+베바시주맙에 대한 교차는 IMmotion150 시험 디자인에서 허용되었다 (단, 아테졸리주맙 단일요법에 이은 교차는 유럽에서 허용되지 않았다). 환자 중에서 진행되고 지리학적 위치에 기반하여 자격있는 환자의 77% 및 75%가 각각 1L 수니티닙 또는 아테졸리주맙 후에 교차하였다. 교차 환자는 또한 기준선 종양 미세환경 (TME) 유전자 발현 상태에 의해 분석되었다. 아테졸리주맙에 대한 베바시주맙의 첨가 (Atezo+Bev)에 대해 Teff 높은/골수 높은 하위그룹에서 개선된 PFS에 관하여 유사한 결과의 추세가 관측되었다 (n=8).
요약하면, 이들 연구는 본 명세서에 기재된 바이오마커가 항암 요법 (예를 들어, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법, 또는 다중-표적화된 티로신 키나제)에 대한 환자 반응을 예측하고, 그것의 암에 대해 최적화된 항-암 요법에 대한 환자를 선정하기 위해 사용될 수 있는 것을 입증한다.
실시예 6: 아테졸리주맙 단독으로 또는 베바시주맙 대 수니티닙과 조합:신장 세포 암종에서 무작위 페이스 2 시험에서 차별적인 반응의 효능, 안전성 및 분자 관련요인
이 실시예에서, 페이스 2 IMmotion150 연구의 추가의 일차 임상 결과가 본 명세서에 기재된 바이오마커의 예측의 값을 평가하기 위해 수행된 분자 분석의 결과와 함께 기재된다.
A. 결과
연구 설계 및 효능
이 페이스 2 시험의 일차 목표는 수니티닙과 비교된 아테졸리주맙+베바시주맙 및 아테졸리주맙 단일요법의 효능을 평가하기 위한 것이었다. 아암 당 100 환자의 샘플 크기 및 70% 사건 비가 PD-L1+ 하위그룹뿐만 아니라 치료를 위한 의도 (ITT)에서 효과 크기 (중앙 PFS 및 위험 비율 [HR]을 포함함)의 추정을 위해 적절한 것으로 간주되었다.
본 연구에서의 등록을 위해서는 연구 치료 <12 개월 이전에 획득된 환자로부터의 종양 시료가 필요했다. 조직은 SP142 IHC 검정 (VENTANA, 애리조나주 투손 소재)을 사용하여 중심 실험실에 의한 IC 상에서 PD-L1 발현에 대해 전향적으로 시험되었다. IC 염색은 아래와 같이 정의되었다: 종양 면적의 < 1% 또는 부재, ₃ 1% 내지 < 5% 사이, ≥ 1% 내지 < 5% 사이, ≥ 5% 내지 <10% 사이, 또는 ≥ 10%를 커버링하는 IC에서의 임의의 강도의 임의의 식별할 수 있는 PD-L1 염색.
환자는 2014년 1월 8일부터 2015년 3월 16일까지 본 연구에 등록했다. 이 보고서는 2016년 10월 17일부의 임상 컷오프 일자와 20.7개월의 중앙 생존 후속조치로 데이터의 결과를 반영한다. 모든 무작위화된 환자는 모든 효능 분석을 위해 ITT 모집단 (N = 305)에 포함되었다. 안전성 분석 모집단 (n = 304)에서의 환자는 1회 초과 용량의 연구 약물를 투여받았다. 수니티닙 아암에서의 일 환자는 연구 약물을 투여받기 이전에 동의의 철회에 기인하여 안전성 분석에서 배제되었다 (도 33). 치료의 중단은 아테졸리주맙+베바시주맙 (68.3%)보다 아테졸리주맙 (77.7%) 및 수니티닙 (82.2%)이 더 높았고, 질환 진행이 모든 처리 아암들 중에서 중단에 대한 가장 흔한 이유였다.
환자 인구통계는 안전성 및 ITT 모집단에 대한 처리 아암에 걸쳐 비교할만했다. (표 22).
Figure pct00033
독립적인 검토 설비 (IRF)-평가된 효능 종점은 아래와 같이 요약된다. ITT 모집단에서의 계층화된 분석은 아테졸리주맙+베바시주맙으로 11.7개월 (95% CI, 8.4-17.3) 대 수니티닙으로 8.4개월 (95% CI, 7.0-14.0) (HR 1.00; 95% CI, 0.69-1.45) 및 아테졸리주맙 단일요법으로 6.1개월 (95% CI, 5.4-13.6) (HR 1.19; 95% CI, 수니티닙에 대해 0.82-1.71; 도 34A)의 중앙 무진행 생존 (PFS)을 나타냈다. PD-L1+ 모집단에서, 중앙 PFS는 아테졸리주맙+베바시주맙으로 14.7개월 (95% CI, 8.2-25.1) 대 수니티닙으로 7.8개월 (95% CI, 3.8-10.8) (HR 0.64; 95% CI, 0.38-1.08) 및 아테졸리주맙 단일요법으로 5.5개월 (95% CI, 3.0-13.9) (HR 1.03; 95% CI, 수니티닙에 대해 0.63-1.67; 도 34B)이었다. 객관적인 반응 속도 (ORR)는 아테졸리주맙+베바시주맙, 아테졸리주맙 단일요법, 및 수니티닙으로 각각 32% (7% 완전한 반응 [CR], 25% 부분적인 반응 [PR]), 25% (11% CR, 14% PR) 및 29% (5% CR, 24% PR)였다 (도 34C). PD-L1+ 환자에서, ORR은 아테졸리주맙+베바시주맙, 아테졸리주맙 단일요법, 및 수니티닙으로 각각 46% (12% CR, 34% PR), 28% (15% CR, 13% PR), 및 27% (7% CR, 20% PR)였다 (도 34C). 조사자-평가된 PFS (도 35A 및 35B)와 IRF-평가된 PFS 사이의 일치는 모든 환자에서 77%였으며 연구 아암 사이에 유사했다. 아테졸리주맙+베바시주맙 및 아테졸리주맙 단일요법 대 수니티닙으로 주요 하위그룹에서의 PFS는 도 36A 및 36B에 도시되어 있다. 주목할 점으로, 본 발명자들은 아테졸리주맙+베바시주맙으로 PD-L1의 더 높은 발현을 갖는 개선된 효능 (PFS) 및 ≥ 5%의 PD-L1 컷오프에서 아테졸리주맙 단일요법 대 수니티닙에 대한 추세를 관측했다 (계층화되지 않은 분석; 도 36A 및 36B).
안전성
중단을 초래하는 치료-관련된 유해 사례 (AE)는 아테졸리주맙+베바시주맙 아암에서의 환자 중 9%, 아테졸리주맙 단일요법 아암에서 3%, 및 수니티닙 아암에서 9%에서 발생했다 (표 23).
Figure pct00034
아테졸리주맙+베바시주맙 그룹에서, 단백뇨가 치료 중단을 초래하는 가장 흔한 관련된 AE였다 (5%). 수니티닙으로는, 치료 중단을 초래하는 가장 흔한 관련된 AE는 증가된 혈액 크레아티닌 및 손바닥-발바닥 홍반성감각이상 증후군 (각각 2%)이었다. 아테졸리주맙 단일요법으로는, 신염, 췌장염, 및 탈수초화 (각각 1%)가 치료의 중단을 초래하는 치료-관련된 AE였다. 도 38A 및 38B는 ≥ 5%의 2개의 아암 사이에 발병률에서의 차이를 갖는, 아테졸리주맙+베바시주맙 및 수니티닙 아암, 또는 아테졸리주맙 단일요법 및 수니티닙 아암에서 ≥ 20%의 빈도로 발생하는 전 원인 AE를 나타낸다. 특별히 관심있는 선정 AE가 아래 표 24에 나타나 있고, 임의의 3개 아암에서 환자 중 ≥ 20%에서 발생하는 모든 AE가 표 25에 나타나 있다.
Figure pct00035
Figure pct00036
Figure pct00037
임상 결과의 분자 관련요인
본 발명자들은 RCC에서 질환 및 종양 면역 생물학과 관련된 분자 바이오마커 및 각각의 치료 그룹 내 및 치료 그룹 전체에 걸쳐 임상 결과와의 그것의 연관성을 평가하기 위한 연구를 수행하였다. 바이오마커 하위그룹의 인구통계적 및 기준선 특성은 ITT 모집단에서의 것들과 일반적으로 일치하였다 (표 26).
263개 평가가능한 전처리 종양에서 RCC 및 면역 생물학에 관련된 유전자의 열지도 (도 38A)는 혈관신생 (Angio), 면역 (T-효과기 존재 및 기능, IFN-γ 반응, 관문 억제제, 및 항원 전달을 포함함), 및 골수 염증-연관된 유전자의 상대적인 발현 수준에 기반한 뚜렷한 생물학적 하위그룹을 도시한다. Angio 유전자 서명의 높은 발현 (Angio높은)을 갖는 하위그룹은 CD31 IHC에 의해 평가될 때 상대적으로 더 높은 혈관 밀도에 의해 특징으로 되고 (도 38B), 반면에 T효과기 (Teff) 유전자 서명의 높은 발현 (Teff높은)을 갖는 하위그룹은 기존의 적응성 항종양 면역력을 나타내는 IHC에 의한 IC 상의 PD-L1의 단백질 발현 (도 38C) 및 CD8 T-세포 침윤 (도 38D)과 양성으로 연관된다. 추가로, Teff높은 및 Teff낮은 하위그룹 내의 골수 염증과 연관된 차별적인 유전자의 발현이 관측되어, 이들 종양의 추가의 기능적 하위카테고리를 시사한다 (도 38A). 각각의 처리 아암 내 및 처리 아암들에 걸친 이들 생물학적 하위그룹에서의 임상 결과의 연관성은 표 27에 도시되어 있다. 하기 비교는 더 큰 분석의 서브셋을 나타낸다. HR에 대한 95% CI가 PFS 평가에 대해 1을 넘지 않고 95% CI가 ORR 비교에 대해 비-중첩하는 경우 임상 결과와 바이오마커 연관성이 논의된다
Figure pct00039
높은 혈관신생 종양이 항-혈관신생 요법에 보다 반응성이 있는지를 결정하기 위해, 본 발명자들은 각각의 처리 아암에서 임상 결과와 Angio 유전자 서명의 연관성을 조사했다. 중앙 서명 점수에 기반한 Angio 유전자 서명의 높은 발현은 수니티닙 처리 아암 내에서 개선된 ORR (Angio높은에서 45% 대 Angio낮은에서 10%, 도 38E) 및 PFS (HR 0.31; 95% CI, 0.18-0.55; 도 38E)와 연관되었다. 처리 아암에 걸쳐 평가될 때, 아테졸리주맙+베바시주맙과 수니티닙 아암 사이 또는 아테졸리주맙 단일요법과 수니티닙 아암 사이에서 Angio높은 하위그룹에서 PFS에서의 명백한 차이는 관측되지 않았다 (도 38H). Angio낮은 하위그룹에서, 아테졸리주맙+베바시주맙은 개선된 PFS 대 수니티닙을 실증했다 (HR 0.59; 95% CI, 0.35-0.98; 도 38G).
본 발명자들은 다음에 Teff 유전자 서명의 발현에 의해 확인된 바와 같은 기존의 면역 반응의 존재가 면역요법 함유 레지멘에 대한 임상적 이득과 연관이 있는지를 조사했다. 중앙 서명 점수에 기반된 높은 Teff 유전자 서명 발현은 아테졸리주맙+베바시주맙 아암내에서 개선된 ORR (Teff높은에서 50% 대 Teff낮은에서 16%; 도 38I) 및 PFS (HR 0.50; 95% CI, 0.30-0.86; 도 38J) 대 낮은 Teff 유전자 서명 발현 (도 38J)과 연관되었다. 처리 아암에 걸쳐 비교될 때, 높은 Teff 유전자 서명 발현은 하기로 개선된 PFS와 연관되었다: 아테졸리주맙+베바시주맙 대 수니티닙 (HR 0.55; 95% CI:0.32-0.95, 도 38L).
골수 염증은 항종양 적응성 T 세포 반응의 억제와 연관되었기 때문에, 본 발명자들은 다음에 임상 결과에 대한 골수 염증 서명의 기여를 조사했다. 중앙 서명 점수에 기반한 높은 골수 염증 유전자 서명 발현 (골수높은)은 아테졸리주맙 단일요법 아암 (HR 2.98; 95% CI, 1.68-5.29)에서 그리고, 보다 낮은 정도로, 아테졸리주맙 + 베바시주맙 아암 (HR 1.71; 95% CI, 1.01-2.88)에서 감소된 PFS와 연관되었지만 수니티닙 아암에서는 그렇지 않았다 (표 27). 처리 아암에 걸쳐 비교될 때, 골수높은은 아테졸리주맙 단일요법 대 수니티닙으로 더 나쁜 PFS (HR 2.03; 95% CI, 1.21-3.40)와 연관되었다; 그러나, 이것은 아테졸리주맙+베바시주맙 대 수니티닙 사이에서는 관측되지 않았다 (표 27).
아테졸리주맙+베바시주맙 대 수니티닙의 임상 활성 간을 구별하는 유전자 발현 서명의 평가에 부가하여, 본 발명자들은 아테졸리주맙+베바시주맙 대 아테졸리주맙 단일요법의 활성을 차별화할 수 있는 유전자 발현 프로파일을 조사했다. Teff, Angio, 또는 골수 염증 (골수) 유전자 발현 서명은 각각의 양분된 발현 하위그룹에 걸쳐 평가될 때 아테졸리주맙+베바시주맙 대 아테졸리주맙 단일요법의 활성을 차별화하지 않는다 (표 27). 3개 유전자 서명의 열지도 (도 38A)는 mRCC 종양의 염증성 (Teff높은) 카테고리 내에 골수높은 종양의 뚜렷한 모집단을 나타냈다. 본 발명자들은 Teff높은 종양의 이 하위그룹 내에 골수 염증의 존재가 3개 요법으로 임상 결과에 영향을 받았는지를 조사했다. 아테졸리주맙 단일요법은 Teff높은골수낮은 종양과 비교하여 Teff높은골수높은 종양에서 더 나쁜 활성을 가졌다 (HR 3.82; 95% CI, 1.70-8.60; 표 27). 처리 아암에 걸쳐 비교될 때, 아테졸리주맙+베바시주맙은 아테졸리주맙 단일요법과 비교하여 개선된 PFS를 나타냈다 (HR 0.25; 95% CI, 0.10-0.60; 도 38N). PFS에서의 명백한 차이는 Teff높은골수낮은 하위그룹에서 아테졸리주맙+베바시주맙과 아테졸리주맙 단일요법 사이에서 관측되지 않았다 (도 38M).
B. 토의
본 발명자들이 아는 바로는, IMmotion150은 mRCC가 있는 치료-미접촉 환자에서 항-혈관신생 제제 및 면역 관문 억제제의 조합의 임상 활성을 평가하기 위한 제1의 무작위화된 연구이다. 이것은 PD-L1/PD-1 억제제 단일요법 아암의 포함에 의해 치료되지 않은 mRCC에서 체크포인트 억제를 조사하는 다른 진행중인 무작위화된 시험과는 구별된다. 아테졸리주맙+베바시주맙의 조합은 IC의 ≥ 1%로 PD-L1을 발현하는 종양이 있는 환자 (등록된 환자의 54%)의 하위그룹에서 가장 통상적으로 적용되는 신장 암 요법인 수니티닙과 비교하여 고무적인 효능을 생성하였다. 이 발견은 무작위 페이스 3 연구 (IMmotion151, NCT02420821)에서 추가로 평가될 것이다. 아테졸리주맙은 또한 단일 제제로 투여될 때 항종양 활성을 실증하였고 잘 용인되었다. 특히, 완전한 반응을 포함하여, 아테졸리주맙 단일요법으로 관측된 높은 반응 속도는 절제된 고위험 RCC가 있는 환자에 대한 보조 설정에서를 포함하여 그것의 임상 효능을 지지한다 (IMmotion010, NCT03024996). 아테졸리주맙+베바시주맙 아암 및 아테졸리주맙 단일요법 아암에서의 안전성은 각각의 약물 단독에 대한 이전의 데이터와 일치하였고, 치료 중단을 초래하는 AE는 낮았다.
아테졸리주맙 함유 아암 둘 모두에 걸친 PD-L1 IC 발현의 수준 증가에 따른 효능을 증가하는 일관된 경향은 mRCC에서 수니티닙으로부터 아테졸리주맙 및 아테졸리주맙+베바시주맙의 활성을 구별하기 위한 기존 면역력의 관련성을 강조한다. 이것은 베바시주맙이 면역원성 종양에서 항종양 활성을 고양하는 것으로 나타난 아테졸리주맙+베바시주맙 아암에서 특히 그렇다 (도 38N). IC 상에서 PD-L1 발현의 예측적 관련성은 IHC에 의해 결정된 PD-L1 IC와 Teff 면역 유전자 서명과의 강한 상관관계에 의해 더욱 뒷받침된다 (도 38C). 이들 데이터는 mRCC가 있는 치료 미접촉 환자에서 PD-L1 IHC 및/또는 면역 유전자 발현 서명-기반 진단 또는 강화 전략을 뒷받침한다.
3개 치료 그룹에 걸친 차별적인 활성의 결정인자를 추가로 확인하기 위해, 본 발명자들은 본 발명자들이 연구된 치료 레지멘에 대한 반응에서의 역할을 가정한 3가지 생물학적 축을 조사하였다: 종양 혈관신생, 기존의 면역력, 및 면역억제성 골수 염증.수니티닙 효능은 높은 혈관신생 종양 (Angio높은)에서 풍부하였다 (도 38F). 아테졸리주맙+베바시주맙의 조합은 Teff높은 종양에서 수니티닙과 비교하여 임상 이득을 개선했다 (도 38L). 아테졸리주맙 단일요법은 기존의 면역력 및 상대적으로 더 낮은 발현의 골수 염증-연관된 유전자 (Teff높은골수낮은)를 갖는 종양에서 효과적이었지만, 동시에 높은 골수 염증 (Teff높은골수높은)을 갖는 면역원성 종양에서는 덜 효과적이었다. 높은 발현의 IL-6, 프로스타글란딘, 및 CXCL8 계열의 케모카인과 연관된 골수 염증은 종양에 골수-유래된 억제 세포 (MDSC)의 축적 및 항종양 면역력의 억제에 연루되었고, VEGF/VEGF 수용체 차단은 전임상 종양 모델과 인간 암에서 종양 및 혈액 내 MDSC를 감소시키는 것으로 밝혀졌다. 면역-억제된 Teff높은골수높은 하위그룹에서 아테졸리주맙 단일요법과 비교하여 아테졸리주맙+베바시주맙과 연관된 개선된 임상 결과 (도 38N, 표 27)는 아테졸리주맙에 베바시주맙의 부가가 이들 종양에서 선천적인 염증-매개된 내성을 극복할 수 있다는 것을 시사한다. 이 연구에서 확인된 분자 하위그룹은 VEGF 발현이 종양 면역억제에 기여할 수있는 암의 스펙트럼에 걸친 항-혈관신생 및 관문 억제제 기반 요법의 적용에 대해 잠재적으로 넓은 관련성을 갖는 차별적 특성을 가질 것으로 기대된다. 현저히, NSCLC에서 아테졸리주맙+베바시주맙과 조합하여 화학요법을 조사한 최근 연구는 화학요법 및 베바시주맙 단독에 대하여 개선된 효능을 보고했다. 아테졸리주맙+베바시주맙의 조합이 또한 간세포 암종, 위, 및 난소암에서의 평가하에 있다 (각각 NCT02715531, NCT02715531, 및 NCT03038100).
전반적으로, IMmotion150으로부터의 데이터는 아테졸리주맙+베바시주맙이 수니티닙과 비교하여 기존의 항종양 면역력 (높은 Teff 점수 및 PD-L1 IC 발현에 의해 결정됨)으로 환자에서 PFS 이점을 특히 고양할 수 있다는 것을 나타낸다. 또한, 신장암의 생물학에 대한 우리의 이해를 넓히고 수니티닙, 아테졸리주맙 또는 아테졸리주맙+베바시주맙의 조합으로부터 이점을 얻는 환자 모집단을 식별하는 포괄적인 바이오마커 분석은 mRCC가 있는 환자에서 개인화된 요법을 가능하게 할 수 있다. 게다가, 본 발명자들의 발견은 베바시주맙의 부가에 의해 극복될 수 있는 mRCC에서 아테졸리주맙 단일요법에 대한 선천적인 저항의 잠재적인 기전으로 골수 염증을 식별한다.
C. 방법
연구 설계 및 결과
IMmotion150은 아테졸리주맙+베바시주맙 대 수니티닙, 및 아테졸리주맙 단일요법 대 수니티닙의 안전성을 평가하고 이들의 활성의 예비 증거를 제공할뿐만 아니라 페이스 3 시험의 연구 설계를 통지하도록 설계된 96개 기관에서 수행된 페이스 2, 다중중심, 무작위화된, 개방 라벨 연구이다 (IMmotion151; NCT02420821). 샘플 크기는 아암당 대략 100명 환자였고, 70% 사건 비가 ITT 및 PDL1+ 하위그룹에서 효과 크기 (중앙 PFS 및 HR을 포함함)의 추정에 적절한 것으로 간주되었다. 그러나, 이 시험은 5%의 통계적으로 상당한 α (유형 I) 오류 수준에서 치료 아암 간의 임상적으로 유의미한 차이를 검정하기에 충분한 검정력을 갖지 못할 것이다. 예를 들어, 2개 비교기 아암에서 140개 사건으로는, 5% 유의 수준에서 HR = 0.7을 검출하는데 단지 56% 검출력만 있다.
최초 일차 종점은 ITT 모집단에서 IRF를 통해 고형 종양 버전 1.1에서 반응 평가 기준 (RECIST v1.1) 당 PFS였다. 비록 환자는 IC 상의 ≥ 5% PD-L1 발현에 의해 계층화되었지만, PD-L1 양성율의 정의는 페이스 1a 데이터에 기반하여 IC 상의 ≥ 5%에서 ≥ 1% PD-L1 발현으로 수정되었고, IRF-평가된 PFS의 공동일차 종점으로 연구 프로토콜은 IC 상의 PD-L1 발현을 생성하도록 개정되었다. 이 개정은 처리 아암 사이에서 PD-L1+ 환자의 수에서의 약간의 불균형에 기여했을 가능성이 있다 (수니티닙, 59%; 아테졸리주맙, 52%; 아테졸리주맙+베바시주맙, 50%; 표 22). 이차 종점은 RECIST v1.1 당 조사자 (INV)-평가된 PFS, ORR, 및 반응 기간 (DOR), 전체 생존 (OS), 환자-보고된 결과, 및 안전성을 포함했다. 주요 탐구의 목적은 예측의 표시와 예후 탐구의 바이오마커 사이의 관계 및 ORR과 PFS에 의해 정의된 질환 상태 및 효능과 그것의 연관성의 평가를 포함했다. 모든 데이터는 달리 언급되지 않는 한 IRF 평가에 따라 보고된다.
참가자
자격있는 환자는 ≥ 18세였고, 카노프스키 성능 점수 ≥ 70을 가졌고, 이전에 RCC에 대한 임의의 전신 제제로 치료되지 않은 명확한 세포 조직학 및/또는 육종양 조직학의 성분을 갖는 mRCC을 가졌거나 절제불가능하게 진행했다. 환자는 적절한 혈액성 및 말단-장기 기능을 갖도록 요구되었다. 환자는 알려진 활성 뇌 또는 척수 전이, 조절되지 않는 늑막/심장주위 삼출 또는 복수, 또는 조절되지 않는 고칼슘혈증이 있는 경우 배제되었다.
무작위화 및 마스킹
서면의 고지에 의한 동의를 얻고 적격성이 결정된 후, 연구 부위는 상호작용 음성/웹 응답 시스템 (IxRS)으로부터 각각의 환자의 식별 번호와 치료 배정을 얻었다. 무작위화 시점에서 계층화 인자는 하기를 포함했다: Memorial Sloan Kettering 암 센터 (MSKCC) 위험 카테고리 (낮은, 중간, 또는 높은 위험) (Motzer 등 J. Clin. Oncol.17:2530-2540, 1999), 기존 신장절제 (그렇다 또는 아니다), 및 PD-L1 상태 (IC 상에서 ≥ 또는 < 5% PD-L1 발현)로 SP142 검정을 사용한 IHC 염색에 의해 결정됨.3 처리 아암: 아테졸리주맙+베바시주맙, 아테졸리주맙, 또는 수니티닙 중 하나에 1:1:1 비로 환자를 할당하기 위해 계층화된 순열 블록 무작위화가 사용되었다. 연구는 개방 라벨이고 할당은 마스킹되지 않았다.
절차
연구 치료는 아테졸리주맙 1200 mg 고정된 정맥내 용량 + 베바시주맙 15 mg/kg 매 3주, 아테졸리주맙 1200 mg 고정된 정맥내 용량 매 3주, 또는 수니티닙 50 mg/1일 경구로 4주 동안 이어서 2주의 휴식으로 구성되었다. 질환 진행 중에 (RECIST v1.1에 따라 조사자에 의해 평가됨), 아테졸리주맙 단일요법 또는 수니티닙으로 무작위화된 환자는 일부 지역에서 아테졸리주맙+베바시주맙 조합을 교차하여 투여 받을 수 있는 선택을 가졌다 (선택은 유럽에서는 이용불가능하였다). 허용될 수 없는 독성의 부재에서, 조합으로의 치료는 진행성 질환의 증거가 있을때까지 계속되었다. 허용된 경우, 환자 아테졸리주맙-함유 아암은 하기를 넘어 치료가 지속될 수 있다: RECIST v1.1에 따른 질환 진행으로 임상 이득이 없을 때까지; 비-유럽 국가에서 환자는 하기 후의 임의의 시간에서 아테졸리주맙+베바시주맙 요법에 대해 교차할 수 있었다 RECIST v1.1에 따른 질환 진행, 제공된 모든 적격성 기준이 충족됨.
연구 동안, 각각의 사이클은 6주 (42일) 기간이었고, 그리고 종양 측정 및 생존 상태에 대한 데이터가 RECIST v1.1에 따른 PFS의 평가, 이정표 PFS (24, 52, 및 76주에서), OS, 및 ORR에 대해 수집되었다. 종양 평가는 기준선 및 주기 1 후 매 12주 ± 5 영업일, 1일째, 또는 임상적으로 지시된 경우 보다 빈번하게 수행되었다. 1차 치료 또는 교차 치료가 중단된 환자는 사망, 동의 철회, 후속조치에 대한 상실, 또는 연구 종결까지 대략 3 개월마다 생존에 대해 추적되었다. 질환 진행이외의 이유 (예를 들어, 독성)로 연구 치료를 중단한 환자는 사망, RECIST v1.1에 따른 질병 진행, 동의 철회 또는 연구 종료로, 이들 중 먼저 발생하는 것이 있을 때까지 계획된 종양 평가 (12주마다)를 계속 수행했다.
통계적 분석
각각의 처리 아암에 대한 중앙 PFS를 평가하기 위해 카플란-마이어 방법론이 사용되었고, 카플란-마이어 곡선이 생성되었다. 주분석은 아테졸리주맙+베바시주맙 및 수니티닙으로 치료된 환자 중에 또는 아테졸리주맙 단독 및 수니티닙으로 치료된 환자 중에 140 INV-PFS 사건이 발생할 때로, 이들 중 나중에 발생할때 유발되었다. HR 추정치 및 그것의 95% CI는 계층화된 Cox 비례 위험 모델을 사용하여 결정되었다. 계층화 인자는 이전 신장절제, 종양 PD-L1 상태, 및 MSKCC 점수를 포함하였고, 전자 사례 보고 양식으로부터의 데이터에 기반하여 결정되었다; 그와 같은 데이터가 누락된 경우 무작위화 시점에 IxRS에 의해 수집된 데이터가 사용되었다. 종양 시료는 SP142 IHC 검정 (VENTANA, 애리조나주 투손 소재)을 사용하여 중심 실험실에 의해 IC 상의 PD-L1 발현에 대해 전향적으로 시험되었다. IC 염색은 아래와 같이 정의되었다: 종양 세포, 연관된 종양내, 및 인접 종양주위 결합조직형성 기질에 의해 점유된 종양 면적의 ≤ 1% 또는 부재 (IC0), ≥ 1% 내지 ≤ 5% 사이 (IC1), ≥ 5% 내지 ≤10% 사이 (IC2), 또는 ≥ 10% (IC3)를 커버링하는 IC에서의 임의의 강도의 임의의 식별할 수 있는 PD-L1 염색.
유전자 발현 분석
전체의 전사체 프로파일은 TRUSEQ® RNA Access 기술 (ILLUMINA®)을 사용하여 263명 환자에 대해 생성되었다. RNAseq 판독은 먼저 리보솜 RNA 서열에 대해 정렬되어 리보솜 판독을 제거하였다. 나머지 판독은 GSNAP 버전 2013-10-10을 사용하여 인간 참조 게놈 (NCBI Build 38)에 대해 정렬되어 (Wu 등 Bioinformatics 26:873-881, 2010; Wu 등 Methods Mol. Biol. 1418:283-334, 2016), 75 염기 서열당 최대 2개 미스매치를 허용했다 (파라미터:‘-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1 --pairmax-rna=200000 --clip-overlap). 유전자 발현 수준을 정량하기 위해, 각각의 RefSeq 유전자의 엑손에 맵핑된 판독의 수가 R/생물전도체 패키지 GenomicAlignments에 의해 제공된 기능을 사용하여 계산되었다 (Lawrence 등 PLoS Comput. Biol. 9:e1003118, 2013).
유전자 서명은 아래와 같이 정의되었다: Angio:VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34; Teff:CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 CD274; 골수 염증 (골수): IL-6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2.
각각의 이들 서명에 대한 점수를 계산하기 위해, edgeR’s 정규화 인자를 사용하여 계수를 먼저 정규화하였고, 이어서 낮은 적용범위 (즉, 이용가능한 샘플 중 적어도 10분의 1에서 0.25 CPM (백만당 계수)에 못미침) 및 리마의 붐을 사용한 log2 전환으로 유전자를 필터링하였다 (Ritchie 등 Nucleic Acids Res. 43:e47, 2015). 각각의 샘플에 대해, 주어진 서명에서 모든 유전자의 평균 발현이 그런 다음 계산되어, 샘플의 서명 점수로 보고되었다. 각각의 유전자 서명에 대해, 환자는 모든 종양의 중앙 유전자 서명 점수에 기초하여 2개 그룹으로 분할되었다: 높은 유전자 서명 발현은 중앙 수준 이상 발현으로 정의되었고 유전자 서명 발현은 중앙 아래 발현으로 정의되었다.
열지도 (도 38A)의 경우, 각각의 환자는 하기 모든 3개 유전자 발현 서명에 대해 높은 또는 낮은 그룹에 위치되었다: Angio, Teff 및 골수 (상기에 기재된 바와 같이 중앙 발현에 기반함). 후속으로, 환자는 이들 3개 그룹의 조합으로 분류되었다: 먼저 Teff높은, Angio낮은 환자가 골수 낮은/높은으로 분류되어 도시되었고; 그 다음 Teff높은, Angio높은 환자가 골수 높은/낮은으로 분류되어 도시되었고; 그 다음 Teff낮은, Angio높은 환자가 골수 낮은/높은으로 분류되어 도시되었고; 마지막으로, Teff낮은, Angio낮은 환자가 골수 높은/낮은으로 분류되어 도시되었다. 또한, 생물학적 기능에 기반하여 유전자의 순서가 사전결정되었다. Z-점수 전환된 정규화된 계수가 도시되어 있다.
바이오마커 연관성 분석
연속적 가변성과 2원 특성 사이의 연관성을 시험하기 위해 (예를 들어, 도 38B 및 38D), 2-테일드 t 시험이 사용되었다. 달리, 2 초과의 수준으로 연속적 가변성과 카테고리의 가변성 사이의 연관성을 시험하기 위해 (예를 들어, 도 38C), 가능성 비 테스트 P 값이 ANOVA를 사용하여 계산되었다. 2 연속적 변수 사이의 연관성을 시험하기 위해, 피어슨 상관 계수가 계산되었다.
보고된 모든 P 값은 단지 설명적 목적을 위한 것이며 여러 시험을 하기 위해 조정되지 않았다. 임상 결과와 바이오마커 연관성은 HR에 대한 95% CI가 PFS 평가를 위해 1을 넘지 않고 95% CI가 ORR 비교에 대해 중첩하지 않는 경우 상기에 추가로 논의되었다.
VII. 기타 실시형태
비록 전술한 발명이 이해의 명확함을 위해 예시 및 실시예로서 일부 상세히 기재되었지만, 설명 및 실시예는 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다. 본원에서 인용된 모든 특허 및 과학적 문헌의 개시내용은 명확히 그 전체가 참고로 편입된다.
<110> Genentech, Inc. F. Hoffmann-La Roche AG <120> DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC METHODS FOR CANCER <130> 50474-164WO4 <150> US 62/572,979 <151> 2017-10-16 <150> US 62/514,680 <151> 2017-06-02 <150> US 62/465,547 <151> 2017-03-01 <160> 82 <170> KoPatentIn version 3.0 <210> 1 <211> 1975 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 1 acuuuccccc cucggcgccc caccggcucc cgcgcgccuc cccucgcgcc cgagcuucga 60 gccaagcagc guccugggga gcgcgucaug gccuuaccag ugaccgccuu gcuccugccg 120 cuggccuugc ugcuccacgc cgccaggccg agccaguucc gggugucgcc gcuggaucgg 180 accuggaacc ugggcgagac aguggagcug aagugccagg ugcugcuguc caacccgacg 240 ucgggcugcu cguggcucuu ccagccgcgc ggcgccgccg ccagucccac cuuccuccua 300 uaccucuccc aaaacaagcc caaggcggcc gaggggcugg acacccagcg guucucgggc 360 aagagguugg gggacaccuu cguccucacc cugagcgacu uccgccgaga gaacgagggc 420 uacuauuucu gcucggcccu gagcaacucc aucauguacu ucagccacuu cgugccgguc 480 uuccugccag cgaagcccac cacgacgcca gcgccgcgac caccaacacc ggcgcccacc 540 aucgcgucgc agccccuguc ccugcgccca gaggcgugcc ggccagcggc ggggggcgca 600 gugcacacga gggggcugga cuucgccugu gauaucuaca ucugggcgcc ccuggccggg 660 acuugugggg uccuucuccu gucacugguu aucacccuuu acugcaacca caggaaccga 720 agacguguuu gcaaaugucc ccggccugug gucaaaucgg gagacaagcc cagccuuucg 780 gcgagauacg ucuaacccug ugcaacagcc acuacauuac uucaaacuga gauccuuccu 840 uuugagggag caaguccuuc ccuuucauuu uuuccagucu uccucccugu guauucauuu 900 ucaugauuau uauuuuagug ggggcggggu gggaaagauu acuuuuucuu uauguguuug 960 acgggaaaca aaacuaggua aaaucuacag uacaccacaa gggucacaau acuguugugc 1020 gcacaucgcg guagggcgug gaaaggggca ggccagagcu acccgcagag uucucagaau 1080 caugcugaga gagcuggagg cacccaugcc aucucaaccu cuuccccgcc cguuuuacaa 1140 agggggaggc uaaagcccag agacagcuug aucaaaggca cacagcaagu caggguugga 1200 gcaguagcug gagggaccuu gucucccagc ucagggcucu uuccuccaca ccauucaggu 1260 cuuucuuucc gaggccccug ucucagggug aggugcuuga gucuccaacg gcaagggaac 1320 aaguacuucu ugauaccugg gauacugugc ccagagccuc gaggagguaa ugaauuaaag 1380 aagagaacug ccuuuggcag aguucuauaa uguaaacaau aucagacuuu uuuuuuuuau 1440 aaucaagccu aaaauuguau agaccuaaaa uaaaaugaag uggugagcuu aacccuggaa 1500 aaugaauccc ucuaucucua aagaaaaucu cugugaaacc ccuacgugga ggcggaauug 1560 cucucccagc ccuugcauug cagaggggcc caugaaagag gacaggcuac cccuuuacaa 1620 auagaauuug agcaucagug agguuaaacu aaggcccucu ugaaucucug aauuugagau 1680 acaaacaugu uccugggauc acugaugacu uuuuauacuu uguaaagaca auuguuggag 1740 agccccucac acagcccugg ccuccgcuca acuagcagau acagggauga ggcagaccug 1800 acucucuuaa ggaggcugag agcccaaacu gcugucccaa acaugcacuu ccuugcuuaa 1860 gguaugguac aagcaaugcc ugcccauugg agagaaaaaa cuuaaguaga uaaggaaaua 1920 agaaccacuc auaauucuuc accuuaggaa uaaucuccug uuaauauggu guaca 1975 <210> 2 <211> 235 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu 1 5 10 15 His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr 20 25 30 Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser 35 40 45 Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala 50 55 60 Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu 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gaacucaucc aagugauggc ugaacugucg 540 ccagcagcua aaacagggaa gcgaaaaagg agucagaugc uguuucaagg ucgaagagca 600 ucccaguaau gguuguccug ccugcaauau uugaauuuua aaucuaaauc uauuuauuaa 660 uauuuaacau uauuuauaug gggaauauau uuuuagacuc aucaaucaaa uaaguauuua 720 uaauagcaac uuuuguguaa ugaaaaugaa uaucuauuaa uauauguauu auuuauaauu 780 ccuauauccu gugacugucu cacuuaaucc uuuguuuucu gacuaauuag gcaaggcuau 840 gugauuacaa ggcuuuaucu caggggccaa cuaggcagcc aaccuaagca agaucccaug 900 gguugugugu uuauuucacu ugaugauaca augaacacuu auaagugaag ugauacuauc 960 caguuacugc cgguuugaaa auaugccugc aaucugagcc agugcuuuaa uggcauguca 1020 gacagaacuu gaauguguca ggugacccug augaaaacau agcaucucag gagauuucau 1080 gccuggugcu uccaaauauu guugacaacu gugacuguac ccaaauggaa aguaacucau 1140 uuguuaaaau uaucaauauc uaauauauau gaauaaagug uaaguucaca acu 1193 <210> 8 <211> 166 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 8 Met Lys Tyr Thr Ser Tyr Ile Leu Ala Phe Gln Leu Cys Ile Val Leu 1 5 10 15 Gly Ser Leu Gly Cys Tyr Cys Gln Asp Pro Tyr Val Lys Glu Ala Glu 20 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gguccugaaa uuacuuugca accugacaug 1980 cagcccacug agcaggagag cgugucuuug uggugcacug cagacagauc uacguuugag 2040 aaccucacau gguacaagcu uggcccacag ccucugccaa uccauguggg agaguugccc 2100 acaccuguuu gcaagaacuu ggauacucuu uggaaauuga augccaccau guucucuaau 2160 agcacaaaug acauuuugau cauggagcuu aagaaugcau ccuugcagga ccaaggagac 2220 uaugucugcc uugcucaaga caggaagacc aagaaaagac auugcguggu caggcagcuc 2280 acaguccuag agcguguggc acccacgauc acaggaaacc uggagaauca gacgacaagu 2340 auuggggaaa gcaucgaagu cucaugcacg gcaucuggga aucccccucc acagaucaug 2400 ugguuuaaag auaaugagac ccuuguagaa gacucaggca uuguauugaa ggaugggaac 2460 cggaaccuca cuauccgcag agugaggaag gaggacgaag gccucuacac cugccaggca 2520 ugcaguguuc uuggcugugc aaaaguggag gcauuuuuca uaauagaagg ugcccaggaa 2580 aagacgaacu uggaaaucau uauucuagua ggcacggcgg ugauugccau guucuucugg 2640 cuacuucuug ucaucauccu acggaccguu aagcgggcca auggagggga acugaagaca 2700 ggcuacuugu ccaucgucau ggauccagau gaacucccau uggaugaaca uugugaacga 2760 cugccuuaug augccagcaa augggaauuc cccagagacc ggcugaagcu agguaagccu 2820 cuuggccgug gugccuuugg ccaagugauu gaagcagaug ccuuuggaau ugacaagaca 2880 gcaacuugca ggacaguagc agucaaaaug uugaaagaag gagcaacaca cagugagcau 2940 cgagcucuca ugucugaacu caagauccuc auucauauug gucaccaucu caaugugguc 3000 aaccuucuag gugccuguac caagccagga gggccacuca uggugauugu ggaauucugc 3060 aaauuuggaa accuguccac uuaccugagg agcaagagaa augaauuugu ccccuacaag 3120 accaaagggg cacgauuccg ucaagggaaa gacuacguug gagcaauccc uguggaucug 3180 aaacggcgcu uggacagcau caccaguagc cagagcucag ccagcucugg auuuguggag 3240 gagaaguccc ucagugaugu agaagaagag gaagcuccug aagaucugua uaaggacuuc 3300 cugaccuugg agcaucucau cuguuacagc uuccaagugg cuaagggcau ggaguucuug 3360 gcaucgcgaa aguguaucca cagggaccug gcggcacgaa auauccucuu aucggagaag 3420 aacgugguua aaaucuguga cuuuggcuug gcccgggaua uuuauaaaga uccagauuau 3480 gucagaaaag gagaugcucg ccucccuuug aaauggaugg ccccagaaac aauuuuugac 3540 agaguguaca caauccagag ugacgucugg ucuuuuggug uuuugcugug ggaaauauuu 3600 uccuuaggug cuucuccaua uccuggggua aagauugaug aagaauuuug uaggcgauug 3660 aaagaaggaa cuagaaugag ggccccugau uauacuacac cagaaaugua ccagaccaug 3720 cuggacugcu ggcacgggga gcccagucag agacccacgu uuucagaguu gguggaacau 3780 uugggaaauc ucuugcaagc uaaugcucag caggauggca aagacuacau uguucuuccg 3840 auaucagaga cuuugagcau ggaagaggau ucuggacucu cucugccuac cucaccuguu 3900 uccuguaugg aggaggagga aguaugugac cccaaauucc auuaugacaa cacagcagga 3960 aucagucagu aucugcagaa caguaagcga aagagccggc cugugagugu aaaaacauuu 4020 gaagauaucc cguuagaaga accagaagua aaaguaaucc cagaugacaa ccagacggac 4080 agugguaugg uucuugccuc agaagagcug aaaacuuugg aagacagaac caaauuaucu 4140 ccaucuuuug guggaauggu gcccagcaaa agcagggagu cuguggcauc ugaaggcuca 4200 aaccagacaa gcggcuacca guccggauau cacuccgaug acacagacac caccguguac 4260 uccagugagg aagcagaacu uuuaaagcug auagagauug gagugcaaac cgguagcaca 4320 gcccagauuc uccagccuga cucggggacc acacugagcu cuccuccugu uuaaaaggaa 4380 gcauccacac cccaacuccc ggacaucaca ugagaggucu gcucagauuu ugaaguguug 4440 uucuuuccac cagcaggaag uagccgcauu ugauuuucau uucgacaaca gaaaaaggac 4500 cucggacugc agggagccag ucuucuaggc auauccugga agaggcuugu gacccaagaa 4560 ugugucugug ucuucuccca guguugaccu gauccucuuu uuucauucau uuaaaaagca 4620 uuaucaugcc ccugcugcgg gucucaccau ggguuuagaa caaagagcuu caagcaaugg 4680 ccccauccuc aaagaaguag caguaccugg ggagcugaca cuucuguaaa acuagaagau 4740 aaaccaggca acguaagugu ucgagguguu gaagauggga aggauuugca gggcugaguc 4800 uauccaagag gcuuuguuua ggacgugggu cccaagccaa gccuuaagug uggaauucgg 4860 auugauagaa aggaagacua acguuaccuu gcuuuggaga guacuggagc cugcaaaugc 4920 auuguguuug cucuggugga ggugggcaug gggucuguuc ugaaauguaa aggguucaga 4980 cgggguuucu gguuuuagaa gguugcgugu ucuucgaguu gggcuaaagu agaguucguu 5040 gugcuguuuc ugacuccuaa ugagaguucc uuccagaccg uuagcugucu ccuugccaag 5100 ccccaggaag aaaaugaugc agcucuggcu ccuugucucc caggcugauc cuuuauucag 5160 aauaccacaa agaaaggaca uucagcucaa ggcucccugc cguguugaag aguucugacu 5220 gcacaaacca gcuucugguu ucuucuggaa ugaauacccu cauaucuguc cugaugugau 5280 augucugaga cugaaugcgg gagguucaau gugaagcugu gugugguguc aaaguuucag 5340 gaaggauuuu acccuuuugu ucuucccccu guccccaacc cacucucacc ccgcaaccca 5400 ucaguauuuu aguuauuugg ccucuacucc aguaaaccug auuggguuug uucacucucu 5460 gaaugauuau uagccagacu ucaaaauuau uuuauagccc aaauuauaac aucuauugua 5520 uuauuuagac uuuuaacaua uagagcuauu ucuacugauu uuugcccuug uucuguccuu 5580 uuuuucaaaa aagaaaaugu guuuuuuguu ugguaccaua gugugaaaug cugggaacaa 5640 ugacuauaag acaugcuaug gcacauauau uuauagucug uuuauguaga aacaaaugua 5700 auauauuaaa gccuuauaua uaaugaacuu uguacuauuc acauuuugua ucaguauuau 5760 guagcauaac aaaggucaua augcuuucag caauugaugu cauuuuauua aagaacauug 5820 aaaaacuuga 5830 <210> 10 <211> 1356 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 10 Met Gln Ser Lys Val Leu Leu Ala Val Ala Leu Trp Leu Cys Val Glu 1 5 10 15 Thr Arg Ala Ala Ser Val Gly Leu Pro Ser Val Ser Leu Asp Leu Pro 20 25 30 Arg Leu Ser Ile Gln Lys Asp Ile Leu Thr Ile Lys Ala Asn Thr Thr 35 40 45 Leu Gln Ile Thr Cys Arg Gly Gln Arg Asp Leu Asp Trp Leu Trp Pro 50 55 60 Asn Asn Gln Ser Gly Ser Glu 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ccauauuuau cauccucuug aggaaagaaa ucuaguauua uuuguugaaa 1500 augguuagaa uaaaacuaug acucuauaag guuuucaaac aucugaggca ugauaaauuu 1560 auuauccaua auuauaguaa uaauaaccuu aauaagcaua agaaaaacag agucacucug 1620 gauuucaaaa augucaaaaa augagcaaca gaggguccuu auuuaaacau aagugcugug 1680 acuuagguga auuuucaauu uaagguagaa aauaaguuuu uaggagguuu guaaaagaag 1740 aaucaauuuu cagcagaaaa caugucaacu uuaaaauaua guuuauuuuc auauuuuuuu 1800 cuuuuaaacu ugguugauaa guggaauuag gaguauauuu gaaagaaucu uagcacaaac 1860 aggacuguug uacuagaugu ucuuaggaaa uaucucagaa guauuuuauu ugaagugaag 1920 aacuuauuua agaauuauuu caguauuuac cuguauuuua uucuugaagu uggccaacag 1980 aguugugaau guguguggga aggccuuuga auguaaagcu gcauaagcug uuagguuuug 2040 uuuuaaaagg acauguuuau uauuguucaa uaaaaaagaa caagauaca 2089 <210> 12 <211> 184 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 12 Met Lys Ser Val Leu Leu Leu Thr Thr Leu Leu Val Pro Ala His Leu 1 5 10 15 Val Ala Ala Trp Ser Asn Asn Tyr Ala Val Asp Cys Pro Gln His Cys 20 25 30 Asp Ser Ser Glu Cys Lys Ser Ser Pro 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uacucaguca uggccauggu ggagcacagu ggcaacuaca cgugcaaagu ggaguccagc 1140 cgcauaucca aggucagcag caucgugguc aacauaacag aacuauuuuc caagcccgaa 1200 cuggaaucuu ccuucacaca ucuggaccaa ggugaaagac ugaaccuguc cugcuccauc 1260 ccaggagcac cuccagccaa cuucaccauc cagaaggaag auacgauugu gucacagacu 1320 caagauuuca ccaagauagc cucaaagucg gacaguggga cguauaucug cacugcaggu 1380 auugacaaag uggucaagaa aagcaacaca guccagauag ucguauguga aaugcucucc 1440 cagcccagga uuucuuauga ugcccaguuu gaggucauaa aaggacagac caucgaaguc 1500 cguugcgaau cgaucagugg aacuuugccu auuucuuacc aacuuuuaaa aacaaguaaa 1560 guuuuggaga auaguaccaa gaacucaaau gauccugcgg uauucaaaga caaccccacu 1620 gaagacgucg aauaccagug uguugcagau aauugccauu cccaugccaa aauguuaagu 1680 gagguucuga gggugaaggu gauagccccg guggaugagg uccagauuuc uauccuguca 1740 aguaaggugg uggagucugg agaggacauu gugcugcaau gugcugugaa ugaaggaucu 1800 ggucccauca ccuauaaguu uuacagagaa aaagagggca aacccuucua ucaaaugacc 1860 ucaaaugcca cccaggcauu uuggaccaag cagaaggcua gcaaggaaca ggagggagag 1920 uauuacugca cagccuucaa cagagccaac cacgccucca guguccccag aagcaaaaua 1980 cugacaguca gagucauucu ugccccaugg aagaaaggac uuauugcagu gguuaucauc 2040 ggagugauca uugcucucuu gaucauugcg gccaaauguu auuuucugag gaaagccaag 2100 gccaagcaga ugccagugga aauguccagg ccagcaguac cacuucugaa cuccaacaac 2160 gagaaaaugu cagaucccaa uauggaagcu aacagucauu acggucacaa ugacgauguc 2220 agaaaccaug caaugaaacc aauaaaugau aauaaagagc cucugaacuc agacgugcag 2280 uacacggaag uucaaguguc cucagcugag ucucacaaag aucuaggaaa gaaggacaca 2340 gagacagugu acagugaagu ccggaaagcu gucccugaug ccguggaaag cagauacucu 2400 agaacggaag gcucccuuga uggaacuuag acagcaaggc cagaugcaca ucccuggaag 2460 gacauccaug uuccgagaag aacagauaau cccuguauuu caagaccucu gugcacuuau 2520 uuaugaaccu gcccugcucc cacagaacac agcaauuccu caggcuaagc ugccgguucu 2580 uaaauccauc cugcuaaguu aauguugggu agaaagagau acagaggggc uguugaauuu 2640 cccacauacc cuccuuccac caaguuggaa cauccuugga aauuggaaga gcacaagagg 2700 agauccaggg caaggccauu gggauauucu gaaacuugaa uauuuuguuu ugugcagaga 2760 uaaagaccuu uuccaugcac ccucauacac agaaaccaau uuucuuuuuu auacucaauc 2820 auuucuagcg cauggccugg uuagaggcug guuuuuucuc uuuuccuuug guccuucaaa 2880 ggcuuguagu uuuggcuagu ccuuguucuu uggaaauaca cagugcugac cagacagccu 2940 cccccugucc ccucuaugac cucgcccucc acaaauggga aaaccagacu acuugggagc 3000 accgccugug aaauaccaac cugaagacac cguucauuca ggcaacgcac aaaacagaaa 3060 augaaggugg aacaagcaca gauguucuuc aacuguuuuu gucuacacuc uuucucuuuu 3120 ccucuaccau gcugaaggcu gaaagacagg aagauggugc caucagcaaa uauuauucuu 3180 aauugaaaac uugaaaugug uauguuucuu acuaauuuuu aaaaauguau uccuugccag 3240 ggcaggcaag guggcucacg ccuguaaucc cagcacuuca ggaggcugag gugggcggau 3300 caccugaggu caggaguuug agaccagccu gaugaaaccc ugucucuacu aaaaauacaa 3360 gaauuagccg ggcguggugg cgcaugccug uaguaucagc uacucaagag gcugagguga 3420 gauuaucgcu ugaacccagg aaacggaggu uguagugagc ggagaucgcg ccacugcacu 3480 ccagccugag ugacagagug agaauccauc ucaaaaaaaa caaaaaacaa aauugcuugc 3540 uaaagaagug gucuccugag gucuuaagac auuccugaca gugucuugag ugggugggag 3600 agaggcugcu gucauugcgc uguggaauuu cacagaugag aaccacgccu agccaaaauc 3660 acuuuuccug uuugccucag ugacacagcu gcagggaccc ucguggaugu uguauuaaau 3720 aaauuugacc uuugcucuuu gcagaucugu gaaauguugu cuucugaggg gccacaugca 3780 ucuauagugc ugaggacucc uugggccucu gaagucacag agagaaccga gcaggucuau 3840 guuuuuguuu uguuguuuug agacggagau ucgcucuugu ugcccgggcu ggacugcagc 3900 ggcgcaaccu cugcucacug caaccuccgc cuccuggguu caagcaguuc uccugucuca 3960 gccucccgag uagcugggau uacaggcaca ugucaccacg ccuggcuaau uuuuguauuu 4020 uuaguagaga ugggguuuca ccacguuggc caggcugauc ucgaaugccu gaccuuuggu 4080 gaucugcccg ccuuguccuc augugugcuc cacaggccuu uggguuggga uugcaggcgu 4140 gagccaccau gcccagccua gacucuuuug acaauaugau gaaagcuguu gguuccuuuc 4200 cccaacacac acacaccgag uuguaucacg aaaaugucau acaauuucca gguuuucuga 4260 guggugggcu cagauugagg ucaaaggauc agacgaccuc uaacgaccuu caugucucug 4320 uugaugaucu ggggacagcc agauccccug uguccaggga guuccuuagu cccuugccac 4380 caccagagaa gggcaauugc cacgggagcu gcaaagaccc uauuccuacu ccuggugccu 4440 uacuuaugca gcacgacuga auuuuuuguu uuguuuuguu uuguugagac aggggcuugc 4500 ucuguugccc aggcuggagu gcaguggcac aacaauggcu caccgcagcc ucgaaccccu 4560 gggcucaagc gauccuccca ucucagcuuc cuggguagcu gggaccagag gcgugagccg 4620 ccauagcugg cuaauuuuua auuuuuuuuu ugcagagaug agguuucacc auggugccca 4680 ggcuggucuc gaacuucugg gcucaaguga uccucccucc uuggccucgc aaagugcugg 4740 gauugcaggc augagccacc gcccccggcc uguggagcac acaugaguuu aaaauuacuu 4800 ucccuucugc cuauauuucc gaggaggaaa cuucaugcgc agggaucuuu cuuaguggau 4860 uuaauggcua aaaggucugu cugaauccag gacgcuggcu uuagccuucc ucggcagcug 4920 ccguaacccc ggugucuaaa ccugaagcau cccaggagca cccacuccag gaguuuucuc 4980 ggccgcggaa cucauuaguu agagcgcccu cuuguguucu caugugguaa ucggucacug 5040 aaggacuuaa aaugguccuu agccaacaca caguaaaacu uuucccucuu cugaccccaa 5100 gaggucagcc acccauuuca ugagcauaua cuggucgccc caucagcguu cucugauugg 5160 cuaacugaac ccacuccccg accuagacuc aagacaggcg aagugacgcu uaggucaaca 5220 uucacucacu aaagcaacga cugucgggcg auuuugucuc ccgcugguuu uggaauggug 5280 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gggugaccca gguccuuguu 2460 ugcuguugau uucuuuccag agggguugag cagggauccu gguuucaaug acgguuggaa 2520 auagaaauuu ccagagaaga gaguauuggg uagauauuuu uucugaauac aaagugaugu 2580 guuuaaauac ugcaauuaaa gugauacuga aacac 2615 <210> 18 <211> 385 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 18 Met Leu Val Arg Arg Gly Ala Arg Ala Gly Pro Arg Met Pro Arg Gly 1 5 10 15 Trp Thr Ala Leu Cys Leu Leu Ser Leu Leu Pro Ser Gly Phe Met Ser 20 25 30 Leu Asp Asn Asn Gly Thr Ala Thr Pro Glu Leu Pro Thr Gln Gly Thr 35 40 45 Phe Ser Asn Val Ser Thr Asn Val Ser Tyr Gln Glu Thr Thr Thr Pro 50 55 60 Ser Thr Leu Gly Ser Thr Ser Leu His Pro Val Ser Gln His Gly Asn 65 70 75 80 Glu Ala Thr Thr Asn Ile Thr Glu Thr Thr Val Lys Phe Thr Ser Thr 85 90 95 Ser Val Ile Thr Ser Val Tyr Gly Asn Thr Asn Ser Ser Val Gln Ser 100 105 110 Gln Thr Ser Val Ile Ser Thr Val Phe Thr Thr Pro Ala Asn Val Ser 115 120 125 Thr Pro Glu Thr Thr Leu Lys Pro Ser Leu Ser Pro Gly Asn Val Ser 130 135 140 Asp Leu Ser Thr Thr Ser Thr Ser Leu Ala Thr Ser Pro Thr Lys 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guuccugcag uccagccuga gggcucuucg gcaaauguag caugggcacc ucagauuguu 780 guuguuaaug ggcauuccuu cuucugguca gaaaccuguc cacugggcac agaacuuaug 840 uuguucucua uggagaacua aaaguaugag cguuaggaca cuauuuuaau uauuuuuaau 900 uuauuaauau uuaaauaugu gaagcugagu uaauuuaugu aagucauauu uauauuuuua 960 agaaguacca cuugaaacau uuuauguauu aguuuugaaa uaauaaugga aaguggcuau 1020 gcaguuugaa uauccuuugu uucagagcca gaucauuucu uggaaagugu aggcuuaccu 1080 caaauaaaug gcuaacuuau acauauuuuu aaagaaauau uuauauugua uuuauauaau 1140 guauaaaugg uuuuuauacc aauaaauggc auuuuaaaaa auucagcaaa aaaaaaa 1197 <210> 20 <211> 212 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 20 Met Asn Ser Phe Ser Thr Ser Ala Phe Gly Pro Val Ala Phe Ser Leu 1 5 10 15 Gly Leu Leu Leu Val Leu Pro Ala Ala Phe Pro Ala Pro Val Pro Pro 20 25 30 Gly Glu Asp Ser Lys Asp Val Ala Ala Pro His Arg Gln Pro Leu Thr 35 40 45 Ser Ser Glu Arg Ile Asp Lys Gln Ile Arg Tyr Ile Leu Asp Gly Ile 50 55 60 Ser Ala Leu Arg Lys Glu Thr Cys Asn Lys Ser Asn Met Cys Glu Ser 65 70 75 80 Ser Lys Glu 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aacaagggcu 1140 accuuuacug gaaaaucugg ugauuuauaa aaaaaaaaaa aaaa 1184 <210> 22 <211> 107 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 22 Met Ala Arg Ala Ala Leu Ser Ala Ala Pro Ser Asn Pro Arg Leu Leu 1 5 10 15 Arg Val Ala Leu Leu Leu Leu Leu Leu Val Ala Ala Gly Arg Arg Ala 20 25 30 Ala Gly Ala Ser Val Ala Thr Glu Leu Arg Cys Gln Cys Leu Gln Thr 35 40 45 Leu Gln Gly Ile His Pro Lys Asn Ile Gln Ser Val Asn Val Lys Ser 50 55 60 Pro Gly Pro His Cys Ala Gln Thr Glu Val Ile Ala Thr Leu Lys Asn 65 70 75 80 Gly Arg Lys Ala Cys Leu Asn Pro Ala Ser Pro Ile Val Lys Lys Ile 85 90 95 Ile Glu Lys Met Leu Asn Ser Asp Lys Ser Asn 100 105 <210> 23 <211> 1234 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 23 gagcuccggg aauuucccug gcccgggacu ccgggcuuuc cagccccaac caugcauaaa 60 agggguucgc cguucucgga gagccacaga gcccgggcca caggcagcuc cuugccagcu 120 cuccuccucg cacagccgcu cgaaccgccu gcugagcccc auggcccgcg ccacgcucuc 180 cgccgccccc agcaaucccc ggcuccugcg gguggcgcug cugcuccugc uccugguggc 240 cgccagccgg cgcgcagcag gagcgccccu 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auaaauuauu 1080 uucaagugua acuuauuaac cuauuuauua uuuauguauu uauuuaagca ucaaauauuu 1140 gugcaagaau uuggaaaaau agaagaugaa ucauugauug aauaguuaua aagauguuau 1200 aguaaauuua uuuuauuuua gauauuaaau gauguuuuau uagauaaauu ucaaucaggg 1260 uuuuuagauu aaacaaacaa acaauugggu acccaguuaa auuuucauuu cagauaaaca 1320 acaaauaauu uuuuaguaua aguacauuau uguuuaucug aaauuuuaau ugaacuaaca 1380 auccuaguuu gauacuccca gucuugucau ugccagcugu guugguagug cuguguugaa 1440 uuacggaaua augaguuaga acuauuaaaa cagccaaaac uccacaguca auauuaguaa 1500 uuucuugcug guugaaacuu guuuauuaug uacaaauaga uucuuauaau auuauuuaaa 1560 ugacugcauu uuuaaauaca aggcuuuaua uuuuuaacuu uaagauguuu uuaugugcuc 1620 uccaaauuuu uuuuacuguu ucugauugua uggaaauaua aaaguaaaua ugaaacauuu 1680 aaaauauaau uuguugucaa aguaaaaaaa aaaaaaaa 1718 <210> 28 <211> 99 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 28 Met Thr Ser Lys Leu Ala Val Ala Leu Leu Ala Ala Phe Leu Ile Ser 1 5 10 15 Ala Ala Leu Cys Glu Gly Ala Val Leu Pro Arg Ser Ala Lys Glu Leu 20 25 30 Arg Cys Gln Cys Ile Lys 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guuugaauac uuaaacacug ucacaagaug 2280 gcaaaaugcu gaaaguuuuu acacugucga uguuuccaau gcaucuucca ugaugcauua 2340 gaaguaacua auguuugaaa uuuuaaagua cuuuugguua uuuuucuguc aucaaacaaa 2400 aacagguauc agugcauuau uaaaugaaua uuuaaauuag acauuaccag uaauuucaug 2460 ucuacuuuuu aaaaucagca augaaacaau aauuugaaau uucuaaauuc auaggguaga 2520 aucaccugua aaagcuuguu ugauuucuua aaguuauuaa acuuguacau auaccaaaaa 2580 gaagcugucu uggauuuaaa ucuguaaaau caguagaaau uuuacuacaa uugcuuguua 2640 aaauauuuua uaagugaugu uccuuuuuca ccaagaguau aaaccuuuuu agugugacug 2700 uuaaaacuuc cuuuuaaauc aaaaugccaa auuuauuaag gugguggagc cacugcagug 2760 uuaucuuaaa auaagaauau uuuguugaga uauuccagaa uuuguuuaua uggcugguaa 2820 cauguaaaau cuauaucagc aaaagggucu accuuuaaaa uaagcaauaa caaagaagaa 2880 aaccaaauua uuguucaaau uuagguuuaa acuuuugaag caaacuuuuu uuuauccuug 2940 ugcacugcag gccugguacu cagauuuugc uaugagguua augaaguacc aagcugugcu 3000 ugaauaauga uauguuuucu cagauuuucu guuguacagu uuaauuuagc aguccauauc 3060 acauugcaaa aguagcaaug accucauaaa auaccucuuc aaaaugcuua aauucauuuc 3120 acacauuaau uuuaucucag ucuugaagcc aauucaguag gugcauugga aucaagccug 3180 gcuaccugca ugcuguuccu uuucuuuucu ucuuuuagcc auuuugcuaa gagacacagu 3240 cuucucauca cuucguuucu ccuauuuugu uuuacuaguu uuaagaucag aguucacuuu 3300 cuuuggacuc ugccuauauu uucuuaccug aacuuuugca aguuuucagg uaaaccucag 3360 cucaggacug cuauuuagcu ccucuuaaga agauuaaaag agaaaaaaaa aggcccuuuu 3420 aaaaauagua uacacuuauu uuaagugaaa agcagagaau uuuauuuaua gcuaauuuua 3480 gcuaucugua accaagaugg augcaaagag gcuagugccu cagagagaac uguacggggu 3540 uugugacugg aaaaaguuac guucccauuc uaauuaaugc ccuuucuuau uuaaaaacaa 3600 aaccaaauga uaucuaagua guucucagca auaauaauaa ugacgauaau acuucuuuuc 3660 cacaucucau ugucacugac auuuaauggu acuguauauu acuuaauuua uugaagauua 3720 uuauuuaugu cuuauuagga cacuaugguu auaaacugug uuuaagccua caaucauuga 3780 uuuuuuuuug uuaugucaca aucaguauau uuucuuuggg guuaccucuc ugaauauuau 3840 guaaacaauc caaagaaaug auuguauuaa gauuugugaa uaaauuuuua gaaaucugau 3900 uggcauauug agauauuuaa gguugaaugu uuguccuuag gauaggccua ugugcuagcc 3960 cacaaagaau auugucucau uagccugaau gugccauaag acugaccuuu uaaaauguuu 4020 ugagggaucu guggaugcuu cguuaauuug uucagccaca auuuauugag aaaauauucu 4080 gugucaagca cuguggguuu uaauauuuuu aaaucaaacg cugauuacag auaauaguau 4140 uuauauaaau aauugaaaaa aauuuucuuu ugggaagagg gagaaaauga aauaaauauc 4200 auuaaagaua acucaggaga aucuucuuua caauuuuacg uuuagaaugu uuaagguuaa 4260 gaaagaaaua gucaauaugc uuguauaaaa cacuguucac uguuuuuuuu aaaaaaaaaa 4320 cuugauuugu uauuaacauu gaucugcuga caaaaccugg gaauuugggu uguguaugcg 4380 aauguuucag ugccucagac aaauguguau uuaacuuaug uaaaagauaa gucuggaaau 4440 aaaugucugu uuauuuuugu acuauuuaaa aauugacaga ucuuuucuga agaaaaaaaa 4500 aaaaaaa 4507 <210> 30 <211> 604 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 30 Met Leu Ala Arg Ala Leu Leu Leu Cys Ala Val Leu Ala Leu Ser His 1 5 10 15 Thr Ala Asn Pro Cys Cys Ser His Pro Cys Gln Asn Arg Gly Val Cys 20 25 30 Met Ser Val Gly Phe Asp Gln Tyr Lys Cys Asp Cys Thr Arg Thr Gly 35 40 45 Phe Tyr Gly Glu Asn Cys Ser Thr 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auauauauau auauauauau auauauauau 1380 auauauauau auauauauuu uaauuugaua guauugugca uagagccacg uauguuuuug 1440 uguauuuguu aaugguuuga auauaaacac uauauggcag ugucuuucca ccuugggucc 1500 cagggaaguu uuguggagga gcucaggaca cuaauacacc agguagaaca caaggucauu 1560 ugcuaacuag cuuggaaacu ggaugagguc auagcagugc uugauugcgu ggaauugugc 1620 ugaguuggug uugacaugug cuuuggggcu uuuacaccag uuccuuucaa ugguuugcaa 1680 ggaagccaca gcugguggua ucugaguuga cuugacagaa cacugucuug aagacaaugg 1740 cuuacuccag gagacccaca gguaugaccu ucuaggaagc uccaguucga ugggcccaau 1800 ucuuacaaac augugguuaa ugccauggac agaagaaggc agcagguggc agaauggggu 1860 gcaugaaggu uucugaaaau uaacacugcu uguguuuuua acucaauauu uuccaugaaa 1920 augcaacaac auguauaaua uuuuuaauua aauaaaaauc uguggugguc guuuuaaaaa 1980 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa 2033 <210> 38 <211> 223 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 38 Met Ala Cys Leu Gly Phe Gln Arg His Lys Ala Gln Leu Asn Leu Ala 1 5 10 15 Thr Arg Thr Trp Pro Cys Thr Leu Leu Phe Phe Leu Leu Phe 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ugaaugauuu ugaaguagua caaacaauaa aaauucucau uccgcaucau 1020 caugcggucc augaugauga ggccgcaa 1048 <210> 46 <211> 219 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 46 Met Leu Arg Ala Gly Ala Pro Thr Gly Asp Leu Pro Arg Ala Gly Glu 1 5 10 15 Val His Thr Gly Thr Thr Ile Met Ala Val Glu Phe Asp Gly Gly Val 20 25 30 Val Met Gly Ser Asp Ser Arg Val Ser Ala Gly Glu Ala Val Val Asn 35 40 45 Arg Val Phe Asp Lys Leu Ser Pro Leu His Glu Arg Ile Tyr Cys Ala 50 55 60 Leu Ser Gly Ser Ala Ala Asp Ala Gln Ala Val Ala Asp Met Ala Ala 65 70 75 80 Tyr Gln Leu Glu Leu His Gly Ile Glu Leu Glu Glu Pro Pro Leu Val 85 90 95 Leu Ala Ala Ala Asn Val Val Arg Asn Ile Ser Tyr Lys Tyr Arg Glu 100 105 110 Asp Leu Ser Ala His Leu Met Val Ala Gly Trp Asp Gln Arg Glu Gly 115 120 125 Gly Gln Val Tyr Gly Thr Leu Gly Gly Met Leu Thr Arg Gln Pro Phe 130 135 140 Ala Ile Gly Gly Ser Gly Ser Thr Phe Ile Tyr Gly Tyr Val Asp Ala 145 150 155 160 Ala Tyr Lys Pro Gly Met Ser Pro Glu Glu Cys Arg Arg Phe Thr Thr 165 170 175 Asp Ala Ile Ala Leu 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auccuuccuu guuccuacca gugucugcua uuuugaagaa gcuagggucu 2820 ggagggacag agaacaguuc ccugauuaac aguauuaaua gcgacauugg uaacagcuac 2880 cauuuauaga guuuuaaugg gaguaggagc uaugcuaagu guuuuucaug uauuaucguu 2940 uuuaaucauu auccccaacc cuaugagguu gguuauuauc cccauuuuac agaugaggaa 3000 acugaagcuc aaagaggcuc aaugacuuuc ccaagguggu cguaguggug gaguuggagu 3060 uugaacacag gccugacccu agaguccaca cccugaccca aucaauuaua uugcaucuug 3120 gguccauaaa cccuaaucca uaaucccauc aagaaaagcu cugcugcucu uagcucuaaa 3180 uaauucagaa ucuauucucu ucucuccagu cccguuguua uagucuucac ucauagacuu 3240 aagaugaucc caucaccaga gagguuucuc uaccauuagc uucccucuuc cggccauucu 3300 ucacaaaguc auuuuucuaa auucuguguc acauacgaug auggcauuuc uggaaauucc 3360 uucaggugcu cucaagcccu gcugcagaga uccuuuucag agcacacacu guuccagccc 3420 aucugucuca cccucuccug uuguauccag cuccacgaca aacuucugcc uuccccaaca 3480 ccuuugugcc uuugcauaug guguuuucuu gcccauuuuc ugcucgacuc gccccugauu 3540 uucaaguuca agacuuaacu caggguucag gucuuccagg aggccuuacu uaugucguca 3600 gucuggggaa 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Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly 305 310 315 320 Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro 325 330 335 Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr 340 345 350 Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser 355 360 365 Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr 370 375 380 Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr 385 390 395 400 Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe 405 410 415 Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys 420 425 430 Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys 435 440 <210> 74 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 74 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 <210> 75 <211> 2502 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 75 uauucaucaa gugcccucua gcuguuaagu cacucugauc ucugacugca gcuccuacug 60 uuggacacac cuggccggug cuucaguuag aucaaaccau ugcugaaacu gaagaggaca 120 ugucaaauau uacagaucca cagauguggg auuuugauga ucuaaauuuc acuggcaugc 180 caccugcaga ugaagauuac agccccugua ugcuagaaac ugagacacuc aacaaguaug 240 uugugaucau cgccuaugcc cuaguguucc ugcugagccu gcugggaaac ucccugguga 300 ugcuggucau cuuauacagc agggucggcc gcuccgucac ugaugucuac cugcugaacc 360 uggccuuggc cgaccuacuc uuugcccuga ccuugcccau cugggccgcc uccaagguga 420 auggcuggau uuuuggcaca uuccugugca agguggucuc acuccugaag gaagucaacu 480 ucuacagugg cauccugcug uuggccugca ucagugugga ccguuaccug gccauugucc 540 augccacacg cacacugacc cagaagcguc acuuggucaa guuuguuugu cuuggcugcu 600 ggggacuguc uaugaaucug ucccugcccu ucuuccuuuu ccgccaggcu uaccauccaa 660 acaauuccag uccaguuugc uaugaggucc ugggaaauga cacagcaaaa uggcggaugg 720 uguugcggau ccugccucac accuuuggcu ucaucgugcc gcuguuuguc augcuguucu 780 gcuauggauu cacccugcgu acacuguuua aggcccacau ggggcagaag caccgagcca 840 ugagggucau cuuugcuguc guccucaucu uccugcuuug cuggcugccc uacaaccugg 900 uccugcuggc agacacccuc augaggaccc aggugaucca ggagagcugu gagcgccgca 960 acaacaucgg ccgggcccug gaugccacug agauucuggg auuucuccau agcugccuca 1020 accccaucau cuacgccuuc aucggccaaa auuuucgcca uggauuccuc aagauccugg 1080 cuaugcaugg ccuggucagc aaggaguucu uggcacguca ucguguuacc uccuacacuu 1140 cuucgucugu caaugucucu uccaaccucu gaaaaccauc gaugaaggaa uaucucuucu 1200 cagaaggaaa gaauaaccaa cacccugagg uugugugugg aaggugaucu ggcucuggac 1260 aggcacuauc uggguuuugg ggggacgcua uaggaugugg ggaaguuagg aacugguguc 1320 uucaggggcc acaccaaccu ucugaggagc uguugaggua ccuccaagga ccggccuuug 1380 caccuccaug gaaacgaagc accaucauuc ccguugaacg ucacaucuuu aacccacuaa 1440 cuggcuaauu agcauggcca caucugagcc ccgaaucuga cauuagauga gagaacaggg 1500 cugaagcugu guccucauga gggcuggaug cucucguuga cccucacagg agcaucuccu 1560 caacucugag uguuaagcgu ugagccacca agcugguggc ucugugugcu cugauccgag 1620 cucagggggg ugguuuuccc aucucaggug uguugcagug ucugcuggag acauugaggc 1680 aggcacugcc aaaacaucaa ccugccagcu ggccuuguga ggagcuggaa acacauguuc 1740 cccuuggggg ugguggauga acaaagagaa agaggguuug gaagccagau cuaugccaca 1800 agaacccccu uuacccccau gaccaacauc gcagacacau gugcuggcca ccugcugagc 1860 cccaagugga acgagacaag cagcccuuag cccuuccccu cugcagcuuc caggcuggcg 1920 ugcagcauca gcaucccuag aaagccaugu gcagccacca guccauuggg caggcagaug 1980 uuccuaauaa agcuucuguu ccgugcuugu cccuguggaa guaucuuggu ugugacagag 2040 ucaagggugu gugcagcauu guuggcuguu ccugcaguag aaugggggca gcaccuccua 2100 agaaggcacc ucucuggguu gaagggcagu guucccuggg gcuuuaacuc cugcuagaac 2160 agucucuuga ggcacagaaa cuccuguuca ugcccauacc ccuggccaag gaagaucccu 2220 uuguccacaa guaaaaggaa augcuccucc agggagucuc agcuucaccc ugaggugagc 2280 aucaucuucu ggguuaggcc uugccuaggc auagcccugc cucaagcuau gugagcucac 2340 cagucccucc ccaaaugcuu uccaugaguu gcaguuuuuu ccuagucugu uuucccuccu 2400 uggagacagg gcccugucgg uuuauucacu guauguccuu ggugccugga gccuacuaaa 2460 ugcucaauaa auaaugauca caggaaaaaa aaaaaaaaaa aa 2502 <210> 76 <211> 350 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 76 Met Ser Asn Ile Thr Asp Pro Gln Met Trp Asp Phe Asp Asp Leu Asn 1 5 10 15 Phe Thr Gly Met Pro Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Ser Pro Cys Met Leu 20 25 30 Glu Thr Glu Thr Leu Asn Lys Tyr Val Val Ile Ile Ala Tyr Ala Leu 35 40 45 Val Phe Leu Leu Ser Leu Leu Gly Asn Ser Leu Val Met Leu Val Ile 50 55 60 Leu Tyr Ser Arg Val Gly Arg Ser Val Thr Asp Val Tyr Leu Leu Asn 65 70 75 80 Leu Ala Leu Ala Asp Leu Leu Phe Ala Leu Thr Leu Pro Ile Trp Ala 85 90 95 Ala Ser Lys Val Asn Gly Trp Ile Phe Gly Thr Phe Leu Cys Lys Val 100 105 110 Val Ser Leu Leu Lys Glu Val Asn Phe Tyr Ser Gly Ile Leu Leu Leu 115 120 125 Ala Cys Ile Ser Val Asp Arg Tyr Leu Ala Ile Val His Ala Thr Arg 130 135 140 Thr Leu Thr Gln Lys Arg His Leu Val Lys Phe Val Cys Leu Gly Cys 145 150 155 160 Trp Gly Leu Ser Met Asn Leu Ser Leu Pro Phe Phe Leu Phe Arg Gln 165 170 175 Ala Tyr His Pro Asn Asn Ser Ser Pro Val Cys Tyr Glu Val Leu Gly 180 185 190 Asn Asp Thr Ala Lys Trp Arg Met Val Leu Arg Ile Leu Pro His Thr 195 200 205 Phe Gly Phe Ile Val Pro Leu Phe Val Met Leu Phe Cys Tyr Gly Phe 210 215 220 Thr Leu Arg Thr Leu Phe Lys Ala His Met Gly Gln Lys His Arg Ala 225 230 235 240 Met Arg Val Ile Phe Ala Val Val Leu Ile Phe Leu Leu Cys Trp Leu 245 250 255 Pro Tyr Asn Leu Val Leu Leu Ala Asp Thr Leu Met Arg Thr Gln Val 260 265 270 Ile Gln Glu Ser Cys Glu Arg Arg Asn Asn Ile Gly Arg Ala Leu Asp 275 280 285 Ala Thr Glu Ile Leu Gly Phe Leu His Ser Cys Leu Asn Pro Ile Ile 290 295 300 Tyr Ala Phe Ile Gly Gln Asn Phe Arg His Gly Phe Leu Lys Ile Leu 305 310 315 320 Ala Met His Gly Leu Val Ser Lys Glu Phe Leu Ala Arg His Arg Val 325 330 335 Thr Ser Tyr Thr Ser Ser Ser Val Asn Val Ser Ser Asn Leu 340 345 350 <210> 77 <211> 2880 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 77 agguucaaaa cauucagaga cagaaggugg auagacaaau cuccaccuuc agacugguag 60 gcuccuccag aagccaucag acaggaagau gugaaaaucc ccagcacuca ucccagaauc 120 acuaaguggc accuguccug ggccaaaguc ccaggacaga ccucauuguu ccucuguggg 180 aauaccuccc caggagggca uccuggauuu cccccuugca acccagguca gaaguuucau 240 cgucaagguu guuucaucuu uuuuuuccug ucuaacagcu cugacuacca cccaaccuug 300 aggcacagug aagacaucgg uggccacucc aauaacagca ggucacagcu gcucuucugg 360 agguguccua caggugaaaa gcccagcgac ccagucagga uuuaaguuua ccucaaaaau 420 ggaagauuuu aacauggaga gugacagcuu ugaagauuuc uggaaaggug aagaucuuag 480 uaauuacagu uacagcucua cccugccccc uuuucuacua gaugccgccc caugugaacc 540 agaaucccug gaaaucaaca aguauuuugu ggucauuauc uaugcccugg uauuccugcu 600 gagccugcug ggaaacuccc ucgugaugcu ggucaucuua uacagcaggg ucggccgcuc 660 cgucacugau gucuaccugc ugaaccuagc cuuggccgac cuacucuuug cccugaccuu 720 gcccaucugg gccgccucca aggugaaugg cuggauuuuu ggcacauucc ugugcaaggu 780 ggucucacuc cugaaggaag ucaacuucua uaguggcauc cugcuacugg ccugcaucag 840 uguggaccgu uaccuggcca uuguccaugc cacacgcaca cugacccaga agcgcuacuu 900 ggucaaauuc auaugucuca gcaucugggg ucuguccuug cuccuggccc ugccugucuu 960 acuuuuccga aggaccgucu acucauccaa uguuagccca gccugcuaug aggacauggg 1020 caacaauaca gcaaacuggc ggaugcuguu acggauccug ccccaguccu uuggcuucau 1080 cgugccacug cugaucaugc uguucugcua cggauucacc cugcguacgc uguuuaaggc 1140 ccacaugggg cagaagcacc gggccaugcg ggucaucuuu gcugucgucc ucaucuuccu 1200 gcucugcugg cugcccuaca accugguccu gcuggcagac acccucauga ggacccaggu 1260 gauccaggag accugugagc gccgcaauca caucgaccgg gcucuggaug ccaccgagau 1320 ucugggcauc cuucacagcu gccucaaccc ccucaucuac gccuucauug gccagaaguu 1380 ucgccaugga cuccucaaga uucuagcuau acauggcuug aucagcaagg acucccugcc 1440 caaagacagc aggccuuccu uuguuggcuc uucuucaggg cacacuucca cuacucucua 1500 agaccuccug ccuaagugca gccccguggg guuccucccu ucucuucaca gucacauucc 1560 aagccucaug uccacugguu cuucuugguc ucagugucaa ugcagccccc auugugguca 1620 caggaaguag aggaggccac guucuuacua guuucccuug caugguuuag aaagcuugcc 1680 cuggugccuc accccuugcc auaauuacua ugucauuugc uggagcucug cccauccugc 1740 cccugagccc auggcacucu auguucuaag aagugaaaau cuacacucca gugagacagc 1800 ucugcauacu cauuaggaug gcuaguauca aaagaaagaa aaucaggcug gccaacgggg 1860 ugaaacccug ucucuacuaa aaauacaaaa aaaaaaaaaa auuagccggg cgugguggug 1920 agugccugua aucacagcua cuugggaggc ugagauggga gaaucacuug aacccgggag 1980 gcagagguug cagugagccg agauugugcc ccugcacucc agccugagcg acagugagac 2040 ucugucucag uccaugaaga uguagaggag aaacuggaac ucucgagcgu ugcugggggg 2100 gauuguaaaa uggugugacc acugcagaag acaguauggc agcuuuccuc aaaacuucag 2160 acauagaauu aacacaugau ccugcaauuc cacuuauagg aauugaccca caagaaauga 2220 aagcagggac uugaacccau auuuguacac caauauucau agcagcuuau ucacaagacc 2280 caaaaggcag aagcaaccca aauguucauc aaugaaugaa ugaauggcua agcaaaaugu 2340 gauauguacc uaacgaagua uccuucagcc ugaaagagga augaaguacu cauacauguu 2400 acaacacgga cgaaccuuga aaacuuuaug cuaagugaaa uaagccagac aucaacagau 2460 aaauaguuua ugauuccacc uacaugaggu acugagagug aacaaauuua cagagacaga 2520 aagcagaaca gugauuacca gggacugagg ggaggggagc augggaagug acgguuuaau 2580 gggcacaggg uuuauguuua ggauguugaa aaaguucugc agauaaacag uagugauagu 2640 uguaccgcaa ugugacuuaa ugccacuaaa uugacacuua aaaaugguuu aaauggucaa 2700 uuuuguuaug uauauuuuau aucaauuuaa aaaaaaaccu gagccccaaa agguauuuua 2760 aucaccaagg cugauuaaac caaggcuaga accaccugcc uauauuuuuu guuaaaugau 2820 uucauucaau aucuuuuuuu uaauaaacca uuuuuacuug gguguuuaua aaaaaaaaaa 2880 2880 <210> 78 <211> 360 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 78 Met Glu Asp Phe Asn Met Glu Ser Asp Ser Phe Glu Asp Phe Trp Lys 1 5 10 15 Gly Glu Asp Leu Ser Asn Tyr Ser Tyr Ser Ser Thr Leu Pro Pro Phe 20 25 30 Leu Leu Asp Ala Ala Pro Cys Glu Pro Glu Ser Leu Glu Ile Asn Lys 35 40 45 Tyr Phe Val Val Ile Ile Tyr Ala Leu Val Phe Leu Leu Ser Leu Leu 50 55 60 Gly Asn Ser Leu Val Met Leu Val Ile Leu Tyr Ser Arg Val Gly Arg 65 70 75 80 Ser Val Thr Asp Val Tyr Leu Leu Asn Leu Ala Leu Ala Asp Leu Leu 85 90 95 Phe Ala Leu Thr Leu Pro Ile Trp Ala Ala Ser Lys Val Asn Gly Trp 100 105 110 Ile Phe Gly Thr Phe Leu Cys Lys Val Val Ser Leu Leu Lys Glu Val 115 120 125 Asn Phe Tyr Ser Gly Ile Leu Leu Leu Ala Cys Ile Ser Val Asp Arg 130 135 140 Tyr Leu Ala Ile Val His Ala Thr Arg Thr Leu Thr Gln Lys Arg Tyr 145 150 155 160 Leu Val Lys Phe Ile Cys Leu Ser Ile Trp Gly Leu Ser Leu Leu Leu 165 170 175 Ala Leu Pro Val Leu Leu Phe Arg Arg Thr Val Tyr Ser Ser Asn Val 180 185 190 Ser Pro Ala Cys Tyr Glu Asp Met Gly Asn Asn Thr Ala Asn Trp Arg 195 200 205 Met Leu Leu Arg Ile Leu Pro Gln Ser Phe Gly Phe Ile Val Pro Leu 210 215 220 Leu Ile Met Leu Phe Cys Tyr Gly Phe Thr Leu Arg Thr Leu Phe Lys 225 230 235 240 Ala His Met Gly Gln Lys His Arg Ala Met Arg Val Ile Phe Ala Val 245 250 255 Val Leu Ile Phe Leu Leu Cys Trp Leu Pro Tyr Asn Leu Val Leu Leu 260 265 270 Ala Asp Thr Leu Met Arg Thr Gln Val Ile Gln Glu Thr Cys Glu Arg 275 280 285 Arg Asn His Ile Asp Arg Ala Leu Asp Ala Thr Glu Ile Leu Gly Ile 290 295 300 Leu His Ser Cys Leu Asn Pro Leu Ile Tyr Ala Phe Ile Gly Gln Lys 305 310 315 320 Phe Arg His Gly Leu Leu Lys Ile Leu Ala Ile His Gly Leu Ile Ser 325 330 335 Lys Asp Ser Leu Pro Lys Asp Ser Arg Pro Ser Phe Val Gly Ser Ser 340 345 350 Ser Gly His Thr Ser Thr Thr Leu 355 360 <210> 79 <211> 532 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 79 gagaaaccag agacuguagc aacucuggca gggagaagcu gucucugaug gccugaagcu 60 gugggcagcu ggccaagccu aaccgcuaua aaaaggagcu gccucucagc ccugcauguc 120 ucuugucagc ugucuuucag aagaccuggu ggggcaaguc cgugggcauc auguugaccg 180 agcuggagaa agccuugaac ucuaucaucg acgucuacca caaguacucc cugauaaagg 240 ggaauuucca ugccgucuac agggaugacc ugaagaaauu gcuagagacc gaguguccuc 300 aguauaucag gaaaaagggu gcagacgucu gguucaaaga guuggauauc aacacugaug 360 gugcaguuaa cuuccaggag uuccucauuc uggugauaaa gaugggcgug gcagcccaca 420 aaaaaagcca ugaagaaagc cacaaagagu agcugaguua cugggcccag aggcugggcc 480 ccuggacaug uaccugcaga auaauaaagu caucaauacc ucaaaaaaaa aa 532 <210> 80 <211> 93 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 80 Met Leu Thr Glu Leu Glu Lys Ala Leu Asn Ser Ile Ile Asp Val Tyr 1 5 10 15 His Lys Tyr Ser Leu Ile Lys Gly Asn Phe His Ala Val Tyr Arg Asp 20 25 30 Asp Leu Lys Lys Leu Leu Glu Thr Glu Cys Pro Gln Tyr Ile Arg Lys 35 40 45 Lys Gly Ala Asp Val Trp Phe Lys Glu Leu Asp Ile Asn Thr Asp Gly 50 55 60 Ala Val Asn Phe Gln Glu Phe Leu Ile Leu Val Ile Lys Met Gly Val 65 70 75 80 Ala Ala His Lys Lys Ser His Glu Glu Ser His Lys Glu 85 90 <210> 81 <211> 586 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 81 aaacacucug uguggcuccu cggcuuugac agagugcaag acgaugacuu gcaaaauguc 60 gcagcuggaa cgcaacauag agaccaucau caacaccuuc caccaauacu cugugaagcu 120 ggggcaccca gacacccuga accaggggga auucaaagag cuggugcgaa aagaucugca 180 aaauuuucuc aagaaggaga auaagaauga aaaggucaua gaacacauca uggaggaccu 240 ggacacaaau gcagacaagc agcugagcuu cgaggaguuc aucaugcuga uggcgaggcu 300 aaccugggcc ucccacgaga agaugcacga gggugacgag ggcccuggcc accaccauaa 360 gccaggccuc ggggagggca cccccuaaga ccacaguggc caagaucaca guggccacgg 420 ccacggccac agucauggug gccacggcca cagccacuaa ucaggaggcc aggccacccu 480 gccucuaccc aaccagggcc ccggggccug uuaugucaaa cugucuuggc uguggggcua 540 ggggcugggg ccaaauaaag ucucuuccuc caagucaaaa aaaaaa 586 <210> 82 <211> 114 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 82 Met Thr Cys Lys Met Ser Gln Leu Glu Arg Asn Ile Glu Thr Ile Ile 1 5 10 15 Asn Thr Phe His Gln Tyr Ser Val Lys Leu Gly His Pro Asp Thr Leu 20 25 30 Asn Gln Gly Glu Phe Lys Glu Leu Val Arg Lys Asp Leu Gln Asn Phe 35 40 45 Leu Lys Lys Glu Asn Lys Asn Glu Lys Val Ile Glu His Ile Met Glu 50 55 60 Asp Leu Asp Thr Asn Ala Asp Lys Gln Leu Ser Phe Glu Glu Phe Ile 65 70 75 80 Met Leu Met Ala Arg Leu Thr Trp Ala Ser His Glu Lys Met His Glu 85 90 95 Gly Asp Glu Gly Pro Gly His His His Lys Pro Gly Leu Gly Glu Gly 100 105 110 Thr Pro

Claims (188)

  1. VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 방법으로서, 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는, 방법:
    CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
    VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는
    IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2;
    상기에서,
    (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는
    (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준
    VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다.
  2. 신장암을 가지고 있는 개체를 위한 요법을 선택하는 방법으로서, 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는, 방법:
    CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
    VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는
    IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2;
    상기에서,
    (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는
    (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준
    VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다.
  3. 청구항 1 또는 2에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  4. 청구항 3에 있어서, 상기 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 방법.
  5. 청구항 3 또는 4에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 방법.
  6. 청구항 5에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 방법.
  7. 청구항 3 내지 6 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 방법.
  8. 청구항 7에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 방법.
  9. 청구항 7 또는 8에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 방법.
  10. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 및 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 방법.
  11. 청구항 1 또는 2에 있어서, 상기 샘플 중 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  12. 청구항 11에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 방법.
  13. 청구항 11 또는 12에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 방법.
  14. 청구항 13에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인, 방법.
  15. 청구항 1 또는 2에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만이고, 그리고 상기 방법은 추가로, 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  16. 청구항 15에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 방법.
  17. 청구항 15 또는 16에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 미만인, 방법.
  18. 청구항 1 또는 2에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 추가로, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  19. 청구항 18에 있어서, 상기 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함하는, 방법.
  20. 청구항 18 또는 19에 있어서, 상기 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인, 방법.
  21. 청구항 18 내지 20 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인, 방법.
  22. 청구항 21에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인, 방법.
  23. 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 하기의 단계를 포함하는, 방법:
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계:
    CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
    VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는
    IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2;
    상기에서,
    (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었거나; 또는
    (ii) 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었고; 그리고
    (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로서, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 개체에게 투여하는 단계.
  24. 청구항 23에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  25. 청구항 24에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  26. 청구항 24 또는 25에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  27. 청구항 26에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  28. 청구항 24 내지 27 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  29. 청구항 28에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  30. 청구항 28 또는 29에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  31. 청구항 23 내지 30 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되고, 그리고 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  32. 청구항 23에 있어서, 상기 샘플 중 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 수준 미만인 것으로 결정되는, 방법.
  33. 청구항 32에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 수준 미만인 것으로 결정되는, 방법.
  34. 청구항 32 또는 33에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 수준 미만인 것으로 결정되는, 방법.
  35. 청구항 34에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되는, 방법.
  36. 청구항 23에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 수준 미만인 것으로 결정되는, 방법.
  37. 청구항 36에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 수준 미만인 것으로 결정되는, 방법.
  38. 청구항 36 또는 37에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 미만인 것으로 결정되는, 방법.
  39. 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 상기 개체에게 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제의 유효량을 포함하는 항-암 요법을 투여하는 것을 포함하되, 치료 전에, (i) 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  40. 청구항 39에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  41. 청구항 40에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  42. 청구항 40 또는 41에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  43. 청구항 42에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  44. 청구항 40 내지 43 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  45. 청구항 44에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  46. 청구항 44 또는 45에 있어서, 상기 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  47. 청구항 39 내지 46 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과에서 결정되었던, 방법.
  48. 청구항 47에 있어서, 상기 샘플 중 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  49. 청구항 48에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  50. 청구항 48 또는 49에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  51. 청구항 50에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  52. 청구항 39에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  53. 청구항 52에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  54. 청구항 52 또는 53에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 방법.
  55. 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 하기의 단계를 포함하는, 방법:
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계로서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는 단계; 및
    (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 기준으로서, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 단계.
  56. 청구항 55에 있어서, 상기 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함하는, 방법.
  57. 청구항 55 또는 56에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  58. 청구항 55 내지 57 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  59. 청구항 58에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되는, 방법.
  60. 신장암을 가지고 있는 개체를 치료하는 방법으로서, VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법의 유효량을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함하되, 치료 전에, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  61. 청구항 60에 있어서, 상기 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함하는, 방법.
  62. 청구항 60 또는 61에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  63. 청구항 60 내지 62 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  64. 청구항 63에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 방법.
  65. 청구항 1 내지 64 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준은 신장암을 가지고 있는 개체의 모집단으로부터 결정되는, 방법.
  66. 청구항 65에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준은 신장암을 가지고 있는 환자의 모집단에서 결정된 중앙 발현 수준인, 방법.
  67. 청구항 66에 있어서, 상기 참조 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현 수준의 Z-점수의 중앙인, 방법.
  68. 청구항 1 내지 67 중 어느 한 항에 있어서, 상기 발현 수준은 핵산 발현 수준인, 방법.
  69. 청구항 68에 있어서, 상기 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준인, 방법.
  70. 청구항 69에 있어서, 상기 mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, ISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정되는, 방법.
  71. 청구항 1 내지 67 중 어느 한 항에 있어서, 상기 발현 수준은 단백질 발현 수준인, 방법.
  72. 청구항 71에 있어서, 상기 단백질 발현 수준은 면역조직화학 (IHC), 웨스턴 블랏, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 면역침강, 면역형광, 방사선면역검정, 또는 질량 분광분석법에 의해 결정되는, 방법.
  73. 청구항 1 내지 72 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 조직 샘플, 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합인, 방법.
  74. 청구항 73에 있어서, 상기 조직 샘플은 종양 조직 샘플인, 방법.
  75. 청구항 74에 있어서, 상기 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
  76. 청구항 74 또는 75에 있어서, 상기 종양 조직 샘플은 포르말린-고정된 및 파라핀-포매된 (FFPE) 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플인, 방법.
  77. 청구항 1 내지 76 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체는 신장암에 대해 이전에 치료되지 않았던, 방법.
  78. 청구항 1 내지 77 중 어느 한 항에 있어서, 상기 신장암은 신장 세포 암종 (RCC)인, 방법.
  79. 청구항 78에 있어서, 상기 RCC는 전이성 RCC (mRCC)인, 방법.
  80. 청구항 1 내지 79 중 어느 한 항에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체 또는 VEGF 수용체 (VEGFR) 억제제인, 방법.
  81. 청구항 80에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체인, 방법.
  82. 청구항 81에 있어서, 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙인, 방법.
  83. 청구항 80에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 VEGFR 억제제인, 방법.
  84. 청구항 83에 있어서, 상기 VEGFR 억제제는 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제인, 방법.
  85. 청구항 84에 있어서, 상기 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙, 악시티닙, 파조파닙, 또는 카보잔티닙인, 방법.
  86. 청구항 85에 있어서, 상기 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 수니티닙인, 방법.
  87. 청구항 1 내지 54, 56 내지 59, 및 61 내지 86 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  88. 청구항 87에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
  89. 청구항 88에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  90. 청구항 89에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에의 결합을 억제하는, 방법.
  91. 청구항 89에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에의 결합을 억제하는, 방법.
  92. 청구항 88 내지 91 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에의 결합을 억제하는, 방법.
  93. 청구항 88 내지 92 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체인, 방법.
  94. 청구항 93에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법: MPDL3280A (아테졸리주맙), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (드루발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙).
  95. 청구항 93 또는 94에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기 초가변성 영역 (HVRs)을 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 HVR-H1 서열: GFTFSDSWIH (서열번호: 63);
    (b) 하기의 HVR-H2 서열: AWISPYGGSTYYADSVKG (서열번호: 64);
    (c) 하기의 HVR-H3 서열: RHWPGGFDY (서열번호: 65);
    (d) 하기의 HVR-L1 서열: RASQDVSTAVA (서열번호: 66);
    (e) 하기의 HVR-L2 서열: SASFLYS (서열번호: 67); 및
    (f) 하기의 HVR-L3 서열: QQYLYHPAT (서열번호: 68).
  96. 청구항 93 내지 95 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변성 (VH) 도메인: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호: 69);
    (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변성 (VL) 도메인: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열번호: 70); 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
  97. 청구항 96에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
  98. 청구항 97에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
  99. 청구항 98에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
  100. 청구항 99에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
  101. 청구항 100에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
  102. 청구항 101에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69;
    (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
  103. 청구항 102에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호: 69; 및
    (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호: 70.
  104. 청구항 103에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙인, 방법.
  105. 청구항 1 내지 104 중 어느 한 항에 있어서, 추가의 치료제를 상기 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  106. 청구항 105에 있어서, 상기 추가의 치료제는 면역요법제, 세포독성 약물, 성장 억제성 제제, 방사선 요법제, 항-혈관신생제, 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  107. 제1항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체가 인간인, 방법.
  108. VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 키트로서, 하기를 포함하는, 키트:
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 발현 수준을 결정하기 위한 시약:
    CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
    VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는
    IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2; 및, 선택적으로,
    (b) VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하기 위한 시약을 사용하기 위한 지침.
  109. 청구항 108에 있어서, 상기 키트는 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  110. 청구항 109에 있어서, 상기 키트는 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  111. 청구항 109 또는 110에 있어서, 상기 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  112. 청구항 111에 있어서, 상기 키트는 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  113. 청구항 108 내지 112 중 어느 한 항에 있어서, 상기 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  114. 청구항 113에 있어서, 상기 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  115. 청구항 113 또는 114에 있어서, 상기 키트는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  116. 청구항 108 내지 115 중 어느 한 항에 있어서, 상기 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  117. 청구항 116에 있어서, 상기 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  118. 청구항 116 또는 117에 있어서, 상기 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  119. 청구항 118에 있어서, 상기 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  120. 청구항 108 내지 119 중 어느 한 항에 있어서, 상기 키트는 PD-L1 및 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  121. VEGF 길항제에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 키트로서, 하기를 포함하는, 키트:
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 발현 수준을 결정하기 위한 시약:
    VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 및, 선택적으로,
    (b) VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요업에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하기 위해 시약을 사용하기 위한 지침.
  122. 청구항 121에 있어서, 상기 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함하는, 키트.
  123. 청구항 121 또는 122에 있어서, 상기 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  124. 청구항 121 내지 123 중 어느 한 항에 있어서, 상기 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  125. 청구항 124에 있어서, 상기 키트는 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함하는, 키트.
  126. VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료를 위한 후보인 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 검정으로서, 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 검정:
    CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2;
    VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는
    IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2;
    상기에서,
    (i) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준; 또는
    (ii) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준
    은 VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 상기 개체를 확인하는, 키트.
  127. 청구항 126에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  128. 청구항 127에 있어서, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 상기 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  129. 청구항 127 또는 128에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  130. 청구항 129에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  131. 청구항 127 내지 130 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  132. 청구항 131에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  133. 청구항 131 또는 132에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  134. 청구항 126 내지 133 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과이고, 그리고 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과인, 검정.
  135. 청구항 126 내지 134 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플 중 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 검정.
  136. 청구항 135에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 검정.
  137. 청구항 135 또는 136에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 검정.
  138. 청구항 137에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인, 검정.
  139. 청구항 126 내지 138 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 검정.
  140. 청구항 139에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인, 검정.
  141. 청구항 139 또는 140에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 미만인, 검정.
  142. VEGF 길항제를 포함하는 치료를 위한 후보인 신장암을 가지고 있는 개체를 확인하는 검정으로서, 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는, 검정:
    VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34,
    상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 VEGF 길항제를 포함하는 항-암 요법에 의한 치료로부터 유익할 수 있는 사람으로서 개체를 확인한다.
  143. 청구항 142에 있어서, 상기 항-암 요법은 PD-L1 축 결합 길항제를 추가로 포함하는, 검정.
  144. 청구항 142 또는 143에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인, 검정.
  145. 청구항 142 내지 144 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 초과인, 검정.
  146. 청구항 145에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 초과인, 검정.
  147. 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에서 사용하기 위한, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법으로서, 치료 전에, (i) 상기 개체로부터의 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었던, 항-암 요법.
  148. 청구항 147에 있어서, 상기 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  149. 청구항 148에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  150. 청구항 148 또는 149에 있어서, 상기 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  151. 청구항 150에 있어서, 상기 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  152. 청구항 148 내지 151 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  153. 청구항 152에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  154. 청구항 152 또는 153에 있어서, 상기 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  155. 청구항 148 내지 154 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과에서 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  156. 청구항 147에 있어서, 상기 샘플 중 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  157. 청구항 156에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  158. 청구항 156 또는 157에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  159. 청구항 158에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  160. 청구항 147에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  161. 청구항 160에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  162. 청구항 160 또는 161에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는, 항-암 요법.
  163. 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에서의, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항-암 요법의 용도로서, 치료 전에, (i) 상기 개체로부터의 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었거나; 또는 (ii) 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34; 또는 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  164. 청구항 163에 있어서, 상기 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  165. 청구항 164에 있어서, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 모두 20개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  166. 청구항 163 또는 165에 있어서, 상기 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 또는 PD-L1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  167. 청구항 166에 있어서, 상기 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 발현 수준은 CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, 및 PD-L1의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  168. 청구항 164 내지 167 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  169. 청구항 168에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  170. 청구항 168 또는 169에 있어서, 상기 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  171. 청구항 163 내지 170 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 PD-L1의 발현 수준은 PD-L1의 참조 발현 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 샘플에서 CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, 또는 TAP2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 추가 유전자의 참조 발현 수준 또는 그 초과에서 결정되었던, 용도.
  172. 청구항 171에 있어서, 상기 샘플 중 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  173. 청구항 172에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  174. 청구항 172 또는 173에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  175. 청구항 174에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  176. 청구항 163에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  177. 청구항 176에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 또는 PTGS2 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 모두 6개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  178. 청구항 176 또는 177에 있어서, 상기 샘플에서 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 발현 수준은 IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, 및 PTGS2의 참조 수준 미만인 것으로 결정되었던, 용도.
  179. 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에서 사용하기 위한 VEGF 길항제로서, 치료 전에, 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준이 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제.
  180. 청구항 179에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 PD-L1 축 결합 길항제와 함께 사용하기 위해 제형화되는, VEGF 길항제.
  181. 청구항 179 또는 180에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제.
  182. 청구항 179 내지 181 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제.
  183. 청구항 182에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, VEGF 길항제.
  184. 신장암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에서의 VEGF 길항제의 용도로서, 치료 전에, 상기 개체로부터의 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  185. 청구항 184에 있어서, 상기 약제는 PD-L1 축 결합 길항제와 함께 사용하기 위해 제형화되는, 용도.
  186. 청구항 184 또는 185에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 또는 모두 7개의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  187. 청구항 184 내지 186 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 또는 CD34 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
  188. 청구항 187에 있어서, 상기 샘플에서 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 발현 수준은 VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, 및 CD34의 참조 수준 또는 그 초과인 것으로 결정되었던, 용도.
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