CN110546277B - 用于癌症的诊断和治疗方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供用于癌症(例如肾癌(例如肾细胞癌(RCC)),肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC)),膀胱癌症(例如尿道上皮膀胱癌(UBC)),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌(TNBC)))的治疗的诊断方法,治疗方法,和组合物。本发明至少部分基于如下发现,即可以在预测用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD‑L1轴结合拮抗剂(例如PD‑L1结合拮抗剂(例如抗PD‑L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD‑1结合拮抗剂(例如抗PD‑1抗体)),或用血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的治疗功效的方法中使用来自具有癌症的个体的样品中一种或多种本文中描述的生物标志物的表达水平。

Description

用于癌症的诊断和治疗方法
序列表
本申请含有序列表,已经以ASCII格式电子提交且据此通过援引以其全部收录。于2018年2月28日创建的所述ASCII拷贝,名称为50474-164WO4_Sequence_Listing_02.28.18_ST25且大小为235,647个字节。
发明领域
本发明致力于用于癌症的治疗的诊断和治疗方法。还提供的是相关试剂盒和测定法。
发明背景
癌症仍然是人类健康的最致命威胁之一。在美国,癌症每年侵袭几乎130万新患者,而且是位居心脏病之后的第二位死亡原因,大约占4例死亡中的1例。还预测癌症可能在五年内超越心血管疾病成为第一名死亡原因。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗有显著进步,但是所有癌症的总体5年存活率在过去20年中仅仅改善了约10％。特别是,恶性实体瘤以不受控制的方式快速转移和生长,使得它们的及时检测和治疗极其困难。
在人中用免疫检查点抑制剂进行的研究已经展现驾驭免疫系统控制和根除肿瘤生长的希望。程序性死亡1(PD-1)受体和它的配体程序性死亡配体1(PD-L1)是一种已经与慢性感染,妊娠,组织同种异体移植物,自身免疫病,和癌症期间免疫系统应答的遏制联系起来的免疫检查点蛋白质。PD-L1通过结合在T细胞,B细胞,和单核细胞的表面上表达的抑制性受体PD-1来调节免疫应答。PD-L1还经由与另一种受体,B7-1的相互作用负调节T细胞功能。PD-L1/PD-1和PD-L1/B7-1复合物的形成负调节T细胞受体信号传导,导致随后T细胞活化下调和抗肿瘤免疫活性遏制。
尽管癌症的治疗取得显著的进步,仍然在寻求改良的诊断方法和癌症疗法。
发明概述
本发明提供用于治疗具有癌症(例如肾癌(例如肾细胞癌(RCC)),肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC)),膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌(UBC)),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌(TNBC)))的个体的诊断和治疗方法和组合物。
在一个方面,本发明特征在于一种鉴定可能受益于用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有肾癌的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9；其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平将该个体鉴定为可能受益于用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于为具有肾癌的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9；其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平将该个体鉴定为可能受益于用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包含对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2组成的组的另外的基因的表达水平处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平,且该方法进一步包含对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平,且该方法进一步包含对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,或PTGS2中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且该方法进一步包含对该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中,该抗癌症疗法进一步包含PD-L1轴结合拮抗剂。在一些实施方案中,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平处于或高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗具有肾癌的个体的方法,该方法包含:(a)测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9；其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的该一种或多种基因的表达水平将有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法施用于该个体。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平测定为处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平测定为处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平测定为处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平测定为低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平测定为低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在另一个方面,本发明提供一种治疗具有肾癌的个体的方法,该方法包含对该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平已经测定为低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗具有肾癌的个体的方法,该方法包含:(a)测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34,其中该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；和(b)基于步骤(a)中测定的该一种或多种基因的表达水平将有效量的包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法施用于该个体。在一些实施方案中,该抗癌症疗法进一步包含PD-L1轴结合拮抗剂。
在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平测定为处于或高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗具有肾癌的个体的方法,该方法包含对该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该抗癌症疗法进一步包含PD-L1轴结合拮抗剂。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平已经测定为处于或高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该一种或多种基因的参照水平是自具有肾癌的个体的群体测定的。在一些实施方案中,该一种或多种基因的参照水平是在具有肾癌的患者的群体中测定的中值表达水平。在一些实施方案中,该参照水平是该一种或多种基因的标准化表达水平的Z得分的中值。
在任何前述方面的一些实施方案中,该表达水平是核酸表达水平。在一些实施方案中,该核酸表达水平是mRNA表达水平。在一些实施方案中,该mRNA表达水平是通过RNA-seq,RT-qPCR,qPCR,多路qPCR或RT-qPCR,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,ISH,或其组合测定的。
在任何前述方面的其它实施方案中,该表达水平是蛋白质表达水平。在一些实施方案中,该蛋白质表达水平是通过免疫组织化学(IHC),Western印迹,酶联免疫吸附测定法(ELISA),免疫沉淀,免疫荧光,放射免疫测定法,或质谱术测定的。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品是组织样品,细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。在一些实施方案中,该组织样品是肿瘤组织样品。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞,或其组合。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋(FFPE)的样品,存档的样品,新鲜的样品,或冷冻的样品。
在任何前述方面的一些实施方案中,该个体先前没有治疗该肾癌。在一些实施方案中,该肾癌是肾细胞癌(RCC)。在一些实施方案中,该RCC是转移性RCC(mRCC)。
在任何前述方面的一些实施方案中,该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体或VEGF受体(VEGFR)抑制剂。在一些实施方案中,该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中,该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗。在一些实施方案中,该VEGF拮抗剂是VEGFR抑制剂。在一些实施方案中,该VEGFR抑制剂是多靶向性酪氨酸激酶抑制剂。在一些实施方案中,该多靶向性酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼(sunitinib),阿西替尼(axitinib),帕唑替尼(pazopanib),或卡博替尼(cabozantinib)。在一些实施方案中,该多靶向性酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼。
在任何前述方面的一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂,PD-1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对一种或多种它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体选自由MPDL3280A(阿特珠单抗(atezolizumab)),YW243.55.S70,MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗(durvalumab)),和MSB0010718C(阿维单抗(avelumab))组成的组。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含下面的高变区(HVR):(a)GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:63)的HVR-H1序列；(b)AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)的HVR-H2序列；(c)RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)的HVR-H3序列；(d)RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:66)的HVR-L1序列；(e)SASFLYS(SEQ ID NO:67)的HVR-L2序列；和(f)QQYLYHPAT(SEQ ID NO:68)的HVR-L3序列。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:69)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的重链可变(VH)域；(b)包含与
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:70)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的轻链可变(VL)域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQID NO:70的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列的VH域；(b)包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列的VH域；和(b)包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
在任何前述方面的一些实施方案中,该方法进一步包含将另外的治疗剂施用于该个体。在一些实施方案中,该另外的治疗剂选自由免疫疗法药剂,细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法药剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。
在任何前述方面的一些实施方案中,该个体是人。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于鉴定可受益于用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有肾癌的个体的试剂盒,该试剂盒包含:(a)用于测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平的试剂:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9；和,任选地,(b)关于使用该试剂来鉴定可受益于用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有肾癌的个体的说明书。
在前述方面的一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平的试剂。
在前述方面的一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平的试剂。
在前述方面的一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定PD-L1和一种或多种选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平的试剂。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于鉴定可受益于用VEGF拮抗剂的治疗的具有肾癌的个体的试剂盒,该试剂盒包含:(a)用于测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平的试剂:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；和,任选地,(b)关于使用该试剂来鉴定可受益于用包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有肾癌的个体的说明书。在一些实施方案中,该抗癌症疗法进一步包含PD-L1轴结合拮抗剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平的试剂。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于将具有肾癌的个体鉴定为用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的候选者的测定法,该测定法包含测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9；其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平将该个体鉴定为可能受益于用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于将具有肾癌的个体鉴定为包含VEGF拮抗剂的治疗的候选者的测定法,该测定法包含测定来自该个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34,其中该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平高于该一种或多种基因的参照表达水平将该个体鉴定为可能受益于用包含VEGF拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,该抗癌症疗法进一步包含PD-L1轴结合拮抗剂。
在前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于供一种治疗罹患肾癌的个体的方法中使用的一种包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前(i)来自该个体的样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平已经测定为高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)来自该个体的样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。
在另一个方面,本发明提供包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法在制造用于治疗罹患肾癌的个体的药物中的用途,其中在治疗前(i)来自该个体的样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平已经测定为高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)来自该个体的样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平。在一些实施方案中,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平已经测定为低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于供一种治疗罹患肾癌的个体的方法中使用的VEGF拮抗剂,其中在治疗前来自该个体的样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该VEGF拮抗剂为与PD-L1轴结合拮抗剂组合使用而配制。
在另一个方面,本发明提供VEGF拮抗剂在制造用于治疗罹患肾癌的个体的药物中的用途,其中在治疗前来自该个体的样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该药物为与PD-L1轴结合拮抗剂组合使用而配制。
在任何前述方面的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平已经测定为处于或高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体或VEGF受体(VEGFR)抑制剂。在一些实施方案中,该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中,该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗。在一些实施方案中,该VEGF拮抗剂是VEGFR抑制剂。在一些实施方案中,该VEGFR抑制剂是多靶向性酪氨酸激酶抑制剂。在一些实施方案中,该多靶向性酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼。在一些实施方案中,该多靶向性酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼。
在任何前述方面的一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂,PD-1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对一种或多种它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体选自由MPDL3280A(阿特珠单抗),YW243.55.S70,MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗),和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含下面的高变区(HVR):(a)GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:63)的HVR-H1序列；(b)AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)的HVR-H2序列；(c)RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)的HVR-H3序列；(d)RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:66)的HVR-L1序列；(e)SASFLYS(SEQ ID NO:67)的HVR-L2序列；和(f)QQYLYHPAT(SEQ ID NO:68)的HVR-L3序列。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:69)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的重链可变(VH)域；(b)包含与
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:70)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的轻链可变(VL)域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQID NO:70的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列的VH域；(b)包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含:(a)包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列的VH域；和(b)包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列的VL域。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
附图简述
图1是显示接受阿特珠单抗和贝伐珠单抗组合治疗的肾细胞癌(RCC)患者间随时间的肿瘤负荷的图。该图上的点显示靶损害的最长直径之和(SLD)方面自基线的最大降低。PR,部分响应；PD,进展性疾病；SD,稳定的疾病。
图2是显示每位RCC患者的研究治疗的持续时间的图。第一次PR或CR的时间以圆圈指示；第一次PD的时间以三角形指示；治疗中止以黑色条指示；而到分析时仍然在治疗中的患者以箭标示。
图3是显示贝伐珠单抗(“Bev”)治疗后肿瘤生物标志物的基因表达水平的图。相对于基线表达水平(治疗前)显示治疗时肿瘤样品的表达水平。血管签名基因(ANGPT2,CD34,DLL4,EGFL7,和ESM1)以黑色显示,CD8 T细胞效应基因(CD8A,CD8B,EOMES,GZMA,IFNG,和PRF1)以有图案的灰色显示,Th1趋化因子(CXCL10,CXCL11,CXCL13,和CXCL9)以白色显示,而天然杀伤(NK)细胞基因(GZMB,KLRK1,和SLAMF7)以实心灰色显示。
图4是显示阿特珠单抗和贝伐珠单抗组合(“Bev+Atezo”)治疗后肿瘤生物标志物的基因表达水平的图。相对于基线表达水平(治疗前)显示治疗时肿瘤样品的表达水平。血管签名基因(ANGPT2,CD34,DLL4,EGFL7,和ESM1)以黑色显示,CD8 T细胞效应基因(CD8A,CD8B,EOMES,GZMA,IFNG,和PRF1)以有图案的灰色显示,Th1趋化因子(CXCL10,CXCL11,CXCL13,和CXCL9)以白色显示,而NK细胞基因(GZMB,KLRK1,和SLAMF7)以实心灰色显示。
图5是显示来自患者3的肿瘤样品中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像,如通过免疫组织化学(IHC)评估的。CD31染成深灰色(第一行),CD8染成深灰色(第二行),MHC-I染成深灰色(第三行),而PD-L1染成深灰色(第四行)。治疗前样品显示于左手栏,贝伐珠单抗后样品显示于中间栏,而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。
图6是显示指定时间点时免疫和血管系统标志物的量化的一系列图,如通过IHC评估的。CD31表达显示于顶部小图,CD8表达显示于中间小图,而MHC-I表达显示于底部小图。通过配对t检验确定P值。“VPOSVE”是血管密度的度量。
图7是显示来自患者3的肿瘤样品的系列切片中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像,如通过IHC评估的。第一行显示CD34,α平滑肌肌动蛋白(αSMA),和podoplanin的表达。第二行显示CD8和Ki67的表达。第三行显示CD68和CD163的表达。治疗前样品显示于左手栏,贝伐珠单抗后样品显示于中间栏,而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。
图8是显示肿瘤样品中CD34和αSMA的蛋白质表达的一系列代表性图像,如通过IHC评估的。治疗前样品显示于左手栏,贝伐珠单抗后样品显示于中间栏,而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。在每一行上排列个体患者1-6的切片。还指示每一名患者的响应。
图9是显示来自肿瘤的系列切片中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像,如通过IHC评估的。第一行显示CD34,αSMA,和podoplanin的表达。第二行显示CD8和Ki67的表达。第三行显示CD68和CD163的表达。贝伐珠单抗后样品显示于左手栏,而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。
图10是显示贝伐珠单抗+阿特珠单抗后来自肿瘤的系列切片中免疫和血管系统标志物的蛋白质表达的一系列代表性图像,如通过IHC评估的。顶部图像显示CD34,αSMA,和podoplanin的表达。中间图像显示CD8和Ki67的表达。底部图像显示CD68和CD163的表达。
图11是显示肿瘤中响应贝伐珠单抗和贝伐珠单抗+阿特珠单抗治疗的VEGF转录物表达的上调的图。针对持家(HK)基因表达将表达标准化。每条线代表一名个体患者。
图12是显示来自肿瘤切片的CD8(染成深灰色)的蛋白质表达的一系列代表性图像,如通过IHC评估的。治疗前样品显示于左手栏,贝伐珠单抗后样品显示于中间栏,而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。在每一行上排列个体患者1-6的切片。还指示每一名患者的响应。
图13是显示来自肿瘤切片的CD8和Ki67的蛋白质表达的一系列代表性图像,如通过IHC评估的。治疗前样品显示于左手栏,贝伐珠单抗后样品显示于中间栏,而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。在每一行上排列个体患者1-6的切片。
图14A-14C是显示在治疗前时间点时每一名患者的每平方毫米(mm2)肿瘤面积中表达CD8或Ki67和CD8二者的细胞的数目的一系列图。图14A显示患者1和2的数据。图14B显示患者3和4的数据。图14C显示患者5的数据。还指示每一名患者的响应。
图15A-15C是显示在贝伐珠单抗后时间点时每一名患者的每mm2肿瘤面积中表达CD8或Ki67和CD8二者的细胞的数目的一系列图。图15A显示患者1和2的数据。图15B显示患者3和5的数据。图15C显示患者6的数据。还指示每一名患者的响应。
图16A-16C是显示在贝伐珠单抗+阿特珠单抗后时间点时每一名患者的每mm2肿瘤面积中表达CD8或Ki67和CD8二者的细胞的数目的一系列图。图16A显示患者1和2的数据。图16B显示患者3和4的数据。图16C显示患者5和6的数据。还指示每一名患者的响应。
图17A和17B是显示表达CX3CR1的肿瘤样品中CD8+细胞的百分比的一系列流式细胞术图。治疗前样品显示于左手栏,贝伐珠单抗后样品显示于中间栏,而贝伐珠单抗+阿特珠单抗后样品显示于右手栏。每一行显示个体患者的结果。图17A显示患者2和3的数据。图17B显示患者5和6的数据。
图18是作为总CD8+细胞的百分比(左)和作为肿瘤抗原特异性(Dex-APC+)T细胞的百分比(右)显示CX3CR1的表达的图,基于流式细胞术分析。
图19是显示血液中抗原特异性T细胞的代表频率的一系列流式细胞术图。显示来自两名HLA-A2-阳性患者的代表性数据,具有与肿瘤活检时间点匹配的采血。
图20是显示在指定治疗时间点时肿瘤中趋化因子表达(CCL2,CCL5,CCR5,CX3CL1,CCR7,和CXCL10)的变化的一系列图。将表达针对持家(HK)基因表达标准化。
图21A-21C是显示来自患者6的肿瘤样品中在治疗之前和之后浸润性淋巴细胞(TIL)的TCRβ测序的结果的一系列图。显示每个组的头等克隆(直至25)。趋势性TCRβ克隆群体的流行度在图21A(底部小图),21B,和21C中以更深的线显示。
图22是显示在贝伐珠单抗+阿特珠单抗治疗之前和之后来自患者3TIL的TCRβ测序的结果的图。
图23A和23B是显示来自患者2,3,和6的治疗前PBMC,贝伐珠单抗+阿特珠单抗后外周血单个核细胞(PBMC),和贝伐珠单抗+阿特珠单抗后TIL的TCRβ测序的结果的一系列图。图23A显示患者2和3的数据,而图23B显示患者6的数据。显示每个组的头等克隆(直至25)。
图24是显示对于患者3和6,在每个治疗时间点时PBMC池对TIL池中病毒抗原特异性克隆的数目的热图。
图25是显示所示基因表达亚组中与无进展存活(PFS)关联的总体响应率(ORR)的图。Atezo,阿特珠单抗；atezo+bev；阿特珠单抗和贝伐珠单抗。Ang指示VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34；Teff指示CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1。
图26是显示RCC肿瘤中血管发生性的,免疫相关的,和髓样相关的基因的转录组图的热图。
图27A和27B是一系列图,显示将贝伐珠单抗添加至阿特珠单抗在T效应(Teff)高/髓样炎症(髓样)高亚组中与改善的PFS益处有关(图27B),但是在Teff高髓样低亚组中不然(图27A)。Teff指示CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1。髓样指示IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2。高:≥中值表达,低:<中值表达。
图28是显示在比较实施例5中描述的研究的Atezo+Bev臂内髓样高与髓样低患者时,独立于Teff基因,髓样基因(IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2)与相对较差的PFS结局有关的图。在与舒尼替尼(Sun)相比时,在髓样高群体中Atezo+Bev与Sun没有不同,但是在髓样低群体中Atezo+Bev展现改善的PFS益处。高:≥中值表达,低:<中值表达。
图29A和29B是一系列图,显示在血管发生低亚组中阿特珠单抗+贝伐珠单抗展现与舒尼替尼相比改善的PFS(图29A),而在血管发生高亚组中舒尼替尼治疗展现改善的PFS(图29B)。为所示治疗臂显示具有血管发生基因(VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34)的高(≥中值表达)或低(<中值表达)表达的患者的PFS。
图30A-30C是一系列图,显示与血管发生低子集相比在血管发生高子集中舒尼替尼治疗展现改善的PFS。对于具有血管发生基因(VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34)的高(≥中值表达)或低(<中值表达)表达的患者亚组评估舒尼替尼(图30A),阿特珠单抗+贝伐珠单抗(图30B),和阿特珠单抗(图30C)治疗臂中的患者的PFS。图下面的表显示危害比(HR)和95％置信区间(95％CI)。
图31A和31B是一系列图,显示在Teff高子集中与舒尼替尼相比阿特珠单抗+贝伐珠单抗展现改善的PFS。为所示治疗臂显示具有Teff基因(CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1)的高(≥中值表达)(图31A)或低(<中值表达)(图31B)表达的患者的PFS。
图32A-32C是一系列图,显示与Teff低亚组相比在Teff高亚组中阿特珠单抗+贝伐珠单抗展现改善的PFS。为具有Teff基因(CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1)的高(≥中值表达)或低(<中值表达)表达的患者亚组评估舒尼替尼(图32A),阿特珠单抗+贝伐珠单抗(图32B),和阿特珠单抗(图32C)治疗臂中患者的PFS。图下面的表显示危害比(HR)和95％置信区间(95％CI)。
图33是示意图,显示在IMmotion150试验中将患者随机化至三个治疗臂之一的流程图:舒尼替尼,阿特珠单抗单一疗法,或阿特珠单抗+贝伐珠单抗组合。舒尼替尼臂中的一名患者由于撤回同意没有接受研究药物并排除在安全性分析以外。
图34A-34C是一系列图,显示在具有PD-L1+IC的mRCC患者中与阿特珠单抗+贝伐珠单抗有关的正面的由独立审查机构(IRF)评估的功效。Kaplan-Meier曲线描绘在33个月里在ITT群体(图34A)和PD-L1+(IC上的≥1％PD-L1表达,通过IHC)群体(图34B)中的阿特珠单抗贝伐珠单抗,阿特珠单抗单一疗法,和舒尼替尼治疗臂中的由IRF评估的中值PFS。在Kaplan-Meier曲线中以垂直记号标记指示经过审查的数据。以部分响应(PR)和完全响应(CR)描绘每个治疗臂的ITT和PD-L1+群体的客观响应率(ORR)(图34C)。
图35A和35B是一系列图,显示在具有PD-L1+IC的mRCC患者中与阿特珠单抗+贝伐珠单抗有关的由调查人员(INV)评估的PFS。Kaplan-Meier曲线描绘在33个月里在ITT群体(图35A)和PD-L1+(IC上的≥1％PD-L1表达,通过IHC)群体(图35B)的阿特珠单抗+贝伐珠单抗,阿特珠单抗单一疗法,和舒尼替尼治疗臂中由INV评估的中值PFS。在Kaplan-Meier曲线中以垂直记号标记指示经过审查的数据。
图36A和36B是一系列森林图,显示在关键亚组中由IRF评估的PFS危害比(HR)。显示的森林图描绘在阿特珠单抗+贝伐珠单抗(图36A)和阿特珠单抗单一疗法(图36B)的特定患者亚组中中值PFS较之舒尼替尼HR。该分析是未分层的。
图37A和37B是一系列图,显示不良事件(AE)有阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之舒尼替尼臂之间>5％频率差异(图37A)和阿特珠单抗较之舒尼替尼群体内≥20％频率(图37B)。
图38A是显示263份治疗前肿瘤(列)中感兴趣基因(行)的表达的热图。在显现前将与血管发生,免疫和抗原呈递,和髓样炎症有关的基因的标准化计数进行Z得分换算。样品注解包括肿瘤浸润性免疫细胞(IC)的PD-L1 IHC状态,肉瘤样特征的存在,MSKCC得分,和肿瘤阶段。
图38B是显示Angio高群体中的均值CD31 IHC染色强度比Angio低群体要高的图(双尾t检验,P＝4.19x 10-21)。在图上方指示每组的样品数目。
图38C和38D是一系列图,显示Teff签名得分与通过IHC得到的IC上的PD-L1蛋白质表达水平(图38C；Wald检验P＝3.26x 10-20)和通过IHC得到的肿瘤内CD8A蛋白质表达(图38D；双尾t检验P＝1.26x 10-28)有关。在每幅图上方指示每组的样品数目。
图38E是显示每个治疗臂的Angio高和Angio低群体中的ORR(PR+CR)的图。误差棒代表ORR的95％CI。
图38F是显示每个治疗臂内的Angio高较之Angio低群体的PFS HR和CI的森林图的图。
图38G和38H是显示Kaplan-Meier曲线的一系列图,显示在Angio低(图38G)和Angio高(图38H)亚组中的治疗臂间PFS的概率；HR是较之舒尼替尼计算的。
图38I是显示每个治疗臂的Teff高和Teff低群体中的ORR(PR+CR)的图。误差棒代表ORR的95％CI。
图38J是显示每个治疗臂内的Teff高较之Teff低群体的PFS HR和CI的森林图的图。
图38K和38L是显示Kaplan-Meier曲线的一系列图,显示在Teff低(图38K)和Teff高(图38L)亚组中的治疗臂间的PFS的概率；HR是较之舒尼替尼计算的。
图38M和38N是显示Kaplan-Meier曲线的一系列图,显示Teff高髓样低(图38M)和Teff高髓样高(图38N)亚组中的PFS的概率；HR是较之阿特珠单抗单一疗法计算的。在Kaplan-Meier曲线中以垂直记号标记指示经过审查的数据。PFS的所有HR和CI值是自Cox比例危害回归模型提取的；指示了每组的中值存活时间。
发明详述
本发明提供用于癌症(例如肾癌(例如肾细胞癌(RCC)),肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC)),膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌(UBC)),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌(TNBC)))的治疗的诊断方法和测定法,治疗方法和用途,和组合物。本发明至少部分基于自具有癌症(例如肾癌(例如肾细胞癌(RCC)),肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC)),膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌(UBC)),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌(TNBC)))的个体获得的样品中一种或多种基因(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平可以用作鉴定该个体是否有可能响应包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的治疗；为治疗该个体选择疗法；优化包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的治疗功效；和/或监测该个体对包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应的方法中的生物标志物(例如预测性生物标志物)的发现。本发明还提供用于治疗具有癌症(例如肾癌(例如肾细胞癌(RCC)),肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC)),膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌(UBC)),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌(TNBC)))的个体的方法,其通过施用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法。
在另一个方面,本发明至少部分基于如下发现,即自具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体获得的样品中一种或多种基因(例如VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,和/或CD34)的表达水平可用作鉴定该个体是否有可能响应用包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的治疗；为治疗该个体选择疗法；优化用包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的治疗的治疗功效；和/或监测该个体对包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的响应的方法中的生物标志物(例如预测性生物标志物)。本发明还提供用于治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其通过施用血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))。在一些情况中,该VEGF拮抗剂是作为单一疗法施用的。
I.定义
要理解的是,本文中描述的发明的各个方面和实施方案包括“包含”,“由……组成”,和“基本上由……组成”方面和实施方案。如本文中使用的,单数形式“一个”,“一种”,和“所述/该”包括复数提及物,除非另外指明。
如本文中使用的,术语“约”指此技术领域中的技术人员容易知道的相应数值的通常误差范围。本文中提到“约”数值或参数包括(且描述)涉及该数值或参数本身的实施方案。
如本文中使用的,术语“个体”,“患者”,或“受试者”可互换使用且指想要治疗的任何单一动物,更优选哺乳动物(包括非人动物,诸如例如猫,犬,马,家兔,动物园动物,牛,猪,绵羊,和非人灵长类)。在特定实施方案中,本文中的患者是人。患者可以是“癌症患者”,即罹患癌症,或有风险罹患癌症,或罹患癌症的一种或多种症状的患者。
术语“癌症”和“癌性”指或描述哺乳动物中典型地以不受调节的细胞生长为特征的生理疾患。癌症的例子包括但不限于癌,淋巴瘤,母细胞瘤,肉瘤,和白血病或淋巴样恶性。此类癌症的更具体例子包括但不限于肾癌或肾的癌(例如肾细胞癌(RCC))；肺癌(包括小细胞肺癌,非小细胞肺癌,肺的腺癌,和肺的鳞癌)；膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌(UBC),肌肉侵入性膀胱癌(MIBC),和BCG不应性非肌肉侵入性膀胱癌(NMIBC))；尿道癌；乳腺癌(例如HER2+乳腺癌和雌激素受体(ER-),孕酮受体(PR-),和HER2(HER2-)阴性的三重阴性乳腺癌(TNBC))；前列腺癌,诸如去势抗性前列腺癌(CRPC)；腹膜癌；肝细胞癌；胃的癌或胃癌(包括胃肠癌和胃肠基质癌)；胰腺癌；成胶质细胞瘤；宫颈癌；卵巢癌；肝癌(例如肝细胞癌(HCC))；肝瘤；结肠癌；直肠癌；结肠直肠癌；子宫内膜或子宫癌；唾液腺癌；前列腺癌；外阴癌；甲状腺癌；肝的癌；肛门癌；阴茎癌；黑素瘤,包括浅表扩散性黑素瘤,恶性雀斑样痣黑素瘤,肢端黑素瘤,和结节性黑素瘤；多发性骨髓瘤和B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金(Hodgkin)氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦(Waldenstrom)氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；急性髓性白血病(AML)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病(CML)；移植后淋巴增殖性病症(PTLD)；和骨髓增生异常综合征(MDS),以及与瘢痣病,水肿(诸如与脑瘤有关的),梅格斯(Meigs)氏综合征有关的异常血管增殖,脑癌,头和颈癌,和相关转移。在一些实施方案中,癌症是肾癌。在特定实施方案中,肾癌是RCC(例如晚期RCC或转移性RCC(mRCC),包括先前未治疗的RCC)。
“早期癌症”或“早期肿瘤”意指并非侵入性或转移性的,或者归类为0,1,或2期癌症的癌症。
“晚期”癌症是通过局部侵入或转移而扩散到起源的部位或器官之外的癌症。
“顽固性/不应性”癌症是即使对癌症患者施用抗肿瘤剂,诸如化疗剂仍然进展的癌症。顽固性/不应性癌症的一个例子是铂不应性的癌症。
“复发性”癌症是在对初始疗法的响应之后,在初始部位或在远端部位再次生长的癌症。
术语“细胞增殖性病症”和“增殖性病症”指与一定程度的异常细胞增殖有关的病症。在一个实施方案中,细胞增殖性病症是癌症。
如本文中使用的,术语“肿瘤”指所有赘生性细胞生长和增殖,无论是恶性的还是良性的,及所有癌前和癌性细胞和组织。
术语“癌症”,“癌性”,“细胞增殖性病症”,“增殖性病症”,和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥。
“病症”是会受益于治疗的任何状况,包括但不限于慢性和急性病症或疾病,包括那些使哺乳动物易患上所讨论病症的病理状况。
术语“检测”包括任何检测手段,包括直接和间接检测。
如本文中使用的,术语“样品”指自感兴趣患者和/或个体获得或衍生的,含有要例如基于物理,生化,化学,和/或生理特征来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体的组合物。样品包括但不限于组织样品,原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清液,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液(follicular fluid),精液,羊水,乳液,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪液,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液,组织提取物诸如匀浆化组织,肿瘤组织,细胞提取物,和其组合。
如本文中使用的,表述“细胞”,“细胞系”,和“细胞培养物”可互换使用且所有此类名称包括后代。如此,词语“转化子/转化体”和“转化细胞”包括原代受试细胞和自其衍生的培养物,不管转移的次数。还理解的是,由于有意或无意的突变,所有后代可以是在DNA内容方面不是精确相同的。具有与在原始转化细胞中筛选的相同的功能或生物学活性的突变后代包括在内。在旨在不同命名的情况中,根据上下文会是清楚的。
术语“生物标志物”和“标志物”在本文中可互换使用,指其在患者的样品中的表达或存在可通过标准方法(或本文中公开的方法)来检测的DNA,RNA,蛋白质,碳水化合物,糖脂,或基于细胞的分子标志物。此类生物标志物包括但不限于CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9。此类生物标志物的表达可测定为在自对治疗(例如用包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗,或用多靶向性酪氨酸激酶抑制剂的治疗)敏感性或响应性的患者获得的样品中比参照水平(包括例如来自一组/群患者,例如具有癌症且正在测试对治疗的响应性的患者的样品中生物标志物的中值表达水平；来自一组/群患者,例如具有癌症且鉴定为不响应治疗的患者的样品中生物标志物的中值表达水平；在在先时间时先前自个体获得的样品中的水平；或来自接受过原发性肿瘤设置中的(例如用包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法,或用多靶向性酪氨酸激酶抑制剂的治疗)在先治疗且现在可能经历转移的患者的样品中的水平)要高或低。
如本文中使用的,术语“CD8A”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8A,包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CD8A以及源自细胞中的加工的任何形式的CD8A。该术语还涵盖CD8A的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CD8A的核酸序列在SEQ ID NO:1中列出。一种例示性的由人CD8A编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:2中显示。
如本文中使用的,术语“EOMES”指来自任何脊椎动物来源的任何天然EOMES(Eomesodermin),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的EOMES以及源自细胞中的加工的任何形式的EOMES。该术语还涵盖EOMES的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人EOMES的核酸序列在SEQ ID NO:3中列出。一种例示性的由人EOMES编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ IDNO:4中显示。
如本文中使用的,术语“GZMA”指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMA(粒酶A),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的GZMA以及源自细胞中的加工的任何形式的GZMA。该术语还涵盖GZMA的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人GZMA的核酸序列在SEQ ID NO:51中列出。一种例示性的由人GZMA编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:52中显示。
如本文中使用的,术语“GZMB”指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMB(粒酶B),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的GZMB以及源自细胞中的加工的任何形式的GZMB。该术语还涵盖GZMB的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人GZMB的核酸序列在SEQ ID NO:53中列出。一种例示性的由人GZMB编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:54中显示。
如本文中使用的,术语“PRF1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PRF1(穿孔蛋白1；也称作孔形成蛋白),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PRF1以及源自细胞中的加工的任何形式的PRF1。该术语还涵盖PRF1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PRF1的核酸序列在SEQ ID NO:5中列出。一种例示性的由人PRF1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:6中显示。
如本文中使用的,术语“IFNG”指来自任何脊椎动物来源的任何天然IFNG(干扰素,伽马),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的IFNG以及源自细胞中的加工的任何形式的IFNG。该术语还涵盖IFNG的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人IFNG的核酸序列在SEQ IDNO:7中列出。一种例示性的由人IFNG编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:8中显示。
术语“编程性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽,多肽变体,和天然序列多肽和多肽变体的片段(其在本文中进一步定义)。本文中描述的PD-L1多肽可以是自多种来源,诸如自人组织类型或自另一来源分离,或通过重组或合成方法制备的。
“天然序列PD-L1多肽”包含与自自然界衍生的相应PD-L1多肽具有相同氨基酸序列的多肽。该术语涵盖“全长”,未加工的PD-L1以及源自细胞中的加工的任何形式的PD-L1。该术语还涵盖PD-L1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。
“PD-L1多肽变体”或其变异意指与如本文中公开的任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性的PD-L1多肽,一般是活性PD-L1多肽,如本文中定义的。例如,此类PD-L1多肽变体包括如下的PD-L1多肽,其中在天然氨基酸序列的N或C端处添加或删除一个或多个氨基酸残基。通常,PD-L1多肽变体会与如本文中公开的天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性,或者至少约81％,82％,83％,84％,85％,86％,87％,88％,89％,90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％氨基酸序列同一性。通常,PD-L1变体多肽的长度是至少约10个氨基酸,或者长度是至少约20,30,40,50,60,70,80,90,100,110,120,130,140,150,160,170,180,190,200,210,220,230,240,250,260,270,280,281,282,283,284,285,286,287,288,或289个氨基酸,或更多个。任选地,PD-L1变体多肽会具有与天然PD-L1多肽序列相比不超过一处保守氨基酸替代,或者与天然PD-L1多肽序列相比不超过2,3,4,5,6,7,8,9,或10处保守氨基酸替代。
术语“血管内皮生长因子”或“VEGF”指如由Swiss Prot登录号P15692,Gene ID(NCBI):7422例示的血管内皮生长因子蛋白A(VEGFA)。术语“VEGF”涵盖具有Swiss Prot登录号P15692,Gene ID(NCBI):7422的氨基酸序列的蛋白质以及其同源物和同等型。术语“VEGF”还涵盖VEGF的已知同等型,例如剪接同等型,例如VEGF111,VEGF121,VEGF145,VEGF165,VEGF189,和VEGF206,联同其天然发生等位和加工形式,包括通过纤溶酶切割VEGF165生成的110个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子,如Ferrara,Mol.Biol.Cell.21:687,2010；Leunget al.,Science 246:1306,1989；及Houck et al.,Mol.Endocrin.,5:1806,1991中描述的。术语“VEGF”还指来自非人物种诸如小鼠,大鼠或灵长类的VEGF。有时,来自特定物种的VEGF以诸如用于人VEGF的hVEGF,用于鼠VEGF的mVEGF,等等术语表示。术语“VEGF”还用于指包含165个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子的氨基酸8至109或1至109的截短形式的多肽。在本申请中可通过例如“VEGF109”,“VEGF(8-109)”,“VEGF(1-109)”或“VEGF165”来鉴别任何此类形式的VEGF的提及。“截短的”天然VEGF的氨基酸位置如天然VEGF序列中标示来编号。例如,截短的天然VEGF中的氨基酸位置17(甲硫氨酸)也是天然VEGF中的位置17(甲硫氨酸)。截短的天然VEGF具有与天然VEGF相当的对KDR和Flt-1受体的结合亲和力。如本文中使用的,术语“VEGF变体”指在天然VEGF序列中包括一处或多处氨基酸突变的VEGF多肽。任选地,一处或多处氨基酸突变包括氨基酸替代。为了本文中描述的VEGF变体的速记名称的目的,注意数字指沿着推定天然VEGF的氨基酸序列的氨基酸残基位置(在Leung等人,见上文及Houck等人,见上文中提供)。除非另有规定,如本文中使用的,术语“VEGF”指示VEGF-A。
如本文中使用的,术语“激酶插入域受体”或“KDR”指来自任何脊椎动物来源的任何天然KDR(在本领域中也称作胎肝激酶1(FLK1)或血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的KDR以及源自细胞中的加工的任何形式的KDR。该术语还涵盖KDR的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人KDR的核酸序列在SEQ ID NO:9中列出。一种例示性的由人KDR编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:10中显示。
如本文中使用的,术语“内皮细胞特异性分子1”或“ESM1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然ESM1(在本领域中也称作endocan),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的ESM1以及源自细胞中的加工的任何形式的ESM1。该术语还涵盖ESM1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人ESM1的核酸序列在SEQ ID NO:11中列出。一种例示性的由人ESM1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:12中显示。
如本文中使用的,术语“血小板和内皮细胞粘附分子1”或“PECAM1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PECAM1(在本领域中也称作CD31,endoCAM,GPIIA,或PECA1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PECAM1以及源自细胞中的加工的任何形式的PECAM1。该术语还涵盖PECAM1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PECAM1的核酸序列在SEQ ID NO:13中列出。一种例示性的由人PECAM1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:14中显示。
如本文中使用的,术语“FLT1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然FLT1(在本领域中也称作血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)或fms相关酪氨酸激酶1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的FLT1以及源自细胞中的加工的任何形式的FLT1。该术语还涵盖FLT1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人FLT1的核酸序列在SEQ ID NO:55中列出。一种例示性的由人FLT1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:56中显示。
如本文中使用的,术语“血管生成素样4”或“ANGPTL4”指来自任何脊椎动物来源的任何天然ANGPTL4(在本领域中也称作肝纤维蛋白原/血管生成素相关蛋白(HFARP),过氧化物酶体增殖子活化的受体(PPAR)γ,肝血管生成素相关蛋白(HARP),血管生成素相关蛋白4(Arp4),或禁食诱导的脂肪因子(FIAF)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的ANGPTL4以及源自细胞中的加工的任何形式的ANGPTL4。该术语还涵盖ANGPTL4的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人ANGPTL4的核酸序列在SEQ ID NO:15中列出。一种例示性的由人ANGPTL4编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:16中显示。
如本文中使用的,术语“CD34”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD34(在本领域中也称作CD34分子或CD34抗原),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CD34以及源自细胞中的加工的任何形式的CD34。该术语还涵盖CD34的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CD34的核酸序列在SEQ ID NO:17中列出。一种例示性的由人CD34编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:18中显示。
如本文中使用的,术语“白介素6”或“IL6”指来自任何脊椎动物来源的任何天然IL6,包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的IL6以及源自细胞中的加工的任何形式的IL6。该术语还涵盖IL6的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人IL6的核酸序列在SEQ ID NO:19中列出。一种例示性的由人IL6编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:20中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL1(趋化因子(C-X-C基序)配体1；也称作GRO1或嗜中性细胞激活蛋白3(NAP-3)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL1以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL1。该术语还涵盖CXCL1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL1的核酸序列在SEQ ID NO:21中列出。一种例示性的由人CXCL1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:22中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL2(趋化因子(C-X-C基序)配体2；也称作巨噬细胞炎性蛋白2-α(MIP2-α)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL2以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL2。该术语还涵盖CXCL2的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL2的核酸序列在SEQ ID NO:23中列出。一种例示性的由人CXCL2编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:24中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL3”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL3(趋化因子(C-X-C基序)配体3；也称作巨噬细胞炎性蛋白2-β(MIP2-β)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL3以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL3。该术语还涵盖CXCL3的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL3的核酸序列在SEQ ID NO:25中列出。一种例示性的由人CXCL3编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:26中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL8”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL8(趋化因子(C-X-C基序)配体8；也称作白介素8(IL8)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL8以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL8。该术语还涵盖CXCL8的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL8的核酸序列在SEQ ID NO:27中列出。一种例示性的由人CXCL8编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:28中显示。
如本文中使用的,术语“PTGS2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PTGS2(前列腺素-内过氧化物合酶2；也称作环加氧酶-2(COX-2)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PTGS2以及源自细胞中的加工的任何形式的PTGS2。该术语还涵盖PTGS2的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PTGS2的核酸序列在SEQ ID NO:29中列出。一种例示性的由人PTGS2编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:30中显示。
如本文中使用的,术语“CXCR1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCR1(C-X-C基序趋化因子受体1；也称作白介素8受体,α,IL8RA,和CD181),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCR1以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCR1。该术语还涵盖CXCR1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCR1的核酸序列在SEQ ID NO:75中列出。一种例示性的由人CXCR1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:76中显示。
如本文中使用的,术语“CXCR2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCR2(C-X-C基序趋化因子受体2；也称作白介素8受体,β,IL8RB,和CD182),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCR2以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCR2。该术语还涵盖CXCR2的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCR2的核酸序列在SEQ ID NO:77中列出。一种例示性的由人CXCR2编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:78中显示。
如本文中使用的,术语“S100A8”指来自任何脊椎动物来源的任何天然S100A8(S100钙结合蛋白A8；也称作钙粒蛋白A),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。S100A8能与S100A9形成称作钙防卫蛋白的异二聚体。该术语涵盖“全长”,未加工的S100A8以及源自细胞中的加工的任何形式的S100A8。该术语还涵盖S100A8的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人S100A8的核酸序列在SEQ ID NO:79中列出。一种例示性的由人S100A8编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:80中显示。
如本文中使用的,术语“S100A9”指来自任何脊椎动物来源的任何天然S100A9(S100钙结合蛋白A9；也称作钙粒蛋白B和迁移抑制因子相关蛋白14(MRP14)),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的S100A9以及源自细胞中的加工的任何形式的S100A9。该术语还涵盖S100A9的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人S100A9的核酸序列在SEQ ID NO:81中列出。一种例示性的由人S100A9编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:82中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL9”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL9(趋化因子(C-X-C基序)配体9),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL9以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL9。该术语还涵盖CXCL9的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL9的核酸序列在SEQ ID NO:57中列出。一种例示性的由人CXCL9编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:58中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL10”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL10(趋化因子(C-X-C基序)配体10),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL10以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL10。该术语还涵盖CXCL10的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL10的核酸序列在SEQ ID NO:59中列出。一种例示性的由人CXCL10编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:60中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL11”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL11(趋化因子(C-X-C基序)配体11),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL11以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL11。该术语还涵盖CXCL11的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL11的核酸序列在SEQ ID NO:61中列出。一种例示性的由人CXCL11编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:62中显示。
如本文中使用的,术语“CD27”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD27(在本领域中也称作CD27L受体或TNFRSF7),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CD27以及源自细胞中的加工的任何形式的CD27。该术语还涵盖CD27的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CD27的核酸序列在SEQ ID NO:31中列出。一种例示性的由人CD27编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:32中显示。
如本文中使用的,术语“FOXP3”指来自任何脊椎动物来源的任何天然FOXP3(叉头盒P3,在本领域中也称作scurfin),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的FOXP3以及源自细胞中的加工的任何形式的FOXP3。该术语还涵盖FOXP3的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人FOXP3的核酸序列在SEQ ID NO:33中列出。一种例示性的由人FOXP3编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:34中显示。
如本文中使用的,术语“PD-1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PD-1(也称作PDCD1,程序性细胞死亡蛋白1,或CD279),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PD-1以及源自细胞中的加工的任何形式的PD-1。该术语还涵盖PD-1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PD-1的核酸序列在SEQ ID NO:35中列出。一种例示性的由人PD-1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:36中显示。
如本文中使用的,术语“CTLA4”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CTLA4(细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4,在本领域中也称作CD152),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CTLA4以及源自细胞中的加工的任何形式的CTLA4。该术语还涵盖CTLA4的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CTLA4的核酸序列在SEQ ID NO:37中列出。一种例示性的由人CTLA4编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:38中显示。
如本文中使用的,术语“TIGIT”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TIGIT(具有Ig和ITIM域的T细胞免疫受体),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TIGIT以及源自细胞中的加工的任何形式的TIGIT。该术语还涵盖TIGIT的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TIGIT的核酸序列在SEQ ID NO:39中列出。一种例示性的由人TIGIT编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:40中显示。
如本文中使用的,术语“IDO1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然IDO1(吲哚胺2,3-双加氧酶1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的IDO1以及源自细胞中的加工的任何形式的IDO1。该术语还涵盖IDO1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人IDO1的核酸序列在SEQ ID NO:41中列出。一种例示性的由人IDO1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:42中显示。
如本文中使用的,术语“PSMB8”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PSMB8(蛋白酶体亚基β8型),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PSMB8以及源自细胞中的加工的任何形式的PSMB8。该术语还涵盖PSMB8的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PSMB8的核酸序列在SEQ ID NO:43中列出。一种例示性的由人PSMB8编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQID NO:44中显示。
如本文中使用的,术语“PSMB9”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PSMB9(蛋白酶体亚基β9型),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PSMB9以及源自细胞中的加工的任何形式的PSMB9。该术语还涵盖PSMB9的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PSMB9的核酸序列在SEQ ID NO:45中列出。一种例示性的由人PSMB9编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQID NO:46中显示。
如本文中使用的,术语“TAP1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TAP1(与抗原加工有关的转运蛋白1；在本领域中也称作抗原肽转运蛋白1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TAP1以及源自细胞中的加工的任何形式的TAP1。该术语还涵盖TAP1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TAP1的核酸序列在SEQ ID NO:47中列出。一种例示性的由人TAP1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:48中显示。
如本文中使用的,术语“TAP2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TAP2(抗原肽转运蛋白2),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TAP2以及源自细胞中的加工的任何形式的TAP2。该术语还涵盖TAP2的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TAP2的核酸序列在SEQID NO:49中列出。一种例示性的由人TAP2编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:50中显示。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可互换使用且一般指生物学样品中生物标志物的量。“表达”一般指信息(例如基因编码和/或表观遗传的信息)转化成细胞中存在且运转的结构的过程。因此,如本文中使用的,“表达”可以指转录成多核苷酸,翻译成多肽,或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸,翻译的多肽,或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的,无论是它们源自通过可变剪接生成的转录物或降解的转录物,或者是源自多肽的翻译后加工,例如通过蛋白水解。“表达的基因”包括那些转录成多核苷酸为mRNA,然后翻译成多肽的,还有那些转录成RNA但不翻译成多肽的(例如转运和核糖体RNA)。可以通过本领域技术人员知道且本文中也公开的聚集方法来测定多于一种感兴趣基因的表达水平,包括例如通过计算所有感兴趣基因的表达水平的中值或均值。在聚集前,可以通过使用本领域技术人员知道的且本文中也公开的统计方法来标准化每种感兴趣基因的表达水平,包括例如针对一种或多种持家基因的表达水平标准化,或针对总文库大小标准化,或针对测量的所有基因间的中值或均值表达水平值标准化。在一些情况中,在多种感兴趣基因间聚集前,可以通过使用本领域技术人员知道的且本文中也公开的统计方法来标准化每种感兴趣基因的表达水平,包括例如通过计算每种感兴趣基因的标准化表达水平的Z得分。
“表达”感兴趣蛋白质的样品或细胞是其中测定出存在编码该蛋白质的mRNA或该蛋白质,包括其片段的样品或细胞。
如本文中使用的,术语“参照表达水平”指如下的表达水平,即另一种表达水平,例如来自个体的样品中本文中描述的一种或多种基因(例如表1中所列任何基因或其任何组合(例如表2-12中任一所列任何组合)要与之比较,例如为了进行预测,诊断,预后,和/或治疗测定。例如,参照表达水平可以衍生自参照群体中的表达水平(例如参照群体,例如具有癌症的患者的群体中的中值表达水平),参照样品,和/或预先指派的值(例如如下的截留值,即先前确定基于个体对用该抗癌症疗法的治疗的响应性和个体对用该不同的抗癌症疗法的治疗的响应性之间的显著差异高于该截留值和/或低于该截留值显著地(例如统计学上显著地)分开参照群体中已经用抗癌症疗法(例如包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法,或包括多靶向性酪氨酸激酶抑制剂的抗癌症疗法)治疗的第一个体子集和相同参照群体中已经用不同的抗癌症疗法治疗的(或尚未用该抗癌症疗法治疗的)第二个体子集)。在一些实施方案中,截留值可以是参照群体中的中值或均值表达水平。在其它实施方案中,参照水平是参照群体中表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在特定实施方案中,截留值可以是参照群体中的中值表达水平。本领域技术人员会领会,参照表达水平的数值可以随适应症(例如癌症(例如肾癌,乳腺癌,肺癌,或膀胱癌),用于检测表达水平的方法学(例如RNA-seq或RT-qPCR),和/或检查的具体基因组合(例如表1中所列基因的任何组合；或表2-12中所列任一基因组合)而变化。
“高于”某水平(例如高于参照水平)的表达,“升高的表达”,“升高的表达水平”,“升高的水平”,“上升的表达”,“上升的表达水平”,或“上升的水平”指相对于对照(例如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体)中生物标志物的表达水平,内部对照(例如持家型生物标志物),或在施用疗法(例如包括VEGF拮抗剂和PD-L1拮抗剂的抗癌症疗法)前获得的样品中生物标志物的水平,或相对于参照水平(例如来自一组/群患者,例如正在测试对VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的响应性的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；来自一组/群患者,例如已经鉴定为不响应VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；或先前在在先时间自该个体获得的样品中的水平),个体中生物标志物的升高的表达或升高的水平。
“低于”某水平(例如低于参照水平)的表达,“降低的表达”,“降低的表达水平”,“降低的水平”,“下降的表达”,“下降的表达水平”,或“下降的水平”指相对于对照(例如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体)中生物标志物的表达水平,内部对照(例如持家型生物标志物),或在施用疗法(例如包括VEGF拮抗剂和PD-L1拮抗剂的抗癌症疗法)前获得的样品中生物标志物的水平,或相对于参照水平(例如来自一组/群患者,例如正在测试对VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的响应性的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；来自一组/群患者,例如已经鉴定为不响应VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；或先前在在先时间自该个体获得的样品中的水平),个体中生物标志物的降低的表达或降低的水平。在一些实施方案中,降低的表达是很少的表达或不表达。
如本文中使用的,“参照样品”,“参照细胞”,“参照组织”,“对照样品”,“对照细胞”,或“对照组织”指用于比较目的的样品,细胞,组织,或标准。在一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自同一患者或个体的身体的健康和/或无疾病部分(例如组织或细胞)获得的。例如,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织可以是邻近患病细胞或组织的健康和/或无疾病细胞或组织(例如邻近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中,参照样品是自同一患者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在还有另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自不是患者或个体的个体的身体的健康和/或无疾病部分(例如组织或细胞)获得的。在甚至另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自不是患者或个体的个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是在施用疗法(例如包括VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法)前自患者获得的。
在本文中使用时,短语“基于”意味着使用关于一种或多种生物标志物的信息来告知治疗决定,包装插页上提供的信息,或营销/促销指导,等。
术语“持家型生物标志物”指典型地在所有细胞类型中相似存在的一种生物标志物或一组生物标志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些实施方案中,持家型生物标志物是“持家基因”。“持家基因”在本文中指编码其活性对于细胞功能的维持而言是必要的且典型地在所有细胞类型中相似存在的蛋白质的一种基因或一组基因。
“关联”意指以任何方式比较第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果。例如,可以在进行第二方案中使用第一分析或方案的结果和/或可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就多肽分析或方案的实施方案而言,可以使用多肽表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。就多核苷酸分析或方案的实施方案而言,可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
如本文中使用的,“治疗/处理”(和其语法变异)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预,而且可以是为了预防或在临床病理学的过程中实施的。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发,缓解症状,削弱疾病的任何直接或间接病理学后果,预防转移,减缓疾病进展的速率,改善或减轻疾病状态,和消退或改善的预后。在一些实施方案中,使用抗体(例如抗VEGF抗体和抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)来延迟疾病的发生或减缓疾病或病症的进展。
如本文中使用的,“扩增”一般指生成多个拷贝的期望序列的过程。“多个拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”并不必然意味着与模板序列的完全序列互补性或同一性。例如,拷贝可包括核苷酸类似物诸如脱氧肌苷,有意的序列改变(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变),和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”指为了在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的使用超过一套引物在自单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单个PCR反应。
如本文中使用的,“聚合酶链式反应”或“PCR”技术一般指其中如例如美国专利No.4,683,195中所述扩增微量的核酸,RNA和/或DNA的特定区段的规程。一般地,来自感兴趣区域的末端或以外的序列信息需要是可得的,使得能设计寡核苷酸引物；这些引物会是在序列上与要扩增的模板的相对链相同或相似的。两种引物的5’末端核苷酸可以与所扩增物质的末端一致。可使用PCR自总基因组DNA,和自总细胞RNA转录的cDNA,噬菌体,或质粒序列,等扩增特定RNA序列,特定DNA序列。一般参见Mullis et al.,Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.51:263(1987)及Erlich,ed.,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。如本文中使用的,PCR视为用于扩增核酸测试样品,包含使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物的核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子且利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸区段或扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸区段。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”指PCR的一种形式,其中在PCR反应的每一个步骤时测量PCR产物的量。这种技术已经描述于多份出版物,包括例如Cronin et al.,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；Ma et al.,Cancer Cell.5:607-616(2004)。
术语“微阵列”指可杂交阵列元素,优选多核苷酸探针在基片上的有序排列。
术语“RNA-seq”,也称作“全转录组鸟枪测序(WTSS)”,指使用高通量测序技术来对cDNA测序和/或量化以获得关于样品的RNA内容的信息。描述RNA-seq的出版物包括:Wanget al.,Nature Reviews Genetics 10(1):57-63,2009；Ryan et al.,BioTechniques 45(1):81-94,2008；和Maher et al.,Nature458(7234):97-101,2009。
术语“诊断”在本文中用于指分子或病理状态,疾病或状况(例如癌症(例如肾癌))的鉴定或归类。例如,“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以指特定亚型的癌症的归类,例如通过组织病理学标准或通过分子特征(例如通过一种或一组生物标志物(例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质)的表达表征的亚型)。
如本文中使用的,“肿瘤浸润性免疫细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何免疫细胞。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞,肿瘤周围免疫细胞,其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞),或其任何组合。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是例如T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞和/或CD4+T淋巴细胞),B淋巴细胞,或其它骨髓谱系细胞,包括粒细胞(例如嗜中性细胞,嗜曙红细胞,和嗜碱性细胞),单核细胞,巨噬细胞(例如CD68+/CD163+巨噬细胞),树突细胞(例如指状树突细胞),组织细胞,和天然杀伤(NK)细胞。
如本文中使用的,“肿瘤细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何肿瘤细胞。可使用本领域已知的和/或本文中描述的方法来区分肿瘤细胞与肿瘤样品中可能存在的其它细胞,例如基质细胞和肿瘤浸润性免疫细胞。
如本文中使用的,“施用”意指将一定剂量的化合物(例如VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))),PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗),和/或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))))或组合物(例如药物组合物,例如包括VEGF拮抗剂,PD-L1轴结合拮抗剂,和/或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的药物组合物)给予患者的方法。本文中描述的方法中利用的组合物可以例如肌肉内,静脉内,皮内,经皮,动脉内,腹膜内,损害内,颅内,关节内,前列腺内,胸膜内,气管内,鞘内,鼻内,阴道内,直肠内,表面,肿瘤内,腹膜,皮下,结膜下,囊内,粘膜,心包内,脐内,眼内,眶内,玻璃体内(例如通过玻璃体内注射),通过滴眼剂,口服,表面,透皮,胃肠外,通过吸入,通过注射,通过植入,通过输注,通过连续输注,通过直接沐浴靶细胞的局部灌注,通过导管,通过灌洗,在乳剂中,或在脂质组合物中施用。本文中描述的方法中利用的组合物还可以系统或局部施用。施用的方法可以随多个因素(例如所施用的化合物或组合物和所治疗的状况,疾病,或病症的严重程度)而变化。
“治疗有效量”指治疗剂在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症(例如癌症,例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的量。在癌症的情况中,治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤尺寸；抑制(即一定程度减缓,优选阻止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度减缓,优选阻止)肿瘤转移；一定程度抑制肿瘤生长；和/或一定程度减轻与病症有关的一种或多种症状。就药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度而言,它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法,体内功效可以通过例如评估存活(例如总体存活或无进展存活)的持续时间,距疾病进展的时间(TTP),响应率(例如完全响应(CR)和部分响应(PR)),响应的持续时间,和/或生活质量来测量。
术语“并行”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂,其中至少部分施用在时间上交叠。因而,并行施用包括如下的剂量给药方案,一种或多种药剂的施用在中止一种或多种其它药剂的施用后继续。例如,在一些实施方案中,可并行施用VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂。
“降低或抑制”意指引起20％,30％,40％,50％,60％,70％,75％,80％,85％,90％,95％,或更大的总体降低的能力。例如,降低或抑制可以指所治疗的病症的症状,转移的存在或大小,或原发性肿瘤的大小。
“加载”(loding)剂量在本文中一般包含施用于患者的治疗剂的初始剂量,而且继以其一个或多个维持剂量。一般地,施用单个加载剂量,但是本文中涵盖多个加载剂量。通常,所施用的加载剂量的量超过所施用的维持剂量的量和/或加载剂量的施用比维持剂量更频繁,从而比用维持剂量所能实现更早实现治疗剂的期望稳态浓度。
“维持”(maintenance)剂量或“延长”剂量在本文中指在治疗期里施用于患者的一剂或多剂治疗剂。通常,维持剂量以隔开的治疗间隔施用,诸如大约每周,大约每2周,大约每3周,或大约每4周。
“对治疗的响应”,“对治疗的响应性”,或“来自治疗的益处”可使用指示对个体的益处的任何终点来评估,包括但不限于:(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展),包括减缓和完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻,减缓,或完全终止)癌细胞浸润入邻近外周器官和/或组织中；(4)抑制(即减轻,减缓,或完全终止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；(6)存活(包括总体存活(OS HR<1)和无进展存活(PFS HR<1))的长度延长或延伸；和/或(9)治疗(例如用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)的抗癌症疗法的治疗,或用包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的治疗)后给定时间点时的死亡率降低。
“客观响应”指可测量的响应,包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。在一些实施方案中,“客观响应率(ORR)”指完全响应(CR)率和部分响应(PR)率的和。
“完全响应”或“CR”旨在癌症的所有体征响应治疗而消失(例如所有靶损害消失)。这并不总是意味着癌症已经治愈。
如本文中使用的,“部分响应”或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或身体中癌症的程度响应治疗而减小。例如,在一些实施方案中,PR指以基线SLD作为参照,靶损害的最长直径和(SLD)缩小至少30％。
“持久响应”指在停止处理之后在降低肿瘤生长方面的持久效果。例如,与施用阶段开始时的大小相比,肿瘤大小可以保持为相同或更小。在一些实施方案中,持久响应具有与治疗持续时间至少相同的持续时间,治疗持续时间的至少1.5倍,2.0倍,2.5倍,或3.0倍长度,或更长。
如本文中使用的,“稳定的疾病”或“SD”指以自治疗开始的最小SLD作为参照,既没有足够的靶损害收缩以符合PR,也没有足够的增大以符合PD。
如本文中使用的,“进展性疾病”或“PD”指以自治疗开始记录的最小SLD作为参照,靶损害的SLD的至少20％增加或一种或多种新损害的存在。
术语“存活”指患者仍然活着,而且包括总体存活以及无进展存活。
如本文中使用的,“无进展存活”或“PFS”指治疗期间和之后,所治疗的疾病(例如癌症,例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),或乳腺癌(例如TNBC))没有进展或变坏的时间长度。无进展存活可以包括个体经历完全响应或部分响应的时间量,以及个体经历稳定的疾病的时间量。
如本文中使用的,“总体存活”或“OS”指一组中在特定持续时间(例如自诊断或治疗之时起6个月,1年,2年,3年,4年,5年,10年,15年,20年,或多于20年)之后有可能活着的受试者的百分比。
“延长存活”意指相对于未治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者),或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者,和/或相对于用已批准的抗肿瘤剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗),PD-L1轴结合拮抗剂(例如阿特珠单抗),和/或多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼))治疗的患者,延长所治疗的患者中的总体或无进展存活。
如本文中使用的,“危害比”或“HR”是事件的比率的统计定义。为了本发明的目的,危害比定义为代表在任何特定时间点时实验(例如治疗)组/臂中事件(例如PFS或OS)的概率除以对照组/臂中事件的概率。值为1的HR指示终点(例如死亡)的相对风险在“治疗”和“对照”组二者中相等；大于1的值指示治疗组中的风险相对于对照组更大；而小于1的值指示对照组中的风险相对于治疗组更大。无进展存活分析中的“危害比”(即PFS HR)是两条无进展存活曲线之间差异的汇总,代表在随访期里治疗与对照相比死亡风险的降低。总体存活分析中的“危害比”(即OS HR)是两条总体存活曲线之间差异的汇总,代表随访期里治疗与对照相比死亡风险的降低。
术语“抗癌症疗法”指在治疗癌症中有用的疗法。抗癌治疗剂的例子包括但不限于细胞毒剂,化疗剂,生长抑制剂,放射疗法中使用的药剂,抗血管发生剂,凋亡剂,抗微管蛋白剂,和治疗癌症的其它药剂,例如抗CD20抗体,血小板衍生生长因子抑制剂(例如GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼)),COX-2抑制剂(例如塞来考昔),干扰素,细胞因子,结合一种或多种下述靶物的拮抗剂(例如中和性抗体):PDGFR-β,BlyS,APRIL,BCMA受体,TRAIL/Apo2,其它生物活性和有机化学剂,等等。其组合也包括在本发明中。
“VEGF拮抗剂”或“VEGF特异性拮抗剂”指能够结合VEGF,降低VEGF表达水平,或中和,阻断,抑制,消除,降低,或干扰VEGF生物学活性(包括但不限于VEGF对一种或多种VEGF受体的结合,VEGF信号传导,和VEGF介导的血管发生和内皮细胞存活或增殖)的分子。例如,能够中和,阻断,抑制,消除,降低,或干扰VEGF生物学活性的分子能通过结合一种或多种VEGF受体(VEGFR)(例如VEGFR1,VEGFR2,VEGFR3,膜结合的VEGF受体(mbVEGFR),或可溶性VEGF受体(sVEGFR))来发挥其效果。此类拮抗剂在本文中也称作“VEGFR抑制剂”。作为在本发明的方法中有用的VEGF特异性拮抗剂包括的是特异性结合VEGF的多肽,抗VEGF抗体和其抗原结合片段,特异性结合VEGF由此隔绝其对一种或多种受体的结合的受体分子和衍生物,融合蛋白(例如VEGF陷阱(Regeneron)),和VEGF121-白树毒素(Peregrine)。VEGF特异性拮抗剂还包括VEGF多肽的拮抗性变体,至少与编码VEGF多肽的核酸分子的片段互补的反义核碱基寡聚物,至少与编码VEGF多肽的核酸分子的片段互补的小RNA,靶向VEGF的核酶,针对VEGF的肽体,和VEGF适体。VEGF拮抗剂还包括结合VEGFR的多肽,抗VEGFR抗体,和其抗原结合片段,和结合VEGFR由此阻断,抑制,消除,降低,或干扰VEGF生物学活性(例如VEGF信号传导)的衍生物,或融合蛋白。VEGF特异性拮抗剂还包括结合VEGF或VEGFR且能够阻断,抑制,消除,降低,或干扰VEGF生物学活性的非肽小分子。如此,术语“VEGF活性”具体包括VEGF介导的VEGF生物学活性。在某些实施方案中,VEGF拮抗剂将VEGF的表达水平或生物学活性降低或抑制至少10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％或更多。在一些实施方案中,受到VEGF特异性拮抗剂抑制的VEGF是VEGF(8-109),VEGF(1-109),或VEGF165。
如本文中使用的,VEGF拮抗剂可包括但不限于抗VEGFR2抗体和相关分子(例如ramucirumab,tanibirumab,aflibercept),抗VEGFR1抗体和相关分子(例如icrucumab,aflibercept(VEGF Trap-Eye；),和ziv-aflibercept(VEGF Trap；)),双特异性VEGF抗体(例如MP-0250,vanucizumab(VEGF-ANG2),和US 2001/0236388中公开的双特异性抗体),包括抗VEGF,抗VEGFR1,和抗VEGFR2臂中两种的组合的双特异性抗体,抗VEGFA抗体(例如贝伐珠单抗,sevacizumab),抗VEGFB抗体,抗VEGFC抗体(例如VGX-100),抗VEGFD抗体,和非肽小分子VEGF拮抗剂(例如帕唑替尼(pazopanib),阿西替尼(axitinib),凡德他尼(vandetanib),stivarga(瑞戈非尼),卡博替尼(cabozantinib),仑伐替尼(lenvatinib),尼达尼布(nintedanib),奥兰替尼(orantinib),替拉替尼(telatinib),多韦替尼(dovitinib),西地尼布(cediranib),莫特沙尼(motesanib),索凡替尼(sulfatinib),阿帕替尼(apatinib),foretinib,法米替尼(famitinib),和替沃扎尼(tivozanib))。
“抗VEGF抗体”是以足够亲和力和特异性结合VEGF的抗体。在某些实施方案中,抗体会具有足够高的对VEGF的结合亲和力,例如,抗体可以以介于100nM–1pM之间的Kd值结合hVEGF。抗体亲和力可通过例如基于表面等离振子共振的测定法(诸如如PCT申请公开号WO2005/012359中描述的测定法)；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；和竞争测定法(例如放射免疫测定法(RIA))来测定。
在某些实施方案中,抗VEGF抗体可用作治疗剂,用于靶向和干扰其中牵涉VEGF活性的疾病或状况。还有,可对抗体进行其它生物学活性测定法,例如为了评估其作为治疗剂的有效性。此类测定法是本领域知道的且取决于抗体的靶抗原和意图用途。例子包括HUVEC抑制测定法；肿瘤细胞生长抑制测定法(如例如WO 89/06692中描述的)；抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)和补体介导的细胞毒性(CDC)测定法(美国专利No.5,500,362)；和激动活性或造血测定法(参见WO 95/27062)。抗VEGF抗体通常不会结合其它VEGF同源物,诸如VEGF-B或VEGF-C,也不会结合其它生长因子,诸如PlGF,PDGF,或bFGF。在一个实施方案中,抗VEGF抗体是与由杂交瘤ATCC HB 10709生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位的单克隆抗体。在另一个实施方案中,抗VEGF抗体是依照Presta et al.,Cancer Res.57:4593-4599,1997生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体,包括但不限于称作贝伐珠单抗(BV；)的抗体。
抗VEGF抗体“贝伐珠单抗”(BV),也称作“rhuMAb VEGF”或是依照Presta et al.,Cancer Res.57:4593-4599,1997生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。它包含突变的人IgG1框架区和来自鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1(其阻断人VEGF对其受体的结合)的抗原结合互补决定区。贝伐珠单抗大约93％的氨基酸序列,包括大部分框架区,是自人IgG1衍生的,而且约7％的序列是自鼠抗体A4.6.1衍生的。贝伐珠单抗具有约149,000道尔顿的分子量且是糖基化的。贝伐珠单抗和其它人源化抗VEGF抗体进一步描述于2005年2月26日公告的美国专利No.6,884,879,通过援引明确将其完整公开内容收入本文。另外的优选的抗体包括G6或B20系列抗体(例如G6-31,B20-4.1),如PCT申请公开号WO 2005/012359中描述的。关于另外的优选的抗体,参见美国专利No.7,060,269；6,582,959；6,703,020；6,054,297；WO 98/45332；WO 96/30046；WO 94/10202；EP 0,666,868B1；美国专利申请公开号2006009360,20050186208,20030206899,20030190317,20030203409,和20050112126；及Popkov et al.,Journal of Immunological Methods288:149-164,2004。其它优选的抗体包括那些结合人VEGF上包含残基F17,M18,D19,Y21,Y25,Q89,I91,K101,E103,和C104或者包含残基F17,Y21,Q22,Y25,D63,I83,和Q89的功能性表位的。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”指如下的分子,其抑制PD-L1轴结合配偶与一种或多种其结合配偶相互作用,从而去除源自PD-1信号传导轴上的信号传导的T细胞功能障碍,一项结果是恢复或增强T细胞功能。如本文中使用的,PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1和PD-1之间的相互作用的分子(例如PD-L2-Fc融合物)。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-L1,使得该抗体作为靶向PD-L1的诊断和/或治疗剂是有用的抗体。在一个实施方案中,抗PD-L1抗体结合无关的,非PD-L1蛋白质的程度小于该抗体对PD-L1的结合的约10％,如例如通过RIA测量的。在某些实施方案中,抗PD-L1抗体结合在来自不同物种的PD-L1间保守的PD-L1表位。
术语“抗PD-1抗体”和“结合PD-1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-1,使得该抗体作为靶向PD-1的诊断和/或治疗剂是有用的抗体。在一个实施方案中,抗PD-1抗体结合无关的,非PD-1蛋白质的程度小于该抗体对PD-1的结合的约10％,如例如通过RIA测量的。在某些实施方案中,抗PD-1抗体结合在来自不同物种的PD-1间保守的PD-1表位。
术语“PD-L1结合拮抗剂”指降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-1或B7-1的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1结合其结合配偶的分子。在一个具体方面,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-1或B7-1的相互作用的信号转导的抗PD-L1抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽,和其它分子。在一个实施方案中,PD-L1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞上表达的介导经由PD-L1的信号传导的细胞表面蛋白质介导的负共刺激信号,从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性(例如增强对抗原识别的效应器应答)。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的阿特珠单抗(CAS注册号:1422185-06-5),也称作MPDL3280A。在另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的YW243.55.S70。在另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的MDX-1105。在仍有另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的MEDI4736(度伐单抗)。在仍有另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的MSB0010718C(阿维单抗)。
如本文中使用的,“PD-1结合拮抗剂”是降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-L1和/或PD-L2的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1对其结合配偶的结合的分子。在一个具体方面,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和/或PD-L2的结合。例如,PD-1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与PD-L1和/或PD-L2的相互作用的信号转导的抗PD-1抗体和其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽,小分子拮抗剂,多核苷酸拮抗剂,和其它分子。在一个实施方案中,PD-1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的介导经由PD-1或PD-L1的信号传导的细胞表面蛋白质介导的负信号,从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是MDX-1106(尼鲁单抗)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是MK-3475(派姆单抗)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是CT-011(匹迪单抗)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是MEDI-0680(AMP-514)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是PDR001。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是REGN2810。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是BGB-108。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是AMP-224。
“血管发生抑制剂”或“抗血管发生剂”指或是直接或是间接抑制血管发生(angiogenesis),血管生成(vasculogenesis),或不想要的血管通透性的小分子量物质,多核苷酸,多肽,分离的蛋白质,重组蛋白,抗体,或其缀合物或融合蛋白。应当理解的是,抗血管发生剂包括那些结合血管发生性因子或其受体并阻断其血管发生性活性的药剂。例如,抗血管发生剂是上文定义的血管发生剂的抗体或其它拮抗剂,例如VEGF-A的或VEGF-A受体(例如KDR受体或Flt-1受体)的抗体,抗PDGFR抑制剂诸如GleevecTM(甲磺酸伊马替尼)。抗血管发生剂还包括天然血管发生抑制剂,例如血管他丁,内皮他丁,等。参见例如Klagsbrunand D'Amore,Annu.Rev.Physiol.,53:217-39(1991)；Streit and Detmar,Oncogene,22:3172-3179(2003)(例如列举恶性黑素瘤中的抗血管发生疗法的表3)；Ferrara&Alitalo,Nature Medicine 5(12):1359-1364(1999)；Tonini et al.,Oncogene,22:6549-6556(2003)及Sato,Int.J.Clin.Oncol.,8:200-206(2003)。
如本文中使用的,术语“细胞毒剂”指抑制或防止细胞的功能和/或引起细胞的破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32,和Lu的放射性同位素),化疗剂,例如甲氨蝶呤,阿霉素,长春花生物碱(长春新碱,长春碱,依托泊苷),多柔比星,美法仑,丝裂霉素C,苯丁酸氮芥,柔红霉素或其它嵌入剂,酶和其片段诸如溶核酶,抗生素,和毒素诸如小分子毒素或细菌,真菌,植物或动物起源的酶活性毒素,包括其片段和/或变体,和下文公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。杀肿瘤剂引起肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”包括在治疗癌症中有用的化学化合物。化疗剂的例子包括厄洛替尼(erlotinib)Genentech/OSI Pharm.),硼替佐米(bortezomib)(Millennium Pharm.),双硫仑(disulfiram),没食子酸表没食子儿茶精(epigallocatechingallate),salinosporamide A,carfilzomib,17-AAG(格尔德霉素(geldanamycin)),根赤壳菌素(radicicol),乳酸脱氢酶A(LDH-A),氟维司群(fulvestrant)(AstraZeneca),舒尼替尼(sunitib)(Pfizer/Sugen),来曲唑(letrozole)(Novartis),甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate)(Novartis),finasunate(Novartis),奥沙利铂(oxaliplatin)(Sanofi),5-FU(5-氟尿嘧啶),甲酰四氢叶酸(leucovorin),雷帕霉素(Rapamycin)(西罗莫司(Sirolimus),Pfizer),拉帕替尼(Lapatinib)(GSK572016,Glaxo Smith Kline),Lonafamib(SCH 66336),索拉非尼(sorafenib)(Bayer Labs),吉非替尼(gefitinib)(AstraZeneca),AG1478,烷化剂(alkylating agent),诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯(alkyl sulfonate),诸如白消安(busulfan),英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶(aziridine),诸如苯佐替派(benzodopa),卡波醌(carboquone),美妥替派(meturedopa),和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺(ethylenimine)和甲基蜜胺(methylamelamine),包括六甲蜜胺(altretamine),三乙撑蜜胺(triethylenemelamine),三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide),三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包括托泊替康(topotecan)和伊立替康(irinotecan))；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin),卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；肾上腺皮质类固醇(adrenocorticosteroid),包括泼尼松(prednisone)和泼尼松龙(prednisolone)；醋酸环丙孕酮(cyproterone acetate)；5α-还原酶,包括非那雄胺(finasteride)和度他雄胺(dutasteride)；vorinostat,romidepsin,panobinostat,丙戊酸(valproic acid),mocetinostat多拉司他汀(dolastatin)；阿地白介素(aldesleukin),滑石(talc)duocarmycin(包括合成类似物,KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustard),诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil),萘氮芥(chlomaphazine),胆磷酰胺(chlorophosphamide),雌莫司汀(estramustine),异环磷酰胺(ifosfamide),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride),美法仑(melphalan),新氮芥(novembichin),苯芥胆甾醇(phenesterine),泼尼莫司汀(prednimustine),曲磷胺(trofosfamide),尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲(nitrosourea),诸如卡莫司汀(carmustine),氯脲菌素(chlorozotocin),福莫司汀(fotemustine),洛莫司汀(lomustine),尼莫司汀(nimustine),和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素,诸如烯二炔抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin),尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ω1I(Angew,Chem.Intl.Ed.Engl.33:183-186,1994)；蒽环类抗生素(dynemicin),包括dynemicin A；二膦酸盐(bisphosphonate),诸如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团),阿克拉霉素(aclacinomysin),放线菌素(actinomycin),氨茴霉素(authramycin),偶氮丝氨酸(azaserine),博来霉素(bleomycin),放线菌素C(cactinomycin),carabicin,洋红霉素(caminomycin),嗜癌霉素(carzinophilin),色霉素(chromomycinis),放线菌素D(dactinomycin),柔红霉素(daunorubicin),地托比星(detorubicin),6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸,(多柔比星(doxorubicin)),吗啉代多柔比星,氰基吗啉代多柔比星,2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星),表柔比星(epirubicin),依索比星(esorubicin),伊达比星(idarubicin),麻西罗霉素(marcellomycin),丝裂霉素(mitomycin),诸如丝裂霉素C,霉酚酸(mycophenolic acid),诺拉霉素(nogalamycin),橄榄霉素(olivomycin),培洛霉素(peplomycin),泊非霉素(porfiromycin),嘌呤霉素(puromycin),三铁阿霉素(quelamycin),罗多比星(rodorubicin),链黑菌素(streptonigrin),链佐星(streptozocin),杀结核菌素(tubercidin),乌苯美司(ubenimex),净司他丁(zinostatin),佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物,诸如甲氨蝶呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(fluorouracil)(5-FU)；叶酸类似物,诸如二甲叶酸(denopterin),甲氨蝶呤,蝶酰三谷氨酸(pteropterin),三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物,诸如氟达拉滨(fludarabine),6-巯基嘌呤(mercaptopurine),硫咪嘌呤(thiamiprine),硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物,诸如安西他滨(ancitabine),阿扎胞苷(azacitidine),6-氮尿苷,卡莫氟(carmofur),阿糖胞苷(cytarabine),双脱氧尿苷(dideoxyuridine),去氧氟尿苷(doxifluridine),依诺他滨(enocitabine),氟尿苷(floxuridine)；雄激素,诸如卡鲁睾酮(calusterone),丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate),表硫雄醇(epitiostanol),美雄烷(mepitiostane),睾内酯(testolactone)；抗肾上腺,诸如氨鲁米特(aminoglutethimide),米托坦(mitotane),曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂,诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfomithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；epothilone；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱(maytansinoid),诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofuran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢菌素(trichothecene)(尤其是T-2毒素,疣孢菌素(verracurin)A,杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoid),例如泰素(TAXOL)(帕利他赛(paclitaxel)；Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.),(无克列莫佛(Cremophor)的),帕利他赛的清蛋白改造的纳米颗粒配制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Ill.)和泰索帝(多西他赛(docetaxel,doxetaxel)；Sanofi-Aventis)；苯丁酸氮芥(chloranmbucil)；(吉西他滨(gemcitabine))；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物,诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；(长春瑞滨(vinorelbine))；能灭瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；卡培他滨(capecitabine)伊本膦酸盐(ibandronate)；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄酸(retinoid),诸如视黄酸(retinoic acid)；和任何上述的药学可接受盐,酸和衍生物。
化疗剂还包括起调节或抑制激素对肿瘤的作用的作用的抗激素剂,诸如抗雌激素和选择性雌激素受体调控剂(SERM),包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括柠檬酸他莫昔芬),雷洛昔芬(raloxifene),屈洛昔芬(droloxifene),iodoxyfene,4-羟基他莫昔芬,曲沃昔芬(trioxifene),那洛昔芬(keoxifene),LY117018,奥那司酮(onapristone),和(柠檬酸托瑞米芬(toremifine citrate))；抑制在肾上腺中调节雌激素生成的芳香酶的芳香酶抑制剂,诸如例如4(5)-咪唑,氨鲁米特(aminoglutethimide),(醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)),(依西美坦(exemestane)；Pfizer),福美坦(formestanie),法倔唑(fadrozole),(伏罗唑(vorozole)),(来曲唑(letrozole)；Novartis),和(阿那曲唑(anastrozole)；AstraZeneca)；抗雄激素,诸如氟他米特(flutamide),尼鲁米特(nilutamide),比卡米特(bicalutamide),亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin)；布舍瑞林(buserelin),曲普瑞林(tripterelin),醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate),己烯雌酚(diethylstilbestrol),倍美力(premarin),氟甲睾酮(fluoxymesterone),全反式视黄酸,芬维A胺(fenretinide),以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；蛋白质激酶抑制剂；脂质激酶抑制剂；反义寡核苷酸,特别是那些抑制牵涉异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的,诸如例如PKC-α,Ralf和H-Ras；核酶,诸如VEGF表达抑制剂(例如)和HER2表达抑制剂；疫苗,诸如基因疗法疫苗,例如和rIL-2；拓扑异构酶1抑制剂,诸如rmRH；和任何上述的药学可接受盐,酸和衍生物。
化疗剂还包括抗体,诸如阿仑珠单抗(alemtuzumab)(Campath),贝伐珠单抗(bevacizumab)(Genentech)；西妥昔单抗(cetuximab)(Imclone)；帕尼单抗(panitumumab)(Amgen),利妥昔单抗(rituximab)(Genentech/Biogen Idec),帕妥珠单抗(pertuzumab)(2C4,Genentech),曲妥珠单抗(trastuzumab)(Genentech),托西莫单抗(tositumomab)(Bexxar,Corixia),和抗体药物缀合物,吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumabozogamicin)(Wyeth)。具有作为与本发明的化合物组合的药剂的治疗潜力的另外的人源化单克隆抗体包括:阿泊珠单抗(apolizumab),阿塞珠单抗(aselizumab),atlizumab,巴匹珠单抗(bapineuzumab),bivatuzumab mertansine,莫坎妥珠单抗(cantuzumab mertansine),西利珠单抗(cedelizumab),培舍珠单抗(certolizumabpegol),cidfusituzumab,cidtuzumab,达克珠单抗(daclizumab),依库珠单抗(eculizumab),依法珠单抗(efalizumab),依帕珠单抗(epratuzumab),厄利珠单抗(erlizumab),非维珠单抗(felvizumab),芳妥珠单抗(fontolizumab),吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin),英妥珠单抗奥佐米星(inotuzumab ozogamicin),伊匹木单抗(ipilimumab),拉贝珠单抗(labetuzumab),林妥珠单抗(lintuzumab),马妥珠单抗(matuzumab),美泊利单抗(mepolizumab),莫维珠单抗(motavizumab),motovizumab,那他珠单抗(natalizumab),尼妥珠单抗(nimotuzumab),nolovizumab,numavizumab,ocrelizumab,奥马珠单抗(omalizumab),帕利珠单抗(palivizumab),帕考珠单抗(pascolizumab),pecfusituzumab,pectuzumab,培克珠单抗(pexelizumab),ralivizumab,雷珠单抗(ranibizumab),reslivizumab,瑞利珠单抗(reslizumab),resyvizumab,罗维珠单抗(rovelizumab),卢利珠单抗(ruplizumab),西罗珠单抗(sibrotuzumab),西利珠单抗(siplizumab),索土珠单抗(sontuzumab),tacatuzumab tetraxetan,tadocizumab,他利珠单抗(talizumab),特非珠单抗(tefibazumab),托珠单抗(tocilizumab),托利珠单抗(toralizumab),tucotuzumab西莫白介素(celmoleukin),tucusituzumab,umavizumab,乌珠单抗(urtoxazumab),优特克单抗(ustekinumab),维西珠单抗(visilizumab),和抗白介素-12(ABT-874/J695,Wyeth Research and Abbott Laboratories),其为经遗传修饰以识别白介素-12p40蛋白的重组专有人序列,全长IgG1λ抗体。
化疗剂还包括“EGFR抑制剂”,其指结合EGFR或以其它方式直接与EGFR相互作用并阻止或降低其信号传导活性的化合物,而且另外称作“EGFR拮抗剂”。此类药剂的例子包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的例子包括MAb 579(ATCC CRL HB8506),MAb455(ATCC CRL HB8507),MAb 225(ATCC CRL 8508),MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见美国专利No.4,943,533,Mendelsohn等人)和其变体,诸如嵌合化225(C225或西妥昔单抗；)和重构人225(H225)(参见WO96/40210,Imclone Systems Inc.)；IMC-11F8,一种完全人的EGFR靶向性抗体(Imclone)；结合II型突变型EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；结合EGFR的人源化和嵌合抗体,如美国专利No.5,891,996中所描述的；和结合EGFR的人抗体,诸如ABX-EGF或帕尼单抗(Panitumumab)(参见WO98/50433,Abgenix/Amgen)；EMD 55900(Stragliotto et al.,Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(matuzumab),一种针对EGFR且与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的人源化EGFR抗体(EMD/Merck)；人EGFR抗体,HuMax-EGFR(GenMab)；称作E1.1,E2.4,E2.5,E6.2,E6.4,E2.11,E6.3和E7.6.3且记载于US 6,235,883的完全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；和mAb 806或人源化mAb 806(Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以与细胞毒剂缀合,如此生成免疫缀合物(参见例如EP 659,439A2,Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子,诸如美国专利No.5,616,582,5,457,105,5,475,001,5,654,307,5,679,683,6,084,095,6,265,410,6,455,534,6,521,620,6,596,726,6,713,484,5,770,599,6,140,332,5,866,572,6,399,602,6,344,459,6,602,863,6,391,874,6,344,455,5,760,041,6,002,008,和5,747,498,以及PCT公开文本WO98/14451,WO98/50038,WO99/09016,和WO99/24037中描述的化合物。具体的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774,厄洛替尼(erlotinib),Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI1033,2-丙烯酰胺,N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-,二氢氯化物,Pfizer Inc.)；ZD1839,吉非替尼(gefitinib)4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉,AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉,Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺,Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；和双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂,诸如拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016或N-[3-氯-4-[(3-氟苯基)甲氧基]苯基]-6-[5-[[[2-甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”,包括前一段中提到的EGFR靶向性药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂,诸如自Takeda可得的TAK165；CP-724,714,一种口服ErbB2受体酪氨酸激酶选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达性细胞二者的双重HER抑制剂,诸如EKB-569(自Wyeth可得)；拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016；自Glaxo-SmithKline可得),一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(自Novartis可得)；泛HER抑制剂,诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂,诸如自ISIS Pharmaceutica1s可得的,抑制Raf-1信号传导的反义剂ISIS-5132；非HER靶向性TK抑制剂,诸如甲磺酸伊马替尼(自Glaxo SmithKline可得)；多靶向性酪氨酸激酶抑制剂,诸如舒尼替尼(sunitinib)(自Pfizer可得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂,诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584,自Novartis/Schering AG可得)；MAPK胞外调控激酶I抑制剂CI-1040(自Pharmacia可得)；喹唑啉,诸如PD 153035,4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶；嘧啶并嘧啶；吡咯并嘧啶,诸如CGP 59326,CGP 60261和CGP62706；吡唑并嘧啶,4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；姜黄素(二阿魏酰甲烷,4,5-双(4-氟苯胺基)-酞酰亚胺)；含有硝基噻吩模块的tyrphostine；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如那些结合编码HER的核酸的)；喹喔啉(美国专利No.5,804,396)；tryphostin(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂,诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼PKI 166(Novartis)；GW2016(Glaxo SmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；Semaxinib(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone),雷帕霉素(西罗莫司,)；或如任何下述专利公开文本中描述的:美国专利No.5,804,396,WO 1999/09016,WO 1998/43960,WO 1997/38983,WO1999/06378,WO 1999/06396,WO 1996/30347,WO 1996/33978,WO1996/3397,和WO 1996/33980。
如本文中使用的,术语“多靶向性酪氨酸激酶抑制剂”指抑制多种(即多于一种)酪氨酸激酶蛋白的酪氨酸激酶抑制剂。酪氨酸激酶蛋白可以是受体酪氨酸激酶和/或细胞酪氨酸激酶。例如,多靶向性酪氨酸激酶抑制剂可抑制血小板衍生的生长因子受体(例如PDGFR-αα,PDGFR-ββ,和/或PDGFR-αβ),VEGF受体(例如VEGFR1和/或VEGFR2),CD117(c-Kit),RET,CD114,和/或CD135。例示性多靶向性酪氨酸激酶抑制剂包括舒尼替尼(sunitinib)(也称作N-[2-(二乙基氨基)乙基]-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1,2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-羧酰胺,或SU11248),SU6656,莫特沙尼(motesanib),索拉非尼(sorafenib)(例如或BAY439006),阿西替尼(axitinib),阿法替尼(afatinib),博舒替尼(bosutinib),克唑替尼(crizotinib),卡博替尼(cabozantinib),达沙替尼(dasatinib),恩曲替尼(entrectinib),帕唑替尼(pazopanib),拉帕替尼(lapatinib),和凡德他尼(vandetanib)(也称作或ZD6474)。要理解的是,抑制VEGF受体的多靶向性酪氨酸激酶抑制剂也可以认为是VEGFR抑制剂。
化疗剂还包括地塞米松(dexamethasone),干扰素,秋水仙素(colchicine),氯苯氨啶(metoprine),环孢霉素(cyclosporine),两性霉素(amphotericin),甲硝唑(metronidazole),阿仑单抗(alemtuzumab),阿利维A酸(alitretinoin),别嘌醇(allopurinol),氨磷汀(amifostine),三氧化二砷(arsenic trioxide),天冬酰胺酶(asparaginase),活的BCG,贝伐珠单抗(bevacuzimab),贝沙罗汀(bexarotene),克拉屈滨(cladribine),里本灵(clofarabine),darbepoetin alfa,地尼白介素(denileukin),右雷佐生(dexrazoxane),阿法依伯汀(epoetin alfa),厄洛替尼(elotinib),非格司亭(filgrastim),醋酸组氨瑞林(histrelin acetate),ibritumomab,干扰素α-2a,干扰素α-2b,lenalidomide,左旋咪唑(levamisole),美司钠(mesna),甲氧沙林(methoxsalen),诺龙(nandrolone),奈拉滨(nelarabine),诺非单抗(nofetumomab),奥普瑞白介素(oprelvekin),palifermin,帕米膦酸盐(pamidronate),培加酶(pegademase),培门冬酶(pegaspargase),PEG非格司亭(pegfilgrastim),培美曲塞二钠(pemetrexed disodium),普卡霉素(plicamycin),卟吩姆钠(porfimer sodium),喹纳克林(quinacrine),拉布立酶(rasburicase),沙格司亭(sargramostim),替莫唑胺(temozolomide),VM-26,6-TG,托瑞米芬(toremifene),tretinoin,全反式视黄酸(ATRA),戊柔比星(valrubicin),唑来膦酸盐(zoledronate),和唑来膦酸(zoledronic acid),和其药学可接受盐。
如本文中使用的,术语“前体药物/前药”指与母体药物/母药相比对肿瘤细胞的细胞毒性更小且能够酶促活化或转变成活性更高的母体形式的药学活性物质的前体或衍生物形式。参见例如Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy,”Biochemical SocietyTransactions,14,pp.375-382,615th Meeting Belfast(1986)及Stella et al.,“Prodrugs:A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery,”Directed DrugDelivery,Borchardt et al.,(ed.),pp.247-267,Humana Press(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐/酯前药,含硫代磷酸盐/酯前药,含硫酸盐/酯前药,含肽前药,D-氨基酸修饰前药,糖基化前药,含β-内酰胺前药,含任选取代的苯氧基乙酰胺前药或含任选取代的苯乙酰胺前药,可转化成活性更高且无细胞毒性的药物的5-氟胞嘧啶和其它5-氟尿苷前药。可衍生成供此发明中使用的前药形式的细胞毒性药物的例子包括但不限于上文描述的那些化疗剂。
在本文中使用时,“生长抑制剂”指或在体外或在体内抑制细胞(例如其生长依赖于PD-L1表达的细胞)生长和/或增殖的化合物或组合物。如此,生长抑制剂可以是显著降低处于S期的细胞的百分比的药剂。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂,诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药(vinca)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine)),紫杉烷(taxane),和拓扑异构酶II抑制剂诸如蒽环类抗生素多柔比星(doxorubicin)((8S-顺式)-10-[(3-氨基-2,3,6-三脱氧-α-L-来苏-吡喃己糖基)氧基]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-萘二酮,即(8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-trideoxy-α-L-lyxo-hexapyranosyl)oxy]-7,8,9,10-tetrahydro-6,8,11-trihydroxy-8-(hydroxyacetyl)-1-methoxy-5,12-naphth acenedione),表柔比星(epirubicin),柔红霉素(daunorubicin),依托泊苷(etoposide),和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞,例如DNA烷化剂诸如他莫昔芬(tamoxifen),泼尼松(prednisone),达卡巴嗪(dacarbazine),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),顺铂(cisplatin),甲氨蝶呤(methotrexate),5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil),和ara-C。别的信息可参见“The Molecular Basis of Cancer”,Mendelsohn和Israel编,第1章,题为“Cell cycle regulation,oncogenes,and anti-neoplastic drugs”,Murakami等人著(WB Saunders:Philadelphia,1995),尤其是第13页。紫杉烷(帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel))均是自紫杉树衍生的抗癌药。自欧洲紫杉衍生的多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer)是帕利他赛(Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。帕利他赛和多西他赛促进自微管蛋白二聚体装配成微管且通过阻止解聚使微管稳定,这导致对细胞中的有丝分裂的抑制。
“放射疗法/放疗”意指使用定向伽马射线或贝塔射线来诱发对细胞的足够损害,从而限制其正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。会领会的是,会有本领域知道的许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予且典型的剂量范围为每天10至200个单位(戈瑞(Gray))。
术语“药物配制剂”指其形式允许其中含有的活性组分的生物学活性是有效的,且并不含有对会施用该配制剂的患者有不可接受的毒性的另外的成分的制剂。
“药学可接受载剂”指药物配制剂中除活性组分外对患者无毒的组分。药学可接受载剂包括但不限于缓冲剂,赋形剂,稳定剂,或防腐剂。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书,其含有关于关注此类治疗用产品的使用的适应征,用法,剂量,施用,组合疗法,禁忌症,和/或警告的信息。
“无菌”配制剂是无菌的或没有所有活的微生物和其孢子。
“制品”是包含至少一种试剂,例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物,或用于特异性检测本文中描述的生物标志物的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中,制造物或试剂盒以用于实施本文中描述的方法的单位推销,分销,或销售。
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更小,优选约500道尔顿或更小的分子量的任何分子。
在本文中使用时,词语“标记物”指直接或间接缀合或融合诸如多核苷酸探针或抗体等试剂且便于检测与其缀合或融合的试剂的化合物或组合物。标记物可以自身是可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物),或者在酶标记物的情况中,可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。该术语意图涵盖通过将可检测物质偶联(即物理连接)探针或抗体进行的对探针或抗体的直接标记,以及通过与直接标记的另一试剂的反应性进行的对探针或抗体的间接标记。间接标记的例子包括使用荧光标记的二抗检测一抗和用生物素末端标记DNA探针使得它能用荧光标记的链霉亲合素来检测。
术语“抗体”以最广义使用且具体涵盖单克隆抗体(包括全长单克隆抗体),多克隆抗体,多特异性抗体(例如双特异性抗体),和抗体片段,只要它们展现期望的生物学活性。
“天然抗体”指通常由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链构成的约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接,而二硫化物连接的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间变化。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫桥。每条重链在一端具有一个可变域(VH),接着是多个恒定域。每条轻链具有一端的一个可变域(VL)和其另一端的一个恒定域；轻链的恒定域与重链的第一恒定域对齐,且轻链的可变域与重链的可变域对齐。认为特定氨基酸残基在轻链和重链可变域之间形成界面。
“分离的”抗体是已经鉴定且自其天然环境的成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分是会干扰抗体的研究,诊断,和/或治疗用途的物质,且可包括酶,激素,和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在一些实施方案中,抗体纯化至(1)以抗体的重量计大于95％,如通过例如Lowry法测定的,且在一些实施方案中,以重量计大于99％；(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得至少15个残基的N端或内部氨基酸序列的程度；或(3)根据在还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE,使用例如考马斯蓝或银染色,达到同质。既然抗体的天然环境的至少一种成分不会存在,那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而,分离的抗体通常会通过至少一个纯化步骤来制备。
“阻断性”抗体或抗体“拮抗剂”是抑制或降低其结合的抗原的生物学活性的抗体。例如,VEGF特异性拮抗性抗体结合VEGF且抑制VEGF诱导血管内皮细胞增殖的能力。优选的阻断性抗体或拮抗性抗体完全抑制抗原的生物学活性。
除非另外指明,表述“多价抗体”贯穿此说明书用于表示包含三个或更多个抗原结合位点的抗体。多价抗体优选改造成具有三个或更多个抗原结合位点且一般不是天然序列IgM或IgA抗体。
基于其恒定域的氨基酸序列,来自任何哺乳动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可指派至两种截然不同的型中的一种,称作卡帕(“κ”)和拉姆达(“λ”)。
术语“恒定域”指免疫球蛋白分子中的如下部分,其相对于免疫球蛋白的其它部分,即含有抗原结合位点的可变域,具有更加保守的氨基酸序列。恒定域含有重链的CH1,CH2,和CH3域(合称CH)和轻链的CHL(或CL)域。
抗体的“可变区”或“可变域”指抗体的重或轻链的氨基端结构域。重链的可变域可以称作“VH”。轻链的可变域可以称作“VL”。这些结构域一般是抗体的最易变部分且含有抗原结合位点。
术语“可变的”指可变域的某些区段在抗体间在序列方面差异广泛的实情。可变或“V”域介导抗原结合且限定特定抗体对其特定抗原的特异性。然而,可变性并非在可变域的跨度上均匀分布。反而是,V区由15-30个氨基酸的称作框架区(FR)的相对不易变的节段和将它们分开的每个长9-12个氨基酸的称作“高变区”的具有极端可变性的更短区域组成。当在本文中使用时,术语“高变区”或“HVR”指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。高变区一般包含来自例如VL中的大约残基24-34(L1),50-56(L2)和89-97(L3)左右,和VH中的大约残基26-35(H1),49-65(H2)和95-102(H3)左右的氨基酸残基(在一个实施方案中,H1是大约残基31-35左右；Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))和/或那些来自“高变环”的残基(例如VL中的残基26-32(L1),50-52(L2),和91-96(L3),和VH中的26-32(H1),53-55(H2),和96-101(H3)；Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。天然重和轻链的可变域每一个包含四个FR,大多采取β-片层构象,通过三个高变区连接,高变区形成连接β-片层结构的环,且在一些情况中形成β-片层结构的一部分。每条链中的高变区通过FR与来自另一条链的高变区保持在一起,紧密靠近,促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))。因而,HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以下述顺序出现:FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。恒定域并不直接牵涉抗体对抗原的结合,但展现多种效应器功能,诸如抗体在抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)中的参与。
为了本文中的目的,“受体人框架”是包含自如下文定义的人免疫球蛋白框架或人共有框架衍生的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列的框架。“衍生自”人免疫球蛋白框架或人共有框架的受体人框架可包含其相同的氨基酸序列,或者它可含有氨基酸序列变化。在一些实施方案中,氨基酸变化的数目是10或更少,9或更少,8或更少,7或更少,6或更少,5或更少,4或更少,3或更少,或2或更少。在一些实施方案中,VL受体人框架在序列方面与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列相同。
如本文中使用的,术语“高变区”,“HVR”,或“HV”指抗体可变域中在序列方面高度可变和/或形成结构上定义的环的区域。一般地,抗体包含六个HVR:VH中的三个(H1,H2,H3),和VL中的三个(L1,L2,L3)。在天然抗体中,H3和L3展示这六个HVR的最大多样性,而且认为特别是H3在赋予抗体以精密特异性中发挥独特作用。参见例如Xu et al.,Immunity13:37-45(2000)；Johnson and Wu,in:Methods in Molecular Biology 248:1-25(Lo,ed.,Human Press,Totowa,N.J.,2003)。确实,仅由重链组成的天然发生骆驼(camelid)抗体在轻链缺失下是有功能的且稳定的。参见例如Hamers-Casterman et al.,Nature 363:446-448,(1993)；Sheriff et al.,Nature Struct.Biol.3:733-736,(1996)。
本文中使用且涵盖许多HVR叙述。Kabat互补决定区(CDR)基于序列变异性且是最常用的(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。Chothia改为指结构环的位置(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbMHVR代表Kabat HVR和Chothia结构环之间的折衷,而且得到Oxford Molecular的AbM抗体建模软件的使用。“接触”HVR基于对可得复合物晶体结构的分析。下文记录了这些HVR中每一种的残基。
HVR可包含如下“延伸的HVR”:VL中的24-36或24-34(L1),46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)和VH中的26-35(H1),50-65或49-65(H2)和93-102,94-102,或95-102(H3)。对于这些定义中的每一种,可变域残基是依照Kabat等,见上文编号的。
“框架”或“FR”残基是除如本文中定义的HVR残基外的那些可变域残基。
“人共有框架”是代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列的选集中最常发生的氨基酸残基的框架。一般地,人免疫球蛋白VL或VH序列的选集来自可变域序列的亚组。一般地,序列的亚组是如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition,NIH Publication 91-3242,Bethesda MD(1991),vols.1-3中的亚组。在一个实施方案中,对于VL,亚组是如Kabat等人,见上文中的亚组卡帕I。在一个实施方案中,对于VH,亚组是如Kabat等人,见上文中的亚组III。
术语“如Kabat中的可变域残基编号方式”或“如Kabat中的氨基酸位置编号方式”,和其变异指Kabat等人,见上文中用于抗体的编辑的重链可变域或轻链可变域的编号系统。使用此编号系统,实际的线性氨基酸序列可含有较少或另外的氨基酸,对应于可变域的FR或HVR的缩短或插入。例如,重链可变域可包括在H2的残基52之后的单一氨基酸插入(依照Kabat的残基52a)和在重链FR残基82之后的插入残基(例如依照Kabat的残基82a,82b,和82c,等)。可通过在抗体序列的同源性区域处与“标准”Kabat编号序列的比对为给定抗体确定残基的Kabat编号。
Kabat编号系统一般在提及可变域中的残基(大约是轻链残基1-107和重链残基1-113)时使用(例如Kabat et al.,Sequences of Immunological Interest.5th Ed.PublicHealth Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。“EU编号系统”或“EU索引”一般在提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时使用(例如Kabat等人,见上文中报告的EU索引)。“如Kabat中的EU索引”指人IgG1 EU抗体的残基编号方式。除非本文中另有说明,提及抗体的可变域中的残基编号意指通过Kabat编号系统的残基编号。除非本文中另有说明,提及抗体的恒定域中的残基编号意指通过EU编号系统的残基编号(例如参见美国临时申请No.60/640,323,关于EU编号方式的图)。
除非另外指明,HVR残基和可变域中的其它残基(例如FR残基)在本文中依照Kabat等人,见上文编号。
术语“全长抗体”,“完整抗体”,和“全抗体”在本文中可互换使用,指实质性完整形式的抗体,而非如下文定义的抗体片段。该术语特别指重链含有Fc区的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分,优选包含其抗原结合区。在一些实施方案中,本文中描述的抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的例子包括Fab,Fab',F(ab')2,和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；和自抗体片段形成的多特异性抗体。
抗体的木瓜蛋白酶消化生成两个相同的抗原结合片段,称作“Fab”片段,每个具有一个抗原结合位点,和一个剩余的“Fc”片段,其名称反映其易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab')2片段,其具有两个抗原结合位点且仍然能够交联抗原。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中含有恒定区的至少一部分的C端区域。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中,人IgG重链Fc区自Cys226,或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而,Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定,Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号依照EU编号系统,也称作EU索引,如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.PublicHealth Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)中描述的。
“效应器功能”指那些可归于抗体的Fc区,随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括:C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬；细胞表面受体(例如B细胞受体)的下调；和B细胞活化。
“Fv”是含有完整抗原结合位点的最小限度抗体片段。在一个实施方案中,双链Fv种类由紧密,非共价联合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中,一个重链可变域和一个轻链可变域可通过柔性肽接头共价连接,使得轻和重链能在与双链Fv种类中的类似的“二聚体”结构中联合。正是在这种构造中,每个可变域的三个HVR相互作用而限定VH-VL二聚体的表面上的抗原结合位点。六个HVR一起赋予抗体以抗原结合特异性。然而,即使是单个可变域(或只包含对抗原特异性的三个HVR的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力,只是亲和力比完整结合位点要低。
Fab片段含有重和轻链可变域且还含有轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab'片段与Fab片段的区别在于重链CH1域的羧基端处增加少数残基,包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH是本文中对于其中恒定域的半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab'的名称。F(ab')2抗体片段最初是作为具有Fab'片段之间的铰链半胱氨酸的成对Fab'片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL域,其中这些结构域存在于一条多肽链中。一般地,scFv多肽进一步包含VH和VL域之间的多肽接头,其使得scFv能够形成结合抗原的期望结构。关于scFv的综述参见例如Plückthun,in:The Pharmacology ofMonoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.(Springer-Verlag,NewYork,1994),pp.269-315。
术语“多特异性抗体”以最广义使用且具体涵盖包含重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)的抗体,其中VH-VL单元具有多表位特异性(即能够结合一种生物学分子上的两种不同表位或不同生物学分子上的每种表位)。此类多特异性抗体包括但不限于全长抗体,具有两个或更多个VL和VH域的抗体,抗体片段诸如Fab,Fv,dsFv,scFv,双抗体,双特异性双抗体和三抗体,共价或非共价连接的抗体片段。“多表位特异性”指特异性结合相同或不同靶物上的两种或更多种不同表位的能力。“双重特异性”或“双特异性”指特异性结合相同或不同靶物上的两种不同表位的能力。然而,与双特异性抗体形成对比,双重特异性抗体具有氨基酸序列相同的两个抗原结合臂且每一个Fab臂能够识别两种抗原。双重特异性容许抗体作为单一Fab或IgG分子以高亲和力与两种不同抗原相互作用。依照一个实施方案,IgG1形式的多特异性抗体以5μM至0.001pM,3μM至0.001pM,1μM至0.001pM,0.5μM至0.001pM或0.1μM至0.001pM的亲和力结合每种表位。“单特异性”指结合仅一种表位的能力。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的抗体片段,该片段包含在同一多肽链(VH-VL)中相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对,迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对并创建两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的描述于例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体(triabody)和四抗体(tetrabody)也描述于Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。有五大类抗体:IgA,IgD,IgE,IgG,和IgM,而且这些中的数种可以进一步分成亚类(同种型),例如IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA1,和IgA2。与不同类的抗体对应的重链恒定域分别称作α,δ,ε,γ,和μ。
如本文中使用的,术语“单克隆抗体”指从一群实质性同质的抗体获得的抗体,例如构成群体的抗体个体相同,除了可能以极小量存在的可能的突变,例如天然发生突变。如此,修饰语“单克隆”指示抗体不是分立的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中,此类单克隆抗体典型地包括包含结合靶物的多肽序列的抗体,其中靶物结合多肽序列是通过包括自众多多肽序列选择单一靶物结合多肽序列的过程得到的。例如,选择过程可以是自众多克隆,诸如杂交瘤克隆,噬菌体克隆,或重组DNA克隆的集合选择独特克隆。应当理解的是,所选择的靶物结合序列可进一步改变,例如为了改善对靶物的亲和力,将靶物结合序列人源化,改善其在细胞培养物中的生成,降低其在体内的免疫原性,创建多特异性抗体,等,而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是此发明的单克隆抗体。与典型地包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物形成对比,单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性以外,单克隆抗体制备物的优势在于它们典型地未受到其它免疫球蛋白污染。
修饰语“单克隆”指示抗体自实质性同质的抗体群获得的特征,而且不要解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如,要依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成,包括例如杂交瘤方法(例如Kohler and Milstein,Nature 256:495-97(1975)；Hongo et al.,Hybridoma 14(3):253-260(1995)；Harlow et al.,Antibodies:ALaboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press,2nd ed.1988)；Hammerlinget al.,in:Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681(Elsevier,N.Y.,1981)),重组DNA方法(参见例如美国专利No.4,816,567),噬菌体展示技术(参见例如Clackson et al.,Nature352:624-628,1991；Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597,1992；Sidhu et al.,J.Mol.Biol.338(2):299-310,2004；Lee et al.,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093,2004；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472,2004；及Lee et al.,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132,2004),和用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovitset al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551,1993；Jakobovits et al.,Nature 362:255-258,1993；Bruggemann et al.,Year in Immuno.7:33,1993；美国专利No.5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；Marks et al.,Bio/Technology10:779-783,1992；Lonberg et al.,Nature 368:856-859,1994；Morrison,Nature 368:812-813,1994；Fishwild et al.,Nature Biotechnol.14:845-851,1996；Neuberger,Nature Biotechnol.14:826,1996；及Lonberg et al.,Intern.Rev.Immunol.13:65-93,1995)。
单克隆抗体在本文中具体包括“嵌合”抗体,其中重和/或轻链的一部分与自特定物种衍生或属于特定抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源,而链的剩余部分与自另一物种衍生或属于另一抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源,以及此类抗体的片段,只要它们展现期望的生物学活性(参见例如美国专利No.4,816,567；Morrison etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。嵌合抗体包括抗体,其中抗体的抗原结合区是自通过例如用感兴趣抗原免疫猕猴而生成的抗体衍生的。
“人抗体”是拥有与由人或人细胞生成的或自利用人抗体全集或其它人抗体编码序列的非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
非人(例如啮齿类)抗体的“人源化”形式是最低限度含有自非人抗体衍生的序列的嵌合抗体。对于大部分,人源化抗体是人免疫球蛋白(受体抗体)中来自高变区的残基用来自具有期望的抗体特异性,亲和力,和能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠,大鼠,家兔或非人灵长类的高变区的残基替换的免疫球蛋白。在一些情况中,人免疫球蛋白的FR残基用相应的非人残基替换。而且,人源化抗体可包含在受体抗体中或在供体抗体中没有找到的残基。进行这些修饰是为了进一步改进抗体性能。一般而言,人源化抗体会包含至少一个,典型地两个实质性整个如下的可变域,其中所有或实质性所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环且所有或实质性所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还会包含免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分,典型地人免疫球蛋白的。别的详情参见Jones etal.,Nature 321:522-525,1986；Riechmann et al.,Nature 332:323-329,1988；及Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596,1992。
“野生型(WT)”或“参照”序列或“野生型”或“参照”蛋白质/多肽(诸如参照抗体的HVR或可变域)的序列可以是经由引入突变来衍生变异多肽的参照序列。一般而言,给定蛋白质的“野生型”序列是在自然界中最常见的序列。类似地,“野生型”基因序列是该基因在自然界中最常找到的序列。可经由天然过程或经由人诱导的手段将突变引入“野生型”基因(和如此由它编码的蛋白质)。此类过程的产物是最初“野生型”蛋白质或基因的“变体/变异”或“突变体/突变”形式。
起始或参照多肽(例如参照抗体或其可变域/HVR)的“变体”或“突变体”是(1)具有与起始或参照多肽不同的氨基酸序列且(2)经由天然的或人工的(人为的)诱变自起始或参照多肽衍生的多肽。此类变体包括例如感兴趣多肽的氨基酸序列内的残基删除,和/或插入和/或替代,在本文中称作“氨基酸残基改变”。如此,变异HVR指包含相对于起始或参照多肽序列(诸如源抗体或抗原结合片段的)的变异序列的HVR。氨基酸残基改变在此语境中指与起始或参照多肽序列(诸如参照抗体或其片段的)中的相应位置处的氨基酸不同的氨基酸。可进行删除,插入,和替代的任何组合以得到最终的变体或突变体构建物,只要最终的构建物拥有期望的功能性特征。氨基酸变化还可改变多肽的翻译后加工,诸如改变糖基化位点的数目或位置。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点和它的结合配偶(例如抗原)之间的全部非共价相互作用总和的强度。除非另外指明,如本文中使用的,“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间的1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶Y的亲和力一般可以用解离常数(Kd)来代表。亲和力可通过本领域知道的常用方法来测量,包括本文中描述的那些。本文中描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性实施方案。
就抗体对靶分子的结合而言,术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”意味着与非特异性相互作用可测量地不同的结合。特异性结合可例如通过与对照分子的结合相比测定分子的结合来测量。例如,特异性结合可通过与对照分子(其与靶物相似,例如过量的未标记的靶物)的竞争来测定。在这种情况中,如果经标记靶物对探针的结合受到过量的未标记靶物的竞争性抑制的话,指示特异性结合。如本文中使用的,术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”可例如由具有10-4M或更低,或者10-5M或更低,或者10-6M或更低,或者10-7M或更低,或者10-8M或更低,或者10-9M或更低,或者10-10M或更低,或者10-11M或更低,或者10-12M或更低的针对靶物的Kd或10-4M至10-6M或10-6M至10-10M或10-7M至10-9M范围中的Kd的分子展现。正如熟练技术人员会领会的,亲和力和Kd值逆相关。针对抗原的高亲和力通过低Kd值来测量。在一个实施方案中,术语“特异性结合”指如下的结合,其中分子在没有实质性结合任何其它多肽或多肽表位的情况下结合特定多肽或特定多肽上的表位。
“亲和力成熟的”抗体指如下的抗体,其具有一个或多个高变区(HVR)中的一处或多处改变,与不拥有此类改变的亲本抗体相比,此类改变导致抗体对抗原的亲和力改善。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体,且相反,参照抗体在竞争测定法中将抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。
“免疫缀合物”是与一种或多种异源分子,包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
如本文中使用的,术语“免疫粘附素”命名组合异源蛋白质(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定域的效应器功能的抗体样分子。在结构上,免疫粘附素包含具有与抗体的抗原识别和结合位点不同的期望结合特异性的氨基酸序列(即,是“异源的”)和免疫球蛋白恒定域序列的融合物。免疫粘附素分子的粘附素部分典型地是至少包含受体或配体的结合位点的连续氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定域序列可以是自任何免疫球蛋白,诸如IgG1,IgG2(包括IgG2A和IgG2B),IgG3,或IgG4亚型,IgA(包括IgA1和IgA2),IgE,IgD或IgM获得的。Ig融合物优选包括用本文中描述的多肽或抗体的结构域替换Ig分子内的至少一个可变区的替代。在一个特别优选的实施方案中,免疫球蛋白融合物包括IgG1分子的铰链,CH2和CH3,或铰链,CH1,CH2和CH3区。关于免疫球蛋白融合物的生成,还可参见美国专利No.5,428,130。例如,作为对于本文中的疗法有用的药物有用的免疫粘附素包括包含与免疫球蛋白序列的恒定域融合的PD-L1或PD-L2的胞外域(ECD)或PD-1结合部分,或PD-1的胞外或PD-L1或PD-L2结合部分的多肽,分别诸如PD-L1 ECD-Fc,PD-L2 ECD-Fc,和PD-1ECD-Fc。Ig Fc和细胞表面受体的ECD的免疫粘附素组合有时称作可溶性受体。
“融合蛋白”和“融合多肽”指具有共价连接到一起的两个部分的多肽,其中每个部分是具有不同特性的多肽。特性可以是生物学特性,诸如体外或体内活性。特性也可以是简单的化学或物理特性,诸如对靶分子的结合,反应的催化,等等。两个部分可以直接通过单一肽键或经由肽接头连接,但是彼此在读码框中。
就本文中鉴定的多肽序列而言的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为在比对序列并在必要时引入缺口以实现最大百分比序列同一性之后,而且在任何保守替代不作为序列同一性的一部分考虑的情况下,候选序列中与所比较的多肽中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为了确定百分比氨基酸序列同一性目的的比对可以以本领域技能内的多种方式实现,例如使用公众可得的计算机软件,诸如BLAST,BLAST-2,ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员能确定用于测量比对的适宜参数,包括对所比较的序列的全长实现最大比对需要的任何算法。然而,为了本文中的目的,％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2生成的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech公司编写,而且源代码已经与用户文档一起提交美国版权局(Washington D.C.,20559),以美国版权注册号TXU510087注册。公众经由Genentech公司(South San Francisco,California)可得到ALIGN-2程序。ALIGN-2程序应当编译成在UNIX操作系统,优选数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设置且不变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况中,给定氨基酸序列A相对于(to),与(with),或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为给定氨基酸序列A具有或包含相对于,与,或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性)如下计算:
100 乘 分数X/Y
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B的比对中打分为相同匹配的氨基酸残基的数目,且其中Y是B中的氨基酸残基的总数。会领会的是,在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况中,A相对于B的％氨基酸序列同一性会不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有具体说明,本文中使用的所有％氨基酸序列同一性值是如上一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。
如本文中可互换使用的,“多核苷酸”或“核酸”指任何长度的核苷酸聚合物,而且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸,核糖核苷酸,经修饰的核苷酸或碱基,和/或其类似物,或可由DNA或RNA聚合酶,或通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。如此,例如,如本文中定义的多核苷酸包括但不限于单和双链DNA,包括单和双链区的DNA,单和双链RNA,和包括单和双链区的RNA,包含DNA和RNA的杂合分子,它可以是单链的,或更典型地是双链的,或包括单和双链区。另外,如本文中使用的,术语“多核苷酸”指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包括一种或多种分子的整个,但是更典型地是只牵涉一些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体包括cDNA。
多核苷酸可包含经修饰的核苷酸,诸如甲基化核苷酸和其类似物。若存在的话,对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后给予。核苷酸的序列可以由非核苷酸成分中断。多核苷酸可以在合成之后进一步修饰,诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”,将一个或多个天然发生核苷酸用类似物替代,核苷酸间修饰诸如例如那些具有不带电荷连接(例如甲基膦酸酯,磷酸三酯,磷酰胺酯(phosphoamidate),氨基甲酸酯,等等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,等等)的,那些含有悬垂模块(pendant moiety),诸如例如蛋白质(例如核酸酶,毒素,抗体,信号肽,聚L-赖氨酸,等等)的,那些具有嵌入剂(例如吖啶,补骨脂素,等等)的,那些含有螯合剂(例如金属,放射性金属,硼,氧化性金属,等等)的,那些含有烷化剂的,那些具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid))的,以及未修饰形式的多核苷酸。另外,通常存在于糖中的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团,磷酸(phosphate)基团替换,用标准保护基团保护,或活化以准备与另外的核苷酸的另外的连接,或可缀合固体或半固体支持物。可磷酸化或用胺或1至20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖的糖的类似物形式,包括例如2’-O-甲基-,2’-O-烯丙基-,2’-氟-,或2’-叠氮-核糖,碳环糖类似物,α-端基异构糖,差向异构糖诸如阿拉伯糖,木糖或来苏糖,吡喃糖的糖,呋喃糖的糖,景天庚酮糖,无环类似物,和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案,其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate)),P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate)),(O)NR2(“酰胺酯”(amidate)),P(O)R,P(O)OR’,CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替换,其中R或R’各自独立为H或取代或未取代的烃基(1-20个C),任选含有醚(-O-)连接,芳基,烯基,环烷基,环烯基或芳烃基(araldyl)。多核苷酸中的所有连接并非必须是相同的。前面的描述适用于本文中提及的所有多核苷酸,包括RNA和DNA。
如本文中使用的,“寡核苷酸”一般指短的,单链的多核苷酸,其在长度上小于约250个核苷酸,但这不是必须的。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述同等且完全可适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交且容许互补核酸聚合(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“宿主细胞”,“宿主细胞系”,和“宿主细胞培养物”可互换使用且指其中已经导入外源核酸的细胞,包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体/转化子”和“转化细胞/经转化细胞”,其包括原代转化细胞和自其衍生的后代,不管传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不是完全相同,而是可以含有突变。本文中包括具有与在初始转化细胞中筛选或选择相同的功能或生物学活性的突变体后代。
如本文中使用的,术语“载体”指能够扩增与其连接的另一种核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体以及并入接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称作“表达载体”。
“分离的”核酸分子是经鉴定且与核酸的天然来源中通常与之关联的至少一种污染性核酸分子分开的核酸分子。分离的核酸分子不同于在自然界中找到它时的形式或背景。分离的核酸分子因此有别于如其在天然细胞中存在的核酸分子。然而,分离的核酸分子包括通常表达该抗体的细胞中含有的核酸分子,例如当该核酸分子在该细胞中的染色体位置不同于它在天然细胞中的染色体位置时。
II.诊断方法和测定法
本文中提供的是用于鉴定可能受益于用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如肾癌(例如肾细胞癌(RCC)),肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC)),膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌(UBC)),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌(TNBC)))的个体的方法和测定法。本文中还提供的是用于鉴定可能受益于用包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法和测定法。在特定实施方案中,该血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))疗法可以是单一疗法(例如舒尼替尼单一疗法)。
本文中描述的方法和测定法基于可使用来自个体的样品中一种或多种基因(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平来预测包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法的治疗功效的发现。在另一个方面,本文中描述的方法和测定法基于可使用来自个体的样品中一种或多种基因(例如VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,和/或CD34)的表达水平来预测包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的治疗功效的发现。
本文中又提供的是用于为具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体选择疗法的方法和测定法；用于测定具有癌症的个体是否有可能响应包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的治疗的方法；用于测定具有癌症的个体是否有可能响应包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的方法；用于预测具有癌症的个体对包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法；用于预测具有癌症的个体对包含血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的响应性的方法；用于监测具有癌症的个体对包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的治疗的响应的方法；和用于监测具有癌症的个体对包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的响应的方法。本文中提供的任何方法可进一步包括对个体施用VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂(例如如下文节III中描述的)。
本文中提供的是鉴定可能受益于用包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其牵涉测定来自个体的样品中表1中所列基因中一种或多种的表达水平,其中表1中所列基因中一种或多种的表达水平的变化将该个体鉴定为可能受益于用抗癌症疗法(例如包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂或血管发生抑制剂的抗癌症疗法)的治疗的个体。在一些情况中,该变化是升高。在其它情况中,该变化是降低。
表1:例示性生物标志物
本发明还提供用于为具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体选择疗法,其包括测定来自个体的样品中表1中所列基因中一种或多种的表达水平,其中表1中所列基因中一种或多种的表达水平的变化将该个体鉴定为可能受益于用抗癌症疗法(例如包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))),或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法)的治疗的个体。在一些情况中,该变化是升高。在其它情况中,该变化是降低。
在另一个实施方案中,本发明提供一种诊断或预后癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的方法,其包括测定来自个体的样品中一种或多种生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平,由此诊断或预后该癌症。在一些实施方案中,该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后该个体。在一些实施方案中,该生物标志物在表1中列出。
在还有另一个实施方案中,本发明提供一种确定具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的患者是否有可能响应用抗癌症疗法(例如包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)),或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))的抗癌症疗法)的治疗的方法,其包括测定来自该个体的样品中一种或多种生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平,由此将该个体鉴定为有可能响应该抗癌症疗法的。在一些实施方案中,该生物学样品中该一种或多种生物标志物的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)将该患者鉴定为有可能响应用该抗癌症疗法的治疗。在一些实施方案中,该生物标志物在表1中列出。
在其它实施方案中,本发明提供一种优化抗癌症疗法(例如包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)),或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))的抗癌症疗法)的治疗功效的方法,其包括测定自该患者获得的生物学样品中一种或多种生物标志物的表达水平并与参照水平比较该样品中该一种或多种生物标志物的表达水平,其中该生物学样品中该一种或多种生物标志物的表达水平相对于该参照水平的变化(例如升高或降低)鉴定有可能响应该抗癌症疗法的患者。在一些实施方案中,该生物标志物在表1中列出。
在另一个实施方案中,本文中提供的是鉴定可能受益于用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其包括测定来自个体的样品中下述基因中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,或37种)的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9,其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平将该个体鉴定为可能受益于用包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是用于为具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体选择疗法的方法,其包括测定来自个体的样品中下述基因中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,或37种)的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9,其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平将该个体鉴定为可能受益于用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法的治疗的个体。
在任何前述方法中,该方法可包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种的表达水平,例如表2中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种的表达水平,例如表3中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种的表达水平,例如表4中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平。
表2:CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的两基因组合
CD8A和EOMES
CD8A和PRF1
CD8A和IFNG
CD8A和PD-L1
EOMES和PRF1
EOMES和IFNG
EOMES和PD-L1
PRF1和IFNG
PRF1和PD-L1
IFNG和PD-L1
表3:CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的三基因组合
表4:CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的四基因组合
CD8A,EOMES,PRF1,和IFNG
CD8A,EOMES,PRF1,和PD-L1
CD8A,EOMES,IFNG,和PD-L1
CD8A,PRF1,IFNG,和PD-L1
EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1
在一些实施方案中,任何前述方法可包括测定PD-L1和一种或多种另外的基因的表达水平,其中该一种或多种另外的基因不同于PD-L1。例如,在一些实施方案中,该方法可包括测定PD-L1和一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,或36种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9组成的组的另外的基因的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定PD-L1和一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2组成的组的另外的基因的表达水平。在其它实施方案中,该方法包括测定PD-L1和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。在其它实施方案中,该方法包括测定PD-L1和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。
任何前述方法可包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种的表达水平,例如表5中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种的表达水平,例如表6中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种的表达水平,例如表7中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种的表达水平,例如表8中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。
表5:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的两基因组合
表6:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的三基因组合
VEGFA,KDR,和ESM1
VEGFA,KDR,和PECAM1
VEGFA,KDR,和ANGPTL4
VEGFA,KDR,和CD34
VEGFA,ESM1,和PECAM1
VEGFA,ESM1,和ANGPTL4
VEGFA,ESM1,和CD34
VEGFA,PECAM1,和ANGPTL4
VEGFA,PECAM1,和CD34
VEGFA,ANGPTL4,和CD34
KDR,ESM1,和PECAM1
KDR,ESM1,和ANGPTL4
KDR,ESM1,和CD34
KDR,PECAM1,和ANGPTL4
KDR,PECAM1,和CD34
KDR,ANGPTL4,和CD34
ESM1,PECAM1,和ANGPTL4
ESM1,PECAM1,和CD34
ESM1,ANGPTL4,和CD34
PECAM1,ANGPTL4,和CD34
表7:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的四基因组合
表8:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的五基因组合
VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,和ANGPTL4
VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,和CD34
VEGFA,KDR,ESM1,ANGPTL4,和CD34
VEGFA,KDR,PECAM1,ANGPTL4,和CD34
VEGFA,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34
KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34
任何前述方法可包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种的表达水平,例如表9中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种的表达水平,例如表10中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种的表达水平,例如表11中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种的表达水平,例如表12中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种的表达水平,例如表13中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种的表达水平,例如表14中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种的表达水平,例如表15中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种的表达水平,例如表16中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平。
表9:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的两基因组合
表10:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的三基因组合
表11:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的四基因组合
表12:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的五基因组合
表13:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的六基因组合
表14:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的七基因组合
表15:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的八基因组合
表16:IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的九基因组合
IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,和S100A8
IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,和S100A9
IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,S100A8,和S100A9
IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR2,S100A8,和S100A9
IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9
IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9
IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9
IL6,CXCL1,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9
IL6,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9
CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9
在任何前述方法中,该方法可包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种),和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种),和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定表2-4中所列任一组合和表9-16中所列任一组合的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平。
在其它实施方案中,在任何前述方法中,该方法可包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定表2-4中所列任一组合和表5-8中所列任一组合的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。
在又一个实施方案中,在任何前述方法中,该方法可包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定表9-16中所列任一组合和表5-8中所列任一组合的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,S100A9,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包括对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些情况中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中表2-4中所列例示性组合中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中表9-16中所列例示性组合中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包括对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平鉴定肿瘤中髓样炎症的存在。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平且表9-16中所列任一组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。在一些实施方案中,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平鉴定肿瘤中髓样炎症的存在。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平指示该个体不太可能受益于(例如有抗性)PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗)单一疗法。
在任何前述方法的其它实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包括对该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗)或抗PD-1抗体)单一疗法。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平且表9-16中所列任一组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平,且该方法进一步包含对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中表5-8中所列例示性组合中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在其它实施方案中,在任何前述方法中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平,且该方法进一步包含对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且表5-8中所列任一组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平,且该方法进一步包含对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中表9-16中所列例示性组合中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在任何前述方法的其它实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且该方法进一步包括对该个体施用有效量的血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))。在一些实施方案中,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中表5-8中所列例示性组合中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平处于或高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方法的某些实施方案中,参照水平是参照群体,例如具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的群体中该一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,或37种)基因(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9)的表达水平。在特定实施方案中,该癌症是肾癌(例如RCC,例如mRCC)。在某些实施方案中,参照水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中该一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,该参照水平可以是该参照群体中的该表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在某些实施方案中,该参照水平是为该一种或多种基因预先指派的表达水平。在一些实施方案中,该参照水平是在先前的时间点时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平,其中该先前的时间点在施用该抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照水平是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟,小时,天,周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),月,或年)自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9)的表达水平。在其它实施方案中,该参照水平是在随后的时间点(例如施用抗癌症疗法后若干分钟,小时,天,周,月,或年)时自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平。
可以基于本领域知道的任何合适标准来定性和/或定量评估上文描述的任何生物标志物的存在和/或表达水平,包括但不限于DNA,mRNA,cDNA,蛋白质,蛋白质片段,和/或基因拷贝数。用于测量此类生物标志物的方法是本领域知道的且技术人员了解的,包括但不限于免疫组织化学(“IHC”),Western印迹分析,免疫沉淀,分子结合测定法,ELISA,ELIFA,荧光激活细胞分选(“FACS”),MassARRAY,蛋白质组学,基于血液的定量测定法(例如血清ELISA),生化酶活性测定法,原位杂交(ISH),荧光原位杂交(FISH),Southern分析,Northern分析,全基因组测序,聚合酶链式反应(PCR)包括定量实时PCR(qRT-PCR)和其它扩增型检测方法,诸如例如分支DNA,SISBA,TMA等等,RNA-Seq,微阵列分析,基因表达概况分析,全基因组测序(WGS),和/或基因表达系列分析(“SAGE”),以及能通过蛋白质,基因,和/或组织阵列分析实施的极其多种测定法任一。用于评价基因和基因产物的状态的典型方案可见于例如Ausubel et al.eds.(Current Protocols In Molecular Biology,1995),Units 2(Northern Blotting),4(Southern Blotting),15(Immunoblotting)and 18(PCRAnalysis)。还可使用多路免疫测定法诸如自Rules Based Medicine或Meso ScaleDiscovery(“MSD”)可得的那些。
在任何前述方法的一些实施方案中,生物标志物的表达水平可以是核酸表达水平(例如DNA表达水平或RNA表达水平(例如mRNA表达水平))。可使用测定核酸表达水平的任何合适方法。在一些实施方案中,使用RNA-seq,RT-qPCR,qPCR,多路qPCR或RT-qPCR,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,ISH,或其组合测定核酸表达水平。
用于评价细胞中的mRNA的方法是公知的且包括例如基因表达系列分析(SAGE),全基因组测序(WGS),使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的经标记核糖核酸探针的原位杂交,Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的互补引物的RT-PCR(例如qRT-PCR),和其它扩增型检测方法,诸如例如分支DNA,SISBA,TMA等等)。另外,此类方法可包括一个或多个容许测定生物学样品中靶mRNA的水平的步骤(例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选地,可测定所扩增的靶cDNA的序列。任选方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA,诸如靶mRNA的方案。使用核酸微阵列,将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以生成cDNA探针。然后将探针杂交至在固体支持物上固定化的核酸的阵列。阵列配置成使得阵列的每一个成员的序列和位置是知道的。例如,可将其表达与升高或降低的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的临床益处有关联的基因的选集在固体支持物上成阵列。经标记探针与特定阵列成员的杂交指示衍生探针的样品表达那种基因。
在任何前述方法的其它实施方案中,生物标志物的表达水平可以是蛋白质表达水平。在某些实施方案中,该方法包含在允许结合该生物标志物的条件下使该样品接触特异性结合本文中描述的生物标志物的抗体,并检测是否在该抗体和生物标志物之间形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一些情况中,使用抗体来选择对于用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的疗法适格的患者,例如用于选择个体的生物标志物。在其它情况中,使用抗体来选择对于用血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的疗法适格的患者,例如用于选择个体的生物标志物。可使用本领域知道的或本文中提供的测量蛋白质表达水平的任何方法。例如,在一些实施方案中,使用选自由流式细胞术(例如荧光激活细胞分选(FACSTM)),Western印迹,酶联免疫吸附测定法(ELISA),免疫沉淀,免疫组织化学(IHC),免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,质谱术,和HPLC组成的组的方法测定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在肿瘤浸润性免疫细胞中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在肿瘤细胞中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在肿瘤浸润性免疫细胞中和/或在肿瘤细胞中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在外周血单个核细胞(PBMC)中测定该生物标志物的蛋白质表达水平。
在某些实施方案中,使用IHC和染色方案来检查样品中生物标志物蛋白质的存在和/或表达水平/量。组织切片的IHC染色已经显示是一种测定或检测样品中蛋白质的存在的可靠方法。在任何方法,测定法和/或试剂盒的一些实施方案中,该生物标志物是下列基因的蛋白质表达产物中的一种或多种:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9。在一个实施方案中,使用下述方法测定生物标志物的表达水平,其包含:(a)用抗体对样品(诸如自患者获得的肿瘤样品)实施IHC分析；并(b)测定该样品中生物标志物的表达水平。在一些实施方案中,相对于参照测定IHC染色强度。在一些实施方案中,该参照是参照值。在一些实施方案中,该参照是参照样品(例如对照细胞系染色样品,来自非癌症患者的组织样品,或测定为对于感兴趣生物标志物呈阴性的肿瘤样品)。
IHC可以与另外的技术组合实施,诸如形态学染色和/或原位杂交(例如ISH)。有IHC的两种通用方法；直接和间接测定法。依照第一种测定法,直接测定抗体对靶抗原的结合。这种直接测定法使用经标记试剂,诸如发荧光的标签或酶标记的一抗,其能在没有别的抗体相互作用的情况下显现。在一种典型的间接测定法中,未缀合的一抗结合抗原,然后经标记的二抗结合一抗。在二抗缀合酶标记物的情况下,添加显色或荧光底物以提供抗原的显现。因为数个二抗可以与一抗上的不同表位反应,所以发生信号放大。
用于IHC的一抗和/或二抗典型地会用可检测模块标记。有众多标记物,其一般可分组成下述范畴:(a)放射同位素,诸如35S,14C,1251,3H,和131I；(b)胶体金颗粒；(c)发荧光标记物,包括但不限于稀土螯合物(铕螯合物),德克萨斯红,罗丹明,荧光素,丹酰,丽丝胺,伞形酮,藻红蛋白,藻蓝蛋白,或商品化荧光团,诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUM GREEN7和/或上述任一种或多种的衍生物；(d)有各种酶-底物标记物且美国专利号4,275,149提供这些中的一些的综述。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；见例如美国专利号4,737,456),萤光素,2,3-二氢酞嗪二酮,苹果酸脱氢酶,脲酶,过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO),碱性磷酸酶,β-半乳糖苷酶,葡糖淀粉酶,溶菌酶,糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶,半乳糖氧化酶,和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶),杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶),乳过氧化物酶,微过氧化物酶,等等。
酶-底物组合的例子包括例如辣根过氧化物酶(HRPO)及作为底物的过氧化氢；碱性磷酸酶(AP)及作为显色底物的对硝基苯基磷酸酯；和β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)及显色底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷)或荧光底物(例如4-甲基伞形基-β-D-半乳糖苷)。关于这些的一般性综述,见例如美国专利号4,275,149和4,318,980。
可例如手工或使用自动化染色仪(例如Ventana BenchMark XT或BenchmarkULTRA仪器)制备标本。可将如此制备的标本封固并盖上盖片。然后确定载片评价,例如使用显微镜,并可采用本领域例行使用的染色强度标准。在一个实施方案中,要理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时,一般在肿瘤细胞和/或组织中测定或评估染色(与样品中可存在的基质或周围组织相对)。在一些实施方案中,理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时,染色包括肿瘤浸润性免疫细胞中的测定或评估,包括肿瘤内或肿瘤周围的免疫细胞。在一些实施方案中,在>0％的样品中,在至少1％的样品中,在至少5％的样品中,在至少10％的样品中,在至少15％的样品中,在至少15％的样品中,在至少20％的样品中,在至少25％的样品中,在至少30％的样品中,在至少35％的样品中,在至少40％的样品中,在至少45％的样品中,在至少50％的样品中,在至少55％的样品中,在至少60％的样品中,在至少65％的样品中,在至少70％的样品中,在至少75％的样品中,在至少80％的样品中,在至少85％的样品中,在至少90％的样品中,在至少95％的样品中,或更多,通过IHC检测生物标志物的存在。可使用本领域知道的任何方法对样品打分,例如由病理学家或通过自动化图像分析。
在任何方法的一些实施方案中,使用诊断性抗体(即一抗)通过免疫组织化学检测该生物标志物。在一些实施方案中,该诊断性抗体特异性结合人抗原。在一些实施方案中,该诊断性抗体是非人抗体。在一些实施方案中,该诊断性抗体是大鼠,小鼠,或家兔抗体。在一些实施方案中,该诊断性抗体是家兔抗体。在一些实施方案中,该诊断性抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该诊断性抗体是直接标记的。在其它实施方案中,该诊断性抗体是间接标记的。
在任何前述实施方案的一些实施方案中,在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟,小时,天,周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),月,或年)自该个体获得该样品。在任何前述方法的一些实施方案中,在施用该抗癌症疗法后约2至约10周(例如2,3,4,5,6,7,8,9,或10周)获得来自该个体的该样品。在一些实施方案中,在施用该抗癌症疗法后约4至约6周获得来自该个体的该样品。
在任何前述方法的一些实施方案中,在组织样品,原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清液,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液,精液,羊水,乳,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液,组织提取物诸如匀浆化组织,肿瘤组织,细胞提取物,或其任何组合中检测生物标志物的表达水平或数目。在一些实施方案中,该样品是组织样品(例如肿瘤组织样品),细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品其中该肿瘤组织样品包括肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞,或其组合。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋(FFPE)的样品,存档的样品,新鲜的样品,或冷冻的样品。
例如,在任何前述方法的一些实施方案中,使用已知技术(例如流式细胞术或IHC)在肿瘤浸润性免疫细胞,肿瘤细胞,PBMC,或其组合中检测生物标志物的表达水平。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞,肿瘤周围免疫细胞或任何其组合,和其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞(例如CD8+T效应(Teff)细胞)和/或CD4+T淋巴细胞(例如CD4+Teff细胞),B淋巴细胞,或其它骨髓谱系细胞,包括粒细胞(嗜中性细胞,嗜曙红细胞,嗜碱性细胞),单核细胞,巨噬细胞,树突细胞(例如指状树突细胞),组织细胞,和天然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中,以膜染色,胞质染色,或其组合检测生物标志物的染色。在其它实施方案中,以样品中相对于参照样品缺失或无染色检测生物标志物的缺失。
在任何前述方法的特定实施方案中,在含有或怀疑含有癌细胞的样品中评估生物标志物的表达水平。该样品可以是例如自罹患,怀疑罹患,或诊断有癌症(例如肾癌,特别是肾细胞癌(RCC),诸如晚期RCC或转移性RCC(mRCC))的患者获得的组织活检或转移性损害。在一些实施方案中,该样品是肾组织的样品,肾肿瘤的活检,已知或怀疑的转移性肾癌损害或切片,或已知或怀疑包含循环中癌细胞,例如肾癌细胞的血液样品,例如外周血样品。该样品可包含癌细胞,即肿瘤细胞,和非癌性细胞(例如淋巴细胞,诸如T细胞或NK细胞)二者,而且,在某些实施方案中,包含癌性和非癌性细胞二者。获得生物学样品(包括组织切除,活检,和体液,例如血液样品,其包含癌症/肿瘤细胞)的方法是本领域公知的。
在任何前述方法的一些实施方案中,该患者具有癌,淋巴瘤,母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤),肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤),神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤,胃泌素瘤,和胰岛细胞癌),间皮瘤,施旺细胞瘤(包括听神经瘤),脑膜瘤,腺癌,黑素瘤,和白血病或淋巴样恶性。在一些实施方案中,该癌症是肾癌(例如肾细胞癌(RCC),例如晚期RCC或转移性RCC(mRCC)),鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌),肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC),非小细胞肺癌(NSCLC),肺的腺癌,和肺的鳞癌),腹膜癌,肝细胞癌,胃的癌或胃癌,包括胃肠癌,胰腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,卵巢癌,肝癌(例如HCC),肝瘤,乳腺癌(包括转移性乳腺癌),膀胱癌,结肠癌,直肠癌,结肠直肠癌,子宫内膜或子宫癌,唾液腺癌,前列腺癌,外阴癌,甲状腺癌,肝的癌,肛门癌,阴茎癌,梅克尔细胞癌,蕈样真菌病,睾丸癌,食管癌,胆管肿瘤,头和颈癌,B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；和移植后淋巴增殖性病症(PTLD),与瘢痣病,水肿(诸如与脑瘤有关的),或梅格斯氏综合征有关的异常血管增殖。在一些实施方案中,该癌症是肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC)。在优选的实施方案中,该患者具有肾癌(例如RCC,例如晚期RCC或mRCC,例如先前未治疗的晚期RCC或mRCC)。该患者可任选具有晚期,顽固性,复发性,化疗抗性,和/或铂抗性形式的该癌症。
在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在和/或表达水平/量与第二样品中的存在/缺失和/或表达水平/量相比升高或增多。在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在/缺失和/或表达水平/量与第二样品中的存在和/或表达水平/量相比降低或减少。在某些实施方案中,第二样品是参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是在与获得测试样品不同的一个或多个时间点获得的来自同一患者或个体的一份样品或组合的多份样品。例如,自同一患者或个体在比获得测试样品更早的时间点时获得参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。如果在癌症的初始诊断期间获得参照样品且稍后当癌症变成转移性时获得测试样品的话,此类参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织可能是有用的。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个健康个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者或个体的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个个体的来自正常组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的来自肿瘤组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。
在任何前述方法的一些实施方案中,表达水平高于参照水平,或表达或数目升高或增多指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比总体升高或增多约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更大任一,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些方法检测。在某些实施方案中,表达或数目升高或增多指样品中生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量升高或增多,其中该升高或增多是参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,表达或数目升高或增多指生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2 CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比总体升高或增多大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更大。
在任何前述方法的一些实施方案中,表达水平低于参照水平,或表达或数目降低或减少指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比总体降低或减少约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更大任一,通过本领域知道的标准方法诸如本文中描述的那些检测。在某些实施方案中,表达或数目降低或减少指样品中生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量降低或减少,其中该降低或减少是参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中的相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,表达或数目降低或减少指生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比总体降低或减少大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多。
III.治疗方法和用途
本文中提供的是用于治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法。在特定实施方案中,该癌症是肾癌,诸如RCC,例如晚期RCC或mRCC,例如先前未治疗的晚期RCC或mRCC。在一些情况中,本发明的方法包括基于本发明的生物标志物的表达水平对该个体施用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法。在其它实施方案中,本发明的方法包括对该个体施用包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法。可以在该方法中使用本文中描述的(例如如下文节IV和/或实施例中描述的)或本领域知道的任何VEGF拮抗剂,PD-L1轴结合拮抗剂,血管发生抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂),或其它抗癌剂。本发明进一步涉及用于改善罹患癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的患者的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)的方法,其通过施用包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法。本发明进一步涉及用于改善罹患癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的患者的无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)的方法,其通过施用包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法。可以使用本领域知道的和/或本文中描述的任何方法来测定本文中(例如在上文节II中和/或在工作实施例中)描述的任何生物标志物的表达水平或数目。
本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其包括(a)测定来自该个体的样品中表1中所列基因中一种或多种的表达水平,其中表1中所列基因中一种或多种的表达水平测定为相对于参照水平变化；并(b)基于步骤(a)中测定的该一种或多种基因的表达水平将有效量的抗癌症疗法(例如包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)),或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法)施用于该个体。在一些情况中,该变化是升高。在其它情况中,该变化是降低。
本文中还提供的是一种治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其包括将有效量的抗癌症疗法(例如包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)),或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法)施用于该个体,其中来自该个体的样品中表1中所列基因中一种或多种的表达水平已经测定为相对于参照水平变化,其中表1中所列基因中一种或多种的表达水平的变化将该个体鉴定为可能受益于用抗癌症疗法的治疗的个体。在一些情况中,该变化是升高。在其它情况中,该变化是降低。
在另一个方面,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如肝细胞癌(HCC)),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其包括(a)测定来自该个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,或37种)下述基因的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9,其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的该一种或多种基因的表达水平将有效量的包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法施用于该个体。
任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平。
在一些实施方案中,任何前述方法可包括测定PD-L1和一种或多种另外的基因的表达水平,其中该一种或多种另外的基因不同于PD-L1。例如,在一些实施方案中,该方法可包括测定PD-L1和一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,或36种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9组成的组的另外的基因的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定PD-L1和一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2组成的组的另外的基因的表达水平。在其它实施方案中,该方法包括测定PD-L1和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。在其它实施方案中,该方法包括测定PD-L1和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。
任何前述方法可包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。
任何前述方法可包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平。
在任何前述方法中,该方法可包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种),和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种),和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定表2-4中所列任一组合和表9-16中所列任一组合的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平。
在其它实施方案中,在任何前述方法中,该方法可包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定表2-4中所列任一组合和表5-8中所列任一组合的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。
在又一个实施方案中,在任何前述方法中,该方法可包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种),和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定表9-16中所列任一组合和表5-8中所列任一组合的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合,和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,S100A9,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些情况中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中表2-4中所列例示性组合中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中表9-16中所列例示性组合中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平测定为处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平且表9-16中所列任一组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平测定为处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平测定为处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中表5-8中所列例示性组合中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平测定为低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在其它实施方案中,在任何前述方法中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且表5-8中所列任一组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平测定为低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中表9-16中所列例示性组合中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平测定为低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在另一个方面,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其包括(a)测定来自该个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,或37种)下述基因的表达水平:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9,其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；且(ii)该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的该一种或多种基因的表达水平将有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))单一疗法施用于该个体。
在任何前述方法中,该方法可包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种),和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。
例如,任何前述方法可包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种),和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定表2-4中所列任一组合和表9-16中所列任一组合的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1,和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法牵涉测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平。
在一些任何前述方法中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平且表9-16中所列任一组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平测定为低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在另一个方面,本文中提供的是一种治疗具有(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,该方法包括对该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法,其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,在用该抗癌症疗法的治疗前测定该基因中一种或多种的表达水平。在其它实施方案中,在用该抗癌症疗法的治疗后测定该基因中一种或多种的表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些情况中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中表2-4中所列例示性组合中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中表9-16中所列例示性组合中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平且表9-16中所列任一组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,PD-L1,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于PD-L1的参照表达水平,且该样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2组成的组的另外的基因的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种另外的基因的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中表5-8中所列例示性组合中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平已经测定为低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在其它实施方案中,在任何前述方法中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且表5-8中所列任一组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平已经测定为低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中表9-16中所列例示性组合中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照水平。
在另一个方面,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其包括(a)测定来自该个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)下述基因的表达水平:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34,其中该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的该一种或多种基因的表达水平将有效量的血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))施用于该个体。
在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平。例如,在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,该方法包括测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平。
在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中表5-8中所列例示性组合中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平测定为处于或高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在另一个方面,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,其包括对该个体施用有效量的血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))),其中该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。
在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,该样品中表5-8中所列例示性组合中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照水平。例如,在一些实施方案中,该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平已经测定为处于或高于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照水平。
在另一个方面,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的方法,该方法包括对该个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))单一疗法,其中(i)该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平；或(ii)该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,在用该PD-L1轴结合拮抗剂单一疗法的治疗前测定该基因中一种或多种的表达水平。在其它实施方案中,在用该PD-L1轴结合拮抗剂单一疗法的治疗后测定该基因中一种或多种的表达水平。
在一些任何前述方法中,该样品中CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。
例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少一种,至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,或所有十种的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,表2-4中所列任一组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平且表9-12中所列任一组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于该一种或多种基因的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为低于该一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平已经测定为处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照水平,且IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平已经测定为低于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的参照表达水平。
在任何前述方法的一些实施方案中,用VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体,诸如贝伐珠单抗)与PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))组合的疗法优选延长和/或改善存活,包括无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)。在一个实施方案中,用该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体,诸如贝伐珠单抗)与PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))组合的疗法将存活相对于通过施用批准的抗肿瘤剂或标准护理对所治疗的癌症实现的存活延长至少约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,100％,200％,或更多。
在任何前述方法的其它实施方案中,用该血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的疗法优选延长和/或改善存活,包括无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)。在一个实施方案中,用该血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的疗法将存活相对于通过施用批准的抗肿瘤剂或标准护理对所治疗的癌症实现的存活延长至少约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,100％,200％,或更多。
在任何前述方法的某些实施方案中,参照水平是参照群体,例如具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的群体中该一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,或37种)基因(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9)的表达水平。在特定实施方案中,该癌症是肾癌(例如RCC,例如mRCC)。在某些实施方案中,参照水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中该一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,该参照水平可以是该参照群体中该表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在某些实施方案中,该参照水平是为该一种或多种基因预先指派的表达水平。在一些实施方案中,该参照水平是在先前的时间点自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平,其中该先前的时间点在施用该抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照水平是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟,小时,天,周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),月,或年)获得的来自该患者的生物学样品中该一种或多种基因(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9)的表达水平。在其它实施方案中,该参照水平是在随后的时间点(例如施用抗癌症疗法后若干分钟,小时,天,周,月,或年)自该患者获得的生物学样品中该一种或多种基因的表达水平。
在任何前述实施方案的一些实施方案中,该样品是在施用该抗癌症疗法前(例如若干分钟,小时,天,周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),月,或年)自该个体获得的。在任何前述方法的一些实施方案中,来自该个体的该样品是在施用该抗癌症疗法后约2至约10周(例如2,3,4,5,6,7,8,9,或10周)获得的。在一些实施方案中,来自该个体的该样品是在施用该抗癌症疗法后约4至约6周获得的。
在任何前述方法的一些实施方案中,在组织样品,原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清液,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液,精液,羊水,乳,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液,组织提取物诸如匀浆化组织,肿瘤组织,细胞提取物,或其任何组合中检测生物标志物的表达水平或数目。在一些实施方案中,该样品是组织样品(例如肿瘤组织样品),细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品包括肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞,或其组合。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋(FFPE)的样品,存档的样品,新鲜的样品,或冷冻的样品。
例如,在任何前述方法的一些实施方案中,使用已知技术(例如流式细胞术或IHC)在肿瘤浸润性免疫细胞,肿瘤细胞,PBMC,或其组合中检测生物标志物的表达水平。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞,肿瘤周围免疫细胞或任何其组合,和其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞(例如CD8+T效应(Teff)细胞)和/或CD4+T淋巴细胞(例如CD4+Teff细胞),B淋巴细胞,或其它骨髓谱系细胞,包括粒细胞(嗜中性细胞,嗜曙红细胞,嗜碱性细胞),单核细胞,巨噬细胞,树突细胞(例如指状树突细胞),组织细胞,和天然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中,以膜染色,胞质染色,或其组合检测生物标志物的染色。在其它实施方案中,以样品中相对于参照样品缺失或无染色检测生物标志物的缺失。
在任何前述方法的特定实施方案中,在含有或怀疑含有癌细胞的样品中评估生物标志物的表达水平。该样品可以是例如自罹患,怀疑罹患,或诊断有癌症(例如肾癌,特别是肾细胞癌(RCC),诸如晚期RCC或转移性RCC(mRCC))的患者获得的组织活检或转移性损害。在一些实施方案中,该样品是肾组织的样品,肾肿瘤的活检,已知或怀疑的转移性肾癌损害或切片,或已知或怀疑包含循环中癌细胞,例如肾癌细胞的血液样品,例如外周血样品。该样品可包含癌细胞,即肿瘤细胞,和非癌性细胞(例如淋巴细胞,诸如T细胞或NK细胞)二者,而且,在某些实施方案中,包含癌性和非癌性细胞二者。获得生物学样品(包括组织切除,活检,和体液,例如血液样品,其包含癌症/肿瘤细胞)的方法是本领域公知的。
在任何前述方法的一些实施方案中,该个体具有癌,淋巴瘤,母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤),肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤),神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤,胃泌素瘤,和胰岛细胞癌),间皮瘤,施旺细胞瘤(包括听神经瘤),脑膜瘤,腺癌,黑素瘤,和白血病或淋巴样恶性。在一些实施方案中,该癌症是肾癌(例如肾细胞癌(RCC),例如晚期RCC或转移性RCC(mRCC)),鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌),肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC),非小细胞肺癌(NSCLC),肺的腺癌,和肺的鳞癌),腹膜癌,肝细胞癌,胃的癌或胃癌,包括胃肠癌,胰腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,卵巢癌,肝癌(例如HCC),肝瘤,乳腺癌(包括TNBC和转移性乳腺癌),膀胱癌,结肠癌,直肠癌,结肠直肠癌,子宫内膜或子宫癌,唾液腺癌,前列腺癌,外阴癌,甲状腺癌,肝的癌,肛门癌,阴茎癌,梅克尔细胞癌,蕈样真菌病,睾丸癌,食管癌,胆管肿瘤,头和颈癌,B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；和移植后淋巴增殖性病症(PTLD),与瘢痣病,水肿(诸如与脑瘤有关的),或梅格斯氏综合征有关的异常血管增殖。在一些实施方案中,该癌症是肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC)。在优选实施方案中,该患者具有肾癌(例如RCC,例如晚期RCC或mRCC,例如先前未治疗的晚期RCC或mRCC)。该患者可任选具有晚期,顽固性,复发性,化疗抗性,和/或铂抗性形式的该癌症。
在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在和/或表达水平/量与第二样品中的存在/缺失和/或表达水平/量相比升高或增多。在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在/缺失和/或表达水平/量与第二样品中的存在和/或表达水平/量相比降低或减少。在某些实施方案中,第二样品是参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是在与获得测试样品不同的一个或多个时间点获得的来自同一患者或个体的一份样品或组合的多份样品。例如,自同一患者或个体在比获得测试样品更早的时间点时获得参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。如果在癌症的初始诊断期间获得参照样品且稍后当癌症变成转移性时获得测试样品的话,此类参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织可能是有用的。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个健康个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者或个体的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个个体的来自正常组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的来自肿瘤组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。
在任何前述方法的一些实施方案中,表达水平高于参照水平,或表达或数目升高或增多指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比总体升高或增多约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更大任一,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些方法检测。在某些实施方案中,表达或数目升高或增多指样品中生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量升高或增多,其中该升高或增多是参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,表达或数目升高或增多指生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2 CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比总体升高或增多大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更大。
在任何前述方法的一些实施方案中,表达水平低于参照水平,或表达或数目降低或减少指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比总体降低或减少约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更大任一,通过本领域知道的标准方法诸如本文中描述的那些检测。在某些实施方案中,表达或数目降低或减少指样品中生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量降低或减少,其中该降低或减少是参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中的相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,表达或数目降低或减少指生物标志物(例如CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)的表达水平/量与参照水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比总体降低或减少大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多。
对于癌症的预防或治疗,抗癌症疗法(例如VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)),或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))))的剂量会取决于如上文定义的要治疗的癌症的类型,癌症的严重程度和过程,施用抗癌症疗法是为了预防还是治疗目的,在先疗法,患者的临床史和对药物的响应,和主治医师的斟酌。
在一些实施方案中,可以以一次或以一系列治疗将该抗癌症疗法(例如VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)),或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))))合适地施用于该患者。一种典型的日剂量可以范围为约1μg/kg至100mg/kg或更多,取决于上文提到的因素。对于数天或更久的重复施用,取决于状况,该治疗一般会持续直至发生期望的疾病症状的遏制。此类剂量可以间歇施用,例如每周或每三周(例如使得该患者接受例如约两剂至约20剂,或例如约六剂该抗癌症疗法)。可以施用较高的一剂初始加载剂量,接着是较低的一剂或多剂。然而,其它剂量方案可能是有用的。这种疗法的进展容易通过常规技术和测定法来监测。
例如,作为一般建议,施用于人的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和/或PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的治疗有效量会在约0.01至约50mg/kg患者体重的范围中,无论通过一次或多次施用。在一些实施方案中,所使用的治疗剂(例如抗体)是例如每天,每周,每两周,每三周,或每月施用约0.01mg/kg至约45mg/kg,约0.01mg/kg至约40mg/kg,约0.01mg/kg至约35mg/kg,约0.01mg/kg至约30mg/kg,约0.01mg/kg至约25mg/kg,约0.01mg/kg至约20mg/kg,约0.01mg/kg至约15mg/kg,约0.01mg/kg至约10mg/kg,约0.01mg/kg至约5mg/kg,或约0.01mg/kg至约1mg/kg。在一些实施方案中,以15mg/kg施用该抗体。然而,其它剂量方案可能是有用的。在一个实施方案中,在21天周期的第1天(每三周,q3w)以约50mg,约100mg,约200mg,约300mg,约400mg,约420mg,约500mg,约525mg,约600mg,约700mg,约800mg,约840mg,约900mg,约1000mg,约1050mg,约1100mg,约1200mg,约1300mg,约1400mg,约1500mg,约1600mg,约1700mg,或约1800mg的剂量将VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和/或PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂,诸如阿特珠单抗)施用于人。
在一些实施方案中,每三周(q3w)以1200mg静脉内施用阿特珠单抗。在一些实施方案中,以一次或以一系列治疗以固定剂量施用贝伐珠单抗。在施用固定剂量的情况中,优选它在约5mg至约2000mg的范围中。例如,该固定剂量可以是大约420mg,大约525mg,大约840mg,或大约1050mg。在一些实施方案中,每两周以10mg/kg静脉内施用贝伐珠单抗。在一些实施方案中,每三周以15mg/kg静脉内施用贝伐珠单抗。VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂的剂量可以作为单剂或作为多剂(例如2,3,4,5,6,7,8,9,或10或更多剂)施用。在施用一系列剂量的情况中,例如可以大约每周,大约每2周,大约每3周,或大约每4周施用这些。组合治疗中施用的该抗体的剂量可以与单一治疗相比降低。这种疗法的进展容易通过常规技术来监测。
可以在本文中描述的方法中使用任何合适剂量的VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))。合适的剂量是本领域公知的。例如,就舒尼替尼而言,舒尼替尼的12.5mg,25mg,和50mg的胶囊是商购可得的。例如,为了治疗转移性肾细胞癌或胃肠基质肿瘤,可以以50mg通过口服(PO)施用舒尼替尼,一天一次(qDay),持续4周,继以2周无药物,及进一步重复周期。为了治疗胰腺神经内分泌肿瘤,标准剂量是连续37.5mg PO qDay,没有安排不治疗时段。
本文中描述的VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗体(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗),结合多肽,和/或小分子)(任何另外的治疗剂)可以以与优良医学实践一致的方式配制,定剂量,和施用。同样地,血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))可以以与优良医学实践一致的方式配制,定剂量,和施用。这种背景中考虑的因素包括所治疗的特定病症,所治疗的特定哺乳动物,患者个体的临床状况,病症的起因,药剂的投递部位,施用的方法,施用的进度,和医学从业人员知道的其它因素。该VEGF拮抗剂和PD-L1拮抗剂,或该血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))不必但任选与当前用于预防或治疗所讨论病症的一种或多种药剂一起配制和/或并行施用。此类其它药剂的有效量取决于配制剂中存在的该VEGF拮抗剂,PD-L1拮抗剂,和/或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的量,病症或治疗的类型,和上文讨论的其它因素。这些一般以相同剂量且以如本文中描述的施用路径,或本文中描述的剂量的约1至99％,或以凭经验/临床上确定为适宜的任何剂量且通过凭经验/临床上确定为适宜的任何路径使用。
在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))与PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))并行施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))作为相同配制剂的部分施用。在其它实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))与PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))分开施用。
在一些实施方案中,任何前述方法可进一步包括施用另外的治疗剂。在一些实施方案中,该另外的治疗剂选自由免疫疗法剂,细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。
在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))与针对激活性共刺激分子的激动剂并行施用。在一些实施方案中,激活性共刺激分子可包括CD40,CD226,CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,HVEM,或CD127。在一些实施方案中,该针对激活性共刺激分子的激动剂是结合CD40,CD226,CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,HVEM,或CD127的激动性抗体。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称作CD152),TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7-H3,B7-H4,IDO,TIGIT,MICA/B,或精氨酸酶。在一些实施方案中,该针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是结合CTLA-4,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7-H3,B7-H4,IDO,TIGIT,MICA/B,或精氨酸酶的拮抗性抗体。
在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对CTLA-4(也称作CD152)的拮抗剂,例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与ipilimumab(也称作MDX-010,MDX-101,或)联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与tremelimumab(也称作ticilimumab或CP-675,206)联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对B7-H3(也称作CD276)的拮抗剂,例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与MGA271联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对TGF-β的拮抗剂,例如metelimumab(也称作CAT-192),fresolimumab(也称作GC1008),或LY2157299联合施用。
在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对CD137(也称作TNFRSF9,4-1BB,或ILA)的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与urelumab(也称作BMS-663513)联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对CD40的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与CP-870893联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对OX40(也称作CD134)的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与抗OX40抗体(例如AgonOX)联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对CD27的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))与CDX-1127联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对TIGIT的拮抗剂,例如抗TIGIT抗体联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,该IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称作1-D-MT)。
在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与癌症疫苗联合施用。在一些实施方案中,该癌症疫苗是肽癌症疫苗,其在一些实施方案中是个性化肽疫苗。在一些实施方案中,该肽癌症疫苗是多价长肽,多重肽,肽混合物,杂合肽,或经肽脉冲的树突细胞疫苗(见例如Yamada et al.,Cancer Sci.104:14-21,2013)。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与佐剂联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与包含TLR激动剂,例如Poly-ICLC(也称作),LPS,MPL,或CpG ODN的治疗联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与肿瘤坏死因子(TNF)α联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与IL-1联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与HMGB1联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与ICOS激动剂联合施用,例如通过施用ICOS-L或针对ICOS的激动性抗体。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些实施方案中,VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))可以与选择蛋白激动剂联合施用。
如果施用的话,化疗剂通常以已知剂量施用,因此,或任选由于药物的组合作用或可归于该化疗剂的施用的负面副作用而降低。此类化疗剂的制备和剂量给药进度表可以依照制造商的说明书或如熟练从业人员凭经验确定的那样使用。在该化疗剂是帕利他赛的情况中,优选地,它以介于约130mg/m2至200mg/m2之间(例如大约175mg/m2)的剂量施用,例如,在3小时里,每3周一次。在该化疗剂是卡铂的情况中,优选地,它通过使用Calvert公式计算卡铂的剂量来施用,Calvert公式基于患者的现有肾功能或肾功能和期望的血小板最低点。肾排泄是卡铂的主要消除路径。与基于体表面积的经验剂量计算相比,这种定剂量公式的使用容许补偿治疗前肾功能中的患者变异,它在其它情况中可能导致剂量不足(在肾功能在平均以上的患者中)或剂量过度(在肾功能受损的患者中)。使用单一药剂卡铂的4-6mg/mL/min的目标AUC看来在先前治疗过的患者中提供最适宜的剂量范围。
在上述治疗方案以外,该患者还可经受手术去除肿瘤和/或癌细胞。
上文记录的此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包括在同一配制剂或分开的配制剂中),和分开施用,在该情况中,VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂,或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的施用可以在该一种或多种另外的治疗剂的施用之前,同时和/或之后发生。在一个实施方案中,VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂,或血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的施用和另外的治疗剂的施用彼此在约一个月内,或在约一,两或三周内,或在约一,两,三,四,五,或六天内发生。
在该VEGF拮抗剂或该PD-L1轴结合拮抗剂是抗体(例如贝伐珠单抗或阿特珠单抗)的实施方案中,所施用的抗体可以是裸抗体。所施用的该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体,诸如贝伐珠单抗)和/或该PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂,诸如阿特珠单抗)可以缀合细胞毒剂。优选地,所缀合的和/或它所结合的抗原由细胞内在化,导致缀合物杀伤它所结合的癌细胞的治疗功效升高。在一个优选实施方案中,该细胞毒剂靶向或干扰癌细胞中的核酸。此类细胞毒剂的例子包括美登木素生物碱,加利车霉素,核糖核酸酶,和DNA内切核酸酶。
本文中描述的方法中利用的组合物可通过任何合适方法来施用,包括例如静脉内,肌肉内,皮下,皮内,经皮,动脉内,腹膜内,损害内,颅内,关节内,前列腺内,胸膜内,气管内,鞘内,鼻内,阴道内,直肠内,表面,肿瘤内,腹膜,结膜下,囊内,粘膜,心包内,脐内,眼内,眶内,口服,表面,透皮,玻璃体内(例如通过玻璃体内注射),胃肠外,通过滴眼剂,通过吸入,通过注射,通过植入,通过输注,通过连续输注,通过直接沐浴靶细胞的局部灌注,通过导管,通过灌洗,在乳剂中,或在脂质组合物中。本文中描述的方法中利用的组合物还可以系统或局部施用。施用的方法可以随多种因素(例如所施用的化合物或组合物和所治疗的疾患,疾病,或病症的严重程度)而变化。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂静脉内,肌肉内,皮下,表面,口服,透皮,腹膜内,眶内,通过植入,通过吸入,鞘内,心室内,或鼻内施用。在一些实施方案中,该多靶向性酪氨酸激酶抑制剂口服施用。剂量给药可以通过任何合适路径,例如通过注射,诸如静脉内或皮下注射,部分取决于施用是短期的还是长期的。本文中涵盖各种剂量给药进度表,包括但不限于单次施用或多个时间点上的多次施用,推注施用,和脉冲输注。
IV.组合物和药物配制剂
在一个方面,本发明部分基于下述发现,即可使用本发明的生物标志物来鉴定可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体。在另一个方面,本发明部分基于下述发现,即可使用本发明的生物标志物来鉴定可能受益于包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体。这些药剂和其组合对于治疗癌症是有用的,例如作为本文中描述的任何方法的部分。例如在上文节II和III中。可以在本文中描述的方法和测定法中使用任何合适的VEGF拮抗剂,PD-L1轴结合拮抗剂,和/或血管发生抑制剂。下文进一步描述适合在本发明的方法和测定法中使用的非限制性例子。
A.例示性VEGF拮抗剂
VEGF拮抗剂包括能够结合VEGF,降低VEGF表达水平,或中和,阻断,抑制,消除,降低,或干扰VEGF生物学活性的任何分子。一种例示性人VEGF显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号P15692,Gene ID(NCBI):7422。
在一些情况中,该VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中,该抗VEGF抗体是贝伐珠单抗,也称作“rhuMab VEGF”或贝伐珠单抗是一种依照Presta etal.(Cancer Res.57:4593-4599,1997)生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。它包含突变的人IgG1框架区和来自阻断人VEGF结合其受体的鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1的抗原结合性互补决定区。贝伐珠单抗大约93％的氨基酸序列,包括大部分框架区,衍生自人IgG1,而且约7％的序列衍生自鼠抗体A4.6.1。贝伐珠单抗具有约149,000道尔顿的分子量且是糖基化的。贝伐珠单抗和其它人源化抗VEGF抗体进一步描述于2005年2月26日公告的美国专利号6,884,879,通过援引明确将其全部公开内容收入本文。另外的优选抗体包括G6或B20系列抗体(例如G6-31,B20-4.1),如PCT申请公开号WO 2005/012359中描述的。对于另外的优选抗体,见美国专利号7,060,269,6,582,959,6,703,020；6,054,297；WO98/45332；WO96/30046；WO94/10202；EP 0666868B1；美国专利申请公开号2006009360,20050186208,20030206899,20030190317,20030203409,和20050112126；及Popkov et al.(Journal ofImmunological Methods 288:149-164,2004)。其它优选抗体包括那些结合人VEGF上由残基F17,M18,D19,Y21,Y25,Q89,I91,K101,E103,和C104构成的,或者包含残基F17,Y21,Q22,Y25,D63,I83,和Q89的功能性表位的。
在其它情况中,该VEGF拮抗剂是抗VEGFR2抗体或相关分子(例如ramucirumab,tanibirumab,aflibercept)；抗VEGFR1抗体或相关分子(例如icrucumab,aflibercept(VEGF Trap-Eye；),或ziv-aflibercept(VEGF Trap；))；双特异性VEGF抗体(例如MP-0250,vanucizumab(VEGF-ANG2),或US 2001/0236388中披露的双特异性抗体)；包括抗VEGF,抗VEGFR1,和抗VEGFR2臂中的两种的组合的双特异性抗体；抗VEGFA抗体(例如贝伐珠单抗,sevacizumab)；抗VEGFB抗体；抗VEGFC抗体(例如VGX-100),抗VEGFD抗体；或非肽小分子VEGF拮抗剂(例如帕唑替尼(pazopanib),阿西替尼(axitinib),凡德他尼(vandetanib),stivarga(瑞戈非尼),卡博替尼(cabozantinib),仑伐替尼(lenvatinib),尼达尼布(nintedanib),奥兰替尼(orantinib),替拉替尼(telatinib),多韦替尼(dovitinib),西地尼布(cediranib),莫特沙尼(motesanib),索凡替尼(sulfatinib),阿帕替尼(apatinib),foretinib,法米替尼(famitinib),和替沃扎尼(tivozanib))。
明确涵盖的是供上文列举的任何实施方案中使用的此类VEGF拮抗性抗体或本文中描述的其它抗体(例如用于检测VEGF表达水平的抗VEGF抗体)可单一地或组合地具有下文C节的i-vii节中描述的任何特征。
B.例示性PD-L1轴结合拮抗剂
PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂,PD-L1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(编程性死亡1)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1”,“PDCD1”,“CD279”,和“SLEB2”。一种例示性人PD-1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116。PD-L1(编程性死亡配体1)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1配体1”,“PDCD1LG1”,“CD274”,“B7-H”,和“PDL1”。一种例示性人PD-L1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1。PD-L2(编程性死亡配体2)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1配体2”,“PDCD1LG2”,“CD273”,“B7-DC”,“Btdc”,和“PDL2”。一种例示性人PD-L2显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51。在一些实施方案中,PD-1,PD-L1,和PD-L2是人PD-1,PD-L1,和PD-L2。在一些情况中,该PD-1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂,PD-L1结合拮抗剂,或PD-L2结合拮抗剂。
(i)PD-L1结合拮抗剂
在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合它的配体结合配偶中的一种或多种。在其它情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1。在还有其它情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合B7-1。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1和B7-1二者。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些情况中,该抗体选自由MPDL3280A(阿特珠单抗),YW243.55.S70,MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗),和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。
在一些情况中,该抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些情况中,该抗PD-L1抗体是选自由Fab,Fab’-SH,Fv,scFv,和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。在一些情况中,该抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些情况中,该抗PD-L1抗体是人抗体。在一些情况中,本文中描述的抗PD-L1抗体结合人PD-L1。在一些特定情况中,该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS登记号:1422185-06-5)。阿特珠单抗(Genentech)也称作MPDL3280A。
在一些情况中,该抗PD-L1抗体包含包含HVR-H1,HVR-H2,和HVR-H3序列的重链可变区(HVR-H),其中:
(a)该HVR-H1序列是GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:62)；
(b)该HVR-H2序列是AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:63)；且
(c)该HVR-H3序列是RHWPGGFDY(SEQ ID NO:64)。
在一些情况中,该抗PD-L1抗体进一步包含包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3序列的轻链可变区(HVR-L),其中:
(a)该HVR-L1序列是RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:65)；
(b)该HVR-L2序列是SASFLYS(SEQ ID NO:66)；且
(c)该HVR-L3序列是QQYLYHPAT(SEQ ID NO:67)。
在一些情况中,该抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列,其中:
(a)该重链可变(VH)区序列包含氨基酸序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:69)；且
(b)该轻链可变(VL)区序列包含氨基酸序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:70)。
在一些情况中,该抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列,其中:
(a)该重链包含氨基酸序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:71)；且
(b)该轻链包含氨基酸序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:72)。
在一些情况中,该抗PD-L1抗体包含(a)包含与SEQ ID NO:69的序列具有至少95％序列同一性(例如至少95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性)的氨基酸序列或SEQ IDNO:69的序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的序列具有至少95％序列同一性(例如至少95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性)的氨基酸序列或SEQ ID NO:70的序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在其它情况中,该抗PD-L1抗体选自由YW243.55.S70,MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗),和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。抗体YW243.55.S70是PCT公开文本No.WO 2010/077634中描述的抗PD-L1。MDX-1105,也称作BMS-936559,是PCT公开文本No.WO 2007/005874中描述的抗PD-L1抗体。MEDI4736(度伐单抗)是PCT公开文本No.WO 2011/066389和美国公开文本No.2013/034559中描述的抗PD-L1单克隆抗体。对于本发明的方法有用的抗PD-L1抗体的例子,和用于生成它们的方法描述于PCT公开文本No.WO 2010/077634,WO 2007/005874,和WO 2011/066389,还有美国专利No.8,217,149和美国公开文本No.2013/034559,通过援引将其收入本文。
(ii)PD-1结合拮抗剂
在一些情况中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如,在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合它的配体结合配偶中的一种或多种。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L1。在其它情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L2。在还有其它情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L1和PD-L2二者。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况中,该抗体选自由MDX 1106(纳武单抗),MK-3475(派姆单抗),CT-011(匹迪单抗),MEDI-0680(AMP-514),PDR001,REGN2810,和BGB-108组成的组。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。例如在一些情况中,该Fc融合蛋白是AMP-224。
在又一个方面,本发明提供PD-L1轴结合拮抗剂在制造或制备药物中的用途。在一个实施方案中,该药物用于治疗癌症。在又一个实施方案中,该药物供一种治疗癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的方法中使用,其包括对罹患癌症的患者施用有效量的该药物。在一个此类实施方案中,该方法进一步包含对该个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂,例如如下文描述的。
在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1结合它的配体结合配偶的分子。在一个具体方面,该PD-1配体结合配偶是PD-L1和/或PD-L2。在另一个实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1结合它的结合配体的分子。在一个具体方面,PD-L1结合配偶是PD-1和/或B7-1。在另一个实施方案中,该PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2结合它的配体结合配偶的分子。在一个具体方面,该PD-L2结合配体配偶是PD-1。该拮抗剂可以是抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,或寡肽。
在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如人抗体,人源化抗体,或嵌合抗体),例如如下文描述的。在一些实施方案中,该抗PD-1抗体选自由MDX-1106(纳武单抗),MK-3475(派姆单抗),CT-011(匹迪单抗),MEDI-0680(AMP-514),PDR001,REGN2810,和BGB-108组成的组。MDX-1106,也称作MDX-1106-04,ONO-4538,BMS-936558,或纳武单抗,是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。MK-3475,也称作派姆单抗或lambrolizumab,是WO2009/114335中描述的抗PD-1抗体。CT-011,也称作hBAT,hBAT-1或匹迪单抗,是WO 2009/101611中描述的抗PD-1抗体。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如包含与恒定区(例如免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是AMP-224。AMP-224,也称作B7-DCIg,是WO 2010/027827和WO 2011/066342中描述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些实施方案中,该抗PD-1抗体是MDX-1106。“MDX-1106”的别名包括MDX-1106-04,ONO-4538,BMS-936558,和纳武单抗。在一些实施方案中,该抗PD-1抗体是纳武单抗(CAS登记号:946414-94-4)。在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-1抗体,其包含重链可变区和/或轻链可变区,该重链可变区包含来自SEQ ID NO:73的重链可变区氨基酸序列,该轻链可变区包含来自SEQ ID NO:74的轻链可变区氨基酸序列。
在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-1抗体,其包含重链和/或轻链序列,其中:
(a)该重链序列与下述重链序列具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性:
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(SEQ IDNO:73),且
(b)该轻链序列与下述轻链序列具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性:
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:74)。
明确涵盖的是供上文列举的任何实施方案中使用的此类PD-L1轴结合拮抗性抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,和抗PD-L2抗体),或本文中描述的其它抗体(例如用于检测PD-L1表达水平的抗PD-L1抗体)可单一地或组合地具有下文C节的i-vii节中描述的任何特征。
C.抗体
i.抗体亲和力
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体,抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)具有≤1μM,≤100nM,≤10nM,≤1nM,≤0.1nM,≤0.01nM,或≤0.001nM的解离常数(Kd)(例如10-8M或更少,例如10-8M至10-13M,例如,10-9M至10-13M)。
在一个实施方案中,Kd是通过放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的。在一个实施方案中,用Fab型式的感兴趣抗体及其抗原实施RIA。例如,通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab,然后用抗Fab抗体包被板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了建立测定法的条件,将多孔板(Thermo Scientific)用50mM碳酸钠(pH 9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜,随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中,将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中抗VEGF抗体,Fab-12的评估一致)混合。然后将感兴趣的Fab温育过夜；然而,温育可持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后,将混合物转移至捕捉板,于室温温育(例如1小时)。然后除去溶液,并用PBS中的0.1％聚山梨酯20洗板8次。平板干燥后,加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard),然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一个实施方案,Kd是使用表面等离振子共振测定法测量的。例如,于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)使用或(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)实施测定法。在一个实施方案中,依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM),然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后,注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量,于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(Evaluation Software version 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法,结合速率超过106M-1S-1,那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定,即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量,在存在浓度渐增的抗原的情况中,测量PBSpH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm,16nm带通)的升高或降低。
ii.抗体片段
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab,Fab’,Fab’-SH,F(ab’)2,Fv,和scFv片段,及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述,见Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述,见例如Pluckthün,于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)。还可见WO93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基,并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论,见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段,其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中,单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516B1)。
可以通过多种技术,包括但不限于依照已知方法对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段。
iii.嵌合和人源化抗体
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体,抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中,嵌合抗体包含非人可变区(例如,自小鼠,大鼠,仓鼠,家兔,或非人灵长类,诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中,嵌合抗体是“类转换的”抗体,其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中,嵌合抗体是人源化抗体。通常,将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性,同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地,人源化抗体包含一个或多个可变域,其中HVR,例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生,而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地,人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中,将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代,例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008),并且进一步记载于例如Riechmann等,Nature 332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Kashmiri等,Methods 36:25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；Osbourn等,Methods 36:61-68(2005)；及Klimka等,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于:使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等,J.Immunol.151:2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；及Presta等,J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
iv.人抗体
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体,抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地,人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体,所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座,其替换内源免疫球蛋白基因座,或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中,一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述,见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584,其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429,其描述了技术；美国专利No.7,041,870,其描述了K-M 技术,和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900,其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；及Boerner等,J.Immunol.,147:86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Histologyand Histopathology,20(3):927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后,可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
v.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体(例如抗VEGF抗体,抗PD-L1抗体,或抗PD-1抗体)。例如,用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等,于Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001),并且进一步记载于例如McCafferty等,Nature 348:552-554(1990)；Clackson等,Nature 352:624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,于Methods in Molecular Biology 248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；及Lee等,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中,将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆,并在噬菌体文库中随机重组,然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体,如记载于Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体,而不需要构建杂交瘤。或者,可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和自身抗原的抗体的单一来源,如由Griffiths等,EMBO J,12:725-734(1993)描述的。最后,也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段,并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库,如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如:美国专利No.5,750,373,和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
vi.多特异性抗体
在任一上述方面,本文中提供的抗体(例如抗VEGF抗体,抗PD-L1抗体,或抗PD-1抗体)可以是多特异性抗体,例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中,本文中提供的抗体是多特异性抗体,例如双特异性抗体。在某些实施方案中,结合特异性之一针对PD-L1,而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中,结合特异性之一针对VEGF,而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中,双特异性抗体可以结合PD-L1的两个不同表位。在某些实施方案中,双特异性抗体可以结合VEGF的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达PD-L1或VEGF的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983)),WO 93/08829,和Traunecker等,EMBO J.10:3655(1991)),和“节-入-穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(参见WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等,J.Immunol.147:60(1991)中所描述的,制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体,包括“章鱼抗体”(见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段包括包含结合PD-L1和另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”。本文中的抗体或片段还包括包含结合VEGF及另一种不同抗原的抗原结合位点的DAF。
vii.抗体变体
在某些实施方案中,涵盖本发明的抗体(例如抗VEGF抗体,抗PD-L1抗体,和抗PD-1抗体)的氨基酸序列变体。例如,可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中,或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除,和/或插入和/或替代。可以进行删除,插入,和替代的任何组合以得到最终的构建体,只要最终的构建体拥有期望的特征,例如,抗原结合。
a.替代,插入,和删除变体
在某些实施方案中,提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表17中在“优选的替代”的标题下显示。更实质的变化在表17中在“例示性替代”的标题下提供,并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中,并且对产物筛选期望的活性,例如保留/改善的抗原结合,降低的免疫原性,或改善的ADCC或CDC。
表17:例示性和优选的氨基酸替代
依照共同的侧链特性,氨基酸可以如下分组:
(1)疏水性的:正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性,亲水性的:Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的:Asp,Glu；
(4)碱性的:His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基:Gly,Pro；
(6)芳香族的:Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一类别的。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地,为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力和/或降低的免疫原性)和/或会实质性保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体,其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之,将一个或多个HVR残基突变,并将变体抗体在噬菌体上展示,并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如,替代),例如以改善抗体亲和力。可以对HVR“热点”,即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008)),和/或接触抗原的残基做出此类变化,其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经记载于例如Hoogenboom等,Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,HumanPress,Totowa,NJ,(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中,通过多种方法(例如,易错PCR,链改组,或寡核苷酸指导的诱变)任一将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后,创建次级文库。然后,筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法,其中将几个HVR残基(例如,一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定牵涉抗原结合的HVR残基。特别地,经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中,可以在一个或多个HVR内发生替代,插入,或删除,只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如,可以对HVR做出保守变化(例如,保守替代,如本文中提供的),其不实质性降低结合亲和力。例如,此类变化可以在HVR中的抗原接触残基以外。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中,每个HVR或是未改变的,或是含有不超过1,2或3处氨基酸替代。
一种可用于鉴定抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”,如由Cunningham和Wells,Science,244:1081-1085(1989)所描述的。在此方法中,将残基或靶残基的组(例如,带电荷的残基诸如Arg,Asp,His,Lys,和Glu)鉴定,并用中性或带负电荷的氨基酸(例如,丙氨酸或多丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的替代。或者/另外,利用抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点。作为替代的候选,可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合,及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
b.糖基化变体
在某些实施方案中,可以改变本发明的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列,使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对本发明的抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中,可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的,双触角寡糖,其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等,TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物,例如,甘露糖,N-乙酰葡糖胺(GlcNAc),半乳糖,和唾液酸,以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中,可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中,提供了抗体变体,其具有缺乏(直接或间接)附着于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如,此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％,1％至65％,5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如,复合的,杂合的和高甘露糖的结构)的总和,计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量,如通过MALDI-TOF质谱术测量的,例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的EU编号方式)的天冬酰胺残基；然而,Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸,即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US 2003/0157108和US 2004/0093621。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括:US2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等,J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；及Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13 CHO细胞(Ripka等,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108A1；及WO 2004/056312A1,尤其在实施例11),和敲除细胞系,诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；及WO 2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体,例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878；美国专利No.6,602,684；及US 2005/0123546。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087；WO 1998/58964；及WO 1999/22764。
c.Fc区变体
在某些实施方案中,可以将一处或多处氨基酸修饰引入本发明的抗体的Fc区中,由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如,人IgG1,IgG2,IgG3或IgG4 Fc区)。
在某些实施方案中,本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体,所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物,其中抗体的体内半衰期是重要的,而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如,可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性),但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII,而单核细胞表达FcγRI,FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom,I.等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；美国专利No.5,821,337；Bruggemann,M.等,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。或者,可以采用非放射性测定方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA；和CYTOTOX 非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外,可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性,例如在动物模型中,诸如披露于Clynes等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q,并且因此缺乏CDC活性。见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活,可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg等,Blood 101:1045-1052(2003)；及Cragg等,Blood 103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova等,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265,269,270,297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体,包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581和8,219,149)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312,及Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中,抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代,例如Fc区的位置298,333,和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中,对Fc区做出改变,其导致改变的(即,改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC),例如,如记载于美国专利No.6,194,551,WO 99/51642,及Idusogie等,J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于美国公开文本No.2005/0014934A1,新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代,例如,Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351,其关注Fc区变体的其它例子。
d.经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中,可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体,例如,“thioMAb”,其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在特定的实施方案中,替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基,反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点,并且可以用于将抗体与其它模块,诸如药物模块或接头-药物模块缀合,以创建免疫缀合物,如本文中进一步描述的。在某些实施方案中,可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个:轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
e.抗体衍生物
在某些实施方案中,可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG),乙二醇/丙二醇共聚物,羧甲基纤维素,右旋糖苷,聚乙烯醇,聚乙烯吡咯烷酮,聚-1,3-二氧戊环,聚-1,3,6-三噁烷,乙烯/马来酸酐共聚物,聚氨基酸(均聚物或随机共聚物),和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇,丙二醇均聚物,环氧丙烷/环氧乙烷共聚物,聚氧乙烯化多元醇(例如甘油),聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性,聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量,而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化,而且如果附着了超过一个聚合物,那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言,可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型,包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能,抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中,提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中,非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的,并且包括但不限于对普通细胞没有损害,但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
f.免疫缀合物
本发明还提供了包含与一种或多种细胞毒剂,诸如化疗剂或药物,生长抑制剂,毒素(例如蛋白质毒素,细菌,真菌,植物或动物起源的酶活性毒素,或其片段),或放射性同位素缀合的本文中的抗体(例如抗VEGF抗体,抗PD-L1抗体,或抗PD-1抗体)的免疫缀合物。
在一个实施方案中,免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC),其中抗体与一种或多种药物缀合,包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020,5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483,5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；Hinman等,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；及Lode等,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel),帕利他赛,larotaxel,tesetaxel,和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中,免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体,所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链,白喉毒素的非结合活性片段,外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)),蓖麻毒蛋白(ricin)A链,相思豆毒蛋白(abrin)A链,蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链,α-帚曲霉素(sarcin),油桐(Aleuritesfordii)毒蛋白,香石竹(dianthin)毒蛋白,美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI,PAPII和PAP-S),苦瓜(Momordica charantia)抑制物,麻疯树毒蛋白(curcin),巴豆毒蛋白(crotin),肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂,白树毒蛋白(gelonin),丝林霉素(mitogellin),局限曲菌素(restrictocin),酚霉素(phenomycin),依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(tricothecenes)。
在另一个实施方案中,免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32,Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时,它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子,例如tc99m或I123,或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像,MRI)用的自旋标记物,诸如再一次的碘-123,碘-131,铟-111,氟-19,碳-13,氮-15,氧-17,钆,锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物,诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP),琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC),亚氨基硫烷(IT),亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯),活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯),醛类(诸如戊二醛),双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺),双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺),二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯),和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如,可以如Vitetta等,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如,可使用酸不稳定接头,肽酶敏感性接头,光不稳定接头,二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等,Cancer Res 52:127-131(1992)；及美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖,但不限于用交联试剂制备的此类缀合物,所述交联试剂包括但不限于BMPS,EMCS,GMBS,HBVS,LC-SMCC,MBS,MPBH,SBAP,SIA,SIAB,SMCC,SMPB,SMPH,sulfo-EMCS,sulfo-GMBS,sulfo-KMUS,sulfo-MBS,sulfo-SIAB,sulfo-SMCC,sulfo-SMPB,和SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯),它们是商品化的(例如,来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
D.多靶向性酪氨酸激酶抑制剂
可以在本文中描述的方法中使用任何合适的多靶向性酪氨酸激酶抑制剂。例如,该多靶向性酪氨酸激酶抑制剂可抑制血小板衍生的生长因子受体(例如PDGFR-αα,PDGFR-ββ,和PDGFR-αβ),VEGF受体(例如VEGFR1和VEGFR2),CD117(c-Kit),RET,CD114,和/或CD135。例示性多靶向性酪氨酸激酶抑制剂包括舒尼替尼(sunitinib)(也称作N-[2-(二乙基氨基)乙基]-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1,2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-羧酰胺,或SU11248),SU6656,莫特沙尼(motesanib),索拉非尼(sorafenib)(例如或BAY439006),阿西替尼(axitinib),阿法替尼(afatinib),博舒替尼(bosutinib),克唑替尼(crizotinib),卡博替尼(cabozantinib),达沙替尼(dasatinib),恩曲替尼(entrectinib),帕唑替尼(pazopanib),拉帕替尼(lapatinib),和凡德他尼(vandetanib)(也称作或ZD6474)。在一些实施方案中,该多靶向性酪氨酸激酶抑制剂是VEGFR抑制剂。
E.药物配制剂
以冻干配制剂或水溶液的形式通过混合具有期望程度的纯度的拮抗剂与任选的药学可接受载剂,赋形剂,或稳定剂来制备依照本发明使用的VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗VEGF抗体,诸如贝伐珠单抗,和抗PD-L1抗体,诸如阿特珠单抗)的治疗配制剂供贮存。以冻干配制剂或水溶液的形式通过混合具有期望程度的纯度的拮抗剂与任选的药学可接受载剂,赋形剂,或稳定剂来制备依照本发明使用的多靶向酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼)的治疗配制剂供贮存。关于配制剂的一般信息参见例如Gilman et al.(eds.)The Pharmacological Bases of Therapeutics,8th Ed.,Pergamon Press,1990；A.Gennaro(ed.),Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th Edition,MackPublishing Co.,Pennsylvania,1990；Avis et al.(eds.)Pharmaceutical DosageForms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993；Lieberman et al.(eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman et al.(eds.),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；及Walters(ed.)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and thePharmaceutical Sciences),Vol 119,Marcel Dekker,2002。
可接受载剂,赋形剂,或稳定剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的,而且包括缓冲剂,诸如磷酸盐,柠檬酸盐,和其它有机酸；抗氧化剂,包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵；苄索氯铵；酚,丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯,诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质,诸如血清清蛋白,明胶,或免疫球蛋白；亲水性聚合物,诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸,诸如甘氨酸,谷氨酰胺,天冬酰胺,组氨酸,精氨酸,或赖氨酸；单糖,二糖,和其它碳水化合物,包括葡萄糖,甘露糖,或糊精；螯合剂,诸如EDTA；糖,诸如蔗糖,甘露醇,海藻糖或山梨醇；成盐反荷离子,诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂,诸如TWEENTM,PLURONICSTM,或聚乙二醇(PEG)。
本文中的配制剂还可含有多于一种活性化合物,优选活性互补且彼此没有不利影响的那些。此类药物的类型和有效量取决于例如配制剂中存在的拮抗剂的量和类型,和患者的临床参数。
活性组分还可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊),在胶状药物投递系统中(例如脂质体,清蛋白微球体,微乳剂,纳米颗粒和纳米胶囊)或在粗滴乳状液中。此类技术披露于Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.,1980。
可制备持久释放制剂。持久释放制剂的合适例子包括含有拮抗剂的固体疏水性聚合物的半透性基质,该基质为成形制品形式,例如膜或微胶囊。持久释放基质的例子包括聚酯,水凝胶(例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯),或聚(乙烯醇)),聚交酯(美国专利No.3,773,919),L-谷氨酸和L-谷氨酸γ-乙酯的共聚物,不可降解的乙烯-乙酸乙烯,可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球体),和聚-D-(-)-3-羟基丁酸。
用于体内施用的配制剂必须是无菌的。这容易通过穿过无菌滤膜过滤来实现。
F.制品和试剂盒
在本发明的另一个方面,提供了装有对于治疗,预防,和/或诊断个体有用的材料的试剂盒或制品。
在一些情况中,可使用此类试剂盒或制品来鉴定可能受益于包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体。在其它情况中,可使用此类制品或试剂盒来鉴定可能受益于包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),或乳腺癌(例如TNBC))的个体。此类制品或试剂盒可包括(a)用于测定来自该个体的样品中表1中所列一种或多种基因或其任何组合(例如表2-12任一中所列任何组合)的表达水平的试剂,和(b)关于使用该试剂来鉴定可能受益于包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)),或用血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的具有癌症(例如肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肾癌(例如RCC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的说明书。
在一个方面,本文中提供的是用于鉴定可能受益于用包含VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的试剂盒,其包括(a)用于测定来自该个体的样品中下述基因中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,或37种)的表达水平的试剂:CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；或IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9；和,任选地,(b)关于使用该试剂来鉴定可能受益于用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的说明书。
任何前述试剂盒可包括用于测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,或TAP2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20种)的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,至少十九种,或所有二十种的表达水平的试剂。
例如,任何前述试剂盒可包括用于测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,或PD-L1中一种或多种(例如1,2,3,4,或5种)的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中至少两种,至少三种,至少四种,或所有五种的表达水平。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平的试剂。
在一些实施方案中,任何前述试剂盒可包括用于测定PD-L1和一种或多种另外的基因的表达水平的试剂,其中该一种或多种另外的基因不同于PD-L1。例如,在一些实施方案中,该试剂盒可包括用于测定PD-L1和一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,或36种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,TAP2,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,CD34,IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9组成的组另外的基因的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定PD-L1和一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)选自由CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1,和TAP2组成的组的另外的基因的表达水平的试剂。在其它实施方案中,该试剂盒包括用于测定PD-L1和VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平的试剂。在其它实施方案中,该试剂盒包括用于测定PD-L1和IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平的试剂。
任何前述试剂盒可包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平的试剂。例如,在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平的试剂。
任何前述试剂盒可包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,或S100A9中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,或10种)的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中两种,例如表9中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中三种,例如表10中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中四种,例如表11中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中五种,例如表12中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中六种,例如表13中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中七种,例如表14中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中八种,例如表15中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9中九种,例如表16中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和S100A9的表达水平的试剂。
在一个方面,本文中提供的是用于鉴定可能受益于用血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的治疗的具有癌症(例如肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的试剂盒,其包括(a)用于测定来自该个体的样品中下述基因中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,或7种)的表达水平的试剂:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34；和,任选地,(b)关于使用该试剂来鉴定可能受益于用包含血管发生抑制剂的抗癌症疗法的治疗具有癌症的个体的说明书。
在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4,或CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,或所有七种的表达水平的试剂。例如,在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,或CD34中一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中两种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中三种,例如表6中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中四种,例如表7中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34中五种,例如表8中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,该试剂盒包括用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平的试剂。
在一些情况中,此类试剂盒或制品包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A)),用于治疗具有癌症(例如肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肾癌(例如RCC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体。在一些情况中,此类制品或试剂盒进一步包括包装插页,包括关于将包含该VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和该PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A))的抗癌症疗法施用于具有癌症(例如肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肾癌(例如RCC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体的用法说明书,其中该患者通过本文中描述的任何方法和/或试剂盒鉴定为可能受益于该抗癌症疗法的个体。
在其它情况中,此类试剂盒或制品包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))),用于治疗具有癌症(例如肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肾癌(例如RCC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体用于治疗具有癌症(例如肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肾癌(例如RCC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体。在一些情况中,此类制品或试剂盒进一步包括包装插页,包括关于施用包含该血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的用法说明书,其中该患者通过本文中描述的任何方法和/或试剂盒鉴定为可能受益于该抗癌症疗法的个体。
在其它情况中,此类试剂盒或制品包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗(MPDL3280A),或PD-1结合拮抗剂,例如抗PD-1抗体)单一疗法,用于治疗具有癌症(例如肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肾癌(例如RCC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体,用于治疗具有癌症(例如肺癌(例如NSCLC),膀胱癌(例如UBC),肾癌(例如RCC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC))的个体。在一些情况中,此类制品或试剂盒进一步包括包装插页,包括关于施用该PD-L1轴结合拮抗剂单一疗法的用法说明书,其中该患者通过本文中描述的任何方法和/或试剂盒鉴定为可能受益于该抗癌症疗法的个体。
描述的任何试剂盒或制品可包括装载装置,装载装置被分成小格以接纳紧密排列的一个或多个容器装置,诸如管形瓶,管,等,每个容器装置装有要在该方法中使用的不同要件之一。在该制品或试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸的情况中,该试剂盒还可具有装有用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或装有报告手段(诸如酶,荧光,或放射性同位素标记物)的容器。
在一些情况中,该制品或试剂盒包括上文描述的容器和一个或多个其它容器,其中装有从商业和使用者立场看想要的材料,包括缓冲剂,稀释剂,滤器,针头,注射器,和印有关于使用的用法说明书的包装插页。容器上可存在标签,指示该组合物用于具体的应用,而且还可指示关于体内或体外使用的用法说明书,诸如上文所描述的那些。例如,该制品或试剂盒可进一步包括装有药学可接受缓冲液,诸如抑菌性注射用水(BWFI),磷酸盐缓冲盐水,Ringer氏溶液,和右旋糖溶液的容器。
本文中描述的试剂盒或制品可具有许多实施方案。在一种情况中,该试剂盒或制品包括容器,所述容器上的标签,和装在所述容器内的组合物,其中该组合物包括一种或多种在严格条件下与本文中所列基因(例如表1中所列基因,或表2-12中所列任何基因组合)的互补物杂交的多核苷酸,且所述容器上的标签指示该组合物可用于评估样品中本文中所列基因(例如表1中所列基因,或表2-12中所列任何基因组合)的存在,且其中该试剂盒包括说明书,其关于使用该多核苷酸来评估特定样品类型中该基因RNA或DNA的存在。
对于基于寡核苷酸的制品或试剂盒,该制品或试剂盒可包括例如:(1)寡核苷酸,例如可检测标记的寡核苷酸,其与编码蛋白质的核酸序列杂交,或(2)一对引物,其可用于扩增核酸分子。该制品或试剂盒还可包括例如缓冲剂,防腐剂,或蛋白质稳定剂。该制品或试剂盒可进一步包括检测可检测标记物所必需的成分(例如酶或底物)。该制品或试剂盒还可装有对照样品或一系列对照样品,其能被测定并与测试样品比较。该制品或试剂盒的每种构件可以封装在单独的容器内,而且各个容器都可与用法说明书(用于解读使用该试剂盒实施的测定法的结果)一起在单个包装内。
VI.实施例
下面是本发明的方法的实施例。理解的是,鉴于上文提供的一般性描述,可以实施各种其它实施方案。
实施例1:材料和实验方法
A.研究设计
实施例1-4中描述的Ib期研究的目标是评价与通过静脉内输注每3周(q3w)并行施用于具有先前未治疗的晚期转移性肾细胞癌(mRCC)的患者的贝伐珠单抗(一种人,单克隆,工程化改造的抗VEGF抗体)组合时,抗PD-L1抗体阿特珠单抗的安全性和耐受性。只要调查人员的意见是患者经历临床益处(即没有归于疾病进展的症状性恶化或不可接受的毒性)就继续治疗。如果怀疑是假进展的话或如果有混合响应的证据的话,根据调查人员的斟酌容许患者继续接受研究治疗。研究目标包括评价肿瘤和与贝伐珠单抗和阿特珠单抗的施用有关的循环中药效学标志物和初步评估该治疗组合的抗肿瘤活性。
在筛选时及贯穿试验实施安全性评价(临床和实验室)。到最后一剂之后30天发生最终的评价。依照国家癌症研究院不良事件常用术语标准(CTCAE),4.0版对不良事件(AE)的发病率,性质和严重程度分级。
在筛选时记录任何可评价或可测量疾病并在每次肿瘤评价时再评估。在周期2,4,6,8,12和16结束时或根据临床指示实施肿瘤评价。在药物施用周期的最后一周期间及在开始下一个周期的治疗之前实施评估。出于除了疾病进展以外的原因中止研究治疗的患者继续进行每12周的肿瘤评估直至患者经历疾病进展,启动别的系统性癌症疗法,或死亡。
方案定义的剂量限制性毒性(DLT)标准包括标准≥3或4级血液学和非血液学毒性。剂量给药以阿特珠单抗的推荐2期剂量开始,与贝伐珠单抗的标签q3w剂量组合施用,而且没有报告DLT。
B.患者
如果患者具有晚期或转移性RCC且并未为此接受在先系统疗法的话,他们适格参与Ib期研究的这个队列。患者要求至少18岁；具有适当的血液学和末梢器官功能；且具有0或1的东部肿瘤学协作组性能状态。疾病必须是遵照实体瘤响应评价标准(RECIST)可测量的。排除具有已知的重大中枢神经系统(CNS)恶性或症状性CNS转移,自身免疫病的历史或风险,或人免疫缺陷病毒的历史,乙型肝炎,或丙型肝炎感染的患者。还排除接受过抗CTLA-4,抗PD-1,或抗PD-L1治疗性抗体或途径靶向剂的在先治疗的患者以及在研究开始之前的规定时段内用系统性免疫刺激剂或系统性免疫抑制性药疗治疗过的患者。
在研究中的十名患者中,六人在两个治疗后时间点均产生具有足够可存活肿瘤细胞的活检。在这六对(即在两个治疗时时间点时来自相同患者的活检)中,七份衍生自肾损害,四份来自腹/胸壁,一份来自肺损害,一份来自淋巴结,且五份来自未披露的损害。
C.针对PD-L1,CD8,和MHC-I的免疫组织化学分析
在自动化染色平台(BenchMark；Ventana)上将4μm厚度的福尔马林固定,石蜡包埋(FFPE)组织切片使用4.3mg/ml的浓度用抗人PD-L1家兔单克隆抗体(克隆SP142；Ventana,Tucson,AZ)针对PD-L1染色,用二氨基联苯胺显现信号；将切片用苏木精复染色。对肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞评价PD-L1表达。对于肿瘤细胞,作为肿瘤细胞总数目的百分比估算PD-L1阳性肿瘤细胞的比例；肿瘤细胞典型地显示膜染色及可变的强胞质染色成分。给定肿瘤样品内PD-L1阳性肿瘤细胞的分布典型地非常集中；在作为固体聚集物生长中的肿瘤中,更加常见地在恶性细胞和含有肿瘤浸润性免疫细胞的基质之间的界面处观察到PD-L1阳性肿瘤细胞。对于肿瘤浸润性免疫细胞,测定占据肿瘤的PD-L1阳性肿瘤浸润性免疫细胞的百分比。具有可清楚辨别的胞质的肿瘤浸润性免疫细胞,诸如巨噬细胞和树突细胞,对于PD-L1显示膜染色样式。这对于具有少量胞质的小淋巴样形态的细胞更加难以确定。典型地作为朝向肿瘤块外周的可变尺寸的聚集物,在分割肿瘤块的基质条带中,作为基质中分散的单细胞,或在肿瘤浸润性免疫细胞聚集物内看到PD-L1阳性肿瘤浸润性免疫细胞。如果每个区域有<1％,≥1％但<5％,≥5％但<10％,或≥10％的细胞呈PD-L1阳性的话,分别将标本打分为IHC 0,1,2,或3。具有多份标本的患者中的PD-L1 IHC得分基于最高得分。使用CC1抗原修复和OMNIMAPTM(Ventana)检测技术在Discovery XT自动染色仪(Ventana)上实施CD8(克隆SP16(Epitomics))IHC。
在Ventana Discovery XT自动化平台(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)上进行所有MHC-I IHC步骤。将切片用Cell Conditioner 1处理标准时间,然后在1:5000稀释度的一抗,MHC I类(EP1395Y,Novus,目录号NB110-57201)中于37℃温育60分钟。通过OMNIMAPTM抗家兔HRP检测试剂盒,接着是DAB(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)复染色4分钟,变蓝溶液4分钟,然后脱水并盖上盖片。平行使用内源表达低,中等,和高MHC-I的人细胞团粒作为阳性对照。使用家兔单克隆(克隆DA1E,Cell Signaling Technology,目录号3900S)同种型抗体实施阴性对照。使用H得分系统对肿瘤细胞中的MHC-I染色打分。简言之,给肿瘤细胞膜的染色强度指派0,1,2,或3的数值,分别对应于无,低,中等,或高3,3’-二氨基联苯胺(DAB)信号强度。相对于整个肿瘤区域,通过目视评估来确定不同染色强度的细胞的百分比。如下通过将给定肿瘤样品中存在的每种群体的膜强度得分乘以面积百分比来计算最终的得分:1×(1+细胞的％)+2×(2+细胞的％)+3×(3+细胞的％)＝H得分。由两位独立病理学家对案例打分。打分等级定义为≤100,101-200,和201-300的得分,而且一致定义为独立得分落在相同等级内。通过相互审查案例来解决任何不一致。
D.双和三色免疫组织化学和全载片数字分析
使用Ventana Benchmark XT或Benchmark Ultra自动化平台(Ventana MedicalSystems；Tucson,AZ)将FFPE肿瘤组织的连续4μm厚度切片用下述内部开发的IHC测定法染色:Ki67/CD8,PDPN/CD34/ASMA,和CD163/CD68。
对于Ki67/CD8测定法,将切片用Cell Conditioner 1处理64分钟。然后将切片在一抗,Ki67(30-9,RTU,Ventana)中于37℃温育4分钟。通过OptiView DAB IHC检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。随后,将载片在1:100稀释度的一抗抗CD8(SP239,Spring Biosciences)中于37℃温育60分钟。通过UltraViewUniversal AP Red检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)复染色4分钟,变蓝溶液4分钟,然后脱水并盖上盖片。
对于PDPN/CD34/ASMA测定法,将切片用Cell Conditioner 1处理32分钟。然后将切片在一抗抗Podoplanin(D2-40,RTU,Ventana)中于37℃温育16分钟。通过OptiView DABIHC检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。随后,将载片在一抗抗CD34(QBEnd/10；RTU,Ventana)中于37℃温育16分钟。通过iView Blue Plus检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。最后,将载片在一抗抗平滑肌肌动蛋白(“SMActin”)(1A4；RTU,Ventana)中于37℃温育16分钟。通过UltraViewUniversal AP Red检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)复染色4分钟,变蓝溶液4分钟,然后脱水并盖上盖片。
对于CD163/CD68测定法,将切片用Cell Conditioner 1处理32分钟并在一抗抗CD163(MRQ-26,RTU,Ventana)中于37℃温育8分钟。通过OptiView DAB IHC检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。随后,将载片在一抗抗CD68(KP-1,RTU,Ventana)中于37℃温育8分钟。通过UltraView Universal AP Red检测试剂盒(Ventana Medical Systems；Tucson,AZ)来检测结合的一抗。将切片用苏木精II(VentanaMedical Systems；Tucson,AZ)复染色4分钟,变蓝溶液4分钟,然后脱水并盖上盖片。依照已知方法实施适宜的阴性和阳性对照。
用于全载片基础上IHC染色对象的检测和归类的算法以Matlab书写。在明视场染料离析后,作为细胞候选检测IHC染色对象。对于所有细胞候选,提取定量特征。然后使用有监督机器学习将候选归类入各种细胞类别(例如CD8+/Ki67-细胞)。使用真和假染色对象的地面真相图库(a ground truth gallery)(由病理学家提供)训练归类方法。最后,报告归类的细胞和肿瘤区域(由病理学家经由数字载片注解提供)并生成质量控制(QC)图像供病理学审查用。如下为肿瘤区域报告自动化数字载片分析的结果:Ki67-/CD8+和Ki67+/CD8+细胞密度(每mm2细胞计数的数目),CD68+/CD163+和CD68+/CD163-的面积覆盖率百分比(关于整个肿瘤区域的面积覆盖率),CD34+/αSMA-和CD34+/αSMA+血管密度(每mm2血管计数)。
E.自FFPE肿瘤组织分离RNA
如Schleifman et al.(PLoS One 8:e74231,2014)所述实施RNA分离。简言之,宏观解剖肿瘤FFPE切片以富集赘生组织,并使用肿瘤裂解缓冲液和蛋白酶K裂解组织以容许完全消化和释放核酸。依照制造商的方案使用高纯FFPE RNA微量试剂盒(Roche AppliedSciences,Indianapolis,IN)分离RNA。依照制造商的方案使用DNA FFPE组织试剂盒(Qiagen,Hilden,Germany)分离DNA。以280uC保存RNA和DNA直至实施分析。
F.Fluidigm和Nanostring表达分析
如Schleifman et al.(PLoS One 8:e74231,2014)所述使用BioMark HDTM实时PCR平台(Fluidigm)实施基因表达分析。该表达小组中的所有测定法使用FAMTM染料标记的小沟结合物(MGB)探针且经由Life Technologies订制,或是依订单制作的或是客户设计的,包括四种参照基因:SP2,GUSB,TMEM55B和VPS33B。为每一份样品计算四种参照基因(SP2,GUSB,TMEM55B和VPS33B)的Ct值的几何中值,并如下使用德耳塔Ct(ΔCt)方法确定表达水平:Ct(靶基因)2几何中值Ct(参照基因)。使用研究中的患者间的中值mRNA表达水平(如通过免疫芯片(iChip)测量的)作为截留来衍生高对低表达分类。通过t检测确定P值。
使用R/Bioconductor包“NanoStringQCPro”加工NanoString基因表达数据。以阳性对照计数调整原始计数,之后基于阴性对照和空白测量二者计算探针和道特异性背景。背景修正后,对计数进行log2换算并以持家基因表达(TMEM55B,VPS33B,TBP,和TUBB)标准化。
G.TCR测序
如Klinger et al.(PLoS One 8:e74231,2013)所述在Adaptive Biotechnologies实施TCRβ全集的扩增和测序。
H.流式细胞术
依照已建立的方案在LabCorp中心实验室实施针对CD3,CD8,HLA-DR,和Ki-67表达的全血流式细胞术。在Precision Bioservices分离外周血单个核细胞(PBMC)并将冷冻保存的样品运输至Gementech进行Fractalkine受体表达的分析和肿瘤特异性T细胞的检测。将PBMC融化并休息过夜,并对小份细胞用抗HLA-A2-FITC(BB7.2,BD)和抗CD45-APC-H7(2D1,BD)染色以测定HLA-A2状态。将剩余细胞用HLA-A*0201/肽六聚物(dextramer)和五聚物(pentamers)(Immudex and Proimmune,见表18)的混合物于室温染色10分钟,接着用抗CD3-BV510(UCHTI,Biolegend),抗CD8-A700(RPA-T8,BD),抗CD4-PE-Cy7(RPA-T4,eBioscience),抗CD45RA-eVolve605(HI100,eBioscience),抗CCR7-BV421(G043H7,Biolegend),抗CX3CR1-PerCP-eFluor710(2A9-1,eBioscience),和可固定存活力染料eFluor780(eBioscience)在冰上染色30分钟。将样品清洗两次,之后在运行FACSDIVATM v8软件的BD FACSARIATM上获取数据及分选。50,000个CD8+T细胞中有最少10例六聚物阳性事件认为是肿瘤特异性响应。表18显示用于流式细胞术的六聚物的列表。
表18:用于流式细胞术的六聚物
I.统计分析
使用来自所有十名接受超过一剂阿特珠单抗和贝伐珠单抗静脉内每21天的具有RCC的患者的数据来确定基线特征和不良事件率。依照RECIST v1.1评估功效。最好的经过确认的总体客观响应率派生自调查人员报告的评估。客观响应率(ORR)定义为具有完全或部分响应的最好的总体客观响应的患者的数目除以具有基线肿瘤评估的患者的总数目。
在最后一次肿瘤评估时审查在截止日时活着且没有经历疾病进展的患者。通过Kaplan Meier方法获得响应的持续时间。提供来自所有十名患者的所有AE,治疗相关AE,和3-4级AE的汇总。
实施例2:基因表达分析鉴定与贝伐珠单抗单一疗法和贝伐珠单抗和阿特珠单抗组合疗法有关的生物标志物
在10名具有先前未治疗的mRCC的患者中实施1b期临床研究,在C1D1接受单剂贝伐珠单抗,接着在C2D1开始每三周阿特珠单抗和贝伐珠单抗的组合施用。患者队列的基线人口统计学显示于表19。使用RECIST v1.1在十名患者中的四人中观察到部分响应(PR),而另有五名患者具有延长的稳定疾病(SD)(图1和2)。在这个小队列中观察到的临床活性比先前用单一疗法任一获得的要高。没有达到响应的持续时间且响应前时间中值为4.2个月。
表19:基线人口统计学
特征 N＝10
年龄中值(范围),y 62(42-74)
男性,n(％) 7(70％)
具有转移性疾病的患者,n(％) 8(80％)
肝或肺 5(50％)
除肝以外 6(60％)
在安全性,耐受性,和临床活性以外,上文描述的Ib期研究的一项关键目标是评价组合活性的机制。试验设计包括贝伐珠单抗的插入期(用于专门调查贝伐珠单抗对局部肿瘤免疫微环境的影响),接着是与使用阿特珠单抗的免疫检查点阻断的组合疗法。在治疗前,在贝伐珠单抗后15-18天,及在阿特珠单抗和贝伐珠单抗组合治疗启动之后4-6周收集肿瘤活检和血液。
为了鉴定与贝伐珠单抗单一疗法或组合疗法有关的肿瘤标志物,使用一个90种基因基于PCR的Fluidigm小组和一个800种基因定制NanoString小组二者实施基因表达分析。与新血管系统有关的基因(其反映VEGF下游信号传导活性)在所有患者中在两个治疗时时间点时均显著降低(图3),确认贝伐珠单抗的抗血管发生活性。令人惊讶的是,治疗前时间点和单独贝伐珠单抗治疗时间点的比较揭示Th1趋化因子(CXCL9,CXLC10,CXCL11,和CXCL13)(范围为相对于治疗前水平约0.7倍至6.9倍),CD8 T效应标志物(CD8A,CD8B,EOMES,GZMA,GZMB,IFNG,和PRF1)(范围为相对于治疗前水平约0.4倍至6.2倍),以及NK细胞标志物(GZMB,KLRK1,和SLAMF7)(范围为相对于治疗前水平约0.7倍至8.2倍)的基因表达有升高(图3)。贝伐珠单抗治疗导致六名患者中四人显示与Th1信号传导有关的基因签名显著升高。重要的是,在个体患者水平,这些签名与VEGF依赖性签名的降低程度去联系。通过IHC显示的FasL表达已经描述为包括RCC在内的数种癌症中免疫细胞的潜在屏障(Motz etal.Nat.Med.20:607-615,2014)。在这项研究中,对贝伐珠单抗或组合治疗没有观察到FasL基因表达的一致变化。总之,这些差异指示单独的贝伐珠单抗治疗导致对肿瘤免疫微环境的调控,其中Th1相关签名反映肿瘤微环境中最显著的由治疗诱导的改变。
Th1趋化因子(CXCL9,CXLC10,CXCL11,和CXCL13),CD8 T效应标志物(CD8A,CD8B,EOMES,GZMA,GZMB,IFNG,和PRF1),和NK细胞标志物(GZMB,KLRK1,和SLAMF7)的升高的表达在施用阿特珠单抗与贝伐珠单抗的组合后增强(图4)。Th1趋化因子签名的表达水平在贝伐珠单抗+阿特珠单抗时间点相对于治疗前升高2.9至250.4倍,而且与单独贝伐珠单抗时间点相比升高0.9至81.8倍。CD8 Teff签名的表达水平在贝伐珠单抗+阿特珠单抗时间点相对于治疗前升高0.8至51.8倍,而且与单独贝伐珠单抗时间点相比升高0.3至17.6倍。NK细胞签名的表达水平在贝伐珠单抗+阿特珠单抗时间点相对于治疗前升高0.7至7.8倍,而且与单独贝伐珠单抗时间点相比升高0.4至13.1倍。
实施例3:在两个治疗时时间点时贝伐珠单抗单一疗法或组合疗法后血管和免疫应答的生物标志物的表征
为了确认在肿瘤中观察到的免疫和血管基因表达变化,通过免疫组织化学评价治疗前和治疗时组织中的免疫和血管蛋白质表达变化。观察到CD31(血管衬里内皮细胞的标志物)的降低(图5和6)。CD34(内皮细胞的另一种标志物)与α-平滑肌肌动蛋白(αSMA)的双重染色显示未成熟或不稳定血管(CD34+/αSMA-)主要受到贝伐珠单抗治疗影响(图7和8),与发表的其它报告一致(见例如Gasparini et al.Nat.Clin.Pract.Oncol.2:562-577,2005)。组合治疗还显现内皮细胞的形态学变化,与ipilumimab和贝伐珠单抗治疗后转移性黑素瘤中的发现一致(见例如Hodi et al.Cancer Immunol.Res.2:632-642,2014)。另外,在治疗时在四名患者中观察到CD68+/CD163+但非CD68+/CD163-巨噬细胞的环境定位(contextual localization),邻近未成熟血管但非成熟血管,这很大程度不受贝伐珠单抗疗法影响(图7,9,和10)。不希望受理论束缚,一种潜在解释是定位于不稳定血管的巨噬细胞可能响应炎症和由贝伐珠单抗引起的血管诱导的变化。巨噬细胞已经显示通过分泌VEGF来促进血管化(Lamagna et al.J.Leukoc.Biol.80:705-713,2006),而且在治疗时在肿瘤中VEGF转录物表达上调(图11)。
在除一人以外的所有患者中在组合治疗后肿瘤内CD8+T细胞升高是显著的(图5,6,和12)。然而,PD-L1(它是IFN-γ响应基因)的上调仅仅在一名患者(其展现PR)中通过免疫组织化学检测到(图5)。相反且出乎意料的是,在贝伐珠单抗和组合治疗二者后观察到MHC-I染色的伴随升高(图5和6)。抗VEGF抗体疗法对MHC-I的调控先前没有记载且并非一贯与CD8+T细胞升高相关。先前的研究发现低氧与经由HIF-1α升高的MHC-I表达有联系(Ghoshet al.Mol.Cell.Biol.33:2718-2731,2013)。
为了解决组合疗法后CD8+T细胞密度升高是否归于增强的肿瘤内增殖或升高的运输,采用CD8与增殖标志物Ki67的双重免疫组织化学染色。Ki67+/CD8+细胞对Ki67-/CD8+细胞的比在治疗时保持不变化(图7,13,14A-14C,15A-15C,和16A-16C),提示CD8+T细胞升高不是由于增强的肿瘤内增殖,而是由于升高的增殖中CD8+T细胞运输和浸润。
实施例4:组合疗法后抗原特异性T细胞应答的表征
为了确认肿瘤内CD8+T细胞的升高是否是由于升高的运输,通过流式细胞术测定外周中的细胞群体的表型。使用含有先前描述的RCC肿瘤抗原肽(表18)的HLA-A2六聚物来测定患者血液中是否存在抗原特异性T细胞及这些细胞群体是否随治疗而变化。在10名患者中,只有两名HLA-A2阳性患者在治疗前时间点时对于Dex-APC通道中的细胞呈阳性(图19)。在这两名患者中,只有患者6展现肿瘤内CD8+T细胞升高。有趣的是,到组合治疗后时间点时患者6的Dex-APC阳性染色降低至少3倍,但是没有显示肿瘤内CD8+T细胞升高的患者2没有。这些变化可提示自外周入肿瘤的RCC抗原特异性T细胞运输。
基因表达数据还指示在治疗时患者肿瘤中数种其它趋化因子和趋化因子受体升高(图20)。最显著的变化发生于Fractalkine(CX3CL1),已知它在炎性或低氧环境中在激活的内皮细胞的膜上表达(Szukiewicz et al.Mediators Inflamm.2013:437576,2013；Umehara et al.Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.24:34-40,2004)。
Fractalkine的受体,CX3CR1,已经显示在武装的CD8+T细胞(穿孔蛋白+/粒酶B+)上表达(Nishimura et al.J.Immunol.168:6173-6180,2002)。在本研究中,CX3CR1在组合治疗后在外周CD8+T细胞上上调(图13)。而且,大多数六聚物阳性细胞(图19)还表达CX3CR1(患者2和6分别为84％和100％；图16)。治疗时肿瘤中Fractalkine和其它趋化因子和CD8+T细胞上CX3CR1的协同上调提示CD8+T细胞肿瘤浸润升高的一种机制。
对肿瘤实施T细胞受体(TCR)测序并自匹配的PBMC分选CD8+T细胞以调查T细胞进入肿瘤的运输和T细胞全集中由治疗诱导的变化。来自患者3和6的治疗前和治疗时TIL的头等克隆的比较显示一些克隆在治疗时得到保留(图21A-23C和22)。有克隆在单独的贝伐珠单抗后出现而其它克隆仅仅在组合疗法之后浮现。还有克隆在治疗前肿瘤中检测到但在治疗时肿瘤中没有检测到。总之,肿瘤内T细胞组成中的这些动态变化提示抗肿瘤T细胞应答在治疗时进化。
对来自分选的外周CD8+T细胞的TCR序列的评价显示许多头等克隆在治疗前和治疗时样品之间得到维持,但是在PBMC较之治疗时TIL中找到的克隆之间也有一些交叠(图23A和23B)。特别地,患者2的PBMC和TIL之间没有共享的克隆,该患者中的肿瘤内CD8+T细胞在治疗时没有升高。对于患者3和6,有一些克隆在PBMC和TIL之间以相似频率存在。对Adaptive Public Clone Database的blast揭示一些头等PBMC克隆有可能识别病毒抗原,但是这些克隆中只有一些在TIL中检测到,进一步提示肿瘤抗原特异性T细胞可迁移入肿瘤(图24)。治疗时TIL中的绝大多数头等克隆在血液中以低得多的水平存在而血液中的大多数优势克隆在肿瘤中检测不到。因为头等克隆的相对比例在PBMC中与TIL相比没有得到维持,这可提示肿瘤中由组合治疗诱导的CD8+T细胞升高经由选择性运输机制发生。还可能的是浸润是非偏移的且有抗原特异性T细胞在肿瘤中的停留。
实施例5:与舒尼替尼单一疗法相比对阿特珠单抗单一疗法和贝伐珠单抗和阿特珠单抗组合疗法的差异响应的分子关联
实施II期临床研究IMmotion150(NCT01984242)来评估具有先前未治疗的转移性肾细胞癌(mRCC)的患者中与舒尼替尼相比单独或与贝伐珠单抗组合的阿特珠单抗的安全性和耐受性。还实施了整合肿瘤基因组分析来关联分子生物标志物与在该II期研究中观察到的临床结局。
在II期IMmotion150研究中通过免疫组织化学(IHC)使用抗人PD-L1家兔单克隆抗体SP142评估肿瘤浸润性免疫细胞(IC)上的PD-L1状态并使用相同的IHC评分标准评分(IC1/2/3＝≥1％的肿瘤浸润性淋巴细胞呈PD-L1阳性；IC2/3＝≥5％的肿瘤浸润性淋巴细胞呈PD-L1阳性)(n＝297)。可以如国际专利申请公开文本No.WO 2016/183326和WO 2016/196298中所述评估PD-L1状态。还实施通过全外显子组测序(WES)的突变评估和通过RNA-Seq的基因表达分析(n＝263)。对于基因表达分析,对于T效应和IFNγ响应(Teff)基因(CD8A,IFNG,PRF1,EOMES,和PD-L1),以及对于血管发生相关(Ang)基因(VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34),和髓样炎症相关(髓样)基因(IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2)评估基因表达水平。经由独立审查机构(IRF)评估遵照RECIST v.1.1涉及无进展存活(PFS)评估处于低表达水平(即低于所评估的Teff基因的的中值表达水平；“Teff低”)和高表达水平(即处于或高于所评估的Teff基因的中值表达水平；“Teff高”)的Teff基因。还经由IRF评估遵照RECIST v.1.1涉及PFS评估处于低表达水平(即低于所评估的Ang基因的中值表达水平；“Ang低”)和高表达水平(即处于或高于所评估的Ang基因的中值表达水平；“Ang高”)的Ang基因。还经由IRF评估遵循RECIST v.1.1涉及PFS评估处于低表达水平(即低于所评估的髓样基因的中值表达水平；“髓样低”)和高表达水平(即处于或高于所评估的髓样基因的中值表达水平；“髓样高”)的髓样基因。为了测定中值表达水平,首先为组中的所有基因的标准化表达计算Z得分。使用所有Z得分在数据集间的中值水平作为参照水平来鉴定生物标志物高较之生物标志物低亚组。
测定出阿特珠单抗+贝伐珠单抗治疗臂中的PD-L1 IC2/3和PD-L1 IC1/2/3患者的PFS相对于舒尼替尼单一疗法臂中的患者的PFS更长。还测定出阿特珠单抗单一疗法臂中的PD-L1 IC2/3患者的PFS相对于舒尼替尼单一疗法臂中的患者的PFS更长。在考虑所评估的基因表达水平时,发现Teff高表达水平与PD-L1 IHC和阿特珠单抗+贝伐珠单抗治疗臂中的患者的PFS与舒尼替尼单一疗法臂中的患者的PFS相比更高有关(图31A,31B,和32A-32C)。还发现Ang低表达水平与阿特珠单抗+贝伐珠单抗治疗臂中的患者的PFS与舒尼替尼单一疗法臂中的患者的PFS相比改善有关(图29A)。另一方面,Ang高表达水平与舒尼替尼单一疗法臂中改善的临床活性有关,但是阿特珠单抗+贝伐珠单抗治疗臂不然(图29B和30A-30C)。对于依照PD-L1状态,Teff基因表达水平,和Ang基因表达水平分仓的患者,在表20中提供阿特珠单抗+贝伐珠单抗和阿特珠单抗治疗臂二者相对于舒尼替尼治疗臂的PFS危害比(HR)及95％置信区间(95％CI)。表20中就PD-L1 IHC而言的数据是未分层的HR。总体响应率(ORR)与基因表达亚组中的PFS相关(图25)。对于依照PD-L1状态分仓和意图治疗(ITT)群体中的患者,表21显示阿特珠单抗+贝伐珠单抗和阿特珠单抗治疗臂二者相对于舒尼替尼治疗臂的分层的PFS HR及95％CI。
表20:与舒尼替尼单一疗法相比对阿特珠单抗+贝伐珠单抗组合疗法或阿特珠单抗单一疗法的PFS响应的分子关联
表21:与舒尼替尼单一疗法相比对阿特珠单抗+贝伐珠单抗组合疗法或阿特珠单抗单一疗法的PFS响应的分子关联
图26显示RCC肿瘤中的血管发生和免疫相关基因的转录组图。可以使用图26中显示的基因的表达水平作为对包括VEGF拮抗剂VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)的抗癌症疗法或包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的响应的预测性生物标志物。特别是,可使用与血管发生(例如VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGLT4,和/或CD34),免疫/抗原呈递(例如CD8A,CD27,INFG,PD-L1(CD274),FOXP3,EOMES,GZMA,PFR1,PD-1(PDCD1),CLTA4,TIGIT,GZMB,IDO1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,PSMB8,PSMB9,TAP1,和/或TAP2),和髓样炎症(例如CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,IL6,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9)有关的基因来预测对包括VEGF拮抗剂(例如抗VEGF抗体(例如贝伐珠单抗)或VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如PD-L1结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如抗PD-1抗体)的抗癌症疗法或包括血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如舒尼替尼,阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼))))的抗癌症疗法的响应。例如,CD8A,CD27,INFG,PD-L1(CD274),FOXP3,EOMES,GZMA,PFR1,PD-1(PDCD1),CLTA4,TIGIT,GZMB,IDO1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,PSMB8,PSMB9,TAP1,和/或TAP2中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平可指示患者可受益于用阿特珠单抗和贝伐珠单抗(或其它VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂)的治疗。在一些情况中,此类患者可具有CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,IL6,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9中一种或多种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参照水平。在另一个例子中,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGLT4,和/或CD34中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平可指示患者可受益于用阿特珠单抗和贝伐珠单抗(或其它VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂)的治疗。在又一个例子中,VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGLT4,和/或CD34中一种或多种的表达水平高于参照水平可指示患者可受益于用舒尼替尼(或另一种血管发生抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如VEGFR抑制剂(例如多靶向性酪氨酸激酶抑制剂(例如阿西替尼,帕唑替尼,或卡博替尼)))))的治疗。在另一个例子中,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,IL6,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8,和/或S100A9中一种或多种的表达水平低于该一种或多种基因的参照水平可指示患者可受益于用阿特珠单抗和贝伐珠单抗(或其它VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂)的治疗。
将贝伐珠单抗添加至阿特珠单抗(Atezo+Bev)与Teff高/髓样高亚组中改善的PFS有关(图27)。Teff高/髓样高患者中降低的阿特珠单抗单一疗法1L活性提示免疫逃逸的一种潜在机制,其可以通过添加贝伐珠单抗来挽救。在比较阿特珠单抗+贝伐珠单抗治疗臂内的髓样高表达水平与髓样低表达水平时,独立于Teff相关基因,髓样基因与相对较差的PFS结局有关(图28)。在髓样高群体中来自阿特珠单抗+贝伐珠单抗的就PFS而言的治疗益处与舒尼替尼单一疗法没有不同,但是在髓样低群体中与舒尼替尼单一疗法相比改善(图28)。
在服用阿特珠单抗或舒尼替尼时进展后,在IMmotion150试验设计中容许与阿特珠单抗+贝伐珠单抗交叉(除了在欧洲不容许阿特珠单抗单一疗法后的交叉)。在经历进展且基于地理位置适格的患者中,在1L舒尼替尼或阿特珠单抗后分别有77％和75％的患者经历交叉。还通过基线肿瘤微环境(TME)基因表达状态分析交叉患者。对于将贝伐珠单抗添加至阿特珠单抗(Atezo+Bev)(n＝8)在Teff高/髓样高亚组中观察到就改善的PFS而言类似结果的趋势。
总之,这些结果证明可使用本文中描述的生物标志物来预测响应抗癌症疗法(例如包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂,或多靶向性酪氨酸激酶的抗癌症疗法)的患者,及选择患者进行针对他们的癌症优化的抗癌症疗法。
实施例6:单独或与贝伐珠单抗组合的阿特珠单抗较之舒尼替尼:肾细胞癌中的一项随机化2期试验中的功效,安全性和差异响应的分子关联
在这个实施例中,连同为了评估本文中描述的生物标志物的预测价值而进行的分子分析的结果描述2期IMmotion150研究的另外的主要临床结果。
A.结果
研究设计和功效
这项2期试验的主要目的是评估与舒尼替尼相比阿特珠单抗+贝伐珠单抗和阿特珠单抗单一疗法的功效。认为100名患者每个臂的样本量和70％事件比率足以评估意向治疗(ITT)以及PD-L1+亚组中的效果大小(包括中值PFS和危害比[HR])。
在研究中登记要求在研究治疗前<12个月获得来自患者的肿瘤标本。由中心实验室使用SP142 IHC测定法(VENTANA,Tucson,AZ)对组织前瞻性测试IC上的PD-L1表达。如下定义IC染色:覆盖＜1％或缺失,介于≥1％和＜5％之间,介于≥5％和＜10％之间,或≥10％的肿瘤面积的IC中任何强度的任何可辨别的PD-L1染色。
自2014年1月8日至2015年3月16日在研究中登记患者。这份报告反映临床截止日期为2016年10月17日和中值存活随访为20.7个月的数据的结果。所有随机化患者包括在ITT群体中(N＝305),用于所有功效分析。安全性分析群体中的患者(n＝304)接受多于一剂研究药物。由于在接受研究药物前撤回同意,舒尼替尼臂中的一名患者排除在安全性分析以外(图33)。阿特珠单抗(77.7％)和舒尼替尼(82.2％)比阿特珠单抗+贝伐珠单抗(68.3％)有更高的中止治疗,而疾病进展是所有治疗臂中中止的最常见原因。
对于安全性和ITT群体,患者人口统计学在治疗臂间是相当的(表22)。
表22:基线人口统计学/患者特征
独立审查机构(IRF)评估的功效终点汇总如下。ITT群体中的分层分析显示中值无进展存活(PFS)为阿特珠单抗+贝伐珠单抗的11.7个月(95％CI,8.4-17.3)较之舒尼替尼的8.4个月(95％CI,7.0-14.0)(HR 1.00；95％CI,0.69-1.45)和阿特珠单抗单一疗法的6.1个月(95％CI,5.4-13.6)(HR 1.19；95％CI,0.82-1.71较之舒尼替尼；图34A)。在PD-L1+群体中,中值PFS为阿特珠单抗+贝伐珠单抗的14.7个月(95％CI,8.2-25.1)较之舒尼替尼的7.8个月(95％CI,3.8-10.8)(HR 0.64；95％CI,0.38-1.08)和阿特珠单抗单一疗法的5.5个月(95％CI,3.0-13.9)(HR 1.03；95％CI,0.63-1.67较之舒尼替尼；图34B)。客观响应率(ORR)分别为阿特珠单抗+贝伐珠单抗,阿特珠单抗单一疗法,和舒尼替尼的32％(7％完全响应[CR],25％部分响应[PR]),25％(11％CR,14％PR)和29％(5％CR,24％PR)(图34C)。在PD-L1+患者中,ORR分别为阿特珠单抗+贝伐珠单抗,阿特珠单抗单一疗法,和舒尼替尼的46％(12％CR,34％PR),28％(15％CR,13％PR),和27％(7％CR,20％PR)(图34C)。调查人员评估的PFS(图35A和35B),和IRF评估的PFS之间的一致性对于所有患者为77％且在研究臂之间是相似的。阿特珠单抗+贝伐珠单抗和阿特珠单抗单一疗法较之舒尼替尼而言关键亚组中的PFS在图36A和36B中显示。值得注意的是,我们对更高PD-L1表达对阿特珠单抗+贝伐珠单抗观察到改善的功效(PFS)的趋势,而且对于阿特珠单抗单一疗法较之舒尼替尼在PD-L1截留≥5％处(未分层分析；图36A和36B)。
安全性
导致中止的治疗相关不良事件(AE)在9％的阿特珠单抗+贝伐珠单抗臂中的患者,3％的阿特珠单抗单一疗法臂,和9％的舒尼替尼臂中发生(表23)。
表23:毒性概况/安全性汇总
在阿特珠单抗+贝伐珠单抗组中,蛋白脲是导致治疗中止的最常见相关AE(5％)。对于舒尼替尼,导致治疗中止的最常见相关AE是血液肌酐升高和掌-跖红感觉障碍综合征(各2％)。对于阿特珠单抗单一疗法,肾炎,胰腺炎,和脱髓鞘(各1％)是导致治疗中止的治疗相关AE。图38A和38B显示在阿特珠单抗+贝伐珠单抗和舒尼替尼臂,或阿特珠单抗单一疗法和舒尼替尼臂中以≥20％的频率发生的所有起因AE,两个臂之间有≥5％的发生率差异。特别感兴趣的选定AE在下文表24中显示,而在≥20％的三个臂任一的患者中发生的所有AE在表25中显示。
表24:特别感兴趣的选定AE
表25:在≥20％的任何臂中的患者中发生的所有AE
临床结局的分子关联
我们进行了研究来评估与RCC中的疾病和肿瘤免疫生物学有关的分子生物标志物和它们与每个治疗组内的和治疗组之间的临床结局的联系。生物标志物亚组中的人口统计学和基线特征一般与ITT群体中的那些一致(表26)。
表26:ITT和生物标志物可评估群体中的人口统计学和基线特征
263份可评估治疗前肿瘤中与RCC和免疫生物学有关的基因的热图(图38A)显示基于血管发生(Angio),免疫(包括T效应存在和功能,IFN-γ应答,检查点抑制剂,和抗原呈递),和髓样炎症相关基因的相对表达水平的独特生物学亚组。具有Angio基因签名的高表达的亚组(Angio高)特征在于如通过CD31 IHC评估的相对更高的血管密度(图38B),而具有T效应(Teff)基因签名的高表达的亚组(Teff高)与通过IHC得到的IC上PD-L1的蛋白质表达(图38C)和CD8 T细胞浸润(图38D)正相关,指示预先存在的适应性抗肿瘤免疫力。另外,观察到Teff高和Teff低亚组内与髓样炎症有关的基因的差异表达,提示这些肿瘤的进一步功能细分类(图38A)。每个治疗臂内和治疗臂之间这些生物学亚组中临床结局的联系在表27中显示。下面的比较代表更大分析的一个子集。如果PFS评估的HR的95％CI不跨越1且如果ORR比较的95％CI不交叠的话,讨论生物标志物与临床结局的联系。
表27:生物标志物亚群中的PFS HR
为了确定高血管发生性肿瘤是否更多地响应抗血管发生疗法,我们调查每个治疗臂中Angio基因签名与临床结局的联系。在舒尼替尼治疗臂内Angio基因签名基于中值签名得分的高表达与改善的ORR(Angio高中的45％对Angio低中的10％,图38E)和PFS(HR 0.31；95％CI,0.18-0.55；图38E)有关。当在治疗臂之间评估时,在Angio高亚组在阿特珠单抗+贝伐珠单抗和舒尼替尼臂之间或在阿特珠单抗单一疗法和舒尼替尼臂之间中没有观察到PFS的明显差异(图38H)。在Angio低亚组中,阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之舒尼替尼展现改善的PFS(HR 0.59；95％CI,0.35-0.98；图38G)。
我们接下来询问预先存在的如通过Teff基因签名的表达鉴定的免疫应答的存在是否与对含有免疫疗法的方案的临床益处有关。在阿特珠单抗+贝伐珠单抗臂内基于中值签名得分的高Teff基因签名表达较之低Teff基因签名表达与改善的ORR(Teff高中的50％对Teff低中的16％；图38I)和PFS(HR 0.50；95％CI,0.30-0.86；图38J)有关(图38J)。当在治疗臂之间比较时,高Teff基因签名表达对于阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之舒尼替尼与改善的PFS有关(HR0.55；95％CI:0.32-0.95,图38L)。
因为髓样炎症与抗肿瘤适应性T细胞应答的遏制有关,我们接下来调查髓样炎症签名对临床结局的贡献。基于中值签名得分的高髓样炎症基因签名表达(髓样高)与阿特珠单抗单一疗法臂中缩短的PFS有关(HR 2.98；95％CI,1.68-5.29),而且以较低的程度与阿特珠单抗+贝伐珠单抗臂中缩短的PFS有关有关(HR 1.71；95％CI,1.01-2.88),但是在舒尼替尼臂中不然(表27)。当在治疗臂之间比较时,髓样高对于阿特珠单抗单一疗法较之舒尼替尼与更差的PFS有关(HR 2.03；95％CI,1.21-3.40)；然而,在阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之舒尼替尼之间没有观察到这一点(表27)。
在评估区分阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之舒尼替尼的临床活性的基因表达签名以外,我们调查可能区分阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之阿特珠单抗单一疗法的活性的基因表达概况。当在相应的二分表达亚组之间评估时,Teff,Angio,或髓样炎症(髓样)基因表达签名并不区分阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之阿特珠单抗单一疗法的活性(表27)。三种基因签名的热图(图38A)显示发炎(Teff高)范畴的mRCC肿瘤内一个独特群体的髓样高肿瘤。我们询问这个亚组的Teff高肿瘤内髓样炎症的存在是否影响三种疗法的临床结局。阿特珠单抗单一疗法在Teff高髓样高肿瘤中具有与Teff高髓样低肿瘤相比更差的活性(HR 3.82；95％CI,1.70-8.60；表27)。当在治疗臂之间比较时,阿特珠单抗+贝伐珠单抗显示与相比阿特珠单抗单一疗法改善的PFS(HR 0.25；95％CI,0.10-0.60；图38N)。在Teff高髓样低亚组中在阿特珠单抗+贝伐珠单抗和阿特珠单抗单一疗法之间没有观察到PFS的明显差异(图38M)。
B.讨论
就我们所知,IMmotion150是第一项评估抗血管发生剂和免疫检查点抑制剂的组合在初次治疗mRCC患者中的临床活性的随机化研究。它与其它正在进行的在未治疗的mRCC中调查检查点抑制的随机化试验的区别在于包括PD-L1/PD-1抑制剂单一疗法臂。与最常应用的肾癌疗法,舒尼替尼相比,阿特珠单抗+贝伐珠单抗的组合在具有在≥1％的IC上表达PD-L1的肿瘤的患者的亚组中产生令人鼓舞的功效(54％的登记患者)。会在一项随机化3期研究(IMmotion151,NCT02420821)中进一步评估这一发现。阿特珠单抗还在作为单一药剂施用时展现抗肿瘤活性且得到较好耐受。值得注意的是,对阿特珠单抗单一疗法观察到的高响应率(包括完全响应)支持它的临床功效,包括在具有切除的高风险RCC的患者的辅助设置中(IMmotion010,NCT03024996)。阿特珠单抗+贝伐珠单抗臂和阿特珠单抗单一疗法臂中的安全性与先前的单独的每一种药物的数据一致,而且导致治疗中止的AE较低。
在含有阿特珠单抗的两个臂中功效随着PD-L1 IC表达水平升高而升高的一致趋势强调预先存在的免疫力对于区分阿特珠单抗和阿特珠单抗+贝伐珠单抗与舒尼替尼在mRCC中的活性的相关性。在阿特珠单抗+贝伐珠单抗臂中尤其如此,其中贝伐珠单抗看来增强免疫原性肿瘤中的抗肿瘤活性(图38N)。IC上的PD-L1表达的预测相关性得到通过IHC测定的PD-L1 IC与Teff免疫基因签名的强关联进一步支持(图38C)。这些数据支持初次治疗mRCC患者中基于PD-L1 IHC和/或免疫基因表达签名的诊断或富集策略。
为了进一步鉴定三个治疗组间差异活性的决定因素,我们询问我们假设在对所研究的治疗方案的响应中发挥作用的三个生物学轴:肿瘤血管发生,预先存在的免疫力,和免疫遏制性髓样炎症。舒尼替尼功效在高度血管发生性肿瘤(Angio高)中得到增强(图38F)。在Teff高肿瘤中阿特珠单抗+贝伐珠单抗的组合与舒尼替尼相比改善临床益处(图38L)。阿特珠单抗单一疗法在具有预先存在的免疫力和髓样炎症相关基因的相对更低表达的肿瘤(Teff高髓样低)中是有效的,但是在具有伴随的高髓样炎症的免疫原性肿瘤(Teff高髓样高)中不太如此。与IL-6,前列腺素,和CXCL8家族的趋化因子的高表达有关的髓样炎症与肿瘤中髓样衍生的抑制细胞(MDSC)的积累和抗肿瘤免疫力的遏制有关,而且VEGF/VEGF受体阻断在临床前肿瘤模型和人癌症中显示减少肿瘤和血液中的MDSC。在免疫遏制的Teff高髓样高亚组中与阿特珠单抗单一疗法相比与阿特珠单抗+贝伐珠单抗相关的改善的临床结局(图38N,表27)提示将贝伐珠单抗添加至阿特珠单抗可能克服这些肿瘤中先天性炎症介导的抗性。在这项研究中鉴定的分子亚组预期具有区别性特征,对于在VEGF表达可能有助于肿瘤免疫遏制的一系列癌症间应用基于抗血管发生和检查点抑制剂的疗法有潜在广泛相关性。值得注意的是,一项最近的在NSCLC中调查化学疗法与阿特珠单抗+贝伐珠单抗组合的研究报告较之单独的化学疗法和贝伐珠单抗改善的功效。阿特珠单抗+贝伐珠单抗的组合还处于在肝细胞癌,胃,和卵巢癌中评估(分别是NCT02715531,NCT02715531,和NCT03038100)。
总体,来自IMmotion150的数据指示与舒尼替尼相比阿特珠单抗+贝伐珠单抗可能特别增强具有预先存在的抗肿瘤免疫力(如通过高Teff得分和PD-L1 IC表达测定的)的患者中的PFS益处。另外,扩展我们对肾癌的生物学的理解和鉴定受益于舒尼替尼,阿特珠单抗,或阿特珠单抗+贝伐珠单抗的组合患者群体的综合性生物标志物分析可能能够实现mRCC患者中的个性化疗法。而且,我们的发现将髓样炎症鉴定为可以通过添加贝伐珠单抗来克服的mRCC中对阿特珠单抗单一疗法的先天抗性的一种潜在机制。
C.方法
研究设计和结局
IMmotion150是在96个机构中进行的一项2期,多中心,随机化,开放标签研究,设计用于评估安全性和提供阿特珠单抗+贝伐珠单抗较之舒尼替尼,和阿特珠单抗单一疗法较之舒尼替尼的活性的初步证据,以及告知3期试验的研究设计(IMmotion151；NCT02420821)。样本量是大约100名患者每个臂,而且认为70％事件率足以评估ITT和PDL1+亚组中的效果大小(包括中值PFS和HR)。然而,这项试验不会具有足够的效力以5％的统计学显著α(I型)误差水平检测治疗臂之间临床上有意义的差异。例如,对于两个比较臂中的140例事件,只有56％效力以5％显著性水平检测HR＝0.7。
原始主要终点是ITT群体中由IRF得到的遵照1.1版实体瘤中响应评估标准(RECIST v1.1)的PFS。虽然患者以IC上的≥5％PD-L1表达分层,但是PD-L1阳性的定义基于1a期数据自IC上的≥5％修订至≥1％PD-L1表达,而且修改研究方案以产生IC上的PD-L1表达作为IRF评估的PFS的一项共同主要终点。这项修改很可能有助于治疗臂之间PD-L1+患者数目的轻微失衡(舒尼替尼,59％；阿特珠单抗,52％；阿特珠单抗+贝伐珠单抗,50％；表22)。次要终点包括调查人员(INV)评估的PFS,ORR,和遵照RECIST v1.1的响应的持续时间(DOR),总体存活(OS),患者报告的结局,和安全性。关键探索性目标包括评估预测性和预后性探索性生物标志物的表达之间的相关性和它们与疾病状态和如通过ORR和PFS定义的功效的联系。所有数据遵照IRF评估来报告,除非另有说明。
参与者
适格患者年龄≥18岁,具有≥70的Karnofsky性能得分,且具有不可切除的晚期或具有先前未用任何RCC全身药剂治疗的透明细胞组织学和/或肉瘤样组织学的成分的mRCC。要求患者具有足够的血液学和终末器官功能。如果患者具有已知的活动性脑或脊髓转移,未控制的胸膜/心包积液或腹水,或未控制的高钙血的话,排除他们。
随机化和掩蔽
在获得知情同意书并确定适格性后,研究地点自交互式语音/Web响应系统(IxRS)获得每位患者的识别号和治疗指派。随机化时的分层因素包括纪念Sloan Kettering癌症中心(MSKCC)风险范畴(低,中,或高风险)(Motzer et al.J.Clin.Oncol.17:2530-2540,1999),在先肾切除术(是或否),和如通过使用SP142测定法的IHC染色测定的PD-L1状态(IC上≥或<5％PD-L1表达)。使用分层置换区组随机化以1:1:1比将患者指派至三个治疗臂之一:阿特珠单抗+贝伐珠单抗,阿特珠单抗,或舒尼替尼。研究是开放标签的且分配是未掩蔽的。
规程
研究治疗由阿特珠单抗1200mg固定静脉内给药+贝伐珠单抗15mg/kg每三周,阿特珠单抗1200mg固定静脉内给药每三周,或舒尼替尼50mg/天口服四周,继以休息两周组合。在疾病进展(如由调查人员遵照RECIST v1.1评估的)时,在一些地区(欧洲没有选择)随机化至阿特珠单抗单一疗法或舒尼替尼的患者可选择交叉并接受阿特珠单抗+贝伐珠单抗组合。在不可接受的毒性缺失下,继续用组合的治疗直至进展性疾病的证据。在允许的情况下,含阿特珠单抗臂中的患者可超出遵照RECIST v1.1的疾病进展继续治疗直至缺乏临床益处；非欧洲国家的患者可在遵照RECIST v1.的疾病进展后的任何时间交叉至阿特珠单抗+贝伐珠单抗疗法,前提是满足所有适格性标准。
在研究期间,每个周期持续六周(42天),而且收集肿瘤测量和存活状态的数据用于评估遵照RECIST v1.1的PFS,里程碑PFS(在24,52,和76周),OS,和ORR。肿瘤评估发生于基线和周期1第1天后每12周±5个工作日,或如果有临床指示的话更加频繁。大约每三个月对中止一线治疗或交叉治疗的患者跟踪存活,直至死亡,撤回同意,失去随访,或研究终止。因除了疾病进展(例如毒性)以外的原因而中止研究治疗的患者继续经历安排的肿瘤评估(每12周)直至死亡,遵照RECIST v1.1的疾病进展,撤回同意,或研究终止,以第一个发生者为准。
统计分析
使用Kaplan-Meier方法学来评估每个治疗臂的中值PFS,并生成Kaplan-Meier曲线。当在用阿特珠单抗+贝伐珠单抗和用舒尼替尼治疗的患者中或在用单独的阿特珠单抗和用舒尼替尼治疗的患者中发生140例INV-PFS事件时触发主要分析,以后发生者为准。使用分层Cox比例危害模型确定HR估值和它们的95％CI。分层因子包括在先肾切除术,肿瘤PD-L1状态,和MSKCC得分,而且是基于来自电子病例报告表的数据确定的；如果此类数据缺失,使用在随机化时通过IxRS收集的数据。由中心实验室使用SP142 IHC测定法(VENTANA,Tucson,AZ)对肿瘤标本前瞻性测试IC上的PD-L1表达。IC染色定义如下:IC中任何可辨别的任何强度的PD-L1染色覆盖＜1％或缺失(IC0),介于≥1％和＜5％之间(IC1),介于≥5％和＜10％之间(IC2),或≥10％(IC3)的肿瘤面积由肿瘤细胞占据,与肿瘤内,和邻近肿瘤周促结缔组织增生性基质有关。
基因表达分析
使用RNA Access技术为263名患者生成全转录组概况。首先将RNAseq读出与核糖体RNA序列比对以去除核糖体读出。使用2013-10-10版GSNAP(Wu et al.,Bioinformatics 26:873-881,2010；Wu et al.,Methods Mol.Biol.1418:283-334,2016)将剩余读出与人参照基因组(NCBI Build 38)比对,容许每75个碱基的序列最多两处错配(参数:‘-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1 --pairmax-rna＝200000--clip-overlap)。为了量化基因表达水平,使用由R/Bioconductor包基因组比对(Lawrence et al.,PLoS Comput.Biol.9:e1003118,2013)提供的功能计算定位至每种RefSeq基因的外显子的读出的数目。
基因签名定义如下:Angio:VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34；Teff:CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和CD274；髓样炎症(髓样):IL-6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2。
为了计算这些签名每一种的得分,首先使用edgeR的标准化因子将计数标准化,继以滤出具有低覆盖率(即在至少十分之一的可得样品中未达到0.25CPM(每百万的计数))的基因并使用limma的voom(Ritchie et al.Nucleic Acids Res.43:e47,2015)进行log2换算。对于每份样品,然后计算给定签名中的所有基因的平均表达,作为样品的签名得分报告。对于每种基因签名,基于所有肿瘤的中值基因签名得分将患者分成两组:高基因签名表达定义为处于或高于中值水平的表达,而低基因签名表达定义为低于中值的表达。
对于热图(图38A),将每位患者放置入所有三种基因表达签名的高或低组:Angio,Teff和髓样(基于中值表达,如上文描述的)。随后,通过这三组的组合对患者分类:首先显示通过髓样低/高分类的Teff高,Angio低患者；然后显示通过髓样高/低分类的Teff高,Angio高患者；然后显示通过髓样低/高分类的Teff低,Angio高患者；最后显示通过髓样高/低分类的Teff低,Angio低患者。还有,基于生物学功能预先确定基因的排序。显示Z得分换算的标准化计数。
生物标志物联系分析
为了测试连续变量和二元性状之间的联系(例如图38B和38D),使用双尾t检验。否则,为了测试连续变量和具有多于两个水平的范畴变量之间的联系(例如图38C),使用ANOVA计算似然比检验P值。为了测试两个连续变量之间的联系,计算Pearson相关系数。
报告的所有P值仅仅用于描述性目的,而且没有为了多重检验进行调整。如果用于PFS评估的HR的95％CI没有跨越1且如果用于ORR比较的95％CI不交叠的话,上文进一步讨论了生物标志物与临床结局的联系。
VII.其它实施方案
虽然为了清楚理解的目的已经通过举例说明较为详细地描述了前述发明,但是描述和例子不应解释为限制本发明的范围。通过援引明确完整收录本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容。
序列表
<110> 基因泰克公司（Genentech, Inc.）
豪夫迈·罗氏有限公司（F. Hoffmann-La Roche AG）
<120> 用于癌症的诊断和治疗方法
<130> 50474-164WO4
<150> US 62/572,979
<151> 2017-10-16
<150> US 62/514,680
<151> 2017-06-02
<150> US 62/465,547
<151> 2017-03-01
<160> 82
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1975
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 1
acuuuccccc cucggcgccc caccggcucc cgcgcgccuc cccucgcgcc cgagcuucga 60
gccaagcagc guccugggga gcgcgucaug gccuuaccag ugaccgccuu gcuccugccg 120
cuggccuugc ugcuccacgc cgccaggccg agccaguucc gggugucgcc gcuggaucgg 180
accuggaacc ugggcgagac aguggagcug aagugccagg ugcugcuguc caacccgacg 240
ucgggcugcu cguggcucuu ccagccgcgc ggcgccgccg ccagucccac cuuccuccua 300
uaccucuccc aaaacaagcc caaggcggcc gaggggcugg acacccagcg guucucgggc 360
aagagguugg gggacaccuu cguccucacc cugagcgacu uccgccgaga gaacgagggc 420
uacuauuucu gcucggcccu gagcaacucc aucauguacu ucagccacuu cgugccgguc 480
uuccugccag cgaagcccac cacgacgcca gcgccgcgac caccaacacc ggcgcccacc 540
aucgcgucgc agccccuguc ccugcgccca gaggcgugcc ggccagcggc ggggggcgca 600
gugcacacga gggggcugga cuucgccugu gauaucuaca ucugggcgcc ccuggccggg 660
acuugugggg uccuucuccu gucacugguu aucacccuuu acugcaacca caggaaccga 720
agacguguuu gcaaaugucc ccggccugug gucaaaucgg gagacaagcc cagccuuucg 780
gcgagauacg ucuaacccug ugcaacagcc acuacauuac uucaaacuga gauccuuccu 840
uuugagggag caaguccuuc ccuuucauuu uuuccagucu uccucccugu guauucauuu 900
ucaugauuau uauuuuagug ggggcggggu gggaaagauu acuuuuucuu uauguguuug 960
acgggaaaca aaacuaggua aaaucuacag uacaccacaa gggucacaau acuguugugc 1020
gcacaucgcg guagggcgug gaaaggggca ggccagagcu acccgcagag uucucagaau 1080
caugcugaga gagcuggagg cacccaugcc aucucaaccu cuuccccgcc cguuuuacaa 1140
agggggaggc uaaagcccag agacagcuug aucaaaggca cacagcaagu caggguugga 1200
gcaguagcug gagggaccuu gucucccagc ucagggcucu uuccuccaca ccauucaggu 1260
cuuucuuucc gaggccccug ucucagggug aggugcuuga gucuccaacg gcaagggaac 1320
aaguacuucu ugauaccugg gauacugugc ccagagccuc gaggagguaa ugaauuaaag 1380
aagagaacug ccuuuggcag aguucuauaa uguaaacaau aucagacuuu uuuuuuuuau 1440
aaucaagccu aaaauuguau agaccuaaaa uaaaaugaag uggugagcuu aacccuggaa 1500
aaugaauccc ucuaucucua aagaaaaucu cugugaaacc ccuacgugga ggcggaauug 1560
cucucccagc ccuugcauug cagaggggcc caugaaagag gacaggcuac cccuuuacaa 1620
auagaauuug agcaucagug agguuaaacu aaggcccucu ugaaucucug aauuugagau 1680
acaaacaugu uccugggauc acugaugacu uuuuauacuu uguaaagaca auuguuggag 1740
agccccucac acagcccugg ccuccgcuca acuagcagau acagggauga ggcagaccug 1800
acucucuuaa ggaggcugag agcccaaacu gcugucccaa acaugcacuu ccuugcuuaa 1860
gguaugguac aagcaaugcc ugcccauugg agagaaaaaa cuuaaguaga uaaggaaaua 1920
agaaccacuc auaauucuuc accuuaggaa uaaucuccug uuaauauggu guaca 1975
<210> 2
<211> 235
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 2
Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr
20 25 30
Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser
35 40 45
Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu Tyr Leu Ser Gln Asn Lys Pro Lys Ala
65 70 75 80
Ala Glu Gly Leu Asp Thr Gln Arg Phe Ser Gly Lys Arg Leu Gly Asp
85 90 95
Thr Phe Val Leu Thr Leu Ser Asp Phe Arg Arg Glu Asn Glu Gly Tyr
100 105 110
Tyr Phe Cys Ser Ala Leu Ser Asn Ser Ile Met Tyr Phe Ser His Phe
115 120 125
Val Pro Val Phe Leu Pro Ala Lys Pro Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg
130 135 140
Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg
145 150 155 160
Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly Gly Ala Val His Thr Arg Gly
165 170 175
Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr
180 185 190
Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val Ile Thr Leu Tyr Cys Asn His
195 200 205
Arg Asn Arg Arg Arg Val Cys Lys Cys Pro Arg Pro Val Val Lys Ser
210 215 220
Gly Asp Lys Pro Ser Leu Ser Ala Arg Tyr Val
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<211> 2061
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
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gcuuuuuaca caagucccua g 2061
<210> 4
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<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 4
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Ala Gly His Leu Pro Ser Ala Ala Pro Ser Pro Gln Lys Leu Asp Leu
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Asp Lys Ala Ser Lys Lys Phe Ser Gly Ser Leu Ser Cys Glu Ala Val
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Ser Gly Glu Pro Ala Ala Ala Ser Ala Gly Ala Pro Ala Ala Met Leu
65 70 75 80
Ser Asp Thr Asp Ala Gly Asp Ala Phe Ala Ser Ala Ala Ala Val Ala
85 90 95
Lys Pro Gly Pro Pro Asp Gly Arg Lys Gly Ser Pro Cys Gly Glu Glu
100 105 110
Glu Leu Pro Ser Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala
115 120 125
Ala Ala Thr Ala Arg Tyr Ser Met Asp Ser Leu Ser Ser Glu Arg Tyr
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Tyr Leu Gln Ser Pro Gly Pro Gln Gly Ser Glu Leu Ala Ala Pro Cys
145 150 155 160
Ser Leu Phe Pro Tyr Gln Ala Ala Ala Gly Ala Pro His Gly Pro Val
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Arg Phe Leu Arg Pro Asp Gly Thr Cys Thr Leu Cys Glu Asn Ala Leu
65 70 75 80
Gln Glu Gly Thr Leu Gln Arg Leu Pro Leu Ala Leu Thr Asn Trp Arg
85 90 95
Ala Gln Gly Ser Gly Cys Gln Arg His Val Thr Arg Ala Lys Val Ser
100 105 110
Ser Thr Glu Ala Val Ala Arg Asp Ala Ala Arg Ser Ile Arg Asn Asp
115 120 125
Trp Lys Val Gly Leu Asp Val Thr Pro Lys Pro Thr Ser Asn Val His
130 135 140
Val Ser Val Ala Gly Ser His Ser Gln Ala Ala Asn Phe Ala Ala Gln
145 150 155 160
Lys Thr His Gln Asp Gln Tyr Ser Phe Ser Thr Asp Thr Val Glu Cys
165 170 175
Arg Phe Tyr Ser Phe His Val Val His Thr Pro Pro Leu His Pro Asp
180 185 190
Phe Lys Arg Ala Leu Gly Asp Leu Pro His His Phe Asn Ala Ser Thr
195 200 205
Gln Pro Ala Tyr Leu Arg Leu Ile Ser Asn Tyr Gly Thr His Phe Ile
210 215 220
Arg Ala Val Glu Leu Gly Gly Arg Ile Ser Ala Leu Thr Ala Leu Arg
225 230 235 240
Thr Cys Glu Leu Ala Leu Glu Gly Leu Thr Asp Asn Glu Val Glu Asp
245 250 255
Cys Leu Thr Val Glu Ala Gln Val Asn Ile Gly Ile His Gly Ser Ile
260 265 270
Ser Ala Glu Ala Lys Ala Cys Glu Glu Lys Lys Lys Lys His Lys Met
275 280 285
Thr Ala Ser Phe His Gln Thr Tyr Arg Glu Arg His Ser Glu Val Val
290 295 300
Gly Gly His His Thr Ser Ile Asn Asp Leu Leu Phe Gly Ile Gln Ala
305 310 315 320
Gly Pro Glu Gln Tyr Ser Ala Trp Val Asn Ser Leu Pro Gly Ser Pro
325 330 335
Gly Leu Val Asp Tyr Thr Leu Glu Pro Leu His Val Leu Leu Asp Ser
340 345 350
Gln Asp Pro Arg Arg Glu Ala Leu Arg Arg Ala Leu Ser Gln Tyr Leu
355 360 365
Thr Asp Arg Ala Arg Trp Arg Asp Cys Ser Arg Pro Cys Pro Pro Gly
370 375 380
Arg Gln Lys Ser Pro Arg Asp Pro Cys Gln Cys Val Cys His Gly Ser
385 390 395 400
Ala Val Thr Thr Gln Asp Cys Cys Pro Arg Gln Arg Gly Leu Ala Gln
405 410 415
Leu Glu Val Thr Phe Ile Gln Ala Trp Gly Leu Trp Gly Asp Trp Phe
420 425 430
Thr Ala Thr Asp Ala Tyr Val Lys Leu Phe Phe Gly Gly Gln Glu Leu
435 440 445
Arg Thr Ser Thr Val Trp Asp Asn Asn Asn Pro Ile Trp Ser Val Arg
450 455 460
Leu Asp Phe Gly Asp Val Leu Leu Ala Thr Gly Gly Pro Leu Arg Leu
465 470 475 480
Gln Val Trp Asp Gln Asp Ser Gly Arg Asp Asp Asp Leu Leu Gly Thr
485 490 495
Cys Asp Gln Ala Pro Lys Ser Gly Ser His Glu Val Arg Cys Asn Leu
500 505 510
Asn His Gly His Leu Lys Phe Arg Tyr His Ala Arg Cys Leu Pro His
515 520 525
Leu Gly Gly Gly Thr Cys Leu Asp Tyr Val Pro Gln Met Leu Leu Gly
530 535 540
Glu Pro Pro Gly Asn Arg Ser Gly Ala Val Trp
545 550 555
<210> 7
<211> 1193
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 7
ugaagaucag cuauuagaag agaaagauca guuaaguccu uuggaccuga ucagcuugau 60
acaagaacua cugauuucaa cuucuuuggc uuaauucucu cggaaacgau gaaauauaca 120
aguuauaucu uggcuuuuca gcucugcauc guuuuggguu cucuuggcug uuacugccag 180
gacccauaug uaaaagaagc agaaaaccuu aagaaauauu uuaaugcagg ucauucagau 240
guagcggaua auggaacucu uuucuuaggc auuuugaaga auuggaaaga ggagagugac 300
agaaaaauaa ugcagagcca aauugucucc uuuuacuuca aacuuuuuaa aaacuuuaaa 360
gaugaccaga gcauccaaaa gaguguggag accaucaagg aagacaugaa ugucaaguuu 420
uucaauagca acaaaaagaa acgagaugac uucgaaaagc ugacuaauua uucgguaacu 480
gacuugaaug uccaacgcaa agcaauacau gaacucaucc aagugauggc ugaacugucg 540
ccagcagcua aaacagggaa gcgaaaaagg agucagaugc uguuucaagg ucgaagagca 600
ucccaguaau gguuguccug ccugcaauau uugaauuuua aaucuaaauc uauuuauuaa 660
uauuuaacau uauuuauaug gggaauauau uuuuagacuc aucaaucaaa uaaguauuua 720
uaauagcaac uuuuguguaa ugaaaaugaa uaucuauuaa uauauguauu auuuauaauu 780
ccuauauccu gugacugucu cacuuaaucc uuuguuuucu gacuaauuag gcaaggcuau 840
gugauuacaa ggcuuuaucu caggggccaa cuaggcagcc aaccuaagca agaucccaug 900
gguugugugu uuauuucacu ugaugauaca augaacacuu auaagugaag ugauacuauc 960
caguuacugc cgguuugaaa auaugccugc aaucugagcc agugcuuuaa uggcauguca 1020
gacagaacuu gaauguguca ggugacccug augaaaacau agcaucucag gagauuucau 1080
gccuggugcu uccaaauauu guugacaacu gugacuguac ccaaauggaa aguaacucau 1140
uuguuaaaau uaucaauauc uaauauauau gaauaaagug uaaguucaca acu 1193
<210> 8
<211> 166
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 8
Met Lys Tyr Thr Ser Tyr Ile Leu Ala Phe Gln Leu Cys Ile Val Leu
1 5 10 15
Gly Ser Leu Gly Cys Tyr Cys Gln Asp Pro Tyr Val Lys Glu Ala Glu
20 25 30
Asn Leu Lys Lys Tyr Phe Asn Ala Gly His Ser Asp Val Ala Asp Asn
35 40 45
Gly Thr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Lys Asn Trp Lys Glu Glu Ser Asp
50 55 60
Arg Lys Ile Met Gln Ser Gln Ile Val Ser Phe Tyr Phe Lys Leu Phe
65 70 75 80
Lys Asn Phe Lys Asp Asp Gln Ser Ile Gln Lys Ser Val Glu Thr Ile
85 90 95
Lys Glu Asp Met Asn Val Lys Phe Phe Asn Ser Asn Lys Lys Lys Arg
100 105 110
Asp Asp Phe Glu Lys Leu Thr Asn Tyr Ser Val Thr Asp Leu Asn Val
115 120 125
Gln Arg Lys Ala Ile His Glu Leu Ile Gln Val Met Ala Glu Leu Ser
130 135 140
Pro Ala Ala Lys Thr Gly Lys Arg Lys Arg Ser Gln Met Leu Phe Arg
145 150 155 160
Gly Arg Arg Ala Ser Gln
165
<210> 9
<211> 5830
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 9
acugaguccc gggaccccgg gagagcgguc aguguguggu cgcugcguuu ccucugccug 60
cgccgggcau cacuugcgcg ccgcagaaag uccgucuggc agccuggaua uccucuccua 120
ccggcacccg cagacgcccc ugcagccgcc ggucggcgcc cgggcucccu agcccugugc 180
gcucaacugu ccugcgcugc ggggugccgc gaguuccacc uccgcgccuc cuucucuaga 240
caggcgcugg gagaaagaac cggcucccga guucugggca uuucgcccgg cucgaggugc 300
aggaugcaga gcaaggugcu gcuggccguc gcccuguggc ucugcgugga gacccgggcc 360
gccucugugg guuugccuag uguuucucuu gaucugccca ggcucagcau acaaaaagac 420
auacuuacaa uuaaggcuaa uacaacucuu caaauuacuu gcaggggaca gagggacuug 480
gacuggcuuu ggcccaauaa ucagaguggc agugagcaaa ggguggaggu gacugagugc 540
agcgauggcc ucuucuguaa gacacucaca auuccaaaag ugaucggaaa ugacacugga 600
gccuacaagu gcuucuaccg ggaaacugac uuggccucgg ucauuuaugu cuauguucaa 660
gauuacagau cuccauuuau ugcuucuguu agugaccaac auggagucgu guacauuacu 720
gagaacaaaa acaaaacugu ggugauucca ugucucgggu ccauuucaaa ucucaacgug 780
ucacuuugug caagauaccc agaaaagaga uuuguuccug augguaacag aauuuccugg 840
gacagcaaga agggcuuuac uauucccagc uacaugauca gcuaugcugg cauggucuuc 900
ugugaagcaa aaauuaauga ugaaaguuac cagucuauua uguacauagu ugucguugua 960
ggguauagga uuuaugaugu gguucugagu ccgucucaug gaauugaacu aucuguugga 1020
gaaaagcuug ucuuaaauug uacagcaaga acugaacuaa auguggggau ugacuucaac 1080
ugggaauacc cuucuucgaa gcaucagcau aagaaacuug uaaaccgaga ccuaaaaacc 1140
cagucuggga gugagaugaa gaaauuuuug agcaccuuaa cuauagaugg uguaacccgg 1200
agugaccaag gauuguacac cugugcagca uccagugggc ugaugaccaa gaagaacagc 1260
acauuuguca ggguccauga aaaaccuuuu guugcuuuug gaaguggcau ggaaucucug 1320
guggaagcca cgguggggga gcgugucaga aucccugcga aguaccuugg uuacccaccc 1380
ccagaaauaa aaugguauaa aaauggaaua ccccuugagu ccaaucacac aauuaaagcg 1440
gggcauguac ugacgauuau ggaagugagu gaaagagaca caggaaauua cacugucauc 1500
cuuaccaauc ccauuucaaa ggagaagcag agccaugugg ucucucuggu uguguauguc 1560
ccaccccaga uuggugagaa aucucuaauc ucuccugugg auuccuacca guacggcacc 1620
acucaaacgc ugacauguac ggucuaugcc auuccucccc cgcaucacau ccacugguau 1680
uggcaguugg aggaagagug cgccaacgag cccagccaag cugucucagu gacaaaccca 1740
uacccuugug aagaauggag aaguguggag gacuuccagg gaggaaauaa aauugaaguu 1800
aauaaaaauc aauuugcucu aauugaagga aaaaacaaaa cuguaaguac ccuuguuauc 1860
caagcggcaa augugucagc uuuguacaaa ugugaagcgg ucaacaaagu cgggagagga 1920
gagaggguga ucuccuucca cgugaccagg gguccugaaa uuacuuugca accugacaug 1980
cagcccacug agcaggagag cgugucuuug uggugcacug cagacagauc uacguuugag 2040
aaccucacau gguacaagcu uggcccacag ccucugccaa uccauguggg agaguugccc 2100
acaccuguuu gcaagaacuu ggauacucuu uggaaauuga augccaccau guucucuaau 2160
agcacaaaug acauuuugau cauggagcuu aagaaugcau ccuugcagga ccaaggagac 2220
uaugucugcc uugcucaaga caggaagacc aagaaaagac auugcguggu caggcagcuc 2280
acaguccuag agcguguggc acccacgauc acaggaaacc uggagaauca gacgacaagu 2340
auuggggaaa gcaucgaagu cucaugcacg gcaucuggga aucccccucc acagaucaug 2400
ugguuuaaag auaaugagac ccuuguagaa gacucaggca uuguauugaa ggaugggaac 2460
cggaaccuca cuauccgcag agugaggaag gaggacgaag gccucuacac cugccaggca 2520
ugcaguguuc uuggcugugc aaaaguggag gcauuuuuca uaauagaagg ugcccaggaa 2580
aagacgaacu uggaaaucau uauucuagua ggcacggcgg ugauugccau guucuucugg 2640
cuacuucuug ucaucauccu acggaccguu aagcgggcca auggagggga acugaagaca 2700
ggcuacuugu ccaucgucau ggauccagau gaacucccau uggaugaaca uugugaacga 2760
cugccuuaug augccagcaa augggaauuc cccagagacc ggcugaagcu agguaagccu 2820
cuuggccgug gugccuuugg ccaagugauu gaagcagaug ccuuuggaau ugacaagaca 2880
gcaacuugca ggacaguagc agucaaaaug uugaaagaag gagcaacaca cagugagcau 2940
cgagcucuca ugucugaacu caagauccuc auucauauug gucaccaucu caaugugguc 3000
aaccuucuag gugccuguac caagccagga gggccacuca uggugauugu ggaauucugc 3060
aaauuuggaa accuguccac uuaccugagg agcaagagaa augaauuugu ccccuacaag 3120
accaaagggg cacgauuccg ucaagggaaa gacuacguug gagcaauccc uguggaucug 3180
aaacggcgcu uggacagcau caccaguagc cagagcucag ccagcucugg auuuguggag 3240
gagaaguccc ucagugaugu agaagaagag gaagcuccug aagaucugua uaaggacuuc 3300
cugaccuugg agcaucucau cuguuacagc uuccaagugg cuaagggcau ggaguucuug 3360
gcaucgcgaa aguguaucca cagggaccug gcggcacgaa auauccucuu aucggagaag 3420
aacgugguua aaaucuguga cuuuggcuug gcccgggaua uuuauaaaga uccagauuau 3480
gucagaaaag gagaugcucg ccucccuuug aaauggaugg ccccagaaac aauuuuugac 3540
agaguguaca caauccagag ugacgucugg ucuuuuggug uuuugcugug ggaaauauuu 3600
uccuuaggug cuucuccaua uccuggggua aagauugaug aagaauuuug uaggcgauug 3660
aaagaaggaa cuagaaugag ggccccugau uauacuacac cagaaaugua ccagaccaug 3720
cuggacugcu ggcacgggga gcccagucag agacccacgu uuucagaguu gguggaacau 3780
uugggaaauc ucuugcaagc uaaugcucag caggauggca aagacuacau uguucuuccg 3840
auaucagaga cuuugagcau ggaagaggau ucuggacucu cucugccuac cucaccuguu 3900
uccuguaugg aggaggagga aguaugugac cccaaauucc auuaugacaa cacagcagga 3960
aucagucagu aucugcagaa caguaagcga aagagccggc cugugagugu aaaaacauuu 4020
gaagauaucc cguuagaaga accagaagua aaaguaaucc cagaugacaa ccagacggac 4080
agugguaugg uucuugccuc agaagagcug aaaacuuugg aagacagaac caaauuaucu 4140
ccaucuuuug guggaauggu gcccagcaaa agcagggagu cuguggcauc ugaaggcuca 4200
aaccagacaa gcggcuacca guccggauau cacuccgaug acacagacac caccguguac 4260
uccagugagg aagcagaacu uuuaaagcug auagagauug gagugcaaac cgguagcaca 4320
gcccagauuc uccagccuga cucggggacc acacugagcu cuccuccugu uuaaaaggaa 4380
gcauccacac cccaacuccc ggacaucaca ugagaggucu gcucagauuu ugaaguguug 4440
uucuuuccac cagcaggaag uagccgcauu ugauuuucau uucgacaaca gaaaaaggac 4500
cucggacugc agggagccag ucuucuaggc auauccugga agaggcuugu gacccaagaa 4560
ugugucugug ucuucuccca guguugaccu gauccucuuu uuucauucau uuaaaaagca 4620
uuaucaugcc ccugcugcgg gucucaccau ggguuuagaa caaagagcuu caagcaaugg 4680
ccccauccuc aaagaaguag caguaccugg ggagcugaca cuucuguaaa acuagaagau 4740
aaaccaggca acguaagugu ucgagguguu gaagauggga aggauuugca gggcugaguc 4800
uauccaagag gcuuuguuua ggacgugggu cccaagccaa gccuuaagug uggaauucgg 4860
auugauagaa aggaagacua acguuaccuu gcuuuggaga guacuggagc cugcaaaugc 4920
auuguguuug cucuggugga ggugggcaug gggucuguuc ugaaauguaa aggguucaga 4980
cgggguuucu gguuuuagaa gguugcgugu ucuucgaguu gggcuaaagu agaguucguu 5040
gugcuguuuc ugacuccuaa ugagaguucc uuccagaccg uuagcugucu ccuugccaag 5100
ccccaggaag aaaaugaugc agcucuggcu ccuugucucc caggcugauc cuuuauucag 5160
aauaccacaa agaaaggaca uucagcucaa ggcucccugc cguguugaag aguucugacu 5220
gcacaaacca gcuucugguu ucuucuggaa ugaauacccu cauaucuguc cugaugugau 5280
augucugaga cugaaugcgg gagguucaau gugaagcugu gugugguguc aaaguuucag 5340
gaaggauuuu acccuuuugu ucuucccccu guccccaacc cacucucacc ccgcaaccca 5400
ucaguauuuu aguuauuugg ccucuacucc aguaaaccug auuggguuug uucacucucu 5460
gaaugauuau uagccagacu ucaaaauuau uuuauagccc aaauuauaac aucuauugua 5520
uuauuuagac uuuuaacaua uagagcuauu ucuacugauu uuugcccuug uucuguccuu 5580
uuuuucaaaa aagaaaaugu guuuuuuguu ugguaccaua gugugaaaug cugggaacaa 5640
ugacuauaag acaugcuaug gcacauauau uuauagucug uuuauguaga aacaaaugua 5700
auauauuaaa gccuuauaua uaaugaacuu uguacuauuc acauuuugua ucaguauuau 5760
guagcauaac aaaggucaua augcuuucag caauugaugu cauuuuauua aagaacauug 5820
aaaaacuuga 5830
<210> 10
<211> 1356
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 10
Met Gln Ser Lys Val Leu Leu Ala Val Ala Leu Trp Leu Cys Val Glu
1 5 10 15
Thr Arg Ala Ala Ser Val Gly Leu Pro Ser Val Ser Leu Asp Leu Pro
20 25 30
Arg Leu Ser Ile Gln Lys Asp Ile Leu Thr Ile Lys Ala Asn Thr Thr
35 40 45
Leu Gln Ile Thr Cys Arg Gly Gln Arg Asp Leu Asp Trp Leu Trp Pro
50 55 60
Asn Asn Gln Ser Gly Ser Glu Gln Arg Val Glu Val Thr Glu Cys Ser
65 70 75 80
Asp Gly Leu Phe Cys Lys Thr Leu Thr Ile Pro Lys Val Ile Gly Asn
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Asp Thr Gly Ala Tyr Lys Cys Phe Tyr Arg Glu Thr Asp Leu Ala Ser
100 105 110
Val Ile Tyr Val Tyr Val Gln Asp Tyr Arg Ser Pro Phe Ile Ala Ser
115 120 125
Val Ser Asp Gln His Gly Val Val Tyr Ile Thr Glu Asn Lys Asn Lys
130 135 140
Thr Val Val Ile Pro Cys Leu Gly Ser Ile Ser Asn Leu Asn Val Ser
145 150 155 160
Leu Cys Ala Arg Tyr Pro Glu Lys Arg Phe Val Pro Asp Gly Asn Arg
165 170 175
Ile Ser Trp Asp Ser Lys Lys Gly Phe Thr Ile Pro Ser Tyr Met Ile
180 185 190
Ser Tyr Ala Gly Met Val Phe Cys Glu Ala Lys Ile Asn Asp Glu Ser
195 200 205
Tyr Gln Ser Ile Met Tyr Ile Val Val Val Val Gly Tyr Arg Ile Tyr
210 215 220
Asp Val Val Leu Ser Pro Ser His Gly Ile Glu Leu Ser Val Gly Glu
225 230 235 240
Lys Leu Val Leu Asn Cys Thr Ala Arg Thr Glu Leu Asn Val Gly Ile
245 250 255
Asp Phe Asn Trp Glu Tyr Pro Ser Ser Lys His Gln His Lys Lys Leu
260 265 270
Val Asn Arg Asp Leu Lys Thr Gln Ser Gly Ser Glu Met Lys Lys Phe
275 280 285
Leu Ser Thr Leu Thr Ile Asp Gly Val Thr Arg Ser Asp Gln Gly Leu
290 295 300
Tyr Thr Cys Ala Ala Ser Ser Gly Leu Met Thr Lys Lys Asn Ser Thr
305 310 315 320
Phe Val Arg Val His Glu Lys Pro Phe Val Ala Phe Gly Ser Gly Met
325 330 335
Glu Ser Leu Val Glu Ala Thr Val Gly Glu Arg Val Arg Ile Pro Ala
340 345 350
Lys Tyr Leu Gly Tyr Pro Pro Pro Glu Ile Lys Trp Tyr Lys Asn Gly
355 360 365
Ile Pro Leu Glu Ser Asn His Thr Ile Lys Ala Gly His Val Leu Thr
370 375 380
Ile Met Glu Val Ser Glu Arg Asp Thr Gly Asn Tyr Thr Val Ile Leu
385 390 395 400
Thr Asn Pro Ile Ser Lys Glu Lys Gln Ser His Val Val Ser Leu Val
405 410 415
Val Tyr Val Pro Pro Gln Ile Gly Glu Lys Ser Leu Ile Ser Pro Val
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Asp Ser Tyr Gln Tyr Gly Thr Thr Gln Thr Leu Thr Cys Thr Val Tyr
435 440 445
Ala Ile Pro Pro Pro His His Ile His Trp Tyr Trp Gln Leu Glu Glu
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Ile Glu Val Asn Lys Asn Gln Phe Ala Leu Ile Glu Gly Lys Asn Lys
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Thr Val Ser Thr Leu Val Ile Gln Ala Ala Asn Val Ser Ala Leu Tyr
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Lys Cys Glu Ala Val Asn Lys Val Gly Arg Gly Glu Arg Val Ile Ser
530 535 540
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595 600 605
Leu Trp Lys Leu Asn Ala Thr Met Phe Ser Asn Ser Thr Asn Asp Ile
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Leu Ile Met Glu Leu Lys Asn Ala Ser Leu Gln Asp Gln Gly Asp Tyr
625 630 635 640
Val Cys Leu Ala Gln Asp Arg Lys Thr Lys Lys Arg His Cys Val Val
645 650 655
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Leu Glu Asn Gln Thr Thr Ser Ile Gly Glu Ser Ile Glu Val Ser Cys
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945 950 955 960
Arg Arg Leu Asp Ser Ile Thr Ser Ser Gln Ser Ser Ala Ser Ser Gly
965 970 975
Phe Val Glu Glu Lys Ser Leu Ser Asp Val Glu Glu Glu Glu Ala Pro
980 985 990
Glu Asp Leu Tyr Lys Asp Phe Leu Thr Leu Glu His Leu Ile Cys Tyr
995 1000 1005
Ser Phe Gln Val Ala Lys Gly Met Glu Phe Leu Ala Ser Arg Lys
1010 1015 1020
Cys Ile His Arg Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile Leu Leu Ser Glu
1025 1030 1035
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1085 1090 1095
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1100 1105 1110
Glu Phe Cys Arg Arg Leu Lys Glu Gly Thr Arg Met Arg Ala Pro
1115 1120 1125
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1130 1135 1140
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1145 1150 1155
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1160 1165 1170
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1175 1180 1185
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1190 1195 1200
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1205 1210 1215
Gly Ile Ser Gln Tyr Leu Gln Asn Ser Lys Arg Lys Ser Arg Pro
1220 1225 1230
Val Ser Val Lys Thr Phe Glu Asp Ile Pro Leu Glu Glu Pro Glu
1235 1240 1245
Val Lys Val Ile Pro Asp Asp Asn Gln Thr Asp Ser Gly Met Val
1250 1255 1260
Leu Ala Ser Glu Glu Leu Lys Thr Leu Glu Asp Arg Thr Lys Leu
1265 1270 1275
Ser Pro Ser Phe Gly Gly Met Val Pro Ser Lys Ser Arg Glu Ser
1280 1285 1290
Val Ala Ser Glu Gly Ser Asn Gln Thr Ser Gly Tyr Gln Ser Gly
1295 1300 1305
Tyr His Ser Asp Asp Thr Asp Thr Thr Val Tyr Ser Ser Glu Glu
1310 1315 1320
Ala Glu Leu Leu Lys Leu Ile Glu Ile Gly Val Gln Thr Gly Ser
1325 1330 1335
Thr Ala Gln Ile Leu Gln Pro Asp Ser Gly Thr Thr Leu Ser Ser
1340 1345 1350
Pro Pro Val
1355
<210> 11
<211> 2089
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 11
aguuuggacg gcugcuuccc accagcaaag accacgacug gagagccgag ccggaggcag 60
cugggaaaca ugaagagcgu cuugcugcug accacgcucc ucgugccugc acaccuggug 120
gccgccugga gcaauaauua ugcgguggac ugcccucaac acugugacag cagugagugc 180
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gcugcagggc ggggagaaac uugcuaccgc acagucucag gcauggaugg caugaagugu 300
ggcccggggc ugagguguca gccuucuaau ggggaggauc cuuuugguga agaguuuggu 360
aucugcaaag acugucccua cggcaccuuc gggauggauu gcagagagac cugcaacugc 420
cagucaggca ucugugacag ggggacggga aaaugccuga aauuccccuu cuuccaauau 480
ucaguaacca agucuuccaa cagauuuguu ucucucacgg agcaugacau ggcaucugga 540
gauggcaaua uugugagaga agaaguugug aaagagaaug cugccggguc ucccguaaug 600
aggaaauggu uaaauccacg cugaucccgg cugugauuuc ugagagaagg cucuauuuuc 660
gugauuguuc aacacacagc caacauuuua ggaacuuucu agauuauagc auaaggacau 720
guaauuuuug aagaccaaau gugaugcaug guggauccag aaaacaaaaa guaggauacu 780
uacaauccau aacauccaua ugacugaaca cuuguaugug uuuguuaaau auucgaaugc 840
auguagauuu guuaaaugug uguguauagu aacacugaag aacuaaaaau gcaauuuagg 900
uaaucuuacg uggagacagg ucaaccaaag agggagcuag gcaaagcuga agaccgcagu 960
gagucaaauu aguucuuuga cuuugaugua cauuaauguu gggauaugga augaagacuu 1020
aagagcagga gaagaugggg aggggguggg agugggaaau aaaauauuua gcccuuccuu 1080
gguagguagc uucucuagaa uuuaauugug cuuuuuuuuu uuuuuuuggc uuugggaaaa 1140
gucaaaauaa aacaaccaga aaaccccuga aggaaguaag auguuugaag cuuauggaaa 1200
uuugaguaac aaacagcuuu gaacugagag caauuucaaa aggcugcuga uguaguuccc 1260
ggguuaccug uaucugaagg acgguucugg ggcauaggaa acacauacac uuccauaaau 1320
agcuuuaacg uaugccaccu cagagauaaa ucuaagaagu auuuuaccca cuggugguuu 1380
guguguguau gaagguaaau auuuauauau uuuuauaaau aaauguguua gugcaaguca 1440
ucuucccuac ccauauuuau cauccucuug aggaaagaaa ucuaguauua uuuguugaaa 1500
augguuagaa uaaaacuaug acucuauaag guuuucaaac aucugaggca ugauaaauuu 1560
auuauccaua auuauaguaa uaauaaccuu aauaagcaua agaaaaacag agucacucug 1620
gauuucaaaa augucaaaaa augagcaaca gaggguccuu auuuaaacau aagugcugug 1680
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aggacuguug uacuagaugu ucuuaggaaa uaucucagaa guauuuuauu ugaagugaag 1920
aacuuauuua agaauuauuu caguauuuac cuguauuuua uucuugaagu uggccaacag 1980
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<210> 12
<211> 184
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 12
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Val Ala Ala Trp Ser Asn Asn Tyr Ala Val Asp Cys Pro Gln His Cys
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Asp Ser Ser Glu Cys Lys Ser Ser Pro Arg Cys Lys Arg Thr Val Leu
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Asp Asp Cys Gly Cys Cys Arg Val Cys Ala Ala Gly Arg Gly Glu Thr
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Leu Arg Cys Gln Pro Ser Asn Gly Glu Asp Pro Phe Gly Glu Glu Phe
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100 105 110
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<210> 13
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<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 13
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acugugauug ugaacaacaa agagaaaacc acugcagagu accagguguu gguggaagga 600
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accgccugug aaauaccaac cugaagacac cguucauuca ggcaacgcac aaaacagaaa 3060
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<210> 14
<211> 738
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 14
Met Gln Pro Arg Trp Ala Gln Gly Ala Thr Met Trp Leu Gly Val Leu
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<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 15
guucguugca acaaauugau gagcaaugcu uuuuuauaau gccaacuuug uacaaaaaag 60
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ugcuacugag cgcucagggc ggacccgugc aguccaaguc gccgcgcuuu gcguccuggg 180
acgagaugaa uguccuggcg cacggacucc ugcagcucgg ccaggggcug cgcgaacacg 240
cggagcgcac ccgcagucag cugagcgcgc uggagcggcg ccugagcgcg ugcggguccg 300
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cugagguccu ucacagccug cagacacaac ucaaggcuca gaacagcagg auccagcaac 420
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guggacuauu ugaaauccag ccucaggggu cuccgccauu uuuggugaac ugcaagauga 720
ccucagaugg aggcuggaca guaauucaga ggcgccacga uggcucagug gacuucaacc 780
ggcccuggga agccuacaag gcgggguuug gggaucccca cggcgaguuc uggcuggguc 840
uggagaaggu gcauagcauc acgggggacc gcaacagccg ccuggccgug cagcugcggg 900
acugggaugg caacgccgag uugcugcagu ucuccgugca ccuggguggc gaggacacgg 960
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ccagcggccu cuccguaccc uucuccacuu gggaccagga ucacgaccuc cgcagggaca 1080
agaacugcgc caagagccuc ucuggaggcu ggugguuugg caccugcagc cauuccaacc 1140
ucaacagcca guacuuccgc uccaucccac agcagcggca gaagcuuaag aagggaaucu 1200
ucuggaagac cuggcggggc cgcuacuacc cacugcaggc caccaccaug uugauccagc 1260
ccauggcagc agaggcagcc uccuacccaa cuuucuugua caaaguuggc auuauaagaa 1320
agcauugcuu aucaauuugu ugcaacgaac 1350
<210> 16
<211> 406
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 16
Met Ser Gly Ala Pro Thr Ala Gly Ala Ala Leu Met Leu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Thr Ala Val Leu Leu Ser Ala Gln Gly Gly Pro Val Gln Ser Lys Ser
20 25 30
Pro Arg Phe Ala Ser Trp Asp Glu Met Asn Val Leu Ala His Gly Leu
35 40 45
Leu Gln Leu Gly Gln Gly Leu Arg Glu His Ala Glu Arg Thr Arg Ser
50 55 60
Gln Leu Ser Ala Leu Glu Arg Arg Leu Ser Ala Cys Gly Ser Ala Cys
65 70 75 80
Gln Gly Thr Glu Gly Ser Thr Asp Leu Pro Leu Ala Pro Glu Ser Arg
85 90 95
Val Asp Pro Glu Val Leu His Ser Leu Gln Thr Gln Leu Lys Ala Gln
100 105 110
Asn Ser Arg Ile Gln Gln Leu Phe His Lys Val Ala Gln Gln Gln Arg
115 120 125
His Leu Glu Lys Gln His Leu Arg Ile Gln His Leu Gln Ser Gln Phe
130 135 140
Gly Leu Leu Asp His Lys His Leu Asp His Glu Val Ala Lys Pro Ala
145 150 155 160
Arg Arg Lys Arg Leu Pro Glu Met Ala Gln Pro Val Asp Pro Ala His
165 170 175
Asn Val Ser Arg Leu His Arg Leu Pro Arg Asp Cys Gln Glu Leu Phe
180 185 190
Gln Val Gly Glu Arg Gln Ser Gly Leu Phe Glu Ile Gln Pro Gln Gly
195 200 205
Ser Pro Pro Phe Leu Val Asn Cys Lys Met Thr Ser Asp Gly Gly Trp
210 215 220
Thr Val Ile Gln Arg Arg His Asp Gly Ser Val Asp Phe Asn Arg Pro
225 230 235 240
Trp Glu Ala Tyr Lys Ala Gly Phe Gly Asp Pro His Gly Glu Phe Trp
245 250 255
Leu Gly Leu Glu Lys Val His Ser Ile Thr Gly Asp Arg Asn Ser Arg
260 265 270
Leu Ala Val Gln Leu Arg Asp Trp Asp Gly Asn Ala Glu Leu Leu Gln
275 280 285
Phe Ser Val His Leu Gly Gly Glu Asp Thr Ala Tyr Ser Leu Gln Leu
290 295 300
Thr Ala Pro Val Ala Gly Gln Leu Gly Ala Thr Thr Val Pro Pro Ser
305 310 315 320
Gly Leu Ser Val Pro Phe Ser Thr Trp Asp Gln Asp His Asp Leu Arg
325 330 335
Arg Asp Lys Asn Cys Ala Lys Ser Leu Ser Gly Gly Trp Trp Phe Gly
340 345 350
Thr Cys Ser His Ser Asn Leu Asn Gly Gln Tyr Phe Arg Ser Ile Pro
355 360 365
Gln Gln Arg Gln Lys Leu Lys Lys Gly Ile Phe Trp Lys Thr Trp Arg
370 375 380
Gly Arg Tyr Tyr Pro Leu Gln Ala Thr Thr Met Leu Ile Gln Pro Met
385 390 395 400
Ala Ala Glu Ala Ala Ser
405
<210> 17
<211> 2615
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 17
ccuuuuuugg ccucgacggc ggcaacccag ccucccuccu aacgcccucc gccuuuggga 60
ccaaccaggg gagcucaagu uaguagcagc caaggagagg cgcugccuug ccaagacuaa 120
aaagggaggg gagaagagag gaaaaaagca agaauccccc accccucucc cgggcggagg 180
gggcgggaag agcgcguccu ggccaagccg aguagugucu uccacucggu gcgucucucu 240
aggagccgcg cgggaaggau gcugguccgc aggggcgcgc gcgagggccc aggaugccgc 300
ggggcuggac cgcgcuuugc uugcugaguu ugcugccuuc uggguucaug agucuugaca 360
acaacgguac ugcuacccca gaguuaccua cccagggaac auuuucaaau guuucuacaa 420
auguauccua ccaagaaacu acaacaccua guacccuugg aaguaccagc cugcacccug 480
ugucucaaca uggcaaugag gccacaacaa acaucacaga aacgacaguc aaauucacau 540
cuaccucugu gauaaccuca guuuauggaa acacaaacuc uucuguccag ucacagaccu 600
cuguaaucag cacaguguuc accaccccag ccaacguuuc aacuccagag acaaccuuga 660
agccuagccu gucaccugga aauguuucag accuuucaac cacuagcacu agccuugcaa 720
caucucccac uaaacccuau acaucaucuu cuccuauccu aagugacauc aaggcagaaa 780
ucaaauguuc aggcaucaga gaagugaaau ugacucaggg caucugccug gagcaaaaua 840
agaccuccag cugugcggag uuuaagaagg acaggggaga gggccuggcc cgagugcugu 900
guggggagga gcaggcugau gcugaugcug gggcccaggu augcucccug cuccuugccc 960
agucugaggu gaggccucag ugucuacugc uggucuuggc caacagaaca gaaauuucca 1020
gcaaacucca acuuaugaaa aagcaccaau cugaccugaa aaagcugggg auccuagauu 1080
ucacugagca agauguugca agccaccaga gcuauuccca aaagacccug auugcacugg 1140
ucaccucggg agcccugcug gcugucuugg gcaucacugg cuauuuccug augaaucgcc 1200
gcagcuggag ccccacagga gaaaggcugg gcgaagaccc uuauuacacg gaaaacggug 1260
gaggccaggg cuauagcuca ggaccuggga ccuccccuga ggcucaggga aaggccagug 1320
ugaaccgagg ggcucagaaa aacgggaccg gccaggccac cuccagaaac ggccauucag 1380
caagacaaca cgugguggcu gauaccgaau ugugacucgg cuaggugggg caaggcuggg 1440
caguguccga gagagcaccc cucucugcau cugaccacgu gcuaccccca ugcuggaggu 1500
gacaucucuu acgcccaacc cuuccccacu gcacacaccu cagaggcugu ucuuggggcc 1560
cuacaccuug aggagggggc agguaaacuc cuguccuuua cacauucggc ucccuggagc 1620
cagacucugg ucuucuuugg guaaacgugu gacgggggaa agccaagguc uggagaagcu 1680
cccaggaaca aucgauggcc uugcagcacu cacacaggac ccccuucccc uacccccucc 1740
ucucugccgc aauacaggaa cccccagggg aaagaugagc uuuucuaggc uacaauuuuc 1800
ucccaggaag cuuugauuuu uaccguuucu ucccuguauu uucuuucucu acuuugagga 1860
aaccaaagua accuuuugca ccugcucucu uguaaugaua uagccagaaa aacguguugc 1920
cuugaaccac uucccucauc ucuccuccaa gacacugugg acuuggucac cagcuccucc 1980
cuuguucucu aaguuccacu gagcuccaug ugcccccucu accauuugca gaguccugca 2040
caguuuucug gcuggagccu agaacaggcc ucccaaguuu uaggacaaac agcucaguuc 2100
uagucucucu ggggccacac agaaacucuu uuugggcucc uuuuucuccc ucuggaucaa 2160
aguaggcagg accaugggac caggucuugg agcugagccu cucaccugua cucuuccgaa 2220
aaauccucuu ccucugaggc uggauccuag ccuuauccuc ugaucuccau ggcuuccucc 2280
ucccuccugc cgacuccugg guugagcugu ugccucaguc ccccaacaga ugcuuuucug 2340
ucucugccuc ccucacccug agccccuucc uugcucugca cccccauaug gucauagccc 2400
agaucagcuc cuaacccuua ucaccagcug ccucuucugu gggugaccca gguccuuguu 2460
ugcuguugau uucuuuccag agggguugag cagggauccu gguuucaaug acgguuggaa 2520
auagaaauuu ccagagaaga gaguauuggg uagauauuuu uucugaauac aaagugaugu 2580
guuuaaauac ugcaauuaaa gugauacuga aacac 2615
<210> 18
<211> 385
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 18
Met Leu Val Arg Arg Gly Ala Arg Ala Gly Pro Arg Met Pro Arg Gly
1 5 10 15
Trp Thr Ala Leu Cys Leu Leu Ser Leu Leu Pro Ser Gly Phe Met Ser
20 25 30
Leu Asp Asn Asn Gly Thr Ala Thr Pro Glu Leu Pro Thr Gln Gly Thr
35 40 45
Phe Ser Asn Val Ser Thr Asn Val Ser Tyr Gln Glu Thr Thr Thr Pro
50 55 60
Ser Thr Leu Gly Ser Thr Ser Leu His Pro Val Ser Gln His Gly Asn
65 70 75 80
Glu Ala Thr Thr Asn Ile Thr Glu Thr Thr Val Lys Phe Thr Ser Thr
85 90 95
Ser Val Ile Thr Ser Val Tyr Gly Asn Thr Asn Ser Ser Val Gln Ser
100 105 110
Gln Thr Ser Val Ile Ser Thr Val Phe Thr Thr Pro Ala Asn Val Ser
115 120 125
Thr Pro Glu Thr Thr Leu Lys Pro Ser Leu Ser Pro Gly Asn Val Ser
130 135 140
Asp Leu Ser Thr Thr Ser Thr Ser Leu Ala Thr Ser Pro Thr Lys Pro
145 150 155 160
Tyr Thr Ser Ser Ser Pro Ile Leu Ser Asp Ile Lys Ala Glu Ile Lys
165 170 175
Cys Ser Gly Ile Arg Glu Val Lys Leu Thr Gln Gly Ile Cys Leu Glu
180 185 190
Gln Asn Lys Thr Ser Ser Cys Ala Glu Phe Lys Lys Asp Arg Gly Glu
195 200 205
Gly Leu Ala Arg Val Leu Cys Gly Glu Glu Gln Ala Asp Ala Asp Ala
210 215 220
Gly Ala Gln Val Cys Ser Leu Leu Leu Ala Gln Ser Glu Val Arg Pro
225 230 235 240
Gln Cys Leu Leu Leu Val Leu Ala Asn Arg Thr Glu Ile Ser Ser Lys
245 250 255
Leu Gln Leu Met Lys Lys His Gln Ser Asp Leu Lys Lys Leu Gly Ile
260 265 270
Leu Asp Phe Thr Glu Gln Asp Val Ala Ser His Gln Ser Tyr Ser Gln
275 280 285
Lys Thr Leu Ile Ala Leu Val Thr Ser Gly Ala Leu Leu Ala Val Leu
290 295 300
Gly Ile Thr Gly Tyr Phe Leu Met Asn Arg Arg Ser Trp Ser Pro Thr
305 310 315 320
Gly Glu Arg Leu Gly Glu Asp Pro Tyr Tyr Thr Glu Asn Gly Gly Gly
325 330 335
Gln Gly Tyr Ser Ser Gly Pro Gly Thr Ser Pro Glu Ala Gln Gly Lys
340 345 350
Ala Ser Val Asn Arg Gly Ala Gln Glu Asn Gly Thr Gly Gln Ala Thr
355 360 365
Ser Arg Asn Gly His Ser Ala Arg Gln His Val Val Ala Asp Thr Glu
370 375 380
Leu
385
<210> 19
<211> 1197
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 19
gucucaauau uagagucuca acccccaaua aauauaggac uggagauguc ugaggcucau 60
ucugcccucg agcccaccgg gaacgaaaga gaagcucuau cuccccucca ggagcccagc 120
uaugaacucc uucuccacaa gcgccuucgg uccaguugcc uucucccugg ggcugcuccu 180
gguguugccu gcugccuucc cugccccagu acccccagga gaagauucca aagauguagc 240
cgccccacac agacagccac ucaccucuuc agaacgaauu gacaaacaaa uucgguacau 300
ccucgacggc aucucagccc ugagaaagga gacauguaac aagaguaaca ugugugaaag 360
cagcaaagag gcacuggcag aaaacaaccu gaaccuucca aagauggcug aaaaagaugg 420
augcuuccaa ucuggauuca augaggagac uugccuggug aaaaucauca cuggucuuuu 480
ggaguuugag guauaccuag aguaccucca gaacagauuu gagaguagug aggaacaagc 540
cagagcugug cagaugagua caaaaguccu gauccaguuc cugcagaaaa aggcaaagaa 600
ucuagaugca auaaccaccc cugacccaac cacaaaugcc agccugcuga cgaagcugca 660
ggcacagaac caguggcugc aggacaugac aacucaucuc auucugcgca gcuuuaagga 720
guuccugcag uccagccuga gggcucuucg gcaaauguag caugggcacc ucagauuguu 780
guuguuaaug ggcauuccuu cuucugguca gaaaccuguc cacugggcac agaacuuaug 840
uuguucucua uggagaacua aaaguaugag cguuaggaca cuauuuuaau uauuuuuaau 900
uuauuaauau uuaaauaugu gaagcugagu uaauuuaugu aagucauauu uauauuuuua 960
agaaguacca cuugaaacau uuuauguauu aguuuugaaa uaauaaugga aaguggcuau 1020
gcaguuugaa uauccuuugu uucagagcca gaucauuucu uggaaagugu aggcuuaccu 1080
caaauaaaug gcuaacuuau acauauuuuu aaagaaauau uuauauugua uuuauauaau 1140
guauaaaugg uuuuuauacc aauaaauggc auuuuaaaaa auucagcaaa aaaaaaa 1197
<210> 20
<211> 212
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 20
Met Asn Ser Phe Ser Thr Ser Ala Phe Gly Pro Val Ala Phe Ser Leu
1 5 10 15
Gly Leu Leu Leu Val Leu Pro Ala Ala Phe Pro Ala Pro Val Pro Pro
20 25 30
Gly Glu Asp Ser Lys Asp Val Ala Ala Pro His Arg Gln Pro Leu Thr
35 40 45
Ser Ser Glu Arg Ile Asp Lys Gln Ile Arg Tyr Ile Leu Asp Gly Ile
50 55 60
Ser Ala Leu Arg Lys Glu Thr Cys Asn Lys Ser Asn Met Cys Glu Ser
65 70 75 80
Ser Lys Glu Ala Leu Ala Glu Asn Asn Leu Asn Leu Pro Lys Met Ala
85 90 95
Glu Lys Asp Gly Cys Phe Gln Ser Gly Phe Asn Glu Glu Thr Cys Leu
100 105 110
Val Lys Ile Ile Thr Gly Leu Leu Glu Phe Glu Val Tyr Leu Glu Tyr
115 120 125
Leu Gln Asn Arg Phe Glu Ser Ser Glu Glu Gln Ala Arg Ala Val Gln
130 135 140
Met Ser Thr Lys Val Leu Ile Gln Phe Leu Gln Lys Lys Ala Lys Asn
145 150 155 160
Leu Asp Ala Ile Thr Thr Pro Asp Pro Thr Thr Asn Ala Ser Leu Leu
165 170 175
Thr Lys Leu Gln Ala Gln Asn Gln Trp Leu Gln Asp Met Thr Thr His
180 185 190
Leu Ile Leu Arg Ser Phe Lys Glu Phe Leu Gln Ser Ser Leu Arg Ala
195 200 205
Leu Arg Gln Met
210
<210> 21
<211> 1184
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 21
cacagagccc gggccgcagg caccuccucg ccagcucuuc cgcuccucuc acagccgcca 60
gacccgccug cugagcccca uggcccgcgc ugcucucucc gccgccccca gcaauccccg 120
gcuccugcga guggcacugc ugcuccugcu ccugguagcc gcuggccggc gcgcagcagg 180
agcguccgug gccacugaac ugcgcugcca gugcuugcag acccugcagg gaauucaccc 240
caagaacauc caaaguguga acgugaaguc ccccggaccc cacugcgccc aaaccgaagu 300
cauagccaca cucaagaaug ggcggaaagc uugccucaau ccugcauccc ccauaguuaa 360
gaaaaucauc gaaaagaugc ugaacaguga caaauccaac ugaccagaag ggaggaggaa 420
gcucacuggu ggcuguuccu gaaggaggcc cugcccuuau aggaacagaa gaggaaagag 480
agacacagcu gcagaggcca ccuggauugu gccuaaugug uuugagcauc gcuuaggaga 540
agucuucuau uuauuuauuu auucauuagu uuugaagauu cuauguuaau auuuuaggug 600
uaaaauaauu aaggguauga uuaacucuac cugcacacug uccuauuaua uucauucuuu 660
uugaaauguc aaccccaagu uaguucaauc uggauucaua uuuaauuuga agguagaaug 720
uuuucaaaug uucuccaguc auuauguuaa uauuucugag gagccugcaa caugccagcc 780
acugugauag aggcuggcgg auccaagcaa auggccaaug agaucauugu gaaggcaggg 840
gaauguaugu gcacaucugu uuuguaacug uuuagaugaa ugucaguugu uauuuauuga 900
aaugauuuca cagugugugg ucaacauuuc ucauguugaa acuuuaagaa cuaaaauguu 960
cuaaauaucc cuuggacauu uuaugucuuu cuuguaaggc auacugccuu guuuaauggu 1020
aguuuuacag uguuucuggc uuagaacaaa ggggcuuaau uauugauguu uucauagaga 1080
auauaaaaau aaagcacuua uagaaaaaac ucguuugauu uuugggggga aacaagggcu 1140
accuuuacug gaaaaucugg ugauuuauaa aaaaaaaaaa aaaa 1184
<210> 22
<211> 107
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 22
Met Ala Arg Ala Ala Leu Ser Ala Ala Pro Ser Asn Pro Arg Leu Leu
1 5 10 15
Arg Val Ala Leu Leu Leu Leu Leu Leu Val Ala Ala Gly Arg Arg Ala
20 25 30
Ala Gly Ala Ser Val Ala Thr Glu Leu Arg Cys Gln Cys Leu Gln Thr
35 40 45
Leu Gln Gly Ile His Pro Lys Asn Ile Gln Ser Val Asn Val Lys Ser
50 55 60
Pro Gly Pro His Cys Ala Gln Thr Glu Val Ile Ala Thr Leu Lys Asn
65 70 75 80
Gly Arg Lys Ala Cys Leu Asn Pro Ala Ser Pro Ile Val Lys Lys Ile
85 90 95
Ile Glu Lys Met Leu Asn Ser Asp Lys Ser Asn
100 105
<210> 23
<211> 1234
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 23
gagcuccggg aauuucccug gcccgggacu ccgggcuuuc cagccccaac caugcauaaa 60
agggguucgc cguucucgga gagccacaga gcccgggcca caggcagcuc cuugccagcu 120
cuccuccucg cacagccgcu cgaaccgccu gcugagcccc auggcccgcg ccacgcucuc 180
cgccgccccc agcaaucccc ggcuccugcg gguggcgcug cugcuccugc uccugguggc 240
cgccagccgg cgcgcagcag gagcgccccu ggccacugaa cugcgcugcc agugcuugca 300
gacccugcag ggaauucacc ucaagaacau ccaaagugug aaggugaagu cccccggacc 360
ccacugcgcc caaaccgaag ucauagccac acucaagaau gggcagaaag cuugucucaa 420
ccccgcaucg cccaugguua agaaaaucau cgaaaagaug cugaaaaaug gcaaauccaa 480
cugaccagaa ggaaggagga agcuuauugg uggcuguucc ugaaggaggc ccugcccuua 540
caggaacaga agaggaaaga gagacacagc ugcagaggcc accuggauug cgccuaaugu 600
guuugagcau cacuuaggag aagucuucua uuuauuuauu uauuuauuua uuuguuuguu 660
uuagaagauu cuauguuaau auuuuaugug uaaaauaagg uuaugauuga aucuacuugc 720
acacucuccc auuauauuua uuguuuauuu uaggucaaac ccaaguuagu ucaauccuga 780
uucauauuua auuugaagau agaagguuug cagauauucu cuagucauuu guuaauauuu 840
cuucgugaug acauaucaca ugucagccac ugugauagag gcugaggaau ccaagaaaau 900
ggccagugag aucaauguga cggcagggaa auguaugugu gucuauuuug uaacuguaaa 960
gaugaauguc aguuguuauu uauugaaaug auuucacagu guguggucaa cauuucucau 1020
guugaagcuu uaagaacuaa aauguucuaa auaucccuug gacauuuuau gucuuucuug 1080
uaaggcauac ugccuuguuu aauguuaauu augcaguguu ucccucugug uuagagcaga 1140
gagguuucga uauuuauuga uguuuucaca aagaacagga aaauaaaaua uuuaaaaaua 1200
uaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaa 1234
<210> 24
<211> 107
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 24
Met Ala Arg Ala Thr Leu Ser Ala Ala Pro Ser Asn Pro Arg Leu Leu
1 5 10 15
Arg Val Ala Leu Leu Leu Leu Leu Leu Val Ala Ala Ser Arg Arg Ala
20 25 30
Ala Gly Ala Pro Leu Ala Thr Glu Leu Arg Cys Gln Cys Leu Gln Thr
35 40 45
Leu Gln Gly Ile His Leu Lys Asn Ile Gln Ser Val Lys Val Lys Ser
50 55 60
Pro Gly Pro His Cys Ala Gln Thr Glu Val Ile Ala Thr Leu Lys Asn
65 70 75 80
Gly Gln Lys Ala Cys Leu Asn Pro Ala Ser Pro Met Val Lys Lys Ile
85 90 95
Ile Glu Lys Met Leu Lys Asn Gly Lys Ser Asn
100 105
<210> 25
<211> 1166
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 25
gcuccgggaa uuucccuggc ccggccgcuc cgggcuuucc agucucaacc augcauaaaa 60
aggguucgcc gaucuugggg agccacacag cccgggucgc aggcaccucc ccgccagcuc 120
ucccgcuucu cgcacagcuu cccgacgcgu cugcugagcc ccauggccca cgccacgcuc 180
uccgccgccc ccagcaaucc ccggcuccug cggguggcgc ugcugcuccu gcuccuggug 240
gccgccagcc ggcgcgcagc aggagcgucc guggucacug aacugcgcug ccagugcuug 300
cagacacugc agggaauuca ccucaagaac auccaaagug ugaauguaag gucccccgga 360
ccccacugcg cccaaaccga agucauagcc acacucaaga augggaagaa agcuugucuc 420
aaccccgcau cccccauggu ucagaaaauc aucgaaaaga uacugaacaa ggggagcacc 480
aacugacagg agagaaguaa gaagcuuauc agcguaucau ugacacuucc ugcagggugg 540
ucccugcccu uaccagagcu gaaaaugaaa aagagaacag cagcuuucua gggacagcug 600
gaaaggacuu aauguguuug acuauuucuu acgaggguuc uacuuauuua uguauuuauu 660
uuugaaagcu uguauuuuaa uauuuuacau gcuguuauuu aaagauguga guguguuuca 720
ucaaacauag cucaguccug auuauuuaau uggaauauga uggguuuuaa augugucauu 780
aaacuaauau uuagugggag accauaaugu gucagccacc uugauaaaug acaggguggg 840
gaacuggagg guggggggau ugaaaugcaa gcaauuagug gaucacuguu aggguaaggg 900
aauguaugua cacaucuauu uuuuauacuu uuuuuuuaaa aaaagaaugu caguuguuau 960
uuauucaaau uaucucacau uauguguuca acauuuuuau gcugaaguuu cccuuagaca 1020
uuuuaugucu ugcuuguagg gcauaaugcc uuguuuaaug uccauucugc agcguuucuc 1080
uuucccuugg aaaagagaau uuaucauuac uguuacauuu guacaaauga caugauaaua 1140
aaaguuuuau gaaaaaaaaa aaaaaa 1166
<210> 26
<211> 107
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 26
Met Ala His Ala Thr Leu Ser Ala Ala Pro Ser Asn Pro Arg Leu Leu
1 5 10 15
Arg Val Ala Leu Leu Leu Leu Leu Leu Val Ala Ala Ser Arg Arg Ala
20 25 30
Ala Gly Ala Ser Val Val Thr Glu Leu Arg Cys Gln Cys Leu Gln Thr
35 40 45
Leu Gln Gly Ile His Leu Lys Asn Ile Gln Ser Val Asn Val Arg Ser
50 55 60
Pro Gly Pro His Cys Ala Gln Thr Glu Val Ile Ala Thr Leu Lys Asn
65 70 75 80
Gly Lys Lys Ala Cys Leu Asn Pro Ala Ser Pro Met Val Gln Lys Ile
85 90 95
Ile Glu Lys Ile Leu Asn Lys Gly Ser Thr Asn
100 105
<210> 27
<211> 1718
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 27
gagggugcau aaguucucua guagggugau gauauaaaaa gccaccggag cacuccauaa 60
ggcacaaacu uucagagaca gcagagcaca caagcuucua ggacaagagc caggaagaaa 120
ccaccggaag gaaccaucuc acugugugua aacaugacuu ccaagcuggc cguggcucuc 180
uuggcagccu uccugauuuc ugcagcucug ugugaaggug caguuuugcc aaggagugcu 240
aaagaacuua gaugucagug cauaaagaca uacuccaaac cuuuccaccc caaauuuauc 300
aaagaacuga gagugauuga gaguggacca cacugcgcca acacagaaau uauuguaaag 360
cuuucugaug gaagagagcu cugucuggac cccaaggaaa acugggugca gaggguugug 420
gagaaguuuu ugaagagggc ugagaauuca uaaaaaaauu cauucucugu gguauccaag 480
aaucagugaa gaugccagug aaacuucaag caaaucuacu ucaacacuuc auguauugug 540
ugggucuguu guaggguugc cagaugcaau acaagauucc ugguuaaauu ugaauuucag 600
uaaacaauga auaguuuuuc auuguaccau gaaauaucca gaacauacuu auauguaaag 660
uauuauuuau uugaaucuac aaaaaacaac aaauaauuuu uaaauauaag gauuuuccua 720
gauauugcac gggagaauau acaaauagca aaauugaggc caagggccaa gagaauaucc 780
gaacuuuaau uucaggaauu gaauggguuu gcuagaaugu gauauuugaa gcaucacaua 840
aaaaugaugg gacaauaaau uuugccauaa agucaaauuu agcuggaaau ccuggauuuu 900
uuucuguuaa aucuggcaac ccuagucugc uagccaggau ccacaagucc uuguuccacu 960
gugccuuggu uucuccuuua uuucuaagug gaaaaaguau uagccaccau cuuaccucac 1020
agugauguug ugaggacaug uggaagcacu uuaaguuuuu ucaucauaac auaaauuauu 1080
uucaagugua acuuauuaac cuauuuauua uuuauguauu uauuuaagca ucaaauauuu 1140
gugcaagaau uuggaaaaau agaagaugaa ucauugauug aauaguuaua aagauguuau 1200
aguaaauuua uuuuauuuua gauauuaaau gauguuuuau uagauaaauu ucaaucaggg 1260
uuuuuagauu aaacaaacaa acaauugggu acccaguuaa auuuucauuu cagauaaaca 1320
acaaauaauu uuuuaguaua aguacauuau uguuuaucug aaauuuuaau ugaacuaaca 1380
auccuaguuu gauacuccca gucuugucau ugccagcugu guugguagug cuguguugaa 1440
uuacggaaua augaguuaga acuauuaaaa cagccaaaac uccacaguca auauuaguaa 1500
uuucuugcug guugaaacuu guuuauuaug uacaaauaga uucuuauaau auuauuuaaa 1560
ugacugcauu uuuaaauaca aggcuuuaua uuuuuaacuu uaagauguuu uuaugugcuc 1620
uccaaauuuu uuuuacuguu ucugauugua uggaaauaua aaaguaaaua ugaaacauuu 1680
aaaauauaau uuguugucaa aguaaaaaaa aaaaaaaa 1718
<210> 28
<211> 99
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 28
Met Thr Ser Lys Leu Ala Val Ala Leu Leu Ala Ala Phe Leu Ile Ser
1 5 10 15
Ala Ala Leu Cys Glu Gly Ala Val Leu Pro Arg Ser Ala Lys Glu Leu
20 25 30
Arg Cys Gln Cys Ile Lys Thr Tyr Ser Lys Pro Phe His Pro Lys Phe
35 40 45
Ile Lys Glu Leu Arg Val Ile Glu Ser Gly Pro His Cys Ala Asn Thr
50 55 60
Glu Ile Ile Val Lys Leu Ser Asp Gly Arg Glu Leu Cys Leu Asp Pro
65 70 75 80
Lys Glu Asn Trp Val Gln Arg Val Val Glu Lys Phe Leu Lys Arg Ala
85 90 95
Glu Asn Ser
<210> 29
<211> 4507
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 29
gaccaauugu cauacgacuu gcagugagcg ucaggagcac guccaggaac uccucagcag 60
cgccuccuuc agcuccacag ccagacgccc ucagacagca aagccuaccc ccgcgccgcg 120
cccugcccgc cgcugcgaug cucgcccgcg cccugcugcu gugcgcgguc cuggcgcuca 180
gccauacagc aaauccuugc uguucccacc caugucaaaa ccgaggugua uguaugagug 240
ugggauuuga ccaguauaag ugcgauugua cccggacagg auucuaugga gaaaacugcu 300
caacaccgga auuuuugaca agaauaaaau uauuucugaa acccacucca aacacagugc 360
acuacauacu uacccacuuc aagggauuuu ggaacguugu gaauaacauu cccuuccuuc 420
gaaaugcaau uaugaguuau guguugacau ccagaucaca uuugauugac aguccaccaa 480
cuuacaaugc ugacuauggc uacaaaagcu gggaagccuu cucuaaccuc uccuauuaua 540
cuagagcccu uccuccugug ccugaugauu gcccgacucc cuuggguguc aaagguaaaa 600
agcagcuucc ugauucaaau gagauugugg aaaaauugcu ucuaagaaga aaguucaucc 660
cugaucccca gggcucaaac augauguuug cauucuuugc ccagcacuuc acgcaucagu 720
uuuucaagac agaucauaag cgagggccag cuuucaccaa cgggcugggc cauggggugg 780
acuuaaauca uauuuacggu gaaacucugg cuagacagcg uaaacugcgc cuuuucaagg 840
auggaaaaau gaaauaucag auaauugaug gagagaugua uccucccaca gucaaagaua 900
cucaggcaga gaugaucuac ccuccucaag ucccugagca ucuacgguuu gcuguggggc 960
aggaggucuu uggucuggug ccuggucuga ugauguaugc cacaaucugg cugcgggaac 1020
acaacagagu augcgaugug cuuaaacagg agcauccuga auggggugau gagcaguugu 1080
uccagacaag caggcuaaua cugauaggag agacuauuaa gauugugauu gaagauuaug 1140
ugcaacacuu gaguggcuau cacuucaaac ugaaauuuga cccagaacua cuuuucaaca 1200
aacaauucca guaccaaaau cguauugcug cugaauuuaa cacccucuau cacuggcauc 1260
cccuucugcc ugacaccuuu caaauucaug accagaaaua caacuaucaa caguuuaucu 1320
acaacaacuc uauauugcug gaacauggaa uuacccaguu uguugaauca uucaccaggc 1380
aaauugcugg caggguugcu ggugguagga auguuccacc cgcaguacag aaaguaucac 1440
aggcuuccau ugaccagagc aggcagauga aauaccaguc uuuuaaugag uaccgcaaac 1500
gcuuuaugcu gaagcccuau gaaucauuug aagaacuuac aggagaaaag gaaaugucug 1560
cagaguugga agcacucuau ggugacaucg augcugugga gcuguauccu gcccuucugg 1620
uagaaaagcc ucggccagau gccaucuuug gugaaaccau gguagaaguu ggagcaccau 1680
ucuccuugaa aggacuuaug gguaauguua uauguucucc ugccuacugg aagccaagca 1740
cuuuuggugg agaagugggu uuucaaauca ucaacacugc cucaauucag ucucucaucu 1800
gcaauaacgu gaagggcugu cccuuuacuu cauucagugu uccagaucca gagcucauua 1860
aaacagucac caucaaugca aguucuuccc gcuccggacu agaugauauc aaucccacag 1920
uacuacuaaa agaacguucg acugaacugu agaagucuaa ugaucauauu uauuuauuua 1980
uaugaaccau gucuauuaau uuaauuauuu aauaauauuu auauuaaacu ccuuauguua 2040
cuuaacaucu ucuguaacag aagucaguac uccuguugcg gagaaaggag ucauacuugu 2100
gaagacuuuu augucacuac ucuaaagauu uugcuguugc uguuaaguuu ggaaaacagu 2160
uuuuauucug uuuuauaaac cagagagaaa ugaguuuuga cgucuuuuua cuugaauuuc 2220
aacuuauauu auaagaacga aaguaaagau guuugaauac uuaaacacug ucacaagaug 2280
gcaaaaugcu gaaaguuuuu acacugucga uguuuccaau gcaucuucca ugaugcauua 2340
gaaguaacua auguuugaaa uuuuaaagua cuuuugguua uuuuucuguc aucaaacaaa 2400
aacagguauc agugcauuau uaaaugaaua uuuaaauuag acauuaccag uaauuucaug 2460
ucuacuuuuu aaaaucagca augaaacaau aauuugaaau uucuaaauuc auaggguaga 2520
aucaccugua aaagcuuguu ugauuucuua aaguuauuaa acuuguacau auaccaaaaa 2580
gaagcugucu uggauuuaaa ucuguaaaau caguagaaau uuuacuacaa uugcuuguua 2640
aaauauuuua uaagugaugu uccuuuuuca ccaagaguau aaaccuuuuu agugugacug 2700
uuaaaacuuc cuuuuaaauc aaaaugccaa auuuauuaag gugguggagc cacugcagug 2760
uuaucuuaaa auaagaauau uuuguugaga uauuccagaa uuuguuuaua uggcugguaa 2820
cauguaaaau cuauaucagc aaaagggucu accuuuaaaa uaagcaauaa caaagaagaa 2880
aaccaaauua uuguucaaau uuagguuuaa acuuuugaag caaacuuuuu uuuauccuug 2940
ugcacugcag gccugguacu cagauuuugc uaugagguua augaaguacc aagcugugcu 3000
ugaauaauga uauguuuucu cagauuuucu guuguacagu uuaauuuagc aguccauauc 3060
acauugcaaa aguagcaaug accucauaaa auaccucuuc aaaaugcuua aauucauuuc 3120
acacauuaau uuuaucucag ucuugaagcc aauucaguag gugcauugga aucaagccug 3180
gcuaccugca ugcuguuccu uuucuuuucu ucuuuuagcc auuuugcuaa gagacacagu 3240
cuucucauca cuucguuucu ccuauuuugu uuuacuaguu uuaagaucag aguucacuuu 3300
cuuuggacuc ugccuauauu uucuuaccug aacuuuugca aguuuucagg uaaaccucag 3360
cucaggacug cuauuuagcu ccucuuaaga agauuaaaag agaaaaaaaa aggcccuuuu 3420
aaaaauagua uacacuuauu uuaagugaaa agcagagaau uuuauuuaua gcuaauuuua 3480
gcuaucugua accaagaugg augcaaagag gcuagugccu cagagagaac uguacggggu 3540
uugugacugg aaaaaguuac guucccauuc uaauuaaugc ccuuucuuau uuaaaaacaa 3600
aaccaaauga uaucuaagua guucucagca auaauaauaa ugacgauaau acuucuuuuc 3660
cacaucucau ugucacugac auuuaauggu acuguauauu acuuaauuua uugaagauua 3720
uuauuuaugu cuuauuagga cacuaugguu auaaacugug uuuaagccua caaucauuga 3780
uuuuuuuuug uuaugucaca aucaguauau uuucuuuggg guuaccucuc ugaauauuau 3840
guaaacaauc caaagaaaug auuguauuaa gauuugugaa uaaauuuuua gaaaucugau 3900
uggcauauug agauauuuaa gguugaaugu uuguccuuag gauaggccua ugugcuagcc 3960
cacaaagaau auugucucau uagccugaau gugccauaag acugaccuuu uaaaauguuu 4020
ugagggaucu guggaugcuu cguuaauuug uucagccaca auuuauugag aaaauauucu 4080
gugucaagca cuguggguuu uaauauuuuu aaaucaaacg cugauuacag auaauaguau 4140
uuauauaaau aauugaaaaa aauuuucuuu ugggaagagg gagaaaauga aauaaauauc 4200
auuaaagaua acucaggaga aucuucuuua caauuuuacg uuuagaaugu uuaagguuaa 4260
gaaagaaaua gucaauaugc uuguauaaaa cacuguucac uguuuuuuuu aaaaaaaaaa 4320
cuugauuugu uauuaacauu gaucugcuga caaaaccugg gaauuugggu uguguaugcg 4380
aauguuucag ugccucagac aaauguguau uuaacuuaug uaaaagauaa gucuggaaau 4440
aaaugucugu uuauuuuugu acuauuuaaa aauugacaga ucuuuucuga agaaaaaaaa 4500
aaaaaaa 4507
<210> 30
<211> 604
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 30
Met Leu Ala Arg Ala Leu Leu Leu Cys Ala Val Leu Ala Leu Ser His
1 5 10 15
Thr Ala Asn Pro Cys Cys Ser His Pro Cys Gln Asn Arg Gly Val Cys
20 25 30
Met Ser Val Gly Phe Asp Gln Tyr Lys Cys Asp Cys Thr Arg Thr Gly
35 40 45
Phe Tyr Gly Glu Asn Cys Ser Thr Pro Glu Phe Leu Thr Arg Ile Lys
50 55 60
Leu Phe Leu Lys Pro Thr Pro Asn Thr Val His Tyr Ile Leu Thr His
65 70 75 80
Phe Lys Gly Phe Trp Asn Val Val Asn Asn Ile Pro Phe Leu Arg Asn
85 90 95
Ala Ile Met Ser Tyr Val Leu Thr Ser Arg Ser His Leu Ile Asp Ser
100 105 110
Pro Pro Thr Tyr Asn Ala Asp Tyr Gly Tyr Lys Ser Trp Glu Ala Phe
115 120 125
Ser Asn Leu Ser Tyr Tyr Thr Arg Ala Leu Pro Pro Val Pro Asp Asp
130 135 140
Cys Pro Thr Pro Leu Gly Val Lys Gly Lys Lys Gln Leu Pro Asp Ser
145 150 155 160
Asn Glu Ile Val Glu Lys Leu Leu Leu Arg Arg Lys Phe Ile Pro Asp
165 170 175
Pro Gln Gly Ser Asn Met Met Phe Ala Phe Phe Ala Gln His Phe Thr
180 185 190
His Gln Phe Phe Lys Thr Asp His Lys Arg Gly Pro Ala Phe Thr Asn
195 200 205
Gly Leu Gly His Gly Val Asp Leu Asn His Ile Tyr Gly Glu Thr Leu
210 215 220
Ala Arg Gln Arg Lys Leu Arg Leu Phe Lys Asp Gly Lys Met Lys Tyr
225 230 235 240
Gln Ile Ile Asp Gly Glu Met Tyr Pro Pro Thr Val Lys Asp Thr Gln
245 250 255
Ala Glu Met Ile Tyr Pro Pro Gln Val Pro Glu His Leu Arg Phe Ala
260 265 270
Val Gly Gln Glu Val Phe Gly Leu Val Pro Gly Leu Met Met Tyr Ala
275 280 285
Thr Ile Trp Leu Arg Glu His Asn Arg Val Cys Asp Val Leu Lys Gln
290 295 300
Glu His Pro Glu Trp Gly Asp Glu Gln Leu Phe Gln Thr Ser Arg Leu
305 310 315 320
Ile Leu Ile Gly Glu Thr Ile Lys Ile Val Ile Glu Asp Tyr Val Gln
325 330 335
His Leu Ser Gly Tyr His Phe Lys Leu Lys Phe Asp Pro Glu Leu Leu
340 345 350
Phe Asn Lys Gln Phe Gln Tyr Gln Asn Arg Ile Ala Ala Glu Phe Asn
355 360 365
Thr Leu Tyr His Trp His Pro Leu Leu Pro Asp Thr Phe Gln Ile His
370 375 380
Asp Gln Lys Tyr Asn Tyr Gln Gln Phe Ile Tyr Asn Asn Ser Ile Leu
385 390 395 400
Leu Glu His Gly Ile Thr Gln Phe Val Glu Ser Phe Thr Arg Gln Ile
405 410 415
Ala Gly Arg Val Ala Gly Gly Arg Asn Val Pro Pro Ala Val Gln Lys
420 425 430
Val Ser Gln Ala Ser Ile Asp Gln Ser Arg Gln Met Lys Tyr Gln Ser
435 440 445
Phe Asn Glu Tyr Arg Lys Arg Phe Met Leu Lys Pro Tyr Glu Ser Phe
450 455 460
Glu Glu Leu Thr Gly Glu Lys Glu Met Ser Ala Glu Leu Glu Ala Leu
465 470 475 480
Tyr Gly Asp Ile Asp Ala Val Glu Leu Tyr Pro Ala Leu Leu Val Glu
485 490 495
Lys Pro Arg Pro Asp Ala Ile Phe Gly Glu Thr Met Val Glu Val Gly
500 505 510
Ala Pro Phe Ser Leu Lys Gly Leu Met Gly Asn Val Ile Cys Ser Pro
515 520 525
Ala Tyr Trp Lys Pro Ser Thr Phe Gly Gly Glu Val Gly Phe Gln Ile
530 535 540
Ile Asn Thr Ala Ser Ile Gln Ser Leu Ile Cys Asn Asn Val Lys Gly
545 550 555 560
Cys Pro Phe Thr Ser Phe Ser Val Pro Asp Pro Glu Leu Ile Lys Thr
565 570 575
Val Thr Ile Asn Ala Ser Ser Ser Arg Ser Gly Leu Asp Asp Ile Asn
580 585 590
Pro Thr Val Leu Leu Lys Glu Arg Ser Thr Glu Leu
595 600
<210> 31
<211> 1204
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 31
ggggugcaaa gaagagacag cagcgcccag cuuggaggug cuaacuccag aggccagcau 60
cagcaacugg gcacagaaag gagccgccug ggcagggacc auggcacggc cacaucccug 120
guggcugugc guucugggga cccugguggg gcucucagcu acuccagccc ccaagagcug 180
cccagagagg cacuacuggg cucagggaaa gcugugcugc cagaugugug agccaggaac 240
auuccucgug aaggacugug accagcauag aaaggcugcu cagugugauc cuugcauacc 300
gggggucucc uucucuccug accaccacac ccggccccac ugugagagcu gucggcacug 360
uaacucuggu cuucucguuc gcaacugcac caucacugcc aaugcugagu gugccugucg 420
caauggcugg cagugcaggg acaaggagug caccgagugu gauccucuuc caaacccuuc 480
gcugaccgcu cggucgucuc aggcccugag cccacacccu cagcccaccc acuuaccuua 540
ugucagugag augcuggagg ccaggacagc ugggcacaug cagacucugg cugacuucag 600
gcagcugccu gcccggacuc ucucuaccca cuggccaccc caaagauccc ugugcagcuc 660
cgauuuuauu cgcauccuug ugaucuucuc uggaauguuc cuuguuuuca cccuggccgg 720
ggcccuguuc cuccaucaac gaaggaaaua uagaucaaac aaaggagaaa guccugugga 780
gccugcagag ccuugucguu acagcugccc cagggaggag gagggcagca ccauccccau 840
ccaggaggau uaccgaaaac cggagccugc cugcuccccc ugagccagca ccugcgguag 900
cugcacuaca gcccuggccu ccacccccac cccgccgacc auccaaggga gagugagacc 960
uggcagccac aacugcaguc ccauccucuu gucagggccc uuuccugugu acacgugaca 1020
gagugccuuu ucgagacugg cagggacgag gacaaauaug gaugaggugg agagugggaa 1080
gcaggagccc agccagcugc gccugcgcug caggagggcg ggggcucugg uuguaaaaca 1140
cacuuccugc ugcgaaagac ccacaugcua caagacgggc aaaauaaagu gacagaugac 1200
cacc 1204
<210> 32
<211> 260
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 32
Met Ala Arg Pro His Pro Trp Trp Leu Cys Val Leu Gly Thr Leu Val
1 5 10 15
Gly Leu Ser Ala Thr Pro Ala Pro Lys Ser Cys Pro Glu Arg His Tyr
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Trp Ala Gln Gly Lys Leu Cys Cys Gln Met Cys Glu Pro Gly Thr Phe
35 40 45
Leu Val Lys Asp Cys Asp Gln His Arg Lys Ala Ala Gln Cys Asp Pro
50 55 60
Cys Ile Pro Gly Val Ser Phe Ser Pro Asp His His Thr Arg Pro His
65 70 75 80
Cys Glu Ser Cys Arg His Cys Asn Ser Gly Leu Leu Val Arg Asn Cys
85 90 95
Thr Ile Thr Ala Asn Ala Glu Cys Ala Cys Arg Asn Gly Trp Gln Cys
100 105 110
Arg Asp Lys Glu Cys Thr Glu Cys Asp Pro Leu Pro Asn Pro Ser Leu
115 120 125
Thr Ala Arg Ser Ser Gln Ala Leu Ser Pro His Pro Gln Pro Thr His
130 135 140
Leu Pro Tyr Val Ser Glu Met Leu Glu Ala Arg Thr Ala Gly His Met
145 150 155 160
Gln Thr Leu Ala Asp Phe Arg Gln Leu Pro Ala Arg Thr Leu Ser Thr
165 170 175
His Trp Pro Pro Gln Arg Ser Leu Cys Ser Ser Asp Phe Ile Arg Ile
180 185 190
Leu Val Ile Phe Ser Gly Met Phe Leu Val Phe Thr Leu Ala Gly Ala
195 200 205
Leu Phe Leu His Gln Arg Arg Lys Tyr Arg Ser Asn Lys Gly Glu Ser
210 215 220
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Glu Gly Ser Thr Ile Pro Ile Gln Glu Asp Tyr Arg Lys Pro Glu Pro
245 250 255
Ala Cys Ser Pro
260
<210> 33
<211> 2397
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 33
gcacacacuc aucgaaaaaa auuuggauua uuagaagaga gaggucugcg gcuuccacac 60
cguacagcgu gguuuuucuu cucgguauaa aagcaaaguu guuuuugaua cgugacaguu 120
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aggacccgau gcccaacccc aggccuggca agcccucggc cccuuccuug gcccuuggcc 240
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cuucuuccuu gaaccccaug ccaccaucgc agcugcagcu gcccacacug ccccuaguca 420
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cccaccuggc ugggaaaaug gcacugacca aggcuucauc uguggcauca uccgacaagg 1020
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cccgggaggc cccugacagc cuguuugcug uccggaggca ccuguggggu agccauggaa 1140
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ggacacucaa ugagaucuac cacugguuca cacgcauguu ugccuucuuc agaaaccauc 1320
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aggaggaugg acgaacaggg gccaaacugg ugggaggcag aggugguggg ggcagggaug 1560
auaggcccug gaugugccca cagggaccaa gaagugaggu uuccacuguc uugccugcca 1620
gggccccugu ucccccgcug gcagccaccc ccucccccau cauauccuuu gccccaaggc 1680
ugcucagagg ggccccgguc cuggccccag cccccaccuc cgccccagac acacccccca 1740
gucgagcccu gcagccaaac agagccuuca caaccagcca cacagagccu gccucagcug 1800
cucgcacaga uuacuucagg gcuggaaaag ucacacagac acacaaaaug ucacaauccu 1860
gucccucacu caacacaaac cccaaaacac agagagccug ccucaguaca cucaaacaac 1920
cucaaagcug caucaucaca caaucacaca caagcacagc ccugacaacc cacacacccc 1980
aaggcacgca cccacagcca gccucagggc ccacaggggc acugucaaca caggggugug 2040
cccagaggcc uacacagaag cagcgucagu acccucagga ucugaggucc caacacgugc 2100
ucgcucacac acacggccug uuagaauuca ccuguguauc ucacgcauau gcacacgcac 2160
agccccccag ugggucucuu gagucccgug cagacacaca cagccacaca cacugccuug 2220
ccaaaaauac cccgugucuc cccugccacu caccucacuc ccauucccug agcccugauc 2280
caugccucag cuuagacugc agaggaacua cucauuuauu ugggauccaa ggcccccaac 2340
ccacaguacc guccccaaua aacugcagcc gagcucccca caaaaaaaaa aaaaaaa 2397
<210> 34
<211> 431
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 34
Met Pro Asn Pro Arg Pro Gly Lys Pro Ser Ala Pro Ser Leu Ala Leu
1 5 10 15
Gly Pro Ser Pro Gly Ala Ser Pro Ser Trp Arg Ala Ala Pro Lys Ala
20 25 30
Ser Asp Leu Leu Gly Ala Arg Gly Pro Gly Gly Thr Phe Gln Gly Arg
35 40 45
Asp Leu Arg Gly Gly Ala His Ala Ser Ser Ser Ser Leu Asn Pro Met
50 55 60
Pro Pro Ser Gln Leu Gln Leu Pro Thr Leu Pro Leu Val Met Val Ala
65 70 75 80
Pro Ser Gly Ala Arg Leu Gly Pro Leu Pro His Leu Gln Ala Leu Leu
85 90 95
Gln Asp Arg Pro His Phe Met His Gln Leu Ser Thr Val Asp Ala His
100 105 110
Ala Arg Thr Pro Val Leu Gln Val His Pro Leu Glu Ser Pro Ala Met
115 120 125
Ile Ser Leu Thr Pro Pro Thr Thr Ala Thr Gly Val Phe Ser Leu Lys
130 135 140
Ala Arg Pro Gly Leu Pro Pro Gly Ile Asn Val Ala Ser Leu Glu Trp
145 150 155 160
Val Ser Arg Glu Pro Ala Leu Leu Cys Thr Phe Pro Asn Pro Ser Ala
165 170 175
Pro Arg Lys Asp Ser Thr Leu Ser Ala Val Pro Gln Ser Ser Tyr Pro
180 185 190
Leu Leu Ala Asn Gly Val Cys Lys Trp Pro Gly Cys Glu Lys Val Phe
195 200 205
Glu Glu Pro Glu Asp Phe Leu Lys His Cys Gln Ala Asp His Leu Leu
210 215 220
Asp Glu Lys Gly Arg Ala Gln Cys Leu Leu Gln Arg Glu Met Val Gln
225 230 235 240
Ser Leu Glu Gln Gln Leu Val Leu Glu Lys Glu Lys Leu Ser Ala Met
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Gln Ala His Leu Ala Gly Lys Met Ala Leu Thr Lys Ala Ser Ser Val
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Ala Ser Ser Asp Lys Gly Ser Cys Cys Ile Val Ala Ala Gly Ser Gln
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Gly Pro Val Val Pro Ala Trp Ser Gly Pro Arg Glu Ala Pro Asp Ser
290 295 300
Leu Phe Ala Val Arg Arg His Leu Trp Gly Ser His Gly Asn Ser Thr
305 310 315 320
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Ala Pro Glu Lys Gln Arg Thr Leu Asn Glu Ile Tyr His Trp Phe Thr
355 360 365
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370 375 380
Ile Arg His Asn Leu Ser Leu His Lys Cys Phe Val Arg Val Glu Ser
385 390 395 400
Glu Lys Gly Ala Val Trp Thr Val Asp Glu Leu Glu Phe Arg Lys Lys
405 410 415
Arg Ser Gln Arg Pro Ser Arg Cys Ser Asn Pro Thr Pro Gly Pro
420 425 430
<210> 35
<211> 2115
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 35
aguuucccuu ccgcucaccu ccgccugagc aguggagaag gcggcacucu gguggggcug 60
cuccaggcau gcagauccca caggcgcccu ggccagucgu cugggcggug cuacaacugg 120
gcuggcggcc aggaugguuc uuagacuccc cagacaggcc cuggaacccc cccaccuucu 180
ccccagcccu gcucguggug accgaagggg acaacgccac cuucaccugc agcuucucca 240
acacaucgga gagcuucgug cuaaacuggu accgcaugag ccccagcaac cagacggaca 300
agcuggccgc cuuccccgag gaccgcagcc agcccggcca ggacugccgc uuccguguca 360
cacaacugcc caacgggcgu gacuuccaca ugagcguggu cagggcccgg cgcaaugaca 420
gcggcaccua ccucuguggg gccaucuccc uggcccccaa ggcgcagauc aaagagagcc 480
ugcgggcaga gcucagggug acagagagaa gggcagaagu gcccacagcc caccccagcc 540
ccucacccag gccagccggc caguuccaaa cccugguggu uggugucgug ggcggccugc 600
ugggcagccu ggugcugcua gucugggucc uggccgucau cugcucccgg gccgcacgag 660
ggacaauagg agccaggcgc accggccagc cccugaagga ggaccccuca gccgugccug 720
uguucucugu ggacuauggg gagcuggauu uccaguggcg agagaagacc ccggagcccc 780
ccgugcccug ugucccugag cagacggagu augccaccau ugucuuuccu agcggaaugg 840
gcaccucauc ccccgcccgc aggggcucag cugacggccc ucggagugcc cagccacuga 900
ggccugagga uggacacugc ucuuggcccc ucugaccggc uuccuuggcc accaguguuc 960
ugcagacccu ccaccaugag cccgggucag cgcauuuccu caggagaagc aggcagggug 1020
caggccauug caggccgucc aggggcugag cugccugggg gcgaccgggg cuccagccug 1080
caccugcacc aggcacagcc ccaccacagg acucaugucu caaugcccac agugagccca 1140
ggcagcaggu gucaccgucc ccuacaggga gggccagaug cagucacugc uucagguccu 1200
gccagcacag agcugccugc guccagcucc cugaaucucu gcugcugcug cugcugcugc 1260
ugcugcugcc ugcggcccgg ggcugaaggc gccguggccc ugccugacgc cccggagccu 1320
ccugccugaa cuugggggcu gguuggagau ggccuuggag cagccaaggu gccccuggca 1380
guggcauccc gaaacgcccu ggacgcaggg cccaagacug ggcacaggag ugggagguac 1440
auggggcugg ggacucccca ggaguuaucu gcucccugca ggccuagaga aguuucaggg 1500
aaggucagaa gagcuccugg cugugguggg cagggcagga aaccccucca ccuuuacaca 1560
ugcccaggca gcaccucagg cccuuugugg ggcagggaag cugaggcagu aagcgggcag 1620
gcagagcugg aggccuuuca ggcccagcca gcacucuggc cuccugccgc cgcauuccac 1680
cccagccccu cacaccacuc gggagaggga cauccuacgg ucccaagguc aggagggcag 1740
ggcugggguu gacucaggcc ccucccagcu guggccaccu ggguguuggg agggcagaag 1800
ugcaggcacc uagggccccc caugugccca cccugggagc ucuccuugga acccauuccu 1860
gaaauuauuu aaagggguug gccgggcucc caccagggcc ugggugggaa gguacaggcg 1920
uucccccggg gccuaguacc cccgccgugg ccuauccacu ccucacaucc acacacugca 1980
cccccacucc uggggcaggg ccaccagcau ccaggcggcc agcaggcacc ugaguggcug 2040
ggacaaggga ucccccuucc cugugguucu auuauauuau aauuauaauu aaauaugaga 2100
gcaugcuaag gaaaa 2115
<210> 36
<211> 288
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 36
Met Gln Ile Pro Gln Ala Pro Trp Pro Val Val Trp Ala Val Leu Gln
1 5 10 15
Leu Gly Trp Arg Pro Gly Trp Phe Leu Asp Ser Pro Asp Arg Pro Trp
20 25 30
Asn Pro Pro Thr Phe Ser Pro Ala Leu Leu Val Val Thr Glu Gly Asp
35 40 45
Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Phe Ser Asn Thr Ser Glu Ser Phe Val
50 55 60
Leu Asn Trp Tyr Arg Met Ser Pro Ser Asn Gln Thr Asp Lys Leu Ala
65 70 75 80
Ala Phe Pro Glu Asp Arg Ser Gln Pro Gly Gln Asp Cys Arg Phe Arg
85 90 95
Val Thr Gln Leu Pro Asn Gly Arg Asp Phe His Met Ser Val Val Arg
100 105 110
Ala Arg Arg Asn Asp Ser Gly Thr Tyr Leu Cys Gly Ala Ile Ser Leu
115 120 125
Ala Pro Lys Ala Gln Ile Lys Glu Ser Leu Arg Ala Glu Leu Arg Val
130 135 140
Thr Glu Arg Arg Ala Glu Val Pro Thr Ala His Pro Ser Pro Ser Pro
145 150 155 160
Arg Pro Ala Gly Gln Phe Gln Thr Leu Val Val Gly Val Val Gly Gly
165 170 175
Leu Leu Gly Ser Leu Val Leu Leu Val Trp Val Leu Ala Val Ile Cys
180 185 190
Ser Arg Ala Ala Arg Gly Thr Ile Gly Ala Arg Arg Thr Gly Gln Pro
195 200 205
Leu Lys Glu Asp Pro Ser Ala Val Pro Val Phe Ser Val Asp Tyr Gly
210 215 220
Glu Leu Asp Phe Gln Trp Arg Glu Lys Thr Pro Glu Pro Pro Val Pro
225 230 235 240
Cys Val Pro Glu Gln Thr Glu Tyr Ala Thr Ile Val Phe Pro Ser Gly
245 250 255
Met Gly Thr Ser Ser Pro Ala Arg Arg Gly Ser Ala Asp Gly Pro Arg
260 265 270
Ser Ala Gln Pro Leu Arg Pro Glu Asp Gly His Cys Ser Trp Pro Leu
275 280 285
<210> 37
<211> 2033
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 37
cuucugugug ugcacaugug uaauacauau cugggaucaa agcuaucuau auaaaguccu 60
ugauucugug uggguucaaa cacauuucaa agcuucagga uccugaaagg uuuugcucua 120
cuuccugaag accugaacac cgcucccaua aagccauggc uugccuugga uuucagcggc 180
acaaggcuca gcugaaccug gcuaccagga ccuggcccug cacucuccug uuuuuucuuc 240
ucuucauccc ugucuucugc aaagcaaugc acguggccca gccugcugug guacuggcca 300
gcagccgagg caucgccagc uuugugugug aguaugcauc uccaggcaaa gccacugagg 360
uccgggugac agugcuucgg caggcugaca gccaggugac ugaagucugu gcggcaaccu 420
acaugauggg gaaugaguug accuuccuag augauuccau cugcacgggc accuccagug 480
gaaaucaagu gaaccucacu auccaaggac ugagggccau ggacacggga cucuacaucu 540
gcaaggugga gcucauguac ccaccgccau acuaccuggg cauaggcaac ggaacccaga 600
uuuauguaau ugauccagaa ccgugcccag auucugacuu ccuccucugg auccuugcag 660
caguuaguuc gggguuguuu uuuuauagcu uucuccucac agcuguuucu uugagcaaaa 720
ugcuaaagaa aagaagcccu cuuacaacag gggucuaugu gaaaaugccc ccaacagagc 780
cagaauguga aaagcaauuu cagccuuauu uuauucccau caauugagaa accauuauga 840
agaagagagu ccauauuuca auuuccaaga gcugaggcaa uucuaacuuu uuugcuaucc 900
agcuauuuuu auuuguuugu gcauuugggg ggaauucauc ucucuuuaau auaaaguugg 960
augcggaacc caaauuacgu guacuacaau uuaaagcaaa ggaguagaaa gacagagcug 1020
ggauguuucu gucacaucag cuccacuuuc agugaaagca ucacuuggga uuaauauggg 1080
gaugcagcau uaugaugugg gucaaggaau uaaguuaggg aauggcacag cccaaagaag 1140
gaaaaggcag ggagcgaggg agaagacuau auuguacaca ccuuauauuu acguaugaga 1200
cguuuauagc cgaaaugauc uuuucaaguu aaauuuuaug ccuuuuauuu cuuaaacaaa 1260
uguaugauua caucaaggcu ucaaaaauac ucacauggcu auguuuuagc cagugaugcu 1320
aaagguugua uugcauauau acauauauau auauauauau auauauauau auauauauau 1380
auauauauau auauauauuu uaauuugaua guauugugca uagagccacg uauguuuuug 1440
uguauuuguu aaugguuuga auauaaacac uauauggcag ugucuuucca ccuugggucc 1500
cagggaaguu uuguggagga gcucaggaca cuaauacacc agguagaaca caaggucauu 1560
ugcuaacuag cuuggaaacu ggaugagguc auagcagugc uugauugcgu ggaauugugc 1620
ugaguuggug uugacaugug cuuuggggcu uuuacaccag uuccuuucaa ugguuugcaa 1680
ggaagccaca gcugguggua ucugaguuga cuugacagaa cacugucuug aagacaaugg 1740
cuuacuccag gagacccaca gguaugaccu ucuaggaagc uccaguucga ugggcccaau 1800
ucuuacaaac augugguuaa ugccauggac agaagaaggc agcagguggc agaauggggu 1860
gcaugaaggu uucugaaaau uaacacugcu uguguuuuua acucaauauu uuccaugaaa 1920
augcaacaac auguauaaua uuuuuaauua aauaaaaauc uguggugguc guuuuaaaaa 1980
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa 2033
<210> 38
<211> 223
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 38
Met Ala Cys Leu Gly Phe Gln Arg His Lys Ala Gln Leu Asn Leu Ala
1 5 10 15
Thr Arg Thr Trp Pro Cys Thr Leu Leu Phe Phe Leu Leu Phe Ile Pro
20 25 30
Val Phe Cys Lys Ala Met His Val Ala Gln Pro Ala Val Val Leu Ala
35 40 45
Ser Ser Arg Gly Ile Ala Ser Phe Val Cys Glu Tyr Ala Ser Pro Gly
50 55 60
Lys Ala Thr Glu Val Arg Val Thr Val Leu Arg Gln Ala Asp Ser Gln
65 70 75 80
Val Thr Glu Val Cys Ala Ala Thr Tyr Met Met Gly Asn Glu Leu Thr
85 90 95
Phe Leu Asp Asp Ser Ile Cys Thr Gly Thr Ser Ser Gly Asn Gln Val
100 105 110
Asn Leu Thr Ile Gln Gly Leu Arg Ala Met Asp Thr Gly Leu Tyr Ile
115 120 125
Cys Lys Val Glu Leu Met Tyr Pro Pro Pro Tyr Tyr Leu Gly Ile Gly
130 135 140
Asn Gly Thr Gln Ile Tyr Val Ile Asp Pro Glu Pro Cys Pro Asp Ser
145 150 155 160
Asp Phe Leu Leu Trp Ile Leu Ala Ala Val Ser Ser Gly Leu Phe Phe
165 170 175
Tyr Ser Phe Leu Leu Thr Ala Val Ser Leu Ser Lys Met Leu Lys Lys
180 185 190
Arg Ser Pro Leu Thr Thr Gly Val Tyr Val Lys Met Pro Pro Thr Glu
195 200 205
Pro Glu Cys Glu Lys Gln Phe Gln Pro Tyr Phe Ile Pro Ile Asn
210 215 220
<210> 39
<211> 2978
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 39
cguccuaucu gcagucggcu acuuucagug gcagaagagg ccacaucugc uuccuguagg 60
cccucugggc agaagcaugc gcuggugucu ccuccugauc ugggcccagg ggcugaggca 120
ggcuccccuc gccucaggaa ugaugacagg cacaauagaa acaacgggga acauuucugc 180
agagaaaggu ggcucuauca ucuuacaaug ucaccucucc uccaccacgg cacaagugac 240
ccaggucaac ugggagcagc aggaccagcu ucuggccauu uguaaugcug acuuggggug 300
gcacaucucc ccauccuuca aggaucgagu ggccccaggu cccggccugg gccucacccu 360
ccagucgcug accgugaacg auacagggga guacuucugc aucuaucaca ccuacccuga 420
ugggacguac acugggagaa ucuuccugga gguccuagaa agcucagugg cugagcacgg 480
ugccagguuc cagauuccau ugcuuggagc cauggccgcg acgcuggugg ucaucugcac 540
agcagucauc gugguggucg cguugacuag aaagaagaaa gcccucagaa uccauucugu 600
ggaaggugac cucaggagaa aaucagcugg acaggaggaa uggagcccca gugcucccuc 660
acccccagga agcugugucc aggcagaagc ugcaccugcu gggcucugug gagagcagcg 720
gggagaggac ugugccgagc ugcaugacua cuucaauguc cugaguuaca gaagccuggg 780
uaacugcagc uucuucacag agacugguua gcaaccagag gcaucuucug gaagauacac 840
uuuugucuuu gcuauuauag augaauauau aagcagcugu acucuccauc agugcugcgu 900
gugugugugu guguguaugu gugugugugu ucaguugagu gaauaaaugu cauccucuuc 960
uccaucuuca uuuccuuggc cuuuucguuc uauuccauuu ugcauuaugg caggccuagg 1020
gugaguaacg uggaucuuga ucauaaaugc aaaauuaaaa aauaucuuga ccugguuuua 1080
aaucuggcag uuugagcaga uccuaugucu cugagagaca cauuccucau aauggccagc 1140
auuuugggcu acaagguuuu gugguugaug augaggaugg caugacugca gagccauccu 1200
caucucauuu uuucacguca uuuucaguaa cuuucacuca uucaaaggca gguuauaagu 1260
aaguccuggu agcagccucu auggggagau uugagaguga cuaaaucuug guaucugccc 1320
ucaagaacuu acaguuaaau ggggagacaa uguugucaug aaaagguauu auaguaagga 1380
gagaaggaga cauacacagg ccuucaggaa gagacgacag uuugggguga gguaguuggc 1440
auaggcuuau cugugaugaa guggccuggg agcaccaagg ggauguugag gcuagucugg 1500
gaggagcagg aguuuugucu agggaacuug uaggaaauuc uuggagcuga aagucccaca 1560
aagaaggccc uggcaccaag ggagucagca aacuucagau uuuauucucu gggcaggcau 1620
uucaaguuuc cuuuugcugu gacauacuca uccauuagac agccugauac aggccuguag 1680
ccucuuccgg ccgugugugc uggggaagcc ccaggaaacg cacaugccca cacagggagc 1740
caagucguag cauuugggcc uugaucuacc uuuucugcau caauacacuc uugagccuuu 1800
gaaaaaagaa cguuucccac uaaaaagaaa auguggauuu uuaaaauagg gacucuuccu 1860
aggggaaaaa ggggggcugg gagugauaga ggguuuaaaa aauaaacacc uucaaacuaa 1920
cuucuucgaa cccuuuuauu cacucccuga cgacuuugug cugggguugg gguaacugaa 1980
ccgcuuauuu cuguuuaauu gcauucaggc uggaucuuag aagacuuuua uccuuccacc 2040
aucucucuca gaggaaugag cggggagguu ggauuuacug gugacugauu uucuuucaug 2100
ggccaaggaa cugaaagaga augugaagca agguuguguc uugcgcaugg uuaaaaauaa 2160
agcauugucc ugcuuccuaa gacuuagacu gggguugaca auuguuuuag caacaagaca 2220
auucaacuau uucuccuagg auuuuuauua uuauuauuuu uucacuuuuc uaccaaaugg 2280
guuacauagg aagaaugaac ugaaaucugu ccagagcucc aaguccuuug gaagaaagau 2340
uagaugaacg uaaaaauguu guuguuugcu guggcaguuu acagcauuuu ucuugcaaaa 2400
uuagugcaaa ucuguuggaa auagaacaca auucacaaau uggaagugaa cuaaaaugua 2460
augacgaaaa gggaguagug uuuugauuug gaggaggugu auauucggca gagguuggac 2520
ugagaguugg guguuauuua acauaauuau gguaauuggg aaacauuuau aaacacuauu 2580
gggaugguga uaaaauacaa aagggccuau agauguuaga aaugggucag guuacugaaa 2640
ugggauucaa uuugaaaaaa auuuuuuuaa auagaacuca cugaacuaga uucuccucug 2700
agaaccagag aagaccauuu cauaguugga uuccuggaga caugcgcuau ccaccacgua 2760
gccacuuucc acauguggcc aucaaccacu uaagaugggg uuaguuuaaa ucaagaugug 2820
cuguuauaau ugguauaagc auaaaaucac acuagauucu ggagauuuaa uaugaauaau 2880
aagaauacua uuucaguagu uuugguauau ugugugucaa aaaugauaau auuuuggaug 2940
uauuggguga aauaaaauau uaacauuaaa aaaaaaaa 2978
<210> 40
<211> 244
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 40
Met Arg Trp Cys Leu Leu Leu Ile Trp Ala Gln Gly Leu Arg Gln Ala
1 5 10 15
Pro Leu Ala Ser Gly Met Met Thr Gly Thr Ile Glu Thr Thr Gly Asn
20 25 30
Ile Ser Ala Glu Lys Gly Gly Ser Ile Ile Leu Gln Cys His Leu Ser
35 40 45
Ser Thr Thr Ala Gln Val Thr Gln Val Asn Trp Glu Gln Gln Asp Gln
50 55 60
Leu Leu Ala Ile Cys Asn Ala Asp Leu Gly Trp His Ile Ser Pro Ser
65 70 75 80
Phe Lys Asp Arg Val Ala Pro Gly Pro Gly Leu Gly Leu Thr Leu Gln
85 90 95
Ser Leu Thr Val Asn Asp Thr Gly Glu Tyr Phe Cys Ile Tyr His Thr
100 105 110
Tyr Pro Asp Gly Thr Tyr Thr Gly Arg Ile Phe Leu Glu Val Leu Glu
115 120 125
Ser Ser Val Ala Glu His Gly Ala Arg Phe Gln Ile Pro Leu Leu Gly
130 135 140
Ala Met Ala Ala Thr Leu Val Val Ile Cys Thr Ala Val Ile Val Val
145 150 155 160
Val Ala Leu Thr Arg Lys Lys Lys Ala Leu Arg Ile His Ser Val Glu
165 170 175
Gly Asp Leu Arg Arg Lys Ser Ala Gly Gln Glu Glu Trp Ser Pro Ser
180 185 190
Ala Pro Ser Pro Pro Gly Ser Cys Val Gln Ala Glu Ala Ala Pro Ala
195 200 205
Gly Leu Cys Gly Glu Gln Arg Gly Glu Asp Cys Ala Glu Leu His Asp
210 215 220
Tyr Phe Asn Val Leu Ser Tyr Arg Ser Leu Gly Asn Cys Ser Phe Phe
225 230 235 240
Thr Glu Thr Gly
<210> 41
<211> 1944
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 41
aauuucucac ugccccugug auaaacugug gucacuggcu guggcagcaa cuauuauaag 60
augcucugaa aacucuucag acacugaggg gcaccagagg agcagacuac aagaauggca 120
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aacaugcuca gcauugauca ucucacagac cacaagucac agcgccuugc acgucuaguu 360
cugggaugca ucaccauggc auaugugugg ggcaaagguc auggagaugu ccguaagguc 420
uugccaagaa auauugcugu uccuuacugc caacucucca agaaacugga acugccuccu 480
auuuugguuu augcagacug ugucuuggca aacuggaaga aaaaggaucc uaauaagccc 540
cugacuuaug agaacaugga cguuuuguuc ucauuucgug auggagacug caguaaagga 600
uucuuccugg ucucucuauu gguggaaaua gcagcugcuu cugcaaucaa aguaauuccu 660
acuguauuca aggcaaugca aaugcaagaa cgggacacuu ugcuaaaggc gcuguuggaa 720
auagcuucuu gcuuggagaa agcccuucaa guguuucacc aaauccacga ucaugugaac 780
ccaaaagcau uuuucagugu ucuucgcaua uauuugucug gcuggaaagg caacccccag 840
cuaucagacg gucuggugua ugaaggguuc ugggaagacc caaaggaguu ugcagggggc 900
agugcaggcc aaagcagcgu cuuucagugc uuugacgucc ugcugggcau ccagcagacu 960
gcugguggag gacaugcugc ucaguuccuc caggacauga gaagauauau gccaccagcu 1020
cacaggaacu uccugugcuc auuagaguca aaucccucag uccgugaguu uguccuuuca 1080
aaaggugaug cuggccugcg ggaagcuuau gacgccugug ugaaagcucu ggucucccug 1140
aggagcuacc aucugcaaau cgugacuaag uacauccuga uuccugcaag ccagcagcca 1200
aaggagaaua agaccucuga agacccuuca aaacuggaag ccaaaggaac uggaggcacu 1260
gauuuaauga auuuccugaa gacuguaaga aguacaacug agaaaucccu uuugaaggaa 1320
gguuaaugua acccaacaag agcacauuuu aucauagcag agacaucugu augcauuccu 1380
gucauuaccc auuguaacag agccacaaac uaauacuaug caauguuuua ccaauaaugc 1440
aauacaaaag accucaaaau accugugcau uucuuguagg aaaacaacaa aagguaauua 1500
uguguaauua uacuagaagu uuuguaaucu guaucuuauc auuggaauaa aaugacauuc 1560
aauaaauaaa aaugcauaag auauauucug ucggcugggc gcgguggcuc acgccuguaa 1620
ucccagcacu uugggaggcc gaggcgggcg gaucacaagg ucaggagauc gagaccaucu 1680
uggcuaacac ggugaaaccc cgucucuacu aaaaauacaa aaaauuagcc gggcgcggug 1740
gcgggcaccu guagucccag cuacucggga ggcugaggca ggagaauggc gugaaccugg 1800
gaggcggagc uugcagugag ccaagauugu gccacugcaa uccggccugg gcuaaagagc 1860
gggacuccgu cucaaaaaaa aaaaaaaaaa gauauauucu gucauaauaa auaaaaaugc 1920
auaagauaua aaaaaaaaaa aaaa 1944
<210> 42
<211> 403
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 42
Met Ala His Ala Met Glu Asn Ser Trp Thr Ile Ser Lys Glu Tyr His
1 5 10 15
Ile Asp Glu Glu Val Gly Phe Ala Leu Pro Asn Pro Gln Glu Asn Leu
20 25 30
Pro Asp Phe Tyr Asn Asp Trp Met Phe Ile Ala Lys His Leu Pro Asp
35 40 45
Leu Ile Glu Ser Gly Gln Leu Arg Glu Arg Val Glu Lys Leu Asn Met
50 55 60
Leu Ser Ile Asp His Leu Thr Asp His Lys Ser Gln Arg Leu Ala Arg
65 70 75 80
Leu Val Leu Gly Cys Ile Thr Met Ala Tyr Val Trp Gly Lys Gly His
85 90 95
Gly Asp Val Arg Lys Val Leu Pro Arg Asn Ile Ala Val Pro Tyr Cys
100 105 110
Gln Leu Ser Lys Lys Leu Glu Leu Pro Pro Ile Leu Val Tyr Ala Asp
115 120 125
Cys Val Leu Ala Asn Trp Lys Lys Lys Asp Pro Asn Lys Pro Leu Thr
130 135 140
Tyr Glu Asn Met Asp Val Leu Phe Ser Phe Arg Asp Gly Asp Cys Ser
145 150 155 160
Lys Gly Phe Phe Leu Val Ser Leu Leu Val Glu Ile Ala Ala Ala Ser
165 170 175
Ala Ile Lys Val Ile Pro Thr Val Phe Lys Ala Met Gln Met Gln Glu
180 185 190
Arg Asp Thr Leu Leu Lys Ala Leu Leu Glu Ile Ala Ser Cys Leu Glu
195 200 205
Lys Ala Leu Gln Val Phe His Gln Ile His Asp His Val Asn Pro Lys
210 215 220
Ala Phe Phe Ser Val Leu Arg Ile Tyr Leu Ser Gly Trp Lys Gly Asn
225 230 235 240
Pro Gln Leu Ser Asp Gly Leu Val Tyr Glu Gly Phe Trp Glu Asp Pro
245 250 255
Lys Glu Phe Ala Gly Gly Ser Ala Gly Gln Ser Ser Val Phe Gln Cys
260 265 270
Phe Asp Val Leu Leu Gly Ile Gln Gln Thr Ala Gly Gly Gly His Ala
275 280 285
Ala Gln Phe Leu Gln Asp Met Arg Arg Tyr Met Pro Pro Ala His Arg
290 295 300
Asn Phe Leu Cys Ser Leu Glu Ser Asn Pro Ser Val Arg Glu Phe Val
305 310 315 320
Leu Ser Lys Gly Asp Ala Gly Leu Arg Glu Ala Tyr Asp Ala Cys Val
325 330 335
Lys Ala Leu Val Ser Leu Arg Ser Tyr His Leu Gln Ile Val Thr Lys
340 345 350
Tyr Ile Leu Ile Pro Ala Ser Gln Gln Pro Lys Glu Asn Lys Thr Ser
355 360 365
Glu Asp Pro Ser Lys Leu Glu Ala Lys Gly Thr Gly Gly Thr Asp Leu
370 375 380
Met Asn Phe Leu Lys Thr Val Arg Ser Thr Thr Glu Lys Ser Leu Leu
385 390 395 400
Lys Glu Gly
<210> 43
<211> 1135
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 43
uuccuccucc gagagcggac agaucucugg gugcugggcg gucauggcgc uacuagaugu 60
augcggagcc ccccgagggc agcggccgga aucggcucuc ccgguugcgg gaagcgggcg 120
ucgcucggac ccaggacacu acaguuucuc uaugcgaucu ccagagcucg cuuuaccccg 180
gggaaugcag cccacagaau ucuuccaguc ccuggguggg gacggagaaa ggaacguuca 240
gauugagaug gcccauggca ccaccacgcu cgccuucaag uuccagcaug gagugauugc 300
agcaguggau ucucgggccu cagcuggguc cuacauuagu gccuuacggg ugaacaaggu 360
gauugagauu aacccuuacc ugcuuggcac caugucuggc ugugcagcag acugucagua 420
cugggagcgc cugcuggcca aggaaugcag gcuguacuau cugcgaaaug gagaacguau 480
uucagugucg gcagccucca agcugcuguc caacaugaug ugccaguacc ggggcauggg 540
ccucucuaug ggcaguauga ucuguggcug ggauaagaag gguccuggac ucuacuacgu 600
ggaugaacau gggacucggc ucucaggaaa uauguucucc acggguagug ggaacacuua 660
ugccuacggg gucauggaca guggcuaucg gccuaaucuu agcccugaag aggccuauga 720
ccuuggccgc agggcuauug cuuaugccac ucacagagac agcuauucug gaggcguugu 780
caauauguac cacaugaagg aagaugguug ggugaaagua gaaaguacag augucaguga 840
ccugcugcac caguaccggg aagccaauca auaauggugg ugguggcagc ugggcagguc 900
uccucuggga ggucuuggcc gacucaggga ccuaagccac guuaagucca aggagaagaa 960
gaggccuagc cugagccaaa gagagaguac gggcucagca gccagaggag gccggugaag 1020
ugcaucuucu gcguguucuc uauuugaaca agcauuuccc ccagggaagu uucugggugc 1080
cccacuaagu agaauaaaga aaaacgguua uaaauaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa 1135
<210> 44
<211> 276
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 44
Met Ala Leu Leu Asp Val Cys Gly Ala Pro Arg Gly Gln Arg Pro Glu
1 5 10 15
Ser Ala Leu Pro Val Ala Gly Ser Gly Arg Arg Ser Asp Pro Gly His
20 25 30
Tyr Ser Phe Ser Met Arg Ser Pro Glu Leu Ala Leu Pro Arg Gly Met
35 40 45
Gln Pro Thr Glu Phe Phe Gln Ser Leu Gly Gly Asp Gly Glu Arg Asn
50 55 60
Val Gln Ile Glu Met Ala His Gly Thr Thr Thr Leu Ala Phe Lys Phe
65 70 75 80
Gln His Gly Val Ile Ala Ala Val Asp Ser Arg Ala Ser Ala Gly Ser
85 90 95
Tyr Ile Ser Ala Leu Arg Val Asn Lys Val Ile Glu Ile Asn Pro Tyr
100 105 110
Leu Leu Gly Thr Met Ser Gly Cys Ala Ala Asp Cys Gln Tyr Trp Glu
115 120 125
Arg Leu Leu Ala Lys Glu Cys Arg Leu Tyr Tyr Leu Arg Asn Gly Glu
130 135 140
Arg Ile Ser Val Ser Ala Ala Ser Lys Leu Leu Ser Asn Met Met Cys
145 150 155 160
Gln Tyr Arg Gly Met Gly Leu Ser Met Gly Ser Met Ile Cys Gly Trp
165 170 175
Asp Lys Lys Gly Pro Gly Leu Tyr Tyr Val Asp Glu His Gly Thr Arg
180 185 190
Leu Ser Gly Asn Met Phe Ser Thr Gly Ser Gly Asn Thr Tyr Ala Tyr
195 200 205
Gly Val Met Asp Ser Gly Tyr Arg Pro Asn Leu Ser Pro Glu Glu Ala
210 215 220
Tyr Asp Leu Gly Arg Arg Ala Ile Ala Tyr Ala Thr His Arg Asp Ser
225 230 235 240
Tyr Ser Gly Gly Val Val Asn Met Tyr His Met Lys Glu Asp Gly Trp
245 250 255
Val Lys Val Glu Ser Thr Asp Val Ser Asp Leu Leu His Gln Tyr Arg
260 265 270
Glu Ala Asn Gln
275
<210> 45
<211> 1048
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 45
gcgcguugug cgcuguccca gguuggaaac cagugcccca ggcggcgagg agagcggugc 60
cuugcaggga ugcugcgggc gggagcacca accggggacu uaccccgggc gggagaaguc 120
cacaccggga ccaccaucau ggcaguggag uuugacgggg gcguugugau ggguucugau 180
ucccgagugu cugcaggcga ggcgguggug aaccgagugu uugacaagcu guccccgcug 240
cacgagcgca ucuacugugc acucucuggu ucagcugcug augcccaagc cguggccgac 300
auggccgccu accagcugga gcuccauggg auagaacugg aggaaccucc acuuguuuug 360
gcugcugcaa auguggugag aaauaucagc uauaaauauc gagaggacuu gucugcacau 420
cucaugguag cuggcuggga ccaacgugaa ggaggucagg uauauggaac ccugggagga 480
augcugacuc gacagccuuu ugccauuggu ggcuccggca gcaccuuuau cuaugguuau 540
guggaugcag cauauaagcc aggcaugucu cccgaggagu gcaggcgcuu caccacagac 600
gcuauugcuc uggccaugag ccgggauggc ucaagcgggg gugucaucua ccuggucacu 660
auuacagcug ccggugugga ccaucgaguc aucuugggca augaacugcc aaaauucuau 720
gaugagugaa ccuuccccag acuucucuuu cuuauuuugu aauaaacucu cuagggccaa 780
aaccugguau ggucauuggg aaaugagugc ucagggagau ggagcuuagg ggaggugggu 840
gcuucccucc uagaugucag cauacacucu uucuucuuuu gucccagguc uaaaacaucu 900
uuccuagaga aaacaaaagg gacuaaacua gaaauauaaa gagcccuaua caugacaggu 960
gaucacguac ugaaugauuu ugaaguagua caaacaauaa aaauucucau uccgcaucau 1020
caugcggucc augaugauga ggccgcaa 1048
<210> 46
<211> 219
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 46
Met Leu Arg Ala Gly Ala Pro Thr Gly Asp Leu Pro Arg Ala Gly Glu
1 5 10 15
Val His Thr Gly Thr Thr Ile Met Ala Val Glu Phe Asp Gly Gly Val
20 25 30
Val Met Gly Ser Asp Ser Arg Val Ser Ala Gly Glu Ala Val Val Asn
35 40 45
Arg Val Phe Asp Lys Leu Ser Pro Leu His Glu Arg Ile Tyr Cys Ala
50 55 60
Leu Ser Gly Ser Ala Ala Asp Ala Gln Ala Val Ala Asp Met Ala Ala
65 70 75 80
Tyr Gln Leu Glu Leu His Gly Ile Glu Leu Glu Glu Pro Pro Leu Val
85 90 95
Leu Ala Ala Ala Asn Val Val Arg Asn Ile Ser Tyr Lys Tyr Arg Glu
100 105 110
Asp Leu Ser Ala His Leu Met Val Ala Gly Trp Asp Gln Arg Glu Gly
115 120 125
Gly Gln Val Tyr Gly Thr Leu Gly Gly Met Leu Thr Arg Gln Pro Phe
130 135 140
Ala Ile Gly Gly Ser Gly Ser Thr Phe Ile Tyr Gly Tyr Val Asp Ala
145 150 155 160
Ala Tyr Lys Pro Gly Met Ser Pro Glu Glu Cys Arg Arg Phe Thr Thr
165 170 175
Asp Ala Ile Ala Leu Ala Met Ser Arg Asp Gly Ser Ser Gly Gly Val
180 185 190
Ile Tyr Leu Val Thr Ile Thr Ala Ala Gly Val Asp His Arg Val Ile
195 200 205
Leu Gly Asn Glu Leu Pro Lys Phe Tyr Asp Glu
210 215
<210> 47
<211> 2974
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 47
gugugcguga uggagaaaau ugggcaccag ggcugcuccc gagauucuca gaucugauuu 60
ccacgcuugc uaccaaaaua gucugggcag gccacuuuug gaaguaggcg uuaucuagug 120
agcaggcggc cgcuuucgau uucgcuuucc ccuaaauggc ugagcuucuc gccagcgcag 180
gaucagccug uuccugggac uuuccgagag ccccgcccuc guucccuccc ccagccgcca 240
guaggggagg acucggcggu acccggagcu ucaggcccca ccggggcgcg gagaguccca 300
ggcccggccg ggaccgggac ggcguccgag ugccaauggc uagcucuagg ugucccgcuc 360
cccgcgggug ccgcugccuc cccggagcuu cucucgcaug gcuggggaca guacugcuac 420
uucucgccga cugggugcug cuccggaccg cgcugccccg cauauucucc cugcuggugc 480
ccaccgcgcu gccacugcuc cgggucuggg cggugggccu gagccgcugg gccgugcucu 540
ggcugggggc cugcgggguc cucagggcaa cgguuggcuc caagagcgaa aacgcaggug 600
cccagggcug gcuggcugcu uugaagccau uagcugcggc acugggcuug gcccugccgg 660
gacuugccuu guuccgagag cugaucucau ggggagcccc cggguccgcg gauagcacca 720
ggcuacugca cuggggaagu cacccuaccg ccuucguugu caguuaugca gcggcacugc 780
ccgcagcagc ccuguggcac aaacucggga gccucugggu gcccggcggu cagggcggcu 840
cuggaaaccc ugugcgucgg cuucuaggcu gccugggcuc ggagacgcgc cgccucucgc 900
uguuccuggu ccuggugguc cucuccucuc uuggggagau ggccauucca uucuuuacgg 960
gccgccucac ugacuggauu cuacaagaug gcucagccga uaccuucacu cgaaacuuaa 1020
cucucauguc cauucucacc auagccagug cagugcugga guucgugggu gacgggaucu 1080
auaacaacac caugggccac gugcacagcc acuugcaggg agagguguuu ggggcugucc 1140
ugcgccagga gacggaguuu uuccaacaga accagacagg uaacaucaug ucucggguaa 1200
cagaggacac guccacccug agugauucuc ugagugagaa ucugagcuua uuucuguggu 1260
accuggugcg aggccuaugu cucuugggga ucaugcucug gggaucagug ucccucacca 1320
uggucacccu gaucacccug ccucugcuuu uccuucugcc caagaaggug ggaaaauggu 1380
accaguugcu ggaagugcag gugcgggaau cucuggcaaa guccagccag guggccauug 1440
aggcucuguc ggccaugccu acaguucgaa gcuuugccaa cgaggagggc gaagcccaga 1500
aguuuaggga aaagcugcaa gaaauaaaga cacucaacca gaaggaggcu guggccuaug 1560
cagucaacuc cuggaccacu aguauuucag guaugcugcu gaaaguggga auccucuaca 1620
uuggugggca gcuggugacc aguggggcug uaagcagugg gaaccuuguc acauuuguuc 1680
ucuaccagau gcaguucacc caggcugugg agguacugcu cuccaucuac cccagaguac 1740
agaaggcugu gggcuccuca gagaaaauau uugaguaccu ggaccgcacc ccucgcugcc 1800
cacccagugg ucuguugacu cccuuacacu uggagggccu uguccaguuc caagaugucu 1860
ccuuugccua cccaaaccgc ccagaugucu uagugcuaca ggggcugaca uucacccuac 1920
gcccuggcga ggugacggcg cuggugggac ccaauggguc ugggaagagc acaguggcug 1980
cccugcugca gaaucuguac cagcccaccg ggggacagcu gcuguuggau gggaagcccc 2040
uuccccaaua ugagcaccgc uaccugcaca ggcagguggc ugcaguggga caagagccac 2100
agguauuugg aagaagucuu caagaaaaua uugccuaugg ccugacccag aagccaacua 2160
uggaggaaau cacagcugcu gcaguaaagu cuggggccca uaguuucauc ucuggacucc 2220
cucagggcua ugacacagag guagacgagg cugggagcca gcugucaggg ggucagcgac 2280
aggcaguggc guuggcccga gcauugaucc ggaaaccgug uguacuuauc cuggaugaug 2340
ccaccagugc ccuggaugca aacagccagu uacaggugga gcagcuccug uacgaaagcc 2400
cugagcggua cucccgcuca gugcuucuca ucacccagca ccucagccug guggagcagg 2460
cugaccacau ccucuuucug gaaggaggcg cuauccggga ggggggaacc caccagcagc 2520
ucauggagaa aaaggggugc uacugggcca uggugcaggc uccugcagau gcuccagaau 2580
gaaagccuuc ucagaccugc gcacuccauc ucccucccuu uucuucucuc ugugguggag 2640
aaccacagcu gcagaguagg cagcugccuc caggaugagu uacuugaaau uugccuugag 2700
uguguuaccu ccuuuccaag cuccucguga uaaugcagac uuccuggagu acaaacacag 2760
gauuuguaau uccuuacugu aacggaguuu agagccaggg cugaugcuuu gguguggcca 2820
gcacucugaa acugagaaau guucagaaug uacggaaaga ugaucagcua uuuucaacau 2880
aacugaaggc auaugcuggc ccauaaacac ccuguagguu cuugauauuu auaauaaaau 2940
ugguguuuug uaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaa 2974
<210> 48
<211> 808
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 48
Met Ala Glu Leu Leu Ala Ser Ala Gly Ser Ala Cys Ser Trp Asp Phe
1 5 10 15
Pro Arg Ala Pro Pro Ser Phe Pro Pro Pro Ala Ala Ser Arg Gly Gly
20 25 30
Leu Gly Gly Thr Arg Ser Phe Arg Pro His Arg Gly Ala Glu Ser Pro
35 40 45
Arg Pro Gly Arg Asp Arg Asp Gly Val Arg Val Pro Met Ala Ser Ser
50 55 60
Arg Cys Pro Ala Pro Arg Gly Cys Arg Cys Leu Pro Gly Ala Ser Leu
65 70 75 80
Ala Trp Leu Gly Thr Val Leu Leu Leu Leu Ala Asp Trp Val Leu Leu
85 90 95
Arg Thr Ala Leu Pro Arg Ile Phe Ser Leu Leu Val Pro Thr Ala Leu
100 105 110
Pro Leu Leu Arg Val Trp Ala Val Gly Leu Ser Arg Trp Ala Val Leu
115 120 125
Trp Leu Gly Ala Cys Gly Val Leu Arg Ala Thr Val Gly Ser Lys Ser
130 135 140
Glu Asn Ala Gly Ala Gln Gly Trp Leu Ala Ala Leu Lys Pro Leu Ala
145 150 155 160
Ala Ala Leu Gly Leu Ala Leu Pro Gly Leu Ala Leu Phe Arg Glu Leu
165 170 175
Ile Ser Trp Gly Ala Pro Gly Ser Ala Asp Ser Thr Arg Leu Leu His
180 185 190
Trp Gly Ser His Pro Thr Ala Phe Val Val Ser Tyr Ala Ala Ala Leu
195 200 205
Pro Ala Ala Ala Leu Trp His Lys Leu Gly Ser Leu Trp Val Pro Gly
210 215 220
Gly Gln Gly Gly Ser Gly Asn Pro Val Arg Arg Leu Leu Gly Cys Leu
225 230 235 240
Gly Ser Glu Thr Arg Arg Leu Ser Leu Phe Leu Val Leu Val Val Leu
245 250 255
Ser Ser Leu Gly Glu Met Ala Ile Pro Phe Phe Thr Gly Arg Leu Thr
260 265 270
Asp Trp Ile Leu Gln Asp Gly Ser Ala Asp Thr Phe Thr Arg Asn Leu
275 280 285
Thr Leu Met Ser Ile Leu Thr Ile Ala Ser Ala Val Leu Glu Phe Val
290 295 300
Gly Asp Gly Ile Tyr Asn Asn Thr Met Gly His Val His Ser His Leu
305 310 315 320
Gln Gly Glu Val Phe Gly Ala Val Leu Arg Gln Glu Thr Glu Phe Phe
325 330 335
Gln Gln Asn Gln Thr Gly Asn Ile Met Ser Arg Val Thr Glu Asp Thr
340 345 350
Ser Thr Leu Ser Asp Ser Leu Ser Glu Asn Leu Ser Leu Phe Leu Trp
355 360 365
Tyr Leu Val Arg Gly Leu Cys Leu Leu Gly Ile Met Leu Trp Gly Ser
370 375 380
Val Ser Leu Thr Met Val Thr Leu Ile Thr Leu Pro Leu Leu Phe Leu
385 390 395 400
Leu Pro Lys Lys Val Gly Lys Trp Tyr Gln Leu Leu Glu Val Gln Val
405 410 415
Arg Glu Ser Leu Ala Lys Ser Ser Gln Val Ala Ile Glu Ala Leu Ser
420 425 430
Ala Met Pro Thr Val Arg Ser Phe Ala Asn Glu Glu Gly Glu Ala Gln
435 440 445
Lys Phe Arg Glu Lys Leu Gln Glu Ile Lys Thr Leu Asn Gln Lys Glu
450 455 460
Ala Val Ala Tyr Ala Val Asn Ser Trp Thr Thr Ser Ile Ser Gly Met
465 470 475 480
Leu Leu Lys Val Gly Ile Leu Tyr Ile Gly Gly Gln Leu Val Thr Ser
485 490 495
Gly Ala Val Ser Ser Gly Asn Leu Val Thr Phe Val Leu Tyr Gln Met
500 505 510
Gln Phe Thr Gln Ala Val Glu Val Leu Leu Ser Ile Tyr Pro Arg Val
515 520 525
Gln Lys Ala Val Gly Ser Ser Glu Lys Ile Phe Glu Tyr Leu Asp Arg
530 535 540
Thr Pro Arg Cys Pro Pro Ser Gly Leu Leu Thr Pro Leu His Leu Glu
545 550 555 560
Gly Leu Val Gln Phe Gln Asp Val Ser Phe Ala Tyr Pro Asn Arg Pro
565 570 575
Asp Val Leu Val Leu Gln Gly Leu Thr Phe Thr Leu Arg Pro Gly Glu
580 585 590
Val Thr Ala Leu Val Gly Pro Asn Gly Ser Gly Lys Ser Thr Val Ala
595 600 605
Ala Leu Leu Gln Asn Leu Tyr Gln Pro Thr Gly Gly Gln Leu Leu Leu
610 615 620
Asp Gly Lys Pro Leu Pro Gln Tyr Glu His Arg Tyr Leu His Arg Gln
625 630 635 640
Val Ala Ala Val Gly Gln Glu Pro Gln Val Phe Gly Arg Ser Leu Gln
645 650 655
Glu Asn Ile Ala Tyr Gly Leu Thr Gln Lys Pro Thr Met Glu Glu Ile
660 665 670
Thr Ala Ala Ala Val Lys Ser Gly Ala His Ser Phe Ile Ser Gly Leu
675 680 685
Pro Gln Gly Tyr Asp Thr Glu Val Asp Glu Ala Gly Ser Gln Leu Ser
690 695 700
Gly Gly Gln Arg Gln Ala Val Ala Leu Ala Arg Ala Leu Ile Arg Lys
705 710 715 720
Pro Cys Val Leu Ile Leu Asp Asp Ala Thr Ser Ala Leu Asp Ala Asn
725 730 735
Ser Gln Leu Gln Val Glu Gln Leu Leu Tyr Glu Ser Pro Glu Arg Tyr
740 745 750
Ser Arg Ser Val Leu Leu Ile Thr Gln His Leu Ser Leu Val Glu Gln
755 760 765
Ala Asp His Ile Leu Phe Leu Glu Gly Gly Ala Ile Arg Glu Gly Gly
770 775 780
Thr His Gln Gln Leu Met Glu Lys Lys Gly Cys Tyr Trp Ala Met Val
785 790 795 800
Gln Ala Pro Ala Asp Ala Pro Glu
805
<210> 49
<211> 5732
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 49
agaaugaagg ccuuggcugg ggaagcgaaa gcgaaagcug cccgagcccu gacgcccgcc 60
cuggccgagc guagcuggcg gaccagagcc gguagcgagg uugggagaga cggagcggac 120
cucagcgcug aagcagaagu ccccggagcu gcggucuccc cgccgcggcu gagccaugcg 180
gcucccugac cugagacccu ggaccucccu gcugcuggug gacgcggcuu uacuguggcu 240
gcuucagggc ccucugggga cuuugcuucc ucaagggcug ccaggacuau ggcuggaggg 300
gacccugcgg cugggagggc ugugggggcu gcuaaagcua agagggcugc ugggauuugu 360
ggggacacug cugcucccgc ucugucuggc caccccccug acugucuccc ugagagcccu 420
ggucgcgggg gccucacgug cucccccagc cagagucgcu ucagccccuu ggagcuggcu 480
gcuggugggg uacggggcug cggggcucag cuggucacug ugggcuguuc ugagcccucc 540
uggagcccag gagaaggagc aggaccaggu gaacaacaaa gucuugaugu ggaggcugcu 600
gaagcucucc aggccggacc ugccucuccu cguugccgcc uucuucuucc uuguccuugc 660
uguuuugggu gagacauuaa ucccucacua uucuggucgu gugauugaca uccugggagg 720
ugauuuugac ccccaugccu uugccagugc caucuucuuc augugccucu ucuccuuugg 780
cagcucacug ucugcaggcu gccgaggagg cugcuucacc uacaccaugu cucgaaucaa 840
cuugcggauc cgggagcagc uuuucuccuc ccugcugcgc caggaccucg guuucuucca 900
ggagacuaag acaggggagc ugaacucacg gcugagcucg gauaccaccc ugaugaguaa 960
cuggcuuccu uuaaaugcca augugcucuu gcgaagccug gugaaagugg uggggcugua 1020
uggcuucaug cucagcauau cgccucgacu cacccuccuu ucucugcugc acaugcccuu 1080
cacaauagca gcggagaagg uguacaacac ccgccaucag gaagugcuuc gggagaucca 1140
ggaugcagug gccagggcgg ggcagguggu gcgggaagcc guuggagggc ugcagaccgu 1200
ucgcaguuuu ggggccgagg agcaugaagu cugucgcuau aaagaggccc uugaacaaug 1260
ucggcagcug uauuggcgga gagaccugga acgcgccuug uaccugcucg uaaggagggu 1320
gcugcacuug ggggugcaga ugcugaugcu gagcuguggg cugcagcaga ugcaggaugg 1380
ggagcucacc cagggcagcc ugcuuuccuu uaugaucuac caggagagcg uggggagcua 1440
ugugcagacc cugguauaca uauaugggga uaugcucagc aacgugggag cugcagagaa 1500
gguuuucucc uacauggacc gacagccaaa ucugccuuca ccuggcacgc uugcccccac 1560
cacucugcag gggguuguga aauuccaaga cgucuccuuu gcauauccca aucgcccuga 1620
caggccugug cucaaggggc ugacguuuac ccuacguccu ggugagguga cggcgcuggu 1680
gggacccaau gggucuggga agagcacagu ggcugcccug cugcagaauc uguaccagcc 1740
cacaggggga caggugcugc uggaugaaaa gcccaucuca caguaugaac acugcuaccu 1800
gcacagccag gugguuucag uugggcagga gccugugcug uucuccgguu cugugaggaa 1860
caacauugcu uaugggcugc agagcugcga agaugauaag gugauggcgg cugcccaggc 1920
ugcccacgca gaugacuuca uccaggaaau ggagcaugga auauacacag auguagggga 1980
gaagggaagc cagcuggcug cgggacagaa acaacgucug gccauugccc gggcccuugu 2040
acgagacccg cggguccuca uccuggauga ggcuacuagu gcccuagaug ugcagugcga 2100
gcaggcccug caggacugga auucccgugg ggaucgcaca gugcugguga uugcucacag 2160
gcugcagaca guucagcgcg cccaccagau ccuggugcuc caggagggca agcugcagaa 2220
gcuugcccag cucuaggagg gacaggaccu cuauucccgc cuggugcagc agcggcugau 2280
ggacugaggc cccagggaua cugggcccuc uucucagggg cgucuccagg acccagagcu 2340
guuccugcuu ugaguuuccc uagagcugug cggccagaua gcuguuccug aguugcaggc 2400
acgauggaga uuuggacacu gugugcuuuu ggugggguag agaggugggg uggggugggg 2460
ugggggcugu cuguguccag gaaacuuaau ucccugguga cuagagcuuu gccuggugau 2520
gaggaguauu uuguggcaua auacauauau uuuaaaauau uuuccuucuu acaugaacug 2580
uauacauuca uauagaaaau uuagacaaua uaaaaaagua caaagaagaa aaguaaaagu 2640
acccauuguu ucacuuccug gagauaacca uaguugcuau uuugcugccu gucccaucag 2700
ucguuuaucu guuguuugag auagaaauua accaaaaaug acauaaauau ucaugagauu 2760
gccuuccuau auccuuccuu guuccuacca gugucugcua uuuugaagaa gcuagggucu 2820
ggagggacag agaacaguuc ccugauuaac aguauuaaua gcgacauugg uaacagcuac 2880
cauuuauaga guuuuaaugg gaguaggagc uaugcuaagu guuuuucaug uauuaucguu 2940
uuuaaucauu auccccaacc cuaugagguu gguuauuauc cccauuuuac agaugaggaa 3000
acugaagcuc aaagaggcuc aaugacuuuc ccaagguggu cguaguggug gaguuggagu 3060
uugaacacag gccugacccu agaguccaca cccugaccca aucaauuaua uugcaucuug 3120
gguccauaaa cccuaaucca uaaucccauc aagaaaagcu cugcugcucu uagcucuaaa 3180
uaauucagaa ucuauucucu ucucuccagu cccguuguua uagucuucac ucauagacuu 3240
aagaugaucc caucaccaga gagguuucuc uaccauuagc uucccucuuc cggccauucu 3300
ucacaaaguc auuuuucuaa auucuguguc acauacgaug auggcauuuc uggaaauucc 3360
uucaggugcu cucaagcccu gcugcagaga uccuuuucag agcacacacu guuccagccc 3420
aucugucuca cccucuccug uuguauccag cuccacgaca aacuucugcc uuccccaaca 3480
ccuuugugcc uuugcauaug guguuuucuu gcccauuuuc ugcucgacuc gccccugauu 3540
uucaaguuca agacuuaacu caggguucag gucuuccagg aggccuuacu uaugucguca 3600
gucuggggaa cucuccaugu gcuucuauca cugugcgguu accucuuuca cagcccuuuu 3660
aaaguucuau cuucccuuuc ccaccuuuuu ugaccuucca cuagaccaug agcaccuggg 3720
cggaaagcca uauaucuuau uaagcuuuau aucugcuacc uggccgaggg ccuaauucau 3780
aguggagaau aaauagucaa uugaauaaau gaauaaauau cuccaccauc guacuaaucu 3840
uaauccuccc ugcccacucc caccacugaa aaugcaacau uguacacauc acugguuguu 3900
gggagggacu uaccuuggaa aguugcuauu cuaggaaaga gaaaccuuca uauuccugga 3960
aacagcaggu aguuuccagu gcuggcaaug aauuccccag aacugcuguu uuggauuuuu 4020
ucuugccugg cagcuguugg gagcagggug cagugaggau ggggugagag ugggcaguuu 4080
cuugugcaga uuugccuuuc uuucauccug gggcugacuu gcagcuccac acccauccau 4140
cucucaaauu ucacagaggg uaaaauaggc auuuggagag aaagaacucu ggccugauuc 4200
cuuucucucc cacaaauguc cuuuauucau aaaacaggaa uaauaauucc uguaucuccc 4260
aacuacaugg aagcugcagc ccucacagaa gaagaugauc ugagaaauuc uuugauuucc 4320
ucaguacagu uauacccaug caucauaaua cuuuaagccu ggaaggcauc uuaaaaauaa 4380
ugcaacaguc aaaccuaauu uuacagagaa acugacauga aaucacgcag cuaaucauga 4440
uaaagcuggg uggaaaacuu aucuugaugg gcaguacagg aagaugcagu agaccuuaag 4500
auguccugaa aguuucuuau cucaggggaa acucccaggu aggcuuuaug ucagggacac 4560
agaaaaaugc ucccugaaag ucaaaauauu cgggcuagac agacaaauuc cuguaagugu 4620
gguuugucug ggaaccacag augucacuaa uccugguuug cuccagaguu cuuuuuguuc 4680
acuccuaccc cccaucacca uuugauugau cuccuuaccc uguaauuucc ccuucuuguc 4740
gcuuaccugc aguaucuuuc ccacccaggc augccuuauu cuuucuaaag gaaaguauga 4800
auggagaggg gaaagcuugg gaaacugaua gauuuccuug gaugccaaaa caccuccaua 4860
gccugucugc ccggcccuau guggaaacag cauugaguuu caaguccuuu augccuccac 4920
ccagggauag ccacuuguaa uccacauggc aauugugaaa caagcaggaa augcguaauu 4980
gucagaauuu uguggggaaa ggacuaggga auaaggaaaa caaagaucuu ccuuguguuu 5040
uagagcuguc agcuagagga gcaccugcuu gagucugaug ccaucuaaug gucccagaag 5100
aaacuggguu uugaaccuag aguuccaugg acucuuagga auuagacuac uacuacuacu 5160
aagcauucac uggugcuuac uaugugcuau ugcugugcca aguaucugaa accugucuuc 5220
uuaccuuauu uuucaagaua auucuaugug gcagguauua cuaucucaau ucuaagagug 5280
agaaaaugga guuuuagaaa cauuuacuaa cuugccuggg ucacauagcu aaggaagagg 5340
uggacuugcc cagcuuugca uaaaacuccu caaaagaguu gccuauacuc ccugacucca 5400
cuuaucuucc uacuauccuc uuuuuaaaau auauuauuua uuuauuuaaa uaagcaauau 5460
augaaugugg uuugaaauuc aaaagacaca aagaaguaua cagaggaaag ccucacucuc 5520
aauccuucuc aagguuugcu aauuccucuu gcauaggcaa uccguucuuc cagcuuugug 5580
uuuaucuuuc cagagaaguu uacuguguau uaagcaaaua uguauaucuu uauucuugcu 5640
caguauuuuc gcaaacagca gcugucuaag uucacuguuc ugaacuuuau uuuuuaaauu 5700
aaaaauauau ggcuauguag uauucuauuu ua 5732
<210> 50
<211> 686
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 50
Met Arg Leu Pro Asp Leu Arg Pro Trp Thr Ser Leu Leu Leu Val Asp
1 5 10 15
Ala Ala Leu Leu Trp Leu Leu Gln Gly Pro Leu Gly Thr Leu Leu Pro
20 25 30
Gln Gly Leu Pro Gly Leu Trp Leu Glu Gly Thr Leu Arg Leu Gly Gly
35 40 45
Leu Trp Gly Leu Leu Lys Leu Arg Gly Leu Leu Gly Phe Val Gly Thr
50 55 60
Leu Leu Leu Pro Leu Cys Leu Ala Thr Pro Leu Thr Val Ser Leu Arg
65 70 75 80
Ala Leu Val Ala Gly Ala Ser Arg Ala Pro Pro Ala Arg Val Ala Ser
85 90 95
Ala Pro Trp Ser Trp Leu Leu Val Gly Tyr Gly Ala Ala Gly Leu Ser
100 105 110
Trp Ser Leu Trp Ala Val Leu Ser Pro Pro Gly Ala Gln Glu Lys Glu
115 120 125
Gln Asp Gln Val Asn Asn Lys Val Leu Met Trp Arg Leu Leu Lys Leu
130 135 140
Ser Arg Pro Asp Leu Pro Leu Leu Val Ala Ala Phe Phe Phe Leu Val
145 150 155 160
Leu Ala Val Leu Gly Glu Thr Leu Ile Pro His Tyr Ser Gly Arg Val
165 170 175
Ile Asp Ile Leu Gly Gly Asp Phe Asp Pro His Ala Phe Ala Ser Ala
180 185 190
Ile Phe Phe Met Cys Leu Phe Ser Phe Gly Ser Ser Leu Ser Ala Gly
195 200 205
Cys Arg Gly Gly Cys Phe Thr Tyr Thr Met Ser Arg Ile Asn Leu Arg
210 215 220
Ile Arg Glu Gln Leu Phe Ser Ser Leu Leu Arg Gln Asp Leu Gly Phe
225 230 235 240
Phe Gln Glu Thr Lys Thr Gly Glu Leu Asn Ser Arg Leu Ser Ser Asp
245 250 255
Thr Thr Leu Met Ser Asn Trp Leu Pro Leu Asn Ala Asn Val Leu Leu
260 265 270
Arg Ser Leu Val Lys Val Val Gly Leu Tyr Gly Phe Met Leu Ser Ile
275 280 285
Ser Pro Arg Leu Thr Leu Leu Ser Leu Leu His Met Pro Phe Thr Ile
290 295 300
Ala Ala Glu Lys Val Tyr Asn Thr Arg His Gln Glu Val Leu Arg Glu
305 310 315 320
Ile Gln Asp Ala Val Ala Arg Ala Gly Gln Val Val Arg Glu Ala Val
325 330 335
Gly Gly Leu Gln Thr Val Arg Ser Phe Gly Ala Glu Glu His Glu Val
340 345 350
Cys Arg Tyr Lys Glu Ala Leu Glu Gln Cys Arg Gln Leu Tyr Trp Arg
355 360 365
Arg Asp Leu Glu Arg Ala Leu Tyr Leu Leu Val Arg Arg Val Leu His
370 375 380
Leu Gly Val Gln Met Leu Met Leu Ser Cys Gly Leu Gln Gln Met Gln
385 390 395 400
Asp Gly Glu Leu Thr Gln Gly Ser Leu Leu Ser Phe Met Ile Tyr Gln
405 410 415
Glu Ser Val Gly Ser Tyr Val Gln Thr Leu Val Tyr Ile Tyr Gly Asp
420 425 430
Met Leu Ser Asn Val Gly Ala Ala Glu Lys Val Phe Ser Tyr Met Asp
435 440 445
Arg Gln Pro Asn Leu Pro Ser Pro Gly Thr Leu Ala Pro Thr Thr Leu
450 455 460
Gln Gly Val Val Lys Phe Gln Asp Val Ser Phe Ala Tyr Pro Asn Arg
465 470 475 480
Pro Asp Arg Pro Val Leu Lys Gly Leu Thr Phe Thr Leu Arg Pro Gly
485 490 495
Glu Val Thr Ala Leu Val Gly Pro Asn Gly Ser Gly Lys Ser Thr Val
500 505 510
Ala Ala Leu Leu Gln Asn Leu Tyr Gln Pro Thr Gly Gly Gln Val Leu
515 520 525
Leu Asp Glu Lys Pro Ile Ser Gln Tyr Glu His Cys Tyr Leu His Ser
530 535 540
Gln Val Val Ser Val Gly Gln Glu Pro Val Leu Phe Ser Gly Ser Val
545 550 555 560
Arg Asn Asn Ile Ala Tyr Gly Leu Gln Ser Cys Glu Asp Asp Lys Val
565 570 575
Met Ala Ala Ala Gln Ala Ala His Ala Asp Asp Phe Ile Gln Glu Met
580 585 590
Glu His Gly Ile Tyr Thr Asp Val Gly Glu Lys Gly Ser Gln Leu Ala
595 600 605
Ala Gly Gln Lys Gln Arg Leu Ala Ile Ala Arg Ala Leu Val Arg Asp
610 615 620
Pro Arg Val Leu Ile Leu Asp Glu Ala Thr Ser Ala Leu Asp Val Gln
625 630 635 640
Cys Glu Gln Ala Leu Gln Asp Trp Asn Ser Arg Gly Asp Arg Thr Val
645 650 655
Leu Val Ile Ala His Arg Leu Gln Thr Val Gln Arg Ala His Gln Ile
660 665 670
Leu Val Leu Gln Glu Gly Lys Leu Gln Lys Leu Ala Gln Leu
675 680 685
<210> 51
<211> 849
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 51
augaggaacu ccuauagauu ucuggcaucc ucucucucag uugucguuuc ucuccugcua 60
auuccugaag augucuguga aaaaauuauu ggaggaaaug aaguaacucc ucauucaaga 120
cccuacaugg uccuacuuag ucuugacaga aaaaccaucu gugcuggggc uuugauugca 180
aaagacuggg uguugacugc agcucacugu aacuugaaca aaagguccca ggucauucuu 240
ggggcucacu caauaaccag ggaagagcca acaaaacaga uaaugcuugu uaagaaagag 300
uuucccuauc caugcuauga cccagccaca cgcgaaggug accuuaaacu uuuacagcug 360
acggaaaaag caaaaauuaa caaauaugug acuauccuuc aucuaccuaa aaagggggau 420
gaugugaaac caggaaccau gugccaaguu gcaggguggg ggaggacuca caauagugca 480
ucuugguccg auacucugag agaagucaau aucaccauca uagacagaaa agucugcaau 540
gaucgaaauc acuauaauuu uaacccugug auuggaauga auaugguuug ugcuggaagc 600
cuccgaggug gaagagacuc gugcaaugga gauucuggaa gcccuuuguu gugcgagggu 660
guuuuccgag gggucacuuc cuuuggccuu gaaaauaaau gcggagaccc ucgugggccu 720
ggugucuaua uucuucucuc aaagaaacac cucaacugga uaauuaugac uaucaaggga 780
gcaguuuaaa uaaccguuuc cuuucauuua cuguggcuuc uuaaucuuuu cacaaauaaa 840
aucaauuug 849
<210> 52
<211> 262
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 52
Met Arg Asn Ser Tyr Arg Phe Leu Ala Ser Ser Leu Ser Val Val Val
1 5 10 15
Ser Leu Leu Leu Ile Pro Glu Asp Val Cys Glu Lys Ile Ile Gly Gly
20 25 30
Asn Glu Val Thr Pro His Ser Arg Pro Tyr Met Val Leu Leu Ser Leu
35 40 45
Asp Arg Lys Thr Ile Cys Ala Gly Ala Leu Ile Ala Lys Asp Trp Val
50 55 60
Leu Thr Ala Ala His Cys Asn Leu Asn Lys Arg Ser Gln Val Ile Leu
65 70 75 80
Gly Ala His Ser Ile Thr Arg Glu Glu Pro Thr Lys Gln Ile Met Leu
85 90 95
Val Lys Lys Glu Phe Pro Tyr Pro Cys Tyr Asp Pro Ala Thr Arg Glu
100 105 110
Gly Asp Leu Lys Leu Leu Gln Leu Met Glu Lys Ala Lys Ile Asn Lys
115 120 125
Tyr Val Thr Ile Leu His Leu Pro Lys Lys Gly Asp Asp Val Lys Pro
130 135 140
Gly Thr Met Cys Gln Val Ala Gly Trp Gly Arg Thr His Asn Ser Ala
145 150 155 160
Ser Trp Ser Asp Thr Leu Arg Glu Val Asn Ile Thr Ile Ile Asp Arg
165 170 175
Lys Val Cys Asn Asp Arg Asn His Tyr Asn Phe Asn Pro Val Ile Gly
180 185 190
Met Asn Met Val Cys Ala Gly Ser Leu Arg Gly Gly Arg Asp Ser Cys
195 200 205
Asn Gly Asp Ser Gly Ser Pro Leu Leu Cys Glu Gly Val Phe Arg Gly
210 215 220
Val Thr Ser Phe Gly Leu Glu Asn Lys Cys Gly Asp Pro Arg Gly Pro
225 230 235 240
Gly Val Tyr Ile Leu Leu Ser Lys Lys His Leu Asn Trp Ile Ile Met
245 250 255
Thr Ile Lys Gly Ala Val
260
<210> 53
<211> 934
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 53
ugagaagaug caaccaaucc ugcuucugcu ggccuuccuc cugcugccca gggcagaugc 60
aggggagauc aucgggggac augaggccaa gccccacucc cgccccuaca uggcuuaucu 120
uaugaucugg gaucagaagu cucugaagag gugcgguggc uuccugauac aagacgacuu 180
cgugcugaca gcugcucacu guuggggaag cuccauaaau gucaccuugg gggcccacaa 240
uaucaaagaa caggagccga cccagcaguu uaucccugug aaaagaccca ucccccaucc 300
agccuauaau ccuaagaacu ucuccaacga caucaugcua cugcagcugg agagaaaggc 360
caagcggacc agagcugugc agccccucag gcuaccuagc aacaaggccc aggugaagcc 420
agggcagaca ugcagugugg ccggcugggg gcagacggcc ccccugggaa aacacucaca 480
cacacuacaa gaggugaaga ugacagugca ggaagaucga aagugcgaau cugacuuacg 540
ccauuauuac gacaguacca uugaguugug cgugggggac ccagagauua aaaagacuuc 600
cuuuaagggg gacucuggag gcccucuugu guguaacaag guggcccagg gcauugucuc 660
cuauggacga aacaauggca ugccuccacg agccugcacc aaagucucaa gcuuuguaca 720
cuggauaaag aaaaccauga aacgcuacua acuacaggaa gcaaacuaag cccccgcugu 780
aaugaaacac cuucucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug ccagcaacug 840
aauaaauacc ucucccagug uaaaucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug 900
ccagcaacug aauaaauacc ucuuagcuga gugg 934
<210> 54
<211> 247
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 54
Met Gln Pro Ile Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Leu Pro Arg Ala
1 5 10 15
Asp Ala Gly Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Tyr Leu Met Ile Trp Asp Gln Lys Ser Leu Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Phe Leu Ile Arg Asp Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Trp Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Pro Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Arg Thr Arg Ala Val Gln Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Asn Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Thr Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Gln Thr Ala Pro Leu Gly Lys His Ser His Thr Leu
145 150 155 160
Gln Glu Val Lys Met Thr Val Gln Glu Asp Arg Lys Cys Glu Ser Asp
165 170 175
Leu Arg His Tyr Tyr Asp Ser Thr Ile Glu Leu Cys Val Gly Asp Pro
180 185 190
Glu Ile Lys Lys Thr Ser Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val
195 200 205
Cys Asn Lys Val Ala Gln Gly Ile Val Ser Tyr Gly Arg Asn Asn Gly
210 215 220
Met Pro Pro Arg Ala Cys Thr Lys Val Ser Ser Phe Val His Trp Ile
225 230 235 240
Lys Lys Thr Met Lys Arg Tyr
245
<210> 55
<211> 7123
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 55
aucgaggucc gcgggaggcu cggagcgcgc caggcggaca cuccucucgg cuccuccccg 60
gcagcggcgg cggcucggag cgggcuccgg ggcucgggug cagcggccag cgggcgccug 120
gcggcgagga uuacccgggg aagugguugu cuccuggcug gagccgcgag acgggcgcuc 180
agggcgcggg gccggcggcg gcgaacgaga ggacggacuc uggcggccgg gucguuggcc 240
gcggggagcg cgggcaccgg gcgagcaggc cgcgucgcgc ucaccauggu cagcuacugg 300
gacaccgggg uccugcugug cgcgcugcuc agcugucugc uucucacagg aucuaguuca 360
gguucaaaau uaaaagaucc ugaacugagu uuaaaaggca cccagcacau caugcaagca 420
ggccagacac ugcaucucca augcaggggg gaagcagccc auaaaugguc uuugccugaa 480
auggugagua aggaaagcga aaggcugagc auaacuaaau cugccugugg aagaaauggc 540
aaacaauucu gcaguacuuu aaccuugaac acagcucaag caaaccacac uggcuucuac 600
agcugcaaau aucuagcugu accuacuuca aagaagaagg aaacagaauc ugcaaucuau 660
auauuuauua gugauacagg uagaccuuuc guagagaugu acagugaaau ccccgaaauu 720
auacacauga cugaaggaag ggagcucguc auucccugcc ggguuacguc accuaacauc 780
acuguuacuu uaaaaaaguu uccacuugac acuuugaucc cugauggaaa acgcauaauc 840
ugggacagua gaaagggcuu caucauauca aaugcaacgu acaaagaaau agggcuucug 900
accugugaag caacagucaa ugggcauuug uauaagacaa acuaucucac acaucgacaa 960
accaauacaa ucauagaugu ccaaauaagc acaccacgcc cagucaaauu acuuagaggc 1020
cauacucuug uccucaauug uacugcuacc acucccuuga acacgagagu ucaaaugacc 1080
uggaguuacc cugaugaaaa aaauaagaga gcuuccguaa ggcgacgaau ugaccaaagc 1140
aauucccaug ccaacauauu cuacaguguu cuuacuauug acaaaaugca gaacaaagac 1200
aaaggacuuu auacuugucg uguaaggagu ggaccaucau ucaaaucugu uaacaccuca 1260
gugcauauau augauaaagc auucaucacu gugaaacauc gaaaacagca ggugcuugaa 1320
accguagcug gcaagcgguc uuaccggcuc ucuaugaaag ugaaggcauu ucccucgccg 1380
gaaguuguau gguuaaaaga uggguuaccu gcgacugaga aaucugcucg cuauuugacu 1440
cguggcuacu cguuaauuau caaggacgua acugaagagg augcagggaa uuauacaauc 1500
uugcugagca uaaaacaguc aaauguguuu aaaaaccuca cugccacucu aauugucaau 1560
gugaaacccc agauuuacga aaaggccgug ucaucguuuc cagacccggc ucucuaccca 1620
cugggcagca gacaaauccu gacuuguacc gcauauggua ucccucaacc uacaaucaag 1680
ugguucuggc accccuguaa ccauaaucau uccgaagcaa ggugugacuu uuguuccaau 1740
aaugaagagu ccuuuauccu ggaugcugac agcaacaugg gaaacagaau ugagagcauc 1800
acucagcgca uggcaauaau agaaggaaag aauaagaugg cuagcaccuu gguuguggcu 1860
gacucuagaa uuucuggaau cuacauuugc auagcuucca auaaaguugg gacuguggga 1920
agaaacauaa gcuuuuauau cacagaugug ccaaaugggu uucauguuaa cuuggaaaaa 1980
augccgacgg aaggagagga ccugaaacug ucuugcacag uuaacaaguu cuuauacaga 2040
gacguuacuu ggauuuuacu gcggacaguu aauaacagaa caaugcacua caguauuagc 2100
aagcaaaaaa uggccaucac uaaggagcac uccaucacuc uuaaucuuac caucaugaau 2160
guuucccugc aagauucagg caccuaugcc ugcagagcca ggaauguaua cacaggggaa 2220
gaaauccucc agaagaaaga aauuacaauc agagaucagg aagcaccaua ccuccugcga 2280
aaccucagug aucacacagu ggccaucagc aguuccacca cuuuagacug ucaugcuaau 2340
gguguccccg agccucagau cacuugguuu aaaaacaacc acaaaauaca acaagagccu 2400
ggaauuauuu uaggaccagg aagcagcacg cuguuuauug aaagagucac agaagaggau 2460
gaaggugucu aucacugcaa agccaccaac cagaagggcu cuguggaaag uucagcauac 2520
cucacuguuc aaggaaccuc ggacaagucu aaucuggagc ugaucacucu aacaugcacc 2580
uguguggcug cgacucucuu cuggcuccua uuaacccucu uuauccgaaa aaugaaaagg 2640
ucuucuucug aaauaaagac ugacuaccua ucaauuauaa uggacccaga ugaaguuccu 2700
uuggaugagc agugugagcg gcucccuuau gaugccagca agugggaguu ugcccgggag 2760
agacuuaaac ugggcaaauc acuuggaaga ggggcuuuug gaaaaguggu ucaagcauca 2820
gcauuuggca uuaagaaauc accuacgugc cggacugugg cugugaaaau gcugaaagag 2880
ggggccacgg ccagcgagua caaagcucug augacugagc uaaaaaucuu gacccacauu 2940
ggccaccauc ugaacguggu uaaccugcug ggagccugca ccaagcaagg agggccucug 3000
auggugauug uugaauacug caaauaugga aaucucucca acuaccucaa gagcaaacgu 3060
gacuuauuuu uucucaacaa ggaugcagca cuacacaugg agccuaagaa agaaaaaaug 3120
gagccaggcc uggaacaagg caagaaacca agacuagaua gcgucaccag cagcgaaagc 3180
uuugcgagcu ccggcuuuca ggaagauaaa agucugagug auguugagga agaggaggau 3240
ucugacgguu ucuacaagga gcccaucacu auggaagauc ugauuucuua caguuuucaa 3300
guggccagag gcauggaguu ccugucuucc agaaagugca uucaucggga ccuggcagcg 3360
agaaacauuc uuuuaucuga gaacaacgug gugaagauuu gugauuuugg ccuugcccgg 3420
gauauuuaua agaaccccga uuaugugaga aaaggagaua cucgacuucc ucugaaaugg 3480
auggcuccug aaucuaucuu ugacaaaauc uacagcacca agagcgacgu guggucuuac 3540
ggaguauugc ugugggaaau cuucuccuua ggugggucuc cauacccagg aguacaaaug 3600
gaugaggacu uuugcagucg ccugagggaa ggcaugagga ugagagcucc ugaguacucu 3660
acuccugaaa ucuaucagau caugcuggac ugcuggcaca gagacccaaa agaaaggcca 3720
agauuugcag aacuugugga aaaacuaggu gauuugcuuc aagcaaaugu acaacaggau 3780
gguaaagacu acaucccaau caaugccaua cugacaggaa auaguggguu uacauacuca 3840
acuccugccu ucucugagga cuucuucaag gaaaguauuu cagcuccgaa guuuaauuca 3900
ggaagcucug augaugucag auacguaaau gcuuucaagu ucaugagccu ggaaagaauc 3960
aaaaccuuug aagaacuuuu accgaaugcc accuccaugu uugaugacua ccagggcgac 4020
agcagcacuc uguuggccuc ucccaugcug aagcgcuuca ccuggacuga cagcaaaccc 4080
aaggccucgc ucaagauuga cuugagagua accaguaaaa guaaggaguc ggggcugucu 4140
gaugucagca ggcccaguuu cugccauucc agcugugggc acgucagcga aggcaagcgc 4200
agguucaccu acgaccacgc ugagcuggaa aggaaaaucg cgugcugcuc cccgccccca 4260
gacuacaacu cggugguccu guacuccacc ccacccaucu agaguuugac acgaagccuu 4320
auuucuagaa gcacaugugu auuuauaccc ccaggaaacu agcuuuugcc aguauuaugc 4380
auauauaagu uuacaccuuu aucuuuccau gggagccagc ugcuuuuugu gauuuuuuua 4440
auagugcuuu uuuuuuuuug acuaacaaga auguaacucc agauagagaa auagugacaa 4500
gugaagaaca cuacugcuaa auccucaugu uacucagugu uagagaaauc cuuccuaaac 4560
ccaaugacuu cccugcucca acccccgcca ccucagggca cgcaggacca guuugauuga 4620
ggagcugcac ugaucaccca augcaucacg uaccccacug ggccagcccu gcagcccaaa 4680
acccagggca acaagcccgu uagccccagg gaucacuggc uggccugagc aacaucucgg 4740
gaguccucua gcaggccuaa gacaugugag gaggaaaagg aaaaaaagca aaaagcaagg 4800
gagaaaagag aaaccgggag aaggcaugag aaagaauuug agacgcacca ugugggcacg 4860
gagggggacg gggcucagca augccauuuc aguggcuucc cagcucugac ccuucuacau 4920
uugagggccc agccaggagc agauggacag cgaugagggg acauuuucug gauucuggga 4980
ggcaagaaaa ggacaaauau cuuuuuugga acuaaagcaa auuuuagaac uuuaccuaug 5040
gaagugguuc uauguccauu cucauucgug gcauguuuug auuuguagca cugagggugg 5100
cacucaacuc ugagcccaua cuuuuggcuc cucuaguaag augcacugaa aacuuagcca 5160
gaguuagguu gucuccaggc caugauggcc uuacacugaa aaugucacau ucuauuuugg 5220
guauuaauau auaguccaga cacuuaacuc aauuucuugg uauuauucug uuuugcacag 5280
uuaguuguga aagaaagcug agaagaauga aaaugcaguc cugaggagag gaguuuucuc 5340
cauaucaaaa cgagggcuga uggaggaaaa aggucaauaa ggucaaggga aaaccccguc 5400
ucuauaccaa ccaaaccaau ucaccaacac aguugggacc caaaacacag gaagucaguc 5460
acguuuccuu uucauuuaau ggggauucca cuaucucaca cuaaucugaa aggaugugga 5520
agagcauuag cuggcgcaua uuaagcacuu uaagcuccuu gaguaaaaag gugguaugua 5580
auuuaugcaa gguauuucuc caguugggac ucaggauauu aguuaaugag ccaucacuag 5640
aagaaaagcc cauuuucaac ugcuuugaaa cuugccuggg gucugagcau gaugggaaua 5700
gggagacagg guaggaaagg gcgccuacuc uucagggucu aaagaucaag ugggccuugg 5760
aucgcuaagc uggcucuguu ugaugcuauu uaugcaaguu agggucuaug uauuuaugau 5820
gucugcaccu ucugcagcca gucagaagcu ggagaggcaa caguggauug cugcuucuug 5880
gggagaagag uaugcuuccu uuuauccaug uaauuuaacu guagaaccug agcucuaagu 5940
aaccgaagaa uguaugccuc uguucuuaug ugccacaucc uuguuuaaag gcucucugua 6000
ugaagagaug ggaccgucau cagcacauuc ccuagugagc cuacuggcuc cuggcagcgg 6060
cuuuugugga agacucacua gccagaagag aggaguggga caguccucuc caccaagauc 6120
uaaauccaaa caaaagcagg cuagagccag aagagaggac aaaucuuugu ucuuccucuu 6180
cuuuacauac gcaaaccacc ugugacagcu ggcaauuuua uaaaucaggu aacuggaagg 6240
agguuaaaca cagaaaaaag aagaccucag ucaauucucu acuuuuuuuu uuuuuuccaa 6300
aucagauaau agcccagcaa auagugauaa caaauaaaac cuuagcuauu caugucuuga 6360
uuucaauaau uaauucuuaa ucauuaagag accauaauaa auacuccuuu ucaagagaaa 6420
agcaaaacca uuagaauugu uacucagcuc cuucaaacuc agguuuguag cauacaugag 6480
uccauccauc agucaaagaa ugguuccauc uggagucuua auguagaaag aaaaauggag 6540
acuuguaaua augagcuagu uacaaagugc uuguucauua aaauagcacu gaaaauugaa 6600
acaugaauua acugauaaua uuccaaucau uugccauuua ugacaaaaau gguuggcacu 6660
aacaaagaac gagcacuucc uuucagaguu ucugagauaa uguacgugga acagucuggg 6720
uggaaugggg cugaaaccau gugcaagucu gugucuuguc aguccaagaa gugacaccga 6780
gauguuaauu uuagggaccc gugccuuguu uccuagccca caagaaugca aacaucaaac 6840
agauacucgc uagccucauu uaaauugauu aaaggaggag ugcaucuuug gccgacagug 6900
guguaacugu augugugugu gugugugugu gugugugugu gugugugggu guaugugugu 6960
uuugugcaua acuauuuaag gaaacuggaa uuuuaaaguu acuuuuauac aaaccaagaa 7020
uauaugcuac agauauaaga cagacauggu uugguccuau auuucuaguc augaugaaug 7080
uauuuuguau accaucuuca uauaauaaac uuccaaaaac aca 7123
<210> 56
<211> 1338
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 56
Met Val Ser Tyr Trp Asp Thr Gly Val Leu Leu Cys Ala Leu Leu Ser
1 5 10 15
Cys Leu Leu Leu Thr Gly Ser Ser Ser Gly Ser Lys Leu Lys Asp Pro
20 25 30
Glu Leu Ser Leu Lys Gly Thr Gln His Ile Met Gln Ala Gly Gln Thr
35 40 45
Leu His Leu Gln Cys Arg Gly Glu Ala Ala His Lys Trp Ser Leu Pro
50 55 60
Glu Met Val Ser Lys Glu Ser Glu Arg Leu Ser Ile Thr Lys Ser Ala
65 70 75 80
Cys Gly Arg Asn Gly Lys Gln Phe Cys Ser Thr Leu Thr Leu Asn Thr
85 90 95
Ala Gln Ala Asn His Thr Gly Phe Tyr Ser Cys Lys Tyr Leu Ala Val
100 105 110
Pro Thr Ser Lys Lys Lys Glu Thr Glu Ser Ala Ile Tyr Ile Phe Ile
115 120 125
Ser Asp Thr Gly Arg Pro Phe Val Glu Met Tyr Ser Glu Ile Pro Glu
130 135 140
Ile Ile His Met Thr Glu Gly Arg Glu Leu Val Ile Pro Cys Arg Val
145 150 155 160
Thr Ser Pro Asn Ile Thr Val Thr Leu Lys Lys Phe Pro Leu Asp Thr
165 170 175
Leu Ile Pro Asp Gly Lys Arg Ile Ile Trp Asp Ser Arg Lys Gly Phe
180 185 190
Ile Ile Ser Asn Ala Thr Tyr Lys Glu Ile Gly Leu Leu Thr Cys Glu
195 200 205
Ala Thr Val Asn Gly His Leu Tyr Lys Thr Asn Tyr Leu Thr His Arg
210 215 220
Gln Thr Asn Thr Ile Ile Asp Val Gln Ile Ser Thr Pro Arg Pro Val
225 230 235 240
Lys Leu Leu Arg Gly His Thr Leu Val Leu Asn Cys Thr Ala Thr Thr
245 250 255
Pro Leu Asn Thr Arg Val Gln Met Thr Trp Ser Tyr Pro Asp Glu Lys
260 265 270
Asn Lys Arg Ala Ser Val Arg Arg Arg Ile Asp Gln Ser Asn Ser His
275 280 285
Ala Asn Ile Phe Tyr Ser Val Leu Thr Ile Asp Lys Met Gln Asn Lys
290 295 300
Asp Lys Gly Leu Tyr Thr Cys Arg Val Arg Ser Gly Pro Ser Phe Lys
305 310 315 320
Ser Val Asn Thr Ser Val His Ile Tyr Asp Lys Ala Phe Ile Thr Val
325 330 335
Lys His Arg Lys Gln Gln Val Leu Glu Thr Val Ala Gly Lys Arg Ser
340 345 350
Tyr Arg Leu Ser Met Lys Val Lys Ala Phe Pro Ser Pro Glu Val Val
355 360 365
Trp Leu Lys Asp Gly Leu Pro Ala Thr Glu Lys Ser Ala Arg Tyr Leu
370 375 380
Thr Arg Gly Tyr Ser Leu Ile Ile Lys Asp Val Thr Glu Glu Asp Ala
385 390 395 400
Gly Asn Tyr Thr Ile Leu Leu Ser Ile Lys Gln Ser Asn Val Phe Lys
405 410 415
Asn Leu Thr Ala Thr Leu Ile Val Asn Val Lys Pro Gln Ile Tyr Glu
420 425 430
Lys Ala Val Ser Ser Phe Pro Asp Pro Ala Leu Tyr Pro Leu Gly Ser
435 440 445
Arg Gln Ile Leu Thr Cys Thr Ala Tyr Gly Ile Pro Gln Pro Thr Ile
450 455 460
Lys Trp Phe Trp His Pro Cys Asn His Asn His Ser Glu Ala Arg Cys
465 470 475 480
Asp Phe Cys Ser Asn Asn Glu Glu Ser Phe Ile Leu Asp Ala Asp Ser
485 490 495
Asn Met Gly Asn Arg Ile Glu Ser Ile Thr Gln Arg Met Ala Ile Ile
500 505 510
Glu Gly Lys Asn Lys Met Ala Ser Thr Leu Val Val Ala Asp Ser Arg
515 520 525
Ile Ser Gly Ile Tyr Ile Cys Ile Ala Ser Asn Lys Val Gly Thr Val
530 535 540
Gly Arg Asn Ile Ser Phe Tyr Ile Thr Asp Val Pro Asn Gly Phe His
545 550 555 560
Val Asn Leu Glu Lys Met Pro Thr Glu Gly Glu Asp Leu Lys Leu Ser
565 570 575
Cys Thr Val Asn Lys Phe Leu Tyr Arg Asp Val Thr Trp Ile Leu Leu
580 585 590
Arg Thr Val Asn Asn Arg Thr Met His Tyr Ser Ile Ser Lys Gln Lys
595 600 605
Met Ala Ile Thr Lys Glu His Ser Ile Thr Leu Asn Leu Thr Ile Met
610 615 620
Asn Val Ser Leu Gln Asp Ser Gly Thr Tyr Ala Cys Arg Ala Arg Asn
625 630 635 640
Val Tyr Thr Gly Glu Glu Ile Leu Gln Lys Lys Glu Ile Thr Ile Arg
645 650 655
Asp Gln Glu Ala Pro Tyr Leu Leu Arg Asn Leu Ser Asp His Thr Val
660 665 670
Ala Ile Ser Ser Ser Thr Thr Leu Asp Cys His Ala Asn Gly Val Pro
675 680 685
Glu Pro Gln Ile Thr Trp Phe Lys Asn Asn His Lys Ile Gln Gln Glu
690 695 700
Pro Gly Ile Ile Leu Gly Pro Gly Ser Ser Thr Leu Phe Ile Glu Arg
705 710 715 720
Val Thr Glu Glu Asp Glu Gly Val Tyr His Cys Lys Ala Thr Asn Gln
725 730 735
Lys Gly Ser Val Glu Ser Ser Ala Tyr Leu Thr Val Gln Gly Thr Ser
740 745 750
Asp Lys Ser Asn Leu Glu Leu Ile Thr Leu Thr Cys Thr Cys Val Ala
755 760 765
Ala Thr Leu Phe Trp Leu Leu Leu Thr Leu Phe Ile Arg Lys Met Lys
770 775 780
Arg Ser Ser Ser Glu Ile Lys Thr Asp Tyr Leu Ser Ile Ile Met Asp
785 790 795 800
Pro Asp Glu Val Pro Leu Asp Glu Gln Cys Glu Arg Leu Pro Tyr Asp
805 810 815
Ala Ser Lys Trp Glu Phe Ala Arg Glu Arg Leu Lys Leu Gly Lys Ser
820 825 830
Leu Gly Arg Gly Ala Phe Gly Lys Val Val Gln Ala Ser Ala Phe Gly
835 840 845
Ile Lys Lys Ser Pro Thr Cys Arg Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys
850 855 860
Glu Gly Ala Thr Ala Ser Glu Tyr Lys Ala Leu Met Thr Glu Leu Lys
865 870 875 880
Ile Leu Thr His Ile Gly His His Leu Asn Val Val Asn Leu Leu Gly
885 890 895
Ala Cys Thr Lys Gln Gly Gly Pro Leu Met Val Ile Val Glu Tyr Cys
900 905 910
Lys Tyr Gly Asn Leu Ser Asn Tyr Leu Lys Ser Lys Arg Asp Leu Phe
915 920 925
Phe Leu Asn Lys Asp Ala Ala Leu His Met Glu Pro Lys Lys Glu Lys
930 935 940
Met Glu Pro Gly Leu Glu Gln Gly Lys Lys Pro Arg Leu Asp Ser Val
945 950 955 960
Thr Ser Ser Glu Ser Phe Ala Ser Ser Gly Phe Gln Glu Asp Lys Ser
965 970 975
Leu Ser Asp Val Glu Glu Glu Glu Asp Ser Asp Gly Phe Tyr Lys Glu
980 985 990
Pro Ile Thr Met Glu Asp Leu Ile Ser Tyr Ser Phe Gln Val Ala Arg
995 1000 1005
Gly Met Glu Phe Leu Ser Ser Arg Lys Cys Ile His Arg Asp Leu
1010 1015 1020
Ala Ala Arg Asn Ile Leu Leu Ser Glu Asn Asn Val Val Lys Ile
1025 1030 1035
Cys Asp Phe Gly Leu Ala Arg Asp Ile Tyr Lys Asn Pro Asp Tyr
1040 1045 1050
Val Arg Lys Gly Asp Thr Arg Leu Pro Leu Lys Trp Met Ala Pro
1055 1060 1065
Glu Ser Ile Phe Asp Lys Ile Tyr Ser Thr Lys Ser Asp Val Trp
1070 1075 1080
Ser Tyr Gly Val Leu Leu Trp Glu Ile Phe Ser Leu Gly Gly Ser
1085 1090 1095
Pro Tyr Pro Gly Val Gln Met Asp Glu Asp Phe Cys Ser Arg Leu
1100 1105 1110
Arg Glu Gly Met Arg Met Arg Ala Pro Glu Tyr Ser Thr Pro Glu
1115 1120 1125
Ile Tyr Gln Ile Met Leu Asp Cys Trp His Arg Asp Pro Lys Glu
1130 1135 1140
Arg Pro Arg Phe Ala Glu Leu Val Glu Lys Leu Gly Asp Leu Leu
1145 1150 1155
Gln Ala Asn Val Gln Gln Asp Gly Lys Asp Tyr Ile Pro Ile Asn
1160 1165 1170
Ala Ile Leu Thr Gly Asn Ser Gly Phe Thr Tyr Ser Thr Pro Ala
1175 1180 1185
Phe Ser Glu Asp Phe Phe Lys Glu Ser Ile Ser Ala Pro Lys Phe
1190 1195 1200
Asn Ser Gly Ser Ser Asp Asp Val Arg Tyr Val Asn Ala Phe Lys
1205 1210 1215
Phe Met Ser Leu Glu Arg Ile Lys Thr Phe Glu Glu Leu Leu Pro
1220 1225 1230
Asn Ala Thr Ser Met Phe Asp Asp Tyr Gln Gly Asp Ser Ser Thr
1235 1240 1245
Leu Leu Ala Ser Pro Met Leu Lys Arg Phe Thr Trp Thr Asp Ser
1250 1255 1260
Lys Pro Lys Ala Ser Leu Lys Ile Asp Leu Arg Val Thr Ser Lys
1265 1270 1275
Ser Lys Glu Ser Gly Leu Ser Asp Val Ser Arg Pro Ser Phe Cys
1280 1285 1290
His Ser Ser Cys Gly His Val Ser Glu Gly Lys Arg Arg Phe Thr
1295 1300 1305
Tyr Asp His Ala Glu Leu Glu Arg Lys Ile Ala Cys Cys Ser Pro
1310 1315 1320
Pro Pro Asp Tyr Asn Ser Val Val Leu Tyr Ser Thr Pro Pro Ile
1325 1330 1335
<210> 57
<211> 2545
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 57
auccaauaca ggagugacuu ggaacuccau ucuaucacua ugaagaaaag ugguguucuu 60
uuccucuugg gcaucaucuu gcugguucug auuggagugc aaggaacccc aguagugaga 120
aagggucgcu guuccugcau cagcaccaac caagggacua uccaccuaca auccuugaaa 180
gaccuuaaac aauuugcccc aagcccuucc ugcgagaaaa uugaaaucau ugcuacacug 240
aagaauggag uucaaacaug ucuaaaccca gauucagcag augugaagga acugauuaaa 300
aagugggaga aacaggucag ccaaaagaaa aagcaaaaga augggaaaaa acaucaaaaa 360
aagaaaguuc ugaaaguucg aaaaucucaa cguucucguc aaaagaagac uacauaagag 420
accacuucac caauaaguau ucuguguuaa aaauguucua uuuuaauuau accgcuauca 480
uuccaaagga ggauggcaua uaauacaaag gcuuauuaau uugacuagaa aauuuaaaac 540
auuacucuga aauuguaacu aaaguuagaa aguugauuuu aagaauccaa acguuaagaa 600
uuguuaaagg cuaugauugu cuuuguucuu cuaccaccca ccaguugaau uucaucaugc 660
uuaaggccau gauuuuagca auacccaugu cuacacagau guucacccaa ccacauccca 720
cucacaacag cugccuggaa gagcagcccu aggcuuccac guacugcagc cuccagagag 780
uaucugaggc acaugucagc aaguccuaag ccuguuagca ugcuggugag ccaagcaguu 840
ugaaauugag cuggaccuca ccaagcugcu guggccauca accucuguau uugaaucagc 900
cuacaggccu cacacacaau gugucugaga gauucaugcu gauuguuauu ggguaucacc 960
acuggagauc accagugugu ggcuuucaga gccuccuuuc uggcuuugga agccauguga 1020
uuccaucuug cccgcucagg cugaccacuu uauuucuuuu uguuccccuu ugcuucauuc 1080
aagucagcuc uucuccaucc uaccacaaug cagugccuuu cuucucucca gugcaccugu 1140
cauaugcucu gauuuaucug agucaacucc uuucucaucu uguccccaac accccacaga 1200
agugcuuucu ucucccaauu cauccucacu caguccagcu uaguucaagu ccugccucuu 1260
aaauaaaccu uuuuggacac acaaauuauc uuaaaacucc uguuucacuu gguucaguac 1320
cacaugggug aacacucaau gguuaacuaa uucuugggug uuuauccuau cucuccaacc 1380
agauugucag cuccuugagg gcaagagcca caguauauuu cccuguuucu uccacagugc 1440
cuaauaauac uguggaacua gguuuuaaua auuuuuuaau ugauguuguu augggcagga 1500
uggcaaccag accauugucu cagagcaggu gcuggcucuu uccuggcuac uccauguugg 1560
cuagccucug guaaccucuu acuuauuauc uucaggacac ucacuacagg gaccagggau 1620
gaugcaacau ccuugucuuu uuaugacagg auguuugcuc agcuucucca acaauaagaa 1680
gcacguggua aaacacuugc ggauauucug gacuguuuuu aaaaaauaua caguuuaccg 1740
aaaaucauau aaucuuacaa ugaaaaggac uuuauagauc agccagugac caaccuuuuc 1800
ccaaccauac aaaaauuccu uuucccgaag gaaaagggcu uucucaauaa gccucagcuu 1860
ucuaagaucu aacaagauag ccaccgagau ccuuaucgaa acucauuuua ggcaaauaug 1920
aguuuuauug uccguuuacu uguuucagag uuuguauugu gauuaucaau uaccacacca 1980
ucucccauga agaaagggaa cggugaagua cuaagcgcua gaggaagcag ccaagucggu 2040
uaguggaagc augauuggug cccaguuagc cucugcagga uguggaaacc uccuuccagg 2100
ggagguucag ugaauugugu aggagagguu gucuguggcc agaauuuaaa ccuauacuca 2160
cuuucccaaa uugaaucacu gcucacacug cugaugauuu agagugcugu ccgguggaga 2220
ucccacccga acgucuuauc uaaucaugaa acucccuagu uccuucaugu aacuucccug 2280
aaaaaucuaa guguuucaua aauuugagag ucugugaccc acuuaccuug caucucacag 2340
guagacagua uauaacuaac aaccaaagac uacauauugu cacugacaca cacguuauaa 2400
ucauuuauca uauauauaca uacaugcaua cacucucaaa gcaaauaauu uuucacuuca 2460
aaacaguauu gacuuguaua ccuuguaauu ugaaauauuu ucuuuguuaa aauagaaugg 2520
uaucaauaaa uagaccauua aucag 2545
<210> 58
<211> 125
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 58
Met Lys Lys Ser Gly Val Leu Phe Leu Leu Gly Ile Ile Leu Leu Val
1 5 10 15
Leu Ile Gly Val Gln Gly Thr Pro Val Val Arg Lys Gly Arg Cys Ser
20 25 30
Cys Ile Ser Thr Asn Gln Gly Thr Ile His Leu Gln Ser Leu Lys Asp
35 40 45
Leu Lys Gln Phe Ala Pro Ser Pro Ser Cys Glu Lys Ile Glu Ile Ile
50 55 60
Ala Thr Leu Lys Asn Gly Val Gln Thr Cys Leu Asn Pro Asp Ser Ala
65 70 75 80
Asp Val Lys Glu Leu Ile Lys Lys Trp Glu Lys Gln Val Ser Gln Lys
85 90 95
Lys Lys Gln Lys Asn Gly Lys Lys His Gln Lys Lys Lys Val Leu Lys
100 105 110
Val Arg Lys Ser Gln Arg Ser Arg Gln Lys Lys Thr Thr
115 120 125
<210> 59
<211> 1172
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 59
gagacauucc ucaauugcuu agacauauuc ugagccuaca gcagaggaac cuccagucuc 60
agcaccauga aucaaacugc gauucugauu ugcugccuua ucuuucugac ucuaaguggc 120
auucaaggag uaccucucuc uagaaccgua cgcuguaccu gcaucagcau uaguaaucaa 180
ccuguuaauc caaggucuuu agaaaaacuu gaaauuauuc cugcaagcca auuuugucca 240
cguguugaga ucauugcuac aaugaaaaag aagggugaga agagaugucu gaauccagaa 300
ucgaaggcca ucaagaauuu acugaaagca guuagcaagg aaaugucuaa aagaucuccu 360
uaaaaccaga ggggagcaaa aucgaugcag ugcuuccaag gauggaccac acagaggcug 420
ccucucccau cacuucccua cauggaguau augucaagcc auaauuguuc uuaguuugca 480
guuacacuaa aaggugacca augaugguca ccaaaucagc ugcuacuacu ccuguaggaa 540
gguuaauguu caucauccua agcuauucag uaauaacucu acccuggcac uauaauguaa 600
gcucuacuga ggugcuaugu ucuuagugga uguucugacc cugcuucaaa uauuucccuc 660
accuuuccca ucuuccaagg guacuaagga aucuuucugc uuugggguuu aucagaauuc 720
ucagaaucuc aaauaacuaa aagguaugca aucaaaucug cuuuuuaaag aaugcucuuu 780
acuucaugga cuuccacugc cauccuccca aggggcccaa auucuuucag uggcuaccua 840
cauacaauuc caaacacaua caggaaggua gaaauaucug aaaauguaug uguaaguauu 900
cuuauuuaau gaaagacugu acaaaguaua agucuuagau guauauauuu ccuauauugu 960
uuucagugua cauggaauaa cauguaauua aguacuaugu aucaaugagu aacaggaaaa 1020
uuuuaaaaau acagauagau auaugcucug cauguuacau aagauaaaug ugcugaaugg 1080
uuuucaaaua aaaaugaggu acucuccugg aaauauuaag aaagacuauc uaaauguuga 1140
aagaucaaaa gguuaauaaa guaauuauaa cu 1172
<210> 60
<211> 98
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 60
Met Asn Gln Thr Ala Ile Leu Ile Cys Cys Leu Ile Phe Leu Thr Leu
1 5 10 15
Ser Gly Ile Gln Gly Val Pro Leu Ser Arg Thr Val Arg Cys Thr Cys
20 25 30
Ile Ser Ile Ser Asn Gln Pro Val Asn Pro Arg Ser Leu Glu Lys Leu
35 40 45
Glu Ile Ile Pro Ala Ser Gln Phe Cys Pro Arg Val Glu Ile Ile Ala
50 55 60
Thr Met Lys Lys Lys Gly Glu Lys Arg Cys Leu Asn Pro Glu Ser Lys
65 70 75 80
Ala Ile Lys Asn Leu Leu Lys Ala Val Ser Lys Glu Arg Ser Lys Arg
85 90 95
Ser Pro
<210> 61
<211> 995
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 61
gaauucggcc aaagaggccu acuuccaaga agagcagcaa agcugaagua gcagcaacag 60
caccagcagc aacagcaaaa aacaaacaug agugugaagg gcauggcuau agccuuggcu 120
gugauauugu gugcuacagu uguucaaggc uuccccaugu ucaaaagagg acgcugucuu 180
ugcauaggcc cugggguaaa agcagugaaa guggcagaua uugagaaagc cuccauaaug 240
uacccaagua acaacuguga caaaauagaa gugauuauua cccugaaaga aaauaaagga 300
caacgaugcc uaaaucccaa aucgaagcaa gcaaggcuua uaaucaaaaa aguugaaaga 360
aagaauuuuu aaaaauauca aaacauauga aguccuggaa aagggcaucu gaaaaaccua 420
gaacaaguuu aacugugacu acugaaauga caagaauucu acaguaggaa acugagacuu 480
uucuaugguu uugugacuuu caacuuuugu acaguuaugu gaaggaugaa agguggguga 540
aaggaccaaa aacagaaaua cagucuuccu gaaugaauga caaucagaau uccacugccc 600
aaaggagucc aacaauuaaa uggauuucua ggaaaagcua ccuuaagaaa ggcugguuac 660
caucggaguu uacaaagugc uuucacguuc uuacuuguug uauuauacau ucaugcauuu 720
cuaggcuaga gaaccuucua gauuugaugc uuacaacuau ucuguuguga cuaugagaac 780
auuucugucu cuagaaguua ucugucugua uugaucuuua ugcuauauua cuaucugugg 840
uuacagugga gacauugaca uuauuacugg agucaagccc uuauaaguca aaagcaccua 900
ugugucguaa agcauuccuc aaacauuuaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 960
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaagcg gccgc 995
<210> 62
<211> 94
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 62
Met Ser Val Lys Gly Met Ala Ile Ala Leu Ala Val Ile Leu Cys Ala
1 5 10 15
Thr Val Val Gln Gly Phe Pro Met Phe Lys Arg Gly Arg Cys Leu Cys
20 25 30
Ile Gly Pro Gly Val Lys Ala Val Lys Val Ala Asp Ile Glu Lys Ala
35 40 45
Ser Ile Met Tyr Pro Ser Asn Asn Cys Asp Lys Ile Glu Val Ile Ile
50 55 60
Thr Leu Lys Glu Asn Lys Gly Gln Arg Cys Leu Asn Pro Lys Ser Lys
65 70 75 80
Gln Ala Arg Leu Ile Ile Lys Lys Val Glu Arg Lys Asn Phe
85 90
<210> 63
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 63
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 64
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 64
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 65
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 65
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 66
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 66
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 67
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 67
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1 5
<210> 68
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 68
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1 5
<210> 69
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 69
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 70
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 70
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 71
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 71
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
165 170 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
180 185 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
<210> 72
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 72
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 73
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 73
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 74
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 74
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 75
<211> 2502
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 75
uauucaucaa gugcccucua gcuguuaagu cacucugauc ucugacugca gcuccuacug 60
uuggacacac cuggccggug cuucaguuag aucaaaccau ugcugaaacu gaagaggaca 120
ugucaaauau uacagaucca cagauguggg auuuugauga ucuaaauuuc acuggcaugc 180
caccugcaga ugaagauuac agccccugua ugcuagaaac ugagacacuc aacaaguaug 240
uugugaucau cgccuaugcc cuaguguucc ugcugagccu gcugggaaac ucccugguga 300
ugcuggucau cuuauacagc agggucggcc gcuccgucac ugaugucuac cugcugaacc 360
uggccuuggc cgaccuacuc uuugcccuga ccuugcccau cugggccgcc uccaagguga 420
auggcuggau uuuuggcaca uuccugugca agguggucuc acuccugaag gaagucaacu 480
ucuacagugg cauccugcug uuggccugca ucagugugga ccguuaccug gccauugucc 540
augccacacg cacacugacc cagaagcguc acuuggucaa guuuguuugu cuuggcugcu 600
ggggacuguc uaugaaucug ucccugcccu ucuuccuuuu ccgccaggcu uaccauccaa 660
acaauuccag uccaguuugc uaugaggucc ugggaaauga cacagcaaaa uggcggaugg 720
uguugcggau ccugccucac accuuuggcu ucaucgugcc gcuguuuguc augcuguucu 780
gcuauggauu cacccugcgu acacuguuua aggcccacau ggggcagaag caccgagcca 840
ugagggucau cuuugcuguc guccucaucu uccugcuuug cuggcugccc uacaaccugg 900
uccugcuggc agacacccuc augaggaccc aggugaucca ggagagcugu gagcgccgca 960
acaacaucgg ccgggcccug gaugccacug agauucuggg auuucuccau agcugccuca 1020
accccaucau cuacgccuuc aucggccaaa auuuucgcca uggauuccuc aagauccugg 1080
cuaugcaugg ccuggucagc aaggaguucu uggcacguca ucguguuacc uccuacacuu 1140
cuucgucugu caaugucucu uccaaccucu gaaaaccauc gaugaaggaa uaucucuucu 1200
cagaaggaaa gaauaaccaa cacccugagg uugugugugg aaggugaucu ggcucuggac 1260
aggcacuauc uggguuuugg ggggacgcua uaggaugugg ggaaguuagg aacugguguc 1320
uucaggggcc acaccaaccu ucugaggagc uguugaggua ccuccaagga ccggccuuug 1380
caccuccaug gaaacgaagc accaucauuc ccguugaacg ucacaucuuu aacccacuaa 1440
cuggcuaauu agcauggcca caucugagcc ccgaaucuga cauuagauga gagaacaggg 1500
cugaagcugu guccucauga gggcuggaug cucucguuga cccucacagg agcaucuccu 1560
caacucugag uguuaagcgu ugagccacca agcugguggc ucugugugcu cugauccgag 1620
cucagggggg ugguuuuccc aucucaggug uguugcagug ucugcuggag acauugaggc 1680
aggcacugcc aaaacaucaa ccugccagcu ggccuuguga ggagcuggaa acacauguuc 1740
cccuuggggg ugguggauga acaaagagaa agaggguuug gaagccagau cuaugccaca 1800
agaacccccu uuacccccau gaccaacauc gcagacacau gugcuggcca ccugcugagc 1860
cccaagugga acgagacaag cagcccuuag cccuuccccu cugcagcuuc caggcuggcg 1920
ugcagcauca gcaucccuag aaagccaugu gcagccacca guccauuggg caggcagaug 1980
uuccuaauaa agcuucuguu ccgugcuugu cccuguggaa guaucuuggu ugugacagag 2040
ucaagggugu gugcagcauu guuggcuguu ccugcaguag aaugggggca gcaccuccua 2100
agaaggcacc ucucuggguu gaagggcagu guucccuggg gcuuuaacuc cugcuagaac 2160
agucucuuga ggcacagaaa cuccuguuca ugcccauacc ccuggccaag gaagaucccu 2220
uuguccacaa guaaaaggaa augcuccucc agggagucuc agcuucaccc ugaggugagc 2280
aucaucuucu ggguuaggcc uugccuaggc auagcccugc cucaagcuau gugagcucac 2340
cagucccucc ccaaaugcuu uccaugaguu gcaguuuuuu ccuagucugu uuucccuccu 2400
uggagacagg gcccugucgg uuuauucacu guauguccuu ggugccugga gccuacuaaa 2460
ugcucaauaa auaaugauca caggaaaaaa aaaaaaaaaa aa 2502
<210> 76
<211> 350
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 76
Met Ser Asn Ile Thr Asp Pro Gln Met Trp Asp Phe Asp Asp Leu Asn
1 5 10 15
Phe Thr Gly Met Pro Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Ser Pro Cys Met Leu
20 25 30
Glu Thr Glu Thr Leu Asn Lys Tyr Val Val Ile Ile Ala Tyr Ala Leu
35 40 45
Val Phe Leu Leu Ser Leu Leu Gly Asn Ser Leu Val Met Leu Val Ile
50 55 60
Leu Tyr Ser Arg Val Gly Arg Ser Val Thr Asp Val Tyr Leu Leu Asn
65 70 75 80
Leu Ala Leu Ala Asp Leu Leu Phe Ala Leu Thr Leu Pro Ile Trp Ala
85 90 95
Ala Ser Lys Val Asn Gly Trp Ile Phe Gly Thr Phe Leu Cys Lys Val
100 105 110
Val Ser Leu Leu Lys Glu Val Asn Phe Tyr Ser Gly Ile Leu Leu Leu
115 120 125
Ala Cys Ile Ser Val Asp Arg Tyr Leu Ala Ile Val His Ala Thr Arg
130 135 140
Thr Leu Thr Gln Lys Arg His Leu Val Lys Phe Val Cys Leu Gly Cys
145 150 155 160
Trp Gly Leu Ser Met Asn Leu Ser Leu Pro Phe Phe Leu Phe Arg Gln
165 170 175
Ala Tyr His Pro Asn Asn Ser Ser Pro Val Cys Tyr Glu Val Leu Gly
180 185 190
Asn Asp Thr Ala Lys Trp Arg Met Val Leu Arg Ile Leu Pro His Thr
195 200 205
Phe Gly Phe Ile Val Pro Leu Phe Val Met Leu Phe Cys Tyr Gly Phe
210 215 220
Thr Leu Arg Thr Leu Phe Lys Ala His Met Gly Gln Lys His Arg Ala
225 230 235 240
Met Arg Val Ile Phe Ala Val Val Leu Ile Phe Leu Leu Cys Trp Leu
245 250 255
Pro Tyr Asn Leu Val Leu Leu Ala Asp Thr Leu Met Arg Thr Gln Val
260 265 270
Ile Gln Glu Ser Cys Glu Arg Arg Asn Asn Ile Gly Arg Ala Leu Asp
275 280 285
Ala Thr Glu Ile Leu Gly Phe Leu His Ser Cys Leu Asn Pro Ile Ile
290 295 300
Tyr Ala Phe Ile Gly Gln Asn Phe Arg His Gly Phe Leu Lys Ile Leu
305 310 315 320
Ala Met His Gly Leu Val Ser Lys Glu Phe Leu Ala Arg His Arg Val
325 330 335
Thr Ser Tyr Thr Ser Ser Ser Val Asn Val Ser Ser Asn Leu
340 345 350
<210> 77
<211> 2880
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 77
agguucaaaa cauucagaga cagaaggugg auagacaaau cuccaccuuc agacugguag 60
gcuccuccag aagccaucag acaggaagau gugaaaaucc ccagcacuca ucccagaauc 120
acuaaguggc accuguccug ggccaaaguc ccaggacaga ccucauuguu ccucuguggg 180
aauaccuccc caggagggca uccuggauuu cccccuugca acccagguca gaaguuucau 240
cgucaagguu guuucaucuu uuuuuuccug ucuaacagcu cugacuacca cccaaccuug 300
aggcacagug aagacaucgg uggccacucc aauaacagca ggucacagcu gcucuucugg 360
agguguccua caggugaaaa gcccagcgac ccagucagga uuuaaguuua ccucaaaaau 420
ggaagauuuu aacauggaga gugacagcuu ugaagauuuc uggaaaggug aagaucuuag 480
uaauuacagu uacagcucua cccugccccc uuuucuacua gaugccgccc caugugaacc 540
agaaucccug gaaaucaaca aguauuuugu ggucauuauc uaugcccugg uauuccugcu 600
gagccugcug ggaaacuccc ucgugaugcu ggucaucuua uacagcaggg ucggccgcuc 660
cgucacugau gucuaccugc ugaaccuagc cuuggccgac cuacucuuug cccugaccuu 720
gcccaucugg gccgccucca aggugaaugg cuggauuuuu ggcacauucc ugugcaaggu 780
ggucucacuc cugaaggaag ucaacuucua uaguggcauc cugcuacugg ccugcaucag 840
uguggaccgu uaccuggcca uuguccaugc cacacgcaca cugacccaga agcgcuacuu 900
ggucaaauuc auaugucuca gcaucugggg ucuguccuug cuccuggccc ugccugucuu 960
acuuuuccga aggaccgucu acucauccaa uguuagccca gccugcuaug aggacauggg 1020
caacaauaca gcaaacuggc ggaugcuguu acggauccug ccccaguccu uuggcuucau 1080
cgugccacug cugaucaugc uguucugcua cggauucacc cugcguacgc uguuuaaggc 1140
ccacaugggg cagaagcacc gggccaugcg ggucaucuuu gcugucgucc ucaucuuccu 1200
gcucugcugg cugcccuaca accugguccu gcuggcagac acccucauga ggacccaggu 1260
gauccaggag accugugagc gccgcaauca caucgaccgg gcucuggaug ccaccgagau 1320
ucugggcauc cuucacagcu gccucaaccc ccucaucuac gccuucauug gccagaaguu 1380
ucgccaugga cuccucaaga uucuagcuau acauggcuug aucagcaagg acucccugcc 1440
caaagacagc aggccuuccu uuguuggcuc uucuucaggg cacacuucca cuacucucua 1500
agaccuccug ccuaagugca gccccguggg guuccucccu ucucuucaca gucacauucc 1560
aagccucaug uccacugguu cuucuugguc ucagugucaa ugcagccccc auugugguca 1620
caggaaguag aggaggccac guucuuacua guuucccuug caugguuuag aaagcuugcc 1680
cuggugccuc accccuugcc auaauuacua ugucauuugc uggagcucug cccauccugc 1740
cccugagccc auggcacucu auguucuaag aagugaaaau cuacacucca gugagacagc 1800
ucugcauacu cauuaggaug gcuaguauca aaagaaagaa aaucaggcug gccaacgggg 1860
ugaaacccug ucucuacuaa aaauacaaaa aaaaaaaaaa auuagccggg cgugguggug 1920
agugccugua aucacagcua cuugggaggc ugagauggga gaaucacuug aacccgggag 1980
gcagagguug cagugagccg agauugugcc ccugcacucc agccugagcg acagugagac 2040
ucugucucag uccaugaaga uguagaggag aaacuggaac ucucgagcgu ugcugggggg 2100
gauuguaaaa uggugugacc acugcagaag acaguauggc agcuuuccuc aaaacuucag 2160
acauagaauu aacacaugau ccugcaauuc cacuuauagg aauugaccca caagaaauga 2220
aagcagggac uugaacccau auuuguacac caauauucau agcagcuuau ucacaagacc 2280
caaaaggcag aagcaaccca aauguucauc aaugaaugaa ugaauggcua agcaaaaugu 2340
gauauguacc uaacgaagua uccuucagcc ugaaagagga augaaguacu cauacauguu 2400
acaacacgga cgaaccuuga aaacuuuaug cuaagugaaa uaagccagac aucaacagau 2460
aaauaguuua ugauuccacc uacaugaggu acugagagug aacaaauuua cagagacaga 2520
aagcagaaca gugauuacca gggacugagg ggaggggagc augggaagug acgguuuaau 2580
gggcacaggg uuuauguuua ggauguugaa aaaguucugc agauaaacag uagugauagu 2640
uguaccgcaa ugugacuuaa ugccacuaaa uugacacuua aaaaugguuu aaauggucaa 2700
uuuuguuaug uauauuuuau aucaauuuaa aaaaaaaccu gagccccaaa agguauuuua 2760
aucaccaagg cugauuaaac caaggcuaga accaccugcc uauauuuuuu guuaaaugau 2820
uucauucaau aucuuuuuuu uaauaaacca uuuuuacuug gguguuuaua aaaaaaaaaa 2880
<210> 78
<211> 360
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 78
Met Glu Asp Phe Asn Met Glu Ser Asp Ser Phe Glu Asp Phe Trp Lys
1 5 10 15
Gly Glu Asp Leu Ser Asn Tyr Ser Tyr Ser Ser Thr Leu Pro Pro Phe
20 25 30
Leu Leu Asp Ala Ala Pro Cys Glu Pro Glu Ser Leu Glu Ile Asn Lys
35 40 45
Tyr Phe Val Val Ile Ile Tyr Ala Leu Val Phe Leu Leu Ser Leu Leu
50 55 60
Gly Asn Ser Leu Val Met Leu Val Ile Leu Tyr Ser Arg Val Gly Arg
65 70 75 80
Ser Val Thr Asp Val Tyr Leu Leu Asn Leu Ala Leu Ala Asp Leu Leu
85 90 95
Phe Ala Leu Thr Leu Pro Ile Trp Ala Ala Ser Lys Val Asn Gly Trp
100 105 110
Ile Phe Gly Thr Phe Leu Cys Lys Val Val Ser Leu Leu Lys Glu Val
115 120 125
Asn Phe Tyr Ser Gly Ile Leu Leu Leu Ala Cys Ile Ser Val Asp Arg
130 135 140
Tyr Leu Ala Ile Val His Ala Thr Arg Thr Leu Thr Gln Lys Arg Tyr
145 150 155 160
Leu Val Lys Phe Ile Cys Leu Ser Ile Trp Gly Leu Ser Leu Leu Leu
165 170 175
Ala Leu Pro Val Leu Leu Phe Arg Arg Thr Val Tyr Ser Ser Asn Val
180 185 190
Ser Pro Ala Cys Tyr Glu Asp Met Gly Asn Asn Thr Ala Asn Trp Arg
195 200 205
Met Leu Leu Arg Ile Leu Pro Gln Ser Phe Gly Phe Ile Val Pro Leu
210 215 220
Leu Ile Met Leu Phe Cys Tyr Gly Phe Thr Leu Arg Thr Leu Phe Lys
225 230 235 240
Ala His Met Gly Gln Lys His Arg Ala Met Arg Val Ile Phe Ala Val
245 250 255
Val Leu Ile Phe Leu Leu Cys Trp Leu Pro Tyr Asn Leu Val Leu Leu
260 265 270
Ala Asp Thr Leu Met Arg Thr Gln Val Ile Gln Glu Thr Cys Glu Arg
275 280 285
Arg Asn His Ile Asp Arg Ala Leu Asp Ala Thr Glu Ile Leu Gly Ile
290 295 300
Leu His Ser Cys Leu Asn Pro Leu Ile Tyr Ala Phe Ile Gly Gln Lys
305 310 315 320
Phe Arg His Gly Leu Leu Lys Ile Leu Ala Ile His Gly Leu Ile Ser
325 330 335
Lys Asp Ser Leu Pro Lys Asp Ser Arg Pro Ser Phe Val Gly Ser Ser
340 345 350
Ser Gly His Thr Ser Thr Thr Leu
355 360
<210> 79
<211> 532
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 79
gagaaaccag agacuguagc aacucuggca gggagaagcu gucucugaug gccugaagcu 60
gugggcagcu ggccaagccu aaccgcuaua aaaaggagcu gccucucagc ccugcauguc 120
ucuugucagc ugucuuucag aagaccuggu ggggcaaguc cgugggcauc auguugaccg 180
agcuggagaa agccuugaac ucuaucaucg acgucuacca caaguacucc cugauaaagg 240
ggaauuucca ugccgucuac agggaugacc ugaagaaauu gcuagagacc gaguguccuc 300
aguauaucag gaaaaagggu gcagacgucu gguucaaaga guuggauauc aacacugaug 360
gugcaguuaa cuuccaggag uuccucauuc uggugauaaa gaugggcgug gcagcccaca 420
aaaaaagcca ugaagaaagc cacaaagagu agcugaguua cugggcccag aggcugggcc 480
ccuggacaug uaccugcaga auaauaaagu caucaauacc ucaaaaaaaa aa 532
<210> 80
<211> 93
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 80
Met Leu Thr Glu Leu Glu Lys Ala Leu Asn Ser Ile Ile Asp Val Tyr
1 5 10 15
His Lys Tyr Ser Leu Ile Lys Gly Asn Phe His Ala Val Tyr Arg Asp
20 25 30
Asp Leu Lys Lys Leu Leu Glu Thr Glu Cys Pro Gln Tyr Ile Arg Lys
35 40 45
Lys Gly Ala Asp Val Trp Phe Lys Glu Leu Asp Ile Asn Thr Asp Gly
50 55 60
Ala Val Asn Phe Gln Glu Phe Leu Ile Leu Val Ile Lys Met Gly Val
65 70 75 80
Ala Ala His Lys Lys Ser His Glu Glu Ser His Lys Glu
85 90
<210> 81
<211> 586
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 81
aaacacucug uguggcuccu cggcuuugac agagugcaag acgaugacuu gcaaaauguc 60
gcagcuggaa cgcaacauag agaccaucau caacaccuuc caccaauacu cugugaagcu 120
ggggcaccca gacacccuga accaggggga auucaaagag cuggugcgaa aagaucugca 180
aaauuuucuc aagaaggaga auaagaauga aaaggucaua gaacacauca uggaggaccu 240
ggacacaaau gcagacaagc agcugagcuu cgaggaguuc aucaugcuga uggcgaggcu 300
aaccugggcc ucccacgaga agaugcacga gggugacgag ggcccuggcc accaccauaa 360
gccaggccuc ggggagggca cccccuaaga ccacaguggc caagaucaca guggccacgg 420
ccacggccac agucauggug gccacggcca cagccacuaa ucaggaggcc aggccacccu 480
gccucuaccc aaccagggcc ccggggccug uuaugucaaa cugucuuggc uguggggcua 540
ggggcugggg ccaaauaaag ucucuuccuc caagucaaaa aaaaaa 586
<210> 82
<211> 114
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 82
Met Thr Cys Lys Met Ser Gln Leu Glu Arg Asn Ile Glu Thr Ile Ile
1 5 10 15
Asn Thr Phe His Gln Tyr Ser Val Lys Leu Gly His Pro Asp Thr Leu
20 25 30
Asn Gln Gly Glu Phe Lys Glu Leu Val Arg Lys Asp Leu Gln Asn Phe
35 40 45
Leu Lys Lys Glu Asn Lys Asn Glu Lys Val Ile Glu His Ile Met Glu
50 55 60
Asp Leu Asp Thr Asn Ala Asp Lys Gln Leu Ser Phe Glu Glu Phe Ile
65 70 75 80
Met Leu Met Ala Arg Leu Thr Trp Ala Ser His Glu Lys Met His Glu
85 90 95
Gly Asp Glu Gly Pro Gly His His His Lys Pro Gly Leu Gly Glu Gly
100 105 110
Thr Pro

Claims (28)

1.用于测定样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平的试剂制备供一种鉴定可能受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的具有肾细胞癌(RCC)的个体的方法使用的试剂或试剂盒的用途,该方法包含测定来自该个体的样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平,
其中该样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的参照表达水平将该个体鉴定为可能受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的个体,其中该基因的参照表达水平是在具有肾细胞癌(RCC)的患者的群体中测定的中值表达水平。
2.权利要求1的用途,其中该方法进一步包含对该个体施用有效量的该抗癌症疗法。
3.权利要求1的用途,其中该方法进一步包含测定来自该个体的样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的表达水平,其中该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的表达水平处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的参照表达水平。
4.权利要求1的用途,其中该方法进一步包含测定来自该个体的样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平,其中该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照表达水平。
5.权利要求1的用途,
其中该方法进一步包含测定来自该个体的样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的表达水平,其中该样品中IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的表达水平处于或高于IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的参照表达水平,且
其中该方法进一步包含测定来自该个体的样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平,其中该样品中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平低于VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的参照表达水平。
6.权利要求1的用途,其中该参照表达水平是该基因的标准化表达水平的Z得分的中值。
7.权利要求1的用途,其中该表达水平是核酸表达水平。
8.权利要求7的用途,其中该核酸表达水平是mRNA表达水平。
9.权利要求8的用途,其中该mRNA表达水平是通过RNA-seq,qPCR,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,ISH,或其组合测定的。
10.权利要求9的用途,其中该qPCR是RT-qPCR和/或多路qPCR。
11.权利要求10的用途,其中该qPCR是多路RT-qPCR。
12.权利要求1的用途,其中该表达水平是蛋白质表达水平。
13.权利要求12的用途,其中该蛋白质表达水平是通过免疫组织化学(IHC),Western印迹,酶联免疫吸附测定法(ELISA),免疫沉淀,免疫荧光,放射免疫测定法,或质谱术测定的。
14.权利要求1的用途,其中该样品是组织样品,细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。
15.权利要求14的用途,其中该组织样品是肿瘤组织样品。
16.权利要求15的用途,其中该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞,或其组合。
17.权利要求15的用途,其中该肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋(FFPE)的样品。
18.权利要求15的用途,其中该肿瘤组织样品是存档的样品。
19.权利要求15的用途,其中该肿瘤组织样品是新鲜的样品。
20.权利要求15的用途,其中该肿瘤组织样品是冷冻的样品。
21.权利要求1的用途,其中该个体先前没有治疗该肾细胞癌(RCC)。
22.权利要求1的用途,其中该肾细胞癌(RCC)是转移性RCC(mRCC)。
23.权利要求1的用途,其中该抗癌症疗法进一步包含另外的治疗剂。
24.权利要求23的用途,其中该另外的治疗剂选自由免疫疗法药剂,细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法药剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。
25.权利要求1的用途,其中该个体是人。
26.一种用于鉴定可受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的具有肾细胞癌(RCC)的个体的试剂盒,该试剂盒包含:
(a)用于测定来自该个体的样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平的试剂,和,任选地,
(b)关于使用该试剂来鉴定可受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的具有肾细胞癌(RCC)的个体的说明书,且该试剂盒进一步包含:
用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的表达水平的试剂；和
用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平的试剂。
27.一种用于鉴定可受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的具有肾细胞癌(RCC)的个体的试剂盒,该试剂盒包含:
(a)用于测定来自该个体的样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平的试剂,和,任选地,
(b)关于使用该试剂来鉴定可受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的具有肾细胞癌(RCC)的个体的说明书,且该试剂盒进一步包含用于测定IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,和PTGS2的表达水平的试剂。
28.一种用于鉴定可受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的具有肾细胞癌(RCC)的个体的试剂盒,该试剂盒包含:
(a)用于测定来自该个体的样品中CD8A,EOMES,PRF1,IFNG,和PD-L1的表达水平的试剂,和,任选地,
(b)关于使用该试剂来鉴定可受益于用包含贝伐珠单抗和阿特珠单抗的抗癌症疗法的治疗的具有肾细胞癌(RCC)的个体的说明书,且该试剂盒进一步包含用于测定VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,ANGPTL4,和CD34的表达水平的试剂。
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