CN111213059B - 用于癌症的诊断和治疗方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供用于癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的治疗的诊断方法,治疗方法,和组合物。本发明至少部分基于如下发现,即可以在鉴定可能受益于包括免疫疗法(例如PD‑L1轴结合拮抗剂,诸如抗PD‑L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF‑β拮抗剂)的抗癌症疗法的具有癌症的个体的方法,用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,治疗具有癌症的个体的方法,用于评估个体对用包括免疫疗法(例如PD‑L1轴结合拮抗剂诸如抗PD‑L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF‑β拮抗剂)的抗癌症疗法的治疗的响应或监测该响应的方法,和相关试剂盒,抗癌症疗法,和用途中使用来自具有癌症的个体的样品中一种或多种本文中描述的生物标志物的表达水平。

Description

用于癌症的诊断和治疗方法
序列表
本申请含有序列表,已经以ASCII格式电子提交且据此通过援引以其全部收录。于2018年11月5日创建的所述ASCII拷贝,名称为50474-172WO4_Sequence_Listing_11.5.18_ST25且大小为309,531个字节。
发明领域
本发明致力于用于癌症的治疗的诊断和治疗方法。还提供的是相关试剂盒和测定法。
发明背景
癌症仍然是人类健康的最致命威胁之一。在美国,癌症每年侵袭几乎130万新患者,而且是位居心脏病之后的第二位死亡原因,大约占4例死亡中的1例。还预测癌症可能在五年内超越心血管疾病成为第一名死亡原因。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗有显著进步,但是所有癌症的总体5年存活率在过去20年中仅仅改善了约10％。特别是,恶性实体瘤以不受控制的方式快速转移和生长,使得它们的及时检测和治疗极其困难。
在人中用免疫检查点抑制剂进行的研究已经展现驾驭免疫系统控制和根除肿瘤生长的希望。程序性死亡1(PD-1)受体和它的配体程序性死亡配体1(PD-L1)是一种已经与慢性感染,妊娠,组织同种异体移植物,自身免疫病,和癌症期间免疫系统应答的遏制联系起来的免疫检查点蛋白质。PD-L1通过结合在T细胞,B细胞,和单核细胞的表面上表达的抑制性受体PD-1来调节免疫应答。PD-L1还经由与另一种受体,B7-1的相互作用负调节T细胞功能。PD-L1/PD-1和PD-L1/B7-1复合物的形成负调节T细胞受体信号传导,导致随后T细胞活化下调和抗肿瘤免疫活性遏制。
尽管癌症的治疗取得显著的进步,仍然在寻求改良的诊断方法和癌症疗法。
发明概述
本发明提供用于治疗具有癌症,包括但不限于膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌的个体的诊断和治疗方法和组合物。
在一个方面,本发明特征在于一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在任何前述方面的一些实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含:(a)测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的三种或更多种基因的表达水平将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平测定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平已经测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平已经测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平已经测定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。
在另一个方面,本发明提供一种在已经鉴定为具有来自个体的样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平的个体中治疗癌症的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经鉴定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平已经鉴定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平已经鉴定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP,且其中样品中一种或多种基因的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP,且其中样品中一种或多种基因的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在任何前述方面的一些实施方案中,样品中一种或多种基因的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含:(a)测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP,且其中样品中一种或多种基因的表达水平测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种基因的表达水平将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平已经测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。
在另一个方面,本发明提供一种在已经鉴定为具有来自个体的样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平的个体中治疗癌症的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经鉴定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平已经鉴定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于评估具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中五种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并(b)基于样品中五种或更多种基因的表达水平与五种或更多种基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,其中来自个体的样品中五种或更多种基因的表达水平与五种或更多种基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。在一些实施方案中,该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于五种或更多种基因的参照表达水平有变化。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平相对于ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的参照表达水平有变化。在一些实施方案中,变化是五种或更多种基因的表达水平的升高且调整或停止治疗。在一些实施方案中,变化是五种或更多种基因的表达水平的降低且维持治疗。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于监测具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中五种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并(b)比较来自个体的样品中五种或更多种基因的表达水平与五种或更多种基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。在一些实施方案中,该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。在一些实施方案中,该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于五种或更多种基因的参照表达水平有变化。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平相对于ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的参照表达水平有变化。在一些实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的升高指示个体缺乏对治疗的响应。在一些实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的降低指示个体对治疗的响应。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于评估具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,其中一种或多种基因至少包括ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并(b)基于样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,其中来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。在一些实施方案中,该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于一种或多种基因的参照表达水平有变化。在一些实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的升高且调整或停止治疗。在一些实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的降低且维持治疗。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于监测具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,其中一种或多种基因至少包括ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并(b)比较来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。在一些实施方案中,该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于五种或更多种基因的参照表达水平有变化。在一些实施方案中,一种或多种基因的表达水平的升高指示个体缺乏对治疗的响应。在一些实施方案中,一种或多种基因的表达水平的降低指示个体对治疗的响应。
在任何前述方面的一些实施方案中,该方法进一步包含测定样品中选自由PD-L1,CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组的一种或多种另外的基因的表达水平。在一些实施方案中,一种或多种另外的基因是PD-L1。在一些实施方案中,一种或多种另外的基因选自由CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组。在一些实施方案中,该方法进一步包含测定CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,或所有八种的表达水平。在一些实施方案中,该方法进一步包含测定CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21的表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,该方法进一步包含测定来自个体的肿瘤样品中的肿瘤突变负荷(TMB)。
在另一个方面,本发明特征在于一种为具有癌症的个体选择疗法的方法,该方法包含:测定(i)来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；和(ii)来自个体的样品中选自由CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组的一种或多种另外的基因的表达水平,或来自个体的肿瘤样品中的TMB得分,其中:(i)中一种或多种基因的表达水平处于或高于(i)中一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体,且(i)中一种或多种基因的表达水平低于一种或多种基因的参照表达水平且(ii)中一种或多种另外的基因的表达水平处于或高于(ii)中一种或多种另外的基因的参照表达水平或肿瘤样品中的TMB得分处于或高于参照TMB得分将个体鉴定为可能受益于用包含单独的免疫疗法的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,该方法进一步包含对个体施用个体可能受益于治疗的抗癌症疗法。
在任何前述方面的一些实施方案中,癌症选自由膀胱癌,肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌组成的组。在一些实施方案中,癌症是膀胱癌。在一些实施方案中,膀胱癌是尿路上皮癌(UC)。在一些实施方案中,UC是转移性UC。在一些实施方案中,胰腺癌是胰腺导管腺癌(PDAC)。
在任何前述方面的一些实施方案中，来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型。在一些实施方案中,CD8+T细胞定位在胶原纤维处或附近。
在任何前述方面的一些实施方案中,参照表达水平是自具有癌症的个体的群体测定的。在一些实施方案中,参照表达水平是中值表达水平和/或是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析确定的。
在任何前述方面的一些实施方案中，表达水平是核酸表达水平。在一些实施方案中,核酸表达水平是mRNA表达水平。在一些实施方案中,mRNA表达水平是通过RNA-seq,RT-qPCR,qPCR,多路qPCR或RT-qPCR,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,ISH,或其组合测定的。
在任何前述方面的其它实施方案中,表达水平是蛋白质表达水平。在一些实施方案中,蛋白质表达水平是通过免疫组织化学(IHC),Western印迹,酶联免疫吸附测定法(ELISA),免疫沉淀,免疫荧光,放射免疫测定法,或质谱术测定的。
在任何前述方面的一些实施方案中,样品是组织样品,细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。在一些实施方案中,组织样品是肿瘤组织样品。在一些实施方案中,肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞,或其组合。在一些实施方案中,肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋(FFPE)的样品,存档的样品,新鲜的样品,或冷冻的样品。
在任何前述方面的一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂是转化生长因子β(TGF-β),足突细胞膜粘蛋白(PDPN),白细胞相关免疫球蛋白样受体1(LAIR1),SMAD,间变性淋巴瘤激酶(ALK),结缔组织生长因子(CTGF/CCN2)，内皮-1(ET-1)，AP-1，白介素(IL)-13,赖氨酰氧化酶同系物2(LOXL2),内皮糖蛋白(CD105),成纤维细胞激活蛋白(FAP),血管细胞粘附蛋白1(CD106),胸腺细胞抗原1(THY1),β1整联蛋白(CD29),血小板衍生生长因子(PDGF),PDGF受体A (PDGFRα),PDGF受体B(PDGFRβ),波形蛋白,平滑肌肌动蛋白α(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248),或S100钙结合蛋白A4(S100A4)拮抗剂。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂是吡非尼酮(perfenidone),加鲁色替(galunisertib),或尼达尼布(nintedanib)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂是TGF-β拮抗剂。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂是TGF-β结合拮抗剂。在一些实施方案中,TGF-β结合拮抗剂抑制TGF-β对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,TGF-β结合拮抗剂抑制TGF-β对TGF-β的细胞受体的结合。在一些实施方案中,TGF-β结合拮抗剂抑制TGF-β的激活。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂抑制TGF-β1,TGF-β2,和/或TGF-β3。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂抑制TGF-β1,TGF-β2，和TGF-β3。在一些实施方案中，TGF-β拮抗剂抑制TGF-β受体-1(TGFBR1),TGF-β受体-2(TGFBR2),和/或TGF-β受体-3(TGFBR3)。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂是多肽,小分子,或核酸。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂是多肽。在一些实施方案中,多肽是抗TGF-β抗体,可溶性TGF-β受体,或肽。在一些实施方案中,多肽是抗TGF-β抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是泛特异性抗TGF-β抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是夫苏木单抗(fresolimumab),美替木单抗(metelimumab),乐德木单抗(lerdelimumab),1D11,2G7,或其衍生物。在一些实施方案中,肽是地司特泰(disitertide)(P144)。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,小分子选自由加鲁色替(galunisertib)(LY2157299)，LY2382770,LY3022859,SB-431542,SD208,SM16,曲尼司特(tranilast),吡非尼酮(pirfenidone),TEW-7197,PF-03446962,和吡咯-咪唑聚酰胺组成的组。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂是核酸。在一些实施方案中,核酸是曲贝德生(trabedersen)(AP12009)或Belagenpumatucel-L。
在任何前述方面的一些实施方案中,免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。
在任何前述方面的其它实施方案中,免疫疗法包含PD-L1轴,CTLA-4,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。在一些实施方案中,免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。在一些实施方案中,PD-L1轴拮抗剂是PD-L1轴结合拮抗剂。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂,PD-1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对一种或多种它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是单克隆抗PD-L1抗体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是人,人源化,或嵌合抗PD-L1抗体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体选自由MPDL3280A(阿特珠单抗(atezolizumab)),YW243.55.S70,MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗(durvalumab)),和MSB0010718C(阿维单抗(avelumab))组成的组。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含下面的高变区(HVR):(a)GFTFSDSWIH(SEQ IDNO:63)的HVR-H1序列；(b)AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)的HVR-H2序列；(c)RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)的HVR-H3序列；(d)RASQDVSTAVA (SEQ ID NO:66)的HVR-L1序列；(e)SASFLYS(SEQ ID NO:67)的HVR-L2序列；和(f)QQYLYHPAT(SEQ ID NO:68)的HVR-L3序列。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含与
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:69)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的重链可变(VH)域；(b)包含与
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:70)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的轻链可变(VL)域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列的VH域；(b)包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含:(a)包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列的VH域；和(b)包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列的VL域。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一些实施方案中,抗PD-1抗体是单克隆抗PD-1抗体。在一些实施方案中,抗PD-1抗体是人,人源化,或嵌合抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,该方法进一步包含将另外的治疗剂施用于个体。在一些实施方案中,另外的治疗剂选自由免疫疗法药剂,细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法药剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。在一些实施方案中,个体是人。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的试剂盒,该试剂盒包含:(a)用于测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；和,任选地,(b)关于使用试剂来鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的说明书。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的试剂盒,该试剂盒包含:(a)用于测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP；和,任选地,(b)关于使用试剂来鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的说明书。
在另一个方面,本发明特征在于一种包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,供一种治疗罹患癌症的个体的方法使用,其中在治疗前ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,供一种治疗罹患癌症的个体的方法使用,其中在治疗前ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。
在另一个方面,本发明提供包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法在制造用于治疗罹患癌症的个体的药物中的用途,其中在治疗前ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。
在另一个方面,本发明提供包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法在制造用于治疗罹患癌症的个体的药物中的用途,其中在治疗前ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于监测具有癌症的个体的响应的试剂盒,该试剂盒包含:(a)用于测定来自个体的样品中五种或更多种下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；和,任选地,(b)关于使用试剂来监测具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的说明书。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于监测具有癌症的个体的响应的试剂盒,该试剂盒包含:(a)用于测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,其中一种或多种基因至少包括ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；和,任选地,(b)关于使用试剂来监测具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的说明书。
附图简述
本申请文件含有至少一幅彩色绘图。在请求和支付必要费用后专利局会提供带有彩图的本专利或专利申请的拷贝。
图1A是一幅图,显示肿瘤浸润性免疫细胞(IC)上的编程性死亡配体1(PD-L1)蛋白质表达与对阿特珠单抗的响应有关(Fisher精确检验；p＝0.0038)。IC2+肿瘤具有显著更高的完全响应(CR)率(p＝0.0006),但是部分响应者(PR)的比例在所有IC水平间是相似的(p＝0.53)。
图1B是一幅图,显示与IC上的PD-L1免疫组织化学(IHC)阳性有关的基因。将标准化log2换算的基因表达与PD-L1 IC蛋白质表达比较,并将调整后的p值(-log10换算的,y轴)和关联的效果大小(x轴)绘图。干扰素γ刺激的(“IFNg可诱导”)基因和先前报告的CD8T-效应和免疫检查点分子基因集在最明显上调的中。
图1C和1D是一系列图,显示CD8 T-效应签名得分和PD-L1 IC或响应之间的关联。将CD8+T-效应签名得分(y轴)针对PD-L1 IC得分(图1C)和响应范畴(图1D)绘图。签名得分和PD-L1 IC染色(p＝4.2×10-35)和对阿特珠单抗的响应(p＝0.0087)二者之间有显著正相关。CD8 T-效应签名和响应之间的关联由CR组驱动,其具有显著更高的CD8 T-效应签名(t检验；p＝0.002)；其它三种响应组间的差异不显著(方差分析(ANOVA)p＝0.08)。
图1E和1F是一系列图,显示响应状态和肿瘤突变负荷(TMB)或肿瘤新抗原负荷(TNB)之间的关系。显示的是每兆碱基的突变数(y轴),如通过Foundation Medicine的(在本文中也称作“FMOne”)小组(图1E)或针对那些预测是表达的新抗原的突变的全外显子组过滤(图1F)确定的。两种度量均与对阿特珠单抗的响应正相关(Wilcoxon p,对于基于FMOne的突变＝1.4×10-7,对于预测的新抗原＝5.3×10-9)。
图1G是一幅图,显示KEGG途径富集其表达与TMB有关的基因。显示的是显著(FDR<0.05)富集与TMB有关的基因的KEGG基因集的富集的调整后的-log10 p值。推断反映关键根本生物学过程的集合如下着色:增殖(蓝绿色),DNA损伤响应(DDR)(红紫色),TGF-β信号传导(橙色)。只显示每个集合的前七种基因(以单基因p值排序)。
图1H是一幅图,显示不同基因表达签名以及增殖标志物MKI67的单基因表达值之间的关系。在左角,显现签名得分/基因表达之间的相关性；在右角,给出Pearson相关系数。基因集成员资格在表10中给出。关于签名得分的计算的信息见实施例1。泛F-TBRS:泛成纤维细胞TGF-β响应签名。
图1I和1J是一系列图,显示载脂蛋白B mRNA编辑酶,催化性多肽样(APOBEC)3A(图1I)和APOBEC3B(图1J)基因表达和它与响应和TMB的关联。在y轴上显示基因表达的标准化log2转换的计数；在x轴上显示响应范畴和TMB。APOBEC3A (p＝0.015)和APOBEC3B(p＝0.0025)均在响应者中展现更高均值表达。对于TMB,给出Pearson相关系数和p值。将基因表达和TMB之间的关系的趋势线绘图。对于图1J,在计算基因表达和TMB之间的相关性时排除了两个极端表达离群值。
图1K是一幅图,显示DDR基因中的突变与TMB有关。基因在行中,患者在列中,突变以黑色矩形标示。上方的柱形图描绘TMB,患者自高至低TMB排序。下方的行代表整个途径的突变状态,有或无包括TP53。在左边给出携带一种基因或途径中的突变的患者的百分比。
图1L是一幅图,显示DDR基因的逐个集合突变状态对响应。如果具有除了TP53以外的一种或多种DDR基因中的突变的话,将患者标记DDR突变体。对这两个患者亚组将响应者(CR/PR)和不响应者(稳定性疾病(SD)/进展性疾病(PD))的分数绘图。DDR突变状态和响应之间有显著关联(p＝0.0117)。
图1M是一幅图,显示细胞周期调节基因中的突变与TMB有关。基因在行中绘图,患者在列中绘图,用黑色矩形标记具有突变的患者。上方的柱形图描绘每位患者中的TMB,患者自TMB高至TMB低排序。最后的行代表整个途径的突变状态,有或无TP53。图左边的百分比指示流行度。以星号标记与TMB有显著单基因关联的基因。
图1N是一幅图,以响应显示细胞周期调节(CCR)途径中的突变状态。对于每位患者,测定他们是否具有属于CCR途径的基因中的任何突变,TP53除外。如果患者具有CCR途径基因中的突变的话,将他们称作途径的突变体。否则,认为他们是非突变体。为这两个患者亚组将响应者(CR/PR)和不响应者(SD/PD)的分数绘图。除TP53外,CCR途径的突变状态和响应之间没有关联的(p＝0.31104；表6)。
图1O显示与对阿特珠单抗的响应显著相关的KEGG途径。显示的是显著(调整后的p<0.1)富集与响应有关的基因的KEGG途径的调整后的-log10 p值。推断反映关键根本生物学过程的集合如下着色:增殖(蓝绿色),DDR(红紫色),TGF-β信号传导(橙色)。只显示每个集合的前七种基因(以单基因p值排序)。差异表达基因的整个列表在表3中给出。
图1P是一幅图,显示由TGFB1和TGFBR2构成的TGF-β两基因签名(y轴)与缺乏对阿特珠单抗的响应显著有关(p＝9.6×10-6)。
图1Q是三个核心轴，询问那些轴的测定法，和患者响应之间的关系的示意图。
图1R是一幅图，显示患者响应中的解释方差。使用二元响应(CR/PR对SD/PD)作为因变量和来自单一输入或输入组合的得分(x轴)作为自变量拟合广义线性模型。在y轴上将响应的百分比解释方差绘图。经由似然比检验进行不同模型之间的比较。一种包括DNA(TMB)和RNA标志物(CD8+T-效应(Teff)和TGF-β两基因集)二者的模型解释在响应中观察到的方差的42％，而且它在所有独生子模型上显著改善。
图1S是一幅图,显示患者响应中的解释变差。使用二元响应(CR/PR对SD/PD)作为因变量和来自单一输入或输入组合的得分(x轴)作为自变量拟合广义线性模型。在y轴上将响应的百分比解释方差绘图。经由似然比检验进行不同模型之间的比较；显著的p值意味着另外的变量对模型贡献独立的信息。包括TMB以及Teff和TGF-β两基因签名的三元模型解释在响应中观察到的方差的42％,而且在所有独生子和两生物学模型上显著改善。这显示了所有三种生物学具有非冗余的解释价值。
图1T是一幅图,显示患者响应中的解释变差。使用二元响应(CR/PR对SD/PD)作为因变量和来自单一输入或输入组合的得分(x轴)作为自变量拟合广义线性模型。在y轴上将响应的百分比解释方差绘图。经由似然比检验进行不同模型之间的比较。TMB与响应之间的关联比它的替代测量(APOBEC3B表达,MKI67表达或DDR集的成员中的突变)显著更强。APOBEC3B和DDR基因集突变没有提供独立于TMB的直接测量的另外的解释信息。组合TMB与MKI67表达确实在单独的TMB上边缘性改善，可能是经由MKI67与TFG-β的负关联(见图1H)。
图1U是一幅图，显示Teff签名得分四分位(“quart”)与总体存活(OS)有关(p＝0.0092)。
图1V是一幅图,显示TMB与总体存活(OS)有关(似然比检验p＝2x10-5)。
图1W是一幅图,显示TNB与OS有关(似然比检验p＝0.00015)。
图1X是一幅图,显示TGFB1表达与客观响应差有关(p＝0.0001)。
图1Y是一幅图，显示TGFB1表达四分位与OS降低有关。
图1Z是一系列图,显示MKI67表达(左边小图)和DNA复制得分(右边小图)与对阿特珠单抗的响应有关。
图2A是一幅热图，呈现评估的所有患者,通过分子亚型和然后响应排序。为了比较,给出了免疫细胞(IC)和肿瘤细胞(TC)PD-L1状态。另外,显示了TMB和关键感兴趣基因的突变状态(灰色:没有突变数据的患者)。热图的行显示感兴趣基因的表达(Z得分),分组入下面的途径:A:FGFR3基因签名,B:Teff签名,C:抗原加工机制,D:免疫检查点签名,E:MKI67和细胞周期基因,F:DNA复制依赖性组蛋白,G:DNA损伤修复基因,H:细胞外基质(ECM)组织基因集,I:TGF-β两基因签名,J:血管发生签名,K:上皮-间充质转化(EMT)标志物,和L:癌症相关成纤维细胞基因。
图2B是一幅图,显示针对Lund(左边小图)和TCGA亚型(右边小图)(x轴)绘图的TMB(y轴)。Lund基因组不稳定(Wilcoxon检验；p＝0.0002)和TCGA腔II亚型(p＝5.94x 10-5)具有更高的中值TMB。UroA:尿道上皮样A,GU:基因组不稳定,Inf:浸润的,UroB:尿道上皮样B,SCCL:SCC样。
图2C是一幅图,显示基于中值TMB分拆成TMB低(灰色)和TMB高(黑色)亚组的患者,而且分别为每种Lund(左边小图)和TCGA (右边小图)分子亚型显示这两个亚组中的患者的分数。
图2D是一幅图,显示以Lund分子亚型分的每种所示响应范畴中的患者的分数。GU亚型具有与所有其它亚型相比显著更高的响应率(Fisher精确检验；p＝1.6×10-5)。
图2E是一幅图,显示以TCGA亚型分的每种所示响应范畴中患者的分数。虽然腔II亚组实现最高的响应率,但是与先前关于单独的铂抗性队列报告的结果一致,腔II对其它亚型之间的差异并不显著(Fisher精确检验；p＝0.12)。
图2F是一幅图，显示TGF-β很可能是Lund GU和TCGA腔II亚型中差异响应的驱动因素。Venn图呈现细分的三个亚组:(i)Lund亚型为GU但非TCGA腔II(仅GU),(ii)GU和腔II二者(GU和II),或(iii)腔II,但非GU(仅II)。热图显示这些亚组(列)中CD8 Teff和TGF-β两基因签名以及TMB的评估。将感兴趣的生物学(行)定标,之后计算各组间的中值。红色意味着高,蓝色意味着低。响应在三个亚组之间差异显著(p＝0.00062),如柱形图中显示的:虽然“仅GU”和“GU和II”具有高比例的部分和/或完全响应者,但是“仅II”显示有限的响应。Teff-TGF-β指示CD8 Teff签名得分减去TGF-β两基因签名得分。
图2G是一幅热图,相对于分子亚型显示MKI67表达和感兴趣签名以及TMB的评估。将感兴趣生物学定标,之后在各Lund(左)和TCGA(右)分子亚型(列)间计算中值。红色意味着高,蓝色意味着低。DNArep.:DNA复制。
图2H是一幅热图,显示Lund和TCGA亚型分型方案之间的比较。热图呈现评估的所有患者,没有限定的响应的患者除外,以列排列,而且首先以分子亚型,然后以对阿特珠单抗的响应排序。对于左手边小图,患者根据基于TCGA的亚型分型方案排序；对于右手边小图,患者通过基于Lund的亚型分型方案排序(像图2A)。给出了IC和TC PD-L1状态。另外,显示了TMB和少数感兴趣基因的突变状态(或是突变的,黑色,或是未突变的,白色；灰色指示没有突变数据的患者)。热图的行显示感兴趣基因的表达(Z得分),分组入下面的生物学/途径:TCGA:TCGA亚型分型基因,A:FGFR3基因签名,B:Teff签名,C:抗原加工机制,D:免疫检查点签名,E:MKI67和细胞周期基因,F:DNA复制依赖性组蛋白,G:DNA损伤修复基因,H:ECM基因集,I:TGFB两基因签名,J:血管发生签名,K:EMT标志物,和L:泛F-TBRS基因(这些签名的详情见实施例1)。
图3A是一系列图像,显示三种肿瘤免疫表型的组织学:免疫“沙漠”,免疫“排除”,和免疫“发炎”。对针对CD8+T细胞的存在免疫组织化学染色的福尔马林固定,石蜡包埋(FFPE)切片实施将肿瘤归类入三种免疫表型实体之一。归类基于CD8+细胞的流行度以及就恶性上皮细胞而言浸润的样式。当CD8+细胞的流行度低(在200倍放大倍数时肿瘤和肿瘤相关基质的区域中<10个CD8+细胞；在更大的标本中,这是作为10个代表性视野的平均值计算的)时,将肿瘤归类为“沙漠”。如果唯独在紧邻主要肿瘤块或主要肿瘤块内的基质中看见CD8+细胞的话,将肿瘤归类为“排除”。如果在与恶性上皮细胞的直接接触中看见CD8+细胞的话,或是基质浸润物外溢入肿瘤细胞聚集物的形式或是CD8+细胞在肿瘤细胞的聚集物或片中的弥漫性浸润的形式,将肿瘤归类为“发炎”。由于以局灶性方式频繁观察到这些特征,因此肿瘤损害中的任何此类观察结果导致归类为“发炎”。H&E,苏木精和曙红染色。
图3B是一幅图像,显示对FFPE切片实施的组合CD8 IHC三色染色以显现CD8+T细胞和胶原基质的空间分布。通过3,3′-二氨基联苯胺(DAB)染色(褐色)勾勒的CD8+T细胞主要定位在胶原(蓝色)基质内(白色箭)。罕见的CD8+T细胞散布在肿瘤细胞之间(绿色箭)。
图3C和3D是一系列图,显示每个肿瘤免疫表型组内TGF-β两基因签名和泛成纤维细胞TGF-β响应签名(泛F-TBRS)得分和响应状态之间的关系。以免疫表型和响应组将TGF-β两基因签名(图3C)或泛F-TBRS(图3D)得分(y轴)绘图。图3C显示TGF-β两基因签名在免疫表型间相当,但是仅仅在排除表型中与响应显著有关(调整后的p＝5.7×10-5；为三种检验进行Bonferroni修正的t检验p值)。相互作用的似然比检验确认了TGF-β签名和响应之间的表型特异性关系(p＝0.02251)。图3D显示泛F-TBRS仅仅在排除表型中与响应显著有关(调整后的p＝0.0066；为三种检验进行Bonferroni修正的t检验p值)。
图3E是一幅图,显示针对肿瘤免疫表型绘图的TMB(y轴)。在癌症免疫表型之间TMB没有显著差异(Kruskal Wallis p＝0.091)。
图4A是一系列图像,显示EMT6肿瘤中通过免疫荧光染色的胶原(绿色)和T细胞(CD3,红色)。
图4B是一幅图,显示整个EMT6肿瘤中通过RNA测序(RNAseq)的TGF-β和PD-L1 RNA的量化。正位接种肿瘤并在体积达到300mm3时收集(N＝5；数据来自一项实验)。
图4C是一幅图,显示整个EMT6肿瘤内通过酶联免疫吸附测定法(ELISA)的TGF-β蛋白质的量化。接种后14天收集肿瘤,闪冻,并裂解,用于蛋白质量化(N＝4；数据来自一项实验)。
图4D-4F是一系列图,显示研究的结果,其中在乳房脂肪垫中给BALB/c小鼠正位接种EMT6肿瘤细胞。当接种后大约8天肿瘤体积达到≈160mm3(均值±SD,161.8±20.2mm3)时,用同种型对照,抗PD-L1抗体,抗TGF-β抗体,或抗PD-L1抗体与抗TGF-β抗体的组合治疗小鼠。通过测径器大约八周每周两次测量肿瘤。当肿瘤体积下降到32mm3(检测最低限)以下时,认为它们是CR(100％肿瘤生长抑制)。图4D显示2-6项独立研究间CR的百分比。****p<0.0001，通过单向ANOVA,Sidak多重比较检验。图4E显示每只小鼠个体的肿瘤生长曲线。数据来自六项独立实验的一个代表,10只小鼠/组。图4F显示与基线(治疗开始)相比肿瘤体积的变化。数据来自6项独立实验的一个代表,10只小鼠/组。
图4G是一系列图像,显示如图4D-4F中描述的治疗启动后7天通过IHC和数字成像评估的肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的分布。褐色指示代表性CD3染色。比例尺,100微米。
图4H-4J是一系列图,显示如就图4D-4F而言描述的治疗启动后7天TIL的细胞荧光计量术枚举。显示了总T细胞(图4H),CD8+T细胞(图4I)的丰度,和CD8+T细胞中粒酶B的均值荧光强度(MFI)(图4J)(所有组N＝15,单独的抗TGF-β抗体除外,其中N＝10；数据来自三项组合实验,表述为相对于同种型细胞/mg平均值的倍数变化)。*p<0.05；**p<0.01；****p<0.0001,通过单向ANOVA,Sidak多重比较检验。
图4K是一幅图,显示如图4D-4F中描述的治疗启动后7天TIL定位量化。通过IHC将T细胞染色(如图4G中)并数字分析它们的定位。作为百分比显示了CD3 T细胞对肿瘤外周的标准化均值距离(N＝19-20；数据来自三项组合实验)。****p<0.0001,通过Tukey HSD多重比较检验。
图4L是一幅图,显示如图4D-4F中描述的治疗启动后7天肿瘤中SMAD2/3的磷酸流式分析。显示了总细胞,CD45-,和CD45+细胞间磷酸-SMAD2/3的MFI。数据表述为相对于同种型MFI平均值的倍数变化(FC)。10只小鼠/组,来自两项组合实验。*,p<0.05；**,p<0.01,单向ANOVA,Dunnett氏多重比较检验,与同种型比较。
图4M是一幅图,显示如图4D-4F中描述的治疗启动后7天通过ELISA的血浆中VEGF-A蛋白质的量化。N＝8,来自一项实验。p＝0.0194,单向ANOVA,Dunnett氏多重比较检验,与同种型比较。
图4N是一幅图,显示如图4D-4F中描述的治疗启动后7天T细胞的细胞荧光计量术分析。显示了GzmB+CD8 T细胞的百分比。所有组N＝15,单独的抗TGF-β除外,其中N＝10。这些数据来自三项组合实验,表述为相对于同种型细胞/mg平均值的倍数变化。**,p<0.01单向ANOVA,Sidak氏多重比较检验。
图4O是一幅图,显示如图4D-4F中描述的治疗启动后7天如通过免疫组织化学和数字成像评估的TIL的分布。褐色指示代表性CD3染色。比例尺,500微米。
图4P-4S是一系列图,显示对如图4D-4F中描述的治疗启动后7天收集的整个肿瘤的RNAseq分析。显示了不同治疗臂中Teff(图4P),泛F-TBRS(图4Q),T细胞和巨噬细胞签名(图4R)的得分,和Teff对泛F-TBRS比(图4S)。*p<0.05；**p<0.01；***p<0.001。
图4T是一幅热图,显示如就图4D-4F而言描述的治疗启动后Teff和癌症相关成纤维细胞重建(CAF)基因的表达。抗TGF-β的治疗性施用与抗PD-L1组合促进T细胞浸润和CAF重建,导致完全响应。
图4U是一系列图，显示如就图4D-4F而言描述的治疗启动后所示基因的表达。抗TGF-β的治疗性施用与抗PD-L1组合导致包括IFNG,GZMB,和ZAP70在内的Teff基因的表达升高(顶部)和包括LOXL2,TNC,和POSTN在内的CAF基因的表达降低(底部)。RPKM,读数每千碱基每百万映射读数。
图5是Venn图,显示功效可评估患者群体与全转录物组(RNAseq),FMOne,癌症免疫表型分型,和全外显子组测序(WES)数据的重叠(一种或多种这些测定法n＝326)。对于就响应而言的基因表达分析,使用完全RNAseq数据集(n＝298)。对于TMB或免疫表型的背景中的基因表达分析，分别使用RNAseq和FMOne(n＝237)或免疫表型(n＝244)之间的交叉。对于围绕免疫表型的突变分析,使用FMOne和免疫表型之间的交叉(n＝220)。对于响应或基因突变状态与TMB之间的关联,使用完整FMOne数据集(n＝251)。
图6A-6C是一系列图,显示6基因签名(“6TBRS”)的表达高与预后差(图6A)和缺乏来自阿特珠单抗单一疗法的益处(图6B和6C)有关。图6A显示来自TCGA结肠直肠癌数据集的关于6基因签名,TGFB1,TGFB2,和TGFB3的数据。图6B显示来自IMvigor210 UC数据集的关于6基因签名,TGFB1,TGFB2,和TGFB3的数据。图6C显示来自POPLAR NSCLC数据集的关于TGFB1+TGFBR2和6基因签名的数据。
图7A是一幅图,显示6基因签名(在本文中也称作“curTBRS”)的表达与缺乏对阿特珠单抗的响应有关。
图7B是一幅图,显示6基因签名的表达高在CMS4分子亚型中富集,有关CRC患者存活差亚组。
图8A-8C是一系列图,显示高TMB和高PD-L1 IC得分与改善的来自阿特珠单抗疗法的OS益处有关。图8A显示以PD-L1状态分OS；图8B显示以TMB状态分的OS；而图8C显示以组合PD-L1 IC和TMB状态分的OS。
发明详述
本发明提供用于癌症,包括但不限于膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌的治疗的诊断方法和用途,治疗方法和用途,和组合物。本发明至少部分基于自具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体获得的样品中一种或更多种基因(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平可以用作鉴定个体是否可能受益于或有可能响应用包括免疫疗法(包括但不限于PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(包括但不限于TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗；为治疗个体选择疗法；优化用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的治疗功效；和/或监测个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法中的生物标志物(包括但不限于预测性生物标志物和/或药效学生物标志物)的发现。
I.定义
要理解的是,本文中描述的发明的各个方面和实施方案包括“包含”，“由……组成”,和“基本上由……组成”方面和实施方案。如本文中使用的,单数形式“一个”,“一种”,和“所述/该”包括复数提及物,除非另外指明。
如本文中使用的,术语“约”指此技术领域中的技术人员容易知道的相应数值的通常误差范围。本文中提到“约”数值或参数包括(且描述)涉及该数值或参数本身的实施方案。
如本文中使用的,术语“生物标志物”指可在样品中检测的指示物,例如预测性,诊断性,和/或预后性的指示物。生物标志物可以充当由某些分子,病理学，组织学,和/或临床特征表征的特定疾病或病症(例如癌症)亚型的指示物。在一些实施方案中,生物标志物是一种基因。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如DNA和/或RNA),多核苷酸拷贝数目改变(例如DNA拷贝数),多肽,多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰),碳水化合物,和/或基于糖脂的分子标志物。
此类生物标志物包括但不限于TGFB1,TGFBR2，ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1。在一些实施方案中,生物标志物是选自由ACTA2,ADAM19，COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2组成的组的一种或多种生物标志物。在其它实施方案中,生物标志物是选自由ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1组成的组的一种或多种生物标志物。此类生物标志物的表达可测定为在自对治疗(例如用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗)敏感性或响应性的患者获得的样品中比参照水平(包括例如来自一组/群患者,例如具有癌症且正在测试对治疗的响应性的患者的样品中生物标志物的中值表达水平；来自一组/群患者,例如具有癌症且鉴定为不响应治疗的患者的样品中生物标志物的中值表达水平；在在先时间时先前自个体获得的样品中的水平；或来自接受过原发性肿瘤设置中的在先治疗(例如用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗)且现在可能经历转移的患者的样品中的水平)要高或低。
术语“生物标志物签名”,“签名”,“生物标志物表达签名”,或“表达签名”在本文中可互换使用,指其表达为指示物,例如预测性,诊断性，和/或预后性指示物的一种或一组生物标志物。生物标志物签名可以充当由某些分子,病理学,组织学,和/或临床特征表征的特定疾病或病症(例如癌症)亚型的指示物。在一些实施方案中,生物标志物签名是“基因签名”。术语“基因签名”与“基因表达签名”可互换使用,指其表达为指示物,例如预测性,诊断性,和/或预后性指示物的一种或一组多核苷酸。在一些实施方案中,生物标志物签名是“蛋白质签名”。术语“蛋白质签名”与“蛋白质表达签名”可互换使用,指其表达为指示物,例如预测性，诊断性,和/或预后性指示物的一种或一组多肽。在一些情况中，生物标志物签名包括选自在本文中也称作“22基因签名”的由TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1，COL4A1,CTGF,CTPS1，FAM101B,FSTL3,HSPB1，IGFBP3，PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1组成的组的一种或多种生物标志物。在一些情况中，生物标志物签名包括选自在本文中也称作“6基因签名”的由ACTA2，ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2组成的组的一种或多种生物标志物。在其它情况中,生物标志物签名包括选自在本文中也称作”泛F-TBRS”的由ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI，TNS1,和TPM1组成的组的一种或多种生物标志物。
如本文中使用的,术语“TGFB1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TGFB1(转化生长因子β1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TGFB1以及源自细胞中的加工的任何形式的TGFB1。该术语还涵盖TGFB1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TGFB1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_000660.6下或在SEQ ID NO:1中显示。一种例示性的由人TGFB1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P01137下或在SEQ ID NO:2中显示。
如本文中使用的,术语“TGFBR2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TGFBR2(转化生长因子β受体2；也称作TGFR-2或TGFβ-RII),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TGFBR2以及源自细胞中的加工的任何形式的TGFBR2。该术语还涵盖TGFBR2的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TGFBR2的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001024847下或在SEQ IDNO:3中显示。一种例示性的由人TGFBR2编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P37173下或在SEQ ID NO:4中显示。
如本文中使用的,术语“ACTA2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然ACTA2(α-肌动蛋白-2,也称作主动脉平滑肌肌动蛋白或α-平滑肌肌动蛋白),包括哺乳动物，诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的ACTA2以及源自细胞中的加工的任何形式的ACTA2。该术语还涵盖ACTA2的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人ACTA2的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001141945下或在SEQ ID NO:5中显示。一种例示性的由人ACTA2编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P62736下或在SEQ ID NO:6中显示。
如本文中使用的,术语“ACTG2”指来自任何脊椎动物来源的任何天然ACTG2(肌动蛋白,γ-肠平滑肌,也称作肌动蛋白,γ2),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的ACTG2以及源自细胞中的加工的任何形式的ACTG2。该术语还涵盖ACTG2的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人ACTG2的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001615下或在SEQ ID NO:7中显示。一种例示性的由人ACTG2编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P63267下或在SEQ IDNO:8中显示。
如本文中使用的,术语“ADAM12”指来自任何脊椎动物来源的任何天然ADAM12(含解联蛋白和金属蛋白酶域的蛋白质12,也称作ADAM金属肽酶域12,MCMP,CAR10,和MLTN),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的ADAM12以及源自细胞中的加工的任何形式的ADAM12。该术语还涵盖ADAM12的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。剪接变体包括具有跨膜区的ADAM12-L和可溶且缺少跨膜和胞质域的更短变体ADAM12-S。一种例示性人ADAM12的核酸序列在NCBI参照序列:NM_003474下或在SEQ ID NO:9中显示。一种例示性的由人ADAM12编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号O43184下或在SEQ ID NO:10中显示。
如本文中使用的,术语“ADAM19”指来自任何脊椎动物来源的任何天然ADAM19(含解联蛋白和金属蛋白酶域的蛋白质19；也称作MADDAM或解联蛋白酶β),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的ADAM19以及源自细胞中的加工的任何形式的ADAM19。该术语还涵盖ADAM19的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人ADAM19的核酸序列在NCBI参照序列:NM_033274下或在SEQ ID NO:11中显示。一种例示性的由人ADAM19编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q9H013下或在SEQ ID NO:12中显示。
如本文中使用的,术语“COMP”指来自任何脊椎动物来源的任何天然COMP(软骨寡聚基质蛋白；也称作血小板反应蛋白-5),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的COMP以及源自细胞中的加工的任何形式的COMP。该术语还涵盖COMP的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人COMP的核酸序列在NCBI参照序列:NM_000095下或在SEQ ID NO:81中显示。一种例示性的由人COMP编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P49747下或在SEQ ID NO:82中显示。
如本文中使用的,术语“CNN1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CNN1(钙调理蛋白1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CNN1以及源自细胞中的加工的任何形式的CNN1。该术语还涵盖CNN1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CNN1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001299下或在SEQ ID NO:13中显示。一种例示性的由人CNN1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P51911下或在SEQ ID NO:14中显示。
如本文中使用的,术语“COL4A1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然COL4A1(胶原,类型IV,αI,也称作胶原α-1(IV)链),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的COL4A1以及源自细胞中的加工的任何形式的COL4A1。该术语还涵盖COL4A1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人COL4A1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001845下或在SEQ ID NO:15中显示。一种例示性的由人COL4A1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P02462下或在SEQID NO:16中显示。
如本文中使用的,术语“CTGF”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CTGF(结缔组织生长因子,也称作CCN2或IGFBP8),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CTGF以及源自细胞中的加工的任何形式的CTGF。该术语还涵盖CTGF的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CTGF的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001901下或在SEQ ID NO:17中显示。一种例示性的由人CTGF编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P29279下或在SEQ ID NO:18中显示。
如本文中使用的,术语“CTPS1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CTPS1(CTP合酶1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CTPS1以及源自细胞中的加工的任何形式的CTPS1。该术语还涵盖CTPS1的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CTPS1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001905下或在SEQ ID NO:19中显示。一种例示性的由人CTPS1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P17812下或在SEQ ID NO:20中显示。
如本文中使用的,术语“FAM101B”指来自任何脊椎动物来源的任何天然FAM101B(具有序列相似性的家族101,成员B,也称作细丝蛋白相互作用蛋白FAM101B,refilin B,或RFLNB),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的FAM101B以及源自细胞中的加工的任何形式的FAM101B。该术语还涵盖FAM101B的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人FAM101B的核酸序列在NCBI参照序列:NM_182705下或在SEQ ID NO:21中显示。一种例示性的由人FAM101B编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q8N5W9下或在SEQ ID NO:22中显示。
如本文中使用的,术语“FSTL3”指来自任何脊椎动物来源的任何天然FSTL3(促卵泡素抑制素相关蛋白3),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的FSTL3以及源自细胞中的加工的任何形式的FSTL3。该术语还涵盖FSTL3的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人FSTL3的核酸序列在NCBI参照序列:NM_005860下或在SEQ ID NO:23中显示。一种例示性的由人FSTL3编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号O95633下或在SEQ ID NO:24中显示。
如本文中使用的,术语“HSPB1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然HSPB1(热休克蛋白β-1,也称作热休克蛋白27或HSP27),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的HSPB1以及源自细胞中的加工的任何形式的HSPB1。该术语还涵盖HSPB1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人HSPB1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001540下或在SEQ ID NO:25中显示。一种例示性的由人HSPB1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P04792下或在SEQID NO:26中显示。
如本文中使用的,术语“IGFBP3”指来自任何脊椎动物来源的任何天然IGFBP3(胰岛素样生长因子结合蛋白3,也称作BP-53或IBP3),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的IGFBP3以及源自细胞中的加工的任何形式的IGFBP3。该术语还涵盖IGFBP3的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人IGFBP3的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001013398下或在SEQ IDNO:27中显示。一种例示性的由人IGFBP3编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P17936下或在SEQ ID NO:28中显示。
如本文中使用的,术语“PXDC1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PXDC1(含PX域的蛋白质1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PXDC1以及源自细胞中的加工的任何形式的PXDC1。该术语还涵盖PXDC1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PXDC1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_183373下或在SEQ ID NO:29中显示。一种例示性的由人PXDC1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q5TGL8下或在SEQ ID NO:30中显示。
如本文中使用的,术语“SEMA7A”指来自任何脊椎动物来源的任何天然SEMA7A(脑信号蛋白7A,也称作CD108或John-Milton-Hagen血型抗原),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的SEMA7A以及源自细胞中的加工的任何形式的SEMA7A。该术语还涵盖SEMA7A的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人SEMA7A的核酸序列在NCBI参照序列:NM_003612下或在SEQ ID NO:31中显示。一种例示性的由人SEMA7A编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号O75326下或在SEQ ID NO:32中显示。
如本文中使用的,术语“SH3PXD2A”指来自任何脊椎动物来源的任何天然SH3PXD2A(含SH3和PX域的蛋白质2A),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的SH3PXD2A以及源自细胞中的加工的任何形式的SH3PXD2A。该术语还涵盖SH3PXD2A的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人SH3PXD2A的核酸序列在NCBI参照序列:NM_014631下或在SEQ ID NO:33中显示。一种例示性的由人SH3PXD2A编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q5TCZ1下或在SEQID NO:34中显示。
如本文中使用的,术语“TAGLN”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TAGLN(转凝蛋白),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TAGLN以及源自细胞中的加工的任何形式的TAGLN。该术语还涵盖TAGLN的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TAGLN的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001001522下或在SEQ ID NO:35中显示。一种例示性的由人TAGLN编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q01995下或在SEQ ID NO:36中显示。
如本文中使用的,术语“TGFBI”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TGFBI(转化生长因子,β-诱导的),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TGFBI以及源自细胞中的加工的任何形式的TGFBI。该术语还涵盖TGFBI的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TGFBI的核酸序列在NCBI参照序列:NM_000358下或在SEQ ID NO:37中显示。一种例示性的由人TGFBI编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q15582下或在SEQ ID NO:38中显示。
如本文中使用的,术语“TNS1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TNS1(张力蛋白-1),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TNS1以及源自细胞中的加工的任何形式的TNS1。该术语还涵盖TNS1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TNS1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_022648下或在SEQ ID NO:39中显示。一种例示性的由人TNS1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q9HBL0下或在SEQ ID NO:40中显示。
如本文中使用的,术语“TPM1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TPM1(原肌球蛋白α-1链)，包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)，除非另外指明。该术语涵盖“全长”，未加工的TPM1以及源自细胞中的加工的任何形式的TPM1。该术语还涵盖TPM1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。人TPM1基因经由可变剪接和/或使用两种启动子编码至少10种变体。一种例示性人TPM1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_001018005.1下或在SEQ ID NO:41中显示。一种例示性的由人TPM1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P09493下或在SEQ ID NO:42中显示。人TPM1蛋白质同等型的序列在UniProt登录号P09493-1,P09493-2,P09493-3,P09493-4,P09493-5,P09493-6,P09493-7,P09493-8,P09493-9,和P09493-10下显示。在一些实施方案中,人TPM1蛋白质具有在UniProt登录号P09493-1下显示的氨基酸序列。
如本文中使用的,术语“CD8A”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8A,包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CD8A以及源自细胞中的加工的任何形式的CD8A。该术语还涵盖CD8A的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CD8A的核酸序列在EMBL登录号M12824下或在SEQ ID NO:43中显示。一种例示性的由人CD8A编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号P01732-1下或在SEQ ID NO:44中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL9”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL9(趋化因子(C-X-C基序)配体9),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL9以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL9。该术语还涵盖CXCL9的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL9的核酸序列在SEQ ID NO:45中列出。一种例示性的由人CXCL9编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:46中显示。
如本文中使用的,术语“CXCL10”指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL10(趋化因子(C-X-C基序)配体10),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的CXCL10以及源自细胞中的加工的任何形式的CXCL10。该术语还涵盖CXCL10的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人CXCL10的核酸序列在SEQ ID NO:47中列出。一种例示性的由人CXCL10编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:48中显示。
如本文中使用的,术语“GZMA”指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMA(粒酶A),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的GZMA以及源自细胞中的加工的任何形式的GZMA。该术语还涵盖GZMA的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人GZMA的核酸序列在SEQ ID NO:49中列出。一种例示性的由人GZMA编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:50中显示。
如本文中使用的,术语“GZMB”指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMB(粒酶B),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的GZMB以及源自细胞中的加工的任何形式的GZMB。该术语还涵盖GZMB的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人GZMB的核酸序列在SEQ ID NO:51中列出。一种例示性的由人GZMB编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:52中显示。
如本文中使用的,术语“PRF1”指来自任何脊椎动物来源的任何天然PRF1(穿孔蛋白1；也称作孔形成蛋白质),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的PRF1以及源自细胞中的加工的任何形式的PRF1。该术语还涵盖PRF1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人PRF1的核酸序列在SEQ ID NO:53中列出。一种例示性的由人PRF1编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:54中显示。
如本文中使用的,术语“IFNG”指来自任何脊椎动物来源的任何天然IFNG(干扰素,γ；在本文中也称作IFN-γ),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的IFNG以及源自细胞中的加工的任何形式的IFNG。该术语还涵盖IFNG的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人IFNG的核酸序列在SEQ ID NO:55中列出。一种例示性的由人IFNG编码的蛋白质的氨基酸序列在SEQ ID NO:56中显示。
如本文中使用的,术语“TBX21”指来自任何脊椎动物来源的任何天然TBX21(T盒转录因子21),包括哺乳动物,诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠),除非另外指明。该术语涵盖“全长”,未加工的TBX21以及源自细胞中的加工的任何形式的TBX21。该术语还涵盖TBX21的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。一种例示性人TBX21的核酸序列在NCBI参照序列:NM_013351.1下或在SEQ ID NO:57中显示。一种例示性的由人TBX21编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q9UL17下或在SEQ ID NO:58中显示。
术语“编程性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽,多肽变体,和天然序列多肽和多肽变体的片段(其在本文中进一步定义)。本文中描述的PD-L1多肽可以是自多种来源,诸如自人组织类型或自另一来源分离,或通过重组或合成方法制备的。
“天然序列PD-L1多肽”包含与自自然界衍生的相应PD-L1多肽具有相同氨基酸序列的多肽。该术语涵盖“全长”,未加工的PD-L1以及源自细胞中的加工的任何形式的PD-L1。该术语还涵盖PD-L1的天然发生变体,例如剪接变体或等位变体。例如,天然序列PD-L1多肽可以是PD-L1同等型1(也称作PD-L1I；见例如UniProt登录号Q9NZQ7-1),PD-L1同等型2(也称作PD-L1II；见例如UniProt登录号Q9NZQ7-2),或PD-L1同等型3(见例如UniProt登录号Q9NZQ7-3)。一种例示性人PD-L1的核酸序列在NCBI参照序列:NM_014143下或在SEQ ID NO:59中显示。一种例示性的由人PD-L1编码的蛋白质的氨基酸序列在UniProt登录号Q9NZQ7下或在SEQ ID NO:60中显示。
“PD-L1多肽变体”或其变异意指与如本文中公开的任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性的PD-L1多肽,一般是活性PD-L1多肽,如本文中定义的。例如,此类PD-L1多肽变体包括如下的PD-L1多肽,其中在天然氨基酸序列的N或C端处添加或删除一个或多个氨基酸残基。通常,PD-L1多肽变体会与如本文中公开的天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性,或者至少约81％,82％,83％,84％,85％,86％,87％,88％,89％,90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％氨基酸序列同一性。通常,PD-L1变体多肽的长度是至少约10个氨基酸,或者长度是至少约20,30,40,50,60,70,80,90,100,110,120,130,140,150,160,170,180,190,200,210,220,230,240,250,260,270,280,281,282,283,284,285,286,287,288,或289个氨基酸,或更多个。任选地,PD-L1变体多肽会具有与天然PD-L1多肽序列相比不超过一处保守氨基酸替代,或者与天然PD-L1多肽序列相比不超过2,3,4,5,6,7,8,9,或10处保守氨基酸替代。
术语“检测”在本文中以最广义使用,包括靶分子的定性和定量测量二者。检测包括仅仅鉴定样品中靶分子的存在以及测定该靶分子是否以可检测水平存在于该样品中。检测可以是直接的或间接的。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可互换使用且一般指生物学样品中生物标志物的量。“表达”一般指信息(例如基因编码和/或表观遗传的信息)转化成细胞中存在且运转的结构的过程。因此,如本文中使用的,“表达”可以指转录成多核苷酸,翻译成多肽,或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸,翻译的多肽,或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的,无论是它们源自通过可变剪接生成的转录物或降解的转录物,或者是源自多肽的翻译后加工,例如通过蛋白水解。“表达的基因”包括那些转录成多核苷酸为mRNA,然后翻译成多肽的,还有那些转录成RNA但不翻译成多肽的(例如转运和核糖体RNA)。可以通过本领域技术人员知道且本文中也公开的聚集方法来测定多于一种感兴趣基因的表达水平,包括例如通过计算所有感兴趣基因的表达水平的中值或均值。在聚集前,可以通过使用本领域技术人员知道的且本文中也公开的统计方法来标准化每种感兴趣基因的表达水平,包括例如针对一种或多种持家基因的表达水平标准化,或针对总文库大小标准化,或针对测量的所有基因间的中值或均值表达水平值标准化。在一些情况中,在多种感兴趣基因间聚集前,可以通过使用本领域技术人员知道的且本文中也公开的统计方法来标准化每种感兴趣基因的标准化表达水平,包括例如通过计算每种感兴趣基因的标准化表达水平的Z得分。
如本文中使用的,术语“样品”指自感兴趣患者和/或个体获得或衍生的,含有要例如基于物理,生化,化学,和/或生理特征来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体的组合物。样品包括但不限于组织样品,原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清液,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液(follicular fluid),精液,羊水,乳液,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪液,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液,组织提取物诸如匀浆化组织,肿瘤组织,细胞提取物,和其组合。
“表达”感兴趣蛋白质的样品或细胞是其中测定出存在编码该蛋白质的mRNA或该蛋白质,包括其片段的样品或细胞。
如本文中使用的,术语“参照表达水平”和“参照水平”可互换使用,指如下的表达水平,即另一种表达水平,例如来自个体的样品中本文中描述的一种或多种基因(例如表1中所列任何基因或其任何组合(例如表2-5中任一所列任何组合)要与之比较,例如为了进行预测,诊断,预后,和/或治疗测定。例如,参照表达水平可以衍生自参照群体中的表达水平(例如参照群体,例如具有癌症的患者的群体中的中值表达水平),参照样品,和/或预先指派的值(例如如下的截留值,即先前确定基于个体对用该抗癌症疗法的治疗的响应性和个体对用该不同的抗癌症疗法的治疗的响应性之间的显著差异高于该截留值和/或低于该截留值显著地(例如统计学上显著地)分开参照群体中已经用抗癌症疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法)治疗的第一个体子集和相同参照群体中已经用不同的抗癌症疗法治疗的(或尚未用该抗癌症疗法治疗的)第二个体子集)。在一些实施方案中,截留值可以是参照群体中的中值或均值表达水平。在其它实施方案中,参照水平可以是参照群体中表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在特定实施方案中,截留值可以是参照群体中的中值表达水平。本领域技术人员会领会,参照表达水平的数值可以随适应症或病症(例如癌症(例如膀胱癌,肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌),用于检测表达水平的方法学(例如RNAseq或RT-qPCR),和/或检查的具体基因组合(例如表1中所列基因的任何组合；或表2-6中所列任一基因组合)而变化。
“高于”某水平(例如高于参照水平)的表达,“升高的表达”,“升高的表达水平”,“升高的水平”,“上升的表达”,“上升的表达水平”,或“上升的水平”指相对于对照(例如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体)中生物标志物的表达水平,内部对照(例如持家型生物标志物),或在施用疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法)前获得的样品中生物标志物的水平,或相对于参照水平(例如来自一组/群患者,例如正在测试对包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法的响应性的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；来自一组/群患者,例如已经鉴定为不响应包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；或先前在在先时间自该个体获得的样品中的水平),个体中生物标志物的升高的表达或升高的水平。
“低于”某水平(例如低于参照水平)的表达,“降低的表达”,“降低的表达水平”,“降低的水平”,“下降的表达”,“下降的表达水平”,或“下降的水平”指相对于对照(例如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体)中生物标志物的表达水平,内部对照(例如持家型生物标志物),或在施用疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法)前获得的样品中生物标志物的水平,或相对于参照水平(例如来自一组/群患者,例如正在测试对包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法的响应性的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；来自一组/群患者,例如已经鉴定为不响应包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法的具有癌症的患者的样品中该生物标志物的中值表达水平；或先前在在先时间自该个体获得的样品中的水平),个体中生物标志物的降低的表达或降低的水平。在一些实施方案中,降低的表达是很少的表达或不表达。
如本文中使用的,“参照样品”,“参照细胞”,“参照组织”,“对照样品”,“对照细胞”,或“对照组织”指用于比较目的的样品,细胞,组织,或标准。在一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自同一患者或个体的身体的健康和/或无疾病部分(例如组织或细胞)获得的。例如,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织可以是邻近患病细胞或组织的健康和/或无疾病细胞或组织(例如邻近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中,参照样品是自同一患者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在还有另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自不是该患者或个体的个体的身体的健康和/或无疾病部分(例如组织或细胞)获得的。在甚至另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自不是该患者或个体的个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是在施用疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法)前自患者获得的。
在本文中使用时,短语“基于”意味着使用关于一种或多种生物标志物的信息来告知治疗决定,包装插页上提供的信息,或营销/促销指导,等等。
术语“持家型生物标志物”指典型地在所有细胞类型中相似存在的一种生物标志物或一组生物标志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些实施方案中,持家型生物标志物是“持家基因”。“持家基因”在本文中指编码其活性对于细胞功能的维持而言是必要的且典型地在所有细胞类型中相似存在的蛋白质的一种基因或一组基因。
“关联”意指以任何方式比较第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果。例如,可以在进行第二方案中使用第一分析或方案的结果和/或可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就多肽分析或方案的实施方案而言,可以使用多肽表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。就多核苷酸分析或方案的实施方案而言,可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
如本文中使用的,“扩增”一般指生成多个拷贝的期望序列的过程。“多个拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”并不必然意味着与模板序列的完全序列互补性或同一性。例如,拷贝可包括核苷酸类似物诸如脱氧肌苷,有意的序列改变(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变),和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”指为了在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的使用超过一套引物在自单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单个PCR反应。
如本文中使用的,“聚合酶链式反应”或“PCR”技术一般指其中如例如美国专利No.4,683,195中所述扩增微量的核酸,RNA和/或DNA的特定区段的规程。一般地,来自感兴趣区域的末端或以外的序列信息需要是可得的,使得能设计寡核苷酸引物；这些引物会是在序列上与要扩增的模板的相对链相同或相似的。两种引物的5’末端核苷酸可以与所扩增物质的末端一致。可使用PCR自总基因组DNA,和自总细胞RNA转录的cDNA,噬菌体,或质粒序列,等扩增特定RNA序列,特定DNA序列。一般参见Mullis et al.,Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.51:263(1987)及Erlich,ed.,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。如本文中使用的,PCR视为用于扩增核酸测试样品,包含使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物的核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子且利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸区段或扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸区段。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”指PCR的一种形式,其中在PCR反应的每一个步骤时测量PCR产物的量。这种技术已经描述于多份出版物,包括例如Cronin et al.,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；和Ma et al.,Cancer Cell.5:607-616(2004)。
术语“微阵列”指可杂交阵列元素,优选多核苷酸探针在基片上的有序排列。
术语“RNAseq”,也称作“RNA-seq”和“全转录组鸟枪测序(WTSS)”,指使用高通量测序技术来对cDNA测序和/或量化以获得关于样品的RNA内容的信息。描述RNAseq的出版物包括:Wang et al.,Nature Reviews Genetics10(1):57-63,2009；Ryan et al.,BioTechniques 45(1):81-94,2008；和Maher et al.,Nature 458(7234):97-101,2009。
术语“诊断”在本文中用于指分子或病理状态,疾病或状况(例如癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌))的鉴定或归类。在一些实施方案中,该癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。例如,“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以指特定亚型的癌症的归类,例如通过组织病理学标准或通过分子特征(例如通过一种或一组生物标志物(例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质)的表达表征的亚型)。
如本文中使用的,“肿瘤浸润性免疫细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何免疫细胞。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞,肿瘤周围免疫细胞,其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞),或其任何组合。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是例如T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞和/或CD4+T淋巴细胞),B淋巴细胞,或其它骨髓谱系细胞,包括粒细胞(例如嗜中性细胞,嗜曙红细胞,和嗜碱性细胞),单核细胞,巨噬细胞(例如CD68+/CD163+巨噬细胞),树突细胞(例如指状树突细胞),组织细胞,和天然杀伤(NK)细胞。
如本文中使用的,“肿瘤细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何肿瘤细胞。可使用本领域已知的和/或本文中描述的方法来区分肿瘤细胞与肿瘤样品中可能存在的其它细胞,例如基质细胞和肿瘤浸润性免疫细胞。
如本文中使用的,术语“个体”,“患者”,或“受试者”可互换使用且指想要治疗的任何单一动物,更优选哺乳动物(包括非人动物,诸如例如猫,犬,马,家兔,动物园动物,牛,猪,绵羊,和非人灵长类)。在特定实施方案中,本文中的患者是人。患者可以是“癌症患者”,即罹患癌症(例如膀胱癌,肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌),或有风险罹患癌症,或罹患癌症的一种或多种症状的患者。
术语“癌症”和“癌性”指或描述哺乳动物中典型地以不受调节的细胞生长为特征的生理疾患。癌症的例子包括但不限于癌,淋巴瘤,母细胞瘤,肉瘤,和白血病或淋巴样恶性。此类癌症的更具体例子包括但不限于膀胱癌(例如尿道上皮癌(UC),包括转移性UC(mUC)；肌肉侵入性膀胱癌(MIBC),和非肌肉侵入性膀胱癌(NMIBC))；肾癌或肾的癌(例如肾细胞癌(RCC))；肺癌(包括小细胞肺癌，非小细胞肺癌,肺的腺癌,和肺的鳞癌)；尿道癌；乳腺癌(例如HER2+乳腺癌和雌激素受体(ER-),孕酮受体(PR-)，和HER2(HER2-)阴性的三重阴性乳腺癌(TNBC))；前列腺癌，诸如去势抗性前列腺癌(CRPC)；腹膜癌；肝细胞癌；胃的癌或胃癌(包括胃肠癌和胃肠基质癌)；胰腺癌(例如胰腺导管腺癌(PDAC))；成胶质细胞瘤；宫颈癌；卵巢癌；肝癌(例如肝细胞癌(HCC))；肝瘤；结肠癌；直肠癌；结肠直肠癌；子宫内膜或子宫癌；唾液腺癌；前列腺癌；外阴癌；甲状腺癌；肝的癌；肛门癌；阴茎癌；黑素瘤,包括浅表扩散性黑素瘤,恶性雀斑样痣黑素瘤,肢端黑素瘤,和结节性黑素瘤；多发性骨髓瘤和B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金(Hodgkin)氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦(Waldenstrom)氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；急性髓性白血病(AML)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病(CML)；移植后淋巴增殖性病症(PTLD)；和骨髓增生异常综合征(MDS)，以及与瘢痣病，水肿(诸如与脑瘤有关的),梅格斯(Meigs)氏综合征有关的异常血管增殖,脑癌,头和颈癌,和相关转移。在一些实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。
“早期癌症”或“早期肿瘤”意指并非侵入性或转移性的,或者归类为0,1,或2期癌症的癌症。
“晚期”癌症是通过局部侵入或转移而扩散到起源的部位或器官之外的癌症。
“顽固性/不应性”癌症是即使对癌症患者施用抗肿瘤剂,诸如化疗剂仍然进展的癌症。顽固性/不应性癌症的一个例子是铂不应性的癌症。
“复发性”癌症是在对初始疗法的响应之后,在初始部位或在远端部位再次生长的癌症。
术语“细胞增殖性病症”和“增殖性病症”指与一定程度的异常细胞增殖有关的病症。在一个实施方案中,细胞增殖性病症是癌症。
如本文中使用的,术语“肿瘤”指所有赘生性细胞生长和增殖,无论是恶性的还是良性的,及所有癌前和癌性细胞和组织。
术语“癌症”,“癌性”,“细胞增殖性病症”,“增殖性病症”,和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥。
如本文中使用的,术语“免疫发炎肿瘤”指特征在于CD8+T细胞浸润和PD-L1表达的肿瘤(例如实体瘤)。见例如Herbst et al.Nature 515:563-567，2014和Hegde etal.Clin.Canc.Res.22:1865-1874,2016。在一些实施方案中,如果观察到CD8+细胞与恶性上皮细胞直接接触的话,或是基质浸润物外溢入肿瘤细胞聚集物的形式或是CD8+细胞在肿瘤聚集物或片中的弥漫性浸润的形式,将肿瘤归类为免疫发炎肿瘤。
如本文中使用的,术语“免疫排除肿瘤”指特征在于T细胞在富含细胞外基质的基质中积累的肿瘤(例如实体瘤)。见例如Herbst et al.Nature515:563-567,2014和Hegdeet al.Clin.Canc.Res.22:1865-1874,2016。在免疫排除肿瘤中,绝大多数T细胞沿着围绕肿瘤延伸的对齐的胶原和纤连蛋白纤维迁移。见例如Salmon et al.J.Clin.Invest.122:899-910,2012。在一些实施方案中,如果实质上或唯独在紧邻主要肿瘤块的或主要肿瘤块内的基质中观察到CD8+细胞的话,将肿瘤归类为免疫排除肿瘤。
如本文中使用的,术语“免疫沙漠肿瘤”指肿瘤或周围基质内浸润性淋巴细胞贫乏的肿瘤(例如实体瘤)。见例如Herbst et al.Nature 515:563-567,2014和Hegde etal.Clin.Canc.Res.22:1865-1874,2016。在一些实施方案中，如果CD8+细胞的流行度较低(例如约200倍放大倍数时肿瘤和肿瘤相关基质的区域中少于约10个CD8+细胞(例如约10,9,8,7,6,5,4,3,2,1,或0个CD8+细胞),例如如作为10个代表性视野的平均值计算的)的话,将肿瘤归类为免疫沙漠肿瘤。
“病症”是会受益于治疗的任何状况,包括但不限于慢性和急性病症或疾病,包括那些使哺乳动物易患上所讨论病症的病理状况。
如本文中使用的,“治疗/处理”(和其语法变异)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预,而且可以是为了预防或在临床病理学的过程中实施的。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发,缓解症状,削弱疾病的任何直接或间接病理学后果,预防转移,减缓疾病进展的速率,改善或减轻疾病状态,和消退或改善的预后。在一些实施方案中,治疗用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法。在一些实施方案中,使用抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,和/或抗TGF-β抗体)来延迟疾病的发生或减缓疾病或病症(例如癌症(例如膀胱癌,肾癌，肺癌,肝癌,卵巢癌，胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌))的进展。
如本文中使用的,“施用”意指将一定剂量的化合物(例如免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))或组合物(例如药物组合物,例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的药物组合物)给予患者的方法。本文中描述的方法中利用的组合物可以例如肌肉内,静脉内,皮内，经皮,动脉内,腹膜内,损害内,颅内,关节内,前列腺内,胸膜内,气管内,鞘内,鼻内,阴道内,直肠内,表面,肿瘤内,腹膜,皮下,结膜下,囊内,粘膜,心包内,脐内,眼内,眶内,玻璃体内(例如通过玻璃体内注射),通过滴眼剂,口服,表面,透皮,胃肠外,通过吸入,通过注射,通过植入,通过输注,通过连续输注,通过直接沐浴靶细胞的局部灌注,通过导管,通过灌洗,在乳剂中,或在脂质组合物中施用。本文中描述的方法中利用的组合物还可以系统或局部施用。施用的方法可以随多个因素(例如所施用的化合物或组合物和所治疗的状况,疾病,或病症的严重程度)而变化。
“治疗有效量”指治疗剂在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症(例如癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌))的量。在癌症的情况中,治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤尺寸；抑制(即一定程度减缓,优选停止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度减缓,优选停止)肿瘤转移；一定程度抑制肿瘤生长；和/或一定程度减轻与病症有关的一种或多种症状。就药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度而言,它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法,体内功效可以通过例如评估存活(例如总体存活或无进展存活)的持续时间,距疾病进展的时间(TTP),响应率(例如完全响应(CR)和部分响应(PR)),响应的持续时间,和/或生活质量来测量。
术语“并行”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂,其中至少部分施用在时间上交叠。因而,并行施用包括如下的剂量给药方案,一种或多种药剂的施用在中止一种或多种其它药剂的施用后继续。例如,在一些实施方案中,可并行施用VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂。
“降低或抑制”意指引起20％,30％,40％,50％,60％,70％,75％,80％,85％,90％,95％,或更大的总体降低的能力。例如,降低或抑制可以指所治疗的病症的症状,转移的存在或大小,或原发性肿瘤的大小。
“加载”(loding)剂量在本文中一般包含施用于患者的治疗剂的初始剂量,而且继以其一个或多个维持剂量。一般地,施用单个加载剂量,但是本文中涵盖多个加载剂量。通常,所施用的加载剂量的量超过所施用的维持剂量的量和/或加载剂量的施用比维持剂量更频繁,从而比用维持剂量所能实现更早实现治疗剂的期望稳态浓度。
“维持”(maintenance)剂量或“延长”剂量在本文中指在治疗期里施用于患者的一剂或多剂治疗剂。通常,维持剂量以隔开的治疗间隔施用,诸如大约每周,大约每2周,大约每3周,或大约每4周。
“对治疗的响应”,“对治疗的响应性”,或“来自治疗的益处”可使用指示对个体的益处的任何终点来评估,包括但不限于:(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展),包括减缓和完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻,减缓,或完全终止)癌细胞浸润入邻近外周器官和/或组织中；(4)抑制(即减轻,减缓,或完全终止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；(6)存活(包括总体存活(OS HR<1)和无进展存活(PFS HR<1))的长度延长或延伸；和/或(9)治疗(例如用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法的治疗)后给定时间点时的死亡率降低。
“客观响应”指可测量的响应,包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。在一些实施方案中,“客观响应率(ORR)”指完全响应(CR)率和部分响应(PR)率的和。
“完全响应”或“CR”旨在癌症的所有体征响应治疗而消失(例如所有靶损害消失)。这并不总是意味着癌症已经治愈。
如本文中使用的,“部分响应”或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或身体中癌症的程度响应治疗而减小。例如,在一些实施方案中,PR指以基线SLD作为参照,靶损害的最长直径和(SLD)缩小至少30％。
“持久响应”指在停止处理之后在降低肿瘤生长方面的持久效果。例如,与施用阶段开始时的大小相比,肿瘤大小可以保持为相同或更小。在一些实施方案中,持久响应具有与治疗持续时间至少相同的持续时间,治疗持续时间的至少1.5倍,2.0倍,2.5倍,或3.0倍长度,或更长。
如本文中使用的,“稳定的疾病”或“SD”指以自治疗开始的最小SLD作为参照,既没有足够的靶损害收缩以符合PR,也没有足够的增大以符合PD。
如本文中使用的,“进展性疾病”或“PD”指以自治疗开始记录的最小SLD作为参照,靶损害的SLD的至少20％增加或一种或多种新损害的存在。
术语“存活”指患者仍然活着,而且包括总体存活以及无进展存活。
如本文中使用的,“无进展存活”或“PFS”指治疗期间和之后,所治疗的疾病(例如癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌))没有进展或变坏的时间长度。无进展存活可以包括个体经历完全响应或部分响应的时间量,以及个体经历稳定的疾病的时间量。
如本文中使用的,“总体存活”或“OS”指一组中在特定持续时间(例如自诊断或治疗之时起6个月,1年,2年,3年,4年,5年,10年,15年,20年,或多于20年)之后有可能活着的受试者的百分比。
“延长存活”意指相对于未治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者),或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者,和/或相对于用已批准的抗肿瘤剂(例如免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))治疗的患者,延长所治疗的患者中的总体或无进展存活。
如本文中使用的,“危害比”或“HR”是事件的比率的统计定义。为了本发明的目的,危害比定义为代表在任何特定时间点时实验(例如治疗)组/臂中事件(例如PFS或OS)的概率除以对照组/臂中事件的概率。值为1的HR指示终点(例如死亡)的相对风险在“治疗”和“对照”组二者中相等；大于1的值指示治疗组中的风险相对于对照组更大；而小于1的值指示对照组中的风险相对于治疗组更大。无进展存活分析中的“危害比”(即PFS HR)是两条无进展存活曲线之间差异的汇总,代表在随访期里治疗与对照相比死亡风险的降低。总体存活分析中的“危害比”(即OS HR)是两条总体存活曲线之间差异的汇总,代表随访期里治疗与对照相比死亡风险的降低。
术语“抗癌症疗法”指在治疗癌症中有用的疗法。抗癌治疗剂的例子包括但不限于细胞毒剂,化疗剂,生长抑制剂,放射疗法中使用的药剂,抗血管发生剂,凋亡剂,抗微管蛋白剂,和治疗癌症的其它药剂,例如抗CD20抗体,血小板衍生生长因子抑制剂(例如GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼)),COX-2抑制剂(例如塞来考昔),干扰素,细胞因子,结合一种或多种下述靶物的拮抗剂(例如中和性抗体):PDGFR-β,BlyS,APRIL,BCMA受体,TRAIL/Apo2,其它生物活性和有机化学剂,等等。其组合也包括在本发明中。
“有活性的”或“活性”出于本文中的目的指多肽保留天然或天然发生多肽的生物学和/或免疫学活性的形式,其中“生物学”活性指由天然或天然发生多肽引起的,除了诱导针对天然或天然发生多肽拥有的抗原性表位的抗体生成的能力以外的生物学功能(或是抑制性的或是刺激性的),而“免疫学”活性指诱导针对天然或天然发生多肽拥有的抗原性表位的抗体生成的能力。
术语“拮抗剂”以最广义使用,而且包括部分或完全阻断,抑制,或中和天然多肽的生物学活性的任何分子。以类似的方式,术语“激动剂”以最广义使用且包括模拟天然多肽的生物学活性的任何分子。合适的激动剂或拮抗剂分子具体包括激动性或拮抗性抗体或抗体片段,天然多肽的片段或氨基酸序列变体,等。用于鉴定多肽的激动剂或拮抗剂的方法可包括使多肽与候选激动剂或拮抗剂分子接触和测量正常情况下与多肽相关的一种或多种生物学活性的可检测变化。
术语“免疫疗法”指使用调控免疫应答的治疗剂。免疫疗法可以是激活性免疫疗法或遏制性免疫疗法。术语“激活性免疫疗法”指使用诱导,增强,或促进免疫应答,包括例如T细胞应答的治疗剂。术语“遏制性免疫疗法”指使用干扰,遏制,或抑制免疫应答,包括例如T细胞应答的治疗剂。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”指如下的分子,其抑制PD-L1轴结合配偶与一种或多种其结合配偶相互作用,从而去除源自PD-1信号传导轴上的信号传导的T细胞功能障碍,一项结果是恢复或增强T细胞功能。如本文中使用的,PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1和PD-1之间的相互作用的分子(例如PD-L2-Fc融合物)。
术语“PD-L1结合拮抗剂”指降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-1或B7-1的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1结合其结合配偶的分子。在一个具体方面,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-1或B7-1的相互作用的信号转导的抗PD-L1抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽,和其它分子。在一个实施方案中,PD-L1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞上表达的介导经由PD-L1的信号传导的细胞表面蛋白质介导的负共刺激信号,从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性(例如增强对抗原识别的效应器应答)。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的阿特珠单抗(CAS注册号:1422185-06-5),也称作MPDL3280A。在另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的YW243.55.S70。在另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的MDX-1105。在仍有另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的MEDI4736(度伐单抗)。在仍有另一个具体方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的MSB0010718C(阿维单抗)。
如本文中使用的,“PD-1结合拮抗剂”是降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-L1和/或PD-L2的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1对其结合配偶的结合的分子。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和/或PD-L2的结合。例如,PD-1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与PD-L1和/或PD-L2的相互作用的信号转导的抗PD-1抗体和其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽，小分子拮抗剂,多核苷酸拮抗剂,和其它分子。在一个实施方案中,PD-1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的介导经由PD-1或PD-L1的信号传导的细胞表面蛋白质介导的负信号，从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是MDX-1106(尼鲁单抗)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是MK-3475(派姆单抗)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是CT-011(匹迪单抗)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是MEDI-0680(AMP-514)。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是PDR001。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是REGN2810。在另一个具体方面,PD-1结合拮抗剂是BGB-108。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是AMP-224。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-L1,使得该抗体作为靶向PD-L1的诊断和/或治疗剂是有用的抗体。在一个实施方案中,抗PD-L1抗体结合无关的,非PD-L1蛋白质的程度小于该抗体对PD-L1的结合的约10％,如例如通过RIA测量的。在某些实施方案中,抗PD-L1抗体结合在来自不同物种的PD-L1间保守的PD-L1表位。
术语“抗PD-1抗体”和“结合PD-1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-1，使得该抗体作为靶向PD-1的诊断和/或治疗剂是有用的抗体。在一个实施方案中,抗PD-1抗体结合无关的,非PD-1蛋白质的程度小于该抗体对PD-1的结合的约10％,如例如通过RIA测量的。在某些实施方案中,抗PD-1抗体结合在来自不同物种的PD-1间保守的PD-1表位。
如本文中定义的“遏制性基质拮抗剂”是部分或完全阻断,抑制,或中和与基质(例如肿瘤相关基质)相关的基因或基因产物的生物学活性和/或功能的任何分子。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂部分或完全阻断,抑制,或中和与纤维化肿瘤相关的基因或基因产物的生物学活性和/或功能。在一些实施方案中,用遏制性基质拮抗剂的治疗导致基质降低,由此导致免疫疗法的活性升高；例如,通过提高激活性免疫细胞(例如促炎性细胞)浸润纤维化组织(例如纤维化肿瘤)的能力。基质基因拮抗剂的靶物是本领域已知的；例如见Turley et al.,Nature Reviews Immunology 15:669-682,2015和Rosenbloom et al.,Biochimica et Biophysica Acta 1832:1088-1103,2013。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂是转化生长因子β(TGF-β),足突细胞膜粘蛋白(PDPN),白细胞相关免疫球蛋白样受体1(LAIR1),SMAD,间变性淋巴瘤激酶(ALK),结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,白介素(IL)-13,赖氨酰氧化酶同系物2(LOXL2),内皮糖蛋白(CD105),成纤维细胞激活蛋白(FAP),血管细胞粘附蛋白1(CD106),胸腺细胞抗原1(THY1),β1整联蛋白(CD29),血小板衍生生长因子(PDGF),PDGF受体A(PDGFRα),PDGF受体B(PDGFRβ),波形蛋白,平滑肌肌动蛋白α(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248),或S100钙结合蛋白A4(S100A4)拮抗剂。
如本文中定义的“TGF-β拮抗剂”是降低,阻断,抑制,消除或干扰源自TGF-β与它的相互作用配偶中的一种或多种,诸如TGF-β细胞受体相互作用的信号转导的任何分子。在一些实施方案中,“TGF-β结合拮抗剂”是抑制TGF-β对它的结合配偶的结合的分子。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂抑制TGF-β的活化。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自TGF-β与它的相互作用配偶中的一种或多种相互作用的信号转导的抗TGF-β抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽和其它分子。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂是多肽,小分子,或核酸。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂(例如TGF-β结合拮抗剂)抑制TGF-β1,TGF-β2,和/或TGF-β3。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂(例如TGF-β结合拮抗剂)抑制TGF-β受体-1(TGFBR1),TGF-β受体-2(TGFBR2),和/或TGF-β受体-3(TGFBR3)。
术语“抗TGF-β抗体”和“结合TGF-β的抗体”指能够以足够亲和力结合TGF-β,使得该抗体作为靶向TGF-β的诊断和/或治疗剂是有用的抗体。在一个实施方案中,抗TGF-β抗体结合无关的,非TGF-β蛋白质的程度小于该抗体对TGF-β的结合的约10％,如例如通过RIA测量的。在某些实施方案中,抗TGF-β抗体结合在来自不同物种的TGF-β间保守的TGF-β表位。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体抑制TGF-β1,TGF-β2,和/或TGF-β3。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体抑制TGF-β1,TGF-β2,和TGF-β3。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是泛特异性抗TGF-β抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体可以是例如美国专利No.5,571,714中或国际专利申请No.WO 92/00330,WO 92/08480,WO 95/26203,WO 97/13844,WO 00/066631,WO05/097832,WO 06/086469,WO 05/010049,WO 06/116002,WO 07/076391,WO 12/167143,WO13/134365,WO 14/164709,或WO 16/201282中公开的任何抗TGF-β抗体,通过援引将其每一篇完整收入本文。在特定实施方案中,抗TGF-β抗体是夫苏木单抗(fresolimumab),美替木单抗(metelimumab),乐德木单抗(lerdelimumab),1D11,2G7,或其衍生物。
“血管发生抑制剂”或“抗血管发生剂”指或是直接或是间接抑制血管发生(angiogenesis),血管生成(vasculogenesis),或不想要的血管通透性的小分子量物质，多核苷酸,多肽,分离的蛋白质，重组蛋白,抗体,或其缀合物或融合蛋白。应当理解的是,抗血管发生剂包括那些结合血管发生性因子或其受体并阻断其血管发生性活性的药剂。例如,抗血管发生剂是上文定义的血管发生剂的抗体或其它拮抗剂,例如VEGF-A的或VEGF-A受体(例如KDR受体或Flt-1受体)的抗体,抗PDGFR抑制剂诸如GleevecTM(甲磺酸伊马替尼)。抗血管发生剂还包括天然血管发生抑制剂,例如血管他丁,内皮他丁,等。参见例如Klagsbrunand D′Amore,Annu.Rev.Physiol.,53:217-39(1991)；Streit and Detmar,Oncogene,22:3172-3179(2003)(例如列举恶性黑素瘤中的抗血管发生疗法的表3)；Ferrara&Alitalo,Nature Medicine 5(12):1359-1364(1999)；Tonini et al.,Oncogene,22:6549-6556(2003)及Sato,Int.J.Clin.Oncol.,8:200-206(2003)。
如本文中使用的，术语“细胞毒剂”指抑制或防止细胞的功能和/或引起细胞的破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32,和Lu的放射性同位素),化疗剂,例如甲氨蝶呤,阿霉素,长春花生物碱(长春新碱,长春碱,依托泊苷),多柔比星,美法仑,丝裂霉素C,苯丁酸氮芥,柔红霉素或其它嵌入剂,酶和其片段(例如溶核酶),抗生素,和毒素诸如小分子毒素或细菌,真菌,植物或动物起源的酶活性毒素,包括其片段和/或变体,和下文公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。杀肿瘤剂引起肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”包括在治疗癌症中有用的化学化合物。化疗剂的例子包括厄洛替尼(erlotinib)(Genentech/OSI Pharm.),硼替佐米(bortezomib)(/>Millennium Pharm.),双硫仑(disulfiram),没食子酸表没食子儿茶精(epigallocatechingallate),salinosporamide A,carfilzomib，17-AAG(格尔德霉素(geldanamycin)),根赤壳菌素(radicicol),乳酸脱氢酶A(LDH-A),氟维司群(fulvestrant)(/>AstraZeneca),舒尼替尼(sunitib)(/>Pfizer/Sugen),来曲唑(letrozole)(Novartis),甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate)(/>Novartis),finasunate(/>Novartis),奥沙利铂(oxaliplatin)(/>Sanofi),5-FU(5-氟尿嘧啶),甲酰四氢叶酸(leucovorin),雷帕霉素(rapamycin)(西罗莫司(Sirolimus),/>Pfizer),拉帕替尼(lapatinib)(/>GSK572016,Glaxo Smith Kline),Lonafamib(SCH 66336),索拉非尼(sorafenib)(Bayer Labs),吉非替尼(gefitinib)(/>AstraZeneca),AG1478,烷化剂(alkylating agent),诸如塞替派(thiotepa)和/>环磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯(alkyl sulfonate),诸如白消安(busulfan),英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶(aziridine),诸如苯佐替派(benzodopa),卡波醌(carboquone),美妥替派(meturedopa),和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺(ethylenimine)和甲基蜜胺(methylamelamine),包括六甲蜜胺(altretamine),三乙撑蜜胺(triethylenemelamine),三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide),三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包括托泊替康(topotecan)和伊立替康(irinotecan))；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin),卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；肾上腺皮质类固醇(adrenocorticosteroid),包括泼尼松(prednisone)和泼尼松龙(prednisolone)；醋酸环丙孕酮(cyproterone acetate)；5α-还原酶,包括非那雄胺(finasteride)和度他雄胺(dutasteride)；vorinostat,romidepsin,panobinostat,丙戊酸(valproic acid),mocetinostat多拉司他汀(dolastatin)；阿地白介素(aldesleukin),滑石(talc)duocarmycin(包括合成类似物,KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustard),诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil),萘氮芥(chlomaphazine),胆磷酰胺(chlorophosphamide),雌莫司汀(estramustine),异环磷酰胺(ifosfamide),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride),美法仑(melphalan),新氮芥(novembichin),苯芥胆甾醇(phenesterine),泼尼莫司汀(prednimustine),曲磷胺(trofosfamide),尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲(nitrosourea),诸如卡莫司汀(carmustine),氯脲菌素(chlorozotocin),福莫司汀(fotemustine),洛莫司汀(lomustine),尼莫司汀(nimustine),和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素,诸如烯二炔抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin),尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ω1I(Angew,Chem.Intl.Ed.Engl.33:183-186,1994)；蒽环类抗生素(dynemicin),包括dynemicin A；二膦酸盐(bisphosphonate),诸如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团),阿克拉霉素(aclacinomysin),放线菌素(actinomycin),氨茴霉素(authramycin),偶氮丝氨酸(azaserine),博来霉素(bleomycin),放线菌素C(cactinomycin),carabicin,洋红霉素(caminomycin),嗜癌霉素(carzinophilin),色霉素(chromomycinis),放线菌素D(dactinomycin),柔红霉素(daunorubicin),地托比星(detorubicin),6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸,/>(多柔比星(doxorubicin)),吗啉代多柔比星,氰基吗啉代多柔比星,2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星),表柔比星(epirubicin),依索比星(esorubicin),伊达比星(idarubicin),麻西罗霉素(marcellomycin),丝裂霉素(mitomycin),诸如丝裂霉素C,霉酚酸(mycophenolic acid),诺拉霉素(nogalamycin),橄榄霉素(olivomycin),培洛霉素(peplomycin),泊非霉素(porfiromycin),嘌呤霉素(puromycin),三铁阿霉素(quelamycin),罗多比星(rodorubicin),链黑菌素(streptonigrin),链佐星(streptozocin),杀结核菌素(tubercidin),乌苯美司(ubenimex),净司他丁(zinostatin),佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物,诸如甲氨蝶呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(fluorouracil)(5-FU)；叶酸类似物,诸如二甲叶酸(denopterin),甲氨蝶呤,蝶酰三谷氨酸(pteropterin),三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物,诸如氟达拉滨(fludarabine),6-巯基嘌呤(mercaptopurine),硫咪嘌呤(thiamiprine),硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物,诸如安西他滨(ancitabine),阿扎胞苷(azacitidine),6-氮尿苷,卡莫氟(carmofur),阿糖胞苷(cytarabine),双脱氧尿苷(dideoxyuridine),去氧氟尿苷(doxifluridine),依诺他滨(enocitabine),氟尿苷(floxuridine)；雄激素,诸如卡鲁睾酮(calusterone),丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate),表硫雄醇(epitiostanol),美雄烷(mepitiostane),睾内酯(testolactone)；抗肾上腺,诸如氨鲁米特(aminoglutethimide),米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfomithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；epothilone；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱(maytansinoid),诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；/>多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofuran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2′,2”-三氯三乙胺；单端孢菌素(trichothecene)(尤其是T-2毒素,疣孢菌素(verracurin)A,杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoid),例如泰素(TAXOL)(帕利他赛(paclitaxel)；Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.),(无克列莫佛(Cremophor)的),帕利他赛的清蛋白改造的纳米颗粒配制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Ill.)和泰索帝/>(多西他赛(docetaxel,doxetaxel)；Sanofi-Aventis)；苯丁酸氮芥(chloranmbucil)；(吉西他滨(gemcitabine))；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物,诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；/>(长春瑞滨(vinorelbine))；能灭瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；卡培他滨(capecitabine)/>伊本膦酸盐(ibandronate)；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄酸(retinoid),诸如视黄酸(retinoic acid)；和任何上述的药学可接受盐,酸和衍生物。
化疗剂还包括起调节或抑制激素对肿瘤的作用的作用的抗激素剂,诸如抗雌激素和选择性雌激素受体调控剂(SERM),包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括柠檬酸他莫昔芬),雷洛昔芬(raloxifene),屈洛昔芬(droloxifene),iodoxyfene,4-羟基他莫昔芬,曲沃昔芬(trioxifene),那洛昔芬(keoxifene),LY117018,奥那司酮(onapristone),和/>(柠檬酸托瑞米芬(toremifine citrate))；抑制在肾上腺中调节雌激素生成的芳香酶的芳香酶抑制剂,诸如例如4(5)-咪唑,氨鲁米特(aminoglutethimide),(醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)),/>(依西美坦(exemestane)；Pfizer),福美坦(formestanie),法倔唑(fadrozole),/>(伏罗唑(vorozole)),/>(来曲唑(letrozole)；Novartis),和/>(阿那曲唑(anastrozole)；AstraZeneca)；抗雄激素,诸如氟他米特(flutamide),尼鲁米特(nilutamide),比卡米特(bicalutamide),亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin)；布舍瑞林(buserelin),曲普瑞林(tripterelin),醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate),己烯雌酚(diethylstilbestrol),倍美力(premarin),氟甲睾酮(fluoxymesterone),全反式视黄酸,芬维A胺(fenretinide),以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；蛋白质激酶抑制剂；脂质激酶抑制剂；反义寡核苷酸,特别是那些抑制牵涉异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的,诸如例如PKC-α,Ralf和H-Ras；核酶,诸如VEGF表达抑制剂(例如/>)和HER2表达抑制剂；疫苗,诸如基因疗法疫苗,例如/>和rIL-2；拓扑异构酶1抑制剂,诸如rmRH；和任何上述的药学可接受盐,酸和衍生物。
化疗剂还包括抗体,诸如阿仑珠单抗(alemtuzumab)(Campath),贝伐珠单抗(bevacizumab)(Genentech)；西妥昔单抗(cetuximab)(/>Imclone)；帕尼单抗(panitumumab)(/>Amgen),利妥昔单抗(rituximab)(Genentech/Biogen Idec),帕妥珠单抗(pertuzumab)(/>2C4,Genentech),曲妥珠单抗(trastuzumab)(/>Genentech),托西莫单抗(tositumomab)(Bexxar,Corixia),和抗体药物缀合物,吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumabozogamicin)(/>Wyeth)。具有作为与本发明的化合物组合的药剂的治疗潜力的另外的人源化单克隆抗体包括:阿泊珠单抗(apolizumab),阿塞珠单抗(aselizumab),atlizumab,巴匹珠单抗(bapineuzumab),bivatuzumab mertansine,莫坎妥珠单抗(cantuzumab mertansine),西利珠单抗(cedelizumab),培舍珠单抗(certolizumabpegol),cidfusituzumab,cidtuzumab,达克珠单抗(daclizumab),依库珠单抗(eculizumab),依法珠单抗(efalizumab),依帕珠单抗(epratuzumab),厄利珠单抗(erlizumab),非维珠单抗(felvizumab),芳妥珠单抗(fontolizumab),吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin),英妥珠单抗奥佐米星(inotuzumab ozogamicin),伊匹木单抗(ipilimumab),拉贝珠单抗(labetuzumab),林妥珠单抗(lintuzumab),马妥珠单抗(matuzumab),美泊利单抗(mepolizumab),莫维珠单抗(motavizumab),motovizumab,那他珠单抗(natalizumab),尼妥珠单抗(nimotuzumab),nolovizumab,numavizumab,ocrelizumab,奥马珠单抗(omalizumab),帕利珠单抗(palivizumab),帕考珠单抗(pascolizumab),pecfusituzumab,pectuzumab,培克珠单抗(pexelizumab),ralivizumab,雷珠单抗(ranibizumab),reslivizumab,瑞利珠单抗(reslizumab),resyvizumab,罗维珠单抗(rovelizumab),卢利珠单抗(ruplizumab),西罗珠单抗(sibrotuzumab),西利珠单抗(siplizumab),索土珠单抗(sontuzumab),tacatuzumab tetraxetan,tadocizumab,他利珠单抗(talizumab),特非珠单抗(tefibazumab),托珠单抗(tocilizumab),托利珠单抗(toralizumab),tucotuzumab西莫白介素(celmoleukin),tucusituzumab,umavizumab,乌珠单抗(urtoxazumab),优特克单抗(ustekinumab),维西珠单抗(visilizumab),和抗白介素-12(ABT-874/J695,Wyeth Research and Abbott Laboratories),其为经遗传修饰以识别白介素-12p40蛋白的重组专有人序列,全长IgG1λ抗体。
化疗剂还包括“EGFR抑制剂”,其指结合EGFR或以其它方式直接与EGFR相互作用并阻止或降低其信号传导活性的化合物,而且另外称作“EGFR拮抗剂”。此类药剂的例子包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的例子包括MAb 579(ATCC CRL HB8506),MAb455(ATCC CRL HB8507),MAb 225(ATCC CRL 8508),MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见美国专利No.4,943,533,Mendelsohn等人)和其变体,诸如嵌合化225(C225或西妥昔单抗；)和重构人225(H225)(参见WO96/40210,Imclone Systems Inc.)；IMC-11F8,一种完全人的EGFR靶向性抗体(Imclone)；结合II型突变型EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；结合EGFR的人源化和嵌合抗体,如美国专利No.5,891,996中所描述的；和结合EGFR的人抗体,诸如ABX-EGF或帕尼单抗(panitumumab)(参见WO98/50433,Abgenix/Amgen)；EMD 55900(Stragliotto et al.,Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(matuzumab),一种针对EGFR且与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的人源化EGFR抗体(EMD/Merck)；人EGFR抗体,HuMax-EGFR(GenMab)；称作E1.1,E2.4,E2.5,E6.2,E6.4,E2.11,E6.3和E7.6.3且记载于US 6,235,883的完全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；和mAb 806或人源化mAb 806(Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以与细胞毒剂缀合,如此生成免疫缀合物(参见例如EP 659,439A2,Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子,诸如美国专利No.5,616,582,5,457,105,5,475,001,5,654,307,5,679,683,6,084,095,6,265,410,6,455,534,6,521,620,6,596,726,6,713,484,5,770,599,6,140,332,5,866,572,6,399,602,6,344,459,6,602,863,6,391,874,6,344,455,5,760,041,6,002,008,和5,747,498,以及PCT公开文本WO98/14451,WO98/50038,WO99/09016,和WO99/24037中描述的化合物。具体的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774,厄洛替尼(erlotinib),/>Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI1033,2-丙烯酰胺,N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-,二氢氯化物,Pfizer Inc.)；ZD1839,吉非替尼(gefitinib)/>4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉,AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉,Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺,Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；和双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂,诸如拉帕替尼(lapatinib)(/>GSK572016或N-[3-氯-4-[(3-氟苯基)甲氧基]苯基]-6-[5-[[[2-甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”,包括前一段中提到的EGFR靶向性药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂,诸如自Takeda可得的TAK165；CP-724,714,一种口服ErbB2受体酪氨酸激酶选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达性细胞二者的双重HER抑制剂,诸如EKB-569(自Wyeth可得)；拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016；自Glaxo-SmithKline可得),一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(自Novartis可得)；泛HER抑制剂,诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂,诸如自ISIS Pharmaceutica1s可得的,抑制Raf-1信号传导的反义剂ISIS-5132；非HER靶向性TK抑制剂,诸如甲磺酸伊马替尼(自Glaxo SmithKline可得)；多靶向性酪氨酸激酶抑制剂,诸如舒尼替尼(sunitinib)(/>自Pfizer可得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂,诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584,自Novartis/Schering AG可得)；MAPK胞外调控激酶I抑制剂CI-1040(自Pharmacia可得)；喹唑啉,诸如PD 153035,4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶；嘧啶并嘧啶；吡咯并嘧啶,诸如CGP 59326,CGP 60261和CGP62706；吡唑并嘧啶,4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；姜黄素(二阿魏酰甲烷,4,5-双(4-氟苯胺基)-酞酰亚胺)；含有硝基噻吩模块的tyrphostine；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如那些结合编码HER的核酸的)；喹喔啉(美国专利No.5,804,396)；tryphostin(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂,诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼/>PKI 166(Novartis)；GW2016(Glaxo SmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；Semaxinib(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone),雷帕霉素(西罗莫司,/>)；或如任何下述专利公开文本中描述的:美国专利No.5,804,396,WO 1999/09016,WO 1998/43960,WO 1997/38983,WO 1999/06378,WO 1999/06396,WO 1996/30347,WO 1996/33978,WO 1996/3397,和WO 1996/33980。
化疗剂还包括地塞米松(dexamethasone),干扰素,秋水仙素(colchicine),氯苯氨啶(metoprine),环孢霉素(cyclosporine),两性霉素(amphotericin),甲硝唑(metronidazole),阿仑单抗(alemtuzumab),阿利维A酸(alitretinoin),别嘌醇(allopurinol),氨磷汀(amifostine),三氧化二砷(arsenic trioxide),天冬酰胺酶(asparaginase),活的BCG,贝伐珠单抗(bevacuzimab),贝沙罗汀(bexarotene),克拉屈滨(cladribine),里本灵(clofarabine),darbepoetin alfa,地尼白介素(denileukin),右雷佐生(dexrazoxane),阿法依伯汀(epoetin alfa),厄洛替尼(elotinib),非格司亭(filgrastim),醋酸组氨瑞林(histrelin acetate),ibritumomab,干扰素α-2a,干扰素α-2b,lenalidomide,左旋咪唑(levamisole),美司钠(mesna),甲氧沙林(methoxsalen),诺龙(nandrolone),奈拉滨(nelarabine),诺非单抗(nofetumomab),奥普瑞白介素(oprelvekin),palifermin,帕米膦酸盐(pamidronate),培加酶(pegademase),培门冬酶(pegaspargase),PEG非格司亭(pegfilgrastim),培美曲塞二钠(pemetrexed disodium),普卡霉素(plicamycin),卟吩姆钠(porfimer sodium),喹纳克林(quinacrine),拉布立酶(rasburicase),沙格司亭(sargramostim),替莫唑胺(temozolomide),VM-26,6-TG,托瑞米芬(toremifene),tretinoin,全反式视黄酸(ATRA),戊柔比星(valrubicin),唑来膦酸盐(zoledronate),和唑来膦酸(zoledronic acid),和其药学可接受盐。
如本文中使用的,术语“前体药物/前药”指与母体药物/母药相比对肿瘤细胞的细胞毒性更小且能够酶促活化或转变成活性更高的母体形式的药学活性物质的前体或衍生物形式。参见例如Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy,”Biochemical SocietyTransactions,14,pp.375-382,615th Meeting Belfast(1986)及Stella et al.,“Prodrugs:A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery,”Directed DrugDelivery,Borchardt et al.,(ed.),pp.247-267,Humana Press(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐/酯前药,含硫代磷酸盐/酯前药,含硫酸盐/酯前药,含肽前药,D-氨基酸修饰前药,糖基化前药,含β-内酰胺前药,含任选取代的苯氧基乙酰胺前药或含任选取代的苯乙酰胺前药,可转化成活性更高且无细胞毒性的药物的5-氟胞嘧啶和其它5-氟尿苷前药。可衍生成供此发明中使用的前药形式的细胞毒性药物的例子包括但不限于上文描述的那些化疗剂。
在本文中使用时,“生长抑制剂”指或在体外或在体内抑制细胞(例如其生长依赖于PD-L1表达的细胞)生长和/或增殖的化合物或组合物。如此,生长抑制剂可以是显著降低处于S期的细胞的百分比的药剂。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂,诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药(vinca)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine)),紫杉烷(taxane),和拓扑异构酶II抑制剂诸如蒽环类抗生素多柔比星(doxorubicin)((8S-顺式)-10-[(3-氨基-2,3,6-三脱氧-α-L-来苏-吡喃己糖基)氧基]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-萘二酮,即(8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-trideoxy-α-L-lyxo-hexapyranosyl)oxy]-7,8,9,10-tetrahydro-6,8,11-trihydroxy-8-(hydroxyacetyl)-1-methoxy-5,12-naphth acenedione),表柔比星(epirubicin),柔红霉素(daunorubicin),依托泊苷(etoposide),和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞,例如DNA烷化剂诸如他莫昔芬(tamoxifen),泼尼松(prednisone),达卡巴嗪(dacarbazine),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),顺铂(cisplatin),甲氨蝶呤(methotrexate),5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil),和ara-C。别的信息可参见“The Molecular Basis of Cancer”,Mendelsohn和Israel编,第1章,题为“Cell cycle regulation,oncogenes,and anti-neoplastic drugs”,Murakami等人著(WB Saunders:Philadelphia,1995),尤其是第13页。紫杉烷(帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel))均是自紫杉树衍生的抗癌药。自欧洲紫杉衍生的多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer)是帕利他赛(/>Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。帕利他赛和多西他赛促进自微管蛋白二聚体装配成微管且通过阻止解聚使微管稳定,这导致对细胞中的有丝分裂的抑制。
“放射疗法/放疗”意指使用定向伽马射线或贝塔射线来诱发对细胞的足够损害,从而限制其正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。会领会的是,会有本领域知道的许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予且典型的剂量范围为每天10至200个单位(戈瑞(Gray))。
术语“药物配制剂”指其形式允许其中含有的活性组分的生物学活性是有效的,且并不含有对会施用该配制剂的患者有不可接受的毒性的另外的成分的制剂。
“药学可接受载剂”指药物配制剂中除活性组分外对患者无毒的组分。药学可接受载剂包括但不限于缓冲剂,赋形剂,稳定剂,或防腐剂。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书,其含有关于关注此类治疗用产品的使用的适应征,用法,剂量,施用,组合疗法,禁忌症,和/或警告的信息。
“无菌”配制剂是无菌的或没有所有活的微生物和其孢子。
“制品”是包含至少一种试剂,例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物,或用于特异性检测本文中描述的生物标志物的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中,制造物或试剂盒以用于实施本文中描述的方法的单位推销,分销,或销售。
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更小,优选约500道尔顿或更小的分子量的任何分子。
在本文中使用时,词语“标记物”指直接或间接缀合或融合诸如多核苷酸探针或抗体等试剂且便于检测与其缀合或融合的试剂的化合物或组合物。标记物可以自身是可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物),或者在酶标记物的情况中,可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。该术语意图涵盖通过将可检测物质偶联(即物理连接)探针或抗体进行的对探针或抗体的直接标记,以及通过与直接标记的另一试剂的反应性进行的对探针或抗体的间接标记。间接标记的例子包括使用荧光标记的二抗检测一抗和用生物素末端标记DNA探针使得它能用荧光标记的链霉亲合素来检测。
术语“抗体”在本文中以最广义使用且具体涵盖单克隆抗体,多克隆抗体,半抗体,自至少两种完整抗体形成的多特异性抗体(例如双特异性抗体),和抗体片段,只要它们展现想要的生物学活性。在本文中术语“免疫球蛋白”(Ig)与抗体可互换使用。
“天然抗体”指通常由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链构成的约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接,而二硫化物连接的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间变化。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫桥。每条重链在一端具有一个可变域(VH),接着是多个恒定域。每条轻链具有一端的一个可变域(VL)和其另一端的一个恒定域；轻链的恒定域与重链的第一恒定域对齐,且轻链的可变域与重链的可变域对齐。认为特定氨基酸残基在轻链和重链可变域之间形成界面。
“分离的”抗体是已经鉴定且自其天然环境的成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分是会干扰抗体的研究,诊断,和/或治疗用途的物质,且可包括酶,激素,和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在一些实施方案中,抗体纯化至(1)以抗体的重量计大于95％,如通过例如Lowry法测定的,且在一些实施方案中,以重量计大于99％；(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得至少15个残基的N端或内部氨基酸序列的程度；或(3)通过在还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE,使用例如考马斯蓝或银染色,达到同质。既然抗体的天然环境的至少一种成分不会存在,那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而,分离的抗体通常会通过至少一个纯化步骤来制备。
“阻断性”抗体或抗体“拮抗剂”是抑制或降低其结合的抗原的生物学活性的抗体。例如,PD-L1特异性拮抗性抗体结合PD-L1且降低,阻断,抑制,消除,或干扰源自PD-1与PD-L1和/或PD-L2的相互作用的信号转导。优选的阻断性抗体或拮抗性抗体完全抑制抗原的生物学活性。
除非另外指明,表述“多价抗体”贯穿此说明书用于表示包含三个或更多个抗原结合位点的抗体。多价抗体优选改造成具有三个或更多个抗原结合位点且一般不是天然序列IgM或IgA抗体。
基于其恒定域的氨基酸序列,来自任何哺乳动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可指派至两种截然不同的型中的一种,称作卡帕(“κ”)和拉姆达(“λ”)。
术语“恒定域”指免疫球蛋白分子中的如下部分,其相对于免疫球蛋白的其它部分,即含有抗原结合位点的可变域,具有更加保守的氨基酸序列。恒定域含有重链的CH1,CH2,和CH3域(合称CH)和轻链的CHL(或CL)域。
抗体的“可变区”或“可变域”指抗体的重或轻链的氨基端结构域。重链的可变域可以称作“VH”。轻链的可变域可以称作“VL”。这些结构域一般是抗体的最易变部分且含有抗原结合位点。
术语“可变的”指可变域的某些区段在抗体间在序列方面差异广泛的实情。可变或“V”域介导抗原结合且限定特定抗体对其特定抗原的特异性。然而,可变性并非在可变域的跨度上均匀分布。反而是,V区由15-30个氨基酸的称作框架区(FR)的相对不易变的节段和将它们分开的每个长9-12个氨基酸的称作“高变区”的具有极端可变性的更短区域组成。当在本文中使用时,术语“高变区”或“HVR”指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。高变区一般包含来自例如VL中的大约残基24-34(L1),50-56(L2)和89-97(L3)左右,和VH中的大约残基26-35(H1),49-65(H2)和95-102(H3)左右的氨基酸残基(在一个实施方案中,H1是大约残基31-35左右；Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))和/或那些来自“高变环”的残基(例如VL中的残基26-32(L1),50-52(L2),和91-96(L3),和VH中的26-32(H1),53-55(H2),和96-101(H3)；Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。天然重和轻链的可变域每一个包含四个FR,大多采取β-片层构象,通过三个高变区连接,高变区形成连接β-片层结构的环,且在一些情况中形成β-片层结构的一部分。每条链中的高变区通过FR与来自另一条链的高变区保持在一起,紧密靠近,促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))。因而,HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以下述顺序出现:FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。恒定域并不直接牵涉抗体对抗原的结合,但展现多种效应器功能,诸如抗体在抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)中的参与。
为了本文中的目的,“受体人框架”是包含自如下文定义的人免疫球蛋白框架或人共有框架衍生的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列的框架。“衍生自”人免疫球蛋白框架或人共有框架的受体人框架可包含其相同的氨基酸序列,或者它可含有氨基酸序列变化。在一些实施方案中,氨基酸变化的数目是10或更少,9或更少,8或更少,7或更少,6或更少,5或更少,4或更少,3或更少,或2或更少。在一些实施方案中,VL受体人框架在序列方面与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列相同。
如本文中使用的,术语“高变区”,“HVR”,或“HV”指抗体可变域中在序列方面高度可变和/或形成结构上定义的环的区域。一般地,抗体包含六个HVR:VH中的三个(H1,H2,H3),和VL中的三个(L1,L2,L3)。在天然抗体中,H3和L3展示这六个HVR的最大多样性,而且认为特别是H3在赋予抗体以精密特异性中发挥独特作用。参见例如Xu et al.,Immunity13:37-45(2000)；Johnson and Wu,in:Methods in Molecular Biology 248:1-25(Lo,ed.,Human Press,Totowa,N.J.,2003)。确实,仅由重链组成的天然发生骆驼(camelid)抗体在轻链缺失下是有功能的且稳定的。参见例如Hamers-Casterman et al.,Nature363:446-448,(1993)；Sheriff et al.,Nature Struct.Biol.3:733-736,(1996)。
本文中使用且涵盖许多HVR叙述。Kabat互补决定区(CDR)基于序列变异性且是最常用的(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。Chothia改为指结构环的位置(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbMHVR代表Kabat HVR和Chothia结构环之间的折衷,而且得到Oxford Molecular的AbM抗体建模软件的使用。“接触”HVR基于对可得复合物晶体结构的分析。下文记录了这些HVR中每一种的残基。
HVR可包含如下“延伸的HVR”:VL中的24-36或24-34(L1),46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)和VH中的26-35(H1),50-65或49-65(H2)和93-102,94-102,或95-102(H3)。对于这些定义中的每一种,可变域残基是依照Kabat等,见上文编号的。
“框架”或“FR”残基是除如本文中定义的HVR残基外的那些可变域残基。
“人共有框架”是代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列的选集中最常发生的氨基酸残基的框架。一般地,人免疫球蛋白VL或VH序列的选集来自可变域序列的亚组。一般地,序列的亚组是如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition,NIH Publication 91-3242,Bethesda MD(1991),vols.1-3中的亚组。在一个实施方案中,对于VL,亚组是如Kabat等人,见上文中的亚组卡帕I。在一个实施方案中,对于VH,亚组是如Kabat等人,见上文中的亚组III。
术语“如Kabat中的可变域残基编号方式”或“如Kabat中的氨基酸位置编号方式”,和其变异指Kabat等人,见上文中用于抗体的编辑的重链可变域或轻链可变域的编号系统。使用此编号系统,实际的线性氨基酸序列可含有较少或另外的氨基酸,对应于可变域的FR或HVR的缩短或插入。例如,重链可变域可包括在H2的残基52之后的单一氨基酸插入(依照Kabat的残基52a)和在重链FR残基82之后的插入残基(例如依照Kabat的残基82a,82b,和82c,等)。可通过在抗体序列的同源性区域处与“标准”Kabat编号序列的比对为给定抗体确定残基的Kabat编号。
Kabat编号系统一般在提及可变域中的残基(大约是轻链残基1-107和重链残基1-113)时使用(例如Kabat et al.,Sequences of Immunological Interest.5th Ed.PublicHealth Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。“EU编号系统”或“EU索引”一般在提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时使用(例如Kabat等人,见上文中报告的EU索引)。“如Kabat中的EU索引”指人IgG1 EU抗体的残基编号方式。除非本文中另有说明,提及抗体的可变域中的残基编号意指通过Kabat编号系统的残基编号。除非本文中另有说明,提及抗体的恒定域中的残基编号意指通过EU编号系统的残基编号(例如参见美国临时申请No.60/640,323,关于EU编号方式的图)。
除非另外指明,HVR残基和可变域中的其它残基(例如FR残基)在本文中依照Kabat等人,见上文编号。
术语“全长抗体”,“完整抗体”,和“全抗体”在本文中可互换使用,指实质性完整形式的抗体,而非如下文定义的抗体片段。该术语特别指重链含有Fc区的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分,优选包含其抗原结合区。在一些实施方案中,本文中描述的抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的例子包括Fab,Fab′,F(ab′)2,和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；和自抗体片段形成的多特异性抗体。
抗体的木瓜蛋白酶消化生成两个相同的抗原结合片段,称作“Fab”片段,每个具有一个抗原结合位点,和一个剩余的“Fc”片段,其名称反映其易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab′)2片段,其具有两个抗原结合位点且仍然能够交联抗原。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中含有恒定区的至少一部分的C端区域。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中,人IgG重链Fc区自Cys226,或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而,Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定,Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号依照EU编号系统,也称作EU索引,如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.PublicHealth Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)中描述的。
“效应器功能”指那些可归于抗体的Fc区,随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括:C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬；细胞表面受体(例如B细胞受体)的下调；和B细胞活化。
“Fv”是含有完整抗原结合位点的最小限度抗体片段。在一个实施方案中,双链Fv种类由紧密,非共价联合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中,一个重链可变域和一个轻链可变域可通过柔性肽接头共价连接,使得轻和重链能在与双链Fv种类中的类似的“二聚体”结构中联合。正是在这种构造中,每个可变域的三个HVR相互作用而限定VH-VL二聚体的表面上的抗原结合位点。六个HVR一起赋予抗体以抗原结合特异性。然而,即使是单个可变域(或只包含对抗原特异性的三个HVR的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力,只是亲和力比完整结合位点要低。
Fab片段含有重和轻链可变域且还含有轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab′片段与Fab片段的区别在于重链CH1域的羧基端处增加少数残基,包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab′-SH是本文中对于其中恒定域的半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab′的名称。F(ab′)2抗体片段最初是作为具有Fab′片段之间的铰链半胱氨酸的成对Fab′片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL域,其中这些结构域存在于一条多肽链中。一般地,scFv多肽进一步包含VH和VL域之间的多肽接头,其使得scFv能够形成结合抗原的期望结构。关于scFv的综述参见例如Plückthun,in:The Pharmacology ofMonoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.(Springer-Verlag,NewYork,1994),pp.269-315。
术语“多特异性抗体”以最广义使用且具体涵盖包含重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)的抗体,其中VH-VL单元具有多表位特异性(即能够结合一种生物学分子上的两种不同表位或不同生物学分子上的每种表位)。此类多特异性抗体包括但不限于全长抗体,具有两个或更多个VL和VH域的抗体,抗体片段诸如Fab,Fv,dsFv,scFv,双抗体,双特异性双抗体和三抗体,共价或非共价连接的抗体片段。“多表位特异性”指特异性结合相同或不同靶物上的两种或更多种不同表位的能力。“双重特异性”或“双特异性”指特异性结合相同或不同靶物上的两种不同表位的能力。然而,与双特异性抗体形成对比,双重特异性抗体具有氨基酸序列相同的两个抗原结合臂且每一个Fab臂能够识别两种抗原。双重特异性容许抗体作为单一Fab或IgG分子以高亲和力与两种不同抗原相互作用。依照一个实施方案,IgG1形式的多特异性抗体以5μM至0.001pM,3μM至0.001pM,1μM至0.001pM,0.5μM至0.001pM或0.1μM至0.001pM的亲和力结合每种表位。“单特异性”指结合仅一种表位的能力。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的抗体片段,该片段包含在同一多肽链(VH-VL)中相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对,迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对并创建两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的描述于例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993)。三抗体(triabody)和四抗体(tetrabody)也描述于Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。有五大类抗体:IgA,IgD,IgE,IgG,和IgM,而且这些中的数种可以进一步分成亚类(同种型),例如IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA1,和IgA2。与不同类的抗体对应的重链恒定域分别称作α,δ,ε,γ,和μ。
如本文中使用的,术语“单克隆抗体”指从一群实质性同质的抗体获得的抗体,例如构成群体的抗体个体相同,除了可能以极小量存在的可能的突变,例如天然发生突变。如此,修饰语“单克隆”指示抗体不是分立的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中,此类单克隆抗体典型地包括包含结合靶物的多肽序列的抗体,其中靶物结合多肽序列是通过包括自众多多肽序列选择单一靶物结合多肽序列的过程得到的。例如,选择过程可以是自众多克隆,诸如杂交瘤克隆,噬菌体克隆,或重组DNA克隆的集合选择独特克隆。应当理解的是,所选择的靶物结合序列可进一步改变,例如为了改善对靶物的亲和力,将靶物结合序列人源化,改善其在细胞培养物中的生成,降低其在体内的免疫原性,创建多特异性抗体,等,而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是此发明的单克隆抗体。与典型地包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物形成对比,单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性以外,单克隆抗体制备物的优势在于它们典型地未受到其它免疫球蛋白污染。
修饰语“单克隆”指示抗体自实质性同质的抗体群获得的特征,而且不要解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如,要依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成,包括例如杂交瘤方法(例如Kohler and Milstein,Nature 256:495-97(1975)；Hongo et al.,Hybridoma 14(3):253-260(1995)；Harlow et al.,Antibodies:ALaboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press,2nd ed.1988)；Hammerlinget al.,in:Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681(Elsevier,N.Y.,1981)),重组DNA方法(参见例如美国专利No.4,816,567),噬菌体展示技术(参见例如Clackson et al.,Nature 352:624-628,1991；Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597,1992；Sidhu et al.,J.Mol.Biol.338(2):299-310,2004；Lee et al.,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093,2004；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA101(34):12467-12472,2004；及Lee et al.,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132,2004),和用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:2551,1993；Jakobovits et al.,Nature 362:255-258,1993；Bruggemann et al.,Year in Immuno.7:33,1993；美国专利No.5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；Marks et al.,Bio/Technology 10:779-783,1992；Lonberg et al.,Nature 368:856-859,1994；Morrison,Nature 368:812-813,1994；Fishwild et al.,Nature Biotechnol.14:845-851,1996；Neuberger,NatureBiotechnol.14:826,1996；及Lonberg et al.,Intern.Rev.Immunol.13:65-93,1995)。
单克隆抗体在本文中具体包括“嵌合”抗体,其中重和/或轻链的一部分与自特定物种衍生或属于特定抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源,而链的剩余部分与自另一物种衍生或属于另一抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源,以及此类抗体的片段,只要它们展现期望的生物学活性(参见例如美国专利No.4,816,567；和Morrison etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。嵌合抗体包括抗体,其中抗体的抗原结合区是自通过例如用感兴趣抗原免疫猕猴而生成的抗体衍生的。
“人抗体”是拥有与由人或人细胞生成的或自利用人抗体全集或其它人抗体编码序列的非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
非人(例如啮齿类)抗体的“人源化”形式是最低限度含有自非人抗体衍生的序列的嵌合抗体。对于大部分,人源化抗体是人免疫球蛋白(受体抗体)中来自高变区的残基用来自具有期望的抗体特异性,亲和力,和能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠,大鼠,家兔或非人灵长类的高变区的残基替换的免疫球蛋白。在一些情况中,人免疫球蛋白的FR残基用相应的非人残基替换。而且,人源化抗体可包含在受体抗体中或在供体抗体中没有找到的残基。进行这些修饰是为了进一步改进抗体性能。一般而言,人源化抗体会包含至少一个,典型地两个实质性整个如下的可变域,其中所有或实质性所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环且所有或实质性所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还会包含免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分,典型地人免疫球蛋白的。别的详情参见Jones etal.,Nature 321:522-525,1986；Riechmann et al.,Nature 332:323-329,1988；及Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596,1992。
“野生型(WT)”或“参照”序列或“野生型”或“参照”蛋白质/多肽(诸如参照抗体的HVR或可变域)的序列可以是经由引入突变来衍生变异多肽的参照序列。一般而言,给定蛋白质的“野生型”序列是在自然界中最常见的序列。类似地,“野生型”基因序列是该基因在自然界中最常找到的序列。可经由天然过程或经由人诱导的手段将突变引入“野生型”基因(和如此由它编码的蛋白质)。此类过程的产物是最初“野生型”蛋白质或基因的“变体/变异”或“突变体/突变”形式。
起始或参照多肽(例如参照抗体或其可变域/HVR)的“变体”或“突变体”是(1)具有与起始或参照多肽不同的氨基酸序列且(2)经由天然的或人工的(人为的)诱变自起始或参照多肽衍生的多肽。此类变体包括例如感兴趣多肽的氨基酸序列内的残基删除,和/或插入和/或替代,在本文中称作“氨基酸残基改变”。如此,变异HVR指包含相对于起始或参照多肽序列(诸如源抗体或抗原结合片段的)的变异序列的HVR。氨基酸残基改变在此语境中指与起始或参照多肽序列(诸如参照抗体或其片段的)中的相应位置处的氨基酸不同的氨基酸。可进行删除,插入,和替代的任何组合以得到最终的变体或突变体构建物,只要最终的构建物拥有期望的功能性特征。氨基酸变化还可改变多肽的翻译后加工,诸如改变糖基化位点的数目或位置。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点和它的结合配偶(例如抗原)之间的全部非共价相互作用总和的强度。除非另外指明,如本文中使用的,“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间的1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶Y的亲和力一般可以用解离常数(Kd)来代表。亲和力可通过本领域知道的常用方法来测量,包括本文中描述的那些。本文中描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性实施方案。
就抗体对靶分子的结合而言,术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”意味着与非特异性相互作用可测量地不同的结合。特异性结合可例如通过与对照分子的结合相比测定分子的结合来测量。例如,特异性结合可通过与对照分子(其与靶物相似,例如过量的未标记的靶物)的竞争来测定。在这种情况中,如果经标记靶物对探针的结合受到过量的未标记靶物的竞争性抑制的话,指示特异性结合。如本文中使用的,术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”可例如由具有10-4M或更低,或者10-5M或更低,或者10-6M或更低,或者10-7M或更低,或者10-8M或更低,或者10-9M或更低,或者10-10M或更低,或者10-11M或更低,或者10-12M或更低的针对靶物的Kd或10-4M至10-6M或10-6M至10-10M或10-7M至10-9M范围中的Kd的分子展现。正如熟练技术人员会领会的,亲和力和Kd值逆相关。针对抗原的高亲和力通过低Kd值来测量。在一个实施方案中,术语“特异性结合”指如下的结合,其中分子在没有实质性结合任何其它多肽或多肽表位的情况下结合特定多肽或特定多肽上的表位。
“亲和力成熟的”抗体指如下的抗体,其具有一个或多个高变区(HVR)中的一处或多处改变,与不拥有此类改变的亲本抗体相比,此类改变导致抗体对抗原的亲和力改善。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体,且相反,参照抗体在竞争测定法中将抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。
“免疫缀合物”是与一种或多种异源分子,包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
“融合蛋白”和“融合多肽”指具有共价连接到一起的两个部分的多肽,其中每个部分是具有不同特性的多肽。特性可以是生物学特性,诸如体外或体内活性。特性也可以是简单的化学或物理特性,诸如对靶分子的结合,反应的催化,等等。两个部分可以直接通过单一肽键或经由肽接头连接,但是彼此在读码框中。
如本文中使用的,术语“免疫粘附素”命名组合异源蛋白质(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定域的效应器功能的抗体样分子。在结构上,免疫粘附素包含具有与抗体的抗原识别和结合位点不同的期望结合特异性的氨基酸序列(即,是“异源的”)和免疫球蛋白恒定域序列的融合物。免疫粘附素分子的粘附素部分典型地是至少包含受体或配体的结合位点的连续氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定域序列可以是自任何免疫球蛋白,诸如IgG1,IgG2(包括IgG2A和IgG2B),IgG3,或IgG4亚型,IgA(包括IgA1和IgA2),IgE,IgD或IgM获得的。Ig融合物优选包括用本文中描述的多肽或抗体的结构域替换Ig分子内的至少一个可变区的替代。在一个特别优选的实施方案中,免疫球蛋白融合物包括IgG1分子的铰链,CH2和CH3,或铰链,CH1,CH2和CH3区。关于免疫球蛋白融合物的生成,还可参见美国专利No.5,428,130。例如,作为对于本文中的疗法有用的药物有用的免疫粘附素包括包含与免疫球蛋白序列的恒定域融合的PD-L1或PD-L2的胞外域(ECD)或PD-1结合部分,或PD-1的胞外或PD-L1或PD-L2结合部分的多肽,分别诸如PD-L1 ECD-Fc,PD-L2 ECD-Fc,和PD-1ECD-Fc。Ig Fc和细胞表面受体的ECD的免疫粘附素组合有时称作可溶性受体。
就本文中鉴定的多肽序列而言的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为在比对序列并在必要时引入缺口以实现最大百分比序列同一性之后,而且在任何保守替代不作为序列同一性的一部分考虑的情况下,候选序列中与所比较的多肽中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为了确定百分比氨基酸序列同一性目的的比对可以以本领域技能内的多种方式实现,例如使用公众可得的计算机软件,诸如BLAST,BLAST-2,ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员能确定用于测量比对的适宜参数,包括对所比较的序列的全长实现最大比对需要的任何算法。然而,为了本文中的目的,％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2生成的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech公司编写,而且源代码已经与用户文档一起提交美国版权局(Washington D.C.,20559),以美国版权注册号TXU510087注册。公众经由Genentech公司(South San Francisco,California)可得到ALIGN-2程序。ALIGN-2程序应当编译成在UNIX操作系统,优选数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设置且不变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况中,给定氨基酸序列A相对于(to),与(with),或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为给定氨基酸序列A具有或包含相对于,与,或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性)如下计算:
100乘分数X/Y
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B的比对中打分为相同匹配的氨基酸残基的数目,且其中Y是B中的氨基酸残基的总数。会领会的是,在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况中,A相对于B的％氨基酸序列同一性会不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有具体说明,本文中使用的所有％氨基酸序列同一性值是如上一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。
如本文中可互换使用的,“多核苷酸”或“核酸”指任何长度的核苷酸聚合物,而且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸,核糖核苷酸,经修饰的核苷酸或碱基,和/或其类似物,或可由DNA或RNA聚合酶,或通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。如此,例如,如本文中定义的多核苷酸包括但不限于单和双链DNA,包括单和双链区的DNA,单和双链RNA,和包括单和双链区的RNA,包含DNA和RNA的杂合分子,它可以是单链的,或更典型地是双链的,或包括单和双链区。另外,如本文中使用的,术语“多核苷酸”指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包括一种或多种分子的整个,但是更典型地是只牵涉一些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体包括cDNA。
多核苷酸可包含经修饰的核苷酸,诸如甲基化核苷酸和其类似物。若存在的话,对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后给予。核苷酸的序列可以由非核苷酸成分中断。多核苷酸可以在合成之后进一步修饰,诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”,将一个或多个天然发生核苷酸用类似物替代,核苷酸间修饰诸如例如那些具有不带电荷连接(例如甲基膦酸酯,磷酸三酯,磷酰胺酯(phosphoamidate),氨基甲酸酯,等等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,等等)的,那些含有悬垂模块(pendant moiety),诸如例如蛋白质(例如核酸酶,毒素,抗体,信号肽,聚L-赖氨酸,等等)的,那些具有嵌入剂(例如吖啶,补骨脂素,等等)的,那些含有螯合剂(例如金属,放射性金属,硼,氧化性金属,等等)的,那些含有烷化剂的,那些具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid))的,以及未修饰形式的多核苷酸。另外,通常存在于糖中的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团,磷酸(phosphate)基团替换,用标准保护基团保护,或活化以准备与另外的核苷酸的另外的连接,或可缀合固体或半固体支持物。可磷酸化或用胺或1至20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖的糖的类似物形式,包括例如2’-O-甲基-,2’-O-烯丙基-,2’-氟-,或2’-叠氮-核糖,碳环糖类似物,α-端基异构糖,差向异构糖诸如阿拉伯糖,木糖或来苏糖,吡喃糖的糖,呋喃糖的糖,景天庚酮糖,无环类似物,和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案,其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate)),P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate)),(O)NR2(“酰胺酯”(amidate)),P(O)R,P(O)OR’,CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替换,其中R或R’各自独立为H或取代或未取代的烃基(1-20个C),任选含有醚(-O-)连接,芳基,烯基,环烷基,环烯基或芳烃基(araldyl)。多核苷酸中的所有连接并非必须是相同的。前面的描述适用于本文中提及的所有多核苷酸,包括RNA和DNA。
如本文中使用的,“寡核苷酸”一般指短的,单链的多核苷酸,其在长度上小于约250个核苷酸,但这不是必须的。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述同等且完全可适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交且容许互补核酸聚合(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“宿主细胞”,“宿主细胞系”,和“宿主细胞培养物”可互换使用且指其中已经导入外源核酸的细胞,包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体/转化子”和“转化细胞/经转化细胞”,其包括原代转化细胞和自其衍生的后代,不管传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不是完全相同,而是可以含有突变。本文中包括具有与在初始转化细胞中筛选或选择相同的功能或生物学活性的突变体后代。
如本文中使用的,术语“载体”指能够扩增与其连接的另一种核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体以及并入接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称作“表达载体”。
“分离的”核酸分子是经鉴定且与核酸的天然来源中通常与之关联的至少一种污染性核酸分子分开的核酸分子。分离的核酸分子不同于在自然界中找到它时的形式或背景。分离的核酸分子因此有别于如其在天然细胞中存在的核酸分子。然而,分离的核酸分子包括通常表达该抗体的细胞中含有的核酸分子,例如当该核酸分子在该细胞中的染色体位置不同于它在天然细胞中的染色体位置时。
如本文中使用的,术语“突变载荷”,“突变负荷”,“肿瘤突变负荷得分”,“TMB得分”,“组织肿瘤突变负荷得分”,和“tTMB得分”中的每一个可互换使用,指在肿瘤组织样品(例如FFPE肿瘤样品,存档的肿瘤样品,新鲜的肿瘤样品,或冷冻的肿瘤样品)中检测到的预先确定的一组基因中(例如预先确定的一组基因的编码区中)每个预先选择的单元(例如每兆碱基)的改变(例如一种或多种改变,例如一种或多种体细胞改变)的水平(例如数目)。TMB得分可以例如基于全基因组或外显子组测量,或者基于基因组或外显子组的子集测量。在某些实施方案中,可以外推基于基因组或外显子组的子集测量的TMB得分以确定全基因组或外显子组突变载荷。在一些实施方案中,TMB得分指个体(例如动物(例如人))内累积的体细胞突变的水平。TMB得分可以指具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的患者中累积的体细胞突变。在一些实施方案中,TMB得分指个体的全基因组中的累积突变。在一些实施方案中,TMB得分指自个体收集的特定组织样品(例如肿瘤组织样品活检,例如膀胱癌肿瘤样品,例如UC肿瘤样品)中的累积突变。
术语“体细胞突变”或“体细胞改变”指在体细胞组织(例如种系以外的细胞)中发生的遗传改变。遗传改变的实例包括但不限于点突变(例如单个核苷酸对另一个核苷酸的交换(例如沉默突变,错义突变,和无义突变)),插入和删除(例如一个或多个核苷酸的添加和/或去除(例如插入删除)),扩增,基因重复,拷贝数改变(CNA),重排,和剪接变体。特定突变的存在可能与疾病状态(例如癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌))有关。
在某些实施方案中,体细胞改变是沉默突变(例如同义改变)。在其它实施方案中,体细胞改变是非同义单核苷酸变体(SNV)。在其它实施方案中,体细胞改变是过客突变(例如对克隆的适合性没有可检测影响的改变)。在某些实施方案中,体细胞改变是意义不明的的变体(VUS),例如既不能确认也不能排除致病性的改变。在某些实施方案中,尚未将体细胞改变鉴定为与癌症表型有关。
在某些实施方案中,体细胞改变与对细胞分裂,生长,或存活的影响无关或不知道与其有关。在其它实施方案中,体细胞改变与对细胞分裂,生长,或存活的影响有关。
在某些实施方案中,体细胞改变的数目排除亚基因组间隔中的功能性改变。
在一些实施方案中,功能性改变是与参照序列(例如野生型或未突变序列)相比对细胞分裂,生长,或存活具有影响(例如促进细胞分裂,生长,或存活)的改变。在某些实施方案中,功能性改变通过包括在功能性改变的数据库,例如COSMIC数据库中而鉴定为此(见Forbes et al.Nucl.Acids Res.43(D1):D805-D811,2015,通过援引将其完整收入本文)。在其它实施方案中,功能性改变是具有已知功能状态(例如,作为COSMIC数据库中的已知体细胞改变而发生)的改变。在某些实施方案中,功能性改变是具有可能的功能状态(例如肿瘤抑制基因中的截短)的改变。在某些实施方案中,功能性改变是驱动突变(例如在克隆的微环境中对其给出选择优势(例如通过提高细胞存活或繁殖)的改变)。在其它实施方案中,功能性改变是能够引起克隆扩充的改变。在某些实施方案中,功能性改变是能够引起下述一项,两项,三项,四项,五项,或所有六项的改变:(a)生长信号的自给自足；(b)针对抗生长信号的降低的敏感性(例如不敏感性)；(c)降低的凋亡；(d)升高的复制潜力；(e)持久的血管发生；或(f)组织侵入或转移。
在某些实施方案中,功能性改变不是过客突变(例如不是对细胞克隆的适合性没有可检测影响的改变)。在某些实施方案中,功能性改变不是意义不明的变体(VUS)(例如不是既不能确认也不能排除致病性的改变)。
在某些实施方案中,排除预先确定的一组基因中预先选择的肿瘤基因中的多种(例如约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,或更多)功能性改变。在某些实施方案中,排除预先确定的一组基因中预先选择的基因(例如肿瘤基因)中的所有功能性改变。在某些实施方案中,排除预先确定的一组基因中多种预先选择的基因(例如肿瘤基因)中的多种功能性改变。在某些实施方案中,排除预先确定的一组基因中所有基因(例如肿瘤基因)中的所有功能性改变。
在某些实施方案中,体细胞改变的数目排除亚基因组间隔中的种系突变。
在某些实施方案中,种系改变是SNP,碱基替代,插入,删除,插入删除,或沉默突变(例如同义突变)。
在某些实施方案中,通过使用不使用与匹配的正常序列比较的方法来排除种系改变。在其它实施方案中,通过包括使用算法的方法排除种系改变。在某些实施方案中,种系改变通过包括在种系改变的数据库,例如dbSNP数据库中而鉴定为此(见Sherry etal.Nucleic Acids Res.29(1):308-311,2001,通过援引将其完整收入本文)。在其它实施方案中,种系改变通过包括在ExAC数据库的两个或更多个计数中而鉴定为此(见ExomeAggregation Consortium et al.bioRxiv preprint,2015年10月30日,通过援引将其完整收入本文)。在一些实施方案中,种系改变通过包括在1000Genome Project数据库中而鉴定为此(McVean et al.Nature 491,56-65,2012,通过援引将其完整收入本文)。在一些实施方案中,种系改变通过包括在ESP数据库中而鉴定为此(Exome Variant Server,NHLBI GOExome Sequencing Project(ESP),Seattle,WA)。
如本文中使用的,术语“参照TMB得分”指与另一TMB得分进行比较的TMB得分,例如为了做出诊断,预测,预后,和/或治疗决定。例如,参照TMB得分可以是参照样品,参照群体中的TMB得分,和/或预先确定的值。在一些情况中,参照TMB得分是处于或高于截留值和/或低于截留值,基于个体对用免疫疗法,例如PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应性和个体对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应性之间的显著差异显著分开参照群体中已经用免疫疗法,例如PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体(例如患者)的第一子集和相同参照群体中已经用不包含免疫疗法,例如PD-L1轴结合拮抗剂的非PD-L1轴结合拮抗剂疗法治疗的个体(例如患者)的第二子集的截留值。在一些情况中,处于或高于截留值,个体对用免疫疗法,例如PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应性相对于个体对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应性显著改善。在一些情况中,低于截留值,个体对用非PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应性相对于个体对用免疫疗法,例如PD-L1轴结合拮抗剂疗法的治疗的响应性显著改善。
本领域技术人员会领会,参照TMB得分的数值可以根据类型,用于测量TMB得分的方法学,和/或用于生成TMB得分的统计方法而变化。
术语“等效TMB值”指与能通过将体细胞变体(例如体细胞突变)的计数除以测序碱基的数目(例如约1.1Mb(例如约1.125Mb,例如如通过小组评估的))计算的TMB得分对应的数值。要理解的是,一般而言,TMB得分与测序的基因组区域的大小线性相关。此类等效TMB值指示肿瘤突变负荷与TMB得分相比的等效程度,而且可以在本文中描述的方法中可互换使用,例如用于预测癌症患者对免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的响应。例如,在一些实施方案中,等效TMB值是能通过将体细胞变体(例如体细胞突变)的计数除以测序碱基的数目来计算的标准化TMB值。例如,等效TMB值可以作为在限定数目的测序碱基(例如约1.1Mb(例如约1.125Mb),例如如通过/>小组评估的)上计数的体细胞突变的数目呈现。例如,约25的TMB得分(如作为在约1.1Mb上计数的体细胞突变的数目确定的)与约23处突变/Mb的等效TMB值对应。要理解的是,如本文中描述的TMB得分(例如作为在限定数目的测序碱基(例如约1.1Mb(例如约1.125Mb),例如如通过/>小组评估的)上计数的体细胞突变的数目呈现的TMB得分)涵盖使用不同方法学(例如全外显子组测序或全基因组测序)获得的等效TMB值。例如,对于全外显子组小组,靶区可以是大约50Mb,而检测到约500处体细胞突变的样品是TMB得分约10处突变/Mb的等效TMB值。在一些实施方案中,基因组或外显子组的子集(例如预先确定的一组基因)中作为在限定数目的测序碱基(例如约1.1Mb(例如约1.125Mb),例如如通过小组评估的)上计数的体细胞突变的数目确定的TMB得分偏离通过全外显子组测序确定的TMB得分少于约30％(例如少于约30％,约25％,约20％,约15％,约10％,约5％,约4％,约3％,约2％,约1％,或更少)。见例如Chalmers et al.GenomeMedicine 9:34,2017。
II.诊断方法和测定法
本文中提供的是用于鉴定可能受益于用包括免疫疗法(包括但不限于PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(包括但不限于TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(包括但不限于膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法和用途。
本文中描述的方法和用途部分基于可使用来自个体的样品中一种或更多种基因(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平来预测包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗功效的发现。
本文中又提供的是用于为具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体选择疗法的方法和测定法；用于测定具有癌症的个体是否有可能响应用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的方法；用于预测具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应性的方法；和用于监测具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法。本文中提供的任何方法可进一步包括对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法(例如如下文节IV中描述的)。
在其中测定患者样品中多于一种生物标志物的表达水平并与参照表达水平比较的本文中描述的任何实施方案中,要理解的是,在一些实施方案中,将患者样品中每种个别生物标志物的表达水平与每种个别生物标志物的参照表达水平比较。例如,如果测定来自个体的样品中TGFB1和TGFBR1的表达水平并与TGFB1和TGFBR1的参照表达水平比较,在一些实施方案中,将来自个体的样品中TGFB1的表达水平与TGFB1的参照表达水平比较,并将来自个体的样品中TGFBR1的表达水平与TGFBR1的参照表达水平比较。在其它实施方案中,可以通过本领域技术人员知道的和本文中也公开的集结方法测定多于一种感兴趣基因的表达水平,包括例如通过计算所有感兴趣基因的表达水平的中值或均值。在集结前,可以通过使用本领域技术人员知道的和本文中也公开的统计方法将每种感兴趣基因的表达水平标准化,包括例如针对一种或多种持家基因的表达水平标准化,或针对总文库容量标准化,或针对测量的所有基因间的中值或均值表达水平值标准化。在一些情况中,在多种感兴趣基因间的集结之前,可以通过使用本领域技术人员知道的和本文中也公开的统计方法将每种感兴趣基因的标准化表达水平标准化,包括例如通过计算每种感兴趣基因的标准化表达水平的Z得分。
A.例示性22基因签名
在一些实施方案中,本文中的方法和用途牵涉测定选自包括表1中所列基因的22基因签名的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平。
例如,本文中提供的是一种鉴定可能受益于用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,其牵涉测定来自个体的样品中表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平,其中表1中所列一种或多种基因的表达水平的变化将个体鉴定为可能受益于用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些情况中,变化是升高。在其它情况中,变化是降低。
表1:例示性生物标志物
生物标志物
TGFB1
TGFBR2
ACTA2
ACTG2
ADAM12
ADAM19
COMP
CNN1
COL4A1
CTGF
CTPS1
FAM101B
FSTL3
HSPB1
IGFBP3
PXDC1
SEMA7A
SH3PXD2A
TAGLN
TGFBI
TNS1
TPM1
本发明还提供为具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体选择疗法,其包括测定来自个体的样品中表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平,其中表1中所列一种或多种基因的表达水平的变化将个体鉴定为可能受益于用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些情况中,变化是升高。在其它情况中,变化是降低。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种诊断或预后癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的方法,其包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)生物标志物的表达水平并将样品中一种或多种生物标志物的表达水平与参照表达水平比较,由此诊断或预后癌症。在一些实施方案中,样品中一种或多种生物标志物的表达水平相对于参照表达水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后个体。在一些实施方案中,生物标志物在表1中列出。在特定实施方案中,变化是升高。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种确定具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体是否有可能响应用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的方法,其包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)生物标志物的表达水平中并将样品中一种或多种生物标志物的表达水平与参照表达水平比较,由此将个体鉴定为有可能响应抗癌症疗法的个体。在一些实施方案中,生物学样品中一种或多种生物标志物表达水平相对于参照表达水平的变化(例如升高或降低)将个体鉴定为有可能响应用抗癌症疗法的治疗。在一些实施方案中,生物标志物在表1中列出。在特定实施方案中,变化是升高。
在其它实施方案中,本文中提供的是一种优化包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗功效的方法,其包括测定自个体获得的生物学样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)生物标志物的表达水平并将样品中一种或多种生物标志物的表达水平与参照表达水平比较,其中生物学样品中一种或多种生物标志物的表达水平相对于参照表达水平的变化(例如升高或降低)将个体鉴定为有可能响应抗癌症疗法的个体。在一些实施方案中,生物标志物在表1中列出。在特定实施方案中,变化是升高。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的群体中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在特定实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。在某些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平可以是参照群体中的表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在一些实施方案中,参照表达水平是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析测定的。在某些实施方案中,参照表达水平是一种或多种基因的预先指派表达水平。在一些实施方案中,参照表达水平是在先前的时间点自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平,其中先前的时间点是在施用抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是在施用抗癌症疗法前(例如之前数分钟,数小时,数天,数周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),数月,或数年)获得的来自患者的生物学样品中一种或多种基因(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平是在随后的时间点(例如在施用抗癌症疗法后数分钟,数小时,数天,数周,数月,或数年)自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,高于参照表达水平的表达水平,或上升的或升高的表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体升高,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些的方法检测。在某些实施方案中,上升的表达或数目指样品中生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1中一种或多种)的表达水平/量的升高,其中升高是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,上升的表达或数目指生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体升高。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,低于参照表达水平的表达水平,或下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体降低,通过诸如本文中描述的那些的标准本领域已知方法检测。在某些实施方案中,下降的表达或数目指样品中生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1中一种或多种)的表达水平/量的降低,其中降低是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体降低。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型。在一些实施方案中,CD8+T细胞定位在胶原纤维处或附近。
B.例示性6基因签名
在一些实施方案中,本文中的方法和用途牵涉测定选自包括ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的6基因签名的一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)基因的表达水平。
例如,本文中提供的是一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种用于为具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的个体。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种诊断或预后癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的方法,其包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；并将样品中一种或多种基因的表达水平与参照表达水平比较,由此诊断或预后癌症。在一些实施方案中,样品中一种或多种生物标志物的表达水平相对于参照表达水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后个体。在特定实施方案中,变化是升高。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种确定具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体是否有可能响应用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为有可能响应用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的个体。
在其它实施方案中,本文中提供的是一种优化包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗功效的方法,其包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；并将样品中一种或多种基因的表达水平与参照表达水平比较,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为有可能响应用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。在牵涉6基因签名的任何前述方法中,方法可以包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6)的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中两种的表达水平,例如表2中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中三种的表达水平,例如表3中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中四种的表达水平,例如表4中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中五种的表达水平,例如表5中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法牵涉测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法中,方法可以包括测定TGFB1和/或TGFBR2的表达水平。在任何前述方法中,方法可以包括测定TGFB1和TGFBR2的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19。在其它实施方案中,一种或多种基因包括COMP。在仍有又一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19和COMP。
表2:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的两基因组合
ACTA2和ADAM19
ACTA2和COMP
ACTA2和CTGF
ACTA2和TGFB1
ACTA2和TGFBR2
ADAM19和COMP
ADAM19和CTGF
ADAM19和TGFB1
ADAM19和TGFBR2
COMP和CTGF
COMP和TGFB1
COMP和TGFBR2
CTGF和TGFB1
CTGF和TGFBR2
TGFB1和TGFBR2
表3:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的三基因组合
表4:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的四基因组合
ACTA2,ADAM19,COMP,和CTGF
ACTA2,ADAM19,COMP,和TGFB1
ACTA2,ADAM19,COMP,和TGFBR2
ACTA2,ADAM19,CTGF,和TGFB1
ACTA2,ADAM19,CTGF,和TGFBR2
ACTA2,ADAM19,TGFB1,和TGFBR2
ACTA2,COMP,CTGF,和TGFB1
ACTA2,COMP,CTGF,和TGFBR2
ACTA2,COMP,TGFB1,和TGFBR2
ACTA2,CTGF,TGFB1,和TGFBR2
ADAM19,COMP,CTGF,和TGFB1
ADAM19,COMP,CTGF,和TGFBR2
ADAM19,COMP,TGFB1,和TGFBR2
ADAM19,CTGF,TGFB1,和TGFBR2
COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2
表5:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的五基因组合
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,和TGFB1
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,和TGFBR2
ACTA2,ADAM19,COMP,TGFB1,和TGFBR2
ACTA2,ADAM19,CTGF,TGFB1,和TGFBR2
ACTA2,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2
ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包括对个体施用有效量的抗癌症疗法。例如,在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,样品中表2-5中所列一种或多种例示性组合的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,TGFB1的表达水平处于或高于TGFB1的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFBR1的表达水平处于或高于TGFBR1的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和TGFBR1的参照表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19。在其它实施方案中,一种或多种基因包括COMP。在仍有又一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19和COMP。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的其它实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平低于一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包括对个体施用有效量的包括单独的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法。例如,在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平低于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,样品中表2-5中所列一种或多种例示性组合的表达水平低于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平低于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。在一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19。在其它实施方案中,一种或多种基因包括COMP。在仍有又一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19和COMP。
例如,在牵涉6基因签名的任何前述方法的某些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的群体中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)基因(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平。在特定实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。在某些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平可以是参照群体中的表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在一些实施方案中,参照表达水平是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析测定的。在某些实施方案中,参照表达水平是一种或多种基因的预先指派表达水平。在一些实施方案中,参照表达水平是在先前的时间点自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平,其中先前的时间点在施用抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是在施用抗癌症疗法前(例如之前数分钟,数小时,数天,数周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),数月,或数年)获得的来自患者的生物学样品中一种或多种基因(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平是在随后的时间点(例如在施用抗癌症疗法后数分钟,数小时,数天,数周,数月,或数年)自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,高于参照表达水平的表达水平,或上升的或升高的表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体升高,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些的方法检测。在某些实施方案中,上升的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2中一种或多种)的表达水平/量的升高,其中升高是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,上升的表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体升高。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,低于参照表达水平的表达水平,或下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体降低,通过诸如本文中描述的那些的标准本领域已知方法检测。在某些实施方案中,下降的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2中一种或多种)的表达水平/量的降低,其中降低是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体降低。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型。在一些实施方案中,CD8+T细胞定位在胶原纤维处或附近。
C.例示性19基因签名(泛F-TBRS)
在一些实施方案中,本文中的方法和用途牵涉测定选自在本文中也称作泛F-TBRS的包括ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的19基因签名的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)基因的表达水平。
例如,本文中提供的是一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,其中样品中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,其中样品中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的个体。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种诊断或预后癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的方法,其包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并将样品中一种或多种基因的表达水平与参照表达水平比较,由此诊断或预后癌症。在一些实施方案中,样品中一种或多种生物标志物的表达水平相对于参照表达水平的变化(例如升高或降低)诊断或预后个体。在特定实施方案中,变化是升高。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种确定具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体是否有可能响应用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,其中样品中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为有可能响应用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的个体。
在其它实施方案中,本文中提供的是一种优化包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗功效的方法,其包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并将样品中一种或多种基因的表达水平与参照表达水平比较,其中样品中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为有可能响应用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。
在牵涉19基因签名的任何前述方法中,方法可以包括测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。在一些实施方案中,方法牵涉测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,样品中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包括对个体施用有效量的抗癌症疗法。例如,在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平处于或高于ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的参照表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,或15种)。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的群体中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)基因(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在特定实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。在某些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,参照水平可以是参照群体中的表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在一些实施方案中,参照表达水平是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析测定的。在某些实施方案中,参照表达水平是一种或多种基因的预先指派表达水平。在一些实施方案中,参照表达水平是在先前的时间点自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平,其中先前的时间点在施用抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是在施用抗癌症疗法前(例如之前数分钟,数小时,数天,数周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),数月,或数年)获得的来自患者的生物学样品中一种或多种基因(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平是在随后的时间点(例如在施用抗癌症疗法后数分钟,数小时,数天,数周,数月,或数年)自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,高于参照表达水平的表达水平,或上升的或升高的表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体升高,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些的方法检测。在某些实施方案中,上升的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1中一种或多种)的表达水平/量的升高,其中升高是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,上升的表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体升高。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,低于参照表达水平的表达水平,或下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体降低,通过诸如本文中描述的那些的标准本领域已知方法检测。在某些实施方案中,下降的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1中一种或多种)的表达水平/量的降低,其中降低是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体降低。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型。在一些实施方案中,CD8+T细胞定位在胶原纤维处或附近。
D.例示性的另外的生物标志物(例如CD8+T效应器签名)
任何前述方法(例如如上文II节,A-C小节分别关于22,6,和19基因(泛F-TBRS)签名中描述的)可进一步包括测定样品中选自由PD-L1,CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8或9种)另外的基因的表达水平。在一些实施方案中,一种或多种另外的基因是PD-L1。在其它实施方案中,一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)另外的基因选自在本文中也称作CD8+T效应器(Teff)签名的由CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组。在一些实施方案中,方法进一步包括测定CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,或所有八种的表达水平。在一些实施方案中,一种或多种另外的基因是CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21。
例如,本文中提供的是一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)下述22基因签名基因的表达水平:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1,其中样品中一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平且一种或多种22基因签名基因的表达水平低于一种或多种22基因签名基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述6基因签名基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2,其中样品中一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平且一种或多种6基因签名基因的表达水平低于一种或多种6基因签名基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述泛F-TBRS基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1,其中样品中一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平且一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平低于一种或多种泛F-TBRS基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
例如,本文中提供的是一种用于为具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22)下述22基因签名基因的表达水平:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1,其中样品中一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平且一种或多种22基因签名基因的表达水平低于一种或多种22基因签名基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种用于为具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述6基因签名基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2,其中样品中一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平且一种或多种6基因签名基因的表达水平低于一种或多种6基因签名基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种用于为具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述泛F-TBRS基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1,其中样品中一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平且一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平低于一种或多种泛F-TBRS基因的参照水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
E.肿瘤突变负荷(TMB)
任何前述实施方案(例如如上文II节,A-C小节分别关于22,6,和19基因(泛F-TBRS)签名中,或II节,D小节中描述的)可以进一步包括测定来自个体的肿瘤样品中的TMB。TMB可以使用任何合适办法来测定,例如如下文实施例1中或国际专利申请No.:PCT/US2017/055669中描述的,通过援引将其完整收入本文。在一些实施方案中,个体可以具有处于或高于参照TMB的肿瘤样品中的TMB。在其它实施方案中,个体可以具有低于参照TMB的TMB。
例如,本发明提供一种鉴定可能受益于用免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包含测定(i)来自患者的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)下述22基因签名基因的表达水平:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；和(ii)来自(来自个体的)肿瘤样品的TMB得分,其中样品中一种或多种22基因签名基因的表达水平低于参照水平且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于参照TMB得分将个体鉴定为可能受益于包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体))的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
本发明提供一种鉴定可能受益于用免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包含测定(i)来自患者的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述6基因签名基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2；和(ii)来自(来自个体的)肿瘤样品的TMB得分,其中样品中一种或多种6基因签名基因的表达水平低于参照表达水平且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于参照TMB得分将个体鉴定为可能受益于包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体))的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
本发明提供一种鉴定可能受益于用免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包含测定(i)来自患者的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述泛F-TBRS基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；和(ii)来自(来自个体的)肿瘤样品的TMB得分,其中样品中一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平低于参照表达水平且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于参照TMB得分将个体鉴定为可能受益于包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗)))的治疗的个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
牵涉TMB的任何前述方法可进一步包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21。
F.用于测定生物标志物表达水平的例示性办法
可以基于本领域知道的任何合适标准来定性和/或定量评估上文描述的任何生物标志物(例如如上文II节,A-C小节分别关于22,6,和19基因(泛F-TBRS)签名中,或II节,D和E小节中描述的)的存在和/或表达水平,包括但不限于DNA,mRNA,cDNA,蛋白质,蛋白质片段,和/或基因拷贝数。用于测量此类生物标志物的方法是本领域知道的且技术人员了解的,包括但不限于免疫组织化学(“IHC”),Western印迹分析,免疫沉淀,分子结合测定法,ELISA,ELIFA,荧光激活细胞分选(“FACS”),MassARRAY,蛋白质组学,基于血液的定量测定法(例如血清ELISA),生化酶活性测定法,原位杂交(ISH),荧光原位杂交(FISH),Southern分析,Northern分析,全基因组测序,聚合酶链式反应(PCR)包括定量实时PCR(qRT-PCR)和其它扩增型检测方法,诸如例如分支DNA,SISBA,TMA等等,RNASeq,微阵列分析,基因表达概况分析,全基因组测序(WGS),和/或基因表达系列分析(“SAGE”),以及能通过蛋白质,基因,和/或组织阵列分析实施的极其多种测定法任一。用于评价基因和基因产物的状态的典型方案可见于例如Ausubel et al.eds.(Current Protocols In Molecular Biology,1995),Units 2(Northern Blotting),4(Southern Blotting),15(Immunoblotting)and18(PCR Analysis)。还可使用多路免疫测定法诸如自Rules Based Medicine或Meso ScaleDiscovery(“MSD”)可得的那些。
在任何前述方法的一些实施方案中,生物标志物的表达水平可以是核酸表达水平(例如DNA表达水平或RNA表达水平(例如mRNA表达水平))。可使用测定核酸表达水平的任何合适方法。在一些实施方案中,使用RNAseq,RT-qPCR,qPCR,多路qPCR或RT-qPCR,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,ISH,或其组合测定核酸表达水平。
用于评价细胞中的mRNA的方法是公知的且包括例如基因表达系列分析(SAGE),全基因组测序(WGS),使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的经标记核糖核酸探针的原位杂交,Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的互补引物的RT-PCR(例如qRT-PCR),和其它扩增型检测方法,诸如例如分支DNA,SISBA,TMA等等)。另外,此类方法可包括一个或多个容许测定生物学样品中靶mRNA的水平的步骤(例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选地,可测定所扩增的靶cDNA的序列。任选方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA,诸如靶mRNA的方案。使用核酸微阵列,将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以生成cDNA探针。然后将探针杂交至在固体支持物上固定化的核酸的阵列。阵列配置成使得阵列的每一个成员的序列和位置是知道的。例如,可将其表达与升高或降低的包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的治疗的临床益处有关联的基因的选集在固体支持物上成阵列。经标记探针与特定阵列成员的杂交指示衍生探针的样品表达那种基因。
在任何前述方法的其它实施方案中,生物标志物的表达水平可以是蛋白质表达水平。在某些实施方案中,方法包含在允许结合生物标志物的条件下使样品接触特异性结合本文中描述的生物标志物的抗体,并检测是否在抗体和生物标志物之间形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一些情况中,使用抗体来选择对于用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗适格的患者,例如用于选择个体的生物标志物。
可使用本领域知道的或本文中提供的测量蛋白质表达水平的任何方法。例如,在一些实施方案中,使用选自由流式细胞术(例如荧光激活细胞分选(FACSTM)),Western印迹,酶联免疫吸附测定法(ELISA),免疫沉淀,免疫组织化学(IHC),免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,质谱术,和HPLC组成的组的方法测定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在肿瘤浸润性免疫细胞中测定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在肿瘤细胞中测定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在肿瘤浸润性免疫细胞中和/或在肿瘤细胞中测定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,在外周血单个核细胞(PBMC)中测定生物标志物的蛋白质表达水平。
在某些实施方案中,使用IHC和染色方案来检查样品中生物标志物蛋白质的存在和/或表达水平/量。组织切片的IHC染色已经显示是一种测定或检测样品中蛋白质的存在的可靠方法。在任何方法,测定法和/或试剂盒的一些实施方案中,生物标志物是下列基因的蛋白质表达产物中的一种或多种:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1。在一个实施方案中,使用下述方法测定生物标志物的表达水平,其包含:(a)用抗体对样品(诸如自患者获得的肿瘤样品)实施IHC分析；并(b)测定样品中生物标志物的表达水平。在一些实施方案中,相对于参照测定IHC染色强度。在一些实施方案中,参照是参照值。在一些实施方案中,参照是参照样品(例如对照细胞系染色样品,来自非癌症患者的组织样品,或测定为对于感兴趣生物标志物呈阴性的肿瘤样品)。
IHC可以与另外的技术组合实施,诸如形态学染色和/或原位杂交(例如ISH)。有IHC的两种通用方法；直接和间接测定法。依照第一种测定法,直接测定抗体对靶抗原的结合。这种直接测定法使用经标记试剂,诸如发荧光的标签或酶标记的一抗,其能在没有别的抗体相互作用的情况下显现。在一种典型的间接测定法中,未缀合的一抗结合抗原,然后经标记的二抗结合一抗。在二抗缀合酶标记物的情况下,添加显色或荧光底物以提供抗原的显现。因为数个二抗可以与一抗上的不同表位反应,所以发生信号放大。
用于IHC的一抗和/或二抗典型地会用可检测模块标记。有众多标记物,其一般可分组成下述范畴:(a)放射同位素,诸如35S,14C,1251,3H,和131I；(b)胶体金颗粒；(c)发荧光标记物,包括但不限于稀土螯合物(铕螯合物),德克萨斯红,罗丹明,荧光素,丹酰,丽丝胺,伞形酮,藻红蛋白,藻蓝蛋白,或商品化荧光团,诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUM GREEN7和/或上述任一种或多种的衍生物；(d)有各种酶-底物标记物且美国专利号4,275,149提供这些中的一些的综述。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；见例如美国专利号4,737,456),萤光素,2,3-二氢酞嗪二酮,苹果酸脱氢酶,脲酶,过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO),碱性磷酸酶,β-半乳糖苷酶,葡糖淀粉酶,溶菌酶,糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶,半乳糖氧化酶,和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶),杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶),乳过氧化物酶,微过氧化物酶,等等。
酶-底物组合的例子包括例如辣根过氧化物酶(HRPO)及作为底物的过氧化氢；碱性磷酸酶(AP)及作为显色底物的对硝基苯基磷酸酯；和β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)及显色底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷)或荧光底物(例如4-甲基伞形基-β-D-半乳糖苷)。关于这些的一般性综述,见例如美国专利号4,275,149和4,318,980。
可例如手工或使用自动化染色仪(例如Ventana BenchMark XT或BenchmarkULTRA仪器)制备标本。可将如此制备的标本封固并盖上盖片。然后确定载片评价,例如使用显微镜,并可采用本领域例行使用的染色强度标准。在一个实施方案中,要理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时,一般在肿瘤细胞和/或组织中测定或评估染色(与样品中可存在的基质或周围组织相对)。在一些实施方案中,理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时,染色包括肿瘤浸润性免疫细胞中的测定或评估,包括肿瘤内或肿瘤周围的免疫细胞。在一些实施方案中,在>0％的样品中,在至少1％的样品中,在至少5％的样品中,在至少10％的样品中,在至少15％的样品中,在至少15％的样品中,在至少20％的样品中,在至少25％的样品中,在至少30％的样品中,在至少35％的样品中,在至少40％的样品中,在至少45％的样品中,在至少50％的样品中,在至少55％的样品中,在至少60％的样品中,在至少65％的样品中,在至少70％的样品中,在至少75％的样品中,在至少80％的样品中,在至少85％的样品中,在至少90％的样品中,在至少95％的样品中,或更多,通过IHC检测生物标志物的存在。可使用本领域知道的任何方法对样品打分,例如由病理学家或通过自动化图像分析。
在任何方法的一些实施方案中,使用诊断性抗体(即一抗)通过免疫组织化学检测生物标志物。在一些实施方案中,诊断性抗体特异性结合人抗原。在一些实施方案中,诊断性抗体是非人抗体。在一些实施方案中,诊断性抗体是大鼠,小鼠,或家兔抗体。在一些实施方案中,诊断性抗体是家兔抗体。在一些实施方案中,诊断性抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,诊断性抗体是直接标记的。在其它实施方案中,诊断性抗体是间接标记的(例如通过二抗)。
在任何前述实施方案的一些实施方案中,在施用抗癌症疗法前(例如数分钟,小时,天,周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),月,或年)自个体获得样品。在任何前述方法的一些实施方案中,在施用抗癌症疗法后约2至约10周(例如2,3,4,5,6,7,8,9,或10周)获得来自个体的样品。在一些实施方案中,在施用抗癌症疗法后约4至约6周获得来自个体的样品。
在任何前述方法的一些实施方案中,在组织样品,原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清液,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液,精液,羊水,乳,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液,组织提取物诸如匀浆化组织,肿瘤组织,细胞提取物,或其任何组合中检测生物标志物的表达水平或数目。在一些实施方案中,样品是组织样品(例如肿瘤组织样品),细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。在一些实施方案中,肿瘤组织样品其中肿瘤组织样品包括肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞,或其组合。在一些实施方案中,肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋(FFPE)的样品,存档的样品,新鲜的样品,或冷冻的样品。
例如,在任何前述方法的一些实施方案中,使用已知技术(例如流式细胞术或IHC)在肿瘤浸润性免疫细胞,肿瘤细胞,PBMC,或其组合中检测生物标志物的表达水平。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞,肿瘤周围免疫细胞或任何其组合,和其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞(例如CD8+T效应(Teff)细胞)和/或CD4+T淋巴细胞(例如CD4+Teff细胞),B淋巴细胞,或其它骨髓谱系细胞,包括粒细胞(嗜中性细胞,嗜曙红细胞,嗜碱性细胞),单核细胞,巨噬细胞,树突细胞(例如指状树突细胞),组织细胞,和天然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中,以膜染色,胞质染色,或其组合检测生物标志物的染色。在其它实施方案中,以样品中相对于参照样品缺失或无染色检测生物标志物的缺失。
在任何前述方法的特定实施方案中,在含有或怀疑含有癌细胞的样品中评估生物标志物的表达水平。样品可以是例如自罹患,怀疑罹患,或诊断有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的患者获得的组织活检或转移性损害。在一些实施方案中,样品是膀胱组织的样品,膀胱肿瘤的活检,已知或怀疑的转移性膀胱癌损害或切片,或已知或怀疑包含循环中癌细胞,例如膀胱癌细胞的血液样品,例如外周血样品。样品可包含癌细胞,即肿瘤细胞,和非癌性细胞(例如淋巴细胞,诸如T细胞或NK细胞)二者,而且,在某些实施方案中,包含癌性和非癌性细胞二者。获得生物学样品(包括组织切除,活检,和体液,例如血液样品,其包含癌症/肿瘤细胞)的方法是本领域公知的。
在任何前述方法的一些实施方案中,患者具有癌,淋巴瘤,母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤),肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤),神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤,胃泌素瘤,和胰岛细胞癌),间皮瘤,施旺细胞瘤(包括听神经瘤),脑膜瘤,腺癌,黑素瘤,和白血病或淋巴样恶性。在一些实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如肾细胞癌(RCC),例如晚期RCC或转移性RCC(mRCC)),鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌),肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC),非小细胞肺癌(NSCLC),肺的腺癌,和肺的鳞癌),腹膜癌,肝细胞癌,胃的癌或胃癌,包括胃肠癌,胰腺癌(例如PDAC),成胶质细胞瘤,宫颈癌,卵巢癌,肝癌(例如HCC),肝瘤,乳腺癌(包括转移性乳腺癌),结肠癌,直肠癌,结肠直肠癌,子宫内膜或子宫癌,唾液腺癌,前列腺癌,外阴癌,甲状腺癌,肝的癌,肛门癌,阴茎癌,梅克尔细胞癌,蕈样真菌病,睾丸癌,食管癌,胆管肿瘤,头和颈癌,B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；和移植后淋巴增殖性病症(PTLD),与瘢痣病,水肿(诸如与脑瘤有关的),或梅格斯氏综合征有关的异常血管增殖。在一些实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC)。在优选的实施方案中,患者具有膀胱癌(例如UC,例如mUC)。患者可任选具有晚期,顽固性,复发性,化疗抗性,和/或铂抗性形式的癌症。
在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在和/或表达水平/量与第二样品中的存在/缺失和/或表达水平/量相比升高或增多。在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在/缺失和/或表达水平/量与第二样品中的存在和/或表达水平/量相比降低或减少。在某些实施方案中,第二样品是参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是在与获得测试样品不同的一个或多个时间点获得的来自同一患者或个体的一份样品或组合的多份样品。例如,自同一患者或个体在比获得测试样品更早的时间点时获得参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。如果在癌症的初始诊断期间获得参照样品且稍后当癌症变成转移性时获得测试样品的话,此类参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织可能是有用的。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个健康个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者或个体的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个个体的来自正常组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的来自肿瘤组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。
III.治疗方法和用途
本文中提供的是用于治疗具有癌症(包括但不限于膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法和用途。在特定实施方案中,癌症是膀胱癌,诸如UC,例如转移性UC。在一些情况中,本发明的方法包括基于本发明的生物标志物的表达水平对个体施用包括免疫疗法(包括但不限于PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(包括但不限于TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法。可以在方法和用途中使用任何免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体)),遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂(例如抗TGF-β抗体)),或本文中描述的(例如如下文IV节和/或实施例中描述的)或本领域已知的其它抗癌剂。本发明进一步涉及用于改善罹患癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的患者的PFS和/或OS的方法,其通过施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法。本发明进一步涉及用于改善罹患癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的患者的响应(例如ORR)的方法,其通过施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法。本文中描述的任何生物标志物的表达水平或数目可以使用本领域已知的和/或本文中,例如上文II节中和/或实施例中描述的任何方法来测定。
在一些实施方案中,用与遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)组合的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的疗法优选延长和/或改善存活,包括PFS和/或OS。在一个实施方案中,用与遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)组合的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的疗法将存活相对于通过施用针对所治疗的癌症批准的抗肿瘤剂或标准护理实现的存活延长至少约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,100％,200％,或更多。在另一个实施方案,用与遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)组合的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的疗法将响应率(例如ORR,CR率,或PR率)相对于通过施用针对所治疗的癌症批准的抗肿瘤剂或标准护理实现的响应率改善至少约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,100％,200％,或更多。
A.例示性22基因签名
在一些实施方案中,本文中的方法和用途牵涉测定选自包括表1中所列基因的22基因签名的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平。例如,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,其包括(a)测定来自个体的样品中表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平,其中表1中所列一种或多种基因的表达水平测定为相对于参照表达水平有变化；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种基因的表达水平将有效量的抗癌症疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法)施用于个体。在一些情况中,变化是升高。在其它情况中,变化是降低。
本文中还提供的是一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,其包括将有效量的抗癌症疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法)施用于个体,其中来自个体的样品中表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平已经测定为相对于参照水平有变化,其中表1中所列一种或多种基因的表达水平的变化将个体鉴定为可能受益于用抗癌症疗法的治疗的个体。在一些情况中,变化是升高。在其它情况中,变化是降低。
在另一个方面,本发明提供一种在已经鉴定为来自个体的样品中具有表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平的个体中治疗癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的方法,该方法包括对个体施用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于评估具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平；并(b)基于样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,其中来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于监测具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因的表达水平；并(b)比较来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的升高且调整或停止治疗。在任何前述方法的其它实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的降低且维持治疗。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的升高指示个体缺乏对治疗的响应。在任何前述方法的其它实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的降低指示个体对治疗的响应。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的群体中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)基因(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在特定实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。在某些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平可以是参照群体中的表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在一些实施方案中,参照表达水平是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析测定的。在某些实施方案中,参照表达水平是一种或多种基因的预先指派表达水平。在一些实施方案中,参照表达水平是在先前的时间点自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平,其中先前的时间点是在施用抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是在施用抗癌症疗法前(例如之前数分钟,数小时,数天,数周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),数月,或数年)获得的来自患者的生物学样品中一种或多种基因(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平是在随后的时间点(例如在施用抗癌症疗法后数分钟,数小时,数天,数周,数月,或数年)自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,高于参照表达水平的表达水平,或上升的或升高的表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体升高,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些的方法检测。在某些实施方案中,上升的表达或数目指样品中生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量的升高,其中升高是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,上升的表达或数目指生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体升高。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,低于参照表达水平的表达水平,或下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体降低,通过诸如本文中描述的那些的标准本领域已知方法检测。在某些实施方案中,下降的表达或数目指样品中生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量的降低,其中降低是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体降低。
在牵涉22基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型。在一些实施方案中,CD8+T细胞定位在胶原纤维处或附近。
B.例示性6基因签名
在一些实施方案中,本文中的方法和用途牵涉测定选自包括ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的6基因签名的一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)基因的表达水平。
例如,在一个实施方案中,本文中提供的是一种治疗可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括(a)测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种基因的表达水平将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。
方法可以包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中两种的表达水平,例如表2中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中三种的表达水平,例如表3中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中四种的表达水平,例如表4中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中五种的表达水平,例如表5中显示的任何例示性组合。在一些实施方案中,方法牵涉测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法中,方法可以包括测定TGFB1和/或TGFBR2的表达水平。在任何前述方法中,方法可以包括测定TGFB1和TGFBR2的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19。在其它实施方案中,一种或多种基因包括COMP。在仍有又一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19和COMP。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种治疗可能受益于用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法,其中在治疗前样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。
在另一个方面,本发明提供一种在已经鉴定为来自个体的样品中具有ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平的个体中治疗癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的方法,该方法包括对个体施用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法。
在牵涉6基因签名的任何前述方法中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中五种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平已经测定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法中,TGFB1和/或TGFBR2的表达水平已经测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR2的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,TGFB1的表达水平处于或高于TGFB1的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFBR1的表达水平处于或高于TGFBR1的参照表达水平。在任何前述方法中,TGFB1和TGFBR2的表达水平已经测定为处于或高于TGFB1和TGFBR2的参照表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,ADAM19或COMP的表达水平已经测定为处于或高于ADAM19或COMP的参照水平。在一些实施方案中,ADAM19的表达水平已经测定为处于或高于ADAM19的参照水平。在一些实施方案中,COMP的表达水平已经测定为处于或高于COMP的参照水平。在仍有又一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19和COMP。在一些实施方案中,ADAM19和COMP的表达水平已经测定为处于或高于ADAM19和COMP的参照水平。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于评估具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；并(b)基于样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,其中来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于监测具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；并(b)比较来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。
在牵涉6基因签名的任何前述方法中,方法可以包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2定中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中五种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平。在一些实施方案中,方法牵涉测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法中,方法可以包括测定TGFB1和/或TGFBR2的表达水平。在任何前述方法中,方法可以包括测定TGFB1和TGFBR2的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19。在其它实施方案中,一种或多种基因包括COMP。在仍有又一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19和COMP。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的升高且调整或停止治疗。在任何前述方法的其它实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的降低且维持治疗。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的升高指示个体缺乏对治疗的响应。在任何前述方法的其它实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的降低指示个体对治疗的响应。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的群体中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)基因(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平。在特定实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。在某些实施方案中,参照表达水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平可以是参照群体中的表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在一些实施方案中,参照表达水平是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析测定的。在某些实施方案中,参照表达水平是一种或多种基因的预先指派表达水平。在一些实施方案中,参照表达水平是在先前的时间点自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平,其中先前的时间点在施用抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照表达水平是在施用抗癌症疗法前(例如之前数分钟,数小时,数天,数周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),数月,或数年)获得的来自患者的生物学样品中一种或多种基因(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平。在其它实施方案中,参照表达水平是在随后的时间点(例如在施用抗癌症疗法后数分钟,数小时,数天,数周,数月,或数年)自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,高于参照表达水平的表达水平,或上升的或升高的表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体升高,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些的方法检测。在某些实施方案中,上升的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2中一种或多种)的表达水平/量的升高,其中升高是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,上升的表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体升高。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,低于参照表达水平的表达水平,或下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体降低,通过诸如本文中描述的那些的标准本领域已知方法检测。在某些实施方案中,下降的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2中一种或多种)的表达水平/量的降低,其中降低是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和/或TGFBR2)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体降低。
在牵涉6基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型。在一些实施方案中,CD8+T细胞定位在胶原纤维处或附近。
C.例示性19基因签名(泛F-TBRS)
在一些实施方案中,本文中的方法和用途牵涉测定选自在本文中也称作泛F-TBRS的包括ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的19基因签名的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)基因的表达水平。
例如,在一个实施方案中,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括(a)测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,其中样品中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种的表达水平测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种基因的表达水平将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。
方法可以包括测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。在一些实施方案中,方法牵涉测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,方法包括测定选自ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,或15种)基因的表达水平。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法,其中在治疗前样品中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。
在另一个方面,本发明提供一种在已经鉴定为来自个体的样品中具有ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平的个体中治疗癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的方法,该方法包括对个体施用包含免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体))的抗癌症疗法。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。例如,在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平已经测定为处于或高于ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的参照表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,或15)的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照水平。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于评估具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并(b)基于样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,其中来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于监测具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并(b)比较来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。
在牵涉19基因签名的任何前述方法中,方法可以包括测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平。在一些实施方案中,方法包括测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。在一些实施方案中,方法牵涉测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,方法包括测定选自ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,或15)基因的表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的升高且调整或停止治疗。在任何前述方法的其它实施方案中,变化是一种或多种基因的表达水平的降低且维持治疗。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的升高指示个体缺乏对治疗的响应。在任何前述方法的其它实施方案中,五种或更多种基因的表达水平的降低指示个体对治疗的响应。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,参照水平是参照群体,例如具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的群体中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)基因(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在特定实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC)。在某些实施方案中,参照水平是参照群体,例如具有癌症的个体的群体中一种或多种基因的中值表达水平。在其它实施方案中,参照水平可以是参照群体中的表达水平的前40％,前30％,前20％,前10％,前5％,或前1％。在一些实施方案中,参照水平是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析测定的。在某些实施方案中,参照水平是一种或多种基因的预先指派表达水平。在一些实施方案中,参照水平是在先前的时间点自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平,其中先前的时间点在施用抗癌症疗法后。在任何前述方法的一些实施方案中,参照水平是在施用抗癌症疗法前(例如之前数分钟,数小时,数天,数周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),数月,或数年)获得的来自患者的生物学样品中一种或多种基因(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平。在其它实施方案中,参照水平是在随后的时间点(例如在施用抗癌症疗法后数分钟,数小时,数天,数周,数月,或数年)自患者获得的生物学样品中一种或多种基因的表达水平。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,高于参照表达水平的表达水平,或上升的或升高的表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平或数目与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体升高,通过诸如本文中描述的和/或本领域知道的那些的方法检测。在某些实施方案中,上升的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1中一种或多种)的表达水平/量的升高,其中升高是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍,1.2倍,1.3倍,1.4倍,1.5倍,1.6倍,1.7倍,1.8倍,1.9倍,2倍,2.1倍,2.2倍,2.3倍,2.4倍,2.5倍,2.6倍,2.7倍,2.8倍,2.9倍,3倍,3.5倍,4倍,4.5倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,15倍,20倍,30倍,40倍,50倍,100倍,500倍,或1000倍任一。在一些实施方案中,上升的表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体升高。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,低于参照表达水平的表达水平,或下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如蛋白质,核酸(例如基因或mRNA),或细胞)的水平与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更多任一的总体降低,通过诸如本文中描述的那些的标准本领域已知方法检测。在某些实施方案中,下降的表达或数目指样品中生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1中一种或多种)的表达水平/量的降低,其中降低是参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,下降的(降低的)表达或数目指生物标志物(例如ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和/或TPM1)的表达水平/量与参照表达水平,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.1倍,约1.2倍,约1.3倍,约1.4倍,约1.5倍,约1.6倍,约1.7倍,约1.8倍,约1.9倍,约2倍,约2.1倍,约2.2倍,约2.3倍,约2.4倍,约2.5倍,约2.6倍,约2.7倍,约2.8倍,约2.9倍,约3倍,约3.5倍,约4倍,约4.5倍,约5倍,约6倍,约7倍,约8倍,约9倍,约10倍,约15倍,约20倍,约30倍,约40倍,约50倍,约100倍,约500倍,约1,000倍或更多的总体降低。
在牵涉19基因签名的任何前述方法的一些实施方案中,来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型。在一些实施方案中,CD8+T细胞定位在胶原纤维处或附近。
D.例示性的另外的生物标志物(例如Teff基因和CAF基因)
任何前述方法(例如如上文III节,A-C小节分别关于22,6,和19基因(泛F-TBRS)签名中描述的)可进一步包括测定样品中选自由PD-L1,CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组的一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8或9种)另外的基因的表达水平。在一些实施方案中,一种或多种另外的基因是PD-L1。在其它实施方案中,一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)另外的基因选自由CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组。在一些实施方案中,方法进一步包括测定CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,或所有八种的表达水平。在一些实施方案中,一种或多种另外的基因是CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21。
例如,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括(a)测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)下述22基因签名基因的表达水平:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种Teff基因和一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平处于或高于参照表达水平,而且一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于或低于参照表达水平,且该方法包含将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在其它实施方案中,一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平低于参照表达水平,而且一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于参照表达水平,且该方法包含将包括免疫疗法的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种用于治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法,其中在治疗前来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21已经测定为处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平,且样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)下述22基因签名基因的表达水平:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1已经测定为低于一种或多种22基因签名基因的参照表达水平。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括(a)测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述6基因签名基因的的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种Teff基因和一种或多种6基因签名基因的表达水平将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,一种或多种6基因签名基因的表达水平处于或高于参照表达水平,而且一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于或低于参照表达水平,且该方法包含将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在其它实施方案中,一种或多种6基因签名基因的表达水平低于参照表达水平,而且一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于参照表达水平,且该方法包含将包括免疫疗法的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
例如,本文中提供的是一种用于治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))的抗癌症疗法,其中在治疗前来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21已经测定为处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平,且样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述6基因签名基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2已经测定为低于一种或多种6基因签名基因的参照表达水平。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
在另一个实施方案,本文中提供的是一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括(a)测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21,和样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述泛F-TBRS基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种Teff基因和一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平处于或高于参照表达水平,而且一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于或低于参照表达水平,且该方法包含将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在其它实施方案中,一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平低于参照表达水平,而且一种或多种Teff基因的表达水平处于或高于参照表达水平,且该方法包含将包括免疫疗法的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
在还有另一个实施方案中,本文中提供的是一种用于治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法,其中在治疗前来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21已经测定为处于或高于一种或多种Teff基因的参照表达水平,且样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述泛F-TBRS基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1已经测定为低于一种或多种泛F-TBRS基因的参照表达水平。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。在一些实施方案中,方法进一步包括将抗癌症疗法施用于患者。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于评估具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种Teff基因(例如选自IFNG,GZMB,和ZAP70的1,2,或3种Teff基因)和/或一种或多种CAF基因(例如选自LOXL2,TNC,和POSTN的1,2,或3种CAF基因)的表达水平；并(b)基于样品中一种或多种Teff基因和/或一种或多种CAF基因的表达水平与一种或多种Teff基因和/或一种或多种CAF基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,其中来自个体的样品中一种或多种Teff基因和/或一种或多种CAF基因的表达水平与一种或多种Teff基因和/或一种或多种CAF基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。在一些实施方案中,变化是一种或多种Teff基因(例如IFNG,GZMB,和/或ZAP70)的表达水平的升高。在一些实施方案中,变化是一种或多种CAF基因(例如LOXL2,TNC,和POSTN)的表达水平的降低。
在另一个方面,本文中提供的是一种用于监测具有癌症的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包括:(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种Teff基因(例如选自IFNG,GZMB,和ZAP70的1,2,或3种Teff基因)和/或一种或多种CAF基因(例如选自LOXL2,TNC,和POSTN的1,2,或3种CAF基因)的表达水平；并(b)比较来自个体的样品中一种或多种Teff基因和/或一种或多种CAF基因的表达水平与一种或多种Teff基因和/或一种或多种CAF基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。
E.肿瘤突变负荷(TMB)
任何前述实施方案(例如如上文III节,A-C小节分别关于22,6,和19基因(泛F-TBRS)签名中,或III节,D小节中描述的)可以包括测定来自个体的肿瘤样品中的TMB。TMB可以使用任何合适办法来测定,例如如实施例1中或国际专利申请No.:PCT/US2017/055669中描述的,通过援引将其完整收入本文。在一些实施方案中,个体可以具有处于或高于参照TMB的肿瘤样品中的TMB。在其它实施方案中,个体可以具有低于参照TMB的TMB。
本发明提供一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括:(a)测定(i)来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)下述22基因签名基因的表达水平:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；和(ii)来自(来自个体的)肿瘤样品的TMB得分；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种22基因签名基因的表达水平和TMB得分将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,一种或多种22基因签名基因的表达水平处于或高于参照表达水平,而且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于或低于参照TMB得分,且该方法包含将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在其它实施方案中,一种或多种22基因签名基因的表达水平低于参照表达水平,而且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于参照TMB得分,且该方法包含将包括免疫疗法的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
本发明进一步提供一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括:对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法,其中在治疗前来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)下述22基因签名基因的表达水平:TGFB1,TGFBR2,ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,COMP,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1已经测定为低于一种或多种22基因签名基因的参照表达水平,而且来自患者的肿瘤样品中的TMB得分已经测定为处于或高于参照TMB得分。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
本发明提供一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括:(a)测定(i)来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述6基因签名基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2；和(ii)来自(来自个体的)肿瘤样品的TMB得分；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种6基因签名基因的表达水平和TMB得分将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,一种或多种6基因签名基因的表达水平处于或高于参照表达水平,而且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于或低于参照TMB得分,且该方法包含将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在其它实施方案中,一种或多种6基因签名基因的表达水平低于参照表达水平,而且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于参照TMB得分,且该方法包含将包括免疫疗法的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
本发明进一步提供一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括:对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法,其中在治疗前来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述6基因签名基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2已经测定为低于一种或多种6基因签名基因的参照表达水平,且来自患者的肿瘤样品中的TMB得分已经测定为处于或高于参照TMB得分。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
本发明提供一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括:(a)测定(i)来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述泛F-TBRS基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；和(ii)来自(来自个体的)肿瘤样品的TMB得分；并(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平和TMB得分将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平处于或高于参照表达水平,而且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于或低于参照TMB得分,且该方法包含将包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法施用于个体。在其它实施方案中,一种或多种泛F-TBRS基因的表达水平低于参照表达水平,而且来自肿瘤样品的TMB得分处于或高于参照TMB得分,且该方法包含将包括免疫疗法的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。
本发明进一步提供一种治疗具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的方法,该方法包括:对个体施用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法,其中在治疗前来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述泛F-TBRS基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1已经测定为低于一种或多种Teff基因的参照表达水平,且来自患者的肿瘤样品中的TMB得分已经测定为处于或高于参照TMB得分。在一些实施方案中,免疫疗法是单一疗法。牵涉TMB的任何前述方法可进一步包括测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,或8种)下述Teff基因的表达水平:CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,或TBX21。
F.用于测定生物标志物表达水平的例示性办法
在任何前述实施方案(例如如上文III节,A-C小节分别关于22,6,和19基因(泛F-TBRS)签名中,或III节,D和E小节中描述的)的一些实施方案中,在施用抗癌症疗法前(例如数分钟,小时,天,周(例如1,2,3,4,5,6,或7周),月,或年)自个体获得样品。在任何前述方法的一些实施方案中,在施用抗癌症疗法后约2至约10周(例如2,3,4,5,6,7,8,9,或10周)获得来自个体的样品。在一些实施方案中,在施用抗癌症疗法后约4至约6周获得来自个体的样品。
在任何前述方法的一些实施方案中,在组织样品,原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清液,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液,精液,羊水,乳,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液,组织提取物诸如匀浆化组织,肿瘤组织,细胞提取物,或其任何组合中检测生物标志物的表达水平或数目。在一些实施方案中,样品是组织样品(例如肿瘤组织样品),细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。在一些实施方案中,肿瘤组织样品其中肿瘤组织样品包括肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞,或其组合。在一些实施方案中,肿瘤组织样品是FFPE样品,存档的样品,新鲜的样品,或冷冻的样品。
例如,在任何前述方法的一些实施方案中,使用已知技术(例如流式细胞术或IHC)在肿瘤浸润性免疫细胞,肿瘤细胞,PBMC,或其组合中检测生物标志物的表达水平。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞,肿瘤周围免疫细胞或任何其组合,和其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是T淋巴细胞(诸如CD8+T淋巴细胞(例如CD8+Teff细胞)和/或CD4+T淋巴细胞(例如CD4+Teff细胞),B淋巴细胞,或其它骨髓谱系细胞,包括粒细胞(嗜中性细胞,嗜曙红细胞,嗜碱性细胞),单核细胞,巨噬细胞,树突细胞(例如指状树突细胞),组织细胞,和天然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中,以膜染色,胞质染色,或其组合检测生物标志物的染色。在其它实施方案中,以样品中相对于参照样品缺失或无染色检测生物标志物的缺失。
在任何前述方法的特定实施方案中,在含有或怀疑含有癌细胞的样品中评估生物标志物的表达水平。样品可以是例如自罹患,怀疑罹患,或诊断有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC))的患者获得的组织活检或转移性损害。在一些实施方案中,样品是膀胱组织的样品,膀胱肿瘤的活检,已知或怀疑的转移性膀胱癌损害或切片,或已知或怀疑包含循环中癌细胞,例如膀胱癌细胞的血液样品,例如外周血样品。样品可包含癌细胞,即肿瘤细胞,和非癌性细胞(例如淋巴细胞,诸如T细胞或NK细胞)二者,而且,在某些实施方案中,包含癌性和非癌性细胞二者。获得生物学样品(包括组织切除,活检,和体液,例如血液样品,其包含癌症/肿瘤细胞)的方法是本领域公知的。
在任何前述方法的一些实施方案中,患者具有癌,淋巴瘤,母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤),肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤),神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤,胃泌素瘤,和胰岛细胞癌),间皮瘤,施旺细胞瘤(包括听神经瘤),脑膜瘤,腺癌,黑素瘤,和白血病或淋巴样恶性。在一些实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如肾细胞癌(RCC),例如晚期RCC或转移性RCC(mRCC)),鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌),肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC),非小细胞肺癌(NSCLC),肺的腺癌,和肺的鳞癌),腹膜癌,肝细胞癌,胃的癌或胃癌,包括胃肠癌,胰腺癌(例如PDAC),成胶质细胞瘤,宫颈癌,卵巢癌,肝癌(例如HCC),肝瘤,乳腺癌(包括转移性乳腺癌),结肠癌,直肠癌,结肠直肠癌,子宫内膜或子宫癌,唾液腺癌,前列腺癌,外阴癌,甲状腺癌,肝的癌,肛门癌,阴茎癌,梅克尔细胞癌,蕈样真菌病,睾丸癌,食管癌,胆管肿瘤,头和颈癌,B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞性NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无核裂细胞NHL；贮积病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；和移植后淋巴增殖性病症(PTLD),与瘢痣病,水肿(诸如与脑瘤有关的),或梅格斯氏综合征有关的异常血管增殖。在一些实施方案中,癌症是膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌(例如HCC),卵巢癌,或乳腺癌(例如TNBC)。在优选的实施方案中,患者具有膀胱癌(例如UC,例如mUC)。患者可任选具有晚期,顽固性,复发性,化疗抗性,和/或铂抗性形式的癌症。
在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在和/或表达水平/量与第二样品中的存在/缺失和/或表达水平/量相比升高或增多。在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在/缺失和/或表达水平/量与第二样品中的存在和/或表达水平/量相比降低或减少。在某些实施方案中,第二样品是参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是在与获得测试样品不同的一个或多个时间点获得的来自同一患者或个体的一份样品或组合的多份样品。例如,自同一患者或个体在比获得测试样品更早的时间点时获得参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。如果在癌症的初始诊断期间获得参照样品且稍后当癌症变成转移性时获得测试样品的话,此类参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织可能是有用的。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个健康个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者或个体的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的一个或多个个体的来自正常组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非患者的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的来自肿瘤组织的合并的RNA样品或合并的血浆或血清样品。
G.例示性治疗办法
在任何前述方法和用途(例如如III节,A-F小节中描述的)的实施方案中,对于癌症的预防或治疗,抗癌症疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法)的剂量会取决于如上文定义的要治疗的癌症的类型,癌症的严重程度和过程,施用抗癌症疗法是为了预防还是治疗目的,在先疗法,患者的临床史和对药物的响应,和主治医师的斟酌。
在一些实施方案中,可以以一次或以一系列治疗将抗癌症疗法(例如包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法)合适地施用于患者。一种典型的日剂量可以范围为约1μg/kg至100mg/kg或更多,取决于上文提到的因素。对于数天或更久的重复施用,取决于状况,治疗一般会持续直至发生期望的疾病症状的遏制。此类剂量可以间歇施用,例如每周或每三周(例如使得患者接受例如约两剂至约20剂,或例如约六剂抗癌症疗法)。可以施用较高的一剂初始加载剂量,接着是较低的一剂或多剂。然而,其它剂量方案可能是有用的。这种疗法的进展容易通过常规技术和测定法来监测。
例如,作为一般建议,施用于人的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的治疗有效量会在约0.01至约50mg/kg患者体重的范围中,无论通过一次或多次施用。在一些实施方案中,所使用的治疗剂(例如抗体)是例如每天,每周,每两周,每三周,或每月施用约0.01mg/kg至约45mg/kg,约0.01mg/kg至约40mg/kg,约0.01mg/kg至约35mg/kg,约0.01mg/kg至约30mg/kg,约0.01mg/kg至约25mg/kg,约0.01mg/kg至约20mg/kg,约0.01mg/kg至约15mg/kg,约0.01mg/kg至约10mg/kg,约0.01mg/kg至约5mg/kg,或约0.01mg/kg至约1mg/kg。在一些实施方案中,以15mg/kg施用抗体。然而,其它剂量方案可能是有用的。在一个实施方案中,例如,在21天周期的第1天(每三周,q3w)以约50mg,约100mg,约200mg,约300mg,约400mg,约420mg,约500mg,约525mg,约600mg,约700mg,约800mg,约840mg,约900mg,约1000mg,约1050mg,约1100mg,约1200mg,约1300mg,约1400mg,约1500mg,约1600mg,约1700mg,或约1800mg的剂量将免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)施用于人。例如,固定剂量可以是大约420mg,大约525mg,大约840mg,或大约1050mg。在一些实施方案中,每三周(q3w)以1200mg静脉内施用阿特珠单抗。在施用固定剂量的情况中,优选它在约5mg至约2000mg的范围中。免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的剂量可以作为单剂或作为多剂(例如2,3,4,5,6,7,8,9,或10或更多剂)施用。在施用一系列剂量的情况中,例如可以大约每周,大约每2周,大约每3周,或大约每4周施用这些。组合治疗中施用的拮抗剂的剂量可以与单一治疗相比降低。这种疗法的进展容易通过常规技术来监测。
本文中描述的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))(和任何另外的治疗剂)可以以与优良医学实践一致的方式配制,定剂量,和施用。同样地,遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以以与优良医学实践一致的方式配制,定剂量,和施用。这种背景中考虑的因素包括所治疗的特定病症,所治疗的特定哺乳动物,患者个体的临床状况,病症的起因,药剂的投递部位,施用的方法,施用的进度,和医学从业人员知道的其它因素。免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)不必但任选与当前用于预防或治疗所讨论病症的一种或多种药剂一起配制和/或并行施用。此类其它药剂的有效量取决于配制剂中存在的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的量,病症或治疗的类型,和上文讨论的其它因素。这些一般以相同剂量且以如本文中描述的施用路径,或本文中描述的剂量的约1至99％,或以凭经验/临床上确定为适宜的任何剂量且通过凭经验/临床上确定为适宜的任何路径使用。
在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))与遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)并行施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)作为相同配制剂的部分施用。在其它实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))与遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)分开施用。
在一些实施方案中,任何前述方法可进一步包括施用另外的治疗剂。在一些实施方案中,另外的治疗剂选自由免疫疗法剂,细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。
在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)与针对激活性共刺激分子的激动剂并行施用。在一些实施方案中,激活性共刺激分子可包括CD40,CD226,CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,HVEM,或CD127。在一些实施方案中,针对激活性共刺激分子的激动剂是结合CD40,CD226,CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,HVEM,或CD127的激动性抗体。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称作CD152),TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7-H3,B7-H4,IDO,TIGIT,MICA/B,或精氨酸酶。在一些实施方案中,针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是结合CTLA-4,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7-H3,B7-H4,IDO,TIGIT,MICA/B,或精氨酸酶的拮抗性抗体。
在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对CTLA-4(也称作CD152)的拮抗剂,例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与ipilimumab(也称作MDX-010,MDX-101,或)联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与tremelimumab(也称作ticilimumab或CP-675,206)联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对B7-H3(也称作CD276)的拮抗剂,例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与MGA271联合施用。
在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对CD137(也称作TNFRSF9,4-1BB,或ILA)的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与urelumab(也称作BMS-663513)联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对CD40的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与CP-870893联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对OX40(也称作CD134)的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与抗OX40抗体(例如AgonOX)联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对CD27的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与CDX-1127联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对TIGIT的拮抗剂,例如抗TIGIT抗体联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称作1-D-MT)。
在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与癌症疫苗联合施用。在一些实施方案中,癌症疫苗是肽癌症疫苗,其在一些实施方案中是个性化肽疫苗。在一些实施方案中,肽癌症疫苗是多价长肽,多重肽,肽混合物,杂合肽,或经肽脉冲的树突细胞疫苗(见例如Yamada et al.,Cancer Sci.104:14-21,2013)。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与佐剂联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与包含TLR激动剂,例如Poly-ICLC(也称作),LPS,MPL,或CpG ODN的治疗联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与肿瘤坏死因子(TNF)α联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与IL-1联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与HMGB1联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与ICOS激动剂联合施用,例如通过施用ICOS-L或针对ICOS的激动性抗体。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以与选择蛋白激动剂联合施用。
如果施用的话,化疗剂通常以已知剂量施用,因此,或任选由于药物的组合作用或可归于化疗剂的施用的负面副作用而降低。此类化疗剂的制备和剂量给药进度表可以依照制造商的说明书或如熟练从业人员凭经验确定的那样使用。在化疗剂是帕利他赛的情况中,优选地,它以介于约130mg/m2至200mg/m2之间(例如大约175mg/m2)的剂量施用,例如,在3小时里,每3周一次。在化疗剂是卡铂的情况中,优选地,它通过使用Calvert公式计算卡铂的剂量来施用,Calvert公式基于患者的现有肾功能或肾功能和期望的血小板最低点。肾排泄是卡铂的主要消除路径。与基于体表面积的经验剂量计算相比,这种定剂量公式的使用容许补偿治疗前肾功能中的患者变异,它在其它情况中可能导致剂量不足(在肾功能在平均以上的患者中)或剂量过度(在肾功能受损的患者中)。使用单一药剂卡铂的4-6mg/mL/min的目标AUC看来在先前治疗过的患者中提供最适宜的剂量范围。
在上述治疗方案以外,患者还可经受手术去除肿瘤和/或癌细胞。
上文记录的此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包括在同一配制剂或分开的配制剂中),和分开施用,在情况中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的施用可以在一种或多种另外的治疗剂的施用之前,同时和/或之后发生。在一个实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的施用和另外的治疗剂的施用彼此在约一个月内,或在约一,两或三周内,或在约一,两,三,四,五,或六天内发生。
在免疫疗法或遏制性基质拮抗剂是抗体(例如抗PD-L1抗体或抗TGF-β抗体)的实施方案中,所施用的抗体可以是裸抗体。所施用的免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)可以缀合细胞毒剂。优选地,所缀合的和/或它所结合的抗原由细胞内在化,导致缀合物杀伤它所结合的癌细胞的治疗功效升高。在一个优选实施方案中,细胞毒剂靶向或干扰癌细胞中的核酸。此类细胞毒剂的例子包括美登木素生物碱,加利车霉素,核糖核酸酶,和DNA内切核酸酶。
本文中描述的方法中利用的组合物可通过任何合适方法来施用,包括例如静脉内,肌肉内,皮下,皮内,经皮,动脉内,腹膜内,损害内,颅内,关节内,前列腺内,胸膜内,气管内,鞘内,鼻内,阴道内,直肠内,表面,肿瘤内,腹膜,结膜下,囊内,粘膜,心包内,脐内,眼内,眶内,口服,表面,透皮,玻璃体内(例如通过玻璃体内注射),胃肠外,通过滴眼剂,通过吸入,通过注射,通过植入,通过输注,通过连续输注,通过直接沐浴靶细胞的局部灌注,通过导管,通过灌洗,在乳剂中,或在脂质组合物中。本文中描述的方法中利用的组合物还可以系统或局部施用。施用的方法可以随多种因素(例如所施用的化合物或组合物和所治疗的疾患,疾病,或病症的严重程度)而变化。在一些实施方案中,免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)静脉内,肌肉内,皮下,表面,口服,透皮,腹膜内,眶内,通过植入,通过吸入,鞘内,心室内,或鼻内施用。在一些实施方案中,多靶向性酪氨酸激酶抑制剂口服施用。剂量给药可以通过任何合适路径,例如通过注射,诸如静脉内或皮下注射,部分取决于施用是短期的还是长期的。本文中涵盖各种剂量给药进度表,包括但不限于单次施用或多个时间点上的多次施用,推注施用,和脉冲输注。
IV.组合物和药物配制剂
在一个方面,本发明部分基于下述发现,即可使用本发明的生物标志物来鉴定可能受益于包括免疫疗法(包括但不限于PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(包括但不限于TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的具有癌症(包括但不限于膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体。在一些实施方案中,个体不太可能响应单独的免疫疗法。在另一个方面,本发明部分基于下述发现,即可使用本发明的生物标志物来监测和/或评估用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的治疗响应。这些药剂和其组合对于治疗癌症是有用的,例如作为本文中,例如上文II和III节中描述的任何方法和用途的部分。可以在本文中描述的方法和用途中使用任何合适的免疫疗法和/或遏制性基质拮抗剂。下文进一步描述适合在本发明的方法和用途中使用的非限制性例子。
A.例示性免疫疗法
可以在本发明的背景中使用任何合适的免疫疗法。免疫疗法在本领域中有描述(见例如Chen et al.Immunity 39:1-10,2013)。免疫疗法可以是激活性免疫疗法或遏制性免疫疗法。在一些实施方案中,激活性免疫疗法包括CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂。在特定实施方案中,激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)在具有癌症的患者中提高,增强,或刺激免疫应答或功能。在一些实施方案中,激动剂调控配体(例如T细胞受体配体)的表达和/或活性,和/或提高或刺激配体与它的免疫受体的相互作用,和/或提高或刺激通过配体结合免疫受体介导的细胞内信号传导。在其它实施方案中,遏制性免疫疗法包括PD-L1轴,CTLA-4,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。在特定实施方案中,拮抗剂(例如PD-L1轴,CTLA-4,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)是抑制和/或阻断配体(例如T细胞受体配体)与它的免疫受体的相互作用的药剂或是配体和/或受体表达和/或活性的拮抗剂,或是阻断通过配体(例如T细胞受体配体)与它的免疫受体介导的细胞内信号传导的药剂。在一些实施方案中,免疫疗法是免疫检查点抑制剂。免疫疗法抗体可单一地或组合地具有下文D小节的i-vii节中描述的任何特征。
B.例示性PD-L1轴结合拮抗剂
PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂,PD-L1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(编程性死亡1)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1”,“PDCD1”,“CD279”,和“SLEB2”。一种例示性人PD-1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116。PD-L1(编程性死亡配体1)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1配体1”,“PDCD1LG1”,“CD274”,“B7-H”,和“PDL1”。一种例示性人PD-L1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1。PD-L2(编程性死亡配体2)在本领域中也称作“编程性细胞死亡1配体2”,“PDCD1LG2”,“CD273”,“B7-DC”,“Btdc”,和“PDL2”。一种例示性人PD-L2显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51。在一些实施方案中,PD-1,PD-L1,和PD-L2是人PD-1,PD-L1,和PD-L2。在一些情况中,PD-L1轴结合拮抗剂可以是PD-1结合拮抗剂,PD-L1结合拮抗剂,或PD-L2结合拮抗剂。明确涵盖的是供本文中列举的任何实施方案中使用的此类PD-L1轴结合拮抗剂抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,和抗PD-L2抗体),或本文中描述的其它抗体(例如用于检测PD-L1表达水平的抗PD-L1抗体)可单一地或组合地具有下文D小节的i-vii节中描述的任何特征。
(i)PD-L1结合拮抗剂
在一些情况中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合它的配体结合配偶中的一种或多种。在其它情况中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1。在还有其它情况中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合B7-1。在一些情况中,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1和B7-1二者。PD-L1结合拮抗剂可以是但不限于抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽,或小分子。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1的小分子。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1和VISTA的小分子。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是CA-170(也称作AUPM-170)。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PDL1和TIM3的小分子。在一些实施方案中,小分子是WO2015/033301和WO2015/033299中描述的化合物。
在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。本文中涵盖和描述多种抗PD-L1抗体。在本文中的任何实施方案中,分离的抗PD-L1抗体可结合人PD-L1,例如如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中显示的人PD-L1,或其变体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1和PD-1之间的和/或PD-L1和B7-1之间的结合。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是选自由Fab,Fab’-SH,Fv,scFv,和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是嵌合或人源化抗体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是人抗体。在本发明的方法中有用的抗PD-L1抗体的例子和生成它们的方法在国际专利申请公开号WO 2010/077634和美国专利No.8,217,149中描述,通过援引将其每一篇完整收入本文。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS注册号:1422185-06-5)。也称作MPDL3280A的阿特珠单抗(Genentech)是抗PD-L1抗体。
阿特珠单抗包含:
(a)GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:63),AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)分别的HVR-H1,HVR-H2,和HVR-H3序列,和
(b)RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:66),SASFLYS(SEQ ID NO:67)和QQYLYHPAT(SEQ IDNO:68)分别的HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3序列。
阿特珠单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)重链可变区序列包含氨基酸序列:
且
(b)轻链可变区序列包含氨基酸序列:
在一些情况中,抗PD-L1抗体包含(a)包含与SEQ ID NO:69的序列具有至少95％序列同一性(例如至少95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性)的氨基酸序列或SEQ IDNO:69的序列的VH域；(b)包含与SEQ ID NO:70的序列具有至少95％序列同一性(例如至少95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性)的氨基酸序列或SEQ ID NO:70的序列的VL域；或(c)如(a)中的VH域和如(b)中的VL域。
阿特珠单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)重链包含氨基酸序列:
且
(b)轻链包含氨基酸序列:
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是阿维单抗(avelumab)(CAS注册号:1537032-82-8)。也称作MSB0010718C的阿维单抗是人单克隆IgG1抗PD-L1抗体(Merck KGaA,Pfizer)。阿维单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)重链包含氨基酸序列:
且
(b)轻链包含氨基酸序列:
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含来自SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的六种HVR序列(例如来自SEQ ID NO:73的三种重链HVR和来自SEQ ID NO:74的三种轻链HVR)。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含来自SEQ ID NO:73的重链可变域和来自SEQ ID NO:74的轻链可变域。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是度伐单抗(durvalumab)(CAS注册号:1428935-60-7)。也称作MEDI4736的度伐单抗是WO2011/066389和US2013/034559中描述的Fc优化的人单克隆IgG1κ抗PD-L1抗体(MedImmune,AstraZeneca)。度伐单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)重链包含氨基酸序列:
且
(b)轻链包含氨基酸序列:
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含来自SEQ ID NO:75和SEQ ID NO:76的六种HVR序列(例如来自SEQ ID NO:75的三种重链HVR和来自SEQ ID NO:76的三种轻链HVR)。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含来自SEQ ID NO:75的重链可变域和来自SEQ ID NO:76的轻链可变域。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是MDX-1105(Bristol Myers Squibb)。也称作BMS-936559的MDX-1105是WO2007/005874中描述的抗PD-L1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是LY3300054(Eli Lilly)。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是STI-A1014(Sorrento)。STI-A1014是人抗PD-L1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是KN035(Suzhou Alphamab)。KN035是自骆驼噬菌体展示库生成的单域抗体(dAB)。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含在受到切割(例如通过肿瘤微环境中的蛋白酶)时活化抗体抗原结合域以容许它结合它的抗原的可切割模块或接头,例如通过去除非结合位阻模块。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体是CX-072(CytomX Therapeutics)。
在一些实施方案中,抗PD-L1抗体包含来自US20160108123(转让给Novartis),WO2016/000619(申请人:Beigene),WO2012/145493(申请人:Amplimmune),US9205148(转让给MedImmune),WO2013/181634(申请人:Sorrento),和WO2016/061142(申请人:Novartis)中描述的抗PD-L1抗体的六种HVR序列(例如三种重链HVR和三种轻链HVR)和/或重链可变域和轻链可变域。
在一些情况中,抗PD-L1抗体选自由阿特珠单抗,YW243.55.S70,MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗),和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。抗体YW243.55.S70是PCT公开号WO 2010/077634中描述的抗PD-L1。对于本发明的方法有用的抗PD-L1抗体的别的例子和用于生成它们的方法在PCT公开号WO 2010/077634,WO 2007/005874,和WO 2011/066389,还有美国专利No.8,217,149,和美国公开号2013/034559中描述,通过援引将其收入本文。
在仍有又一个具体方面,抗PD-L1抗体具有降低的或最低限度的效应器功能。在仍有又一个具体方面,最低限度的效应器功能源自“效应器较小(effector-less)Fc突变”或无糖基化(aglycosylation)突变。在仍有又一个实施方案中,效应器较小Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。在一些实施方案中,分离的抗PD-L1抗体是无糖基化的。抗体的糖基化典型地或是N连接的或是O连接的。N连接的指碳水化合物模块附着至天冬酰胺残基的侧链。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸,其中X是除了脯氨酸以外的任何氨基酸,是碳水化合物模块酶促附着至天冬酰胺侧链的识别序列。如此,这些三肽序列任一在多肽中的存在创建潜在的糖基化位点。O连接的糖基化指糖N-乙酰基半乳糖胺,半乳糖,或木糖之一附着至羟基氨基酸,最常见丝氨酸或苏氨酸,尽管也可使用5-羟基脯氨酸或5-羟基赖氨酸。通过改变氨基酸序列,使得去除上文描述的三肽序列(用于N连接的糖基化位点)之一,方便地实现自抗体去除糖基化位点。可以通过将糖基化位点内的天冬酰胺,丝氨酸或苏氨酸残基用另一种氨基酸残基(例如甘氨酸,丙氨酸,或保守替代)替代来进行改变。
(ii)PD-1结合拮抗剂
在一些情况中,PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如,在一些情况中,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合它的配体结合配偶中的一种或多种。在一些情况中,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L1。在其它情况中,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L2。在还有其它情况中，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L1和PD-L2二者。PD-1结合拮抗剂可以是但不限于抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽,或小分子。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如包含与恒定区(例如免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。例如,在一些情况中,PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是AMP-224。AMP-224，也称作B7-DCIg,是WO 2010/027827和WO 2011/066342中描述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是肽或小分子化合物。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是AUNP-12(PierreFabre/Aurigene)。见例如WO2012/168944,WO2015/036927，WO2015/044900,WO2015/033303,WO2013/144704,WO2013/132317,和WO2011/161699。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1的小分子。
在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在本文中公开的方法和用途中可利用多种抗PD-1抗体。在本文中的任何实施方案中,PD-1抗体可结合人PD-1或其变体。在一些实施方案中,抗PD-1抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,抗PD-1抗体是选自由Fab,Fab’,Fab’-SH,Fv,scFv,和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中,抗PD-1抗体是嵌合或人源化抗体。在其它实施方案中,抗PD-1抗体是人抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是纳武单抗(nivolumab)(CAS注册号:946414-94-4)。也称作MDX-1106-04,MDX-1106,ONO-4538,BMS-936558,和的纳武单抗(Bristol-Myers Squibb/Ono)是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。纳武单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)重链包含氨基酸序列:
且
(b)轻链包含氨基酸序列:
在一些实施方案中,抗PD-1抗体包含来自SEQ ID NO:77和SEQ ID NO:78的六种HVR序列(例如来自SEQ ID NO:77的三种重链HVR和来自SEQ ID NO:78的三种轻链HVR)。在一些实施方案中,抗PD-1抗体包含来自SEQ ID NO:77的重链可变域和来自SEQ ID NO:78的轻链可变域。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是派姆单抗(pembrolizumab)(CAS注册号:1374853-91-4)。也称作MK-3475,Merck 3475,兰姆单抗(lambrolizumab),SCH-900475,和的派姆单抗(Merck)是WO2009/114335中描述的抗PD-1抗体。派姆单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)重链包含氨基酸序列:
且
(b)轻链包含氨基酸序列:
在一些实施方案中,抗PD-1抗体包含来自SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80的六种HVR序列(例如来自SEQ ID NO:79的三种重链HVR和来自SEQ ID NO:80的三种轻链HVR)。在一些实施方案中,抗PD-1抗体包含来自SEQ ID NO:79的重链可变域和来自SEQ ID NO:80的轻链可变域。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是MEDI-0680(AMP-514；AstraZeneca)。MEDI-0680是人源化IgG4抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是PDR001(CAS注册号1859072-53-9；Novartis)。PDR001是阻断PD-L1和PD-L2结合PD-1的人源化IgG4抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是REGN2810(Regeneron)。REGN2810是人抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是BGB-108(BeiGene)。在一些实施方案中,抗PD-1抗体是BGB-A317(BeiGene)。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是JS-001(Shanghai Junshi)。JS-001是人源化抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是STI-A1110(Sorrento)。STI-A1110是人抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是INCSHR-1210(Incyte)。INCSHR-1210是人IgG4抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体is PF-06801591(Pfizer)。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是TSR-042(也称作ANB011；Tesaro/AnaptysBio)。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是AM0001(ARMO Biosciences)。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是ENUM 244C8(Enumeral BiomedicalHoldings)。ENUM 244C8是抑制PD-1功能但不阻断PD-L1结合PD-1的抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体是ENUM 388D4(Enumeral BiomedicalHoldings)。ENUM 388D4是竞争性抑制PD-L1结合PD-1的抗PD-1抗体。
在一些实施方案中,抗PD-1抗体包含来自WO2015/112800(申请人:Regeneron),WO2015/112805(申请人:Regeneron),WO2015/112900(申请人:Novartis),US20150210769(转让给Novartis),WO2016/089873(申请人:Celgene),WO2015/035606(申请人:Beigene),WO2015/085847(申请人:Shanghai Hengrui Pharmaceutical/Jiangsu HengruiMedicine),WO2014/206107(申请人:Shanghai Junshi Biosciences/JunmengBiosciences),WO2012/145493(申请人:Amplimmune),US9205148(转让给MedImmune),WO2015/119930(申请人:Pfizer/Merck),WO2015/119923(申请人:Pfizer/Merck),WO2016/032927(申请人:Pfizer/Merck),WO2014/179664(申请人:AnaptysBio),WO2016/106160(申请人:Enumeral),和WO2014/194302(申请人:Sorrento)中描述的抗PD-1抗体的六种HVR序列(例如三种重链HVR和三种轻链HVR)和/或重链可变域和轻链可变域。
在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-1抗体,其包含重链可变区和/或轻链可变区,重链可变区包含来自SEQ ID NO:61的重链可变区氨基酸序列,轻链可变区包含来自SEQ ID NO:62的轻链可变区氨基酸序列。
在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-1抗体,其包含重链和/或轻链序列,其中:
(a)重链序列与下述重链序列具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性:
且/>
(b)轻链序列与下述轻链序列具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％，至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性:
在仍有又一个具体方面,抗PD-1抗体具有降低的或最低限度的效应器功能。在仍有又一个具体方面，最低限度的效应器功能源自“效应器较小(effector-less)Fc突变”或无糖基化(aglycosylation)突变。在仍有又一个实施方案中,效应器较小Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。在一些实施方案中,分离的抗PD-1抗体是无糖基化的。通过改变氨基酸序列,使得去除上文描述的三肽序列(用于N连接的糖基化位点)之一,方便地实现自抗体去除糖基化位点。可以通过将糖基化位点内的天冬酰胺,丝氨酸或苏氨酸残基用另一种氨基酸残基(例如甘氨酸,丙氨酸,或保守替代)替代来进行改变。
(iii)PD-L2结合拮抗剂
在一些实施方案中,PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2结合它的配体结合配偶的分子。在一个具体的方面,PD-L2结合配体配偶是PD-1。PD-L2结合拮抗剂可以是但不限于抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白，寡肽,或小分子。
在一些实施方案中,PD-L2结合拮抗剂是抗PD-L2抗体。在本文中的任何实施方案中,抗PD-L2抗体可结合人PD-L2或其变体。在一些实施方案中,抗PD-L2抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,抗PD-L2抗体是选自由Fab,Fab’,Fab’-SH,Fv,scFv,和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中,抗PD-L2抗体是嵌合或人源化抗体。在其它实施方案中,抗PD-L2抗体是人抗体。在仍有又一个具体方面,抗PD-L2抗体具有降低的或最低限度的效应器功能。在仍有又一个具体方面,最低限度的效应器功能源自“效应器较小(effector-less)Fc突变”或无糖基化(aglycosylation)突变。在仍有又一个实施方案中,效应器较小Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。在一些实施方案中,分离的抗PD-L2抗体是无糖基化的。
C.例示性遏制性基质拮抗剂
可以在本发明的背景中使用任何合适的遏制性基质拮抗剂。基质基因拮抗剂的靶物是本领域已知的；例如见Turley et al.,Nature Reviews Immunology15:669-682,2015和Rosenbloom et al.,Biochimica et Biophysica Acta1832:1088-1103,2013。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向TGF-β(例如TGF-β1和TGF-β2)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向表面糖蛋白,包括但不限于内皮糖蛋白(CD105),3G5抗原,FAP,CSPG4(NG2),和/或足突细胞膜粘蛋白(GP38)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向粘附分子,包括但不限于PECAM(CD31),VCAM(CD106),ICAM1(CD54),THY1(CD90)和/或β1整联蛋白(CD29)。在一些实施方案中，遏制性基质拮抗剂靶向生长因子受体,包括但不限于VEGFR1(FLT1),VEGFR2(KDR)，VEGFR3(FLT4),PDGFRα(CD140α),和/或PDGFRβ(CD140β)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向细胞内结构蛋白,包括但不限于波形蛋白,αSMA(ACTA2)和/或结蛋白。遏制性基质拮抗剂的其它靶物包括但不限于5NT(CD73或NT5E)RGS3,内皮唾液酸蛋白(CD248),和FSP1(S100A4)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向癌症相关成纤维细胞相关多肽。癌症相关成纤维细胞相关多肽的例子包括但不限于内皮糖蛋白(CD105),FAP,足突细胞膜粘蛋白(podopalin),VCAM1,THY1,β1整联蛋白,PDGFRα,PDGFRβ,波形蛋白,αSMA,结蛋白,内皮唾液酸蛋白,和/或FSP1。
在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向TGF-β表达和激活。例子包括吡非尼酮,αvβ6抗体,ATI和ATII受体阻断剂,ACE抑制剂,CAT-192(抗TGF-β1单克隆AB),和窖蛋白支架域(CSD)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向TGF-β信号传导途径,包括规范信号传导途径TBR1(例示性抑制剂是SM305)和SMAD3(例示性抑制剂是SIS3)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向TGF-β信号传导途径,包括非规范信号传导途径,包括c-Abl(例示性抑制剂是甲磺酸伊马替尼),PDGFR(例示性抑制剂是达沙替尼),c-kit(例示性抑制剂是尼罗替尼),和PKC-δ(例示性抑制剂包括小特异性多肽和卡马拉素衍生物)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向CTGF(例示性抑制剂包括单克隆CTGF抗体)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向对纤维细胞归巢的抑制,包括CXCL12(例示性抑制剂包括CXCL12抗体),CXCR4(例示性抑制剂包括AMD3100),和CCR2(例示性抑制剂包括PF-04136309)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向Src(例示性抑制剂包括达沙替尼和SU6656)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向VEGFR(例示性抑制剂包括尼达尼布和BIBF1120)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向FGFR(例示性抑制剂包括索拉非尼)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向IL-13(例示性抑制剂包括针对IL-13的人源化单克隆抗体)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向IL-6受体(例示性抑制剂包括托珠单抗)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向TLR(例示性抑制剂包括TLR抑制剂E5564,TAK-242)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向Nox4(ROS)(例示性抑制剂包括GKT136901)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂靶向ET-1(例示性抑制剂包括波生坦和其它ET受体阻断剂)。在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂是TGF-β,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,足突细胞膜粘蛋白(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248),或FSP1(S100A4)拮抗剂。
在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂是吡非尼酮(perfenidone),加鲁色替(galunisertib),达沙替尼(dasetininb),尼达尼布(nintedanib),尼罗替尼(nilotinib),卡马拉素(rottlerin)和衍生物,或索拉非尼(sorafenib)。
在一些实施方案中,遏制性基质拮抗剂是TGF-β拮抗剂。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂抑制TGF-β结合它的配体结合配偶。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂抑制TGF-β结合TGF-β的细胞受体。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂抑制TGF-β的激活。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂靶向TGF-β1。在一些实施方案中，TGF-β拮抗剂靶向TGF-β2。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂靶向TGF-β3。在一些实施方案中，TGF-β拮抗剂靶向TGF-β受体1。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂靶向TGF-β1,TGF-β2,或TGF-β3中一种或多种。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂靶向TGF-β受体2。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂靶向TGF-β受体3。在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂靶向TGF-β受体1,TGF-β受体2,或TGF-β受体3中一种或多种。
在一些实施方案中,TGF-β拮抗剂是抗TGF-β抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体能够抑制抗TGF-β和一种或多种它的配体之间的结合。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体能够抑制TGF-β的激活。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是选自由Fab,Fab′-SH,Fv,scFv,和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是人源化抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是人抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体抑制TGF-β1,TGF-β2,和/或TGF-β3。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体抑制TGF-β1,TGF-β2,和TGF-β3。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体是泛特异性抗TGF-β抗体。在一些实施方案中,抗TGF-β抗体可以是例如,美国专利No.5,571,714中或国际专利申请No.WO92/00330,WO 92/08480,WO 95/26203,WO 97/13844,WO 00/066631,WO 05/097832,WO 06/086469,WO 05/010049,WO 06/116002,WO 07/076391,WO 12/167143,WO13/134365,WO 14/164709,或WO 16/201282中公开的任何抗TGF-β抗体,通过援引将其每一篇完整收入本文。在特定实施方案中,抗TGF-β抗体是夫苏木单抗(fresolimumab),美替木单抗(metelimumab),乐德木单抗(lerdelimumab),1D11,2G7,或其衍生物。明确涵盖的是供上文列举的任何实施方案中使用的此类遏制性基质拮抗剂抗体(例如抗TGF-β抗体)可单一地或组合地具有下文D小节的i-vii节中描述的任何特征。。
在一些实施方案中,用遏制性基质拮抗剂的治疗容许组织中升高的免疫细胞浸润。不受理论束缚,遏制性基质拮抗剂调控靶组织中的基质以推动免疫细胞浸润至靶组织。例如,用遏制性基质拮抗剂处理表达本文中描述的生物标志物的纤维化肿瘤调控肿瘤中和周围的基质以容许免疫细胞(例如受到免疫疗法调控的)浸润至肿瘤。在一些实施方案中,升高的免疫细胞浸润是升高的T细胞,B细胞,巨噬细胞,或树突细胞中一种或多种的浸润。在一些实施方案中,T细胞是CD8+T细胞和/或Teff细胞。在一些实施方案中,个体在用遏制性基质拮抗剂治疗前对免疫疗法有抗性。在一些实施方案中,个体早就已经施用单一疗法免疫疗法。
D.抗体
i.抗体亲和力
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,或抗TGF-β抗体)具有≤1μM,≤100nM,≤10nM,≤1nM,≤0.1nM,≤0.01nM,或≤0.001nM的解离常数(Kd)(例如10-8M或更少,例如10-8M至10-13M,例如,10-9M至10-13M)。
在一个实施方案中,Kd是通过放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的。在一个实施方案中,用Fab型式的感兴趣抗体及其抗原实施RIA。例如,通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab,然后用抗Fab抗体包被板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了建立测定法的条件,将多孔板(Thermo Scientific)用50mM碳酸钠(pH 9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜,随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中,将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中抗VEGF抗体,Fab-12的评估一致)混合。然后将感兴趣的Fab温育过夜；然而,温育可持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后,将混合物转移至捕捉板,于室温温育(例如1小时)。然后除去溶液,并用PBS中的0.1％聚山梨酯20/>洗板8次。平板干燥后,加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard),然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一个实施方案,Kd是使用表面等离振子共振测定法测量的。例如,于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)使用/>-2000或-3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)实施测定法。在一个实施方案中,依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM),然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后,注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量,于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(/>Evaluation Software version 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法,结合速率超过106M-1S-1,那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定,即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量,在存在浓度渐增的抗原的情况中,测量PBSpH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm,16nm带通)的升高或降低。
ii.抗体片段
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,或抗TGF-β抗体)是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab,Fab’,Fab’-SH,F(ab’)2,Fv,和scFv片段,及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述,见Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述,见例如Pluckthün,于The Pharmacology of MonoclonalAntibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)。还可见WO 93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基,并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论,见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段,其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中,单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516B1)。
可以通过多种技术,包括但不限于依照已知方法对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段。
iii.嵌合和人源化抗体
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,或抗TGF-β抗体)是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中,嵌合抗体包含非人可变区(例如,自小鼠,大鼠,仓鼠,家兔,或非人灵长类,诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中,嵌合抗体是“类转换的”抗体,其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中,嵌合抗体是人源化抗体。通常,将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性,同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地,人源化抗体包含一个或多个可变域,其中HVR,例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生,而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地,人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中,将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代,例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008),并且进一步记载于例如Riechmann等,Nature 332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Kashmiri等,Methods 36:25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；Osbourn等,Methods 36:61-68(2005)；及Klimka等,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于:使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等,J.Immunol.151:2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；及Presta等,J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
iv.人抗体
在某些实施方案中,本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,或抗TGF-β抗体)是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地,人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)及Lonberg，Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg，Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429,其描述了技术；美国专利No.7,041,870,其描述了K-M/>技术,和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900,其描述了/>技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York，1987)；及Boerner等,J.Immunol.,147:86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Histologyand Histopathology,20(3):927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后,可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
v.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,或抗TGF-β抗体)。例如,用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等,于Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001),并且进一步记载于例如McCafferty等,Nature 348:552-554(1990)；Clackson等,Nature 352:624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,于Methods in Molecular Biology 248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；及Lee等,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中,将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆,并在噬菌体文库中随机重组,然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体,如记载于Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体,而不需要构建杂交瘤。或者,可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和自身抗原的抗体的单一来源,如由Griffiths等,EMBO J,12:725-734(1993)描述的。最后,也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段,并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库,如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如:美国专利No.5,750,373,和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
vi.多特异性抗体
在任一上述方面,本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,或抗TGF-β抗体)可以是多特异性抗体,例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中,本文中提供的抗体是多特异性抗体,例如双特异性抗体。在某些实施方案中,结合特异性之一针对PD-L1,而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中,结合特异性之一针对TGF-β,而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中,双特异性抗体可以结合PD-L1的两个不同表位。在某些实施方案中,双特异性抗体可以结合TGF-β的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达PD-L1或TGF-β的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983)),WO 93/08829,和Traunecker等,EMBO J.10:3655(1991)),和“节-入-穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(参见WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA，90:6444-6448(1993))；使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等,J.Immunol.147:60(1991)中所描述的,制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体,包括“章鱼抗体”(见例如US2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段包括包含结合PD-L1和另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”。本文中的抗体或片段还包括包含结合VEGF及另一种不同抗原的抗原结合位点的DAF。
vii.抗体变体
在某些实施方案中,涵盖抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,和抗TGF-β抗体)的氨基酸序列变体。例如,可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中,或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除,和/或插入和/或替代。可以进行删除,插入,和替代的任何组合以得到最终的构建体,只要最终的构建体拥有期望的特征,例如,抗原结合。
a.替代,插入,和删除变体
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表6中在“优选的替代”的标题下显示。更实质的变化在表6中在“例示性替代”的标题下提供,并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中,并且对产物筛选期望的活性,例如保留/改善的抗原结合,降低的免疫原性,或改善的ADCC或CDC。
表6:例示性和优选的氨基酸替代
依照共同的侧链特性,氨基酸可以如下分组:
(1)疏水性的:正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性,亲水性的:Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的:Asp,Glu；
(4)碱性的:His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基:Gly,Pro；
(6)芳香族的:Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一类别的。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地,为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力和/或降低的免疫原性)和/或会实质性保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体,其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之,将一个或多个HVR残基突变,并将变体抗体在噬菌体上展示,并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如,替代),例如以改善抗体亲和力。可以对HVR“热点”,即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008)),和/或接触抗原的残基做出此类变化,其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经记载于例如Hoogenboom等,Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,HumanPress,Totowa,NJ,(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中,通过多种方法(例如,易错PCR,链改组,或寡核苷酸指导的诱变)任一将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后,创建次级文库。然后,筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法,其中将几个HVR残基(例如,一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定牵涉抗原结合的HVR残基。特别地,经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中,可以在一个或多个HVR内发生替代,插入,或删除,只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如,可以对HVR做出保守变化(例如,保守替代,如本文中提供的),其不实质性降低结合亲和力。例如,此类变化可以在HVR中的抗原接触残基以外。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中,每个HVR或是未改变的,或是含有不超过1,2或3处氨基酸替代。
一种可用于鉴定抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”,如由Cunningham和Wells,Science,244:1081-1085(1989)所描述的。在此方法中,将残基或靶残基的组(例如,带电荷的残基诸如Arg,Asp,His,Lys,和Glu)鉴定,并用中性或带负电荷的氨基酸(例如,丙氨酸或多丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的替代。或者/另外,利用抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点。作为替代的候选,可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合,及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
b.糖基化变体
在某些实施方案中,可以改变本发明的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列,使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对本发明的抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中,可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的,双触角寡糖,其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等,TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物,例如,甘露糖,N-乙酰葡糖胺(GlcNAc),半乳糖,和唾液酸,以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中,可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体,其具有缺乏(直接或间接)附着于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如,此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％,1％至65％,5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如,复合的,杂合的和高甘露糖的结构)的总和,计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量,如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的EU编号方式)的天冬酰胺残基；然而,Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸,即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US 2003/0157108和US 2004/0093621。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括:US2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等,J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；及Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13 CHO细胞(Ripka等,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108 A1；及WO 2004/056312 A1,尤其在实施例11),和敲除细胞系,诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；及WO 2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体,例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878；美国专利No.6,602,684；及US 2005/0123546。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087；WO 1998/58964；及WO 1999/22764。
c.Fc区变体
在某些实施方案中,可以将一处或多处氨基酸修饰引入本发明的抗体的Fc区中,由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如,人IgG1,IgG2,IgG3或IgG4 Fc区)。
在某些实施方案中,本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体,所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物,其中抗体的体内半衰期是重要的,而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如,可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性),但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII,而单核细胞表达FcγRI,FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom,I.等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；美国专利No.5,821,337；Bruggemann,M.等,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。或者,可以采用非放射性测定方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA；和CYTOTOX非放射性细胞毒性测定法(Promega，Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中,诸如披露于Clynes等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q,并且因此缺乏CDC活性。见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活,可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg等,Blood 101:1045-1052(2003)；及Cragg等,Blood 103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova等,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265,269,270,297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体,包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581和8,219,149)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312,及Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中,抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代,例如Fc区的位置298,333,和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中,对Fc区做出改变,其导致改变的(即,改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC),例如,如记载于美国专利No.6,194,551,WO 99/51642,及Idusogie等,J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于美国公开文本No.2005/0014934A1,新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代,例如,Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351,其关注Fc区变体的其它例子。
d.经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中,可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体,例如,“thioMAb”,其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在特定的实施方案中,替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基,反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点,并且可以用于将抗体与其它模块,诸如药物模块或接头-药物模块缀合,以创建免疫缀合物,如本文中进一步描述的。在某些实施方案中,可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个:轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
e.抗体衍生物
在某些实施方案中,可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG),乙二醇/丙二醇共聚物,羧甲基纤维素,右旋糖苷,聚乙烯醇,聚乙烯吡咯烷酮,聚-1,3-二氧戊环,聚-1,3,6-三噁烷,乙烯/马来酸酐共聚物,聚氨基酸(均聚物或随机共聚物),和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇,丙二醇均聚物,环氧丙烷/环氧乙烷共聚物,聚氧乙烯化多元醇(例如甘油),聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性,聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量,而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化,而且如果附着了超过一个聚合物,那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言,可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型,包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能,抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中,提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中,非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的,并且包括但不限于对普通细胞没有损害,但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
f.免疫缀合物
本发明还提供了包含与一种或多种细胞毒剂,诸如化疗剂或药物,生长抑制剂,毒素(例如蛋白质毒素,细菌,真菌,植物或动物起源的酶活性毒素,或其片段),或放射性同位素缀合的本文中的抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,或抗TGF-β抗体)的免疫缀合物。
在一个实施方案中,免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC),其中抗体与一种或多种药物缀合,包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020,5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235 B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483,5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；Hinman等,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；及Lode等,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel),帕利他赛,larotaxel,tesetaxel,和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中,免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体,所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链,白喉毒素的非结合活性片段,外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)),蓖麻毒蛋白(ricin)A链,相思豆毒蛋白(abrin)A链,蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链,α-帚曲霉素(sarcin),油桐(Aleuritesfordii)毒蛋白,香石竹(dianthin)毒蛋白,美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI,PAPII和PAP-S),苦瓜(Momordica charantia)抑制物,麻疯树毒蛋白(curcin)，巴豆毒蛋白(crotin),肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂，白树毒蛋白(gelonin),丝林霉素(mitogellin)，局限曲菌素(restrictocin)，酚霉素(phenomycin)，依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(tricothecenes)。
在另一个实施方案中,免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211，I131,I125,Y90,Re186，Re188，Sm153,Bi212,P32,Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时,它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子,例如tc99m或I123,或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像,MRI)用的自旋标记物,诸如再一次的碘-123,碘-131,铟-111，氟-19,碳-13,氮-15,氧-17,钆,锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物,诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP),琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC),亚氨基硫烷(IT),亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯),活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯),醛类(诸如戊二醛),双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)，双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺),二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯),和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2，4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如,可以如Vitetta等,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如,可使用酸不稳定接头,肽酶敏感性接头,光不稳定接头,二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等,Cancer Res 52:127-131(1992)；及美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖,但不限于用交联试剂制备的此类缀合物,所述交联试剂包括但不限于BMPS,EMCS,GMBS,HBVS,LC-SMCC,MBS,MPBH,SBAP,SIA,SIAB,SMCC,SMPB,SMPH,sulfo-EMCS,sulfo-GMBS,sulfo-KMUS,sulfo-MBS,sulfo-SIAB,sulfo-SMCC,sulfo-SMPB,和SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯),它们是商品化的(例如,来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
D.药物配制剂
以冻干配制剂或水溶液的形式通过混合具有期望程度的纯度的治疗剂与任选的药学可接受载剂,赋形剂,或稳定剂来制备依照本发明使用的治疗剂,例如免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,诸如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,诸如抗TGF-β抗体)的治疗配制剂供贮存。关于配制剂的一般信息参见例如Gilman et al.(eds.)The Pharmacological Bases of Therapeutics,8th Ed.,PergamonPress,1990；A.Gennaro(ed.),Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th Edition,Mack Publishing Co.,Pennsylvania,1990；Avis et al.(eds.)Pharmaceutical DosageForms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993；Lieberman et al.(eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman et al.(eds.),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；及Walters(ed.)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and thePharmaceutical Sciences),Vol 119,Marcel Dekker,2002。
可接受载剂,赋形剂,或稳定剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的,而且包括缓冲剂,诸如磷酸盐,柠檬酸盐,和其它有机酸；抗氧化剂,包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵；苄索氯铵；酚,丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯,诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白,明胶，或免疫球蛋白；亲水性聚合物,诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸,诸如甘氨酸,谷氨酰胺,天冬酰胺,组氨酸,精氨酸,或赖氨酸；单糖，二糖,和其它碳水化合物,包括葡萄糖,甘露糖,或糊精；螯合剂,诸如EDTA；糖，诸如蔗糖,甘露醇,海藻糖或山梨醇；成盐反荷离子,诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂,诸如TWEENTM,PLURONICSTM,或聚乙二醇(PEG)。
本文中的配制剂还可含有多于一种活性化合物,优选活性互补且彼此没有不利影响的那些。此类药物的类型和有效量取决于例如配制剂中存在的治疗剂的量和类型,和患者的临床参数。
活性组分还可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊),在胶状药物投递系统中(例如脂质体,清蛋白微球体,微乳剂,纳米颗粒和纳米胶囊)或在粗滴乳状液中。此类技术披露于Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.,1980。
可制备持久释放制剂。持久释放制剂的合适例子包括含有治疗剂的固体疏水性聚合物的半透性基质,基质为成形制品形式,例如膜或微胶囊。持久释放基质的例子包括聚酯,水凝胶(例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯),或聚(乙烯醇)),聚交酯(美国专利No.3,773,919),L-谷氨酸和L-谷氨酸γ-乙酯的共聚物，不可降解的乙烯-乙酸乙烯,可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球体),和聚-D-(-)-3-羟基丁酸。
用于体内施用的配制剂必须是无菌的。这容易通过穿过无菌滤膜过滤来实现。
III.制品和试剂盒
在本发明的另一个方面,提供了装有对于治疗,预防,诊断,和/或监测个体有用的材料的试剂盒或制品。
在一些情况中,可使用此类试剂盒或制品来鉴定可能受益于包括免疫疗法(包括但不限于PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(包括但不限于TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的具有癌症(包括但不限于膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体。此类制品或试剂盒可包括(a)用于测定来自个体的样品中表1中所列一种或更多种基因或其任何组合(例如表2-5任一中所列任何组合)的表达水平的试剂,和(b)关于使用试剂来鉴定可能受益于用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体的说明书。在另外的方面,制品或试剂盒可包括(a)用于测定来自个体的样品中表1中所列一种或更多种基因或其任何组合(例如表2-5任一中所列任何组合)的表达水平的试剂,和(b)关于使用试剂来监测和/或评估具有癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌)的个体对用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和/或遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的响应的说明书。
描述的任何试剂盒或制品可包括装载装置,装载装置被分成小格以接纳紧密排列的一个或多个容器装置,诸如管形瓶,管，等,每个容器装置装有要在方法中使用的不同要件之一。在制品或试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸的情况中，试剂盒还可具有装有用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或装有报告手段(诸如酶,荧光,或放射性同位素标记物)的容器。
在一些情况中，制品或试剂盒包括上文描述的容器和一个或多个其它容器,其中装有从商业和使用者立场看想要的材料,包括缓冲剂,稀释剂，滤器,针头，注射器,和印有关于使用的用法说明书的包装插页。容器上可存在标签,指示组合物用于具体的应用,而且还可指示关于体内或体外使用的用法说明书,诸如上文所描述的那些。例如,制品或试剂盒可进一步包括装有药学可接受缓冲液,诸如抑菌性注射用水(BWFI)，磷酸盐缓冲盐水,Ringer氏溶液,和右旋糖溶液的容器。
本文中描述的试剂盒或制品可具有许多实施方案。在一种情况中,试剂盒或制品包括容器,所述容器上的标签,和装在所述容器内的组合物,其中组合物包括一种或多种在严格条件下与本文中所列基因(例如表1中所列基因,或表2-5中所列任何基因组合)的互补物杂交的多核苷酸,且所述容器上的标签指示组合物可用于评估样品中本文中所列基因(例如表1中所列基因,或表2-5中所列任何基因组合)的存在,且其中试剂盒包括说明书,其关于使用多核苷酸来评估特定样品类型中基因RNA或DNA的存在。
对于基于寡核苷酸的制品或试剂盒,制品或试剂盒可包括例如:(1)寡核苷酸，例如可检测标记的寡核苷酸,其与编码蛋白质的核酸序列杂交,或(2)一对引物,其可用于扩增核酸分子。制品或试剂盒还可包括例如缓冲剂,防腐剂,或蛋白质稳定剂。制品或试剂盒可进一步包括检测可检测标记物所必需的成分(例如酶或底物)。制品或试剂盒还可装有对照样品或一系列对照样品，其能被测定并与测试样品比较。制品或试剂盒的每种构件可以封装在单独的容器内,而且各个容器都可与用法说明书(用于解读使用试剂盒实施的测定法的结果)一起在单个包装内。
本文中提供的是一种用于鉴定可能受益于用包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的试剂盒,试剂盒包括:(a)用于测定来自个体的样品中表1中所列一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7，8,9,10,11,12,13,14，15,16,17,18,19,20，21,或22种)基因的表达水平的试剂；和,任选地,(b)关于使用试剂来鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的说明书。
在另一个例子中,本文中提供的是一种用于监测和/或评估具有癌症的个体对用抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的治疗的响应的试剂盒,试剂盒包括:(a)用于测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,或22种)表1中所列基因的表达水平的试剂；和,任选地,(b)关于使用试剂来监测和/或评估具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的说明书。
例如，本文中提供的是一种用于鉴定可能受益于用抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂，例如抗TGF-β抗体)的治疗的具有癌症的个体的试剂盒,试剂盒包括:(a)用于测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3，4,5，或6种)下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；和,任选地,(b)关于使用试剂来鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的说明书。
在还有另一个例子,本文中提供的是一种用于监测和/或评估具有癌症的个体对用抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的治疗的响应的试剂盒,试剂盒包括:(a)用于测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；和,任选地,(b)关于使用试剂来监测和/或评估具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的说明书。
在任何前述实施方案中,试剂盒可以包括用于测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种(例如1,2,3,4,5,或6种)的表达水平的试剂。在一些实施方案中,试剂盒包括用于测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,试剂盒包括用于包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中两种,例如表2中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,试剂盒包括用于包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中三种,例如表3中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,试剂盒包括用于包括测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2中四种,例如表4中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中，试剂盒包括用于包括测定ACTA2,ADAM19，COMP,CTGF,TGFB1，和TGFBR2中五种,例如表5中显示的任何例示性组合的表达水平的试剂。在一些实施方案中,试剂盒包括用于测定ACTA2，ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平的试剂。
在任何前述方法中,试剂盒可以包括用于测定TGFB1和/或TGFBR2的表达水平的试剂。在任何前述方法中,试剂盒可以包括用于测定TGFB1和TGFBR2的表达水平的试剂。
在任何前述试剂盒的一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。在一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19。在其它实施方案中,一种或多种基因包括COMP。在仍有又一些实施方案中,一种或多种基因包括ADAM19和COMP。
例如,本文中提供的是一种用于鉴定可能受益于用抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的治疗的具有癌症的个体的试剂盒,试剂盒包括:(a)用于测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；和,任选地,(b)关于使用试剂来鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的说明书。
在还有另一个例子中,本文中提供的是一种用于监测和/或评估具有癌症的个体对用抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,例如抗TGF-β抗体)的治疗的响应的试剂盒,试剂盒包括:(a)用于测定来自个体的样品中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)下述基因的表达水平的试剂:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1；和,任选地,(b)关于使用试剂来监测和/或评估具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的说明书。
在任何前述方法中,试剂盒可以包括用于测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,或19种)的表达水平的试剂。在一些实施方案中,试剂盒包括用于测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平的试剂。在一些实施方案中,试剂盒包括用于测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3，HSPB1，IGFBP3，PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A，TAGLN，TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平的试剂。
在任何前述试剂盒的一些实施方案中,一种或多种基因至少包括ADAM19,ACTG2,CNN1，CTPS1，FAM101B，FSTL3，HSPB1，IGFBP3，PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN，TGFBI,TNS1,或TPM1中一种或多种(例如1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,或15种)。
VI.实施例
下面是本发明的方法的实施例。理解的是,鉴于上文提供的一般性描述,可以实施各种其它实施方案。提供下面的实施例作为例示而非作为限制。
材料和方法
A.研究设计,患者队列，PD-L1测试，响应评估
自IMvigor210收集用于这项分析的样品,其是一项在转移性尿路上皮癌(mUC)患者中调查阿特珠单抗(1200mg每3周(q3w))的单臂II期研究(临床试验标识符:NCT02108652)。试验的主要终点是实现超过10％的部分响应(PR)率(实体瘤响应评估标准(RECIST)v1.1)。先前基于铂的化疗失败的患者或对基于铂的化疗不适格的先前未治疗的患者是适格的。先前治疗的和未治疗的群体均达到了主要终点。对于所有患者要求在研究进入前2年取得肿瘤组织。最初将组织用于PD-L1分析(SP142抗体，使用Ventana平台)。PD-L1阳性定义为多于5％的细胞在肿瘤组织的免疫成分中染色。另外的组织用于探索性分析。所有患者在基线时具有可测量的疾病，便于响应评估。使用RECIST v1.1来评估对疗法的响应。每6周实施横截面成像。所有患者给出对于这项分析适宜的伦理批准。
B.PD-L1免疫组织化学(LHC)
PD-L1 IHC先前已经描述于Powles et al.Nature 515:558-562,2014。简言之,自存档的石蜡包埋组织收集筛选前活检。要求患者在研究进入前将组织送至中心实验室。在筛选时加工样品。前瞻性地通过免疫组织化学使用专有的诊断性抗人PD-L1单克隆抗体(SP142)将FFPE肿瘤组织针对PD-L1染色。针对包括巨噬细胞,树突细胞,和淋巴细胞在内的肿瘤浸润性免疫细胞上的PD-L1表达对样品打分。如果<1％,≥1％但<5％,≥5％但<10％,或≥10％的肿瘤浸润性免疫细胞呈PD-L1阳性的话,分别将标本打分为免疫组织化学IC 0,1,2,或3。具有来自不同时间点或样品的多份标本的患者的PD-L1得分基于最高得分。这种测定法以IC1和IC2截留验证了临床试验中的调查用途。进行肿瘤细胞(TC)上的PD-L1表达的一项探索性分析。如果<1％,≥1％但<5％,≥5％但<50％,或≥50％的肿瘤细胞呈PD-L1阳性的话,分别将标本打分为免疫组织化学TC0,TC1,TC2,或TC3。
C.核酸样品制备
通过审查H&E染色的载片确认每个病例的病理学诊断,而且所有前行至核酸提取的样品均含有最少20％肿瘤细胞。由病理学家标记H&E图像进行宏观解剖。然后自宏观解剖切片提取RNA(高纯FFPET RNA分离试剂盒,Roche)和DNA (DNA FFPE组织试剂盒,Qiagen)。
图5显示具有已知的PD-L1 IC状态和至少这里分析的其它分子数据点之一(全外显子组测序,基于FMOne的突变概况分析,RNA测序,和癌症免疫表型分型)的功效可评估患者的数目。表7提供生物标志物可评估患者(BEP)群体的人口统计学详情。选择生成RNA测序数据的患者作为代表性BEP,并与意图治疗(ITT)群体相比列出关键临床协变量的分布；只评估功效可评估患者。给出患者的数目以及百分比(在括弧中)二者。BCG:卡介苗,ECOG:东部肿瘤学合作组。
表7:ITT和BEP群体的人口统计学
D.突变概况分析(全外显子组测序(WES)和(FMOne)小组)
为250名患者生成WES数据,在2500/>测序仪上使用Agilent/>v5(51MB)试剂盒对自肿瘤以及外周血单个核细胞提取的DNA测序。使用‘2013-10-10’版GSNAP(Wu et al.Bioinformatics 26:873-881,2010；Wu etal.Methods Mol.Biol.1418:283-334,2016)将FASTQ格式读数与人参照基因组(NCBIBuild 38)比对(参数:′-M 2 -n 10 -B 2 -i 1--pairmax-dna＝1000--terminal-threshold＝1000--gmap-mode＝none--clip-overlap′)。使用PicardTools标记所得BAM文件中的重复读数,并使用GATK IndelRealigner工具再比对插入删除。
使用Lofreq v2.1.2(Wilm et al.Nucleic Acids Res.40:11189-11201,2012)和Strelka(Saunders et al.Bioinformatics 28:1811-1817,2012)调用(call)的联合来调用体细胞变体。使用“lofreq indelqual-dindel”将插入删除质量指派给比对,并使用“lofreq somatic”及“--call-indels”选项调用体细胞突变。使用Strelka提供的配置文件“strelka_config_bwa_default.ini”调用基于Strelka的体细胞突变,唯一的修改是设置“isSkipDepthFilters＝1”代替“isSkipDepthFilters＝0”。在基于Refseq的基因模型上使用Ensembl Variant Effect Predictor(McLaren et al.Genome Biol.17:122,2016)对体细胞突变注释对转录物的影响。
为了鉴定表达的突变,使用来自R package VariantTools的tallyVariants功能(Lawrence et al.VariantTools:Tools for Working with Genetic VariantsVersion1.12.0)对RNAseq比对记录(tally)在外显子组数据中鉴定的体细胞突变。基于通过NetMHCcons(Karosiene et al.Immunogenetics 64:177-186,2012)预测的最小IC50值,在鉴定受试者的HLA基因型和在所有HLA等位基因和含有突变的8-11聚物肽间指派最佳HLA新表位对后预测每种突变的新抗原潜力。使用Polysolver(Shukla etal.Nat.Biotech.33:1152-1158,2015)对来自外周血单个核细胞(PBMC)的全外显子组数据进行HLA基因型分型。
另外,自来自293名患者的FFPE 10微米切片提取DNA并提交临床实验室改进修正案(CLIA)认证的,纽约州认可的,且美国病理学家学院(CAP)认可的实验室(FoundationMedicine,Cambridge,MA)进行基于靶向性下一代测序(NGS)的基因组概况分析。衔接头连接的DNA经历针对395种癌症相关基因的所有编码外显子加来自在癌症中频繁重排的31种基因的选择内含子的杂合捕捉(FMOne小组)。
在2500上使用Agilent />v5试剂盒以51Mb对捕获的文库测序至>500x(DNA)或～3M独特读数(RNA)的中值外显子覆盖深度,并对所得序列分析碱基替代,小插入和删除,拷贝数改变(局灶性扩增和纯合删除),和基因融合/重排,如先前描述的(Frampton et al.Nat.Biotechnol.31:1023-1031,2013)。去除来自1000Genomes Project(dbSNP142)的频繁的种系变体。为了最大化不纯的临床标本中的突变检测精确性(灵敏度和特异性),先前优化测试并验证以≥5％的突变体等位基因频率(MAF)检测碱基替代,以≥10％ MAF及≥99％精确性检测插入删除,和以>99％灵敏度检测诱饵钓的内含子/外显子内发生的融合(Frampton等人,见上文)。癌症体细胞突变目录(COSMIC v62)中存储的已知的经过确认的体细胞改变以≥1％的等位基因频率调用(Forbes et al.Nucleic Acids Res.39:D945-D950,2011)。
自FMOne小组,自检测到的编码区中的短变体的数目(替代和插入删除,包括同义改变)计算肿瘤突变负荷。已知的和预测的种系改变以及已知的体细胞和可能的体细胞变体不计数。每Mb的突变负荷是计数的突变的数目除以FMOne小组的基因组目标领域的Mb。除非另外指明,使用基于FMOne的突变负荷进行所有围绕突变负荷的分析。
E.突变和对阿特珠单抗的响应或突变负荷之间的关联
对于每一种基因,如果对该基因报告已知的或可能的突变的话,将患者称作突变体。对于基于途径的分析,如果途径内的任何基因报告具有已知的或可能的突变的话,将患者称作途径中的突变体。否则,认为患者是非突变体。使用Fisher氏精确检验来确定突变体患者的数目是否在响应者(完全和部分响应者)和不响应者(稳定性和进展性疾病)之间不同。使用Wilcoxon秩和检验来检验突变状态和突变负荷之间的关联。使用Benjamini和Hochberg调整对所实施的多项检验修正单基因p值。对于基于途径的分析,报告标称p值。
F.基因表达概况分析
使用RNA Access技术/>为368名患者生成全转录物组概况。首先将RNAseq读数与核糖体RNA序列比对以去除核糖体读数。使用‘2013-10-10’版GSNAP(Wu et al.Bioinformatics 26:873-881,2010；Wu et al.Methods Mol.Biol.1418:283-334,2016)将剩余读数与人参照基因组(NCBI Build 38)比对,容许最多两个错配每75个碱基序列(参数:‘-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1 --pairmax-rna＝200000--clip-overlap)。为了量化基因表达水平,使用由R/Bioconductor packageGenomic Alignments(Lawrence et al.PLoS Comput.Biol.0:e1003118,2013)提供的功能以链特异性方式计算映射到每种RefSeq基因的外显子的读数的数目。
G.差异基因表达和与突变负荷或PD-L1 IHC的关联
在使用R/Bioconductor package arrayQualityMetrics(Kauffmann etal.Genomics 95:138-142,2010)的质量控制后,使用M值的修整均值(TMM)将计数数据标准化并用voom转换成log2计数每百万及相关精确权重(Law et al.Genome Biol.15:R29,2014)。
为了鉴定与免疫细胞(IC)上的PD-L1蛋白质染色有关的基因,使用每种基因的标准化的log2转换的表达作为响应变量和log2转换的鉴定为PD-L1阳性(ICp)的免疫细胞的百分比作为自变量,拟合线性回归模型。报告的效果大小代表来自模型拟合的系数,通过log2转换的ICp的两倍标准偏差乘以回归斜率缩放。图1C仅仅绘制PD-L1 IC阳性项的效果大小和调整后的p值。
为了鉴定与对阿特珠单抗的响应有关的生物学,我们将患者分组入响应者(完全和部分响应者)和不响应者(稳定性和进展性疾病)。使用R/Bioconductor package limma(Ritchie et al.Nucleic Acids Res.43:e47,2015)确定这两个组之间的差异表达的基因,其执行经验Bayesian办法使用缓和t检验来评估基因表达变化。
为了鉴定与肿瘤突变负荷有关的基因,使用每种基因的标准化的log2转换的表达作为响应变量和突变负荷,批次,以及队列作为自变量(因为我们发现这后两种与TMB有关),拟合线性回归模型。使用R’s anova()功能,计算F检验p值。报告的效果大小代表来自模型拟合的系数,通过TMB的两倍标准偏差进行缩放。
H.使用京都基因和基因组百科全书(KEGG)的基因集富集分析
关联检验(基因表达与响应或突变负荷)后,Fios Genomics使用超集合检验(Falcon et al.Bioinformatics 23:257-258,2007)对前1,000种基因(以p值排名)分析KEGG途径成员资格的富集,分开评估上和下调的基因。使用Benjamini和Hochberg规程对所测试的多个途径修正富集p值。在表8(响应)和表9(突变负荷)中报告来自富集分析的完整结果。表8列出在由响应(CR/PR对SD/PD)差异表达的基因中显著(FDR<0.1)富集的的KEGG基因集。“方向”指示范畴是否在响应者中上(“上”)或下(“下”)调的基因中富集。“鉴定的基因”列出给定范畴内发现与响应有关的所有基因。“S”指示这些基因的数目,“N”给出范畴中基因的总数,而“p(调整)”保存调整后的富集p值(超几何检验)。表9列出在与TMB有关的基因中显著(FDR<0.05)富集的KEGG基因集。“方向”指示范畴是否在与TMB正(“上”)或负(“下”)相关的基因中富集。“鉴定的基因”列出给定范畴内发现与TMB有关的所有基因。“S”,“N”,和“p(调整)”如表8中的。
表8:与响应有关的途径
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表9:与TMB有关的途径
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I.用于签名的基因集
因为KEGG途径常常包括仅有松散相关功能的大量基因,所以我们为正文中提到的四种核心生物学构建精炼基因集(表10)。具体地:
(i)对于DNA损伤修复基因,我们使用如由Lange et al.Nat.Rev.Cancer 11:96-110,2011描述的基因集；
(ii)对于细胞周期调节基因,我们使用p53/Rb途径内TCGA报告为在膀胱癌中频繁报告的基因(The Cancer Genome Atlas Research Nature 507:315-322,2014)；
(iii)对于CD8 T效应基因,我们使用我们先前发表的签名(Rosenberg etal.Lancet 387:1909-1920,2016；Balar et al.Lancet 389:67-76,2017)；和
(iv)对于TGF-β,我们考虑三种不同签名。第一,对于监测途径的输入,我们对配体(TGFB1,TGFB2,和TGFB3)和受体(TGFBR1,TGFBR2,和TGFBR3)评估与IMvigor210中的结局的关联。TGFB1和TGFBR2与结局显著相关(分别为调整后的p＝8.956x10-3和调整后的p＝1.070x10-2),并使用两种作为我们的TGF-β两种基因签名。第二,对于监测途径的输出,我们生成泛成纤维细胞TGF-β响应签名(泛F-TBRS),如下文描述的。而且,在图2A中,我们还显示报告为牵涉细胞外基质组织的一个更大的基因集合( et al.Clin.Cancer.Res.18:3377-3386,2012)。
J.签名得分计算
对于基因表达分析,首先将签名中每种基因的表达进行Z得分换算。然后,实施主成分分析,并提取主成分1充当基因签名得分。这种办法具有将集合的得分聚焦于集合中较好相关(或反相关)的基因的最大块,同时下调来自并不追随其它集合成员的基因的贡献的权重的优点。
K.基因签名得分或肿瘤突变负荷和感兴趣性状之间的关联
下面是用于贯穿实施例的各种检验的统计方法:
(i)对于与响应的关联,只考虑功效可评估患者；将这些分组入响应者(CR/PR)和不响应者(SD/PD),除非另有说明；
(ii)对于二元性状,例如响应与正态分布的连续性状,诸如基因表达得分的关联,实施两种样本t检验；如果在一种基因签名–性状组合内实施多重成对检验的话,对p值进行Bonferroni修正；
(iii)对于二元性状,例如响应或突变状态与显示偏斜分布的TMB的关联,实施Wilcoxon符号秩检验。将TMB进行log2转换；自分析排除一名具有0TMB的离群值患者；
(iv)对于评估两种范畴性状,例如响应和IC水平之间的关联,实施Fisher氏精确检验；
(v)对于与免疫表型的关联，作为有序因素(沙漠<排除<浸润)处理免疫表型，并且使用ANOVA计算似然比检验p值。对此的例外是检验与TMB的关联，其中使用Kruskal WallisH检验；和
(vi)还使用似然比检验来检验连续性状,诸如基因表达签名得分和具有多于2组的范畴性状，诸如IC水平之间的关联。另外,使用相同的检验来评估两种性状之间的相互作用,比较作为两个自变量包括两种性状的模型与包括这两个变量之间的相互作用项的模型。
在log2尺度上显现TMB时,没有突变的患者被丢掉(取决于精确生物标志物可评估群体,这仅仅是一或两名患者)。在所有图中,在顶部给出每个组内的患者的数目。
L.响应中的解释方差
使用二元响应(CR/PR对SD/PD)作为因变量和来自单一/组合的不同签名的得分或TMB作为自变量拟合广义线性模型。提取逻辑回归伪R2作为患者响应中的“解释方差”的度量,即可归于生物学输入的贡献的患者响应中的方差的百分比(见Dobson et al.AnIntroduction to Generalized Linear Models.Chapman and Hall/CRC Press,2008)。
M.分子亚型分型
依照Rosenberg等人，见上文中描述的方法学指派TCGA亚型。
对于指派Lund亚型,由等人提供1038种基因的基因表达的质心的数据集(et al.Clin.Cancer Res.18:3377-3386,2012；/> et al.Am.J.Pathol.183:681-691,2013)。使用与报告的RNAseq数据中检测的基因交叠的884个质心的缩小的集合来指派分子亚型(MS1a,MS1b,MS2a1，MS2a2,MS2b1,MS2b2.1和MS2b2.2)。由于这些质心基于来自微阵列的基因表达概况(它们不能简单转移至另一平台,像RNA测序),因此我们选择通过计算这884种基因的中值集中的(log2)表达水平和质心之间的Spearman相关距离来实施分子亚型指派。在使用基于秩序的办法时,我们的目标是最小化平台特异性影响(然而,值得注意的是,使用Pearson代替Spearman产生非常相似的结果)。每份样品指派具有最短距离的分子亚型。随后,分别地,簇MS1a和MS1b组合成尿路上皮A,MS2a1,和MS2a2成基因组不稳定的亚型；簇MS2b1,MS2b2.1,和MS2b2.2分别等同于浸润的,尿路上皮B,和基底/SCC样亚型。
注意,最近提出“尿道上皮样”替代最初的“尿道基底”(Lerner et al.BladderCancer 2:37-47，2016)。我们在这里使用更新的命名法。类似地,“基底/SCC样”现在是优选的,胜过最初的“SCC样”。
N.用于亚型热图的基因集
如上文所述指派Lund亚型标签。为了更好地了解这些亚型和本手稿中考虑的生物学的各种轴之间的关系，图2A和2H显示来自13种生物学的另外的基因(即并非必然用于亚型指派的基因)的基因表达值。展示的基因是如下构建的更大基因集的代表性成员:
A:由等人,2012,见上文报告的FGFR3基因签名(已选择代表)；
B:CD8 T效应签名(Rosenberg等人,见上文)；
C:由et al.Genome Biol.17:231,2016报告的抗原加工机制；
D:免疫检查点签名；
E:MKI67和选择对基因集富集与响应的关联(表8)有贡献的细胞周期基因(KEGG)；
F:DNA复制依赖性组蛋白(表8中发现的组蛋白的代表)；
G:选择DNA损伤修复基因集的成员,上文介绍的；
H:由等人,2012报告的细胞外基质组织(ECM)集(已选择代表)；
I:TGF-β两基因签名；
J:由等人,2012报告的血管发生签名(已选择代表)；
K:由Damrauer et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 111:3110-3115,2014报告的上皮-间充质转化(EMT)标志物；
L:泛F-TBRS,如下文所述确定；和
TCGA:TCGA亚型特异性表达的基因,如由The Cancer Genome Atlas ResearchNature,见上文(图2H)报告的。
O.CD8/三色双重染色
对4μm FFPE切片实施组合CD8/三色双重染色。首先使用抗人CD8家兔单克隆抗体SP16(Spring Bioscience；目录号M3160)以1:100稀释度于室温实施IHC规程1小时,继以使用细胞调节1试剂(CC1,Ventana Medical Systems；目录号950-124)的抗原修复。使用OMNIMAPTM DAB试剂盒(Ventana,目录号760-149)显现特异性结合的一抗。完成IHC规程和用蒸馏水漂洗后,将载片在Bouin氏固定剂中于60℃固定1小时,然后通过由Weigert氏苏木精,Biebrich猩红-酸性品红,磷钼-磷钨酸,和苯胺蓝组成的例行三色染料,如先前描述的(Laboratory Methods in Histotechnology,Armed Forces Institute of Pathology,1992,p.132)。在染色规程结束时,将载片在递增的乙醇浓度中脱水,在二甲苯中浸泡,然后使用合成封固介质盖上盖片。
P.体内研究
自美国典型培养物保藏中心(Manassas,VA)获得EMT6鼠乳腺癌细胞系。在RoswellPark Memorial Institute(RPMI)1640培养基加2mM L-谷氨酰胺及10％胎牛血清中培养细胞。将处于对数期生长的细胞离心,用Hank氏平衡盐溶液(HBSS)清洗一次,计数,并以1x106个细胞/mL的浓度在50％ HBSS和50％ MATRIGELTM(BDBiosciences)中重悬浮,供注射入小鼠。自Charles River Laboratories(Hollister,CA)获得雌性Balb/c小鼠。在标准啮齿动物微型隔离笼中饲养小鼠并在肿瘤细胞植入前适应研究条件至少3天。动物为8-10周龄。只有表现健康且没有明显异常的动物用于研究。给小鼠在左乳房脂肪垫#5中接种100μl HBSS MATRIGELTM(1:1)中的1x105个EMT6细胞。当肿瘤达到130-230mm3的体积时(接种后大约8天),基于肿瘤体积将动物分配入治疗组并用同种型对照抗体,抗PD-L1(第一剂10mg/kg,继以此后5mg/kg),抗TGF-β(10mg/kg),或抗PD-L1与抗TGF-β的组合治疗。治疗启动后7天,将小鼠安乐死并收集肿瘤,用于IHC或流式细胞术分析。对于功效研究，一周三次施用抗体达3周(第一剂静脉内,此后腹膜内)。通过测径器每周两次测量肿瘤,并使用改良椭球体公式计算肿瘤体积,1/2x(长度x宽度2)。当肿瘤体积下降到32mm3(检测的最低限)以下时,认为它们是完全消退(CR)(100％肿瘤生长抑制)。如果肿瘤体积超出2000mm3的话,将小鼠安乐死。没有小鼠因为体重减轻达到安乐死的标准,也没有小鼠在研究期间展现不良临床体征。本文中的所有动物研究均得到Genentech科研动物护理和使用委员会批准。用于这项研究的组大小估计是产生有意义的数据的最小必需值。
Q.来自小鼠的完整肿瘤RNA和蛋白质量化
分别通过RNAseq和ELISA以RNA和蛋白质水平二者分析未治疗的EMT6肿瘤中的TGF-β同等型丰度。对于RNAseq分析,收集平均大小300mm3的肿瘤。对于TGF-β蛋白质的ELISA量化,接种入乳房脂肪垫后14天收集肿瘤,闪冻，随后在TissueLyser破坏系统(Qiagen)上用放射免疫沉淀测定法(RIPA)缓冲液裂解。通过双辛可宁酸(BCA)测定法量化总蛋白质,并在样品间将总蛋白质输入标准化。酸活化样品中的TGF-β并遵循ELISA试剂盒说明书(小鼠TGF-β1和TGF-β2,R&D Systems；小鼠TGF-β3,LSBio)测量。在治疗开始后7天收集的血浆中使用小鼠VEGF ELISA试剂盒(R&D Systems)量化VEGF。
R.用于流式细胞术的单细胞悬浮液的制备和抗体染色
治疗启动后7天收集肿瘤。对肿瘤称重并使用分散酶(Life Technologies),胶原酶P,和DNA酶I(Roche)的混合物于37℃酶促消化45分钟以获得单细胞悬浮液。使用XR(Beckman Coulter)对细胞计数。
对于磷酸-SMAD(pSMAD)染色,使用BD PHOSFLOWTM裂解/固定缓冲液和BDPHOSFLOWTM透化缓冲液III(BD Biosciences)遵循制造商的说明书固定并透化细胞。将细胞用藻红蛋白(PE)缀合的针对磷酸化形式的SMAD2和SMAD3的抗体以0.08μg/ml(克隆O72-670,BD Biosciences,San Jose,CA)的浓度在冰上染色1小时。对于T细胞染色,首先将细胞与小鼠BD Fc封闭剂(克隆2.4G2,5μg/ml,BD Biosciences)和存活力染料(Aqua可固定死细胞染料,Invitrogen)一起在冰上温育30分钟。然后将细胞用下面的抗体在冰上染色30分钟:CD45(BV605,克隆30-F11,0.67μg/ml,BD Biosciences),TCRb(PE,克隆H57-597,2μg/ml,Biolegend),CD8(APC-Cy7,克隆53-6.7,1μg/ml,Biolegend)。固定并透化细胞(EBIOSCIENCETM Foxp3/转录因子染色缓冲液套组,Thermo Fisher Scientific Inc.)以针对粒酶B染色(FITC,克隆NGZB,5μg/ml,EBIOSCIENCETM,Thermo Fisher ScientificInc.)。
用BD LSRFORTESSATM细胞分析仪或FACSYMPHONYTM(BD Biosciences)收集流式细胞术数据并使用软件(Version 10.2,FlowJo,LLC)分析。
S.对小鼠组织的免疫组织化学
在治疗启动后7天收集肿瘤。在10％中性缓冲的福尔马林(NBF)中固定肿瘤并石蜡包埋。对封固在SUPERFROSTTM Plus载玻片上的4μm厚石蜡包埋组织切片实施IHC。在LABVISIONTM Autostainer(ThermoFisher Scientific)上实施染色。将切片脱石蜡并用去离子水再水化。用1x DAKO靶物修复液(Agilent Technologies)于99℃实施抗原修复20分钟并冷却至74℃。随后,通过将切片在3％ H2O2中于室温温育4分钟来淬灭内源过氧化物酶。使用抗家兔(7.5μg/mL)二抗及ABC过氧化物酶Elite检测试剂盒(Vector Laboratories,目录号PK-6100)检测CD3(ThermoFisher Scientific,克隆SP7,目录号RM-9107-S,1:200稀释)。将切片用Mayer氏苏木精复染色,脱水，用永久封固介质封固,并盖上盖片。
T.泛成纤维细胞TGF-β响应签名(泛F-TBRS)的生成
将来自膀胱(PHBR,原代正常膀胱成纤维细胞细胞,PCS-420-013TM,ATCC),结肠(CCD-18Co,CRL-1459TM,ATCC),乳腺(HMF,#7630,ScienCell Research Laboratories),肺(IMR90,CCL-186TM,ATCC),胰腺(HPASteC,#3836,ScienCell Research Laboratories),和卵巢(HOF,#7336,ScienCell Research Laboratories)的原代成纤维细胞细胞血清饥饿过夜,之后一式两份用下述处理24小时:(1)对照,(2)TGF-β1(10ng/mL,#),或(3)TGF-β1(10ng/mL)+TGF-β抑制剂加鲁色替(10μM)。通过RNAseq转录物组分析鉴定TGF-β诱导基因,比较上述三种条件。使用下面的标准确定F-TBRS:(1)TGF-β1处理组中的表达水平与对照相比高至少2倍(假发现率(FDR)0.1)；(2)TGF-β1+抑制剂组中的表达水平与单独的TGF-β1处理相比低至少2倍(FDR 0.1)；(3)在所有6种成纤维细胞细胞类型中达到标准(1)和(2)。将通过这三项标准的基因(n＝79)依照抑制强度(对照对TGF-β1+TGF-β抑制剂)排序；并通过至少5个计数每百万均值降低过滤以定义泛组织19基因F-TBRS。
U.泛组织6基因F-TBRS(6基因签名)的生成
我们基于上文描述的19基因泛F-TBRS数据,但进一步优先考虑TGF-β途径成分(TGFB1和TGFBR2)和靶物(CTGF,ADAM19,ACTA2,和COMP),开发了泛组织6基因F-TBRS。为了验证6基因签名的预测价值,我们计算预后效果(使用单变量连续Cox比例风险回归模型)和预测效果的危害比,并计算阿特珠单抗临床试验中的预测效果(使用log秩检验及中值截留)的危害比。我们的分析证明6基因签名的高表达与UC,非小细胞肺癌(NSCLC),三重阴性乳腺癌(TNBC),和胰腺导管腺癌(PDAC)试验中缺乏对阿特珠单抗单一疗法的响应有关。见例如图6B和6C,其分别显示来自IMvigor210和POPLAR研究(NCT01903993)的数据。另外,在TCGA结肠直肠癌(CRC)数据集中,6基因签名的高表达还与总体存活差和与CRC患者存活差亚组有关的CMS4分子亚型中的富集显著相关(Guinney et al.Nat.Med.21(11):1350-1356,2015)。见图6A,7A,和7B。
V.巨噬细胞和T细胞TGF-β响应签名(M和T细胞TBRS)
巨噬细胞和T细胞特异性TBRS取自Calon et al.Nat.Genet.47:320-329,2015；分别为1178和69种基因。如下计算签名得分:(1)在EMT6 RNAseq数据上推导签名基因的第一主成分(PC1),(2)获得与PC1具有至少0.8Spearman秩相关性的签名基因,并(3)对来自步骤(2)的基因的Z得分取平均值。步骤(2)中的过滤分别对M-TBRS和T细胞TBRS产生101和10种基因。
W.T细胞浸润的统计分析
由Hamamatsu NanoZoomer自动化载片扫描平台以200倍最终放大倍数采集明场图像。用2016b版软件包(MathWorks)分析图像。由病理学家定义感兴趣区域(ROI)。通过强度阈设定和简单形态学过滤来鉴定在ROI边界内的以CD3+标记的细胞。对每张载片(即每只小鼠)评估免疫细胞浸润,其通过对该载片上在ROI内的所有CD3+标记细胞计算对ROI边界的均值最近距离。然后通过除以自ROI边界到ROI中心的最大距离将每张载片的均值距离标准化。然后在三项研究(666,1430,1436)间合并标准化均值距离并通过线性回归进行分析,以治疗组作为固定分类变量,ROI面积和ROI内的CD3+细胞总数作为协变量。对每个治疗组报告协变量调整的均值和95％置信区间。使用Tukey氏诚实显著差异(HSD)检验进行治疗组间的成对比较。使用R实施所有分析，并使用R package‘spatstat’进行距离计算(Baddeley et al.Spatial Point Patterns:Methodology and Applicationswith R.Chapman and Hall/CRC Press,2015)。
实施例1:预先存在的肿瘤免疫力与发炎肿瘤中的完全响应有关
大多数人实体瘤表现为展现三种独特免疫表型之一:“免疫发炎”表型，其特征在于强健的CD8+T细胞浸润和PD-L1表达；“免疫排除”表型，其中T细胞在富含细胞外基质的基质中积累；和“免疫沙漠”表型,其具有独特的肿瘤或周围基质内浸润性淋巴细胞的贫乏。与预测响应性弱或无的免疫排除或免疫沙漠表型相比,认为发炎肿瘤对检查点阻断更具响应性。然而,尚未在大型临床试验的背景中或在单一肿瘤类型内系统性测试这种关联。为了了解mUC中对阿特珠单抗疗法的响应,我们组合整合分子和组织学分析与逆向翻译办法来功能性测试我们的发现。
为了调查用阿特珠单抗的PD-L1阻断的临床活性,在一项2期,单臂临床试验(IMvigor210；NCT02108652)中登记了429名具有晚期mUC的患者。遵照RECIST v1.1评估客观响应率并充当试验终点。将达到完全响应(CR)或部分响应的患者归类为响应者并与展示稳定性疾病(SD)或进展性疾病(PD)的非响应者比较。基线肿瘤上的肿瘤浸润性免疫细胞(IC)上的PD-L1表达与响应(客观响应率)的关联的评估是共主要终点。PD-L1 IC状态通过肿瘤微环境(TME)中PD-L1阳性免疫细胞的百分比来定义:IC0(<1％),IC1(≥1％但<5％)和IC2+(≥5％)。
正如先前在一个更小的患者队列中发现的,IC上的PD-L1表达与响应显著相关,而且具有高PD-L1表达(IC2+)的肿瘤展示最高的CR率(图1A)。相对于具有更低PD-L1 IC得分(IC0/1)的患者在具有高PD-L1 IC得分(IC2/3)的患者中观察到改善的来自阿特珠单抗的OS益处(图8A)。在来自298名IMvigor210参与者的治疗前组织中实施全转录组RNA测序以评估与对阿特珠单抗的响应有关的特征和鉴定具有与IC上的PD-L1表达有关的表达水平的基因(图1B)。干扰素-γ(IFN-γ)可诱导基因在最高度相关的中。与CD8+T-效应(Teff)细胞和免疫检查点分子有关的基因集(表10)(其中许多是IFN-γ刺激的基因)显示差异最大的表达(图1B和1C)。CD8+Teff基因集还与响应,特别是CR显著有关(图1D)。CD8+Teff得分四分位与总体存活有关(图1U)。这提示IC上的PD-L1表达标志着具有预先存在的CD8+T细胞免疫力和适应性免疫遏制但仍然准备响应抗PD-L1疗法的肿瘤组织。
表10:用于签名分析的基因集
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实施例2:由增殖,APOBEC表达,或DNA损伤修复缺陷驱动的肿瘤突变负荷(TMB)与对阿特珠单抗的响应有关
连同黑素瘤和非小细胞肺癌,膀胱癌特征在于人癌症中最高体细胞TMB之一。对阿特珠单抗的响应与mUC中的TMB显著相关,而且这种关联在完整IMvigor210数据集中也是显著的(图1E)。TMB的相关性很可能是经由免疫原性新抗原的潜力升高,而且与此一致,预测的肿瘤新抗原负荷(TNB)也与响应显著相关(图1F)。TMB和TNB还与OS有关(图1V和1W)。例如,使用中值TMB作为截留，相对于具有低TMB的患者，在具有高TMB的患者中观察到改善的来自阿特珠单抗的OS益处(图8B)。还在具有高TMB和高PD-L1 IC得分二者的患者中观察到改善的来自阿特珠单抗的OS(图8C)。
我们接下来评估mUC中TMB的转录和突变相关性。我们首先实施差异基因表达分析,继以基因集富集分析。与TMB最显著相关的途径是那些牵涉细胞周期,DNA复制和DNA损伤,检测和修复的(图1G,表9)。这些途径的签名与MKI67,因而与增殖有关(图1H)。其次,我们观察到载脂蛋白B mRNA编辑酶,催化性多肽样3A(APOBEC3A)和APOBEC3B(在膀胱和其它癌症中上调的两种胞苷脱氨酶)的表达水平与TMB和响应弱但显著相关(图1I和1J)。第三,我们对DNA损伤响应(DDR)的成员或(鉴于增殖速率的相关性)细胞周期调节基因集中的丧失功能突变检查与TMB的相关性。具有DDR基因集中的一种或多种突变的肿瘤显示显著更高的响应率和TMB,有或无包括TP53均如此(图1K和1L,表11)。表11显示对DNA修复(DDR)和细胞周期调节基因集测试与响应(CR/PR对SD/PD)和TMB(“范畴”)的关联,有或无包括TP53。报告了具有属于一个基因集的基因中的至少一处突变的患者的数目(“突变体数目”),效果大小(“估值”)以及标称p值。MKI67表达和DNA复制得分也与对阿特珠单抗的响应有关(图1Z)。
表11:DNA修复和细胞周期调节途径的突变状态和与响应和TMB的关联
途径 突变体数目 范畴 估值 p
细胞周期调节 177 响应 0.47948 0.038621
无TP53的细胞周期调节 125 响应 0.735606 0.31104
DDR 145 响应 0.50265 0.0274968
无TP53的DDR 51 响应 0.426164 1.17E-02
细胞周期调节 214 TMB -3.6 2.04E-06
无TP53的细胞周期调节 150 TMB -0.91003 4.76E-02
DDR途径 173 TMB -3.59998 8.64E-07
无TP53的DDR途径 60 TMB -5.39995 1.84E-06
具有细胞周期调节集中的一种或多种突变的肿瘤也展现显著更高的TMB和响应率,尽管此处与响应的关联是由TP53驱动的(图1M和1N,表11和12)。总之,这些结果证明多个因素(包括增殖,APOBEC活性和DDR或细胞周期调节中的缺陷)对膀胱癌中的TMB有贡献,导致升高的对PD-L1阻断的响应。在表12中,为测试的每种基因给出符号和突变型患者的数目。对响应(CR/PR对SD/PD)和TMB(“范畴”)二者测试与突变状态的关联。报告了效果大小(“估值”)以及标称(“p”)和调整的p值(“p(调整)”)。最后两栏指示给定基因是否是DDR和/或细胞周期调节(“CCReg”)基因集的成员。
表12:单基因的突变状态和与响应和TMB的关联
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实施例3:TGF-β轴与主要免疫逃逸有关
接下来,我们试图鉴定在CD8+T细胞免疫力和TMB以外与响应有关的任何另外的特征。与增殖和TMB之间的正相关性一致,与DNA复制,细胞周期,和组蛋白有关的基因集在响应者中显著富集(图1O,表8)。基因集富集分析还鉴定出细胞因子-细胞因子受体基因集作为与不响应有关的唯一特征(图1O,表8)。重要的是,这种途径内最显著相关的基因是IFNGR1和牵涉TGF-β信号传导途径的基因,包括TGFB1,ACVR1,和TGFBR2。虽然已知IFN-γ对抗肿瘤免疫力具有有利作用,但是这种细胞因子还作为对检查点疗法的主要抗性和获得性免疫逃逸中的关键参与者出现。在我们具有mUC的大患者队列中,我们观察到响应者中显著增强的IFN-γ表达,而IFNGR1表达在不响应者中富集。这与最近的研究一致,其提示IFN-γ信号传导促进多种T细胞抑制性配体的表达且诱导遏制T细胞的表观遗传学机制。
TGF-β是一种多效细胞因子,在多种肿瘤类型中与预后差有关。一般认为TGF-β信号传导通过促进免疫遏制,血管发生,转移,上皮至间充质转化(EMT),成纤维细胞激活,和结缔组织生成在晚期癌症中发挥促肿瘤发生作用。在IMvigor210中,一种基于由TGFB1和TGFBR2构成的两种最高得分TGF-β途径基因的签名显示不响应者中升高的均值表达(图1P)。TGFB1表达与客观响应差有关,而且在以四分位分拆时还与下降的OS有关(图1X和1Y)。鉴于升高的TGF-β表达可能指示升高的T调节细胞功能,EMT,和/或基质相关免疫遏制,它很可能在限制对阿特珠单抗的响应中发挥重大作用。
实施例4:三种核心途径驱动对抗PD-L1疗法的响应和抗性
总的来说,这些数据提示膀胱癌中对检查点抑制的响应是由三种核心生物学轴的组合规定的:预先存在的T细胞免疫和TMB与对阿特珠单抗的响应正相关,而TGF-β途径活性与疾病进展和缺乏响应有关(图1Q)。
为了更好地了解这三种途径彼此的相关性如何和揭示它们在预测结局中的相对重要性,对竞争模型实施统计分析。使用逻辑回归伪R2作为总体患者响应中的“解释方差”(即可归于生物学输入的患者响应的变差的百分比)的度量(见例如Dobson等人,见上文)。当考虑单一输入时,CD8+Teff签名解释患者响应中5％的变异性,而两基因TGF-β签名解释16％且TMB解释30％(图1R)。我们接下来询问这三种生物学输入是否可互换或它们是否对预测响应有独立贡献。一种组合所有三种轴的模型将患者响应中的解释方差提高至42％且比每一种单轴模型有改善(图1R)。组合所有三种轴的模型还在所有双轴模型上显著改善(图1S),指示由每一种轴提供的信息至少部分独立于其它两种。
实施例5:分子分类学揭示响应和抗性的驱动因素之间的关系
为了突显上文描述的三种途径(即预先存在的T细胞免疫,TMB,和TGF-β途径活性)的当前框架的效力和说明TGF-β信号传导的相关性,我们探索已建立的肿瘤分子亚型分型和三种途径之间的关系。最近描述了基于基因表达的多种分类学分类方法(Lerner等人，见上文)。我们先前不仅将癌症基因组图谱(TCGA)分类学(Calon et al.Nat.Genet.47:320-329,2015)应用于IMvigor210样品,而且还探索了Lund分类学( etal.Clin.Cancer Res.18:3377-3386,2012；/> et al.Am.J.Pathol.183:681-691,2013),其将mUC进一步分类为包括基因组不稳定(GU)亚型(图2A)。鉴于已证明的TMB的重要性,我们假设GU亚型会显著富集响应者。确实,GU富集高TMB肿瘤(图2A-2C)且具有比其它Lund亚型(17.6％)要高得多的响应率(47.2％)(图2D)。GU亚型中响应率的提升超出了在TCGA亚型间观察到的差异(图2E),但是,出乎意料的是,这不能归于突变负荷,因为TCGA腔II亚型类似地富集高TMB肿瘤(图2B和2C)。取而代之,通过分开评估归类为仅TCGA腔II,仅Lund GU,或二者的患者,我们鉴定了差异的来源(图2F)。虽然腔II肿瘤具有更高的CD8+Teff基因表达,不管它们的Lund标签,但是只有那些还归类为GU的腔II肿瘤具有低TGF-β签名。因此,导致不利的CD8 Teff对TGF-β比的不利的TGF-β签名击败了这个患者组中的高TMB,导致响应差。
已经鉴定了通过癌症基因组图谱(TCGA)定义的表达亚型和IMvigor210的各个队列中对阿特珠单抗单一疗法的临床响应之间的关联。我们发现TMB与响应强相关,而且,进一步地,至少部分被基因表达的样式捕获。考虑到这一点,我们探索了UC的一种备选分子分类,Lund分类学( et al.Clin.Cancer Res.18:3377-3386,2012；/> etal.Am.J.Pathol.183:681-691,2013),其包括基因组不稳定(GU)亚型(图2A)。
Lund GU亚型具有比其它Lund亚型显著更高的响应率(图2D),而且强烈富集高TMB肿瘤(图2B和2C)。Lund GU亚型还对TP53(34％)和RB1(43％)具有最高突变率,与增殖和突变之间的关联一致(图2A)。
基底/SCC样(SCCL)和尿道上皮样B(UroB)亚型与CD8+T-效应基因的高表达和它们的相关项,包括IC上的高PD-L1表达有关(图2A)。虽然这些肿瘤显示与GU肿瘤相似的CR率,但是总体响应率更低(图2D)。这可能是部分由于低TMB和TGF-β签名的相对富集(图2A和2G)。
尿道上皮样A(UroA)肿瘤与通过TCGA分类的腔I亚型分享许多分子特征,例如高FGFR3,TP63,和WNT7B表达(图2H)。在UroA亚型中观察到的最低限度响应率很可能反映低TMB和有限的预先存在的免疫力。
Lund浸润亚型因为存在T细胞和成肌纤维细胞二者而如此命名。与这种分类一致,浸润肿瘤具有升高的CD8+T-效应基因表达,还有与促肿瘤发生和免疫遏制性途径有关的基因的最高相对表达,包括TGF-β,基质激活和血管发生,细胞外基质,和EMT,导致不利的CD8+T-效应对TGF-β签名比(图2A和2G)。浸润亚型还具有最低的中值TMB(图2B和2C),而且这与不利的CD8+T-效应对TGF-β比组合,与显示最差响应率的浸润亚型一致(图2D)。
实施例6:在免疫排除肿瘤中TGF-β途径激活限制对抗PD-L1的响应
鉴于TGF-β信号传导与基质成分的关联和基质细胞可能对CD8+T细胞具有的负面影响,我们接下来检查肿瘤-免疫表型和对阿特珠单抗的响应之间的关系。我们使用免疫组织化学来评估CD8+T细胞浸润并基于CD8+T细胞在TME中的存在和定位将肿瘤归类入免疫沙漠,免疫排除,或免疫发炎表型(图3A)。显著比例的膀胱肿瘤(大约48％)展现免疫排除表型,而免疫沙漠和免疫发炎肿瘤各占大约26％。免疫排除表型特征在于CD8+T细胞主要定位在肿瘤周围基质隔室中,与胶原纤维并列(通过三色染色揭示；图3B)。
在免疫排除肿瘤中CD8 T细胞对结缔组织生成基质的接近(图3A和3B)和TGF-β配体和受体基因表达与缺乏响应的关联(图1O)均暗示TGF-β途径。为了更好地了解这种途径的作用,我们考虑了两种不同基因签名。第一种是一种代表途径输入的两基因签名(TGFB1和TGFBR2,上文描述的)。两基因输入签名显示表达水平在免疫表型间没有差异,但是仅仅在免疫排除肿瘤中在不响应者中升高(图3C)。开发了第二种签名来测量TGF-β途径输出,具体是在来自不同组织的成纤维细胞中。“泛成纤维细胞TGF-β响应签名”(泛F-TBRS)包括在自六种组织衍生的一组人原代成纤维细胞细胞系中受到TGFB1强烈且特异性诱导的19种基因。与两基因签名一样,免疫排除肿瘤中的缺乏响应与更高的泛F-TBRS得分显著相关(图3D)。与两基因签名不同,泛F-TBRS得分在免疫发炎和免疫排除肿瘤二者中升高。然而,与2基因TGF-β签名一致,泛F-TBRS仅仅在免疫排除肿瘤中将不响应者和响应者分层,在治疗时进展的患者中有显著富集。这些结果提示在TGF-β途径基因和不响应之间观察到的关联可能至少部分归于这种途径对组织微环境(TME)中的成纤维细胞的影响。
实施例7:TGF-β抑制改善T细胞浸润和对抗PD-L1的治疗响应
生物标志物分析最出乎意料的含意可能是TGF-β途径与IMvigor210中缺乏对阿特珠单抗的响应的关联(图1O,1P,3C,和3D)。TGF-β信号传导可能对肿瘤和免疫系统二者具有许多复杂影响,诸如在早期阶段直接阻碍肿瘤生长,促进肿瘤EMT和转移,有利于T调节细胞的发育,和促进肿瘤的基质投资(investment)。在免疫排除表型中观察到升高的泛F-TBRS水平提示TGF-β信号传导对活化的基质的影响可能导致限制T细胞流入和功效二者。确实,激活的CD8+T细胞并非在免疫排除肿瘤中缺失(与免疫沙漠肿瘤相反；图3A),而且它们并不展现低TMB(图3E),提示通过基质屏障在物理上自肿瘤实质排除T细胞是这个组中限制对疗法的响应的一个重要特征。
我们因此建立一种小鼠模型来调查TGF-β活化的基质的屏障作用。为了这个目的,我们利用EMT6小鼠乳腺癌模型,因为它重演免疫排除表型,其中T细胞与胶原纤维联合定位于肿瘤周围(图4A)且所有TGF-β同等型和PD-L1在TME中表达(图4B和4C)。将EMT6肿瘤细胞正位植入BALB/c小鼠。一旦肿瘤达到大约160mm3,启动用抗PD-L1和/或1D11(一种泛特异性TGF-β阻断性抗体)的治疗。1D11治疗降低TGF-β信号传导,如通过肿瘤中磷酸化SMAD2/3(图4L)和血浆中VEGF-A(图4M)的水平降低证明的。在具有已建立的肿瘤的小鼠中双重阻断PD-L1和TGF-β在大多数小鼠中导致完全肿瘤消退,而单独的抗PD-L1导致更少的完全消退(图4D-4F)。单独阻断TGF-β在体内对肿瘤生长没有影响(图4D-4F)。双重抗体阻断还导致肿瘤浸润性T细胞丰度升高(图4G-4I和4O)。在组合疗法臂中粒酶B水平也基于每个CD8+T细胞而升高(图4J和4N)。值得注意的是,组合PD-L1和TGF-β阻断改变T细胞的分布,从很大程度上肿瘤周围的定位到更加肿瘤内的样式(图4G,4K,和4O)。因此,双重阻断TGF-β和PD-L1促进T细胞定位至肿瘤岛并改善治疗响应。
为了更好地了解对这种双重阻断的响应的根本机制,我们对来自四种治疗条件每一种的肿瘤实施RNA测序。用于分析人肿瘤的CD8+Teff签名在用抗PD-L1和抗TGF-β的组合治疗的小鼠肿瘤中升高(图4P和4T)。尽管抗PD-L1单一疗法提高Teff基因签名的表达,然而效果并不显著(图4P)。这些结果提示TGF-β抑制以显著方式强化抗PD-L1的效果以增强抗肿瘤免疫力。我们然后评估肿瘤内的不同基质细胞群体中的TGF-β表达签名。泛F-TBRS在组合治疗中显著降低(图4Q)。与之对比,在与T细胞或巨噬细胞相关的TBRS中没有观察到降低(图4R)。与这些结果一致,EMT6肿瘤中的磷酸流式分析证明如通过pSMAD2/3反映的TGF-β信号传导在组合疗法后在CD45-但非CD45+细胞中显著降低(图4L)。TME中Teff签名和泛F-TBRS的竞争效果可以与Teff对泛F-TBRS比整合。这种比得分显示组合治疗中与对照和单一抗体治疗相比的升高(图4S)。CD8+Teff基因的表达在用抗PD-L1和抗TGF-β的组合治疗的小鼠肿瘤中升高,而癌症相关成纤维细胞(CAF)重建基因的表达降低(图4T和4U)。例如,IFNG,GZMB,和Zeta链相关蛋白激酶70(ZAP70)的表达在用抗PD-L1和抗TGF-β的组合治疗的小鼠肿瘤中升高,而且赖氨酰氧化酶同系物2(LOXL2),生腱蛋白C(TNC),和骨膜蛋白(POSTN)的表达在用抗PD-L1和抗TGF-β的组合治疗的小鼠肿瘤中降低(图4U)。不希望受理论束缚,双重治疗性阻断TGF-β和PD-L1可能通过重编程CAF和修饰基质架构将免疫排除肿瘤转变成发炎肿瘤。
总之,阻断TGF-β能与抗PD-L1抗体协同作用以提高肿瘤床中的CD8+Teff细胞计数并驱动强健的抗肿瘤免疫力。虽然升高的TGF-β信号传导可能具有另外的后果,但是这些结果与免疫排除组中的TGF-β活化的基质起削弱Teff功能和物理限制T细胞进入肿瘤自身的作用的想法一致。
泛癌症签名
我们在测试阿特珠单抗在mUC中的功效的一项2期,单臂研究中登记的患者中实施了与对检查点阻断的响应和主要免疫逃逸有关的分子,细胞,和肿瘤遗传因素的综合评估。鉴于用于这项分析的大型队列,我们得出了关于控制响应可能性的肿瘤特征的数个重要的功能性结论。确实,发现三种生物学轴发挥独特且独立的作用:(1)预先存在的免疫力,如由IC上的PD-L1表达和CD8+Teff活性的基因表达或组织学相关性代表的；(2)TMB,直接测量但也在增殖和DNA损伤响应的分子签名中或在影响这些过程的丧失功能突变中反映；和(3)TGF-β途径信号传导。虽然每一种均对响应的多因素基础有显著贡献,但是TGF-β信号传导和TMB一起为膀胱癌提供最大解释效力。
基于TGF-β签名在不响应的免疫排除mUC肿瘤中的富集,以及在抵消富集不响应的Lund亚型中的高TMB和/或预先存在的免疫力中的可能作用,我们假设TGF-β信号传导可以抵消抗肿瘤免疫力。为了测试这种假说和更好地了解TGF-β在限制对免疫检查点阻断的响应中的功能性作用,我们使用模仿患者中的免疫排除肿瘤的数个方面的一种小鼠模型。在这种模型中,同时抑制TGF-β和PD-L1信号传导将肿瘤自排除表型转变成发炎表型,导致CD8+Teff细胞对肿瘤的浸润增强和肿瘤消退明显升高。
对本文中描述的免疫疗法的响应的多因素基础预期可应用于超出膀胱癌的其它肿瘤类型,而且通过考虑所有三种轴,对免疫检查点阻断的泛癌症响应率可以得到进一步改善。同样,对抗PD-L1疗法的响应和抗性的决定因素预期延伸到其它免疫检查点抑制剂。
总之,这些数据支持本文中描述的生物标志物和签名(例如泛F-TBRS),例如作为预测性和药效学生物标志物,用于预测和监测癌症患者(例如膀胱癌患者)对包括免疫疗法(例如PD-L1轴结合拮抗剂,诸如抗PD-L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF-β拮抗剂,诸如抗TGF-β抗体)的抗癌症疗法的响应的用途。
VII.其它实施方案
虽然为了清楚理解的目的已经通过举例说明较为详细地描述了前述发明,但是描述和例子不应解释为限制本发明的范围。通过援引明确完整收录本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容。
序列表
<110> 基因泰克公司（Genentech, Inc.）
豪夫迈·罗氏有限公司（F. Hoffmann-La Roche AG）
<120> 用于癌症的诊断和治疗方法
<130> 50474-172WO4
<150> US 62/657,468
<151> 2018-04-13
<150> US 62/595,957
<151> 2017-12-07
<150> US 62/582,207
<151> 2017-11-06
<160> 82
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 2741
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
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cguccggggc acccccccgg cucugagccg cccgcggggc cggccucggc ccggagcgga 120
ggaaggaguc gccgaggagc agccugaggc cccagagucu gagacgagcc gccgccgccc 180
ccgccacugc ggggaggagg gggaggagga gcgggaggag ggacgagcug gucgggagaa 240
gaggaaaaaa acuuuugaga cuuuuccguu gccgcuggga gccggaggcg cggggaccuc 300
uuggcgcgac gcugccccgc gaggaggcag gacuugggga ccccagaccg ccucccuuug 360
ccgccgggga cgcuugcucc cucccugccc ccuacacggc gucccucagg cgcccccauu 420
ccggaccagc ccucgggagu cgccgacccg gccucccgca aagacuuuuc cccagaccuc 480
gggcgcaccc ccugcacgcc gccuucaucc ccggccuguc uccugagccc ccgcgcaucc 540
uagacccuuu cuccuccagg agacggaucu cucuccgacc ugccacagau ccccuauuca 600
agaccaccca ccuucuggua ccagaucgcg cccaucuagg uuauuuccgu gggauacuga 660
gacacccccg guccaagccu ccccuccacc acugcgcccu ucucccugag gaccucagcu 720
uucccucgag gcccuccuac cuuuugccgg gagaccccca gccccugcag gggcggggcc 780
uccccaccac accagcccug uucgcgcucu cggcagugcc ggggggcgcc gccuccccca 840
ugccgcccuc cgggcugcgg cugcugccgc ugcugcuacc gcugcugugg cuacuggugc 900
ugacgccugg ccggccggcc gcgggacuau ccaccugcaa gacuaucgac auggagcugg 960
ugaagcggaa gcgcaucgag gccauccgcg gccagauccu guccaagcug cggcucgcca 1020
gccccccgag ccagggggag gugccgcccg gcccgcugcc cgaggccgug cucgcccugu 1080
acaacagcac ccgcgaccgg guggccgggg agagugcaga accggagccc gagccugagg 1140
ccgacuacua cgccaaggag gucacccgcg ugcuaauggu ggaaacccac aacgaaaucu 1200
augacaaguu caagcagagu acacacagca uauauauguu cuucaacaca ucagagcucc 1260
gagaagcggu accugaaccc guguugcucu cccgggcaga gcugcgucug cugaggcuca 1320
aguuaaaagu ggagcagcac guggagcugu accagaaaua cagcaacaau uccuggcgau 1380
accucagcaa ccggcugcug gcacccagcg acucgccaga gugguuaucu uuugauguca 1440
ccggaguugu gcggcagugg uugagccgug gaggggaaau ugagggcuuu cgccuuagcg 1500
cccacugcuc cugugacagc agggauaaca cacugcaagu ggacaucaac ggguucacua 1560
ccggccgccg aggugaccug gccaccauuc auggcaugaa ccggccuuuc cugcuucuca 1620
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cacaggggac caguggggaa cacuacugua guuagaucua uuuauugagc accuugggca 2340
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aguaguucag gccaggcggg guggcucacg ccuguaaucc uagcacuuuu gggaggcaga 2580
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Cys Lys Thr Ile Asp Met Glu Leu Val Lys Arg Lys Arg Ile Glu Ala
35 40 45
Ile Arg Gly Gln Ile Leu Ser Lys Leu Arg Leu Ala Ser Pro Pro Ser
50 55 60
Gln Gly Glu Val Pro Pro Gly Pro Leu Pro Glu Ala Val Leu Ala Leu
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Tyr Asn Ser Thr Arg Asp Arg Val Ala Gly Glu Ser Ala Glu Pro Glu
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Pro Glu Pro Glu Ala Asp Tyr Tyr Ala Lys Glu Val Thr Arg Val Leu
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His Ser Ile Tyr Met Phe Phe Asn Thr Ser Glu Leu Arg Glu Ala Val
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Pro Glu Pro Val Leu Leu Ser Arg Ala Glu Leu Arg Leu Leu Arg Leu
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Pro Glu Trp Leu Ser Phe Asp Val Thr Gly Val Val Arg Gln Trp Leu
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Ser Arg Gly Gly Glu Ile Glu Gly Phe Arg Leu Ser Ala His Cys Ser
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Cys Asp Ser Arg Asp Asn Thr Leu Gln Val Asp Ile Asn Gly Phe Thr
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Thr Gly Arg Arg Gly Asp Leu Ala Thr Ile His Gly Met Asn Arg Pro
245 250 255
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Ser Ser Arg His Arg Arg Ala Leu Asp Thr Asn Tyr Cys Phe Ser Ser
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Phe Cys Leu Gly Pro Cys Pro Tyr Ile Trp Ser Leu Asp Thr Gln Tyr
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Leu Val Ile Phe Gln Val Thr Gly Ile Ser Leu Leu Pro Pro Leu Gly
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450 455 460
Glu Val Lys Asp Tyr Glu Pro Pro Phe Gly Ser Lys Val Arg Glu His
465 470 475 480
Pro Cys Val Glu Ser Met Lys Asp Asn Val Leu Arg Asp Arg Gly Arg
485 490 495
Pro Glu Ile Pro Ser Phe Trp Leu Asn His Gln Gly Ile Gln Met Val
500 505 510
Cys Glu Thr Leu Thr Glu Cys Trp Asp His Asp Pro Glu Ala Arg Leu
515 520 525
Thr Ala Gln Cys Val Ala Glu Arg Phe Ser Glu Leu Glu His Leu Asp
530 535 540
Arg Leu Ser Gly Arg Ser Cys Ser Glu Glu Lys Ile Pro Glu Asp Gly
545 550 555 560
Ser Leu Asn Thr Thr Lys
565
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<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
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ccuuuggcuu ggcuugucag ggcuugucca ggaguuccgc uccucucucc aaccgggguc 120
ccccuccagc gacccuaaag cuucccagac uuccgcuuca auuccugucc gcaccccacg 180
cccaccucaa cguggagcgc aguggucucc gaggagcgcc ggagcugccc cgccugccca 240
gcggggucag cacuucgcau caaggcccaa gaaaagcaag uccuccagcg uucugagcac 300
ccgggccuga gggaaggucc uaacagcccc cgggagccag ucuccaacgc cucccgcagc 360
agcccgccgc ucccaggugc ccgcgugcgc cgcugccgcc gcaaucccgc acgcgucccg 420
cgcccgcccc acuuugccua uccccgggac uaagacggga auccugugaa gcagcuccag 480
cuauguguga agaagaggac agcacugccu ugguguguga caauggcucu gggcucugua 540
aggccggcuu ugcuggggac gaugcuccca gggcuguuuu cccauccauu gugggacguc 600
ccagacauca gggggugaug gugggaaugg gacaaaaaga cagcuacgug ggugacgaag 660
cacagagcaa aagaggaauc cugacccuga aguacccgau agaacauggc aucaucacca 720
acugggacga cauggaaaag aucuggcacc acucuuucua caaugagcuu cguguugccc 780
cugaagagca ucccacccug cucacggagg caccccugaa ccccaaggcc aaccgggaga 840
aaaugacuca aauuauguuu gagacuuuca augucccagc cauguaugug gcuauccagg 900
cggugcuguc ucucuaugcc ucuggacgca caacuggcau cgugcuggac ucuggagaug 960
gugucaccca caaugucccc aucuaugagg gcuaugccuu gccccaugcc aucaugcguc 1020
uggaucuggc uggccgagau cucacugacu accucaugaa gauccugacu gagcguggcu 1080
auuccuucgu uacuacugcu gagcgugaga uuguccggga caucaaggag aaacuguguu 1140
auguagcucu ggacuuugaa aaugagaugg ccacugccgc auccucaucc ucccuugaga 1200
agaguuacga guugccugau gggcaaguga ucaccaucgg aaaugaacgu uuccgcugcc 1260
cagagacccu guuccagcca uccuucaucg ggauggaguc ugcuggcauc caugaaacca 1320
ccuacaacag caucaugaag ugugauauug acaucaggaa ggaccucuau gcuaacaaug 1380
uccuaucagg gggcaccacu auguacccug gcauugccga ccgaaugcag aaggagauca 1440
cggcccuagc acccagcacc augaagauca agaucauugc cccuccggag cgcaaauacu 1500
cugucuggau cgguggcucc auccuggccu cucuguccac cuuccagcag auguggauca 1560
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cuuuccugcu ccucucuguc ucuagcacac aacugugaau guccugugga auuaugccuu 1680
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uaaaucugaa auaggcuacu gguaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1800
aaaaa 1805
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<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
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Met Cys Glu Glu Glu Asp Ser Thr Ala Leu Val Cys Asp Asn Gly Ser
1 5 10 15
Gly Leu Cys Lys Ala Gly Phe Ala Gly Asp Asp Ala Pro Arg Ala Val
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Phe Pro Ser Ile Val Gly Arg Pro Arg His Gln Gly Val Met Val Gly
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Met Gly Gln Lys Asp Ser Tyr Val Gly Asp Glu Ala Gln Ser Lys Arg
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Gly Ile Leu Thr Leu Lys Tyr Pro Ile Glu His Gly Ile Ile Thr Asn
65 70 75 80
Trp Asp Asp Met Glu Lys Ile Trp His His Ser Phe Tyr Asn Glu Leu
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Asn Pro Lys Ala Asn Arg Glu Lys Met Thr Gln Ile Met Phe Glu Thr
115 120 125
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Tyr Ala Ser Gly Arg Thr Thr Gly Ile Val Leu Asp Ser Gly Asp Gly
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Val Thr His Asn Val Pro Ile Tyr Glu Gly Tyr Ala Leu Pro His Ala
165 170 175
Ile Met Arg Leu Asp Leu Ala Gly Arg Asp Leu Thr Asp Tyr Leu Met
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Lys Ile Leu Thr Glu Arg Gly Tyr Ser Phe Val Thr Thr Ala Glu Arg
195 200 205
Glu Ile Val Arg Asp Ile Lys Glu Lys Leu Cys Tyr Val Ala Leu Asp
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Phe Glu Asn Glu Met Ala Thr Ala Ala Ser Ser Ser Ser Leu Glu Lys
225 230 235 240
Ser Tyr Glu Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Thr Ile Gly Asn Glu Arg
245 250 255
Phe Arg Cys Pro Glu Thr Leu Phe Gln Pro Ser Phe Ile Gly Met Glu
260 265 270
Ser Ala Gly Ile His Glu Thr Thr Tyr Asn Ser Ile Met Lys Cys Asp
275 280 285
Ile Asp Ile Arg Lys Asp Leu Tyr Ala Asn Asn Val Leu Ser Gly Gly
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Ala Leu Ala Pro Ser Thr Met Lys Ile Lys Ile Ile Ala Pro Pro Glu
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<213> 人（Homo sapiens）
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<213> 人（Homo sapiens）
<400> 8
Met Cys Glu Glu Glu Thr Thr Ala Leu Val Cys Asp Asn Gly Ser Gly
1 5 10 15
Leu Cys Lys Ala Gly Phe Ala Gly Asp Asp Ala Pro Arg Ala Val Phe
20 25 30
Pro Ser Ile Val Gly Arg Pro Arg His Gln Gly Val Met Val Gly Met
35 40 45
Gly Gln Lys Asp Ser Tyr Val Gly Asp Glu Ala Gln Ser Lys Arg Gly
50 55 60
Ile Leu Thr Leu Lys Tyr Pro Ile Glu His Gly Ile Ile Thr Asn Trp
65 70 75 80
Asp Asp Met Glu Lys Ile Trp His His Ser Phe Tyr Asn Glu Leu Arg
85 90 95
Val Ala Pro Glu Glu His Pro Thr Leu Leu Thr Glu Ala Pro Leu Asn
100 105 110
Pro Lys Ala Asn Arg Glu Lys Met Thr Gln Ile Met Phe Glu Thr Phe
115 120 125
Asn Val Pro Ala Met Tyr Val Ala Ile Gln Ala Val Leu Ser Leu Tyr
130 135 140
Ala Ser Gly Arg Thr Thr Gly Ile Val Leu Asp Ser Gly Asp Gly Val
145 150 155 160
Thr His Asn Val Pro Ile Tyr Glu Gly Tyr Ala Leu Pro His Ala Ile
165 170 175
Met Arg Leu Asp Leu Ala Gly Arg Asp Leu Thr Asp Tyr Leu Met Lys
180 185 190
Ile Leu Thr Glu Arg Gly Tyr Ser Phe Val Thr Thr Ala Glu Arg Glu
195 200 205
Ile Val Arg Asp Ile Lys Glu Lys Leu Cys Tyr Val Ala Leu Asp Phe
210 215 220
Glu Asn Glu Met Ala Thr Ala Ala Ser Ser Ser Ser Leu Glu Lys Ser
225 230 235 240
Tyr Glu Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Thr Ile Gly Asn Glu Arg Phe
245 250 255
Arg Cys Pro Glu Thr Leu Phe Gln Pro Ser Phe Ile Gly Met Glu Ser
260 265 270
Ala Gly Ile His Glu Thr Thr Tyr Asn Ser Ile Met Lys Cys Asp Ile
275 280 285
Asp Ile Arg Lys Asp Leu Tyr Ala Asn Asn Val Leu Ser Gly Gly Thr
290 295 300
Thr Met Tyr Pro Gly Ile Ala Asp Arg Met Gln Lys Glu Ile Thr Ala
305 310 315 320
Leu Ala Pro Ser Thr Met Lys Ile Lys Ile Ile Ala Pro Pro Glu Arg
325 330 335
Lys Tyr Ser Val Trp Ile Gly Gly Ser Ile Leu Ala Ser Leu Ser Thr
340 345 350
Phe Gln Gln Met Trp Ile Ser Lys Pro Glu Tyr Asp Glu Ala Gly Pro
355 360 365
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<213> 人（Homo sapiens）
<400> 9
acgccgccaa cuggcggggg ugcgggggag acaauaauuu guuccgcggu aauaagaacg 60
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cagaacggcg cgcgcgcgcg cacgcacgca cacacacggg gggaaacuuu uuuaaaaaug 240
aaaggcuaga agagcucagc ggcggcgcgg gcgcugcgcg agggcuccgg agcugacucg 300
ccgaggcagg aaaucccucc ggucgcgacg cccggccccg gcucggcgcc cgcgugggau 360
ggugcagcgc ucgccgccgg gcccgagagc ugcugcacug aaggccggcg acgauggcag 420
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uccaugaauu ucuggacugg aggaagauga agcuucuacc ucgcaaaucc caugacaaug 1320
cgcagcuugu cagugggguu uauuuccaag ggaccaccau cggcauggcc ccaaucauga 1380
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ccaccgggua cccauuuccc augguguuca gcaguugcag caggaaggac uuggagacca 1620
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ggggccagaa gugugggaac agauuugugg aagaaggaga ggagugugac uguggggagc 1740
cagaggaaug uaugaaucgc ugcugcaaug ccaccaccug uacccugaag ccggacgcug 1800
ugugcgcaca ugggcugugc ugugaagacu gccagcugaa gccugcagga acagcgugca 1860
gggacuccag caacuccugu gaccucccag aguucugcac aggggccagc ccucacugcc 1920
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cugccccugg gaucugcuuu gagagaguca auucugcagg ugauccuuau ggcaacugug 2100
gcaaagucuc gaagaguucc uuugccaaau gcgagaugag agaugcuaaa uguggaaaaa 2160
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ucugccugaa ucgucaaugu caaaauauua gugucuuugg gguucacgag ugugcaaugc 2400
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uguuuaaaac aucauuacua uaagaacuuu gagcuacugc cgucagugcu gugcugugcu 3300
auggugcucu gucuacuugc ucagguacuu guaaauuauu aauuuaugca gaauguugau 3360
uacagugcag ugcgcuguag uaggcauuuu uaccaucacu gaguuuucca uggcaggaag 3420
gcuuguugug cuuuuaguau uuuagugaac uugaaauauc cugcuugaug ggauucugga 3480
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aucuggcuuc uggccaggaa gcuuugguga gaaccugggu ugcagacagg aaucuuaagg 3780
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uagcuuggga aagguggugu uucuguaaga aaccuacugc ccaggcacug caaaccgcca 4020
ccucccuaua cugcuuggag cugagcaaau caccacaaac uguaauacaa ugauccugua 4080
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uauuaaguuc uuuaaaaugu aaagccaugc uggaaaauaa uacugcugag auacauacag 4980
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ccauggcuga ugacacauuc uuaucucuac aguacuaaug uguuauuaua gagccaugca 5340
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aggcugauuc aacacagcug cccacacaaa gccaguggcu aauacaucug uuuaccuuuc 6720
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uuccuuuugu agagaaaauc cccuuuacuu uuuggaacag uaauggcagc uucuaguaca 7260
gccauuacag uuucauauga gaaaaauuaa gaauaacuau aaaauuguua aaauauccaa 7320
uaauggauaa ugauggccag aagauuuaac auacaaagua auucucaaug uaaagcuauu 7380
cagcucuucc agguugaaug cccuguaacc cacccugacc uuccacauca ucuucaaaaa 7440
gcaguuucuc uguuccccau gauucuccua uaagguaacu cuuuaguccu ccauuuagca 7500
cauuuuaaau ccuccaaaga auaaguauca ugugauuauu uuagcuuuac aaaaaaaaag 7560
uugaauggcg uuuuauuuuc auggccuaua agcagguacc uuaguagggc agauauagga 7620
aaaacaaauu agagcaaaac aaauccucua caaauccaag gcaggaaaag ugguggcaga 7680
gugacucauu cuccuguccc ucccaucagg ucaaaucagg aggcugcagu gaaugccugu 7740
ucuuugaaug uguagcaguu guuccuguaa cucuuuaaaa cuuggcuaua ggcuguuuag 7800
cacaguacag auuaaagaua caguuacgua aacagcaaag uaauuuuaua gugcuucauc 7860
cauuuaucau gcuuugguuu gcuaauuuuu ucacauaccu uuuucuauca cagucuguug 7920
cuuuuguaca cauuucucau auugggguuc gacagguaaa cacaaacugc uauuucagua 7980
gaaaaaguua uuguuaugaa uauuaaaccc aauaaauugu auaaagguaa auaucaaaaa 8040
aaaaaaaaaa 8050
<210> 10
<211> 909
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 10
Met Ala Ala Arg Pro Leu Pro Val Ser Pro Ala Arg Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
Ala Leu Ala Gly Ala Leu Leu Ala Pro Cys Glu Ala Arg Gly Val Ser
20 25 30
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485 490 495
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515 520 525
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<210> 11
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<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 11
gagggcuggg agccgggugg ggaggcgcgg ggcgagccgg gggguuccag acgcgccucc 60
accgccgggc agugggcagg uauggcugag ggcgugugag cgccgagcgc uaagggccgc 120
cgccaccaug ccagggggcg caggcgccgc ccggcucugc uugcuggcgu uugcccugca 180
gccccuccgg ccgcgggcgg cgcgggagcc uggauggaca agaggaagug aggaaggcag 240
ccccaagcug cagcaugaac uuaucauacc ucaguggaag acuucagaaa gccccgugag 300
agaaaagcau ccacucaaag cugagcucag gguaauggcu gaggggcgag aacugauccu 360
ggaccuggag aagaaugagc aacuuuuugc uccuuccuac acagaaaccc auuauacuuc 420
aagugguaac ccucaaacca ccacacggaa auuggaggau cacugcuuuu accacggcac 480
ggugagggag acagaacugu ccagcgucac gcucagcacu ugccgaggaa uuagaggacu 540
gauuacggug agcagcaacc ucagcuacgu caucgagccc cucccugaca gcaagggcca 600
acaccuuauu uacagaucug aacaucucaa gccgcccccg ggaaacugug gguucgagca 660
cuccaagccc accaccaggg acugggcucu ucaguuuaca caacagacca agaagcgacc 720
ucgcaggaug aaaagggaag auuuaaacuc caugaaguau guggagcuuu accucguggc 780
ugauuauuua gaguuucaga agaaucgacg agaccaggac gccaccaaac acaagcucau 840
agagaucgcc aacuauguug auaaguuuua ccgauccuug aacauccgga uugcucucgu 900
gggcuuggaa guguggaccc acgggaacau gugugaaguu ucagagaauc cauauucuac 960
ccucuggucc uuucucaguu ggaggcgcaa gcugcuugcc cagaaguacc augacaacgc 1020
ccaauuaauc acgggcaugu ccuuccacgg caccaccauc ggccuggccc cccucauggc 1080
caugugcucu guguaccagu cuggaggagu caacauggac cacuccgaga augccauugg 1140
cguggcugcc accauggccc acgagauggg ccacaacuuu ggcaugaccc augauucugc 1200
agauugcugc ucggccagug cggcugaugg ugggugcauc auggcagcug ccacugggca 1260
ccccuuuccc aaaguguuca auggaugcaa caggagggag cuggacaggu aucugcaguc 1320
agguggugga augugucucu ccaacaugcc agacaccagg auguuguaug gaggccggag 1380
gugugggaac ggguaucugg aagaugggga agagugugac uguggagaag aagaggaaug 1440
uaacaacccc ugcugcaaug ccucuaauug uacccugagg ccgggggcgg agugugcuca 1500
cggcuccugc ugccaccagu guaagcuguu ggcuccuggg acccugugcc gcgagcaggc 1560
caggcagugu gaccucccgg aguucuguac gggcaagucu ccccacugcc cuaccaacuu 1620
cuaccagaug gaugguaccc ccugugaggg cggccaggcc uacugcuaca acggcaugug 1680
ccucaccuac caggagcagu gccagcagcu guggggaccc ggagcccgac cugccccuga 1740
ccucugcuuc gagaagguga auguggcagg agacaccuuu ggaaacugug gaaaggacau 1800
gaauggugaa cacaggaagu gcaacaugag agaugcgaag ugugggaaga uccaguguca 1860
gagcucugag gcccggcccc uggaguccaa cgcggugccc auugacacca cuaucaucau 1920
gaaugggagg cagauccagu gccggggcac ccacgucuac cgagguccug aggaggaggg 1980
ugacaugcug gacccagggc uggugaugac uggaaccaag uguggcuaca accauauuug 2040
cuuugagggg cagugcagga acaccuccuu cuuugaaacu gaaggcugug ggaagaagug 2100
caauggccau ggggucugua acaacaacca gaacugccac ugccugccgg gcugggcccc 2160
gcccuucugc aacacaccgg gccacggggg caguaucgac agugggccua ugcccccuga 2220
gagugugggu ccugugguag cuggaguguu gguggccauc uuggugcugg cgguccucau 2280
gcugauguac uacugcugca gacagaacaa caaacuaggc caacucaagc ccucagcucu 2340
cccuuccaag cugaggcaac aguucaguug ucccuucagg guuucucaga acagcgggac 2400
uggucaugcc aacccaacuu ucaagcugca gacgccccag ggcaagcgaa aggugaucaa 2460
cacuccggaa auccugcgga agcccuccca gccuccuccc cggcccccuc cagauuaucu 2520
gcgugguggg uccccaccug caccacugcc agcucaccug agcagggcug cuaggaacuc 2580
cccagggccc gggucucaaa uagagaggac ggagucgucc aggaggccuc cuccaagccg 2640
gccaauuccc cccgcaccaa auugcaucgu uucccaggac uucuccaggc cucggccgcc 2700
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gaagcccaga gggacuauga ucugauggcc ucuagguguu guuuugugca auauacagcc 3120
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ccauguccuu gccguggguc auccuugcug ugggucaucc uugcugugga gauccauucc 4740
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ccuuguuagu auuuaauuaa aaaugaauug uuugucauuu gcaauguuaa aaaaaaaaaa 6540
aaaaaaaaaa aaaa 6554
<210> 12
<211> 955
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 12
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<400> 13
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ccacugcccc cgccagagcc caccggccag cauguccucu gcucacuuca accgaggccc 240
ugccuacggg cugucagccg agguuaagaa caagcuggcc cagaaguaug accaccagcg 300
ggagcaggag cugagagagu ggaucgaggg ggugacaggc cgucgcaucg gcaacaacuu 360
cauggacggc cucaaagaug gcaucauucu uugcgaauuc aucaauaagc ugcagccagg 420
cuccgugaag aagaucaaug agucaaccca aaauuggcac cagcuggaga acaucggcaa 480
cuucaucaag gccaucacca aguauggggu gaagccccac gacauuuuug aggccaacga 540
ccuguuugag aacaccaacc auacacaggu gcaguccacc cuccuggcuu uggccagcau 600
ggcgaagacg aaaggaaaca aggugaacgu gggagugaag uacgcagaga agcaggagcg 660
gaaauucgag ccggggaagc uaagagaagg gcggaacauc auugggcugc agaugggcac 720
caacaaguuu gccagccagc agggcaugac ggccuauggc acccggcgcc accucuacga 780
ccccaagcug ggcacagacc agccucugga ccaggcgacc aucagccugc agaugggcac 840
caacaaagga gccagccagg cuggcaugac ugcgccaggg accaagcggc agaucuucga 900
gccggggcug ggcauggagc acugcgacac gcucaauguc agccugcaga ugggcagcaa 960
caagggcgcc ucgcagcggg gcaugacggu guaugggcug ccacgccagg ucuacgaccc 1020
caaguacugu cugacucccg aguacccaga gcugggugag cccgcccaca accaccacgc 1080
acacaacuac uacaauuccg ccuagggcca caaggccuuc ccuguuuucc ccccaaggga 1140
ggcugcugcu gcucuuggcu ggacccagcc aggcccagcc gacccccucu cccugcaugg 1200
cauccuccag ccccuguaga acucaaccuc uacaggguua gaguuuggag agagcagacu 1260
ggcggggggc ccauuggggg gaaggggacc cuccgcucug uagugcuaca ggguccaaca 1320
uagagccggg uguccccaac agcgcccaaa ggacgcacug agcaacgcua uuccagcugu 1380
ccccccacuc ccucacaagu ggguaccccc aggaccagaa gcucccccag caaagccccc 1440
agagcccagg cucggccugc ccccacccca uucccgcagu gggagcaaac ugcaugccca 1500
gagacccagc ggacacacgc gguuugguuu gcagcgacug gcauacuaug uggaugugac 1560
aguggcguuu guaaugagag cacuuucuuu uuuuucuauu ucacuggagc acaauaaaug 1620
gcuguaaaau cucaaaaaaa aaaaaa 1646
<210> 14
<211> 297
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 14
Met Ser Ser Ala His Phe Asn Arg Gly Pro Ala Tyr Gly Leu Ser Ala
1 5 10 15
Glu Val Lys Asn Lys Leu Ala Gln Lys Tyr Asp His Gln Arg Glu Gln
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Glu Leu Arg Glu Trp Ile Glu Gly Val Thr Gly Arg Arg Ile Gly Asn
35 40 45
Asn Phe Met Asp Gly Leu Lys Asp Gly Ile Ile Leu Cys Glu Phe Ile
50 55 60
Asn Lys Leu Gln Pro Gly Ser Val Lys Lys Ile Asn Glu Ser Thr Gln
65 70 75 80
Asn Trp His Gln Leu Glu Asn Ile Gly Asn Phe Ile Lys Ala Ile Thr
85 90 95
Lys Tyr Gly Val Lys Pro His Asp Ile Phe Glu Ala Asn Asp Leu Phe
100 105 110
Glu Asn Thr Asn His Thr Gln Val Gln Ser Thr Leu Leu Ala Leu Ala
115 120 125
Ser Met Ala Lys Thr Lys Gly Asn Lys Val Asn Val Gly Val Lys Tyr
130 135 140
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Arg Asn Ile Ile Gly Leu Gln Met Gly Thr Asn Lys Phe Ala Ser Gln
165 170 175
Gln Gly Met Thr Ala Tyr Gly Thr Arg Arg His Leu Tyr Asp Pro Lys
180 185 190
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195 200 205
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Leu Asn Val Ser Leu Gln Met Gly Ser Asn Lys Gly Ala Ser Gln Arg
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Gly Met Thr Val Tyr Gly Leu Pro Arg Gln Val Tyr Asp Pro Lys Tyr
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His Ala His Asn Tyr Tyr Asn Ser Ala
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<210> 15
<211> 6545
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 15
aggucuccgc uuggagccgc cgcacccggg acggugcgua gcgcuggaag uccggccuuc 60
cgagagcuag cuguccgccg cggcccccgc acgccgggca gccgucccuc gccgccucgg 120
gcgcgccacc auggggcccc ggcucagcgu cuggcugcug cugcugcccg ccgcccuucu 180
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caaaugugac ugccauggag ugaagggaca aaagggugaa agaggccucc cgggguuaca 300
aggugucauu ggguuuccug gaaugcaagg accugagggg ccacagggac caccaggaca 360
aaagggugau acuggagaac caggacuacc uggaacaaaa gggacaagag gaccuccggg 420
agcaucuggc uacccuggaa acccaggacu ucccggaauu ccuggccaag acggcccgcc 480
aggcccccca gguauuccag gaugcaaugg cacaaagggg gagagagggc cgcucgggcc 540
uccuggcuug ccugguuucg cuggaaaucc cggaccacca ggcuuaccag ggaugaaggg 600
ugauccaggu gagauacuug gccaugugcc cgggaugcug uugaaaggug aaagaggauu 660
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gccuccagga uuuaccggac caccaggucc cccaggcccu cccggcccuc caggugaaaa 780
gggacaaaug ggcuuaaguu uucaaggacc aaaaggugac aagggugacc aaggggucag 840
ugggccucca ggaguaccag gacaagcuca aguucaagaa aaaggagacu ucgccaccaa 900
gggagaaaag ggccaaaaag gugaaccugg auuucagggg augccagggg ucggagagaa 960
aggugaaccc ggaaaaccag gacccagagg caaacccgga aaagauggug acaaagggga 1020
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aggaccuuug ggagaaaaag gagagagggg cuacccugga acuccggggc caagaggaga 1200
gccaggccca aaagguuucc caggacuacc aggccaaccc ggaccuccag gccucccugu 1260
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accuccaggu gaccaggguc cuccuggaau uccagggcag ccaggauuua uaggcgaaau 1500
uggagagaaa ggucaaaaag gagagaguug ccucaucugu gauauagacg gauaucgggg 1560
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uggugacacc ggccccccug ggccuccagg auaugguccu gcugguccca uuggugacaa 1980
aggacaagca ggcuuuccug gaggcccugg auccccaggc cugccagguc caaaggguga 2040
accaggaaaa auuguuccuu uaccaggccc cccuggagca gaaggacugc cggggucccc 2100
aggcuuccca gguccccaag gagaccgagg cuuucccgga accccaggaa ggccaggccu 2160
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caaagguguu gacggcuuac cuggagacau ggggccaccg gggacuccag gucgcccggg 2280
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ggggagcauu gggguaccag gcguuccugg agaacaugga gcgaucggac ccccugggcu 2460
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guugucaggc ccuccuggaa uaaaaggaga gaaggguuuc cccggauucc cuggacugga 2640
caugccgggc ccuaaaggag auaaaggggc ucaaggacuc ccuggcauaa cgggacaguc 2700
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cgggagccca ggaauuccug gauccaaagg agagcaagga uucauggguc cuccggggcc 3780
ccagggacag ccgggguuac cgggaucccc aggccaugcc acggaggggc ccaaaggaga 3840
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gcuuccuggg auugauggag uuaaagguga caaaggaaau ccaggcuggc caggagcacc 3960
cgguguccca gggcccaagg gagacccugg auuccagggc augccuggua uugguggcuc 4020
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gggagcuaaa ggucucccgg guccuccugg ccccccaggu ccuuacgaca ucaucaaagg 4200
ggagcccggg cucccugguc cugagggccc cccagggcug aaagggcuuc agggacugcc 4260
aggcccgaaa ggccagcaag guguuacagg auuggugggu auaccuggac cuccagguau 4320
uccuggguuu gacggugccc cuggccagaa aggagagaug ggaccugccg ggccuacugg 4380
uccaagagga uuuccagguc caccaggccc cgauggguug ccaggaucca uggggccccc 4440
aggcacccca ucuguugauc acggcuuccu ugugaccagg cauagucaaa caauagauga 4500
cccacagugu ccuucuggga ccaaaauucu uuaccacggg uacucuuugc ucuacgugca 4560
aggcaaugaa cgggcccaug gccaggacuu gggcacggcc ggcagcugcc ugcgcaaguu 4620
cagcacaaug cccuuccugu ucugcaauau uaacaacgug ugcaacuuug caucacgaaa 4680
ugacuacucg uacuggcugu ccaccccuga gcccaugccc augucaaugg cacccaucac 4740
gggggaaaac auaagaccau uuauuaguag gugugcugug ugugaggcgc cugccauggu 4800
gauggccgug cacagccaga ccauucagau cccaccgugc cccagcgggu gguccucgcu 4860
guggaucggc uacucuuuug ugaugcacac cagcgcuggu gcagaaggcu cuggccaagc 4920
ccuggcgucc cccggcuccu gccuggagga guuuagaagu gcgccauuca ucgaguguca 4980
cggccguggg accugcaauu acuacgcaaa cgcuuacagc uuuuggcucg ccaccauaga 5040
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gcacgucagc cgcugccaag ucuguaugag aagaacauaa ugaagccuga cucagcuaau 5160
gucacaacau ggugcuacuu cuucuucuuu uuguuaacag caacgaaccc uagaaauaua 5220
uccuguguac cucacugucc aauaugaaaa ccguaaagug ccuuauagga auuugcguaa 5280
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uccaaugcac ugauguguga agugagaacu ccaucagaaa accaaagggu gcuaggaggu 5460
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gauua 6545
<210> 16
<211> 1669
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 16
Met Gly Pro Arg Leu Ser Val Trp Leu Leu Leu Leu Pro Ala Ala Leu
1 5 10 15
Leu Leu His Glu Glu His Ser Arg Ala Ala Ala Lys Gly Gly Cys Ala
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Gly Ser Gly Cys Gly Lys Cys Asp Cys His Gly Val Lys Gly Gln Lys
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Gly Glu Arg Gly Leu Pro Gly Leu Gln Gly Val Ile Gly Phe Pro Gly
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Gly Val Pro Gly Gln Ala Gln Val Gln Glu Lys Gly Asp Phe Ala Thr
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1340 1345 1350
Ile Ile Lys Gly Glu Pro Gly Leu Pro Gly Pro Glu Gly Pro Pro
1355 1360 1365
Gly Leu Lys Gly Leu Gln Gly Leu Pro Gly Pro Lys Gly Gln Gln
1370 1375 1380
Gly Val Thr Gly Leu Val Gly Ile Pro Gly Pro Pro Gly Ile Pro
1385 1390 1395
Gly Phe Asp Gly Ala Pro Gly Gln Lys Gly Glu Met Gly Pro Ala
1400 1405 1410
Gly Pro Thr Gly Pro Arg Gly Phe Pro Gly Pro Pro Gly Pro Asp
1415 1420 1425
Gly Leu Pro Gly Ser Met Gly Pro Pro Gly Thr Pro Ser Val Asp
1430 1435 1440
His Gly Phe Leu Val Thr Arg His Ser Gln Thr Ile Asp Asp Pro
1445 1450 1455
Gln Cys Pro Ser Gly Thr Lys Ile Leu Tyr His Gly Tyr Ser Leu
1460 1465 1470
Leu Tyr Val Gln Gly Asn Glu Arg Ala His Gly Gln Asp Leu Gly
1475 1480 1485
Thr Ala Gly Ser Cys Leu Arg Lys Phe Ser Thr Met Pro Phe Leu
1490 1495 1500
Phe Cys Asn Ile Asn Asn Val Cys Asn Phe Ala Ser Arg Asn Asp
1505 1510 1515
Tyr Ser Tyr Trp Leu Ser Thr Pro Glu Pro Met Pro Met Ser Met
1520 1525 1530
Ala Pro Ile Thr Gly Glu Asn Ile Arg Pro Phe Ile Ser Arg Cys
1535 1540 1545
Ala Val Cys Glu Ala Pro Ala Met Val Met Ala Val His Ser Gln
1550 1555 1560
Thr Ile Gln Ile Pro Pro Cys Pro Ser Gly Trp Ser Ser Leu Trp
1565 1570 1575
Ile Gly Tyr Ser Phe Val Met His Thr Ser Ala Gly Ala Glu Gly
1580 1585 1590
Ser Gly Gln Ala Leu Ala Ser Pro Gly Ser Cys Leu Glu Glu Phe
1595 1600 1605
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1610 1615 1620
Tyr Tyr Ala Asn Ala Tyr Ser Phe Trp Leu Ala Thr Ile Glu Arg
1625 1630 1635
Ser Glu Met Phe Lys Lys Pro Thr Pro Ser Thr Leu Lys Ala Gly
1640 1645 1650
Glu Leu Arg Thr His Val Ser Arg Cys Gln Val Cys Met Arg Arg
1655 1660 1665
Thr
<210> 17
<211> 2358
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 17
aaacucacac aacaacucuu ccccgcugag aggagacagc cagugcgacu ccacccucca 60
gcucgacggc agccgccccg gccgacagcc ccgagacgac agcccggcgc gucccggucc 120
ccaccuccga ccaccgccag cgcuccaggc cccgccgcuc cccgcucgcc gccaccgcgc 180
ccuccgcucc gcccgcagug ccaaccauga ccgccgccag uaugggcccc guccgcgucg 240
ccuucguggu ccuccucgcc cucugcagcc ggccggccgu cggccagaac ugcagcgggc 300
cgugccggug cccggacgag ccggcgccgc gcugcccggc gggcgugagc cucgugcugg 360
acggcugcgg cugcugccgc gucugcgcca agcagcuggg cgagcugugc accgagcgcg 420
accccugcga cccgcacaag ggccucuucu gugacuucgg cuccccggcc aaccgcaaga 480
ucggcgugug caccgccaaa gauggugcuc ccugcaucuu cggugguacg guguaccgca 540
gcggagaguc cuuccagagc agcugcaagu accagugcac gugccuggac ggggcggugg 600
gcugcaugcc ccugugcagc auggacguuc gucugcccag cccugacugc cccuucccga 660
ggagggucaa gcugcccggg aaaugcugcg aggagugggu gugugacgag cccaaggacc 720
aaaccguggu ugggccugcc cucgcggcuu accgacugga agacacguuu ggcccagacc 780
caacuaugau uagagccaac ugccuggucc agaccacaga guggagcgcc uguuccaaga 840
ccugugggau gggcaucucc acccggguua ccaaugacaa cgccuccugc aggcuagaga 900
agcagagccg ccugugcaug gucaggccuu gcgaagcuga ccuggaagag aacauuaaga 960
agggcaaaaa gugcauccgu acucccaaaa ucuccaagcc uaucaaguuu gagcuuucug 1020
gcugcaccag caugaagaca uaccgagcua aauucugugg aguauguacc gacggccgau 1080
gcugcacccc ccacagaacc accacccugc cgguggaguu caagugcccu gacggcgagg 1140
ucaugaagaa gaacaugaug uucaucaaga ccugugccug ccauuacaac ugucccggag 1200
acaaugacau cuuugaaucg cuguacuaca ggaagaugua cggagacaug gcaugaagcc 1260
agagagugag agacauuaac ucauuagacu ggaacuugaa cugauucaca ucucauuuuu 1320
ccguaaaaau gauuucagua gcacaaguua uuuaaaucug uuuuucuaac ugggggaaaa 1380
gauucccacc caauucaaaa cauugugcca ugucaaacaa auagucuauc aaccccagac 1440
acugguuuga agaauguuaa gacuugacag uggaacuaca uuaguacaca gcaccagaau 1500
guauauuaag guguggcuuu aggagcagug ggaggguacc agcagaaagg uuaguaucau 1560
cagauagcau cuuauacgag uaauaugccu gcuauuugaa guguaauuga gaaggaaaau 1620
uuuagcgugc ucacugaccu gccuguagcc ccagugacag cuaggaugug cauucuccag 1680
ccaucaagag acugagucaa guuguuccuu aagucagaac agcagacuca gcucugacau 1740
ucugauucga augacacugu ucaggaaucg gaauccuguc gauuagacug gacagcuugu 1800
ggcaagugaa uuugccugua acaagccaga uuuuuuaaaa uuuauauugu aaauauugug 1860
ugugugugug uguguguaua uauauauaua uguacaguua ucuaaguuaa uuuaaaguug 1920
uuugugccuu uuuauuuuug uuuuuaaugc uuugauauuu caauguuagc cucaauuucu 1980
gaacaccaua gguagaaugu aaagcuuguc ugaucguuca aagcaugaaa uggauacuua 2040
uauggaaauu cugcucagau agaaugacag uccgucaaaa cagauuguuu gcaaagggga 2100
ggcaucagug uccuuggcag gcugauuucu agguaggaaa ugugguagcc ucacuuuuaa 2160
ugaacaaaug gccuuuauua aaaacugagu gacucuauau agcugaucag uuuuuucacc 2220
uggaagcauu uguuucuacu uugauaugac uguuuuucgg acaguuuauu uguugagagu 2280
gugaccaaaa guuacauguu ugcaccuuuc uaguugaaaa uaaaguguau auuuuuucua 2340
uaaaaaaaaa aaaaaaaa 2358
<210> 18
<211> 349
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 18
Met Thr Ala Ala Ser Met Gly Pro Val Arg Val Ala Phe Val Val Leu
1 5 10 15
Leu Ala Leu Cys Ser Arg Pro Ala Val Gly Gln Asn Cys Ser Gly Pro
20 25 30
Cys Arg Cys Pro Asp Glu Pro Ala Pro Arg Cys Pro Ala Gly Val Ser
35 40 45
Leu Val Leu Asp Gly Cys Gly Cys Cys Arg Val Cys Ala Lys Gln Leu
50 55 60
Gly Glu Leu Cys Thr Glu Arg Asp Pro Cys Asp Pro His Lys Gly Leu
65 70 75 80
Phe Cys His Phe Gly Ser Pro Ala Asn Arg Lys Ile Gly Val Cys Thr
85 90 95
Ala Lys Asp Gly Ala Pro Cys Ile Phe Gly Gly Thr Val Tyr Arg Ser
100 105 110
Gly Glu Ser Phe Gln Ser Ser Cys Lys Tyr Gln Cys Thr Cys Leu Asp
115 120 125
Gly Ala Val Gly Cys Met Pro Leu Cys Ser Met Asp Val Arg Leu Pro
130 135 140
Ser Pro Asp Cys Pro Phe Pro Arg Arg Val Lys Leu Pro Gly Lys Cys
145 150 155 160
Cys Glu Glu Trp Val Cys Asp Glu Pro Lys Asp Gln Thr Val Val Gly
165 170 175
Pro Ala Leu Ala Ala Tyr Arg Leu Glu Asp Thr Phe Gly Pro Asp Pro
180 185 190
Thr Met Ile Arg Ala Asn Cys Leu Val Gln Thr Thr Glu Trp Ser Ala
195 200 205
Cys Ser Lys Thr Cys Gly Met Gly Ile Ser Thr Arg Val Thr Asn Asp
210 215 220
Asn Ala Ser Cys Arg Leu Glu Lys Gln Ser Arg Leu Cys Met Val Arg
225 230 235 240
Pro Cys Glu Ala Asp Leu Glu Glu Asn Ile Lys Lys Gly Lys Lys Cys
245 250 255
Ile Arg Thr Pro Lys Ile Ser Lys Pro Ile Lys Phe Glu Leu Ser Gly
260 265 270
Cys Thr Ser Met Lys Thr Tyr Arg Ala Lys Phe Cys Gly Val Cys Thr
275 280 285
Asp Gly Arg Cys Cys Thr Pro His Arg Thr Thr Thr Leu Pro Val Glu
290 295 300
Phe Lys Cys Pro Asp Gly Glu Val Met Lys Lys Asn Met Met Phe Ile
305 310 315 320
Lys Thr Cys Ala Cys His Tyr Asn Cys Pro Gly Asp Asn Asp Ile Phe
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Glu Ser Leu Tyr Tyr Arg Lys Met Tyr Gly Asp Met Ala
340 345
<210> 19
<211> 3248
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 19
acuuccgucu uggaggccag gguggcgcug ccgccguccc ucgcccggag gcagagaugc 60
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ggaggcggcc cagcgguccu gucccgcgcc ugcgcacucc aggccccgcc ccgccccgcg 360
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ugaaagacug ccgggcgcau gcggucgggg uuguucacug gcuguccggg gcuccgcgcg 480
cgucgccggc ccagcucugu cgcugacggg aggaucugaa gccggccgca ggucaaagag 540
uaaaaugaag uacauucugg uuacuggugg uguuauauca ggaauuggaa aaggaaucau 600
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ugaccccuac auuaacauug augcaggaac auucucuccu uaugagcaug gugagguuuu 720
ugugcuggau gauggugggg aaguagaccu ugaccugggu aacuaugagc gguuccuuga 780
cauccgccuc accaaggaca auaaucugac cacuggaaag auauaccagu augucauuaa 840
caaggaacgg aaaggagauu acuuggggaa aacuguccaa guugucccuc auaucacaga 900
ugcaauccag gaguggguga ugagacaggc guuaauaccu guagaugaag auggccugga 960
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uauugaggcc uuccgucagu uccaauucaa ggucaaaaga gagaacuuuu guaacaucca 1080
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aaauccacuu gacacaucag ugaaggagaa aauaucaaug uucugccaug uugagccuga 1260
acaagugauc uguguccacg augucucauc caucuaccga guccccuugu uguuagagga 1320
gcaagggguu guagauuauu uucuucgaag acuugaccuu ccuauugaga ggcagccaag 1380
aaaaaugcug augaaaugga aagagauggc ugacagauau gaucgcuugc uggagaccug 1440
cucuauugcc cuugugggca aauacacgaa guucucagac uccuaugccu cugucauuaa 1500
ggcucuggag cauucugcac uggccaucaa ccacaaauug gaaaucaagu acauagauuc 1560
ugcggacuug gagcccauca ccucgcaaga agagcccgug cgcuaccacg aagcuuggca 1620
gaagcucugu agugcucaug gagugcuggu uccaggagga uuugguguuc gaggaacaga 1680
aggaaaaauc caagcaauug ccugggcucg gaaucagaaa aagccuuuuu ugggcgugug 1740
cuuagggaug caguuggcag ugguugaauu cucaagaaac gugcugggau ggcaagaugc 1800
caauucuaca gaguuugacc cuacgaccag ucaucccgug gucguagaca ugccagaaca 1860
caacccaggg cagaugggcg gaaccaugag gcugggcaag aggagaaccc uguuccagac 1920
caagaacuca gucaugagga aacucuaugg agacgcagac uacuuggaag agaggcaccg 1980
ccaccgauuu gaggugaauc cagucuggaa aaaguguuug gaagaacaag gcuugaaguu 2040
uguuggccaa gauguugaag gagagagaau ggaaauugug gaguuagaag aucaucccuu 2100
uuuuguuggg guucaguacc acccugaguu ccuguccagg ccuaucaagc ccuccccacc 2160
auacuuuggc cuccuccugg ccucuguggg gcggcucuca cauuaccucc agaaaggcug 2220
caggcucuca cccagggaca ccuauaguga caggagugga agcagcuccc cugacucuga 2280
aaucaccgaa cugaaguuuc caucaauaaa ucaugacuga ucuuguagcg gaugauucuu 2340
caagagaccc uucaaacuug gguagaguuu acagcucuga cuuuacacuc ggcuuuggag 2400
acuuucuuua aauuauguuu uuauuaagau uauuuuauua ugcggaaagg uauuugggaa 2460
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ugacacucuc cuugcaguuc uugaguugcg gcagaacauc gcgaugggaa ccgauggugg 2580
guggggcugc agagugcccc aucggucacc uuguuucuca acuaccucgc aucauugcag 2640
augcuagcgc guugccuguc gcuuucccuu ggauaccuag accguuauaa agugugccac 2700
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cuuacagaac aaagaaucuu uugggggaaa cuuccucuaa aacccucuca uauauagaca 3060
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gccagacucg auguguacuc uaacuuaaga aauaaaucag uaaggcagaa caagagaaaa 3240
aaaaaaaa 3248
<210> 20
<211> 591
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 20
Met Lys Tyr Ile Leu Val Thr Gly Gly Val Ile Ser Gly Ile Gly Lys
1 5 10 15
Gly Ile Ile Ala Ser Ser Val Gly Thr Ile Leu Lys Ser Cys Gly Leu
20 25 30
His Val Thr Ser Ile Lys Ile Asp Pro Tyr Ile Asn Ile Asp Ala Gly
35 40 45
Thr Phe Ser Pro Tyr Glu His Gly Glu Val Phe Val Leu Asp Asp Gly
50 55 60
Gly Glu Val Asp Leu Asp Leu Gly Asn Tyr Glu Arg Phe Leu Asp Ile
65 70 75 80
Arg Leu Thr Lys Asp Asn Asn Leu Thr Thr Gly Lys Ile Tyr Gln Tyr
85 90 95
Val Ile Asn Lys Glu Arg Lys Gly Asp Tyr Leu Gly Lys Thr Val Gln
100 105 110
Val Val Pro His Ile Thr Asp Ala Ile Gln Glu Trp Val Met Arg Gln
115 120 125
Ala Leu Ile Pro Val Asp Glu Asp Gly Leu Glu Pro Gln Val Cys Val
130 135 140
Ile Glu Leu Gly Gly Thr Val Gly Asp Ile Glu Ser Met Pro Phe Ile
145 150 155 160
Glu Ala Phe Arg Gln Phe Gln Phe Lys Val Lys Arg Glu Asn Phe Cys
165 170 175
Asn Ile His Val Ser Leu Val Pro Gln Pro Ser Ser Thr Gly Glu Gln
180 185 190
Lys Thr Lys Pro Thr Gln Asn Ser Val Arg Glu Leu Arg Gly Leu Gly
195 200 205
Leu Ser Pro Asp Leu Val Val Cys Arg Cys Ser Asn Pro Leu Asp Thr
210 215 220
Ser Val Lys Glu Lys Ile Ser Met Phe Cys His Val Glu Pro Glu Gln
225 230 235 240
Val Ile Cys Val His Asp Val Ser Ser Ile Tyr Arg Val Pro Leu Leu
245 250 255
Leu Glu Glu Gln Gly Val Val Asp Tyr Phe Leu Arg Arg Leu Asp Leu
260 265 270
Pro Ile Glu Arg Gln Pro Arg Lys Met Leu Met Lys Trp Lys Glu Met
275 280 285
Ala Asp Arg Tyr Asp Arg Leu Leu Glu Thr Cys Ser Ile Ala Leu Val
290 295 300
Gly Lys Tyr Thr Lys Phe Ser Asp Ser Tyr Ala Ser Val Ile Lys Ala
305 310 315 320
Leu Glu His Ser Ala Leu Ala Ile Asn His Lys Leu Glu Ile Lys Tyr
325 330 335
Ile Asp Ser Ala Asp Leu Glu Pro Ile Thr Ser Gln Glu Glu Pro Val
340 345 350
Arg Tyr His Glu Ala Trp Gln Lys Leu Cys Ser Ala His Gly Val Leu
355 360 365
Val Pro Gly Gly Phe Gly Val Arg Gly Thr Glu Gly Lys Ile Gln Ala
370 375 380
Ile Ala Trp Ala Arg Asn Gln Lys Lys Pro Phe Leu Gly Val Cys Leu
385 390 395 400
Gly Met Gln Leu Ala Val Val Glu Phe Ser Arg Asn Val Leu Gly Trp
405 410 415
Gln Asp Ala Asn Ser Thr Glu Phe Asp Pro Thr Thr Ser His Pro Val
420 425 430
Val Val Asp Met Pro Glu His Asn Pro Gly Gln Met Gly Gly Thr Met
435 440 445
Arg Leu Gly Lys Arg Arg Thr Leu Phe Gln Thr Lys Asn Ser Val Met
450 455 460
Arg Lys Leu Tyr Gly Asp Ala Asp Tyr Leu Glu Glu Arg His Arg His
465 470 475 480
Arg Phe Glu Val Asn Pro Val Trp Lys Lys Cys Leu Glu Glu Gln Gly
485 490 495
Leu Lys Phe Val Gly Gln Asp Val Glu Gly Glu Arg Met Glu Ile Val
500 505 510
Glu Leu Glu Asp His Pro Phe Phe Val Gly Val Gln Tyr His Pro Glu
515 520 525
Phe Leu Ser Arg Pro Ile Lys Pro Ser Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Leu
530 535 540
Leu Ala Ser Val Gly Arg Leu Ser His Tyr Leu Gln Lys Gly Cys Arg
545 550 555 560
Leu Ser Pro Arg Asp Thr Tyr Ser Asp Arg Ser Gly Ser Ser Ser Pro
565 570 575
Asp Ser Glu Ile Thr Glu Leu Lys Phe Pro Ser Ile Asn His Asp
580 585 590
<210> 21
<211> 3895
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 21
gucugcgccc cucgcugucc cgcgaccccg gcgcgggugc cucgggcccc ccucgcgcgc 60
cgccauggug ggccggcuga gccuacagga ugugcccgag cucguggacg cgaagaagaa 120
gggcgacggc guccuggaca gcccggacuc ggggcugccc cccagcccca gccccagcca 180
cugggggcuc gcggcgggcg gaggcggcgg agagcgcgcg gcggcaccgg ggacgcugga 240
gcccgacgcg gcggcggcga cccccgcggc uccgagucca gcgucucucc cccuggcucc 300
cggcugugcg cugaggcuuu guccccuguc cuuuggcgaa ggaguggagu uugaccccuu 360
accaccaaag gaaguaaggu acaccuccuu ggucaaguac gacuccgaga ggcacuucau 420
cgacgacgug cagcugcccc ugggccuggc gguggccucc ugcagccaga cggucaccug 480
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gcccacccgc uuccucagua ccaccaucgu guaccccaag uaccccaagg ccgucuacac 600
caccacccug gauuacaacu gccgcaagac gcugaggagg uuucugucca gcguggagcu 660
cgaagccgcg gagcucccgg gcagcgacga ccucucugau gaaugcugac ccagcaggcu 720
gggcuggggu cggaccggcu cucccgcugu ccugcccccg acugcccugg ccaagcuggg 780
cgaccuuacc cuucacguca uuccagcccc agaggagucu aaccuagaga uaccuccaag 840
cgcggccggg ggaagagaaa aaaaagaaaa aaucacugca ucucauaauu auugagaucu 900
uuguguugua auuuucaagc uguuuuuaga gggaauauau guccugguuu gcugcugugu 960
uguuucccca aagucucaau cagaugaggc aacaaaaaga ccaccagaau ugcaggaaag 1020
cagcagcagu cugggauagg gaggggggag gagagcucuc ccuccguggu caguuuguca 1080
gaagaaaagc auggaaaaag ugagauuuaa gaaaucucag ccacgggugu cuucacugca 1140
caaaaguggu gcuaauucag uaaacaguga caccugugug gguucaaucu guggagaguu 1200
gaguuccauu ccuuuguuuu uaaauuucca ccuccauuug uguuuccuau uaaccuaaac 1260
ucuuguaauu cucuaaaucu uuuuucauga uauaaaaaaa aaagaaaauc ccaaaccaca 1320
auuuaagaug ccuuuuuuuu uuaaaaaaaa agguucuccg uguugccacc ugcuccggga 1380
aggccaggcc gaugggcggc cagguuuggg agcagcggcu ucggcuccga uugcuuccug 1440
acggucaguu ccaagcacag gcucugagaa acgccucgaa cccuugguau cuggugaccg 1500
ucuccgcagg cuuccgugag ucuccgauag guguuuuggg cuuuuggaau acuuucagaa 1560
uacuuuccca uuuuuucaua aggcaaaacg gaguggacgg ccuuuuuuug agagaaacag 1620
cauucuaaga gugugcuugg aaaacacacu uuuugggagu ccacgugggg aguggacacu 1680
caggacagga agcgguggcc cuaagaccug cggccacccg gaggaggcag acgcaggcga 1740
ugaccugguu caucaugaga ggagcuagag uugacucagu cuuaggaucu cgauggcguc 1800
agaauugcag aggguuucug ccagugccuu aggucuaauu cagaaagcaa ggaaggcugg 1860
gcacgguggc uggcgccugu agucucagcu acuuggaaac ugaggcagga ggaucucuug 1920
agcccaagaa uucgagaccg gucuggcaac auagugagcc uccaucucua aaaaaaagug 1980
gcaaagcuga ggaaaucugu gcccccaucc cccgacacca gacaagcuaa ggugcauuca 2040
gaguagggaa cgaugucaaa accuggccgc cgugguggcg cgcauuccuc ucacaccacc 2100
guacggaggc aggugacagu caacugaaau guccccaagg accgugugaa uucggcuggc 2160
guggcccagc agcggggugg accagggugc gguggcuuca gaccugccuc ccgccacccc 2220
guccuccccu aaccccuucu ugggaccucc ugccaauccc ugugguguuu gaguaaagaa 2280
aguggcugau gguuuuacuu uuuucuucca auauuggaaa gaacaaacua gauauucccc 2340
uugaacacau ccaaauuauu uccagugccu gaggguuacc gagcacugua agcucagcuc 2400
ggcuguagcu ccggguuucu gccgauggcc uccaucugcg ccgaaagcug aacugagccc 2460
cgcggugccc cggagccaca gcagcaggug cagcgacaau cgccgucgug cgcagucgcu 2520
ggaguccugg agagccacgc uguccucugc agacaacagc aucaguccgc ugugccccaa 2580
ugcaucgacg cccuguggac ggggccugca guccacccgu ggucugagcu ugccgggcug 2640
aagcucggcu gggacccagg gaggggccac ccugggaccc acagucuccu cagucacgug 2700
cagagcaaaa aaugcuuccu guguuuggaa gagcaaguga cgcagcauuu auugauaaaa 2760
auggauuuuu cugucugauu ucaugcugug gucguuuaag uggucaaugu cuuuuuuuuu 2820
uuuuuuuuug acauggaguc ucgcucuguu gcccaggcug aguggaaugg cgccaacuca 2880
gcucacugca accuucaccu cccaggcuca agcgacucuc cugccucagc cuccugagca 2940
gcugggauua caggugccca ccaccacgcc cagcuaauuu uuguauuuuu aguagagacg 3000
ggguuucacc auguuggcca ggcuggucuc gaacaccuga ccuugugauc cacccgccuc 3060
ggccucccaa uaauuuguaa guuauguuag cgggauccuc aaggccuugc uuugccccgu 3120
ggagacgcuu gcucggauga gcucaggaaa caguaccggc ugcguggcag gucugggugu 3180
ugugugcgag gacguggccu uugaacaccg cuguguucuc agagguccuu aggagauauu 3240
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ugugaaauac gucagugaag uaaguagcag ugagcgauug ugaaugugua auguaaaugg 3360
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ccucuuucuu ccaaaccugc uuugcugaaa guugcagaaa aggaagugug uggagagaaa 3480
cagaacccuu cagggugggu cagaggacgc cauccacagu ggauucgugu ucguuugcag 3540
guggaagcag ugauuuuuag gacccacuga uuaaaaacaa acauucccaa gugucucuga 3600
gagaugcugu uuauuuguua auuaaaaagc uuuuuucucu gucuuuuaaa uuauggcuuu 3660
cauguaauaa ggauauuuuu agugaaaaau uguuuuccuu ucaaauuaca gaccuuuuaa 3720
aaaaacuuaa uuugagcgag uaccuuuuca uuugacacuu uuccuguuuc uaaccuuagg 3780
aaaccagaau agcguuuggc agacacgacg uuuucaguuu accuuugaca ccugccccac 3840
uccauuuugc uuugugaugu cuucauuuaa caauaaauua ucugaaaaaa caaaa 3895
<210> 22
<211> 214
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 22
Met Val Gly Arg Leu Ser Leu Gln Asp Val Pro Glu Leu Val Asp Ala
1 5 10 15
Lys Lys Lys Gly Asp Gly Val Leu Asp Ser Pro Asp Ser Gly Leu Pro
20 25 30
Pro Ser Pro Ser Pro Ser His Trp Gly Leu Ala Ala Gly Gly Gly Gly
35 40 45
Gly Glu Arg Ala Ala Ala Pro Gly Thr Leu Glu Pro Asp Ala Ala Ala
50 55 60
Ala Thr Pro Ala Ala Pro Ser Pro Ala Ser Leu Pro Leu Ala Pro Gly
65 70 75 80
Cys Ala Leu Arg Leu Cys Pro Leu Ser Phe Gly Glu Gly Val Glu Phe
85 90 95
Asp Pro Leu Pro Pro Lys Glu Val Arg Tyr Thr Ser Leu Val Lys Tyr
100 105 110
Asp Ser Glu Arg His Phe Ile Asp Asp Val Gln Leu Pro Leu Gly Leu
115 120 125
Ala Val Ala Ser Cys Ser Gln Thr Val Thr Cys Val Pro Asn Gly Thr
130 135 140
Trp Arg Asn Tyr Lys Ala Glu Val Arg Phe Glu Pro Arg His Arg Pro
145 150 155 160
Thr Arg Phe Leu Ser Thr Thr Ile Val Tyr Pro Lys Tyr Pro Lys Ala
165 170 175
Val Tyr Thr Thr Thr Leu Asp Tyr Asn Cys Arg Lys Thr Leu Arg Arg
180 185 190
Phe Leu Ser Ser Val Glu Leu Glu Ala Ala Glu Leu Pro Gly Ser Asp
195 200 205
Asp Leu Ser Asp Glu Cys
210
<210> 23
<211> 2525
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 23
gggaagucgg ugccgcugcc gucucugcgu ucgccaugcg ucccggggcg ccagggccac 60
ucuggccucu gcccuggggg gcccuggcuu gggccguggg cuucgugagc uccaugggcu 120
cggggaaccc cgcgcccggu gguguuugcu ggcuccagca gggccaggag gccaccugca 180
gccuggugcu ccagacugau gucacccggg ccgagugcug ugccuccggc aacauugaca 240
ccgccugguc caaccucacc cacccgggga acaagaucaa ccuccucggc uucuugggcc 300
uuguccacug ccuucccugc aaagauucgu gcgacggcgu ggagugcggc ccgggcaagg 360
cgugccgcau gcuggggggc cgcccgcgcu gcgagugcgc gcccgacugc ucggggcucc 420
cggcgcggcu gcaggucugc ggcucagacg gcgccaccua ccgcgacgag ugcgagcugc 480
gcgccgcgcg cugccgcggc cacccggacc ugagcgucau guaccggggc cgcugccgca 540
aguccuguga gcacguggug ugcccgcggc cacagucgug cgucguggac cagacgggca 600
gcgcccacug cguggugugu cgagcggcgc ccugcccugu gcccuccagc cccggccagg 660
agcuuugcgg caacaacaac gucaccuaca ucuccucgug ccacaugcgc caggccaccu 720
gcuuccuggg ccgcuccauc ggcgugcgcc acgcgggcag cugcgcaggc accccugagg 780
agccgccagg uggugagucu gcagaagagg aagagaacuu cgugugagcc ugcaggacag 840
gccugggccu ggugcccgag gccccccauc auccccuguu auuuauugcc acagcagagu 900
cuaauuuaua ugccacggac acuccuuaga gcccggauuc ggaccacuug gggaucccag 960
aaccucccug acgauauccu ggaaggacug aggaagggag gccugggggc cggcuggugg 1020
gugggauaga ccugcguucc ggacacugag cgccugauuu agggcccuuc ucuaggaugc 1080
cccagccccu acccuaagac cuauugccgg ggaggauucc acacuuccgc uccuuugggg 1140
auaaaccuau uaauuauugc uacuaucaag agggcugggc auucucugcu gguaauuccu 1200
gaagaggcau gacugcuuuu cucagcccca agccucuagu cugggugugu acggaggguc 1260
uagccugggu guguacggag ggucuagccu gggugaguac ggagggucua gccuggguga 1320
guacggaggg ucuagccugg gugaguacgg agggucuagc cugggugugu auggaggauc 1380
uagccugggu gaguauggag ggucuagccu gggugaguau ggagggucua gccugggugu 1440
guauggaggg ucuagccugg gugaguaugg agggucuagc cugggugugu auggaggguc 1500
uagccugggu gaguauggag ggucuagccu ggguguguac ggagggucua gucugagugc 1560
guguggggac cucagaacac ugugaccuua gcccagcaag ccaggcccuu caugaaggcc 1620
aagaaggcug ccaccauucc cugccagccc aagaacucca gcuuccccac ugccucugug 1680
ugccccuuug cguccuguga aggccauuga gaaaugccca gugugccccc ugggaaaggg 1740
cacggccugu gcuccugaca cgggcugugc uuggccacag aaccacccag cgucuccccu 1800
gcugcugucc acgucaguuc augaggcaac gucgcguggu cucagacgug gagcagccag 1860
cggcagcuca gagcagggca cuguguccgg cggagccaag uccacucugg gggagcucug 1920
gcggggacca cgggccacug cucacccacu ggccccgagg gggguguaga cgccaagacu 1980
cacgcaugug ugacauccgg aguccuggag ccgggugucc caguggcacc acuaggugcc 2040
ugcugccucc acaguggggu ucacacccag ggcuccuugg ucccccacaa ccugccccgg 2100
ccaggccugc agacccagac uccagccaga ccugccucac ccaccaaugc agccggggcu 2160
ggcgacacca gccaggugcu ggucuugggc caguucuccc acgacggcuc acccuccccu 2220
ccaucugcgu ugaugcucag aaucgccuac cugugccugc guguaaacca cagccucaga 2280
ccagcuaugg ggagaggaca acacggagga uauccagcuu ccccggucug gggugaggaa 2340
uguggggagc uugggcaucc uccuccagcc uccuccagcc cccaggcagu gccuuaccug 2400
uggugcccag aaaagugccc cuagguuggu gggucuacag gagccucagc caggcagccc 2460
accccacccu ggggcccugc cucaccaagg aaauaaagac ucaagccauu uaaaaaaaaa 2520
aaaaa 2525
<210> 24
<211> 263
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 24
Met Arg Pro Gly Ala Pro Gly Pro Leu Trp Pro Leu Pro Trp Gly Ala
1 5 10 15
Leu Ala Trp Ala Val Gly Phe Val Ser Ser Met Gly Ser Gly Asn Pro
20 25 30
Ala Pro Gly Gly Val Cys Trp Leu Gln Gln Gly Gln Glu Ala Thr Cys
35 40 45
Ser Leu Val Leu Gln Thr Asp Val Thr Arg Ala Glu Cys Cys Ala Ser
50 55 60
Gly Asn Ile Asp Thr Ala Trp Ser Asn Leu Thr His Pro Gly Asn Lys
65 70 75 80
Ile Asn Leu Leu Gly Phe Leu Gly Leu Val His Cys Leu Pro Cys Lys
85 90 95
Asp Ser Cys Asp Gly Val Glu Cys Gly Pro Gly Lys Ala Cys Arg Met
100 105 110
Leu Gly Gly Arg Pro Arg Cys Glu Cys Ala Pro Asp Cys Ser Gly Leu
115 120 125
Pro Ala Arg Leu Gln Val Cys Gly Ser Asp Gly Ala Thr Tyr Arg Asp
130 135 140
Glu Cys Glu Leu Arg Ala Ala Arg Cys Arg Gly His Pro Asp Leu Ser
145 150 155 160
Val Met Tyr Arg Gly Arg Cys Arg Lys Ser Cys Glu His Val Val Cys
165 170 175
Pro Arg Pro Gln Ser Cys Val Val Asp Gln Thr Gly Ser Ala His Cys
180 185 190
Val Val Cys Arg Ala Ala Pro Cys Pro Val Pro Ser Ser Pro Gly Gln
195 200 205
Glu Leu Cys Gly Asn Asn Asn Val Thr Tyr Ile Ser Ser Cys His Met
210 215 220
Arg Gln Ala Thr Cys Phe Leu Gly Arg Ser Ile Gly Val Arg His Ala
225 230 235 240
Gly Ser Cys Ala Gly Thr Pro Glu Glu Pro Pro Gly Gly Glu Ser Ala
245 250 255
Glu Glu Glu Glu Asn Phe Val
260
<210> 25
<211> 914
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 25
gcauggggag gggcggcccu caaacggguc auugccauua auagagaccu caaacaccgc 60
cugcuaaaaa uacccgacug gaggagcaua aaagcgcagc cgagcccagc gccccgcacu 120
uuucugagca gacguccaga gcagagucag ccagcaugac cgagcgccgc guccccuucu 180
cgcuccugcg gggccccagc ugggaccccu uccgcgacug guacccgcau agccgccucu 240
ucgaccaggc cuucgggcug ccccggcugc cggaggagug gucgcagugg uuaggcggca 300
gcagcuggcc aggcuacgug cgcccccugc cccccgccgc caucgagagc cccgcagugg 360
ccgcgcccgc cuacagccgc gcgcucagcc ggcaacucag cagcgggguc ucggagaucc 420
ggcacacugc ggaccgcugg cgcguguccc uggaugucaa ccacuucgcc ccggacgagc 480
ugacggucaa gaccaaggau ggcguggugg agaucaccgg caagcacgag gagcggcagg 540
acgagcaugg cuacaucucc cggugcuuca cgcggaaaua cacgcugccc cccggugugg 600
accccaccca aguuuccucc ucccuguccc cugagggcac acugaccgug gaggccccca 660
ugcccaagcu agccacgcag uccaacgaga ucaccauccc agucaccuuc gagucgcggg 720
cccagcuugg gggcccagaa gcugcaaaau ccgaugagac ugccgccaag uaaagccuua 780
gcccggaugc ccaccccugc ugccgccacu ggcugugccu cccccgccac cuguguguuc 840
uuuugauaca uuuaucuucu guuuuucuca aauaaaguuc aaagcaacca ccugucaaaa 900
aaaaaaaaaa aaaa 914
<210> 26
<211> 205
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 26
Met Thr Glu Arg Arg Val Pro Phe Ser Leu Leu Arg Gly Pro Ser Trp
1 5 10 15
Asp Pro Phe Arg Asp Trp Tyr Pro His Ser Arg Leu Phe Asp Gln Ala
20 25 30
Phe Gly Leu Pro Arg Leu Pro Glu Glu Trp Ser Gln Trp Leu Gly Gly
35 40 45
Ser Ser Trp Pro Gly Tyr Val Arg Pro Leu Pro Pro Ala Ala Ile Glu
50 55 60
Ser Pro Ala Val Ala Ala Pro Ala Tyr Ser Arg Ala Leu Ser Arg Gln
65 70 75 80
Leu Ser Ser Gly Val Ser Glu Ile Arg His Thr Ala Asp Arg Trp Arg
85 90 95
Val Ser Leu Asp Val Asn His Phe Ala Pro Asp Glu Leu Thr Val Lys
100 105 110
Thr Lys Asp Gly Val Val Glu Ile Thr Gly Lys His Glu Glu Arg Gln
115 120 125
Asp Glu His Gly Tyr Ile Ser Arg Cys Phe Thr Arg Lys Tyr Thr Leu
130 135 140
Pro Pro Gly Val Asp Pro Thr Gln Val Ser Ser Ser Leu Ser Pro Glu
145 150 155 160
Gly Thr Leu Thr Val Glu Ala Pro Met Pro Lys Leu Ala Thr Gln Ser
165 170 175
Asn Glu Ile Thr Ile Pro Val Thr Phe Glu Ser Arg Ala Gln Leu Gly
180 185 190
Gly Pro Glu Ala Ala Lys Ser Asp Glu Thr Ala Ala Lys
195 200 205
<210> 27
<211> 2638
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 27
agaugcgagc acugcggcug ggcgcugagg aucagccgcu uccugccugg auuccacagc 60
uucgcgccgu guacugucgc cccaucccug cgcgcccagc cugccaagca gcgugccccg 120
guugcaggcg ucaugcagcg ggcgcgaccc acgcucuggg ccgcugcgcu gacucugcug 180
gugcugcucc gcgggccgcc gguggcgcgg gcuggcgcga gcucggcggg cuuggguccc 240
guggugcgcu gcgagccgug cgacgcgcgu gcacuggccc agugcgcgcc uccgcccgcc 300
gugugcgcgg agcuggugcg cgagccgggc ugcggcugcu gccugacgug cgcacugagc 360
gagggccagc cgugcggcau cuacaccgag cgcuguggcu ccggccuucg cugccagccg 420
ucgcccgacg aggcgcgacc gcugcaggcg cugcuggacg gccgcgggcu cugcgucaac 480
gcuagugccg ucagccgccu gcgcgccuac cugcugccag cgccgccagc uccaggugag 540
ccgcccgcgc caggaaaugc uagugagucg gaggaagacc gcagcgccgg caguguggag 600
agcccguccg ucuccagcac gcaccgggug ucugauccca aguuccaccc ccuccauuca 660
aagauaauca ucaucaagaa agggcaugcu aaagacagcc agcgcuacaa aguugacuac 720
gagucucaga gcacagauac ccagaacuuc uccuccgagu ccaagcggga gacagaauau 780
ggucccugcc guagagaaau ggaagacaca cugaaucacc ugaaguuccu caaugugcug 840
agucccaggg guguacacau ucccaacugu gacaagaagg gauuuuauaa gaaaaagcag 900
ugucgcccuu ccaaaggcag gaagcggggc uucugcuggu guguggauaa guaugggcag 960
ccucucccag gcuacaccac caaggggaag gaggacgugc acugcuacag caugcagagc 1020
aaguagacgc cugccgcaag guuaaugugg agcucaaaua ugccuuauuu ugcacaaaag 1080
acugccaagg acaugaccag cagcuggcua cagccucgau uuauauuucu guuuguggug 1140
aacugauuuu uuuuaaacca aaguuuagaa agagguuuuu gaaaugccua ugguuucuuu 1200
gaaugguaaa cuugagcauc uuuucacuuu ccaguaguca gcaaagagca guuugaauuu 1260
ucuugucgcu uccuaucaaa auauucagag acucgagcac agcacccaga cuucaugcgc 1320
ccguggaaug cucaccacau guuggucgaa gcggccgacc acugacuuug ugacuuaggc 1380
ggcuguguug ccuauguaga gaacacgcuu cacccccacu ccccguacag ugcgcacagg 1440
cuuuaucgag aauaggaaaa ccuuuaaacc ccggucaucc ggacauccca acgcaugcuc 1500
cuggagcuca cagccuucug uggugucauu ucugaaacaa gggcguggau cccucaacca 1560
agaagaaugu uuaugucuuc aagugaccug uacugcuugg ggacuauugg agaaaauaag 1620
guggaguccu acuuguuuaa aaaauaugua ucuaagaaug uucuagggca cucugggaac 1680
cuauaaaggc agguauuucg ggcccuccuc uucaggaauc uuccugaaga cauggcccag 1740
ucgaaggccc aggauggcuu uugcugcggc cccguggggu aggagggaca gagagacagg 1800
gagagucagc cuccacauuc agaggcauca caaguaaugg cacaauucuu cggaugacug 1860
cagaaaauag uguuuuguag uucaacaacu caagacgaag cuuauuucug aggauaagcu 1920
cuuuaaaggc aaagcuuuau uuucaucucu caucuuuugu ccuccuuagc acaauguaaa 1980
aaagaauagu aauaucagaa caggaaggag gaauggcuug cuggggagcc cauccaggac 2040
acugggagca cauagagauu cacccauguu uguugaacuu agagucauuc ucaugcuuuu 2100
cuuuauaauu cacacauaua ugcagagaag auauguucuu guuaacauug uauacaacau 2160
agccccaaau auaguaagau cuauacuaga uaauccuaga ugaaauguua gagaugcuau 2220
augauacaac uguggccaug acugaggaaa ggagcucacg cccagagacu gggcugcucu 2280
cccggaggcc aaacccaaga aggucuggca aagucaggcu cagggagacu cugcccugcu 2340
gcagaccucg guguggacac acgcugcaua gagcucuccu ugaaaacaga ggggucucaa 2400
gacauucugc cuaccuauua gcuuuucuuu auuuuuuuaa cuuuuugggg ggaaaaguau 2460
uuuugagaag uuugucuugc aauguauuua uaaauaguaa auaaaguuuu uaccauuaaa 2520
aaaauaucuu ucccuuuguu auugaccauc ucugggcuuu guaucacuaa uuauuuuauu 2580
uuauuauaua auaauuauuu uauuauaaua aaauccugaa aggggaaaau aaaaaaaa 2638
<210> 28
<211> 291
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 28
Met Gln Arg Ala Arg Pro Thr Leu Trp Ala Ala Ala Leu Thr Leu Leu
1 5 10 15
Val Leu Leu Arg Gly Pro Pro Val Ala Arg Ala Gly Ala Ser Ser Ala
20 25 30
Gly Leu Gly Pro Val Val Arg Cys Glu Pro Cys Asp Ala Arg Ala Leu
35 40 45
Ala Gln Cys Ala Pro Pro Pro Ala Val Cys Ala Glu Leu Val Arg Glu
50 55 60
Pro Gly Cys Gly Cys Cys Leu Thr Cys Ala Leu Ser Glu Gly Gln Pro
65 70 75 80
Cys Gly Ile Tyr Thr Glu Arg Cys Gly Ser Gly Leu Arg Cys Gln Pro
85 90 95
Ser Pro Asp Glu Ala Arg Pro Leu Gln Ala Leu Leu Asp Gly Arg Gly
100 105 110
Leu Cys Val Asn Ala Ser Ala Val Ser Arg Leu Arg Ala Tyr Leu Leu
115 120 125
Pro Ala Pro Pro Ala Pro Gly Asn Ala Ser Glu Ser Glu Glu Asp Arg
130 135 140
Ser Ala Gly Ser Val Glu Ser Pro Ser Val Ser Ser Thr His Arg Val
145 150 155 160
Ser Asp Pro Lys Phe His Pro Leu His Ser Lys Ile Ile Ile Ile Lys
165 170 175
Lys Gly His Ala Lys Asp Ser Gln Arg Tyr Lys Val Asp Tyr Glu Ser
180 185 190
Gln Ser Thr Asp Thr Gln Asn Phe Ser Ser Glu Ser Lys Arg Glu Thr
195 200 205
Glu Tyr Gly Pro Cys Arg Arg Glu Met Glu Asp Thr Leu Asn His Leu
210 215 220
Lys Phe Leu Asn Val Leu Ser Pro Arg Gly Val His Ile Pro Asn Cys
225 230 235 240
Asp Lys Lys Gly Phe Tyr Lys Lys Lys Gln Cys Arg Pro Ser Lys Gly
245 250 255
Arg Lys Arg Gly Phe Cys Trp Cys Val Asp Lys Tyr Gly Gln Pro Leu
260 265 270
Pro Gly Tyr Thr Thr Lys Gly Lys Glu Asp Val His Cys Tyr Ser Met
275 280 285
Gln Ser Lys
290
<210> 29
<211> 2211
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 29
agucaccgac cugcggcucc ggggccgcga gggaggaggc gcggggggcg cgaggcgggg 60
gcgagcgcuu gggacucggc ccggcucccg gcuccggggg uucucguggc cgcggcagcg 120
cggucucugc ggaggcggcg ggggcgcggc cagccggacc ucuuccuuuc cagagcggcc 180
cgcggcgccc guuccgcggg aggcgggcgg gaggcggacg cggccuaacc ucgacgucga 240
cuaccgcgcc gcccgcgaug ggaagcgccu uauaaagccg cgcccggccg gcccgagcca 300
cucgccgccg cgccgccccg cugccccgaa cgcgggccau acgcagccuc cuuggaguga 360
cgggccgacc ccggacgacc ccggccacgg acagacccgg gacgaccccg gccggggcgc 420
gccuccugcg ggcgggcggg cggcggggcu ggggagcccu uggcgggggc augcgugcga 480
cauggccucg gcgguguuug agggcacguc gcucgugaac auguucgugc gcggcugcug 540
ggugaacggc auccgcaggc ucaucgucag ccggcgcggc gacgaagagg aguucuucga 600
gauccgcacg gaguggucgg accgcagcgu gcucuaccug caccgcagcc uggcggaccu 660
gggccgccug uggcagcgcc ugcgcgacgc cuuucccgag gaccgguccg aacuggcgca 720
ggggccgcug cggcaaggac ugguugccau aaaggaagcc cacgacauag agaccaggcu 780
uaaugaggug gagaagcugc ugaagacgau cauaagcaug cccuguaaau auucuagauc 840
ggaaguugug cucaccuucu ucgaaagauc uccucuggau cagguguuaa aaaaugauaa 900
ugugcauaaa auucaaccca gcuuucaaag uccagucaaa auaucagaaa ucaugagguc 960
caauggauuu uguuuagcaa auaccgaaac aauaguuauu gaccacagua uaccaaaugg 1020
aagagaccag cagcugggcg uggacccaac agagcauuua uuugagaaug gcagugaguu 1080
ucccucagag cuggaggacg gggacgaccc agcagccuac gucaccaacc ugucauauua 1140
ccaccugguc cccuucgaga cagacauuug ggacugaacc ucucuaucag gccucccccg 1200
ccucagcugu ucacugccag cucugaugcu guccacugug cuggccccca uggucacagc 1260
ugcugcccca gcucuggaac ucccagacgu cccaggcccc acugacgcca ggaggccugg 1320
guguccugca aguggagcag caggggcucc uagugggcca ggcugaccgc agagucucca 1380
gcaagcugag gucacagccg gaggccacag ggccuguguu cugagggucu ucacucccug 1440
cuuggugccc acagggcugc gcacugccag ggcagggaca guuccugugg ggcucgcucu 1500
cacugcuacu gcuuccuggg aggugcaucc cucuugguga aguggccuag ugccccccag 1560
ccacccugac uccccaccau ucccucccac ggcaaacgca caaaacgucu ugagggagau 1620
uuugacaagu cacccauucc aggugccaca ggcaggggau guuuaguaau ccaggauuuc 1680
ucugagaacu gggauaugug gccuuuuuuu uuuucuuuuu aucuuuuauc uggaaacugg 1740
guuuggguca accccaggag uauuugcaga aggcccagca cagugggggg uauuggcugc 1800
agggcaggga aggcauugcc gacuagauaa ccgugugagc uuggacugag cguugguggu 1860
ucuucccaaa ggaaaggaau uucuucccgg ccugccaggu cucugggccu ucagcgcggg 1920
uccuggugcu gcggccacac cacccugggg ugcucauuga cagagcugcc auaaugaacu 1980
ugaaaggacg ggaaucacga gggaagcugg ggcuccccug cccacaggag aggauccccg 2040
uucuucaagc uucucugcuc agugucuacu aacgaccgac auuugcuaau guaaauaaua 2100
guaaauuauu gagaauucua auucuuuuac acagucuguu uuuaaucuau uuuaauuaaa 2160
uaaaaucuau gacucuacuu ugaucugucc aggaaaaaaa aaaaaaaaaa a 2211
<210> 30
<211> 231
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 30
Met Ala Ser Ala Val Phe Glu Gly Thr Ser Leu Val Asn Met Phe Val
1 5 10 15
Arg Gly Cys Trp Val Asn Gly Ile Arg Arg Leu Ile Val Ser Arg Arg
20 25 30
Gly Asp Glu Glu Glu Phe Phe Glu Ile Arg Thr Glu Trp Ser Asp Arg
35 40 45
Ser Val Leu Tyr Leu His Arg Ser Leu Ala Asp Leu Gly Arg Leu Trp
50 55 60
Gln Arg Leu Arg Asp Ala Phe Pro Glu Asp Arg Ser Glu Leu Ala Gln
65 70 75 80
Gly Pro Leu Arg Gln Gly Leu Val Ala Ile Lys Glu Ala His Asp Ile
85 90 95
Glu Thr Arg Leu Asn Glu Val Glu Lys Leu Leu Lys Thr Ile Ile Ser
100 105 110
Met Pro Cys Lys Tyr Ser Arg Ser Glu Val Val Leu Thr Phe Phe Glu
115 120 125
Arg Ser Pro Leu Asp Gln Val Leu Lys Asn Asp Asn Val His Lys Ile
130 135 140
Gln Pro Ser Phe Gln Ser Pro Val Lys Ile Ser Glu Ile Met Arg Ser
145 150 155 160
Asn Gly Phe Cys Leu Ala Asn Thr Glu Thr Ile Val Ile Asp His Ser
165 170 175
Ile Pro Asn Gly Arg Asp Gln Gln Leu Gly Val Asp Pro Thr Glu His
180 185 190
Leu Phe Glu Asn Gly Ser Glu Phe Pro Ser Glu Leu Glu Asp Gly Asp
195 200 205
Asp Pro Ala Ala Tyr Val Thr Asn Leu Ser Tyr Tyr His Leu Val Pro
210 215 220
Phe Glu Thr Asp Ile Trp Asp
225 230
<210> 31
<211> 3389
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 31
cagucucggc ugauugccgc ugucgcuccc ggggccacgg gaugacgccu ccuccgcccg 60
gacgugccgc ccccagcgca ccgcgcgccc gcgucccugg cccgccggcu cgguuggggc 120
uuccgcugcg gcugcggcug cugcugcugc ucugggcggc cgccgccucc gcccagggcc 180
accuaaggag cggaccccgc aucuucgccg ucuggaaagg ccauguaggg caggaccggg 240
uggacuuugg ccagacugag ccgcacacgg ugcuuuucca cgagccaggc agcuccucug 300
uguggguggg aggacguggc aaggucuacc ucuuugacuu ccccgagggc aagaacgcau 360
cugugcgcac ggugaauauc ggcuccacaa agggguccug ucuggauaag cgggacugcg 420
agaacuacau cacucuccug gagaggcgga gugaggggcu gcuggccugu ggcaccaacg 480
cccggcaccc cagcugcugg aaccugguga auggcacugu ggugccacuu ggcgagauga 540
gaggcuacgc ccccuucagc ccggacgaga acucccuggu ucuguuugaa ggggacgagg 600
uguauuccac cauccggaag caggaauaca augggaagau cccucgguuc cgccgcaucc 660
ggggcgagag ugagcuguac accagugaua cugucaugca gaacccacag uucaucaaag 720
ccaccaucgu gcaccaagac caggcuuacg augacaagau cuacuacuuc uuccgagagg 780
acaauccuga caagaauccu gaggcuccuc ucaauguguc ccguguggcc caguugugca 840
ggggggacca ggguggggaa aguucacugu cagucuccaa guggaacacu uuucugaaag 900
ccaugcuggu augcagugau gcugccacca acaagaacuu caacaggcug caagacgucu 960
uccugcuccc ugaccccagc ggccagugga gggacaccag ggucuauggu guuuucucca 1020
accccuggaa cuacucagcc gucugugugu auucccucgg ugacauugac aaggucuucc 1080
guaccuccuc acucaagggc uaccacucaa gccuucccaa cccgcggccu ggcaagugcc 1140
ucccagacca gcagccgaua cccacagaga ccuuccaggu ggcugaccgu cacccagagg 1200
uggcgcagag gguggagccc auggggccuc ugaagacgcc auuguuccac ucuaaauacc 1260
acuaccagaa aguggccguc caccgcaugc aagccagcca cggggagacc uuucaugugc 1320
uuuaccuaac uacagacagg ggcacuaucc acaagguggu ggaaccgggg gagcaggagc 1380
acagcuucgc cuucaacauc auggagaucc agcccuuccg ccgcgcggcu gccauccaga 1440
ccaugucgcu ggaugcugag cggaggaagc uguaugugag cucccagugg gaggugagcc 1500
aggugccccu ggaccugugu gaggucuaug gcgggggcug ccacgguugc cucauguccc 1560
gagaccccua cugcggcugg gaccaaggcc gcugcaucuc caucuacagc uccgaacggu 1620
cagugcugca auccauuaau ccagccgagc cacacaagga gugucccaac cccaaaccag 1680
acaaggcccc acugcagaag guuucccugg ccccaaacuc ucgcuacuac cugagcugcc 1740
ccauggaauc ccgccacgcc accuacucau ggcgccacaa ggagaacgug gagcagagcu 1800
gcgaaccugg ucaccagagc cccaacugca uccuguucau cgagaaccuc acggcgcagc 1860
aguacggcca cuacuucugc gaggcccagg agggcuccua cuuccgcgag gcucagcacu 1920
ggcagcugcu gcccgaggac ggcaucaugg ccgagcaccu gcugggucau gccugugccc 1980
uggccgccuc ccucuggcug ggggugcugc ccacacucac ucuuggcuug cugguccacu 2040
agggccuccc gaggcugggc augccucagg cuucugcagc ccagggcacu agaacgucuc 2100
acacucagag ccggcuggcc cgggagcucc uugccugcca cuucuuccag gggacagaau 2160
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guggcgcacg gauggugagg ggcugagaau gagggcaccg acugugaagc uggggcaucg 2280
augacccaag acuuuaucuu cuggaaaaua uuuuucagac uccucaaacu ugacuaaaug 2340
cagcgaugcu cccagcccaa gagcccaugg gucggggagu ggguuuggau aggagagcug 2400
ggacuccauc ucgacccugg ggcugaggcc ugaguccuuc uggacucuug guacccacau 2460
ugccuccuuc cccucccucu cucauggcug gguggcuggu guuccugaag acccagggcu 2520
acccucuguc cagcccuguc cucugcagcu cccucucugg uccugggucc cacaggacag 2580
ccgccuugca uguuuauuga aggauguuug cuuuccggac ggaaggacgg aaaaagcucu 2640
auuuuuaugu uaggcuuauu ucauguauag cuacuuccga cugcaucugu augaaaauac 2700
caaaacuaca ugcggggggg ugggugggaa agggaggggc ugggaaggga uggguugggg 2760
agcgggggug aucccagucu gaggcucccg gggaugagau aagagucugg agacgggcau 2820
ggguucuugg agaguggcau gagcuggcuc ugcccuggga gcccggucug agggggacgu 2880
uguuggagcc ccuaguguug ggggugguua ugggaggggg uggggugagg gaaacgggag 2940
aaugaaggag aaaacugagc ccuaguuuca ccguguucau uuggaaggac gagccggguc 3000
cucaggggga gguuccagga cucugcccuu ggcguugagg guuggggggc ggggggccuc 3060
cucccuuccu cucagccccc uuccccaggg gcugugcuuc caugcuccua gccucccacc 3120
uucgcucagg acauguuaua acuuaggcua aacugugaaa auuccggugg ggauggccug 3180
ggccgagcuc uccaggcagg cggcccugcc cccagcccug uccauccauu ucagggggga 3240
gcugggcccu ucuccggcug ugucuggcca cccagggcag uggcuggggc caguggccuu 3300
ccagcuuugg ccccugcacc ucuucucaau gcacuuuaau aauguaacau auuacuaaua 3360
aacaagcuau uuauuuaccu gcaaaaaaa 3389
<210> 32
<211> 666
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 32
Met Thr Pro Pro Pro Pro Gly Arg Ala Ala Pro Ser Ala Pro Arg Ala
1 5 10 15
Arg Val Pro Gly Pro Pro Ala Arg Leu Gly Leu Pro Leu Arg Leu Arg
20 25 30
Leu Leu Leu Leu Leu Trp Ala Ala Ala Ala Ser Ala Gln Gly His Leu
35 40 45
Arg Ser Gly Pro Arg Ile Phe Ala Val Trp Lys Gly His Val Gly Gln
50 55 60
Asp Arg Val Asp Phe Gly Gln Thr Glu Pro His Thr Val Leu Phe His
65 70 75 80
Glu Pro Gly Ser Ser Ser Val Trp Val Gly Gly Arg Gly Lys Val Tyr
85 90 95
Leu Phe Asp Phe Pro Glu Gly Lys Asn Ala Ser Val Arg Thr Val Asn
100 105 110
Ile Gly Ser Thr Lys Gly Ser Cys Leu Asp Lys Arg Asp Cys Glu Asn
115 120 125
Tyr Ile Thr Leu Leu Glu Arg Arg Ser Glu Gly Leu Leu Ala Cys Gly
130 135 140
Thr Asn Ala Arg His Pro Ser Cys Trp Asn Leu Val Asn Gly Thr Val
145 150 155 160
Val Pro Leu Gly Glu Met Arg Gly Tyr Ala Pro Phe Ser Pro Asp Glu
165 170 175
Asn Ser Leu Val Leu Phe Glu Gly Asp Glu Val Tyr Ser Thr Ile Arg
180 185 190
Lys Gln Glu Tyr Asn Gly Lys Ile Pro Arg Phe Arg Arg Ile Arg Gly
195 200 205
Glu Ser Glu Leu Tyr Thr Ser Asp Thr Val Met Gln Asn Pro Gln Phe
210 215 220
Ile Lys Ala Thr Ile Val His Gln Asp Gln Ala Tyr Asp Asp Lys Ile
225 230 235 240
Tyr Tyr Phe Phe Arg Glu Asp Asn Pro Asp Lys Asn Pro Glu Ala Pro
245 250 255
Leu Asn Val Ser Arg Val Ala Gln Leu Cys Arg Gly Asp Gln Gly Gly
260 265 270
Glu Ser Ser Leu Ser Val Ser Lys Trp Asn Thr Phe Leu Lys Ala Met
275 280 285
Leu Val Cys Ser Asp Ala Ala Thr Asn Lys Asn Phe Asn Arg Leu Gln
290 295 300
Asp Val Phe Leu Leu Pro Asp Pro Ser Gly Gln Trp Arg Asp Thr Arg
305 310 315 320
Val Tyr Gly Val Phe Ser Asn Pro Trp Asn Tyr Ser Ala Val Cys Val
325 330 335
Tyr Ser Leu Gly Asp Ile Asp Lys Val Phe Arg Thr Ser Ser Leu Lys
340 345 350
Gly Tyr His Ser Ser Leu Pro Asn Pro Arg Pro Gly Lys Cys Leu Pro
355 360 365
Asp Gln Gln Pro Ile Pro Thr Glu Thr Phe Gln Val Ala Asp Arg His
370 375 380
Pro Glu Val Ala Gln Arg Val Glu Pro Met Gly Pro Leu Lys Thr Pro
385 390 395 400
Leu Phe His Ser Lys Tyr His Tyr Gln Lys Val Ala Val His Arg Met
405 410 415
Gln Ala Ser His Gly Glu Thr Phe His Val Leu Tyr Leu Thr Thr Asp
420 425 430
Arg Gly Thr Ile His Lys Val Val Glu Pro Gly Glu Gln Glu His Ser
435 440 445
Phe Ala Phe Asn Ile Met Glu Ile Gln Pro Phe Arg Arg Ala Ala Ala
450 455 460
Ile Gln Thr Met Ser Leu Asp Ala Glu Arg Arg Lys Leu Tyr Val Ser
465 470 475 480
Ser Gln Trp Glu Val Ser Gln Val Pro Leu Asp Leu Cys Glu Val Tyr
485 490 495
Gly Gly Gly Cys His Gly Cys Leu Met Ser Arg Asp Pro Tyr Cys Gly
500 505 510
Trp Asp Gln Gly Arg Cys Ile Ser Ile Tyr Ser Ser Glu Arg Ser Val
515 520 525
Leu Gln Ser Ile Asn Pro Ala Glu Pro His Lys Glu Cys Pro Asn Pro
530 535 540
Lys Pro Asp Lys Ala Pro Leu Gln Lys Val Ser Leu Ala Pro Asn Ser
545 550 555 560
Arg Tyr Tyr Leu Ser Cys Pro Met Glu Ser Arg His Ala Thr Tyr Ser
565 570 575
Trp Arg His Lys Glu Asn Val Glu Gln Ser Cys Glu Pro Gly His Gln
580 585 590
Ser Pro Asn Cys Ile Leu Phe Ile Glu Asn Leu Thr Ala Gln Gln Tyr
595 600 605
Gly His Tyr Phe Cys Glu Ala Gln Glu Gly Ser Tyr Phe Arg Glu Ala
610 615 620
Gln His Trp Gln Leu Leu Pro Glu Asp Gly Ile Met Ala Glu His Leu
625 630 635 640
Leu Gly His Ala Cys Ala Leu Ala Ala Ser Leu Trp Leu Gly Val Leu
645 650 655
Pro Thr Leu Thr Leu Gly Leu Leu Val His
660 665
<210> 33
<211> 11264
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 33
ccgggagucc gggcagcguu cggcgcgccg ggccggggug gcgggcggcc ccgggacccc 60
ggcagcugga gaaggagccg gagcccggcc gggaugagaa ggugacgccg ccgggggcgc 120
cacucgcuuu gugggggaag augcucgccu acugcgugca ggaugccacc gugguggacg 180
uggagaagcg gaggaacccc uccaagcacu acguauacau aaucaaugug accuggucug 240
acuccaccuc ccagacuauc uaccggaggu acagcaaguu cuuugaccug cagaugcagc 300
uuuuggauaa guuucccauu gaagguggcc agaaggaccc caagcaaagg aucauccccu 360
uccucccagg caagauccuc uuccgcagaa gccacauccg ggacguagcu gugaagagac 420
ugaagcccau cgaugaauac ugccgggcac uuguccggcu gcccccccac aucucacagu 480
gugacgaagu cuuccgguuc uucgaggcuc gacccgagga ugucaacccu ccaaaagagg 540
acuauggcag uuccaagagg aaaucagugu ggcuguccag cugggcugag ucgcccaaga 600
aggacgugac aggugccgac gccaccgccg agcccaugau ccuggaacag uacguggugg 660
uguccaacua uaagaagcag gagaacucgg agcugagccu ccaggccggg gagguggugg 720
augucaucga gaagaacgag agcggcuggu gguucgugag cacuucugag gagcagggcu 780
gggucccugc caccuaccug gaggcccaga augguacucg ggaugacucc gacaucaaca 840
ccucuaagac uggagaagag gagaaguaug ucaccgugca gccuuacacc agccaaagca 900
aggacgagau uggcuuugag aagggcguca caguggaggu gauccggaag aaucuggaag 960
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aggccaagga ugaccugcca acccggaaga agaaccuggc cggcccagug gagaucauug 1080
ggaacaucau ggagaucagc aaccugcuga acaagaaggc gucuggggac aaggaaacuc 1140
caccagccga aggcgagggc caugaggccc ccauugccaa gaaggagauc agccugccca 1200
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uggcccaggg cucuccagcu guggccagga uugccccuca gcgggcccag aucagcuccc 1320
cgaaccuacg gacaagaccu ccaccacgca gagaauccag ccugggguuc caacugccaa 1380
agccaccaga gcccccuucu guugaggugg aguacuacac cauugccgaa uuccagucgu 1440
gcauuuccga uggcaucagc uuucggggug gacagaaggc agaggucauu gauaagaacu 1500
cagguggcug gugguacgug cagaucggug agaaggaggg cugggccccc gcaucauaca 1560
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ugcccccgcc agcacccccc agcaagccca aggaggccga ggagggcccu acgggggcca 1680
gugagagcca ggacuccccg cggaagcuca aguaugagga gccugaguau gacaucccug 1740
cauucggcuu ugacucagag ccugagcuga gcgaggagcc cguggaggac agagccucag 1800
gggagaggcg gccugcccag ccccaccggc ccucgccggc cucuucucug cagcgggccc 1860
gcuucaaggu gggugagucu ucagaggaug uggcccugga agaggagacc aucuaugaga 1920
augagggcuu ccggccauau gcagaggaca cccugucagc cagaggcucc uccggggaca 1980
gcgacucccc aggcagcucc ucgcuguccc ugaccaggaa aaacuccccc aaaucaggcu 2040
cccccaaguc aucaucacuc cuaaagcuca aggcagagaa gaaugcccag gcagaaaugg 2100
ggaagaacca cuccucagcc uccuuuuccu cauccaucac caucaacacc acuugcugcu 2160
ccuccucuuc cuccuccucc ucuuccuugu ccaaaaccag uggcgaccug aagccccgcu 2220
cugcuucgga cgcaggcauc cgcggcacuc ccaaggucag ggcaaagaag gaugcugaug 2280
cgaacgcugg gcugaccucc uguccccggg ccaagccauc gguccggccc aagccauucc 2340
uaaaccgagc agagucgcag agccaagaga agauggacau cagcacuuua cggcgccagc 2400
ugagacccac aggccagcuc cguggagggc ucaagggcuc caagagugag gauucggagc 2460
ugcccccgca gacggccucc gaggcuccca gugagggguc uaggagaagc ucauccgacc 2520
ucaucacccu cccagccacc acucccccau gucccaccaa gaaggaaugg gaagggccag 2580
ccaccucgua caugacaugc agcgccuacc agaaggucca ggacucggag aucagcuucc 2640
ccgcgggcgu ggaggugcag gugcuggaga agcaggagag cggguggugg uaugugaggu 2700
uuggggagcu ggagggcugg gccccuuccc acuauuuggu gcuggaugag aacgagcaac 2760
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aaucagacag ccuggagaag aucgagaggc gcguccaagc acugaacacc gucaaccaga 2880
gcaagaaggc cacgcccccc auccccucca aaccucccgg gggcuucggc aagaccucag 2940
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uguuuguguc cccgccaccc aaggacaaca accuguccug cgcccugcgg aggaaugagu 3060
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gcuccgcugc cgccgaggcc aagggccgcc uggccgaacg ggcugccagc caggguucag 3180
acucaccccu acugcccgcc cagcgcaaca gcauacccgu guccccugug cgccccaagc 3240
ccaucgagaa gucucaguuc auccacaaua accucaaaga uguguacguc ucuaucgcag 3300
acuacgaggg ggaugaggag acagcaggcu uccaggaggg gguguccaug gagguucugg 3360
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gcugggugcc uuccaacuac cuugagaaaa agaacuagca gagggccugg gcucuuccag 3480
ccucagugug ccucucuggc cgcccacugg augagcggug agacgaacaa aagggaaagg 3540
aaaaaauggg gguggggggu ggggggugga caacauucaa cacugcagaa ugggugaccu 3600
caaagaugcc cccuguccaa gccaucccac agcuggaagg uaggggaugg gggugcccac 3660
acugagugag gaagggaaug gaccagggag ucccaggccu gggacccaga gccaagaaag 3720
cugagauauc cugugcacca uagggacuuc accaauggau uacaugccau cugggacagg 3780
ccauguggga gaccccaguu gugccuuugc uacagaucug gaaaagacaa ggucaugggg 3840
gccuccagug uccugccccu gcuuggccca guuuugauug cuggcaucuu gccaccccag 3900
guaucccugg uauuguccua agcuguauuu gugaauugug cugguuuccu gggcauugcc 3960
acgccuacca caggugggua cauuagaagc caccacuggc uuucaggcuu gggggugucu 4020
ucugagcuca agccugcuuc ugggccaggc cauugucacu guuaguugaa gaaaaagcag 4080
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ggcgaagcca ccggucucuu ccuaaucugc acagacuauu uuggguauuu cugggcgggc 4260
aguuccuuug cauguuucgg gagagguuug uugauuuggg gcuuauaugu caggccuuug 4320
guuugcgucu uauuuuaggg guuguuuggg ggccugggug gucggccuca caugggaagg 4380
ggauggguag uggauggggu uucuguugua ucuugugggc gggugauuuu gcuuuuguuu 4440
uuguuucaca uucuuccccc uccacaagcc aaagucguuu cauuugguuu ccacugugug 4500
gacugugcug gagcuuggcg ccugccagaa aaauuugggg cuaggcaagc cccagguugc 4560
agacauggug aagcagagaa acuguucuuc ugguuccugc acaaccucag aggggcaaaa 4620
acccucccca ggaaggagga ggguguucag gagccagacu uuuggagaga aggcagcucc 4680
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agggucagug ccccagugaa gacagaagcg agagaauaaa guucccugua gguccucugu 4980
caccuuuggg uuguguuuuu caauuguuga cauuucagag gggacccucc agaagcccag 5040
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acaccccauc ccagaggccu ugccugggca acccuaagcc ccugucccuc gccauacacu 5340
gaugccuggc agcuagagca aauggcucgu guucuuuguc gaaggccugu ggugagauug 5400
uuuuguuucc uuuuguuuug ugaguuuguu uaaaauugaa auuaguuauu uucuucugcu 5460
ggacaguauu aaauagagca ggauguugag uuaaucugcu agauugcagu acuaauggua 5520
gugguuuagu gucuucaugu uaauauuauu uguacuuauu ugaacaauaa ugauaaagaa 5580
gugguucauu auuuuuuaau uaaugcacuu uaaauaaggu agaauggaaa aaacccagag 5640
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uuauuaagag aaaaaaagua auuuaugacu auuuaaaaua aaauuuaaaa guagagugac 5760
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ccucagaugu cugcacugag ccaguucagu cacuagugcg ccagccaggc caggagggag 5880
ugcagagcau gucugccaag cacagagcau cucaguugga cuggaccaca gugcucccga 5940
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aucccgugcu ccuccucacu gccauuauag uuuauugugu ggucauguuu acauugugac 6240
auccagcccc aaggauggcu gggaguugcu caggcaucca ggaaaagugg ggaaugcugc 6300
caucugguga cagcauguag auuugggcag ugaacaggga uugccaugcc ccagucuucg 6360
caccucgccc ccucaccccc uaacucacag cacaaacccu gcaaacccaa agagaauauu 6420
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gccuugugcg ccuggccucc uagcccuagc cagggcgaga gggccuuucc cuugagcuac 6540
ugagcugcuu ugugaugcug aaggauacug ccggcagcag gcagaggagg gagggggccu 6600
agggcucuga cccaucugga ggaaaaccag aucggacuaa aaaaggaaaa agaaaaacaa 6660
aaucuccgca guguccaaac cuaguuuccc augaguugcg acugaaaaug ugaaacgaca 6720
cuguauugcu guauacugca acuuuaacca uaaugagccc uucugagguc auuauugagg 6780
uucauauaau gcccgaagau gcagcauuug gugcuuuguu uuccuuuccg uuucaagacc 6840
uuuuucuuuu auugcaaggg gaaaaaaaug ucaucucccc ccaccucauc ccucuuugug 6900
acagcagacc uggcuguguu gccccucucc uccucacuau ucucaccagg ccaugggacu 6960
uugggggcag ugagagagag cuggaaaggg gcaacccuga gcagcaggug ugccccaugc 7020
ccuguggguu uccccuaugu ccaaugacug uagacgggcu gucuugccag gccucagccc 7080
cgucuacccu aagccuggcc ccaaagguuu cucuuucuuc cuccuugauu uuccaucuug 7140
acgaaggcau uauauagaau cauuuuaauc acuuucagau guuagagcag cguauuuuac 7200
aggcauuuau auccauugcu uuccucagca aggcauguua cuacuuuuau caucuaagga 7260
aaaaagacaa gggaauucca gucaggcauu auuuuccuau uacuaguguu ugcagaauag 7320
guguaggacu auuuaaguuu agaccuuggu uugguaguuc uuguuuuuaa uaaggggaaa 7380
aagauaaaau aaccccuauu uuuccuguua uuguauuuaa cuaauauauu auuucuuuaa 7440
gguuacucac uuccccuacc ccuccaaaua ccuugcauuc ucaaucaaaa auggaaacaa 7500
ucugagagac aggaaaagug caauauuacc aagauggaug ccagggcuca uuggggacaa 7560
uggagggaau accaguggcg cucagagagc aagaggcagg gagcggggug cugaaggaau 7620
ccuagcugug gaacaggugg guggguuggu ggaguuugau cuuguggcgu ucuccucucc 7680
cccuucuuug ggaagaugau aggggucccu gccagaucca cccagaagaa agggauucag 7740
gcauggggcc cuugaccucu aggccccagu cccuggagca gaggcaggcc cucgggagcu 7800
guuccuuguu uugauuucug uuguggugca gccagcugcu cagagagacc uggccuaaaa 7860
augacuccca gcagcccucu cucaccccag uguccugaua uuugggcugu gauccuucug 7920
guguauguuu gaaucuuucu aaaacugggu gcccucaguu caguuucuag gcaggaagcc 7980
uagaagucac cagaucuuuu ugggggaugu gagaaccuug agccgcgcac acccugguga 8040
gacaccaauu cccacaagcc ugcagcaggg ccuggggcug agccugggcu gcccauucau 8100
cucagcgacu ucagccugag aagugagccc ugccugggcu ccacacccag agaguccaua 8160
caaauucugc uccgggaaga gucggggggu cuauucaagu uucucugcag acaaaacuuc 8220
ccacaacagg uaccaaucug gccuccuucc ucagcaccgg uagagaaagc aacagaaugg 8280
gaaguuuccu cuggguugga gccucagagc ucugccccuc aaggugacag ggacgucccu 8340
guggcuuguu cccuccaccu ccaguacugu augcuugcua cuucaacccc cuauuuggug 8400
aauuucugca cagacacaga ucucugugcc uggaauggga cugugcccug ugcgggucuc 8460
ucccuuggcg uauauccauc uagauauuua gucuuugaga aucucaaagc agagcucucu 8520
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guguugugag agagagagag agagagagag ugugugugug ugugugugug uguguguguc 8640
uguguaugca aguguuggua acuucccacu ugaacuaaau aacauggggu uagagaaaaa 8700
aaaauaccag gcaagcuguc uccauugaac aaguccuugg caaugggcag gucccaaggg 8760
acucacagcu ucuggcagca agugugucau ucacacacau cauucuggcu ggagagugca 8820
augugucauu uuuuuuucuu uuuguaauua uuuuauuaag uauuuaguug gaaauuucac 8880
acuggcauua acaggucuag cauaaguggc cuaggcaguc aucccaggcu ccaaaaugaa 8940
gaugugcaaa agagaugcca cugggaauag aaacacugag uugguucagu uaggucaucc 9000
ccugcagacg ugucaucgag caggcugacu cccaccccuc agccaugcca uggguaugag 9060
aagccccuua uaaugaaagc ugccagcccu uucguccuug uuucagaggg ugggucaggu 9120
gguuggggug agaacuugcu cacggugcac ccaacaagac cugcaggugc auauaaguuu 9180
agucccaacu gcagggccag accaaacacu uccugggaag uguguggagg gcugugcuag 9240
accuuccuga guuucuggcu aaaucaucag cccuguuugg ugcagucuca ugucucugug 9300
guucccaagc ugcaugauca gagccaguga gaagacagga ucagugaccc acagcuuugg 9360
ggaaaaacag ccccacuguu aacuucccuc cugcaaaccu ggguccccag gccauaaggu 9420
gggcacacug gugcuuacag acugggugga gagcccuacc uuccaagguc uugaucccag 9480
ccugccuaua agguugggau uagcaugcaa ucccccuucc ccaauccugu cuuuuuaaaa 9540
ucucaaguuu gcacuuaacc uugacaacag cacccucucc uacuccaguc cuagaacuca 9600
guggccuuag agaauggggu ccccugcacu gaaggucccc gccuugcucc caguuccauc 9660
cuggccaaua ggcugcgccu caagagguga aagagaaaaa agggagggag ggaggaagaa 9720
uuauuuagaa caaaaggaug gcucgagcac guuagaggca agugagaggc acguugguga 9780
gaagagcaug ugcauguuug ggguagcugg ggccuacugu cccuucauua gggaaggagg 9840
cuuccagaag cggaugucuu cuagaaagaa aaauugugug aaggcugaaa aggggcuugg 9900
aguuuugucu uuguugauua gaaagaagga agaagucagc ucugaguguu ucaggaagaa 9960
gagagcaggu agaaagggaa uuuagugauu uaacacccaa ggguccagcc auagcagguu 10020
ggaaaauccu ccaaauuugg ccacagaaac uggcuaggaa aaaacugcca cucauugggc 10080
cacacgcugg guccccauca guucucaaug aauggucauu gauuuacuua gcagagagaa 10140
gucaccagcc acaaaccaau cuuugaguuu gcaggcccug auuccagaau auaugcaucc 10200
agcucccggg uucucagcug guuuugccca cuucccuuug acuguccaau ccaaagccag 10260
ucucucaagu uguauggcuc aaagagcagu gaccacaaug ggucauacag uagggaccca 10320
ccuccacaaa uuagaaccag aguucagacu ccauugggca caucugggag gaaggcaacc 10380
uccuuugucg ucuuguuggu accagucauu cucaaguauc ucugacaccu guggugguuc 10440
aguuugcuga gccugccacc ugguaugaau uagacugggu gugaugaaca uucauccaug 10500
gauauacccu accauuuugc guugccuuau aaccaaggca cacuccccau aagaguuuac 10560
ugcagagaaa gaacagcaaa acagccaccc uccuugaauu uacaacucau uaucugcaac 10620
agguuuucuu uaaauccaag acacaggaug ggaaaugggu uuccccacca gguacucaga 10680
ggucugcagg aagugacucc cgggcaaggc agacuucagu aaucccugaa gcgugagcau 10740
guggacugca uggcugggug gggacuggug gaugucucug gagcuccaga accuuggaga 10800
auuccucaug gaauuccccu cccagcucuu agugggcucu guggggucag gaggagcccu 10860
uccuccaggu uuuccuucuu uccuccucag cagagaaacu ggagaaagga cauuaaacuc 10920
agugcagucg auuugagugc ugaaauauuu ccagaaucaa ugguggugcu aaacuaucuc 10980
cauguuucua gcauuuuuaa uaguggaguu gguuuguuuu uaaucucauc acaaaaaugc 11040
agugcccuug gggaagggac cagccccuug gccugccacu uuccaggugu ccuuuaucac 11100
uuugacggga cucuuugguc ugcagaaaau gcucugucuu ggcaugcuuc uagacuguaa 11160
gauuuggguu uuguuuugua uuuuauguuu acaugcaucu uauauuuccc ugaaaacuaa 11220
auaaaguuuu gggccuuuuu aaccgaaaaa aaaaaaaaaa aaaa 11264
<210> 34
<211> 1133
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 34
Met Leu Ala Tyr Cys Val Gln Asp Ala Thr Val Val Asp Val Glu Lys
1 5 10 15
Arg Arg Asn Pro Ser Lys His Tyr Val Tyr Ile Ile Asn Val Thr Trp
20 25 30
Ser Asp Ser Thr Ser Gln Thr Ile Tyr Arg Arg Tyr Ser Lys Phe Phe
35 40 45
Asp Leu Gln Met Gln Leu Leu Asp Lys Phe Pro Ile Glu Gly Gly Gln
50 55 60
Lys Asp Pro Lys Gln Arg Ile Ile Pro Phe Leu Pro Gly Lys Ile Leu
65 70 75 80
Phe Arg Arg Ser His Ile Arg Asp Val Ala Val Lys Arg Leu Lys Pro
85 90 95
Ile Asp Glu Tyr Cys Arg Ala Leu Val Arg Leu Pro Pro His Ile Ser
100 105 110
Gln Cys Asp Glu Val Phe Arg Phe Phe Glu Ala Arg Pro Glu Asp Val
115 120 125
Asn Pro Pro Lys Glu Asp Tyr Gly Ser Ser Lys Arg Lys Ser Val Trp
130 135 140
Leu Ser Ser Trp Ala Glu Ser Pro Lys Lys Asp Val Thr Gly Ala Asp
145 150 155 160
Ala Thr Ala Glu Pro Met Ile Leu Glu Gln Tyr Val Val Val Ser Asn
165 170 175
Tyr Lys Lys Gln Glu Asn Ser Glu Leu Ser Leu Gln Ala Gly Glu Val
180 185 190
Val Asp Val Ile Glu Lys Asn Glu Ser Gly Trp Trp Phe Val Ser Thr
195 200 205
Ser Glu Glu Gln Gly Trp Val Pro Ala Thr Tyr Leu Glu Ala Gln Asn
210 215 220
Gly Thr Arg Asp Asp Ser Asp Ile Asn Thr Ser Lys Thr Gly Glu Val
225 230 235 240
Ser Lys Arg Arg Lys Ala His Leu Arg Arg Leu Asp Arg Arg Trp Thr
245 250 255
Leu Gly Gly Met Val Asn Arg Gln His Ser Arg Glu Glu Lys Tyr Val
260 265 270
Thr Val Gln Pro Tyr Thr Ser Gln Ser Lys Asp Glu Ile Gly Phe Glu
275 280 285
Lys Gly Val Thr Val Glu Val Ile Arg Lys Asn Leu Glu Gly Trp Trp
290 295 300
Tyr Ile Arg Tyr Leu Gly Lys Glu Gly Trp Ala Pro Ala Ser Tyr Leu
305 310 315 320
Lys Lys Ala Lys Asp Asp Leu Pro Thr Arg Lys Lys Asn Leu Ala Gly
325 330 335
Pro Val Glu Ile Ile Gly Asn Ile Met Glu Ile Ser Asn Leu Leu Asn
340 345 350
Lys Lys Ala Ser Gly Asp Lys Glu Thr Pro Pro Ala Glu Gly Glu Gly
355 360 365
His Glu Ala Pro Ile Ala Lys Lys Glu Ile Ser Leu Pro Ile Leu Cys
370 375 380
Asn Ala Ser Asn Gly Ser Ala Val Gly Val Pro Asp Arg Thr Val Ser
385 390 395 400
Arg Leu Ala Gln Gly Ser Pro Ala Val Ala Arg Ile Ala Pro Gln Arg
405 410 415
Ala Gln Ile Ser Ser Pro Asn Leu Arg Thr Arg Pro Pro Pro Arg Arg
420 425 430
Glu Ser Ser Leu Gly Phe Gln Leu Pro Lys Pro Pro Glu Pro Pro Ser
435 440 445
Val Glu Val Glu Tyr Tyr Thr Ile Ala Glu Phe Gln Ser Cys Ile Ser
450 455 460
Asp Gly Ile Ser Phe Arg Gly Gly Gln Lys Ala Glu Val Ile Asp Lys
465 470 475 480
Asn Ser Gly Gly Trp Trp Tyr Val Gln Ile Gly Glu Lys Glu Gly Trp
485 490 495
Ala Pro Ala Ser Tyr Ile Asp Lys Arg Lys Lys Pro Asn Leu Ser Arg
500 505 510
Arg Thr Ser Thr Leu Thr Arg Pro Lys Val Pro Pro Pro Ala Pro Pro
515 520 525
Ser Lys Pro Lys Glu Ala Glu Glu Gly Pro Thr Gly Ala Ser Glu Ser
530 535 540
Gln Asp Ser Pro Arg Lys Leu Lys Tyr Glu Glu Pro Glu Tyr Asp Ile
545 550 555 560
Pro Ala Phe Gly Phe Asp Ser Glu Pro Glu Leu Ser Glu Glu Pro Val
565 570 575
Glu Asp Arg Ala Ser Gly Glu Arg Arg Pro Ala Gln Pro His Arg Pro
580 585 590
Ser Pro Ala Ser Ser Leu Gln Arg Ala Arg Phe Lys Val Gly Glu Ser
595 600 605
Ser Glu Asp Val Ala Leu Glu Glu Glu Thr Ile Tyr Glu Asn Glu Gly
610 615 620
Phe Arg Pro Tyr Ala Glu Asp Thr Leu Ser Ala Arg Gly Ser Ser Gly
625 630 635 640
Asp Ser Asp Ser Pro Gly Ser Ser Ser Leu Ser Leu Thr Arg Lys Asn
645 650 655
Ser Pro Lys Ser Gly Ser Pro Lys Ser Ser Ser Leu Leu Lys Leu Lys
660 665 670
Ala Glu Lys Asn Ala Gln Ala Glu Met Gly Lys Asn His Ser Ser Ala
675 680 685
Ser Phe Ser Ser Ser Ile Thr Ile Asn Thr Thr Cys Cys Ser Ser Ser
690 695 700
Ser Ser Ser Ser Ser Ser Leu Ser Lys Thr Ser Gly Asp Leu Lys Pro
705 710 715 720
Arg Ser Ala Ser Asp Ala Gly Ile Arg Gly Thr Pro Lys Val Arg Ala
725 730 735
Lys Lys Asp Ala Asp Ala Asn Ala Gly Leu Thr Ser Cys Pro Arg Ala
740 745 750
Lys Pro Ser Val Arg Pro Lys Pro Phe Leu Asn Arg Ala Glu Ser Gln
755 760 765
Ser Gln Glu Lys Met Asp Ile Ser Thr Leu Arg Arg Gln Leu Arg Pro
770 775 780
Thr Gly Gln Leu Arg Gly Gly Leu Lys Gly Ser Lys Ser Glu Asp Ser
785 790 795 800
Glu Leu Pro Pro Gln Thr Ala Ser Glu Ala Pro Ser Glu Gly Ser Arg
805 810 815
Arg Ser Ser Ser Asp Leu Ile Thr Leu Pro Ala Thr Thr Pro Pro Cys
820 825 830
Pro Thr Lys Lys Glu Trp Glu Gly Pro Ala Thr Ser Tyr Met Thr Cys
835 840 845
Ser Ala Tyr Gln Lys Val Gln Asp Ser Glu Ile Ser Phe Pro Ala Gly
850 855 860
Val Glu Val Gln Val Leu Glu Lys Gln Glu Ser Gly Trp Trp Tyr Val
865 870 875 880
Arg Phe Gly Glu Leu Glu Gly Trp Ala Pro Ser His Tyr Leu Val Leu
885 890 895
Asp Glu Asn Glu Gln Pro Asp Pro Ser Gly Lys Glu Leu Asp Thr Val
900 905 910
Pro Ala Lys Gly Arg Gln Asn Glu Gly Lys Ser Asp Ser Leu Glu Lys
915 920 925
Ile Glu Arg Arg Val Gln Ala Leu Asn Thr Val Asn Gln Ser Lys Lys
930 935 940
Ala Thr Pro Pro Ile Pro Ser Lys Pro Pro Gly Gly Phe Gly Lys Thr
945 950 955 960
Ser Gly Thr Pro Ala Val Lys Met Arg Asn Gly Val Arg Gln Val Ala
965 970 975
Val Arg Pro Gln Ser Val Phe Val Ser Pro Pro Pro Lys Asp Asn Asn
980 985 990
Leu Ser Cys Ala Leu Arg Arg Asn Glu Ser Leu Thr Ala Thr Asp Gly
995 1000 1005
Leu Arg Gly Val Arg Arg Asn Ser Ser Phe Ser Thr Ala Arg Ser
1010 1015 1020
Ala Ala Ala Glu Ala Lys Gly Arg Leu Ala Glu Arg Ala Ala Ser
1025 1030 1035
Gln Gly Ser Asp Ser Pro Leu Leu Pro Ala Gln Arg Asn Ser Ile
1040 1045 1050
Pro Val Ser Pro Val Arg Pro Lys Pro Ile Glu Lys Ser Gln Phe
1055 1060 1065
Ile His Asn Asn Leu Lys Asp Val Tyr Val Ser Ile Ala Asp Tyr
1070 1075 1080
Glu Gly Asp Glu Glu Thr Ala Gly Phe Gln Glu Gly Val Ser Met
1085 1090 1095
Glu Val Leu Glu Arg Asn Pro Asn Gly Trp Trp Tyr Cys Gln Ile
1100 1105 1110
Leu Asp Gly Val Lys Pro Phe Lys Gly Trp Val Pro Ser Asn Tyr
1115 1120 1125
Leu Glu Lys Lys Asn
1130
<210> 35
<211> 1574
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 35
ucaccacggc ggcagcccuu uaaaccccuc acccagccag cgccccaucc ugucuguccg 60
aacccagaca caagucuuca cuccuuccug cgagcccuga ggaagccuug ugagugcauu 120
ggcuggggcu uggagggaag uugggcugga gcuggacagg agcagugggu gcauuucagg 180
caggcucucc ugagguccca ggcgccagcu ccagcucccu ggcuagggaa acccacccuc 240
ucagucagca ugggggccca agcuccaggc agggugggcu ggaucacuag cguccuggau 300
cucucucaga cugggcagcc ccgggcucau ugaaaugccc cggaugacuu ggcuagugca 360
gaggaauuga uggaaaccac cggggugaga gggaggcucc ccaucucagc cagccacauc 420
cacaaggugu guguaagggu gcaggcgccg gccgguuagg ccaaggcucu acugucuguu 480
gccccuccag gagaacuucc aaggagcuuu ccccagacau ggccaacaag gguccuuccu 540
auggcaugag ccgcgaagug caguccaaaa ucgagaagaa guaugacgag gagcuggagg 600
agcggcuggu ggaguggauc auagugcagu guggcccuga ugugggccgc ccagaccgug 660
ggcgcuuggg cuuccagguc uggcugaaga auggcgugau ucugagcaag cuggugaaca 720
gccuguaccc ugauggcucc aagccgguga aggugcccga gaacccaccc uccauggucu 780
ucaagcagau ggagcaggug gcucaguucc ugaaggcggc ugaggacuau ggggucauca 840
agacugacau guuccagacu guugaccucu uugaaggcaa agacauggca gcagugcaga 900
ggacccugau ggcuuugggc agcuuggcag ugaccaagaa ugaugggcac uaccguggag 960
aucccaacug guuuaugaag aaagcgcagg agcauaagag ggaauucaca gagagccagc 1020
ugcaggaggg aaagcauguc auuggccuuc agaugggcag caacagaggg gccucccagg 1080
ccggcaugac aggcuacgga cgaccucggc agaucaucag uuagagcgga gagggcuagc 1140
ccugagcccg gcccuccccc agcuccuugg cugcagccau cccgcuuagc cugccucacc 1200
cacacccgug ugguaccuuc agcccuggcc aagcuuugag gcucugucac ugagcaaugg 1260
uaacugcacc ugggcagcuc cucccugugc ccccagccuc agcccaacuu cuuacccgaa 1320
agcaucacug ccuuggcccc ucccucccgg cugcccccau caccucuacu gucuccuccc 1380
ugggcuaagc aggggagaag cgggcugggg guagccugga ugugggccaa guccacuguc 1440
cuccuuggcg gcaaaagccc auugaagaag aaccagccca gccugccccc uaucuugucc 1500
uggaauauuu uugggguugg aacucaaaaa aaaaaaaaaa aaaucaaucu uuucucaaaa 1560
aaaaaaaaaa aaaa 1574
<210> 36
<211> 201
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 36
Met Ala Asn Lys Gly Pro Ser Tyr Gly Met Ser Arg Glu Val Gln Ser
1 5 10 15
Lys Ile Glu Lys Lys Tyr Asp Glu Glu Leu Glu Glu Arg Leu Val Glu
20 25 30
Trp Ile Ile Val Gln Cys Gly Pro Asp Val Gly Arg Pro Asp Arg Gly
35 40 45
Arg Leu Gly Phe Gln Val Trp Leu Lys Asn Gly Val Ile Leu Ser Lys
50 55 60
Leu Val Asn Ser Leu Tyr Pro Asp Gly Ser Lys Pro Val Lys Val Pro
65 70 75 80
Glu Asn Pro Pro Ser Met Val Phe Lys Gln Met Glu Gln Val Ala Gln
85 90 95
Phe Leu Lys Ala Ala Glu Asp Tyr Gly Val Ile Lys Thr Asp Met Phe
100 105 110
Gln Thr Val Asp Leu Phe Glu Gly Lys Asp Met Ala Ala Val Gln Arg
115 120 125
Thr Leu Met Ala Leu Gly Ser Leu Ala Val Thr Lys Asn Asp Gly His
130 135 140
Tyr Arg Gly Asp Pro Asn Trp Phe Met Lys Lys Ala Gln Glu His Lys
145 150 155 160
Arg Glu Phe Thr Glu Ser Gln Leu Gln Glu Gly Lys His Val Ile Gly
165 170 175
Leu Gln Met Gly Ser Asn Arg Gly Ala Ser Gln Ala Gly Met Thr Gly
180 185 190
Tyr Gly Arg Pro Arg Gln Ile Ile Ser
195 200
<210> 37
<211> 2805
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 37
cuccuugcac gggccggccc agcuuccccg ccccuggcgu ccgcucccuc ccgcucgcag 60
cuuacuuaac cuggcccggg cggcggaggc gcucucacuu cccuggagcc gcccgcuugc 120
ccgucggucg cuagcucgcu cggugcgcgu cgucccgcuc cauggcgcuc uucgugcggc 180
ugcuggcucu cgcccuggcu cuggcccugg gccccgccgc gacccuggcg ggucccgcca 240
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acgugugugc ugugcagaag guuauuggca cuaauaggaa guacuucacc aacugcaagc 360
agugguacca aaggaaaauc uguggcaaau caacagucau cagcuacgag ugcuguccug 420
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ccugggccuc cuugccagcu gaagugcugg acucccuggu cagcaauguc aacauugagc 660
ugcucaaugc ccuccgcuac cauauggugg gcaggcgagu ccugacugau gagcugaaac 720
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augggauugu aacugugaac ugugcccggc ugcugaaagc cgaccaccau gcaaccaacg 840
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cgaugcuuga agguaacggc caguacacgc uuuuggcccc gaccaaugag gccuucgaga 1020
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uagagacccu ggagggcacg acacuggagg ugggcugcag cggggacaug cucacuauca 1200
acgggaaggc gaucaucucc aauaaagaca uccuagccac caacggggug auccacuaca 1260
uugaugagcu acucauccca gacucagcca agacacuauu ugaauuggcu gcagagucug 1320
auguguccac agccauugac cuuuucagac aagccggccu cggcaaucau cucucuggaa 1380
gugagcgguu gacccuccug gcuccccuga auucuguauu caaagaugga accccuccaa 1440
uugaugccca uacaaggaau uugcuucgga accacauaau uaaagaccag cuggccucua 1500
aguaucugua ccauggacag acccuggaaa cucugggcgg caaaaaacug agaguuuuug 1560
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ugacggagac ccucaaccgg gaaggagucu acacagucuu ugcucccaca aaugaagccu 1800
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acuguuugaa uguuuucaaa accaaguauc acacuuuaau guacaugggc cgcaccauaa 2340
ugagauguga gccuugugca ugugggggag gagggagaga gauguacuuu uuaaaucaug 2400
uucccccuaa acauggcugu uaacccacug caugcagaaa cuuggauguc acugccugac 2460
auucacuucc agagaggacc uaucccaaau guggaauuga cugccuaugc caagucccug 2520
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ggaaguccug gcacaguuuu uguaaagccc uugcacagcu ggagaaaugg caucauuaua 2640
agcuaugagu ugaaauguuc ugucaaaugu gucucacauc uacacguggc uuggaggcuu 2700
uuauggggcc cuguccaggu agaaaagaaa ugguauguag agcuuagauu ucccuauugu 2760
gacagagcca ugguguguuu guaauaauaa aaccaaagaa acaua 2805
<210> 38
<211> 683
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 38
Met Ala Leu Phe Val Arg Leu Leu Ala Leu Ala Leu Ala Leu Ala Leu
1 5 10 15
Gly Pro Ala Ala Thr Leu Ala Gly Pro Ala Lys Ser Pro Tyr Gln Leu
20 25 30
Val Leu Gln His Ser Arg Leu Arg Gly Arg Gln His Gly Pro Asn Val
35 40 45
Cys Ala Val Gln Lys Val Ile Gly Thr Asn Arg Lys Tyr Phe Thr Asn
50 55 60
Cys Lys Gln Trp Tyr Gln Arg Lys Ile Cys Gly Lys Ser Thr Val Ile
65 70 75 80
Ser Tyr Glu Cys Cys Pro Gly Tyr Glu Lys Val Pro Gly Glu Lys Gly
85 90 95
Cys Pro Ala Ala Leu Pro Leu Ser Asn Leu Tyr Glu Thr Leu Gly Val
100 105 110
Val Gly Ser Thr Thr Thr Gln Leu Tyr Thr Asp Arg Thr Glu Lys Leu
115 120 125
Arg Pro Glu Met Glu Gly Pro Gly Ser Phe Thr Ile Phe Ala Pro Ser
130 135 140
Asn Glu Ala Trp Ala Ser Leu Pro Ala Glu Val Leu Asp Ser Leu Val
145 150 155 160
Ser Asn Val Asn Ile Glu Leu Leu Asn Ala Leu Arg Tyr His Met Val
165 170 175
Gly Arg Arg Val Leu Thr Asp Glu Leu Lys His Gly Met Thr Leu Thr
180 185 190
Ser Met Tyr Gln Asn Ser Asn Ile Gln Ile His His Tyr Pro Asn Gly
195 200 205
Ile Val Thr Val Asn Cys Ala Arg Leu Leu Lys Ala Asp His His Ala
210 215 220
Thr Asn Gly Val Val His Leu Ile Asp Lys Val Ile Ser Thr Ile Thr
225 230 235 240
Asn Asn Ile Gln Gln Ile Ile Glu Ile Glu Asp Thr Phe Glu Thr Leu
245 250 255
Arg Ala Ala Val Ala Ala Ser Gly Leu Asn Thr Met Leu Glu Gly Asn
260 265 270
Gly Gln Tyr Thr Leu Leu Ala Pro Thr Asn Glu Ala Phe Glu Lys Ile
275 280 285
Pro Ser Glu Thr Leu Asn Arg Ile Leu Gly Asp Pro Glu Ala Leu Arg
290 295 300
Asp Leu Leu Asn Asn His Ile Leu Lys Ser Ala Met Cys Ala Glu Ala
305 310 315 320
Ile Val Ala Gly Leu Ser Val Glu Thr Leu Glu Gly Thr Thr Leu Glu
325 330 335
Val Gly Cys Ser Gly Asp Met Leu Thr Ile Asn Gly Lys Ala Ile Ile
340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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435 440 445
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450 455 460
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Glu Ala Phe Arg Ala Leu Pro Pro Arg Glu Arg Ser Arg Leu Leu Gly
545 550 555 560
Asp Ala Lys Glu Leu Ala Asn Ile Leu Lys Tyr His Ile Gly Asp Glu
565 570 575
Ile Leu Val Ser Gly Gly Ile Gly Ala Leu Val Arg Leu Lys Ser Leu
580 585 590
Gln Gly Asp Lys Leu Glu Val Ser Leu Lys Asn Asn Val Val Ser Val
595 600 605
Asn Lys Glu Pro Val Ala Glu Pro Asp Ile Met Ala Thr Asn Gly Val
610 615 620
Val His Val Ile Thr Asn Val Leu Gln Pro Pro Ala Asn Arg Pro Gln
625 630 635 640
Glu Arg Gly Asp Glu Leu Ala Asp Ser Ala Leu Glu Ile Phe Lys Gln
645 650 655
Ala Ser Ala Phe Ser Arg Ala Ser Gln Arg Ser Val Arg Leu Ala Pro
660 665 670
Val Tyr Gln Lys Leu Leu Glu Arg Met Lys His
675 680
<210> 39
<211> 10294
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 39
cucaguugcu cccagcagug gcccugggac cagcucugcu ccuugcaccc cgcucccugc 60
cuggacacag gcucacucgc ugccuucuuc ugggggaaac cagcuucuug ccagccacag 120
cugcugccuc cgccacuggc caccgccccu guccugggag ucccuuggcc cagacaccca 180
ccugacuuag uggcuccucu gcaggaaagg uggcugcccc cugcguuccu ccauccaacc 240
augagcuggu gcccaucacc acugagaaug caccaaagaa uguaguggac aagggagaag 300
gagccucccg ggguggaaac acacggaaaa gccucgagga caacggcucc accaggguca 360
ccccgagugu ccagccccac cuccagccca ucagaaacau gagugugagc cggaccaugg 420
aggacagcug ugagcuggac cugguguacg ucacagagag gaucaucgcu gucuccuucc 480
ccagcacagc caaugaggag aacuuccgga gcaaccuccg ugagguggcg cagaugcuca 540
aguccaaaca uggaggcaac uaccugcugu ucaaccucuc ugagcggaga ccugacauca 600
cgaagcucca ugccaaggua cuggaauuug gcuggcccga ccuccacacc ccagcccugg 660
agaagaucug cagcaucugu aaggccaugg acacauggcu caaugcagac ccucacaaug 720
ucguuguucu acacaacaag ggaaaccgag gcaggauagg aguugucauc gcggcuuaca 780
ugcacuacag caacauuucu gccagugcgg accaggcucu ggaccgguuu gcaaugaagc 840
gguucuauga ggauaagauu gugcccauug gccagccauc ccaaagaagg uacgugcauu 900
acuucagugg ccugcucucc ggcuccauca aaaugaacaa caagcccuug uuucugcacc 960
acgugaucau gcacggcauc cccaacuuug agucuaaagg aggaugucgg ccauuucucc 1020
gcaucuacca ggccaugcaa ccuguguaca caucuggcau cuacaacauc ccaggagaca 1080
gccagacuag cgucugcauc accaucgagc caggacugcu cuugaaggga gacaucuugc 1140
ugaagugcua ccacaagaag uuccgaagcc cagcccgaga cgucaucuuc cgugugcagu 1200
uccacaccug ugccauccau gaccuggggg uugucuuugg gaaggaggac cuugaugaug 1260
cuuucaaaga ugaucgauuu ccagaguaug gcaaagugga guuuguauuu ucuuaugggc 1320
cagagaaaau ucaaggcaug gagcaccugg agaacgggcc gagcgugucu guggacuaua 1380
acaccuccga cccccucauc cgcugggacu ccuacgacaa cuucaguggg caucgagaug 1440
acggcaugga ggagguggug ggacacacgc aggggccacu agaugggagc cuguaugcua 1500
aggugaagaa gaaagacucc cugcacggca gcaccggggc uguuaaugcc acacguccua 1560
cacugucggc cacccccaac cacguggaac acacgcuuuc ugugagcagc gacucgggca 1620
acuccacagc cuccaccaag accgacaaga ccgacgagcc uguccccggg gccuccagug 1680
ccacugcugc cuugaguccc caggagaagc gggagcugga ccgccugcug aguggcuuug 1740
gcuuagagcg agagaagcaa ggcgccaugu accacaccca gcaccucagg ucccgcccag 1800
cagggggcuc ggcugugccc uccucuggac gccacguugu cccagcccag guucauguca 1860
augguggggc guuagcaucu gagcgggaga cagacauccu ggacgaugaa uugccaaacc 1920
aggaugguca cagugcgggc agcaugggca cacucucuuc ucuggacggg gucaccaaca 1980
ccagugaggg gggcuaccca gaggcccugu ccccacugac caacggucug gacaaguccu 2040
accccaugga gccuaugguc aauggaggag gcuaccccua cgagucugcc agccgggcgg 2100
ggccugccca ugcuggccac acggccccca ugcggcccuc cuacucugca caggaggguu 2160
uagcuggcua ccagagggag gggccccacc cagccuggcc acagccagug accaccuccc 2220
acuaugccca ugaccccagc gguauguucc gcucucaauc cuuuucggaa gcugaacccc 2280
agcugccccc agcuccgguc cgagggggaa gcagccggga ggcugugcaa aggggacuga 2340
auucguggca gcagcagcag cagcagcagc agcagccucg cccaccucca cgccagcagg 2400
aaagagccca cuuggagagu cuuguagcca gcaggcccag cccucagcca uuggcagaga 2460
cccccauccc cagucucccu gaguucccgc gagcagccuc ccagcaggag auugaacagu 2520
ccaucgaaac acucaauaug cugaugcugg accuggagcc agccuccgcu gcugccccac 2580
uacacaaguc ccagaguguc cccggggccu ggccaggggc uucuccacuc uccucccagc 2640
cccucucugg auccucccgu cagucccauc cacugaccca guccagaucu ggcuauaucc 2700
ccagugggca uucguuggga accccugagc cagccccacg ggccucucug gagucugucc 2760
cuccuggcag gucuuacuca ccuuaugacu aucagccaug uuuggcuggg ccuaaccagg 2820
auuuccauuc aaagagccca gccucuuccu ccuugccugc cuuccuuccg accacccaca 2880
gcccuccagg gccucagcaa cccccagccu cucucccugg ccucacugcu cagccucugc 2940
ucucaccaaa ggaagcgacu ucagaccccu cccggacucc agaggaggag ccauugaauu 3000
uagaagggcu gguggcccac aggguagcag ggguacaggc ucgggagaag cagccugcag 3060
agcccccagc cccucugcgg aggcgggcgg ccagugaugg acaguaugag aaccagucuc 3120
cagaagccac auccccucgu agcccugggg uucgcucccc uguccagugu gucuccccgg 3180
agcuggcucu uaccaucgcu cucaauccug gagggcggcc caaagagccc cauuugcaca 3240
gcuacaagga ggccuucgag gagauggagg gaaccucccc gagcagccca ccacccagug 3300
gggugcgguc ccccccgggu cuggccaaga caccccuguc ugcucugggc cugaaaccuc 3360
acaacccagc ggacauccug uugcacccca caggaguuac cagaagacgg auccagccag 3420
aggaagauga ggggaaggug guggucaggc ugucagaaga gccccggagc uauguggagu 3480
cuguggcacg gacagcggug gcuggacccc gagcucagga cucugagccc aagagcuuua 3540
gugcuccagc cacccaggcc uauggccaug agauaccccu gaggaacggg acccugggug 3600
gcuccuuugu cucccccagc ccccucucca ccagcagccc cauccucagu gcugacagca 3660
cuucaguggg gaguuucccg ucgggagaga gcagugacca ggguccccgg acgcccaccc 3720
agccucuguu ggagucuggc uuccgcucag gcagccuggg acagcccagc ccgucugccc 3780
agagaaacua ccagagcucu ucuccucucc cgacuguggg caguagcuac agcagccccg 3840
acuacucacu ucagcauuuc agcuccucuc cggaaagcca ggcucgagcu caguucagug 3900
uggcuggcgu ccacacggug ccugggagcc cucaggcgcg ccacagaaca gugggcacca 3960
acacuccccc uaguccuggc uucggcuggc gggccaucaa ucccagcaug gcugccccca 4020
gcagucccag uuugagccau caccagauga uggguccacc aggcacuggc uuccauggua 4080
gcacugucuc cagcccccag agcagugcag cgaccacccc ggggagcccc agccuguguc 4140
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gaucuguggu ucccggcagc cccugcuugg accggcaugu ggccuauggu ggcuauucua 4380
ccccggagga ucggagaccc acacuguccc ggcagagcag ugccucuggc uaccaggcuc 4440
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ccuccccguc accagacucc gcagccuucc ggcaagggag cccaacacca gccuugccag 4560
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augggaaggu gucuucgccu gucgccagcg gcauguccag ucccaguggg ggcagcaccg 4680
ucuccuucuc ccacacucug cccgacuucu ccaaguacuc caugccagac aacagcccgg 4740
agacgcgggc uaaagugaag uuuguccagg acacuucuaa guauugguac aagccugaga 4800
ucuccaggga gcaggccauc gcgcuccuca aggaccagga gccgggggcc uucaucaucc 4860
gcgacaguca cuccuuccga ggcgcguacg ggcuggccau gaaggugucu ucgccaccuc 4920
caaccaucau gcagcagaau aaaaaaggag acaugaccca ugagcugguc aggcauuuuc 4980
ugauagagac uggccccaga ggagucaagc ucaagggcug ccccaaugag ccaaacuucg 5040
gaucgcuguc ugcccugguc uaccagcacu ccaucauccc auuggcccug ccuugcaagc 5100
uggucauucc aaaccgagac cccacagaug aaucgaaaga uagcuccggc ccugccaacu 5160
caacugcaga ccugcugaaa caaggggcag ccugcaaugu gcucuucguc aacucugugg 5220
acauggaguc acucacuggg ccacaggcca ucucuaaagc cacaucugag acguuggcug 5280
cagaccccac gccagcugcc accaucguuc acuucaaagu cucugcccag ggaaucacuc 5340
ugacugacaa ccagagaaag cucuuuuuca gacgccacua cccucucaac acugucaccu 5400
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agcucuucgg cuucguggcc cggaagcagg gcagcaccac ggacaacgcc ugccaccucu 5520
uugcugagcu ugaccccaac cagccggccu cugccaucgu caacuucguc uccaagguca 5580
ugcugaaugc cggccaaaag agaugaaccc ugccccuugc ccagggccag ugccaugggg 5640
aaggggcuug uggggagggg acccaugaau ccugaccacu cuugaaccca gaaggaggac 5700
uuugggccaa uuucggagga gagaagaaag ugcaacgugg ggagagggaa gugaauugca 5760
gaggggaggg ggaaaagaga gagagagaga gagagagaga gagagagaaa gauggaggag 5820
aagaacuugg auuccccugg guagauggaa acugcaaaaa cccaaagccu ccaaaacuaa 5880
ccagguccac cuaacacccc cucccucccc uaagaagaug gauguccuca aaagagaagg 5940
aacaaaccuc cuugggaauc cacauuuuuu gggggaaugg aaaagcucug ucucccuaac 6000
ucaacugcuu ugcaagggga aaucaagcug ggagaaucuu uuucuggcca ccuguggggu 6060
agguugucaa accaaacaga gccaccgugg gacaucaagu ggaagaacuu guuugcuuga 6120
aaguaucuca gacccaaggc accucagguc ucuuugcugu gccuccacua uauugucgug 6180
ugggugugug ucugcaccca cauccucaca cauugaucua gaucugccuu uauccacucg 6240
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ccaaagauua ggguuggugg uggcagugca gcaggggagg gacaaacaac caagcuaugg 6360
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uccugccuug gccagaagcc uggagcuuug guuugaggag guagagauau guguauccau 6540
aggaagagau cugucagaac aggcagcugu ugagcucggg gugucuuccc caaggcaugu 6600
ggcucagcag caagaaaggc aaguugcucc ugcuggggcc cuggacucug ccuuagcucc 6660
caccucucag ccuuguuauu ggguuucaug ccccuggacc agccuuaucu cagaccugcu 6720
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uucuauucug cagggucccu guguuggaau ucucccuggg gaaccuacuu ucugcucagu 6840
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<210> 40
<211> 1735
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 40
Met Ser Val Ser Arg Thr Met Glu Asp Ser Cys Glu Leu Asp Leu Val
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Tyr Val Thr Glu Arg Ile Ile Ala Val Ser Phe Pro Ser Thr Ala Asn
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Glu Glu Asn Phe Arg Ser Asn Leu Arg Glu Val Ala Gln Met Leu Lys
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Ser Lys His Gly Gly Asn Tyr Leu Leu Phe Asn Leu Ser Glu Arg Arg
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Pro Asp Ile Thr Lys Leu His Ala Lys Val Leu Glu Phe Gly Trp Pro
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Asp Leu His Thr Pro Ala Leu Glu Lys Ile Cys Ser Ile Cys Lys Ala
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Met Asp Thr Trp Leu Asn Ala Asp Pro His Asn Val Val Val Leu His
100 105 110
Asn Lys Gly Asn Arg Gly Arg Ile Gly Val Val Ile Ala Ala Tyr Met
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Gly Ile Pro Asn Phe Glu Ser Lys Gly Gly Cys Arg Pro Phe Leu Arg
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Ile Tyr Gln Ala Met Gln Pro Val Tyr Thr Ser Gly Ile Tyr Asn Ile
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Pro Gly Asp Ser Gln Thr Ser Val Cys Ile Thr Ile Glu Pro Gly Leu
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Leu Leu Lys Gly Asp Ile Leu Leu Lys Cys Tyr His Lys Lys Phe Arg
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Ile His Asp Leu Gly Val Val Phe Gly Lys Glu Asp Leu Asp Asp Ala
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Phe Lys Asp Asp Arg Phe Pro Glu Tyr Gly Lys Val Glu Phe Val Phe
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Pro Ser Val Ser Val Asp Tyr Asn Thr Ser Asp Pro Leu Ile Arg Trp
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Val Val Gly His Thr Gln Gly Pro Leu Asp Gly Ser Leu Tyr Ala Lys
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Val Lys Lys Lys Asp Ser Leu His Gly Ser Thr Gly Ala Val Asn Ala
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595 600 605
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Pro Arg Ser Pro Gly Val Arg Ser Pro Val Gln Cys Val Ser Pro Glu
915 920 925
Leu Ala Leu Thr Ile Ala Leu Asn Pro Gly Gly Arg Pro Lys Glu Pro
930 935 940
His Leu His Ser Tyr Lys Glu Ala Phe Glu Glu Met Glu Gly Thr Ser
945 950 955 960
Pro Ser Ser Pro Pro Pro Ser Gly Val Arg Ser Pro Pro Gly Leu Ala
965 970 975
Lys Thr Pro Leu Ser Ala Leu Gly Leu Lys Pro His Asn Pro Ala Asp
980 985 990
Ile Leu Leu His Pro Thr Gly Val Thr Arg Arg Arg Ile Gln Pro Glu
995 1000 1005
Glu Asp Glu Gly Lys Val Val Val Arg Leu Ser Glu Glu Pro Arg
1010 1015 1020
Ser Tyr Val Glu Ser Val Ala Arg Thr Ala Val Ala Gly Pro Arg
1025 1030 1035
Ala Gln Asp Ser Glu Pro Lys Ser Phe Ser Ala Pro Ala Thr Gln
1040 1045 1050
Ala Tyr Gly His Glu Ile Pro Leu Arg Asn Gly Thr Leu Gly Gly
1055 1060 1065
Ser Phe Val Ser Pro Ser Pro Leu Ser Thr Ser Ser Pro Ile Leu
1070 1075 1080
Ser Ala Asp Ser Thr Ser Val Gly Ser Phe Pro Ser Gly Glu Ser
1085 1090 1095
Ser Asp Gln Gly Pro Arg Thr Pro Thr Gln Pro Leu Leu Glu Ser
1100 1105 1110
Gly Phe Arg Ser Gly Ser Leu Gly Gln Pro Ser Pro Ser Ala Gln
1115 1120 1125
Arg Asn Tyr Gln Ser Ser Ser Pro Leu Pro Thr Val Gly Ser Ser
1130 1135 1140
Tyr Ser Ser Pro Asp Tyr Ser Leu Gln His Phe Ser Ser Ser Pro
1145 1150 1155
Glu Ser Gln Ala Arg Ala Gln Phe Ser Val Ala Gly Val His Thr
1160 1165 1170
Val Pro Gly Ser Pro Gln Ala Arg His Arg Thr Val Gly Thr Asn
1175 1180 1185
Thr Pro Pro Ser Pro Gly Phe Gly Trp Arg Ala Ile Asn Pro Ser
1190 1195 1200
Met Ala Ala Pro Ser Ser Pro Ser Leu Ser His His Gln Met Met
1205 1210 1215
Gly Pro Pro Gly Thr Gly Phe His Gly Ser Thr Val Ser Ser Pro
1220 1225 1230
Gln Ser Ser Ala Ala Thr Thr Pro Gly Ser Pro Ser Leu Cys Arg
1235 1240 1245
His Pro Ala Gly Val Tyr Gln Val Ser Gly Leu His Asn Lys Val
1250 1255 1260
Ala Thr Thr Pro Gly Ser Pro Ser Leu Gly Arg His Pro Gly Ala
1265 1270 1275
His Gln Gly Asn Leu Ala Ser Gly Leu His Ser Asn Ala Ile Ala
1280 1285 1290
Ser Pro Gly Ser Pro Ser Leu Gly Arg His Leu Gly Gly Ser Gly
1295 1300 1305
Ser Val Val Pro Gly Ser Pro Cys Leu Asp Arg His Val Ala Tyr
1310 1315 1320
Gly Gly Tyr Ser Thr Pro Glu Asp Arg Arg Pro Thr Leu Ser Arg
1325 1330 1335
Gln Ser Ser Ala Ser Gly Tyr Gln Ala Pro Ser Thr Pro Ser Phe
1340 1345 1350
Pro Val Ser Pro Ala Tyr Tyr Pro Gly Leu Ser Ser Pro Ala Thr
1355 1360 1365
Ser Pro Ser Pro Asp Ser Ala Ala Phe Arg Gln Gly Ser Pro Thr
1370 1375 1380
Pro Ala Leu Pro Glu Lys Arg Arg Met Ser Val Gly Asp Arg Ala
1385 1390 1395
Gly Ser Leu Pro Asn Tyr Ala Thr Ile Asn Gly Lys Val Ser Ser
1400 1405 1410
Pro Val Ala Ser Gly Met Ser Ser Pro Ser Gly Gly Ser Thr Val
1415 1420 1425
Ser Phe Ser His Thr Leu Pro Asp Phe Ser Lys Tyr Ser Met Pro
1430 1435 1440
Asp Asn Ser Pro Glu Thr Arg Ala Lys Val Lys Phe Val Gln Asp
1445 1450 1455
Thr Ser Lys Tyr Trp Tyr Lys Pro Glu Ile Ser Arg Glu Gln Ala
1460 1465 1470
Ile Ala Leu Leu Lys Asp Gln Glu Pro Gly Ala Phe Ile Ile Arg
1475 1480 1485
Asp Ser His Ser Phe Arg Gly Ala Tyr Gly Leu Ala Met Lys Val
1490 1495 1500
Ser Ser Pro Pro Pro Thr Ile Met Gln Gln Asn Lys Lys Gly Asp
1505 1510 1515
Met Thr His Glu Leu Val Arg His Phe Leu Ile Glu Thr Gly Pro
1520 1525 1530
Arg Gly Val Lys Leu Lys Gly Cys Pro Asn Glu Pro Asn Phe Gly
1535 1540 1545
Ser Leu Ser Ala Leu Val Tyr Gln His Ser Ile Ile Pro Leu Ala
1550 1555 1560
Leu Pro Cys Lys Leu Val Ile Pro Asn Arg Asp Pro Thr Asp Glu
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Ser Lys Asp Ser Ser Gly Pro Ala Asn Ser Thr Ala Asp Leu Leu
1580 1585 1590
Lys Gln Gly Ala Ala Cys Asn Val Leu Phe Val Asn Ser Val Asp
1595 1600 1605
Met Glu Ser Leu Thr Gly Pro Gln Ala Ile Ser Lys Ala Thr Ser
1610 1615 1620
Glu Thr Leu Ala Ala Asp Pro Thr Pro Ala Ala Thr Ile Val His
1625 1630 1635
Phe Lys Val Ser Ala Gln Gly Ile Thr Leu Thr Asp Asn Gln Arg
1640 1645 1650
Lys Leu Phe Phe Arg Arg His Tyr Pro Leu Asn Thr Val Thr Phe
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Cys Asp Leu Asp Pro Gln Glu Arg Lys Trp Met Lys Thr Glu Gly
1670 1675 1680
Gly Ala Pro Ala Lys Leu Phe Gly Phe Val Ala Arg Lys Gln Gly
1685 1690 1695
Ser Thr Thr Asp Asn Ala Cys His Leu Phe Ala Glu Leu Asp Pro
1700 1705 1710
Asn Gln Pro Ala Ser Ala Ile Val Asn Phe Val Ser Lys Val Met
1715 1720 1725
Leu Asn Ala Gly Gln Lys Arg
1730 1735
<210> 41
<211> 1246
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 41
ggaagggggg caggagaaaa aagcuuuucc aaaaaaguau uggcugucuu gaggaaugcg 60
gucgcccccu ugggaaagua cauaucuggg agaagcaggc ggcuccgcgc ucgcacuccc 120
gcuccuccgc ccgaccgcgc gcucgccccg ccgcuccugc ugcagcccca gggccccucg 180
ccgccgccac cauggacgcc aucaagaaga agaugcagau gcugaagcuc gacaaggaga 240
acgccuugga ucgagcugag caggcggagg ccgacaagaa ggcggcggaa gacaggagca 300
agcagcugga agaugagcug gugucacugc aaaagaaacu caagggcacc gaagaugaac 360
uggacaaaua cucugaggcu cucaaagaug cccaggagaa gcuggagcug gcagagaaaa 420
aggccaccga ugcugaagcc gacguagcuu cucugaacag acgcauccag cugguugagg 480
aagaguugga ucgugcccag gagcgucugg caacagcuuu gcagaagcug gaggaagcug 540
agaaggcagc agaugagagu gagagaggca ugaaagucau ugagagucga gcccaaaaag 600
augaagaaaa aauggaaauu caggagaucc aacugaaaga ggccaagcac auugcugaag 660
augccgaccg caaauaugaa gagguggccc guaagcuggu caucauugag agcgaccugg 720
aacgugcaga ggagcgggcu gagcucucag aaggcaaaug ugccgagcuu gaagaagaau 780
ugaaaacugu gacgaacaac uugaagucac uggaggcuca ggcugagaag uacucgcaga 840
aggaagacag auaugaggaa gagaucaagg uccuuuccga caagcugaag gaggcugaga 900
cucgggcuga guuugcggag aggucaguaa cuaaauugga gaaaagcauu gaugacuuag 960
aagacgagcu guacgcucag aaacugaagu acaaagccau cagcgaggag cuggaccacg 1020
cucucaacga uaugacuucc auauaaguuu cuuugcuuca cuucucccaa gacucccucg 1080
ucgagcugga ugucccaccu cucugagcuc ugcauuuguc uauucuccag cugacccugg 1140
uucucucucu uagcauccug ccuuagagcc aggcacacac ugugcuuucu auuguacaga 1200
agcucuucgu uucaguguca aauaaacacu guguaagcua aaaaaa 1246
<210> 42
<211> 284
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 42
Met Asp Ala Ile Lys Lys Lys Met Gln Met Leu Lys Leu Asp Lys Glu
1 5 10 15
Asn Ala Leu Asp Arg Ala Glu Gln Ala Glu Ala Asp Lys Lys Ala Ala
20 25 30
Glu Asp Arg Ser Lys Gln Leu Glu Asp Glu Leu Val Ser Leu Gln Lys
35 40 45
Lys Leu Lys Gly Thr Glu Asp Glu Leu Asp Lys Tyr Ser Glu Ala Leu
50 55 60
Lys Asp Ala Gln Glu Lys Leu Glu Leu Ala Glu Lys Lys Ala Thr Asp
65 70 75 80
Ala Glu Ala Asp Val Ala Ser Leu Asn Arg Arg Ile Gln Leu Val Glu
85 90 95
Glu Glu Leu Asp Arg Ala Gln Glu Arg Leu Ala Thr Ala Leu Gln Lys
100 105 110
Leu Glu Glu Ala Glu Lys Ala Ala Asp Glu Ser Glu Arg Gly Met Lys
115 120 125
Val Ile Glu Ser Arg Ala Gln Lys Asp Glu Glu Lys Met Glu Ile Gln
130 135 140
Glu Ile Gln Leu Lys Glu Ala Lys His Ile Ala Glu Asp Ala Asp Arg
145 150 155 160
Lys Tyr Glu Glu Val Ala Arg Lys Leu Val Ile Ile Glu Ser Asp Leu
165 170 175
Glu Arg Ala Glu Glu Arg Ala Glu Leu Ser Glu Gly Lys Cys Ala Glu
180 185 190
Leu Glu Glu Glu Leu Lys Thr Val Thr Asn Asn Leu Lys Ser Leu Glu
195 200 205
Ala Gln Ala Glu Lys Tyr Ser Gln Lys Glu Asp Arg Tyr Glu Glu Glu
210 215 220
Ile Lys Val Leu Ser Asp Lys Leu Lys Glu Ala Glu Thr Arg Ala Glu
225 230 235 240
Phe Ala Glu Arg Ser Val Thr Lys Leu Glu Lys Ser Ile Asp Asp Leu
245 250 255
Glu Asp Glu Leu Tyr Ala Gln Lys Leu Lys Tyr Lys Ala Ile Ser Glu
260 265 270
Glu Leu Asp His Ala Leu Asn Asp Met Thr Ser Ile
275 280
<210> 43
<211> 1975
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 43
acuuuccccc cucggcgccc caccggcucc cgcgcgccuc cccucgcgcc cgagcuucga 60
gccaagcagc guccugggga gcgcgucaug gccuuaccag ugaccgccuu gcuccugccg 120
cuggccuugc ugcuccacgc cgccaggccg agccaguucc gggugucgcc gcuggaucgg 180
accuggaacc ugggcgagac aguggagcug aagugccagg ugcugcuguc caacccgacg 240
ucgggcugcu cguggcucuu ccagccgcgc ggcgccgccg ccagucccac cuuccuccua 300
uaccucuccc aaaacaagcc caaggcggcc gaggggcugg acacccagcg guucucgggc 360
aagagguugg gggacaccuu cguccucacc cugagcgacu uccgccgaga gaacgagggc 420
uacuauuucu gcucggcccu gagcaacucc aucauguacu ucagccacuu cgugccgguc 480
uuccugccag cgaagcccac cacgacgcca gcgccgcgac caccaacacc ggcgcccacc 540
aucgcgucgc agccccuguc ccugcgccca gaggcgugcc ggccagcggc ggggggcgca 600
gugcacacga gggggcugga cuucgccugu gauaucuaca ucugggcgcc ccuggccggg 660
acuugugggg uccuucuccu gucacugguu aucacccuuu acugcaacca caggaaccga 720
agacguguuu gcaaaugucc ccggccugug gucaaaucgg gagacaagcc cagccuuucg 780
gcgagauacg ucuaacccug ugcaacagcc acuacauuac uucaaacuga gauccuuccu 840
uuugagggag caaguccuuc ccuuucauuu uuuccagucu uccucccugu guauucauuu 900
ucaugauuau uauuuuagug ggggcggggu gggaaagauu acuuuuucuu uauguguuug 960
acgggaaaca aaacuaggua aaaucuacag uacaccacaa gggucacaau acuguugugc 1020
gcacaucgcg guagggcgug gaaaggggca ggccagagcu acccgcagag uucucagaau 1080
caugcugaga gagcuggagg cacccaugcc aucucaaccu cuuccccgcc cguuuuacaa 1140
agggggaggc uaaagcccag agacagcuug aucaaaggca cacagcaagu caggguugga 1200
gcaguagcug gagggaccuu gucucccagc ucagggcucu uuccuccaca ccauucaggu 1260
cuuucuuucc gaggccccug ucucagggug aggugcuuga gucuccaacg gcaagggaac 1320
aaguacuucu ugauaccugg gauacugugc ccagagccuc gaggagguaa ugaauuaaag 1380
aagagaacug ccuuuggcag aguucuauaa uguaaacaau aucagacuuu uuuuuuuuau 1440
aaucaagccu aaaauuguau agaccuaaaa uaaaaugaag uggugagcuu aacccuggaa 1500
aaugaauccc ucuaucucua aagaaaaucu cugugaaacc ccuacgugga ggcggaauug 1560
cucucccagc ccuugcauug cagaggggcc caugaaagag gacaggcuac cccuuuacaa 1620
auagaauuug agcaucagug agguuaaacu aaggcccucu ugaaucucug aauuugagau 1680
acaaacaugu uccugggauc acugaugacu uuuuauacuu uguaaagaca auuguuggag 1740
agccccucac acagcccugg ccuccgcuca acuagcagau acagggauga ggcagaccug 1800
acucucuuaa ggaggcugag agcccaaacu gcugucccaa acaugcacuu ccuugcuuaa 1860
gguaugguac aagcaaugcc ugcccauugg agagaaaaaa cuuaaguaga uaaggaaaua 1920
agaaccacuc auaauucuuc accuuaggaa uaaucuccug uuaauauggu guaca 1975
<210> 44
<211> 235
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 44
Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr
20 25 30
Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser
35 40 45
Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala
50 55 60
Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu Tyr Leu Ser Gln Asn Lys Pro Lys Ala
65 70 75 80
Ala Glu Gly Leu Asp Thr Gln Arg Phe Ser Gly Lys Arg Leu Gly Asp
85 90 95
Thr Phe Val Leu Thr Leu Ser Asp Phe Arg Arg Glu Asn Glu Gly Tyr
100 105 110
Tyr Phe Cys Ser Ala Leu Ser Asn Ser Ile Met Tyr Phe Ser His Phe
115 120 125
Val Pro Val Phe Leu Pro Ala Lys Pro Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg
130 135 140
Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg
145 150 155 160
Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly Gly Ala Val His Thr Arg Gly
165 170 175
Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr
180 185 190
Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val Ile Thr Leu Tyr Cys Asn His
195 200 205
Arg Asn Arg Arg Arg Val Cys Lys Cys Pro Arg Pro Val Val Lys Ser
210 215 220
Gly Asp Lys Pro Ser Leu Ser Ala Arg Tyr Val
225 230 235
<210> 45
<211> 2545
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 45
auccaauaca ggagugacuu ggaacuccau ucuaucacua ugaagaaaag ugguguucuu 60
uuccucuugg gcaucaucuu gcugguucug auuggagugc aaggaacccc aguagugaga 120
aagggucgcu guuccugcau cagcaccaac caagggacua uccaccuaca auccuugaaa 180
gaccuuaaac aauuugcccc aagcccuucc ugcgagaaaa uugaaaucau ugcuacacug 240
aagaauggag uucaaacaug ucuaaaccca gauucagcag augugaagga acugauuaaa 300
aagugggaga aacaggucag ccaaaagaaa aagcaaaaga augggaaaaa acaucaaaaa 360
aagaaaguuc ugaaaguucg aaaaucucaa cguucucguc aaaagaagac uacauaagag 420
accacuucac caauaaguau ucuguguuaa aaauguucua uuuuaauuau accgcuauca 480
uuccaaagga ggauggcaua uaauacaaag gcuuauuaau uugacuagaa aauuuaaaac 540
auuacucuga aauuguaacu aaaguuagaa aguugauuuu aagaauccaa acguuaagaa 600
uuguuaaagg cuaugauugu cuuuguucuu cuaccaccca ccaguugaau uucaucaugc 660
uuaaggccau gauuuuagca auacccaugu cuacacagau guucacccaa ccacauccca 720
cucacaacag cugccuggaa gagcagcccu aggcuuccac guacugcagc cuccagagag 780
uaucugaggc acaugucagc aaguccuaag ccuguuagca ugcuggugag ccaagcaguu 840
ugaaauugag cuggaccuca ccaagcugcu guggccauca accucuguau uugaaucagc 900
cuacaggccu cacacacaau gugucugaga gauucaugcu gauuguuauu ggguaucacc 960
acuggagauc accagugugu ggcuuucaga gccuccuuuc uggcuuugga agccauguga 1020
uuccaucuug cccgcucagg cugaccacuu uauuucuuuu uguuccccuu ugcuucauuc 1080
aagucagcuc uucuccaucc uaccacaaug cagugccuuu cuucucucca gugcaccugu 1140
cauaugcucu gauuuaucug agucaacucc uuucucaucu uguccccaac accccacaga 1200
agugcuuucu ucucccaauu cauccucacu caguccagcu uaguucaagu ccugccucuu 1260
aaauaaaccu uuuuggacac acaaauuauc uuaaaacucc uguuucacuu gguucaguac 1320
cacaugggug aacacucaau gguuaacuaa uucuugggug uuuauccuau cucuccaacc 1380
agauugucag cuccuugagg gcaagagcca caguauauuu cccuguuucu uccacagugc 1440
cuaauaauac uguggaacua gguuuuaaua auuuuuuaau ugauguuguu augggcagga 1500
uggcaaccag accauugucu cagagcaggu gcuggcucuu uccuggcuac uccauguugg 1560
cuagccucug guaaccucuu acuuauuauc uucaggacac ucacuacagg gaccagggau 1620
gaugcaacau ccuugucuuu uuaugacagg auguuugcuc agcuucucca acaauaagaa 1680
gcacguggua aaacacuugc ggauauucug gacuguuuuu aaaaaauaua caguuuaccg 1740
aaaaucauau aaucuuacaa ugaaaaggac uuuauagauc agccagugac caaccuuuuc 1800
ccaaccauac aaaaauuccu uuucccgaag gaaaagggcu uucucaauaa gccucagcuu 1860
ucuaagaucu aacaagauag ccaccgagau ccuuaucgaa acucauuuua ggcaaauaug 1920
aguuuuauug uccguuuacu uguuucagag uuuguauugu gauuaucaau uaccacacca 1980
ucucccauga agaaagggaa cggugaagua cuaagcgcua gaggaagcag ccaagucggu 2040
uaguggaagc augauuggug cccaguuagc cucugcagga uguggaaacc uccuuccagg 2100
ggagguucag ugaauugugu aggagagguu gucuguggcc agaauuuaaa ccuauacuca 2160
cuuucccaaa uugaaucacu gcucacacug cugaugauuu agagugcugu ccgguggaga 2220
ucccacccga acgucuuauc uaaucaugaa acucccuagu uccuucaugu aacuucccug 2280
aaaaaucuaa guguuucaua aauuugagag ucugugaccc acuuaccuug caucucacag 2340
guagacagua uauaacuaac aaccaaagac uacauauugu cacugacaca cacguuauaa 2400
ucauuuauca uauauauaca uacaugcaua cacucucaaa gcaaauaauu uuucacuuca 2460
aaacaguauu gacuuguaua ccuuguaauu ugaaauauuu ucuuuguuaa aauagaaugg 2520
uaucaauaaa uagaccauua aucag 2545
<210> 46
<211> 125
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 46
Met Lys Lys Ser Gly Val Leu Phe Leu Leu Gly Ile Ile Leu Leu Val
1 5 10 15
Leu Ile Gly Val Gln Gly Thr Pro Val Val Arg Lys Gly Arg Cys Ser
20 25 30
Cys Ile Ser Thr Asn Gln Gly Thr Ile His Leu Gln Ser Leu Lys Asp
35 40 45
Leu Lys Gln Phe Ala Pro Ser Pro Ser Cys Glu Lys Ile Glu Ile Ile
50 55 60
Ala Thr Leu Lys Asn Gly Val Gln Thr Cys Leu Asn Pro Asp Ser Ala
65 70 75 80
Asp Val Lys Glu Leu Ile Lys Lys Trp Glu Lys Gln Val Ser Gln Lys
85 90 95
Lys Lys Gln Lys Asn Gly Lys Lys His Gln Lys Lys Lys Val Leu Lys
100 105 110
Val Arg Lys Ser Gln Arg Ser Arg Gln Lys Lys Thr Thr
115 120 125
<210> 47
<211> 1172
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 47
gagacauucc ucaauugcuu agacauauuc ugagccuaca gcagaggaac cuccagucuc 60
agcaccauga aucaaacugc gauucugauu ugcugccuua ucuuucugac ucuaaguggc 120
auucaaggag uaccucucuc uagaaccgua cgcuguaccu gcaucagcau uaguaaucaa 180
ccuguuaauc caaggucuuu agaaaaacuu gaaauuauuc cugcaagcca auuuugucca 240
cguguugaga ucauugcuac aaugaaaaag aagggugaga agagaugucu gaauccagaa 300
ucgaaggcca ucaagaauuu acugaaagca guuagcaagg aaaugucuaa aagaucuccu 360
uaaaaccaga ggggagcaaa aucgaugcag ugcuuccaag gauggaccac acagaggcug 420
ccucucccau cacuucccua cauggaguau augucaagcc auaauuguuc uuaguuugca 480
guuacacuaa aaggugacca augaugguca ccaaaucagc ugcuacuacu ccuguaggaa 540
gguuaauguu caucauccua agcuauucag uaauaacucu acccuggcac uauaauguaa 600
gcucuacuga ggugcuaugu ucuuagugga uguucugacc cugcuucaaa uauuucccuc 660
accuuuccca ucuuccaagg guacuaagga aucuuucugc uuugggguuu aucagaauuc 720
ucagaaucuc aaauaacuaa aagguaugca aucaaaucug cuuuuuaaag aaugcucuuu 780
acuucaugga cuuccacugc cauccuccca aggggcccaa auucuuucag uggcuaccua 840
cauacaauuc caaacacaua caggaaggua gaaauaucug aaaauguaug uguaaguauu 900
cuuauuuaau gaaagacugu acaaaguaua agucuuagau guauauauuu ccuauauugu 960
uuucagugua cauggaauaa cauguaauua aguacuaugu aucaaugagu aacaggaaaa 1020
uuuuaaaaau acagauagau auaugcucug cauguuacau aagauaaaug ugcugaaugg 1080
uuuucaaaua aaaaugaggu acucuccugg aaauauuaag aaagacuauc uaaauguuga 1140
aagaucaaaa gguuaauaaa guaauuauaa cu 1172
<210> 48
<211> 98
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 48
Met Asn Gln Thr Ala Ile Leu Ile Cys Cys Leu Ile Phe Leu Thr Leu
1 5 10 15
Ser Gly Ile Gln Gly Val Pro Leu Ser Arg Thr Val Arg Cys Thr Cys
20 25 30
Ile Ser Ile Ser Asn Gln Pro Val Asn Pro Arg Ser Leu Glu Lys Leu
35 40 45
Glu Ile Ile Pro Ala Ser Gln Phe Cys Pro Arg Val Glu Ile Ile Ala
50 55 60
Thr Met Lys Lys Lys Gly Glu Lys Arg Cys Leu Asn Pro Glu Ser Lys
65 70 75 80
Ala Ile Lys Asn Leu Leu Lys Ala Val Ser Lys Glu Arg Ser Lys Arg
85 90 95
Ser Pro
<210> 49
<211> 849
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 49
augaggaacu ccuauagauu ucuggcaucc ucucucucag uugucguuuc ucuccugcua 60
auuccugaag augucuguga aaaaauuauu ggaggaaaug aaguaacucc ucauucaaga 120
cccuacaugg uccuacuuag ucuugacaga aaaaccaucu gugcuggggc uuugauugca 180
aaagacuggg uguugacugc agcucacugu aacuugaaca aaagguccca ggucauucuu 240
ggggcucacu caauaaccag ggaagagcca acaaaacaga uaaugcuugu uaagaaagag 300
uuucccuauc caugcuauga cccagccaca cgcgaaggug accuuaaacu uuuacagcug 360
acggaaaaag caaaaauuaa caaauaugug acuauccuuc aucuaccuaa aaagggggau 420
gaugugaaac caggaaccau gugccaaguu gcaggguggg ggaggacuca caauagugca 480
ucuugguccg auacucugag agaagucaau aucaccauca uagacagaaa agucugcaau 540
gaucgaaauc acuauaauuu uaacccugug auuggaauga auaugguuug ugcuggaagc 600
cuccgaggug gaagagacuc gugcaaugga gauucuggaa gcccuuuguu gugcgagggu 660
guuuuccgag gggucacuuc cuuuggccuu gaaaauaaau gcggagaccc ucgugggccu 720
ggugucuaua uucuucucuc aaagaaacac cucaacugga uaauuaugac uaucaaggga 780
gcaguuuaaa uaaccguuuc cuuucauuua cuguggcuuc uuaaucuuuu cacaaauaaa 840
aucaauuug 849
<210> 50
<211> 262
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 50
Met Arg Asn Ser Tyr Arg Phe Leu Ala Ser Ser Leu Ser Val Val Val
1 5 10 15
Ser Leu Leu Leu Ile Pro Glu Asp Val Cys Glu Lys Ile Ile Gly Gly
20 25 30
Asn Glu Val Thr Pro His Ser Arg Pro Tyr Met Val Leu Leu Ser Leu
35 40 45
Asp Arg Lys Thr Ile Cys Ala Gly Ala Leu Ile Ala Lys Asp Trp Val
50 55 60
Leu Thr Ala Ala His Cys Asn Leu Asn Lys Arg Ser Gln Val Ile Leu
65 70 75 80
Gly Ala His Ser Ile Thr Arg Glu Glu Pro Thr Lys Gln Ile Met Leu
85 90 95
Val Lys Lys Glu Phe Pro Tyr Pro Cys Tyr Asp Pro Ala Thr Arg Glu
100 105 110
Gly Asp Leu Lys Leu Leu Gln Leu Met Glu Lys Ala Lys Ile Asn Lys
115 120 125
Tyr Val Thr Ile Leu His Leu Pro Lys Lys Gly Asp Asp Val Lys Pro
130 135 140
Gly Thr Met Cys Gln Val Ala Gly Trp Gly Arg Thr His Asn Ser Ala
145 150 155 160
Ser Trp Ser Asp Thr Leu Arg Glu Val Asn Ile Thr Ile Ile Asp Arg
165 170 175
Lys Val Cys Asn Asp Arg Asn His Tyr Asn Phe Asn Pro Val Ile Gly
180 185 190
Met Asn Met Val Cys Ala Gly Ser Leu Arg Gly Gly Arg Asp Ser Cys
195 200 205
Asn Gly Asp Ser Gly Ser Pro Leu Leu Cys Glu Gly Val Phe Arg Gly
210 215 220
Val Thr Ser Phe Gly Leu Glu Asn Lys Cys Gly Asp Pro Arg Gly Pro
225 230 235 240
Gly Val Tyr Ile Leu Leu Ser Lys Lys His Leu Asn Trp Ile Ile Met
245 250 255
Thr Ile Lys Gly Ala Val
260
<210> 51
<211> 934
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 51
ugagaagaug caaccaaucc ugcuucugcu ggccuuccuc cugcugccca gggcagaugc 60
aggggagauc aucgggggac augaggccaa gccccacucc cgccccuaca uggcuuaucu 120
uaugaucugg gaucagaagu cucugaagag gugcgguggc uuccugauac aagacgacuu 180
cgugcugaca gcugcucacu guuggggaag cuccauaaau gucaccuugg gggcccacaa 240
uaucaaagaa caggagccga cccagcaguu uaucccugug aaaagaccca ucccccaucc 300
agccuauaau ccuaagaacu ucuccaacga caucaugcua cugcagcugg agagaaaggc 360
caagcggacc agagcugugc agccccucag gcuaccuagc aacaaggccc aggugaagcc 420
agggcagaca ugcagugugg ccggcugggg gcagacggcc ccccugggaa aacacucaca 480
cacacuacaa gaggugaaga ugacagugca ggaagaucga aagugcgaau cugacuuacg 540
ccauuauuac gacaguacca uugaguugug cgugggggac ccagagauua aaaagacuuc 600
cuuuaagggg gacucuggag gcccucuugu guguaacaag guggcccagg gcauugucuc 660
cuauggacga aacaauggca ugccuccacg agccugcacc aaagucucaa gcuuuguaca 720
cuggauaaag aaaaccauga aacgcuacua acuacaggaa gcaaacuaag cccccgcugu 780
aaugaaacac cuucucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug ccagcaacug 840
aauaaauacc ucucccagug uaaaucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug 900
ccagcaacug aauaaauacc ucuuagcuga gugg 934
<210> 52
<211> 247
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 52
Met Gln Pro Ile Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Leu Pro Arg Ala
1 5 10 15
Asp Ala Gly Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg
20 25 30
Pro Tyr Met Ala Tyr Leu Met Ile Trp Asp Gln Lys Ser Leu Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Gly Phe Leu Ile Arg Asp Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His
50 55 60
Cys Trp Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys
65 70 75 80
Glu Gln Glu Pro Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro
85 90 95
His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu
100 105 110
Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Arg Thr Arg Ala Val Gln Pro Leu Arg
115 120 125
Leu Pro Ser Asn Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Thr Cys Ser Val
130 135 140
Ala Gly Trp Gly Gln Thr Ala Pro Leu Gly Lys His Ser His Thr Leu
145 150 155 160
Gln Glu Val Lys Met Thr Val Gln Glu Asp Arg Lys Cys Glu Ser Asp
165 170 175
Leu Arg His Tyr Tyr Asp Ser Thr Ile Glu Leu Cys Val Gly Asp Pro
180 185 190
Glu Ile Lys Lys Thr Ser Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val
195 200 205
Cys Asn Lys Val Ala Gln Gly Ile Val Ser Tyr Gly Arg Asn Asn Gly
210 215 220
Met Pro Pro Arg Ala Cys Thr Lys Val Ser Ser Phe Val His Trp Ile
225 230 235 240
Lys Lys Thr Met Lys Arg Tyr
245
<210> 53
<211> 1668
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 53
auggcagccc gucugcuccu ccugggcauc cuucuccugc ugcugccccu gcccgucccu 60
gccccgugcc acacagccgc acgcucagag ugcaagcgca gccacaaguu cgugccuggu 120
gcauggcugg ccggggaggg uguggacgug accagccucc gccgcucggg cuccuuccca 180
guggacacac aaagguuccu gcggcccgac ggcaccugca cccucuguga aaaugcccua 240
caggagggca cccuccagcg ccugccucug gcgcucacca acuggcgggc ccagggcucu 300
ggcugccagc gccauguaac cagggccaaa gucagcucca cugaagcugu ggcccgggau 360
gcggcucgua gcauccgcaa cgacuggaag gucgggcugg acgugacucc uaagcccacc 420
agcaaugugc augugucugu ggccggcuca cacucacagg cagccaacuu ugcagcccag 480
aagacccacc aggaccagua cagcuucagc acugacacgg uggagugccg cuucuacagu 540
uuccaugugg uacacacucc cccgcugcac ccugacuuca agagggcccu cggggaccug 600
ccccaccacu ucaacgccuc cacccagccc gccuaccuca ggcuuaucuc caacuacggc 660
acccacuuca uccgggcugu ggagcugggu ggccgcauau cggcccucac ugcccugcgc 720
accugcgagc uggcccugga agggcucacg gacaacgagg uggaggacug ccugacuguc 780
gaggcccagg ucaacauagg cauccacggc agcaucucug ccgaagccaa ggccugugag 840
gagaagaaga agaagcacaa gaugacggcc uccuuccacc aaaccuaccg ggagcgccac 900
ucggaagugg uuggcggcca ucacaccucc auuaacgacc ugcuguucgg gauccaggcc 960
gggcccgagc aguacucagc cuggguaaac uccgugcccg gcagcccugg ccugguggac 1020
uacacccugg aaccccugca cgugcugcug gacagccagg acccgcggcg ggaggcacug 1080
aggagggccc ugagucagua ccugacggac agggcucgcu ggagggacug cagccggccg 1140
ugcccaccag ggcggcagaa gagcccccga gacccaugcc agugugugug ccauggcuca 1200
gcggucacca cccaggacug cugcccucgg cagaggggcc uggcccagcu ggaggugacc 1260
uucauccaag cauggagccu guggggggac ugguucacug ccacggaugc cuaugugaag 1320
cucuucuuug guggccagga gcugaggacg agcaccgugu gggacaauaa caaccccauc 1380
uggucagugc ggcuggauuu uggggaugug cuccuggcca caggggggcc ccugagguug 1440
caggucuggg aucaggacuc uggcagggac gaugaccucc uuggcaccug ugaucaggcu 1500
cccaagucug guucccauga ggugagaugc aaccugaauc auggccaccu aaaauuccgc 1560
uaucaugcca ggugcuugcc ccaccuggga ggaggcaccu gccuggacua ugucccccaa 1620
augcuucugg gggagccucc aggaaaccgg aguggggccg ugugguga 1668
<210> 54
<211> 555
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 54
Met Ala Ala Arg Leu Leu Leu Leu Gly Ile Leu Leu Leu Leu Leu Pro
1 5 10 15
Leu Pro Val Pro Ala Pro Cys His Thr Ala Ala Arg Ser Glu Cys Lys
20 25 30
Arg Ser His Lys Phe Val Pro Gly Ala Trp Leu Ala Gly Glu Gly Val
35 40 45
Asp Val Thr Ser Leu Arg Arg Ser Gly Ser Phe Pro Val Asp Thr Gln
50 55 60
Arg Phe Leu Arg Pro Asp Gly Thr Cys Thr Leu Cys Glu Asn Ala Leu
65 70 75 80
Gln Glu Gly Thr Leu Gln Arg Leu Pro Leu Ala Leu Thr Asn Trp Arg
85 90 95
Ala Gln Gly Ser Gly Cys Gln Arg His Val Thr Arg Ala Lys Val Ser
100 105 110
Ser Thr Glu Ala Val Ala Arg Asp Ala Ala Arg Ser Ile Arg Asn Asp
115 120 125
Trp Lys Val Gly Leu Asp Val Thr Pro Lys Pro Thr Ser Asn Val His
130 135 140
Val Ser Val Ala Gly Ser His Ser Gln Ala Ala Asn Phe Ala Ala Gln
145 150 155 160
Lys Thr His Gln Asp Gln Tyr Ser Phe Ser Thr Asp Thr Val Glu Cys
165 170 175
Arg Phe Tyr Ser Phe His Val Val His Thr Pro Pro Leu His Pro Asp
180 185 190
Phe Lys Arg Ala Leu Gly Asp Leu Pro His His Phe Asn Ala Ser Thr
195 200 205
Gln Pro Ala Tyr Leu Arg Leu Ile Ser Asn Tyr Gly Thr His Phe Ile
210 215 220
Arg Ala Val Glu Leu Gly Gly Arg Ile Ser Ala Leu Thr Ala Leu Arg
225 230 235 240
Thr Cys Glu Leu Ala Leu Glu Gly Leu Thr Asp Asn Glu Val Glu Asp
245 250 255
Cys Leu Thr Val Glu Ala Gln Val Asn Ile Gly Ile His Gly Ser Ile
260 265 270
Ser Ala Glu Ala Lys Ala Cys Glu Glu Lys Lys Lys Lys His Lys Met
275 280 285
Thr Ala Ser Phe His Gln Thr Tyr Arg Glu Arg His Ser Glu Val Val
290 295 300
Gly Gly His His Thr Ser Ile Asn Asp Leu Leu Phe Gly Ile Gln Ala
305 310 315 320
Gly Pro Glu Gln Tyr Ser Ala Trp Val Asn Ser Leu Pro Gly Ser Pro
325 330 335
Gly Leu Val Asp Tyr Thr Leu Glu Pro Leu His Val Leu Leu Asp Ser
340 345 350
Gln Asp Pro Arg Arg Glu Ala Leu Arg Arg Ala Leu Ser Gln Tyr Leu
355 360 365
Thr Asp Arg Ala Arg Trp Arg Asp Cys Ser Arg Pro Cys Pro Pro Gly
370 375 380
Arg Gln Lys Ser Pro Arg Asp Pro Cys Gln Cys Val Cys His Gly Ser
385 390 395 400
Ala Val Thr Thr Gln Asp Cys Cys Pro Arg Gln Arg Gly Leu Ala Gln
405 410 415
Leu Glu Val Thr Phe Ile Gln Ala Trp Gly Leu Trp Gly Asp Trp Phe
420 425 430
Thr Ala Thr Asp Ala Tyr Val Lys Leu Phe Phe Gly Gly Gln Glu Leu
435 440 445
Arg Thr Ser Thr Val Trp Asp Asn Asn Asn Pro Ile Trp Ser Val Arg
450 455 460
Leu Asp Phe Gly Asp Val Leu Leu Ala Thr Gly Gly Pro Leu Arg Leu
465 470 475 480
Gln Val Trp Asp Gln Asp Ser Gly Arg Asp Asp Asp Leu Leu Gly Thr
485 490 495
Cys Asp Gln Ala Pro Lys Ser Gly Ser His Glu Val Arg Cys Asn Leu
500 505 510
Asn His Gly His Leu Lys Phe Arg Tyr His Ala Arg Cys Leu Pro His
515 520 525
Leu Gly Gly Gly Thr Cys Leu Asp Tyr Val Pro Gln Met Leu Leu Gly
530 535 540
Glu Pro Pro Gly Asn Arg Ser Gly Ala Val Trp
545 550 555
<210> 55
<211> 1193
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 55
ugaagaucag cuauuagaag agaaagauca guuaaguccu uuggaccuga ucagcuugau 60
acaagaacua cugauuucaa cuucuuuggc uuaauucucu cggaaacgau gaaauauaca 120
aguuauaucu uggcuuuuca gcucugcauc guuuuggguu cucuuggcug uuacugccag 180
gacccauaug uaaaagaagc agaaaaccuu aagaaauauu uuaaugcagg ucauucagau 240
guagcggaua auggaacucu uuucuuaggc auuuugaaga auuggaaaga ggagagugac 300
agaaaaauaa ugcagagcca aauugucucc uuuuacuuca aacuuuuuaa aaacuuuaaa 360
gaugaccaga gcauccaaaa gaguguggag accaucaagg aagacaugaa ugucaaguuu 420
uucaauagca acaaaaagaa acgagaugac uucgaaaagc ugacuaauua uucgguaacu 480
gacuugaaug uccaacgcaa agcaauacau gaacucaucc aagugauggc ugaacugucg 540
ccagcagcua aaacagggaa gcgaaaaagg agucagaugc uguuucaagg ucgaagagca 600
ucccaguaau gguuguccug ccugcaauau uugaauuuua aaucuaaauc uauuuauuaa 660
uauuuaacau uauuuauaug gggaauauau uuuuagacuc aucaaucaaa uaaguauuua 720
uaauagcaac uuuuguguaa ugaaaaugaa uaucuauuaa uauauguauu auuuauaauu 780
ccuauauccu gugacugucu cacuuaaucc uuuguuuucu gacuaauuag gcaaggcuau 840
gugauuacaa ggcuuuaucu caggggccaa cuaggcagcc aaccuaagca agaucccaug 900
gguugugugu uuauuucacu ugaugauaca augaacacuu auaagugaag ugauacuauc 960
caguuacugc cgguuugaaa auaugccugc aaucugagcc agugcuuuaa uggcauguca 1020
gacagaacuu gaauguguca ggugacccug augaaaacau agcaucucag gagauuucau 1080
gccuggugcu uccaaauauu guugacaacu gugacuguac ccaaauggaa aguaacucau 1140
uuguuaaaau uaucaauauc uaauauauau gaauaaagug uaaguucaca acu 1193
<210> 56
<211> 166
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 56
Met Lys Tyr Thr Ser Tyr Ile Leu Ala Phe Gln Leu Cys Ile Val Leu
1 5 10 15
Gly Ser Leu Gly Cys Tyr Cys Gln Asp Pro Tyr Val Lys Glu Ala Glu
20 25 30
Asn Leu Lys Lys Tyr Phe Asn Ala Gly His Ser Asp Val Ala Asp Asn
35 40 45
Gly Thr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Lys Asn Trp Lys Glu Glu Ser Asp
50 55 60
Arg Lys Ile Met Gln Ser Gln Ile Val Ser Phe Tyr Phe Lys Leu Phe
65 70 75 80
Lys Asn Phe Lys Asp Asp Gln Ser Ile Gln Lys Ser Val Glu Thr Ile
85 90 95
Lys Glu Asp Met Asn Val Lys Phe Phe Asn Ser Asn Lys Lys Lys Arg
100 105 110
Asp Asp Phe Glu Lys Leu Thr Asn Tyr Ser Val Thr Asp Leu Asn Val
115 120 125
Gln Arg Lys Ala Ile His Glu Leu Ile Gln Val Met Ala Glu Leu Ser
130 135 140
Pro Ala Ala Lys Thr Gly Lys Arg Lys Arg Ser Gln Met Leu Phe Arg
145 150 155 160
Gly Arg Arg Ala Ser Gln
165
<210> 57
<211> 2589
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 57
cggcccgcug gagaggaagc ccgagagcug ccgcgcgccu gccggacgag ggcguagaag 60
ccaggcguca gagcccgggc uccggugggg ucccccaccc ggcccucggg ucccccgccc 120
ccugcucccu gcccauccca gcccacgcga cccucucgcg cgcggagggg cggguccucg 180
acggcuacgg gaaggugcca gcccgccccg gaugggcauc guggagccgg guugcggaga 240
caugcugacg ggcaccgagc cgaugccggg gagcgacgag ggccgggcgc cuggcgccga 300
cccgcagcac cgcuacuucu acccggagcc gggcgcgcag gacgcggacg agcgucgcgg 360
gggcggcagc cuggggucuc ccuacccggg gggcgccuug gugcccgccc cgccgagccg 420
cuuccuugga gccuacgccu acccgccgcg accccaggcg gccggcuucc ccggcgcggg 480
cgaguccuuc ccgccgcccg cggacgccga gggcuaccag ccgggcgagg gcuacgccgc 540
cccggacccg cgcgccgggc ucuacccggg gccgcgugag gacuacgcgc uacccgcggg 600
acuggaggug ucggggaaac ugagggucgc gcucaacaac caccuguugu gguccaaguu 660
uaaucagcac cagacagaga ugaucaucac caagcaggga cggcggaugu ucccauuccu 720
gucauuuacu guggccgggc uggagcccac cagccacuac aggauguuug uggacguggu 780
cuugguggac cagcaccacu ggcgguacca gagcggcaag ugggugcagu guggaaaggc 840
cgagggcagc augccaggaa accgccugua cguccacccg gacuccccca acacaggagc 900
gcacuggaug cgccaggaag uuucauuugg gaaacuaaag cucacaaaca acaagggggc 960
guccaacaau gugacccaga ugauugugcu ccagucccuc cauaaguacc agccccggcu 1020
gcauaucguu gaggugaacg acggagagcc agaggcagcc ugcaacgcuu ccaacacgca 1080
uaucuuuacu uuccaagaaa cccaguucau ugccgugacu gccuaccaga augccgagau 1140
uacucagcug aaaauugaua auaaccccuu ugccaaagga uuccgggaga acuuugaguc 1200
cauguacaca ucuguugaca ccagcauccc cuccccgccu ggacccaacu gucaauuccu 1260
ugggggagau cacuacucuc cucuccuacc caaccaguau ccuguuccca gccgcuucua 1320
ccccgaccuu ccuggccagg cgaaggaugu gguuccccag gcuuacuggc ugggggcccc 1380
ccgggaccac agcuaugagg cugaguuucg agcagucagc augaagccug cauucuugcc 1440
cucugccccu gggcccacca uguccuacua ccgaggccag gagguccugg caccuggagc 1500
uggcuggccu guggcacccc aguacccucc caagaugggc ccggccagcu gguuccgccc 1560
uaugcggacu cugcccaugg aacccggccc uggaggcuca gagggacggg gaccagagga 1620
ccaggguccc cccuuggugu ggacugagau ugcccccauc cggccggaau ccagugauuc 1680
aggacugggc gaaggagacu cuaagaggag gcgcgugucc cccuauccuu ccagugguga 1740
cagcuccucc ccugcugggg ccccuucucc uuuugauaag gaagcugaag gacaguuuua 1800
uaacuauuuu cccaacugag cagaugacau gaugaaagga acagaaacag uguuauuagg 1860
uuggaggaca ccgacuaauu ugggaaacgg augaaggacu gagaaggccc ccgcucccuc 1920
uggcccuucu cuguuuagua guugguuggg gaaguggggc ucaagaagga uuuugggguu 1980
caccagaugc uuccuggccc acgaugaaac cugagagggg uguccccuug ccccauccuc 2040
ugcccuaacu acagucguuu accuggugcu gcgucuugcu uuugguuucc agcuggagaa 2100
aagaagacaa gaaagucuug ggcaugaagg agcuuuuugc aucuaguggg ugggaggggu 2160
cagguguggg acaugggagc aggagacucc acuuucuucc uuuguacagu aacuuucaac 2220
cuuuucguug gcaugugugu uaaucccuga uccaaaaaga acaaauacac guauguuaua 2280
accaucagcc cgccaggguc agggaaagga cucaccugac uuuggacagc uggccugggc 2340
ucccccugcu caaacacagu ggggaucaga gaaaaggggc uggaaagggg ggaauggccc 2400
acaucucaag aagcaagaua uuguuugugg ugguugugug ugggugugug uuuuuucuuu 2460
uucuuucuuu uuauuuuuuu ugaauggggg aggcuauuua uuguacugag aguggugucu 2520
ggauauauuc cuuuugucuu caucacuuuc ugaaaauaaa cauaaaacug uuaaaaaaaa 2580
aaaaaaaaa 2589
<210> 58
<211> 535
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 58
Met Gly Ile Val Glu Pro Gly Cys Gly Asp Met Leu Thr Gly Thr Glu
1 5 10 15
Pro Met Pro Gly Ser Asp Glu Gly Arg Ala Pro Gly Ala Asp Pro Gln
20 25 30
His Arg Tyr Phe Tyr Pro Glu Pro Gly Ala Gln Asp Ala Asp Glu Arg
35 40 45
Arg Gly Gly Gly Ser Leu Gly Ser Pro Tyr Pro Gly Gly Ala Leu Val
50 55 60
Pro Ala Pro Pro Ser Arg Phe Leu Gly Ala Tyr Ala Tyr Pro Pro Arg
65 70 75 80
Pro Gln Ala Ala Gly Phe Pro Gly Ala Gly Glu Ser Phe Pro Pro Pro
85 90 95
Ala Asp Ala Glu Gly Tyr Gln Pro Gly Glu Gly Tyr Ala Ala Pro Asp
100 105 110
Pro Arg Ala Gly Leu Tyr Pro Gly Pro Arg Glu Asp Tyr Ala Leu Pro
115 120 125
Ala Gly Leu Glu Val Ser Gly Lys Leu Arg Val Ala Leu Asn Asn His
130 135 140
Leu Leu Trp Ser Lys Phe Asn Gln His Gln Thr Glu Met Ile Ile Thr
145 150 155 160
Lys Gln Gly Arg Arg Met Phe Pro Phe Leu Ser Phe Thr Val Ala Gly
165 170 175
Leu Glu Pro Thr Ser His Tyr Arg Met Phe Val Asp Val Val Leu Val
180 185 190
Asp Gln His His Trp Arg Tyr Gln Ser Gly Lys Trp Val Gln Cys Gly
195 200 205
Lys Ala Glu Gly Ser Met Pro Gly Asn Arg Leu Tyr Val His Pro Asp
210 215 220
Ser Pro Asn Thr Gly Ala His Trp Met Arg Gln Glu Val Ser Phe Gly
225 230 235 240
Lys Leu Lys Leu Thr Asn Asn Lys Gly Ala Ser Asn Asn Val Thr Gln
245 250 255
Met Ile Val Leu Gln Ser Leu His Lys Tyr Gln Pro Arg Leu His Ile
260 265 270
Val Glu Val Asn Asp Gly Glu Pro Glu Ala Ala Cys Asn Ala Ser Asn
275 280 285
Thr His Ile Phe Thr Phe Gln Glu Thr Gln Phe Ile Ala Val Thr Ala
290 295 300
Tyr Gln Asn Ala Glu Ile Thr Gln Leu Lys Ile Asp Asn Asn Pro Phe
305 310 315 320
Ala Lys Gly Phe Arg Glu Asn Phe Glu Ser Met Tyr Thr Ser Val Asp
325 330 335
Thr Ser Ile Pro Ser Pro Pro Gly Pro Asn Cys Gln Phe Leu Gly Gly
340 345 350
Asp His Tyr Ser Pro Leu Leu Pro Asn Gln Tyr Pro Val Pro Ser Arg
355 360 365
Phe Tyr Pro Asp Leu Pro Gly Gln Ala Lys Asp Val Val Pro Gln Ala
370 375 380
Tyr Trp Leu Gly Ala Pro Arg Asp His Ser Tyr Glu Ala Glu Phe Arg
385 390 395 400
Ala Val Ser Met Lys Pro Ala Phe Leu Pro Ser Ala Pro Gly Pro Thr
405 410 415
Met Ser Tyr Tyr Arg Gly Gln Glu Val Leu Ala Pro Gly Ala Gly Trp
420 425 430
Pro Val Ala Pro Gln Tyr Pro Pro Lys Met Gly Pro Ala Ser Trp Phe
435 440 445
Arg Pro Met Arg Thr Leu Pro Met Glu Pro Gly Pro Gly Gly Ser Glu
450 455 460
Gly Arg Gly Pro Glu Asp Gln Gly Pro Pro Leu Val Trp Thr Glu Ile
465 470 475 480
Ala Pro Ile Arg Pro Glu Ser Ser Asp Ser Gly Leu Gly Glu Gly Asp
485 490 495
Ser Lys Arg Arg Arg Val Ser Pro Tyr Pro Ser Ser Gly Asp Ser Ser
500 505 510
Ser Pro Ala Gly Ala Pro Ser Pro Phe Asp Lys Glu Ala Glu Gly Gln
515 520 525
Phe Tyr Asn Tyr Phe Pro Asn
530 535
<210> 59
<211> 3691
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 59
ggcgcaacgc ugagcagcug gcgcgucccg cgcggcccca guucugcgca gcuucccgag 60
gcuccgcacc agccgcgcuu cuguccgccu gcagggcauu ccagaaagau gaggauauuu 120
gcugucuuua uauucaugac cuacuggcau uugcugaacg cauuuacugu cacgguuccc 180
aaggaccuau augugguaga guaugguagc aauaugacaa uugaaugcaa auucccagua 240
gaaaaacaau uagaccuggc ugcacuaauu gucuauuggg aaauggagga uaagaacauu 300
auucaauuug ugcauggaga ggaagaccug aagguucagc auaguagcua cagacagagg 360
gcccggcugu ugaaggacca gcucucccug ggaaaugcug cacuucagau cacagaugug 420
aaauugcagg augcaggggu guaccgcugc augaucagcu augguggugc cgacuacaag 480
cgaauuacug ugaaagucaa ugccccauac aacaaaauca accaaagaau uuugguugug 540
gauccaguca ccucugaaca ugaacugaca ugucaggcug agggcuaccc caaggccgaa 600
gucaucugga caagcaguga ccaucaaguc cugaguggua agaccaccac caccaauucc 660
aagagagagg agaagcuuuu caaugugacc agcacacuga gaaucaacac aacaacuaau 720
gagauuuucu acugcacuuu uaggagauua gauccugagg aaaaccauac agcugaauug 780
gucaucccag aacuaccucu ggcacauccu ccaaaugaaa ggacucacuu gguaauucug 840
ggagccaucu uauuaugccu ugguguagca cugacauuca ucuuccguuu aagaaaaggg 900
agaaugaugg augugaaaaa auguggcauc caagauacaa acucaaagaa gcaaagugau 960
acacauuugg aggagacgua auccagcauu ggaacuucug aucuucaagc agggauucuc 1020
aaccuguggu uuagggguuc aucggggcug agcgugacaa gaggaaggaa ugggcccgug 1080
ggaugcaggc aaugugggac uuaaaaggcc caagcacuga aaauggaacc uggcgaaagc 1140
agaggaggag aaugaagaaa gauggaguca aacagggagc cuggagggag accuugauac 1200
uuucaaaugc cugaggggcu caucgacgcc ugugacaggg agaaaggaua cuucugaaca 1260
aggagccucc aagcaaauca uccauugcuc auccuaggaa gacggguuga gaaucccuaa 1320
uuugaggguc aguuccugca gaagugcccu uugccuccac ucaaugccuc aauuuguuuu 1380
cugcaugacu gagagucuca guguuggaac gggacaguau uuauguauga guuuuuccua 1440
uuuauuuuga gucugugagg ucuucuuguc augugagugu gguugugaau gauuucuuuu 1500
gaagauauau uguaguagau guuacaauuu ugucgccaaa cuaaacuugc ugcuuaauga 1560
uuugcucaca ucuaguaaaa cauggaguau uuguaaggug cuuggucucc ucuauaacua 1620
caaguauaca uuggaagcau aaagaucaaa ccguugguug cauaggaugu caccuuuauu 1680
uaacccauua auacucuggu ugaccuaauc uuauucucag accucaagug ucugugcagu 1740
aucuguucca uuuaaauauc agcuuuacaa uuauguggua gccuacacac auaaucucau 1800
uucaucgcug uaaccacccu guugugauaa ccacuauuau uuuacccauc guacagcuga 1860
ggaagcaaac agauuaagua acuugcccaa accaguaaau agcagaccuc agacugccac 1920
ccacuguccu uuuauaauac aauuuacagc uauauuuuac uuuaagcaau ucuuuuauuc 1980
aaaaaccauu uauuaagugc ccuugcaaua ucaaucgcug ugccaggcau ugaaucuaca 2040
gaugugagca agacaaagua ccuguccuca aggagcucau aguauaauga ggagauuaac 2100
aagaaaaugu auuauuacaa uuuaguccag ugucauagca uaaggaugau gcgaggggaa 2160
aacccgagca guguugccaa gaggaggaaa uaggccaaug uggucuggga cgguuggaua 2220
uacuuaaaca ucuuaauaau cagaguaauu uucauuuaca aagagagguc gguacuuaaa 2280
auaacccuga aaaauaacac uggaauuccu uuucuagcau uauauuuauu ccugauuugc 2340
cuuugccaua uaaucuaaug cuuguuuaua uagugucugg uauuguuuaa caguucuguc 2400
uuuucuauuu aaaugccacu aaauuuuaaa uucauaccuu uccaugauuc aaaauucaaa 2460
agaucccaug ggagaugguu ggaaaaucuc cacuucaucc uccaagccau ucaaguuucc 2520
uuuccagaag caacugcuac ugccuuucau ucauauguuc uucuaaagau agucuacauu 2580
uggaaaugua uguuaaaagc acguauuuuu aaaauuuuuu uccuaaauag uaacacauug 2640
uaugucugcu guguacuuug cuauuuuuau uuauuuuagu guuucuuaua uagcagaugg 2700
aaugaauuug aaguucccag ggcugaggau ccaugccuuc uuuguuucua aguuaucuuu 2760
cccauagcuu uucauuaucu uucauaugau ccaguauaug uuaaauaugu ccuacauaua 2820
cauuuagaca accaccauuu guuaaguauu ugcucuagga cagaguuugg auuuguuuau 2880
guuugcucaa aaggagaccc augggcucuc cagggugcac ugagucaauc uaguccuaaa 2940
aagcaaucuu auuauuaacu cuguaugaca gaaucauguc uggaacuuuu guuuucugcu 3000
uucugucaag uauaaacuuc acuuugaugc uguacuugca aaaucacauu uucuuucugg 3060
aaauuccggc aguguaccuu gacugcuagc uacccugugc cagaaaagcc ucauucguug 3120
ugcuugaacc cuugaaugcc accagcuguc aucacuacac agcccuccua agaggcuucc 3180
uggagguuuc gagauucaga ugcccuggga gaucccagag uuuccuuucc cucuuggcca 3240
uauucuggug ucaaugacaa ggaguaccuu ggcuuugcca caugucaagg cugaagaaac 3300
agugucucca acagagcucc uuguguuauc uguuuguaca ugugcauuug uacaguaauu 3360
ggugugacag uguucuuugu gugaauuaca ggcaagaauu guggcugagc aaggcacaua 3420
gucuacucag ucuauuccua aguccuaacu ccuccuugug guguuggauu uguaaggcac 3480
uuuaucccuu uugucucaug uuucaucgua aauggcauag gcagagauga uaccuaauuc 3540
ugcauuugau ugucacuuuu uguaccugca uuaauuuaau aaaauauucu uauuuauuuu 3600
guuacuuggu acaccagcau guccauuuuc uuguuuauuu uguguuuaau aaaauguuca 3660
guuuaacauc ccaguggaga aaguuaaaaa a 3691
<210> 60
<211> 290
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 60
Met Arg Ile Phe Ala Val Phe Ile Phe Met Thr Tyr Trp His Leu Leu
1 5 10 15
Asn Ala Phe Thr Val Thr Val Pro Lys Asp Leu Tyr Val Val Glu Tyr
20 25 30
Gly Ser Asn Met Thr Ile Glu Cys Lys Phe Pro Val Glu Lys Gln Leu
35 40 45
Asp Leu Ala Ala Leu Ile Val Tyr Trp Glu Met Glu Asp Lys Asn Ile
50 55 60
Ile Gln Phe Val His Gly Glu Glu Asp Leu Lys Val Gln His Ser Ser
65 70 75 80
Tyr Arg Gln Arg Ala Arg Leu Leu Lys Asp Gln Leu Ser Leu Gly Asn
85 90 95
Ala Ala Leu Gln Ile Thr Asp Val Lys Leu Gln Asp Ala Gly Val Tyr
100 105 110
Arg Cys Met Ile Ser Tyr Gly Gly Ala Asp Tyr Lys Arg Ile Thr Val
115 120 125
Lys Val Asn Ala Pro Tyr Asn Lys Ile Asn Gln Arg Ile Leu Val Val
130 135 140
Asp Pro Val Thr Ser Glu His Glu Leu Thr Cys Gln Ala Glu Gly Tyr
145 150 155 160
Pro Lys Ala Glu Val Ile Trp Thr Ser Ser Asp His Gln Val Leu Ser
165 170 175
Gly Lys Thr Thr Thr Thr Asn Ser Lys Arg Glu Glu Lys Leu Phe Asn
180 185 190
Val Thr Ser Thr Leu Arg Ile Asn Thr Thr Thr Asn Glu Ile Phe Tyr
195 200 205
Cys Thr Phe Arg Arg Leu Asp Pro Glu Glu Asn His Thr Ala Glu Leu
210 215 220
Val Ile Pro Glu Leu Pro Leu Ala His Pro Pro Asn Glu Arg Thr His
225 230 235 240
Leu Val Ile Leu Gly Ala Ile Leu Leu Cys Leu Gly Val Ala Leu Thr
245 250 255
Phe Ile Phe Arg Leu Arg Lys Gly Arg Met Met Asp Val Lys Lys Cys
260 265 270
Gly Ile Gln Asp Thr Asn Ser Lys Lys Gln Ser Asp Thr His Leu Glu
275 280 285
Glu Thr
290
<210> 61
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 61
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 62
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 62
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 63
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 63
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 64
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 64
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 65
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 65
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 66
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 66
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 67
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 67
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1 5
<210> 68
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 68
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1 5
<210> 69
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 69
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 70
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 70
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 71
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 71
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
165 170 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
180 185 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
<210> 72
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 72
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 73
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 73
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ile Met Met Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Tyr Pro Ser Gly Gly Ile Thr Phe Tyr Ala Asp Thr Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ile Lys Leu Gly Thr Val Thr Thr Val Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val
115 120 125
Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala
130 135 140
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
145 150 155 160
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
165 170 175
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
180 185 190
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys
195 200 205
Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp
210 215 220
Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly
225 230 235 240
Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile
245 250 255
Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu
260 265 270
Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His
275 280 285
Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg
290 295 300
Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys
305 310 315 320
Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu
325 330 335
Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr
340 345 350
Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu
355 360 365
Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp
370 375 380
Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val
385 390 395 400
Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp
405 410 415
Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His
420 425 430
Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro
435 440 445
Gly
<210> 74
<211> 216
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 74
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr
20 25 30
Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln His Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Met Ile Tyr Asp Val Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Ser Asn Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Thr Ser Ser
85 90 95
Ser Thr Arg Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu Gly Gln
100 105 110
Pro Lys Ala Asn Pro Thr Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu
115 120 125
Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr
130 135 140
Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Gly Ser Pro Val Lys
145 150 155 160
Ala Gly Val Glu Thr Thr Lys Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr
165 170 175
Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His
180 185 190
Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys
195 200 205
Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser
210 215
<210> 75
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 75
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Arg Tyr
20 25 30
Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Gly Gly Trp Phe Gly Glu Leu Ala Phe Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser
115 120 125
Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala
130 135 140
Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val
145 150 155 160
Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala
165 170 175
Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val
180 185 190
Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His
195 200 205
Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys
210 215 220
Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Glu Gly
225 230 235 240
Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met
245 250 255
Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
260 265 270
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
275 280 285
His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr
290 295 300
Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly
305 310 315 320
Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Ser Ile
325 330 335
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
340 345 350
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
355 360 365
Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
370 375 380
Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
385 390 395 400
Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
405 410 415
Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
420 425 430
His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
435 440 445
Pro Gly
450
<210> 76
<211> 215
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 76
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Arg Val Ser Ser Ser
20 25 30
Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Asp Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Leu Pro
85 90 95
Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala
100 105 110
Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser
115 120 125
Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu
130 135 140
Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser
145 150 155 160
Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu
165 170 175
Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val
180 185 190
Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys
195 200 205
Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210 215
<210> 77
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 77
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 78
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 78
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 79
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 79
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Val Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr
20 25 30
Tyr Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Gly Ile Asn Pro Ser Asn Gly Gly Thr Asn Phe Asn Glu Lys Phe
50 55 60
Lys Asn Arg Val Thr Leu Thr Thr Asp Ser Ser Thr Thr Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Lys Ser Leu Gln Phe Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg Asp Tyr Arg Phe Asp Met Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val
115 120 125
Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala
130 135 140
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
145 150 155 160
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
165 170 175
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
180 185 190
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys
195 200 205
Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro
210 215 220
Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val
225 230 235 240
Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr
245 250 255
Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu
260 265 270
Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys
275 280 285
Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser
290 295 300
Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys
305 310 315 320
Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile
325 330 335
Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro
340 345 350
Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu
355 360 365
Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn
370 375 380
Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser
385 390 395 400
Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg
405 410 415
Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu
420 425 430
His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440 445
<210> 80
<211> 218
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建物
<400> 80
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Lys Gly Val Ser Thr Ser
20 25 30
Gly Tyr Ser Tyr Leu His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro
35 40 45
Arg Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Tyr Leu Glu Ser Gly Val Pro Ala
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser
65 70 75 80
Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln His Ser Arg
85 90 95
Asp Leu Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105 110
Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln
115 120 125
Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr
130 135 140
Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser
145 150 155 160
Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr
165 170 175
Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys
180 185 190
His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro
195 200 205
Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210 215
<210> 81
<211> 2471
<212> RNA
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 81
agaaagcgag cagccaccca gcuccccgcc accgccaugg uccccgacac cgccugcguu 60
cuucugcuca cccuggcugc ccucggcgcg uccggacagg gccagagccc guugggcuca 120
gaccugggcc cgcagaugcu ucgggaacug caggaaacca acgcggcgcu gcaggacgug 180
cgggagcugc ugcggcagca ggucagggag aucacguucc ugaaaaacac ggugauggag 240
ugugacgcgu gcgggaugca gcagucagua cgcaccggcc uacccagcgu gcggccccug 300
cuccacugcg cgcccggcuu cugcuucccc ggcguggccu gcauccagac ggagagcggc 360
gcgcgcugcg gccccugccc cgcgggcuuc acgggcaacg gcucgcacug caccgacguc 420
aacgagugca acgcccaccc cugcuucccc cgaguccgcu guaucaacac cagcccgggg 480
uuccgcugcg aggcuugccc gccgggguac agcggcccca cccaccaggg cguggggcug 540
gcuuucgcca aggccaacaa gcagguuugc acggacauca acgaguguga gaccgggcaa 600
cauaacugcg uccccaacuc cgugugcauc aacacccggg gcuccuucca gugcggcccg 660
ugccagcccg gcuucguggg cgaccaggcg uccggcugcc agcggcgcgc acagcgcuuc 720
ugccccgacg gcucgcccag cgagugccac gagcaugcag acugcguccu agagcgcgau 780
ggcucgcggu cgugcgugug ugccguuggc ugggccggca acgggauccu cuguggucgc 840
gacacugacc uagacggcuu cccggacgag aagcugcgcu gcccggagcg ccagugccgu 900
aaggacaacu gcgugacugu gcccaacuca gggcaggagg auguggaccg cgauggcauc 960
ggagacgccu gcgauccgga ugccgacggg gacggggucc ccaaugaaaa ggacaacugc 1020
ccgcuggugc ggaacccaga ccagcgcaac acggacgagg acaagugggg cgaugcgugc 1080
gacaacugcc ggucccagaa gaacgacgac caaaaggaca cagaccagga cggccggggc 1140
gaugcgugcg acgacgacau cgacggcgac cggauccgca accaggccga caacugcccu 1200
aggguaccca acucagacca gaaggacagu gauggcgaug guauagggga ugccugugac 1260
aacugucccc agaagagcaa cccggaucag gcggaugugg accacgacuu ugugggagau 1320
gcuugugaca gcgaucaaga ccaggaugga gacggacauc aggacucucg ggacaacugu 1380
cccacggugc cuaacagugc ccaggaggac ucagaccacg auggccaggg ugaugccugc 1440
gacgacgacg acgacaauga cggagucccu gacagucggg acaacugccg ccuggugccu 1500
aaccccggcc aggaggacgc ggacagggac ggcgugggcg acgugugcca ggacgacuuu 1560
gaugcagaca aggugguaga caagaucgac guguguccgg agaacgcuga agucacgcuc 1620
accgacuuca gggccuucca gacagucgug cuggacccgg agggugacgc gcagauugac 1680
cccaacuggg uggugcucaa ccagggaagg gagaucgugc agacaaugaa cagcgaccca 1740
ggccuggcug uggguuacac ugccuucaau ggcguggacu ucgagggcac guuccaugug 1800
aacacgguca cggaugacga cuaugcgggc uucaucuuug gcuaccagga cagcuccagc 1860
uucuacgugg ucauguggaa gcagauggag caaacguauu ggcaggcgaa ccccuuccgu 1920
gcuguggccg agccuggcau ccaacucaag gcugugaagu cuuccacagg ccccggggaa 1980
cagcugcgga acgcucugug gcauacagga gacacagagu cccaggugcg gcugcugugg 2040
aaggacccgc gaaacguggg uuggaaggac aagaaguccu aucguugguu ccugcagcac 2100
cggccccaag ugggcuacau cagggugcga uucuaugagg gcccugagcu gguggccgac 2160
agcaacgugg ucuuggacac aaccaugcgg gguggccgcc ugggggucuu cugcuucucc 2220
caggagaaca ucaucugggc caaccugcgu uaccgcugca augacaccau cccagaggac 2280
uaugagaccc aucagcugcg gcaagccuag ggaccagggu gaggacccgc cggaugacag 2340
ccacccucac cgcggcugga ugggggcucu gcacccagcc ccaaggggug gccguccuga 2400
gggggaagug agaagggcuc agagaggaca aaauaaagug ugugugcagg gaaaaaaaaa 2460
aaaaaaaaaa a 2471
<210> 82
<211> 757
<212> PRT
<213> 人（Homo sapiens）
<400> 82
Met Val Pro Asp Thr Ala Cys Val Leu Leu Leu Thr Leu Ala Ala Leu
1 5 10 15
Gly Ala Ser Gly Gln Gly Gln Ser Pro Leu Gly Ser Asp Leu Gly Pro
20 25 30
Gln Met Leu Arg Glu Leu Gln Glu Thr Asn Ala Ala Leu Gln Asp Val
35 40 45
Arg Glu Leu Leu Arg Gln Gln Val Arg Glu Ile Thr Phe Leu Lys Asn
50 55 60
Thr Val Met Glu Cys Asp Ala Cys Gly Met Gln Gln Ser Val Arg Thr
65 70 75 80
Gly Leu Pro Ser Val Arg Pro Leu Leu His Cys Ala Pro Gly Phe Cys
85 90 95
Phe Pro Gly Val Ala Cys Ile Gln Thr Glu Ser Gly Ala Arg Cys Gly
100 105 110
Pro Cys Pro Ala Gly Phe Thr Gly Asn Gly Ser His Cys Thr Asp Val
115 120 125
Asn Glu Cys Asn Ala His Pro Cys Phe Pro Arg Val Arg Cys Ile Asn
130 135 140
Thr Ser Pro Gly Phe Arg Cys Glu Ala Cys Pro Pro Gly Tyr Ser Gly
145 150 155 160
Pro Thr His Gln Gly Val Gly Leu Ala Phe Ala Lys Ala Asn Lys Gln
165 170 175
Val Cys Thr Asp Ile Asn Glu Cys Glu Thr Gly Gln His Asn Cys Val
180 185 190
Pro Asn Ser Val Cys Ile Asn Thr Arg Gly Ser Phe Gln Cys Gly Pro
195 200 205
Cys Gln Pro Gly Phe Val Gly Asp Gln Ala Ser Gly Cys Gln Arg Arg
210 215 220
Ala Gln Arg Phe Cys Pro Asp Gly Ser Pro Ser Glu Cys His Glu His
225 230 235 240
Ala Asp Cys Val Leu Glu Arg Asp Gly Ser Arg Ser Cys Val Cys Ala
245 250 255
Val Gly Trp Ala Gly Asn Gly Ile Leu Cys Gly Arg Asp Thr Asp Leu
260 265 270
Asp Gly Phe Pro Asp Glu Lys Leu Arg Cys Pro Glu Arg Gln Cys Arg
275 280 285
Lys Asp Asn Cys Val Thr Val Pro Asn Ser Gly Gln Glu Asp Val Asp
290 295 300
Arg Asp Gly Ile Gly Asp Ala Cys Asp Pro Asp Ala Asp Gly Asp Gly
305 310 315 320
Val Pro Asn Glu Lys Asp Asn Cys Pro Leu Val Arg Asn Pro Asp Gln
325 330 335
Arg Asn Thr Asp Glu Asp Lys Trp Gly Asp Ala Cys Asp Asn Cys Arg
340 345 350
Ser Gln Lys Asn Asp Asp Gln Lys Asp Thr Asp Gln Asp Gly Arg Gly
355 360 365
Asp Ala Cys Asp Asp Asp Ile Asp Gly Asp Arg Ile Arg Asn Gln Ala
370 375 380
Asp Asn Cys Pro Arg Val Pro Asn Ser Asp Gln Lys Asp Ser Asp Gly
385 390 395 400
Asp Gly Ile Gly Asp Ala Cys Asp Asn Cys Pro Gln Lys Ser Asn Pro
405 410 415
Asp Gln Ala Asp Val Asp His Asp Phe Val Gly Asp Ala Cys Asp Ser
420 425 430
Asp Gln Asp Gln Asp Gly Asp Gly His Gln Asp Ser Arg Asp Asn Cys
435 440 445
Pro Thr Val Pro Asn Ser Ala Gln Glu Asp Ser Asp His Asp Gly Gln
450 455 460
Gly Asp Ala Cys Asp Asp Asp Asp Asp Asn Asp Gly Val Pro Asp Ser
465 470 475 480
Arg Asp Asn Cys Arg Leu Val Pro Asn Pro Gly Gln Glu Asp Ala Asp
485 490 495
Arg Asp Gly Val Gly Asp Val Cys Gln Asp Asp Phe Asp Ala Asp Lys
500 505 510
Val Val Asp Lys Ile Asp Val Cys Pro Glu Asn Ala Glu Val Thr Leu
515 520 525
Thr Asp Phe Arg Ala Phe Gln Thr Val Val Leu Asp Pro Glu Gly Asp
530 535 540
Ala Gln Ile Asp Pro Asn Trp Val Val Leu Asn Gln Gly Arg Glu Ile
545 550 555 560
Val Gln Thr Met Asn Ser Asp Pro Gly Leu Ala Val Gly Tyr Thr Ala
565 570 575
Phe Asn Gly Val Asp Phe Glu Gly Thr Phe His Val Asn Thr Val Thr
580 585 590
Asp Asp Asp Tyr Ala Gly Phe Ile Phe Gly Tyr Gln Asp Ser Ser Ser
595 600 605
Phe Tyr Val Val Met Trp Lys Gln Met Glu Gln Thr Tyr Trp Gln Ala
610 615 620
Asn Pro Phe Arg Ala Val Ala Glu Pro Gly Ile Gln Leu Lys Ala Val
625 630 635 640
Lys Ser Ser Thr Gly Pro Gly Glu Gln Leu Arg Asn Ala Leu Trp His
645 650 655
Thr Gly Asp Thr Glu Ser Gln Val Arg Leu Leu Trp Lys Asp Pro Arg
660 665 670
Asn Val Gly Trp Lys Asp Lys Lys Ser Tyr Arg Trp Phe Leu Gln His
675 680 685
Arg Pro Gln Val Gly Tyr Ile Arg Val Arg Phe Tyr Glu Gly Pro Glu
690 695 700
Leu Val Ala Asp Ser Asn Val Val Leu Asp Thr Thr Met Arg Gly Gly
705 710 715 720
Arg Leu Gly Val Phe Cys Phe Ser Gln Glu Asn Ile Ile Trp Ala Asn
725 730 735
Leu Arg Tyr Arg Cys Asn Asp Thr Ile Pro Glu Asp Tyr Glu Thr His
740 745 750
Gln Leu Arg Gln Ala
755

Claims (16)

1.用于测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平的试剂制备供一种鉴定可能受益于用包含PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法使用的试剂盒的用途,
该方法包含测定用PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂治疗前来自个体的样品中下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2,
其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平,
由此将个体鉴定为可能受益于用包含PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体,
其中癌症是尿路上皮癌(UC),非小细胞肺癌(NSCLC),三阴性乳腺癌(TNBC),或胰腺导管腺癌(PDAC),
且其中PD-L1结合拮抗剂是包含下面的高变区(HVR)的抗PD-L1抗体:
(a)GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:63)的HVR-H1序列；
(b)AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)的HVR-H2序列；
(c)RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)的HVR-H3序列；
(d)RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:66)的HVR-L1序列；
(e)SASFLYS(SEQ ID NO:67)的HVR-L2序列；和
(f)QQYLYHPAT(SEQ ID NO:68)的HVR-L3序列。
2.用于测定ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平的试剂以及PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂制备供一种鉴定和治疗可能受益于用包含PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法使用的制品的用途,
该方法包含:
(i)测定用PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂治疗前来自个体的样品中下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2,
其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平,
由此将个体鉴定为可能受益于用包含PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体,
其中癌症是UC,NSCLC,TNBC,或PDAC,
且其中PD-L1结合拮抗剂是包含下面的HVR的抗PD-L1抗体:
(a)GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:63)的HVR-H1序列；
(b)AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)的HVR-H2序列；
(c)RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)的HVR-H3序列；
(d)RASQDVSTAVA (SEQ ID NO:66)的HVR-L1序列；
(e)SASFLYS(SEQ ID NO:67)的HVR-L2序列；和
(f)QQYLYHPAT(SEQ ID NO:68)的HVR-L3序列；和
(ii)对步骤(i)中鉴定为可能受益于用包含PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体施用有效量的包含PD-L1结合拮抗剂和TGF-β拮抗剂的抗癌症疗法。
3.权利要求1或2的用途,其中所述方法进一步包含:
(i)测定样品中选自由PD-L1,CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组的一种或多种另外的基因的表达水平；和/或
(ii)测定来自个体的肿瘤样品中的肿瘤突变负荷(TMB)得分。
4.权利要求1或2的用途,其中:
(i)来自个体的肿瘤具有特征在于CD8+T细胞定位在肿瘤周围基质隔室中的免疫排除表型；
(ii)参照表达水平是自具有癌症的个体的群体测定的；
(iii)表达水平是核酸表达水平；
(iv)表达水平是蛋白质表达水平；和/或
(v)样品是组织样品,细胞样品,全血样品,血浆样品,血清样品,或其组合。
5.权利要求1或2的方法,其中TGF-β拮抗剂是多肽,小分子,或核酸。
6.权利要求5的用途,其中:
(i)多肽是抗TGF-β抗体或可溶性TGF-β受体；
(ii)小分子是加鲁色替(galunisertib)(LY2157299),LY2382770,LY3022859,SB-431542,SD208,SM16,曲尼司特(tranilast),吡非尼酮(pirfenidone),TEW-7197,PF-03446962,或吡咯-咪唑聚酰胺；或
(iii)核酸是曲贝德生(trabedersen)(AP12009)或Belagenpumatucel-L。
7.权利要求6的用途,其中:
抗TGF-β抗体是夫苏木单抗(fresolimumab),美替木单抗(metelimumab),乐德木单抗(lerdelimumab),1D11,2G7,或其衍生物。
8.权利要求5的用途,其中:
多肽是地司特泰(disitertide)(P144)。
9.权利要求1或2的用途,其中抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(atezolizumab)。
10.权利要求1或2的用途,其中抗PD-L1抗体包含:
(a)包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列的VH域；和
(b)包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列的VL域。
11.权利要求2的用途,其中所述方法进一步包含将另外的治疗剂施用于个体。
12.权利要求11的用途,其中另外的治疗剂是免疫疗法药剂,细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法药剂,抗血管发生剂,或其组合。
13.权利要求1或2的用途,其中癌症是UC。
14.权利要求13的用途,其中UC是转移性UC。
15.权利要求1或2的用途,其中参照表达水平是自具有癌症的个体的群体测定的,且其中参照表达水平是中值表达水平或是通过Z得分转换的表达水平的主成分分析确定的。
16.权利要求1或2的用途,其中癌症是转移性UC,PD-L1结合拮抗剂是阿特珠单抗,且TGF-β拮抗剂是抗TGF-β抗体。
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