CN113196061A - 肉瘤样肾癌的诊断和治疗方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供用于治疗癌症(例如，肾癌(例如，肾细胞癌(RCC)))的诊断方法、治疗方法和组合物。本发明至少部分地基于以下发现：本文所描述的一种或多种生物标志物在来自患有癌症的个体的样品中的表达水平可用于预测使用VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD‑L1轴结合拮抗剂(例如，PD‑L1结合拮抗剂(例如，抗PD‑L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD‑1结合拮抗剂(例如，抗PD‑1抗体))治疗或者使用血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的治疗功效的方法中。

Description

肉瘤样肾癌的诊断和治疗方法
序列表
本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式电子提交，并且通过引用将其全部内容合并于此。所述ASCII副本于2019年10月8日创建，名为50474-191WO3_Sequence_Listing_10.8.19_ST25，大小为235,579字节。
技术领域
本发明涉及用于治疗癌症(例如，肾癌)的诊断和治疗方法。
背景技术
癌症仍然是对人类健康最致命的威胁之一。在美国，癌症每年影响近130万新患者，是仅次于心脏病的第二大死亡原因，约占死亡人数的四分之一。还可以预测，在5年内，癌症可能会超过心血管疾病成为第一大死亡原因。实体肿瘤是造成这些死亡的主要原因。尽管某些癌症的医学治疗取得了重大进展，但在过去20年中，所有癌症的5年总生存率仅提高了约10％。特别是恶性实体瘤以不受控制的方式转移并迅速生长，这使得及时检测和治疗极为困难。肾细胞癌(RCC)是最常见的肾癌类型，具有多种组织学亚型。可以在所有组织学亚型中发生的肉瘤样RCC的部分特征是与肉瘤相似的特征，包括梭形细胞、高细胞性和细胞非典型性。肉瘤样RCC与不良预后相关，包括中位生存期约6个月，而较高比例的肉瘤样成分与较差的结果相关。肉瘤样RCC通常被认为是难以治疗和侵袭性形式的RCC。
使用免疫检查点抑制剂在人体中进行的研究表明，利用免疫系统控制和根除肿瘤的生长是有希望的。程序性死亡1(PD-1)受体及其配体程序性死亡配体1(PD-L1)是免疫检查点蛋白，牵涉到在慢性感染、妊娠、异体组织移植、自身免疫性疾病和癌症期间对免疫系统应答的抑制中。PD-L1通过与抑制性受体PD-1结合来调节免疫应答，PD-1在T细胞、B细胞和单核细胞的表面上表达。PD-L1还通过与另一种受体B7-1相互作用来负调节T细胞功能。PD-L1/PD-1和PD-L1/B7-1复合物的形成会负调节T细胞受体信号传导，从而导致随后T细胞活化的下调和抗肿瘤免疫活性的抑制。
尽管在癌症(例如，肾癌)的治疗方面取得了显著进步，但是仍在寻求改进的诊断方法和癌症疗法。
发明内容
本发明提供了用于治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))，包括肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC，包括局部晚期或转移性肉瘤样RCC))的个体的诊断和治疗方法和组合物。
在一个方面，本发明的特征在于一种治疗患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC，包括局部晚期或转移性肉瘤样RCC))的个体的方法，该方法包括向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，个体先前未进行针对肉瘤样癌的治疗。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC，包括局部晚期或转移性肉瘤样RCC))的具有不佳的或中等的纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险得分的个体的方法，该方法包括向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，个体先前未进行过针对该癌症的治疗。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有肾癌的个体的方法，该方法包括向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中该个体已经被鉴定为可能基于患有肉瘤样肾癌而受益于该抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有肾癌的个体的方法，该方法包括：(a)确定该个体是否患有肉瘤样肾癌，其中肉瘤样肾癌的存在表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法；以及(b)基于肉瘤样肾癌的存在，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴定可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的患有肾癌的个体的方法，该方法包括确定该个体是否患有肉瘤样肾癌，其中肉瘤样肾癌的存在将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有肾癌的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定该个体是否患有肉瘤样肾癌，其中肉瘤样肾癌的存在将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体；以及(b)基于肉瘤样肾癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物，其用于治疗患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC，包括局部晚期或转移性肉瘤样RCC))的个体，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用。在一些实施例中，个体先前未进行针对肉瘤样癌的治疗。
在另一方面，本发明提供了PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC，包括局部晚期或转移性肉瘤样RCC))的个体的药物中的用途，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用。在一些实施例中，个体先前未进行针对肉瘤样癌的治疗。
在另一方面，本发明的特征在于一种包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物，其用于治疗患有肾癌的个体，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中该个体被鉴定为可能基于患有肉瘤样肾癌而受益于该抗癌疗法。
在另一方面，本发明提供了PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有肾癌的个体的药物中的用途，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中该个体被鉴定为可能基于患有肉瘤样肾癌而受益于该抗癌疗法。
在前述任何方面的一些实施例中，肉瘤样肾癌的存在是通过对从该个体获得的样品进行组织学分析而评估的。在一些实施例中，如果来自该个体的肿瘤样品含有与整个肿瘤区域相关的任何组分的高度恶性梭形细胞的一个或多个病灶，则肾癌是肉瘤样的。在一些实施例中，梭形细胞显示中度到显著的非典型性和/或类似于任何形式的肉瘤。在一些实施例中，梭形细胞显示上皮分化的证据，如通过角蛋白或上皮膜抗原(EMA)的免疫组织学阳性所评估。在一些实施例中，肾癌是肾细胞癌，并且肿瘤样品具有上皮分化，伴有肾细胞癌并发区域。
在前述任何方面的一些实施例中，受益以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些实施例中，受益以改善的OS表示。在一些实施例中，受益以改善的ORR表示。在一些实施例中，受益以改善的CR表示。在一些实施例中，受益以改善的DFR表示。在一些实施例中，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
在前述任何方面的一些实施例中，该个体具有不佳的或中等的纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险得分。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有肾癌的个体的方法，该方法包括向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中该个体已经被鉴定为可能基于具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而受益于该抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于一种治疗患有肾癌的个体的方法，该方法包括：(a)确定该个体的MSKCC风险得分，其中，不佳的或中等的MSKCC风险得分表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法；以及(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于一种鉴定可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的患有肾癌的个体的方法，该方法包括确定该个体的MSKCC风险得分，其中，不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于一种为患有肾癌的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定该个体的MSKCC风险得分，其中，不佳的或中等的MSKCC风险得分将所述个体鉴定为可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法；以及(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于一种包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物，其用于治疗患有肾癌的个体，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中该个体被鉴定为可能基于具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而受益于该抗癌疗法。
在另一方面，本发明提供了PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有肾癌的个体的药物中的用途，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中该个体被鉴定为可能基于具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而受益于该抗癌疗法。
在另一方面，本发明的特征在于包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物，其用于治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC，包括局部晚期或转移性RCC))的具有不佳的或中等的MSKCC风险得分的个体，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用。在一些实施例中，个体先前未进行过针对该癌症的治疗。
在另一方面，本发明提供了PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC，包括局部晚期或转移性RCC))的具有不佳的或中等的MSKCC风险得分的个体的药物中的用途，其中该治疗包括将PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用。在一些实施例中，个体先前未进行过针对该癌症的治疗。
在前述任何方面的一些实施例中，如果个体具有以下特征中的三项或更多项，则该个体具有不佳的MSKCC风险得分：(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；(ii)血红蛋白水平低于正常范围下限(LLN)，任选地其中血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；(iv)血清乳酸脱氢酶(LDH)水平大于正常范围上限(ULN)的1.5倍，任选地其中ULN为140U/L；和/或(v)Karnofsky体能状态(KPS)得分<80。
在任何前述方面的一些实施例中，如果个体具有以下特征中的一项或两项，则该个体具有中等的MSKCC风险评分：(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；(ii)血红蛋白水平低于LLN，任选地其中血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；(iv)血清LDH水平大于ULN的1.5倍，任选地其中ULN为140U/L；和/或(v)KPS得分<80。
在前述任何方面的一些实施例中，受益以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些实施例中，受益以改善的OS表示。在一些实施例中，受益以改善的ORR表示。在一些实施例中，受益以改善的CR表示。在一些实施例中，受益以改善的DFR表示。在一些实施例中，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
在前述任何方面的一些实施例中，该个体患有肉瘤样肾癌。
在前述任何方面的一些实施例中，该方法进一步包括确定以下基因中的一种或多种在来自该个体的样品中的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2。
在前述任何方面的一些实施例中：(i)CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平；或(ii)VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平，将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体。
在前述任何方面的一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平。
在前述任何方面的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2在样品中的表达水平被确定为处于或高于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2的参考水平。在一些实施例中，PD-L1在样品中的表达水平被确定为处于或高于PD-L1的参考水平，并且选自由CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2组成的组的一种或多种其他基因在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种其他基因的参考表达水平。
在前述任何方面的一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34在样品中的表达水平被确定为低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考水平。
在前述任何方面的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2在样品中的表达水平被确定为低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2的参考水平。
在前述任何方面的一些实施例中，一种或多种基因的参考水平是从患有肾癌的个体群体确定的。在一些实施例中，一种或多种基因的参考水平是从患有肾癌的患者群体确定的中位表达水平。在一些实施例中，参考水平是一种或多种基因的归一化表达水平的Z得分的中值。
在前述任何方面的一些实施例中，表达水平是核酸表达水平。在一些实施例中，核酸表达水平是mRNA表达水平。在一些实施例中，mRNA表达水平是通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、ISH或它们的组合确定的。
在前述任何方面的其他实施例中，表达水平是蛋白质表达水平。在一些实施例中，蛋白质表达水平是通过免疫组化(IHC)、蛋白质印迹法、酶联免疫测定(ELISA)、免疫沉淀、免疫荧光、放射免疫测定或质谱法确定的。
在前述任何方面的一些实施例中，样品是组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些实施例中，组织样品是肿瘤组织样品。在一些实施例中，肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞或它们的组合。在一些实施例中，肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。
在前述任何方面的一些实施例中，该个体先前未进行过针对肾癌的治疗。
在前述任何方面的一些实施例中，肾癌是肾细胞癌(RCC)。在一些实施例中，RCC是透明细胞RCC。在一些实施例中，RCC是局部晚期RCC或转移RCC(mRCC)。
在前述任何方面的一些实施例中，从患者获得的肿瘤样品已经被确定为在占该肿瘤样品约1％或更高百分比、的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施例中，肿瘤样品已经被确定为在占该肿瘤样品约1％或更高百分比、至占少于5％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施例中，肿瘤样品已经被确定为在占该肿瘤样品约5％或更高百分比、的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施例中，肿瘤样品已经被确定为在占该肿瘤样品约5％或更高百分比、至占少于10％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些实施例中，从患者获得的肿瘤样品已经被确定为在占该肿瘤样品约10％或更高百分比、的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在前述任何方面的其他实施例中，从患者获得的肿瘤样品已经被确定为在占该肿瘤样品少于1％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在前述任何方面的一些实施例中，VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体或VEGF受体(VEGFR)抑制剂。在一些实施例中，VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施例中，抗VEGF抗体是贝伐单抗。在一些实施例中，VEGF拮抗剂是VEGFR抑制剂。在一些实施例中，VEGFR抑制剂是多靶点酪氨酸激酶抑制剂。在一些实施例中，该多靶点酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼。在一些实施例中，该多靶点酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼。
在前述任何方面的一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂选自由以下项组成的组：PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其一个或多个配体结合配偶体的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些实施例中，抗PD-L1抗体选自由以下组成的组：MPDL3280A(阿特珠单抗)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含以下高变区(HVR)：(a)GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:63)的HVR-H1序列；(b)AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)的HVR-H2序列；(c)RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)的HVR-H3序列；(d)RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:66)的HVR-L1序列；(e)SASFLYS(SEQ ID NO:67)的HVR-L2序列；和(f)QQYLYHPAT(SEQ ID NO:68)的HVR-L3序列。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)重链可变(VH)结构域，其包含与
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVA
WISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:69)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；(b)轻链可变(VL)结构域，其包含与DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYS ASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGT KVEIKR(SEQ ID NO:70)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列；(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列；(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列；(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列；(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列；(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)VH结构域，其包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列；(b)VL结构域，其包含SEQ ID NO:70氨基酸序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在一些实施例中，抗PD-L1抗体包含：(a)VH结构域，其包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列；和(b)VL结构域，其包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列。在一些实施例中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
在前述任何方面的一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂是阿特珠单抗，并且VEGF拮抗剂是贝伐单抗。在一些实施例中，阿特珠单抗以每三周静约1200mg的剂量脉内施用。在一些实施例中，贝伐单抗以每三周约15mg/kg的剂量静脉内施用。
在前述任何方面的一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用另外的治疗剂。在一些实施例中，另外的治疗剂选自由以下项组成的组：免疫治疗剂、细胞毒性剂、生长抑制剂、放射治疗剂、抗血管生成剂及它们的组合。在一些实施例中，该个体是人。
附图说明
申请文件含有至少一幅彩色附图。在提出请求并支付必要的费用后，专利局将提供带有彩色附图的本专利或专利申请公布的拷贝。
图1是显示IMmotion151研究设计的示意图。共同主要终点是PD-L1+亚组的无进展生存期(PFS)(根据RECIST v1.1的研究者评估的PFS)和意向治疗(ITT)群体的总生存期(OS)。探索性终点包括对IMmotion150研究中基因标记的验证及其与PFS的关联，以及纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险亚组和肉瘤样肿瘤的生物标志物表征。a≥1％IC：使用SP142免疫组织化学(IHC)测定得到的患病率为40％；b阿特珠单抗或贝伐单抗的剂量未减少。
图2是一系列显示Kaplan-Meier曲线的图，显示了PD-L1+亚组(左图)和ITT群体(右图)中接受阿特珠单抗和贝伐单抗(“Atezo+Bev”)或舒尼替尼治疗的患者的PFS概率。表格显示了中位PFS(月)以及95％的置信区间(95％CI)。研究人员对PFS进行了评估。最短随访时间为12个月。中位随访时间为16个月(PD-L1+)和15个月(ITT)。a PFS分析超过了预先设定的α＝0.04的P值边界。
图3是显示用于IMmotion151研究的基因标记分析方案的示意图。
图4是热图，显示IMmotion151转录组图谱证实了IMmotion150研究中鉴定的生物学亚组。
图5是一系列显示Kaplan-Meier曲线的图，显示了血管生成(Angio)低(左图)或Angio高(右图)亚组中接受Atezo+Bev或舒尼替尼治疗的患者的PFS概率。在Angio低亚组中，相对于舒尼替尼，Atezo+Bev改善了PFS。表格显示了危险比(HR)和95％CI。
图6是一系列显示Kaplan-Meier曲线的图，显示了用舒尼替尼(左图)或Atezo+Bev(右图)治疗的患者的PFS概率。相对于在Angio低亚组中，舒尼替尼在Angio高亚组中展示出改善的PFS。表格显示了危险比(HR)和95％CI。
图7是一系列显示Kaplan-Meier曲线的图，显示了T-效应子(Teff)低(左图)或Teff高(右图)亚组中接受Atezo+Bev或舒尼替尼治疗的患者的PFS概率。在Teff高亚组中，相对于舒尼替尼，Atezo+Bev改善了PFS。表格显示了危险比(HR)和95％CI。
图8A是显示PD-L1+和所有可评估患者(在生物标志物可评估群体中)的亚组PFS分析结果的图。
图8B是显示Kaplan-Meier曲线的图，显示了用舒尼替尼或Atezo+Bev治疗的患者的PFS概率。Atezo+Bev治疗在肉瘤样肿瘤中显示了改善的PFS。表格显示了HR和95％CI。
图9A-9C是一系列图，显示了Angio基因标记(图9A)、Teff基因标记(图9B)和PD-L1(图9C)在肉瘤和非肉瘤亚组中的表达。在肉瘤样肿瘤中，Angio基因标记的表达较低，而PD-L1表达较高。
图10A-10C是一系列图，显示了Angio特征(图10A)、Teff特征(图10B)和PD-L1(图10C)在有利或中等/不佳的MSKCC风险亚组中的表达。在有利的MSKCC风险组中，Angio基因标记的表达较高。
图11A和11B是一系列显示Kaplan-Meier曲线的图，显示了接受针对所有肉瘤样肿瘤患者(“All Sarc”)(图11A)或PD-L1+肿瘤患者(“PD-L1+Sarc”)(图11B)的Atezo+Bev或舒尼替尼治疗的患者的PFS概率。无论PD-L1+的状态如何，具有肉瘤样组织学的Atezo+Bev组患者的中位PFS均比舒尼替尼组患者的更长。
图12A和12B是一系列显示Kaplan-Meier曲线的图，显示了接受针对所有肉瘤样肿瘤患者(“All Sarc”)(图12A)或PD-L1+肿瘤患者(“PD-L1+Sarc”)(图12B)的Atezo+Bev或舒尼替尼治疗的患者的总生存期(OS)概率。无论PD-L1+的状态如何，具有肉瘤样组织学的Atezo+Bev组患者的OS均比舒尼替尼组患者的增加。
图13是显示所有肉瘤样肿瘤患者中的到恶化的时间a：到症状干扰日常功能的时间b的图。DFR，无恶化率。a到预先指定的具有临床意义的恶化的时间是指，从随机分组到患者首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)(范围为0至10)干扰评分表的基线增加≥2分的时间(例如，参见，Mendoza等人Clin.Breast Cancer 13:325-334,2013；Jones等人Clin.Genitourin.Cancer 12:41-49,2014；和Shi等人Pain 158:1108-1112,2017)。b日常功能的维度包括工作、一般活动、步行、与他人的关系、享受生活和情绪。
具体实施方式
本发明提供用于治疗癌症(例如，肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))的诊断方法、治疗方法和用途以及组合物。本发明至少部分地基于以下发现：肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌诸如肉瘤样RCC)的存在和/或个体的纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险得分可以在以下方法中用作生物标志物(例如，预测性生物标志物)：鉴定个体是否可能对包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼，阿昔替尼，帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗有所应答；选择用于治疗个体的疗法；优化包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的治疗功效；和/或监测个体对包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答。本发明还提供了通过施用包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法来治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))的个体的方法。
I.定义
应理解，本文所述的发明的方面和实施例包括“包含”、“由以下组成”及“基本上由以下组成”所指的方面和实施例。如本文所用，除非上下文另有明确指示，否则单数形式“一个”、“一种”和“该”包括多个指代物。
如本文所用的术语“约”是指为此技术领域中的技术人员容易知晓的相应值的常见误差范围。在本文中提及“约”值或参数包括(且描述)涉及该值或参数本身的实施例。
如本文所用，术语“个体”、“患者”或“受试者”可互换使用，是指期望进行治疗的任何单一动物，更优选哺乳动物(包括诸如非人类动物，例如，猫、狗、马、兔、动物园动物、牛、猪、绵羊和非人类灵长类动物)。在特定实施例中，本文的患者是人。患者可以是“癌症患者”，即，患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))，或处于罹患癌症的风险中，或患有一种或多种癌症症状的患者。
术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中通常以细胞生长不受控制为特征的生理状况。癌症的实例包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤、肉瘤和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体的示例包括但不限于肾脏癌症或肾癌(例如，肾细胞癌(RCC))；肺癌，包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌；膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌(UBC)、肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)和BCG难治性非肌肉浸润性膀胱癌(NMIBC))；尿路癌；乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌和三阴性乳腺癌(TNBC)，它们是雌激素受体(ER-)、孕激素受体(PR-)和HER2(HER2-)阴性的)；前列腺癌，诸如去势抵抗性前列腺癌(CRPC)；腹膜癌；肝细胞癌；胃部癌症或胃癌，包括胃肠道癌和胃肠道间质癌；胰腺癌；胶质母细胞瘤；宫颈癌；卵巢癌；肝脏癌症(例如，肝细胞癌(HCC))；肝癌；结肠癌；直肠癌；大肠癌；子宫内膜或子宫癌；唾液腺癌；前列腺癌；外阴癌；甲状腺癌；肝癌；肛门癌；阴茎癌；黑色素瘤，包括浅表性黑色素瘤、扁桃状恶性黑色素瘤、肢端轻度黑色素瘤和结节性黑色素瘤；多发性骨髓瘤和B细胞淋巴瘤(包括低度/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞(SL)NHL；中度/滤泡性NHL；中度弥漫性NHL；高度免疫母细胞性NHL；高度淋巴母细胞性NHL；高度小型非裂解细胞NHL；大体积疾病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和Waldenstrom巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性淋巴细胞白血病(ALL)；急性粒细胞性白血病(AML)；毛细胞白血病；慢性粒细胞性白血病(CML)；移植后淋巴细胞增生性疾患(PTLD)；和骨髓增生异常综合症(MDS)，以及与母斑细胞病、水肿(诸如与脑肿瘤有关)、梅格斯综合征、脑癌、头颈癌和相关转移相关的异常血管增生。在一些实施例中，癌症是肾癌。在特定实施例中，肾癌是RCC(例如，晚期RCC或转移性RCC(mRCC)，包括先前未治疗的RCC)。在一些实施例中，肾癌是肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC(例如，肉瘤样晚期或mRCC))。
“早期癌症”或“早期肿瘤”是指非侵袭性或转移性或分类为0、I或II期癌症的癌症。
“晚期”癌症是指由于局部浸润或转移而扩散到原发部位或器官之外的癌症。
“难治性”癌症是即使将抗癌剂诸如化疗剂施用于癌症患者也仍会进展的癌症。难治性癌症的一个实例是铂难治性癌症。
“复发性”癌症是在对初始治疗产生应答后在初始部位或远处复发的癌症。
术语“细胞增殖性疾患”和“增殖性疾患”是指与某种程度的异常细胞增殖相关的病症。在一个实施例中，细胞增殖性疾患是癌症。
如本文所用，术语“肿瘤”是指所有赘生性细胞生长和增殖，无论是恶性还是良性，以及所有前癌性和癌性细胞和组织。
术语“癌症”、“癌性”、“细胞增生性疾患”、“增生性疾患”和“肿瘤”在本文中并不互相排斥。
“疾患”是将从治疗获益的任何病状，包括但不限于慢性和急性病症或疾病，包括那些使哺乳动物易于患所述病症的病理性病状。
术语“肉瘤样”是指以例如通过组织学评估的肉瘤样形态为特征的癌症(例如，肾癌(例如，RCC))。肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC)与侵袭性行为和不良预后有关。在一些实施例中，肉瘤样肾癌包括非典型性梭形细胞或由非典型性梭形细胞组成和/或类似于任何形式的肉瘤。参见，例如，El Mouallem等人Urol.Oncol.36:265-271,2018，通过引用将其全部内容并入本文。肉瘤样RCC可以作为任何亚型的RCC出现，包括透明细胞RCC、嫌色RCC、集合管癌、肾髓样癌、富马酸水合酶(FH)缺乏性RCC和琥珀酸脱氢酶(SDH)缺乏性RCC。肉瘤样RCC的发生率随亚型而异，但透明细胞RCC(约5-8％)和嫌色RCC(约8-10％)的发生率通常较高。肉瘤样组分的组织学可以是可变的，并且可以包括类纤维肉瘤型、类多形未分化肉瘤型或其他异源肉瘤型(例如，类骨肉瘤型、类软骨肉瘤型或类横纹肌肉瘤型)。坏死通常存在于绝大多数病例中(约90％)。在一些实施例中，没有用于将个体的肾癌分类为肉瘤样的最小量或百分比的肉瘤样分化。肉瘤样RCC可以按照实例1中所述进行评估。在其他实施例中，肉瘤样RCC可通过2012年国际泌尿外科病理学会(ISUP)温哥华共识所描述的进行表征(参见，Srigley等人Am.J.Surg.Pathol.37:1469-89,2013，通过引用将其全部内容并入本文)。
术语“纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险得分”是指基于与肾癌(例如，RCC，例如，mRCC)患者生存相关的一组预后因素的评分系统。参见，例如，Motzer等人J.Clin.Oncol.17(8):2530-2540,1999和Motzer等人J.Clin.Oncol.20(1):289-296,2002，通过引用将其全部内容并入本文。在一些实施例中，可以基于以下因素来计算MSKCC风险得分，如示例1中所述：(i)从肾切除术到治疗(例如，系统性治疗)的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；(ii)血红蛋白水平低于正常下限(LLN)，任选地其中血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；(iv)血清乳酸脱氢酶(LDH)水平大于正常范围上限(ULN)的1.5倍，任选地其中ULN为140U/L；和/或(v)Karnofsky体能状态(KPS)得分<80。在一些实施例中，如果个体具有前述特征中的零项，则该个体具有有利的MSKCC风险得分。在一些实施例中，如果个体具有前述特征中的一项或两项，则该个体具有中等的MSKCC风险得分。在一些实施例中，如果个体具有前述特征中的三项或更多项，则该个体具有不佳的MSKCC风险得分。在一些实施例中，个体的MSKCC风险得分可用于鉴定个体是否可受益于抗癌疗法，例如，包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体诸如贝伐单抗)和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体诸如阿特珠单抗)的抗癌疗法。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
如本文所用，术语“样品”是指获自或衍生自感兴趣的患者和/或个体的组合物，其包含例如待基于物理、生化、化学和/或生理特征而表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。样品包括但不限于组织样品、原代或培养细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解液、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、泪液、汗液、粘液、肿瘤溶解产物和组织培养基、组织提取物诸如均质化的组织、肿瘤组织、细胞提取物及其组合。
如本文所用，表达方式“细胞”、“细胞系”和“细胞培养物”可以互换使用，且所有这样的名称都包括后代。因而，词语“转化体”和“转化的细胞”包括原代受试者细胞和不考虑转化次数而自其衍生出的培养物。由于故意的或非故意的突变，所有后代可能在DNA含量上不是精确地相同的。包括如在原始转化细胞中筛选的具有相同功能或生物活性的突变子代。如果打算使用不同的名称，则从上下文中可以清楚看出。
术语“生物标志物”和“标志物”在本文可互换使用，是指DNA、RNA、蛋白质、碳水化合物、糖脂、基于细胞的分子标志物、组织学或形态学标志物(例如，肉瘤样形态)或风险得分分(例如，MSKCC风险得分)，其在患者样品中的表达、存在和/或水平可以通过标准方法(或本文公开的方法)进行检测。此类标志物包括肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC)的存在和/或个体的MSKCC风险得分(例如，不佳的或中等的MSKCC风险得分)。此类生物标志物还包括但不限于，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9。可以确定这种生物标志物在从对治疗(例如，使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗，或用多靶点酪氨酸激酶抑制剂治疗)敏感或有应答的患者获得的样品中的存在、表达和/或水平比参考水平(包括，例如，生物标志物在来自患者组/群体的样品中的中位表达，该患者为例如患有癌症并且正在测试其对治疗的应答性的患者；生物标志物在来自患者组/群体的样品中的中位表达水平，该患者为例如患有癌症并且被鉴定为不对治疗产生应答；先前在早前的时间从该个体获得的样品中的水平；或从在原发肿瘤条件下接受先前治疗(例如，使用包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗，或使用多靶点酪氨酸激酶抑制剂治疗)并且现在可能正经历转移的患者获得的样品中的水平)高还是低。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD8A”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD8A，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CD8A，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CD8A。该术语还涵盖CD8A的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD8A的核酸序列详述于SEQ ID NO:1中。示例性的由人CD8A编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQID NO:2中。
除非另外指明，否则如本文所使用的术语“EOMES”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然EOMES(脱中胚蛋白)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工EOMES，以及通过细胞中加工产生的任何形式的EOMES。该术语还涵盖EOMES的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人EOMES的核酸序列详述于SEQ ID NO:3中。人EOMES编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:4中。
除非另外指明，否则如本文所使用的术语“GZMA”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMA(颗粒酶A)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工GZMA，以及通过细胞中加工产生的任何形式的GZMA。该术语还涵盖GZMA的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GZMA的核酸序列详述于SEQ ID NO:51中。人GZMA编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:52中。
除非另外指明，否则如本文所使用的术语“GZMB”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然GZMB(颗粒酶B)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工GZMB，以及通过细胞中加工产生的任何形式的GZMB。该术语还涵盖GZMB的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人GZMB的核酸序列详述于SEQ ID NO:53中。人GZMB编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:54中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PRF1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然PRF1(穿孔素1；也称为成孔蛋白)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PRF1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PRF1。该术语还涵盖PRF1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PRF1的核酸序列详述于SEQ ID NO:5中。示例性的由人PRF1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:6中。
除非另外指明，否则如本文所使用的术语“IFNG”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然IFNG(干扰素γ)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工IFNG，以及通过细胞中加工产生的任何形式的IFNG。该术语还涵盖IFNG的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IFNG的核酸序列详述于SEQ ID NO:7中。人IFNG编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:8中。
术语“程序性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽、多肽变体以及天然序列多肽和多肽变体的片段(在本文中进一步定义)。本文所述的PD-L1多肽可以是从多种来源分离的，诸如从人类组织类型或另一种来源分离的，或通过重组或合成方法制备的PD-L1多肽。
“天然序列PD-L1多肽”包括具有与源自自然的相应PD-L1多肽相同的氨基酸序列的多肽。该术语包括“全长”的未加工PD-L1以及通过细胞中加工产生的任何形式的IFNG。该术语还涵盖IFNG的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。
“PD-L1多肽变体”或其变异是指如本文所定义的PD-L1多肽，通常是活性PD-L1多肽，与任何天然序列PD-L1具有至少约80％的氨基酸序列同一性，如本文公开。此类PD-L1多肽变体包括例如PD-L1多肽，其中在天然氨基酸序列的N或C末端添加或缺失一个或多个氨基酸残基。通常，PD-L1多肽变体与天然序列PD-L1多肽序列将具有至少约80％的氨基酸序列同一性，或者至少约81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的氨基酸序列同一性。通常，PD-L1变体多肽的长度为至少约10个氨基酸，或者长度为至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、281、282、283、284、285、286、287、288或289个氨基酸，或更多。任选地，与天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1变体多肽将具有不超过一个保守氨基酸取代，或者与天然PD-L1多肽序列相比，具有不超过2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个保守氨基酸取代。
术语“血管内皮生长因子”或“VEGF”是指血管内皮生长因子蛋白A(VEGFA)，例如Swiss Prot登录号P15692，基因ID(NCBI)：7422所例示。术语“VEGF”涵盖具有Swiss Prot登录号P15692，基因ID(NCBI)：7422的氨基酸序列的蛋白质及其同系物和同工型。术语“VEGF”还涵盖VEGF的已知同工型，例如，剪接同工型，例如，VEGF111、VEGF121、VEGF145、VEGF165、VEGF189和VEGF206，以及其天然存在的等位基因和加工形式，包括通过VEGF165的纤溶酶裂解生成的110个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子，如Ferrara Mol.Biol.Cell.21:687,2010；Leung等人,Science,246:1306.1989和Houck等人,Mol.Endocrin.,5:1806,1991中所述。术语“VEGF”也指来自非人类物种诸如小鼠、大鼠或灵长动物的VEGF。有时，来自特定物种的VEGF用诸如代表人VEGF的hVEGF、代表鼠VEGF的mVEGF等术语表示。术语“VEGF”也用于指包含165个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子的氨基酸8至109或1至109的多肽的截短形式。在本申请中，可以通过例如“VEGF109”、“VEGF(8-109)”、“VEGF(1-109)”或“VEGF165”来鉴定对任何此类形式的VEGF的引用。如天然VEGF序列中所示，对“截短的”天然VEGF的氨基酸位置进行编号。例如，截短的天然VEGF中的氨基酸位置17(蛋氨酸)也是天然VEGF中的位置17(蛋氨酸)。截短的天然VEGF对KDR和Flt-1受体的结合亲和力与天然VEGF相当。如本文所用，术语“VEGF变体”是指在天然VEGF序列中包括一个或多个氨基酸突变的VEGF多肽。任选地，该一个或多个氨基酸突变包括氨基酸取代。出于本文所述VEGF变体的简写方式的目的，应当指出，数字是指沿假定的天然VEGF的氨基酸序列的氨基酸残基位置(由Leung等人，同上；和Houck等人，同上提供)。除非另有说明，否则本文所用的术语“VEGF”表示VEGF-A。
除非另有说明，否则如本文所用的术语“激酶插入结构域受体”或“KDR”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然KDR(在本领域中也称为胎儿肝激酶1(FLK1)或血管内皮生长因子受体2(VEGFR2))，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工KDR，以及通过细胞中加工产生的任何形式的KDR。该术语还涵盖KDR的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人KDR的核酸序列详述于SEQ ID NO:9中。人KDR编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:10中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“内皮细胞特异性分子1”或“ESM1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然ESM1(本领域中也称为endocan)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工ESM1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的ESM1。该术语还涵盖ESM1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人ESM1的核酸序列详述于SEQ ID NO:11中。示例性的由人ESM1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:12中。
除非另有说明，否则如本文所用的术语“血小板和内皮细胞粘附分子1”或“PECAM1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然PECAM1(在本领域中也称为CD31、endoCAM、GPIIA或PECA1)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PECAM1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PECAM1。该术语还涵盖PECAM1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PECAM1的核酸序列详述于SEQ ID NO:13中。示例性的由人PECAM1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:14中。
除非另有说明，否则如本文所用的术语“FLT1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然FLT1(在本领域中也称为血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)或fms相关酪氨酸激酶1)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工FLT1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的FLT1。该术语还涵盖FLT1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人FLT1的氨基酸序列详述于SEQ ID NO:55中。示例性的由人FLT1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ IDNO:56中。
除非另有说明，否则如本文所用的术语“血管生成素样4”或“ANGPTL4”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然ANGPTL4(本领域中也称为肝纤维蛋白原/血管生成素相关蛋白(HFARP)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)γ、肝血管生成素相关蛋白(HARP)、血管生成素相关蛋白4(Arp4)或禁食诱导脂肪因子(FIAF))，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工ANGPTL4，以及通过细胞中加工产生的任何形式的ANGPTL4。该术语还涵盖ANGPTL4的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人ANGPTL4的核酸序列详述于SEQ ID NO:15中。示例性的由人ANGPTL4编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:16中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD34”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD34(本领域中也称为CD34分子或CD34抗原)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CD34，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CD34。该术语还涵盖CD34的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD34的核酸序列详述于SEQ ID NO:17中。示例性的由人CD34编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:18中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“白细胞介素6”或“IL6”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然IL6，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工IL6，以及通过细胞中加工产生的任何形式的IL6。该术语还涵盖IL6的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IL6的核酸序列详述于SEQ ID NO:19中。示例性的由人IL6编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:20中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL1(趋化因子(C-X-C基序)配体1；也称为GRO1或中性粒细胞激活蛋白3(NAP-3))，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCL1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCL1。该术语还涵盖CXCL1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL1的核酸序列详述于SEQ ID NO:21中。示例性的由人CXCL1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQID NO:22中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL2”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL2(趋化因子(C-X-C基序)配体2；也称为巨噬细胞炎性蛋白2-α(MIP2-α))，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCL2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCL2。该术语还涵盖CXCL2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL2的核酸序列详述于SEQ ID NO:23中。示例性的由人CXCL2编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:24中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL3”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL3(趋化因子(C-X-C基序)配体3；也称为巨噬细胞炎性蛋白2-β(MIP2-β))，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCL3，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCL3。该术语还涵盖CXCL3的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL3的核酸序列详述于SEQ ID NO:25中。示例性的由人CXCL3编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:26中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL8”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL8(趋化因子(C-X-C基序)配体8；也称为白细胞介素8(IL8))，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCL8，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCL8。该术语还涵盖CXCL8的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL8的核酸序列详述于SEQ IDNO:27中。示例性的由人CXCL8编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:28中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PTGS2”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然PTGS2(前列腺素内过氧化物合酶2；也称为环氧合酶2(COX-2))，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PTGS2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PTGS2。该术语还涵盖PTGS2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PTGS2的氨基酸序列详述于SEQ IDNO:29中。示例性的由人PTGS2编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:30中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCR1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCR1(C-X-C基序趋化因子受体1；也称为白细胞介素8受体α、IL8RA和CD181)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCR1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCR1。该术语还涵盖CXCR1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCR1的核酸序列详述于SEQ ID NO:75中。示例性的由人CXCR1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:76中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCR2”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCR2(C-X-C基序趋化因子受体2；也称为白细胞介素8受体β、IL8RB和CD182)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCR2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCR2。该术语还涵盖CXCR2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCR2的核酸序列详述于SEQ ID NO:77中。示例性的由人CXCR2编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:78中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“S100A8”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然S100A8(S100钙结合蛋白A8；也称为钙粒蛋白A)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。S100A8可以与S100A9形成异二聚体，称为钙卫蛋白。该术语包括“全长”的未加工S100A8，以及通过细胞中加工产生的任何形式的S100A8。该术语还涵盖S100A8的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人S100A8的核酸序列详述于SEQ ID NO:79中。示例性的由人S100A8编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:80中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“S100A9”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然S100A9(S100钙结合蛋白A9；也称为钙粒蛋白B和迁移抑制因子相关蛋白14(MRP14))，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工S100A9，以及通过细胞中加工产生的任何形式的S100A9。该术语还涵盖S100A9的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人S100A9的核酸序列详述于SEQ ID NO:81中。示例性的由人S100A9编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:82中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL9”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL9(趋化因子(C-X-C基序)配体9)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCL9，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCL9。该术语还涵盖CXCL9的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL9的核酸序列详述于SEQ ID NO:57中。示例性的由人CXCL9编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:58中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL10”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL10(趋化因子(C-X-C基序)配体10)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCL10，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCL10。该术语还涵盖CXCL10的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL10的核酸序列详述于SEQ ID NO:59中。示例性的由人CXCL10编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:60中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CXCL11”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CXCL11(趋化因子(C-X-C基序)配体11)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CXCL11，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CXCL11。该术语还涵盖CXCL11的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CXCL11的核酸序列详述于SEQ ID NO:61中。示例性的由人CXCL11编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:62中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CD27”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CD27(本领域中也称为CD27L受体或TNFRSF7)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CD27，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CD27。该术语还涵盖CD27的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CD27的核酸序列列于SEQ ID NO:31中。示例性的由人CD27编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:32中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“FOXP3”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然FOXP3(叉头框蛋白P3；本领域中也称为scurfin)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工FOXP3，以及通过细胞中加工产生的任何形式的FOXP3。该术语还涵盖FOXP3的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人FOXP3的核酸序列列于SEQ ID NO:33中。示例性的由人FOXP3编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:34中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PD-1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然PD-1(也称为PDCD1、程序性细胞死亡蛋白1或CD279)，所述脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PD-1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PD-1。该术语还涵盖PD-1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PD-1的核酸序列列于SEQ ID NO:35中。示例性的由人PD-1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:36中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“CTLA4”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然CTLA4(细胞毒T淋巴细胞相关蛋白4；本领域中也称为CD152)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工CTLA4，以及通过细胞中加工产生的任何形式的CTLA4。该术语还涵盖CTLA4的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人CTLA4的核酸序列列于SEQ ID NO:37中。示例性的由人CTLA4编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:38中。
除非另外指明，否则如本文所使用的术语“TIGIT”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然TIGIT(具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工TIGIT，以及通过细胞中加工产生的任何形式的TIGIT。该术语还涵盖TIGIT的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人TIGIT的核酸序列列于SEQ ID NO:39中。人TIGIT编码的示例性蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:40中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“IDO1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然IDO1(吲哚胺2,3-双加氧酶1)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工IDO1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的IDO1。该术语还涵盖IDO1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人IDO1的核酸序列列于SEQ ID NO:41中。示例性的由人IDO1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:42中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PSMB8”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然PSMB8(蛋白酶体β亚基8型)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PSMB8，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PSMB8。该术语还涵盖PSMB8的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PSMB8的核酸序列列于SEQ ID NO:43中。示例性的由人PSMB8编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:44中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“PSMB9”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然PSMB9(蛋白酶体β亚基9型)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工PSMB9，以及通过细胞中加工产生的任何形式的PSMB9。该术语还涵盖PSMB9的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人PSMB9的核酸序列列于SEQ ID NO:45中。示例性的由人PSMB9编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:46中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“TAP1”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然TAP1(抗原处理相关转运子1；抗原肽转运子1)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工TAP1，以及通过细胞中加工产生的任何形式的TAP1。该术语还涵盖TAP1的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人TAP1的核酸序列列于SEQ ID NO:47中。示例性的由人TAP1编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:48中。
除非另外指明，否则如本文所用的术语“TAP2”是指来自任何脊椎动物来源的任何天然TAP2(抗原肽转运子2)，该脊椎动物来源包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如，人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”的未加工TAP2，以及通过细胞中加工产生的任何形式的TAP2。该术语还涵盖TAP2的天然存在变体，例如剪接变体或等位基因变体。示例性人TAP2的核酸序列列于SEQ ID NO:49中。示例性的由人TAP2编码的蛋白质的氨基酸序列示出于SEQ ID NO:50中。
术语“表达的水平”或“表达水平”通常可互换使用，并且通常是指生物样品中生物标志物的量。“表达”通常是指将信息(例如，基因编码和/或表观遗传信息)转化为在细胞中存在并运行的结构的过程。因此，如本文所用，“表达”可以指转录成多核苷酸，翻译成多肽，或者甚至是多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽、或多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)的片段也应视为已表达，无论它们源自于通过选择性剪接或降解的转录本生成的转录本，还是源自于多肽的翻译后加工(例如，通过蛋白水解)。“表达的基因”包括被转录成mRNA形式的多核苷酸然后被翻译成多肽的那些，以及被转录成RNA但未被翻译成多肽的那些(例如，转移和核糖体RNA)。超过一种目标基因的表达水平可以通过本领域技术人员已知并且也在本文中公开的聚集方法来确定，包括例如通过计算目标基因的所有表达水平的中值或平均值。在聚集之前，可以通过使用本领域技术人员已知并且也在本文中公开的统计方法来归一化每个目标基因的表达水平，包括例如归一化到一个或多个管家基因的表达水平，或者归一化为总文库大小，或归一化为所有测量基因的中值或平均表达水平值。在一些情况下，在跨多个目标基因聚集之前，可以通过使用本领域技术人员已知并且也在本文中公开的统计方法来标准化每个目标基因的归一化表达水平，包括例如通过计算每个目标基因的归一化表达水平的Z得分。
“表达”目标蛋白质的样品或细胞是下述样品或细胞：其中编码该蛋白质的mRNA或该蛋白质(包括其片段)被确定为存在于该样品或细胞中。
如本文所用，术语“参考表达水平”是指一种表达水平，来自个体的样品中的另一种表达水平(例如，本文所述一种或多种基因(例如，表1中详述的任何基因或它们的组合(例如，表2至12中任一表中详述的任何组合))的表达水平)与其进行比较，例如，以进行预测、诊断、预后和/或治疗性确定。例如，参考表达水平可以源自参考群体中的表达水平(例如，参考群体例如癌症患者群体中的中位表达水平)、参考样品和/或预先指定的值(例如，先前确定的截止值，其基于个体对使用抗癌疗法治疗的应答性与个体对使用不同抗癌疗法的应答性之间的高于该截止值和/或低于该截止值的显著差异，显著地(例如，统计学显著地)将参考群体中已经使用抗癌疗法(例如，包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法或者包括多靶点酪氨酸激酶抑制剂的抗癌疗法)治疗的第一个体子集与相同参考群体中已经使用不同抗癌疗法治疗(或未使用抗癌疗法治疗)的第二个体子集分离)。在一些实施例中，截止值可以是参考群体中的中位或平均表达水平。在其他实施例中，参考水平可以是参考群体中表达水平的前40％、前30％、前20％、前10％、前5％或前1％。在特定的实施例中，截止值可以是参考群体中的中位或平均表达水平。本领域技术人员将理解，参考表达水平的数值可根据适应症(例如，癌症(例如，肾癌、乳腺癌、肺癌或膀胱癌))、用于检测表达水平的方法(例如，RNA-seq或RT-qPCR)和/或所检查基因的特定组合(例如，表1中详述的基因的任何组合；或表2至12中所列基因组合的任一项)而变化。
表达“高于”一水平(例如，高于参考水平)、“表达增加”、“表达水平增加”、“水平增加”、“表达升高”、“表达水平升高”或“水平升高”是指，相对于生物标志物在对照(例如，未罹患疾病或疾患(例如，癌症)的一个或多个个体、内部对照(例如，管家生物标志物)、或在施用疗法(例如，包含VEGF拮抗剂和PD-L1拮抗剂的抗癌疗法)之前获得的样品中生物标志物的水平))中的表达水平或者相对于参考水平(例如，该生物标志物在来自患者组/群体的样品中的中位表达水平，所述患者例如正在测试其对VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的应答性的癌症患者；该生物标志物在来自患者组/群体的样品中的中位表达水平，所述患者例如已被鉴定为不对VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂产生应答的癌症患者；或先前在早前时间从个体获得的样品中的水平)，该生物标志物在个体中的表达增加或水平增加。
表达“低于”一水平(例如，低于参考水平)、“表达降低”、“表达水平降低”、“水平降低”、“表达减少”、“表达水平减少”或“水平减少”是指，相对于生物标志物在对照(例如，未罹患疾病或疾患(例如，癌症)的一个或多个个体、内部对照(例如，管家生物标志物)、或在施用疗法(例如，包含VEGF拮抗剂和PD-L1拮抗剂的抗癌疗法)之前获得的样品中生物标志物的水平))中的表达水平或者相对于参考水平(例如，该生物标志物在来自患者组/群体的样品中的中位表达水平，所述患者例如正在测试其对VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的应答性的癌症患者；该生物标志物在来自患者组/群体的样品中的中位表达水平，所述患者例如已被鉴定为不对VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂产生应答的癌症患者；或先前在早前时间从个体获得的样品中的水平)，该生物标志物在个体中的表达降低或水平减少。在一些实施例中，表达减少是很少或没有表达。
如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”、“参考组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指出于比较目的而使用的样品、细胞、组织或标准品。在一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自同一患者或个体的健康和/或未患病的身体部位(例如，组织或细胞)。例如，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可以是与患病细胞或组织相邻的健康和/或未患病的细胞或组织(例如，与肿瘤相邻的细胞或组织)。在另一个实施例中，参考样品获自同一患者或个体的未经处理的身体组织和/或细胞。在又一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自并非该患者或个体的个体的健康和/或未患病的身体部位(例如组织或细胞)。在又一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自并非该患者或个体的个体的未经处理的身体组织和/或细胞。在另一个实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是在施用疗法(例如，包括VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法)之前从患者获得的。
本文中使用的短语“基于”是指有关一种或多种生物标志物的信息用于告知治疗决策，包装插页上提供的信息或市场营销/促销指南等。
术语“管家生物标志物”是指通常类似地存在于所有细胞类型中的一种生物标志物或一组生物标志物(例如，多核苷酸和/或多肽)。在一些实施例中，管家生物标志物是“管家基因”。“管家基因”在本文中是指编码蛋白质的一个基因或一组基因，该蛋白质的活性对于维持细胞功能是必不可少的并且通常类似地存在于所有细胞类型中。
术语“相关”或“相关的”意为以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以在执行第二方案时使用第一分析或方案的结果，和/或可以使用第一分析或方案的结果来确定是否应该执行第二分析或方案。关于多肽分析或方案的实施例，可以使用多肽表达分析或方案的结果来确定是否应执行特定的治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的实施例，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来确定是否应执行特定的治疗方案。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变型，诸如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，并且可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、减轻症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、预防转移、降低疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态，以及缓解或改善预后。在一些实施例中，抗体(例如，抗VEGF抗体和抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)用于延迟疾病的发展或减慢疾病或疾患的进展。
如本文所用，“扩增”通常是指产生所期望序列的多个拷贝的过程。“多个拷贝”是指至少两个拷贝。“拷贝”并不一定意味着与模板序列具有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包括核苷酸类似物诸如脱氧肌苷、有意的序列改变(诸如通过包含与模板可杂交但不互补的序列的引物而引入的序列改变)和/或在扩增过程中发生的序列错误。
术语“多重PCR”是指使用超过一种引物组对从单一来源(例如，个体)获得的核酸进行的单一PCR反应，目的是在单一反应中扩增两个或更多个DNA序列。
如本文所用，“聚合酶链反应”或“PCR”的技术通常是指这样的程序，其中如例如美国专利号4,683,195中所述扩增微量的特定核酸、RNA和/或DNA片段。通常，需要从目标区域的末端或以外的区域获得序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上与待扩增模板的相反链相同或相似。两条引物的5'末端核苷酸可能与被扩增材料的末端重合。PCR可用于扩增特定RNA序列、来自总基因组DNA的特定DNA序列、以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA等。通常参见Mullis等,Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.51:263(1987)和Erlich,编,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一种，但不是唯一的实例，包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸片段或者扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸片段。
“定量实时聚合酶链反应”或“qRT-PCR”是指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。该技术已经在各种出版物中进行了描述，包括例如Cronin等人,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)和Ma等人,Cancer Cell 5:607-616(2004)。
术语“微阵列”是指可杂交的阵列元件(优选多核苷酸探针)在基板上的有序排列。
术语“RNA-seq”也称为“全转录组鸟枪法测序(WTSS)”，是指使用高通量测序技术对cDNA进行测序和/或定量以获得有关样品RNA含量的信息。描述RNA-seq的出版物包括：Wang等人Nature Reviews Genetics 10(1):57-63,2009；Ryan等人BioTechniques 45(1):81-94,2008；以及Maher等人Nature 458(7234):97-101,2009。
本文使用的术语“诊断”是指分子或病理状态、疾病或病状(例如，癌症(例如，肾癌))的鉴定或分类。例如，“诊断”可以指鉴定特定类型的癌症。“诊断”还可以指癌症的特定亚型的分类，例如，通过组织病理学标准或通过分子特征(例如，以一种生物标志物(例如，特定的基因或通过所述基因编码的蛋白质)或生物标志物组合的表达为特征的亚型)。在一些实施例中，诊断是对肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))的诊断。
如本文所用，“肿瘤浸润免疫细胞”是指存在于肿瘤或其样品中的任何免疫细胞。肿瘤浸润免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞、肿瘤周围免疫细胞、其他肿瘤基质细胞(例如，成纤维细胞)或它们的任何组合。此类肿瘤浸润免疫细胞可以是，例如，T淋巴细胞(诸如CD8+ T淋巴细胞和/或CD4+ T淋巴细胞)、B淋巴细胞或其他骨髓谱系细胞，包括粒细胞(例如，嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞)、单核细胞、巨噬细胞(例如CD68+/CD163+巨噬细胞)、树突状细胞(例如，相互交叉的树突状细胞)、组织细胞和自然杀伤(NK)细胞。
如本文所用，“肿瘤细胞”是指存在于肿瘤或其样品中的任何肿瘤细胞。使用本领域已知的和/或本文描述的方法，可以将肿瘤细胞与可能存在于肿瘤样品中的其他细胞(例如，基质细胞和肿瘤浸润免疫细胞)区分开。
如本文所用，“施用”是指向患者给予一定剂量的化合物(例如，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))、PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗)和/或血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))))或组合物(例如，药物组合物，例如，包括VEGF拮抗剂、PD-L1轴结合拮抗剂和/或血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的药物组合物)的方法。本文所述方法中利用的组合物可以例如肌肉内、静脉内、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鞘内、鼻内、阴道内、直肠内、局部、肿瘤内、经腹膜、皮下、结膜下、囊内、经粘膜、心包内、脐内、眼内、眼眶内、玻璃体内(例如，通过玻璃体内注射)、滴眼液、口服、外用、经皮、肠胃外、通过吸入、通过注射、通过植入、通过输注、通过连续输注、通过局部灌注直接浸入靶细胞、通过导管、通过灌洗、在乳脂液或脂质组合物中进行施用。本文所述方法中利用的组合物也可以全身或局部施用。施用方法可根据多种因素而变化(例如，所施用的化合物或组合物以及所治疗的病状、疾病或疾患的严重程度)。
“治疗有效量”是指在哺乳动物(例如，人)中治疗或预防疾病或疾患(例如，癌症(例如，肾癌(例如，RCC)))的治疗剂的量。在癌症的情况下，治疗剂的治疗有效量可以减少癌细胞数；减小原发肿瘤大小；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)癌细胞浸润周围器官；抑制(即，在一定程度上减缓和优选地停止)肿瘤转移；在一定程度上抑制肿瘤生长；和/或在一定程度上缓解该疾患相关的一种或多种症状。在药物可阻止生长和/或杀死既有癌细胞的程度上，它可以抑制细胞生长和/或具有细胞毒性。对于癌症治疗，可以例如通过评估生存时间(例如，总生存期或无进展生存期)、疾病进展时间(TTP)、应答率(例如，总应答率(ORR)、完全应答(CR)和部分应答(PR))、应答时间、无恶化率(DFR)和/或生存质量来衡量体内疗效。
术语“同时”在本文中用于指两种或更多种治疗剂的施用，其中至少部分施用在时间上重叠。因此，同时施用包括当中止一种或多种其他药剂的施用后继续进行一种或多种药剂的施用时的给药方案。例如，在一些实施例中，可以同时施用VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂。
“减少或抑制”是指引起整体下降20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。减少或抑制可指例如所治疗疾患的症状、转移灶的存在或大小、或者原发肿瘤的大小。
本文中的“负荷”剂量通常包括向患者施用的治疗剂的初始剂量，其后续是治疗剂的的一个或多个维持剂量。通常，施用单一负荷剂量，但是本文考虑多个负荷剂量。通常，所施用的负荷剂量的量超过所施用的维持剂量的量，和/或负荷剂量比维持剂量更频繁地施用，使得相比于施用维持剂量所能达到的治疗剂稳定状态浓度，更早地达到期望的治疗剂稳定状态浓度。
本文中的“维持”剂量或“延长”剂量是指在治疗期内向患者施用的治疗剂的一个或多个剂量。通常，维持剂量以间隔开的治疗间隔施用，诸如大约每周、大约每2周、大约每3周或大约每4周。
可以使用表明个体受益的任何终点来评估“对治疗的应答”，“对治疗的应答性”或“从治疗获得的受益”，该终点包括但不限于，(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如，癌症进展)，包括减慢和完全停滞；(2)减小肿瘤大小；(3)抑制(即，减少、减慢或完全停止)癌细胞浸润到邻近的周围器官和/或组织中；(4)抑制(即，减少、减慢或完全停止)转移；(5)在一定程度上减轻与该疾病或疾患(例如，癌症)有关的一种或多种症状；(6)增加或延长生存期，包括总生存期(OS HR<1)、无进展生存期(PFS HR<1)和/或无恶化生存期；(7)增加总应答率(ORR)、完全应答(CR)率和/或无恶化率(DFR)；和/或(8)在治疗(例如，使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，或使用包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))的抗癌疗法治疗)后的给定时间点死亡率降低。
“客观应答”是指可测量的应答，包括完全应答(CR)或部分应答(PR)。在一些实施例中，“客观应答率(ORR)”是指完全应答(CR)率与部分应答(PR)率之和。
“完全应答”或“CR”是指应答于治疗，癌症的所有体征消失(例如，所有靶点病灶的消失)。这并不总是意味着癌症已经治愈。
如本文所用，“部分应答”或“PR”是指响应于治疗，一个或多个肿瘤或病灶的大小或体内癌症程度的减少。例如，在一些实施例中，PR是指以基线直径总和(SLD)为基准，靶点病灶的SLD至少降低30％。
“持续应答”是指停止治疗后减少肿瘤生长的持续作用。例如，与施用阶段开始时的肿瘤大小相比，肿瘤大小可保持为相同或减小。在一些实施例中，持续应答的持续时间至少与治疗持续时间相同，或为治疗持续时间的1.5倍、2.0倍、2.5倍或3.0倍或更久。
如本文所用，“疾病稳定”或“SD”是指以自治疗开始以来的最小SLD为参考，靶点病灶既不充分缩小以符合PR，又不充分增加以符合PD。
如本文所用，“疾病进展”或“PD”是指以自治疗开始以来所记录的最小SLD为参考，靶点病灶的SLD增加至少20％，或者一个或多个新病灶的存在。
术语“生存期”是指患者还活着，并且包括总生存期及无进展生存期。
如本文所用，“无进展生存期”或“PFS”是指治疗期间和治疗后被治疗的疾病(例如，癌症(例如，肾癌(例如，RCC)))无进展或不恶化的时长。无进展生存期可包括个体发生完全应答或部分应答的时间量以及个体疾病稳定的时间量。
如本文所用，“总生存率”或“OS”是指在特定时间段(例如，从诊断或治疗开始起，6个月、1年、2年、3年、4年、5年、10年、15年、20年或20年以上)之后，组中可能仍活着的受试者的百分比。
“延长生存期”是指相对于未治疗的患者(即，相对于未用药物治疗的患者)，或相对于未以指定的水平表达生物标志物的患者，和/或相对于使用已获批准的抗肿瘤剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)、PD-L1轴结合拮抗剂(例如，阿特珠单抗)和/或多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼))治疗的患者，所治疗患者的总生存期或无进展生存期增加。
如本文所用，“危险比”或“HR”是事件发生率的统计定义。为了本发明的目的，将危险比定义为表示，在任何特定的时间点，实验(例如，治疗)组(group/arm)中事件(例如，PFS或OS)的概率除以对照组中的事件的概率。值为1的HR表示“治疗”组和“对照”组两者中终点(例如，死亡)的相对风险相等；大于1的值表示相对于对照组，治疗组的风险更大；小于1的值表示相对于治疗组，对照组的风险更大。无进展生存率分析中的“危险比”(即，PFS HR)总结了两条无进展生存率曲线之间的差异，表示在随访期内，与对照组相比，治疗组的死亡风险降低了。总生存率分析中的“危险比”(即，OS HR)总结了两条总生存率曲线之间的差异，表示在随访期内，与对照组相比，治疗组的死亡风险降低了。
如本文所用，“无恶化率”或“DFR”是指患者在一定时长内经历临床上有意义的恶化的概率，该时长为例如从治疗开始到患者首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加≥2分的时间。
“MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表”是指患者报告的结果量纲评分系统，该系统评估与癌症及其治疗相关的多种症状的严重程度和影响(参见，例如，Mendoza等人Clin.Breast Cancer 13:325-334,2013；Jones等人Clin.Genitourin.Cancer 12:41-49,2014；和Shi等人Pain 158:1108-1112,2017)。在MDASI干扰评分表中，患者对过去24小时内症状对生活各个方面的干扰程度进行评估。每个干扰项(工作、日常活动、步行、与他人的关系、生活的乐趣和情绪)的等级为0至10，其中0代表“没有干扰”，而10代表“完全干扰”。
术语“抗癌疗法”是指可用于治疗癌症的疗法。抗癌治疗剂的实例包括但不限于细胞毒性剂、化疗剂、生长抑制剂、放射疗法中使用的药剂、抗血管生成剂、凋亡剂、抗微管蛋白剂和其他治疗癌症的药剂，例如，抗CD20抗体、血小板源生长因子抑制剂(例如，
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(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如，塞来昔布)、干扰素、细胞因子、与一种或多种以下靶点结合的拮抗剂(例如，中和抗体)：PDGFR-β、BlγS、APRIL、BCMA受体、TRAIL/Apo2、其他生物活性和有机化学药剂等。它们的组合也包括在本发明中。
“VEGF拮抗剂”或“VEGF特异性拮抗剂”是指能够结合VEGF、降低VEGF表达水平或中和、阻断、抑制、消除、减少或干扰VEGF生物学活性的分子，该生物学活性包括但不限于，VEGF与一种或多种VEGF受体结合、VEGF信号传导、以及VEGF介导的血管生成和内皮细胞生存或增殖。例如，能够中和、阻断、抑制、消除、减少或干扰VEGF生物学活性的分子可以通过与一种或多种VEGF受体(VEGFR)(例如，VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、膜结合的VEGF受体(mbVEGFR)或可溶性VEGF受体(sVEGFR))结合而发挥其作用。此类拮抗剂在本文中也称为“VEGFR抑制剂”。作为可用于本发明方法的VEGF特异性拮抗剂而被包括的是，与VEGF特异性结合的多肽、抗VEGF抗体及其抗原结合片段、与VEGF特异性结合从而隔离其与一种或多种受体结合的受体分子和衍生物、融合蛋白(例如，VEGF-Trap(Regeneron))和VEGF121-白树毒素(Peregrine)。VEGF特异性拮抗剂还包括VEGF多肽的拮抗剂变体；与编码VEGF多肽的核酸分子的至少一个片段互补的反义核碱基寡聚体；与编码VEGF多肽的核酸分子的至少一个片段互补的小RNA；靶向VEGF的核酶；VEGF的肽体；和VEGF适体。VEGF拮抗剂还包括与VEGFR结合的多肽、抗VEGFR抗体及其抗原结合片段，以及与VEGFR结合从而阻断、抑制、消除、减少或干扰VEGF生物活性(例如，VEGF信号传导)的衍生物或融合蛋白。VEGF特异性拮抗剂还包括与VEGF或VEGFR结合并且能够阻断、抑制、消除、减少或干扰VEGF生物学活性的非肽小分子。因此，术语“VEGF活性”具体包括VEGF介导的VEGF的生物学活性。在某些实施例中，该VEGF拮抗剂将VEGF的表达水平或生物学活性剂降低或抑制至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。在一些实施例中，被VEGF特异性拮抗剂抑制的VEGF是VEGF(8-109)、VEGF(1-109)或VEGF165。
如本文所用，VEGF拮抗剂可以包括但不限于，抗VEGFR2抗体和相关分子(例如，雷莫芦单抗(ramucirumab)、他尼单抗(tanibirumab)、阿柏西普(aflibercept))、抗VEGFR1抗体和相关分子(例如，艾库鲁单抗(icrucumab)、阿柏西普(VEGF Trap-Eye；
Figure BDA0003119722020000371
)和ziv-阿柏西普(VEGF Trap；
Figure BDA0003119722020000372
))、双特异性VEGF抗体(例如，MP-0250、伐努赛珠单抗(vanucizumab(VEGF-ANG2))和US 2001/0236388中公开的双特异性抗体)、双特异性抗体(包括抗VEGF、抗VEGFR1和抗VEGFR2组中两者的组合)、抗VEGFA抗体(例如，贝伐单抗、赛伐珠单抗(sevacizumab))、抗VEGFB抗体、抗VEGFC抗体(例如，VGX-100)、抗VEGFD抗体和非肽小分子VEGF拮抗剂(例如，帕唑帕尼、阿昔替尼、凡德他尼、瑞戈非尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、奥兰替尼(orantinib)、替拉替尼、多韦替尼、西地尼布、莫替沙尼(motesanib)、索凡替尼、阿帕替尼、沃利替尼(foretinib)、法米替尼和替沃扎尼(tivozanib))。
“抗VEGF抗体”是以足够的亲和力与VEGF特异性结合的抗体。在某些实施例中，抗体将对VEGF具有足够高的结合亲和力，例如，抗体可以以100nM至1pM之间的Kd值结合hVEGF。抗体亲和力可以例如通过基于表面等离振子共振的测定法(例如PCT申请公开号WO2005/012359中所述的
Figure BDA0003119722020000381
测定法)；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；和竞争性测定法(例如，放射免疫测定法(RIA))来确定。
在某些实施例中，抗VEGF抗体可以用作靶向和干扰涉及VEGF活性的疾病或病状的治疗剂。而且，可以对抗体进行其他生物学活性测定，例如，以评价其作为治疗剂的有效性。此类测定是本领域已知的，并且取决于靶抗原和抗体的预期用途。示例包括HUVEC抑制测定法；肿瘤细胞生长抑制测定法(例如，如WO 89/06692中所述)；抗体依赖性细胞毒性(ADCC)和补体介导的细胞毒性(CDC)测定法(美国专利号5,500,362)；激动活性或造血作用测定法(参见WO 95/27062)。抗VEGF抗体通常将不与其他VEGF同源物诸如VEGF-B或VEGF-C结合，也不与其他生长因子诸如PlGF、PDGF或bFGF结合。在一个实施例中，抗VEGF抗体是单克隆抗体，其与由杂交瘤ATCC HB 10709产生的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位。在另一个实施例中，抗VEGF抗体是根据Presta等人(Cancer Res.57:4593-4599,1997)生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体，包括但不限于被称为贝伐单抗(BV；
Figure BDA0003119722020000382
)的抗体。
抗VEGF抗体“贝伐单抗(BV)”，也称为“rhuMAb VEGF”或
Figure BDA0003119722020000383
是根据Presta等人(Cancer Res.57:4593-4599,1997)制备的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。它包含突变的人IgG1框架区和来自鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1的抗原结合互补决定区，该区阻断人VEGF与其受体的结合。贝伐单抗的大约93％的氨基酸序列(包括大多数框架区)源自人IgG1，约7％的序列源自鼠抗体A4.6.1。贝伐单抗的分子量约为149,000道尔顿，并被糖基化。贝伐单抗和其他人源化抗VEGF抗体进一步描述于在2005年2月26日授权的美国专利号6,884,879中，其全部公开内容通过引用明确地并入本文。另外的优选抗体包括G6或B20系列抗体(例如，G6-31、B20-4.1)，如PCT申请公开号WO 2005/012359中所述。对于另外的优选抗体，参见美国专利号7,060,269、6,582,959、6,703,020、6,054,297；WO98/45332；WO 96/30046；WO94/10202；EP 0666868B1；美国专利申请公布号2006009360、20050186208、20030206899、20030190317、20030203409和20050112126；以及Popkov等人,(Journal ofImmunological Methods 288:149-164,2004)。其他优选的抗体包括那些与人VEGF的功能性表位结合的抗体，该功能性表位包含残基F17、M18、D19、Y21、Y25、Q89、191、K101、E103和C104，或者另选地包含残基F17、Y21、Q22、Y25、D63、183和Q89。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”是指一种分子，其抑制PD-L1轴结合配偶体与其一个或多个结合配偶体相互作用，从而消除由PD-1信号传导轴上的信号传导引起的T细胞功能障碍的，进而恢复或增强T细胞功能。如本文所用，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1与PD-1之间的相互作用(例如，PD-L2-Fc融合)的分子。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”是指这样的抗体，其能够以足够的亲和力结合PD-L1，使得所述抗体可用作靶向PD-L1的诊断和/或治疗剂。在一个实施例中，例如，如通过RIA所测得的，抗PD-L1抗体与不相关的非PD-L1蛋白的结合程度小于所述抗体与PD-L1结合程度的约10％。在某些实施例中，抗PD-L1抗体与PD-L1的表位结合，该表位在来自不同物种的PD-L1中是保守的。
术语“抗PD-1抗体”和“结合PD-1的抗体”是指这样的抗体，其能够以足够的亲和力结合PD-1，使得所述抗体可用作靶向PD-1的诊断和/或治疗剂。在一个实施例中，例如，如通过RIA所测得的，抗PD-1抗体与不相关的非PD-1蛋白的结合程度小于所述抗体与PD-1结合程度的约10％。在某些实施例中，抗PD-1抗体与PD-1的表位结合，该表位在来自不同物种的PD-1中是保守的。
术语“PD-L1结合拮抗剂”是指一种分子，其减少、阻断、抑制、消除或干扰因PD-L1与一种或多种其结合配偶体(诸如PD-1或B7-1)相互作用而产生的信号转导。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配偶体结合的分子。在一个具体方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂包括抗PD-L1抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽，以及其他减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与一个或多个其结合配偶体(诸如PD-1或B7-1)的相互作用而产生的信号转导的分子。在一个实施例中，PD-L1结合拮抗剂减少由或通过T淋巴细胞上表达的细胞表面蛋白介导的信号传导介导的负共刺激信号，该信号传导通过PD-L1进行，从而使功能障碍的T细胞的功能障碍减少(例如，增强效应子对抗原识别的应答)。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体的实施例中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS注册号：1422185-06-5)，也称为MPDL3280A并在本文中进行了描述。在另一个具体的实施例中，抗PD-L1抗体是本文所述的YW243.55.S70。在另一个具体的实施例中，抗PD-L1抗体是本文所述的MDX-1105。在又一个具体的方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MEDI4736(德瓦鲁单抗)。在又一个具体的方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MSB0010718C(阿维单抗)。
如本文所用，术语“PD-1结合拮抗剂”是一种分子，其减少、阻断、抑制、消除和/或干扰因PD-1与一种或多种其结合配偶体(诸如PD-L1或PD-L2)相互作用而产生的信号转导。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其结合配偶体结合的分子。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。例如，PD-1结合拮抗剂包括抗PD-1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗剂、多核苷酸拮抗剂，以及其他减少、阻断、抑制、消除或干扰PD-1与PD-L1和/或PD-L2相互作用产生的信号转导的分子。在一个实施例中，PD-1结合拮抗剂减少了由或通过T淋巴细胞和其他细胞上表达的细胞表面蛋白介导的负信号，该信号传导通过PD-1或PD-L1进行，从而使功能障碍的T细胞的功能障碍减少。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是MDX-1106(纳武单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是MK-3475(派姆单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是MEDI-0680(AMP-514)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为PDR001。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为REGN2810。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为BGB-108。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂为AMP-224。
“血管生成抑制剂”或“抗血管生成剂”是指小分子量物质、多核苷酸、多肽、分离的蛋白质、重组蛋白质、抗体或其缀合物或融合蛋白，其直接或间接地抑制血管生成、脉管生成或不希望的血管通透性。应当理解，抗血管生成剂包括那些结合并阻断血管生成因子或其受体的血管生成活性的药剂。例如，抗血管生成剂是如上定义的血管生成剂的抗体或其他拮抗剂，例如，针对VEGF-A或VEGF-A受体(例如，KDR受体或Flt-1受体)的抗体、抗PDGFR抑制剂诸如GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼)。抗血管生成剂还包括天然血管生成抑制剂，例如，血管抑素，内皮抑素等。参见，例如，Klagsbrun和D’Amore,Annu.Rev.Physiol.,53:217-39(1991)；Streit和Detmar,Oncogene,22:3172-3179(2003)(例如，表3列出了恶性黑色素瘤的抗血管生成疗法)；Ferrara&Alitalo,Nature Medicine 5(12):1359-1364(1999)；Tonini等人,Oncogene,22:6549-6556(2003)和Sato Int.J.Clin.Oncol.,8:200-206(2003)。
如本文所用，术语“细胞毒性剂”是指抑制或阻止细胞功能和/或导致细胞破坏的物质。该术语旨在包括放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)；化疗剂，例如，甲氨蝶呤、阿德里亚霉素、长春花生物碱(长春新碱、长春碱、依托泊苷)、阿霉素、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔红霉素或其他嵌入剂；酶及其片段，例如，核酸酶；抗生素；和毒素，例如，细菌、真菌、植物或动物来源的小分子毒素或酶活性毒素，包括其片段和/或变体，以及以下公开的各种抗肿瘤剂或抗癌剂。杀肿瘤剂造成肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”包括可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的示例包括厄洛替尼(
Figure BDA0003119722020000411
Genentech/OSI Pharm.)、硼替佐米(
Figure BDA0003119722020000412
Millennium Pharm)、双硫仑、表没食子儿茶素没食子酸酯、盐孢菌素A(salinosporamide A)、卡非佐米、17-AAG(格尔德霉素)、根赤壳菌素(radicicol)、乳酸脱氢酶A(LDH-A)、氟维司群(
Figure BDA0003119722020000413
AstraZeneca)、舒尼替尼(
Figure BDA0003119722020000414
Pfizer/Sugen)、来曲唑(
Figure BDA0003119722020000415
Novartis)、甲磺酸伊马替尼(
Figure BDA0003119722020000416
Novartis)、非那酸酯(finasunate)(
Figure BDA0003119722020000417
Novartis)、奥沙利铂(
Figure BDA0003119722020000418
Sanofi)、5-FU(5-氟尿嘧啶)、亚叶酸、雷帕霉素(西罗莫司，
Figure BDA0003119722020000419
Pfizer)、拉帕替尼(
Figure BDA00031197220200004110
GSK572016，Glaxo Smith Kline)、罗纳法米(Lonafamib)(SCH 66336)、索拉非尼(
Figure BDA00031197220200004111
Bayer Labs)、吉非替尼(
Figure BDA00031197220200004112
AstraZeneca)、AG1478、烷基化剂诸如噻替哌和
Figure BDA00031197220200004113
环磷酰胺；烷基磺酸盐，诸如白消安、次生硫和对硫丹；氮丙啶类，诸如苯并多巴、碳醌、美妥替哌(meturedopa)和乌瑞替哌(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺、三乙烯蜜胺、三乙烯磷酰胺、三乙烯硫代磷酰胺和三羟甲蜜胺；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其是布拉它辛(bullatacin)和布拉它辛酮(bullatacinone))；喜树碱(包括拓扑替康和伊立替康)；苔藓抑素；凯利他汀(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；隐藻霉素(尤其是隐藻霉素1和隐藻霉素8)；肾上腺皮质类固醇(包括强的松和泼尼松龙)；醋酸环丙孕酮；5α-还原酶，包括非那雄胺和度他雄胺；伏立诺他、罗米地辛、帕比司他(Panobinostat)、丙戊酸、莫西司他多拉司汀；阿地白介素；滑石粉杜卡霉素(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1)；五加素；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素；氮芥类，诸如苯丁酸氮芥、氯苯哌嗪、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、盐酸甲氧氮芥、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲洛磷胺、乌拉莫司汀(uracil mustard)；亚硝基脲，诸如卡莫司汀、氯唑霉素、福莫司汀(fotemustine)、洛莫斯汀、尼莫斯汀和拉尼莫斯汀；抗生素，诸如烯二炔类抗生素(例如，加利车霉素，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ω1I(Angew.Chem.Intl.Ed.Engl.33:183-186,1994))；达尼米星，包括达尼米星A；双膦酸盐，诸如氯膦酸盐；埃斯佩拉霉素(Esperamicin)；以及新制癌菌素(neocarzinostatin)发色团和相关的发色团蛋白烯二炔类抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素、氨茴霉素(authramycin)、重氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素C(cactinomycin)、卡柔比星(carabicin)、洋红霉素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycini)、更生霉素(dactinomycin)、道诺霉素、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、
Figure BDA0003119722020000421
(多柔比星)、吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉代-多柔比星和去氧多柔比星、表柔比星、伊索比星、伊达比星、马赛霉素、丝裂霉素诸如丝裂霉素C、霉酚酸、诺加霉素、橄榄霉素、培洛霉素、甲基丝裂霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星、链黑霉素、链脲佐菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢物，诸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨蝶呤、喋罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，诸如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷；雄激素，诸如卡鲁睾酮、丙酸屈他雄酮、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂，诸如叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基酮戊酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；阿莫司汀(bestrabucil)；比生群；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依洛尼塞(elfomithine)；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃博霉素；乙环氧啶(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocins)；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基肼；丙卡巴嗪；
Figure BDA0003119722020000431
多糖复合物(JHS NaturalProducts,Eugene,Oreg.)；雷佐生；利索新；裂裥菌素；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯类(尤其是T-2毒素、维拉库林A(verracurin A)、杆孢菌素A(roridin A)和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛；达卡巴嗪；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托新(gacytosine)；阿拉伯糖苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替哌；紫杉烷类，例如，TAXOL(紫杉醇；Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)、
Figure BDA0003119722020000432
(不含氢化蓖麻油)、紫杉醇的白蛋白工程化改造型纳米颗粒制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Ill.)和
Figure BDA0003119722020000433
(多西他赛、多西紫杉醇；Sanofi-Aventis)；苯丁酸氮芥；
Figure BDA0003119722020000434
(吉西他滨)；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，诸如顺铂和卡铂；长春碱；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱；
Figure BDA0003119722020000435
(长春瑞滨)；米托蒽醌(novantrone)；替尼泊苷；依达曲沙；道诺霉素；氨基蝶呤；卡培他滨
Figure BDA0003119722020000436
伊班膦酸盐；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，诸如视黄酸；以及任何上述物质的药用盐、酸和衍生物。
化疗剂还包括抗激素剂，其用来调节或抑制对肿瘤的激素作用诸如抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(包括
Figure BDA0003119722020000437
柠檬酸他莫昔芬)、雷洛昔芬、屈洛昔芬、艾多昔芬、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬、keoxifene、LY117018、奥那司酮和
Figure BDA0003119722020000438
(柠檬托瑞米芬)；芳香酶抑制剂，这些抑制剂抑制酶芳香酶(其在肾上腺中调节雌激素的生产)，诸如4(5)-咪唑、氨鲁米特、
Figure BDA0003119722020000439
(醋酸甲地孕酮)、
Figure BDA00031197220200004310
(依西美坦；Pfizer)、formestanie、法倔唑、
Figure BDA00031197220200004311
(伏氯唑)、
Figure BDA00031197220200004312
(来曲唑；Novartis)和
Figure BDA00031197220200004313
(阿纳托唑；AstraZeneca)；抗雄激素，诸如氟他胺、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙立德和戈舍瑞林；布舍瑞林、曲普瑞林、醋酸甲羟孕酮、己烯雌酚、普雷马林(premarin)、氟羟甲睾酮、全反式视黄酸、维甲酰酚胺、以及曲沙他滨(1,3-二氧戊环胞嘧啶核苷类似物)；蛋白激酶抑制剂；脂质激酶抑制剂；反义寡核苷酸，特别是那些在涉及异常细胞增殖的信号通路中抑制基因的表达的反义寡核苷酸，诸如PKC-α、Ralf和H-Ras；核酶，诸如VEGF表达抑制剂(例如，
Figure BDA0003119722020000441
)和HER2表达抑制剂；疫苗，诸如基因治疗疫苗，例如
Figure BDA0003119722020000442
和
Figure BDA0003119722020000443
rIL-2；拓扑异构酶1抑制剂，诸如
Figure BDA0003119722020000444
rmRH；和任何上述项的药用盐、酸和衍生物。
化疗剂还包括抗体，诸如阿仑单抗(Campath)、贝伐单抗(
Figure BDA0003119722020000445
Genentech)；西妥昔单抗(
Figure BDA0003119722020000446
Imclone)；帕尼单抗(
Figure BDA0003119722020000447
Amgen)、利妥昔单抗(
Figure BDA0003119722020000448
Genentech/Biogen Idec)、帕妥珠单抗(
Figure BDA0003119722020000449
2C4，Genentech)、曲妥珠单抗(
Figure BDA00031197220200004410
Genentech)、托西妥单抗(Bexxar，Corixia)和抗体药物缀合物吉妥单抗奥加米星(gemtuzumab ozogamicin)(
Figure BDA00031197220200004411
Wyeth)。作为与本发明的化合物合用的药剂且具有治疗潜力的其他人源化单克隆抗体包括：阿泊珠单抗(apolizumab)、阿塞珠单抗、阿特利珠单抗(atlizumab)、巴匹珠单抗(bapineuzumab)、比伐珠单抗美坦新(bivatuzumab mertansine)、莫坎妥珠单抗美坦新(cantuzumabMertansine)、西利珠单抗(cedelizumab)、聚乙二醇化的西利珠单抗、西福珠单抗(cidfusituzumab)、西妥珠单抗(cidtuzumab)、达克珠单抗、依库丽单抗、依法珠单抗、依帕珠单抗、厄利珠单抗(erlizumab)、泛维珠单抗(felvizumab)、芳妥珠单抗(fontolizumab)、吉妥单抗奥加米星、英妥珠单抗奥加米星(inotuzumab ozogamicin)、伊匹单抗、拉贝珠单抗(labetuzumab)、林妥珠单抗(lintuzumab)、马妥珠单抗、美泊利单抗、莫维珠单抗(motavizumab)、莫拓珠单抗(motovizumab)、那他珠单抗、尼妥珠单抗、诺韦珠单抗(nolovizumab)、奴马珠单抗(numavizumab)、奥瑞珠单抗(ocrelizumab)、奥马珠单抗、帕利珠单抗、帕考珠单抗(pascolizumab)、派福珠单抗(pecfusituzumab)、派妥珠单抗(pectuzumab)、培克珠单抗、拉利珠单抗(ralivizumab)、兰尼单抗、雷利维珠单抗(reslivizumab)、瑞利珠单抗、瑞西珠单抗(resyvizumab)、罗维珠单抗(rovelizumab)、芦利珠单抗(ruplizumab)、西罗珠单抗(sibrotuzumab)、西利珠单抗(siplizumab)、索土珠单抗、塔卡珠单抗轮环藤宁四乙酸(tacatuzumab tetraxetan)、他度珠单抗、他利珠单抗、替非珠单抗(tefibazumab)、托珠单抗、托利珠单抗(toralizumab)、西莫白介素单抗(tucotuzumab celmoleukin)、土库珠单抗(tucusituzumab)、乌马珠单抗(umavizumab)、乌珠单抗(urtoxazumab)、优特克单抗、维西珠单抗(visilizumab)和抗白介素-12(ABT-874/J695，Wyeth Research and Abbott Laboratories，它是重组的、纯人类序列的、全长IgG1λ抗体并且经基因修饰以识别白介素-12p40蛋白质)。
化疗剂还包括“EGFR抑制剂”，是指与EGFR结合或直接相互作用并阻止或降低其信号传导活性的化合物，或者称为“EGFR拮抗剂”。此类药剂的实例包括与EGFR结合的抗体和小分子。与EGFR结合的抗体的实例包括MAb 579(ATCC CRL HB 8506)、MAb 455(ATCC CRLHB8507)、MAb 225(ATCC CRL 8508)、MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见，美国专利号4,943,533，Mendelsohn等人)及其变体，诸如嵌合225(C225或西妥昔单抗
Figure BDA0003119722020000451
)和重塑的人类225(H225)(参见，WO 96/40210，Imclone Systems Inc.)；IMC-11F8，一种以EGFR为靶点的全人抗体(Imclone)；结合II型突变体EGFR的抗体(美国专利号5,212,290)；结合EGFR的人源化或嵌合抗体，如美国专利号5,891,996中所述；以及结合EGFR的人抗体，诸如ABX-EGF或帕尼单抗(参见WO98/50433，Abgenix/Amgen)；EMD 55900(Stragliotto等人Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(马妥珠单抗)，一种针对EGFR的人源化EGFR抗体，其与EGF和TGF-α两者竞争进行EGFR结合(EMD/Merck)；人EGFR抗体HuMax-EGFR(GenMab)；被称为E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3和E7.6.3并且如US 6,235,883中所述的全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；和mAb 806或人源化mAb 806(Johns等人,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。可以将抗EGFR抗体与细胞毒剂缀合，从而生成免疫缀合物(参见，例如，EP659,439A2，Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子，诸如美国专利号5,616,582、5,457,105、5,475,001、5,654,307、5,679,683、6,084,095、6,265,410、6,455,534、6,521,620、6,596,726、6,713,484、5,770,599、6,140,332、5,866,572、6,399,602，6,344,459、6,602,863、6,391,874、6,344,455、5,760,041、6,002,008和5,747,498，以及以下PCT出版物：WO98/14451、WO98/50038、WO99/09016和WO99/24037中所述。特定的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，厄洛替尼，
Figure BDA0003119722020000452
Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI 1033，2-丙烯酰胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-,二盐酸盐，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼
Figure BDA0003119722020000453
4-(3'-氯-4'-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼(
Figure BDA0003119722020000461
GSK572016或N-[3-氯-4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6-[5-[[[2甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”，包括前段所述的以EGFR为靶点的药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如可从Takeda获得的TAK165；CP-724,714，一种ErbB2受体酪氨酸激酶的口服选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；双重HER抑制剂，诸如EKB-569(可从Wyeth获得)，其优先结合EGFR，但抑制过表达HER2和EGFR的细胞；拉帕替尼(GSK572016；可从Glaxo-SmithKline获得)，一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(可从Novartis获得)；泛HER抑制剂，诸如卡奈替尼(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂，诸如可从ISISPharmaceuticals获得的反义剂ISIS-5132，其抑制Raf-1信号转导；非HER靶向的TK抑制剂，诸如甲磺酸伊马替尼(
Figure BDA0003119722020000462
可从Glaxo SmithKline获得)；多靶点酪氨酸激酶抑制剂，诸如舒尼替尼(
Figure BDA0003119722020000463
可从Pfizer获得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂，诸如瓦他兰尼(PTK787/ZK222584，可从Novartis/Schering AG获得)；MAPK细胞外调节型激酶I抑制剂CI-1040(可从Pharmacia获得)；喹唑啉类，诸如PD 153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶类；嘧啶并嘧啶类；吡咯并嘧啶类，诸如CGP 59326、CGP60261和CGP 62706；吡唑并嘧啶类，4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；姜黄素(二氟甲酰甲烷，4,5-双(4-氟苯胺基)邻苯二甲酰亚胺)；含有硝基噻吩部分的酪氨酸类；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如，那些与编码HER的核酸结合的分子)；喹噁啉类(美国专利号5,804,396)；酪氨酸磷酸化抑制剂(tryphostins)(美国专利号5,804,396)；ZD6474(Astra Zeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂，诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼
Figure BDA0003119722020000464
PKI 166(Novartis)；GW2016(GlaxoSmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；Semaxinib(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone)；雷帕霉素(西罗莫司，
Figure BDA0003119722020000471
)；或如以下任何专利出版物中所述：美国专利号5,804,396、WO 1999/09016、WO 1998/43960、WO 1997/38983、WO 1999/06378、WO 1999/06396、WO 1996/30347、WO 1996/33978、WO 1996/3397和WO 1996/33980。
如本文所用，术语“多靶点酪氨酸激酶抑制剂”是指抑制多种(即，一种以上)酪氨酸激酶蛋白的酪氨酸激酶抑制剂。酪氨酸激酶蛋白可以是受体酪氨酸激酶和/或细胞酪氨酸激酶。例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂可以抑制血小板源生长因子受体(例如，PDGFR-αα、PDGFR-ββ和/或PDGFR-αβ)、VEGF受体(例如，VEGFR1和/或VEGFR2)、CD117(c-Kit)、RET、CD114和/或CD135。示例性的多靶点酪氨酸激酶抑制剂包括舒尼替尼(也称为N-[2-(二乙氨基)乙基]-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1,2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-甲酰胺、
Figure BDA0003119722020000472
或SU11248)、SU6656、莫替沙尼、索拉非尼(例如，
Figure BDA0003119722020000473
或BAY439006)、阿昔替尼、阿法替尼、博舒替尼、克唑替尼、卡博替尼、达沙替尼、恩替替尼、帕唑帕尼、拉帕替尼和凡德他尼(也称为
Figure BDA0003119722020000474
或ZD6474)。应当理解，抑制VEGF受体的多靶点酪氨酸激酶抑制剂也可以被认为是VEGFR抑制剂。
化疗剂还包括地塞米松、干扰素、秋水仙碱、美托品、环孢菌素、两性霉素、甲硝唑、阿仑妥珠单抗、阿利维甲酸、别嘌呤醇、氨磷汀、三氧化二砷、天冬酰胺酶、BCG活体、贝伐单抗、蓓萨罗丁、克拉屈滨、氯法拉滨、阿法达贝泊汀、地尼白介素(denileukin)、右雷佐生、阿法依泊汀、厄洛替尼、非格司亭、醋酸组氨瑞林、伊莫单抗(ibritumomab)、干扰素α-2a、干扰素α-2b、来那度胺、左旋咪唑、美司钠、甲氧沙林、诺龙、奈拉滨、诺莫单抗(nofetumomab)、奥普瑞白介素、帕利夫明、帕米磷酸二钠、培加酶、培门冬酶、聚乙二醇非格司亭、培美曲塞二钠、普卡霉素、卟吩姆钠、奎纳克林、拉布立酶、沙格司亭、替莫唑胺、VM-26、6-TG、托瑞米芬、维甲酸、全反视黄酸(ATRA)、戊柔比星、唑来膦酸盐和唑来膦酸及其药用盐。
如本文所用，术语“前药”是指药物活性物质的前体或衍生形式，与母体药物相比对肿瘤细胞的毒性较少，并且能够被酶解活化或转化为活性更高的母体形式。参见，例如，Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy”Biochemical Society Transactions,14,pp.375-382,615th Meeting Belfast(1986)and Stella等人,“Prodrugs:A ChemicalApproach to Targeted Drug Delivery”(Directed Drug Delivery，Borchardt等人主编，第247-267页，Humana Press(1985))。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐的前药、含硫代磷酸盐的前药、含硫酸盐的前药、含肽的前药、经D-氨基酸改性的前药、糖基化前药、含β-内酰胺的前药、含任选取代的苯氧基乙酰胺的前药或含任选地取代的苯基乙酰胺的前药、5-氟胞嘧啶和其他5-氟尿苷前药，其可以转化为活性更高的无细胞毒性的药物。可以衍生为用于本发明的前药形式的细胞毒性药物的实例包括但不限于上述那些化疗剂。
当在本文中使用时，“生长抑制剂”是指在体外或体内抑制细胞(例如，其生长依赖于PD-L1表达的细胞)的生长和/或增殖的化合物或组合物。因此，生长抑制剂可以是显著降低处于S期的细胞百分比的一种抑制剂。生长抑制剂的实例包括阻止细胞周期进程(在S期以外的地方)的药剂，诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻滞剂包括长春花生物碱(长春新碱和长春碱)、紫杉烷类和拓扑异构酶II抑制剂诸如蒽环类抗生素阿霉素((8S-顺式)-10-[(3-氨基-2,3,6-三去氧-α-L-来苏-六吡喃糖基)氧基]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-萘二酮)、表柔比星、柔红霉素、依托泊苷和博来霉素。那些阻滞G1的药剂也溢出到S期阻滞中，例如，DNA烷化剂诸如他莫昔芬、强的松、达卡巴嗪、氮芥、顺铂、甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶和ara-C。进一步的信息可以在Murakami等人在Mendelsohn和Israel编辑的“The Molecular Basis of Cancer”中标题为“Cell cycleregulation,oncogenes,and antineoplastic drugs”的第1章中找到(WB Saunders:Philadelphia,1995)，尤其是在第13页中。紫杉烷类(紫杉醇和多西他赛)都是抗癌药，均来源于紫杉。多西他赛(
Figure BDA0003119722020000481
Rhone-Poulenc Rorer)源自欧洲紫杉，是紫杉醇的半合成类似物(
Figure BDA0003119722020000482
Bristol-Myers Squibb)。紫杉醇和多西他赛促进微管蛋白二聚体的微管组装，并通过防止解聚作用而稳定微管，从而抑制细胞的有丝分裂。
“放射疗法”是指使用定向γ射线或β射线对细胞造成足够的损害，从而限制其正常发挥功能或完全破坏细胞的能力。将理解的是，在本领域中将有许多方法来确定治疗的剂量和持续时间。典型治疗为一次性给予，典型剂量为每天10到200单位(戈瑞(Gray))。
术语“药物制剂”是指处于允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对于将被施用制剂的患者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。
“药用的载体”是指药物制剂中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药用载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂，或防腐剂。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业包装中通常包括的说明书，其含有涉及此类治疗产品的使用的有关适应症、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症和/或警告的信息。
“无菌”制剂是指无菌或不含任何活微生物及其孢子。
“制品”是任何制造物(例如，包装或容器)或试剂盒，其包含本文所述的至少一种试剂(例如，用于治疗疾病或疾患(例如，癌症)的药物)或用于特异性检测生物标志物的探针。在某些实施例中，制造物或试剂盒作为用于执行本文描述的方法的单元被促销、分配或出售。
术语“小分子”是指分子量为约2000道尔顿或更小，优选地为约500道尔顿或更小的任何分子。
当在本文中使用时，单词“标记”是指与试剂诸如多核苷酸探针或抗体直接或间接缀合或融合的化合物或组合物，并有助于检测其缀合或融合的试剂。标记本身可以是可检测的(例如，放射性同位素标记或荧光标记)，或者在酶标记的情况下，可以催化可检测的底物化合物或组合物的化学变化。该术语旨在涵盖通过将可检测物质偶联(即，物理连接)至探针或抗体而直接标记该探针或抗体，以及通过与另一种直接标记的试剂的反应性间接标记该探针或抗体。间接标记的实例包括使用荧光标记的二抗检测一抗，并用生物素对DNA探针进行末端标记，以便可以用荧光标记的链霉亲和素对其进行检测。
术语“抗体”以最广泛的含义使用，并且具体地覆盖单克隆抗体(包括全长单克隆抗体)、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性)和抗体片段，只要其表现出所需生物学活性。
“天然抗体”通常是约150,000道尔顿的异源四聚体糖蛋白，由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链组成。每条轻链通过一个共价二硫键与重链相连，而二硫键的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链之间变化。每条重链和轻链还具有规则间隔的链内二硫键。每条重链在一端具有可变结构域(VH)，其后是多个恒定结构域。每条轻链的一端具有可变结构域(VL)，另一端具有恒定结构域；轻链的恒定结构域与重链的第一恒定结构域对齐，并且轻链的可变结构域与重链的可变结构域对齐。据信特定的氨基酸残基在轻链和重链可变结构域之间形成界面。
“分离的”抗体是已经从其天然环境的组分中鉴定并分离和/或回收的多肽。其自然环境的污染物组分是会干扰对于抗体的研究、诊断和/或治疗用途的材料，并且可以包括酶、激素和其他蛋白质或非蛋白性溶质。在一些实施例中，将抗体纯化至(1)例如通过Lowry方法测定的大于95重量％的抗体，并且在一些实施例中，大于99重量％；(2)通过使用例如旋转杯测序仪足以获得至少15个N末端或内部氨基酸序列残基的程度，或(3)在还原或非还原条件下通过SDS-PAGE使用例如考马斯蓝或银染测定为均质。因为不存在抗体天然环境的至少一种组分，经分离的抗体包含重组细胞内的原位抗体。然而，通常，分离的抗体将通过至少一个纯化步骤进行制备。
“阻断性”抗体或抗体“拮抗剂”是抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。例如，VEGF特异性拮抗剂抗体结合VEGF并抑制VEGF诱导血管内皮细胞增殖的能力。优选地，阻断性抗体或拮抗剂抗体完全抑制抗原的生物活性。
除非另有说明，否则在本说明书全文中使用表述“多价抗体”来表示包含三个或更多个抗原结合位点的抗体。优选将多价抗体工程化改造成具有三个或更多个抗原结合位点，并且通常不是天然序列IgM或IgA抗体。
来自任何哺乳动物物种抗体(免疫球蛋白)的“轻链”基于其恒定结构域的氨基酸序列，可以配属为两种明显不同的类型中的一种，这两种类型分别称为卡帕(“κ”)和兰姆达(“λ”)。
术语“恒定结构域”是指免疫球蛋白分子的一部分，该部分相对于免疫球蛋白的另一部分(即可变结构域，其包含抗原结合位点)具有更保守的氨基酸序列。恒定结构域包含重链的CH1、CH2和CH3结构域(统称为CH)和轻链的CHL(或CL)结构域。
抗体的“可变区”或“可变结构域”是指抗体的重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变结构域可称为“VH”。轻链的可变结构域可称为“VL”。这些结构域通常是抗体中变化最大的部分，并且包含抗原结合位点。
术语“可变”是指可变结构域的某些片段在抗体的序列之间差异很大。可变或“V”结构域介导抗原结合并且定义特定抗体对其特定抗原的特异性。但是，可变性在可变结构域的氨基酸跨度上并非均匀分布。相反，V区域由相对不变的、由15-30个氨基酸组成的框架区(FR)的区段组成，这些框架区由变化极大的较短区域隔开，这些较短的区域称为“高变区”，其各自长9-12个氨基酸。当在本文中使用时，术语“高变区”或“HVR”是指抗体的负责抗原结合的氨基酸残基。高变区通常包含来自例如VL中的残基24-34(L1)、50-56(L2)和89-97(L3)附近以及VH中的残基26-35(H1)、49-65(H2)和95-102(H3)附近(在一个实施例中，H1在残基31-35附近；Kabat等人,《具有免疫学意义的蛋白质序列》(Sequences of Proteins ofImmunological Interest)，第5版，美国卫生与公众服务部，国立卫生研究院，Bethesda,MD.(1991))的氨基酸残基和/或那些来自“高变环”(例如，VL中的残基26-32(L1)、50-52(L2)和91-96(L3)以及VH中的26-32(H1)、53-55(H2)和96-101(H3；Chothia和Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))的残基。天然重链和轻链的可变结构域各自包含四个FR，其主要采用β折叠结构，由三个高变区连接，这三个高变区形成连接β折叠结构的环并且在一些情况下形成β折叠结构的一部分。每条链中的高变区通过FR紧密结合在一起，并且与另一条链中的高变区一起，有助于抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat等人，《具有免疫学意义的蛋白质序列》(Sequences of Proteins of Immunological Interest)，第5版，美国卫生与公众服务部，国立卫生研究院，Bethesda，MD.(1991))。因此，HVR和FR序列通常在VH(或VL)中以如下序列出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。恒定结构域不直接参与抗体与抗原的结合，但具有各自效应子功能，诸如抗体参与抗体依赖性细胞毒性作用(ADCC)。
出于本文目的的“受体人框架”是这样的框架，其包含来源于如下所定义的人免疫球蛋白框架或人共有框架的轻链可变结构域(VL)框架或重链可变结构域(VH)框架的氨基酸序列。“来源于”人免疫球蛋白框架或人共有框架的受体人框架可包含与所述人免疫球蛋白框架或人共有框架相同的氨基酸序列，或者其可以包含氨基酸序列变化。在一些实施例中，氨基酸变化的数量为10个或更少、9个或更少、8个或更少、7个或更少、6个或更少、5个或更少、4个或更少、3个或更少，或2个或更少。在一些实施例中，VL受体人框架在序列上与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列相同。
如本文所用，术语“高变区”、“HVR”或“HV”是指在序列上高变和/或形成结构上限定的环的抗体可变结构域的区域。通常，抗体包含六个HVR；三个在VH中(H1、H2、H3)，并且三个在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗体中，H3和L3在六个HVR中表现出最多的多样性，尤其是H3被认为在赋予抗体精细特异性方面起着独特的作用。参见，例如，Xu等人，Immunity 13:37-45(2000)；Johnson和Wu，Methods in Molecular Biology 248:1-25(Lo,编,Human Press,Totowa,N.J.,2003)。实际上，仅由重链组成的天然存在的骆驼科动物抗体在不存在轻链的情况下是有功能并稳定的。参见，例如，Hamers-Casterman等人，Nature 363:446-448(1993)；Sheriff等人，Nature Struct.Biol.3:733-736(1996)。
许多HVR描述得到应用，并且包含于本文中。Kabat互补决定区(CDR)基于序列变异性并且是最常用的(Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版，美国卫生与公众服务部，国立卫生研究院，马里兰州贝塞斯达(1991))。相反，Chothia指的是结构环的位置(Chothia和Lesk J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbM HVR表示Kabat HVR和Chothia结构环之间的折衷，并且被牛津分子公司(Oxford Molecular)的AbM抗体建模软件采用。“接触”HVR基于可用的复杂晶体结构的分析结果。这些HVR中的每个的残基如下文所述。
Figure BDA0003119722020000521
HVR可以包括以下“扩展HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)、46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)，以及VH中的26-35(H1)、50-65或49-65(H2)和93-102、94-102或95-102(H3)。对于这些定义中的每一个，可变结构域残基均根据上述Kabat等人的方法进行编号。
“框架”或“FR”残基是除本文定义的HVR残基以外的那些可变结构域残基。
“人共有框架”是这样的框架，其表示在人免疫球蛋白VL或VH框架序列的选择中最常存在的氨基酸残基。一般而言，人免疫球蛋白VL或VH序列的选择来自于可变结构域序列的亚组。通常，序列的亚组是如Kabat等人，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，第5版，NIH Publication 91-3242，Bethesda MD(1991)，第1-3卷中所述的亚组。在一个实施例中，对于VL，该亚组是如Kabat等人，出处同上中的亚组kappa I。在一个实施例中，对于VH，该亚组是如Kabat等人，出处同上中的亚组III。
术语“Kabat所述的可变结构域残基编号”或“Kabat所述的氨基酸位置编号”及其变型是指在上述Kabat等人的文献中(同上)提出的用于抗体的重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。使用该编号系统，实际线性氨基酸序列可能包含较少或附加的氨基酸，其对应于对可变结构域的FR或HVR的缩短或插入。例如，重链可变结构域可在H2的残基52之后包括单个氨基酸插入片段(根据Kabat编号的残基52a)以及重链FR残基82之后的插入残基(例如，根据Kabat编号的残基82a、82b和82c等)。可通过将抗体序列与“标准”Kabat编号序列的同源性区域进行比对来确定给定抗体的残基的Kabat编号。
当提及可变结构域中的残基(大约是轻链的残基1-107和重链的残基1-113)时，通常使用Kabat编号系统(例如，Kabat等人，《具有免疫学意义的蛋白质序列》(Sequences ofProteins of Immunological Interest)。第5版，美国卫生与公众服务部，国立卫生研究院，Bethesda,Md.(1991))。当提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时，通常使用“EU编号系统”或“EU索引”(例如，上述Kabat等人所报道的EU索引)。“Kabat所述的EU索引”是指人类IgG1 EU抗体的残基编号。除非本文中另有说明，否则提及的抗体可变结构域中的残基编号意指通过Kabat编号系统得到的残基编号。除非本文中另有说明，否则提及的抗体恒定结构域中的残基编号意指通过EU编号系统得到的残基编号(例如，参见美国临时申请号No.60/640,323，EU编号的数字)。
除非另外指明，否则可变结构域中的HVR残基和其他残基(例如，FR残基)在本文中根据Kabat等人，出处同上编号。
术语“全长抗体”、“完整抗体”和“全抗体”在本文中可互换使用，是指其基本上完整形式的抗体而不是如下文定义的抗体片段。该术语特别是指具有包含Fc区的重链的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原-结合区。在一些实施例中，本文所述的抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的实例包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；双体抗体；线性抗体；单链抗体分子；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同抗原结合片段，称为“Fab”片段，每个片段都有单个抗原结合位点和残留的“Fc”片段，其名称反映其容易结晶的能力。胃蛋白酶处理产生的F(ab')2片段具有两个抗原结合位点并且仍能与抗原交联。
本文的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的C末端区，该C末端区包含恒定区的至少一部分。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施例中，人IgG重链Fc区从Cys226或从Pro230延伸至重链的羧基末端。然而，Fc区的C末端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文另外规定，否则Fc区或恒定区中氨基酸残基的编号是根据EU编号系统，EU编号系统也称为EU索引，如在Kabat等人，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，第5版，Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)中所述。
“效应子功能”是指可归因于抗体的Fc区、随着抗体同种型的变化而变化的那些生物活性。抗体效应子功能的示例包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如，B细胞受体)的下调；以及B细胞活化。
“Fv”是包含完全的抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施例中，双链Fv种类由紧密和非共价结合的一个重链和一个轻链可变结构域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)物种中，一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域可通过柔性肽连接基共价连接，使得轻链和重链可缔合成类似于在双链Fv物种中的“二聚体”结构。以此构型，每个可变结构域的三个HVR相互作用以在VH-VL二聚体的表面上限定抗原结合位点。六个HVR共同对抗体赋予抗原结合特异性。但是，即使单个可变结构域(或仅包含三个对抗原具有特异性的HVR的Fv的一半)也具有识别和结合抗原的能力，尽管其亲和力低于完整结合位点。
Fab片段含有重链可变结构域和轻链可变结构域且亦含有轻链的恒定结构域和重链的第一恒定结构域(CH1)。Fab'片段与Fab片段的不同之处在于Fab'片段在重链CH1结构域的羧基末端添加了一些残基，这些残基包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH是本文中关于其中恒定结构域的半胱氨酸残基带有游离硫醇基的Fab'的命名。F(ab')2抗体片段最初是作为在其间具有铰链半胱氨酸的成对Fab'片段而产生的。抗体片段的其他化学偶联也是已知的。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于单个多肽链中。一般地，scFv多肽在VH和VL结构域之间进一步包含多肽连接基，使scFv形成所需的抗原结合结构。有关scFv的综述，参见，例如，Pluckthun的The Pharmacology ofMonoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg和Moore主编，(Springer-Verlag,New York,1994),pp.269-315。
术语“多特异性抗体”以最广义使用，并且尤其涵盖包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)的抗体，其中VH-VL单元具有多表位特异性(即，与一个生物分子上的两个不同表位或不同生物分子上的每个表位结合的能力)。这样的多特异性抗体包括但不限于全长抗体，具有两个或多个VL和VH结构域的抗体，抗体片段诸如Fab、Fv、dsFv、scFv、双抗体、双特异性双抗体和三抗体，已共价或非共价连接的抗体片段。“多表位特异性”是指与相同或不同靶标上的两个或更多个不同表位特异性结合的能力。“双重特异性”或“双特异性”是指与相同或不同靶标上的两个不同表位特异性结合的能力。但是，与双特异性抗体相反，双重特异性抗体具有两个在氨基酸序列上相同的抗原结合组，并且每个Fab组都能够识别两种抗原。双重特异性使抗体可以作为单个Fab或IgG分子与两种不同抗原以高亲和力相互作用。根据一个实施例，多特异性抗体以IgG1形式并且以5μM至0.001pM、3μM至0.001pM、1μM至0.001pM、0.5μM至0.001pM或0.1μM至0.001pM的亲和力与每一表位结合。“单特异性”是指仅结合一个表位的能力。
术语“双体抗体”是指具有两个抗原结合位点的抗体片段，其片段包含连接至与同一多肽链(VH-VL)中的轻链可变结构域(VL)的重链可变结构域(VH)。通过使用太短以至于不允许同一条链上两个结构域之间配对的连接基，这些结构域被迫与另一条链的互补结构域配对并产生两个抗原结合位点。双体抗体可为二价抗体或双特异性抗体。双体抗体更全面地描述于例如：EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)；以及Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三体抗体和四体抗体也在Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)中进行了描述。
抗体的“类别”是指抗体的重链所具有的恒定结构域或恒定区的类型。存在五大类抗体：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且这些类别中的若干可以进一步分为亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。对应于不同类别的抗体的重链恒定结构域分别称为α、δ、ε、γ和μ。
本文所使用的术语“单克隆抗体”是指从基本上同质的抗体群中获得的抗体，例如，除了可能存在的少量突变例如天然存在的突变，该抗体群包含的单个抗体是相同的。因此，修饰语“单克隆的”表明抗体的特征不是离散抗体的混合物。在某些实施例中，这样的单克隆抗体通常包括含有结合靶标的多肽序列的抗体，其中靶标结合多肽序列通过包括从多个多肽序列中选择单个靶标结合多肽序列的过程获得。例如，选择过程可以是从多个克隆，例如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的集合中选择独特的克隆。应当理解，可以进一步改变选择的靶标结合序列，例如，以提高对靶标的亲和力、使靶标结合序列人源化、提高其在细胞培养物中的产生、降低其在体内的免疫原性、产生多特异性抗体等，并且包含改变的靶标结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂中的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。除其特异性外，单克隆抗体制剂的优势还在于其通常不受其他免疫球蛋白的污染。
修饰语“单克隆”表示抗体的特征是从基本上同质的抗体群体获得的，并且不应解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可以通过多种技术制备，包括，例如，杂交瘤方法(例如，Kohler和Milstein,Nature 256:495-97(1975)；Hongo等人,Hybridoma 14(3):253-260(1995)；Harlow等人,Antibodies:A LaboratoryManual(Cold Spring Harbor Laboratory Press,2nd ed.1988)；Hammerling等人,在：Monoclonal Antibodies and T cell Hybridomas 563-681(Elsevier,N.Y.,1981)中)、重组DNA方法(参见，例如，美国专利号4,816,567)、噬菌体展示技术(参见，例如，Clackson等人,Nature,352:624-628,1991；Marks等人,J.Mol.Biol.222:581-597,1992；Sidhu etal.,J.Mol.Biol.338(2):299-310,2004；Lee等人,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093,2004；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472,2004；和Lee等人,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132,2004)；以及用于在动物中产生具有编码人类免疫球蛋白序列的人类免疫球蛋白基因座或基因的部分或全部的人类抗体或类人类抗体的技术(参见，例如，WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551,1993；Jakobovits等人,Nature 362:255-258,1993；Bruggemann等人,Year in Immunol.7:33,1993；美国专利号5,545,807、5,545,806、5,569,825、5,625,126、5,633,425和5,661,016；Marks等人,Bio/Technology 10:779-783(1992)；Lonberg等人,Nature 368:856-859,1994；Morrison,Nature 368:812-813,1994；Fishwild等人,Nature Biotechnol.14:845-851,1996；Neuberger,NatureBiotechnol.14:826,1996；和Lonberg等人,Intern.Rev.Immunol.13:65-93,1995)。
本文中的单克隆抗体具体地包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与来自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而一条或多条链的其余部分与来自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列以及这些抗体的片段相同或同源，只要它们表现出所需的生物学活性即可(参见，例如，美国专利号4,816,567；和Morrison等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。嵌合抗体包括
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抗体，其中抗体的抗原结合区来源于通过例如用目标抗原免疫猕猴而产生的抗体。
“人抗体”是这样的抗体，该抗体具有的氨基酸序列对应于由人或人细胞产生的抗体的氨基酸序列，或来源于利用人抗体库或其他人抗体编码序列的非人源的抗体的氨基酸序列。人抗体的该定义特别地排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”形式的非人类(例如，啮齿类)抗体为包含来源于非人类抗体的最小序列的嵌合抗体。在大多数情况下，人源化抗体为人免疫球蛋白(受体抗体)，其中受体的高变区中的残基被来自非人类物种(供体抗体)的高变区的残基取代，所述非人类物种诸如小鼠、大鼠、兔或非人灵长类动物，其具有所需的抗体特异性、亲和力和功能。在一些情况下，人类免疫球蛋白的FR残基被相应的非人类残基取代。此外，人源化抗体可包含受体抗体或供体抗体中不存在的残基。这些修饰旨在进一步完善抗体性能。总体上，人源化抗体将基本上包含所有中的至少一个可变结构域，通常是两个可变结构域，其中所有或基本上所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环，并且所有或基本上所有的FR为人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体还任选地包含免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分，该免疫球蛋白通常为人免疫球蛋白。更多详情参见Jones等人,Nature 321:522-525,1986；Riechmann等人,Nature332:323-329,1988；和Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596,1992。
“野生型(WT)”或“参考”序列或“野生型”或“参考”蛋白质/多肽的序列，诸如HVR或参考抗体的可变节结构域，可以是通过引入突变而自其衍生出变体多肽的参考序列。通常，给定蛋白质的“野生型”序列是自然界中最常见的序列。类似地，“野生型”基因序列是该基因在自然界中最常见的序列。可以通过自然过程或通过人为手段将突变引入“野生型”基因中(并因此引入其编码的蛋白质中)。这种过程的产物是原始“野生型”蛋白质或基因的“变体”或“突变体”形式。
起始或参考多肽(例如，参考抗体或其可变结构域/HVR)的“变体”或“突变体”是一种多肽，其(1)具有不同于起始或参考多肽的氨基酸序列并且(2)通过天然或人工(人造)诱变从起始或参考多肽衍生而来。此类变体包括例如目标多肽的氨基酸序列内的残基的缺失和/或插入和/或取代，在本文中称为“氨基酸残基改变”。因此，变体HVR是指包含相对于起始或参考多肽序列(诸如源抗体或抗原结合片段的序列)的变体序列的HVR。在本文中，氨基酸残基改变是指与起始或参考多肽序列(诸如参考抗体或其片段的序列)的相应位置处的氨基酸不同的氨基酸。可以进行缺失、插入和取代的任何组合以获得最终变体或突变构建体，前提条件是所述最终构建体具有所需的功能特性。氨基酸变化还可以改变多肽的翻译后过程，诸如改变糖基化位点的数量或位置。
“亲和力”是指分子(例如，抗体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如，抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另有说明，否则如本文所用，“结合亲和力”是指内在结合亲和力，其反映了结合对的成员(例如，抗体和抗原)之间的1:1相互作用。分子X对其配偶体Y的亲和力一般可由解离常数(Kd)表示。亲和力可以通过本领域已知的常规方法测量，包括本文所述的那些方法。本文将描述用于测量结合亲和力的具体说明性和示例性实施例。
关于抗体与靶分子的结合，术语“特异性结合”或“特异性结合到”或“特异于”特定多肽或特定多肽靶标上的表位意指明显不同于非特异性相互作用。特异性结合可以例如通过与对照分子的结合相比确定分子的结合来测量。例如，可通过与类似于靶标的对照分子(过量的无标记靶标)竞争来测定特异性结合。在这种情况下，如果标记靶标与探针的结合受到过量无标记靶标的竞争性抑制，则表明存在特异性结合。如本文所用，术语“特异性结合”或“特异性地结合至”或“特异于”特定多肽或特定多肽靶标上的表位例如可以由对于该靶标的Kd为10-4M或更低、或者10-5M或更低、或者10-6M或更低、或者10-7M或更低、或者10-8M或更低、或者10-9M或更低、或者10-10M或更低、或者10-11M或更低、或者10-12M或更低或Kd在10-4M至10-6M或10-6M至10-10M或10-7M至10-9M范围内的分子来展示。熟练技术人员将知晓，亲和力与Kd值是逆相关的。对抗原的高亲和力可通过低Kd值来衡量。在一个实施例中，术语“特异性结合”是指分子结合到特定多肽或特定多肽上的表位而基本上不结合到任何其他多肽或多肽表位的结合。
“亲和力成熟的”的抗体是指在一个或多个高变区(HVR)中具有一个或多个改变的抗体，与不具有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致了抗体对抗原的亲和力的改善。
作为参考抗体的“结合相同表位的抗体”是指这样的抗原抗体，在竞争测定中该抗体使参考抗体与其抗原的结合被阻断50％或更多，并且相反地，在竞争测定中参考抗体使抗体与其抗原的结合被阻断50％或更多。
“免疫缀合物”是与一种或多种异源分子(包括但不限于细胞毒性剂)缀合的抗体。
如本文所用，术语“免疫粘附素”表示结合组合了异源蛋白(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定结构域的效应子功能的抗体样分子。在结构上，免疫粘附素包含氨基酸序列与免疫球蛋白恒定结构域序列的融合，该氨基酸序列具有除抗体的抗原识别和结合位点以外(即“异源”)的所需结合特异性。免疫粘附素分子的粘附素部分通常是至少包含受体或配体的结合位点的连续氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定结构域序列可获自任何免疫球蛋白，诸如IgG1、IgG2(包括IgG2A和IgG2B)、IgG3或IgG4亚型、IgA(包括IgA1和IgA2)、IgE、IgD或IgM。Ig融合体优选包括在Ig分子内的至少一个可变区的位置上取代本文所述多肽或抗体的结构域。在一个特别优选的实施例中，免疫球蛋白融合体包括IgG1分子的铰链、CH2和CH3区，或铰链、CH1、CH2和CH3区。关于免疫球蛋白融合体的产生，还参见美国专利号5,428,130。例如，作为可用于本文疗法药物的有用的免疫粘附素包括多肽，其包含PD-L1或PD-L2的细胞外结构域(ECD)或PD-1结合部分，或PD-1的细胞外或PD-L1-或PD-L2-结合部分，与免疫球蛋白序列的恒定结构域融合，诸如分别为PD-L1 ECD-Fc、PD-L2ECD-Fc和PD-1ECD-Fc。细胞表面受体的Ig Fc和ECD的免疫粘附素组合有时被称为可溶性受体。
“融合蛋白”和“融合多肽”是指具有两个共价连接在一起的部分的多肽，其中每个部分是具有不同性质的多肽。该性质可以是生物学性质，诸如体外或体内活性。该性质也可以是简单的化学或物理性质，诸如与靶分子的结合、反应的催化等。两个部分可以通过单个肽键或通过肽连接基直接连接，但彼此处于阅读框中。
相对于本文鉴定的多肽序列的“氨基酸序列同一性百分比(％)”被定义为在比对候选序列与被比较多肽序列并引入空位(如果必要的话)以实现最大的序列同一性百分比之后，并且在不考虑将任何保守取代作为序列同一性的组成部分的情况下，候选序列中的氨基酸残基与参考多肽序列中的氨基酸残基相同的百分比。用于确定氨基酸序列一致性百分比的比对可以以本领域技术范围内的各种方式实现，例如使用可公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可确定用于测量比对的适当参数，包括在所比较的序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。然而，为了本文的目的，使用序列比较计算机程序ALIGN-2来生成氨基酸序列一致性％的值。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.编写，并且源代码已经与用户文档一起提交到U.S.Copyright Office,Washington D.C.,20559，在那里以美国版权登记号TXU510087注册。ALIGN-2程序可通过位于加利福尼亚州南旧金山的基因泰克公司公开获得。ALIGN-2程序应经编译以在UNIX操作系统上使用，所述UNIX操作系统优选为数字UNIX V4.0D。所有序列比较参数均由ALIGN-2程序设置并且不变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况下，给定氨基酸序列A与给定氨基酸序列B的氨基酸序列一致性％(其可以替代地表达为给定氨基酸序列A具有或包含与给定氨基酸序列B的某一氨基酸序列一致性％)计算如下：
100乘以分数X/Y
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序对A和B的比对中评分为相同匹配的氨基酸残基的数目，而其中Y是B中氨基酸残基的总数。应当理解，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况下，A与B的氨基酸序列同一性％将不等于B与A的氨基酸序列同一性％。除非另外特别指明，否则本文所使用的所有氨基酸序列同一性％的值是如前一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。
如本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基和/或其类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。因此，例如，本文所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA、包括单链和双链区域的DNA、单链和双链RNA以及包括单链和双链区域的RNA、包含DNA和RNA的杂合分子，其可以是单链的，或更典型地是双链的，或包括单链和双链的区域。另外，本文所用的术语“多核苷酸”是指包含RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区。在这些区域中的链可以来自相同分子或来自不同分子。该区域可以包括一个或多个分子的全部，但是更典型地仅包括一些分子的区域。三螺旋区的分子之一通常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体包括cDNA。
多核苷酸可以包含修饰的核苷酸，诸如甲基化的核苷酸及其类似物。如果存在的话，可以在聚合物组装之前或之后对核苷酸结构进行修饰。核苷酸的序列可以被非核苷酸组分打断。多核苷酸可在合成后进一步修饰，诸如通过与标记缀合。其他类型的修饰包括，例如“帽”；一个或多个天然存在的核苷酸被类似物取代；核苷酸间修饰，例如，那些具有不带电荷的连接(例如，甲基膦酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等)和具有带电荷的连接(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰，那些含有侧基部分的修饰，例如，蛋白质(例如，核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)，那些具有嵌入剂(例如，吖啶、补骨脂素等)的修饰，那些含螯合剂(例如，金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的修饰，那些含有烷基化剂的修饰，那些具有改性剂连接(例如，α异头核酸)的修饰；以及多核苷酸的未修饰形式。此外，糖中通常存在的任何羟基可以被例如膦酸酯基团、磷酸基团取代，被标准保护基团保护，或者被活化以制备与另外的核苷酸的另外的连接，或者可以与固体或半固体支持物缀合。5'和3'末端OH可被磷酸化或被1至20个碳原子的胺或有机封端基部分取代。其他羟基也可以使用标准保护基衍生化。多核苷酸还可以包含本领域通常已知的核糖或脱氧核糖的类似形式，包括例如2'-O-甲基-核糖、2'-O-烯丙基-核糖、2'-氟-核糖、2'-叠氮-核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构糖诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、无环类似物和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖苷。一个或多个磷酸二酯连接可以被替代的连接基团取代。这些替代的连接基团包括但不限于，其中磷酸酯被P(O)S(“硫代磷酸酯”)、P(S)S(“二硫代磷酸酯”)、“(O)NR2(“酰胺酯”)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH2(“甲缩醛”)取代的实施例，其中每个R或R'独立地为H或取代或未取代的烷基(1-20C)，任选地包含醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基。并非多核苷酸中的所有连接都需要相同。先前的描述适用于本文所指的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文所用，“寡核苷酸”通常是指短的单链多核苷酸，其长度小于约250个核苷酸但这不是必要条件。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”不是互相排斥的。上面对多核苷酸的描述同样且完全适用于寡核苷酸。
术语“引物”是指单链多核苷酸，其通常能够通过提供游离的3'-OH基团与核酸杂交并允许互补核酸的聚合。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且是指已引入外源核酸的细胞，包括此类细胞的子代。宿主细胞包括“转化体”和“转化细胞”，其包括原代转化细胞和来源于所述原代转化细胞的子代，不考虑传代次数。子代可能不与亲本细胞的核酸内容物完全一致，而是可能含有突变。本文包括如在原始转化细胞中筛选或选择的具有相同功能或生物活性的突变子代。
如本文所用，术语“载体”是指能够载运与其相链接的另一核酸的核酸分子。该术语包括作为自我复制核酸结构的载体，以及整合入其已被引入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
“分离的”核酸分子是被鉴定并且与在核酸的天然来源中通常与之相关的至少一种污染物核酸分子分离的核酸分子。分离的核酸分子不是以其在自然界中发现时的形式或环境中存在的。因此，分离的核酸分子不同于天然细胞中存在的核酸分子。然而，分离的核酸分子包括通常表达抗体的细胞中所包含的核酸分子，其中例如该核酸分子处于与天然细胞不同的染色体位置。
II.诊断方法
本文提供了鉴定可能受益于使用包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，肾细胞癌(RCC)))的个体的方法。
本文所述的方法至少部分基于以下发现：肉瘤样癌的存在和/或个体的纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险得分可用于鉴定个体是否可能受益于包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法。受益可以例如以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率和/或无恶化率(DFR)表示。例如，在一些情况下，受益可能以PFS表示。在其他情况下，受益可能以OS表示。在又其他情况下，受益可能以ORR表示。在再其他情况下，受益可能以CR表示。在再其他情况下，受益可能以DFR表示。
本文所述的方法还至少部分基于以下发现：可使用一种或多种基因(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8、和/或S100A9)在来自个体的样品中的表达水平来预测包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法的治疗功效。在另一方面，本文描述的方法和测定至少部分基于以下发现：可使用一种或多种基因(例如，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4和/或CD34)在来自个体的样品中的表达水平来预测包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的治疗的治疗功效。在一些实施例中，肉瘤样癌和/或个体的MSKCC风险得分可以与一种或多种基因(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8、和/或S100A9)在来自个体的样品中的表达水平结合，例如，以鉴定可能受益(例如，以PFS表示)于本文所述的抗癌疗法的个体，选择个体进行本文所述抗癌疗法，和/或优化本文所述抗癌疗法的治疗功效。
本文进一步提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法；用于确定患有癌症的个体是否可能对包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗有所应答的方法；用于确定患有癌症的个体是否可能对包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的治疗有所应答的方法；用于预测患有癌症的个体对于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法；用于预测患有癌症的个体对于包含血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的治疗的应答性的方法；用于监控患有癌症的个体对包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗的应答的方法；以及用于监控患有癌症的患者对于包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的治疗的应答的方法。本文提供的任何方法可以进一步包括向个体施用VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如以下章节III所述)。
例如，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的个体；以及(b)基于肉瘤样癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
受益可以例如以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些情况下，受益以改善的OS表示。在一些情况下，受益以改善的ORR表示。在一些情况下，受益以改善的CR率表示。在一些情况下，受益以改善的DFR表示。在一些情况下，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
例如，本文提供一种鉴定可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的PFS表示。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体检定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的PFS表示；以及(b)基于肉瘤样癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的OS表示。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的OS表示；以及(b)基于肉瘤样癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在进一步的实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的ORR表示。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又进一步的实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的ORR表示；以及(b)基于肉瘤样癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又一实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的CR率表示。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的CR率表示；以及(b)基于肉瘤样癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又一实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体鉴定为可以受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的DFR表示。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体是否患有肉瘤样癌，其中肉瘤样癌的存在将该个体检定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的个体，其中受益以改善的DFR表示；以及(b)基于肉瘤样癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
可以使用任何合适的方法来确定肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))的存在。参见，例如，El Mouallem等人Urol.Oncol.36:265-271,2018。例如，在一些实施例中，通过对获自个体的样品进行组织学分析来评估肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))的存在。在一些实施例中，如果来自该个体的肿瘤样品含有与整个肿瘤区域相关的任何组分的高度恶性梭形细胞的一个或多个病灶，则肾癌是肉瘤样的。在一些实施例中，梭形细胞显示中度到显著的非典型性和/或类似于任何形式的肉瘤。在一些实施例中，梭形细胞显示上皮分化的证据，如通过角蛋白或上皮膜抗原(EMA)的免疫组织学阳性所评估。在一些实施例中，肾癌是肾细胞癌，并且肿瘤样品具有上皮分化，伴有肾细胞癌并发区域。
在任何前述方法中，该方法可以进一步包括确定个体的MSKCC风险得分。在其他实施例中，先前已确定了个体的MSKCC风险得分。在任何前述方法中，个体可能具有不佳的或中等的MSKCC风险得分。
在另一实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法；以及(b)基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
受益可以例如以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些情况下，受益以改善的OS表示。在一些情况下，受益以改善的ORR表示。在一些情况下，受益以改善的CR率表示。在一些情况下，受益以改善的DFR表示。在一些情况下，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
例如，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中受益以改善的PFS表示。
在另一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中受益以改善的PFS表示；以及(b)基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中受益以改善的OS表示。
在又一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中受益以改善的OS表示；以及(b)基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在进一步的实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中受益以改善的ORR表示。
在又进一步的实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中受益以改善的ORR表示；以及(b)基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又进一步的实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中受益以改善的CR率表示。
在又进一步的实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中受益以改善的CR率表示；以及(b)基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供一种鉴定可以受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中受益以改善的DFR表示。
在又一实例中，本文提供用于为患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体选择疗法的方法，该方法包括(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分将该个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中受益以改善的DFR表示；以及(b)基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在任何前述方法中，如果个体具有以下三个或三个以上特征(例如，三个、四个或全部五个)，则该个体可能具有不佳的MSKCC风险得分：(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；(ii)血红蛋白水平低于正常下限(LLN)，任选地其中血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；(iv)血清乳酸脱氢酶(LDH)水平大于正常范围上限(ULN)的1.5倍，任选地其中ULN为140U/L；和/或(v)Karnofsky体能状态(KPS)得分<80。在一些实施例中，个体具有前述特征中的三个。在其他实施例中，个体具有前述特征中的四个。在又其他实施例中，个体具有前述所有五个特征。
在任何前述方法中，如果个体具有以下一个或两个特征，则该个体可能具有中等的MSKCC风险得分：(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；(ii)血红蛋白水平低于LLN，任选地其中血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；(iv)血清LDH水平大于ULN的1.5倍，任选地其中ULN为140U/L；和/或(v)KPS得分<80。在一些实施例中，个体具有前述特征中的一个。在其他实施例中，个体具有前述特征中的两个。
在任何前述方法中，个体可患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))。
在任何前述方法的一些实施例中，该方法进一步包括确定一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或37个)表1中详述的基因的表达水平。在其他实施例中，已经确定了一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或37个)表1中详述的基因的表达水平。
表1.示例性生物标志物
Figure BDA0003119722020000741
Figure BDA0003119722020000751
例如，在一些实施例中，该方法进一步包括确定一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32或33种)以下基因在来自个体的样品中的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2。在其他实施例中，先前已经确定了以下基因中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32或33种)在来自个体的样品中的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2。
在任何前述方法的一些实施例中，(i)CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平；或(ii)VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种)在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平，将该个体鉴定为可以受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗。
在任何前述方法中，该方法可以包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平。
例如，任何前述方法可包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平。
表2：CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的两种基因组合
CD8A和EOMES
CD8A和PRF1
CD8A和IFNG
CD8A和PD-L1
EOMES和PRF1
EOMES和IFNG
EOMES和PD-L1
PRF1和IFNG
PRF1和PD-L1
IFNG和PD-L1
表3：CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的三种基因组合
CD8A、EOMES和PRF1
CD8A、EOMES和IFNG
CD8A、EOMES和PD-L1
CD8A、PRF1和IFNG
CD8A、PRF1和PD-L1
CD8A、IFNG和PD-L1
EOMES、PRF1和IFNG
EOMES、PRF1和PD-L1
EOMES、IFNG和PD-L1
PRF1、IFNG和PD-L1
表4：CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的四种基因组合
CD8A、EOMES、PRF1和IFNG
CD8A、EOMES、PRF1和PD-L1
CD8A、EOMES、IFNG和PD-L1
CD8A、PRF1、IFNG和PD-L1
EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1
在一些实施例中，任何前述方法可包括确定PD-L1和一种或多种另外的基因的表达水平，其中一种或多种另外的基因不是PD-L1。例如，在一些实施例中，该方法可以包括确定PD-L1的表达水平和选自由以下项组成组的一种或多种其它基因(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11，12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36种)的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9。在一些实施例中，该方法包括确定PD-L1的表达水平和选自由CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1和TAP2组成的组中的一种或多种其它基因(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种)的表达水平。在其他实施例中，该方法包括确定PD-L1的表达水平和VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。在其他实施例中，该方法包括确定PD-L1的表达水平和IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。
任何前述方法可以包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。
表5：VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的两种基因组合
VEGFA和KDR
VEGFA和ESM1
VEGFA和PECAM1
VEGFA和ANGPTL4
VEGFA和CD34
KDR和ESM1
KDR和PECAM1
KDR和ANGPTL4
KDR和CD34
ESM1和PECAM1
ESM1和ANGPTL4
ESM1和CD34
PECAM1和ANGPTL4
PECAM1和CD34
ANGPTL4和CD34
表6：VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的三种基因组合
Figure BDA0003119722020000791
Figure BDA0003119722020000801
表7：VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的四种基因组合
VEGFA、KDR、ESM1和PECAM1
VEGFA、KDR、ESM1和ANGPTL4
VEGFA、KDR、ESM1和CD34
VEGFA、KDR、PECAM1和ANGPTL4
VEGFA、KDR、PECAM1和CD34
VEGFA、KDR、ANGPTL4和CD34
VEGFA、ESM1、PECAM1和ANGPTL4
VEGFA、ESM1、PECAM1和CD34
VEGFA、ESM1、ANGPTL4和CD34
VEGFA、PECAM1、ANGPTL4和CD34
KDR、ESM1、PECAM1和ANGPTL4
KDR、ESM1、PECAM1和CD34
KDR、ESM1、ANGPTL4和CD34
KDR、PECAM1、ANGPTL4和CD34
ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34
表8：VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的五种基因组合
VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1和ANGPTL4
VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1和CD34
VEGFA、KDR、ESM1、ANGPTL4和CD34
VEGFA、KDR、PECAM1、ANGPTL4和CD34
VEGFA、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34
KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34
任何前述方法可以包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。
表9：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的两种基因组合
Figure BDA0003119722020000811
Figure BDA0003119722020000821
表10：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的三种基因组合
Figure BDA0003119722020000831
Figure BDA0003119722020000841
Figure BDA0003119722020000851
Figure BDA0003119722020000861
表11：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的四种基因组合
Figure BDA0003119722020000862
Figure BDA0003119722020000871
Figure BDA0003119722020000881
Figure BDA0003119722020000891
Figure BDA0003119722020000901
Figure BDA0003119722020000911
表12：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的五种基因组合
Figure BDA0003119722020000912
Figure BDA0003119722020000921
Figure BDA0003119722020000931
Figure BDA0003119722020000941
Figure BDA0003119722020000951
Figure BDA0003119722020000961
Figure BDA0003119722020000971
Figure BDA0003119722020000981
表13：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的六种基因组合
Figure BDA0003119722020000982
Figure BDA0003119722020000991
Figure BDA0003119722020001001
Figure BDA0003119722020001011
Figure BDA0003119722020001021
Figure BDA0003119722020001031
表14：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的七种基因组合
Figure BDA0003119722020001041
Figure BDA0003119722020001051
Figure BDA0003119722020001061
Figure BDA0003119722020001071
表15：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的八种基因组合
Figure BDA0003119722020001072
Figure BDA0003119722020001081
表16：IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的九种基因组合
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2和S100A8
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2和S100A9
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、S100A8和S100A9
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR2、S100A8和S100A9
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9
IL6、CXCL1、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9
IL6、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9
CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9
在任何前述方法中，该方法可以包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平和IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。
例如，任何前述方法可以包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定表2至4中详述的任何组合和表9至16中详述的任何组合的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。
在其他实施例中，在任何前述方法中，该方法可以包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平和VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平。
例如，任何前述方法可以包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定表2至4中详述的任何组合和表5至8中详述的任何组合的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。
在进一步的实施例中，在任何前述方法中，该方法可以包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平。
例如，任何前述方法可以包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定表9至16中详述的任何组合和表5至8中详述的任何组合的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8、S100A9、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的抗癌疗法。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些情况下，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的一种或多种在样品中的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表9至16中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9在样品中的表达水平处于或高于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的抗癌疗法。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，鉴定了肿瘤中粒细胞性炎症的存在。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且表9至16中详述的任何一种组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，鉴定了肿瘤中粒细胞性炎症的存在。在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，表示个体不大可能受益于PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗)单一疗法(例如，对该疗法具有耐药性)。
在任何前述方法的其他实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或抗PD-1抗体)单一疗法。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且表9至16中详述的任何一种组合的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，PD-L1在样品中的表达水平处于或高于PD-L1的参考表达水平，并且选自CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种)另外的基因在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种另外的基因的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的抗癌疗法。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表5至8中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34在样品中的表达水平低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考水平。
在其他实施例中，在任何前述方法中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的抗癌疗法。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且表5至8中详述的任何一种组合的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的抗癌疗法。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，表9至16中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9在样品中的表达水平低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考水平。
在任何前述方法的其他实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且该方法进一步包括向个体施用有效量的血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表5至8中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34在样品中的表达水平处于或高于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考水平。
在任何前述方法的某些实施例中，参考水平是一种或多种(例如，1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36或37种)基因(例如，CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4或CD34；或者IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8或S100A9)在参考群体例如患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体群体中的表达水平。在特定实施例中，癌症是肾癌(例如，RCC，例如，mRCC)。在某些实施例中，参考水平是参考群体例如患有癌症的个体群体中的一种或多种基因的中值表达水平。在其他实施例中，参考水平可以是参考群体中表达水平的前40％、前30％、前20％、前10％、前5％或前1％。在某些实施例中，参考水平是一种或多种基因的预先指定的表达水平。在一些实施例中，参考水平是一种或多种基因的归一化表达水平的Z得分的中值。在一些实施例中，参考水平是在先前时间点从患者获得的生物学样品中的一种或多种基因的表达水平，其中该先前时间点是在施用抗癌疗法之后。在任何前述方法的一些实施例中，参考水平是一种或多种基因(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、or TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9)在生物样品中的表达水平，该生物样品是在施用抗癌疗法之前(例如，几分钟、几小时、几天、几周(例如，1、2、3、4、5、6或7周)、几个月或几年)从患者获得的。在其他实施例中，参考水平是在随后的时间点(例如，施用抗癌疗法后的几分钟、几小时、几天、几周、几个月或几年)从患者获得的生物学样品中的一种或多种基因的表达水平。
可以基于本领域已知的任何合适标准，定性和/或定量地评估上述任何生物标志物的存在和/或表达水平，包括但不限于DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数。测量此类生物标志物的方法是本领域已知的并且是技术人员所理解的，包括但不限于免疫组织化学(“IHC”)、蛋白质印迹分析、免疫沉淀、分子结合测定、ELISA、ELIFA、荧光激活的细胞分选(“FACS”)、MassARRAY、蛋白质组学、基于血液的定量测定(例如，血清ELISA)、生化酶活性测定、原位杂交(ISH)、荧光原位杂交(FISH)、Southern分析、Northern分析、全基因组测序，聚合酶链反应(PCR)(包括定量实时PCR(qRT-PCR))和其他扩增类型检测方法，例如分支DNA、SISBA、TMA等、RNA-Seq、微阵列分析、基因表达谱、全基因组测序(WGS)和/或基因表达的系列分析(“SAGE”)，以及可以通过蛋白质、基因和/或组织阵列分析进行的多种测定中的任何一种。用于评估基因和基因产物状态的典型方案可在例如Ausubel等人编辑的《分子生物学实验指南》(Current Protocols In Molecular Biology,1995)，第2单元(Northern印迹法)、第4单元(Southern印迹法)、第15单元(免疫印迹法)和第18单元(PCR分析)中找到。也可以使用多重免疫测定，诸如可从基于规则的医学或中观尺度发现(RulesBased Medicine or Meso Scale Discovery)(“MSD”)获得的免疫测定。
在任何前述方法的一些实施例中，生物标志物的表达水平可以是核酸表达水平(例如，DNA表达水平或RNA表达水平(例如，mRNA表达水平))。可以使用确定核酸表达水平的任何合适的方法。在一些实施例中，核酸表达水平是使用RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、ISH或它们的组合确定的。
用于评估细胞中mRNA的方法是众所周知的，包括例如基因表达的连续分析(SAGE)、全基因组测序(WGS)、使用互补DNA探针的杂交测定(诸如使用对于一种或多种基因为特异性的经标记核糖核酸探针的原位杂交，Northern印迹法及相关技术)以及使用对于一种或多种基因为特异性的互补引物进行的各种核酸扩增测定(诸如RT-PCR(例如，qRT-PCR)，以及其他扩增类型检测方法，例如，分支DNA、SISBA、TMA等)。另外，这样的方法可以包括一个或多个步骤，该步骤允许确定生物样品中靶标mRNA的水平(例如，通过同时检查“管家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选地，可以确定经扩增的靶标cDNA的序列。任选的方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA(例如，靶标mRNA)的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品反转录并标记以生成cDNA探针。然后将探针与固定在固体支持物上的核酸阵列杂交。将该阵列配置为使得该阵列的每个成员的顺序和位置是已知的。例如，可以选择其表达与包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的临床受益的增加或降低相关的基因，将其排列在固体支持物上。经标记探针与特定阵列成员的杂交表明，自其衍生探针的样品表达该基因。
在任何前述方法的其他实施例中，生物标志物的表达水平可以是蛋白质表达水平。在某些实施例中，该方法包括在允许生物标志物结合的条件下使样品与特异性结合本文所述生物标志物的抗体接触，并检测抗体和生物标志物之间是否形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一些情况下，使用抗体来选择符合使用VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))治疗条件的患者，例如，使用生物标志物来选择个体。在其他情况下，使用抗体来选择符合使用血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))治疗的患者，例如，使用生物标志物来选择个体。可以使用本领域已知的或本文提供的任何测量蛋白质表达水平的方法。例如，在一些实施例中，使用选自由流式细胞术(例如，荧光激活的细胞分选(FACSTM))、蛋白质印迹法、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫沉淀，免疫组织化学(IHC)、免疫荧光、放射免疫测定、斑点印迹、免疫检测方法、HPLC、表面等离振子共振、光谱、质谱和HPLC组成的组的方法测定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施例中，在肿瘤浸润免疫细胞中确定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施例中，在肿瘤细胞中确定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施例中，在肿瘤浸润免疫细胞和/或肿瘤细胞中确定生物标志物的蛋白质表达水平。在一些实施例中，在外周血单核细胞(PBMC)中确定生物标志物的蛋白质表达水平。
在某些实施例中，使用IHC和染色方案检查样品中生物标志蛋白的存在和/或表达水平/量。组织切片的IHC染色已被证明是确定或检测样品中蛋白质存在的可靠方法。在任何方法、测定法和/或试剂盒的一些实施例中，生物标志物是以下基因的一种或多种蛋白质表达产物：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9。在一个实施例中，使用包括以下步骤的方法确定生物标志物的表达水平：(a)使用抗体执行对样品(诸如从患者获得的肿瘤样品)的IHC分析；和(b)确定该样品中生物标志物的表达水平。在一些实施例中，相对于参考确定IHC染色强度。在一些实施例中，参考为参考值。在一些实施例中，参考是参考样品(例如，对照细胞系染色样品、来自非癌患者的组织样品或被确定为目标生物标志物阴性的肿瘤样品)。
IHC可以与诸如形态学染色和/或原位杂交(例如，ISH)之类的其他技术结合进行。有两种常用的IHC方法：直接和间接测定。根据第一种测定法，直接确定抗体与靶抗原的结合。该直接测定使用经标记的试剂，诸如荧光标签或酶标记的一抗，无需进一步的抗体相互作用即可将其可视化。在典型的间接测定中，未缀合的一抗与抗原结合，然后经标记的二抗与一抗结合。当二抗与酶标记物缀合时，添加发色或发荧光底物以提供抗原的可视化。信号放大的发生是因为几种二抗可能与一抗上的不同表位反应。
用于IHC的一抗和/或二抗通常会用可检测的部分标记。可以使用许多标记，这些标记通常可以分为以下几类：(a)放射性同位素，诸如35S、14C、1251、3H和131I；(b)胶体金颗粒；(c)荧光标记，包括但不限于，稀土螯合物(铕螯合物)、德克萨斯红、罗丹明、荧光素、丹磺酰基、赖氨酰胺、伞形酮、藻红蛋白、藻蓝蛋白或市售荧光团诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUM GREEN7和/或上述任何一项或多项的衍生物；(d)各种酶-底物标记是可获得的，并且美国专利号4,275,149提供了对其中一些的综述。酶标记物的实例包括荧光素酶(例如，萤火虫荧光素酶和细菌荧光素酶；参见，例如，美国专利号4,737,456)、荧光素、2,3-二氢邻苯二嗪二酮、苹果酸脱氢酶、脲酶、过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO)、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖类氧化酶(例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)、杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)、乳过氧化物酶、微过氧化物酶等。
酶-底物组合的实例包括，例如，以过氧化氢酶为底物的辣根过氧化物酶(HRPO)；以对硝基苯基磷酸酯为生色底物的碱性磷酸酶(AP)；具有发色底物(例如，对硝基苯基-β-D-D-半乳糖苷酶)或发荧光底物(例如，4-甲基伞形酮-β-D-半乳糖苷酶)的β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)。对于这些的一般性评论，参见，例如，美国专利号4,275,149和4,318,980。
样品可以例如手动地或使用自动染色仪器(例如，Ventana BenchMark XT或Benchmark ULTRA仪器)来制备。如此制备的样品可以被封固并盖上盖玻片。然后例如使用显微镜确定载玻片评估，并且可以采用本领域常规使用的染色强度标准。在一个实施例中，应理解，当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时，通常在肿瘤细胞和/或组织中(与可能存在于样品中的基质或周围组织相对)确定染色。在一些实施例中，应理解，当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时，染色包括确定或评估肿瘤浸润免疫细胞，包括肿瘤内或肿瘤周围的免疫细胞。在一些实施例中，通过在>0％的样品中、在至少1％的样品中、在至少5％的样品中、在至少10％的样品中、在至少15％的样品中、在至少15％的样品中、在至少20％的样品中、在至少25％的样品中、在至少30％的样品中、在至少35％的样品中、在至少40％的样品中、在至少45％的样品中、在至少50％的样品中、在至少55％的样品中、在至少60％的样品中、在至少65％的样品中、在至少70％的样品中、在至少75％的样品中、在至少80％的样品中、在至少85％的样品中、在至少90％的样品中、在至少95％的样品中或更多样品中的IHC来检测生物标志物的存在。可以使用本领域已知的任何方法对样品进行评分，例如，通过病理学家或自动图像分析。
在任何方法的一些实施例中，使用诊断抗体(即，一抗)通过免疫组织化学来检测生物标志物。在一些实施例中，诊断抗体特异性结合人抗原。在一些实施例中，诊断抗体为非人抗体。在一些实施例中，诊断抗体是大鼠、小鼠或兔抗体。在一些实施例中，诊断抗体是兔抗体。在一些实施例中，诊断抗体是单克隆抗体。在一些实施例中，诊断抗体被直接标记。在其他实施例中，诊断抗体被间接标记。
在任何前述实施例的一些实施例中，样品是在施用抗癌疗法之前(例如，几分钟、几小时、几天、几周(例如，1、2、3、4、5、6或7周)、几个月或几年之前)从个体获得的。在任何前述方法的一些实施例中，来自个体的样品是在施用抗癌疗法后约2至约10周(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10周)获得的。在一些实施例中，来自个体的样品是在施用抗癌疗法后约4至约6周获得的。
在任何前述方法的一些实施例中，在组织样品、原代或培养细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解液、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、泪液、汗液、粘液、肿瘤溶解产物和组织培养基、组织提取物诸如均质化的组织、肿瘤组织、细胞提取物或它们的任何组合中检测生物标志物的表达水平或数量。在一些实施例中，样品是组织样品(例如，肿瘤组织样品)、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些实施例中，其中肿瘤组织样品包括肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞或它们的组合的肿瘤组织样品。在一些实施例中，肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。
例如，在任何前述方法的一些实施例中，使用已知技术(例如，流式细胞术或IHC)在肿瘤浸润免疫细胞、肿瘤细胞、PBMC或它们的组合中检测生物标志物的表达水平。肿瘤浸润免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞、肿瘤周围免疫细胞或它们的任何组合以及其他肿瘤基质细胞(例如，成纤维细胞)。此类肿瘤浸润免疫细胞可以是T淋巴细胞(例如，CD8+ T淋巴细胞、CD8+ T效应子(Teff)细胞)和/或CD4+ T淋巴细胞(例如，CD4+ Teff细胞)、B淋巴细胞或其他骨髓谱系细胞，包括粒细胞(嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞)、单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞(例如，指状树突状细胞)、组织细胞和自然杀伤(NK)细胞。在一些实施例中，将生物标志物的染色检测为膜染色、细胞质染色或它们的组合。在其他实施例中，相对于参考样品，在样品中不存在生物标记被检测为不存在或没有染色。
在任何前述方法的特定实施例中，在包含或怀疑包含癌细胞的样品中评估生物标志物的表达水平。样品可以是例如从患有、怀疑患有或被诊断患有癌症(例如，肾癌，特别是肾细胞癌(RCC)诸如晚期RCC或转移性RCC(mRCC))的患者的组织活检样品或转移性病灶。在一些实施例中，样品是肾脏组织的样品、肾脏肿瘤的活检样品、已知或怀疑的转移性肾癌病灶或切片、或已知或怀疑包含循环癌细胞(例如，肾癌细胞)的血液样品(例如，外周血样品)。样品可以既包含癌细胞即肿瘤细胞，又包含非癌细胞(例如，淋巴细胞诸如T细胞或NK细胞)，并且在某些实施例中，包含癌细胞和非癌细胞。获得包括组织切除、活检样品和体液的生物样品(例如，包含癌细胞/肿瘤细胞的血液样品)的方法，在本领域中是众所周知的。
在任何前述方法的一些实施例中，患者患有癌、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、神经鞘瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺癌、黑素瘤和白血病或淋巴样恶性肿瘤。在一些实施例中，癌症是肾癌(例如，肾细胞癌(RCC)，例如，晚期RCC或转移性RCC(mRCC))、鳞状细胞癌(例如，上皮鳞状细胞癌)、肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌和肺鳞癌)、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌或胃部癌症(包括胃肠道癌)、胰腺癌、胶质母细胞瘤、子宫颈癌、卵巢癌、肝癌(例如，HCC)、肝癌、乳腺癌(包括转移性乳腺癌)、膀胱癌、结肠癌、直肠癌、大肠癌、子宫内膜或子宫癌、唾液腺癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、肛门癌、阴茎癌、默克尔细胞癌、霉菌性真菌病、睾丸癌、食道癌、胆道肿瘤、头颈癌、B细胞淋巴瘤(包括低度/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中度/滤泡性NHL；中度弥散性NHL；高度免疫母细胞性NHL；高度淋巴母细胞性NHL；高度小非裂解细胞NHL；巨大肿块NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和Waldenstrom巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性淋巴细胞白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性粒细胞性白血病；以及移植后的淋巴增生性疾病(PTLD)、与吞噬酶相关的异常血管增生、水肿(诸如与脑肿瘤相关的水肿)或Meigs综合征。在一些实施例中，癌症是肾癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UBC)、肝癌(例如，HCC)、卵巢癌或乳腺癌(例如，TNBC)。在优选的实施例中，患者患有肾癌(例如，RCC，例如，晚期RCC或mRCC，例如，先前未治疗的晚期RCC或mRCC)。患者可以任选地患有晚期、难治性、复发性、化疗耐药性和/或铂类耐药性形式的癌症。
在某些实施例中，与第二样品中的生物标志物的存在/不存在和/或表达水平/量相比，第一样品中生物标记的存在和/或表达水平/量增加或升高。在某些实施例中，与第二样品中的生物标志物的存在和/或表达水平/量相比，第一样品中生物标志物的存在/不存在和/或表达水平/量降低或减少。在某些实施例中，第二样品是参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织。
在某些实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自同一患者或个体的单个样品或组合的多个样品，其是在与获得测试样品时不同的一个或多个时间点获得的。例如，在比获得测试样品时更早的时间点从同一患者或个体获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织。如果参考样品是在癌症的初步诊断期间获得的，而测试样品是后来在癌症转移时获得的，则这种参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可能是有用的。
在某些实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自不是该患者的一个或多个健康个体的组合的多个样品。在某些实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自不是该患者或个体的患有疾病或疾患(例如，癌症)的一个或多个个体的组合的多个样品。在某些实施例中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自正常组织或合并的血浆或血清样品的合并的RNA样品，该正常组织或合并的血浆或血清样品来自不是该患者的一个或多个个体。在某些实施例中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自肿瘤组织或合并的血浆或血清样品的合并的RNA样品，该肿瘤组织或合并的血浆或血清样品来自不是该患者的患有疾病或疾患(例如，癌症)的一个或多个个体。
在任何前述方法的一些实施例中，高于参考水平的表达水平、或表达或数目的升高或增加，是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过诸如本文所述和/或本领域已知的方法检测的生物标志物(例如，蛋白质、核酸(例如，基因或mRNA)或细胞)的水平或数量总体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更高中的任意数值。在某些实施例中，表达或数目的升高是指样品中生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量增加，其中，该增加是相对于参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的生物标志物，各生物标志物的表达水平/量为至少约1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中的任意数值。在一些实施例中，表达或数目的升高是指，与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞、对照组织或内部对照(例如，管家基因)相比，生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2 CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量总体增加大于约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约2.6倍、约2.7倍、约2.8倍、约2.9倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约6倍、约7倍、约8倍、约9倍、约10倍、约15倍、约20倍、约30倍、约40倍、约50倍、约100倍、约500倍、约1,000倍或更多。
在任何前述方法的一些实施例中，低于参考水平的表达水平、或表达或数目的减少或降低，是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过本领域已知的标准方法诸如本文所述的那些方法检测的生物标志物(例如，蛋白质、核酸(例如，基因或mRNA)或细胞)的水平总体减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多中的任意数值。在某些实施例中，表达或数目的减少是指样品中生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2 CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量降低，其中，该降低是相对于参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的生物标志物，各生物标志物的表达水平/量为至少降低约0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中的任意数值。在一些实施例中，表达或数目的减少(降低)是指，与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞、对照组织或内部对照(例如，管家基因)相比，生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量总体降低大于约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约2.6倍、约2.7倍、约2.8倍、约2.9倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约6倍、约7倍、约8倍、约9倍、约10倍、约15倍、约20倍、约30倍、约40倍、约50倍、约100倍、约500倍、约1,000倍或更多。
III.治疗方法和用途
本文提供了用于治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法。在特定实施例中，癌症是肾癌诸如RCC，例如晚期RCC或mRCC，例如，先前未治疗的晚期RCC或mRCC。在其他特定实施例中，癌症是肉瘤样癌诸如肉瘤样肾癌，例如，肉瘤样RCC，例如，晚期肉瘤样RCC或肉瘤样mRCC，例如，先前未治疗的晚期肉瘤样RCC或肉瘤样mRCC。在一些情况下，本发明的方法包括，基于本发明的生物标志物的表达水平(例如，肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))的存在、个体的MSKCC风险得分或表1中详述的一种或多种基因)，向个体施用包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法。在其他实施例中，本发明的方法包括向个体施用抗癌疗法，该抗癌疗法包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))。VEGF拮抗剂、PD-L1轴结合拮抗剂、血管生成抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂)或本文所述的其他抗癌剂(例如，如以下章节V和/或实例所述)中的任何一种，或该方法中可以使用本领域已知的方法。这样的治疗可以使个体受益，例如，以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率和/或无恶化率(DFR)表示。例如，在一些情况下，受益可能以PFS表示。在其他情况下，受益可能以OS表示。在又其他情况下，受益可能以ORR表示。在再其他情况下，受益可能以CR表示。在再其他情况下，受益可能以DFR表示。
本发明进一步涉及用于通过施用包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼，阿昔替尼，帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法改善患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的PFS、OS、ORR、CR率和/或DFR的方法。本发明进一步涉及用于通过施用包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的抗癌疗法来改善患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的患者的PFS、OS、ORR、CR率和/或DFR的方法。
可以使用本领域已知的和/或本文(例如，在上述章节II和/或工作实例中)描述的任何方法，确定本文描述的任何生物标志物的存在、表达水平或数目。
在一个实例中，本文提供一种治疗患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC，包括局部晚期或转移性肉瘤样RCC))的个体的方法，该方法包括向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，个体先前未进行针对肉瘤样癌的治疗。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))而可能受益于该抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体是否患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，RCC))，其中肉瘤样肾癌的存在表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗；和(b)基于肉瘤样肾癌的存在，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
受益可以例如以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些情况下，受益以改善的OS表示。在一些情况下，受益以改善的ORR表示。在一些情况下，受益以改善的CR率表示。在一些情况下，受益以改善的DFR表示。在一些情况下，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
例如，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的PFS表示。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体是否患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，RCC))，其中肉瘤样肾癌的存在表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的PFS表示；和(b)基于肉瘤样肾癌的存在，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的OS表示。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体是否患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，RCC))，其中肉瘤样肾癌的存在表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的OS表示；和(b)基于肉瘤样肾癌的存在，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在进一步的实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的ORR表示。
在再进一步的实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体是否患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，RCC))，其中肉瘤样肾癌的存在表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的ORR表示；和(b)基于肉瘤样肾癌的存在，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的CR率表示。
在再进一步的实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体是否患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，RCC))，其中肉瘤样肾癌的存在表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的CR率表示；和(b)基于肉瘤样肾癌的存在，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的DFR表示。
在又一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体是否患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，RCC))，其中肉瘤样肾癌的存在表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的DFR表示；和(b)基于肉瘤样肾癌的存在，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
可以使用任何合适的方法来确定肉瘤样癌(例如，肾癌(例如，RCC))的存在。参见，例如，El Mouallem等人Urol.Oncol.36:265-271,2018，通过引用将其全部内容并入本文。例如，在一些实施例中，通过对获自个体的样品进行组织学分析来评估肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))的存在。在一些实施例中，如果来自该个体的肿瘤样品含有与整个肿瘤区域相关的任何组分的高度恶性梭形细胞的一个或多个病灶，则肾癌是肉瘤样的。在一些实施例中，梭形细胞显示中度到显著的非典型性和/或类似于任何形式的肉瘤。在一些实施例中，梭形细胞显示上皮分化的证据，如通过角蛋白或上皮膜抗原(EMA)的免疫组织学阳性所评估。在一些实施例中，肾癌是肾细胞癌，并且肿瘤样品具有上皮分化，伴有肾细胞癌并发区域。
在任何前述方法中，该方法可以进一步包括确定个体的MSKCC风险得分。在其他实施例中，先前已确定了个体的MSKCC风险得分。在任何前述方法中，个体可能具有不佳的或中等的MSKCC风险得分。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC，包括局部晚期或转移性肉瘤样RCC))的具有不佳的或中等的纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险得分的个体的方法，该方法包括向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施例中，个体先前未进行过针对该癌症的治疗。
在又一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而可能受益于该抗癌疗法。
在进一步的实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗；和(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
受益可以例如以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些情况下，受益以改善的OS表示。在一些情况下，受益以改善的ORR表示。在一些情况下，受益以改善的CR率表示。在一些情况下，受益以改善的DFR表示。在一些情况下，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
例如，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的PFS表示。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的PFS表示；和(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在又一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的OS表示。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的OS表示；和(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在进一步的实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的ORR表示。
在进一步的实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的ORR表示；和(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在再进一步的实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的CR率表示。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的CR率表示；和(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在另一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法，其中，该个体已经被鉴定为基于个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而可能受益于该抗癌疗法，其中受益以改善的DFR表示。
在又一实例中，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的方法，该方法包括：(a)确定个体的MSKCC风险得分，其中不佳的或中等的MSKCC风险得分表示该个体可能受益于包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法治疗，其中受益以改善的DFR表示；和(b)基于该个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向该个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
在任何前述方法中，如果个体具有以下三个或三个以上特征(例如，三个、四个或全部五个)，则该个体可能具有不佳的MSKCC风险得分：(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；(ii)血红蛋白水平低于正常下限(LLN)，任选地其中血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；(iv)血清乳酸脱氢酶(LDH)水平大于正常范围上限(ULN)的1.5倍，任选地其中ULN为140U/L；和/或(v)Karnofsky体能状态(KPS)得分<80。在一些实施例中，个体具有前述特征中的三个。在其他实施例中，个体具有前述特征中的四个。在又其他实施例中，个体具有前述所有五个特征。
在任何前述方法中，如果个体具有以下一个或两个特征，则该个体可能具有中等的MSKCC风险得分：(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；(ii)血红蛋白水平低于LLN，任选地其中血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；(iv)血清LDH水平大于ULN的1.5倍，任选地其中ULN为140U/L；和/或(v)KPS得分<80。在一些实施例中，个体具有前述特征中的一个。在其他实施例中，个体具有前述特征中的两个，
在任何前述方法中，个体可患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC))。
在任何前述方法的一些实施例中，该方法进一步包括确定一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或37个)表1中详述的基因的表达水平。在其他实施例中，已经确定了一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或37个)表1中详述的基因的表达水平。
例如，在一些实施例中，该方法进一步包括确定一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32或33种)以下基因在来自个体的样品中的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2。在其他实施例中，先前已经确定了以下基因中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32或33种)在来自个体的样品中的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2。
在任何前述方法的一些实施例中，(i)CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平；或(ii)VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种)在样品中的表达水平低于该一种或多种基因的参考表达水平，将该个体鉴定为可以受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗。
任何前述方法可以包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平。
例如，任何前述方法可包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平。
在一些实施例中，任何前述方法可包括确定PD-L1和一种或多种另外的基因的表达水平，其中一种或多种另外的基因不是PD-L1。例如，在一些实施例中，该方法可以包括确定PD-L1的表达水平和选自由以下项组成组的一种或多种其它基因(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11，12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36种)的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9。在一些实施例中，该方法包括确定PD-L1的表达水平和选自由CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1和TAP2组成的组中的一种或多种其它基因(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种)的表达水平。在其他实施例中，该方法包括确定PD-L1的表达水平和VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。在其他实施例中，该方法包括确定PD-L1的表达水平和IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。
任何前述方法可以包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。
任何前述方法可以包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。
在任何前述方法中，该方法可以包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平和IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。
例如，任何前述方法可以包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定表2至4中详述的任何组合和表9至16中详述的任何组合的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。
在其他实施例中，在任何前述方法中，该方法可以包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平和VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平。
例如，任何前述方法可以包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定表2至4中详述的任何组合和表5至8中详述的任何组合的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。
在进一步的实施例中，在任何前述方法中，该方法可以包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平。
例如，任何前述方法可以包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定表9至16中详述的任何组合和表5至8中详述的任何组合的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8、S100A9、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些情况下，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表9至16中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9在样品中的表达水平被确定为处于或高于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且表9至16中详述的任何一种组合的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平被确定为处于或高CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，PD-L1在样品中的表达水平被确定为处于或高于PD-L1的参考表达水平，并且选自CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种)另外的基因在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种另外的基因的参考表达水平。
在前述任何方法的一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表5至8中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34在样品中的表达水平被确定为低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考水平。
在其他实施例中，在任何前述方法中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考达水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且表5至8中详述的任何一种组合的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平被确定为低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，表9至16中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9在样品中的表达水平被确定为低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考水平。
在另一方面，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UBC)、肝癌(例如，HCC)、卵巢癌或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括(a)确定以下基因中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或37种)在来自该个体的样品中的表达水平：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9，其中(i)CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平；并且(ii)IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平；以及(b)基于在步骤(a)中确定的该一种或多种基因的表达水平，向个体施用有效量的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))单一疗法。
在任何前述方法中，该方法可以包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平和IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。
例如，任何前述方法可以包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定表2至4中详述的任何组合和表9至16中详述的任何组合的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法涉及确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。
在任何前述方法中的一些中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且表9至16中详述的任何一种组合的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平被确定为低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考表达水平。
在另一方面，本文提供一种治疗患有(例如，肾癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UBC)、肝癌(例如，HCC)、卵巢癌或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括向个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法，其中(i)CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平；或(ii)VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，在用抗癌疗法治疗之前已经确定了一种或多种基因的表达水平。在其他实施例中，在用抗癌疗法治疗后已经确定一种或多种基因的表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些情况下，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表9至16中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且表9至16中详述的任何一种组合的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG、PD-L1、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，PD-L1在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于PD-L1的参考表达水平，并且选自CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种)另外的基因在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种另外的基因的参考表达水平。
在前述任何方法的一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表5至8中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34在样品中的表达水平已经被确定为低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考水平。
在其他实施例中，在任何前述方法中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考达水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，以及VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5或6种)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且表5至8中详述的任何一种组合的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平已经被确定为低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，表9至16中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9在样品中的表达水平已经被确定为低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考水平。
在另一方面，本文提供一种治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UBC)、肝癌(例如，HCC)、卵巢癌或乳腺癌(例如，TNBC))的个体的方法，该方法包括(a)确定以下基因中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)在来自该个体的样品中的表达水平：VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4或CD34，其中VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4或CD34中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平；和(b)基于在步骤(a)中确定的该一种或多种基因的表达水平，向个体施用有效量的血管生成素抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))。
在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平。例如，在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平。在一些实施例中，该方法包括确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平。
在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，表5至8中详述的示例性组合中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在样品中的表达水平被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考水平。例如，在一些实施例中，VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34在样品中的表达水平被确定为处于或高于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考水平。
在任何前述方法的一些中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)在样品中的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，以及IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。
例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种或全部十种的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，表2至4中详述的任何一种组合的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且表9至12中详述的任何一种组合的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。例如，在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为处于或高于该一种或多种基因的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考表达水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考表达水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平已经被确定为低于该一种或多种基因的参考水平。在一些实施例中，CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平已经被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平，并且IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平已经被确定为低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的参考表达水平。
在任何前述方法的一些实施例中，使用VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体诸如贝伐单抗)与PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))联合进行治疗优选地延长和/或改善生存期，包括无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)和/或无恶化生存期。在一个实施例中，相对于通过施用批准的抗肿瘤药或针对被治疗癌症的标准护理而实现的生存期，使用VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体诸如贝伐单抗)与PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))联合进行治疗将生存期延长至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％或更长。
在任何前述方法的其他实施例中，使用血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))治疗优选地延长和/或改善生存期，包括无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)和/或无恶化生存期。在一个实施例中，相对于通过施用批准的抗肿瘤药或针对被治疗癌症的标准护理而实现的生存期，使用血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))治疗将生存期(例如，PFS)延长至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、200％或更长。
在任何前述方法的某些实施例中，参考水平是一种或多种(例如，1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36或37种)基因(例如，CD8A,EOMES,GZMA,GZMB,PRF1,IFNG,PD-L1,CXCL9,CXCL10,CXCL11,CD27,FOXP3,PD-1,CTLA4,TIGIT,IDO1,PSMB8,PSMB9,TAP1或TAP2；VEGFA,KDR,ESM1,PECAM1,FLT1,ANGPTL4或CD34；或者IL6,CXCL1,CXCL2,CXCL3,CXCL8,PTGS2,CXCR1,CXCR2,S100A8或S100A9)在参考群体例如患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体群体中的表达水平。在特定实施例中，癌症是肾癌(例如，RCC，例如，mRCC)。在某些实施例中，参考水平是参考群体例如患有癌症的个体群体中的一种或多种基因的中值表达水平。在其他实施例中，参考水平可以是参考群体中表达水平的前40％、前30％、前20％、前10％、前5％或前1％。在某些实施例中，参考水平是一种或多种基因的预先指定的表达水平。在一些实施例中，参考水平是一种或多种基因的归一化表达水平的Z得分的中值。在一些实施例中，参考水平是在先前时间点从患者获得的生物学样品中的一种或多种基因的表达水平，其中该先前时间点是在施用抗癌疗法之后。在任何前述方法的一些实施例中，参考水平是一种或多种基因(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、or TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9)在生物样品中的表达水平，该生物样品是在施用抗癌疗法之前(例如，几分钟、几小时、几天、几周(例如，1、2、3、4、5、6或7周)、几个月或几年)从患者获得的。在其他实施例中，参考水平是在随后的时间点(例如，施用抗癌疗法后的几分钟、几小时、几天、几周、几个月或几年)从患者获得的生物学样品中的一种或多种基因的表达水平。
在任何前述实施例的一些实施例中，样品是在施用抗癌疗法之前(例如，几分钟、几小时、几天、几周(例如，1、2、3、4、5、6或7周)、几个月或几年之前)从个体获得的。在任何前述方法的一些实施例中，来自个体的样品是在施用抗癌疗法后约2至约10周(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10周)获得的。在一些实施例中，来自个体的样品是在施用抗癌疗法后约4至约6周获得的。
在任何前述方法的一些实施例中，在组织样品、原代或培养细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解液、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、泪液、汗液、粘液、肿瘤溶解产物和组织培养基、组织提取物诸如均质化的组织、肿瘤组织、细胞提取物或它们的任何组合中检测生物标志物的表达水平或数量。在一些实施例中，样品是组织样品(例如，肿瘤组织样品)、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。在一些实施例中，其中肿瘤组织样品包括肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞或它们的组合的肿瘤组织样品。在一些实施例中，肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。
例如，在任何前述方法的一些实施例中，使用已知技术(例如，流式细胞术或IHC)在肿瘤浸润免疫细胞、肿瘤细胞、PBMC或它们的组合中检测生物标志物的表达水平。肿瘤浸润免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞、肿瘤周围免疫细胞或它们的任何组合以及其他肿瘤基质细胞(例如，成纤维细胞)。此类肿瘤浸润免疫细胞可以是T淋巴细胞(例如，CD8+ T淋巴细胞、CD8+ T效应子(Teff)细胞)和/或CD4+ T淋巴细胞(例如，CD4+ Teff细胞)、B淋巴细胞或其他骨髓谱系细胞，包括粒细胞(嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞)、单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞(例如，指状树突状细胞)、组织细胞和自然杀伤(NK)细胞。在一些实施例中，将生物标志物的染色检测为膜染色、细胞质染色或它们的组合。在其他实施例中，相对于参考样品，在样品中不存在生物标记被检测为不存在或没有染色。
在任何前述方法的特定实施例中，在包含或怀疑包含癌细胞的样品中评估生物标志物的表达水平。样品可以是例如从患有、怀疑患有或被诊断患有癌症(例如，肾癌，特别是肾细胞癌(RCC)诸如晚期RCC或转移性RCC(mRCC))的患者的组织活检样品或转移性病灶。在一些实施例中，样品是肾脏组织的样品、肾脏肿瘤的活检样品、已知或怀疑的转移性肾癌病灶或切片、或已知或怀疑包含循环癌细胞(例如，肾癌细胞)的血液样品(例如，外周血样品)。样品可以既包含癌细胞即肿瘤细胞，又包含非癌细胞(例如，淋巴细胞诸如T细胞或NK细胞)，并且在某些实施例中，包含癌细胞和非癌细胞。获得包括组织切除、活检样品和体液的生物样品(例如，包含癌细胞/肿瘤细胞的血液样品)的方法，在本领域中是众所周知的。
在任何前述方法的一些实施例中，个体患有癌、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、神经鞘瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺癌、黑素瘤和白血病或淋巴样恶性肿瘤。在一些实施例中，癌症是肾癌(例如，肾细胞癌(RCC)，例如，晚期RCC或转移性RCC(mRCC))、鳞状细胞癌(例如，上皮鳞状细胞癌)、肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌和肺鳞癌)、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌或胃部癌症(包括胃肠道癌)、胰腺癌、胶质母细胞瘤、子宫颈癌、卵巢癌、肝癌(例如，HCC)、肝癌、乳腺癌(包括TNBC和转移性乳腺癌)、膀胱癌、结肠癌、直肠癌、大肠癌、子宫内膜或子宫癌、唾液腺癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、肛门癌、阴茎癌、默克尔细胞癌、霉菌性真菌病、睾丸癌、食道癌、胆道肿瘤、头颈癌、B细胞淋巴瘤(包括低度/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞性(SL)NHL；中度/滤泡性NHL；中度弥散性NHL；高度免疫母细胞性NHL；高度淋巴母细胞性NHL；高级别小非裂解细胞NHL；巨大肿块NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和Waldenstrom巨球蛋白血症)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性淋巴细胞白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性粒细胞性白血病；以及移植后的淋巴增生性疾病(PTLD)、与吞噬酶相关的异常血管增生、水肿(诸如与脑肿瘤相关的水肿)或Meigs综合征。在一些实施例中，癌症是肾癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UBC)、肝癌(例如，HCC)、卵巢癌或乳腺癌(例如，TNBC)。在优选的实施例中，患者患有肾癌(例如，RCC，例如，晚期RCC或mRCC，例如，先前未治疗的晚期RCC或mRCC)。患者可以任选地患有晚期、难治性、复发性、化疗耐药性和/或铂类耐药性形式的癌症。
在某些实施例中，与第二样品中的生物标志物的存在/不存在和/或表达水平/量相比，第一样品中生物标记的存在和/或表达水平/量增加或升高。在某些实施例中，与第二样品中的生物标志物的存在和/或表达水平/量相比，第一样品中生物标志物的存在/不存在和/或表达水平/量降低或减少。在某些实施例中，第二样品是参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织。
在某些实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自同一患者或个体的单个样品或组合的多个样品，其是在与获得测试样品时不同的一个或多个时间点获得的。例如，在比获得测试样品时更早的时间点从同一患者或个体获得参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织。如果参考样品是在癌症的初步诊断期间获得的，而测试样品是后来在癌症转移时获得的，则这种参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可能是有用的。
在某些实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自不是该患者的一个或多个健康个体的组合的多个样品。在某些实施例中，参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自不是该患者或个体的患有疾病或疾患(例如，癌症)的一个或多个个体的组合的多个样品。在某些实施例中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自正常组织或合并的血浆或血清样品的合并的RNA样品，该正常组织或合并的血浆或血清样品来自不是该患者的一个或多个个体。在某些实施例中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自肿瘤组织或合并的血浆或血清样品的合并的RNA样品，该肿瘤组织或合并的血浆或血清样品来自不是该患者的患有疾病或疾患(例如，癌症)的一个或多个个体。
在任何前述方法的一些实施例中，高于参考水平的表达水平、或表达或数目的升高或增加，是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过诸如本文所述和/或本领域已知的方法检测的生物标志物(例如，蛋白质、核酸(例如，基因或mRNA)或细胞)的水平或数量总体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更高中的任意数值。在某些实施例中，表达或数目的升高是指样品中生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量增加，其中，该增加是参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中的任意数值。在一些实施例中，表达或数目的升高是指，与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞、对照组织或内部对照(例如，管家基因)相比，生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2 CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量总体增加大于约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约2.6倍、约2.7倍、约2.8倍、约2.9倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约6倍、约7倍、约8倍、约9倍、约10倍、约15倍、约20倍、约30倍、约40倍、约50倍、约100倍、约500倍、约1,000倍或更多。
在任何前述方法的一些实施例中，低于参考水平的表达水平、或表达或数目的减少或降低，是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过本领域已知的标准方法诸如本文所述的那些方法检测的生物标志物(例如，蛋白质、核酸(例如，基因或mRNA)或细胞)的水平总体减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更多中的任意数值。在某些实施例中，表达或数目的减少是指样品中生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2 CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量降低，其中，该降低是相对于参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中的生物标志物，各生物标志物的表达水平/量为至少降低约0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中的任意数值。在一些实施例中，表达或数目的减少(降低)是指，与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞、对照组织或内部对照(例如，管家基因)相比，生物标志物(例如，CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2CXCR1、CXCR2、S100A8和/或S100A9)的表达水平/量总体降低大于约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约2.6倍、约2.7倍、约2.8倍、约2.9倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约6倍、约7倍、约8倍、约9倍、约10倍、约15倍、约20倍、约30倍、约40倍、约50倍、约100倍、约500倍、约1,000倍或更多。
为了预防或治疗癌症，抗癌疗法(例如，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体，例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))))的剂量取决于待治疗的癌症类型(如上定义)、癌症的严重程度和病程、是否为预防或治疗目的而施用抗癌疗法、先前疗法、患者的临床病史和对药物的应答、以及主治医师的酌处权。
在一些实施例中，抗癌疗法(例如，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))或血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))))可一次或经过一系列治疗适当地施用于患者。取决于上述因素，一种典型的日剂量的范围可以为约1μg/kg至100mg/kg或更多。对于数天或更长时间的重复施用，取决于病症，治疗通常会持续直至发生所需的疾病症状抑制。此类剂量可以间歇地施用，例如，每周或每三周施用(例如，使得患者接受例如约2至约20或例如约6个剂量的抗癌疗法)。可施用初始较高负荷剂量，然后施用一种或多种较低剂量。然而，其他剂量方案可能有用。该疗法的进展通过常规技术和测定而容易地监测。
例如，作为一般性建议，施用于人的VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和/或PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗有效量将在约0.01mg/kg至约50mg/kg患者体重的范围内，无论通过一次或多次施用。在一些实施例中，所使用的治疗剂(例如，抗体)为例如每天、每周、每两周、每三周或每个月施用约0.01mg/kg至约45mg/kg、约0.01mg/kg至约40mg/kg、约0.01mg/kg至约35mg/kg、约0.01mg/kg至约30mg/kg、约0.01mg/kg至约25mg/kg、约0.01mg/kg至约20mg/kg、约0.01mg/kg至约15mg/kg、约0.01mg/kg至约10mg/kg、约0.01mg/kg至约5mg/kg或约0.01mg/kg至约1mg/kg。在一些实施例中，抗体以15mg/kg施用。然而，其他剂量方案可能有用。在一个实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和/或PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂诸如阿特珠单抗)在21天周期的第1天(每三周，q3w)以约50mg、约100mg、约200mg、约300mg、约400mg、约420mg、约500mg、约525mg、约600mg、约700mg、约800mg、约840mg、约900mg、约1000mg、约1050mg、约1100mg、约1200mg、约1300mg、约1400mg、约1500mg、约1600mg、约1700mg或约1800mg的剂量施用于人。
在一些实施例中，每三周(q3w)以1200mg静脉内施用阿特珠单抗。在一些实施例中，在一次或一系列治疗中以固定剂量施用贝伐单抗。当施用固定剂量时，优选在约5mg至约2000mg的范围内。例如，固定剂量可以是大约420mg、大约525mg、大约840mg或大约1050mg。在一些实施例中，每两周以10mg/kg静脉内施用贝伐单抗。在一些实施例中，每三周以15mg/kg静脉内施用贝伐单抗。VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂的剂量可以单剂量或多剂量(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10个或更多剂量)施用。在施用一系列剂量的情况下，这些剂量可以例如大约每周、大约每2周、大约每3周或大约每4周施用。与单一治疗相比，可以减少在联合治疗中施用的抗体剂量。疗法的进展可以通过常规技术容易地监测。
可以在本文所述的方法中使用任何合适剂量的VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))。合适的剂型在本领域是众所周知的。例如，关于舒尼替尼，12.5mg、25mg和50mg舒尼替尼胶囊是可商购的。例如，对于转移性肾细胞癌或胃肠道间质瘤的治疗，舒尼替尼可以每天一次(qDay)以50mg口服(PO)施用，持续4周，然后无药2周，并进一步重复循环。对于胰腺神经内分泌肿瘤的治疗，标准剂量是连续37.5mg PO qDay，计划中无停药期。
本文所述的VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗体(例如，抗PD-L1抗体，例如，阿特珠单抗)、结合多肽和/或小分子)(任何其他治疗剂)可以以如下符合良好医疗习惯的方式配制、给药和施用。同样，可以以符合良好医疗习惯的方式配制、给药和施用血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))。在这种情况下需要考虑的因素包括所治疗的特定疾患、所治疗的特定哺乳动物、个体患者的临床病症、疾患的原因、药剂的递送部位、施用方法、施用的时间安排，以及执业医师已知的其他因素。VEGF拮抗剂和PD-L1拮抗剂、或血管生成抑制剂(例如VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))不必但可以任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所讨论疾患的药剂一起配制和/或与之同时施用。此类其他药物的有效量取决于制剂中存在的VEGF拮抗剂、PD-L1拮抗剂和/或血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))、疾患或治疗的类型以及上述其他因素。这些通常以与本文所述相同的剂量和施用途径使用，或以本文所述剂量的约1％至99％使用，或以任何剂量且通过经验/临床上确定为合适的任何途径使用。
在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))与PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))同时施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))作为同一制剂的一部分施用。在其他实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))与PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))分开施用。
在一些实施例中，任何前述方法可以进一步包括施用另外的治疗剂。在一些实施例中，另外的治疗剂选自由以下项组成的组：免疫治疗剂、细胞毒性剂、生长抑制剂、放射治疗剂、抗血管生成剂及它们的组合。
在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))与针对活化共刺激分子的激动剂同时施用。在一些实施例中，活化共刺激分子可以包括CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127。在一些实施例中，针对活化共刺激分子的激动剂是与CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127结合的激动剂抗体。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂协同施用。在一些实施例中，抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称为CD152)、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶。在一些实施例中，针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是与CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶结合的拮抗剂抗体。
在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对CTLA-4(也称为CD152)的拮抗剂(例如，阻断抗体)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与伊匹单抗(也称为MDX-010、MDX-101或
Figure BDA0003119722020001821
)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与曲美木单抗(tremelimumab)(也称为替西木单抗(ticilimumab)或CP-675,206)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对B7-H3(也称为CD276)的拮抗剂(例如，阻断抗体)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与MGA271协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对TGF-β的拮抗剂(例如，美替木单抗(metelimumab)(也称为CAT-192)、非苏木单抗(fresolimumab)(也称为GC1008)或LY2157299阻断抗体)协同施用。
在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对CD137(也称为TNFRSF9、4-1BB或ILA)的激动剂(例如，活化抗体)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与乌瑞鲁单抗(urelumab)(也称为BMS-663513)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对CD40的激动剂(例如，活化抗体)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CP-870893协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对OX40(也称为CD134)的激动剂(例如，活化抗体)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与抗OX40抗体(例如，AgonOX)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对CD27的激动剂(例如，活化抗体)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与CDX-1127协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对TIGIT的拮抗剂(例如，抗TIGIT抗体)协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂协同施用。在一些实施例中，IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称为1-D-MT)。
在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与癌症疫苗协同施用。在一些实施例中，癌症疫苗是肽癌症疫苗，其在一些实施例中是个性化的肽疫苗。在一些实施例中，肽癌疫苗是多价长肽、多肽、肽混合物、杂合肽或肽脉冲的树突细胞疫苗(参见，例如，Yamada等人,CancerSci.104:14-21,2013)。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与佐剂协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与包含TLR激动剂(例如，Poly-ICLC(也称为
Figure BDA0003119722020001851
)、LPS、MPL或CpGODN)的治疗协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与肿瘤坏死因子(TNF)α协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与IL-1协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与HMGB1协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与IL-10拮抗剂协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与IL-4拮抗剂协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与IL-13拮抗剂协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与HVEM拮抗剂协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与ICOS激动剂协同施用(例如，通过施用ICOS-L或针对ICOS的激动剂抗体)。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与靶向CX3CL1的治疗协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与靶向CXCL9的治疗协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与靶向CXCL10的治疗协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与靶向CCL5的治疗协同施用。
在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与LFA-1或ICAM1激动剂协同施用。在一些实施例中，VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗)或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))可以与选择素激动剂协同施用。
如果施用化疗剂，则通常以因此已知的剂量施用，或者由于药物的联合作用或归因于化疗剂的负面副作用而任选地降低剂量。此类化疗剂的制备和给药计划可根据生产商的说明或由熟练的从业人员凭经验确定。当化疗剂是紫杉醇时，优选以例如约130mg/m2至约200mg/m2(例如，约175mg/m2)的剂量施用，施用时间为3小时，每3周一次。当化疗剂是卡铂时，优选通过使用Calvert公式计算卡铂的剂量来施用，该公式基于患者先前存在的肾功能或肾功能以及所需的血小板最低值。肾脏排泄是消除卡铂的主要途径。与基于体表面积的经验剂量计算相比，该剂量公式的使用可以补偿患者治疗前肾功能的变化，否则可能导致剂量不足(对于肾功能高于平均水平的患者)或剂量过量(对于患有肾功能受损的患者)。使用单药卡铂的目标AUC为4-6mg/mL/min，似乎可以为先前接受治疗的患者提供最合适的剂量范围。
除上述治疗方案外，还可对患者进行外科手术切除肿瘤和/或癌细胞。
以上所述的此类联合疗法涵盖联合施用(其中两种或多种治疗剂包含在相同或分开的制剂中)和单独施用，在这种情况下，VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂，或血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的施用可以先于、同步于和/或后于另外一种或多种治疗剂的施用。在一个实施例中，VEGF拮抗剂和/或PD-L1轴结合拮抗剂，或血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的施用和另外治疗剂的施用彼此在大约一个月内，或在大约一周、两周或三周内，或在大约一天、两天、三天、四天、五天或六天内。
在其中VEGF拮抗剂或PD-L1轴结合拮抗剂是抗体(例如，贝伐单抗或阿特珠单抗)的实施例中，所施用的抗体可以是裸抗体。所施用的VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体诸如贝伐单抗)和/或PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂诸如阿特珠单抗)可以与细胞毒性剂缀合。优选地，所缀合的缀合物和/或与之结合的抗原被细胞内化，从而导致缀合物在杀死其结合的癌细胞中具有更高的治疗功效。在一个优选的实施例中，细胞毒剂靶向或干扰癌细胞中的核酸。这种细胞毒性剂的实例包括美登木素生物碱、加利车霉素、核糖核酸酶和DNA核酸内切酶。
本文所述方法中利用的组合物可以通过任何合适的方法使用，该方法包括例如静脉内、肌肉内、皮下、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鞘内、鼻内、阴道内、直肠内、局部、肿瘤内、经腹膜、结膜下、囊内、经粘膜、心包内、脐内、眼内、眼眶内、口服、外用、经皮、玻璃体内(例如，通过玻璃体内注射)、肠胃外、滴眼液、通过吸入、通过注射、通过植入、通过输注、通过连续输注、通过局部灌注直接浸入靶细胞、通过导管、通过灌洗、在乳脂液或脂质组合物中进行施用。本文所述方法中利用的组合物也可以全身或局部施用。施用方法可根据多种因素而变化(例如，所施用的化合物或组合物以及所治疗的病状、疾病或疾患的严重程度)。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂通过静脉内、肌肉内、皮下、外用、口服、经皮、腹膜内、眶内、植入、吸入、鞘内、心室内或鼻内施用。在一些实施例中，口服施用多靶点酪氨酸激酶抑制剂。给药可以通过任何合适的途径进行，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射，部分取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种投配时间安排，包括但不限于在各个时间点处的单次或多次施用、推注施用，以及脉冲输注。IV.确定PD-L1表达的方法
任何前述方法可以包括确定PD-L1在从个体获得的样品(例如，肿瘤样品)中的表达水平。在其他实施例中，可能已经预先确定了PD-L1在从个体获得的样品(例如，肿瘤样品)中的表达水平。可以使用任何合适的方法来确定PD-L1的表达水平，例如，免疫组织化学(IHC)。示例性的PD-L1IHC测定法描述于例如WO 2016/183326(参见，例如，实例1和2，特别是表2和3)，其通过引用整体并入本文，并且其他测定法本领域已知。
在前述任何方法的一些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在占该肿瘤样品少于约1％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在占肿瘤样品约1％或更高百分比(例如，约1％或更高百分比、2％或更高百分比、3％或更高百分比、5％或更高百分比、6％或更高百分比、7％或更高百分比、8％或更高百分比、9％或更高百分比、10％或更高百分比、11％或更高百分比、12％或更高百分比、13％或更高百分比、14％或更高百分比、15％或更高百分比、16％或更高百分比、17％或更高百分比、18％或更高百分比、19％或更高百分比、20％或更高百分比、21％或更高百分比、22％或更高百分比、23％或更高百分比、24％或更高百分比、25％或更高百分比、26％或更高百分比、27％或更高百分比、28％或更高百分比、29％或更高百分比、30％或更高百分比、31％或更高百分比、32％或更高百分比、33％或更高百分比、34％或更高百分比、35％或更高百分比、36％或更高百分比、37％或更高百分比、38％或更高百分比、39％或更高百分比、40％或更高百分比、41％或更高百分比、42％或更高百分比、43％或更高百分比、44％或更高百分比、45％或更高百分比、46％或更高百分比、47％或更高百分比、48％或更高百分比、49％或更高百分比、约50％或更高百分比、约60％或更高百分比、约70％或更高百分比、约80％或更高百分比、约90％或更高百分比、约95％或更高百分比、约96％或更高百分比、约97％或更高百分比、约98％或更高百分比、约99％或更高百分比或100％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在某些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在占肿瘤样品约1％至小于约5％(例如，从1％到4.9％、从1％到4.5％、从1％到4％、从1％到3.5％、从1％到3％、从1％到2.5％或从1％到2％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在前述任何方法的一些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中少于约1％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约1％或更高百分比(例如，约1％或更高百分比、2％或更高百分比、3％或更高百分比、5％或更高百分比、6％或更高百分比、7％或更高百分比、8％或更高百分比、9％或更高百分比、10％或更高百分比、11％或更高百分比、12％或更高百分比、13％或更高百分比、14％或更高百分比、15％或更高百分比、16％或更高百分比、17％或更高百分比、18％或更高百分比、19％或更高百分比、20％或更高百分比、21％或更高百分比、22％或更高百分比、23％或更高百分比、24％或更高百分比、25％或更高百分比、26％或更高百分比、27％或更高百分比、28％或更高百分比、29％或更高百分比、30％或更高百分比、31％或更高百分比、32％或更高百分比、33％或更高百分比、34％或更高百分比、35％或更高百分比、36％或更高百分比、37％或更高百分比、38％或更高百分比、39％或更高百分比、40％或更高百分比、41％或更高百分比、42％或更高百分比、43％或更高百分比、44％或更高百分比、45％或更高百分比、46％或更高百分比、47％或更高百分比、48％或更高百分比、49％或更高百分比、约50％或更高百分比、约60％或更高百分比、约70％或更高百分比、约80％或更高百分比、约90％或更高百分比、约95％或更高百分比、约96％或更高百分比、约97％或更高百分比、约98％或更高百分比、约99％或更高百分比或100％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在某些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约1％至小于约5％(例如，从1％到4.9％、从1％到4.5％、从1％到4％、从1％到3.5％、从1％到3％、从1％到2.5％或从1％到2％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在占该肿瘤样品约5％或更高百分比的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在一些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在占肿瘤样品约5％至小于约10％(例如，从5％到9.5％、从5％到9％、从5％到8.5％、从5％到8％、从5％到7.5％、从5％到7％、从5％到6.5％、从5％到6％、从5％到5.5％、从6％到9.5％、从6％到9％、从6％到8.5％、从6％到8％、从6％到7.5％、从6％到7％、从6％到6.5％、从7％到9.5％、从7％到9％、从7％到7.5％、从8％到9.5％、从8％到9％或从8％到8.5％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在又其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约5％或更高百分比的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在一些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约5％至小于约10％(例如，从5％到9.5％、从5％到9％、从5％到8.5％、从5％到8％、从5％到7.5％、从5％到7％、从5％到6.5％、从5％到6％、从5％到5.5％、从6％到9.5％、从6％到9％、从6％到8.5％、从6％到8％、从6％到7.5％、从6％到7％、从6％到6.5％、从7％到9.5％、从7％到9％、从7％到7.5％、从8％到9.5％、从8％到9％或从8％到8.5％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在再进一步的情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在占肿瘤样品约10％或更高百分比(例如，10％或更高百分比、11％或更高百分比、12％或更高百分比、13％或更高百分比、14％或更高百分比、15％或更高百分比、16％或更高百分比、17％或更高百分比、18％或更高百分比、19％或更高百分比、20％或更高百分比、21％或更高百分比、22％或更高百分比、23％或更高百分比、24％或更高百分比、25％或更高百分比、26％或更高百分比、27％或更高百分比、28％或更高百分比、29％或更高百分比、30％或更高百分比、31％或更高百分比、32％或更高百分比、33％或更高百分比、34％或更高百分比、35％或更高百分比、36％或更高百分比、37％或更高百分比、38％或更高百分比、39％或更高百分比、40％或更高百分比、41％或更高百分比、42％或更高百分比、43％或更高百分比、44％或更高百分比、45％或更高百分比、46％或更高百分比、47％或更高百分比、48％或更高百分比、49％或更高百分比、50％或更高百分比、60％或更高百分比、70％或更高百分比、80％或更高百分比、90％或更高百分比、95％或更高百分比、96％或更高百分比、97％或更高百分比、98％或更高百分比、99％或更高百分比或100％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在再进一步的情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约10％或更高百分比(例如，10％或更高百分比、11％或更高百分比、12％或更高百分比、13％或更高百分比、14％或更高百分比、15％或更高百分比、16％或更高百分比、17％或更高百分比、18％或更高百分比、19％或更高百分比、20％或更高百分比、21％或更高百分比、22％或更高百分比、23％或更高百分比、24％或更高百分比、25％或更高百分比、26％或更高百分比、27％或更高百分比、28％或更高百分比、29％或更高百分比、30％或更高百分比、31％或更高百分比、32％或更高百分比、33％或更高百分比、34％或更高百分比、35％或更高百分比、36％或更高百分比、37％或更高百分比、38％或更高百分比、39％或更高百分比、40％或更高百分比、41％或更高百分比、42％或更高百分比、43％或更高百分比、44％或更高百分比、45％或更高百分比、46％或更高百分比、47％或更高百分比、48％或更高百分比、49％或更高百分比、50％或更高百分比、60％或更高百分比、70％或更高百分比、80％或更高百分比、90％或更高百分比、95％或更高百分比、96％或更高百分比、97％或更高百分比、98％或更高百分比、99％或更高百分比或100％)的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在又其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约50％或更高百分比(例如，约50％或更高百分比、51％或更高百分比、52％或更高百分比、53％或更高百分比、54％或更高百分比、55％或更高百分比、56％或更高百分比、57％或更高百分比、58％或更高百分比、59％或更高百分比、60％或更高百分比、61％或更高百分比、62％或更高百分比、63％或更高百分比、64％或更高百分比、65％或更高百分比、66％或更高百分比、67％或更高百分比、68％或更高百分比、69％或更高百分比、70％或更高百分比、71％或更高百分比、72％或更高百分比、73％或更高百分比、74％或更高百分比、75％或更高百分比、76％或更高百分比、77％或更高百分比、78％或更高百分比、79％或更高百分比、80％或更高百分比、81％或更高百分比、82％或更高百分比、83％或更高百分比、84％或更高百分比、85％或更高百分比、86％或更高百分比、87％或更高百分比、88％或更高百分比、89％或更高百分比、90％或更高百分比、91％或更高百分比、92％或更高百分比、93％或更高百分比、94％或更高百分比、95％或更高百分比、96％或更高百分比、97％或更高百分比、98％或更高百分比或99％或更高百分比)的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平，和/或在占肿瘤样品约10％或更高百分比(例如，10％或更高百分比、11％或更高百分比、12％或更高百分比、13％或更高百分比、14％或更高百分比、15％或更高百分比、16％或更高百分比、17％或更高百分比、18％或更高百分比、19％或更高百分比、20％或更高百分比、21％或更高百分比、22％或更高百分比、23％或更高百分比、24％或更高百分比、25％或更高百分比、26％或更高百分比、27％或更高百分比、28％或更高百分比、29％或更高百分比、30％或更高百分比、31％或更高百分比、32％或更高百分比、33％或更高百分比、34％或更高百分比、35％或更高百分比、36％或更高百分比、37％或更高百分比、38％或更高百分比、39％或更高百分比、40％或更高百分比、41％或更高百分比、42％或更高百分比、43％或更高百分比、44％或更高百分比、45％或更高百分比、46％或更高百分比、47％或更高百分比、48％或更高百分比、49％或更高百分比、50％或更高百分比、60％或更高百分比、70％或更高百分比、80％或更高百分比、90％或更高百分比、95％或更高百分比、96％或更高百分比、97％或更高百分比、98％或更高百分比、99％或更高百分比或100％)的肿瘤浸润细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在一些实施例中，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中少于约1％的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约1％或更高百分比(例如，约1％或更高百分比、2％或更高百分比、3％或更高百分比、5％或更高百分比、6％或更高百分比、7％或更高百分比、8％或更高百分比、9％或更高百分比、10％或更高百分比、11％或更高百分比、12％或更高百分比、13％或更高百分比、14％或更高百分比、15％或更高百分比、16％或更高百分比、17％或更高百分比、18％或更高百分比、19％或更高百分比、20％或更高百分比、21％或更高百分比、22％或更高百分比、23％或更高百分比、24％或更高百分比、25％或更高百分比、26％或更高百分比、27％或更高百分比、28％或更高百分比、29％或更高百分比、30％或更高百分比、31％或更高百分比、32％或更高百分比、33％或更高百分比、34％或更高百分比、35％或更高百分比、36％或更高百分比、37％或更高百分比、38％或更高百分比、39％或更高百分比、40％或更高百分比、41％或更高百分比、42％或更高百分比、43％或更高百分比、44％或更高百分比、45％或更高百分比、46％或更高百分比、47％或更高百分比、48％或更高百分比、49％或更高百分比、50％或更高百分比、51％或更高百分比、52％或更高百分比、53％或更高百分比、54％或更高百分比、55％或更高百分比、56％或更高百分比、57％或更高百分比、58％或更高百分比、59％或更高百分比、60％或更高百分比、61％或更高百分比、62％或更高百分比、63％或更高百分比、64％或更高百分比、65％或更高百分比、66％或更高百分比、67％或更高百分比、68％或更高百分比、69％或更高百分比、70％或更高百分比、71％或更高百分比、72％或更高百分比、73％或更高百分比、74％或更高百分比、75％或更高百分比、76％或更高百分比、77％或更高百分比、78％或更高百分比、79％或更高百分比、80％或更高百分比、81％或更高百分比、82％或更高百分比、83％或更高百分比、84％或更高百分比、85％或更高百分比、86％或更高百分比、87％或更高百分比、88％或更高百分比、89％或更高百分比、90％或更高百分比、91％或更高百分比、92％或更高百分比、93％或更高百分比、94％或更高百分比、95％或更高百分比、96％或更高百分比、97％或更高百分比、98％或更高百分比或99％或更高百分比)的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在某些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约1％至小于约5％(例如，从1％到4.9％、从1％到4.5％、从1％到4％、从1％到3.5％、从1％到3％、从1％到2.5％或从1％到2％)的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约5％或更高百分比的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。例如，在一些情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中从约5％至小于50％(例如，从5％到49.5％、从5％到45％、从5％到40％、从5％到35％、从5％到30％、从5％到25％、从5％到20％、从5％到15％、从5％到10％、从5％到9％、从5％到8％、从5％到7％、从5％到6％、从10％到49.5％、从10％到40％、从10％到35％、从10％到30％、从10％到25％、从10％到20％、从10％到15％、从15％到49.5％、从15％到45％、从15％到40％、从15％到35％、从15％到30％、从15％到30％、从15％到25％、从15％到20％、从20％到49.5％、从20％到45％、从20％到40％、从20％到35％、从20％到30％、从20％到25％、从25％到49.5％、从25％到45％、从25％到40％、从25％到35％、从25％到30％、从30％到49.5％、从30％到45％、从30％到40％、从30％到35％、从35％到49.5％、从35％到45％、从35％到40％、从40％到49.5％、从40％到45％或从45％到49.5％)的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
在又其他情况下，从患者获得的肿瘤样品被确定为或已经被确定为在肿瘤样品中约50％或更高百分比(例如，约50％或更高百分比、51％或更高百分比、52％或更高百分比、53％或更高百分比、54％或更高百分比、55％或更高百分比、56％或更高百分比、57％或更高百分比、58％或更高百分比、59％或更高百分比、60％或更高百分比、61％或更高百分比、62％或更高百分比、63％或更高百分比、64％或更高百分比、65％或更高百分比、66％或更高百分比、67％或更高百分比、68％或更高百分比、69％或更高百分比、70％或更高百分比、71％或更高百分比、72％或更高百分比、73％或更高百分比、74％或更高百分比、75％或更高百分比、76％或更高百分比、77％或更高百分比、78％或更高百分比、79％或更高百分比、80％或更高百分比、81％或更高百分比、82％或更高百分比、83％或更高百分比、84％或更高百分比、85％或更高百分比、86％或更高百分比、87％或更高百分比、88％或更高百分比、89％或更高百分比、90％或更高百分比、91％或更高百分比、92％或更高百分比、93％或更高百分比、94％或更高百分比、95％或更高百分比、96％或更高百分比、97％或更高百分比、98％或更高百分比或99％或更高百分比)的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。在一些情况下，从患者获得的肿瘤样品已经被确定为在肿瘤样品中从约50％到约99％(例如，从50％到99％、从50％到95％、从50％到90％、从50％到85％、从50％到80％、从50％到75％、从50％到70％、从50％到65％、从50％到60％、从50％到55％、从55％到99％、从55％到95％、从55％到90％、从55％到85％、从55％到80％、从55％到75％、从55％到70％、从55％到65％、从55％到60％、从60％到99％、从60％到95％、从60％到90％、从60％到85％、从60％到80％、从60％到75％、从60％到70％、从60％到65％、从65％到99％、从65％到95％、从65％到90％、从65％到85％、从65％到80％、从65％到75％、从65％到70％、从70％到99％、从70％到95％、从70％到90％、从70％到85％、从70％到80％、从70％到75％、从75％到99％、从75％到95％、从75％到90％、从75％到85％、从75％到80％、从80％到99％、从80％到95％、从80％到90％、从80％到85％、从85％到99％、从85％到95％、从85％到90％、从90％到99％或从90％到95％)的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
应当理解，在任何前述方法中，肿瘤浸润免疫细胞所占肿瘤样品的百分比可以是肿瘤浸润免疫细胞在从患者获得的肿瘤样品切片中所覆盖的肿瘤面积的百分比，例如，使用抗PD-L1抗体(例如，SP142抗体)通过IHC评估的。
V.组合物和药物制剂
一方面，本发明部分地基于以下发现：本发明的生物标志物(包括肉瘤样癌和/或患者的MSKCC风险得分)可用于鉴定可以受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体。另一方面，本发明部分地基于以下发现：患有肉瘤样癌(例如，肉瘤样肾癌)的个体可能受益于包括VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。另一方面，本发明部分地基于以下发现：本发明的生物标志物可用于鉴定可能受益于包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的抗癌疗法的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体。受益可以例如以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些情况下，受益以改善的OS表示。在一些情况下，受益以改善的ORR表示。在一些情况下，受益以改善的CR率表示。在一些情况下，受益以改善的DFR表示。在一些情况下，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。这些药物及其组合可用于治疗癌症，例如，作为本文所述的任何方法的一部分，例如，在以上章节II和章节III中。任何合适的VEGF拮抗剂、PD-L1轴结合拮抗剂和/或血管生成抑制剂可用于本文所述的方法和测定中。适用于本发明的方法和测定的非限制性实例在下文进一步描述。
A.示例性VEGF拮抗剂
VEGF拮抗剂包括能够结合VEGF、降低VEGF表达水平或中和、阻断、抑制、消除、减少或干扰VEGF生物学活性的任何分子。示例性的人VEGF显示在UniProtKB/Swiss-ProtAccession No.P15692,Gene ID(NCBI):7422下。
在一些情况下，VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施例中，抗VEGF抗体是贝伐单抗，也称为“rhuMab VEGF”或
Figure BDA0003119722020001972
贝伐单抗是根据Presta等人(CancerRes.57:4593-4599,1997)生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。它包含突变的人IgG1框架区和来自鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1的抗原结合互补决定区，该区阻断人VEGF与其受体的结合。贝伐单抗的大约93％的氨基酸序列(包括大多数框架区)源自人IgG1，约7％的序列源自鼠抗体A4.6.1。贝伐单抗的分子量约为149,000道尔顿，并被糖基化。贝伐单抗和其他人源化抗VEGF抗体进一步描述于在2005年2月26日授权的美国专利号6,884,879中，其全部公开内容通过引用明确地并入本文。另外的优选抗体包括G6或B20系列抗体(例如，G6-31、B20-4.1)，如PCT申请公开号WO 2005/012359中所述。对于另外的优选抗体，参见美国专利号7,060,269、6,582,959、6,703,020、6,054,297；WO98/45332；WO 96/30046；WO94/10202；EP 0666868B1；美国专利申请公布号2006009360、20050186208、20030206899、20030190317、20030203409和20050112126；以及Popkov等人,(Journal of ImmunologicalMethods 288:149-164,2004)。其他优选的抗体包括那些与人VEGF的功能性表位结合的抗体，该功能性表位包含残基F17、M18、D19、Y21、Y25、Q89、191、K101、E103和C104，或者另选地包含残基F17、Y21、Q22、Y25、D63、183和Q89。
在其他情况下，VEGF拮抗剂是抗VEGFR2抗体或相关分子(例如，雷莫芦单抗、他尼单抗、阿柏西普)；抗VEGFR1抗体或相关分子(例如，艾库鲁单抗、阿柏西普(VEGF Trap-Eye；
Figure BDA0003119722020001971
)或ziv-阿柏西普(VEGF Trap；
Figure BDA0003119722020001981
))；双特异性VEGF抗体(例如，MP-0250、伐努赛珠单抗(VEGF-ANG2)或US 2001/0236388中公开的双特异性抗体)；双特异性抗体(包括抗VEGF、抗VEGFR1或抗VEGFR2组中两者的组合)；抗VEGFA抗体(例如，贝伐单抗、赛伐珠单抗)；抗VEGFB抗体；抗VEGFC抗体(例如，VGX-100)；抗VEGFD抗体或非肽小分子VEGF拮抗剂(例如，帕唑帕尼、阿昔替尼、凡德他尼、瑞戈非尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、奥兰替尼、替拉替尼、多韦替尼、西地尼布、莫替沙尼、索凡替尼、阿帕替尼、沃利替尼、法米替尼或替沃扎尼)。
明确预期用于以上列举的任何实施例中的此类VEGF拮抗剂抗体或本文所述的其他抗体(例如，用于检测VEGF表达水平的抗VEGF抗体)可单独地或组合地具有在下面的C小节的第i至vii节中描述的任何特征。
B.示例性PD-L1轴结合拮抗剂
PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂、PD-L1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(程序性死亡1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1”、“PDCD1”、“CD279”和“SLEB2”。示例性的人PD-1在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116中示出。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。示例性的人PD-L1在UniProtKB/Swiss-Prot登录号No.Q9NZQ7.1中示出。PD-L2(程序性死亡配体2)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体2”、“PDCD1LG2”、“CD273”、“B7-DC”、“Btdc”和“PDL2”。示例性的人PD-L2在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51中示出。在一些实施例中，PD-1、PD-L1和PD-L2是人PD-1、PD-L1和PD-L2。在一些情况下，PD-1轴结合拮抗剂可以是PD-1结合拮抗剂、PD-L1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。
(i)PD-L1结合拮抗剂
在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其一个或多个配体结合配偶体的结合。在其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在又其他情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在一些情况下，PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，该抗体选自由以下项组成的组：阿特珠单抗、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是选自由以下项组成的组的抗体片段：Fab、Fab’-SH、Fv、scFv和(Fab’)2片段。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人抗体。在一些情况下，本文所述的抗PD-L1抗体与人PD-L1结合。在一些具体情况下，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS注册号：1422185-06-5)。阿特珠单抗(Genentech)也称为MPDL3280A。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链可变区(HVR-H)，该重链可变区包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，其中：
(a)HVR-H1序列是GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:62)；
(b)HVR-H2序列是AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:63)；并且
(c)HVR-H3序列是RHWPGGFDY(SEQ ID NO:64)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含轻链可变区(HVR-L)，该轻链可变区包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列，其中：
(a)HVR-L1序列是RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:65)；
(b)HVR-L2序列是SASFLYS(SEQ ID NO:66)；并且
(c)HVR-L3序列是QQYLYHPAT(SEQ ID NO:67)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列，其中：
(a)重链可变(VH)区序列包含氨基酸序列：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:69)；并且
(b)轻链可变(VL)区序列包含氨基酸序列：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:70)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含重链和轻链序列，其中：
(a)重链包含氨基酸序列：EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:71)；并且
(b)轻链包含氨基酸序列：DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:72)。
在一些情况下，抗PD-L1抗体包含(a)包含氨基酸序列的VH结构域，该氨基酸序列与(SEQ ID NO:69)的序列具有至少95％序列同一性(例如，至少95％、96％、97％、98％或99％序列同一性或是该序列；(b)包含氨基酸序列的VL结构域，该氨基酸序列与(SEQ IDNO:70)的序列具有至少95％序列同一性(例如，至少95％、96％、97％、98％或99％序列同一性)或是该序列；或(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。在其他情况下，抗PD-L1该抗体选自由以下项组成的组：YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。抗体YW243.55.S70是PCT公布号WO 2010/077634中所述的抗PD-L1。MDX-1105，也称为BMS-936559，是PCT公布号WO 2007/005874中所述的抗PD-L1抗体。MEDI4736(德瓦鲁单抗)是PCT公布号WO 2011/066389和美国公布号2013/034559中所述的抗PD-L1单克隆抗体。可用于本发明方法的抗PD-L1抗体的实例及其制备方法描述于PCT公布号WO 2010/077634、WO 2007/005874和WO 2011/066389以及美国专利号8,217,149和美国公布号2013/034559中，其通过引用并入本文。
(ii)PD-1结合拮抗剂
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其一个或多个配体结合配偶体的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在又其他情况下，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况下，抗体选自由以下组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，Fc融合蛋白是AMP-224。
在进一步的方面中，本发明提供PD-L1轴结合拮抗剂在制造或制备药物中的用途。在一个实施例中，该药物用于治疗癌症。在进一步的实施例中，该药物用于治疗癌症(例如，肾癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、膀胱癌(例如，UBC)、肝癌(例如，HCC)、卵巢癌或乳腺癌(例如，TNBC))的方法中，该方法包括向癌症患者施用有效量的该药物。在一个这样的实施例中，该方法进一步包括向个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂，例如，如下所述。
在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体结合的分子。在一个特定方面，PD-1配体结合配偶体是PD-L1和/或PD-L2。在另一个实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配体结合的分子。在一个具体方面，PD-L1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。在另一个实施例中，PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2与其配体结合配偶体结合的分子。在一个具体方面，PD-L2结合配体配偶体是PD-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。
在一些实施例中，例如，如下所述，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些实施例中，抗PD-1抗体选自由以下项组成的组：MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。MDX-1106，也称为MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558或纳武单抗，是WO2006/121168中所述的抗PD-1抗体。MK-3475，也称为派姆单抗或帕博丽珠单抗，是WO 2009/114335中所述的抗PD-1抗体。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施例中，PD-1拮抗剂是AMP-224。AMP-224，也称为B7-DCIg，是在WO 2010/027827和WO 2011/066342中描述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在某些实施例中，抗PD-1抗体是MDX-1106。“MDX-1106”的替代名称包括MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558和纳武单抗。在一些实施例中，抗PD-1抗体是纳武单抗(CAS注册号：946414-94-4)。在再进一步的实施例中，提供一种包含重链可变区和/或轻链可变区的分离的抗PD-1抗体，该重链可变区包含来自SEQ ID NO:73的重链可变区氨基酸序列，该轻链可变区包含来自SEQ ID NO:74的轻链可变区氨基酸序列。
在再进一步的实施例中，提供一种包含重链和/或轻链序列的分离的抗PD-1抗体，其中：
(a)重链序列与以下重链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性：QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(SEQ ID NO:73)，并且
(B)轻链序列与以下轻链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％序列同一性：EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:74)。
明确预期用于以上列举的任何实施例中的此类PD-L1轴结合拮抗剂抗体(例如，抗PD-L1抗体、抗PD-1抗体和抗PD-L2抗体)或本文所述的其他抗体(例如，用于检测PD-L1表达水平的抗PD-L1抗体)可单独地或组合地具有在下面的C小节的第i至vii节中描述的任何特征。
C.抗体
i.抗体亲和力
在某些实施例中，本文提供的抗体(例如，抗VEGF抗体、抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)的解离常数(Kd)为≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如，10-8M或更小，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)。
在一个实施例中，通过放射性标记的抗原结合测定法(RIA)测量Kd。在一个实施例中，用目标抗体的Fab形式及其抗原进行RIA。例如，在滴定系列的未标记抗原的存在下，用最小浓度的经(125I)标记抗原平衡Fab，然后用经抗Fab抗体包被板捕获所结合的抗原，从而测量Fab与抗原的溶液结合亲和力(参见，例如，Chen等人,J.Mol.Biol.293:865-881,1999)。为了确定用于测定的条件，用含5μg/ml捕获抗Fab抗体(Cappel Labs)的50mM碳酸钠(pH 9.6)包被
Figure BDA0003119722020002031
多孔板(Thermo Scientific)过夜，且随后在室温(大约23℃)下用含2％(w/v)牛血清白蛋白的PBS阻断二至五小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与目标Fab的系列稀释液(例如，遵循在Presta等人,CancerRes.57:4593-4599,1997中抗VEGF抗体(Fab-12)的评定)混合。接着将目标Fab孵育过夜；然而，孵育可持续更长时间(例如，65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕获板以在室温下孵育(例如，一小时)。随后移除溶液并且用含0.1％聚山梨醇酯20
Figure BDA0003119722020002032
的PBS洗涤该板八次。当板已干燥时，添加150μl/孔的闪烁体(MICROSCINT-20TM；Packard)，并且在TOPCOUNTTMγ计数器(Packard)上对板计数十分钟。选择给出小于或等于20％最大结合的各Fab的浓度以用于竞争性结合测定中。
根据另一个实施例，使用
Figure BDA0003119722020002033
表面等离振子体共振测定法测量Kd。例如，使用
Figure BDA0003119722020002034
或
Figure BDA0003119722020002035
(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)使用固定化抗原CM5芯片以约10响应单位(RU)在25℃进行测定。在一个实施例中，根据供应商说明书，用N-乙基-N'-(3-二甲基氨基丙基)-碳化二亚胺盐酸盐(EDC)及N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)激活羧甲基化的葡聚糖生物感测器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM醋酸钠(pH 4.8)稀释至5μg/ml(约0.2μM)，之后以5μl/min的流速进行注射以获得大约10响应单位(RU)的偶联蛋白。注射抗原之后，注射1M乙醇胺以阻断未反应的基团。关于动力学测量，在25℃下，以大约25μl/min的流速，注射在含有0.05％聚山梨醇酯20(TWEEN-20TM)的PBS(PBST)中的Fab的两倍系列稀释液(0.78nM至500nM)。使用简单的一对一Langmuir结合模型(
Figure BDA0003119722020002041
Evaluation Software 3.2版)，通过同时拟合缔合与解离感测器图来计算缔合速率(kon)与解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)计算为比率koff/kon。参见，例如，Chen等人,(J.Mol.Biol.293:865-881,1999)。若通过上述表面等离子体共振测定得出缔合速率超过106M-1s-1，则可通过使用荧光淬灭技术测定缔合速率，即如在分光计诸如配备止流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯所测得的，在浓度渐增的抗原存在下，测量在25℃下含20nM抗-抗原抗体(Fab形式)的PBS(pH 7.2)中的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的增加或减少。
ii.抗体片段
在某些实施例中，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是抗体片段。抗体片段包括但不限于，Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、Fv和scFv片段，以及以下描述的其他片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等人(Nat.Med.9:129-134,2003)。有关scFv片段的综述，参见，例如，Pluckthun的The Pharmacology of MonoclonalAntibodies，第113卷，Rosenburg和Moore主编，Springer-Verlag,New York,pp.269-315,1994。还参见WO 93/16185；以及美国专利号5,571,894和5,587,458。关于对包含补救受体结合表位残基并具有增加的体内半衰期的Fab和F(ab')2片段的讨论，请参见美国专利号5,869,046。
双体抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价或双特异性的。参见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人Nat.Med.9:129-134,2003和Hollinger等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448,1993。三体抗体和四体抗体也描述于Hudson等人(Nat.Med.9:129-134,2003)。
单结构域抗体是包含抗体的全部或部分重链可变结构域或全部或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施例中，单结构域抗体是人单结构域抗体(Domantis,Inc.，Waltham，MA；参见，例如，美国专利号6,248,516B1)。
抗体片段可通过各种技术根据已知方法制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及由重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)产生。
iii.嵌合抗体和人源化抗体
在某些实施例中，本文提供的抗体(例如，抗VEGF抗体、抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是嵌合抗体。某些嵌合抗体描述于例如美国专利号4,816,567和Morrison等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855,1984)中。在一个实例中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，衍生自小鼠、大鼠、仓鼠、兔或非人灵长类动物诸如猴子可变区)和人恒定区。在进一步的实例中，嵌合抗体是其中类或亚类已经从亲本抗体的类或亚类改变的“类转换”抗体。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施例中，抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。通常，人源化抗体包含一个或多个可变结构域，其中HVR例如CDR(或其部分)衍生自非人抗体，而FR(或其部分)衍生自人抗体序列。人源化抗体任选地还将包含人恒定区的至少一部分。在一些实施例中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，HVR残基所来源于的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其制备方法在例如Almagro和Fransson,(Front.Biosci.13:1619-1633,2008)中综述，并且进一步描述于例如Riechmann等人(Nature 332:323-329,1988)；Queen等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA86:10029-10033,1989)；美国专利号5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409；Kashmiri等人(Methods 36:25-34,2005)(描述特异性决定区(SDR)移植)；Padlan,(Mol.Immunol.28:489-498,1991)(描述“表面再塑”)；Dall’Acqua等人(Methods 36:43-60,2005)(描述“FR改组”)；Osbourn等人(Methods 36:61-68,2005)和Klimka等人(Br.J.Cancer,83:252-260,2000)(描述用于FR改组的“指导选择”方法)中。
可以用于人源化的人类框架区包括但不限于：使用“最佳匹配”方法选择的框架区(参见，例如，Sims等人J.Immunol.151:2296,1993)；来源于具有轻链或重链可变区的特定子组的人抗体的共有序列的框架区(参见，例如，Carter等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285,1992和Presta等人J.Immunol.,151:2623,1993)；人成熟(体细胞突变)框架区或人类种系框架区(参见，例如，Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633,2008)；以及来源于筛选FR文库的框架区(参见，例如，Baca等人,J.Biol.Chem.272:10678-10684,1997和Rosok等人J.Biol.Chem.271:22611-22618,1996)。
iv.人抗体
在某些实施例中，本文提供的抗体(例如，抗VEGF抗体、抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是人抗体。可以使用本领域已知的各种技术来产生人抗体。人抗体一般描述于van Dijk和van de Winkel,(Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74,2001)和Lonberg(Curr.Opin.Immunol.20:450-459,2008)中。
可以通过以下方式来制备人抗体：将免疫原施用于转基因动物，所述转基因动物已被修饰以响应于抗原激发而产生具有人可变区的完整人抗体或完整抗体。此类动物通常含有全部或部分人免疫球蛋白基因座，所述全部或部分人免疫球蛋白基因座替代内源性免疫球蛋白基因座，或者在动物的染色体外存在或随机整合至动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，内源性免疫球蛋白基因座通常已被灭活。关于从转基因动物获得人抗体的方法的综述，参见Lonberg,(Nat.Biotech.23:1117-1125,2005)。还参见例如描述XENOMOUSETM技术的美国专利号6,075,181和6,150,584；描述
Figure BDA0003119722020002061
技术的美国专利号5,770,429；描述K-M
Figure BDA0003119722020002062
技术的美国专利号7,041,870，以及描述
Figure BDA0003119722020002063
技术的美国专利申请公布号US 2007/0061900)。可以进一步修饰来自由此类动物产生的完整抗体的人可变区，例如通过与不同的人恒定区组合。
人抗体也可以通过基于杂交瘤的方法制备。已经描述了用于产生人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人杂交骨髓瘤细胞系。参见，例如，Kozbor,(J.Immunol.133:3001,1984)；Brodeur等人(Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,pp.51-63,Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)和Boerner等人(J.Immunol.,147:86,1991)。经由人B细胞杂交瘤技术产生的人抗体也描述于Li等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562,2006中。另外的方法包括例如在美国专利号7,189,826(描述了从杂交瘤细胞系产生单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268,2006(描述人-人杂交瘤)中描述的那些方法。人杂交瘤技术(Trioma技术)也描述于Vollmers和Brandlein,Histology and Histopathology,20(3):927-937,2005以及Vollmers和Brandlein,Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91,2005中。
人抗体也可以通过分离选自人源噬菌体展示文库的Fv克隆可变结构域序列来生成。然后可以将此类可变结构域序列与所需的人恒定结构域组合。下面描述了从抗体文库中选择人抗体的技术。
v.文库源抗体
本发明的抗体(例如，抗VEGF抗体，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)可以通过筛选组合文库中具有所需活性的抗体来分离。例如，本领域已知多种方法用于产生噬菌体展示文库并筛选此类文库以获得具有所需结合特征的抗体。此类方法在例如Hoogenboom等人Methods in Molecular Biology178:1-37,O’Brien等人编,Human Press,Totowa,NJ,2001中描述，并且在例如McCafferty等人Nature 348:552-554,1990、Clackson等人Nature352:624-628,1991、Marks等人J.Mol.Biol.222:581-597,1992、Marks和Bradbury,Methodsin Molecular Biology 248:161-175,Lo,编,Human Press,Totowa,NJ,2003、Sidhu等人J.Mol.Biol.338(2):299-310,2004、Lee等人J.Mol.Biol.340(5):1073-1093,2004、Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472,2004和Lee等人J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132,2004中进一步描述。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的所有组成成分通过聚合酶链式反应(PCR)单独克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以从所述噬菌体文库中筛选抗原结合噬菌体，如在Winter等人Ann.Rev.Immunol.,12:433-455,1994中所描述的。噬菌体通常将抗体片段展示为单链Fv(scFv)片段或Fab片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而无需构建杂交瘤。或者，可以克隆所有天然组成成分(例如，来自人的所有天然组成成分)以提供针对广泛的非自身抗原和自身抗原的抗体的单一来源，而无需任何免疫，如由Griffiths等人EMBO J,12:725-734,1993中所述。最后，还可通过以下方式来合成制得初始文库：克隆来自干细胞的未重排的V基因区段；以及使用含有随机序列的PCR引物来编码高度可变的CDR3区域并完成体外重排，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388,1992所述。描述人抗体噬菌体文库的专利出版物包括，例如：美国专利号5,750,373以及美国专利公布号2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936和2009/0002360。
在本文中从人抗体文库分离出的抗体或抗体片段被认为是人抗体或人抗体片段。
vi.多特异性抗体
在以上任一方面，本文提供的抗体(例如，抗VEGF抗体、抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)可以是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施例中，本文提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。在某些实施例中，结合特异性之一是针对PD-L1的，而另一种是针对任何其他抗原的。在某些实施例中，结合特异性之一是针对VEGF的，而另一种是针对任何其他抗原的。在某些实施例中，双特异性抗体可以与PD-L1的两个不同表位结合。在某些实施例中，双特异性抗体可以与VEGF的两个不同表位结合。双特异性抗体也可用于将细胞毒剂定位于表达PD-L1或VEGF的细胞。可以将双特异性抗体制成全长抗体或抗体片段。
制备多特异性抗体的技术包括但不限于，两个具有不同特异性的免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello,Nature 305:537,1983)、WO 93/08829和Traunecker等人EMBO J.10:3655,1991)和“杵臼”工程化改造(参见，例如，美国专利号5,731,168)。多特异性抗体也可以通过以下技术来制造：工程化改造静电操纵效应以制造抗体Fc-异二聚体分子(参见，例如，WO 2009/089004A1)的；交联两种或更多种抗体或片段(参见，例如，美国专利号4,676,980和Brennan等人Science 229:81,1985)；使用亮氨酸拉链产生双特异性抗体(参见，例如，Kostelny等人J.Immunol.148(5):1547-1553,1992)；使用“双体抗体(diabody)”技术制备双特异性抗体片段(参见，例如，Hollinger等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448,1993)；和使用单链Fv(sFv)二聚体(参见，例如，Gruber等人J.Immunol.152:5368,1994)；以及按照例如Tutt等人J.Immunol.147:60,1991)中所描述的制备三特异性抗体。
本文还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化抗体，包括“章鱼抗体”(参见，例如，US 2006/0025576A1)。
本文的抗体或片段包括“双重作用FAb”或“DAF”，其包含与PD-L1和另一种不同抗原结合的抗原结合位点。本文的抗体或片段还包括DAF，其包含与VEGF和另一种不同抗原结合的抗原结合位点。
vii.抗体变体
在某些实施例中，考虑了本发明的抗体(例如，抗VEGF抗体、抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)的氨基酸序列变体。例如，可能期望改善抗体的结合亲和力和/或其他生物特性。抗体的氨基酸序列变体可以通过向编码抗体的核苷酸序列中引入适当的修饰或通过肽合成来制备。此类修饰包括例如抗体氨基酸序列内残基的缺失、和/或插入和/或取代。可以进行缺失、插入和置换的任何组合以实现最终构建体，前提条件为最终构建体具有所需特征，例如，抗原结合。
a.取代、插入和缺失变体
在某些实施例中，提供具有一个或多个氨基酸取代的抗体变体。进行取代诱变的目标位点包括HVR和FR。保守取代显示在表17中的“优选取代”标题下。更为实质性的改变提供在表17中的“示例性取代”标题下，并如下文中参考氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸取代引入目标抗体中，并对产物进行所需活性(例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性，或改善的ADCC或CDC)筛选。
表17.示例性和优选的氨基酸取代
Figure BDA0003119722020002091
Figure BDA0003119722020002101
可根据共同的侧链特性将氨基酸分组：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；
(6)芳香族：Trp、Tyr、Phe。
非保守性取代将需要用这些类别中的一个的成员交换另一类别。
一种类型的置换变体涉及置换亲本抗体(例如，人源化抗体或人抗体)的一个或多个高可变区残基。通常，为进一步研究而选择的一种或多种所得变体相对于亲本抗体将在某些生物特性(例如，提高的亲和力和/或降低的免疫原性)上具有修饰(例如，改善)和/或将具有亲本抗体的基本上保留的某些生物特性。示例性置换变体为亲和力成熟抗体，例如，其可使用诸如本文所述的那些基于噬菌体展示的亲和力成熟技术方便地生成。简而言之，将一个或多个HVR残基突变并且将变体抗体展示在噬菌体上并针对特定生物活性(例如，结合亲和力)进行筛选。
可以在HVR中进行改变(例如，替换)，例如以改善抗体亲和力。可以在HVR“热点”(即，由在体细胞成熟过程中以高频发生突变的密码子编码的残基)和/或与抗原接触的残基中进行这样的改变(参见，例如，Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196,2008)，并测试所得变体VH或VL的结合亲和力。通过构建和从二级文库中重选来进行亲和力成熟，例如在Hoogenboom等人Methods in Molecular Biology 178:1-37,O’Brien等人编辑,HumanPress,Totowa,NJ,2001中已有描述。在亲和力成熟的一些实施例中，通过多种方法(例如，易错PCR、链改组或寡核苷酸定向诱变)中的任一种将多样性引入选择用于成熟的可变基因中。然后创建一个辅助文库。然后筛选该文库以鉴定具有所需亲和力的任何抗体变体。引入多样性的另一种方法涉及HVR定向的方法，其中几个HVR残基(例如，一次4-6个残基)被随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性地鉴定牵涉到抗原结合中的HVR残基。特别是CDR-H3和CDR-L3经常成为靶点。
在某些实施例中，取代、插入或缺失可发生在一个或多个HVR内，只要此类改变基本上不降低抗体的抗原结合能力即可。例如，可在HVR中进行基本上不降低结合亲和力的保守性改变(例如，如本文提供的保守性取代)。此类改变可以例如在HVR中的抗原接触残基之外。在以上提供的变体VH及VL序列的某些实施例中，各HVR未改变，或含有不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
可用于鉴定可被靶向诱变的抗体残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如Cunningham和Wells Science,244:1081-1085,1989所述。在此方法中，鉴别残基或一组靶残基(例如，带电残基，诸如Arg、Asp、His、Lys和Glu)并用中性或带负电的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可在对初始取代展示功能敏感性的氨基酸位置引入其他取代。另选地或另外地，利用抗原-抗体复合物的晶体结构鉴定抗体与抗原之间的接触点。可靶向或消除作为取代的候选的此类接触残基和相邻残基。可筛选变体以确定它们是否具备期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基末端融合，以及一个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的实例包括具有N末端甲硫氨酰残基的抗体。抗体分子的其他插入变体包括抗体的N末端或C末端与酶(例如，用于ADEPT)或增加抗体的血清半衰期的多肽的融合。
b.糖基化变体
在某些实施例中，可改变可用于本发明的抗体以增加或降低抗体糖基化的程度。可通过改变氨基酸序列，使得产生或去除一个或多个糖基化位点，从而便利地实现本发明抗体的糖基化位点的加入或缺失。
当抗体包含Fc区时，附接至其上的碳水化合物可以被改变。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含具有支链的双触角寡糖，所述双触角寡糖通常通过N-连接附接于Fc区的CH2结构域的Asn297。参见，例如，Wright等人TIBTECH 15:26-32,1997。寡糖可包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸，以及附接于双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施例中，可对本发明的抗体中的寡糖进行修饰，以产生具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施例中，提供了抗体变体，其具有缺乏附接(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以为1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。岩藻糖的量是通过计算糖链中位于Asn297处的岩藻糖的平均量来确定的，相对于通过MALDI-TOF质谱法测得的附接至Asn 297的所有糖结构(例如，复合、杂合和高甘露糖结构)的总和，例如，如WO 2008/077546中所述。Asn297是指位于Fc区中约位置297处的天冬酰胺残基(Fc区残基的EU编号)；然而，由于抗体中的微小序列变化，Asn297也可位于位置297上游或下游约±3个氨基酸处，即在位置294和300之间。这样的岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。参见，例如，美国专利公布号US 2003/0157108和US 2004/0093621。与“去岩藻糖基化”或“岩藻糖缺乏型”抗体变体有关的出版物的实例包括：US2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等人(J.Mol.Biol.336:1239-1249,2004)；和Yamane-Ohnuki等人(Biotech.Bioeng.87:614,2004)。能够产生去岩藻糖基化抗体的细胞系的实例包括缺乏蛋白质岩藻糖基化的Lec13 CHO细胞(Ripka等人Arch.Biochem.Biophys.249:533-545,1986)、美国专利公布号US 2003/0157108 A1和WO 2004/056312 A1(尤其是实例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(参见，例如，Yamane-Ohnuki等人Biotech.Bioeng.87:614,2004；Kanda,Y.等人Biotechnol.Bioeng.94(4):680-688,2006和WO 2003/085107)。
抗体变体还提供有二等分的寡糖，例如，其中附接至抗体的Fc区的双触角寡糖被GlcNAc二等分。此类抗体变体可以具有减少的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的实例描述于例如WO 2003/011878、美国专利号6,602,684和US 2005/0123546中。还提供了在附接至Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体描述于例如WO 1997/30087、WO 1998/58964和WO 1999/22764中。
c.Fc区变体
在某些实施例中，一个或多个氨基酸修饰可引入本发明的抗体的Fc区中，从而生成Fc区变体。Fc区变体可包含人Fc区序列(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc区)，其在一个或多个氨基酸位置上包含氨基酸修饰(例如，取代)。
在某些实施例中，本发明预期具有一些但不是全部效应子功能的抗体变体，这使其成为某些应用的理想候选者，在这些应用中，抗体的体内半衰期很重要而某些效应子功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定，以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消耗。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体缺乏FcγR结合(因此可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。造血细胞上的FcR表达总结在Ravetch和Kinet,(Annu.Rev.Immunol.9:457-492,1991)的第464页的表3中。用于评定目标分子的ADCC活性的体外测定的非限制性示例描述于美国专利号5,500,362(参见，例如，Hellstrom,I.等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 83:7059-7063,1986)和Hellstrom,I etal.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:1499-1502,1985；美国专利号5,821,337；Bruggemann等人J.Exp.Med.166:1351-1361,1987)中。或者，可以使用非放射性测定方法(参见，例如，用于流式细胞术的
Figure BDA0003119722020002131
非放射性细胞毒性测定(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA)；以及CYTOTOX
Figure BDA0003119722020002132
非放射性细胞毒性测定(Promega,Madison,WI))。用于此类测定的有用效应细胞包括外周血单核细胞(PBMC)和自然杀伤(NK)细胞。另选地或另外地，可例如在诸如在Clynes等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95:652-656,1998)中公开的动物模型中体内评定目标分子的ADCC活性。还可以进行C1q结合测定，以确认抗体无法结合C1q，因此缺乏CDC活性。参见，例如，WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以进行CDC测定(参见，例如，Gazzano-Santoro等人J.Immunol.Methods202:163,1996；Cragg等人Blood.101:1045-1052,2003；和Cragg等人Blood.103:2738-2743,2004)。FcRn结合和体内清除/半衰期测定也可以使用本领域已知的方法执行(参见，例如，Petkova等人Int’l.Immunol.18(12):1759-1769,2006)。
具有降低的效应子功能的抗体包括具有一个或多个Fc区残基238、265、269、270、297、327和329的取代的那些(美国专利号6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在第265、269、270、297和327位氨基酸的两个或多个处具有取代的Fc突变体，包括所谓的“DANA”Fc突变体，其残基265和297被取代为丙氨酸(美国专利号7,332,581和8,219,149)。
描述了与FcR的结合有所改善或减弱的某些抗体变体(参见，例如，美国专利号6,737,056、WO 2004/056312和Shields等人,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604,2001)。
在某些实施例中，抗体变体包含具有改善ADCC的一个或多个氨基酸取代的Fc区，例如，在Fc区的位置298、333和/或334处(残基的EU编号)的取代。
在一些实施例中，在Fc区中进行改变，导致改变(即，改善或减少)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如美国专利号6,194,551、WO 99/51642和Idusogie等人J.Immunol.164:4178-4184,2000中所述。
具有延长的半衰期和改善的新生儿Fc受体(FcRn)结合、负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等人,J.Immunol.117:587,1976和Kim等人J.Immunol.24:249,1994)的抗体描述于U.S.2005/0014934A1中。那些抗体包含这样的Fc区，所述Fc区中具有改善Fc区与FcRn的结合的一个或多个取代。此类Fc变体包括在以下Fc区残基中的一处或多处具有取代的Fc变体：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如对Fc区残基434的取代(美国专利号7,371,826)。
关于Fc区变体的其他实例，还参见Duncan和Winter,Nature322:738-40,1988、美国专利号5,648,260、美国专利号5,624,821和WO 94/29351。
d.半胱氨酸工程化抗体变体
在某些实施例中，可期望产生半胱氨酸工程化抗体，例如“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代。在特定实施例中，取代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸取代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可用于将抗体与其他部分，诸如药物部分或连接基-药物部分缀合，以产生免疫缀合物，如本文中进一步描述。在某些实施例中，可用半胱氨酸取代下列残基中的任何一个或多个：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；以及重链Fc区的S400(EU编号)。可如例如美国专利号7,521,541中所述形成半胱氨酸工程化抗体。
e.抗体衍生物
在某些实施例中，可进一步修饰本文提供的抗体以使其含有本领域已知且易于获得的另外的非蛋白质性部分。适合于抗体衍生化的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)和葡聚糖或聚(N-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如，甘油)、聚乙烯醇以及它们的混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在制造中可具有优势。聚合物可具有任何分子量，并且可以具有支链或不具有支链。附接至抗体的聚合物的数目可变，并且如果附接了多于一个聚合物，那么它们可以为相同或不同的分子。通常，可基于以下考虑因素确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体待改善的特定特性或功能、抗体衍生物是否将用于限定条件下的疗法等。
在另一实施例中，提供了抗体和可通过暴露于辐射而选择性地加热的非蛋白质性部分的缀合物。在一个实施例中，非蛋白质性部分是碳纳米管(Kam,N.W.等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605,2005)。辐射可具有任何波长，并且包括但不限于对普通细胞没有伤害，但是将非蛋白质性部分加热至抗体-非蛋白质性部分附近的细胞被杀死的温度的波长。
f.免疫缀合物
本发明还提供免疫缀合物，其包含与一种或多种细胞毒性剂缀合的本文的抗体(例如，抗VEGF抗体、抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)，所述一种或多种细胞毒性剂为诸如化疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如，细菌、真菌、植物或动物来源的蛋白质毒素、酶活性毒素，或它们的片段)或放射性同位素。
在一个实施例中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体缀合至一种或多种药物，其包括但不限于美登木素生物碱(参见，美国专利号5,208,020和5,416,064以及欧洲专利EP 0 425 235 B1)；奥瑞西汀(auristatin)诸如单甲基奥瑞西汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见，美国专利号5,635,483、5,780,588和7,498,298)；尾海兔素；加利车霉素或其衍生物(参见美国专利号5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001和5,877,296；Hinman等人Cancer Res.53:3336-3342,1993；以及Lode等人Cancer Res.58:2925-2928,1998)；蒽环类药物诸如道诺霉素或多柔比星(参见Kratz等人Current Med.Chem.13:477-523,2006；Jeffrey等人Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362,2006；Torgov等人,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等人,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532,2002；King等人,J.Med.Chem.45:4336-4343,2002；以及美国专利号6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛；紫杉烷类药物诸如多西他赛、紫杉醇、拉洛他赛(larotaxel)、替司他赛(tesetaxel)和奥他赛(ortataxel)；单端孢菌素；和CC1065。
在另一个实施例中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的本文所述的抗体，所述酶活性毒素或其片段包括但不限于白喉毒素A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌)、蓖麻毒蛋白A链、相思豆毒蛋白A链、蒴莲根毒素(modeccin)A链、α-八叠球菌素、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹素蛋白、美洲商陆(Phytolacaamericana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜抑制因子、麻疯树毒蛋白、巴豆毒蛋白、石碱花(sapaonaria officinalis)抑制因子、白树毒素、迈托毒素(mitogellin)、局限曲菌素、酚霉素、依诺霉素和单端孢霉烯类。
在另一实施例中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的本文所述的抗体。多种放射性同位素可用于生产放射性缀合物。实例包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。当放射性缀合物用于检测时，它可能包含用于闪烁显像研究的放射性原子，例如，tc99m或I123，或用于核磁共振(NMR)成像(也称为磁共振成像，MRI)的自旋标记物，诸如碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
可使用多种双功能蛋白偶联剂诸如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-羧酸琥珀酰亚胺酯(SMCC)、亚氨基硫杂环戊烷(IT)、亚氨基酯的双官能衍生物(诸如己二酸二甲酯盐酸盐)、活性酯(诸如辛二酸二琥珀酰亚胺基酯)、醛(诸如戊二醛)、双叠氮基化合物(诸如双(对叠氮基苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双-(对重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(诸如甲苯-2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)制备抗体和细胞毒剂的缀合物。例如，可以如Vitetta等人(Science 238:1098,1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰基苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)为一种示例性螯合剂，用于将放射性核苷酸缀合至抗体。参见WO94/11026。连接基可以是“可裂解的连接基”，其促进细胞毒性药物在细胞中的释放。例如，可以使用酸不稳定的连接基、肽酶敏感的连接基、光不稳定的连接基、二甲基连接基或含二硫键的连接基(Chari等人Cancer Res.52:127-131,1992和美国专利号5,208,020)。
本文的免疫缀合物或ADC明确预期但不限于用交联剂制备的此类缀合物，交联剂包括但不限于BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC和磺基-SMPB以及SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们是可商购的(例如，从PierceBiotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A商购)。
D.多靶点酪氨酸激酶抑制剂
任何合适的多靶点酪氨酸激酶抑制剂可用于本文所述的方法。例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂可以抑制血小板源生长因子受体(例如，PDGFR-αα、PDGFR-ββ和PDGFR-αβ)、VEGF受体(例如，VEGFR1和VEGFR2)、CD117(c-Kit)、RET、CD114和/或CD135。示例性的多靶点酪氨酸激酶抑制剂包括舒尼替尼(也称为N-[2-(二乙氨基)乙基]-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1,2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-甲酰胺、
Figure BDA0003119722020002171
或SU11248)、SU6656、莫替沙尼、索拉非尼(例如，
Figure BDA0003119722020002172
或BAY439006)、阿昔替尼、阿法替尼、博舒替尼、克唑替尼、卡博替尼、达沙替尼、恩替替尼、帕唑帕尼、拉帕替尼和凡德他尼(也称为
Figure BDA0003119722020002173
或ZD6474)。在一些实施例中，多靶点酪氨酸激酶抑制剂是VEGFR抑制剂。
E.药物制剂
通过将具有所需纯度的拮抗剂与任选的药用载体、赋形剂或稳定剂混合，制备根据本发明使用的VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的治疗性制剂(例如，抗VEGF抗体诸如贝伐单抗，和抗PD-L1抗体诸如阿特珠单抗)，以冻干制剂或水溶液的形式储存。通过将具有所需纯度的拮抗剂与任选的药用载体、赋形剂或稳定剂混合，还制备了根据本发明使用的血管生成抑制剂(例如，舒尼替尼)的治疗性制剂，以冻干制剂或水溶液的形式储存。有关制剂的一般信息，参见，例如，Gilman等(编)The Pharmacological Bases of Therapeutics,第8版,Pergamon Press,1990；A.Gennaro(编),Remington’s Pharmaceutical Sciences,第18版,Mack Publishing Co.,Pennsylvania,1990；Avis等人(编)Pharmaceutical DosageForms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993；Lieberman等人(编)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman等人(编),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；和Walters(编)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and the PharmaceuticalSciences),Vol 119,Marcel Dekker,2002。
可接受的载体、赋形剂或稳定剂在使用的剂量和浓度下对接受体无毒，包括缓冲液，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲双铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如，锌蛋白络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如
Figure BDA0003119722020002181
Figure BDA0003119722020002182
或聚乙二醇(PEG)。
本文的制剂还可含有多于一种活性化合物，优选是具有不会彼此不利地影响的互补活性的活性化合物。此类药物的类型和有效量取决于例如制剂中存在的拮抗剂的量和类型以及患者的临床参数。
活性成分也可以包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊(例如，分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)中，被包埋在胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米粒子和纳米胶囊)中或粗滴乳液中。此类技术公开于Remington's Pharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编1980中。
可以制备缓释制备物。缓释制备物的合适实例包括含有拮抗剂的固态疏水聚合物的半透性基质，所述基质是例如膜或微胶囊等成型制品的形式。缓释基质的实例包括聚酯、水凝胶(例如，聚(2-羟基甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸(美国专利号3,773,919)、L-谷氨酸与γ-乙基-L-谷氨酸盐的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯酯、可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON
Figure BDA0003119722020002191
(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林组成的可注射微球)和聚-D-(-)-3-羟丁酸。
待用于体内施用的制剂必须是无菌的。这通过无菌过滤膜过滤很容易实现。
Ⅵ.制品和试剂盒
在本发明的另一个方面中，提供了一种试剂盒或制品，其含有可用于治疗、预防和/或诊断个体的物质。
在一些情况下，此类试剂盒或制品可以用于鉴定可能受益于包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼，阿昔替尼，帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的抗癌疗法的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体。在其他情况下，此类制品或试剂盒可用于鉴定可能受益于包括血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的抗癌疗法的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体。此类制品或试剂盒可包括(a)用于确定患者是否患有肉瘤样癌的试剂和(b)使用该试剂来鉴定可能受益于包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗或使用血管生成抑制剂(VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体。在其他实施例中，此类制品或试剂盒可包括(a)用于确定患者的MSKCC风险得分的试剂和(b)使用该试剂来鉴定可能受益于包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗或使用血管生成抑制剂(VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的使用说明书。受益可以例如以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。在一些实施例中，受益以改善的PFS表示。在一些情况下，受益以改善的OS表示。在一些情况下，受益以改善的ORR表示。在一些情况下，受益以改善的CR率表示。在一些情况下，受益以改善的DFR表示。在一些情况下，DFR是以从治疗开始到该个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
任何此类制品或试剂盒可进一步包括(a)用于确定表1中详述的一种或多种基因或其组合(例如，表2至12中任一项中详述的组合)的在来自个体的样品中的表达水平的试剂和(b)使用该试剂来鉴定可能受益于包括VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))的治疗或使用血管生成抑制剂(VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))治疗的患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的使用说明书。
在一些实施例中，试剂盒包括(a)用于确定以下基因中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或37种)在来自个体的样品中的表达水平的试剂：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9；以及，任选地，(b)使用该试剂鉴定可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体的使用说明书。
任何前述试剂盒可以包括用于确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种的表达水平的试剂。
例如，任何前述试剂盒可包括用于确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中一种或多种(例如，1、2、3、4或5种)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的至少两种、至少三种、至少四种或全部五种的表达水平。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的两种(例如，表2中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的三种(例如，表3中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1中的四种(例如，表4中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的表达水平的试剂。
在一些实施例中，任何前述试剂盒可包括用于确定PD-L1和一种或多种另外的基因的表达水平的试剂，其中一种或多种另外的基因不是PD-L1。例如，在一些实施例中，该试剂盒可以包括用于确定PD-L1的表达水平和选自由以下项组成组的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11，12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36种)另外的基因的表达水平的试剂：CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1、TAP2、VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4、CD34、IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定PD-L1的表达水平和CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1和TAP2中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种)另外的基因的表达水平的试剂。在其他实施例中，该试剂盒包括用于确定PD-L1的表达水平和VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平的试剂。在其他实施例中，该试剂盒包括确定PD-L1的表达水平和IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平的试剂。
任何前述试剂盒可以包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6或7种)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种的表达水平的试剂。例如，在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的两种(例如，表5中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的三种(例如，表6中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的四种(例如，表7中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34中的五种(例如，表8中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的表达水平的试剂。
任何前述试剂盒可以包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8或S100A9中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的两种(例如，表9中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的三种(例如，表10中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的四种(例如，表11中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的五种(例如，表12中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的六种(例如，表13中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的七种(例如，表14中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的八种(例如，表15中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9中的九种(例如，表16中所示的任何示例性组合)的表达水平的试剂。在一些实施例中，该试剂盒包括用于确定IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8、PTGS2、CXCR1、CXCR2、S100A8和S100A9的表达水平的试剂。
在一些情况下，此类试剂盒或制品包括用于治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))))。在一些情况下，此类制品或试剂盒进一步包括包装插页，该包装插页包括关于向患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体施用包含VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体(例如，贝伐单抗)或VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿紫替你、帕唑帕尼或卡博替尼)))和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A))))的抗癌疗法的使用说明书，其中该患者被鉴定为可能受益于通过本文所述的任何方法和/或试剂盒进行的抗癌疗法的患者。
在其他情况下，此类试剂盒或制品包括用于治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))。在一些情况下，此类制品或试剂盒进一步包括包装插页，该包装插页包括关于施用包含血管生成抑制剂(例如，VEGF拮抗剂(例如，VEGFR抑制剂(例如，多靶点酪氨酸激酶抑制剂(例如，舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼))))的抗癌疗法的使用说明书，其中该患者被鉴定为可能受益于通过本文所述的任何方法和/或试剂盒进行的抗癌疗法的患者。
在其他情况下，此类试剂盒或制造品包括用于治疗患有癌症(例如，肾癌(例如，RCC))的个体的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，PD-L1结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，阿特珠单抗(MPDL3280A)))或PD-1结合拮抗剂(例如，抗PD-1抗体))单一疗法。在一些情况下，此类制品或试剂盒进一步包括包装插页，该包装插页包括用于施用PD-L1轴结合拮抗剂单一疗法的使用说明书，其中该患者被鉴定为可能受益于通过本文所述的任何方法和/或试剂盒进行的抗癌疗法的患者。
所述任何试剂盒或制品可包括分开的承载装置以紧密地容纳一个或多个容器装置诸如小瓶、管等，每个容器装置均包含在该方法中使用的独立元件之一。在制品或试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸的情况下，试剂盒还可以具有包含用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或包含报告组分诸如酶标记、荧光标记或放射性同位素标记的容器。
在一些情况下，该制品或试剂盒包括上述容器和一个或多个其他容器，这些容器包括从商业和用户角度出发所需的材料，包括缓冲液、稀释剂、过滤器、针头、注射器和带有使用说明书的包装插页。容器上可存在标签，以指示组合物用于特定用途，并且还可以指示体内或体外使用的指南，诸如上述的那些。例如，制品或试剂盒可进一步包括容器，该容器盛有药用缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和葡萄糖溶液。
本文所述的试剂盒或制品可具有许多实施例。在一种情况下，试剂盒或制品包括容器、位于所述容器上的标签和包含在所述容器内的组合物，其中该组合物包括在严格条件下与本文所列基因(例如，表1中详述的基因或表2至12中详述的基因的任何组合)的补体杂交的一种或多种多核苷酸，并且位于所述容器上的标签指示该组合物可用于评估本文列出的基因(例如，表1中详述的基因或表2至12中详述的基因的任何组合)的存在，并且其中该试剂盒包括使用多核苷酸评估特定基因RNA或DNA在样品类型中的存在的使用说明书。
对于基于寡核苷酸的制品或试剂盒，该制品或试剂盒可包括，例如：(1)寡核苷酸，例如，经可检测地标记的寡核苷酸，其与编码蛋白质的核酸序列杂交，或(2)一对可用于扩增核酸分子的引物。制品或试剂盒还可包括例如缓冲剂、防腐剂或蛋白质稳定剂。制品或试剂盒可进一步包括检测可检测标记所必需的组分(例如，酶或底物)。制品或试剂盒还可以包含可以被测定并与测试样品进行比较的对照样品或一系列对照样品。制品或试剂盒的每个组件都可以封装在一个单独的容器中，所有各种容器都可以与解释使用该试剂盒进行的测定结果的使用说明书放在一个包装中。
Ⅶ.实例
以下是本发明方法的实例。应当理解，在给出以上提供的一般描述的情况下，可以实践各种其他实施例。
实例1：肉瘤样组织学、MSKCC风险得分和分子相关性区分对阿特珠单抗+贝伐单抗的应答与对舒尼替尼的应答：未经治疗的转移性肾细胞癌的III期研究(IMmotion151)结果
IMmotion151研究(ClinicalTrials.gov标识符NCT02420821)是一项多中心、随机、开放标签的研究，旨在评估阿特珠单抗联合贝伐单抗与舒尼替尼在不可手术的、局部晚期或转移性RCC患者中的疗效和安全性，这些患者在辅助或转移向环境中未接受过先前系统性积极或实验性疗法。参见图1。研究的共同主要终点是PD-L1+亚组中的PFS和ITT群体中的OS。探索性终点包括肉瘤样肿瘤和MSKCC风险亚组中的生物标志物表征，以及来自IMmotion150研究的基因标记的验证及基因标记与PFS的关联。
IMmotion151研究的纳入标准包括明确诊断为不可切除的局部晚期或转移性RCC，其具有透明细胞组织学和/或肉瘤样癌的组分，且在转移性环境中未进行过事先治疗；可评估的MSKCC风险得分；RECIST v1.1定义的可测量疾病；Karnofsky体能状态≥70％；并且在随机分组之前具有足够的血液学和终末器官功能。IMmotion151研究的疾病特异性排除包括在治疗前14天内针对RCC的放疗；活动性中枢神经系统疾病、不受控制的胸腔积液、心包积液或腹水；不受控制的高钙血症；以及五年内除低危前列腺癌或转移或死亡的风险可忽略不计的恶性肿瘤以外发生的任何其他恶性肿瘤。与IMmotion151研究的药物相关的排除标准包括：先前使用分化簇137(CD137)激动剂、抗细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)、抗程序性死亡(PD)-1或抗PD-L1治疗性抗体或途径靶向剂治疗；治疗前6周内用免疫刺激剂治疗非恶性疾病，或在治疗前2周内用免疫抑制剂治疗；高血压危象或高血压脑病病史；以及基线心电图显示校正后的QT间隔大于460毫秒。
肉瘤样肾癌定义为任何组织学类型的肾细胞癌，其包含与整个肿瘤区域相关的任何组分的高度恶性梭形细胞的一个或多个病灶。这种分类需要有肾细胞癌并发区域的上皮分化证据或梭形细胞中的上皮分化证据，以及角蛋白或上皮膜抗原(EMA)的免疫组织化学阳性。常见的模式包括纤维肉瘤、恶性纤维组织细胞瘤和横纹肌肉瘤。肿瘤细胞不粘附所致的局灶性梭形化不被认为是肉瘤样分化的表现。与整个肿瘤区域相关的任何梭形组分都是充分的证据。肉瘤样分化的程度记录为1)任何组分，2)>20％的组分或3)肉瘤样组分占据优势。
使用的MSKCC(Motzer)标准如下。风险因素包括：1)Karnofsky体能状态(KPS)得分<80；2)校正后的血清钙>10mg/dL；3)LDH水平>正常范围上限的1.5倍；4)血红蛋白水平<正常范围下限；5)从肾切除术到全身治疗的时间≤12个月(如果患者最初被评估患有转移性疾病或没有进行过肾切除术，则也被认为具有该风险因素)。风险分层如下：风险因子数≥3的个体属于低风险亚组；具有1个或2个风险因素的个体属于中度风险亚组；风险因素数为0的个体属于有利组。出于研究目的，将系统性疗法指定为初始研究筛选的日期。校正钙的公式为：校正钙＝血清钙(mg/dL)+0.8(4 0血清白蛋白(g/dL))。
阿特珠单抗+贝伐单抗(“Atezo+Bev”)组的患者同时接受阿特珠单抗和贝伐单抗，直到由于疾病进展导致临床益处丧失、不可接受的毒性或症状恶化、同意撤消或死亡为止，以先发生者为准。在每个42天周期的第1天和第22天，通过静脉内(IV)输注以1200毫克(mg)的固定剂量施用阿特珠单抗。在每个42天周期的第1天和第22天，通过IV输注以15毫克每千克(mg/kg)的固定剂量施用贝伐单抗。舒尼替尼组的患者接受舒尼替尼，直到由于疾病进展导致临床益处丧失、不可接受的毒性或症状恶化、同意撤消或死亡为止，以先发生者为准。在每个42天周期的第1天至第28天，每天通过口服胶囊以50mg的剂量施用舒尼替尼。
图2显示了PD-L1+亚组和ITT群体中的PFS结果的总结。对于PD-L1+患者，与舒尼替尼组的中位PFS为7.7个月相比，Atezo+Bev组的中位PFS为11.2个月，危险比为0.74(P＝0.02)。PFS分析超过了预先设定的α＝0.04的P值边界。在ITT群体中，与舒尼替尼组的中位PFS为8.4个月相比，Atezo+Bev组的中位PFS为11.2个月，危险比为0.83。
IMmotion151研究的基因标记分析方案如图3所示。在II期IMmotion150研究中，基于与临床结果的关联来鉴定基因标记。T效应子(“Teff”)标记包括CD8a、IFNG、PRF1、EOMES和CD274。血管生成(“Angio”)标记包括VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、CD34和ANGPTL4。基于PFSHR的绝对截止值选择导致Teff截止值为2.93(患病率40％)并且Angio截止值为5.82(患病率50％)。在IMmotion151研究中，进行了与PFS关联的预先指定的分析。未分层的HR和对数秩检验用于生物标志物可评估患者的PFS分析。IMmotion151转录组图谱证实了在IMmotion151中鉴定出的生物学亚组，包括血管生成、免疫和抗原呈递(包括Teff标记)以及粒细胞性炎症亚组(图4)。
在Angio低亚组中，相对于舒尼替尼，Atezo+Bev改善了PFS(图5)。Atezo+Bev与舒尼替尼的HR(95％CI)在Angio低亚组中为0.68(0.52，0.88)，在Angio高亚组中为0.95(0.76，1.19)。相对于在Angio低亚组中，舒尼替尼在Angio高亚组中展示出改善的PFS(图6)。对于血管生成(高与低)的HR(95％CI)，舒尼替尼为0.59(0.47，0.75)，而Atezo+Bev为0.86(0.67，1.1)。在Teff高亚组中，相对于舒尼替尼，Atezo+Bev显示了改善的PFS(图7)。Atezo+Bev与舒尼替尼的HR(95％CI)在Teff低亚组中为0.91(0.73，1.14)，在Teff高亚组中为0.76(0.59，0.99)。Teff基因标记不能区分舒尼替尼治疗组或Atezo+Bev治疗组内的PFS。总之，IMmotion151中的预先指定的分析验证了IMmotion150中鉴别的Angio和Teff基因标记。特别地，在Teff高和Angio低肿瘤中，与舒尼替尼相比，Atezo+Bev改善了PFS；而在舒尼替尼组中，与Angio低基因标记组相比，具有Angio高基因标记的患者显示了改善的PFS。
PD-L1+和所有可评估患者(生物标志物可评估的群体)中的亚组PFS的分析如图8A所示。肉瘤样分化是生存率低和对VEGF抑制应答不佳的独立预测因子(参见，例如，ElMouallem等人Urol.Oncol.36:265-271,2018)。在IMmotion151中，16％的患者显示肉瘤样分化。具有肉瘤样分化的患者的总应答率(ORR)在阿特珠单抗+贝伐单抗组中为56％，在舒尼替尼组中为18％。Atezo+Bev在肉瘤样肿瘤中显示了改善的PFS(图8A和8B)。总之，这些数据表明，肉瘤样肾癌(例如，肉瘤样RCC)的存在可用于鉴定可能受益于使用包括VEGF拮抗剂(例如，贝伐单抗)和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，阿特珠单抗)的抗癌疗法治疗的患者，以及用于患者选择和分层。
Atezo+Bev还在MSKCC风险得分不佳的或中等的患者中显示出改善的PFS(图8A)。在PD-L1+患者和生物标志物可评估的群体中均观察到了这种效果(图8A)。这些数据表明，MSKCC风险得分，尤其是不佳的或中等的MSKCC风险得分的存在，可用于鉴定可能受益于使用包括VEGF拮抗剂(例如，贝伐单抗)和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，阿特珠单抗)的抗癌疗法治疗的患者，以及用于患者选择和分层。
评估了肉瘤样亚组与非肉瘤样亚组的Angio基因标记、Teff基因标记和PD-L1的表达(图9A-9C)和MSKCC风险得分(图10A-10C)。与非肉瘤样肿瘤相比，肉瘤样肿瘤中的血管基因标记表达较低，而PD-L1表达较高(图9A和9C)。与中等/不佳的风险得分亚组相比，MSKCC风险得分有利的亚组中的血管基因标记表达更高(图10A)。总体而言，这些数据显示，与非肉瘤样肿瘤相比，肉瘤样RCC具有较高的PD-L1表达和较低的Angio基因标记表达，而与MSKCC风险得分中等/不佳的患者相比，MSKCC风险得分有利的患者以较高的Angio基因标记表达以及类似的Teff基因标记和PD-L1表达水平为特征。
总而言之，本文提供的数据表明，肉瘤样肾癌的存在或不佳的或中等的MSKCC风险得分的存在可用于鉴定可能受益于(例如，以PFS表示)包括VEGF拮抗剂(例如，贝伐单抗)和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，阿特珠单抗)的抗癌疗法的患者。这些数据可用于患有肾癌(例如，RCC(例如，mRCC))的患者的个性化疗法，例如，用于使用包括VEGF拮抗剂(例如，贝伐单抗)和PD-L1轴结合拮抗剂(例如，阿特珠单抗)的抗癌疗法治疗，以及用于患者选择和分层以优化抗癌疗法。
实例2：阿特珠单抗+贝伐单抗与舒尼替尼在具有未经治疗的转移性肾细胞癌和肉瘤样组织学的患者中的对比：IMmotion151亚组分析
如实例1中所述，具有肉瘤样组织学的肾细胞癌(RCC)的特征在于存在梭形的恶性病变上皮细胞。肉瘤样组织学与RCC的多种组织学亚型有关，并赋予侵袭性表型。患有肉瘤样组织学转移性RCC的患者(约占晚期疾病患者的10％-20％)预后特别差，并且对血管内皮生长因子途径抑制的应答有限。在这里，我们报告了在具有肉瘤样组织学的IMmotion151入组患者中的预先确定的亚组分析结果，以评估阿特珠单抗+贝伐单抗相对于舒尼替尼的疗效，并探讨肉瘤样与非肉瘤样组织学的生物学相关性。
方法
IMmotion151是一项多中心、随机、开放标签的III期研究，评估了阿特珠单抗+贝伐单抗与舒尼替尼在先前未经治疗的、无法手术的、局部晚期或转移性RCC患者中的疗效和安全性(图1)。共同主要终点是(i)≥1％IC表达PD-L1(PD-L1+)的患者中的研究者(INV)评估的无进展生存期(PFS)，和(ii)意向治疗(ITT)群体中的中位总生存期(OS)。次要终点包括具有肉瘤样组织学的患者中的INV评估的PFS和OS，此处报道了INV评估的客观应答率(ORR)、安全性、患者报告的症状和功能结局(PRO)以及生物标志物评估。
如研究者根据当地病理报告所报告的那样，如果患者的肿瘤具有肉瘤样组织学的任何组分，则将其包括在本亚组分析中，本报告中称为“All Sarc”。P值仅用于描述目的。如前所述进行基线肿瘤样品的基因表达分析，并着眼于T效应子和血管生成标记(参见，例如，McDermott等人Nat.Med.24:749-757,2018)。PFS、ORR、PRO和安全性的临床截止时间为2017年9月29日，中位随访时间为13个月。OS的临床截止时间为2018年8月13日，中位随访时间为17个月。
结果
与ITT群体中的患者相比，具有肉瘤组织学特征的患者更有可能患有PD-L1+疾病，并且具有中等/不佳的风险(表18)。
表18：基线特征
Figure BDA0003119722020002301
Atezo，阿特珠单抗；Bev，贝伐单抗；Sarc，肉瘤样。
*分母是基于肉瘤样可评估的患者中>20％组分的数量(每个治疗组，n＝62)。
评估了在具有肉瘤样组织学的患者的整体和具有PD-L1+肿瘤的患者中的疗效(表19)。在肉瘤样组分>20％的患者中(阿特珠单抗+贝伐单抗组n＝27，舒尼替尼组n＝25)，ORR分别为44％、4％，并且CR率分别为7％和0％。研究人员和独立审查委员会对PFS和ORR的评估在肉瘤样肿瘤群体中是一致的。
表19：功效总结
Figure BDA0003119722020002311
CR，完全应答；HR，危险比；NE，不可估算。
a临床截止：2017年9月29日。
B临床截止：2018年8月13日。
1 Rini等人pii:S0140-6736(10)30723-8 Lancet 2019[印刷前电子出版]；dx.doi.org/10.1016/S0140-6736(19)30723-8。
无论PD-L1+的状态如何，具有肉瘤样组织学的阿特珠单抗+贝伐单抗组患者的中位PFS均比舒尼替尼组患者的更长(图11A和11B)。与ITT群体相比，肉瘤样肿瘤群体中治疗组之间的中位PFS差异更为明显(表19)。无论PD-L1+的状态如何，具有肉瘤样组织学的阿特珠单抗+贝伐单抗组患者的OS均比舒尼替尼组患者的增加(图12A和12B)。与ITT群体相比，肉瘤样肿瘤群体中治疗组之间的中位OS差异更为明显(表19)。
阿特珠单抗+贝伐单抗组中的肉瘤样肿瘤患者的安全性通常与每种治疗组分的已知安全性一致，并且与总体安全性可评估群体的安全性一致(表20和21)。在接受AESI后的30天内，大约12％(n＝8)的具有肉瘤样组织学的患者(使用阿特珠单抗+贝伐单抗治疗)需要进行皮质类固醇的系统性用药(6％[n＝4]需要强的松≥40mg/天)。没有鉴定出新的安全性信号。
表20：安全性总结
Figure BDA0003119722020002321
AE，不良事件。
临床截止值：2017年9月29日。
a Atezo+bev，3.0％；仅atezo，1.5％；仅bev，1.5％。
b Atezo+bev，5.3％；仅atezo，2.0％；仅bev，5.1％。
c败血症。
d脑梗塞、颅内出血、肾上腺功能不全、多器官功能障碍综合征、败血症。
e心脏骤停。
表21：阿特珠单抗引起的特别关注不良事件(AESI)(包括所有治疗中出现的AE)
Figure BDA0003119722020002331
用阿特珠单抗单抗+贝伐单抗治疗的具有肉瘤样组织学的患者报告的到症状恶化以致干扰日常生活的中位时间比使用舒尼替尼治疗的患者更长(图13)。
与非肉瘤样肿瘤相比，PD-L1在肉瘤样肿瘤中的表达更高(图9C)。与非肉瘤样肿瘤相比，肉瘤样肿瘤中血管生成高基因表达特征子集的患病率较低，而T-效应子高基因表达子集则较高。9A和9B)。
结论
对具有入选IMmotion151的肉瘤样组织学的患者进行的预先指定分析表明，与舒尼替尼相比，阿特珠单抗+贝伐单抗具有更高的临床功效。具有肉瘤样组织学的患者，无论PD-L1状态如何，与舒尼替尼相比，使用阿特珠单抗+贝伐单抗的PFS和OS更长且ORR(包括完全应答率)更高。阿特珠单抗+贝伐单抗联合用药的安全性与单一药物预期相同，与总体安全性可评估群体的安全性相符；没有鉴定出新的安全性信号。用阿特珠单抗单抗+贝伐单抗治疗的具有肉瘤样组织学的患者报告的到症状干扰日常机能的中位时间比使用舒尼替尼治疗的患者更长。来自具有肉瘤样组织学(血管生成低；T-效应子高；PD-L1+)的肿瘤的生物标志物数据，为具有转移性RCC和肉瘤组织学组分的患者对阿特珠单抗+贝伐单抗的应答性增加提供了生物学相关性。这些数据进一步证明，具有肉瘤样分化的患者可能受益于免疫检查点抑制剂疗法，例如，使用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体诸如阿特珠单抗)的疗法，包括联合疗法，所述联合疗法包括PD-L1轴结合拮抗剂和VEGF拮抗剂(例如，抗VEGF抗体诸如贝伐单抗)。
Ⅷ其他实施例
尽管为了清楚理解的目的先前已经通过说明和实例相当详细地描述了发明，但是所述说明和实例不应解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献的公开内容的全部内容以引用方式明确地并入。
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Claims (113)

1.一种治疗患有肾癌的个体的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗癌疗法，所述抗癌疗法包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂，其中所述个体已经被鉴定为可能基于患有肉瘤样肾癌而受益于所述抗癌疗法。
2.一种治疗患有肾癌的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定所述个体是否患有肉瘤样肾癌，其中所述肉瘤样肾癌的存在表示所述个体可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法；以及
(b)基于所述肉瘤样肾癌的存在，向所述个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
3.一种鉴定可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的患有肾癌的个体的方法，所述方法包括确定所述个体是否患有肉瘤样肾癌，其中所述肉瘤样肾癌的存在将所述个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体。
4.一种用于为患有肾癌的个体选择疗法的方法，所述方法包括
(a)确定所述个体是否患有肉瘤样肾癌，其中所述肉瘤样肾癌的存在将所述个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体；以及
(b)基于所述肉瘤样肾癌的存在，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
5.根据权利要求3或4所述的方法，其进一步包括向所述个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述肉瘤样肾癌的存在是通过对从所述个体获得的样品进行组织学分析而评估的。
7.根据权利要求6所述的方法，其中，如果来自所述个体的肿瘤样品含有与整个肿瘤区域相关的任何组分的高度恶性梭形细胞的一个或多个病灶，则所述肾癌是肉瘤样的。
8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述梭形细胞显示中度到显著的非典型性和/或类似于任何形式的肉瘤。
9.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述梭形细胞显示上皮分化的证据，如通过角蛋白或上皮膜抗原(EMA)的免疫组织学阳性所评估。
10.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述肾癌是肾细胞癌，并且所述肿瘤样品具有上皮分化，伴有肾细胞癌并发区域。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述受益以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述受益以改善的PFS表示。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述受益以改善的OS表示。
14.根据权利要求11所述的方法，其中所述受益以改善的ORR表示。
15.根据权利要求11所述的方法，其中所述受益以改善的CR率表示。
16.根据权利要求11所述的方法，其中所述受益以改善的DFR表示。
17.根据权利要求16所述的方法，其中DFR是以从治疗开始到所述个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
18.根据权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述个体具有不佳的或中等的纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)风险得分。
19.一种治疗患有肾癌的个体的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的抗癌疗法，所述抗癌疗法包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂，其中所述个体已经被鉴定为可能基于所述个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而受益于所述抗癌疗法。
20.一种治疗患有肾癌的个体的方法，所述方法包括：
(a)确定所述个体的MSKCC风险得分，其中，不佳的或中等的MSKCC风险得分表示所述个体可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法；以及
(b)基于所述个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，向所述个体施用有效量的包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
21.一种鉴定可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的患有肾癌的个体的方法，所述方法包括确定所述个体的MSKCC风险得分，其中，不佳的或中等的MSKCC风险得分将所述个体鉴定为可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
22.一种用于为患有肾癌的个体选择疗法的方法，所述方法包括
(a)确定所述个体的MSKCC风险得分，其中，不佳的或中等的MSKCC风险得分将所述个体鉴定为可能受益于包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法；以及
(b)基于所述个体具有不佳的或中等的MSKCC风险得分，选择包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。
23.根据权利要求18至22中任一项所述的方法，其中如果所述个体具有以下特征中的三项或更多项，则所述个体具有不佳的MSKCC风险得分：
(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；
(ii)血红蛋白水平低于正常范围下限(LLN)，任选地其中所述血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；
(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中所述血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；
(iv)血清乳酸脱氢酶(LDH)水平大于正常范围上限(ULN)的1.5倍，任选地其中所述ULN为140U/L；和/或
(v)Karnofsky体能状态(KPS)得分<80。
24.根据权利要求18至22中任一项所述的方法，其中，如果所述个体具有以下特征中的一项或两项，则所述个体具有中等的MSKCC风险得分：
(i)从肾切除术到系统性治疗的时间短于一年、未进行肾切除术或初步诊断为转移性疾病；
(ii)血红蛋白水平低于LLN，任选地其中所述血红蛋白正常范围是：男性介于13.5g/dL与17.5g/dL之间，女性介于12g/dL与15.5g/dL之间；
(iii)血清校正钙水平大于10mg/dL，任选地其中所述血清校正钙水平为血清钙水平(mg/dL)+0.8(4–血清白蛋白(g/dL))；
(iv)血清LDH水平大于所述ULN的1.5倍，任选地其中所述ULN为140U/L；和/或
(v)KPS得分<80。
25.根据权利要求19至24中任一项所述的方法，其中所述个体患有肉瘤样肾癌。
26.根据权利要求19至25中任一项所述的方法，其中所述受益以改善的PFS、OS、ORR、CR率或DFR表示。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述受益以改善的PFS表示。
28.根据权利要求26所述的方法，其中所述受益以改善的OS表示。
29.根据权利要求26所述的方法，其中所述受益以改善的ORR表示。
30.根据权利要求26所述的方法，其中所述受益以改善的CR率表示。
31.根据权利要求26所述的方法，其中所述受益以改善的DFR表示。
32.根据权利要求31所述的方法，其中DFR是以从治疗开始到所述个体首次相对于MDASI干扰评分表上的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
33.根据权利要求1至32中任一项所述的方法，其进一步包括确定以下基因中的一种或多种在来自所述个体的样品中的表达水平：
CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2；
VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者
IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2。
34.根据权利要求1至33中任一项所述的方法，其中：
(i)CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种在所述样品中的表达水平处于或高于所述一种或多种基因的参考表达水平；或
(ii)VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34；或者IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种在所述样品中的表达水平低于所述一种或多种基因的参考表达水平
将所述个体鉴定为可能受益于使用包含VEGF拮抗剂和PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法治疗的个体。
35.根据权利要求33或34所述的方法，其中CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的一种或多种在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于所述一种或多种基因的参考水平。
36.根据权利要求35所述的方法，其中CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、PD-L1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种或全部二十种在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于所述一种或多种基因的参考水平。
37.根据权利要求35或36所述的方法，其中CD8A、EOMES、PRF1、IFNG或PD-L1中的一种或多种在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于所述一种或多种基因的参考水平。
38.根据权利要求37所述的方法，其中CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于CD8A、EOMES、PRF1、IFNG和PD-L1的参考水平。
39.根据权利要求33至38中任一项所述的方法，其中IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于所述一种或多种基因的参考水平。
40.根据权利要求39所述的方法，其中IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于所述一种或多种基因的参考水平。
41.根据权利要求39或40所述的方法，其中IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2的参考水平。
42.根据权利要求33至41中任一项所述的方法，其中PD-L1在所述样品中的表达水平被确定为处于或高于PD-L1的参考水平，并且选自由CD8A、EOMES、GZMA、GZMB、PRF1、IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CD27、FOXP3、PD-1、CTLA4、TIGIT、IDO1、PSMB8、PSMB9、TAP1或TAP2所组成的组的一种或多种其他基因在所述样品中的所述表达水平被确定为处于或高于所述一种或多种其他基因的参考表达水平。
43.根据权利要求33或34所述的方法，其中VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在所述样品中的所述表达水平被确定为低于所述一种或多种基因的参考水平。
44.根据权利要求43所述的方法，其中VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、FLT1、ANGPTL4或CD34中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或全部七种在所述样品中的所述表达水平被确定为低于所述一种或多种基因的参考水平。
45.根据权利要求43或44所述的方法，其中VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4或CD34中的一种或多种在所述样品中的所述表达水平被确定为低于所述一种或多种基因的参考水平。
46.根据权利要求45所述的方法，其中VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34在所述样品中的所述表达水平被确定为低于VEGFA、KDR、ESM1、PECAM1、ANGPTL4和CD34的参考水平。
47.根据权利要求33或34所述的方法，其中IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的一种或多种在所述样品中的所述表达水平被确定为低于所述一种或多种基因的参考水平。
48.根据权利要求47所述的方法，其中IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8或PTGS2中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种或全部六种在所述样品中的所述表达水平被确定为低于所述一种或多种基因的参考水平。
49.根据权利要求47或48所述的方法，其中IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2在所述样品中的所述表达水平被确定为低于IL6、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8和PTGS2的参考水平。
50.根据权利要求34至49中任一项所述的方法，其中所述一种或多种基因的参考水平是从患有肾癌的个体群体确定的。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述一种或多种基因的参考水平是从患有肾癌的患者群体确定的中位表达水平。
52.根据权利要求51所述的方法，其中所述参考水平是所述一种或多种基因的归一化表达水平的Z得分的中值。
53.根据权利要求33至52中任一项所述的方法，其中所述表达水平是核酸表达水平。
54.根据权利要求53所述的方法，其中所述核酸表达水平是mRNA表达水平。
55.根据权利要求54所述的方法，其中所述mRNA表达水平是通过RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术、ISH或它们的组合确定的。
56.根据权利要求33至52中任一项所述的方法，其中所述表达水平是蛋白质表达水平。
57.根据权利要求56所述的方法，其中所述蛋白质表达水平是通过免疫组化(IHC)、蛋白质印迹法、酶联免疫测定(ELISA)、免疫沉淀、免疫荧光、放射免疫测定或质谱法确定的。
58.根据权利要求6或33至57中任一项所述的方法，其中所述样品是组织样品、细胞样品、全血样品、血浆样品、血清样品或它们的组合。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述组织样品是肿瘤组织样品。
60.根据权利要求59所述的方法，其中所述肿瘤组织样品包含肿瘤细胞、肿瘤浸润免疫细胞、基质细胞或它们的组合。
61.根据权利要求59或60所述的方法，其中所述肿瘤组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的(FFPE)样品、存档样品、新鲜样品或冷冻样品。
62.根据权利要求1至61中任一项所述的方法，其中所述个体先前未进行过针对所述肾癌的治疗。
63.根据权利要求1至62中任一项所述的方法，其中所述肾癌是肾细胞癌(RCC)。
64.根据权利要求63所述的方法，其中所述RCC是透明细胞RCC。
65.根据权利要求63或64所述的方法，其中所述RCC是局部晚期或转移性RCC(mRCC)。
66.根据权利要求1至65中任一项所述的方法，其中从所述患者获得的肿瘤样品已经被确定为在占所述肿瘤样品约1％或更高百分比的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述肿瘤样品已经被确定为在占所述肿瘤样品约1％或更高百分比、至占少于5％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
68.根据权利要求66所述的方法，其中所述肿瘤样品已经被确定为在占所述肿瘤样品约5％或更高百分比的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
69.根据权利要求68所述的方法，其中所述肿瘤样品已经被确定为在占所述肿瘤样品约5％或更高百分比、至少于10％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
70.根据权利要求66或68所述的方法，其中从所述患者获得的所述肿瘤样品已经被确定为在占所述肿瘤样品约10％或更高百分比的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
71.根据权利要求1至65中任一项所述的方法，其中从所述患者获得的肿瘤样品已经被确定为在占所述肿瘤样品少于1％的肿瘤浸润免疫细胞中具有可检测的PD-L1表达水平。
72.根据权利要求1至71中任一项所述的方法，其中所述VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体或VEGF受体(VEGFR)抑制剂。
73.根据权利要求72所述的方法，其中所述VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。
74.根据权利要求73所述的方法，其中所述抗VEGF抗体是贝伐单抗。
75.根据权利要求72所述的方法，其中所述VEGF拮抗剂是VEGFR抑制剂。
76.根据权利要求75所述的方法，其中所述VEGFR抑制剂是多靶点酪氨酸激酶抑制剂。
77.根据权利要求76所述的方法，其中所述多靶点酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼、阿昔替尼、帕唑帕尼或卡博替尼。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述多靶点酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼。
79.根据权利要求1至78中任一项所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
80.根据权利要求79所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
81.根据权利要求80所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其一种或多种配体结合配偶体的结合。
82.根据权利要求81所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
83.根据权利要求81所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
84.根据权利要求81至83中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
85.根据权利要求80至84中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。
86.根据权利要求85所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体选自由以下项组成的组：MPDL3280A(阿特珠单抗)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
87.根据权利要求85或86所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含以下高变区(HVR)：
(a)GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:63)的HVR-H1序列；
(b)AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:64)的HVR-H2序列；
(c)RHWPGGFDY(SEQ ID NO:65)的HVR-H3序列；
(d)RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:66)的HVR-L1序列；
(e)SASFLYS(SEQ ID NO:67)的HVR-L2序列；和
(f)QQYLYHPAT(SEQ ID NO:68)的HVR-L3序列。
88.根据权利要求85至87中任一项所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)重链可变(VH)结构域，其包含与EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:69)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；
(b)轻链可变(VL)结构域，其包含与DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:70)的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；或
(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。
89.根据权利要求88所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列；
(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列；或
(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。
90.根据权利要求89所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列；
(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列；或
(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。
91.根据权利要求90所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列；
(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列；或
(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。
92.根据权利要求91所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列；
(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列；或
(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)VH结构域，其包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列；
(b)VL结构域，其包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列；或
(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。
94.根据权利要求93所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)VH结构域，其包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列；
(b)VL结构域，其包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列；或
(c)如(a)中的VH结构域和如(b)中的VL结构域。
95.根据权利要求94所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体包含：
(a)VH结构域，其包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列；和
(b)VL结构域，其包含SEQ ID NO:70的氨基酸序列。
96.根据权利要求95所述的方法，其中所述抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
97.根据权利要求1至96中任一项所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是阿特珠单抗，并且所述VEGF拮抗剂是贝伐单抗。
98.根据权利要求97所述的方法，其中所述阿特珠单抗以每三周约1200mg的剂量静脉内施用。
99.根据权利要求97或98所述的方法，其中所述贝伐单抗以每三周约15mg/kg的剂量静脉内施用。
100.根据权利要求1至99中任一项所述的方法，其进一步包括向所述个体施用另外的治疗剂。
101.根据权利要求100所述的方法，其中所述另外的治疗剂选自由以下项组成的组：免疫治疗剂、细胞毒性剂、生长抑制剂、放射治疗剂、抗血管生成剂及它们的组合。
102.根据权利要求1至101中任一项所述的方法，其中所述个体是人。
103.一种包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物，其用于治疗患有肾癌的个体，其中所述治疗包括将所述PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中所述个体被鉴定为可能基于患有肉瘤样肾癌而受益于所述抗癌疗法。
104.一种包含PD-L1轴结合拮抗剂的药物组合物，其用于治疗患有肾癌的个体，其中所述治疗包括将所述PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中所述个体被鉴定为可能基于具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而受益于所述抗癌疗法。
105.PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有肾癌的个体的药物中的用途，其中所述治疗包括将所述PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中所述个体被鉴定为可能基于患有肉瘤样肾癌而受益于所述抗癌疗法。
106.PD-L1轴结合拮抗剂在制造用于治疗患有肾癌的个体的药物中的用途，其中所述治疗包括将所述PD-L1轴结合拮抗剂与VEGF拮抗剂联合施用，其中所述个体被鉴定为可能基于具有不佳的或中等的MSKCC风险得分而受益于所述抗癌疗法。
107.根据权利要求103或104所使用的药物组合物，或根据权利要求105或106所述的用途，其中所述受益以改善的无进展生存期(PFS)、总生存期(OS)、总应答率(ORR)、完全应答(CR)率或无恶化率(DFR)表示。
108.根据权利要求107所使用的药物组合物或所述的用途，其中所述受益以改善的PFS表示。
109.根据权利要求107所使用的药物组合物或所述的用途，其中所述受益以改善的OS表示。
110.根据权利要求107所使用的药物组合物或所述的用途，其中所述受益以改善的ORR表示。
111.根据权利要求107所使用的药物组合物或所述的用途，其中所述受益以改善的CR率表示。
112.根据权利要求107所使用的药物组合物或所述的用途，其中所述受益以改善的DFR表示。
113.根据权利要求112所使用的药物组合物或所述的用途，其中DFR是以从治疗开始到所述个体首次相对于MD安德森症状量表(MDASI)干扰评分表的基线增加大于或等于2分的时间确定的。
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